JP2023521706A - アンギオテンシン変換酵素２（ａｃｅ２）のデノボタンパク質デコイ - Google Patents

アンギオテンシン変換酵素２（ａｃｅ２）のデノボタンパク質デコイ Download PDF

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マシュー ジェームズ ウォーカー，
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Abstract

ＡＣＥ２のデノボタンパク質デコイ及びその使用法を本明細書で提供する。いくつかの実施形態において、ＡＣＥ２タンパク質デコイを使用してコロナウイルス感染を治療する方法を提供する。【選択図】図１

Description

関連出願の相互参照
本出願は、２０２０年４月７日に出願の米国仮出願第６３／００６，４６３号、２０２０年５月２１日に出願の米国仮出願第６３／０２８，４０１号、２０２０年６月１３日に出願の米国仮出願第６２／７０５，１５０号、２０２０年７月２２日に出願の米国仮出願第６３／０５５，０５１号、２０２０年８月３日に出願の米国仮出願第６３／０６０，４８９号、２０２０年１０月２０日に出願の米国仮出願第６３／０９４，１７９号、及び、２０２１年２月３日に出願の米国仮出願第６３／１４５，３５２号の優先権の利益を主張し、これらのそれぞれは、いかなる目的においても参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
本発明は、ＡＣＥ２のデノボタンパク質デコイに関する。
ウイルスは、多くの場合、細胞表面結合タンパク質を利用して宿主細胞に侵入し、感染する。中和抗体は、ウイルスの表面に結合し、標的細胞の表面タンパク質（複数可）との相互作用を妨げ、及び／または感染に必要なウイルス関連コンフォメーション変化を防ぐことによって、このプロセスを阻害することができる。したがって、ワクチン接種は、多くのウイルス性疾患と闘うための広く有用なツールとなっている。ＲＮＡベースのウイルスは、この戦略の例外となることが多い。中和抗体は、ウイルスがその細胞標的と相互作用するのとは根本的に異なる様式でウイルスタンパク質に結合する。したがって、突然変異率の高いＲＮＡウイルスは多くの場合、標的受容体（複数可）との相互作用を保ちながら、自身の受容体結合タンパク質の形状を作り変え、中和抗体から逃れることにより、そのような構造的不一致を利用して免疫系を逃れる。
コロナウイルスは、エンベロープを持つ大型のプラス鎖ＲＮＡウイルスである。ゲノムは、ヌクレオカプシドタンパク質によって形成されるへリックス構造のカプシドで覆われており、さらにウイルスエンベロープに囲まれている。エンベロープアンカースパイクタンパク質を含む、少なくとも３つ構造タンパク質が、ウイルスエンベロープに結合している。コロナウイルスは、様々な受容体を認識し、かつスパイクタンパク質による結合は、その受容体を介したコロナウイルスの宿主細胞への侵入を媒介する。コロナウイルスは、２ステップのプロセスを経て宿主細胞に侵入すると考えられている。まず、スパイクタンパク質は、そのＳ１サブユニットを介して宿主細胞表面の受容体に結合し、次に、そのＳ２サブユニットを介してウイルスと宿主の膜とを融合させる。ウイルス結合ステップ及び膜融合プロセスの両方は、スパイクタンパク質による宿主受容体の認識によって媒介される。αコロナウイルスＨＣｏＶ－ＮＬ６３及びβコロナウイルスＳＡＲＳ－ＣｏＶの両方は、受容体亜鉛ペプチダーゼアンギオテンシン変換酵素２（ＡＣＥ２）を認識する。近年、ＡＣＥ２は、２０１９年に中国の武漢から出現した新たなＳＡＲＳ様コロナウイルスであり、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２とも呼ばれる、２０１９－ｎＣｏｖに対する機能的受容体であることも発見された。
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２は、コロナウイルス感染症２０１９（ＣＯＶＩＤ－１９）を引き起こす感染性の高いウイルスである。２０１９年１２月に出現して以来、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２は数百万人のＣＯＶＩＤ－１９患者を発生させ、世界的なパンデミックとなった。対象の大多数は、無症候性または軽症であるが、多数の対象が、呼吸困難もしくは低酸素症を伴う重度の疾患、または陽圧換気を必要とする呼吸不全の症状を伴う危機的な疾患、ショックあるいは多臓器不全を発症する。コロナウイルスなどのウイルスが宿主細胞に侵入するのを防ぐことができる薬剤を特定することが必要とされている。本発明は、このニーズ、及び他のニーズを満たす。
デノボ設計ＡＣＥ２タンパク質デコイによる細胞へのウイルス侵入の阻害を示す概略図である。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ及びＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ウイルスは、まず、スパイクタンパク質のＲＢＤドメインを介してヒト細胞の表面上のＡＣＥ２受容体に結合することによって細胞に侵入する（左図）。デノボ設計ＡＣＥ２デコイは、天然のＡＣＥ２と同様にＲＢＤドメインに結合するが、ＡＣＥ２とは異なり、生物学的機能を有していない。デコイは、ウイルスがネイティブＡＣＥ２受容体と結合することから効果的に隔離し、ネイティブＡＣＥ２機能レベルをそのまま維持して細胞へのウイルス侵入を防ぐ（右図）。 デノボ設計ＡＣＥ２タンパク質デコイＣＴＣ－４４５がＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイク／ＲＢＤタンパク質に結合することを酵母表面ディスプレイによって示す。陽性（ＡＣＥ２）対照を示す。 デノボ設計ＡＣＥ２タンパク質デコイＣＴＣ－４４５がＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイク／ＲＢＤタンパク質に結合することを酵母表面ディスプレイによって示す。陽性（ＡＣＥ２）対照を示す。 デノボ設計ＡＣＥ２タンパク質デコイＣＴＣ－４４５がＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイク／ＲＢＤタンパク質に結合することを酵母表面ディスプレイによって示す。陰性対照（ヒトＩＬ－２１Ｒ）を示す。 デノボ設計ＡＣＥ２タンパク質デコイＣＴＣ－４４５がＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイク／ＲＢＤタンパク質に結合することを酵母表面ディスプレイによって示す。陰性対照（ヒトＩＬ－２１Ｒ）を示す。 デノボＡＣＥ２タンパク質デコイＣＴＣ－４４５がＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイク／ＲＢＤタンパク質に結合することを酵母表面ディスプレイによって示す。ＣＴＣ－４４５を示す。 デノボＡＣＥ２タンパク質デコイＣＴＣ－４４５がＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイク／ＲＢＤタンパク質に結合することを酵母表面ディスプレイによって示す。ＣＴＣ－４４５を示す。 対照ヒトＡＣＥ２がＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイク／ＲＢＤタンパク質へ結合することを示す。 対照ヒトＡＣＥ２がスパイク／ＲＢＤへの結合に関して可溶性ＡＣＥ２と競合することを示す。 デノボタンパク質デコイＣＴＣ－４４５がＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイク／ＲＢＤタンパク質へ結合することを示す。 デノボタンパク質デコイＣＴＣ－４４５がスパイク／ＲＢＤへの結合に関して可溶性ＡＣＥ２と競合することを示す。 Ｏｃｔｅｔバイオレイヤー干渉測定（ＢＬＩ）結合アッセイを介した精製済みＡＣＥ２タンパク質デコイＣＴＣ－４４５の結合反応速度を示す。 Ａ～Ｈは、Ｏｃｔｅｔ・ＢＬＩ結合アッセイを介した選択精製済みＡＣＥ２タンパク質デコイの結合反応速度を示す。 Ａ～Ｈは、Ｏｃｔｅｔ・ＢＬＩ結合アッセイを介した選択精製済みＡＣＥ２タンパク質デコイの結合反応速度を示す。 Ａ～Ｈは、Ｏｃｔｅｔ・ＢＬＩ結合アッセイを介した選択精製済みＡＣＥ２タンパク質デコイＣＴＣ－４４５バリアントの結合反応速度を示す。 Ａ～Ｃは、ＡＣＥ２タンパク質デコイＣＴＣ－４４５（Ａ）、ＣＴＣ－４４５．２（Ｂ）及びＣＴＣ－４４５．２ｄ（Ｃ）の２２２ｎｍでの円偏光二色性吸収を示す。挿入図は、２０℃、９５～９９℃まで加熱した後（破線）、及び加熱したサンプルを２０℃まで冷却した後の、試験物質のＵＶ波長スペクトルを示している。Ｂ及びＣのＹ軸はＡのＹ軸と同じである。 Ａ～Ｃは、加熱及び冷却を繰り返した後のＡＣＥ２タンパク質デコイＣＴＣ－４４５、ＣＴＣ－４４５．２及びＣＴＣ－４４５．２ｄの熱処理回復を示す。データは、設計されたタンパク質は、繰り返しの熱変性後でもリフォールディングすることを示している。 Ａ～Ｃは、Ｏｃｔｅｔ・ＢＬＩ結合アッセイを介した精製済みＡＣＥ２タンパク質デコイＣＴＣ－４４５（Ａ）、ＣＴＣ－４４５．２（Ｂ）及びＣＴＣ－４４５．２ｄ（Ｃ）の結合反応速度を示す。 選択ＡＣＥ２タンパク質デコイの効力対その分子量のプロットを示す。ＩＣ５０は、ＥＬＩＳＡによって測定した。 Ａは、ルシフェラーゼレポーター遺伝子を有し、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のスパイクタンパク質をその表面に発現する非複製ＶＳＶシュードウイルスを使用して実施した中和アッセイの結果を示す。ＡＣＥ２タンパク質デコイＣＴＣ－４４５．２及びＣＴＣ－４４５．２ｄによるウイルス中和を、ＡＣＥ２を過剰発現しているＨＥＫ ２９３Ｔ細胞で実施した。試験タンパク質を、細胞とのインキュベーションの前にシュードウイルスと共に事前にインキュベートした。サンプルを、２０μＭ（ＣＴＣ－４４５．２）または１０μＭ（ＣＴＣ－４４５．２ｄ）から開始する３倍階段希釈を使用して２回ずつ試験した。Ｂは、Ａの中和アッセイと並行して行った細胞生死判別アッセイの結果である。 鼻腔内投与後の、マウス肺（上）及び血漿（下）におけるＡＣＥ２タンパク質デコイＣＴＣ－４４５．２ｄのバイオアベイラビリティを示している。肺溶解物及び血漿中のタンパク質濃度を、Ｍｅｓｏ Ｓｃａｌｅ Ｄｉｓｃｏｖｅｒｙプラットフォームを使用して定量化した。 Ｍｃａ－ＡＰＫ（ＤＮＰ）基質からの遊離蛍光体の酵素的放出によって測定したＡＣＥ２機能的活性を示す。陽性対照としてＤＸ６００ペプチドを使用してＡＣＥ２阻害を示した。 Ａ～Ｂは、Ｏｃｔｅｔ・ＢＬＩ結合アッセイを介したＡＣＥ２タンパク質デコイＣＴＣ－４４５．２（Ａ）、及びＣＴＣ－４４５．２ｄ（Ｂ）のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１への結合反応速度を示す。 Ａ～Ｅは、Ｏｃｔｅｔ結合アッセイを介したＡＣＥ２タンパク質デコイＣＴＣ－４４５．２のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤ変異体への結合の反応速度を示す。 ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質ＲＢＤ（表面提示）と設計されたＡＣＥ２タンパク質デコイＣＴＣ－４４５との複合体を示す。右側のｃａｒｔｏｏｎ表示形式のグラフは、設計された配列のバイアスをかけたフォワードフォールディングシミュレーションを示す。設計された配列をＲｏｓｅｔｔａを使用してａｂ ｉｎｉｔｉｏ構造予測法に供した。プロットの各点は、解となったタンパク質構造体からのフラグメントのＭｏｎｔｅ Ｃａｒｌｏ挿入によって計算された独立したフォールディング軌道を表している。フォールディングシミュレーションは、設計された構造体に対するＲＭＳＤが最小の（９量体及び３量体）の各残基位置におけるフラグメントの小サブセットを使用して、設計されたコンフォメーションにバイアスをかけた。赤色（または白黒の場合は黒色）の点は、Ｒｏｓｅｔｔａのｖａｌｌ構造データベースから、各アミノ酸位置での設計体に対するＲＭＳＤが最小の５フラグメントを使用して計算された軌道である。茶色（または灰色）の点は、設計モデル自体からのフラグメントと、ＲＭＳＤが最小の８つの３量体及び９量体を使用して計算された軌道である。漏斗状のエネルギー図は、設計された構造体が全体的なエネルギーが最小であり、代替的コンフォメーションに対して実質的なエネルギーギャップを有することを示唆している。 Ａ～Ｂは、ＡＣＥ２タンパク質デコイＣＴＣ－６４０と非冗長データベースの既知の構造体との構造アラインメントを示す。構造アラインメントは、アラインメントされるＣα原子間の最大距離が１０．０Ａで、再配線及び反転モードのＭＩＣＡＮを使用して実施した。灰色の各点は、ＣＴＣ－６４０とデータベースの異なる構造体との構造アラインメントを表している。黒色の各点は、ＣＴＣ－６４０とＡＣＥ２の異なる構造体との構造アラインメントを表している。両方のプロットについて、総残基数が５０未満の構造アラインメントを破棄した。（Ａ）構造アラインメントは、ポリペプチド鎖における二次的構造体要素の順番に基づいて構造体をアラインメントするＴＭａｌｉｇｎを使用して実施される。配列同一性は、構造的にアラインメントされた残基に基づいて計算される。ＣＴＣ－６４０は、ＡＣＥ２結合表面を模倣するが、ＡＣＥ２を含むデータベース内のいずれのタンパク質とも、線状構造または配列ではうまくアラインメントされない。（Ｂ）構造アラインメントは、二次的構造体の反転、代替的アラインメント、及び非シーケンシャルアラインメントを可能にする再配線／反転モードのＭＩＣＡＮを使用して実施される。ＣＴＣ－６４０で観察された最高の配列同一性は、ＡＣＥ２とのものであり、この際、Ｈ１＋Ｈ２＋Ｈ３は、アラインメントされる残基に対して３３．７％の配列同一性でＡＣＥ２におけるそれらの対応物と正確にアラインメントされている。 Ａ～Ｃは、Ｏｃｔｅｔ結合アッセイを介したＡＣＥ２タンパク質デコイＣＴＣ－７０８（ＣＴＣ－４４５．２ｔ）のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２（Ａ）、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１（Ｂ）への結合反応速度、及び競合アッセイの結果を示す。 Ａ～Ｃは、ＡＣＥ２タンパク質デコイＣＴＣ－４４５．２のディープ突然変異スキャニングの結果を、ロゴメイカー［参照：ｈｔｔｐｓ：／／ｗｗｗ．ｂｉｏｒｘｉｖ．ｏｒｇ／ｃｏｎｔｅｎｔ／１０．１１０１／６３５０２９ｖ１］を使用して配列ロゴとしてプロットしたものを示す。文字はそれらの可能性にしたがって、最も高い可能性（上）から低い可能性（下）の順に並べられている。ＣＴＣ－４４５．２のネイティブ配列は、黒色で陰影がつけられている。Ａは、残基１～５４を示している。Ｂは、残基５５～１０７を示している。Ｃは、残基１０８～１６０を示している。 Ａは、ルシフェラーゼレポーター遺伝子を有し、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２（ＧｅｎＢａｎｋ：ＱＨＤ４３４１６．１）のスパイクタンパク質をその表面に発現する非複製ＶＳＶシュードウイルスを使用して測定される、ｈＡＣＥ２を過剰発現している遺伝子改変ＨＥＫ２９３Ｔ細胞での、ＡＣＥ２タンパク質デコイＣＴＣ－４４５．２ｄ及びＣＴＣ－４４５．３ｄによるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染の中和を示す。Ｂは、スパイクタンパク質の代わりにＶＳＶｇを発現する対照シュードウイルスを使用した中和アッセイを示す。Ｃは、ＡＣＥ２タンパク質デコイＣＴＣ－４４５．２ｄ及びＣＴＣ－４４５．３ｄと共にインキュベートした遺伝子改変ＨＥＫ２９３Ｔ細胞の細胞生存率を示す。
本発明者らは、いくつかのコロナウイルスによって標的とされる天然の結合表面を正確に再現できるデノボタンパク質を構築した。特に、本発明者らは、コロナウイルス、特に、ＡＣＥ２を利用して宿主細胞への侵入を媒介するコロナウイルスによって認識される結合表面を提示するデノボタンパク質を構築した。コロナウイルスに結合することによって、これらのデノボタンパク質は、宿主ＡＣＥ２タンパク質のデコイとして機能し、特定の態様において、ウイルスがその受容体であるＡＣＥ２に結合するのを防ぐことができる。したがって、とりわけ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ及びＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のコロナウイルススパイクタンパク質に結合するデノボタンパク質であるＡＣＥ２タンパク質デコイを本明細書で提供する。本発明のタンパク質は、とりわけ、ウイルスの活性を阻害または中和するのに有用である。いくつかの実施形態では、タンパク質は、ウイルスのその宿主細胞受容体への結合をブロックし、かつコロナウイルスの宿主細胞への侵入を防ぐのに有用である。いくつかの実施形態では、タンパク質は、ウイルスの細胞間移行を阻害するように機能する。特定の実施形態では、タンパク質は、対象のコロナウイルス感染の少なくとも１つの症状を予防、治療、または緩和するのに有用である。特定の実施形態では、タンパク質は、コロナウイルス感染症を罹患しているか、または罹患するリスクのある対象に予防的または治療的に投与され得る。
第１の態様では、本発明は、コロナウイルススパイクタンパク質、特に、標的細胞へのウイルス侵入を促進するためにＡＣＥ２をその受容体として利用するコロナウイルス、例えば、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ及びＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のスパイクタンパク質に特異的に結合するデノボタンパク質であるＡＣＥ２タンパク質デコイを提供する。コロナウイルススパイクタンパク質のそのネイティブ受容体への結合を（例えば、部分的にまたは完全に）ブロックし、特に、コロナウイルススパイクタンパク質のＡＣＥ２への結合をブロックする、デノボタンパク質であるＡＣＥ２タンパク質デコイもまた提供する。いくつかの実施形態では、本発明は、コロナウイルスのヒト、ラクダ、またはコウモリのそのネイティブＡＣＥ２受容体への結合をブロックする、デノボタンパク質であるＡＣＥ２タンパク質デコイを提供する。
本発明のデノボタンパク質は、天然に存在せず、少なくとも２つαへリックスドメインＨ１及びＨ２、ならびに任意のβヘアピンドメインＨ３を含むペプチドドメインを含む。これらの３つのドメインは、コロナウイルススパイクタンパク質と結合する。本発明の例示的なデノボタンパク質は、コロナウイルススパイクタンパク質に対するαへリックスドメインＨ１及びＨ２ならびにβヘアピンドメインＨ３のタンパク質フォールディング及び結合受容能提示を促進する少なくとも１つの構造ドメインをさらに含む。いくつかの態様では、本発明の例示的なデノボタンパク質は、コロナウイルススパイクタンパク質に対するαへリックスドメインＨ１及びＨ２ならびにβヘアピンドメインＨ３のタンパク質フォールディング及び結合受容能提示を促進する少なくとも２つの構造ドメインを含む。αへリックスドメインＨ１及びＨ２、ならびに任意のβヘアピンは、コロナウイルススパイクタンパク質と相互作用する／コロナウイルススパイクタンパク質への結合部位として機能するアミノ酸残基を含む。
本発明のデノボタンパク質は、コロナウイルススパイクタンパク質の受容体結合ドメインにおけるアミノ酸残基と相互作用する。理論に拘束されることを望まないが、ＳＡＲＳ－ＣｏＶの場合、ＲＢＤ（受容体結合ドメイン）の予想される結合残基は、４４２、４４３、４６１、４６２、４６３、４７０、４７１、４７２、４７３、４７５、４７６、４７９、４８１、４８２、４８３、４８６、４８７、４８８、４８９及び４９１であり、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の場合は、予想される結合残基は、４５５、４５６、４７５、４７６、４７７、４８６、４８７、４８９、４９０、４９３、４９６、４９７、４９８、５００、５０１、５０２、５０４、及び５０５である。
関連する態様では、本発明は、ペプチドドメインＨ１、Ｈ２、及びＨ３を含むタンパク質だけではなく、ペプチドドメイン自体も提供する。
第２の態様では、本発明は、本発明のデノボタンパク質及びペプチドドメインをコードする核酸分子を提供する。例えば、本発明は、本明細書に記載のタンパク質及びペプチドドメインのいずれかをコードする核酸分子を提供する。
関連する態様では、本発明は、本発明のタンパク質を発現することができる組換え発現ベクターを提供する。例えば、本発明は、上述の核酸分子のいずれかを含む組換え発現ベクターを含む。そのようなベクターが導入された宿主細胞、ならびに、タンパク質の産生を可能にする条件下で宿主細胞を培養することによってタンパク質を産生する方法、及びそのように産生されたタンパク質を回収する方法もまた、本発明の範囲に含まれる。
第３の態様では、本発明は、本発明の治療に有効な量のデノボＡＣＥ２タンパク質デコイ及び薬学的に許容される担体を含む医薬組成物を提供する。関連する態様では、本発明は、本発明のデノボタンパク質と第２の治療剤とを組み合わせた組成物を特徴とする。一実施形態では、第２の治療剤は、本発明のデノボタンパク質と有利に組み合わせた任意の薬剤である。例示的な薬剤には、宿主細胞の感染性を含むウイルス活性を阻害する他の薬剤が含まれるがこれに限定されない。
第４の態様では、本発明は、標的細胞へのウイルス侵入を促進するためにＡＣＥ２をその受容体として利用するコロナウイルスに関連する疾患または障害を治療するための治療方法を提供する。この方法は、例えば、本発明のデノボＡＣＥ２タンパク質デコイを使用して、対象のウイルス感染を治療することを含み、該治療方法は、ＡＣＥ２タンパク質デコイを含む治療に有効な量の医薬組成物をそれを必要とする対象に投与することを含む。治療される障害は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶもしくはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２コロナウイルス活性、またはＡＣＥ２受容体を利用してその標的細胞への侵入を獲得する任意の他のコロナウイルスの活性を阻害することによって、改善、緩和、阻害、または予防される任意の疾患または病態である。特定の実施形態では、本発明は、コロナウイルス感染の少なくとも１つの症状を予防、治療、または緩和する方法を提供し、該方法は、本発明の治療に有効な量のタンパク質をそれを必要とする対象に投与することを含む。いくつかの実施形態では、本発明は、本発明のタンパク質を投与することによって対象のコロナウイルス感染の少なくとも１つの症状または徴候の重症度を緩和または軽減する方法を提供し、該少なくとも１つの症状または徴候は、肺の炎症、肺胞障害、発熱、咳、息切れ、下痢、心不全、不整脈、多臓器機能不全、肺炎、敗血症性ショック及び／または死亡からなる群から選択される。特定の実施形態では、本発明は、対象におけるウイルス量を減少させる方法を提供し、該方法は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶもしくはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のコロナウイルススパイクタンパク質、またはＡＣＥ２受容体を利用してその標的細胞への侵入を獲得するコロナウイルスの別のコロナウイルススパイクタンパク質に結合し、スパイクタンパク質のその宿主細胞受容体への結合をブロックする本発明の有効な量のＡＣＥ２タンパク質デコイを対象に投与すること、を含む。いくつかの実施形態では、デノボタンパク質は、コロナウイルス感染症を罹患しているか、または罹患するリスクのある対象に予防的または治療的に投与され得る。リスクのある対象には、免疫不全の者、高齢者（６５歳以上）、医療従事者、コロナウイルス感染が確認されたか、または疑われる者（複数可）と密接に接触した成人または子供、及び、肺疾患または感染、心臓疾患または糖尿病などの基礎疾患を有する者が含まれるが、これらに限定されない。特定の実施形態では、本発明のデノボタンパク質は、第２の治療剤と組み合わせてそれを必要とする対象に投与される。第２の治療剤は、例えば、抗炎症薬（コルチコステロイド、及び非ステロイド性抗炎症薬など）、抗感染薬、または抗ウイルス薬からなる群から選択されてよい。特定の実施形態では、第２の治療剤は、本発明のデノボタンパク質に関連する可能性がある副作用（複数可）が発生した場合に、その副作用（複数可）を弱めるか、軽減するのを助力する薬剤である場合がある。例えば、いくつかの態様では、第２の治療剤は、サイトカイン放出症候群（例えば、サイトカインストーム）を治療するものである。そのデノボタンパク質は、例えば、皮下、静脈内、皮内、腹腔内、経口、または筋肉内に投与することができる。いくつかの態様では、デノボタンパク質は、吸入される。
本発明には、本発明の核酸を使用して対象のウイルス感染を治療するための方法もまた含まれる。方法は、本発明のＡＣＥ２タンパク質デコイをコードする治療に有効な量の核酸を、それを必要とする対象に投与することを含む。
本発明はまた、コロナウイルス結合及び／または活性を阻害することで恩恵をうけるであろう疾患または障害の治療のための医薬品の製造における本発明のタンパク質または核酸の使用も含む。
第５の態様では、本発明は、生体サンプルにおけるコロナウイルススパイクタンパク質を検出する方法を提供する。方法は、生体サンプルを本発明のＡＣＥ２タンパク質デコイと接触させるステップと、生体サンプルにおけるコロナウイルススパイクタンパク質を検出するステップと、を含む。
その他の実施形態については、以下の詳細な説明を検討することにより明らかになるであろう。
定義
用語「ＳＡＲＳ－ＣｏＶ」とは、２００２年に中国で出現した重度の急性呼吸器不全症候群コロナウイルスを指す。このウイルスは、ウイルス性スパイクタンパク質を介してヒト宿主細胞受容体ＡＣＥ２に結合する。「Ｓタンパク質」とも呼ばれる用語「ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－Ｓ」とは、ＳＡＲＳコロナウイルスのスパイクタンパク質（Ｓ１及びＳ２）を指す。ＳＡＲＳ－ＣｏＶのスパイクタンパク質は、受容体認識及び膜融合を媒介する。ウイルス感染中、Ｓタンパク質は、２つのサブユニットＳ１及びＳ２に切断される。受容体結合ドメインは、Ｓ１サブユニットにあり、かつＡＣＥ２のペプチダーゼドメイン（ＰＤ）に直接結合する。Ｓ２は、膜融合を担う。Ｓ１がＡＣＥ２に結合すると、Ｓ２は、宿主プロテアーゼによって切断される。このＳ２の切断は、ウイルス感染にとって重要であると考えられている。例示的なＳＡＲＳ－ＣｏＶ－Ｓタンパク質を配列番号２として本明細書で提供する。シグナルペプチドは、アミノ酸１～１３、Ｓ１スパイクタンパク質は、アミノ酸１４～６６７、及びＳ２スパイクタンパク質は、アミノ酸６６８～１２５５である。用語ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－Ｓ及びＳＡＲＳ－ＣｏＶスパイクタンパク質は、異なるＳＡＲＳ－ＣｏＶ分離株から分離されたＳＡＲＳ－ＣｏＶスパイクタンパク質のタンパク質バリアントを含む。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ分離株としては、例えば、分離株ＢＪ０１、分離株ＢＪ０２、分離株ＢＪ０３、分離株ＢＪ０４、分離株ＧＺ５０、分離株ＣＵＨＫ－Ｗ１、分離株ＨＫＵ－３６８７１、分離株ＧＤ０１、分離株ＧＤ０３、分離株Ｓｈａｎｇｈａｉ ＬＹ、分離株Ｆｒａｎｋｆｕｒｔ１、分離株ＦＲＡ、分離株ＳＺ２３、分離株ＳＺ３、及び分離株Ｔｏｒ２、が挙げられる。
用語「ＣＯＶＩＤ－１９」、「２０１９－ｎＣｏｖ」、または「ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２」とは、２０１９年に中国の武漢から出現し、ＷＨＯによって２０２０年３月１１日にパンデミックと分類された新たなＳＡＲＳ様コロナウイルスを指す。ＳＡＲＳ－ＣｏＶと同様に、このウイルスは、ウイルス性スパイクタンパク質を介してヒト宿主細胞受容体ＡＣＥ２に結合する。「Ｓタンパク質」とも呼ばれる用語「ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｓ」とは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２コロナウイルスのスパイクタンパク質を指す。例示的なＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２Ｓタンパク質を配列番号３として本明細書で提供する。用語ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｓ及びＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質は、異なるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２分離株から分離されたＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質のタンパク質バリアントを含む。本明細書で使用される用語「コロナウイルスＡＣＥ２結合スパイクタンパク質」または「ＡＣＥ２結合スパイクタンパク質」は、宿主細胞へのその侵入を媒介するためにＡＣＥ２を利用するコロナウイルススパイクタンパク質を指す。
「ＡＣＥ２」とは、コロナウイルスに選択される受容体として機能するアンギオテンシン変換酵素２を指す。ヒトＡＣＥ２タンパク質の完全長を、配列番号１として本明細書で提供する。シグナルペプチドは、アミノ酸残基１～１７、細胞外ＰＤドメインは、アミノ酸残基１８～７４０、膜貫通セグメントは、残基７４１～７６１、及び細胞内ドメインは、残基７６２～８０５である。
ＡＣＥ２の主な生理学的役割は、アンギオテンシンの成熟であるが、一部のコロナウイルスの細胞受容体として乗っ取られている。本発明のＡＣＥ２タンパク質デコイは、ヒトＡＣＥ２のデコイとして機能するように設計したが、いくつかの実施形態では、それらは、他の哺乳類種由来のＡＣＥ２のタンパク質デコイとしても機能することができる。
本明細書で使用される用語「コロナウイルス感染」、「ＳＡＲＳ－ＣｏＶ感染」、または「ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染」とは、宿主細胞への侵入を獲得するためにＡＣＥ２受容体を利用するコロナウイルス、特にＳＡＲＳまたはＣＯＶＩＤ－１９コロナウイルスによる感染を指す。重度の急性呼吸器疾患は、ＳＡＲＳ及びＣＯＶＩＤ－１９コロナウイルス感染の両方に付随する。血栓事象及び神経系疾患を含む様々な別の合併症もＣＯＶＩＤ－１９コロナウイルスに付随する。感染の症状としては、発熱、咳、息切れ、肺炎、下痢などの胃腸症状、臓器不全（腎不全、心不全、及び腎機能異常）、敗血症性ショック及び重症のケースにおける死亡などが挙げられる。
本明細書で使用される用語「組換え」とは、例えば、ＤＮＡスプライシング及び遺伝子導入発現などを含む組換えＤＮＡ技術として当技術分野において知られている技術または方法によって作成、発現、単離または取得される本発明のタンパク質を指す。
用語「特異的に結合する」、または「～に特異的に結合する」などは、第１の部分が、他の部分に対してよりも第２の部分に対してより高い親和性を有することを意味する。ただし、特異的結合には、排他的な結合は必要ではない。いくつかの実施形態では、第１の部分は、第２の部分に特異的に結合し、得られる複合体は、生理学的条件下で比較的安定している。特異的結合は、いくつかの実施形態において約６５０ｎＭ以下か、またはいくつかの実施形態において１００ｎＭ以下の平衡解離定数によって特性決定することができる（例えば、ＫＤが小さいほど結合が強いことを意味する）。２つの部分が特異的に結合するかどうかを判定する方法は、当該技術分野において周知であり、例えば、平衡透析法、表面プラズモン共鳴法などが挙げられる。本明細書にて記載するように、タンパク質は、コロナウイルススパイクタンパク質に特異的に結合すること、特に、タンパク質が、コロナウイルスＡＣＥ２結合スパイクタンパク質に特異的に結合することが判明した。
語句「治療に有効な量」は、投与の際に所望の効果をもたらす量を指す。正確な量は、治療の目的によって左右し、既知の技術を使用して当業者によって確認されるであろう（例えば、Ｌｌｏｙｄ（１９９９） Ｔｈｅ Ａｒｔ，Ｓｃｉｅｎｃｅ ａｎｄ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ ｏｆ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｃｏｍｐｏｕｎｄｉｎｇを参照されたい）。
本明細書で使用される場合、用語「対象」とは、ウイルス感染などの疾患または障害の緩和、予防、及び／または治療を必要とする、動物、好ましくは哺乳動物、より好ましくはヒトを指す。用語は、コロナウイルス感染症に罹患しているか、または罹患するリスクのあるヒト対象を含む。
本明細書で使用される場合、用語「治療する」、「治療すること」、または「治療」とは、コロナウイルス感染の少なくとも１つの症状または徴候の重症度の軽減または寛解を必要とする対象に本発明のタンパク質などの治療剤を投与することによって、コロナウイルス感染の少なくとも１つの症状または徴候の重症度の軽減または寛解を指す。これらの用語には、疾患の進行または感染の悪化の阻害が含まれる。治療剤は、対象に治療薬量で投与され得る。
用語「予防する」、「予防すること」、または「予防」とは、コロナウイルス感染の症状の発症の阻害を指す。いくつかの実施形態では、予防は、コロナウイルス感染の阻害及び／または対象から別の固体へのコロナウイルス感染の拡大の阻害を包含する。
本明細書で使用される場合、用語「抗ウイルス薬」とは、対象のウイルス感染を治療、予防、または緩和するために使用される任意の抗感染薬または治療法を指す。用語「抗ウイルス薬」には、リバビリン、レムデシビル、オセルタミビル、ザナミビル、インターフェロン－α２ｂ、鎮痛剤及びコルチコステロイドが含まれるが、これらに限定されない。本発明の文脈において、ウイルス感染には、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ及びＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２を含むヒトコロナウイルスによって引き起こされる感染が含まれる。
ポリペプチド配列に関して本明細書で使用される用語「同一性」とは、２つの分子間のアミノ酸配列同一性を指す。両方の分子のアミノ酸位置に同じアミノ酸がある場合、それらの分子は、その位置において同一である。２つのポリペプチド間の同一性は、同一位置の数に応じて直接変化する。一般に、配列は、最上位の一致が得られるように整列される（必要に応じてギャップを含む）。同一性は、公開されている技術、及びＧＣＧプログラムパッケージ（Ｄｅｖｅｒｅｕｘ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．１２：３８７，１９８４）、ＢＬＡＳＴＰ、ＦＡＳＴＡ（Ａｔｓｃｈｕｌ ｅｔ ａｌ．， Ｊ．Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌ．２１５：４０３，１９９０）などの幅広く利用可能なコンピュータプログラムを用いて計算することができる。配列同一性は、例えば、ｔｈｅ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ ＣｅｎｔｅｒのＧｅｎｅｔｉｃｓ Ｃｏｍｐｕｔｅｒ ＧｒｏｕｐのＳｅｑｕｅｎｃｅ Ａｎａｌｙｓｉｓ Ｓｏｆｔｗａｒｅ Ｐａｃｋａｇｅ（１７１０ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ａｖｅｎｕｅ，Ｍａｄｉｓｏｎ，ＷＩ ５３７０５）などの配列解析ソフトウエアを、そのデフォルトパラメータと共に使用して測定することができる。本発明で同一性を判定する場合、結合界面残基とコロナウイルススパイクタンパク質との位置合わせを考慮することも重要である。アミノ酸を追加また削除する場合、タンパク質のその結合パートナーへの提示または二次的構造体を実質的に妨げないように行う必要がある。特に明記しない限り、パーセント同一性は、参照配列の長さ全体にわたって判定される。
いくつかの態様では、参照ペプチドドメインに対するアミノ酸置換は、は、例えば、保存的アミノ酸置換である場合がある。本明細書で使用される場合、「保存的アミノ酸置換」とは、所与のアミノ酸が類似の生理化学的特性を有するアミノ酸によって置換され得ること、例えば、ある脂肪族残基を別の脂肪族残基に置換すること（Ｉｌｅ、Ｖａｌ、Ｌｅｕ、またはＡｌａなどの互いの置換）、またはある極性残基を他の残基に置換すること（ＬｙｓとＡｒｇとの置換、ＧｌｕとＡｓｐとの置換、もしくはＧｌｎとＡｓｎとの置換など）を意味する。他のそのような保存的置換、例えば、類似の疎水性特性を有する全領域の置換が知られている。保存的アミノ酸置換を含むポリペプチドは、本明細書に記載のアッセイのうち任意の１つで試験して、所望の活性を維持しているかどうかを確認することができる。アミノ酸は、それらの側鎖の特性の類似性に従って分類され得る。あるいは、天然に存在する残基は、共通の側鎖特性に基づいて分類され得る。非保存的置換は、これらのクラスのメンバーを別のクラスのメンバーと変換することを伴う。特定の保存的置換としては、例えば、ＡｌａからＧｌｙもしくはＳｅｒへ；ＡｒｇからＬｙｓへ；ＡｓｎからＧｌｎもしくはＨへ；ＡｓｐからＧｌｕへ；ＣｙｓからＳｅｒへ；ＧｌｎからＡｓｎへ；ＧｌｕからＡｓｐへ；ＧｌｙからＡｌａもしくはＰｒｏへ；ＨｉｓからＡｓｎもしくはＧｌｎへ；ＩｌｅからＬｅｕもしくはＶａｌへ；ＬｅｕからＩｌｅもしくはＶａｌへ；ＬｙｓからＡｒｇ、ＧｌｎもしくはＧｌｕへ；ＭｅｔからＬｅｕ、ＴｙｒもしくはＩｌｅへ；ＰｈｅからＭｅｔ、ＬｅｕもしくはＴｙｒへ；ＳｅｒからＴｈｒへ；ＴｈｒからＳｅｒへ；ＴｒｐからＴｙｒへ；ＴｙｒからＴｒｐへ；及び／またはＰｈｅからＶａｌ、ＩｌｅもしくはＬｅｕへの置換が挙げられる。一般的な疎水性グループは、グリシン（Ｇｌｙ）、アラニン（Ａｌａ）、バリン（Ｖａｌ）、ロイシン（Ｌｅｕ）、イソロイシン（Ｉｌｅ）、プロリン（Ｐｒｏ）、及びフェニルアラニン（Ｐｈｅ）である。
本明細書で使用される場合、天然のアミノ酸残基は、アラニン（Ａｌａ；Ａ）、アスパラギン（Ａｓｎ；Ｎ）、アスパラギン酸（Ａｓｐ；Ｄ）、アルギニン（Ａｒｇ；Ｒ）、システイン（Ｃｙｓ；Ｃ）、グルタミン酸（Ｇｌｕ；Ｅ）、グルタミン（Ｇｌｎ；Ｑ）、グリシン（Ｇｌｙ；Ｇ）、ヒスチジン（Ｈｉｓ；Ｈ）、イソロイシン（Ｉｌｅ；Ｉ）、ロイシン（Ｌｅｕ；Ｌ）、リジン（Ｌｙｓ；Ｋ）、メチオニン（Ｍｅｔ；Ｍ）、フェニルアラニン（Ｐｈｅ；Ｆ）、プロリン（Ｐｒｏ；Ｐ）、セリン（Ｓｅｒ；Ｓ）、スレオニン（Ｔｈｒ；Ｔ）、トリプトファン（Ｔｒｐ；Ｗ）、チロシン（Ｔｙｒ；Ｙ）及びバリン（Ｖａｌ；Ｖ）、と略記される。本明細書で使用される場合、「アミノ酸」とは、典型的には、２０個の天然アミノ酸を指す。しかし、当業者であれば、天然アミノ酸の代わりに１つ以上の（例えば、１～１０個、１～５個、１～３個、または１個もしくは２個の）非天然アミノ酸を使用できることを理解されるであろう。本明細書で使用される場合、用語「非天然アミノ酸」とは、タンパク質に天然に存在する２０個のアミノ酸とは別のアミノ酸を指す。非天然アミノ酸は、当技術分野において既知である。
本明細書で使用される場合、用語「ポリペプチド」、「タンパク質」、または「ペプチド」とは、その長さまたは翻訳後修飾（例えば、グリコシル化またはリン酸化）に関係なく、アミノ酸残基の任意の鎖を指す。
「操作可能に連結される」は、ヌクレオチド配列が、ヌクレオチド配列の発現を可能にする方法で（例えば、ｉｎ ｖｉｔｒｏ転写／翻訳システムで、またはベクターが宿主細胞に導入される場合は宿主細胞で）制御配列（複数可）に連結されることを意味するものとする。「制御配列」には、プロモーター、エンハンサー、及びその他の発現制御エレメント（例えば、ポリアデニル化シグナル）が含まれる。本発明の発現構築物は、宿主細胞に導入されて、それによって本明細書にて開示するタンパク質を産生することができる。
用語「宿主細胞」及び「組換え宿主細胞」は、本明細書では同じ意味で用いられる。このような用語は、特定の対象細胞だけではなく、そのような細胞の子孫または潜在的な子孫も指すことを理解されたい。突然変異または環境的影響のいずれかに起因して、後続の世代においてある特定の修飾が起こる場合があるため、かかる子孫は、実際には、親細胞と同一でない場合があるが、本明細書で使用される用語の範囲内に依然として含まれる。
本明細書で使用される場合、用語「形質転換」及び「トランスフェクション」は、リン酸カルシウムもしくは塩化カルシウム共沈、ＤＥＡＥ－デキストラン媒介トランスフェクション、リポフェクション、パーティクルガン、または電気穿孔法を含む、外来核酸（例えば、ＤＮＡ）を宿主細胞中に導入するための種々の技術認識されている技法を指す。
本明細書で使用される場合、用語「薬学的に許容される担体」には、薬学的投与と適合する生理食塩水、溶剤、分散媒体、コーティング、抗菌及び抗カビ剤、等張剤及び吸収遅延剤などが含まれるがこれらに限定されない。補足的な活性化合物（例えば、抗生物質）も組成物に組み込むことができる。
概要
本発明者らは、コロナウイルスのスパイクタンパク質に特異的に結合して、スパイクタンパク質とその生来の受容体との相互作用を調節するデノボＡＣＥ２タンパク質デコイについて、本明細書に記載した。特に、デノボＡＣＥ２タンパク質デコイは、標的細胞へのウイルス侵入を促進するためにＡＣＥ２をその受容体として利用するコロナウイルスのスパイクタンパク質に結合する。とりわけ、本発明のデノボＡＣＥ２タンパク質デコイは、コロナウイルススパイクタンパク質と相互作用し、それに結合するのに必要なドメインを含むが、これらは、典型的には、例えば、ＡＣＥ２の触媒領域（例えば、メタロプロテアーゼ触媒領域）を含む、ネイティブＡＣＥ２の他の酵素活性に関連するドメインを含まない。本発明の例示的なデノボＡＣＥ２タンパク質デコイは、アンギオテンシン（すなわち、アンギオテンシンＩ及びＩＩを含む任意の形態のアンギオテンシン）の切断を触媒しない。いくつかの実施形態では、本明細書で提供するＡＣＥ２タンパク質デコイは、ヒトＡＣＥ２（配列番号１）と６０％、５５％、５０％、４５％、４０％、または３５％以下の配列同一性を有する。ＡＣＥ２に対する同一性に関して、パーセント同一性は、クエリーとしてＡＣＥ２タンパク質デコイ、及び参照としてＡＣＥ２を用いて、クエリーの長さにわたって計算される。
いくつかの実施形態では、本発明のタンパク質デコイは、７００ｎＭ以下のＫｄ、６００ｎＭ以下のＫｄ、５００ｎＭ以下のＫｄ、４００ｎＭ以下のＫｄ、３００ｎＭ以下のＫｄ、２００ｎＭ以下のＫｄ、１００ｎＭ以下のＫｄ、５０ｎＭ以下のＫｄ、好ましくは約２０ｎＭ以下、または、１５ｎＭ、１０ｎＭ、もしくは５ｎＭ以下のＫｄで、スパイクタンパク質（例えば、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のスパイクタンパク質）に結合する。Ｋｄを判定する方法、当技術分野において既知であり、実施例において説明する。特定の実施形態では、本発明のデノボタンパク質デコイは、コロナウイルススパイクタンパク質（例えば、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の）に結合して、スパイクタンパク質とそれらのネイティブ受容体（すなわち、ＡＣＥ２）との相互作用をブロックできるという点で、タンパク質をブロックする。本明細書で使用されるブロッキングタンパク質は、スパイクタンパク質とそれらのネイティブ受容体との相互作用を完全にブロックするか、またはスパイクタンパク質とそれらのネイティブ受容体との相互作用を部分的にブロックすることができる。特定の実施形態では、デノボタンパク質デコイは、スパイクタンパク質とそれらのネイティブ受容体（すなわち、ＡＣＥ２）との相互作用を、１００ｎＭ以下のＩＣ５０で阻害する。いくつかの実施形態では、デノボタンパク質は、スパイクタンパク質とそれらのネイティブ受容体（すなわち、ＡＣＥ２）との相互作用を、５０、４０、３０、２０、１０、または５ｎＭ以下のＩＣ５０で阻害する。いくつかの実施形態では、本発明のブロッキングタンパク質は、コロナウイルススパイクタンパク質のその受容体への結合をブロックするか、及び／または宿主細胞のウイルス感染性を阻害、または中和、または低減する。いくつかの実施形態では、ブロッキングタンパク質は、コロナウイルス感染症（例えば、ＣＯＶＩＤ－１９コロナウイルス感染症）に罹患している対象を治療するのに有用であり得る。いくつかの実施形態では、本発明のデノボタンパク質デコイは、それを必要とする患者に投与されると、対象におけるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２などのコロナウイルスによる感染を低減する。それらは、対象におけるウイルス量を減少させるために使用され得る。本発明のタンパク質デコイは、単独で、またはウイルス感染を治療するための当技術分野で知られている他の治療用部分または治療用モダリティを伴う補助療法として使用することができる。ＳＡＲＳ－ＣｏＶまたはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に結合し、その活性を阻害／中和する本発明のデノボタンパク質の能力は、本明細書に記載されるような結合アッセイまたは活性アッセイを含む、当業者に周知の任意の標準的な方法を使用して測定することができる。例えば、結合及び活性の阻害及び／またはブロックを測定するためのｉｎ ｖｉｔｒｏアッセイを、実施例にて例示する。
本発明のデノボタンパク質デコイは、追加の標識または部分を含んでいないか、または標識（例えば、Ｎ末端またはＣ末端の標識または部分）を含んでいてもよい。一実施形態では、標識または部分は、ビオチンである。結合アッセイでは、標識の位置（存在する場合）によって、ペプチドが結合している表面に対応するペプチドの配向が同定され得る。例えば、表面がアビジンでコーティングされている場合、Ｎ末端ビオチンを含むペプチドは、ペプチドのＣ末端部分が表面に対して遠位になるように配向される。例えば、標識は、酵素、放射性核種、蛍光染料またはＭＲＩ検出可能標識であってよい。このような標識タンパク質は、イメージングアッセイを含む診断アッセイで使用することができる。いくつかの態様では、トリプトファンを含まないＡＣＥ２タンパク質デコイの場合、標識は、２８０ｎｍでの吸光度によるタンパク質の検出を可能にするＣ末端ペプチドであってもよい（例えば、ＧＳＧＷＧＳＧ、配列番号２４８）。
ＡＣＥ２タンパク質デコイの構造的特性及び配列特性
本明細書においてＡＣＥ２タンパク質デコイと呼ばれる本発明のデノボタンパク質を本明細書で提供する。これらのタンパク質デコイは、本質的には、天然に存在しないタンパク質であり、コロナウイルススパイクタンパク質と結合する少なくとも２つのαへリックスドメイン、及び好ましくはαヘリックスのタンパク質フォールディング及び結合受容能提示を促進する少なくとも１つの構造ドメインを含む。いくつかの実施形態では、デノボタンパク質は、任意のβヘアピンドメインをさらに含む。コロナウイルススパイクタンパク質と結合するαへリックスドメイン及び任意のβヘアピンドメインは、コロナウイルススパイクタンパク質と相互作用する／コロナウイルススパイクタンパク質への結合部位として機能する。これらのドメインは、本明細書においてはＨ１、Ｈ２、及びＨ３と呼ばれ、コロナウイルススパイクタンパク質との結合相互作用に関与するアミノ酸残基と、コロナウイルススパイクタンパク質との結合相互作用に関与しないアミノ酸残基との両方を含む。概して、Ｈ１及びＨ２ドメインに関して、コロナウイルスＡＣＥ２結合スパイクタンパク質との結合相互作用関与しないこれらのアミノ酸残基は、その位置にあるアミノ酸の同一性に関して非常に乱雑である場合がある位置にある。いくつかのこれらの残基はまた、溶剤に曝される位置にある。いくつかの実施形態では、溶剤に曝される位置でアミノ酸を置換する場合、親水性アミノ酸の使用が特に望ましいが、非親水性アミノ酸も同様に許容される。
当業者は、本発明のデノボタンパク質であるＡＣＥ２タンパク質デコイは、結合ドメインがネイティブＡＣＥ２タンパク質の対応する結合部位に構造的に位置が合う一方で、補助的な構造ドメインは、ＡＣＥ２のいずれの他の二次的構造体に構造上または配列的に位置が合わないように設計されたことを理解するであろう。いくつかの態様では、本発明のデノボタンパク質は、例えば、２．７５Ａ ＲＭＳＤ（平均二乗偏差）以内でネイティブＡＣＥ２結合モチーフに構造的に位置が合い、ＡＣＥ２のいずれの他の二次的構造体要素とも構造上または配列的に位置が合わない１つ以上の二次的構造体要素を含む。例えば、ＭＩＣＡＮタンパク質構造アラインメントアルゴリズムを使用する、ＲＭＳＤを決定する方法は、当技術分野において既知である。ＭＩＣＡＮは、二次的構造体要素間の結合性を無視することによって、タンパク質ペア間の最適な構造アラインメントを識別する。
いくつかの態様では、本発明のデノボタンパク質は、２つのαへリックスドメインＨ１及びＨ２、ならびに任意のβヘアピンドメインＨ３を含み、ここで、
Ｈ１は、アミノ酸配列
ＳＸ１Ｘ２Ｘ３ＥＱＸ４Ｘ５ＴＦＸ６ＤＫＸ７Ｘ８ＨＥＸ９ＥＤＸ１０Ｘ１１ＹＱＸ１２Ｘ１３Ｌ（配列番号４）または、
Ｘ２Ｘ３ＥＱＸ４Ｘ５ＴＦＸ６ＤＫＸ７Ｘ８ＨＥＸ９ＥＤＸ１０Ｘ１１ＹＱＸ１２Ｘ１３Ｌ（配列番号１７６）を含み、
Ｈ２は、アミノ酸配列
ＮＸ１４Ｘ１５ＮＸ１６Ｘ１７Ｘ１８ＫＸ１９Ｘ２０Ｘ２１ＦＸ２２Ｘ２３ＥＱＸ２４Ｘ２５ＬＸ２６Ｘ２７ＭＹ（配列番号５）を含み、及び
Ｈ３（存在する場合）は、アミノ酸配列
Ｘ２８Ｘ２９Ｘ３０Ｘ３１Ｘ３２Ｘ３３ＫＧＤＸ３４ＲＸ３５Ｘ３６（配列番号６）を含み、ここで、Ｘ１、Ｘ２、Ｘ３、Ｘ４、Ｘ５、Ｘ６、Ｘ７、Ｘ８、Ｘ９、Ｘ１０、Ｘ１１、Ｘ１２、Ｘ１３、Ｘ１４、Ｘ１５、Ｘ１６、Ｘ１７、Ｘ１８、Ｘ１９、Ｘ２０、Ｘ２１、Ｘ２２、Ｘ２３、Ｘ２４、Ｘ２５、Ｘ２６、Ｘ２７、Ｘ２８、Ｘ２９、Ｘ３０、Ｘ３１、Ｘ３２、Ｘ３３、Ｘ３４、Ｘ３５、及びＸ３６は、それぞれ個別に任意のアミノ酸から選択される。
このようなデノボタンパク質は、Ｈ１、Ｈ２、及びＨ３のタンパク質フォールディング及び結合受容能提示を促進する１つ以上の構造ドメインをさらに含む。本発明のいくつかの実施形態では、ＡＣＥ２タンパク質デコイのコロナウイルス結合アミノ酸残基は、ＡＣＥ２タンパク質のコロナウイルス結合アミノ酸残基と同じである。例えば、いくつかのこのような実施形態では、Ｈ１、Ｈ２、及びＨ３の結合残基は、ネイティブＡＣＥ２タンパク質の同じ構造的位置にあるアミノ酸と同一である。加えて、いくつかの例示的な実施形態では、Ｈ１の溶剤に曝されるアミノ酸のうち全て、または１～６個、もしくは１～５個、もしくは１～４個、もしくは１～３個を除く全て、及びＨ２の溶剤に曝されるアミノ酸のうち全て、または１～６個、もしくは１～５個、もしくは１～４個、もしくは１～３個を除く全ては、それらが結合に関与するかどうかに関わらず、ネイティブＡＣＥ２タンパク質の同じ構造的位置にあるアミノ酸と同一である。ウイルスが標的とするタンパク質ＡＣＥ２の表面と実質的に同一の表面を提示することにより、本発明のＡＣＥ２タンパク質デコイへの結合を回避するように変異するウイルスの能力が、最小化される。配列番号４における１、５、６、９、１０、１２、１３、１６、１７、１９、２０、２３、２４及び２７位のアミノ酸残基は、そのほとんどが溶剤に曝されるか、及び／またはコロナウイルスＡＣＥ２結合スパイクタンパク質への結合に関与し；配列番号１７６における３、４、７、８、１０、１１、１４、１５、１７、１８、２１、２２及び２５位のアミノ酸残基は、そのほとんどが溶剤に曝されるか、及び／またはコロナウイルスＡＣＥ２結合スパイクタンパク質への結合に関与し；配列番号５における１、４、８、１２、１５、１６、１９、２２及び２３位のアミノ酸残基は、そのほとんどが溶剤に曝されるか、及び／またはコロナウイルスＡＣＥ２結合スパイクタンパク質への結合に関与し；かつ配列番号６における７、８、及び９位のアミノ酸残基は、そのほとんどが溶剤に曝されるか、及び／またはコロナウイルスＡＣＥ２結合スパイクタンパク質への結合に関与する。いくつかの態様では、アミノ酸置換を行う場合、これらの残基は置換されない。他の態様では、これらの残基を修飾することが望ましい場合がある。例えば、これらの残基の修飾は、ネイティブコロナウイルススパイクタンパク質よりも高い親和性でＡＣＥ２に結合するタンパク質を作成するために行われ得る。例えば、このようなタンパク質は、診断目的で使用することができる。いくつかの態様では、配列番号４の１、５、６、９、１０、１２、１３、１６、１７、１９、２０、２３、２４及び２７位のアミノ酸残基のうち４個以下、３個以下、２個以下、もしくは１個以下が置換されるか、または配列番号１７６の３、４、７、８、１０、１１、１４、１５、１７、１８、２１、２２及び２５位のアミノ酸残基のうち４個以下、３個以下、２個以下、もしくは１個以下が置換され；配列番号５の１、４、８、１２、１５、１６、１９、２２及び２３位のアミノ酸残基のうち３個以下、２個以下、もしくは１個以下が置換され；かつ配列番号６の７、８、９、もしくは１１位の残基の１個以下が置換されるか、または配列番号６の７、８、もしくは９位の残基のうち１個以下が、置換される。いくつかのそのような態様では、このような置換は、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｋ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、またはＴから選択されるアミノ酸によるものである。いくつかのそのような態様では、置換は保存的アミノ酸によるものである。他の態様では、配列番号４の中でＳ１Ｉ；Ｅ５Ｄ；Ｅ５Ｑ；Ｅ５Ｖ；Ｄ１２Ｖ、Ｄ１２Ｅ；Ｑ２４Ｋ；及びＱ２４Ｌの置換のうち１つ以上が行われる。他の態様では、配列番号１７６の中でＥ３Ｄ；Ｅ３Ｑ；Ｅ３Ｖ；Ｄ１０Ｖ、Ｄ１０Ｅ；Ｑ２２Ｋ；及びＱ２２Ｌの置換のうち１つ以上が行われる。一部の例外を除いて、配列番号４、１７６、５及び６内のＸ（下付き数字を伴う）と識別される残基は、溶剤に曝されず、及び／またはコロナウイルスＡＣＥ２結合スパイクタンパク質への結合に直接関与しない。これらの残基は、典型的には、ＡＣＥ２の対応するアミノ酸とは異なるものである場合がある。本発明には、Ｘ（下付き数字を伴う）として表されるアミノ酸のうち半分以下、または８個以下が、配列番号１で表されるネイティブＡＣＥ２の対応する位置のアミノ酸と同じであるタンパク質が含まれる。いくつかの態様では、Ｈ１におけるＸ（下付き数字を伴う）として表されるアミノ酸のうち４個、３個、または２個以下；Ｈ２におけるＸ（下付き数字を伴う）として表されるアミノ酸のうち４個、３個、または２個以下；及び／またはＨ３におけるＸ（下付き数字を伴う）として表されるアミノ酸のうち５個、４個、３個、または２個以下は、ネイティブＡＣＥ２の対応する位置と同じである。ＡＣＥ２におけるＨ１の例示的な対応する配列は、ＳＴ ＩＥＥＱＡＫＴＦＬＤ ＫＦＮＨＥＡＥＤＬＦ ＹＱＳＳＬ（配列番号７）であり；ＡＣＥ２におけるＨ２の例示的な対応する配列は、ＮＭＮＮＡＧＤＫＷＳ ＡＦＬＫＥＱＳＴＬＡ ＱＭＹ（配列番号８）であり；ＡＣＥ２におけるＨ３の例示的な対応する配列は、ＴＡＷＤ ＬＧＫＧＤＦＲＩＬ（配列番号９）である。
αへリックスドメインＨ１
本発明のデノボタンパク質（すなわち、ＡＣＥ２タンパク質デコイ）は、２つのαへリックスドメインＨ１及びＨ２、ならびに任意のβヘアピンドメインＨ３を含む場合があり、ここで、
Ｈ１は、アミノ酸配列：
ＳＸ１Ｘ２Ｘ３ＥＱＸ４Ｘ５ＴＦＸ６ＤＫＸ７Ｘ８ＨＥＸ９ＥＤＸ１０Ｘ１１ＹＱＸ１２Ｘ１３Ｌ（配列番号４）またはＸ２Ｘ３ＥＱＸ４Ｘ５ＴＦＸ６ＤＫＸ７Ｘ８ＨＥＸ９ＥＤＸ１０Ｘ１１ＹＱＸ１２Ｘ１３Ｌ（配列番号１７６）を含み、この際、Ｘ１、Ｘ２、Ｘ３、Ｘ４、Ｘ５、Ｘ６、Ｘ７、Ｘ８、Ｘ９、Ｘ１０、Ｘ１１、Ｘ１２、Ｘ１３は、それぞれ個別に任意のアミノ酸から選択される。
本発明には、Ｈ１が、アミノ酸配列：
ＳＸ１Ｘ２Ｘ３ＥＱＸ４Ｘ５ＴＦＸ６ＤＫＸ７Ｘ８ＨＥＸ９ＥＤＸ１０Ｘ１１ＹＱＸ１２Ｘ１３Ｌ（配列番号４）またはＸ２Ｘ３ＥＱＸ４Ｘ５ＴＦＸ６ＤＫＸ７Ｘ８ＨＥＸ９ＥＤＸ１０Ｘ１１ＹＱＸ１２Ｘ１３Ｌ（配列番号１７６）を含み、この際、
Ｘ１は、Ａ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＡ、Ｃ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、またはＹ）から選択されるアミノ酸であり；
Ｘ２は、Ａ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＶ、Ａ、Ｄ、Ｈ、Ｉ、Ｎ、Ｐ、Ｔ、またはＷ）から選択されるアミノ酸であり；
Ｘ３は、Ａ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＲ、Ｌ、Ｃ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｍ、Ｓ、Ｔ、またはＹ）から選択されるアミノ酸であり；
Ｘ４は、Ｃ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、Ｔ、またはＶ（好ましくはＬ、Ｉ、Ｔ、またはＶ）から選択されるアミノ酸であり；
Ｘ５は、Ａ、Ｃ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＡ、Ｋ、Ｃ、Ｅ、Ｉ、Ｌ、Ｎ、Ｒ、Ｖ、またはＹ）から選択されるアミノ酸であり；
Ｘ６は、Ａ、Ｃ、Ｇ、Ｌ、Ｍ、Ｓ、Ｔ、またはＶ（好ましくはＡ、Ｃ、Ｓ、またはＴ）から選択されるアミノ酸であり；
Ｘ７は、Ａ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｓ、Ｔ、またはＶ（好ましくはＡ、Ｃ、Ｅ、Ｆ、Ｉ、Ｌ、Ｎ、Ｑ、Ｓ、Ｔ、またはＶ）から選択されるアミノ酸であり；
Ｘ８は、Ａ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＦ、Ｄ、Ｅ、Ｈ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、またはＷ）から選択されるアミノ酸であり；
Ｘ９は、Ａ、Ｃ、Ｄ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＭ、Ａ、Ｃ、Ｆ、Ｇ、Ｌ、Ｓ、Ｔ、またはＶ）から選択されるアミノ酸であり；
Ｘ１０は、Ａ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＲ、Ａ、Ｃ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｍ、Ｐ、Ｑ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ）から選択されるアミノ酸であり；
Ｘ１１は、Ｎ、Ｃ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｌ、Ｍ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＦ、Ｎ、Ｗ、またはＹ）から選択されるアミノ酸であり；
Ｘ１２は、Ａ、Ｃ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＡ、Ｃ、Ｓ、またはＴ）から選択されるアミノ酸であり；
Ｘ１３は、Ａ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｓ、Ｔ、またはＶ（好ましくはＡ、Ｃ、Ｆ、Ｇ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｓ、Ｔ、またはＶ）から選択されるアミノ酸である、本発明のデノボタンパク質が含まれる。
本発明には、Ｈ１が、アミノ酸配列：
ＳＸ１Ｘ２Ｘ３ＥＱＸ４Ｘ５ＴＦＸ６ＤＫＸ７Ｘ８ＨＥＸ９ＥＤＸ１０Ｘ１１ＹＱＸ１２Ｘ１３Ｌ（配列番号４）またはＸ２Ｘ３ＥＱＸ４Ｘ５ＴＦＸ６ＤＫＸ７Ｘ８ＨＥＸ９ＥＤＸ１０Ｘ１１ＹＱＸ１２Ｘ１３Ｌ（配列番号１７６）を含み、この際、
Ｘ１は、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｋ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、またはＴから選択されるアミノ酸であり；
Ｘ２、Ｘ６、Ｘ９、Ｘ１１、Ｘ１２及びＸ１３は、それぞれ個別にＡ、Ｆ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、ＰまたはＶから選択されるアミノ酸であり；
Ｘ５、Ｘ７、Ｘ８、及びＸ１０は、それぞれ個別にＡ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹから選択されるアミノ酸であり、
Ｘ３は、Ａ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹから選択されるアミノ酸であるか、またはＡ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹから選択されるアミノ酸であり；
ならびに
Ｘ４は、Ａ、Ｆ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、Ｐ、Ｖ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｋ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、またはＴから選択されるアミノ酸である、本発明のデノボタンパク質が含まれる。本発明のデノボＡＣＥ２タンパク質デコイは、フェニルアラニンがＸ１のアミノ酸のリストに含まれ、アスパラギンがＸ２のアミノ酸のリストに含まれ、ヒスチジンがＸ８のアミノ酸のリストに含まれ、かつアスパラギンがＸ１１のアミノ酸のリストに含まれた前述のようなものを含む。本発明のデノボＡＣＥ２タンパク質デコイは、フェニルアラニンがＸ１のアミノ酸のリストに含まれ、アスパラギンがＸ２のアミノ酸のリストに含まれ、アスパラギンがＸ３のアミノ酸置換のリストから削除され、Ｘ４がＩ、Ｌ、Ｍ、Ｐ、Ｖ、またはＴから選択されるアミノ酸であり；アスパラギン酸が、Ｘ５のアミノ酸置換のリストから削除され、Ｘ６がＡ、Ｌ、Ｍ、またはＶから選択されるアミノ酸であり；プロリンがＸ７のアミノ酸置換のリストから削除され、ヒスチジンがＸ８のアミノ酸のリストに含まれ、かつリジン及びプロリンが削除され、プロリンがＸ９のアミノ酸のリストから削除され、アスパラギンがＸ１１のアミノ酸のリストに含まれ、アラニン、イソロイシン、プロリン及びバリンが削除され、かつプロリンがＸ１２及びＸ１３のアミノ酸置換のリストから削除された前述のようなものを含む。
本発明には、
（ｉ）Ｘ４が、Ａ、Ｆ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、ＰまたはＶ（好ましくはＩ、Ｌ、ＭまたはＶ）から選択されるアミノ酸であり；かつＸ１、Ｘ２、Ｘ３、Ｘ５、Ｘ６、Ｘ７、Ｘ８、Ｘ９、Ｘ１０、Ｘ１１、Ｘ１２及びＸ１３が、本明細書で提供する実施形態のいずれかに記載されている通りであり；
（ｉｉ）Ｘ４が、Ａ、Ｆ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、ＰまたはＶ（好ましくはＩ、Ｌ、ＭまたはＶ）から選択されるアミノ酸であり；Ｘ５が、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｋ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、またはＴ（好ましくはＥ、Ｇ、Ｋ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、またはＴ）から選択されるアミノ酸であり；かつＸ１、Ｘ２、Ｘ３、Ｘ６、Ｘ７、Ｘ８、Ｘ９、Ｘ１０、Ｘ１１、Ｘ１２及びＸ１３が、本明細書で提供する実施形態のいずれかに記載されている通りであり；
（ｉｉｉ）Ｘ１が、ＲまたはＳまたはＦから選択されるアミノ酸であり；かつＸ２、Ｘ３、Ｘ４、Ｘ５、Ｘ６、Ｘ７、Ｘ８、Ｘ９、Ｘ１０、Ｘ１１、Ｘ１２及びＸ１３が、本明細書で提供する実施形態のいずれかに記載されている通りであり；
（ｉｖ）Ｘ３が、Ｒ、Ｌ、Ａ、Ｆ、Ｉ、Ｍ、Ｐ、またはＶから選択されるアミノ酸であり；かつＸ１、Ｘ２、Ｘ４、Ｘ５、Ｘ６、Ｘ７、Ｘ８、Ｘ９、Ｘ１０、Ｘ１１、Ｘ１２及びＸ１３が、本明細書で提供する実施形態のいずれかに記載されている通りであり；
（ｖ）Ｘ３が、Ｒ、Ｌ、Ｃ、またはＳから選択されるアミノ酸であり；かつＸ１、Ｘ２、Ｘ４、Ｘ５、Ｘ６、Ｘ７、Ｘ８、Ｘ９、Ｘ１０、Ｘ１１、Ｘ１２及びＸ１３が、本明細書で提供する実施形態のいずれかに記載されている通りであり；
（ｖｉ）Ｘ７が、ＡまたはＴから選択されるアミノ酸であり；かつＸ１、Ｘ２、Ｘ３、Ｘ４、Ｘ５、Ｘ６、Ｘ８、Ｘ９、Ｘ１０、Ｘ１１、Ｘ１２及びＸ１３が、本明細書で提供する実施形態のいずれかに記載されている通りであり；
（ｖｉｉ）Ｘ１０が、Ｒ、ＳもしくはＬから選択されるアミノ酸であるか、またはＲもしくはＳから選択されるアミノ酸であり；かつＸ１、Ｘ２、Ｘ３、Ｘ４、Ｘ５、Ｘ６、Ｘ７、Ｘ８、Ｘ９、Ｘ１１、Ｘ１２及びＸ１３が、本明細書で提供する実施形態のいずれかに記載されている通りであり；
（ｖｉｉｉ）Ｘ１が、ＲまたはＳまたはＦから選択されるアミノ酸であり；Ｘ３が、ＲまたはＬから選択されるアミノ酸であり；Ｘ７が、ＡまたはＴから選択されるアミノ酸であり；Ｘ１０がＲ、ＳまたはＬから選択されるアミノ酸であり；かつＸ２、Ｘ４、Ｘ５、Ｘ６、Ｘ８、Ｘ９、Ｘ１１、Ｘ１２及びＸ１３が、本明細書で提供する実施形態のいずれかに記載されている通りであり；
（ｉｘ）Ｘ５が、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｋ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、またはＴ（好ましくはＥ、Ｇ、Ｋ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、またはＴ）から選択されるアミノ酸であり；かつＸ１、Ｘ２、Ｘ３、Ｘ４、Ｘ６、Ｘ７、Ｘ８、Ｘ９、Ｘ１０、Ｘ１１、Ｘ１２及びＸ１３が、本明細書で提供する実施形態のいずれかに記載されている通りであり；
（ｘ）Ｘ５が、リジンであり；かつＸ１、Ｘ２、Ｘ３、Ｘ４、Ｘ６、Ｘ７、Ｘ８、Ｘ９、Ｘ１０、Ｘ１１、Ｘ１２及びＸ１３が、本明細書で提供する実施形態のいずれかに記載されている通りであり；
（ｘｉ）Ｘ９が、ＭまたはＬから選択されるアミノ酸であり；かつＸ１、Ｘ２、Ｘ３、Ｘ４、Ｘ５、Ｘ６、Ｘ７、Ｘ８、Ｘ１０、Ｘ１１、Ｘ１２及びＸ１３が、本明細書で提供する実施形態のいずれかに記載されている通りであり；
（ｘｉｉ）Ｘ１が、セリンであり；Ｘ３が、Ｌであり；かつＸ２、Ｘ４、Ｘ５、Ｘ６、Ｘ７、Ｘ８、Ｘ９、Ｘ１０、Ｘ１１、Ｘ１２及びＸ１３が、本明細書で提供する実施形態のいずれかに記載されている通りであり；
（ｘｉｉｉ）Ｘ８が、Ａ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＡ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｗ、またはＹ）から選択されるアミノ酸であり；Ｘ８が、Ｆ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｋ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、もしくはＴ（好ましくはＦ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｎ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、もしくはＴ）から選択されるアミノ酸であるか、Ｘ８が、フェニルアラニンであるか、またはＸ８が、フェニルアラニンもしくはヒスチジンであり；かつＸ１、Ｘ２、Ｘ３、Ｘ４、Ｘ５、Ｘ６、Ｘ７、Ｘ９、Ｘ１０、Ｘ１１、Ｘ１２及びＸ１３が、本明細書で提供する実施形態のいずれかに記載されている通りでる、本発明のデノボＡＣＥ２タンパク質デコイが含まれる。
本発明のデノボタンパク質は、２つのαへリックスドメインＨ１及びＨ２、ならびに任意のβヘアピンドメインＨ３を含む場合があり、ここで、
Ｈ１は、アミノ酸配列：
ＳＸ１Ｘ２Ｘ３ＥＱＸ４Ｘ５ＴＦＸ６ＤＫＸ７Ｘ８ＨＥＸ９ＥＤＸ１０Ｘ１１ＹＱＸ１２Ｘ１３Ｌ（配列番号４）またはＸ２Ｘ３ＥＱＸ４Ｘ５ＴＦＸ６ＤＫＸ７Ｘ８ＨＥＸ９ＥＤＸ１０Ｘ１１ＹＱＸ１２Ｘ１３Ｌ（配列番号１７６）を含み、この際、
Ｘ１及びＸ５は、それぞれ個別にＤ、Ｅ、Ｇ、Ｋ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、またはＴから選択されるアミノ酸であり；
Ｘ２、Ｘ４、Ｘ６、Ｘ９、Ｘ１１、Ｘ１２及びＸ１３は、それぞれ個別にＡ、Ｆ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、ＰまたはＶから選択されるアミノ酸であり；
Ｘ３、Ｘ７、及びＸ１０は、それぞれ個別にＡ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹから選択されるアミノ酸であり；かつ
Ｘ８は、Ａ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｗ、またはＹ（より好ましくは、Ｆ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｋ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、またはＴ）から選択されるアミノ酸である。本発明のデノボタンパク質は、フェニルアラニンがＸ１のアミノ酸のリストに含まれ、アスパラギンがＸ２のアミノ酸のリストに含まれ、ヒスチジンがＸ８のアミノ酸のリストに含まれ、かつアスパラギンがＸ１１のアミノ酸のリストに含まれた前述のようなものを含む。本発明のデノボタンパク質は、フェニルアラニンがＸ１のアミノ酸のリストに含まれ、アスパラギンがＸ２のアミノ酸のリストに含まれ、アスパラギンがＸ３のアミノ酸置換のリストから削除され、Ｘ４がＩ、Ｌ、Ｍ、Ｐ、またはＶから選択されるアミノ酸であり；アスパラギン酸がＸ５のアミノ酸置換のリストから削除され、Ｘ６がＡ、Ｌ、Ｍ、またはＶから選択されるアミノ酸であり；プロリンがＸ７のアミノ酸置換のリストから削除され、ヒスチジンがＸ８のアミノ酸のリストに含まれ、かつリジン及びプロリンが削除され；プロリンがＸ９のアミノ酸のリストから削除され、アスパラギンがＸ１１のアミノ酸のリストに含まれ、アラニン、イソロイシン、プロリン、及びバリンが削除され、かつプロリンがＸ１２及びＸ１３のアミノ酸置換のリストから削除された前述のようなものを含む。
本発明のデノボタンパク質は、２つのαへリックスドメインＨ１及びＨ２、ならびに任意のβヘアピンドメインＨ３を含む場合があり、ここで、Ｈ１は、アミノ酸配列：
ＳＸ１Ｘ２Ｘ３ＥＱＸ４Ｘ５ＴＦＸ６ＤＫＸ７Ｘ８ＨＥＸ９ＥＤＸ１０Ｘ１１ＹＱＸ１２Ｘ１３Ｌ（配列番号４）またはＸ２Ｘ３ＥＱＸ４Ｘ５ＴＦＸ６ＤＫＸ７Ｘ８ＨＥＸ９ＥＤＸ１０Ｘ１１ＹＱＸ１２Ｘ１３Ｌ（配列番号１７６）を含み、この際、
Ｘ１は、ＲまたはＳから選択されるアミノ酸であり；
Ｘ３は、ＲまたはＬから選択されるアミノ酸であり；
Ｘ７は、ＡまたはＴから選択されるアミノ酸であり；
Ｘ１０は、Ｒ、ＳまたはＬ（好ましくはＲまたはＳ）から選択されるアミノ酸であり；
Ｘ２、Ｘ４、Ｘ６、Ｘ９、Ｘ１１、Ｘ１２及びＸ１３は、それぞれ個別にＡ、Ｆ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、ＰまたはＶから選択されるアミノ酸であり；
Ｘ５は、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｋ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、またはＴから選択されるアミノ酸であり；かつ
Ｘ８は、Ａ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｗ、またはＹ（好ましくは、Ｆ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｋ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、またはＴ）から選択されるアミノ酸である。本発明のデノボタンパク質は、フェニルアラニンがＸ１のアミノ酸のリストに含まれ、アスパラギンがＸ２のアミノ酸のリストに含まれ、ヒスチジンがＸ８のアミノ酸のリストに含まれ、かつアスパラギンがＸ１１のアミノ酸のリストに含まれた前述のようなものを含む。本発明のデノボタンパク質は、フェニルアラニンがＸ１のアミノ酸のリストに含まれ、アスパラギンがＸ２のアミノ酸のリストに含まれ、アスパラギンがＸ３のアミノ酸置換のリストから削除され、Ｘ４がＩ、Ｌ、Ｍ、Ｐ、またはＶから選択されるアミノ酸であり；アスパラギン酸がＸ５のアミノ酸置換のリストから削除され、Ｘ６がＡ、Ｌ、Ｍ、またはＶから選択されるアミノ酸であり；プロリンがＸ７のアミノ酸置換のリストから削除され、ヒスチジンがＸ８のアミノ酸のリストに含まれ、かつリジン及びプロリンが削除され；プロリンがＸ９のアミノ酸のリストから削除され、アスパラギンがＸ１１のアミノ酸のリストに含まれ、アラニン、イソロイシン、プロリン、及びバリンが削除され、かつプロリンがＸ１２及びＸ１３のアミノ酸置換のリストから削除された前述のようなものを含む。
本発明のデノボタンパク質は、２つのαへリックスドメインＨ１及びＨ２、ならびに任意のβヘアピンドメインＨ３を含む場合があり、ここで、Ｈ１は、アミノ酸配列：
ＳＸ１Ｘ２Ｘ３ＥＱＸ４Ｘ５ＴＦＸ６ＤＫＸ７Ｘ８ＨＥＸ９ＥＤＸ１０Ｘ１１ＹＱＸ１２Ｘ１３Ｌ（配列番号４）またはＸ２Ｘ３ＥＱＸ４Ｘ５ＴＦＸ６ＤＫＸ７Ｘ８ＨＥＸ９ＥＤＸ１０Ｘ１１ＹＱＸ１２Ｘ１３Ｌ（配列番号１７６）を含み、この際、
Ｘ１は、ＲまたはＳから選択されるアミノ酸であり；Ｘ２は、Ｖであり；Ｘ３は、ＲまたはＬから選択されるアミノ酸であり；Ｘ４は、ロイシンであり；Ｘ５は、リジンであり；Ｘ６は、アラニンであり；Ｘ７は、ＡまたはＴから選択されるアミノ酸であり；Ｘ８は、フェニルアラニンであり；Ｘ９は、メチオニンであり；Ｘ１０は、ＲまたはＳまたはＬ（好ましくはＲまたはＳ）から選択されるアミノ酸であり；Ｘ１１は、フェニルアラニンであり；Ｘ１２は、Ａであり；かつＸ１３はＡである。
本発明のデノボタンパク質は、２つのαへリックスドメインＨ１及びＨ２、ならびに任意のβヘアピンドメインＨ３を含む場合があり、ここで、Ｈ１は、アミノ酸配列：
ＳＸ１Ｘ２Ｘ３ＥＱＸ４Ｘ５ＴＦＸ６ＤＫＸ７Ｘ８ＨＥＸ９ＥＤＸ１０Ｘ１１ＹＱＸ１２Ｘ１３Ｌ（配列番号４）またはＸ２Ｘ３ＥＱＸ４Ｘ５ＴＦＸ６ＤＫＸ７Ｘ８ＨＥＸ９ＥＤＸ１０Ｘ１１ＹＱＸ１２Ｘ１３Ｌ（配列番号１７６）を含み、この際、
Ｘ１は、ＲまたはＳから選択されるアミノ酸であり；Ｘ２は、バリンであり；Ｘ３は、ＲまたはＬまたはＣまたはＳから選択されるアミノ酸であり；Ｘ４は、ロイシンであり；Ｘ５は、リジンであり；Ｘ６は、アラニンであり；Ｘ７は、ＡまたはＴから選択されるアミノ酸であり；Ｘ８は、フェニルアラニンであり；Ｘ９は、ＭまたはＬであり；Ｘ１０は、ＲまたはＳまたはＬ（好ましくはＲまたはＳ）から選択されるアミノ酸であり；Ｘ１１は、フェニルアラニンであり；Ｘ１２は、アラニンであり；かつＸ１３はアラニンである。
本発明のデノボタンパク質は、２つのαへリックスドメインＨ１及びＨ２、ならびに任意のβヘアピンドメインＨ３を含む場合があり、ここで、Ｈ１は、アミノ酸配列：
ＳＸ１Ｘ２Ｘ３ＥＱＸ４Ｘ５ＴＦＸ６ＤＫＸ７Ｘ８ＨＥＸ９ＥＤＸ１０Ｘ１１ＹＱＸ１２Ｘ１３Ｌ（配列番号４）またはＸ２Ｘ３ＥＱＸ４Ｘ５ＴＦＸ６ＤＫＸ７Ｘ８ＨＥＸ９ＥＤＸ１０Ｘ１１ＹＱＸ１２Ｘ１３Ｌ（配列番号１７６）を含み、この際、
Ｘ１は、ＲまたはＳまたはＦから選択されるアミノ酸であり；Ｘ２は、ＮまたはＶから選択されるアミノ酸であり；Ｘ３は、ＲまたはＬまたはＣまたはＳから選択されるアミノ酸であり；Ｘ４は、ロイシンであり；Ｘ５は、リジンであり；Ｘ６は、アラニンであり；Ｘ７は、ＡまたはＴから選択されるアミノ酸であり；Ｘ８は、ＦまたはＨから選択されるアミノ酸であり；Ｘ９は、ＭまたはＬから選択されるアミノ酸であり；Ｘ１０は、ＲまたはＳまたはＬ（好ましくはＲまたはＳ）から選択されるアミノ酸であり；Ｘ１１は、ＦまたはＮから選択されるアミノ酸であり；Ｘ１２は、アラニンであり；かつＸ１３はアラニンである。
本発明のデノボタンパク質は、２つのαへリックスドメインＨ１及びＨ２、ならびに任意のβヘアピンドメインＨ３を含む場合があり、ここで、
Ｈ１は、アミノ酸配列：
ＳＸ１Ｘ２Ｘ３ＥＱＸ４Ｘ５ＴＦＸ６ＤＫＸ７Ｘ８ＨＥＸ９ＥＤＸ１０Ｘ１１ＹＱＸ１２Ｘ１３Ｌ（配列番号４）またはＸ２Ｘ３ＥＱＸ４Ｘ５ＴＦＸ６ＤＫＸ７Ｘ８ＨＥＸ９ＥＤＸ１０Ｘ１１ＹＱＸ１２Ｘ１３Ｌ（配列番号１７６）を含み、この際、（ｉ）Ｘ８は、バリンでないか、（ｉｉ）Ｘ８は、Ｖ、Ａ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、またはＰから選択されるアミノ酸ではないか、（ｉｉｉ）Ｘ８は、フェニルアラニンであり；かつＸ１、Ｘ２、Ｘ３、Ｘ４、Ｘ５、Ｘ６、Ｘ７、Ｘ９、Ｘ１０、Ｘ１１、Ｘ１２及びＸ１３は、本明細書で提供する実施形態のいずれかに記載されている通りである。
本発明のデノボタンパク質は、２つのαへリックスドメインＨ１及びＨ２、ならびに任意のβヘアピンドメインＨ３を含む場合があり、ここで、Ｈ１は、アミノ酸配列：
ＳＸ１Ｘ２Ｘ３ＥＱＸ４Ｘ５ＴＦＸ６ＤＫＸ７Ｘ８ＨＥＸ９ＥＤＸ１０Ｘ１１ＹＱＸ１２Ｘ１３ＬＸ３７Ｘ３８Ｘ３９Ｘ４０Ｘ４１Ｘ４２Ｘ４３Ｘ４４Ｘ４５Ｘ４６（配列番号１０）を含み、
この際、Ｘ１～Ｘ１３は、Ｈ１について本明細書の実施形態のいずれかに記載されている通りであり；かつＸ３７、Ｘ３８、Ｘ４１、Ｘ４２、Ｘ４５、及びＸ４６は、それぞれ個別に任意のアミノ酸から選択される。いくつかの態様では、Ｘ１～Ｘ１３は、Ｈ１について本明細書の実施形態のいずれかに記載されている通りであり；かつ
Ｘ３７、Ｘ３８、Ｘ４１、Ｘ４２、Ｘ４５、及びＸ４６は、それぞれ個別にＡ、Ｆ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、ＰまたはＶから選択されるアミノ酸であり；
Ｘ４０及びＸ４４は、それぞれ個別にＡ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹから選択されるアミノ酸であり；
Ｘ３９は、Ａ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＡ、Ｆ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、ＰまたはＶ）から選択されるアミノ酸であり；
Ｘ４３は、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｋ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、またはＴから選択されるアミノ酸である。本発明のデノボタンパク質は、イソロイシンがＸ３７のアミノ酸のリストから削除され、プロリンがＸ３８のアミノ酸のリストから削除され；Ｘ３９がＦ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、Ｖ、Ｗ、またはＹから選択されるアミノ酸であり；ヒスチジンがＸ４０のアミノ酸のリストに含まれ、かつプロリンが削除され、プロリンがＸ４１のアミノ酸のリストから削除され；かつアミノ酸、Ｔ及びＹがＸ４２のアミノ酸のリストに含まれた前述のようなものを含む。いくつかのそのような態様では、Ｘ４２は、ＡまたはＶから選択されるアミノ酸である。
本発明には、Ｘ１、Ｘ２、Ｘ３、Ｘ４、Ｘ５、Ｘ６、Ｘ７、Ｘ８、Ｘ９、Ｘ１０、Ｘ１１、Ｘ１２及びＸ１３が本明細書の実施形態のいずれかに記載されている通りであり、かつ配列番号４の１、５、６、９、１０、１２、１３、１６、１７、１９、２０、２３、２４及び２７位（または配列番号１７６における同等の位置）のアミノ酸のうち１つ以上（好ましくは１～３個以下）が置換されたＡＣＥ２タンパク質デコイも含まれる。例えば、いくつかの態様では、Ｓ１Ｉ；Ｅ５Ｄ；Ｅ５Ｑ；Ｅ５Ｖ；Ｄ１２Ｖ、Ｄ１２Ｅ；Ｑ２４Ｌ；及びＱ２４Ｋのうち１つ以上の置換が行われる。いくつかの態様では、配列番号４の中でＳ１Ｉ；Ｅ５Ｄ；Ｅ５Ｑ；Ｅ５Ｖ；Ｄ１２Ｖ、Ｄ１２Ｅ；Ｑ２４Ｌ；及びＱ２４Ｋ（または配列番号１７６における同等の位置）のうち１つの置換が行われる。いくつかの態様では、配列番号４の中でＴ９Ｆ、Ｄ１２Ｉ、Ｄ１２Ｎ、Ｅ１７Ｉ、Ｙ２３Ｈ（または配列番号１７６における同等の位置）のうち１つ以上の置換が行われる。
いくつかの実施形態では、本発明のデノボタンパク質は、Ｘ４がＤ、Ｅ、Ｇ、Ｈ、Ｋ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｗ、またはＹから選択されるアミノ酸ではなく；Ｘ６がＤ、Ｅ、Ｆ、Ｈ、Ｋ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｗ、またはＹから選択されるアミノ酸ではなく；Ｘ７がＰではなく；Ｘ８がプロリンではなく；Ｘ９がＫ、Ｐ、またはＲから選択されるアミノ酸ではなく；Ｘ１１がＤ、Ｅ、Ｋ、Ｐ、Ｒ、ＴまたはＶから選択されるアミノ酸ではなく；Ｘ１２がＫ、Ｐ、またはＲから選択されるアミノ酸ではなく；Ｘ１３がＰまたはＷから選択されるアミノ酸ではなく；Ｘ３８がＨ、Ｋ、Ｐ、またはＲから選択されるアミノ酸ではなく；Ｘ３９がＤ、Ｅ、Ｇ、Ｋ、またはＰから選択されるアミノ酸ではなく；及び／またはＸ４１がプロリンではないことを条件として、本明細書に記載のものを含む。
本発明のＡＣＥ２タンパク質デコイは、Ｈ１が、下記の配列番号１１～１７、１７７～１８３、１９８、または１９９に示されているアミノ酸配列と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％または１００％の同一性を有するアミノ酸配列を含んでいるものを含む。
ＳＲＶＬＥＱＬＫＴＦＡＤＫＡＦＨＥＭＥＤＲＦＹＱＡＡＬ（配列番号１１）
ＳＳＶＲＥＱＬＫＴＦＡＤＫＡＦＨＥＭＥＤＲＦＹＱＡＡＬ（配列番号１２）ｆ４４
ＳＲＶＲＥＱＬＫＴＦＡＤＫＴＦＨＥＭＥＤＲＦＹＱＡＡＬ（配列番号１３）
ＳＲＶＲＥＱＬＫＴＦＡＤＫＡＦＨＥＭＥＤＳＦＹＱＡＡＬ（配列番号１４）
ＳＳＶＬＥＱＬＫＴＦＡＤＫＡＦＨＥＭＥＤＲＦＹＱＡＡＬ（配列番号１５）
ＳＳＶＬＥＱＬＫＴＦＡＤＫＴＦＨＥＭＥＤＳＦＹＱＡＡＬ（配列番号１６）
ＳＲＶＲＥＱＬＫＴＦＡＤＫＡＦＨＥＭＥＤＲＦＹＱＡＡＬ（配列番号１７）
ＶＬＥＱＬＫＴＦＡＤＫＡＦＨＥＭＥＤＲＦＹＱＡＡＬ（配列番号１７７）
ＶＲＥＱＬＫＴＦＡＤＫＡＦＨＥＭＥＤＲＦＹＱＡＡＬ（配列番号１７８）
ＶＲＥＱＬＫＴＦＡＤＫＴＦＨＥＭＥＤＲＦＹＱＡＡＬ（配列番号１７９）
ＶＲＥＱＬＫＴＦＡＤＫＡＦＨＥＭＥＤＳＦＹＱＡＡＬ（配列番号１８０）
ＶＬＥＱＬＫＴＦＡＤＫＡＦＨＥＭＥＤＲＦＹＱＡＡＬ（配列番号１８１）
ＶＬＥＱＬＫＴＦＡＤＫＴＦＨＥＭＥＤＳＦＹＱＡＡＬ（配列番号１８２）
ＶＲＥＱＬＫＴＦＡＤＫＡＦＨＥＭＥＤＲＦＹＱＡＡＬ（配列番号１８３）
ＳＳＶＬＥＱＬＫＴＦＡＤＫＡＦＨＥＭＥＤＬＦＹＱＡＡＬ（配列番号１９８）
ＶＬＥＱＬＫＴＦＡＤＫＡＦＨＥＭＥＤＬＦＹＱＡＡＬ（配列番号１９９）
本発明のＡＣＥ２タンパク質デコイは、Ｈ１が、配列番号１５に示されているアミノ酸配列（ＳＳＶＬＥＱＬＫＴＦＡＤＫＡＦＨＥＭＥＤＲＦＹＱＡＡＬ）（配列番号１５）と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％または１００％の同一性を有するアミノ酸配列を含んでいるものを含み、
ここで、１位のアミノ酸は、Ｓであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹであり；
２位のアミノ酸は、Ｓであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹであり；
３位のアミノ酸は、Ｖであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｗ、またはＹであり；
４位のアミノ酸は、Ｌであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｍ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹであり；
５位のアミノ酸は、Ｅであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹであり；
６位のアミノ酸は、Ｑであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、またはＷであり；
７位のアミノ酸は、Ｌであるか、置換される場合はＣ、Ｉ、Ｍ、Ｔ、またはＶであり；
８位のアミノ酸は、Ｋであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹであり；
９位のアミノ酸は、Ｔであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｖ、Ｗ、またはＹであり；
１０位のアミノ酸は、Ｆであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｈ、Ｖ、Ｗ、またはＹであり；
１１位のアミノ酸は、Ａであるか、置換される場合はＣ、Ｇ、Ｌ、Ｍ、Ｓ、Ｔ、またはＶであり；
１２位のアミノ酸は、Ｄであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹであり；
１３位のアミノ酸は、Ｋであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｆ、Ｈ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｖ、Ｗ、またはＹであり；
１４位のアミノ酸は、Ａであるか、置換される場合はＣ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｓ、Ｔ、またはＶであり；
１５位のアミノ酸は、Ｆであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹであり；
１６位のアミノ酸は、Ｈであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹであり；
１７位のアミノ酸は、Ｅであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹであり；
１８位のアミノ酸は、Ｍであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｌ、Ｎ、Ｑ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹであり；
１９位のアミノ酸は、Ｅであるか、置換される場合はＤ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｔ、またはＶであり；
２０位のアミノ酸は、Ｄであるか、置換される場合はＥ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｌ、Ｎ、またはＱであり；
２１位のアミノ酸は、Ｒであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹであり；
２２位のアミノ酸は、Ｆであるか、置換される場合はＣ、Ｇ、Ｈ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｗ、またはＹであり；
２３位のアミノ酸は、Ｙであるか、置換される場合はＨ、Ｄ、またはＦであり；
２４位のアミノ酸は、Ｑであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹであり；
２５位のアミノ酸は、Ａであるか、置換される場合はＣ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹであり；
２６位のアミノ酸は、Ａであるか、置換される場合はＣ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｓ、Ｔ、またはＶであり；かつ
２７位のアミノ酸は、Ｌであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹである。１位及び２位のアミノ酸が存在しないＡＣＥ２タンパク質デコイも含まれる。いくつかの特定の好ましい実施形態では、１、５、６、９、１０、１２、１３、１６、１７、１９、２０、２３、２４及び２７位のアミノ酸のうち３、２、または１個以上は置換されない。
いくつかの態様では、Ｈ１は、Ｃ末端に追加のアミノ酸（例えば、Ｃ末端に１１個の追加のアミノ酸）を含む。本明細書におけるＨ１（配列番号１１～１７、１７７～１８３、１９８、または１９９に示されているアミノ酸配列と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％または１００％の同一性を有するアミノ酸配列を有するＨ１を含む）に関する実施形態のいずれかでは、アミノ酸配列ＡＶＦＥＡＡＥＡＡＡＧ（配列番号１８）、ＡＶＷＥＡＡＥＡＡＡＧ（配列番号１９）、ＡＶＦＥＡＶＥＡＡＡＧ（配列番号２４９）、またはＡＶＷＥＡＶＥＡＡＡＧ（配列番号２５０）は、任意でＣ末端に存在する。
したがって、いくつかの態様では、Ｈ１は、配列番号２４０～２４３または２５１～２５４に示されている配列と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％または１００％の同一性を有する配列を含む。
ＳＳＶＬＥＱＬＫＴＦＡＤＫＡＦＨＥＭＥＤＲＦＹＱＡＡＬＡＶＦＥＡＡＥＡＡＡＧ（配列番号２４０）、
ＶＬＥＱＬＫＴＦＡＤＫＡＦＨＥＭＥＤＲＦＹＱＡＡＬＡＶＦＥＡＡＥＡＡＡＧ（配列番号２４１）；
ＳＳＶＬＥＱＬＫＴＦＡＤＫＡＦＨＥＭＥＤＬＦＹＱＡＡＬＡＶＦＥＡＡＥＡＡＡＧ（配列番号２４２）；
ＶＬＥＱＬＫＴＦＡＤＫＡＦＨＥＭＥＤＬＦＹＱＡＡＬＡＶＦＥＡＡＥＡＡＡＧ（配列番号２４３）；
ＳＳＶＬＥＱＬＫＴＦＡＤＫＡＦＨＥＭＥＤＲＦＹＱＡＡＬＡＶＦＥＡＶＥＡＡＡＧ（配列番号２５１）、
ＶＬＥＱＬＫＴＦＡＤＫＡＦＨＥＭＥＤＲＦＹＱＡＡＬＡＶＦＥＡＶＥＡＡＡＧ（配列番号２５２）；
ＳＳＶＬＥＱＬＫＴＦＡＤＫＡＦＨＥＭＥＤＬＦＹＱＡＡＬＡＶＦＥＡＶＥＡＡＡＧ（配列番号２５３）；
ＶＬＥＱＬＫＴＦＡＤＫＡＦＨＥＭＥＤＬＦＹＱＡＡＬＡＶＦＥＡＶＥＡＡＡＧ（配列番号２５４）
αへリックスドメインＨ２
本発明のデノボタンパク質は、２つのαへリックスドメインＨ１及びＨ２、ならびに任意のβヘアピンドメインＨ３を含む場合があり、ここで、Ｈ２は、アミノ酸配列：
ＮＸ１４Ｘ１５ＮＸ１６Ｘ１７Ｘ１８ＫＸ１９Ｘ２０Ｘ２１ＦＸ２２Ｘ２３ＥＱＸ２４Ｘ２５ＬＸ２６Ｘ２７ＭＹ（配列番号５）を含み、
ここで、Ｘ１４、Ｘ１５、Ｘ１６、Ｘ１７、Ｘ１８、Ｘ１９、Ｘ２０、Ｘ２１、Ｘ２２、Ｘ２３、Ｘ２４、Ｘ２５、Ｘ２６、Ｘ２７は、それぞれ個別に任意のアミノ酸から選択される。
本発明には、Ｈ２が、アミノ酸配列：
ＮＸ１４Ｘ１５ＮＸ１６Ｘ１７Ｘ１８ＫＸ１９Ｘ２０Ｘ２１ＦＸ２２Ｘ２３ＥＱＸ２４Ｘ２５ＬＸ２６Ｘ２７ＭＹ（配列番号５）を含み、
この際、Ｘ１４は、Ａ、Ｃ、Ｄ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、またはＷ（好ましくはＡ、Ｃ、Ｇ、Ｐ、Ｔ、またはＶ）から選択されるアミノ酸であり；
Ｘ１５は、Ａ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、またはＶ）から選択されるアミノ酸であり；
Ｘ１６は、Ａ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＡ、Ｃ、Ｅ、Ｈ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｖ、Ｗ、またはＹ）から選択されるアミノ酸であり；
Ｘ１７は、Ａ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＡ、Ｃ、Ｇ、Ｉ、またはＳ）から選択されるアミノ酸であり；
Ｘ１８は、Ａ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｙ、またはＷ（好ましくはＡ、Ｃ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、またはＹ）から選択されるアミノ酸であり；
Ｘ１９は、Ａ、Ｃ、Ｄ、Ｇ、Ｉ、Ｌ、Ｑ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、またはＷ（好ましくはＡ、Ｌ、Ｔ、またはＶ）から選択されるアミノ酸であり；
Ｘ２０は、Ａ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ）から選択されるアミノ酸であり；
Ｘ２１は、Ａ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＡ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、またはＷ）から選択されるアミノ酸であり；
Ｘ２２は、Ａ、Ｃ、Ｄ、Ｆ、Ｇ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＡ、Ｃ、Ｆ、Ｇ、Ｉ、Ｌ、Ｓ、またはＴ）から選択されるアミノ酸であり；
Ｘ２３は、Ａ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、またはＹ）から選択されるアミノ酸であり；
Ｘ２４は、Ａ、Ｃ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、Ｑ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、またはＷ（好ましくはＡ、Ｉ、またはＳ）から選択されるアミノ酸であり；
Ｘ２５は、Ａ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＫ、Ｄ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｑ、またはＲ）から選択されるアミノ酸であり；
Ｘ２６は、Ａ、Ｃ、Ｆ、Ｇ、Ｉ、Ｌ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、またはＹ（好ましくはＡ、またはＩ）から選択されるアミノ酸であり；
Ｘ２７は、Ａ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＤ、Ｃ、Ｆ、Ｉ、Ｓ、またはＴ）から選択されるアミノ酸である、本発明のデノボタンパク質が含まれる。
本発明には、Ｈ２が、アミノ酸配列：
ＮＸ１４Ｘ１５ＮＸ１６Ｘ１７Ｘ１８ＫＸ１９Ｘ２０Ｘ２１ＦＸ２２Ｘ２３ＥＱＸ２４Ｘ２５ＬＸ２６Ｘ２７ＭＹ（配列番号５）を含み、
この際、Ｘ１５、Ｘ１８、Ｘ２１、Ｘ２３、Ｘ２５、及びＸ２７は、それぞれ個別にＤ、Ｅ、Ｇ、Ｋ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、またはＴから選択されるアミノ酸であり；
Ｘ１４、Ｘ１６、Ｘ１７、Ｘ１９、Ｘ２２、Ｘ２４、及びＸ２６は、それぞれ個別にＡ、Ｆ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、ＰまたはＶから選択されるアミノ酸であり；
Ｘ２０は、Ａ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹから選択されるアミノ酸である、本発明のデノボタンパク質が含まれる。デノボタンパク質は、フェニルアラニンがＸ１４及びＸ１７のアミノ酸のリストから削除され、チロシンがＸ１８のアミノ酸のリストに含まれ、グルタミン酸及びプロリンがＸ１９のアミノ酸のリストから削除され、プロリンがＸ２０、Ｘ２２、Ｘ２３、Ｘ２４、及びＸ２５のアミノ酸のリストから削除され、メチオニンがＸ２１のアミノ酸のリストに含まれ、ヒスチジンがＸ２３のアミノ酸のリストに含まれ、メチオニン及びプロリンがＸ２６のアミノ酸のリストから削除され、イソロイシンがＸ２７のアミノ酸のリストに含まれ、かつリジン及びプロリンが削除された前述のようなものを含む。
本発明には、Ｈ２が、アミノ酸配列：
ＮＸ１４Ｘ１５ＮＸ１６Ｘ１７Ｘ１８ＫＸ１９Ｘ２０Ｘ２１ＦＸ２２Ｘ２３ＥＱＸ２４Ｘ２５ＬＸ２６Ｘ２７ＭＹ（配列番号５）を含み、
この際、Ｘ１５、Ｘ１８、Ｘ２１、Ｘ２３、Ｘ２５、及びＸ２７は、それぞれ個別にＤ、Ｅ、Ｇ、Ｋ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、またはＴから選択されるアミノ酸であり；
Ｘ１４、Ｘ１７、Ｘ２２、Ｘ２４、及びＸ２６は、それぞれ個別にＡ、Ｆ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、ＰまたはＶから選択されるアミノ酸であり；
Ｘ１６は、Ａ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹから選択されるアミノ酸であり；
Ｘ１９は、Ａ、Ｆ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、Ｐ、Ｅ、Ｔ、またはＶから選択されるアミノ酸であり；かつ
Ｘ２０は、Ａ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹから選択されるアミノ酸である、本発明のデノボタンパク質が含まれる。デノボタンパク質は、フェニルアラニンがＸ１４及びＸ１７のアミノ酸のリストから削除され、チロシンがＸ１８のアミノ酸のリストに含まれ、グルタミン酸及びプロリンがＸ１９のアミノ酸のリストから削除され、プロリンがＸ２０、Ｘ２２、Ｘ２３、Ｘ２４、及びＸ２５のアミノ酸のリストから削除され、メチオニンがＸ２１のアミノ酸のリストに含まれ、ヒスチジンがＸ２３のアミノ酸のリストに含まれ、メチオニン及びプロリンがＸ２６のアミノ酸のリストから削除され、イソロイシンがＸ２７のアミノ酸のリストに含まれ、かつリジン及びプロリンが削除された前述のようなものを含む。
本発明には、Ｈ２が、アミノ酸配列：
ＮＸ１４Ｘ１５ＮＸ１６Ｘ１７Ｘ１８ＫＸ１９Ｘ２０Ｘ２１ＦＸ２２Ｘ２３ＥＱＸ２４Ｘ２５ＬＸ２６Ｘ２７ＭＹ（配列番号５）を含み、
この際、Ｘ１５、Ｘ１８、Ｘ２１、Ｘ２３、Ｘ２５、及びＸ２７は、それぞれ個別にＤ、Ｅ、Ｇ、Ｋ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、またはＴから選択されるアミノ酸であり；
Ｘ１４、Ｘ１７、Ｘ１９、Ｘ２２、Ｘ２４、及びＸ２６は、それぞれ個別にＡ、Ｆ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、ＰまたはＶから選択されるアミノ酸であり；
Ｘ１６は、Ａ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＡ、Ｆ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、Ｐ、Ｅ、またはＶ）から選択されるアミノ酸であり、かつ
Ｘ２０は、Ａ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹから選択されるアミノ酸である、本発明のデノボタンパク質が含まれる。デノボタンパク質は、フェニルアラニンがＸ１４及びＸ１７のアミノ酸のリストから削除され、チロシンがＸ１８のアミノ酸のリストに含まれ、グルタミン酸及びプロリンがＸ１９のアミノ酸のリストから削除され、プロリンがＸ２０、Ｘ２２、Ｘ２３、Ｘ２４、及びＸ２５のアミノ酸のリストから削除され、メチオニンがＸ２１のアミノ酸のリストに含まれ、ヒスチジンがＸ２３のアミノ酸のリストに含まれ、メチオニン及びプロリンがＸ２６のアミノ酸のリストから削除され、イソロイシンがＸ２７のアミノ酸のリストに含まれ、かつリジン及びプロリンが削除された前述のようなものを含む。
本発明のデノボタンパク質は、２つのαへリックスドメインＨ１及びＨ２、ならびに任意のβヘアピンドメインＨ３を含む場合があり、ここで、Ｈ２は、アミノ酸配列：
ＮＸ１４Ｘ１５ＮＸ１６Ｘ１７Ｘ１８ＫＸ１９Ｘ２０Ｘ２１ＦＸ２２Ｘ２３ＥＱＸ２４Ｘ２５ＬＸ２６Ｘ２７ＭＹ（配列番号５）を含み、
この際、
Ｘ１４は、ＡまたはＶであり、
Ｘ１６は、ＡもしくはＥであり（または、Ｘ１６は、ＡもしくはＥもしくはＮであり）、
Ｘ２０は、ＫまたはＱであり、
Ｘ１５、Ｘ１８、Ｘ２１、Ｘ２３、Ｘ２５、及びＸ２７は、それぞれ個別にＤ、Ｅ、Ｇ、Ｋ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、またはＴから選択されるアミノ酸であり；かつ
Ｘ１７、Ｘ１９、Ｘ２２、Ｘ２４、及びＸ２６は、それぞれ個別にＡ、Ｆ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、ＰまたはＶから選択されるアミノ酸である。本発明のデノボタンパク質は、Ｘ１７のもの、チロシンがＸ１８のアミノ酸のリストに含まれ、プロリンがＸ１９のアミノ酸のリストから削除され、プロリンがＸ２２、Ｘ２３、Ｘ２４及びＸ２５のアミノ酸のリストから削除され、メチオニンがＸ２１のアミノ酸のリストに含まれ、ヒスチジンがＸ２３のアミノ酸のリストに含まれ、メチオニン及びプロリンがＸ２６のアミノ酸のリストから削除され、イソロイシンがＸ２７のアミノ酸のリストに含まれ、かつリジン及びプロリンが削除された前述のようなものを含む。
本発明のデノボタンパク質は、２つのαへリックスドメインＨ１及びＨ２、ならびに任意のβヘアピンドメインＨ３を含む場合があり、ここで、Ｈ２は、アミノ酸配列：
ＮＸ１４Ｘ１５ＮＸ１６Ｘ１７Ｘ１８ＫＸ１９Ｘ２０Ｘ２１ＦＸ２２Ｘ２３ＥＱＸ２４Ｘ２５ＬＸ２６Ｘ２７ＭＹ（配列番号５）を含み、
この際、
Ｘ１４は、ＡまたはＶであり；Ｘ１５は、Ｅであり；Ｘ１６は、ＡまたはＥであり；Ｘ１７は、Ａであり；Ｘ１８は、Ｒであり；Ｘ１９は、Ａであり；Ｘ２０は、ＫまたはＱであり；
Ｘ２１は、Ｅであり；Ｘ２２は、Ａであり；Ｘ２３は、Ｅであり；Ｘ２４は、Ａであり；Ｘ２５は、Ｋであり；Ｘ２６は、Ａであり；かつＸ２７は、Ｄである。
本発明のデノボタンパク質は、２つのαへリックスドメインＨ１及びＨ２、ならびに任意のβヘアピンドメインＨ３を含む場合があり、ここで、Ｈ２は、アミノ酸配列：
ＮＸ１４Ｘ１５ＮＸ１６Ｘ１７Ｘ１８ＫＸ１９Ｘ２０Ｘ２１ＦＸ２２Ｘ２３ＥＱＸ２４Ｘ２５ＬＸ２６Ｘ２７ＭＹ（配列番号５）を含み、
この際、Ｘ１４、Ｘ１７、Ｘ１９、Ｘ２２、Ｘ２４、及びＸ２６は、それぞれ個別にＡ、Ｆ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、ＰまたはＶから選択されるアミノ酸であり；
Ｘ１５は、Ｅであり；
Ｘ１６は、Ａ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＡ、Ｆ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、Ｐ、Ｅ、またはＶ）から選択されるアミノ酸であり；
Ｘ１８は、Ｒであり；
Ｘ２０は、Ａ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹから選択されるアミノ酸であり；
Ｘ２１は、Ｅであり；
Ｘ２３は、Ｅであり；
Ｘ２５は、Ｋであり；かつ
Ｘ２７は、Ｄである。本発明のデノボタンパク質は、フェニルアラニンがＸ１４及びＸ１７のアミノ酸のリストから削除され、プロリンがＸ２０、Ｘ２２、及びＸ２４のアミノ酸のリストから削除され、かつメチオニン及びプロリンがＸ２６のアミノ酸のリストから削除された前述のようなものを含む。
いくつかのそのような態様では、Ｘ１４は、ＡまたはＶから選択されるアミノ酸であり；Ｘ１６は、ＡまたはＥから選択されるアミノ酸であり；かつＸ２０は、ＫまたはＱから選択されるアミノ酸である。
本発明のデノボタンパク質は、２つのαへリックスドメインＨ１及びＨ２、ならびに任意のβヘアピンドメインＨ３を含む場合があり、ここで、Ｈ２は、アミノ酸配列：
ＮＸ１４Ｘ１５ＮＸ１６Ｘ１７Ｘ１８ＫＸ１９Ｘ２０Ｘ２１ＦＸ２２Ｘ２３ＥＱＸ２４Ｘ２５ＬＸ２６Ｘ２７ＭＹ（配列番号５）を含み、
この際、
Ｘ１４は、ＡまたはＶから選択されるアミノ酸であり、
Ｘ１６は、ＡまたはＥから選択されるアミノ酸であり；
Ｘ２０は、ＫまたはＱから選択されるアミノ酸であり；
Ｘ１５、Ｘ１７、Ｘ１８、Ｘ１９、Ｘ２１、Ｘ２２、Ｘ２３、Ｘ２４、Ｘ２６、Ｘ２５、Ｘ２６及びＸ２７は、本明細書の実施形態のいずれかに記載されている通りであり得る。
本発明のデノボタンパク質は、２つのαへリックスドメインＨ１及びＨ２、ならびに任意のβヘアピンドメインＨ３を含む場合があり、ここで、Ｈ２は、アミノ酸配列：
ＮＸ１４Ｘ１５ＮＸ１６Ｘ１７Ｘ１８ＫＸ１９Ｘ２０Ｘ２１ＦＸ２２Ｘ２３ＥＱＸ２４Ｘ２５ＬＸ２６Ｘ２７ＭＹ（配列番号５）を含み、
この際、
（ｉ）Ｘ１５は、Ｅであり、かつＸ１４、Ｘ１６、Ｘ１７、Ｘ１８、Ｘ１９、Ｘ２０、Ｘ２１、Ｘ２２、Ｘ２３、Ｘ２４、Ｘ２５、Ｘ２６及びＸ２７は、Ｈ２について本明細書の実施形態のいずれかに記載されている通りであり；
（ｉｉ）Ｘ１８は、Ｒであり、かつＸ１４、Ｘ１５、Ｘ１６、Ｘ１７、Ｘ１９、Ｘ２０、Ｘ２１、Ｘ２２、Ｘ２３、Ｘ２４、Ｘ２５、Ｘ２６及びＸ２７は、Ｈ２について本明細書の実施形態のいずれかに記載されている通りであり；
（ｉｉｉ）Ｘ２１は、Ｅであり、かつＸ１４、Ｘ１５、Ｘ１６、Ｘ１７、Ｘ１８、Ｘ１９、Ｘ２０、Ｘ２２、Ｘ２３、Ｘ２４、Ｘ２５、Ｘ２６及びＸ２７は、Ｈ２について本明細書の実施形態のいずれかに記載されている通りであり；
（ｉｖ）Ｘ２３は、Ｅであり、かつＸ１４、Ｘ１５、Ｘ１６、Ｘ１７、Ｘ１８、Ｘ１９、Ｘ２０、Ｘ２１、Ｘ２２、Ｘ２４、Ｘ２５、Ｘ２６及びＸ２７は、Ｈ２について本明細書の実施形態のいずれかに記載されている通りであり；
（ｖ）Ｘ２５は、Ｋであり、かつＸ１４、Ｘ１５、Ｘ１６、Ｘ１７、Ｘ１８、Ｘ１９、Ｘ２０、Ｘ２１、Ｘ２２、Ｘ２３、Ｘ２４、Ｘ２６及びＸ２７は、Ｈ２について本明細書の実施形態のいずれかに記載されている通りであり；
（ｖｉ）Ｘ２６は、Ａであり、かつＸ１４、Ｘ１５、Ｘ１６、Ｘ１７、Ｘ１８、Ｘ１９、Ｘ２０、Ｘ２１、Ｘ２２、Ｘ２３、Ｘ２４、Ｘ２５及びＸ２７は、Ｈ２について本明細書の実施形態のいずれかに記載されている通りであり；
（ｖｉｉ）Ｘ２７は、Ｄであり、かつＸ１４、Ｘ１５、Ｘ１６、Ｘ１７、Ｘ１８、Ｘ１９、Ｘ２０、Ｘ２１、Ｘ２２、Ｘ２３、Ｘ２４、Ｘ２５及びＸ２６は、Ｈ２について本明細書の実施形態のいずれかに記載されている通りであり；
（ｖｉｉｉ）Ｘ１６は、Ａであり、かつＸ１４、Ｘ１５、Ｘ１７、Ｘ１８、Ｘ１９、Ｘ２０、Ｘ２１、Ｘ２２、Ｘ２３、Ｘ２４、Ｘ２５、Ｘ２６及びＸ２７は、Ｈ２について本明細書の実施形態のいずれかに記載されている通りであり；あるいは
（ｉｘ）以下：Ｘ１５がＥである；Ｘ１８がＲである；Ｘ２１がＥである；Ｘ２３がＥである；Ｘ２５がＫである；及びＸ２７がＤである；のうち少なくとも１つ、２つ、３つ、４つ、５つ、または６つが実現化される。
本発明のデノボタンパク質は、２つのαへリックスドメインＨ１及びＨ２、ならびに任意のβヘアピンドメインＨ３を含む場合があり、ここで、Ｈ２は、アミノ酸配列：
Ｘ４７Ｘ４８Ｘ４９Ｘ５０Ｘ５１ＮＸ１４Ｘ１５ＮＸ１６Ｘ１７Ｘ１８ＫＸ１９Ｘ２０Ｘ２１ＦＸ２２Ｘ２３ＥＱＸ２４Ｘ２５ＬＸ２６Ｘ２７ＭＹＸ５２Ｘ５３Ｘ５４Ｘ５５Ｘ５６（配列番号２０）を含み、
この際、Ｘ１４～Ｘ２７は、Ｈ２について本明細書の実施形態のいずれかに記載されている通りであり；かつＸ４７、Ｘ４８、Ｘ４９、Ｘ５０、Ｘ５１、Ｘ５２、Ｘ５３、Ｘ５４、Ｘ５５、及びＸ５６は、それぞれ個別に任意のアミノ酸から選択される。いくつかの態様では、Ｘ１４～Ｘ２７は、Ｈ２について本明細書の実施形態のいずれかに記載されている通りであり；かつ
Ｘ４９、Ｘ５２、及びＸ５５は、それぞれ個別にＡ、Ｆ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、ＰまたはＶから選択されるアミノ酸であり；
Ｘ５０は、Ａ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹから選択されるアミノ酸であり；
Ｘ５４は、Ａ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＡ、Ｆ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、ＰまたはＶ）から選択されるアミノ酸であり；
かつ
Ｘ４７、Ｘ４８、Ｘ５１、Ｘ５３、及びＸ５６は、それぞれ個別にＤ、Ｅ、Ｇ、Ｋ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、またはＴから選択されるアミノ酸である。
本発明のデノボタンパク質は、システイン及びグルタミンがＸ４７のアミノ酸のリストに含まれ、リジンが削除され、フェニルアラニン及びチロシンがＸ４８のアミノ酸のリストに含まれ、ヒスチジンがＸ５２及びＸ５４のアミノ酸のリストに含まれ、かつアスパラギン酸がＸ５６のアミノ酸のリストから削除された前述のようなものを含む。
本発明には、Ｘ１４～Ｘ２７が、Ｈ２について本明細書の実施形態のいずれかに記載されている通りであり；
Ｘ４９、Ｘ５２、及びＸ５５が、それぞれ個別にＡ、Ｆ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、ＰまたはＶから選択されるアミノ酸であり；
Ｘ５０が、Ａ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹから選択されるアミノ酸であり；
Ｘ５４が、Ａ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＡ、Ｆ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、ＰまたはＶ）から選択されるアミノ酸であり；
かつ
Ｘ４８、Ｘ５１、Ｘ５３、及びＸ５６が、それぞれ個別にＤ、Ｅ、Ｇ、Ｋ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、またはＴから選択されるアミノ酸であり；Ｘ４７がＧである、ＡＣＥ２タンパク質デコイが含まれる。本発明のデノボタンパク質は、システイン及びグルタミンがＸ４７のアミノ酸のリストに含まれ、リジンが削除され、フェニルアラニン及びチロシンがＸ４８のアミノ酸のリストに含まれ、ヒスチジンがＸ５２及びＸ５４のアミノ酸のリストに含まれ、かつアスパラギン酸がＸ５６のアミノ酸のリストから削除された前述のようなものを含む。
本発明には、Ｘ１４～Ｘ２７が、Ｈ２について本明細書の実施形態のいずれかに記載されている通りであり；
Ｘ４９、Ｘ５２、及びＸ５５が、それぞれ個別にＡ、Ｆ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、ＰまたはＶから選択されるアミノ酸であり；
Ｘ５０が、Ａ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹから選択されるアミノ酸であり；
Ｘ５４が、Ｌであり；Ｘ４８、Ｘ５１、Ｘ５３、及びＸ５６が、それぞれ個別にＤ、Ｅ、Ｇ、Ｋ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、またはＴから選択されるアミノ酸であり；かつＸ４７が、Ｇである、ＡＣＥ２タンパク質デコイが含まれる。本発明のデノボタンパク質は、フェニルアラニン及びチロシンがＸ４８のアミノ酸のリストに含まれ、ヒスチジンがＸ５２のアミノ酸のリストに含まれ、かつアスパラギン酸がＸ５６のアミノ酸のリストから削除された前述のようなものを含む。
いくつかの態様では、Ｘ４７は、ＧまたはＥであり；Ｘ４８は、Ｄであり；Ｘ４９は、Ａであり；Ｘ５０は、Ａであり；かつＸ５１は、Ｒである。いくつかのそのような態様では、Ｘ４７は、Ｇである。他のそのような態様では、Ｘ４７は、Ｅである。
いくつかの態様では、Ｘ５２は、Ａであり；Ｘ５３は、Ｅであり；Ｘ５４は、ＬまたはＦまたはＮであり；Ｘ５５は、Ａであり；かつＸ５６は、Ｋである。いくつかのそのような態様では、Ｘ５４は、Ｌである。他のそのような態様では、Ｘ５４は、Ｆである。さらに他の態様では、Ｘ５４は、Ｎである。
本発明には、配列番号５の１、４、８、１２、１５、１６、１９、２２及び２３位のアミノ酸のうち１つ以上（好ましくは１～３個以下）が置換され、かつＸ１４、Ｘ１５、Ｘ１６、Ｘ１７、Ｘ１８、Ｘ１９、Ｘ２０、Ｘ２１、Ｘ２２、Ｘ２３、Ｘ２４、Ｘ２５、Ｘ２６、Ｘ２７が、本明細書で提供する実施形態のいずれかに記載されている通りであるＡＣＥ２タンパク質デコイも含まれる。例えば、いくつかの態様では、Ｅ１５Ｇの置換が行われる。いくつかの態様では、Ｑ１６Ｎ、Ｑ１６Ｙ、Ｌ１９Ｙ、またはＭ２２Ｈのうち１つ以上の置換が行われる。
本発明のデノボタンパク質は、Ｘ４がＫまたはＲから選択されるアミノ酸ではなく；Ｘ２２がＥ、Ｋ、Ｑ、またはＲから選択されるアミノ酸ではなく；Ｘ２３がＰから選択されるアミノ酸ではなく；Ｘ２４がＤまたはＰから選択されるアミノ酸ではなく；Ｘ２６がＤ、Ｅ、Ｈ、Ｋ、Ｐ、Ｑ、またはＲから選択されるアミノ酸ではなく；Ｘ９がＫ、Ｐ、またはＲではなく；かつＸ２７がＰではないものを含む。
本発明のデノボタンパク質は、Ｈ２が、
ＮＡＥＮＡＡＲＫＡＫＥＦＡＥＥＱＡＫＬＡＤＭＹ（配列番号２１）
ＮＶＥＮＥＡＲＫＡＱＥＦＡＥＥＱＡＫＬＡＤＭＹ（配列番号２２）
に示されているアミノ酸配列と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％または１００％の同一性を有するアミノ酸配列を含んでいるものを含む。
本発明のＡＣＥ２タンパク質デコイは、Ｈ２が、配列番号２１に示されているアミノ酸配列と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％または１００％の同一性を有するアミノ酸配列を含んでいるものを含み、
ここで、１位のアミノ酸は、Ｎであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹであり；
２位のアミノ酸は、Ａであるか、置換される場合はＣ、Ｄ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、またはＷであり；
３位のアミノ酸は、Ｅであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹであり；
４位のアミノ酸は、Ｎであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹであり；
５位のアミノ酸は、Ａであるか、置換される場合はＣ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹであり；
６位のアミノ酸は、Ａであるか、置換される場合はＣ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹであり；
７位のアミノ酸は、Ｒであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｙ、またはＷであり；
８位のアミノ酸は、Ｋであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹであり；
９位のアミノ酸は、Ａであるか、置換される場合はＣ、Ｄ、Ｇ、Ｉ、Ｌ、Ｑ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、またはＷであり；
１０位のアミノ酸は、Ｋであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、またはＷであり；
１１位のアミノ酸は、Ｅであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹであり；
１２位のアミノ酸は、Ｆであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹであり；
１３位のアミノ酸は、Ａであるか、置換される場合はＣ、Ｄ、Ｆ、Ｇ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹであり；
１４位のアミノ酸は、Ｅであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹであり；
１５位のアミノ酸は、Ｅであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹであり；
１６位のアミノ酸は、Ｑであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｙ、またはＶであり；
１７位のアミノ酸は、Ａであるか、置換される場合はＣ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、Ｑ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、またはＷであり；
１８位のアミノ酸は、Ｋであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹであり；
１９位のアミノ酸は、Ｌであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｙ、またはＷであり；
２０位のアミノ酸は、Ａであるか、置換される場合はＣ、Ｆ、Ｇ、Ｉ、Ｌ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、またはＹであり；
２１位のアミノ酸は、Ｄであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹであり；
２２位のアミノ酸は、Ｍであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｎ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹであり；
２３位のアミノ酸は、Ｙであるか、置換される場合はＤ、Ｆ、Ｈ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、またはＶである。
１、４、８、１２、１５、１６、１９、２２及び２３位のアミノ酸のうち３、２、または１個以上が置換されていないＡＣＥ２タンパク質デコイもまた含まれる。
いくつかの態様では、Ｈ２は、Ｎ末端に追加のアミノ酸（例えば、Ｎ末端に少なくとも５個の追加のアミノ酸）を含む。いくつかの態様では、アミノ酸配列ＥＤＡＡＲ（配列番号２３）またはＧＤＡＡＲ（配列番号２４）が、Ｎ末端に存在する。したがって、いくつかの態様では、Ｈ１は、配列番号
ＧＤＡＡＲ ＮＡＥＮＡＡＲＫＡＫＥＦＡＥＥＱＡＫＬＡＤＭＹ ＡＥＬＡＫ（配列番号２４４）
と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％または１００％の同一性を有する配列を含む。
いくつかの態様では、Ｈ２は、Ｃ末端に追加のアミノ酸（例えば、Ｃ末端に少なくとも５個の追加のアミノ酸）を含む。いくつかの態様では、アミノ酸配列ＡＥＬＡＫ（配列番号２５）またはＡＥＦＡＫ（配列番号２６）またはＡＥＮＡＫ（配列番号２７）が、Ｃ末端に存在する。
いくつかの態様では、アミノ酸配列ＡＥＬＡＫ（配列番号２５）がＣ末端に存在し、アミノ酸配列ＧＤＡＡＲ（配列番号２４）がＮ末端に存在する。
βドメインＨ３
本発明のデノボタンパク質は、２つのαへリックスドメインＨ１及びＨ２、ならびに任意のβヘアピンドメインＨ３を含む場合があり、ここで、Ｈ３（存在する場合）は、アミノ酸配列：
Ｘ２８Ｘ２９Ｘ３０Ｘ３１Ｘ３２Ｘ３３ＫＧＤＸ３４ＲＸ３５Ｘ３６（配列番号６）を含み；この際
Ｘ２８、Ｘ２９、Ｘ３０、Ｘ３１、Ｘ３２、Ｘ３３、Ｘ３４、Ｘ３５、及びＸ３６は、それぞれ個別に任意のアミノ酸から選択される。
本発明には、Ｈ３が、アミノ酸配列：
Ｘ２８Ｘ２９Ｘ３０Ｘ３１Ｘ３２Ｘ３３ＫＧＤＸ３４ＲＸ３５Ｘ３６（配列番号６）を含み；この際
Ｘ２８は、Ａ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、またはＷ（好ましくはＡ、Ｇ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、Ｑ、Ｔ、Ｖ、またはＷ）から選択されるアミノ酸であり；
Ｘ２９は、Ａ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｌ、Ｍ、Ｐ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、またはＷ（好ましくはＥ、Ｌ、Ｍ、Ｐ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、またはＷ）から選択されるアミノ酸であり；
Ｘ３０は、Ｃ、Ｆ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、Ｔ、Ｖ、またはＷ（好ましくはＩ、Ｆ、またはＶ）から選択されるアミノ酸であり；
Ｘ３１は、Ａ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｓ、Ｔ、またはＶ（好ましくはＤ、Ｍ、またはＮ）から選択されるアミノ酸であり；
Ｘ３２は、Ｆ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、またはＶ（好ましくはＬ、Ｍ、またはＦ）から選択されるアミノ酸であり；
Ｘ３３は、Ｄ、Ｇ、またはＬから選択されるアミノ酸であり；
Ｘ３４は、Ａ、Ｃ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＦ、Ａ、Ｅ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、またはＶ）から選択されるアミノ酸であり；
Ｘ３５は、Ａ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｈ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｐ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＥ、Ｄ、Ｇ、Ｌ、Ｍ、Ｐ、Ｓ、Ｖ、またはＷ）から選択されるアミノ酸であり；かつ
Ｘ３６は、Ａ、Ｃ、Ｄ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、またはＷ（好ましくはＩ、Ｃ、Ｆ、Ｍ、Ｐ、Ｑ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、またはＷ）から選択されるアミノ酸である、本発明のデノボタンパク質が含まれる。
本発明には、Ｈ３（存在する場合）が、アミノ酸配列：
Ｘ２８Ｘ２９Ｘ３０Ｘ３１Ｘ３２Ｘ３３ＫＧＤＸ３４ＲＸ３５Ｘ３６（配列番号６）を含み；この際
Ｘ３１は、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｋ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、またはＴから選択されるアミノ酸であり；
Ｘ３５は、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｋ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｖ、またはＴから選択されるアミノ酸であり；
Ｘ２９は、Ａ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＤ、Ｅ、Ｇ、Ｋ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、またはＶ）から選択されるアミノ酸であり；
Ｘ３３は、Ａ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＧ、Ａ、Ｆ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、ＰまたはＶ）から選択されるアミノ酸であり；
Ｘ３０、Ｘ３２、及びＸ３６は、それぞれ個別にＡ、Ｆ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、ＰまたはＶから選択されるアミノ酸であり；
Ｘ２８は、Ａ、Ｆ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、Ｐ、Ｔ、またはＶから選択されるアミノ酸であり；
かつ
Ｘ３４は、Ａ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ、及び任意選択でＣ（好ましくはＦ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｋ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｙ、またはＴ）から選択されるアミノ酸である、本発明のデノボタンパク質が含まれる。本発明のデノボタンパク質は、グルタミンがＸ２８のアミノ酸のリストに含まれ、アラニン及びプロリンがＸ３０のアミノ酸のリストから削除され、プロリン、グルタミン及びアルギニンが、Ｘ３１のアミノ酸のリストから削除され、アラニン及びプロリンがＸ３２のアミノ酸のリストから削除され、Ｘ３３がＤ、Ｇ、またはＬから選択されるアミノ酸であり；かつアスパラギン酸及びプロリンがＸ３４のアミノ酸のリストから削除された前述のようなものを含む。
本発明には、Ｈ３（存在する場合）が、アミノ酸配列：
Ｘ２８Ｘ２９Ｘ３０Ｘ３１Ｘ３２Ｘ３３ＫＧＤＸ３４ＲＸ３５Ｘ３６（配列番号６）を含み；この際
Ｘ３１及びＸ３５は、それぞれ個別にＤ、Ｅ、Ｇ、Ｋ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、またはＴから選択されるアミノ酸であり；
Ｘ２９は、Ａ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＤ、Ｅ、Ｇ、Ｋ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、またはＶ）から選択されるアミノ酸であり；
Ｘ３３は、Ａ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＧ、Ａ、Ｆ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、ＰまたはＶ）から選択されるアミノ酸であり；
Ｘ２８、Ｘ３０、Ｘ３２、及びＸ３６は、それぞれ個別にＡ、Ｆ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、ＰまたはＶから選択されるアミノ酸であり；かつ
Ｘ３４は、Ａ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ、及び任意選択でＣ（好ましくはＦ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｋ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｙ、またはＴ）から選択されるアミノ酸である、本発明のデノボタンパク質が含まれる。本発明のデノボタンパク質は、グルタミンがＸ２８のアミノ酸のリストに含まれ、アラニン及びプロリンがＸ３０のアミノ酸のリストから削除され、プロリン、グルタミン及びアルギニンが、Ｘ３１のアミノ酸のリストから削除され、アラニン及びプロリンがＸ３２のアミノ酸のリストから削除され、Ｘ３３がＤ、Ｇ、またはＬから選択されるアミノ酸であり；かつアスパラギン酸及びプロリンがＸ３４のアミノ酸のリストから削除された前述のようなものを含む。
本発明のデノボタンパク質は、２つのαへリックスドメインＨ１及びＨ２、ならびに任意のβヘアピンドメインＨ３を含む場合があり、ここで、Ｈ３（存在する場合）は、アミノ酸配列：
Ｘ２８Ｘ２９Ｘ３０Ｘ３１Ｘ３２Ｘ３３ＫＧＤＸ３４ＲＸ３５Ｘ３６（配列番号６）を含み；この際
Ｘ３５は、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｋ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、またはＴから選択されるアミノ酸であり；
Ｘ２８は、ＡまたはＶであり；
Ｘ２９は、ＥまたはＶであり；
Ｘ３１は、Ｄであり；
Ｘ３２は、ＭまたはＬであり；
Ｘ３３は、Ｇであり；
Ｘ３０、及びＸ３６は、それぞれ個別にＡ、Ｆ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、ＰまたはＶから選択されるアミノ酸であり；かつ
Ｘ３４は、Ｆ、Ｙ、ＫまたはＣから選択されるアミノ酸である。本発明のデノボタンパク質は、アラニン及びプロリンがＸ３０のアミノ酸のリストから削除された前述のようなものを含む。
本発明のデノボタンパク質は、２つのαへリックスドメインＨ１及びＨ２、ならびに任意のβヘアピンドメインＨ３を含む場合があり、ここで、Ｈ３（存在する場合）は、アミノ酸配列：
Ｘ２８Ｘ２９Ｘ３０Ｘ３１Ｘ３２Ｘ３３ＫＧＤＸ３４ＲＸ３５Ｘ３６（配列番号６）を含み；この際
Ｘ２８は、ＡまたはＶであり；
Ｘ２９は、ＥまたはＶであり；
Ｘ３０は、Ｉであり；
Ｘ３１は、Ｄであり；
Ｘ３２は、ＭまたはＬであり；
Ｘ３３は、Ｇであり；
Ｘ３４は、Ｆ、Ｙ、ＫまたはＣから選択されるアミノ酸であり；
Ｘ３５は、Ｅであり；かつ
Ｘ３６は、Ｉである。
本発明のデノボタンパク質は、２つのαへリックスドメインＨ１及びＨ２、ならびに任意のβヘアピンドメインＨ３を含む場合があり、ここで、Ｈ３（存在する場合）は、アミノ酸配列：
Ｘ２８Ｘ２９Ｘ３０Ｘ３１Ｘ３２Ｘ３３ＫＧＤＸ３４ＲＸ３５Ｘ３６（配列番号６）を含み；この際
Ｘ２８は、Ａ、ＶまたはＴであり；
Ｘ２９は、ＥまたはＶであり；
Ｘ３０は、Ｉであり；
Ｘ３１は、Ｄであり；
Ｘ３２は、Ｍ、ＬまたはＩであり；
Ｘ３３は、Ｇであり；
Ｘ３４は、Ｆ、Ｙ、Ｋ、Ｉ、またはＣから選択されるアミノ酸であり；
Ｘ３５は、ＥまたはＶであり；かつ
Ｘ３６は、Ｉである。
本発明のデノボタンパク質は、２つのαへリックスドメインＨ１及びＨ２、ならびに任意のβヘアピンドメインＨ３を含む場合があり、ここで、Ｈ３（存在する場合）は、アミノ酸配列：
Ｘ５７Ｘ２８Ｘ２９Ｘ３０Ｘ３１Ｘ３２Ｘ３３ＫＧＤＸ３４ＲＸ３５Ｘ３６Ｘ５８（配列番号２８）を含み、
この際、Ｘ２８～Ｘ３６は、Ｈ３について本明細書の実施形態のいずれかに記載されている通りであり；
Ｘ５７は、Ａ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹから選択されるアミノ酸であり；かつ
Ｘ５８は、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｋ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、ＣまたはＴから選択されるアミノ酸である。本発明のデノボタンパク質は、システインがＸ２８のアミノ酸のリストに含まれ、アミノ酸Ｄ、Ｋ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、及びＹがＸ２８のアミノ酸のリストから削除され、かつアミノ酸Ａ、Ｃ、Ｆ、Ｈ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、Ｖ、またはＷがＸ５８のアミノ酸のリストに含まれた前述のようなものを含む。本発明には、Ｘ２８、Ｘ２９、Ｘ３０、Ｘ３１、Ｘ３２、Ｘ３３、Ｘ３４、Ｘ３５、及びＸ３６が本明細書の実施形態のいずれかに記載されている通りであり、かつ配列番号６の７及び／または８位のアミノ酸が置換されたＡＣＥ２タンパク質デコイも含まれる。例えば、いくつかの態様では、Ｋ７ＭまたはＧ８Ｒのうち１つ以上の置換が行われる。
本発明のタンパク質は、Ｈ３が、配列番号２９～３４または２００に示されているアミノ酸配列と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％または１００％の同一性を有するアミノ酸配列を含んでいるものを含む。
ＡＥＩＤＬＧＫＧＤＦＲＥＩ（配列番号２９）
ＡＥＩＤＬＧＫＧＤＣＲＥＩ（配列番号３０）
ＶＶＩＤＬＧＫＧＤＦＲＥＩ（配列番号３１）
ＶＶＩＤＬＧＫＧＤＣＲＥＩ（配列番号３２）
ＡＥＩＤＭＧＫＧＤＣＲＥＩ（配列番号３３）
ＡＥＩＤＭＧＫＧＤＦＲＥＩ（配列番号３４）
ＶＥＩＤＬＧＫＧＤＦＲＥＩ（配列番号２００）
本発明のＡＣＥ２タンパク質デコイは、Ｈ３が、配列番号２９に示されているアミノ酸配列と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％または１００％の同一性を有するアミノ酸配列を含んでいるものを含み、
ここで、１位のアミノ酸は、Ａであるか、置換される場合はＣ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、またはＷであり；
２位のアミノ酸は、Ｅであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｇ、Ｌ、Ｍ、Ｐ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、またはＷであり；
３位のアミノ酸は、Ｉであるか、置換される場合はＣ、Ｆ、Ｌ、Ｍ、Ｔ、Ｖ、またはＷであり；
４位のアミノ酸は、Ｄであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｅ、Ｇ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｓ、Ｔ、またはＶであり；
５位のアミノ酸は、Ｌであるか、置換される場合はＦ、Ｉ、Ｍ、またはＶであり；
６位のアミノ酸は、Ｇであるか、置換される場合はＤ、またはＬであり；
７位のアミノ酸は、Ｋであるか、置換される場合はＩ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｒ、またはＴであり；
８位のアミノ酸は、Ｇであるか、置換される場合はＤ、Ｅ、Ｍ、Ｒ、またはＳであり；
９位のアミノ酸は、Ｄであるか、置換される場合はＥ、Ｋ、またはＴであり；
１０位のアミノ酸は、Ｆであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｅ、Ｇ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹであり；
１１位のアミノ酸は、Ｒであるか、置換される場合はＫ、Ｍ、Ｑ、またはＳであり；
１２位のアミノ酸は、Ｅであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｇ、Ｈ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｐ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹであり；
かつ１３位のアミノ酸は、Ｉであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、またはＷである。
７、８、９、及び１１位のアミノ酸のうち３、２、または１個以上は置換されていないＡＣＥ２タンパク質デコイもまた含まれる。なお、ナンバリングは配列番号２９に基づくものである。
本発明には、Ｘ３４位のアミノ酸がシステインではないＨ３ドメインを含むＡＣＥ２タンパク質デコイも含まれる。本発明には、Ｘ３４がシステインである場合にＸ３２がロイシンであるＨ３ドメインを含むＡＣＥ２タンパク質デコイも含まれる。本発明には、Ｘ３４位のアミノ酸がＤ、Ｅ、Ｇ、Ｋ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、またはＴから選択されるＨ３ドメインを含むＡＣＥ２タンパク質デコイも含まれる。本発明には、Ｘ３４位のアミノ酸がＦ、Ｙ、ＫまたはＣから選択されるアミノ酸である、Ｈ３ドメインを含むＡＣＥ２タンパク質デコイも含まれる。
いくつかの態様では、Ｈ３は、Ｎ末端に少なくとも１つの追加のアミノ酸、好ましくはコロナウイルススパイクタンパク質への結合に悪影響を及ばさないアミノ酸を含む。いくつかの態様では、アミノ酸は、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｋ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｙ、またはＴから選択される。いくつかの態様では、アミノ酸は、Ａ、Ｃ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｉ、Ｌ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、またはＷから選択される。他の態様では、アミノ酸は、Ｓ、Ｐ、Ｔ、もしくはＹから、またはＬ、Ｓ、Ｐ、Ｔ、もしくはＹから選択される。いくつかの態様では、アミノ酸は、ＳまたはＰ（好ましくはＳ）である。したがって、いくつかの態様では、Ｈ３は、配列ＳＡＥＩＤＬＧＫＧＤＦＲＥＩＲ（配列番号２４５）またはＳＶＥＩＤＬＧＫＧＤＦＲＥＩＲ（配列番号２４６）と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％または１００％の同一性を有する配列を含む。
いくつかの態様では、Ｈ３は、Ｃ末端に少なくとも１つの追加のアミノ酸、好ましくはコロナウイルススパイクタンパク質への結合に悪影響を及ばさないアミノ酸を含む。いくつかの態様では、アミノ酸は、Ｌ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｋ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、もしくはＴ、またはＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、ＶもしくはＷから選択される。いくつかの態様では、アミノ酸は、Ｒである。
本明細書に記載のＨ１ドメイン、Ｈ２ドメイン、及び任意のＨ３ドメインのいずれかを、本発明での使用のために組み合わせることができることを当業者であれば理解されるであろう。
本発明のデノボタンパク質は、コロナウイルススパイクタンパク質に対するαヘリックスドメイン及びβヘアピンドメインのタンパク質フォールディング及び結合受容能提示を促進する少なくとも１つの構造ドメインを含む。好ましい構造ドメインは、デノボタンパク質に疎水性コアを与え、結合に適した様式で結合モチーフの相対位置及び方向を安定化させる働きをする。補助的な構造体はコンピュータにより生成され、利用可能な方法（例えば、Ｒｏｓｅｔｔａフラグメントアセンブリ、パラメトリック生成など）で配置されるか、または既存の構造体から抽出される（例えば、本明細書の実施例を参照されたい）。Ｈ１、Ｈ２、及びＨ３領域とは異なり、これらの構造ドメインは、実質的にＡＣＥ２タンパク質の構造ドメインに位置しない（すなわち、構造上または配列的にＡＣＥ２内のその他の二次的構造体要素と位置が合わない）。当技術分野における技術に加えて本発明の教示を使用して、当業者は、タンパク質設計原理を用いて、本発明で使用するための構造ドメインを作成することが可能である。
Ｈ１、Ｈ２、及びＨ３（存在する場合）のタンパク質フォールディング及び結合受容能提示を促進する構造ドメインは、下記Ｄ１及びＤ２に記載されているアミノ酸配列を含む場合があり、
Ｄ１－ＸＡＸＡＸＢＸＢＸＣＸＢＸＢＸＢＸＡＸＢＸＢＸＡＸＣＸＢＸＣＸＡＸＢＸＣＸＡＸＣＸＣＸＡＸＡＸＢＸＣＸＡＸＡ（配列番号３５）、
Ｄ２－ＸＡＸＣＸＣＸＡＸＢＸＢＸＡＸＣＸＢＸＢＸＡＸＢＸＢＸＡＸＣＸＢＸＢＸＡＸＢＸＢＸＤＸＡＸＢＸＢＸＡＸＣＸＢＸＢＸＡＸＣ（配列番号３６）、
ここで、それぞれのＸＡは、個別にＤ、Ｅ、Ｇ、Ｋ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｃ、及びＴから選択されるアミノ酸であり：それぞれのＸＢは、個別にＡ、Ｆ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、Ｃ、及びＰ（好ましくはＡ、Ｆ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、及びＰ）から選択されるアミノ酸であり、それぞれのＸＣは、個別にＡ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、ＹまたはＣから選択されるアミノ酸であり；かつそれぞれのＸＤは、個別にＡ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、ＹまたはＣからのアミノ酸である。いくつかの実施形態では、ＸＤは、Ａ、Ｆ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、Ｐ、またはＶから選択されるアミノ酸である。その他の実施形態では、ＸＤはＤ、Ｅ、Ｇ、Ｋ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、またはＣから選択されるアミノ酸である。
いくつかの実施形態では、Ｄ１は、以下に示されているアミノ酸配列を含み：
ＸＡＸＡＡＡＸＡＡＬＡＸＡＡ ＡＸＡＡＭＫＸＡＡＬＸＡＩ ＩＸＡＸＡＩＡＸＡＸＡ（配列番号３７）；ここで、それぞれのＸＡは、個別にＤ、Ｅ、Ｇ、Ｋ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｃ、またはＴから選択されるアミノ酸である。
いくつかの実施形態では、Ｄ１は、以下に示されているアミノ酸配列
ＲＥＡＡＥＡＬＡＥＡＡＲＡＭＫＥＡＬＥＩＩＲＥＩＡＥＫ（配列番号３８）
ＲＥＡＡＥＡＬＡＥＡＡＲＡＭＫＥＡＬＥＩＬＲＥＩＡＥＫ（配列番号２２２）
と少なくとも５０％、６０％、７０％、８０％、８５％、９０％、９５％または１００％同一のアミノ酸配列を含む。
本発明のＡＣＥ２タンパク質デコイは、少なくとも１つの構造ドメイン（例えば、Ｄ１）が、配列番号３８に示されているアミノ酸配列と少なくとも５０％、６０％、７０％、８０％、８５％、９０％、９５％または１００％の同一性を有するアミノ酸配列を含んでいるものを含み、
ここで、１位のアミノ酸は、Ｒであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｐ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、またはＷ（好ましくはＣ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｐ、Ｓ、Ｔ、またはＷ）であり；
２位のアミノ酸は、Ｅであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｆ、Ｇ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＡ、Ｇ、Ｋ、Ｍ、Ｖ、Ｗ、またはＹ）であり；
３位のアミノ酸は、Ａであるか、置換される場合はＣ、Ｅ、Ｇ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＣ、Ｋ、Ｐ、Ｑ、またはＶ）であり；
４位のアミノ酸は、Ａであるか、置換される場合はＤ、Ｅ、Ｇ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、またはＷ（好ましくはＥ、Ｎ、Ｔ、Ｖ、またはＷ）であり；
５位のアミノ酸は、Ｅであるか、置換される場合はＣ、Ｄ、Ｇ、Ｋ、Ｌ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＣ、Ｄ、Ｑ、Ｓ、Ｖ、Ｗ、またはＹ）であり；
６位のアミノ酸は、Ａであるか、置換される場合はＣ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＤ、Ｋ、Ｐ、Ｒ、Ｖ、またはＹ）であり；
７位のアミノ酸は、Ｌであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｆ、Ｉ、Ｍ、Ｑ、Ｓ、Ｔ、またはＶ（好ましくはＴ）であり；
８位のアミノ酸は、Ａであるか、置換される場合はＣ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｑ、Ｌ、Ｍ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、またはＷ（好ましくはＤ、Ｅ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｌ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｖ、またはＷ）であり；
９位のアミノ酸は、Ｅであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｒ、Ｓ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＡ、Ｄ、Ｈ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｒ、Ｓ、またはＶ）であり；
１０位のアミノ酸は、Ａであるか、置換される場合はＣ、Ｇ、Ｌ、Ｍ、Ｑ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、またはＷ（好ましくはＣ、Ｇ、Ｍ、またはＳ）であり；
１１位のアミノ酸は、Ａであるか、置換される場合はＣ、Ｄ、Ｇ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、またはＶ（好ましくはＣ、Ｇ、Ｍ、Ｓ、Ｔ、またはＶ）であり；
１２位のアミノ酸は、Ｒであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ）であり；
１３位のアミノ酸は、Ａであるか、置換される場合はＣ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＤ、Ｅ、Ｋ、Ｍ、Ｒ、Ｓ、またはＶ）であり；
１４位のアミノ酸は、Ｍであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｋ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、またはＹ）であり；
１５位のアミノ酸は、Ｋであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＥ、Ｇ、Ｈ、Ｍ、Ｒ、Ｓ、またはＹ）であり；
１６位のアミノ酸は、Ｅであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＡ、Ｃ、Ｄ、Ｇ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｑ、Ｔ、Ｖ、またはＷ）であり；
１７位のアミノ酸は、Ａであるか、置換される場合はＣ、Ｇ、Ｐ、Ｓ、Ｔ、またはＶ（好ましくはＣ、Ｇ、またはＴ）であり；
１８位のアミノ酸は、Ｌであるか、置換される場合はＣ、Ｆ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｒ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＣ、Ｆ、Ｈ、またはＶ）であり；
１９位のアミノ酸は、Ｅであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＡ、Ｃ、Ｆ、Ｇ、Ｌ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、またはＹ）であり；
２０位のアミノ酸は、Ｉであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＣ、Ｅ、Ｇ、Ｌ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、またはＹ）であり；
２１位のアミノ酸は、Ｉであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＡ、Ｃ、Ｄ、Ｆ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、またはＹ）であり；
２２位のアミノ酸は、Ｒであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｙ、またはＷ（好ましくはＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、Ｑ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、またはＹ）であり；
２３位のアミノ酸は、Ｅであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＡ、Ｃ、Ｄ、Ｆ、Ｈ、Ｉ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｔ、またはＷ）であり；
２４位のアミノ酸は、Ｉであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、またはＹ（好ましくはＣ、Ｓ、Ｔ、またはＶ）であり；
２５位のアミノ酸は、Ａであるか、置換される場合はＣ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＤ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｍ、Ｎ、Ｓ、Ｖ、またはＹ）であり；
２６位のアミノ酸は、Ｅであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＣ、Ｆ、Ｉ、Ｌ、Ｓ、Ｔ、またはＹ）であり；かつ
２７位のアミノ酸は、Ｋであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＣ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｍ、Ｎ、Ｓ、またはＹ）である。
いくつかの実施形態では、Ｄ２は、配列番号３９または４０に示されているアミノ酸配列を含み：
ＸＡＡＸＡＸＡＡＡＸＡＸＡ ＩＡＸＡＡＩＸＡＸＡＡＡＸＡ ＡＩＡＸＡＡＡＸＡＩＡＡ ＸＡＡ（配列番号３９）
ＸＡＡＸＡＸＡＡＡＸＡＸＡ ＶＡＸＡＡＩＸＡＸＡＡＡＸＡ ＡＩＶＸＡＡＡＸＡＩＡＡ ＸＡＡ（配列番号４０）；
ここで、それぞれのＸＡは、個別にＤ、Ｅ、Ｇ、Ｋ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｃ、またはＴから選択されるアミノ酸である。
いくつかの実施形態では、Ｄ２は、以下に示されているアミノ酸配列を含み：
ＲＡＳＥＡＡＫＲＸ５９ＡＸ６０ＡＩＲＫＡＡＤ ＡＩＸ６１Ｘ６２ＡＡＫＩＡＡ ＲＡ（配列番号４１）、ここで、Ｘ５９は、ＩまたはＶであり、Ｘ６０は、Ｋ、ＲまたはＣであり、Ｘ６１は、Ａ、ＶまたはＣであり、Ｘ６２は、ＥまたはＣである。
いくつかの実施形態では、Ｄ２は、下記の配列番号４２～４６に示されているアミノ酸配列と少なくとも５０％、６０％、７０％、８０％、８５％、９０％、９５％または１００％同一のアミノ酸配列を含む。
ＲＡＳＥＡＡＫＲ ＩＡＫＡＩＲＫＡＡＤ ＡＩＡＥＡＡＫＩＡＡ ＲＡ（配列番号４２）
ＲＡＳＥＡＡＫＲ ＩＡＣＡＩＲＫＡＡＤ ＡＩＡＥＡＡＫＩＡＡ ＲＡ（配列番号４３）
ＲＡＳＥＡＡＫＲ ＩＡＫＡＩＲＫＡＡＤ ＡＩＡＣＡＡＫＩＡＡ ＲＡ（配列番号４４）
ＲＡＳＥＡＡＫＲ ＶＡＲＡＩＲＫＡＡＤ ＡＩＶＥＡＡＫＩＡＡ ＲＡ（配列番号４５）
ＲＡＳＥＡＡＫＲ ＶＡＣＡＩＲＫＡＡＤ ＡＩＶＥＡＡＫＩＡＡ ＲＡ（配列番号４６）
本発明のＡＣＥ２タンパク質デコイは、少なくとも１つの構造ドメイン（例えば、Ｄ２）が、配列番号４２に示されているアミノ酸配列と少なくとも５０％、６０％、７０％、８０％、８５％、９０％、９５％または１００％の同一性を有するアミノ酸配列を含んでいるものを含み、
ここで、１位のアミノ酸は、Ｒであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｈ、Ｋ、Ｌ、Ｎ、Ｑ、Ｓ、またはＹ）であり；
２位のアミノ酸は、Ａであるか、置換される場合はＣ、Ｇ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、またはＹ（好ましくはＣ、Ｍ、Ｑ、Ｔ、またはＶ）であり；
３位のアミノ酸は、Ｓであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＣ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、Ｑ、またはＲ）であり；
４位のアミノ酸は、Ｅであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｆ、Ｇ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＣ、Ｄ、Ｉ、Ｎ、Ｓ、またはＷ）であり；
５位のアミノ酸は、Ａであるか、置換される場合はＣ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＤ、Ｅ、Ｉ、Ｍ、またはＹ）であり；
６位のアミノ酸は、Ａであるか、置換される場合はＣ、Ｆ、Ｇ、Ｓ、またはＴ（好ましくはＣまたはＳ）であり；
７位のアミノ酸は、Ｋであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｈ、Ｌ、Ｍ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｈ、Ｌ、Ｍ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ）であり；
８位のアミノ酸は、Ｒであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｈ、Ｌ、Ｍ、Ｑ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、またはＹ）であり；
９位のアミノ酸は、Ｉであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｆ、Ｇ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｑ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＡ、Ｃ、Ｆ、Ｇ、Ｌ、Ｍ、Ｓ、Ｔ、Ｗ、またはＹ）であり；
１０位のアミノ酸は、Ａであるか、置換される場合はＤ、Ｇ、Ｔ、またはＶ（好ましくはＤ、Ｇ、またはＶ）であり；
１１位のアミノ酸は、Ｋであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｌ、Ｍ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｖ、Ｗ、またはＹ）であり；
１２位のアミノ酸は、Ａであるか、置換される場合はＣ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＥ、Ｇ、Ｉ、Ｓ、またはＴ）であり；
１３位のアミノ酸は、Ｉであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、またはＹ（好ましくはＡ、Ｃ、Ｄ、Ｆ、Ｇ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｓ、Ｔ、またはＶ）であり；
１４位のアミノ酸は、Ｒであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＦ、Ｈ、Ｋ、Ｌ、Ｎ、Ｖ、またはＷ）であり；
１５位のアミノ酸は、Ｋであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ）であり；
１６位のアミノ酸は、Ａであるか、置換される場合はＣ、Ｆ、Ｇ、Ｍ、Ｐ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、またはＹ（好ましくはＧ、Ｔ、またはＹ）であり；
１７位のアミノ酸は、Ａであるか、置換される場合はＣ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＧ、Ｔ、またはＶ）であり；
１８位のアミノ酸は、Ｄであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＡ、Ｆ、Ｇ、Ｉ、Ｌ、Ｎ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｗ、またはＹ）であり；
１９位のアミノ酸は、Ａであるか、置換される場合はＣ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＧ、Ｋ、Ｍ、Ｑ、Ｓ、またはＴ）であり；
２０位のアミノ酸は、Ｉであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｌ、Ｍ、Ｑ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＧ、Ｌ、Ｍ、Ｔ、Ｖ、またはＹ）であり；
２１位のアミノ酸は、Ａであるか、置換される場合はＣ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｙ、またはＷ（好ましくはＤ、Ｅ、Ｇ、Ｉ、Ｋ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ）であり；
２２位のアミノ酸は、Ｅであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＡ、Ｄ、Ｇ、Ｋ、Ｍ、Ｐ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ）であり；
２３位のアミノ酸は、Ａであるか、置換される場合はＣ、Ｇ、Ｎ、Ｓ、Ｔ、またはＶ（好ましくはＧ、Ｓ、またはＴ）であり；
２４位のアミノ酸は、Ａであるか、置換される場合はＣ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｋ、Ｍ、Ｎ、Ｓ、Ｔ、またはＶ（好ましくはＣ、Ｇ、またはＴ）であり；
２５位のアミノ酸は、Ｋであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｉ、Ｌ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｖ、Ｗ、またはＹ）であり；
２６位のアミノ酸は、Ｉであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＣ、Ｄ、Ｅ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、またはＶ）であり；
２７位のアミノ酸は、Ａであるか、置換される場合はＣ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＦ、Ｇ、Ｍ、Ｎ、Ｓ、Ｔ、またはＶ）であり；
２８位のアミノ酸は、Ａであるか、置換される場合はＣ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｙ、またはＷ（好ましくはＣ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｈ、Ｑ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、またはＹ）であり；
２９位のアミノ酸は、Ｒであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＡ、Ｃ、Ｄ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ）であり；
３０位のアミノ酸は、Ａであるか、置換される場合はＣ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＣ、Ｄ、Ｇ、Ｈ、Ｋ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、またはＶ）である。
本明細書に記載のＤ１ドメイン及びＤ２ドメインを、本明細書に記載のＨ１、Ｈ２、及びＨ３のいずれかと組み合わせることができることを当業者であれば理解されるであろう。
本発明のデノボタンパク質は、場合により、ドメイン間にアミノ酸リンカーを含む。アミノ酸リンカーは、意図する用途に適切であると考えられる任意の長さであってよい。例えば、リンカーは、１～１００、１～９０、１～８０、１～７０、１～６０、１～５０、１～４０、１～３０、１～２０、１～１０、または１～５など、１～１００アミノ酸長であり得る。アミノ酸残基において許容される変動性及びドメインの順番における柔軟性と同様に、リンカーの柔軟性は、本発明のタンパク質を構築するためのデノボタンパク質設計の使用により生じる。これらのタンパク質では、タンパク質フォールディングへの寄与要因の大部分は、リンカーからではなく、二次的構造体要素間の相互作用から生じる。少なくともそのような理由から、リンカーは通常、タンパク質フォールディングを損なうことなくデノボ設計タンパク質において改変することができる。いくつかの実施形態では、リンカーは、ドメイン間に可変ループ領域をもたらす。
本発明の例示的なＡＣＥ２タンパク質デコイは、ＣＴＣ－４４５であり、配列番号４７に示されている通りである。
ＳＡＥＩＤＭＧＫＧＤＦＲＥＩＲＡＳＥＤＡＲＥＡＡＥＡＬＡＥＡＡＲＡＭＫＥＡＬＥＩＩＲＥＩＡＥＫＬＲＤＳＳＲＡＳＥＡＡＫＲＩＡＫＡＩＲＫＡＡＤＡＩＡＥＡＡＫＩＡＡＲＡＡＫＤＥＤＡＡＲＮＡＥＮＡＡＲＫＡＫＥＦＡＥＥＱＡＫＬＡＤＭＹＡＥＦＡＫＮＧＤＫＳＲＶＲＥＱＬＫＴＦＡＤＫＡＦＨＥＭＥＤＲＦＹＱＡＡＬＡＶＦＥＡＡＥＡＡＡＧ （配列番号４７）
ＡＣＥ２タンパク質デコイＣＴＣ－４４５は、Ｈ１、Ｈ２、及びＨ３ドメインに加えて、Ｈ１、Ｈ２、及びＨ３のタンパク質フォールディング及び結合受容能提示を促進する２つの構造ドメインを含む。ＣＴＣ－４４５では、ドメインの順番は、Ｈ３－Ｄ１－Ｄ２－Ｈ２－Ｈ１である。Ｈ３はアミノ酸１～１５であり、Ｄ１はアミノ酸２１～４７であり、Ｄ２はアミノ酸５３～８２であり、Ｈ２はアミノ酸８６～１１８であり、かつＨ１はアミノ酸１２３～１６０である。ＡＣＥ２タンパク質デコイはまた、種々のドメインを一緒に連結する４個のリンカーを含む。第１のリンカーはアミノ酸１６～２０であり、第２のリンカーはアミノ酸４８～５２であり、第３のリンカーはアミノ酸８３～８５であり、かつ第４のリンカーはアミノ酸１１９～１２２である。ナンバリングは、配列番号４７に基づくものである。本明細書で提供する実施例及び当技術分野における技術に加えて、Ｈ１、Ｈ２、Ｈ３、Ｄ１及びＤ２ドメインに関して本明細書で提供する教示は、ＣＴＣ－４４５のバリアントであるＡＣＥ２タンパク質デコイを作成するために使用することができる。いくつかの実施形態では、例示的なバリアントは、タンパク質の安定性及び／またはフォールディングを最適化する役割を果たすアミノ酸置換を導入したものである。典型的には、これらの置換は、結合界面ではなく、タンパク質内の他の場所にある。これらの置換は結合界面にはないが、活性の向上に加えて、結合親和性の向上をもたらす可能性がある。結合、安定性、及び／またはタンパク質フォールディングの向上についてタンパク質を試験する方法は、当技術分野において既知であり、かつ本明細書にて記載される。ＣＴＣ－４４５は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質に特異的に結合するが、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１スパイクタンパク質への結合は弱いことがこれまでに実証されている。いくつかの実施形態では、ＣＴＣ－４４５のバリアントであるＡＣＥ２タンパク質デコイは、ＣＴＣ－４４５に比べて高い親和性でＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質及びＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１スパイクタンパク質の両方に結合することができる。ＣＴＣ－４４５との同一性を有する例示的なＡＣＥ２タンパク質デコイには、配列番号４８～６８、１８４～１８８、１０４～１７２、及び２２４～２３９に示されているものが含まれる。本発明には、配列番号４７～６８、１８４～１８８、１０４～１７２、２２４～２３９、２５５～２５７または２６５に示されているアミノ酸配列と少なくとも５０％、６０％、７０％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９５％、９７％、９９％または１００％同一の配列を含むＡＣＥ２タンパク質デコイも含まれる。本明細書で提供する実施例及び当技術分野における技術に加えて、Ｈ１、Ｈ２、Ｈ３、Ｄ１及びＤ２ドメインに関して本明細書で提供する教示は、このようなＡＣＥ２タンパク質デコイのバリアントを作成するために使用することができる。
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 いくつかの実施形態では、配列番号４７～６８、１８４～１８７、及び１０４～１７２のいずれかの８８位のアミノ酸残基は、Ａでない場合、Ｆ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、ＰまたはＶから選択される。いくつかの実施形態では、配列番号４７～６８のいずれかの１３７位のアミノ酸残基は、Ｆでない場合、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｋ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、またはＴである。いくつかの実施形態では、配列番号４７～６８、１８４～１８７、及び１０４～１７２のいずれかの１１位のアミノ酸残基がシステインの場合、６位のアミノ酸残基はＬであり、及び／または１２６位のアミノ酸残基はＬであり、及び／または１２４位のアミノ酸残基はＳである。いくつかの実施形態では、ＡＣＥ２タンパク質デコイは、ＣＴＣ－６２５またはＣＴＣ－６２６のアミノ酸配列を有さない。いくつかの実施形態では、ＡＣＥ２タンパク質デコイは、ＣＴＣ－６２５に示されているアミノ酸置換（すなわち、Ｓ１Ｐ＿Ｆ１１Ｙ＿Ｒ４２Ｓ＿Ｅ４６Ｓ＿Ａ８８Ｎ＿Ｆ１１６Ｎ＿Ｒ１２４Ｓ＿Ｆ１３７Ｖ＿Ｒ１４３Ｌ）またはＣＴＣ－６２６に示されているアミノ酸置換（すなわち、Ｓ１Ｐ＿Ｍ６Ｌ＿Ｆ１１Ｙ＿Ｒ４２Ｓ＿Ｅ４６Ｓ＿Ａ８８Ｎ＿Ｆ１１６Ｎ＿Ｒ１２４Ｓ＿Ｆ１３７Ｖ＿Ｒ１４３Ｌ－Ｆ１５２Ｗ）を有さない。
本発明の例示的なデノボタンパク質は、配列番号４７～６８、１８４～１８７または１０４～１７２に示されているアミノ酸配列と少なくとも５０％、６０％、７０％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９５％、９７％、９９％または１００％同一の配列を含むものを含み、ここで、
ａ． ２位のアミノ酸残基は、Ｖであるか；
ｂ． ３位のアミノ酸残基は、Ｖであるか；
ｃ． ６位のアミノ酸残基は、Ｌであるか；
ｄ． １１位のアミノ酸残基は、ＦもしくはＣであるか；
ｅ． ４１位のアミノ酸残基は、Ｌであるか；
ｆ． ６１位のアミノ酸残基は、Ｖであるか；
ｇ． ６３位のアミノ酸残基は、ＲもしくはＣであるか；
ｈ． ７３位のアミノ酸残基は、Ｖであるか；
ｉ． ７４位のアミノ酸残基は、ＥもしくはＣであるか；
ｊ． ８４位のアミノ酸残基は、Ｔであるか；
ｋ． ８６位のアミノ酸残基は、Ｇであるか；
ｌ． ９２位のアミノ酸残基は、Ｖであるか；
ｍ． ９５位のアミノ酸残基は、Ｅであるか；
ｎ． １００位のアミノ酸残基は、Ｑであるか；
ｏ． １１６位のアミノ酸残基は、Ｌであるか；
ｐ． １２４位のアミノ酸残基は、Ｓであるか；
ｑ． １２６位のアミノ酸残基は、Ｌであるか；
ｒ． １３６位のアミノ酸残基は、Ｔであるか；
ｓ． １４３位のアミノ酸残基は、ＳもしくはＬであるか；または
ｔ． 上記の（ａ）～（ｓ）の任意の組み合わせである。
本発明の例示的なデノボタンパク質は、配列番号４７～６８、１８４～１８７、１０４～１７２、２５５～２５６、または２２４～２３９に示されているアミノ酸配列と少なくとも５０％、６０％、７０％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９５％、９７％、９９％または１００％同一の配列を含むものを含み、ここで、８、９、または１０位のアミノ酸のうち１つ以下が置換され；９１、９４、９８、１０２、１０５、１０６、１０９、１１２、または１１３位のアミノ酸のうち３つ以下、２つ以下、または１つ以下が置換され；及び／または１２３、１２７、１２８、１３１、１３２、１３４、１３８、１３９、１４１、１４２、１４５、１４６、または１４９位のアミノ酸のうち４つ以下、３つ以下、及び／または２つ以下、または１つ以下が置換される。
本発明の例示的なデノボタンパク質は、配列番号４７～６８、１８４～１８７、１０４～１７２、２５５～２５６、または２２４～２３９に示されているアミノ酸配列と少なくとも５０％、６０％、７０％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９５％、９７％、９９％または１００％同一の配列を含むものを含み、ここで、８、９、１０、９１、９４、９８、１０２、１０５、１０６、１０９、１１２、１１３、１２３、１２７、１２８、１３１、１３２、１３４、１３８、１３９、１４１、１４２、１４５、１４６、または１４９位のアミノ酸のうち４つ、３つ、２つ、または１つ以下が置換される。
本発明の例示的なデノボタンパク質は、配列番号４７～６８、１８４～１８７、１０４～１７２、２５５～２５６、または２２４～２３９に示されているアミノ酸配列と少なくとも５０％、６０％、７０％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９５％、９７％、９９％または１００％同一の配列を含むものを含み、ここで、
ａ． ８位のアミノ酸残基は、Ｋであり；
ｂ． ９位のアミノ酸残基は、Ｇであり；
ｃ． １０位のアミノ酸残基は、Ｄであり；
ｄ． ９１位のアミノ酸残基は、Ｎであり；
ｅ． ９４位のアミノ酸残基は、Ｎであり；
ｆ． ９８位のアミノ酸残基は、Ｋであり；
ｇ． １０２位のアミノ酸残基は、Ｆであり；
ｈ． １０５位のアミノ酸残基は、Ｅであり；
ｉ． １０６位のアミノ酸残基は、Ｑであり；
ｊ． １０９位のアミノ酸残基は、Ｌであり；
ｋ． １１２位のアミノ酸残基は、Ｍであり；
ｌ． １１３位のアミノ酸残基は、Ｙであり；
ｍ． １２３位のアミノ酸残基は、Ｓであり；
ｎ． １２７位のアミノ酸残基は、Ｅであり；
ｏ． １２８位のアミノ酸残基は、Ｑであり；
ｐ． １３１位のアミノ酸残基は、Ｔであり；
ｑ． １３２位のアミノ酸残基は、Ｆであり；
ｒ． １３４位のアミノ酸残基は、Ｄであり；
ｓ． １３８位のアミノ酸残基は、Ｈであり；
ｔ． １３９位のアミノ酸残基は、Ｅであり；
ｕ． １４１位のアミノ酸残基は、Ｅであり；
ｖ． １４２位のアミノ酸残基は、Ｄであり；
ｗ． １４５位のアミノ酸残基は、Ｙであり；
ｘ． １４６位のアミノ酸残基は、Ｑであり；かつ
ｙ． １４９位のアミノ酸残基は、Ｌである。
本明細書の教示のように、例示的なタンパク質デコイのリンカーには非常に多くの変動性が存在し得る。配列番号６９～９０、２５８～２６０、２６６、または１８９～１９３に示されているアミノ酸配列と少なくとも６０％、７０％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９５％、９７％、９９％または１００％同一の配列を含むデノボタンパク質を本明細書で提供するが、ここで、ＸＬは、アミノ酸リンカーである。いくつかのそのような態様では、各デノボタンパク質の第１及び第２のＸＬリンカーは、０～５アミノ酸であり、各デノボタンパク質の第３のＸＬリンカーは、０～３アミノ酸であり、かつ各デノボタンパク質の第４のＸＬリンカーは、０～４アミノ酸である。
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いくつかの実施形態では、配列番号６９～９０、２５８～２５９、または１８９～１９２のいずれかの８８位のアミノ酸残基は、Ａでない場合、Ｆ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、ＰまたはＶから選択され、ここで、８８位は、固定された長さのリンカーを含む配列番号４７に照らしたものである。いくつかの実施形態では、配列番号６９～９０または１８９～１９２のいずれかの１３７位のアミノ酸残基は、Ｆでない場合、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｋ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、またはＴである。いくつかの実施形態では、配列番号６９～９０、２５８～２５９、または１８９～１９２のいずれかの１１位のアミノ酸残基がシステインである場合、６位のアミノ酸残基は、Ｌであり、及び／または１２６位のアミノ酸残基は、Ｌであり、及び／または１２４位のアミノ酸残基は、Ｓである。上記言及した８８、１３７、１１、１２４、及び１２６位は、それぞれ、配列番号４７の８８、１３７、１１、１２４、及び１２６位に対応する配列番号６９～９０、２５８～２５９、または１８９～１９２の位置を意味するが、配列番号６９～９０または１８９～１９３の実際の位置ではなく、これは、リンカーＸＬの長さが固定されていないために変化し得る。したがって、「配列番号６９～９０または１８９～１９２のうち任意の１つの８８位」への言及は、配列番号４７の８８位に対応する配列番号６９～９０、２５８～２５９、または１８９～１９３のうち任意の１つの位置を意味する。
本発明の例示的なデノボタンパク質は、配列番号６９～９０、２５８～２５９、または１８９～１９２に示されているアミノ酸配列と少なくとも６０％、７０％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９５％、９７％、９９％または１００％同一の配列を含むものを含み、ここで、
ａ． ２位のアミノ酸残基は、Ｖであるか；
ｂ． ３位のアミノ酸残基は、Ｖであるか；
ｃ． ６位のアミノ酸残基は、Ｌであるか；
ｄ． １１位のアミノ酸残基は、ＦもしくはＣであるか；
ｅ． ４１位のアミノ酸残基は、Ｌであるか；
ｆ． ６１位のアミノ酸残基は、Ｖであるか；
ｇ． ６３位のアミノ酸残基は、ＲもしくはＣであるか；
ｈ． ７３位のアミノ酸残基は、Ｖであるか；
ｉ． ７４位のアミノ酸残基は、ＥもしくはＣであるか；
ｊ． ８６位のアミノ酸残基は、Ｇであるか；
ｋ． ９２位のアミノ酸残基は、Ｖであるか；
ｌ． ９５位のアミノ酸残基は、Ｅであるか；
ｍ． １００位のアミノ酸残基は、Ｑであるか；
ｎ． １１６位のアミノ酸残基は、Ｌであるか；
ｏ． １２４位のアミノ酸残基は、Ｓであるか；
ｐ． １２６位のアミノ酸残基は、Ｌであるか；
ｑ． １３６位のアミノ酸残基は、Ｔであるか；
ｒ． １４３位のアミノ酸残基は、ＳもしくはＬであるか；または
上記の（ａ）～（ｒ）の任意の組み合わせであり、この際、記載した位置は、配列番号４７のナンバリングに基づくものであるが、上述したように、リンカーＸＬの長さが固定されていないため、配列番号６９～９０または１８９～１９２に基づくものではない。
本発明の例示的なデノボタンパク質は、配列番号６９～９０、２５８～２５９、または１８９～１９２に示されているアミノ酸配列と少なくとも５０％、６０％、７０％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９５％、９７％、９９％または１００％同一の配列を含むものを含み、ここで、８、９、または１０位のアミノ酸のうち１つ以下が置換され；９１、９４、９８、１０２、１０５、１０６、１０９、１１２、または１１３位のアミノ酸のうち３つ以下、２つ以下、または１つ以下が置換され；１２３、１２７、１２８、１３１、１３２、１３４、１３８、１３９、１４１、１４２、１４５、１４６、または１４９位のアミノ酸のうち３つ以下、２つ以下、または１つ以下が置換される。記載した位置は、配列番号４７のナンバリングに基づくものであるが、上述したように、リンカーＸＬの長さが固定されていないため、配列番号６９～９０、２５８～２５９、または１８９～１９２に基づくものではない。
本発明の例示的なデノボタンパク質は、配列番号６９～９０、２５８～２５９、または１８９～１９２に示されているアミノ酸配列と少なくとも５０％、６０％、７０％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９５％、９７％、９９％または１００％同一の配列を含むものを含み、ここで、８、９、１０、９１、９４、９８、１０２、１０５、１０６、１０９、１１２、１１３、１２３、１２７、１２８、１３１、１３２、１３４、１３８、１３９、１４１、１４２、１４５、１４６、または１４９位のアミノ酸のうち４つ、３つ、２つ、または１つ以下が置換される。記載した位置は、配列番号４７のナンバリングに基づくものであるが、上述したように、リンカーＸＬの長さが固定されていないため、配列番号６９～９０、２５８～２５９、または１８９～１９２に基づくものではない。
本発明の例示的なデノボタンパク質は、配列番号６９～９０、２５８～２５９、または１８９～１９２に示されているアミノ酸配列と少なくとも６０％、７０％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９５％、９７％、９９％または１００％同一の配列を含むものを含み、ここで、
ａ． ８位のアミノ酸残基は、Ｋであり；
ｂ． ９位のアミノ酸残基は、Ｇであり；
ｃ． １０位のアミノ酸残基は、Ｄであり；
ｄ． ９１位のアミノ酸残基は、Ｎであり；
ｅ． ９４位のアミノ酸残基は、Ｎであり；
ｆ． ９８位のアミノ酸残基は、Ｋであり；
ｇ． １０２位のアミノ酸残基は、Ｆであり；
ｈ． １０５位のアミノ酸残基は、Ｅであり；
ｉ． １０６位のアミノ酸残基は、Ｑであり；
ｊ． １０９位のアミノ酸残基は、Ｌであり；
ｋ． １１２位のアミノ酸残基は、Ｍであり；
ｌ． １１３位のアミノ酸残基は、Ｙであり；
ｍ． １２３位のアミノ酸残基は、Ｓであり；
ｎ． １２７位のアミノ酸残基は、Ｅであり；
ｏ． １２８位のアミノ酸残基は、Ｑであり；
ｐ． １３１位のアミノ酸残基は、Ｔであり；
ｑ． １３２位のアミノ酸残基は、Ｆであり；
ｒ． １３４位のアミノ酸残基は、Ｄであり；
ｓ． １３８位のアミノ酸残基は、Ｈであり；
ｔ． １３９位のアミノ酸残基は、Ｅであり；
ｕ． １４１位のアミノ酸残基は、Ｅであり；
ｖ． １４２位のアミノ酸残基は、Ｄであり；
ｗ． １４５位のアミノ酸残基は、Ｙであり；
ｘ． １４６位のアミノ酸残基は、Ｑであり；かつ
ｙ． １４９位のアミノ酸残基は、Ｌであり；この際、記載した位置は、配列番号４７のナンバリングに基づくものであるが、上述したように、リンカーＸＬの長さが固定されていないため、配列番号６９～９０または１８９～１９２に基づくものではない。
本発明には、（ｉ）Ｍ６Ｌ＿Ｒ１２６Ｌ；（ｉｉ）Ｆ１１６Ｌ＿Ｒ１２４Ｓ；（ｉｉｉ）Ｍ６Ｌ＿Ｆ１１６Ｌ＿Ｒ１２４Ｓ＿Ｒ１２６Ｌ；（ｉｖ）Ｍ６Ｌ＿Ｅ８６Ｇ＿Ｆ１１６Ｌ＿Ｒ１２４Ｓ＿Ｒ１２６Ｌ；（ｖ）Ａ２Ｖ＿Ｅ３Ｖ＿Ｍ６Ｌ＿Ｉ６１Ｖ＿Ｋ６３Ｒ＿Ａ７３Ｖ＿Ｋ８４Ｔ＿Ｅ８６Ｇ＿Ａ９２Ｖ＿Ａ９５Ｅ＿Ｋ１００Ｑ＿Ｆ１１６Ｌ＿Ｒ１２４Ｓ＿Ｒ１２６Ｌ＿Ａ１３６Ｔ＿Ｒ１４３Ｓ；（ｖｉ）Ｍ６Ｌ＿Ｆ１１Ｃ＿Ｒ１２６Ｌ；（ｖｉｉ）Ｍ６Ｌ＿Ｋ６３Ｃ＿Ｒ１２６Ｌ；（ｖｉｉｉ）Ｍ６Ｌ＿Ｅ７４Ｃ＿Ｒ１２６Ｌ；（ｉｘ）Ｆ１１Ｃ＿Ｆ１１６Ｌ＿Ｒ１２４Ｓ；（ｘ）Ｋ６３Ｃ＿Ｆ１１６Ｌ＿Ｒ１２４Ｓ；（ｘｉ）Ｅ７４Ｃ＿Ｆ１１６Ｌ＿Ｒ１２４Ｓ；（ｘｉｉ）Ｍ６Ｌ＿Ｆ１１Ｃ＿Ｆ１１６Ｌ＿Ｒ１２４Ｓ＿Ｒ１２６Ｌ；（ｘｉｉｉ）Ｍ６Ｌ＿Ｋ６３Ｃ＿Ｆ１１６Ｌ＿Ｒ１２４Ｓ＿Ｒ１２６Ｌ；（ｘｉｖ）Ｍ６Ｌ＿Ｅ７４Ｃ＿Ｆ１１６Ｌ＿Ｒ１２４Ｓ＿Ｒ１２６Ｌ；（ｘｖ）Ａ２Ｖ＿Ｅ３Ｖ＿Ｍ６Ｌ＿Ｆ１１Ｃ＿Ｉ６１Ｖ＿Ｋ６３Ｒ＿Ａ７３Ｖ＿Ｋ８４Ｔ＿Ｅ８６Ｇ＿Ａ９２Ｖ＿Ａ９５Ｅ＿Ｋ１００Ｑ＿Ｆ１１６Ｌ＿Ｒ１２４Ｓ＿Ｒ１２６Ｌ＿Ａ１３６Ｔ＿Ｒ１４３Ｓ；（ｘｖｉ）Ａ２Ｖ＿Ｅ３Ｖ＿Ｍ６Ｌ＿Ｉ６１Ｖ＿Ｋ６３Ｃ＿Ａ７３Ｖ＿Ｋ８４Ｔ＿Ｅ８６Ｇ＿Ａ９２Ｖ＿Ａ９５Ｅ＿Ｋ１００Ｑ＿Ｆ１１６Ｌ＿Ｒ１２４Ｓ＿Ｒ１２６Ｌ＿Ａ１３６Ｔ＿Ｒ１４３Ｓ；（ｘｖｉｉ）Ａ２Ｖ＿Ｅ３Ｖ＿Ｍ６Ｌ＿Ｉ６１Ｖ＿Ｋ６３Ｒ＿Ａ７３Ｖ＿Ｅ７４Ｃ＿Ｋ８４Ｔ＿Ｅ８６Ｇ＿Ａ９２Ｖ＿Ａ９５Ｅ＿Ｋ１００Ｑ＿Ｆ１１６Ｌ＿Ｒ１２４Ｓ＿Ｒ１２６Ｌ＿Ａ１３６Ｔ＿Ｒ１４３Ｓ；（ｘｖｉｉｉ）Ｍ６Ｌ＿Ｆ１１Ｃ＿Ｅ８６Ｇ＿Ｆ１１６Ｌ＿Ｒ１２４Ｓ＿Ｒ１２６Ｌ；（ｘｉｘ）Ｍ６Ｌ＿Ｋ６３Ｃ＿Ｅ８６Ｇ＿Ｆ１１６Ｌ＿Ｒ１２４Ｓ＿Ｒ１２６Ｌ；（ｘｘ）Ｍ６Ｌ＿Ｅ７４Ｃ＿Ｅ８６Ｇ＿Ｆ１１６Ｌ＿Ｒ１２４Ｓ＿Ｒ１２６Ｌ；（ｘｘｉ）Ａ２Ｖ＿Ｍ６Ｌ＿Ｅ８６Ｇ＿Ｆ１１６Ｌ＿Ｒ１２４Ｓ＿Ｒ１２６Ｌ；（ｘｘｉｉ）Ａ２Ｖ＿Ｍ６Ｌ＿Ｅ８６Ｇ＿Ｆ１１６Ｌ＿Ｒ１２４Ｓ＿Ｒ１２６Ｌ＿Ｒ１４３Ｌ；（ｘｘｉｉｉ）Ｍ６Ｌ＿Ｉ４１Ｌ＿Ｅ８６Ｇ＿Ｆ１１６Ｌ＿Ｒ１２４Ｓ＿Ｒ１２６Ｌ＿Ｒ１４３Ｌ；または（ｘｘｉｖ）Ａ２Ｖ＿Ｍ６Ｌ＿Ｉ４１Ｌ＿Ｅ８６Ｇ＿Ｆ１１６Ｌ＿Ｒ１２４Ｓ＿Ｒ１２６Ｌ＿Ｒ１４３Ｌの置換が存在することを条件として、配列番号４７に示されているアミノ酸配列と少なくとも５０％、６０％、７０％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９５％、９７％、９９％または１００％同一の配列を含むＡＣＥ２タンパク質デコイが含まれる。
本発明のいくつかの好ましい実施形態では、ＡＣＥ２タンパク質デコイが、以下のアミノ酸配列と少なくとも６０％、７０％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９５％、９７％、９９％または１００％同一の配列を含む場合、以下のアミノ酸が存在する：（ｉ）ＣＴＣ－６３７の場合、アミノ酸６Ｌ及び１２６Ｌが存在し；（ｉｉ）ＣＴＣ－６３８の場合、アミノ酸１１６Ｌ及び１２４Ｓが存在し；（ｉｉｉ）ＣＴＣ－６３９の場合、アミノ酸６Ｌ、１１６Ｌ、１２４Ｓ、及び１２６Ｌが存在し；（ｉｖ）ＣＴＣ－６４０の場合、アミノ酸６Ｌ、８６Ｇ、１１６Ｌ、１２４Ｓ、及び１２６Ｌが存在し；（ｖ）ＣＴＣ－６４１の場合、アミノ酸２Ｖ、３Ｖ、６Ｌ、６１Ｖ、６３Ｒ、７３Ｖ、８４Ｔ、８６Ｇ、９２Ｖ、９５Ｅ、１００Ｑ、１１６Ｌ、１２４Ｓ、１２６Ｌ、１３６Ｔ、及び１４３Ｓが存在し；（ｖｉ）ＣＴＣ－６４２の場合、アミノ酸６Ｌ、１１Ｃ、及び１２６Ｌが存在し；（ｖｉｉ）ＣＴＣ－６４３の場合、アミノ酸６Ｌ、６３Ｃ、及び１２６Ｌが存在し；（ｖｉｉｉ）ＣＴＣ－６４４の場合、アミノ酸６Ｌ、７４Ｃ、及び１２６Ｌが存在し；（ｉｘ）ＣＴＣ－６４５の場合、アミノ酸１１Ｃ、１１６Ｌ、及び１２４Ｓが存在し；（ｘ）ＣＴＣ－６４６の場合、アミノ酸６３Ｃ、１１６Ｌ、及び１２４Ｓが存在し；（ｘｉ）ＣＴＣ－６４７の場合、アミノ酸７４Ｃ、１１６Ｌ、及び１２４Ｓが存在し；（ｘｉｉ）ＣＴＣ－６４８の場合、アミノ酸６Ｌ、１１Ｃ、１１６Ｌ、１２４Ｓ、及び１２６Ｌが存在し；（ｘｉｉｉ）ＣＴＣ－６４９の場合、アミノ酸６Ｌ、６３Ｃ、１１６Ｌ、１２４Ｓ、及び１２６Ｌが存在し；（ｘｉｖ）ＣＴＣ－６５０の場合、アミノ酸６Ｌ、７４Ｃ、１１６Ｌ、１２４Ｓ、及び１２６Ｌが存在し；（ｘｖ）ＣＴＣ－６５１の場合、アミノ酸２Ｖ、３Ｖ、６Ｌ、１１Ｃ、６１Ｖ、６３Ｒ、７３Ｖ、８４Ｔ、８６Ｇ、９２Ｖ、９５Ｅ、１００Ｑ、１１６Ｌ、１２４Ｓ、１２６Ｌ、１３６Ｔ、及び１４３Ｓが存在し；（ｘｖｉ）ＣＴＣ－６５２の場合、アミノ酸２Ｖ、３Ｖ、６Ｌ、６１Ｖ、６３Ｃ、７３Ｖ、８４Ｔ、８６Ｇ、９２Ｖ、９５Ｅ、１００Ｑ、１１６Ｌ、１２４Ｓ、１２６Ｌ、１３６Ｔ、及び１４３Ｓが存在し；（ｘｖｉｉ）ＣＴＣ－６５３の場合、アミノ酸２Ｖ、３Ｖ、６Ｌ、６１Ｖ、６３Ｒ、７３Ｖ、７４Ｃ、８４Ｔ、８６Ｇ、９２Ｖ、９５Ｅ、１００Ｑ、１１６Ｌ、１２４Ｓ、１２６Ｌ、１３６Ｔ、及び１４３Ｓが存在し；（ｘｖｉｉｉ）ＣＴＣ－６５６の場合、アミノ酸１Ｐ、１１Ｋ、４２Ｓ、４６Ｓ、８１Ｈ、８８Ｎ、１１６Ｎ、１２４Ｓ、１３７Ｖ、及び１４３Ｌが存在し；（ｘｉｘ）ＣＴＣ－６９３の場合、アミノ酸６Ｌ、１１Ｃ、８６Ｇ、１１６Ｌ、１２４Ｓ、及び１２６Ｌが存在し；（ｘｘ）ＣＴＣ－６９４の場合、アミノ酸６Ｌ、６３Ｃ、８６Ｇ、１１６Ｌ、１２４Ｓ、及び１２６Ｌが存在し；（ｘｘｉ）ＣＴＣ－６９５の場合、アミノ酸６Ｌ、７４Ｃ、８６Ｇ、１１６Ｌ、１２４Ｓ、及び１２６Ｌが存在し；（ｘｘｉｉ）ＣＴＣ－６９９の場合、アミノ酸２Ｖ、６Ｌ、８６Ｇ、１１６Ｌ、１２４Ｓ、及び１２６Ｌが存在し；（ｘｘｉｉｉ）ＣＴＣ－７００の場合、アミノ酸２Ｖ、６Ｌ、８６Ｇ、１１６Ｌ、１２４Ｓ、１２６Ｌ、１４３Ｌが存在し；（ｘｘｉｖ）ＣＴＣ－７０１の場合、アミノ酸６Ｌ、４１Ｌ、８６Ｇ、１１６Ｌ、１２４Ｓ、１２６Ｌ、及び１４３Ｌが存在し；かつ（ｘｘｖ）ＣＴＣ－７０２の場合、アミノ酸２Ｖ、６Ｌ、４１Ｌ、８６Ｇ、１１６Ｌ、１２４Ｓ、１２６Ｌ、及びＲ１４３が存在する。
本発明には、配列番号５０（ＣＴＣ－６４０）に示されているアミノ酸配列と少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％同一のアミノ酸配列を含むデコイユニットを含む本発明のデノボタンパク質が含まれ、ここで、
１位のアミノ酸は、Ｓであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｉ、Ｌ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、またはＷ（好ましくはＣ、Ｅ、Ｇ、Ｉ、またはＬ）であり；
２位のアミノ酸は、Ａであるか、置換される場合はＣ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、またはＷ（好ましくはＧ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、Ｑ、Ｔ、Ｖ、またはＷ）であり；
３位のアミノ酸は、Ｅであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｇ、Ｌ、Ｍ、Ｐ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、またはＷ（好ましくはＬ、Ｍ、Ｐ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、またはＷ）であり；
４位のアミノ酸は、Ｉであるか、置換される場合はＣ、Ｆ、Ｌ、Ｍ、Ｔ、Ｖ、またはＷ（好ましくはＦ、またはＶ）であり；
５位のアミノ酸は、Ｄであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｅ、Ｇ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｓ、Ｔ、またはＶ（好ましくはＭまたはＮ）であり；
６位のアミノ酸は、Ｌであるか、置換される場合はＦ、Ｉ、Ｍ、またはＶ（好ましくはＭまたはＦ）であり；
７位のアミノ酸は、Ｇであるか、置換される場合はＤまたはＬであり；
８位のアミノ酸は、Ｋであるか、置換される場合はＩ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｒ、またはＴ（好ましくはＭ）であり；
９位のアミノ酸は、Ｇであるか、置換される場合はＤ、Ｅ、Ｍ、Ｒ、またはＳ（好ましくはＲ）であり；
１０位のアミノ酸は、Ｄであるか、置換される場合はＥ、Ｋ、またはＴ（好ましくは非置換）であり；
１１位のアミノ酸は、Ｆであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｅ、Ｇ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＡ、Ｅ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、またはＶ）であり；
１２位のアミノ酸は、Ｒであるか、置換される場合はＫ、Ｍ、Ｑ、またはＳ（好ましくは非置換）であり；
１３位のアミノ酸は、Ｅであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｇ、Ｈ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｐ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＤ、Ｇ、Ｌ、Ｍ、Ｐ、Ｓ、Ｖ、またはＷ）であり；
１４位のアミノ酸は、Ｉであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ（好ましくはＩ、Ｃ、Ｆ、Ｍ、Ｐ、Ｑ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、またはＷ）であり；
１５位のアミノ酸は、Ｒであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ（好ましくはＣ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｈ、Ｋ、Ｌ、Ｑ、Ｓ、Ｖ、Ｗ）であり；
１６位のアミノ酸は、Ａであるか、置換される場合はＡ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｌ、Ｍ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ（好ましくはＥ、Ｆ、Ｇ、Ｌ、Ｍ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ）であり；
１７位のアミノ酸は、Ｓであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ（好ましくはＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｌ、Ｐ、Ｔ、Ｖ、Ｗ）であり；
１８位のアミノ酸は、Ｅであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、Ｙ（好ましくはＣ、Ｇ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ）であり；
１９位のアミノ酸は、Ｄであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、Ｙ（好ましくはＣ、Ｅ、Ｇ、Ｍ、Ｐ、Ｒ、Ｖ、Ｗ）であり；
２０位のアミノ酸は、Ａであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｅ、Ｇ、Ｉ、Ｌ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ（好ましくはＬ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ）であり；
２１位のアミノ酸は、Ｒであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｐ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、またはＷ（好ましくはＣ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｐ、Ｓ、Ｔ、またはＷ）であり；
２２位のアミノ酸は、Ｅであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｆ、Ｇ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＡ、Ｇ、Ｋ、Ｍ、Ｖ、Ｗ、またはＹ）であり；
２３位のアミノ酸は、Ａであるか、置換される場合はＣ、Ｅ、Ｇ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＣ、Ｋ、Ｐ、Ｑ、またはＶ）であり；
２４位のアミノ酸は、Ａであるか、置換される場合はＤ、Ｅ、Ｇ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、またはＷ（好ましくはＥ、Ｎ、Ｔ、Ｖ、またはＷ）であり；
２５位のアミノ酸は、Ｅであるか、置換される場合はＣ、Ｄ、Ｇ、Ｋ、Ｌ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＣ、Ｄ、Ｑ、Ｓ、Ｖ、Ｗ、またはＹ）であり；
２６位のアミノ酸は、Ａであるか、置換される場合はＣ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＤ、Ｋ、Ｐ、Ｒ、Ｖ、またはＹ）であり；
２７位のアミノ酸は、Ｌであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｆ、Ｉ、Ｍ、Ｑ、Ｓ、Ｔ、またはＶ（好ましくはＴ）であり；
２８位のアミノ酸は、Ａであるか、置換される場合はＣ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｑ、Ｌ、Ｍ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、またはＷ（好ましくはＤ、Ｅ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｌ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｖ、またはＷ）であり；
２９位のアミノ酸は、Ｅであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｒ、Ｓ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＡ、Ｄ、Ｈ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｒ、Ｓ、またはＶ）であり；
３０位のアミノ酸は、Ａであるか、置換される場合はＣ、Ｇ、Ｌ、Ｍ、Ｑ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、またはＷ（好ましくはＣ、Ｇ、Ｍ、またはＳ）であり；
３１位のアミノ酸は、Ａであるか、置換される場合はＣ、Ｄ、Ｇ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、またはＶ（好ましくはＣ、Ｇ、Ｍ、Ｓ、Ｔ、またはＶ）であり；
３２位のアミノ酸は、Ｒであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ）であり；
３３位のアミノ酸は、Ａであるか、置換される場合はＣ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＤ、Ｅ、Ｋ、Ｍ、Ｒ、Ｓ、またはＶ）であり；
３４位のアミノ酸は、Ｍであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｋ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、またはＹ）であり；
３５位のアミノ酸は、Ｋであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＥ、Ｇ、Ｈ、Ｍ、Ｒ、Ｓ、またはＹ）であり；
３６位のアミノ酸は、Ｅであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＡ、Ｃ、Ｄ、Ｇ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｑ、Ｔ、Ｖ、またはＷ）であり；
３７位のアミノ酸は、Ａであるか、置換される場合はＣ、Ｇ、Ｐ、Ｓ、Ｔ、またはＶ（好ましくはＣ、Ｇ、またはＴ）であり；
３８位のアミノ酸は、Ｌであるか、置換される場合はＣ、Ｆ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｒ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＣ、Ｆ、Ｈ、またはＶ）であり；
３９位のアミノ酸は、Ｅであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＡ、Ｃ、Ｆ、Ｇ、Ｌ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、またはＹ）であり；
４０位のアミノ酸は、Ｉであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＣ、Ｅ、Ｇ、Ｌ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、またはＹ）であり；
４１位のアミノ酸は、Ｉであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＡ、Ｃ、Ｄ、Ｆ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、またはＹ）であり；
４２位のアミノ酸は、Ｒであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｙ、またはＷ（好ましくはＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、Ｑ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、またはＹ）であり；
４３位のアミノ酸は、Ｅであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＡ、Ｃ、Ｄ、Ｆ、Ｈ、Ｉ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｔ、またはＷ）であり；
４４位のアミノ酸は、Ｉであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、またはＹ（好ましくはＣ、Ｓ、Ｔ、またはＶ）であり；
４５位のアミノ酸は、Ａであるか、置換される場合はＣ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＤ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｍ、Ｎ、Ｓ、Ｖ、またはＹ）であり；
４６位のアミノ酸は、Ｅであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＣ、Ｆ、Ｉ、Ｌ、Ｓ、Ｔ、またはＹ）であり；
４７位のアミノ酸は、Ｋであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＣ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｍ、Ｎ、Ｓ、またはＹ）であり；
４８位のアミノ酸は、Ｌであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、Ｙ（好ましくはＣ、Ｄ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｐ、Ｑ、Ｓ、Ｔ、Ｗ、Ｙ）であり；
４９位のアミノ酸は、Ｒであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、Ｙ（好ましくはＡ、Ｄ、Ｋ、Ｍ、Ｑ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｙ）であり；
５０位のアミノ酸は、Ｄであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ（好ましくはＣ、Ｅ、Ｍ、Ｔ、Ｖ）であり；
５１位のアミノ酸は、Ｓであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、Ｙ（好ましくはＡ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｋ、Ｍ、Ｐ、Ｔ、Ｖ、Ｙ）であり；
５２位のアミノ酸は、Ｓであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、Ｙ（好ましくはＡ、Ｅ、Ｍ、Ｑ）であり；
５３位のアミノ酸は、Ｒであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｈ、Ｋ、Ｌ、Ｎ、Ｑ、Ｓ、またはＹ）であり；
５４位のアミノ酸は、Ａであるか、置換される場合はＣ、Ｇ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、またはＹ（好ましくはＣ、Ｍ、Ｑ、Ｔ、またはＶ）であり；
５５位のアミノ酸は、Ｓであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＣ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、Ｑ、またはＲ）であり；
５６位のアミノ酸は、Ｅであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｆ、Ｇ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＣ、Ｄ、Ｉ、Ｎ、Ｓ、またはＷ）であり；
５７位のアミノ酸は、Ａであるか、置換される場合はＣ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＤ、Ｅ、Ｉ、Ｍ、またはＹ）であり；
５８位のアミノ酸は、Ａであるか、置換される場合はＣ、Ｆ、Ｇ、Ｓ、またはＴ（好ましくはＣまたはＳ）であり；
５９位のアミノ酸は、Ｋであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｈ、Ｌ、Ｍ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｈ、Ｌ、Ｍ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ）であり；
６０位のアミノ酸は、Ｒであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｈ、Ｌ、Ｍ、Ｑ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、またはＹ）であり；
６１位のアミノ酸は、Ｉであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｆ、Ｇ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｑ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＡ、Ｃ、Ｆ、Ｇ、Ｌ、Ｍ、Ｓ、Ｔ、Ｗ、またはＹ）であり；
６２位のアミノ酸は、Ａであるか、置換される場合はＤ、Ｇ、Ｔ、またはＶ（好ましくはＤ、Ｇ、またはＶ）であり；
６３位のアミノ酸は、Ｋであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｌ、Ｍ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｖ、Ｗ、またはＹ）であり；
６４位のアミノ酸は、Ａであるか、置換される場合はＣ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＥ、Ｇ、Ｉ、Ｓ、またはＴ）であり；
６５位のアミノ酸は、Ｉであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、またはＹ（好ましくはＡ、Ｃ、Ｄ、Ｆ、Ｇ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｓ、Ｔ、またはＶ）であり；
６６位のアミノ酸は、Ｒであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＦ、Ｈ、Ｋ、Ｌ、Ｎ、Ｖ、またはＷ）であり；
６７位のアミノ酸は、Ｋであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ）であり；
６８位のアミノ酸は、Ａであるか、置換される場合はＣ、Ｆ、Ｇ、Ｍ、Ｐ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、またはＹ（好ましくはＧ、Ｔ、またはＹ）であり；
６９位のアミノ酸は、Ａであるか、置換される場合はＣ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＧ、Ｔ、またはＶ）であり；
７０位のアミノ酸は、Ｄであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＡ、Ｆ、Ｇ、Ｉ、Ｌ、Ｎ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｗ、またはＹ）であり；
７１位のアミノ酸は、Ａであるか、置換される場合はＣ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＧ、Ｋ、Ｍ、Ｑ、Ｓ、またはＴ）であり；
７２位のアミノ酸は、Ｉであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｌ、Ｍ、Ｑ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＧ、Ｌ、Ｍ、Ｔ、Ｖ、またはＹ）であり；
７３位のアミノ酸は、Ａであるか、置換される場合はＣ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｙ、またはＷ（好ましくはＤ、Ｅ、Ｇ、Ｉ、Ｋ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ）であり；
７４位のアミノ酸は、Ｅであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＡ、Ｄ、Ｇ、Ｋ、Ｍ、Ｐ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ）であり；
７５位のアミノ酸は、Ａであるか、置換される場合はＣ、Ｇ、Ｎ、Ｓ、Ｔ、またはＶ（好ましくはＧ、Ｓ、またはＴ）であり；
７６位のアミノ酸は、Ａであるか、置換される場合はＣ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｋ、Ｍ、Ｎ、Ｓ、Ｔ、またはＶ（好ましくはＣ、Ｇ、またはＴ）であり；
７７位のアミノ酸は、Ｋであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｉ、Ｌ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｖ、Ｗ、またはＹ）であり；
７８位のアミノ酸は、Ｉであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＣ、Ｄ、Ｅ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、またはＶ）であり；
７９位のアミノ酸は、Ａであるか、置換される場合はＣ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＦ、Ｇ、Ｍ、Ｎ、Ｓ、Ｔ、またはＶ）であり；
８０位のアミノ酸は、Ａであるか、置換される場合はＣ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｙ、またはＷ（好ましくはＣ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｈ、Ｑ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、またはＹ）であり；
８１位のアミノ酸は、Ｒであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＡ、Ｃ、Ｄ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ）であり；
８２位のアミノ酸は、Ａであるか、置換される場合はＣ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＣ、Ｄ、Ｇ、Ｈ、Ｋ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、またはＶ）であり；
８３位のアミノ酸は、Ａであるか、置換される場合はＣ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｋ、Ｌ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＣ、Ｅ、Ｌ、Ｓ、Ｔ、またはＹ）であり；
８４位のアミノ酸は、Ｋであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、またはＷ（好ましくはＥ、Ｆ、Ｇ、Ｍ、Ｎ、Ｓ、またはＷ）であり；
８５位のアミノ酸は、Ｄであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｅ、Ｇ、Ｈ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＣ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、またはＷ）であり；
８６位のアミノ酸は、Ｇであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、またはＷ（好ましくはＣ、Ｄ、Ｅ、Ｉ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、またはＴ）であり；
８７位のアミノ酸は、Ｄであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＥ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｍ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｖ、Ｗ、またはＹ）であり；
８８位のアミノ酸は、Ａであるか、置換される場合はＣ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＤ、Ｅ、Ｈ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｒ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ）であり；
８９位のアミノ酸は、Ａであるか、置換される場合はＣ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＥ、Ｆ、Ｇ、Ｌ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、またはＷ）であり；
９０位のアミノ酸は、Ｒであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｈ、Ｋ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ）であり；
９１位のアミノ酸は、Ｎであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＡ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、またはＷ）であり；
９２位のアミノ酸は、Ａであるか、置換される場合はＣ、Ｄ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、またはＷ（好ましくはＣ、Ｇ、Ｐ、Ｔ、またはＶ）であり；
９３位のアミノ酸は、Ｅであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＡ、Ｃ、Ｄ、Ｆ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、またはＶ）であり；
９４位のアミノ酸は、Ｎであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＤ、Ｆ、Ｇ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、Ｑ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、またはＷ）であり；
９５位のアミノ酸は、Ａであるか、置換される場合はＣ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＣ、Ｅ、Ｈ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｖ、Ｗ、またはＹ）であり；
９６位のアミノ酸は、Ａであるか、置換される場合はＣ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＣ、Ｇ、Ｉ、またはＳ）であり；
９７位のアミノ酸は、Ｒであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｙ、またはＷ（好ましくはＡ、Ｃ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、またはＹ）であり；
９８位のアミノ酸は、Ｋであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＡ、Ｆ、Ｇ、Ｉ、Ｌ、Ｐ、Ｑ、Ｔ、Ｖ）であり；
９９位のアミノ酸は、Ａであるか、置換される場合はＣ、Ｄ、Ｇ、Ｉ、Ｌ、Ｑ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、またはＷ（好ましくはＬ、Ｔ、またはＶ）であり；
１００位のアミノ酸は、Ｋであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、またはＷ（好ましくはＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ）であり；
１０１位のアミノ酸は、Ｅであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＡ、Ｄ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、またはＷ）であり；
１０２位のアミノ酸は、Ｆであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（Ｃ、Ｇ、Ｉ、Ｋ、Ｐ、Ｖ、Ｗ、Ｙ）であり；
１０３位のアミノ酸は、Ａであるか、置換される場合はＣ、Ｄ、Ｆ、Ｇ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＣ、Ｆ、Ｇ、Ｉ、Ｌ、Ｓ、またはＴ）であり；
１０４位のアミノ酸は、Ｅであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＡ、Ｃ、Ｄ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、またはＹ）であり；
１０５位のアミノ酸は、Ｅであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＡ、Ｃ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｑ、Ｒ、Ｓ）であり；
１０６位のアミノ酸は、Ｑであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｙ、またはＶ（好ましくはＣ、Ｄ、Ｉ、Ｋ、Ｎ、Ｒ、Ｔ、Ｙ）であり；
１０７位のアミノ酸は、Ａであるか、置換される場合はＣ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、Ｑ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、またはＷ（好ましくはＩまたはＳ）であり；
１０８位のアミノ酸は、Ｋであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＤ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｑ、またはＲ）であり；
１０９位のアミノ酸は、Ｌであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｙ、またはＷ（好ましくはＡ、Ｃ、Ｄ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、Ｙ）であり；
１１０位のアミノ酸は、Ａであるか、置換される場合はＣ、Ｆ、Ｇ、Ｉ、Ｌ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、またはＹ（好ましくはＩ）であり；
１１１位のアミノ酸は、Ｄであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＣ、Ｆ、Ｉ、Ｓ、またはＴ）であり；
１１２位のアミノ酸は、Ｍであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｎ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＡ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｙ）であり；
１１３位のアミノ酸は、Ｙであるか、置換される場合はＤ、Ｆ、Ｈ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、またはＶ（好ましくはＦ）であり；
１１４位のアミノ酸は、Ａであるか、置換される場合はＣ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、またはＷ（好ましくはＣ、Ｄ、Ｇ、Ｈ、Ｎ、Ｒ、Ｓ、またはＶ）であり；
１１５位のアミノ酸は、Ｅであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＡ、Ｇ、Ｌ、Ｍ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、またはＶ）であり；
１１６位のアミノ酸は、Ｌであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、またはＹ）であり；
１１７位のアミノ酸は、Ａであるか、置換される場合はＣ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＣ、Ｄ、Ｆ、Ｇ、Ｉ、Ｎ、Ｐ、またはＴ）であり；
１１８位のアミノ酸は、Ｋであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、またはＹ）であり；
１１９位のアミノ酸は、Ｎであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＡ、Ｄ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｍ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、またはＹ）であり；
１２０位のアミノ酸は、Ｇであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＡ、Ｄ、Ｅ、Ｎ、またはＱ）であり；
１２１位のアミノ酸は、Ｄであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＥ、Ｆ、またはＮ）であり；
１２２位のアミノ酸は、Ｋであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、またはＷ）であり；
１２３位のアミノ酸は、Ｓであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｒ、Ｔ、Ｖ、またはＷ）であり；
１２４位のアミノ酸は、Ｓであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＡ、Ｃ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｒ、Ｔ、Ｖ、またはＹ）であり；
１２５位のアミノ酸は、Ｖであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＡ、Ｄ、Ｈ、Ｉ、Ｎ、Ｐ、Ｔ、またはＷ）であり；
１２６位のアミノ酸は、Ｌであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｍ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＲ、Ｃ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｍ、Ｓ、Ｔ、またはＹ）であり；
１２７位のアミノ酸は、Ｅであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＡ、Ｃ、Ｄ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｍ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ）であり；
１２８位のアミノ酸は、Ｑであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、またはＷ（好ましくはＮまたはＰ）であり；
１２９位のアミノ酸は、Ｌであるか、置換される場合はＣ、Ｉ、Ｍ、Ｔ、またはＶ（好ましくはＩ、Ｔ、またはＶ）であり；
１３０位のアミノ酸は、Ｋであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＡ、Ｃ、Ｅ、Ｉ、Ｌ、Ｎ、Ｒ、Ｖ、またはＹ）であり；
１３１位のアミノ酸は、Ｔであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＡ、Ｃ、Ｆ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｖ、Ｗ、またはＹ）であり；
１３２位のアミノ酸は、Ｆであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｈ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＷ）であり；
１３３位のアミノ酸は、Ａであるか、置換される場合はＣ、Ｇ、Ｌ、Ｍ、Ｓ、Ｔ、またはＶ（好ましくはＣ、Ｓ、またはＴ）であり；
１３４位のアミノ酸は、Ｄであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＡ、Ｅ、Ｈ、Ｉ、Ｌ、Ｎ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｙ）であり；
１３５位のアミノ酸は、Ｋであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｆ、Ｈ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＡ、Ｈ、Ｍ、Ｎ、Ｒ、Ｓ、Ｖ、Ｗ、またはＹ）であり；
１３６位のアミノ酸は、Ａであるか、置換される場合はＣ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｓ、Ｔ、またはＶ（好ましくはＣ、Ｅ、Ｆ、Ｉ、Ｌ、Ｎ、Ｑ、Ｓ、Ｔ、またはＶ）であり；
１３７位のアミノ酸は、Ｆであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＤ、Ｅ、Ｈ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、またはＷ）であり；
１３８位のアミノ酸は、Ｈであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＡ、Ｄ、Ｇ、Ｉ、Ｋ、Ｍ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、またはＹ）であり；
１３９位のアミノ酸は、Ｅであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＤ、Ｇ、Ｉ、Ｌ、Ｎ、Ｑ、Ｓ、Ｔ、Ｖ）であり；
１４０位のアミノ酸は、Ｍであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｌ、Ｎ、Ｑ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＡ、Ｃ、Ｆ、Ｇ、Ｌ、Ｓ、Ｔ、またはＶ）であり；
１４１位のアミノ酸は、Ｅであるか、置換される場合はＤ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｔ、またはＶ（好ましくはＤ、Ｎ、またはＴ）であり；
１４２位のアミノ酸は、Ｄであるか、置換される場合はＥ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｌ、Ｎ、またはＱ（好ましくはＥ）であり；
１４３位のアミノ酸は、Ｒであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＡ、Ｃ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｍ、Ｐ、Ｑ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ）であり；
１４４位のアミノ酸は、Ｆであるか、置換される場合はＣ、Ｇ、Ｈ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＮ、Ｗ、またはＹ）であり；
１４５位のアミノ酸は、Ｙであるか、置換される場合はＨ、Ｄ、またはＦ（好ましくはＨ）であり；
１４６位のアミノ酸は、Ｑであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＡ、Ｃ、Ｄ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｍ、Ｎ、Ｓ、またはＶ）であり；
１４７位のアミノ酸は、Ａであるか、置換される場合はＣ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＣ、Ｓ、またはＴ）であり；
１４８位のアミノ酸は、Ａであるか、置換される場合はＣ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｓ、Ｔ、またはＶ（好ましくはＣ、Ｆ、Ｇ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｓ、Ｔ、またはＶ）であり；
１４９位のアミノ酸は、Ｌであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＣ、Ｆ、Ｉ、Ｋ、Ｒ、Ｔ、またはＶ）であり；
１５０位のアミノ酸は、Ａであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＫ、Ｍ、Ｎ、Ｓ、またはＴ）であり；
１５１位のアミノ酸は、Ｖであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｆ、Ｇ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｓ、またはＴ（好ましくはＡ、Ｉ、Ｌ、またはＴ）であり；
１５２位のアミノ酸は、Ｆであるか、置換される場合はＣ、Ｈ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＨ、またはＷ）であり；
１５３位のアミノ酸は、Ｅであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＤ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｓ、またはＴ）であり；
１５４位のアミノ酸は、Ａであるか、置換される場合はＣ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＣ、Ｌ、Ｑ、またはＶ）であり；
１５５位のアミノ酸は、Ａであるか、置換される場合はＣ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｙ、またはＷ（好ましくはＣ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、Ｐ、Ｑ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ）であり；
１５６位のアミノ酸は、Ｅであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＤ、Ｈ、Ｉ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、またはＴ）であり；
１５７位のアミノ酸は、Ａであるか、置換される場合はＥ、Ｓ、またはＶ；
１５８位のアミノ酸は、Ａであるか、置換される場合はＥ、Ｇ、Ｓ、Ｔ、またはＶ（好ましくはＶ）であり；
１５９位のアミノ酸は、Ａであるか、置換される場合はＥ、Ｇ、Ｓ、Ｔ、またはＶ（好ましくはＳまたはＴ）であり；かつ
１６０位のアミノ酸は、Ｇであるか、置換される場合はＥ、Ｒ、またはＶ（好ましくはＲ）である。いくつかの好ましい実施形態では、８、９、１０、１２、９１、９４、９８、１０２、１０５、１０６、１０９、１１２、１１３、１２３、１２７、１２８、１３１、１３２、１３４、１３５、１３８、１３９、１４１、１４２、１４５、１４６、及び１４０位のうち６個、５個、４個、３個、２個または１個以下が置換される。
いくつかの例示的な実施形態では、アミノ酸残基は、安定性を加えるためにタンパク質デコイのＮ末端に付加される。例えば、例示的な実施形態では、ＰＧ配列（すなわち、プロリン－グリシン）がＮ末端に付加される。配列番号４７～９０、１０４～１７２、１８４～１９３、２２４～２３９、２５５～２６０及び２６５～２６６ならびに配列番号９１～９５、１９４～１９７、２２３、及び２６１～２６３（下記にて提示する）に示されているアミノ酸配列のいずれかの前に、ＰＧ配列またはＭＰＧ配列が先行する場合がある。
ＡＣＥ２タンパク質デコイは、１つ、２つ、３つ、４つ、またはそれ以上のデコイユニットを含み得る。いくつかの実施形態では、ＡＣＥ２タンパク質デコイは、１つ、２つ、３つ、または４つのデコイユニットを含み得る。いくつかの実施形態では、デコイユニットは、（ｉ）少なくとも２つのαへリックスドメインＨ１及びＨ２、（ｉｉ）任意のβヘアピンドメインＨ３、及び（ｉｉｉ）少なくとも１つの構造ドメインを含む。いくつかの実施形態では、デコイユニットは、（ｉ）２つのαへリックスドメインＨ１及びＨ２、（ｉｉ）１つのβヘアピンドメインＨ３、及び（ｉｉｉ）２つの構造ドメインを含む。例示的な実施形態では、Ｈ１、Ｈ２、Ｈ３及び構造ドメインは、本明細書に記載されている通りである。非限定的な例示的なデコイユニットは、配列番号４７～９０、１０４～１７２、１８４～１９３、２２４～２３９、及び２５５～２６０で規定される。いくつかの態様では、ＡＣＥ２タンパク質デコイは、多価（例えば、二価、三価、四価）であり、これは少なくとも２つのデコイユニットを含むことを意味する。いくつかの実施形態では、ＡＣＥ２タンパク質デコイは、配列番号４７～９０、１０４～１７２、１８４～１９３、２２４～２３９、２５５～２６０または２６５～２６６から個別に選択される２つ、３つ、４つ、またはそれ以上のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、ＡＣＥ２タンパク質デコイは、同じデコイユニットの複数のコピーを含む。いくつかの実施形態では、ＡＣＥ２タンパク質デコイは、同じまたは異なるデコイユニットの２つ～４つのコピーを含む。
いくつかの態様では、第１のデコイユニットのＣ末端は、第２のデコイユニットのＮ末端に連結される。連結は、化学的または酵素的架橋（例えば、ビスマレイミド）によるものであり得る。２つ以上のデコイユニットは、翻訳融合で互いに直接隣接するか、または使用目的に適したポリペプチドリンカーにより連結され得る。例示的なそのようなリンカーには、ＷＯ２０１６１７８９０５、ＷＯ２０１８１５３８６５、及びＷＯ２０１８１７０１７９に開示されているものが挙げられるがこれらに限定されない。その他の実施形態では、適切なリンカーとしては、例えば、ＧＧＧＧＧ（配列番号９６）、ＧＳＧＧＧ（配列番号９７）、ＧＧＧＧＧＧ（配列番号９８）、ＧＧＳＧＧＧ（配列番号９９）、ＧＧＳＧＧＳＧＧＧＳＧＧＳＧＳＧ（配列番号１００）、ＧＳＧＧＳＧＧＧＳＧＧＳＧＳＧ（配列番号１０１）、ＧＧＳＧＧＳＧＧＧＳＧＧＳＧＧＧＧＳＧＧＳＧＧＧＳＧＧＧＧＳ（配列番号１０２）、ＧＧＧＧＳＧＧＳＧＳＧＧＳＧＧＧＳ（配列番号１７５）、［ＧＧＧＧＸ］ｎ（式中ＸはＱ、Ｅ、またはＳであり、ｎは２～５である）（配列番号１０３）、及びＧＧＧＳＧＧＳＧＳＧＧＳＧＧＧＳ（配列番号２６４）などのペプチドリンカーが挙げられるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態では、デコイユニット間のアミノ酸リンカーは、１～１００、１～８０、１～６０、１～５０、１～４０、１～３０、または１～２０アミノ酸長である。
いくつかの態様では、２つ以上のＡＣＥ２タンパク質デコイは異なる。本明細書で提供するＡＣＥ２タンパク質デコイのいずれかは、本発明で使用するために一緒に連結され得る。
例示的なＡＣＥ２タンパク質デコイは、ＣＴＣ－６４０、ＣＴＣ－６９３、ＣＴＣ－６９４、ＣＴＣ－６９５、ＣＴＣ－７０２、ＣＴＣ－７０５、またはＣＴＣ－７２６のうち１つ以上を含むものを含む。いくつかの態様では、ＡＣＥ２タンパク質デコイは、（ｉ）ＣＴＣ－６４０及び／またはＣＴＣ－６９３；（ｉｉ）ＣＴＣ－６４０及び／またはＣＴＣ－６９４；（ｉｉｉ）ＣＴＣ－６４０及び／またはＣＴＣ－６９４を含む。いくつかの態様では、本発明のＡＣＥ２タンパク質デコイは、ＣＴＣ－６４０の多価の連続複製バージョン；個々のデコイユニットのそれぞれが、ＣＴＣ－６４０について示されているアミノ酸配列と少なくとも６０％、７０％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９５％、９７％、もしくは９９％の同一性を有する配列を含む多価のＡＣＥ２タンパク質デコイ；ＣＴＣ－７０２の多価の連続複製バージョン；個々のデコイユニットのそれぞれが、ＣＴＣ－７０２について示されているアミノ酸配列と少なくとも６０％、７０％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９５％、９７％、もしくは９９％の同一性を有する配列を含む多価のＡＣＥ２タンパク質デコイ；ＣＴＣ－７０５の多価の連続複製バージョン；個々のデコイユニットのそれぞれが、ＣＴＣ－７０５について示されているアミノ酸配列と少なくとも６０％、７０％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９５％、９７％、もしくは９９％の同一性を有する配列を含む多価のＡＣＥ２タンパク質デコイ；ＣＴＣ－７２６の多価の連続複製バージョン；または個々のデコイユニットのそれぞれが、ＣＴＣ－７２６について示されているアミノ酸配列と少なくとも６０％、７０％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９５％、９７％、もしくは９９％の同一性を有する配列を含む多価のＡＣＥ２タンパク質デコイを含む。
リンカーに加えて、個々のデコイユニットのそれぞれのＮまたはＣ末端に追加のアミノ酸残基を付加し、その後、一緒に融合させて、例えば、二価、三価、四価などの多価のＡＣＥ２タンパク質デコイを作成することができることを当業者であれば理解されるであろう。加えて、多価のＡＣＥ２タンパク質デコイは環化することができる。タンパク質を環化する方法は、当技術分野において既知であり、例えば、Ｗｏｏｄ ｅｔ ａｌ．，Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ，２８９：２１；１４５１２－１４５１９，２０１４を参照されたい。
例示的な多価のＡＣＥ２タンパク質デコイは、配列番号９１～９５、１９４～１９７、２２３、または２６１～２６３に示されているアミノ酸配列と少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％同一の配列を含むものを含む。
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ドメインの順番
本発明のタンパク質がデノボ合成タンパク質であるため、結果として、アミノ酸残基だけではなく、ドメイン（例えば、Ｈ１、Ｈ２、Ｈ３、Ｄ１及びＤ２）の順番付けでも非常に多くの変動性が許容される。ドメインは、アミノ酸リンカーを介して様々な順番で一緒に連結され、それでも適切にフォールディングし、コロナウイルススパイクタンパク質に結合するために提示され得る。上述のように、本明細書で提供するＣＴＣ－４４５及び多数のＣＴＣ－４４５バリアントのドメインの順番は、Ｈ３－Ｄ１－Ｄ２－Ｈ２－Ｈ１である。しかし、ドメインの順番を変更しても、依然としてタンパク質の活性をもたらすことができることを当業者であれば理解されるであろう。いくつかの実施形態では、ドメインの順番の変更は、循環置換とも呼ばれ、デコイユニットのアミノ酸配列は、新しいＮ末端及びＣ末端を作成するためにシフトされる。いくつかのそのような態様では、順番の変更により、ドメインは、新しい順番、すなわちＨ１－Ｈ３－Ｄ１－Ｄ２－Ｈ２となる。ドメインの順番がＨ３－Ｄ１－Ｄ２－Ｈ２－Ｈ１の本明細書に記載のＣＴＣ－４４５バリアントの全てを、循環置換し、新しいドメイン順番のＨ１－Ｈ３－Ｄ１－Ｄ２－Ｈ２を作成することができる。Ｈ１ドメインのシフトにより、Ｈ１ドメインとＨ３ドメインとの間にアミノ酸リンカーが追加され、ドメインＨ１とドメインＨ３との間に可変ループ領域が作られる。ＣＴＣ－７０５は、ＣＴＣ－６４０の循環置換バージョンである。ＣＴＣ－７２６及びＣＴＣ－７８６は、ドメインＨ１とドメインＨ３との間のリンカーに関して異なる、ＣＴＣ－７０２の２つの循環置換バージョンである。そのような様式でのＣＴＣ－６４０及びＣＴＣ－７２６の循環置換は、ＡＣＥ２タンパク質デコイの末端を再配置して多価のサブユニットの異なる配向を可能にする。ドメインの別の順番には、例えば、Ｈ２－Ｈ１－Ｈ３－Ｄ１－Ｄ２、Ｄ２－Ｈ２－Ｈ１－Ｈ３－Ｄ１、及びＤ１－Ｄ２－Ｈ２－Ｈ１－Ｈ３が含まれる。
ＡＣＥ２タンパク質デコイの例示的な生物学的特性
概して、本発明のタンパク質は、コロナウイルススパイクタンパク質、特にその受容体としてＡＣＥ２を介して宿主細胞への侵入を獲得するコロナウイルスのコロナウイルススパイクタンパク質（すなわち、コロナウイルスＡＣＥ２結合スパイクタンパク質）に結合することによって機能する。特定の実施形態では、本発明のデノボタンパク質は、スパイクタンパク質ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）内の１つ以上のアミノ酸に結合する。例えば、本発明は、例えば、実施例で定義するようなアッセイ形式を使用して、バイオレイヤー干渉測定または酵母ディスプレイによって測定した際に、１００ｎＭ未満、５０ｎｍ未満、２０ｎＭ未満のＫｄでＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質に結合するデノボタンパク質を含む。特定の実施形態では、デノボタンパク質は、例えば、本明細書で定義するようなアッセイ形式または実質的に類似のアッセイを使用して、バイオレイヤー干渉測定または酵母ディスプレイによって測定した際に、約２０ｎＭ未満、約１５ｎＭ未満、約５ｎＭ未満のＫｄでＳＡＲＳ－ＣｏＶ－Ｓに結合する。
本発明はまた、当技術分野において知られているアッセイを使用して測定される際に、ＡＣＥ２へのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｓの結合を５０％超、６０％超、７０％超、８０％超、または９０％超ブロックする本発明のデノボＡＣＥ２タンパク質デコイを含む。
本発明はまた、コロナウイルス（例えば、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２）のその宿主細胞に対する感染性を中和または阻害するデノボタンパク質を含む。特定の実施形態では、タンパク質は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２様偽性微粒子の感染性を中和する。いくつかの実施形態では、タンパク質は、例えば、実施例に示すような最適化されたウイルス様偽性微粒子（ＶＬＰ）中和アッセイ、または実質的に類似のアッセイにおいて、ヒト宿主細胞に対するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の結合を、５０％超、６０％超、７０％超、８０％超、または９０％超阻害する。
本発明は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質の受容体結合ドメイン、またはそのドメインのフラグメントに結合するデノボＡＣＥ２タンパク質デコイを含む。
本発明のＡＣＥ２タンパク質デコイは、上述の生物学的特性またはそれらの任意の組み合わせのうち１つ以上を有する場合がある。
本発明のタンパク質のその他の生物学的特性は、本明細書で提供する実施例を含む本開示を再検討することによって、当業者には明らかとなるであろう。
核酸、発現ベクター、宿主細胞
さらなる態様では、本発明は、本発明のタンパク質またはペプチドをコードする単離された核酸を含む核酸を提供する。単離された核酸配列は、ＲＮＡまたはＤＮＡを含み得る。このような単離された核酸配列は、ポリＡ配列、修飾されたＫｏｚａｋ配列、ならびにエピトープタグ、輸出シグナル、及び分泌シグナル、核局在化シグナル、及び形質膜局在化シグナルをコードする配列を含むがこれらに限定されない、コードされたタンパク質の発現及び／または精製を促進するのに有用な追加の配列を含む場合がある。本明細書の教示に基づいて、どの核酸配列が本発明のポリペプチドをコードするかは、当業者には明らかであろう。
別の態様では、本発明は、適切な制御配列に操作可能に連結された本発明の任意の態様の単離された核酸を含む組換え発現ベクターを提供する。「組換え発現ベクター」には、核酸コード領域または遺伝子を、遺伝子産物の発現をもたらすことができる任意の制御配列に操作可能に連結させるベクターが含まれる。本発明の核酸配列に操作可能に連結された「制御配列」は、核酸分子の発現をもたらすことができる核酸配列である。制御配列は、核酸配列の発現を誘導するように機能する限り、核酸配列と接触している必要はない。したがって、例えば、翻訳されていないが転写された介在配列が、プロモーター配列と核酸配列との間に存在する場合があり、かつそのプロモーター配列は、依然としてコード配列に「操作可能に連結された」と見なされ得る。その他のこのような制御配列としては、ポリアデニル化シグナル、終止シグナル及びリボソーム結合部位が挙げられるが、これらに限定されない。このような発現ベクターとしては、プラスミド及びウイルスベースの発現ベクターが挙げられるが、これらに限定されない。哺乳動物系において開示する核酸配列の発現を誘導するのに使用される制御配列は、構成的（ＣＭＶ、ＳＶ４０、ＲＳＶ、アクチン、ＥＦを含むがこれらに限定されない種々のプロモーターのいずれかによって誘導される）、または誘導性（テトラサイクリン、エクジソン、ステロイド応答性を含むがこれらに限定されないいくつかの誘導性プロモーターのいずれかによって誘導される）のものであり得る。発現ベクターは、エピソームとしてまたは宿主染色体ＤＮＡへの組み込みによって、宿主生物内で複製可能なものである必要がある。様々な実施形態では、発現ベクターは、プラスミド、ウイルスベースのベクター（限定はされないがレトロウイルスベクターもしくは腫瘍溶解性ウイルスを含む）、または任意の他の適切な発現ベクターを含み得る。いくつかの実施形態では、治療上の利益のために、発現ベクターを本開示の方法で投与してｉｎ ｖｉｖｏでタンパク質を発現させることができる。本発明の核酸は、本明細書に記載の疾患を治療するために対象に投与され得る。
さらなる態様では、本開示は、本明細書にて開示する組換え発現ベクターを含む宿主細胞を提供し、ここで、該宿主細胞は、原核生物または真核生物のいずれかであり得る。細胞は、細菌形質転換、リン酸カルシウム共沈、電気穿孔法、またはリポソーム媒介トランスフェクション、ＤＥＡＥデキストラン媒介トランスフェクション、ポリカチオン媒介トランスフェクション、もしくはウイルス媒介トランスフェクションを含むがこれらに限定されない技術を使用して、本発明の発現ベクターを組み込むために一時的にまたは安定して遺伝子改変され得る。（例えば、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ （Ｓａｍｂｒｏｏｋ， ｅｔ ａｌ．，１９８９，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ）；Ｃｕｌｔｕｒｅ ｏｆ Ａｎｉｍａｌ Ｃｅｌｌｓ：Ａ Ｍａｎｕａｌ ｏｆ Ｂａｓｉｃ Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅ，２ｎｄＥｄ．（Ｒ．Ｉ．Ｆｒｅｓｈｎｅｙ．１９８７．Ｌｉｓｓ，Ｉｎｃ．Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，ＮＹ）を参照されたい。）本発明によるタンパク質を産生する方法は、本発明の追加の部分である。方法は、（ａ）タンパク質の発現を促す条件下で本発明の本態様に従って宿主を培養するステップと、（ｂ）必要に応じて、発現されたタンパク質を回収するステップを含む。発現されたタンパク質は、無細胞抽出液から回収することもできるが、培養液から回収することが好ましい。
さらなる態様では、本開示は、本開示のタンパク質に選択的に結合する抗体を提供する。抗体は、ポリクローナル、モノクローナル抗体、ヒト化抗体、及びそれらのフラグメントであり得、当業者に既知の技術を使用して作成することができる。本明細書で使用される場合、「選択的に結合する」とは、当業者であれば理解されるように、１つ以上のその他の生物学的分子、構造体、細胞、組織などとは対照的に、抗体が、本開示のタンパク質に優先的に結合することを意味する。
融合タンパク質及び結合体
本発明の例示的なタンパク質は、本発明のデノボＡＣＥ２タンパク質デコイ及び異種ポリペプチドを含む融合またはキメラポリペプチドとして調製することができる。例示的な異種ポリペプチドは、ｉｎ ｖｉｖｏで得られるキメラポリペプチドの循環半減期を延長させることができ、したがって、本発明のタンパク質の特性をさらに高めることができる。様々な実施形態では、循環半減期を延長させるポリペプチドは、ヒト血清アルブミンなどの血清アルブミン、またはＩｇＧ重鎖可変領域を欠いた抗体のＩｇＧサブクラスのＦｃ領域であり得る。例示的なＦｃ領域は、突然変異（例えば、補体固定及び／またはＦｃ受容体結合を阻害する突然変異）を含み得るか、または溶解性であり得、すなわち、補体に結合できるか、または抗体依存性補体溶解などの別のメカニズムを介して細胞を溶解させることができる。「Ｆｃ領域」は、天然に存在するか、またはパパインによるＩｇＧの消化によって産生されるＩｇＧ Ｃ末端ドメインと相同性のある合成ポリペプチドであり得る。融合タンパク質は、Ｆｃ領域全体、またはその一部であるキメラポリペプチドの循環半減期を延長させる能力を保持するより小さな部分を含み得る。加えて、完全長Ｆｃ領域またはフラグメント化されたＦｃ領域は、野生型または野生型分子のバリアントであり得る。すなわち、それらは、ポリペプチドの機能に影響を及ぼす場合もあるし、影響を及ぼさない場合もある突然変異を含み得る。例えば、それらは、エフェクター機能を有するか、またはエフェクター機能に関連する１つ以上の活性を低下するか、または完全に排除するように修飾されてもよい。エフェクター機能は、免疫グロブリンアイソタイプによって異なる免疫グロブリンのＦｃ領域に起因し得る生物学的活性を指す。エフェクター機能の例としては、Ｃ１ｑ結合及び補体依存性細胞傷害（ＣＤＣ）、Ｆｃ受容体結合、抗体依存性細胞媒介細胞傷害（ＡＤＣＣ）、抗体依存性細胞食作用（ＡＤＣＰ）、サイトカイン分泌、抗原提示細胞による免疫複合体媒介抗原摂取、細胞表面受容体の下方制御、ならびにＢ細胞活性化が挙げられる。
いくつかの例示的な実施形態では、本発明のデノボタンパク質は、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、またはＩｇＧ４Ｆｃ領域を含む。いくつかの例示的な実施形態では、デノボタンパク質は、バリアントＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、またはＩｇＧ４Ｆｃ領域を含む。いくつかの態様では、バリアントＦｃ領域は、エフェクター機能を欠いている。いくつかの態様では、本発明のデノボタンパク質は、Ｆｃ領域（例えば、ネイティブまたはバリアントＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、またはＩｇＧ４Ｆｃ領域）のＣ末端に融合される。いくつかの態様では、２つの本発明のデノボタンパク質が、Ｆｃ領域に（例えば、Ｎ及びＣ末端で）融合される。
その他の実施形態では、本発明のタンパク質は、１つ以上のポリエチレングリコール鎖の結合（ＰＥＧ化）を含むがこれに限定されない、ｉｎ ｖｉｖｏでの半減期の延長を促進するために、他の種類の安定化化合物に連結され得る。
これに関して、デノボタンパク質は、タンパク質単独と比べて循環半減期を延長させる水溶性ポリマー（例えば、ＰＥＧ）との化学的結合を可能にするアミノ酸置換を有する場合がある。「ＰＥＧ」は、エチレングリコールの水溶性ポリマーであるポリ（エチレングリコール）分子である。ＰＥＧは、様々なサイズで入手することができ、タンパク質への共有結合を可能にするために化学反応基で誘導体化された化学的に活性化された形態で商業的に入手することができる。線状ＰＥＧは、５，０００ダルトン、１０，０００ダルトン、２０，０００ダルトン、３０，０００ダルトン、及び４０，０００ダルトンの重量平均分子量のＰＥＧポリマーなど、様々な分子量で生成される。分枝型ＰＥＧポリマーもまた開発されている。通常用いられる活性化ＰＥＧポリマーは、Ｎ－ヒドロキシスクシンイミド基（リジン残基及びタンパク質Ｎ末端などの第一級アミンへの結合の場合）によって、アルデヒド基（Ｎ末端への結合の場合）によって、及びマレイミドまたはヨードアセトアミド基（システイン残基などのチオール類への結合の場合）によって誘導体化されたものである。ＰＥＧへの結合のための部分を設計する方法は、当技術分野において既知である。例えば、ポリエチレングリコール（「ＰＥＧ」）を含む部分の付加は、マレイミド基に連結されたＰＥＧ基（例えば、「ＰＥＧ－ＭＡＬ」）を、タンパク質のシステイン残基へ結合させることを含み得る。ＰＥＧ－ＭＡＬの適切な例としては、例えば、メトキシＰＥＧ－ＭＡＬ ５ｋＤ；メトキシＰＥＧ－ＭＡＬ ２０ｋＤ；メトキシ（ＰＥＧ）２－ＭＡＬ ４０ｋＤ；メトキシＰＥＧ（ＭＡＬ）２ ５ｋＤ；メトキシＥＧ（ＭＡＬ）２ ２０ｋＤ；メトキシＰＥＧ（ＭＡＬ）２ ４０ｋＤ；またはこれらの任意の組み合わせが挙げられる。
本発明のデノボタンパク質に関して、結合に必要ではないアミノ酸をシステインに置き換えて、所望の部分の結合を可能にすることができる。いくつかの実施形態では、ＡＣＥ２タンパク質デコイは、０～４個のシステインアミノ酸を含むか、またはいくつかの実施形態では、０個もしくは１個のシステインアミノ酸を含む。いくつかのそのような態様では、ＰＥＧ分子などの水溶性ポリマーは、システイン残基のうち１つ以上（より好ましくは１つ）に連結されている。例えば、連結は、マレイミド基を介することもある。安定性部分への結合のためのシステイン残基の好ましい配置は、安定性部分がＡＣＥ２コロナウイルススパイクタンパク質への結合を妨げないように、結合部位の遠位（例えば、コロナウイルススパイクタンパク質に対するαヘリックスドメイン及びβヘアピンドメインのタンパク質フォールディング及び結合受容能提示を促進する構造ドメイン）にある。システイン残基は、安定性部分への結合以外の目的で付加することができ、例えば、２つ以上のシステイン残基を配置させることで、ジスルフィド結合の形成を可能にすることができる。ジスルフィド結合により、いくつかの態様では、ＡＣＥ２タンパク質デコイに追加の安定性を与えることができる。このような実施形態では、付加されるシステイン残基は、結合部位の遠位にある必要はなく、いくつかの態様では、ＡＣＥ２タンパク質デコイのＮ及びＣ末端にあってもよい。したがって、本発明には、１つ以上のジスルフィド結合を含むＡＣＥ２タンパク質デコイが含まれる。
いくつかの例示的な実施形態では、ＰＥＧ基は、ＡＣＥ２タンパク質デコイのうち任意の１つに存在するシステイン残基に連結される。例えば、（ｉ）システイン残基が１１位に存在し、ＰＥＧ基に連結されたＣＴＣ－６４８のアミノ酸配列；（ｉｉ）システイン残基が６３位に存在し、ＰＥＧ基に連結されたＣＴＣ－６４９のアミノ酸配列；（ｉｉｉ）システイン残基が７４位に存在し、ＰＥＧ基に連結されたＣＴＣ－６５０のアミノ酸配列；（ｉｖ）システイン残基が１１位に存在し、ＰＥＧ基に連結されたＣＴＣ－６５１のアミノ酸配列；（ｖ）システイン残基が６３位に存在し、ＰＥＧ基に連結されたＣＴＣ－６５２のアミノ酸配列；（ｖｉ）システイン残基が７４位に存在し、ＰＥＧ基に連結されたＣＴＣ－６５３のアミノ酸配列；（ｖｉｉ）システイン残基が１１位に存在し、ＰＥＧ基に連結されたＣＴＣ－６４２もしくはＣＴＣ－６４５のアミノ酸配列；（ｉｘ）システイン残基が６３位に存在し、ＰＥＧ基に連結されたＣＴＣ－６４３もしくはＣＴＣ－６４６のアミノ酸配列；（ｘ）システイン残基が７４位に存在し、ＰＥＧ基に連結されたＣＴＣ－６４７のアミノ酸配列；（ｘｉ）システイン残基が１１位に存在し、ＰＥＧ基に連結されたＣＴＣ－６９３のアミノ酸配列；システイン残基が６３位に存在し、ＰＥＧ基に連結されたＣＴＣ－６９４のアミノ酸配列；またはシステイン残基が７４位に存在し、ＰＥＧ基に連結されたＣＴＣ－６９５のアミノ酸配列、と少なくとも６０％、７０％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９５％、９７％、９９％または１００％の同一性を有するＡＣＥ２タンパク質デコイを本明細書で提供する。例えば、連結は、マレイミド基を含む、当技術分野で知られている任意の方法論によるものであり得る。
本発明のデノボタンパク質及び異種ポリペプチドを含むキメラポリペプチドは、ターゲッティングドメインを含むキメラポリペプチドを含む場合がある。ターゲッティングドメインは、デノボタンパク質の細胞内局在化を誘導し得る。
ターゲッティングドメインがポリペプチドである場合、ターゲッティングドメインは、目的の１つ以上の標的に結合し、かつ本発明のポリペプチドと結合または会合し得る任意の好適なポリペプチドであり得る。非限定的実施形態では、ターゲッティングドメインは、ｓｃＦｖ、Ｆ（ａｂ）、Ｆ（ａｂ’）２、Ｂ細胞受容体（ＢＣＲ）、ＤＡＲＰｉｎ、アフィボディ、モノボディ、ナノボディ、ダイアボディ、抗体（単一特異性もしくは二重特異性抗体を含む）；ＲＧＤインテグリン結合ペプチド、デノボ設計バインダー、アプタマー、二環ペプチド、コノトキシン、葉酸などの小分子、及び細胞表面に結合するウイルスを含むがこれらに限定されない細胞ターゲッティングオリゴペプチドを含み得るがこれらに限定されない。ターゲッティングドメインは、タンパク質と共有結合するか、または非共有結合する場合がある。
別の実施形態では、ターゲッティングドメインは、存在する場合、タンパク質と翻訳融合される。本実施形態では、タンパク質及びターゲッティングドメインは、翻訳融合で互いに直接隣接するか、または使用目的に適したポリペプチドリンカーにより連結され得る。例示的なこのようなリンカーとしては、ＷＯ２０１６１７８９０５、ＷＯ２０１８１５３８６５、及びＷＯ２０１８１７０１７９に開示されているものが挙げられるが、これらに限定されない。融合タンパク質及び結合体の作成方法は、当技術分野において既知であるため本明細書では詳細に議論しない。
治療の方法
本発明のデノボＡＣＥ２タンパク質デコイは、ＡＣＥ２をその受容体として使用するコロナウイルス、例えば、ＳＡＲＳ－ＣｏＶまたはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に関連する疾患または障害または病態の治療及び／または予防にとって、及び／またはそのような疾患、障害または病態に関連する少なくとも１つの症状の緩和にとって有用である。一実施形態では、本発明のタンパク質は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶまたはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染患者に治療薬量で投与され得る。
ある特定の実施形態において、本発明のタンパク質は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶまたはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２によって引き起こされる重症及び急性呼吸器感染に罹患している対象を治療するのに有用である。いくつかの実施形態では、本発明のタンパク質は、宿主におけるウイルス価の低下またはウイルス量の減少に有用である。一実施形態では、本発明のタンパク質は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶもしくはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２、またはＡＣＥ２を宿主細胞への侵入に利用する別のコロナウイルスを有する対象の肺における炎症を予防または軽減するのに有用である。一実施形態では、本発明のタンパク質は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶもしくはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２、またはＡＣＥ２を宿主細胞への侵入に利用する別のコロナウイルスを有する対象の間質炎、細気管支周囲炎もしくは血管周囲炎、肺胞障害及び胸膜病変を予防または軽減するのに有用である。
本発明の１つ以上のタンパク質は、疾患または障害の症状または病態のうち１つ以上の重症度を軽減、または予防し、または低下させるために投与することができる。タンパク質は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶもしくはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２、またはＡＣＥ２を宿主細胞への侵入に利用する別のコロナウイルスによる感染の少なくとも１つの症状、例えば、限定はされないが、発熱、咳、息切れ、肺炎、下痢、臓器不全（例えば、腎不全、心不全、及び腎機能異常）、敗血症性ショック及び死亡の重症度を緩和または軽減するために使用することができる。
本発明のタンパク質を、コロナウイルス感染症を発症するリスクのある対象に対して予防的に使用することも本明細書で企図される。いくつかの態様では、対象は、免疫不全の対象、高齢者（６５際以上）、医療従事者、ラクダまたはコウモリに職業上または娯楽的に接触した者、コロナウイルス患者の極めて近くにいる家族、コロナウイルス感染が確認されたか、または疑われる者と接触した成人または子供、及び既往歴（例えば、肺感染、心臓疾患または糖尿病のリスクが高いなど）のある患者である。
本発明のさらなる実施形態では、本デノボタンパク質は、コロナウイルス感染に罹患している患者を治療するための医薬組成物または医薬品の調製に使用される。本発明の別の実施形態では、本タンパク質は、コロナウイルス感染を治療または緩和するのに有用であることが当業者に知られている任意の他の薬剤または任意の他の療法を伴う補助療法として使用される。
デノボタンパク質は、本発明のタンパク質と有利に組み合わせることができる任意の追加の治療剤など他の療法と組み合わせることができる。いくつかの実施形態では、本発明のタンパク質は、コロナウイルス感染患者におけるウイルス量を減少させるか、または感染の１つ以上の症状を緩和するために第２の治療剤と組み合わせることができる。
デノボＡＣＥ２タンパク質デコイは、患者への投与を可能にする任意の形態であり得る。例えば、固体または液体の形態であり得る。デノボタンパク質は、任意の便利な経路によって、例えば、点滴またはボーラス注射によって、上皮または粘膜皮膚内層（例えば、口腔粘膜、直腸粘膜及び腸内粘膜など）を介した吸収によって投与され得る。投与は、全身投与または局所投与であり得る。典型的な投与経路としては、経口、局部、非経口、舌下、直腸、膣内、眼球、腫瘍内、及び鼻腔内などが挙げられるがこれらに限定されない。非経口投与としては、皮下注射、静脈内注射、筋肉内注射、胸骨内注射、または点滴技術が挙げられる。一態様では、デノボタンパク質は、非経口投与される。さらに別の態様では、デノボタンパク質は、静脈内投与されるか、または皮下投与される。いくつかの態様では、全身曝露に関連する可能性がある毒性を回避できるため、局所投与が望ましい。したがって、いくつかの好ましい態様では、デノボタンパク質は、局所的に投与される。いくつかの態様では、デノボタンパク質は、例えば、吸入を介して気道に局所的に投与される。吸入は、例えば、エアロゾル吸入器または吸入可能な粉末によるものであり得る。
本発明のタンパク質は、抗炎症薬（例えば、コルチコステロイド、及び非ステロイド抗炎症薬）、抗感染薬、または抗ウイルス薬と組み合わせて使用することができる。いくつかの態様では、本発明のタンパク質は、サイトカイン放出症候群（例えば、サイトカインストーム）を治療するための薬物と組み合わせて使用することができる。
ＡＣＥ２をその受容体として使用するコロナウイルス、例えば、ＳＡＲＳ－ＣｏＶまたはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に関連する疾患または障害または病態の治療及び／または予防のために、及び／またはそのような疾患、障害または病態に関連する少なくとも１つの症状の緩和のために、対象に対して本発明の核酸を使用することも本明細書で企図される。一実施形態では、本発明の核酸は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶまたはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染患者に治療薬量で投与され得る。
医薬組成物
医薬組成物は、組成物を患者に投与する際にデノボＡＣＥ２タンパク質デコイが生物学的に利用可能となるように製剤化することができる。デノボタンパク質は、溶液、懸濁液、乳濁液、微小粒子、錠剤、丸剤、ペレット、カプセル剤、液体含有カプセル剤、粉末剤、徐放性製剤、坐薬、乳状液、エアロゾル、スプレー、懸濁液の形態か、または使用に適した任意の他の形態とすることができる。適切な薬学的担体のその他の例については、Ｅ．Ｗ．Ｍａｒｔｉｎによる「Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ」に記載されている。医薬組成物中の有効成分（複数可）の最適投薬量は種々の要因に依存することは、当業者には明らかであろう。関連する要因としては、動物の種類（例えば、ヒト）、ＡＣＥ２タンパク質デコイの特定の形態、投与方法、及び用いられる組成物が挙げられるがこれらに限定されない。
薬学的に許容される担体または溶媒は、例えば、組成物を錠剤または粉末形態にするために微粒子であり得る。担体（複数可）は、例えば、組成物が経口シロップまたは注射用液体となった状態の液体であり得る。さらに、担体（複数可）は、例えば、吸入投与に有用なエアロゾル組成物を提供するためにガス状または微粒子であり得る。
経口投与を目的とする場合、デノボタンパク質は、固体または液体形態であることが好ましく、半固体、半液体、懸濁液及びゲル形態が、本明細書において固体または液体のいずれかとして見なされる形態の中に含まれる。経口投与用の固体組成物として、組成物は、粉末、顆粒、圧縮錠剤、丸剤、カプセル、チューインガム、ウエハースなどの形態に製剤化することができる。このような固体組成物は、典型的には１つ以上の不活性希釈剤を含有する。加えて、カルボキシメチルセルロース、エチルセルロース、微結晶セルロース、またはゼラチンなどの結合剤；デンプン、ラクトースまたはデキストリンなどの賦形剤；アルギン酸、アルギン酸ナトリウム、プリモゲル、トウモロコシデンプンなどの崩壊剤；ステアリン酸マグネシウムまたはステロテックスなどの潤滑剤；コロイド状二酸化ケイ素などの流動促進剤；ショ糖またはサッカリンなどの甘味剤、ペパーミント、サリチル酸メチルまたはオレンジ香料などの着香剤、及び着色剤のうち１つ以上が存在する場合がある。
組成物がカプセルの形態、例えば、ゼラチンカプセルである場合、該組成物は、上記のタイプの材料に加えて、ポリエチレングリコール、シクロデキストリン、または脂肪油などの液体の担体を含有する場合がある。組成物は、液体の形態、例えば、エリキシル剤、シロップ、溶液、乳濁液、または懸濁液であり得る。液体は、経口投与または注射による投与に有用であり得る。経口投与を目的とする場合、組成物は、甘味剤、保存剤、染料／着色剤及び風味増強剤のうち１つ以上を含む場合がある。注射投与用の組成物は、界面活性剤、保存剤、湿潤剤、分散剤、懸濁剤、緩衝液、安定剤及び等張剤のうち１つ以上を含む場合がある。腸溶性コーティングを有するものを含む遅延放出カプセルもまた考えられる。
液体組成物は、溶液、懸濁液、またはその他の類似の形態のいずれであっても、注射用水、生理食塩水、好ましくは生理的食塩水、リンゲル液、等張塩化ナトリウムなどの滅菌希釈剤；溶剤または懸濁媒体として機能することができる合成モノグリセリドもしくはジグリセリド、ポリエチレングリコール、グリセリン、シクロデキストリン、プロピレングリコールまたはその他の溶剤などの不揮発性油；ベンジルアルコールまたはメチルパラベンなどの抗細菌剤；アスコルビン酸または重硫酸ナトリウムなどの抗酸化剤；エチレンジアミン四酢酸などのキレート剤；酢酸塩、シトレート、またはホスフェートなどの緩衝剤、及び塩化ナトリウムまたはデキストロースなどの等張性調節用薬剤のうち１つ以上を含み得る。非経口組成物は、ガラス製、プラスチック製または他の素材製の、アンプル、使い捨てシリンジ、または反復投与バイアルに封入することができる。生理的食塩水は、例示的なアジュバントである。注射用組成物は、滅菌したものであることが好ましい。
別の態様では、本開示は、本開示の１つ以上のタンパク質及び薬学的に許容される担体を含む医薬組成物を提供する。用語「担体」とは、本発明のデノボタンパク質と共に投与される希釈剤、アジュバントまたは賦形剤を指す。医薬組成物は、例えば、本開示のポリペプチドに加えて、（ａ）凍結防止剤、（ｂ）界面活性剤、（ｃ）増量剤、（ｄ）等張化剤、（ｅ）安定剤、（ｆ）保存剤、及び／または（ｇ）緩衝液を含んでよい。
いくつかの実施形態では、医薬組成物中の緩衝液は、トリス緩衝液、ヒスチジン緩衝液、リン酸塩緩衝液、クエン酸塩緩衝液、または酢酸塩緩衝液である。医薬組成物はまた、凍結防止剤、例えば、ショ糖、ソルビトール、またはトレハロースも含んでいてもよい。特定の実施形態では、医薬組成物は、保存剤、例えば、塩化ベンザルコニウム、ベンゼトニウム、クロルヘキシジン、フェノール、ｍ－クレゾール、ベンジルアルコール、メチルパラベン、プロピルパラベン、クロロブタノール、ｏ－クレゾール、ｐ－クレゾール、クロロクレゾール、硝酸フェニル水銀、チメロサール、安息香酸、及びそれらの様々な混合物を含む。その他の実施形態では、医薬組成物は、グリシンのような増量剤を含む。さらに他の実施形態では、医薬組成物は、界面活性剤、例えば、ポリソルベート－２０、ポリソルベート－４０、ポリソルベート－６０、ポリソルベート－６５、ポリソルベート－８０、ポリソルベート－８５、ポロキサマー－１８８、ソルビタンモノラウレート、ソルビタンモノパルミテート、ソルビタンモノステアレート、ソルビタンモノオレエート、ソルビタントリラウレート、ソルビタントリステアレート、ソルビタントリオレエートまたはこれらの組み合わせを含む。医薬組成物はまた、等張化剤、例えば、製剤をヒト血液と実質的に等張または等浸透圧にする化合物を含んでもよい。例示的な等張化剤としては、ショ糖、ソルビトール、グリシン、メチオニン、マンニトール、デキストロース、イノシトール、塩化ナトリウム、アルギニン及び塩酸アルギニンが挙げられる。その他の実施形態では、医薬組成物は、安定剤、例えば、目的のタンパク質と組み合わせた場合に、凍結乾燥形態または液体形態の目的のタンパク質の化学的不安定性及び／または物理的不安定性を実質的に防止または低減する分子をさらに含む。例示的な安定剤としては、ショ糖、ソルビトール、グリシン、イノシトール、塩化ナトリウム、メチオニン、アルギニン及び塩酸アルギニンが挙げられる。
タンパク質が医薬組成物中の唯一の活性剤であるか、または組成物は、使用目的に適した１つ以上のその他の活性剤をさらに含んでいてもよい。
疾患を治療するために、タンパク質は、治療に有効な量で提供される。これは、疾患の治療に有効な、または所望の効果を有するタンパク質の量を指す。細胞培養アッセイ及び動物研究から得られたデータは、ヒトに用いる投薬量の範囲を算出する際に使用することができる。用法・用量は、最適な所望の応答（例えば、治療効果または予防効果）を与えるように臨床医によって調整され得る。組成物は、１日おきに１回を含む、１日に１回以上～１週間に１回以上投与することができる。当業者は、疾患または障害の重症度、過去の治療、対象の全身の健康状態及び／または年齢、及びその他の疾病の存在を含むがこれらに限定されない特定の要因が、対象を効果的に治療する必要がある投薬量及びタイミングに影響を与え得ることを理解するであろう。さらに、治療に有効な量のポリペプチドによる対象の治療は、単回の治療を含むか、または一連の治療を含む場合がある。
デノボＡＣＥ２タンパク質デコイの例示的な投薬量範囲は、例えば、０．１μｇ／ｋｇ～１００ｍｇ／ｋｇ体重であるか、あるいは、０．５μｇ／ｋｇ～５０ｍｇ／ｋｇ、１μｇ／ｋｇ～２５ｍｇ／ｋｇ、または５μｇ／ｋｇ～１０ｍｇ／ｋｇ体重であってよい。いくつかの実施形態では、推奨される用量は、特に局所的に投与される場合は、０．１ｍｃｇ／ｋｇ未満であり得る。その他の実施形態では、推奨される用量は、体重／ｍ２（すなわち、体表面積）に基づく場合があるか、及び／または固定用量（例えば、.０５～１００ｍｇ）で投与される場合がある。いくつかの態様では、固定用量は、１、３、１０または２０ｍｇの用量である。ポリペプチドは、単回ボーラスで投与され得るか、または主治医の決定により２回以上（例えば、２、３、４、５、またはそれ以上の回数）投与され得る。
いくつかの実施形態では、投与は、鼻腔内スプレーを介したものであり、投薬は、固定用量である。いくつかの態様では、固定用量は、０．５、１、２、３、１０または２０ｍｇの用量である。いくつかの実施形態では、１日１回または１日２回の連日投薬が行われる。
以下の例は、本明細書で提供する本発明の特定の実施形態を説明するために提示するが、限定すると解釈されるべきではない。
ＡＣＥ２タンパク質－配列番号１
ＭＳＳＳＳＷＬＬＬＳ ＬＶＡＶＴＡＡＱＳＴ ＩＥＥＱＡＫＴＦＬＤ ＫＦＮＨＥＡＥＤＬＦ ＹＱＳＳＬＡＳＷＮＹ
ＮＴＮＩＴＥＥＮＶＱ ＮＭＮＮＡＧＤＫＷＳ ＡＦＬＫＥＱＳＴＬＡ ＱＭＹＰＬＱＥＩＱＮ ＬＴＶＫＬＱＬＱＡＬ
ＱＱＮＧＳＳＶＬＳＥ ＤＫＳＫＲＬＮＴＩＬ ＮＴＭＳＴＩＹＳＴＧ ＫＶＣＮＰＤＮＰＱＥ ＣＬＬＬＥＰＧＬＮＥ
ＩＭＡＮＳＬＤＹＮＥ ＲＬＷＡＷＥＳＷＲＳ ＥＶＧＫＱＬＲＰＬＹ ＥＥＹＶＶＬＫＮＥＭ ＡＲＡＮＨＹＥＤＹＧ
ＤＹＷＲＧＤＹＥＶＮ ＧＶＤＧＹＤＹＳＲＧ ＱＬＩＥＤＶＥＨＴＦ ＥＥＩＫＰＬＹＥＨＬ ＨＡＹＶＲＡＫＬＭＮ
ＡＹＰＳＹＩＳＰＩＧ ＣＬＰＡＨＬＬＧＤＭ ＷＧＲＦＷＴＮＬＹＳ ＬＴＶＰＦＧＱＫＰＮ ＩＤＶＴＤＡＭＶＤＱ
ＡＷＤＡＱＲＩＦＫＥ ＡＥＫＦＦＶＳＶＧＬ ＰＮＭＴＱＧＦＷＥＮ ＳＭＬＴＤＰＧＮＶＱ ＫＡＶＣＨＰＴＡＷＤ
ＬＧＫＧＤＦＲＩＬＭ ＣＴＫＶＴＭＤＤＦＬ ＴＡＨＨＥＭＧＨＩＱ ＹＤＭＡＹＡＡＱＰＦ ＬＬＲＮＧＡＮＥＧＦ
ＨＥＡＶＧＥＩＭＳＬ ＳＡＡＴＰＫＨＬＫＳ ＩＧＬＬＳＰＤＦＱＥ ＤＮＥＴＥＩＮＦＬＬ ＫＱＡＬＴＩＶＧＴＬ
ＰＦＴＹＭＬＥＫＷＲ ＷＭＶＦＫＧＥＩＰＫ ＤＱＷＭＫＫＷＷＥＭ ＫＲＥＩＶＧＶＶＥＰ ＶＰＨＤＥＴＹＣＤＰ
ＡＳＬＦＨＶＳＮＤＹ ＳＦＩＲＹＹＴＲＴＬ ＹＱＦＱＦＱＥＡＬＣ ＱＡＡＫＨＥＧＰＬＨ ＫＣＤＩＳＮＳＴＥＡ
ＧＱＫＬＦＮＭＬＲＬ ＧＫＳＥＰＷＴＬＡＬ ＥＮＶＶＧＡＫＮＭＮ ＶＲＰＬＬＮＹＦＥＰ ＬＦＴＷＬＫＤＱＮＫ
ＮＳＦＶＧＷＳＴＤＷ ＳＰＹＡＤＱＳＩＫＶ ＲＩＳＬＫＳＡＬＧＤ ＫＡＹＥＷＮＤＮＥＭ ＹＬＦＲＳＳＶＡＹＡ
ＭＲＱＹＦＬＫＶＫＮ ＱＭＩＬＦＧＥＥＤＶ ＲＶＡＮＬＫＰＲＩＳ ＦＮＦＦＶＴＡＰＫＮ ＶＳＤＩＩＰＲＴＥＶ
ＥＫＡＩＲＭＳＲＳＲ ＩＮＤＡＦＲＬＮＤＮ ＳＬＥＦＬＧＩＱＰＴ ＬＧＰＰＮＱＰＰＶＳ ＩＷＬＩＶＦＧＶＶＭ
ＧＶＩＶＶＧＩＶＩＬ ＩＦＴＧＩＲＤＲＫＫ ＫＮＫＡＲＳＧＥＮＰ ＹＡＳＩＤＩＳＫＧＥ ＮＮＰＧＦＱＮＴＤＤ
ＶＱＴＳＦ
ＡＣＥ２ Ｈ１モチーフ－ＳＴ ＩＥＥＱＡＫＴＦＬＤ ＫＦＮＨＥＡＥＤＬＦ ＹＱＳＳＬ
ＡＣＥ２ Ｈ２モチーフ－ＮＭＮＮＡＧＤＫＷＳ ＡＦＬＫＥＱＳＴＬＡ ＱＭＹ
ＡＣＥ２ βヘアピンモチーフ－ＤＬＧＫ
１～１７＝シグナルペプチド；１８～８０５＝ＡＣＥ２；１８～７０８＝処理済みＡＣＥ２
ＳＡＲＳ－ＣｏＶコロナウイルススパイクタンパク質－配列番号２
シグナルペプチド ＡＡ １～１３
スパイク Ｓ１－１４～６６７
スパイク Ｓ２－６６８～１２５５ （Ｓ２プライムは７９８～１２５５）
ＭＦＩＦＬＬＦＬＴＬ ＴＳＧＳＤＬＤＲＣＴ ＴＦＤＤＶＱＡＰＮＹ ＴＱＨＴＳＳＭＲＧＶ ＹＹＰＤＥＩＦＲＳＤ
ＴＬＹＬＴＱＤＬＦＬ ＰＦＹＳＮＶＴＧＦＨ ＴＩＮＨＴＦＧＮＰＶ ＩＰＦＫＤＧＩＹＦＡ ＡＴＥＫＳＮＶＶＲＧ
ＷＶＦＧＳＴＭＮＮＫ ＳＱＳＶＩＩＩＮＮＳ ＴＮＶＶＩＲＡＣＮＦ ＥＬＣＤＮＰＦＦＡＶ ＳＫＰＭＧＴＱＴＨＴ
ＭＩＦＤＮＡＦＮＣＴ ＦＥＹＩＳＤＡＦＳＬ ＤＶＳＥＫＳＧＮＦＫ ＨＬＲＥＦＶＦＫＮＫ ＤＧＦＬＹＶＹＫＧＹ
ＱＰＩＤＶＶＲＤＬＰ ＳＧＦＮＴＬＫＰＩＦ ＫＬＰＬＧＩＮＩＴＮ ＦＲＡＩＬＴＡＦＳＰ ＡＱＤＩＷＧＴＳＡＡ
ＡＹＦＶＧＹＬＫＰＴ ＴＦＭＬＫＹＤＥＮＧ ＴＩＴＤＡＶＤＣＳＱ ＮＰＬＡＥＬＫＣＳＶ ＫＳＦＥＩＤＫＧＩＹ
ＱＴＳＮＦＲＶＶＰＳ ＧＤＶＶＲＦＰＮＩＴ ＮＬＣＰＦＧＥＶＦＮ ＡＴＫＦＰＳＶＹＡＷ ＥＲＫＫＩＳＮＣＶＡ
ＤＹＳＶＬＹＮＳＴＦ ＦＳＴＦＫＣＹＧＶＳ ＡＴＫＬＮＤＬＣＦＳ ＮＶＹＡＤＳＦＶＶＫ ＧＤＤＶＲＱＩＡＰＧ
ＱＴＧＶＩＡＤＹＮＹ ＫＬＰＤＤＦＭＧＣＶ ＬＡＷＮＴＲＮＩＤＡ ＴＳＴＧＮＹＮＹＫＹ ＲＹＬＲＨＧＫＬＲＰ
ＦＥＲＤＩＳＮＶＰＦ ＳＰＤＧＫＰＣＴＰＰ ＡＬＮＣＹＷＰＬＮＤ ＹＧＦＹＴＴＴＧＩＧ ＹＱＰＹＲＶＶＶＬＳ
ＦＥＬＬＮＡＰＡＴＶ ＣＧＰＫＬＳＴＤＬＩ ＫＮＱＣＶＮＦＮＦＮ ＧＬＴＧＴＧＶＬＴＰ ＳＳＫＲＦＱＰＦＱＱ
ＦＧＲＤＶＳＤＦＴＤ ＳＶＲＤＰＫＴＳＥＩ ＬＤＩＳＰＣＳＦＧＧ ＶＳＶＩＴＰＧＴＮＡ ＳＳＥＶＡＶＬＹＱＤ
ＶＮＣＴＤＶＳＴＡＩ ＨＡＤＱＬＴＰＡＷＲ ＩＹＳＴＧＮＮＶＦＱ ＴＱＡＧＣＬＩＧＡＥ ＨＶＤＴＳＹＥＣＤＩ
ＰＩＧＡＧＩＣＡＳＹ ＨＴＶＳＬＬＲＳＴＳ ＱＫＳＩＶＡＹＴＭＳ ＬＧＡＤＳＳＩＡＹＳ ＮＮＴＩＡＩＰＴＮＦ
ＳＩＳＩＴＴＥＶＭＰ ＶＳＭＡＫＴＳＶＤＣ ＮＭＹＩＣＧＤＳＴＥ ＣＡＮＬＬＬＱＹＧＳ ＦＣＴＱＬＮＲＡＬＳ
ＧＩＡＡＥＱＤＲＮＴ ＲＥＶＦＡＱＶＫＱＭ ＹＫＴＰＴＬＫＹＦＧ ＧＦＮＦＳＱＩＬＰＤ ＰＬＫＰＴＫＲＳＦＩ
ＥＤＬＬＦＮＫＶＴＬ ＡＤＡＧＦＭＫＱＹＧ ＥＣＬＧＤＩＮＡＲＤ ＬＩＣＡＱＫＦＮＧＬ ＴＶＬＰＰＬＬＴＤＤ
ＭＩＡＡＹＴＡＡＬＶ ＳＧＴＡＴＡＧＷＴＦ ＧＡＧＡＡＬＱＩＰＦ ＡＭＱＭＡＹＲＦＮＧ ＩＧＶＴＱＮＶＬＹＥ
ＮＱＫＱＩＡＮＱＦＮ ＫＡＩＳＱＩＱＥＳＬ ＴＴＴＳＴＡＬＧＫＬ ＱＤＶＶＮＱＮＡＱＡ ＬＮＴＬＶＫＱＬＳＳ
ＮＦＧＡＩＳＳＶＬＮ ＤＩＬＳＲＬＤＫＶＥ ＡＥＶＱＩＤＲＬＩＴ ＧＲＬＱＳＬＱＴＹＶ ＴＱＱＬＩＲＡＡＥＩ
ＲＡＳＡＮＬＡＡＴＫ ＭＳＥＣＶＬＧＱＳＫ ＲＶＤＦＣＧＫＧＹＨ ＬＭＳＦＰＱＡＡＰＨ ＧＶＶＦＬＨＶＴＹＶ
ＰＳＱＥＲＮＦＴＴＡ ＰＡＩＣＨＥＧＫＡＹ ＦＰＲＥＧＶＦＶＦＮ ＧＴＳＷＦＩＴＱＲＮ ＦＦＳＰＱＩＩＴＴＤ
ＮＴＦＶＳＧＮＣＤＶ ＶＩＧＩＩＮＮＴＶＹ ＤＰＬＱＰＥＬＤＳＦ ＫＥＥＬＤＫＹＦＫＮ ＨＴＳＰＤＶＤＬＧＤ
ＩＳＧＩＮＡＳＶＶＮ ＩＱＫＥＩＤＲＬＮＥ ＶＡＫＮＬＮＥＳＬＩ ＤＬＱＥＬＧＫＹＥＱ ＹＩＫＷＰＷＹＶＷＬ
ＧＦＩＡＧＬＩＡＩＶ ＭＶＴＩＬＬＣＣＭＴ ＳＣＣＳＣＬＫＧＡＣ ＳＣＧＳＣＣＫＦＤＥ ＤＤＳＥＰＶＬＫＧＶ
ＫＬＨＹＴ
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－コロナウイルススパイクタンパク質－ＧｅｎＢａｎｋ：ＱＨＤ４３４１６．１－配列番号３
ＭＦＶＦＬＶＬＬＰＬ ＶＳＳＱＣＶＮＬＴＴ ＲＴＱＬＰＰＡＹＴＮ ＳＦＴＲＧＶＹＹＰＤ ＫＶＦＲＳＳＶＬＨＳ ＴＱＤＬＦＬＰＦＦＳ ＮＶＴＷＦＨＡＩＨＶ ＳＧＴＮＧＴＫＲＦＤ ＮＰＶＬＰＦＮＤＧＶ ＹＦＡＳＴＥＫＳＮＩ ＩＲＧＷＩＦＧＴＴＬ ＤＳＫＴＱＳＬＬＩＶ ＮＮＡＴＮＶＶＩＫＶ ＣＥＦＱＦＣＮＤＰＦ ＬＧＶＹＹＨＫＮＮＫ ＳＷＭＥＳＥＦＲＶＹ ＳＳＡＮＮＣＴＦＥＹ ＶＳＱＰＦＬＭＤＬＥ ＧＫＱＧＮＦＫＮＬＲ ＥＦＶＦＫＮＩＤＧＹ ＦＫＩＹＳＫＨＴＰＩ ＮＬＶＲＤＬＰＱＧＦ ＳＡＬＥＰＬＶＤＬＰ ＩＧＩＮＩＴＲＦＱＴ ＬＬＡＬＨＲＳＹＬＴ ＰＧＤＳＳＳＧＷＴＡ ＧＡＡＡＹＹＶＧＹＬ ＱＰＲＴＦＬＬＫＹＮ ＥＮＧＴＩＴＤＡＶＤ ＣＡＬＤＰＬＳＥＴＫ ＣＴＬＫＳＦＴＶＥＫ ＧＩＹＱＴＳＮＦＲＶ ＱＰＴＥＳＩＶＲＦＰ ＮＩＴＮＬＣＰＦＧＥ ＶＦＮＡＴＲＦＡＳＶ ＹＡＷＮＲＫＲＩＳＮ ＣＶＡＤＹＳＶＬＹＮ ＳＡＳＦＳＴＦＫＣＹ ＧＶＳＰＴＫＬＮＤＬ ＣＦＴＮＶＹＡＤＳＦ ＶＩＲＧＤＥＶＲＱＩ ＡＰＧＱＴＧＫＩＡＤ ＹＮＹＫＬＰＤＤＦＴ ＧＣＶＩＡＷＮＳＮＮ ＬＤＳＫＶＧＧＮＹＮ ＹＬＹＲＬＦＲＫＳＮ ＬＫＰＦＥＲＤＩＳＴ ＥＩＹＱＡＧＳＴＰＣ ＮＧＶＥＧＦＮＣＹＦ ＰＬＱＳＹＧＦＱＰＴ ＮＧＶＧＹＱＰＹＲＶ ＶＶＬＳＦＥＬＬＨＡ ＰＡＴＶＣＧＰＫＫＳ ＴＮＬＶＫＮＫＣＶＮ ＦＮＦＮＧＬＴＧＴＧ ＶＬＴＥＳＮＫＫＦＬ ＰＦＱＱＦＧＲＤＩＡ ＤＴＴＤＡＶＲＤＰＱ ＴＬＥＩＬＤＩＴＰＣ ＳＦＧＧＶＳＶＩＴＰ ＧＴＮＴＳＮＱＶＡＶ ＬＹＱＤＶＮＣＴＥＶ ＰＶＡＩＨＡＤＱＬＴ ＰＴＷＲＶＹＳＴＧＳ ＮＶＦＱＴＲＡＧＣＬ ＩＧＡＥＨＶＮＮＳＹ ＥＣＤＩＰＩＧＡＧＩ ＣＡＳＹＱＴＱＴＮＳ ＰＲＲＡＲＳＶＡＳＱ ＳＩＩＡＹＴＭＳＬＧ ＡＥＮＳＶＡＹＳＮＮ ＳＩＡＩＰＴＮＦＴＩ ＳＶＴＴＥＩＬＰＶＳ ＭＴＫＴＳＶＤＣＴＭ ＹＩＣＧＤＳＴＥＣＳ ＮＬＬＬＱＹＧＳＦＣ ＴＱＬＮＲＡＬＴＧＩ ＡＶＥＱＤＫＮＴＱＥ ＶＦＡＱＶＫＱＩＹＫ ＴＰＰＩＫＤＦＧＧＦ ＮＦＳＱＩＬＰＤＰＳ ＫＰＳＫＲＳＦＩＥＤ ＬＬＦＮＫＶＴＬＡＤ ＡＧＦＩＫＱＹＧＤＣ ＬＧＤＩＡＡＲＤＬＩ ＣＡＱＫＦＮＧＬＴＶ ＬＰＰＬＬＴＤＥＭＩ ＡＱＹＴＳＡＬＬＡＧ ＴＩＴＳＧＷＴＦＧＡ ＧＡＡＬＱＩＰＦＡＭ ＱＭＡＹＲＦＮＧＩＧ ＶＴＱＮＶＬＹＥＮＱ ＫＬＩＡＮＱＦＮＳＡ ＩＧＫＩＱＤＳＬＳＳ ＴＡＳＡＬＧＫＬＱＤ ＶＶＮＱＮＡＱＡＬＮ ＴＬＶＫＱＬＳＳＮＦ ＧＡＩＳＳＶＬＮＤＩ ＬＳＲＬＤＫＶＥＡＥ ＶＱＩＤＲＬＩＴＧＲ ＬＱＳＬＱＴＹＶＴＱ ＱＬＩＲＡＡＥＩＲＡ ＳＡＮＬＡＡＴＫＭＳ ＥＣＶＬＧＱＳＫＲＶ ＤＦＣＧＫＧＹＨＬＭ ＳＦＰＱＳＡＰＨＧＶ ＶＦＬＨＶＴＹＶＰＡ ＱＥＫＮＦＴＴＡＰＡ ＩＣＨＤＧＫＡＨＦＰ ＲＥＧＶＦＶＳＮＧＴ ＨＷＦＶＴＱＲＮＦＹ ＥＰＱＩＩＴＴＤＮＴ ＦＶＳＧＮＣＤＶＶＩ ＧＩＶＮＮＴＶＹＤＰ ＬＱＰＥＬＤＳＦＫＥ ＥＬＤＫＹＦＫＮＨＴ ＳＰＤＶＤＬＧＤＩＳ ＧＩＮＡＳＶＶＮＩＱ ＫＥＩＤＲＬＮＥＶＡ ＫＮＬＮＥＳＬＩＤＬ ＱＥＬＧＫＹＥＱＹＩ ＫＷＰＷＹＩＷＬＧＦ ＩＡＧＬＩＡＩＶＭＶ ＴＩＭＬＣＣＭＴＳＣ ＣＳＣＬＫＧＣＣＳＣ ＧＳＣＣＫＦＤＥＤＤ ＳＥＰＶＬＫＧＶＫＬ ＨＹＴ
実施例１－デノボＡＣＥ２タンパク質デコイＣＴＣ－４４５及びそのバリアントの設計。
ＣＴＣ－４４５のコンピュータ設計 ＡＣＥ２模倣体のコンピュータ設計を、模倣のためのＡＣＥ２の構造モチーフの選択、それらの構造モチーフを補助するポリペプチド骨格の設計、作成した骨格を補助する配列の設計、及び実験的な試験対象の設計のセットを減らすための設計のフィルタリング、の４つのフェーズで行った。
模倣のためのＡＣＥ２の構造モチーフの選択 構造モチーフを取得し、コンピュータ設計及び分析を、１）キメラＳＡＲＳ－ＣｏＶ＋ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤに結合したＡＣＥ２の結晶構造（ＰＤＢ識別番号：６ｖｗ１）；２）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤに結合したＡＣＥ２のクライオＥＭ構造（ＰＤＢ識別番号：６ｍ１７）；または３）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ ＲＢＤに結合したＡＣＥ２のクライオＥＭ構造（ＰＤＢ識別番号：６ｃｓ２）の構造のうち１つ以上を使用して実施した。ＡＣＥ２由来の２つのＲＢＤ結合ヘリックスを、複数の構造、１つは残基１９～５３に及ぶ（「Ｈ１」）；もう１つは残基５５～８４に及ぶ（「Ｈ２」）から特定及び抽出した。いくつかの設計では、残基３４６～３６０に及ぶβヘアピンモチーフも、模倣するモチーフのセットに含めた。これらの構造モチーフを骨格設計の出発点として使用した。これらのモチーフから、最終配列設計に残す残基のセット：１９、２３、２４、２７、２８、３０、３１、３４、３５、３７、３８、４１、４２、４５、６１、６４、６８、７２、７５、７６、７９、８２、８３、３５２、３５３、３５４、３５５及び３５７を選択した。これらの構造モチーフだけでは、ＡＣＥ２由来の他の二次的構造体要素によって十分に補助されないため、デノボ二次的構造体を結合モチーフに対して配置した。これらの新しい二次的構造体は、設計されるタンパク質に疎水性コアを与え、結合に適した様式で結合モチーフの相対位置及び方向を安定化させる働きをする。補助的な構造体をコンピュータにより生成し、利用可能な方法（例えば、Ｒｏｓｅｔｔａコンビナトリアルフラグメントアセンブリ、パラメトリック生成など）で配置するか、または既存の構造体から抽出してコピーを作成した。補助的な二次的構造体をパラメータ的に生成するか、既存の構造体から抽出する場合に、ヘリックスの初期位置及び方向を、目視検査（ｐｙｍｏｌを使用）により決定し、モンテカルロ探索により洗練し、最適な位置を特定した。
理想的なフラグメントデータベースの構築 デノボ模倣体の骨格の設計のために使用する極めて理想的なフラグメントのデータベースを、７量体データベース用の７０６２個のＰＤＢを含む、ＲＣＳＢタンパク質データバンクからの非冗長（一般に入手可能な）タンパク質構造体の広範なデータベースを使用するＲｏｓｅｔｔａアプリケーション「ｋｃｅｎｔｅｒｓ＿ｃｌｕｓｔｅｒｉｎｇ＿ｏｆ＿ｆｒａｇｍｅｎｔｓ」を用いて構築した。
ＡＣＥ２ ＲＢＤ結合モチーフを補助する骨格のコンピュータ設計
得られた分離している構造モチーフを、これまでに説明されている（Ｓｉｌｖａ ｅｔ ａｌ．，Ｄｅ ｎｏｖｏ ｄｅｓｉｇｎ ｏｆ ｐｏｔｅｎｔ ａｎｄ ｓｅｌｅｃｔｉｖｅ ｍｉｍｉｃｓ ｏｆ ＩＬ－２ ａｎｄ ＩＬ－１５，Ｎａｔｕｒｅ ２０１９，５６５：１８６）ＰｙＲｏｓｅｔｔａベースの模倣体プロトコルの入力として使用した。最初に、コア要素（すなわち、開始モチーフ及び補助的な二次的構造体）を、目的のヘリックスのそれぞれを可能な限り近接して反復する二次的構造体が得られ、ヘリックスが湾曲する実現性を可能にするためにφ及びψ角度の「ピッチ」が３番目の残基ごとに許容される、反復性φ及びψ角度（１８０°に固定したω）のパラメータ方程式を特定することによって再構築した。これらのパラメータ方程式を使用することによって、アルゴリズムは、コア要素のそれぞれの長さを＋／－１２アミノ酸まで（入力構造モチーフと比較して）変更することができる。次に、全ての長さのバリエーションのコア要素を、極めて理想的なループのクラスター化されたデータベースからのループとペアにして再連結させた（７アミノ酸のフラグメントサイズ；上記の「理想的なフラグメントデータベースの構築」を参照されたい）。二次的構造体要素のペアを連結するために、模倣体を構築するプロトコルは、可能な全ての組み合わせで理想的な要素をペアで再連結させることを目的としている。二次的構造体要素のペアごとに、ループデータベースをフィルタリングし、二次的構造体要素のペアを連結させることができるループを特定した。ループの末端は、コア要素の末端と重ね合わせ、コア要素末端から１．２ Ａ ＲＭＳＤ未満であることが必要であり、個々のループ末端のそれぞれは、対応する個々のコア要素末端から１．５ Ａ ＲＭＳＤ未満である必要があった。ループによって接続されたコア要素を、続いて、直交拘束骨格最小化（ｃａｒｔｅｓｉａｎ－ｃｏｎｓｔｒａｉｎｅｄ ｂａｃｋｂｏｎｅ ｍｉｎｉｍｉｚａｔｉｏｎ）によって最小化した。最小化後、その解について、極めて理想的なフラグメントを含み（すなわち、データベースに含まれる２つの連結した要素を構成する重なり合う全てのフラグメント）、骨格が標的（コンテキスト）結合パートナーと衝突しないことを検証した。次に、ペアで連結した成功したコア要素を、同じデータベースのフラグメントを使用してプロファイリングし、各位置において最も確度の高いアミノ酸を決定した（この情報を、各設計のメタデータとしてコードした）。次に、連結した二次的構造体のペアの解を、組み合わせ結合し（グラフ理論連結成分を使用することによって）、完全に連結した骨格を生成した。解の数は要素のペアごとに指数関数的に増加するので、各フラグメント組み合わせ段階で、二次的構造体コア要素のペア間で相互連結が短いもの（すなわち、より短いループで効果的なもの）を優先するように設計をランク付けし、最上位の解のみを保持した。可能なアミノ酸の同一性を層適合性に制限するために、完全に連結した骨格の解を層（界面、コア、非コア表面、表面）ごとにプロファイリングした。最後に、ホットスポット、適合性のある構築したフラグメントアミノ酸、及び層に関する情報の全てを組み合わせた。
コンピュータによる配列設計 完全にプロファイリングしたタンパク質骨格を、柔軟な骨格設計及びフィルタリングのためにＲｏｓｅｔｔａＳｃｒｉｐｔｓに通した。配列設計に使用したＲｏｓｅｔｔａエネルギー関数は、「β」であった。骨格設計中に特定した層プロファイルを使用して、配列設計を実施し、各ループ位置でのアミノ酸の最も頻繁な６０％の累積割合のみを計算に入れた。骨格ごとに、少なくとも９つの配列を設計した。ＡＣＥ２タンパク質デコイのＣＴＣ－４４５を、選択して進めた。
ＣＴＣ－４４５ ：
ＳＡＥＩＤＭＧＫＧＤＦＲＥＩＲＡＳＥＤＡＲＥＡＡＥＡＬＡＥＡＡＲＡＭＫＥＡＬＥＩＩＲＥＩＡＥＫＬＲＤＳＳＲＡＳＥＡＡＫＲＩＡＫＡＩＲＫＡＡＤＡＩＡＥＡＡＫＩＡＡＲＡＡＫＤＥＤＡＡＲＮＡＥＮＡＡＲＫＡＫＥＦＡＥＥＱＡＫＬＡＤＭＹＡＥＦＡＫＮＧＤＫＳＲＶＲＥＱＬＫＴＦＡＤＫＡＦＨＥＭＥＤＲＦＹＱＡＡＬＡＶＦＥＡＡＥＡＡＡＧ （配列番号４７）
酵母ディスプレイスクリーニング ＥＢ１００酵母を、線状化したｐＥＴｃｏｎ３ベクターと共に、表示されるタンパク質をコードする遺伝子で形質転換した。ベクターを、ＮｄｅＩ及びＸｈｏＩ（Ｎｅｗ Ｅｎｇｌａｎｄ Ｂｉｏｌａｂｓ）によって１００倍の過剰消化で線状化し、次に、ゲル抽出（Ｑｉａｇｅｎ）によって精製した。これらの遺伝子は、相同組換えにより、ベクター上のＡＧＡ２遺伝子とＭｙｃタグとの間のフレームにこれらの遺伝子が配置されるように５’末端及び３’末端の両方でベクターと重複する６０塩基を含んでいた。酵母を、一晩ＳＤＣＡＡ培地で飽和するまで増殖させ、その後、これまでに説明されているＳＧＣＡＡ培地（Ｂｏｄｅｒ ａｎｄ Ｗｉｔｔｒｕｐ，“Ｙｅａｓｔ Ｓｕｒｆａｃｅ Ｄｉｓｐｌａｙ ｆｏｒ Ｓｃｒｅｅｎｉｎｇ Ｃｏｍｂｉｎａｔｏｒｉａｌ Ｐｏｌｙｐｅｐｔｉｄｅ Ｌｉｂｒａｒｉｅｓ．”Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ １９９７ １５（６）：５５３－５５７）で誘導した。１２～１６時間の誘導後、細胞を冷却したディスプレイ緩衝液（５０ｍＭ ＮａＰＯ４ ｐＨ７．４、１５０ｍＭ ＮａＣｌ、１％ ＢＳＡ）で洗浄し、２００ｎＭの２０１９－ｎＣｏＶスパイク／ＲＢＤタンパク質－Ｆｃタグ受容体（Ｓｉｎｏ Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ；残基Ａｒｇ３１９－Ｐｈｅ５４１）と共に、４℃で攪拌しながらインキュベートした。約３０分後、細胞を冷却した緩衝液で再度洗浄し、次いで、ＦＩＴＣ複合体化抗Ｍｙｃ抗体（３×１０６細胞ごとに１μｌ）及びＰＥ抗ヒトＩｇＧ Ｆｃ（３×１０６細胞ごとに５μｌ）と共に氷上で５分間インキュベートした。続いて、酵母を洗浄し、フローサイトメトリー（ｇｕａｖａ ｅａｓｙＣｙｔｅ（商標）ＨＴ Ｓｙｓｔｅｍ）で計数するか、蛍光活性化細胞選別（ＦＡＣＳ）（Ｓｏｎｙ ＳＨ８００）によって選別した。
バリアント設計 ＣＴＣ－６１３～６３６については、設計モデルの目視検査及びヒトＡＣＥ２との構造アラインメントに基づいて、ＣＴＣ－４４５突然変異体のセット及び突然変異体の組み合わせを選択した。ＣＴＣ－６３７～ＣＴＣ－６５３については、２００ｐＭでＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に結合するＣＴＣ－４４５に基づくプロテアーゼ安定配列を、エラープローンＰＣＲ ＤＮＡライブラリの酵母ディスプレイによって特定した。選択した配列のプールから、突然変異体のセットを特定し、突然変異体を合理的に組み合わせてＣＴＣ－４４５バリアントのセットにした。
組換えタンパク質発現 タンパク質配列を合成し（ＩＤＴ）、ｐＥＴ－２９ｂ（＋）Ｅ．Ｃｏｌｉプラスミド発現ベクターにクローニングした（Ｃ末端６－Ｈｉｓタグ有り及びタグなしの両方）。タンパク質定量化を支援するために、各構築物の発現配列は、Ｃ末端ＧＳＧＷＧＳＧ配列を含んでいた。ＡＣＥ２タンパク質デコイの２つのクローン、１つの非発現陰性対照、及び陽性対照タンパク質の遺伝子を含むプラスミドを、化学的に受容能のあるＥ．Ｃｏｌｉ Ｌｅｍｏ２１細胞（ＮＥＢ）に形質転換した。次いで、３７℃で１ｍＭのイソプロピルβ－ｄ－チオガラクトピラノシド（ＩＰＴＧ）を用いてタンパク質発現を誘導した。４時間の発現後、サンプルを収集し、ＰａｇｅＲｕｌｅｒ Ｐｌｕｓ Ｐｒｅｓｔａｉｎｅｄ Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｌａｄｄｅｒと共にＳＤＳ－ＰＡＧＥゲルに供した。ＣＴＣ－４４５は予想した通りの分子量であった（データは示さず）。
バリアントのアミノ酸配列は、記載の置換（複数可）以外は、ＣＴＣ－４４５のアミノ酸配列と同じである。システイン残基を有する選択バリアントをＰＥＧ化した。簡単に述べると、タンパク質をイミダゾール緩衝液で精製し、Ｃｅｎｔｒｉｐｅｐ（１０Ｋ ＭＷＣＯ）を用いてｐＨ７．４のＰＢＳに緩衝液交換した。ＴＣＥＰを１０倍モル過剰で１ｍｇのサンプルに添加した。摂氏３７度で３０分間インキュベーションを行った。マレイミド－ＰＥＧ（２０Ｋリンカー及び４０Ｋ分枝鎖）をＰＢＳ中に溶解し、サンプルに１０倍過剰で添加し、１２時間インキュベートした。未反応のマレイミドを除去し、ＳＥＣによって精製した。
Figure 2023521706000030
Figure 2023521706000031
Figure 2023521706000032
Figure 2023521706000033
実施例２－ＣＴＣ－４４５のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質への結合及び競合アッセイ：酵母ディスプレイ
ＥＢ１００酵母を形質転換し、実施例１に記載したように誘導した。１２～１６時間の誘導後、ヒトＡＣＥ２を発現する細胞（「データ１」）またはＮｅｏｌｅｕｋｉｎのＣＴＣ－４４５（「データ２」）を冷却したディスプレイ緩衝液（５０ｍＭ ＮａＰＯ４ ｐＨ７．４、１５０ｍＭ ＮａＣｌ、１％ ＢＳＡ）で洗浄し、０～８０ｎＭの２０１９－ｎＣｏＶスパイク／ＲＢＤタンパク質－ｍＦｃタグ受容体（Ｓｉｎｏ Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ；残基Ａｒｇ３１９－Ｐｈｅ５４１）と共に、４℃で攪拌しながらインキュベートした。約３０分後、細胞を冷却した緩衝液で再度洗浄し、次いで、ＦＩＴＣ複合体化抗Ｍｙｃ抗体（３×１０６細胞ごとに１μｌ）及びＰＥ抗マウスＩｇＧ Ｆｃ（３×１０６細胞ごとに５μｌ）と共に氷上で５分間インキュベートした。続いて、酵母を洗浄し、フローサイトメトリー（ｇｕａｖａ ｅａｓｙＣｙｔｅ（商標）ＨＴ Ｓｙｓｔｅｍ）で計数した。次に、ヒトＡＣＥ２を発現する細胞及び試験ＡＣＥ２タンパク質デコイ（「データ５」）を、９ｎＭの２０１９－ｎＣｏＶスパイク／ＲＢＤタンパク質－Ｆｃタグ受容体及び０～７５０ｎＭの可溶性ヒトＡＣＥ２と共にインキュベートした。図２Ａ～Ｆは、酵母ディスプレイによる、陽性対照、陰性対照、及びＣＴＣ－４４５のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質への結合を示しており、図３Ａ～Ｄは、対照ヒトＡＣＥ２及びデノボタンパク質ＣＴＣ－４４５が、２０１９－ｎＣｏＶスパイク／ＲＢＤタンパク質に結合することと、結合に関して可溶性ＡＣＥ２と競合し得ることを示している。
実施例３－デノボＡＣＥ２タンパク質デコイの特性評価
ＣＴＣ－４４５バリアントを、発現レベル（０～５）、溶解度（０～５）、及びバイオレイヤー干渉測定を介した結合親和性（０～５）に関して特性評価した。凝集傾向は、サイズ排除クロマトグラフィー中に、大きな分子量の凝集体またはオリゴマーが存在したかどうかを示し、分析サイズ排除クロマトグラフィーによって単量体及びオリゴマー種のピーク面積を比較することで非単量体タンパク質の割合を測定した。
複数角度光散乱によるサイズ排除クロマトグラフィー（ＳＥＣ－ＭＡＬＳ）。インライン静的光散乱装置（ＭｉｎｉＤａｗｎ，Ｗｙａｔｔ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ）及び微分屈折インデックス（Ｏｐｔｉｌａｂ ｒＥＸ，Ｗｙａｔｔ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ）及び紫外検出システムに連結された、Ｓｕｐｅｒｄｅｘ ７５ １０／３００サイズ排除カラム（ＧＥ Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ）を備えた１２６０ ｉｎｆｉｎｉｔｙ ＩＩ ＬＣ ＨＰＬＣシステム（Ａｇｉｌｅｎｔ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）を使用してＳＥＣ－ＭＡＬＳアッセイを実施した。タンパク質サンプルを、２～４ｍｇ／ｍＬの範囲の濃度でＰＢＳ緩衝液内で調製し、０．２２μｍ注射器フィルターで濾過し；１００μＬのサンプルを注入し、０．５ｍＬ／分の流速で実行した。ソフトウエアＡＳＴＲＡ ７（Ｗｙａｔｔ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）を使用してデータを分析した。ＳＥＣ－ＭＡＬＳは、ＣＴＣ－４４５バリアントＣＴＣ－６３２、６３３、６３４、６４２、６４３、及び６４４が、ほとんど凝集したか、オリゴマーであり、かつＣＴＣ－６３５、６３６、６３７、６３９、６４０、６４１，６４３、６４４、６４６、６４８、６４９、６５０、６５１、６５２、及び６５３は、ほとんどが単量体であったことを示した（データは示さず）。データを下記表に示す。
バイオレイヤー干渉測定。精製されたＡＣＥ２タンパク質デコイのＯｃｔｅｔ結合アッセイ。Ｏｃｔｅｔ ＲＥＤ９６（ＦｏｒｔｅＢｉｏ）で結合データを収集し、機器の統合ソフトウエアで１：１結合モデルを使用して処理した。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質（ＲＢＤドメインのみ、ｍＦｃタグ、Ｓｉｎｏ Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ）を、結合緩衝液中（１０ｍＭ ＨＥＰＥＳ、ｐＨ７．４、１５０ｍＭ ＮａＣｌ、３ｍＭ ＥＤＴＡ、０．０５％界面活性剤Ｐ２０、０．５％脱脂乾燥乳）に２μｇ ｍｌ－１でタンパク質Ａセンサー（ＰｒｏｔＡ、ＦｏｒｔｅＢｉｏ）に固定した。結合緩衝液単独でのベースライン測定後、バイオセンサーを定めた濃度の設計したタンパク質（２．４～２００ｎＭ）を入れたウェルに浸漬（会合）し、続いて、センサーをベースラインウェルに戻して浸漬（解離）することによって結合反応速度をモニタリングした。下記の表５において、値１は、ＣＴＣ－４４５に類似した結合を示し；１を上回る値は、ＣＴＣ－４４５よりも強い結合を示し；１未満の値は、ＣＴＣ－４４５よりも弱い結合を示し；４以上の値は、非常に強い結合を示す。Ｎ．Ｄ．の表記は、結合スクリーニングで試験をしたが、アッセイは意図した通りに機能せず、決定的な結果につながらなかったことを意味する。これらのタンパク質は凝集している可能性があると考えられている。図４、５Ａ～Ｈ、６Ａ～Ｈ、及び７Ａ～Ｈは、ＯｃｔｅｔによるＣＴＣ－４４５及び選択ＣＴＣ－４４５バリアントのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質への結合を示している。
Figure 2023521706000034
Figure 2023521706000035
Figure 2023521706000036
実施例４－デノボタンパク質デコイＣＴＣ－４４５、ＣＴＣ－４４５．２及びＣＴＣ－４４５．２ｄの結合反応速度及び安定性
ＣＴＣ－４４５及び選択バリアントの熱安定性を円偏光二色性を使用して測定した。０．２ｍｇ ｍｌ－１のタンパク質濃度（本文で特に言及されていない限り）で０．１ｍｍパス長のキュベット内のＰＢＳ緩衝液（ｐＨ７．４）中でＣＨＩＲＡＳＣＡＮスペクトロメータＶ１００（Ａｐｐｌｉｅｄ Ｐｈｏｔｏｐｈｙｓｉｃｓ）を用いて遠紫外円偏光二色性測定を実行した。温度溶解物を、２０～９５℃で得て、２２２ｎｍ（１分あたり０．５℃のステップ、ステップごとに３０秒の平衡化）で吸収シグナルをモニタリングした。波長スキャン（１９５～２５０ｎｍ）を、２０℃、９５℃、及びリフォールディング後（おおよそ５分）に再度２０℃で収集した。熱溶解を下記式に当てはめて融解温度（Ｔｍ）値を計算した。
Figure 2023521706000037
 式中、ｆＤはアンフォールディング状態のタンパク質の割合であり、ΔＨｖＨはアンフォールディングプロセスに関連するエンタルピー変化であり、ｙＮ及びｍＮは天然状態のシグナル及び温度による依存性を表し、ｙＤ及びｍＤはアンフォールディング状態のシグナル及び温度による依存性を表し、かつＲは気体定数である。Ｃ末端トロンビン部位及び６×Ｈｉｓタグに融合したＣＴＣ－４４５、ＣＴＣ－４４５．２、またはＣＴＣ－４４５．２ｄの熱誘導融解を、２０℃～９５℃の温度範囲にわたって（加熱速度２℃／分）２０８ｎｍでのその円偏光二色性シグナルによって追跡した。図８は、ＣＴＣ－４４５（８Ａ）、ＣＴＣ－４４５．２（８Ｂ）、及びＣＴＣ－４４５．２ｄ（８Ｃ）の結果を示している。挿入図は、２０℃、９５～９９℃まで加熱した後（破線）、及び加熱したサンプルを２０℃まで冷却した後の、ＣＴＣ－４４５．２のＵＶ波長スペクトルを示している。冷却するとすぐに、完全な楕円率スペクトル回復（完全な可逆性）が観察された。
連続熱ランピングタンパク質安定性。ＣＴＣ－４４５、ＣＴＣ－４４５．２、ＣＴＣ－４４５．２ｄ及びｈＡＣＥ２（Ｓｉｎｏ Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ）のアンフォールディング可逆性（熱処理回復）を試験するために、連続熱ランピングアッセイを実施し、この目的のために、ＵＮＣＬＥプラットフォーム（Ｕｎｃｈａｉｎｅｄ Ｌａｂｓ）を使用した。８．８μＬのＣＴＣ－４４５、ＣＴＣ－４４５．２及びＣＴＣ－４４５．２ｄを、０．５ｍｇ／ｍＬでキャピラリーキュベットに充填し、温度を繰り返し上げ下げしながら各サンプルの蛍光スペクトル（約３００～４００ｎｍ）を測定した。昇温は、２０℃から３５℃へ、２０℃から５０℃へ、２０℃から６５℃へ、２０℃から８０℃へ、２０℃から９５℃へ、２０℃から８０℃へ、２０℃から６５℃へ、２０℃から５０℃へ、及び２０℃から３５℃への順で行った。全てのサンプルは、ＰＢＳ緩衝液ｐＨ７．４中にあった。ＵＮＣＬＥ分析プログラム（Ｕｎｃｈａｉｎｅｄ Ｌａｂｓ）を使用して、各蛍光スペクトルの重心平均（ＢＣＭ）を計算した。同じ値のＢＣＭが、３つのタンパク質の加熱と冷却の繰り返しサイクルの前後に観察された（図９Ａ～Ｃ）。
固定したＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＳのＲＢＤに対するＣＴＣ－４４５、ＣＴＣ－４４５．２（左）、及びＣＴＣ－４４５．２ｄ（右）のＯｃｔｅｔ結合アッセイを図１０に示す。ビオチン化及びＨｉｓタグ付けしたＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＳのＲＢＤを、Ａｎｔｉ－Ｐｅｎｔａ－ＨＩＳ（ＨＩＳ１Ｋ，ＦｏｒｔｅＢｉｏ）に固定し、様々な濃度のＡＣＥ２デコイと共にインキュベートした。バイオセンサーを定めた濃度（４．７～３００ｎＭ）のＣＴＣ－４４５、ＣＴＣ－４４５．２、ＣＴＣ－４４５．２ｄを入れたウェルに浸漬（会合）し、続いて、センサーをベースラインウェルに戻して浸漬（解離）することによって結合反応速度をモニタリングした。ＣＴＣ－４４５及びＣＴＣ－４４５．２について、１：１結合モデルを使用して結果を全体的に適合させた（Ｋｄ＝６４６及び２５ｎＭ、ｋｏｎ＝８．６×１０４及び４．５×１０５Ｍ－１ｓ－１、ｋｏｆｆ＝５．５×１０－２及び１．１×１０－２ｓ－１）。ＣＴＣ－４４５．２ｄについて、２：１結合モデルを使用して結果を全体的に適合させた（Ｋｄ≦７．０ｎＭ、ｋｏｎ＝３．０×１０５Ｍ－１ｓ－１、ｋｏｆｆ≦２．０×１０－３ｓ－１）。挿入図は、各濃度での正規化した反応の定常状態結合を示している。
実施例５－ヒトＡＣＥ２へのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質ＲＢＤの結合を阻害するＣＴＣ－４４５
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ２ Ｓタンパク質ＲＢＤを、０．５μｇ／ｍＬ（１００μＬ／ウェル）で、底面が平らで透明な高結合ポリスチレン９６ウェルプレート（Ｔｈｅｒｍｏ，カタログ番号１５０４１）中で４℃で一晩コーティングした。翌日、アッセイプレートを０．０５％Ｔｗｅｅｎ－ＰＢＳで３回洗浄し、３７℃で１～１．５時間、２％ＢＳＡ／０．０５％Ｔｗｅｅｎ－ＰＢＳでブロックした。ブロックインキュベーション中、ＣＴＣ－４４５については２０μＭ（最終の２倍）から開始し、陽性対照阻害剤（Ａｃｒｏ）については３６０ｎＭ（最終の２倍）から開始して、各試験物質の３倍７回階段希釈液を調製した。全ての試験物質について、最終回の濃度を３倍ではなく１０倍に希釈した。加えて、ビオチン－ｈＡＣＥ２の用量反応物を、０．３μｇ／ｍＬ（３．４４ｎＭ）から開始してビオチン－ｈＡＣＥ２の２倍階段希釈を実施することによって調製した。０．３μｇ／ｍＬのビオチン－ｈＡＣＥ２から、０．０６μｇ／ｍＬ（最終の２倍）の一定濃度物を調製し、試験物質による阻害に使用した。ブロック後、アッセイプレートを洗浄し（３回）、各試験物質希釈液を５０μＬ／ウェルでプレートに添加した後、５０μＬ／ウェルのビオチン－ｈＡＣＥ２を添加した（最終０．０３μｇ／ｍＬ）。試験物質をビオチン－ｈＡＣＥ２と共に３７℃で１時間インキュベートした。その後、プレートを洗浄し（３回）、続いて、０．１μｇ／ｍＬ（１００μＬ／ウェル）ストレプトアビジンＨＲＰを３７℃で１時間インキュベートした。最後のプレートの洗浄を行い（３回）、その後、１００μＬ／ウェルＴＭＢ（ａｂＣａｍ，カタログ番号１７１５２４）を添加した。ＴＭＢを７分間インキュベートし、５０μＬ／ウェルの１Ｍ ＨＣｌを添加して反応を停止させた。各ウェルの平均吸光度を、４５０ｎｍで４箇所から測定した。ＩＣ５０の結果を、下記の表６に示す。
Figure 2023521706000038
実施例６－ヒトＡＣＥ２へのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質ＲＢＤの結合を阻害する選択ＣＴＣ－４４５バリアント
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ２ Ｓタンパク質ＲＢＤを、０．５μｇ／ｍＬ（１００ｕｌ／ウェル）で、底面が平らで透明な高結合ポリスチレン９６ウェルプレート（Ｔｈｅｒｍｏ，カタログ番号１５０４１）中で４℃で一晩コーティングした。翌日、アッセイプレートを０．０５％Ｔｗｅｅｎ－ＰＢＳで３回洗浄し、３７℃で１～１．５時間、２％ＢＳＡ／０．０５％Ｔｗｅｅｎ－ＰＢＳでブロックした。表７に示す各ＣＴＣ－４４５バリアントについては４ｕＭ（最終の２倍）から開始し、陽性対照阻害剤（Ａｃｒｏ）については３６０ｎＭ（最終の２倍）から開始して、各試験物質の３倍６回階段希釈液を調製した。全ての試験物質について、最後の２回の濃度を３倍ではなく１０倍に希釈した。加えて、ビオチン－ｈＡＣＥ２の用量反応物を、０．１μｇ／ｍＬ（１．１５ｎＭ）から開始してビオチン－ｈＡＣＥ２の３倍階段希釈を実施することによって調製した。０．１μｇ／ｍＬのビオチン－ｈＡＣＥ２から、０．０６６μｇ／ｍＬ（最終の２倍）の一定濃度物を調製し、試験物質による阻害に使用した。ブロック後、アッセイプレートを洗浄し（３回）、各試験物質希釈液を３０ｕｌ／ウェルで（２ウェルずつ）プレートに添加した後、３０ｕｌ／ウェルのビオチン－ｈＡＣＥ２を添加した（最終０．０３３μｇ／ｍＬ）。試験物質をビオチン－ｈＡＣＥ２と共に３７℃で１時間インキュベートした。その後、プレートを洗浄し（３回）、続いて、０．１μｇ／ｍＬ（１００ｕｌ／ウェル）ストレプトアビジンＨＲＰを３７℃で１時間インキュベートした。最後のプレートの洗浄を行い（３回）、その後、１００ｕｌ／ウェルＴＭＢ（ａｂＣａｍ，カタログ番号１７１５２４）を添加した。ＴＭＢを７分間インキュベートし、５０ｕｌ／ウェルの１Ｍ ＨＣｌまたは等価物を添加して反応を停止させた。各ウェルの平均吸光度を、４５０ｎｍで４箇所から測定した。ＩＣ５０の結果を、下記の表７に示す。

Figure 2023521706000039
実施例７－ヒトＡＣＥ２へのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質ＲＢＤの結合を阻害する選択ＰＥＧ化及び非ＰＥＧ化ＣＴＣ－４４５バリアント
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ２ Ｓタンパク質ＲＢＤを、０．５μｇ／ｍＬ（１００ｕｌ／ウェル）で、底面が平らで透明な高結合ポリスチレン９６ウェルプレート（Ｔｈｅｒｍｏ，カタログ番号１５０４１）中で４℃で一晩コーティングした。翌日、アッセイプレートを０．０５％Ｔｗｅｅｎ－ＰＢＳで３回洗浄し、３７℃で１～１．５時間、２％ＢＳＡ／０．０５％Ｔｗｅｅｎ－ＰＢＳでブロックした。以下の表８に示す各選択ＣＴＣバリアントについては４ｕＭ（最終の２倍）から開始し、陽性対照阻害剤（Ａｃｒｏ）については３６０ｎＭ（最終の２倍）から開始して、各試験物質の４倍６回階段希釈液を調製した。全ての試験物質について、最後の２回の濃度を３倍ではなく１０倍に希釈した。加えて、ビオチン－ｈＡＣＥ２の用量反応物を、０．１μｇ／ｍＬ（１．１５ｎＭ）から開始してビオチン－ｈＡＣＥ２の３倍階段希釈を実施することによって調製した。０．１μｇ／ｍＬのビオチン－ｈＡＣＥ２から、０．０６６μｇ／ｍＬ（最終の２倍）の一定濃度物を調製し、試験物質による阻害に使用した。ブロック後、アッセイプレートを洗浄し（３回）、各試験物質希釈液を３０ｕｌ／ウェルで（２ウェルずつ）プレートに添加した後、３０ｕｌ／ウェルのビオチン－ｈＡＣＥ２を添加した（最終０．０３３μｇ／ｍＬ）。試験物質をビオチン－ｈＡＣＥ２と共に３７℃で１時間インキュベートした。その後、プレートを洗浄し（３回）、続いて、０．１μｇ／ｍＬ（１００ｕｌ／ウェル）ストレプトアビジンＨＲＰを３７℃で１時間インキュベートした。最後のプレートの洗浄を行い（３回）、その後、１００ｕｌ／ウェルＴＭＢ（ａｂＣａｍ，カタログ番号１７１５２４）を添加した。ＴＭＢを７分間インキュベートし、５０ｕｌ／ウェルの１Ｍ ＨＣｌまたは等価物を添加して反応を停止させた。各ウェルの平均吸光度を、４５０ｎｍで４箇所から測定した。（注意：ＣＴＣ－６５４及びＣＴＣ－６５５の開始濃度は、実験後に調整し、開始濃度を２ｕＭではなく６ｕＭ超とした。）ＩＣ５０の結果を、下記の表８に示す。
Figure 2023521706000040
実施例８－ヒトＡＣＥ２へのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質ＲＢＤ（及びＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１スパイクタンパク質ＲＢＤ）の結合を阻害する選択ＣＴＣ－４４５バリアント
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ２ Ｓタンパク質受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）（Ａｃｒｏ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ，カタログ番号ＥＰ－１０５）またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１ Ｓタンパク質ＲＢＤ（Ａｃｒｏ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ，カタログ番号ＳＰＤ－Ｓ５２Ｈ６）を、０．５μｇ／ｍＬ（１００ｕｌ／ウェル）で、底面が平らで透明な高結合ポリスチレン９６ウェルプレート（ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒ，カタログ番号１５０４１）中で４℃で一晩コーティングした。翌日、各アッセイプレートを０．０５％Ｔｗｅｅｎ－ＰＢＳで３回洗浄し、３７℃で１～１．５時間、２％ＢＳＡ／０．０５％Ｔｗｅｅｎ－ＰＢＳでブロックした。翌日、最終濃度の２倍の濃度から各試験物質の１２回階段希釈液を調製した。試験物質については、４μＭから開始して３倍階段希釈を実施した。ヒトＡＣＥ２（ＳｉｎｏＢｉｏｌｏｇｉｃａｌ，カタログ番号１０１０８～Ｈ０８Ｂ）については、０．８μＭから開始して３倍階段希釈を行った。加えて、ビオチン－ｈＡＣＥ２の用量反応物を、０．１７４μｇ／ｍＬ（２ｎＭ）から開始して２倍階段希釈を実施することによって調製した。０．１７４μｇ／ｍＬのビオチン－ｈＡＣＥ２から、０．０７μｇ／ｍＬ（０．８ｎＭ、最終の２倍）の一定濃度物を調製し、試験物質による阻害に使用した。ブロック後、各アッセイプレートを洗浄し（３回）、各試験物質希釈液を５０μＬ／ウェル（濃度ごとに単一複製ウェル）でプレートに添加した後、５０μＬ／ウェルのビオチン－ｈＡＣＥ２を添加した（最終０．０３５μｇ／ｍＬ）。試験物質を０．４ｎＭのビオチン－ｈＡＣＥ２と共に３７℃で１時間インキュベートした。その後、各アッセイプレートを洗浄し（３回）、続いて、０．１μｇ／ｍＬ（１００μＬ／ウェル）ストレプトアビジンＨＲＰを３７℃で１時間インキュベートした。最後に、各プレートを洗浄し（３回）、その後、１００μＬ／ウェルＴＭＢ（ａｂＣａｍ，カタログ番号１７１５２４）を添加した。ＴＭＢを７～８分間インキュベートし、５０μＬ／ウェルのＴＭＢ Ｓｔｏｐ Ｓｏｌｕｔｉｏｎ（ａｂＣａｍ，カタログ番号ａｂ１７１５２９）を添加して反応を停止させた。各ウェルの平均吸光度を、４５０ｎｍで４箇所から測定した。
表９に示すように、試験した構築物の全ては、ヒトＡＣＥ２へのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質の結合を阻害した。ＣＴＣ－６５４は、ヒトＡＣＥ２へのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１スパイクタンパク質の結合も阻害した。
Figure 2023521706000041
実施例９－ヒトＡＣＥ２へのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質ＲＢＤの結合を阻害するＣＴＣ－４４５バリアント
ヒトＡＣＥ２へのＳＡＲＳ－Ｃｏｖ－２スパイクタンパク質の結合の阻害に関して、追加のＣＴＣ－４４５バリアントを十分に前述したように評価した。表１０Ａに示すように、試験した構築物は、ヒトＡＣＥ２へのＳＡＲＳ－Ｃｏｖ－２スパイクタンパク質の結合を、３０ｎＭ未満、及びほとんどの場合１５ｎＭ未満のＩＣ５０で阻害した。ＣＴＣ－７０８に関する図１９Ｃも参照されたい。

Figure 2023521706000042
ヒトＡＣＥ２へのＳＡＲＳ－Ｃｏｖ－２スパイクタンパク質の結合の阻害に関して、追加のタンパク質デコイを下記のように評価した。
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質（Ｄ６１４Ｇ）、Ｈｉｓタグ、超安定（Ａｃｒｏ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ，カタログ番号ＳＰＤ－Ｃ５２Ｈ３）を、０．５μｇ／ｍＬ（５０ｕｌ／ウェル）で、底面が平らで白色の高結合ポリスチレン９６ウェルプレート（ＬｕｍｉＮｕｎｃ ＭａｘｉＳｏｒｐ Ｔｈｅｒｍｏ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ，カタログ番号４３７７９６）中で４℃で一晩コーティングした。翌日、各アッセイプレートを０．０５％Ｔｗｅｅｎ－ＰＢＳで４回洗浄し、６００ｒｐｍに設定した振盪装置上で２１℃で１～１．５時間、２％ＢＳＡ／０．０５％Ｔｗｅｅｎ－ＰＢＳでブロックした。最終濃度の２倍の濃度から各試験物質の１２回階段希釈液を調製した。試験物質については、２２０ｎＭから開始して０．１０７ｎＭで終了する２倍階段希釈を実施した。加えて、ビオチン－ｈＡＣＥ２の用量反応物を、６００ｎｇ／ｍＬ（６８．８１ｎＭ、最終の２倍）から開始して０．５８５ｎｇ／ｍｌ（６．７１ｐＭ）で終了する２倍階段希釈を実施することによって調製した。６００ｎｇ／ｍＬのビオチン－ｈＡＣＥ２から、８０ｎｇ／ｍＬ（０．９２ｎＭ、最終の２倍）の一定濃度物を調製し、各試験物質希釈液による阻害に使用した。各試験物質希釈液を９０μＬ／ウェルでＵ底ポリスチレンプレートに添加した後、９０μＬ／ウェルのビオチン－ｈＡＣＥ２を添加し（最終０．４６ｎＭ）、よく混合した。ビオチン－ｈＡＣＥ２用量反応物を等量のアッセイ緩衝液と混合した。ブロック後、各アッセイプレートを洗浄し（４回）、試験物質希釈液を５０μＬ／ウェルで２ウェルずつプレートに添加した。試験物質を０．４６ｎＭのビオチン－ｈＡＣＥ２と共に６００ｒｐｍに設定した振盪装置上で２１℃で１時間インキュベートした。その後、各アッセイプレートを洗浄し（４回）、続いて、ストックから１：１０００希釈で調製したストレプトアビジンＨＲＰ（Ｒ＆Ｄ Ｓｙｓｔｅｍｓ，ＤＹ９９８）を２１℃で１時間インキュベートした。最後に、各プレートを洗浄し（４回）、その後、等量のルミノール及びペルオキシド溶液（ＥＭＤ Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅ，カタログ番号ＥＬＬＵＦ０１００）と事前に混合した７０μＬ／ウェルのＬｕｍｉｎａｔａＦｏｒｔｅ ＥＬＩＳＡ ＨＲＰ化学発光基質を添加した。基質を６００ｒｐｍに設定した振盪装置上で２０～３０分間インキュベートした。各ウェルの平均発光を、Ｔｅｃａｎ Ｉｎｆｉｎｉｔｅ Ｍ１０００マイクロプレートリーダーで４５０ｎｍで４箇所から測定した。各試験物質の最大半数阻害濃度（ＩＣ５０）を、ＧｒａｐｈＰａｄ Ｐｒｉｓｍソフトウエアで１／Ｙ２加重した４パラメータロジスティック（４ＰＬ）回帰モデルを使用して測定した。
Figure 2023521706000043
タンパク質デコイを発現させて、精製し、本明細書に記載するようにＯｃｔｅｔを介して結合について試験した。結果を表１０Ｃに示す。

Figure 2023521706000044
ＣＴＣ－７２６の連続複製バージョンを含む二価ＡＣＥ２タンパク質デコイのＡＣＥ２タンパク質デコイユニット間の最適なアミノ酸リンカー長を決定するために、１０アミノ酸、２０アミノ酸、３０アミノ酸、５０アミノ酸、及び６０アミノ酸ＧＳリンカーを使用して、２つのデコイユニットを連結させた。ＩＣ５０を上述したように決定した。タンパク質デコイを発現させて、精製し、本明細書に記載するようにＯｃｔｅｔを介して結合について試験し、約１ｎＭの推定Ｋｄを有すると決定した。

Figure 2023521706000045
実施例１０－分子量に対するＣＴＣ－４４５バリアントの効力。
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ／ＲＢＤへの結合に関するＣＴＣ－４４５バリアントのＩＣ５０値を、０．０３３ｎＭのビオチン化可溶性ｈＡＣＥ２の存在下でＥＬＩＳＡによって測定した。ＲＢＤに結合したｈＡＣＥ２を、ストレプトアビジンＨＲＰで処理し、４５０ｎｍでの吸光度を測定することによって定量化した。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ２ Ｓタンパク質ＲＢＤ（Ａｃｒｏ，カタログ番号ＥＰ－１０５）を、０．５μｇ／ｍＬ（１００μＬ／ウェル）で、底面が平らで透明な高結合ポリスチレン９６ウェルプレート（Ｔｈｅｒｍｏ，カタログ番号１５０４１）中で４℃で一晩コーティングした。翌日、各アッセイプレートを０．０５％Ｔｗｅｅｎ－ＰＢＳで３回洗浄し、３７℃で１～１．５時間、２％ＢＳＡ／０．０５％Ｔｗｅｅｎ－ＰＢＳでブロックした。翌日、２μＭ（最終の２倍）から開始して、各試験物質の１１回４倍階段希釈液を調製した。加えて、ビオチン－ｈＡＣＥ２の用量反応物を、０．１７４μｇ／ｍＬ（２ｎＭ）から開始して２倍階段希釈を実施することによって調製した。０．１７４μｇ／ｍＬのビオチン－ｈＡＣＥ２から、０．０７μｇ／ｍＬ（０．８ｎＭ、最終の２倍）の一定濃度物を調製し、試験物質による阻害に使用した。ブロック後、各アッセイプレートを洗浄し（３回）、各試験物質希釈液を５０μＬ／ウェル（濃度ごとに単一複製ウェル）でプレートに添加した後、５０μＬ／ウェルのビオチン－ｈＡＣＥ２を添加した（最終０．０３５μｇ／ｍＬ）。試験物質を０．４ｎＭのビオチン－ｈＡＣＥ２と共に３７℃で１時間インキュベートした。その後、各アッセイプレートを洗浄し（３回）、続いて、０．１μｇ／ｍＬ（１００μＬ／ウェル）ストレプトアビジンＨＲＰを３７℃で１時間インキュベートした。最後に、各プレートを洗浄し（３回）、その後、１００μｌ／ウェルＴＭＢ（ａｂＣａｍ，カタログ番号１７１５２４）を添加した。ＴＭＢを７～８分間インキュベートし、５０μＬ／ウェルのＴＭＢ Ｓｔｏｐ Ｓｏｌｕｔｉｏｎ（ａｂＣａｍ，カタログ番号ａｂ１７１５２９）を添加して反応を停止させた。各ウェルの平均吸光度を、４５０ｎｍで４箇所から測定した。結果を図１１に示す。
実施例１１－ＶＳＶ－ｌｕｃシュードウイルス中和
ホタルルシフェラーゼ遺伝子を有し、Ｗｕｈａｎ－１ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２分離株（ＧｅｎＢａｎｋ：ＱＨＤ４３４１６．１）由来のスパイクタンパク質を発現する非複製ＶＳＶシュードウイルスを使用して、中和活性を判定した。中和アッセイは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２／ＶＳＶ－Ｌｕｃ（シュードウイルスの表面上でＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質の完全外部ドメインを発現する）またはＶＳＶｇ／ＶＳＶ－Ｌｕｃ（ＶＳＶｇを発現する）のいずれかを用いて実施した。前日にハイグロマイシン（１００μｇ／ｍＬ）の存在下で３万個の２９３Ｔ－ＡＣＥ２細胞を白色プレートに接種した。中和アッセイの当日、シュードウイルスを含む２５μＬの培地を、異なるプレートで試験品の２５μＬ階段希釈液と混合し、次いで、３７℃で１時間インキュベートした。シュードウイルス及び試験品の希釈は、５％熱不活化ウシ胎児血清（ＤＭＥＭ５）を含むＤＭＥＭ培地で行った。６０分間のインキュベーション後、試験品／シュードウイルス混合物を、２９３Ｔ－ＡＣＥ２細胞に添加した。２４時間感染させた。ホタルルシフェラーゼ活性を、Ｂｒｉｔｅｌｉｔｅレポーター遺伝子アッセイ（Ｐｅｒｋｉｎ Ｅｌｍｅｒ）を使用して２４時間モニタリングした。
試験品を、連続３倍希釈を使用して２回ずつ評価した。対照は、スパイクタンパク質を欠くＶＳＶシュードウイルス（ＮｏＥｎｖ／ＶＳＶ－Ｌｕｃ）、ＶＳＶｇを有するシュードウイルス（ＶＳＶｇ／ＶＳＶ－Ｌｕｃ）に感染した細胞、または感染していない細胞（「模擬感染」）を含んでいた。シュードウイルス感染細胞を、試験品または溶媒単独（ＤＭＥＭ５）と共にインキュベートした。いくつかのウェルは、ＣＯＶＩＤ－１９（ＣＯＶ＋）から回復した回復期患者の血漿の希釈液と、または対照プラズマ（ＣＯＶ－）と共にインキュベートしたシュードウイルスによって攻撃された細胞を含んでいた。ＣＯＶ＋から血液を採取する前に、この患者はＲＴ－ＰＣＲによってＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に感染していることが確認されており、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイク（Ｓ）に対するＩｇＧの存在についても、ラテラルフロー抗体試験によって評価した。ＣＯＶ－血漿は、Ｓ抗体に対してＰＣＲ陰性及びＩｇＧ陰性のものから誘導した。
模擬感染細胞の平均ＲＬＵ値を、全ての値から差し引いた（「模擬減算値」）。溶媒の存在下で感染したサンプルの平均ＲＬＵ値を得た。データポイントごとに、模擬値を差し引いた後、その値を、溶媒単体の存在下の感染細胞の平均値で除算し、続いて、１００を乗算して、溶媒単独とのサンプルに対して正規化した感染性パーセント値を得た。２回の標準偏差と共に濃度ごとの平均感染性パーセントを、生成された２回の値から得た。
ＧｒａｐｈＰａｄ Ｐｒｉｓｍを用いて、５０％阻害濃度（ＩＣ５０）を決定した。ＩＣ５０を、試験品の不在下でシュードウイルスに感染した細胞での値と比較して、相対発光量（ＲＬＵ）が５０％減少した試験品の濃度として定義した。細胞生死判別アッセイ（右）を並行して行った。ＣＴＣ－４４５．２及びＣＴＣ－４４５．２ｄ（図１２Ａ～Ｂ）ならびにＣＴＣ－４４５．２ｄ及びＣＴＣ－４４５．３ｄ（図２１Ａ～Ｃ）を使用してアッセイを実施した。ＣＴＣ－４４５．２、ＣＴＣ－４４５．２ｄ、及びＣＴＣ－４４５．３ｄは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２を発現するＶＳＶシュードウイルスを中和した。ＶＳＶｇを発現するＨＥＫ２９３Ｔ細胞におけるシュードウイルス感染のＣＴＣ－４４５．２ｄ及びＣＴＣ－４４５．３ｄによる阻害は観察されず、検出可能なＨＥＫ２９３細胞生存率の減少はなく、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＲＢＤに対する特異性が実証された。
実施例１２－デノボデコイの薬物動態
８週齡のＢａｌｂ／ｃマウス（Ｃｈａｒｌｅｓ Ｒｉｖｅｒ）をイソフルランで麻酔し、３０μＬのＣＴＣ－４４５．２ｄを鼻腔内投与した。指定の時間にマウスを安楽死させ全血及び肺を単離した。全血を遠心分離にかけ、別々のチューブにピペットで分注することによって血漿を細胞から分離し、その後凍結した。Ｐｒｅｃｅｌｌｙｓ組織ホモジナイザー（Ｂｅｒｔｉｎ）を使用して、組織の機械的破壊、それに続くプロテアーゼ／ホスファターゼ阻害剤カクテル（ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒ）を含んでいるＴ－ＰＥＲ組織溶解緩衝液（ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒ）による溶解によって、肺溶解物を調製した。溶解物を、遠心分離によって清澄化し、分析のために凍結した。標準的な９６ウェルＭＳＤ（Ｌ１５ＸＡ）プレートを、０．５μｇ／ｍＬのタグなしＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質ＲＢＤ（Ｓｉｎｏ，４０５９２－ＶＮＡＨ）の５０μＬで４℃で一晩、事前にコーティングし、密封した。キャプチャー試薬の希釈液を、ＰＢＳで調製した。翌日、アッセイプレートを０．０５％Ｔｗｅｅｎ－ＰＢＳで洗浄し（６回）、室温で最低２時間、１５０μＬ／ウェルＭＳＤ遮断剤Ａ（５％タンパク質－ＰＢＳ溶液）でブロックした。インキュベーション期間中ずっと、プレート振盪を実施した。ブロックインキュベーション中、未処置の肺溶解物または未処置の血漿のいずれかで１０，０００ｎｇ／ｍＬでＣＴＣ－４４５．２ｄの４倍階段希釈を実施することによって標準曲線を作成した。アッセイプレートへの添加の前に、各サンプル及び標準物質をアッセイ希釈緩衝液（０．５％ＭＳＤ遮断剤Ａ）中に５倍（ＭＲＤ＝５）に希釈した。さらに、サンプルを別々のウェルで１０倍に希釈した。ブロック後、アッセイプレートを洗浄し（６回）、５０μＬ／ウェルの各サンプルまたは標準物質希釈液を添加した。アッセイプレートを、プレートを振盪させながら室温でさらに１時間インキュベートし、その後、洗浄した（６回）。検出には１段階検出法を使用した。１段階検出と共に、ウサギ抗Ｈｉｓ ｍＡｂ（ＲｅｖＭａｂ，３１－１０４８－００）及びＳＵＬＦＯＴＡＧヤギ抗ウサギＩｇＧ（Ｈ＋Ｌ）ｐＡｂ（ＭＳＤ，Ｒ３２ＡＢ）をそれぞれ１μｇ／ｍＬで１時間混合し、その後、５０μＬ／ウェルでアッセイプレートに添加した。最後の洗浄後、１５０μＬ／ウェルのＭＳＤ Ｇｏｌｄ Ｒｅａｄ Ｂｕｆｆｅｒを添加し、ＭＳＤ Ｑｕｉｃｋｐｌｅｘ ＳＱ１２０で発光を測定した。標準曲線に基づいて、発光を濃度に変換した。図１３は、鼻腔内投与後の、マウス肺（上）及び血漿（下）におけるＣＴＣ－４４５．２ｄのバイオアベイラビリティを示している。肺溶解物及び血漿におけるタンパク質濃度を、Ｍｅｓｏ Ｓｃａｌｅ Ｄｉｓｃｏｖｅｒｙプラットフォームを使用して定量化した。結果は、肺においてＣＴＣ－４４５．２ｄの完全な機能性が２４時間以上にわたって高度に維持されることを示した。鼻腔内投与経路を使用したのにもかかわらず、ＣＴＣ－４４５．２ｄが血中で観察され、鼻腔内送達がタンパク質へのある程度の全身曝露も可能にする可能性が高まった。
実施例１３ ＡＣＥ２機能アッセイ。
ＡＣＥ２酵素活性の阻害を、ＡＣＥ２ Ｉｎｈｉｂｉｔｏｒ Ｓｃｒｅｅｎｉｎｇ Ｋｉｔ（Ｐｒｏｍｏｃｅｌｌ，Ｈｅｉｄｅｌｂｅｒｇ，Ｇｅｒｍａｎｙ）を使用して実施した。５０μＬのＡＣＥ２酵素溶液を、９６ウェル白色壁プレート（Ｃｏｒｎｉｎｇ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ）の各ウェルに添加した。試験用サンプルを、８段階の１～４階段希釈によって、最高濃度の所与のアッセイ緩衝液で２０μＭに希釈した。ＤＸ６００をＡＣＥ２阻害剤陽性対照として使用した。１０μＬの希釈したサンプルをＡＣＥ２酵素溶液に添加し、室温で１５分間インキュベートした。その後、４０μＬのＡＣＥ２基質混合物を各ウェルに添加した。１５分後、３２０ｎｍ励起フィルター及び４２０発光フィルターを備えたＩｎｆｉｎｉｔｅ Ｍ１０００プレートリーダー（Ｔｅｃａｎ Ｍａｎｎｅｄｏｒｆ，Ｓｗｉｔｚｅｒｌａｎｄ）で蛍光を測定した。蛍光値を陰性対照を使用して正規化した。図１４は、Ｍｃａ－ＡＰＫ（ＤＮＰ）基質からの遊離蛍光体の酵素的放出によって測定したＡＣＥ２機能的活性を示している。陽性対照としてＤＸ６００ペプチドを使用してＡＣＥ２阻害を示した。このアッセイは、デノボ設計タンパク質がＡＣＥ２の機能的活性に大きな影響を与えないことを示している。
実施例１４ ＳＡＲＳ－１結合。
ＣＴＣ－４４５．２及びＣＴＣ－４４５．２ｄのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１ＲＢＤへの結合反応速度を、本明細書に記載するようにＯｃｔｅｔによって測定した。ＣＴＣ－４４５．２（左）及びＣＴＣ－４４５．２ｄ（右）をＡｎｔｉ－Ｐｅｎｔａ＿ＨＩＳセンサーに固定されたＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１ Ｓ ＲＢＤと共にインキュベートし、様々な濃度のＣＴＣ－４４５．２（１２３～１００００ｎＭ；左）及びＣＴＣ－４４５．２ｄ（８２～６６６７ｎＭ；右）をインキュベートした。前述したように、結果を、ＣＴＣ－４４５．２（Ｋｄ＝３８６４ｎＭ、ｋｏｎ＝１．０×１０５Ｍ－１ｓ－１、ｋｏｆｆ＝３．９×１０－１ｓ－１）及びＣＴＣ－４４５．２ｄ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１ Ｓ ＲＢＤ（Ｋｄ＝１２８０ｎＭ、ｋｏｎ＝３．７×１０５Ｍ－１ｓ－１、ｋｏｆｆ＝４．７×１０－１ｓ－１）について全体的に適合させた。図１５及び表１１を参照されたい。
Figure 2023521706000046
実施例１５－ＣＴＣ－４４５．２のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ＲＢＤ変異体への結合反応速度。
５個のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤ変異体をＡｎｔｉ－Ｐｅｎｔａ－Ｈｉｓセンサーを介して固定し、溶液でＣＴＣ－４４５．２を滴定した。ＲＢＤ変異体ごとにデータを１：１モデルに全体的に適合させた。図１６は、ＣＴＣ－４４５．２が各変異体に結合することを示している。
実施例１６－細胞保護作用アッセイ
ＰＢＳ中の試験化合物は５０μｇ／ｍＬゲンタマイシン及び２％ＦＢＳを含むＭＥＭ溶液中で８つの濃度で調製した。試験材料ＣＴＣ－６４０及びＣＴＣ－６４１を、５０μＭの高試験濃度及び７連続３倍希釈を使用して評価した。ＣＴＣ－６５５を、１０μＭの高試験濃度及び７連続３倍希釈を使用して評価した。残りの試験物質を、２０μＭの高試験濃度及び７連続３倍希釈を使用して評価した。有効性向けに３ウェルずつ、細胞毒性作用向けに２ウェルずつ、各濃度の１００マイクロリットルを添加した。各希釈液を、８０～１００％コンフルエントなＶｅｒｏ７６細胞（ウェルあたり３×１０４個の細胞）を含む９６ウェルプレートの５ウェルに添加し、３７℃／５％ＣＯ２で２時間インキュベートした。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ウイルス（ＵＳＡ－ＷＡ１／２０２０株）を、４日で８０％を超える細胞変性効果（ＣＰＥ）をもたらすであろう可能な限り低い感染多重度（ＭＯＩ；０．００２）を達成するように調製した。各希釈液の３つのウェルをウイルスに感染させ、２つのウェルを毒性対照として未感染のままにした。未処置のウイルス対照ウェルが４日間の感染の後に最大細胞変性効果（ＣＰＥ）に到達した後、プレートを中性赤色染料で約２時間染色し、次いで、上澄液染料を取り除き、取り込まれた染料を５０：５０Ｓｏｒｅｎｓｅｎクエン酸緩衝液／エタノールに抽出し、分光光度計で読み取りを行った。細胞及びウイルス対照に基づいてＯＤ値を正規化し、続いて、ＥＣ５０（５０％有効濃度）及びＴＣ５０（５０％毒性濃度）を、回帰分析によって計算した。結果を表１２に示す。
Figure 2023521706000047
実施例１７－融合タンパク質
ＣＴＣ－７０２を、ＩｇＧ１ ＦｃドメインのＣ末端に融合させた。融合タンパク質を発現させて、精製し、本明細書に記載するようにＯｃｔｅｔを介して結合について試験した。１：１結合モデルを使用して結果を全体的に適合させた（Ｋｄ＝０．５４ｎＭ）。融合体は、ＣＴＣ－６５４及びＣＴＣ－７２５と同等の結合及びＩＣ５０を示した。
融合タンパク質の配列は、配列番号２４７に示す通りである。
ＭＧＷＳＣＩＩＬＦＬＶＡＴＡＴＧＶＨＳＥＰＫＳＣＤＫＴＨＴＣＰＰＣＰＡＰＥＬＬＧＧＰＳＶＦＬＦＰＰＫＰＫＤＴＬＭＩＳＲＴＰＥＶＴＣＶＶＶＤＶＳＨＥＤＰＥＶＫＦＮＷＹＶＤＧＶＥＶＨＮＡＫＴＫＰＲＥＥＱＹＮＳＴＹＲＶＶＳＶＬＴＶＬＨＱＤＷＬＮＧＫＥＹＫＣＫＶＳＮＫＡＬＰＡＰＩＥＫＴＩＳＫＡＫＧＱＰＲＥＰＱＶＹＴＬＰＰＳＲＤＥＬＴＫＮＱＶＳＬＴＣＬＶＫＧＦＹＰＳＤＩＡＶＥＷＥＳＮＧＱＰＥＮＮＹＫＴＴＰＰＶＬＤＳＤＧＳＦＦＬＹＳＫＬＴＶＤＫＳＲＷＱＱＧＮＶＦＳＣＳＶＭＨＥＡＬＨＮＨＹＴＱＫＳＬＳＬＳＰＧＫＧＧＳＧＧＧＳＧＰＧＳＶＥＩＤＬＧＫＧＤＦＲＥＩＲＡＳＥＤＡＲＥＡＡＥＡＬＡＥＡＡＲＡＭＫＥＡＬＥＩＬＲＥＩＡＥＫＬＲＤＳＳＲＡＳＥＡＡＫＲＩＡＫＡＩＲＫＡＡＤＡＩＡＥＡＡＫＩＡＡＲＡＡＫＤＧＤＡＡＲＮＡＥＮＡＡＲＫＡＫＥＦＡＥＥＱＡＫＬＡＤＭＹＡＥＬＡＫＮＧＤＫＳＳＶＬＥＱＬＫＴＦＡＤＫＡＦＨＥＭＥＤＬＦＹＱＡＡＬＡＶＦＥＡＡＥＡＡＡＧ（配列番号２４７）
次に、ＣＴＣ－７０２を、１つのＩｇＧ１ ＦｃドメインのＣ末端及び別のＩｇＧ１ ＦｃドメインのＮ末端に融合させた。融合タンパク質を発現させて、精製し、本明細書に記載するようにＯｃｔｅｔを介して結合について試験した。融合体は、非融合タンパク質デコイと同等の結合を示した。
実施例１８－エラープローンＰＣＲ及び酵母ディスプレイＦＡＣＳを使用したＣＴＣ－４４５の最適化
標準的なプロトコルに従って、ＧｅｎｅＭｏｒｐｈ ＩＩ Ｒａｎｄｏｍ Ｍｕｔａｇｅｎｅｓｉｓ Ｋｉｔ（Ａｇｉｌｅｎｔ）を使用してＣＴＣ－４４５をコードする遺伝子のエラープローンＰＣＲ（ｅｐＰＣＲ）を実施した。より高い及びより低いエラー率のプールを得るために、１０ｎｇ及び１ｎｇのＣＴＣ－４４５をコードする遺伝子を最初の標的ＤＮＡとして使用して、２つの別々のＰＣＲ反応を実施した。アニーリング温度５５℃、３０サイクルの増幅をＰＣＲに使用した。両方のＰＣＲの生成物を組み合わせて、エタノール沈殿によって精製した。電気穿孔法によって、以前に説明されているプロトコル（Ｂｅｎａｔｕｉｌ，Ｌ．，Ｐｅｒｅｚ，Ｊ．Ｍ．，Ｂｅｌｋ，Ｊ．＆Ｈｓｉｅｈ，Ｃ．－Ｍ．Ａｎ ｉｍｐｒｏｖｅｄ ｙｅａｓｔ ｔｒａｎｓｆｏｒｍａｔｉｏｎ ｍｅｔｈｏｄ ｆｏｒ ｔｈｅ ｇｅｎｅｒａｔｉｏｎ ｏｆ ｖｅｒｙ ｌａｒｇｅ ｈｕｍａｎ ａｎｔｉｂｏｄｙ ｌｉｂｒａｒｉｅｓ．Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｅｎｇ．Ｄｅｓ．Ｓｅｌ．ＰＥＤＳ ２３，１５５－１５９（２０１０））を使用して、１２μｇのＣＴＣ－４４５ ｅｐＰＣＲ ＤＮＡを、４μｇの線状化したｐＥＴｃｏｎ３ベクター（ＮｄｅＩ及びＸｈｏＩ制限酵素を用いて設計され、ゲル抽出によって精製された）と共に、条件付けしたＳａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ株ＥＢＹ１００細胞に形質転換した。これらの遺伝子は、相同組換えにより、ベクター上のＮｄｅＩ部位とＸｈｏＩ部位との間のフレームにこれらの遺伝子が配置されるように５’末端及び３’末端の両方でベクターと重複する６０塩基を含んでいた。形質転換効率は、２×１０６個の形質転換体であった。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２への結合を向上し、プロテアーゼに対する安定性を向上させる突然変異体を識別するために、蛍光活性化細胞選別（ＦＡＣＳ）を使用して、ＣＴＣ－４４５ ｅｐＰＣＲのライブラリに対して細胞選別を数ラウンド実施した。酵母を、Ｃ－Ｔｒｐ－Ｕｒａｓｅｌｅｃｔｉｖｅ培地で増殖させ、その後、ＳＧＣＡＡ培地で１２～１８時間誘導した。細胞を、ＰＢＳＦ（５０ｍＭ ＮａＰＯ４、１５０ｍＭ ＮａＣｌ、ｐＨ７．４）で希釈した様々な濃度のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤ ｍＦｃと共にインキュベートし、選別のラウンドごとにＲＢＤ濃度を、２００ｎＭ（ラウンド１、１０８細胞を選別）、１０ｎＭ（ラウンド２、１０７細胞を選別）、１ｎＭ（ラウンド３、１０６細胞を選別）、１００ｐＭ（ラウンド４、１０６細胞を選別）、ならびに１０ｐＭ及び１ｐＭ（ラウンド５、１０６細胞を選別）のように低下させた。このインキュベーションは氷上で３０分間行い、その後、冷却したＰＢＳＦで洗浄した。選別のラウンド４及び５で、ｋｏｆｆを向上させるために追加の選択物をこの段階で追加し、この際、１ｍｌのＰＢＳＦ緩衝液中で細胞を３７℃で１時間インキュベートした。細胞を冷却したＰＢＳＦ緩衝液で再度洗浄した。最後に、細胞をＦＩＴＣ複合体化ニワトリ抗ｃＭｙｃ抗体（ＩＣＬ）及びフィコエリトリン複合体化ヤギ抗ｍＦｃ抗体（Ｊａｃｋｓｏｎ ＩｍｍｕｎｏＲｅｓｅａｒｃｈ）と共に、３×１０６個の細胞あたり１μｌで、氷上で１０分間インキュベートし、冷却したＰＢＳＦ緩衝液で再度洗浄した。選別はＳｏｎｙ ＳＨ８００装置を用いて実施し、ラウンドごとにそれらのＰＥ／ＦＩＴＣ蛍光比によって表示される亜集団の上位５％を選択した。ラウンド２から開始して、一次標識の前に、細胞をＴＢＳ緩衝液（２５ｍｍ Ｔｒｉｓ－ＨＣｌ、１５０ｍＭ ＮａＣｌ、ｐＨ８．０）中のトリプシン（１２．５μｇ／ｍＬ）及びキモトリプシン（５μｇ／ｍＬ）の混合物を用いて室温で５分間前処理した。大過剰量の氷冷ＴＢＳＦ１％（２５ｍＭ Ｔｒｉｓ－ＨＣｌ、１５０ｍＭ ＮａＣｌ、１％重量／体積ＢＳＡ、ｐＨ８．０）を添加することによってこの反応を停止し、ＴＢＳＦ１％でさらに４回細胞を洗浄した。ラウンド１から開始して、選択した細胞をＳＤＣＡＡ寒天プレートに播種し、ラウンドごとに約２０コロニーを採取し、ＰＣＲによって増幅し、Ｓａｎｇｅｒシーケンシング（Ｇｅｎｅｗｉｚ）によって配列決定して、ＦＡＣＳの各ラウンドで選択される突然変異体を特定した。（Ｃｈａｏ，Ｇ．ｅｔ ａｌ．Ｉｓｏｌａｔｉｎｇ ａｎｄ ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ ｈｕｍａｎ ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ ｕｓｉｎｇ ｙｅａｓｔ ｓｕｒｆａｃｅ ｄｉｓｐｌａｙ．Ｎａｔ．Ｐｒｏｔｏｃ．１，７５５－７６８（２００６））。ＣＴＣ－４４５．０１～ＣＴＣ－４４５．６８として特定した配列は、エラープローンＰＣＲ及び酵母ディスプレイＦＡＣＳを使用して特定した。コロナウイルススパイクタンパク質への結合を実質的に妨げないＡＣＥ２タンパク質デコイの置換を特定するために、当業者はこの結果を用いることができる。
実施例１９－総合的ヒトプロテオーム結合アッセイを使用して評価したＣＴＣ４４５．２ｄの結合特異性。
Ａｌｅｘａ－６４７で化学的に標識した１μｇ／ｍＬ（＝３０ｎＭ）のＣＴＣ４４５．２ｄを、タンパク質間相互作用アッセイに使用した。２１，２１８個のタンパク質及びタンパク質アイソフォーム（Ｓタンパク質ＲＢＤを含む）を含むバーコードを有するＨｕＰｒｏｔ（商標）アレイ（ＣＤＩ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ，Ｂａｌｔｉｍｏｒｅ，ＭＤ）を、タンパク質サンプルと共に１時間インキュベートした。プロービング後、アレイを洗浄し、データ収集向けに画像を撮影した。ＣＤＩソフトウエアを使用して、アレイ上の特定のタンパク質に対する個々のサンプルの結合プロファイルをＺスコアに基づいて定量化した。Ｚスコアは、所与のタンパク質の重複スポットの平均Ｚスコアを使用して計算した（各タンパク質はＨｕＰｒｏｔ（商標）アレイで２回ずつプリントされる）。所与のアレイの各スポットのＺスコアは、式Ｚ＝［Ｆ６３５－Ｆ６３５（ａｖｇ）］／Ｆ６３５（ｓｔｄ）によって計算され、式中、Ｆ６３５は、検出チャネル（６３５ｎｍ）における所与のタンパク質の２つの重複スポットの平均フォアグランド信号強度であり；Ｂ６３５は、検出チャネルにおける所与のタンパク質の２つの重複スポットの平均バックグラウンド信号強度であり；かつＦ６３５（ａｖｇ）及びＦ６３５（ｓｔｄ）は、アレイの全てのスポットのＦ６３５値の、それぞれ平均偏差及び標準偏差である。Ｓスコアは、所与のタンパク質のＺスコアと、その後ランク付けされたものとの差である。最高ヒットのＳスコアが、次のヒットから３を超える場合、試験タンパク質は、そのヒットに対して高度に特異的であると見なされる。
表１３に、Ｚスコアが１０を超える全てのヒットを示す。ＣＴＣ４４５．２ｄは、最高Ｚスコア８８．６に相当する蛍光値６５，５３５でＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤへの特異的結合を示している。次に高い結合遺伝子であるＱＤＰＲのＳスコアは２７．６であり、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の目的の標的ＲＢＤに高度に特異的結合することを示している。固定されたＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤ－ｈｉｓ、ＱＤＰＲ－ｈｉｓ、及びＣＬＥＣ１０Ａ－ｈｉｓへのＣＴＣ４４５．２ｄの結合を、バイオレイヤー干渉測定によって試験した。ＱＤＰＲ及びＣＬＥＣ１０Ａへの結合は、試験したＣＴＣ－４４５．２ｄのいずれの濃度（１０μＭ、５μＭ及び１μＭ）（データは示さず）でも検出されなかった。
Figure 2023521706000048
実施例２０－結合選択後の突然変異の位置的可能性
いくつかの異なる濃度（６．２５ｐＭ、３．１２５ｐＭ、及び１．５６２５ｐＭ）のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤタンパク質への結合について、ＣＴＣ４４５．２の飽和突然変異誘発ライブラリで酵母ディスプレイによってディープ突然変異スキャニングを実施した。ディープシーケンシングを使用して、各突然変異の濃縮値を計算し、３つの濃度の値を平均した。次に濃縮値を、各位置における各突然変異の位置可能性スコアに変換し、ロゴメイカー［参照：ｈｔｔｐｓ：／／ｗｗｗ．ｂｉｏｒｘｉｖ．ｏｒｇ／ｃｏｎｔｅｎｔ／１０．１１０１／６３５０２９ｖ１］を使用して配列ロゴとしてプロットした。文字はそれらの可能性にしたがって、最も高い可能性（上）から低い可能性（下）の順に並べられている。ＣＴＣ４４５．２のネイティブ配列は、黒色で陰影がつけられている。ＡＣＥ２タンパク質デコイの様々な位置における好ましい置換及び好ましくない置換の選択を導くために、当業者はこの結果を用いることができる。図２０Ａ～Ｃを参照されたい。
実施例２１－デノボＡＣＥ２タンパク質デコイの例示的な臨床試験設計
デノボＡＣＥ２タンパク質デコイの臨床設計は、安全性プロファイル、推奨される用量及びスケジュール、ならびにデノボＡＣＥ２タンパク質デコイの臨床効果を特定するように設計される。投与経路は、噴霧化されたデノボＡＣＥ２タンパク質デコイの吸入による気道（鼻咽頭及び肺を含む）への局所投与、及び／または静脈内全身投与である。ある研究では、患者集団は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２による臨床的疾病率または死亡率のリスクが高いＣＯＶＩＤ－１９患者、例えば、入院しており、かつ低酸素症のために酸素補給が必要な患者である。この試験では、陽圧換気を必要とする患者の募集を行わない場合がある。試験は、２パートで行われる。第１のパートは、入院中の低酸素ＣＯＶＩＤ－１９患者におけるデノボＡＣＥ２タンパク質デコイの安全性を調査し、推奨されるパート２での用量及びスケジュール（ＲＰ２ＤＳ）を特定することを目的とした用量漸増試験である。第２のパートは、ＲＰ２ＤＳで投与した際の入院中の低酸素ＣＯＶＩＤ－１９患者におけるデノボＡＣＥ２タンパク質デコイの臨床効果を調査することを目的としたコホート拡大試験である。評価項目には、例えば、生存期間、陽圧換気の必要性、回復及び／または退院までの時間、ならびに臨床的安全性プロファイルが含まれる。あるいは、患者集団はコロナウイルス感染のリスクがある個人である場合があり、かつ投与は予防的なものである場合がある。別の試験では、患者集団はＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に曝露するリスクがある健康対象または最近ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に曝露された健康対象である。
実施例２２：考察
２０１９年１２月の出現と同時に世界的なパンデミックとなり、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２は数百万人のＣＯＶＩＤ－１９症例を引き起こした。この疾患を予防及び治療するための効果的な戦略の必要性は、依然として満たされておらず、緊急を要している。様々なアプローチを使用する予防薬及び治療薬を開発する複数の取り組みが進行している。課題は、一本鎖陽方向鎖ＲＮＡ（＋ｓｓＲＮＡ）ウイルス（８～１０）の高突然変異率が、しばしばウイルスエスケープにつながる場合があり、開発中の多くのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２治療薬の有効性を損なう可能性があることである。感染した集団におけるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のスパイク（Ｓ）タンパク質のいくつかの突然変異が既に発生している。受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）のディープシーケンシング研究により、単純な突然変異によって、ウイルスは既知の中和抗体から逃げることができることが明らかとなっている。したがって、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２突然変異エスケープに対抗することができる新規治療薬を開発する差し迫った必要性が存在する。
ウイルスと戦う従来のアプローチ（例えば、ワクチン接種及びモノクローナル抗体）は、究極的には病原体と相互作用する分子に依存しており、これは、見方によれば病原体が細胞標的と結合する方法とは根本的に異なっている。ウイルスは、このような構造上の不一致を利用して中和から免れ、ウイルスの適応度を維持しながら中和分子（例えば、抗体）による認識を妨げるようにタンパク質の形を変えることができる。これらの課題に対処するために、本発明者らは、細胞に感染するためにウイルスが結合するタンパク質受容体界面を複製及び安定化させる超安定なデノボタンパク質「デコイ」の迅速かつ正確な設計を可能にするコンピュータタンパク質設計戦略を開発した。デコイは、結合界面の安定化に寄与することから、元のタンパク質受容体と同等またはそれ以上の親和性を達成することができる。したがって、十分に高い濃度で、細胞との相互作用で打ち勝つことによってウイルスを中和するためにデコイを使用することができる。
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２は、２段階のプロセスで宿主細胞に侵入する。まず、膜関連タンパク質であるｈＡＣＥ２に結合することによって細胞に自身のＳタンパク質ＲＢＤを結合させ、エンドサイトーシスを引き起こす。続いて、ウイルスは、プロテアーゼ切断媒介融合ペプチドを介してエンドソームから逃れる。このプロセスは、細胞への侵入にｈＡＣＥ２を標的とするベータコロナウイルスＨＣｏＶ－ＮＬ６３及びＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１と類似している。基本的には、ウイルスとｈＡＣＥ２との相互作用を阻害することで感染は防止されるはずである。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２を中和するデノボｈＡＣＥ２デコイを設計、検証及び最適化するために設計戦略を適用した。
デノボＡＣＥ２デコイの約３５，０００個の理にかなったコンピュータモデルを設計した。酵母ディスプレイを使用することにより、上位にランクした１９６の設計を、結合に関して個別に試験した。素晴らしいことに、設計の１つであるＣＴＣ－４４５は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤに対して強力／ナノモルかつ特異的な結合を酵母ディスプレイで示した。溶液中で、ＣＴＣ－４４５は、１８個の天然アミノ酸（システインまたはトリプトファン残基を含まない）を含む１６０ａ．ａ．のタンパク質であり、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に対する結合親和性（ＫＤ約３５７ｎＭ）が、ｈＡＣＥ２よりも（ＫＤ＝３１ｎＭ、ＩＣ５０ ＠ ＡＣＥ２［０．４ｎＭ］＝１０．９ｎＭ）弱く、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１に対する交差反応性が弱い（Ｋｄ約５５μＭ）ことを示した。結果として、ＣＴＣ－４４５は、ｈＡＣＥ２に結合するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤの弱い競合相手である（ＩＣ５０ ＠ ＡＣＥ２［０．４ｎＭ］＝１．７μＭ、図１Ｉ）。ＣＴＣ－４４５の低結合親和性及び効力は、そのフォールディング形態の不安定化をまねく可能性がある（ΔＧＮＩ約－２．７ｋｃａｌｍｏｌ－１、Ｔｍ＝約７５．３℃）。指向性進化の１回のラウンド及び次の最も頻繁に観察される５つの安定化及び親和性改善型突然変異（いずれかも結合界面に存在しない）の合理的な組み合わせにより、デノボタンパク質デコイＣＴＣ－４４５．２が導き出された。ＣＴＣ－４４５．２は、主に単量体であり、熱力学的に超安定であり（ΔＧＮＩ約－５．０ｋｃａｌｍｏｌ－１、Ｔｍ約９３℃）、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＲＢＤに対して低ナノモル親和性を示し（ＫＤ約２１．０ｎＭ）、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１に対する交差反応性が高く（ＫＤ約７．１μＭ）、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤへの結合をｈＡＣＥ２と効果的に競合できる（ＩＣ５０ ＠ ＡＣＥ２［０．４ｎＭ］約１０．４ｎＭ）。ＣＴＣ－４４５．２の配列は、ｈＡＣＥ２と有意な同一性がない（線形配列アラインメントまたは構造配列アラインメントの点において、それぞれ、ＣｌｕｓｔａｌＷ約２２％、ＭＩＣＡＮ約３４％、図Ｓ９）。ＣＴＣ－４４５．２の連続複製（すなわち、結合活性の強化）により、好ましい生化学的特性を有する高効力分子を導き出した。例えば、ＣＴＣ－４４５．２の二価バージョンであるＣＴＣ－４４５．２ｄ（図２Ａ）は、結合親和性が約１０倍、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤに対して（ＫＤ約３．５ｎＭ）、及びＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１ ＲＢＤに対して（ＫＤ約５８７ｎＭ）向上し、及びＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤへの結合をｈＡＣＥ２と競合する能力（ＩＣ５０ ＠ ＡＣＥ２［０．４ｎＭ］約７００ ｐＭ）の同様の向上も示す。同様に、ＣＴＣ－４４５．２の三価バージョンも、より高い（ピコモル）結合親和性及び競合効力をもたらす（ＫＤ＝２７０ｐＭ、ＩＣ５０ ＠ ＡＣＥ＠［０．４ｎＭ］約１１０ｐＭ）。２１，０００を超えるヒトタンパク質を含む交差反応性結合アッセイにおいて、ＣＴＣ－４４５．２ｄは、高い選択性でＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤに結合することが確認された。
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質を発現するＶＳＶシュードウイルス系では、デノボデコイは、ｈＡＣＥ２を過剰発現しているＨＥＫ ２９３Ｔ細胞を感染から特異的に保護した。ＣＴＣ－４４５．２ｄの活性を、感染から気道を保護する可能性がある局所投与治療薬として定めるために、高用量（１００μｇ）のＣＴＣ－４４５．２ｄを、鼻腔内液滴の吸入を介してＢａｌｂ／ｃマウスに投与した。肺においてＣＴＣ－４４５．２ｄの完全な機能性が２４時間以上にわたって持続することが観察された。ＣＴＣ－４４５．２ｄはまた、血液中で観察され、吸入療法によりあるレベルの全身曝露量がもたらされる可能性が高まった。
設計通り、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤとＣＴＣ－４４５．２との結合界面は、標的のｈＡＣＥ２界面を厳密に再現している。ＣＴＣ－４４５．２のディープ突然変異スキャニングによる結果は、予想された通りであり、設計のコア及び結合界面の突然変異は、一般に好ましくないが、表面／露出残基の突然変異はほとんど無関係である。
ｈＡＣＥ２またはＣＴＣ－４４５．２への結合に対する個々の突然変異の影響を比較するために、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤ結合界面のディープ突然変異スキャニングを実施した。分析した約１７００個のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤ突然変異の影響は、ｈＡＣＥ２及びＣＴＣ－４４５．２への結合と強い相関関係を示し、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２が標的とするｈＡＣＥ２界面を正確に複製した結果として、デコイの突然変異エスケープに対する固有の順応性が強調された。特に、低い標的濃度（１００ｐＭ）で、ＣＴＣ－４４５．２は、多くのＲＢＤ突然変異体に対してＡＣＥ２よりも大きな結合優位性を有し、これはおそらくそのより高い安定性及びより小さいサイズの両方の結果である。
最適化されたデノボタンパク質デコイの高特異的結合親和性は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ウイルス感染の効果的かつ特異的なインビトロ中和に変換される。Ｉｎ ｖｉｔｒｏでは、デノボデコイの存在による哺乳動物細胞の生存率またはｈＡＣＥ２の酵素活性への影響は見られなかった。実施例に示したように、デノボデコイは、細胞感染のｉｎ ｖｉｔｒｏシステムでウイルス感染を完全に中和することができた。
デコイを生成するデノボタンパク質設計手法は、従来の治療法と互いに独立し、突然変異ウイルス逃避の問題をより良好に克服する可能性がある。転用される天然のタンパク質には、製造、輸送及び保管を複雑にする可能性がある低い安定性、残存／望ましくない生物学的活性、及び自己免疫反応を誘発するリスクなど、治療薬としての開発に関する重大な課題がしばしば存在する。対照的にデノボタンパク質デコイは、製造が簡単であり（すなわち、従来の細菌システムによって）、それらの熱力学的超安定性により、場合によりコールドチェーンを必要とせずに、簡略化した輸送及び保管を可能にすることができる。加えて、ウイルスエスケープに対するデノボデコイの順応性は、記載した設計戦略の固有の特徴であると考えられる。

Claims (144)

  1. デコイユニットを含むＡＣＥ２タンパク質デコイユニットであって、（ｉ）少なくとも２つのαへリックスドメインＨ１及びＨ２、（ｉｉ）任意のβヘアピンドメインＨ３、及び（ｉｉｉ）少なくとも１つの構造ドメインを含み、前記ＡＣＥ２タンパク質デコイは、コロナウイルスＡＣＥ２結合スパイクタンパク質に特異的に結合し、前記少なくとも２つのαへリックスドメイン及び前記任意のβヘアピンドメインは、前記コロナウイルスＡＣＥ２結合スパイクタンパク質と結合し、かつ前記少なくとも１つの構造ドメインは、前記αヘリックスドメイン及び前記βヘアピンドメインのタンパク質フォールディング及び結合受容能提示を促進する、前記ＡＣＥ２タンパク質デコイ。
  2. ２つのαへリックスドメインＨ１及びＨ２、ならびに任意のβヘアピンドメインＨ３を含むデコイユニットを含むＡＣＥ２タンパク質デコイであって、
    （ａ） Ｈ１は、アミノ酸配列
    ＳＸ１Ｘ２Ｘ３ＥＱＸ４Ｘ５ＴＦＸ６ＤＫＸ７Ｘ８ＨＥＸ９ＥＤＸ１０Ｘ１１ＹＱＸ１２Ｘ１３Ｌ（配列番号４）または
    Ｘ２Ｘ３ＥＱＸ４Ｘ５ＴＦＸ６ＤＫＸ７Ｘ８ＨＥＸ９ＥＤＸ１０Ｘ１１ＹＱＸ１２Ｘ１３Ｌ（配列番号１７６）を含み、
    （ｂ） Ｈ２は、アミノ酸配列
    ＮＸ１４Ｘ１５ＮＸ１６Ｘ１７Ｘ１８ＫＸ１９Ｘ２０Ｘ２１ＦＸ２２Ｘ２３ＥＱＸ２４Ｘ２５ＬＸ２６Ｘ２７ＭＹ（配列番号５）を含み、
    （ｃ） Ｈ３は、存在する場合、アミノ酸配列
    Ｘ２８Ｘ２９Ｘ３０Ｘ３１Ｘ３２Ｘ３３ＫＧＤＸ３４ＲＸ３５Ｘ３６（配列番号６）を含み、
    この際、
    （ｉ） Ｈ１、Ｈ２、及び存在する場合、Ｈ３は、タンパク質内で任意の順序で存在し得、
    （ｉｉ） アミノ酸リンカーが、Ｈ１、Ｈ２、及び存在する場合、Ｈ３のうち任意の２つの間に存在する場合があり、
    （ｉｉｉ） Ｘ１、Ｘ２、Ｘ３、Ｘ４、Ｘ５、Ｘ６、Ｘ７、Ｘ８、Ｘ９、Ｘ１０、Ｘ１１、Ｘ１２、Ｘ１３、Ｘ１４、Ｘ１５、Ｘ１６、Ｘ１７、Ｘ１８、Ｘ１９、Ｘ２０、Ｘ２１、Ｘ２２、Ｘ２３、Ｘ２４、Ｘ２５、Ｘ２６、Ｘ２７、Ｘ２８、Ｘ２９、Ｘ３０、Ｘ３１、Ｘ３２、Ｘ３３、Ｘ３４、Ｘ３５、及びＸ３６はそれぞれ個別に任意のアミノ酸から選択され、
    （ｉｖ） 前記ＡＣＥ２タンパク質デコイは、コロナウイルスＡＣＥ２結合スパイクタンパク質に特異的に結合する、前記ＡＣＥ２タンパク質デコイ。
  3. 前記デコイユニットは、Ｈ１、Ｈ２、及び存在する場合、Ｈ３のタンパク質フォールディング及び結合受容能提示を促進する１つ以上の構造ドメインをさらに含み、前記１つ以上の構造ドメインならびにＨ１、Ｈ２、及び存在する場合、Ｈ３は、前記タンパク質内で任意の順序で存在し得、アミノ酸リンカーは、前記１つ以上の構造ドメインのうち任意の１つと、Ｈ１、Ｈ２、及び存在する場合、Ｈ３との間に存在する場合がある、請求項２に記載のＡＣＥ２結合タンパク質デコイ。
  4. Ｘ数字と表されるアミノ酸の半分以下が、配列番号１で表されるネイティブＡＣＥ２の対応する位置のアミノ酸と同じである、請求項２または請求項３に記載のＡＣＥ２タンパク質デコイ。
  5. Ｘ数字と表されるアミノ酸の８個以下が、ネイティブＡＣＥ２の対応する位置のアミノ酸と同じである、請求項２または請求項３に記載のＡＣＥ２タンパク質デコイ。
  6. Ｈ１のＸ数字と表されるアミノ酸の４個、３個、２個以下；Ｈ２のＸ数字と表されるアミノ酸のうちの４個、３個、２個以下；及び存在する場合、Ｈ３のアミノ酸の５個、４個、３個、または２個以下は、ネイティブＡＣＥ２の対応する位置のアミノ酸と同じである、請求項２または請求項３に記載のＡＣＥ２タンパク質デコイ。
  7. Ｈ１は、アミノ酸配列：
    ＳＸ１Ｘ２Ｘ３ＥＱＸ４Ｘ５ＴＦＸ６ＤＫＸ７Ｘ８ＨＥＸ９ＥＤＸ１０Ｘ１１ＹＱＸ１２Ｘ１３Ｌ（配列番号４）またはＸ２Ｘ３ＥＱＸ４Ｘ５ＴＦＸ６ＤＫＸ７Ｘ８ＨＥＸ９ＥＤＸ１０Ｘ１１ＹＱＸ１２Ｘ１３Ｌ（配列番号１７６）を含み、
    この際、
    Ｘ１は、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｋ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、またはＴから選択されるアミノ酸であり；
    Ｘ２、Ｘ６、Ｘ９、Ｘ１１、Ｘ１２及びＸ１３は、それぞれ個別にＡ、Ｆ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、ＰまたはＶから選択されるアミノ酸であり；
    Ｘ５、Ｘ７、Ｘ８、及びＸ１０それぞれ個別にＡ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹから選択されるアミノ酸であり、
    Ｘ３は、Ａ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹから選択されるアミノ酸であり；
    及び
    Ｘ４は、Ａ、Ｆ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、Ｐ、Ｖ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｋ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、またはＴから選択されるアミノ酸である、請求項１～６のいずれか１項に記載のＡＣＥ２タンパク質デコイ。
  8. Ｈ１は、アミノ酸配列：
    ＳＸ１Ｘ２Ｘ３ＥＱＸ４Ｘ５ＴＦＸ６ＤＫＸ７Ｘ８ＨＥＸ９ＥＤＸ１０Ｘ１１ＹＱＸ１２Ｘ１３Ｌ（配列番号４）または
    Ｘ２Ｘ３ＥＱＸ４Ｘ５ＴＦＸ６ＤＫＸ７Ｘ８ＨＥＸ９ＥＤＸ１０Ｘ１１ＹＱＸ１２Ｘ１３Ｌ（配列番号１７６）を含み、この際、
    Ｘ１は、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｋ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、またはＴから選択されるアミノ酸であり；
    Ｘ２、Ｘ６、Ｘ９、Ｘ１１、Ｘ１２及びＸ１３は、それぞれ個別にＡ、Ｆ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、ＰまたはＶから選択されるアミノ酸であり；
    Ｘ３、Ｘ５、Ｘ７、Ｘ８、及びＸ１０は、それぞれ個別にＡ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹから選択されるアミノ酸であり、
    Ｘ４は、Ａ、Ｆ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、Ｐ、Ｖ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｋ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、またはＴから選択されるアミノ酸である、請求項１～７のいずれか１項に記載のＡＣＥ２タンパク質デコイ。
  9. Ｘ４が、Ａ、Ｆ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、ＰまたはＶから選択されるアミノ酸である、請求項２～８のいずれか１項に記載のＡＣＥ２タンパク質デコイ。
  10. Ｘ５が、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｋ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、またはＴ（好ましくはＫ）から選択されるアミノ酸である、請求項２～９のいずれか１項に記載のＡＣＥ２タンパク質デコイ。
  11. Ｘ１が、ＲまたはＳから選択されるアミノ酸である、請求項２～１０のいずれか１項に記載のＡＣＥ２タンパク質デコイ。
  12. Ｘ３が、Ｒ、Ｌ、Ａ、Ｆ、Ｉ、Ｍ、Ｐ、またはＶから選択されるアミノ酸である、請求項２～１１のいずれか１項に記載のＡＣＥ２タンパク質デコイ。
  13. Ｘ３が、ＲまたはＬから選択されるアミノ酸である、請求項１２に記載のＡＣＥ２タンパク質デコイ。
  14. Ｘ７が、ＡまたはＴから選択されるアミノ酸である、請求項２～１３のいずれか１項に記載のＡＣＥ２タンパク質デコイ。
  15. Ｘ１０が、Ｒ、Ｓ、またはＬから選択されるアミノ酸である、請求項２～１４のいずれか１項に記載のＡＣＥ２タンパク質デコイ。
  16. Ｘ１が、ＲまたはＳから選択されるアミノ酸であり；
    Ｘ３が、ＲまたはＬから選択されるアミノ酸であり；
    Ｘ７が、ＡまたはＴから選択されるアミノ酸であり；
    Ｘ１０が、Ｒ、Ｓ、またはＬから選択されるアミノ酸である、請求項２～１０のいずれか１項に記載のＡＣＥ２タンパク質デコイ。
  17. Ｘ１０が、ＲまたはＳから選択されるアミノ酸である、請求項２～１６のいずれか１項に記載のＡＣＥ２タンパク質デコイ。
  18. Ｘ８が、Ａ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｗ、またはＹから選択されるアミノ酸である、請求項２～１７のいずれか１項に記載のＡＣＥ２タンパク質デコイ。
  19. Ｘ８が、Ｆ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｋ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、またはＴから選択されるアミノ酸である、請求項１８に記載のＡＣＥ２タンパク質デコイ。
  20. Ｘ８が、Ｆである、請求項１９に記載のＡＣＥ２タンパク質デコイ。
  21. Ｘ１が、ＲまたはＳから選択されるアミノ酸であり；Ｘ２が、Ｖであり；Ｘ３が、ＲまたはＬから選択されるアミノ酸であり；Ｘ４が、Ｌであり；Ｘ５が、Ｋであり；Ｘ６が、Ａであり；Ｘ７が、ＡまたはＴから選択されるアミノ酸であり；Ｘ８が、Ｆであり；Ｘ９が、Ｍであり；Ｘ１０が、Ｒ、ＳまたはＬから選択されるアミノ酸であり；Ｘ１１が、Ｆであり；Ｘ１２が、Ａであり；かつＸ１３が、Ａである、請求項８に記載のＡＣＥ２タンパク質デコイ。
  22. Ｘ１が、Ｓである、請求項２～２１のいずれか１項に記載のＡＣＥ２タンパク質デコイ。
  23. Ｘ３が、Ｌである、請求項２～２２のいずれか１項に記載のＡＣＥ２タンパク質デコイ。
  24. Ｘ１が、Ｓであり、Ｘ３が、Ｌである、請求項２～２３のいずれか１項に記載のＡＣＥ２タンパク質デコイ。
  25. Ｈ１は、配列番号１０に示されているアミノ酸配列、
    ＳＸ１Ｘ２Ｘ３ＥＱＸ４Ｘ５ＴＦＸ６ＤＫＸ７Ｘ８ＨＥＸ９ＥＤＸ１０Ｘ１１ＹＱＸ１２Ｘ１３ＬＸ３７Ｘ３８Ｘ３９Ｘ４０Ｘ４１Ｘ４２Ｘ４３Ｘ４４Ｘ４５Ｘ４６（配列番号１０）を含み、
    この際、Ｘ３７、Ｘ３８、Ｘ３９、Ｘ４１、Ｘ４２、Ｘ４５、及びＸ４６は、それぞれ個別にＡ、Ｆ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、Ｐ、またはＶから選択されるアミノ酸であり；
    Ｘ４０及びＸ４４は、それぞれ個別にＡ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹから選択されるアミノ酸であり；かつ
    Ｘ４３は、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｋ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、またはＴから選択されるアミノ酸である、請求項２～２４のいずれか１項に記載のＡＣＥ２タンパク質デコイ。
  26. Ｈ１は、配列番号１１～１７、１７７～１８３、１９８、または１９９：
    ＳＲＶＬＥＱＬＫＴＦＡＤＫＡＦＨＥＭＥＤＲＦＹＱＡＡＬ（配列番号１１）
    ＳＳＶＲＥＱＬＫＴＦＡＤＫＡＦＨＥＭＥＤＲＦＹＱＡＡＬ（配列番号１２）
    ＳＲＶＲＥＱＬＫＴＦＡＤＫＴＦＨＥＭＥＤＲＦＹＱＡＡＬ（配列番号１３）
    ＳＲＶＲＥＱＬＫＴＦＡＤＫＡＦＨＥＭＥＤＳＦＹＱＡＡＬ（配列番号１４）
    ＳＳＶＬＥＱＬＫＴＦＡＤＫＡＦＨＥＭＥＤＲＦＹＱＡＡＬ（配列番号１５）
    ＳＳＶＬＥＱＬＫＴＦＡＤＫＴＦＨＥＭＥＤＳＦＹＱＡＡＬ（配列番号１６）
    ＳＲＶＲＥＱＬＫＴＦＡＤＫＡＦＨＥＭＥＤＲＦＹＱＡＡＬ（配列番号１７）
    ＶＬＥＱＬＫＴＦＡＤＫＡＦＨＥＭＥＤＲＦＹＱＡＡＬ（配列番号１７７）
    ＶＲＥＱＬＫＴＦＡＤＫＡＦＨＥＭＥＤＲＦＹＱＡＡＬ（配列番号１７８）
    ＶＲＥＱＬＫＴＦＡＤＫＴＦＨＥＭＥＤＲＦＹＱＡＡＬ（配列番号１７９）
    ＶＲＥＱＬＫＴＦＡＤＫＡＦＨＥＭＥＤＳＦＹＱＡＡＬ（配列番号１８０）
    ＶＬＥＱＬＫＴＦＡＤＫＡＦＨＥＭＥＤＲＦＹＱＡＡＬ（配列番号１８１）
    ＶＬＥＱＬＫＴＦＡＤＫＴＦＨＥＭＥＤＳＦＹＱＡＡＬ（配列番号１８２）
    ＶＲＥＱＬＫＴＦＡＤＫＡＦＨＥＭＥＤＲＦＹＱＡＡＬ（配列番号１８３）
    ＳＳＶＬＥＱＬＫＴＦＡＤＫＡＦＨＥＭＥＤＬＦＹＱＡＡＬ（配列番号１９８）
    ＶＬＥＱＬＫＴＦＡＤＫＡＦＨＥＭＥＤＬＦＹＱＡＡＬ（配列番号１９９）
    に示されているアミノ酸配列と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％または１００％の同一性を有するアミノ酸配列を含む、請求項１～２５のいずれか１項に記載のＡＣＥ２タンパク質デコイ。
  27. 配列番号１１～１７もしくは１９８の１、５、６、９、１０、１２、１３、１６、１７、１９、２０、２３、２４及び２７位のアミノ酸、または配列番号１７７～１８３もしくは１９９の３、４、７、８、１０、１１、１４、１５、１７、１８、２１、２２及び２５位のアミノ酸は、変更されない、請求項２６に記載のＡＣＥ２タンパク質デコイ。
  28. Ｈ１は、配列番号１５に示されているアミノ酸配列（ＳＳＶＬＥＱＬＫＴＦＡＤＫＡＦＨＥＭＥＤＲＦＹＱＡＡＬ）（配列番号１５）と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％または１００％の同一性を有するアミノ酸配列を含み、
    ここで、１位のアミノ酸は、Ｓであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹであり；２位のアミノ酸は、Ｓであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹであり；３位のアミノ酸は、Ｖであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｗ、またはＹであり；４位のアミノ酸は、Ｌであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｍ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹであり；５位のアミノ酸は、Ｅであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹであり；６位のアミノ酸は、Ｑであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、またはＷであり；７位のアミノ酸は、Ｌであるか、置換される場合はＣ、Ｉ、Ｍ、Ｔ、またはＶであり；８位のアミノ酸は、Ｋであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹであり；９位のアミノ酸は、Ｔであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｖ、Ｗ、またはＹであり；１０位のアミノ酸は、Ｆであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｈ、Ｖ、Ｗ、またはＹであり；１１位のアミノ酸は、Ａであるか、置換される場合はＣ、Ｇ、Ｌ、Ｍ、Ｓ、Ｔ、またはＶであり；１２位のアミノ酸は、Ｄであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹであり；１３位のアミノ酸は、Ｋであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｆ、Ｈ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｖ、Ｗ、またはＹであり；１４位のアミノ酸は、Ａであるか、置換される場合はＣ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｓ、Ｔ、またはＶであり；１５位のアミノ酸は、Ｆであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹであり；１６位のアミノ酸は、Ｈであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹであり；１７位のアミノ酸は、Ｅであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹであり；１８位のアミノ酸は、Ｍであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｌ、Ｎ、Ｑ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹであり；１９位のアミノ酸は、Ｅであるか、置換される場合はＤ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｔ、またはＶであり；２０位のアミノ酸は、Ｄであるか、置換される場合はＥ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｌ、Ｎ、またはＱであり；２１位のアミノ酸は、Ｒであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹであり；２２位のアミノ酸は、Ｆであるか、置換される場合はＣ、Ｇ、Ｈ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｗ、またはＹであり；２３位のアミノ酸は、Ｙであるか、置換される場合はＨ、Ｄ、またはＦであり；２４位のアミノ酸は、Ｑであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹであり；２５位のアミノ酸は、Ａであるか、置換される場合はＣ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹであり；２６位のアミノ酸は、Ａであるか、置換される場合はＣ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｓ、Ｔ、またはＶであり；かつ２７位のアミノ酸は、Ｌであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹであり、この際、位置のナンバリングは、配列番号１５に基づくものである、請求項１～６のいずれか１項に記載のＡＣＥ２タンパク質デコイ。
  29. Ｈ２は、アミノ酸配列：
    ＮＸ１４Ｘ１５ＮＸ１６Ｘ１７Ｘ１８ＫＸ１９Ｘ２０Ｘ２１ＦＸ２２Ｘ２３ＥＱＸ２４Ｘ２５ＬＸ２６Ｘ２７ＭＹ（配列番号５）を含み、
    この際、Ｘ１５、Ｘ１８、Ｘ２１、Ｘ２３、Ｘ２５、及びＸ２７は、それぞれ個別にＤ、Ｅ、Ｇ、Ｋ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、またはＴから選択されるアミノ酸であり；
    Ｘ１４、Ｘ１７、Ｘ２２、Ｘ２４、及びＸ２６は、それぞれ個別にＡ、Ｆ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、ＰまたはＶから選択されるアミノ酸であり；
    Ｘ１６は、Ａ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹから選択されるアミノ酸であり；
    Ｘ１９は、Ａ、Ｆ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、Ｐ、Ｅ、Ｔ、またはＶから選択されるアミノ酸であり；かつ
    Ｘ２０は、Ａ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹから選択されるアミノ酸である、請求項１～２８のいずれか１項に記載のＡＣＥ２タンパク質デコイ。
  30. Ｈ２は、アミノ酸配列：
    ＮＸ１４Ｘ１５ＮＸ１６Ｘ１７Ｘ１８ＫＸ１９Ｘ２０Ｘ２１ＦＸ２２Ｘ２３ＥＱＸ２４Ｘ２５ＬＸ２６Ｘ２７ＭＹ（配列番号５）を含み、
    この際、Ｘ１５、Ｘ１８、Ｘ２１、Ｘ２３、Ｘ２５、及びＸ２７は、それぞれ個別にＤ、Ｅ、Ｇ、Ｋ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、またはＴから選択されるアミノ酸であり；
    Ｘ１４、Ｘ１７、Ｘ１９、Ｘ２２、Ｘ２４、及びＸ２６は、それぞれ個別にＡ、Ｆ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、ＰまたはＶから選択されるアミノ酸であり；
    Ｘ１６は、Ａ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹから選択されるアミノ酸であり；かつ
    Ｘ２０は、Ａ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹから選択されるアミノ酸である、請求項１～２８のいずれか１項に記載のＡＣＥ２タンパク質デコイ。
  31. Ｘ１６が、Ａ、Ｆ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、Ｐ、Ｅ、またはＶである、請求項２～３０のいずれか１項に記載のＡＣＥ２タンパク質デコイ。
  32. Ｘ１５が、Ｅであり；Ｘ１８が、Ｒであり；Ｘ２１が、Ｅであり；Ｘ２３が、Ｅであり、Ｘ２５が、Ｋであり；かつＸ２７が、Ｄである、請求項２～３１のいずれか１項に記載のＡＣＥ２タンパク質デコイ。
  33. Ｘ１４が、ＡまたはＶであり；Ｘ１６が、ＡまたはＥであり；かつＸ２０が、ＫまたはＱである、請求項２～３２のいずれか１項に記載のＡＣＥ２タンパク質デコイ。
  34. Ｘ１４が、ＡまたはＶであり；Ｘ１５が、Ｅであり；Ｘ１６が、ＡまたはＥであり；Ｘ１７が、Ａであり；Ｘ１８が、Ｒであり；Ｘ１９が、Ａであり；Ｘ２０が、ＫまたはＱであり；Ｘ２１が、Ｅであり；Ｘ２２が、Ａであり；Ｘ２３が、Ｅであり；Ｘ２４が、Ａであり；Ｘ２５が、Ｋであり；Ｘ２６が、Ａであり；かつＸ２７が、Ｄである、請求項３３に記載のＡＣＥ２タンパク質デコイ。
  35. Ｈ２は、そのＮ末端に配列番号１７３に示されているアミノ酸配列：
    Ｘ４７Ｘ４８Ｘ４９Ｘ５０Ｘ５１（配列番号１７３）をさらに含み、
    かつそのＣ末端に配列番号１７４に示されているアミノ酸配列：
    Ｘ５２Ｘ５３Ｘ５４Ｘ５５Ｘ５６（配列番号１７４）を含み、
    この際、Ｘ４９、Ｘ５２、及びＸ５５は、それぞれ個別にＡ、Ｆ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、ＰまたはＶから選択されるアミノ酸であり；
    Ｘ５０は、Ａ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹから選択されるアミノ酸であり；
    Ｘ５４は、Ａ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹから選択されるアミノ酸であり；
    かつ
    Ｘ４７、Ｘ４８、Ｘ５１、Ｘ５３、及びＸ５６は、それぞれ個別にＤ、Ｅ、Ｇ、Ｋ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、またはＴから選択されるアミノ酸である、請求項２～３４のいずれか１項に記載のＡＣＥ２タンパク質デコイ。
  36. Ｘ４７が、ＧまたはＥであり；Ｘ４８が、Ｄであり；Ｘ４９が、Ａであり、Ｘ５０が、ＧまたはＡであり；かつＸ５１が、Ｒである、請求項３５に記載のＡＣＥ２タンパク質デコイ。
  37. Ｘ４７が、ＧまたはＥである、請求項３５に記載のＡＣＥ２タンパク質デコイ。
  38. Ｘ４７が、Ｇである、請求項３５～３７のいずれか１項に記載のＡＣＥ２タンパク質デコイ。
  39. Ｘ５４が、Ａ、Ｆ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、Ｐ、Ｅ、またはＶである、請求項３５～３８のいずれか１項に記載のＡＣＥ２タンパク質デコイ。
  40. Ｘ５２が、Ａであり；Ｘ５３が、Ｅであり；Ｘ５４が、ＬまたはＦまたはＮであり；Ｘ５５が、Ａであり；かつＸ５６が、Ｋである、請求項３５～３８のいずれか１項に記載のＡＣＥ２タンパク質デコイ。
  41. Ｘ５４が、ＦまたはＬである、請求項３５～３９のいずれか１項に記載のＡＣＥ２タンパク質デコイ。
  42. Ｘ５４が、Ｌである、請求項４１に記載のＡＣＥ２タンパク質デコイ。
  43. Ｈ２は、配列番号２１～２２に示されているアミノ酸配列：
    ＮＡＥＮＡＡＲＫＡＫＥＦＡＥＥＱＡＫＬＡＤＭＹ（配列番号２１）
    ＮＶＥＮＥＡＲＫＡＱＥＦＡＥＥＱＡＫＬＡＤＭＹ（配列番号２２）
    と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％または１００％の同一性を有するアミノ酸配列を含む、請求項１～４２のいずれか１項に記載のＡＣＥ２タンパク質デコイ。
  44. 配列番号２１または２２の１、４、８、１２、１５、１６、１９、２２及び２３位のアミノ酸は、変更されない、請求項４３に記載のＡＣＥ２タンパク質デコイ。
  45. Ｈ２は、アミノ酸配列：
    ＮＸ１４Ｘ１５ＮＸ１６Ｘ１７Ｘ１８ＫＸ１９Ｘ２０Ｘ２１ＦＸ２２Ｘ２３ＥＱＸ２４Ｘ２５ＬＸ２６Ｘ２７ＭＹ（配列番号５）を含み、
    この際、
    Ｘ１５、Ｘ１８、Ｘ２１、Ｘ２３、Ｘ２５、及びＸ２７は、それぞれ個別にＤ、Ｅ、Ｇ、Ｋ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、またはＴから選択されるアミノ酸であり；
    Ｘ１４、Ｘ１６、Ｘ１７、Ｘ１９、Ｘ２２、Ｘ２４、及びＸ２６は、それぞれ個別にＡ、Ｆ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、ＰまたはＶから選択されるアミノ酸であり；
    Ｘ２０は、Ａ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹから選択されるアミノ酸である、請求項１～２８のいずれか１項に記載のＡＣＥ２タンパク質デコイ。
  46. Ｈ２は、配列番号２１に示されているアミノ酸配列と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％または１００％の同一性を有するアミノ酸配列を含み、
    ここで、１位のアミノ酸は、Ｎであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹであり；２位のアミノ酸は、Ａであるか、置換される場合はＣ、Ｄ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、またはＷであり；３位のアミノ酸は、Ｅであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹであり；４位のアミノ酸は、Ｎであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹであり；５位のアミノ酸は、Ａであるか、置換される場合はＣ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹであり；６位のアミノ酸は、Ａであるか、置換される場合はＣ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹであり；７位のアミノ酸は、Ｒであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｙ、またはＷであり；８位のアミノ酸は、Ｋであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹであり；９位のアミノ酸は、Ａであるか、置換される場合はＣ、Ｄ、Ｇ、Ｉ、Ｌ、Ｑ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、またはＷであり；１０位のアミノ酸は、Ｋであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、またはＷであり；１１位のアミノ酸は、Ｅであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹであり；１２位のアミノ酸は、Ｆであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹであり；１３位のアミノ酸は、Ａであるか、置換される場合はＣ、Ｄ、Ｆ、Ｇ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹであり；１４位のアミノ酸は、Ｅであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹであり；１５位のアミノ酸は、Ｅであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹであり；１６位のアミノ酸は、Ｑであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｙ、またはＶであり；１７位のアミノ酸は、Ａであるか、置換される場合はＣ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、Ｑ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、またはＷであり；１８位のアミノ酸は、Ｋであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹであり；１９位のアミノ酸は、Ｌであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｙ、またはＷであり；２０位のアミノ酸は、Ａであるか、置換される場合はＣ、Ｆ、Ｇ、Ｉ、Ｌ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、またはＹであり；２１位のアミノ酸は、Ｄであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹであり；２２位のアミノ酸は、Ｍであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｎ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹであり；かつ２３位のアミノ酸は、Ｙであるか、置換される場合はＤ、Ｆ、Ｈ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、またはＶであり；この際、位置のナンバリングは、配列番号２１に基づくものである、請求項１～２８のいずれか１項に記載のＡＣＥ２タンパク質デコイ。
  47. Ｈ３が存在する、請求項１～４６いずれか１項に記載のＡＣＥ２タンパク質デコイ。
  48. Ｈ３は、アミノ酸配列：
    Ｘ２８Ｘ２９Ｘ３０Ｘ３１Ｘ３２Ｘ３３ＫＧＤＸ３４ＲＸ３５Ｘ３６（配列番号６）を含み；この際
    Ｘ３１は、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｋ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、またはＴから選択されるアミノ酸であり；
    Ｘ３５は、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｋ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｖ、またはＴから選択されるアミノ酸であり；
    Ｘ２９は、Ａ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹから選択されるアミノ酸であり；
    Ｘ３３は、Ａ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹから選択されるアミノ酸であり；
    Ｘ３０、Ｘ３２、及びＸ３６は、それぞれ個別にＡ、Ｆ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、ＰまたはＶから選択されるアミノ酸であり；
    Ｘ２８は、Ａ、Ｆ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、Ｐ、Ｔ、またはＶから選択されるアミノ酸であり；
    かつ
    Ｘ３４は、Ａ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ及び任意選択でＣから選択されるアミノ酸である、請求項４７に記載のＡＣＥ２タンパク質デコイ。
  49. Ｈ３は、アミノ酸配列：
    Ｘ２８Ｘ２９Ｘ３０Ｘ３１Ｘ３２Ｘ３３ＫＧＤＸ３４ＲＸ３５Ｘ３６（配列番号６）を含み；この際
    Ｘ３１及びＸ３５は、それぞれ個別にＤ、Ｅ、Ｇ、Ｋ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、またはＴから選択されるアミノ酸であり；
    Ｘ２９は、Ａ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹから選択されるアミノ酸であり；
    Ｘ３３は、Ａ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹから選択されるアミノ酸であり；
    Ｘ２８、Ｘ３０、Ｘ３２、及びＸ３６は、それぞれ個別にＡ、Ｆ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、ＰまたはＶから選択されるアミノ酸であり；かつ
    Ｘ３４は、Ａ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ及び任意選択でＣから選択されるアミノ酸である、請求項４７に記載のＡＣＥ２タンパク質デコイ。
  50. Ｘ３４が、Ｆ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｋ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｙ、Ｃ、またはＴである、請求項４７～４９のいずれか１項に記載のＡＣＥ２タンパク質デコイ。
  51. Ｘ３３が、Ｇ、Ａ、Ｆ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、ＰまたはＶである、請求項４７～５０のいずれか１項に記載のＡＣＥ２タンパク質デコイ。
  52. Ｘ２９が、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｋ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、またはＶである、請求項４７～５１のいずれか１項に記載のＡＣＥ２タンパク質デコイ。
  53. Ｘ２８が、ＡまたはＶであり；Ｘ２９が、ＥまたはＶであり；Ｘ３１が、Ｄであり；Ｘ３２が、ＭまたはＬであり；Ｘ３３が、Ｇであり；かつ；Ｘ３４が、Ｆ、Ｙ、ＫまたはＣから選択されるアミノ酸である、請求項４７～５２のいずれか１項に記載のＡＣＥ２タンパク質デコイ。
  54. Ｘ３０が、Ｉであり；Ｘ３５が、Ｅであり；かつＸ３６が、Ｉである、請求項４７～５３のいずれか１項に記載のＡＣＥ２タンパク質デコイ。
  55. Ｘ３２が、Ｌである、請求項４７～５４のいずれか１項に記載のＡＣＥ２タンパク質デコイ。
  56. Ｘ３１が、Ｄである、請求項４７～５５のいずれか１項に記載のＡＣＥ２タンパク質デコイ。
  57. Ｈ３は、そのＮ末端にＡ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹから選択されるアミノ酸をさらに含み；かつＨ３は、そのＣ末端にＤ、Ｅ、Ｇ、Ｋ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、ＣまたはＴから選択されるアミノ酸をさらに含む、請求項４７～５６のいずれか１項に記載のＡＣＥ２タンパク質デコイ。
  58. Ｘ３４が、Ｃではないか、あるいはＸ３４がＣの場合、Ｘ３がＬであるか、及び／またはＸ３２がＬである、請求項４７～５７のいずれか１項に記載のＡＣＥ２タンパク質デコイ。
  59. Ｈ３は、配列番号２９～３４または２００に示されているアミノ酸配列：
    ＡＥＩＤＬＧＫＧＤＦＲＥＩ（配列番号２９）
    ＡＥＩＤＬＧＫＧＤＣＲＥＩ（配列番号３０）
    ＶＶＩＤＬＧＫＧＤＦＲＥＩ（配列番号３１）
    ＶＶＩＤＬＧＫＧＤＣＲＥＩ（配列番号３２）
    ＡＥＩＤＭＧＫＧＤＣＲＥＩ（配列番号３３）
    ＡＥＩＤＭＧＫＧＤＦＲＥＩ（配列番号３４）
    ＶＥＩＤＬＧＫＧＤＦＲＥＩ（配列番号２００）
    と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％または１００％の同一性を有するアミノ酸配列を含む、請求項１～５８のいずれか１項に記載のＡＣＥ２タンパク質デコイ。
  60. Ｈ３は、配列番号２９に示されているアミノ酸配列と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％または１００％の同一性を有するアミノ酸配列を含み、
    ここで、１位のアミノ酸は、Ａであるか、置換される場合はＣ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、またはＷであり；２位のアミノ酸は、Ｅであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｇ、Ｌ、Ｍ、Ｐ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、またはＷであり；３位のアミノ酸は、Ｉであるか、置換される場合はＣ、Ｆ、Ｌ、Ｍ、Ｔ、Ｖ、またはＷであり；４位のアミノ酸は、Ｄであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｅ、Ｇ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｓ、Ｔ、またはＶであり；５位のアミノ酸は、Ｌであるか、置換される場合はＦ、Ｉ、Ｍ、またはＶであり；６位のアミノ酸は、Ｇであるか、置換される場合はＤ、またはＬであり；７位のアミノ酸は、Ｋであるか、置換される場合はＩ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｒ、またはＴであり；８位のアミノ酸は、Ｇであるか、置換される場合はＤ、Ｅ、Ｍ、Ｒ、またはＳであり；９位のアミノ酸は、Ｄであるか、置換される場合はＥ、Ｋ、またはＴであり；１０位のアミノ酸は、Ｆであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｅ、Ｇ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹであり；１１位のアミノ酸は、Ｒであるか、置換される場合はＫ、Ｍ、Ｑ、またはＳであり；１２位のアミノ酸は、Ｅであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｇ、Ｈ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｐ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹであり；かつ１３位のアミノ酸は、Ｉであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、またはＷであり；この際、位置のナンバリングは、配列番号２９に基づくものである、請求項４７に記載のＡＣＥ２タンパク質デコイ。
  61. 前記デコイユニットは、前記コロナウイルススパイクタンパク質に対する前記αヘリックスドメイン及び前記βヘアピンドメインのタンパク質フォールディング及び結合受容能提示を促進する２つ以上の構造ドメインを含む、先行請求項のいずれか１項に記載のＡＣＥ２タンパク質デコイ。
  62. 前記コロナウイルススパイクタンパク質に対する前記αヘリックスドメイン及び前記βヘアピンドメインのタンパク質フォールディング及び結合受容能提示を促進する前記２つ以上の構造ドメインは、
    Ｄ１－ ＸＡＸＡＸＢＸＢＸＣＸＢＸＢＸＢＸＡＸＢＸＢＸＡＸＣＸＢＸＣＸＡＸＢＸＣＸＡＸＣＸＣＸＡＸＡＸＢＸＣＸＡＸＡ（配列番号３５）、及び
    Ｄ２－ ＸＡＸＣＸＣＸＡＸＢＸＢＸＡＸＣＸＢＸＢＸＡＸＢＸＢＸＡＸＣＸＢＸＢＸＡＸＢＸＢＸＤＸＡＸＢＸＢＸＡＸＣＸＢＸＢＸＡＸＣ（配列番号３６）
    からなる群から選択されるアミノ酸配列を個別に含み、ここで、それぞれのＸＡは、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｋ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｃ、またはＴから選択されるアミノ酸であり：それぞれのＸＢは、個別にＡ、Ｆ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、またはＰから選択されるアミノ酸であり、それぞれのＸＣは、個別にＡ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、ＹまたはＣから選択されるアミノ酸であり；かつそれぞれのＸＤは、個別にＡ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、ＹまたはＣ（好ましくはＡ、Ｆ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、Ｐ、またはＶ）から選択されるアミノ酸である、請求項６１に記載のＡＣＥ２タンパク質デコイ。
  63. 前記デコイユニットは、前記コロナウイルススパイクタンパク質に対する前記αヘリックスドメイン及び前記βヘアピンドメインのタンパク質フォールディング及び結合受容能提示を促進する少なくとも２つの構造ドメインを含み、第１の構造ドメインが、配列番号３５の配列を含み、第２の構造ドメインが、配列番号３６の配列を含む、請求項６２に記載のＡＣＥ２タンパク質デコイ。
  64. 前記デコイユニットは、Ｄ１で表される構造ドメインを含み、前記Ｄ１は、配列番号３８に示されているアミノ酸配列：
    ＲＥＡＡＥＡＬＡＥＡＡＲＡＭＫＥＡＬＥＩＩＲＥＩＡＥＫ（配列番号３８）と少なくとも６０％、７０％、８０％、８５％、９０％、９５％または１００％同一のアミノ酸配列を含む、請求項１～６３のいずれか１項に記載のＡＣＥ２タンパク質デコイ。
  65. 前記デコイユニットは、Ｄ１で表される構造ドメインを含み、前記Ｄ１は、配列番号２２２に示されているアミノ酸配列：
    ＲＥＡＡＥＡＬＡＥＡＡＲＡＭＫＥＡＬＥＩＬＲＥＩＡＥＫ（配列番号２２２）
    と少なくとも６０％、７０％、８０％、８５％、９０％、９５％または１００％同一のアミノ酸配列を含む、請求項１～６３のいずれか１項に記載のＡＣＥ２タンパク質デコイ。
  66. 前記デコイユニットは、Ｄ２で表される構造ドメインを含み、前記Ｄ２は、配列番号４１～４６に示されているアミノ酸配列：
    ＲＡＳＥＡＡＫＲＸ５９ＡＸ６０ＡＩＲＫＡＡＤＡＩＸ６１Ｘ６２ＡＡＫＩＡＡＲ（配列番号４１）、ここで、Ｘ５９は、ＩまたはＶであり、Ｘ６０は、Ｋ、ＲまたはＣであり、Ｘ６１はＡまたはＶまたはＣであり、Ｘ６２は、ＥまたはＣであり；
    ＲＡＳＥＡＡＫＲ ＩＡＫＡＩＲＫＡＡＤＡＩＡＥＡＡＫＩＡＡＲＡ（配列番号４２）；
    ＲＡＳＥＡＡＫＲ ＩＡＣＡＩＲＫＡＡＤＡＩＡＥＡＡＫＩＡＡＲＡ（配列番号４３）；
    ＲＡＳＥＡＡＫＲ ＩＡＫＡＩＲＫＡＡＤ ＡＩＡＣＡＡＫＩＡＡ ＲＡ（配列番号４４）；
    ＲＡＳＥＡＡＫＲ ＶＡＲＡＩＲＫＡＡＤ ＡＩＶＥＡＡＫＩＡＡ ＲＡ（配列番号４５）；
    ＲＡＳＥＡＡＫＲ ＶＡＣＡＩＲＫＡＡＤ ＡＩＶＥＡＡＫＩＡＡ ＲＡ（配列番号４６）と少なくとも６０％、７０％、８０％、８５％、９０％、９５％または１００％同一のアミノ酸配列を含む、請求項１～６５のいずれか１項に記載のＡＣＥ２タンパク質デコイ。
  67. 少なくとも１つの構造ドメイン（例えば、Ｄ１）は、配列番号３８に示されているアミノ酸配列と少なくとも５０％、６０％、７０％、８０％、８５％、９０％、９５％または１００％の同一性を有するアミノ酸配列を含み、
    ここで、１位のアミノ酸はＲであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｐ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、またはＷ（好ましくはＣ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｐ、Ｓ、Ｔ、またはＷ）であり；２位のアミノ酸は、Ｅであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｆ、Ｇ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＡ、Ｇ、Ｋ、Ｍ、Ｖ、Ｗ、またはＹ）であり；３位のアミノ酸は、Ａであるか、置換される場合はＣ、Ｅ、Ｇ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＣ、Ｋ、Ｐ、Ｑ、またはＶ）であり；４位のアミノ酸は、Ａであるか、置換される場合はＤ、Ｅ、Ｇ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、またはＷ（好ましくはＥ、Ｎ、Ｔ、Ｖ、またはＷ）であり；５位のアミノ酸は、Ｅであるか、置換される場合はＣ、Ｄ、Ｇ、Ｋ、Ｌ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＣ、Ｄ、Ｑ、Ｓ、Ｖ、Ｗ、またはＹ）であり；６位のアミノ酸はＡであるか、置換される場合はＣ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＤ、Ｋ、Ｐ、Ｒ、Ｖ、またはＹ）であり；７位のアミノ酸はＬであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｆ、Ｉ、Ｍ、Ｑ、Ｓ、Ｔ、またはＶ（好ましくはＴ）であり；８位のアミノ酸はＡであるか、置換される場合はＣ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｑ、Ｌ、Ｍ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、またはＷ（好ましくはＤ、Ｅ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｌ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｖ、またはＷ）であり；９位のアミノ酸はＥであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｒ、Ｓ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＡ、Ｄ、Ｈ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｒ、Ｓ、またはＶ）であり；１０位のアミノ酸はＡであるか、置換される場合はＣ、Ｇ、Ｌ、Ｍ、Ｑ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、またはＷ（好ましくはＣ、Ｇ、Ｍ、またはＳ）であり；１１位のアミノ酸はＡであるか、置換される場合はＣ、Ｄ、Ｇ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、またはＶ（好ましくはＣ、Ｇ、Ｍ、Ｓ、Ｔ、またはＶ）であり；１２位のアミノ酸はＲであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ）であり；１３位のアミノ酸はＡであるか、置換される場合はＣ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＤ、Ｅ、Ｋ、Ｍ、Ｒ、Ｓ、またはＶ）であり；１４位のアミノ酸はＭであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｋ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、またはＹ）であり；１５位のアミノ酸はＫであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＥ、Ｇ、Ｈ、Ｍ、Ｒ、Ｓ、またはＹ）であり；１６位のアミノ酸はＥであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＡ、Ｃ、Ｄ、Ｇ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｑ、Ｔ、Ｖ、またはＷ）であり；１７位のアミノ酸はＡであるか、置換される場合はＣ、Ｇ、Ｐ、Ｓ、Ｔ、またはＶ（好ましくはＣ、Ｇ、またはＴ）であり；１８位のアミノ酸はＬであるか、置換される場合はＣ、Ｆ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｒ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＣ、Ｆ、Ｈ、またはＶ）であり；１９位のアミノ酸はＥであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＡ、Ｃ、Ｆ、Ｇ、Ｌ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、またはＹ）であり；２０位のアミノ酸はＩであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＣ、Ｅ、Ｇ、Ｌ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、またはＹ）であり；２１位のアミノ酸はＩであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＡ、Ｃ、Ｄ、Ｆ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、またはＹ）であり；２２位のアミノ酸はＲであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｙ、またはＷ（好ましくはＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、Ｑ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、またはＹ）であり；２３位のアミノ酸はＥであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＡ、Ｃ、Ｄ、Ｆ、Ｈ、Ｉ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｔ、またはＷ）であり；２４位のアミノ酸はＩであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、またはＹ（好ましくはＣ、Ｓ、Ｔ、またはＶ）であり；２５位のアミノ酸はＡであるか、置換される場合はＣ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＤ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｍ、Ｎ、Ｓ、Ｖ、またはＹ）であり；２６位のアミノ酸はＥであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＣ、Ｆ、Ｉ、Ｌ、Ｓ、Ｔ、またはＹ）であり；かつ２７位のアミノ酸はＫであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＣ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｍ、Ｎ、Ｓ、またはＹ）であり；
    少なくとも１つの構造ドメイン（例えば、Ｄ２）は、配列番号４２に示されているアミノ酸配列と少なくとも５０％、６０％、７０％、８０％、８５％、９０％、９５％または１００％の同一性を有するアミノ酸配列を含み、
    ここで、１位のアミノ酸はＲであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｈ、Ｋ、Ｌ、Ｎ、Ｑ、Ｓ、またはＹ）であり；２位のアミノ酸はＡであるか、置換される場合はＣ、Ｇ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、またはＹ（好ましくはＣ、Ｍ、Ｑ、Ｔ、またはＶ）であり；３位のアミノ酸はＳであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＣ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、Ｑ、またはＲ）であり；４位のアミノ酸はＥであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｆ、Ｇ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＣ、Ｄ、Ｉ、Ｎ、Ｓ、またはＷ）であり；５位のアミノ酸はＡであるか、置換される場合はＣ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＤ、Ｅ、Ｉ、Ｍ、またはＹ）であり；６位のアミノ酸はＡであるか、置換される場合はＣ、Ｆ、Ｇ、Ｓ、またはＴ（好ましくはＣまたはＳ）であり；７位のアミノ酸はＫであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｈ、Ｌ、Ｍ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｈ、Ｌ、Ｍ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ）であり；８位のアミノ酸はＲであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｈ、Ｌ、Ｍ、Ｑ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、またはＹ）であり；９位のアミノ酸はＩであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｆ、Ｇ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｑ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＡ、Ｃ、Ｆ、Ｇ、Ｌ、Ｍ、Ｓ、Ｔ、Ｗ、またはＹ）であり；１０位のアミノ酸はＡであるか、置換される場合はＤ、Ｇ、Ｔ、またはＶ（好ましくはＤ、Ｇ、またはＶ）であり；１１位のアミノ酸はＫであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｌ、Ｍ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｖ、Ｗ、またはＹ）であり；１２位のアミノ酸はＡであるか、置換される場合はＣ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＥ、Ｇ、Ｉ、Ｓ、またはＴ）であり；１３位のアミノ酸はＩであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、またはＹ（好ましくはＡ、Ｃ、Ｄ、Ｆ、Ｇ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｓ、Ｔ、またはＶ）であり；１４位のアミノ酸はＲであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＦ、Ｈ、Ｋ、Ｌ、Ｎ、Ｖ、またはＷ）であり；１５位のアミノ酸はＫであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ）であり；１６位のアミノ酸はＡであるか、置換される場合はＣ、Ｆ、Ｇ、Ｍ、Ｐ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、またはＹ（好ましくはＧ、Ｔ、またはＹ）であり；１７位のアミノ酸はＡであるか、置換される場合はＣ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＧ、Ｔ、またはＶ）であり；１８位のアミノ酸はＤであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＡ、Ｆ、Ｇ、Ｉ、Ｌ、Ｎ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｗ、またはＹ）であり；１９位のアミノ酸はＡであるか、置換される場合はＣ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＧ、Ｋ、Ｍ、Ｑ、Ｓ、またはＴ）であり；２０位のアミノ酸はＩであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｌ、Ｍ、Ｑ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＧ、Ｌ、Ｍ、Ｔ、Ｖ、またはＹ）であり；２１位のアミノ酸はＡであるか、置換される場合はＣ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｙ、またはＷ（好ましくはＤ、Ｅ、Ｇ、Ｉ、Ｋ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ）であり；２２位のアミノ酸はＥであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＡ、Ｄ、Ｇ、Ｋ、Ｍ、Ｐ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ）であり；２３位のアミノ酸はＡであるか、置換される場合はＣ、Ｇ、Ｎ、Ｓ、Ｔ、またはＶ（好ましくはＧ、Ｓ、またはＴ）であり；２４位のアミノ酸はＡであるか、置換される場合はＣ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｋ、Ｍ、Ｎ、Ｓ、Ｔ、またはＶ（好ましくはＣ、Ｇ、またはＴ）であり；２５位のアミノ酸はＫであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｉ、Ｌ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｖ、Ｗ、またはＹ）であり；２６位のアミノ酸はＩであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＣ、Ｄ、Ｅ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、またはＶ）であり；２７位のアミノ酸はＡであるか、置換される場合はＣ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＦ、Ｇ、Ｍ、Ｎ、Ｓ、Ｔ、またはＶ）であり；２８位のアミノ酸はＡであるか、置換される場合はＣ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｙ、またはＷ（好ましくはＣ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｈ、Ｑ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、またはＹ）であり；２９位のアミノ酸はＲであるか、置換される場合はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＡ、Ｃ、Ｄ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ）であり；かつ３０位のアミノ酸はＡであるか、置換される場合はＣ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｗ、またはＹ（好ましくはＣ、Ｄ、Ｇ、Ｈ、Ｋ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、またはＶ）であり；この際、位置のナンバリングは、配列番号３８に基づくものである、請求項６１に記載のＡＣＥ２タンパク質デコイ。
  68. Ｈ１は、アミノ酸配列：
    ＳＸ１Ｘ２Ｘ３ＥＱＸ４Ｘ５ＴＦＸ６ＤＫＸ７Ｘ８ＨＥＸ９ＥＤＸ１０Ｘ１１ＹＱＸ１２Ｘ１３Ｌ（配列番号４）を含む、請求項１～６７のいずれか１項に記載のＡＣＥ２タンパク質デコイ。
  69. Ｈ１は、アミノ酸配列：
    Ｘ２Ｘ３ＥＱＸ４Ｘ５ＴＦＸ６ＤＫＸ７Ｘ８ＨＥＸ９ＥＤＸ１０Ｘ１１ＹＱＸ１２Ｘ１３Ｌ（配列番号１７６）を含む、請求項１～６７のいずれか１項に記載のＡＣＥ２タンパク質デコイ。
  70. 配列番号４の中でＳ１Ｉ；Ｅ５Ｄ；Ｅ５Ｑ；Ｅ５Ｖ；Ｄ１２Ｖ、Ｄ１２Ｅ；Ｑ２４Ｋ；及びＱ２４Ｌの置換のうち１つ以上が行われ；この際、前記記載した位置は、配列番号４のナンバリングに基づくものである、請求項６８に記載のＡＣＥ２タンパク質デコイ。
  71. 配列番号１７６の中でＥ３Ｄ；Ｅ３Ｑ；Ｅ３Ｖ；Ｄ１０Ｖ、Ｄ１０Ｅ；Ｑ２２Ｋ；及びＱ２２Ｌの置換のうち１つ以上が行われ；この際、前記記載した位置は、配列番号１７６のナンバリングに基づくものである、請求項６９に記載のＡＣＥ２タンパク質デコイ。
  72. 配列番号５の中でＥ１５Ｇの置換が行われ；この際、前記記載した位置は、配列番号４のナンバリングに基づくものである、請求項１～７１のいずれか１項に記載のＡＣＥ２タンパク質デコイ。
  73. ＶＬＥＱＬＫＴＦＡＤＫＡＦＨＥＭＥＤＲＦＹＱＡＡＬ（配列番号１７７）または
    ＶＬＥＱＬＫＴＦＡＤＫＡＦＨＥＭＥＤＬＦＹＱＡＡＬ（配列番号１９９）
    に対して少なくとも８０％の同一性を有するアミノ酸配列を含むＨ１ドメイン；
    ＮＡＥＮＡＡＲＫＡＫＥＦＡＥＥＱＡＫＬＡＤＭＹ（配列番号２１）
    に対して少なくとも８０％の同一性を有するアミノ酸配列を含むＨ２ドメイン；及び
    ＡＥＩＤＬＧＫＧＤＦＲＥＩ（配列番号２９）またはＶＥＩＤＬＧＫＧＤＦＲＥＩ（配列番号２００）
    に対して少なくとも８０％の同一性を有するアミノ酸配列を含むＨ３ドメイン、を含む、請求項１～７２のいずれか１項に記載のＡＣＥ２タンパク質デコイ。
  74. ＶＬＥＱＬＫＴＦＡＤＫＡＦＨＥＭＥＤＲＦＹＱＡＡＬ（配列番号１７７）または
    ＶＬＥＱＬＫＴＦＡＤＫＡＦＨＥＭＥＤＬＦＹＱＡＡＬ（配列番号１９９）
    に対して少なくとも９０％の同一性を有するアミノ酸配列を含むＨ１ドメイン；
    ＮＡＥＮＡＡＲＫＡＫＥＦＡＥＥＱＡＫＬＡＤＭＹ（配列番号２１）
    に対して少なくとも８０％の同一性を有するアミノ酸配列を含むＨ２ドメイン；及び
    ＡＥＩＤＬＧＫＧＤＦＲＥＩ（配列番号２９）またはＶＥＩＤＬＧＫＧＤＦＲＥＩ（配列番号２００）
    に対して少なくとも８０％の同一性を有するアミノ酸配列を含むＨ３ドメイン、を含む、請求項７３に記載のＡＣＥ２タンパク質デコイ。
  75. アミノ酸配列ＶＬＥＱＬＫＴＦＡＤＫＡＦＨＥＭＥＤＲＦＹＱＡＡＬ（配列番号１７７）またはＶＬＥＱＬＫＴＦＡＤＫＡＦＨＥＭＥＤＬＦＹＱＡＡＬ（配列番号１９９）を含むＨ１ドメイン；
    アミノ酸配列ＮＡＥＮＡＡＲＫＡＫＥＦＡＥＥＱＡＫＬＡＤＭＹ（配列番号２１）を含むＨ２ドメイン；及び
    アミノ酸配列ＡＥＩＤＬＧＫＧＤＦＲＥＩ（配列番号２９）またはＶＥＩＤＬＧＫＧＤＦＲＥＩ（配列番号２００）を含むＨ３ドメイン、を含む、請求項７３に記載のＡＣＥ２タンパク質デコイ。
  76. ＶＬＥＱＬＫＴＦＡＤＫＡＦＨＥＭＥＤＲＦＹＱＡＡＬＡＶＦＥＡＡＥＡＡＡＧ（配列番号２４１）または
    ＶＬＥＱＬＫＴＦＡＤＫＡＦＨＥＭＥＤＬＦＹＱＡＡＬ ＡＶＦＥＡＡＥＡＡＡＧ（配列番号２４３）
    に対して少なくとも８０％の同一性を有するアミノ酸配列を含むＨ１ドメイン；
    ＧＤＡＡＲＮＡＥＮＡＡＲＫＡＫＥＦＡＥＥＱＡＫＬＡＤＭＹＡＥＬＡＫ（配列番号２４４）に対して少なくとも８０％の同一性を有するアミノ酸配列を含むＨ２ドメイン；及び
    ＳＡＥＩＤＬＧＫＧＤＦＲＥＩＲ（配列番号２４５）またはＳＶＥＩＤＬＧＫＧＤＦＲＥＩＲ（配列番号２４６）に対して少なくとも８０％の同一性を有するアミノ酸配列を含むＨ３ドメイン、を含む、請求項１～７２のいずれか１項に記載のＡＣＥ２タンパク質デコイ。
  77. ＶＬＥＱＬＫＴＦＡＤＫＡＦＨＥＭＥＤＲＦＹＱＡＡＬＡＶＦＥＡＡＥＡＡＡＧ（配列番号２４１）または
    ＶＬＥＱＬＫＴＦＡＤＫＡＦＨＥＭＥＤＬＦＹＱＡＡＬ ＡＶＦＥＡＡＥＡＡＡＧ（配列番号２４３）
    に対して少なくとも９０％の同一性を有するアミノ酸配列を含むＨ１ドメイン；
    ＧＤＡＡＲＮＡＥＮＡＡＲＫＡＫＥＦＡＥＥＱＡＫＬＡＤＭＹＡＥＬＡＫ（配列番号４４）に対して少なくとも９０％の同一性を有するアミノ酸配列を含むＨ２ドメイン；及び
    ＳＡＥＩＤＬＧＫＧＤＦＲＥＩＲ（配列番号２４５）またはＳＶＥＩＤＬＧＫＧＤＦＲＥＩＲ（配列番号２４６）に対して少なくとも９０％の同一性を有するアミノ酸配列を含むＨ３ドメイン、を含む、請求項７６に記載のＡＣＥ２タンパク質デコイ。
  78. アミノ酸配列
    ＶＬＥＱＬＫＴＦＡＤＫＡＦＨＥＭＥＤＲＦＹＱＡＡＬＡＶＦＥＡＡＥＡＡＡＧ（配列番号２４１）または
    ＶＬＥＱＬＫＴＦＡＤＫＡＦＨＥＭＥＤＬＦＹＱＡＡＬ ＡＶＦＥＡＡＥＡＡＡＧ（配列番号２４３）を含むＨ１ドメイン；
    アミノ酸配列
    ＧＤＡＡＲＮＡＥＮＡＡＲＫＡＫＥＦＡＥＥＱＡＫＬＡＤＭＹＡＥＬＡＫ（配列番号４４）を含むＨ２ドメイン；及び
    アミノ酸配列ＳＡＥＩＤＬＧＫＧＤＦＲＥＩＲ（配列番号２４５）またはＳＶＥＩＤＬＧＫＧＤＦＲＥＩＲ（配列番号２４６）を含むＨ３ドメイン、を含む、請求項７６に記載のＡＣＥ２タンパク質デコイ。
  79. Ｄ１で表される構造ドメインを含み、前記Ｄ１ドメインは、
    ＲＥＡＡＥＡＬＡＥＡＡＲＡＭＫＥＡＬＥＩＩＲＥＩＡＥＫ（配列番号３８）またはＲＥＡＡＥＡＬＡＥＡＡＲＡＭＫＥＡＬＥＩＬＲＥＩＡＥＫ（配列番号２２２）に対して少なくとも６０％、７０％、８０％、８５％、９０％、９５％または１００％の同一性を有するアミノ酸配列を含む、請求項７３～７８のいずれか１項に記載のＡＣＥ２タンパク質デコイ。
  80. Ｄ２で表される構造ドメインを含み、Ｄ２は、
    ＲＡＳＥＡＡＫＲ ＩＡＫＡＩＲＫＡＡＤＡＩＡＥＡＡＫＩＡＡＲＡ（配列番号４２）に対して少なくとも６０％、７０％、８０％、８５％、９０％、９５％または１００％の同一性を有するアミノ酸配列を含む、請求項７３～７９のいずれか１項に記載のＡＣＥ２タンパク質デコイ。
  81. 前記デコイユニットにおける前記２つのαへリックスドメインＨ１及びＨ２、ならびにβヘアピンドメインＨ３の順番が、Ｈ３、Ｈ２、及びＨ１である、請求項１～８０のいずれか１項に記載のＡＣＥ２タンパク質デコイ。
  82. 前記デコイユニットにおける前記２つのαへリックスドメインＨ１及びＨ２、ならびにβヘアピンドメインＨ３の順番が、Ｈ１、Ｈ３、及びＨ２である、請求項１～８０のいずれか１項に記載のＡＣＥ２タンパク質デコイ。
  83. 前記デコイユニットは、前記ドメイン間に少なくとも１つのリンカー（ＸＬ）を含み、前記少なくとも１つのリンカー（ＸＬ）、またはそれぞれのリンカー（ＸＬ）は、１～１００個、１～９０個、１～８０個、１～７０個、１～６０個、１～５０個、１～４０個、１～３０個、１～２０個、１～１０個、または１～５個のアミノ酸を含む、請求項１～８２のいずれか１項に記載のＡＣＥ２タンパク質デコイ。
  84. それぞれのリンカー（ＸＬ）が、１～２０個、１～１０個、または１～５個のアミノ酸を含む、請求項８３に記載のＡＣＥ２タンパク質デコイ。
  85. 前記デコイユニットにおけるαへリックスドメインＨ１及びＨ２、ならびにβヘアピンドメインＨ３の順番は、Ｈ３、Ｈ２、及びＨ１であり、前記デコイユニットは、Ｈ３とＨ２との間に第１のリンカー、及びＨ２とＨ１との間に第２のリンカーを含むか；または前記順番は、Ｈ１、Ｈ３、及びＨ２であり、前記デコイユニットは、Ｈ１とＨ３との間に第１のリンカー、及びＨ３とＨ２との間に第２のリンカーを含む、請求項８３または請求項８４に記載のＡＣＥ２タンパク質デコイ。
  86. 前記デコイユニットは、配列番号４７～９０、１０４～１７２、１８４～１９３、２２４～２３９、２５５～２６０、または２６５～２６６に示されているアミノ酸配列と少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％同一のアミノ酸配列を含み、それぞれのＸＬは、個別のアミノ酸リンカーである、請求項１～８５のいずれか１項に記載のＡＣＥ２タンパク質デコイ。
  87. ８８位のアミノ酸が、Ａ、Ｆ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、ＰまたはＶから選択され、位置のナンバリングは、配列番号４７～９０、１０４～１７２、１８４～１８７、１８９～１９２または２２４～２３９のうち任意の１つに基づくものである、請求項８６に記載のＡＣＥ２タンパク質デコイ。
  88. １３７位のアミノ酸が、Ｆ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｋ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、またはＴから選択され、位置のナンバリングは、配列番号４７～９０、１０４～１７２、１８４～１８７、１８９～１９２または２２４～２３９のうち任意の１つに基づくものである、請求項８６または請求項８７に記載のＡＣＥ２タンパク質デコイ。
  89. １１位のアミノ酸がシステインの場合、６位のアミノ酸は、Ｌであり、及び／または１２６位のアミノ酸は、Ｌであり、及び／または１２４位のアミノ酸はＳであり、位置のナンバリングは、配列番号４７～９０、１０４～１７２、１８４～１８７、１８９～１９２または２２４～２３９のうち任意の１つに基づくものである、請求項８６～８８のいずれか１項に記載のＡＣＥ２タンパク質デコイ。
  90. ８、９、１０、９１、９４、９８、１０２、１０５、１０６、１０９、１１２、１１３、１２３、１２７、１２８、１３１、１３２、１３４、１３８、１３９、１４１、１４２、１４５、１４６、または１４９位のアミノ酸のうち４つ以下が置換され、位置のナンバリングは、配列番号４７～９０、１０４～１７２、１８４～１８７、１８９～１９２または２２４～２３９のうち任意の１つに基づくものである、請求項８６～８９のいずれか１項に記載のＡＣＥ２タンパク質デコイ。
  91. ８、９、１０、９１、９４、９８、１０２、１０５、１０６、１０９、１１２、１１３、１２３、１２７、１２８、１３１、１３２、１３４、１３８、１３９、１４１、１４２、１４５、１４６、または１４９位のアミノ酸のうち３つ以下が置換され、位置のナンバリングは、配列番号４７～９０、１０４～１７２、１８４～１８７、１８９～１９２または２２４～２３９のうち任意の１つに基づくものである、請求項８６～８９のいずれか１項に記載のＡＣＥ２タンパク質デコイ。
  92. ８、９、１０、９１、９４、９８、１０２、１０５、１０６、１０９、１１２、１１３、１２３、１２７、１２８、１３１、１３２、１３４、１３８、１３９、１４１、１４２、１４５、１４６、または１４９位のアミノ酸のうち２つ以下が置換され、位置のナンバリングは、配列番号４７～９０、１０４～１７２、１８４～１８７、１８９～１９２または２２４～２３９のうち任意の１つに基づくものである、請求項８６～８９のいずれか１項に記載のＡＣＥ２タンパク質デコイ。
  93. ８、９、１０、９１、９４、９８、１０２、１０５、１０６、１０９、１１２、１１３、１２３、１２７、１２８、１３１、１３２、１３４、１３８、１３９、１４１、１４２、１４５、１４６、または１４９位のアミノ酸のうち１つ以下が置換され、位置のナンバリングは、配列番号４７～９０、１０４～１７２、１８４～１８７、１８９～１９２または２２４～２３９のうち任意の１つに基づくものである、請求項８６～８９のいずれか１項に記載のＡＣＥ２タンパク質デコイ。
  94. ８、９、１０、９１、９４、９８、１０２、１０５、１０６、１０９、１１２、１１３、１２３、１２７、１２８、１３１、１３２、１３４、１３８、１３９、１４１、１４２、１４５、１４６、または１４９位のアミノ酸はいずれかも置換されず、位置のナンバリングは、配列番号４７～９０、１０４～１７２、１８４～１８７、１８９～１９２または２２４～２３９のうち任意の１つに基づくものである、請求項８６～８９のいずれか１項に記載のＡＣＥ２タンパク質デコイ。
  95. 前記ＡＣＥ２タンパク質デコイは、１００～８００個のアミノ酸、１００～５００個のアミノ酸、または１００～４００個のアミノ酸、または１００～３５０個のアミノ酸、または１００～３００個のアミノ酸、または１００～２５０個のアミノ酸、または１００～２００個のアミノ酸、または１５０～５００個のアミノ酸、または１５０～４００個のアミノ酸、または１５０～３５０個のアミノ酸、または１５０～３００個のアミノ酸、または１５０～２５０個のアミノ酸、または１５０～２００個のアミノ酸からなる、先行請求項のいずれか１項に記載のＡＣＥ２タンパク質デコイ。
  96. 各デコイユニットは、１００～８００個のアミノ酸、１００～５００個のアミノ酸、または１００～４００個のアミノ酸、または１００～３５０個のアミノ酸、または１００～３００個のアミノ酸、または１００～２５０個のアミノ酸、または１００～２００個のアミノ酸、または１５０～５００個のアミノ酸、または１５０～４００個のアミノ酸、または１５０～３５０個のアミノ酸、または１５０～３００個のアミノ酸、または１５０～２５０個のアミノ酸、または１５０～２００個のアミノ酸からなる、請求項１～９４のいずれか１項に記載のＡＣＥ２タンパク質デコイ。
  97. 前記ＡＣＥ２タンパク質デコイは、ＡＣＥ２（配列番号１）と６０％、５５％、５０％、４５％、４０％、または３５％以下の配列同一性を有する、先行請求項のいずれか１項に記載のＡＣＥ２タンパク質デコイ。
  98. 各デコイユニットは、ＡＣＥ２（配列番号１）と６０％、５５％、５０％、４５％、４０％、または３５％以下の配列同一性を有する、請求項１～９６のいずれか１項に記載のＡＣＥ２タンパク質デコイ。
  99. 前記コロナウイルスは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２である、先行請求項のいずれか１項に記載のＡＣＥ２タンパク質デコイ。
  100. ヒトＡＣＥ２へのコロナウイルスの結合を５０％超、６０％超、７０％超、８０％超、または９０％超ブロックする、先行請求項のいずれか１項に記載のＡＣＥ２タンパク質デコイ。
  101. コロナウイルスの宿主細胞への侵入を阻害または防止する、先行請求項のいずれか１項に記載のＡＣＥ２タンパク質デコイ。
  102. 宿主細胞のコロナウイルス感染を低減する、先行請求項のいずれか１項に記載のＡＣＥ２タンパク質デコイ。
  103. バイオレイヤー干渉測定で測定する際に、前記コロナウイルススパイクタンパク質に対して、約２０ｎｍ未満、または約１５ｎＭ未満のＫｄを有する、先行請求項のいずれか１項に記載のＡＣＥ２タンパク質デコイ。
  104. バイオレイヤー干渉測定で測定する際に、前記コロナウイルススパイクタンパク質に対して約５ｎＭ未満のＫｄを有する、先行請求項のいずれか１項に記載のＡＣＥ２タンパク質デコイ。
  105. 前記スパイクタンパク質とＡＣＥ２との相互作用を５０、４０、３０、２０、１０、または５ｎＭ以下のＩＣ５０で阻害する、先行請求項のいずれか１項に記載のＡＣＥ２タンパク質デコイ。
  106. 前記デコイユニットは、０～４個のシステインアミノ酸または０～２個のシステインアミノ酸を含む、先行請求項のいずれか１項に記載のＡＣＥ２タンパク質デコイ。
  107. １～４個のアミノ酸が、システインに置換される、請求項１～１０５のいずれか１項に記載のＡＣＥ２タンパク質デコイ。
  108. 前記デコイユニットは、１個のシステインアミノ酸を含む、先行請求項のいずれか１項に記載のＡＣＥ２タンパク質デコイ。
  109. 前記システインアミノ酸は、アルキル化される、請求項１０６～１０８のいずれか１項に記載のＡＣＥ２タンパク質デコイ。
  110. 前記システインは、Ｈ１、Ｈ２、及びＨ３のタンパク質フォールディング及び結合受容能提示を促進する前記１つ以上の構造ドメイン中にある、請求項１０６～１０９のいずれか１項に記載のＡＣＥ２タンパク質デコイ。
  111. 前記ＡＣＥ２タンパク質デコイは、安定化化合物に連結される、先行請求項のいずれか１項に記載のＡＣＥ２タンパク質デコイ。
  112. 前記安定化化合物は、抗体のＦｃ領域である、請求項１１１に記載のＡＣＥ２タンパク質デコイ。
  113. 前記Ｆｃ領域は、前記ＡＣＥ２タンパク質デコイと翻訳融合する、請求項１１２に記載のＡＣＥ２タンパク質。
  114. 前記ＡＣＥ２タンパク質デコイは、前記ＡＣＥ２タンパク質デコイのシステインで安定化化合物に連結される、請求項１～１１３のいずれか１項に記載のＡＣＥ２タンパク質デコイ。
  115. 前記安定化化合物は、ＰＥＧ分子である、請求項１０７または請求項１１４に記載のＡＣＥ２タンパク質デコイ。
  116. 前記ＰＥＧ分子は、前記タンパク質のシステインで前記ＡＣＥ２タンパク質デコイに連結される、請求項１１５に記載のＡＣＥ２タンパク質デコイ。
  117. 前記ＰＥＧ分子は、マレイミド基を介して前記タンパク質のシステインで前記ＡＣＥ２タンパク質デコイに連結される、請求項１１６に記載のＡＣＥ２タンパク質デコイ。
  118. 前記ＡＣＥ２タンパク質デコイは、１つ、２つ、３つ、４つ、またはそれ以上のデコイユニットを含む、請求項１～１１７のいずれか１項に記載のＡＣＥ２タンパク質デコイ。
  119. 前記ＡＣＥ２タンパク質デコイは、２つ以上のデコイユニットを含み、第１のデコイユニットのＣ末端は、第２のデコイユニットのＮ末端に連結される、請求項１１８に記載のＡＣＥ２タンパク質デコイ。
  120. 前記ＡＣＥ２タンパク質デコイは、２つ以上のデコイユニットを含み、前記２つ以上のデコイユニットは、異なる、請求項１１８または１１９に記載のＡＣＥ２タンパク質デコイ。
  121. 前記ＡＣＥ２タンパク質デコイは、２つ以上のデコイユニットを含み、前記２つ以上のデコイユニットは、同じである、請求項１１８または１１９に記載のＡＣＥ２タンパク質デコイ。
  122. 前記ＡＣＥ２タンパク質デコイは、２つ以上のデコイユニットを含み、ＡＣＥ２タンパク質デコイは、配列番号９１～９５、１９４～１９７、２２３、または２６１～２６３に示されているアミノ酸配列と少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％同一のアミノ酸配列を含む、請求項１１８～１２１のいずれか１項に記載のＡＣＥ２タンパク質デコイ。
  123. 前記ＡＣＥ２タンパク質デコイは、環化される、請求項１２２に記載のＡＣＥ２タンパク質デコイ。
  124. 先行請求項のいずれか１項に記載のＡＣＥ２タンパク質デコイ及び薬学的に許容される担体または希釈剤を含む医薬組成物。
  125. 請求項１～１２３のいずれか１項に記載のようなＡＣＥ２タンパク質デコイをコードするポリヌクレオチド配列を含む単離されたポリヌクレオチド。
  126. 請求項１２５に記載のポリヌクレオチドを含むベクター。
  127. 請求項１２６に記載のベクターを含む単離された宿主細胞。
  128. 請求項１～１２３のいずれか１項に記載のＡＣＥ２タンパク質デコイを発現する単離された宿主細胞。
  129. 請求項１２７または１２８に記載の宿主細胞を、ＡＣＥ２タンパク質デコイを発現するのに適した条件下でインキュベートすることを含む、前記ＡＣＥ２タンパク質デコイを作成する方法。
  130. 前記ＡＣＥ２タンパク質デコイを単離することをさらに含む、請求項１２９に記載の方法。
  131. コロナウイルス感染を予防する方法であって、請求項１～１２３のいずれか１項に記載のＡＣＥ２タンパク質デコイまたは請求項１２４に記載の医薬組成物を、それを必要とする対象に投与することを含む、前記方法。
  132. コロナウイルス感染の少なくとも１つの症状を予防、治療または緩和する方法であって、請求項１～１２３のいずれか１項に記載のＡＣＥ２タンパク質デコイまたは請求項１２４に記載の医薬組成物を、それを必要とする対象に投与することを含む、前記方法。
  133. コロナウイルス感染の少なくとも１つの症状を予防、治療または緩和する方法であって、請求項１～１２３のいずれか１項に記載のＡＣＥ２タンパク質デコイをコードする核酸を投与することを含む、前記方法。
  134. 前記少なくとも１つの症状または徴候は、肺の炎症、肺胞障害、ウイルス負荷、発熱、咳、息切れ、肺炎、下痢、臓器不全、及び敗血症性ショックからなる群から選択される、請求項１３２または１３３に記載の方法。
  135. 前記医薬組成物、またはＡＣＥ２タンパク質デコイ、またはＡＣＥ２タンパク質デコイをコードする核酸は、予防的または治療的にそれを必要とする患者に投与される、請求項１３１～１３４のいずれか１項に記載の方法。
  136. 前記医薬組成物、ＡＣＥ２タンパク質デコイ、またはＡＣＥ２タンパク質デコイをコードする核酸は、第２の治療剤と組み合わせて投与される、請求項１３１～１３４のいずれか１項に記載の方法。
  137. 前記第２の治療剤は、抗炎症薬（コルチコステロイド、及び非ステロイド性抗炎症薬など）、抗ウイルス薬、抗生物質、抗酸化薬などの栄養補助食品、及びコロナウイルス感染を治療するための任意の他の緩和的治療からなる群から選択される、請求項１３６に記載の方法。
  138. 前記第２の治療剤は、サイトカイン放出症候群を治療するために使用される薬物である、請求項１３６または１３７に記載の方法。
  139. 前記医薬組成物または前記ＡＣＥ２タンパク質デコイは、全身投与される、請求項１２３、１２４、１３１、１３２、または１３４～１３８のいずれか１項に記載の方法。
  140. 前記医薬組成物または前記ＡＣＥ２タンパク質デコイは、局所的に投与される、請求項１２３、１２４、１３１、１３２、または１３４～１３８のいずれか１項に記載の方法。
  141. 前記医薬組成物または前記ＡＣＥ２タンパク質デコイは、肺への吸入を介して投与される、請求項１４０に記載の方法。
  142. 前記感染は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２によって引き起こされる、請求項１３１～１４１のいずれか１項に記載の方法。
  143. 生体サンプルにおけるコロナウイルススパイクタンパク質ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｓを検出する方法であって、前記生体サンプルを請求項１～１２２のいずれか１項に記載のＡＣＥ２タンパク質デコイに接触させるステップと、前記生体サンプルにおけるコロナウイルススパイクタンパク質を検出するステップと、を含む、前記方法。
  144. コロナウイルスＡＣＥ２結合スパイクタンパク質ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｓに特異的に結合するＡＣＥ２タンパク質デコイであって、前記ＡＣＥ２タンパク質デコイは、配列番号４７～９５、１０４～１７２、１８４～１９７、２２３～２３９、２５５～２６３、または２６４～２６５に示されているアミノ酸配列と少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％同一のアミノ酸配列を含み、それぞれのＸＬは、個別のアミノ酸リンカーである、前記ＡＣＥ２タンパク質デコイ。
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