JP2023525286A - 標的dna配列の選択的捕捉 - Google Patents
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Abstract
ゲノムDNAの多くの領域は、ゲノムの他の領域と非常に類似しており、そのため、類似した望ましくない領域を捕捉することなく、捕捉することは非常に困難である。これが、目的ではない領域の過剰な配列決定につながり、所望の領域のカバレッジが低下する。望ましくない領域の捕捉を最小限にするために、ブロッキングベイトが、類似しているが望ましくない断片が捕捉されることを防止するように設計された。これにより、目的の領域のより指向性の高い配列決定が可能になる。ブロッキングベイトは、望ましくないDNAと優先的に結合する中程度に異なる配列を有し、ビオチンも他の修飾も含まず、そのため捕捉ベイトが選択される場合、後に残存する点で捕捉ベイトと異なる。
Description
発明の背景
関連出願との相互参照
本願は、米国特許法§119(e)の下、2020年5月11日に出願された米国出願番号63/022,968に基づく優先権の利益を請求し、その内容の全体は、参照により本明細書に組み込まれる。
配列表の組み込み
関連出願との相互参照
本願は、米国特許法§119(e)の下、2020年5月11日に出願された米国出願番号63/022,968に基づく優先権の利益を請求し、その内容の全体は、参照により本明細書に組み込まれる。
配列表の組み込み
添付の配列表の内容物は、参照により本願に組み込まれる。添付の配列表テキストファイルは、PGDX3140-1WO_SL.txtという名前で、2021年5月5日に作成され、8kbである。このファイルは、Windows(登録商標)OSを使用するコンピュータ上のMicrosoft Word(登録商標)を使用してアクセスすることができる。
発明の分野
発明の分野
本発明は、一般に、ゲノムの高度反復領域の配列決定に関し、より具体的には、反復DNA配列を有するゲノムの領域を配列決定するための捕捉核酸分子およびブロッキング核酸分子の使用に関する。
背景情報
現在のハイブリダイゼーション捕捉ベイトは、固有の配列で効果的に働き、癌および他の疾患に関与していると考えられるゲノムの領域の捕捉およびディープシーケンシングを可能にする。捕捉される配列が固有ではなく、他の配列と非常に類似している場合、ゲノム全体から何千もの領域の捕捉が避けられず、望ましくはないが、いずれにしても配列決定される。現在、これは、マッピングまたはアライメントが適切に行われず、廃棄しなければならない多くの配列リードをもたらす。これは、他の場所で使用するであろう配列容量が無駄であることを意味する。さらに悪いことに、これらの配列の中にはミスアラインメントされる可能性があり、目的の領域で偽陽性を引き起こす可能性がある。これは、転座を特定するためにたいてい必要なイントロン領域で特に問題となる。
現在のハイブリダイゼーション捕捉ベイトは、固有の配列で効果的に働き、癌および他の疾患に関与していると考えられるゲノムの領域の捕捉およびディープシーケンシングを可能にする。捕捉される配列が固有ではなく、他の配列と非常に類似している場合、ゲノム全体から何千もの領域の捕捉が避けられず、望ましくはないが、いずれにしても配列決定される。現在、これは、マッピングまたはアライメントが適切に行われず、廃棄しなければならない多くの配列リードをもたらす。これは、他の場所で使用するであろう配列容量が無駄であることを意味する。さらに悪いことに、これらの配列の中にはミスアラインメントされる可能性があり、目的の領域で偽陽性を引き起こす可能性がある。これは、転座を特定するためにたいてい必要なイントロン領域で特に問題となる。
本発明は、捕捉核酸分子およびブロッキング核酸分子の使用により、ゲノムの高度に反復したおよび/または関連する領域の配列決定の精度が上昇するという独創的な発見に基づいている。
一実施形態では、本発明は、試料核酸を捕捉核酸分子およびブロッキング核酸分子とハイブリダイズさせる工程であって、ここで試料核酸は標的配列および非標的配列を有する、工程;標的配列にハイブリダイズした捕捉核酸分子を単離する工程;および単離した標的配列を配列決定する工程によって標的配列を配列決定する方法を提供する
1つの態様において、非標的配列は、核酸の繰り返し領域および/または関連領域を有する。別の態様では、ブロッキング核酸分子および捕捉核酸分子は、少なくとも約60個から少なくとも約120個の核酸を有する。さらなる態様において、捕捉核酸としては、放射性ホスフェート、ビオチン、フルオロフォア、酵素またはそれらの組み合わせが挙げられるが、これらに限定されない、検出可能な標識で標識される。さらなる態様において、ブロッキング核酸分子は、捕捉核酸分子の約10倍過剰で存在する。一態様において、ブロッキング核酸分子は、捕捉核酸分子に対して少なくとも約70%の配列同一性を有する。別の態様では、ブロッキング核酸分子は、捕捉核酸分子と異なる少なくとも約4個の核酸分子を有する。さらなる態様において、標的配列は、少なくとも約60個から少なくとも約120個の核酸を有する。さらなる態様において、配列決定は、次世代配列決定によるものである。
別の実施形態では、本発明は、試料核酸を捕捉核酸分子およびブロッキング核酸分子とハイブリダイズさせる工程であって、ここで試料核酸は標的配列および非標的配列を有する、工程;標的配列とハイブリダイズした捕捉核酸分子を単離する工程;および標的配列を配列決定する工程によって、標的配列の配列決定特異性および/または精度を改善する方法を提供する。
1つの態様において、非標的配列は、核酸の反復領域および/または関連領域を有する。別の態様では、ブロッキング核酸分子および捕捉核酸分子は、少なくとも約60個から少なくとも約120個の核酸を有する。さらなる態様において、捕捉核酸としては、放射性ホスフェート、ビオチン、フルオロフォア、酵素またはそれらの組み合わせが挙げられるが、これらに限定されない、検出可能な標識で標識される。さらなる態様において、ブロッキング核酸分子は、捕捉核酸分子の約10倍過剰で存在する。一態様において、ブロッキング核酸分子は、捕捉核酸分子に対して少なくとも約70%の配列同一性を有する。別の態様では、ブロッキング核酸分子は、捕捉核酸分子と異なる少なくとも約4個の核酸分子を有する。さらなる態様において、標的配列は、少なくとも約60個から少なくとも約120個の核酸を有する。さらなる態様において、配列決定は、次世代配列決定によるものである。
発明の詳細な説明
本発明は、捕捉核酸分子およびブロッキング核酸分子の使用により、ゲノムの高度に反復したおよび/または関連する領域の配列決定の精度が上昇するという独創的な発見に基づいている。
本発明は、捕捉核酸分子およびブロッキング核酸分子の使用により、ゲノムの高度に反復したおよび/または関連する領域の配列決定の精度が上昇するという独創的な発見に基づいている。
本発明の組成物および方法を記載する前に、本発明は、そのような組成物、方法、および条件が変化し得るので、記載される特定の組成物、方法、および実験条件に限定されないことが理解されるであろう。また、本発明の範囲は添付の特許請求の範囲においてのみ限定されるため、本明細書で使用される用語は特定の実施形態を説明するためのものであり、限定することを意図するものではないことを理解されたい。
本明細書および添付の特許請求の範囲で使用されるように、単数形「a」、「an」、および「the」は、文脈が明らかにそうでないことを指示しない限り、複数形の言及を含む。したがって、例えば、「方法」への言及は、本開示等を読めば当業者に明らかになる、本明細書に記載されるタイプの1つまたは複数の方法、および/またはステップを含む。
本明細書で言及されるすべての刊行物、特許、および特許出願は、個々の刊行物、特許、または特許出願が参照により組み込まれることが具体的かつ個別に示された場合と同じ程度に、参照により本明細書に組み込まれる。
他に定義されない限り、本明細書で使用される全ての技術用語および科学用語は、この発明が属する技術分野における当業者によって一般的に理解されるのと同じ意味を有する。本明細書に記載されたものと類似または同等の任意の方法および材料を本発明の実施または試験に使用することができるが、修正および変形は本開示の精神および範囲に包含されることが理解されよう。次に、好ましい方法および材料について説明する。
本発明は、不要な領域に優先的に結合し、その捕捉を防止するように設計されたブロッキングベイトをハイブリダイゼーション捕捉に追加する方法を提供する。妨害する相同リピート配列がなければ、所望の領域は次に配列決定のために選択的に捕捉され得る。標的化ベイトおよびブロッキングベイトの間の中程度の配列の違いに加え、ブロッキングベイトはビオチンも捕捉に必要な他のタグも含まない。ブロッキングベイトは、不要な配列の捕捉を妨害するが、所望の領域の捕捉に最低限の影響しか与えない。
ゲノムDNAの多くの領域は、ゲノムの他の領域と非常に類似しており、したがって、類似の望ましくない領域も捕捉せずに捕捉することは非常に困難である。これは、目的ではない領域の余分な配列決定をもたらし、所望の領域のカバレッジを低下させる。非目的領域の捕捉を最小化するために、ブロッキングベイトは、類似しているが望ましくない断片が捕捉されることを防止するように設計される。これにより、目的の領域のより指向性の高い配列決定が可能になる。ブロッキングベイトは、望ましくないDNAと優先的に結合する中程度に異なる配列を有し、ビオチンも他の修飾も含まず、そのため捕捉ベイトが選択される場合、後に残存する点で補足ベイトと異なる。
一実施形態では、本発明は、試料核酸を捕捉核酸分子およびブロッキング核酸分子とハイブリダイズさせる工程であって、ここで試料核酸が標的配列および非標的配列を有する、工程;標的配列とハイブリダイズした捕捉核酸分子を単離する工程;および単離した標的配列を配列決定する工程によって、標的配列を配列決定する方法を提供する。一態様では、非標的配列は、核酸の反復領域および/または関連領域を有する。別の態様では、ブロッキング核酸分子および捕捉核酸分子は、少なくとも約60尾~少なくとも約120個の核酸を有する。さらなる態様において、捕捉核酸としては、放射性ホスフェート、ビオチン、フルオロフォア、酵素、またはそれらの組み合わせが挙げられる、これらに限定されない、標識で標識される。さらなる態様において、ブロッキング核酸分子は、捕捉核酸分子の約10倍過剰で存在する。一態様において、ブロッキング核酸分子は、捕捉核酸分子に対して少なくとも約70%の配列同一性を有する。別の態様では、ブロッキング核酸分子は、捕捉核酸分子と異なる少なくとも約4個の核酸分子を有する。さらなる態様において、標的配列は、少なくとも約60個から少なくとも約120個の核酸を有する。さらなる態様において、配列決定は、次世代配列決定によるものである。
本明細書で使用される語句「核酸」または「核酸配列」は、オリゴヌクレオチド、ヌクレオチド、ポリヌクレオチド、またはこれらのいずれかの断片を指し、あるいは一本鎖または二本鎖であってもよいし、センス鎖またはアンチセンス鎖を表してもよいゲノム起源または合成起源のDNAまたはRNAを指し、ペプチド核酸(PNA)を指し、あるいは天然起源または合成起源の任意のDNA様またはRNA様材料を指す。語句「核酸」または「核酸配列」としては、オリゴヌクレオチド、ヌクレオチド、ポリヌクレオチド、またはこれらのいずれかの断片、一本鎖または二本鎖であってもよいし、センス鎖またはアンチセンス鎖を表してもよいゲノム起源または合成起源のDNAまたはRNA(例えば、mRNA、rRNA、tRNA、iRNA)、ペプチド核酸(PNA)、あるいは天然期限または合成起源の任意のDNA様またはRNA様材料(例えば、iRNA、リボ核タンパク質(例えば、二本鎖iRNA、例えばiRNP))が挙げられる。この用語は、天然ヌクレオチドの既知の類似体を含む核酸、すなわち、オリゴヌクレオチドを包含する。この用語はまた、合成骨格を有する核酸様構造を包含し、例えば、Mata (1997) Toxicol. Appl. Pharmacol. 144:189-197; Strauss-Soukup (1997) Biochemistry 36:8692-8698; Samstag (1996) Antisense Nucleic Acid Drug Dev 6:153-156を参照されたい。
本明細書で使用される用語「標的領域」または「標的配列」は、配列決定の標的である核酸配列を指す。標的配列は、DNAライブラリー、ゲノムDNAまたは他のDNAの供給源のような任意の供給源に由来し得る。
ある態様では、標的配列は少なくとも約60~120個の核酸長である。特定の態様では、標的配列は、少なくとも約60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100、101、102、103、104、105、106、107、108、109、110、111、112、113、114、115、116、117、118、119または120の核酸長である。
本明細書で使用する場合、用語「非標的配列」は、標的配列ではない任意の核酸配列を指す。非標的配列は、反復配列および/または関連配列を有していてもよい。反復DNAでは、DNA反復のストレッチが、ゲノムに沿ったタンデムであるかまたは散在いているかのいずれかとしてゲノム中に生じる。これらの配列はタンパク質をコードしていない。高度に反復したDNAと呼ばれるクラスの1つは、一本のストレッチにおいて数千回繰り返される短い配列、例えば5~100ヌクレオチドからなり、サテライトDNAを含む。関連配列は、標的配列と高い配列同一性を有するが、同一ではない配列である。
本明細書で使用する「試料核酸」は、標的配列および非標的配列を含む核酸を指す。
用語「ハイブリダイゼーション」は、核酸鎖が塩基対形成によって相補鎖と結合するプロセスを意味する。ハイブリダイゼーション反応は、目的の特定の配列が低濃度で存在する試料であっても同定できるように、感度および選択的であり得る。好適なストリンジェントな条件は、例えば、プレハイブリダイゼーション溶液およびハイブリダイゼーション溶液中の塩またはホルムアミドの濃度、あるいはハイブリダイゼーション温度によって定義することができ、当該分野で周知である。特に、ストリンジェンシーは、塩の濃度を下げること、ホルムアミドの濃度を上げること、またはハイブリダイゼーション温度を上げることによって増加し得る。代替的な態様において、本発明の核酸は、本明細書に規定するように、種々のストリンジェンシー条件(例えば、高、中、および低)下でハイブリダイズする能力によって定義される。
例えば、高ストリンジェンシー条件下でのハイブリダイゼーションは、約37℃から42℃で約50%のホルムアミド中で起こり得る。ハイブリダイゼーションは、約30℃から35℃で、約35%から25%のホルムアミドで、低減したストリンジェンシー条件下で生じ得る。特に、ハイブリダイゼーションは、42℃で、50%ホルムアミド、5×SSPE、0.3%SDSおよび200mg/mlの剪断済みおよび変性済みサケ精子DNA中で、高ストリンジェンシー条件下で生じ得る。ハイブリダイゼーションは、上記のように、しかし35%ホルムアミド中、35℃の低減した温度で、低減したストリンジェンシー条件下で生じ得る。特定のレベルのストリンジェンシーに対応する温度範囲は、目的の核酸のピリミジンに対するプリンの比率を計算すること、およびそれに応じて温度を調整することによってさらに狭くすることができる。上記の範囲および条件の変更は、当該分野で周知である。
用語「捕捉核酸分子」または「捕捉ベイト」は、本明細書において互換的に使用され、標的配列にハイブリダイズするように設計された核酸分子を指す。捕捉核酸分子は、標的配列と特異的にハイブリダイズし、単離するように設計される。
ある態様では、捕捉核酸分子は少なくとも約60~120個の核酸長を有する。特定の態様では、捕捉核酸分子は、少なくとも約60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100、101、102、103、104、105、106、107、108、109、110、111、112、113、114、115、116、117、118、119または120個の核酸長である。
本明細書で使用する場合、用語「配列同一性」または「配列相同性」は、互換的に使用することができ、2つのポリヌクレオチド配列の正確なヌクレオチド対ヌクレオチドの対応関係を指す。典型的には、配列同一性を決定するための技術は、ポリヌクレオチドのヌクレオチド配列を決定し、および/またはそれによってコードされるアミノ酸配列を決定し、そしてこれらの配列を第2のヌクレオチドまたはアミノ酸配列と比較することを含む。2つ以上の配列は、「相同性パーセント」とも称されるそれらの「同一性パーセント」を決定することによって比較することができる。より長い分子内の配列であり得る参照配列に対する同一性パーセントは、最適にアライメントされた2つの配列間の完全一致の数を参照配列の長さで割り、100を乗じたものとして計算されてもよい。同一性パーセントはまた、例えば、国立衛生研究所から入手可能なバージョン2.2.9を含む高度なBLASTコンピュータプログラムを用いて配列情報を比較することによっても決定され得る。BLASTプログラムは、Karlin and Altschul, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 87:2264-2268 (1990)のアライメント方法に基づき、Altschul, et al., J. Mol. Biol. 215:403-410 (1990); Karlin and Altschul, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 90:5873-5877 (1993); and Altschul et al., Nucleic Acids Res. 25:3389-3402 (1997)において議論されている。簡単に言えば、BLASTプログラムは、同一性を、2つの配列のうち短い方における記号の総数で割った、同一のアライメントされた記号(すなわち、ヌクレオチドまたはアミノ酸)の数として定義する。このプログラムは、比較される配列の全長にわたって同一性パーセントを決定するために使用され得る。デフォルトのパラメータは、例えばblastpプログラムで短いクエリー配列の検索を最適化するように提供される。このプログラムは、Wootton and Federhen, Computers and Chemistry 17: 149-163 (1993)のSEGプログラムによって決定されるクエリー配列のセグメントをマスクオフするSEGフィルタを使用することも可能にする。配列同一性の望ましい度合いの範囲は、約80%から100%およびその間の整数値である。開示される配列と本発明の配列との間の同一性パーセントは、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、少なくとも99.5%、または少なくとも99.9%であり得る。一般に、完全一致は、参照配列の長さにわたって100%の同一性を示す。ある場合には、配列同一性パーセントへの言及は、BLAST(Basic Local Alignment Search Tool)を使用して測定された配列同一性を指す。他の場合には、ClustalWを多重配列アライメントに使用することができる。配列の比較および/または配列同一性の評価のためのさらに他のプログラムとしては、Needleman-WunschアルゴリズムおよびSmith-Watermanアルゴリズム(例えば、EMBOSS Water alignerを参照のこと)が挙げられる。最適なアライメントは、デフォルトパラメータを含む、選択されたアルゴリズムの任意の適切なパラメータを使用して評価され得る。
本明細書で使用する場合、用語「配列同一性パーセント(%)」または「同一性パーセント(%)」は、「相同性」も含み、最大配列同一性パーセントに達するように配列をアライメントし、必要に応じてギャップを導入した後、配列同一性の一部としていかなる保存的置換も考慮せずに、参照配列のヌクレオチドと同一である候補配列のヌクレオチドのパーセントとして定義される。比較のための配列の最適なアラインメントは、手動で行う以外に、Smith and Waterman, 1981, Ads App. Math. 2, 482の局所相同性アルゴリズムによって、Neddleman and Wunsch, 1970, J. Mol. Biol. 48, 443の局所相同性アルゴリズムによって、Pearson and Lipman, 1988, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 85, 2444の類似性検索方法によって、またはこれらのアルゴリズムを使用するコンピュータプログラム(Wisconsin Genetics Software Package, Genetics Computer Group, 575 Science Drive, Madison, Wis.のGAP、BESTFIT、FASTA、BLAST P、BLAST NおよびTFASTA)によって、精製され得る。
追加の態様において、捕捉核酸分子は、標的配列の相補体に対して少なくとも70%の配列同一性を有する。特定の態様において、捕捉核酸は、標的配列の相補体に対して少なくとも約70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくはそれらより高い、または完全(100%)配列同一性を有する。
さらなる態様において、捕捉核酸分子は標識またはタグ付けされている。核酸標識の例としては、放射性ホスフェート、ビオチン、フルオロフォア、および酵素が挙げられる。特定の態様において、標識は、標的配列にハイブリダイズする捕捉核酸分子を単離するために使用される。
核酸を標識する方法は、当該分野において公知である。核酸を標識する例としては、γ-32P rATPでのDNA 5’末端標識;α-32P dNTP、Biotin-dNTP、Fl-dNTPでのPCRによる標識;α-32P dNTP、Biotin-dNTP、FlターミネーターヌクレオチドでのFl-dNTP一塩基標識でのDNA 3’標識;α-32P dNTP、Biotin-dNTP、Fl-dNTPでのPCRによるランダムプライミング;およびα-32P dNTP、Biotin-dNTP、Fl-dNTPでのPCRによるニックトランスレーションが挙げられる。
核酸分子は、標識またはタグを使用して単離され得る。例えば、ビオチンで標識またはタグ付けされた核酸分子は、ストレプトアビジンおよび/またはアビジンを使用して単離され得る。ビオチンは、ストレプトアビジンおよびアビジンに極めて高い親和性、速いオンレート、および高い特異性で結合し、これらの相互作用は、目的のビオチン化分子を単離するために使用される。
用語「ブロッキング核酸分子」または「ブロッキングベイト」は、互換的に使用され、捕捉核酸分子と類似するが同一ではないように設計された核酸分子を指す。ブロッキング核酸分子は、非標的配列にハイブリダイズするように設計される。
ある態様では、ブロッキング核酸分子は少なくとも約60~120個の核酸長である。特定の態様では、捕捉核酸分子は、少なくとも約60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100、101、102、103、104、105、106、107、108、109、110、111、112、113、114、115、116、117、118、119または120個の核酸長である。
追加の態様において、ブロッキング核酸分子は、捕捉核酸分子に対して少なくとも少なくとも約70%の配列同一性を有する。特定の態様において、捕捉核酸は、捕捉核酸分子に対して少なくとも約70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくはそれより高い、または完全(100%)配列同一性を有する。
さらなる態様において、ブロッキング核酸は、捕捉核酸分子と異なる少なくとも約4個の核酸を有する。特定の態様において、ブロッキング核酸分子は、捕捉核酸分子とは異なる少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19または20個の核酸を有する。
ある態様において、ブロッキング核酸分子は、捕捉核酸分子の少なくとも約10倍過剰で存在する。特定の態様において、ブロッキング核酸分子は、捕捉核酸分子の少なくとも約1倍、2倍、3倍、4倍、5倍、6倍、7倍、8倍、9倍、10倍、11倍、12倍、13倍、14倍、15倍、16倍、17倍、18倍、19倍、または20倍過剰で存在する。
一態様において、単離された標的配列は配列決定される。配列決定は、当該分野において公知の任意の方法によって実施され得る。例示的な配列決定方法としては、例えば、次世代配列決定(NGS)が挙げられる。例示的なNGS方法論としては、Roche 454シーケンサー、Life Technologies SOLiDシステム、Life Technologies Ion Torrent、BGI/MGIシステム、Genapsysシステム、およびIllumina Genome Analyzer II、Illumina MiSeq、Illumina HiSeq、Illumina NextSeq、およびIllumina NovaSeq装置などのIlluminaシステムが挙げられる。配列決定は、例えば、少なくとも2倍のカバレッジ、少なくとも10倍のカバレッジ、少なくとも20倍のカバレッジ、少なくとも30倍のカバレッジ、少なくとも40倍のカバレッジ、少なくとも50倍のカバレッジ、少なくとも60倍のカバレッジ、少なくとも70倍のカバレッジ、少なくとも80倍のカバレッジ、少なくとも90倍のカバレッジ、少なくとも100倍のカバレッジ、少なくとも200倍のカバレッジ、少なくとも300倍のカバレッジ、少なくとも400倍のカバレッジ、少なくとも500倍のカバレッジ、少なくとも600倍のカバレッジ、少なくとも700倍のカバレッジ、少なくとも800倍のカバレッジ、少なくとも900倍のカバレッジ、少なくとも1000倍のカバレッジ、少なくとも2000倍のカバレッジ、少なくとも3000倍のカバレッジ、少なくとも4000倍のカバレッジ、少なくとも5000倍のカバレッジ、少なくとも6000倍のカバレッジ、少なくとも7000倍のカバレッジ、少なくとも8000倍のカバレッジ、少なくとも9000倍のカバレッジ、少なくとも10000倍のカバレッジ、少なくとも15000倍のカバレッジ、少なくとも20000倍のカバレッジ、およびその間の任意の数または範囲を含む、各ヌクレオチドの深いカバレッジで実施され得る。
別の実施形態では、本発明は、試料核酸を捕捉核酸分子およびブロッキング核酸分子とハイブリダイズさせる工程であって、ここで試料核酸は標的配列および非標的配列を有する、工程;標的配列とハイブリダイズした捕捉核酸分子を分離する工程;および標的配列を配列決定する工程によって、標的配列の配列決定特異性および/または精度を改善する方法を提供する。一態様では、非標的配列は、核酸の反復領域および/または関連領域を有する。別の態様では、ブロッキング核酸分子および捕捉核酸分子は、少なくとも約60~少なくとも約120個の核酸を有する。さらなる態様において、捕捉核酸は、放射性ホスフェート、ビオチン、フルオロフォア、酵素またはそれらの組み合わせで標識される。さらなる態様において、ブロッキング核酸分子は、捕捉核酸分子の約10倍過剰で存在する。一態様において、ブロッキング核酸分子は、捕捉核酸分子に対して少なくとも約70%の配列同一性を有する。別の態様では、ブロッキング核酸分子は、捕捉核酸分子と異なる少なくとも約4個の核酸分子を有する。さらなる態様において、標的配列は、少なくとも約60個から少なくとも約120個の核酸を有する。さらなる態様において、配列決定は、次世代配列決定によるものである
以下の実施例は、本発明の実施形態をさらに説明するために提供されるが、本発明の範囲を限定することを意図するものではない。これらは使用され得るものの典型であるが、当業者に知られている他の手順、方法論、または技術が代替的に使用され得る。
実施例1
ROSイントロン31のブロッキングベイトの同定
現在、関連配列からの干渉に起因して、反復領域の高いカバレッジを生成することは困難である。この方法は、ベイト長(多くの場合60~120nt)よりも長く同一である領域の選択的捕捉を改善しないが、同一性よりもむしろその数の多さに起因して問題を引き起こし、かつ高度に関連する多くの短い配列に利益をもたらす。
ROSイントロン31のブロッキングベイトの同定
現在、関連配列からの干渉に起因して、反復領域の高いカバレッジを生成することは困難である。この方法は、ベイト長(多くの場合60~120nt)よりも長く同一である領域の選択的捕捉を改善しないが、同一性よりもむしろその数の多さに起因して問題を引き起こし、かつ高度に関連する多くの短い配列に利益をもたらす。
潜在的なブロッキングベイト配列を同定するために、最も高度に反復した領域のいくつかを含む捕捉パネル内のベイトを調べた。位置chr6:117654887~117655006(ROSイントロン31)のプライマーを、BLATを用いて分析し、ゲノム全体で数百の高度に類似した配列を有することが観察された。最も近い18のマッチをClustalWで互いにアライメントした。望ましいROS1イントロン配列が19配列のコンセンサスと異なる13個の位置あった。ミスマッチは、他のゲノム領域との結合に最適なコンセンサス配列を作成し、ROS1との結合の可能性を減らすように変更された。得られた配列をゲノムに対してBLATしたところ、完全に一致するものは認められなかった。全てのゲノム配列は、少なくとも4つのミスマッチを有した。さらに、ROS1配列は上位200配列のリストには表示されなかった。したがって、この配列(配列番号1 GAACCAAAGACAAAAACCACATGATTATCTCAATAGATGCAGAAAAGGCCTTTGATAAAATTCAACATCCCTTCATGTTAAAAACTCTCAATAAACTAGTTATTGATGGAACATATCTCA)は、望ましくない配列が補足されることを防止するように、10倍超過剰のブロッキングベイトとして機能し得る。
chr6:117654887~117655006のコンセンサス配列の生成に使用した配列
ROS1イントロン31(chr6:117654108~117654227)からの第2のベイトを、同様の方法で検討した。120ntのベイトに12の変更を加え、再び、ゲノムに完全にマッチしないコンセンサス配列が得られた。コンセンサス配列にマッチする上位200位は、ROS1配列は含まなかった。したがって、このコンセンサス配列(配列番号2 AGAGCAAACAAATTCAAAAGCTAGCAGAAGACAAGAAATAACTAAGATCAGAGCAGAATTGAAGGAGATAGAGACACAAAAAACCCTCCAAAAAAAATCAACGAATCCAGGAGCTGTTTT)もブロッキングベイトとしても使用され得る。
chr6:117654108~117654227のコンセンサス配列の生成に使用した配列
関連する相同配列に問題がある標的化ROIの全領域に同じ方法の適用は、それらの領域についてより良いカバレッジおよびより少ない偽陽性をもたらし、配列決定アッセイの価値を高め得る。一般的に、これらのタグ付けられていないベイトは高いモル濃度で添加され得、それらのモル濃度は、性能を最適化するために個々にまたはグループとして調節され得る。個々の最適化は、経験的に、またはミスマッチの数、予想されるTm、GC含量、ゲノム中のホモログの頻度、および/または他の手段などのベイト配列の特性を用いて行い得る。
実施例3
ROSイントロン31のブロッキングベイトの同定
実施例3
ROSイントロン31のブロッキングベイトの同定
ROS1イントロン31の反復領域における選択されたベイトを以下に示す。修飾されたブロッキングベイトのための提案された配列は、小文字またはダッシュで変更された実際の各ベイトの下に記載されている。これらは、ブロッキングベイトの使用によって得られた改善を試験するために使用し得る。
本発明は、上記の実施例を参照して説明されたが、修正および変形が本発明の精神および範囲内に包含されることが理解されよう。従って、本発明は、以下の特許請求の範囲によってのみ限定される。
Claims (20)
- 標的配列の配列決定方法であって、
a)試料核酸を捕捉核酸分子およびブロッキング核酸分子とハイブリダイズさせる工程であって、該試料核酸が該標的配列および非標的配列を含む、工程;
b)該標的配列にハイブリダイズした該捕捉核酸分子を単離する工程;および
c)該単離された標的配列を配列決定する工程
を含む、方法。 - 前記非標的配列が、核酸の繰り返し領域および/または関連領域を含む、請求項1に記載の方法。
- 前記ブロッキング核酸分子および前記捕捉核酸分子が、少なくとも約60個~少なくとも120個の核酸を含む、請求項1に記載の方法。
- 前記捕捉核酸が標識されている、請求項1記載の方法。
- 前記捕捉核酸が、放射性ホスフェート、ビオチン、フルオロフォア、酵素またはそれらの組み合わせからなる群から選択される標識で標識されている、請求項4に記載の方法。
- 前記ブロッキング核酸分子が、前記捕捉核酸分子の10倍過剰に存在する、請求項1に記載の方法。
- 前記ブロッキング核酸分子が、前記捕捉核酸分子に対して少なくとも約70%の配列同一性を有する、請求項1に記載の方法。
- 前記ブロッキング核酸分子が、前記捕捉核酸分子と異なる少なくとも約4個の核酸分子を有する、請求項1記載の方法。
- 前記標的配列が、少なくとも約60個~少なくとも約120個の核酸を含む、請求項1に記載の方法。
- 前記配列決定する工程が次世代配列決定を含む、請求項1記載の方法。
- 標的配列の配列決定特異性および/または精度を改善する方法であって、
a)試料核酸を捕捉核酸分子およびブロッキング核酸分子とハイブリダイズさせる工程であって、該試料核酸が、該標的配列および非標的配列を含む、工程;
b)該標的配列にハイブリダイズした該捕捉核酸分子を単離する工程;および
c)該標的配列を配列決定する工程
を含む、方法。 - 前記非標的配列が核酸の繰り返し領域および/または関連領域を含む、請求項11に記載の方法。
- 前記ブロッキング核酸分子および前記捕捉核酸分子が、少なくとも約60個~少なくとも120個の核酸を含む、請求項11に記載の方法。
- 前記捕捉核酸が標識されている、請求項11に記載の方法。
- 前記捕捉核酸が、放射性ホスフェート、ビオチン、フルオロフォア、酵素またはそれらの組み合わせからなる群から選択される標識で標識されている、請求項14記載の方法。
- 前記ブロッキング核酸分子が、前記捕捉核酸分子の10倍過剰に存在する、請求項11に記載の方法。
- 前記ブロッキング核酸分子が、前記捕捉核酸分子に対して少なくとも約70%の配列同一性を有する、請求項11に記載の方法。
- 前記ブロッキング核酸分子が、前記捕捉核酸分子と異なる少なくとも約4個の核酸分子を有する、請求項11に記載の方法。
- 前記標的配列が、少なくとも約60個~少なくとも120個の核酸を含む、請求項11に記載の方法。
- 前記配列決定する工程が次世代配列決定を含む、請求項11に記載の方法。
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