JP2023515386A - 制御性ｔ細胞エピトープと脱寛容化ｓａｒｓ－ｃｏｖ－２抗原 - Google Patents

制御性ｔ細胞エピトープと脱寛容化ｓａｒｓ－ｃｏｖ－２抗原 Download PDF

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Abstract

本発明は、制御性Ｔ細胞エピトープを含む組成物に関し、ここで前記エピトープは、配列番号４－３７０、３９１－４４０、および４４８－８３３（および／またはその断片および変異体）の少なくとも一部、および任意選択で、配列番号４－３７０、３９１－４４０、および４４８－８３３のポリペプチドのＮ末端および／またはＣ末端に任意の比率で分布する１～１２の追加のアミノ酸を含むポリペプチドが、ならびにそれを製造および使用する方法である。本発明はさらに、制御性Ｔ細胞エピトープに対する脱寛容化抗原であって、１または複数の同定されたＴ細胞エピトープが欠失、部分欠失および／または変異しているＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のタンパク質またはポリペプチドを含む、脱寛容化抗原に関する。【選択図】図２

Description

関連出願
（関連出願との相互参照）
２０２０年２月１４日に出願した米国仮出願６２／９７６，７１５号、２０２０年３月１９日に出願した米国仮出願６２／９９１，７９０号、２０２０年３月３０日に出願した米国仮出願６３／００１，６３２号、２０２０年８月１３日に出願した米国仮出願６３／０６５，１２９号、２０２０年９月１日に出願した米国仮出願６３／０７３，１６１号、２０２０年９月２５日に出願した米国仮出願６３／０８３，３８９号、２０２０年１０月１５日に出願した米国仮出願６３／０９２，２２９号、２０２０年２月２８日に出願した米国仮出願６２／９８３，０１２号号、２０２０年３月１９日に出願した米国仮出願６２／９９１，８１４号、２０２０年８月１３日に出願した米国仮出願６３／０６５，１６１号、２０２０年９月２１日に出願した米国仮出願６３／０８１，０６２号、２０２０年３月３０日に出願した米国仮出願６３／００１，６２４号、２０２０年８月１３日に出願した米国仮出願６３／０６５，１３５号、２０２０年４月３日に出願した米国仮出願６３／００４，７２９号、２０２０年８月１３日に出願した米国仮出願６３／０６５，１５２号、２０２０年４月８日に出願した米国仮出願６３／００６，９６２号、２０２０年８月１３日に出願した米国仮出願６３／０６５，１６３号、２０２０年９月１日に出願した米国仮出願６３／０７３，１５６号、および２０２０年９月２１日に出願した米国仮出願６３／０８１，０５５号の優先権を主張するものであり、各内容全体が参照によりここに組み込まれる。
本出願は、ＡＳＣＩＩ形式で電子的に提出されたシーケンスリストを含んでおり、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。作成された当該ＡＳＣＩＩコピーは、「EPV0036WO_Seq_Listing_ST25.txt」と名付けられ、サイズは３９３ＫＢバイトである。
本開示は、一般に、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ウイルスからの免疫抑制ペプチド及び脱寛容化抗原（immune-suppressive peptides and detolerized antigens from the SARS-CoV-2）に関する。本開示は、新規クラスの制御性Ｔ細胞活性化エピトープ（regulatory T cell activating epitope）（「Ｔレジトープ」（“Tregitope”）、「Ｔｒｅｇ活性化制御性Ｔ細胞エピトープ」（“Treg activating regulatory T-cell epitope”）、「Ｔレジトープペプチド」（“Tregitope peptide”）、又は「Ｔ細胞エピトープポリペプチド」（“T-cell epitope polypeptide”）と称する）及び／又はその脱寛容化された抗原（detolerized antigens）（以下、単に脱寛容化抗原と称する）、並びにそれらを製造及び使用する組成物及び方法に関するものである。そのような化合物および組成物には、Ｔレジトープポリペプチドまたはその脱寛容化抗原（コンカテマーポリペプチドおよびキメラまたは融合ポリペプチドを含む）、ならびに核酸、プラスミド、ベクター（発現ベクターを含む）、および該ポリペプチドを発現する細胞、医薬組成物、およびワクチンが含まれる。本開示はまた、一般に、重症急性呼吸器症候群コロナウイルス２（ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２）または関連コロナウイルスに対する方法、アッセイ、およびキット、ならびにＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染または関連コロナウイルス感染の診断のための方法、アッセイ、およびキットに関するものである。
重症急性呼吸器症候群コロナウイルス２（ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２）は、コロナウイルス科に属するポジティブセンスの一本鎖リボ核（ＲＮＡ）ウイルスである。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２（本明細書では「ＣＯＶＩＤ－１９ウイルス」とも呼ばれる場合がある）は、２０１９年後半に中国の武漢で初めて確認され、高伝染性コロナウイルス疾患２０１９（「ＣＯＶＩＤ－１９」、「２０１９新規コロナウイルス」、「２０１９－ｎＣｏＶ」と称されてきており本明細書ではそう呼ぶことがある）の原因であるとされている。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染は、コロナウイルス病２０１９（ＣＯＶＩＤ－１９）として知られる、軽度または無症状から急速に致命的となる重篤な合併症まで、多くの場合６５歳以上の成人および心血管疾患、２型糖尿病、肥満などの基礎疾患を有する個人で幅広い疾患を引き起こす。ＣＯＶＩＤ－１９の世界的な広がりは、２０２０年３月１１日に世界保健機関（ＷＨＯ）によりパンデミック（世界的流行）と宣言された。２０２０年１２月２５日現在、重症急性呼吸器症候群コロナウイルス２型（ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２）の世界的な広がりにより、中国の武漢で最初の患者が現れてから１０カ月足らずで、ＣＯＶＩＤ－１９の患者数は７９００万人以上、死者は１７０万人、世界経済の混乱が発生している。重症化しない自然感染からの回復と、若年者における重症化に対する抵抗性は、防御免疫応答を再現するワクチン戦略によって、ＣＯＶＩＤ－１９の大流行を終わらせるために免疫系を活用できることを示唆している。
ＣＯＶＩＤ－１９の防御の免疫相関はまだ定義されていないが、いくつかの研究では、細胞性獲得免疫機構がＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の制御に寄与していることが示されている。液性免疫応答もまた防御に寄与しており、現在のワクチン開発の焦点となっている。ウイルス特異的なＩｇＭおよびＩｇＧ抗体は、ほぼすべての感染症で認められる。セロコンバージョンは、症状発現後７日から１４日目に観察され、ウイルスが消失した後も数週間持続する。抗体量は感染後４－５ヶ月で減少するが、軽症および重症の場合、耐久性のあるメモリーＢ細胞免疫が報告されている。抗体は、表面のスパイク糖タンパク質と内部のヌクレオカプシドタンパク質に対して見いだされる。中和抗体はスパイクの受容体結合ドメインを標的とし、宿主受容体であるアンジオテンシン変換酵素２（ＡＣＥ２）を介した細胞侵入を阻止する。中和抗体は、セロコンバージョンした人の９０％以上に認められる。医療従事者の前向き研究では、抗ＣＯＶＩＤ－１９ ＩｇＧ抗体価は、その後のＰＣＲ検査陽性となることからの保護と相関しており、抗体、Ｔ細胞応答（高い抗体価をもたらす）のいずれか、または両方がその後の感染からの保護と相関していることが示唆された。他の研究では、スパイク特異的濾胞ヘルパーＣＤ４ Ｔ細胞（Ｔｆｈ）頻度が中和抗体反応と相関していることが示されている。現在、ＣＯＶＩＤ－１９ワクチンは抗体反応の生成に焦点が当てられているが、この後者の発見は、免疫生成におけるＴ細胞の重要な役割を明らかにするものである。
さらに最近、様々なＴ細胞応答と感染防御との相関が明らかになり始めている。大規模な前向き研究（プロスペクティブスタディ）により、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２特異的Ｔ細胞の数は間接的に疾患リスクと相関することが示された。スパイク、膜およびヌクレオカプシドタンパク質に対するＴ細胞応答が低い人はＣＯＶＩＤ－１９を発症し、高い応答者はたとえ血清陰性であっても発症しないのである。Ｔ細胞の幅も保護反応の重要な特徴であり、軽症の患者は重症の患者と比較して、血液および気管支肺胞洗浄液中のＴＣＲクローナリティが高いことが分かっている。
Ｔ細胞の表現型と機能も軽症と重症の予測に役立つ可能性がある。予後不良は、ＰＤ－１やＴＩＭ－３消耗マーカーの発現増強、ＣＴＬＡ－４やＴＩＧＩＴなどの阻害分子レベルの上昇、多機能ＣＤ４およびＣＤ８ Ｔ細胞の低頻度、ＧｚｍＢ産生ＣＤ８ Ｔ細胞の低頻度などのＴ細胞障害の複数の兆候と関連している。一方、非重症患者は、抑制分子のレベルが低く、ＧｚｍＡ、ＧｚｍＢ、パーフォリンエフェクターが高い。さらに、ＣＯＶＩＤ－１９で死亡した患者ではリンパ節にＴｆｈ（濾胞性ヘルパーＴ細胞）が見られないのとは対照的に、回復した患者ではウイルスが消失した時点で末梢にＴｆｈが見られ、回復期まで持続していることがわかった。これらの知見は、ＣＯＶＩＤ－１９免疫の理解を深め、Ｔ細胞免疫を利用した抗体およびＴ細胞指向性ワクチンを開発するために、Ｔ細胞のエピトープ特異性を明らかにすることの重要性を強調するものである。
したがって、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に含まれるＣＤ４＋およびＣＤ８＋エフェクターＴ細胞エピトープ、ならびに寛容誘導性制御性Ｔ細胞エピトープを同定し、有効な医薬品およびワクチンの開発・設計に利用することが急務となっている。
さらに、自己抗原や外来抗原に対する寛容性を人工的に誘導することは、自己免疫疾患、移植、アレルギーなどの治療の目標である。自己および非自己の治療用タンパク質を標的とする免疫応答は、しばしば臨床効果を制限する。治療用タンパク質組成物に対する寛容性を誘導する免疫調節治療は、抗薬物抗体（ＡＤＡ）の形成を減少させ、臨床成果を改善する可能性がある。最近まで、治療用耐性の誘導は、広範な免疫細胞枯渇療法に依存していた。これらの広範なアプローチは、一般に免疫系を弱め、多くの対象を日和見感染、自己免疫攻撃、及び癌に対して脆弱なままにしている。当技術分野では、免疫寛容の誘導に対して、より攻撃的でなく、より的を絞ったアプローチに対するニーズが存在する。
免疫寛容は、抗原提示細胞（ＡＰＣ）、Ｔ細胞、Ｂ細胞、サイトカイン、ケモカイン、表面受容体の間の複雑な相互作用によって制御されている。新生児期の胸腺では、髄質上皮細胞が未熟なＴ細胞に対して特異的な自己タンパク質エピトープを発現し、最初の自己／非自己の識別が行われる。高親和性の自己抗原を認識するＴ細胞は削除されるが、中程度の親和性を持つ自己反応性Ｔ細胞は削除を免れ、「ナチュラル」制御性Ｔ細胞（ＴＲｅｇ細胞）に変化することがある。これらのナチュラルＴＲｅｇ細胞は末梢に輸出され、潜在的な自己免疫応答の制御に役立っている。
第二の形態の耐性は末梢で発達する。この場合、活性化Ｔ細胞は、ＩＬ－１０、ＴＧＦ－β、ＣＣＬ１９などの特定の免疫抑制サイトカインやケモカインの作用によって、「アダプティブ」ＴＲｅｇ表現型に変換される。これらの「アダプティブ」ＴＲｅｇ細胞の役割としては、侵入した病原体の除去に成功した後の免疫応答の抑制、アレルギー反応による過剰な炎症の抑制、低レベルあるいは慢性感染による過剰な炎症の抑制、あるいは有益な共生細菌を標的とした炎症反応の抑制が考えられる。
内在性（naturally occurring）ＴＲｅｇ（ナチュラルＴＲｅｇとアダプティブＴＲｅｇの両方を含む）は、末梢における免疫調節の重要な構成要素である。例えば、ナチュラルＴＲｅｇがＴＣＲを介して活性化されると、ナチュラルＴＲｅｇは免疫調節サイトカインとケモカインを発現する。活性化されたナチュラルＴＲｅｇは、接触依存的および独立したメカニズムにより、近傍のエフェクターＴ細胞を抑制する可能性がある。さらに、ＩＬ－１０やＴＧＦ－βなど、これらの細胞から放出されるサイトカインは、抗原特異的なアダプティブＴＲｅｇを誘導する能力がある。広範囲にわたる努力にもかかわらず、少数の例外を除いて、ナチュラルＴＲｅｇ、さらに言えば臨床的にかなりの量で循環するナチュラルＴＲｅｇの抗原特異性は未だ不明である。さらに、ウイルスのような病原体は、自己のエピトープと高度に相互保存されたエピトープ（「寛容化された」（tolerized）抗原またはエピトープ）を持っているようであり、制御性Ｔ細胞の活動を著しく拡大し、獲得免疫応答を弱める、あるいは免れる免疫カモフラージュにつながる可能性がある。例えば、Ｈ７Ｎ９ＨＡインフルエンザを用いた自然感染またはアジュバントなしのワクチン接種では、これらのエピトープによってＴｒｅｇ応答が誘導され、Ｈ７Ｎ９感染で報告されているように、液性免疫応答が低下し遅延することがある（Guo L et al., Emerg. Infect. Dis., 20:192-200, 2013）。慢性疾患ウイルスは、自己と高度に相互保存されたこのようなエピトープを多く持ち、制御性Ｔ細胞（Ｔｒｅｇ）を著しく増殖するようであるため、免疫カモフラージュは、それにより、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２を含む特定のヒト病原体が獲得免疫応答を弱める、あるいは逃れる上で重要であると考えられる。このような対策として、これらの抗原のアンカーやＴＣＲ認識に変異を与えて免疫系の脱寛容化を高めることが、明らかにカモフラージュした活動に対抗する方法として考えられる。
したがって、制御性Ｔ細胞エピトープ（「Ｔレジトープ」）およびその脱寛容化抗原の同定、それらを含む組成物、ならびにそれらの調製および使用に関する方法が、当技術分野において必要とされている。
複数の態様において、本開示は、新規の、治療用制御性Ｔ細胞エピトープ組成物に関する。そのような組成物には、例えば、１または複数の配列番号４－３７０、３９１－４４０、及び４４８－８３３及び／又はその断片及び変異体、および任意選択で、本明細書に開示される配列番号４－３７０、３９１－４４０、および４４８－８３３のポリペプチドのＮ末端および／またはＣ末端に任意の比率で分布する１～１２の追加のアミノ酸を含み、またはこれ（ら）のみからなり、または本質的にこれ（ら）からなる配列を有する、１つ以上のポリペプチド（本明細書では「Ｔレジトープ」と称することがある）（複数の態様において、ポリペプチドは分離、合成または組換えであってもよい）を含み；核酸、発現カセット、プラスミド、発現ベクター、組換えウイルス、または細胞（これらの全ては、複数の態様において、分離され、合成され、または組換えであってもよい）；本明細書に開示されるキメラまたは融合ポリペプチド組成物（これらは複数の態様において、分離され、合成され、または組換えられ得る）；および／または本明細書に開示される医薬組成物または処方、ならびにそれらの使用、例えば、体内の免疫応答を抑制するため、より具体的には、医学的状態を治療するための治療剤の投与によって引き起こされる体内の免疫応答を抑制するための使用に関する。
さらなる態様において、本開示は、脱寛容化抗原（detolerized antigen）に関する。本明細書に記載するように、脱寛容化抗原は、ＴＲｅｇ細胞の係合及び／又は活性化が悪影響を受けるようなＴレジトープ又はその１または複数の変異の組成物内において、除外（absence）の状態を含み得る。複数の態様において、脱寛容化抗原は、本明細書で議論されるＴレジトープの除去を含む。複数の態様において、本開示は、ＴＲｅｇ細胞を活性化または係合できないように、本明細書で特定されるＴレジトープが除去され、および／または存在しないＳａｒｓ－ＣｏＶ－２の免疫原性組成物に関係する。例えば、本開示は、配列番号４－３７０、３９１－４４０、及び４４８－８３３のＴレジトープのうちの１または複数を欠く脱寛容化抗原組成物に関するものである。さらなる態様において、脱寛容化抗原は、本明細書に規定するＴレジトープに対する変異又は突然変異を含む。複数の態様において、脱寛容化抗原は、ＭＨＣ及び／又はＴ細胞受容体への結合効率が悪影響を受け、それによってＴＲｅｇ細胞の係合（engagement）及び／又は活性化を減少させる又は取り消すような、本明細書に規定するＴレジトープに対する変異又は突然変異に関するものである。
本明細書に開示されるＴレジトープ組成物および脱寛容化抗原組成物の使用による、内在性ＴＲｅｇ（複数の態様において、ナチュラルＴＲｅｇおよび／またはアダプティブＴＲｅｇを含む）の選択的係合および活性化は、望ましくない免疫応答の存在によって特徴付けられる任意の疾患または状態の治療手段として治療的に価値がある。そのような望ましくない免疫応答の例としては、以下のものが挙げられる：１型糖尿病、ＭＳ、ループス、及びＲＡなどの自己免疫疾患；移植片対宿主病（ＧＶＨＤ）及び宿主対移植片病（ＨＶＧＤ）などの移植関連障害；アレルギー反応；モノクローナル抗体などの生体医薬の免疫拒絶；置換タンパク質を標的とする免疫応答；ボツリヌス毒素などの治療毒物を標的とする免疫応答；並びに急性又は慢性であるかを問わず感染症に対する免疫応答。１または複数の脱寛容化抗原を特徴とするＳａｒｓ－ＣｏＶ－２に対する免疫応答を刺激する組成物を提供することは、ＴＲｅｇの活性化または本明細書に規定する免疫カモフラージュを回避するのに有益であることがさらに理解されよう。したがって、本明細書で同定されるＴレジトープの不在及び／又は変異を有する組成物は、強化された及び／又はより効果的な免疫応答を提供することができる。
複数の態様において、本開示は、内在性ＴＲｅｇ（複数の態様において、ナチュラルＴＲｅｇおよび／またはアダプティブＴＲｅｇを含む）の機能を利用し、特に複数の態様において、末梢における外来タンパク質および自己タンパク質に対する免疫応答を既に制御しているそれらの細胞（既存の（pre-existing）またはナチュラルＴＲｅｇ）を利用するものである。複数の態様において、本開示はＴレジトープ組成物を提供し、かかる組成物は、１または複数の配列番号４－３７０、３９１－４４０、および４４８－８３３、および／またはその断片または変異体、および、任意選択で、本明細書に開示するようにＮ末端および／またはＣ末端に任意の比率で分布する１～１２の追加アミノ酸を含み、またはこれらのみからなり、本質的にこれらからなる配列を有する、１または複数のポリペプチド；本明細書に開示される核酸、発現カセット、プラスミド、発現ベクター、組換えウイルス、または細胞（複数の態様において、これらはすべて、分離、合成、または組換えであってよい）；本明細書に開示されるキメラまたは融合ポリペプチド組成物（複数の態様において、これらは、分離、合成、または組換えであってよい）；および／または本明細書に開示される医薬組成物または製剤を含む。複数の態様において、本開示のＴレジトープまたはその脱寛容化抗原組成物は、共有結合、非共有結合、または特定の標的抗原との混和のいずれであってもよい。
複数の態様において、本開示は、１または複数の配列番号４－３７０、３９１－４４０、および４４８－８３３を含み、またはこれ（ら）のみからなり、または本質的にこれ（ら）からなる配列を有するポリペプチドに関する。「本質的に～からなる」という表現は、本開示によるポリペプチドが、配列番号４－３７０、３９１－４４０、および４４８－８３３のいずれかによる配列、又はその断片若しくは変異体に加え、必ずしもＭＨＣリガンドとして機能するペプチドの部分を必ずしも形成せず、かつそれらがＴレジトープとして機能するペプチドの活性を実質的に損なわないことを条件として、ペプチドのいずれかの末端及び／又は側鎖に存在し得る追加のアミノ酸又は残基を含む。特定の態様において、Ｔレジトープは、Ｎ末端アセチル基及び／又はＣ末端アミノ基でキャップされてもよい。
複数の態様において、本発明の開示は、配列番号４－３７０、３９１－４４０および４４８－８３３のアミノ酸配列（および／またはその断片もしくは変異体）、および、任意選択で、配列番号４－３７０、３９１－４４０および４４８－８３３のポリペプチドのＮ末端および／またはＣ末端に任意の比率で分布する１～１２の追加アミノ酸、を含み、またはこれ（ら）のみからなり、または本質的にこれ（ら）からなる、ペプチドまたはポリペプチドに関する。
複数の態様において、本発明の開示は、配列番号４－３７０、３９１－４４０、及び４４８－８３３のアミノ酸配列、および、任意選択で、コアアミノ酸配列のＣ末端及び／又はＮ末端に１～１２の追加のアミノ酸を有する１または複数のペプチドまたはポリペプチド、を含み、またはこれらのみからなり、本質的にこれらからなるコアアミノ酸配列を有する、ペプチドまたはポリペプチドに関し、これらの隣接アミノ酸（フランクアミノ酸）（flanking amino acids）の全体の数は、１～１２、１～３、２～４、３～６、１～１０、１～８、１～６、２～１２、２～１０、２～８、２～６、３～１２、３～１０、３～８、３～６、４～１２、４～１０、４～８、４～６、５～１２、５～１０、５～８、５～６、６～１２、６～１０、６～８、７～１２、７～１０、７～８、８～１２、８～１０、９～１２、９～１０または１０～１２であり、隣接アミノ酸は、Ｃ末端およびＮ末端に対して任意の比率で分配されてもよい（例えば、すべての隣接アミノ酸は、一方の末端に付加することもでき、アミノ酸は両方の末端に等しく、または他の任意の割合で、付加することもできる）。
複数の態様において、本発明の開示は、配列番号４－３７０、３９１－４４０および４４８－８３３のアミノ酸配列（および／またはその断片もしくは変異体）、および、任意選択で、配列番号４－３７０、３９１－４４０および４４８－８３３のポリペプチドのＮ末端および／またはＣ末端に任意の比率で分布する１～１２の追加アミノ酸を有する、１または複数のペプチドまたはポリペプチドを含み、またはこれ（ら）のみからなり、または本質的にこれ（ら）からなる、コア配列を有するペプチドまたはポリペプチドに関し、ここで、これらの隣接するアミノ酸の全体の数は、１～１２、１～３、２～４、３～６、１～１０、１～８、１～６、２～１２、２～１０、２～８、２～６、３～１２，３～１０、３～８、３～６、４～１２、４～１０、４～８、４～６、５～１２、５～１０、５～８、５～６、６～１２、６～１０、６～８、７～１２、７～１０、７～８、８～１２、８～１０、９～１２、９～１０または１０～１２であり、隣接アミノ酸は、Ｃ末端およびＮ末端に対して任意の比率で分配されてもよい（例えば、すべての隣接アミノ酸は、一方の末端に加えられてもよく、またはアミノ酸は、両方の末端に等しくまたは任意の他の比率で加えられてもよい）が、隣接アミノ酸を有するポリペプチドは、依然として、前記隣接アミノ酸を有しない前記ポリペプチドコア配列と同じＨＬＡ分子に結合できる（すなわち、ＭＨＣ結合性を保持する）。
複数の態様において、前記隣接アミノ酸を有する前記ポリペプチドは、前記隣接アミノ酸を有さない前記ポリペプチドコア配列と同じＨＬＡ分子に結合すること（すなわち、ＭＨＣ結合性を保持すること）および／または同じＴＣＲ特異性を保持することが可能である。複数の態様において、前記隣接アミノ酸配列は、内在するタンパク質において、そこに含まれるペプチドまたはポリペプチドの態様にも存在するものである。
例えば、ペプチドまたはポリペプチドが、配列番号６、７、１８－３１、１８６－２３１、および４４８－４５９のアミノ酸配列（および／またはその断片および変異体）、および、任意選択で、Ｃ末端および／またはＮ末端に１～１２のアミノ酸の延長を有する１または複数のペプチドまたはポリペプチドを含み、またはこれ（ら）のみからなり、または本質的にこれ（ら）からなるコア配列を有する場合、１～１２の追加のアミノ酸の伸長は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のエンベロープ（配列番号１）のアミノ酸配列において配列番号６、７、１８－３１、１８６－２３１、および４４８－４５９のアミノ酸配列の隣接（flanking）アミノ酸として見出されるものである。
ペプチドまたはポリペプチドが、配列番号４、５、１７、３２－４１、２３２－２４５、４４０、および４５０－４７１のアミノ酸配列（および／またはその断片および変異体）、および、任意選択で、Ｃ末端および／またはＮ末端に１～１２のアミノ酸の延長を有する１または複数のペプチドまたはポリペプチドを含み、またはこれ（ら）のみからなり、または本質的にこれ（ら）からなるコア配列を有する場合、１～１２の延長されたアミノ酸は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の膜（配列番号２）のアミノ酸配列において配列番号４、５、１７、３２－４１、２３２－２４５、４４０、および４５０－４７１のアミノ酸配列の隣接アミノ酸として見出されるものである。
ペプチドまたはポリペプチドが、配列番号８－１７、４２－９３、２４６－３７０、４２２、４２３、４３２、４３４－４３９、および７９４－８３３（および／またはその断片および変異体）、および、任意選択で、Ｃ末端および／またはＮ末端に１～１２のアミノ酸の延長を有する１または複数のペプチドまたはポリペプチドを含み、またはこれ（ら）のみからなり、または本質的にこれ（ら）からなるコア配列を有する場合、１～１２のアミノ酸の延長は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のスパイク（番号配列３）のアミノ酸配列において８－１７、４２－９３、２４６－３７０、４２２、４２３、４３２、４３４－４３９、および７９４－８３３のアミノ酸配列の隣接アミノ酸として見出されるものである。
複数の態様において、本明細書に記載される前記隣接アミノ酸配列は、ＭＨＣ安定化領域として機能し得る。より長いペプチドの使用は、患者細胞による内在性プロセシングを可能にし、より効果的な抗原提示およびＴ細胞応答の誘導につながる可能性がある。複数の態様において、ペプチドまたはポリペプチドは、中性（非荷電）または塩のいずれかの形態であることができ、グリコシル化、側鎖酸化、またはリン酸化などの改変を含んでもよく、または含まなくてもよい。特定の態様において、Ｔレジトープは、Ｎ末端アセチル基および／またはＣ末端アミノ基でキャップされていてもよい。
さらなる態様において、本開示は、脱寛容化抗原（本明細書で論じる同定されたＴレジトープが抗原から除去されるか、またはＴレジトープが、欠失、部分欠失またはアミノ酸変異（複数可）などにより改変されてもはや寛容化エピトープ（tolerizing epitopes）として機能しなくなったもの）に関するものである。例えば、複数の態様において、抗原又はポリペプチド配列からの同定された制御性Ｔ細胞エピトープの１または複数の除去は、１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープのアミノ酸の全て又は一部の欠失を含む。
複数の態様において、抗原又はポリペプチド配列からの１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープの前記除去は、１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープのアミノ酸の一部又は全ての欠失と、制御性Ｔ細胞エピトープのアミノ酸の欠失の部位における１または複数のアミノ酸の付加を含んでいる。
複数の態様において、抗原又はポリペプチド配列からの１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープの前記除去は、１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープを変異させること（限定されないが、例えば、部位特異的変異誘発又は他の組み換え技術によって１または複数の点変異（point mutations）を１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープへ導入）を含んでいる。
複数の態様において、抗原またはポリペプチド配列からの１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープの前記除去は、１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープ配列に１または複数のアミノ酸を導入することを含み、複数の態様において、配列の免疫原性が高められるように１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープ配列が破壊されることになる。
複数の態様において、除去部位における前記付加された１または複数のアミノ酸の数は、前に存在した制御性Ｔ細胞エピトープアミノ酸から削除されたアミノ酸の数に対応する必要はない。
このように、本開示は、Ｓａｒｓ－ＣｏＶ－２抗原又はそれに由来するポリペプチドを含み、ここで、投与された場合、前記抗原が脱寛容化し、ＴＲｅｇ細胞に係合または刺激しないように、本明細書に規定する１または複数のＴレジトープが欠失、部分欠失又は変異している。そのような欠失、部分欠失又は変異は、抗原又はそれを含むポリペプチド配列からの配列番号４－３７０、３９１－４４０、及び４４８－８３３に規定されるアミノ酸配列の１つ以上に対する、非存在（absence）、欠失（deletion）、部分欠失（partial deletion）、又は変異（mutation）を含んでもよい。
複数の態様において、寛容化エピトープ（Ｔレジトープ）が同定されており、そのようなエピトープの結合は、そこに含まれるアンカー残基の欠失、部分欠失及び／又は変異によって破壊されてもよい。アンカー残基に対するそのような変異は、結合に不利な置換アミノ酸を選択しなければならない。ＥｐｉＭａｔｒｉｘが破壊的（予測されるＴ細胞エピトープの含有量を減らす）であると特定したアミノ酸置換は、すべて実行可能である。免疫原性を改善し、寛容性を低下させるための標的アンカー残基および特定の変異が、本明細書に開示されている。さらに、ＴＣＲ接触を変異させることによって、そのような寛容化エピトープのＴ細胞認識を破壊することができる。ＴＣＲ接触に対する任意のアミノ酸置換は、ＴＣＲ認識を破壊することができる。そのようなエピトープに対する標的化ＴＣＲ接触が、本明細書に開示されている。
詳細な説明でさらに説明するように、複数の態様において、脱寛容化抗原は、配列番号１との関係において、Ｖ６２、Ｌ６５、Ｓ６７、Ｖ７０、Ｋ６３、Ｎ６４、Ｎ６６、Ｓ６８、Ｒ６９、Ｔ１１、Ｌ１２、Ｖ１４、Ｎ１５、Ｓ１６、Ｖ１７、Ｌ１９、Ｆ２０、Ａ２２、Ｆ２３，Ｖ２４、Ｖ２５、Ｆ２６、Ｌ２７、Ｌ２８、Ｖ２９、Ｔ３０、Ｌ３１、Ａ３２、Ｉ３３、Ｌ３４、Ａ３６、Ｒ３８、Ａ４１、Ｉ１３、Ｌ１８、Ｆ２０、Ｌ２１、Ｔ３５、Ｌ３７、Ｌ３９、および／またはＣ４０のいずれかの位置に変異を有している、配列番号６、７、１８－３１、１８６－２３１および／または４４８－４５９に記載のアミノ酸配列を有する１または複数のペプチドまたはポリペプチドを含み、またはこれ（ら）のみからなり、または本質的にこれ（ら）からなる。さらなる態様において、変異は、配列番号１との関係において、Ｖ６２Ａ、Ｖ６２Ｇ、Ｖ６２Ｎ、Ｖ６２Ｑ、Ｖ６２Ｓ、Ｖ６２Ｔ、および／またはＳ６７Ｑの１つ以上を含んでいる。
詳細な説明でさらに説明するように、複数の態様において、脱寛容化抗原は、配列番号２との関係において、Ｉ１１８、Ｎ１２１、Ｐ１２３、Ｇ１２６、Ｌ１１９、Ｌ１２０、Ｖ１２２、Ｌ１２４、Ｈ１２５、Ｙ１７９、Ｇ１８２、Ｓ１８４、Ｖ１８７、Ｋ１８０、Ｌ１８１、Ａ１８３、Ｑ１８５、および／またはＲ１８６のいずれかの位置に変異がある、配列番号４、５、１７、３２－４１、２３２－２４５、４４０、および４５０－４７１に記載のアミノ酸配列を有する１または複数のペプチドまたはポリペプチドを含み、またはこれらのみからなり、本質的にこれらからなる。さらなる態様において、変異は、配列番号２との関係において、Ｉ１１８Ａ、Ｉ１１８Ｇ、Ｉ１１８Ｎ、Ｉ１１８Ｑ、Ｉ１１８Ｓ、Ｉ１１８Ｔ、Ｎ１２１Ｐ、Ｐ１２３Ｑ、Ｐ１２３Ｇ、Ｇ１２６Ｐ、Ｙ１７９Ａ、Ｙ１７９Ｎ、Ｙ１７９Ｑ、Ｙ１７９Ｓ、Ｙ１７９Ｔ、Ｓ１８４Ｇ、Ｓ１８４Ｑ、および／またはＳ１８４Ｔの１つ以上を含んでいる。
詳細な説明でさらに説明するように、複数の態様において、脱寛容化抗原は、配列番号３との関係において、Ｆ２８、Ｓ３１、Ｌ３３、Ｔ３６、Ｄ３８、Ｌ４１、Ｒ２９、Ｓ３０、Ｖ３２、Ｈ３４、Ｓ３５、Ｑ３７、Ｌ３９、Ｆ４０、Ｉ１９５、Ｖ１９８、Ｄ２００、Ｑ２０３、Ｎ１９６、Ｌ１９７、Ｒ１９９、Ｌ２０１、Ｐ２０２、Ｉ２２０、Ｆ２２３、Ｔ２２５、Ａ２２８、Ｔ２２１、Ｒ２２２、Ｑ２２４、Ｌ２２６、Ｌ２２７、Ｙ２５４、Ｐ２５７、Ｙ２５９、Ｌ２６２、Ｌ２５５、Ｑ２５６、Ｒ２５８、Ｆ２６０、Ｌ２６１、Ｖ４９６、Ｓ４９９、Ｅ５０１、Ｈ５０４、Ｖ４９７、Ｌ４９８、Ｆ５００、Ｌ５０２、Ｌ５０３、Ｌ８０６、Ｎ８０９、Ｖ８１１、Ａ８１４、Ｌ８０７、Ｆ８０８、Ｋ８１０、Ｔ８１２、Ｌ８１３、Ｌ８４３、Ｌ８４６、Ｐ８４８、Ｔ８５１、Ｔ８４４、Ｖ８４５、Ｐ８４７、Ｌ８４９、Ｌ８５０、Ｆ９１２、Ａ９１５、Ｇ９１７、Ｑ９２０、Ｌ９２３、Ｔ９２６，Ｓ９２８、Ｇ９３１、Ｎ９１３、Ｓ９１４、Ｉ９１６、Ｋ９１８、Ｉ９１９、Ｓ９２４、Ｓ９２５、Ａ９２７、Ａ９２９、Ｌ９３０、Ｆ９５５、Ｉ９５８、Ｓ９６０、Ｎ９６３、Ｇ９５６、Ａ９５７、Ｓ９５９、Ｖ９６１、Ｌ９６２，Ｉ９９８、Ａ１００１、Ｉ１００３、Ｓ１００６、Ｎ１００８、Ａ１０１１、Ｒ９９９、Ａ１０００、Ｅ１００２、Ｒ１０４、Ａ１００５、Ａ１００７、Ｌ１００９、および／またはＡ１０１０のいずれかの位置に変異がある、配列番号８－１７、４２－９３、２４６－３７０、４２２、４２３、４３２、４３４－４３９、および７９４－８３３に記載のアミノ酸配列を有する１または複数のペプチドまたはポリペプチドを含み、またはこれ（ら）のみからなり、または本質的にこれ（ら）からなる。さらなる態様において、変異は、配列番号３との関係において、Ｆ２８Ｇ、Ｆ２８Ａ、Ｆ２８Ｎ、Ｆ２８Ｔ、Ｆ２８Ｓ、Ｆ２８Ｑ、Ｓ３１Ｇ、Ｓ３１Ｔ、Ｌ３３Ｑ、Ｉ１９５Ａ、Ｉ１９５Ｇ、Ｉ１９５Ｎ、Ｉ１９５Ｓ、Ｉ１９５Ｔ、Ｉ１９５Ｑ、Ｖ１９８Ｇ、Ｖ１９８Ｔ、Ｖ１９８Ｎ、Ｑ２０３Ｅ、Ｑ２０３Ｇ、Ｑ２０３Ｔ、Ｉ２２０Ａ、Ｉ２２０Ｇ、Ｉ２２０Ｔ、Ｉ２２０Ｇ、Ｉ２２０Ｎ、Ｉ２２０Ｑ、Ｉ２２０Ｓ、Ｉ２２０Ｔ、Ｔ２２５Ｑ、Ｙ２５４Ａ、Ｙ２５４Ｇ、Ｙ２５４Ｎ、Ｙ２５４Ｑ、Ｙ２５４Ｓ、Ｙ２５４Ｔ、Ｔ２５９Ｇ、Ｔ２５９Ｑ、Ｖ４９６Ａ、Ｖ４９６Ｇ、Ｖ４９６Ｎ、Ｖ４９６Ｑ、Ｖ４９６Ｓ、Ｖ４９６Ｔ、Ｓ４９９Ｇ、Ｓ４９９Ｔ、Ｌ８０６Ａ、Ｌ８０６Ｇ、Ｌ８０６Ｎ、Ｌ８０６Ｑ、Ｌ８０６Ｓ．Ｉ８０６Ａ、Ｌ８０６Ｎ、Ｌ８０６Ｎ、Ｌ８０６Ｎ、Ｌ８０６Ｃ、Ｌ８０６Ｔ、Ｔ２５９Ａ、Ｔ２５９Ｎ、Ｔ２５４Ｇ、Ｔ２５９Ｑ、Ｓ、Ｓ４９９、Ｓ４９９、Ｓ４９９、Ｓ４９９、Ｓ４９９、Ｓ４８０、Ｓ４８０、Ｌ８０６Ｔ、Ｎ８０９Ｇ、Ｌ８４３Ａ、Ｌ８４３Ｇ、Ｌ８４３Ｎ、Ｌ８４３Ｑ、Ｌ８４３Ｓ、Ｌ８４３Ｔ、Ｌ８４６Ｇ、Ｌ８４６Ｔ、Ｐ８４８Ｑ、Ｆ９１２Ａ、Ｆ９１２Ｇ、Ｆ９１２Ｎ、Ｆ９１２Ｑ、Ｆ９１２Ｓ、Ｆ９１２Ｔ、Ａ９１５Ｇ、Ｌ９２３Ａ、Ｌ９２３Ｇ、Ｌ９２３Ｎ、Ｌ９２３Ｑ、Ｌ９２３Ｓ、Ｌ９２３Ｔ、Ｔ９２６Ｇ、Ｆ９５５Ａ、Ｆ９５５Ｇ、Ｆ９５５Ｎ、Ｆ９５５Ｑ、Ｆ９５５Ｓ、Ｆ９５５Ｔ、Ｉ９５８Ｇ、Ｓ９６０Ｇ、Ｓ９６０Ｑ、Ｓ９６０Ｔ、Ｉ９９８Ａ、Ｉ９９８Ｇ、Ｉ９９８Ｎ、Ｉ９９８Ｑ、Ｉ９９８Ｓ、Ｉ９９８Ｔ、Ａ１００１Ｇ、Ａ１００１Ｔ、Ｉ１００３Ａ、Ｉ１００３Ｇ、Ｉ１００３Ｎ、Ｉ１００３Ｑ、Ｉ１００３Ｓ、Ｉ１００３Ｔおよび／またはＮ１００８Ｑを含む。
複数の態様において、本開示の１または複数のペプチドまたはポリペプチド（これらに限定されないが、例えば、配列番号４－３７０、３９１－４４０、および４４８－８３３のアミノ酸配列（および／またはその断片もしくは変異体）、および任意選択で配列番号４－３７０、３９１－４４０および４４８－８３３のポリペプチドのＮ末端および／またはＣ末端上に任意の比率で分布する、１～１２の追加のアミノ酸を含み、またはこれ（ら）のみからなり、または本質的にこれ（ら）からなるペプチドまたはポリペプチド、および本明細書に開示されるような脱寛容化抗原）は、異種ポリペプチドの隣接アミノ酸とともに、接合された、連結された（例えば、フレーム内で融合された、化学的に結合された、または他の方法で結合された）、および／または挿入されたアミノ酸配列から構成されてもよいが、全体として異種ポリペプチドに接合、連結（例えば、フレーム内で融合された、化学的連結、または他の方法で結合）および／または挿入されてもよい。複数の態様において、ペプチドまたはポリペプチドは、中性（非荷電）または塩のいずれかの形態であることができ、グリコシル化、側鎖酸化、またはリン酸化などの改変を含まないか、または含んでいてもよい。特定の態様において、Ｔレジトープは、Ｎ末端アセチル基および／またはＣ末端アミノ基でキャップされていてもよい。
複数の態様において、本開示は、１または複数の配列番号４－３７０、３９１－４４０、および４４８－８３３（およびその断片または変異体）、ならびに任意選択で配列番号４－３７０、３９１－４４０、および４４８－８３３のポリペプチドのＮ末端および／またはＣ末端に任意の比率で分布する１～１２の追加のアミノ酸を含む配列を有するポリペプチド、ならびに本明細書に開示される脱寛容化抗原に関し、前記１または複数の配列番号４－３７０、３９１－４４０、および４４８－８３３または前記脱寛容化抗原は、ポリペプチドに自然に含まれない、および／または前記１または複数の配列番号４－３７０、３９１－４４０、および４４８－８３３または脱寛容化抗原がポリペプチド中のその自然の位置に配置されていない、抗原をいう。上記ポリペプチドの複数の態様において、ポリペプチドは、分離されたもの、合成されたもの、または組換えられたものであってもよい。複数の態様において、ペプチドまたはポリペプチドは、中性（非荷電）または塩のいずれかの形態であってもよく、グリコシル化、側鎖酸化、またはリン酸化などの改変を含んでもよく、または含まなくてもよい。特定の態様において、ポリペプチドは、Ｎ－末端アセチル基および／またはＣ－末端アミノ基でキャップされてもよい。
複数の態様において、本開示は、付加的なペプチドまたはポリペプチドに連結、融合、または結合（例えば、フレーム内で融合、化学的に結合、または他の方法で結合）した、１または複数の本開示のポリペプチドまたはペプチド（以下に限定されないが、例えば、配列番号４－３７０、３９１－４４０、および４４８－８３３のアミノ酸配列（および／またはその断片もしくは変異体）、および任意選択で、配列番号４－３７０、３９１－４４０、および４４８－８３３のポリペプチドのＮ末端および／またはＣ末端に任意の比率で分布する１～１２の追加のアミノ酸を含み、またはこれ（ら）のみからなり、または本質的にこれ（ら）からなるペプチドまたはポリペプチド）を含むコンカテマーポリペプチドまたはペプチドに関する。
そのような付加的なペプチドまたはポリペプチドは、本開示される１または複数のポリペプチドまたはペプチドであってもよく、あるいは、関心のある追加のペプチドまたはポリペプチドであってもよい。
複数の態様において、コンカテマーペプチドは、１以上、２以上、３以上、４以上、５以上、６以上、７以上、８以上、９以上の本開示されるペプチドまたはポリペプチドで構成される。他の態様において、コンカテマーペプチド又はポリペプチドは、１０００以上、１０００以下、９００以下、５００以下、１００以下、７５以下、５０以下、４０以下、３０以下、２０以下、又は１０以下のペプチドエピトープを含む。さらに他の実施形態では、コンカテマーペプチドは、３～１００、５～１００、１０～１００、１５～１００、２０～１００、２５～１００、３０～１００、３５～１００、４０～１００、４５～１００、５０～１００、５５～１００、６０～１００、６５～１００、７０～１００、７５～１００、８０～１００、９０～１００、５～５０、１０～５０、１５～５０，２０～５０、２５～５０、３０～５０、３５～５０、４０～５０、４５～５０、１００～１５０、１００～２００、１００～３００、１００～４００、１００～５００、５０～５００、５０～８００、５０～１０００、または１００～１０００の本発明で開示されるペプチドまたはポリペプチドが連結、融合または結合しているものである。
コンカテマーポリペプチドの各ペプチドまたはポリペプチドは、任意選択で、切断感受性部位であってもよい１または複数のリンカーを、それらのＮ末端および／またはＣ末端に隣接して有していてもよい。このようなコンカテマーペプチドにおいて、２つ以上のペプチドエピトープは、それらの間に開裂感受性部位を有していてもよい。あるいは、２つ以上のペプチドエピトープは、互いに直接、または切断感受性部位でないリンカーを介して連結されていてもよい。上記コンカテマーペプチドまたはポリペプチドの態様において、コンカテマーペプチドまたはポリペプチドは、分離、合成、または組換えのいずれであってもよい。ある態様において、コンカテマーペプチドまたはポリペプチドは、中性（非荷電）または塩のいずれかの形態であり得、グリコシル化、側鎖酸化、またはリン酸化などの改変を含まなくてもよいし、含んでもよい。特定の態様において、コンカテマーポリペプチドは、Ｎ末端アセチル基および／またはＣ末端アミノ基でキャップされてもよい。
複数の態様において、本開示は、１または複数のポリペプチド（これらに限定されないが、例えば、配列番号４－３７０、３９１－４４０、および４４８－８３３のアミノ酸配列（および／またはその断片もしくは変異体）、および任意選択で、本開示の配列番号４－３７０、３９１－４４０、および４４８－８３３のポリペプチドのＮ末端および／またはＣ末端上に任意の比率で分布する１～１２の追加のアミノ酸を含み、またはこれ（ら）のみからなり、または本質的にこれ（ら）からなるペプチドまたはポリペプチド、さらに本明細書に開示されるように脱寛容化抗原を含む）を含むキメラまたは融合ポリペプチド組成物に関する。
複数の態様において、本開示のキメラまたは融合ポリペプチド組成物は、異種ポリペプチドに接合、連結（例えば、フレーム内融合、化学結合、またはその他の結合）、および／または挿入された本開示の１または複数のポリペプチドを含む。
複数の態様において、本開示の１または複数のポリペプチド（例えば、Ｔレジトープ）は、異種ポリペプチドに挿入されてもよく、異種ポリペプチドのＣ末端に（当技術分野で知られているように、リンカーを使用しても使用しなくても）付加されてもよく、および／またはＮ末端に（当技術分野で知られているように、リンカーを使用しても使用しなくても）付加されてもよい。
本開示されるキメラまたは融合ポリペプチド組成物の複数の態様において、１または複数の本開示のポリペプチドは、１または複数の配列番号４－３７０、３９１－４４０、および４４８－８３３を含む、またはこれらのみからなる、または本質的にこれらからなる配列、および／または本明細書に開示される脱寛容化抗原を有している。
キメラまたは融合ポリペプチド組成物の態様において、配列番号４－３７０、３９１－４４０、および４４８－８３３の１または複数、および／または脱寛容化抗原は、異種ポリペプチドの隣接アミノ酸とともに、接合された、連結された（例えば、フレーム内で融合された、化学的に結合された、または他の方法で結合された）、および／または挿入されたアミノ酸配列から構成されてもよいが、全体として異種ポリペプチドに対して、接合、連結（例えば、フレーム内融合、化学結合、または他の方法で結合）、および／または挿入されてもよい。
複数の態様において、本開示のキメラまたは融合ポリペプチド組成物は、ポリペプチドを含み、前記ポリペプチドは、１または複数の配列番号４－３７０、３９１－４４０、および４４８－８３３を含む配列および／または本開示の脱寛容化抗原を有し、ここで、前記１または複数の配列番号４－３７０、３９１－４４０、および４４８－８３３、および／または脱寛容化抗原は、ポリペプチドに自然に含まれず、および／または前記１または複数の配列番号４－３７０、３９１－４４０、および４４８－８３３、および／または脱寛容化抗原は、ポリペプチド中のその自然の位置に配置されない。
複数の態様において、本開示の配列番号４－３７０、３９１－４４０、および４４８－８３３の１または複数、および／または脱寛容化抗原は、ポリペプチドに結合、連結（例えば、フレーム内で融合、化学的に連結、または他の方法で結合）、および／または挿入することが可能である。上述のキメラまたは融合ポリペプチド組成物の態様において、キメラまたは融合ポリペプチドは、分離、合成、または組換えされていてもよい。複数の態様において、キメラまたは融合ポリペプチドは、中性（非荷電）または塩の形態のいずれであってもよく、グリコシル化、側鎖酸化、またはリン酸化などの改変を含んでもよく、含まなくてもよい。
複数の態様において、本開示は、本明細書に記載されるようなペプチド、ポリペプチド（本明細書に開示されるような脱寛容化抗原を含む）、コンカテマーペプチド、および／またはキメラまたは融合ポリペプチドをコードする、核酸（例えば、ＤＮＡまたはＲＮＡ、ｍＲＮＡ含む）に関する。例えば、複数の態様において、本開示は、ポリペプチドのＮ末端および／またはＣ末端上に任意の比率で分布する１～１２の追加のアミノ酸を任意選択で含む、本明細書に記載の１または複数のペプチドまたはポリペプチドを含む、またはこれらのみからなる、または本質的にこれらからなるペプチドまたはポリペプチドをコードする核酸に関する。複数の態様において、本開示は、記載されるような核酸を含むベクターに関する。複数の態様において、本開示は、記載されるようなベクターを含む細胞またはワクチンに関する。複数の態様において、本開示は、本開示のベクターを含む細胞に関する。さらなる複数の態様において、本開示は、本明細書に記載のＴレジトープの１または複数のペプチドが欠失、部分欠失および／または変異している、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のタンパク質またはそのポリペプチド誘導体をコードする核酸に関し、翻訳された場合、得られたペプチドは脱寛容化抗原であり、ＴＲｅｇ細胞を係合または刺激または活性化に対する減少、低減、微小（negligible）または打消し（negated）の活性を発揮する。
複数の態様において、本発明の開示は、医薬組成物に関しており、医薬組成物は、本明細書に開示される１または複数のペプチド、ポリペプチド（本明細書に開示される脱寛容化抗原を含む）、コンカテマーペプチド、及び／又はキメラ若しくは融合ポリペプチドと、薬学的に許容される担体、賦形剤、及び／又はアジュバントとを含んでいる。
さらなる態様では、その中の１または複数のＴレジトープが欠失、部分欠失及び／又は変異しているＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２由来ペプチドを含み、このポリペプチドが投与されたときにＴＲｅｇの活性化及び／又は係合が減少又は欠如する（absent）ようにした医薬組成物が提供される。
別の態様は、医薬組成物に関しており、医薬組成物は、本明細書に開示される１または複数のペプチド、ポリペプチド（本明細書に開示される脱寛容化抗原を含む）、コンカテマーペプチド、及び／又はキメラ若しくは融合ポリペプチドをコードする１つ以上の核酸、並びに薬学的に許容できる担体、賦形剤、及び／若しくはアジュバントを含む。複数の態様において、前記ペプチドまたはポリペプチドをコードする１または複数の核酸は、ＤＮＡ、ＲＮＡ、またはｍＲＮＡである。
複数の態様において、本開示は、本開示の組成物の治療的効果量を対象に投与することによって、それを必要とする対象における制御性Ｔ細胞（複数の態様において、ナチュラルＴＲｅｇおよび／またはアダプティブＲｅｇを含む、内在性ＴＲｅｇ）に負または正のいずれかで影響を与える方法、ならびに免疫応答を抑制し、および／または免疫応答を刺激する方法に関する。
複数の態様において、本開示は、本開示の組成物を投与することを含む、それを必要とする対象における医学的状態を治療または予防する方法に関する。複数の態様において、医学的状態は、以下のものからなる群から選択される：アレルギー、自己免疫疾患、移植関連障害、移植片対宿主病、血液凝固障害、酵素またはタンパク質欠損障害、止血障害、癌、不妊；およびウイルス、細菌または寄生虫の感染症。
複数の態様において、本開示は、本開示のＴレジトープ組成物の治療的効果量を対象に投与することによって、それを必要とする対象における免疫応答を抑制するために、制御性Ｔ細胞（例えば、内在性ＴＲｅｇ（複数の態様において、ナチュラルＴＲｅｇ及び／又はアダプティブＴＲｅｇ）を含む）を刺激／誘導する方法に関する。複数の態様において、免疫応答は、少なくとも１つの治療用タンパク質による１つ以上の治療処置、ワクチンによる処置、または少なくとも１つの抗原による処置の結果である。別の態様では、本開示のＴレジトープ組成物の投与は、１つ以上の抗原提示細胞を制御性表現型にシフトさせ、１つ以上の樹状細胞を制御性表現型にシフトさせ、樹状細胞又は他の抗原提示細胞におけるＣＤ１１ｃ及びＨＬＡ－ＤＲの発現を減少させる。
複数の態様において、本開示は、制御性Ｔ細胞の集団を増殖する方法であって、（ａ）対象から生体サンプルを提供する工程；（ｂ）生体サンプルから制御性Ｔ細胞を分離する工程；（ｃ）制御性Ｔ細胞が数を増やして増殖制御性Ｔ細胞組成物をもたらす条件下で、分離した制御性Ｔ細胞を本開示の有効量の組成物と接触させて、生体サンプル中の制御性Ｔ細胞を増殖する工程；さらに、（ｄ）治療を必要としている対象へサンプルを戻す工程を含む、方法に関する。
複数の態様において、本開示は、生体サンプル中の制御性Ｔ細胞を刺激する方法であって、（ａ）対象から生体サンプルを提供する工程；（ｂ）生体サンプルから制御性Ｔ細胞を分離する工程；（ｃ）制御性Ｔ細胞が刺激されて１以上の生体機能を変更し、それによって生体サンプル中の制御性Ｔ細胞を刺激する条件下、分離した制御性Ｔ細胞と本開示の組成物の有効量との接触する工程；及びさらに、（ｄ）治療を必要としている対象への細胞の返還する工程；からなる方法に関する。
複数の態様において、本開示は、対象における免疫応答を抑制／抑圧するための方法であって、治療有効量の本開示の組成物を投与することを含み、Ｔレジトープ組成物が免疫応答を抑制／抑圧する、方法に関する。複数の態様において、Ｔレジトープ組成物は、自然免疫応答を抑制／抑圧する。複数の態様において、Ｔレジトープ組成物は、獲得免疫応答を抑制／抑圧する。複数の態様において、Ｔレジトープ組成物は、エフェクターＴ細胞応答を抑制／抑圧する。複数の態様において、Ｔレジトープ組成物は、メモリーＴ細胞応答を抑制／抑圧する。複数の態様において、Ｔレジトープ組成物は、ヘルパーＴ細胞応答を抑制／抑圧する。複数の態様において、組成物は、Ｂ細胞応答を抑制／抑圧する。複数の態様において、Ｔレジトープ組成物は、ＮＫＴ細胞（ナチュラルキラーＴ細胞）応答を抑制／抑圧する。
複数の態様において、本開示は、治療上有効な量の本開示の組成物の投与を通じて、免疫応答、特に対象における抗原特異的免疫応答を抑制する方法に関する。ここで、前記組成物は、内在性ＴＲｅｇ（複数の態様において、ナチュラルＴＲｅｇおよび／またはアダプティブＴＲｅｇ、ならびに複数の態様においてＣＤ４＋／ＣＤ２５＋／ＦｏｘＰ３＋制御性Ｔ細胞を含む）を活性化し、またはＣＤ４＋Ｔ細胞の活性化、ＣＤ４＋および／またはＣＤ８＋Ｔ細胞の増殖を抑制し、および／またはβ細胞またはＮＫＴ細胞の活性化もしくは増殖を抑制する。複数の態様において、本開示の組成物は、特定の標的抗原と共有結合しているか、非共有結合しているか、または混和している可能性がある。複数の態様において、共有結合している、非共有結合している、または特定の標的抗原と混和している本開示の組成物の投与は、標的抗原に対する免疫応答の減弱をもたらす。
複数の態様において、標的抗原は、同系統のタンパク質またはタンパク質断片であってもよい。複数の態様において、標的抗原は、生物学的医薬品またはその断片であってもよい。複数の態様において、抑制効果はナチュラルＴＲｅｇによって媒介される。複数の態様において、抑制効果はアダプティブＴＲｅｇによって媒介される。複数の態様において、本開示の組成物に含まれる１または複数のＴレジトープはエフェクターＴ細胞応答を抑制する。複数の態様において、本開示のＴレジトープ組成物の１または複数のＴレジトープは、自然免疫応答を抑制する。複数の態様において、本開示のＴレジトープ組成物の１または複数のＴレジトープは、獲得免疫応答を抑制する。複数の態様において、本開示されているＴレジトープ組成物の１または複数のＴレジトープは、ヘルパーＴ細胞応答を抑制する。複数の態様において、本開示されているＴレジトープ組成物の１または複数のＴレジトープは、メモリーＴ細胞応答を抑制する。複数の態様において、本開示されているＴレジトープ組成物の１または複数のＴレジトープは、Ｂ細胞応答を抑制する。複数の態様において、本開示されているＴレジトープ組成物の１または複数のＴレジトープは、ＮＫＴ細胞応答を抑制する。
複数の態様において、本開示は、医学的状態を予防または治療するための、特に、対象における免疫応答の抑制のためのキットに関し、キットは、本開示の組成物を含んでいる。複数の態様において、キットは、有効量の抗原もしくはアレルゲン、または治療剤、例えば置換タンパク質もしくはペプチドをさらに含んでもよい。
複数の態様において、本開示は、本明細書に記載の脱寛容化抗原（脱寛容化Ｔレジトープを含む）の投与を通じて、免疫抑制を刺激及び／又は減少させる方法に関する。複数の態様において、脱寛容化抗原は、ポリペプチドがＴＲｅｇ係合及び／又は活性化の減少又は欠如を示すように、本明細書で同定される１または複数のＴレジトープが欠失、部分欠失及び／又は変異している１又は複数のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２由来のペプチドが含まれる。本明細書に記載されるように、複数の態様において、脱寛容化抗原は、アグレトープ及び／又は結合のエピトープのいずれかにおいて、ＭＨＣとＴＣＲとの間のアンカーアミノ酸に対する欠失及び／又は変異を通じて、減少したＴ細胞受容体活性化を有する。減少した結合は、ＴＲｅｇ細胞が減少した活性化を経験することを可能にし、それによって減少した免疫抑制を提供する。さらなる態様において、ＴＲｅｇ細胞を活性化することができない、または能力が低下していることは、他の免疫刺激性Ｔ細胞が相互作用し、脱寛容化抗原に対して正の免疫応答を生成することも可能にする。
複数の態様において、本開示は、治療有効量の本明細書に記載の脱寛容化抗原を対象に投与することによって、それを必要とする対象における免疫応答を増強するための方法に関する。いくつかの複数の態様において、脱寛容化抗原ポリペプチドは、対象におけるＴＲｅｇの活性化を低減させる。さらなる複数の態様において、脱寛容化抗原ポリペプチドは、ＭＨＣ結合を保持する。他の複数の態様において、脱寛容化抗原ポリペプチドは、ＣＤ４＋及び／又はＣＤ８＋Ｔ細胞を刺激する。
本開示は、以下の図を参照することで、よりよく理解されてもよい。
図１は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のエンベロープ（ＥＮＶＥＬＯＰＥ）（配列番号１）、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の膜（ＭＥＭＢＲＡＮＥ）（配列番号２）、スパイク（ＳＰＩＫＥ）（配列番号３）の配列を示したものである。 図２は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＥＮＶＥＬＯＰＥ：エンベロープ（配列番号１）からＭＨＣクラスＩＩクラスターを選択した概要である。クラスターのアドレスは、解析のために提供された配列内のペプチドの位置を示す。コアペプチド（中央のアミノ酸は太字、括弧内は配列番号）は、解析中に同定された実際のクラスターを定義している。安定化ペプチド（Ｎ末端とＣ末端、太字ではない）は、コア配列とともに使用するために含まれており、括弧内に配列番号を記載している。ヒット数は、配列内で見つかった１．６４以上のＥｐｉＭａｔｒｉｘＺスコアまたは上位５％の数である。ＥｐｉＭａｔｒｉｘクラスタースコアは、クラスターの長さについて正規化されたヒット数から得られる。したがって、クラスタースコアは、ランダムなペプチド標準と比較して予測される集合的な免疫原性の過不足となる。疎水性スコアが２以上の場合、ペプチドの合成が困難であることが予測される。 図３～７は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のエンベロープ（配列番号１）の同定されたＭＨＣクラスＩＩクラスターに関するＥｐｉＭａｔｒｉｘクラスター詳細レポートである。Ｚスコアは、９量体フレームが所定のＨＬＡアレルに結合する可能性を示し、スコアの強さは、それぞれの図に記載されているように青色の網掛けで示されている。上位５％（Ｚ－Ｓｃｏｒｅ≧１．６４）のスコアはすべて「ヒット」とみなされる。＊上位１０％のスコアは上昇とし、その他のスコアは簡略化のためグレーアウトしている。１．６４以上のスコアのアレルを４つ以上含むフレームは、ＥｐｉＢａｒｓと呼ばれ、黄色でハイライトされている。これらのフレームはＨＬＡに結合する可能性が高くなる。体外試験中にクラスターを安定化させるために追加された隣接アミノ酸は、青い文字で表示され、下線が引かれている。 図３と同様である。 図３と同様である。 図３と同様である。 図３と同様である。 図８は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の膜（配列番号２）からＭＨＣクラスＩＩクラスターを選択した概要である。分析のために提供された配列内のペプチドの位置を与えられたクラスターのアドレスである。コアペプチド（中央のアミノ酸は太字、括弧内は配列番号）は、解析中に同定された実際のクラスターを定義している。安定化ペプチド（Ｎ末端とＣ末端、太字ではない）は、コア配列と一緒に使用するために含まれており、括弧内に配列番号を記載している。ヒット数は、配列内で見つかった１．６４以上のＥｐｉＭａｔｒｉｘＺスコアまたは上位５％の数である。ＥｐｉＭａｔｒｉｘクラスタースコアは、クラスターの長さについて正規化されたヒット数から得られる。したがって、クラスタースコアは、ランダムなペプチド標準と比較して予測される集合的な免疫原性の過不足となる。疎水性スコアが２以上の場合、ペプチドの合成が困難であることが予測される。 図９～１０は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の膜（配列番号２）の同定されたＭＨＣクラスＩＩクラスターについてのＥｐｉＭａｔｒｉｘクラスター詳細レポートである。 Ｚスコアは、所定のＨＬＡアレルに結合する９量体フレームの可能性を示し、スコアの強さは、それぞれの図に記載されているように青色の網掛けによって示される。上位５％（Ｚ－Ｓｃｏｒｅ≧１．６４）のスコアはすべて「ヒット」とみなされる。＊上位１０％のスコアはｌｅｖａｔｅｄとし、その他のスコアは簡略化のためグレーアウトしている。１．６４以上のスコアのアレルを４つ以上含むフレームは、ＥｐｉＢａｒｓと呼ばれ、黄色でハイライトされている。これらのフレームはＨＬＡに結合する可能性が高くなる。体外試験中にクラスターを安定化させるために追加された隣接アミノ酸は、青い文字で表示され、下線が引かれている。 図９と同様である。 図１１は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のスパイク（配列番号３）からＭＨＣクラスＩＩクラスターを選択した概要を示す図である。解析のために提供された配列内のペプチドの位置を与えられたクラスターアドレスである。コアペプチド（中央のアミノ酸は太字、括弧内は配列番号）は、解析中に同定された実際のクラスターを定義している。安定化ペプチド（Ｎ末端とＣ末端、太字ではない）は、コア配列と一緒に使用するために含まれており、括弧内に 配列番号を記載している。ヒット数は、配列内で見つかった１．６４以上のＥｐｉＭａｔｒｉｘＺスコアまたは上位５％の数である。ＥｐｉＭａｔｒｉｘクラスタースコアは、クラスターの長さについて正規化されたヒット数から得られる。したがって、クラスタースコアは、ランダムなペプチド標準と比較して予測される集合的な免疫原性の過不足となる。疎水性スコアが２以上の場合、ペプチドの合成が困難であることが予測される。 図１２～２８は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のスパイク（配列番号３）の同定されたＭＨＣクラスＩＩクラスターについてのＥｐｉＭａｔｒｉｘクラスター詳細レポートである。 Ｚスコアは、所定のＨＬＡアレルに結合する９量体フレームの可能性を示し、スコアの強さは、それぞれの図に記載されているように青色の網掛けで示される。上位５％（Ｚ－Ｓｃｏｒｅ≧１．６４）のスコアはすべて「ヒット」とみなされる。＊上位１０％のスコアはｌｅｖａｔｅｄとし、その他のスコアは簡略化のためグレーアウトしている。１．６４以上のスコアのアレルを４つ以上含むフレームは、ＥｐｉＢａｒｓと呼ばれ、黄色でハイライトされている。これらのフレームはＨＬＡに結合する可能性が高くなる。体外試験中にクラスターを安定化させるために追加された隣接アミノ酸は、青い文字で表示され、下線が引かれている。 図１２と同様である。 図１２と同様である。 図１２と同様である。 図１２と同様である。 図１２と同様である。 図１２と同様である。 図１２と同様である。 図１２と同様である。 図１２と同様である。 図１２と同様である。 図１２と同様である。 図１２と同様である。 図１２と同様である。 図１２と同様である。 図１２と同様である。 図１２と同様である。 図２９Ａ～Ｆは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のエンベロープ（配列番号１）の同定されたＭＨＣクラスＩＩクラスターに関するＪａｎｕｓＭａｔｒｉｘレポートである。＊検索データベースで見つかったヒトＪａｎｕｓＭａｔｒｉｘの一致の数。あるＥｐｉＭａｔｒｉｘヒット（特定のアレルに結合すると予測される入力配列内に含まれる９量体）に関して、ＪａｎｕｓＭａｔｒｉｘマッチは、ＥｐｉＭａｔｒｉｘヒットと同じアレルに結合すると予測され、ＥｐｉＭａｔｒｉｘヒットとＴＣＲ対面接触を共有する検索データベース（例えば、ヒトゲノム）から得られた９量体である。＊＊Ｊａｎｕｓホモロジースコアは、入力配列の各ＥｐｉＭａｔｒｉｘヒットに対する検索データベースの平均カバー深度を表す。例えば、８つのＥｐｉＭａｔｒｉｘヒットを持つ入力ペプチドは、そのすべてが検索データベースで１つマッチし、Ｊａｎｕｓホモロジースコアは１である。４つのＥｐｉＭａｔｒｉｘヒットを持つ入力ペプチドは、そのすべてが検索データベースで２つマッチし、Ｊａｎｕｓホモロジースコアは２である。ＪａｎｕｓＭａｔｒｉｘホモロジースコアは、任意のペプチドのすべての構成９量体、フランクも含めて考慮される。 図２９Ａと同様である。 図２９Ａと同様である。 図２９Ａと同様である。 図２９Ａと同様である。 図２９Ａと同様である。 図３０Ａ～Ｃは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の膜（配列番号２）の同定されたＭＨＣクラスＩＩクラスターに関するＪａｎｕｓＭａｔｒｉｘレポートである。＊検索データベースで見つかったヒトＪａｎｕｓＭａｔｒｉｘの一致の数。あるＥｐｉＭａｔｒｉｘヒット（特定のアレルに結合すると予測される入力配列内に含まれる９量体）に関して、ＪａｎｕｓＭａｔｒｉｘマッチは、ＥｐｉＭａｔｒｉｘヒットと同じアレルに結合すると予測され、ＥｐｉＭａｔｒｉｘヒットとＴＣＲ対面接触を共有する検索データベース（例えば、ヒトゲノム）から得られた９量体である。＊＊Ｊａｎｕｓホモロジースコアは、入力配列の各ＥｐｉＭａｔｒｉｘヒットに対する検索データベースの平均カバー深度を表す。例えば、８つのＥｐｉＭａｔｒｉｘヒットを持つ入力ペプチドは、そのすべてが検索データベースで１つマッチし、Ｊａｎｕｓホモロジースコアは１である。４つのＥｐｉＭａｔｒｉｘヒットを持つ入力ペプチドは、そのすべてが検索データベースで２つマッチし、Ｊａｎｕｓホモロジースコアは２である。ＪａｎｕｓＭａｔｒｉｘホモロジースコアは、任意のペプチドのすべての構成９量体、フランクも含めて考慮される。 図３０Ａと同様である。 図３０Ａと同様である。 図３１Ａ～Ｔは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のスパイク（配列番号３）の同定されたＭＨＣクラスＩＩクラスターに関するＪａｎｕｓＭａｔｒｉｘレポートである。＊検索データベースで見つかったヒトＪａｎｕｓＭａｔｒｉｘのマッチング数である。あるＥｐｉＭａｔｒｉｘヒット（特定のアレルに結合すると予測される入力配列内に含まれる９量体）に関して、ＪａｎｕｓＭａｔｒｉｘマッチは、ＥｐｉＭａｔｒｉｘヒットと同じアレルに結合すると予測され、ＥｐｉＭａｔｒｉｘヒットとＴＣＲ対面接触を共有する検索データベース（例えば、ヒトゲノム）から得られた９量体である。＊＊Ｊａｎｕｓホモロジースコアは、入力配列の各ＥｐｉＭａｔｒｉｘヒットに対する検索データベースの平均カバー深度を表す。例えば、８つのＥｐｉＭａｔｒｉｘヒットを持つ入力ペプチドは、そのすべてが検索データベースで１つマッチし、Ｊａｎｕｓホモロジースコアは１である。４つのＥｐｉＭａｔｒｉｘヒットを持つ入力ペプチドは、そのすべてが検索データベースで２つマッチし、Ｊａｎｕｓホモロジースコアは２である。ＪａｎｕｓＭａｔｒｉｘホモロジースコアは、任意のペプチドのすべての構成９量体、フランクも含めて考慮される。 図３１Ａと同様である。 図３１Ａと同様である。 図３１Ａと同様である。 図３１Ａと同様である。 図３１Ａと同様である。 図３１Ａと同様である。 図３１Ａと同様である。 図３１Ａと同様である。 図３１Ａと同様である。 図３１Ａと同様である。 図３１Ａと同様である。 図３１Ａと同様である。 図３１Ａと同様である。 図３１Ａと同様である。 図３１Ａと同様である。 図３１Ａと同様である。 図３１Ａと同様である。 図３１Ａと同様である。 図３１Ａと同様である。 図３２Ａ～３２Ｄは、ヌクレオカプシド（配列番号３７１）、ＯＲＦ３ａ（配列番号３７２）、ＯＲＦ６（配列番号３７３）、ＯＲＦ７ａ（配列番号３７４）、ＯＲＦ８（配列番号３８７）、ＯＲＦ１０（配列番号３８８）、ＯＲＦ１ａｂ非構造タンパク質２（ＮＳＰ２）（配列番号３７５）、ＯＲＦ１ａｂ非構造タンパク質３（ＮＳＰ３）（配列番号３７６）、ＯＲＦ１ａｂ非構造タンパク質４（ＮＳＰ４）（配列番号３７７）、ＯＲＦ１ａｂ３Ｃ様タンパク質分解酵素（配列番号３８９）、ＯＲＦ１ａｂ非構造タンパク質６（ＮＳＰ６）（配列番号３７８）、ＯＲＦ１ａｂ非構造タンパク質７（ＮＳＰ７）（配列番号３７９）、ＯＲＦ１ａｂ非構造タンパク質８（ＮＳＰ８）（配列番号３８０）、ＯＲＦ１ａｂ非構造タンパク質９（ＮＳＰ９）（配列番号３８１）、ＯＲＦ１ａｂ非構造タンパク質１０（ＮＳＰ１０）（配列番号３９０），ＯＲＦ１ａｂ ＲＮＡ依存性ＲＮＡポリメラーゼ（配列番号３８２）、ＯＲＦ１ａｂヘリカーゼ（配列番号３８３）、ＯＲＦ１ａｂ ３’－５’エキソヌクレアーゼ（配列番号３８４），ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＯＲＦ１ａｂ ＲＮＡ分解酵素（配列番号３８５）、ＯＲＦ１ａｂ ２’Ｏ－リボースメチルトランスフェラーゼタンパク質（配列番号３８６）を示す。 図３２Ａと同様である。 図３２Ａと同様である。 図３２Ａと同様である。
本開示は、一般に、ＣＯＶＩＤ－１９を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染およびＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２によって引き起こされる関連疾患に対して使用するためのＴレジトープペプチド化合物および組成物ならびにその脱寛容化抗原に関する。本開示は、免疫原性ペプチド、ポリペプチド、コンカテマーペプチド、およびキメラまたは融合ポリペプチド、ならびにそれらの使用、特に医薬組成物およびワクチン組成物における使用に関するものである。本開示はまた、核酸、ベクター（発現ベクターを含む）、およびペプチド、ポリペプチド、コンカテマーペプチド、およびキメラまたは融合ポリペプチドを発現する細胞、ならびにその用途に関する。本開示のペプチド、ポリペプチド、コンカテマーペプチド、およびキメラまたは融合ポリペプチドは、より具体的には、ＨＬＡクラスＩおよび／またはＨＬＡクラスＩＩ ＭＨＣ分子のリガンドであると予測されるアグレトープ、ならびにＭＨＣクラスＩおよび／またはクラスＩＩ分子でＴ細胞受容体（ＴＣＲ）（ＣＤ８＋および／またはＣＤ４＋Ｔ細胞を含む）によって認識されると予測されるエピトープから構成される。さらなる態様において、エピトープおよび／またはアンカーアミノ酸は、Ｔレジトープペプチドの脱寛容化抗原変異体を形成するために変異される。
（ｉ）定義
本開示の理解をさらに容易にするために、多数の用語および語句を以下に定義する。特に定義しない限り、本明細書で使用される全ての用語（技術用語及び科学用語を含む）は、本開示が属する技術分野における通常の当業者によって一般的に理解されるのと同じ意味を有する。一般的に使用される辞書で定義されるような用語は、関連する技術及び本開示における意味と一致する意味を有すると解釈されるべきであり、本明細書で明示的にそのように定義されない限り、理想化されたまたは過度に形式的な意味で解釈されないことがさらに理解されよう。
本明細書で提供される範囲は、その範囲内のすべての値の略記であると理解される。例えば、１～２５の範囲は、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、または２５からなる群からの任意の数、数の組み合わせ、または小範囲、ならびに、例えば１などの前述の整数間のすべての介在小数値が含まれると理解される。１．１、１．２、１．３、１．４、１．５、１．６、１．７、１．８、１．９のような前記整数の間のすべての小数値を含む。サブレンジに関しては、レンジのいずれかの端点から伸びる「囲まれたサブレンジ」が特に企図されている。例えば、１～２５の例示的な範囲の入れ子状の副次的な範囲は、一方向に１～５、１～１０、１～１５、及び１～２０、又は他方向に２５～２０、２５～１５、２５～１０、及び２５～５から構成されてもよい。
本明細書において、「生体サンプル」という用語は、生物の組織、細胞、分泌物などのサンプルを指す。
本明細書において、「医学的状態」という用語は、治療および／または予防が望ましい１つ以上の身体的および／または心理的症状として現れるあらゆる状態または疾患を含むが、これに限定されるものではなく、以前に確認された疾患および新たに確認されたその他の障害も含まれる。
本明細書で使用する場合、「免疫応答」という用語は、リンパ球、抗原提示細胞、食細胞、顆粒球、および上記細胞または肝臓で産生される可溶性高分子（抗体、サイトカイン、補体を含む）の協調作用であり、これにより、選択的な損傷を与えること、破壊すること、または人体から排除することを意味する。癌細胞、転移性腫瘍細胞、悪性黒色腫、侵入した病原体（ウイルスを含む）、病原体に感染した細胞または組織、あるいは自己免疫または病的炎症の場合には正常なヒト細胞または組織を選択的に損傷、破壊、または人体から排除させる免疫応答。複数の態様において、免疫応答は、測定可能な細胞傷害性Ｔリンパ球（ＣＴＬ）応答（例えば、免疫原性ポリペプチドを発現するウイルスに対する）または抗体の産生などの測定可能なＢ細胞応答、（例えば、免疫原性ポリペプチドに対する）を含む。当業者であれば、ペプチド、ポリペプチド、または関連組成物に対する免疫応答が生じたかどうかを判定するための様々なアッセイを知るであろうが、それには本明細書の実施例に開示するような実験およびアッセイの利用が含まれる。
様々なＢリンパ球およびＴリンパ球アッセイは、ＥＬＩＳＡ、ＥｌｉＳｐｏｔアッセイ、細胞障害性Ｔリンパ球ＣＴＬアッセイ、例えばクロム放出アッセイ、末梢血リンパ球（ＰＢＬ）を用いた増殖アッセイ、テトラマーアッセイおよび他のサイトカイン生成アッセイなど、よく知られたものである。参照により本明細書に組み込まれるBenjaminiら(1991)を参照されたい。
本明細書で使用される場合、本開示のＴレジトープまたはその脱寛容化抗原化合物または組成物を含む組成物の「有効量」、「治療有効量」等の用語は、所望の治療効果および／または予防効果を達成するのに十分な量である。ここで、本開示のＴレジトープまたはその脱寛容化抗原化合物または組成物とは、１または複数の配列番号４－３７０、３９１－４４０、および４４８－８３３の配列、および／またはその断片および変異体、ならびに任意選択で、ポリペプチドのＮ末端および／またはＣ末端上に任意の比率で分布する１～１２の追加のアミノ酸を含み、またはこれ（ら）のみからなり、または本質的にこれ（ら）からなる配列を有する１又は複数のペプチドまたはポリペプチド、または本明細書に開示する脱寛容化抗原；配列番号４－３７０、３９１－４４０、および４４８－８３３の１または複数を含み、またはこれ（ら）のみからなり、または本質的にこれ（ら）からなるコンカテマーペプチドおよび／またはその断片および変異体を含む、本明細書に開示されるコンカテマーペプチド；本明細書に開示されるキメラまたは融合ポリペプチド組成物；本明細書に開示されるペプチド、ポリペプチド、コンカテマーペプチドまたはキメラまたは融合ポリペプチド組成物をコードする核酸；本明細書に開示されるそのようなペプチド、ポリペプチド、コンカテマーペプチドまたはキメラまたは融合ポリペプチド組成物を発現する発現カセット、プラスミド、発現ベクター、組換えウイルス、または細胞；本明細書に開示されるワクチン組成物または製剤、および／または医薬組成物または製剤を含んでいる。
複数の態様において、そのような所望の治療および／または予防効果は、例えば、ＣＯＶＩＤ－１９を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染およびＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２によって引き起こされる関連疾患などの、治療されている疾患に関連する症状および／または根本原因の予防、または低減をもたらす量、またはウイルス（例えば、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２）複製または感染性を測定可能に阻害する量である。
対象に投与される本開示の組成物の量は、疾患の種類および重症度、ならびに個体の特性、例えば一般的な健康、年齢、性別、体重および薬物に対する耐性に依存するであろう。また、疾患の程度、重症度、および種類に依存するだろう。当業者は、これらおよび他の要因に応じて、適切な投与量を決定することができるであろう。本発明の化合物および組成物はまた、互いに組み合わせて、または１つ以上の追加の治療用化合物と組み合わせて投与することができる。
本明細書で使用する場合、「Ｔ細胞エピトープ」という用語は、７－３０アミノ酸の長さで、ヒト白血球抗原（ＨＬＡ）分子に特異的に結合し、特定のＴ細胞受容体（ＴＣＲ）と相互作用できるＭＨＣリガンドまたはタンパク質決定子（determinant）を意味する。本明細書で使用する場合、Ｔ細胞と係合することが知られているか決定されている（例えば予測されている）Ｔ細胞エピトープでは、用語「係合する」、「係合」などは、ＭＨＣ分子（例えばヒト白血球抗原（ＨＬＡ）分子）と結合したとき、Ｔ細胞エピトープがＴ細胞のＴＣＲと相互作用してＴ細胞を活性化することができることを意味している。一般に、Ｔ細胞エピトープは直線的であり、特定の三次元的特性を発現しない。Ｔ細胞エピトープは、変性溶媒の存在に影響されない。Ｔ細胞エピトープと相互作用する能力は、インシリコ法によって予測することができる（De Groot ASら, (1997), AIDS Res Hum Retroviruses, 13(7):539-41;Schafer JRら, (1998), Vaccine, 13(7):539-41;Schafer JRら, (1997), AIDS Res Hum Retroviruses, 13(7):539-41), (1998), Vaccine, 16(19):1880-4; De Groot ASら, (2001), Vaccine, 19(31):4385-95; De Groot ARら , (2003), Vaccine, 21(27-30):4486-504、これらは全て、参照によりその全体をここに組み入れられる。
本明細書で使用される場合、用語「Ｔ細胞エピトープクラスター」は、約４～約４０の間のＭＨＣ結合モチーフを含むポリペプチドを指す。特定の実施形態では、Ｔ細胞エピトープクラスターは、約５～３５の間のＭＨＣ結合モチーフ、約８～３０の間のＭＨＣ結合モチーフ；及び約１０～２０の間のＭＨＣ結合モチーフを含む。
本明細書で使用する場合、用語「免疫刺激性Ｔ細胞エピトープポリペプチド」は、免疫応答、例えば、体液性免疫応答、Ｔ細胞ベース免疫応答、または自然免疫応答を誘導することができる分子を指す。
本明細書で使用する場合、「制御性Ｔ細胞」、「Ｔｒｅｇ」等の用語は、細胞－細胞接触及び抑制性サイトカイン産生を含む様々な異なるメカニズムを通じて、ＣＤ４＋及び／又はＣＤ８＋エフェクターＴ細胞（Ｔｅｆｆ）誘導、増殖、及び／又はサイトカイン産生の抑制又はダウンレギュレーションを含む免疫エフェクター機能を抑えるＴ細胞の亜集団のことをいう。
複数の態様において、ＣＤ４＋Ｔｒｅｇは、ＣＤ４、ＣＤ２５、およびＦｏｘＰ３を含むがこれらに限定されない特定の細胞表面マーカーの存在により特徴付けられる。
複数の態様において、活性化時に、ＣＤ４＋制御性Ｔ細胞は、ＩＬ－１０及び／又はＴＧＦβを含むがこれらに限定されない、免疫抑制性サイトカイン及びケモカインを分泌する。ＣＤ４＋Ｔｒｅｇはまた、標的細胞の直接殺傷を通じて免疫抑制効果を発揮することがあり、グランザイムＢおよびパーフォリンを含むがこれらに限定されないエフェクター分子の活性化時の発現によって特徴付けられる。
複数の態様において、ＣＤ８＋Ｔｒｅｇは、ＣＤ８、ＣＤ２５、および活性化時にＦｏｘＰ３を含むがこれらに限定されない、特定の細胞表面マーカーの存在によって特徴付けられる。複数の態様において、活性化すると、制御性ＣＤ８＋Ｔ細胞は、ＩＦＮγ、ＩＬ－１０、および／またはＴＧＦβを含むがこれらに限定されない免疫抑制性サイトカインおよびケモカインを分泌する。複数の態様において、ＣＤ８＋Ｔｒｅｇはまた、標的細胞の直接殺傷を通じて免疫抑制効果を発揮することができ、活性化時に、グランザイムＢ及び／又はパーフォリンを含むがこれに限定されないエフェクター分子の発現によって特徴付けられる。
本明細書で使用する場合、用語「制御性Ｔ細胞エピトープ」（「Ｔレジトープ」）は、寛容性反応を引き起こす「Ｔ細胞エピトープ」を指し（Weber CAら, (2009), Adv Drug Deliv, 61(11):965-76）、ＭＨＣ分子に結合して、循環する内在性Ｔｒｅｇ（複数の態様において、ナチュラルＴｒｅｇ及び／又はアダプティブＴｒｅｇを含む）と係合（即ち相互作用及び活性化）可能なものである。
複数の態様において、活性化すると、ＣＤ４＋制御性Ｔ細胞は、ＩＬ－１０および／またはＴＧＦβを含むがこれらに限定されない免疫抑制性サイトカインおよびケモカインを分泌する。ＣＤ４＋Ｔｒｅｇはまた、標的細胞の直接殺傷を通じて免疫抑制効果を発揮することがあり、グランザイムＢおよびパーフォリンを含むがこれらに限定されないエフェクター分子の活性化時の発現によって特徴付けられる、ＩＬ－１０およびＴＧＦ－βおよびＴＮＦ－αを含むがこれらに限定されない免疫抑制サイトカインの発現につながる。
複数の態様において、活性化すると、制御性ＣＤ８＋Ｔ細胞は、ＩＦＮγ、ＩＬ－１０、および／またはＴＧＦβを含むがこれらに限定されない免疫抑制性サイトカインおよびケモカインを分泌する。複数の態様において、ＣＤ８＋Ｔｒｅｇはまた、標的細胞の直接的な殺傷を通じて免疫抑制効果を発揮することができ、グランザイムＢ及び／又はパーフォリンを含むがこれらに限定されないエフェクター分子の活性化時の発現によって特徴付けられる。
本明細書で使用する場合、「脱寛容化」抗原とは、ＴＣＲによるかかるＴレジトープの認識が、アンカーアミノ酸の欠失および／またはＴ細胞受容体エピトープの変異によって破壊されている、Ｔレジトープから本質的になる、またはなるポリペプチド配列の変異体をいう。
複数の態様において、脱寛容化抗原は、例えば、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の膜、スパイク、エンベロープ等の内在性タンパク質由来のペプチド配列を含み得、ここで、本明細書に同定される１または複数のＴレジトープが欠失及び／または部分的に欠失されている。他の態様において、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２由来のペプチドのＴレジトープ部分は、その中の１または複数のＴレジトープにおけるアミノ酸に対する変異又は突然変異を特徴とする。本明細書に記載するように、Ｔレジトープ相互作用は、寛容性反応をもたらす。ＴＣＲ認識モチーフ及び／又はペプチドアンカーにおけるアミノ酸配列の欠失、変異及び／又は操作を通じて、抗原又はＴレジトープは、寛容になり、免疫抑制応答を回避することができる。
本明細書において、「Ｂ細胞エピトープ」という用語は、抗体と特異的に結合することができるタンパク質決定子を意味する。Ｂ細胞エピトープは通常、アミノ酸や糖の側鎖のような化学的に活性な分子の表面グループからなり、通常、特定の三次元構造特性、および特定の電荷特性を有する。コンフォメーション型エピトープとノンコンフォメーション型エピトープは、変性溶媒の存在下で前者への結合は失われるが後者への結合は失われないという点で区別される。
本明細書で使用する「対象」という用語は、免疫応答が惹起される任意の生体を意味する。対象という用語は、ヒト、チンパンジーなどの類人猿やサル類などの非ヒト霊長類、ウシ、ヒツジ、ブタ、ヤギ、ウマなどの家畜、イヌ、ネコなどの家畜哺乳類、マウス、ラット、モルモットなどのげっ歯類を含む実験動物などを含むが、それだけに限定されるものではない。なお、本用語は、特定の年齢や性別を示すものではない。従って、成人、新生児、雌雄を問わず、胎児も対象とすることを意図している。
本明細書で使用する場合、「主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）」、「ＭＨＣ分子」、「ＭＨＣタンパク質」または「ＨＬＡタンパク質」という用語は、特に、タンパク質抗原のタンパク質分解切断から生じるペプチドを結合し、それを細胞表面に運び、そこで特定の細胞、特に細胞障害性Ｔ－リンパ球またはヘルパーＴ細胞に提示できるタンパク質であると理解するのが適当であろう。ゲノムの主要組織適合性複合体は、細胞表面で発現する遺伝子産物が内在性抗原および／または外来抗原の結合と提示に重要であり、したがって免疫学的プロセスを制御するための遺伝子領域である。主要組織適合性複合体は、異なるタンパク質、すなわちＭＨＣクラスＩの分子とＭＨＣクラスＩＩの分子をコードする２つの遺伝子群に分類される。この２つのＭＨＣクラスの分子は、異なる抗原源に特化している。ＭＨＣクラスＩの分子は、例えばウイルスタンパク質や腫瘍抗原のような内在性に合成された抗原を提示する。ＭＨＣクラスＩＩの分子は、外来性のタンパク質抗原、例えばバクテリアの生成物などを提示する。２つのＭＨＣクラスの細胞生物学と発現様式は、これらの異なる役割に適応している。
クラスＩのＭＨＣ分子は重鎖と軽鎖からなり、約８～１１アミノ酸、通常は９～１０アミノ酸のペプチドを結合し、細胞傷害性Ｔリンパ球に提示することができる。クラスＩのＭＨＣ分子が結合するペプチドは、内在性タンパク質抗原に由来する。クラスＩのＭＨＣ分子の重鎖は、好ましくはＨＬＡ－Ａ、ＨＬＡ－ＢまたはＨＬＡ－Ｃのモノマーであり、軽鎖はβ－２－ミクログロブリンである。
クラスＩＩのＭＨＣ分子は、α鎖とβ鎖からなり、このペプチドが適当な結合モチーフを持っていれば、約１２～２５アミノ酸のペプチドを結合して、ヘルパーＴ細胞に提示することができる。クラスＩＩのＭＨＣ分子が結合するペプチドは、通常、細胞外の外来性タンパク質抗原に由来する。α鎖およびβ鎖は、特にＨＬＡ－ＤＲ、ＨＬＡ－ＤＱおよびＨＬＡ－ＤＰのモノマーである。
「ＭＨＣ複合体」とは、ＨＬＡリガンドとして知られるポリペプチドの特定のレパートリーと結合し、当該リガンドを細胞表面に輸送することができるタンパク質複合体のことで、本明細書では、「ＭＨＣ複合体」という用語を使用する。
本明細書で使用される場合、用語「ＭＨＣリガンド」は、１つ以上の特定のＭＨＣアレルに結合することができるポリペプチドを意味する。用語「ＨＬＡリガンド」は、用語「ＭＨＣリガンド」と交換可能である。ＭＨＣ／リガンド複合体をその表面に発現する細胞は、「抗原提示細胞」（ＡＰＣ）と称される。同様に、本明細書で使用する場合、用語「ＭＨＣ結合ペプチド」は、ＭＨＣクラスＩ及び／又はＭＨＣクラスＩＩ分子に結合するペプチドに関連する。ＭＨＣクラスＩ／ペプチド複合体の場合、結合ペプチドは、典型的には８～１０アミノ酸長であるが、より長い又は短いペプチドが有効である場合もある。ＭＨＣクラスＩＩ／ペプチド複合体の場合、結合ペプチドは、典型的には１０～２５アミノ酸長であり、特に１３～１８アミノ酸長であるが、より長いまたは短いペプチドもまた有効である場合がある。
本明細書で使用する「Ｔ細胞受容体」または「ＴＣＲ」という用語は、抗原提示細胞（ＡＰＣ）などの細胞表面に提示されるＭＨＣ／リガンド複合体の特定のレパートリーに係合することができるＴ細胞によって発現されるタンパク質複合体を意味する。
本明細書で使用する「ＭＨＣ結合モチーフ」という用語は、特定のＭＨＣアレルへの結合を予測するタンパク質配列中のアミノ酸のパターンを意味する。
本明細書において、「ＡＡＹ切断モチーフ」とは、ペプチドまたはタンパク質のプロテアソームによる切断を促進し、抗原処理に関連するトランスポーターのペプチドまたはタンパク質への結合を促進し、および／またはペプチドまたはタンパク質内の特定の部位におけるプロテアソーム分解を増加させることができる「アラニン－アラニン－チロシン」の配列からなる短いアミノ酸モチーフのことである。
本明細書において、「免疫シナプス」という用語は、所定のＴ細胞エピトープが細胞表面ＭＨＣ複合体とＴＣＲの両方に同時に結合することによって形成されるタンパク質複合体を意味する。
本明細書で使用される場合、用語「ポリペプチド」は、アミノ酸のポリマーを指し、特定の長さを指すものではない。したがって、ペプチド、オリゴペプチド、タンパク質は、ポリペプチドの定義に含まれる。本明細書において、ポリペプチドは、組換え細胞および非組換え細胞から分離された場合には細胞性物質を実質的に含まないとき、または化学的に合成された場合には化学前駆体または他の化学物質を含まないときに、「分離」または「精製」されていると言える。
本開示のペプチドまたはポリペプチド（例えば、１または複数の配列番号４－３７０、３９１－４４０、および４４８－８３３の配列、またはそれらの変異体および断片を含み、またはこれ（ら）のみからなり、または本質的にこれ（ら）からなるポリペプチド、であって、複数の態様において、分離、合成、または組換えであってもよい）は、しかしながら、別のポリペプチドに接合、連結または挿入することができる（例えば、異種ポリペプチド）に接合、連結、または挿入することができ、細胞内で通常は結合しておらず、依然として「分離」または「精製」される。
さらに、本開示の１または複数のＴ細胞エピトープは、本開示の前記１つ以上のＴ細胞エピトープがポリペプチドに自然に含まれず、及び／又は本開示の前記１つ以上のＴ細胞エピトープがポリペプチドのその自然の位置に位置していない別のポリペプチドに結合、連結又は挿入することが可能である。ポリペプチドが組換え生産される場合、それはまた、培養液を実質的に含まないことができ、例えば、培養液は、ポリペプチド調製物の体積の約２０％未満、約１０％未満、または約５％未満を占める。
本明細書で使用する「コンカテマー」ペプチドまたはポリペプチドは、少なくとも２つのペプチドまたはポリペプチドが連結された一連のものを意味する。このような連結は、ストリング・オブ・ビーズ設計を形成することができる。態様において、コンカテマーポリペプチドのペプチドまたはポリペプチドの各々は、任意選択で、１または複数のリンカーによって間隔を空けられてもよく、さらなる態様において、中性リンカーによって間隔を空けられてもよい。
「リンカー」という用語は、エピトープまたはワクチン配列などの２つのペプチドドメインの間に付加され、前記ペプチドドメインを接続するペプチドを指す場合がある。
複数の態様において、リンカー配列は、本発明で開示の各１または複数の同定されたペプチド間の立体障害を低減するために用いられ、十分翻訳され、本発明で開示の各１または複数の同定されたポリペプチドの処理を支援または可能にする。
複数の態様において、リンカーは、免疫原性配列要素をほとんどまたは全く有さないことが好ましい。複数の態様において、コンカテマーポリペプチドの各ペプチドまたはポリペプチドは、任意選択で、切断感受性部位であってもよい１または複数のリンカーを、それらのＮおよび／またはＣ末端端に隣接して有していてもよい。このようなコンカテマーペプチドにおいて、２つ以上のペプチドは、それらの間に切断感受性部位を有していてもよい。あるいは、２つ以上のペプチドは、互いに直接、または切断感受性部位でないリンカーを介して連結されていてもよい。
本明細書において、「薬学的に許容される」という用語は、連邦政府または州政府の規制機関によって承認または認可されたもの、あるいはヒトを含む動物への使用について米国薬局方またはその他の一般に認められた薬局方に収載されているものを指すものとする。
本明細書で使用される場合、用語「薬学的に許容される賦形剤、担体、または希釈剤」などは、薬剤とともに対象に投与することができ、その薬理活性を破壊せず、薬剤の治療量を送達するのに十分な用量で投与した場合に無毒な賦形剤、担体、または希釈剤のことを指す。
本書では、「目的別コンピュータプログラム」という用語は、特定の目的（典型的には、特定の生データを分析し、特定の科学的疑問に答えること）を満たすように設計されたコンピュータプログラムを指す。
本明細書で使用する場合、「ｚ－スコア」という用語は、ある要素が平均から何標準偏差であるかを示す。ｚ－スコアは、以下の式から算出することができる。ｚ＝（Ｘ－μ）／σ；ここで、ｚはｚ－スコア、Ｘは要素の値、μは母平均、σは標準偏差である。
本書で使用する「ＥｐｉＢａｒ（商標）」という用語は、少なくとも４つの異なるＨＬＡアレルに反応すると予測される９量体ペプチドを指する。１０以上のクラスター・スコアは、有意であるとみなされる。帯状のＥｐｉＢａｒパターンは、プロミスキャス・エピトープに特徴的である。Ｚスコアは、９量体フレームが所定のＨＬＡアレルに結合する可能性を示す。上位５％のスコアは全て「ヒット」とみなされる。
本明細書で使用する場合、用語「ネイティブＦｃ」は、単量体または多量体のいずれであっても、全抗体の消化によって生じる非抗原結合断片の配列を含む分子または配列を指し、そこにループ領域への挿入または置換によってペプチド配列が付加されてもよい。ネイティブＦｃの元の免疫グロブリン源は、好ましくはヒト由来であり、ＩｇＧ１およびＩｇＧ２を含むがこれに限定されない免疫グロブリンのいずれかであってもよい。ネイティブＦｃは、共有結合（すなわち、ジスルフィド結合）および非共有結合によって二量体または多量体に連結されてもよい単量体ポリペプチドから構成される。
ネイティブＦｃ分子の単量体サブユニット間の分子間ジスルフィド結合の数は、クラス（例えば、ＩｇＧ、ＩｇＡ、ＩｇＥ）またはサブクラス（例えば、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、ＩｇＡ１、ＩｇＧＡ２）に応じて１～４の範囲である。ネイティブＦｃの一例は、ＩｇＧのパパイン消化から生じるジスルフィド結合二量体である（Ellisonら(1982), Nucleic Acids Res. 10:4071-9を参照されたい）。本明細書で使用する「ネイティブＦｃ」という用語は、単量体、二量体、および多量体の形態を総称するものである。
本明細書において、「免疫シナプス」という用語は、所定のＴ細胞エピトープが細胞表面ＭＨＣ複合体とＴＣＲの両方に同時に結合することによって形成されるタンパク質複合体を意味する。
本書で使用される場合、単数形の「ａ」、「ａｎ」、「ｔｈｅ」は、内容が明確に示していない限り、「ａｔ ｌｅａｓｔ ｏｎｅ」を含む複数形を含むことを意図している。「または」とは、「および／または」を意味する。本明細書で使用される場合、用語「及び／又は」及び「１つ以上」は、関連する列挙された項目の任意の及び全ての組合せを含む。例えば、「本開示の１または複数の配列番号４－３７０、３９１－４４０、及び４４８－８３３」に関する用語「１または複数の」は、配列番号４－３７０、３９１－４４０、及び４４８－８３３のいずれか及びすべての組合せを含む。また、「又はその組み合わせ」とは、前述の要素の少なくとも１つを含む組み合わせを意味する。
本明細書で使用されるように、「変異体」ペプチドまたはポリペプチド（変異体Ｔレジトープまたは脱寛容化抗原を含む）は、１つ以上の置換、欠失、挿入、逆位、融合、および切断またはこれらの任意の組み合わせによってアミノ酸配列が異なり得る。複数の態様において、変異体ペプチドまたはポリペプチド（変異体Ｔ細胞エピトープを含む）は、前記変異体がＭＨＣ結合性および／またはＴＣＲ特異性、および／またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２活性を保持することを条件に、１または複数の置換、欠失、挿入、逆位、融合、切断、またはこれらの任意の組み合わせによりアミノ酸配列が異なることが可能である。
本明細書に記載されたものと類似又は同等の任意の方法及び材料を本開示の実施又は試験に用いることができるが、好ましい方法及び材料が記載されている。本開示の他の特徴、目的、及び利点は、本明細書及び特許請求の範囲から明らかになるであろう。本明細書及び添付の特許請求の範囲において、単数形は、文脈上明らかに他に指示されない限り、複数形の参照語を含む。他に定義されない限り、本明細書で使用される全ての技術用語および科学用語は、本発明が属する技術分野における通常の当業者によって一般的に理解されるのと同じ意味を有する。本明細書で引用されたすべての文献は、個々の刊行物、特許、または特許出願が、すべての目的のためにその全体が参照により組み込まれることが具体的かつ個別に示されている場合と同じ程度に、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
（ｉｉ） 一般
獲得免疫カスケード（adaptive immune cascade）は、可溶性タンパク質抗原が抗原提示細胞（ＡＰＣ）に取り込まれ、クラスＩＩ抗原提示経路を経て処理されることから始まる。クラスＩＩ抗原提示経路にあるタンパク質抗原は、小胞体に存在する様々なプロテアーゼによって分解される。得られたタンパク質断片の一部は、クラスＩＩ ＭＨＣ分子に結合される。ペプチドを結合したＭＨＣ分子は細胞表面に運ばれ、そこでＣＤ４＋Ｔ細胞によって照合される。ＭＨＣ分子に結合し、ＡＰＣと循環Ｔ細胞間の細胞間相互作用を仲介することができるペプチド断片は、Ｔ細胞エピトープと呼ばれる。ＣＤ４＋Ｔ細胞によるこれらのペプチド－ＭＨＣ複合体の認識は、応答するＴ細胞の表現型および局所的なサイトカイン／ケモカイン環境に基づいて、免疫活性化または免疫抑制のいずれかの応答を引き起こす可能性がある。一般に、ＭＨＣ／ペプチド複合体とＴエフェクター細胞のＴ細胞受容体（ＴＣＲ）との結合は、活性化とそれに続くＩＬ－４、ＩＦＮ－γのような炎症性サイトカインの分泌を引き起こす。一方、ナチュラル制御性Ｔ細胞（ＴＲｅｇ）の活性化は、特に免疫抑制サイトカインであるＩＬ－１０やＴＧＦ－βの発現につながる（Shevach E, (2002), Nat Rev Immunol, 2(6):389-400）。これらのサイトカインは、近傍のエフェクターＴ細胞に直接作用し、場合によっては、アネルギーやアポトーシスを引き起こす。
また、制御性サイトカインやケモカインがエフェクターＴ細胞をＴ制御性表現型に変換する場合もある。この過程は、ここでは「誘導性」あるいは「適応性」寛容と呼ばれている。ＭＨＣ分子に結合し、循環する内在性ＴＲｅｇ（態様では、ナチュラルＴＲｅｇおよび／またはアダプティブＴＲｅｇを含む）に係合および／または活性化することができるＴ細胞エピトープは、「Ｔレジトープ」と呼ばれる。複数の態様において、本開示されるＴレジトープは、複数のＭＨＣアレルおよび複数のＴＣＲに結合することができるエピトープである、Ｔ細胞エピトープクラスターである。
新生児期の胸腺では、皮質および髄質の上皮細胞が、未熟なＴ細胞に対して特異的な自己タンパク質エピトープを発現しており、最初の自己／非自己の識別が行われる。高親和性の自己抗原を認識するＴ細胞は削除されるが、中程度の親和性を持つ自己反応性Ｔ細胞は削除を免れ、ナチュラル制御性Ｔ細胞（ＴＲｅｇ細胞）に変化することができる。これらのナチュラルＴＲｅｇ細胞は末梢に輸出され、潜在的な自己免疫応答を制御するのに役立つ。ナチュラル制御性Ｔ細胞は、免疫制御と自己寛容の重要な構成要素である。
自己寛容は、Ｔ細胞、Ｂ細胞、サイトカインおよび表面受容体の間の複雑な相互作用によって制御されている。Ｔ制御性免疫応答は、タンパク質抗原（自己か外来かを問わず）に対するＴエフェクター免疫応答とバランスをとっている。自己反応性Ｔエフェクター細胞の数や機能の増加、あるいはＴ制御性細胞の数や機能の低下により、バランスが自己反応性側に傾くと、自己免疫として現れる。
成熟Ｔ細胞は、ＩＬ－１０とＴＧＦ－βの存在下でＴ細胞受容体を介して活性化され、「アダプティブ」ＴＲｅｇ表現型に変換される。このＴ細胞は通常、バイスタンダー制御性Ｔ細胞から供給される。これらの「アダプティブ」ＴＲｅｇ細胞の役割としては、侵入した病原体をうまく排除した後の免疫応答を弱める、アレルギー反応による過剰な炎症を抑える、低レベルあるいは慢性感染による過剰な炎症を抑える、あるいは有益な共生細菌やウイルスを標的とする炎症反応を抑える、などが考えられる。「アダプティブ」ＴＲｅｇは、体細胞超変異を起こしたヒト抗体を標的とする免疫応答を抑制する役割も果たしているかもしれない（Chaudhry A et al., (2011), Immunity, 34 (4): 566-78）．
ＴＲｅｇ細胞もまた、Ｂ細胞寛容に役立っている。Ｂ細胞は、その細胞表面に単一の低親和性Ｆｃ受容体、ＦｃｙＲＩＩＢを発現している（Ravetch JVら (1986), Science, 234 (4777): 718-25）。このレセプターは、その細胞質ドメインに免疫受容体チロシンベースの阻害モチーフ配列（ＩＴＩＭ）を含んでいる。ＦｃｙＲＩＩＢとＢ細胞受容体（ＢＣＲ）の免疫複合体による共ライゲーション（Co-ligation）は、ＩＴＩＭのチロシンリン酸化を誘発し、イノシトールホスファターゼ、ＳＨＩＰの動員をもたらす。ＳＨＩＰはＭＡＰキナーゼの活性化を妨げることによってＢＣＲトリガーの増殖を抑制し、バートンチロシンキナーゼ（Ｂｔｋ）を細胞膜から解離して、細胞へのカルシウム流入を阻害して食細胞を阻止する。ＦｃｙＲＩＩＢは、ＩＴＩＭとは無関係にアポトーシスを誘導することもできる。ＩＣによるＦｃＲＩＩＢのホモ会合が起こると、Ｂｔｋの細胞膜への会合が促進され、それによってアポトーシス反応が引き起こされる（Pearse R, et al., (1999), Immunity, 10(6): 753-60）。ＦｃｙＲＩＩＢの発現は非常に多様であり、サイトカインに依存している。活性化されたＴｈ２およびＴＲｅｇ細胞によって発現されるＩＬ－４およびＩＬ－１０は、ＦｃｙＲＩＩＢの発現を増強するために相乗的に作用することが示されている（Joshi Tら, (2006), Mol Immuno., 43(7): 839-50）、したがって、体液性応答の抑制を助けることが示されている。
さらに、ある種のウイルスは、ヒトの配列と非常に多くのＴ細胞受容体（ＴＣＲ）「交差保存」（すなわち、ＪａｎｕｓＭａｔｒｉｘで定義された「ヒト様」Ｔ細胞エピトープ）を持ち、ヒトで慢性感染を成立させることができる。ある種のウイルスは、自己との相互保存性が高く、制御性Ｔ細胞（ＴＲｅｇ）を著しく増殖するようなエピトープを多く持っているようであることから、免疫カモフラージュは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２を含む特定のヒト病原体が獲得免疫応答を弱める、あるいは逃れるための重要な方法であると思われる。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２は、Ｔレジトープの発現とＴＲｅｇの動員・活性化を通じて「免疫カモフラージュ」を行い、宿主の反応を最小限に抑えることができる。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２は、低い免疫原性を示し機能的ＴＲｅｇを刺激し、それゆえ獲得免疫応答を弱める、あるいは逃れる高度相互保存エピトープを含んでいると仮定された。このようなエピトープ（すなわちＴレジトープ）は、さらに、免疫原性を高めた脱寛容化の抗原／ペプチドを作り出すための、特異的改変を含む改変／除去の重要な標的として機能する。
したがって、本開示のいくつかの態様は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の１または複数のタンパク質に由来するペプチドであって、その中のＴレジトープまたはＴレジトープが、ＴＲｅｇ細胞の係合および／または活性化を阻害、減少または消失させるように損なわれているペプチドに関わる。
Ｔレジトープは、ペプチドからのＴレジトープの欠失、ペプチドからのＴレジトープの部分的欠失、またはＴレジトープの変異によって損なわれてもよい。
例えば、複数の態様において、抗原又はポリペプチド配列からの同定された制御性Ｔ細胞エピトープの１または複数の除去は、１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープのアミノ酸の全て又は一部の欠失を含む。
複数の態様において、抗原又はポリペプチド配列からの１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープの前記除去は、１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープのアミノ酸の一部又は全ての欠失と、制御性Ｔ細胞エピトープのアミノ酸の欠失の部位における１または複数のアミノ酸の付加を含んでいる。
複数の態様において、抗原又はポリペプチド配列からの１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープの前記除去は、１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープを変異（限定されないが、例えば、部位特異的変異誘発又は他の組み換え技術による１または複数の点変異を１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープへの導入）させることを含んでいる。
複数の態様において、抗原またはポリペプチド配列からの１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープの前記除去は、１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープ配列に１または複数のアミノ酸を導入することを含み、複数の態様において、配列の免疫原性が高められるように１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープ配列が破壊されることになる。
複数の態様において、除去部位における前記付加された１または複数のアミノ酸の数は、前に存在した制御性Ｔ細胞エピトープアミノ酸から削除されたアミノ酸の数に対応する必要はない。
複数の態様において、寛容化エピトープ（Ｔレジトープ）が特定された状態で、そのようなエピトープの結合は、そこに含まれるアンカー残基および／またはＴＣＲエピトープ残基を変異させることによって破壊することが可能である。アンカー残基のそのような変異は、結合に不利な置換アミノ酸を選択しなければならない。
ＥｐｉＭａｔｒｉｘが破壊的である（予測されるＴ細胞エピトープの含有量を減らす）と特定したアミノ酸置換はすべて、実行可能である。免疫原性を改善し、寛容性を低下させるための標的アンカー残基および特定の変異が、本明細書に開示されている。さらに、ＴＣＲ接触を変異させることによって、そのような寛容化エピトープのＴ細胞認識を破壊することができる。ＴＣＲ接触に対する任意のアミノ酸置換は、ＴＣＲ認識を破壊することができる。このようなエピトープに対する標的化ＴＣＲ接触が本明細書に開示されている。
したがって、Ｔレジトープの同定は、自然免疫系を利用するためのアプローチであると同時に、不要な獲得免疫カモフラージュを阻止し回避するための欠失、部分欠失、変異の標的を提供するものである。例えば、Ｔレジトープに特異的なＴＲｅｇ細胞を利用して、不要な免疫応答を抑制したり、共同送達されたタンパク質に対してアダプティブＴＲｅｇを誘導することが可能である。この発見は、移植、タンパク質治療薬、アレルギー、慢性感染症、自己免疫、ワクチン設計のための治療レジメンや抗原特異的治療法の設計に示唆を与えるものである。同様に、本明細書に提示されたＴレジトープは、さらに、ＴＲｅｇ結合およびその後の免疫抑制を回避し、一方で免疫応答を参加させおよび／または刺激し、偽装された「自己」エピトープまたは抗原の脱寛容化を可能にするための欠失および／または変異の標的となり得る。
本開示は、それに応じて、本明細書で同定されたペプチドのＴレジトープ組成物及びその脱寛容化抗原性組成物の両方に関するものである。本開示のＴレジトープ組成物を含む本明細書の組成物と連動した薬剤、タンパク質、又はアレルゲンの投与は、エフェクター免疫応答を抑制することができる。本開示のＴレジトープ組成物を含むＴレジトープは、免疫系を寛容に向けて意図的に操作するために使用することができる。Ｔレジトープの同定は、さらに、ＴＲｅｇ細胞の活性化を回避するペプチドの設計を可能にする。特定の態様において、脱寛容化抗原性組成物は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に対する免疫応答を刺激するために、他の抗原性組成物と共に免疫刺激性組成物として利用することができる。例えば、欠失したＴレジトープ（複数可）、部分的に欠失したＴレジトープ及び／又はＴレジトープに対する突然変異（複数可）を有する脱寛容化抗原を含むことにより、ＴＲｅｇの係合及び／又は活性化が減少及び／又は消失したペプチド組成物を提供し、それによって投与組成物が免疫迷彩を回避することが可能となる。
寛容化された抗原の削除されたおよび／または変異したＴレジトープを含み、またはこれ（ら）のみからなり、または本質的にこれ（ら）からなる抗原の投与は、代替的に結合を破壊し、獲得免疫応答がエピトープを認識して免疫カモフラージュ応答を回避することを可能にし得る。ポリペプチド又は抗原から本明細書に記載のＴレジトープを変異により除去することは、免疫系を刺激するために抗原を脱寛容にし、及び／又は免疫系により病原体が自己として認識されるのを防ぐことを提供する。
本開示の組成物は、欠失、部分欠失及び／又は変異したＴレジトープを有するペプチドを含むＴレジトープ組成物及びその脱寛容化抗原を含む。組成物は、１つ以上のポリペプチド（本明細書では、「Ｔｒｅｇ活性化制御性Ｔ細胞エピトープ」、「Ｔレジトープ」、「Ｔレジトープペプチド」、または「Ｔ細胞エピトープポリペプチド」と称することがある）を含んでもよく、前記ポリペプチドは、本明細書に記載した配列番号４－３７０、３９１－４４０、及び４４８－８３３のいずれかに記載のいかなるアミノ酸配列を含み、またはこれ（ら）のみからなり、または本質的にこれ（ら）からなる、１つ以上のポリペプチド、及び／又はその脱寛容化抗原変異体（削除されたＴレジトープ、一部欠如したＴレジトープ、及び／又はそこに１又は複数のアミノ酸変異を有するペプチドを含む）が挙げられる。
組成物は、本明細書に記載の配列番号４－３７０、３９１－４４０、及び４４８－８３３に記載のポリペプチドのＮ末端及び／又はＣ末端に任意の比率で分布する１～１２の追加のアミノ酸を含むポリペプチド断片及び／又はその変異体、又はその脱寛容化抗原変異体を含んでもよい。
組成物は、本明細書に開示される核酸、発現カセット、プラスミド、発現ベクター、組換えウイルス、または細胞（これらはすべて、分離、合成、組換え、またはそれらの組合せであってもよい）を含んでもよい。組成物は、本明細書に開示されるようなキメラまたは融合ポリペプチド組成物（複数の態様において、分離、合成、組換え、またはそれらの組合せであってもよい）を含んでもよい。組成物は、医薬組成物および／または製剤の一部であってもよい。組成物は、制御性Ｔ細胞の選択的な係合及び活性化、並びに本明細書に規定されるような脱寛容化抗原の場合におけるその活性化の回避に利用されてもよい。組成物は、ポリペプチド（又はペプチド）、核酸、キメラポリペプチド及び／又は医薬組成物の１または複数であってもよい。
本書は、重症急性呼吸器症候群コロナウイルス２（ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２）が、内在性制御性Ｔ細胞集団（ナチュラルＴＲｅｇおよび／またはアダプティブＴＲｅｇを含む）に関連するＴ細胞エピトープを含むことを証明するものである。通常の免疫監視の過程で、これらのタンパク質は、樹状細胞やマクロファージのような専門のＡＰＣに取り込まれ、分解される。分解される過程で、これらのタンパク質に含まれるエピトープの一部は、ＭＨＣ分子に結合し、細胞表面に運ばれ、制御性Ｔ細胞に提示される。これらの細胞は、ＡＰＣによって活性化されると、サイトカインやケモカインを放出し、細胞外タンパク質の機能を阻害する自己免疫応答を抑制するのに役立つ。
本開示のＴレジトープ組成物を使用して、内在性ＴＲｅｇ（複数の態様において、ナチュラルＴＲｅｇおよび／またはアダプティブＴＲｅｇを含む）を選択的に活性化することにより、本開示のＴレジトープ組成物を使用して、種々の不要な免疫応答を抑制できることが、本明細書に示されている。最も単純な形態では、本開示のＴレジトープ組成物の全身適用は、例えば、ＭＳ再発、アレルギー反応、移植反応、又は感染に対する制御不能な反応などの重度の自己免疫応答を制御するのに有用な一般的な免疫抑制剤として使用することができる。
より制御された用途では、本開示のＴレジトープ組成物は、局所的な自己免疫応答を抑制するために使用することができる。特定の他のＴ細胞エピトープへの本開示のＴレジトープ組成物の融合、結合又は混和によって達成されてもよいような標的用途では、Ｔレジトープ組成物は、免疫系のバランスをそのままにして、融合、結合又は混和したＴ細胞エピトープに対する非常に特異な免疫応答を抑制することが可能である。
例えば、自己免疫抗原、アレルゲン、または抗体（ＩｇＧ、ＩｇＭ、ＩｇＡ、ＩｇＤもしくはＩｇＥ分子であり得る）またはその抗原特異的抗体断片（Ｆａｂ、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆｖ、ジスルフィド結合Ｆｖ、ｓｃＦｖ、単一ドメイン抗体、閉鎖構造多特異性抗体、ジスルフィド結合ｓｃｆｖ、ダイアボディなどが挙げられるがこれらに限定されない）または置換酵素などの抗原性タンパク質と融合した本開示のＴレジトープ組成物の送達により、免疫系は、例えば、内在性ＴＲｅｇ（ナチュラルＴＲｅｇおよび／またはアダプティブＴＲｅｇを含む態様）を誘導する、および／または反応するエフェクターＴ細胞の表現型をアダプティブ制御Ｔ細胞の表現型に転換させて、共同送達抗原を「寛容する」ことができるよう訓練される。
本開示のＴレジトープ、及びその脱寛容化抗原は、コロナウイルス科に属するポジティブセンス一本鎖リボ核（ＲＮＡ）ウイルスである重症急性呼吸器症候群コロナウイルス２（ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２）及びその発現タンパク質に由来している。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２（本明細書では「ＣＯＶＩＤ－１９ウイルス」とも呼ばれる場合がある）は、２０１９年後半に中国の武漢で初めて確認され、高伝染性コロナウイルス疾患２０１９（「ＣＯＶＩＤ－１９」、「２０１９新規コロナウイルス」または「２０１９－ｎＣｏＶ」と称されており、本明細書ではそう呼ぶことがある）の原因であるとされている。
有用であるためには、これらのＴレジトープは、真のＴ細胞エピトープ（すなわち、ＭＨＣ分子およびＴＣＲの両方に結合することができる）であるべきである。また、Ｔレジトープは、治療効果を発揮するのに十分な大きさの制御性Ｔ細胞の既存の集団に関連するものであるべきである。Ｔ細胞エピトープクラスターは、複数のＭＨＣアレルと複数のＴＣＲに結合できるエピトープであり、この後者の条件を満たすための鍵となるものである。
本明細書にさらに記載されるように、真のＴレジトープの同定により、ポリペプチドまたは抗原からそのようなＴレジトープを除去および／または変異させることができ、脱寛容化抗原の提供を可能にする。例えば、「真の」Ｔ細胞エピトープ内のアンカーおよび／またはＴＣＲ結合に影響を与えるための変異は、保持されたアグレトープを介したＭＨＣ結合を可能にする一方で、ＴＲｅｇの認識および結合、またはアグレトープ変異によるＭＨＣ結合の低下を回避して、脱寛容化抗原が効果的に全く提示できないようにさせることが可能である。そして、ＴＲｅｇを活性化することにより、免疫刺激および／または免疫抑制の回避を可能にすることができる。
Ｔレジトープに関して、本開示される治療法は、以下の利点を提供する。
１．本開示のＴレジトープ組成物による治療は、高度に抗原特異的である（例えば、Ｔレジトープ組成物による治療は、例えば、高度に抗原特異的な方法で、対応する内在性ＴＲｅｇ集団（複数の態様において、ナチュラルＴＲｅｇおよび／またはアダプティブＴＲｅｇを含む）を増殖および／または刺激しうる）。
２．高用量抗原の調製を頻繁に行い、対象を長期間にわたって治療する現在の抗原特異的治療法と比較して、効率的かつ安価な治療レジメンである。
３．高用量療法による寛容の誘導が、治療対象者の免疫寛容を誘導できない場合の第二の防御線となる。
Ｔレジトープに由来する脱寛容化抗原に関して、開示された治療法は、免疫化工程におけるＴＲｅｇの活性化を最小限に抑え、より顕著かつ効果的な結果を可能にする効率的かつ低コストの治療レジメンを提供するものである。脱寛容化抗原は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２由来のタンパク質またはペプチドであって、その中のＴレジトープまたはＴレジトープが欠失および／または部分的に欠失および／または変異しているものを含んでもよい。脱寛容化抗原は、さらに、変異したＴレジトープ又は変異したＴレジトープからなるペプチドを含んでもよい。
複数の態様において、本開示は、自己免疫応答を経験している患者に安全に投与される治療用Ｔレジトープ組成物に関する。請求されるＴレジトープ（及び前記Ｔレジトープ組成物に含まれるＴレジトープ）の作用機構は自然であり、その有効性及び安全性を支持するものである。
Ｔレジトープ組成物に加えて、本開示は、結合が破壊され、抗原が免疫系によって脱寛容化されるようなＴレジトープペプチド又は抗原に対する変異にも関する。
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２は、低い免疫原性を示し、機能的Ｔｒｅｇを刺激し、獲得免疫応答を弱めるか、あるいは逃れる可能性のある高度に相互保存されたエピトープを含むと仮定された。このようなエピトープは、変異を含む特異的な改変の重要なターゲットとなり、免疫原性を増加させた脱寛容化ペプチドを作り出すことも可能である。
本明細書に規定されるＴレジトープの同定により、そこでの変異誘発は、脱寛容化抗原を提供する。寛容化エピトープが同定されると、Ｔレジトープの削除またはそこに含まれるアンカー残基の変異によって、そのようなエピトープの結合を破壊することができる。アンカー残基のこのような変異は、結合に不利な置換アミノ酸を選択しなければならない。ＥｐｉＭａｔｒｉｘが破壊的（予測されるＴ細胞エピトープの含有量を減らす）であると特定したアミノ酸置換は、すべて実行可能である。
免疫原性を改善し、寛容性を低下させるための標的アンカー残基および特定の変異が、本明細書に開示されている。さらに、ＴＣＲ接触を変異させることによって、そのような寛容化エピトープのＴ細胞認識を破壊することができる。ＴＣＲ接触に対する任意のアミノ酸置換は、ＴＣＲ認識を破壊することができる。このようなエピトープに対する標的化ＴＣＲ接触が本明細書に開示されている。
このように、本発明の開示は、脱寛容化のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２抗原（例えば、ペプチドおよびポリペプチド）、ならびにそれを製造および使用する方法をさらに提供する。複数の態様において、ＣＯＶＩＤ－１９を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染及びＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２によって引き起こされる関連疾患に対するワクチン抗原の効力を改善するための方法を含み、以下の工程を含む。（ａ）ヒトプロテオームまたはヒトマイクロバイオームのいずれかに由来するタンパク質とＴＣＲ接触を共有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ワクチン抗原内の構成Ｔ細胞エピトープを同定する工程、（ｂ）同定されたＴレジトープの一部または全部を抗原から削除／除去し、および／またはアンカーリングもしくはエピトープ認識に悪影響を与える変異アミノ酸をそこに導入して、脱寛容化抗原を提供する工程、および（ｃ）ワクチンまたは免疫賦活剤の一部として、他の抗原性ペプチドおよび／または他の脱寛容化抗原と単独または組み合わせて対象に脱寛容化抗原を投与する工程を含む。抗原をコードする核酸を操作して、抗原を除去および／または変異させることにより、脱寛容化抗原を作製できることが理解されよう。また、脱寛容化抗原をコードする配列からなる核酸組成物を、脱寛容化抗原ポリペプチドと同様に、および／またはその代わりに、組成物に利用することができることも理解されよう。
複数の態様において、本開示は、表１、表２、および図２～３１に規定される制御性Ｔレジトープ（またはその変異体）、ならびにその断片（９量体を含む）、その変異体、およびそのような変異体の断片の１つ以上を含むＴレジトープ組成物に関する。同様に、他の態様において、本開示は、脱寛容化抗原性ペプチドに関する。
複数の態様において、脱寛容化抗原は、表１、表２および図２～３１に記載の１または複数のＴレジトープが欠失されている、ＳＡＲＳＳ－ＣｏＶ－２由来のタンパク質またはペプチドを含む。
他の態様において、脱寛容化抗原は、表１、表２および図２～３１に記載の１または複数のＴレジトープが欠失、部分欠失および／またはその中の１または複数のアミノ酸で変異している、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２タンパク質またはペプチドを含む。
さらなる態様において、脱寛容化抗原は、表１、表２および図２～３１に記載のＴレジトープを含むポリペプチド組成物であって、その中の１または複数のアミノ酸が変異しているポリペプチド組成物を含む。Ｔレジトープ組成物については、そのペプチドまたは断片もしくは変異体が、ＭＨＣ結合性状および／またはＴＣＲ特異性を保持していることが重要である。脱寛容化（detolerizing）組成物については、ペプチドは、ＭＨＣ結合を減少させるか、及び／又は前記標的Ｔ細胞エピトープのＴＣＲ接触とヒトプロテオーム又はヒトマイクロバイオームとの間の相同性を減少させるための改変及び／又は変異を含む。
表２は、解析中に同定された実際のクラスターを定義するコアペプチド（中央のアミノ酸は太字、括弧内は配列番号）を記述している。安定化フランク（Ｎ末端およびＣ末端、太字ではない）は、コア配列と共に使用するために任意に含まれ、表２において、括弧内に記載されていない配列番号によって標識されている。特定の態様において、本開示のＴレジトープは、Ｎ－末端アセチル及び／又はＣ－末端アミノ基でキャップされてもよい。
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本開示は、本明細書に記載のＴレジトープ及び脱寛容化抗原のポリペプチド断片も含む。本開示はまた、本明細書に記載のＴレジトープ及び脱寛容化抗原の変異体の断片を包含し、ただし、前記断片及び／又は変異体が少なくとも部分的にＭＨＣ結合性及び／又はＴＣＲ特異性を保持していることを条件とする。
本開示はまた、本発明で開示された１または複数のＴレジトープまたは脱寛容化抗原がその一部であるキメラまたは融合ポリペプチド（複数の態様において、分離、合成、または組換えであってよい）を提供する。複数の態様において、キメラまたは融合ポリペプチド組成物は、異種ポリペプチド（これに限定されないが、例えば、ＩｇＧ、ＩｇＭ、ＩｇＡ、ＩｇＤもしくはＩｇＥ分子またはその抗原特異的抗体断片（Ｆａｂ、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆｖ、ジスルフィド結合Ｆｖ、ｓｃＦｖ、単一ドメイン抗体、閉鎖構造多特異抗体、ジスルフィド結合ｓｃｆｖ、ダイアボディ））に連結された本開示の１または複数のポリペプチド（例えば、Ｔレジトープまたは脱寛容化抗原）を含む。
先に述べたように、「異種ポリペプチド」という用語は、本発明で開示の１または複数のＴレジトープまたは脱寛容化抗原（例えば、１または複数の配列番号４－３７０、３９１－４４０、および４４８－８３３、またはその１つ以上を欠くペプチド、もしくはそれを変異させたもの）が異種ポリペプチドに異種である（heterologous）か、天然に含まれないことを意味するよう意図されている。
複数の態様において、１または複数のＴレジトープまたは脱寛容化抗原は、異種ポリペプチドに挿入されてもよく（例えば、変異誘発または当該技術分野において他の既知の手段によって）、異種ポリペプチドのＣ末端に（当該技術分野において既知のようにリンカーを使用してまたは使用せずに）付加されてもよく、および／またはＮ末端に（当該技術分野において既知のようにリンカーを使用または使用せずに）付加されてもよい。
複数の態様において、１または複数のＴレジトープまたは脱寛容化抗原は、米国特許第７，４４２，７７８号、米国特許第７，６４５，８６１号、米国特許第７，６５５，７６４号、米国特許第７，６５５，７６５号、および／または米国特許第７，７５０，１２８号（それぞれ、参照により全体として本書に組み込まれる）に開示のようにＦｃドメイン中のアミノ酸に挿入または置換することができる。例えば、変異誘発によるタンパク質工学は、部位特異的変異誘発技術、または当技術分野で公知の他の変異誘発技術を使用して行うことができる（例えば, James A. Brannigan and Anthony J. Wilkinson., 2002,タンパク質engineering 20 years on. Nature Reviews Molecular Cell Biology 3, 964-970; Turanli-Yildiz B. et al., 2012,タンパク質Engineering Methods and Applications, intechopen.com、これらは参照によりその全体が本明細書に組み込まれる）。
複数の態様において、キメラまたは融合ポリペプチドは、異種ポリペプチドに作動的に連結された本開示の１または複数のＴレジトープおよび／または脱寛容化抗原からなる。「作動的に連結された」とは、ポリペプチド（例えば、本開示のＴレジトープまたは脱寛容化抗原）および異種タンパク質が、インフレームで融合されているか、化学的に連結されているか、または他の方法で結合されていることを示す。
例えば、複数の態様において、１または複数のＴレジトープまたは脱寛容化抗原は、米国特許第８，００８，４５３号、米国特許第９，１１４，１７５号、および／または米国特許第１０，１８８，７４０号（それぞれ、その全体が参照により本明細書に組み込まれる）に開示されているように、Ｆｃドメイン内の１つ以上の内部共役部位に共有結合されてもよい。
複数の態様において、分離、合成、または組換えキメラまたは融合ポリペプチド組成物は、ポリペプチドを含み、前記ポリペプチドは、本開示の１または複数の配列番号４－３７０、３９１－４４０、および４４８－８３３を含む配列を有し、前記１または複数の配列番号４－３７０、３９１－４４０、および４４８－８３３が、ポリペプチド中に自然には含まれず、および／または前記１または複数の配列番号４－３７０、３９１－４４０、および４４８－８３３が、ポリペプチド中のその自然の位置に配置されていない。
複数の態様において、本開示の１または複数の配列番号４－３７０、３９１－４４０、および４４８－８３３は、ポリペプチドに接合、連結（例えば、フレーム内で融合、化学的に連結、または他の方法で結合）、および／または挿入されてもよい。
複数の態様において、本開示の１または複数の配列番号４－３７０、３９１－４４０、および４４８－８３３は、低分子、薬剤、または薬剤断片、例えば、定義されたＨＬＡに高い親和性で結合する薬剤または薬剤断片に接合または結合（例えば、フレーム内融合、化学的に結合、または他の方法で結合）されてもよいが、これらに限定されるものではない。脱寛容化抗原と同様に、１または複数の配列番号４－３７０、３９１－４４０、および４４８－８３３において欠失、部分欠失または変異のいずれかのペプチドを、低分子、薬剤、またはドラッグ断片、例えば、定義されたＨＬＡに高い親和性で結合する薬剤またはドラッグ断片などに接合または連結（例えば、フレーム内融合、化学結合またはその他の結合）することができるが、これらに限定されるわけではない。
上記キメラ又は融合ポリペプチド組成物の態様において、本開示の１または複数のポリペプチド（Ｔｒｅｇ活性化制御性Ｔ細胞エピトープ、Ｔレジトープ、Ｔレジトープペプチド、又はＴ細胞エピトープポリペプチド）は、１または複数の配列番号４－３７０、３９１－４４０、および４４８－８３３の配列、および任意選択で、配列番号４－３７０、３９１－４４０、および４４８－８３３のポリペプチドのＮ末端および／またはＣ末端上に任意の比率で分布している１～１２の追加のアミノ酸を含み、またはこれ（ら）のみからなり、または本質的にこれ（ら）からなる配列を有している。さらなる態様において、配列番号４－３７０、３９１－４４０、および４４８－８３３に記載のＴレジトープの１または複数において欠失または変異したＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２由来のタンパク質またはポリペプチドなどの脱寛容化抗原は、任意選択で、Ｎ末端および／またはＣ末端に、任意の比率で分布する１～１２の追加のアミノ酸を含むことが可能である。
（ｉｉｉ）脱寛容化変異原性（DETOLERIZED MUTAGENESIS）
本開示は、本明細書に記載されるように脱寛容化されたＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ポリペプチドのポリペプチド断片を含む。本開示はまた、本明細書に記載の脱寛容化ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ポリペプチドの変異体の断片を包含し、複数の態様において、前記断片及び／又は変異体は、少なくとも部分的にＭＨＣ結合性及び／又はＴＣＲ特異性を保持している。
配列番号４－３７０、３９１－４４０、及び４４８－８３３に記載のＴレジトープポリペプチドの同定に加えて、本開示は、その脱寛容化抗原性化合物をさらに含む。本開示のいくつかの態様は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の１つ以上のタンパク質に由来するペプチド又はタンパク質であって、その中の１以上のＴレジトープが、ＴＲｅｇ細胞の係合及び／又は活性化を阻害、減少又は廃止して損なわれている(compromized)ペプチド又はタンパク質に関する。
Ｔレジトープは、その中のＴレジトープの欠失、その中のＴレジトープの部分的欠失、またはその中のＴレジトープのアミノ酸変異によって、損なわれていてもよい。例えば、複数の態様において、抗原またはポリペプチド配列からの同定された制御性Ｔ細胞エピトープの１つ以上の除去は、１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープ（Ｔレジトープ）のアミノ酸の全てまたは一部の欠失を含んでいる。
複数の態様において、抗原又はポリペプチド配列からの１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープの前記除去は、１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープのアミノ酸の一部又は全ての欠失と、制御性Ｔ細胞エピトープのアミノ酸の欠失部位における１または複数のアミノ酸の付加を含む。
複数の態様において、抗原又はポリペプチド配列からの１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープの前記除去は、１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープを変異（限定されないが、例えば、部位特異的変異誘発又は他の組み換え技術による１または複数の点変異を１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープへの導入）させることを含んでいる。
複数の態様において、抗原またはポリペプチド配列からの１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープの前記除去は、１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープ配列に１または複数のアミノ酸を導入することを含み、複数の態様において、配列の免疫原性が高められるように１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープ配列が破壊されることになる。
複数の態様において、除去部位における前記付加された１または複数のアミノ酸の数は、前に存在した制御性Ｔ細胞エピトープアミノ酸から削除されたアミノ酸の数に対応する必要はない。
Ｔレジトープの欠失又は部分欠失に加えて、脱寛容化は、抗原ペプチドのＴレジトープ配列内の１または複数のアミノ酸の部位特異的変異誘発を含んでもよい。特に、脱寛容化抗原を提供するための部位特異的変異誘発は、本明細書に規定するように、同定されたＴレジトープ内の変異したアンカー残基（例えば、アグレトープ変異）及び／又は変異したＴＣＲエピトープを含んでもよい。ＥｐｉＭａｔｒｉｘによって破壊的（予測されるＴ細胞エピトープの含有量を減らす）であると同定された任意のアミノ酸置換が実行可能である。
免疫原性を改善し、寛容性を低下させるための標的アンカー残基及び特異的ＴＣＲ結合変異が、本明細書に開示される。さらに、ＴＣＲ接触を変異させることによって、そのような寛容化エピトープのＴ細胞認識を破壊することができる。
したがって、本開示は、発現されたＴレジトープが、ＴＲｅｇ細胞の係合又は活性化が悪影響を受ける及び／又は廃止される点まで欠失、部分欠失又は変異している、任意の及び／又は全てのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２発現タンパク質又はそのペプチド断片を包含する。
本明細書で議論される全ての同定されたＴレジトープは、本明細書に記載されるＪａｎｕｓＭａｔｒｉｘ相同性スコア２．０またはそれ以上である。
配列番号６、７、１８－３１、１８６－２３１、及び４４８－４５９のポリペプチドは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のエンベロープ（配列番号１）の配列中で同定された。
配列番号４、５、１７、３２－４１、２３２－２４５、４４０、４５０－４７１のポリペプチドは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の膜（配列番号２）の配列中で同定された。
配列番号８－１７、４２－９３、２４６－３７０、４２２、４２３、４３２、４３４－４３９、７９４－８３３のポリペプチドがＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のスパイク（配列番号３）の配列から同定された。
配列番号９４、９５、４０６－４２１および４７４－４８７のポリペプチドがＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のヌクレオカプシド（配列番号３７１）の配列中で同定された。
配列番号９６－１０１、４２４、および７５６－７７４のポリペプチドがＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＯＲＦ３ａタンパク質（配列番号３７２）の配列中で同定された。
配列番号１０２、１０３、および７７５のポリペプチドは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＯＲＦ６タンパク質（配列番号３７３）の配列中に同定された。
配列番号１０４－１０７、４２５、および７７６－７８３のポリペプチドは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＯＲＦ７ａタンパク質（配列番号３７４）の配列中で同定された。
配列番号１０８－１１５、４２７、および５５４－５７５のポリペプチドがＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＯＲＦ１ａｂ非構造タンパク質２（ＮＳＰ２）タンパク質（配列番号３７５）の配列中で同定された。
配列番号１１６－１３５、４２８、４２９および５７６－６５５のポリペプチドは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＯＲＦ１ａｂ非構造タンパク質３（ＮＳＰ３）タンパク質（配列番号３７６）の配列中で同定された。
配列番号１３６－１４１、３９１、３９２、６５６－６８４のポリペプチドは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＯＲＦ１ａｂ非構造タンパク質３（ＮＳＰ４）タンパク質（配列番号３７７）の配列中で同定された。
配列番号１４２－１４９および６８５－７０８のポリペプチドは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＯＲＦ１ａｂ非構造タンパク質６（ＮＳＰ６）タンパク質（配列番号３７８）の配列中で同定された。
配列番号１５０－１５３、３９３－４０５、７０９－７１８のポリペプチドは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＯＲＦ１ａｂ非構造タンパク質７（ＮＳＰ７）タンパク質（配列番号３７９）の配列中で同定された。
配列番号１５４－１５５および７１９－７２５のポリペプチドは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＯＲＦ１ａｂ非構造タンパク質８（ＮＳＰ８）タンパク質（配列番号３８０）の配列中で同定された。
配列番号１５６－１５９および７２６－７３０のポリペプチドは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＯＲＦ１ａｂ非構造タンパク質９（ＮＳＰ９）タンパク質（配列番号３８１）の配列中で同定された。
配列番号１６０－１６５、４３１、７３１－７５５のポリペプチドは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＯＲＦ１ａｂ ＲＮＡ依存性ＲＮＡポリメラーゼタンパク質（配列番号３８２）の配列中で同定された。
配列番号１６６－１７３と５１５－５４２のポリペプチドは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＯＲＦ１ａｂ ヘリカーゼタンパク質（配列番号３８３）の配列中で同定された。
配列番号１７４－１７５と４９６－５０５のポリペプチドは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＯＲＦ１ａｂ ３’－５’エキソヌクレアーゼ（配列番号３８４）の配列中で同定された。
配列番号１７６－１７９と５０６－５１４のポリペプチドは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＯＲＦ１ａｂ ＲＮＡ分解酵素タンパク質（配列番号３８５）の配列中で同定された。
配列番号１８０－１８５、４３３、５４３－５５１のポリペプチドは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＯＲＦ１ａｂ ２’Ｏ－リボースメチルトランスフェラーゼタンパク質（配列番号３８６）の配列中で同定された。
配列番号４８８および４８９のポリペプチドは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＯＲＦ１０タンパク質（配列番号３８８）の配列中で同定された。
配列番号４９０－４９５のポリペプチドは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＯＲＦ１ａｂ ３Ｃ様タンパク質（配列番号３８９）の配列中で同定された。
配列番号５５２と５５３のポリペプチドは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の（配列番号３９０）のＯＲＦ１ａｂ非構造タンパク質１０（ＮＳＰ１０）の配列中で同定された。
配列番号４２６および７８４－７９３のポリペプチドは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＯＲＦ８タンパク質（配列番号３８７）の配列中で同定された。
このように、本発明の開示は、本明細書に記載されるように、その中のＴレジトープが欠失、部分欠失、置換又は変異している、脱寛容化ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２抗原（例えば、ペプチド及びポリペプチド）、並びにそれらを製造及び使用する方法をさらに提供する。
複数の態様において、ＣＯＶＩＤ－１９を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染及びＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２によって引き起こされる関連疾患に対するワクチン抗原の効力を改善するための方法を含み、以下の工程を含む。（ａ）ヒトプロテオームまたはヒトマイクロバイオームのいずれかに由来するタンパク質とＴＣＲ接触を共有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ワクチン抗原内の構成Ｔ細胞エピトープを同定する工程と（ｂ）同定されたＴレジトープの一部または全部を抗原から削除／除去し、および／またはアンカーリングもしくはエピトープ認識に悪影響を与える変異アミノ酸をそこに導入して、脱寛容化抗原を提供する工程と、（ｃ）ワクチンまたは免疫賦活剤の一部として、他の抗原性ペプチドおよび／または他の脱寛容化抗原と単独または組み合わせて対象に脱寛容化抗原を投与する工程を含む。
抗原をコードする核酸を操作して、抗原を除去および／または変異させることにより、脱寛容化抗原を作製できることが理解されよう。また、脱寛容化抗原をコードする配列からなる核酸組成物が、脱寛容化抗原ポリペプチドと同様におよび／またはその代わりに組成物に利用されてもよいことが理解されよう。複数の態様において、そのような脱寛容化抗原は、以下を含み得る。
・複数の態様において、脱寛容化抗原は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のエンベロープ（配列番号１）またはその断片を含み、ただし前記断片は、１または複数の配列番号６、７、１８－３１、１８６－２３１および４４８－４５９のうちの１つまたはそれ以上のアミノ酸の欠損、部分欠損および／または変異を含む。複数の態様において、そのような抗原は、１または複数の配列番号６、７、１８－３１、１８６－２３１、および４４８－４５９の脱寛容化抗原変異体を含み／これ（ら）のみからなり／本質的にこれ（ら）からなるポリペプチドが含まれる。
・複数の態様において、脱寛容化抗原は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の膜（配列番号２）またはその断片を含み、ただし前記断片は、１または複数の配列番号４、５、１７、３２－４１、２３２－２４５、４４０、および４５０－４７１のうちの１つまたはそれ以上のアミノ酸の欠損、部分欠損および／または変異を含む。複数の態様において、そのような抗原は、１または複数の配列番号４、５、１７、３２－４１、２３２－２４５、４４０、および４５０－４７１の脱寛容化抗原変異体を含み／これ（ら）のみからなり／本質的にこれ（ら）からなるポリペプチドが含まれる。
・複数の態様において、脱寛容化抗原は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のスパイク（配列番号３）またはその断片を含み、ただし前記断片は、１または複数の配列番号８－１７、４２－９３、２４６－３７０、４２２、４２３、４３２、４３４－４３９、および７９４－８３３の中の１つまたはそれ以上のアミノ酸の欠失、部分欠失および／または変異を含む。複数の態様において、そのような抗原は、１または複数の配列番号８－１７、４２－９３、２４６－３７０、４２２、４２３、４３２、４３４－４３９、および７９４－８３３の脱寛容化抗原変異体を含み／これ（ら）のみからなり／本質的にこれ（ら）からなるポリペプチドが含まれる。
・複数の態様において、脱寛容化抗原は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のヌクレオカプシド（配列番号３７１）またはその断片を含み、ただし前記断片は、１または複数の配列番号９４、９５、４０６－４２１、および４７４－４８７のうちの一つまたはそれ以上のアミノ酸の欠損、部分欠損および／または変異を含む。複数の態様において、そのような抗原は、１または複数の配列番号９４、９５、４０６－４２１、および４７４－４８７の脱寛容化抗原変異体を含み／これ（ら）のみからなり／本質的にこれ（ら）からなるポリペプチドが含まれる。
・複数の態様において、脱寛容化抗原は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＯＲＦ３ａタンパク質（配列番号３７２）またはその断片を含み、ただし前記断片は、１または複数の配列番号９６－１０１、４２４、および７５６－７７４の１つまたはそれ以上のアミノ酸の欠損、部分欠損および／または変異を含む。複数の態様において、そのような抗原は、１または複数の配列番号９６－１０１、４２４、および７５６－７７４の脱寛容化抗原変異体を含み／これ（ら）のみからなり／本質的にこれ（ら）からなるポリペプチドが含まれる。
・複数の態様において、脱寛容化抗原は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＯＲＦ６タンパク質（配列番号３７３）またはその断片を含み、ただし前記断片は、１または複数の配列番号１０２、１０３、および７７５のうちの１つまたはそれ以上のアミノ酸の欠失、部分欠失および／または変異を含む。複数の態様において、そのような抗原は、１または複数の配列番号１０２、１０３、および７７５の脱寛容化抗原変異体を含み／これ（ら）のみからなり／本質的にこれ（ら）からなるポリペプチドが含まれる。
・複数の態様において、脱寛容化抗原は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＯＲＦ７ａタンパク質（配列番号３７４）またはその断片を含み、ただし前記断片は、１または複数の配列番号１０４－１０７、４２５、および７７６－７８３のうちの１つまたはそれ以上のアミノ酸の欠損、部分欠損および／または変異を含む。複数の態様において、そのような抗原は、１または複数の配列番号１０４－１０７、４２５、および７７６－７８３の脱寛容化抗原変異体を含み／これ（ら）のみからなり／本質的にこれ（ら）からなるポリペプチドが含まれる。
・複数の態様において、脱寛容化抗原は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＯＲＦ１ａｂ非構造タンパク質２（ＮＳＰ２）タンパク質（配列番号３７５）またはその断片を含むが、前記断片が、１または複数の配列番号１０８－１１５、４２７、および５５４－５７５のうちの１つまたはそれ以上のアミノ酸の欠損、部分欠損および／または変異を含む。複数の態様において、そのような抗原は、１または複数の配列番号１０８－１１５、４２７、および５５４－５７５の脱寛容化抗原変異体変異体を含み／これ（ら）のみからなり／本質的にこれ（ら）からなるポリペプチドが含まれる。
・複数の態様において、脱寛容化抗原は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＯＲＦ１ａｂ非構造タンパク質３（ＮＳＰ３）タンパク質（配列番号３７６）またはその断片を含み、ただし前記断片は、１または複数の配列番号１１６－１３５、４２８、４２９、および５７６－６５５のうちの１つまたはそれ以上のアミノ酸の欠失、部分欠失および／または変異を含む。複数の態様において、そのような抗原は、１または複数の配列番号１１６－１３５、４２８、４２９、および５７６－６５５の脱寛容化抗原変異体変異体を含み／これ（ら）のみからなり／本質的にこれ（ら）からなるポリペプチドが含まれる。
・複数の態様において、脱寛容化抗原は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＯＲＦ１ａｂ非構造タンパク質４（ＮＳＰ４）タンパク質（配列番号３７７）またはその断片を含み、ただし前記断片は、１または複数の配列番号１３６－１４１、３９１、３９２、および６５６－６８４の１つまたはそれ以上のアミノ酸またはそれ以上の欠損、部分欠損および／または変異を含む。複数の態様において、そのような抗原は、１または複数の配列番号１３６－１４１、３９１、３９２、および６５６－６８４の脱寛容化抗原変異体変異体を含み／これ（ら）のみからなり／本質的にこれ（ら）からなるポリペプチドが含まれる。
・複数の態様において、脱寛容化抗原は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＯＲＦ１ａｂ非構造タンパク質６（ＮＳＰ６）タンパク質（配列番号３７８）またはその断片を含み、ただし前記断片は、１または複数の配列番号１４２－１４９および６８５－７０８のうちの１つまたはそれ以上のアミノ酸の欠失、部分欠失および／または変異を含む。複数の態様において、そのような抗原は、１または複数の配列番号１４２－１４９および６８５－７０８の脱寛容化抗原変異体を含み／これ（ら）のみからなり／本質的にこれ（ら）からなるポリペプチドが含まれる。
・複数の態様において、脱寛容化抗原は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＯＲＦ１ａｂ非構造タンパク質７（ＮＳＰ７）タンパク質（配列番号３７９）またはその断片を含み、ただし前記断片は、１または複数の配列番号１５０－１５３、３９３－４０５、７０９－７１８の１または複数のアミノ酸の欠失、部分欠失および／または変異を含む。複数の態様において、そのような抗原は、１または複数の配列番号１５０－１５３、３９３－４０５、および７０９－７１８の脱寛容化抗原変異体変異体を含み／これ（ら）のみからなり／本質的にこれ（ら）からなるポリペプチドが含まれる。
・複数の態様において、脱寛容化抗原は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＯＲＦ１ａｂ非構造タンパク質８（ＮＳＰ８）タンパク質（配列番号３８０）またはその断片を含み、ただし前記断片は、１または複数の配列番号１５４－１５５および７１９－７２５のうちの１つまたはそれ以上のアミノ酸の欠失、部分欠失および／または変異を含む。複数の態様において、そのような抗原は、１または複数の配列番号１５４－１５５および７１９－７２５の脱寛容化抗原変異体を含み／これ（ら）のみからなり／本質的にこれ（ら）からなるポリペプチドが含まれる。
・複数の態様において、脱寛容化抗原は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＯＲＦ１ａｂ非構造タンパク質９（ＮＳＰ９）タンパク質（配列番号３８１）またはその断片を含み、ただし前記断片は、１または複数の配列番号１５６－１５９および７２６－７３０のうちの１つまたはそれ以上のアミノ酸の欠失、部分欠失および／または変異を含む。複数の態様において、そのような抗原は、１または複数の配列番号１５６－１５９および７２６－７３０の脱寛容化抗原変異体を含み／これ（ら）のみからなり／本質的にこれ（ら）からなるポリペプチドが含まれる。
・複数の態様において、脱寛容化抗原は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＯＲＦ１ａｂ ＲＮＡ依存性ＲＮＡポリメラーゼタンパク質（配列番号３８２）またはその断片を含むが、前記断片は、１または複数の配列番号１６０－１６５、４３１、および７３１－７５５のうちの１つまたはそれ以上のアミノ酸の欠失、部分欠失および／または変異を含む。複数の態様において、そのような抗原は、１または複数の配列番号１６０－１６５、４３１、および７３１－７５５の脱寛容化抗原変異体変異体を含み／これ（ら）のみからなり／本質的にこれ（ら）からなるポリペプチドが含まれる。
・複数の態様において、脱寛容化抗原は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＯＲＦ１ａｂヘリカーゼタンパク質（配列番号３８３）またはその断片を含み、ただし前記断片は、１または複数の配列番号１６６－１７３および５１５－５４２のうちの１つまたはそれ以上のアミノ酸の欠損、部分欠損および／または変異を含む。複数の態様において、そのような抗原は、１または複数の配列番号１６６－１７３および５１５－５４２の脱寛容化抗原変異体を含み／これ（ら）のみからなり／本質的にこれ（ら）からなるポリペプチドが含まれる。
・複数の態様において、脱寛容化抗原は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＯＲＦ１ａｂ ３’－５’エキソヌクレアーゼ（配列番号３８４）またはその断片を含み、ただし前記断片は、１または複数の配列番号１７４－１７５と４９６－５０５のうちの１つまたはそれ以上のアミノ酸の欠失、部分欠失および／または変異を含む。複数の態様において、そのような抗原は、１または複数の配列番号１７４－１７５および４９６－５０５の脱寛容化抗原変異体を含み／これ（ら）のみからなり／本質的にこれ（ら）からなるポリペプチドが含まれる。
・複数の態様において、脱寛容化抗原は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＯＲＦ１ａｂＲＮＡ分解酵素タンパク質（配列番号３８５）またはその断片を含み、ただし前記断片は、１または複数の配列番号１７６－１７９および５０６－５１４のうちの１つまたはそれ以上のアミノ酸の欠失、部分欠失および／または変異を含む。複数の態様において、そのような抗原は、１または複数の配列番号１７６－１７９および５０６－５１４の脱寛容化抗原変異体を含み／これ（ら）のみからなり／本質的にこれ（ら）からなるポリペプチドが含まれる。
・複数の態様において、脱寛容化抗原は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＯＲＦ１ａｂ ２’Ｏ－リボースメチルトランスフェラーゼタンパク質（配列番号３８６）またはその断片を含み、ただし前記断片は、１または複数の配列番号１８０－１８５、４３３、および５４３－５５１の１または複数のアミノ酸の欠失、部分欠失および／または変異を含む。複数の態様において、そのような抗原は、１または複数の配列番号１８０－１８５、４３３、および５４３－５５１の脱寛容化抗原変異体を含み／これ（ら）のみからなり／本質的にこれ（ら）からなるポリペプチドが含まれる。
・複数の態様において、脱寛容化抗原は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＯＲＦ１０タンパク質（配列番号３８８）またはその断片を含み、ただし前記断片は、１または複数の配列番号４８８および４８９のうちの１つまたはそれ以上のアミノ酸の欠失、部分欠失および／または変異を含む。複数の態様において、そのような抗原は、１または複数の配列番号４８８および４８９の脱寛容化抗原変異体を含む／構成する／本質的に構成されるポリペプチドを含む。
・複数の態様において、脱寛容化抗原は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＯＲＦ１ａｂ ３Ｃ様プロテイナーゼ（配列番号３８９）またはその断片を含むが、前記断片が１または複数の配列番号４９０－４９５の１つまたはそれ以上のアミノ酸の欠損、部分欠損および／または変異を含む。複数の態様において、そのような抗原は、１または複数の配列番号４９０－４９５の脱寛容化抗原変異体を含み／これ（ら）のみからなり／本質的にこれ（ら）からなるポリペプチドが含まれる。
・複数の態様において、脱寛容化抗原は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＯＲＦ１ａｂ非構造タンパク質１０（ＮＳＰ１０）（配列番号３９０）またはその断片を含み、ただし前記断片は、１または複数の配列番号５５２および５５３のうちの１つまたはそれ以上のアミノ酸の欠失、部分欠失および／または変異を含む。複数の態様において、そのような抗原は、１または複数の配列番号５５２および５５３の脱寛容化抗原変異体を含み／これ（ら）のみからなり／本質的にこれ（ら）からなるポリペプチドが含まれる。
・複数の態様において、脱寛容化抗原は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＯＲＦ８タンパク質（配列番号３８７）またはその断片を含み、ただし前記断片は、１または複数の配列番号４２６および７８４－７９３のうちの１つまたはそれ以上のアミノ酸の欠失、部分欠失および／または変異を含む。複数の態様において、そのような抗原は、１または複数の配列番号４２６および７８４－７９３の脱寛容化抗原変異体を含み／これ（ら）のみからなり／本質的にこれ（ら）からなるポリペプチドが含まれる。
複数の態様において、同定されたＴレジトープまたはそのようなＴレジトープを含む抗原／ポリペプチドは、欠失および／または突然変異によって脱寛容化され得る。複数の態様において、そのような方法は、前記同定された構成Ｔ細胞エピトープに（例えば、組換え工学、部位特異的突然変異誘発によって）改変を加えることをさらに含む。
複数の態様において、そのような改変は、ＭＨＣ結合を減少させるか、および／または前記標的Ｔ細胞エピトープのＴＣＲ接触とヒトプロテオームもしくはヒトマイクロバイオームとの間の相同性を減少させるようになされる。例えば、複数の態様において、抗原またはポリペプチド配列からの同定された制御性Ｔ細胞エピトープの１または複数の改変または除去は、１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープのアミノ酸の全てまたは一部の欠失を含む。
複数の態様において、抗原又はポリペプチド配列からの１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープの前記改変又は除去は、１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープのアミノ酸の一部又は全ての欠失と、制御性Ｔ細胞エピトープのアミノ酸の欠失部位における１または複数のアミノ酸の付加を含む。
複数の態様において、抗原又はポリペプチド配列からの１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープの前記改変又は除去は、１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープを変異させること（例えば、部位特異的変異誘発又は他の組み換え技術による１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープへの１または複数の点変異の導入に限定しない）を含んでいる。
複数の態様において、抗原またはポリペプチド配列からの１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープの前記改変または除去は、１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープ配列に１または複数のアミノ酸を導入することからなり、複数の態様において、配列の免疫原性が高められるように１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープ配列が破壊されることになる。
複数の態様において、改変／除去部位における前記付加された１または複数のアミノ酸の数は、前に存在した制御性Ｔ細胞エピトープアミノ酸から削除されたアミノ酸の数に対応する必要はない。このようなエピトープの結合は、そこに含まれるアンカー残基を変異させることによって破壊することができる。このようなアンカー残基の変異は、結合に不利な置換アミノ酸を選択しなければならない。ＥｐｉＭａｔｒｉｘによって破壊的である（予測されるＴ細胞エピトープの含有量を減らす）と同定された任意のアミノ酸置換が実行可能である。さらに、ＴＣＲ接触を変異させることで、そのような寛容なエピトープのＴ細胞認識を破壊することができる。
ＴＣＲ接触へのいかなるアミノ酸置換もＴＣＲ認識を破壊する。このような脱寛容化抗原は、ＣＯＶＩＤ－１９を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染およびＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２によって引き起こされる関連疾患に対する医薬およびワクチンの効力を改善するために使用することができる。
本発明の開示はまた、本発明で開示された脱寛容化抗原を発現する核酸、ベクター、および細胞、ならびにそれらの用途を提供する。本発明の開示は、ヒト用のワクチン、特に、ＣＯＶＩＤ－１９を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染およびＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２によって引き起こされる関連疾患に対するワクチン接種のためのワクチンを製造することに特に適している。複数の態様において、以下により詳細に記載される本開示される脱寛容化ポリペプチドは、組換え工学、部位特異的突然変異誘発によって製造することができ、または直接化学合成もしくは他の組換え法によって製造することができる（J Sambrook et al., Molecular Cloning: A Laboratory Manual,(2ED,1989),Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Springs Harbor, NY(Publ)）。
複数の態様において、本開示は、配列番号１またはその断片の脱寛容化ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２エンベロープポリペプチドに関し、１または複数の配列番号６、７、１８－３１、１８６－２３１、および４４８－４５９が、配列番号１またはその断片の前記脱寛容化エンベロープポリペプチドから改変または除去されている。例えば、複数の態様において、１または複数の同定された制御性Ｔ細胞エピトープ（例えば、１または複数の配列番号６、７、１８－３１、１８６－２３１、および４４８－４５９）の改変または除去は、配列番号６、７、１８－３１、１８６－２３１、および４４８－４５９の１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープのアミノ酸の全てまたは一部の欠失を含んで構成される。
複数の態様において、配列番号６、７、１８－３１、１８６－２３１、および４４８－４５９の１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープの前記改変または除去は、１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープのアミノ酸の一部または全部を欠失させ、制御性Ｔ細胞エピトープのアミノ酸の欠失部位に１または複数のアミノ酸を付加することを含む。
複数の態様において、抗原又はポリペプチド配列からの配列番号６、７、１８－３１、１８６－２３１、及び４４８－４５９の１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープの前記改変又は除去は、１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープの変異（これに限らないが、例えば、部位特異的変異誘発又は他の組み換え技術により、１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープへの１または複数の点変異の導入）により行われることを含む。
複数の態様において、抗原またはポリペプチド配列からの配列番号６、７、１８－３１、１８６－２３１、および４４８－４５９の１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープの前記改変または除去は、１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープ配列への１または複数のアミノ酸の導入を含み、これは複数の態様において配列の免疫原性が高められるように１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープ配列を破壊することになる。
複数の態様において、改変／除去の部位における前記付加された１または複数のアミノ酸の数は、前に存在した制御性Ｔ細胞エピトープアミノ酸から削除されたアミノ酸の数に対応する必要はない。
複数の態様において、そのような改変または除去は、そこで同定された寛容化エピトープ（例えば、１または複数の配列番号６、７、１８－３１、１８６－２３１、および４４８－４５９）の特定のアンカー残基に対する変異を含み、そのエピトープの結合が破壊され得る。
アンカー残基のこのような変異は、結合に不利な置換アミノ酸を選択しなければならない。ＥｐｉＭａｔｒｉｘによって破壊的（予測されるＴ細胞エピトープの含有量を減らす）であると同定された任意のアミノ酸置換が実行可能である。
複数の態様において、そのような変異は、当技術分野で知られているように、ＨＬＡ結合アッセイによって決定することができる。さらに、そこに同定された寛容化エピトープ（例えば、１または複数の配列番号６、７、１８－３１、１８６－２３１、および４４８－４５９）の特定のＴＣＲ接触に対する変異を含む、ＴＣＲ接触を変異することによって、そのような寛容化エピトープのＴ細胞認識を破壊し得る。ＴＣＲ接触に対するいかなるアミノ酸置換もＴＣＲ認識を破壊する。
複数の態様において、配列番号１のエンベロープポリペプチドの特定のアンカー残基に対する変異を行うことができ、その中に同定された寛容化エピトープの特定のアンカー残基に対する変異を含み、そのようなエピトープの結合を破壊することができる。
複数の態様において、そのような変異は、配列番号１の以下のアミノ酸またはその断片の変異を含み、但し、前記断片は、配列番号７：Ｖ６２、Ｌ６５、Ｓ６７、および／またはＶ７０、特にＶ６２（そのようなアミノ酸位置は、配列番号１の全配列に基づいて標識されている）を含んでいる。
このように、複数の態様において、本開示は、配列番号１のアミノ酸配列またはその断片を含むポリペプチドに関し、前記断片は、配列番号７を含み、Ｖ６２、Ｌ６５、Ｓ６７、および／またはＶ７０、特にＶ６２（そのようなアミノ酸位置は、配列番号１の全配列に基づいて標識されている）への変異を含んでいる。複数の態様において、Ｖ６２、Ｌ６５、Ｓ６７、および／またはＶ７０の変異は、結合に不利なアミノ酸置換を含む。複数の態様において、そのような変異は、ＥｐｉＭａｔｒｉｘによって破壊的である（予測されるＴ細胞エピトープ含量を減少させる）と同定された任意のアミノ酸置換であり得る。複数の態様において、そのような変異は、当技術分野で知られているように、ＨＬＡ結合アッセイによって決定することができる。
複数の態様において、配列番号１のポリペプチドまたはその断片に対する特異的変異（ただし、前記断片が配列番号７を含む）には、以下：Ｖ６２Ａ；Ｖ６２Ｇ；Ｖ６２Ｎ；Ｖ６２Ｑ；Ｖ６２Ｓ；Ｖ６２Ｔ；および／またはＳ６７Ｑ（そのようなアミノ酸位置は、配列番号１の全配列に基づいて標識されている）が含まれる。さらなる態様において、配列番号１のエンベロープポリペプチドの特定のＴＣＲ接触に変異がなされ、その中で同定された寛容化エピトープの特定のＴＣＲ接触への変異を含み、そのようなエピトープのＴＣＲ認識を破壊し得る。そのような変異は、配列番号１またはその断片の以下のアミノ酸の変異：Ｋ６３、Ｎ６４、Ｎ６６、Ｓ６８、および／またはＲ６９、特にＮ６６（配列番号１の全配列に基づいてこれらのアミノ酸位置が標識されている）を含み、ただし、前記断片は配列番号７を含む。複数の態様において、Ｋ６３、Ｎ６４、Ｎ６６、Ｓ６８、および／またはＲ６９の変異は、任意のアミノ酸置換を含む。
このように、複数の態様において、本開示は、配列番号１のアミノ酸配列またはその断片を含むポリペプチドに関し、ただし、前記断片は配列番号７を含み、Ｋ６３、Ｎ６４、Ｎ６６、Ｓ６８、および／またはＲ６９、特にＮ６６（配列番号１の全配列に基づいてこれらのアミノ酸位置が標識されている）への変異を含んでいる。複数の態様において、Ｋ６３、Ｎ６４、Ｎ６６、Ｓ６８、および／またはＲ６９の変異は、任意のアミノ酸置換を含む。
他の態様において、そのような変異は、配列番号１またはその断片の以下：Ｔ１１、Ｌ１２、Ｖ１４、Ｎ１５、Ｓ１６、Ｖ１７、Ｌ１９、Ｆ２０、Ａ２２、Ｆ２３、Ｖ２４、Ｖ２５、Ｆ２６、Ｌ２７、Ｌ２８、Ｖ２９、Ｔ３０、Ｌ３１、Ａ３２、Ｉ３３、Ｌ３４、Ａ３６、Ｒ３８、および／またはＡ４１（配列番号１の全配列に基づいてこれらのアミノ酸位置が標識されている）のアミノ酸を変異させることを含み、ただし、前記断片が配列番号６を含む。
このように、複数の態様において、本開示は、配列番号１またはその断片のアミノ酸配列を含むポリペプチドに関し、ただし、前記断片は配列番号７を含み、Ｔ１１、Ｌ１２、Ｖ１４、Ｎ１５、Ｓ１６、Ｖ１７、Ｌ１９、Ｆ２０、Ａ２２、Ｆ２３、Ｖ２４、Ｖ２５、Ｆ２６、Ｌ２７、Ｌ２８、Ｖ２９、Ｔ３０、Ｌ３１、Ａ３２、Ｉ３３、Ｌ３４、Ａ３６、Ｒ３８、および／またはＡ４１（これらのアミノ酸位置は、配列番号１の全配列に基づき標識されている）に対する変異を含むポリペプチドに関する。
複数の態様において、変異は、配列番号１のエンベロープポリペプチドの特定のＴＣＲ接触に対して行われる。複数の態様において、そのような変異は、ＥｐｉＭａｔｒｉｘによって破壊的（予測されるＴ細胞エピトープ含有量を減少させる）として同定された任意のアミノ酸置換であり得る。複数の態様において、そのような変異は、当技術分野で知られているように、ＨＬＡ結合アッセイによって決定することができる。特定のＴＣＲ接触に対する任意のアミノ酸置換は、ＴＣＲ認識を破壊することができる。
複数の態様において、そのような変異は、配列番号１またはその断片の以下：Ｌ１２、Ｉ１３、Ｖ１４、Ｎ１５、Ｓ１６、Ｖ１７、Ｌ１８、Ｌ１９、Ｆ２０、Ｌ２１、Ａ２２、Ｆ２３、Ｖ２４、Ｖ２５、Ｆ２６、Ｌ２７、Ｌ２８、Ｖ２９、Ｔ３０、Ｌ３１、Ａ３２、Ｉ３３、Ｌ３４Ｔ３５、Ｌ３７、Ｌ３９、および／またはＣ４０（これらのアミノ酸位置が配列番号１の全配列に基づいて標識されている）のアミノ酸を変異させることを含み、ただし、前記断片が配列番号６を含む。
複数の態様において、Ｌ１２、Ｉ１３、Ｖ１４、Ｎ１５、Ｓ１６、Ｖ１７、Ｌ１８、Ｌ１９、Ｆ２０、Ｌ２１、Ａ２２、Ｆ２３、Ｖ２４、Ｖ２５、Ｆ２６、Ｌ２７，Ｌ２８、Ｖ２９、Ｔ３０、Ｌ３１、Ａ３２、Ｉ３３、Ｌ３４、Ｔ３５、Ｌ３７、Ｌ３９、および／またはＣ４０の変異は、任意のアミノ酸の置換を含む。
このように、複数の態様において、本開示は、配列番号１のアミノ酸配列またはその断片を含むポリペプチドに関し、ただし、前記断片は配列番号６を含み、Ｋ６３、Ｎ６４、Ｎ６６、Ｓ６８、および／またはＲ６９、特にＮ６６への変異を含む（そのようなアミノ酸位置は配列番号１の完全な配列に基づいて標識されている）ポリペプチドに関に関する。複数の態様において、Ｋ６３、Ｎ６４、Ｎ６６、Ｓ６８、および／またはＲ６９の変異は、任意のアミノ酸置換を含む。
さらなる態様において、配列番号１のエンベロープポリペプチド、またはその断片の特定のアンカー残基に変異がなされ、ただし、前記断片が、１または複数の配列番号６、７、１８－３１、１８６－２３１、および４４８－４５９を含み、そこで特定される寛容化エピトープ（例えば、１または複数の配列番号６、７、１８－３１、１８６－２３１、および４４８－４５９の配列）の特定のアンカー残基に対する変異を含み、およびそのようなエピトープの結合が破壊され得る。アンカー残基のこのような変異は、結合に不利な置換アミノ酸を選択しなければならない。ＥｐｉＭａｔｒｉｘによって破壊的（予測されるＴ細胞エピトープの含有量を減らす）であると同定されたアミノ酸置換はすべて実行可能である。さらに、その中で同定された寛容化エピトープ（例えば、１または複数の配列番号６、７、１８－３１、１８６－２３１、および４４８－４５９）の特定のＴＣＲ接触に対する変異を含むＴＣＲ接触を変異することによって、そのような寛容化エピトープのＴ細胞認識を破壊し得る。ＴＣＲ接触に対するいかなるアミノ酸置換もＴＣＲ認識を破壊する。
複数の態様において、本開示は、配列番号２またはその断片の脱寛容化ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２膜ポリペプチドに関し、ここで、１または複数の配列番号４、５、１７、３２－４１、２３２－２４５、４４０、および４５０－４７１が、配列番号２またはその断片の前記脱寛容化膜ポリペプチドから改変または除去されている。
例えば、複数の態様において、１または複数の同定された制御性Ｔ細胞エピトープ（例えば、１または複数の配列番号４、５、１７、３２－４１、２３２－２４５、４４０、および４５０－４７１）の改変または除去は、アミノ酸の全てまたは一部の欠失を含んでいる。
複数の態様において、配列番号４、５、１７、３２－４１、２３２－２４５、４４０、及び４５０－４７１の１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープの前記改変又は除去は、１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープのアミノ酸の一部又は全部を欠失させ、制御性Ｔ細胞エピトープのアミノ酸の欠失部位に１または複数のアミノ酸を付加することである。
複数の態様において、抗原又はポリペプチド配列からの配列番号４、５、１７、３２－４１、２３２－２４５、４４０、及び４５０－４７１の１又は複数の制御性Ｔ細胞エピトープの前記改変又は除去は、１又は複数の制御性Ｔ細胞エピトープの変異（例えば、部位特異的変異誘発又は他の組み換え技術による１又は複数の点変異の１又は複数の制御性Ｔ細胞エピトープへの導入に限られない）により行われる。
複数の態様において、抗原またはポリペプチド配列からの配列番号４、５、１７、３２－４１、２３２－２４５、４４０、および４５０－４７１の１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープの前記改変または除去は、１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープ配列への１または複数のアミノ酸の導入を含み、複数の態様においてこの配列の免疫原性が高められるように１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープ配列を破壊することになる。
複数の態様において、改変／除去の部位における前記付加された１または複数のアミノ酸の数は、前に存在した制御性Ｔ細胞エピトープアミノ酸から削除されたアミノ酸の数に対応する必要はない。
複数の態様において、そのような改変または除去は、そこで同定された寛容化エピトープ（例えば、１または複数の配列番号４、５、１７、３２－４１、２３２－２４５、４４０、および４５０－４７１）の特定のアンカー残基に対する変異を含み、かかるエピトープの結合は破壊されうる。アンカー残基のこのような変異は、結合に不利な置換アミノ酸を選択しなければならない。ＥｐｉＭａｔｒｉｘによって破壊的（予測されるＴ細胞エピトープの含有量を減らす）であると同定された任意のアミノ酸置換が実行可能である。
複数の態様において、そのような変異は、当技術分野で知られているように、ＨＬＡ結合アッセイによって決定することができる。さらに、そこに同定された寛容化エピトープ（例えば、１または複数の配列番号４、５、１７、３２－４１、２３２－２４５、４４０、および４５０－４７１）の特定のＴＣＲ接触に対する変異を含むＴＣＲ接触を変異することによって、そのような寛容化エピトープのＴ細胞認識を破壊し得る。ＴＣＲ接触に対するいかなるアミノ酸置換もＴＣＲ認識を破壊する。
複数の態様において、変異は、配列番号２の膜ポリペプチドの特定のアンカー残基に対してなされる。複数の態様において、そのような変異は、配列番号２またはその断片の以下のアミノ酸を変異させることを含み、ただし、前記断片は配列番号４：Ｉ１１８、Ｎ１２１、Ｐ１２３、および／またはＧ１２６（配列番号２の全配列に基づきそのようなアミノ酸位置が標識されている）を含む。
このように、複数の態様において、本開示は、配列番号２のアミノ酸配列またはその断片を含むポリペプチド（ただし、前記断片は配列番号４を含み、Ｉ１１８、Ｎ１２１、Ｐ１２３、および／またはＧ１２６に対する変異（配列番号２の全配列に基づいてそのようなアミノ酸位置が標識される）を含む）に関する。
複数の態様において、Ｉ１１８、Ｎ１２１、Ｐ１２３、および／またはＧ１２６の変異は、結合に不利なアミノ酸置換を含む。複数の態様において、そのような変異は、ＥｐｉＭａｔｒｉｘによって破壊的である（予測されるＴ細胞エピトープ含有量を減少させる）と同定された任意のアミノ酸置換であり得る。
複数の態様において、そのような変異は、当技術分野で知られているように、ＨＬＡ結合アッセイによって決定することができる。複数の態様において、配列番号２またはその断片のポリペプチドに対する特異的変異（ただし、前記断片が配列番号４を含む場合）は、以下：Ｉ１１８Ａ；Ｉ１１８Ｇ；Ｉ１１８Ｎ；Ｉ１１８Ｑ；Ｉ１１８Ｓ；Ｉ１１８Ｔ；Ｎ１２１Ｐ；Ｐ１２３Ｑ；Ｐ１２３Ｇ；および／またはＧ１２６Ｐ（そのようなアミノ酸位置は、配列番号２の全配列に基づいて標識されている）を含む。
複数の態様において、配列番号２の膜ポリペプチドの特異的ＴＣＲ接触に対する変異がなされ、前記変異には、そこで同定された寛容化エピトープの特異的ＴＣＲ接触に対する変異が含まれており、そのようなエピトープのＴＣＲ認識を破壊し得る。いかなるアミノ酸置換もＴＣＲ認識を破壊することができる。
複数の態様において、そのような変異は、配列番号２またはその断片の以下のアミノ酸を変異させることを含み、ただし、前記断片は、配列番号４を含む条件のもとで、Ｌ１１９、Ｌ１２０、Ｖ１２２、Ｌ１２４、および／またはＨ１２５、特にＶ１２２（配列番号２の全配列に基づきそのようなアミノ酸位置が標識されている）への変異を含む。
このように、複数の態様において、本開示は、配列番号２のアミノ酸配列またはその断片を含むポリペプチド（ただし、前記断片は配列番号４を含み、Ｌ１１９、Ｌ１２０、Ｖ１２２、Ｌ１２４、および／またはＨ１２５、特にＶ１２２（そのようなアミノ酸位置は、配列番号２の全配列に基づいて標識されている）への変異を含む）に関する。
複数の態様において、Ｌ１１９、Ｌ１２０、Ｖ１２２、Ｌ１２４、および／またはＨ１２５の変異は、任意のアミノ酸置換を含む。
複数の態様において、配列番号２の膜ポリペプチドの特定のアンカー残基に対して変異がなされ、前記変異には、そこで同定された寛容化エピトープの特定のアンカー残基に対する変異が含まれており、かかるエピトープの結合が破壊され得る。アンカー残基に対するそのような変異は、結合に不利な置換アミノ酸を選択しなければならない。複数の態様において、そのような変異は、配列番号２またはその断片の以下のアミノ酸を変異させることを含み、ただし、前記断片は配列番号４４０を含む条件のもとで、Ｙ１７９、Ｇ１８２、Ｓ１８４、および／またはＶ１８７（そのようなアミノ酸位置は、配列番号２の全配列に基づいて標識されている）への変異を含むことを条件とする。
このように、複数の態様において、本開示は、配列番号２のアミノ酸配列またはその断片を含むポリペプチドであって、前記断片が配列番号４４０を含み、Ｙ１７９、Ｇ１８２、Ｓ１８４、および／またはＶ１８７（配列番号２の全配列に基づき、そのようなアミノ酸の位置を標識する）に対して変異を含むポリペプチドに関する。
複数の態様において、Ｙ１７９、Ｇ１８２、Ｓ１８４、および／またはＶ１８７の変異は、結合に不利なアミノ酸置換を含む。複数の態様において、そのような変異は、ＥｐｉＭａｔｒｉｘによって破壊的である（予測されるＴ細胞エピトープ含量を減少させる）と同定された任意のアミノ酸置換であり得る。
複数の態様において、そのような変異は、当技術分野で知られているように、ＨＬＡ結合アッセイによって決定することができる。複数の態様において、配列番号２またはその断片のポリペプチドに対する特定の変異は、前記断片が配列番号４４０を含むという条件で、以下：Ｙ１７９Ａ；Ｙ１７９Ｎ；Ｙ１７９Ｑ；Ｙ１７９Ｓ；Ｙ１７９Ｔ；Ｓ１８４Ｇ；Ｓ１８４Ｑ；および／またはＳ１８４Ｔ（これらのアミノ酸位置は配列番号２の全配列に基づいて標識されている）への変異を含む。
複数の態様において、配列番号２の膜ポリペプチドの特異的ＴＣＲ接触に対する変異がなされ、前記変異には、そこで同定された寛容化エピトープの特異的ＴＣＲ接触に対する変異が含まれており、そのようなエピトープのＴＣＲ認識を破壊し得る。いかなるアミノ酸置換もＴＣＲ認識を破壊することができる。
複数の態様において、そのような変異は、配列番号２またはその断片の以下のアミノ酸を変異させることを含み、ただし、前記断片が配列番号４４０を含む条件のもとで、Ｋ１８０、Ｌ１８１、Ａ１８３、Ｑ１８５、および／またはＲ１８６、特にＡ１８３（これらのアミノ酸位置は、配列番号２の全配列に基づいて標識されている）への変異を含むことを条件とする。
このように、複数の態様において、本開示は、配列番号２のアミノ酸配列またはその断片を含むポリペプチドに関し、ただし、前記断片は、配列番号４４０を含む条件のもとで、Ｋ１８０、Ｌ１８１、Ａ１８３、Ｑ１８５、および／またはＲ１８６、特にＡ１８３（アミノ酸位置は、配列番号２の全配列に基づいて標識されている）への変異を含む。複数の態様において、Ｋ１８０、Ｌ１８１、Ａ１８３、Ｑ１８５、および／またはＲ１８６の変異は、任意のアミノ酸置換を含む。
複数の態様において、変異は、配列番号２の膜ポリペプチド、またはその断片の特定のアンカー残基に対してなされ、ただし、前記断片が１または複数の配列番号４、５、１７、３２－４１、２３２－２４５、４４０、および４５０－４７１を含み、そこに同定される寛容化エピトープ（例えば、１または複数の配列番号４、５、１７、３２－４１、２３２－２４５、４４０、および４５０－４７１）の特定のアンカー残基への変異を含み、そのようなエピトープの結合が破壊され得る。ＥｐｉＭａｔｒｉｘによって破壊的である（予測されるＴ細胞エピトープの含有量を減らす）と同定された任意のアミノ酸置換が実行可能である。
さらに、その中で同定された脱寛容化エピトープ（例えば、１または複数の配列番号４、５、１７、３２－４１、２３２－２４５、４４０、および４５０－４７１）の特定のＴＣＲ接触に対する変異を含むＴＣＲ接触を変異することによって、そのような脱寛容化エピトープのＴ細胞認識を破壊し得る。ＴＣＲ接触に対するいかなるアミノ酸置換もＴＣＲ認識を破壊する。
複数の態様において、本開示は、配列番号３またはその断片の脱寛容化ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクポリペプチドに関し、配列番号８－１７、４２－９３、２４６－３７０、４２２、４２３、４３２、４３４－４３９、および７９４－８３３の１または複数が、配列番号３またはその断片の前記脱寛容化スパイクポリペプチドから改変または除去される。
例えば、複数の態様において、１または複数の同定された制御性Ｔ細胞エピトープ（例えば、配列番号８－１７、４２－９３、２４６－３７０、４２２、４２３、４３２、４３４－４３９、および７９４－８３３の１または複数）の改変または除去は、配列番号８－１７、４２－９３、２４６－３７０、４２２、４２３、４３２、４３４－４３９、及び７９４－８３３の１または複数の制御性Ｔ細胞のアミノ酸の全てまたは一部の欠失を含んでいる。
複数の態様において、配列番号８－１７、４２－９３、２４６－３７０、４２２、４２３、４３２、４３４－４３９、及び７９４－８３３の１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープの前記改変又は除去は、１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープのアミノ酸の一部又は全部を欠失し、制御性Ｔ細胞エピトープのアミノ酸の欠失部位に１または複数のアミノ酸を付加することを含む。
複数の態様において、抗原又はポリペプチド配列からの配列番号８－１７、４２－９３、２４６－３７０、４２２、４２３、４３２、４３４－４３９、及び７９４－８３３の１又は複数の制御性Ｔ細胞エピトープの前記改変又は除去は、１又は複数の制御性Ｔ細胞エピトープの変異（これに限定されないが、例えば、部位特異的変異導入法または他の組換え技術によって１または複数の点変異を１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープに導入すること）が含まれる。
複数の態様において、抗原またはポリペプチド配列からの配列番号８－１７、４２－９３、２４６－３７０、４２２、４２３、４３２、４３４－４３９、および７９４－８３３の１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープの前記改変または除去は、１または複数のアミノ酸を、複数の態様において配列の免疫原性が高められるように１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープ配列に破壊することより構成されている。
複数の態様において、改変／除去の部位における前記付加された１または複数のアミノ酸の数は、前に存在した制御性Ｔ細胞エピトープアミノ酸から削除されたアミノ酸の数に対応する必要はない。
複数の態様において、そのような改変または除去は、そこで同定された寛容化エピトープ（例えば、１または複数の配列番号８－１７、４２－９３、２４６－３７０、４２２、４２３、４３２、４３４－４３９、および７９４－８３３）の特定のアンカー残基に対する変異を含み、かかるエピトープの結合が破壊され得る。アンカー残基のこのような変異は、結合に不利な置換アミノ酸を選択しなければならない。ＥｐｉＭａｔｒｉｘによって破壊的（予測されるＴ細胞エピトープの含有量を減らす）であると同定された任意のアミノ酸置換が実行可能である。
複数の態様において、そのような変異は、当技術分野で知られているように、ＨＬＡ結合アッセイによって決定することができる。さらに、そこに同定された寛容化エピトープ（例えば、１または複数の配列番号８－１７、４２－９３、２４６－３７０、４２２、４２３、４３２、４３４－４３９、および７９４－８３３）の特定のＴＣＲ接触に対する変異を含むＴＣＲ接触を変異することによって、かかる寛容化エピトープのＴ細胞認識を破壊し得る。ＴＣＲ接触に対するいかなるアミノ酸置換もＴＣＲ認識が破壊される。
複数の態様において、配列番号３のスパイクポリペプチド（または配列番号３の最初の１５アミノ酸を含まない配列番号３のポリペプチド）の特定のアンカー残基に対して変異がなされ、変異は、そこで同定された寛容化エピトープの特定のアンカー残基に対する変異を含み、かかるエピトープの結合は破壊されうる。アンカー残基に対するそのような変異は、結合に不利な置換アミノ酸を選択しなければならない。
複数の態様において、そのような変異は、配列番号３（または配列番号３の最初の１５アミノ酸を含まない配列番号３のポリペプチド）またはその断片の以下のアミノ酸を変異させることを含み、ただし、前記断片は配列番号８を含む条件のもとで、Ｆ２８、Ｓ３１、Ｌ３３、Ｔ３６、Ｄ３８、および／またはＬ４１（このようなアミノ酸位置は、配列番号３の全配列に基づいて標識されている）への変異を含むことを条件とする。
このように、複数の態様において、本開示は、配列番号３のアミノ酸配列（または配列番号３の最初の１５アミノ酸を含まない配列番号３のポリペプチド）またはその断片を含むポリペプチドに関し、ただし、前記断片は配列番号８を含み、およびＦ２８、Ｓ３１、Ｌ３３、Ｔ３６、Ｄ３８、および／またはＬ４１（そのようなアミノ酸位置は、配列番号３の全配列に基づいて標識されている）の変異を含む。
複数の態様において、Ｆ２８、Ｓ３１、Ｌ３３、Ｔ３６、Ｄ３８、および／またはＬ４１の変異は、結合に対して不利であるアミノ酸置換を含んでいる。
複数の態様において、そのような変異は、ＥｐｉＭａｔｒｉｘによって破壊的である（予測されるＴ細胞エピトープ含量を減少させる）と同定された任意のアミノ酸置換であり得る。
複数の態様において、そのような変異は、当技術分野で知られているように、ＨＬＡ結合アッセイによって決定することができる。複数の態様において、配列番号３のポリペプチド（または配列番号３の最初の１５アミノ酸を含まない配列番号３のポリペプチド）またはその断片に対する特定の変異は、前記断片が配列番号７を含むという条件で、以下Ｆ２８Ｇ；Ｆ２８Ａ；Ｆ２８Ｎ；Ｆ２８Ｔ；Ｆ２８Ｓ；Ｆ２８Ｑ、Ｓ３１Ｇ；Ｓ３１Ｔおよび／またはＬ３３Ｑ（これらのアミノ酸位置は配列番号３７１の全配列に基づいて標識されている）の変異が含まれる。
複数の態様において、配列番号３のスパイクポリペプチド（または配列番号３の最初の１５アミノ酸を含まない配列番号３のポリペプチド）の特異的ＴＣＲ接触に対する変異がなされ、前記変異には、そこで同定された寛容化エピトープの特異的ＴＣＲ接触に対する変異が含まれており、そのようなエピトープのＴＣＲ認識は、破壊されてもよい。任意のアミノ酸置換は、ＴＣＲ認識を破壊することができる。
複数の態様において、そのような変異は、配列番号３のアミノ酸（または配列番号３の最初の１５アミノ酸を含まない配列番号３のポリペプチド）またはその断片を変異させることを含み、ただし前記断片は、配列番号８を含む条件のもとで、Ｒ２９、Ｓ３０、Ｖ３２、Ｈ３４、Ｓ３５、Ｑ３７、Ｌ３９、および／またはＦ４０、特にＶ３２および／またはＱ３７（これらのアミノ酸位置は配列番号３の全配列に基づいて標識されている）への変異を含む。このように、複数の態様において、本開示は、配列番号３のアミノ酸配列を含むポリペプチド（または配列番号３の最初の１５アミノ酸を含まないポリペプチド）またはその断片に関しており、前記断片は配列番号８を含み、Ｒ２９、Ｓ３０、Ｖ３２、Ｈ３４、Ｓ３５、Ｑ３７、Ｌ３９、および／またはＦ４０、特にＶ３２および／またはＱ３７（そのようなアミノ酸位置は配列番号３の全配列に基づいて標識されている）への変異を含む。複数の態様において、Ｒ２９、Ｓ３０、Ｖ３２、Ｈ３４、Ｓ３５、Ｑ３７、Ｌ３９、および／またはＦ４０の変異は、任意のアミノ酸置換を含む。
複数の態様において、変異は、配列番号３のスパイクポリペプチド（または最初の１５アミノ酸を含まない配列番号３のポリペプチド）またはその断片の特定のアンカー残基になされる。ただし、前記断片は、配列番号９を含む条件のもとで、Ｉ１９５、Ｖ１９８、Ｄ２００および／またはＱ２０３（配列番号３の全配列に基づいてそのようなアミノ酸位置が標識されている）への変異を含むことを条件とする。
このように、複数の態様において、本開示は、配列番号３のアミノ酸配列を含むポリペプチド（または配列番号３の最初の１５アミノ酸を含まない配列番号３のポリペプチド）またはその断片に関する。ただし、前記断片が配列番号９を含み、Ｉ１９５、Ｖ１９８、Ｄ２００および／またはＱ２０３（これらのアミノ酸位置は配列番号３の全配列に基づいて標識されている）に対する変異を含んでいることを条件とする。
複数の態様において、Ｉ１９５、Ｖ１９８、Ｄ２００および／またはＱ２０３の変異は、結合に不利なアミノ酸置換を含む。
複数の態様において、そのような変異は、ＥｐｉＭａｔｒｉｘによって破壊的である（予測されるＴ細胞エピトープ含量を減少させる）と同定された任意のアミノ酸置換であり得る。
複数の態様において、そのような変異は、当技術分野で知られているように、ＨＬＡ結合アッセイによって決定することができる。複数の態様において、配列番号３のポリペプチド（または配列番号３の最初の１５アミノ酸を含まない配列番号３のポリペプチド）またはその断片に対する特定の変異には、前記断片が配列番号９を含むという条件で、Ｉ１９５Ａ；Ｉ１９５Ｇ；Ｉ１９５Ｎ；Ｉ１９５Ｓ；Ｉ１９５Ｔ；Ｉ１９５Ｑ；Ｖ１９８Ｇ；Ｖ１９８Ｔ；Ｖ１９８Ｎ；Ｑ２０３Ｅ；Ｑ２０３Ｇ；および／またはＱ２０３Ｔ（これらのアミノ酸位置は、配列番号３の全配列に基づいて標識されている）の変異が含まれる。
複数の態様において、配列番号３のスパイクポリペプチド（または配列番号３の最初の１５アミノ酸を含まない配列番号３のポリペプチド）の特異的ＴＣＲ接触に対する変異がなされ、前記変異には、そこで同定された寛容化エピトープの特異的ＴＣＲ接触に対する変異が含まれており、かかるエピトープのＴＣＲ認識は、破壊されてもよい。任意のアミノ酸置換は、ＴＣＲ認識を破壊することができる。
複数の態様において、そのような変異は、配列番号３の以下のアミノ酸（または配列番号３の最初の１５アミノ酸を含まない配列番号３のポリペプチド）またはその断片を変異させることを含み、ただし前記断片が配列番号９を含む条件のもとで、Ｎ１９６、Ｌ１９７、Ｒ１９９、Ｌ２０１、および／またはＰ２０２、特にＲ１９９、（そのようなアミノ酸位置は、配列番号３の全配列に基づいて標識されている）への変異を含む。
このように、複数の態様において、本開示は、配列番号３のアミノ酸配列（または配列番号３の最初の１５アミノ酸を含まない配列番号３のポリペプチド）またはその断片を含むポリペプチドに関する。ただし、前記断片が配列番号９を含み、Ｎ１９６、Ｌ１９７、Ｒ１９９、Ｌ２０１、および／またはＰ２０２、特にＲ１９９（そのようなアミノ酸位置は配列番号３の全配列に基づいて標識されている）に対する変異を含むことを条件とする。
複数の態様において、Ｎ１９６、Ｌ１９７、Ｒ１９９、Ｌ２０１、および／またはＰ２０２への変異は、任意のアミノ酸置換を含む。さらなる例として、配列番号４３４は、配列番号９内の２つの同定されたＴレジトープ変異を示す。
複数の態様において、配列番号３のスパイクポリペプチド（または配列番号３の最初の１５アミノ酸を含まない配列番号３のポリペプチド）の特定のアンカー残基に対して変異がなされ、前記変異には、そこで同定された寛容化エピトープの特定のアンカー残基に対する変異が含まれており、そのようなエピトープの結合は破壊されうる。アンカー残基に対するそのような変異は、結合に不利な置換アミノ酸を選択しなければならない。
複数の態様において、そのような変異は、配列番号３の以下のアミノ酸（または配列番号３の最初の１５アミノ酸を含まない配列番号３のポリペプチド）またはその断片を変異させることを含み、ただし、前記断片は配列番号１０を含む条件でＩ２２０、Ｆ２２３、Ｔ２２５、および／またはＡ２２８（そのようなアミノ酸位置は、配列番号３の全配列に基づいて標識されている）への変異を含む。
このように、複数の態様において、本開示は、配列番号３のアミノ酸配列を含むポリペプチド（または配列番号３の最初の１５アミノ酸を含まない配列番号３のポリペプチド）またはその断片に関する。前記断片は配列番号１０を含む条件で、Ｉ２２０、Ｆ２２３、Ｔ２２５、および／またはＡ２２８（これらのアミノ酸位置は配列番号３の全配列に基づいて標識されている）への変異を含んでいる。
複数の態様において、Ｉ２２０、Ｆ２２３、Ｔ２２５、および／またはＡ２２８への変異は、結合に不利なアミノ酸置換を含む。
複数の態様において、そのような変異は、ＥｐｉＭａｔｒｉｘによって破壊的である（予測されるＴ細胞エピトープ含有量を減少させる）と同定された任意のアミノ酸置換であり得る。
複数の態様において、そのような変異は、当技術分野で知られているように、ＨＬＡ結合アッセイによって決定することができる。複数の態様において、配列番号３のポリペプチド（または配列番号３の最初の１５アミノ酸を含まない配列番号３のポリペプチド）またはその断片に対する特定の変異は、前記断片が配列番号１０を含むという条件で、以下Ｉ２２０Ａ；Ｉ２２０Ｇ；Ｉ２２０Ｎ；Ｉ２２０Ｑ；Ｉ２２０Ｓ；Ｉ２２０Ｔ；および／またはＴ２２５Ｑ（これらのアミノ酸位置は、配列番号３の全配列に基づいて標識されている）のものが含まれる。
複数の態様において、配列番号３のスパイクポリペプチド（または配列番号３の最初の１５アミノ酸を含まない配列番号３のポリペプチド）の特異的ＴＣＲ接触に対する変異がなされ、前記変異には、そこで同定された寛容化エピトープの特異的ＴＣＲ接触に対する変異が含まれており、そのようなエピトープのＴＣＲ認識は、破壊されてもよい。任意のアミノ酸置換は、ＴＣＲ認識を破壊することができる。
複数の態様において、そのような変異は、配列番号３の以下のアミノ酸（または配列番号３の最初の１５アミノ酸を含まない配列番号３のポリペプチド）またはその断片を変異させることを含み、ただし前記断片が配列番号１０を含むことを条件として、Ｔ２２１、Ｒ２２２、Ｑ２２４、Ｌ２２６、および／またはＬ２２７、特にＱ２２４、（そのようなアミノ酸位置は、配列番号３の全配列に基づいて標識されている）への変異を含むことを条件とする。
このように、複数の態様において、本開示は、配列番号３のアミノ酸配列を含むポリペプチド（または配列番号３の最初の１５アミノ酸を含まないポリペプチド）またはその断片に関する。ただし前記断片が、配列番号１０を含み、Ｔ２２１、Ｒ２２２、Ｑ２２４、Ｌ２２６、および／またはＬ２２７、特にＱ２２４（そのようなアミノ酸位置は配列番号３の全配列に基づいて標識されている）への変異を含むことを条件とする。
複数の態様において、Ｔ２２１、Ｒ２２２、Ｑ２２４、Ｌ２２６、および／またはＬ２２７への変異は、任意のアミノ酸置換を含む。さらなる例として、配列番号４３５は、配列番号１０内の１つの同定されたＴレジトープ変異を記載している。
複数の態様において、配列番号３のスパイクポリペプチド（または配列番号３の最初の１５アミノ酸を含まない配列番号３のポリペプチド）の特定のアンカー残基に対して変異がなされ、前記変異には、そこで同定された寛容化エピトープの特定のアンカー残基に対する変異が含まれており、そのようなエピトープの結合は破壊されうる。アンカー残基に対するそのような変異は、結合に不利な置換アミノ酸を選択しなければならない。
複数の態様において、そのような変異は、配列番号３（または配列番号３の最初の１５アミノ酸を含まない配列番号３のポリペプチド）またはその断片の以下のアミノ酸を変異させることを含み、ただし前記断片は配列番号１１を含み、ただし、前記断片が配列番号４４０を含む条件のもとで、Ｙ２５４、Ｐ２５７、Ｙ２５９、および／またはＬ２６２（そのようなアミノ酸位置は、配列番号３の全配列に基づいて標識されている）への変異を含む。
このように、複数の態様において、本開示は、配列番号３のアミノ酸配列（または配列番号３の最初の１５アミノ酸を含まない配列番号３のポリペプチド）またはその断片を含むポリペプチドに関する。ただし、前記断片が配列番号１１を含み、Ｙ２５４、Ｐ２５７、Ｙ２５９、および／またはＬ２６２（これらのアミノ酸位置は配列番号３の全配列に基づいて標識されている）への変異を含むことを条件とする。
複数の態様において、Ｙ２５４、Ｐ２５７、Ｙ２５９、および／またはＬ２６２の変異は、結合に不利なアミノ酸置換を含む。複数の態様において、そのような変異は、ＥｐｉＭａｔｒｉｘによって破壊的である（予測されるＴ細胞エピトープ含有量を減少させる）と同定された任意のアミノ酸置換であり得る。
複数の態様において、そのような変異は、当技術分野で知られているように、ＨＬＡ結合アッセイによって決定することができる。複数の態様において、配列番号３のポリペプチド（または配列番号３の最初の１５アミノ酸を含まない配列番号３のポリペプチド）またはその断片に対する特定の変異は、前記断片が配列番号１１を含むという条件で、以下：Ｙ２５４Ａ；Ｙ２５４Ｇ；Ｙ２５４Ｎ；Ｙ２５４Ｑ；Ｙ２５４Ｓ；Ｙ２５４Ｔ；Ｔ２５９Ｇ；および／またはＴ２５９Ｑ（これらのアミノ酸位置は、配列番号３の全配列に基づいて標識されている）の変異が含まれる。
複数の態様において、配列番号３のスパイクポリペプチド（または配列番号３の最初の１５アミノ酸を含まない配列番号３のポリペプチド ）の特異的ＴＣＲ接触に対する変異がなされ、前記変異には、そこで同定された寛容化エピトープの特異的ＴＣＲ接触に対する変異が含まれており、そのようなエピトープのＴＣＲ認識は、破壊されてもよい。任意のアミノ酸置換は、ＴＣＲ認識を破壊することができる。
複数の態様において、そのような変異は、配列番号３の以下のアミノ酸（または配列番号３の最初の１５アミノ酸を含まない配列番号３のポリペプチド）またはその断片の変異を含み、ただし、前記断片は配列番号１１を含む条件のもとで、Ｌ２５５、Ｑ２５６、Ｒ２５８、Ｆ２６０、および／またはＬ２６１、特にＲ２５８、（そのようなアミノ酸位置は、配列番号３の全配列に基づいて標識されている）への変異を含む。
このように、複数の態様において、本開示は、配列番号３のアミノ酸配列を含むポリペプチド（または配列番号３の最初の１５アミノ酸を含まないポリペプチド）またはその断片に関する。ただし、前記断片が配列番号１１を含み、Ｌ２５５、Ｑ２５６、Ｒ２５８、Ｆ２６０、および／またはＬ２６１、特にＲ２５８、に対する変異を含む（そのようなアミノ酸位置は配列番号３の全配列に基づいて標識されている）ことを条件とする。
複数の態様において、Ｌ２５５、Ｑ２５６、Ｒ２５８、Ｆ２６０、および／またはＬ２６１の変異は、任意のアミノ酸置換を含む。
複数の態様において、配列番号３のスパイクポリペプチド（または配列番号３の最初の１５アミノ酸を含まない配列番号３のポリペプチド）の特定のアンカー残基に対して変異がなされ、前記変異には、そこで同定された寛容化エピトープの特定のアンカー残基に対する変異が含まれており、そのようなエピトープの結合は破壊されうる。アンカー残基に対するそのような変異は、結合に不利な置換アミノ酸を選択しなければならない。
複数の態様において、そのような変異は、配列番号３（または配列番号３の最初の１５アミノ酸を含まない配列番号３のポリペプチド）またはその断片の以下のアミノ酸を変異させることを含み、ただし前記断片は配列番号１２を含む条件で、Ｖ４９６、Ｓ４９９、Ｅ５０１、および／またはＨ５０４（これらのアミノ酸位置は、配列番号３の全配列に基づいて標識されている）への変異を含むことを条件とする。
このように、複数の態様において、本開示は、配列番号３のアミノ酸配列を含むポリペプチド（または配列番号３の最初の１５アミノ酸を含まないポリペプチド）またはその断片に関する。前記断片が配列番号１２を含み、Ｖ４９６、Ｓ４９９、Ｅ５０１、および／またはＨ５０４（これらのアミノ酸位置は配列番号３の全配列に基づいて標識されている）への変異を含むことを条件とする。
複数の態様において、Ｖ４９６、Ｓ４９９、Ｅ５０１、および／またはＨ５０４の変異は、結合に不利なアミノ酸置換を含む。
複数の態様において、そのような変異は、ＥｐｉＭａｔｒｉｘによって破壊的である（予測されるＴ細胞エピトープ含量を減少させる）と同定された任意のアミノ酸置換であり得る。
複数の態様において、そのような変異は、当技術分野で知られているように、ＨＬＡ結合アッセイによって決定することができる。複数の態様において、配列番号３のポリペプチド（または配列番号３の最初の１５アミノ酸を含まない配列番号３のポリペプチド）またはその断片に対する特定の変異は、前記断片が配列番号１２を含むという条件で、以下：Ｖ４９６Ａ；Ｖ４９６Ｇ；Ｖ４９６Ｎ；Ｖ４９６Ｑ；Ｖ４９６Ｓ；Ｖ４９６Ｔ；Ｓ４９９Ｇ；Ｓ４９９Ｑ；および／またはＳ４９９Ｔ（これらのアミノ酸位置は配列番号３の全配列に基づいて標識されている）の変異が含まれる。
複数の態様において、配列番号３のスパイクポリペプチド（または配列番号３の最初の１５アミノ酸を含まない配列番号３のポリペプチド）の特異的ＴＣＲ接触に対する変異がなされ、前記変異には、そこで同定された寛容化エピトープの特異的ＴＣＲ接触に対する変異が含まれており、そのようなエピトープのＴＣＲ認識は、破壊されてもよい。任意のアミノ酸置換は、ＴＣＲ認識を破壊することができる。
複数の態様において、そのような変異は、配列番号３の以下のアミノ酸（または配列番号３の最初の１５アミノ酸を含まない配列番号３のポリペプチド）またはその断片を変異させることを含み、ただし前記断片が配列番号１２を含むことを条件とし、Ｖ４９７、Ｌ４９８、Ｆ５００、Ｌ５０２、および／またはＬ５０３、特にＦ５００、（そのようなアミノ酸位置は、配列番号３の全配列に基づいて標識されている）への変異を含むことを条件とする。
このように、複数の態様において、本開示は、配列番号３のアミノ酸配列を含むポリペプチド（または配列番号３の最初の１５アミノ酸を含まないポリペプチド）またはその断片に関する。但し、前記断片が配列番号１２を含み、Ｖ４９７、Ｌ４９８、Ｆ５００、Ｌ５０２、および／またはＬ５０３、特にＦ５００（アミノ酸位置は配列番号３の全配列に基づき標識されている）に対する変異を含むことを特徴とする。
複数の態様において、Ｖ４９７、Ｌ４９８、Ｆ５００、Ｌ５０２、および／またはＬ５０３への変異は、任意のアミノ酸置換を含む。
さらなる例として、配列番号４３６は、配列番号１２内の１つの同定されたＴレジトープ変異を規定する。
複数の態様において、配列番号３のスパイクポリペプチド（または配列番号３の最初の１５アミノ酸を含まない配列番号３のポリペプチド）の特定のアンカー残基に対して変異がなされ、前記変異には、そこで同定されたＴレジトープの特定のアンカー残基に対する変異が含まれており、そのようなエピトープの結合が破壊され得る。アンカー残基に対するそのような変異は、結合に不利な置換アミノ酸を選択しなければならない。
複数の態様において、そのような変異は、配列番号３の以下のアミノ酸（または配列番号３の最初の１５アミノ酸を含まない配列番号３のポリペプチド）またはその断片を変異させることを含み、ただし、前記断片は配列番号１３を含む条件で、Ｌ８０６、Ｎ８０９、Ｖ８１１、および／またはＡ８１４（そのようなアミノ酸位置は、配列番号３の全配列に基づいて標識されている）への変異を含むことを条件とする。
このように、複数の態様において、本開示は、配列番号３のアミノ酸配列（または配列番号３の最初の１５アミノ酸を含まない配列番号３のポリペプチド）またはその断片を含むポリペプチドに関する。ただし、前記断片が配列番号１３を含み、Ｌ８０６、Ｎ８０９、Ｖ８１１、および／またはＡ８１４（これらのアミノ酸位置は配列番号３の全配列に基づいて標識されている）に対する変異を含むことを条件とする。
複数の態様において、Ｌ８０６、Ｎ８０９、Ｖ８１１、および／またはＡ８１４の変異は、結合に不利なアミノ酸置換を含む。
複数の態様において、そのような変異は、ＥｐｉＭａｔｒｉｘによって破壊的である（予測されるＴ細胞エピトープ含有量を減少させる）と同定された任意のアミノ酸置換であり得る。
複数の態様において、そのような変異は、当技術分野で知られているように、ＨＬＡ結合アッセイによって決定することができる。
複数の態様において、配列番号３のポリペプチド（または配列番号３の最初の１５アミノ酸を含まない配列番号３のポリペプチド）またはその断片に対する特定の変異は、前記断片が配列番号１３を含むという条件で、以下：Ｌ８０６Ａ；Ｌ８０６Ｇ；Ｌ８０６Ｎ；Ｌ８０６Ｑ；Ｌ８０６Ｓ；Ｌ８０６Ｔ；および／またはＮ８０９Ｇ（これらのアミノ酸位置は、配列番号３の全配列に基づいて標識されている）の変異が含まれる。
複数の態様において、配列番号３のスパイクポリペプチド（または配列番号３の最初の１５アミノ酸を含まない配列番号３のポリペプチド）の特異的ＴＣＲ接触に対する変異がなされ、前記変異には、そこで同定された寛容化エピトープの特異的ＴＣＲ接触に対する変異が含まれており、そのようなエピトープのＴＣＲ認識は、破壊されてもよい。任意のアミノ酸置換は、ＴＣＲ認識を破壊することができる。
複数の態様において、そのような変異は、配列番号３の以下のアミノ酸（または配列番号３の最初の１５アミノ酸を含まない配列番号３のポリペプチド）またはその断片を変異させることを含み、ただし前記断片が配列番号１３を含むことを条件とし、Ｌ８０７、Ｆ８０８、Ｋ８１０、Ｔ８１２、および／またはＬ８１３、特にＫ８１０、（これらのアミノ酸位置は、配列番号３の全配列に基づいて標識されている）への変異を含むことを条件とする。
このように、複数の態様において、本開示は、配列番号３のアミノ酸配列を含むポリペプチド（または配列番号３の最初の１５アミノ酸を含まないポリペプチド）またはその断片に関する。ただし、前記断片が配列番号１３を含み、Ｌ８０７、Ｆ８０８、Ｋ８１０、Ｔ８１２、および／またはＬ８１３、特にＫ８１０（そのようなアミノ酸位置は配列番号３７１の全配列に基づいて標識されている）への変異を含むことを条件とする。
複数の態様において、Ｌ８０７、Ｆ８０８、Ｋ８１０、Ｔ８１２、および／またはＬ８１３への変異は、任意のアミノ酸置換を含む。
さらなる例として、配列番号４３７および４３８は、配列番号１３内の２つの同定されたＴレジトープ変異を定める。
複数の態様において、配列番号３のスパイクポリペプチド（または配列番号３の最初の１５アミノ酸を含まない配列番号３のポリペプチド）の特定のアンカー残基に対して変異がなされ、前記変異には、そこで同定されたＴレジトープの特定のアンカー残基に対する変異が含まれており、そのようなエピトープの結合が破壊され得る。アンカー残基に対するそのような変異は、結合に不利な置換アミノ酸を選択しなければならない。
複数の態様において、そのような変異は、配列番号３の以下のアミノ酸（または配列番号３の最初の１５アミノ酸を含まない配列番号３７１のポリペプチド）またはその断片を変異させることを含み、ただし、前記断片が配列番号１４を含むことを条件とし、Ｌ８４３、Ｌ８４６、Ｐ８４８、および／またはＴ８５１（これらのアミノ酸位置は、配列番号３の全配列に基づいて標識されている）への変異を含む。
このように、複数の態様において、本開示は、配列番号３のアミノ酸配列（または配列番号３の最初の１５アミノ酸を含まない配列番号３のポリペプチド）またはその断片を含むポリペプチドに関する。ただし、前記断片が配列番号１４を含み、Ｌ８４３、Ｌ８４６、Ｐ８４８、および／またはＴ８５１（これらのアミノ酸位置は配列番号３の全配列に基づいて標識されている）への変異を含んでいることを条件とする。
複数の態様において、Ｌ８４３、Ｌ８４６、Ｐ８４８、および／またはＴ８５１の変異は、結合に不利なアミノ酸置換を含む。
複数の態様において、そのような変異は、ＥｐｉＭａｔｒｉｘによって破壊的である（予測されるＴ細胞エピトープ含量を減少させる）と同定された任意のアミノ酸置換であり得る。
複数の態様において、そのような変異は、当技術分野で知られているように、ＨＬＡ結合アッセイによって決定することができる。
複数の態様において、配列番号３のポリペプチド（または配列番号３の最初の１５アミノ酸を含まない配列番号３のポリペプチド）またはその断片に対する特定の変異は、前記断片が配列番号１４を含むという条件で、以下：Ｌ８４３Ａ；Ｌ８４３Ｇ；Ｌ８４３Ｎ；Ｌ８４３Ｑ；Ｌ８４３Ｓ；Ｌ８４３Ｔ；Ｌ８４６Ｇ；Ｌ８４６Ｔ；および／またはＰ８４８Ｑ（これらのアミノ酸位置は、配列番号３の全配列に基づいて標識されている）の変異が含まれる。
複数の態様において、配列番号３のスパイクポリペプチド（または配列番号３の最初の１５アミノ酸を含まない配列番号３のポリペプチド）の特異的ＴＣＲ接触に対する変異がなされ、前記変異には、そこで同定された寛容化エピトープの特異的ＴＣＲ接触に対する変異が含まれており、そのようなエピトープのＴＣＲ認識は、破壊されてもよい。任意のアミノ酸置換は、ＴＣＲ認識を破壊することができる。
複数の態様において、そのような変異は、配列番号３の以下のアミノ酸（または配列番号３の最初の１５アミノ酸を含まない配列番号３のポリペプチド）またはその断片を変異させることを含み、ただし前記断片が配列番号１４を含むことを条件とし、Ｔ８４４、Ｖ８４５、Ｐ８４７、Ｌ８４９、および／またはＬ８５０、特にＰ８４７、（これらのアミノ酸位置は、配列番号３の全配列に基づいて標識されている）を含むことを条件とする。
このように、複数の態様において、本開示は、配列番号３のアミノ酸配列を含むポリペプチド（または配列番号３の最初の１５アミノ酸を含まないポリペプチド）またはその断片に関する。ただし、前記断片が配列番号１４を含み、Ｔ８４４、Ｖ８４５、Ｐ８４７、Ｌ８４９、および／またはＬ８５０、特にＰ８４７（これらのアミノ酸位置は配列番号３の全配列に基づいて標識されている）、に対する変異を含むことを特徴とする。
複数の態様において、変異Ｔ８４４、Ｖ８４５、Ｐ８４７、Ｌ８４９、および／またはＬ８５０は、任意のアミノ酸置換を含む。複数の態様において、配列番号３のスパイクポリペプチド（または配列番号３の最初の１５アミノ酸を含まない配列番号３のポリペプチド）の特定のアンカー残基に対して変異がなされ、前記変異は、そこで同定された寛容化エピトープの特定のアンカー残基に対する変異を含み、そのようなエピトープの結合が破壊され得る。アンカー残基に対するそのような変異は、結合に不利な置換アミノ酸を選択しなければならない。
複数の態様において、そのような変異は、配列番号３の以下のアミノ酸（または配列番号３の最初の１５アミノ酸を含まない配列番号３のポリペプチド）またはその断片を変異させることを含み、ただし、前記断片が配列番号１５を含むことを条件とし、Ｆ９１２、Ａ９１５、Ｇ９１７、Ｑ９２０、Ｌ９２３、Ｔ９２６、Ｓ９２８、および／またはＧ９３１（これらのアミノ酸位置は、配列番号３の全配列に基づいて標識されている）への変異を含むことを条件とする。
このように、複数の態様において、本開示は、配列番号３のアミノ酸配列（または配列番号３の最初の１５アミノ酸を含まない配列番号３のポリペプチド）またはその断片を含むポリペプチドに関する。但し、前記断片が配列番号１５を含み、Ｆ９１２、Ａ９１５、Ｇ９１７、Ｑ９２０、Ｌ９２３、Ｔ９２６、Ｓ９２８、および／またはＧ９３１への変異（これらのアミノ酸位置は配列番号３の全配列に基づいて標識されている）を含んでいることを条件とする。
複数の態様において、Ｆ９１２、Ａ９１５、Ｇ９１７、Ｑ９２０、Ｌ９２３、Ｔ９２６、Ｓ９２８、および／またはＧ９３１への変異は、結合に不利なアミノ酸置換を含む。
複数の態様において、そのような変異は、ＥｐｉＭａｔｒｉｘによって破壊的（予測されるＴ細胞エピトープ含有量を減らす）であると同定された任意のアミノ酸置換であり得る。
複数の態様において、そのような変異は、当技術分野で知られているように、ＨＬＡ結合アッセイによって決定することができる。
複数の態様において、配列番号３のポリペプチド（または配列番号３の最初の１５アミノ酸を含まない配列番号３のポリペプチド）またはその断片に対する特定の変異は、前記断片が配列番号１５を含むという条件で、以下：Ｆ９１２Ａ；Ｆ９１２Ｇ；Ｆ９１２Ｎ；Ｆ９１２Ｑ；Ｆ９１２Ｓ；Ｆ９１２Ｔ；Ａ９１５Ｇ；Ｌ９２３Ａ；Ｌ９２３Ｇ；Ｌ９２３Ｎ；Ｌ９２３Ｑ；Ｌ９２３Ｓ；Ｌ９２３Ｔ、および／またはＴ９２６Ｇ（これらのアミノ酸の位置は配列番号３の完全な配列に基づいて標識されている）の変異が含まれる。
複数の態様において、配列番号３のスパイクポリペプチド（または配列番号３の最初の１５アミノ酸を含まない配列番号３のポリペプチド）の特異的ＴＣＲ接触に対する変異がなされ、前記変異には、そこで同定された寛容化エピトープの特異的ＴＣＲ接触に対する変異が含まれており、そのようなエピトープのＴＣＲ認識を破壊し得る。任意のアミノ酸置換は、ＴＣＲ認識を破壊することができる。
複数の態様において、そのような変異は、配列番号３の以下のアミノ酸（または配列番号３の最初の１５アミノ酸を含まない配列番号３のポリペプチド）またはその断片を変異させることを含み、ただし前記断片が配列番号１５を含むことを条件とし、Ｎ９１３、Ｓ９１４、Ｉ９１６、Ｋ９１８、Ｉ９１９、Ｓ９２４、Ｓ９２５、Ａ９２７、Ａ９２９、および／またはＬ９３０、特にＩ９１６および／またはＡ９２７（これらのアミノ酸位置は、配列番号３の全配列に基づき標識されている）への変異を含む。
このように、複数の態様において、本開示は、配列番号３のアミノ酸配列を含むポリペプチド（または配列番号３の最初の１５アミノ酸を含まないポリペプチド）またはその断片に関する。但し、前記断片が配列番号１５を含み、Ｎ９１３、Ｓ９１４、Ｉ９１６、Ｋ９１８、Ｉ９１９、Ｓ９２４、Ｓ９２５、Ａ９２７、Ａ９２９、および／またはＬ９３０、特にＩ９１６および／またはＡ９２７に対する変異（これらのアミノ酸位置が配列番号３の全配列に基づいて標識されて）を含んでいることを条件とする。
複数の態様において、Ｎ９１３、Ｓ９１４、Ｉ９１６、Ｋ９１８、Ｉ９１９、Ｓ９２４、Ｓ９２５、Ａ９２７、Ａ９２９、および／またはＬ９３０への変異は、任意のアミノ酸置換を含む。
複数の態様において、配列番号３のスパイクポリペプチド（または配列番号３の最初の１５アミノ酸を含まない配列番号３のポリペプチド）の特定のアンカー残基に対して変異がなされ、前記変異には、そこで同定された寛容化エピトープの特定のアンカー残基に対する変異が含まれており、そのようなエピトープの結合が破壊されうる。アンカー残基に対するそのような変異は、結合に不利な置換アミノ酸を選択しなければならない。
複数の態様において、そのような変異は、配列番号３（または配列番号３の最初の１５アミノ酸を含まない配列番号３のポリペプチド）またはその断片の以下のアミノ酸を変異させることを含み、ただし前記断片は配列番号１６を含む条件の下で、Ｆ９５５、Ｉ９５８、Ｓ９６０、および／またはＮ９６３（そのようなアミノ酸位置は、配列番号３の全配列に基づいて標識されている）への変異を含むことを条件とする。
このように、複数の態様において、本開示は、配列番号３のアミノ酸配列を含むポリペプチド（または配列番号３の最初の１５アミノ酸を含まないポリペプチド）またはその断片に関する。前記断片が配列番号１６を含み、Ｆ９５５、Ｉ９５８、Ｓ９６０、および／またはＮ９６３（これらのアミノ酸位置は配列番号３の全配列に基づいて標識されている）への変異を含むことを条件とする。複数の態様において、Ｆ９５５、Ｉ９５８、Ｓ９６０、および／またはＮ９６３の変異は、結合に不利なアミノ酸置換を含む。複数の態様において、そのような変異は、ＥｐｉＭａｔｒｉｘによって破壊的である（予測されるＴ細胞エピトープ含有量を減少させる）と同定された任意のアミノ酸置換であり得る。複数の態様において、そのような変異は、当技術分野で知られているように、ＨＬＡ結合アッセイによって決定することができる。複数の態様において、配列番号３のポリペプチド（または配列番号３の最初の１５アミノ酸を含まない配列番号３のポリペプチド）またはその断片に対する特定の変異は、前記断片が配列番号１６を含むという条件で、以下：Ｆ９５５Ａ；Ｆ９５５Ｇ；Ｆ９５５Ｎ；Ｆ９５５Ｑ；Ｆ９５５Ｓ；Ｆ９５５Ｔ、Ｉ９５８Ｇ；Ｓ９６０Ｇ；Ｓ９６０Ｑ；および／またはＳ９６０Ｔ（これらのアミノ酸位置は、配列番号３の全配列に基づいて標識されている）の変異が含まれる。
複数の態様において、配列番号３のスパイクポリペプチド（または配列番号３の最初の１５アミノ酸を含まない配列番号３のポリペプチド）の特異的ＴＣＲ接触に対する変異がなされ、前記変異には、そこで同定された寛容化エピトープの特異的ＴＣＲ接触に対する変異が含まれており、そのようなエピトープのＴＣＲ認識を破壊し得る。任意のアミノ酸置換は、ＴＣＲ認識を破壊することができる。
複数の態様において、そのような変異は、配列番号３の以下のアミノ酸（または配列番号３の最初の１５アミノ酸を含まない配列番号３のポリペプチド）またはその断片の変異を含み、ただし、前記断片は配列番号１６を含む条件で、Ｇ９５６、Ａ９５７、Ｓ９５９、Ｖ９６１、および／またはＬ９６２、特にＳ９５９（これらのアミノ酸位置は、配列番号３の全配列に基づいて標識されている）への変異を含むことを条件とする。
このように、複数の態様において、本開示は、配列番号３のアミノ酸配列を含むポリペプチド（または配列番号３の最初の１５アミノ酸を含まないポリペプチド）またはその断片に関する。ただし、前記断片が配列番号１６を含み、Ｇ９５６、Ａ９５７、Ｓ９５９、Ｖ９６１、および／またはＬ９６２、特にＳ９５９（これらのアミノ酸位置は配列番号３の全配列に基づいて標識されている）に対する変異を含むことを特徴とする。
複数の態様において、Ｇ９５６、Ａ９５７、Ｓ９５９、Ｖ９６１、および／またはＬ９６２への変異は、任意のアミノ酸置換を含む。
複数の態様において、配列番号３のスパイクポリペプチド（または配列番号３の最初の１５アミノ酸を含まない配列番号３のポリペプチド）の特定のアンカー残基に対して変異がなされ、前記変異には、そこで同定された寛容化エピトープの特定のアンカー残基に対する変異が含まれており、そのようなエピトープの結合は破壊されうる。アンカー残基に対するそのような変異は、結合に不利な置換アミノ酸を選択しなければならない。
複数の態様において、そのような変異は、配列番号３（または配列番号３の最初の１５アミノ酸を含まない配列番号３のポリペプチド）またはその断片の以下のアミノ酸を変異させることを含み、ただし、前記断片は配列番号１７を含む条件の下で、Ｉ９９８、Ａ１００１、Ｉ１００３、Ｓ１００６、Ｎ１００８、および／またはＡ１０１１（これらのアミノ酸位置は、配列番号３の全配列に基づいて標識されている）への変異を含むことを条件とする。
このように、複数の態様において、本開示は、配列番号３のアミノ酸配列（または配列番号３の最初の１５アミノ酸を含まない配列番号３のポリペプチド）またはその断片を含むポリペプチドに関する。但し、前記断片が配列番号１７を含み、Ｉ９９８、Ａ１００１、Ｉ１００３、Ｓ１００６、Ｎ１００８、および／またはＡ１０１１（そのようなアミノ酸位置は配列番号３の全配列に基づいて標識されている）への変異を含むことを条件とする。
複数の態様において、Ｉ９９８、Ａ１００１、Ｉ１００３、Ｓ１００６、Ｎ１００８、および／またはＡ１０１１の変異は、結合に不利なアミノ酸置換を含む。
複数の態様において、そのような変異は、ＥｐｉＭａｔｒｉｘによって破壊的（予測されるＴ細胞エピトープ含有量を減らす）であると同定された任意のアミノ酸置換であり得る。
複数の態様において、そのような変異は、当技術分野で知られているように、ＨＬＡ結合アッセイによって決定することができる。
複数の態様において、配列番号３のポリペプチド（または配列番号３の最初の１５アミノ酸を含まない配列番号３のポリペプチド）またはその断片に対する特定の変異は、前記断片が配列番号１７を含むという条件で、以下：Ｉ９９８Ａ；Ｉ９９８Ｇ；Ｉ９９８Ｎ；Ｉ９９８Ｑ；Ｉ９９８Ｓ；Ｉ９９８Ｔ；Ａ１００１Ｇ；Ａ１００１Ｔ；Ｉ１００３Ａ；Ｉ１００３Ｇ；Ｉ１００３Ｎ；Ｉ１００３Ｑ；Ｉ１００３Ｓ；Ｉ１００３Ｔおよび／またはＮ１００８Ｑ（これらのアミノ酸位置は、配合番号３の全配列に基づいて標識されている）の変異が含まれる。
複数の態様において、配列番号３のスパイクポリペプチド（または配列番号３の最初の１５アミノ酸を含まない配列番号３のポリペプチド）の特異的ＴＣＲ接触に対する変異がなされ、前記変異には、そこで同定された寛容化エピトープの特異的ＴＣＲ接触に対する変異が含まれており、そのようなエピトープのＴＣＲ認識を破壊し得る。任意のアミノ酸置換は、ＴＣＲ認識を破壊することができる。
複数の態様において、そのような変異は、配列番号３の以下のアミノ酸（または配列番号３の最初の１５アミノ酸を含まない配列番号３のポリペプチド）またはその断片を変異させることを含み、ただし前記断片が配列番号１７を含むことを条件とし、Ｒ９９９、Ａ１０００、Ｅ１００２、Ｒ１０４、Ａ１００５、Ａ１００７、Ｌ１００９、および／またはＡ１０１０、特にＥ１００２および／またはＡ１００７（これらのアミノ酸位置は、配列番号３の全配列に基づき標識されている）への変異を含むことを条件とする。
このように、複数の態様において、本開示は、配列番号３のアミノ酸配列を含むポリペプチド（または配列番号３の最初の１５アミノ酸を含まないポリペプチド）またはその断片に関する。但し、前記断片が配列番号１７を含み、Ｒ９９９、Ａ１０００、Ｅ１００２、Ｒ１０４、Ａ１００５、Ａ１００７、Ｌ１００９、および／またはＡ１０１０、特にＥ１００２および／またはＡ１００７に対する変異を含む（これらのアミノ酸位置は配列番号３の全配列に基づき標識されている）ことを条件とする。
複数の態様において、Ｒ９９９、Ａ１０００、Ｅ１００２、Ｒ１０４、Ａ１００５、Ａ１００７、Ｌ１００９、および／またはＡ１０１０への変異は、任意のアミノ酸置換を含む。
さらなる例として、配列番号４３９は、配列番号１７内の２つの同定されたＴレジトープ変異を記載している。
複数の態様において、配列番号３またはその断片ののスパイクポリペプチドの特定のアンカー残基に対して変異がなされ、ただし、前記断片が、１または複数の配列番号８－１７、４２－９３、２４６－３７０、４２２、４２３、４３２、４３４－４３９、および７９４－８３３を含み、前記変異には、そこで同定された寛容化エピトープ（例えば、１または複数の配列番号８－１７、４２－９３、２４６－３７０、４２２、４２３、４３２、４３４－４３９、および７９４－８３３）の特定のアンカー残基が含まれており、かかるエピトープの結合が破壊され得る。アンカー残基のこのような変異は、結合に不利な置換アミノ酸を選択しなければならない。ＥｐｉＭａｔｒｉｘによって破壊的（予測されるＴ細胞エピトープの含有量を減らす）であると同定されたアミノ酸置換は、いずれも実行可能である。さらに、その中で同定された寛容化エピトープ（例えば、配列番号８－１７、４２－９３、２４６－３７０、４２２、４２３、４３２、４３４－４３９、および７９４－８３３の１以上）の特定のＴＣＲ接触に対する変異を含むＴＣＲ接触を変異することによって、そのような寛容化エピトープのＴ細胞認識を破壊することが可能である。ＴＣＲ接触に対するいかなるアミノ酸置換もＴＣＲ認識を破壊する。
複数の態様において、本開示は、配列番号３７１またはその断片の脱寛容化ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ヌクレオカプシドポリペプチドに関する。ここで、配列番号９４、９５、４０６－４２１、および４７４－４８７の１つ以上が、配列番号３７１またはその断片の前記脱寛容化ヌクレオカプシドポリペプチドから改変または除去されている。
例えば、複数の態様において、１または複数の同定された制御性Ｔ細胞エピトープ（例えば、配列番号９４、９５、４０６－４２１、および４７４－４８７の１つ以上）の改変または除去は、配列番号９４、９５、４０６－４２１、および４７４－４８７の１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープのアミノ酸の全てまたは一部の欠失を含んでいる。
複数の態様において、配列番号９４、９５、４０６－４２１、および４７４－４８７の１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープの前記改変または除去は、１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープのアミノ酸の一部または全部を欠失させ、制御性Ｔ細胞エピトープのアミノ酸の欠失の部位に１または複数のアミノ酸を付加することを含む。
複数の態様において、抗原又はポリペプチド配列からの配列番号９４、９５、４０６－４２１、及び４７４－４８７の１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープの前記改変又は除去は、１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープの変異（限定されないが、例えば、部位特異的変異誘発又は他の組み換え技術による１または複数の点変異を１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープへの導入）を含んでいる。
複数の態様において、抗原またはポリペプチド配列からの配列番号９４、９５、４０６－４２１、および４７４－４８７の１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープの前記改変または除去は、１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープ配列への１または複数のアミノ酸の導入を含み、複数の態様において配列の免疫原性が高められるように、１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープ配列を破壊することになる。
複数の態様において、改変／除去の部位における前記付加された１または複数のアミノ酸の数は、前に存在した制御性Ｔ細胞エピトープアミノ酸から削除されたアミノ酸の数に対応する必要はない。
複数の態様において、そのような改変または除去は、そこで同定された寛容化エピトープ（例えば、１または複数の配列番号９４、９５、４０６－４２１、および４７４－４８７）の特定のアンカー残基に対する変異を含み、そのエピトープの結合が破壊され得る。アンカー残基に対するこのような変異は、結合に不利な置換アミノ酸を選択しなければならない。ＥｐｉＭａｔｒｉｘによって破壊的（予測されるＴ細胞エピトープの含有量を減らす）であると同定された任意のアミノ酸置換が実行可能である。複数の態様において、そのような変異は、当技術分野で知られているように、ＨＬＡ結合アッセイによって決定することができる。さらに、そこに同定された寛容化エピトープ（例えば、配列番号９４、９５、４０６－４２１、および４７４－４８７の１つ以上）の特定のＴＣＲ接触に対する変異を含むＴＣＲ接触を変異することによって、そのような寛容化エピトープのＴ細胞認識を破壊し得る。ＴＣＲ接触に対するいかなるアミノ酸置換もＴＣＲ認識を破壊する。
複数の態様において、本開示は、配列番号３７２またはその断片の脱寛容化ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＯＲＦ３ａポリペプチドに関し、配列番号９６－１０１、４２４、および７５６－７７４の１つ以上が、配列番号３７２またはその断片の前記脱寛容化ＯＲＦ３ａポリペプチドから改変または除去されている。
例えば、複数の態様において、１または複数の同定された制御性Ｔ細胞エピトープ（例えば、配列番号９６－１０１、４２４、および７５６－７７４の１つ以上）の改変または除去は、配列番号９６－１０１、４２４、および７５６－７７４の１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープのアミノ酸の全てまたは一部の欠失を含んでいる。
複数の態様において、配列番号９６－１０１、４２４、および７５６－７７４の１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープの前記改変または除去は、１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープのアミノ酸の一部または全ての欠失と、制御性Ｔ細胞エピトープのアミノ酸の欠失の部位における１または複数のアミノ酸の付加を含んでいる。
複数の態様において、抗原またはポリペプチド配列からの配列番号９６－１０１、４２４、および７５６－７７４の１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープの前記改変または除去は、１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープの変異（限定されないが、例えば、部位特異的変異誘発又は他の組み換え技術による１または複数の点変異を１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープへの導入）を含んでいる。
複数の態様において、抗原またはポリペプチド配列からの配列番号９６－１０１、４２４、および７５６－７７４の１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープの前記改変または除去は、１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープ配列への１または複数のアミノ酸の導入を含み、これにより複数の態様において配列の免疫原性が高められるように１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープ配列を破壊することになる。
複数の態様において、改変／除去の部位における前記付加された１または複数のアミノ酸の数は、前に存在した制御性Ｔ細胞エピトープアミノ酸から削除されたアミノ酸の数に対応する必要はない。
複数の態様において、そのような改変または除去は、そこで同定された寛容化エピトープ（例えば、１または複数の配列番号９６－１０１、４２４、および７５６－７７４）の特定のアンカー残基に対する変異を含み、そのエピトープの結合が破壊され得る。アンカー残基に対するこのような変異は、結合に不利な置換アミノ酸を選択しなければならない。ＥｐｉＭａｔｒｉｘによって破壊的（予測されるＴ細胞エピトープの含有量を減らす）であると同定された任意のアミノ酸置換が実行可能である。
複数の態様において、そのような変異は、当技術分野で知られているように、ＨＬＡ結合アッセイによって決定することができる。さらに、そこに同定された寛容化エピトープ（例えば、配列番号９６－１０１、４２４、および７５６－７７４の１つ以上）の特定のＴＣＲ接触に対する変異を含むＴＣＲ接触を変異させることによって、そのような寛容化エピトープのＴ細胞認識を破壊し得る。ＴＣＲ接触に対するいかなるアミノ酸置換もＴＣＲ認識を破壊する。
複数の態様において、本開示は、配列番号３７３またはその断片の脱寛容化ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＯＲＦ６ポリペプチドに関し、配列番号１０２、１０３、および７７５の１つ以上が、配列番号３７３またはその断片の前記脱寛容化ＯＲＦ６ポリペプチドから改変または除去されている。
例えば、複数の態様において、１または複数の同定された制御性Ｔ細胞エピトープ（例えば、配列番号１０２、１０３、および７７５の１つ以上）の改変または除去は、配列番号１０２、１０３、および７７５の１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープのアミノ酸の全てまたは一部の欠失を含む。
複数の態様において、配列番号１０２、１０３、及び７７５の１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープの前記改変又は除去は、１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープのアミノ酸の一部又は全ての欠失と、制御性Ｔ細胞エピトープのアミノ酸の欠失の部位における１または複数のアミノ酸の付加を含む。
複数の態様において、抗原またはポリペプチド配列からの配列番号１０２、１０３、および７７５の１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープの前記改変または除去は、１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープを変異（限定されないが、例えば、部位特異的変異誘発又は他の組み換え技術による１または複数の点変異を１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープへの導入）させることを含んでいる。
複数の態様において、抗原またはポリペプチド配列からの配列番号１０２、１０３、および７７５の１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープの前記改変または除去は、１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープ配列への１または複数のアミノ酸の導入を含み、これは複数の態様において配列の免疫原性が高められるように１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープ配列を破壊させるであろう。
複数の態様において、改変／除去の部位における前記付加された１または複数のアミノ酸の数は、前に存在した制御性Ｔ細胞エピトープアミノ酸から削除されたアミノ酸の数に対応する必要はない。複数の態様において、そのような改変または除去は、そこで同定された寛容化エピトープ（例えば、１または複数の配列番号１０２、１０３、および７７５）の特定のアンカー残基に対する変異を含み、そのエピトープの結合が破壊され得る。アンカー残基に対するそのような変異は、結合に不利な置換アミノ酸を選択しなければならない。ＥｐｉＭａｔｒｉｘによって破壊的（予測されるＴ細胞エピトープの含有量を減らす）であると同定された任意のアミノ酸置換が実行可能である。
複数の態様において、そのような変異は、当技術分野で知られているように、ＨＬＡ結合アッセイによって決定することができる。さらに、その中で同定された寛容化エピトープ（例えば、１または複数の配列番号１０２、１０３、および７７５）の特定のＴＣＲ接触に対する変異を含むＴＣＲ接触を変異させることによって、そのような寛容化エピトープのＴ細胞認識を破壊し得る。ＴＣＲ接触に対するいかなるアミノ酸置換も、ＴＣＲ認識を破壊する。
複数の態様において、本開示は、配列番号３７４またはその断片の脱寛容化ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＯＲＦ７ポリペプチドに関し、１または複数の配列番号１０４－１０７、４２５、および７７６－７８３が、配列番号３７４またはその断片の前記脱寛容化ＯＲＦ７ポリペプチドから改変または除去されている。
例えば、複数の態様において、１または複数の同定された制御性Ｔ細胞エピトープ（例えば、１または複数の配列番号１０４－１０７、４２５、および７７６－７８３）の改変または除去は、配列番号１０４－１０７、４２５、および７７６－７８３の１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープのアミノ酸の全てまたは一部の欠失を含む。
複数の態様において、配列番号１０４－１０７、４２５、および７７６－７８３の１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープの前記改変または除去は、１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープのアミノ酸の一部またはすべてを欠失させ、制御性Ｔ細胞エピトープのアミノ酸の欠失部位に１または複数のアミノ酸を付加することを含む。
複数の態様において、抗原又はポリペプチド配列からの配列番号１０４－１０７、４２５、及び７７６－７８３の１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープの前記改変又は除去は、１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープの変異（限定されないが、例えば、部位特異的変異誘発又は他の組み換え技術による１または複数の点変異を１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープへの導入）を含んでいる。
複数の態様において、抗原またはポリペプチド配列からの配列番号１０４－１０７、４２５、および７７６－７８３の１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープの前記改変または除去は、１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープ配列への１または複数のアミノ酸の導入を含み、これにより複数の態様において配列の免疫原性が高められるように１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープ配列を破壊することになる。
複数の態様において、改変／除去の部位における前記付加された１または複数のアミノ酸の数は、前に存在した制御性Ｔ細胞エピトープアミノ酸から削除されたアミノ酸の数に対応する必要はない。
複数の態様において、そのような改変または除去は、そこで同定された寛容化エピトープ（例えば、１または複数の配列番号１０４－１０７、４２５、および７７６－７８３）の特定のアンカー残基に対する変異を含み、そのエピトープの結合が破壊され得る。
アンカー残基に対するこのような変異は、結合に不利な置換アミノ酸を選択しなければならない。ＥｐｉＭａｔｒｉｘによって破壊的（予測されるＴ細胞エピトープの含有量を減らす）であると同定された任意のアミノ酸置換が実行可能である。
複数の態様において、そのような変異は、当技術分野で知られているように、ＨＬＡ結合アッセイによって決定することができる。さらに、そこに同定された寛容化エピトープ（例えば、１または複数の配列番号１０４－１０７、４２５、および７７６－７８３）の特定のＴＣＲ接触に対する変異を含むＴＣＲ接触を変異することによって、そのような寛容化エピトープのＴ細胞認識を破壊し得る。ＴＣＲ接触に対するいかなるアミノ酸置換も、ＴＣＲ認識を破壊する。
複数の態様において、本開示は、配列番号３７５またはその断片の非構造タンパク質２（ＮＳＰ２）タンパク質ポリペプチドを脱寛容化したＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に関するものである。ここで、配列番号１０８－１１５、４２７、および５５４－５７５のうちの１または複数が、配列番号３７５またはその断片の前記寛容化されたＯＲＦ１ａｂ非構造タンパク質２（ＮＳＰ２）タンパク質ポリペプチドから改変または除去されている。
例えば、複数の態様において、１または複数の同定された制御性Ｔ細胞エピトープ（例えば、１または複数の配列番号１０８－１１５、４２７、および５５４－５７５）の改変または除去は、配列番号１０８－１１５、４２７、および５５４－５７５の１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープのアミノ酸の全てまたは一部の欠失を含んでいる。
複数の態様において、配列番号１０８－１１５、４２７、および５５４－５７５の１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープの前記改変または除去は、１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープのアミノ酸の一部またはすべてを欠失させ、制御性Ｔ細胞エピトープのアミノ酸の欠失部位に１または複数のアミノ酸を付加することを含んでいる。
複数の態様において、抗原またはポリペプチド配列からの配列番号１０８－１１５、４２７、および５５４－５７５の１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープの前記改変または除去は、１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープの変異（限定されないが、例えば、部位特異的変異誘発又は他の組み換え技術による１または複数の点変異を１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープへの導入）を含んでいる。
複数の態様において、抗原またはポリペプチド配列からの配列番号１０８－１１５、４２７、および５５４－５７５の１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープの前記改変または除去は、１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープ配列への１または複数のアミノ酸の導入を含み、これにより複数の態様において配列の免疫原性が高められるように１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープ配列を破壊することになる。
複数の態様において、改変／除去の部位における前記付加された１または複数のアミノ酸の数は、前に存在した制御性Ｔ細胞エピトープアミノ酸から削除されたアミノ酸の数に対応する必要はない。
複数の態様において、そのような改変または除去は、そこで同定された寛容化エピトープ（例えば、１または複数の配列番号１０８－１１５、４２７、および５５４－５７５）の特定のアンカー残基に対する変異を含み、そのエピトープの結合が破壊され得る。アンカー残基のこのような変異は、結合に不利な置換アミノ酸を選択しなければならない。ＥｐｉＭａｔｒｉｘによって破壊的（予測されるＴ細胞エピトープの含有量を減らす）であると同定された任意のアミノ酸置換が実行可能である。
複数の態様において、そのような変異は、当技術分野で知られているように、ＨＬＡ結合アッセイによって決定することができる。さらに、そこに同定された寛容化エピトープ（例えば、１または複数の配列番号１０８－１１５、４２７、および５５４－５７５）の特定のＴＣＲ接触に対する変異を含むＴＣＲ接触を変異させることによって、そのような寛容化エピトープのＴ細胞認識を破壊し得る。ＴＣＲ接触に対するいかなるアミノ酸置換も、ＴＣＲ認識を破壊する。
複数の態様において、本開示は、配列番号３７６またはその断片の非構造タンパク質３（ＮＳＰ３）タンパク質ポリペプチドを脱寛容化したＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に関連し、ここで、配列番号１１６－１３５、４２８、４２９、および５７６－６５５のうちの１または複数が、配列番号３７６またはその断片の前記寛容化されたＯＲＦ１ａｂ非構造タンパク質３（ＮＳＰ３）タンパク質ポリペプチドから改変または除去されている。
例えば、複数の態様において、１または複数の同定された制御性Ｔ細胞エピトープ（例えば、１または複数の配列番号１１６－１３５、４２８、４２９、および５７６－６５５）の改変または除去は、配列番号１１６－１３５、４２８、４２９、および５７６－６５５の１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープのアミノ酸の全てまたは一部の欠失を含んでいる。
複数の態様において、配列番号１１６－１３５、４２８、４２９、及び５７６－６５５の１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープの前記改変又は除去は、１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープのアミノ酸の一部又は全ての欠失及び制御性Ｔ細胞エピトープのアミノ酸の欠失の部位における１又は複数のアミノ酸の付加を含んでいる。
複数の態様において、抗原またはポリペプチド配列からの配列番号１１６－１３５、４２８、４２９、および５７６－６５５の１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープの前記改変または除去は、１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープの変異（限定されないが、例えば、部位特異的変異誘発又は他の組み換え技術による１または複数の点変異を１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープへの導入）により行われることを含む。
複数の態様において、抗原またはポリペプチド配列からの配列番号１１６－１３５、４２８、４２９、および５７６－６５５の１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープの前記改変または除去は、１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープ配列への１または複数のアミノ酸の導入を含み、複数の態様において配列の免疫原性が高められるように、１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープ配列を破壊することになる。
複数の態様において、改変／除去の部位における前記付加された１または複数のアミノ酸の数は、前に存在した制御性Ｔ細胞エピトープアミノ酸から削除されたアミノ酸の数に対応する必要はない。
複数の態様において、そのような改変または除去は、そこで同定された寛容化エピトープ（例えば、１または複数の配列番号１１６－１３５、４２８、４２９、および５７６－６５５）の特定のアンカー残基に対する変異を含み、そのエピトープの結合が破壊され得る。アンカー残基のこのような変異は、結合に不利な置換アミノ酸を選択しなければならない。ＥｐｉＭａｔｒｉｘによって破壊的（予測されるＴ細胞エピトープの含有量を減らす）であると同定された任意のアミノ酸置換が実行可能である。
複数の態様において、そのような変異は、当技術分野で知られているように、ＨＬＡ結合アッセイによって決定することができる。さらに、そこに同定された寛容化エピトープ（例えば、１または複数の配列番号１１６－１３５、４２８、４２９、および５７６－６５５）の特定のＴＣＲ接触に対する変異を含むＴＣＲ接触を変異することによって、そのような寛容化エピトープのＴ細胞認識を破壊し得る。ＴＣＲ接触に対するいかなるアミノ酸置換もＴＣＲ認識を破壊する。
複数の態様において、本開示は、配列番号３７７またはその断片の非構造タンパク質４（ＮＳＰ４）タンパク質ポリペプチドの脱寛容化ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に関するものであり、ここで、配列番号１３６－１４１、３９１、３９２、および６５６－６８４のうちの１または複数が、配列番号３７７またはその断片の前記脱寛容化したＯＲＦ１ａｂ非構造タンパク質４（ＮＳＰ４）タンパク質ポリペプチドから改変または除去されている。
例えば、複数の態様において、同定された制御性Ｔ細胞エピトープ（例えば、配列番号１３６－１４１、３９１、３９２、および６５６－６８４の１または複数）の改変または除去は、配列番号１３６－１４１、３９１、３９２、および６５６－６８４の１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープのアミノ酸の全てまたは一部の欠失を含んでいる。
複数の態様において、配列番号１３６－１４１、３９１、３９２、及び６５６－６８４の１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープの前記改変又は除去は、１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープのアミノ酸の一部又は全部を欠失し、制御性Ｔ細胞エピトープのアミノ酸の欠失の部位に１又は複数のアミノ酸を付加することを含む。
複数の態様において、抗原又はポリペプチド配列からの配列番号１３６－１４１、３９１、３９２、及び６５６－６８４の１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープの前記改変又は除去は、１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープを変異すること（限定されないが、例えば、部位特異的変異誘発又は他の組み換え技術による１または複数の点変異を１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープへの導入）を含む。
複数の態様において、抗原またはポリペプチド配列からの配列番号１３６－１４１、３９１、３９２、および６５６－６８４の１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープの前記改変または除去は、１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープ配列への１または複数のアミノ酸の導入を含み、これは複数の態様において配列の免疫原性を高めるように１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープ配列を破壊することになる。
複数の態様において、改変／除去の部位における前記付加された１または複数のアミノ酸の数は、前に存在した制御性Ｔ細胞エピトープアミノ酸から削除されたアミノ酸の数に対応する必要はない。
複数の態様において、そのような改変または除去は、そこで同定された寛容化エピトープ（例えば、１または複数の配列番号１３６－１４１、３９１、３９２、および６５６－６８４）の特定のアンカー残基に対する変異を含み、そのエピトープの結合が破壊され得る。アンカー残基のこのような変異は、結合に不利な置換アミノ酸を選択しなければならない。ＥｐｉＭａｔｒｉｘによって破壊的（予測されるＴ細胞エピトープの含有量を減らす）であると同定された任意のアミノ酸置換が実行可能である。
複数の態様において、そのような変異は、当技術分野で知られているように、ＨＬＡ結合アッセイによって決定することができる。さらに、そこに同定された寛容化エピトープ（例えば、１または複数の配列番号１３６－１４１、３９１、３９２、および６５６－６８４）の特定のＴＣＲ接触に対する変異を含むＴＣＲ接触を変異することによって、そのような寛容化エピトープのＴ細胞認識を破壊し得る。ＴＣＲ接触に対するいかなるアミノ酸置換もＴＣＲ認識を破壊する。
複数の態様において、本開示は、配列番号３７８またはその断片の非構造タンパク質６（ＮＳＰ６）タンパク質ポリペプチドを脱寛容化したＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に関するものであって、ここで、配列番号１４２－１４９および６８５－７０８のうちの１または複数が、配列番号３７８またはその断片の前記寛容化されたＯＲＦ１ａｂ非構造タンパク質６（ＮＳＰ６）タンパク質ポリペプチドから改変または除去されている。
例えば、複数の態様において、１または複数の同定された制御性Ｔ細胞エピトープ（例えば、１または複数の配列番号１４２－１４９および６８５－７０８）の改変または除去は、配列番号１４２－１４９および６８５－７０８の１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープのアミノ酸の全てまたは一部の欠失を含んでいる。
複数の態様において、配列番号１４２－１４９及び６８５－７０８の１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープの前記改変又は除去は、１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープのアミノ酸の一部又は全ての欠失及び制御性Ｔ細胞エピトープのアミノ酸の欠失の部位での１または複数のアミノ酸の付加を含んでいる。
複数の態様において、抗原又はポリペプチド配列からの配列番号１４２－１４９及び６８５－７０８の１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープの前記改変又は除去は、１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープを変異させる（これに限定されないが、例えば、部位特異的変異誘発又は他の組み換え技術によって１または複数の点変異を１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープに導入する）ことから構成されている。
複数の態様において、抗原またはポリペプチド配列からの配列番号１４２－１４９および６８５－７０８の１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープの前記改変または除去は、１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープ配列に、複数の態様において配列の免疫原性が高められるように１または複数のアミノ酸を破壊することを含む。
複数の態様において、改変／除去の部位における前記付加された１または複数のアミノ酸の数は、前に存在した制御性Ｔ細胞エピトープアミノ酸から削除されたアミノ酸の数に対応する必要はない。
複数の態様において、そのような改変または除去は、そこで同定された寛容化エピトープ（例えば、１または複数の配列番号１４２－１４９および６８５－７０８）の特定のアンカー残基に対する変異を含み、そのエピトープの結合が破壊され得る。アンカー残基に対するそのような変異は、結合に不利な置換アミノ酸を選択しなければならない。ＥｐｉＭａｔｒｉｘによって破壊的（予測されるＴ細胞エピトープの含有量を減らす）であると同定された任意のアミノ酸置換が実行可能である。
複数の態様において、そのような変異は、当技術分野で知られているように、ＨＬＡ結合アッセイによって決定することができる。さらに、そこに同定された寛容化エピトープ（例えば、１または複数の配列番号１４２－１４９および６８５－７０８）の特定のＴＣＲ接触に対する変異を含むＴＣＲ接触を変異させることによって、そのような寛容化エピトープのＴ細胞認識を破壊し得る。ＴＣＲ接触に対するいかなるアミノ酸置換も、ＴＣＲ認識を破壊する。
複数の態様において、本開示は、配列番号３７９またはその断片の非構造タンパク質７（ＮＳＰ７）タンパク質ポリペプチドを脱寛容化したＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に関し、ここで、配列番号１５０－１５３、３９３－４０５、および７０９－７１８のうちの１または複数が、配列番号３７９またはその断片の前記寛容化されたＯＲＦ１ａｂ非構造タンパク質７（ＮＳＰ７）タンパク質ポリペプチドから改変または除去されている。
例えば、複数の態様において、同定された制御性Ｔ細胞エピトープ（例えば、配列番号１５０－１５３、３９３－４０５、および７０９－７１８の１または複数）の改変または除去は、配列番号１５０－１５３、３９３－４０５、および７０９－７１８の１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープのアミノ酸の全てまたは一部の欠失を含む。
複数の態様において、配列番号１５０－１５３、３９３－４０５、及び７０９－７１８の１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープの前記改変又は除去は、１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープのアミノ酸の一部又は全部を欠失し、制御性Ｔ細胞エピトープのアミノ酸の欠失部位に１又は複数のアミノ酸を付加することからなる。
複数の態様において、抗原又はポリペプチド配列からの配列番号１５０－１５３、３９３－４０５、及び７０９－７１８の１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープの前記改変又は除去は、１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープを変異すること（限定されないが、例えば、部位特異的変異誘発又は他の組み換え技術による１または複数の点変異を１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープへの導入）を含む。
複数の態様において、抗原またはポリペプチド配列からの配列番号１５０－１５３、３９３－４０５、および７０９－７１８の１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープの前記改変または除去は、１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープ配列への１または複数のアミノ酸の導入を含み、複数の態様において配列の免疫原性が高められるように、１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープ配列を破壊することになる。
複数の態様において、改変／除去の部位における前記付加された１または複数のアミノ酸の数は、前に存在した制御性Ｔ細胞エピトープアミノ酸から削除されたアミノ酸の数に対応する必要はない。
複数の態様において、そのような改変または除去は、そこで同定された寛容化エピトープ（例えば、１または複数の配列番号１５０－１５３、３９３－４０５、および７０９－７１８）の特定のアンカー残基に対する変異を含み、そのエピトープの結合が破壊され得る。アンカー残基に対するこのような変異は、結合に不利な置換アミノ酸を選択しなければならない。ＥｐｉＭａｔｒｉｘによって破壊的（予測されるＴ細胞エピトープの含有量を減らす）であると同定された任意のアミノ酸置換が実行可能である。
複数の態様において、そのような変異は、当技術分野で知られているように、ＨＬＡ結合アッセイによって決定することができる。さらに、そこに同定された寛容化エピトープ（例えば、１または複数の配列番号１５０－１５３、３９３－４０５、および７０９－７１８）の特定のＴＣＲ接触に対する変異を含むＴＣＲ接触を変異することによって、そのような寛容化エピトープのＴ細胞認識を破壊し得る。ＴＣＲ接触に対するいかなるアミノ酸置換も、ＴＣＲ認識を破壊する。
複数の態様において、本開示は、脱寛容化ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ 配列番号３８０またはその断片のＯＲＦ１ａｂ非構造タンパク質８（ＮＳＰ８）タンパク質ポリペプチドに関し、ここで、配列番号１５４－１５５および７１９－７２５のうちの１または複数が、配列番号３８０またはその断片の前記脱寛容化されたＯＲＦ１ａｂ非構造タンパク質８（ＮＳＰ８）タンパク質ポリペプチドから改変または除去されている。
例えば、複数の態様において、１または複数の同定された制御性Ｔ細胞エピトープ（例えば、１または複数の配列番号１５４－１５５および７１９－７２５）の改変または除去は、配列番号１５４－１５５および７１９－７２５の１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープのアミノ酸の全てまたは一部の欠失を含んでいる。
複数の態様において、配列番号１５４－１５５及び７１９－７２５の１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープの前記改変又は除去は、１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープのアミノ酸の一部又は全ての欠失及び制御性Ｔ細胞エピトープのアミノ酸の欠失の部位での１または複数のアミノ酸の付加を含んでいる。
複数の態様において、抗原又はポリペプチド配列からの配列番号１５４－１５５及び７１９－７２５の１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープの前記改変又は除去は、１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープを変異させる（これに限らないが、例えば、部位特異的変異誘発又は他の組み換え技術によって１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープに点変異を導入する）ことから構成されている。
複数の態様において、抗原またはポリペプチド配列からの配列番号１５４－１５５および７１９－７２５の１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープの前記改変または除去は、１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープ配列への１または複数のアミノ酸の導入を含み、これは複数の態様において配列の免疫原性を高めるように１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープ配列を破壊させることになる。
複数の態様において、改変／除去の部位における前記付加された１または複数のアミノ酸の数は、前に存在した制御性Ｔ細胞エピトープアミノ酸から削除されたアミノ酸の数に対応する必要はない。
複数の態様において、そのような改変または除去は、そこで同定された寛容化エピトープ（例えば、１または複数の配列番号１５４－１５５および７１９－７２５）の特定のアンカー残基に対する変異を含み、そのようなエピトープの結合が破壊され得る。アンカー残基に対するそのような変異は、結合に不利な置換アミノ酸を選択しなければならない。ＥｐｉＭａｔｒｉｘによって破壊的（予測されるＴ細胞エピトープの含有量を減らす）であると同定された任意のアミノ酸置換が実行可能である。
複数の態様において、そのような変異は、当技術分野で知られているように、ＨＬＡ結合アッセイによって決定することができる。さらに、そこに同定された寛容化エピトープ（例えば、１または複数の配列番号１５４－１５５および７１９－７２５）の特定のＴＣＲ接触に対する変異を含むＴＣＲ接触を変異させることによって、そのような寛容化エピトープのＴ細胞認識を破壊し得る。ＴＣＲ接触へのいかなるアミノ酸置換もＴＣＲ認識を破壊する。
複数の態様において、本開示は、配列番号３８１またはその断片の非構造タンパク質９（ＮＳＰ９）タンパク質ポリペプチドを脱寛容化したＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に関連し、ここで、１または複数の配列番号１５６－１５９および７２６－７３０のうちが、配列番号３８１またはその断片の前記寛容化されたＯＲＦ１ａｂ非構造タンパク質９（ＮＳＰ９）タンパク質ポリペプチドから改変または除去されている。
例えば、複数の態様において、１または複数の同定された制御性Ｔ細胞エピトープ（例えば、１または複数の配列番号１５６－１５９および７２６－７３０）の改変または除去は、配列番号１５６－１５９および７２６－７３０の１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープのアミノ酸の全てまたは一部の欠失を含んでいる。
複数の態様において、配列番号１５６－１５９及び７２６－７３０の１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープの前記改変又は除去は、１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープのアミノ酸の一部又は全ての欠失及び制御性Ｔ細胞エピトープのアミノ酸の欠失の部位での１または複数のアミノ酸の付加を含んでいる。
複数の態様において、抗原またはポリペプチド配列からの配列番号１５６－１５９および７２６－７３０の１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープの前記改変または除去は、１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープの変異（これに限らないが、例えば、部位特異的変異誘発または他の組み換え技術による１または複数の点変異を１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープに導入する）を含んでいる。
複数の態様において、抗原またはポリペプチド配列からの配列番号１５６－１５９および７２６－７３０の１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープの前記改変または除去は、１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープ配列への１または複数のアミノ酸の導入を含み、これは複数の態様において配列の免疫原性を高めるように１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープ配列を破壊させることになる。
複数の態様において、改変／除去の部位における前記付加された１または複数のアミノ酸の数は、前に存在した制御性Ｔ細胞エピトープアミノ酸から削除されたアミノ酸の数に対応する必要はない。
複数の態様において、そのような改変または除去は、そこで同定された寛容化エピトープ（例えば、１または複数の配列番号１５６－１５９および７２６－７３０）の特定のアンカー残基に対する変異を含み、そのエピトープの結合が破壊され得る。アンカー残基に対するそのような変異は、結合に不利な置換アミノ酸を選択しなければならない。ＥｐｉＭａｔｒｉｘによって破壊的（予測されるＴ細胞エピトープの含有量を減らす）であると同定された任意のアミノ酸置換が実行可能である。
複数の態様において、そのような変異は、当技術分野で知られているように、ＨＬＡ結合アッセイによって決定することができる。さらに、そこに同定された寛容化エピトープ（例えば、１または複数の配列番号１５６－１５９および７２６－７３０）の特定のＴＣＲ接触に対する変異を含むＴＣＲ接触を変異させることによって、そのような寛容化エピトープのＴ細胞認識を破壊し得る。ＴＣＲ接触へのいかなるアミノ酸置換もＴＣＲ認識を破壊する。
複数の態様において、本開示は、脱寛容化ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ 配列番号３８２またはその断片のＯＲＦ１ａｂ ＲＮＡ依存性ＲＮＡポリメラーゼポリペプチドに関するものであり、ここで、配列番号１６０－１６５、４３１、および７３１－７５５のうちの１または複数が、配列番号３８２またはその断片の前記脱寛容化ＯＲＦ１ａｂ ＲＮＡ依存性ＲＮＡポリメラーゼポリペプチドから改変または除去されている。
例えば、複数の態様において、１または複数の同定された制御性Ｔ細胞エピトープ（例えば、１または複数の配列番号１６０－１６５、４３１、および７３１－７５５）の改変または除去は、配列番号１６０－１６５、４３１、および７３１－７５５の１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープのアミノ酸の全てまたは一部の欠失を含む。
複数の態様において、配列番号１６０－１６５、４３１、及び７３１－７５５の１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープの前記改変又は除去は、１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープのアミノ酸の一部又は全ての欠失及び制御性Ｔ細胞エピトープのアミノ酸の欠失の部位における１又は複数のアミノ酸の付加を含んでいる。
複数の態様において、抗原またはポリペプチド配列からの配列番号１６０－１６５、４３１、および７３１－７５５の１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープの前記改変または除去は、１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープの変異（限定されないが、例えば、部位特異的変異誘発又は他の組み換え技術による１または複数の点変異を１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープへの導入）を含んでいる。
複数の態様において、抗原またはポリペプチド配列からの配列番号１６０－１６５、４３１、および７３１－７５５の１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープの前記改変または除去は、１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープ配列に、複数の態様において配列の免疫原性が高められるように１または複数のアミノ酸を破壊することを含む。
複数の態様において、改変／除去の部位における前記付加された１または複数のアミノ酸の数は、前に存在した制御性Ｔ細胞エピトープアミノ酸から削除されたアミノ酸の数に対応する必要はない。
複数の態様において、そのような改変または除去は、そこで同定された寛容化エピトープ（例えば、１または複数の配列番号１６０－１６５、４３１、および７３１－７５５）の特定のアンカー残基に対する変異を含み、そのようなエピトープの結合が破壊され得る。アンカー残基に対するそのような変異は、結合に不利な置換アミノ酸を選択しなければならない。ＥｐｉＭａｔｒｉｘによって破壊的（予測されるＴ細胞エピトープの含有量を減らす）であると同定された任意のアミノ酸置換が実行可能である。
複数の態様において、そのような変異は、当技術分野で知られているように、ＨＬＡ結合アッセイによって決定することができる。さらに、そこに同定された寛容化エピトープ（例えば、１または複数の配列番号１６０－１６５、４３１、および７３１－７５５）の特定のＴＣＲ接触に対する変異を含むＴＣＲ接触を変異させることによって、そのような寛容化エピトープのＴ細胞認識を破壊し得る。ＴＣＲ接触に対するいかなるアミノ酸置換もＴＣＲ認識を破壊する。
態様において、本開示は、脱寛容化ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ 配列番号３８３またはその断片のＯＲＦ１ａｂヘリカーゼタンパク質ポリペプチドに関するものであり、ここで、１または複数の配列番号１６６－１７３および５１５－５４２が、配列番号３８３またはその断片の前記脱寛容化ＯＲＦ１ａｂヘリカーゼタンパク質ポリペプチドから改変または除去されている。
例えば、複数の態様において、１または複数の同定された制御性Ｔ細胞エピトープ（例えば、１または複数の配列番号１６６－１７３および５１５－５４２）の改変または除去は、配列番号１６６－１７３および５１５－５４２の１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープのアミノ酸の全てまたは一部の欠失を含んでいる。
複数の態様において、配列番号１６６－１７３及び５１５－５４２の１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープの前記改変又は除去は、１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープのアミノ酸の一部又は全ての欠失及び制御性Ｔ細胞エピトープのアミノ酸の欠失の部位での１または複数のアミノ酸の付加を含んでいる。
複数の態様において、抗原又はポリペプチド配列からの配列番号１６６－１７３及び５１５－５４２の１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープの前記改変又は除去は、１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープを変異する（これに限らないが、例えば、部位特異的変異誘発又は他の組み換え技術によって１または複数の点変異を１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープに導入する）ことから構成されている。
複数の態様において、抗原またはポリペプチド配列からの配列番号１６６－１７３および５１５－５４２の１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープの前記改変または除去は、１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープ配列への１または複数のアミノ酸の導入を含み、これは複数の態様において配列の免疫原性を高めるように１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープ配列を破壊させることになる。
複数の態様において、改変／除去の部位における前記付加された１または複数のアミノ酸の数は、前に存在した制御性Ｔ細胞エピトープアミノ酸から削除されたアミノ酸の数に対応する必要はない。
複数の態様において、そのような改変または除去は、そこで同定された寛容化エピトープ（例えば、１または複数の配列番号１６６－１７３および５１５－５４２）の特定のアンカー残基に対する変異を含み、そのエピトープの結合が破壊され得る。アンカー残基に対するそのような変異は、結合に不利な置換アミノ酸を選択しなければならない。ＥｐｉＭａｔｒｉｘによって破壊的（予測されるＴ細胞エピトープの含有量を減らす）であると同定された任意のアミノ酸置換が実行可能である。
複数の態様において、そのような変異は、当技術分野で知られているように、ＨＬＡ結合アッセイによって決定することができる。さらに、そこに同定された寛容化エピトープ（例えば、１または複数の配列番号１６６－１７３および５１５－５４２）の特定のＴＣＲ接触に対する変異を含むＴＣＲ接触を変異させることによって、そのような寛容化エピトープのＴ細胞認識を破壊し得る。ＴＣＲ接触に対するいかなるアミノ酸置換も、ＴＣＲ認識を破壊する。
複数の態様において、本開示は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ 配列番号３８４またはその断片のＯＲＦ１ａｂ ３’－５’エキソヌクレアーゼポリペプチドの脱寛容化に関するものであり、配列番号１７４－１７５および４９６－５０５のうちの１または複数が、配列番号３８４またはその断片の前記難治性のＯＲＦ１ａｂ ３’－５’エキソヌクレアーゼポリペプチドから改変または除去されている。
例えば、複数の態様において、１または複数の同定された制御性Ｔ細胞エピトープ（例えば、１または複数の配列番号１７４－１７５および４９６－５０５）の改変または除去は、配列番号１７４－１７５および４９６－５０５の１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープのアミノ酸の全てまたは一部の欠失を含んでいる。
複数の態様において、配列番号１７４－１７５及び４９６－５０５の１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープの前記改変又は除去は、１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープのアミノ酸の一部又は全ての欠失及び制御性Ｔ細胞エピトープのアミノ酸の欠失の部位での１または複数のアミノ酸の付加を含んでいる。
複数の態様において、抗原又はポリペプチド配列からの配列番号１７４－１７５及び４９６－５０５の１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープの前記改変又は除去は、１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープを変異させる（これに限らないが、例えば、部位特異的変異誘発又は他の組み換え技術によって１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープに点変異を導入する）ことから構成されている。
複数の態様において、抗原またはポリペプチド配列からの配列番号１７４－１７５および４９６－５０５の１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープの前記改変または除去は、１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープ配列に、複数の態様において配列の免疫原性が高められるように１または複数のアミノ酸を破壊することを含む。
複数の態様において、改変／除去の部位における前記付加された１または複数のアミノ酸の数は、前に存在した制御性Ｔ細胞エピトープアミノ酸から削除されたアミノ酸の数に対応する必要はない。
複数の態様において、そのような改変または除去は、そこで同定された寛容化エピトープ（例えば、１または複数の配列番号１７４－１７５および４９６－５０５）の特定のアンカー残基に対する変異を含み、そのエピトープの結合が破壊され得る。アンカー残基に対するそのような変異は、結合に不利な置換アミノ酸を選択しなければならない。ＥｐｉＭａｔｒｉｘによって破壊的（予測されるＴ細胞エピトープの含有量を減らす）であると同定された任意のアミノ酸置換が実行可能である。
複数の態様において、そのような変異は、当技術分野で知られているように、ＨＬＡ結合アッセイによって決定することができる。さらに、そこに同定された寛容化エピトープ（例えば、１または複数の配列番号１７４－１７５および４９６－５０５）の特定のＴＣＲ接触に対する変異を含むＴＣＲ接触を変異させることによって、そのような寛容化エピトープのＴ細胞認識を破壊し得る。ＴＣＲ接触に対するいかなるアミノ酸置換も、ＴＣＲ認識を破壊する。
複数の態様において、本開示は、脱寛容化ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２配列番号３８５またはその断片のＯＲＦ１ａｂＲＮＡ分解酵素タンパク質ポリペプチドに関する。ここで、１または複数の配列番号１７６－１７９および５０６－５１４が、配列番号３８５またはその断片の前記脱寛容化ＯＲＦ１ａｂＲＮＡ分解酵素タンパク質ポリペプチドから改変または除去されている。
例えば、複数の態様において、１または複数の同定された制御性Ｔ細胞エピトープ（例えば、１または複数の配列番号１７６－１７９および５０６－５１４）の改変または除去は、配列番号１７６－１７９および５０６－５１４の１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープのアミノ酸の全てまたは一部の欠失を含んでいる。
複数の態様において、配列番号１７６－１７９及び５０６－５１４の１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープの前記改変又は除去は、１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープのアミノ酸の一部又は全ての欠失及び制御性Ｔ細胞エピトープのアミノ酸の欠失の部位での１または複数のアミノ酸の付加を含んでいる。
複数の態様において、抗原又はポリペプチド配列からの配列番号１７６－１７９及び５０６－５１４の１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープの前記改変又は除去は、１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープを変異する（これに限らないが、例えば、部位特異的変異誘発又は他の組み換え技術によって１または複数の点変異を１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープに導入する）ことから構成されている。
複数の態様において、抗原またはポリペプチド配列からの配列番号１７６－１７９および５０６－５１４の１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープの前記改変または除去は、１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープ配列に、複数の態様において配列の免疫原性が高められるように１または複数のアミノ酸を破壊することを含む。
複数の態様において、改変／除去の部位における前記付加された１または複数のアミノ酸の数は、前に存在した制御性Ｔ細胞エピトープアミノ酸から削除されたアミノ酸の数に対応する必要はない。
複数の態様において、そのような改変または除去は、そこで同定された寛容化エピトープ（例えば、１または複数の配列番号１７６－１７９および５０６－５１４）の特定のアンカー残基に対する変異を含み、そのエピトープの結合が破壊され得る。アンカー残基に対するそのような変異は、結合に不利な置換アミノ酸を選択しなければならない。ＥｐｉＭａｔｒｉｘによって破壊的（予測されるＴ細胞エピトープの含有量を減らす）であると同定された任意のアミノ酸置換が実行可能である。
複数の態様において、そのような変異は、当技術分野で知られているように、ＨＬＡ結合アッセイによって決定することができる。さらに、そこに同定された寛容化エピトープ（例えば、１または複数の配列番号１７６－１７９および５０６－５１４）の特定のＴＣＲ接触に対する変異を含むＴＣＲ接触を変異させることによって、そのような寛容化エピトープのＴ細胞認識を破壊し得る。ＴＣＲ接触に対するいかなるアミノ酸置換も、ＴＣＲ認識を破壊する。
複数の態様において、本開示は、配列番号３８６の脱寛容化ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＯＲＦ１ａｂ ２’Ｏ－リボースメチルトランスフェラーゼタンパク質またはその断片に関するものであり、ここで、配列番号１８０－１８５、４３３、および５４３－５５１のうちの１または複数が、配列番号３８６またはその断片の前記非感受性ＯＲＦ１ａｂ ２’Ｏ－リボースメチルトランスフェラーゼタンパク質ポリペプチドから改変または除去されている。
例えば、複数の態様において、１または複数の同定された制御性Ｔ細胞エピトープ（例えば、１または複数の配列番号１８０－１８５、４３３、および５４３－５５１）の改変または除去は、配列番号１８０－１８５、４３３、および５４３－５５１の１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープのアミノ酸の全てまたは一部の欠失を含む。
複数の態様において、配列番号１８０－１８５、４３３、及び５４３－５５１の１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープの前記改変又は除去は、１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープのアミノ酸の一部又は全ての欠失と、制御性Ｔ細胞エピトープのアミノ酸の欠失の部位における１または複数のアミノ酸の付加を含む。
複数の態様において、抗原又はポリペプチド配列からの配列番号１８０－１８５、４３３、及び５４３－５５１の１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープの前記改変又は除去は、１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープの変異（これに限らないが例えば、部位特異的突然変異誘発又は他の組み換え技術による１または複数の点変異を１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープに導入する）を含んでいる。
複数の態様において、抗原またはポリペプチド配列からの配列番号１８０－１８５、４３３、および５４３－５５１の１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープの前記改変または除去は、１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープ配列への１または複数のアミノ酸の導入を含み、複数の態様において、配列の免疫原性が高められるように、１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープ配列を破壊することになる。
複数の態様において、改変／除去の部位における前記付加された１または複数のアミノ酸の数は、前に存在した制御性Ｔ細胞エピトープアミノ酸から削除されたアミノ酸の数に対応する必要はない。
複数の態様において、そのような改変または除去は、そこで同定された寛容化エピトープ（例えば、１または複数の配列番号１８０－１８５、４３３、および５４３－５５１）の特定のアンカー残基に対する変異を含み、そのようなエピトープの結合が破壊され得る。アンカー残基に対するこのような変異は、結合に不利な置換アミノ酸を選択しなければならない。ＥｐｉＭａｔｒｉｘによって破壊的（予測されるＴ細胞エピトープの含有量を減らす）であると同定された任意のアミノ酸置換が実行可能である。
複数の態様において、そのような変異は、当技術分野で知られているように、ＨＬＡ結合アッセイによって決定することができる。さらに、そこに同定された寛容化エピトープ（例えば、１または複数の配列番号１８０－１８５、４３３、および５４３－５５１）の特定のＴＣＲ接触に対する変異を含むＴＣＲ接触を変異させることによって、そのような寛容化エピトープのＴ細胞認識を破壊し得る。ＴＣＲ接触に対するいかなるアミノ酸置換もＴＣＲ認識を破壊する。
複数の態様において、本開示は、脱寛容化ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ 配列番号３８８またはその断片のＯＲＦ１０タンパク質ポリペプチドに関し、１または複数の配列番号４８８および４８９が、前記脱寛容化ＯＲＦ１０タンパク質ポリペプチド（配列番号３８８）またはその断片から改変または除去されている。
例えば、複数の態様において、１または複数の同定された制御性Ｔ細胞エピトープ（例えば、１または複数の配列番号４８８および４８９）の改変または除去は、配列番号４８８および４８９の１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープのアミノ酸の全てまたは一部の欠失を含む。
複数の態様において、配列番号４８８及び４８９の１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープの前記改変又は除去は、１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープのアミノ酸の一部又は全ての欠失と、制御性Ｔ細胞エピトープのアミノ酸の欠失の部位における１または複数のアミノ酸の付加を含む。
複数の態様において、抗原又はポリペプチド配列からの配列番号４８８及び４８９の１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープの前記改変又は除去は、１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープを変異させる（これに限らないが例えば、部位特異的変異誘発又は他の組換え技術によって１または複数の点変異を１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープに導入する）ことからなる。
複数の態様において、抗原またはポリペプチド配列からの配列番号４８８および４８９の１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープの前記改変または除去は、１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープ配列への１または複数のアミノ酸の導入を含み、これは複数の態様において配列の免疫原性が高められるように１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープ配列を破壊し得る。
複数の態様において、改変／除去の部位における前記付加された１または複数のアミノ酸の数は、前に存在した制御性Ｔ細胞エピトープアミノ酸から削除されたアミノ酸の数に対応する必要はない。
複数の態様において、そのような改変または除去は、そこで同定された寛容化エピトープ（例えば、１または複数の配列番号４８８および４８９）の特定のアンカー残基に対する変異を含み、そのようなエピトープの結合が破壊され得る。アンカー残基に対するそのような変異は、結合に不利な置換アミノ酸を選択しなければならない。ＥｐｉＭａｔｒｉｘによって破壊的（予測されるＴ細胞エピトープの含有量を減らす）であると同定された任意のアミノ酸置換が実行可能である。
複数の態様において、そのような変異は、当技術分野で知られているように、ＨＬＡ結合アッセイによって決定することができる。さらに、そこに同定された寛容化エピトープ（例えば、１または複数の配列番号４８８および４８９）の特定のＴＣＲ接触に対する変異を含むＴＣＲ接触を変異させることによって、そのような寛容化エピトープのＴ細胞認識を破壊し得る。ＴＣＲ接触に対する任意のアミノ酸置換は、ＴＣＲ認識を破壊する。
複数の態様において、本開示は、脱寛容化ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ 配列番号３８９またはその断片のＯＲＦ１ａｂ ３Ｃ様プロテイナーゼポリペプチドに関し、ここで、１または複数の配列番号４９０－４９５が、配列番号３８９またはその断片の前記脱寛容化されたＯＲＦ１ａｂ ３Ｃ様プロテイナーゼポリペプチドから改変または除去されている。
例えば、複数の態様において、１または複数の同定された制御性Ｔ細胞エピトープ（例えば、１または複数の配列番号４９０－４９５）の改変または除去は、配列番号４９０－４９５の１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープのアミノ酸の全てまたは一部の欠失を含む。
複数の態様において、配列番号４９０－４９５の１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープの前記改変又は除去は、１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープのアミノ酸の一部又は全ての欠失と、制御性Ｔ細胞エピトープのアミノ酸の欠失の部位における１または複数のアミノ酸の付加を含む。
複数の態様において、抗原またはポリペプチド配列からの配列番号４９０－４９５の１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープの前記改変または除去は、１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープを変異させる（これに限らないが例えば、部位特異的変異誘発または他の組み換え技術によって１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープに点変異を導入する）ことから構成されている。
複数の態様において、抗原またはポリペプチド配列からの配列番号４９０－４９５の１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープの前記改変または除去は、１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープ配列への１または複数のアミノ酸の導入を含み、これは複数の態様において配列の免疫原性が高められるように１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープ配列を破壊し得る。
複数の態様において、改変／除去の部位における前記付加された１または複数のアミノ酸の数は、前に存在した制御性Ｔ細胞エピトープアミノ酸から削除されたアミノ酸の数に対応する必要はない。
複数の態様において、そのような改変または除去は、そこで同定された寛容化エピトープ（例えば、１または複数の配列番号４９０－４９５）の特定のアンカー残基に対する変異を含み、そのエピトープの結合が破壊され得る。アンカー残基に対するそのような変異は、結合に不利な置換アミノ酸を選択しなければならない。ＥｐｉＭａｔｒｉｘによって破壊的（予測されるＴ細胞エピトープの含有量を減らす）であると同定された任意のアミノ酸置換が実行可能である。
複数の態様において、そのような変異は、当技術分野で知られているように、ＨＬＡ結合アッセイによって決定することができる。さらに、そこに同定された寛容化エピトープ（例えば、１または複数の配列番号４９０－４９５）の特定のＴＣＲ接触に対する変異を含むＴＣＲ接触を変異させることによって、そのような寛容化エピトープのＴ細胞認識を破壊し得る。ＴＣＲ接触に対するいかなるアミノ酸置換も、ＴＣＲ認識を破壊する。
複数の態様において、本開示は、配列番号３９０またはその断片の非構造タンパク質１０（ＮＳＰ１０）ポリペプチドを脱寛容化したＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に関するものであり、ここで、１または複数の配列番号５５２および５５３が、配列番号３９０またはその断片の前記脱寛容化されたＯＲＦ１ａｂ非構造タンパク質１０（ＮＳＰ１０）ポリペプチドから改変または除去されている。
例えば、複数の態様において、１または複数の同定された制御性Ｔ細胞エピトープ（例えば、１または複数の配列番号５５２および５５３）の改変または除去は、配列番号５５２および５５３の１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープのアミノ酸の全てまたは一部の欠失を含んでいる。
複数の態様において、配列番号５５２及び５５３の１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープの前記改変又は除去は、１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープのアミノ酸の一部又は全ての欠失と、制御性Ｔ細胞エピトープのアミノ酸の欠失部位における１または複数のアミノ酸の付加を含む。
複数の態様において、抗原またはポリペプチド配列からの配列番号５５２および５５３の１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープの前記改変または除去は、１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープを変異させる（これに限らないが例えば、部位特異的変異誘発または他の組み換え技術によって１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープへ点変異を導入する）ことから構成されている。
複数の態様において、抗原またはポリペプチド配列からの配列番号５５２および５５３の１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープの前記改変または除去は、１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープ配列への１または複数のアミノ酸の導入を含み、これは複数の態様において配列の免疫原性が高められるように１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープ配列を破壊し得る。
複数の態様において、改変／除去の部位における前記付加された１または複数のアミノ酸の数は、前に存在した制御性Ｔ細胞エピトープアミノ酸から削除されたアミノ酸の数に対応する必要はない。
複数の態様において、そのような改変または除去は、そこで同定された寛容化エピトープ（例えば、１または複数の配列番号５５２および５５３）の特定のアンカー残基に対する変異を含み、そのエピトープの結合が破壊され得る。アンカー残基に対するそのような変異は、結合に不利な置換アミノ酸を選択しなければならない。ＥｐｉＭａｔｒｉｘによって破壊的（予測されるＴ細胞エピトープの含有量を減らす）であると同定された任意のアミノ酸置換が実行可能である。
複数の態様において、そのような変異は、当技術分野で知られているように、ＨＬＡ結合アッセイによって決定することができる。さらに、そこに同定された寛容化エピトープ（例えば、１または複数の配列番号５５２および５５３）の特定のＴＣＲ接触に対する変異を含むＴＣＲ接触を変異させることによって、そのような寛容化エピトープのＴ細胞認識を破壊し得る。ＴＣＲ接触に対する任意のアミノ酸置換は、ＴＣＲ認識を破壊する。
複数の態様において、本開示は、脱寛容化ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ 配列番号３８７またはその断片のＯＲＦ８タンパク質ポリペプチドに関し、１または複数の配列番号４２６および７８４－７９３が、前記脱寛容化ＯＲＦ８タンパク質ポリペプチド（配列番号３８７）またはその断片から改変または除去されている。
例えば、複数の態様において、１または複数の同定された制御性Ｔ細胞エピトープ（例えば、１または複数の配列番号４２６および７８４－７９３）の改変または除去は、配列番号４２６および７８４－７９３の１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープのアミノ酸の全てまたは一部の欠失を含む。
複数の態様において、配列番号４２６及び７８４－７９３の１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープの前記改変又は除去は、１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープのアミノ酸の一部又は全ての欠失と、制御性Ｔ細胞エピトープのアミノ酸の欠失の部位における１または複数のアミノ酸の付加を含む。
複数の態様において、抗原又はポリペプチド配列からの配列番号４２６及び７８４－７９３の１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープの前記改変又は除去は、１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープを変異させる（これに限らないが例えば、部位特異的変異誘発又は他の組み換え技術によって１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープへの点変異の導入である）ことから構成されている。
複数の態様において、抗原またはポリペプチド配列からの配列番号４２６および７８４－７９３の１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープの前記改変または除去は、１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープ配列への１または複数のアミノ酸の導入を含み、これは複数の態様において配列の免疫原性が高められるように１または複数の制御性Ｔ細胞エピトープ配列を破壊し得る。
複数の態様において、改変／除去の部位における前記付加された１または複数のアミノ酸の数は、前に存在した制御性Ｔ細胞エピトープアミノ酸から削除されたアミノ酸の数に対応する必要はない。
複数の態様において、そのような改変または除去は、そこで同定された寛容化エピトープ（例えば、１または複数の配列番号４２６および７８４－７９３）の特定のアンカー残基に対する変異を含み、そのエピトープの結合が破壊され得る。アンカー残基に対するそのような変異は、結合に不利な置換アミノ酸を選択しなければならない。ＥｐｉＭａｔｒｉｘによって破壊的（予測されるＴ細胞エピトープの含有量を減らす）であると同定された任意のアミノ酸置換が実行可能である。
複数の態様において、そのような変異は、当技術分野で知られているように、ＨＬＡ結合アッセイによって決定することができる。さらに、そこに同定された寛容化エピトープ（例えば、１または複数の配列番号４２６および７８４－７９３）の特定のＴＣＲ接触に対する変異を含むＴＣＲ接触を変異させることによって、そのような寛容化エピトープのＴ細胞認識を破壊し得る。ＴＣＲ接触へのいかなるアミノ酸置換も、ＴＣＲ認識を破壊する。
複数の態様において、本発明の開示は、以下の表６～８および表９～１１に示すようなポリペプチドに関し、ＣＯＶＩＤ－１９の全長スパイクおよびＣＯＶＩＤ－１９のスパイクのエクトドメインに対する変異は、それぞれイタリック体、下線、および太字で示されている。
Figure 2023515386000009
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複数の態様において、本開示は、以下の表１２～１９に示すようなポリペプチドに関する。ここで、ＣＯＶＩＤ－１９の糖タンパク質（表１２～１５）への変異およびＣＯＶＩＤ－１９のスパイク（表１６～１９）への変異を有している。
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複数の態様において、本発明で開示の２０１９ＣＯＶＩＤ－１９抗原（例えば、ペプチドおよびポリペプチド）は、分離、合成、および／または組換えされていてもよい。
複数の態様において、本開示の２０１９ＣＯＶＩＤ－１９抗原（例えば、ペプチドおよびポリペプチド）は、中性（非荷電）または塩形態のいずれかであり得、グリコシル化、側鎖酸化、またはリン酸化などの改変を含まなくてもよいし、または含んでいてもよい。複数の態様において、本発明で開示の２０１９ＣＯＶＩＤ－１９抗原（例えば、ペプチドおよびポリペプチド）は、ｎ末端アセチル基および／またはｃ末端アミノ基でキャップされてもよい。
（ｉｖ）Ｔレジトープおよび脱寛容化抗原ポリペプチド、コンカテマーおよびキメラ／融合ポリペプチド
複数の態様において、本開示は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２タンパク質由来のペプチドまたはポリペプチド鎖（例えば、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ゲノムからのコードされたタンパク質）、例えば、エンベロープ、膜、スパイク、ヌクレオカプシド、ＯＲＦ３ａ、ＯＲＦ６、ＯＲＦ７ａ、ＯＲＦ８、ＯＲＦ１０、ＯＲＦ１ａｂ非構造タンパク質２（ＮＳＰ２）、ＯＲＦ１ａｂ非構造タンパク質３（ＮＳＰ３）、ＯＲＦ１ａｂ非構造タンパク質４（ＮＳＰ４）、ＯＲＦ１ａｂ３Ｃ様プロテイナーゼ、ＯＲＦ１ａｂ非構造タンパク質６（ＮＳＰ６）、ＯＲＦ１ａｂ非構造タンパク質７（ＮＳＰ７）、ＯＲＦ１ａｂ非構造タンパク質８（ＮＳＰ８）、ＯＲＦ１ａｂ非構造タンパク質９（ＮＳＰ９）、ＯＲＦ１ａｂ非構造タンパク質１０（ＮＳＰ１０）、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＯＲＦ１ａｂ ＲＮＡ依存性ＲＮＡポリメラーゼ、ＯＲＦ１ａｂ ヘリカーゼ、ＯＲＦ１ａｂ３’－５’エキソヌクレアーゼ、ＯＲＦ１ａｂ ＲＮＡ分解酵素、ＯＲＦ１ａｂ ２’Ｏ－リボースメチルトランスフェラーゼタンパク質を提供する。実施例１でより詳細に説明されるように、本開示のＴ細胞エピトープは、そのソースタンパク質の既知の変異体間で高度に保存されており、ヒト宿主から分離されたＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２（ｔａｘｉｄ：２６９７０４９）、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１（ｔａｘｉｄ：６９４００９）、ＭＥＲＳ－ＣｏＶ（ｔａｘｉｄ：１３３５６２６）及びヒトＣｏＶ（ｔａｘｉｄ：１１１３７、４４３２３９、２７７９４４及び３１６３１）の抗原配列が国立バイオテクノロジー情報センターでＧｅｎＢａｎｋから入手された。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２エピトープは、Ｔ細胞エピトープマッピングのために、２０１９年１２月から２０２０年１２月までにゲノムが完全に解読された分離株から得られた配列間で比較された。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｗｕｈａｎ－Ｈｕ－１（ＧｅｎＢａｎｋ ｉｄ： ＭＮ９０８９４７）を参照株として選択した。
実施例１にさらに記載されているように、本開示のＴ細胞エピトープは、ＥｐｉＭａｔｒｉｘ（商標）分析によって同定された少なくとも１つの推定Ｔ細胞エピトープを含んでなる。ＥｐｉＭａｔｒｉｘ（商標）は、ＥｐｉＶａｘ（プロビデンス、ロードアイランド州）により開発された独自のコンピュータアルゴリズムであり、タンパク質配列を、推定Ｔ細胞エピトープの存在についてスクリーニングするために使用される。このアルゴリズムでは、ＭＨＣ分子に結合する９量体および１０量体のペプチドを予測するためのマトリックスを使用する。各マトリックスは、ポケットプロファイル法に類似するが同一ではない方法によって解明されたアミノ酸結合親和性に関連する位置特異的係数に基づいている（Sturniolo, T. et al., Nat. Biotechnol. 17:555-561, 1999）。入力配列は、例えば、各フレームがそれぞれ８アミノ酸または９アミノ酸だけ最後に重なる９量体フレームまたは１０量体にパースされる。次に、変異ペプチドおよび非変異ペプチドを形成する結果のフレームの各々は、ＭＨＣクラスＩアレル（例えば、限定するものではないが、ＨＬＡ－ＡおよびＨＬＡ－Ｂアレル）およびＭＨＣクラスＩＩアレル（例えば、限定するものではないが、ＨＬＡ－ＤＲＢ１アレル）に関して予測結合親和性についてスコア付けされる。生のスコアは、ランダムに生成されたペプチドの大規模なサンプルのスコアに対して正規化される。得られた「Ｚ」スコアは正規分布で、アレル間で直接比較可能である。得られた「Ｚ」スコアが報告される。複数の態様では、理論的には任意のサンプルの上位５％である１．６４以上のアレル特異的ＥｐｉＭａｔｒｉｘ（商標）Ｚスコアを持つ任意の９量体または１０量体ペプチドは、推定Ｔ細胞エピトープとみなされる。
実施例１でさらに説明されているように、推定Ｔ細胞エピトープのクラスターを含むペプチドは、ｉｎ ｖｉｔｒｏおよびｉｎ ｖｉｖｏアッセイを検証する際に陽性となる可能性がより高くなる。複数の態様では、最初のＥｐｉＭａｔｒｉｘ（商標）分析の結果は、Ｃｌｕｓｔｉｍｅｒ（商標）アルゴリズムとして知られる第２の独自のアルゴリズムを使用して、推定Ｔ細胞エピトープ「クラスター」の存在についてさらにスクリーニングされる。Ｃｌｕｓｔｉｍｅｒ（商標）アルゴリズムは、任意のアミノ酸配列内に含まれ、統計的に異常に多くの推定Ｔ細胞エピトープを含むサブ領域を特定する。典型的なＴ細胞エピトープ「クラスタ」は、長さが約９から約３０アミノ酸であり、複数のアレルと複数の９量体フレームにわたる親和性を考慮すると、約４から約４０の推定Ｔ細胞エピトープを含むことができる。推定Ｔ細胞エピトープのスコアを合計し、候補エピトープクラスターの長さ及び同じ長さのランダムに生成されたクラスターの期待スコアに基づく補正係数を減算することにより、総計ＥｐｉＭａｔｒｉｘ（商標）スコアを特定した各エピトープクラスターは計算される。１０を超えるＥｐｉＭａｔｒｉｘ（商標）クラスタースコアは有意であると考えられる。複数の態様において、本開示のＴ細胞エピトープは、Ｔ細胞エピトープクラスターとして知られるパターンを形成するいくつかの推定Ｔ細胞エピトープを含む。
図２～７は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のエンベロープ（ＥＮＶＥＬＯＰＥ）（配列番号１）の同定されたＭＨＣクラスＩＩクラスタに関するＥｐｉＭａｔｒｉｘクラスタの詳細レポートであり、配列番号１８－３１および１８６－２３１に関連する。図８～１０は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の膜（ＭＥＭＢＲＡＮＥ）（配列番号２）の同定されたＭＨＣクラスＩＩクラスターに関するＥｐｉＭａｔｒｉｘクラスター詳細レポートであり、配列番号３２－４１および２３２－２４５に関連する。図１１－２８は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のスパイク（ＳＰＩＫＥ）（配列番号３）の同定されたＭＨＣクラスＩＩクラスターに関するＥｐｉＭａｔｒｉｘクラスター詳細レポートであり、配列番号４２－９３及び２４６－３７０に関連する。図２９Ａ－Ｆは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のエンベロープ（ＥＮＶＥＬＯＰＥ）（（配列番号１）の同定されたＭＨＣクラスＩＩクラスターについてのＪａｎｕｓＭａｔｒｉｘレポートであり、配列番号１８６－２３１に関連する。図３０Ａ～Ｃは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の膜（ＭＥＭＢＲＡＮＥ）（配列番号２）の同定されたＭＨＣクラスＩＩクラスターに関するＪａｎｕｓＭａｔｒｉｘレポートであり、配列番号２３２－２４５に関連するものである。図３１Ａ～Ｔは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のスパイク（ＳＰＩＫＥ）（配列番号３）の同定されたＭＨＣクラスＩＩクラスターに関するＪａｎｕｓＭａｔｒｉｘレポートであり、配列番号２４６－３７０に関連する。
実施例でさらに説明されているように、推定Ｔ細胞エピトープのクラスターを含むペプチドは、ｉｎ ｖｉｔｒｏおよびｉｎ ｖｉｖｏアッセイを検証する際に陽性となる可能性がより高くなる。態様では、最初のＥｐｉＭａｔｒｉｘ（商標）分析の結果は、Ｃｌｕｓｔｉｍｅｒ（商標）アルゴリズムとして知られる第２の独自のアルゴリズムを使用して、推定Ｔ細胞エピトープ「クラスター」の存在についてさらにスクリーニングされる。Ｃｌｕｓｔｉｍｅｒ（商標）アルゴリズムは、任意のアミノ酸配列内に含まれ、統計的に異常に多くの推定Ｔ細胞エピトープを含むサブ領域を特定する。典型的なＴ細胞エピトープ「クラスタ」は、長さが約９から約３０アミノ酸であり、複数のアレルと複数の９量体フレームにわたる親和性を考慮すると、約４から約４０の推定Ｔ細胞エピトープを含むことができる。推定Ｔ細胞エピトープのスコアを合計し、候補エピトープクラスターの長さ及び同じ長さのランダムに生成されたクラスターの期待スコアに基づく補正係数を減算することにより、総計ＥｐｉＭａｔｒｉｘ（商標）スコアを特定した各エピトープクラスターは計算される。１０を超えるＥｐｉＭａｔｒｉｘ（商標）クラスタースコアは有意であると考えられる。複数の態様において、本開示のＴレジトープは、Ｔ細胞エピトープクラスターとして知られるパターンを形成するいくつかの推定Ｔ細胞エピトープを含む。
最も反応性の高いＴ細胞エピトープ群の多くには、「ＥｐｉＢａｒ（商標）」と呼ばれる特徴がある。ＥｐｉＢａｒ（商標）は、少なくとも４つの異なるＨＬＡアレルに反応性であると予測される単一の９量体フレームである。複数の態様において、本開示のＴレジトープは、１または複数のＥｐｉＢａｒ（商標）を含むことができる。
ＪａｎｕｓＭａｔｒｉｘシステム（ＥｐｉＶａｘ、プロビデンス、ロードアイランド州）は、宿主プロテオームとの交差保存性についてペプチド配列をスクリーニングするのに有用である。ＪａｎｕｓＭａｔｒｉｘは、ペプチドクラスターと宿主ゲノムまたはプロテオームとの間の交差反応性の可能性を、それらの推定ＭＨＣリガンドにおけるＴＣＲに面した残基の保存に基づいて予測するアルゴリズムである。ＪａｎｕｓＭａｔｒｉｘアルゴリズムは、まず、与えられたタンパク質配列に含まれる予測エピトープをすべて考慮し、各予測エピトープを構成するアグレトープとエピトープに分割する。次に、各配列をホストタンパク質のデータベースに対してスクリーニングする。ＭＨＣに面したアグレトープが一致し（すなわち、入力ペプチドとその宿主側のペプチドのアグレトープが同じＭＨＣアレルに結合すると予測される）、全く同じＴＣＲに面したエピトープを持つペプチドが返される。
ＪａｎｕｓＭａｔｒｉｘホモロジースコアは、免疫寛容に偏っていることを示唆している。治療用タンパク質の場合、自己由来のヒトエピトープと治療用エピトープの交差保存性は、そのような候補がヒトの免疫系に許容される可能性を高める可能性がある。ワクチンの場合、ヒトエピトープと抗原性エピトープとの間の交差保存は、そのような候補が免疫カモフラージュを利用していることを示し、それによって免疫応答を回避し、効果のないワクチンとなる可能性がある。宿主が例えばヒトの場合、ペプチドクラスターはヒトゲノムやプロテオームに対してスクリーニングされ、推定上のＨＬＡリガンドにおけるＴＣＲに面した残基の保存性に基づいている。次に、ペプチドはＪａｎｕｓＭａｔｒｉｘホモロジースコアを用いてスコアリングされる。複数の態様において、２．５未満または３．０未満のＪａｎｕｓＭａｔｒｉｘ相同性スコアを有するペプチドは、低い寛容性の可能性を示し、ワクチンに有用である可能性がある。複数の態様において、３．０を超えるＪａｎｕｓＭａｔｒｉｘホモロジースコアを有するペプチドは、高い寛容性の可能性を示しており、本開示の有用なＴレジトープであり得る。
図２９Ａ～Ｆは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のエンベロープ（配列番号１）において同定されたＴレジトープおよびそれに含まれる９量体を選択した場合のＪａｎｕｓＭａｔｒｉｘの結果のまとめである。図３０Ａ～Ｃは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の膜（配列番号２）において同定されたＴレジトープ、およびそれに含まれる９量体についてのＪａｎｕｓＭａｔｒｉｘの結果のまとめである。図３１Ａ～Ｔは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のスパイク（配列番号３）において同定されたＴレジトープ、およびそれに含まれる９量体についてのＪａｎｕｓＭａｔｒｉｘの結果のまとめである。所定のＥｐｉＭａｔｒｉｘヒット（特定のアレルに結合すると予測される入力配列内に含まれる９量体）に関して、ＪａｎｕｓＭａｔｒｉｘマッチは、ＥｐｉＭａｔｒｉｘヒットと同じアレルに結合すると予測され、ＥｐｉＭａｔｒｉｘヒットとＴＣＲ対面接触を共有している検索データベース（例えば、ヒトゲノム）から得られる９量体である。さらに、Ｊａｎｕｓホモロジースコア＊＊は、入力配列の各ＥｐｉＭａｔｒｉｘヒットに対する検索データベースでの平均カバー深度を表す。例えば、８つのＥｐｉＭａｔｒｉｘヒットを持つ入力ペプチドは、そのすべてが検索データベースで１つマッチし、Ｊａｎｕｓホモロジースコアは１であり、４つのＥｐｉＭａｔｒｉｘヒットを持つ入力ペプチドは、そのすべてが検索データベースで２つマッチし、Ｊａｎｕｓホモロジースコアは２である。
複数の態様において、本開示のペプチドは、少なくとも１つ、好ましくは２つ以上の共通のＨＬＡクラスＩＩアレルに少なくとも中程度の親和性（例えば、複数の態様において、溶解性のＨＬＡ分子に基づくＨＬＡ結合アッセイにおいて、＜１０００μＭ ＩＣ５０、＜５００μＭ ＩＣ５０、＜４００μＭ ＩＣ５０、＜３００μＭ ＩＣ５０、または＜２００μＭ ＩＣ５０）で結合する。複数の態様において、本開示のＴレジトープは、ＨＬＡの少なくとも１つ、他の態様では２つ以上のアレルで、抗原提示細胞（ＡＴＣ）によって細胞表面に提示されることが可能である。本明細書において、ＴレジトープＨＬＡ複合体は、ＴレジトープＨＬＡ複合体に特異的なＴＣＲを有し、対象に循環する内在性ＴＲｅｇ（複数の態様において、ナチュラルＴＲｅｇおよび／またはアダプティブＴＲｅｇを含む）によって認識されてもよい。複数の態様において、Ｔレジトープ－ＨＬＡ複合体の認識は、適合する制御性Ｔ細胞を活性化させ、制御性サイトカインおよびケモカインを分泌させることができる。
他の態様では、Ｔレジトープからの脱寛容化抗原は、ペプチドのＨＬＡ親和性を保持するが、ナチュラルＴＲｅｇおよび／またはアダプティブＴＲｅｇを含むＴＲｅｇによる認識が破壊される。他の態様では、ペプチドは、Ｔレジトープが削除、部分削除および／または変異されたＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２タンパク質またはポリペプチドを含んでいる。
複数の態様において、本開示は、その断片（例えば、９量体、１２量体、１５量体などに限定されない）を含む、１または複数の配列番号４－３７０、３９１－４４０、および４４８－８３３を含む、またはこれらのみからなる、または本質的にこれらからなる配列を有するポリペプチド（Ｔレジトープまたはその脱離した抗原）に関する。「本質的に～からなる」という表現は、本開示によるポリペプチドが、配列番号４－３７０、３９１－４４０、および４４８－８３３のいずれかによる配列またはその変異体に加えて、ペプチドのいずれかの末端及び／又は側鎖に存在し得る追加のアミノ酸又は残基を含んでもよく、これらのアミノ酸又は残基は、ＭＨＣリガンドとして機能するペプチドの一部を必ずしも形成するわけではなく、かつこれらのアミノ酸又は残基がＴレジトープとして機能するペプチドの活性を実質的に損ねないものであることを意味する。特定の態様において、かかるポリペプチドは、Ｎ末端アセチル基及び／又はＣ末端アミノ基でキャップされてもよい。
複数の態様において、本発明の開示は、配列番号４－３７０、３９１－４４０、および４４８－８３３のアミノ酸配列（および／またはその断片もしくは変異体）、ならびに任意選択で配列番号４－３７０、３９１－４４０および４４８－８３３のポリペプチドのＮ末端および／またはＣ末端上に任意の比率で分布している、１～１２の追加のアミノ酸を含む、またはこれらのみからなる、または本質的にこれらからなるペプチドまたはポリペプチドに関する。複数の態様において、本発明の開示は、配列番号４－３７０、３９１－４４０、及び４４８－８３３のアミノ酸配列、任意選択でコアアミノ酸配列のＣ末端及び／又はＮ末端に１～１２のアミノ酸の延長を有する１または複数のペプチドまたはポリペプチドを含み、またはこれらのみからなり、本質的にこれらからなるコアアミノ酸配列を有するペプチドまたはポリペプチドに関する。これらの隣接アミノ酸の全体の数は、１～１２、１～３、２～４、３～６、１～１０、１～８、１～６、２～１２、２～１０、２～８、２～６、３～１２、３～１０、３～８、３～６、４～１２、４～１０、４～８、４～６、５～１２、５～１０、５～８、５～６、６～１２、６～１０、６～８、７～１２、７～１０、７～８、８～１２、８～１０、９～１２、９～１０または１０～１２である。ここで、隣接アミノ酸は、Ｃ末端およびＮ末端に対して任意の比率で分配されてもよい（例えば、すべての隣接アミノ酸は、一方の末端に付加することもでき、アミノ酸は両方の末端に等しく、または他の任意の割合で、付加することもできる）。
複数の態様において、本発明の開示は、配列番号４－３７０、３９１－４４０および４４８－８３３のアミノ酸配列（および／またはその断片および変異体）、任意選択で、Ｃ末端および／またはＮ末端の追加の１～１２のアミノ酸を有する１または複数のペプチドまたはポリペプチドを含む、またはこれらのみからなる、または本質的にこれらからなるコア配列を有するペプチドまたはポリペプチドに関する。ここで、これらの隣接するアミノ酸の全体の数は、１～１２、１～３、２～４、３～６、１～１０、１～８、１～６、２～１２、２～１０、２～８、２～６、３～１２，３～１０、３～８、３～６、４～１２、４～１０、４～８、４～６、５～１２、５～１０、５～８、５～６、６～１２、６～１０、６～８、７～１２、７～１０、７～８、８～１２、８～１０、９～１２、９～１０または１０～１２である。ここで、隣接アミノ酸は、Ｃ末端およびＮ末端に対して任意の比率で分配され得（例えば、すべての隣接アミノ酸が一方の末端に付加することもでき、アミノ酸は両方の末端に等しく、または他の任意の割合で、付加することもできる）、ただし、隣接アミノ酸を有するポリペプチドが依然として同じＨＬＡ分子に結合することができる（すなわち、ＭＨＣ結合性を保持する）。
複数の態様において、前記隣接アミノ酸を有する前記ポリペプチドは、前記隣接アミノ酸を有さない前記ポリペプチドコア配列と同じＨＬＡ分子に結合し（すなわち、ＭＨＣ結合性を保持し）、同じＴＣＲ特異性を保持することが依然として可能である。
複数の態様において、前記隣接アミノ酸配列は、例えば、以下に記載するように、内在するタンパク質において、そこに含まれるペプチドまたはポリペプチドの隣接部位（flank）に存在するものである。
・ペプチドまたはポリペプチドが、配列番号６、７、１８－３１、１８６－２３１、および４４８－４５９のアミノ酸配列、および／またはその脱寛容化抗原（および／またはその断片および変異体）および任意選択で、Ｃ末端および／またはＮ末端に延長された１～１２のアミノ酸を有する１または複数のペプチドまたはポリペプチド、を含み、またはこれ（ら）のみからなり、または本質的にこれ（ら）からなるコア配列を有する場合について、１～１２の延長されたアミノ酸は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のエンベロープ（配列番号１）のアミノ酸配列において、配列番号６、７、１８－３１、１８６－２３１、および４４８－４５９のアミノ酸配列の隣接アミノ酸として見出されるものである。複数の態様において、ペプチドは、配列番号１またはその断片に対する変異を含んでいてもよく、前記変異は、Ｖ６２、Ｌ６５、Ｓ６７、および／またはＶ７０、（Ｖ６２Ａ；Ｖ６２Ｇ；Ｖ６２Ｎ；Ｖ６２Ｑ；Ｖ６２Ｓ；Ｖ６２Ｔ；および／またはＳ６７Ｑを含む）；Ｋ６３、Ｎ６４、Ｎ６６、Ｓ６８、および／またはＲ６９；Ｔ１１、Ｌ１２、Ｖ１４、Ｎ１５、Ｓ１６、Ｖ１７、Ｌ１９、Ｆ２０、Ａ２２、Ｆ２３、Ｖ２４、Ｖ２５、Ｆ２６、Ｌ２７、Ｌ２８、Ｖ２９、Ｔ３０、Ｌ３１、Ａ３２、Ｉ３３、Ｌ３４、Ａ３６、Ｒ３８、および／またはＡ４１；および、Ｌ１２、Ｉ１３、Ｖ１４、Ｎ１５、Ｓ１６、Ｖ１７、Ｌ１８、Ｌ１９、Ｆ２０、Ｌ２１、Ａ２２、Ｆ２３、Ｖ２４、Ｖ２５、Ｆ２６、Ｌ２７、Ｌ２８、Ｖ２９、Ｔ３０、Ｌ３１、Ａ３２、Ｉ３３、Ｌ３４Ｔ３５、Ｌ３７、Ｌ３９、および／またはＣ４０を含んでいてもよい。
・ペプチドまたはポリペプチドが、配列番号４、５、１７、３２－４１、２３２－２４５、４４０、および４５０－４７１のアミノ酸配列、および／またはその脱寛容化抗原（および／またはその断片および変異体）および任意選択で、Ｃ末端および／またはＮ末端に延長された１～１２のアミノ酸を有する１または複数のペプチドまたはポリペプチド、を含み、またはこれ（ら）のみからなり、または本質的にこれ（ら）からなるコア配列を有する場合について、１～１２の延長されたアミノ酸は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の膜（配列番号２）のアミノ酸配列において配列番号４、５、１７、３２－４１、２３２－２４５、４４０、および４５０－４７１のアミノ酸配列の隣接アミノ酸として見出されるものである。複数の態様において、ペプチドは、配列番号２またはそのペプチド断片に対する変異を含んでいてもよく、前記変異は、Ｉ１１８、Ｎ１２１、Ｐ１２３、および／またはＧ１２６（Ｉ１１８Ａ；Ｉ１１８Ｇ；Ｉ１１８Ｎ；Ｉ１１８Ｑ；Ｉ１１８Ｓ；Ｉ１１８Ｔ；Ｎ１２１Ｐ；Ｐ１２３Ｑを含む）、Ｐ１２３Ｇ；および／またはＧ１２６Ｐ）；Ｌ１１９、Ｌ１２０、Ｖ１２２、Ｌ１２４、および／またはＨ１２５；Ｙ１７９、Ｇ１８２、Ｓ１８４、および／またはＶ１８７（Ｙ１７９Ａ；Ｙ１７９Ｎ；Ｙ１７９Ｑ；Ｙ１７９Ｓ；Ｙ１７９Ｔ；Ｓ１８４Ｇ；Ｓ１８４Ｑ；および／またはＳ１８４Ｔを含む）；並びに、Ｋ１８０、Ｌ１８１、Ａ１８３、Ｑ１８５、および／またはＲ１８６を含んでいてもよい。
・ペプチドまたはポリペプチドが、配列番号８－１７、４２－９３、２４６－３７０、４２２、４２３、４３２、４３４－４３９、および７９４－８３３のアミノ酸配列を有する１または複数のペプチドまたはポリペプチド、および／またはその脱寛容化抗原（および／またはその断片および変異体）を含み、またはこれ（ら）のみからなり、または本質的にこれ（ら）からなるコア配列、および任意選択で、Ｃ末端および／またはＮ末端に延長された１～１２のアミノ酸を有する場合について、１～１２の延長されたアミノ酸は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のスパイク（番号配列３）のアミノ酸配列における８－１７、４２－９３、２４６－３７０、４２２、４２３、４３２、４３４－４３９、および７９４－８３３の隣接アミノ酸として見出されるものである。複数の態様において、ペプチドは、配列番号３またはそのペプチド断片に対する変異を含んでいてもよく、前記変異は、Ｆ２８、Ｓ３１、Ｌ３３、Ｔ３６、Ｄ３８、および／またはＬ４１（Ｆ２８Ｇ；Ｆ２８Ａ；Ｆ２８Ｎ；Ｆ２８Ｔ；Ｆ２８Ｓ；Ｆ２８Ｑ、Ｓ３１Ｇ；Ｓ３１Ｔおよび／またはＬ３３Ｑ）；Ｒ２９、Ｓ３０、Ｖ３２、Ｈ３４、Ｓ３５、Ｑ３７、Ｌ３９、および／またはＦ４０；Ｉ１９５、Ｖ１９８、Ｄ２００および／またはＱ２０３（Ｉ１９５Ａ；Ｉ１９５Ｇ；Ｉ１９５Ｎ；Ｉ１９５Ｓ；Ｉ１９５Ｔ；Ｉ１９５Ｑ；Ｖ１９８Ｇ；Ｖ１９８Ｔ；Ｖ１９８Ｎ；Ｑ２０３Ｅ；Ｑ２０３Ｇ；および／またはＱ２０３Ｔ）；Ｎ１９６、Ｌ１９７、Ｒ１９９、Ｌ２０１、および／またはＰ２０２；Ｉ２２０、Ｆ２２３、Ｔ２２５、および／またはＡ２２８（Ｉ２２０Ａ；Ｉ２２０Ｇ；Ｉ２２０Ｎ；Ｉ２２０Ｑ；Ｉ２２０Ｓ；Ｉ２２０Ｔ；および／またはＴ２２５Ｑを含む）；Ｔ２２１、Ｒ２２２、Ｑ２２４、Ｌ２２６、および／またはＬ２２７；Ｙ２５４、Ｐ２５７、Ｙ２５９、および／またはＬ２６２（Ｙ２５４Ａ；Ｙ２５４Ｇ；Ｙ２５４Ｎ；Ｙ２５４Ｑ；Ｙ２５４Ｓ；Ｙ２５４Ｔ；Ｔ２５９Ｇ；および／またはＴ２５９Ｑを含む）；Ｌ２５５、Ｑ２５６、Ｒ２５８、Ｆ２６０、および／またはＬ２６１；Ｖ４９６、Ｓ４９９、Ｅ５０１、および／またはＨ５０４（Ｖ４９６Ａ；Ｖ４９６Ｇ；Ｖ４９６Ｎ；Ｖ４９６Ｑ；Ｖ４９６Ｓ；Ｖ４９６Ｔ；Ｓ４９９Ｇ；Ｓ４９９Ｑ；および／またはＳ４９９Ｔ）；Ｖ４９７、Ｌ４９８、Ｆ５００、Ｌ５０２、および／またはＬ５０３；Ｌ８０６、Ｎ８０９、Ｖ８１１、および／またはＡ８１４（Ｌ８０６Ａ；Ｌ８０６Ｇ；Ｌ８０６Ｎ；Ｌ８０６Ｑ；Ｌ８０６Ｓ；Ｌ８０６Ｔ；および／またはＮ８０９Ｇを含む）；Ｌ８０７、Ｆ８０８、Ｋ８１０、Ｔ８１２、及び／又はＬ８１３；Ｌ８４３、Ｌ８４６、Ｐ８４８、及び／又はＴ８５１（Ｌ８４３Ａ；Ｌ８４３Ｇ；Ｌ８４３Ｎ；Ｌ８４３Ｑ；Ｌ８４３Ｓ；Ｌ８４３Ｔ；Ｌ８４６Ｇ；Ｌ８４６Ｔ；及び／又はＰ８４８Ｑ含む）；Ｔ８４４、Ｖ８４５、Ｐ８４７、Ｌ８４９、及び／又はＬ８５０；Ｆ９１２、Ａ９１５、Ｇ９１７、Ｑ９２０、Ｌ９２３、Ｔ９２６、Ｓ９２８、および／またはＧ９３１（Ｆ９１２Ａ；Ｆ９１２Ｇ；Ｆ９１２Ｎ；Ｆ９１２Ｑ；Ｆ９１２Ｓ；Ｆ９１２Ｔ；Ａ９１５Ｇ；Ｌ９２３Ａ；Ｌ９２３Ｇ；Ｌ９２３Ｎ；Ｌ９２３Ｑ；Ｌ９２３Ｓ；Ｌ９２３Ｔ；および／またはＴ９２６Ｇを含む）；Ｎ９１３、Ｓ９１４、Ｉ９１６、Ｋ９１８、Ｉ９１９、Ｓ９２４、Ｓ９２５、Ａ９２７、Ａ９２９、および／またはＬ９３０；Ｆ９５５、Ｉ９５８、Ｓ９６０、および／またはＮ９６３（Ｆ９５５Ａ；Ｆ９５５Ｇ；Ｆ９５５Ｎ；Ｆ９５５Ｑ；Ｆ９５５Ｓ；Ｆ９５５Ｔ、Ｉ９５８Ｇ；Ｓ９６０Ｇ；Ｓ９６０Ｑ；および／またはＳ９６０Ｔを含む。）；Ｇ９５６、Ａ９５７、Ｓ９５９、Ｖ９６１、および／またはＬ９６２；：Ｉ９９８、Ａ１００１、Ｉ１００３、Ｓ１００６、Ｎ１００８、および／またはＡ１０１１（Ｉ９９８Ａ；Ｉ９９８Ｇ；Ｉ９９８Ｎ；Ｉ９９８Ｑ；Ｉ９９８Ｓ；Ｉ９９８Ｔ；Ａ１００１Ｇ；Ａ１００１Ｔ；Ｉ１００３Ａ；Ｉ１００３Ｇ；Ｉ１００３Ｎ；Ｉ１００３Ｑ；Ｉ１００３Ｓ；Ｉ１００３Ｔおよび／またはＮ１００８Ｑを含む）；ならびに、Ｒ９９９、Ａ１０００、Ｅ１００２、Ｒ１０４、Ａ１００５、Ａ１００７、Ｌ１００９、および／またはＡ１０１０を含んでいてもよい。
・ペプチドまたはポリペプチドが、配列番号９４、９５、４０６－４２１、および４７４－４８７のアミノ酸配列、および／またはその脱寛容化抗原（および／またはその断片および変異体）および任意選択で、Ｃ末端および／またはＮ末端に延長された１～１２のアミノ酸を有する１または複数のペプチドまたはポリペプチド、を含み、またはこれ（ら）のみからなり、または本質的にこれ（ら）からなるコア配列を有する場合について、１～１２の延長されたアミノ酸は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のヌクレオカプシド（配列番号３７１）のアミノ酸配列において、配列番号９４、９５、４０６－４２１、および４７４－４８７のアミノ酸配列の隣接アミノ酸として見出されるものである。
・ペプチドまたはポリペプチドが、配列番号９６－１０１、４２４、および７５６－７７４のアミノ酸配列を有する１または複数のペプチドまたはポリペプチド、および／またはその脱寛容化抗原（および／またはその断片および変異体）を含み、またはこれ（ら）のみからなり、または本質的にこれ（ら）からなるコア配列、および任意選択で、Ｃ末端および／またはＮ末端に延長された１～１２のアミノ酸を有する場合について、１～１２の延長されたアミノ酸は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＯＲＦ３ａタンパク質（配列番号３７２）のアミノ酸配列において配列番号９６－１０１、４２４、および７５６－７７４のアミノ酸配列の隣接アミノ酸として見出されるものである。
・ペプチドまたはポリペプチドが、配列番号１０２、１０３、および７７５のアミノ酸配列、および／またはその脱寛容化抗原（および／またはその断片および変異体）および任意選択で、Ｃ末端および／またはＮ末端に延長された１～１２のアミノ酸を有する１または複数のペプチドまたはポリペプチド、を含み、またはこれ（ら）のみからなり、または本質的にこれ（ら）からなるコア配列を有する場合について、１～１２の延長されたアミノ酸は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＯＲＦ６タンパク質（配列番号３７３）のアミノ酸配列において配列番号１０２、１０３、および７７５のアミノ酸配列の隣接アミノ酸として見出されるものである。
・ペプチドまたはポリペプチドが、配列番号１０４－１０７、４２５、および７７６－７８３のアミノ酸配列、および／またはその脱寛容化抗原（および／またはその断片および変異体）および任意選択で、Ｃ末端および／またはＮ末端に延長された１～１２のアミノ酸を有する１または複数のペプチドまたはポリペプチド、を含み、またはこれ（ら）のみからなり、または本質的にこれ（ら）からなるコア配列を有する場合について、１～１２の延長されたアミノ酸は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＯＲＦ７ａタンパク質（配列番号３７４）のアミノ酸配列中の配列番号１０４－１０７、４２５、および７７６－７８３のアミノ酸配列の隣接アミノ酸として見出されるものである。
・ペプチドまたはポリペプチドが、配列番号１０８－１１５、４２７、および５５４－５７５のアミノ酸配列、および／またはその脱寛容化抗原（および／またはその断片および変異体）および任意選択で、Ｃ末端および／またはＮ末端に延長された１～１２のアミノ酸を有する１または複数のペプチドまたはポリペプチド、を含み、またはこれ（ら）のみからなり、または本質的にこれ（ら）からなるコア配列を有する場合について、１～１２の延長されたアミノ酸は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＯＲＦ１ａｂ非構造タンパク質２（ＮＳＰ２）（配列番号３７５）のアミノ酸配列中の配列番号１０８－１１５、４２７および５５４－５７５のアミノ酸配列の隣接アミノ酸として見出されるものである。
・ペプチドまたはポリペプチドが、配列番号１１６－１３５、４２８、４２９、および５７６－６５５のアミノ酸配列を有する１または複数のペプチドまたはポリペプチド、および／またはその脱寛容化抗原（および／またはその断片および変異体）を含み、またはこれ（ら）のみからなり、または本質的にこれ（ら）からなるコア配列、および任意選択で、Ｃ末端および／またはＮ末端に延長された１～１２のアミノ酸を有する場合について、１～１２の延長されたアミノ酸は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＯＲＦ１ａｂ非構造タンパク質３（ＮＳＰ３）（配列番号３７６）のアミノ酸配列中の配列番号１１６－１３５、４２８、４２９、および５７６－６５５のアミノ酸配列の隣接アミノ酸として見出されるものである。
・ペプチドまたはポリペプチドが、配列番号１３６－１４１、３９１、３９２、および６５６－６８４のアミノ酸配列、および／またはその脱寛容化抗原（および／またはその断片および変異体）および任意選択で、Ｃ末端および／またはＮ末端に延長された１～１２のアミノ酸を有する１または複数のペプチドまたはポリペプチド、を含み、またはこれ（ら）のみからなり、または本質的にこれ（ら）からなるコア配列を有する場合について、１～１２の延長されたアミノ酸は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＯＲＦ１ａｂ非構造タンパク質４（ＮＳＰ４）（配列番号３７７）のアミノ酸配列中の配列番号１３６－１４１、３９１、３９２、および６５６－６８４のアミノ酸配列の隣接アミノ酸として見出されるものである。
・ペプチドまたはポリペプチドが、配列番号１４２－１４９および６８５－７０８のアミノ酸配列、および／またはその脱寛容化抗原（および／またはその断片および変異体）および任意選択で、Ｃ末端および／またはＮ末端に延長された１～１２のアミノ酸を有する１または複数のペプチドまたはポリペプチド、を含み、またはこれ（ら）のみからなり、または本質的にこれ（ら）からなるコア配列を有する場合について、１～１２の延長されたアミノ酸は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＯＲＦ１ａｂ非構造タンパク質６（ＮＳＰ６）（配列番号３７８）のアミノ酸配列において配列番号１４２－１４９および６８５－７０８のアミノ酸配列の隣接アミノ酸として見出されるものである。
・ペプチドまたはポリペプチドが、配列番号１５０－１５３、３９３－４０５、および７０９－７１８のアミノ酸配列、および／またはその脱寛容化抗原（および／またはその断片および変異体）および任意選択で、Ｃ末端および／またはＮ末端に延長された１～１２のアミノ酸を有する１または複数のペプチドまたはポリペプチド、を含み、またはこれ（ら）のみからなり、または本質的にこれ（ら）からなるコア配列を有する場合について、１～１２の延長されたアミノ酸は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＯＲＦ１ａｂ非構造タンパク質７（ＮＳＰ７）（配列番号３７９）のアミノ酸配列中の配列番号１５０－１５３、３９３－４０５、および７０９－７１８のアミノ酸配列の隣接アミノ酸として見出されるものである。
・ペプチドまたはポリペプチドが、配列番号１５４－１５５および７１９－７２５のアミノ酸配列、および／またはその脱寛容化抗原（および／またはその断片および変異体）および任意選択で、Ｃ末端および／またはＮ末端に延長された１～１２のアミノ酸を有する１または複数のペプチドまたはポリペプチド、を含み、またはこれ（ら）のみからなり、または本質的にこれ（ら）からなるコア配列を有する場合について、１～１２の延長されたアミノ酸は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＯＲＦ１ａｂ非構造タンパク質８（ＮＳＰ８）（配列番号３８０）のアミノ酸配列中の配列番号１５４－１５５および７１９－７２５のアミノ酸配列の隣接アミノ酸として見出されるものである。
・ペプチドまたはポリペプチドが、配列番号１５６－１５９および７２６－７３０のアミノ酸配列、および／またはその脱寛容化抗原（および／またはその断片および変異体）および任意選択で、Ｃ末端および／またはＮ末端に延長された１～１２のアミノ酸を有する１または複数のペプチドまたはポリペプチド、を含み、またはこれ（ら）のみからなり、または本質的にこれ（ら）からなるコア配列を有する場合について、１～１２の延長されたアミノ酸は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＯＲＦ１ａｂ非構造タンパク質９（ＮＳＰ９）（配列番号３８１）のアミノ酸配列中の配列番号１５６－１５９と７２６－７３０のアミノ酸配列の隣接アミノ酸として見出されるものである。
・ペプチドまたはポリペプチドが、配列番号１６０－１６５、４３１、および７３１－７５５のアミノ酸配列、および／またはその脱寛容化抗原（および／またはその断片および変異体）および任意選択で、Ｃ末端および／またはＮ末端に延長された１～１２のアミノ酸を有する１または複数のペプチドまたはポリペプチド、を含み、またはこれ（ら）のみからなり、または本質的にこれ（ら）からなるコア配列を有する場合について、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＯＲＦ１ａｂ ＲＮＡ依存ＲＮＡポリメラーゼタンパク質（配列番号３８２）のアミノ酸配列中の配列番号１６０－１６５、４３１、および７３１－７５５のアミノ酸配列の隣接アミノ酸として見出されるものである。
・ペプチドまたはポリペプチドが、配列番号１６６－１７３および５１５－５４２のアミノ酸配列、および／またはその脱寛容化抗原（および／またはその断片および変異体）および任意選択で、Ｃ末端および／またはＮ末端に延長された１～１２のアミノ酸を有する１または複数のペプチドまたはポリペプチド、を含み、またはこれ（ら）のみからなり、または本質的にこれ（ら）からなるコア配列を有する場合について、１～１２の延長されたアミノ酸は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＯＲＦ１ａｂヘリカーゼタンパク質（配列番号３８３）のアミノ酸配列において配列番号１６６－１７３および５１５－５４２のアミノ酸配列の隣接アミノ酸として見出されるものである。
・ペプチドまたはポリペプチドが、配列番号１７４－１７５および４９６－５０５のアミノ酸配列、および／またはその脱寛容化抗原（および／またはその断片および変異体）および任意選択で、Ｃ末端および／またはＮ末端に延長された１～１２のアミノ酸を有する１または複数のペプチドまたはポリペプチド、を含み、またはこれ（ら）のみからなり、または本質的にこれ（ら）からなるコア配列を有する場合について、１～１２の延長されたアミノ酸は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＯＲＦ１ａｂ ３’－５’エキソヌクレアーゼタンパク質（配列番号３８４）のアミノ酸配列において配列番号１７４－１７５および４９６－５０５のアミノ酸配列の隣接アミノ酸として見出されるものである。
・ペプチドまたはポリペプチドが、配列番号１７６－１７９および５０６－５１４のアミノ酸配列、および／またはその脱寛容化抗原（および／またはその断片および変異体）および任意選択で、Ｃ末端および／またはＮ末端に延長された１～１２のアミノ酸を有する１または複数のペプチドまたはポリペプチド、を含み、またはこれ（ら）のみからなり、または本質的にこれ（ら）からなるコア配列を有する場合について、１～１２の延長されたアミノ酸は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＯＲＦ１ａｂＲＮＡ分解酵素タンパク質（配列番号３８５）のアミノ酸配列において配列番号１７６－１７９および５０６－５１４のアミノ酸配列の隣接アミノ酸として見出されるものである。
・ペプチドまたはポリペプチドが、配列番号１８０－１８５、４３３、および５４３－５５１のアミノ酸配列、および／またはその脱寛容化抗原（および／またはその断片および変異体）および任意選択で、Ｃ末端および／またはＮ末端に延長された１～１２のアミノ酸を有する１または複数のペプチドまたはポリペプチド、を含み、またはこれ（ら）のみからなり、または本質的にこれ（ら）からなるコア配列を有する場合について、１～１２の延長されたアミノ酸は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＯＲＦ１ａｂ ２’Ｏ－リボースメチルトランスフェラーゼタンパク質（番号配列３８６）のアミノ酸配列中の配列番号１８０－１８５、４３３、および５４３－５５１のアミノ酸配列の隣接アミノ酸として見出されるものである。
・ペプチドまたはポリペプチドが、配列番号４８８および４８９のアミノ酸配列、および／またはその脱寛容化抗原（および／またはその断片および変異体）および任意選択で、Ｃ末端および／またはＮ末端に延長された１～１２のアミノ酸を有する１または複数のペプチドまたはポリペプチド、を含み、またはこれ（ら）のみからなり、または本質的にこれ（ら）からなるコア配列を有する場合について、１～１２の延長されたアミノ酸は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＯＲＦ１０タンパク質（配列番号３８８）のアミノ酸配列において配列番号４８８および４８９のアミノ酸配列の隣接アミノ酸として見出されるものである。
・ペプチドまたはポリペプチドが、配列番号４９０－４９５のアミノ酸配列、および／またはその脱寛容化抗原（および／またはその断片および変異体）および任意選択で、Ｃ末端および／またはＮ末端に延長された１～１２のアミノ酸を有する１または複数のペプチドまたはポリペプチド、を含み、またはこれ（ら）のみからなり、または本質的にこれ（ら）からなるコア配列を有する場合について、１～１２の延長されたアミノ酸は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＯＲＦ１ａｂ ３Ｃ様プロテイナーゼ（配列番号３８９）のアミノ酸配列中の配列番号４９０－４９５のアミノ酸配列の隣接アミノ酸として見出されるものである。
・ペプチドまたはポリペプチドが、配列番号５５２および５５３のアミノ酸配列、および／またはその脱寛容化抗原（および／またはその断片および変異体）および任意選択で、Ｃ末端および／またはＮ末端に延長された１～１２のアミノ酸を有する１または複数のペプチドまたはポリペプチド、を含み、またはこれ（ら）のみからなり、または本質的にこれ（ら）からなるコア配列を有する場合について、１～１２の延長されたアミノ酸は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＯＲＦ１ａｂ非構造タンパク質１０（ＮＳＰ１０）（配列番号３９０）のアミノ酸配列において配列番号５５２および５５３のアミノ酸配列の隣接アミノ酸として見出されるものである。
・ペプチドまたはポリペプチドが、配列番号４２６および７８４－７９３のアミノ酸配列、および／またはその脱寛容化抗原（および／またはその断片および変異体）および任意選択で、Ｃ末端および／またはＮ末端に延長された１～１２のアミノ酸を有する１または複数のペプチドまたはポリペプチド、を含み、またはこれ（ら）のみからなり、または本質的にこれ（ら）からなるコア配列を有する場合について、１～１２の延長されたアミノ酸は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＯＲＦ８タンパク質（配列番号３８７）のアミノ酸配列において配列番号４２６および７８４－７９３のアミノ酸配列の隣接アミノ酸として見出されるものである。
複数の態様において、本明細書に記載の前記隣接アミノ酸配列は、ＭＨＣ安定化領域として機能し得る。より長いペプチドの使用は、対象（患者）細胞による内在性プロセシングを可能にし、より効果的な抗原提示およびＴ細胞応答の誘導につながる可能性がある。
複数の態様において、ペプチドまたはポリペプチドは、中性（非荷電）または塩のいずれかの形態であってもよく、グリコシル化、側鎖酸化、またはリン酸化などの改変を含んでもよく、または含まなくてもよい。特定の態様において、ペプチドは、Ｎ末端アセチル基および／またはＣ末端アミノ基でキャップされてもよい。
複数の態様において、本明細書に記載される前記隣接アミノ酸配列は、ＭＨＣ安定化領域として機能し得る。より長いペプチドの使用は、患者細胞による内在性プロセシングを可能にし、より効果的な抗原提示およびＴ細胞応答の誘導につながる可能性がある。複数の態様において、ペプチドまたはポリペプチドは、中性（非荷電）または塩のいずれかの形態であってもよく、グリコシル化、側鎖酸化、またはリン酸化などの改変を含んでもよく、または含まなくてもよい。特定の態様において、そのようなポリペプチドは、Ｎ末端アセチル基および／またはＣ末端アミノ基でキャップされてもよい。
複数の態様において、本開示のペプチドまたはポリペプチドは、分離され、組換えられ、および／または合成されてもよい。複数の態様において、本発明の開示は、その脱寛容化抗原を含む、配列番号４－３７０、３９１－４４０、および４４８－８３３のいずれか１つ（および／またはその断片）に対して少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％または９５％の相同性を有するアミノ酸配列を含むポリペプチドを指向し、ここで前記ポリペプチドはまだ同じＨＬＡ分子に結合できる（すなわち、ＭＨＣ結合性を保持する）、および／または同じＴＣＲ特異性を保持する、および／または抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２活性を保持する。本明細書で使用する場合、２種のポリペプチド（またはポリペプチドの領域）は、アミノ酸配列が少なくとも約４５～５５％、典型的には少なくとも約７０～７５％、より典型的には少なくとも約８０～８５％、より典型的には約９０％以上、およびより典型的には９５％以上相同または同一である場合、実質的に相同または同一である。２つのアミノ酸配列、または２つの核酸配列の相同性または同一性のパーセントを決定するために、配列は最適な比較目的のために整列される（例えば、他のポリペプチドまたは核酸分子との最適な整列のために、一方のポリペプチドまたは核酸分子の配列に隙間を導入することが可能である）。そして、対応するアミノ酸位置またはヌクレオチド位置のアミノ酸残基またはヌクレオチドを比較する。一方の配列の位置が、他方の配列の対応する位置と同じアミノ酸残基またはヌクレオチドによって占められている場合、分子はその位置において相同である。当技術分野で知られているように、２つの配列間の同一性パーセントは、２つの配列の最適なアラインメントのために導入する必要があるギャップの数、および各ギャップの長さを考慮に入れた、配列によって共有される同一位置の数の関数である。ポリペプチドの配列相同性は、通常、配列解析ソフトウェアを用いて測定される。本明細書で使用する場合、アミノ酸または核酸の「相同性」は、アミノ酸または核酸の「同一性」と等価である。
複数の態様において、２つの配列間の相同性パーセントは、配列によって共有される同一位置の数の関数である（例えば、相同性パーセントは、同一位置の数／位置の総数×１００に等しい）。
複数の態様において、本開示はまた、同一性の程度は低いが、本発明で開示のポリペプチドによって行われる１つ以上の同じ機能を行える程度に十分な類似性を有するポリペプチドを包含する。例えば、１または複数の配列番号４－３７０、３９１－４４０、および４４８－８３３、および／またはその断片および変異体、ならびに任意選択で、配列番号４－３７０、３９１－４４０、および４４８－８３３のポリペプチドのＮ末端および／またはＣ末端上に任意の比率で分布する１～１２の追加アミノ酸を含み、またはこれ（ら）のみからなり、または本質的にこれ（ら）からなる配列を有するポリペプチドが挙げられる。類似性は保存されたアミノ酸の置換によって決定される。このような置換は、ポリペプチド中の所定のアミノ酸を、同様の特性を有する別のアミノ酸で置換するものである。保存的な置換は表現型的に沈黙している可能性が高い。典型的な保存的置換としては、脂肪族アミノ酸であるＡｌａ、Ｖａｌ、Ｌｅｕ、Ｍｅｔ、Ｉｌｅの一つずつの置換、水酸基残基ＳｅｒとＴｈｒとの間の置換、酸性残基ＡｓｐとＧｌｕとの間の置換、アミド残基ＡｓｎとＧｌｎとの間の置換、塩基残基Ｈｉｓ、Ｌｙｓ、Ａｒｇとの間の置換、芳香族残基Ｔｒｐ、Ｐｈｅ、Ｔｙｒとの間の置換が見られる。どのアミノ酸の変化が表現型的に沈黙している可能性が高いかに関するガイダンスを参照できる（Bowie JUら, (1990), Science, 247 (4948): 130610,これは、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる）。
複数の態様において、本明細書に開示されるような、配列番号４－３７０、３９１－４４０、および４４８－８３３の１または複数を含み、またはこれ（ら）のみからなり、または本質的にこれ（ら）からなる配列（またはコア配列）を有するポリペプチドの機能変異体は、機能するのに必須ではないと考えられるアミノ酸残基において、１または複数の保存的置換、複数の態様においては１または複数の非保存的置換を含むことができる（例えば、ＭＨＣ結合性および／またはＴＣＲ特異性を保持し、および／または抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２活性を保持する）本発明で開示されるポリペプチドのアミノ酸残基における１つ以上の保存的置換を含む。
例えば、複数の態様において、本明細書に開示されるように、１または複数の配列番号４－３７０、３９１－４４０、および４４８－８３３を含み、またはこれ（ら）のみからなり、または本質的にこれ（ら）からなる配列（またはコア配列）を有する変異体ポリペプチドは、ＨＬＡ結合が保持されていれば、１または複数のＨＬＡ接触残基において１または複数の保存的置換（および複数の態様において、非保存的置換）を含むことができる。ＭＨＣ結合アッセイは、当技術分野でよく知られている。
複数の態様において、そのようなアッセイは、当技術分野で知られているような結合アッセイで、ｉｎ ｖｉｔｒｏ結合アッセイにおけるＭＨＣクラスＩおよびクラスＩＩアレルに関する結合親和性の試験を含み得る。例としては、例えば、米国第７，８８４，１８４号またはＰＣＴ／ＵＳ２０２０／０２００８９号に開示されているような可溶性結合アッセイがあり、これらの両方は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
さらに、複数の態様において、本明細書に開示されるような、１または複数の配列番号４－３７０、３９１－４４０、および４４８－８３３を含み、またはこれ（ら）のみからなり、または本質的にこれ（ら）からなる配列（またはコア配列）を有する完全機能性変異体ポリペプチドは、ＴＣＲ接触残基などの１つ以上の重要な残基または領域に変異が存在しない。
複数の態様において、９量体の同定されたエピトープ（本明細書に開示されるように、１または複数の配列番号４－３７０の９量体断片であってよい）のＴＣＲ結合エピトープ（ＴＣＲ結合残基、ＴＣＲ対面エピトープ、ＴＣＲ対面残基またはＴＣＲ接触と呼ぶことができる）は、１または複数の配列番号４－３７０の９量体断片である。ＭＨＣクラスＩＩ分子に結合する９量体の同定されたエピトープ（本明細書で開示する１または複数の配列番号３９１－４４０および４４８－８３３の９量体断片であってもよい）については、識別エピトープの２、３、５、７および８位の位置にある。一方、９量体の同定されたエピトープ（１または複数の配列番号４－３７０の９量体断片であってもよい）のＭＨＣ結合アグレトープ（ＭＨＣ接触、ＭＨＣ対向残基、ＭＨＣ結合残基またはＭＨＣ結合面と呼ぶことができる）は、１または複数の配列番号４－３７０、３９１－４４０、および４４８－８３３の９量体断片であってもよい。ＭＨＣクラスＩＩ分子に結合する９量体の同定されたエピトープ（本明細書で開示する１または複数の配列番号３９１－４４０および４４８－８３３の９量体断片であってもよい）については、アミノ末端から数えて１、４、６および９位の位置である。
複数の態様において、ＭＨＣクラスＩ分子に結合する９量体の同定されたエピトープ（本明細書に開示されるように、１または複数の配列番号４４－３７０、３９１－４４０、および４４８－８３３の９量体断片であってもよい）のＴＣＲ結合エピトープは、同定エピトープの４、５、６、７および８位置にある。一方、ＭＨＣクラスＩ分子に結合する９量体の同定されたエピトープ（本明細書に開示されているように、１または複数の配列番号４－３７０、３９１－４４０、および４４８－８３３の９量体断片であってよい）に対するＭＨＣ結合アグレトープは、アミノ末端から数えて、ともに１、２、３、９位である。
複数の態様において、ＭＨＣクラスＩ分子に結合する１０量体の同定されたエピトープのＴＣＲ結合エピトープは、同定エピトープ（本明細書に開示されるように、１または複数の配列番号４－３７０、３９１－４４０、および４４８－８３３の１０量体断片であってもよい）の４、５、６、７、８および９の位置である。一方、ＭＨＣクラスＩ分子に結合する１０量体の同定されたエピトープ（本明細書に開示されているように、１または複数の配列番号３９１－４４０、４４８－８３３の１０体断片であってもよい）のＭＨＣ結合アグレトープ１０体識別エピトープ（は、アミノ末端から数えて１、２、３、９、１０位である。
複数の態様において、ＭＨＣクラスＩＩ分子に結合する９量体の同定されたエピトープ（本明細書に開示されるように、１または複数の配列番号４－３７０、３９１－４４０、および４４８－８３３の９量体断片であってもよい）のＴＣＲ結合エピトープは、２、３、５、７、および８位の残基の任意の組み合わせ（これらに限定されないが例えば、３、５、７、および８位；２、５、７、および８位；２、３、５、および７位など）のＭＨＣ結合アグレトープは、アミノ末端から数えた両方において、ＴＣＲ対面残基に対する相補的な面である一方、９量体の同定されたエピトープ（これは、本明細書に開示するように、１または複数の配列番号４－３７０、３９１－４４０、および４４８－８３３の９量体断片であってもよい）に対するＭＨＣ結合アグレトープは、ＴＣＲに対面した残基と相補的な面である。
複数の態様において、ＭＨＣクラスＩ分子に結合する９量体の同定されたエピトープ（本明細書に開示されるように、１または複数の配列番号４－３７０、３９１－４４０、および４４８－８３３の９量体断片であってよい）のＴＣＲ結合エピトープは、同定されたエピトープの４、５、６、７、および８位；１、４、５、６、７、および８位；または１、３、４、５、６、７、および８位にあり、一方、９量体の同定されたエピトープ（１または複数の配列番号４－３７０、３９１－４４０、および４４８－８３３の９量体断片であってもよい）に対するＭＨＣ結合アグレトープは、アミノ末端から数えて、ＴＣＲに面した残基と相補的な面である。
複数の態様において、ＭＨＣクラスＩ分子に結合する１０量体の同定されたエピトープのＴＣＲ結合エピトープ（本明細書に開示される、１または複数の配列番号４－３７０、３９１－４４０および４４８－８３３の１０量体断片であってもよい）のＴＣＲ結合エピトープは、同定されたエピトープの１、３、４、５、６、７、８位の残基の任意の組み合わせにあり、一方、１０量体の同定されたエピトープのＭＨＣ結合アグレトープ（１または複数の配列番号４－３７０、３９１－４４０、および４４８－８３３の１０量体断片であってもよい）に対するＭＨＣ結合アグレトープは、アミノ末端から数えて、ＴＣＲに面した残基と相補的な面である。
上記に基づき、１または複数の９量体及び／又は１０量体エピトープがより長いポリペプチド内に含まれ、１または複数のクラスＩ又はクラスＩＩ ＭＨＣ分子と結合すると予測され、内在する（Naturally occurring）配列において互いに近接して存在する（例えば、ここで、結合９量体および／または１０量体の各対の１位は、例えば、互いの３アミノ酸以内に入る）態様において、そのようなエピトープは、エピトープクラスターを形成するために組み合わされてもよい。所定のクラスターにおいて、任意のアミノ酸は、所定の９量体エピトープまたは１０量体エピトープに関しては、ＭＨＣに面し、別の９量体エピトープに関しては、ＴＣＲに面している可能性がある。
複数の態様において、本開示はまた、本発明で開示されるポリペプチドおよびコンカテマーポリペプチドの断片を含む。複数の態様において、本開示は、本明細書に記載される開示されるポリペプチドおよびコンカテマーポリペプチドの変異体の断片も包含する。複数の態様において、本明細書で使用されるように、断片は、少なくとも約９の連続したアミノ酸を含んでなる。複数の態様において、本開示はまた、本明細書に記載されるＴ細胞エピトープの変異体の断片を包含する。
有用な断片（および本明細書に記載のポリペプチドおよびコンカテマーポリペプチドの変異体の断片）には、１又は複数の生物学的活性（特にＭＨＣ結合性および／またはＴＣＲ特異性、および／または抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２活性）を保持するものが含まれる。生物学的活性を有する断片は、例えば、約９、１０、１１、１２、１、１４、１５、１６、２０、２５、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００またはそれ以上のアミノ酸長で、その間のいかなる値または範囲も含む。断片は個別（他のアミノ酸またはポリペプチドと融合していない）であってもよいし、より大きなポリペプチド内に存在してもよい。いくつかの断片は、単一の大きなポリペプチド内に構成することができる。複数の態様において、宿主における発現のために設計された断片は、ポリペプチド断片のアミノ末端に融合した異種のプレおよびプロポリペプチド領域と、断片のカルボキシル末端に融合した追加の領域とを有し得る。
複数の態様において、本発明で開示されるポリペプチドおよびコンカテマーポリペプチドは、そのアレルもしくは配列変異体（「突然変異体（mutants）」）または類似体を含むことができ、または化学修飾（例えば、ペギル化、グリコシル化）を含むことができる。複数の態様において、突然変異体は、同じ機能、特にＭＨＣ結合性および／またはＴＣＲ特異性、および／または抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２活性を保持する。複数の態様において、突然変異体は、ＭＨＣ分子への結合の強化を提供することができる。複数の態様において、突然変異体は、ＴＣＲへの結合の強化をもたらすことができる。別の例では、突然変異体は、ＭＨＣ分子および／またはＴＣＲへの結合の減少をもたらすことができる。また、結合するが、ＴＣＲを介したシグナル伝達を許さない突然変異体も意図されている。
複数の態様において、本開示の１または複数の、ペプチドまたはポリペプチド（限定されないが、例えば、配列番号４－３７０、３９１－４４０、および４４８－８３３のアミノ酸配列（および／または脱寛容化抗原、その脱寛容化変異体、断片またはその変異体を含む）を含み、またはこれ（ら）のみからなり、または本質的にこれ（ら）からなるペプチドまたはポリペプチド）は、異種ポリペプチドに、結合し、連結（例えば、フレーム内で融合、化学的に結合、または他の方法で結合）し、および／または挿入される。複数の態様において、本発明で開示の１または複数のペプチドまたはポリペプチドは、異種ポリペプチドの隣接アミノ酸とともに、アミノ酸配列に接合、連結（例えば、フレーム内融合、化学結合、または他の方法で結合）、および／または挿入されてもよいが、本発明で開示の１または複数のペプチドまたはポリペプチドは、異種ポリペプチドに全体として、接合、連結（例えば、フレーム内融合、化学結合、または他の方法で結合）、および／または挿入される。
複数の態様において、本発明で開示の１または複数のペプチドまたはポリペプチドは、接合され、連結され（例えば、フレーム内で融合、化学的に連結、または他の方法で結合）、および／または異種ポリペプチド（これらに限定されないが、例えば、異種ポリペプチド抗体（ＩｇＧ、ＩｇＭ、ＩｇＡ、ＩｇＤもしくはＩｇＥ分子またはその抗原特異的抗体断片（Ｆａｂ、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆｖ、ジスルフィド結合Ｆｖ、ｓｃＦｖ、単一ドメイン抗体、閉鎖構造多特異性抗体、ジスルフィド結合ＳＧＦ、ダイアボディなどであってもよい））に挿入することができる。先に記載したように、用語「異種ポリペプチド」は、本発明で開示の１または複数のペプチドが異種ポリペプチドに異種である、または内在して含まれないことを意味することが意図される。複数の態様において、本開示のポリペプチド（Ｔレジトープまたはその脱寛容化抗原）の１つ以上は、異種ポリペプチドに挿入されてもよく（例えば、組換え技術、突然変異誘発、または当該技術分野において既知の他の手段によって）、異種ポリペプチドのＣ末端に（当該技術分野において既知のようにリンカーを使用してもしなくても）添加されても、および／またはＮ末端に（当該技術分野において既知のようにリンカーを使用してもしなくても）添加されてもよい。例えば、変異誘発によるタンパク質工学は、部位特異的変異誘発技術、または当技術分野で公知の他の変異誘発技術を使用して行うことができる（例えば、James A. Brannigan and Anthony J. Wilkinson., 2002, Protein engineering 20 years on.Nature Reviews Molecular Cell Biology 3, 964-970; Turanli-Yildiz B. et al., 2012, Protein Engineering Methods and Applications, intechopen.com、これらは参照によりその全体が本明細書に組み込まれる）。
複数の態様において、１または複数のペプチドは、米国特許第７，４４２，７７８号、米国特許第７，６４５，８６１号、米国特許第７，６５５，７６４号、米国特許第７，６５５，７６５号、および／または米国特許第７，７５０，１２８号（これらの各々は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる）に開示されるようにＦｃドメイン中のアミノ酸に挿入または置換されてもよい。
複数の態様において、本開示の１または複数のペプチドまたはポリペプチドは、異種ポリペプチドに接合、連結（例えば、フレーム内で融合、化学的に連結、または他の方法で結合）、および／または挿入され、全体として異種ポリペプチドに接合、連結（例えば、フレーム内で融合、化学的に連結、または他の方法で結合）、および／または挿入アミノ酸配列から構成されてもよいが、異種ポリペプチドの隣接アミノ酸と一緒になっても良い。
複数の態様において、ペプチドまたはポリペプチドは、中性（非荷電）または塩のいずれかの形態であってもよく、グリコシル化、側鎖酸化、またはリン酸化などの改変を含んでもよく、または含まなくてもよい。特定の態様において、ペプチドまたはポリペプチドは、Ｎ末端アセチル基および／またはＣ末端アミノ基でキャップされてもよい。
複数の態様において、本開示は、１または複数の配列番号４－３７０、３９１－４４０、および４４８－８３３（および／またはその断片もしくは変異体）を含む配列を有するポリペプチド（これは、複数の態様において、分離、合成、または組換えであってよい）に関する。ここで、前記配列番号４－３７０、３９１－４４０、および４４８－８３３のうちの１または複数は、ポリペプチド中に内在して含まれず、および／または前記配列番号４－３７０、３９１－４４０、および４４８－８３３のうちの１または複数はポリペプチド中のその天然位置に配置されていない。上記ポリペプチドの複数の態様において、ポリペプチドは、分離されたもの、合成されたもの、または組換えられたものであってもよい。複数の態様において、ペプチドまたはポリペプチドは、中性（非荷電）または塩のいずれかの形態であってもよく、グリコシル化、側鎖酸化、またはリン酸化などの改変を含んでもよく、または含まなくてもよい。特定の態様において、ペプチドまたはポリペプチドは、Ｎ末端アセチル基および／またはＣ末端アミノ基でキャップされてもよい。
本開示のポリペプチドの製造方法は、分子を構成する様々な要素の性質に応じて、大きく異なるであろう。例えば、分離されたポリペプチドは、それを自然に発現する細胞から精製するか、それを発現するように改変された細胞から精製するか（組換え）、または既知のタンパク質合成方法を使用して合成することができる。合成手順は、単純であり、高い収率を提供し、高度に精製された安定な生成物を可能にするように選択されてもよい。
例えば、本開示のポリペプチドは、本明細書に開示される核酸から、または組換え技術、突然変異誘発、もしくは当該技術分野において他の既知の手段などの標準分子生物学技術の使用のいずれかによって製造することができる。分離されたポリペプチドは、それを自然に発現する細胞から精製されるか、それを発現するように改変された細胞から精製されるか（組換え）、または既知のタンパク質合成技術を使用して合成されてもよい。
複数の態様において、本開示のポリペプチドは、組換えＤＮＡまたはＲＮＡ技術によって製造される。複数の態様において、本開示のポリペプチドは、適切な宿主細胞における本開示の組換え核酸の発現によって産生されてもよい。例えば、ポリペプチドをコードする核酸分子を発現カセットまたは発現ベクターにクローニングし、発現カセットまたは発現ベクターを宿主細胞に導入し、ポリペプチドを宿主細胞で発現させる。その後、標準的なタンパク質精製技術を用いた適切な精製スキームにより、ポリペプチドを細胞から分離することができる。あるいは、ポリペプチドは、プロテアーゼ消化および精製などのｅｘ ｖｉｖｏ手順の組み合わせによって製造することができる。
さらに、本開示のポリペプチドは、部位特異的変異誘発技術、または当該技術分野で公知の他の変異誘発技術を使用して製造することができる（例えば、James A. Brannigan and Anthony J. Wilkinson., 2002, Protein engineering 20 years on. Nature Reviews Molecular Cell Biology 3, 964-970; Turanli-Yildiz B. et al., 2012,タンパク質Engineering Methods and Applications, intechopen.com,これらはその全体が参照により本明細書に組み込まれている）。
キメラまたは融合ポリペプチド組成物は、当技術分野で知られているような標準的な組換えＤＮＡまたはＲＮＡ技術によって製造することができる。例えば、異なるポリペプチド配列をコードするＤＮＡまたはＲＮＡ断片は、従来の技術に従ってインフレームで一緒にライゲーションされてもよい。別の実施形態では、融合遺伝子は、自動ＤＮＡ合成機を含む従来の技術によって合成されてもよい。あるいは、核酸断片のポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）増幅は、キメラ核酸配列を生成するために続いてアニールされ再増幅されてもよい２つの連続する核酸断片の間の相補的オーバーハングを生じさせるアンカープライマーを使用して実施することができる（Short Protocols in Molecular Biology:A Compendium of Methods from Current Protocols in Molecular Biology, (2ND , 1992), FM Asubel et al. (eds), Green Publication Associates, New York, NY (Publ), ISBN: 9780471566355,これ（ら）の参照は、本開示に組み込むことができる）。
さらに、本開示の１つまたは複数のペプチド、ポリペプチドまたはコンカテマー（限定されないが、例えば、配列番号４－１６７６、１７１３－２５９５、および２６０５－２６３８のアミノ酸配列（および／またはその断片もしくは変異体）、ならびに任意に配列番号４－１６７６、１７１３－２５９５、および２６０５－２６３８のポリペプチドのＮ末および／またはＣ末に任意の比率で分布する１～１２の追加のアミノ酸を含み、またはこれ（ら）のみからなり、または本質的にこれ（ら）からなるペプチドもしくはポリペプチド）は、組換え技術、合成重合技術、突然変異誘発、または当該技術分野で知られている他の標準的技術によって、異種ポリペプチドに挿入するか、またはポリペプチドの非自然発生位置へ挿入することが可能である。
例えば、変異誘発によるタンパク質工学は、部位特異的変異誘発技術、または当技術分野で公知の他の変異誘発技術を用いて行うことができる（例えば、James A. Brannigan and Anthony J. Wilkinson., 2002, Protein engineering 20 years on.Nature Reviews Molecular Cell Biology 3, 964-970; Turanli-Yildiz B. et al., 2012,タンパク質Engineering Methods and Applications, intechopen.com, これらはその全体が参照により本明細書に組み込まれている）。
複数の態様において、ポリペプチド、コンカテマーポリペプチド、およびキメラまたは融合ポリペプチドは、均質になるまで精製することができ、又は部分的に精製することができる。しかしながら、Ｔ細胞エピトープ化合物および組成物が均質になるまで精製されない調製物が有用であることが理解される。重要な特徴は、調製物が、相当量の他の成分の存在下でも、組成物の所望の機能を可能にすることである。したがって、本開示は、様々な程度の純度を包含する。一実施形態では、「細胞性物質を実質的に含まない」という文言は、約３０％未満（乾燥重量で）の他のタンパク質（例．汚染タンパク質）、約２０％未満の他のタンパク質、約１０％未満の他のタンパク質、約５％未満の他のタンパク質、約４％未満の他のタンパク質、約３％未満の他のタンパク質、約２％未満の他のタンパク質、約１％未満の他のタンパク質、またはその間の任意の値または範囲を有するポリペプチド、コンカテマーポリペプチド、およびキメラまたは融合ポリペプチドの調製物を含む。
複数の態様において、本開示のポリペプチド、コンカテマーポリペプチド、およびキメラまたは融合ポリペプチドが組換えにより得られる場合、組成物は、培養液（培養培地）を実質的に含まないこともでき、例えば、培養液は、ポリペプチド、コンカテマーポリペプチド、およびキメラまたは融合ポリペプチド調製物中の約２０体積％未満、約１０体積％未満、または約５体積％未満を占める。
「化学前駆体または他の化学物質を実質的に含まない」という表現は、Ｔ細胞エピトープの合成に関与する化学前駆体または他の化学物質から分離された、本ポリペプチド、コンカテマーポリペプチド、およびキメラまたは融合型ポリペプチドの調製物を含む。「化学前駆体または他の化学物質を実質的に含まない」という文言は、例えば、約３０％未満（乾燥重量で）の化学前駆体または他の化学物質、約２０％未満の化学前駆体または他の化学物質、約１０％未満の化学前駆体または他の化学物質、約５％未満の化学前駆体または他の化学物質、約４％未満の化学前駆体または他の化学物質、約３％未満の化学前駆体または他の化学物質、約２％未満の化学前駆体または他の化学物質、または約１％未満の化学前駆体または他の化学物質を有する、本ポリペプチド、コンカテマーポリペプチド、およびキメラまたは融合ポリペプチドの調整物を含み得る。
複数の態様において、本開示はまた、Ｔ細胞エピトープ化合物および組成物（例えば、本明細書に開示されるペプチドまたはポリペプチド；本明細書に開示されるコンカテマーペプチド；本明細書に開示されるキメラまたは融合ポリペプチド組成物（これらは複数の態様において、分離、合成、および／または組み換えであってもよい）の１またはそれ以上を含む）の薬学的に許容される塩を含む。「薬学的に許容される塩」とは、薬学的に許容され、親ペプチドまたはポリペプチド（例えば、本明細書に開示されるペプチド、ポリペプチド、コンカテマーペプチド、および／またはキメラまたは融合ポリペプチド）の所望の薬理活性を有する塩を意味する。
本明細書で使用される場合、「薬学的に許容される塩」は、本発明で開示されるポリペプチド、コンカテマーポリペプチド、および／またはキメラまたは融合ポリペプチドの誘導体を指し、ここで、その化合物は、その酸または塩基塩を作ることにより修飾される。薬学的に許容される塩の例には、アミンなどの塩基性残基の鉱酸塩または有機酸塩、カルボン酸などの酸性残基のアルカリ塩または有機酸塩などが含まれるが、これらに限定されない。薬学的に許容される塩としては、例えば、無毒な無機又は有機酸から形成される従来の無毒性塩又は親化合物の第４級アンモニウム塩が挙げられる。例えば、そのような従来の非毒性塩は、２－アセトキシ安息香酸、２－ヒドロキシエタンスルホン酸、酢酸、アスコルビン酸、ベンゼンスルホン酸、安息香酸、重炭酸、炭酸、クエン酸、エデト酸、エタンジスルホン酸、１，２－エタンスルホン酸、フマル酸、グルコヘプトン酸、グルコン酸、グルタミン酸、グリコール酸、グリコリアルサニル酸、ヘキシルレゾルシン酸、ヒドラバム酸、臭化水素酸、塩酸、ヨウ化水素酸、ヒドロキシマレイン酸、ヒドロキシナフトエ酸、イセチオン酸、乳酸、ラクトビオン酸、ラウリルスルホン酸、マレイン酸、リンゴ酸、マンデル酸、メタンスルホン酸、ナプシル酸、硝酸、シュウ酸、パモイ酸、パントテン酸、フェニル酢酸、リン酸、ポリガラクツロン酸、プロピオン酸、サリチル酸、ステアリン酸、亜酢酸、コハク酸、スルファミン酸、スルファニル酸、硫酸、タンニン酸、酒石酸、トルエンスルホン酸、および一般的なアミン酸、例えば、グリシン、アラニン、フェニルアラニン、アルギニンから選択される無機および有機酸から得られるものを含むが、これらに限定されるものではない。
複数の態様において、本開示は、追加のペプチドまたはポリペプチドに対して、連結、融合、またはともに接合（例えば、フレーム内で融合、化学的に連結、または他の方法で結合）された１つ以上本発明で開示されたポリペプチドまたはペプチドを含む、コンカテマーポリペプチドまたはペプチドに関する。そのような追加のペプチドまたはポリペプチドは、本発明で開示されるポリペプチドまたはペプチドの１つ以上であってもよく、あるいは、着目した追加のペプチドまたはポリペプチドであってもよい。
複数の態様において、コンカテマーペプチド（コンカテマーペプチド）は、３以上、４以上、５以上、６以上、７以上、８以上、９以上の本発明で開示されたペプチドまたはポリペプチドから構成されている。他の複数の態様において、コンカテマーペプチド又はポリペプチドは、１０００以上、１０００以下、９００以下、５００以下、１００以下、７５以下、５０以下、４０以下、３０以下、２０以下、又は１００以下のペプチドエピトープを含む。さらに他の複数の実施形態では、コンカテマーペプチドは、３～１００、５～１００、１０～１００、１５～１００、２０～１００、２５～１００、３０～１００、３５～１００、４０～１００、４５～１００、５０～１００、５５～１００、６０～１００、６５～１００、７０～１００、７５～１００、８０～１００、９０～１００、５～５０、１０～５０、１５～５０，２０～５０、２５～５０、３０～５０、３５～５０、４０～５０、４５～５０、１００～１５０、１００～２００、１００～３００、１００～４００、１００～５００、５０～５００、５０～８００、５０～１０００、または１００～１０００の本発明で開示されるペプチドまたはポリペプチドが連結、融合または結合しているものである。コンカテマーポリペプチドの各ペプチドまたはポリペプチドは、任意に、切断感受性部位であってもよい１または複数のリンカーを、それらのＮ末端および／またはＣ末端に隣接して有していてもよい。このようなコンカテマーペプチドにおいて、２つ以上のペプチドエピトープは、それらの間に開裂感受性部位を有していてもよい。あるいは、２つ以上のペプチドエピトープは、互いに直接、または切断感受性部位でないリンカーを介して接続されていてもよい。
特定の態様において、このようなコンカテマーポリペプチドは、Ｎ末端アセチル基および／またはＣ末端アミノ基でキャップされてもよい。上述のコンカテマーペプチドまたはポリペプチドの複数の態様において、コンカテマーペプチドまたはポリペプチドは、分離、合成、または組換えされていてもよい。
複数の態様において、コンカテマーペプチドまたはポリペプチドは、中性（非荷電）または塩のいずれかの形態であり得、グリコシル化、側鎖酸化、またはリン酸化などの改変を含まなくてもよいし、含んでもよい。特定の態様において、コンカテマーポリペプチドは、Ｂ末端アセチル基および／またはＣ末端アミノ基でキャップされてもよい。
複数の態様において、本発明で開示される１または複数のペプチド（これに限定されないが、例えば、配列番号４－３７０、３９１－４４０、および４４８－８３３のアミノ酸配列を含み、またはこれ（ら）のみからなり、または本質的にこれ（ら）からなるペプチドまたはポリペプチドまたはその脱寛容化変異体）は、米国特許第７，４４２，７７８号、米国特許第７，６４５，８６１号、米国特許第７，６５５，７６４号、米国特許第７，６５５，７６５号、および／または米国特許第７，７５０，１２８号（その各々は、参照によりその全体がここに組み込まれる）に開示されるようにＦｃドメイン中のアミノ酸に挿入または置換されてもよい。このような内部配列は、挿入（すなわち、前に存在したＦｃドメインのアミノ酸の間）または前に存在したＦｃドメインのアミノ酸の置換（すなわち、前に存在したＦｃドメインのアミノ酸を除去してペプチドアミノ酸を加える）によって追加することができる。後者の場合、付加されるペプチドアミノ酸の数は、前に存在したＦｃドメインから除去されたアミノ酸の数に対応する必要はない；例えば、複数の態様において、組成物は、ネイティブＦｃドメインから１～２１アミノ酸の配列を除去した９～２１アミノ酸の付加内部配列からなることがある。複数の態様において、１または複数のＴレジトープは、米国特許第７，４４２，７７８号、米国特許第７，６４５，８６１号、米国特許第７，６５５，７６４号、米国特許第７，６５５，７６５号および／または米国特許第７，７５０，１２８号に開示されるようにＦｃドメインの１または複数の好ましい内部部位に挿入または置換（例えば、完全または部分置換）されている。
複数の態様において、本開示の組成物は、本明細書に記載のＴレジトープペプチド（例えば、これらに限定されないが、配列番号４－３７０、３９１－４４０および４４８－８３３のアミノ酸配列（および／またはその断片もしくは変異体）を含み、またはこれ（ら）のみからなり、または本質的にこれ（ら）からなるペプチドまたはポリペプチド、またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２タンパク質の脱寛容化抗原ペプチドもしくはポリペプチドを含み、ここで、同定されたＴレジトープの１つ以上が削除、部分削除および／または変異され、前記ペプチドに反応性の部位を付加して改変ペプチドとすることによって改変されており、さらに該改変ペプチドの反応性部位が血液成分上の反応性官能基と結合を形成することができ、該ペプチドの反応性部位と血液成分上の反応性官能基との間に結合が形成されると、米国特許第６，８４９，７１４号、米国特許第６，８８７，４７０号、米国特許第７，２５６，２５３号、および米国特許第７，３０７，１４８号（これらの各々は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる）に開示されているように、ペプチド－血液成分コンジュゲートが形成される。複数の態様において、ペプチド－血液成分コンジュゲート中のＴレジトープまたはその脱寛容化抗原は、その元の生物学的活性の全てまたは大部分を保持する。
複数の態様において、１または複数の改変ペプチドの反応性部位と血液成分との間に形成される結合は、共有結合である。複数の態様において、ペプチド配列は、配列番号４－３７０、３９１－４４０、および４４８－８３３またはその脱寛容化抗原変異体から独立して選択される。
ペプチド－血液成分コンジュゲートにより、Ｔレジトープ又は脱寛容化抗原を含む改変ポリペプチドのｉｎ ｖｉｖｏでの半減期を延長すること、改変ポリペプチドを急速なタンパク質分解から保護すること、改変ポリペプチドを循環からの急速なクリアランス及び／又は急速な腎排泄から保護すること、ペプチド－血液成分コンジュゲートを対象の身体中に広く分布させること、適切な免疫細胞（マクロファージおよびＡＰＣなど）への改変ポリペプチドの送達を補助すること、改変ポリペプチドが特定の免疫細胞（マクロファージおよびＡＰＣなど）のエンドサイトーシス経路によって処理されること、および／または前記免疫細胞による改変ポリペプチドの抗原としての提示を補助することが可能である。
複数の態様において、ペプチド－血液成分コンジュゲートは、担体タンパク質（例えば、アルブミン）として作用する血液成分を含み、さらに改変ポリペプチドを含み、前記改変ポリペプチドは、本明細書に記載する１または複数のＴレジトープ又は脱寛容化抗原を含んでいる。改変ポリペプチドは、ポリペプチドに付加している反応性部位を含み、反応性部位は、血液成分上の反応性官能基と結合（例えば、共有結合）を形成することが可能である。ペプチド－血液成分コンジュゲートは、Ｔレジトープまたはその不感症抗原を含むポリペプチドに反応性部位を付加させて改変ポリペプチドを作製し、次に改変ポリペプチドの反応性部位と血液成分上の反応性機能性との間に結合を形成することによって形成することができ、これは米国特許第６，８４９，７１４号、米国特許第６，８８７，４７０号、米国特許第７，２５６，２５３号、および米国特許第７，３０７，１４８号（参照によりその全体が本明細書に組み込まれる）に開示されているように、改変ポリペプチドの反応性部位と血液成分上の反応性官能基との間に結合を形成する。Ｔレジトープまたは脱寛容化抗原を含む上述のペプチド－血液成分コンジュゲートおよび改変ポリペプチドの複数の態様において、ペプチド－血液成分コンジュゲートおよび改変ポリペプチドは、分離、合成、または組換えのいずれであってもよい。
複数の態様において、ペプチド－血液成分コンジュゲートの血液成分は、米国特許第６，８４９，７１４号、米国特許第６，８８７，４７０号、米国特許第７，２５６，２５３号、および米国特許第７，３０７，１４８号に開示されるように、固定または移動性のいずれかであってよい。固定血液成分は、移動しない血液成分であり、組織、膜受容体、間質性タンパク質、フィブリンタンパク質、コラーゲン、血小板、内皮細胞、上皮細胞及びそれに関連する膜及び膜受容体、体細胞、骨格及び平滑筋細胞、ニューロン成分、骨細胞及び破骨細胞並びに全ての身体組織、特に循環系及びリンパ系に関連する組織が含まれる。移動性血液成分とは、一般に５分以内、より通常は１分以内の長時間の間、固定された座を持たない血液成分である。これらの血液成分は、膜に結合しておらず、長時間血液中に存在し、少なくとも０．１μｇ／ｍＬの最小濃度で存在する。可動型血液成分には、血清アルブミン、トランスフェリン、フェリチン、ＩｇＭやＩｇＧなどの免疫グロブリンが含まれる。可動性血液成分の半減期は、少なくとも約１２時間である。
ペプチド－血液成分コンジュゲートの態様では、血液成分は、血清アルブミン、ヒト血清アルブミン、組換えアルブミン、および組換えヒト血清アルブミンなどのアルブミンである。アルブミンは、ペプチド－アルブミンコンジュゲートをマクロファージやＡＰＣなどの適切な細胞に運ぶＦｃ新生児結合ドメインを含むので、好ましい血液成分である。さらに、アルブミンは、アミノ酸３４（Ｃｙｓ３４）（ヒトセリンアルブミンのアミノ酸配列におけるアミノ酸の位置）にシステインを含み、ｐＫａが約５の遊離チオールを含み、アルブミンの好ましい反応性機能性として機能し得る。アルブミンのＣｙｓ３４は、改変Ｔレジトープペプチドの好ましい反応性部位であるマレイミドプロピオンアミド（ＭＰＡ）と安定なチオエステル結合を形成することができる。
複数の態様において、ペプチド－血液成分コンジュゲートの血液成分における反応性官能基、または本発明で開示される改変ポリペプチドとコンジュゲートを形成することができる血液成分における反応性官能基は、改変治療ペプチド上の反応性基が反応して共有結合を形成する、移動および固定タンパク質を含む、血液成分における官能基である。米国特許第６，８４９，７１４号、米国特許第６，８８７，４７０号、米国特許第７，２５６，２５３号、および米国特許第７，３０７，１４８号に開示されているように、このような官能基としては通常、エステル反応基と結合するための水酸基、マレイミド、イミドおよびチオリエステル基と結合するためのチオール基、反応基上の活性化カルボキシル、リン酸または他のいかなるアシル基と結合するためのアミノ基が挙げられる。
複数の態様において、血液成分の反応性官能基は、アミノ基、ヒドロキシル基、またはチオール基である。
複数の態様において、血液成分の反応性官能基は、ポリペプチドおよび／またはタンパク質中のアミノ酸の側基の成分であり、反応性官能基はポリペプチドおよび／またはタンパク質の表面付近に存在する。
複数の態様において、血液成分の反応性官能基は、タンパク質性血液成分の遊離システイン残基のチオール基である。
複数の態様において、反応性官能基は、セリンアルブミンのアミノ酸３４のシステイン（Ｃｙｓ３４）の遊離チオール基である。
複数の態様において、血液成分の反応性官能基は、血漿のような生理学的環境において約５のｐＫａを有するチオールである。
複数の態様において、血液成分の反応性官能基は、血漿などの生理学的環境において約５．５のｐＫａを有するチオールである。
複数の態様において、血液成分の反応性官能基は、血漿のような生理学的環境において３－７のｐＫａを有するチオールである。
複数の態様において、血液成分の反応性官能基は、チオラートアニオンである。複数の態様において、反応性官能基は、セリンアルブミンのアミノ酸３４のシステインのチオラートアニオン（Ｃｙｓ３４）である。
複数の態様において、ペプチド－血液成分コンジュゲートの改変ポリペプチドおよびペプチド－血液成分コンジュゲートを形成するために用いられる改変ポリペプチドは、ポリペプチドに結合している反応性部位を含み、反応性部位は血液成分上の反応性官能基と結合（例えば、共有結合）を形成することが可能である。
複数の態様において、反応性基は、血液成分上のアミノ基、ヒドロキシル基またはチオール基と反応して、それと共有結合を形成することが可能である。複数の態様において、反応性部位は、改変ポリペプチドが血液成分に結合されるとき、改変ペプチドが親化合物の活性のかなりの割合を保持するような部位に配置される。
複数の態様において、反応性部位は、スクシンイミジル基またはマレイミド基であってよい。
複数の態様において、反応性部位は、改変ポリペプチドのアミノ酸の治療的活性が低い領域に位置するアミノ酸に結合していてもよい。
複数の態様において、反応性部位は、改変ポリペプチドのアミノ末端アミノ酸に付加される。
複数の態様において、反応性部位は、改変ポリペプチドのカルボキシ末端アミノ酸に付加される。
複数の態様において、反応性部位は、改変ポリペプチドのアミノ末端アミノ酸とカルボキシ末端アミノ酸の間に位置するアミノ酸に結合している。
複数の態様において、反応性基は、連結基を介して、または任意に連結基を使用せずに、（改変されるべき）ポリペプチドに結合されてもよい。さらに、反応性基の付加を促進するために、１つ以上の追加のアミノ酸（例えば、１つ以上のリジン）がポリペプチドに付加されてもよい。連結基は、血液成分の反応性基を、本明細書に記載の１または複数のＴレジトープ又は脱寛容化抗原を含むポリペプチドに連結又は接続する化学的部分である。連結基としては、アルキル基、アルコキシ基、アルケニル基、アルキニル基、またはアルキル基、シクロアルキル基、多環式基、アリール基、ポリアリール基、置換アリール基、複素環基、および置換複素環基で置換されたアミノ基から選択される、１またはそれ以上を用いることができる。連結基はまた、ＡＥＡ（（２－アミノ）エトキシ酢酸）または好ましい連結基ＡＥＥＡ（［２－（２－アミノ）エトキシ］エトキシ酢酸）などのポリエトキシアミノ酸から構成されてもよい。
複数の態様において、連結基は、ポリエチレングリコールリンカー（例えば、ＰＥＧ２またはＰＥＧ１２が挙げられるが、これらに限定されない）を含んでいてもよい。
なお、改変ポリペプチドは、血液成分とのコンジュゲーションがｉｎ ｖｉｖｏで起こるようにｉｎ ｖｉｖｏで投与してもよいし、ｉｎ ｖｉｔｒｏで血液成分と最初にコンジュゲーションし、得られたペプチダーゼ安定化ポリペプチドがｉｎ ｖｉｖｏで投与されるようにしてもよい。さらに、米国特許第６，８４９，７１４号、米国特許第６，８８７，４７０号、米国特許第７，２５６，２５３号および米国特許第７，３０７，１４８号に開示されているように、ペプチダーゼ安定化ポリペプチドは、改変ペプチドの反応基と血液成分の機能性の間に、連結基を用いてまたは用いずに形成される共有結合を介して血液成分に結合させた、改変ポリペプチドを言う。このような反応は、好ましくは、マレイミドリンク（例えば、ＧＭＢＳ、ＭＰＡまたは他のマレイミドから調製）で改変したポリペプチドを、血清アルブミンまたはＩｇＧなどの移動血液タンパク質上のチオール基と共有結合させることによって確立される。ペプチダーゼ安定化ポリペプチドは、非安定化ペプチドよりも、生体内のペプチダーゼの存在下でより安定である。ペプチダーゼで安定化された治療用ペプチドは、同一配列の非安定化ペプチドと比較して、一般に半減期が少なくとも１０～５０％増加する。ペプチダーゼ安定性は、血清または血液中の非改変治療用ペプチドの半減期と、血清または血液中の改変対応物治療用ペプチドの半減期を比較することにより決定される。半減期は、改変ペプチド及び非改変ペプチドを投与した後に血清又は血液をサンプリングし、ペプチドの活性を測定することにより決定される。活性の測定に加えて、治療用ペプチドの長さも測定することができる。
複数の態様において、ペプチド－血液成分コンジュゲートの改変ポリペプチド、およびペプチド－血液成分コンジュゲートを形成するために使用される改変ポリペプチドは、本明細書に開示される１または複数のＴレジトープまたはその脱寛容化抗原を含んでいる。
複数の態様において、改変ポリペプチドの１または複数のＴレジトープまたはその脱寛容化抗原は、本明細書に本質的に開示されるように、１または複数の配列番号４－３７０、３９１－４４０、および４４８－８３３（ならびにその断片および変異体）を含み、またはこれ（ら）のみからなり、または本質的にこれ（ら）からなる配列、または本明細書に記載のＴレジトープが削除、部分削除および／もしくは変異されているＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２タンパク質もしくはポリペプチドを有している。
複数の態様において、改変ポリペプチドの１または複数のペプチドは、任意選択で、切断感受性部位であってもよい１つ以上のリンカーを、それらのＮ末端及び／又はＣ末端に隣接して有していてもよい。このような改変ポリペプチドにおいて、２つ以上のペプチドは、それらの間に切断感受性部位を有していてもよい。あるいは、２つ以上のペプチドは、互いに直接、または切断感受性部位でないリンカーを介して接続されていてもよい。
複数の態様において、１または複数のＴレジトープ及び／又はそこに含まれる脱寛容化抗原を含む改変ポリペプチドは、中性（非荷電）又は塩のいずれかの形態であり得、グリコシル化、側鎖酸化、又はリン酸化などの改変を含まないか含んでいてもよい。特定の態様において、改変されたポリペプチドは、Ｎ末端アセチル基および／またはＣ末端アミノ基でキャップされてもよい。複数の態様において、改変ポリペプチドに含まれる１または複数のＴレジトープは、Ｎ末端アセチル基および／またはＣ末端アミノ基でキャップされていてもよい。
複数の態様において、改変ペプチドの反応性部位は、緩やかな求電子剤(soft electrophile)である。複数の態様において、改変ペプチドの反応性部位は、チオールに対して選択的な求電子剤である。好ましい実施形態において、改変ペプチドを作成するために付加された反応性部位は、マレイミドである。
複数の態様において、反応性部位は、マレイミドプロピオン酸である。好ましい実施形態では、改変されたＴレジトープペプチドの付加した反応性部位はマレイミドであり、血液成分はアルブミンであり、アルブミン上の反応性官能性はアルブミンのＣｙｓ３４の遊離チオールまたはチオラートアニオンである。改変ペプチドの反応性部分がマレイミドであり、血液成分がアルブミンであり、アルブミンの反応性官能基がアルブミンのＣｙｓ３４の遊離チオールまたはチオレートアニオンである場合、マレイミド基とスルフヒドリルの間に生理的条件では切断することができない安定なチオエステル結合が形成される。
複数の態様において、改変ペプチドはリンカーを含み、反応性部位はリンカーを介してペプチドに付加される。複数の態様において、改変されたペプチドは、１：１のモル比で血液成分に結合する。
本開示の改変ペプチドの製造方法は、分子を構成する様々な要素の性質に応じて、大きく異なるであろう。合成手順は、単純であり、高い収率を提供し、高度に精製された安定な生成物を可能にするように選択されてもよい。通常、反応性部分は最終段階として作成され、例えば、カルボキシル基では、活性エステルを形成するためのエステル化が合成の最終段階となるであろう。
複数の態様において、本開示は、米国特許第６，８４９，７１４号、米国特許第６，８８７，４７０号、米国特許第７，２５６，２５３号、および米国特許第７，３０７，１４８号に開示されるような工程で、本明細書に記載の改変Ｔレジトープペプチドまたは改変脱寛容化抗原ペプチドを合成する方法にも向けられている。態様において、本方法は、以下の工程を含む。第１の工程において、１または複数のペプチド配列は、本質的に本明細書に開示されるように作製することができる。第２の工程において、ポリペプチドがシステインを含まない場合、ポリペプチドはカルボキシ末端アミノ酸から合成され、反応性部位がカルボキシ末端アミノ酸に付加されてもよい。あるいは、カルボキシ末端アミノ酸に末端リジン（または１つ以上のリジン）を付加し、その末端リジンに反応性部位を付加してもよい。第３の工程において、ポリペプチドが１つのシステインのみを含む場合、ポリペプチドの治療的活性が低い領域のアミノ酸に反応性部位を付加する前に、システインを保護基と反応させる。第４工程において、ポリペプチドがジスルフィド橋として２つのシステインを含む場合、２つのシステインを酸化し、反応性部位をアミノ末端アミノ酸、カルボキシ末端アミノ酸、またはポリペプチドのカルボキシ末端アミノ酸とアミノ末端アミノ酸の間に位置するアミノ酸に付加させる。第５工程では、ポリペプチドがジスルフィド橋として２個以上のシステインを含む場合、カルボキシ末端アミノ酸に反応性部位を付加する前に、ジスルフィド橋のシステインを順次酸化して、ペプチドを精製する。
複数の態様において、本開示は、ペプチド－血液成分コンジュゲートを合成する方法にも向けられている。第１の工程において、反応性マレイミドプロピオンアミド（ＭＰＡ）を、１または複数のＴレジトープを含むポリペプチド上のＮ末端リジンを介して添加し、改変ポリペプチドを作製する。複数の態様において、１または複数のリジンは、ポリペプチドのＮ末端に存在し、任意選択で、配列番号４－３７０、３９１－４４０、および４４８－８３３からなる群から選択される配列または本明細書に開示されるようなその脱寛容化抗原のＮ末端において存在する。任意選択で、ＰＥＧ２またはＰＥＧ１２などのポリエチレングリコールリンカーが、１つ以上のリジンとＴレジトープまたは脱寛容化抗原配列の間、またはＴレジトープまたは脱寛容化抗原配列のＮ末端で存在する。
複数の態様において、ＰＥＧ２またはＰＥＧ１２部分とペプチド配列との間に、カテプシンＢ部位などのリソソーム切断部位、任意選択でバリンおよびシトルリンからなる（Ｎ末端からＣ末端まで順次）、リソソーム切断部位が存在する。リソソーム切断部位（カテプシンＢ部位など）を組み込んでリソソームプロテアーゼ部位を提供し、ペプチドがリソソーム区画に放出されることを可能にすることができる。
複数の態様において、リソソーム切断部位（カテプシンＢ部位など）は、ペプチドが細胞内、好ましくは初期エンドソーム内に放出されることを可能にする、リソソームプロテアーゼ部位を提供するために存在する。好ましい実施形態では、リソソーム切断部位（カテプシンＢ部位など）は、ペプチドを細胞内、例えば、膜で囲まれた小胞（初期エンドソーム、後期エンドソーム、またはリソソームなど）へ放出することを可能にし、ペプチドを抗原提示のために処理することができるようにリソソーム・プロテアーゼ部位を提供するために存在する。
複数の態様において、ペプチドは、マクロファージまたは抗原提示細胞などの免疫細胞によって抗原として提示され、好ましくは、ＭＨＣクラスＩＩ抗原として提示される。
複数の態様において、ＰＥＧ２部分とペプチド配列の間、および／または１または複数のペプチドの間に、カテプシンＢ部位などのリソソーム切断部位、任意にバリンおよびシトルリンから（Ｎ末端からＣ末端まで順次）なる部位が存在する。
複数の態様において、１または複数のペプチドは、構築物上に存在してもよく、任意にリンカーよりもＣ末端に近接していてもよい。
複数の態様において、１つ以上のリソソーム切断部位は、複数のペプチド間に存在する（例えば、単一のリソソーム切断部位が２つのＴレジトープまたは脱寛容化抗原を分離するように、または１つのリソソーム切断部位が第１および第２ペプチド間に存在し、別のリソソーム切断部位が第２および第３ペプチド間に存在するなどである）。
複数の態様において、ノルロイシン（Ｎｌｅ）残基は、例えば質量分析による評価のために、最終ペプチド－血液成分コンジュゲートに組み込まれたペプチドの量を定量化する手段として、Ｃ末端に存在する。
複数の態様において、ポリペプチドのＣ末端は、Ｃ末端アミノ基でキャップされる。第２の工程において、マレイミドベースの化学を使用して、改変されたポリペプチドを血液成分、好ましくは血清アルブミンに１：１のモル比で共有結合させる。第２の工程は、以下でさらに説明するように、本開示の実施例において、ｉｎ ｖｉｖｏまたはｅｘ ｖｉｖｏで実施されてもよい。
複数の態様において、ペプチド－血液成分コンジュゲートの形成は、Ｔレジトープまたは脱寛容化抗原を、ｉｎ ｖｉｖｏで存在するとき、ペプチダーゼによる急速な分解、循環からの急速なクリアランス、および／または急速な腎排泄から保護する。
複数の態様において、ペプチド－血液成分コンジュゲートの形成は、ｉｎ ｖｉｖｏでのペプチドの半減期を著しく延長させる。
複数の態様において、ペプチド－血液成分コンジュゲートの形成は、対象の体全体にペプチド－血液成分コンジュゲートを広く分布させることができる。
複数の態様において、ペプチド－血液成分コンジュゲートは、対象の血漿中に存在する場合、血液脳関門（blood-brain barrier）を通過しない。
複数の態様において、ペプチド－血液成分コンジュゲートは、マクロファージおよび／または抗原提示細胞（ＡＰＣ）などの適切な免疫細胞へのペプチドの送達を補助する。
複数の態様において、マクロファージおよび／またはＡＰＣなどの適切な免疫細胞へのペプチドの送達に際して、ペプチドは、膜結合小胞、好ましくは、初期エンドソーム、後期エンドソーム、またはリソソームなどのエンドサイトーシス経路の小胞に包含される。
複数の態様において、ペプチドは、マクロファージおよび／またはＡＰＣなどの適切な免疫細胞によって一旦処理されると、ＭＨＣクラスＩＩ抗原として提示される。
複数の態様において、ペプチド－血液成分コンジュゲート中のＴレジトープ又は脱寛容化抗原は、１２時間までのｉｎ ｖｉｖｏでの血漿半減期を有する。
複数の態様において、ペプチド－血液成分コンジュゲート中のＴレジトープまたは脱寛容化抗原は、最大１日のｉｎ ｖｉｖｏでの血漿中半減期を有する。
複数の態様において、ペプチド－血液成分コンジュゲート中のＴレジトープまたは脱寛容化抗原は、最大４０－４８時間のｉｎ ｖｉｖｏでの血漿中半減期を有している。
複数の態様において、ペプチド－血液成分コンジュゲート中のＴレジトープまたは脱寛容化抗原は、最大６０時間のｉｎ ｖｉｖｏでの血漿半減期を有する。
複数の態様において、ペプチド－血液成分コンジュゲート中のＴレジトープまたは脱寛容化抗原は、最大１５日のｉｎ ｖｉｖｏでの血漿中半減期を有する。
複数の態様において、１または複数のＴレジトープ及び／又は脱寛容化抗原を含む改変ポリペプチドは、対象に投与され、投与時、改変ポリペプチドは循環血液成分の反応性官能基とｉｎ ｖｉｖｏで反応する。複数の態様において、ペプチドは、ヒト対象に投与され、血液成分は、ヒトアルブミン、好ましくは、ヒト対象の循環アルブミンである。
複数の態様において、ペプチド－血液成分コンジュゲートを形成するために使用される改変ポリペプチドは、血液成分上の反応性官能基とｅｘ ｖｉｖｏで結合を形成することができ、改変ポリペプチドの反応性部分と血液成分上の反応性官能基との間の結合の形成により、ペプチド－血液成分コンジュゲートが米国特許第６，８４９，７１４号、米国特許第６，８８７，４７０号、米国特許第７，２５６，２５３号、および米国特許第７，３０７，１４８号に開示されているように、ペプチド－血液成分コンジュゲートが形成される。
複数の態様において、本明細書に開示される改変ポリペプチドは、体外の血液成分の反応性官能基に共有結合するように構成される。複数の態様において、血液成分はアルブミンである。複数の態様において、血液成分は、組換えアルブミン、ヒト組換えアルブミン、およびゲノムソースからのアルブミンの群から選択される。
（ｖ）核酸
複数の態様において、本開示は、本明細書に記載される、１つまたは複数のペプチド、ポリペプチド（本開示のＴレジトープおよび脱寛容化抗原を含む）、コンカテマーペプチド、および／またはキメラまたは融合ポリペプチドの全体または一部をコードする核酸（限定されないが、例えば、ＤＮＡ（ｃＤＮＡ）、ＲＮＡ（限定されないが、ｍＲＮＡなど））、ベクター、ウイルス、またはそのハイブリッド（これらはすべて分離、合成または組み換えであってもよい）をも提供する。
複数の態様において、核酸は、発現カセット、プラスミド、および発現ベクター、または組換えウイルスをさらに含むか、またはその中に含まれており、ここで、任意選択で、核酸、または発現カセット、プラスミド、発現ベクター、または組換えウイルスは、細胞（任意選択でヒト細胞または非ヒト細胞）内に含まれ、任意に、前記細胞は、核酸、または発現カセット、プラスミド、発現ベクター、または組換えウイルスで形質導入される。複数の態様において、細胞は、本明細書に開示される、分離、合成、または組換えされた核酸、発現カセット、プラスミド、発現ベクター、または組換えウイルス；および／または本明細書に開示される、分離、合成、または組換えキメラまたは融合ポリペプチド組成物を、例えば、１または複数の、本開示のポリペプチドの中に含むように形質転換、トランスフェクト、または他の方法で工学的に構築される。
複数の態様において、細胞は、哺乳類細胞、細菌細胞、昆虫細胞、または酵母細胞であり得る。複数の態様において、本開示の核酸分子は、ベクターに挿入され、例えば、発現ベクターまたは遺伝子治療ベクターとして使用することができる。遺伝子治療ベクターは、例えば、静脈内注射、局所投与（米国特許第５，３２８，４７０号）または定位注射（Chen SHら, (1994), Proc Natl Acad Sci USA, 91(8):3054-7、これらは参照によりその全体が本明細書に組み込まれている）により対象に送達されうる。
同様に、本開示の核酸分子は、プラスミドに挿入することができる。遺伝子治療ベクターの医薬製剤は、許容される希釈剤中に遺伝子治療ベクターを含むことができ、または遺伝子送達ビヒクルが埋め込まれている徐放性マトリックスから構成されることができる。あるいは、完全な遺伝子送達ベクターが組換え細胞、例えば、レトロウイルスベクターからそのまま生産され得る場合、医薬製剤は、遺伝子送達システムを生産する１または複数の細胞を含むことができる。
このような医薬組成物は、投与のための指示書とともに、容器、パック、またはディスペンサーに含まれ得る。
本明細書に記載の少なくとも１または複数のペプチド、ポリペプチド、コンカテマーペプチド、および／またはキメラまたは融合ポリペプチドを全体または部分的にコードする上記核酸（例えば、ＤＮＡ、ＲＮＡ、ベクター、ウイルス、またはそのハイブリッド）の複数の態様において、上記核酸は、本開示の１または複数のペプチドまたはポリペプチド（例えば、配列番号４－３７０、３９１－４４０、および４４８－８３３のアミノ酸配列、１または複数のＴレジトープが欠失、一部欠失および／または変異したＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に由来のタンパク質またはペプチドの脱寛容化抗原、（および／またはその断片もしくは変異体）、および、任意選択で、ポリペプチドのＮ末端および／またはＣ末端に任意の比率で分布する１～１２の追加のアミノ酸を含み、またはこれ（ら）のみからなり、または本質的にこれ（ら）からなるペプチドまたはポリペプチド、ならびに本明細書に記載される任意のコンカテマーペプチド）をコードする。
複数の態様において、本開示は、本開示の１または複数のポリペプチドまたは本開示のキメラまたは融合ポリペプチド組成物をコードする本開示の核酸を含むベクターに関する。複数の態様において、本開示は、本開示のベクターを含んでなる細胞に関する。複数の態様において、細胞は、哺乳類細胞、細菌細胞、昆虫細胞、または酵母細胞であり得る。
本開示の核酸は、ＤＮＡ（ｃＤＮＡを含むがこれに限定されない）またはＲＮＡ（ｍＲＮＡを含むがこれに限定されない）であり、一本鎖または二本鎖であってよい。核酸は、典型的には、ＤＮＡまたはＲＮＡ（ｍＲＮＡを含む）である。核酸は、当技術分野で周知の技術、例えば、免疫原性ポリペプチドをコードする配列の合成、またはクローニング、または増幅；細胞膜アドレス配列をコードする配列の合成、またはクローニング、または増幅；適切なベクターおよび細胞における配列のライゲーションおよびそれらのクローニング／増幅によって製造することができる。
本明細書に記載される１つまたは複数のペプチド、ポリペプチド、コンカテマーペプチド、および／またはキメラまたは融合ポリペプチドの全部または一部をコードする本明細書に提供される核酸（ＲＮＡ、ＤＮＡ、ベクター、ウイルスまたはそれらのハイブリッドであっても）は、種々の供給源から分離し、遺伝子工学的に増幅し、合成的に生成し、および／または組換え発現／生成させることができる。これらの核酸から生成された組換えポリペプチドは、個々に分離またはクローン化され、所望の活性について試験することができる。任意の組換え発現系を使用することができ、例えば、ｉｎ ｖｉｔｒｏ、細菌、真菌、哺乳類、酵母、昆虫または植物細胞発現系が挙げられる。
複数の態様において本明細書で提供される核酸は、周知の化学合成技術によってｉｎ ｖｉｔｒｏで合成される（例えば、Adams(1983)J. Am. Chem. Soc. 105:661; Belousov (1997) Nucleic Acids Res. 25:3440-3444; Frenkel (1995) Free Radic.Biol.Med.19:373-380; Blommers (1994) Biochemistry 33: 7886-7896; Narang (1979) Meth.Enzymol.68: 90; Brown (1979) Meth. Enzymol. Enzymol.68:109; Beaucage (1981) Tetra. Lett. 22: 1859; 米国特許Ｎｏ．第４，４５８，０６６号、これらの全ては、その全体が参照により本明細書に組み込まれる）。さらに、本明細書で提供される核酸の操作のための技術、例えば、サブクローニング、標識プローブ（例えば、Ｋｌｅｎｏｗポリメラーゼを用いたランダムプライマー標識、ニック翻訳、増幅）、配列決定、ハイブリッド化などは、科学文献および特許文献によく記載されている（例えば、Sambrook編, MOLECULAR CLONING: A LABORATORY MANUAL (2ND ED.), Vols.1-3, Cold Spring Harbor Laboratory, (1989); CURRENT PROTOCOLS IN MOLECULAR BIOLOGY, Ausubel, ed., John Wiley & Sons, Inc.John Wiley & Sons, Inc., New York (1997); LABORATORY TECHNIQUES IN BIOCHEMISTRY AND MOLECULAR BIOLOGY: HYBRIDIZATION WITH NUCLEIC ACID PROBES, Part I. Theory and Nucleic Acid Preparation, Tijssen, ed., New York(1997)；ラボラトリーテクニック イン バイオケミストリー＆分子生物学：核酸プロブレムのハイブリッド化、第１部理論および核酸調製、Tijssen編、Elsevier, N.Y. (1993)、これ（ら）の全ては、その全体が参照により本明細書に組み込まれる）。
本発明のさらなる目的は、本明細書に記載の１つまたは複数のペプチド、ポリペプチド、コンカテマーペプチド、および／またはキメラまたは融合ポリペプチドをコードする核酸分子に関するものである。核酸は、本明細書に記載の１または複数のペプチド、ポリペプチド、コンカテマーペプチド、及び／又はキメラ若しくは融合ポリペプチドをｉｎ ｖｉｔｒｏ若しくはｉｎ ｖｉｖｏで産生するために、又はポリペプチドをその表面に発現する細胞を産生するために、又は活性成分が核酸若しくは核酸を含むベクターであるワクチンを製造するために使用されてもよい。核酸は、例えば、ＤＮＡ、ｃＤＮＡ、ＰＮＡ、ＣＮＡ、ＲＮＡ、一本鎖および／または二本鎖のいずれか、または当該技術分野で知られているようなポリヌクレオチドの自然または安定化形態であってもよい。
前述したように、本開示による核酸分子は、原核生物由来または真核生物由来のいずれかを問わず、核酸分子それ自体；プラスミド、ベクター；ウイルスまたは宿主細胞などのの形態で提供されてもよい。ベクターには、本発明の核酸分子を含有する発現ベクターが含まれる。ポリペプチドを発現させることができる発現ベクターを調製することができる。異なる細胞種のための発現ベクターは、当該技術分野において周知であり、過度の実験をすることなく選択することができる。一般に、（例えば、ｃＤＮＡ、またはｍＲＮＡを含むＲＮＡ）は、発現のために適切な方向および正しいリーディングフレームで、プラスミドなどの発現ベクターに挿入される。必要に応じて、ＤＮＡ（例えば、ｃＤＮＡ、またはｍＲＮＡを含むＲＮＡ）は、所望の宿主（例えば、細菌）によって認識される適切な転写および翻訳制御ヌクレオチド配列に連結されてもよいが、このような制御は、一般に発現ベクター中で利用可能である。次いで、このベクターは、標準的な技術を使用してクローニングするために宿主細菌に導入される。
本発明のベクターは、例えば、転写プロモーター、および／または転写ターミネーターを含んでいてもよく、ここで、プロモーターは核酸分子と作動可能に連結されており、そして核酸分子は転写ターミネーターと作動可能に連結されている。本開示の１つまたは複数のペプチドまたはポリペプチドは、１つの発現ベクターによってコードされてもよい。そのような核酸分子は、例えば、ＤＮＡ／ＲＮＡワクチンの形態で、ペプチド／ポリペプチドをそれを必要とする対象にｉｎ ｖｉｖｏで送達するためのビヒクルとして機能し得る。
複数の態様において、ベクターは、上記で定義されたような核酸を含むウイルスベクターであってよい。ウイルスベクターは、異なるタイプのウイルス、例えば、豚痘, 鶏痘, 仮性狂犬病, Ａｕｊｅｚｋｙのウイルス、サルモネラ、ワクシニアウイルス、ＢＨＶ（牛ヘルペスウィルス）、ＨＶＴ（トルコヘルペスウィルス）、アデノウイルス、ＴＧＥＶ（伝染性胃腸炎コロナウイルス）、エリスロウイルス、およびＳＩＶ（サル免疫不全ウイルス）から由来してもよい。また、酵母細胞内で複製および／または堆積するプラスミドなど、他の発現系やベクターも使用することができる。
本開示はまた、本開示のペプチド、ポリペプチド、コンカテマーペプチド、及び／又はキメラ若しくは融合ポリペプチドを調製する方法に関し、この方法は、核酸の発現及びポリペプチドの回収に適した条件下で上記に定義したような核酸又はベクターを含む宿主細胞を培養することを含んでいる。上記に示されるように、タンパク質およびペプチドは、当該技術分野においてそれ自体既知の技術に従って精製されてもよい。
（ｖｉ）医薬組成物
複数の態様において、本開示は、新規のＴレジトープおよび／または脱寛容化抗原を提供し、これは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２タンパク質由来のペプチドまたはポリペプチド鎖を含み、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の、エンベロープ、膜、スパイク、ヌクレオカプシド、ＯＲＦ３ａ、ＯＲＦ６、ＯＲＦ７ａ、ＯＲＦ１ａｂ非構造タンパク質２（ＮＳＰ２）、ＯＲＦ１ａｂ非構造タンパク質３（ＮＳＰ３）、ＯＲＦ１ａｂ非構造タンパク質４（ＮＳＰ４）ＯＲＦ１ａｂ非構造タンパク質６（ＮＳＰ６）、ＯＲＦ１ａｂ非構造タンパク質７（ＮＳＰ７）、ＯＲＦ１ａｂ非構造タンパク質８（ＮＳＰ８）、ＯＲＦ１ａｂ非構造タンパク質９（ＮＳＰ９）、ＲＮＡ依存ＲＮＡ重合体酵素、ＯＲＦ１ａｂヘリカーゼ、ＯＲＦ１ａｂ３’－５’エキソヌクレアーゼ、ＯＲＦ１ａｂ ＲＮＡ分解酵素、ＯＲＦ１ａｂ ２’Ｏ－リボースメチルトランスフェラーゼタンパク質、およびその本明細書に記載する脱寛容化変異体を含む。
複数の態様において、本開示は、本明細書に開示されるポリペプチド（Ｔレジトープまたはその脱寛容化抗原）；本明細書に開示される核酸、発現カセット、プラスミド、発現ベクター、組み換えウイルス、または細胞（複数の態様においてその全てが分離、合成、または組み換えであってもよい）；本明細書に開示される分離、合成または組み換えキメラまたは融合ポリペプチド組成物；および／または本明細書に開示される医薬組成物または製剤を含む、組成物を提供する。
複数の態様において、組成物は、配列番号４－３７０、３９１－４４０、及び４４８－８３３の１または複数の制御性Ｔレジトープ（その断片、その変異体、及びその変異体の断片を含み、ただし前記断片及び／又は変異体はＭＨＣ結合性及び／又はＴＣＲ特異性を保持する）を含む。
複数の態様において、脱寛容化抗原組成物は、配列番号４－３７０、３９１－４４０、及び４４８－８３３に記載のＴレジトープに対する開示された欠失、部分欠失及び／又は変異の１つ以上を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２由来のタンパク質及びポリペプチド（その断片、その変異体、及びそのような変異体の断片が含まれ、但し、当該断片及び／又は変異体はＴ細胞結合の減少及び／又はＭＨＣ結合性を示す）を含む。
特定の態様において、Ｔレジトープまたは脱寛容化抗原ペプチドは、Ｎ末端アセチル基および／またはＣ末端アミノ基でキャップされてもよい。
複数の態様において、本明細書に開示される本開示のＴレジトープ組成物及び脱寛容化抗原組成物は、均質になるまで精製することができ、又は部分的に精製することができる。しかしながら、Ｔレジトープ組成物が均質になるまで精製されない調製物が有用であることが理解される。重要な特徴は、調製物が、相当量の他の成分の存在下でも、Ｔレジトープの所望の機能を可能にすることである。したがって、本開示は、様々な程度の純度を包含する。一実施形態では、「細胞性物質を実質的に含まない」という言葉は、約３０％未満（乾燥重量で）の他のタンパク質（例えば、汚染タンパク質）、約２０％未満の他のタンパク質、約１０％未満の他のタンパク質、約５％未満の他のタンパク質、約４％未満の他のタンパク質、約３％未満の他のタンパク質、約２％未満の他のタンパク質、約１％未満の他のタンパク質、又はその間の任意の値若しくは範囲を有するＴレジトープの調製物を含む。
複数の態様において、本開示の組成物が組換えにより得られる場合、前記組成物は、培養液（培養培地）を実質的に含まないこともでき、例えば、培養液は、ポリペプチド、核酸、またはキメラまたは融合ポリペプチド調製物中の約２０体積％未満、約１０体積％未満、または約５体積％未満を占める。
「化学前駆体または他の化学物質を実質的に含まない」という文言は、ペプチドの合成に係合する化学前駆体または他の化学物質から分離された、ポリペプチド、核酸、またはキメラまたは融合ポリペプチドの調製物を含む。「化学前駆体または他の化学物質を実質的に含まない」という文言は、例えば、約３０％未満（乾燥重量で）の化学前駆体または他の化学物質を有するＴレジトープ、核酸、またはキメラまたは融合ポリペプチドの調製物、約２０％未満の化学前駆体または他の化学物質、約０．約１０％未満の化学前駆体または他の化学物質、約５％未満の化学前駆体または他の化学物質、約４％未満の化学前駆体または他の化学物質、約３％未満の化学前駆体または他の化学物質、約２％未満の化学前駆体または他の化学物質、または約１％未満の化学前駆体または他の化学物質を含み得る。
複数の態様において、本開示は、本明細書に記載のＴレジトープ及び脱寛容化抗原を含むペプチド又はその変異体若しくは断片を含む、医薬組成物又は製剤も含む。複数の態様において、医薬組成物又は製剤は、一般に、本開示の組成物と、薬学的に許容される担体、賦形剤、及び／又はアジュバントとを含んでいる。複数の態様において、前記薬学的組成物は、投与に適している。薬学的に許容される担体および／または賦形剤は、部分的には、投与される特定の組成物、ならびに組成物を投与するために使用される特定の方法によって決定される。したがって、本開示されるＴレジトープ組成物を投与するための医薬組成物の適切な処方は、多種多様である（例えば、Remington’s Pharmaceutical Sciences, (18TH Ed, 1990), Mack Publishing Co., Easton, PA Publを参照）。複数の態様において、医薬組成物は、一般に、無菌で実質的に等張であり、米国食品医薬品局のすべての適正製造基準（ＧＭＰ）規制を完全に遵守するように製剤化される。
組成物、担体、賦形剤、および試薬を指す「薬学的に許容できる」、「生理学的に許容できる」、およびそれらの文法的変形は、互換的に用いられ、材料が、組成物の投与を禁止する程度の望ましくない生理作用の生成なしに、対象へのまたは対象に投与できることを表わす。例えば、「薬学的に許容される賦形剤」とは、例えば、一般に安全で、無毒で、望ましい医薬組成物の調製に有用な賦形剤を意味し、ヒトの医薬用途と同様に獣医用途にも許容される賦形剤が含まれる。そのような賦形剤は、固体、液体、半固体、またはエアゾール組成物の場合には気体であり得る。当業者であれば、本開示の特定の組成物について、適切な投与のタイミング、順序、及び投与量を決定することが可能であろう。
薬学的に許容される担体、賦形剤または希釈剤の例としては、脱塩水または蒸留水；生理食塩水；ピーナッツ油、アラキス油、サフラワー油、オリーブ油、綿実油、トウモロコシ油、ゴマ油またはココナッツ油などの植物ベースの油；メチルポリシロキサン、フェニルポリシロキサン、メチルフェニルポリソルポキサンなどのポリシロキサンを含むシリコーン油；揮発性シリコーン；軽質流動パラフィン油、重質流動パラフィン油などの鉱油；スクワレン；メチルセルロース、エチルセルロース、カルボキシメチルセルロース、カルボキシメチルセルロースナトリウム塩、またはヒドロキシプロピルメチルセルロースなどのセルロース誘導体；エタノールまたはイソプロパノールなどの低級アルカノール類；低級アラルカノール類、低級ポリアルキレングリコールまたは低級アルキレングリコール、例えばポリエチレングリコール、ポリプロピレングリコール、エチレングリコール、プロピレングリコール、１，３－ブチレングリコールまたはグリセリン；脂肪酸エステル、例えばパルミチン酸イソプロピル、ミリステートイソプロピルまたはオレイン酸エチル；ポリビニルピロリドン；寒天；カラギーナン；トラガカントゴムまたはアカシアゴム；およびワセリンなどが挙げられるが、それらに限定されるわけではない。典型的には、担体（単数または複数）は、ワクチン組成物の１０重量％～９９．９重量％を形成し、リン酸水素ナトリウム、リン酸二水素ナトリウム、リン酸水素カリウム、リン酸二水素カリウム、それらの混合物などの当技術分野で公知の試薬を用いた従来の方法によって緩衝化されてもよい。
複数の態様において、そのような担体または希釈剤の例には、水、生理食塩水、リンゲル液、ブドウ糖液、および５％ヒト血清アルブミンが含まれるが、これらに限定されるものではない。リポソームおよび固定油のような非水性ビヒクルもまた使用することができる。薬学的活性物質に対するこのような媒体および化合物の使用は、当技術分野でよく知られている。任意の従来の媒体または化合物が本開示の組成物と不適合である限り、および先に述べたように、組成物におけるそれらの使用が企図される。補足的な活性化合物もまた、組成物に組み込むことができる。
アジュバントの例としては、水中油型エマルジョン、水酸化アルミニウム（ミョウバン）、免疫刺激複合体、非イオン性ブロックポリマーまたはコポリマー、サイトカイン（ＩＬ－１、ＩＬ－２、ＩＬ－７、ＩＦＮ－α、ＩＦＮ－β、ＩＦＮ－γなど）、サポニン、モノリン酸脂質Ａ（ＭＬＡ）、ムラミルジペプチド（ＭＤＰ）など（ただしこれだけに限られない）がある。他の適切なアジュバントとしては、例えば、硫酸アルミニウムカリウム、大腸菌から分離された熱安定性又は熱安定性エンテロトキシン（複数可）、コレラ毒素又はそのＢサブユニット、ジフテリア毒素、破傷風毒素、百日咳毒素、フロイントの不完全又は完全アジュバント等が挙げられる。ジフテリア毒素、破傷風毒素、百日咳毒素などの毒素系アジュバントは、使用前に、例えばホルムアルデヒドで処理することにより不活化することができる。
複数の態様において、本開示の組成物は、その意図された投与経路に適合するように配合される。本開示の組成物は、非経口、局所、静脈内、経口、皮下、動脈内、皮内、経皮、直腸、頭蓋内、髄腔内、腹腔内、経鼻；膣内；筋肉内経路によって、または吸入剤として投与されてもよい。複数の態様において、本開示の組成物は、堆積物が蓄積した特定の組織に直接注入することができ、例えば、頭蓋内注入である。他の態様では、筋肉内注射または静脈内注入が、本開示の組成物の投与に使用されてもよい。いくつかの方法において、本開示の組成物は、頭蓋内に直接注入される。いくつかの方法において、本開示の組成物は、Ｍｅｄｉｐａｄ（商標）デバイスなどの徐放性組成物またはデバイスとして投与されるが、これらに限定されるものではない。
複数の態様において、本開示の組成物は、任意選択で、本明細書に記載されるような様々な医学的状態の治療に少なくとも部分的に有効である他の薬剤と組み合わせて投与することができる。例えば、対象の中枢神経系への投与の場合、本開示の組成物は、血液脳関門を横切る本発明の薬剤の通過を増加させる他の薬剤と組み合わせて投与することも可能である。
複数の態様において、非経口、皮内、または皮下適用に使用される溶液または懸濁液は、以下の成分を含むことができるが、これらに限定されるものではない。注射用水、生理食塩水、固定油、ポリエチレングリコール、グリセリン、プロピレングリコールまたは他の合成溶媒などの無菌希釈剤；ベンジルアルコールまたはメチルパラベンなどの抗菌化合物；アスコルビン酸または重亜硫酸ナトリウムなどの抗酸化剤；エチレンジアミン四酢酸（ＥＤＴＡ）などのキレート化合物；アセテート、クエン酸またはリン酸などの緩衝剤および塩化ナトリウムまたはブドウ糖などの緊張度調節用化合物。ｐＨは、塩酸や水酸化ナトリウムなどの酸または塩基で調整することができる。賦形剤の例としては、デンプン、グルコース、ラクトース、スクロース、ゼラチン、モルト、米、小麦粉、チョーク、シリカゲル、水、エタノール、ＤＭＳＯ、グリコール、プロピレン、乾燥スキムミルクなどを挙げることができる。また、本組成物は、ｐＨ緩衝試薬、及び湿潤剤又は乳化剤を含有することができる。
複数の態様において、非経口製剤は、ガラスまたはプラスチック製のアンプル、使い捨て注射器または多回投与バイアルに封入することができる。
複数の態様において、注射可能な使用に適した医薬組成物または製剤は、滅菌水溶液（水溶性の場合）または分散液および滅菌注射可能溶液または分散液の即席の調製のための滅菌粉末を含む。静脈内投与のために、適切な担体は、生理食塩水、静菌水、Ｃｒｅｍｏｐｈｏｒ ＥＬＴＭ（ＢＡＳＦ、Ｐａｒｓｉｐｐａｎｙ、ＮＪ）またはリン酸緩衝生理食塩水（ＰＢＳ）である。いずれの場合も、組成物は無菌であり、容易なシリンジ性が存在する程度に流動的であるべきである。それは、製造および貯蔵の条件下で安定であり、細菌および真菌のような微生物の汚染作用に対して保存される。複数の態様において、製剤は、凝集体、断片、分解物および翻訳後改変を含んでもよく、これらの不純物がＨＬＡと結合し、同族Ｔ細胞に同じＴＣＲ面を提示する程度に、それらは純粋なＴレジトープと同様の方法で機能すると期待される。担体は、例えば、水、エタノール、ポリオール（例えば、グリセロール、プロピレングリコール、及び液体ポリエチレングリコール等）、及びそれらの適切な混合物を含む溶媒又は分散媒体とすることができる。適切な流動性は、例えば、レシチンなどのコーティング剤の使用、分散液の場合には必要な粒子径の維持、界面活性剤の使用などによって維持することができる。微生物の作用の防止は、種々の抗菌・抗カビ化合物、例えば、パラベン、クロロブタノール、フェノール、アスコルビン酸、チメロサール等によって達成することができる。多くの場合、組成物中に等張化合物、例えば 、糖類、マニトールのような多価アルコール、ソルビトール、および塩化ナトリウムを含むことが好ましいであろう。注射用組成物の長時間の吸収は、吸収を遅延させる化合物、例えば、モノステアリン酸アルミニウムおよびゼラチンを組成物中に含むことによってもたらされてもよい。
複数の態様において、無菌注射液は、本開示の組成物を、必要に応じて上記に列挙した成分の１つまたは組み合わせで適切な溶媒中に必要量取り込み、次いで濾過滅菌することによって調製することができる。一般に、分散液は、結合剤を、塩基性分散媒体および上記に列挙したものから必要な他の成分を含む無菌ビヒクルに組み込むことによって調製される。無菌注射液の調製のための無菌粉末の場合、調製方法は、活性成分に加えて、そのあらかじめ無菌濾過した溶液から任意の追加の所望の成分の粉末をもたらす真空乾燥および凍結乾燥である。さらに、本開示の組成物は、活性成分の持続的または脈動的な放出を可能にするような方法で調合することができるデポ注射剤またはインプラント製剤の形態で投与することが可能である。
複数の態様において、経口組成物は一般に不活性希釈剤または食用担体を含み、ゼラチンカプセルに封入されるか、または錠剤に圧縮されることができる。複数の態様において、経口治療投与の目的のために、結合剤は賦形剤と共に組み込まれ、錠剤、トローチ、またはカプセルの形態で使用することができる。経口組成物はまた、洗口剤として使用するための液体担体を用いて調製することができ、液体担体中の化合物は、経口的に適用され、スワッシュして去痰するかまたは飲み込まれる。薬学的に適合する結合化合物、および／またはアジュバント材料は、組成物の一部として含まれ得る。複数の態様において、錠剤、ピル、カプセル、トローチなどは、以下の成分のいずれか、または類似の性質の化合物を含むことができる。微結晶性セルロース、トラガカントゴムまたはゼラチンなどの結合剤；デンプンまたは乳糖などの賦形剤、アルギン酸、Ｐｒｉｍｏｇｅｌまたはコーンスターチなどの崩壊剤；ステアリン酸マグネシウムまたはＳｔｅｒｏｔｅｓなどの潤滑剤；コロイド性二酸化ケイ素などの滑剤；スクロースまたはサッカリンなどの甘味化合物；またはペパーミント、サリチル酸メチルまたはオレンジ香料などの香味剤化合物など。
吸入による投与のために、本開示の組成物は、適切な推進剤、例えば、二酸化炭素のようなガス、またはネブライザーを含む加圧容器またはディスペンサーからエアゾールスプレーの形態で送達することができる。
複数の態様において、本開示の組成物の全身投与はまた、経粘膜または経皮手段によることができる。経粘膜または経皮投与のために、浸透させるべき障壁に適切な浸透剤が製剤中に使用される。このような浸透剤は、一般に当該技術分野において知られており、例えば、経粘膜投与の場合、洗浄剤、胆汁酸塩、およびフシジン酸誘導体が含まれる。経粘膜投与は、鼻腔用スプレーまたは坐薬の使用により達成することができる。経皮投与の場合、組成物は軟膏、軟膏、ゲル、またはクリームに配合され、当該技術分野で一般に知られているように、局所的にまたは経皮パッチ技術を通じて適用されてもよい。
複数の態様において、本開示の組成物はまた、直腸送達のための坐剤（例えば、ココアバターおよび他のグリセリドなどの従来の坐剤基剤を用いて）または保持浣腸の形態で調製することができる。
複数の態様において、本開示の組成物は、インプラントおよびマイクロカプセル化送達システムを含む制御放出型製剤など、体内からの急速な排除に対して組成物を保護する担体とともに調製される。生分解性、生体適合性ポリマーは、例えば、エチレンビニルアセテート、ポリ無水物、ポリグリコール酸、コラーゲン、ポリオルトエステル、及びポリ乳酸のようなものを使用することができる。このような製剤の調製方法は、当業者には明らかであろう。材料はまた、商業的に、例えば、Ａｌｚａ ＣｏｒｐｏｒａｔｉｏｎおよびＮｏｖａ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ、Ｉｎｃ．から入手することができる。リポソーム懸濁液（ウイルス抗原に対するモノクローナル抗体を有する感染細胞に標的化されたリポソームを含む）もまた、薬学的に許容される担体として使用することができる。これらは、当業者に公知の方法に従って調製することができる（米国特許第４，５２２，８１１号、これは参照によりその全体が本明細書に組み込まれる）。複数の態様において、本開示の組成物は、所望の部位へのＴレジトープ組成物の徐放を可能にするバイオポリマー固体支持体内へ移植されてもよいか、またはそれに連結されてもよい。
複数の態様において、投与の容易さおよび投与量の均一性のために、経口または非経口組成物を投与単位形態で製剤化することが特に有利である。本明細書で使用される用量単位形態は、治療される対象に対する単位用量として適した物理的に離散した単位を指し、各単位は、必要な医薬担体と関連して所望の治療効果をもたらすように計算された所定量の結合剤を含有する。本発明で開示の投薬単位形態の仕様は、結合剤および達成されるべき特定の治療効果の固有の特性、ならびに対象の治療のためにそのようなＴレジトープ組成物を配合する技術に固有の制限によって規定され、かつそれに直接依存するものである。
複数の態様において、本明細書に開示される１つ以上のポリペプチド（Ｔレジトープ及び／又は脱寛容化抗原を含む）は、分離樹状細胞（ＤＣ）をペプチドでｅｘ ｖｉｖｏパルスし、続いてパルスした細胞を患者に再注入することによっても患者に投与することが可能である。これらは、当業者に公知の方法（Butterfield, (2013), Front Immunol, 4:454 and Dissanayake et al., (2014), PLoS One, 9(3)1-10）に従って調製することができる。これらの再注入は、上記の方法及び組成物によって投与することができる。
（ｖｉｉ）ワクチン組成物
本明細書で使用される「ワクチン」という用語は、病原体に対する動物（例えば、ヒト）の免疫系を引き起こす、刺激する、または増幅するために使用されてもよい薬剤を含む。本発明のワクチンは、ＣＯＶＩＤ－１９を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染およびＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２によって引き起こされる関連疾患に対する免疫応答を引き起こし、刺激し、または増幅することが可能である。
用語「免疫化」(immunization)は、対象に免疫原を送達する工程を含む。免疫化は、例えば、動物が以前に曝露された病原体または抗原に対して向けられた、ヒトなどの免疫された動物においてＴリンパ球が病原体を殺傷または抑制することができる、高レベルの抗体および／または細胞応答の継続を可能にし得る。
Ｔレジトープは、それ自体が免疫抑制作用を有するためワクチンとして有効でない場合があるが、その脱寛容化抗原は、ワクチンとして適用することができる。本開示のワクチンは、免疫学的に有効な量の、本明細書に開示される組成物を含んでおり、前記組成物は、１つ以上の、本明細書に規定される脱寛容化抗原；核酸、発現カセット、プラスミド、発現ベクター、組み換えウイルス、または細胞（複数の態様においてこれらはすべて、分離、合成または組み換えでありうる）、本明細書に開示されるキメラまたは融合ポリペプチド組成物（複数の態様において、これらは分離、合成、または組換えされていてもよい）、複数の態様において、薬学的に許容されるビヒクル、および任意選択で追加の賦形剤および／またはアジュバントを含んでいてもよい。本発明の脱寛容化組成物によるワクチン接種の結果、動物、および複数の態様においてヒトは、ＣＯＶＩＤ－１９を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染および／またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２によって引き起こされる関連疾患に対して少なくとも部分的または完全に免疫となり、あるいはＣＯＶＩＤ－１９を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２によって引き起こされる中程度または重度のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染および／または関連疾患を発症することに対して抵抗性となる。本開示されるワクチンは、ＣＤ４＋およびＣＤ８＋Ｔエフェクター細胞応答を含む体液性応答および／または細胞性応答を誘発するために使用されてもよい。好ましくは、ヒトなどの動物対象は、ＣＯＶＩＤ－１９を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染および／またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２によって引き起こされる関連疾患の有害な生理学的症状または効果の１つから全てが有意に減少、改善または完全に防止される程度に保護される。
実際には、免疫学的に有効な用量に必要な正確な量は、対象の年齢および一般状態、製剤の性質および投与様式などの要因によって、対象によって異なる場合がある。適切な「有効量」は、当業者であれば、日常的な実験のみを用いて決定することができる。例えば、ヒト対象を含む動物対象の体重、ワクチンの濃度および他の典型的な要因に基づいて最小有効量を見出すために、ワクチンの適切な投与量を決定または滴定する方法が当該技術分野において知られている。
好適な免疫応答を惹起するワクチンの投与量、その中の成分の濃度および投与のタイミングは、血清の抗体価、例えばＥＬＩＳＡおよび／または血清中和アッセイ分析による方法および／またはワクチン接種チャレンジ評価などの方法により決定することが可能である。
複数の態様において、ワクチンは、組成物（例えば、１または複数で、本明細書に開示されるような脱寛容化ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ポリペプチド；本明細書に開示されるような核酸、発現カセット、プラスミド、発現ベクター、組み換えウイルス、または細胞（これらの全ては、複数の態様において、分離、合成、または組み換えであり得る）；精製された形態で、任意選択で、任意の適切な賦形剤、担体、アジュバント、および／または追加のタンパク質抗原と組み合わせた、本明細書に開示されるようなキメラまたは融合ポリペプチド組成物（複数の態様において、本明細書に開示されるように分離、合成、または組換えされる場合がある）を含んでもよい。
複数の態様において、ワクチンは、任意選択で、任意の適切な賦形剤、担体、アジュバント、および／または追加のタンパク質抗原と組み合わせて、上記に定義されるような核酸を含んでいる。複数の態様において、ワクチンは、上記で定義されたような核酸を含むウイルスベクターを含む。複数の態様において、ワクチンは、１または複数のプラスミドベクターを含む。
推定Ｔ細胞エピトープを含む本開示されるワクチン構築物、例えばＤＮＡもしくはＲＮＡエピトープワクチン、または本明細書に開示されるような重複する推定Ｔ細胞エピトープからなる「エピストリング」／コンカテマーポリペプチド（例えば、本明細書に開示されるようなペプチドまたはポリペプチドであって、分離、合成、または組換えであってよく、例えば、脱寛容化ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ポリペプチドの１つ以上を含み、またはこれ（ら）のみからなり、または本質的にこれ（ら）からなるアミノ酸配列を有するポリペプチドおよび核酸（例えば、ＲＮＡ、ｍＲＮＡ、ＤＮＡ、ｃＤＮＡ）、そのようなコンカテマーペプチドをコードする核酸；本明細書に開示されるキメラまたは融合ポリペプチド組成物）を、対象に投与すると、強いＴ細胞媒介免疫応答を開始し得るが、液性免疫応答は誘導しないかもしれない。したがって、ＣＯＶＩＤ－１９を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染および／またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２によって引き起こされる関連疾患に対するワクチンの態様は、推定Ｔ細胞エピトープの組み合わせ（例えば、本明細書に記載の１または複数の脱寛容化抗原を含む）を、弱毒生ウイルス（ＬＡＶ、例えば弱毒生ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２）または不活化ウイルス（例えば不活化ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２）のいずれかと一緒に含んでいる。対象への投与時のワクチン組成物（推定Ｔ細胞エピトープとＬＡＶまたは不活化ウイルスの両方を含む）は、細胞性免疫応答と液性免疫応答の両方を誘導し、それによってヒトを含む動物においてＣＯＶＩＤ－１９を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染および／またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に起因する関連疾患に対する包括的免疫を付与しうる。
ワクチンは、当業者にそれ自体知られている他の成分、例えば、投与経路に応じて、薬学的に許容される担体、賦形剤、希釈剤、アジュバント、凍結乾燥安定剤、湿潤または乳化剤、ｐＨ緩衝剤、ゲル化または粘性増強添加物、および防腐剤を含んでいてもよい。
薬学的に許容される担体、賦形剤または希釈剤の例としては、脱塩水または蒸留水；生理食塩水；ピーナッツ油、アラキス油、サフラワー油、オリーブ油、綿実油、トウモロコシ油、ゴマ油またはココナッツ油などの植物ベースの油などがあるが、それだけに限定されるわけではない。メチルポリシロキサン、フェニルポリシロキサン、メチルフェニルポリソルポキサンなどのポリシロキサンを含むシリコーン油；揮発性シリコーン；軽質流動パラフィン油、重質流動パラフィン油などの鉱油；スクワレン。メチルセルロース、エチルセルロース、カルボキシメチルセルロース、カルボキシメチルセルロースナトリウム塩、またはヒドロキシプロピルメチルセルロースなどのセルロース誘導体；エタノールまたはイソプロパノールなどの低級アルカノール類；低級アラルカノール類。低級ポリアルキレングリコールまたは低級アルキレングリコール、例えばポリエチレングリコール、ポリプロピレングリコール、エチレングリコール、プロピレングリコール、１，３－ブチレングリコールまたはグリセリン；脂肪酸エステル、例えばパルミチン酸イソプロピル、ミリステートイソプロピルまたはオレイン酸エチル；ポリビニルピロリドン；寒天；カラギーナン；トラガカントゴムまたはアカシアゴム；およびワセリンなどである。典型的には、担体または担体は、ワクチン組成物の１０重量％～９９．９重量％を形成し、リン酸水素ナトリウム、リン酸二水素ナトリウム、リン酸水素カリウム、リン酸二水素カリウム、それらの混合物などの当技術分野で公知の試薬を用いた従来の方法によって緩衝されてもよい。
アジュバントの例としては、水中油型エマルジョン、水酸化アルミニウム（ミョウバン）、免疫刺激複合体、非イオン性ブロックポリマーまたはコポリマー、サイトカイン（ＩＬ－１、ＩＬ－２、ＩＬ－７、ＩＦＮ－α、ＩＦＮ－β、ＩＦＮ－γなど）、サポニン、モノリン酸脂質Ａ（ＭＬＡ）、ムラミルジペプチド（ＭＤＰ）など（ただしこれだけに限られない）がある。他の適切なアジュバントとしては、例えば、硫酸アルミニウムカリウム、大腸菌から分離された熱安定性又は熱安定性エンテロトキシン（複数可）、コレラ毒素又はそのＢサブユニット、ジフテリア毒素、破傷風毒素、百日咳毒素、フロイントの不完全又は完全アジュバント等が挙げられる。ジフテリア毒素、破傷風毒素、百日咳毒素などの毒素系アジュバントは、使用前に、例えばホルムアルデヒドで処理することにより不活化することができる。
凍結乾燥安定剤の例としては、例えば、ソルビトール、マンニトール、デンプン、ショ糖、デキストラン又はグルコース等の炭水化物、アルブミン又はカゼイン等のタンパク質及びこれらの誘導体等を挙げることができる。
ワクチンは、さらに、少なくとも１つの追加の病原体、例えば、アクチノバチルス・プレウロプネウノミアのようなブタ病原体；アデノウイルス；東部馬脳脊髄炎ウイルスなどのアルファウイルス；バランチウム・コリ；ボルデテラ・ブロンチセプティカ；ブラキスピラ属、好ましくは、ブラキスピラ・ヒオディセンテリア、ブラキスピラ・ピロシコリ、ブラキスピラ・イノセンス、ブタ流産菌、好ましくは次亜種１、２および３；古典豚熱ウイルス、クラミジアおよびクラミドフィラ属、好ましくはクラミジア・ぺコルムおよびクラミジア・アボルタス；クロストリジウム属、クロストリジウム・ディフィシル、クロストリジウム・ペルフリンゲンス・タイプＡ、ＢおよびＣ、クロストリジウム・ノービイ、クロストリジウム・セプチクム、クロストリジウム・テタニ；消化器および呼吸器コロナウイルス；クリプトスポリジウム・パルバム；アイメリア属菌（アイメリア亜種；エペリトロズーニス・スイス（現マイコプラズマ・ヘモスイス；エリジペロスフィックス・ルジオパシエ；大腸菌；ヘモフィルス・パラスイス（好ましくは亜型１、７および１４）；ブタ赤血球凝集性脳脊髄炎ウイルス；イソスポラ・スイス；日本脳炎ウィルス；ローソニア・イントラセルラリスレプトスピラ亜種、好ましくは、レプトスピラ・アウストラリス、レプトスピラ・カニコラ、レプトスピラ・グリッポティフォサ、レプトスピラ・イクテロヘモラギカエ、レプトスピラ・インターロガンス、レプトスピラ・ポモナおよびレプトスピラ・タラソビ；マンハイミア・ヘモリチカ；マイコバクテリウム属菌、好ましくはマイコバクテリウム・アビウム、マイコバクテリウム・イントラセルラーおよびマイコバクテリウム・ボービス、マイコプラズマ・ヒオニューモニエ；パルボウイルス；パスツレラ・ムルトシダ；豚のサーコウイルス；豚のサイトメガロウイルス；豚のパルボウイルス、ブタ生殖および呼吸症候群ウィルス：仮性狂犬病ウイルス；ロタウイルス；サギヤマウイルス；サルモネラ属菌、好ましくはサルモネラ・チフィリウムおよび豚コレラ菌；ブドウ球菌属菌、好ましくはスタファロウカカス・ヒイカス；ストレプトコックス属菌，好ましくはトレプトコックス・スイス；豚サイトメガロウイルス；豚ヘルペスウイルス；豚インフルエンザウイルス；豚ポックスウイルス；トキソプラズマ（Ｔｏｘｏｐｌａｓｍａ ｇｏｎｄｉｉ）；豚の水疱性口内炎ウイルスおよび発疹ウイルス；または豚サーコウイルスの他の分離物および亜型などを含んでいてもよい。
本開示のワクチン組成物は、水溶液、油中水型または水中油型エマルジョン、シロップ、エリキシル、チンキなどの液体製剤、または滅菌懸濁液もしくはエマルジョンなどの非経口、皮下、皮内、筋肉内または静脈内投与（例えば、注射投与）用製剤であってもよい。このような製剤は当技術分野で知られており、典型的には、抗原および他の典型的な添加物を適切な担体または溶媒系に溶解させることによって調製される。液体製剤はまた、懸濁剤または乳化剤を含む懸濁液およびエマルジョンを含むことができる。
投与経路は、経皮、粘膜投与経由、または非経口経路（皮内、筋肉内、皮下、静脈内、または腹腔内）経由とすることができる。本開示によるワクチン組成物は、単独で投与されてもよいか、または他の治療または療法と共投与もしくは順次投与されてもよい。
本開示はまた、上記のようなペプチド、ポリペプチド、コンカテマーペプチド、キメラまたは融合ポリペプチド、核酸、細胞、ベクター、医薬、またはワクチンを前記動物に投与することを含む動物（例えば、ヒト）において免疫化または免疫応答を誘導する方法に関するものである。
本開示はまた、本明細書に開示されるペプチド、ポリペプチド、コンカテマーペプチド、キメラまたは融合ポリペプチド、核酸、細胞、ベクター、医薬、またはワクチンを前記動物に投与することを含む、動物（例えばヒト）におけるＣＯＶＩＤ－１９を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染および／またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２による関連疾患を治療および／または予防する方法に関するものである。
本開示のワクチンは、好都合には、経鼻投与、経皮投与（すなわち、全身吸収のために皮膚表面上または皮膚に適用）、非経口投与、眼球投与等することができる。非経口的な投与経路としては、筋肉内、静脈内、及び腹腔内等の経路が挙げられるが、これらに限定されない。
本開示のワクチンの投与量は、ワクチン接種される動物（例えば、ヒト）の種、品種、年齢、サイズ、ワクチン接種歴、および健康状態、ならびに投与経路、例えば、皮下、皮内、経口筋肉内または静脈内投与に依存するだろう。本開示のワクチンは、単回投与または反復投与で投与されてもよい。本開示のワクチンは、単独で投与することができ、または他のブタ免疫原性またはワクチン組成物などの１つ以上のさらなる組成物と共に同時または順次投与することができる。組成物が異なる時間に投与される場合、投与は互いに別々であっても、時間的に重なっていてもよい。
一態様において、本開示のワクチン組成物は、ＣＯＶＩＤ－１９を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染及び／又はＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２による関連疾患に感受性があるか又はその他のリスクがある対象に投与され、対象自身の免疫応答能力を増強させる。ワクチンが投与される対象は、１つの態様において、ヒトである。この動物は、ＣＯＶＩＤ－１９を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染症（または近縁ウイルス）および／またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２による関連疾患に感染しやすいものであってよい。
本開示はまた、上記のようなポリペプチド、核酸またはワクチンの免疫学的に有効な量を含む容器を提供する。本開示はまた、免疫学的に有効な量のワクチンを含む任意に無菌の容器、動物にワクチンを投与するための手段、及び任意にＣＯＶＩＤ－１９を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染（又は近縁ウイルス）及びＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に起因する関連疾患を治療及び／又は予防するための組成物の免疫学的有効量の投与についての情報を含む取扱説明書を含む、ワクチン接種キットを提供する。
（ｖｉｉｉ）Ｔレジトープ組成物の使用方法
複数の態様において、本開示は、本明細書に規定されるＴレジトープペプチド及びその組成物を使用する方法に関する。本開示のＴレジトープペプチド又はその組成物で制御性Ｔ細胞を刺激することは、対応する内在性ＴＲｅｇ集団（複数の態様において、ナチュラルＴＲｅｇ及び／又はアダプティブＲｅｇを含む）を刺激、誘導、及び／又は拡大し、複数の態様において、以下：ＩＬ－１０、ＩＬ－３５、ＴＧＦ－β、ＴＮＦ－αおよびＭＣＰ１のサイトカイン及びケモカインの１又は複数の分泌を増加する結果をもたらす。この制御性サイトカインおよびケモカインの分泌の増加は、制御性Ｔ細胞の特徴である。複数の態様において、刺激は、対応する内在性ＴＲｅｇ集団（複数の態様において、ナチュラルＴＲｅｇおよび／またはアダプティブＴＲｅｇを含む）によるＩＬ－２Ｒαの発現の増加、およびエフェクターＴ細胞へのＩＬ－２の剥奪をもたらすことができる。
さらなる態様において、刺激は、対応する内在性ＴＲｅｇ集団（ナチュラルＴＲｅｇおよび／またはアダプティブＴＲｅｇを含む態様において）によるパーフォリン・グランザイムの増加をもたらし得、これにより、かかるＴｒｅｇ集団がＴエフェクター細胞および他の免疫刺激細胞を殺すことができるようになる。さらなる態様において、かかる刺激は、対応する内在性ＴＲｅｇ集団（ナチュラルＴＲｅｇおよび／またはアダプティブＴＲｅｇを含む態様において）による免疫抑制性アデノシンの生成をもたらすことができる。他の態様では、そのような刺激は、対応する内在性ＴＲｅｇ集団（複数の態様では、ナチュラルＴＲｅｇおよび／またはアダプティブＴＲｅｇを含む）が樹状細胞上のコスティミュレイトリー分子と結合して除去し、結果として樹状細胞機能を阻害することになりうる。さらに、複数の態様において、そのような刺激は、対応する内在性ＴＲｅｇ集団（複数の態様において、ナチュラルＴＲｅｇおよび／またはアダプティブＴＲｅｇを含む）によって、樹状細胞および他の細胞集団（例えば、内皮細胞に限定されない）上のチェックポイント分子のＴＲｅｇ誘導アップレギュレーションをもたらすことができる。さらなる態様において、そのような刺激は、Ｂ制御細胞のＴＲｅｇ刺激をもたらすことができる。Ｂ制御細胞（「Ｂ－Ｒｅｇ」）は、ＣＤ１ｄ、ＣＤ５、およびＩＬ－１０の分泌の発現によって特徴付けられる抗炎症作用を担う細胞である。また、Ｂ－ＲｅｇはＴｉｍ－１の発現によって識別され、Ｔｉｍ－１のライゲーションによって寛容性を促進することができる。Ｂ－Ｒｅｇの能力は、ｔｏｌｌ－ｌｉｋｅ ｒｅｃｅｐｔｏｒやＣＤ４０－ｌｉｇａｎｄなど、多くの刺激因子によって駆動されることが示された。しかし、Ｂ－ｒｅｇの完全な特性解明は現在進行中である。Ｂ－ｒｅｇはまた、ＣＤ２５、ＣＤ８６、ＴＧＦ－βを高濃度に発現している。制御性Ｔ細胞によるこのような制御性サイトカインおよびケモカインの分泌の増加、ならびに上述の他の活性は、制御性Ｔ細胞の特徴である。複数の態様において、本開示のＴレジトープ組成物によって活性化された制御性Ｔ細胞は、ＣＤ４＋ＣＤ２５＋ＦＯＸＰ３表現型を発現し得る。複数の態様において、本開示のＴレジトープ組成物によって活性化された制御性Ｔ細胞は、ＣＤ４＋ＣＤ２５＋ＦＯＸｐ３＋表現型を発現することができる。本開示のＴレジトープ組成物によって活性化された制御性Ｔ細胞は、抗原特異的Ｔｈ１－又はＴｈ２－関連サイトカインレベル、主にＩＮＦ－γ、ＩＬ－４、及びＩＬ－５の減少によって、並びにＣＦＳＥ希釈及び／又は細胞溶解活性によって測定される抗原特異的Ｔエフェクター細胞の増殖及び／又はエフェクター機能の減少によって、ｅｘ ｖｉｖｏのＴエフェクター免疫応答を直接的に抑制する。
複数の態様において、本開示のＴレジトープ組成物によって活性化された制御性Ｔ細胞は、抗原特異的Ｔｈ１－又はＴｈ２－関連サイトカインレベルの低下（Ｅｌｉｓａアッセイによって測定）、抗原特異的Ｔエフェクター細胞レベルの低下（ＥｌｉＳｐｏｔアッセイによって測定）、細胞溶解活性の低下、及び／又はタンパク質抗原に対する抗体価の低下によって測定されるように、ｉｎ ｖｉｖｏでＴエフェクター免疫応答を直接的に抑制する。
複数の態様において、本開示のＴレジトープ組成物によって活性化されたナチュラル制御性Ｔ細胞は、アダプティブＲｅｇ細胞の発生を刺激する。複数の態様において、抗原の存在下で末梢Ｔ細胞を本開示のＴレジトープ組成物と共インキュベートすることは、抗原特異的ＣＤ４＋／ＣＤ２５＋Ｔ細胞の増殖をもたらし、それらの細胞におけるＦｏｘｐ３遺伝子またはＦｏｘｐ３タンパク質の発現を上昇させ、ｉｎ ｖｉｔｒｏでの抗原特異的Ｔエフェクター細胞の活性化を抑制する。
複数の態様において、本開示のＴレジトープ組成物は、制御性Ｔ１型（Ｔｒ１）細胞の活性化及び／又は増殖をもたらす可能性がある。Ｔｒ１細胞は、いくつかの免疫介在性疾患において強い免疫抑制能を有する（Roncarolo and Battaglia, 2007, Nat Rev Immunol 7, 585-598; Roncarolo et al., 2011, Immunol Rev 241, 145-163; Pot et al., 2011, Semin Immunol 23, 202-208）。高レベルのＩＬ－１０の分泌、およびグランザイムＢを介した骨髄性抗原提示細胞（ＡＰＣ）の殺傷が、Ｔｒ１を介した抑制の主なメカニズムである（Grouxら, 1997, Nature 389, 737-742;Magnaniら, 2011 Eur J Immunol 41, 1652-1662）。Ｔｒ１細胞は、ヘルパーＴ（ＴＨ）１、ＴＨ２、ＴＨ１７細胞と、独自のサイトカインプロフィールと制御機能によって区別される。
Ｔｒ１細胞は、ＴＨ２細胞およびＴＨ１７細胞の特徴的なサイトカインであるＩＬ－４およびＩＬ－１７よりも高いレベルのＩＬ－１０を分泌することが示されている。Ｔｒ１細胞はまた、低レベルのＩＬ－２を分泌し、局所的なサイトカイン環境に応じて、可変レベルのＩＦＮ－γを産生することができ、合わせて、重要なＴＨ１サイトカインとなる（Roncaroloら, 2011, Immunol Rev 241, 145-163）。
ＦＯＸＰ３は、発現量が低く、活性化時に一過性であるため、Ｔｒ１細胞のバイオマーカーにはならない。
ＩＬ－１０産生Ｔｒ１細胞は、ＩＣＯＳ（Haringer et al., 2009, J Exp Med 206, 1009-1017）およびＰＤ－１（Akdis et al., 2004, J Exp Med 199, 1567-1575）を発現するが、これらのマーカーは特異的ではない（Maynard et al., 2007, Nat Immunol 8, 931-941）。超低活性化抗原（ＶＬＡ）－２のα２インテグリンサブユニットであるＣＤ４９ｂは、ＩＬ－１０産生Ｔ細胞のマーカーとして提案されている（Charbonnierら, 2006, J Immunol 177, 3806-3813）；しかしそれはヒトＴＨ１７細胞によっても発現されている（Boisvertら, 2010, Eur J Immunol 40, 2710-2719）。
さらに、マウスＣＤ４９ｂ＋Ｔ細胞は、ＩＬ－１０（Charbonnierら, 2006, J Immunol 177, 3806-3813）を分泌するが、炎症性サイトカイン（Kassiotisら, 2006, J Immunol 177, 968-975）も分泌している。ＭＨＣクラスＩＩ分子に高親和性で結合するＣＤ４相同体であるリンパ球活性化遺伝子－３（ＬＡＧ－３）は、マウスＩＬ－１０産生ＣＤ４＋Ｔ細胞（Okamuraら, 2009, Proc Natl Acad Sci USA 106, 13974-13979）により発現するが、活性化エフェクターＴ細胞（WorkmanおよびVignali, 2005, J Immunol 174, 688-695;Bettiniら, J Immunol 174, 688-695。2011, J Immunol 187, 3493-3498; Bruniquelら, 1998, Immunogenetics 48, 116-124; Leeら, 2012, Nat Immunol 13, 991-999）およびＦＯＸＰ３＋制御性Ｔ細胞（Ｔｒｅｇ）（Camisaschiら, 2010, J Immunol 184, 6545-6551）により活性化されることも示されている。最近、ヒトＴｒ１細胞がＣＤ２２６（ＤＮＡＭ－１）を発現することが示されたが、これは骨髄系ＡＰＣの特異的殺傷に関与している（Magnaniら, 2011 Eur J Immunol 41, 1652-1662）。
さらなる態様において、本開示のＴレジトープ組成物は、ＴＧＦ－β分泌Ｔｈ３細胞、制御性ＮＫＴ細胞、制御性ＣＤ８＋Ｔ細胞、ダブルネガティブ制御性Ｔ細胞の活性化及び／又は増殖をもたらす可能性がある。
「Ｔｈ３細胞」とは、以下の表現型ＣＤ４＋ＦｏｘＰ３＋を有し、活性化時に高レベルのＴＧＦ－β、量のＩＬ－４及びＩＬ－１０を分泌し、ＩＦＮ－γ又はＩＬ－２を分泌しないことができる細胞をいう。これらの細胞はＴＧＦ－β由来である。
「制御性ＮＫＴ細胞」とは、静止状態で以下の表現型を有する細胞を指すＣＤ１６１＋ＣＤ５６＋ＣＤ１６＋及びＶα２４／Ｖβ１１ＴＣＲを有する細胞である。「制御性ＣＤ８＋Ｔ細胞」とは、静止状態で以下の表現型を有する細胞である。ＣＤ８＋ＣＤ１２２＋活性化時に高レベルのＩＬ－１０を分泌することができる細胞である。「ダブルネガティブ制御性Ｔ細胞」とは、静止状態で以下ＴＣＲαβ＋ＣＤ４－ＣＤ８－の表現型を有する細胞である。
複数の態様において、本開示のＴレジトープ組成物は、モノクローナル抗体、タンパク質治療薬、自己免疫応答を促進する自己抗原、アレルゲン、移植組織に対する免疫応答を調節するために、及び寛容が望ましい結果となる他の適用において有用である。
複数の態様において、本開示のＴレジトープは、ＭＨＣクラスＩＩ分子に結合し、ＭＨＣクラスＩＩ分子でＴＣＲに関与し、内在性ＴＲｅｇ（複数の態様において、ナチュラルＴＲｅｇおよび／またはアダプティブＴＲｅｇを含む）を活性化することができる。
それを必要とする対象における免疫応答を抑制すること。複数の態様において、本開示は、配列番号４－３７０、３９１－４４０、および４４８－８３３のアミノ酸配列を、直接またはそれをコードする核酸の導入およびその転写および翻訳の提供または許容を通じて投与または導入または接触することによって、制御性Ｔ細胞を刺激、誘導、および／または増殖する方法に関する。
複数の態様において、本開示は、本開示のＴレジトープ組成物の治療的効果量を対象に投与することによって、それを必要とする対象における免疫応答を抑制するために、刺激／誘導、制御性Ｔ細胞（例えば、内在性ＴＲｅｇ（複数の態様において、ナチュラルＴＲｅｇおよび／またはアダプティブＴＲｅｇ）を含む）の方法を指示するものである。複数の態様において、免疫応答は、少なくとも１つの治療用タンパク質による１つ以上の治療処置、ワクチンによる処置（特に、ワクチン接種から有害事象が生じる状況において）、または少なくとも１つの抗原による処置の結果である。
別の態様では、本開示のＴレジトープ組成物の投与は、１つ以上の抗原提示細胞を制御性表現型にシフトさせ、１つ以上の樹状細胞を制御性表現型にシフトさせ、樹状細胞または他の抗原提示細胞におけるＣＤ１１ｃおよびＨＬＡ－ＤＲの発現を減少させる。
複数の態様において、本開示は、対象における免疫応答を抑制／抑圧するための方法であって、治療有効量の本開示のＴレジトープ組成物を投与することを含み、Ｔレジトープ組成物が免疫応答を抑制／抑圧する、方法に関する。複数の態様において、Ｔレジトープ組成物は、自然免疫応答を抑制／抑圧する。
複数の態様において、Ｔレジトープ組成物は、獲得免疫応答を抑制／抑圧する。
複数の態様において、Ｔレジトープ組成物は、エフェクターＴ細胞応答を抑制／抑圧する。
複数の態様において、Ｔレジトープ組成物は、メモリーＴ細胞応答を抑制／抑圧する。
複数の態様において、Ｔレジトープ組成物は、ヘルパーＴ細胞応答を抑制／抑圧する。
複数の態様において、Ｔレジトープ組成物は、Ｂ細胞応答を抑制／抑圧する。複数の態様において、Ｔレジトープ組成物は、ＮＫＴ細胞応答を抑制／抑圧する。
複数の態様において、本開示は、治療上有効な量の本開示のＴレジトープ組成物の投与を通じて、対象における免疫応答（特に抗原特異的免疫応答）を抑制する方法に関する。ここで、前記Ｔレジトープ組成物は、内在性ＴＲｅｇ（複数の態様において、ナチュラルＴＲｅｇおよび／またはアダプティブＴＲｅｇ、および複数の態様においてＣＤ４＋／ＣＤ２５＋／ＦｏｘＰ３＋制御性Ｔ細胞を含む）を活性化するか、ＣＤ４＋Ｔ細胞の活性化、ＣＤ４＋および／またはＣＤ８＋Ｔ細胞の増殖を抑制し、および／またはβ細胞またはＮＫＴ細胞の活性化もしくは増殖を抑制する。
複数の態様において、本開示のＴレジトープ組成物は、特定の標的抗原と、共有結合、非共有結合、または混和されてもよい。特定の複数の態様において、本開示のＴレジトープ組成物の１または複数の例えばポリペプチド（Ｔｒｅｇ活性化制御性Ｔ細胞エピトープ、Ｔレジトープ、Ｔレジトープペプチド、またはＴ細胞エピトープポリペプチド、態様において分離、合成、または組換えされていてもよい）および／またはキメラまたは融合ポリペプチド組成物は、特定の標的抗原と、共有結合、非共有結合、または混和されてもよい。
複数の態様において、特定の標的抗原と、共有結合しているか、非共有結合しているか、または混和している本開示のＴレジトープ組成物の投与は、標的抗原に対する免疫応答の減弱をもたらす。
複数の態様において、標的抗原は、自己のタンパク質またはタンパク質断片であってよい。
複数の態様において、標的抗原は、アレルゲンであってもよい。
複数の態様において、標的抗原は、同系統のタンパク質またはタンパク質断片であってもよい。
複数の態様において、標的抗原は、生物学的医薬品またはその断片であってもよい。
複数の態様において、抑制効果はナチュラルＴＲｅｇによって媒介される 。
複数の態様において、抑制効果はアダプティブＴＲｅｇによって媒介される 。
複数の態様において、本開示のＴレジトープ組成物に含まれる１または複数のＴレジトープは、エフェクターＴ細胞応答を抑制する。
複数の態様において、本開示のＴレジトープ組成物に含まれる１または複数のＴレジトープは、自然免疫応答を抑制する。
複数の態様において、本開示のＴレジトープ組成物の１または複数のＴレジトープは、獲得免疫応答を抑制する。
複数の態様において、本開示されているＴレジトープ組成物の１または複数のＴレジトープは、ヘルパーＴ細胞応答を抑制する。複数の態様において、本開示されているＴレジトープ組成物の１または複数のＴレジトープは、メモリーＴ細胞応答を抑制する。複数の態様において、本開示されているＴレジトープ組成物の１または複数のＴレジトープは、β細胞応答を抑制する。複数の態様において、本開示されているＴレジトープ組成物の１または複数のＴレジトープは、ＮＫＴ細胞応答を抑制する。
［低分子治療薬の設計］
一態様において、本開示は、低分子治療薬を設計する目的で本開示のＴレジトープ組成物を使用する方法を提供する。
一態様において、Ｔレジトープ特異的Ｔ細胞は、濃度１μｇ／ｍＬの小分子混合物のプール及び自己樹状細胞（ＤＣ）で２週間間隔で３回刺激し、その後、異種ＤＣ及び抗原で刺激する。丸底９６ウェルプレートに、Ｔ細胞（１．２５×１０５）とＤＣ（０．２５×１０５）を１ウェルあたり添加する。Ｔ細胞培地は、５００ｍｌのＲＰＭＩ培地１６４０に５０ｍｌのＦＣＳ（ＨｙＣｌｏｎｅ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ、Ｉｎｃ．、Ｌｏｇａｎ、ＵＴ）、ペニシリン、ストレプトマイシン（ＧＩＢＣＯ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ、Ｇａｉｔｈｅｒｓｂｕｒｇ、ＭＤ）、２０ｍＭ Ｈｅｐｅｓ（ＧＩＢＣＯ）および４ｍＬの１Ｎ ＮａＯＨ溶液を添加して作った。ＩＬ－２濃度は、最初は０．１ｎＭであり、その後の刺激のラウンドの間に徐々に１ｎＭに増加させる。Ｔ細胞クローンは、０．６×１０５Ｅｐｓｔｅｉｎ－Ｂａｒｒウイルス形質転換Ｂ細胞（１００Ｇｒａｙ）および１．３×１０５異種末梢血単核細胞（３３Ｇｒａｙ）をフィーダー細胞として、２ｎＭＩＬ２を含む培地で１μｇ／ｍＬＤｉｆｃｏ（商標）ファイトヘマグルチニン（ＢａｃｔｅｒｉｕｓＬｔｄ、Ｈｏｕｓｔｏｎ、ＴＸ）を用いて限界希釈することで誘導する。その後、Ｔレジトープ特異的Ｔ細胞を刺激する小分子プールを、個々の分子として試験する。
Ｔ細胞レセプターのクローニング複数の態様において、本開示は、Ｔ細胞受容体のクローニングを目的として本開示のＴレジトープ組成物を使用する方法を提供する。Ｔレジトープ特異的Ｔ細胞のクローニングは、当業者に公知の技術によって実施することができる。例えば、分離ＰＢＭＣは、２０％ＨＳＡを含む１０μｇ／ｍＬのＲＰＭＩ培地でＴレジトープで刺激される。ＩＬ－２は、５日目から１日おきに添加される（１０Ｕ／ｍＬ最終濃度）。Ｔ細胞は、１１日目または１２日目にテトラマープールで染色される。各プールについて、２－３×１０５の細胞を、５０ｍｌの培養液中０．５ｍｇのＰＥ標識テトラマー（１０ｍｇ／ｍＬ）とともに３７℃で１－２時間インキュベートし、抗ＣＤ４－ＦＩＴＣ（ＢＤ ＰｈａｒＭｉｎｇｅｎ（商標）、サンディエゴ、ＣＡ）で室温で１５分間染色した。細胞を洗浄し、Ｂｅｃｔｏｎ Ｄｉｃｋｉｎｓｏｎ ＦＡＣＳＣａｌｉｂｕｒ（商標）フローサイトメーター（Ｂｅｃｔｏｎ Ｄｉｃｋｉｎｓｏｎ、Ｓａｎ Ｊｏｓｅ、ＣＡ）で解析する。陽性染色を示したプールに対して、対応する単一ペプチドを搭載した四量体を生成し、１４日目または１５日目に分析を行う。特定のテトラマーに陽性であった細胞は、同日または翌日にＢｅｃｔｏｎ Ｄｉｃｋｉｎｓｏｎ ＦＡＣＳＶａｎｔａｇｅ（商標）（Ｓａｎ Ｊｏｓｅ、ＣＡ）を用いて９６ウェルＵボトムプレートにシングルセルソーティングされる。ソートされた細胞は、１．５３×１０５マッチされていない照射済み（５０００ｒａｄ）ＰＢＭＣをフィーダーとして、２４時間後に２．５ｍｇ／ｍＬＰＨＡと１０Ｕ／ｍＬＩＬ－２を加えて増殖させる。クローン化したＴ細胞の特異性は、テトラマー（同族ペプチドまたはコントロールペプチド、ＨＡ３０７－３１９を負荷したもの）による染色と１０ｍｇ／ｍＬの特異ペプチドによるＴ細胞増殖アッセイで確認する（Ｎｏｖａｋ ＥＪら 、Ｊ Ｉｍｍｕｎｏｌ、１６６（１１）：６６６５－７０）．面では、上記のように生成したＴレジトープ特異的Ｔ細胞株からＲＮｅａｓｙミニキット（Ｑｉａｇｅｎｅ、Ｈｉｌｄｅｎ、ＤＥ）を用いて全ＲＮＡを抽出する。１マイクログラムの全ＲＮＡを用い、ａＧｅｎｅＲａｃｅｒ(R)キット（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ、カールズバッド、ＣＡ）を用いたＲＡＣＥ（rapid amplification of cDNA end）法によりＴＣＲ ｃＤＮＡのクローニングを行う。一本鎖ｃＤＮＡを合成する前に、５’ＲＡＣＥ ＧｅｎｅＲａｃｅｒ（登録商標）キットの取扱説明書に従って、ＲＮＡを脱リン酸化、脱キャップし、ＲＮＡオリゴヌクレオチドとライゲーションさせる。ＳｕｐｅｒＳｃｒｉｐｔ ＩＩ ＲＴ（登録商標）（Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ Ｃｏｒｐ、カールズバッド、ＣＡ）とＧｅｎｅＲａｃｅｒ（登録商標）ＯｌｉｇｏｄＴを使用して、ＲＮＡオリゴライゲーションしたｍＲＮＡを一本鎖のｃＤＮＡに逆転写する。５’ＲＡＣＥは、５’プライマーとしてＧｅｎｅＲａｃｅｒ（登録商標）５’（ＧｅｎｅＲａｃｅｒ（登録商標）キット）、遺伝子特異的プライマーＴＣＲＣＡＲ（配列番号８３９：５’－ＧＴＴ ＡＡＣ ＴＡＧ ＴＴＣ ＡＧＣ ＴＧＧ ＡＣＣ ＡＣＡ ＧＣＣ ＧＣＡ ＧＣ－３’）またはＴＣＲＣＢ１Ｒ（配列番号８４０：５’－ ＣＧＧ ＧＴＴ ＡＡＣ ＴＡＧ ＴＴＣ ＡＧＡ ＡＡＴ ＣＣＴ ＴＴＣ ＴＣＴ ＴＧＡ ＣＣＡ ＴＧＧ Ｃ －３’）、またはＴＣＲＣＢＲ２（配列番号８４１：５’－ＣＴＡ ＧＣＣ ＴＣＴ ＧＧＡ ＡＴＣ ＣＴＴ ＴＣＴ ＣＴＴ Ｇ－３’）を、それぞれＴＣＲα、β１、またはβ２鎖の３’プライマーとして使用することができる。ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）産物をｐＣＲ２．１ ＴＯＰＯベクター（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ、カールズバッド、ＣＡ）にクローニングし、One Shot TOP10 コンピテント大腸菌（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ、カールズバッド、ＣＡ）にトランスフォームさせる。プラスミドＤＮＡは、ＴＣＲα，β１、およびβ２鎖の各コンストラクトから９６の個別クローンを調製したものである。全てのプラスミドの全長インサートは、ｖα／ｖβ使用法を決定するために配列決定される（Zhao Yら , (2006), J Immunother, 29(4):398-406、ここにその全体が参照により組み込まれる）。
［医学的状態を予防又は治療する方法］
本開示は、例えば、本開示のＴレジトープ組成物を投与することを含む、対象における１つ以上の医学的状態を予防または治療する方法、および投与する前記工程によって対象における医学的状態を予防または治療する方法に関する。病状は、例えば、原発性免疫不全症、免疫介在性血小板減少症、川崎病、２０歳以上の患者における造血幹細胞移植、慢性Ｂ細胞リンパ球性白血病、及び小児ＨＩＶ１型感染症であり得る。具体的な例としては、以下：（血液学）再生不良性貧血、純赤血球無形成症、ダイヤモンド・ブラックファン貧血、自己免疫性溶血性貧血、新生児溶血性疾患、後天性第ＶＩＩＩ因子インヒビター、後天性フォンウィルブランド病免疫介在性好中球減少症、血小板輸血不応症、新生児自己免疫性血小板減少症、輸血後紫斑病、血栓性血小板減少性紫斑病／溶血性尿毒症症候群。感染症、固形臓器移植、外科、外傷、熱傷、ＨＩＶ感染症。（神経）てんかん・小児難治性ギランバレー症候群、慢性炎症性脱髄性多発神経炎、重症筋無力症、ランバート・イートン筋無力症候群、多巣性運動神経障害、多発性硬化症、（産科）再発性妊娠性潰瘍。（呼吸器）喘息、慢性胸部症状、リウマチ、関節リウマチ（成人および若年性）、全身性エリテマトーデス、全身性血管炎、皮膚筋炎、多発性筋炎、封入体筋炎、ウェゲナー肉芽腫症；（その他）アドレノリューコジストロフィー、筋萎縮性側索硬化症、ベーチェット症候群、急性心筋症、慢性疲労症候群、コンジェンシャル心ブロック、嚢胞性線維症、自己免疫性水泡性皮膚炎、糖尿病、急性特発性自律神経失調症急性散在性脳脊髄炎、エンドトキシン血症、溶血性輸血反応、血球貪食症候群、急性リンパ性白血病、下部運動ニューロン症候群、多発性骨髄腫、ヒト Ｔ細胞リンパ性ウイルス－１－関連脊髄症、ネフリック症候群、膜性腎症、ネフローゼ症候群、甲状腺眼症、オプソクローヌス－ミオクローヌス、中耳炎再発、腫瘍随伴性小脳変性症、パラプロテイン血症、パルボウイルス感染症（一般）、ポリニュー ロパシー、内臓肥大、内分泌異常、Ｍタンパク質。および皮膚変化（ＰＯＥＭＳ）症候群、進行性腰仙神経叢炎、ライム神経根症、ラスムッセン（Ｒａｓｍｕｓｓｅｎ）症候群、ロイター（Ｒｅｉｔｅｒ）症候群、急性腎不全、血小板減少（非免疫）、連鎖球菌毒性ショック症候群、ぶどう膜炎およびＶｏｇｔ－小柳・原田症候群などが挙げられる。
特定の態様において、本発明は、例えば、アレルギー、自己免疫疾患、移植片対宿主病などの移植関連障害、酵素又はタンパク質欠損障害、止血障害（例えば、血友病Ａ、Ｂ又はＣ）、癌（特に腫瘍関連自己免疫）、不妊、又は感染（ウイルス、細菌又は寄生虫）の治療方法に関する。本開示のＴレジトープ組成物は、有害事象を低減するため、または共投与化合物の有効性を高めるために、病状を有する対象を治療するために用いられる他のタンパク質または化合物と併用することができる。
［アレルギーへの応用］
アレルゲン特異的制御性Ｔ細胞は、アレルギーや喘息の発症を制御する上で重要な役割を担っている。内在性ＴＲｅｇ（態様では、ナチュラルＴＲｅｇおよび／またはアダプティブＴＲｅｇを含み、態様ではＣＤ４＋／ＣＤ２５＋／ＦｏｘＰ３＋制御性Ｔ細胞）は、アレルギー疾患に関与する不適切な免疫応答を抑制することが示されている。最近の多くの研究から、制御性Ｔ細胞は、動物モデルだけでなく、ヒトにおいても、感受性の高い個体におけるヘルパーＴ細胞２型偏った免疫応答の過剰な発達を制御する上で重要な役割を担っていることが示されている。最近の研究では、Ｔｒｅｇ、ＴＧＦ－β、ＩＬ－１０の分泌によりＴ細胞の共刺激も抑制することが示され、アレルギー性疾患の制御におけるＴｒｅｇの重要な役割が示唆されている。ナチュラルあるいはアダプティブ制御性Ｔ細胞の増殖障害はアレルギーの発症につながり、アレルゲン特異的Ｔｒｅｇを誘導する治療は、アレルギーや喘息の根治療法になると思われる。喘息の予防と治療の両方のための１つの戦略は、Ｔｒｅｇの誘導である。動物は、Ｔｈ１またはＴｒｅｇ応答につながる免疫刺激によって、喘息の発症から保護されることができる。したがって、本開示のＴレジトープ組成物は、アレルギー及び／又は喘息の予防又は治療のための方法において有用である。このように、複数の態様において、本開示は、対象におけるアレルギー及び／又は喘息を予防又は治療する方法であって、本開示のＴレジトープ組成物の治療有効量を投与し、投与する前記工程によって対象におけるアレルギー及び／又は喘息を予防又は治療することを含む、方法に関する。
［移植への応用］
本開示のＴレジトープ組成物は、ドナー細胞に対する免疫応答を特異的にダウン制御する細胞の発生を促進することにより、移植プロセス中に寛容を誘導するのに有用である。臓器特異的自己免疫を治療するためのＡｇ特異的ＴＲｅｇ細胞の誘導は、全般的な免疫抑制を回避する、重要な治療開発である。骨髄移植のマウスモデルにおいて、ＴＲｅｇ、ドナー骨髄の生着を促進し、移植片対腫瘍の免疫学的効果を損なうことなく、移植片対宿主病の発生率と重症度を減少させる。これらの発見は、マウスとヒトのＴＲｅｇが表現型および機能的特徴を共有しているという観察結果と相まって、ヒト造血細胞移植に伴う合併症を減少させるためにこれらの細胞を使用することを積極的に検討することにつながった。ＴＲｅｇとエフェクターＴ細胞のアンバランスは移植片対宿主病の発症に寄与するが、免疫調節のメカニズム、特にＴＲｅｇのアロレコグニション特性、他の免疫細胞への影響と相互作用、抑制活性の部位はよく理解されていない。
ヒトと実験動物モデルの両方から蓄積された証拠により、移植片対宿主病（ＧＶＨＤ）の発症にＴＲｅｇが関与していることが示唆されている。ＴＲｅｇがＧＶＨＤと移植片対腫瘍（ＧＶＴ）活性を分けることができるという実証は、ＧＶＴ効果に有害な影響を与えることなく ＧＶＨＤを減らすために、その免疫抑制能を操作できる可能性を示唆している。抑制能を持つ様々なＴリンパ球が報告されているが、最も特徴的な２つのサブセットは、天然に発生する副腎皮質内生成ＴＲｅｇ（ナチュラルＴＲｅｇ）と末梢で発生する誘導性（inducible）ＴＲｅｇである。したがって、本開示のＴレジトープ組成物は、移植プロセス中に寛容を誘導するための方法において有用である。このように、複数の態様において、本開示は、対象における移植プロセス中の寛容を誘導する方法であって、本開示のＴレジトープ組成物の治療上有効な量を投与し、投与する前記工程によって対象における移植プロセス中の寛容を誘導することを含む、方法に関する。
［寛容化剤としての応用、および自己免疫への応用］
複数の態様において、本開示のＴレジトープ組成物は、免疫原性化合物（タンパク質治療薬）（Weber CAら, (2009), Adv Drug Deliv, 61(11):965-76）に対する耐性剤として使用することが可能である。この発見は、タンパク質治療薬の設計に示唆を与えるものである。したがって、本開示のＴレジトープ組成物と組み合わせた免疫原性化合物（例えば、モノクローナル抗体、自己サイトカイン、または外来タンパク質などのタンパク質治療薬）の投与は、有害なＴエフェクター免疫応答を抑制する。生体内では、ＴＲｅｇが樹状細胞を通じて作用し、自己反応性Ｔ細胞の活性化を制限することにより、Ｔ細胞の分化とエフェクター機能の獲得が阻害される。活性化した病原性細胞の供給を制限することにより、ＴＲｅｇ、自己免疫疾患の進行を防ぐ、あるいは遅らせることができる。しかし、この防御機構は、自己免疫疾患患者では不十分であるように思われる。これは、おそらく、ＴＲｅｇ細胞の不足、および／または、長い疾患経過の間にＴＲｅｇ－抵抗性の病原性Ｔ細胞が発達し蓄積することが原因であろう。したがって、これらの患者における自己寛容の回復には、進行中の組織傷害を制御する能力を高めたＴＲｅｇを注入するとともに、病原性Ｔ細胞をパージすることが必要かもしれない。甲状腺炎およびインスリン依存性糖尿病などの臓器特異的自己免疫状態は、この寛容機構の破壊に起因している（Mudd PAら, (2006), Scand J Immunol, 64(3):211-8）。したがって、本開示のＴレジトープ組成物は、自己免疫の予防又は治療のための方法において有用である。このように、複数の態様において、本開示は、対象における自己免疫を予防または治療する方法であって、本開示のＴレジトープ組成物の治療有効量を投与し、投与する前記工程によって対象における自己免疫を予防および／または治療することを含む、方法に関する。
［Ｂ型肝炎（ＨＢＶ）感染症への応用］
慢性ＨＢＶは通常、後天性（母体胎児感染による）か、成人における急性ＨＢＶ感染のまれな結果である可能性がある。Ｂ型慢性肝炎（ＣＨ－Ｂ）の急性増悪は、Ｂ型肝炎コア抗原およびｅ抗原（ＨＢｃＡｇ／ＨＢｅＡｇ）に対する細胞障害性Ｔ細胞応答の増加を伴う。最近の研究では、ＳＹＦＰＥＩＴＨＩ Ｔ細胞エピトープマッピングシステムを使用して、ＨＢｃＡｇとＨｂｅＡｇからＭＨＣクラスＩＩ制限エピトープペプチドを予測した（Feng ICら, (2007), J Biomed Sci, 14(1):43-57）。高得点ペプチドを用いたＭＨＣクラスＩＩ４量体（テトラマー）を構築し、ＴＲｅｇとＣＴＬ頻度の測定に使用した。その結果、ＨＢｃＡｇに特異的なＴＲｅｇ細胞は増悪期に減少し、ＨＢｃＡｇペプチド特異的細胞傷害性Ｔ細胞が増加することが示された。寛容期には、ＦＯＸｐ３発現ＴＲｅｇ細胞クローンが確認された。これらのデータは、ＨｂｃＡｇＴＲｅｇＴ細胞の減少が、慢性Ｂ型肝炎ウイルス感染の自然経過における自然増悪の原因であることを示唆している。したがって、本開示のＴレジトープ組成物は、慢性Ｂ型肝炎ウイルス感染の予防又は治療のための方法において有用である。このように、複数の態様において、本開示は、対象におけるウイルス感染（例えば、ＨＢＶ感染）を予防または治療する方法であって、本開示のＴレジトープ組成物の治療有効量を投与し、投与する前記工程によって対象における前記ウイルス感染を予防および／または治療することを含む、方法に関する。
［Ｔレジトープ組成物を用いた制御性Ｔ細胞のｅｘ ｖｉｖｏでの増殖及び／又は刺激］
複数の態様において、本開示は、制御性Ｔ細胞を増殖するためのｅｘ ｖｉｖｏ方法を提供する。一実施形態では、本発明は、生体サンプル中の制御性Ｔ細胞を増殖する方法を提供し、この方法は、（ａ）対象から生体サンプルを提供する工程；（ｂ）生体サンプルから制御性Ｔ細胞を分離する工程；および制御性Ｔ細胞の数を増やして増殖した制御性Ｔ細胞をもたらす条件下で、分離した制御性Ｔ細胞を有効量の本開示のＴレジトープ組成物と接触させて、生体サンプル中の制御性Ｔ細胞を増殖する工程；を含む。複数の態様において、本方法は、増殖された制御性Ｔ細胞を対象に投与する工程をさらに含む。
複数の態様において、増殖した制御性Ｔ細胞を投与された対象は、例えば、増殖したＴレジトープの自家移植（autologous transplantation）によって、元の生物学的サンプルが得られたのと同じ個体である（Ruitenberg JJら, (2006), BMC Immunol, 7:11）。
複数の態様において、本開示は、生体サンプル中の制御性Ｔ細胞を刺激するためのｅｘ ｖｉｖｏ方法を提供し、この方法は、（ａ）対象から生体サンプルを提供する工程；及び（ｂ）生体サンプルから制御性Ｔ細胞を分離する工程；並びに分離した制御性Ｔ細胞を、制御性Ｔ細胞が刺激されて１または複数の生体機能を変更する条件下で本開示のＴレジトープ組成物の有効量と接触させて、それによって生体サンプル中の制御性Ｔ細胞を刺激する工程を包含する。複数の態様において、本方法は、刺激された制御性Ｔ細胞を対象に投与する工程をさらに含む。複数の態様において、刺激された制御性Ｔ細胞が投与される対象は、元の生物学的サンプルが、例えば、増殖したＴレジトープの自己移植によって得られたものと同じ対象である。
［Ｔレジトープ組成物を用いた抗原提示細胞のｅｘ ｖｉｖｏパルシング］
複数の態様において、本開示は、生体サンプル中の抗原提示細胞（例えば、樹状細胞、マクロファージなど）のｅｘ ｖｉｖｏ方法を提供し、この方法は、（ａ）対象から生体サンプルを提供し；および（ｂ）生体サンプルから抗原提示細胞を分離し；および分離した抗原提示細胞を有効量の本開示のＴレジトープ組成物と以下の条件下で接触させて、抗原提示細胞が刺激されて１または複数の生体機能を変える（例えば、Ｔレジトープを提示し、及び／又は抗原提示細胞を寛容であるように歪め（複数の態様において、このような寛容状態を誘導するための抗原提示細胞のサイトカイン処理をさらに含むことができる）、それによって生体サンプル中の抗原提示細胞を刺激する。
複数の態様において、本方法は、刺激された抗原提示細胞を対象に投与する工程をさらに含む。
複数の態様において、刺激された抗原提示細胞が投与される対象は、例えば、刺激された抗原提示細胞の自家移植によって、元の生物学的サンプルが得られたのと同じ対象である。
［Ｔレジトープ組成物のｉｎ ｖｉｔｒｏでの使用］
複数の態様において、本開示は、ｉｎ ｖｉｔｒｏ研究及び実験モデルにおける制御性Ｔ細胞機能の研究における試薬としての本開示のＴレジトープ組成物の使用を提供する。
［キット］
本明細書に記載の方法は、例えば、本開示の少なくとも１つのＴレジトープ組成物を含む予めパッケージされたキットを利用することによって実施することができ、このキットは、例えば、本明細書に記載の病状を示す対象又は家族歴を治療するために臨床環境において便利に使用可能である。一実施形態では、キットは、本明細書に記載の医学的状態の症状又は家族歴を示す対象を治療するための、本発明で開示の少なくとも１つのＴレジトープ組成物の使用説明書をさらに含んでいる。
（ｉｘ） 脱寛容化抗原を用いた治療方法
複数の態様において、本開示は、ＴＲｅｇ細胞の関与を回避、減少又は廃止するために、本明細書で同定される１または複数のＴレジトープが除去及び／又は変異されたＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のタンパク質又はペプチドを含む、本明細書に規定する脱寛容化抗原の使用方法に関する。脱寛容化抗原又はその組成物でＴ細胞を刺激すると、対応する内在性免疫応答を刺激、誘導、及び／又は拡大することができ、例えば、ＣＯＶＩＤ－１９を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染（または重症急性呼吸器症候群（ＳＡＲＳ）もしくは中東呼吸器症候群コロナウイルス（ＭＥＲＳ－ＣｏＶ）などの近縁ウイルス）および／またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２による関連疾患に対する、ＣＤ４＋および／またはＣＤ８＋Ｔ細胞応答を含む対応する内在性の免疫応答を刺激、誘発、および／または拡大し、複数の態様において１以上のサイトカインおよびケモカインの分泌が増加するという結果をもたらす。
複数の態様において、本開示のＴ細胞エピトープ化合物および組成物によって活性化されたＴ細胞は、対象において、ＣＯＶＩＤ－１９を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染（または重症急性呼吸器症候群（ＳＡＲＳ）もしくは中東呼吸器症候群コロナウイルス（ＭＥＲＳ－ＣｏＶ）などの近縁ウイルス）および／またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に起因する関連疾患に対する細胞媒介性免疫能を刺激する。
複数の態様において、本開示の脱寛容化抗原またはその組成物によって活性化されたＴ細胞は、対象のＣＯＶＩＤ－１９を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染（または近縁ウイルス）および／またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に起因する関連疾患に対する細胞媒介免疫を刺激し得る。
複数の態様において、本開示は、本明細書に記載の脱寛容化抗原またはその組成物の治療的効果量を対象に投与することによって、それを必要とする対象において、例えば、ＣＯＶＩＤ－１９などのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染（または重症急性呼吸器症候群（ＳＡＲＳ）または中東呼吸器症候群コロナウイルス（ＭＥＲＳ－ＣｏＶ）などの近縁ウイルス）および／またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に起因する関連疾患に対して免疫応答を刺激、誘導、および／または拡大する方法に関する。
複数の態様において、本開示は、ＣＯＶＩＤ－１９などのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染（または重症急性呼吸器症候群（ＳＡＲＳ）もしくは中東呼吸器症候群コロナウイルス（ＭＥＲＳ－ＣｏＶ）などの近縁ウイルス））による疾患を予防、治療、または改善する方法、その必要がある対象に、治療効果量の、本書に記載の脱寛容化抗原またはその組成物を投与することにより指示されている。
本明細書に記載されるものと類似又は同等の任意のアッセイ、方法、及び材料を本開示の実施又は試験に使用することができるが、好ましい方法及び材料が記載される。本開示の他の特徴、目的、及び利点は、本明細書及び特許請求の範囲から明らかになるであろう。本明細書及び添付の特許請求の範囲において、単数形は、文脈上明らかに他に指示されない限り、複数の参照語を含む。他に定義されない限り、本明細書で使用される全ての技術用語および科学用語は、本発明が属する技術分野における通常の技術者によって一般的に理解されるのと同じ意味を有する。本明細書で引用されたすべての文献は、個々の刊行物、特許、または特許出願が、すべての目的のためにその全体が参照により組み込まれることが具体的かつ個別に示されている場合と同じ程度に、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
（ｘ）態様
第１の態様は、単独でまたは本明細書の他の任意のまたはすべての態様と組み合わせて、配列番号４－３７０、３９１－４４０および４４８－８３３および／またはその断片および変異体からなる群から選択されるアミノ酸配列、任意選択で配列番号４－３７０および４４８－８３３のポリペプチドのＮ末端および／またはＣ末端に任意の比率で分布している１～１２の追加のアミノ酸のみからなるポリペプチドに関する。
第２の態様は、単独でまたは本明細書の他の任意のまたはすべての態様と組み合わせて、配列番号４－３７０、３９１－４４０および４４８－８３３および／またはその断片および変異体からなる群から選択されるアミノ酸配列、任意選択で配列番号４－３７０および４４８－８３３のポリペプチドのＮ末端および／またはＣ末端に任意の比率で分布している１～１２の追加のアミノ酸から本質的になるポリペプチドに関する。
第３の態様は、単独でまたは本明細書の他の任意のまたはすべての態様と組み合わせて、配列番号４－３７０、３９１－４４０および４４８－８３３および／またはその断片および変異体からなる群から選択されるアミノ酸配列、任意選択で配列番号４－３７０および４４８－８３３のポリペプチドのＮ末端および／またはＣ末端に任意の比率で分布している１～１２の追加のアミノ酸を含むポリペプチドに関する。
第４の態様は、単独で又は本明細書の他の任意の又は全ての態様と組み合わせて、態様１～３のいずれか一態様に記載のポリペプチドであって、配列番号４－３７０、３９１－４４０、及び４４８－８３３からなる群より選択されるアミノ酸配列の前記変異体又は断片が、ＭＨＣ結合性及びＴＣＲ特異性を保持し、及び／又は抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２活性を保持するポリペプチドに関する。
第５の態様は、単独でまたは本明細書の他の任意のまたは全ての態様と組み合わせて、配列番号４－３７０、３９１－４４０、および４４８－８３３、およびその断片のいずれか１つと少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％または９５％の相同性を有するアミノ酸配列のみからなるポリペプチドであって、前記ポリペプチドがＭＨＣ結合性および同じＴＣＲ特異性を保持し、および／または抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２活性を保持するものに関する。
第６の態様は、単独で又は本明細書の他の任意の又は全ての態様と組み合わせて、配列番号４－３７０、３９１－４４０、及び４４８－８３３、及びその断片のいずれか１つと少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％又は９５％の相同性を有するアミノ酸配列から本質的になるポリペプチドであって、前記ポリペプチドがＭＨＣ結合性及び同じＴＣＲ特異性を保持し、及び／又は抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２活性を保持するものに関する。
第７の態様は、単独で又は本明細書の他の任意の又は全ての態様と組み合わせて、配列番号４－３７０、３９１－４４０、及び４４８－８３３、並びにその断片のいずれか１つに対して少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％又は９５％の相同性を有するアミノ酸配列を含むポリペプチドであって、当該ポリペプチドがＭＨＣ結合性及び同じＴＣＲ特異性を保持し、及び／又は抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２活性を保持するものに関する。
第８の態様は、単独で又は本明細書の他の任意の又は全ての態様と組み合わせて、タンパク質又はペプチドがＴレジトープであり、投与されたときにＴＲｅｇ細胞に関与、刺激又は活性化できないように、１又は複数のＴレジトープが、欠失、部分欠失及び／又は変異されたＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ウイルス由来のタンパク質又はペプチドに関する。
第９の態様において、単独で又は本明細書の他の任意の又は全ての態様と組み合わせて、態様８のタンパク質又はペプチドに関し、ここで、欠失、部分欠失及び／又は変異したＴレジトープは、配列番号４－３７０、３９１－４４０及び４４８－８３３に記載のアミノ酸配列から選択される。
第１０の態様は、単独でまたは本明細書の他の任意のまたは全ての態様と組み合わせて、アミノ酸配列が、ＭＨＣへのアンカーアミノ酸および／またはＴ細胞受容体結合エピトープにおいて変異してポリペプチドを脱寛容にする、態様８または９のいずれかに記載のポリペプチドに関する。
第１１の態様は、単独でまたは本明細書の他の任意のまたは全ての態様と組み合わせて、配列番号１のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２エンベロープの脱寛容化抗原に関し、ここで脱寛容化抗原は１または複数の配列番号６、７、１８－３１、１８６－２３１、および／または４４８－４５９の欠失、部分欠失および／または変異からなる。
第１２の態様は、単独でまたは本明細書の他の任意のまたは全ての態様と組み合わせて、配列番号７が配列番号１との関係においてＫ６３、Ｎ６４、Ｎ６６、Ｓ６８、Ｒ６９、Ｖ６２、Ｌ６５、Ｓ６７、および／またはＶ７０の位置に１または複数の変異を含む態様１１の脱寛容化抗原に関する。
第１３の態様は、単独でまたは本明細書の他の任意のまたはすべての態様と組み合わせて、配列番号６が、配列番号１との関係においてＴ１１、Ｌ１２、Ｖ１４、Ｎ１５、Ｓ１６、Ｖ１７、Ｌ１９、Ｆ２０、Ａ２２、Ｆ２３、Ｖ２４、Ｖ２５、Ｆ２６、Ｌ２７、Ｌ２８、Ｖ２９、Ｔ３０、Ｌ３１、Ａ３２、Ｉ３３、Ｌ３４、Ａ３６、Ｒ３８、および／またはＡ４１の位置に１または複数の変異を含む、態様１１の脱寛容化抗原に関する。
第１４の態様は、単独でまたは本明細書の他の任意のまたはすべての態様と組み合わせて、配列番号６が、配列番号１との関係においてＬ１２、Ｉ１３、Ｖ１４、Ｎ１５、Ｓ１６、Ｖ１７、Ｌ１８、Ｌ１９、Ｆ２０、Ｌ２１、Ａ２２、Ｆ２３、Ｖ２４、Ｖ２５、Ｆ２６、Ｌ２７，Ｌ２８、Ｖ２９、Ｔ３０、Ｌ３１、Ａ３２、Ｉ３３、Ｌ３４Ｔ３５、Ｌ３７、Ｌ３９、および／またはＣ４０の位置に１または複数の変異を含む、態様１１の脱寛容化抗原に関する。
第１５の態様は、単独でまたは本明細書の他の任意のまたは全ての態様と組み合わせて、配列番号２のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２膜の脱寛容化抗原に関し、ここで脱寛容化抗原は１または複数の配列番号４、５、１７、３２－４１、２３２－２４５、４４０、および４５０－４７１の欠損、部分欠損および／または変異を含む、脱寛容化抗原に関する。
第１６の態様は、単独でまたは本明細書の他の任意のまたはすべての態様と組み合わせて、配列番号４が、配列番号２との関係においてＩ１１８、Ｎ１２１、Ｐ１２３、および／またはＧ１２６の位置に１または複数の変異を含む、態様１５の脱寛容化抗原に関する。
第１７の態様は、単独でまたは本明細書の他の任意のまたは全ての態様と組み合わせて、配列番号４への変異が、配列番号２との関係において１または複数のＩ１１８Ａ；Ｉ１１８Ｇ；Ｉ１１８Ｎ；Ｉ１１８Ｑ；Ｉ１１８Ｓ；Ｉ１１８Ｔ；Ｎ１２１Ｐ；Ｐ１２３Ｑ；Ｐ１２３Ｇ；および／またはＧ１２６Ｐの変異を含む、態様１６の脱寛容化抗原に関する。
第１８の態様は、単独でまたは本明細書の他の任意のまたはすべての態様と組み合わせて、配列番号４が、配列番号２との関係においてＬ１１９、Ｌ１２０、Ｖ１２２、Ｌ１２４、および／またはＨ１２５の位置に１または複数の変異を含む、態様１５の脱寛容化抗原に関する。
第１９の態様は、単独でまたは本明細書の他の任意のまたは全ての態様と組み合わせて、配列番号４４０が、配列番号２との関係においてＹ１７９、Ｇ１８２、Ｓ１８４、および／またはＶ１８７の位置に１または複数の変異を含む、態様１５の脱寛容化抗原に関する。
第２０の態様は、単独でまたは本明細書の他の任意のまたはすべての態様と組み合わせて、配列番号４４０が、配列番号２との関係においてＫ１８０、Ｌ１８１、Ａ１８３、Ｑ１８５、および／またはＲ１８６の位置に１または複数の変異を含む、態様１５の脱寛容化抗原に関する。
第２１の態様は、単独でまたは本明細書の他の任意のまたは全ての態様と組み合わせて、配列番号３のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクの脱寛容化抗原に関し、ここで脱寛容化抗原は１または複数の配列番号８－１７、４２－９３、２４６－３７０、４２２、４２３、４３２、４３４－４３９および７９４－８３３の欠失、部分欠失および／または変異を含む。
第２２の態様は、単独でまたは本明細書の他の任意のまたはすべての態様と組み合わせて、配列番号８が、配列番号３との関係においてＦ２８、Ｓ３１、Ｌ３３、Ｔ３６、Ｄ３８、および／またはＬ４１の位置に１または複数の変異を含む、態様２１の脱寛容化抗原に関する。
第２３の態様は、単独でまたは本明細書の他の任意のまたはすべての態様と組み合わせて、配列番号８への変異が、配列番号３との関係において１または複数のＦ２８Ｇ；Ｆ２８Ａ；Ｆ２８Ｎ；Ｆ２８Ｔ；Ｆ２８Ｓ；Ｆ２８Ｑ、Ｓ３１Ｇ；Ｓ３１Ｔおよび／またはＬ３３Ｑの変異を含む、態様２２の脱寛容化抗原に関する。
第２４の態様は、単独でまたは本明細書の他の任意のまたはすべての態様と組み合わせて、配列番号８が、配列番号３との関係においてＲ２９、Ｓ３０、Ｖ３２、Ｈ３４、Ｓ３５、Ｑ３７、Ｌ３９、および／またはＦ４０の位置に１または複数の変異を含む、態様２１の脱寛容化抗原に関する。
第２５の態様は、単独でまたは本明細書の他の任意のまたは全ての態様と組み合わせて、配列番号９が、配列番号３との関係においてＩ１９５、Ｖ１９８、Ｄ２００および／またはＱ２０３の位置に１または複数の変異を含む態様２１の脱寛容化抗原に関する。
第２６の態様は、単独でまたは本明細書の他の任意のまたはすべての態様と組み合わせて、配列番号９への変異が、配列番号３との関係において１または複数のＩ１９５Ａ、Ｉ１９５Ｇ、Ｉ１９５Ｎ、Ｉ１９５Ｓ、Ｉ１９５Ｔ、Ｉ１９５Ｑ、Ｖ１９８Ｇ、Ｖ１９８Ｔ、Ｖ１９８Ｎ、Ｑ２０３Ｅ、Ｑ２０３Ｇ、および／またはＱ２０３Ｔの変異を含む、態様２５の脱寛容化抗原に関する。
第２７の態様は、単独でまたは本明細書の他の任意のまたはすべての態様と組み合わせて、配列番号９が、配列番号３との関係においてＮ１９６、Ｌ１９７、Ｒ１９９、Ｌ２０１、および／またはＰ２０２の位置に１または複数の変異を含む、態様２１の脱寛容化抗原に関する。
第２８の態様は、単独でまたは本明細書の他の任意のまたは全ての態様と組み合わせて、配列番号１０が、配列番号３との関係においてＩ２２０、Ｆ２２３、Ｔ２２５、および／またはＡ２２８の位置に１または複数の変異を含む、態様２１の脱寛容化抗原に関する。
第２９の態様は、単独でまたは本明細書の他の任意のまたは全ての態様と組み合わせて、配列番号１０への変異が、配列番号３との関係において１または複数のＩ２２０Ａ；Ｉ２２０Ｇ；Ｉ２２０Ｎ；Ｉ２２０Ｑ；Ｉ２２０Ｓ；Ｉ２２０Ｔ；および／またはＴ２２５Ｑの変異を含む、態様２８の脱寛容化抗原に関する。
第３０の態様は、単独でまたは本明細書の他の任意のまたはすべての態様と組み合わせて、配列番号１０が、配列番号３との関係においてＴ２２１、Ｒ２２２、Ｑ２２４、Ｌ２２６、および／またはＬ２２７の位置に１または複数の変異を含む、態様２１の脱寛容化抗原に関する。
第３１の態様は、単独でまたは本明細書の他の任意のまたは全ての態様と組み合わせて、配列番号１１が、配列番号３との関係においてＹ２５４、Ｐ２５７、Ｙ２５９、および／またはＬ２６２の位置に１または複数の変異を含む態様２１の脱寛容化抗原に関する。
第３２の態様は、単独でまたは本明細書の他の任意のまたは全ての態様と組み合わせて、配列番号１１への変異が、配列番号３との関係において１または複数のＹ２５４Ａ；Ｙ２５４Ｇ；Ｙ２５４Ｎ；Ｙ２５４Ｑ；Ｙ２５４Ｓ；Ｙ２５４Ｔ；Ｔ２５９Ｇ；および／またはＴ２５９Ｑの変異を含む、態様３１の脱寛容化抗原に関する。
第３３の態様は、単独でまたは本明細書の他の任意のまたは全ての態様と組み合わせて、配列番号１１が、配列番号３との関係においてＬ２５５、Ｑ２５６、Ｒ２５８、Ｆ２６０、および／またはＬ２６１の位置に１または複数の変異を含む、態様２１の脱寛容化抗原に関する。
第３４の態様は、単独でまたは本明細書の他の任意のまたは全ての態様と組み合わせて、配列番号１２が、配列番号３との関係においてＶ４９６、Ｓ４９９、Ｅ５０１、および／またはＨ５０４の位置に１または複数の変異を含む、態様２１の脱寛容化抗原に関する。
第３５の態様は、単独でまたは本明細書の他の任意のまたは全ての態様と組み合わせて、配列番号１２への変異が、配列番号３との関係において１または複数のＶ４９６Ａ；Ｖ４９６Ｇ；Ｖ４９６Ｎ；Ｖ４９６Ｑ；Ｖ４９６Ｓ；Ｖ４９６Ｔ；Ｓ４９９Ｇ；Ｓ４９９Ｑ；および／またはＳ４９９Ｔの変異を含む、態様３４の脱寛容化抗原に関する。において、
第３６の態様は、単独でまたは本明細書の他の任意のまたは全ての態様と組み合わせて、配列番号１２が、配列番号３との関係においてＶ４９７、Ｌ４９８、Ｆ５００、Ｌ５０２、および／またはＬ５０３の位置に１または複数の変異を含む態様２１の脱寛容化抗原に関する。
第３７の態様は、単独でまたは本明細書の他の任意のまたは全ての態様と組み合わせて、配列番号１３が、配列番号３との関係においてＬ８０６、Ｎ８０９、Ｖ８１１、および／またはＡ８１４の位置に１または複数の変異を含む、態様２１の脱寛容化抗原に関する。
第３８の態様は、本明細書の他の任意のまたは全ての態様と単独または組み合わせて、配列番号１３への変異が、配列番号３との関係において１または複数のＬ８０６Ａ；Ｌ８０６Ｇ；Ｌ８０６Ｎ；Ｌ８０６Ｑ；Ｌ８０６Ｓ；Ｌ８０６Ｔ；および／またはＮ８０９Ｇの変異を含む、態様３７の脱寛容化抗原に関する。
第３９の態様は、単独でまたは本明細書の他の任意のまたは全ての態様と組み合わせて、配列番号１３が、配列番号３との関係においてＬ８０７、Ｆ８０８、Ｋ８１０、Ｔ８１２、および／またはＬ８１３の位置に１または複数の変異を含む、態様２１の脱寛容化抗原に関する。
第４０の態様は、単独でまたは本明細書の他の任意のまたは全ての態様と組み合わせて、配列番号１４が、配列番号３との関係においてＬ８４３、Ｌ８４６、Ｐ８４８、および／またはＴ８５１の位置に１または複数の変異を含む、態様２１の脱寛容化抗原に関する。
第４１の態様は、本明細書の他の任意のまたは全ての態様と単独または組み合わせて、配列番号１４への変異が、配列番号３との関係においてＬ８４３Ａ；Ｌ８４３Ｇ；Ｌ８４３Ｎ；Ｌ８４３Ｑ；Ｌ８４３Ｓ；Ｌ８４３Ｔ；Ｌ８４６Ｇ；Ｌ８４６Ｔ；および／またはＰ８４８Ｑの変異を含む、態様４０の脱寛容化抗原に関する。
第４２の態様は、単独でまたは本明細書の他の任意のまたは全ての態様と組み合わせて、配列番号１４が、配列番号３との関係においてＴ８４４、Ｖ８４５、Ｐ８４７、Ｌ８４９、および／またはＬ８５０の位置に１または複数の変異を含む、態様２１の脱寛容化抗原に関する。
第４３の態様は、単独でまたは本明細書の他の任意のまたは全ての態様と組み合わせて、配列番号１５が、配列番号３との関係においてＦ９１２、Ａ９１５、Ｇ９１７、Ｑ９２０、Ｌ９２３、Ｔ９２６、Ｓ９２８、および／またはＧ９３１の位置に１または複数の変異を含む、態様２１の脱寛容化抗原に関する。
第４４の態様は、本明細書の他の任意のまたはすべての態様と単独または組み合わせて、配列番号１５への変異が、配列番号３との関係において１または複数のＦ９１２Ａ、Ｆ９１２Ｇ、Ｆ９１２Ｎ、Ｆ９１２Ｑ、Ｆ９１２Ｓ、Ｆ９１２Ｔ、Ａ９１５Ｇ、Ｌ９２３Ａ、Ｌ９２３Ｇ、Ｌ９２３Ｎ、Ｌ９２３Ｑ、Ｌ９２３Ｓ、Ｌ９２３Ｔ、および／またはＴ９２６Ｇの変異を含む、態様４３の脱寛容化抗原に関する。
第４５の態様は、単独でまたは本明細書の他の任意のまたは全ての態様と組み合わせて、配列番号１５が配列番号３との関係においてＮ９１３、Ｓ９１４、Ｉ９１６、Ｋ９１８、Ｉ９１９、Ｓ９２４、Ｓ９２５、Ａ９２７、Ａ９２９、および／またはＬ９３０位における１または複数の変異を含む、態様２１の脱寛容化抗原に関する。
第４６の態様は、単独でまたは本明細書の他の任意のまたは全ての態様と組み合わせて、配列番号１６が配列番号３との関係においてＦ９５５、Ｉ９５８、Ｓ９６０、および／またはＮ９６３の位置に１または複数の変異を含む、態様２１の脱寛容化抗原に関する。
第４７の態様は、単独でまたは本明細書の他の任意のまたは全ての態様と組み合わせて、配列番号１６への変異が、配列番号３との関係において１または複数のＦ９５５Ａ、Ｆ９５５Ｇ、Ｆ９５５Ｎ、Ｆ９５５Ｑ、Ｆ９５５Ｓ、Ｆ９５５Ｔ、Ｉ９５８Ｇ、Ｓ９６０Ｇ、Ｓ９６０Ｑ、および／またはＳ９６０Ｔの変異を含む、態様４６の脱寛容化抗原に関する。
第４８の態様は、単独でまたは本明細書の他の任意のまたは全ての態様と組み合わせて配列番号１６が、配列番号３との関係においてＧ９５６、Ａ９５７、Ｓ９５９、Ｖ９６１、および／またはＬ９６２の位置に１または複数の変異を含む、態様２１の脱寛容化抗原に関する。
第４９の態様は、単独でまたは本明細書の他の任意のまたは全ての態様と組み合わせて配列番号１７が、配列番号３との関係においてＩ９９８、Ａ１００１、Ｉ１００３、Ｓ１００６、Ｎ１００８、および／またはＡ１０１１の位置に１または複数の変異を含む、態様２１の脱寛容化抗原に関する。
第５０の態様は、単独でまたは本明細書の他の任意のまたはすべての態様と組み合わせて、配列番号１７への変異が、配列番号３との関係において１または複数のＩ９９８Ａ、Ｉ９９８Ｇ、Ｉ９９８Ｎ、Ｉ９９８Ｑ、Ｉ９９８Ｓ、Ｉ９９８Ｔ、Ａ１００１Ｇ、Ａ１００１Ｔ、Ｉ１００３Ａ、Ｉ１００３Ｇ、Ｉ１００３Ｎ、Ｉ１００３Ｑ、Ｉ１００３Ｓ、Ｉ１００３Ｔおよび／またはＮ１００８Ｑの変異を含む、態様４９の脱寛容化抗原に関する。
第５１の態様は、単独でまたは本明細書の他の任意のまたはすべての態様と組み合わせて、配列番号１７が、配列番号３との関係においてＲ９９９、Ａ１０００、Ｅ１００２、Ｒ１０４、Ａ１００５、Ａ１００７、Ｌ１００９、および／またはＡ１０１０の位置に１または複数の変異を含む、態様２１の脱寛容化抗原に関する。
第５２の態様は、単独でまたは本明細書の他の任意のまたは全ての態様と組み合わせて、配列番号４－３７０、３９１－４４０、および４４８－８３３および／またはその断片および変異体からなる群から選択されるアミノ酸配列、任意選択で配列番号４－３７０、３９１－４４０および４４８－８３３のポリペプチドのＮ末端および／またはＣ末端に任意の割合で分布している１～１２の追加のアミノ酸のみからなるポリペプチドをコードする核酸に関する。
第５３の態様は、単独でまたは本明細書の他の任意のまたは全ての態様と組み合わせて、配列番号４－３７０、３９１－４４０、および４４８－８３３ならびに／またはその断片および変異体からなる群から選択されるアミノ酸配列、ならびに任意選択で配列番号４－３７０、３９１－４４０、および４４８－８３３のポリペプチドのＮ末端および／またはＣ末端に任意の割合で分布している１～１２の追加のアミノ酸から本質的になるポリペプチドをコードする核酸に関する。
第５４の態様は、単独でまたは本明細書の他の任意のまたは全ての態様と組み合わせて、配列番号４－３７０、３９１－４４０、および４４８－８３３、ならびに／またはその断片および変異体からなる群から選択されるアミノ酸配列、ならびに任意選択で配列番号４－３７０、３９１－４４０、および４４８－８３３のポリペプチドのＮ末端および／またはＣ末端に任意の割合で分布している１～１２の追加のアミノ酸を含むポリペプチドをコードする核酸に関する。
第５５の態様は、単独でまたは本明細書の他の任意のまたはすべての態様と組み合わせて、態様８～５１のポリペプチドをコードする核酸に関する。
第５６の態様は、単独でまたは本明細書の他の任意のまたは全ての態様と組み合わせて、態様５２～５５のいずれか１つに記載の核酸を含むベクターに関する。
第５７の態様は、単独でまたは本明細書の他の任意のまたは全ての態様と組み合わせて、態様５６によるベクターを含むプラスミドに関する。
第５８の態様は、単独でまたは本明細書の他の任意のまたはすべての態様と組み合わせて、態様５６によるベクターを含む細胞に関する。
第５９の態様は、単独で又は本明細書の他の任意の又は全ての態様と組み合わせて、態様１～５１に従うポリペプチドと、薬学的に許容される担体及び／又は賦形剤とを含む医薬組成物に関する。
第６０の態様は、単独でまたは本明細書の他の任意のまたは全ての態様と組み合わせて、態様５２～５５のいずれか１つに記載の核酸と、薬学的に許容される担体および／または賦形剤とを含む医薬組成物に関する。
第６１の態様は、単独で又は本明細書の他の任意の又は全ての態様と組み合わせて、態様５６によるベクターと、薬学的に許容される担体及び／又は賦形剤とを含む医薬組成物に関する。
第６２の態様は、単独でまたは本明細書の他の任意のまたは全ての態様と組み合わせて、態様５７によるプラスミドと、薬学的に許容される担体および／または賦形剤とを含む医薬組成物に関する。
第６３の態様は、単独でまたは本明細書の他の任意のまたは全ての態様と組み合わせて、態様１～５１のいずれか１つに記載のポリペプチドと、薬学的に許容される賦形剤、担体および／またはアジュバントとを含むワクチンに関する。
第６４の態様は、単独でまたは本明細書の他の任意のまたは全ての態様と組み合わせて、態様５２～５６のいずれか１つによる核酸と、薬学的に許容される賦形剤、担体および／またはアジュバントとを含むワクチンに関する。
第６５の態様は、単独でまたは本明細書の他の任意のまたは全ての態様と組み合わせて、態様５６によるベクターと、薬学的に許容される賦形剤、担体および／またはアジュバントとを含むワクチンに関するものである。
第６６の態様は、単独でまたは本明細書の他の任意のまたは全ての態様と組み合わせて、態様５７によるプラスミドと、薬学的に許容される賦形剤、担体および／またはアジュバントとを含むワクチンに関するものである。
第６７の態様は、単独でまたは本明細書の他の任意のまたは全ての態様と組み合わせて、態様１～５１のいずれか１つの態様のポリペプチドを含むキメラまたは融合ポリペプチドであって、前記ポリペプチドが異種ポリペプチドに接合、連結、または挿入されている、キメラまたは融合ポリペプチドに関する。
第６８の態様は、単独でまたは本明細書の他の任意のまたは全ての態様と組み合わせて、それを必要とする対象における免疫応答を抑制するための方法に関しており、その方法は、態様１～７のいずれか１態様に記載の少なくとも１種のポリペプチドの治療有効量を対象に投与することを含んでいる。
第６９の態様は、単独で又は本明細書の他の任意の又は全ての態様と組み合わせて、態様６８の方法に関しており、免疫応答は、少なくとも１つの治療用タンパク質による少なくとも１つ以上の治療処置、ワクチンによる処置又は少なくとも１つの抗原による処置の結果である。
第７０の態様は、単独で又は本明細書の他の任意の又は全ての態様と組み合わせて、態様６８の方法に関し、ポリペプチドが、ｅｘ ｖｉｖｏで分離された樹状細胞に投与され、前記樹状細胞が対象に再導入される、方法である。
第７１の態様は、単独で又は本明細書の他の任意の又は全ての態様と組み合わせて、態様６８の方法に関しており、ポリペプチドの投与により、１又は複数の抗原提示細胞が制御表現型にシフトする、方法である。
第７２の態様は、単独で又は本明細書の他の任意の又は全ての態様と組み合わせて、態様６８の方法に関しており、ポリペプチドの投与により、１又は複数の樹状細胞が制御表現型にシフトする、方法である。
第７３の態様は、単独で又は本明細書の他の任意の又は全ての態様と組み合わせて、態様７２の方法に関しており、制御表現型は、樹状細胞又は他の抗原提示細胞におけるＣＤ１１ｃ及びＨＬＡ－ＤＲの発現の減少により特徴付けられる。
第７４の態様は、単独で又は本明細書の他の任意の又は全ての態様と組み合わせて、態様６８の方法に関しており、ポリペプチドの投与により、１または複数のＴ細胞が制御表現型にシフトする、方法である。
第７５の態様は、単独で又は本明細書の他の任意の又は全ての態様と組み合わせて、態様７４の方法に関しており、ポリペプチドの投与により、１または複数のＣＤ４＋Ｔ細胞が制御表現型にシフトする、方法である。
第７６の態様は、単独で又は本明細書の他の任意の又は全ての態様と組み合わせて、態様７４の方法に関しており、ポリペプチドの投与により、１又は複数のＣＤ８＋Ｔ細胞が制御表現型にシフトする、方法である。
第７７の態様は、単独で又は本明細書の他の任意の又は全ての態様と組み合わせて、態様７４の方法に関しており、ポリペプチドの投与により、１又は複数のＢ細胞が制御表現型にする、方法である。
第７８の態様は、単独で又は本明細書の他の任意の又は全ての態様と組み合わせて、態様６８の方法に関しており、１つ以上のポリペプチドの投与により、ＣＤ４＋／ＣＤ２５＋／ＦｏｘＰ３＋制御性Ｔ細胞を活性化させる、方法である。
第７９の態様は、単独でまたは本明細書の他の任意のまたは全ての態様と組み合わせて、態様６８の方法に関しており、１つ以上のポリペプチドの投与により、ＣＤ４＋Ｔ細胞の活性化を抑制する、方法である。
第８０の態様は、単独で又は本明細書の他の任意の又は全ての態様と組み合わせて、態様６８の方法に関しており、１つ以上のポリペプチドの投与が、ＣＤ４＋及び／又はＣＤ８＋Ｔ細胞の活性化又は増殖を抑制する、方法に関する。
第８１の態様は、単独で又は本明細書の他の任意の又は全ての態様と組み合わせて、態様６８の方法に関しており、１つ以上のポリペプチドの投与が、Ｂ細胞の活性化又は増殖を抑制する、方法に関する。
第８２の態様は、単独で又は本明細書の他の任意の又は全ての態様と組み合わせて、態様６９の方法に関しており、１以上のポリペプチドの投与により、自然免疫応答、獲得免疫応答、エフェクターＴ細胞応答、メモリーＴ細胞応答、ヘルパーＴ細胞応答、Ｂ細胞応答、ηκＴ細胞応答又はこれらの任意の組み合わせからなる群より選択される免疫応答を抑制する、方法に関する。
第８３の態様は、単独で又は本明細書の他の任意の又は全ての態様と組み合わせて、それを必要とする対象における免疫応答を増強するための方法に関し、その方法は、態様８～５１のいずれか１つによりポリペプチドの治療上有効な量を対象に投与することを含む、方法に関する。
第８４の態様は、単独で又は本明細書の他の任意の又は全ての態様と組み合わせて、態様８３の方法に関しており、ポリペプチドは、対象においてＴＲｅｇの活性化を減少させる、方法に関する。
第８５の態様は、単独で又は本明細書の他の任意の又は全ての態様と組み合わせて、ポリペプチドがＭＨＣ結合を保持する、第８３の態様の方法に関する。
第８６の態様は、単独で又は本明細書の他の任意の又は全ての態様と組み合わせて、第８３の態様の方法に関しており、ポリペプチドは、ＣＤ４＋及び／又はＣＤ８＋Ｔ細胞を刺激する、方法に関する。
第８７の態様は、単独でまたは本明細書の他の任意のまたは全ての態様と組み合わせて、ＣＯＶＩＤ－１９を含む、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染（または重症急性呼吸器症候群（ＳＡＲＳ）または中東呼吸器症候群コロナウイルス（ＭＥＲＳ－ＣｏＶ）などの密接に関連するウイルス）および／またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２によって引き起こされる関連疾患に対する免疫について、それを必要とする対象において影響を与える方法に関しており、前記方法は、態様１～５１のいずれか１つに記載のポリペプチドの治療有効量を前記対象に投与することを含む、方法に関する。
第８８の態様は、単独でまたは本明細書の他の任意のまたはすべての態様と組み合わせて、ＣＯＶＩＤ－１９を含む、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染（または重症急性呼吸器症候群（ＳＡＲＳ）もしくは中東呼吸器症候群コロナウイルス（ＭＥＲＳ－ＣｏＶ）などの密接に関連するウイルス）および／またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２によって引き起こされる関連疾患に対する免疫について、それを必要とする対象において影響を与える方法に関しており、前記方法は、態様５２～５６のいずれか１つに記載の核酸の治療有効量を、前記対象に投与することを含む、方法に関する。
第８９の態様は、単独でまたは本明細書の他の任意のまたは全ての態様と組み合わせて、ＣＯＶＩＤ－１９を含む、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染（または重症急性呼吸器症候群（ＳＡＲＳ）または中東呼吸器症候群コロナウイルス（ＭＥＲＳ－ＣｏＶ）などの近縁ウイルス）および／またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に起因する関連疾患に対する免疫について、それを必要とする対象において影響を与える方法に関し、前記方法は、前記対象に、態様５７の記載のベクターの治療有効量を、前記対象に投与することを含む、方法に関する。
第９０の態様は、単独でまたは本明細書の他の任意のまたは全ての態様と組み合わせて、ＣＯＶＩＤ－１９を含む、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染（または重症急性呼吸器症候群（ＳＡＲＳ）または中東呼吸器症候群コロナウイルス（ＭＥＲＳ－ＣｏＶ）などの近縁ウイルス）および／またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に起因する関連疾患に対する免疫について、それを必要とする対象において影響を与える方法に関し、前記方法は、前記対象に、態様５８に記載のベクターを投与することを含む、方法に関する。
第９１の態様は、単独で又は本明細書の他の任意の又は全ての態様と組み合わせて、ＣＯＶＩＤ－１９を含む、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染（または重症急性呼吸器症候群（ＳＡＲＳ）または中東呼吸器症候群コロナウイルス（ＭＥＲＳ－ＣｏＶ）などの近縁ウイルス）および／またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に起因する関連疾患に対する免疫について、それを必要とする対象において影響を与える方法に関し、前記方法は、前記対象に、態様５９～６２のいずれか１つに記載の医薬組成物の治療上効果量を投与することを含む、方法に関する。
第９２の態様は、単独でまたは本明細書の他の任意のまたは全ての態様と組み合わせて、ＣＯＶＩＤ－１９を含む、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染（または重症急性呼吸器症候群（ＳＡＲＳ）または中東呼吸器症候群コロナウイルス（ＭＥＲＳ－ＣｏＶ）などの近縁ウイルス）および／またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に起因する関連疾患に対する免疫について、それを必要とする対象において影響を与える方法に関し、前記方法は、前記対象に、態様６３～６６のいずれか１つに記載のワクチン組成物の治療上効果量を投与することを含む、方法に関する。
第９３の態様は、単独でまたは本明細書の他の任意のまたは全ての態様と組み合わせて、態様８７～９２のいずれか１つに記載の方法に関しており、投与の工程が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ウイルスの投与を追加的に含み、ここで、ウイルスは弱毒生ウイルスまたは不活化ウイルスである、方法に関する。
第９４の態様は、単独でまたは本明細書の他の任意のまたは全ての態様と組み合わせて、ＣＯＶＩＤ－１９を含む、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染（または重症急性呼吸器症候群（ＳＡＲＳ）または中東呼吸器症候群コロナウイルス（ＭＥＲＳ－ＣｏＶ）などの近縁ウイルス）および／またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に起因する関連疾患に対する免疫について、それを必要とする対象において影響を与える方法に関し、前記方法は、前記対象に、態様１～５１のいずれか１つによるポリペプチドを、治療有効量で対象に投与することを含む、方法に関する。
第９５の態様は、単独でまたは本明細書の他の任意のまたは全ての態様と組み合わせて、態様１～５１のいずれか１つに記載の１または複数の分離ペプチドおよび／またはその断片および変異体と、１または複数の免疫刺激Ｔ細胞エピトープポリペプチドの有効量を含む組成物に関する。
第９６の態様は、単独で又は本明細書の他の任意の又は全ての態様と組み合わせて、態様９５による組成物に関し、前記１以上の免疫刺激性Ｔ細胞エピトープポリペプチドは、ワクチンによる治療又は少なくとも１つの抗原による治療による１以上の治療タンパク質、であることを特徴とする、組成物に関する。
第９７の態様は、単独で又は本明細書の他の任意の又は全ての態様と組み合わせて、態様９５による組成物に関し、ここで、ポリペプチドは、標的抗原に対する免疫応答の減弱に使用するために特定の標的抗原と共有結合、非共有結合又は混和している、組成物に関する。
第９８の態様は、単独で又は本明細書の他の任意の又は全ての態様と組み合わせて、態様９７に従う組成物であって、抑制作用がナチュラルＴＲｅｇ又はアダプティブＴＲｅｇ又はナチュラルＴＲｅｇのウイルス性相同体によって媒介される、組成物に関する。
第９９の態様は、単独で又は本明細書の他の任意の又は全ての態様と組み合わせて、態様９８に従う組成物であって、エフェクターＴ細胞、ヘルパーＴ細胞又はＢ細胞のいずれかが制御性Ｔ細胞エピトープの抑制効果を受ける、組成物に関する。
第１００の態様は、単独でまたは本明細書の他の任意のまたは全ての態様と組み合わせて、１つ以上のポリペプチドを含む医薬組成物に関し、ここで各ポリペプチドは、配列番号４－３７０、３９１－４４０、および４４８－８３３からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むポリペプチドおよび／またはその断片および変異体であり、任意選択で配列番号４－３７０、３９１－４４０、および４４８－８３３のポリペプチドのＮ末端および／またはＣ末端に任意の比率で分布している１～１２の追加のアミノ酸を含む、医薬組成物に関する。
第１０１の態様は、単独で又は本明細書の他の任意の又は全ての態様と組み合わせて、態様１００によるＴレジトープ組成物及び薬学的に許容される担体を含む医薬組成物に関する。
第１０２の態様は、単独で又は本明細書の他の任意の又は全ての態様と組み合わせて、それを必要とする対象における制御性Ｔ細胞に影響を与えるための方法に関しており、その方法は、態様１００の組成物の治療有効量を対象に投与することを含んでいる。
第１０３の態様は、単独で又は本明細書の他の任意の又は全ての態様と組み合わせて、対象における免疫応答に影響を与えるためのキットに関し、キットは、態様１００の組成物を含んでいる。
第１０４の態様は、単独でまたは本明細書の他の任意のまたは全ての態様と組み合わせて、態様１０３のキットにおいて、有効量の抗原またはアレルゲンをさらに含む、キットに関する。
第１０５の態様は、単独でまたは本明細書の他の任意のまたは全ての態様と組み合わせて、ウイルスを含むワクチン送達ベクターの免疫原性を増強する方法であって、態様８～５１のポリペプチドを対象に投与することを含む方法に関する。
第１０６の態様は、単独でまたは本明細書の他の任意のまたは全ての態様と組み合わせて、異種ポリペプチドに連結した１つ以上のＴ細胞エピトープポリペプチドを含むポリペプチド組成物に関し、ここでＴ細胞エピトープポリペプチドは、配列番号４－３７０、３９１－４４０および４４８－８３３からなる群から選択されるアミノ酸配列および／またはその断片および変異体、任意選択で配列番号４－３７０および４４８－８３３のポリペプチドのＮ末端および／またはＣ末端に任意の比率で分布している１～１２の追加のアミノ酸のみからなるポリペプチドである。
第１０７の態様は、単独でまたは本明細書の他の任意のまたは全ての態様と組み合わせて、Ｔ細胞エピトープポリペプチドが異種ポリペプチドのＮ末端に連結されている、第１０６の態様のポリペプチド組成物に関する。
第１０８の態様は、単独でまたは本明細書の他の任意のまたはすべての態様と組み合わせて、Ｔ細胞エピトープポリペプチドが異種ポリペプチドのＣ末端に連結されている、第１０６の態様のポリペプチド組成物に関する。
第１０９の態様は、単独で又は本明細書の他の任意の又は全ての態様と組み合わせて、第１０６の態様のポリペプチド組成物に関し、ここで異種ポリペプチドは生物学的活性分子を含み、生物学的活性分子は免疫原性分子、Ｔ細胞エピトープ、ウイルスタンパク質及び細菌タンパク質からなる群から選択される。
第１１０の態様は、単独でまたは本明細書の他の任意のまたは全ての態様と組み合わせて、異種ポリペプチドがＴ細胞エピトープポリペプチドに作動的に連結されている、第１０６の態様のポリペプチド組成物に関する。
第１１１の態様は、単独で又は本明細書の他の任意の又は全ての態様と組み合わせて、第１０６の態様のポリペプチド組成物の治療有効量を対象に投与することを含む、対象における制御性Ｔ細胞に影響を与える方法に関する。
以下に示す実施例は、いかなる方法によっても本発明の範囲を限定するものと解釈されるものではない。本開示に照らして、特許請求の範囲の範囲内の多数の実施形態は、当業者には明らかであろう。
Ｔレジトープ組成物のインシリコ同定
Ｔ細胞は、抗原提示細胞（ＡＰＣ）から提示されたエピトープを、ＭＨＣ（主要組織適合性複合体）クラスＩＩ分子との関連で特異的に認識する。これらのヘルパーＴ細胞エピトープは、ＭＨＣクラスＩＩ結合溝に適合する７～３０の連続したアミノ酸からなる線形配列として表現することができる。様々な起源のタンパク質分子内のクラスＩＩエピトープを検出するために、多くのコンピュータアルゴリズムが開発され、使用されてきた（De Groot AS et al,(1997), AIDS Res Hum Retroviruses,13(7):539-41; Schafer JRら, (1998), Vaccine,16(19):1880-4; De Groot ASら, (2001), Vaccine, 19(31):4385-95; De Groot ASら, (2003), Vaccine, 21(27-30):4486-504）。ヘルパーＴ細胞エピトープのこれらの「インシリコ」予測は、ワクチンの設計および治療タンパク質、例えば、抗体ベースの薬剤、Ｆｃ融合タンパク質、抗凝固剤、血液因子、骨形成タンパク質、人工タンパク質スキャフォールド、酵素、成長因子、ホルモン、インターフェロン、インターロイキンおよび血栓溶解剤の脱免疫にうまく適用されている（Dimitrov DS, (2012), Methods Mol Biol, 899:1-26）。
Ｃｏｎｓｅｒｖａｔｒｉｘシステム（ＥｐｉＶａｘ、プロビデンス、ロードアイランド州）は、より大きなデータセットから９量体ポリペプチド配列を同定するのに有用なアルゴリズムである。Ｃｏｎｓｅｒｖａｔｒｉｘシステムは、入力配列を、入力された複数の全配列（同じ病原体の複数の株（strain）など）の間で保存されている９量体配列へ解析し、このシステムは、最も変異しやすい潜在的なワクチン標的でさえ対象とする、これらの９量体配列は、データセット間で同一にマッチする９量体配列を検索することができる。
ＥｐｉＭａｔｒｉｘ（商標）システム（ＥｐｉＶａｘ、プロビデンス、ロードアイランド州）は、クラスＩおよびクラスＩＩ ＨＬＡリガンドとＴ細胞エピトープの予測に有用なコンピュータープログラムにコード化された一連の予測アルゴリズムである。ＥｐｉＭａｔｒｉｘ（商標）システムは、特定のアミノ酸（２０）とＨＬＡ分子内の結合位置（９）の間の相互作用をモデル化するために、２０ｘ９の係数マトリックスを使用する。任意の入力タンパク質に存在する推定Ｔ細胞エピトープを特定するため、ＥｐｉＭａｔｒｉｘ（商標）システムではまず、入力タンパク質を解析して、各フレームが最後のフレームと８アミノ酸だけ重なる９量体フレームを作成する。次に、各フレームは、ヒトＨＬＡ分子、典型的には、ＤＲＢ１＊０１０１、ＤＲＢ１＊０３０１、ＤＲＢ１＊０４０１、ＤＲＢ１＊０７０１、ＤＲＢ１＊０８０１、ＤＲＢ１＊１１０１、ＤＲＢ１＊１３０１、およびＤＲＢ１＊１５０１（Mackら, (2013), Tiss Antig, 81(4):194-203）の１または複数の共通アレルに対する予測される親和性についてスコア化される。
簡単に説明すると、任意の９量体ペプチドについて、特定のアミノ酸コード（２０の内在するアミノ酸のそれぞれについて１つ）および相対的結合位置（１－９）を使用して、予測マトリックスから係数を選択する。個々の係数は、Sturniolo（SturnioloTら, 1999, NatBiotechnol, 17(6):555-61）により最初に開発されたポケットプロファイル法と類似するが同一ではない独自の方法を使用して導き出される。次に、個々の係数が合計され、生のスコアが生成される。ＥｐｉＭａｔｒｉｘ（商標）の生のスコアは、次に、ランダムに生成された非常に大規模なペプチド配列のセットから得られたスコア分布に関して正規化される。結果として得られる「Ｚ」スコアは正規分布であり、アレル間で直接比較することができる。
［ＥｐｉＭａｔｒｉｘ（商標）ペプチドスコアリング］
ＥｐｉＭａｔｒｉｘ（商標）「Ｚ」スケールで１．６４以上のスコア（任意のペプチドセットの上位約５％）のペプチドは、それが予測されたＭＨＣ分子に結合する可能性がかなり高いと判断された。スケールで２．３２以上のスコア（上位１％）のペプチドは、結合する可能性が極めて高く、発表されているほとんどのＴ細胞エピトープは、このスコアの範囲に入る。過去の研究では、ＥｐｉＭａｔｒｉｘ（商標）が公表されているＭＨＣリガンドとＴ細胞エピトープを正確に予測することも実証されている。
［プロミスキャスＴ細胞エピトープクラスターの同定］
潜在的なＴ細胞エピトープは、タンパク質配列中にランダムに分布しているわけではなく、「クラスター化」する傾向がある。Ｔ細胞エピトープ「クラスター」の長さは９から約３０アミノ酸であり、複数のアレルや複数のフレームに対する親和性を考慮すると、４から４０の結合モチーフを含むことになる。エピトープマッピングの後、ＥｐｉＭａｔｒｉｘ（商標）アルゴリズムによって生成された結果セットは、Ｃｌｕｓｔｉｍｅｒ（商標）として知られる独自のアルゴリズムを用いて、Ｔ細胞エピトープクラスターおよびＥｐｉＢａｒｓ（商標）の存在についてスクリーニングされる。簡単に説明すると、分析された各９量体ペプチドのＥｐｉＭａｔｒｉｘ（商標）スコアが集約され、統計的に導き出された閾値と照合される。次に、スコアの高い９量体を一度に１アミノ酸ずつ拡張する。伸長された配列のスコアは再度集計され、修正された閾値と比較される。このプロセスは、提案された拡張がクラスターの全体的なスコアを向上させなくなるまで繰り返される。本研究で同定されたＴレジトープ（複数可）は、Ｃｌｕｓｔｉｍｅｒ（商標）アルゴリズムにより、Ｔ細胞エピトープクラスターとして同定される。それらは、ＭＨＣ結合とＴ細胞応答性の高い可能性を示す、相当数の推定Ｔ細胞エピトープとＥｐｉＢａｒｓ（商標）を含むと予測される。
［寛容なＴ細胞エピトープクラスターの同定］
ＪａｎｕｓＭａｔｒｉｘシステム（ＥｐｉＶａｘ、プロビデンス、ロードアイランド州）は、宿主プロテオームとの交差保存性についてペプチド配列をスクリーニングするために有用である。ＪａｎｕｓＭａｔｒｉｘは、ペプチドクラスターと宿主ゲノムまたはプロテオームとの間の交差反応性の可能性を、それらの推定ＭＨＣリガンドにおけるＴＣＲに面した残基の保存に基づいて予測するアルゴリズムである。ＪａｎｕｓＭａｔｒｉｘアルゴリズムは、まず、与えられたタンパク質配列に含まれる予測エピトープをすべて考慮し、各予測エピトープを構成するアグレトープとエピトープに分割する。次に、各配列をホストタンパク質のデータベースに対してスクリーニングする。ＭＨＣに面したアグレトープが一致し（すなわち、入力ペプチドとその宿主側のペプチドのアグレトープが同じＭＨＣアレルに結合すると予測される）、全く同じＴＣＲに面したエピトープを持つペプチドが返される。ＪａｎｕｓＭａｔｒｉｘホモロジースコアは、免疫寛容に偏っていることを示唆している。治療用タンパク質の場合、自己由来のヒトエピトープと治療薬のエピトープとの間の交差保存は、そのような候補がヒトの免疫系に許容される可能性を高めるかもしれない。ワクチンの場合、ヒトのエピトープと抗原性エピトープとの間の交差保存は、そのような候補が免疫カモフラージュを利用し、それによって免疫応答を回避し、効果のないワクチンとなることを示すかもしれない。宿主が例えばヒトの場合、ペプチドクラスターはヒトゲノムやプロテオームに対してスクリーニングされ、推定上のＨＬＡリガンドにおけるＴＣＲに面した残基の保存性に基づいている。次に、ペプチドはＪａｎｕｓＭａｔｒｉｘホモロジースコアを用いてスコアリングされる。複数の態様において、３．０を超えるＪａｎｕｓＭａｔｒｉｘ相同性スコアを有するペプチドは、高い寛容性の可能性を示し、そのようなものとして、本開示の非常に有用なＴレジトープである可能性がある。
［実施例１．Ｔレジトープ組成物の同定］
ＴレジトープのＥｐｉＭａｔｒｉｘ解析結果には、９量体フレームが所定のＨＬＡアレルに結合する可能性を示すＺスコアが含まれている。上位５％のスコアはすべて「ヒット」と見なされ、１０％以下の非ヒット（＊）はマスキングされる。
ＴレジトープのＪａｎｕｓＭａｔｒｉｘ解析結果には、検索データベースで見つかったヒトＪａｎｕｓＭａｔｒｉｘマッチのカウントが含まれる。所定のＥｐｉＭａｔｒｉｘヒット（特定のアレルに結合すると予測される入力配列内に含まれる９量体）に関して、ＪａｎｕｓＭａｔｒｉｘマッチは、ＥｐｉＭａｔｒｉｘヒットと同じアレルに結合すると予測され、ＥｐｉＭａｔｒｉｘヒットとＴＣＲ対面接触を共有する検索データベース（例えば、ヒトゲノム）から得られた９量体である。さらに、Ｊａｎｕｓホモロジースコア＊＊は、入力配列の各ＥｐｉＭａｔｒｉｘヒットに対する検索データベースでの平均カバー深度を表す。例えば、８つのＥｐｉＭａｔｒｉｘヒットを持つ入力ペプチドは、そのすべてが検索データベースで１つマッチし、Ｊａｎｕｓホモロジースコアは１であり、４つのＥｐｉＭａｔｒｉｘヒットを持つ入力ペプチドは、そのすべてが検索データベースで２つマッチし、Ｊａｎｕｓホモロジースコアは２である。
本開示のＴレジトープは、ＥｐｉＭａｔｒｉｘ（商標）分析によって同定された少なくとも１つの推定Ｔ細胞エピトープを含んでいる。ＥｐｉＭａｔｒｉｘ（商標）は、ＥｐｉＶａｘ（プロビデンス、ロードアイランド州）が開発した独自のコンピュータアルゴリズムであり、タンパク質配列をスクリーニングして、推定Ｔ細胞エピトープの存在を確認するために使用される。入力配列は、各フレームが最後のフレームと８のアミノ酸で重複している９量体フレームに解析される。得られた各フレームは、８つの一般的なクラスＩＩ ＨＬＡアレル（ＤＲＢ１＊０１０１、ＤＲＢ１＊０３０１、ＤＲＢ１＊０４０１、ＤＲＢ１＊０７０１、ＤＲＢ１＊０８０１、ＤＲＢ１＊１１０１、ＤＲＢ１＊１３０１、ＤＲＢ１＊１５０１）に対する予測結合親和性についてスコアリングされる。生のスコアは、ランダムに生成されたペプチドの大規模なサンプルのスコアに対して正規化される。その結果、「Ｚ」スコアが報告される。態様では、理論的には任意のサンプルの上位５％である１．６４を超えるアレル特異的ＥｐｉＭａｔｒｉｘ（商標）Ｚスコアを持つ任意の９量体ペプチドは、推定Ｔ細胞エピトープとみなされる。図２～７は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のエンベロープ（配列番号１）の特定されたＭＨＣクラスＩＩクラスターに関するＥｐｉＭａｔｒｉｘクラスター詳細レポートである。図８～１０は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の膜（配列番号２）の選択された同定されたＭＨＣクラスＩＩクラスタに関するＥｐｉＭａｔｒｉｘクラスタの詳細レポートである。図１１～２８は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のスパイク（配列番号３）の選択された同定されたＭＨＣクラスＩＩクラスタに関するＥｐｉＭａｔｒｉｘクラスタの詳細レポートである。
図２９Ａ～Ｃは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のエンベロープ（配列番号１）において同定されたＴレジトープとそれに含まれる９量体を選択した場合のＪａｎｕｓＭａｔｒｉｘの結果の概要である。図３０Ａ～Ｃは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の膜（配列番号２）において同定されたＴレジトープ、およびそれに含まれる９量体についてのＪａｎｕｓＭａｔｒｉｘの結果の概要である。図３０Ａ～Ｔは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のスパイク（配列番号３）において同定されたＴレジトープとそれに含まれる９量体についてのＪａｎｕｓＭａｔｒｉｘの結果の概要である。
ＥｐｉＭａｔｒｉｘ解析によれば、配列番号４－３７０、３９１－４４０、および４４８－８３３の同定されたＴレジトープのそれぞれは、少なくとも４つのＥｐｉＭａｔｒｉｘヒットを有する。ＪａｎｕｓＭａｔｒｉｘ解析によれば、配列番号４－３７０、３９１－４４０、および４４８－８３３の同定されたＴレジトープのそれぞれは、少なくとも５つのヒトタンパク質において保存されている。配列番号４－３７０、３９１－４４０、および４４８－８３３の各Ｔレジトープは、ＪａｎｕｓＭａｔｒｉｘによって２以上の相同性スコアを有すると予測されている。
（２）可溶性ＭＨＣに対するＴレジトープ結合の評価法
（ペプチドの合成）
本開示のＴレジトープ（以下に限定されないが、例えば、配列番号４－３７０、３９１－４４０、および４４８－８３３のアミノ酸配列（および／またはその断片もしくは変異体）、および任意選択で、配列番号４－３７０、３９１－４４０、および４４８－８３３のポリペプチドのＮ末端および／またはＣ末端上に任意の比率で分布する１～１２の追加のアミノ酸を含み、またはこれ（ら）のみからなり、または本質的にこれ（ら）からなるペプチドまたはポリペプチド）が、直接化学合成または組み換え法によって製造できる（J Sambrookら, J Sambrook et al., Molecular Cloning:A Laboratory Manual, (2ED, 1989), Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Springs Harbor, NY (Publ)）。
すべてのペプチドは、純度、質量、および正しい配列を決定するために、放出前に厳格な品質管理の特性評価を受ける。ペプチドは、逆相高圧液体クロマトグラフィー（ＲＰ－ＨＰＬＣ）により純度を評価される。ペプチドの純度は９０％以上であり、各製剤はアミノ酸分析を行い、異なるロットのペプチド間で一貫性と再現性のために同等のモル量がアッセイに使用され、またペプチドの有効性間の信頼性の高い比較試験を可能にする。ペプチドはまた、タンデム質量分析およびＭＳＣｈｅｃｋＴ分析を用いて、質量および正しい配列について評価される。特定の態様において、Ｔレジトープは、ｎ－末端アセチル基および／またはｃ－末端アミノ基でキャップされてもよい。選択されたＴレジトープのＨＰＬＣ、質量分析およびＵＶスキャン（それぞれ、純度、質量およびスペクトルを確保する）分析は、８０％超の純度を示すであろう。
［ＨＬＡ結合アッセイ］
結合活性は、ＥｐｉＶａｘ（プロビデンス、ロードアイランド州）で分析され、本明細書に開示される任意のＴレジトープ（例えば、が、これらに限定されないが、配列番号４－３７０、３９１－４４０、および４４８－８３３のアミノ酸配列（および／またはその断片もしくは変異体）、ならびに任意選択で配列番号４－３７０、３９１－４４０、および４４８－８３３のポリペプチドのＮ末および／またはＣ末に任意の比率で分布する１～１２の追加のアミノ酸を含み、またはこれ（ら）のみからなり、または本質的にこれ（ら）からなるペプチドまたはポリペプチドは、このようなものでなければならない。使用される結合アッセイ（Steere ACら, (2006), J Exp Med, 2003(4):961-71）は、ペプチド－ＭＨＣ親和性の間接的な尺度をもたらすであろう。可溶性ＨＬＡ分子は、非標識実験Ｔレジトープおよび標識対照ペプチドとともに９６ウェルプレートにロードされる。結合混合物が定常平衡に達すると（２４時間後）、ＨＬＡ－Ｔレジトープ複合体を抗ヒトＤＲ抗体でコートしたＥＬＩＳＡプレート上に捕捉し、ユーロピウム結合プローブ（ＰｅｒｋｉｎＥｌｍｅｒ、Ｗａｌｔｈａｍ、ＭＡ）で検出する。結合した標識コントロールペプチドの時間分解蛍光は、ＳｐｅｃｔｒａＭａｘ(登録商標)Ｍ５ユニット（Ｓｐｅｃｔｒａｍａｘ、Ｒａｄｎｏｒ、ＰＡ）で評価する。実験的Ｔレジトープの結合は、標識対照ペプチドの阻害率（実験的蛍光／対照蛍光を１００倍した値）として表される。各実験用Ｔレジトープの阻害パーセント値（モル濃度範囲にわたって）は、それが標識対照Ｔレジトープの特異的結合の５０％を阻害する濃度、すなわちＴレジトープのＩＣ５０を計算するために使用される。
選択した実験用のＴレジトープはＤＭＳＯに溶解される。希釈したＴレジトープを水性緩衝液中で結合試薬と混合し、１００，０００ｎＭから１００ｎＭまでの最終濃度を得るとができる。選択されたＴレジトープ（配列番号１４）は、８つの一般的なクラスＩＩ ＨＬＡアレルＤＲＢ１＊０１０１、ＤＲＢ１＊０３０１、ＤＲＢ１＊０４０１、ＤＲＢ１＊０７０１、ＤＲＢ１＊０８０１、ＤＲＢ１＊１１０１、ＤＲＢ１＊１３０１、およびＤＲＢ１＊１５０１のパネルに対してアッセイされる。である。各濃度における標識対照ペプチドの阻害率から、線形回帰分析を用いて各Ｔレジトープ／アレル組合せのＩＣ５０ 値を導出する。
このアッセイでは、実験用Ｔレジトープは、１００ｎＭ以下の濃度で対照ペプチド結合の５０％を阻害する場合、非常に高い親和性で結合すると考えられ、１００ｎＭと１，０００ｎＭの間の濃度で対照ペプチド結合の５０％を阻害する場合は高い親和性と考えられ、１，０００ｎＭと１万ｎＭの間の濃度で対照ペプチド結合の５０％を阻害する場合は中程度の親和性と見なされる。低親和性ペプチドは、１０，０００ｎＭから１００，０００ｎＭの間の濃度で対照ペプチド結合の５０％を阻害する。１００，０００ ｎＭ以下のいかなる濃度でもコントロールペプチド結合の５０％以上を阻害できず、用量反応を示さないペプチドを非結合体（ＮＢ）とする。
［実施例２．ＨＬＡクラスＩＩ分子との結合によるペプチドの特性評価］
可溶性ＭＨＣ結合アッセイは、本開示されるＴレジトープのいずれか（これらに限定されないが、例えば、配列番号４－３７０、３９１－４４０、及び４４８－８３３のアミノ酸配列（及び／又はその断片若しくは変異体）、及び任意選択で配列番号４－３７０、３９１－４４０、及び４４８－８３３のポリペプチドのＮ末端及び／又はＣ末端に任意の比率で分布する１～１２の追加のアミノ酸から成る、成る又は本質的に成るペプチド又はポリペプチドは、そのようなものである。可溶性ＭＨＣ結合アッセイは、先に記載した方法に従って、本発明で開示の選択されたＴレジトープに対して実施されるであろう。ＩＣ５０値（ｎＭ）は、６点阻害曲線から導出される。ＴレジトープのＨＬＡ結合結果の要約を提示する。ＥｐｉＭａｔｒｉｘ（商標）予測、算出されたＩＣ５０値、結果の分類は、各ＴレジトープおよびＨＬＡアレルについて報告される。ＨＬＡＤＲＢ１＊０８０１アッセイおよびＨＬＡＤＲＢ１＊１５０１アッセイなど、選択されたクラスＩＩＨＬＡアレルに対する特定のＴレジトープの結合曲線が作成される。
（３） ペプチドに曝露されたＡＰＣの表現型を評価するための方法
抗原提示細胞（ＡＰＣ）によるクラスＩＩＨＬＡ（ＨＬＡ－ＤＲ）およびＣＤ８６の表面発現は、ＡＰＣがＴ細胞応答を調節する一つの方法である。クラスＩＩＨＬＡ表面マーカーの発現は、Ｔレジトープ、特に対照Ｔレジトープ１６７（２１ｓｔＣｅｎｔｕｒｙＢｉｏｃｈｅｍｉｃａｌｓ、マールボロ、ＭＡ）に応答して低下することが以前に証明されている。さらに、表面マーカーＣＤ８６の発現の減少は、ＴＲｅｇ機能の向上と正の相関がある（ＺｈｅｎｇＹら、ＪＩｍｍｕｎｏｌ、２００４、１７２（５）：２７７８－８４）。このアッセイでは、選択されたＴレジトープを含む候補Ｔレジトープが、プロＡＰＣ、特に樹状細胞の表面上のクラスＩＩＨＬＡおよび共刺激分子ＣＤ８６の発現をダウンレギュレートする能力について試験される。
本開示のＴレジトープ（以下に限定されないが、例えば、配列番号４－３７０、３９１－４４０、および４４８－８３３のアミノ酸配列（および／またはその断片もしくは変異体）、および任意選択で、配列番号４－３７０、３９１－４４０、および４４８－８３３のポリペプチドのＮ末端および／またはＣ末端に任意の比率で分布する１～１２の追加のアミノ酸を含む、またはこれらのみからなる、または本質的にこれらからなるペプチドまたはポリペプチドが、ＥｐｉＶａｘ（ＥｐｉＶａｘ、プロビデンス、ロードアイランド州）で以前に開発した独自のＡＰＣ表現型分析法を使用して調節可能性について個別にテストされる。以前に採取され凍結されたＰＢＭＣは、通常の方法で解凍され、ｃｈＲＰＭＩに懸濁される。ＥｐｉＶａｘからの発明者の指示および指導の下、ＨＬＡタイピングは、ハートフォード病院（コネチカット州ハートフォード）により、ＥｐｉＶａｘから提供された細胞材料の少量の抽出サンプルに対して実施される予定である。
アッセイ０日目に、０．５ｘ１０６の細胞を抽出し、表面マーカーＣＤ１１ｃ（樹状細胞に特有のマーカー）の存在についてスクリーニングし、表面マーカーＨＬＡ－ＤＲおよびＣＤ８６の存在についてフローサイトメトリーで分析されるであろう。残りの細胞は、プレーティング（ｃｈＲＰＭＩ＋８００ｕｌ培地中の４．０ｘ１０６細胞／ｍＬ）し、選択したペプチドの１つ、または緩衝液のみを含むポジティブおよびネガティブコントロールで刺激する（５０μｇ／ｍＬ）（ネガティブコントロール）。Ｔレジトープ １６７（ポジティブコントロール）（21st Century Biochemicals、マールボロ、ＭＡ）、Ｆｌｕ－ＨＡ３０６－３１８（ネガティブコントロール）(21ST Century Biochemicals、マールボロ、ＭＡ）及びＯｖａ３２３－３３９（ネガティブコントロール）（21st Century Biochemicals、マールボロ、ＭＡ）などを含む、選択されたペプチド又はポジティブコントロール及びネガティブコントロールのうちの１つで刺激する。プレーティングされた細胞は、３７℃で７日間インキュベートされる。アッセイ７日目に、インキュベートされた細胞は、表面マーカーＣＤ１１ｃの存在についてフローサイトメトリーによりスクリーニングされる。ＣＤ１１ｃ陽性細胞は、次に表面マーカーＨＬＡ－ＤＲおよびＣＤ８６の存在について分析される。実験ペプチドは、５人の異なるヒトドナーから採取されたサンプルでテストされる。
健康なドナーから得た全血から白血球をろ過するために、ロードアイランド血液センター（プロビデンス、ＲＩ）から白血球除去フィルターを入手する予定である。全血をフィルターに通した後、フィルターを逆方向に流し、回収した白血球をフィルターから押し出す。その後、通常のＦｉｃｏｌｌ（商標）分離勾配（ＧＥヘルスケア社製）を用いて白血球を分離する。回収された白血球は、その後、将来の使用のために冷凍保存される。アッセイに使用するために必要な場合、凍結した白血球は通常の方法で解凍される。後述のＧｖＨＤ研究のために、ＰＢＭＣを入手し（例えば、ＨｅｍａＣａｒｅ、Ｖａｎ Ｎｕｙｓ、ＣＡから）、実験を実施する。
樹状細胞の表現型に対する推定Ｔレジトープへの曝露は、複数の手段で測定される。まず、各実験条件について、ＣＤ１１ｃとＨＬＡ－ＤＲの表面発現を対比させたドットプロットを作成する。すべてのコントロールペプチドと実験ペプチドに暴露した細胞のドットプロットは、培養液のみに暴露したコントロール細胞のドットプロットに重ね合わせる。この重ね合わせは、Ｔレジトープで刺激した細胞と刺激していないＣＤ１１ｃ－ｈｉｇｈ細胞の間のＨＬＡ－ＤＲ分布のシフトを視覚的に観察する有効な方法となる（データは示されていない）。観察されたＨＬＡ－ＤＲの分布のシフトは、定性的な指標として報告される。次に、各ドットプロットのＣＤ１１ｃ－ハイセグメントについて、ＨＬＡ－ＤＲ発現強度の変化を計算する。ＨＬＡ－ＤＲ発現強度の変化率は、ペプチド曝露細胞のＨＬＡ－ＤＲ発現の平均蛍光指数（ＭＦＩ）から培地暴露細胞のＨＬＡ－ＤＲ発現のＭＦＩを引いたものを、培地暴露細胞のＨＬＡ－ＤＲ発現のＭＦＩで割って１００倍したもの
（ＨＬＡ－ＤＲＭＦＩペプチド－ＨＬＡ－ＤＲＭＦＩ培地／ＨＬＡ－ＤＲＭＦＩ培地×１００）
に等しくなる。次に、ＣＤ１１ｃ高発現集団の中に存在するＨＬＡ－ＤＲ低発現細胞の割合の、培地コントロールに対する変化率を、各ペプチドについて計算する。ＨＬＡ－ＤＲ－ｌｏｗ細胞の割合の変化率は、ペプチド曝露細胞のＨＬＡ－ＤＲ－ｌｏｗの割合から培地曝露細胞のＨＬＡ－ＤＲ－ｌｏｗの割合を引いたものを、培地曝露細胞のＨＬＡ－ＤＲ－ｌｏｗの割合で割って１００倍したもの
（ＨＬＡ－ＤＲ－低％ペプチド－ＨＬＡ－ＤＲ－低％培地／ＨＬＡ－ＤＲ－低％培地×１００）
となるように、計算される。このアッセイでは、観察されたＨＬＡ－ＤＲＭＦＩの負の変化と、ＣＤ１１ｃ－高発現集団に存在するＨＬＡ－ＤＲ－ｌｏｗ細胞の割合の正の変化は、ＨＬＡの発現低下と制御性ＡＰＣ表現型へのシフトを示唆する。
同様の方法で、Ｔ細胞の活性化を促進することが知られているコスティミュレーション分子であるＣＤ８６の表面発現に対するＴレジトープ曝露の影響も評価する。まず、各実験条件について、ＣＤ１１ｃとＣＤ８６の表面発現を対比するドットプロットを作成する。すべてのコントロールおよび実験用Ｔレジトープに暴露した細胞のドットプロットを、培養液のみに暴露したコントロール細胞のドットプロットに重ね合わせる。この重ね合わせは、Ｔレジトープで刺激された細胞と刺激されていないＣＤ１１ｃ－高発現細胞の間のＣＤ８６分布のシフトを視覚的に観察する効果的な方法となる。観察されたＣＤ８６の分布のシフトは、定性的な指標として報告される。次に、各ドットプロットのＣＤ１１ｃ－ハイセグメントについて、ＣＤ８６－高発現の強度の変化を計算する。ＣＤ８６－高発現の強度の変化率は、ペプチド曝露細胞に対するＣＤ８６発現の平均蛍光指数（ＭＦＩ）から培地暴露細胞に対するＣＤ８６－高発現のＭＦＩを引いたものを、培地暴露細胞に対するＣＤ８６発現のＭＦＩで除して１００倍したもの
（ＣＤ８６－高ＭＦＩペプチド「－ＣＤ８６－高ＭＦＩ培地／ＣＤ８６－高ＭＦＩ培地×１００）
に等しくなる。次に、ＣＤ１１ｃ高発現集団の中に存在するＣＤ８６低発現細胞の割合の変化率を算出する。ＣＤ８６－ｈｉｇｈ細胞の割合の変化パーセントは、ペプチド曝露細胞に対するＣＤ８６－ｈｉｇｈの割合から、培地暴露細胞に対するＣＤ８６－ｈｉｇｈの割合を引いたものを、培地暴露細胞に対するＣＤ８６－ｈｉｇｈの割合で割ったものを１００倍したもの
（ＣＤ８６－低％ペプチド－ＣＤ８６－低％培地／ＣＤ８６－低％培地×１００）
に等しくなる。このアッセイでは、観察されたＣＤ８６ＭＦＩの負の変化と、ＣＤ１１ｃ－高発現集団に存在するＣＤ８６－ｌｏｗ細胞の割合の正の変化は、ＣＤ８６の発現が減少し、制御性ＡＰＣ表現型へのシフトがあることを意味する。
［実施例３．ペプチド露出型ＡＰＣの特性評価］
樹状細胞表現型決定アッセイは、本開示のＴレジトープ（これらに限定されないが、例えば、配列番号４－３７０、３９１－４４０、および４４８－８３３のアミノ酸配列（および／またはその断片もしくは変異体）、および任意選択で、配列番号４－３７０、３９１－４４０、および４４８－８３３のポリペプチドＮ末端および／またはＣ末端に任意の割合で分布している１～１２の追加のアミノ酸を含み、またはこれ（ら）のみからなり、または本質的にこれ（ら）からなるペプチドまたはポリペプチド）を先に述べた方法に従って調製することができる。
ＣＤ１１対ＨＬＡ－ＤＲの表面発現を表すドットプロットは、様々なペプチド刺激剤の存在下で、５人のドナーについてアッセイ７日目に分析される。ＣＤ１１ｃ＋／ＨＬＡ－ＤＲ＋集団の下方への移動が、培地対照と比較して、本開示のＴレジトープで処理したサンプルで明らかになることが予想され、獲得した制御表現型が示される。
ＣＤ１１ｃ対ＣＤ８６の表面発現を表すドットプロットは、様々なペプチド刺激剤の存在下で５人のドナーについてアッセイ７日目に分析されるであろう。培地対照と比較して、本開示のＴレジトープで処理したサンプルに存在するＣＤ８６－低発現細胞の増加が予想され、これは、獲得した調節表現型へのシフトを示す。請求されるＴレジトープへの曝露により、試験される全ての対象においてＨＬＡ－ＤＲの発現が低下することがさらに予想される。
（４）制御性Ｔ細胞の増殖に対するペプチドの効果の評価方法
ＥｐｉＶａｘ（プロビデンス、ロードアイランド州）が行った以前の研究では、ポジティブコントロールＴレジトープを含む既知のＴレジトープへの曝露後、制御性Ｔ細胞の増殖が増加することが実証された。本開示のＴレジトープ（以下に限定されないが、例えば、配列番号４－３７０、３９１－４４０、および４４８－８３３のアミノ酸配列（および／またはその断片もしくは変異体）、及び任意選択で、配列番号４－３７０、３９１－４４０、及び４４８－８３３のポリペプチドのＮ末端及び／又はＣ末端に任意の比率で分布する１～１２の追加のアミノ酸を含む、またはこれらのみからなる、または本質的にこれらからなるペプチドまたはポリペプチド）、ＣＤ４＋ＣＤ２５＋ＦｏｘＰ３＋制御性Ｔ細胞の間の増殖を誘導する能力について試験することができる。
このアッセイでは、本発明で開示のＴレジトープを含む候補Ｔレジトープは、ＣＤ４＋ＣＤ２５＋ＦｏｘＰ３＋制御性Ｔ細胞の間で増殖を誘導する能力について試験されるだろう。過去に採取し凍結したＰＢＭＣを解凍し、従来の方法で調整したｃｈＲＰＭＩ（３．３ｘ１０６細胞／ｍＬ）中に懸濁させる。評価対象となるドナーは、ＨＬＡＤＲＢ１スーパータイプの多様性を代表すものである。細胞はＣＦＳＥ（Ｃａｔ＃：６５－０８５０－８４、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ、サンタクララ、ＣＡ）で染色し、１ウェルあたり３０万の細胞でプレーティングする。プレートは一晩インキュベートする（３７℃、５％ＣＯ２）。各ウェルには２００μＬの培地が含まれている。アッセイ１日目に、候補Ｔレジトープを滅菌ＤＭＳＯで再構成し、最終ストック濃度１０ｍｇ／ｍＬとする。ＥｐｉＶａｘ（エピバックス、ロードアイランド州プロビデンス）で行われた以前の滴定実験により、０．５μｇ／ｍＬの破傷風トキソイド（ＴＴ）（Ａｓｔａｒｔｅ Ｂｉｏｌｏｇｉｃｓ、ワシントン州ボセル）で刺激すると、健康対照ドナー（ロードアイランド血液センター、ロードアイランド州プロビデンス）から採取したＰＢＭＣにおいて、測定可能なＣＤ４＋エフェクター記憶Ｔ細胞応答を誘発することが立証されている。
破傷風トキソイドストック（１００μｇ／ｍＬ）（Ａｓｔａｒｔｅ Ｂｉｏｌｏｇｉｃｓ、ボセル、ＷＡ）は、１μｇ／ｍＬの作業濃度（２ｘ濃度）をもたらす調整済みｃｈＲＰＭＩで希釈される。
プレーティングした細胞（１００μＬの培地中）を、１００μＬの調整済みｃｈＲＰＭＩ（ネガティブコントロール）、１００μＬの破傷風トキソイド溶液（２ｘ溶液、ポジティブコントロール）（ＡｓｔａｒｔｅＢｉｏｌｏｇｉｃｓ、ボセル、ＷＡ）、１００μＬの２９９１μＬ破傷風トキソイド溶液の希釈液＋９μＬＴレジトープ溶液、１００μＬの２９９７μＬ破傷風トキソイド溶液の希釈液＋３μＬＴレジトープ溶液、または１００μＬの６９９８．２μＬ破傷風トキソイド溶液の希釈液＋１．８μＬＴレジトープ溶液のいずれかで刺激する。その後、全てのプレートをさらに６日間インキュベートする。
アッセイ５日目に、各ウェルから１００μＬの上清を除去し、新たに調整したｃｈＲＰＭＩ（ＴＴなしコントロールウェル用）、または２Ｘ ＴＴ（１ｍｇ／ｍＬ）を含む１００μＬの培地（ＴＴ単独またはＴＴ＋Ｔレジトープでインキュベートしたウェル用）に交換した。さらなるＴレジトープは追加されない。
ＦｏｘＰ３、ＣＤ２５、グランザイムＢおよび増殖の上昇レベルを示す高度に活性化された制御性Ｔ細胞が選択される。高度に活性化された制御性Ｔ細胞とＣＤ４＋エフェクターＴ細胞のゲーティング戦略は次のようになる：細胞はまず凝集物と死細胞を除去するためにゲーティングされ、生細胞はＣＤ４＋Ｔ細胞のためにゲーティングされ、その後のすべての分析はこの集団で行われる；ＣＤ４＋Ｔ細胞は、ＣＤ２５、ＦｏｘＰ３および低ＣＦＳ（増殖）上昇のためにゲーティングされる。ＣＤ４＋Ｔ細胞は、ＣＤ２５の上昇、ＦｏｘＰ３、ＣＦＳＥの低下（増殖）に対してゲートされる。増殖および活性化ＣＤ４＋Ｔ細胞集団は、高度に相関することが期待される。
［実施例４．Ｔレジトープは、高増殖性、活性化された制御性Ｔ細胞の集団を誘導する］
制御性Ｔ細胞増殖アッセイは、本開示のＴレジトープ（これらに限定されないが、例えば、配列番号４－３７０、３９１－４４０、及び４４８－８３３のアミノ酸配列（及び／又はその断片若しくは変異体）、および任意選択で配列番号４－３７０、３９１－４４０、および４４８－８３３のポリペプチドのＮ末端および／またはＣ末端に任意の割合で分布する１～１２の追加のアミノ酸を含み、またはこれ（ら）のみからなり、または本質的にこれ（ら）からなるペプチド又はポリペプチド）を、先に述べた方法に従って解析することができる。このようなデータは、本開示のＴレジトープが、高増殖性、活性化制御性Ｔ細胞の集団を強く誘導することを実証することが期待される。
（５）ＣＤ４＋エフェクターＴ細胞の増殖に対するペプチドの効果を評価する方法
ＰＢＭＣ細胞集団に含まれるＣＤ４＋エフェクターメモリーＴ細胞は、既知のＴ細胞エピトープによる刺激に応答して増殖を誘導することができる。
この実験の目的は、本発明で開示のＴレジトープが、直接（ＴＲｅｇの係合および活性化）または間接（ＡＰＣ表現型の調節）手段のいずれかによって抗原刺激ＣＤ４＋エフェクターメモリーＴ細胞の増殖を抑制する能力を確立することであり、本発明で開示のＴレジトープは、以下に限定されないが、例えば、配列番号４－３７０、３９１－４４０、および４４８－８３３のアミノ酸配列（および／またはその断片もしくは変異体）、および任意選択で、配列番号４－３７０、３９１－４４０、および４４８－８３３のポリペプチドのＮ末端および／またはＣ末端に任意の割合で分布している１～１２の追加のアミノ酸を含み、またはこれ（ら）のみからなり、または本質的にこれ（ら）からなるペプチドまたはポリペプチドが挙げられる。
ＥｐｉＶａｘ（プロビデンス、ロードアイランド州）が行った以前の研究では、ポジティブコントロールＴレジトープを含む既知のＴレジトープへの曝露後に、制御性Ｔ細胞の増殖が増加することが実証された。
このアッセイでは、本開示のＴレジトープを含む候補Ｔレジトープは、ＣＤ４＋ＣＤ２５＋ＦｏｘＰ３＋制御性Ｔ細胞の間の増殖を誘導する能力について試験されるであろう。過去に採取し凍結したＰＢＭＣを解凍し、従来の方法で調整したｃｈＲＰＭＩ（３．３ｘ１０６細胞／ｍＬ）中に懸濁させる。評価対象となるドナーは、ＨＬＡ ＤＲＢ１ スーパータイプの多様性を代表すものである。細胞はＣＦＳＥ（Ｃａｔ＃： ６５－０８５０－８４、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ、サンタクララ、ＣＡ）で染色し、１ウェルあたり３０万の細胞でプレーティングされる。プレートは一晩インキュベートした（３７℃、５％ＣＯ２）。各ウェルには２００μＬの培地が含まれている。アッセイ１日目に、Ｔレジトープペプチドを滅菌ＤＭＳＯで再構成し、最終ストック濃度１０ｍｇ／ｍＬとする。ＥｐｉＶａｘ（ＥｐｉＶａｘ、プロビデンス、ロードアイランド州）で行われた以前の滴定実験により、０．５μｇ／ｍＬの破傷風トキソイド（ＴＴ）（Ａｓｔａｒｔｅ Ｂｉｏｌｏｇｉｃｓ、ワシントン州ボセル）で刺激すると、健康対照ドナー（ロードアイランド血液センター、プロビデンス、ロードアイランド州）から採取したＰＢＭＣにおいて、測定可能なＣＤ４＋エフェクター記憶Ｔ細胞応答を誘発することが立証された。
破傷風トキソイドストック（１００μｇ／ｍＬ）（Ａｓｔａｒｔｅ Ｂｉｏｌｏｇｉｃｓ、ボセル、ＷＡ）は、１μｇ／ｍＬ（２ｘ濃度）の作業濃度となるように、調整済みｃｈＲＰＭＩで希釈される。
プレーティングした細胞（１００μＬの培地中）を、１００μＬの調整済みｃｈＲＰＭＩ（ネガティブコントロール）、１００μＬの破傷風トキソイド溶液（２ｘ溶液、ポジティブコントロール）（ＡｓｔａｒｔｅＢｉｏｌｏｇｉｃｓ、ボセル、ＷＡ）、１００μＬの２９９１μＬ破傷風トキソイド溶液＋９μＬＴレジトープ溶液、１００μＬの２９９７μＬ破傷風トキソイド溶液＋３μＬＴレジトープ溶液、または１００μＬの６９９８．２μＬ破傷風トキソイド溶液の希釈液＋１．８μＬＴレジトープ溶液のいずれかで刺激する。その後、全てのプレートをさらに６日間インキュベートする。
アッセイ５日目に、各ウェルから１００μＬの上清を除去し、新たに調整したｃｈＲＰＭＩ（ＴＴなしコントロールウェル用）、または２Ｘ ＴＴ（１ｍｇ／ｍＬ）を含む１００μＬの培地（ＴＴ単独またはＴＴ＋Ｔレジトープでインキュベートしたウェル用）に交換した。さらなるＴレジトープは追加されない。
アッセイ７日目に、細胞はインキュベーションから除去される。細胞は、まず凝集体と死細胞を除去するためにゲーティングされ、生細胞はＣＤ４＋Ｔ細胞についてゲーティングされ、その後のすべての分析はこの集団で行われる。ＣＤ４＋Ｔ細胞は、ＣＤ２５、ＦｏｘＰ３、および低ＣＦＳＥ（増殖）の上昇についてゲーティングされる。活性化されたテフェクター集団は、ＣＤ４＋／ＣＤ２５－高／ＦｏｘＰ３－中（ＣＤ４＋／ＣＤ２５高／ＦｏｘＰ３中）として同定され得る。ＣＤ４＋／Ｆｏｘｐ３－低／ＣＤ２５－高（ＣＤ４＋／Ｆｏｘｐ３低／ＣＤ２５高）Ｔ細胞の増殖は、ＣＦＳＥ染色（Ｃａｔ＃：６５－０８５０－８４、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ、サンタクララ、ＣＡ）とＣＦＳＥ－低（ＣＦＳＥ低）集団で決定された％増殖の希釈から推定され得る。
［実施例５．ペプチド配列番号７は、ＣＤ４＋エフェクターＴ細胞の増殖および活性化を抑制した。］
増殖刺激剤（破傷風トキソイド）がＴレジトープと共送されたときのＣＤ４＋エフェクター細胞の活性化（以下：培地のみのコントロールを引いた絶対値；培地のみのコントロールを引いた正規化値；培地のみのコントロールを引かない絶対値；および培地のみのコントロールを引かない正規化値によって実証される）および増殖（以下：培地のみのコントロールを引いた絶対値；培地のみのコントロールを引いた正規化値；培地のみのコントロールを引かない絶対値；および培地のみのコントロールを引かない正規化値によって実証される）の変化が測定され、主にＴエフェクター記憶細胞からなるＣＤ４＋Ｔ細胞の増殖応答が特徴づけられるだろう。
Ｔ細胞増殖アッセイは、先に記載した方法に従って、本開示のＴレジトープで実施される。様々なドナーにおいて、Ｔレジトープペプチドは、破傷風トキソイドに反応する活性化エフェクターＣＤ４＋Ｔ細胞（ＣＤ４＋／ＣＤ２５－高／ＦｏｘＰ３－中、ＣＤ４＋／ＣＤ２５高／ＦｏｘＰ３中として示される）の集団を用量依存的に強く抑制するであろうことが予想される。
（６）ＣＤ８＋エフェクターＴ細胞に対するペプチドの効果を評価する方法
ＰＢＭＣ細胞集団内に含まれるＣＤ８＋エフェクターメモリーＴ細胞は、既知のクラスＩ Ｔ細胞エピトープによる刺激に応答して増殖が誘導されることが既に示されている。このアッセイの結果は、本発明で開示されるＴレジトープ（これらに限定されないが、例えば、配列番号４－３７０、３９１－４４０、および４４８－８３３のアミノ酸配列（および／またはその断片もしくは変異体）および任意選択で、配列番号４－３７０、３９１－４４０および４４８－８３３のポリペプチドのＮ末端および／またはＣ末端に任意の割合で分布する１～１２の追加のアミノ酸を含み、またはこれ（ら）のみからなり、または本質的にこれ（ら）からなるペプチドまたはポリペプチドが挙げられる。）が、直接（ＴＲｅｇの係合および活性化）または間接（ＡＰＣ表現型の調節）のいずれかの手段によって抗原刺激ＣＤ８＋ ＴエフェクターメモリＴ細胞の増殖を抑制する能力を立証する。
Ｔ細胞増殖アッセイは、本開示のＴレジトープ（これらに限定されないが、例えば、配列番号４－３７０、３９１－４４０、及び４４８－８３３のアミノ酸配列（及び／又はその断片若しくは変異体）および任意選択で、配列番号４－３７０、３９１－４４０、および４４８－８３３のポリペプチドのＮ末端および／またはＣ末端に任意の比率で分布している１～１２の追加のアミノ酸を含み、またはこれ（ら）のみからなり、または本質的にこれ（ら）からなるペプチド又はポリペプチドが挙げられる。）を、先に述べた方法に従い、投与する。２人の健康なドナーからのＰＢＭＣを解凍し、通常の方法で調整したｃｈＲＰＭＩ（３．３ｘ１０６細胞／ｍＬ）に懸濁する。細胞はＣＦＳＥ（Ｃａｔ＃： ６５－０８５０－８４、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ、サンタクララ、ＣＡ）で染色し、１ウェルあたり３０万の細胞でプレーティングする。プレートは一晩インキュベートする（３７℃、５％ＣＯ２）。アッセイ１日目に、本開示のＴレジトープを滅菌ＤＭＳＯで再構成し、最終ストック濃度２０ｍｇ／ｍＬとする。ｃｈＲＰＭＩ中最終濃度が２倍の本開示のＴレジトープの中間溶液を、前述のように調製する。本開示のＴレジトープの最終濃度は、２．５μｇ／ｍＬ、５μｇ／ｍＬ、１０μｇ／ｍＬ及び２０μｇ／ｍＬで試験される。ＣＤ８＋刺激抗原として、ヒトサイトメガロウイルス、エプスタイン－バーウイルス、及びインフルエンザウイルスに由来する２３種のＭＨＣクラスＩ制限ウイルスエピトープからなるＣＥＦペプチドプールを使用する。ＣＥＦペプチドをウェルに添加し（２μｇ／ｍＬのデータを示す）、ウェルには細胞及び培地（コントロール）、又は、細胞と０μｇ／ｍＬ、１μｇ／ｍＬ、２μｇ／ｍＬ又は４μｇ／ｍＬの本開示のＴレジトープを有する培地を使用する。全てのプレートを、さらに６日間インキュベートする。アッセイ５日目に、１００μＬの上清を各ウェルから除去し、新たに調整したｃｈＲＰＭＩに置き換える。
従来の方法で、生死判定マーカー、細胞外マーカーＣＤ４、ＣＤ８α、ＣＤ２５、ＣＤ１２７、ＣＤ４５ＲＡ、ＣＣＲ７、細胞内マーカーＦｏｘＰ３について染色する。ＦＡＣＳ分析後、細胞をゲーティングし、凝集塊や死細胞を除去する。生細胞集団について、ＣＤ８αおよびＣＤ４細胞を別々にゲーティングし、それぞれの集団について、先に説明したように増殖（ＣＦＳＥｌｏｗ集団）または活性化（ＣＤ２５－ｈｉｇｈ／ＦｏｘＰ３ ｌｏｗ／ｉｎｔｅｒｍｅｄｉａｔｅ：ＣＤ２５－高／ＦｏｘＰ３低／中）を分析する。
［実施例６．本開示のＴレジトープは、ＣＤ８＋エフェクターＴ細胞の増殖を抑制する。］
健常ドナーからのＰＢＭＣがＣＥＦペプチド混合物で刺激された場合における、本開示のＴレジトープ（これらに限定されないが、例えば、配列番号４－３７０、３９１－４４０、および４４８－８３３のアミノ酸配列（および／またはその断片もしくは変異体）、および任意選択で、配列番号４－３７０、３９１－４４０、及び４４８－８３３のポリペプチドのＮ末端及び／又はＣ末端に任意の割合で分布する１～１２の追加のアミノ酸を含む、またはこれらのみからなる、または本質的にこれらからなるペプチドまたはポリペプチドが挙げられる。）によるＣＤ８＋Ｔ細胞応答の潜在的な阻害を試験することができる。本発明で開示のＴレジトープは、ＣＥＦペプチドに対するＣＤ８＋Ｔ細胞の増殖反応、及び活性化を、用量依存的に強く阻害することが予想される。
（７）Ｔレジトープ－血液成分コンジュゲートの作製
Ｔレジトープと血液成分（アルブミンなど）との融合（fusion）は、Ｔレジトープペイロードのためのキャリアータンパク質として有用である。Ｔレジトープ－血液成分コンジュゲートは、ｉｎ ｖｉｖｏにおけるＴレジトープの半減期を延長し、Ｔレジトープを急速なタンパク質分解から保護し、Ｔレジトープを循環からの急速なクリアランス及び／又は急速な腎排泄から保護し、対象の身体全体にＴレジトープ－血液成分コンジュゲートの広い分布を可能にし得る。適切な免疫細胞（マクロファージやＡＰＣなど）へのＴレジトープの送達を助け、特定の免疫細胞（マクロファージやＡＰＣなど）のエンドサイトパスウェイによってＴレジトープを処理することを可能にし、前記免疫細胞によるＴレジトープの抗原としての提示を補助することである。
Ｔレジトープ－血液成分コンジュゲートは、本発明で開示のＴレジトープペプチド（例えば、ただし、これらに限定されないが、配列番号４－３７０、３９１－４４０、および４４８－８３３のアミノ酸配列（および／またはその断片もしくは変異体）、ならびに任意選択で配列番号４－３７０、３９１－４４０、および４４８－８３３のポリペプチドのＮ末端および／またはＣ末端に任意の比率で分布する１～１２の追加アミノ酸を含み、またはこれ（ら）のみからなり、または本質的にこれ（ら）からなるペプチドもしくはポリペプチド）を改変することによって形成されてもよく、Ｔレジトープペプチドに反応性部位を付加して改変型Ｔレジトープペプチドを作成し、次いで、米国特許第６，８４９，７１４号、米国特許第６，８８７，４７０号、米国特許第７，２５６，２５３号、および米国特許第７，３０７，１４８号に開示されているように、改変型Ｔレジトープペプチドの反応性部位と血液成分上の反応性機能性との間に結合を形成させることによって、このポリペプチドに反応性部位を付加させることが可能である。アルブミンは、Ｔレジトープ－アルブミンコンジュゲートをマクロファージおよびＡＰＣなどの適切な細胞に運ぶＦｃ新生児結合ドメインを含むので、好ましい血液成分である。さらに、アルブミンは、アミノ酸３４（Ｃｙｓ３４）（ヒトセリンアルブミンのアミノ酸配列におけるアミノ酸の位置）にシステインを含み、ｐＫａが約５の遊離チオールを含み、アルブミンの好ましい反応性機能性として機能し得る。アルブミンのＣｙｓ３４は、改変Ｔレジトープペプチドの好ましい反応性部位であるマレイミドプロピオンアミド（ＭＰＡ）と安定なチオエステル結合を形成することができる。アルブミンとＭＰＡで改変されたＴレジトープペプチドとの間の安定なチオエステル結合は、生理的条件下で切断されることはない。
Ｔレジトープペプチドは本明細書に開示されている通りであってよく、特定の態様では、配列番号４－３７０、３９１－４４０、および４４８－８３３から選択されるアミノ酸配列（および／またはその断片もしくは変異体）、ならびに任意選択で、配列番号４－３７０、３９１－４４０、および４４８－８３３のポリペプチドのＮ末端および／またはＣ末端に任意の比率で分布している１～１２の追加のアミノ酸を含み、またはこれ（ら）のみからなり、または本質的にこれ（ら）からなるペプチドもしくはポリペプチドであることが好ましい。ＴレジトープペプチドのＮ末端には、１つ以上のリジンが存在してもよく、例えば、配列番号４－３７０、３９１－４４０、および４４８－８３３から選ばれたペプチドのＮ末端上に付加されてもよいが、これに限定されるものではない。ポリエチレングリコールリンカー（例えば、ＰＥＧ２またはＰＥＧ１２）などのリンカーは、１つ以上のリジンとＴレジトープ配列の間、またはＴレジトープ配列のＮ末端において存在する。
複数の態様において、カテプシンＢ部位、任意選択で（Ｎ末端からＣ末端までの配列において）任意に含まれるバリンおよびシトルリンなどのリソソーム切断部位は、ＰＥＧ２部分とＴレジトープ配列の間に存在する。マレイミドベースの化学品を使用して、改変Ｔレジトープペプチドを血液成分、好ましくは血清アルブミンに、１：１のモル比で共有結合させてもよい。改変型Ｔレジトープペプチドを血液成分に連結することは、ｉｎ ｖｉｖｏまたはｅｘ ｖｉｖｏで実施することができる。
カテプシンＢは、リソゾームのシステインプロテアーゼファミリーの中で最初に報告されたメンバーである。カテプシンＢはエンドペプチダーゼとエキソペプチダーゼの両方の活性を持ち、後者の場合はペプチジルジペプチダーゼとして作用する。カテプシンＢは、Ｔレジトープが抗原提示細胞内のリソゾームコンパートメントに存在するときに、アルブミンからのＴレジトープの適切な切断を促進するためにＴレジトープペプチド設計に組み込まれた。バリン－シトルリンはカテプシンＢの切断部位であり、以前から抗体薬物複合体（例えば、ブレンツキシマブ・ベドチンのモノメチルアウリスタチンＥ（ＭＭＡＥ）複合体）において良好に使用されてＦＤＡに承認されている。この部位を組み込むこと意義は、ＡＰＣに入った後、効率的なＭＨＣクラスＩＩ提示のために、ヒト血清アルブミンからＴレジトープを適切に開裂させる開裂部位を提供することである。これらの実験の目的は、カテプシンＢ部位の組み込みがＴレジトープ組成の設計に不可欠であるかどうかを決定することである。
［実施例７．Ｅｘ ｖｉｖｏコンジュゲーションによるＴレジトープ－アルブミンコンジュゲートの作製］
ペプチド合成には、標準的なＦｍｏｃ（９－フルオレニルメチルオキシカルボニル基）固相ペプチド化合物を使用する予定である。合成はＩｎｔａｖｉｓ（商標） ＭｕｌｔｉＰｅｐ（商標）自動ペプチド合成機で行われる。アミノ酸は、不溶性ポリスチレン樹脂に付着した状態で、成長するペプチド鎖に段階的に添加される（Ｃ末端からＮ末端へ、右から左へ）。アミノ末端をＦｍｏｃ基で保護したアミノ酸ビルディングブロックは、カルボン酸末端の活性化の後、１つ以上の縮合試薬（例えば、ヘキサフルオロリン酸アザベンゾトリアゾールテトラメチルウロニウム（ＨＡＴＵ）、Ｏ－（１Ｈ－６－クロロベンゾトリアゾール－１－イル）－１，１，３，３－テトラメチルアンモニウムヘキサフルオロリン酸（ＨＣＴＵ））で成長している鎖にカップリングされることになる。各添加時の反応副生成物は、溶媒洗浄（６Ｘ、ジメチルホルムアミド（ＤＭＦ））により除去する。各カップリングおよびキャッピング工程の後、ペプチド樹脂のピペリジン脱保護によりＦｍｏｃを除去し（２倍実施；Ａｓｐ脱水を抑制するため２０％ ｉｎ ＤＭＦ 体積／体積 ｗｉｔｈ ０．１Ｍ ＨＯＢｔ）、樹脂をＤＭＦ ６ｘで洗浄し、次のアミノ酸を添加する。Ｔレジトープ配列のＮ末端にはカテプシンＢ切断部位が組み込まれている。
ＰＥＧ２構築物（「ＰＥＧ２」または「Ｐ２」）の場合、所望のＴレジトープペプチドが完成した後、ＰＥＧ２部位がＮ末端に付加され、その後４のリジンがＮ末端に付加される。さらに、ＰＥＧ２とリジン（リジン側鎖の一級アミンを介して）は、最終構築物の溶解度を増加させると予測される。ＰＥＧ２構築物の組成は表５（下）に示されている。
Figure 2023515386000023
ＰＥＧ１２構築物（「ＰＥＧ１２」または「Ｐ１２」）の場合、Ｔレジトープペプチド合成後にＰＥＧ６が２つ追加される。この場合、リジンは付加されない。ＰＥＧ長を長くすることで、カテプシンＢのドッキング領域を確保し、Ｔレジトープの溶解性を向上させることもできる。ＰＥＧ２構築物の組成を表６（下）に示す。
Figure 2023515386000024
その後、少量のペプチドコンストラクトを樹脂から除去し、ＴＩＳ（トリイソプロピルシラン、５％）および水（２．５％）の存在下でトリフルオロ酢酸（ＴＦＡ、９２．５％ ｖ／ｖ）で処理し、側鎖保護基を消去してペプチドサンプルを切断および脱保護化する。各粗直鎖状ペプチド（約３～５ｍｇ）を、２０ｍｍｘ５０ｍｍ、５μｍ、Hydrosphereカラム（ＹＭＣ Ｃ１８）を用いた分取逆相ＨＰＬＣ（Ｇｉｌｓｏｎ）で精製する。ペプチドは、９０％以上の純度まで精製し（分析用ＨＰＬＣで決定）、カテプシンＢの評価の前に、ＡＢＩ－ＳＣＩＥＸ ＱＳＴＡＲ ＸＬ Ｐｒｏ Ｑｏ－ＴＯＦ マススペクトロメーターを使用して質量を確認した。残りのペプチド（ＰＥＧ２－ＴレジトープおよびＰＥＧ１２－Ｔレジトープ）は、後日３－マレイミドプロピオン酸（ＭＰＡ）を添加するために樹脂上に残される。
組換え体ヒトカテプシンＢ（Ｒ＆Ｄ Ｓｙｓｔｅｍｓ（商標）のカタログ９５３－ＣＹ）は、Ｔレジトープペプチドに組み込まれたＶａｌ－Ｃｉｔ部位の切断を評価するために使用される。活性測定プロトコルはＲ＆Ｄ Ｓｙｓｔｅｍｓ（商標）の推奨に従い、０．０１μｇのrhカテプシンＢと１０ｕＭのペプチド基質の最終測定条件で使用される。カテプシンＢと精製ペプチドをインキュベートした後（ＲＴで１５分間）、Ｑｓｔａｒ ＸＬ Ｐｒｏ（商標）を用いたマススペックでペプチドを評価する。ＰＥＧ２ペプチドの切断は成功せず、カテプシンＢのプロトコルをさらに変更しても切断は成功しないと予測される。ＰＥＧ１２製品については、切断が成功すると予測される。
カテプシンＢによるＶａｌ－Ｃｉｔ部位の切断を評価した後、３－マレイミドプロピオン酸（ＭＰＡ）の反応性部位をＰＥＧ２およびＰＥＧ１２ペプチドのＮ末端に付加する。アミノ酸ビルディングブロックと同様に、ＭＰＡはＦｍｏｃ基で保護され、カルボン酸末端の活性化後に成長する鎖に結合される。最終的なＭＰＡ－Ｔレジトープ構築物は、樹脂から除去され、ペプチドサンプルは、ＴＩＳ（トリイソプロピルシラン、５％）および水（２．５％）の存在下でトリフルオロ酢酸（ＴＦＡ、９２．５％ ｖ／ｖ）で処理して切断および脱保護化される。各粗直鎖状ペプチド（約２０ｍｇ）を、２０ｍｍｘ５０ｍｍ、５μｍ、ハイドロスフェアカラム（ＹＭＣ Ｃ１８）を用いた分取逆相ＨＰＬＣ（Ｇｉｌｓｏｎ）で精製する。ＭＰＡペプチドは、９０％以上の純度で精製し（分析用ＨＰＬＣで決定）、質量はＡＢＩ－ＳＣＩＥＸ ＱＳＴＡＲ ＸＬ Ｐｒｏ（商標）Ｑｏ－ＴＯＦ質量分析計で確認される。ＭＰＡ－Ｐ２およびＭＰＡ－Ｐ１２Ｔレジトープの合計１５ｍｇは、ｒＨＳＡ（Ａｌｂｕｃｕｌｔ－Ｎｏｖｏｚｙｍｅ（商標））へのコンジュゲーションに使用され、最終的にＨＳＡ－Ｔレジトープコンジュゲートが形成される。
エルマン試薬（５，５’－ジチオ－ビス－［２－ニトロ安息香酸］）は、システインなどのスルフヒドリル基含有化合物の標準曲線と比較することにより、サンプル中のスルフヒドリル基を推定するために使用される。エルマンテストは、分析の精度を確保するために、複数の濃度のｒＨＳＡ（Ｓｉｇｍａ（商標）、Ａｌｂｕｃｕｌｔ(R)）で実施される。エルマン試薬（Ｓｉｇｍａ（商標））、Ｓｉｇｍａ（商標）ロットＲＦ－００９のｒＨＳＡは、マレイミドとのコンジュゲーションに利用できるであろう遊離システインについて評価されるであろう。
ペプチドはｄＨ２０に可溶化し、ｒＨＳＡを加え（１５ｍｇ／ｍＬ）、１００ｍＭリン酸バッファーを加えて最終ｐＨを８にする。ペプチド／ＨＳＡは、室温で２時間、その後４℃で約２４－３０時間インキュベートされる。
コンジュゲーション工程の後、ＨＳＡ－コンジュゲートをまずＰＢＳ（ｐＨ７．０）に室温で２時間透析し、次に新鮮なＰＢＳに４℃で１８～２４時間、２回入れ替える。このプロセスにより、ＨＳＡおよびＨＳＡ－Ｔレジトープコンジュゲート調製物から過剰なペプチドが除去される。
各コンジュゲートについてエルマンテストを実施し、ｒＨＳＡ遊離システインを介したペプチドのコンジュゲーションを実証し、反応におけるコンジュゲーションの効率を決定する。ＨＳＡ－コンジュゲーション調製物は、既存の調製物に内在する還元型ＨＳＡ（メルカプタブミン）を除去しないことが予測される。未反応のＨＳＡの残存率は、ＨＳＡ－ＭＰＡ＿Ｐ２－Ｔレジトープ構築物、つまりマレイミド－Ｔレジトープとのコンジュゲーション後に、遊離システインの決定された割合が残るであろうことが決定されるであろう。したがって、ＭＰＡ＿Ｐ２－Ｔレジトープペプチドと反応した全ｒＨＳＡ調製物のパーセンテージを計算することが可能になる。
（８）Ｔレジトープ－血液成分コンジュゲートの免疫細胞への影響評価法
マレイミド系化合物が、Ｔレジトープ（これらに限定されないが、例えば、配列番号４－３７０、３９１－４４０、および４４８－８３３のアミノ酸配列（および／またはその断片もしくは変異体）、および任意選択で、配列番号４－３７０、３９１－４４０、および４４８－８３３のポリペプチドのＮ末端および／またはＣ末端に任意の割合で分布している１～１２の追加のアミノ酸を含み、またはこれ（ら）のみからなり、または本質的にこれ（ら）からなるペプチドまたはポリペプチドである。）ペイロードを１：１の化学量論で組換えＨＳＡ（ｒＨＳＡ）に対して共有結合させるために使用されてもよい。マレイミドプロピオンアミド（ＭＰＡ）は、ＨＳＡの遊離Ｃｙｓ３４と安定なチオールエステル結合を形成する。ＨＳＡは新生児受容体（ＦｃＲｎ）のリサイクル経路を活用し、結合したペイロードの半減期を増加させ、反復投与の必要性を減少させる可能性がある。また、ｒＨＳＡはコンジュゲートされたペイロードをリンパ節に送達し、ＦｃＲｎを発現する樹状細胞や他の抗原提示細胞によってエンドサイトーシスされることが知られている。
ＥｐｉＶａｘは、Ｔレジトープ間に切断部位を含むｒＨＳＡ－Ｔレジトープコンジュゲートを設計した。この切断部位は初期エンドソームプロテアーゼに特異的であり、これによりＴレジトープがｒＨＳＡ分子から遊離し、細胞表面でのＭＨＣクラスＩＩ提示の効率が高まる。このＦＤＡ認可のｒＨＳＡコンジュゲーションケミストリーの長い歴史と実証された手法、およびその成功した製造実績は、Ｔレジトープペイロードの送達に選択されたことを裏付けている。
Ｔレジトープ－血液成分コンジュゲートが形成されると、例えば、実施例７および実施例の（７）、並びに詳細な説明に記載したように、Ｔレジトープ－血液成分コンジュゲートと、Ｔレジトープペプチド単独と比較して、例えば、エフェクターＴ細胞の抑制及び制御性Ｔ細胞の活性化とそれらの増殖における有効性について評価することができる。さらに、Ｔレジトープ－血液成分コンジュゲートは、特定の抗原に対する免疫寛容を誘導する能力について評価されてもよい。
［実施例８．Ｔレジトープ－アルブミン送達ビヒクルの抑制効果の評価］
Ｔレジトープデリバリービークルの抑制効果を調べるために、健康なドナーＰＢＭＣを破傷風トキソイドバイスタンダー抑制試験（ＴＴＢＳＡ）に使用し、ＣＤ４ Ｔ細胞の増殖、Ｔ細胞の活性化、Ｔエフェクターと制御性Ｔ細胞の頻度について分析を行い、Ｔｒｅｇ／Ｔｅｆｆの比率を決定する。
そこで、臨床応用に向けた最適なＴレジトープの組み合わせを検討するため、ｉｎ ｖｉｔｒｏにおけるエフェクターＴ細胞応答を相乗的に抑制するＴレジトープの組み合わせの効果を分析した。これらの比較を容易にするために、ヒトドナー末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）を用いたハイスループットｉｎ ｖｉｔｒｏアッセイを開発した。このアッセイは、破傷風トキソイドバイスタンダー抑制試験（ＴＴＢＳＡ）と呼ばれ、破傷風トキソイド（ＴＴ）ワクチン接種歴のある人に誘発される破傷風に特異的なＴメモリー細胞を抑制するＴｒｅｇの能力を利用するものである。
０日目にＰＢＭＣをインキュベートしカルボキシフルオレセインサクシンイミドエスエル（ＣＦＳＥ）色素で染色した。１日目に、培地、破傷風トキソイド、および８μｇ／ｍＬ、６μｇ／ｍＬ、２４μｇ／ｍＬのいずれかのＴ細胞を添加して細胞を刺激する。８μｇ／ｍＬ、６μｇ／ｍＬ、２４μｇ／ｍＬのＴレジトープ、または１０μｇ／ｍＬ、４０μｇ／ｍＬ、１００μｇ／ｍＬのＴレジトープ－アルブミンコンジュゲートを添加し、細胞を刺激する。破傷風トキソイドは０．５μｇ／ｍＬの最終濃度で使用し、Ｔレジトープの阻害能力を測定するために、濃度を方法的に滴定し、最適化される。培地のみを含むネガティブコントロールも含まれる。７日目に、Ｌ／Ｄ細胞集団マーカー、細胞外染色剤、細胞内染色剤を添加する。８日目に、読み出しが行われる。活性化マーカー（例：ＣＦＳＥ、ＣＤ２５）および細胞集団マーカー（例：Ｌ／Ｄ、ＣＤ２ｃ、ＣＤ４、ＦｏｘＰ３）の解析のためのセルソーティングアッセイが実施される。
ドナーＰＢＭＣとＴＴのインキュベーションは、Ｔエフェクター細胞の膨張を刺激する。ＴレジトープをＴＴと共にｉｎ ｖｉｔｒｏでＰＢＭＣに添加し、ＣＤ２５高ＦｏｘＰ３高制御性Ｔ細胞を活性化し、ＴＴ特異的なＴエフェクター細胞の増殖を抑制する。Ｔレジトープは、ＣＤ４＋Ｔエフェクター細胞の増殖（ＣＦＳＥ希釈により測定）と活性化（ＣＤ２５発現により測定）を用量依存的に著しく阻害し、またＴｒｅｇ（ＣＤ２５＋／ＦｏｘＰ３＋／ＣＤ１２７低）をわずかに増殖するが、これはＴｒｅｇ／Ｔｅｆｆ細胞の比率が上昇することにより示唆されている。エフェクターＴ細胞増殖の減少は、例えばｉｎ ｖｉｖｏでのＴｒｅｇの誘導によって支持されるように、制御性Ｔ細胞の活性化及び／又はＴＴ特異的ＴエフェクターのＴｒｅｇへの転換の直接的な結果である。
ＴＴＢＳＡを用い、多数の利用可能なＴレジトープのそれぞれを個別に、あるいはペアワイズの組み合わせで、ＣＤ４＋Ｔ細胞増殖を抑制する可能性について検討する。最も有望なＩｇＧ－Ｔレジトープペプチドは、さらなる試験のために選択される。ある特定のＴレジトープ、ＴレジトープＡは、他の単一のＴレジトープと比較して、ＴＴＢＳＡにおいて最も抑制的な活性を有する単一のＴレジトープである。ＴレジトープＡとＴレジトープＣを組み合わせることで、さらに大きなＴＴ特異的Ｔ細胞増殖抑制作用が観察される。Ａ＋ＣをｒＨＳＡに結合させると、ｉｎ ｖｉｔｒｏでの効果が向上する。
ＴＴＢＳＡを用いることで、インスタントディスクロージャーのＨＳＡ－Ｔレジトープコンジュゲートは、ＣＤ４＋Ｔ細胞の増殖と活性化を抑制し、Ｔｅｆｆ細胞に対するＴｒｅｇ細胞の比率を増加させると予想されている。
［実施例９．予め形成された共役ＨＳＡ－Ｔレジトープ治療薬及びマレイミド－Ｔレジトープペプチド治療薬の有効性の評価］
ＨＳＡ－Ｔレジトープ治療薬とｆｒｅｅ－ｍａｌｅｉｍｉｄｅ－ＴレジトープペプチドのＯＶＡ免疫応答への影響を評価した。後者のフリーマレイミドペプチドは、注射後、反応性マレイミド基を介して、対象の内在性ＨＳＡのフリーＣｙｓ３４と生体内でコンジュゲーションを形成している。ＭＰＡ－Ｐ２およびＭＰＡ－Ｐ１２の５ｍｇをｆｒｅｅ－ＭＰＡ－Ｔレジトープとして使用し、サンプル中の未抱合ＨＳＡは、抱合ＨＳＡと未抱合ＨＳＡのモル比を計算することで説明する。
マウス（雌のＣ５７ＢＬ／６）に５０ｍｇのオバルブミン（ＯＶＡ）を０日目（ＣＦＡ）および１４日目（ＩＦＡ）にｓ．ｃ．免疫する。あらかじめ形成されたＨＳＡ結合処理物は、０日目のＣＦＡでＯＶＡと一緒に投与される。試験群には、ＯＶＡ／ＨＳＡ－Ｐ２－ｈｉｇｈとＯＣＡ／ＨＳＡ－Ｐ２－ｌｏｗがある。１回の注射で、ＯＶＡは５０μｇ、ＨＳＡは８００μｇ、ＨＳＡ－Ｐ２Ｈ（ｈｉｇｈ）コンジュゲートは８２５μｇ（－２０μｇ Ｔレジトープ）である。ＨＳＡ－Ｐ２Ｌ（ｌｏｗ）コンジュゲートは１００μｇ（－３．７μｇ Ｔレジトープ）である。４つの対照群には、ＰＢＳのみ、ＰＢＳ／ＯＶＡ、ＨＳＡ／ＯＶＡ、およびＴレジトープ／ＯＶＡが含まれる。最後の群は、フリーマレイミドＴレジトープペプチドの有用性を評価するために含まれており、尾静脈に静脈内投与される。１群あたり５匹のマウスを使用する。
マウスは１７日目に屠殺する。屠殺時点で、各動物について心臓から出血と脾臓が採取される。ＯＶＡで刺激した脾臓細胞について、ＩＦＮγ／ＩＬ２フルオロスポットアッセイ、ＩＦＮγ／ＩＬ１７フルオロスポットアッセイ、ＣＤ４ Ｔ細胞増殖、およびＴ細胞特性評価を実施する。ＰＨＡは脾臓細胞アッセイのポジティブコントロール刺激として使用される。ＰＨＡ刺激では、すべてのウェルがコンフルエントである。刺激後のＳＦＣ（スポット形成細胞）がネガティブコントロール（培地ウェル）に対して５０スポット／１０６より大きくなければならず、また２より大きい刺激指数を持たなければならないという許容基準が用いられる。ＩＦＮγ／ＩＬ２ ｆｌｕｏｒｏｓｐｏｔおよびＩＦＮγ／ＩＬ１７ ｆｌｕｏｒｏｓｐｏｔアッセイの双方において、処理によってＩＦＮγ産生が阻害され、ＨＳＡのみの対照群は処理群と比較して阻害が少ないことが予測される。
Ｔ細胞増殖および特性評価アッセイのために、脾臓細胞サンプルは、ＴＣＲ Ｔｇ細胞におけるＦｏｘＰ３発現の誘導と、ＣＦＳＥ希釈によるＯＶＡ特異的Ｔ細胞増殖の抑制（ｉｎ ｖｉｔｒｏにおけるＯＶＡペプチドへの反応）について評価される。ＦｏｘＰ３＋ Ｔｒｅｇを検出するために、排出リンパ節の単細胞懸濁液を２．４Ｇ２ ｍＡｂ（ａｎｔｉ－ＣＤ１６／３２、ＡＴＣＣ）で１５分間インキュベートしてＦｃＲをブロックした後、抗ＣＤ３、ＣＤ４、ＣＤ２５、抗クロノタイプＫＪ１－２６で４℃、４０分間染色した。ＫＪ１－２６はＤＯ１１．１０トランスジェニックマウスで発現するクロノタイピングＴＣＲに特異的である。その後、細胞を透過処理し、ＦｏｘＰ３核発現を染色し、Ｔｈｅｒｍｏ Ａｔｔｕｎｅ ＮｘＴ Ａｕｔｏｓａｍｐｌｅｒ（商標）でＦＡＣＳ分析を行う。ＣＤ４＋ ＣＤ２５＋ ＦｏｘＰ３＋ ＫＪ１－２６＋ 生細胞ゲート集団（gate population）を確立し、ＰＢＳまたはＨＳＡ単独と比較したＯＶＡ－特異的制御性Ｔ細胞の数および割合を決定する。
抗原特異的Ｔ細胞増殖は、ＣＦＳＥ希釈により評価する。排出リンパ節を採取し、細胞増殖色素ＣＦＳＥで染色し、単細胞懸濁液を２ｘ１０６細胞／ｍＬで調製する。細胞は、１０μｇ／ｍＬ濃度のＯＶＡ３２３－３３９（Ｎｅｗ Ｅｎｇｌａｎｄ Ｐｅｐｔｉｄｅ、ガードナー、ＭＡ、ＵＳＡ）の存在下で、９６ウェルプレートに１００μＬ／ウェルで添加される。細胞は７２時間刺激し、ＣＤ３α、ＣＤ４、ＣＤ８、ＣＤ５４ＲＡ、ＣＣＲ７、ＣＤ２５、ＣＤ１２７、ＩＦＮγ、ＨＬＡ－ＩＩ、ＣＤ６９、ＣＤ１５４、ＩＬ－１７、ＩＬ－２１で４℃、４０分間染色するために採取される。細胞を固定し、透過処理し、ＦｏｘＰ３発現を染色し、フローサイトメトリーで解析する。ＯＶＡ特異的なＫＪ１－２６＋ ＣＤ４＋ ＣＤ２５＋ ＦｏｘＰ３＋アダプティブ（変換型）制御性Ｔ細胞は、ｒＨＳＡで処理したマウスと比較して、遊離マレイミド－レジトープおよびＨＳＡ－レジトープコンジュゲートで処理したマウスで増加すると予想されている。遊離マレイミド－ＴレジトープおよびＨＳＡ－Ｔレジトープコンジュゲートは、ｒＨＳＡ単独と比較して、ＫＪ１－２６＋ ＣＤ４＋Ｔエフェクター細胞のＯＶＡ特異的増殖をより効果的に減少させると予想される。
１７日目に採取した出血からの血清中の抗ＯＶＡ抗体を、連続希釈プロットおよび抗体濃度を決定するための標準ＥＬＩＳＡを含むＥＬＩＳＡによって評価する。ＨＳＡ－結合体および遊離マレイミドで処理したマウスは、異なる希釈における吸光度、ならびに標準曲線上の吸光度の比較によって示されるように、無処理と比較して血清抗体価を低下させることが予想される。
［実施例７．ＣＯＶＩＤ－１９回復者におけるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に対するＴ細胞応答］
（材料および方法）
ペプチドの合成合成ペプチドは、２１ｓｔ Ｃｅｎｔｕｒｙ Ｂｉｏｃｈｅｍｉｃａｌｓ（マールボロ、ＭＡ）による９－フルオロニルメトキシカルボニル（Ｆｍｏｃ）化合物を使用して製造されたものである。ペプチドの純度は、分析用逆相ＨＰＬＣによって確認されたように、９０％以上であった。ペプチドの質量は、タンデム質量分析によって確認された。
（ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２回復期患者ドナー）
回復期の患者は、参加者の特定、同意、登録を行った臨床サービスグループであるＳａｎｇｕｉｎｅ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ社によって募集された。対象者は、（ｉ）書面でのインフォームドコンセントと写真付き身分証明書を提供する意思と能力があり、（ｉｉ）１８－６０歳の男女で、（ｉｉｉ）ＣＯＶＩＤ－１９診断が確定し（回復）、診断日が血液採取から３０日以上経過しており、（ｉｖ）ＣＯＶＩＤ－１９ ＰＣＲベースキット陽性が、タイムスタンプ付きのカルテや診断テストレポート、使用テストキットが明記されていることを条件とした。
除外基準は、（ｉ）妊娠中または授乳中、（ｉｉ）ＨＩＶ、肝炎またはその他の感染症の既往歴がある、（ｉｉｉ）自己免疫疾患がある、（ｉｖ）脆弱患者集団（囚人、精神障害者）、（ｖ）献血能力に影響を及ぼす病状（すなわち、貧血、急性疾患）がある者、（ｖｉ）過去６ヶ月以内に免疫抑制療法またはステロイドの投与を受けた者、（ｖｉｉ）過去３０日以内に治験薬の投与を受けた者、（ｖｉｉｉ）過去１ヶ月間に２５０ｍＬまたは過去２ヶ月間に５００ｍＬの献血を含む過剰出血があった者、（ｉｘ）ＣＯＶＩＤ－１９ ＰＣＲ検査が陽性であるが無症状であった者である。サンプルはＮＩＨの規則に従い、ＩＲＢの承認を得て収集された。
（健康な非被曝ドナー）
サンプルは、２０１９年１２月のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２発生前の非関連研究のためにロードアイランド血液センターから白血球除去フィルターから入手した。サンプルは、ＮＩＨの規則に従い、ＩＲＢの承認を得て収集された。
（ＰＢＭＣの培養）
解凍した全ＰＢＭＣ（正常な健康なドナー）を一晩休ませ、５％ＣＯ２雰囲気下の３７℃で９日間にわたって抗原刺激（本開示の脱寛容化ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ポリペプチドを含む）により拡大させる。４８ウェルプレートにおいて、ヒトＡＢ血清を補充した１５０μＬのＲＰＭＩ培地中の５×１０６細胞は、１日目に１０μｇ／ｍＬのペプチドのプールで刺激されることになる。３日後、ＩＬ－２を１０ｎｇ／ｍＬまで添加し、培養液量を３００μＬまで上げる。７日目に、培地交換により１０ｎｇ／ｍＬのＩＬ－２を補充する。２日後、ＰＢＭＣを回収し、免疫リコール応答を測定する準備のために洗浄する。
（フルオロスポットアッセイ）
インターフェロン－ガンマ（ＩＦＮγ）フルオロスポットアッセイは、ｅｘ ｖｉｖｏでＭａｂｔｅｃｈから購入したキットを用いた培養後に行い、製造業者の仕様書に従って実施した。ペプチドを、１０％ヒトＡＢ血清を補充したＲＰＭＩ培地中の２５万のＰＢＭＣ（ｅｘ ｖｉｖｏ）または１０万のＰＢＭＣ（培養）を含む３反復でウェルに、１０μｇ／ｍＬで個別に添加し、１０μｇ／ｍＬでプールする（８ペプチド、１．２５μｇ／ｍＬ）。ポジティブコントロールとしてＣｏｎＡ（１０μｇ／ｍＬ）を含む３反復でウェルをプレーティングし、抗原刺激を含まない６つのウェルをバックグラウンド決定のために使用した。細胞は５％ＣＯ２雰囲気下、３７℃で４０－４８時間インキュベートされる。ＦＩＴＣ標識抗ＩＦＮ－γ検出抗体を用いて、製造元の指示に従いプレートを現像する。
フルオロスポットリーダーシステム（ｉＳｐｏｔ Ｓｐｅｃｔｒｕｍ、ＡＩＤ、Ｓｔｒａｓｓｂｅｒｇ、ドイツ）、ソフトウェアバージョン７．０，ｂｕｉｌｄ１４７９０を用いて、ＦＩＴＣ、Ｃｙ３、Ｃｙ５の別々のフィルターを用いてフルオロスポットをカウントし、ＺｅｌｌＮｅｔ Ｃｏｎｓｕｌｔｉｎｇ，Ｉｎｃ．により生のスポット数が記録される。カメラの露出とゲインの設定は、各フィルターに適合させ、露出過多または露出不足を防ぎ、高品質のスポット画像を得る。スポットサイズ、スポット強度、スポット勾配（スポットの中心から周辺にかけて染色強度が弱まる）を用いて蛍光体固有のスポットパラメータを定義し、スポット分離アルゴリズムを適用して最適なスポット検出を行う。
結果は、ペプチドウェルのスポット数の平均値として算出し、１００万細胞あたりのスポット数に調整する。以下の基準を満たす反応は、スポット数が（ｉ）バックグラウンドの少なくとも２倍、（ｉｉ）バックグラウンドより１ウェルあたり５０個以上のスポット形成細胞（２万のＰＢＭＣあたり１の反応）、（ｉｉｉ）スチューデントのｔ検定により培地のみのコントロールと統計的に異なる（ｐ＜０．０５）場合に陽性とする。
（結果）
本開示のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ポリペプチドの脱寛容化は、自然感染で産生したＴ細胞に認識され、Ｔｈ１サイトカイン産生を刺激し、感冒コロナウイルスに対する既存の免疫を刺激し、臨床試験で記憶免疫を高めることが期待される。
［均等］
本発明の開示は、その特定の実施形態との関係において説明されてきたが、さらなる変更が可能であることが理解されよう。さらに、本出願は、本発明が属する技術分野において既知または慣用の範囲内にあり、添付の請求項の範囲内に入るような本開示からの逸脱を含む、本発明の任意の変形、使用、または適応を対象とすることを意図している。

Claims (76)

  1. 配列番号４－３７０、３９１－４４０、および４４８－８３３、および／またはその断片と変異体からなる群より選択されるアミノ酸配列、ならびに任意選択で配列番号４－３７０、３９１－４４０、および４４８－８３３のポリペプチドのＮ末端またはＣ末端に任意の割合で分布する１～１２の追加アミノ酸のみからなる、ポリペプチド。
  2. 配列番号４－３７０、３９１－４４０、および４４８－８３３、および／またはその断片と変異体からなる群より選択されるアミノ酸配列、ならびに任意選択で配列番号４－３７０、３９１－４４０、および４４８－８３３のポリペプチドのＮ末端および／またはＣ末端に任意の割合で分布する１～１２の追加のアミノ酸から本質的になるポリペプチド。
  3. 配列番号４－３７０、３９１－４４０、および４４８－８３３、および／またはその断片と変異体からなる群より選択されるアミノ酸配列、ならびに任意選択で配列番号４－３７０、３９１－４４０、および４４８－８３３のポリペプチドのＮ末端および／またはＣ末端に任意の割合で分布する１～１２の追加アミノ酸を含むポリペプチド。
  4. 請求項１～３のいずれか一項に記載のポリペプチドであって、配列番号４－３７０、３９１－４４０、及び４４８－８３３からなる群より選択されるアミノ酸配列の前記変異体又は断片が、ＭＨＣ結合性及びＴＣＲ特異性を保持し、及び／又は抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２活性を保持する、ポリペプチド。
  5. 配列番号４－３７０、３９１－４４０、および４４８－８３３、およびその断片のいずれか１つに対して少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、または９５％の相同性を有するアミノ酸配列のみからなるポリペプチドであって、前記ポリペプチドがＭＨＣ結合性および同じＴＣＲ特異性を保持し、および／または抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２活性を保持する、ポリペプチド。
  6. 配列番号４－３７０、３９１－４４０、および４４８－８３３、およびその断片のいずれか１つに対して少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、または９５％の相同性を有するアミノ酸配列から本質的になるポリペプチドであって、前記ポリペプチドがＭＨＣ結合性および同じＴＣＲ特異性を保持し、および／または抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２活性を保持する、ポリペプチド。
  7. 配列番号４－３７０、３９１－４４０、および４４８－８３３、およびその断片のいずれか１つに対して少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、または９５％の相同性を有するアミノ酸配列を含むポリペプチドであって、前記ポリペプチドがＭＨＣ結合性および同じＴＣＲ特異性を保持し、および／または抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２活性を保持することを特徴とするポリペプチド。
  8. 請求項１～７のいずれかに記載のポリペプチドであって、アミノ酸配列が、ＭＨＣへのアンカーアミノ酸および／またはＴ細胞受容体結合エピトープにおいて変異しており、ポリペプチドを脱寛容にする、ポリペプチド。
  9. 請求項８記載のポリペプチドであって、アミノ酸配列が配列番号６、７、１８－３１、１８６－２３１、および／または４４８－４５９を含み、配置番号１との関係において、Ｖ６２、Ｌ６５、Ｓ６７、Ｖ７０、Ｋ６３、Ｎ６４、Ｎ６６、Ｓ６８、Ｒ６９、Ｔ１１、Ｌ１２、Ｖ１４、Ｎ１５、Ｓ１６、Ｖ１７、Ｌ１９、Ｆ２０、Ａ２２、Ｆ２３、Ｖ２４、Ｖ２５、Ｆ２６、Ｌ２７、Ｌ２８、Ｖ２９、Ｔ３０、Ｌ３１、Ａ３２、Ｉ３３、Ｌ３４、Ａ３６、Ｒ３８、Ａ４１、Ｉ１３、Ｌ１８、Ｆ２０、Ｌ２１、Ｔ３５、Ｌ３７、Ｌ３９および／またはＣ４０のいずれかの位置に変異を有する、ポリペプチド。
  10. 請求項９記載のポリペプチドであって、変異が、配列番号１との関係において、１または複数のＶ６２Ａ、Ｖ６２Ｇ、Ｖ６２Ｎ、Ｖ６２Ｑ、Ｖ６２Ｓ、Ｖ６２Ｔ、および／またはＳ６７Ｑの変異を含む、ポリペプチド。
  11. 請求項８記載のポリペプチドであって、アミノ酸配列が、配列番号４、５、１７、３２－４１、２３２－２４５、４４０、および４５０－４７１を含み、配列番号２との関係において、Ｉ１１８、Ｎ１２１、Ｐ１２３、Ｇ１２６、Ｌ１１９、Ｌ１２０、Ｖ１２２、Ｌ１２４、Ｈ１２５、Ｙ１７９、Ｇ１８２、Ｓ１８４、Ｖ１８７、Ｋ１８０、Ｌ１８１、Ａ１８３、Ｑ１８５、および／またはＲ１８６のいずれかの位置に変異を有する、ポリペプチド。
  12. 請求項１１記載のポリペプチドであって、変異が、配列番号２との関係において、１または複数のＩ１１８Ａ、Ｉ１１８Ｇ、Ｉ１１８Ｎ、Ｉ１１８Ｑ、Ｉ１１８Ｓ、Ｉ１１８Ｔ、Ｎ１２１Ｐ、Ｐ１２３Ｑ、Ｐ１２３Ｇ、Ｇ１２６Ｐ、Ｙ１７９Ａ、Ｙ１７９Ｎ、Ｙ１７９Ｑ、Ｙ１７９Ｓ、Ｙ１７９Ｔ、Ｓ１８４Ｇ、Ｓ１８４Ｑ、および／またはＳ１８４Ｔの変異を含む、ポリペプチド。
  13. 請求項８記載のポリペプチドであって、アミノ酸配列が、配列番号８－１７、４２－９３、２４６－３７０、４２２、４２３、４３２、４３４－４３９、および７９４－８３３を含み、配列番号３との関係において、Ｆ２８、Ｓ３１、Ｌ３３、Ｔ３６、Ｄ３８、Ｌ４１、Ｒ２９、Ｓ３０、Ｖ３２、Ｈ３４、Ｓ３５、Ｑ３７、Ｌ３９、Ｆ４０、Ｉ１９５、Ｖ１９８、Ｄ２００、Ｑ２０３、Ｎ１９６、Ｌ１９７、Ｒ１９９、Ｌ２０１、Ｐ２０２、Ｉ２２０、Ｆ２２３、Ｔ２２５、Ａ２２８、Ｔ２２１、Ｒ２２２、Ｑ２２４、Ｌ２２６、Ｌ２２７、Ｙ２５４、Ｐ２５７、Ｙ２５９、Ｌ２６２、Ｌ２５５、Ｑ２５６、Ｒ２５８、Ｆ２６０、Ｌ２６１、Ｖ４９６、Ｓ４９９、Ｅ５０１、Ｈ５０４、、Ｖ４９７、Ｌ４９８、Ｆ５００、Ｌ５０２、Ｌ５０３、Ｌ８０６、Ｎ８０９、Ｖ８１１、Ａ８１４、Ｌ８０７、Ｆ８０８、Ｋ８１０、Ｔ８１２、Ｌ８１３、Ｌ８４３、Ｌ８４６、Ｐ８４８、Ｔ８５１、Ｔ８４４、Ｖ８４５、Ｐ８４７、Ｌ８４９、Ｌ８５０、Ｆ９１２、Ａ９１５、Ｇ９１７、Ｑ９２０、Ｌ９２３、Ｔ９２６、Ｓ９２８、Ｇ９３１、Ｎ９１３、Ｓ９１４、Ｉ９１６、Ｋ９１８、Ｉ９１９、Ｓ９２４、Ｓ９２５、Ａ９２７、Ａ９２９、Ｌ９３０、Ｆ９５５、Ｉ９５８、Ｓ９６０、Ｎ９６３、Ｇ９５６、Ａ９５７、Ｓ９５９、Ｖ９６１、Ｌ９６２、Ｉ９９８、Ａ１００１、Ｉ１００３、Ｓ１００６、Ｎ１００８、Ａ１０１１、Ｒ９９９、Ａ１０００、Ｅ１００２、Ｒ１０４、Ａ１００５、Ａ１００７、Ｌ１００９、および／またはＡ１０１０のいずれかの位置に変異を有する、ポリペプチド。
  14. 請求項１３記載のポリペプチドであって、変異が、配列番号３との関係において、１または複数のＦ２８Ｇ、Ｆ２８Ａ、Ｆ２８Ｎ、Ｆ２８Ｔ、Ｆ２８Ｓ、Ｆ２８Ｑ、Ｓ３１Ｇ、Ｓ３１Ｔ、Ｌ３３Ｑ、Ｉ１９５Ａ、Ｉ１９５Ｇ、Ｉ１９５Ｎ、Ｉ１９５Ｓ、Ｉ１９５Ｔ、Ｉ１９５Ｑ、Ｖ１９８Ｇ、Ｖ１９８Ｔ、Ｖ１９８Ｎ、Ｑ２０３Ｅ、Ｑ２０３Ｇ、Ｑ２０３Ｔ、Ｉ２２０Ａ、Ｉ２２０Ｇ、Ｉ２２０Ｎ、Ｉ２２０Ｑ、Ｉ２２０Ｓ、Ｉ２２０Ｔ、Ｔ２２５Ｑ、Ｙ２５４Ａ、Ｙ２５４Ｇ、Ｙ２５４Ｎ、Ｙ２５４Ｑ、Ｙ２５４Ｓ、Ｙ２５４Ｔ、Ｔ２５９Ｇ、Ｔ２５９Ｑ、Ｖ４９６Ａ、Ｖ４９６Ｇ、Ｖ４９６Ｎ、Ｖ４９６Ｑ、Ｖ４９６Ｓ、Ｖ４９６Ｔ、Ｓ４９９Ｇ、Ｓ４９９Ｑ、Ｓ４９９Ｔ、Ｌ８０６Ａ、Ｌ８０６Ｇ、Ｌ８０６Ｎ．Ｌ８０６Ｇ、Ｌ８０６Ｑ、Ｌ８０６Ｇ、Ｌ８０６Ｎ、Ｌ８０６Ｑ、Ｌ８０６Ｓ、Ｌ８０６Ｔ、Ｎ８０９Ｇ、Ｌ８４３Ａ、Ｌ８４３Ｇ、Ｌ８４３Ｎ、Ｌ８４３Ｑ、Ｌ８４３Ｓ、Ｌ８４３Ｔ、Ｌ８４６Ｇ、Ｌ８４６Ｔ、Ｐ８４８Ｑ、Ｆ９１２Ａ、Ｆ９１２Ｇ．Ｎ、Ｆ９１２Ｇ．Ｎ、Ｆ９１２Ｇ．Ｎ、Ｆ９１２Ｇ、Ｆ９１２Ｎ、Ｆ９１２Ｑ、Ｆ９１２Ｓ、Ｆ９１２Ｔ、Ａ９１５Ｇ、Ｌ９２３Ａ、Ｌ９２３Ｇ、Ｌ９２３Ｎ、Ｌ９２３Ｑ、Ｌ９２３Ｓ、Ｌ９２３Ｔ、Ｔ９２６Ｇ、Ｆ９５５Ａ、Ｆ９５５Ｇ、Ｆ９５５Ｎ、Ｆ９５５Ｑ、Ｆ９５５Ｓ、Ｆ９５５Ｔ、Ｉ９５８Ｇ、Ｓ９６０Ｇ、Ｓ９６０Ｑ、Ｓ９６０Ｔ、Ｉ９９８Ａ、Ｉ９９８Ｇ、Ｉ９９８Ｎ、Ｉ９９８Ｑ、Ｉ９９８Ｓ、Ｉ９９８Ｔ、Ａ１００１Ｇ、Ａ１００１Ｔ、Ｉ１００３Ａ、Ｉ１００３Ｇ、Ｉ１００３Ｎ、Ｉ１００３Ｑ、Ｉ１００３Ｓ、Ｉ１００３Ｔおよび／またはＮ１００８Ｑの変異を含む、ポリペプチド。
  15. 配列番号４－３７０、３９１－４４０、および４４８－８３３からなる群より選択されるアミノ酸配列、および／またはその断片および変異体、ならびに任意選択で配列番号４－３７０、３９１－４４０、および４４８－８３３のポリペプチドのＮ末および／またはＣ末に任意の割合で分布する１～１２の追加のアミノ酸のみからなるポリペプチドをコードする核酸。
  16. 配列番号４－３７０、３９１－４４０、および４４８－８３３、および／またはその断片と変異体からなる群より選択されるアミノ酸配列、ならびに任意選択で配列番号４－３７０、３９１－４４０、および４４８－８３３のポリペプチドのＮ末端および／またはＣ末端に任意の割合で分布する１～１２の追加のアミノ酸から本質的になるポリペプチドをコードする核酸。
  17. 配列番号４－３７０、３９１－４４０、および４４８－８３３、および／またはその断片および変異体からなる群より選択されるアミノ酸配列、ならびに任意選択で配列番号４－３７０、３９１－４４０、および４４８－８３３のポリペプチドのＮ末端および／またはＣ末端に任意の割合で分布する１～１２の追加のアミノ酸を含むポリペプチドをコードする核酸。
  18. 請求項９または１０に記載のポリペプチドをコードする核酸。
  19. 請求項１１または１２に記載のポリペプチドをコードする核酸。
  20. 請求項１３又は１４記載のポリペプチドをコードする核酸。
  21. 請求項１５～２０のいずれか１項に記載の核酸を含むベクター。
  22. 請求項２１に記載のベクターを含むプラスミド。
  23. 請求項２１に記載のベクターを含む細胞。
  24. 請求項１～１４のいずれか１項に記載のポリペプチドと、薬学的に許容される担体及び／又は賦形剤とを含む、医薬組成物。
  25. 請求項１５～２０のいずれか１項に記載の核酸と、薬学的に許容される担体及び／又は賦形剤とを含む、医薬組成物。
  26. 請求項２１に記載のベクターと、薬学的に許容される担体及び／又は賦形剤とを含む、医薬組成物。
  27. 請求項２２に記載のプラスミドと、薬学的に許容される担体及び／又は賦形剤とを含む、医薬組成物。
  28. 請求項１～１４のいずれか１項に記載のポリペプチドと、薬学的に許容される賦形剤、担体、及び／又はアジュバントとを含む、ワクチン。
  29. 請求項１５～２０のいずれか１項に記載の核酸と、薬学的に許容される賦形剤、担体、及び／又はアジュバントとを含むワクチン。
  30. 請求項２１に記載のベクターと、薬学的に許容される賦形剤、担体、及び／又はアジュバントとからなるワクチン。
  31. 請求項２２に記載のプラスミドと、薬学的に許容される賦形剤、担体、及び／又はアジュバントとを含むワクチン。
  32. 請求項１～１４のいずれか１項に記載のポリペプチドを含むキメラまたは融合ポリペプチドであって、前記ポリペプチドが異種ポリペプチドに接合、連結、または挿入されていることを特徴とするキメラまたは融合ポリペプチド。
  33. それを必要とする対象における免疫応答を抑制する方法であって、請求項１～７のいずれか一項に記載の少なくとも１種のポリペプチドの治療有効量を対象に投与することを含む方法。
  34. 請求項３３に記載の方法であって、免疫応答が、少なくとも１つの治療用タンパク質による治療、ワクチンによる治療、又は少なくとも１つの抗原による治療の結果である、方法。
  35. 請求項３３に記載の方法であって、ポリペプチドが、ｅｘ ｖｉｖｏで分離された樹状細胞に投与され、前記樹状細胞が対象に再導入される、方法。
  36. 請求項３３に記載の方法であって、ポリペプチドの投与により、１または複数の抗原提示細胞が制御性表現型にシフトする、方法。
  37. 請求項３３に記載の方法であって、ポリペプチドの投与により、１または複数の樹状細胞が制御性表現型にシフトする、方法。
  38. 請求項３７に記載の方法であって、制御表現型が、樹状細胞または他の抗原提示細胞におけるＣＤ１１ｃおよびＨＬＡ－ＤＲの発現の減少によって特徴付けられる、方法。
  39. 請求項３４に記載の方法であって、ポリペプチドの投与により、１または複数のＴ細胞が制御性表現型にシフトする、方法。
  40. 請求項３９に記載の方法であって、ポリペプチドの投与により、１または複数のＣＤ４＋Ｔ細胞が制御性表現型にシフトする、方法。
  41. 請求項３９に記載の方法であって、ポリペプチドの投与により、１または複数のＣＤ８＋Ｔ細胞が制御性表現型にシフトする、方法。
  42. 請求項３９に記載の方法であって、ポリペプチドの投与により、１または複数のＢ細胞が制御性表現型にシフトする、方法。
  43. 請求項３３に記載の方法であって、１または複数のポリペプチドの投与により、ＣＤ４＋／ＣＤ２５＋／ＦｏｘＰ３＋制御性Ｔ細胞を活性化する、方法。
  44. 請求項３３に記載の方法であって、１または複数のポリペプチドの投与により、ＣＤ４＋Ｔ－細胞の活性化を抑制する、方法。
  45. 請求項３３に記載の方法であって、１または複数のポリペプチドの投与により、ＣＤ４＋および／またはＣＤ８＋Ｔ細胞の活性化または増殖を抑制する、方法。
  46. 請求項３３に記載の方法であって、１または複数のポリペプチドの投与により、Ｂ細胞の活性化又は増殖を抑制する、方法。
  47. 請求項３３に記載の方法であって、１または複数のポリペプチドの投与により、自然免疫応答、獲得免疫応答、エフェクターＴ細胞応答、メモリーＴ細胞応答、ヘルパーＴ細胞応答、Ｂ細胞応答、ＮＫＴ細胞応答、又はそれらの組み合わせからなる群より選択される免疫応答を抑制する、方法。
  48. 対象における免疫応答を増強するための方法であって、請求項８～１４のいずれか一項に記載のポリペプチドの治療有効量を、それを必要とする対象に投与することを含む、方法。
  49. 請求項４８に記載の方法であって、ポリペプチドが、対象においてＴＲｅｇの活性化を減少させる、方法。
  50. 請求項４８に記載の方法であって、ポリペプチドがＭＨＣ結合を保持する、方法。
  51. 請求項４８に記載の方法であって、ポリペプチドがＣＤ４＋及び／又はＣＤ８＋Ｔ細胞を刺激する、方法。
  52. 対象において、ＣＯＶＩＤ－１９を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染（または重症急性呼吸器症候群（ＳＡＲＳ）もしくは中東呼吸器症候群コロナウイルス（ＭＥＲＳ－ＣｏＶ）などの近縁ウイルス）および／またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に起因する関連疾病に対する免疫に影響を与える方法であり、請求項１－１４のいずれか１項に記載のポリペプチドの治療有効量を、それを必要とする対象に投与することを含む、方法。
  53. 対象において、ＣＯＶＩＤ－１９を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染（または重症急性呼吸器症候群（ＳＡＲＳ）もしくは中東呼吸器症候群コロナウイルス（ＭＥＲＳ－ＣｏＶ）などの近縁ウイルス）および／またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に起因する関連疾病に対する免疫に影響を与える方法であり、請求項１５～２０のいずれか１項に記載の治療有効量の核酸を、それを必要とする対象に投与することを含む、方法。
  54. 対象において、ＣＯＶＩＤ－１９を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染（または重症急性呼吸器症候群（ＳＡＲＳ）もしくは中東呼吸器症候群コロナウイルス（ＭＥＲＳ－ＣｏＶ）などの近縁ウイルス）および／またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に起因する関連疾患に対する免疫に影響を与える方法であって、治療有効量の請求項２１によるベクターを、それを必要とする対象に投与することを含む、方法。
  55. 対象において、ＣＯＶＩＤ－１９を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染（または重症急性呼吸器症候群（ＳＡＲＳ）もしくは中東呼吸器症候群コロナウイルス（ＭＥＲＳ－ＣｏＶ）などの近縁ウイルス）および／またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に起因する関連疾患に対する免疫に影響を与える方法であって、治療有効量の請求項２２によるベクターを、それを必要とする対象に投与することを含む、方法。
  56. 対象において、ＣＯＶＩＤ－１９を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染（または重症急性呼吸器症候群（ＳＡＲＳ）もしくは中東呼吸器症候群コロナウイルス（ＭＥＲＳ－ＣｏＶ）などの近縁ウイルス）および／またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に起因する関連疾患に対する免疫に影響を与える方法であり、治療有効量の請求項２４～２７のいずれか１項に記載の医薬組成物を、それを必要とする対象に投与することを含む、方法。
  57. 対象において、ＣＯＶＩＤ－１９を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染（または重症急性呼吸器症候群（ＳＡＲＳ）もしくは中東呼吸器症候群コロナウイルス（ＭＥＲＳ－ＣｏＶ）などの近縁ウイルス）および／またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に起因する関連疾患に対する免疫に影響を与える方法であり、治療有効量の請求項２８～３１のいずれか１項に記載のワクチン組成物を、それを必要とする対象に投与することを含む、方法。
  58. 請求項５２－５７のいずれか一項に記載の方法であって、投与工程が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ウイルスの投与をさらに含み、ここで、該ウイルスは弱毒生ウイルスまたは不活化ウイルスである、方法。
  59. 対象において、ＣＯＶＩＤ－１９を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染（または重症急性呼吸器症候群（ＳＡＲＳ）もしくは中東呼吸器症候群コロナウイルス（ＭＥＲＳ－ＣｏＶ）などの近縁ウイルス）および／またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に起因する関連疾患に免疫応答を及ぼす方法であって、それを必要とする対象に、治療有効量の１以上の請求項１～１４のいずれか一項に記載のポリペプチドが投与されることを含む、方法。
  60. 請求項１～１４のいずれか１項に記載の１または複数の分離ペプチドおよび／またはその断片および変異体と、１または複数の免疫刺激性Ｔ細胞エピトープポリペプチドの有効量を含む、組成物。
  61. 前記１または複数の免疫刺激性Ｔ細胞エピトープポリペプチドが、１または複数の治療用タンパク質、ワクチンによる治療、又は少なくとも１つの抗原による治療である、請求項６０に記載の組成物。
  62. 請求項６０に記載の組成物であって、ポリペプチドが、標的抗原に対する免疫応答の減弱に使用するために、特定の標的抗原と、共有結合、非共有結合または混和のいずれかを行う、組成物。
  63. 請求項６２に記載の組成物であって、抑制効果が、ナチュラルＴＲｅｇまたはアダプティブＴＲｅｇまたはナチュラルＴＲｅｇのウイルス性相同体によって媒介される、組成物。
  64. 請求項６３に記載の組成物であって、エフェクターＴ細胞、ヘルパーＴ細胞、またはＢ細胞のいずれかが、制御性Ｔ細胞エピトープの抑制効果を受ける、組成物。
  65. １または複数のポリペプチドを含む医薬組成物であって、各ポリペプチドが、配列番号４－３７０、３９１－４４０、および４４８－８３３からなる群より選択されるアミノ酸配列、および／またはその断片および変異体、ならびに任意選択で配列番号４－３７０、３９１－４４０、および４４８－８３３のポリペプチドのＮ末および／またはＣ末に任意の割合で分散している１～１２の追加のアミノ酸を含む、医薬組成物。
  66. 請求項６５に記載のＴレジトープ組成物と、薬学的に許容される担体とを含む医薬組成物。
  67. 対象において制御性Ｔ細胞に影響を与える方法であって、請求項６５の組成物の治療有効量を、それを必要とする対象に投与することを含む方法。
  68. 対象の免疫応答に影響を与えるためのキットであって、該キットが、請求項６５に記載の組成物を含む、キット。
  69. 請求項６５に記載のキットであって、有効量の抗原またはアレルゲンをさらに含む、キット。
  70. ウイルスを含むワクチン送達ベクターの免疫原性を増強する方法であって、請求項８～１４のいずれか一項に記載のポリペプチドを対象に投与することを含む方法。
  71. 異種ポリペプチドに連結された１つ以上のＴ細胞エピトープポリペプチドを含むポリペプチド組成物であって、Ｔ細胞エピトープポリペプチドが、配列番号４－３７０、３９１－４４０、および４４８－８３３からなる群から選択されるアミノ酸配列、および／またはその断片および変異体、ならびに任意選択で、配列番号４－３７０、３９１－４４０、および４４８－８３３のポリペプチドのＮ末端および／またはＣ末端に任意の割合で分布している１～１２の追加のアミノ酸のみからなる、ポリペプチド組成物。
  72. 請求項７２に記載のポリペプチド組成物であって、Ｔ細胞エピトープポリペプチドが、異種ポリペプチドのＮ末端に連結されている、ポリペプチド組成物。
  73. 請求項７２に記載のポリペプチド組成物であって、Ｔ細胞エピトープポリペプチドが、異種ポリペプチドのＣ末端に連結されている、ポリペプチド組成物。
  74. 請求項７２に記載のポリペプチド組成物であって、異種ポリペプチドが生物学的活性分子を含み、この生物学的活性分子が免疫原性分子、Ｔ細胞エピトープ、ウイルスタンパク質、及び細菌タンパク質からなる群から選択される、ポリペプチド組成物。
  75. 請求項７２に記載のポリペプチド組成物であって、異種ポリペプチドがＴ細胞エピトープポリペプチドに作動的に連結されている、ポリペプチド組成物。
  76. 対象における制御性Ｔ細胞に影響を与える方法であって、請求項７２に記載のポリペプチド組成物の治療有効量を対象に投与することを含む、方法。
JP2022548847A 2020-02-14 2021-02-12 制御性ｔ細胞エピトープと脱寛容化ｓａｒｓ－ｃｏｖ－２抗原 Pending JP2023515386A (ja)

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