JP2023527876A - 膣内微生物叢組成物 - Google Patents
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Abstract
患者を治療するための組成物及び方法が開示される。例示の組成物は、膣内微生物叢組成物を含み得る。膣内微生物叢組成物は、細菌の混合物を含み得る。細菌の混合物は、ラクトバチルス・クリスパタス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｒｉｓｐａｔｕｓ）、ラクトバチルス・ガセリ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｇａｓｓｅｒｉ）、ラクトバチルス・ジェンセニイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｊｅｎｓｅｎｉｉ）、及びラクトバチルス・ラムノースス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｈａｍｎｏｓｕｓ）を含み得る。
Description
本開示は、患者を治療するための組成物及び方法に関する。
多種多様な組成物及び方法が、疾患及び／又は状態、例えば、生殖器系、消化管、肝臓、免疫系などの疾患及び／又は状態を治療するために開発されている。既知の組成物及び方法の中で、各々は、特定の利点及び欠点を有する。疾患及び／又は状態を治療するための代替的な組成物及び方法を提供することが、継続的に必要とされている。
本開示は、患者を治療するための組成物及び方法の代わりとなる設計、材料、製造方法、及び使用を提供する。膣内微生物叢組成物が開示される。膣内微生物叢組成物は、ラクトバチルス・クリスパタス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｒｉｓｐａｔｕｓ）、ラクトバチルス・イナース（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｉｎｅｒｓ）、ラクトバチルス・ガセリ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｇａｓｓｅｒｉ）、ラクトバチルス・ジェンセニイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｊｅｎｓｅｎｉｉ）、ラクトバチルス・ロイテリ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｅｕｔｅｒｉ）、ラクトバチルス・アシドフィルス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｓ）、ラクトバチルス・ワギナリス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｖａｇｉｎａｌｉｓ）、ラクトバチルス・ラムノースス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｈａｍｎｏｓｕｓ）、ラクトバチルス・ジョンソニー（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ）、ラクトバチルス・ヘルヴェティクス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｈｅｌｖｅｔｉｃｕｓ）、ラクトバチルス・プランタルム（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｐｌａｎｔａｒｕｍ）、ラクトバチルス・ファーメンタム（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｆｅｒｍｅｎｔｕｍ）、ラクトバチルス・サルバリウス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓａｌｉｖａｒｉｕｓ）、及びラクトバチルス・デルブリュッキイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｄｅｌｂｒｕｅｃｋｉｉ）を含む細菌の混合物を含む。
上記実施形態のいずれかに代えて、又はそれに加えて、細菌の混合物は、２５～７５％のラクトバチルス・クリスパタス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｒｉｓｐａｔｕｓ）を含む。
上記実施形態のいずれかに代えて、又はそれに加えて、細菌の混合物は、３０～６０％のラクトバチルス・クリスパタス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｒｉｓｐａｔｕｓ）を含む。
上記実施形態のいずれかに代えて、又はそれに加えて、細菌の混合物は、４０％のラクトバチルス・クリスパタス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｒｉｓｐａｔｕｓ）を含む。
上記実施形態のいずれかに代えて、又はそれに加えて、細菌の混合物は、１０～４０％のラクトバチルス・イナース（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｉｎｅｒｓ）を含む。
上記実施形態のいずれかに代えて、又はそれに加えて、細菌の混合物は、１５～３０％のラクトバチルス・イナース（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｉｎｅｒｓ）を含む。
上記実施形態のいずれかに代えて、又はそれに加えて、細菌の混合物は、２０％のラクトバチルス・イナース（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｉｎｅｒｓ）を含む。
上記実施形態のいずれかに代えて、又はそれに加えて、細菌の混合物は、１～１０％のラクトバチルス・ガセリ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｇａｓｓｅｒｉ）を含む。
上記実施形態のいずれかに代えて、又はそれに加えて、細菌の混合物は、２～８％のラクトバチルス・ガセリ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｇａｓｓｅｒｉ）を含む。
上記実施形態のいずれかに代えて、又はそれに加えて、細菌の混合物は、５％のラクトバチルス・ガセリ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｇａｓｓｅｒｉ）を含む。
上記実施形態のいずれかに代えて、又はそれに加えて、細菌の混合物は、１～１０％のラクトバチルス・ジェンセニイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｊｅｎｓｅｎｉｉ）を含む。
上記実施形態のいずれかに代えて、又はそれに加えて、細菌の混合物は、２～８％のラクトバチルス・ジェンセニイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｊｅｎｓｅｎｉｉ）を含む。
上記実施形態のいずれかに代えて、又はそれに加えて、細菌の混合物は、５％のラクトバチルス・ジェンセニイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｊｅｎｓｅｎｉｉ）を含む。
上記実施形態のいずれかに代えて、又はそれに加えて、細菌の混合物は、０．１～５％のラクトバチルス・ロイテリ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｅｕｔｅｒｉ）を含む。
上記実施形態のいずれかに代えて、又はそれに加えて、細菌の混合物は、０．５～４％のラクトバチルス・ロイテリ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｅｕｔｅｒｉ）を含む。
上記実施形態のいずれかに代えて、又はそれに加えて、細菌の混合物は、１％のラクトバチルス・ロイテリ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｅｕｔｅｒｉ）を含む。
上記実施形態のいずれかに代えて、又はそれに加えて、細菌の混合物は、０．１～５％のラクトバチルス・アシドフィルス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｓ）を含む。
上記実施形態のいずれかに代えて、又はそれに加えて、細菌の混合物は、約０．５～４％のラクトバチルス・アシドフィルス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｓ）を含む。
上記実施形態のいずれかに代えて、又はそれに加えて、細菌の混合物は、１％のラクトバチルス・アシドフィルス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｓ）を含む。
上記実施形態のいずれかに代えて、又はそれに加えて、細菌の混合物は、０．１～５％のラクトバチルス・ワギナリス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｖａｇｉｎａｌｉｓ）を含む。
上記実施形態のいずれかに代えて、又はそれに加えて、細菌の混合物は、０．５～４％のラクトバチルス・ワギナリス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｖａｇｉｎａｌｉｓ）を含む。
上記実施形態のいずれかに代えて、又はそれに加えて、細菌の混合物は、１％のラクトバチルス・ワギナリス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｖａｇｉｎａｌｉｓ）を含む。
上記実施形態のいずれかに代えて、又はそれに加えて、細菌の混合物は、０．１～５％のラクトバチルス・ラムノースス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｈａｍｎｏｓｕｓ）を含む。
上記実施形態のいずれかに代えて、又はそれに加えて、細菌の混合物は、０．５～４％のラクトバチルス・ラムノースス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｈａｍｎｏｓｕｓ）を含む。
上記実施形態のいずれかに代えて、又はそれに加えて、細菌の混合物は、１％のラクトバチルス・ラムノースス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｈａｍｎｏｓｕｓ）を含む。
上記実施形態のいずれかに代えて、又はそれに加えて、細菌の混合物は、０．１～５％のラクトバチルス・ジョンソニー（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ）を含む。
上記実施形態のいずれかに代えて、又はそれに加えて、細菌の混合物は、０．５～４％のラクトバチルス・ジョンソニー（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ）を含む。
上記実施形態のいずれかに代えて、又はそれに加えて、細菌の混合物は、１％のラクトバチルス・ジョンソニー（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ）を含む。
上記実施形態のいずれかに代えて、又はそれに加えて、細菌の混合物は、０．１～５％のラクトバチルス・ヘルヴェティクス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｈｅｌｖｅｔｉｃｕｓ）を含む。
上記実施形態のいずれかに代えて、又はそれに加えて、細菌の混合物は、０．５～４％のラクトバチルス・ヘルヴェティクス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｈｅｌｖｅｔｉｃｕｓ）を含む。
上記実施形態のいずれかに代えて、又はそれに加えて、細菌の混合物は、１％のラクトバチルス・ヘルヴェティクス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｈｅｌｖｅｔｉｃｕｓ）を含む。
上記実施形態のいずれかに代えて、又はそれに加えて、細菌の混合物は、０．１～５％のラクトバチルス・プランタルム（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｐｌａｎｔａｒｕｍ）を含む。
上記実施形態のいずれかに代えて、又はそれに加えて、細菌の混合物は、０．５～４％のラクトバチルス・プランタルム（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｐｌａｎｔａｒｕｍ）を含む。
上記実施形態のいずれかに代えて、又はそれに加えて、細菌の混合物は、約１％のラクトバチルス・プランタルム（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｐｌａｎｔａｒｕｍ）を含む。
上記実施形態のいずれかに代えて、又はそれに加えて、細菌の混合物は、０．１～５％のラクトバチルス・ファーメンタム（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｆｅｒｍｅｎｔｕｍ）を含む。
上記実施形態のいずれかに代えて、又はそれに加えて、細菌の混合物は、０．５～４％のラクトバチルス・ファーメンタム（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｆｅｒｍｅｎｔｕｍ）を含む。
上記実施形態のいずれかに代えて、又はそれに加えて、細菌の混合物は、１％のラクトバチルス・ファーメンタム（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｆｅｒｍｅｎｔｕｍ）を含む。
上記実施形態のいずれかに代えて、又はそれに加えて、細菌の混合物は、０．１～５％のラクトバチルス・サルバリウス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓａｌｉｖａｒｉｕｓ）を含む。
上記実施形態のいずれかに代えて、又はそれに加えて、細菌の混合物は、０．５～４％のラクトバチルス・サルバリウス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓａｌｉｖａｒｉｕｓ）を含む。
上記実施形態のいずれかに代えて、又はそれに加えて、細菌の混合物は、１％のラクトバチルス・サルバリウス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓａｌｉｖａｒｉｕｓ）を含む。
上記実施形態のいずれかに代えて、又はそれに加えて、細菌の混合物は、０．１～５％のラクトバチルス・デルブリュッキイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｄｅｌｂｒｕｅｃｋｉｉ）を含む。
上記実施形態のいずれかに代えて、又はそれに加えて、細菌の混合物は、０．５～４％のラクトバチルス・デルブリュッキイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｄｅｌｂｒｕｅｃｋｉｉ）を含む。
上記実施形態のいずれかに代えて、又はそれに加えて、細菌の混合物は、１％のラクトバチルス・デルブリュッキイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｄｅｌｂｒｕｅｃｋｉｉ）を含む。
上記実施形態のいずれかに代えて、又はそれに加えて、細菌の混合物は、細菌の１つ以上の凍結乾燥株を含む。
上記実施形態のいずれかに代えて、又はそれに加えて、細菌の混合物は、カプセル中に配置される。
上記実施形態のいずれかに代えて、又はそれに加えて、細菌の混合物は、座薬中に配置される。
上記実施形態のいずれかに代えて、又はそれに加えて、細菌の混合物は、可溶性シェル中に配置される。
感染症を治療するための方法が開示される。本方法は、上記実施形態のいずれか１つの膣内微生物叢組成物を、感染症を有する患者に投与することを含む。
上記実施形態のいずれかに代えて、又はそれに加えて、感染症は、細菌性膣炎、カンジダ症感染症、ヒトパピローマウイルス感染症、尿路感染症、性感染症、及び婦人科癌のうちの１つ以上を含む。
患者を治療するための方法が開示される。本方法は、上記の実施形態のいずれか１つの膣内微生物叢組成物を患者に投与することを含む。
上記実施形態のいずれかに代えて、又はそれに加えて、膣内微生物叢組成物を患者に投与することは、早産を防止すること、流産を防止すること、不妊症を治療すること、間質性膀胱炎を治療すること、及び多嚢胞性卵巣症候群を治療することの１つ以上を含む。
膣内微生物叢組成物が開示される。膣内微生物叢組成物は、座薬と座薬内に配置された凍結乾燥細菌の混合物とを含み、凍結乾燥細菌の混合物は、ラクトバチルス・クリスパタス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｒｉｓｐａｔｕｓ）、ラクトバチルス・イナース（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｉｎｅｒｓ）、ラクトバチルス・ガセリ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｇａｓｓｅｒｉ）、ラクトバチルス・ジェンセニイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｊｅｎｓｅｎｉｉ）、ラクトバチルス・ロイテリ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｅｕｔｅｒｉ）、ラクトバチルス・アシドフィルス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｓ）、ラクトバチルス・ワギナリス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｖａｇｉｎａｌｉｓ）、ラクトバチルス・ラムノースス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｈａｍｎｏｓｕｓ）、ラクトバチルス・ジョンソニー（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ）、ラクトバチルス・ヘルヴェティクス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｈｅｌｖｅｔｉｃｕｓ）、ラクトバチルス・プランタルム（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｐｌａｎｔａｒｕｍ）、ラクトバチルス・ファーメンタム（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｆｅｒｍｅｎｔｕｍ）、ラクトバチルス・サルバリウス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓａｌｉｖａｒｉｕｓ）、及びラクトバチルス・デルブリュッキイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｄｅｌｂｒｕｅｃｋｉｉ）を含む。
膣内微生物叢組成物バンクが開示される。膣内微生物叢組成物バンクは、その中に配置された１つ以上の微生物の第１の集団を含む第１の容器であって、第１の集団が第１のドナーから収集される、第１の容器と、その中に配置される１つ以上の微生物の第２の集団を含む第２の容器であって、第２の集団が第２のドナーから収集される、第２の容器と、第１のドナー及び第２のドナーからのドナーデータを含むインデックスシステムと、を含む。
膣内微生物叢組成物バンクが開示される。膣内微生物叢組成物バンクは、その中に配置された１つ以上の微生物の第１の集団を含む第１の容器であって、第１の集団が第１のドナーから収集される、第１の容器と、その中に配置される１つ以上の微生物の第２の集団を含む第２の容器であって、第２の集団が第２のドナーから収集される、第２の容器と、を含む。
上記実施形態のいずれかに代えて、又はそれに加えて、膣内微生物叢組成物バンクは、第１のドナー及び第２のドナーからのドナーデータを含むインデックスシステムを含む。
膣内微生物叢組成物バンクが開示される。膣内微生物叢組成物バンクは、その中に配置された１つ以上の凍結乾燥微生物の第１の集団を含む第１の容器であって、第１の集団が第１のドナーから収集される、第１の容器と、その中に配置される１つ以上の凍結乾燥微生物の第２の集団を含む第２の容器であって、第２の集団が第２のドナーから収集される、第２の容器と、第１のドナー及び第２のドナーからのドナーデータを含むインデックスシステムと、を含む。
膣内微生物叢組成物バンクが開示される。膣内微生物叢組成物バンクは、その中に配置された１つ以上の凍結乾燥微生物の第１の集団を含む第１の容器であって、第１の集団が第１のドナーから収集される、第１の容器と、その中に配置される１つ以上の凍結乾燥微生物の第２の集団を含む第２の容器であって、第２の集団が第２のドナーから収集される、第２の容器と、を含む。
上記実施形態のいずれかに代えて、又はそれに加えて、膣内微生物叢組成物バンクは、第１のドナー及び第２のドナーからのドナーデータを含むインデックスシステムを含む。
上記いくつかの実施形態の概要は、各開示された実施形態又は本開示の全ての実装を説明するよう意図するものではない。以下に続く詳細な説明は、これらの実施形態をより具体的に例示する。
以下に定義された用語については、特許請求の範囲又は本明細書の他の箇所で異なる定義が提供されない限り、これらの定義を適用するものとする。
全ての数値は、本明細書では明示的に示されているかどうかに関わらず、用語「約」によって修飾されていると想定される。用語「約」は、一般に、当業者が記載された値に相当すると見なす（例えば、同じ機能又は結果を有する）数値の範囲を指す。多くの場合、用語「約」は、最大有効数字に丸めた数字を含み得る。
端点による数値範囲の記載は、その範囲内の全ての数を含む（例えば、１～５は、１、１．５、２、２．７５、３、３．８０、４及び５を含む）。
本明細書及び添付の特許請求の範囲で使用される場合、単数形「ａ」、「ａｎ」、及び「ｔｈｅ」は、文脈がそうでないと明確に示さない限り、複数の指示対象を含む。本明細書及び添付の特許請求の範囲で使用される場合、用語「又は」は、文脈がそうでないと明確に示さない限り、「及び／又は」を含む意味で利用される。
明細書における「ある実施形態」、「いくつかの実施形態」、「他の実施形態」などの言及は、記載される実施形態が１つ以上の特定の特徴、構造、及び／又は特性を含み得ることを示すことが留意される。しかしながら、そのような記載は、全ての実施形態が特定の特徴、構造、及び／又は特性を含むことを必ずしも意味するものではない。更に、特定の特徴、構造、及び／又は特性が、１つの実施形態と関連付けて記載される場合、そのような特徴、構造、及び／又は特性がまた、反対のことを明確に述べない限り、明示的に記載されているか否かにかかわらず、他の実施形態と関連付けて使用されてもよいことを理解するべきである。
ヒトマイクロバイオーム（又はヒト微生物叢）は、ヒトの皮膚の表面上及び皮膚の深層、唾液及び口腔粘膜中、結膜中、並びに胃腸管、泌尿生殖器、及び／又は膣管に常在する微生物の凝集体であり、胎盤微生物叢などの生殖に関する健康に関連する微生物を含む。ヒト微生物叢は、細菌から構成されるが、真菌ファージ、ウイルス、古細菌なども含み得る。これらの生物のいくつかは、ヒト宿主に対して有用であるタスクを実行するが、ヒト微生物叢を構成する大部分の生物の機能は、まだ研究段階にある。正常な状況下では、これらの微生物は、ヒト宿主に疾患を引き起こさず、代わりに健康の維持に関与する。
膣内微生物叢は、多くの異なる健康状態において役割を果たし得る。これらの状態のいくつかとしては、細菌性膣炎、カンジダ症感染症、ヒトパピローマウイルス感染症、尿路感染症、及び／又は性感染症などの感染症を挙げることができる。他の状態としては、婦人科癌（例えば、子宮頸癌）、早産、流産、不妊症、間質性膀胱炎、多嚢胞性卵巣症候群などを挙げることができる。膣内微生物叢の構成を復元し、正常化し、及び／又は他の方法でシフトさせることは、これら及び他の状態を軽減するのに役立ち得る。本明細書には、患者を治療するための組成物及び方法が開示される。組成物の少なくともいくつかは、膣内微生物叢組成物を含む。方法の少なくともいくつかは、細菌性膣炎を治療し、カンジダ症感染症を治療し、ヒトパピローマウイルス感染症を治療し、尿路感染症を治療し、性感染症を治療し、婦人科癌（例えば、子宮頸癌）を治療し、早産を予防し、流産を予防し、不妊症を治療し、間質性膀胱炎を治療し、多嚢胞性卵巣症候群を治療するための方法などを含む。
健康な生殖年齢の女性においては、ラクトバチルス属の細菌が膣内微生物叢を支配する傾向にある。４つの種が、女性全体にわたって一貫して特定されており、これらはラクトバチルス・クリスパタス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｒｉｓｐａｔｕｓ）、ラクトバチルス・イナース（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｉｎｅｒｓ）、ラクトバチルス・ガセリ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｇａｓｓｅｒｉ）、及びラクトバチルス・ジェンセニイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｊｅｎｓｅｎｉｉ）である。これらの種は、白人、黒人、アジア人、及びヒスパニック民族の女性の中で、それらの支配の頻度の順番で列挙されている。一般に、膣内微生物叢のラクトバチルス属の支配は、健康状態と関連する。この単一属又は種の支配は、多様性の低い微生物叢を作り出す。膣内微生物叢の多様性の増加は、不健康及び感染のより高いリスクと関連している。例えば、スネアチア属（Ｓｎｅａｔｈｉａ）、メガスフェラ属（Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ）、アトポビウム属（Ａｔｏｐｏｂｉｕｍ）、ペプトニフィラス属（Ｐｅｐｔｏｎｉｐｈｉｌｕｓ）、ダイアリスター属（Ｄｉａｌｉｓｔｅｒ）、プレボテラ属（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）、及び／又はガードネレラ属（Ｇａｒｄｎｅｒｅｌｌａ）からの細菌は、不健康な膣内微生物叢と相関する傾向があり得、なぜなら、それらが膣内不健康の他の指標を用いて女性で特定されている（高いＮｕｇｅｎｔスコア及び膣内ｐＨ）ためである。しかしながら、これらの一般論は、異なる集団において異なる場合がある。
膣内微生物叢は、思春期前、閉経前、及び閉経後の女性の間で変化し得る。例えば、思春期前の女性は、比較的低いラクトバチルスの相対存在量及び比較的高い微生物の多様性を有し得る（並びに、比較的薄い膣上皮、比較的薄い粘膜層、及び比較的低量のグリコーゲンを有し得る）。閉経前の女性は、比較的高いラクトバチルスの存在量及び比較的低い微生物の多様性を有し得る（並びに、比較的厚い膣上皮、比較的厚い粘膜層、比較的高いエストロゲンレベル、及び比較的低量のグリコーゲンを有し得る）。閉経後の女性は、中程度のラクトバチルスの相対存在量及び比較的低い若しくはより低い微生物の多様性を有し得る（並びに、比較的薄い膣上皮、比較的薄い粘膜層、比較的中程度のエストロゲンレベル、及び比較的中程度のグリコーゲンの量を有し得る）。膣感染症（例えば、細菌性膣炎）の症状を示す閉経後の女性は、より低いラクトバチルスの存在量及び比較的高い微生物の多様性を有し得る。まとめると、ラクトバチルスの相対存在量を含むか、又は他の方法で増加させる傾向にある組成物、並びに微生物多様性を低下させることを助ける組成物は有用であり得る。
少なくともいくつかの例では、本明細書に開示される組成物（例えば、膣内微生物叢組成物）は、膣内微生物叢ドナーから収集した膣内微生物叢を利用する。しかしながら、細菌培養物などの含む膣内微生物叢の他の供給源が考えられる。潜在的なドナーは同定することができ、多くのスクリーニングプロセスを受けることができる。場合によっては、潜在的ドナーは、健康歴問診票を使用してスクリーニングされてもよい。例示的な問診票は、潜在的な献血者のスクリーニングのために赤十字が使用しているものと同じであるか、又は類似してもよい。これらのいくつか及び他の例において、潜在的ドナーは、一般的感染症及び他の状態についてスクリーニングされ得る。そのようなスクリーニングとしては、血液検査、便検査、尿検査、膣スワブ検査などが挙げられ得る。そのような検査は、ＨＩＶ、肝炎（Ａ型、Ｂ型、及び／又はＣ型肝炎）、梅毒、クロストリジウム・ディフィシル（Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）、細菌性病原体、卵並びに寄生虫、及び／又はその他同種のものの存在について検査することを含み得る。これらは例に過ぎない。ドナーの健康は、血液検査を施し、便試料を分析し、尿試料を分析し、膣分泌物を分析し、健康歴を定期的に更新することによって監視することができる。膣スワブは、グラム染色並びにＮｕｇｅｎｔ採点法、白血球数、及び酵母の存在の検出を介して膣の健康状態を評価するために採取され得る。尿及び／又は膣スワブは、性感染症を検査するために採取され得る。
潜在的ドナーが提供するのに十分に健康であることが決定された後、ドナーに試料採取キット（例えば、試料自己採取キット）が提供される。試料採取キットは、ドナー説明書、配列解析用の膣ＤＮＡ／ＲＮＡ採取キット（例えば、ＤＮＡｇｅｎｅｏｔｅｋ（商標）から市販されているＯＭＮＩｇｅｎｅ膣採取キットＯＲＭ－１３０）、及び検体採取及び運搬キット（例えば、Ｃｏｐａｎ Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃｓから市販されているｅＳｗａｂ ４８０Ｃ Ｃｏｐａｎ Ｌｉｑｕｉｄ Ａｍｉｅｓ Ｅｌｕｔｉｏｎ Ｓｗａｂ Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ ａｎｄ Ｔｒａｎｓｐｏｒｔ Ｓｙｓｔｅｍ）を含み得る。ドナーは、インフォームドコンセントの書類に署名するよう求められる場合がある。各ドナーは、２つの試料を採取するように求められる場合がある。第１の試料は、配列解析に使用され得る。例えば、手洗い後、膣ＤＮＡ／ＲＮＡ採取キットからのスワブを用いて、スワブを膣内に数インチ挿入し、膣壁を約２０秒間スワビングすることによって膣検体を採取することができる。次いで、スワブを、安定化緩衝液を含む管に挿入することができ、管／検体を更に分析することができる。第２の試料は、膣微生物を培養するために使用することができる。例えば、検体採取及び運搬キットからのスワブを使用して、膣検体を採取することができる。次いで、スワブを、液体アミーズ溶液（例えば、これは好気性、嫌気性、及び培養困難な細菌を最大４８時間まで保存することができる）を含む管に挿入することができる。採取時に、ドナーは試料管及び材料をバイオハザードバッグの内部に配置し、次いで検体を提供施設に置いていく。
シーケンシング（例えば、ショットガンシーケンシング）用に試料を処理するために、第１のプロテアーゼ（例えば、ＱＩＡＧＥＮプロテアーゼ）を、滅菌ＰＣＲ認証水を使用して再水和させ、８０ｍｇ／ｍＬ溶液を生成することができる（これは、試料を１０回以上反転させることを含み得る）。試料（例えば、膣ＤＮＡ／ＲＮＡ採取キット試料）を冷蔵庫から取り出し、３０秒間ボルテックスすることができる。採取管を３回振って、試料を含有する溶液を管の底部に持っていくことができる。５マイクロリットルの再水和したプロテアーゼを、膣スワブ試料を含む採取管に添加することができる。試料を、１０回以上反転させることができる。次いで試料を、５０℃のインキュベーター内で２時間インキュベートすることができる。次いで試料を、３０秒間ボルテックスすることができる。次いで採取管を３回振って、試料を含有する溶液を管の底部に持っていくことができる。スワブを、管から取り出すことができる（これは、スワブを管の片側に押し付けて、スワブに吸収された試料を回収することを含み得る）。５００マイクロリットルの試料を、２つの２ｍＬの冷凍保存用バイアルの各々に小分けすることができ、試料を配列解析（これは、Ｓｔ．Ｐａｕｌ，ＭＮのＤｉｖｅｒｇｅｎｔ（商標）などの好適な処理／解析施設で行うことができる）の準備ができるまで、－８０℃で保存することができる。
培養用に試料を処理するために、試料（例えば、検体採取及び運搬キット試料）を嫌気性チャンバのエアロックに配置して、チャンバに導入することができる。スワブをその中に入れたままで、管を５秒間激しくボルテックスして、スワブ先端部から試料を放出させることができる。これは希釈されないか、又は１００希釈物である。次いで、スワブを取り出すことができる。試料は、１００マイクロリットルを９００マイクロリットルの滅菌生理食塩水（０．９％）を含む管に移すことによって、１０倍段階希釈を受けることができる。試料は、５秒間激しくボルテックスされてもよく、及び／又は反転によって混合されてもよい。これは、１０－１希釈物である。１００マイクロリットルの１０－１希釈物を、９００マイクロリットルの滅菌生理食塩水（０．９％）を含む新しい管に移すことができる。試料は、５秒間激しくボルテックスしてもよく、及び／又は反転によって混合されてもよい。これは、１０－２希釈物である。検体が、１０－６希釈物に希釈されるまでこのプロセスを繰り返すことができる。
三通りで、塗抹培養プレートを、ＣＤＣ嫌気性菌用５％ヒツジ血液寒天プレート、Ｄｅ Ｍａｎ，Ｒｏｇｏｓａ ａｎｄ Ｓｈａｒｐｅ（ＭＲＳ）寒天プレート、及び５０％ＭＲＳ寒天プレート上に、次の希釈管：１０－３、１０－４、１０－５から調製することができる。簡単に言うと、適切な管から１００μＬを寒天プレートの表面上に直接移し、滅菌Ｌ字型スプレッダー及びプレート回転子を使用して、プレート表面全体に塗抹することができる。プレートを、嫌気性条件下３５℃で、２４～１２０時間インキュベートすることができる。プレートを新しいコロニーの出現について、毎日チェックすることができる。プレートが乾き始めたら、それらにパラフィルムを巻く。コロニーを観察することができたら、コロニー数及び形態を記録することができる（これは、プレートのキャプチャー写真を撮影して、コロニー形態の文書による検証を支援することを含み得る）。更なる特性化のための個々のコロニーを選択し、新しいプレート上に画線塗布することができる。必要ならば、例えば、ビフィドバクテリウム属選択寒天培地（ＢＳＡ）、エンテロコッコセル寒天培地（ＥＣＡ）、セトリミド寒天培地（ＣＡ）、マンニット食塩寒天培地（ＭＳＡ）などの選択培地を利用してもよい。
場合によっては、グラム染色を利用してもよい。それを行う場合、検体は、スライドガラスに適用することができる。液体培養物を染色する場合、滅菌接種ループを使用して、培養物を塗抹として直接スライドに適用することができる。プレートからのコロニーを染色する場合、滅菌生理食塩水の液滴を、接種ループを使用してスライドの中心に適用することができ、次いで、少量の単一のコロニーを収集して、液滴に添加することができる。可能であれば、液滴と試料とを穏やかに混合して、薄い均一な塗抹物をもたらすことができる。液滴を乾燥させることができる。無水メタノールを１～２分間注ぎ、次いで、水道水で濯ぐことによって、スライドをメタノール固定することができる。固定された塗抹物に、一次染色剤（例えば、クリスタルバイオレット）を１分間注ぐことができる。水道水で穏やかに濯ぐことによって、一次染色剤を除去することができる。固定された塗抹物に、二次染色剤／モーダント（例えば、グラムヨウ素）を１分間注いで、その後、水道水で穏やかに濯ぐことができる。スライドから移動する溶媒が無色になるまで（例えば、約３～６０秒）、スライドを脱色することができ、スライドを水道水で穏やかに洗浄することができる。次いで、スライドに対比染色剤を１分間注ぐことができる（例えば、サフラニン；最初の対比染色の結果が満足のゆくものでない場合、塩基性フクシンに置き換えることができる）。スライドを水道水で洗浄し、乾燥させることができる。塗抹物を、油浸レンズ下で検査することができ、その結果／観察を記録することができる。
カタラーゼ検査を含む他の試料検査を実施することができ、カタラーゼ検査は過酸化水素を添加して、ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｉ）と連鎖球菌（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｉ）とを区別することを含み得る。実施することができる別の試料試験には、血漿凝固試験を挙げることができ、これは血漿を添加して、ブドウ球菌と連鎖球菌とを区別することを含み得る。
ラクトバチルスであると決定された単離物は、それらの抗生物質感受性プロファイルを決定するために、更に特性化され得る。これは、一晩培養したプレートからのラクトバチルスコロニーを、９０％のイソ－センシテストブロス及び１０％のＭＲＳブロスから構成されるブロス中に、懸濁液が１のマクファーランド濁度標準液と等しくなるまで懸濁させることを含み得る。次に、滅菌スワブを接種菌液中に浸漬させ、管の壁に押し付け、過剰の液体を除去することができる。スワブを寒天表面全体に対して画線塗布することができる（２回以上回転させて、均一な分布を確実にする）。過剰な水分を吸収させた後、最小阻害濃度（ＭＩＣ）試験紙を適用することができる（例えば、これは試験紙を目盛りが上を向き、試験紙のコードがその外側を向いた状態で試験紙を適用することを含み得る）。抗生物質勾配の全長が寒天表面と完全に接触している状態で、寒天の表面に試験紙を押し付けることができ、必要に応じて再配置される。プレートを反転させ、３５℃で２０～４８時間（又はより長く）インキュベートすることができる。これらの結果を解釈することができる。
単離された株は冷凍保存され、保管され得る。これは、一晩培養物に画線塗抹プレートから選択された十分に単離されたコロニーを接種することを含み得る。多くのコロニーが選択される場合、９６ウェルプレートフォーマットが使用されてもよい。好適なブロスが使用されてもよい（例えば、ラクトバチルスは、ＭＲＳを使用する傾向がある）。培養物は、嫌気性チャンバインキュベーター内で、３５℃で一晩インキュベートさせることができる。培養物が翌朝までに濁っていない場合、追加のインキュベーション時間を利用してもよい。培養物が視覚的に濁って見えるようになったら、２００～３００マイクロリットルを凍結防止剤（例えば、５０～６０マイクロリットルの５０％グリセロール）を含有する新しい９６ウェルプレートに移すことができる。グリセロールの最終濃度は１０％であり得る。９６ウェルプレートを密閉して、－８０℃の冷凍庫で保存することができる。
本明細書で示唆されるように、個々の微生物株（例えば、個々の株又は細菌の種）は、スワブから単離することができる。これは、例えば、所望の株に対して選択的な寒天培地にプレーティングすること、及びその後の単一コロニー単離物として株を「精製すること」の１つ以上のプロセスを含み得る。個々の微生物株は増殖／培養され、シーケンシング、生化学試験、コロニー形態、細胞形態、顕微鏡的な死亡率、及び異なる代表的な抗生物質に対する感受性によって種が特定され／特性評価され得る。微生物株は様々であり得る。ある場合には、微生物株は、ラクトバチルス・クリスパタス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｒｉｓｐａｔｕｓ）、ラクトバチルス・イナース（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｉｎｅｒｓ）、ラクトバチルス・ガセリ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｇａｓｓｅｒｉ）、ラクトバチルス・ジェンセニイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｊｅｎｓｅｎｉｉ）、ラクトバチルス・ロイテリ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｅｕｔｅｒｉ）、ラクトバチルス・アシドフィルス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｓ）、ラクトバチルス・ワギナリス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｖａｇｉｎａｌｉｓ）、ラクトバチルス・ラムノースス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｈａｍｎｏｓｕｓ）、ラクトバチルス・ジョンソニー（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ）、ラクトバチルス・ヘルヴェティクス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｈｅｌｖｅｔｉｃｕｓ）、ラクトバチルス・プランタルム（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｐｌａｎｔａｒｕｍ）、ラクトバチルス・ファーメンタム（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｆｅｒｍｅｎｔｕｍ）、ラクトバチルス・サルバリウス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓａｌｉｖａｒｉｕｓ）、ラクトバチルス・デルブリュッキイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｄｅｌｂｒｕｅｃｋｉｉ）、ガードネレラ・ワギナリス（Ｇａｒｄｎｅｒｅｌｌａ ｖａｇｉｎａｌｉｓ）、非ラクトバチルス細菌、アトポビウム・ワギナエ（Ａｔｏｐｏｂｉｕｍ ｖａｇｉｎａｅ）、プレボテーラ・ビビア（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｂｉｖｉａ）、これらの属の他の種、メガスフェラ属（Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ）、スネアチア属（Ｓｎｅａｔｈｉａ）、ダイアリスター属（Ｄｉａｌｉｓｔｅｒ）、ペプトニフィラス属（Ｐｅｐｔｏｎｉｐｈｉｌｕｓ）、真菌、それらの組み合わせなどのうちの１つ以上を含み得る。
膣内微生物叢組成物は、単一の単離された株又は２つ以上の単離された株の混合物を含むと考えられる。例示的な組成物は、約２０～８５％のラクトバチルス・クリスパタス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｒｉｓｐａｔｕｓ）、又は約２５～７５％のラクトバチルス・クリスパタス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｒｉｓｐａｔｕｓ）、又は約３０～６０％のラクトバチルス・クリスパタス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｒｉｓｐａｔｕｓ）、又は約４０％のラクトバチルス・クリスパタス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｒｉｓｐａｔｕｓ）を含んでもよい。これらのいくつかでは、また他の例では（例えば、上記に列挙された微生物のいずれか１つ以上に加えて、又はそれに代えて）、例示的な組成物は、約１０～５０％のラクトバチルス・イナース（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｉｎｅｒｓ）、又は約１０～４０％のラクトバチルス・イナース（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｉｎｅｒｓ）、又は約１５～３０％のラクトバチルス・イナース（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｉｎｅｒｓ）、又は約２０％のラクトバチルス・イナース（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｉｎｅｒｓ）を含んでもよい。これらのいくつかでは、また他の例では（例えば、上記に列挙された微生物のいずれか１つ以上に加えて、又はそれに代えて）、例示的な組成物は、約１～１０％のラクトバチルス・ガセリ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｇａｓｓｅｒｉ）、又は約２～８％のラクトバチルス・ガセリ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｇａｓｓｅｒｉ）、又は約５％のラクトバチルス・ガセリ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｇａｓｓｅｒｉ）を含んでもよい。これらのいくつかでは、また他の例では（例えば、上記に列挙された微生物のいずれか１つ以上に加えて、又はそれに代えて）、例示的な組成物は、約１～１０％のラクトバチルス・ジェンセニイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｊｅｎｓｅｎｉｉ）、又は約２～８％のラクトバチルス・ジェンセニイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｊｅｎｓｅｎｉｉ）、又は約５％のラクトバチルス・ジェンセニイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｊｅｎｓｅｎｉｉ）を含んでもよい。これらのいくつかでは、また他の例では（例えば、上記に列挙された微生物のいずれか１つ以上に加えて、又はそれに代えて）、例示的な組成物は、約０．１～５％のラクトバチルス・ロイテリ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｅｕｔｅｒｉ）、又は約０．５～４％のラクトバチルス・ロイテリ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｅｕｔｅｒｉ）、又は約１％のラクトバチルス・ロイテリ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｅｕｔｅｒｉ）を含んでもよい。これらのいくつかでは、また他の例では（例えば、上記に列挙された微生物のいずれか１つ以上に加えて、又はそれに代えて）、例示的な組成物は、約０．１～５％のラクトバチルス・アシドフィルス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｓ）、又は約０．５～４％のラクトバチルス・アシドフィルス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｓ）、又は約１％のラクトバチルス・アシドフィルス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｓ）を含んでもよい。これらのいくつかでは、また他の例では（例えば、上記に列挙された微生物のいずれか１つ以上に加えて、又はそれに代えて）、例示的な組成物は、約０．１～５％のラクトバチルス・ワギナリス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｖａｇｉｎａｌｉｓ）、又は約０．５～４％のラクトバチルス・ワギナリス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｖａｇｉｎａｌｉｓ）、又は約１％のラクトバチルス・ワギナリス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｖａｇｉｎａｌｉｓ）を含んでもよい。これらのいくつかでは、また他の例では（例えば、上記に列挙された微生物のいずれか１つ以上に加えて、又はそれに代えて）、例示的な組成物は、約０．１～５％のラクトバチルス・ラムノースス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｈａｍｎｏｓｕｓ）、又は約０．５～４％のラクトバチルス・ラムノースス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｈａｍｎｏｓｕｓ）、又は約１％のラクトバチルス・ラムノースス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｈａｍｎｏｓｕｓ）を含んでもよい。これらのいくつかでは、また他の例では（例えば、上記に列挙された微生物のいずれか１つ以上に加えて、又はそれに代えて）、例示的な組成物は、約０．１～５％のラクトバチルス・ジョンソニー（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ）、又は約０．５～４％のラクトバチルス・ジョンソニー（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ）、又は約１％のラクトバチルス・ジョンソニー（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ）を含んでもよい。これらのいくつかでは、また他の例では（例えば、上記に列挙された微生物のいずれか１つ以上に加えて、又はそれに代えて）、例示的な組成物は、約０．１～５％のラクトバチルス・ヘルヴェティクス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｈｅｌｖｅｔｉｃｕｓ）、又は約０．５～４％のラクトバチルス・ヘルヴェティクス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｈｅｌｖｅｔｉｃｕｓ）、又は約１％のラクトバチルス・ヘルヴェティクス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｈｅｌｖｅｔｉｃｕｓ）を含んでもよい。これらのいくつかでは、また他の例では（例えば、上記に列挙された微生物のいずれか１つ以上に加えて、又はそれに代えて）、例示的な組成物は、約０．１～５％のラクトバチルス・プランタルム（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｐｌａｎｔａｒｕｍ）、又は約０．５～４％のラクトバチルス・プランタルム（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｐｌａｎｔａｒｕｍ）、又は約１％のラクトバチルス・プランタルム（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｐｌａｎｔａｒｕｍ）を含んでもよい。これらのいくつかでは、また他の例では（例えば、上記に列挙された微生物のいずれか１つ以上に加えて、又はそれに代えて）、例示的な組成物は、約０．１～５％のラクトバチルス・ファーメンタム（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｆｅｒｍｅｎｔｕｍ）、又は約０．５～４％のラクトバチルス・ファーメンタム（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｆｅｒｍｅｎｔｕｍ）、又は約１％のラクトバチルス・ファーメンタム（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｆｅｒｍｅｎｔｕｍ）を含んでもよい。これらのいくつかでは、また他の例では（例えば、上記に列挙された微生物のいずれか１つ以上に加えて、又はそれに代えて）、例示的な組成物は、約０．１～５％のラクトバチルス・サルバリウス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓａｌｉｖａｒｉｕｓ）、又は約０．５～４％のラクトバチルス・サルバリウス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓａｌｉｖａｒｉｕｓ）、又は約１％のラクトバチルス・サルバリウス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓａｌｉｖａｒｉｕｓ）を含んでもよい。これらのいくつかでは、また他の例では（例えば、上記に列挙された微生物のいずれか１つ以上に加えて、又はそれに代えて）、例示的な組成物は、約０．１～５％のラクトバチルス・デルブリュッキイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｄｅｌｂｒｕｅｃｋｉｉ）、又は約０．５～４％のラクトバチルス・デルブリュッキイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｄｅｌｂｒｕｅｃｋｉｉ）、又は約１％のラクトバチルス・デルブリュッキイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｄｅｌｂｒｕｅｃｋｉｉ）を含んでもよい。
例示的な組成物は、約４０％のラクトバチルス・クリスパタス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｒｉｓｐａｔｕｓ）、約２０％のラクトバチルス・イナース（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｉｎｅｒｓ）、約５％のラクトバチルス・ガセリ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｇａｓｓｅｒｉ）、約５％のラクトバチルス・ジェンセニイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｊｅｎｓｅｎｉｉ）、約１％のラクトバチルス・ロイテリ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｅｕｔｅｒｉ）、約１％のラクトバチルス・アシドフィルス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｓ）、約１％のラクトバチルス・ワギナリス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｖａｇｉｎａｌｉｓ）、約１％のラクトバチルス・ラムノースス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｈａｍｎｏｓｕｓ）、約１％のラクトバチルス・ジョンソニー（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ）、約１％のラクトバチルス・ヘルヴェティクス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｈｅｌｖｅｔｉｃｕｓ）、約１％のラクトバチルス・プランタルム（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｐｌａｎｔａｒｕｍ）、約１％のラクトバチルス・ファーメンタム（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｆｅｒｍｅｎｔｕｍ）、約１％のラクトバチルス・サルバリウス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓａｌｉｖａｒｉｕｓ）、及び約１％のラクトバチルス・デルブリュッキイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｄｅｌｂｒｕｅｃｋｉｉ）を含んでもよい。
例示的な組成物は、ラクトバチルス・クリスパタス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｒｉｓｐａｔｕｓ）、ラクトバチルス・ガセリ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｇａｓｓｅｒｉ）、ラクトバチルス・ジェンセニイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｊｅｎｓｅｎｉｉ）、及びラクトバチルス・ラムノースス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｈａｍｎｏｓｕｓ）を含んでもよい。例えば、組成物は、約２０～８５％のラクトバチルス・クリスパタス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｒｉｓｐａｔｕｓ）、又は約２５～７５％のラクトバチルス・クリスパタス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｒｉｓｐａｔｕｓ）、又は約３０～６０％のラクトバチルス・クリスパタス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｒｉｓｐａｔｕｓ）、又は約４０％のラクトバチルス・クリスパタス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｒｉｓｐａｔｕｓ）を含んでもよい。組成物は、約１～１０％のラクトバチルス・ガセリ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｇａｓｓｅｒｉ）、又は約２～８％のラクトバチルス・ガセリ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｇａｓｓｅｒｉ）、又は約５％のラクトバチルス・ガセリ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｇａｓｓｅｒｉ）を含んでもよい。組成物は、約１～１０％のラクトバチルス・ジェンセニイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｊｅｎｓｅｎｉｉ）、又は約２～８％のラクトバチルス・ジェンセニイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｊｅｎｓｅｎｉｉ）、又は約５％のラクトバチルス・ジェンセニイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｊｅｎｓｅｎｉｉ）を含んでもよい。組成物は、約０．１～５％のラクトバチルス・ラムノースス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｈａｍｎｏｓｕｓ）、又は約０．５～４％のラクトバチルス・ラムノースス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｈａｍｎｏｓｕｓ）、又は約１％のラクトバチルス・ラムノースス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｈａｍｎｏｓｕｓ）を含んでもよい。場合によっては、成分の各々は、凍結乾燥されてもよい。例示的な組成物中の微生物の総数は、約１×１０５～１×１０１５ＣＦＵ、又は約１×１０６～１×１０１２ＣＦＵ、又は約１×１０７～１×１０１０ＣＦＵのオーダーであってもよい。組成物は、カプセル、座薬、可溶性シェル、及び／又はその他同種のものなどの好適な送達ビヒクル中に配置することができる。場合によっては、組成物は経口投与され得る。他の例では、組成物は局所投与され得る（例えば、カプセル、座薬、可溶性シェルなどを膣内に挿入することによって）。
例示的な組成物は、所望の特性を有するラクトバチルス・クリスパタス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｒｉｓｐａｔｕｓ）、ラクトバチルス・ガセリ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｇａｓｓｅｒｉ）、ラクトバチルス・ジェンセニイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｊｅｎｓｅｎｉｉ）、及びラクトバチルス・ラムノースス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｈａｍｎｏｓｕｓ）の株を含み得る。例えば、成分の各々の株は、ｐＨ低下活性を有し、乳酸を産生し、他のユニークな活性を有する他の微生物に対する阻害活性を有し、それらの組み合わせ、及び／又はその他同種のものを有するように選択されてもよい。
例示的な組成物は、凍結乾燥されたラクトバチルス・クリスパタス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｒｉｓｐａｔｕｓ）、凍結乾燥されたラクトバチルス・ガセリ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｇａｓｓｅｒｉ）、凍結乾燥されたラクトバチルス・ジェンセニイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｊｅｎｓｅｎｉｉ）、及び凍結乾燥されたラクトバチルス・ラムノースス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｈａｍｎｏｓｕｓ）の混合物を含み得る。成分の各々は、ドナーから単離され得る。例えば、組成物は、約２０～８５％のラクトバチルス・クリスパタス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｒｉｓｐａｔｕｓ）、又は約２５～７５％のラクトバチルス・クリスパタス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｒｉｓｐａｔｕｓ）、又は約３０～６０％のラクトバチルス・クリスパタス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｒｉｓｐａｔｕｓ）、又は約４０％のラクトバチルス・クリスパタス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｒｉｓｐａｔｕｓ）を含んでもよい。組成物は、約１～１０％のラクトバチルス・ガセリ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｇａｓｓｅｒｉ）、又は約２～８％のラクトバチルス・ガセリ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｇａｓｓｅｒｉ）、又は約５％のラクトバチルス・ガセリ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｇａｓｓｅｒｉ）を含んでもよい。組成物は、約１～１０％のラクトバチルス・ジェンセニイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｊｅｎｓｅｎｉｉ）、又は約２～８％のラクトバチルス・ジェンセニイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｊｅｎｓｅｎｉｉ）、又は約５％のラクトバチルス・ジェンセニイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｊｅｎｓｅｎｉｉ）を含んでもよい。組成物は、約０．１～５％のラクトバチルス・ラムノースス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｈａｍｎｏｓｕｓ）、又は約０．５～４％のラクトバチルス・ラムノースス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｈａｍｎｏｓｕｓ）、又は約１％のラクトバチルス・ラムノースス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｈａｍｎｏｓｕｓ）を含んでもよい。成分の各々は、ドナー検体から誘導／単離され得る。例示的な組成物中の微生物の総数は、約１×１０５～１×１０１５ＣＦＵ、又は約１×１０６～１×１０１２ＣＦＵ、又は約１×１０７～１×１０１０ＣＦＵのオーダーであってもよい。組成物は、カプセル、座薬、可溶性シェル、及び／又はその他同種のものなどの好適な送達ビヒクル中に配置することができる。場合によっては、組成物は経口投与され得る。他の例では、組成物は局所投与され得る（例えば、カプセル、座薬、可溶性シェルなどを膣内に挿入することによって）。
例示的な組成物は、凍結乾燥されたラクトバチルス・クリスパタス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｒｉｓｐａｔｕｓ）、凍結乾燥されたラクトバチルス・ガセリ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｇａｓｓｅｒｉ）、凍結乾燥されたラクトバチルス・ジェンセニイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｊｅｎｓｅｎｉｉ）、及び凍結乾燥されたラクトバチルス・ラムノースス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｈａｍｎｏｓｕｓ）の混合物を含み得る。成分の各々は、ドナーから単離され得る。例えば、組成物は、約２０～８５％のラクトバチルス・クリスパタス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｒｉｓｐａｔｕｓ）、又は約２５～７５％のラクトバチルス・クリスパタス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｒｉｓｐａｔｕｓ）、又は約３０～６０％のラクトバチルス・クリスパタス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｒｉｓｐａｔｕｓ）、又は約４０％のラクトバチルス・クリスパタス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｒｉｓｐａｔｕｓ）を含んでもよい。組成物は、約１～１０％のラクトバチルス・ガセリ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｇａｓｓｅｒｉ）、又は約２～８％のラクトバチルス・ガセリ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｇａｓｓｅｒｉ）、又は約５％のラクトバチルス・ガセリ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｇａｓｓｅｒｉ）を含んでもよい。組成物は、約１～１０％のラクトバチルス・ジェンセニイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｊｅｎｓｅｎｉｉ）、又は約２～８％のラクトバチルス・ジェンセニイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｊｅｎｓｅｎｉｉ）、又は約５％のラクトバチルス・ジェンセニイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｊｅｎｓｅｎｉｉ）を含んでもよい。組成物は、約０．１～５％のラクトバチルス・ラムノースス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｈａｍｎｏｓｕｓ）、又は約０．５～４％のラクトバチルス・ラムノースス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｈａｍｎｏｓｕｓ）、又は約１％のラクトバチルス・ラムノースス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｈａｍｎｏｓｕｓ）を含んでもよい。成分の各々は、細菌培養物から誘導され得る。例示的な組成物中の微生物の総数は、約１×１０５～１×１０１５ＣＦＵ、又は約１×１０６～１×１０１２ＣＦＵ、又は約１×１０７～１×１０１０ＣＦＵのオーダーであってもよい。組成物は、カプセル、座薬、可溶性シェル、及び／又はその他同種のものなどの好適な送達ビヒクル中に配置することができる。場合によっては、組成物は経口投与され得る。他の例では、組成物は局所投与され得る（例えば、カプセル、座薬、可溶性シェルなどを膣内に挿入することによって）。
例示的な組成物は、凍結乾燥されたラクトバチルス・クリスパタス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｒｉｓｐａｔｕｓ）、凍結乾燥されたラクトバチルス・ガセリ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｇａｓｓｅｒｉ）、凍結乾燥されたラクトバチルス・ジェンセニイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｊｅｎｓｅｎｉｉ）、及び凍結乾燥されたラクトバチルス・ラムノースス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｈａｍｎｏｓｕｓ）の混合物を含み得る。成分の各々は、ドナーから単離され得る。例えば、組成物は、約２０～８５％のラクトバチルス・クリスパタス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｒｉｓｐａｔｕｓ）、又は約２５～７５％のラクトバチルス・クリスパタス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｒｉｓｐａｔｕｓ）、又は約３０～６０％のラクトバチルス・クリスパタス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｒｉｓｐａｔｕｓ）、又は約４０％のラクトバチルス・クリスパタス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｒｉｓｐａｔｕｓ）を含んでもよい。組成物は、約１～１０％のラクトバチルス・ガセリ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｇａｓｓｅｒｉ）、又は約２～８％のラクトバチルス・ガセリ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｇａｓｓｅｒｉ）、又は約５％のラクトバチルス・ガセリ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｇａｓｓｅｒｉ）を含んでもよい。組成物は、約１～１０％のラクトバチルス・ジェンセニイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｊｅｎｓｅｎｉｉ）、又は約２～８％のラクトバチルス・ジェンセニイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｊｅｎｓｅｎｉｉ）、又は約５％のラクトバチルス・ジェンセニイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｊｅｎｓｅｎｉｉ）を含んでもよい。組成物は、約０．１～５％のラクトバチルス・ラムノースス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｈａｍｎｏｓｕｓ）、又は約０．５～４％のラクトバチルス・ラムノースス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｈａｍｎｏｓｕｓ）、又は約１％のラクトバチルス・ラムノースス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｈａｍｎｏｓｕｓ）を含んでもよい。成分のうちの１つ以上は、ドナー検体から誘導／単離されてもよく、１つ以上の成分は、細菌培養物から誘導されてもよい。例示的な組成物中の微生物の総数は、約１×１０５～１×１０１５ＣＦＵ、又は約１×１０６～１×１０１２ＣＦＵ、又は約１×１０７～１×１０１０ＣＦＵのオーダーであってもよい。組成物は、カプセル、座薬、可溶性シェル、及び／又はその他同種のものなどの好適な送達ビヒクル中に配置することができる。場合によっては、組成物は経口投与され得る。他の例では、組成物は局所投与され得る（例えば、カプセル、座薬、可溶性シェルなどを膣内に挿入することによって）。
例示的な組成物は、所望の特性を有するラクトバチルス・クリスパタス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｒｉｓｐａｔｕｓ）、ラクトバチルス・ガセリ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｇａｓｓｅｒｉ）、ラクトバチルス・ジェンセニイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｊｅｎｓｅｎｉｉ）、及びラクトバチルス・ラムノースス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｈａｍｎｏｓｕｓ）の株を含み得る。例えば、成分の各々の株は、ｐＨ低下活性を有し、乳酸を産生し、他のユニークな活性を有する他の微生物に対する阻害活性を有し、それらの組み合わせ、及び／又はその他同種のものを有するように選択されてもよい。
上に示したように、例示的な組成物中の微生物の総数は、約１×１０５～１×１０１５ＣＦＵ、又は約１×１０６～１×１０１２ＣＦＵ、又は約１×１０７～１×１０１０ＣＦＵのオーダーであってもよい。これは、単一カプセル、座薬、可溶性シェル、及び／又はその他同種のものの中の微生物の総数に相当し得る。或いは、これは組成物の好適な投与形態中の微生物の総数に相当し得る（例えば、これは１つ以上のカプセル、座薬、可溶性シェル、及び／又はその他同種のものを含み得る）。
単一のカプセル、座薬、可溶性シェル、及び／又はその他同種のものは、患者に投与され得る封入された製剤又は用量として説明することができる。これは、好適な投与レジメンを使用して患者に用量を投与することを含み得る。これは、患者に１回以上の用量を投与することを含み得る。例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０回、又はそれ以上の用量が患者に投与され得る。これらのいくつかで、また他の例では、封入された製剤は患者に１日１回以上投与されてもよい。例えば、用量は、１日１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４回、又はそれ以上にわたって投与されてもよい。これらのいくつかで、また他の例では、用量は、患者に１日１回以上投与されてもよい。例えば、用量は、患者に１、２、３、４、５、６回、又はそれ以上投与されてもよい。
１つの例示的な投与レジメンは、２用量を１日２回、２日間患者に投与することを含み得る。別の例示的な投与レジメンは、４用量を１日２回、２日間患者に投与することを含み得る。別の例示的な投与レジメンは、４用量を１日２回、４日間患者に投与することを含み得る。別の例示的な投与レジメンは、患者に対する１日１回の８日間の投与を含み得る。これらは例に過ぎない。これらの例の少なくともいくつかでは、各用量は、ラクトバチルス・クリスパタス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｒｉｓｐａｔｕｓ）、ラクトバチルス・ガセリ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｇａｓｓｅｒｉ）、ラクトバチルス・ジェンセニイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｊｅｎｓｅｎｉｉ）、及びラクトバチルス・ラムノースス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｈａｍｎｏｓｕｓ）の混合物を含む凍結乾燥された材料を含み得る。
少なくともいくつかの例では、膣内微生物叢組成物は、スネアチア属（Ｓｎｅａｔｈｉａ）、メガスフェラ属（Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ）、アトポビウム属（Ａｔｏｐｏｂｉｕｍ）、ペプトニフィラス属（Ｐｅｐｔｏｎｉｐｈｉｌｕｓ）、ダイアリスター属（Ｄｉａｌｉｓｔｅｒ）、プレボテラ属（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）、及び／又はガードネレラ属（Ｇａｒｄｎｅｒｅｌｌａ）からの細菌を含まなくてもよい。例えば、膣内微生物叢組成物は、アトポビウム属（Ａｔｏｐｏｂｉｕｍ）、ガードネレラ属（Ｇａｒｄｎｅｒｅｌｌａ）、及びプレボテラ属（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）からの細菌を含まなくてもよい。
本明細書に開示される膣内微生物叢組成物は、多数の異なる健康状態を治療するために使用することができる。例えば、膣内微生物叢組成物は、細菌性膣炎を治療し、カンジダ症感染症を治療し、ヒトパピローマウイルス感染症を治療し、尿路感染症を治療し、性感染症を治療し、婦人科癌（例えば、子宮頸癌）を治療し、早産を低減及び／又は予防し、流産を低減及び／又は予防し、不妊症を治療し、間質性膀胱炎を治療し、多嚢胞性卵巣症候群を治療するためなどに使用することができる。
膣内微生物叢組成物はまた、１つ以上の追加の微生物（例えば、ドナーから採取及び単離されたものなど）と組み合わされるか、又は混合された広範囲の膣内微生物叢の組み合わせを含むと考えられる。本開示の目的のために、広範囲の膣内微生物叢は、代表的な女性の膣内に存在する微生物の集合体であると理解することができる。広範囲の膣内微生物叢は、試料中の任意の特定の微生物の存在又は非存在を変更するように、意図的に操作されておらず、代わりに試料中の生物の全集団を代表するように意図されている。膣内微生物叢の構成は、人それぞれ異なり得る。このために、広範囲の膣内微生物叢には違いがあり得る。場合によっては、膣内微生物叢組成物は、ラクトバチルス・クリスパタス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｒｉｓｐａｔｕｓ）、ラクトバチルス・イナース（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｉｎｅｒｓ）、ラクトバチルス・ガセリ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｇａｓｓｅｒｉ）、ラクトバチルス・ジェンセニイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｊｅｎｓｅｎｉｉ）、ラクトバチルス・ロイテリ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｅｕｔｅｒｉ）、ラクトバチルス・アシドフィルス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｓ）、ラクトバチルス・ワギナリス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｖａｇｉｎａｌｉｓ）、ラクトバチルス・ラムノースス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｈａｍｎｏｓｕｓ）、ラクトバチルス・ジョンソニー（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ）、ラクトバチルス・ヘルヴェティクス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｈｅｌｖｅｔｉｃｕｓ）、ラクトバチルス・プランタルム（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｐｌａｎｔａｒｕｍ）、ラクトバチルス・ファーメンタム（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｆｅｒｍｅｎｔｕｍ）、ラクトバチルス・サルバリウス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓａｌｉｖａｒｉｕｓ）、ラクトバチルス・デルブリュッキイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｄｅｌｂｒｕｅｃｋｉｉ）のうちの１つ以上と組み合わされ、混合され、又はこれらが添加されている広範囲の膣内微生物叢を含むと考えられる。少なくともいくつかの例では、広範囲の膣内微生物叢及び追加の微生物の両方が、膣内微生物叢ドナーから供給される。
細菌／微生物は、経口送達又は局所送達用にカプセル、座薬、可溶性シェル、及び／又はその他同種のものなどの好適な容器内に配置され得る。場合によっては、シミュレートされた膣液を膣内微生物叢組成物に組み込んでもよい。これらのいくつかで、また他の例では、膣内微生物叢組成物は、グリコーゲンを含み得る。容器／座薬内に含まれる総容量は、約１００マイクロリットル～約１０ミリリットルのオーダーであり得る。
少なくともいくつかの例では、膣内微生物叢組成物中の細菌／微生物は、凍結乾燥された細菌／微生物を含んでもよい。これは、細菌／微生物が凍結乾燥される凍結乾燥プロセスを含み得る。細菌／微生物、及び／又は凍結乾燥された細菌／微生物は、経口送達又は局所送達用にカプセル、座薬、可溶性シェル、及び／又はその他同種のものなどの好適な容器内に配置され得る。
患者の治療は、膣内微生物叢組成物の患者への投与を含み得る。治療の１つの目的は、患者の膣内微生物叢を膣内微生物叢組成物で効果的に置き換えることによって、患者の膣内微生物叢を正常化することであり得る。これには、膣内微生物叢組成物を、移植、座薬、又は投与の別の好適な経路によって患者の膣に直接投与することを含み得る。
少なくともいくつかの例では、複数の膣内微生物叢組成物は、好適な保存装置／設備内において保存又はバンクされ得る。保存装置は、冷蔵装置（例えば、４℃冷蔵装置）、冷凍庫（例えば、－２０℃冷凍庫）、超低温冷凍庫（例えば、－８０℃冷凍庫）、又はその他同種のものなどの温度制御装置を含み得る。いくつかの例では、インデックスシステムはまた、膣内微生物叢組成物バンクに連結しているか、又は他の方法で関連付けることができる。インデックスシステムは、所与のドナーからの膣内微生物叢組成物を、好適な患者と一致させるために使用することができるドナーデータなどのデータを含み得る。ドナーデータは、採取時の年齢、採取時の生殖状態（非閉経、閉経）、人種、採取時の月経期、細菌性膣炎の既往歴、カンジダ症感染症の既往歴、ヒトパピローマウイルスの既往歴、他の病歴（例えば、クロストリジウム・ディフィシル（Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）感染症の既往歴、癌の診断歴／治療歴など）、それらの組み合わせ、及び／又はその他同種のものなどを含み得る。臨床医は、ドナーデータを利用して、特定の患者に対する治療レジメンを調整することができる。例えば、細菌性膣炎を有する患者は、細菌性膣炎の改善を成功したことがあるドナーに由来する膣内微生物叢組成物で治療され得る。
場合によっては、ドナーデータは妊娠歴を含み得る。例えば、一部のドナーは、妊娠を求めるか又は他の方法で、実際若しくは認知された受精能の上昇を有するときに、妊娠する可能性が高いという経験を有する場合がある。そのようなドナーからの微生物を含む膣内微生物叢組成物は、患者の受精能を増加又は高めようとして、不妊治療の課題を経験している患者に投与されてもよい。そのような場合、膣内微生物叢組成物は、経口カプセルとして投与され得る。或いは、膣内微生物叢組成物は、移植片として投与され、及び／又は他の方法で患者の膣内に直接挿入されてもよい。
米国特許第９，６７５，６４８号明細書は、参照により本明細書に組み込まれる。
米国特許第９，６２９，８８１号明細書は、参照により本明細書に組み込まれる。
米国特許第１０，２２６，４３１号明細書は、参照により本明細書に組み込まれる。
米国特許出願公開第２０１８／０２８９７５０号明細書は、参照により本明細書に組み込まれる。
本開示は、以下の実施例を参照することによって更に明確にすることができ、これらの実施例は、本質的に予測的であり、いくつかの実施例を例証するために機能し、本開示を多少なりとも限定するものではない。
実施例１
膣内微生物叢組成物を製造することができる。膣内微生物叢組成物は、約４０％のラクトバチルス・クリスパタス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｒｉｓｐａｔｕｓ）、約２０％のラクトバチルス・イナース（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｉｎｅｒｓ）、約５％のラクトバチルス・ガセリ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｇａｓｓｅｒｉ）、約５％のラクトバチルス・ジェンセニイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｊｅｎｓｅｎｉｉ）、約１％のラクトバチルス・ロイテリ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｅｕｔｅｒｉ）、約１％のラクトバチルス・アシドフィルス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｓ）、約１％のラクトバチルス・ワギナリス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｖａｇｉｎａｌｉｓ）、約１％のラクトバチルス・ラムノースス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｈａｍｎｏｓｕｓ）、約１％のラクトバチルス・ジョンソニー（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ）、約１％のラクトバチルス・ヘルヴェティクス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｈｅｌｖｅｔｉｃｕｓ）、約１％のラクトバチルス・プランタルム（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｐｌａｎｔａｒｕｍ）、約１％のラクトバチルス・ファーメンタム（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｆｅｒｍｅｎｔｕｍ）、約１％のラクトバチルス・サルバリウス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓａｌｉｖａｒｉｕｓ）、及び約１％のラクトバチルス・デルブリュッキイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｄｅｌｂｒｕｅｃｋｉｉ）を含む細菌の混合物を含む。
膣内微生物叢組成物を製造することができる。膣内微生物叢組成物は、約４０％のラクトバチルス・クリスパタス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｒｉｓｐａｔｕｓ）、約２０％のラクトバチルス・イナース（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｉｎｅｒｓ）、約５％のラクトバチルス・ガセリ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｇａｓｓｅｒｉ）、約５％のラクトバチルス・ジェンセニイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｊｅｎｓｅｎｉｉ）、約１％のラクトバチルス・ロイテリ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｅｕｔｅｒｉ）、約１％のラクトバチルス・アシドフィルス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｓ）、約１％のラクトバチルス・ワギナリス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｖａｇｉｎａｌｉｓ）、約１％のラクトバチルス・ラムノースス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｈａｍｎｏｓｕｓ）、約１％のラクトバチルス・ジョンソニー（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ）、約１％のラクトバチルス・ヘルヴェティクス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｈｅｌｖｅｔｉｃｕｓ）、約１％のラクトバチルス・プランタルム（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｐｌａｎｔａｒｕｍ）、約１％のラクトバチルス・ファーメンタム（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｆｅｒｍｅｎｔｕｍ）、約１％のラクトバチルス・サルバリウス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓａｌｉｖａｒｉｕｓ）、及び約１％のラクトバチルス・デルブリュッキイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｄｅｌｂｒｕｅｃｋｉｉ）を含む細菌の混合物を含む。
細菌の混合物は、座薬中に配置することができる。座薬中に含まれる総容量（例えば、細菌の混合物を含む材料の用量）は、約１００マイクロリットル～約１０ミリリットルのオーダーであり得る。
この座薬は患者に投与することができる。例えば、座薬は、細菌性膣炎、カンジダ症感染症、ヒトパピローマウイルス感染症、尿路感染症、性感染症、及び婦人科癌のうちの１つ以上を治療するために患者に投与することができる。
この座薬は、患者に投与することができる。例えば、座薬は、早産を予防し、流産を予防し、不妊症を治療し、間質性膀胱を治療し、多嚢胞性卵巣症候群を治療し、及び／又はこれらの組み合わせを行うために患者に投与することができる。
実施例２－膣内微生物叢組成物に使用するための例示的なラクトバチルス・ジェンセニイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｊｅｎｓｅｎｉｉ）株
株８００１－Ｄ０１－Ｍ００６と表記されるラクトバチルス・ジェンセニイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｊｅｎｓｅｎｉｉ）株を、ドネーション（例えば、本明細書に記載されるように寄贈された）中に寄託されたドナーの検体から単離した。ドナーは、膣スワブ及び尿検体を寄贈することによって資格を得て、これらはグラム染色及びＮｕｇｅｎｔスコア化（ＧＲＡＭ）のためにＦａｉｒｖｉｅｗ Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃｓ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙに送られ、次のＳＴＩ：膣トリコモナス（Ｔｒｉｃｈｏｍｏｎａｓ ｖａｇｉｎａｌｉｓ）（ＴＶＰＣＲ）、淋菌（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ）（ＧＣＰＣＲ）、クラミジア・トラコマチス（Ｃｈｌａｍｙｄｉａ ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ）（ＣＨＰＣＲ）について検査した。
株８００１－Ｄ０１－Ｍ００６と表記されるラクトバチルス・ジェンセニイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｊｅｎｓｅｎｉｉ）株を、ドネーション（例えば、本明細書に記載されるように寄贈された）中に寄託されたドナーの検体から単離した。ドナーは、膣スワブ及び尿検体を寄贈することによって資格を得て、これらはグラム染色及びＮｕｇｅｎｔスコア化（ＧＲＡＭ）のためにＦａｉｒｖｉｅｗ Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃｓ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙに送られ、次のＳＴＩ：膣トリコモナス（Ｔｒｉｃｈｏｍｏｎａｓ ｖａｇｉｎａｌｉｓ）（ＴＶＰＣＲ）、淋菌（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ）（ＧＣＰＣＲ）、クラミジア・トラコマチス（Ｃｈｌａｍｙｄｉａ ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ）（ＣＨＰＣＲ）について検査した。
８００１－Ｄ０１－Ｍ００６のワーキングセルストックの調整中には、培養細胞密度を設定することは対象にされなかったが、以前に調整された画線塗布プレートから単一ウェル単離コロニーを選択することによって、一晩培養を開始した。この一晩培養物を、翌朝に新鮮なブロスに１：５に希釈し、少なくとも４時間増殖させて、その後培養物をグリセロールと組み合わせて、１０％のグリセロールストックを調整した。一般に、この方法でのグリセロールストックの調整は、約１×１０９ＣＦＵ／ｍｌの細胞密度を有するストックをもたらしている。
ＯｍｎｉＧｅｎｅ及びＥＳｗａｂ膣スワブ検体（８００１－Ｄ０１）を、メタゲノミクスシーケンシング（ＯｍｎｉＧｅｎｅ）、及び培養並びにｑＰＣＲアイデンティティ検査（ＥＳｗａｂ）用に提供した。培養並びにｑＰＣＲアイデンティティ検査用のＥＳｗａｂ検体８００１－Ｄ０１を、嫌気性チャンバに導入した。Ｅｓｗａｂ検体を簡単にボルテックスし、その後５０μＬの試料を取り出した。試料アリコートを、遠心分離によりペレット化した。ペレットからＤＮＡを抽出し、試料をｑＰＣＲによって評価し、ラクトバチルス種のアイデンティティを決定した。
追加の１００μＬのサンプルを、元のＥｓｗａｂ検体から取り出した。このアリコートを１０倍段階希釈し、次いで１０－３、１０－４、１０－５希釈物からの１００μＬを、ＭＲＳ寒天上で塗抹プレーティングし、次いで３５℃で２４～７２時間インキュベートした。
推定に基づくラクトバチルス属を、コロニー形態及びグラム染色によって寒天プレート上で同定した。推定に基づくラクトバチルスコロニー形態と一致するコロニー形態を有する個々のコロニーを、滅菌トゥースピックを使用して拾い上げ、次いで新鮮なＭＲＳ寒天、ＬＡＭＶＡＢ寒天（ラクトバチルス属に選択的な培地）上に置き、その後９６深型ウェルプレートのウェル中のＭＲＳブロスに接種した。ＭＲＳブロス中で増殖させたラクトバチルス属を含有する９６深型ウェルプレートを、２４時間インキュベートした。パッチプレートを、３５℃で２４～７２時間インキュベートした。
株８００１－Ｄ０１－Ｍ００６を、元のＭＲＳ寒天希釈プレートのうちの１つから拾い上げ、ＭＲＳ寒天パッチプレート上のグリッドスポット＃６、ＬＡＭＶＡＢプレート上のグリッドスポット＃６上に広げ、ウェルＦ７中のＭＲＳブロスに接種した。９６深型ウェルプレートのウェルＦ７で増殖する株８００１－Ｄ０１－Ｍ００６のブロス培養物を、９６ウェルＰＣＲプレートのウェルＦ７、及び２つの９６ウェルマイクロタイタープレートのウェルＦ７（ウェル中に５０％のグリセロールを含有し、それにより８００１－Ｄ０１－Ｍ００６培養物の添加時に、最終グリセロール濃度は１０％であった）に移した。９６ウェルＰＣＲプレートに小分けした培養物をペレット化し、ＤＮＡを抽出し、試料をｑＰＣＲによって試験して、ラクトバチルス種のアイデンティティを決定した（可能な場合）。株８００１－Ｄ０１－Ｍ００６は、ｑＰＣＲによってラクトバチルス・ジェンセニイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｊｅｎｓｅｎｉｉ）であると決定された。培養物及び１０％のグリセロールを含有する２×９６ウェルマイクロタイタープレート（凍結保存プレート）を粘着ホイルシールで密封し、次いで－７０℃以下で凍結保存した。
株８００１－Ｄ０１－Ｍ００６を、凍結した９６ウェルマイクロタイタープレートから増殖及び特性評価のために回収した。培養物及び１０％のグリセロールを含有する１つの９６ウェルマイクロタイタープレートを、嫌気性チャンバに導入し、室温で１時間解凍した。ウェルＦ７中の培養物をピペッティングにより穏やかに混合し、次いでＭＲＳ寒天上で単離するために画線塗抹した。プレートを３５℃で２４～７２時間インキュベートした。
単一ウェル単離コロニーを画線塗抹プレートから選択し、予め減量したＭＲＳブロス中の一晩培養物を接種するために使用した（３５℃で１８～２４時間）。翌日、一晩培養物を新鮮なＭＲＳブロス中に希釈し、約４時間インキュベートさせて、その後５０％のグリセロールと合わせ（１０％のグリセロールの最終濃度）、冷凍保存バイアルに小分けし（バイアル当たり１ミリリットル）、－７０℃以下で冷凍保存した。
株８００１－Ｄ０１－Ｍ００６を単離し、予め減量したＭＲＳ寒天及びブロスを使用して繁殖させた。使用した培地のロットを、Ｐ２４９－０１検体培養ワークシート上に検体８００１－Ｄ０１について記録する。ＭＲＳブロス及びＭＲＳ寒天の各ロットについての完成した培地調製物ワークシートをＰ２４９バインダーに保管する。簡単に言うと、ＭＲＳ寒天及びＭＲＳブロス増殖培地を、以下の成分を含有する（グラム重量／リットル）Ｈａｒｄｙ ＤｉａｇｎｏｓｔｉｃのＣｒｉｔｅｒｉｏｎ（商標）ラクトバチルス属ＭＲＳブロスを使用して自主調製した：デキストロース（２０．０ｇ）、動物組織のペプシン消化物（１０．０ｇ）、牛肉エキス（１０．０ｇ）、酵母エキス（５．０ｇ）、酢酸ナトリウム（５．０ｇ）、リン酸二ナトリウム（２．０ｇ）、クエン酸アンモニウム（２．０ｇ）、Ｔｗｅｅｎ ８０（１．０ｇ）、硫酸マグネシウム（０．１ｇ）、及び硫酸マンガン（０．０５ｇ）。ＭＲＳ寒天プレートは、同じＣｒｉｔｅｒｉｏｎ（商標）ラクトバチルス属ＭＲＳブロスを基剤として使用し、１５ｇ／ＬのＢＤ Ｄｉｆｃｏ寒天を含む。ＭＲＳブロス及び寒天はまた、０．５ｇ／ＬのＬ－システインを含有する。
この株８００１－Ｄ０１－Ｍ００６は、ｑＰＣＲ及びＳｔｒａｉｎｖｉｅｗシーケンシングによって同定された。ｑＰＣＲ法は、未知の単離物から生成されたアンプリコンについての解離曲線プロファイルを既知の陽性対照株のものと比較することによって、ラクトバチルス属及び７つの異なるラクトバチルス種（ラクトバチルス・クリスパタス（Ｌ．ｃｒｉｓｐａｔｕｓ）、ラクトバチルス・ガセリ（Ｌ．ｇａｓｓｅｒｉ）、ラクトバチルス・ジェンセニイ（Ｌ．ｊｅｎｓｅｎｉｉ）、ラクトバチルス・イナース（Ｌ．ｉｎｅｒｓ）、ラクトバチルス・アシドフィルス（Ｌ．ａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｓ）、ラクトバチルス・デルブリュッキイ（Ｌ．ｄｅｌｂｒｕｅｃｋｉｉ）、及びラクトバチルス・ヘルヴェティクス（Ｌ．ｈｅｌｖｅｔｉｃｕｓ））を検出する。Ｓｔｒａｉｎｖｉｅｗシーケンシングは、Ｄｉｖｅｒｓｉｇｅｎによって実施された。株は、Ｓｔｒａｉｎｖｉｅｗパイプラインを使用して分析される場合、抗生物質耐性遺伝子を含有せず、且つ病原性遺伝子を含有しないことが見出された。
株８００１－Ｄ０１－Ｍ００６は、膣内微生物叢組成物に利用することができる好適なラクトバチルス・ジェンセニイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｊｅｎｓｅｎｉｉ）株の一例であり得る。
実施例３－膣内微生物叢組成物に使用するための例示的なラクトバチルス・ガセリ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｇａｓｓｅｒｉ）株
株８０１８－ＩＮ－Ｍ００１と表記されるラクトバチルス・ガセリ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｇａｓｓｅｒｉ）株を、ドネーション（例えば、本明細書に記載されるように寄贈された）中に寄託されたドナーの検体から単離した。ドナーは、膣スワブ及び尿検体を寄贈することによって資格を得て、これらはグラム染色及びＮｕｇｅｎｔスコア化（ＧＲＡＭ）のためにＦａｉｒｖｉｅｗ Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃｓ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙに送られ、次のＳＴＩ：膣トリコモナス（Ｔｒｉｃｈｏｍｏｎａｓ ｖａｇｉｎａｌｉｓ）（ＴＶＰＣＲ）、淋菌（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ）（ＧＣＰＣＲ）、クラミジア・トラコマチス（Ｃｈｌａｍｙｄｉａ ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ）（ＣＨＰＣＲ）について検査した。
株８０１８－ＩＮ－Ｍ００１と表記されるラクトバチルス・ガセリ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｇａｓｓｅｒｉ）株を、ドネーション（例えば、本明細書に記載されるように寄贈された）中に寄託されたドナーの検体から単離した。ドナーは、膣スワブ及び尿検体を寄贈することによって資格を得て、これらはグラム染色及びＮｕｇｅｎｔスコア化（ＧＲＡＭ）のためにＦａｉｒｖｉｅｗ Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃｓ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙに送られ、次のＳＴＩ：膣トリコモナス（Ｔｒｉｃｈｏｍｏｎａｓ ｖａｇｉｎａｌｉｓ）（ＴＶＰＣＲ）、淋菌（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ）（ＧＣＰＣＲ）、クラミジア・トラコマチス（Ｃｈｌａｍｙｄｉａ ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ）（ＣＨＰＣＲ）について検査した。
８０１８－ＩＮ－Ｍ００１のワーキングセルストックの調整中には、培養細胞密度を設定することは対象にされなかったが、以前に調整された画線塗布プレートから単一ウェル単離コロニーを選択することによって、一晩培養を開始した。この一晩培養物を、翌朝に新鮮なブロスに１：５に希釈し、少なくとも４時間増殖させて、その後培養物をグリセロールと組み合わせて、１０％のグリセロールストックを調整した。一般に、この方法でのグリセロールストックの調整は、約１×１０８～７×１０８ＣＦＵ／ｍｌの細胞密度を有するストックをもたらしている。
ＯｍｎｉＧｅｎｅ及びＥＳｗａｂ膣スワブ検体（８０１８－ＩＮ）を、メタゲノミクスシーケンシング（ＯｍｎｉＧｅｎｅ）、及び培養並びにｑＰＣＲアイデンティティ検査（ＥＳｗａｂ）用に提供した。培養並びにｑＰＣＲアイデンティティ検査用のＥＳｗａｂ検体８０１８－ＩＮを、嫌気性チャンバに導入した。Ｅｓｗａｂ検体を簡単にボルテックスし、その後５０μＬの試料を取り出した。試料アリコートを、遠心分離によりペレット化した。ペレットからＤＮＡを抽出し、試料をｑＰＣＲによって評価し、ラクトバチルス種のアイデンティティを決定した。
追加の１００μＬのサンプルを、元のＥｓｗａｂ検体から取り出した。このアリコートを１０倍段階希釈し、次いで１０－３、１０－４、１０－５希釈物からの１００μＬを、ＭＲＳ寒天上で塗抹プレーティングし、次いで３５℃で２４～７２時間インキュベートした。
推定に基づくラクトバチルス属を、コロニー形態及びグラム染色によって寒天プレート上で同定した。推定に基づくラクトバチルスコロニー形態と一致するコロニー形態を有する個々のコロニーを、滅菌トゥースピックを使用して拾い上げ、次いで新鮮なＭＲＳ寒天、ＬＡＭＶＡＢ寒天（ラクトバチルス属に選択的な培地）上に置き、その後９６深型ウェルプレートのウェル中のＭＲＳブロスに接種した。ＭＲＳブロス中で増殖させたラクトバチルス属を含有する９６深型ウェルプレートを、２４時間インキュベートした。パッチプレートを、３５℃で２４～７２時間インキュベートした。
株８０１８－ＩＮ－Ｍ００１を、元のＭＲＳ寒天希釈プレートのうちの１つから拾い上げ、ＭＲＳ寒天パッチプレート上のグリッドスポット＃１、ＬＡＭＶＡＢプレート上のグリッドスポット＃１上に広げ、ウェルＡ７中のＭＲＳブロスに接種した。９６深型ウェルプレートのウェルＡ７で増殖する株８０１８－ＩＮ－Ｍ００１のブロス培養物を、９６ウェルＰＣＲプレートのウェルＡ７、及び２つの９６ウェルマイクロタイタープレートのウェルＡ７（ウェル中に５０％のグリセロールを含有し、それにより８０１８－ＩＮ－Ｍ００１培養物の添加時に、最終グリセロール濃度は１０％であった）に移した。９６ウェルＰＣＲプレートに小分けした培養物をペレット化し、ＤＮＡを抽出し、試料をｑＰＣＲによって試験して、ラクトバチルス種のアイデンティティを決定した（可能な場合）。株８０１８－ＩＮ－Ｍ００１は、ｑＰＣＲによってラクトバチルス・ガセリ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｇａｓｓｅｒｉ）であると決定された。培養物及び１０％のグリセロールを含有する２×９６ウェルマイクロタイタープレート（凍結保存プレート）を粘着ホイルシールで密封し、次いで－７０℃以下で凍結保存した。
株８０１８－ＩＮ－Ｍ００１を、凍結した９６ウェルマイクロタイタープレートから増殖及び特性評価のために回収した。培養物及び１０％のグリセロールを含有する１つの９６ウェルマイクロタイタープレートを、嫌気性チャンバに導入し、室温で１時間解凍した。ウェルＡ７中の培養物をピペッティングにより穏やかに混合し、次いでＭＲＳ寒天上で単離するために画線塗抹した。プレートを３５℃で２４～７２時間インキュベートした。
単一ウェル単離コロニーを画線塗抹プレートから選択し、予め減量したＭＲＳブロス中の一晩培養物を接種するために使用した（３５℃で１８～２４時間）。翌日、一晩培養物を新鮮なＭＲＳブロス中に希釈し、約４時間インキュベートさせて、その後５０％のグリセロールと合わせ（１０％のグリセロールの最終濃度）、冷凍保存バイアルに小分けし（バイアル当たり１ミリリットル）、－７０℃以下で冷凍保存した。
株８０１８－ＩＮ－Ｍ００１を単離し、予め減量したＭＲＳ寒天及びブロスを使用して繁殖させた。使用した培地のロットを、Ｐ２４９－０１検体培養ワークシート上に検体８０１８－ＩＮについて記録する。ＭＲＳブロス及びＭＲＳ寒天の各ロットについての完成した培地調製物ワークシートをＰ２４９バインダーに保管する。簡単に言うと、ＭＲＳ寒天及びＭＲＳブロス増殖培地を、以下の成分を含有する（グラム重量／リットル）Ｈａｒｄｙ ＤｉａｇｎｏｓｔｉｃのＣｒｉｔｅｒｉｏｎ（商標）ラクトバチルス属ＭＲＳブロスを使用して自主調製した：デキストロース（２０．０ｇ）、動物組織のペプシン消化物（１０．０ｇ）、牛肉エキス（１０．０ｇ）、酵母エキス（５．０ｇ）、酢酸ナトリウム（５．０ｇ）、リン酸二ナトリウム（２．０ｇ）、クエン酸アンモニウム（２．０ｇ）、Ｔｗｅｅｎ ８０（１．０ｇ）、硫酸マグネシウム（０．１ｇ）、及び硫酸マンガン（０．０５ｇ）。ＭＲＳ寒天プレートは、同じＣｒｉｔｅｒｉｏｎ（商標）ラクトバチルス属ＭＲＳブロスを基剤として使用し、１５ｇ／ＬのＢＤ Ｄｉｆｃｏ寒天を含む。ＭＲＳブロス及び寒天はまた、０．５ｇ／ＬのＬ－システインを含有する。
この株８０１８－ＩＮ－Ｍ００１は、ｑＰＣＲ及びＳｔｒａｉｎｖｉｅｗシーケンシングによって同定された。ｑＰＣＲ法は、未知の単離物から生成されたアンプリコンについての解離曲線プロファイルを既知の陽性対照株のものと比較することによって、ラクトバチルス属及び７つの異なるラクトバチルス種（ラクトバチルス・クリスパタス（Ｌ．ｃｒｉｓｐａｔｕｓ）、ラクトバチルス・ガセリ（Ｌ．ｇａｓｓｅｒｉ）、ラクトバチルス・ジェンセニイ（Ｌ．ｊｅｎｓｅｎｉｉ）、ラクトバチルス・イナース（Ｌ．ｉｎｅｒｓ）、ラクトバチルス・アシドフィルス（Ｌ．ａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｓ）、ラクトバチルス・デルブリュッキイ（Ｌ．ｄｅｌｂｒｕｅｃｋｉｉ）、及びラクトバチルス・ヘルヴェティクス（Ｌ．ｈｅｌｖｅｔｉｃｕｓ））を検出する。Ｓｔｒａｉｎｖｉｅｗシーケンシングは、Ｄｉｖｅｒｓｉｇｅｎによって実施された。株は、Ｓｔｒａｉｎｖｉｅｗパイプラインを使用して分析される場合、抗生物質耐性遺伝子を含有せず、且つ病原性遺伝子を含有しないことが見出された。
株８０１８－ＩＮ－Ｍ００１は、膣内微生物叢組成物に利用することができる好適なラクトバチルス・ガセリ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｇａｓｓｅｒｉ）株の一例であり得る。
実施例４－膣内微生物叢組成物に使用するための例示的なラクトバチルス・クリスパタス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｒｉｓｐａｔｕｓ）株
株８００１－Ｄ０１－Ｍ００４と表記されるラクトバチルス・クリスパタス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｒｉｓｐａｔｕｓ）株を、ドネーション（例えば、本明細書に記載されるように寄贈された）中に寄託されたドナーの検体から単離した。ドナーは、膣スワブ及び尿検体を寄贈することによって資格を得て、これらはグラム染色及びＮｕｇｅｎｔスコア化（ＧＲＡＭ）のためにＦａｉｒｖｉｅｗ Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃｓ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙに送られ、次のＳＴＩ：膣トリコモナス（Ｔｒｉｃｈｏｍｏｎａｓ ｖａｇｉｎａｌｉｓ）（ＴＶＰＣＲ）、淋菌（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ）（ＧＣＰＣＲ）、クラミジア・トラコマチス（Ｃｈｌａｍｙｄｉａ ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ）（ＣＨＰＣＲ）について検査した。
株８００１－Ｄ０１－Ｍ００４と表記されるラクトバチルス・クリスパタス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｒｉｓｐａｔｕｓ）株を、ドネーション（例えば、本明細書に記載されるように寄贈された）中に寄託されたドナーの検体から単離した。ドナーは、膣スワブ及び尿検体を寄贈することによって資格を得て、これらはグラム染色及びＮｕｇｅｎｔスコア化（ＧＲＡＭ）のためにＦａｉｒｖｉｅｗ Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃｓ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙに送られ、次のＳＴＩ：膣トリコモナス（Ｔｒｉｃｈｏｍｏｎａｓ ｖａｇｉｎａｌｉｓ）（ＴＶＰＣＲ）、淋菌（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ）（ＧＣＰＣＲ）、クラミジア・トラコマチス（Ｃｈｌａｍｙｄｉａ ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ）（ＣＨＰＣＲ）について検査した。
８００１－Ｄ０１－Ｍ００４のワーキングセルストックの調整中には、培養細胞密度を設定することは対象にされなかったが、以前に調整された画線塗布プレートから単一ウェル単離コロニーを選択することによって、一晩培養を開始した。この一晩培養物を、翌朝に新鮮なブロスに１：５に希釈し、少なくとも４時間増殖させて、その後培養物をグリセロールと組み合わせて、１０％のグリセロールストックを調整した。一般に、この方法でのグリセロールストックの調整は、約１×１０７～１×１０９ＣＦＵ／ｍｌの細胞密度を有するストックをもたらしている。
ＯｍｎｉＧｅｎｅ及びＥＳｗａｂ膣スワブ検体（８００１－Ｄ０１）を、メタゲノミクスシーケンシング（ＯｍｎｉＧｅｎｅ）、及び培養並びにｑＰＣＲアイデンティティ検査（ＥＳｗａｂ）用に提供した。培養並びにｑＰＣＲアイデンティティ検査用のＥＳｗａｂ検体８００１－Ｄ０１を、嫌気性チャンバに導入した。Ｅｓｗａｂ検体を簡単にボルテックスし、その後５０μＬの試料を取り出した。試料アリコートを、遠心分離によりペレット化した。ペレットからＤＮＡを抽出し、試料をｑＰＣＲによって評価し、ラクトバチルス種のアイデンティティを決定した。
追加の１００μＬのサンプルを、元のＥｓｗａｂ検体から取り出した。このアリコートを１０倍段階希釈し、次いで１０－３、１０－４、１０－５希釈物からの１００μＬを、ＭＲＳ寒天上で塗抹プレーティングし、次いで３５℃で２４～７２時間インキュベートした。
推定に基づくラクトバチルス属を、コロニー形態及びグラム染色によって寒天プレート上で同定した。推定に基づくラクトバチルスコロニー形態と一致するコロニー形態を有する個々のコロニーを、滅菌トゥースピックを使用して拾い上げ、次いで新鮮なＭＲＳ寒天、ＬＡＭＶＡＢ寒天（ラクトバチルス属に選択的な培地）上に置き、その後９６深型ウェルプレートのウェル中のＭＲＳブロスに接種した。ＭＲＳブロス中で増殖させたラクトバチルス属を含有する９６深型ウェルプレートを、２４時間インキュベートした。パッチプレートを、３５℃で２４～７２時間インキュベートした。
株８００１－Ｄ０１－Ｍ００４を、元のＭＲＳ寒天希釈プレートのうちの１つから拾い上げ、ＭＲＳ寒天パッチプレート上のグリッドスポット＃４、ＬＡＭＶＡＢプレート上のグリッドスポット＃４上に広げ、ウェルＤ７中のＭＲＳブロスに接種した。９６深型ウェルプレートのウェルＤ７で増殖する株８００１－Ｄ０１－Ｍ００４のブロス培養物を、９６ウェルＰＣＲプレートのウェルＤ７、及び２つの９６ウェルマイクロタイタープレートのウェルＤ７（ウェル中に５０％のグリセロールを含有し、それにより８００１－Ｄ０１－Ｍ００４培養物の添加時に、最終グリセロール濃度は１０％であった）に移した。９６ウェルＰＣＲプレートに小分けした培養物をペレット化し、ＤＮＡを抽出し、試料をｑＰＣＲによって試験して、ラクトバチルス種のアイデンティティを決定した（可能な場合）。株８００１－Ｄ０１－Ｍ００４は、ｑＰＣＲによってラクトバチルス・クリスパタス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｒｉｓｐａｔｕｓ）であると決定された。培養物及び１０％のグリセロールを含有する２×９６ウェルマイクロタイタープレート（凍結保存プレート）を粘着ホイルシールで密封し、次いで－７０℃以下で凍結保存した。
株８００１－Ｄ０１－Ｍ００４を、凍結した９６ウェルマイクロタイタープレートから増殖及び特性評価のために回収した。培養物及び１０％のグリセロールを含有する１つの９６ウェルマイクロタイタープレートを、嫌気性チャンバに導入し、室温で１時間解凍した。ウェルＤ７中の培養物をピペッティングにより穏やかに混合し、次いでＭＲＳ寒天上で単離するために画線塗抹した。プレートを３５℃で２４～７２時間インキュベートした。
単一ウェル単離コロニーを画線塗抹プレートから選択し、予め減量したＭＲＳブロス中の一晩培養物を接種するために使用した（３５℃で１８～２４時間）。翌日、一晩培養物を新鮮なＭＲＳブロス中に希釈し、約４時間インキュベートさせて、その後５０％のグリセロールと合わせ（１０％のグリセロールの最終濃度）、冷凍保存バイアルに小分けし（バイアル当たり１ミリリットル）、－７０℃以下で冷凍保存した。
株８００１－Ｄ０１－Ｍ００４を単離し、予め減量したＭＲＳ寒天及びブロスを使用して繁殖させた。使用した培地のロットを、Ｐ２４９－０１検体培養ワークシート上に検体８００１－Ｄ０１について記録する。ＭＲＳブロス及びＭＲＳ寒天の各ロットについての完成した培地調製物ワークシートをＰ２４９バインダーに保管する。簡単に言うと、ＭＲＳ寒天及びＭＲＳブロス増殖培地を、以下の成分を含有する（グラム重量／リットル）Ｈａｒｄｙ ＤｉａｇｎｏｓｔｉｃのＣｒｉｔｅｒｉｏｎ（商標）ラクトバチルス属ＭＲＳブロスを使用して自主調製した：デキストロース（２０．０ｇ）、動物組織のペプシン消化物（１０．０ｇ）、牛肉エキス（１０．０ｇ）、酵母エキス（５．０ｇ）、酢酸ナトリウム（５．０ｇ）、リン酸二ナトリウム（２．０ｇ）、クエン酸アンモニウム（２．０ｇ）、Ｔｗｅｅｎ ８０（１．０ｇ）、硫酸マグネシウム（０．１ｇ）、及び硫酸マンガン（０．０５ｇ）。ＭＲＳ寒天プレートは、同じＣｒｉｔｅｒｉｏｎ（商標）ラクトバチルス属ＭＲＳブロスを基剤として使用し、１５ｇ／ＬのＢＤ Ｄｉｆｃｏ寒天を含む。ＭＲＳブロス及び寒天はまた、０．５ｇ／ＬのＬ－システインを含有する。
この株８００１－Ｄ０１－Ｍ００４は、ｑＰＣＲ及びＳｔｒａｉｎｖｉｅｗシーケンシングによって同定された。ｑＰＣＲ法は、未知の単離物から生成されたアンプリコンについての解離曲線プロファイルを既知の陽性対照株のものと比較することによって、ラクトバチルス属及び７つの異なるラクトバチルス種（ラクトバチルス・クリスパタス（Ｌ．ｃｒｉｓｐａｔｕｓ）、ラクトバチルス・ガセリ（Ｌ．ｇａｓｓｅｒｉ）、ラクトバチルス・ジェンセニイ（Ｌ．ｊｅｎｓｅｎｉｉ）、ラクトバチルス・イナース（Ｌ．ｉｎｅｒｓ）、ラクトバチルス・アシドフィルス（Ｌ．ａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｓ）、ラクトバチルス・デルブリュッキイ（Ｌ．ｄｅｌｂｒｕｅｃｋｉｉ）、及びラクトバチルス・ヘルヴェティクス（Ｌ．ｈｅｌｖｅｔｉｃｕｓ））を検出する。Ｓｔｒａｉｎｖｉｅｗシーケンシングは、Ｄｉｖｅｒｓｉｇｅｎによって実施された。株は、Ｓｔｒａｉｎｖｉｅｗパイプラインを使用して分析される場合、抗生物質耐性遺伝子を含有せず、且つ病原性遺伝子を含有しないことが見出された。
株８００１－Ｄ０１－Ｍ００４は、膣内微生物叢組成物に利用することができる好適なラクトバチルス・クリスパタス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｒｉｓｐａｔｕｓ）株の一例であり得る。
実施例５－膣内微生物叢組成物で使用するための例示的なラクトバチルス・ラムノースス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｈａｍｎｏｓｕｓ）株
株ＢＰＬ５と表記されるラクトバチルス・ラムノースス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｈａｍｎｏｓｕｓ）の例示的な株は、米国特許第１０，５８８，９２６号明細書に開示されており、その内容全体が、参照により本明細書に組み込まれる。
株ＢＰＬ５と表記されるラクトバチルス・ラムノースス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｈａｍｎｏｓｕｓ）の例示的な株は、米国特許第１０，５８８，９２６号明細書に開示されており、その内容全体が、参照により本明細書に組み込まれる。
株ＢＰＬ５は、膣内微生物叢組成物に利用することができる好適なラクトバチルス・ラムノースス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｈａｍｎｏｓｕｓ）株の一例であり得る。
実施例６－ＭＲＳブロス中で４８時間嫌気的に増殖される場合の株のｐＨ低下能力及び乳酸産生
株ＢＰＬ５（ラクトバチルス・ラムノースス（Ｌ．ｒｈａｍｎｏｓｕｓ）；実施例６）、８００１－Ｄ０１－Ｍ００６（ラクトバチルス・ジェンセニイ（Ｌ．ｊｅｎｓｅｎｉｉ）；実施例２）、８００１－Ｄ０１－Ｍ００４（ラクトバチルス・クリスパタス（Ｌ．ｃｒｉｓｐａｔｕｓ）；実施例４）、及び８０１８－ＩＮ－Ｍ００１（ラクトバチルス・ガセリ（Ｌ．ｇａｓｓｅｒｉ）；実施例３）を、ＭＲＳブロスのｐＨを経時的に低下させるそれらのインビトロ能力について評価した。ｐＨ低下を評価するために、各株をＭＲＳブロスに接種し、一晩増殖させた（嫌気性条件下で）。翌日、一晩培養物を、およそ１．０のＯＤ６００ｎｍ（これは、約１×１０８ＣＦＵ／ｍＬに相当した）に調整し、次いで新鮮なＭＲＳブロスに更に希釈した（約１×１０６ＣＦＵ／ｍＬの出発濃度を目標にする（８００１－Ｄ０１－Ｍ００６、８００１－Ｄ０１－Ｍ００４、及び８０１８－ＩＮ－Ｍ００１について））。株ＢＰＬ５を、別々に異なる出発濃度（約１×１０７ＣＦＵ／ｍＬ）で試験した。全ての培養物を嫌気的に４８時間インキュベートし、ｐＨについては試料を増殖の０時間及び４８時間に採取した。全ての株は、４８時間までにブロスのｐＨを大幅に低下させることができ、ラクトバチルス・ラムノースス（Ｌ．ｒｈａｍｎｏｓｕｓ）及びラクトバチルス・クリスパタス（Ｌ．ｃｒｉｓｐａｔｕｓ）の株が、最も大幅なｐＨ低下を示している（表１）。ＢＰＬ５（ラクトバチルス・ラムノースス（Ｌ．ｒｈａｍｎｏｓｕｓ））及び８００１－Ｄ０１－Ｍ００４（ラクトバチルス・クリスパタス（Ｌ．ｃｒｉｓｐａｔｕｓ））株の両方は、ブロスｐＨを４８時間までに４．０よりも低くなるまで低下させることができた（それぞれ３．７８及び３．７７）。８００１－Ｄ０１－Ｍ００６（ラクトバチルス・ジェンセニイ（Ｌ．ｊｅｎｓｅｎｉｉ））及び８０１８－ＩＮ－Ｍ００１（ラクトバチルス・ガセリ（Ｌ．ｇａｓｓｅｒｉ））株もまた、４８時間までにブロスｐＨを低下させた（それぞれ４．０２及び４．０６）が、ラクトバチルス・ラムノースス（Ｌ．ｒｈａｍｎｏｓｕｓ）及びラクトバチルス・クリスパタス（Ｌ．ｃｒｉｓｐａｔｕｓ）と同じ程度ではなかった。
株ＢＰＬ５（ラクトバチルス・ラムノースス（Ｌ．ｒｈａｍｎｏｓｕｓ）；実施例６）、８００１－Ｄ０１－Ｍ００６（ラクトバチルス・ジェンセニイ（Ｌ．ｊｅｎｓｅｎｉｉ）；実施例２）、８００１－Ｄ０１－Ｍ００４（ラクトバチルス・クリスパタス（Ｌ．ｃｒｉｓｐａｔｕｓ）；実施例４）、及び８０１８－ＩＮ－Ｍ００１（ラクトバチルス・ガセリ（Ｌ．ｇａｓｓｅｒｉ）；実施例３）を、ＭＲＳブロスのｐＨを経時的に低下させるそれらのインビトロ能力について評価した。ｐＨ低下を評価するために、各株をＭＲＳブロスに接種し、一晩増殖させた（嫌気性条件下で）。翌日、一晩培養物を、およそ１．０のＯＤ６００ｎｍ（これは、約１×１０８ＣＦＵ／ｍＬに相当した）に調整し、次いで新鮮なＭＲＳブロスに更に希釈した（約１×１０６ＣＦＵ／ｍＬの出発濃度を目標にする（８００１－Ｄ０１－Ｍ００６、８００１－Ｄ０１－Ｍ００４、及び８０１８－ＩＮ－Ｍ００１について））。株ＢＰＬ５を、別々に異なる出発濃度（約１×１０７ＣＦＵ／ｍＬ）で試験した。全ての培養物を嫌気的に４８時間インキュベートし、ｐＨについては試料を増殖の０時間及び４８時間に採取した。全ての株は、４８時間までにブロスのｐＨを大幅に低下させることができ、ラクトバチルス・ラムノースス（Ｌ．ｒｈａｍｎｏｓｕｓ）及びラクトバチルス・クリスパタス（Ｌ．ｃｒｉｓｐａｔｕｓ）の株が、最も大幅なｐＨ低下を示している（表１）。ＢＰＬ５（ラクトバチルス・ラムノースス（Ｌ．ｒｈａｍｎｏｓｕｓ））及び８００１－Ｄ０１－Ｍ００４（ラクトバチルス・クリスパタス（Ｌ．ｃｒｉｓｐａｔｕｓ））株の両方は、ブロスｐＨを４８時間までに４．０よりも低くなるまで低下させることができた（それぞれ３．７８及び３．７７）。８００１－Ｄ０１－Ｍ００６（ラクトバチルス・ジェンセニイ（Ｌ．ｊｅｎｓｅｎｉｉ））及び８０１８－ＩＮ－Ｍ００１（ラクトバチルス・ガセリ（Ｌ．ｇａｓｓｅｒｉ））株もまた、４８時間までにブロスｐＨを低下させた（それぞれ４．０２及び４．０６）が、ラクトバチルス・ラムノースス（Ｌ．ｒｈａｍｎｏｓｕｓ）及びラクトバチルス・クリスパタス（Ｌ．ｃｒｉｓｐａｔｕｓ）と同じ程度ではなかった。
追加の試料を４８時間の時点で採取し、濾過して、細菌を除去した。次いで、これらの細胞を含まない上清を分析して、Ｄ－乳酸及びＬ－乳酸のレベルを検出した。Ｄ－乳酸及びＬ－乳酸を、Ｍｅｇａｚｙｍｅによって製造されたＤ－／Ｌ－Ｌａｃｔｉｃ Ａｃｉｄ（Ｄ－／Ｌ－Ｌａｃｔａｔｅ）（迅速）アッセイキット（カタログ番号Ｋ－ＤＬＡＴＥ）を使用して定量化した。このキットは、乳酸デヒドロゲナーゼ及びグルタミン酸デヒドロゲナーゼを使用する酵素反応を用いて、Ｄ－乳酸及びＬ－乳酸の両方を定量化するように設計されている。乳酸の酸化によって生成されるＮＡＤＨの量は、乳酸の出発濃度に対して化学量論的である。このキットを製造元が推奨する手順に従って使用した。試験された全ての株は、検出可能なレベルの乳酸を産生した（表２）。８００１－Ｄ０１－Ｍ００４（ラクトバチルス・クリスパタス（Ｌ．ｃｒｉｓｐａｔｕｓ））株は、最大レベルのＤ－乳酸及びＬ－乳酸（２０．９ｇ／Ｌ）並びに最大量のＤ－乳酸（１３．５）を産生し、一方ＢＰＬ５（ラクトバチルス・ラムノースス（Ｌ．ｒｈａｍｎｏｓｕｓ））株は最大量のＬ－乳酸（１７．３ｇ／Ｌ）及び非常に少量のＤ－乳酸（０．８ｇ／Ｌ）を産生した。ラクトバチルス・クリスパタス（Ｌ．ｃｒｉｓｐａｔｕｓ）及びラクトバチルス・ガセリ（Ｌ．ｇａｓｓｅｒｉ）株の両方は、大量の両方の乳酸異性体を産生し、両方の株はＬ－乳酸よりもＤ－乳酸を多く産生している。ラクトバチルス・ジェンセニイ（Ｌ．ｊｅｎｓｅｎｉｉ）の８００１－Ｄ０１－Ｍ００６株は、主としてＤ－乳酸（１２．４ｇ／Ｌ）を産生し、非常に少量のＬ－乳酸（０．３ｇ／Ｌ）を作り出した。
これらの結果は、株ＢＰＬ５（ラクトバチルス・ラムノースス（Ｌ．ｒｈａｍｎｏｓｕｓ）；実施例６）、８００１－Ｄ０１－Ｍ００６（ラクトバチルス・ジェンセニイ（Ｌ．ｊｅｎｓｅｎｉｉ）；実施例２）、８００１－Ｄ０１－Ｍ００４（ラクトバチルス・クリスパタス（Ｌ．ｃｒｉｓｐａｔｕｓ）；実施例４）、及び８０１８－ＩＮ－Ｍ００１（ラクトバチルス・ガセリ（Ｌ．ｇａｓｓｅｒｉ）；実施例３）が、膣内微生物叢組成物で使用するために好適な材料であり得ることを実証している。
実施例７－例示的な膣内微生物叢組成物
例示的な膣内微生物叢組成物は、ラクトバチルス・クリスパタス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｒｉｓｐａｔｕｓ）、ラクトバチルス・ガセリ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｇａｓｓｅｒｉ）、ラクトバチルス・ジェンセニイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｊｅｎｓｅｎｉｉ）、ラクトバチルス・ラムノースス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｈａｍｎｏｓｕｓ）を組み合わせることによって形成され得る。少なくともいくつかの例では、ラクトバチルス・ジェンセニイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｊｅｎｓｅｎｉｉ）は、実施例２に記載された株であり得る。少なくともいくつかの例では、ラクトバチルス・ガセリ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｇａｓｓｅｒｉ）は、実施例３に記載された株であり得る。少なくともいくつかの例では、ラクトバチルス・クリスパタス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｒｉｓｐａｔｕｓ）は、実施例４に記載された株であり得る。少なくともいくつかの例では、ラクトバチルス・ラムノースス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｈａｍｎｏｓｕｓ）は、実施例５に記載された株であり得る。
例示的な膣内微生物叢組成物は、ラクトバチルス・クリスパタス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｒｉｓｐａｔｕｓ）、ラクトバチルス・ガセリ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｇａｓｓｅｒｉ）、ラクトバチルス・ジェンセニイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｊｅｎｓｅｎｉｉ）、ラクトバチルス・ラムノースス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｈａｍｎｏｓｕｓ）を組み合わせることによって形成され得る。少なくともいくつかの例では、ラクトバチルス・ジェンセニイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｊｅｎｓｅｎｉｉ）は、実施例２に記載された株であり得る。少なくともいくつかの例では、ラクトバチルス・ガセリ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｇａｓｓｅｒｉ）は、実施例３に記載された株であり得る。少なくともいくつかの例では、ラクトバチルス・クリスパタス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｒｉｓｐａｔｕｓ）は、実施例４に記載された株であり得る。少なくともいくつかの例では、ラクトバチルス・ラムノースス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｈａｍｎｏｓｕｓ）は、実施例５に記載された株であり得る。
本開示は、多くの点で、例示に過ぎないことを理解するべきである。変更を細部にわたって、特に本開示の範囲を超えることなく、形状、サイズ、及びステップの配置に関して行うことができる。これには、適切である限りにおいて、１つの例示的な実施形態の特徴のいずれかの使用が、他の実施形態で使用されることを含み得る。本発明の範囲は、当然のことながら、添付の特許請求の範囲が表現されている言語で定義されている。
Claims (22)
- 膣内微生物叢組成物であって、
ラクトバチルス・クリスパタス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｒｉｓｐａｔｕｓ）、ラクトバチルス・ガセリ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｇａｓｓｅｒｉ）、ラクトバチルス・ジェンセニイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｊｅｎｓｅｎｉｉ）、及びラクトバチルス・ラムノースス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｈａｍｎｏｓｕｓ）を含む細菌の混合物を含む、膣内微生物叢組成物。 - 前記細菌の混合物が、２５～７５％のラクトバチルス・クリスパタス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｒｉｓｐａｔｕｓ）を含む、請求項１に記載の膣内微生物叢組成物。
- 前記細菌の混合物が、３０～６０％のラクトバチルス・クリスパタス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｒｉｓｐａｔｕｓ）を含む、請求項１～２のいずれか一項に記載の膣内微生物叢組成物。
- 前記細菌の混合物が、４０％のラクトバチルス・クリスパタス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｒｉｓｐａｔｕｓ）を含む、請求項１～３のいずれか一項に記載の膣内微生物叢組成物。
- 前記細菌の混合物が、１～１０％のラクトバチルス・ガセリ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｇａｓｓｅｒｉ）を含む、請求項１～４のいずれか一項に記載の膣内微生物叢組成物。
- 前記細菌の混合物が、２～８％のラクトバチルス・ガセリ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｇａｓｓｅｒｉ）を含む、請求項１～５のいずれか一項に記載の膣内微生物叢組成物。
- 前記細菌の混合物が、５％のラクトバチルス・ガセリ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｇａｓｓｅｒｉ）を含む、請求項１～６のいずれか一項に記載の膣内微生物叢組成物。
- 前記細菌の混合物が、１～１０％のラクトバチルス・ジェンセニイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｊｅｎｓｅｎｉｉ）を含む、請求項１～７のいずれか一項に記載の膣内微生物叢組成物。
- 前記細菌の混合物が、２～８％のラクトバチルス・ジェンセニイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｊｅｎｓｅｎｉｉ）を含む、請求項１～８のいずれか一項に記載の膣内微生物叢組成物。
- 前記細菌の混合物が、５％のラクトバチルス・ジェンセニイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｊｅｎｓｅｎｉｉ）を含む、請求項１～９のいずれか一項に記載の膣内微生物叢組成物。
- 前記細菌の混合物が、０．１～５％のラクトバチルス・アシドフィルス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｓ）を含む、請求項１～１０のいずれか一項に記載の膣内微生物叢組成物。
- 前記細菌の混合物が、０．１～５％のラクトバチルス・ラムノースス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｈａｍｎｏｓｕｓ）を含む、請求項１～１１のいずれか一項に記載の膣内微生物叢組成物。
- 前記細菌の混合物が、０．５～４％のラクトバチルス・ラムノースス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｈａｍｎｏｓｕｓ）を含む、請求項１～１２のいずれか一項に記載の膣内微生物叢組成物。
- 前記細菌の混合物が、１％のラクトバチルス・ラムノースス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｈａｍｎｏｓｕｓ）を含む、請求項１～１３のいずれか一項に記載の膣内微生物叢組成物。
- 前記細菌の混合物が、カプセル中に配置される、請求項１～１４のいずれか一項に記載の膣内微生物叢組成物。
- 前記細菌の混合物が、座薬中に配置される、請求項１～１５のいずれか一項に記載の膣内微生物叢組成物。
- 前記細菌の混合物が、可溶性シェル中に配置される、請求項１～１６のいずれか一項に記載の膣内微生物叢組成物。
- 前記細菌の混合物が、１×１０５～１×１０１５ＣＦＵを含む、請求項１～１６のいずれか一項に記載の膣内微生物叢組成物。
- 前記細菌の混合物が、１×１０６～１×１０１２ＣＦＵを含む、請求項１～１６のいずれか一項に記載の膣内微生物叢組成物。
- 前記細菌の混合物が、１×１０７～１×１０１０ＣＦＵを含む、請求項１～１６のいずれか一項に記載の膣内微生物叢組成物。
- 前記細菌の混合物が、凍結乾燥された細菌の混合物を含む、請求項１～２０のいずれか一項に記載の膣内微生物叢組成物。
- 感染症を治療するための方法であって、前記方法が、
請求項１～２０のいずれか一項に記載の膣内微生物叢組成物を、感染症を有する患者に投与することを含み、前記感染症が、細菌性膣炎、カンジダ症感染症、ヒトパピローマウイルス感染症、尿路感染症、性感染症、及び婦人科癌のうちの１つ以上を含む、方法。
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