JP2023512079A

JP2023512079A - ポリヌクレオチドサイレンシング及び置換を使用する神経変性障害のための遺伝子療法

Info

Publication number: JP2023512079A
Application number: JP2022546413A
Authority: JP
Inventors: キンバリーエス．ギャノン; ニールアール．ハケット; マーティングーレ
Original assignee: パロスバイオインコーポレイテッド
Priority date: 2020-01-31
Filing date: 2021-01-29
Publication date: 2023-03-23
Also published as: IL294860A; CN115362000A; EP4096786A4; EP4096786A1; WO2021155296A1; AU2021213253A1; CA3165624A1; US20230136245A1

Abstract

本開示は、神経変性障害の処置のための核酸発現カセット及びベクターに関する。神経変性障害、例えば、アルツハイマー病、前頭側頭型認知症、前頭側頭葉変性症、ピック病、レビー小体型認知症、記憶喪失、認知障害、及び軽度認知障害を処置する方法も提供される。【選択図】図１

Description

関連出願の相互参照
本出願は、２０２０年１月３１日に出願された米国仮出願番号６２／９６８，７０７の３５Ｕ．Ｓ．Ｃ．§１１９（ｅ）下の優先権の利益を主張し、その内容の全体は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。

配列表の組み込み
添付の配列表に含まれる資料は、本出願に参照により本明細書に組み込まれる。ＡＰＲＥＳ１１２０＿１ＷＯ＿Ｓｅｑｕｅｎｃｅ＿Ｌｉｓｔｉｎｇ．ｔｘｔと名付けられた添付の配列表テキストファイルは、２０２１年１月２９日に作成され、サイズは１９４，７５５バイトである。そのファイルは、ＷｉｎｄｏｗｓＯＳを使用するコンピュータでＭｉｃｒｏｓｏｆｔＷｏｒｄを使用してアクセスされ得る。

技術分野
本開示は概して、神経変性障害のための遺伝子療法に関し、より具体的には治療剤の送達のための発現カセット及びポリヌクレオチドに関する。

背景
アルツハイマーとも称されるアルツハイマー病（ＡＤ）は、神経変性認知症の大部分の原因である慢性神経変性疾患である。症状には、記憶困難、言語に関する問題、失見当識、気分変動、意欲の喪失、及び他の行動性問題、例えば、家族及び社会からの離脱が含まれる。身体機能は徐々に失われ、最終的に死に至る。疾患は１０年を超える間続く場合があるが、平均余命は、診断後３～９年である。家族性ＡＤ（ＦＡＤ）は、ＡＤを有する複数のメンバーを有する家族を特徴とし、通常は、複数の世代における複数の罹患者を意味する。早期発症型ＦＡＤ（ＥＯＦＡＤ）は、発症が一貫して６０～６５歳より前、しばしば５５歳より前である家族を指す。

ＡＤは病理学的に、脳における細胞外アミロイド斑及び細胞内神経原線維変化として現れる。ＡＤのほとんどの症例の原因は不明であるが、遺伝的要因が疾患の発症に寄与する。早期発症家族性ＡＤは、常染色体顕性遺伝及び６５歳前の疾患開始を特徴とする。

有効な遺伝子及び併用療法を含む、ＡＤなどの神経変性疾患の処置のための組成物及び方法が必要とされている。

概要
本開示は、神経変性障害の処置のためのポリヌクレオチド、発現カセットならびにそのようなポリヌクレオチド及び／または発現カセットを含むベクターに関する。より具体的には、本開示において利用されるポリヌクレオチド、発現カセット及びベクターは、ａ）内因性プレセニリン１（ＰＳＥＮ１）またはプレセニリン２（ＰＳＥＮ２）遺伝子から発現したｍＲＮＡと十分な配列相補性を有することで、そのｍＲＮＡにハイブリダイズし、コードされるプレセニリン１（ＰＳＥＮ１）もしくはプレセニリン２（ＰＳＥＮ２）タンパク質、またはその組み合わせの発現を阻害する１つ以上のショートヘアピンＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）またはマイクロ干渉ＲＮＡ（ｍｉＲＮＡ）をコードする第１のポリヌクレオチド配列、及びｂ）野生型ＰＳＥＮ１もしくはＰＳＥＮ２タンパク質、またはそれらの組み合わせをコードする第２のポリヌクレオチド配列を含む。第２のポリヌクレオチドによってコードされる野生型ＰＳＥＮ１またはＰＳＥＮ２は、内因性コントロール配列とは対照的に、発現カセット及び／またはそれを保有するベクターに存在するコントロール配列を利用して発現する。第２のポリヌクレオチド配列から発現するｍＲＮＡは、第１のポリヌクレオチド配列によってコードされるショートヘアピンＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）またはマイクロ干渉ＲＮＡ（ｍｉＲＮＡ）による抑制に対して耐性でなければならない。そのため、野生型ＰＳＥＮ１またはＰＳＥＮ２タンパク質の同時発現は、内因的に発現するＰＳＥＮ１またはＰＳＥＮ２タンパク質の置換をもたらす。

プレセニリンは、毒性機能の常染色体顕性獲得を引き起こす変異を保有し得る。そのような変異は、ＰＳＥＮ１及びそのホモログＰＳＥＮ２の両方のコード配列全体を通して分布している。同時に常染色体顕性変異プレセニリンを抑制し、野生型遺伝子を発現させる能力は、変異体アレルを特異的に標的とする必要性を排除する。そのため、本開示のポリヌクレオチド、発現カセット、及びベクター、ならびにそれを用いる本開示の組成物及び方法は、変異体ＰＳＥＮ１もしくはＰＳＥＮ２またはその組み合わせに関連する損傷を停止及び／または改善するのに有用である。

置換野生型ＰＳＥＮ１またはＰＳＥＮ２が標的とされ、１つ以上のｓｈＲＮＡまたはｍｉＲＮＡによって抑制されることを回避する能力は、どの位置でＰＳＥＮ１またはＰＳＥＮ２ｍＲＮＡ配列がｓｈＲＮＡまたはｍｉＲＮＡによって標的とされるか及びどのコドンが置換野生型ＰＳＥＮ１またはＰＳＥＮ２コード配列において使用されるかに依存する。設計されたｓｈＲＮＡまたはｍｉＲＮＡのすべてが内因性ＰＳＥＮ１またはＰＳＥＮ２ｍＲＮＡの非コード領域を標的とする場合、置換ＰＳＥＮ１またはＰＳＥＮ２ポリヌクレオチド配列は、内因性ヒトＰＳＥＮ１またはＰＳＥＮ２コード配列、または例えば、十分にまたは部分的にコドン最適化された野生型ＰＳＥＮ１またはＰＳＥＮ２ポリヌクレオチド配列の発現を増加させるために遺伝子コードの余剰性に基づいてコドンの一部またはすべてが変更された配列を含むがこれらに限定されない、野生型ＰＳＥＮ１またはＰＳＥＮ２をコードする任意の配列であり得る。ｓｈＲＮＡまたはｍｉＲＮＡの一部またはすべてが内因性ＰＳＥＮ１またはＰＳＥＮ２ｍＲＮＡのコード領域を標的とする場合、置換ＰＳＥＮ１またはＰＳＥＮ２ポリヌクレオチド配列における対応するコード領域は、発現したｍＲＮＡがｓｈＲＮＡまたはｍｉＲＮＡのいずれの標的にもされないように改変されなければならない。これは、発現したｍＲＮＡのｓｈＲＮＡまたはｍｉＲＮＡ配列との相同性／相補性を低減するために遺伝子コードの余剰性を使用して内因性コドンを改変することによって達成される。

いくつかの実施形態では、本明細書に開示されるポリヌクレオチド、発現カセット、ベクター、組成物及び方法は、野生型ＰＳＥＮ１タンパク質のレベルを増加させると同時に、内因性ＰＳＥＮ１タンパク質を抑制するのに有用である。内因性ＰＳＥＮ１タンパク質の抑制は典型的には、内因性ＰＳＥＮ１遺伝子から発現したｍＲＮＡに結合する１つ以上のアンチセンスオリゴヌクレオチドを使用し、それによりそのようなｍＲＮＡのレベルを低下させ、及び／またはそのタンパク質への翻訳を阻害することにより達成される。これらの実施形態のいくつかの態様では、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、発現カセットまたはベクターの一部として対象に投与されるＤＮＡ配列によってコードされるアンチセンスＲＮＡである。そのようなアンチセンスＲＮＡには、ｓｈＲＮＡ、ｍｉＲＮＡ、または一本鎖アンチセンスＲＮＡが含まれる。これらの実施形態の代替的な態様では、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、対象に直接的に送達される。そのようなアンチセンスオリゴヌクレオチドには、ｓｉＲＮＡ、アンチセンスＤＮＡオリゴヌクレオチド、外部ガイド配列オリゴヌクレオチド及び選択的スプライサーオリゴヌクレオチドが含まれる。これらの実施形態のいくつかの態様では、アンチセンスＲＮＡ及び発現がそのアンチセンスＲＮＡによって抑制されない野生型ＰＳＥＮ１の両方を発現することが可能な非毒性二重機能ベクターが提供される。いくつかの実施形態では、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、野生型ＰＳＥＮ１をコードするベクターと同時に投与され、その発現は、提供されるアンチセンスオリゴヌクレオチドによって抑制されない。これらの実施形態のさらなる他の態様では、アンチセンスＲＮＡをコードするＤＮＡ配列を含む第１のベクターは、野生型ＰＳＥＮ１をコードするＤＮＡ配列を含む第２のベクターと同時に投与され、その発現は、アンチセンスＲＮＡによって抑制されない。

いくつかの実施形態では、本明細書に開示されるポリヌクレオチド、発現カセット、ベクター、組成物及び方法は、野生型ＰＳＥＮ２のレベルを増加させると同時に、内因性ＰＳＥＮ２タンパク質を抑制するのに有用である。内因性ＰＳＥＮ２タンパク質の抑制は典型的には、内因性ＰＳＥＮ２遺伝子から発現したｍＲＮＡに結合する１つ以上のアンチセンスオリゴヌクレオチドを使用し、それによりそのようなｍＲＮＡのレベルを低下させ、及び／またはそのタンパク質への翻訳を阻害することにより達成される。これらの実施形態のいくつかの態様では、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、発現カセットまたはベクターの一部として対象に投与されるＤＮＡ配列によってコードされるアンチセンスＲＮＡである。そのようなアンチセンスＲＮＡには、ｓｈＲＮＡ、ｍｉＲＮＡ、または一本鎖アンチセンスＲＮＡが含まれる。これらの実施形態の代替的な態様では、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、対象に直接的に送達される。そのようなアンチセンスオリゴヌクレオチドには、ｓｉＲＮＡ、アンチセンスＤＮＡオリゴヌクレオチド、外部ガイド配列オリゴヌクレオチド及び選択的スプライサーオリゴヌクレオチドが含まれる。これらの実施形態のいくつかの態様では、アンチセンスＲＮＡ及び発現がそのアンチセンスＲＮＡによって抑制されない野生型ＰＳＥＮ２の両方を発現することが可能な非毒性二重機能ベクターが提供される。いくつかの実施形態では、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、野生型ＰＳＥＮ２をコードするベクターと同時に投与され、その発現は、提供されるアンチセンスオリゴヌクレオチドによって抑制されない。これらの実施形態のさらなる他の態様では、アンチセンスＲＮＡをコードするＤＮＡ配列を含む第１のベクターは、野生型ＰＳＥＮ２をコードするＤＮＡ配列を含む第２のベクターと同時に投与され、その発現は、アンチセンスＲＮＡによって抑制されない。

いくつかの実施形態では、発現カセットは、
（Ｉ）１つ以上のｓｈＲＮＡまたはｍｉＲＮＡをコードする第１のポリヌクレオチドであって、その各々は、独立して、ヒト野生型及び変異体プレセニリン１（ＰＳＥＮ１）の各々またはヒト野生型及び変異体プレセニリン２（ＰＳＥＮ２）の各々から発現した内因性ｍＲＮＡのコード領域または非コード領域を標的とし、１つ以上のｓｈＲＮＡまたはｍｉＲＮＡをコードするポリヌクレオチド配列の各々は、１つ以上の第１のプロモーターに機能可能に連結されている、第１のポリヌクレオチド；及び
（ＩＩ）野生型ＰＳＥＮ１またはＰＳＥＮ２アミノ酸配列をコードする第２のポリヌクレオチドであって、第２のポリヌクレオチドから発現したｍＲＮＡは、第１のポリヌクレオチドによってコードされるｓｈＲＮＡまたはｍｉＲＮＡのいずれの標的にもされず；第２のポリヌクレオチドは、第２のプロモーターに機能可能に連結されている、第２のポリヌクレオチド
を含む。第１のポリヌクレオチドは、ＰＳＥＮ１またはＰＳＥＮ２をコードする配列に対して発現カセットにおいてどのような位置にでも配置され得るが、その位置が、ＰＳＥＮ１またはＰＳＥＮ２をコードする配列の発現を防止しない場合に限る（すなわち、コード配列に対して５’、コード配列に対して３’、または第２のプロモーターに存在し得るイントロン内）。

いくつかの実施形態では、発現カセットは、
（Ｉ）１つ以上のｓｈＲＮＡまたはｍｉＲＮＡをコードする第１のポリヌクレオチドであって、その各々は、独立して、ヒト野生型及び変異体プレセニリン１（ＰＳＥＮ１）の各々に由来する内因性ｍＲＮＡのコード領域または非コード領域を標的とし、１つ以上のｓｈＲＮＡまたはｍｉＲＮＡをコードするポリヌクレオチド配列の各々は、１つ以上の第１のプロモーターに機能可能に連結されている、第１のポリヌクレオチド；及び
（ＩＩ）野生型ＰＳＥＮ１アミノ酸配列をコードする第２のポリヌクレオチドであって、第２のポリヌクレオチドから発現したｍＲＮＡは、第１のポリヌクレオチドによってコードされるｓｈＲＮＡのいずれの標的にもされず；第２のポリヌクレオチドは、第２のプロモーターに機能可能に連結されている、第２のポリヌクレオチド
を含む。

いくつかの実施形態では、発現カセットは、
（Ｉ）１つ以上のｓｈＲＮＡまたはｍｉＲＮＡをコードする第１のポリヌクレオチドであって、その各々は、独立して、ヒト野生型及び変異体プレセニリン２（ＰＳＥＮ２）の各々に由来する内因性ｍＲＮＡのコード領域または非コード領域を標的とし、１つ以上のｓｈＲＮＡまたはｍｉＲＮＡをコードするポリヌクレオチド配列の各々は、１つ以上の第１のプロモーターに機能可能に連結されている、第１のポリヌクレオチド；及び
（ＩＩ）野生型ＰＳＥＮ２アミノ酸配列をコードする第２のポリヌクレオチドであって、第２のポリヌクレオチドから発現したｍＲＮＡは、第１のポリヌクレオチドによってコードされるｓｈＲＮＡのいずれの標的にもされず；第２のポリヌクレオチドは、第２のプロモーターに機能可能に連結されている、第２のポリヌクレオチド
を含む。

所定の実施形態では、発現カセットは、
（Ｉ）１つ以上のｓｈＲＮＡまたはｍｉＲＮＡをコードする第１のポリヌクレオチドであって、その各々は、独立して、ａ）配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０、配列番号１１、配列番号１２、配列番号１３、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１８、配列番号１９、配列番号３３、配列番号３５、配列番号４２、配列番号４３，配列番号４４、配列番号４５、配列番号４６、配列番号４７、配列番号６８の４４８～５２９、配列番号６９のヌクレオチド４４８～５２９、配列番号７０のヌクレオチド４４８～５２９、または配列番号７１のヌクレオチド４４８～５２９；ｂ）前述の配列番号のいずれかの改変バージョンであって、改変は、１、２、３、または４ヌクレオチドの変化である、改変バージョン；またはｃ）前述の配列番号またはその改変バージョンのいずれかの５’または３’末端から取得された７以上の連続塩基を含む１９～２１塩基ヌクレオチド配列であって、内因性ＰＳＥＮ１ｍＲＮＡの対応部分と４以下のミスマッチを含む、１９～２１塩基ヌクレオチド配列のうちの１つを含み、１つ以上のｓｈＲＮＡまたはｍｉＲＮＡの各々は、１つ以上の第１のプロモーターに機能可能に連結されている、第１のポリヌクレオチド；及び
（ＩＩ）野生型プレセニリン１（ＰＳＥＮ１）タンパク質をコードする第２のポリヌクレオチドであって、第１のポリヌクレオチドによってコードされるｓｈＲＮＡまたはｍｉＲＮＡのいずれの標的にもされず、かつ、第２のプロモーターに機能可能に連結されている、第２のポリヌクレオチド
を含む。

配列番号１、配列番号２、配列番号１２、配列番号１３、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１８、配列番号１９、配列番号３３、配列番号３５、配列番号６８のヌクレオチド４４８～５２９、配列番号６９のヌクレオチド４４８～５２９、配列番号７０のヌクレオチド４４８～５２９、及び配列番号７１のヌクレオチド４４８～５２９はそれぞれ、ＰＳＥＮ１ｍＲＮＡの非コード部分における配列を標的とするＲＮＡをコードする。配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０、配列番号１１、配列番号４２、配列番号４３、配列番号４４、配列番号４５、配列番号４６、及び配列番号４７はそれぞれ、ＰＳＥＮ１ｍＲＮＡのコード部分における配列を標的とするＲＮＡをコードする。配列番号３３、配列番号３５、配列番号６８のヌクレオチド４４８～５２９、配列番号６９のヌクレオチド４４８～５２９、配列番号７０のヌクレオチド４４８～５２９、及び配列番号７１のヌクレオチド４４８～５２９はそれぞれ、ｍｉＲＮＡをコードする。配列番号４４、配列番号４５、配列番号４６、及び配列番号４７はそれぞれ、ｓｈＲＮＡをコードする。

上記配列番号のいずれかの改変バージョンにおける１、２、３、または４ヌクレオチドの変化の各々は、独立して、ヌクレオチド置換、欠失、または付加であり、内因性野生型ＰＳＥＮ１ｍＲＮＡとのミスマッチをもたらす。前述の配列番号またはその改変バージョンのいずれかの５’または３’末端から取得された７以上の連続塩基を含む１９～２１塩基ヌクレオチド配列に必要とされる追加的ヌクレオチドは、１９～２１塩基ヌクレオチド配列全体において最大で４つのミスマッチを依然として許容しつつ、７以上の連続塩基が結合するＰＳＥＮ１ｍＲＮＡの領域に対してそれぞれすぐ５’または３’のＰＳＥＮ１ｍＲＮＡの領域にハイブリダイズすることが可能なものである。例えば、配列番号１は、ＰＳＥＮ１ｍＲＮＡのヌクレオチド９４～１１５（ＮＭ＿００００２１．４における付番を使用する）にハイブリダイズする（本明細書における表２を参照されたい）。よって、配列番号１の５’末端から取得された１９～２１塩基ヌクレオチド配列の例は、ＰＳＥＮ１ｍＲＮＡに対して完全な相補性を有するヌクレオチド２～８を含有し、他の塩基は、１、２、３、または４ヌクレオチドの変化を含有するであろう。

いくつかの実施形態では、発現カセットは、
（Ｉ）１つ以上のｓｈＲＮＡまたはｍｉＲＮＡをコードする第１のポリヌクレオチドであって、その各々は、独立して、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０、配列番号１１、配列番号１２、配列番号１３、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１８、配列番号１９、配列番号３３、配列番号３５、配列番号４２、配列番号４３、配列番号４４、配列番号４５、配列番号４６、配列番号４７、配列番号６８のヌクレオチド４４８～５２９、配列番号６９のヌクレオチド４４８～５２９、配列番号７０のヌクレオチド４４８～５２９、または配列番号７１のヌクレオチド４４８～５２９のうちの１つを含み、１つ以上のｓｈＲＮＡまたはｍｉＲＮＡの各々は、１つ以上の第１のプロモーターに機能可能に連結されている、第１のポリヌクレオチド；及び
（ＩＩ）野生型プレセニリン１（ＰＳＥＮ１）タンパク質をコードする第２のポリヌクレオチドであって、第１のポリヌクレオチドによってコードされるｓｈＲＮＡまたはｍｉＲＮＡのいずれの標的にもされず、かつ、第２のプロモーターに機能可能に連結されている、第２のポリヌクレオチド
を含む。

いくつかの実施形態では、発現カセットは、
（Ｉ）１つ以上のｓｈＲＮＡまたはｍｉＲＮＡをコードする第１のポリヌクレオチドであって、その各々は、独立して、配列番号１、配列番号２、配列番号１２、配列番号１３、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１８、または配列番号１９、配列番号３３、配列番号３５、配列番号６８のヌクレオチド４４８～５２９、配列番号６９のヌクレオチド４４８～５２９、配列番号７０のヌクレオチド４４８～５２９、または配列番号７１のヌクレオチド４４８～５２９のうちの１つを含み、１つ以上のｓｈＲＮＡまたはｍｉＲＮＡの各々は、１つ以上の第１のプロモーターに機能可能に連結されている、第１のポリヌクレオチド；及び
（ｉｉ）野生型プレセニリン１（ＰＳＥＮ１）タンパク質をコードする第２のポリヌクレオチドであって、ヒト野生型ＰＳＥＮ１をコードする任意のｍＲＮＡを発現し、かつ、第２のプロモーターに機能可能に連結されている、第２のポリヌクレオチド
を含む。これらの実施形態のいくつかの態様では、第２のポリヌクレオチドは、ｍＲＮＡを発現し、ｍＲＮＡのコード部分は、内因性ヒト野生型ＰＳＥＮ１ｍＲＮＡと同じポリヌクレオチド配列を有する。これらの実施形態の他の態様では、第２のポリヌクレオチドは、野生型ＰＳＥＮ１をコードするｍＲＮＡを発現し、ｍＲＮＡのコード部分は、ポリヌクレオチド配列を有し、１つ以上のコドンは、内因性ヒト野生型ＰＳＥＮ１ｍＲＮＡのコード部分と比較して改変または最適化されている。これらの実施形態のより具体的な態様では、第２のポリヌクレオチド配列は、配列番号３９、配列番号４８、または配列番号６８のヌクレオチド１９０６～３３０３である。

いくつかの実施形態では、発現カセットは、
（Ｉ）１つ以上のｓｈＲＮＡまたはｍｉＲＮＡをコードする第１のポリヌクレオチドであって、その各々は、独立して、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０、配列番号１１、配列番号１２、配列番号１３、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１８、配列番号１９、配列番号３３、配列番号３５，配列番号４２、配列番号４３配列番号４４、配列番号４５、配列番号４６、配列番号４７、配列番号６８のヌクレオチド４４８～５２９、配列番号６９のヌクレオチド４４８～５２９、配列番号７０のヌクレオチド４４８～５２９、または配列番号７１のヌクレオチド４４８～５２９のうちの１つを含み、少なくとも１つのｓｈＲＮＡまたはｍｉＲＮＡは、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０、配列番号１１、配列番号４２、または配列番号４３、配列番号４４、配列番号４５、配列番号４６、配列番号４７、配列番号６８のヌクレオチド４９７～５１７、配列番号６９のヌクレオチド４９７～５１７、配列番号７０のヌクレオチド４９７～５１７、配列番号７１のヌクレオチド４９７～５１７のうちの１つを含み、１つ以上のｓｈＲＮＡまたはｍｉＲＮＡの各々は、１つ以上の第１のプロモーターに機能可能に連結されている、第１のポリヌクレオチド；及び
（ｉｉ）野生型プレセニリン１（ＰＳＥＮ１）タンパク質をコードする第２のポリヌクレオチドであって、ヒト野生型ＰＳＥＮ１をコードするｍＲＮＡを発現しかつｓｈＲＮＡまたはｍｉＲＮＡのいずれの標的にもされず、かつ、第２のプロモーターに機能可能に連結されている、第２のポリヌクレオチド
を含む。これらの実施形態のいくつかの態様では、第２のポリヌクレオチドは、内因性ヒト野生型ＰＳＥＮ１ｍＲＮＡのコード部分と比較してコドン改変された野生型ＰＳＥＮ１をコードするｍＲＮＡを発現する。これらの実施形態のより具体的な態様では、第２のポリヌクレオチドは、ｓｈＲＮＡまたはｍｉＲＮＡが第２のポリヌクレオチドから発現したｍＲＮＡを標的とすることを防止するために、そのようなｓｈＲＮＡまたはｍｉＲＮＡによって標的とされるそれらのコード領域において十分な数の改変されたコドンを含むｍＲＮＡを発現する。典型的には、第２のポリヌクレオチドのｍＲＮＡコード配列における４つを超えるヌクレオチドを改変してｓｈＲＮＡまたはｍｉＲＮＡとの相同性／相補性を低減することは、ターゲティングを防止することになる。これらの実施形態のさらにより具体的な態様では、第２のポリヌクレオチド配列は、配列番号４１である。

所定の実施形態では、発現カセットは、
（Ｉ）１つ以上のｓｈＲＮＡまたはｍｉＲＮＡをコードする第１のポリヌクレオチドであって、その各々は、独立して、ａ）配列番号２０、配列番号２１、配列番号２２、配列番号２３、配列番号２４、配列番号２５、配列番号２６、配列番号２７、配列番号２８、配列番号２９、配列番号３０、配列番号３１、配列番号３２、配列番号３４、配列番号３６、配列番号７６のヌクレオチド４４８～５２９、配列番号７７のヌクレオチド４４８～５２９、及び配列番号７８のヌクレオチド４４８～５２９；ｂ）前述の配列番号のいずれかの改変バージョンであって、改変は、１、２、３、または４ヌクレオチドの変化である、改変バージョン；またはｃ）前述の配列番号またはその改変バージョンのいずれかの５’または３’末端から取得された７以上の連続塩基を含む１９～２１塩基ヌクレオチド配列であって、内因性ＰＳＥＮ１ｍＲＮＡの対応部分と４以下のミスマッチを含む、１９～２１塩基ヌクレオチド配列のうちの１つを含み、１つ以上のｓｈＲＮＡまたはｍｉＲＮＡの各々は、１つ以上の第１のプロモーターに機能可能に連結されている、第１のポリヌクレオチド；及び
（ＩＩ）野生型プレセニリン２（ＰＳＥＮ２）タンパク質をコードする第２のポリヌクレオチドであって、第１のポリヌクレオチドによってコードされるｓｈＲＮＡまたはｍｉＲＮＡのいずれの標的にもされず、かつ、第２のプロモーターに機能可能に連結されている、第２のポリヌクレオチド
を含む。

配列番号２０、配列番号２１、配列番号２８、配列番号２９、配列番号３０、配列番号３１、配列番号３２、配列番号３４、配列番号３６、配列番号７６のヌクレオチド４４８～５２９、配列番号７７のヌクレオチド４４８～５２９、及び配列番号７８のヌクレオチド４４８～５２９はそれぞれ、ＰＳＥＮ２ｍＲＮＡの非コード部分における配列を標的とするＲＮＡをコードする。配列番号２２、配列番号２３、配列番号２４、配列番号２５、配列番号２６、及び配列番号２７はそれぞれ、ＰＳＥＮ２ｍＲＮＡのコード部分における配列を標的とするＲＮＡをコードする。配列番号３４、配列番号３６、配列番号７６のヌクレオチド４４８～５２９、配列番号７７のヌクレオチド４４８～５２９、及び配列番号７８のヌクレオチド４４８～５２９は、ｍｉＲＮＡコード配列を表す。上記配列番号のいずれかの改変バージョンにおける１、２、３、または４ヌクレオチドの変化の各々は、独立して、ヌクレオチド置換、欠失、または付加であり、内因性野生型ＰＳＥＮ２ｍＲＮＡとのミスマッチをもたらす。前述の配列番号またはその改変バージョンのいずれかの５’または３’末端から取得された７以上の連続塩基を含む１９～２１塩基ヌクレオチド配列に必要とされる追加的ヌクレオチドは、１９～２１塩基ヌクレオチド配列全体において最大で４つのミスマッチを依然として許容しつつ、７以上の連続塩基が結合するＰＳＥＮ２ｍＲＮＡの領域に対してそれぞれすぐ５’または３’のＰＳＥＮ２ｍＲＮＡの領域にハイブリダイズすることが可能なものである。例えば、配列番号２０は、ＰＳＥＮ２ｍＲＮＡのヌクレオチド１１０～１３５（ＮＭ＿０００４４７．３における付番を使用する）にハイブリダイズする（本明細書における表３を参照されたい）。よって、配列番号２０の５’末端から取得された１９～２１塩基ヌクレオチド配列の例は、ＰＳＥＮ２ｍＲＮＡに対して完全な相補性を有するヌクレオチド２～８を含有し、他の塩基は、１、２、３、または４ヌクレオチドの変化を含有するであろう。同様に、配列番号２１の３’末端から取得された１９～２１塩基ヌクレオチド配列の例は、ＰＳＥＮ２ｍＲＮＡに対して完全な相補性を有するヌクレオチド２～８を含有し、他の塩基は、１、２、３、または４ヌクレオチドの変化を含有するであろう。

所定の実施形態では、発現カセットは、
（Ｉ）１つ以上のｓｈＲＮＡまたはｍｉＲＮＡをコードする第１のポリヌクレオチドであって、その各々は、独立して、配列番号２０、配列番号２１、配列番号２２、配列番号２３、配列番号２４、配列番号２５、配列番号２６、配列番号２７、配列番号２８、配列番号２９、配列番号３０、配列番号３１、配列番号３２、配列番号３４、配列番号３６、配列番号７６のヌクレオチド４４８～５２９、配列番号７７のヌクレオチド４４８～５２９、及び配列番号７８のヌクレオチド４４８～５２９のうちの１つを含み、１つ以上のｓｈＲＮＡまたはｍｉＲＮＡの各々は、１つ以上の第１のプロモーターに機能可能に連結されている、第１のポリヌクレオチド；及び
（ＩＩ）野生型プレセニリン２（ＰＳＥＮ２）タンパク質をコードする第２のポリヌクレオチドであって、第１のポリヌクレオチドによってコードされるｓｈＲＮＡまたはｍｉＲＮＡのいずれの標的にもされず、かつ、第２のプロモーターに機能可能に連結されている、第２のポリヌクレオチド
を含む。配列番号２０、配列番号２１、配列番号２８、配列番号２９、配列番号３０、配列番号３１、配列番号３２、配列番号３４、配列番号３６、配列番号７６のヌクレオチド４４８～５２９、配列番号７７のヌクレオチド４４８～５２９、及び配列番号７８のヌクレオチド４４８～５２９はそれぞれ、ＰＳＥＮ２ｍＲＮＡの非コード部分における配列を標的とするＲＮＡをコードする。配列番号２２、配列番号２３、配列番号２４、配列番号２５、配列番号２６、及び配列番号２７はそれぞれ、ＰＳＥＮ２ｍＲＮＡのコード部分における配列を標的とするＲＮＡをコードする。配列番号３４、配列番号３６、配列番号７６のヌクレオチド４４８～５２９、配列番号７７のヌクレオチド４４８～５２９、及び配列番号７８のヌクレオチド４４８～５２９は、ｍｉＲＮＡコード配列を表す。

いくつかの実施形態では、発現カセットは、
（Ｉ）１つ以上のｓｈＲＮＡまたはｍｉＲＮＡをコードする第１のポリヌクレオチドであって、その各々は、独立して、配列番号２０、配列番号２１、配列番号２８、配列番号２９、配列番号３０、配列番号３１、配列番号３２、配列番号３４、配列番号３６、配列番号７６のヌクレオチド４４８～５２９、配列番号７７のヌクレオチド４４８～５２９、及び配列番号７８のヌクレオチド４４８～５２９のうちの１つを含み、１つ以上のｓｈＲＮＡまたはｍｉＲＮＡの各々は、１つ以上の第１のプロモーターに機能可能に連結されている、第１のポリヌクレオチド；及び
（ｉｉ）野生型プレセニリン２（ＰＳＥＮ２）タンパク質をコードする第２のポリヌクレオチドであって、ヒト野生型ＰＳＥＮ２をコードする任意のｍＲＮＡを発現し、かつ、第２のプロモーターに機能可能に連結されている、第２のポリヌクレオチド
を含む。これらの実施形態のいくつかの態様では、第２のポリヌクレオチドは、ｍＲＮＡを発現し、ｍＲＮＡのコード部分は、内因性ヒト野生型ＰＳＥＮ２ｍＲＮＡと同じポリヌクレオチド配列を有する。これらの実施形態の他の態様では、第２のポリヌクレオチドは、野生型ＰＳＥＮ２をコードするｍＲＮＡを発現し、ｍＲＮＡのコード部分は、ポリヌクレオチド配列を有し、１つ以上のコドンは、内因性ヒト野生型ＰＳＥＮ２ｍＲＮＡのコード部分と比較して改変または最適化されている。これらの実施形態のより具体的な態様では、第２のポリヌクレオチド配列は、配列番号４０である。

いくつかの実施形態では、発現カセットは、
（Ｉ）１つ以上のｓｈＲＮＡまたはｍｉＲＮＡをコードする第１のポリヌクレオチドであって、その各々は、独立して、配列番号２０、配列番号２１、配列番号２２、配列番号２３、配列番号２４、配列番号２５、配列番号２６、配列番号２７、配列番号２８、配列番号２９、配列番号３０、配列番号３１、または配列番号３２、配列番号３４、配列番号３６、配列番号７６のヌクレオチド４４８～５２９、配列番号７７のヌクレオチド４４８～５２９、及び配列番号７８のヌクレオチド４４８～５２９のうちの１つを含み、少なくとも１つのｓｈＲＮＡまたはｍｉＲＮＡは、配列番号２２、配列番号２３、配列番号２４、配列番号２５、配列番号２６、配列番号２７、配列番号７６のヌクレオチド４９７～５１７、配列番号７７のヌクレオチド４９７～５１７、または配列番号７８のヌクレオチド４９７～５１７のうちの１つを含み、１つ以上のｓｈＲＮＡまたはｍｉＲＮＡの各々は、１つ以上の第１のプロモーターに機能可能に連結されている、第１のポリヌクレオチド；及び
（ｉｉ）野生型プレセニリン２（ＰＳＥＮ２）タンパク質をコードする第２のポリヌクレオチドであって、ヒト野生型ＰＳＥＮ２をコードするｍＲＮＡを発現しかつｓｈＲＮＡまたはｍｉＲＮＡのいずれの標的にもされず、かつ、第２のプロモーターに機能可能に連結されている、第２のポリヌクレオチド
を含む。これらの実施形態のいくつかの態様では、第２のポリヌクレオチドは、内因性ヒト野生型ＰＳＥＮ２ｍＲＮＡのコード部分と比較してコドン改変された野生型ＰＳＥＮ２をコードするｍＲＮＡを発現する。これらの実施形態のより具体的な態様では、第２のポリヌクレオチドは、ｓｈＲＮＡまたはｍｉＲＮＡが第２のポリヌクレオチドから発現したｍＲＮＡを標的とすることを防止するために、そのようなｓｈＲＮＡまたはｍｉＲＮＡによって標的とされるそれらのコード領域において十分な数の改変されたコドンを含むｍＲＮＡを発現する。

１つ以上の第１のプロモーターは、各々のｓｈＲＮＡまたはｍｉＲＮＡコード配列の発現を誘導する。各々のｓｈＲＮＡまたはｍｉＲＮＡコード配列は、同じまたは異なる第１のプロモーターによって誘導され得る。同じ第１のプロモーターによって誘導される場合、２つ以上のｓｈＲＮＡまたはｍｉＲＮＡコード配列の発現は、同じ第１のプロモーターの別個のコピーによってまたはその第１のプロモーターの単一のコピーによって誘導され得る。第１のプロモーターの単一コピーによって誘導される場合、２つ以上のｓｈＲＮＡまたはｍｉＲＮＡコード配列は、単一の第１のプロモーターがそれらのｓｈＲＮＡまたはｍｉＲＮＡコード配列の各１つの発現を誘導し得るように発現カセットにおいて互いにタンデムに位置する。同様に、置換野生型ＰＳＥＮ１またはＰＳＥＮ２の発現を誘導する第２のプロモーターもまた、ｓｈＲＮＡまたはｍｉＲＮＡコード配列の発現を誘導し得る（すなわち、第１のプロモーター及び第２のプロモーターは同じである）。単一のプロモーターによって誘導される場合、ｓｈＲＮＡまたはｍｉＲＮＡコード配列は、そのような単一の第１のプロモーターがｓｈＲＮＡまたはｍｉＲＮＡコード配列及びＰＳＥＮ１またはＰＳＥＮ２コード配列の両方の発現を誘導し得るように発現カセットにおいてＰＳＥＮ１またはＰＳＥＮ２コード配列とタンデムで位置する。所定の態様では、単一のプロモーターは、２つ以上のｓｈＲＮＡまたはｍｉＲＮＡ及びＰＳＥＮ１またはＰＳＥＮ２の発現を誘導し得る。いくつかの実施形態では、１つ以上の第１のプロモーターまたは第２のプロモーターの少なくとも１つは、ＲＮＡポリメラーゼＩＩＩプロモーターまたはＲＮＡポリメラーゼＩＩプロモーターである。これらの実施形態のいくつかのより具体的な態様では、ＲＮＡポリメラーゼＩＩＩプロモーターは、Ｕ６プロモーター、Ｕ６１プロモーター、Ｕ６９プロモーター、Ｈ１プロモーター、またはそれらの任意の組み合わせから選択される。これらの実施形態のいくつかの態様では、１つ以上の第１のプロモーターまたは第２のプロモーターの少なくとも１つは、ニューロン特異的プロモーターであるＲＮＡポリメラーゼＩＩプロモーターである。これらの実施形態のいくつかのより具体的な態様では、第２のプロモーターは、ニューロン特異的プロモーターであるＲＮＡポリメラーゼＩＩプロモーターである。これらの実施形態の他のより具体的な態様では、第２のプロモーターは、ユビキタスプロモーターであるＲＮＡポリメラーゼＩＩプロモーターである。

いくつかの実施形態では、本開示は、本明細書に開示される発現カセットのいずれかを含むベクターを提供する。

いくつかの実施形態では、本開示は、
（ａ）ヒト野生型及び変異体プレセニリン１（ＰＳＥＮ１）の各々から、またはヒト野生型及び変異体プレセニリン２（ＰＳＥＮ２）の各々から翻訳されたｍＲＮＡのコード領域または非コード領域のいずれかを標的とする１つ以上のｓｈＲＮＡまたはｍｉＲＮＡをコードする第１のポリヌクレオチドを含む発現カセットを含む第１のベクターであって、１つ以上のｓｈＲＮＡまたはｍｉＲＮＡの各々は、１つ以上の第１のプロモーターに機能可能に連結されている、第１のベクター；及び
（ｂ）野生型プレセニリン１（ＰＳＥＮ１）アミノ酸配列または野生型プレセニリン２（ＰＳＥＮ２）アミノ酸配列をコードする第２のポリヌクレオチドを含む第２のベクターであって、第２のポリヌクレオチドは、第１のベクターによってコードされるｓｈＲＮＡまたはｍｉＲＮＡのいずれの標的にもされず；第２のポリヌクレオチドは、第２のプロモーターに機能可能に連結されている、第２のベクター
を含むベクターのセットを提供する。

いくつかの実施形態では、本開示は、以下を含む、ベクターのセットを提供する：
（ａ）以下を含む発現カセットを含む第１のベクター：
（ａ）ヒト野生型及び変異体プレセニリン１（ＰＳＥＮ１）の各々から翻訳されたｍＲＮＡのコード領域または非コード領域のいずれかを標的とする１つ以上のｓｈＲＮＡまたはｍｉＲＮＡをコードする第１のポリヌクレオチドであって、１つ以上のｓｈＲＮＡまたはｍｉＲＮＡの各々は、１つ以上の第１のプロモーターに機能可能に連結されている、第１のポリヌクレオチド；及び
（ｂ）野生型プレセニリン１（ＰＳＥＮ１）アミノ酸配列をコードする第２のポリヌクレオチドであって、第１のポリヌクレオチドによってコードされるｓｈＲＮＡまたはｍｉＲＮＡのいずれの標的にもされず；かつ、第２のプロモーターに機能可能に連結されている、第２のポリヌクレオチド。

いくつかの実施形態では、本開示は、以下を含む、ベクターのセットを提供する：
（ａ）以下を含む発現カセットを含む第１のベクター：
（ａ）ヒト野生型及び変異体プレセニリン２（ＰＳＥＮ２）の各々から翻訳されたｍＲＮＡのコード領域または非コード領域のいずれかを標的とする１つ以上のｓｈＲＮＡまたはｍｉＲＮＡをコードする第１のポリヌクレオチドであって、１つ以上のｓｈＲＮＡまたはｍｉＲＮＡの各々は、１つ以上の第１のプロモーターに機能可能に連結されている、第１のポリヌクレオチド；及び
（ｂ）野生型プレセニリン２（ＰＳＥＮ２）アミノ酸配列をコードする第２のポリヌクレオチドであって、第１のポリヌクレオチドによってコードされるｓｈＲＮＡまたはｍｉＲＮＡのいずれの標的にもされず；かつ、第２のプロモーターに機能可能に連結されている、第２のポリヌクレオチド。

ベクターのセットのいくつかの実施形態では、第１のベクターにおけるコードされるｓｈＲＮＡまたはｍｉＲＮＡの各々は、独立して、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０、配列番号１１、配列番号１２、配列番号１３、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１８、配列番号１９、配列番号３３、配列番号３５、配列番号４２、配列番号４３、配列番号４４、配列番号４５、配列番号４６、配列番号４７、配列番号６８のヌクレオチド４４８～５２９、配列番号６９のヌクレオチド４４８～５２９、配列番号７０のヌクレオチド４４８～５２９、または配列番号７１のヌクレオチド４４８～５２９；ｂ）前述の配列番号のいずれかの改変バージョンであって、改変は、１、２、３、または４ヌクレオチドの変化である、改変バージョン；またはｃ）前述の配列番号またはその改変バージョンのいずれかの５’または３’末端から取得された７以上の連続塩基を含む１９～２１塩基ヌクレオチド配列であって、内因性ＰＳＥＮ１ｍＲＮＡの対応部分と４以下のミスマッチを含む、１９～２１塩基ヌクレオチド配列のうちの１つを含む。

ベクターのセットのいくつかの実施形態では、第１のベクターにおけるコードされるｓｈＲＮＡまたはｍｉＲＮＡの各々は、独立して、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０、配列番号１１、配列番号１２、配列番号１３、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１８、配列番号１９、配列番号３３、配列番号３５、配列番号４２、配列番号４３、配列番号４４、配列番号４５、配列番号４６、配列番号４７、配列番号６８のヌクレオチド４４８～５２９、配列番号６９のヌクレオチド４４８～５２９、配列番号７０のヌクレオチド４４８～５２９、または配列番号７１のヌクレオチド４４８～５２９のうちの１つを含む。これらの実施形態のいくつかの態様では、コードされるｓｈＲＮＡまたはｍｉＲＮＡの各々は、その各々が、独立して、配列番号１、配列番号２、配列番号１２、配列番号１３、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１８、または配列番号１９、配列番号３３、配列番号３５、配列番号６８のヌクレオチド４４８～５２９、配列番号６９のヌクレオチド４４８～５２９、配列番号７０のヌクレオチド４４８～５２９、または配列番号７１のヌクレオチド４４８～５２９のうちの１つを含む。これらの実施形態の他の態様では、コードされるｓｈＲＮＡまたはｍｉＲＮＡの各々は、その各々が、独立して、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０、配列番号１１、配列番号１２、配列番号１３、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１８、配列番号１９、配列番号３３、配列番号３５，配列番号４２、配列番号４３配列番号４４、配列番号４５、配列番号４６、配列番号４７、配列番号６８のヌクレオチド４４８～５２９、配列番号６９のヌクレオチド４４８～５２９、配列番号７０のヌクレオチド４４８～５２９、または配列番号７１のヌクレオチド４４８～５２９のうちの１つを含み、少なくとも１つのｓｈＲＮＡまたはｍｉＲＮＡは、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０、配列番号１１、配列番号４２、または配列番号４３、配列番号４４、配列番号４５、配列番号４６、配列番号４７、配列番号６８のヌクレオチド４９７～５１７、配列番号６９のヌクレオチド４９７～５１７、配列番号７０のヌクレオチド４９７～５１７、または配列番号７１のヌクレオチド４９７～５１７のうちの１つを含む。

ベクターのセットのいくつかの実施形態では、第１のベクターにおけるｓｈＲＮＡまたはｍｉＲＮＡの各々は、内因性ＰＳＥＮ１ｍＲＮＡに存在する非コード領域を標的とし、第２のベクターにおける第２のポリヌクレオチドは、ｍＲＮＡを発現し、ｍＲＮＡのコード部分は、内因性ヒト野生型ＰＳＥＮ１ｍＲＮＡと同じポリヌクレオチド配列を有する。これらの実施形態の他の態様では、第２のポリヌクレオチドは、ｍＲＮＡを発現し、ｍＲＮＡのコード部分は、ポリヌクレオチド配列を有し、１つ以上のコドンは、内因性ヒト野生型ＰＳＥＮ１ｍＲＮＡのコード部分と比較して改変または最適化されている。これらの実施形態のより具体的な態様では、第２のポリヌクレオチド配列は、配列番号３９である。これらの実施形態の他のより具体的な態様では、第２のポリヌクレオチド配列は、配列番号４８である。

ベクターのセットのいくつかの実施形態では、第１のベクターにおけるｓｈＲＮＡまたはｍｉＲＮＡの少なくとも１つが、内因性ＰＳＥＮ１ｍＲＮＡに存在するコード領域を標的とする場合、第２のベクターにおける第２のポリヌクレオチドは、内因性ヒト野生型ＰＳＥＮ１ｍＲＮＡのコード部分と比較してコドン改変されたｍＲＮＡを発現する。これらの実施形態のより具体的な態様では、第２のポリヌクレオチドは、ｓｈＲＮＡまたはｍｉＲＮＡが第２のポリヌクレオチドから発現したｍＲＮＡを標的とすることを防止するために、そのようなｓｈＲＮＡまたはｍｉＲＮＡによって標的とされるそれらのコード領域において十分な数の改変されたコドンを含むｍＲＮＡを発現する。典型的には、十分な数のコドンを改変してｓｈＲＮＡまたはｍｉＲＮＡと４つを超えるミスマッチヌクレオチドを生成することは、ターゲティングを防止する。これらの実施形態のさらにより具体的な態様では、第２のポリヌクレオチド配列は、配列番号４１である。

ベクターのセットのいくつかの実施形態では、第１のベクターにおけるコードされるｓｈＲＮＡまたはｍｉＲＮＡの各々は、独立して、配列番号２０、配列番号２１、配列番号２２、配列番号２３、配列番号２４、配列番号２５、配列番号２６、配列番号２７、配列番号２８、配列番号２９、配列番号３０、配列番号３１、配列番号３２、配列番号３４配列番号３６、配列番号７６のヌクレオチド４４８～５２９、配列番号７７のヌクレオチド４４８～５２９、または配列番号７８のヌクレオチド４４８～５２９；ｂ）前述の配列番号のいずれかの改変バージョンであって、改変は、１、２、３、または４ヌクレオチドの変化である、改変バージョン；またはｃ）前述の配列番号またはその改変バージョンのいずれかの５’または３’末端から取得された７以上の連続塩基を含む１９～２１塩基ヌクレオチド配列であって、内因性ＰＳＥＮ２ｍＲＮＡの対応部分と４以下のミスマッチを含む、１９～２１塩基ヌクレオチド配列のうちの１つを含む。

ベクターのセットのいくつかの実施形態では、第１のベクターにおけるコードされるｓｈＲＮＡまたはｍｉＲＮＡの各々は、独立して、配列番号２０、配列番号２１、配列番号２２、配列番号２３、配列番号２４、配列番号２５、配列番号２６、配列番号２７、配列番号２８、配列番号２９、配列番号３０、配列番号３１、配列番号３２、配列番号３４、配列番号３６、配列番号７６のヌクレオチド４４８～５２９、配列番号７７のヌクレオチド４４８～５２９、または配列番号７８のヌクレオチド４４８～５２９のうちの１つを含む。これらの実施形態のいくつかの態様では、コードされるｓｈＲＮＡまたはｍｉＲＮＡの各々は、その各々は、独立して、配列番号２０、配列番号２１、配列番号２８、配列番号２９、配列番号３０、配列番号３１、配列番号３２、配列番号３４、配列番号３６、配列番号７６のヌクレオチド４４８～５２９、配列番号７７のヌクレオチド４４８～５２９、または配列番号７８のヌクレオチド４４８～５２９のうちの１つを含む。これらの実施形態の他の態様では、コードされるｓｈＲＮＡまたはｍｉＲＮＡの各々は、その各々は、独立して、配列番号２０、配列番号２１、配列番号２２、配列番号２３、配列番号２４、配列番号２５、配列番号２６、配列番号２７、配列番号２８、配列番号２９、配列番号３０、配列番号３１、または配列番号３２、配列番号３４、配列番号３６、配列番号７６のヌクレオチド４４８～５２９、配列番号７７のヌクレオチド４４８～５２９、または配列番号７８のヌクレオチド４４８～５２９のうちの１つを含み、少なくとも１つのｓｈＲＮＡまたはｍｉＲＮＡは、配列番号２２、配列番号２３、配列番号２４、配列番号２５、配列番号２６、配列番号２７、配列番号７６のヌクレオチド４９７～５１７、配列番号７７のヌクレオチド４９７～５１７、または配列番号７８のヌクレオチド４９７～５１７のうちの１つを含む。

ベクターのセットのいくつかの実施形態では、第１のベクターにおけるｓｈＲＮＡまたはｍｉＲＮＡの各々は、内因性ＰＳＥＮ２ｍＲＮＡに存在する非コード領域を標的とし、第２のベクターにおける第２のポリヌクレオチドは、ｍＲＮＡを発現し、ｍＲＮＡのコード部分は、内因性ヒト野生型ＰＳＥＮ２ｍＲＮＡと同じポリヌクレオチド配列を有する。これらの実施形態の他の態様では、第２のポリヌクレオチドは、ｍＲＮＡを発現し、ｍＲＮＡのコード部分は、ポリヌクレオチド配列を有し、１つ以上のコドンは、内因性ヒト野生型ＰＳＥＮ２ｍＲＮＡのコード部分と比較して改変または最適化されている。これらの実施形態のより具体的な態様では、第２のポリヌクレオチド配列は、配列番号４０である。

ベクターのセットのいくつかの実施形態では、第１のベクターにおけるｓｈＲＮＡまたはｍｉＲＮＡの少なくとも１つが、内因性ＰＳＥＮ２ｍＲＮＡに存在するコード領域を標的とする場合、第２のベクターにおける第２のポリヌクレオチドは、内因性ヒト野生型ＰＳＥＮ２ｍＲＮＡのコード部分と比較してコドン改変されたｍＲＮＡを発現する。これらの実施形態のより具体的な態様では、第２のポリヌクレオチドは、ｓｈＲＮＡまたはｍｉＲＮＡが第２のポリヌクレオチドから発現したｍＲＮＡを標的とすることを防止するために、そのようなｓｈＲＮＡまたはｍｉＲＮＡによって標的とされるそれらのコード領域において十分な数の改変されたコドンを含むｍＲＮＡを発現する。典型的には、十分な数のコドンを改変してｓｈＲＮＡまたはｍｉＲＮＡと４つを超えるミスマッチヌクレオチドを生成することは、ターゲティングを防止する。

前述の実施形態のいずれかにおける各ベクターは、ウイルスベクター、例えば、アデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ベクター、レトロウイルスベクター、レンチウイルスベクター、またはアデノウイルスベクターであり得る。ＡＡＶベクターは、ＡＡＶ１、ＡＡＶ２、ＡＡＶ３、ＡＡＶ４、ＡＡＶ５、ＡＡＶ６、ＡＡＶ７、ＡＡＶ８、ＡＡＶ９、ＡＡＶＤＪ、ＡＡＶｒｈ１０、ＡＡＶ１１、ＡＡＶ１２、ＡＡＶ２／１、ＡＡＶ２／５、ＡＡＶ２／６、ＡＡＶ２／７、ＡＡＶ２／８、ＡＡＶ２／９、ＡＡＶ２／ｒｈ１０、ＡＡＶ２／１１、またはＡＡＶ２／１２、ならびにトロピズムを改変し、または免疫検出を回避するために２つ以上の天然ＡＡＶの部分及び／または天然ＡＡＶの点変異を統合したハイブリッドカプシドを有するカプシド操作されたアデノ随伴ウイルス、例えば、ＰＨＰ．Ｂ、及びＰＨＰ．Ｂ誘導体［ＰＨＰ．ｅＲ、ＰＨＰ．Ｓ］、ＡＡＶ８［Ｋ１３７Ｒ］、ＡＡＶ－ＴＴ、ｒＡＡＶ－ｒｅｔｒｏ、ＡＡＶ９．ＨＲ、ＡＡＶ１ＣＡＭ変異体、ＡＡＶ９［５８６－５９０］スワップ変異体であり得る。ベクターまたはベクターのセットは、ポリアミンなどの担体を有するまたは有さないプラスミドベクターであり得る。

他の実施形態では、本明細書では、本明細書で提供されるベクターまたはベクターのセットを含むキットが提供される。

他の実施形態では、配列番号４１の単離されたポリヌクレオチドが提供される。

さらに他の実施形態では、
（ａ）１つ以上のアンチセンスオリゴヌクレオチドであって、各アンチセンスオリゴヌクレオチドは、独立して、ヒト野生型及び変異体プレセニリン１（ＰＳＥＮ１）の各々、ヒト野生型または変異体プレセニリン２（ＰＳＥＮ２）の各々から翻訳されたｍＲＮＡのコード領域または非コード領域のいずれかを標的とする、１つ以上のアンチセンスオリゴヌクレオチド；及び
（ｂ）野生型プレセニリン１（ＰＳＥＮ１）アミノ酸配列または野生型プレセニリン２（ＰＳＥＮ２）アミノ酸配列をコードするポリヌクレオチドを含むベクターであって、第２のポリヌクレオチドは、１つ以上のアンチセンスオリゴヌクレオチドのいずれの標的にもされず；ポリヌクレオチドは、ベクターにおいてプロモーターに機能可能に連結されている、ベクター
を含むキットが提供される。これらの実施形態のいくつかの態様では、１つ以上のアンチセンスオリゴヌクレオチドの各々は、ヒト野生型及び変異体プレセニリン１（ＰＳＥＮ１）の各々から翻訳されたｍＲＮＡのコード領域または非コード領域のいずれかを標的とし、ベクターは、野生型プレセニリン１（ＰＳＥＮ１）アミノ酸配列をコードするポリヌクレオチドを含む。

先の段落に記載のキットのいくつかの実施形態では、１つ以上のアンチセンスオリゴヌクレオチドの各々は、独立して、ショートヘアピンＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）、短鎖干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）、マイクロ干渉ＲＮＡ（ｍｉＲＮＡ）、小分子一時的ＲＮＡ（ｓｔＲＮＡ）またはエンドリボヌクレアーゼ調製ｓｉＲＮＡ（ｅｓｉＲＮＡ）から選択される。これらの実施形態のいくつかの態様では、１つ以上のアンチセンスオリゴヌクレオチドの少なくとも１つは、１つ以上の改変された核酸塩基を含む。これらの実施形態のいくつかのより具体的な態様では、１つ以上の改変された核酸塩基の各々は、独立して、天然に存在しない核酸塩基、ロックド核酸（ＬＮＡ）、またはペプチド核酸（ＰＮＡ）から選択される。

さらに別の実施形態は、神経変性疾患、障害、または病態を処置する方法であって、その必要のある対象に、
（ａ）
（ｉ）１つ以上のアンチセンスオリゴヌクレオチドであって、各アンチセンスオリゴヌクレオチドは、独立して、ヒト野生型及び変異体プレセニリン１（ＰＳＥＮ１）の各々、ヒト野生型または変異体プレセニリン２（ＰＳＥＮ２）の各々から翻訳されたｍＲＮＡのコード領域または非コード領域のいずれかを標的とする、１つ以上のアンチセンスオリゴヌクレオチド、または
（ｉｉ）ヒト野生型及び変異体プレセニリン１（ＰＳＥＮ１）の各々、またはヒト野生型及び変異体プレセニリン２（ＰＳＥＮ２）の各々から翻訳されたｍＲＮＡのコード領域または非コード領域のいずれかを標的とする１つ以上のｓｈＲＮＡまたはｍｉＲＮＡをコードする第１のポリヌクレオチドを含むベクターであって、１つ以上のｓｈＲＮＡまたはｍｉＲＮＡの各々は、１つ以上の第１のプロモーターに機能可能に連結されている、ベクター
のいずれか；及び
（ｂ）野生型プレセニリン１（ＰＳＥＮ１）アミノ酸配列または野生型プレセニリン２（ＰＳＥＮ２）アミノ酸配列をコードする第２のポリヌクレオチドを含むベクターであって、第２のポリヌクレオチドは、第１のベクターによってコードされるｓｈＲＮＡまたはｍｉＲＮＡのいずれの標的にもされず；第２のポリヌクレオチドは、第２のプロモーターに機能可能に連結されている、ベクター
を投与する工程を含む、方法を提供する。

これらの実施形態のいくつかの態様では、１つ以上のｓｈＲＮＡまたはｍｉＲＮＡをコードする第１のポリヌクレオチド及び野生型プレセニリン１（ＰＳＥＮ１）アミノ酸配列または野生型プレセニリン２（ＰＳＥＮ２）アミノ酸配列をコードする第２のポリヌクレオチドは、同じベクターに存在する。そのようなベクターは、本明細書に開示される発現ベクターのいずれかを含有するものとして上述されている。これらの実施形態の代替的な態様では、１つ以上のｓｈＲＮＡまたはｍｉＲＮＡをコードする第１のポリヌクレオチド及び野生型プレセニリン１（ＰＳＥＮ１）アミノ酸配列または野生型プレセニリン２（ＰＳＥＮ２）アミノ酸配列をコードする第２のポリヌクレオチドは、異なるベクター（すなわち、ベクターのセット）に存在する。そのようなベクターのセットもまた、本明細書に開示される。これらの実施形態のさらに他の代替的な態様では、ヒト野生型及び変異体プレセニリン１（ＰＳＥＮ１）の各々、ヒト野生型または変異体プレセニリン２（ＰＳＥＮ２）の各々から翻訳されたｍＲＮＡを標的とすることは、アンチセンスＲＮＡ分子を投与することによって達成される。そのようなアンチセンスＲＮＡ分子もまた、本明細書に開示される。これらの実施形態の所定の態様では、神経変性疾患、障害、または病態は、アルツハイマー病、孤発性アルツハイマー病、家族性アルツハイマー病、前頭側頭型認知症、前頭側頭葉変性症、ピック病、レビー小体型認知症、記憶喪失、認知障害、または軽度認知障害である。

ｐＡＴ０４９のプラスミドマップである。ｐＡＴ０５０のプラスミドマップである。ｐＡＴ０５１のプラスミドマップである。ｐＡＴ０５２のプラスミドマップである。ｐＡＴ０５３のプラスミドマップである。ｐＡＴ０５４のプラスミドマップである。ｐＡＴ０５５のプラスミドマップである。ｐＡＴ０５６のプラスミドマップである。ｐＡＴ０５７のプラスミドマップである。ｐＡＴ０５８のプラスミドマップである。ｐＡＴ０５９のプラスミドマップである。ｐＡＴ０６０のプラスミドマップである。ｐＡＴ０６１のプラスミドマップである。ｐＡＴ０６２のプラスミドマップである。外因性ＰＳＥＮ１及び内因性ＰＳＥＮ１に特異的にハイブリダイズするｍｉＲＮＡターゲティング配列をコードする異なるプラスミドでのトランスフェクション後のＨＥＫ２９３細胞における内因性ＰＳＥＮ１（白色の棒）及びプラスミドにコードされた（外因性）ＰＳＥＮ１転写産物（黒色の棒）のレベルを表す棒グラフである。外因性及び内因性転写産物レベルは、対照として、非トランスフェクション細胞、空のベクター（ＥＶ）での処置、及びいかなるｍｉＲＮＡも伴わない外因性ＰＳＥＮ１をコードするベクターでの処置と比較されている。外因性ＰＳＥＮ２及び内因性ＰＳＥＮ２に特異的にハイブリダイズするｍｉＲＮＡターゲティング配列をコードする異なるプラスミドでのトランスフェクション後のＨＥＫ２９３細胞における内因性ＰＳＥＮ１（Ａ）及びプラスミドにコードされた（外因性）ＰＳＥＮ２（Ｂ）転写産物のレベルを表す棒グラフである。外因性及び内因性転写産物レベルは、非トランスフェクション細胞、及び空のベクター（ＥＶ）での処置と比較される。

定義
別段定義されない限り、本明細書において使用されるすべての技術的及び科学的用語は、本発明が属する技術分野の当業者によって一般に理解されるものと同じ意味を有する。本明細書に記載のものと同様もしくは同等の任意の方法及び物質は、本発明の試験のための実践において使用され得るが、好ましい物質及び方法が本明細書に記載される。本発明を説明及び請求する上で、以下の用語が使用される。本明細書で使用される専門用語が特定の実施形態を説明することのみを目的としており、限定するようには意図されていないことも理解されたい。

冠詞「ａ」及び「ａｎ」は、本明細書では、冠詞の文法的対象の１つまたは複数（すなわち、少なくとも１つ）を指すために使用される。例として、「要素」は、１つの要素または複数の要素を意味する。よって、「細胞（ａｃｅｌｌ）」の記述には、例えば、同じタイプの複数の細胞が含まれる。さらに、「含む（ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ）」、「含む（ｉｎｃｌｕｄｅｓ）」「有する（ｈａｖｉｎｇ）」、「有する（ｈａｓ）」、「伴う」、またはそれらの変化形が詳細な説明及び／または特許請求の範囲のいずれかで使用される程度に、そのような用語は、用語「を含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」と同様の様式で包括的であることが意図される。

「約」は、本明細書で使用される場合、測定可能な値、例えば、量、時間的継続時間などに言及する場合、規定値の＋／－２０％、＋／－１０％、＋／－５％、＋／－１％、または＋／－０．１％の変動を包含することが意図されるが、これは、そのような変動が、開示される方法を実施するのに適切であるからである。代替的には、特に生物学的システムまたはプロセスに関して、その用語は、値の５倍以内、また２倍以内の桁内を意味し得る。別段記述されない限り、本出願及び特許請求の範囲に特定の値が記載される場合、特定の値について許容可能な誤差範囲内にあることを意味する用語「約」が想定されるべきである。

本明細書で使用される場合、用語「アンチセンスオリゴヌクレオチド」は、ＲＮＡまたは一本鎖もしくは二本鎖ＤＮＡ分子であって、その少なくとも一部が、ハイブリダイゼーションを介して別のＲＮＡまたはＤＮＡ（標的ＲＮＡ、ＤＮＡ）に結合するものを意味する。その標的にハイブリダイズするアンチセンスオリゴヌクレオチドの部分は、「アンチセンス部分」と称される。例えば、アンチセンスオリゴヌクレオチドがＲＮＡオリゴヌクレオチドである場合、そのアンチセンス部分は、ＲＮＡ－ＲＮＡ相互作用によって別のＲＮＡ標的に結合し、標的ＲＮＡの活性を変化させる。本明細書で使用されるアンチセンスオリゴヌクレオチドは、ＰＳＥＮ１またはＰＳＥＮ２の発現を下方制御する。用語「アンチセンスオリゴヌクレオチド」は、例えば、アンチセンスＲＮＡまたはＤＮＡ分子、干渉ＲＮＡ（ＲＮＡｉ）、マイクロ干渉ＲＮＡ（ｍｉＲＮＡ）、ｓｉＲＮＡ、ショートヘアピンＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）、外部ガイド配列（ＥＧＳ）オリゴヌクレオチド、選択的スプライサー、及び１つ以上の改変核酸塩基を含む前述のもののいずれかを含むことを意味する。このように、これらの化合物は、一本鎖、二本鎖、部分的一本鎖、または環状オリゴマー化合物の形態で導入され得る。

アンチセンスオリゴヌクレオチドは、標的核酸に対する化合物の結合が、標的核酸の正常な機能を妨害して機能及び／または活性の調節を引き起こす場合に「特異的にハイブリダイズ可能」であり、特異的結合が所望である条件下、すなわち、ｉｎｖｉｖｏアッセイまたは治療的処置の場合は生理的条件下、及びアッセイがｉｎｖｉｔｒｏアッセイの場合に実施される条件下で、非標的核酸配列に対するアンチセンス化合物の非特異的結合を回避するのに十分な程度の相補性が存在する。

「相補的」は、本明細書で使用される場合、１つまたは２つのオリゴマー鎖上の２つのヌクレオチド間の正確な対合についての能力を指す。例えば、アンチセンスオリゴヌクレオチドの所定の位置における核酸塩基が、標的核酸の所定の位置における核酸塩基と水素結合することが可能であり、前記標的核酸がＤＮＡ、ＲＮＡ、またはオリゴヌクレオチド分子である場合、オリゴヌクレオチドと標的核酸との間の水素結合の位置は、相補的位置とみなされる。オリゴマーオリゴヌクレオチド及びさらにＤＮＡ、ＲＮＡ、またはオリゴヌクレオチド分子は、各分子における十分な数の相補的位置が、互いに水素結合し得るヌクレオチドによって占有される場合、互いに相補的である。よって、「特異的にハイブリダイズ可能」及び「相補的」は、オリゴマー化合物と標的核酸との間で安定かつ特異的な結合が生じるように十分な数のヌクレオチドにわたる十分な程度の正確な対合または相補性を示すために使用される用語である。

アンチセンスオリゴヌクレオチドの配列は、特異的にハイブリダイズするためにその標的核酸のものと１００％相補的である必要はないことが当該技術分野で理解される。その上、オリゴヌクレオチドは、介在または隣接セグメントがハイブリダイゼーション事象に関与しないように、１つ以上のセグメントにわたってハイブリダイズし得る（例えば、ループ構造、ミスマッチまたはヘアピン構造）。本発明のアンチセンスオリゴヌクレオチドは、典型的には、それらが標的とされるＰＳＥＮ１またはＰＳＥＮ２核酸配列の部分と４以下、３以下、２以下、１以下のミスマッチを含有するか、またはミスマッチを含有しない。

用語「ミスマッチ」は、本明細書で使用される場合、１）アンチセンスオリゴヌクレオチドのアンチセンス部分におけるヌクレオチドが、その標的ｍＲＮＡと塩基対合できないこともしくはその逆；または２）アンチセンスオリゴヌクレオチドのアンチセンス部分におけるヌクレオチドが、そのアンチセンスオリゴヌクレオチドにおけるそのセンス部分と塩基対合できないことを指す。アンチセンスオリゴヌクレオチドのアンチセンス部分は、ヌクレオチドの置換、欠失または付加により、その標的ｍＲＮＡまたはセンス部分とミスマッチを有し得る。置換、欠失、または付加される各ヌクレオチドは、別のミスマッチとみなされる。

本明細書で使用される場合、項目、組成物、装置、方法、プロセス、システムなどの定義または記載された要素に言及する用語「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」、「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｅ）」または「含まれる（ｃｏｍｐｒｉｓｅｄ）」、及びその変化形は、追加的な要素を許容する包括的またはオープンエンドを意味し、それにより、定義または記載された項目、組成物、装置、方法、プロセス、システムなどがそれらの特定の要素－または、適切な場合は、それらの均等物－を含むこと、及び他の要素が、定義された項目、組成物、装置、方法、プロセス、システムなどの範囲／定義内に含まれ、依然として入り得ることを示す。

用語「発現」は、本明細書で使用される場合、プロモーターによって誘導されるＤＮＡ配列からのｍＲＮＡの転写及び／またはｍＲＮＡ配列からの特定のアミノ酸配列の翻訳として定義される。

本明細書で使用される場合、用語「発現カセット」は、１つ以上の所望の発現産物（ＲＮＡまたはタンパク質）をコードし、それを生成することが可能なＤＮＡ配列を指す。そのような所望の発現産物の生成は、その産物をコードするＤＮＡ配列に機能可能に連結された様々な発現コントロール配列の存在を必要とする。そのようなコントロール配列には、プロモーター、及び他の非コードヌクレオチド配列が含まれる。発現カセットは、これらの発現コントロール配列をいずれも含まないか、またはこれらの発現コントロール配列の一部またはすべてを含み得る。これらの発現コントロール配列の一部またはすべてが、発現カセットから非存在である場合、それらは、発現カセットが挿入されるベクターによって供給される。

本明細書で使用される場合、「対象」は、ヒトを意味する。用語「患者」、「個体」及び「対象」は、本明細書で互換的に使用される。対象は、処置を必要とする病態（例えば、脳腫瘍）もしくはその病態に関連する１つ以上の合併症に罹患しているまたはそれを有すると過去に診断されたまたは同定されており、任意に、病態またはその病態に関連する１つ以上の合併症の処置を既に受けている者であり得る。代替的には、対象はまた、病態またはその病態に関連する１つ以上の合併症を有するものとして過去に診断されていない者であり得る。例えば、対象は、病態もしくはその病態に関連する１つ以上の合併症の１つ以上のリスク因子を示す者またはリスク因子を示さない者であり得る。特定の病態、例えば、神経変性病態のための処置を「必要とする対象」は、その病態を有することが疑われる対象、その病態を有すると診断された対象、その病態について既に処置されたもしくは処置されている対象、その病態について処置されていない対象、またはその病態を発症するリスクがある対象であり得る。

用語「ポリヌクレオチド」は、本明細書で使用される場合、２０以上のヌクレオチドの配列を意味する。ポリヌクレオチドは、ＲＮＡ、ＤＮＡまたはハイブリッドＲＮＡまたはＤＮＡ分子であり得；一本鎖または二本鎖であり得る。所定の実施形態では、ポリヌクレオチドは、一本鎖または二本鎖ＤＮＡ分子である。

核酸配列、例えば、ＰＳＥＮ１またはＰＳＥＮ２によってコードされるｍＲＮＡに関する用語「標的」及びその様々な形態（例えば、「標的とされる」、「標的とする」）は、アンチセンスオリゴヌクレオチドが、それに特異的にハイブリダイズしてその核酸配列の発現の低減または排除をもたらすように設計される、その核酸配列の一部を意味する。

ＰＳＥＮ１に関する用語「野生型」は、対象内で内因的に存在するか、または対象に投与されるポリヌクレオチドによってコードされるかにかかわらず、配列番号３９によってコードされるアミノ酸配列を意味する。ＰＳＥＮ２に関する用語「野生型」は、対象内で内因的に存在するか、または対象に投与されるポリヌクレオチドによってコードされるかにかかわらず、配列番号４０によってコードされるアミノ酸配列を意味する。

用語「内因性」は、本明細書で使用される場合、ヒト対象において天然に見られる遺伝子の形態、またはｍＲＮＡを意味する。ＰＳＥＮ１またはＰＳＥＮ２をコードする内因性遺伝子またはｍＲＮＡは、野生型ＰＳＥＮ１またはＰＳＥＮ２をコードする配列、ならびにヒト対象において天然に見られるＰＳＥＮ１またはＰＳＥＮ２の変異体形態をコードするものを含む。

用語「調節エレメント」は、ポリヌクレオチドのコード部分の発現に必要な及び／またはそれを向上させるそのポリヌクレオチドまたはベクターの非コード部分を指す。調節エレメントの例には、限定されないが、プロモーター、エンハンサー、ポリアデニル化シグナル、クロマチンインスレーター、翻訳開始配列、例えば、強い及び弱いコザックシグナル配列及び内部リボソーム進入部位、ｍＲＮＡ安定性配列、スプライシング及び切断などのｍＲＮＡプロセシングに影響を及ぼす配列、核からのｍＲＮＡ排出及び／またはｍＲＮＡ保持に影響を及ぼす配列、翻訳後反応要素、非コード配列、例えば、イントロン及び非翻訳領域（ＵＴＲ）、ポリＡ配列、リプレッサー、サイレンサー、ターミネーターなどが含まれる。

本明細書で使用される場合、「機能可能に連結された（ｏｐｅｒａｂｌｙｌｉｎｋｅｄ）」、「機能可能な連結」、「機能可能に連結された（ｏｐｅｒａｔｉｖｅｌｙｌｉｎｋｅｄ）」、またはその文法的同等物は、遺伝子要素、例えば、典型的には発現産物、すなわち、タンパク質またはＲＮＡをコードするポリヌクレオチド、及び非コード調節エレメントの並置であって、これらの要素が、予測される様式で機能することを可能にする関係性にある、並置を指す。例えば、プロモーターは、所望の発現産物をコードするポリヌクレオチドに、プロモーターがポリヌクレオチドの発現を誘導し得るように互いに関してそれらが並置されている場合、「機能可能に連結され」ている。

用語「コドン改変された」は、本明細書で使用される場合、天然に存在するタンパク質（すなわち、野生型ＰＳＥＮ１または野生型ＰＳＥＮ２）と同じアミノ酸配列をコードするＤＮＡまたはＲＮＡ配列であって、遺伝子コードの余剰性のため、少なくとも１つのコドンが、そのタンパク質をコードする内因性ＤＮＡまたはＲＮＡと比較して変化したものを意味する。

用語「コドン最適化された」は、本明細書で使用される場合、コドン改変されたＤＮＡまたはＲＮＡ配列であって、改変されたコドンが、表１に示される好ましいコドンまたは最も好ましいコドンから選択されるものを意味する。

任意のアミノ酸配列がＳｗｉｓｓＰｒｏｔ．またはＧＥＮＢＡＮＫアクセッション番号によって具体的に参照される場合、配列は、参照により本明細書に組み込まれる。シグナルペプチド、細胞外ドメイン、膜貫通ドメイン、プロモーター配列及び翻訳開始の識別などのアクセッション番号に関連する情報また、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。

遺伝子：本明細書に開示されるすべての遺伝子、遺伝子名、及び遺伝子産物は、本明細書に開示される組成物及び方法が適用可能であるヒトホモログまたは変異形態に対応することが意図される。

範囲：本開示を通して、本発明の様々な態様は、範囲形式で提示され得る。範囲形式での記載は、便宜及び簡潔性のためにすぎず、本発明の範囲に対する不動の限定として解釈されるべきではないことが理解されるべきである。したがって、範囲の記載は、具体的に開示されるすべての可能性のある副次的範囲及びその範囲内の個々の数値を有するとみなされるべきである。例えば、１～６などの範囲の記載は、具体的に開示される副次的範囲、例えば、１～３、１～４、１～５、２～４、２～６、３～６など、ならびにその範囲内の個々の数値、例えば、１、２、２．７、３、４、５、５．３、及び６を有するとみなされるべきである。これは、範囲の広さにかかわらず適用される。

詳細な説明
本開示は、（１）ＰＳＥＮ１及び／またはＰＳＥＮ２ｍＲＮＡの内因性形態をサイレンシングするためのアンチセンスオリゴヌクレオチド（またはそれらをコードするポリヌクレオチド）；及び（２）それらのタンパク質の対応するサイレンシングされた形態を置換するための野生型ＰＳＥＮ１及び／またはＰＳＥＮ２をコードするポリヌクレオチドを含む組成物、ならびにアルツハイマー病などの神経変性障害の処置のためにそのような組成物を利用する方法を提供する。

ポリヌクレオチド
所定の実施形態では、アンチセンスオリゴヌクレオチド及び野生型ＰＳＥＮ１及び／またはＰＳＥＮ２の各々は、ポリヌクレオチドによってコードされる。アンチセンスオリゴヌクレオチドをコードするポリヌクレオチドは、典型的には、長さが野生型ＰＳＥＮ１及び／またはＰＳＥＮ２をコードするポリペプチドよりも短く、例えば、自動シンセサイザーを使用して、研究室で合成され、標準的な分子生物学及びクローニング技術を使用して他の既存のポリヌクレオチドから生成され、または合成及びクローニングの両方の組み合わせであり得る。野生型ＰＳＥＮ１及び／またはＰＳＥＮ２をコードするポリヌクレオチドはまた、例えば、自動シンセサイザーを使用して、研究室で合成され、標準的な分子生物学及びクローニング技術を使用して他の既存のポリヌクレオチドから生成され、例えば、ヒトなどの哺乳動物に存在する核酸配列から得られ（例えば、ゲノム断片としてまたは天然に存在するもしくは合成ｍＲＮＡから逆転写されたｃＤＮＡとして）、または前述のものの任意の組み合わせであり得る。その上、天然の供給源から元々得られるまたはそれから生成されるポリヌクレオチドにおける任意の所望の変化（すなわち、コドン改変）は、元のポリヌクレオチドの一部の部位指向性変異誘発または除去及び置換などの標準的な分子生物学的技術によって得られ得る。分子生物学における当業者は、標準的なツール及びプロトコルを使用して過度な実験をせずに本発明において利用されるポリヌクレオチドを生成し得る。

本開示のポリヌクレオチドは、使用前または発現カセット及び／またはベクターへの挿入前に単離され得る。単離されたポリヌクレオチドには、天然に存在するポリヌクレオチドであって、それが天然で関連付けられる５’及び３’隣接ゲノム配列の一方または両方と直ちに連続しないものが含まれる。単離されたポリヌクレオチドは、例えば、任意の長さの組換えＤＮＡ分子であり得、但し、天然に存在するゲノムにおいて組換えＤＮＡ分子と直接隣接して天然に見られる核酸配列が除去されており、または非存在である場合に限る。単離されたポリヌクレオチドはまた、天然に存在しない核酸分子を含む。

別段示されない限り、ポリヌクレオチドまたは遺伝子という用語には、特定の配列及びその相補的配列に対する言及が含まれる。

アンチセンスオリゴヌクレオチド
本明細書に開示される本発現カセット、ベクター、及び方法において利用されるアンチセンスオリゴヌクレオチドは、内因性ＰＳＥＮ１またはＰＳＥＮ２ｍＲＮＡにハイブリダイズし、その発現を防止するように設計される。上記のとおり、内因性ＰＳＥＮ１またはＰＳＥＮ２ｍＲＮＡには、野生型形態及び天然に存在する変異体形態の両方が含まれる。野生型ＰＳＥＮ１ｍＲＮＡの標的領域に完全に相補的なアンチセンスオリゴヌクレオチドのアンチセンス部分は、標的領域に存在する変異（複数可）を有する変異体ＰＳＥＮ１ｍＲＮＡに対して１つ以上のミスマッチを必然的に有することが当業者に容易に明らかとなる。最大で４つのミスマッチが許容され、依然として標的ｍＲＮＡの発現の低減を引き起こし得るが、完全な相補性は、ｍＲＮＡ発現の十分な阻害の機会を増加させる。この理由のため、いくつかの実施形態では、少なくとも１つのアンチセンスオリゴヌクレオチドは、部分的野生型ＰＳＥＮ１ｍＲＮＡと完全な相補性を有するアンチセンス領域を有し；少なくとも１つのアンチセンスオリゴヌクレオチドは、アンチセンスオリゴヌクレオチドが送達される対象に存在する変異体ＰＳＥＮ１ｍＲＮＡの一部と完全な相補性を有するアンチセンス領域を有する。アンチセンスオリゴヌクレオチドが、内因的に変異していないＰＳＥＮ１ｍＲＮＡの領域を標的とする場合、そのアンチセンスオリゴヌクレオチドのアンチセンス部分は、対象に見られる野生型及び変異体形態の両方の対応領域と完全な相補性を有することが理解されるべきである。アンチセンスオリゴヌクレオチドのアンチセンス部分が、変異を含むＰＳＥＮ１ｍＲＮＡの領域を標的とする場合、２つ以上のアンチセンスオリゴヌクレオチドであって、各々がＰＳＥＮ１ｍＲＮＡの異なる領域を標的とする、アンチセンスオリゴヌクレオチドが、野生型及び変異体ＰＳＥＮ１ｍＲＮＡの両方と完全な相補性を得るために用いられ得る。いくつかの実施形態では、２つ以上のアンチセンスオリゴヌクレオチドは、一方が野生型及び変異体ＰＳＥＮ１ｍＲＮＡの両方と完全な相補性が可能であっても用いられる。

いくつかの実施形態では、本開示のアンチセンスオリゴヌクレオチドは、対象において発現するポリヌクレオチドによってコードされる（すなわち、遺伝子療法を使用して）。そのような実施形態では、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、対象に投与されるベクターに存在する、アンチセンスオリゴヌクレオチドをコードするＤＮＡポリヌクレオチドの発現によって生成される。そのようなコードされたアンチセンスオリゴヌクレオチドには、ｓｈＲＮＡ、及びｍｉＲＮＡが含まれる。

いくつかの実施形態では、本開示のアンチセンスオリゴヌクレオチドは、ｅｘｖｉｖｏで生成され、対象に直接的に投与される。そのようなオリゴヌクレオチドの直接的送達のための方法は、当該技術分野で知られており、脂質ベースのナノ粒子（すなわち、リポソーム、固体脂質ナノ粒子、ナノ構造脂質担体）、ポリマーベースの送達システム（すなわち、カチオン性ポリマー、例えば、天然ＤＮＡ結合タンパク質、合成ポリペプチド、ポリ－エチレンイミン、及び炭水化物ベースのポリマー、例えば、キトサン）、脂質－ポリマーハイブリッドナノ粒子、エクソソーム、及び高比重リポタンパク質の使用を含む。そのような直接的に投与されるアンチセンスオリゴヌクレオチドには、ｄｓＲＮＡ、ｍｉＲＮＡ、ｄｓＲＮＡ、外部ガイド配列（ＥＧＳ）、選択的スプライサー、及び１つ以上の非天然核酸塩基を含む任意のアンチセンスオリゴヌクレオチドが含まれる。ＰＳＥＮ１ｍＲＮＡを標的とするそのような直接的に送達されるアンチセンスオリゴヌクレオチドの例は、ａ）配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０、配列番号１１、配列番号１２、配列番号１３、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１８、配列番号１９、配列番号３３、配列番号３５、配列番号４２、配列番号４３、配列番号４４、配列番号４５、配列番号４６、配列番号４７、配列番号６８のヌクレオチド４４８～５２９、配列番号６９のヌクレオチド４４８～５２９、配列番号７０のヌクレオチド４４８～５２９、または配列番号７１のヌクレオチド４４８～５２９；ｂ）前述の配列番号のいずれかの改変バージョンであって、改変は、１、２、３、または４ヌクレオチドの変化である、改変バージョン；またはｃ）前述の配列番号またはその改変バージョンのいずれかの５’または３’末端から取得された７以上の連続塩基を含む１９～２１塩基ヌクレオチド配列であって、内因性ＰＳＥＮ１ｍＲＮＡの対応部分と４以下のミスマッチを含む、１９～２１塩基ヌクレオチド配列のいずれか１つによってコードされるＲＮＡ配列を含むものである。ＰＳＥＮ２ｍＲＮＡを標的とするそのような直接的に送達されるアンチセンスオリゴヌクレオチドの例は、ａ）配列番号２０、配列番号２１、配列番号２２、配列番号２３、配列番号２４、配列番号２５、配列番号２６、配列番号２７、配列番号２８、配列番号２９、配列番号３０、配列番号３１、配列番号３２、配列番号３４、配列番号３６、配列番号７６のヌクレオチド４４８～５２９、配列番号７７のヌクレオチド４４８～５２９、または配列番号７８のヌクレオチド４４８～５２９；ｂ）前述の配列番号のいずれかの改変バージョンであって、改変は、１、２、３、または４ヌクレオチドの変化である、改変バージョン；またはｃ）前述の配列番号またはその改変バージョンのいずれかの５’または３’末端から取得された７以上の連続塩基を含む１９～２１塩基ヌクレオチド配列であって、内因性ＰＳＥＮ１ｍＲＮＡの対応部分と４以下のミスマッチを含む、１９～２１塩基ヌクレオチド配列のいずれか１つによってコードされるＲＮＡ配列を含むものである。

ＲＮＡ干渉（ＲＮＡｉ）は、分解について相補的ｍＲＮＡを標的とすることによって遺伝子サイレンシングを誘導する。ＲＮＡｉの第１の工程は、より長い二本鎖ＲＮＡの、各鎖の３’末端に２ヌクレオチドのオーバーハングを通常有するｓｉＲＮＡへのプロセシング及び切断を含む。このプロセシングに関与する酵素は、Ｄｉｃｅｒと称されるＲＮａｓｅＩＩＩ様酵素である。ｓｉＲＮＡは、形成された場合、ＲＩＳＣと称される多タンパク質成分複合体（ＲＮＡ誘導サイレンシング複合体）によって結合される。ＲＩＳＣ複合体内で、ｓｉＲＮＡ鎖は分離され、ガイド鎖と称されるより安定な５’末端を有する鎖が、典型的には、活性ＲＩＳＣ複合体に組み込まれる。ＲＩＳＣへの搭載は非対称であり、熱力学的安定性に劣る鎖、すなわち、「パッセンジャー鎖」は廃棄される。ガイド鎖は望ましくは、アンチセンス鎖であり、本出願で論述される及び当該技術分野で知られている様々なストラテジーが、アンチセンス鎖がガイド鎖として選択されることを有利にするために用いられ得る。一本鎖ｓｉＲＮＡガイド鎖は次いで、ＲＩＳＣ複合体を標的ｍＲＮＡ上にガイドし、整列させ、アルゴノートファミリー（Ａｇｏ２）のメンバーである触媒的ＲＩＳＣタンパク質の作用を介して、ｍＲＮＡは切断される（ＤａｎａＨ，ＣｈａｌｂａｔａｎｉＧＭ，ＭａｈｍｏｏｄｚａｄｅｈＨ，ｅｔａｌ．ＭｏｌｅｃｕｌａｒＭｅｃｈａｎｉｓｍｓａｎｄＢｉｏｌｏｇｉｃａｌＦｕｎｃｔｉｏｎｓｏｆｓｉＲＮＡ．ＩｎｔＪＢｉｏｍｅｄＳｃｉ．２０１７；１３（２）：４８－５７）。

内因性ＰＳＥＮ１、ＰＳＥＮ２またはＰＳＥＮ１もしくはＰＳＥＮ２の変異体の発現、機能及び／または安定性の調節因子は、ＲＮＡ干渉において使用するための二本鎖ＲＮＡ分子、例えば、ｓｈＲＮＡまたはｍｉＲＮＡであり得る。ＲＮＡ干渉（ＲＮＡｉ）は、転写後ＲＮＡ分解またはサイレンシング（翻訳の防止）による配列特異的遺伝子サイレンシングのプロセスである。ＲＮＡｉは、サイレンシングされる標的遺伝子と配列が相同性である二本鎖ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）の使用によって開始される。ＲＮＡｉのための好適な二本鎖ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）は、１９個のＲＮＡ塩基対を形成し、各３’末端に２ヌクレオチドのオーバーハングをもたらす、標的とされる遺伝子に対応する約２１個の連続ヌクレオチドのセンス及びアンチセンス鎖を含有する（Ｅｌｂａｓｈｉｒｅｔａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ４１１：４９４－４９８（２００１）；Ｂａｓｓ，Ｎａｔｕｒｅ４１１：４２８－４２９（２００１）；Ｚａｍｏｒｅ，Ｎａｔ．Ｓｔｒｕｃｔ．Ｂｉｏｌ．８：７４６－７５０（２００１））。約２５～３０ヌクレオチドのｄｓＲＮＡもまた、ＲＮＡｉのために成功裏に使用されている（Ｋａｒａｂｉｎｏｓｅｔａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ９８：７８６３－７８６８（２００１）。ｄｓＲＮＡはまた、ｉｎｖｉｔｒｏで合成され、当該技術分野で知られている方法によって細胞に導入され得る。

いくつかの実施形態では、本開示のｓｉＲＮＡ分子は、センス鎖及び相補的アンチセンス鎖であって、両方の鎖が互いにハイブリダイズして二本鎖構造を形成し、ＰＳＥＮ１ｍＲＮＡに対するハイブリダイゼーションの開始部位が、ｍＲＮＡ配列（ＧｅｎＢａｎｋＮＭ＿００００２１．４ｃＤＮＡ配列に対応する）上のヌクレオチド１～５９９９にある、センス鎖及び相補的アンチセンス鎖を含む。

所定の実施形態では、本開示のｓｉＲＮＡ分子は、センス鎖及び相補的アンチセンス鎖であって、両方の鎖が互いにハイブリダイズして二本鎖構造を形成し、ハイブリダイゼーションの開始部位が、ＰＳＥＮ２ｍＲＮＡ配列（ＧｅｎＢａｎｋＮＭ＿０００４４７）上のヌクレオチド１～２２３０にある、センス鎖及び相補的アンチセンス鎖を含む。

いくつかの実施形態では、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、リボ核酸（ＲＮＡ）、デオキシリボ核酸（ＤＮＡ）、合成ＲＮＡまたはＤＮＡ配列、改変ＲＮＡまたはＤＮＡ配列、相補的ＤＮＡ（ｃＤＮＡ）、短ガイドＲＮＡ（ｓｇＲＮＡ）、短鎖干渉ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）、二本鎖ＤＮＡ（ｄｓＤＮＡ）、マイクロ干渉ＲＮＡ（ｍｉＲＮＡ）、小分子一時的ＲＮＡ（ｓｔＲＮＡ）、ショートヘアピンＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）、ｍＲＮＡ、１つ以上の改変された核酸塩基または骨格を含む核酸配列、またはそれらの組み合わせを含む。アンチセンス分子の別の例は、二本鎖低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）またはエンドリボヌクレアーゼ調製ｓｉＲＮＡ（ｅｓｉＲＮＡ）である。ｅｓｉＲＮＡは、長い二本鎖ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）の切断に起因するｓｉＲＮＡオリゴヌクレオチドとエンドリボヌクレアーゼ、例えば、大腸菌（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａｃｏｌｉ）ＲＮａｓｅＩＩＩまたはダイサーとの混合物である。ｅｓｉＲＮＡは、ＲＮＡ干渉（ＲＮＡｉ）のための化学的に合成されたｓｉＲＮＡの使用法の代替的概念である。ｅｓｉＲＮＡは、ｉｎｖｉｔｒｏでの長い二本鎖ＲＮＡの酵素的消化である。

例えば、ｓｉＲＮＡ及びアンチセンスオリゴヌクレオチドなどの技術によるノックダウンを含む任意の方法または方法の組み合わせは、遺伝子またはタンパク質の発現を低減するために使用され得る。本開示のｄｓＲＮＡ、ｄｓＤＮＡまたはオリゴヌクレオチドなどのサイレンシングポリヌクレオチド分子は、適切に保護されたリボヌクレオシドホスホロアミダイト及び従来のＲＮＡシンセサイザーを使用して化学的に合成され得る。ＲＮＡ合成試薬の供給業者には、Ｐｒｏｌｉｇｏ（Ｈａｍｂｕｒｇ，Ｇｅｒｍａｎｙ）、ＤｈａｒｍａｃｏｎＲｅｓｅａｒｃｈ（Ｌａｆａｙｅｔｔｅ，Ｃｏｌｏ．，ＵＳＡ）、ＰｉｅｒｃｅＣｈｅｍｉｃａｌ（ＰｅｒｂｉｏＳｃｉｅｎｃｅの一部，Ｒｏｃｋｆｏｒｄ，Ｉｌｌ．，ＵＳＡ）、ＧｌｅｎＲｅｓｅａｒｃｈ（Ｓｔｅｒｌｉｎｇ，Ｖａ．，ＵＳＡ）、ＣｈｅｍＧｅｎｅｓ（Ａｓｈｌａｎｄ，Ｍａｓｓ．，ＵＳＡ）、及びＣｒｕａｃｈｅｍ（Ｇｌａｓｇｏｗ，ＵＫ）が含まれる。

いくつかの実施形態では、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、ｓｉＲＮＡまたはｓｉＲＮＡに対する前駆体（例えば、ｓｈＲＮＡまたはｍｉＲＮＡ）である。ｓｉＲＮＡは、ポリヌクレオチドセンス鎖及びポリヌクレオチドアンチセンス鎖を有する二本鎖ＲＮＡ分子である。ｓｉＲＮＡ分子の各鎖は、長さが１５～３０ヌクレオチドである。アンチセンス鎖の少なくとも１５ヌクレオチド（そのすべてが連続している必要はない）は、内因性ＰＳＥＮ１またはＰＳＥＮ２ｍＲＮＡの一部と塩基対合すべきである。センス鎖の少なくとも一部は、アンチセンス鎖の少なくとも一部と相補的であり、ｓｉＲＮＡ分子は、長さが１５～３０ヌクレオチド（そのすべてが連続している必要はない）の二本鎖領域を有する。これらの実施形態のいくつかの態様では、ｓｉＲＮＡの二本鎖領域は、長さが１９～２７塩基対（例えば、１９～２１塩基対、例えば、１９塩基対）であり、各鎖上に追加的な２ヌクレオチドの３’オーバーハングを有する。これらの実施形態のいくつかの態様では、アンチセンス鎖における第１のヌクレオチドは、ウラシル（Ｕ）である。これらの実施形態のいくつかの態様では、アンチセンス鎖のヌクレオチド２～８は、ＰＳＥＮ１またはＰＳＥＮ２ｍＲＮＡの一部と完全な相補性を有する。これらの実施形態のいくつかの態様では、アンチセンス鎖は、それが標的とするＰＳＥＮ１またはＰＳＥＮ２ｍＲＮＡと１、２、３または４つのミスマッチを有することになる。これらの実施形態のいくつかの態様では、それらのミスマッチは、アンチセンス鎖のヌクレオチド１、１０、１１、及び１７～２１のうちの最大で４つに位置する。アンチセンス鎖はまた、センス鎖と最大で４つのミスマッチを有し得る。これは、センス鎖とアンチセンス鎖との間で形成される二本鎖のｉｎｖｉｖｏ非対合を容易化し、アンチセンス鎖を放出し、それがＰＳＥＮ１またはＰＳＥＮ２ｍＲＮＡとハイブリダイズすることを可能とする。ｓｉＲＮＡ分子の設計及び標的ｍＲＮＡとの潜在的ミスマッチの位置は、ＰＡｎｇａｒｔｅｔａｌ．，Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ２０１３，６，ｐｐ．４４０～６８（その開示は、参照により本明細書に組み込まれる）に開示されている。

いくつかの実施形態では、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、単離され得る。別の実施形態では、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、組換えであり、合成であり及び／または改変され、または任意の他の様式で非天然であり、または天然の産物ではない場合がある。上述したように、本発明のアンチセンスオリゴヌクレオチドは、非天然ヌクレオチドの使用によって改変され得、または別の化学的部位にコンジュゲートされ得る。例えば、そのような化学的部位は、増加した安定性または細胞／核侵入もしくはターゲティングを付与する異種核酸であり得るか、またはそのような特性を付与する非核酸化学的部位であり得るか、または標識であり得る。

アンチセンスオリゴヌクレオチド内の任意のヌクレオチドは、２’改変におけるものなど、それに結合した置換基を含めることによって改変され得る。アンチセンスオリゴヌクレオチドは、小分子及び／またはコンジュゲートの多様な群で改変され得る。本開示のアンチセンスオリゴヌクレオチド、例えば、ｄｓＲＮＡ及びｄｓＤＮＡは、ロックド核酸（ＬＮＡ）などの改変ヌクレオチドを含み得る。ＬＮＡヌクレオチドのリボース部位は、２’酸素及び４’炭素を接続する追加的架橋で改変される。架橋は、Ａ型二本鎖にしばしば見られる３’－ｅｎｄｏ（Ｎｏｒｔｈ）コンフォメーションにおけるリボースを「ロック」する。ＬＮＡヌクレオチドは、所望の場合にオリゴヌクレオチドにおけるＤＮＡまたはＲＮＡ残基と混合され得る。そのようなオリゴマーは、化学的に合成され、市販されている。ロックされたリボースコンフォメーションは、塩基積層及び骨格事前組織化を向上させる。これは、オリゴヌクレオチドのハイブリダイゼーション特性（融解温度）を有意に増加させる。

所定の実施形態では、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、ｓｈＲＮＡまたはｍｉＲＮＡである。所定の実施形態では、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、ヒト野生型または変異体プレセニリン１から翻訳されたｍＲＮＡのコード領域または非コード領域のいずれかを標的とするｓｈＲＮＡまたはｍｉＲＮＡである。所定の実施形態では、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、ヒト野生型または変異体プレセニリン２から翻訳されたｍＲＮＡのコード領域または非コード領域のいずれかを標的とするｓｈＲＮＡまたはｍｉＲＮＡである。

例として、ｓｈＲＮＡまたはｍｉＲＮＡに由来するｓｉＲＮＡによるノックダウンは、遺伝子またはタンパク質発現を所望の量低減するために任意の他の方法と組み合わされ得る。いくつかの実施形態では、内因性ＰＳＥＮ１の発現は、未処置の細胞における内因性ＰＳＥＮ１の発現と比較して少なくとも約１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．１％、９９．２％、９９．３％、９９．４％、９９．５％、９９．６％、９９．７％、９９．８％、９９．９％または１００％低減される。これらの実施形態のいくつかの態様では、内因性ＰＳＥＮ１の発現は、少なくとも５０％低減される。これらの実施形態のいくつかの態様では、内因性ＰＳＥＮ１の発現は、少なくとも９０％低減される。これらの実施形態のいくつかの態様では、内因性ＰＳＥＮ１発現（野生型及び任意の変異体形態）は、送達されたｓｉＲＮＡによって完全に排除される。

いくつかの実施形態では、内因性ＰＳＥＮ２の発現は、未処置の細胞における内因性ＰＳＥＮ２の発現と比較して少なくとも約１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．１％、９９．２％、９９．３％、９９．４％、９９．５％、９９．６％、９９．７％、９９．８％、９９．９％または１００％低減される。これらの実施形態のいくつかの態様では、内因性ＰＳＥＮ１発現（野生型及び任意の変異体形態）は、送達されたｓｉＲＮＡによって完全に排除される。

ショートヘアピンＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）。所定の実施形態では、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、ショートヘアピンＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）である。ショートヘアピンＲＮＡは、アンチセンス部分と、実質的に相補的なセンス部分と、その間の短いスペーサーであって、実質的に相補的なアンチセンス鎖とセンス鎖との間で形成する二本鎖の間で形成するループを形成する、短いスペーサーとを含む。ループ（またはヘアピン）は、ｉｎｖｉｖｏでＤｉｃｅｒによって認識及び切断されて、二本鎖ｓｉＲＮＡ分子が生成される。

マイクロＲＮＡ。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の治療組成物及び方法は、内因性ＰＳＥＮ１またはＰＳＥＮ２ｍＲＮＡを標的とするために天然ｐｒｉ－ｍｉＲＮＡまたはｐｒｅ－ｍｉＲＮＡのクラスターのシード配列を変更することによってｍｉＲＮＡ経路を活用する。ヘアピンを含有するｐｒｉ－ｍｉＲＮＡは、２つのＲＮａｓｅＩＩＩ酵素、すなわち、核内のＤｒｏｓｈａ及び細胞質内のＤｉｃｅｒによって成功裏に切断されて、約７０ヌクレオチドのｐｒｅ－ｍｉＲＮＡ及び２１～２３ヌクレオチドのｍｉＲＮＡがそれぞれ生成される。ｐｒｅ－ｍｉＲＮＡは、エクスポーチン－５を介して細胞質に輸送され、Ｄｉｃｅｒによってさらに処理されて、短い部分的に二本鎖のｓｉＲＮＡが生成され、その一方の鎖はアンチセンス部分を含み、好ましくはｍｉＲＮＡガイド鎖として使用される。

所定の実施形態では、サイレンシングポリヌクレオチドは、マイクロＲＮＡ（ｍｉＲＮＡ）またはプレマイクロＲＮＡ（ｐｒｅ－ｍｉＲＮＡ）であり、いずれも本出願全体を通してｍｉＲＮＡと称される。いくつかの実施形態では、第１のポリヌクレオチドは、ＰＳＥＮ１、ＰＳＥＮ２またはそれらの組み合わせの発現を抑制するための１、２または３つのｍｉＲＮＡまたはｐｒｅ－ｍｉＲＮＡをコードする。ｐｒｅ－ｍｉＲＮＡ及びｍｉＲＮＡは、ＰＳＥＮ１またはＰＳＥＮ２ｍＲＮＡにおける相補的配列に結合し、核酸分子安定性を低減することによってまたは翻訳を阻害することによってのいずれかで遺伝子発現を下方制御する１９～２５ヌクレオチド長のＲＮＡ配列を含有する。ｍｉＲＮＡまたはｐｒｅ－ｍｉＲＮＡ配列は、「シード」領域、すなわち、成熟マイクロＲＮＡの５’末端における位置２～７の領域における配列を含み、この配列は、ＰＳＥＮ１またはＰＳＥＮ２ｍＲＮＡ標的配列に対する完全なワトソン・クリック相補性を有する。ｍｉＲＮＡまたはｐｒｅ－ｍｉＲＮＡはまた、ＰＳＥＮ１またはＰＳＥＮ２ｍＲＮＡ標的配列と塩基対合する追加的なヌクレオチドを有する。遺伝子発現のｍｉＲＮＡ媒介下方制御は、標的ｍＲＮＡの切断、標的ｍＲＮＡの翻訳阻害、またはｍＲＮＡ衰弱によって引き起こされ得る。ｍｉＲＮＡターゲティング配列は通常、標的ｍＲＮＡの３’－ＵＴＲに位置する。内因性ＰＳＥＮ１またはＰＳＥＮ２ｍＲＮＡは、複数のｍｉＲＮＡによって標的とされ得る。これらの実施形態のいくつかの態様では、１つ以上のｍｉＲＮＡまたはｐｒｅ－ｍｉＲＮＡをコードするポリヌクレオチドは、ポリヌクレオチド配列または発現カセットのイントロン内に位置する。

いくつかの実施形態では、本明細書に記載の治療組成物及び方法は、内因性ＰＳＥＮ１またはＰＳＥＮ２遺伝子を標的とするために天然ｍｉＲＮＡのシード配列を変更することによってｍｉＲＮＡ経路を活用する。一実施形態では、ＰＳＥＮ１またはＰＳＮＥ２ｍＲＮＡを標的とするｓｈＲＮＡまたはｍｉＲＮＡは、ガイド鎖のためのｍｉＲＮＡシードマッチを含む。別の実施形態では、ＰＳＥＮ１またはＰＳＮＥ２ｍＲＮＡを標的とするｓｉＲＮＡ二本鎖またはコードされるｄｓＲＮＡは、パッセンジャー鎖のためのｍｉＲＮＡシードマッチを含む。

一実施形態では、ＰＳＥＮ１またはＰＳＥＮ２ｍＲＮＡを標的とするｓｈＲＮＡまたはｍｉＲＮＡの３’ステムアームの一部は、５’ステムアームにおけるパッセンジャー鎖の一部と部分的相補性を有し得る。

一実施形態では、Ｄｉｃｅｒに結合し、ＰＳＥＮ１またはＰＳＥＮ２ｍＲＮＡを標的とするｓｈＲＮＡまたはｍｉＲＮＡのアンチセンス鎖は、センス鎖（パッセンジャー鎖であることが好まれる）と比較してガイド鎖としてより強く好まれる。一実施形態では、ｓｈＲＮＡまたはｍｉＲＮＡのセンス鎖部分は、アンチセンス鎖をガイド鎖としてＲＩＳＣに搭載することを有利にするために、アンチセンス部分に対して１、２、３または４つのミスマッチで操作される。

ｓｈＲＮＡまたはｍｉＲＮＡは、第１の領域、ループまたはヘアピン領域、及び第２の領域を有するＲＮＡ分子である。第１及び第２の領域は、互いに実質的に相補的であり得る。いくつかの実施形態では、第１及び第２の領域は、互いに完全に相補的である。よって、ｓｈＲＮＡ及びｍｉＲＮＡは、ステムループ構造を有し得る。本明細書で使用される場合、用語「相補的」及び「相補性」は、ポリヌクレオチドが互いと塩基対を形成する能力を指すことを意味する。塩基対は、典型的には、逆平行ポリヌクレオチド鎖におけるヌクレオチド間の水素結合によって形成される。相補的ポリヌクレオチド鎖は、ワトソン・クリック様式（例えば、Ａ対Ｔ、Ａ対Ｕ、Ｃ対Ｇ）、または二本鎖の形成を可能とする任意の他の様式で塩基対合し得る。当業者が理解するように、ＤＮＡとは対照的にＲＮＡを使用する場合、塩基としてチミンではなくウラシルが、アデノシンと相補的であるとみなされる。

完全な相補性または１００％相補性は、あるポリヌクレオチド鎖の各ヌクレオチドが逆平行ポリヌクレオチド鎖のヌクレオチドと水素結合し得る状況を指す。完全に満たない相補性は、２つの鎖のヌクレオチドのすべてではなく一部が互いに水素結合し得る状況を指す。例えば、２つの２０－ｍｅｒの場合、各鎖における２つの塩基対のみが互いに水素結合し得る場合、ポリヌクレオチド鎖は、１０％の相補性を示す。別の例として、各鎖における２０ヌクレオチドのうち１８ヌクレオチドが互いに水素結合し得る場合、ポリヌクレオチド鎖は、９０％の相補性を示す。「実質的相補性」は、非相補的であることが選択されるオーバーハングなどのポリヌクレオチド鎖の領域を除く、７９％以上の相補性を示すポリヌクレオチド鎖を指す。したがって、相補性は、文脈が別段明らかに示さない限り、逆平行鎖におけるヌクレオチドに類似しないようにまたは相補的とならないように選択されるオーバーハングを考慮しない。

ｓｈＲＮＡ及びｍｉＲＮＡのループは、長さが約４～３０ヌクレオチドであり得る。いくつかの実施形態では、ループは、長さが約４～約１５ヌクレオチドであり得る。第１及び第２の領域は、長さが約１９～約３５ヌクレオチドであり得る。いくつかの実施形態では、第１及び第２の領域は、長さが１９ヌクレオチド、２０ヌクレオチド、２１ヌクレオチド、２２ヌクレオチド、２３ヌクレオチド、２４ヌクレオチド、２５ヌクレオチド、２６ヌクレオチド、２７ヌクレオチド、２８ヌクレオチド、２９ヌクレオチド、または３０ヌクレオチドである。第１及び第２の領域は、同じ長さのものであり得、または異なる長さのものであり得る。第１及び第２の領域の長さは、１ヌクレオチド、２ヌクレオチド、３ヌクレオチド、４ヌクレオチド、５ヌクレオチド、６ヌクレオチド、７ヌクレオチド、８ヌクレオチド、９ヌクレオチド、１０ヌクレオチド、１１ヌクレオチド、１２ヌクレオチド、１３ヌクレオチド、１４ヌクレオチド、１５ヌクレオチド、１６ヌクレオチド、またはそれ以上異なり得る。長さの相違は、バルジとしてまたはオーバーハングとして現れ得る。

ｓｈＲＮＡ及びｍｉＲＮＡは、５’－アンチセンス－ループ－センス－３’様式または５’－センス－ループ－アンチセンス－３’様式で組織化され得る。本明細書で使用される場合、用語「アンチセンス鎖」は、対象となる標的核酸と少なくとも実質的に（例えば、約８０％以上）相補的なポリヌクレオチドまたはポリヌクレオチドの領域を指す。アンチセンス鎖は、対象となる標的核酸と約８０％、約８１％、約８２％、約８３％、約８４％、約８５％、約８６％、約８７％、約８８％、約８９％、約９０％、約９１％、約９２％、約９３％、約９４％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、約９９％、約１００％、及びその間の任意の数または範囲、相補的であり得る。同様に、ｄｓＲＮＡのアンチセンス鎖は、そのセンス鎖と少なくとも実質的に相補的であり得る。

ｓｈＲＮＡ及びｍｉＲＮＡアンチセンスオリゴヌクレオチドは、アンチセンス領域、センス領域及びループまたはリンカー領域に加えてヌクレオチドを含み得る。例えば、これらのアンチセンスオリゴヌクレオチドはまた、オーバーハングヌクレオチド及び他のステムヌクレオチドと相補的であるが、標的と相補的ではない追加的なステムヌクレオチドを含有し得る。ｓｈＲＮＡまたはｍｉＲＮＡのアンチセンス及びセンス領域は、ミスマッチを含み得る（すなわち、完全に相補的ではない）。例えば、センス及びアンチセンス領域は、１つのミスマッチ、２つのミスマッチ、３つのミスマッチ、４つのミスマッチ、５つのミスマッチ、またはそれ以上のミスマッチを有し得る。ミスマッチは、連続的であり得、またはセンス及びアンチセンス領域に沿ってどの場所でも位置し得る。センスとアンチセンス領域との間のミスマッチは、バルジをもたらし得る。いくつかの実施形態では、アンチセンス領域は、センス領域と完全な相補性を有し得る。いくつかの実施形態では、ｓｈＲＮＡまたはｍｉＲＮＡのアンチセンス及びセンス領域は、を有する。

ｓｈＲＮＡまたはｍｉＲＮＡのアンチセンス部分とＰＳＥＮ１またはＰＳＥＮ２ｍＲＮＡの標的領域との間の相補性の程度は、ｍＲＮＡがサイレンシングされる程度を決定する際に重要である。所定の実施形態では、ｓｈＲＮＡまたはｍｉＲＮＡのアンチセンス部分は、ＰＳＥＮ１またはＰＳＥＮ２ｍＲＮＡの一部と完全に相補的である。これは典型的には、内因性タンパク質生成を伴わずにＰＳＥＮ１またはＰＳＥＮ２の分解をもたらす。所定の実施形態では、ｓｈＲＮＡまたはｍｉＲＮＡのｍＲＮＡ結合部分は、ＰＳＥＮ１またはＰＳＥＮ２ｍＲＮＡの標的領域と１、２、３または４つのミスマッチを含む。アンチセンス領域と標的ｍＲＮＡとの間の１つ以上のミスマッチは、標的ｍＲＮＡの分解ではなく翻訳抑制をもたらし得る。ｍＲＮＡ結合標的は、ＰＳＥＮ１またはＰＳＥＮ２ｍＲＮＡの任意の領域にあり得る。所定の実施形態では、ｓｈＲＮＡによって標的とされる配列は、約３０％～約５０％のＧＣのＧＣ含有量を含む。所定の実施形態では、標的とされる配列は、４以下の連続したＴ残基を含む。ｓｈＲＮＡまたはｍｉＲＮＡにおいて、アンチセンス領域は、センス領域と完全な相補性を有し得るが、標的ｍＲＮＡに関して１、２、３、または４つのミスマッチを有し得ることが理解されるべきである。同様に、アンチセンス領域は、ｓｈＲＮＡまたはｍｉＲＮＡのセンス領域とミスマッチを有し得るのに対し、アンチセンス領域は、標的ｍＲＮＡと完全な相補性を有する。

いくつかの実施形態では、本明細書に記載の治療組成物及び方法は、様々な部位で内因性ＰＳＥＮ１またはＰＳＥＮ２ｍＲＮＡを標的とするために同じプロモーター下で１、２、３、４、５または６つのｐｒｉ－ｍｉＲＮＡまたはｐｒｅ－ｍｉＲＮＡを組み合わせることの利点を活用する。標的部位配列は、合計で５～１００、またはそれ以上のヌクレオチドを含み得、これは連続している必要はない。

ｓｈＲＮＡの発現は、ＲＮＡｐｏｌＩＩまたはＩＩＩプロモーターによって誘導され得る。例示的なＲＮＡｐｏｌＩＩＩプロモーターには、Ｕ６プロモーター、Ｕ６１プロモーター、Ｕ６９プロモーター、Ｈ１プロモーターなどが含まれる。ＲＮＡｐｏｌＩＩＩプロモーターからの転写は、例えば、５Ｔまたは６ＴなどのポリＴ伸長部で終結し得る。ｓｈＲＮＡはまた、ＲＮＡｐｏｌＩＩプロモーターを使用して発現され得る。ＲＮＡｐｏｌＩＩプロモーターの使用は、例えば、特異的及び誘導性発現を可能と得る。

所定の実施形態では、ｓｈＲＮＡまたはｍｉＲＮＡをコードする第１のポリヌクレオチドは、配列番号１～３６または４４～４７のいずれか１つに示される配列を含む。いくつかの実施形態では、ｓｈＲＮＡまたはｍｉＲＮＡをコードする第１のポリヌクレオチドは、配列番号１～３６または４４～４７のいずれか１つと比較してアンチセンス領域において１、２、３または４個の異なるヌクレオチドを有する配列を含む。

所定の実施形態では、ｓｈＲＮＡまたはｍｉＲＮＡをコードする第１のポリヌクレオチドは、配列番号６８のヌクレオチド４９７～５１７、配列番号６９のヌクレオチド４９７～５１７、配列番号７０のヌクレオチド４９７～５１７、配列番号７１のヌクレオチド４９７～５１７、配列番号７６のヌクレオチド４９７～５１７、配列番号７７のヌクレオチド４９７～５１７、または配列番号７８のヌクレオチド４９７～５１７を含む。いくつかの実施形態では、ｓｈＲＮＡまたはｍｉＲＮＡをコードする第１のポリヌクレオチドは、配列番号６８のヌクレオチド４９７～５１７、配列番号６９のヌクレオチド４９７～５１７、配列番号７０のヌクレオチド４９７～５１７、配列番号７１のヌクレオチド４９７～５１７、配列番号７６のヌクレオチド４９７～５１７、配列番号７７のヌクレオチド４９７～５１７、または配列番号７８のヌクレオチド４９７～５１７のいずれか１つと比較してアンチセンス領域において１、２、３または４個の異なるヌクレオチドを有する配列を含む。

所定の実施形態では、ｓｈＲＮＡまたはｍｉＲＮＡをコードする第１のポリヌクレオチドは、配列番号６８のヌクレオチド４４８～５２９、配列番号６９のヌクレオチド４４８～５２９、配列番号７０のヌクレオチド４４８～５２９、配列番号７１のヌクレオチド４４８～５２９、配列番号７６のヌクレオチド４４８～５２９、配列番号７７のヌクレオチド４４８～５２９、または配列番号７８のヌクレオチド４４８～５２９を含む。いくつかの実施形態では、ｓｈＲＮＡまたはｍｉＲＮＡをコードする第１のポリヌクレオチドは、配列番号６８のヌクレオチド４４８～５２９、配列番号６９のヌクレオチド４４８～５２９、配列番号７０のヌクレオチド４４８～５２９、配列番号７１のヌクレオチド４４８～５２９、配列番号７６のヌクレオチド４９７～５１７、配列番号７７のヌクレオチド４９７～５１７、または配列番号７８のヌクレオチド４９７～５１７のいずれか１つと比較してアンチセンス領域において１、２、３または４個の異なるヌクレオチドを有する配列を含む。

いくつかの実施形態では、ｓｈＲＮＡまたはｍｉＲＮＡは、置換ＰＳＥＮ１またはＰＳＥＮ２をコードする同じベクター上でコードされることが当業者によって理解されるはずである。そのベクターにおけるｓｈＲＮＡまたはｍｉＲＮＡ標的コード配列の位置は、置換ＰＳＥＮ１またはＰＳＥＮ２の発現を妨害しない限り変わり得る（例えば、それらは、置換ＰＳＥＮ１またはＰＳＥＮ２をコードする配列に対して５’または３’に位置し得る）。ｓｈＲＮＡまたはｍｉＲＮＡ標的配列をコードする配列の複数のコピーが利用され得る（例えば、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０コピー）。複数のコピーが存在する場合、それらは、タンデムで位置し、またはコードされるＰＳＥＮ１もしくはＰＳＥＮ２置換配列に関して異なる位置に配置され得る。ｍｉＲＮＡ標的コード配列が利用される場合、それらは、単一のｍｉＲＮＡまたは複数のｍｉＲＮＡ（例えば、２、３、４または５種の異なるｍｉＲＮＡ）のためのターゲティング配列をコードし得る。よって、いくつかの実施形態では、複数のｍｉＲＮＡのためのターゲティング配列をコードするｍｉＲＮＡ標的コード配列が利用される場合、１、２、３、４、または５コピーの各特異的ｍｉＲＮＡ標的コード配列が使用され得る。

コドン改変
置換ＰＳＥＮ１またはＰＳＥＮ２をコードするポリヌクレオチドは、それから転写されたｍＲＮＡの、内因性ＰＳＥＮ１またはＰＳＥＮ２を標的とするアンチセンスオリゴヌクレオチドによるターゲティングを防止するために、改変され得る。これは、そうでなければ生じるであろう置換ＰＳＥＮ１またはＰＳＥＮ２コード配列のｍＲＮＡ分解及びＲＮＡサイレンシングまたはノックダウンを防止し得る。遺伝子コードの余剰性は、置換コード配列から発現するタンパク質のアミノ酸配列を保存しつつ、アンチセンスオリゴヌクレオチドのための標的配列におけるコドンを変化させるために使用され得る。

標的とされている内因性ＰＳＥＮ１またはＰＳＥＮ２ｍＲＮＡは、変異タンパク質の生成をもたらす変異を有し得る。内因性ＰＳＥＮ１またはＰＳＥＮ２遺伝子の一方または両方のアレルは、対象において変異し得る。実施形態では、内因性ＰＳＥＮ１またはＰＳＥＮ２遺伝子の一方のアレルは野生型であり、一方のアレルは変異している。別の実施形態では、両方のアレルが変異している。点変異、置換、挿入、欠失、逆位、ミスセンス変異、ナンセンス変異、フレームシフト変異、転座などを含む任意の変異が内因性アレルに存在し得る。変異は、単一のヌクレオチド変化（例えば、１つ以上の点変異）であり得、または１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、またはそれ以上のヌクレオチド変化であり得る。

内因性アレルの変異は、ドミナントネガティブ変異であり得る。ドミナントネガティブ変異は、疾患、障害、もしくは病態の発症に寄与し得、または疾患、障害、もしくは病態の感受性に寄与し得る。実施形態では、内因性ＰＳＥＮ１遺伝子は、対象において変異している。ＰＳＥＮ１遺伝子のドミナントネガティブ変異は、例えば、ガンマセクレターゼの構築及び機能を阻害することによってアルツハイマー病に対する感受性を増加させ得る。ＰＳＥＮ１をコードするコドン改変されたまたはコドン改変されていないポリヌクレオチドｃＤＮＡは、野生型ＰＳＥＮ１発現を回復するために使用され得る。同時に内因性変異ＰＳＥＮ１発現は、１つ以上の小分子ＲＮＡ、例えば、１つ以上のｓｈＲＮＡを使用して内因性ＰＳＥＮ１ｍＲＮＡのコード領域または非コード領域を標的とすることによって低減され得る。実施形態では、小分子ＲＮＡは、ｓｈＲＮＡに由来するｓｉＲＮＡである。所定の実施形態では、ＰＳＥＮ１遺伝子、ＰＳＥＮ２遺伝子またはその組み合わせは、１つ以上の変異を含む。ＰＳＥＮ１、ＰＳＥＮ２をコードするコドン改変されたまたはコドン改変されていないポリヌクレオチドｃＤＮＡは、野生型ＰＳＥＮ１、ＰＳＥＮ２、またはそれらの組み合わせの発現を回復するために使用され得る。

疾患の遺伝性形態を有するアルツハイマー病（ＡＤ）患者は、プレセニリンタンパク質（ＰＳＥＮ１－ＵｎｉＰｒｏｔＫＢ－Ｐ４９７６８；ＰＳＥＮ２－ＵｎｉＰｒｏｔＫＢ－Ｐ４９８１０）におけるまたはアミロイド前駆体タンパク質（ＡＰＰ）における変異を有する。これらの疾患関連変異は、より長い形態のアミロイド－ベータ（ＡＤ脳に見られるアミロイド蓄積物の主成分）の生成の増加をもたらす。ＡＤは、典型的には、わずかな記憶障害から始まり、これはより重度になり、最終的に能力を奪う。他の一般的な知見には、混乱、低下した判断力、言語障害、動揺、離脱、幻覚、発作、パーキンソン病の特徴、増加した筋緊張、ミオクローヌス、失禁、及び無言症が含まれる。家族性ＡＤ（ＦＡＤ）は、ＡＤを有する複数のメンバーを有する家族を特徴とし、通常は、複数の世代における複数の罹患者を意味する。早期発症型ＦＡＤ（ＥＯＦＡＤ）は、発症が一貫して６０～６５歳より前、しばしば５５歳より前である家族を指す。根底にある遺伝子メカニズムに基づくＥＯＦＡＤの３つの臨床的に区別ができないサブタイプは、ＡＰＰの変異によって引き起こされるアルツハイマー病１型（ＡＤ１）（ＥＯＦＡＤの１０％～１５％）；ＰＳＥＮ１の変異によって引き起こされるアルツハイマー病３型（ＡＤ３）（ＥＯＦＡＤの３０％～７０％）；及びＰＳＥＮ２の変異によって引き起こされるアルツハイマー病４型（ＡＤ４）（ＥＯＦＡＤの＜５％）である。プレセニリンは、ＡＰＰを切断する酵素である、それらのガンマ－セクレターゼの機能を介してＡＰＰプロセシングを制御すると仮定されている。また、プレセニリンはＮｏｔｃｈ受容体の切断に関与し、これによりそれらは、ガンマ－セクレターゼ活性を直接的に制御し、またはそれ自体がプロテアーゼ酵素であると考えられる。

アルツハイマー病の早期発症を有する対象における変異ＰＳＥＮ１は、変異、例えば、置換、挿入（ｉｎｓ）、欠失（ｄｅｌ）、逆位、ミスセンス、フレームシフト（ｆｓ）、エクソン欠失（Δ）などを含むことが見出されている。ＰＳＥＮ１タンパク質全体にわたるそのようなアミノ酸変化の例には、Ｑ１５Ｈ、Ｎ３２Ｎ、Ｒ３５Ｑ、Ｎ３９Ｙ、Ｄ４０ｄｅｌ（ｄｅｌＧＡＣ）、Ｄ４０ｄｅｌ（ｄｅｌＡＣＧ）、Ｒ４２Ｌ、Ｅ６９Ｄ、Ａ７９Ｖ、Ｖ８２Ｌ、Ｉ８３＿Ｍ８４ｄｅｌ（ＤｅｌＩＭ、ΔＩ８３／Ｍ８４、ΔＩ８３／ΔＭ８４）、Ｉ８３Ｔ、Ｍ８４Ｔ、Ｍ８４Ｖ、Ｌ８５Ｐ、Ｐ８８Ｈ、Ｐ８８Ｌ、Ｖ８９Ｌ（Ｇ＞Ｃ）、Ｖ８９Ｌ（Ｇ＞Ｔ）、Ｃ９２Ｓ、Ｖ９４Ｍ、Ｖ９６Ｆ、Ｖ９７Ｌ、Ｔ９９Ａ、Ｆ１０５Ｃ、Ｆ１０５Ｉ、Ｆ１０５Ｌ、Ｆ１０５Ｖ、Ｒ１０８Ｑ、Ｇ１１１Ｖ、Ｇ１１１Ｗ、Ｌ１１３＿Ｉ１１４ｉｎｓＴ、Ｌ１１３Ｐ、Ｌ１１３Ｑ、Ｙ１１５Ｃ、Ｙ１１５Ｄ、Ｙ１１５Ｈ、Ｔ１１６Ｉ、Ｔ１１６Ｓ、Ｐ１１７Ｔ、Ｔ１１６Ｎ、Ｔ１１６Ｒ、Ｐ１１７Ａ、Ｐ１１７Ｌ、Ｐ１１７Ｑ、Ｐ１１７Ｒ、Ｐ１１７Ｓ、Ｔ１１９Ｉ、Ｅ１２０Ｄ（Ａ＞Ｃ）、Ｅ１２０Ｄ（Ａ＞Ｔ）、Ｅ１２０Ｇ、Ｅ１２０Ｋ、Ｔ１２２Ａ、Ｅ１２３Ｋ、Ｈ１３１Ｒ、Ｓ１３２Ａ、Ｌ１３４Ｒ、Ｎ１３５Ｄ、Ｎ１３５Ｓ、Ｎ１３５Ｙ、Ａ１３６Ｇ、Ａ１３７Ｔ、Ｍ１３９Ｉ（Ｇ＞Ｃ）、Ｍ１３９Ｉ（Ｇ＞Ａ）、Ｍ１３９Ｋ、Ｍ１３９Ｌ、Ｍ１３９Ｔ、Ｍ１３９Ｖ、Ｖ１４２Ｆ、Ｖ１４２Ｉ、Ｉ１４３Ｆ、Ｉ１４３Ｍ、Ｉ１４３Ｎ、Ｉ１４３Ｔ、Ｉ１４３Ｖ、Ｍ１４６Ｉ（Ｇ＞Ｔ）、Ｍ１４６Ｉ（Ｇ＞Ｃ）、Ｍ１４６Ｉ（Ｇ＞Ａ）、Ｍ１４６Ｌ（Ａ＞Ｃ）、Ｍ１４６Ｌ（Ａ＞Ｔ）、Ｍ１４６Ｖ、Ｔ１４７Ｉ、Ｔ１４７Ｐ、Ｌ１５０Ｐ、Ｌ１５３Ｖ、Ｙ１５４Ｃ、Ｙ１５４Ｎ、Ｙ１５６Ｆ、Ｙ１５６＿Ｒ１５７ｉｎｓＩＹ、Ｒ１５７Ｓ、Ｙ１５９Ｆ、Ｈ１６３Ｐ、Ｈ１６３Ｒ、Ｈ１６３Ｙ、Ａ１６４Ｖ、Ｗ１６５Ｃ（Ｇ＞Ｔ）、Ｗ１６５Ｃ（Ｇ＞Ｃ）、Ｗ１６５Ｇ、Ｌ１６６Ｈ、Ｌ１６６Ｐ、Ｌ１６６Ｒ、Ｌ１６６Ｖ、Ｌ１６６ｄｅｌ、Ｉ１６７ｄｅｌ（ＴＴＡｄｅｌ）、Ｉ１６７ｄｅｌ（ＴＡＴｄｅｌ）、Ｉ１６８Ｔ、Ｓ１６９ｄｅｌ（ΔＳ１６９、Ｓｅｒ１６９ｄｅｌ、ΔＳ１７０）、Ｓ１６９Ｌ、Ｓ１６９Ｐ、Ｓ１７０Ｆ、Ｓ１７０Ｐ、Ｌ１７１Ｐ、Ｌ１７３Ｆ（Ｇ＞Ｔ）、Ｌ１７３Ｆ（Ｇ＞Ｃ）、Ｌ１７３Ｓ、Ｌ１７３Ｗ、Ｌ１７４ｄｅｌ、Ｌ１７４Ｍ、Ｌ１７４Ｒ、Ｆ１７５ｄｅｌ、Ｆ１７５Ｓ、Ｆ１７６Ｌ、Ｆ１７７Ｌ、Ｆ１７７Ｓ、Ｓ１７８Ｐ、Ｉ１８０Ｎ、Ｇ１８３Ｖ、Ｅ１８４Ｄ、Ｅ１８４Ｇ、Ｖ１９１Ａ、Ｉ２０２Ｆ、Ｗ２０３Ｃ、Ｆ２０５＿Ｇ２０６ｄｅｌ；ｉｎｓＣ、Ｇ２０６Ａ、Ｇ２０６Ｄ、Ｇ２０６Ｓ、Ｇ２０６Ｖ、Ｇ２０９Ａ、Ｇ２０９Ｅ、Ｇ２０９Ｒ、Ｇ２０９Ｖ、Ｍ２１０Ｒ、Ｓ２１２Ｙ、Ｉ２１３Ｆ、Ｉ２１３Ｌ、Ｉ２１３Ｔ、Ｈ２１４Ｄ、Ｈ２１４Ｎ、Ｈ２１４Ｒ、Ｈ２１４Ｙ、Ｇ２１７Ｄ、Ｇ２１７Ｒ、Ｌ２１９Ｆ、Ｌ２１９Ｐ、Ｌ２１９Ｒ、Ｒ２２０Ｐ、Ｑ２２２Ｈ、Ｑ２２２Ｐ、Ｑ２２２Ｒ、Ｑ２２３Ｒ、Ｌ２２６Ｆ、Ｌ２２６Ｒ、Ｉ２２７Ｖ、Ｉ２２９Ｆ、Ｓ２３０Ｉ、Ｓ２３０Ｎ、Ｓ２３０Ｒ、Ａ２３１Ｐ、Ａ２３１Ｔ、Ａ２３１Ｖ、Ｌ２３２Ｐ、Ｍ２３３Ｉ（Ｇ＞Ａ）、Ｍ２３３Ｉ（Ｇ＞Ｃ）、Ｍ２３３Ｌ（Ａ＞Ｃ）、Ｍ２３３Ｌ（Ａ＞Ｔ）、Ｍ２３３Ｔ、Ｍ２３３Ｖ、Ｌ２３５Ｐ、Ｌ２３５Ｒ、Ｌ２３５Ｖ、Ｆ２３７Ｃ、Ｆ２３７Ｉ、Ｆ２３７Ｌ、Ｉ２３８Ｍ、Ｋ２３９Ｎ、Ｌ２４１Ｒ、Ｔ２４５Ｐ、Ａ２４６Ｅ、Ａ２４６Ｐ、Ｌ２４８Ｐ、Ｌ２４８Ｒ、Ｉ２４９Ｌ、Ｌ２５０Ｆ、Ｌ２５０Ｓ、Ｌ２５０Ｖ、Ｙ２５６Ｎ、Ｙ２５６Ｓ、Ａ２６０Ｖ、Ｖ２６１Ｆ、Ｖ２６１Ｉ、Ｖ２６１Ｌ、Ｌ２６２Ｆ、Ｌ２６２Ｓ、Ｌ２６２Ｖ、Ｃ２６３Ｆ、Ｃ２６３Ｒ、Ｐ２６４Ｌ、Ｇ２６６Ｓ、Ｐ２６７Ａ、Ｐ２６７Ｌ、Ｒ２６９Ｇ、Ｒ２６９Ｈ、Ｌ２７１Ｖ、Ｖ２７２Ａ、Ｖ２７２Ｄ、Ｅ２７３Ａ、Ｅ２７３Ｇ、Ｔ２７４Ｒ、Ａ２７５Ｖ、Ｒ２７８Ｉ、Ｒ２７８Ｋ、Ｒ２７８Ｓ、Ｒ２７８Ｔ、Ｅ２８０Ａ、Ｅ２８０Ｇ、Ｅ２８０Ｋ、Ｌ２８２Ｆ、Ｌ２８２Ｒ、Ｌ２８２Ｖ、Ｆ２８３Ｌ、Ｐ２８４Ｌ、Ｐ２８４Ｓ、Ａ２８５Ｖ、Ｌ２８６Ｐ、Ｌ２８６Ｖ、Ｔ２９１Ａ、Ｔ２９１Ｐ、Ｐ３０３Ｌ、Ｋ３１１Ｒ、Ｅ３１８Ｇ、Ｄ３３３Ｇ、Ｒ３５２Ｃ、Ｒ３５２＿Ｓ３５３ｉｎｓＲ、Ｔ３５４Ｉ、Ｒ３５８Ｑ、Ａ３６０Ｔ、Ｓ３６５Ａ、Ｓ３６５Ｙ、Ｒ３７７Ｍ、Ｒ３７７Ｗ、Ｇ３７８Ｅ、Ｇ３７８Ｖ、Ｇ３７８ｆｓ、Ｌ３８１Ｆ、Ｌ３８１Ｖ、Ｇ３８４Ａ、Ｆ３８６Ｉ、Ｆ３８６Ｌ、Ｆ３８６Ｓ、Ｆ３８８Ｌ、Ｓ３９０Ｉ、Ｓ３９０Ｎ、Ｖ３９１Ｆ、Ｖ３９１Ｇ、Ｌ３９２Ｐ、Ｌ３９２Ｖ、Ｖ３９３Ｆ、Ｇ３９４Ｖ、Ａ３９６Ｔ、Ｎ４０５Ｓ、Ｉ４０８Ｔ、Ａ４０９Ｔ、Ｃ４１０Ｙ、Ｖ４１２Ｉ、Ｉ４１６Ｔ、Ｇ４１７Ａ、Ｇ４１７Ｓ、Ｌ４１８Ｆ、Ｌ４２０Ｒ、Ｌ４２４Ｆ、Ｌ４２４Ｈ、Ｌ４２４Ｐ、Ｌ４２４Ｒ、Ｌ４２４Ｖ、Ａ４２６Ｐ、Ａ４３１Ｅ、Ａ４３１Ｖ、Ｐ４３３Ｓ、Ａ４３４Ｃ、Ａ４３４Ｔ、Ｌ４３５Ｆ、Ｐ４３６Ｑ、Ｐ４３６Ｓ、Ｉ４３７Ｖ、Ｉ４３９Ｓ、Ｉ４３９Ｖ、Ｔ４４０ｄｅｌ、８６９－２Ａ＞Ｇ、８６９－２２＿８６９－２３ｉｎｓ１８（ΔＥ９、Δ９、デルタＥ９）、Ｉ２３８＿Ｋ２３９ｉｎｓＩ、Ｌ１７１＿Ｌ１７２ｉｎｓＹ、Ｓ２９０Ｃ；Ｔ２９１＿Ｓ３１９ｄｅｌ（ΔＥ９、Δ９）、Ｓ２９０Ｃ；Ｔ２９１＿Ｓ３１９ｄｅｌＡ＞Ｇ（ΔＥ９、Δ９）、Ｓ２９０Ｃ；Ｔ２９１＿Ｓ３１９ｄｅｌＧ＞Ａ（ΔＥ９、Δ９）、Ｓ２９０Ｃ；Ｔ２９１＿Ｓ３１９ｄｅｌＧ＞Ｔ（ΔＥ９、Δ９）、Ｓ２９０Ｗ；Ｓ２９１＿Ｒ３７７ｄｅｌ（Δ９－１０、デルタ９－１０、ｐ．Ｓｅｒ２９０＿Ａｒｇ３７７ｄｅｌｉｎｓＴｒｐ、ｇ．７３６７１９４８＿７３６８２０５４ｄｅｌ）が含まれる。

家族性及び散発性早期発症型アルツハイマー病（ＥＯＡＤ）の遺伝子スクリーニング研究において、ｃ．７７２Ｔ＞Ｃ，ｐ．（Ｌｅｕ２４１Ａｒｇ）、ｃ．５３９Ｔ＞Ａ，ｐ．（Ｉｌｅ１８０Ａｓｎ）、及びｃ．７１０Ｔ＞Ｇ，ｐ．（Ｐｈｅ２３７Ｃｙｓ）置換を保有する患者の家族で打ち切り効果が観察されたのに対し、ｃ．３３１Ｇ＞Ｔ，ｐ．（Ｇｌｙ１１１Ｔｒｐ）、ｃ．３５０Ｃ＞Ａ，ｐ．（Ｐｒｏ１１７Ｇｌｎ）、及びｃ．６１４＿６１６ｄｅｌ，ｐ．（Ｐｈｅ２０５＿Ｇｌｙ２０６ｄｅｌｉｎｓＣｙｓ）変異が新たに生じた。ある患者は、ｃ．１０７８Ｇ＞Ａｐ．（Ａｌａ３６０Ｔｈｒ）バリアントを有していた（ＬａｎｏｉｓｅｌｅｅＨＭ，ＮｉｃｏｌａｓＧ，ＷａｌｌｏｎＤ，ｅｔａｌ．ＡＰＰ，ＰＳＥＮ１，ａｎｄＰＳＥＮ２ｍｕｔａｔｉｏｎｓｉｎｅａｒｌｙ－ｏｎｓｅｔＡｌｚｈｅｉｍｅｒｄｉｓｅａｓｅ：Ａｇｅｎｅｔｉｃｓｃｒｅｅｎｉｎｇｓｔｕｄｙｏｆｆａｍｉｌｉａｌａｎｄｓｐｏｒａｄｉｃｃａｓｅｓ．ＰＬｏＳＭｅｄ．２０１７；１４（３）：ｅ１００２２７０．Ｐｕｂｌｉｓｈｅｄ２０１７Ｍａｒ２８．ｄｏｉ：１０．１３７１／ｊｏｕｒｎａｌ．ｐｍｅｄ．１００２２７０）。非家族性ＡＤ症例のスクリーニングならびに有効な遺伝子及び併用療法を含む、ＡＤなどの神経変性疾患の処置のための組成物及び方法が必要とされている。

ＰＳＥＮ２変異は、可変浸透率及び４５～８８歳の疾患発症年齢の広い範囲に関連する（ＢｉｒｄＴＤ，Ｌｅｖｙ－ＬａｈａｄＥ，ＰｏｏｒｋａｊＰ，ｅｔａｌ．ＡｎｎＮｅｕｒｏｌ．１９９６；４０（６）：９３２－９３６．ＳｈｅｒｒｉｎｇｔｏｎＲ，ＦｒｏｅｌｉｃｈＳ，ＳｏｒｂｉＳ，ｅｔａｌ．ＨｕｍＭｏｌＧｅｎ．１９９６；５（７）：９８５－９８８）。ＰＳＥＮ２変異は、ＥＯＡＤ及び晩期発症型アルツハイマー病（ＬＯＡＤ）の両方に関連する。３８種のうち１７種は、疾患を引き起こす変異であると予測される。変異のうち１０種は病原性ではなく、他のものは依然として不明である。１６種の変異は、膜貫通ドメイン内に位置する。細胞ベースの研究は、これらの変異のうち４つであるＴ１２２Ｐ、Ｎ１４１Ｉ、Ｍ２３９Ｉ、及びＭ２３９Ｖが、Ａβペプチドの量の増加を引き起こすことを示唆している。変異Ｔ１２２Ｒ、Ｓ１３０Ｌ、及びＭ２３９Ｉは、カルシウムシグナル伝達を変化させることが見出された。これらの変異のほとんどは、ヨーロッパ人及びアフリカ人の集団において発見された。現在まで、４つのミスセンス変異のみがアジア人の集団で説明された：Ａｓｎ１４１Ｔｙｒは、中国人の漢家系においてＥＯＡＤと関連し；Ｇｌｙ３４Ｓｅｒは、日本人の患者で見られ；Ａｒｇ６２Ｃｙｓ及びＶａｌ２１４Ｌｅｕは、韓国人の患者で説明されている（ＹａｎＣａｉｅｔａｌ．，２０１５，ｖｏｌ．１０，ｐａｇｅｓ１１６３－１１７２）。２つのＰＳＥＮ２変異であるＧｌｕ１２６ｆｓ及びＬｙｓ３０６ｆｓはフレームシフト変異であり、他のものは非同義置換である（ＬａｒｎｅｒＡＪ．Ｅｐｉｌｅｐｓｙ＆Ｂｅｈａｖｉｏｒ．２０１１；２１（１）：２０－２２）。

所定の実施形態では、置換ＰＳＥＮ１及び／またはＰＳＥＮ２をコードするポリヌクレオチドは、コドン最適化される。コドン最適化は、異種遺伝子発現のためのタンパク質発現を増強するために利用され得るコドン改変の形態である。コドン最適化は、合成コード配列が特定の生物についての「コドン使用頻度パターン」に一致するように改変される遺伝子最適化の方法である。例えば、特定の生物における特定のアミノ酸配列の発現を最適化するために、その生物によって「最も頻繁に使用されるコドン」（アミノ酸についての縮重コドンのリストからのもの）を選択するであろう。コドン最適化をすると、コードされるアミノ酸配列は同じままであるが、アミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列は異なり、その生物について最適化されている。ＰＳＥＮ１及びＰＳＥＮ２コード配列についての最適化コドンが以下の表に示されている。

（表１）好ましい最適化コドン

いくつかの実施形態では、置換ＰＳＥＮ１をコードするポリヌクレオチドは、配列番号６８のヌクレオチド１９０６～３３０３である。

発現カセット
アンチセンスオリゴヌクレオチドによるサイレンシングに耐性である置換野生型ＰＳＥＮ１及び／またはＰＳＥＮ２をコードするポリヌクレオチド配列（及び所定の実施形態では、そのようなアンチセンスオリゴヌクレオチドをコードするポリヌクレオチド配列）に加えて、本明細書で提供される発現カセットは、細胞の機能、特に遺伝子活性のコントロールに不可欠な所定の非コード領域を含有し得る。これらは、調節エレメントと称される。これらの非コード領域の一部またはさらにすべては、発現カセットが挿入されるベクターにおいて代替的に提供され得ることが当業者に明らかであるはずである。これらの非コード配列（発現カセットまたはベクター）の位置にかかわらず、それらは、アンチセンスオリゴヌクレオチドをコードするポリヌクレオチド配列及び置換ＰＳＥＮ１またはＰＳＥＮ２コード配列をコードするポリヌクレオチド配列に機能可能に連結されなければならない。

これらの非コード配列の役割は様々である。例えば、非コードＤＮＡは、タンパク質コード配列の転写及び翻訳制御、ＤＮＡ複製の起点、セントロメア、テロメア、足場付着領域（ＳＡＲ）、機能性ＲＮＡのための遺伝子を含む、調節エレメントとして作用する配列を含有する。非コードＤＮＡは、例えば、プロモーター、エンハンサーまたは転写を抑制するタンパク質のための結合部位を提供するサイレンサーなどの多くのタイプの調節エレメントを含有する。エンハンサーのように、サイレンサーは、それらがコントロールし、またはシス作用する遺伝子の前または後に見られ得る。インスレーターは、多数の様式で転写をコントロールするタンパク質のための結合部位を提供する。一部は、エンハンサーが転写を補助することを防止する（エンハンサー－ブロッカーインスレーター）。他のものは、遺伝子活性を抑制するＤＮＡにおける構造変化を防止する（障壁インスレーター）。いくつかのインスレーターは、エンハンサーブロッカー及び障壁の両方として機能し得る。非コード領域には、例えば、５’非翻訳領域（「ＵＴＲ」）、３’ＵＴＲ、またはその両方が含まれ得る。

発現カセットは、ＰＳＥＮ１またはＰＳＥＮ２コード配列、及び任意に、選択された遺伝子産物の発現に必要とされる、コード配列の前（５’非コード配列）及び後（３’非コード配列）の調節エレメントを含むポリヌクレオチドを含み得る。よって、発現カセットは、１）プロモーター配列；２）イントロン３）ＰＳＥＮ１またはＰＳＥＮ２コード配列；及び、４）真核生物では通常はポリアデニル化部位を含有する３’非翻訳領域（すなわち、ターミネーター）を含み得る。

同様に、発現カセットは、１つ以上のアンチセンスオリゴヌクレオチド、例えば、ｓｈＲＮＡ、またはｍｉＲＮＡをコードするポリヌクレオチドを含み得、発現に必要とされるｓｈＲＮＡまたはｍｉＲＮＡをコードする配列の前（すなわち、５’）及び後（すなわち、３’）の調節エレメントを含み得る。よって、発現カセットは、例えば、１）プロモーター配列；２）イントロン３）１つ以上のｓｈＲＮＡまたはｍｉＲＮＡをコードする配列；及び、４）ＲＮＡの転写の末端を規定する３’領域（すなわち、ターミネーター）を含み得る。各ｓｈＲＮＡまたはｍｉＲＮＡは、それ自体のプロモーター及びイントロンを有し得る。代替的には、１つのプロモーターは、一連の２、３、４、５、またはそれ以上のｓｈＲＮＡまたはｍｉＲＮＡに機能可能に連結され得る。

１つ以上のｓｈＲＮＡまたはｐｒｅ－ｍｉＲＮＡは、プロモーターに機能可能に連結された一連物で存在し得る。一連物で存在するｐｒｅ－ｍｉＲＮＡまたはｓｈＲＮＡは、ｐｒｅ－ｍｉＲＮＡまたはｓｈＲＮＡが一緒にまたは近接して配置されており、すべてが１つ以上の５’プロモーターに機能可能に連結されていることを意味する。したがって、第１のポリヌクレオチドは、ｍｉＲＮＡまたはｓｈＲＮＡ発現を誘導する１つ以上の５’プロモーターを含み得る。実施形態では、第１のポリヌクレオチドは、単一の５’プロモーターに連結された１つ以上のｍｉＲＮＡまたはｓｈＲＮＡを含む（例えば、配列番号３７及び配列番号３８を参照されたい）。別の実施形態では、第１のポリヌクレオチドは、１つ以上のｍｉＲＮＡまたはｓｈＲＮＡを含み、各ｍｉＲＮＡまたはｓｈＲＮＡは、異なる５’プロモーターに連結されている（例えば、配列番号４９を参照されたい）。様々なプロモーターが、第１のポリヌクレオチドの様々なｍｉＲＮＡまたはｓｈＲＮＡの発現を誘導し得る。例えば、５’プロモーターは、１つ以上のｍｉＲＮＡまたはｓｈＲＮＡを誘導し得、別の５’プロモーターは、１つ以上の異なるｍｉＲＮＡまたはｓｈＲＮＡを誘導し得る。異なるｍｉＲＮＡもしくはｓｈＲＮＡまたは異なる数のｍｉＲＮＡもしくはｓｈＲＮＡの発現を誘導するプロモーターは、同じまたは異なるプロモーターであり得る。

調節エレメントに機能可能に連結されたポリヌクレオチドを調製し、宿主細胞においてポリペプチドを発現させるための方法は、当該技術分野でよく知られている。例えば、米国特許番号４，３６６，２４６を参照されたい。ポリヌクレオチドは、ポリヌクレオチドの転写及び／または翻訳を指示する１つ以上の調節エレメントに隣接してまたはその近くに位置する場合、機能可能に連結されている場合がある。

発現カセットは、環状または線状核酸分子であり得る。いくつかの場合では、発現カセットは、ベクター（例えば、発現ベクター）において細胞（例えば、標的細胞もしくは細胞タイプ及び／または非標的細胞タイプを含む、複数の異なる細胞または細胞タイプ）に送達される。

調節エレメント
上記のとおり、本明細書に開示される発現カセットは、ＰＳＥＮ１（またはＰＳＥＮ２）をコードするポリヌクレオチドにまたはｓｈＲＮＡなどのアンチセンスオリゴヌクレオチドをコードするポリヌクレオチドに機能可能に連結された１つ以上の調節エレメントを含み得る。調節エレメントは、単独でまたは１つ以上の追加的な調節エレメントと一緒にポリヌクレオチドまたは遺伝子の発現に影響を及ぼすまたはそれを調節する遺伝子要素またはポリヌクレオチドである。調節エレメントは、ポリヌクレオチドまたは遺伝子発現を容易化し、ポリヌクレオチドまたは遺伝子発現を増加させ、ポリヌクレオチドまたは遺伝子発現を減少させ、及び／または特定の細胞タイプまたは組織における選択的ポリヌクレオチドまたは遺伝子発現を付与し得る。調節エレメントは、時間的及び／または空間的にポリヌクレオチドまたは遺伝子発現に影響を及ぼし、またはそれを調節し得る。本明細書で使用される場合、用語「ポリヌクレオチドまたは遺伝子発現を制御する」「ポリヌクレオチドまたは遺伝子発現に影響を及ぼす」または「ポリヌクレオチドまたは遺伝子発現を調節する」は、ポリヌクレオチドまたは遺伝子発現を増加させること、ポリヌクレオチドまたは遺伝子発現を減少させること、及び／または選択的ポリヌクレオチドまたは遺伝子発現を付与することを指す。「ポリヌクレオチドまたは遺伝子発現を制御すること」、「ポリヌクレオチドまたは遺伝子発現に影響を及ぼすこと」、または「ポリヌクレオチドまたは遺伝子発現を調節すること」は、時間的及び／または空間的制御を指し得る。

ポリヌクレオチドまたは遺伝子発現を調節するまたはそれに影響を及ぼす任意の遺伝子要素は、例えば、プロモーター、エンハンサー、クロマチンインスレーター、翻訳開始配列、例えば、強い及び弱いコザックシグナル配列、内部リボソーム進入部位、ｍＲＮＡ安定性配列、スプライシング及び切断などのｍＲＮＡプロセシングに影響を及ぼす配列、核からのｍＲＮＡ排出及び／またはｍＲＮＡ保持に影響を及ぼす配列、翻訳後反応要素、非コード配列、例えば、イントロン及び非翻訳領域（ＵＴＲ）、ポリＡ配列、リプレッサー、サイレンサー、ターミネーターなどを含む調節エレメントであり得る。調節エレメントは、転写レベル、転写後レベル、翻訳レベル、またはそれらの任意の組み合わせでポリヌクレオチドまたは遺伝子発現を調節するように機能し得る。調節エレメントは、ＲＮＡ転写産物が生成される速度を増加させ、生成されるＲＮＡの安定性を増加させ、ＲＮＡ転写産物からのタンパク質合成の速度を増加させ、ＲＮＡ分解を防止し、及び／またはＲＮＡ安定性を増加させて、例えば、タンパク質合成を容易化し得る。調節エレメントは、末端逆位反復（ＩＴＲ）配列または長い末端反復（ＬＴＲ）に位置し得る。

本明細書に記載の核酸発現カセットは、例えば、転写、転写後、及び翻訳レベルを含む任意の工程でポリヌクレオチドまたは遺伝子発現を制御するまたは調節する調節エレメントを含み得る。調節エレメントは、ポリヌクレオチドまたは遺伝子発現を制御または調節するための複数の様式で複数のレベルまたは機能でポリヌクレオチドまたは遺伝子発現を制御または調節し得る。よって、調節エレメントは、上述した機能のうちの任意の機能または任意の組み合わせを有し得る。例えば、調節エレメントは、ｍＲＮＡ安定化要素として機能し、翻訳を調節、すなわち、増加または減少させ得る。さらに別の例として、調節エレメントは、転写開始を調節し、ｍＲＮＡ安定性を調節し得る。調節エレメントはまた、それがポリヌクレオチドまたは遺伝子発現を調節する重要な機能を有し、ポリヌクレオチドまたは遺伝子発現を増加または減少させる１つ以上の追加的な機能を有し得る。調節エレメントは、ポリヌクレオチドまたは遺伝子発現を調節する際に同じもしくは異なる機能を有するまたは同じもしくは異なる工程でポリヌクレオチドまたは遺伝子発現を調節する他の調節エレメント内に位置し、またはそれと重複する配列を含み得る。

調節エレメントは、コードまたは非コードＤＮＡ配列に由来し得る。非コードＤＮＡに由来する調節エレメントは、遺伝子に関連し得、例えば、上流配列、イントロン、３’及び５’非翻訳領域（ＵＴＲ）、及び／または下流領域などの遺伝子内に見られ得る。本明細書で使用される場合、用語「上流」は、核酸に言及する場合、別の配列に対して５’を意味し、用語「下流」は、別の配列に対して３’を意味する。用語「上流」は、文脈が別段明らかに示さない限り、互いに対する配列の位置に言及する場合、用語「５’」と互換的に使用され得る。用語「下流」は、文脈が別段明らかに示さない限り、互いに対する配列の位置に言及する場合、用語「３’」と互換的に使用され得る。

いくつかの実施形態では、非コードＤＮＡ配列に由来する調節エレメントは、遺伝子に関連せず、例えば、遺伝子内に見られない場合がある。調節エレメントの由来となっているゲノム領域は、機能可能に連結されたポリヌクレオチドが由来するゲノム領域とは異なり得る。いくつかの実施形態では、調節エレメントは、機能可能に連結されたポリヌクレオチド（例えば、内因性遺伝子または異種遺伝子の内因性バージョンに由来するｃＤＮＡなど）の由来となっているゲノム領域または位置に関して遠位のゲノム領域または位置に由来する。いくつかの実施形態では、調節エレメントは、イントロン配列を含む。イントロン配列は、任意の遺伝子に由来する配列を含み得る。いくつかの実施形態では、イントロン配列は、機能可能に連結されたポリヌクレオチドの由来となっているゲノム領域に由来する。例えば、本明細書に記載の核酸発現カセットは、ポリヌクレオチドに対応するまたはｃＤＮＡの形態のポリヌクレオチドを生じさせた内因性遺伝子からのイントロンを含み得る。別の例として、本明細書に記載の核酸発現カセットは、ポリヌクレオチドに対応せず、それを生じさせてもいない内因性遺伝子からのイントロンを含み得る。

プロモーター
プロモーターは、コード配列または遺伝子の発現をコントロールすることが可能なヌクレオチド配列である。プロモーターは通常、それらが制御する配列の５’に位置する。プロモーターは、それらの全体がネイティブ遺伝子に由来し、または天然に見られるプロモーターに由来する異なる要素から構成され、及び／または、合成ヌクレオチドセグメントを含み得る。当業者は、異なるプロモーターが、特定の刺激物に反応して、例えば、細胞または組織特異的様式で、異なる環境または生理的条件に反応して、または特定の化合物に反応して、コード配列または遺伝子の発現を制御し得ることを容易に解明する。プロモーターは典型的に、２つのクラス：誘導及び構成的に分類される。構成的プロモーターは、そのコントロール下でコード配列または遺伝子の継続的転写を可能にするプロモーターを指す。

誘導性プロモーターは、刺激物または外因性環境条件に反応してそのコントロール下でコード配列または遺伝子の転写のレベルの増加を開始させるプロモーターを指す。誘導性である場合、誘導因子分子が存在する場合にのみ関連するポリヌクレオチドが転写されるように、発現の制御を媒介する、それに存在する誘導因子ポリヌクレオチドが存在する。直接的誘導性プロモーターは、制御領域であって、制御領域は、タンパク質またはポリペプチドをコードする遺伝子に機能可能に連結されており、前記制御領域の誘導因子の存在下で、タンパク質またはポリペプチドが発現する、制御領域を指す。間接的誘導性プロモーターは、２つ以上の制御領域を含む制御システムであって、例えば、第１の制御領域は、第１のタンパク質、ポリペプチド、または因子、例えば、第２の遺伝子に機能可能に連結された第２の制御領域を制御することが可能な転写制御因子をコードする第１の遺伝子に機能可能に連結されており、第２の制御領域は、活性化または抑制され、それにより第２の遺伝子の発現を活性化または抑制し得るものを指す。直接的誘導性プロモーター及び間接的誘導性プロモーターの両方が、誘導性プロモーターに包含される。

プロモーターは、選択された宿主生物（例えば、ヒトなどの哺乳動物）における転写活性を示す任意のポリヌクレオチドであり得る。プロモーターは、天然に存在し得、様々な天然に存在するプロモーターの部分から構成され得、または部分的もしくは全体的に合成であってもよい。プロモーターの設計のためのガイダンスは、ＨａｒｌｅｙａｎｄＲｅｙｎｏｌｄｓ，ＮｕｃｌｅｉｃＡｃｉｄｓＲｅｓ．，１５，２３４３－６１（１９８７）のものなどの、プロモーター構造の研究に由来する。また、転写開始に対するプロモーターの位置は、最適化され得る。哺乳動物及び哺乳動物細胞において使用するための多くの好適なプロモーターは、関連する発現可能なポリヌクレオチドの発現を向上させるポリヌクレオチドと同様に、当該技術分野でよく知られている。

真核生物プロモーターには、ＲＮＡｐｏｌＩ、ＲＮＡｐｏｌＩＩ、及びＲＮＡｐｏｌＩＩＩプロモーターが含まれる。ＲＮＡｐｏｌＩは、例えば、リボソームＲＮＡをコードする遺伝子を転写し得る。ＲＮＡｐｏｌＩＩは、例えば、ｍＲＮＡ、小核ＲＮＡ、及びマイクロ干渉ＲＮＡをコードする遺伝子を転写し得る。ＲＮＡｐｏｌＩＩＩは、例えば、ｔＲＮＡ、リボソームＲＮＡ、及び他の小分子ＲＮＡをコードする遺伝子を転写し得る。ＲＮＡｐｏｌＩＩプロモーターは、例えば、誘導性遺伝子発現及び選択的または組織特異的遺伝子発現を提供し得る。

プロモーターは、ニューロン特異的プロモーターであり得る。ニューロン特異的プロモーターは、ニューロン細胞におけるポリヌクレオチドまたは治療遺伝子の選択的発現を提供し得る。特定の細胞タイプに限定または制限される選択的発現は、しばしば望ましくなく、例えば、副作用をもたらし得るオフターゲット作用を防止または低減し得る。本明細書で使用される場合、「選択的発現」は、ニューロンでは、非ニューロン細胞と比較して有意に高い（すなわち、少なくとも２倍、少なくとも５倍、少なくとも１０倍、少なくとも５０倍、少なくとも１００倍またはそれ以上高い発現を指す。いくつかの実施形態では、非ニューロン細胞における発現はない。その上、ニューロン特異的プロモーターが利用される場合、それに機能可能に連結したポリヌクレオチドは、ニューロンの少なくとも１％、少なくとも２％、少なくとも３％、少なくとも４％、少なくとも５％、少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％、及びその間の任意の数または範囲において発現し得る。

特定の細胞タイプまたは標的細胞に選択的なＲＮＡｐｏｌＩＩプロモーターは、任意の細胞タイプにおいて発現を誘導し得る一般的なプロモーターと比較して、または標的細胞以外の１つ以上の細胞タイプにおいて発現を誘導するプロモーターと比較して、標的細胞において強い発現を提供し得る。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の核酸発現カセットのニューロン特異的プロモーターは、任意の細胞タイプにおいて発現を誘導し得るプロモーターによって提供される発現と比較して少なくとも５％、少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、及びその間の任意の数または範囲だけ高い発現を提供する。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の核酸発現カセットのニューロン特異的プロモーターは、１つ以上の非ニューロン細胞において発現を誘導し得るプロモーターによって提供される発現と比較して少なくとも５％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、及びその間の任意の数または範囲だけ高い発現を提供する。

任意のニューロン特異的プロモーターが、本明細書で提供される核酸発現カセットにおいて使用され得る。例示的なプロモーターには、ソマトスタチン（ＳＳＴ）遺伝子プロモーター配列番号６３、神経ペプチドＹ（ＮＰＹ）プロモーター配列番号６２、アルファ－カルシウム／カルモジュリンキナーゼ２Ａプロモーター、シナプシンＩプロモーター配列番号６４または配列番号６５、ニューロン特異的エノラーゼ（ＮＳＥ）配列番号５６、ドパミン作動性受容体１（Ｄｒｄ１ａ）プロモーター、チューブリンアルファＩプロモーターなどが含まれる。ハイブリッドプロモーターも使用され得る。本明細書で使用される場合、用語「ハイブリッドプロモーター」は、複数の遺伝子に由来するプロモーター配列を含むプロモーターを指す。プロモーターは、例えば、ヒト、アカゲザルマカク、マウス、ラット、及びニワトリを含む任意の種からのものであり得る。

これらの実施形態の代替的な態様では、プロモーターは、ＣＡＧ（配列番号５０）、ＣＢＡ（配列番号５１または配列番号６８のヌクレオチド９４１～１２１３）、ＵＢＣ（配列番号５２）、ＰＧＫ（配列番号５３）、ＰＫＣ、ＥＦ１ａ（配列番号５４）、ＧＵＳＢ（配列番号５９）、ＣＭＶ（配列番号５５）、ＰＤＧＦ、デスミン、ＭＣＫ、ＭｅＣＰ２（配列番号５７）、ＧＦＡＰ（配列番号５８）、ＭＢＰ、ＲＳＶ（配列番号６０）、ＳＶ４０（配列番号６１）、またはベータ－グロビン（配列番号６６）から選択される。

クロマチンインスレーター配列
核酸発現カセットは、クロマチンインスレーター配列をさらに含み得る。クロマチンへの遺伝子のパッケージングは、細胞の転写機構への遺伝子のアクセスを不能とし、ほとんどまたは全く遺伝子発現しないようになり得る。クロマチンインスレーターは、配列が転写的に不活性なクロマチンにパッケージングされることから保護し得る。核酸発現カセットにクロマチンインスレーター配列を含めることは、ポリヌクレオチドをアクセス可能な状態で維持し、転写を生じさせ得る。任意のクロマチンインスレーターが、本明細書で提供される核酸発現カセットにおいて使用され得る。例示的なクロマチンインスレーター配列には、ＣＴＣＦインスレーター、ｇｙｐｓｙインスレーター、及びβ－グロビン遺伝子座が含まれる。哺乳動物及び非哺乳動物ならびに脊椎動物及び非脊椎動物を含む任意の種からのクロマチンインスレーター配列が使用され得る。例として、ヒトベータグロビン遺伝子座ＨＳ４からのクロマチンインスレーター配列が使用され得る。クロマチンインスレーター配列の他の例には、ニワトリ及びショウジョウバエからの配列が含まれる。

本明細書に記載の核酸発現カセットは、転写が生じた後に機能する調節エレメントを含み得る。転写後調節エレメントは、例えば、ＲＮＡ安定性及び分解、プロセシング、例えば、スプライシング及び切断、ならびに核からの排出を調節し得る。転写後調節エレメントはまた、例えば、翻訳に利用可能なｍＲＮＡの量を調節することによって及び調節翻訳開始によって翻訳を調節し得る。

ｍＲＮＡ安定性要素
核酸発現カセットは、少なくとも１つのｍＲＮＡ安定性要素を含み得る。任意のｍＲＮＡ安定性要素が核酸発現カセットに含まれ得る。ｍＲＮＡ安定性要素は、発現及び核保持要素、５’ＵＴＲ、３’ＵＴＲ、ＵＴＲ内の要素などであり得る。例示的なｍＲＮＡ安定性要素には、ＭＡＬＡＴ１ｍＲＮＡ安定性要素、ＮＥＡＴ１安定性要素、カポジ肉腫関連ヘルペスウイルス（ＫＳＨＶ）、アカゲザルラジノウイルス（ＲＲＶ）；及びウマヘルペスウイルス２（ＥＨＶ２）からのウイルス発現及び核保持要素、ならびにウッドチャック転写後調節エレメント（ＷＰＲＥ）、ＨＢＡ１、ＨＢＡ２、リポキシゲナーゼ、アルファ（Ｉ）－コラーゲンのＣリッチ安定性要素、ならびにチロシンヒドロキシラーゼ３’ＵＴＲ、例えば、３’ＵＴＲのＡＵリッチ要素（ＡＲＥ）などが含まれる。ｍＲＮＡ安定性要素は、例えば、発現及び核保持要素であり得る。ｍＲＮＡ安定性要素は、ｍＲＮＡの分解を防止または減少させ得る。例えば、ｍＲＮＡの分解は、ｍＲＮＡ安定性要素を含まない核酸発現カセットと比較して、ｍＲＮＡ安定性要素が含まれる場合には、約５％、約１０％、約２０％、約３０％、約４０％、約５０％、約６０％、約７０％、約８０％、約９０％、約９５％、約９９％、及びその間の任意の数または範囲だけ減少し得る。実施形態では、ｍＲＮＡの分解は存在しない。ｍＲＮＡの分解を防止または減少させる任意の配列は、ｍＲＮＡ安定性要素であり得る。いくつかの実施形態では、非翻訳領域（ＵＴＲ）は、本明細書で提供される核酸発現カセットにおけるｍＲＮＡ安定性要素である。３’ＵＴＲ、５’ＵＴＲ、または３’ＵＴＲ及び５’ＵＴＲが、本明細書に記載の核酸発現カセットに含まれ得る。いくつかの実施形態では、ｍＲＮＡ安定性要素は、非コード配列に由来する配列またはＵＴＲである。

ｍＲＮＡ安定性要素は、核酸発現カセットにおける任意の位置に配置され得る。例えば、ｍＲＮＡ安定性要素は、ポリヌクレオチドのオープンリーディングフレームに対して３’及びポリアデニル化部位の前または５’に配置され得る。別の例として、ｍＲＮＡ安定性要素は、ポリヌクレオチドのオープンリーディングフレームに対して５’及びポリアデニル化部位に対して５’に配置され得る。

核酸発現カセットは、非翻訳領域（ＵＴＲ）を含み得る。通常、ＵＴＲは、ｍＲＮＡ上のコード配列の各側に見られ、すなわち、ｍＲＮＡは通常、コード配列の上流の５’ＵＴＲ及び終止コドンの直後の３’ＵＴＲまたはトレーラー配列を有する。

５’ＵＴＲは通常、リボソームが結合し、翻訳を開始することを可能にする、リボソームによって認識される配列を含む。翻訳開始のための例示的な配列には、コザック開始シグナル配列及び内部リボソーム進入部位が含まれる。本明細書で使用される場合、用語「コザック開始シグナル配列」、「コザックコンセンサス配列」、及び「コザック配列」は、文脈が別段明らかに示さない限り、互換的に使用され得る。当業者は、コザック開始シグナル配列が、５’ＵＴＲにおいて部分的に位置し、以下に記載されるように、ＡＵＧ翻訳開始コドン自体及びＡＵＧ開始コドンの直後または下流のヌクレオチドを含み得ることを理解する。

ｍＲＮＡの翻訳開始は典型的には、リボソームによって認識されるＡＴＧコドンで生じる。翻訳が開始するＡＴＧコドンは、ｍＲＮＡ配列に存在する第１のＡＴＧ開始コドンではない場合がある。コザック配列と呼ばれるモチーフが、ＡＴＧコドンに翻訳開始を指示し得る。コザックコンセンサス配列は、５’－（ｇｃｃ）ｇｃｃＲｃｃＡＵＧＧ－３として定義され、下線のあるＡＵＧは、翻訳開始コドンを示し；大文字は、保存塩基を示し；「Ｒ」は、より頻繁なアデニンを伴うプリンの存在を示し；小文字は、変わり得る位置における最も一般的な塩基を示し；配列（ｇｃｃ）は、意義不明のものである。これらの特徴に加えて、他の位置及び特徴が翻訳開始に寄与し得る。強い及び弱いコザックコンセンサス配列が記載されており、強いコザックコンセンサス配列は、翻訳開始に最適と考えられる上記特徴を含み、弱いコザックコンセンサス配列は、強いコザックコンセンサス配列から外れたまたは異なる特徴を含む。ｍＲＮＡから合成されるタンパク質の量は、コザック配列の強さに依存し得る。例えば、ＡＵＧ翻訳開始コドンの直ぐ上流のＣＣＡＣＣ配列は、ＣＣＡＣＣとは異なる配列と比較して翻訳開始の速度を増加させ得る。

いくつかの実施形態では、本明細書で提供される核酸発現カセットは、コザック翻訳開始シグナルを含む。コザック翻訳開始シグナルは、翻訳開始ＡＵＧコドンのすぐ上流または５’に位置し得る。強いコザック配列である任意のコザックコンセンサス配列が使用され得る。いくつかの実施形態では、コザック翻訳開始シグナルは、配列ＣＣＡＣＣを含む。使用され得る追加的なコザック翻訳開始配列には、ＧＣＣＡＣＣ、ＣＣＧＣＣ、ＣＣＡＣＧ、ＣＣＧＣＧ、ＣＣＡＣＡ、ＣＣＧＣＡなどが含まれる。別の例として、ＸＹＲＹＹ（「Ｘ」はＣまたはＧであり、「Ｒ」はプリンであり、「Ｙ」はＣ、Ｇ、またはＡである）の任意の配列が使用され得る。

転写終結領域
組換えコンストラクトまたは発現カセットの転写終結領域は、終止コドン及び転写ターミネーター配列を含む下流制御領域である。使用され得る転写終結領域は、転写開始領域と相同であり得、対象となるポリペプチドをコードするポリヌクレオチドと相同であり得、または異種であり得る（すなわち、別の源に由来する）。転写終結領域は、天然に存在し、または全体的もしくは部分的に合成であり得る。転写終結領域をコードする３’非コード配列は、組換えコンストラクトまたは発現コンストラクトで提供され得、開始領域が得られた遺伝子の３’領域からのものまたは異なる遺伝子からのものであり得る。多数の終結領域が知られており、それらの由来となっている同じ及び異なる属及び種の両方において利用される場合、多様な宿主において十分に機能する。終結領域はまた、好ましい宿主に対してネイティブの様々な遺伝子に由来し得る。終結領域は通常、任意の特定の特性のためよりも利便性のために選択される。

３’ＵＴＲ通常は、翻訳終結において及び転写後遺伝子発現において重要な役割を果たす。例えば、３’ＵＴＲにおける制御領域は、ｍＲＮＡのポリアデニル化、翻訳効率、局在化、及び安定性に影響を及ぼし得る。３’ＵＴＲは、例えば、制御タンパク質のための及びマイクロ干渉ＲＮＡ（ｍｉＲＮＡ）のための結合部位を含有し得る。ｍｉＲＮＡ結合は、翻訳を阻害することによってまたは転写産物の分解を引き起こすことによってｍＲＮＡの発現を減少させ得る。３’ＵＴＲはまた、リプレッサータンパク質に結合するサイレンサー領域を有し、それによりｍＲＮＡの発現または翻訳を阻害し得る。３’ＵＴＲは、ＡＵリッチ要素（ＡＲＥ）を含有し得る。ＡＲＥに結合するタンパク質は、局在化様式で転写産物の安定性または減衰速度に影響を及ぼし、または翻訳開始に影響を及ぼし得る。通常、３’ＵＴＲは、ポリ（Ａ）テールと呼ばれる数百のアデニン残基のｍＲＮＡ転写産物の末端への付加を指示する配列ＡＡＵＡＡＡを含有する。ポリ（Ａ）結合タンパク質（ＰＡＢＰ）は、このテールに結合し、ｍＲＮＡ翻訳、安定性、及び排出の制御に寄与し得る。例えば、ポリ（Ａ）テール結合ＰＡＢＰは、転写産物の５’末端と関連付けられたタンパク質と相互作用し、翻訳を促進するｍＲＮＡの環状化をもたらす。３’ＵＴＲはまた、タンパク質を引き寄せてｍＲＮＡを細胞骨格と関連付け、それを細胞核にまたは細胞核から輸送し、または他のタイプの局在化を実施する配列を含有し得る。３’ＵＴＲ内の配列及び３’ＵＴＲの物理的特徴（その長さ及び二次構造を含む）は、翻訳制御に寄与し得る。３’ＵＴＲはまた、ｍＲＮＡ転写を調節する要素を含み、よって、転写調節エレメントとして機能し得る。

いくつかの実施形態では、本明細書に記載の核酸発現カセットには、５’ＵＴＲ配列、３’ＵＴＲ配列、または５’ＵＴＲ配列及び３’ＵＴＲ配列が含まれる。任意の遺伝子に由来する任意の５’ＵＴＲ配列及び任意の３’ＵＴＲ配列が使用され得る。好ましくは、本明細書で提供される核酸発現カセットに含まれる５’ＵＴＲ及び３’ＵＴＲ配列は、ヒト遺伝子に由来するが、５’ＵＴＲ及び３’ＵＴＲ配列は、任意の遺伝子からのもの及び任意の生物からのものであり得る。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の核酸発現カセットは、プレセニリン１遺伝子の５’ＵＴＲ配列、３’ＵＴＲ配列、または５’ＵＴＲ配列及び３’ＵＴＲ配列を含む。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の核酸発現カセットは、ヒトプレセニリン１遺伝子の５’ＵＴＲ配列、３’ＵＴＲ配列、または５’ＵＴＲ配列及び３’ＵＴＲ配列を含む。いくつかの実施形態では、核酸発現カセットに含まれる５’ＵＴＲ及び３’ＵＴＲ配列は、ｍＲＮＡ安定性要素として機能するが、任意の５’ＵＴＲ及び／または３’ＵＴＲ配列は、上述した機能のいずれかを含む任意の他の機能に寄与して、本明細書で提供される核酸発現カセットのＰＳＥＮ１または他の治療遺伝子をコードするポリヌクレオチドの発現を調節し得る。いくつかの実施形態では、５’ＵＴＲ配列、３’ＵＴＲ配列、または５’ＵＴＲ配列及び３’ＵＴＲ配列は、ｍＲＮＡを安定化するように機能する。

いくつかの実施形態では、本明細書に記載の核酸発現カセットは、イントロンを含む。イントロンは、スプライシングを促進し、例えば、核外搬出を増強し得る。任意の遺伝子からの任意のイントロン配列が使用され得る。いくつかの実施形態では、本明細書で提供される核酸発現カセットには、ＰＳＥＮ１以外の遺伝子に由来するイントロン配列が含まれる。いくつかの実施形態では、イントロンは、バリアント長さ及び追加的であるが重複する機能を有するタンパク質アイソフォームを生成するために選択的スプライシングを可能とする。タンパク質アイソフォームはまた、異なる細胞機能及び特性を有し得る。選択的スプライシングは、ｍＲＮＡコード配列を変化させるために組み合わされるイントロン及びエクソン配列を再編成し得る。いくつかの実施形態では、本明細書で提供される核酸発現カセットには、ＰＳＥＮ１遺伝子に由来するイントロン配列が含まれる。例えば、ＰＳＥＮ１をコードするポリヌクレオチドのｃＤＮＡは、１つ以上のイントロン配列を含み得る。１つ以上のイントロン配列は、ＰＳＥＮ１イントロン配列または任意の他のイントロン配列であり得る。いくつかの実施形態では、全体的イントロン配列が、本明細書に記載の核酸発現カセットに含まれる。いくつかの実施形態では、部分的イントロン配列が、本明細書に記載の核酸発現カセットに含まれる。いくつかの実施形態では、全体的及び部分的イントロン配列の組み合わせが、本明細書に記載の核酸発現カセットに含まれる。

本明細書で提供される核酸発現カセットの調節エレメント及びポリヌクレオチドは、任意の様式で組み合わされ得る。

改変または変異核酸配列
いくつかの実施形態では、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、例えば、核酸塩基、骨格などの変異、欠失、置換、改変の導入によって、ネイティブ核酸配列から改変され、またはそれに由来し得る。核酸配列には、ｄｓＲＮＡ、ｄｓＤＮＡ及びオリゴヌクレオチドなどが含まれる。本発明のために想定されるいくつかの改変核酸配列の例には、改変骨格、例えばホスホロチオエート、ホスホトリエステル、メチルホスホネート、短鎖アルキルまたはシクロアルキル糖間結合または短鎖ヘテロ原子もしくは複素環式糖間結合を含むものが含まれる。いくつかの実施形態では、改変オリゴヌクレオチドは、ホスホロチオエート骨格を有するもの及びヘテロ原子骨格を有するもの、ＣＨ_２－－ＮＨ－－Ｏ－－ＣＨ_２、ＣＨ，－－Ｎ（ＣＨ_３）－－Ｏ－－ＣＨ_２［メチレン（メチルイミノ）またはＭＭＩ骨格として知られている］、ＣＨ_２－－Ｏ－－Ｎ（ＣＨ_３）－－ＣＨ_２、ＣＨ_２－－Ｎ（ＣＨ_３）－－Ｎ（ＣＨ_３）－－ＣＨ_２及びＯ－－Ｎ（ＣＨ_３）－－ＣＨ_２－－ＣＨ_２骨格（ネイティブホスホジエステル骨格は、Ｏ－－Ｐ－－Ｏ－－ＣＨとして表される）を含む。ＤｅＭｅｓｍａｅｋｅｒｅｔａｌ．Ａｃｃ．Ｃｈｅｍ．Ｒｅｓ．１９９５，２８：３６６－３７４）によって開示されるアミド骨格も、本明細書で具現化される。いくつかの実施形態では、核酸配列は、モルホリノ骨格構造（ＳｕｍｍｅｒｔｏｎａｎｄＷｅｌｌｅｒ、米国特許番号５，０３４，５０６）、オリゴヌクレオチドのホスホジエステル骨格がポリアミド骨格で置き換えられ、核酸塩基がポリアミド骨格のアザ窒素原子に直接的または間接的に結合したペプチド核酸（ＰＮＡ）骨格（Ｎｉｅｌｓｅｎｅｔａｌ．Ｓｃｉｅｎｃｅ１９９１，２５４，１４９７）を有する。核酸配列はまた、１つ以上の置換糖部位を含み得る。核酸配列はまた、ペントフラノシル基の代わりにシクロブチルなどの糖ミメティックを有し得る。

アンチセンスオリゴヌクレオチドにはまた、追加的にまたは代替的に、核酸塩基（当該技術分野ではしばしば単に「塩基」と称される）改変または置換が含まれ得る。本明細書で使用される場合、「未改変」または「天然」核酸塩基には、アデニン（Ａ）、グアニン（Ｇ）、チミン（Ｔ）、シトシン（Ｃ）及びウラシル（Ｕ）が含まれる。改変核酸塩基には、天然核酸では低頻度または過渡的にしか見られない核酸塩基が含まれ、例えば、ヒポキサンチン、６－メチルアデニン、５－Ｍｅピリミジン、特に５－メチルシトシン（５－メチル－２’デオキシシトシンとも称され、当該技術分野ではしばしば５－Ｍｅ－Ｃと称される）、５－ヒドロキシメチルシトシン（ＨＭＣ）、グリコシルＨＭＣ及びゲントビオシルＨＭＣ、ならびに合成核酸塩基、例えば、２－アミノアデニン、２－（メチルアミノ）アデニン、２－（イミダゾリルアルキル）アデニン、２－（アミノアルキルアミノ）アデニン、または他のヘテロ置換されたアルキルアデニン、２－チオウラシル、２－チオチミン、５－ブロモウラシル、５－ヒドロキシメチルウラシル、８－アザグアニン、７－デアザグアニン、Ｎ^６（６－アミノヘキシル）アデニン及び２，６－ジアミノプリンが含まれる。Ｋｏｒｎｂｅｒｇ，Ａ．，ＤＮＡＲｅｐｌｉｃａｔｉｏｎ，Ｗ．Ｈ．Ｆｒｅｅｍａｎ＆Ｃｏ．，ＳａｎＦｒａｎｃｉｓｃｏ，１９８０，ｐｐ７５－７７；Ｇｅｂｅｙｅｈｕ，Ｇ．，ｅｔａｌ．Ｎｕｃｌ．ＡｃｉｄｓＲｅｓ．１９８７，１５：４５１３）。当該技術分野で知られている「普遍的」塩基、例えば、イノシンが含まれ得る。５－Ｍｅ－Ｃ置換は、核酸二本鎖安定性を０．６～１．２℃上昇させることが示されている。（Ｓａｎｇｈｖｉ，Ｙ．Ｓ．，ｉｎＣｒｏｏｋｅ，Ｓ．Ｔ．ａｎｄＬｅｂｌｅｕ，Ｂ．，ｅｄｓ．，ＡｎｔｉｓｅｎｓｅＲｅｓｅａｒｃｈａｎｄＡｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ，ＣＲＣＰｒｅｓｓ，ＢｏｃａＲａｔｏｎ，１９９３，ｐｐ．２７６－２７８）。

他の改変された核酸塩基の例は、例えば、ＧｅｎｅｓＶＩ，Ｃｈａｐｔｅｒ９（“ＩｎｔｅｒｐｒｅｔｉｎｇｔｈｅＧｅｎｅｔｉｃＣｏｄｅ”），Ｌｅｗｉｓ，ｅｄ．（１９９７，ＯｘｆｏｒｄＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙＰｒｅｓｓ，ＮｅｗＹｏｒｋ）、及びＭｏｄｉｆｉｃａｔｉｏｎａｎｄＥｄｉｔｉｎｇｏｆＲＮＡ，ＧｒｏｓｊｅａｎａｎｄＢｅｎｎｅ，ｅｄｓ．（１９９８，ＡＳＭＰｒｅｓｓ，ＷａｓｈｉｎｇｔｏｎＤＣ）で見ることができる。改変ＲＮＡ成分には、以下のものが含まれる：２’－Ｏ－メチルシチジン；Ｎ^４－メチルシチジン；Ｎ^４－２’－Ｏ－ジメチルシチジン；Ｎ^４－アセチルシチジン；５－メチルシチジン；５，２’－Ｏ－ジメチルシチジン；５－ヒドロキシメチルシチジン；５－ホルミルシチジン；２’－Ｏ－メチル－５－ホルマイルシチジン；３－メチルシチジン；２－チオシチジン；リシジン；２’－Ｏ－メチルウリジン；２－チオウリジン；２－チオ－２’－Ｏ－メチルウリジン；３，２’－Ｏ－ジメチルウリジン；３－（３－アミノ－３－カルボキシプロピル）ウリジン；４－チオウリジン；リボシルチミン；５，２’－Ｏ－ジメチルウリジン；５－メチル－２－チオウリジン；５－ヒドロキシウリジン；５－メトキシウリジン；ウリジン５－オキシ酢酸；ウリジン５－オキシ酢酸メチルエステル；５－カルボキシメチルウリジン；５－メトキシカルボニルメチルウリジン；５－メトキシカルボニルメチル－２’－Ｏ－メチルウリジン；５－メトキシカルボニルメチル－２’－チオウリジン；５－カルバモイルメチルウリジン；５－カルバモイルメチル－２’－Ｏ－メチルウリジン；５－（カルボキシヒドロキシメチル）ウリジン；５－（カルボキシヒドロキシメチル）ウリジンメチルエステル；５－アミノメチル－２－チオウリジン；５－メチルアミノメチルウリジン；５－メチルアミノメチル－２－チオウリジン；５－メチルアミノメチル－２－セレノウリジン；５－カルボキシメチルアミノメチルウリジン；５－カルボキシメチルアミノメチル－２’－Ｏ－メチル－ウリジン；５－カルボキシメチルアミノメチル－２－チオウリジン；ジヒドロウリジン；ジヒドロリボシルチミン；２’－メチルアデノシン；２－メチルアデノシン；Ｎ^６Ｎメチルアデノシン；Ｎ^６，Ｎ^６－ジメチルアデノシン；Ｎ^６，２’－Ｏ－トリメチルアデノシン；２メチルチオ－Ｎ^６Ｎイソペンテニルアデノシン；Ｎ^６－（ｃｉｓ－ヒドロキシイソペンテニル）－アデノシン；２－メチルチオ－Ｎ^６－（ｃｉｓ－－ヒドロキシイソペンテニル）－アデノシン；Ｎ^６－グリシニルカルバモイル）アデノシン；Ｎ^６トレオニルカルバモイルアデノシン；Ｎ^６－メチル－Ｎ^６－トレオニルカルバモイルアデノシン；２－メチルチオ－Ｎ^６－メチル－Ｎ^６－トレオニルカルバモイルアデノシン；Ｎ^６－ヒドロキシノルバリルカルバモイルアデノシン；２－メチルチオ－Ｎ^６－ヒドロクスノルバリルカルバモイルアデノシン；２’－Ｏ－リボシルアデノシン（ホスフェート）；イノシン；２’Ｏ－メチルイノシン；１－メチルイノシン；１，２’－Ｏ－ジメチルイノシン；２’－Ｏ－メチルグアノシン；１－メチルグアノシン；Ｎ^２－メチルグアノシン；Ｎ^２，Ｎ^２－ジメチルグアノシン；Ｎ^２，２’－Ｏ－ジメチルグアノシン；Ｎ^２，Ｎ^２，２’－Ｏ－トリメチルグアノシン；２’－Ｏ－リボシルグアノシン（ホスフェート）；７－メチルグアノシン；Ｎ^２，７－ジメチルグアノシン；Ｎ^２，Ｎ^２；７－トリメチルグアノシン；ワイオシン；メチルワイオシン；小改変ヒドロキシワイブトシン；ワイブトシン；ヒドロキシワイブトシン；ペルオキシワイブトシン；キューオシン；エポキシキューオシン；ガラクトシル－キューオシン；マンノシル－キューオシン；７－シアノ－７－デアザグアノシン；アラカエオシン［７－ホルムアミド－７－デアザグアノシンとも呼ばれる］；及び７－アミノメチル－７－デアザグアノシン。

本開示のアンチセンスオリゴヌクレオチドの別の改変は、オリゴヌクレオチドの活性または細胞取り込みを向上させる１つ以上の部位またはコンジュゲートを核酸配列に化学的に連結することを含む。そのような部位には、脂質部位、例えば、コレステロール部位、コレステリル部位（Ｌｅｔｓｉｎｇｅｒｅｔａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ１９８９、８６、６５５３）、コール酸（Ｍａｎｏｈａｒａｎｅｔａｌ．Ｂｉｏｏｒｇ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．Ｌｅｔ．１９９４，４，１０５３）、チオエーテル、例えば、ヘキシル－Ｓ－トリチルチオール（Ｍａｎｏｈａｒａｎｅｔａｌ．Ａｎｎ．Ｎ．Ｙ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．１９９２，６６０，３０６；Ｍａｎｏｈａｒａｎｅｔａｌ．Ｂｉｏｏｒｇ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．Ｌｅｔ．１９９３，３，２７６５）、チオコレステロール（Ｏｂｅｒｈａｕｓｅｒｅｔａｌ．，Ｎｕｃｌ．ＡｃｉｄｓＲｅｓ．１９９２，２０，５３３）、脂肪族鎖、例えば、ドデカンジオールまたはウンデシル残基（Ｓａｉｓｏｎ－Ｂｅｈｍｏａｒａｓｅｔａｌ．ＥＭＢＯＪ．１９９１，１０，１１１；Ｋａｂａｎｏｖｅｔａｌ．ＦＥＢＳＬｅｔｔ．１９９０，２５９，３２７；Ｓｖｉｎａｒｃｈｕｋｅｔａｌ．Ｂｉｏｃｈｉｍｉｅ１９９３，７５，４９）、リン脂質、例えば、ジ－ヘキサデシル－ｒａｃ－グリセロールまたはトリエチルアンモニウム１，２－ジ－Ｏ－ヘキサデシル－ｒａｃ－グリセロ－３－Ｈ－ホスホネート（Ｍａｎｏｈａｒａｎｅｔａｌ．ＴｅｔｒａｈｅｄｒｏｎＬｅｔｔ．１９９５，３６，３６５１；Ｓｈｅａｅｔａｌ．Ｎｕｃｌ．ＡｃｉｄｓＲｅｓ．１９９０，１８，３７７７）、ポリアミンまたはポリエチレングリコール鎖（Ｍａｎｏｈａｒａｎｅｔａｌ．Ｎｕｃｌｅｏｓｉｄｅｓ＆Ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ１９９５，１４，９６９）、またはアダマンタン酢酸（Ｍａｎｏｈａｒａｎｅｔａｌ．ＴｅｔｒａｈｅｄｒｏｎＬｅｔｔ．１９９５，３６，３６５１）が含まれるがこれらに限定されない。所与の核酸配列におけるすべての位置が均一に改変されている必要はなく、実際には前述した改変のうち複数が、単一の核酸配列に、または核酸配列内の単一のヌクレオシド内に組み込まれ得る。

ベクター
ベクターは、１つ以上のポリヌクレオチド（またはそのようなポリヌクレオチド（複数可）を含む発現ベクター）を含み、またはそれと関連付けられ、ポリヌクレオチド（複数可）の細胞への送達を媒介するために使用され得るマクロ分子またはマクロ分子の会合である。ベクターの例には、プラスミド、ウイルスベクター、リポソーム、及び他の遺伝子送達ビヒクルが含まれる。ベクターは、脂質、ポリマー担体、または任意の他の好適な担体と組み合わされ得る。ベクターは、発現ベクターによって提供されない調節エレメントを含み得、これは、それらまたはそれらを含む発現ベクターがベクターに挿入された場合に、ポリヌクレオチド（複数可）に機能可能に連結するようになる。ベクターは、ベクター複製のための１つ以上の要素を欠くように操作され得る。

いくつかの実施形態では、ベクターは、本明細書に記載の核酸発現カセットを含み得る。いくつかの実施形態では、ベクターは、ウイルスベクターまたはプラスミドベクターであり得る。いくつかの実施形態では、ベクターは、アデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ベクター、レトロウイルスベクター、レンチウイルスベクター、または脂質もしくはポリマー担体と複合体化されたアデノウイルスベクターもしくはプラスミドベクターである。

ウイルス遺伝子療法ベクターまたは遺伝子送達ベクターは、再現的に及び／または安定的に増殖し、高力価まで精製される；標的とされる送達を媒介する（例えば、他の場所での広いベクター分布またはオフターゲット送達を伴わずにポリヌクレオチドを対象となる組織または器官に特異的に送達する）；及び有害な副作用またはオフターゲット作用を誘導することなく遺伝子送達及び／またはポリヌクレオチド発現を媒介する能力を有し得る。

用語「ＡＡＶ」は、アデノ随伴ウイルスの略語であり、ウイルス自体またはその誘導体を指すために使用され得る。その用語は、別段要求される場合を除き、すべての血清型、サブタイプ、ならびに天然に存在する形態及び組換え形態の両方を包含する。略語「ｒＡＡＶ」は、組換えＡＡＶベクター（または「ｒＡＡＶベクター」）とも称される組換えアデノ随伴ウイルスを指す。用語「ＡＡＶ」には、ＡＡＶ１、ＡＡＶ２、ＡＡＶ３、ＡＡＶ４、ＡＡＶ５、ＡＡＶ６、ＡＡＶ７、ＡＡＶ８、ＡＡＶ９、ＡＡＶ１０、ＡＡＶ１１、ＡＡＶ１２、ｒｈ１０、及びそれらのハイブリッド、トリＡＡＶ、ウシＡＡＶ、イヌＡＡＶ、ウマＡＡＶ、霊長類ＡＡＶ、非霊長類ＡＡＶ、及びヒツジＡＡＶが含まれる。ＡＡＶの様々な血清型のゲノム配列、ならびにネイティブ末端逆位反復（ＩＴＲ）、Ｒｅｐタンパク質、及びカプシドサブユニットの配列は、当該技術分野で知られている。そのような配列は、文献または公共データベース、例えば、ＧｅｎＢａｎｋで見ることができる。「ｒＡＡＶベクター」は、本明細書で使用される場合、ＡＡＶ起源ではないポリヌクレオチド配列（すなわち、ＡＡＶとは異種のポリヌクレオチド）、典型的には細胞の遺伝子形質転換のための対象となる配列を含むＡＡＶベクターを指す。通常、異種ポリヌクレオチドは、少なくとも１つ、通常は２つのＡＡＶ末端逆位反復配列（ＩＴＲ）に隣接している。用語「ｒＡＡＶベクター」は、ｒＡＡＶベクター粒子及びｒＡＡＶベクタープラスミドの両方を包含する。ｒＡＡＶベクターは、一本鎖（ｓｓＡＡＶ）または自己相補性（ｓｃＡＡＶ）のいずれかであり得る。「ＡＡＶウイルス」または「ＡＡＶウイルス粒子」または「ｒＡＡＶベクター粒子」は、少なくとも１つのＡＡＶカプシドタンパク質及びカプシドに包まれたポリヌクレオチドｒＡＡＶベクターから構成されるウイルス粒子を指す。粒子が異種ポリヌクレオチド（すなわち、野生型ＡＡＶゲノム以外のポリヌクレオチド、例えば、哺乳動物細胞に送達されるポリヌクレオチドまたは核酸発現カセット）を含む場合、それは典型的には、「ｒＡＡＶベクター粒子」または単に「ｒＡＡＶベクター」と称される。よって、ｒＡＡＶ粒子の生成は、ｒＡＡＶベクターの生成を必然的に含むが、それは、そのようなベクターはｒＡＡＶ粒子内に含まれるからである。

ベクターまたはウイルス発現ベクターのクローニング容量は、大きなポリヌクレオチドの発現についての特定の課題であり得る。例えば、ＡＡＶベクターは典型的には、約４．８ｋｂのパッケージング容量を有し、レンチウイルスは典型的には、約８ｋｂの容量を有し、アデノウイルスは典型的には、約７．５ｋｂの容量を有し、アルファウイルスは典型的には、－７．５ｋｂの容量を有する。いくつかのウイルスは、より大きなパッケージング容量を有し得、例えば、ヘルペスウイルスは＞３０ｋｂの容量を有し、ワクシニアは約２５ｋｂの容量を有し得る。遺伝子療法のためにＡＡＶを使用する利点には、低い病原性、宿主ゲノムへの組み込みの極めて低い頻度、ならびに分裂及び非分裂細胞に感染する能力が含まれる。

ＡＡＶいくつかの血清型、非病原性パルボウイルスは、遺伝子送達の目的のために操作されており、その一部は、所定の組織または細胞タイプに対するトロピズムを有することが知られている。様々な遺伝子療法用途のために使用されるウイルスは、対象または宿主において複製欠損性となるようにまたは低い毒性及び低い病原性を有するように操作され得る。そのようなウイルスベースのベクターは、ウイルスゲノムからコード領域のすべてまたは一部を欠失させ、ウイルスカプシドへのベクターゲノムのパッケージングまたは宿主クロマチンへのベクター核酸（例えば、ＤＮＡ）の組み込みなどの機能に必要なインタクトなそれらの配列（例えば、末端逆位反復配列）を残すことによって得られ得る。ポリヌクレオチドを含む核酸発現カセットは、例えば、ウイルス遺伝子を欠く改変または操作されたウイルス骨格などのウイルス骨格にクローニングされ、例えば、共トランスフェクションされた場合に組換えウイルスベクター粒子を生成し得る追加的なベクター（例えば、パッケージングベクター）と併せて使用され得る。

いくつかの場合では、ｉｎｖｉｖｏまたはｉｎｖｉｔｒｏで細胞、細胞タイプ、または組織に核酸発現カセットを送達するため使用されるＡＡＶベクターまたはＡＡＶウイルス粒子、またはビリオンは、複製欠損性である。いくつかの場合では、ＡＡＶウイルスは、ヘルパー因子の存在下でのみビリオンを複製及び生成し得るように、操作または遺伝子改変される。

いくつかの実施形態では、核酸発現カセットは、ＡＡＶまたは組換えＡＡＶ（ｒＡＡＶ）による送達のために設計される。いくつかの実施形態では、核酸発現カセットは、レンチウイルスまたはレンチウイルスベクターを使用して送達される。いくつかの実施形態では、より大きなポリヌクレオチド、すなわち、ＡＡＶのクローニング容量を超える遺伝子は、好ましくはレンチウイルスまたはレンチウイルスベクターを使用して送達される。

いくつかの実施形態では、ＡＡＶベクターは、ＡＡＶ１、ＡＡＶ２、ＡＡＶ３、ＡＡＶ４、ＡＡＶ５、ＡＡＶ６、ＡＡＶ７、ＡＡＶ８、ＡＡＶ９、ＡＡＶＤＪ、ＡＡＶｒｈ１０、ＡＡＶ１１、ＡＡＶ１２、ＡＡＶ２／１、ＡＡＶ２／５、ＡＡＶ２／６、ＡＡＶ２／７、ＡＡＶ２／８、ＡＡＶ２／９、ＡＡＶ２／ｒｈ１０、ＡＡＶ２／１１、またはＡＡＶ２／１２、ＡＡＶＰＨＰ．Ａ（ＰＨＰ．Ａ）、ＡＡＶＧ２Ｂ－２６、ＡＡＶＧ２Ｂ－１３、ＡＡＶＴＨ１．１－３２、ＡＡＶＴＨ１．１－３５、ＡＡＶＰＨＰ．Ｂ２（ＰＨＰ．Ｂ２）、ＡＡＶＰＨＰ．Ｂ３（ＰＨＰ．Ｂ３）、ＡＡＶＰＨＰ．Ｎ／ＰＨＰ．Ｂ－ＤＧＴ、ＡＡＶＰＨＰ．Ｂ－ＥＳＴ、ＡＡＶＰＨＰ．Ｂ－ＧＧＴ、ＡＡＶＰＨＰ．Ｂ－ＡＴＰ、ＡＡＶＰＨＰ．Ｂ－ＡＴＴ－Ｔ、ＡＡＶＰＨＰ．Ｂ－ＤＧＴ－Ｔ、ＡＡＶＰＨＰ．Ｂ－ＧＧＴ－Ｔ、ＡＡＶＰＨＰ．Ｂ－ＳＧＳ、ＡＡＶＰＨＰ．Ｂ－ＡＱＰ、ＡＡＶＰＨＰ．Ｂ－ＱＱＰ、ＡＡＶＰＨＰ．Ｂ－ＳＮＰ（３）、ＡＡＶＰＨＰ．Ｂ－ＳＮＰ、ＡＡＶＰＨＰ．Ｂ－ＱＧＴ、ＡＡＶＰＨＰ．Ｂ－ＮＱＴ、ＡＡＶＰＨＰ．Ｂ－ＥＧＳ、ＡＡＶＰＨＰ．Ｂ－ＳＧＮ、ＡＡＶＰＨＰ．Ｂ－ＥＧＴ、ＡＡＶＰＨＰ．Ｂ－ＤＳＴ、ＡＡＶＰＨＰ．Ｂ－ＤＳＴ、ＡＡＶＰＨＰ．Ｂ－ＳＴＰ、ＡＡＶＰＨＰ．Ｂ－ＰＱＰ、ＡＡＶＰＨＰ．Ｂ－ＳＱＰ、ＡＡＶＰＨＰ．Ｂ－ＱＬＰ、ＡＡＶＰＨＰ．Ｂ－ＴＭＰ、ＡＡＶＰＨＰ．Ｂ－ＴＴＰ、ＡＡＶＰＨＰ．Ｓ／Ｇ２Ａ１２、ＡＡＶＧ２Ａ１５／Ｇ２Ａ３（Ｇ２Ａ３）、ＡＡＶＧ２Ｂ４（Ｇ２Ｂ４）、ＡＡＶＧ２Ｂ５（Ｇ２Ｂ５）、ＰＨＰ．Ｓ、ＡＡＶ１、ＡＡＶ２、ＡＡＶ２Ｇ９、ＡＡＶ３、ＡＡＶ３ａ、ＡＡＶ３ｂ、ＡＡＶ３－３、ＡＡＶ４、ＡＡＶ４－４、ＡＡＶ５、ＡＡＶ６、ＡＡＶ６．１、ＡＡＶ６．２、ＡＡＶ６．１．２、ＡＡＶ７、ＡＡＶ７．２、ＡＡＶ８、ＡＡＶ９、ＡＡＶ９．１１、ＡＡＶ９．１３、ＡＡＶ９．１６、ＡＡＶ９．２４、ＡＡＶ９．４５、ＡＡＶ９．４７、ＡＡＶ９．６１、ＡＡＶ９．６８、ＡＡＶ９．８４、ＡＡＶ９．９、ＡＡＶ１０、ＡＡＶ１１、ＡＡＶ１２、ＡＡＶ１６．３、ＡＡＶ２４．１、ＡＡＶ２７．３、ＡＡＶ４２．１２、ＡＡＶ４２－１ｂ、ＡＡＶ４２－２、ＡＡＶ４２－３ａ、ＡＡＶ４２－３ｂ、ＡＡＶ４２－４、ＡＡＶ４２－５ａ、ＡＡＶ４２－５ｂ、ＡＡＶ４２－６ｂ、ＡＡＶ４２－８、ＡＡＶ４２－１０、ＡＡＶ４２－１１、ＡＡＶ４２－１２、ＡＡＶ４２－１３、ＡＡＶ４２－１５、ＡＡＶ４２－ａａ、ＡＡＶ４３－１、ＡＡＶ４３－１２、ＡＡＶ４３－２０、ＡＡＶ４３－２１、ＡＡＶ４３－２３、ＡＡＶ４３－２５、ＡＡＶ４３－５、ＡＡＶ４４．１、ＡＡＶ４４．２、ＡＡＶ４４．５、ＡＡＶ２２３．１、ＡＡＶ２２３．２、ＡＡＶ２２３．４、ＡＡＶ２２３．５、ＡＡＶ２２３．６、ＡＡＶ２２３．７、ＡＡＶ１－７／ｒｈ．４８、ＡＡＶ１－８／ｒｈ．４９、ＡＡＶ２－１５／ｒｈ．６２、ＡＡＶ２－３／ｒｈ．６１、ＡＡＶ２－４／ｒｈ．５０、ＡＡＶ２－５／ｒｈ．５１、ＡＡＶ３．１／ｈｕ．６、ＡＡＶ３．１／ｈｕ．９、ＡＡＶ３－９／ｒｈ．５２、ＡＡＶ３－１１／ｒｈ．５３、ＡＡＶ４－８／ｒ１１．６４、ＡＡＶ４－９／ｒｈ．５４、ＡＡＶ４－１９／ｒｈ．５５、ＡＡＶ５－３／ｒｈ．５７、ＡＡＶ５－２２／ｒｈ．５８、ＡＡＶ７．３／ｈｕ．７、ＡＡＶ１６．８／ｈｕ．１０、ＡＡＶ１６．１２／ｈｕ．１１、ＡＡＶ２９．３／ｂｂ．１、ＡＡＶ２９．５／ｂｂ．２、ＡＡＶ１０６．１／ｈｕ．３７、ＡＡＶ１１４．３／ｈｕ．４０、ＡＡＶ１２７．２／ｈｕ．４１、ＡＡＶ１２７．５／ｈｕ．４２、ＡＡＶ１２８．３／ｈｕ．４４、ＡＡＶ１３０．４／ｈｕ．４８、ＡＡＶ１４５．１／ｈｕ．５３、ＡＡＶ１４５．５／ｈｕ．５４、ＡＡＶ１４５．６／ｈｕ．５５、ＡＡＶ１６１．１０／ｈｕ．６０、ＡＡＶ１６１．６／ｈｕ．６１、ＡＡＶ３３．１２／ｈｕ．１７、ＡＡＶ３３．４／ｈｕ．１５、ＡＡＶ３３．８／ｈｕ．１６、ＡＡＶ５２／ｈｕ．１９、ＡＡＶ５２．１／ｈｕ．２０、ＡＡＶ５８．２／ｈｕ．２５、ＡＡＶＡ３．３、ＡＡＶＡ３．４、ＡＡＶＡ３．５、ＡＡＶＡ３．７、ＡＡＶＣ１、ＡＡＶＣ２、ＡＡＶＣ５、ＡＡＶ－ＤＪ、ＡＡＶ－ＤＪ８、ＡＡＶＦ３、ＡＡＶＦ５、ＡＡＶＨ２、ＡＡＶｒｈ．７２、ＡＡＶｈｕ．８、ＡＡＶｒｈ．６８、ＡＡＶｒｈ．７０、ＡＡＶｐｉ．１、ＡＡＶｐｉ．３、ＡＡＶｐｉ．２、ＡＡＶｒｈ．６０、ＡＡＶｒｈ．４４、ＡＡＶｒｈ．６５、ＡＡＶｒｈ．５５、ＡＡＶｒｈ．４７、ＡＡＶｒｈ．６９、ＡＡＶｒｈ．４５、ＡＡＶｒｈ．５９、ＡＡＶｈｕ．１２、ＡＡＶＨ６、ＡＡＶＬＫ０３、ＡＡＶＨ－１／ｈｕ．１、ＡＡＶＨ－５／ｈｕ．３、ＡＡＶＬＧ－１０／ｒｈ．４０、ＡＡＶＬＧ－４／ｒｈ．３８、ＡＡＶＬＧ－９／ｈｕ．３９、ＡＡＶＮ７２１－８／ｒｈ．４３、ＡＡＶＣｈ．５、ＡＡＶＣｈ．５Ｒ１、ＡＡＶｃｙ．２、ＡＡＶｃｙ．３、ＡＡＶｃｙ．４、ＡＡＶｃｙ．５、ＡＡＶＣｙ．５Ｒ１、ＡＡＶＣｙ．５Ｒ２、ＡＡＶＣｙ．５Ｒ３、ＡＡＶＣｙ．５Ｒ４、ＡＡＶｃｙ．６、ＡＡＶｈｕ．１、ＡＡＶｈｕ．２、ＡＡＶｈｕ．３、ＡＡＶｈｕ．４、ＡＡＶｈｕ．５、ＡＡＶｈｕ．６、ＡＡＶｈｕ．７、ＡＡＶｈｕ．９、ＡＡＶｈｕ．１０、ＡＡＶｈｕ．１１、ＡＡＶｈｕ．１３、ＡＡＶｈｕ．１５、ＡＡＶｈｕ．１６、ＡＡＶｈｕ．１７、ＡＡＶｈｕ．１８、ＡＡＶｈｕ．２０、ＡＡＶｈｕ．２１、ＡＡＶｈｕ．２２、ＡＡＶｈｕ．２３．２、ＡＡＶｈｕ．２４、ＡＡＶｈｕ．２５、ＡＡＶｈｕ．２７、ＡＡＶｈｕ．２８、ＡＡＶｈｕ．２９、ＡＡＶｈｕ．２９Ｒ、ＡＡＶｈｕ．３１、ＡＡＶｈｕ．３２、ＡＡＶｈｕ．３４、ＡＡＶｈｕ．３５、ＡＡＶｈｕ．３７、ＡＡＶｈｕ．３９、ＡＡＶｈｕ．４０、ＡＡＶｈｕ．４１、ＡＡＶｈｕ．４２、ＡＡＶｈｕ．４３、ＡＡＶｈｕ．４４、ＡＡＶｈｕ．４４Ｒ１、ＡＡＶｈｕ．４４Ｒ２、ＡＡＶｈｕ．４４Ｒ３、ＡＡＶｈｕ．４５、ＡＡＶｈｕ．４６、ＡＡＶｈｕ．４７、ＡＡＶｈｕ．４８、ＡＡＶｈｕ．４８Ｒ１、ＡＡＶｈｕ．４８Ｒ２、ＡＡＶｈｕ．４８Ｒ３、ＡＡＶｈｕ．４９、ＡＡＶｈｕ．５１、ＡＡＶｈｕ．５２、ＡＡＶｈｕ．５４、ＡＡＶｈｕ．５５、ＡＡＶｈｕ．５６、ＡＡＶｈｕ．５７、ＡＡＶｈｕ．５８、ＡＡＶｈｕ．６０、ＡＡＶｈｕ．６１、ＡＡＶｈｕ．６３、ＡＡＶｈｕ．６４、ＡＡＶｈｕ．６６、ＡＡＶｈｕ．６７、ＡＡＶｈｕ．１４／９、ＡＡＶｈｕ．ｔ１９、ＡＡＶｒｈ．２、ＡＡＶｒｈ．２Ｒ、ＡＡＶｒｈ．８、ＡＡＶｒｈ．８Ｒ、ＡＡＶｒｈ．１０、ＡＡＶｒｈ．１２、ＡＡＶｒｈ．１３、ＡＡＶｒｈ．１３Ｒ、ＡＡＶｒｈ．１４、ＡＡＶｒｈ．１７、ＡＡＶｒｈ．１８、ＡＡＶｒｈ．１９、ＡＡＶｒｈ．２０、ＡＡＶｒｈ．２１、ＡＡＶｒｈ．２２、ＡＡＶｒｈ．２３、ＡＡＶｒｈ．２４、ＡＡＶｒｈ．２５、ＡＡＶｒｈ．３１、ＡＡＶｒｈ．３２、ＡＡＶｒｈ．３３、ＡＡＶｒｈ．３４、ＡＡＶｒｈ．３５、ＡＡＶｒｈ．３６、ＡＡＶｒｈ．３７、ＡＡＶｒｈ．３７Ｒ２、ＡＡＶｒｈ．３８、ＡＡＶｒｈ．３９、ＡＡＶｒｈ．４０、ＡＡＶｒｈ．４６、ＡＡＶｒｈ．４８、ＡＡＶｒｈ．４８．１、ＡＡＶｒｈ．４８．１．２、ＡＡＶｒｈ．４８．２、ＡＡＶｒｈ．４９、ＡＡＶｒｈ．５１、ＡＡＶｒｈ．５２、ＡＡＶｒｈ．５３、ＡＡＶｒｈ．５４、ＡＡＶｒｈ．５６、ＡＡＶｒｈ．５７、ＡＡＶｒｈ．５８、ＡＡＶｒｈ．６１、ＡＡＶｒｈ．６４、ＡＡＶｒｈ．６４Ｒ１、ＡＡＶｒｈ．６４Ｒ２、ＡＡＶｒｈ．６７、ＡＡＶｒｈ．７３、ＡＡＶｒｈ．７４、ＡＡＶｒｈ８Ｒ、ＡＡＶｒｈ８ＲＡ５８６Ｒ変異体、ＡＡＶｒｈ８ＲＲ５３３Ａ変異体、ＡＡＡＶ、ＢＡＡＶ、ヤギＡＡＶ、ウシＡＡＶ、ＡＡＶｈＥ１．１、ＡＡＶｈＥｒ１．５、ＡＡＶｈＥＲ１．１４、ＡＡＶｈＥｒ１．８、ＡＡＶｈＥｒ１．１６、ＡＡＶｈＥｒ１．１８、ＡＡＶｈＥｒ１．３５、ＡＡＶｈＥｒ１．７、ＡＡＶｈＥｒ１．３６、ＡＡＶｈＥｒ２．２９、ＡＡＶｈＥｒ２．４、ＡＡＶｈＥｒ２．１６、ＡＡＶｈＥｒ２．３０、ＡＡＶｈＥｒ２．３１、ＡＡＶｈＥｒ２．３６、ＡＡＶｈＥＲ１．２３、ＡＡＶｈＥｒ３．１、ＡＡＶ２．５Ｔ、ＡＡＶ－ＰＡＥＣ、ＡＡＶ－ＬＫ０１、ＡＡＶ－ＬＫ０２、ＡＡＶ－ＬＫ０３、ＡＡＶ－ＬＫ０４、ＡＡＶ－ＬＫ０５、ＡＡＶ－ＬＫ０６、ＡＡＶ－ＬＫ０７、ＡＡＶ－ＬＫ０８、ＡＡＶ－ＬＫ０９、ＡＡＶ－ＬＫ１０、ＡＡＶ－ＬＫ１１、ＡＡＶ－ＬＫ１２、ＡＡＶ－ＬＫ１３、ＡＡＶ－ＬＫ１４、ＡＡＶ－ＬＫ１５、ＡＡＶ－ＬＫ１６、ＡＡＶ－ＬＫ１７、ＡＡＶ－ＬＫ１８、ＡＡＶ－ＬＫ１９、ＡＡＶ－ＰＡＥＣ２、ＡＡＶ－ＰＡＥＣ４、ＡＡＶ－ＰＡＥＣ６、ＡＡＶ－ＰＡＥＣ７、ＡＡＶ－ＰＡＥＣ８、ＡＡＶ－ＰＡＥＣ１１、ＡＡＶ－ＰＡＥＣ１２、ＡＡＶ－２－ｐｒｅ－ｍｉＲＮＡ－１０１、ＡＡＶ－８ｈ、ＡＡＶ－８ｂ、ＡＡＶ－ｈ、ＡＡＶ－ｂ、ＡＡＶＳＭ１０－２、ＡＡＶシャッフル１００－１、ＡＡＶシャッフル１００－３、ＡＡＶシャッフル１００－７、ＡＡＶシャッフル１０－２、ＡＡＶシャッフル１０－６、ＡＡＶシャッフル１０－８、ＡＡＶシャッフル１００－２、ＡＡＶＳＭ１０－１、ＡＡＶＳＭ１０－８、ＡＡＶＳＭ１００－３、ＡＡＶＳＭ１００－１０、ＢＮＰ６１ＡＡＶ、ＢＮＰ６２ＡＡＶ、ＢＮＰ６３ＡＡＶ、ＡＡＶｒｈ．５０、ＡＡＶｒｈ．４３、ＡＡＶｒｈ．６２、ＡＡＶｒｈ．４８、ＡＡＶｈｕ．１９、ＡＡＶｈｕ．１１、ＡＡＶｈｕ．５３、ＡＡＶ４－８／ｒｈ．６４、ＡＡＶＬＧ－９／ｈｕ．３９、ＡＡＶ５４．５／ｈｕ．２３、ＡＡＶ５４．２／ｈｕ．２２、ＡＡＶ５４．７／ｈｕ．２４、ＡＡＶ５４．１／ｈｕ．２１、ＡＡＶ５４．４Ｒ／ｈｕ．２７、ＡＡＶ４６．２／ｈｕ．２８、ＡＡＶ４６．６／ｈｕ．２９、ＡＡＶ１２８．１／ｈｕ．４３、真型ＡＡＶ（ｔｔＡＡＶ）、ＵＰＥＮＮＡＡＶ１０、日本ＡＡＶ１０血清型、ＡＡＶＣＢｒ－７．１、ＡＡＶＣＢｒ－７．１０、ＡＡＶＣＢｒ－７．２、ＡＡＶＣＢｒ－７．３、ＡＡＶＣＢｒ－７．４、ＡＡＶＣＢｒ－７．５、ＡＡＶＣＢｒ－７．７、ＡＡＶＣＢｒ－７．８、ＡＡＶＣＢｒ－Ｂ７．３、ＡＡＶＣＢｒ－Ｂ７．４、ＡＡＶＣＢｒ－Ｅ１、ＡＡＶＣＢｒ－Ｅ２、ＡＡＶＣＢｒ－Ｅ３、ＡＡＶＣＢｒ－Ｅ４、ＡＡＶＣＢｒ－Ｅ５、ＡＡＶＣＢｒ－ｅ５、ＡＡＶＣＢｒ－Ｅ６、ＡＡＶＣＢｒ－Ｅ７、ＡＡＶＣＢｒ－Ｅ８、ＡＡＶＣＨｔ－１、ＡＡＶＣＨｔ－２、ＡＡＶＣＨｔ－３、ＡＡＶＣＨｔ－６．１、ＡＡＶＣＨｔ－６．１０、ＡＡＶＣＨｔ－６．５、ＡＡＶＣＨｔ－６．６、ＡＡＶＣＨｔ－６．７、ＡＡＶＣＨｔ－６．８、ＡＡＶＣＨｔ－Ｐ１、ＡＡＶＣＨｔ－Ｐ２、ＡＡＶＣＨｔ－Ｐ５、ＡＡＶＣＨｔ－Ｐ６、ＡＡＶＣＨｔ－Ｐ８、ＡＡＶＣＨｔ－Ｐ９、ＡＡＶＣＫｄ－１、ＡＡＶＣＫｄ－１０、ＡＡＶＣＫｄ－２、ＡＡＶＣＫｄ－３、ＡＡＶＣＫｄ－４、ＡＡＶＣＫｄ－６、ＡＡＶＣＫｄ－７、ＡＡＶＣＫｄ－８、ＡＡＶＣＫｄ－Ｂ１、ＡＡＶＣＫｄ－Ｂ２、ＡＡＶＣＫｄ－Ｂ３、ＡＡＶＣＫｄ－Ｂ４、ＡＡＶＣＫｄ－Ｂ５、ＡＡＶＣＫｄ－Ｂ６、ＡＡＶＣＫｄ－Ｂ７、ＡＡＶＣＫｄ－Ｂ８、ＡＡＶＣＫｄ－Ｈ１、ＡＡＶＣＫｄ－Ｈ２、ＡＡＶＣＫｄ－Ｈ３、ＡＡＶＣＫｄ－Ｈ４、ＡＡＶＣＫｄ－Ｈ５、ＡＡＶＣＫｄ－Ｈ６、ＡＡＶＣＫｄ－Ｎ３、ＡＡＶＣＫｄ－Ｎ４、ＡＡＶＣＫｄ－Ｎ９、ＡＡＶＣＬｇ－Ｆ１、ＡＡＶＣＬｇ－Ｆ２、ＡＡＶＣＬｇ－Ｆ３、ＡＡＶＣＬｇ－Ｆ４、ＡＡＶＣＬｇ－Ｆ５、ＡＡＶＣＬｇ－Ｆ６、ＡＡＶＣＬｇ－Ｆ７、ＡＡＶＣＬｇ－Ｆ８、ＡＡＶＣＬｖ－１、ＡＡＶＣＬｖ１－１、ＡＡＶＣｌｖ１－１０、ＡＡＶＣＬｖ１－２、ＡＡＶＣＬｖ－１２、ＡＡＶＣＬｖ１－３、ＡＡＶＣＬｖ－１３、ＡＡＶＣＬｖ１－４、ＡＡＶＣｌｖ１－７、ＡＡＶＣｌｖ１－８、ＡＡＶＣｌｖ１－９、ＡＡＶＣＬｖ－２、ＡＡＶＣＬｖ－３、ＡＡＶＣＬｖ－４、ＡＡＶＣＬｖ－６、ＡＡＶＣＬｖ－８、ＡＡＶＣＬｖ－Ｄ１、ＡＡＶＣＬｖ－Ｄ２、ＡＡＶＣＬｖ－Ｄ３、ＡＡＶＣＬｖ－Ｄ４、ＡＡＶＣＬｖ－Ｄ５、ＡＡＶＣＬｖ－Ｄ６、ＡＡＶＣＬｖ－Ｄ７、ＡＡＶＣＬｖ－Ｄ８、ＡＡＶ
ＣＬｖ－Ｅ１、ＡＡＶＣＬｖ－Ｋ１、ＡＡＶＣＬｖ－Ｋ３、ＡＡＶＣＬｖ－Ｋ６、ＡＡＶＣＬｖ－Ｌ４、ＡＡＶＣＬｖ－Ｌ５、ＡＡＶＣＬｖ－Ｌ６、ＡＡＶＣＬｖ－Ｍ１、ＡＡＶＣＬｖ－Ｍ１１、ＡＡＶＣＬｖ－Ｍ２、ＡＡＶＣＬｖ－Ｍ５、ＡＡＶＣＬｖ－Ｍ６、ＡＡＶＣＬｖ－Ｍ７、ＡＡＶＣＬｖ－Ｍ８、ＡＡＶＣＬｖ－Ｍ９、ＡＡＶＣＬｖ－Ｒ１、ＡＡＶＣＬｖ－Ｒ２、ＡＡＶＣＬｖ－Ｒ３、ＡＡＶＣＬｖ－Ｒ４、ＡＡＶＣＬｖ－Ｒ５、ＡＡＶＣＬｖ－Ｒ６、ＡＡＶＣＬｖ－Ｒ７、ＡＡＶＣＬｖ－Ｒ８、ＡＡＶＣＬｖ－Ｒ９、ＡＡＶＣＳｐ－１、ＡＡＶＣＳｐ－１０、ＡＡＶＣＳｐ－１１、ＡＡＶＣＳｐ－２、ＡＡＶＣＳｐ－３、ＡＡＶＣＳｐ－４、ＡＡＶＣＳｐ－６、ＡＡＶＣＳｐ－７、ＡＡＶＣＳｐ－８、ＡＡＶＣＳｐ－８．１０、ＡＡＶＣＳｐ－８．２、ＡＡＶＣＳｐ－８．４、ＡＡＶＣＳｐ－８．５、ＡＡＶＣＳｐ－８．６、ＡＡＶＣＳｐ－８．７、ＡＡＶＣＳｐ－８．８、ＡＡＶＣＳｐ－８．９、ＡＡＶＣＳｐ－９、ＡＡＶ．ｈｕ．４８Ｒ３、ＡＡＶ．ＶＲ－３５５、ＡＡＶ３Ｂ、ＡＡＶ４、ＡＡＶ５、ＡＡＶＦ１／ＨＳＣ１、ＡＡＶＦ１１／ＨＳＣ１１、ＡＡＶＦ１２／ＨＳＣ１２、ＡＡＶＦ１３／ＨＳＣ１３、ＡＡＶＦ１４／ＨＳＣ１４、ＡＡＶＦ１５／ＨＳＣ１５、ＡＡＶＦ１６／ＨＳＣ１６、ＡＡＶＦ１７／ＨＳＣ１７、ＡＡＶＦ２／ＨＳＣ２、ＡＡＶＦ３／ＨＳＣ３、ＡＡＶＦ４／ＨＳＣ４、ＡＡＶＦ５／ＨＳＣ５、ＡＡＶＦ６／ＨＳＣ６、ＡＡＶＦ７／ＨＳＣ７、ＡＡＶＦ８／ＨＳＣ８、及び／またはＡＡＶＦ９／ＨＳＣ９ならびにそれらのバリアント、ＰＨＰ．Ｂ、及びＰＨＰ．Ｂ誘導体［ＰＨＰ．ｅＲ、ＰＨＰ．Ｓ］、ＡＡＶ８［Ｋ１３７Ｒ］ＡＡＶ－ＴＴ、ｒＡＡＶ－ｒｅｔｒｏ、ＡＡＶ９．ＨＲ、ＡＡＶ１ＣＡＭ変異体、ＡＡＶ９［５８６－５９０］スワップ変異体である。いくつかの実施形態では、ＡＡＶベクターは、ハイブリッドまたはキメラＡＡＶ血清型である。いくつかの実施形態では、ＡＡＶは、トロピズムを改変するようにまたは免疫検出を回避するように設計された操作されたＡＡＶである。

いくつかの実施形態では、核酸発現カセットは、最適化された治療用レトロウイルスベクター、例えば、レンチウイルスベクターによる送達のために設計され得る。レトロウイルスベクターは、左（５’）ＬＴＲ；ウイルスのパッケージング及び／または核取り込みを補助する配列、少なくとも１つの調節エレメント、任意にレンチウイルスＲｅｖ反応要素（ＲＲＥ）；任意にプロモーターまたはその活性部分；１つ以上の調節エレメントに機能可能に連結されたポリヌクレオチド；任意にインスレーター；及び右（３’）レトロウイルスＬＴＲを含むレンチウイルスベクターであり得る。レンチウイルスベクターにはまた、転写後調節エレメント、例えば、ウッドチャック肝炎ウイルス転写後調節エレメント（ＷＰＲＥ）及び／または本明細書に記載の転写及び転写後調節エレメントのいずれかが含まれ得る。レンチウイルスベクターは、自己不活性化（ＳＩＮ）レンチウイルスベクターであり得る。例えば、第二、第三、及び第四世代のパッケージングシステムを含む任意の好適なパッケージングシステムがレンチウイルスベクターで使用され得る。レンチウイルスベクターは、偽型化され得る。例えば、水胞性口炎ウイルス（ＶＳＶ）、狂犬病ウイルス、リッサウイルス、モコラウイルス、リンパ球性脈絡髄膜炎ウイルス（ＬＣＭＶ）、ラッサ熱ウイルス（ＬＦＶ）、レトロウイルス、モロニーマウス白血病ウイルス（ＭｕＬＶ）、フィロウイルス、パラミクソウイルス、麻疹ウイルス、ニパウイルス、オルトミクソウイルスなどからの糖タンパク質を含む任意のエンベロープ糖タンパク質が偽型化に使用され得る。レンチウイルスベクターは、トロピズムを変化させるために偽型化され得る。例えば、ニューロン細胞を含む任意の細胞タイプが、偽型化によって標的とされ得る。

また、本明細書では、ベクターまたはベクターのセットであって、（ｉ）本明細書で提供される発現カセットを含むベクター；または（ｉｉ）（ａ）本明細書で提供される第１のポリヌクレオチド（例えば、アンチセンスオリゴヌクレオチドコード配列）を含む第１のベクター、及び（ｂ）本明細書で提供される第２のポリヌクレオチド（例えば、コードされるアンチセンスオリゴヌクレオチドによるサイレンシングに耐性である野生型ＰＳＥＮ１またはＰＳＥＮ２コード配列）を含む第２のベクターを含むベクターのセットを含む、ベクターまたはベクターのセットが提供される。

体細胞の遺伝子療法のために本明細書で企図される技術には、ウイルスベクター（例えば、レトロウイルス、アデノウイルス、ＡＡＶ、ヘルパー依存性アデノウイルスシステム、ハイブリッドアデノウイルスシステム、単純ヘルペス、ポックスウイルス、レンチウイルス、及びエプスタイン・バーウイルス）、及び非ウイルスシステム、例えば、物理的システム（むき出しＤＮＡ、ＤＮＡボンバードメント、エレクトロポレーション、流体力学的、超音波、及びマグネトフェクション）、及び化学的システム（カチオン性脂質、異なるカチオン性ポリマー、及び脂質ポリマー）を介する送達が含まれる。

送達経路
所定の実施形態では、本明細書に開示される発現カセット及びベクターは、特定の投与経路に好適な任意の好適な処方で製剤化され得る。様々な薬学的に許容可能な製剤は、市販されており、医学的実施者によって得ることができる。

所定の実施形態では、本明細書に開示される発現カセット及びベクターは、必要とする対象の中枢神経系（ＣＮＳ）に投与される。所定の実施形態では、中枢神経系は、脳、脊髄及び脳脊髄液（ＣＳＦ）を含む。所定の実施形態では、組成物は、哺乳動物の脳または脊髄またはＣＳＦに投与される。所定の実施形態では、組成物は、脳または脊髄の一部に投与される。

所定の実施形態では、本明細書に開示される発現カセット及びベクターは、脳実質、くも膜下腔及び／または髄腔内腔に投与される。所定の実施形態では、組成物は、前記対象の大槽、脳室内腔、脳室、くも膜下腔、及び／または上衣のうちの１つ以上に投与される。

さらなる実施形態では、本明細書に開示される発現カセット及びベクターは、脳室系に投与される。またさらなる実施形態では、本明細書に開示される発現カセット及びベクターは、吻側側脳室（ｒｏｓｔｒａｌｌａｔｅｒａｌｖｅｎｔｒｉｃｌｅ）；及び／または尾側側脳室（ｃａｕｄａｌｌａｔｅｒａｌｖｅｎｔｒｉｃｌｅ）；及び／または右側脳室；及び／または左側脳室；及び／または右吻側側脳室；及び／または左吻側側脳室；及び／または右尾側側脳室；及び／または左尾側側脳室のうちの１つ以上に投与される。

所定の実施形態では、本明細書に開示される発現カセット及びベクターは、例えば、細胞を組成物と接触させることによって、哺乳動物におけるＣＳＦと接触する１つ以上の細胞に投与される。ＣＳＦと接触する細胞の非限定的な例には、上衣細胞、軟膜細胞、内皮細胞及び／または髄膜細胞が含まれる。所定の実施形態では、本明細書に開示される発現カセット及びベクターは、上衣細胞に投与される。所定の実施形態では、本明細書に開示される発現カセット及びベクターは、例えば、上衣細胞を組成物と接触させることによって上衣細胞に送達される。

所定の実施形態では、本明細書に開示される発現カセット及びベクターは、局所に投与／送達される。「局所送達」は、哺乳動物内の標的部位への直接的な（例えば、組織または体液へ直接的な）送達を指す。例えば、本明細書に開示される発現カセット及びベクターは、器官、組織または特定の解剖学的位置への直接的注射によって局所的に送達され得る。所定の実施形態では、本明細書に開示される発現カセット及びベクターは、直接的注射によって脳、脊髄、またはそれらの組織もしくは体液（例えば、ＣＳＦ、例えば、上衣細胞、軟膜細胞、内皮細胞及び／または髄膜細胞）に送達または投与される。例えば、本明細書に開示される発現カセット及びベクターは、直接的注射によって、ＣＳＦ、大槽、脳室内腔、脳室、くも膜下腔及び／または髄腔内腔；及び／または上衣；及び／または吻側側脳室；及び／または尾側側脳室；及び／または右側脳室；及び／または左側脳室；及び／または右吻側側脳室；及び／または左吻側側脳室；及び／または右尾側側脳室；及び／または左尾側側脳室に直接的に送達され得る。

所定の実施形態では、本明細書に開示される発現カセット及びベクターは、脳または脊髄の組織または体液への直接的注射によって脳または脊髄の組織、体液または細胞に送達される。所定の実施形態では、本明細書に開示される発現カセット及びベクターは、例えば、静脈内、皮下、もしくは筋肉内注射によって、または静脈内注入によって全身的に送達されない。所定の実施形態では、本明細書に開示される発現カセット及びベクターは、定位注射によって脳または脊髄の組織または体液に送達される。

所定の実施形態では、本明細書に開示される発現カセット及びベクターは、脳、脊髄、もしくはその一部、またはその組織もしくは体液（例えば、上衣などのＣＳＦ）への直接的注射によって送達または投与される。

所定の実施形態では、方法または使用は、本明細書に開示される発現カセット及びベクターをヒトの脳もしくは脊髄、またはその一部に投与することを含む。所定の実施形態では、野生型ＰＳＥＮ１またはＰＳＥＮ２ポリペプチド（及び発現ベクターによってコードされる場合はアンチセンスオリゴヌクレオチド）は、投与部位の遠位の中枢神経組織（例えば、脳、例えば、線条体、視床、髄質、小脳、後頭皮質、前頭前皮質）において発現及び／または検出される。所定の実施形態では、ポリペプチドは、中枢神経組織（例えば、脳、例えば、線条体、視床、髄質、小脳、後頭皮質、及び／または前頭前皮質）において広く存在し、または検出され、これは、投与部位から離れ、任意に中枢神経組織（例えば、脳、例えば、線条体、視床、髄質、小脳、後頭皮質、及び／または前頭前皮質）にわたる分布を反映する。

本明細書に開示される発現カセット及びベクター、例えば、ＰＳＥＮ１またはＰＳＥＮ２を発現するｒＡＡＶベクター、アンチセンスオリゴヌクレオチドまたはその両方の有効量は、経験的に決定され得る。投与は、処置の過程を通して継続的または間欠的に、１つ以上の用量で行われ得る。投与の有効用量は、当業者によって決定され得、ＡＡＶ血清型、ウイルス力価ならびに処置されている哺乳動物の体重、状態及び種に応じて変わり得る。単回及び複数回の投与（例えば、１～５回以上）は、処置をしている医師によって選択される用量レベル、標的及びタイミングで行われ得る。複数の用量は、例えば、適切な酵素活性を維持するために必要とされる場合、投与され得る。

本明細書に開示される発現カセット及びベクターは、１つ以上の追加的な治療剤と共に、例えば、認知症またはアルツハイマー病を有する対象のための組み合わせ療法の一部として投与され得る。例えば、米国食品医薬品局（ＦＤＡ）は、アルツハイマー病の認知症状（記憶喪失、混乱、ならびに思考及び論理的思考の問題）を処置するための２種類の薬剤－コリンエステラーゼ阻害剤（ＡＲＩＣＥＰＴ（登録商標）、ＥＸＥＬＯＮ（登録商標）、ＲＡＺＡＤＹＮＥ（登録商標））及びメマンチン（ＮＡＭＥＮＤＡ（登録商標））を承認した。複数の活性剤を伴う組み合わせ処置のため、活性剤が別の投薬製剤にある場合、活性剤は、別々にまたは併せて投与され得る。また、ある成分の投与は、他の薬剤の投与の前、同時、または後で行われ得る。

他の薬剤と「共投与される」場合、例えば、別の薬剤と共投与される場合、第２の薬剤の「有効量」は、使用される薬物のタイプに依存する。好適な投薬量は、承認された薬剤について知られており、対象の病態、処置されている病態（複数可）のタイプ及び使用されている本明細書に記載の化合物の量に応じて当業者によって調整され得る。

キット
本明細書では、本明細書に記載の１つ以上のベクターまたはベクターのセットを含むキットが提供される。いくつかの実施形態では、キットは、
ａ）１つ以上のアンチセンスオリゴヌクレオチドであって、各アンチセンスオリゴヌクレオチドは、独立して、ヒト野生型及び変異体プレセニリン１（ＰＳＥＮ１）の各々、ヒト野生型または変異体プレセニリン２（ＰＳＥＮ２）の各々から翻訳されたｍＲＮＡのコード領域または非コード領域のいずれかを標的とする、１つ以上のアンチセンスオリゴヌクレオチド；及び
ｂ）野生型プレセニリン１（ＰＳＥＮ１）アミノ酸配列または野生型プレセニリン２（ＰＳＥＮ２）アミノ酸配列をコードするポリヌクレオチドを含むベクターであって、第２のポリヌクレオチドは、１つ以上のアンチセンスオリゴヌクレオチドのいずれの標的にもされず；ポリヌクレオチドは、ベクターにおいてプロモーターに機能可能に連結されている、ベクター
を含む。これらの実施形態のいくつかの態様では、１つ以上のアンチセンスオリゴヌクレオチドの各々は、独立して、ショートヘアピンＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）、短鎖干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）、マイクロ干渉ＲＮＡ（ｍｉＲＮＡ）、小分子一時的ＲＮＡ（ｓｔＲＮＡ）またはエンドリボヌクレアーゼ調製ｓｉＲＮＡ（ｅｓｉＲＮＡ）から選択される。これらの実施形態のいくつかの態様では、キットにおける１つ以上のアンチセンスオリゴヌクレオチドの少なくとも１つは、１つ以上の改変された核酸塩基を含む。これらの実施形態のいくつかのより具体的な態様では、１つ以上の改変された核酸塩基の各々は、独立して、天然に存在しない核酸塩基、ロックド核酸（ＬＮＡ）、またはペプチド核酸（ＰＮＡ）から選択される。

活性成分（例えば、ベクター及び／またはアンチセンスオリゴヌクレオチド）に加えて、本開示のキットは、以下のいずれかの１つ以上を含み得る：対象への投与のための活性成分を調製するための指示書、活性成分を対象に投与するための指示書、対象への投与のための活性成分のいずれかを溶解及び／または希釈及び／または調製するための緩衝液、希釈剤、溶媒、または他の賦形剤、活性成分を希釈または分割するための余分な容器、活性成分を投与するためのツール、及び療法において活性成分を使用する際に有用な任意の他の物品。

処置の方法
本ポリヌクレオチド配列、アンチセンスオリゴヌクレオチド、発現カセット、ベクター、ベクターのセット、及びキットは、ＰＳＥＮ１またはＰＳＥＮ２の変異体形態によって特性化される任意の障害を処置する方法において有用である。そのような方法は、ＰＳＥＮ１またはＰＳＥＮ２を標的とするアンチセンスオリゴヌクレオチド（またはそのようなアンチセンスオリゴヌクレオチドをコードするポリヌクレオチド）；及び野生型ＰＳＥＮ１またはＰＳＥＮ２をコードし、アンチセンスオリゴヌクレオチドによるサイレンシングに対して耐性であるポリヌクレオチドを投与する工程（複数可）を含む。いくつかの実施形態では、これらの２つの成分は、対象に投与される単一の発現カセットまたはベクターにおいてコードされ得る。いくつかの実施形態では、これらの２つの成分は、任意の順序で順次に、または同時に対象に投与される別個の発現カセットまたはベクターにおいてコードされ得る。いくつかの実施形態では、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、野生型ＰＳＥＮ１またはＰＳＥＮ２タンパク質をコードするベクターまたは発現カセットと共に任意の順序で順次に、または同時に対象に直接的に投与され得る。

これらの方法において有用な疾患及び障害には、ＰＳＥＮ１またはＰＳＥＮ２の変異体形態によって特性化される任意の神経変性疾患、障害、または病態が含まれる。いくつかの実施形態では、神経変性疾患、障害、または病態は、アルツハイマー病、家族性アルツハイマー病、孤発性アルツハイマー病、晩期発症型アルツハイマー病、前頭側頭型認知症、前頭側頭葉変性症、ピック病、レビー小体型認知症、記憶喪失、認知障害、または軽度認知障害である。他の例示的な神経変性疾患、障害、または病態には、タウオパチー、原発性年齢関連タウオパチー（ＰＡＲＴ）、慢性外傷性脳症（ＣＴＥ）、進行性核上まひ（ＰＳＰ）、大脳皮質基底核変性症（ＣＢＤ）、染色体１７に関連した前頭側頭型認知症及びパーキンソン病（ＦＴＤＰ－１７）、筋萎縮性側索硬化症－パーキンソン病－認知症（ＡＬＳ－ＰＤＣ、リティコ・ボディグ病）、神経節膠腫、神経節細胞腫、髄膜血管腫症、脳炎後パーキンソン病、亜急性硬化性全脳炎（ＳＳＰＥ）、鉛脳症、結節性硬化症、パントテン酸キナーゼ関連神経変性、シヌクレイノパチー、パーキンソン病、多系統萎縮症（ＭＳＡ）、神経軸索ジストロフィー、パーキンソン病様疾患、パーキンソン病、プリオン病、運動ニューロン疾患、認知症、伝達性海綿状脳症、主に中枢神経系に影響を及ぼす全身性萎縮症、トリヌクレオチド反復障害、プロテオパチー、アミロイドーシス、神経セロイドリポフスチン症、筋萎縮性側索硬化症（ＡＬＳ）、リソソーム蓄積症、発作障害、対まひ、脱髄疾患、ハンチントン病、外傷性脳損傷、脳卒中、自閉スペクトラム障害（ＡＳＤ）、鬱病、不安、外傷後ストレス障害（ＰＴＳＤ）、統合失調症、注意欠陥／多動性障害（ＡＤＨＤ）、双極性障害、強迫性障害（ＯＣＤ）、パーソナリティ障害、疼痛などが含まれる。

本明細書で使用される場合、用語「処置する」「処置」、「療法」、「治療的」などは、疾患または障害の進行を軽減すること、遅らせることもしくは遅延させること、作用または症状を低減すること、発症を予防すること、阻害すること、発症を改善すること、治療的利益及び／または予防的利益などの、疾患、障害、または医学的病態に関する有益なまたは所望の結果を得ることを含むがこれらに限定されない、所望の薬理学的及び／または生理学的効果を得ることを指す。「処置」は、本明細書で使用される場合、哺乳動物における、特にヒトにおける疾患の任意の処置を包含し、（ａ）疾患を阻害すること、すなわち、その発症を停止させること；及び（ｂ）疾患を緩和すること、すなわち、疾患の退縮を引き起こすことを含む。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される方法は、疾患にかかりやすいまたは疾患に罹患するリスクがある場合があるが、まだそれを有すると診断されていない対象において、または疾患に関連するバイオマーカーを有するが、疾患のいかなる身体的症状もまだ示していない対象において疾患が発生することを防止するために有用である。

治療的利益は、処置されている根底にある障害の根絶または改善を含む。また、治療的利益は、対象が根底にある障害に依然として苦しめられ得るにもかかわらず、対象において改善が観察されるような、根底にある障害に関連する生理的症状のうちの１つ以上の根絶または改善で達成される。いくつかの場合では、予防的利益のため、組成物は、特定の疾患を発症するリスクがある対象、または疾患の生理的症状の１つ以上を報告する対象に、この疾患の診断がなされていない場合であっても投与される。本開示の方法は、任意の哺乳動物または他の動物で使用され得る。いくつかの場合では、処置は、症状の減少または停止をもたらし得る。予防的効果は、疾患もしくは病態の出現を遅らせるもしくは排除すること、疾患もしくは病態の症状の発症を遅らせるもしくは排除すること、疾患もしくは病態の進行を遅延させる、停止させる、もしくは逆行させること、またはそれらの任意の組み合わせを含む。

対象は、本明細書に開示される方法が実施される任意の個体または患者である。用語「対象」は、用語「個体」または「患者」と互換的に使用され得る。対象は、ヒトであり得るが、対象は、当業者によって理解されるように、動物であり得る。よって、哺乳動物、例えば、齧歯類（マウス、ラット、ハムスター及びモルモットを含む）、ネコ、イヌ、ウサギ、ウシ、ウマ、ヤギ、ヒツジ、ブタなどを含む家畜、及び霊長類（サル、チンパンジー、オランウータン及びゴリラを含む）を含む他の動物は、対象の定義に含まれる。いくつかの実施形態では、対象は、ヒトである。

本明細書で提供される発現カセット及びベクターは、神経変性疾患、障害、または病態を処置するのに有効な量で投与され得る。用語「有効量」または「治療的有効量」は、本明細書で定義される疾患処置を含むがこれらに限定されない意図される用途に影響を及ぼすのに十分な本明細書に記載の組成物のその量を指す。治療的有効量は、意図される処置の適用先（ｉｎｖｉｖｏ）、または処置されている対象及び疾患状態、例えば、対象の体重及び年齢、疾患状態の重症度、投与様式などに応じて変わり得、これは当業者によって容易に決定され得る。その用語はまた、標的細胞における特定の反応を誘導する用量に適用される。具体的な用量は、選択される特定の組成物、従うべき投薬レジメン（他の化合物と組み合わせて投与されるかどうかにかかわらない）、投与のタイミング、それが投与される組織、及びそれが行われる物理的送達システムに応じて変わる。

発現カセット及びベクターは、任意の好適な方法によって送達され得る。例示的な方法には、頭蓋内注射、脳灰または白質への定位注射、脳脊髄液（髄腔内、脳室内、大槽内）への注射、及び静脈内注射が含まれる。

本明細書に記載の手順は、別段示されない限り、当該技術分野の技術の範囲内である、化学、分子生物学、微生物学、組換えＤＮＡ、遺伝学、免疫学、細胞生物学、細胞培養及びトランスジェニック生物学の従来の技術を採用する。（例えば、Ｍａｎｉａｔｉｓ，ｅｔａｌ．，ＭｏｌｅｃｕｌａｒＣｌｏｎｉｎｇ，ＣｏｌｄＳｐｒｉｎｇＨａｒｂｏｒＬａｂｏｒａｔｏｒｙＰｒｅｓｓ，ＣｏｌｄＳｐｒｉｎｇＨａｒｂｏｒ，Ｎ．Ｙ．（１９８２）；Ｓａｍｂｒｏｏｋ，ｅｔａｌ．，（１９８９）；ＳａｍｂｒｏｏｋａｎｄＲｕｓｓｅｌｌ，ＭｏｌｅｃｕｌａｒＣｌｏｎｉｎｇ，３ｒｄＥｄ．，ＣｏｌｄＳｐｒｉｎｇＨａｒｂｏｒＬａｂｏｒａｔｏｒｙＰｒｅｓｓ，ＣｏｌｄＳｐｒｉｎｇＨａｒｂｏｒ，Ｎ．Ｙ．（２００１）；Ａｕｓｕｂｅｌ，ｅｔａｌ．，ＣｕｒｒｅｎｔＰｒｏｔｏｃｏｌｓｉｎＭｏｌｅｃｕｌａｒＢｉｏｌｏｇｙ，ＪｏｈｎＷｉｌｅｙ＆Ｓｏｎｓ（定期さら新版を含む）（１９９２）；Ｇｌｏｖｅｒ，ＤＮＡＣｌｏｎｉｎｇ，ＩＲＬＰｒｅｓｓ，Ｏｘｆｏｒｄ（１９８５）；Ｒｕｓｓｅｌｌ，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒｂｉｏｌｏｇｙｏｆｐｌａｎｔｓ：ａｌａｂｏｒａｔｏｒｙｃｏｕｒｓｅｍａｎｕａｌ，ＣｏｌｄＳｐｒｉｎｇＨａｒｂｏｒＬａｂｏｒａｔｏｒｙＰｒｅｓｓ，ＣｏｌｄＳｐｒｉｎｇＨａｒｂｏｒ，Ｎ．Ｙ．（１９８４）；Ａｎａｎｄ，ＴｅｃｈｎｉｑｕｅｓｆｏｒｔｈｅＡｎａｌｙｓｉｓｏｆＣｏｍｐｌｅｘＧｅｎｏｍｅｓ，ＡｃａｄｅｍｉｃＰｒｅｓｓ，ＮＹ（１９９２）；ＧｕｔｈｒｉｅａｎｄＦｉｎｋ，ＧｕｉｄｅｔｏＹｅａｓｔＧｅｎｅｔｉｃｓａｎｄＭｏｌｅｃｕｌａｒＢｉｏｌｏｇｙ，ＡｃａｄｅｍｉｃＰｒｅｓｓ，ＮＹ（１９９１）；ＨａｒｌｏｗａｎｄＬａｎｅ，Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ，ＣｏｌｄＳｐｒｉｎｇＨａｒｂｏｒＬａｂｏｒａｔｏｒｙＰｒｅｓｓ，ＣｏｌｄＳｐｒｉｎｇＨａｒｂｏｒ，Ｎ．Ｙ．（１９８８）；ＮｕｃｌｅｉｃＡｃｉｄＨｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ，Ｂ．Ｄ．Ｈａｍｅｓ＆Ｓ．Ｊ．Ｈｉｇｇｉｎｓｅｄｓ．（１９８４）；ＴｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎＡｎｄＴｒａｎｓｌａｔｉｏｎ，Ｂ．Ｄ．Ｈａｍｅｓ＆Ｓ．Ｊ．Ｈｉｇｇｉｎｓｅｄｓ．（１９８４）；ＣｕｌｔｕｒｅＯｆＡｎｉｍａｌＣｅｌｌｓ，Ｒ．Ｉ．Ｆｒｅｓｈｎｅｙ，Ａ．Ｒ．Ｌｉｓｓ，Ｉｎｃ．（１９８７）；ＩｍｍｏｂｉｌｉｚｅｄＣｅｌｌｓＡｎｄＥｎｚｙｍｅｓ，ＩＲＬＰｒｅｓｓ（１９８６）；Ｂ．Ｐｅｒｂａｌ，ＡＰｒａｃｔｉｃａｌＧｕｉｄｅＴｏＭｏｌｅｃｕｌａｒＣｌｏｎｉｎｇ（１９８４）；ｔｈｅｔｒｅａｔｉｓｅ，ＭｅｔｈｏｄｓＩｎＥｎｚｙｍｏｌｏｇｙ，ＡｃａｄｅｍｉｃＰｒｅｓｓ，Ｉｎｃ．，ＮＹ）；ＭｅｔｈｏｄｓＩｎＥｎｚｙｍｏｌｏｇｙ，Ｖｏｌｓ．１５４ａｎｄ１５５，Ｗｕ，ｅｔａｌ．，ｅｄｓ．；ＩｍｍｕｎｏｃｈｅｍｉｃａｌＭｅｔｈｏｄｓＩｎＣｅｌｌＡｎｄＭｏｌｅｃｕｌａｒＢｉｏｌｏｇｙ，ＭａｙｅｒａｎｄＷａｌｋｅｒ，ｅｄｓ．，ＡｃａｄｅｍｉｃＰｒｅｓｓ，Ｌｏｎｄｏｎ（１９８７）；ＨａｎｄｂｏｏｋＯｆＥｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌＩｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，ＶｏｌｕｍｅｓＩ－ＩＶ，Ｄ．Ｍ．ＷｅｉｒａｎｄＣ．Ｃ．Ｂｌａｃｋｗｅｌｌ，ｅｄｓ．（１９８６）；Ｒｉｏｔｔ，ＥｓｓｅｎｔｉａｌＩｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，６ｔｈＥｄｉｔｉｏｎ，ＢｌａｃｋｗｅｌｌＳｃｉｅｎｔｉｆｉｃＰｕｂｌｉｃａｔｉｏｎｓ，Ｏｘｆｏｒｄ（１９８８）；Ｆｉｒｅ，ｅｔａｌ．，ＲＮＡＩｎｔｅｒｆｅｒｅｎｃｅＴｅｃｈｎｏｌｏｇｙＦｒｏｍＢａｓｉｃＳｃｉｅｎｃｅｔｏＤｒｕｇＤｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ，ＣａｍｂｒｉｄｇｅＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙＰｒｅｓｓ，Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ（２００５）；Ｓｃｈｅｐｅｒｓ，ＲＮＡＩｎｔｅｒｆｅｒｅｎｃｅｉｎＰｒａｃｔｉｃｅ，Ｗｉｌｅｙ－ＶＣＨ（２００５）；Ｅｎｇｅｌｋｅ，ＲＮＡＩｎｔｅｒｆｅｒｅｎｃｅ（ＲＮＡｉ）：ＴｈｅＮｕｔｓ＆ＢｏｌｔｓｏｆｓｉＲＮＡＴｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，ＤＮＡＰｒｅｓｓ（２００３）；Ｇｏｔｔ，ＲＮＡＩｎｔｅｒｆｅｒｅｎｃｅ，Ｅｄｉｔｉｎｇ，ａｎｄＭｏｄｉｆｉｃａｔｉｏｎ：ＭｅｔｈｏｄｓａｎｄＰｒｏｔｏｃｏｌｓ（ＭｅｔｈｏｄｓｉｎＭｏｌｅｃｕｌａｒＢｉｏｌｏｇｙ），ＨｕｍａｎＰｒｅｓｓ，Ｔｏｔｏｗａ，Ｎ．Ｊ．（２００４）；及びＳｏｈａｉｌ，ＧｅｎｅＳｉｌｅｎｃｉｎｇｂｙＲＮＡＩｎｔｅｒｆｅｒｅｎｃｅ：ＴｅｃｈｎｏｌｏｇｙａｎｄＡｐｐｌｉｃａｔｉｏｎ，ＣＲＣ（２００４）を参照されたい）。

組成物及び方法は、以下により具体的に記載されており、本明細書に示される実施例は、多数の改変及び変形が当業者に明らかであるため、例示としてのみ意図される。本出願の明細書において及びそれに続く特許請求の範囲を通して使用される場合、「１つの（ａ）」、「１つの（ａｎ）」、及び「その（ｔｈｅ）」の意味は、文脈が別段明らかに示さない限り、複数の言及を含む。数値に関連する用語「約」は、値が上下に５％変化することを意味する。例えば、約１００の値の場合、９５～１０５（または９５と１０５との間の任意の値）を意味する。

本明細書で使用される用語は通常、当該技術分野における、本明細書に記載の組成物及び方法の文脈内の、及び各用語が使用される特定の文脈におけるそれらの通常の意味を有する。いくつかの用語は、組成物及び方法の説明に関して実践者に追加的なガイダンスを提供するために以下でより具体的に定義されている。

本明細書のどこかで言及されるすべての特許、特許出願、及び他の科学的または技術的記述は、それらの全体が参照により本明細書に組み込まれる。本明細書に例示的に記載された実施形態は、好適には、本明細書に具体的に開示されているまたは具体的に開示されていない任意の１つの要素または複数の要素、１つの制限または複数の制限の非存在下で実施され得る。よって、例えば、本明細書における各例において、用語「を含む」、「から本質的になる」、及び「からなる」のいずれかは、それらの通常の意味を保持しつつ、他の２つの用語のいずれかで置き換えられ得る。採用された用語及び表現は、限定するためではなく説明するための用語として使用されており、そのような用語及び表現の使用には、示され説明される特徴またはその一部のどのような均等物も排除する意図は存在しないが、特許請求された発明の範囲内で様々な改変が可能であると認識される。よって、本発明は、実施形態によって具体的に開示されているが、本明細書に開示された概念の任意の特徴、改変及び変形は、当業者によって復元され得ること、ならびにそのような改変及び変形は、明細書及び添付の特許請求の範囲によって定義されるように本発明の範囲内にあるとみなされることが理解されるべきである。

本明細書において範囲、例えば、温度範囲、時間範囲、または組成もしくは濃度範囲が与えられる場合、すべての中間範囲及び副次的範囲、ならびに与えられた範囲に含まれるすべての個々の値は、本開示に含まれることが意図される。本出願の明細書に含まれる範囲または副次的範囲における任意の副次的範囲または個々の値は、本明細書の態様から除外され得ることが理解される。本出願の明細書に含まれる任意の要素または工程は、特許請求された組成物または方法から除外され得ることが理解される。

また、本発明の特徴または態様がマーカッシュ群または他の代替の群に関して記載されている場合、当業者は、本発明がまた、それによりマーカッシュ群または他の群の任意の個々のメンバーまたはメンバーの亜群に関して記載されていることを認識する。

以下は、例示のためにのみ提供されており、上記の広義に記載された本発明の範囲を限定することは意図されていない。

実施例１．ヒトにおける内因性ＰＳＥＮ１遺伝子発現のサイレンシングのためのｓｉＲＮＡ配列の設計
本発明者らは、内因性ヒトＰＳＥＮ１ｍＲＮＡを標的とし得るｓｉＲＮＡ配列を設計した。これらのｓｉＲＮＡ配列は、対象への直接的投与のために使用され、または対象に投与されるベクターから生成されたｓｈＲＮＡまたはｍｉＲＮＡの一部としてポリヌクレオチドによってコードされ得る。

これらのｓｉＲＮＡが内因性ＰＳＥＮ１遺伝子を阻害するために使用されると、野生型プレセニリン１タンパク質をコードし、コドン改変によってそのようなｓｉＲＮＡによる抑制に耐性であるｍＲＮＡの発現のためのＰＳＥＮ１ｃＤＮＡを提供することによって、またはそうでなければｍＲＮＡからｓｈＲＮＡ標的配列を除外することによって、ＰＳＥＮ１発現が回復され得る。

ｓｉＲＮＡ配列は、ＩｎｔｅｇｒａｔｅｄＤＮＡＴｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ（ＩＤＴ；ｂｉｏｔｏｏｌｓ．ｉｄｔｄｎａ．ｃｏｍ／ｓｉｔｅ／ｏｒｄｅｒ／ｄｅｓｉｇｎｔｏｏｌ／ｉｎｄｅｘ／ＤＳＩＲＮＡ＿ＣＵＳＴＯＭ），ｓｉＤｉｒｅｃｔ（ｓｉｄｉｒｅｃｔ２．ｒｎａｉ．ｊｐ／）、及びＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒ（ｈｔｔｐｓ：／／ｒｎａｉｄｅｓｉｇｎｅｒ．ｔｈｅｒｍｏｆｉｓｈｅｒ．ｃｏｍ／ｒｎａｉｅｘｐｒｅｓｓ／）におけるｓｉＲＮＡデザイナーを含む、オンラインツールの使用を含む分子生物学における既知の技術及び原理を使用して設計した。

ヒトＰＳＥＮ１ｍＲＮＡのタンパク質コード領域または非コード領域のいずれかにおいてｓｉＲＮＡのための潜在的標的のセットを同定した。ＰＳＥＮ１ｍＲＮＡを標的とする対応するｓｉＲＮＡ配列をコードするＤＮＡ配列が配列番号１～３２、４２及び４３に示されている。以下の表２は、コードされるｓｉＲＮＡがハイブリダイズするであろうＧｅｎＢａｎｋＮＭ＿００００２１．４ＰＳＥＮ１ｃＤＮＡ配列におけるＰＳＥＮ１標的位置（及びそれ故、転写されたＰＳＥＮ１ｍＲＮＡにおける対応する位置）を示している。ＮＭ＿００００２１．４の２１３～１６１６における相補的位置内の配列は、ＰＳＥＮ１タンパク質をコードする領域内にある。

（表２）内因性ＰＳＥＮ１ｍＲＮＡを標的とするｓｉＲＮＡをコードするＤＮＡ配列及びＧｅｎＢａｎｋＮＭ＿００００２１．４ｃＤＮＡ配列内の標的とする相補的位置

ＰＳＥＮ２特異的ｓｉＲＮＡをコードするＤＮＡ配列について同様のリストを作製した（配列番号２０～３２）。以下の表３は、コードされるｓｉＲＮＡがハイブリダイズするであろうＧｅｎＢａｎｋＮＭ＿＿０００４４７．３ＰＳＥＮ２ｃＤＮＡ配列におけるＰＳＥＮ２標的位置（及びそれ故、転写されたＰＳＥＮ２ｍＲＮＡにおける対応する位置）を示している。ＮＭ＿＿０００４４７．３の３８４～１７３０に相補的位置を有する配列は、ＰＳＥＮ２ｍＲＮＡをコードする領域内にある。

（表３）内因性ＰＳＥＮ２ｍＲＮＡを標的とするｓｉＲＮＡをコードするＤＮＡ配列及び（ＧｅｎｂａｎｋＮＭ＿０００４４７．３）ｃＤＮＡ配列内の標的とする相補的位置

これらのＰＳＥＮ１及びＰＳＥＮ２特異的ｓｉＲＮＡコード配列、または内因性ＰＳＥＮ２ｍＲＮＡにハイブリダイズし、かつそのような配列の５’または３’末端のいずれかからの少なくとも７以上の連続ヌクレオチドを含むｓｉＲＮＡをコードする他のＤＮＡ配列は、内因性ＰＳＥＮ１またはＰＳＥＮ２ｍＲＮＡを標的とするｓｈＲＮＡまたはｍｉＲＮＡをコードするポリヌクレオチドにおいて使用され得る。

本発明者らは次に、標的細胞に導入されＲＮＡに転写された場合に、野生型アレル及び変異体アレル（存在する場合）から転写されたｍＲＮＡの両方を含む内因性ＰＳＥＮ１またはＰＳＥＮ２ｍＲＮＡの翻訳をサイレンシングする、外因性ＤＮＡ分子を設計した。これらのＤＮＡ分子は、ｓｈＲＮＡをコードする分子（配列番号４４～４７）及びｍｉＲＮＡをコードする分子（配列番号３３～３６）を含んでいた。コードされるアンチセンスオリゴヌクレオチドのタイプ、標的とされるＰＳＥＮ、及びｓｉＲＮＡがハイブリダイズするであろう対応するＧｅｎＢａｎｋｃＤＮＡ配列における標的位置（及びそれ故、転写されたＰＳＥＮ１ｍＲＮＡにおける対応する位置）を示す以下の表４を参照されたい。

（表４）ｍｉＲＮＡ配列
下線のあるｓｉＲＮＡコード配列は、人工ｍｉＲＮＡまたはｐｒｅ－ｍｉＲＮＡを生成するために使用される。

これらに加えて、ＧｅｎＢａｎｋＮＭ＿００００２１．４及びＮＭ＿０００４４７．３ｃＤＮＡ配列において標的とされる他の相補的位置は、ｍｉＲＮＡターゲティング配列に埋め込まれ、配列番号６８～８１に示されるプラスミドによってコードされるｓｉＲＮＡ配列によって表される。これらは以下の表４Ａに示される。

（表４Ａ）追加的ｍｉＲＮＡ配列および相補的標的

^１は、ｍｉＲＮＡの２つの連続コピーを含む。
^２は、ｍｉＲＮＡの３つの連続コピーを含む。

ｓｈＲＮＡまたはｍｉＲＮＡをコードするポリヌクレオチド配列のいずれかは、共送達されるｓｈＲＮＡまたはｍｉＲＮＡによるサイレンシングに耐性である野生型ＰＳＥＮ１またはＰＳＥＮ２をコードするｍＲＮＡも発現するポリヌクレオチドと同時にまたは連続的に送達され得る。ＰＳＥＮ１またはＰＳＥＮ２ｍＲＮＡをコードするＤＮＡ及びサイレンサーポリヌクレオチドは、単一のＤＮＡベクターにおけるポリヌクレオチドとしてまたは複製欠損性アデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ベクターとして送達され得る。代替的には、ｓｈＲＮＡまたはｍｉＲＮＡをコードするポリヌクレオチドは、ＰＳＥＮ１またはＰＳＥＮ２ｍＲＮＡをコードするポリヌクレオチドとは別のＤＮＡベクターまたはＡＡＶベクターで送達され得る。

コードされるｓｈＲＮＡは、標的ｍＲＮＡ配列の一部と同一である約２０～２５ヌクレオチドと、それに続くリンカー及び標的ｍＲＮＡのその同一部分と相補的な配列を含む。ｓｈＲＮＡは、典型的にはＲＮＡポリメラーゼＩＩＩ誘導プロモーター、例えば、Ｕ６、Ｕ６１、Ｕ６９、またはＨ１に機能可能に連結された、それらをコードするＤＮＡから発現する。各々が内因性ＰＳＥＮ１またはＰＳＥＮ２ｍＲＮＡの異なる部分を標的とする１～４種のｓｈＲＮＡが同じＤＮＡまたはＡＡＶベクターから発現して、内因性ＰＳＥＮ１またはＰＳＥＮ２ｍＲＮＡの分解を媒介し、ＰＳＥＮ１またはＰＳＥＮ２タンパク質レベルを低減する。

ＰＳＥＮ１標的（配列番号６、１１、及び４２によって標的とされるＰＳＥＮ１ｍＲＮＡの部分）の一部はまた、マウスＰＳＥＮ１ｍＲＮＡに存在する（対応するマウスＰＳＥＮ１ｃＤＮＡ配列ＧｅｎＢａｎｋＮＭ＿００１３６２２７１．１を参照されたい）。そのため、それらの配列を標的とするアンチセンスオリゴヌクレオチドはまた、内因性マウスＰＳＥＮ１遺伝子の発現を抑制する。これらのアンチセンスオリゴヌクレオチドは、抑制に耐性であるＰＳＥＮ１遺伝子による同時置換と共に内因性ＰＳＥＮ１遺伝子を抑制するアンチセンス分子及びベクターの有効性のアルツハイマー病のマウスモデルにおけるｉｎｖｉｖｏ評価のためのツールとして使用され得る。

ＰＳＥＮ１欠損症の顕性型において、変異体ＰＳＥＮ１サブユニットの発現は、ガンマセクレターゼの構築及び機能を阻害する。理論によって制限されることなく、本発明者らは、単純な遺伝子置換方法が、より多くのガンマセクレターゼの野生型ＰＳＥＮ１サブユニットを提供するであろうが、構築及び／または機能に対する変異体サブユニットの阻害性効果を抑制しないであろうと考える。しかしながら、すべての内因性ＰＳＥＮ１発現を抑制し、それを染色体外で発現した野生型ＰＳＥＮ１に置き換えることにより、十分なガンマセクレターゼ活性が回復され得る。アルツハイマー病を処置すること及びＰＳＥＮ１遺伝子の顕性変異に起因するアルツハイマー病に対する感受性の増加を改善することに加えて、内因性ＰＳＥＮ１（またはＰＳＥＮ２）遺伝子発現のサイレンシング及びそのタンパク質の野生型形態をコードし、サイレンシングに耐性である遺伝子での置換のコンセプトは、ＰＳＥＮ１（またはＰＳＥＮ２）における欠損を含む任意の疾患に適用され得る。

実施例２．ネイティブＰＳＥＮ１ｍＲＮＡを標的とするｓｈＲＮＡによるサイレンシングを回避するためのコドン変化
本発明者らは、ネイティブＰＳＥＮ１タンパク質配列をコードするが、そのコードされるｍＲＮＡは内因性ＰＳＥＮ１を標的とするｓｈＲＮＡによって認識されない置換ＰＳＥＮ１遺伝子を以下の２つの方法のうちの１つによって設計した：
１）ｓｈＲＮＡ（複数可）が、タンパク質コード部分の外側のＰＳＥＮ１ｍＲＮＡを専ら標的とするように設計されている場合、置換ＰＳＥＮ１コード配列は、野生型タンパク質をコードする内因性ｍＲＮＡの部分と同一であり得る。置換ＰＳＥＮ１コード配列を発現させるために使用される発現ベクターは、ｓｈＲＮＡ（複数可）とハイブリダイズしない全体的に関連しない供給源からのｍＲＮＡの上流及び下流非コード部分の両方をコードする。
２）ｓｈＲＮＡ（複数可）のいずれかが、タンパク質コード領域内の内因性ＰＳＥＮ１ｍＲＮＡを標的とする場合、置換ＰＳＥＮ１コード配列は、コドン改変され、同じアミノ酸配列を提供する同義コドンを使用する。そのような改変されたコドンを利用することにより、ｓｈＲＮＡ（複数可）が置換ＰＳＥＮ１コード配列から発現したｍＲＮＡを標的とする能力が排除され、または大幅に低減される。同義コドンを変化させる能力は、ｍＲＮＡ内の標的配列によってコードされるアミノ酸配列に依存する。理想的には、ｓｈＲＮＡ標的配列において十分な数のコドンを変化させて、ｓｈＲＮＡのアンチセンス部分とは少なくとも５０％、少なくとも４０％、少なくとも３０％または少なくとも２０％のヌクレオチドの差、または少なくとも４つまたは少なくとも５つのミスマッチを提供する。

コドン改変は、ｓｈＲＮＡによって標的とされるコード配列のそれらの部分においてのみ生じる必要がある。そのため、置換ＰＳＥＮ１コード配列は、いくつかのコドン改変領域のみを有し、コード領域のほとんどにわたって内因性ヌクレオチド配列と同一であり得る。

同じ手順は、コドン改変されたＰＳＥＮ２核酸配列を生成するために使用される。

実施例３．ＰＳＥＮ１のｉｎｖｉｔｒｏｓｉＲＮＡ抑制
特異性が高いｓｉＲＮＡ配列をｉｎｓｉｌｉｃｏで選択し、交差反応性を最小化するために生物情報評価を使用する。ＰＳＥＮ１に対する特異的結合及びＲＮＡ干渉経路によるＰＳＥＮ１ｍＲＮＡの分解のためにＰＳＥＮ１に対して相補的なオリゴヌクレオチドを設計し、合成する。

オリゴヌクレオチドのトランスフェクションまたは直接的インキュベーションによってＨＥＫ２９３またはＨｅｌａ細胞のような市販の細胞株においてＰＳＥＮ１抑制を評価する。細胞が６５～７５％の密集度に達成したとき、トランスフェクション試薬、例えば、ＬＩＰＯＦＥＣＴＩＮを使用してオリゴヌクレオチドを細胞に導入する。他のトランスフェクション方法は、当業者によく知られている。スクリーニングの方法は、本発明の限定ではない。オリゴヌクレオチドを、ＯＰＴＩ－ＭＥＭ－１（ＩｎｖｉｔｒｏｇｅｎＬｉｆｅＴｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）のような培地中でＬＩＰＯＦＥＣＴＩＮ（ＩｎｖｉｔｒｏｇｅｎＬｉｆｅＴｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）と混合して、オリゴヌクレオチドの所望の濃度及びＬＩＰＯＦＥＣＴＩＮ濃度を達成する。細胞を処置し、データを二重または三重で得る。処置後、トランスフェクション混合物を含有する培地を新たな培地と交換する。細胞を、オリゴヌクレオチド処置から１６～２４時間後に採取する。

ＰＳＥＮ１ｍＲＮＡレベルの定量は、リアルタイム定量ＰＣＲによって達成される。細胞から単離後、ＲＮＡを逐次逆転写酵素（ＲＴ）反応及びリアルタイムＰＣＲに供する。ＲＴ及びＰＣＲ試薬は、ＩｎｖｉｔｒｏｇｅｎＬｉｆｅＴｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓから得られ得る。ＲＴリアルタイムＰＣＲをＰＳＥＮ１に特異的なプライマー及びプローブセットを使用して製造業者の指示書に従って行い、リアルタイムＰＣＲデータを、発現が一定であるハウスキーピング遺伝子に対して正規化する。対照スクランブル化または未処置細胞に対するＰＳＥＮ１ｍＲＮＡレベルの阻害率を計算する。アンチセンスオリゴヌクレオチドが阻害性である標的領域を使用してｓｈＲＮＡ及びｍｉＲＮＡを設計する。

実施例４．変異体ＰＳＥＮ１の発現を抑制し、野生型ＰＳＥＮ１を発現させるためのＰＳＥＮ１サイレンス及び置換システムを有するＡＡＶベクター
ＰＳＥＮ１ｍＲＮＡを標的とし、切断するｍｉＲＮＡ及び野生型ＰＳＥＮ１のためのコード配列を含有するようにアデノウイルス随伴ウイルス（ＡＡＶ）ベクターを構築する。そのｍｉＲＮＡ及びコード配列の両方をコードするゲノムコンストラクトを含有するＡＡＶウイルスベクターは、市販のプラスミドベースの発現ベクターに由来する。市販のプラスミドを、ＡＡＶ２の末端逆位反復（ＩＴＲ）、Ｕ６ポリメラーゼＩＩＩプロモーター、３’ＵＴＲ内の結合部位を有するＰＳＥＮ１遺伝子を標的とする３つのｍｉＲＮＡ配列、ＣＢＡポリメラーゼＩＩプロモーター、野生型ＰＳＥＮ１のためのコード配列、それに続くウサギベータ－グロビンポリアデニル化配列及び別のＡＡＶ２ＩＴＲ（配列番号３７、３８）を含むように改変する。

ＰＳＥＮ１サイレンス及び置換ゲノムを有するＡＡＶウイルス粒子の生成は、ＡＡＶウイルスベクターゲノムプラスミド及びＡＡＶに必須のタンパク質を供給するためのヘルパープラスミド及びウイルスカプシドタンパク質を発現させるためのプラスミドでのヒト胎児腎臓（ＨＥＫ２９３）または昆虫（Ｓｆ９）細胞の共トランスフェクションによって達成される。ＡＡＶ粒子を生成するための方法及び細胞株は、当業者によく知られている。培養後、ウイルス粒子を採取し、濃縮して１０^１１～１０^１３ＶＧ／ｍＬの範囲内のウイルスゲノムコピー数を達成する（例えば、Ｃｈｅｎｅｔａｌ，ＨｕｍａｎＧｅｎｅＴｈｅｒａｐｙＭｅｔｈｏｄｓ２４：２７０－２７８，２０１３を参照されたい）。

実施例５．ＰＳＥＮ２サイレンス及び置換を伴うＡＡＶベクターのｉｎｖｉｔｒｏ及びｉｎｖｉｖｏ試験
ＰＳＥＮ２ｍＲＮＡを標的とし、切断する含有ｍｉＲＮＡ及び野生型ＰＳＥＮ２のためのコード配列の要素を含有するようにアデノウイルス随伴ウイルス（ＡＡＶ）ベクターを構築する。ＰＳＥＮ２サイレンス及び置換システムの要素は、哺乳動物組織を効率的に形質導入し、エピクロモソームとして細胞核内に長期間存在するＡＡＶベクターによって送達される。

ＰＳＥＮ２サイレンス及び置換システムを含有するＡＡＶ粒子は、哺乳動物細胞株、例えば、ＨＥＫ２９３細胞（ＡｍｅｒｉｃａｎＴｙｐｅＣｕｌｔｕｒｅＣｏｌｌｅｃｔｉｏｎ，Ｍａｎａｓｓａｓ，ＶＡから入手可能）を使用してｉｎｖｉｔｒｏで試験され得る。ｉｎｖｉｔｒｏでのＡＡＶベクターでの哺乳動物細胞の形質導入が記載されている（例えば、ＬｅＣｏｎｇｅｔａｌ，Ｉｂｉｄ．，ａｎｄＳｅｎｅｔａｌ，ＳｃｉｅｎｔｉｆｉｃＲｅｐｏｒｔｓ３：１８３２，２０１３；ＤＯＩ：１０．１０３８／ｓｒｅｐ０１８３２（参照により本明細書に組み込まれる）を参照されたい）。形質導入後、内因性及び外因性ＰＳＥＮ２転写産物は、確立された方法を使用して定量ＲＴ－ＰＣＲ（ｑＲＴ－ＰＣＲ）によってモニタリングされ得る（例えば、Ｐｅｒｅｚ－Ｐｉｎｅｒａｅｔａｌ，ＮａｔｕｒｅＭｅｔｈｏｄｓＡｄｖａｎｃｅＯｎｌｉｎｅＰｕｂｌｉｃａｔｉｏｎ，Ｊｕｌｙ２５，２０１３；ｄｏｉ：１０．１０３８／ｎｍｅｔｈ．２６００（参照により本明細書に組み込まれる）を参照されたい）。

中枢神経系においてＰＳＥＮ２サイレンス及び置換システムを含有することの効果を評価するために、例えば、脳室内（ＩＣＶ）または大槽内（ＩＣＭ）投与によって、ＡＡＶベクターを中枢神経系に直接的に送達することが有益である。動物の中枢神経系におけるＰＳＥＮ２サイレンス及び置換システムの効果を評価するために、ＡＡＶは、ＩＣＶ送達を介してマウスに投与され得る。

強力なｓｈＲＮＡまたはｍｉＲＮＡを含有し、ＰＳＥＮ２をコードする選択されたＡＡＶベクターをｉｎｖｉｖｏ試験のために使用し得る。製剤で処置されたマウスが対照動物として使用され得る。各処置または対照群は、４～１２匹の動物を含み得る。ＡＡＶは、１０^１０～１０^１１ウイルスゲノムの用量でＩＣＶ投与される。処置期間は、４週であり得る。処置期間中に、体重変化または異常な挙動などの臨床的変化についてマウスをモニタリングする。処置期間の最後に、マウスを安楽死させ、脳を切除する。ＲＮＡを定量リアルタイムＰＣＲ分析のために調製し、脳ホモジネートをＥＬＩＳＡによるＰＳＥＮ２タンパク質定量及びウェスタンブロットによる特性化のために使用する。

実施例６．アルツハイマー病のモデルにおけるｉｎｖｉｖｏＰＳＥＮ１サイレンス及び置換
ＡＤの動物モデルの中枢神経系におけるＰＳＥＮ１サイレンス及び置換の効果を評価するために、ＰＳＥＮ１サイレンス及び置換をコードするＡＡＶを、ＦＡＤ変異Ｌ４３５Ｆを有するＰＳＥＮ１ノックイン（ＫＩ）マウスに投与する。ＰＳＥＮ２を欠くバックグラウンドにおけるいずかの変異について異種のＫＩマウス、Ｐｓｅｎ１^{Ｌ４３５Ｆ／＋}；Ｐｓｅｎ２^－／－（Ｘｉａｅｔａｌ．，Ｎｅｕｒｏｎ．２０１５ｄｏｉ：１０．１０１６／ｊ．ｎｅｕｒｏｎ．２０１５．０２．０１０）。Ｌ４３５Ｆ変異は、ＰＳＥＮ１ｍＲＮＡレベルのいかなる変化も伴わずに成熟ＰＳＥＮ１（Ｎ末端及びＣ末端断片）の生成を無効にした。Ｐｓｅｎ１^{Ｌ４３５Ｆ／＋}；Ｐｓｅｎ２^－／－トランスジェニックマウスモデルは、加速したアミロイド蓄積、海馬シナプス可塑性及び記憶の障害、ならびにＡＤと同様の大脳皮質神経変性を示す。

ＡＤの動物モデルにおけるＰＳＥＮ１サイレンス及び置換の効果を評価するために、ＰＳＥＮ１サイレンス及び置換システムをコードするＡＡＶを、ＩＣＶ送達を介してＰｓｅｎ１^{Ｌ４３５Ｆ／＋}；Ｐｓｅｎ２^－／－トランスジェニックマウスモデルに投与する。強力なｓｈＲＮＡまたはｍｉＲＮＡを含有し、ＰＳＥＮ１をコードする選択されたＡＡＶベクターをｉｎｖｉｖｏ試験のために使用し得る。製剤で処置されたマウスが対照動物として使用され得る。各処置または対照群は、４～１２匹の動物を含み得る。ＡＡＶは、１０^１０～１０^１１ウイルスゲノムの用量でＩＣＶ投与される。処置期間は、６～１８ヶ月であり得る。処置期間中に、体重変化または異常な挙動などの臨床的変化についてマウスをモニタリングする。処置期間の最後に、マウスを安楽死させ、脳を切除する。ＲＮＡを定量リアルタイムＰＣＲ分析のために調製し、脳ホモジネートをＥＬＩＳＡによるＰＳＥＮ１タンパク質定量及びウェスタンブロットによる特性化のために使用する。

実施例７．ＰＳＥＮ１及びＰＳＥＮ２サイレンス及び置換プラスミド
ＡＡＶ２ＩＴＲ（配列番号６８のヌクレオチド１～１４１及び４２９８～４４３８）、Ｕ６プロモーター（配列番号６８のヌクレオチド１９８～２４１）、ＣＭＶエンハンサー（配列番号６８のヌクレオチド５６１～９４０）、ＣＢＡプロモーター（配列番号６８のヌクレオチド９４１～１２１３）、ＨＡエピトープタグ（配列番号６８のヌクレオチド１８７３～１９０５）、そのＣＢＡプロモーターに機能的に連結されたコドン最適化されたヒトＰＳＥＮ１コード配列（「ｈＰＳＥＮ１ｖ１．５」；配列番号６８のヌクレオチド１９０６～３３０３）またはヒトＰＳＥＮ２コード配列（配列番号７６のヌクレオチド１９０２～３２４５）、及びヒト成長ホルモン（ｈＧＨ）ポリＡシグナル（配列番号６８のヌクレオチド３３３７～３８１３）を含むプラスミドを骨格として使用してヒトサイレンス及び置換コンストラクトを生成した。ネイティブＰＳＥＮ１またはネイティブＰＳＥＮ２のいずれかの異なる領域と相補的なｓｉＲＮＡ配列に隣接するｍｉＲ１２８ターゲティング配列からなる１、２または３コピーのヌクレオチド配列をそれらのプラスミドに様々な部位で挿入した。得られたプラスミド（配列番号６８～８１；図１～１４）を、標準的な技術を使用してＨＥＫ２９３（ＡＴＣＣ（登録商標）ＣＲＬ－１５７３（商標））細胞に別々にトランスフェクションした。トランスフェクションから４８時間後にＨＥＫ２９３細胞を採取し、５００μＬのＱＩＡｚｏｌＬｙｓｉｓＲｅａｇｅｎｔ（Ｑｉａｇｅｎ，＃７９３０６）を使用して直接的に溶解し、上清を収集した。溶解の後、サンプルをＱｉａｓｈｒｅｄｄｅｒ（Ｑｉａｇｅｎ，＃７９６５６）を使用してホモジナイズし、ＲＮＡをＲＮｅａｓｙＰｌｕｓＵｎｉｖｅｒｓａｌＭｉｎｉキット（Ｑｉａｇｅｎ，＃７４０３４）を使用して製造業者のプロトコルに従って単離した。各サンプルの総ＲＮＡ濃度を、ＤｅＮｏｖｉｘＤＳ－１１ＦＸ＋分光光度計／蛍光光度計を使用して製造業者の指示書に従って測定した。細胞から単離後、ＲＮＡを逐次逆転写酵素（ＲＴ）反応及びリアルタイムＰＣＲに供した。ＲＴ及びＰＣＲ試薬は、ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒＳｃｉｅｎｔｉｆｉｃから得た。（ａ）コドン最適化されたＰＳＥＮ１をコードするプラスミドに存在するコドン最適化されたヒトＰＳＥＮ１を認識しなかったネイティブＰＳＥＮ１に特異的なプライマー及びプローブセット（フォワードプライマー＝配列番号８２；プローブ＝配列番号８３；リバースプライマー＝配列番号８４）；（ｂ）プラスミドにコードされる転写産物に特異的なプライマー及びプローブセット（プラスミドに存在するｈＧＨｐｏｌｙＡスタッファーに特異的；フォワードプライマー＝配列番号８５；プローブ＝配列番号８６；リバースプライマー＝配列番号８７）、または（ｃ）ＰＳＥＮ２をコードするプラスミドに存在しないネイティブＰＳＥＮ２の非コード領域に特異的なプライマー及びプローブセット（フォワードプライマー＝配列番号８８；プローブ＝配列番号８９；リバースプライマー＝配列番号９０）を使用して製造業者の指示書に従ってＲＴ及びリアルタイムＰＣＲを行った。リアルタイムＰＣＲデータを、発現が一定であったハウスキーピング遺伝子に対して正規化した。（ａ）ｍｉＲＮＡターゲティング配列及びｓｉＲＮＡ配列を欠くプラスミド（例えば、ｈＰＳＥＮ１ｖ１．５、図１５）、または（ｂ）ｍｉＲＮＡ認識配列、ｓｉＲＮＡ配列及び任意のＰＳＥＮコード配列を欠くプラスミド（空のベクター（「ＥＶ」）、図１５）を対照として使用した。

図１５は、コドン最適化されたヒトＰＳＥＮ１コード配列を有していたプラスミドを使用したこの実験の結果を示している。フォワードプライマー配列番号８２；プローブ配列番号８３；及びリバースプライマー配列番号８４を用いて内因性ＰＳＥＮ１ｍＲＮＡを検出し、増幅した。フォワードプライマー配列番号８５；プローブ配列番号８６；及びリバースプライマー配列番号８７を用いて外因性ＰＳＥＮ１ｍＲＮＡを検出し、増幅した。図１５において、結果を、いかなるｍｉＲＮＡターゲティング配列及びｓｉＲＮＡ配列も欠くが、コドン最適化されたヒトＰＳＥＮ１（ｈＰＳＥＮ１ｖ１．５）をコードするプラスミドで細胞を形質転換した場合に検出された内因性及び外因性レベルに対して正規化した。

図１６Ａ及び１６Ｂは、ヒトＰＳＥＮ２コード配列を有していたプラスミドを使用したこの実験の結果を示している。フォワードプライマー配列番号８８；プローブ配列番号８９；及びリバースプライマー配列番号９０を用いて内因性ＰＳＥＮ２ｍＲＮＡを検出し、増幅した。フォワードプライマー配列番号８５；プローブ配列番号８６；及びリバースプライマー配列番号８７を用いて外因性ｍＲＮＡ転写産物を検出し、増幅した。図１６Ａにおいて、結果を、検出された内因性及び外因性レベルに対して正規化した。

実施例８：配列

配列番号３７
ＡＡＶ２末端逆位反復、Ｕ６プロモーター、３コピーのｈｓａ－ｐｒｅ－ｍｉｒ－１２４ａ－１－ｈＰＳＥＮ１－１６３１－１６５２、ＣＢＡプロモーター、ＰＳＥＮ１コード配列、ウサギポリアデニル化配列、及びＡＡＶ２末端逆位反復を含有する例示的ＡＡＶ－導入遺伝子。

配列番号３８－ＡＡＶ２末端逆位反復、Ｕ６プロモーター、３コピーのｈｓａ－ｐｒｅ－ｍｉｒ－１２８ａ－ｈＰＳＥＮ２－１７６６－１７８８、ＣＢＡプロモーター、ＰＳＥＮ２コード配列、ウサギポリアデニル化配列、及びＡＡＶ２末端逆位反復を含有する例示的ＡＡＶ－導入遺伝子。

配列番号３９－ＮＭ＿００００２１．４ホモサピエンスプレセニリン１（ＰＳＥＮ１）、コード配列

配列番号４０－ＮＭ＿０００４４７．３ホモサピエンスプレセニリン２（ＰＳＥＮ２）、コード配列

配列番号４１
＞ｓｈＲＮＡを回避するようにコドン改変されたＰＳＥＮ１

配列番号４８
＞すべての耐性のある好ましくないコドンが非常に好ましい同義コドンに変化したヒトＰＳＥＮ１。変化したコドンは小文字：

配列番号４９
ＡＡＶ２末端逆位反復、Ｕ６プロモーター、１コピーの抗ｈＰＳＥＮ１－４０１－４２１（下線）、Ｈ１プロモーター、１コピーの抗ｈＰＳＥＮ１－９５３－９７３（下線）、ＣＡＧプロモーター、コドン改変されたＰＳＥＮ１コード配列、ウサギポリアデニル化配列、及びＡＡＶ２末端逆位反復を含有する例示的なＡＡＶ－導入遺伝子。

配列番号５０
＞ＣＡＧプロモーター

配列番号５１
＞ＣＢＡプロモーター

配列番号５２
＞ＵＢＣプロモーター

配列番号５３
＞ＰＧＫプロモーター

配列番号５４
＞Ｅｆ１αプロモーター

配列番号５５
＞ＣＭＶプロモーター

配列番号５６
＞ＮＳＥプロモーター

配列番号５７
＞ＭｅＣＰ２プロモーター

配列番号５８
＞ＧＦＡＰプロモーター

配列番号５９
＞ＧＵＳＢプロモーター

配列番号６０
＞ＲＳＶプロモーター

配列番号６１
ＳＶ４０プロモーター

配列番号６２
ＮＰＹプロモーター

配列番号６３
ＳＳＴプロモーター

配列番号６４
シナプシンプロモーター１

配列番号６５
シナプシンプロモーター２

配列番号６６
＞β－グロビンプロモーター

配列番号６７（コンセンサスコザック配列）

配列番号６８（ｐＡＴ０４９）

配列番号８２（内因性ＰＳＥＮ１特異的フォワードプライマー）
ＣＣＴＧＡＣＣＡＣＣＴＴＧＣＡＣＴＡＴＴ

配列番号８３（内因性ＰＳＥＮ１特異的プローブ）
ＴＧＴＧＴＣＣＣＴＣＧＧＴＧＣＡＧＡＡＡＣＴＡＣ

配列番号８４（内因性ＰＳＥＮ１特異的リバースプライマー）
ＣＡＡＣＴＴＣＣＧＧＧＣＣＴＡＴＣＡＴＡＴＣ

配列番号８５（プラスミドにコードされた転写産物特異的フォワードプライマー）
ＴＧＧＡＣＣＡＡＴＴＡＧＣＡＴＴＣＣＡＴＣＡ

配列番号８６（プラスミドにコードされた転写産物特異的プローブ）
ＴＧＡＡＣＴＡＣＧＣＣＴＧＡＧＧＡＴＣＣＧＡＴＣＴ

配列番号８７（プラスミドにコードされた転写産物特異的リバースプライマー）
ＧＣＣＡＧＡＡＧＴＣＡＧＡＴＧＣＴＣＡＡ

配列番号８８（内因性ＰＳＥＮ２特異的フォワードプライマー）
ＧＡＧＡＡＧＧＴＣＡＧＡＴＴＡＧＧＧＣＧ

配列番号８９（内因性ＰＳＥＮ２特異的プローブ）
ＡＡＡＧＡＧＴＧＴＧＣＴＣＧＧＧＡＧＴＧＣ

配列番号９０（内因性ＰＳＥＮ２特異的リバースプライマー）
ＴＣＧＴＡＧＧＧＡＡＣＴＧＧＣＴＴＴＴＣ

本開示を通してなされた特許、特許出願、特許公報、雑誌、書籍、論文、ウェブコンテンツなどの他の文書へのあらゆる参照及び引用は、すべての目的のためにそれらの全体が参照により本明細書に組み込まれる。

本発明は、上記の例において所定の実施形態の具体的な詳細を参照して説明されているが、改変及び変形が本発明の趣旨及び範囲内に包含されることが理解される。したがって、本発明は、以下の特許請求の範囲によってのみ限定される。

Claims

ａ．１つ以上のショートヘアピンＲＮＡもしくは（ｓｈＲＮＡ）またはマイクロＲＮＡ（ｍｉＲＮＡ）をコードする第１のポリヌクレオチドであって、その各々が、独立して、ヒト野生型及び変異体プレセニリン１（ＰＳＥＮ１）の各々またはヒト野生型及び変異体プレセニリン２（ＰＳＥＮ２）の各々に由来する内因性メッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）のコード領域または非コード領域を標的とし、前記１つ以上のｓｈＲＮＡまたはｍｉＲＮＡの各々が、１つ以上の第１のプロモーターに機能可能に連結されている、前記第１のポリヌクレオチド；及び
ｂ．野生型プレセニリン１（ＰＳＥＮ１）またはプレセニリン２（ＰＳＥＮ２）アミノ酸配列をコードする第２のポリヌクレオチドであって、前記第１のポリヌクレオチドによってコードされる前記ｓｈＲＮＡまたはｍｉＲＮＡのいずれの標的にもされず；かつ、第２のプロモーターに機能可能に連結されている、前記第２のポリヌクレオチド
を含む、発現カセット。
ａ．前記第１のポリヌクレオチドが、１つ以上のｓｈＲＮＡまたはｍｉＲＮＡをコードし、その各々が、独立して、ヒト野生型及び変異体プレセニリン１（ＰＳＥＮ１）の各々に由来する内因性ｍＲＮＡのコード領域または非コード領域を標的とし；
ｂ．前記第２のポリヌクレオチドが、野生型プレセニリン１（ＰＳＥＮ１）をコードし、前記第２のポリヌクレオチドが、前記第１のポリヌクレオチドによってコードされる前記ｓｈＲＮＡまたはｍｉＲＮＡのいずれの標的にもされない、
請求項１に記載の発現カセット。
前記第１のポリヌクレオチドが、１つ以上のｓｈＲＮＡまたはｍｉＲＮＡをコードし、その各々が、独立して、
ａ）配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０、配列番号１１、配列番号１２、配列番号１３、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１８、配列番号１９、配列番号３３、配列番号３５、配列番号４２、配列番号４３、配列番号４４、配列番号４５、配列番号４６、配列番号４７、
配列番号７６のヌクレオチド４４８～５２９、
配列番号７７のヌクレオチド４４８～５２９、または
配列番号７８のヌクレオチド４４８～５２９；
ｂ）前述の配列番号のいずれかの改変バージョンであって、前記改変が、１、２、３、または４ヌクレオチドの変化である、前記改変バージョン；または
ｃ）前述の配列番号またはその改変バージョンのいずれかの５’または３’末端から取得された７以上の連続塩基を含む１９～２１塩基ヌクレオチド配列であって、内因性ＰＳＥＮ１ｍＲＮＡの対応部分と４以下のミスマッチを含む、前記１９～２１塩基ヌクレオチド配列
のうちの１つを含む、請求項２に記載の発現カセット。
前記第１のポリヌクレオチドが、１つ以上のｓｈＲＮＡまたはｍｉＲＮＡをコードし、その各々が、独立して、
配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０、配列番号１１、配列番号１２、配列番号１３、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１８、配列番号１９、配列番号３３、配列番号３５、配列番号４２、配列番号４３、配列番号４４、配列番号４５、配列番号４６、配列番号４７、
配列番号７６のヌクレオチド４４８～５２９、
配列番号７７のヌクレオチド４４８～５２９、または
配列番号７８のヌクレオチド４４８～５２９
のうちの１つを含む、請求項３に記載の発現カセット。
前記第１のポリヌクレオチドが、１つ以上のｓｈＲＮＡまたはｍｉＲＮＡをコードし、その各々が、独立して、
配列番号１、配列番号２、配列番号１２、配列番号１３、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１８、配列番号１９、配列番号３３、配列番号３５、
配列番号７６のヌクレオチド４４８～５２９、
配列番号７７のヌクレオチド４４８～５２９、または
配列番号７８のヌクレオチド４４８～５２９
のうちの１つを含む、請求項４に記載の発現カセット。
前記第２のポリヌクレオチドが、配列番号３９、または配列番号３９と比較してコドン最適化もしくは改変されたポリヌクレオチドを含む、請求項５に記載の発現カセット。
前記第２のポリヌクレオチド配列が、
配列番号３９、配列番号４８、または
配列番号６８のヌクレオチド１９０６～３３０３
を含む、請求項６に記載の発現カセット。
少なくとも１つのｓｈＲＮＡまたはｍｉＲＮＡが、
配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０、配列番号１１、配列番号４２、または配列番号４３、配列番号４４、配列番号４５、配列番号４６、配列番号４７、
配列番号６８のヌクレオチド４９７～５１７、
配列番号６９のヌクレオチド４９７～５１７、
配列番号７０のヌクレオチド４９７～５１７、
配列番号７１のヌクレオチド４９７～５１７
のうちの１つを含む、請求項４に記載の発現カセット。
前記第２のポリヌクレオチドが、配列番号３９と比較してコドン改変されたポリヌクレオチドを含む、請求項８に記載の発現カセット。
前記第２のポリヌクレオチド配列が、
配列番号４１、または
配列番号６８のヌクレオチド１９０６～３３０３
を含む、請求項９に記載の発現カセット。
前記１つ以上の第１のプロモーターの少なくとも１つが、ＲＮＡポリメラーゼＩＩまたはＩＩＩプロモーターである、請求項１～１０のいずれか１項に記載の発現カセット。
前記１つ以上の第１のプロモーターの各々が、ＲＮＡポリメラーゼＩＩまたはＩＩＩプロモーターである、請求項１１に記載の発現カセット。
前記ＲＮＡポリメラーゼＩＩＩプロモーターが、Ｕ６プロモーター、Ｕ６１プロモーター、Ｕ６９プロモーター、Ｈ１プロモーター、またはそれらの任意の組み合わせであり；前記ＲＮＡポリメラーゼＩＩプロモーターが、ユビキタスまたはニューロン特異的プロモーターである、請求項１１または１２に記載の発現カセット。
前記第２のプロモーターが、ＲＮＡポリメラーゼＩＩプロモーターである、請求項１～１３のいずれか１項に記載の発現カセット。
前記ＲＮＡポリメラーゼＩＩプロモーターが、ユビキタスまたはニューロン特異的プロモーターである、請求項１４に記載の発現カセット。
請求項１～１５に記載の発現カセットのいずれか１つを含む、ベクター。
ａ．ヒト野生型及び変異体プレセニリン１（ＰＳＥＮ１）の各々、またはヒト野生型及び変異体プレセニリン２（ＰＳＥＮ２）の各々から翻訳されたｍＲＮＡのコード領域または非コード領域のいずれかを標的とする１つ以上のｓｈＲＮＡまたはｍｉＲＮＡをコードする第１のポリヌクレオチドを含む発現カセットを含む第１のベクターであって、前記１つ以上のｓｈＲＮＡまたはｍｉＲＮＡの各々が、１つ以上の第１のプロモーターに機能可能に連結されている、前記第１のベクター；及び
ｂ．野生型プレセニリン１（ＰＳＥＮ１）アミノ酸配列または野生型プレセニリン２（ＰＳＥＮ２）アミノ酸配列をコードする第２のポリヌクレオチドを含む第２のベクターであって、前記第２のポリヌクレオチドが、前記第１のベクターによってコードされる前記ｓｈＲＮＡまたはｍｉＲＮＡのいずれの標的にもされず；前記第２のポリヌクレオチドが、第２のプロモーターに機能可能に連結されている、前記第２のベクター
を含む、ベクターのセット。
前記ベクターがウイルスベクターである、請求項１６に記載のベクターまたは請求項１７に記載のベクターのセット。
前記ウイルスベクターが、アデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ベクター、レトロウイルスベクター、レンチウイルスベクター、またはアデノウイルスベクターである、請求項１８に記載のベクターまたはベクターのセット。
前記ＡＡＶベクターが、ＡＡＶ１、ＡＡＶ２、ＡＡＶ３、ＡＡＶ４、ＡＡＶ５、ＡＡＶ６、ＡＡＶ７、ＡＡＶ８、ＡＡＶ９、ＡＡＶＤＪ、ＡＡＶｒｈ１０、ＡＡＶ１１、ＡＡＶ１２、ＡＡＶ２／１、ＡＡＶ２／５、ＡＡＶ２／６、ＡＡＶ２／７、ＡＡＶ２／８、ＡＡＶ２／９、ＡＡＶ２／ｒｈ１０、ＡＡＶ２／１１、ＡＡＶ２／１２、ＰＨＰ．Ｂ、及びＰＨＰ．Ｂ誘導体［ＰＨＰ．ｅＲ、ＰＨＰ．Ｓ］、ＡＡＶ８［Ｋ１３７Ｒ］、ＡＡＶ－ＴＴ、ｒＡＡＶ－ｒｅｔｒｏ、ＡＡＶ９．ＨＲ、ＡＡＶ１ＣＡＭ変異体、またはＡＡＶ９［５８６－５９０］スワップ変異体である、請求項１９に記載のベクターまたはベクターのセット。
請求項１６～２０のいずれか１項に記載のベクターまたはベクターのセットを含む、キット。
ａ．１つ以上のアンチセンスオリゴヌクレオチドであって、各アンチセンスオリゴヌクレオチドが、独立して、ヒト野生型及び変異体プレセニリン１（ＰＳＥＮ１）の各々、ヒト野生型または変異体プレセニリン２（ＰＳＥＮ２）の各々から翻訳されたｍＲＮＡのコード領域または非コード領域のいずれかを標的とする、前記１つ以上のアンチセンスオリゴヌクレオチド；及び
ｂ．野生型プレセニリン１（ＰＳＥＮ１）アミノ酸配列または野生型プレセニリン２（ＰＳＥＮ２）アミノ酸配列をコードするポリヌクレオチドを含むベクターであって、第２のポリヌクレオチドが、前記１つ以上のアンチセンスオリゴヌクレオチドのいずれの標的にもされず；前記ポリヌクレオチドが、前記ベクターにおけるプロモーターに機能可能に連結されている、前記ベクター
を含む、キット。
前記１つ以上のアンチセンスオリゴヌクレオチドの各々が、独立して、ショートヘアピンＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）、短鎖干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）、マイクロ干渉ＲＮＡ（ｍｉＲＮＡ）、小分子一時的ＲＮＡ（ｓｔＲＮＡ）またはエンドリボヌクレアーゼ調製ｓｉＲＮＡ（ｅｓｉＲＮＡ）から選択される、請求項２２に記載のキット。
前記１つ以上のアンチセンスオリゴヌクレオチドの少なくとも１つが、１つ以上の改変された核酸塩基を含む、請求項２３に記載のキット。
前記１つ以上の改変された核酸塩基の各々が、独立して、天然に存在しない核酸塩基、ロックド核酸（ＬＮＡ）、またはペプチド核酸（ＰＮＡ）から選択される、請求項２４に記載のキット。
神経変性疾患、障害、または病態を処置する方法であって、請求項１６～２０のいずれか１項に記載のベクターまたはベクターのセット、または請求項２１～２５のいずれか１項に記載のキットの成分の各々を、その必要のある対象に投与することを含む、前記方法。
前記神経変性疾患、障害、または病態が、アルツハイマー病、孤発性アルツハイマー病、家族性アルツハイマー病、前頭側頭型認知症、前頭側頭葉変性症、ピック病、レビー小体型認知症、記憶喪失、認知障害、または軽度認知障害である、請求項２６に記載の方法。
配列番号４１を含む、単離された核酸配列。