JP2023506764A - 治療用細胞組成物ならびにそれを製造する方法およびその使用 - Google Patents

治療用細胞組成物ならびにそれを製造する方法およびその使用 Download PDF

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Abstract

本開示は、増強された貪食活性を有するキメラ抗原受容体を発現させることにより、がんまたは感染症における免疫療法の改変されたキラー貪食細胞を作製および使用するための組成物および方法であって、キメラ受容体が組換え核酸によってコードされている、方法を提供する。【選択図】図2

Description

相互参照
[0001]本出願は、2020年3月23日に出願された米国特許出願第16/826,708号、2019年12月11日に出願された米国仮出願第62/946,896号、2020年4月1日に出願された米国仮特許出願第63/003,617号、および2020年4月22日に出願された米国仮出願第63/014,068号の利益を主張するものであり、これらのうちのそれぞれは、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
[0002]循環する単球は、表現型、サイズ、形態、および転写プロファイルが異なり、血液中でのそれらの位置によって定義される、複数のサブセットから構成された多用途で動的な細胞集団を意味する。これらの個々の単球サブセットは、ヒトにおけるCD14およびCD16の発現、マウスにおけるLy6C、CCR2、およびCX3CR1の発現によって区別することができる。ヒトでは、CD14+CD16-(古典的)単球が循環する単球プールの約85%を構成し、残りの約15%がCD14+CD16+(中間型)単球およびCD14lo CD16+(非古典的)単球から構成される。同様に、マウスでは、それぞれ古典的単球および非古典的単球を表している単球の2つの集団:Ly6Chi CCR2+ CX3CR1intとLy6Clo CCR2-CX3CR1hiが記載されている。骨髄からの単球の放出にはケモカイン受容体CCR2の発現が必要であるが、これはCD14+CD16-古典的単球に限定される。
[0003]骨髄性細胞は、感染または病因の部位に効果的に動員される。古典的単球は、がん、感染症、自己免疫および傷害の部位に速やかに動員され、そこで著しい機能的可塑性を示し、多数の下流細胞、例えば樹状細胞およびマクロファージに分化する。古典的単球は、定常状態の条件下で、常在性の末梢単球由来細胞を補給する。しかし、いくつかの内因性因子および組織環境因子は病因の根絶および免疫記憶による強力な免疫応答の開始におけるマクロファージの有効性に影響を及ぼし、調節する。
[0004]マクロファージおよび樹状細胞を含む骨髄性細胞を使用する細胞療法の開発は、自然免疫と適応免疫の間の橋渡しとして作用するこれらの細胞が機能するので注目される。一方、例えば、ファゴサイトーシス、サイトカイン産生、ケモカイン産生、抗原提示/交差提示、およびT細胞活性化を含む、これらの細胞の炎症能力を利用することにより、がんの処置に革新をもたらす可能性を有する。また、これらの細胞の免疫制御能力を利用することにより、多くの自己免疫疾患、ならびに神経変性疾患、例えばアルツハイマー病および他のタンパク質蓄積障害の処置の可能性も有する。
[0005]本明細書では、ワクチンとして、または感染症に対する治療薬として、骨髄性細胞、詳しくは骨髄性細胞のサブクラスを使用するための組成物および方法が提供される。一部の実施形態では、骨髄性細胞、詳しくは本出願に記載の骨髄性細胞のサブクラスは、さらにex vivoで操作される。一部の実施形態では、骨髄性細胞、詳しくは骨髄性細胞のサブクラスは、組換えタンパク質を発現するようにさらに操作される。一部の実施形態では、骨髄性細胞は、ヒトドナーから得られる。一部の実施形態では、骨髄性細胞は、自己細胞療法に使用される。
[0006]治療薬の文脈における骨髄性細胞の過去の使用には、一般的に樹状細胞が含まれていた。樹状細胞は、免疫療法のワクチンとして使用されてきた。このような使用のための樹状細胞は、典型的には、ex vivoの単球またはマクロファージに由来する。
[0007]歴史的に、マクロファージおよび樹状細胞の産生は、血液からCD14+単球をポジティブ選択し、その後、MCSF(マクロファージ)またはGMCSF+IL4(もしくは他の因子)で5日を超えて培養することに依存してきた。このプロセスで単球はそれぞれマクロファージまたは樹状細胞に成熟する。このプロセスにより、これらの細胞に変化が生じ、疾患の部位に移動するのに必要な重要な機能の多くが低下する。そのような細胞が腫瘍ワクチンおよび他の目的に使用されてきた。これらの細胞は、in vitroで強い機能的能力を有しているように見えるが、宿主に注入した際には次のような多くの問題がある:ヒトに再注入した際の寿命が短い;炎症/腫瘍の部位に輸送され得るのに必要な重要なケモカイン受容体がダウンレギュレーションされ、結果として輸送が不十分になる;in vivoで適用するためにそれらを調製するには5日間より長く(通常は少なくとも7日)培養する必要性がある。
[0008]これらの問題は、マクロファージおよびDCの使用が試験されてきた臨床研究において、十分に満足する結果とならない可能性がある。これは、元の細胞が影響を及ぼすことができなかったためではなく、これらの細胞の生成に使用されたプロセスがそれらの能力を低下させたためである。本明細書で説明したプロセスは、CD14+単球の固有の能力を変化させることなく、それらの力を利用することに焦点をあてている。本明細書で説明したプロセスは、CD14+/CD16-単球の固有の能力を変化させることなく、その力を利用することに焦点をあてている。
[0009]上記を考慮して、本明細書では、下流の前駆細胞に分化する能力、がん、感染症、炎症、神経変性および自己免疫の部位を追跡する能力、ならびに多数の下流のエフェクター細胞に分化する能力を示す、ヒト対象由来の生体試料、例えば血液から(いかなる形態の幹細胞動員を必要とせずに)骨髄性細胞の集団を生成するための方法および組成物が提供される。これらの細胞は、キメラ抗原受容体を用いて、ならびに/あるいは可溶性因子を発現するように、ならびに/あるいは免疫系の他のアームに分子および抗原を提示するように操作することができ、一方で、細胞はそれらの前駆体の機能およびin vivoで分化する能力を保持する。
[0010]また本明細書では、治療目的で改変(engineered)または修飾(modified)することができる(例えば、抗原による負荷、CARで操作するなど)骨髄性細胞のプールを生成するための方法および組成物が提供される。
[0011]さらに、本明細書では、将来使用するために(例えば上記)凍結および解凍することができる骨髄性細胞のプールを生成する方法が提供される。
[0012]本明細書では、CD14+/CD16-細胞のex vivo集団を含む組成物であって、CD14+/CD16-細胞の集団が、細胞の改変された集団であり、および/または外因性物質を含む、組成物が提供される。
[0013]一部の実施形態では、CD14+/CD16-細胞の集団は、ヒト細胞の集団である。
[0014]一部の実施形態では、細胞のex vivo集団は、CD16発現を欠失するCD11b+細胞およびCD14+細胞である。
[0015]一部の実施形態では、細胞の集団は、非極性または未分化の骨髄性細胞の集団である。
[0016]一部の実施形態では、外因性物質は、CD14+/CD16-細胞の集団の細胞で発現されるタンパク質またはペプチドをコードする配列を含む組換え核酸である。一部の実施形態では、外因性物質は、細胞または隣接する細胞で、多能性もしくは幹細胞性またはそれらの誘導を誘導しないか、または妨げない。
[0017]一部の実施形態では、外因性物質は、キメラ融合タンパク質(CFP)をコードする配列を含む組換え核酸である。一部の実施形態では、CFPは、(i)細胞外抗原結合性ドメイン、および(ii)膜貫通ドメインを含み、細胞外抗原結合性ドメインおよび膜貫通ドメインは、作動可能に連結されている。一部の実施形態では、CFPは、(a)抗原結合性ドメインを含む細胞外ドメイン、および(b)細胞外ドメインに作動可能に連結された膜貫通ドメインを含む。一部の実施形態では、CFPは、膜貫通ドメインに作動可能に連結された、1つまたは複数の細胞内シグナル伝達ドメインをさらに含む。一部の実施形態では、膜表面に発現されるタンパク質またはペプチドは、抗原または疾患発症性物質に結合する細胞外抗原結合性ドメインを含む。一部の実施形態では、抗原は、がん抗原である。一部の実施形態では、抗原は、微生物病原性抗原である。一部の実施形態では、CFPは、貪食受容体またはスカベンジャー受容体に由来する細胞内ドメインを含む。一部の実施形態では、1つまたは複数の細胞内シグナル伝達ドメインは、キナーゼ動員ドメインを含む。一部の実施形態では、抗原結合性ドメインは、CD5結合ドメインまたはHER2結合ドメインである。一部の実施形態では、膜貫通ドメインは、CD8膜貫通ドメイン、CD28膜貫通ドメイン、またはCD68膜貫通ドメインに由来する。
[0018]一部の実施形態では、組換え核酸は、細胞の免疫応答を増強するタンパク質またはペプチドをコードする。一部の実施形態では、組換え核酸は、二重特異性エンゲージャーまたは三重特異性エンゲージャーをコードする。一部の実施形態では、タンパク質またはペプチドは、1つまたは複数の抗原またはその断片を含む。一部の実施形態では、1つまたは複数の抗原のうちの抗原は、エンドソーム標的配列に融合される。一部の実施形態では、1つまたは複数の抗原のうちの抗原は、分泌配列を含む。一部の実施形態では、組換え核酸は、エンドソーム標的配列に融合される第1の抗原と、分泌配列を含む第2の抗原とをコードする。
[0019]一部の実施形態では、組換え核酸は、CD14+/CD16-細胞の集団中の細胞によって分泌されるタンパク質またはペプチドをコードする。
[0020]一部の実施形態では、第1の抗原および第2の抗原は、同じ遺伝子によってコードされる。
[0021]一部の実施形態では、タンパク質またはペプチドは、エンドソームでプロセシングされたタンパク質である。
[0022]一部の実施形態では、タンパク質またはペプチドは、細胞表面に提示される抗原のエピトープである。
[0023]一部の実施形態では、抗原は、ウイルス、細菌、原生動物、または真菌の抗原である。
[0024]一部の実施形態では、外因性物質は、細胞質タンパク質またはペプチドであるタンパク質またはペプチドをコードする配列を含む組換え核酸である。
[0025]一部の実施形態では、外因性物質は、免疫原性であるタンパク質またはペプチドをコードする配列を含む組換え核酸である。
[0026]一部の実施形態では、物質は、抗原である。
[0027]一部の実施形態では、細胞集団中の細胞の少なくとも50%は、CD14+およびCD16-である。一部の実施形態では、細胞集団中の細胞の10%未満は、樹状細胞である。一部の実施形態では、細胞集団中の細胞の少なくとも50%は、CD14+およびCD16-であり、細胞集団中の細胞の10%未満は、樹状細胞である。一部の実施形態では、細胞集団中の細胞の少なくとも50%は、CD11b+である。一部の実施形態では、細胞集団中の細胞の少なくとも50%は、CD14+/CD11b+である。一部の実施形態では、細胞集団中の細胞の少なくとも50%は、CD11b+/CD16-である。一部の実施形態では、細胞集団中の細胞の少なくとも50%は、CD14+/CD11b+/CD16-である。一部の実施形態では、細胞集団中の細胞の50%未満は、CD56+である。一部の実施形態では、細胞集団中の細胞の50%未満、20%未満、10%未満、または5%未満は、CD56+である。一部の実施形態では、細胞集団中の細胞の50%未満は、CD42b+である。一部の実施形態では、細胞集団中の細胞の50%未満、20%未満、10%未満、または5%未満は、CD42b+である。一部の実施形態では、細胞集団中の細胞の50%未満、20%未満、10%未満、または5%未満は、CD3+である。
[0028]一部の実施形態では、細胞集団中の細胞の少なくとも50%は、CCR2+である。一部の実施形態では、細胞集団中の細胞の少なくとも50%は、CCR5+である。一部の実施形態では、細胞集団中の細胞の少なくとも50%は、CCR2+およびCCR5+である。一部の実施形態では、細胞集団中の細胞の少なくとも50%は、CD63+である。一部の実施形態では、細胞集団中の細胞の少なくとも50%は、CD56-、CD3-、および/またはCD19-である。一部の実施形態では、細胞集団中の細胞の40%未満は、マクロファージ細胞である。
[0029]一部の実施形態では、ヒト細胞のex vivo集団は、少なくとも1×10個の細胞を含む。
[0030]本明細書では、(a)組換え核酸を含むヒト細胞の集団であって、組換え核酸が、キメラ融合タンパク質(CFP)をコードする配列を含み、(i)ヒト細胞の集団中の細胞の少なくとも50%が、CD14+およびCD16-であり、(ii)ヒト細胞の集団中の細胞の10%未満が、樹状細胞である、集団と;(b)薬学的に許容される賦形剤とを含む、医薬組成物が提供される。一部の実施形態では、細胞の集団中の細胞の少なくとも50%は、CD11b+である。一部の実施形態では、細胞の集団中の細胞の少なくとも50%は、CD14+/CD11b+である。一部の実施形態では、細胞の集団中の細胞の少なくとも50%は、CD11b+/CD16-である。一部の実施形態では、細胞の集団中の細胞の少なくとも50%は、CD14+/CD11b+/CD16-である。一部の実施形態では、細胞の集団中の細胞の50%未満は、CD56+である。一部の実施形態では、細胞の集団中の細胞の50%未満、20%未満、10%未満、または5%未満は、CD56+である。一部の実施形態では、細胞の集団中の細胞の50%未満は、CD42b+である。一部の実施形態では、細胞の集団中の細胞の50%未満、20%未満、10%未満、または5%未満は、CD42b+である。一部の実施形態では、細胞の集団中の細胞の50%未満、20%未満、10%未満、または5%未満は、CD3+である。
[0031]本明細書では、CFPが、(a)(i)CD5またはHER2に特異的に結合するscFvと、(ii)CD8に由来するヒンジドメイン、またはCD28またはCD68の細胞外ドメインまたはその一部とを含む細胞外ドメインと;(b)CD8膜貫通ドメイン、CD28膜貫通ドメイン、またはCD68膜貫通ドメインと;(c)少なくとも2つの細胞内シグナル伝達ドメインを含む細胞内ドメインであって、少なくとも2つの細胞内シグナル伝達ドメインが、(i)FcγRまたはFcεRに由来する第1の細胞内シグナル伝達ドメインと、(ii)(A)PI3-キナーゼ(PI3K)動員ドメインを含むか、または(B)CD40に由来する、第2の細胞内シグナル伝達ドメインとを含む、細胞内ドメインとを含む、上記の実施形態のいずれか1つの医薬組成物が提供される。
[0032]一部の実施形態では、ヒト細胞の集団は、ex vivoで改変された細胞である。
[0033]本明細書では、(a)組換え核酸を含むヒト細胞の集団であって、組換え核酸が、抗原ペプチドをコードする配列をコードする配列を含み、(i)ヒト細胞の集団中の細胞の少なくとも50%が、CD14+およびCD16-であり、(ii)ヒト細胞の集団中の細胞の10%未満が、樹状細胞である、集団と;(b)薬学的に許容される賦形剤とを含む、医薬組成物が提供される。一部の実施形態では、細胞の集団中の細胞の少なくとも50%は、CD11b+である。一部の実施形態では、細胞の集団中の細胞の少なくとも50%は、CD14+/CD11b+である。一部の実施形態では、細胞の集団中の細胞の少なくとも50%は、CD11b+/CD16-である。一部の実施形態では、細胞の集団中の細胞の少なくとも50%は、CD14+/CD11b+/CD16-である。一部の実施形態では、細胞の集団中の細胞の50%未満は、CD56+である。一部の実施形態では、細胞の集団中の細胞の50%未満、20%未満、10%未満、または5%未満は、CD56+である。一部の実施形態では、細胞の集団中の細胞の50%未満は、CD42b+である。一部の実施形態では、細胞の集団中の細胞の50%未満、20%未満、10%未満、または5%未満は、CD42b+である。一部の実施形態では、細胞の集団中の細胞の50%未満、20%未満、10%未満、または5%未満は、CD3+である。
[0034]一部の実施形態では、ヒト細胞の集団のCD14+およびCD16-細胞は、細胞表面上のMHCクラスIまたはMHCクラスII分子と会合して微生物抗原またはその断片を提示する。
[0035]一部の実施形態では、組換え核酸は、CMVpp65ペプチド、変異体R132H、イソクエン酸デヒドロゲナーゼ1(IDH)ペプチド、TRP2ペプチド、およびSARS-CoV-2抗原ペプチドからなる群から選択される抗原ペプチドをコードする配列を含む。
[0036]一部の実施形態では、組換え核酸は、エンドソーム標的配列に融合される第1の抗原と、分泌配列を含む第2の抗原とをコードする。
[0037]一部の実施形態では、抗原は、CD14+およびCD16-細胞によってエンドソームでプロセシングされる。
[0038]一部の実施形態では、ヒト細胞の集団の細胞は、対象由来の生体試料から単離される。
[0039]一部の実施形態では、細胞は、末梢血から単離される。
[0040]一部の実施形態では、細胞は、ex vivoで改変される。
[0041]一部の実施形態では、医薬組成物は、(a)細胞の集団中の細胞の少なくとも50%が、CCR2+および/またはCCR5+であり;(b)細胞の集団中の細胞の少なくとも50%が、CD63+であり;(c)細胞の集団中の細胞の少なくとも50%が、CD56-、CD3-、および/またはCD19-であり;(d)細胞の集団中の細胞の40%未満が、マクロファージ細胞である、細胞の集団を含む。
[0042]一部の実施形態では、細胞の集団は、非極性または未分化の骨髄性細胞の集団である。
[0043]一部の実施形態では、医薬組成物は、約10個の細胞~約1010個の細胞を含む。
[0044]一部の実施形態では、医薬組成物の細胞は、2回以下の凍結/解凍サイクルに曝露されている。
[0045]一部の実施形態では、医薬組成物の細胞は、生体試料からの単離または濃縮後48時間未満の間ex vivoで培養されている。
[0046]一部の実施形態では、投与前の医薬組成物の細胞の生存率は、80%を超える、85%を超える、90%を超える、または95%を超える。
[0047]本明細書では、微生物感染症の処置を必要とする対象における微生物感染症を処置する方法であって、本明細書に記載の医薬組成物を対象に投与するステップを含む、方法が提供される。
[0048]一部の実施形態では、この方法は、投与前に微生物抗原を発現するCD14+およびCD16-細胞を調製するステップであって、(i)生体試料からCD14+およびCD16-細胞を単離または濃縮するステップと、(ii)細胞の表面に抗原を発現および提示するための少なくとも1つの抗原をコードする配列を含む組換え核酸を、細胞に導入するステップとを含む、ステップをさらに含む。
[0049]本明細書では、がんの処置を必要とする対象におけるがんを処置する方法であって、本明細書に記載の医薬組成物を対象に投与するステップを含む、方法が提供される。
[0050]一部の実施形態では、この方法は、投与前にCFPを発現するCD14+およびCD16-細胞を調製するステップであって、(i)生体試料からCD14+およびCD16-細胞を単離または濃縮するステップと、(ii)CFPをコードする配列を含む組換え核酸を、細胞に導入するステップとを含む、ステップをさらに含む。
[0051]一部の実施形態では、細胞への導入は、組換え核酸による細胞の電気穿孔を実施するステップを含む。
[0052]一部の実施形態では、組換え核酸は、RNAである。
[0053]一部の実施形態では、組換え核酸は、mRNAである。
[0054]一部の実施形態では、組換え核酸は、細胞に組み込まれる前に、水性混合物中で1つまたは複数の脂質と会合される。
[0055]一部の実施形態では、医薬組成物の細胞は、投与前に2回以下の凍結/解凍サイクルに曝露されている。
[0056]一部の実施形態では、医薬組成物の細胞は、投与前に48時間未満の間ex vivoで培養されている。
[0057]一部の実施形態では、医薬組成物は、in vitroで培養される場合には組換え核酸細胞を取り込んだ48時間以内にヒト対象に投与されるか、または将来の投与のために凍結される。
[0058]一部の実施形態では、ヒト細胞のex vivo集団は、投与前に、36時間未満、24時間、18時間未満、12時間未満、または6時間未満の間ex vivoで培養されている。
[0059]一部の実施形態では、医薬組成物は、細胞の集団中に少なくとも10個の細胞を含む。
[0060]一部の実施形態では、医薬組成物は、細胞の集団中に少なくとも10個の細胞を含む。
[0061]一部の実施形態では、医薬組成物は、細胞の集団中に少なくとも10個の細胞を含む。
[0062]一部の実施形態では、医薬組成物は、1回投与される。
[0063]一部の実施形態では、医薬組成物は、2回以上投与される。
[0064]一部の実施形態では、医薬組成物は、2週間に1回、4週間に1回、6週間に1回、8週間に1回、10週間に1回、12週間に1回、16週間に1回、20週間に1回、24週間に1回、または毎年1回投与される。
[0065]一部の実施形態では、細胞は、対象にとって自己由来である。
[0066]一部の実施形態では、医薬組成物の細胞は、(a)投与後に対象においてエフェクター細胞に分化する;(b)投与後に対象の患部に浸潤するか、もしくは投与後に対象の患部に移動する;および/または(c)投与後の対象において少なくとも5日間の寿命を有することを可能にする。
[0067]本明細書では、疾患または状態を処置する細胞ベースの治療薬を調製するための、本明細書に記載の組成物の使用であって、疾患または状態が、がん、感染症または自己免疫疾患である、使用が提供される。本明細書では、がんまたは感染症または自己免疫疾患を処置するための、本明細書に記載の組成物の使用が提供される。
[0068]本明細書では、本明細書に記載の医薬組成物を調製するための細胞をネガティブに選択する方法であって、(a)ヒト対象からの生体試料を、抗CD16抗体、ならびに抗CD56抗体、抗CD3抗体および/または抗CD19抗体から選択される1つまたは複数の抗体と接触させるステップと、(b)抗CD16抗体によって結合されておらず、抗CD56抗体、抗CD3抗体および抗CD19抗体によって結合されていない生体試料中の細胞を収集するステップと、(c)CFPをコードする配列を含む組換え核酸を、(b)から収集された細胞に導入し、それによって細胞の集団を形成するステップとを含み、(i)細胞の集団中の細胞の少なくとも50%が、CD14+およびCD16であり、(ii)細胞の集団中の細胞の10%未満が、樹状細胞である、方法が提供される。一部の実施形態では、この方法は、フローサイトメトリーまたは蛍光活性化セルソーティング(FACS)を含む。
[0069]本明細書では、組換え核酸を含むCD14+/CD16-細胞の集団を含むワクチン組成物であって、細胞が、48時間未満の間ex vivoで培養されている、ワクチン組成物が提供される。
[0070]一部の実施形態では、組換え核酸は、エンドソーム標的配列を含み、エンドソーム標的配列は、LAMP1配列である。
[0071]一部の実施形態では、組換え核酸は、ヒト顆粒球マクロファージコロニー刺激因子(GMCSF)シグナル配列、ヒト免疫グロブリン重鎖シグナル配列、ヒト免疫グロブリン軽鎖シグナル配列、ヒト血清アルブミンシグナル配列、ヒトアズロシジンシグナル配列、またはヒトシスタチン配列もしくはシグナル配列の分泌シグナルペプチド配列である分泌配列を含む。
[0072]本明細書では、疾患または状態の処置を必要とするヒト対象における疾患または状態を処置する方法であって、本明細書に記載の医薬組成物をヒト対象に投与するステップを含む、方法が提供される。
[0073]一部の実施形態では、CD14+/CD16-細胞の集団は、外因性遺伝子を安定的に発現するように遺伝子修飾された細胞の改変された集団である。一部の実施形態では、修飾は、遺伝子またはその断片を細胞のゲノムに安定的に組み込むために行われ得る。一部の実施形態では、トランスポゾンシステムを使用して、遺伝子またはその断片を細胞のゲノムに安定的に組み込むことができる。一部の実施形態では、トランスポゾンは、レトロトランスポゾンである。
[0074]本明細書では、細胞の集団を含む組成物であって、細胞の集団が、ヒト骨髄性細胞の改変された集団であり、および/または外因性物質を含み、細胞の集団の細胞の50%超が、CD14+および/またはCD16-であり、(a)細胞の集団の細胞の50%超が、CCR2および/またはCCR5を発現し;(b)細胞の集団の細胞の50%超が、CD63+であり;(c)細胞の集団の細胞の50%超が、CD56-、CD3-、および/またはCD19-であり;(d)細胞の集団の細胞の40%未満が、マクロファージ細胞であり、および/または細胞の集団の10%未満の細胞が、樹状細胞(DC)であり;ならびに/あるいは(e)外因性物質が、キメラ抗原受容体(CAR)または抗原ペプチドをコードする配列を含む組換え核酸を含み、ならびに/あるいは(f)細胞の集団が、CARを介したトニック(tonic)シグナル伝達を欠失する、組成物が提供される。
[0075]本明細書では、細胞の集団を含む組成物であって、細胞の集団が、CD14+および/またはCD16-細胞の改変された集団であり、(a)細胞の集団が、非極性の骨髄性細胞であり;(b)細胞の集団が、投与後に対象においてエフェクター細胞に分化し;(c)細胞の集団が、投与後に対象の患部に浸潤するか、もしくは投与後に対象の患部に移動し;および/または(d)細胞の集団が、投与後の対象において少なくとも5日間の寿命を有する、組成物が提供される。
[0076]また本明細書では、本明細書に記載の組成物と、薬学的に許容される賦形剤とを含む医薬組成物が提供される。
[0077]また本明細書では、疾患または状態の処置を必要とする対象における疾患または状態を処置する方法であって、本明細書に記載の医薬組成物を、疾患または状態の処置を必要とする対象に投与するステップを含む、方法が提供される。
[0078]本明細書では、疾患または状態の処置を必要とする対象における疾患または状態を処置する方法であって、細胞の集団を含む医薬組成物を対象に投与するステップを含み、細胞の集団が、改変された細胞の集団であり、および/または外因性物質を含み、細胞の集団が、CD14+、CD11b+、および/またはCD16-であり、(a)医薬組成物が、(i)外因性物質が細胞の集団に導入されたか、または(ii)細胞の集団が改変された後72時間以内に対象に投与され、(b)骨髄性細胞の集団が、投与前に48日未満の間ex vivoで培養されており;(c)細胞の集団が、幹細胞動員を含まない方法によって得られ;ならびに/あるいは(d)細胞の集団が、ネガティブ選択によって得られる、方法が提供される。
[0079]本明細書では、疾患または状態の処置を必要とする対象における疾患または状態を処置する方法であって、骨髄性細胞を含む医薬組成物を対象に投与するステップを含み、骨髄性細胞が、(a)(i)強いCD14発現;(ii)低CD16発現または検出不可能なCD16発現;(iii)CCR2および/またはCCR5の発現;(iv)1つまたは複数の適切な刺激を受けた際に、複数の骨髄系統サブタイプに分化する能力を有すること、のうちの1つまたは複数によって特徴付けられ;(b)外因性物質を含み、外因性物質によってex vivoで修飾された場合に、外因性物質が、骨髄性細胞の分化または極性化状態を変化させない、方法が提供される。
[0080]一部の実施形態では、骨髄性細胞は、CD16-(CD16陰性)またはCD16low(CD16低)である。
[0081]一部の実施形態では、骨髄性細胞は、CD16-である。
[0082]一部の実施形態では、骨髄性細胞は、CD14+(CD14陽性)である。
[0083]一部の実施形態では、骨髄性細胞は、CD11b+(CD11b陽性)である。
[0084]一部の実施形態では、骨髄性細胞は、CCR2+(CCR2陽性)および/またはCCR5+(CCR5陽性)である。
[0085]一部の実施形態では、骨髄性細胞は、医薬組成物を投与した後に、対象においてエフェクター細胞に分化することができる。一部の実施形態では、骨髄性細胞は、医薬組成物を投与した後に、対象の患部に移動することができる。一部の実施形態では、骨髄性細胞は、医薬組成物を投与した後に、対象の患部に浸潤することができる。
[0086]一部の実施形態では、骨髄性細胞は、CD14+/CCR2+(CD14およびCCR2二重陽性)である。
[0087]一部の実施形態では、骨髄性細胞は、CD14+/CCR5+(CD14およびCCR5二重陽性)である。
[0088]一部の実施形態では、骨髄性細胞は、CD14+/CCR2+/CCR5+(CD14、CCR2およびCCR5三重陽性)である。
[0089]一部の実施形態では、骨髄性細胞は、CD63+(CD63陽性)である。
[0090]一部の実施形態では、骨髄性細胞は、外因性物質を含むか、またはex vivoで改変されたエフェクター骨髄性細胞であり、例えば、外因性遺伝子を発現するように改変され、例えば、外因性核酸を安定的に発現するか、もしくは外因性核酸を一時的に発現するようにゲノムの修飾を受けているか、またはそうでなければ、機能を果たすようにex vivoで物質によって修飾されており、そのようないかなる修飾も、幹細胞性または細胞自己再生能、老化経路を誘導、阻害もしくは変更すること、または分化経路を変更することを目的としてはいない。
[0091]一部の実施形態では、外因性物質は、組換え核酸、ペプチド、炭水化物、脂質または小分子である。一部の実施形態では、外因性物質は、ペプチドをコードする配列を含む組換え核酸を含み、ペプチドは、キメラ抗原受容体(CAR)、例えば、本明細書に記載のCFPである。
[0092]一部の実施形態では、骨髄性細胞は、医薬組成物を投与する時点で、in vitroで2日未満の間培養されている。
[0093]一部の実施形態では、骨髄性細胞は、医薬組成物を投与する時点で、細胞の可塑性を保持する。
[0094]一部の実施形態では、投与する時点で、骨髄性細胞はCARを発現する。
[0095]一部の実施形態では、医薬組成物を投与する時点で、骨髄性細胞は、CARまたはCFPまたは抗原ペプチドによるトニックシグナル伝達を示さない。
[0096]一部の実施形態では、骨髄性細胞の集団は、単離された複数の骨髄性細胞を、in vitroでの操作に供するステップを含む方法によって得られる。
[0097]一部の実施形態では、骨髄性細胞の集団は、幹細胞動員を含まない方法によって得られる。
[0098]一部の実施形態では、複数の骨髄性細胞は、生体試料中の1つまたは複数の骨髄性細胞の抗体媒介性結合を使用するネガティブ選択によって、生体試料から単離される。一部の実施形態では、ネガティブ選択は、フローサイトメトリーを使用して実施される。一部の実施形態では、複数の単離された骨髄性細胞は、(i)CD3-(陰性)、(ii)CD16-(陰性)またはCD16low、(iii)CD19-(陰性);(iv)CD56-(陰性);および(v)CD14+(陽性)である。一部の実施形態では、複数の単離された骨髄性細胞は、CD11b+、CD14+、CD16-、CD3-、CD19-、CD56-、およびCD42b-である。
[0099]一部の実施形態では、骨髄性細胞の集団は、生体試料からの複数の骨髄性細胞のネガティブ選択によって得られるCD16-/CD56-/CD3-/CD19-細胞である。
[0100]一部の実施形態では、生体試料は、末梢血試料である。一部の実施形態では、生体試料はアフェレーシス試料である。一部の実施形態では、生体試料は、骨髄性細胞を含む医薬組成物が投与される対象にとって異種由来または自己由来である。
[0101]一部の実施形態では、骨髄性細胞の集団の骨髄性細胞の少なくとも50%は、未分化である。一部の実施形態では、骨髄性細胞の集団の骨髄性細胞の少なくとも50%は、非極性である。一部の実施形態では、骨髄性細胞の集団は、M0単球を含む。一部の実施形態では、骨髄性細胞の集団は、M1単球を含む。一部の実施形態では、骨髄性細胞の集団は、M2単球を含む。
[0102]一部の実施形態では、対象は、ヒトである。一部の実施形態では、疾患または状態は、がん、感染症、自己免疫疾患、炎症性疾患、代謝性疾患、神経変性疾患、および一遺伝子性、多遺伝子性または多因子性の疾患または障害から選択される。一部の実施形態では、疾患または状態は、がんである。一部の実施形態では、疾患または状態は、細菌性、ウイルス性、真菌性または寄生虫性の感染症である。一部の実施形態では、疾患または状態は、神経変性である。
[0103]本明細書では、治療的に有効な骨髄性細胞を単離または濃縮する方法であって、(a)(i)生体試料を、抗CD16抗体、抗CD56抗体、抗CD3抗体、および/または抗CD19抗体を含む1つまたは複数の抗体と接触させるステップと、(ii)1つまたは複数の抗体に結合されていない生体試料中の細胞を収集または採取し、それによってこのプロセスで比較的無秩序でない治療的に有効な骨髄性細胞を単離または濃縮するステップによって、骨髄性細胞を含む生体試料から治療的に有効な骨髄性細胞をネガティブに選択するステップを含む、方法が提供される。
[0104]一部の実施形態では、治療的に有効な骨髄性細胞は、ポジティブ選択によって生体試料から単離される。例えば、治療的に有効な骨髄性細胞は、細胞を抗CD14抗体と結合させることによって生体試料から単離することができる。
[0105]一部の実施形態では、単離された治療的に有効な骨髄性細胞は、CD14+である。
[0106]一部の実施形態では、単離された治療的に有効な骨髄性細胞は、CD14hiである。
[0107]一部の実施形態では、単離された治療的に有効な骨髄性細胞は、CD11b+である。
[0108]一部の実施形態では、単離された治療的に有効な骨髄性細胞は、CD16-またはCD16lowである。
[0109]一部の実施形態では、単離された治療的に有効な骨髄性細胞は、適切な刺激に応答して骨髄系統サブセットに分化する能力を保持している。
[0110]一部の実施形態では、単離された治療的に有効な骨髄性細胞は、極性の単球、マクロファージ、DC1、DC2、DC3、DC4、DC5 DC6樹状細胞、またはそれらの任意の組合せにさらに分化することができる。一部の実施形態では、単離された治療的に有効な骨髄性細胞は、適切な刺激に応答して、M1およびM2表現型に向かって極性化する能力を保持している。
[0111]本明細書では、処置を必要とする対象を処置するための骨髄性細胞の集団を生成する方法であって、(i)複数の骨髄性細胞を生体試料から単離または濃縮するステップであって、複数の骨髄性細胞が、細胞可塑性を示す、ステップと;(ii)生体試料から単離された複数の骨髄性細胞を、外因性物質を使用してin vitroでの操作に供し、骨髄性細胞の集団を得るステップであって、in vitroでの操作が、複数の骨髄性細胞の細胞可塑性を変化させない、ステップと;(iii)骨髄性細胞の集団と、許容される賦形剤とを含む治療用組成物を調製するステップとを含む方法が提供される。
[0112]一部の実施形態では、対象は、ヒトである。
[0113]一部の実施形態では、生体試料は、末梢血試料、アフェレーシス試料、白血球アフェレーシス試料、または臍帯血試料である。一部の実施形態では、生体試料は、対象に由来する。一部の実施形態では、生体試料は、適切なヒトドナーに由来する。
[0114]一部の実施形態では、生体試料から複数の骨髄性細胞を単離または濃縮するステップは、ネガティブ選択によってCD14+細胞を単離または濃縮するステップを含む。
[0115]一部の実施形態では、ネガティブ選択は、ヒト試料中の細胞を、抗CD16抗体、抗CD56抗体、抗CD3抗体、および抗CD19抗体からなる群から選択される1つまたは複数の抗体と接触させ、1つまたは複数の抗体によって結合されたヒト試料中の細胞を固定化または除去することによって達成される。
[0116]一部の実施形態では、ネガティブ選択は、フローサイトメトリーまたはFACSによって実施される。
[0117]一部の実施形態では、生体試料から単離された複数の骨髄性細胞は、CD14+であり、CD3、CD19、CD56、CD42b、および/またはCD16を発現しない。
[0118]一部の実施形態では、骨髄性細胞は、未分化であるか、または非極性である。
[0119]一部の実施形態では、外因性物質は、組換え核酸、ペプチド、炭水化物、脂質または小分子である。
[0120]一部の実施形態では、操作は、複数の骨髄性細胞を遺伝子改変するステップを含む。一部の実施形態では、操作は、ペプチドをコードする配列を含む組換え核酸を、複数の骨髄性細胞に導入するステップを含む。
[0121]一部の実施形態では、組換え核酸は、RNAである。
[0122]一部の実施形態では、組換え核酸は、mRNAである。
[0123]一部の実施形態では、骨髄性細胞の集団は、ペプチドをコードする配列を含む核酸を導入する際に、ペプチドを発現する。
[0124]一部の実施形態では、ペプチドは、キメラ抗原受容体(CAR)である。
[0125]一部の実施形態では、ペプチドは、(i)膜貫通ドメイン;(ii)第2の細胞の表面成分に結合する、少なくとも標的結合ドメインを含む細胞外領域;および(iii)1つまたは複数のシグナル伝達ドメインを含む細胞内領域を含む。
[0126]一部の実施形態では、第2の細胞は、罹患細胞またはがん細胞である。一部の実施形態では、罹患細胞は、感染細胞である。
[0127]一部の実施形態では、ペプチドは、少なくとも1つの細胞内貪食シグナル伝達ドメインを含む。
[0128]一部の実施形態では、細胞内貪食シグナル伝達ドメインは、細胞外標的結合ドメインと作動可能に連結され、細胞外標的結合ドメインが第2の細胞の表面成分に結合する際に活性化されるように構成される。
[0129]一部の実施形態では、組換え核酸を導入するステップは、電気穿孔またはヌクレオポレーションを介して導入するステップを含む。一部の実施形態では、組換え核酸を導入するステップは、化学的送達を介して導入するステップを含む。一部の実施形態では、組換え核酸は、細胞のゲノムに安定的に組み込まれる。一部の実施形態では、組み込むステップは、トランスポザーゼ、インテグラーゼ、エンドヌクレアーゼ、リコンビナーゼ、および逆転写酵素のうちの1つまたは複数の活性化を介する。
[0130]一部の実施形態では、組成物を調製するステップは、薬学的に許容される賦形剤に細胞を懸濁するステップを含む。
[0131]一部の実施形態では、骨髄性細胞の集団は、細胞の可塑性と、適切な刺激後に複数の骨髄系統に分化する能力を保持する。
[0132]一部の実施形態では、骨髄性細胞の集団は、CARによるトニックシグナル伝達を示さない。上記の骨髄性細胞の集団は、機能性CARを発現することができ、CAR媒介性抗原特異的応答を示すことができる。一部の実施形態では、許容される賦形剤は、緩衝液、または栄養素、DMSO、グリセロールを含む細胞培養培地、またはそれらの組合せである。
[0133]一部の実施形態では、組成物は、さらなる使用まで凍結される。一部の実施形態では、ex vivo法は、12時間未満、10時間未満、8時間未満、6時間未満、4時間未満、または2時間未満で実施されるように調整される。一部の実施形態では、組成物は、単離された細胞に外因性組換え核酸を組み込んでから1時間または2時間または3時間または4時間以内に凍結される。
[0134]一部の実施形態では、この方法は、2時間以内に完了される。
[0135]一部の実施形態では、複数の骨髄性細胞は、遺伝子修飾および/または編集に供され、それにより骨髄性細胞の集団が得られる。一部の実施形態では、複数の骨髄性細胞は、1つまたは複数の抗原ペプチドとの接触に供され、それにより抗原負荷された骨髄性細胞の集団を得る。一部の実施形態では、骨髄性細胞の集団は、約6時間以内に製造することができる。一部の実施形態では、製造された骨髄性細胞の集団は、未分化または非極性であり、細胞可塑性を示し、および/またはトニックシグナル伝達を欠失している。
[0136]一部の実施形態では、細胞療法のための骨髄性細胞の集団は、(a)CD14+CD16-である、集団中の約50%を超える生細胞;(b)CCR2+および/またはCCR5+である、集団中の約50%を超える生細胞;(c)CD64、CD68、CD80、CD86、CD163、CD206、CD200R、CD31、CD71、CLEC9A、CD1C、およびAXL/SIGLEC6のうちの1つまたは複数を発現する、集団中の50%未満の生細胞;(d)M0単球、(e)M1単球、(f)M2単球、(g)樹状細胞、ならびに(h)前駆樹状細胞(pre-dendritic cell)または樹状前駆体細胞(dendritic precursor cell)のうちのいずれか1つまたは複数を含む。
[0137]本明細書では、生体試料から単離され、組換え核酸、ペプチド、炭水化物、化合物および小分子から選択される外部物質を使用してin vitroでさらに操作された、未分化または非極性の細胞を含む細胞療法で使用するための骨髄性細胞の集団であって、骨髄性細胞の集団中の骨髄性細胞がCD14+CD16-であり;またはCD14hiおよびCD16loであり;(i)細胞の可塑性、(ii)複数の骨髄系統に分化する能力、(iii)in vivoで罹患組織に移動する能力、(iv)罹患組織に浸潤する能力、ならびに(v)疾患発症性の細胞、組織、または生物を隔離および/または破壊する能力、のうちの1つまたは複数を示す、集団が提供される。
[0138]一部の実施形態では、骨髄性細胞の集団は、ネガティブ選択を介して単離される。一部の実施形態では、外因性物質は、組換え核酸、ペプチド、炭水化物、脂質または小分子である。
[0139]一部の実施形態では、骨髄性細胞の集団の細胞は、ペプチドをコードする配列を有する組換え核酸を含む。一部の実施形態では、骨髄性細胞の集団の細胞は、CARをコードする配列を有する組換え核酸を含む。一部の実施形態では、骨髄性細胞の集団の細胞は、CAR媒介性活性化を示すCARを発現する。一部の実施形態では、骨髄性細胞の集団の細胞は、CARを発現し、CARによるトニックシグナル伝達を示さない。
[0140]一部の実施形態では、骨髄性細胞の集団の細胞は、CD14+である。一部の実施形態では、骨髄性細胞の集団の細胞は、CD16-である。一部の実施形態では、骨髄性細胞の集団の細胞は、CD14highCD16lowである。一部の実施形態では、骨髄性細胞の集団の細胞は、CD56-である。一部の実施形態では、骨髄性細胞の集団の細胞は、CD3-である。一部の実施形態では、骨髄性細胞の集団の細胞は、CD19-である。一部の実施形態では、骨髄性細胞の集団の細胞は、1つまたは複数のケモカイン受容体を発現する。一部の実施形態では、骨髄性細胞の集団の細胞は、CCR2を発現する。一部の実施形態では、骨髄性細胞の集団の細胞は、CCR5を発現する。一部の実施形態では、骨髄性細胞の集団の細胞は、CCR2およびCCR5を発現する。一部の実施形態では、骨髄性細胞の集団の細胞は、CD14+およびCD16-CD56-CD3-CD19-である。
[0141]本明細書では、骨髄性細胞の集団を含む医薬組成物が提供される。
[0142]本明細書では、がん治療で使用するための骨髄性細胞の集団が提供される。
[0143]一部の実施形態では、本明細書では、神経変性の治療で使用するための骨髄性細胞の集団が提供される。一部の実施形態では、集団中の細胞は、in vitroで操作されていない細胞と比較して、細胞療法として投与された後に免疫原性の増強を示す。一部の実施形態では、集団中の細胞は、in vitroで操作されていない細胞と比較して、細胞療法としての投与された後に罹患組織への細胞移動の増強を示す。一部の実施形態では、集団中の細胞は、in vitroで操作されていない細胞と比較して、細胞療法として投与された後に貪食能力の増強を示す。一部の実施形態では、集団中の細胞は、in vitroで操作されていない細胞と比較して、細胞療法として投与された後に細胞毒性の増強を示す。
[0144]一部の実施形態では、単独療法として使用するための、骨髄性細胞の集団。一部の実施形態では、併用療法として使用するための、骨髄性細胞の集団。
[0145]本明細書では、処置を必要とするヒト対象を処置するためのヒト骨髄性細胞を作製する方法であって、(i)同種または自己の生体試料から、少なくとも抗CD16抗体、抗CD3抗体、抗CD56抗体および抗CD19抗体を含む複数の抗体を使用してネガティブ選択により、未分化または非極性の骨髄性細胞を含む複数の骨髄性細胞を得るステップと;(ii)ステップ(i)からの細胞を改変、培養、安定化、活性化、濃縮、および/または増殖させるステップと;(iii)ステップ(ii)からの細胞を対象に投与するステップとを含み、(i)で得るステップから(iii)で投与するステップまでの経過時間が約3日未満である、方法が提供される。
[0146]一部の実施形態では、生体試料は、末梢血試料である。
[0147]一部の実施形態では、生体試料は、アフェレーシス試料である。
[0148]一部の実施形態では、ステップ(ii)からの細胞は、CD14+CD16-またはCD14hiおよびCD16loである。
[0149]一態様では、本明細書では、(a)組換え核酸を含む細胞の集団であって、組換え核酸が、キメラ融合タンパク質(CFP)をコードする配列または抗原ペプチドをコードする配列を含み、(i)細胞の集団中の細胞の少なくとも60%が、CD14+およびCD16-であり、(ii)細胞の集団中の細胞の10%未満が、樹状細胞である、集団と;(b)薬学的に許容される賦形剤とを含む、医薬組成物が提供される。一部の実施形態では、細胞の集団中の細胞の少なくとも50%は、CCR2+および/またはCCR5+である。一部の実施形態では、細胞の集団中の細胞の少なくとも50%は、CD63+である。一部の実施形態では、細胞の集団中の細胞の少なくとも50%は、CD56-、CD3-、および/またはCD19-であり、細胞の集団中の細胞の40%未満は、マクロファージ細胞である。
[0150]一態様では、本明細書では、(a)組換え核酸を含む細胞の集団であって、組換え核酸が、キメラ融合タンパク質(CFP)をコードする配列または抗原ペプチドをコードする配列を含み、(i)細胞の集団中の細胞の少なくとも70%が、CD14+およびCD16-であり、(ii)細胞の集団中の細胞の10%未満が、樹状細胞である、集団と;(b)薬学的に許容される賦形剤とを含む、医薬組成物が提供される。一部の実施形態では、細胞の集団中の細胞の少なくとも50%は、CCR2+および/またはCCR5+である。一部の実施形態では、細胞の集団中の細胞の少なくとも50%は、CD63+である。一部の実施形態では、細胞の集団中の細胞の少なくとも50%は、CD56-、CD3-、および/またはCD19-であり、細胞の集団中の細胞の40%未満がマクロファージ細胞である。
[0151]一部の実施形態では、本明細書に記載の骨髄性細胞は、ワクチンを生成するためにex vivoで修飾される。一部の実施形態では、骨髄性細胞は、予防用ワクチンを生成するように修飾される。一部の実施形態では、骨髄性細胞は、治療用ワクチンを生成するように修飾される。一部の実施形態では、組換えポリヌクレオチドは、上記の骨髄性細胞に組み込まれ、骨髄性細胞は、CD14+細胞、例えば、CD14+/CD16-細胞である。一部の実施形態では、骨髄性細胞は、組換え核酸によってコードされているペプチドまたはタンパク質を発現する。一部の実施形態では、組換え核酸は、病原体、例えば、病原性ウイルスまたはウイルス粒子などの微生物病原体、細菌、真菌性病原体、マラリア原虫病原体(plasmodial pathogen)などのうちの1つまたは複数の抗原をコードする。
[0152]一部の実施形態では、組換えポリヌクレオチドは、1つまたは複数のウイルスエピトープをコードする核酸配列を含む。ポリヌクレオチドは、本出願に記載されているように骨髄性細胞に組み込まれ、骨髄性細胞は、CD14+細胞、例えばCD14+/CD16-細胞である。次いで、骨髄性細胞はその表面にウイルス抗原を発現する。ウイルス抗原はリンパ球に提示され、次いで、免疫反応を活性化する。ウイルス抗原を発現するこのような骨髄性細胞は、骨髄性細胞の機能、例えば、移動、サイトカイン生成、および/または炎症反応のうちの1つまたは複数を増強するようにさらに修飾され得る。本明細書に記載の骨髄性細胞は、リンパ節に効率的に移動して、そこで、発現された抗原が多数のT細胞に提示され、強力な免疫を生成することができる。一部の実施形態では、本明細書に記載の骨髄性細胞は、リンパ節への効率的な移動のために、高レベルのケモカイン受容体、例えばCCR2受容体を発現することができる。リンパ節はリンパ球を保有するだけでなく、ナイーブT細胞の貯蔵庫でもあり、骨髄性細胞によって提示される抗原に対する新しいT細胞特異性の生成を促進する。
[0153]一部の実施形態では、ポリ核酸は、完全長のウイルスタンパク質、例えばウイルス抗原タンパク質をコードする配列を含む。ポリ核酸は、ウイルス抗原または抗原性エピトープを発現させるために骨髄性細胞に組み込まれる。一部の実施形態では、ポリ核酸は、組換えタンパク質をコードする配列を含む。一部の実施形態では、組換えタンパク質は複数の抗原性エピトープを含み、1つまたは複数の抗原または抗原性エピトープはタンデムにコードされている。一部の実施形態では、組換え核酸は、2つのエピトープをコードする配列の間に介在配列を含み、介在配列は、リンカー、例えば、翻訳後ペプチダーゼ作用に対する感受性のための配列を有するリンカーであり得る。一部の実施形態では、核酸翻訳産物は、リソソーム輸送およびエピトープへの分解が促進され、骨髄性細胞の表面に提示される。一部の実施形態では、核酸は、リソソーム送達を促進するタグまたはペプチドを含む。
[0154]一部の実施形態では、ポリ核酸は、複数のエピトープ配列をコードする配列を含む。
[0155]一部の実施形態では、ウイルスは、インフルエンザウイルスである。一部の実施形態では、ウイルスは、C型肝炎ウイルス(HCV)である。一部の実施形態では、ウイルスは、HIV、HPV、デング熱ウイルス、ヘルペスウイルス、CMV、または任意の適切なウイルスである。一部の実施形態では、ウイルスは、コロナウイルスである。
[0156]一部の実施形態では、ウイルスは、コロナウイルスである。一部の実施形態では、ウイルス抗原は、コロナウイルス抗原、例えば、スパイクタンパク質抗原(S)、核タンパク質(NP、またはN)抗原、非構造タンパク質(NSP)抗原である。
[0157]一部の実施形態では、骨髄性細胞の集団は、本明細書に記載のワクチンの開発のために生成され、骨髄性細胞の集団中の骨髄性細胞は、外因性または組換えのタンパク質またはペプチドをコードする配列を含むポリ核酸を細胞に組み込むことによってさらに修飾され、骨髄性細胞は、組換えタンパク質を発現する。一部の実施形態では、組換え核酸は、キメラ融合タンパク質(CFP)をコードする配列を含み、CFPは、細胞外ドメインおよび膜貫通ドメインを含む。一部の実施形態では、骨髄性細胞の集団は、CFPを介したトニックシグナル伝達を欠失している。一部の実施形態では、細胞外ドメインは、病原体または病原性抗原に結合することができる領域を含む。
[0158]一部の実施形態では、組換え核酸は、CFPをコードする配列を含み、CFPは、(a)抗原結合性ドメインを含む細胞外ドメイン、および(b)細胞外ドメインに作動可能に連結された膜貫通ドメインを含む。一部の実施形態では、抗原結合性ドメインは、CD5結合ドメインまたはHER2結合ドメインである。一部の実施形態では、CFPは、貪食受容体またはスカベンジャー受容体に由来する細胞内ドメインをさらに含む。一部の実施形態では、CFPは、(a)(i)CD5またはHER2に特異的に結合するscFvと、(ii)CD8に由来するヒンジドメイン、またはCD28またはCD68の細胞外ドメインまたはその一部とを含む細胞外ドメインと;(b)CD8膜貫通ドメイン、CD28膜貫通ドメイン、またはCD68膜貫通ドメインと;(c)少なくとも2つの細胞内シグナル伝達ドメインを含む細胞内ドメインであって、少なくとも2つの細胞内シグナル伝達ドメインが、(i)FcγRまたはFcεRに由来する第1の細胞内シグナル伝達ドメインと、(ii)(A)PI3-キナーゼ(PI3K)動員ドメインを含むか、または(B)CD40に由来する、第2の細胞内シグナル伝達ドメインとを含む、細胞内ドメインとを含む。
[0159]一部の実施形態では、組換え核酸は、抗原ペプチドをコードする配列を含み、抗原ペプチドは、CMVpp65ペプチドである。
[0160]一部の実施形態では、抗原結合性ドメインは、病原性抗原に結合する抗体またはその機能性断片である。一部の実施形態では、キメラ融合タンパク質を発現する骨髄性細胞は、ヒトなどの生物、例えば、患者または治療の対象において送達され、骨髄性細胞は、生物中、例えば、ヒトまたは対象中の病原体に結合し、病原体を貪食し、病原体を溶解し、それにより、組織から病原体負荷を軽減するか、または病原体負荷を除去することができる。一部の実施形態では、骨髄性細胞は、その貪食機能を増強するためにさらに修飾される。一部の実施形態では、骨髄性細胞は、1つまたは複数の活性化因子、免疫原、サイトカインまたはケモカインを発現して、オートクリン様式(autocrine manner)で骨髄性細胞を活性化するか、またはパラクリン様式(paracrine manner)で近傍の免疫細胞を活性化する。一部の実施形態では、病原体に結合し、病原体を貪食し、病原体を溶解し、常在T細胞に抗原を提示することができるキメラ融合タンパク質を発現する骨髄性細胞は、強力な免疫応答および免疫記憶を活性化する。
[0161]一態様では、本明細書では、疾患または状態の処置を必要とする対象における疾患または状態を処置する方法であって、上記の骨髄性細胞を含む医薬組成物を対象に投与するステップを含む、方法が提供される。投与するステップは、局所的に実施されてもよいし、全身的に行われてもよい。投与は、皮下、静脈内、または他の適切な手段によって実施され得る。
[0162]一部の実施形態では、細胞の集団の細胞は、(a)投与後に対象においてエフェクター細胞に分化する;(b)投与後に対象の患部に浸潤するか、もしくは投与後に対象の患部に移動する;または(c)投与後の対象において少なくとも5日間の寿命を有する。一部の実施形態では、細胞の集団は、対象に由来する。一部の実施形態では、医薬組成物は、組換え核酸が細胞の集団に導入された後、72時間以内に対象に投与される。一部の実施形態では、細胞の集団は、投与前にex vivoで48時間未満の間培養されている。
[0163]一部の実施形態では、本明細書に記載の骨髄性細胞、例えばCD14+細胞、例えば本明細書に記載のCD14+/CD16-細胞は、本明細書および実施例に記載のように単離され、ウイルス抗原、例えばコロナウイルス抗原が負荷され、骨髄性細胞を必要としている対象に投与するために使用される。そのような骨髄性細胞は、in vivoでT細胞に抗原を提示するのに効果的であり、したがって、対象にワクチン接種するために直接使用することができる。一部の実施形態では、本明細書に記載の骨髄性細胞、例えば本明細書に記載のCD14+/CD16-細胞は、ウイルス抗原または抗原ペプチド、例えばコロナウイルス抗原または抗原ペプチドを負荷され、ex vivoでT細胞を刺激するために、例えばin vitro条件でT細胞を刺激するために使用することができ、刺激されたT細胞は順次治療のために使用される。
[0164]一部の実施形態では、本明細書では、細胞療法で使用するための、外因性遺伝子、例えばCFP、または組換え核酸によってコードされている抗原もしくは抗原結合タンパク質を発現するように改変されている骨髄性細胞の集団が記載されている。一部の実施形態では、本明細書では、免疫療法で、例えば、がんワクチンとして使用するための、外因性遺伝子、例えばCFPを発現するように改変されている骨髄性細胞の集団が記載されている。一部の実施形態では、本明細書では、医薬組成物を調製するための、外因性遺伝子、例えばCFPを発現するように改変されている骨髄性細胞の集団が記載されている。骨髄性細胞の集団は、外因性タンパク質、例えばCFP、または抗原をコードする組換え核酸を含むことができ、骨髄性細胞の集団は外因性タンパク質を発現し、集団中の細胞の少なくとも50%は、CD14+およびCD16-であり、集団中の細胞の10%未満は、樹状細胞である。
[0165]一部の実施形態では、1つまたは複数の抗原ペプチドをコードする本明細書に記載のポリヌクレオチド構築物は、例えば、適切な用量および時間間隔でのポリ核酸の静脈内投与によって、対象にワクチン接種するために直接使用することができる。一部の実施形態では、1つまたは複数の抗原ペプチドをコードする本明細書に記載のポリヌクレオチド構築物は、例えば、in vitro翻訳による、抗原の生成に有用であり得、また、例えば、適切な用量および時間間隔での抗原ペプチドの静脈内投与などにより、ポリヌクレオチド構築物を必要とする対象のワクチン接種のための抗原として使用することができる。
[0166]一態様では、本明細書では、組換え核酸を含むヒト細胞のex vivo集団であって、組換え核酸が、キメラ融合タンパク質(CFP)をコードする配列を含み、(i)ヒト細胞のex vivo集団中の細胞の少なくとも50%が、CD14+およびCD16-であり、(ii)ヒト細胞のex vivo集団中の細胞の10%未満が樹状細胞である、ex vivo集団と;薬学的に許容される賦形剤とを含む医薬ワクチン組成物が提供される。一部の実施形態では、ヒト細胞のex vivo集団中の細胞の少なくとも50%は、CCR2+および/またはCCR5+である。一部の実施形態では、ヒト細胞のex vivo集団中の細胞の少なくとも50%は、CD63+である。一部の実施形態では、ヒト細胞のex vivo集団中の細胞の少なくとも50%は、CD56-、CD3-、および/またはCD19-である。
[0167]一部の実施形態では、ヒト細胞のex vivo集団中の細胞の40%未満は、マクロファージ細胞である。
[0168]一部の実施形態では、医薬ワクチン組成物は、ヒト細胞のex vivo集団を含み、ヒト細胞のex vivo集団中の細胞の少なくとも50%は、CCR2+および/またはCCR5+であり;ヒト細胞のex vivo集団中の細胞の少なくとも50%は、CD63+であり;ヒト細胞のex vivo集団中の細胞の少なくとも50%は、CD56-、CD3-、および/またはCD19-であり;および/またはヒト細胞のex vivo集団中の細胞の40%未満は、マクロファージ細胞である。
[0169]一部の実施形態では、組換え核酸は、mRNAを含む。
[0170]一部の実施形態では、組換え核酸は、CFPをコードする配列を含み、ヒト細胞のex vivo集団は、CFPを介したトニックシグナル伝達を欠失している。一部の実施形態では、CFPは、(a)抗原結合性ドメインを含む細胞外ドメインと、(b)細胞外ドメインに作動可能に連結された膜貫通ドメインとを含む。
[0171]一部の実施形態では、抗原結合性ドメインは、CD5結合ドメインまたはHER2結合ドメインである。一部の実施形態では、CFPは、貪食受容体またはスカベンジャー受容体に由来する細胞内ドメインをさらに含む。一部の実施形態では、CFPは、(a)CD5またはHER2に特異的に結合するscFvと、CD8に由来するヒンジドメイン、またはCD28またはCD68の細胞外ドメインまたはその一部とを含む細胞外ドメインと;(b)CD8膜貫通ドメイン、CD28膜貫通ドメイン、またはCD68膜貫通ドメインと;(c)少なくとも2つの細胞内シグナル伝達ドメインを含む細胞内ドメインであって、少なくとも2つの細胞内シグナル伝達ドメインが、FcγRまたはFcεRに由来する第1の細胞内シグナル伝達ドメインと、PI3-キナーゼ(PI3K)動員ドメインを含むか、またはCD40に由来する、第2の細胞内シグナル伝達ドメインとを含む、細胞内ドメインとを含む。
[0172]また本明細書では、本明細書に記載の疾患または状態の処置を必要とするヒト対象における疾患または状態を処置する方法であって、本明細書に記載の医薬組成物をヒト対象に投与するステップを含む、方法が提供される。
[0173]一部の実施形態では、ヒト細胞のex vivo集団の細胞は、(a)投与後に対象においてエフェクター細胞に分化する;(b)投与後に対象の患部に浸潤するか、もしくは投与後に対象の患部に移動する;または(c)投与後の対象において少なくとも5日間の寿命を有する。
[0174]一部の実施形態では、ヒト細胞のex vivo集団は、ヒト対象に由来する。
[0175]一部の実施形態では、医薬組成物は、組換え核酸がヒト細胞のex vivo集団に導入された後72時間以内にヒト対象に投与されるか、または将来の使用のために凍結される。一部の実施形態では、医薬組成物は、組換え核酸がヒト細胞のex vivo集団に導入された後48時間以内にヒト対象に投与されるか、または将来の使用のために凍結される。一部の実施形態では、細胞のex vivo曝露は、合計で72時間未満、48時間未満、36時間未満、または24時間未満に限定される。一部の実施形態では、ヒト細胞のex vivo集団は、投与前に48時間未満の間ex vivoで培養されている。
[0176]一部の態様では、本明細書では、医薬組成物を調製するための細胞をネガティブに選択する方法であって、(a)ヒト対象からの生体試料を、抗CD16抗体、ならびに抗CD56抗体、抗CD3抗体および抗CD19抗体から選択される1つまたは複数の抗体と接触させるステップと、(b)抗CD16抗体によって結合されておらず、1つまたは複数の抗体によって結合されていない生体試料中の細胞を収集するステップと、(c)CFPをコードする配列を含む組換え核酸を、(b)から収集された細胞に導入し、それによって細胞の集団を形成するステップとを含み、(i)細胞の集団中の細胞の少なくとも50%が、CD14+およびCD16であり、(ii)細胞の集団中の細胞の10%未満が、樹状細胞である、方法が提供される。一部の実施形態では、この方法は、フローサイトメトリーを含む。
[0177]一部の実施形態では、抗原結合性ドメインは、がん抗原結合性ドメインである。
[0178]一部の実施形態では、医薬品のヒト細胞のex vivo集団は、少なくとも1×10個の細胞を含む。一部の実施形態では、抗原結合性ドメインは、がん抗原結合性ドメインである。
[0179]本開示の追加の態様および利点は、本開示の例示的な実施形態のみが示され、説明される、以下の詳細な説明から当業者には容易に明らかになるであろう。理解されるように、本開示は、他の異なる実施形態が可能であり、そのいくつかの詳細は、すべて本開示から逸脱することなく、様々な明白な点での修正が可能である。したがって、図面および説明は、本質的に例示的として見なされるものであり、限定的なものとして見なされるものではない。
参照による組み込み
[0180]本明細書で言及されるすべての刊行物、特許、および特許出願は、それぞれの個々の刊行物、特許、または特許出願が参照により組み込まれるように具体的かつ個別に示されているのと同程度に、参照により本明細書に組み込まれる。参照により組み込まれる刊行物および特許または特許出願が本明細書に含まれる開示と矛盾する範囲において、本明細書は、そのような矛盾するいかなる材料にも取って代わり、および/または優先されるものとする。
[0181]本発明の新規特徴は、添付の請求項で詳細に示される。本発明の特徴および利点のより深い理解は、本発明の原理が利用される例示的な実施形態を示す以下の詳細な説明および付随する図面(さらに本明細書では「図」)への参照によって得られる。
[0182]図1は、単離された骨髄細胞の臨床プロセスの概要を表す図である。 [0183]図2は、本明細書に記載される骨髄エフェクター細胞の例示的な適用を示す模式図である。 [0184]図3は、高レベルのCD14を発現する細胞(CD14hi細胞)の分化可能性の図示である。 [0185]図4は、アフェレーシス生成物からのCD14+細胞の抗体媒介の選択および単離または富化によって使用および回収された全細胞数、ならびに指示された細胞サブタイプのパーセンテージを示す表である。上パネル、選択前;下パネル、選択後。 [0186]図5Aは、CD14+細胞の単離または富化の前のフローサイトメトリー分析データを示す図である。細胞は、CD14、CD16、CD19およびCD56マーカーについて分析した。 図5Aは、CD14+細胞の単離または富化の前のフローサイトメトリー分析データを示す図である。細胞は、CD14、CD16、CD19およびCD56マーカーについて分析した。 [0187]図5Bは、CD14+細胞の単離または富化の後のフローサイトメトリー分析データを示す図である。細胞は、CD14、CD16、CD19およびCD56マーカーについて分析した。 図5Bは、CD14+細胞の単離または富化の後のフローサイトメトリー分析データを示す図である。細胞は、CD14、CD16、CD19およびCD56マーカーについて分析した。 [0188]図6は、CD14+の単離または富化の後のフローサイトメトリー分析データを示す図である。細胞は、CD14およびCD56マーカーについて分析した。 [0189]図7は、分極刺激の存在下でのM0、M1およびM2細胞へのCD14+細胞の分化を実証するデータを示す図である。 [0190]図8Aは、分極刺激の存在下での24時間培養におけるM0、M1およびM2分極化CD14+細胞の顕微写真を示す図である。 [0191]図8Bは、分極刺激の存在下での48時間培養におけるM0、M1およびM2分極化CD14+細胞の顕微写真を示す図である。 [0192]図9Aは、分極刺激の存在下でのCD14+細胞におけるCD206発現のフローサイトメトリーデータを示す図である。 図9Aは、分極刺激の存在下でのCD14+細胞におけるCD206発現のフローサイトメトリーデータを示す図である。 図9Aは、分極刺激の存在下でのCD14+細胞におけるCD206発現のフローサイトメトリーデータを示す図である。 [0193]図9Bは、分極刺激の存在下でのCD14+細胞におけるCD14およびCD16発現のフローサイトメトリーデータを示す図である。 図9Bは、分極刺激の存在下でのCD14+細胞におけるCD14およびCD16発現のフローサイトメトリーデータを示す図である。 図9Bは、分極刺激の存在下でのCD14+細胞におけるCD14およびCD16発現のフローサイトメトリーデータを示す図である。 [0194]図9Cは、分極刺激の存在下でのCD14+細胞におけるCCR2発現のフローサイトメトリーデータを示す図である。 図9Cは、分極刺激の存在下でのCD14+細胞におけるCCR2発現のフローサイトメトリーデータを示す図である。 図9Cは、分極刺激の存在下でのCD14+細胞におけるCCR2発現のフローサイトメトリーデータを示す図である。 [0195]図10は、エフェクター骨髄細胞製造の図示である。 [0196]図11は、組換え核酸の導入後の指示された時間のCD14+細胞におけるCAR発現を実証するフローサイトメトリーデータを示す図である。 図11は、組換え核酸の導入後の指示された時間のCD14+細胞におけるCAR発現を実証するフローサイトメトリーデータを示す図である。 [0197]図12は、細胞の分極可能性を試験するための分極刺激によるCD14+細胞の処理を示す模式図である。 [0198]図13Aは、分極刺激の存在下でのCARを発現するかまたは発現しない細胞のCD14(左)およびCD16(右)の発現レベルの変化を実証するフローサイトメトリーデータを示す図である。 [0199]図13Bは、分極刺激の存在下でのCARを発現するかまたは発現しない細胞のCD206(左)およびCD163(右)の発現レベルの変化を実証するフローサイトメトリーデータを示す図である。 [0200]図13Cは、分極刺激の存在下でのCARを発現するかまたは発現しない細胞のPDL1(左)およびCCR2(右)の発現レベルの変化を実証するフローサイトメトリーデータを示す図である。 [0201]図13Dは、分極刺激の存在下でのCARを発現するかまたは発現しない細胞のMHCI(上)およびMHCII(下)の発現レベルの変化を実証するフローサイトメトリーデータを示す図である。 [0202]図14Aは、例示的な機能アッセイの模式的ワークフロー図である:HER-2特異的CARを発現するTHP-1細胞を分極刺激で刺激し、HER2でコーティングされたビーズと接触させ、THP-1細胞によるサイトカインおよびケモカイン放出を、Luminex多重アッセイキットを使用して分析した。 [0203]図14Bは、指示されたケモカインのために図14Aに記載されるのと類似した例示的実験における、THP-1細胞のLuminexアッセイからのデータを示す図である。 [0204]図14Cは、例示的な機能アッセイの模式的ワークフロー図である:HER-2特異的CARを発現する単離されたヒト骨髄細胞を分極刺激で刺激し、HER2でコーティングされたビーズと接触させ、骨髄細胞によるサイトカインおよびケモカイン放出を、Luminex多重アッセイキットを使用して分析した。 [0205]図14Dは、指示されたケモカインのために図14Cに記載されるのと類似した例示的実験における、単離されたヒト骨髄細胞のLuminexアッセイからのデータを示す図である。 [0206]図15Aは、例示的な機能アッセイの模式的ワークフロー図である:HER-2特異的CARを発現するエフェクター骨髄細胞を分極刺激で刺激し、HER2発現腫瘍または非HER2発現腫瘍細胞(例えば、H9細胞)と接触させ、HER-2-CAR骨髄細胞によるサイトカインおよびケモカイン放出を、Luminex多重アッセイキットを使用して分析した。代替形態として、C5-CARを発現するエフェクター骨髄細胞を同じ処理にかけ、H9T細胞リンパ腫または非リンパ腫細胞(例えば、HER-1発現腫瘍細胞)と接触させ、前記のように分析した。 [0207]図15Biは、CCL3、IL6およびIL10分泌のために図15Aに記載される実験からのLuminexアッセイのデータを示す図である。 図15Biは、CCL3、IL6およびIL10分泌のために図15Aに記載される実験からのLuminexアッセイのデータを示す図である。 [0208]図15Biiは、CD80もCD206レベルも図15Aで指示される処理で変更されないことを示すデータを示す図である。 [0209]図16Aは、食作用アッセイからのデータ結果を示す図である。THP-1細胞を細胞外FLAGサブユニット(緑色蛍光標識抗FLAG抗体で検出される)を含むHER-2特異的CARで形質導入し、赤色蛍光タンパク質を発現するHER-2発現SKOV3(卵巣がん細胞系)細胞と接触させた。CARの設計は、左側の画像で図示される。THP-1細胞は、PMAまたは対照で刺激した。画像化は、FLAGを蛍光抗体とコンジュゲートさせた後に実行した。 図16Aは、食作用アッセイからのデータ結果を示す図である。THP-1細胞を細胞外FLAGサブユニット(緑色蛍光標識抗FLAG抗体で検出される)を含むHER-2特異的CARで形質導入し、赤色蛍光タンパク質を発現するHER-2発現SKOV3(卵巣がん細胞系)細胞と接触させた。CARの設計は、左側の画像で図示される。THP-1細胞は、PMAまたは対照で刺激した。画像化は、FLAGを蛍光抗体とコンジュゲートさせた後に実行した。 [0210]図16Bは、HER-2特異的CARを発現するレンチウイルス形質導入一次エフェクター骨髄細胞を使用した食作用アッセイの結果を示す図であり、腫瘍呑食骨髄細胞を定量化するためにフローサイトメトリーを実行した。 図16Bは、HER-2特異的CARを発現するレンチウイルス形質導入一次エフェクター骨髄細胞を使用した食作用アッセイの結果を示す図であり、腫瘍呑食骨髄細胞を定量化するためにフローサイトメトリーを実行した。 [0211]図16Cは、骨髄細胞(マクロファージ、赤色蛍光性)に食作用のための負の標的、Jurkat細胞、または正の標的、HER-2を発現するSKOV3標的細胞(腫瘍細胞、緑色)を与えた食作用アッセイの顕微鏡画像化結果を示す図である。 [0212]図17Aは、マウスにおけるin vivo腫瘍モデル確立のための模式的ワークフロー図を表し、続いて腫瘍特異的CARを発現するエフェクター骨髄細胞の5回の注入、ならびに生存研究、サイトメトリー分析および画像化研究を実行した。1つの代表的な実験では、マウスを示されるようにグループ分けした。 [0213]図17Bは、図17Aに示すようなスキームによる骨髄細胞注入の1回または3回の投与の後の、代表的な実験でのマウスにおける腫瘍退行を示す生体画像化結果を示す図である。 図17Bは、図17Aに示すようなスキームによる骨髄細胞注入の1回または3回の投与の後の、代表的な実験でのマウスにおける腫瘍退行を示す生体画像化結果を示す図である。 [0214]図17Cおよび17Dは、図17Aおよび17Bに示すような実験セットアップにおける腫瘍退行の定量的調査を示す図である。 [0215]図18A-18Bは、プロトコール1を使用したCD5陽性CAR細胞の生成の間に得られた、示された細胞分画のフローサイトメトリーデータを示す図である。 図18A-18Bは、プロトコール1を使用したCD5陽性CAR細胞の生成の間に得られた、示された細胞分画のフローサイトメトリーデータを示す図である。 図18A-18Bは、プロトコール1を使用したCD5陽性CAR細胞の生成の間に得られた、示された細胞分画のフローサイトメトリーデータを示す図である。 [0216]図19A-19Bは、プロトコール2を使用したCD5陽性CAR細胞の生成の間に得られた、示された細胞分画のフローサイトメトリーデータを示す図である。 図19A-19Bは、プロトコール2を使用したCD5陽性CAR細胞の生成の間に得られた、示された細胞分画のフローサイトメトリーデータを示す図である。 図19A-19Bは、プロトコール2を使用したCD5陽性CAR細胞の生成の間に得られた、示された細胞分画のフローサイトメトリーデータを示す図である。 [0217]図20は、指示された時間経過の間の、CFPをコードする核酸配列を含むウイルスベクターで形質導入したCD14+/CD16-細胞におけるCD14およびCD16発現の変化を実証する例示的なデータを示す図である。 [0218]図21Aは、M-CSF(各群の左の棒)またはGM-CSF(各群の右の棒)の存在下でのCD14+/CD16-細胞のエレクトロポレーション(EP)後の一晩の培養からの生細胞および生存能力データを実証する例示的データを示す図である。エレクトロポレーション前(EP前)か、mockエレクトロポレーションしたか、4つのCD5結合剤CFP構築物:CD5-FcR-PI3K構築物、CD5-FcR-CD40構築物、CD5-FcR-MDA5構築物、CD5-FcR-MyD88構築物のうちの1つをコードする組換え核酸でエレクトロポレーションした細胞を収集し、図中でデータセットはFcR-PI3K、FcR-CD40、FcR-MDA5およびFcR-MyD88とそれぞれマークされる。 [0219]図21Bは、細胞をM-CSF(上パネル)またはGM-CSF(下パネル)の存在下で一晩培養したときの、各CD5結合剤CFP(CD5-CFP)構築物の発現レベルを実証する例示的なフローサイトメトリーデータを示す図である。下のはめ込み図は、図で棒グラフとして提示されるドットプロットの定量的データを実証する;各セットで、左の棒、M-CSF培養;右の棒、GM-CSF培養。 図21Bは、細胞をM-CSF(上パネル)またはGM-CSF(下パネル)の存在下で一晩培養したときの、各CD5結合剤CFP(CD5-CFP)構築物の発現レベルを実証する例示的なフローサイトメトリーデータを示す図である。下のはめ込み図は、図で棒グラフとして提示されるドットプロットの定量的データを実証する;各セットで、左の棒、M-CSF培養;右の棒、GM-CSF培養。 図21Bは、細胞をM-CSF(上パネル)またはGM-CSF(下パネル)の存在下で一晩培養したときの、各CD5結合剤CFP(CD5-CFP)構築物の発現レベルを実証する例示的なフローサイトメトリーデータを示す図である。下のはめ込み図は、図で棒グラフとして提示されるドットプロットの定量的データを実証する;各セットで、左の棒、M-CSF培養;右の棒、GM-CSF培養。 図21Bは、細胞をM-CSF(上パネル)またはGM-CSF(下パネル)の存在下で一晩培養したときの、各CD5結合剤CFP(CD5-CFP)構築物の発現レベルを実証する例示的なフローサイトメトリーデータを示す図である。下のはめ込み図は、図で棒グラフとして提示されるドットプロットの定量的データを実証する;各セットで、左の棒、M-CSF培養;右の棒、GM-CSF培養。 図21Bは、細胞をM-CSF(上パネル)またはGM-CSF(下パネル)の存在下で一晩培養したときの、各CD5結合剤CFP(CD5-CFP)構築物の発現レベルを実証する例示的なフローサイトメトリーデータを示す図である。下のはめ込み図は、図で棒グラフとして提示されるドットプロットの定量的データを実証する;各セットで、左の棒、M-CSF培養;右の棒、GM-CSF培養。 [0220]図21Cは、図21Aまたは21Bの場合のように記載される各セットの食作用指数(%)を実証する例示的なデータを示す図である。各セットで、左の棒、M-CSF培養;右の棒、GM-CSF培養。 [0221]図21Dは、指示される各群のサイトカイン分泌の例示的なデータを示す図である。各セットで、左の棒、M-CSF培養;右の棒、GM-CSF培養。 図21Dは、指示される各群のサイトカイン分泌の例示的なデータを示す図である。各セットで、左の棒、M-CSF培養;右の棒、GM-CSF培養。 [0222]図22は、CD5結合剤CFP(C5-CFP)(左)またはHER2結合剤CFP(HER2 CFP)(右)を発現する細胞、ならびにCD14およびCD16の発現を示す例示的なフローサイトメトリーデータを示す図である。 [0223]図23は、本開示の方法による例示的な細胞製造ランからのフローサイトメトリーデータを示す図であり、エレクトロポレーションから24時間後にCD5結合剤CFPを発現する細胞を示す。バッグまたは異なるフラスコ(フラスコ1およびフラスコ2)の中の細胞に及ぼす培養の影響が実証される。 ]図23は、本開示の方法による例示的な細胞製造ランからのフローサイトメトリーデータを示す図であり、エレクトロポレーションから24時間後にCD5結合剤CFPを発現する細胞を示す。バッグまたは異なるフラスコ(フラスコ1およびフラスコ2)の中の細胞に及ぼす培養の影響が実証される。 [0224]図24は、本開示の方法による例示的な細胞製造ランからのフローサイトメトリーデータを示す図であり、エルトリエーション後のヒトドナーからの細胞を示し、ドナーの全血と比較したCD14、CD16、CD11bおよびCD3細胞パーセンテージを例示する。 図24は、本開示の方法による例示的な細胞製造ランからのフローサイトメトリーデータを示す図であり、エルトリエーション後のヒトドナーからの細胞を示し、ドナーの全血と比較したCD14、CD16、CD11bおよびCD3細胞パーセンテージを例示する。 [0225]図25A-25Dは、本開示の方法による例示的な細胞製造ランからの結果を示す図であり、エレクトロポレーションの後に冷凍され、解凍の0時間後に試験された1ドナーからの細胞を示す。図25A上、CD14+細胞のためのフローサイトメトリー、図25A下、CD16+細胞のためのフローサイトメトリー;図25B上、CD11b+細胞のためのフローサイトメトリー、図25B下、CD3+細胞のためのフローサイトメトリー。図25C、解凍後0時間の時点での細胞中のCD5結合剤CFPの発現(右)。左、対照、mock形質導入。図25Dは、フローサイトメトリーによって検出される、アポトーシスマーカー7AADによる細胞の染色を示す。UNT-非トランスフェクト;CD5、CD5結合剤形質導入セット;Mock、mockトランスフェクト。UNTおよびMockは、図で使用された対照である。 図25A-25Dは、本開示の方法による例示的な細胞製造ランからの結果を示す図であり、エレクトロポレーションの後に冷凍され、解凍の0時間後に試験された1ドナーからの細胞を示す。図25A上、CD14+細胞のためのフローサイトメトリー、図25A下、CD16+細胞のためのフローサイトメトリー;図25B上、CD11b+細胞のためのフローサイトメトリー、図25B下、CD3+細胞のためのフローサイトメトリー。図25C、解凍後0時間の時点での細胞中のCD5結合剤CFPの発現(右)。左、対照、mock形質導入。図25Dは、フローサイトメトリーによって検出される、アポトーシスマーカー7AADによる細胞の染色を示す。UNT-非トランスフェクト;CD5、CD5結合剤形質導入セット;Mock、mockトランスフェクト。UNTおよびMockは、図で使用された対照である。 図25A-25Dは、本開示の方法による例示的な細胞製造ランからの結果を示す図であり、エレクトロポレーションの後に冷凍され、解凍の0時間後に試験された1ドナーからの細胞を示す。図25A上、CD14+細胞のためのフローサイトメトリー、図25A下CD16+細胞のためのフローサイトメトリー;図25B上、CD11b+細胞のためのフローサイトメトリー、図25B下、CD3+細胞のためのフローサイトメトリー。図25C、解凍後0時間の時点での細胞中のCD5結合剤CFPの発現(右)。左、対照、mock形質導入。図25Dは、フローサイトメトリーによって検出される、アポトーシスマーカー7AADによる細胞の染色を示す。UNT-非トランスフェクト;CD5、CD5結合剤形質導入セット;Mock、mockトランスフェクト。UNTおよびMockは、図で使用された対照である。 図25A-25Dは、本開示の方法による例示的な細胞製造ランからの結果を示す図であり、エレクトロポレーションの後に冷凍され、解凍の0時間後に試験された1ドナーからの細胞を示す。図25A上、CD14+細胞のためのフローサイトメトリー、図25A下CD16+細胞のためのフローサイトメトリー;図25B上、CD11b+細胞のためのフローサイトメトリー、図25B下、CD3+細胞のためのフローサイトメトリー。図25C、解凍後0時間の時点での細胞中のCD5結合剤CFPの発現(右)。左、対照、mock形質導入。図25Dは、フローサイトメトリーによって検出される、アポトーシスマーカー7AADによる細胞の染色を示す。UNT-非トランスフェクト;CD5、CD5結合剤形質導入セット;Mock、mockトランスフェクト。UNTおよびMockは、図で使用された対照である。 図25A-25Dは、本開示の方法による例示的な細胞製造ランからの結果を示す図であり、エレクトロポレーションの後に冷凍され、解凍の0時間後に試験された1ドナーからの細胞を示す。図25A上、CD14+細胞のためのフローサイトメトリー、図25A下CD16+細胞のためのフローサイトメトリー;図25B上、CD11b+細胞のためのフローサイトメトリー、図25B下、CD3+細胞のためのフローサイトメトリー。図25C、解凍後0時間の時点での細胞中のCD5結合剤CFPの発現(右)。左、対照、mock形質導入。図25Dは、フローサイトメトリーによって検出される、アポトーシスマーカー7AADによる細胞の染色を示す。UNT-非トランスフェクト;CD5、CD5結合剤形質導入セット;Mock、mockトランスフェクト。UNTおよびMockは、図で使用された対照である。 図25A-25Dは、本開示の方法による例示的な細胞製造ランからの結果を示す図であり、エレクトロポレーションの後に冷凍され、解凍の0時間後に試験された1ドナーからの細胞を示す。図25A上、CD14+細胞のためのフローサイトメトリー、図25A下CD16+細胞のためのフローサイトメトリー;図25B上、CD11b+細胞のためのフローサイトメトリー、図25B下、CD3+細胞のためのフローサイトメトリー。図25C、解凍後0時間の時点での細胞中のCD5結合剤CFPの発現(右)。左、対照、mock形質導入。図25Dは、フローサイトメトリーによって検出される、アポトーシスマーカー7AADによる細胞の染色を示す。UNT-非トランスフェクト;CD5、CD5結合剤形質導入セット;Mock、mockトランスフェクト。UNTおよびMockは、図で使用された対照である。 [0226]図26は、本開示の方法による例示的な細胞製造ランからの結果を示す図であり、トランスフェクションの後の細胞品質を示す、左端、単球をゲーティング;第2の欄、単一細胞パーセント;第3の欄、生細胞パーセント;右端、CD5結合剤CFP発現。 図26は、本開示の方法による例示的な細胞製造ランからの結果を示す図であり、トランスフェクションの後の細胞品質を示す、左端、単球をゲーティング;第2の欄、単一細胞パーセント;第3の欄、生細胞パーセント;右端、CD5結合剤CFP発現。 [0227]図27Aは、CFPをコードするmRNAが送達された細胞における低いサイトカイン生成を示す図である。 [0228]図27Bは、CFPをコードするmRNAが送達された細胞におけるCFPの長期発現を示す図である。 [0229]図28は、無細胞または抗CD5CFPを発現する一次ヒト単球細胞の指示濃度のCCL2とのインキュベーションの後の経時的な相対蛍光単位(RFU)の例示的なグラフである。対照に対する増加倍率は、アッセイバッファー単独で処理した細胞と比較したCCL2によって誘導された化学向性の比を表す。グラフの各棒は、2つの反復ウェルの平均±SDを表す。 [0230]図29は、健康ドナーLeukopakから単離され、細胞外HER2結合性ドメイン(scFv)、細胞外Flagタグ、CD8に由来する細胞外ヒンジドメイン、CD8膜貫通ドメイン、ならびにFcRγに由来する第1の細胞内シグナル伝達ドメインおよびPI3K補充ドメインを含有する第2の細胞内シグナル伝達ドメインを含有する、CFPをコードするレンチウイルスベクターで形質導入されたCFSE標識CD14+細胞が、MSTO腫瘍をもつNSGマウスへ投与されてから24時間後に取り出された腫瘍試料の生体画像化を示す蛍光顕微鏡画像である。形質導入された細胞は腫瘍に移動し、腫瘍細胞周囲に蓄積するのが観察された。 [0231]図30は、受容体ライゲーションが炎症誘発性表現型の上昇および持続を引き起こすことを示すグラフである。 [0232]図31は、順化培地を使用したT細胞補充アッセイの例示的な結果のグラフである。
[0233]すべての用語は、当業者によって理解され得るように理解されるものとする。別段の定義がない限り、本明細書で使用されるすべての技術用語および科学用語は、本開示が関係する当業者によって一般的に理解されるのと同じ意味を有する。
[0234]本明細書で使用されているセクションの見出しは、単なる構成的な目的のものであり、説明されている主題を限定するものとして解釈されるものではない。
[0235]本開示の様々な特徴は、単一の実施形態の文脈で記載され得るが、それらの特徴は、別々に、または任意の適切な組合せで提供することもできる。逆に、本開示は、明確化するために別々の実施形態の文脈で本明細書に記載され得るが、本開示はまた、単一の実施形態で実施され得る。
[0236]別段の定義がない限り、本明細書で使用されるすべての技術用語および科学用語は、本開示が属する当業者によって一般的に理解されるのと同じ意味を有する。本明細書に記載されているものと類似のまたは同等の任意の方法および材料もまた、本開示の実施または試験に使用することができるが、好ましい方法および材料がここに記載されている。1つまたは複数の特定の実施形態の詳細は、以下の説明に記載されている。
[0237]本明細書を通じて、「約」または「ほぼ」という用語は、当業者によって決定される特定の値に対する許容される誤差範囲内を意味し、これは、値がどのように測定または決定されるかに、すなわち、測定システムの限界に、部分的に依存する。例えば、「約」とは、当分野の慣例によって、1以内または1を超える標準偏差を意味し得る。あるいは、「約」とは、所与の値の最大20%、最大10%、最大5%、または最大1%の範囲を意味し得る。あるいは、特に生物システムまたはプロセスに関して、この用語は、値の1桁以内、好ましくは5倍以内、より好ましくは2倍以内を意味し得る。本願および特許請求の範囲に特定の値が記載されている場合、別段の明記のない限り、特定の値に対して許容される誤差範囲内を意味する「約」という用語が想定されるものとする。本明細書および特許請求の範囲(複数可)で使用される場合、「含む(comprising)」(ならびに「含む(comprise)」および「含む(comprises)」などの含む(comprising)の任意の形態)、「有する(having)」(ならびに「有する(have)」および「有する(has)」の有する(having)任意の形態)、「含む(includeing)」(ならびに「含む(includes)」および「含む(include)」などの含む(includeing)の任意の形態)、または「含有する(containing)」(ならびに「含有する(contains)」および「含有する(contain)」などの含有する(containing)の任意の形態)は、包括的であるか、またはオープンエンドであり、追加の引用されていないエレメントまたは方法のステップを排除するものではない。本明細書で論じられている任意の実施形態は、本開示の任意の方法または組成物に関して実施され得るものであり、その逆もまた同様であると考えられる。さらに、本開示の組成物を使用して、本開示の方法を達成することができる。
[0238]「物質」は、任意の小分子化学化合物、抗体、核酸分子、もしくはポリペプチド、またはそれらの断片である。
[0239]「変更」または「変化」は、増加または減少である。変更は、最小限度として1%、2%、3%、4%、5%、10%、20%、30%まで、または40%、50%、60%まで、さらには70%、75%、80%、90%、または100%まで可能である。
[0240]「抗原」は、免疫応答を刺激することができる分子である。T細胞によって認識される抗原は、ヘルパーTリンパ球(ヘルパーT(TH)細胞)または細胞傷害性Tリンパ球(CTL)のいずれであっても、インタクトなタンパク質としてではなく、細胞表面のクラスIまたはクラスIIのMHCタンパク質と結合する小さなペプチドとして認識される。天然に存在する免疫応答の過程で、抗原提示細胞(APC)上のクラスII MHC分子と結合して認識される抗原は、細胞外から獲得され、内在化し、クラスII MHC分子と結合する小さなペプチドにプロセシングされる。
[0241]「抗原提示細胞」または「APC」には、専門の抗原提示細胞(例えば、Bリンパ球、マクロファージ、単球、樹状細胞、ランゲルハンス細胞)、ならびに他の抗原提示細胞(例えば、ケラチノサイト、内皮細胞、星状細胞、線維芽細胞、オリゴデンドロサイト、胸腺上皮細胞、甲状腺上皮細胞、グリア細胞(脳)、膵臓ベータ細胞、および血管内皮細胞)が含まれる。これらの細胞は、貪食細胞である。APCはさらに主要組織適合遺伝子複合体(MHC)分子を発現し、MHCと複合体を形成した外来抗原をその表面に提示してT細胞と接触および認識し、T細胞の活性化および免疫応答を引き起こすことができる。専門の抗原提示細胞、特に樹状細胞は、ナイーブT細胞の刺激において重要な役割を果たすが、線維芽細胞などの非専門の抗原提示細胞も、このプロセスに寄与し得る。APCはまた、外因性抗原をプロセシングし、プロセシングされた抗原をクラスI MHC分子に提示することにより、ペプチド抗原を交差提示することもできる。クラスI MHC分子と結合して認識されるタンパク質を生じる抗原は、一般に細胞内で生成されるタンパク質であり、これらの抗原はプロセシングされ、クラスI MHC分子と結合される。
[0242]「生体試料」とは、生物に由来する組織、細胞、体液、または他の物質である。本明細書で使用される場合、「試料」という用語には、任意の組織、細胞、液体、または生物に由来する他の物質どの生体試料が含まれる。
[0243]本明細書で使用される場合の「細胞」は、生物の生物学的単位、例えば、真核細胞である。一部の実施形態では、それは、例えば、大腸菌(E.coli)細胞でプラスミドを増殖させる場合、使用の文脈において理解されるように、原核細胞(例えば、細菌または藻類細胞)を表すことができる。他の実施形態では、本明細書で使用される場合の細胞は、組織または器官からの細胞などの真核細胞、例えば哺乳動物細胞である。一部の実施形態では、細胞は、ヒト細胞である。一部の実施形態では、細胞は、患者由来の細胞である。一部の実施形態では、細胞は、ウマ、ブタ、ネコ、イヌ、ヒツジの細胞、または生物に由来する任意の細胞である。一部の実施形態では、細胞は、骨髄性細胞、例えば、単球細胞、マクロファージ、樹状細胞、単球前駆体、例えばCD14+細胞などである。一部の実施形態では、CD14+細胞は、CD16を発現しない(CD14+/CD16-)。CD14を発現しない細胞は、CD14-細胞である。当業者であれば、CD14+細胞は骨髄起源の細胞であると解釈することができる。同様に、CD3細胞、またはCD3+細胞と交換可能に表されるものは、リンパ球またはリンパ球系細胞である。一部の実施形態では、骨髄性細胞または単球は、抗原提示細胞、貪食性細胞、またはそれが貪食する細胞を溶解する溶解性細胞であり得る。
[0244]未分化の骨髄性細胞は、骨髄前駆細胞もしくは前駆体様細胞であり得るか、または後期単球(例えば、中間型もしくは非古典的単球表現型)、またはマクロファージ表現型、またはDC表現型に分化していない細胞であり得る。非極性化骨髄性細胞は、M1またはM2表現型に極性化されていない骨髄性細胞であり得る。M1およびM2の特徴は、当分野において十分に理解されている。
[0245]「キメラ受容体」は、天然受容体にもともと存在しない1つまたは複数の領域、ドメイン、またはセグメントを含む受容体である。例えば、キメラ受容体は、細胞外ドメインもしくは膜貫通ドメイン、またはその両方もしくはそれらの断片を有し、受容体の残りの部分を構成する天然受容体タンパク質のタンパク質とは異なるタンパク質から置き換えられ得る。キメラ受容体は、一般的には組換えタンパク質である。一部の実施形態では、キメラ受容体は、融合タンパク質である。本明細書で使用される場合の「キメラ融合タンパク質」は、天然タンパク質の1つまたは複数の断片またはセグメントまたはドメインまたはその一部が、1つまたは複数の異なる非天然タンパク質の1つまたは複数の断片またはセグメントまたはドメインまたはその一部と置き換えられた融合タンパク質を意味する。キメラ融合タンパク質は、異なるタンパク質の異なる部分、セグメント、断片、またはドメインを融合することによって生成され得る。一部の実施形態では、キメラ融合タンパク質は、受容体である。一部の実施形態では、キメラ受容体は、キメラ融合タンパク質として交換可能に使用することができ、キメラ融合タンパク質(CFP)は、細胞外ドメイン(ECD)、膜貫通ドメイン(TM、もしくはTMDもしくはTD)および/または細胞内ドメイン(ICD)を有する。一部の実施形態では、CFPは、キメラ抗原受容体、CARと交換可能に呼ばれ得る。一部の実施形態では、CFPまたはCARは、貪食受容体の1つまたは複数のドメイン、断片、セグメント、またはその一部を含むキメラ受容体であり得る。一部の実施形態では、CFPは、貪食またはテザリング受容体(PR)融合タンパク質(PFP)と交換可能に呼ばれ得る。典型的には、CFPは、組換えDNA技術によって生成される。CFPは、組換えタンパク質である。同様に、CARまたはPFPは、組換えDNA技術によって生成され、組換えタンパク質である。一部の実施形態では、キメラ受容体の標的は、がん細胞上のがん抗原であり得る。一部の実施形態では、標的は、CD5であり得る。一部の実施形態では、標的は、HER2であり得る。したがって、一部の実施形態では、特定の標的に結合するキメラ受容体またはキメラ融合タンパク質は、標的の「バインダー」と呼ぶことができ、例えば、CD5結合CFPは、CD5バインダーと呼ぶことができるか、または抗CD5 CFPもしくは抗CD5バインダー分子と交換可能に呼ぶことができる。この文脈で使用される場合のバインダーは、特定の結合標的を有するCFPであり得る。
[0246]「免疫応答」という用語は、T細胞共刺激のモジュレーションによって影響を受けるT細胞媒介性および/またはB細胞媒介性免疫応答を含む。例示的な免疫応答には、T細胞応答、例えば、サイトカイン産生、および細胞傷害性が含まれる。さらに、免疫応答という用語には、T細胞の活性化によって間接的に影響を受ける免疫応答、例えば、抗体産生(体液性応答)およびサイトカイン応答性細胞、例えばマクロファージの活性化が含まれる。
[0247]「電気穿孔」という用語は、例えば、細胞膜を横切って核酸が一時的な通過することができるように、細胞膜を横切って電圧勾配を生成させるなどの、電気インパルスを伴って外因性核酸分子を細胞に組み込むプロセスを意味する。一部の実施形態では、電気穿孔は、哺乳動物細胞にCFPをコードする核酸分子を組み込むために実施され得る。一部の実施形態では、電気穿孔は、CFPをコードする核酸分子を、ヒト骨髄性細胞などの骨髄性細胞に組み込むために実施され得る。電気穿孔は、ヌクレオポレーションまたはヌクレオフェクションであり得る。当業者には公知のように、電気穿孔は、細胞型ならびに組み込まれる核酸の型および性質に基づいて、エレクトロポレーター製造業者(例えば、Amaxa Nucleofector Technology社、Lonza)の推奨に従って実施することができる。一部の実施形態では、組み込まれる核酸は、DNA、およびRNA(例えば、mRNA、またはcircRNA)であってもよく、またプラスミドDNAまたはネイキッドDNAであってもよい。一部の実施形態では、電気穿孔は、トランスフェクションの一形態と考えることができる。細胞数、培地、電気穿孔プログラム、および電気穿孔からの細胞の回収は、使用する細胞型および構築物ごとに最適化される。
[0248]「エピトープ」という用語には、本明細書で定義される抗体、抗体ペプチド、および/または抗体様分子(T細胞受容体を含むがこれに限定されない)に特異的に結合することができる任意のタンパク質決定基が含まれる。
[0249]本明細書で使用される場合の「エンゲージャー」は、特定の標的、例えば、細胞表面タンパク質、抗原、受容体などに結合するための結合ドメインを有するポリペプチド、タンパク質または複合タンパク質であり、それによって、エンゲージャーは、その標的への結合の際に、細胞と係合する。一部の実施形態では、エンゲージャーは、2つ以上の特異的結合ドメインを含むことができ、それによって、2つ以上の標的に係合することが可能であり、結合標的が2つ以上の異なる細胞に存在し2つ以上の標的細胞である場合、エンゲージャーは2つ以上の別々の細胞に係合する。一部の実施形態では、エンゲージャーは、2つの非同一標的に特異的な2つの結合ドメインを有する2つのエンゲージャーを含み得る(二重特異性エンゲージャー)。一部の実施形態では、エンゲージャーは、3つの非同一結合標的に特異的な3つの異なる結合ドメインを有する3つのエンゲージャーを含み得る(二重特異性エンゲージャー)。二重特異性または三重特異性エンゲージャーは、2つ以上の細胞型上の標的に係合する。例えば、1つの結合ドメイン(またはバインダー)は、単球またはマクロファージの細胞表面タンパク質に結合し、別の結合ドメインは、がん細胞、感染細胞または壊死細胞に結合し、それによりエンゲージャーは2つの細胞を並置し、その結果、貪食細胞は標的細胞をそこで貪食することができる。一部の実施形態では、エンゲージャーは、細胞上の細胞表面分子と係合し、細胞を活性化または非活性化することができる。結合ドメインは、他の箇所で説明されているバインダーの結合ドメインと同じ成分、またはその断片、例えば、抗原、細胞表面タンパク質、受容体などの標的分子に特異的に結合することができる、可変ドメイン、CDRもしくはCDRと抗体のフレームワーク領域の組合せ、またはscFvもしくはその断片を含み得る。
[0250]改変された細胞は、例えば遺伝子工学的方法によって、融合タンパク質、例えばCARなどの1つまたは複数の外因性タンパク質を発現するように機能を増強する操作を行った細胞であり得る。一部の実施形態では、本明細書で使用される場合の改変された細胞とは、導入遺伝子を発現するか、または遺伝子編集された骨髄性細胞を指す。一部の実施形態では、改変された細胞または改変された骨髄性細胞は、組換え融合タンパク質、例えば、貪食受容体融合タンパク質を発現する骨髄性細胞である。一部の実施形態では、本明細書で使用される場合、貪食受容体融合タンパク質(CAR)は、貪食受容体に融合された、標的細胞の抗原に特異的な細胞外抗原結合性ドメインを含む。標的細胞は、例えば、がん細胞である。一部の実施形態では、改変された貪食細胞は、がん細胞を取り込んだ後、がん抗原をその細胞表面に提示して、T細胞を活性化することができる。
[0251]エフェクター骨髄性細胞は、骨髄性細胞または骨髄前駆細胞であり得、これは機能的に有能であり、医薬組成物を必要とする対象に医薬組成物を投与することによって、細胞療法のための医薬組成物にさらに製剤化することができる。一部の実施形態では、エフェクター骨髄性細胞は、生体試料、例えば末梢血単核細胞から単離(および/または濃縮)され、例えば、導入遺伝子を発現するように、または外因的に編集されたゲノムを含むように、また、限定するものではないが、標的細胞または病原体を特異的に貪食および排除する能力;分化誘発シグナルに応答してさらに分化する能力、活性化シグナルに応答してさらに活性化される能力を含み得る特徴を示し、比較的長持ちし、最終的に分化した骨髄性細胞と比較して長い寿命を有し、in vivoに投与された場合にリンパ節に移動することができるように、さらに操作され得る。
[0252]「リガンド」は、受容体と複合体を形成することが可能な分子である。本開示によれば、リガンドは、例えば、タンパク質、糖タンパク質、炭水化物、リポタンパク質、または受容体に結合する任意の成分を意味するものと理解されたい。一部の実施形態では、受容体は、特異的リガンドを有する。一部の実施形態では、受容体は、そのリガンドへの無差別的な結合を有することが可能であり、その場合、受容体は、構造配置、電荷分布、または他の任意の物理化学的特性において少なくとも類似性を共有する複数のリガンドに結合することができる。リガンドは、生体分子であり得る。リガンドは、非生物材料であってもよく、例えば、TiOはスカベンジャー受容体SRA1のリガンドである。
[0253]本明細書で使用される場合の「貪食」とは、「食作用(engulfment)」と交換可能に使用することができる。貪食のプロセスは、免疫応答と密接に関係しており、最も重要なのは、抗原提示である免疫応答の最初のステップである。外因性抗原のプロセシングは、ある種のエンドサイトーシス事象による専門の抗原提示細胞へ取り込まれた後に続く。また貪食も、抗原提示を促進する:がん抗原を含めた、貪食された細胞または病原体からの抗原はプロセシングされ、APCの細胞表面に提示される。
[0254]がん細胞上の抗原またはエピトープに結合することをコードする組換え核酸を発現する本開示の「貪食細胞」は、がん細胞に食作用を及ぼし、それを体外に除去する。
[0255]本明細書で使用される場合の「抗体」という用語は、IgG(IgG1、IgG2、IgG3、およびIgG4を含む)、IgA(IgAlおよびIgA2を含む)、IgD、IgE、IgM、ならびにIgYを含み、単鎖全抗体、およびその抗原結合(Fab)断片を含めた、抗体全体を含むことを意味する。抗原結合抗体断片には、限定するものではないが、Fab、Fab’およびF(ab’)2、Fd(VHおよびCH1からなる)、単鎖可変断片(scFv)、単鎖抗体、ジスルフィド結合可変断片(dsFv)、ならびにVLまたはVHドメインのいずれかを含む断片が含まれる。抗体は、任意の動物起源に由来し得る。単鎖抗体を含む抗原結合性抗体断片は、可変領域(複数可)を単独で含むことができるか、または以下:ヒンジ領域、CH1、CH2、およびCH3ドメインの全体または一部と組み合わせて含むことができる。可変領域(複数可)およびヒンジ領域、CH1、CH2、およびCH3ドメインの任意の組合せも含まれる。抗体は、モノクローナル抗体、ポリクローナル抗体、キメラ抗体、ヒト化抗体、ならびにヒトモノクローナルおよびポリクローナル抗体であってもよく、これらは、例えば、HLA結合ポリペプチドまたはHLA-ペプチド複合体に特異的に結合する。当業者には、可溶性タンパク質、例えば、膜からタンパク質分解的に切断された、可溶性HLA-ペプチド複合体または膜結合HLA結合ポリペプチドを濃縮するのに様々な免疫親和性技術が適していることは理解されよう。これらには、(1)可溶性タンパク質に特異的に結合することが可能な1つまたは複数の抗体が、固定基質または可動基質(例えば、プラスチックウェルまたは樹脂、ラテックスまたは常磁性ビーズ)に固定化される技術、および(2)生体試料からの可溶性タンパク質が、抗体をコーティングした基質を通過し、可溶性タンパク質をその抗体に結合させる技術が含まれる。抗体および結合した可溶性タンパク質を有する基質を溶液から分離し、必要に応じて、抗体および可溶性タンパク質を、例えば、抗体を浸漬した溶液のpHおよび/またはイオン強度および/またはイオン組成を変えることによって分離させる。あるいは、抗体と可溶性タンパク質を組み合わせて、巨大分子凝集体を形成させる免疫沈降技術が使用され得る。巨大分子凝集体は、サイズ排除技術または遠心分離によって、溶液から分離され得る。
[0256]「ペプチド」または「ポリペプチド」は交換可能に使用することができ、本明細書で使用される場合、限定するものではないが、糖タンパク質、リポタンパク質、細胞タンパク質または膜タンパク質を含む「タンパク質」であり得る。ポリペプチドは、タンパク質の1つまたは複数のサブユニットを含み得る。ポリペプチドは、組換え核酸によってコードされ得る。一部の実施形態では、ポリペプチドは、単一のアミノ酸鎖中に2つ以上のペプチドを含むことができ、これは、スペーサー、リンカーまたはペプチド切断配列によって単離され得る。ポリペプチドは、融合ポリペプチドであり得る。ポリペプチドまたはタンパク質は、1つまたは複数のドメインを含み得る。ドメインは、定義された機能を有するタンパク質の構造上の一部分(portion)であり、ポリペプチドまたはタンパク質は、1つまたは複数のモジュールを含み得る。モジュールとは、ドメインまたは特定の機能を有するドメインの一部分またはタンパク質の一部分である。モジュールは、その構造的な実施形態によって指定される、タンパク質の構造モジュールであり得る。部分(moiety)は、特定の構造を有するか、または特定の機能を果たす、ポリペプチド、タンパク質、または核酸の一部分である。例えば、シグナル伝達部分は、ポリペプチドまたはタンパク質または組換え核酸のより大きな構造内の特定のユニットであり、これは(または核酸の場合にはそれによってコードされているタンパク質の一部分)、シグナル伝達プロセス、例えばリン酸化に関与する。モジュール、ドメイン、および部分は、本明細書で使用される場合、特定の構造的または機能的配向が、本文中で別途定義されていない限り、交換可能に使用され得る。モチーフは、生体分子の構造実体である。タンパク質またはポリペプチドのシグナル伝達モチーフとは、例えば、リン酸化、脱リン酸化され得るか、または別のシグナル伝達分子の結合部位として機能し得るアミノ酸を含有するタンパク質またはポリペプチド上のひと続きのアミノ酸を指す。同様に、核酸の場合、例えば、TNF mRNAは、ジンクフィンガー結合タンパク質36ファミリーメンバーなどのmRNA不安定化酵素が結合する3’UTR中の保存されたモチーフ、UUAUUUAUUを有する。
[0257]「受容体」は、リガンドに結合することが可能な生体分子または分子群を意味するものと理解されたい。受容体は、細胞外ドメインを通じて、例えば、細胞外ドメインが結合することが可能な物質(例えば、細胞外標的結合ドメイン)との接触を介して、情報を受け取った細胞膜結合分子であり得る。受容体は、細胞、細胞形成、または生物において情報を伝達する役割を果たし得る。一部の実施形態では、受容体は、細胞膜貫通ドメインである膜貫通ドメインに作動可能に連結された、細胞外ドメイン、または2つ以上の細胞外ドメインを含み得る。一部の実施形態では、受容体は、細胞内ドメイン、または2つ以上の細胞内ドメインを含み得る。一部の実施形態では、1つまたは複数の細胞内ドメインは、膜貫通ドメインの細胞質末端に作動可能に連結されることが可能であり、これは、次に、受容体の細胞外ドメインに連結される。一部の実施形態では、細胞外結合ドメインに標的(例えば、リガンド)が結合すると、受容体が「活性化」され、その結果、受容体の1つまたは複数のドメインが構造的変化または化学的変化を受け、次に、細胞内にいくつかの生化学的変化、例えば、細胞の活性化、サイトカイン放出の活性化、または貪食の誘導、または例えば、細胞の非活性化、アポトーシスの誘導を誘導することができる。構造変化は、受容体がオリゴマー化するように、膜貫通領域もしくは別の細胞外領域、またはそれらの断片で起こり得る。一部の実施形態では、リガンドの会合または標的との結合の際に、細胞内ドメインは、リン酸化、脱リン酸化、ユビキチン化、または任意の他の生化学的もしくは立体配座的変化、またはそれらの組合せを受け、細胞内シグナル伝達を誘導することができる。そのようなドメインは、一部の実施形態では、細胞内シグナル伝達ドメインと呼ばれ得る。受容体は、少なくとも1つの受容体ユニットを含み、2つ以上の受容体ユニットを含むことができ、各受容体ユニットは、タンパク質分子、例えば、糖タンパク質分子からなり得る。受容体は、リガンドの構造を補完する構造を有し、結合パートナーとしてリガンドを複合体化することができる。シグナル伝達情報は、細胞表面のリガンドと結合した後の受容体の構造的変化によって伝達され得る。本開示によれば、受容体は、リガンド、例えば、適切な長さのペプチドまたはペプチド断片と受容体/リガンド複合体を形成することが可能なMHCクラスIおよびIIのタンパク質を指すことができる。
[0258]「特異的に結合する」とは、分子(例えば、ポリペプチド)を認識して結合するが、試料、例えば、生体試料中の他の分子を実質的に認識および結合しない化合物(例えば、ペプチド)を指す。
[0259]「組換え核酸」という用語は、組換えクローニング技術によって作製された核酸を指す。組換え核酸は、実験室で合成され得る。組換え核酸は、DNAの酵素的修飾、例えば、制限酵素消化、ライゲーション、およびDNAクローニングなどを使用することによる組換えDNA技術を使用することによって調製することができる。本明細書で使用される場合の組換え核酸は、DNAまたはRNAであり得る。組換えDNAをin vitroで転写してメッセンジャーRNA(mRNA)を生成することができ、組換えmRNAを単離、精製し、細胞をトランスフェクトするために使用することができる。組換え核酸は、タンパク質またはポリペプチドをコードし得る。組換え核酸は、適切な条件下で、生細胞に組み込むことができ、生細胞内で発現され得る。本明細書で使用される場合、核酸の「発現」とは、通常、核酸の転写および/または翻訳を指す。核酸発現の産物は、通常、タンパク質であるが、mRNAでもあり得る。組換え核酸を組み込んだ細胞で組換え核酸によってコードされているmRNAが検出されることは、その核酸が細胞内で「発現される」ことの確かな証拠と考えられる。
[0260]核酸を細胞に挿入または組み込むプロセスは、形質転換、トランスフェクション、または形質導入を介し得る。形質転換は、細菌細胞による外来核酸の取り込みのプロセスである。このプロセスは、プラスミドDNAの増殖、タンパク質生産、および他の適用に適している。形質転換は、環境から細胞外DNAを取り込むコンピテント細菌細胞に組換えプラスミドDNAを導入する。一部の細菌種は、特定の環境条件下で自然にコンピテント化されるが、コンピテンスは、実験室設定で人工的に誘導される。トランスフェクションとは、DNA、RNA、抗体などの小分子を真核細胞に強制的に導入することである。少々紛らわしいが、「トランスフェクション」は、バクテリオファージを細菌細胞に導入することも指す。「形質導入」は、主に、組換えウイルスベクター粒子を標的細胞に導入することを説明するために使用されるが、「感染」は、野生型ウイルスによるヒトまたは動物の自然感染を指す。
[0261]「ベクター」という用語は、異種核酸の発現を輸送または媒介することが可能な核酸分子を指す。プラスミドは、「ベクター」という用語に包含される属の一種である。ベクターとは、通常、宿主細胞における複製および/または維持に必要な複製起点および他の実体を含む核酸配列を指す。作動可能に連結されている遺伝子および/または核酸配列の発現を方向付けることが可能なベクターは、本明細書では「発現ベクター」と呼ばれる。一般に、有用性の発現ベクターは、多くの場合「プラスミド」の形態であり、これはベクター形態では、染色体に結合されておらず、典型的には、安定的なもしくは一過性の発現のための実体またはコードされたDNA含む、環状二本鎖DNA分子を指す。本明細書に開示の方法で使用することができる他の発現ベクターには、限定するものではないが、プラスミド、エピソーム、細菌人工染色体、酵母人工染色体、バクテリオファージまたはウイルスベクターが含まれ、そのようなベクターは、宿主のゲノムに組み込まれるか、または細胞内で自律的に複製することができる。ベクターは、DNAまたはRNAベクターであり得る。同等の機能を果たす当分野で公知の他の形態の発現ベクター、例えば、自己複製染色体外ベクターまたは宿主ゲノムに組み込むことが可能なベクターも使用することができる。例示的なベクターは、それらが連結されている核酸の自律的複製および/または発現が可能なベクターである。
[0262]融合タンパク質に関して使用される場合の「スペーサー」または「リンカー」という用語は、融合タンパク質を含むタンパク質を結合するペプチドを指す。一般に、スペーサーは、タンパク質またはRNA配列間を連結し、または最小限の距離もしくは他の空間的関係を維持すること以外には、特定の生物活性を有していない。しかし、一部の実施形態では、スペーサーの構成アミノ酸は、分子のいくつかの特性、例えば、分子のフォールディング、正味電荷、または疎水性に影響を及ぼすように選択することができる。本開示の一実施形態で使用するのに適したリンカーは、当業者に周知であり、また、限定するものではないが、直鎖または分枝鎖炭素リンカー、複素環式炭素リンカー、またはペプチドリンカーが含まれる。リンカーは、一部の実施形態では、各抗原ペプチドが適切にフォールドされることを確実にするのに十分な距離だけ2つの抗原ペプチドを離すために使用される。例示的なペプチドリンカー配列は、可動性の拡張型コンフォメーションを採用し、順序だった二次構造を形成する傾向を示さない。可動性タンパク質領域の典型的なアミノ酸には、Gly、Asn、Serが含まれる。Gly、AsnおよびSerを含有するアミノ酸配列の実際のすべての順列は、リンカー配列についての上記の基準を満たすことが期待される。他の中性に近いアミノ酸、例えば、ThrおよびAlaもリンカー配列に使用することができる。
[0263]本明細書で使用される場合、「決定する」、「評価する」、「分析する」、「測定する」、「検出する」という用語、およびそれらの文法的な等価物は、定量的および/または定性的な決定を指し得る。定量的な決定が意図される場合、分析物の「量を測定する」などの句を使用することができる。定性的および/または定量的な決定が意図される場合、分析物の「レベルを決定する」または分析物を「検出する」という句を使用することができる。
[0264]「単離された」、「精製された」、「生物学的に純粋な」という用語、およびそれらの文法的な等価物は、通常、その天然の状態で確認されるようなそれに付随する成分から様々な程度にまで排除されている物質を指し得る。「単離」とは、元の供給源または周囲からの分離の程度を示す。「精製」とは、単離または濃縮よりも分離が高いことを示す。「精製された」または「生物学的に純粋な」タンパク質は、他の物質を十分に排除しており、その結果、不純物がタンパク質の生物学的特性に実質的に影響を与えず、他の有害な結果を引き起こさない。すなわち、本開示の核酸またはペプチドは、組換えDNA技術によって生成される場合には細胞物質、ウイルス物質、もしくは培養培地を、または化学的に合成される場合には化学前駆体もしくは他の化学物質を実質的に含まないならば、精製されている。純度および均質性は、通常、分析化学技術、例えば、ポリアクリルアミドゲル電気泳動または高速液体クロマトグラフィーなどを使用して決定される。「精製された」という用語は、核酸またはタンパク質が電気泳動ゲルにおいて本質的に1本のバンドを生じさせることを示し得る。修飾、例えば、リン酸化またはグリコシル化などを受けることができるタンパク質の場合、異なる修飾によって異なる単離されたタンパク質が生じる可能性があり、これらは別々に精製することができる。
[0265]「ポリヌクレオチド」、「オリゴヌクレオチド」、および「核酸」という用語は、交換可能に使用され、デオキシリボヌクレオチドもしくはリボヌクレオチドのいずれかの任意の長さのヌクレオチドのポリマー形態、または一本鎖、二本鎖もしくは多重鎖形態のいずれかのそれらのアナログを指し得る。ポリヌクレオチドは、細胞にとって外因性または内因性であり得る。ポリヌクレオチドは、無細胞環境下に存在し得る。ポリヌクレオチドは、遺伝子またはその断片であり得る。ポリヌクレオチドは、DNAであり得る。ポリヌクレオチドは、RNAであり得る。ポリヌクレオチドは、任意の三次元構造を有していてもよく、既知または未知の任意の機能を果たし得る。ポリヌクレオチドは、1つまたは複数のアナログ(例えば、変更された骨格、糖、または核酸塩基)を含み得る。存在する場合、ヌクレオチド構造への修飾は、ポリマーの組み立ての前または後に付与することができる。アナログの一部の非限定的な例には、5-ブロモウラシル、ペプチド核酸、ゼノ核酸、モルホリノ、ロックド核酸、グリコール核酸、トレオース核酸、ジデオキシヌクレオチド、コーディセピン、7-デアザ-GTP、フルオロフォア(例えば、糖に結合したローダミンまたはフルオレセイン)、チオール含有ヌクレオチド、ビオチン結合ヌクレオチド、蛍光塩基アナログ、CpGアイランド、メチル-7-グアノシン、メチル化ヌクレオチド、イノシン、チオウリジン、シュードウルジン、ジヒドロウリジン、クエオシン、およびウイオシンが含まれる。ポリヌクレオチドの非限定的な例には、遺伝子または遺伝子断片のコード領域または非コード領域、連鎖解析から定義される座位(遺伝子座)、エクソン、イントロン、メッセンジャーRNA(mRNA)、トランスファーRNA(tRNA)、リボソームRNA(rRNA)、低分子干渉RNA(siRNA)、低分子ヘアピンRNA(shRNA)、マイクロRNA(miRNA)、リボザイム、eDNA、組換えポリヌクレオチド、分枝ポリヌクレオチド、プラスミド、ベクター、任意の配列の単離されたDNA、任意の配列の単離されたRNA、無細胞DNA(cfDNA)および無細胞RNA(cfRNA)を含む無細胞ポリヌクレオチド、核酸プローブ、およびプライマーが含まれる。ヌクレオチドの配列は、非ヌクレオチド成分によって中断されていてもよい。
[0266]本明細書で使用される場合の「標的ポリヌクレオチド」および「標的核酸」という用語は、本開示の核酸編集部分によって標的とされる核酸またはポリヌクレオチドを指し得る。例えば、「標的核酸」は、本明細書に記載の核酸切断部分を含む核酸組込み部分によって標的化され得る。標的核酸はDNAであり得る。標的核酸はRNAであり得る。標的核酸は、染色体配列または染色体外配列(例えば、エピソーム配列、ミニサークル配列、ミトコンドリア配列、葉緑体配列など)を指し得る。標的核酸は、単一のヌクレオチド置換によって核酸試料中の任意の他の配列に関連していなくてもよい核酸配列であり得る。標的核酸は、2、3、4、5、6、7、8、9、または10個のヌクレオチド置換によって核酸試料中の任意の他の配列に関連していなくてもよい核酸配列であり得る。一部の実施形態では、置換は、標的核酸の5’末端の5、10、15、20、25、30、または35ヌクレオチド内では起こり得ない。一部の実施形態では、置換は、標的核酸の3’末端の5、10、15、20、25、30、35ヌクレオチド内では起こり得ない。一般に、「標的配列」という用語は、標的核酸の一本鎖上の核酸配列を指す。標的配列は、遺伝子の一部、制御配列、ゲノムDNA、cfDNAおよび/またはcfRNAを含む無細胞核酸、cDNA、融合遺伝子、ならびにmRNA、miRNA、rRNAなどを含むRNAであり得る。
[0267]本明細書で使用される場合、「遺伝子」という用語は、核酸(例えば、ゲノムDNAおよびcDNAなどのDNA)、ならびにRNA転写物のコード化に関与するその対応するヌクレオチド配列を指し得る。ゲノムDNAに関して本明細書で使用される場合の用語は、介在する非コード領域ならびに制御領域を含み、5’末端および3’末端を含み得る。一部の使用では、この用語は、5’非翻訳領域および3’非翻訳領域(5’-UTRおよび3’-UTR)、エクソンならびにイントロンを含む転写された配列を包含する。一部の遺伝子では、転写された領域には、ポリペプチドをコードする「オープンリーディングフレーム」を含有する。この用語の一部の使用では、「遺伝子」は、ポリペプチドをコードするために必要なコード配列(例えば、「オープンリーディングフレーム」または「コード領域」)のみを含む。一部の場合には、遺伝子はポリペプチドをコードしておらず、例えば、リボソームRNA遺伝子(rRNA)および転移RNA(tRNA)遺伝子などである。一部の場合には、「遺伝子」という用語は、転写された配列だけでなく、さらに、上流および下流の制御領域、エンハンサーおよびプロモーターを含む非転写領域も含む。遺伝子は、「内因性遺伝子」または生物のゲノム内の天然の位置にある天然遺伝子を指し得る。遺伝子は、「外因性遺伝子」または非天然遺伝子を指してもよい。非天然遺伝子は、通常、宿主生物では確認されないが、遺伝子導入によって宿主生物に導入される遺伝子を指し得る。非天然遺伝子は、生物のゲノム内の天然の位置にない遺伝子も指し得る。非天然遺伝子はまた、変異、挿入および/または欠失を含む天然に存在する核酸またはポリペプチド配列(例えば、非天然配列)も指し得る。
[0268]「ゲノム編集」という用語は、細胞のゲノム内の1つまたは複数のヌクレオチドを変更することを指し得る。細胞は、in vivoであり得る。細胞は、ex vivoまたはin vitroであり得る。ゲノム編集方法の非限定的な例には、CRISPR媒介性遺伝子修飾ポリペプチド、例えば、Cas9、Cas12a(Cpf1)、もしくは他のCRISPRエンドヌクレアーゼ、アルゴノートエンドヌクレアーゼ、転写活性化因子様(TAL)エフェクターおよびヌクレアーゼ(TALEN)、ジンクフィンガーヌクレアーゼ(ZFN)、発現ベクター、トランスポゾン系(例えば、PiggyBacトランスポザーゼ)、またはそれらの任意の組合せが含まれる。デザイナージンクフィンガー、転写活性化因子様エフェクター(TALE)、またはホーミングメガヌクレアーゼは、標的ゲノム摂動を生成するために利用され得る。
[0269]標的ゲノム編集は、CasまたはCas様エンドヌクレアーゼを使用するCRISPR媒介性遺伝子修飾を介して可能である。SPIDR(SPacer Interspersed Direct Repeats)としても公知である、CRISPR(Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats)は、通常、特定の細菌種に特異的なDNA遺伝子座のファミリーを構成する。CRISPR遺伝子座は、大腸菌で認識された異なるクラスの散在性短鎖配列反復(SSR)と関連遺伝子から構成されている。
[0270]「導入遺伝子」という用語は、細胞に導入される任意の核酸分子を指し得る。導入遺伝子を受け入れた後に得られた細胞は、トランスジェニック細胞と呼ばれる。導入遺伝子は、トランスジェニック生物またはトランスジェニック細胞に対して部分的もしくは全体的に異種である(すなわち、外来性である)遺伝子を含み得るか、または生物もしくは細胞の内因性遺伝子に相同な遺伝子を表し得る。一部の場合には、導入遺伝子には、任意のポリヌクレオチド、例えば、ポリヌクレオチドまたはタンパク質をコードする遺伝子、阻害性ポリヌクレオチドに転写されるポリヌクレオチド、または転写されない(例えば、転写を駆動するプロモーターなどの発現調節エレメントを欠失する)ポリヌクレオチドが含まれる。一部の実施形態では、導入遺伝子または外来ポリヌクレオチドは、部位特異的組換えプロセスによって、ゲノム内に安定的に組み込まれるように細胞に導入され得る。本明細書で交換可能に使用される場合の「組換え」または「DNA組換え」という用語は、一般に、2つの異なるポリヌクレオチド配列からの核酸断片が交換されるプロセスを指し得る。組換えには、2本のDNA鎖間のDNAセグメントの切断および交換が含まれ得る。組換えは、組換え部分、例えば、小分子またはポリペプチド、例えば酵素によって制御され得る。一例では、組換えは、少なくとも1、2、3、4、5つまたはそれ以上の酵素によって制御され得る。組換えは、最大5、4、3、2、または1つの酵素によって制御され得る。DNA組換えを実施または促進する1つまたは複数の酵素は、切断(切除)を作製するステップ、交換鎖を切断部位に近づけるステップ、既存の鎖を除去するステップ、切断した端部を封鎖またはライゲーションするステップを実施する単一または複数の酵素であり得る。1つまたは複数の酵素は、例えば、切断を作製するための1つまたは複数のエンドヌクレアーゼと;ライゲーション用の1つまたは複数のリガーゼを含み得る。DNA組換えは、リコンビナーゼによって行われ得る。本明細書で交換可能に使用される場合の「配列特異的組換え」および「部位特異的組換え」という用語は、組換え部分(例えば、酵素)、例えば、短鎖核酸部位または「配列特異的リコンビナーゼ標的部位」、すなわちリコンビナーゼ認識部位を認識して結合し、これらの部位に関して核酸の組換えを触媒するリコンビナーゼによって行われる機能を指す。これらの酵素には、リコンビナーゼ、トランスポサーゼ、およびインテグラーゼが含まれ得る。「配列特異的リコンビナーゼ標的部位」、「部位特異的リコンビナーゼ標的部位」、「配列特異的標的部位」および「部位特異的標的部位」という用語は、配列特異的または部位特異的リコンビナーゼによって認識され、部位特異的組換え事象の際に交差領域になる、短鎖核酸部位または配列、すなわちリコンビナーゼ認識部位を指し得る。配列特異的リコンビナーゼ標的部位の例には、限定するものではないが、lox部位、att部位、dif部位およびfrt部位が含まれる。Cre/loxシステムは、DNAの配列特異的組換えに頻繁に使用される。Creリコンビナーゼは、2つの離れたCre認識配列、すなわちloxP部位間の交差によって部位特異的組換えを触媒する、Cre/loxシステムの制御因子である。loxP部位とは、バクテリオファージP1のcre遺伝子の産物であるCreリコンビナーゼが部位特異的組換え事象を触媒することができるヌクレオチド配列を指す。loxP部位には、8bpのスペーサー配列によって分離された2つの13bpの逆方向反復配列が含まれる。2つの34bpのloxP配列間に導入される任意のDNA配列(「floxed」DNAと呼ばれる)は、Cre媒介性組換えの理由により切除される。Creリコンビナーゼの存在は、第1および第2のポリヌクレオチド配列の交換に必要である。
[0271]トランスポゾン、または転位性エレメント(TE)は、トランスポサーゼとして公知の酵素を使用することにより遺伝物質をゲノムに転位させる能力を有する遺伝エレメントである。哺乳動物ゲノムは、多数の転位性エレメント(TE)由来の配列を含有しており、我々のゲノムの最大70%までがTE由来の配列を示す(de Koningら 2011; Richardsonら 2015)。これらのエレメントを利用して、細胞のゲノムに遺伝物質を導入することができる。TEエレメントは、ゲノム内の「ジャンピング」遺伝物質と呼ばれることが多い、動員が可能である。TEは、一般に、真核生物のゲノム中に可逆的に不活性で、後成的に発現抑制された形態で存在する。
[0272]「トランスフェクション」または「トランスフェクトされた」という用語は、非ウイルスまたはウイルスベースの方法による細胞への核酸の導入を指す。核酸分子は、完全タンパク質またはその機能的部分をコードする遺伝子配列であり得る。例えば、Sambrookら、1989、Molecular Cloning:A Laboratory Manual、18.1~18.88を参照されたい。
[0273]「発現」という用語は、ポリヌクレオチドがDNA鋳型から(mRNAもしくは他のRNA転写物などに)転写される1つまたは複数のプロセス、および/またはmRNAなどのRNAがペプチド、ポリペプチド、もしくはタンパク質に翻訳されるプロセスを指し得る。転写物およびコードされたポリペプチドは、総称して「遺伝子産物」と呼ぶことができる。ポリヌクレオチドがゲノムDNAに由来する場合、発現には、真核細胞におけるmRNAのスプライシングが含まれ得る。発現に関して、「上方調節された」とは、野生型状態でのその発現レベルと比較して、ポリヌクレオチド(例えば、mRNAなどのRNA)および/またはポリペプチド配列の発現レベルの増加を指し、一方、「下方調節された」とは、野生型状態でのその発現と比較して、ポリヌクレオチド(例えば、mRNAなどのRNA)および/またはポリペプチド配列の発現レベルの低下を指す。トランスフェクトされた遺伝子の発現は、細胞内で一過的に、または安定的に起こり得る。「一過的発現」の際、トランスフェクトされた遺伝子は、細胞分裂中に娘細胞に導入されない。その発現は、トランスフェクトされた細胞に限定されているので、遺伝子の発現は、時間の経過とともに失われる。反対に、トランスフェクトされた遺伝子の安定的発現は、その遺伝子が、トランスフェクトされた細胞に選択の利点を付与する別の遺伝子と同時トランスフェクトされた場合に起こる場合がある。そのような選択の利点は、細胞に提示されるある特定の毒素に対する耐性であり得る。トランスフェクトされた遺伝子を発現させる必要がある場合、本出願はコドン最適化配列の使用を意図する。コドン最適化配列の例は、真核生物、例えば、ヒトにおける発現に対して最適化された(すなわち、ヒトにおける発現のために最適化された)配列、または別の真核生物、動物もしくは哺乳動物に対して最適化された配列であり得る。ヒト以外の宿主種に対するコドン最適化、または特定の臓器に対するコドン最適化は、公知である。一部の実施形態では、タンパク質をコードするコード配列は、真核細胞などの特定の細胞における発現に対してコドン最適化され得る。真核細胞は、本明細書で論じられているヒト、または非ヒト真核生物もしくは動物もしくは哺乳動物、例えば、マウス、ラット、ウサギ、イヌ、家畜、または非ヒト哺乳動物もしくは霊長類を含むがこれらに限定されない、植物または哺乳動物などの特定の生物のもの、またはそれに由来するものであり得る。コドン最適化とは、天然アミノ酸配列を維持しながら、天然の配列の少なくとも1つのコドン(例えば、約1、2、3、4、5、10、15、20、25、50、またはそれ以上のコドン)を、その宿主細胞の遺伝子でより頻繁に、または最も頻繁に使用されるコドンと置き換えることによって、目的の宿主細胞における発現を増強するために核酸配列を修飾するプロセスを指す。様々な種が、特定のアミノ酸の特定のコドンに対して特定のバイアスを示す。コドンバイアス(生物間のコドン使用の違い)は、メッセンジャーRNA(mRNA)の翻訳効率と相関する場合が多く、これは、とりわけ、翻訳されるコドンの特性および特定の転移RNA(tRNA)分子の利用可能性に依存していると考えられる。細胞内で選択されたtRNAの優位性は、一般に、ペプチド合成において最も頻繁に使用されるコドンを反映し得る。したがって、遺伝子は、コドン最適化に基づいて、所与の生物における最適な遺伝子発現について調整され得る。コドン使用表は、例えば、www.kazusa.orjp/codon/で利用可能な「コドン使用データベース」で容易に利用することが可能であり、これらの表は、いくつかの方法で適合され得る。特定の宿主細胞における発現に対する特定の配列を最適化するコドンのコンピューターアルゴリズム、例えば、Gene Forge(Aptagen;Jacobus、PA)なども利用することができる。
[0274]「発現カセット」、「発現構築物」または「発現ベクター」という用語は、コード配列および鋳型配列などのヌクレオチド配列、ならびにコード配列の発現に必要な配列を含む核酸を指す。発現カセットは、ウイルス性であってもよく、または非ウイルス性であってもよい。例えば、発現カセットは、宿主細胞に導入された場合、それぞれ、RNAまたはポリペプチドの転写および/または翻訳をもたらす核酸構築物を含む。翻訳されない、または翻訳できないアンチセンス構築物またはセンス構築物は、この定義に明示的に含まれる。当業者には、挿入されたポリヌクレオチド配列が同一である必要はなく、それが由来する遺伝子の配列と実質的に類似しているだけでもよいということが認識されよう。
[0275]本明細書で使用される場合の「プラスミド」は、非ウイルス発現ベクター、例えば、遺伝子の発現に必要な遺伝子および/または制御エレメントをコードする核酸分子を指し得る。本明細書で使用される場合の「ウイルスベクター」は、別の核酸を細胞に輸送することが可能なウイルス由来の核酸を指す。ウイルスベクターは、適切な環境に存在する場合、ベクターによって運ばれる1つまたは複数の遺伝子によってコードされている1つまたは複数のタンパク質の発現を方向付けることができる。ウイルスベクターの例には、限定するものではないが、レトロウイルス、アデノウイルス、レンチウイルス、およびアデノ随伴ウイルスベクターが含まれる。
[0276]本明細書で使用される「プロモーター」という用語は、細胞内のコード配列の転写を駆動することが可能なポリヌクレオチド配列を指し得る。したがって、本開示のポリヌクレオチド構築物において使用されるプロモーターには、遺伝子の転写のタイミングおよび/または速度を制御するか、またはモジュレートすることに関与するシス作用性転写制御エレメントおよび制御配列が含まれる。例えば、プロモーターは、エンハンサー、プロモーター、転写ターミネーター、複製起点、染色体組込み配列、5’および3’非翻訳領域、またはイントロン配列を含む、シス作用性転写制御エレメントであってもよく、これらは転写制御に関与している。これらのシス作用性配列は、典型的には、タンパク質または他の生体分子と相互作用して、遺伝子転写を行う(オン/オフする、制御する、モジュレートするなど)。「構成的プロモーター」は、ほぼすべての組織型において転写を開始することが可能なプロモーターであり得る。「組織特異的プロモーター」は、1つまたはいくつかの特定の組織型で転写を開始することができる。「誘導性プロモーター」は、特定の環境条件、発生条件、または薬物もしくは化学的条件下でのみ、転写を開始するプロモーターであり得る。例示的な誘導性プロモーターは、ドキシサイクリンまたはテトラサイクリン誘導性プロモーターであり得る。テトラサイクリン制御プロモーターは、tet-onおよびtet-offシステムと呼ばれる、テトラサイクリン誘導性またはテトラサイクリン抑制性の両方であり得る。tet制御システムは、すなわちテトラサイクリン制御レギュレーター(トランス活性化因子とも呼ばれる)(tTAまたはrtTA)と、テトラサイクリン依存的に下流のcDNAの発現を制御するtTA/rtTA依存プロモーターの2つの構成要素に依存している。tTAは、大腸菌のTn10テトラサイクリン耐性オペロンのリプレッサーと、単純ヘルペスウイルスのタンパク質16(VP16)のカルボキシル末端部分とを含む融合タンパク質である。tTA依存プロモーターは、tetオペレーター(tetO)配列(7つの同族オペレーター配列のアレイ)に融合した最小RNAポリメラーゼIIプロモーターからなる。この融合は、真核細胞においてtetリプレッサーを強力な転写活性化因子に変換する。テトラサイクリンまたはその誘導体(例えば、ドキシサイクリン)が存在しない場合、tTAは、tetO配列に結合し、tTA依存プロモーターの転写活性化を可能にする。しかし、ドキシサイクリンが存在する場合、tTAは、その標的と相互作用することができず、転写は起こらない。tTAを使用するtetシステムは、テトラサイクリンまたはドキシサイクリンが転写の下方調節を可能にすることから、tet-OFFと呼ばれる。反対に、tet-ONシステムでは、rtTAと呼ばれるtTAの変異型がランダム変異誘発を使用して単離されている。tTAとは対照的に、rtTAは、ドキシサイクリンの非存在下では機能しないが、トランス活性化にはリガンドの存在を必要とする。
[0277]「薬学的に許容される」という用語は、連邦政府または州政府の規制当局によって承認もしくは認可されたもの、または米国薬局方もしくはヒトを含む動物において使用するための他の一般的に認められた薬局方に記載されているもの指し得る。「薬学的に許容される賦形剤、担体または希釈剤」は、物質ととともに対象に投与することができ、その薬理活性を破壊することなく、物質の治療量を送達するのに十分な用量で投与された場合に無毒である、賦形剤、担体または希釈剤を指し得る。「薬学的に許容される塩」は、過度の毒性、刺激、アレルギー反応、または他の問題もしくは合併症なく、ヒトまたは動物の組織と接触して使用するのに適していると当分野で一般に考えられている酸または塩基の塩であり得る。そのような塩には、アミンなどの塩基性残基の無機塩および有機酸塩、ならびにカルボン酸などの酸性残基のアルカリ塩または有機塩が含まれる。特定の医薬塩には、限定するものではないが、塩酸、リン、臭化水素酸、リンゴ酸、グリコール酸、フマル酸、硫酸、スルファミン酸、スルファニル酸、ギ酸、トルエンスルホン酸、メタンスルホン酸、ベンゼンスルホン酸、エタンジスルホン酸、2-ヒドロキシエチルスルホン酸、硝酸、安息香酸、2-アセトキシ安息香酸、クエン酸、酒石酸、乳酸、ステアリン酸、サリチル酸、グルタミン酸、アスコルビン酸、パモ酸、コハク酸、フマル酸、マレイン酸、プロピオン酸、ヒドロキシマレイン酸、ヨウ化水素酸、フェニル酢酸、アルカン酸、例えば、酢酸、HOOC-(CH2)n-COOH(式中、nは0~4である)などが含まれる。同様に、薬学的に許容されるカチオンには、限定するものではないが、ナトリウム、カリウム、カルシウム、アルミニウム、リチウム、およびアンモニウムが含まれる。当業者には、本明細書で提供されるプールされた疾患特異的抗原のためのさらに薬学的に許容される塩は、本開示と、Remington’s Pharmaceutical Sciences、17th編、Mack Publishing Company、Easton、PA、p.1418(1985)にリストされているものを含めた当分野での知識から理解されよう。
[0278]一部の場合には、外因性物質で細胞を操作することは、異種遺伝子または核酸を細胞に組み込むことを指し得る。一部の場合には、操作することは、細胞を活性化するためにペプチドまたは小分子などの物質を添加することを指し得る。
[0279]本明細書で使用される場合の「実質的に」は、「相当に」または「完全に」を指すことができ、既知の、比較可能な、または期待される結果と比較してのみ定量化可能な文脈において設定され得る。例えば、実質的に少ないT細胞試料は、80%以上のT細胞を含む比較試料と比較して、20%未満を含む場合の試料を指すことができる。同様の文脈における「実質的に欠如している」とは、10%未満または5%未満または約0%のT細胞であり得る。
[0280]「処置する(treat)」、「処置された」、「処置する(treating)」、「処置」などの用語は、それに関連する障害および/または症状(例えば、新生物または腫瘍または感染性物質または自己免疫疾患)を軽減、予防、または改善することを指すことを意味する。「処置する」とは、疾患(例えば、がん、または感染性物質による感染、または自己免疫疾患)の発症、または発症が疑いの後に、対象に本治療を施すことを指し得る。「処置する」には、「緩和」の概念が含まれ、これは、疾患および/または治療に伴う副作用に関連する任意の症状または他の悪影響の発生頻度もしくは再発頻度、または重症度を軽減することを指す。「処置する」という用語はまた、患者の疾患または障害の重症度を軽減すること、例えば、疾患を有する患者の寿命を延ばすこと、または生存能力を延ばすこと、またはその再発を遅らせること、例えば、疾患に罹患している患者の寛解期間を長くすることを指す「管理」の概念も包含している。排除されるものではないが、障害または状態を処置することは、それに関連する障害、状態、または症状が完全に除去されることを必要としないと理解されたい。
[0281]本明細書で使用される場合の「予防する(prevent)」、「予防する(preventing)」、「予防」という用語およびそれらの文法的な等価物は、物質または化合物の投与が開始された時点で、そのような症状を発症していない対象における疾患または状態に関連する症状の発症を回避または遅延させることを意味し得る。
[0282]「治療効果」という用語は、障害(例えば、新生物、腫瘍、もしくは感染性物質による感染、もしくは自己免疫疾患)またはそれに関連する病態の1つまたは複数の症状がある程度緩和されることを指し得る。本明細書で使用される「治療有効量」は、細胞または対象への単回投与または複数回投与の際、そのような障害を有する患者の生存能力を延ばし、その障害の1つまたは複数の兆候または症状を軽減し、予防または遅延させ、その処置をしない場合に予想されること以上の有効性がある物質の量を指し得る。「治療有効量」は、治療効果を達成するために必要な量を得るものとする。当分野の通常の技術を有する医師または獣医師は、必要とされる医薬組成物の「治療有効量」(例えば、ED50)を容易に決定し、処方することができる。
[0283]がんは、本開示において排他的に詳細に記載されている1つの例示的な実施形態であるが、本明細書に記載の方法および技術は、体内の感染細胞または他の罹患細胞を標的とするのに有用であると考えられる。同様に、改変された細胞を使用する治療用組成物およびワクチン組成物が本明細書に記載されている。
免疫療法のための骨髄細胞
[0284]一態様では、本出願は有効な免疫療法、例えば有効なワクチン接種のために使用することができる骨髄細胞のサブセットに注目する。本明細書において、有効な免疫療法のために使用することができる骨髄細胞のサブセットを単離または富化し、選択し、富化し、機能アッセイによって検証する方法が提供される。一態様では、エフェクター骨髄細胞を生成するために適切にさらに改変することができる骨髄細胞のサブセットの同定および単離または富化の方法が本明細書で提供される。
[0285]免疫療法で広く現在使用されている骨髄細胞は、抗原提示樹状細胞または活性化成熟マクロファージである。抗原提示DCまたは活性化マクロファージは、細胞が末期であり、それらの増殖限界に到達しており、さらに分裂することができなく、短寿命であり、消耗しており、in vivoの循環内での励起が劣っているのでin vivo移入のために治療的に有効になることがしばしばできない。一部の場合には、そのような細胞は、組織環境の中で作動する場合は任意の導入遺伝子を十分に発現しないか、またはそれらは導入遺伝子発現を全部失うことがある。一部の場合には、DCまたは活性化マクロファージは乏しい移動を示すことがあり、リンパ節にアクセスすることができず、したがって、リンパ節中でナイーブT細胞を活性化することによって誘発することができる適応免疫結果を活性化することにおいてより有効でない。
[0286]他方、有効な免疫療法は、細胞、好ましくは適用対象の骨髄細胞が柔軟であるべきであり、柔軟性を損なうことなく工学操作することができ、例えば細胞中で導入遺伝子を発現することができ、緊張性シグナル伝達を示すことができず、組織微小環境だけで活性化することができ、in vivoで有効な移動を示すことができ、リンパ節にアクセスしてリンパ球を活性化して、活性適応性免疫応答を起こさせることができることを必要とする。
[0287]上記のために、さらに操作して有効な免疫療法のために使用することができる骨髄細胞を生成するために、正しい細胞集団を特定することが重要である。
[0288]一部の実施形態では、骨髄細胞は前駆体細胞である。一部の実施形態では、骨髄細胞は、それを必要とする対象に投与する前に形質転換も活性化もされない。一部の実施形態では、骨髄は、対象に投与する時点で緊張性シグナル伝達を示さない。一部の実施形態では、細胞はエフェクター細胞に分化することができ;投与後に対象の患部に浸潤するかもしくは投与後に対象の患部に移動することができ;または投与後に対象において少なくとも5日間の寿命を有する。
[0289]一部の実施形態では、骨髄細胞は、対象に投与する前に、または外部の刺激により、例えばサイトカイン、または増殖因子で、または食作用の標的の存在下でex vivoで活性化する前に低い食作用を示す。一部の実施形態では、骨髄細胞は、対象に投与する前に、または外部の刺激により、例えばサイトカイン、または増殖因子で、または食作用の標的の存在下でex vivoで活性化する前に中等度の食作用を示す。一部の実施形態では、骨髄細胞は、GMCSF、GCSF、IL-4、IL-1b、IL-6、TNF、CCL2、CCL5、CXCL1またはその組合せのいずれか1つまたは複数への応答性を示す。
[0290]一部の実施形態では、骨髄細胞は、外部の刺激により、例えばサイトカイン、または増殖因子で、または食作用の標的の存在下でex vivoで活性化された後に増強した食作用を示す。一部の実施形態では、骨髄細胞は、外部の刺激により、例えばサイトカイン、または増殖因子で、または食作用の標的の存在下でex vivoで活性化された後に、成熟した活性化後マクロファージなどの活性化された最終分化骨髄細胞と比較して、約1.1倍、1.2倍、1.5倍、1.7倍、2倍、3倍、4倍、5倍、6倍、7倍、8倍、9倍、10倍、11倍、12倍、13倍、14倍、14倍、17倍、20倍、またはそれ以上増強された食作用を示す。一部の実施形態では、骨髄細胞は、GMCSF、GCSF、IL-4、IL-1b、IL-6、TNF、CCL2、CCL5、CXCL1またはその組合せのいずれか1つまたは複数によって例示されるサイトカインまたはケモカインへの応答性を示す。
[0291]一部の実施形態では、骨髄細胞はex vivoで操作することができる。ex vivoで操作することは、限定されずに、骨髄細胞の遺伝子操作、骨髄細胞で導入遺伝子を発現させること、骨髄細胞を核酸と接触させること、骨髄細胞を化学的または小さい分子と接触させること、骨髄細胞をサイトカイン、増殖因子、ケモカイン、接触刺激、熱刺激またはその組合せで活性化することを含むことができる。
[0292]一部の実施形態では、骨髄細胞は、ex vivoで操作した後に、活性化前および分化前の骨髄細胞、例えば類似の状況下の成熟したマクロファージ細胞のそれと比較してより長い寿命を示し、それは、例えば、少なくとも24時間より長く、48時間より長く、50時間より長く、55時間より長く、60時間より長く、70時間より長く、80時間より長く、90時間より長く、100時間より長く、110時間より長く、120時間より長く、130時間より長く、140時間より長く、150時間より長く、160時間より長く、170時間より長く、180時間より長く、190時間より長く、200時間より長く、210時間より長く、220時間より長く、230時間より長く、240時間より長く、250時間より長く、300時間より長く、350時間より長く、400時間より長く、500時間より長く、1000時間より長くてもよい。
[0293]一部の実施形態では、骨髄細胞は、それを必要とする対象に投与する前に細胞柔軟性(cytological plasticity)を示す。一部の実施形態では、骨髄細胞は、それを必要とする対象に投与する前に、活性化されたおよび/または成熟した細胞に自然発生的に形質転換されず、または形態も生理も変更されず、または進行した加齢も示さない。一部の実施形態では、骨髄細胞は細胞分裂が可能であってよい。
[0294]一部の実施形態では、骨髄細胞は一次細胞である。一部の実施形態では、骨髄細胞は、ex vivoで形質転換される形質転換細胞である。一部の実施形態では、骨髄細胞は幹細胞ではない。一部の実施形態では、骨髄細胞はex vivoで工学操作することができる。
[0295]一部の実施形態では、骨髄細胞は、化学向性アッセイによって決定されるように、化学向性刺激、例えば走化剤、ケモカインに応答して、活性化マクロファージと比較してより高い化学向性を示す。一部の実施形態では、骨髄細胞は、化学向性アッセイによって決定されるように、化学向性刺激、例えば走化剤、ケモカインに応答して、活性化マクロファージなどの活性化された末期分化骨髄細胞と比較して少なくとも1.1倍、1.2倍、1.3倍、1.4倍、1.5倍、1.6倍、1.7倍、1.8倍、1.9倍、2倍、3倍、4倍、5倍、6倍、7倍、8倍、9倍または少なくとも10倍、少なくとも15倍、少なくとも20倍、少なくとも30倍、少なくとも40倍、少なくとも50倍より高い化学向性を示す。
[0296]一部の実施形態では、骨髄細胞はドナーなどのヒト対象から単離される。一部の実施形態では、骨髄細胞は、細胞集団の中の骨髄細胞の割合を上げるために富化される。
[0297]一部の実施形態では、骨髄細胞は自家である。一部の実施形態では、骨髄細胞は同種異系である。
[0298]一態様では、本明細書で、治療的に有効な骨髄細胞の生成のために好適である骨髄細胞のためにさらに富化される、ヒト末梢血から単離される細胞の集団が提供され、ここで、細胞の集団は5%未満のCD3+細胞を含む。一部の実施形態では、骨髄細胞の富化された集団は4%未満のCD3+細胞を含む。一部の実施形態では、骨髄細胞の富化された集団は3%未満のCD3+細胞を含む。一部の実施形態では、骨髄細胞の富化された集団は5%未満のCD19+細胞を含む。一部の実施形態では、骨髄細胞の富化された集団は4%未満のCD19+細胞を含む。一部の実施形態では、骨髄細胞の富化された集団は3%未満のCD19+細胞を含む。一部の実施形態では、骨髄細胞の富化された集団は5%未満のCD56+細胞を含む。一部の実施形態では、骨髄細胞の富化された集団は4%未満のCD56+細胞を含む。一部の実施形態では、骨髄細胞の富化された集団は3%未満のCD56+細胞を含む。一部の実施形態では、骨髄細胞の富化された集団は10%未満のCD42b+細胞を含む。一部の実施形態では、骨髄細胞の富化された集団は5%未満のCD42b+細胞を含む。一部の実施形態では、骨髄細胞の富化された集団は3%未満のCD42b+細胞を含む。
[0299]一部の実施形態では、骨髄細胞は富化され、ex vivoで改変されて治療的に有効な骨髄細胞を生成する。本明細書で使用されるように骨髄細胞をex vivoで改変することは、細胞をex vivoで操作することを意味することができる。本明細書で使用されるようにex vivoで操作することは、限定されずに、骨髄細胞の遺伝子操作、骨髄細胞で導入遺伝子を発現させること、骨髄細胞を核酸と接触させること、骨髄細胞を化学的または小さい分子と接触させること、骨髄細胞をサイトカイン、増殖因子、ケモカイン、接触刺激、熱刺激またはその組合せで活性化することを含むことができる。
[0300]一部の実施形態では、骨髄細胞は、がんの治療薬を生成するために操作される。一部の実施形態では、骨髄細胞は、がんワクチンを生成するために操作される。一部の実施形態では、骨髄細胞は、ウイルス、細菌、真菌、変形体または寄生虫感染症などの感染症の治療薬を生成するために操作される。一部の実施形態では、骨髄細胞は、結核の治療薬を生成するために操作される。一部の実施形態では、骨髄細胞は、炎症性疾患の治療薬を生成するために操作される。一部の実施形態では、骨髄細胞は、自己免疫性疾患の治療薬を生成するために操作される。
CD14+/CD16-単球キー「前駆体」細胞
[0301]早期の単球または単球前駆体細胞は、細胞療法におけるそれらの可能性についてよく調査されていない。単球は、循環血液集団ならびに腫瘍を含む組織中の免疫活性部位のはるかに豊富な細胞の大きな割合を占める。これらの細胞はほとんど全ての病理組織に移動し、任意の数の下流の骨髄エフェクター細胞に分化することができる。これらの細胞を利用してそれらを工学操作と組み合わせることによって、これらの骨髄細胞は、少し例を挙げれば、がん、神経変性、心臓および感染性の疾患の治療薬として広範囲の適用を有する有効な細胞療法ツールのために設計することができる。
[0302]治療的に有効な骨髄細胞の候補は、成熟した骨髄細胞、例えばマクロファージと比較してより長い寿命の可能性を有する前駆体細胞であってよい;それらは、マクロファージなどの骨髄系統または樹状細胞系統に成熟または分化する可能性を有し、多様な刺激によって刺激される可能性を有し、免疫学的に活性な組織位置へ容易に移動する可能性を有し、適応性組織系を活性化することができる。本出願で記載される骨髄前駆体細胞は、骨髄性の前駆体幹細胞を指さなくてもよい。本開示に記載される方法は、幹細胞可動化プロセスに対応しない。
[0303]本出願は、本明細書に記載される治療目的の骨髄細胞の表現型が単核球性前駆体系統、特に、単球、樹状細胞に分化するかまたはM0、M1もしくはM2マクロファージサブタイプに分極化する柔軟性を有するものであってよいという知見に少なくとも一部基づく。一態様では、そのような細胞はCD14+であってよい。一態様では、そのような細胞はCD16-であってよい。一部の実施形態では、治療的に有効な骨髄細胞系統は、高レベルのCD14(CD14hiまたはCD14high)を発現することができ、低レベルのCD16を発現することができ、または検出可能なCD16を発現しない。一実施形態では、本明細書に記載される治療目的の骨髄細胞は、対象の患部への移動のために高レベルのCCR2および/またはCCR5、および/またはケモカインを発現することができる。一実施形態では、細胞は低レベルのCD206、CD163、CD80、CD86および/またはCD63を発現する。
[0304]一実施形態では、骨髄細胞は、それらが、成熟したマクロファージ細胞より球状であり、偽足がなく、高レベルのケモカインおよびサイトカインを発現することができるかまたは発現するように誘導することができ、免疫学的に活性な組織位置に活発に移動することができる点で、成熟したマクロファージ細胞から表現型的に識別可能である。一実施形態では、本開示の骨髄細胞は抗原にナイーブであってよい。
[0305]本明細書に記載される高い治療能力の骨髄細胞は、健康なヒトに全末梢血単核細胞(PMBC)の20%より高いレベルで末梢血に通常存在してもよい。
[0306]臨床目的のためにこの特異的細胞を単離または富化および使用することについて、まだほとんど知られていない。一部の場合には、樹状細胞(DC)療法に関して、DCは、対象への注入のために使用できる有効な細胞を生成するために少なくとも1週間単球を培養し、ex vivoで細胞を刺激することを含むプロセスによって単離された単球からin vitroで生成することができる。そのようなプロセスは、細胞の単離または富化の時間(または、冷凍状態からの解凍)から投与時点まで約10日以上を必要とする。一態様では、本明細書で、骨髄細胞を調製する方法であって、対象の生体試料から細胞を単離または富化し、外因性因子により細胞を操作して細胞を必要とする対象に投与することができるようにすることによる方法が提供され、この方法は3日以内に完了することができる(図1)。一部の実施形態では、細胞を操作することは、抗原提示細胞を生成するために抗原またはペプチドで細胞を活性化することによって実行することができる。一部の実施形態では、操作することは、1つまたは複数の治療剤で細胞を活性化することを含むことができる。一部の実施形態では、操作することは、異種核酸の遺伝子操作または組込みを指すことができる。
[0307]一態様では、CD14+/CD16-細胞の集団を含む組成物が本明細書で提供され、ここで、CD14+/CD16-細胞の集団は細胞の工学操作集団であり、および/または外因性因子を含む。
[0308]一部の実施形態では、細胞の集団は、分極していないか未分化の骨髄細胞の集団である。一部の実施形態では、外因性因子は、CD14+/CD16-細胞の集団の細胞で発現されるタンパク質またはペプチドをコードする組換え核酸である。一部の実施形態では、外因性因子は、CD14+/CD16-細胞の集団の中の細胞の膜表面で発現されるタンパク質またはペプチドをコードする組換え核酸である。一部の実施形態では、膜表面で発現されるタンパク質またはペプチドは、融合タンパク質である。一部の実施形態では、膜表面で発現されるペプチドは、抗原または疾患原因因子に結合することができる。
[0309]一部の実施形態では、抗原はがん抗原である。一部の実施形態では、抗原は微生物病原体抗原である。一部の実施形態では、膜表面で発現されるタンパク質またはペプチドは、エンドソームでプロセシングされるタンパク質である。一部の実施形態では、膜表面で発現されるタンパク質またはペプチドは抗原である。一部の実施形態では、抗原は、ウイルス、細菌、原生動物または真菌の抗原である。
[0310]一部の実施形態では、外因性因子は、キメラ融合タンパク質(CFP)をコードする配列を含む組換え核酸である。一部の実施形態では、組換え核酸はCFPをコードする配列を含み、CFPは:(a)抗原結合性ドメインを含む細胞外ドメイン、および(b)細胞外ドメインに作動可能に連結される膜貫通ドメインを含む。
[0311]一部の実施形態では、抗原結合性ドメインは、CD5結合性ドメインまたはHER2結合性ドメインである。
[0312]一部の実施形態では、外因性因子は、抗原性ペプチドをコードする組換え核酸である。一部の実施形態では、外因性因子は、CD14+/CD16-細胞の集団の中の細胞から分泌されるタンパク質またはペプチドをコードする組換え核酸である。一部の実施形態では、外因性因子は、エンドソームでプロセシングされるタンパク質をコードする組換え核酸である。
[0313]一部の実施形態では、組換え核酸は、細胞質タンパク質であるタンパク質をコードする。一部の実施形態では、組換え核酸は、免疫原性であるタンパク質またはペプチドをコードする。一部の実施形態では、組換え核酸は、細胞の免疫応答を増強するタンパク質またはペプチドをコードする。
[0314]一部の実施形態では、外因性因子は抗原である。
[0315]一部の実施形態では、本方法は、72時間以下、70時間以下、65時間以下、60時間以下、55時間以下、50時間以下、45時間以下、40時間以下、または35時間以下で完了することができる。
[0316]一部の実施形態では、骨髄細胞は異種核酸をin vitroで組み込むことによって操作される。一部の実施形態では、細胞は操作の後に短時間培養される。一部の実施形態では、操作は、操作が細胞の柔軟性を変更しないようなものである。操作された細胞は、高いCD14発現を保持する。操作された細胞は、CD16をより高いレベルで発現しない。操作された細胞は、刺激の存在下でCCR2およびまたはCCR5を発現する。一部の実施形態では、操作された細胞は、48時間(h)未満、または36時間未満、または24時間未満、または20、18、16、1412、10、8、6または4時間未満培養することができる。一部の実施形態では、細胞は冷凍で得ることができ、操作の前または後またはその両方で1機会または複数機会に解凍することができる。一部の実施形態では、凍結および解凍は、そのプロセスが細胞の柔軟性を変更しないように用心して実行される。
[0317]一態様では、本明細書に記載される治療目的の骨髄細胞は、神経変性疾患の細胞療法で治療細胞として効果的に使用するために高い柔軟性を有する。単離されたCD14+/CD16-骨髄細胞は、アルツハイマー病のための治療戦略として神経変性プラークのアミロイドベータ細胞に結合してそこから除去することができ、アミロイドクリアランスを促進することができる、キメラ抗原受容体(例えば、scFvを有する)を発現させるために使用することができる。別の態様では、そのような細胞は抗VEGF抗体を発現するように操作することができるか;または、病原体感染に対するより優れたワクチンおよび歩哨細胞を生成するために使用することができる(図2)。
[0318]一態様では、治療目的の骨髄細胞は高レベルの柔軟性によって特徴付けられ、細胞がin vivoで適切な刺激に遭遇するときの免疫応答が高度に有効であるいくつかの細胞サブタイプに分化することができるか分化するように刺激することができる。例えば、図3に示すように、本明細書に記載されるCD14を発現する骨髄細胞は、組織炎症または免疫応答の部位で複数の樹状細胞サブタイプに適切に分化させることができる。一実施形態では、治療目的の骨髄細胞は、エフェクター細胞をin vivoで生成するように活性化、分化および/または分極させることができ、例えば、全身投与したときに感染または炎症部位に移動することができ、免疫学的に活性な部位、例えば腫瘍に浸潤することができ、免疫学的に活性な部位、例えば腫瘍微小環境の部位で免疫機能を効果的に発揮することができる。
[0319]一態様では、本明細書で提供される方法は拡張縮小可能であり、臨床スケールで治療的に有効である骨髄細胞を製造するために使用することができる。一部の実施形態では、CD14+/CD16-骨髄細胞は、負の選択により、および市販されているカラムを使用して単離および精製することができ、臨床スケールでプロセシングすることができ;必要に応じて、単離された細胞を操作し、治療的に有効な組成物を調製することができる。
がん免疫療法で使用するための骨髄細胞
[0320]一態様では、例示として、または原理の証拠として、がん免疫療法において本明細書に記載される治療目的の骨髄細胞を利用する組成物および方法が本明細書で提供される。骨髄性のエフェクター細胞は、これらの細胞の柔軟性を変更しない方法を使用して、治療目的の単離された骨髄細胞から生成することができる。単核球系統細胞は食細胞であり、効率的な抗原提示細胞である。食細胞は免疫系の天然の歩哨であり、体内で最初の防御線を形成する。それらは病原体、病原体感染細胞、異物またはがん性細胞を呑食して、それを体から除去する。ほとんどの潜在的病原体は、それらが例えば注目すべき感染症を引き起こし得る前に、この系によって速やかに無力化される。これは、クラスリン被覆ピット系、ピノサイトーシス、特に膜波打ち運動および食作用の結果としてのマクロピノサイトーシスを通した受容体媒介取り込みを含むことができる。したがって、食細胞は様々な非自己(および、自己)エレメントで活性化することができ、それらの「標的」の認識において一定レベルの柔軟性を示すことができる。ほとんどの食細胞はそれらの表面でスカベンジャー受容体を発現し、それらはパターン認識分子であり、広範囲の外来粒子ならびに体内の死細胞、破片および望ましくない粒子に結合することができる。一態様では、キメラ抗原受容体(CAR)をコードする組換え核酸は、細胞内で発現させることができる。CARは特異的腫瘍細胞を攻撃するように様々に設計することができ、CARを発現する骨髄エフェクター細胞は腫瘍細胞を貪食して殺すように活性化することができる。CARは標的係合に応答して特異的に活性化される食細胞受容体を生成するように設計することができ、マクロファージの食細胞能力は受容体の特異的に工学操作された細胞内ドメインによって増強される。さらに、CARを発現する骨髄エフェクター細胞はリンパ節に移動して、リンパ節の中のナイーブT細胞に抗原を交差提示することができ、それによって適応性応答を活性化する。
[0321]一部の実施形態では、生体試料から単離され、組換えタンパク質を発現するようにex vivoで工学操作され、医薬組成物の骨髄細胞がin vivoで免疫活性化の誘導が効率的な「エフェクター」骨髄細胞であるような医薬組成物に製剤化される骨髄細胞を生成するための組成物および方法が本明細書で開示される。一部の実施形態では、組成物の骨髄細胞は「ATAK」骨髄細胞と呼ばれ、ここで細胞は標的細胞を攻撃および破壊することが効率的である骨髄である。
[0322]キメラ融合タンパク質(CFP)、例えば食細胞受容体(PR)融合タンパク質(PFP)、スカベンジャー受容体(SR)融合タンパク質(SFP)、インテグリン受容体(IR)融合タンパク質(IFP)またはカスパーゼ動員受容体(カスパーゼ-CAR)融合タンパク質をコードする組換え核酸を含む組成物が本明細書で提供される。組換え核酸によってコードされるCFPは、標的細胞の抗原に結合する抗原結合性ドメインを含む細胞外ドメイン(ECD)を含むことができる。細胞外ドメインは、CD2、CD8、CD28、CD68、食細胞受容体、スカベンジャー受容体またはインテグリン受容体などの、受容体に由来するヒンジドメインまたは細胞外ドメインに融合することができる。組換え核酸によってコードされるCFPは、CD2、CD8、CD28、CD68、食細胞受容体、スカベンジャー受容体またはインテグリン受容体に由来する膜貫通ドメインなどの膜貫通ドメインをさらに含むことができる。一部の実施形態では、組換え核酸によってコードされるCFPは、食細胞受容体、スカベンジャー受容体またはインテグリン受容体に由来する細胞内シグナル伝達ドメインなどの細胞内シグナル伝達ドメインを含む細胞内ドメインをさらに含む。例えば、細胞内ドメインは、食細胞受容体、スカベンジャー受容体またはインテグリン受容体に由来する1つまたは複数の細胞内シグナル伝達ドメインを含むことができる。例えば、細胞内ドメインは、食細胞活性、炎症応答、一酸化窒素生成、インテグリン活性化、エフェクター細胞移動の増強(例えば、ケモカイン受容体発現を通して)、抗原提示および/または交差提示の増強を促進する1つまたは複数の細胞内シグナル伝達ドメインを含むことができる。一部の実施形態では、CFPは食細胞受容体融合タンパク質(PFP)である。一部の実施形態では、CFPは食細胞スカベンジャー受容体融合タンパク質(PFP)である。一部の実施形態では、CFPはインテグリン受容体融合タンパク質(IFP)である。一部の実施形態では、CFPは炎症受容体融合タンパク質である。一部の実施形態では、組換え核酸によってコードされるCFPは、補充ドメインを含む細胞内ドメインをさらに含む。例えば、細胞内ドメインは、1つまたは複数のPI3K補充ドメイン、カスパーゼ補充ドメインまたはカスパーゼ活性化および補充ドメイン(CARD)を含むことができる。
[0323](i)膜貫通ドメイン、および(ii)食細胞受容体細胞内シグナル伝達ドメインを含む細胞内ドメイン;ならびに抗原、例えば標的細胞のまたはその上に提示される抗原に特異的である細胞外抗原結合性ドメインを含む食細胞または連結受容体(PR)サブユニット(例えば、食細胞受容体融合タンパク質(PFP))を含むCFPをコードする組換え核酸を含む組成物が本明細書で提供され;ここで、膜貫通ドメインおよび細胞外抗原結合性ドメインは、融合受容体の細胞外抗原結合性ドメインによる標的への抗原結合が食細胞受容体の細胞内シグナル伝達ドメインを活性化するように作動可能に連結される。
[0324]膜貫通ドメイン、および細胞内シグナル伝達ドメインを含む細胞内ドメイン;ならびに標的細胞の抗原に特異的である抗原結合性ドメインを含む細胞外ドメインを含むPRサブユニットを含む食細胞または連結受容体(PR)サブユニット(例えば、食細胞受容体融合タンパク質(PFP))を含むCFPをコードする組換え核酸配列を含む組成物が本明細書で提供され;ここで、膜貫通ドメインおよび細胞外ドメインは作動可能に連結され;標的細胞の抗原へのCFPの結合により、CFPを発現する好中球、単球、骨髄樹状細胞(mDC)、肥満細胞またはマクロファージなどの骨髄細胞による殺滅または食作用活性は、CFPを発現しない細胞と比較して、少なくとも5%を超えて、6%、7%、8%、9%、10%、11%、12%、13%、14%、15%、16%、17%、18%、19%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、100%、150%、200%、250%、300%、350%、400%、450%、500%、550%、600%、650%、700%、750%、800%、850%、900%、950%または1000%増加する。
[0325]一態様では、本明細書で、医薬組成物であって、(a)組換え核酸を含む単球、前駆体単球またはマクロファージ細胞などの骨髄細胞であって、組換え核酸はキメラ融合タンパク質(CFP)をコードする配列を含み、CFPは:(i)抗CD5結合性ドメインを含む細胞外ドメイン、および(ii)細胞外ドメインに作動可能に連結される膜貫通ドメイン;を含む骨髄細胞、ならびに(b)薬学的に許容される担体;を含む医薬組成物が提供され、ここで、骨髄細胞はCFPを発現し、CFPを発現しない骨髄細胞と比較してCD5を発現する標的細胞の食作用における少なくとも1.1倍の増加を示す。一部の実施形態では、CD5結合性ドメインは、抗体の抗原結合性フラグメント、Fabフラグメント、scFvドメインまたはsdAbドメインを含むCD5結合性タンパク質である。例示的なCFPは、下の表に掲載されるアミノ酸配列の1つまたは複数を含むことができる(表1)。
Figure 2023506764000002
Figure 2023506764000003
Figure 2023506764000004
Figure 2023506764000005
Figure 2023506764000006
Figure 2023506764000007
[0326]一部の実施形態では、本開示は、がん免疫療法につながるエンゲージャー媒介骨髄細胞活性化を増強するための組成物および方法を提供する。本明細書で提供される方法は、がん細胞を標的にして効率的な食作用によってそれらを排除する効率的なキラー細胞になるように常在ヒト単球またはマクロファージを誘導することができるツールを設計するのを助ける。一部の実施形態では、単球またはマクロファージは、がん細胞に対して持続した免疫学的応答を提供する。様々な実施形態が本明細書に記載される。
[0327]特異的構築物が本明細書で提供され、キメラ「エンゲージャー」と呼ばれるそのようなキメラタンパク質のための設計が開示される。エンゲージャーは、in vivoで骨髄細胞を活性化することができ、in vivoで骨髄細胞が標的細胞、例えばがん細胞または感染細胞と係合するのを助けることができる核酸治療薬またはタンパク質治療薬として、それを必要とする対象に直接的に投与することができる。
[0328]一部の実施形態では、キメラエンゲージャーは2つ以上の融合抗体を含み、各々は標的細胞、例えばがん細胞または単球もしくはマクロファージの上に特異的結合領域を有する。ある特定の実施形態では、2つ以上の融合抗体または免疫融合体は、免疫グロブリン定常領域のヒンジ-C2-C3ドメインまたはヒンジ-C3ドメインによって、単球またはマクロファージの細胞表面成分に特異的に結合するエフェクター結合ドメインに作動可能に連結した標的結合性ドメインを含む。
[0329]一態様では、キメラタンパク質は、二重特異性単球またはマクロファージエンゲージャーである。一部の実施形態では、二重特異性エンゲージャーは、第1の治療剤を含み、第1の治療剤は:(i)標的細胞の抗原と特異的に相互作用する第1の抗原結合性ドメイン、および(ii)単球またはマクロファージ細胞の受容体の細胞外領域と特異的に相互作用する第2の抗原結合性ドメインを含む。一実施形態では、治療剤は二重特異性エンゲージャーである。一実施形態では、二重特異性単球またはマクロファージエンゲージャーは、2つの抗体単鎖可変領域(scFv)のみ(Fcアミノ酸セグメントは含まれなかった)をフレキシブルリンカーと含み、片方のscFvは標的細胞の細胞表面成分に結合し、他方は単球またはマクロファージ細胞表面の受容体に結合する。IgGの完全に未改変の形では、可変軽鎖ドメイン(V)および可変重鎖ドメイン(VH)は別々のポリペプチド鎖である、すなわち、それぞれ軽鎖および重鎖に位置する。抗体軽鎖および抗体重鎖の相互作用、特にVおよびVドメインの相互作用、抗体のエピトープ結合部位の1つが形成される。対照的に、scFv構築物では、しかし、抗体のVおよびVドメインは単一のポリペプチド鎖に含まれる。2つのドメインは、VおよびVドメインの機能的エピトープ結合部位への自己集合を可能にするのに十分長いフレキシブルリンカーによって分離される。
[0330]一部の実施形態では、二重特異性単球またはマクロファージエンゲージャーは:(a)標的細胞の細胞表面成分、例えばがん抗原に結合する単鎖可変フラグメント(scFv)、(b)エフェクター細胞、例えば単球またはマクロファージの細胞表面成分に結合する単鎖可変フラグメント(scFv)、(c)(a)と(b)を作動可能に連結する短いリンカーを含む。一部の実施形態では、scFvはそれらのC末端で融合する。各scFvは、ペプチドリンカーによって作動可能に連結される、軽鎖可変ドメインおよび重鎖可変ドメインを含む。ある特定の実施形態では、scFvはヒト化される。ヒト化scFvは、そのCDRが由来する親免疫グロブリンのそれと比較して、異なる種の免疫グロブリンのフレームワークに存在する「相補性決定領域」(CDR)を含む。例えば、「ヒト化抗体」を調製するために、マウスCDRをヒト抗体のフレームワーク領域に移植することができる。一部の実施形態では、二重特異性エンゲージャーはダイアボディである。二重特異性ダイアボディは、異なる(同一でない)エピトープへの結合特異性を有する単一のポリペプチド鎖の上のVおよびVドメインで構築される。さらに、VとVを連結するリンカーは、機能的エピトープへの再組み立てに不十分である12アミノ酸の長さより短い。一般的に、1つのポリペプチド鎖構築物は、第1の抗原への結合特異性を有するVおよび第2の抗原への結合特異性を有するVを含み、別のポリペプチド鎖構築物は、第2の抗原への結合特異性を有するVおよび第1の抗原への結合特異性を有するVを含み;2つのポリペプチド鎖は二重特異性ダイアボディに自己集合することが可能である。一部の実施形態では、エンゲージャー分子の結合特性に干渉することなく2つの鎖間でジスルフィド結合の形成を可能にする、システイン残基を構築物のC末端に導入することができる。一部の実施形態では、二重特異性エンゲージャーはタンデム-二-scFvである。一部の実施形態では、二重特異性scFvエンゲージャーをコードする組換え核酸構築物を調製することができる。二重特異性scFvエンゲージャーを発現させるための組換え核酸構築物は、(a)標的細胞結合性scFv軽鎖の可変ドメイン、リンカー、標的細胞結合性scFv重鎖の可変ドメインをコードする核酸配列;(b)リンカーをコードする核酸配列;(c)エフェクター(単球またはマクロファージ)細胞結合性scFv軽鎖の可変ドメイン、リンカー、エフェクター(単球またはマクロファージ)細胞結合性scFv重鎖の可変ドメインをコードする核酸配列をコードする1つまたは複数のポリペプチドを含む。一部の実施形態では、二重特異性scFvエンゲージャーを発現させるための核酸構築物は、二重特異性scFvエンゲージャーの分泌のためにN末端シグナルペプチド配列を含む。
[0331]一部の実施形態では、(a)と(b)を作動可能に連結する短いリンカーは、追加の機能をさらに有することができる。一部の実施形態では、ペプチドは特異的細胞表面受容体、例えばTLR受容体に結合することができ、単球またはマクロファージ細胞における受容体媒介細胞シグナル伝達経路を活性化することができる。一部の実施形態では、リンカーは、例えば、単球もしくはマクロファージ細胞における少なくとも炎症性経路に結合して活性化することができるように、または単球もしくはマクロファージによって媒介される食作用および標的細胞の殺滅を強化することができるように設計される。一部の実施形態では、リンカーペプチドは、標的細胞によって媒介される単球またはマクロファージ細胞機能の下方制御をブロックまたは阻害する機能を有することができる。
[0332]一部の実施形態では、二重特異性VHHエンゲージャーのための:(a)標的細胞の細胞表面成分、例えばがん抗原に結合するVHHドメイン、(b)エフェクター細胞、例えば単球またはマクロファージの細胞表面成分に結合するVHHドメイン、(c)(a)と(b)を作動可能に連結する短いリンカーをコードする核酸配列を含む核酸構築物を生成することができる。一部の実施形態では、二重特異性scFvエンゲージャーを発現させるための核酸構築物は、二重特異性scFvエンゲージャーの分泌のためにN末端シグナルペプチド配列を含む。
[0333]当業者に公知であるように、VHHまたはscFv結合ドメインを含むポリペプチドをコードする核酸配列は、1つまたは複数のプロモーター、例えばポリペプチドをコードする配列の5’末端のCMVおよび3’末端のポリアデニル化シグナルの下で好適な発現ベクターに挿入することができる。
[0334]一部の実施形態では、キメラタンパク質は二重特異性エンゲージャーである。
[0335]三重特異性エンゲージャーは第1の治療剤を含み、ここで第1の治療剤は:標的細胞の抗原と特異的に相互作用する第1の抗原結合性ドメイン;単球またはマクロファージ細胞の第1の受容体の細胞外領域と特異的に相互作用する第2の抗原結合性ドメイン;単球またはマクロファージ細胞の第2の受容体の細胞外領域と特異的に相互作用する第3の抗原結合性ドメインを含む。
[0336]一部の実施形態では、三重特異性エンゲージャーは、標的がん細胞の上の細胞表面成分に特異的である第1のscFv、単球またはマクロファージの上の細胞表面成分、例えばキメラ食細胞受容体に特異的である第2のscFv、および単球またはマクロファージの上の別の細胞表面成分に特異的である第3のscFvを含む3つのscFvの融合構築物である。一部の実施形態では、三重特異性エンゲージャーは、第3のscFvが結合することができる単球またはマクロファージの上の細胞表面成分が、食作用および標的細胞の殺滅を引き起こすために単球またはマクロファージに追加の活性化シグナルを提供するように設計される。一部の実施形態では、第3のscFvは単球またはマクロファージの上の別の食細胞受容体に結合する。一部の実施形態では、第3のscFvは、危険関連の単球またはマクロファージシグナル伝達経路(DAMP)に結合する。一部の実施形態では、第3のscFvは、TLR受容体に結合する。一部の実施形態では、第3のscFvは、サイトカイン受容体を活性化し、単球またはマクロファージ細胞内シグナル伝達を誘発するサイトカイン受容体に結合する。一部の実施形態では、第3のscFvは食作用阻害シグナルを生成することが公知の単球またはマクロファージ受容体に結合し、第3のscFvの受容体へのその結合は受容体をブロックし、食作用の増強を可能にする。一部の実施形態では、第3のscFvは1つまたは複数の膜貫通ドメインと係合する受容体に結合し、食細胞シグナル伝達を増強する。
[0337]一部の実施形態では、二重または三重特異性エンゲージャーは、チミジンキナーゼ(TK1)、ヒポキサンチン-グアニンホスホリボシルトランスフェラーゼ(HPRT)、受容体チロシンキナーゼ様オーファン受容体1(ROR1)、ムチン-1、ムチン-16(MUC16)、MUC1、上皮増殖因子受容体vIII(EGFRvIII)、メソテリン、ヒト上皮増殖因子受容体2(HER2)、メソテリン、EBNA-1、LEMD1、ホスファチジルセリン、癌胎児性抗原(CEA)、B細胞成熟抗原(BCMA)、グリピカン3(GPC3)、濾胞性刺激ホルモン受容体、線維芽細胞活性化タンパク質(FAP)、エリスロポイエチン産生肝細胞癌A2(EphA2)、EphB2、ナチュラルキラー群2D(NKG2D)リガンド、ジシアロガングリオシド2(GD2)、CD2、CD3、CD4、CD5、CD7、CD8、CD19、CD20、CD22、CD24、CD30、CD33、CD38、CD44v6、CD45、CD56CD79b、CD97、CD117、CD123、CD133、CD138、CD171、CD179a、CD213A2、CD248、CD276、PSCA、CS-1、CLECL1、GD3、PSMA、FLT3、TAG72、EPCAM、IL-1、インテグリン受容体、PRSS21、VEGFR2、PDGFR-ベータ、SSEA-4、EGFR、NCAM、prostase、PAP、ELF2M、GM3、TEM7R、CLDN6、TSHR、GPRC5D、ALK、IGLL1およびその組合せからなる群から選択されるがん細胞の上の抗原に結合する。一部の実施形態では、例えば、標的がん細胞のがん抗原は、突然変異/がん抗原:MUC16、CCAT2、CTAG1A、CTAG1B、MAGEA1、MAGEA2、MAGEA3、MAGEA4、MAGEA6、PRAME、PCA3、MAGEC1、MAGEC2、MAGED2、AFP、MAGEA8、MAGE9、MAGEA11、MAGEA12、IL13RA2、PLAC1、SDCCAG8、LSP1、CT45A1、CT45A2、CT45A3、CT45A5、CT45A6、CT45A8、CT45A10、CT47A1、CT47A2、CT47A3、CT47A4、CT47A5、CT47A6、CT47A8、CT47A9、CT47A10、CT47A11、CT47A12、CT47B1、SAGE1およびCT55の1つまたは複数であってよい。一部の実施形態では、がん細胞の上の抗原は、CD2、CD3、CD4、CD5、CD7、CCR4、CD8、CD30、CD45、CD56からなる群から選択される。
[0338]一部の実施形態では、抗原は卵巣がん抗原またはTリンパ腫抗原である。
[0339]一部の実施形態では、例えば、標的がん細胞のがん抗原は、突然変異/がん抗原:IDH1、ATRX、PRL3またはETBRの1つまたは複数であってよく、がんは神経膠芽腫である。
[0340]一部の実施形態では、例えば、標的がん細胞のがん抗原は、突然変異/がん抗原:CA125、ベータ-hCG、尿ゴナドトロピン断片、AFP、CEA、SCC、インヒビンまたはエクストラジオールの1つまたは複数であってよく、がんは卵巣がんである。一部の実施形態では、標的がん細胞のがん抗原は、CD5であってよい。一部の実施形態では、標的がん細胞のがん抗原は、HER2であってよい。一部の実施形態では、標的がん細胞のがん抗原は、EGFRバリアントIIIであってよい。一部の実施形態では、標的がん細胞のがん抗原は、CD19であってよい。一部の実施形態では、抗原はインテグリン受容体である。一部の実施形態では、抗原は、α1、α2、αIIb、α3、α4、α5、α6、α7、α8、α9、α10、α11、αD、αE、αL、αM、αV、αX、β1、β2、β3、β4、β5、β6、β7およびβ8からなる群から選択されるインテグリン受容体である。一部の実施形態では、二重または三重特異性エンゲージャーは、インテグリンβサブファミリーαβ(CD11b/CD18、Mac-1、CR3、Mo-1)、αβ(CD11a/CD18、LFA-1)、αβ(CD11c/CD18)およびαβ(CD11d/CD18)のメンバーからの単球またはマクロファージ受容体の細胞外ドメインに結合する。一部の実施形態では、エンゲージャーは、接着分子、例えばインテグリンまたはセレクチン、例えばP-セレクチン、L-セレクチンまたはE-セレクチンの細胞外ドメインに結合することができる結合性ドメインを含む。
[0341]食作用を活性化するマクロファージ受容体は、1つまたは複数のImmunoreceptor Tyrosine-based Activation Motif(ITAM)モチーフを有するドメインを含む細胞内食作用シグナル伝達ドメインを含む。一部の実施形態では、二重および三重特異性エンゲージャーは、単球またはマクロファージスカベンジャー受容体に結合する結合性ドメインを含む。一部の実施形態では、単球またはマクロファージの上のこれらの受容体の1つまたは複数へのエンゲージャーの結合は、単球またはマクロファージによる食作用を活性化するように設計される。現在、8クラスのスカベンジャー受容体(クラスA~H)がある。一部の場合には、複数の名称が同じ受容体に割り当てられている(例えば、MSR1、SR-AI、CD204およびSCARA1)。さらに、他の判定基準に基づいて命名され、一般的なスカベンジャー受容体命名法に含まれていないスカベンジャー受容体活性を示すタンパク質がある。一部の例には、RAGE(SR-E1)、LRP1、LRP2、ASGP、CD163、SR-PSOXおよびCXCL16が含まれる。一部の実施形態では、二重または三重特異性エンゲージャーは、レクチン、デクチン1、マンノース受容体(CD206)、スカベンジャー受容体A1(SRA1)、MARCO、CD36、CD163、MSR1、SCARA3、COLEC12、SCARA5、SCARB1、SCARB2、CD68、OLR1、SCARF1、SCARF2、CXCL16、STAB1、STAB2、SRCRB4D、SSC5D、CD205、CD207、CD209、RAGE、CD14、CD64、CCR2、CX3CR1、CSF1R、Tie2、HuCRIg(L)およびCD169受容体から選択されるスカベンジャー受容体に結合する結合性ドメインを含む。一部の実施形態では、二重または三重特異性エンゲージャーは、例えば:MRC1、ItgB5、MERTK、ELMO、BAIL Tyro3、Axl、Traf6、Syk、MyD88、Zap70、PI3K、FcγR1、FcyR2A、FcyR2B2、FcyR2C、FcyR3A、FcER1、FcαRl、BAFF-R、DAP12、NFAM1およびCD79bのいずれか1つの活性化を通して食作用活性化シグナルまたは炎症誘発性シグナルを生成することができるタンパク質に結合する結合性ドメインを含む。
[0342]一部の実施形態では、エンゲージャーは、結合性ドメインがTLRと係合することができるように、骨髄細胞の炎症活性を促進するドメインを含むように設計することができる。一部の実施形態では、エンゲージャーは、骨髄細胞の細胞接着および炎症活性を促進するドメインで設計される。一部の実施形態では、エンゲージャーは、骨髄細胞の抗食作用および抗炎症活性を阻害する結合性ドメインで設計される。例えば、二重または三重特異性エンゲージャーは、単球またはマクロファージ食作用のCD47媒介下方制御を阻害するさらなる機能的ドメインを含むことができる。腫瘍細胞は、単球またはマクロファージ受容体SIRP-αに結合して食作用を阻害する「don’t eat me」シグナルCD47を一般的に発現する。二重または三重特異性エンゲージャーの1つの腕は、CD47ブロッカーを含むことができる。エンゲージャーに関連したCD47ブロッカーは、おとり受容体または無力化受容体として作用するSIRP-αの細胞外CD47結合性ドメインであってよい。
[0343]例示的な二重または三重特異性エンゲージャーは、配列番号8~14に開示されるように、結合性ドメインまたはその断片のいずれか1つを含む、結合剤または結合性ドメインまたはその一部のためのアミノ酸配列を含むことができる。
[0344]結合性ドメインはそれらのそれぞれのリガンドに、10-5~10-12M以下、または10-7~10-12M以下、または10-8~10-12M(すなわち、10~1012M以上、または10~1012M以上または10~1012Mの会合定数(K)で)の解離定数(K)で結合する。
[0345]例示的な抗CD5結合剤は、配列:MWLQSLLLLGTVACSISEIQLVQSGGGLVKPGGSVRISCAASGYTFTNYGMNWVRQAPGKGLEWMGWINTHTGEPTYADSFKGRFTFSLDDSKNTAYLQINSLRAEDTAVYFCTRRGYDWYFDVWGQGTTVTV(配列番号36)またはMWLQSLLLLGTVACSISEIQLVQSGGGLVKPGGSVRISCAASGYTFTNYGMNWVRQAPGKGLEWMGWINTHTGEPTYADSFKGRFTFSLDDSKNTAYLQINSLRAEDTAVYFCTRRGYDWYFDVWGQGTTVTVSS(配列番号37)または配列番号36もしくは配列番号37と少なくとも90%の同一性を有する配列を含む重鎖を含むことができる。
[0346]別の例示的な抗CD5結合剤は、配列:EIQLVQSGGGLVKPGGSVRISCAASGYTFTNYGMNWVRQAPGKGLEWMGWINTHTGEPTYADSFKGRFTFSLDDSKNTAYLQINSLRAEDTAVYFCTRRGYDWYFDVWGQGTTVTV(配列番号38)または配列番号38と少なくとも90%の同一性を有する配列、またはEIQLVQSGGGLVKPGGSVRISCAASGYTFTNYGMNWVRQAPGKGLEWMGWINTHTGEPTYADSFKGRFTFSLDDSKNTAYLQINSLRAEDTAVYFCTRRGYDWYFDVWGQGTTVTVSS(配列番号39)または配列番号39と少なくとも90%の同一性を有する配列を含む重鎖を含むことができる。
[0347]例示的な抗CD5結合剤は、アミノ酸配列:DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQDINSYLSWFQQKPGKAPKTLIYRANRLESGVPSRFSGSGSGTDYTLTISSLQYEDFGIYYCQQYDESPWTFGGGTKLEIK(配列番号40)または配列番号40と少なくとも90%の同一性を有する配列を含む軽鎖を含むことができる。
[0348]例示的な、二重特異性または三重特異性エンゲージャー、例えば抗CD5 scFvを含有する二重特異性または三重特異性エンゲージャーは、配列:SSGGGGSGGGGSGGGGS(配列番号41)またはSGGGGS(配列番号42)またはGGGGS(配列番号43)またはGGGG(配列番号44)を有する、例示的な重鎖および例示的な軽鎖を連結する短いペプチドリンカーを含むことができる。
[0349]例示的な抗CD5 scFvは、アミノ酸配列:MWLQSLLLLGTVACSISEIQLVQSGGGLVKPGGSVRISCAASGYTFTNYGMNWVRQAPGKGLEWMGWINTHTGEPTYADSFKGRFTFSLDDSKNTAYLQINSLRAEDTAVYFCTRRGYDWYFDVWGQGTTVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQDINSYLSWFQQKPGKAPKTLIYRANRLESGVPSRFSGSGSGTDYTLTISSLQYEDFGIYYCQQYDESPWTFGGGTKLEIK(配列番号45)または配列番号45と少なくとも90%の同一性を有する配列を含むことができる。
[0350]例示的な抗CD16 scFvは、アミノ酸配列:QVQLVQSGAEVKKPGESLKVSCKASGYTFTSYYMHWVRQAPGQGLEWMGIINPSGGSTSYAQKFQGRVTMTRDTSTSTVYMELSSLRSEDTAVYYCARGSAYYYDFADYWGQGTLVTVSS(配列番号46)または配列番号46と少なくとも90%の同一性を有する配列を含む重鎖可変配列を含むことができる。
[0351]例示的な抗CD16 scFvは、アミノ酸配列:SYVLTQPSSVSVAPGQTATISCGGHNIGSKNVHWYQQRPGQSPVLVIYQDNKRPSGIPERFSGSNSGNTATLTISGTQAMDEADYYCQVWDNYSVLFGGGTKLTVL(配列番号47)または配列番号47と少なくとも90%の同一性を有する配列を含む軽鎖可変配列を含むことができる。
[0352]一態様では、組成物の骨髄細胞は、抗原または免疫原性タンパク質をコードする配列を含む外因性核酸を含むことができる。細胞は、免疫疾患、例えばがんまたは微生物感染症の処置のために使用することができる。一部の実施形態では、抗原特異的免疫応答は、抗原または免疫原性タンパク質をコードする配列を含む外因性核酸を含む骨髄細胞を含むワクチン組成物の有効量を対象に投与することによって対象で誘導される。抗原性ポリペプチドは、適応性免疫系が特異的に認識することが可能であるポリペプチドである。抗原性ポリペプチドは、免疫原性である任意のポリペプチドを含む。抗原性ポリペプチドには、限定されずに、病原体関連、アレルゲン関連、腫瘍関連、がん関連または他の疾患関連の抗原が含まれる。病原体は、ウイルス、寄生虫、真菌および細菌の病原体ならびにプリオンなどのタンパク質病原体であってよい。抗原性ポリペプチドは、完全長タンパク質またはその一部であってよい。多くのタンパク質の免疫系認識は、しばしばエピトープと呼ばれる比較的少数のアミノ酸に基づくことが立証されている。エピトープは、わずか8~10アミノ酸であってよい。したがって、本明細書に記載される抗原性ポリペプチドは、完全長タンパク質、8アミノ酸の長いエピトープ、または10、12、15、18、20、25、30、35、40、50アミノ酸の長さ、またはこれらの両極端の間の任意の一部であってよい。一部の実施形態では、抗原性ポリペプチドは、複数のエピトープを含むことができる。細胞をベースとした抗腫瘍ワクチン組成物を含む医薬組成物(すなわち、抗原を積んだ単球および薬学的に許容される担体)が本明細書で提供される。本明細書に記載される免疫原性ワクチン組成物または治療組成物は、生物源から単離され、本明細書に開示される方法を使用して1つまたは複数の腫瘍抗原を発現する外因性核酸を発現するように工学操作され、それを必要とする対象に投与されるとき、抗腫瘍T細胞免疫の生成に有効である、本開示の骨髄細胞を含む組成物を含むことができる。ワクチン組成物は、CD14+およびCD16-である少なくとも50%の細胞を含むことができ、そのようなCD14+/CD16-細胞は1つまたは複数の抗原性ペプチドを発現する。一部の実施形態では、組成物中の細胞の10%未満は樹状細胞である。一部の実施形態では、細胞組成物中のマクロファージの総数は、細胞総数の40%を超えて存在しない。マクロファージは、複数の細胞表面マーカー、例えば、CD14、CD16、CD64、CD68、CCR5、CD206、F4/80等を発現すると特徴付けることができる。一部の実施形態では、細胞組成物中のマクロファージの総数は、30%未満、20%または10%であってよい。
[0353]一部の実施形態では、骨髄細胞は、突然変異ペプチドである免疫原性または抗原性ペプチドをコードする組換え核酸を含む。一部の実施形態では、抗原性ペプチドは腫瘍関連ペプチドである。一部の実施形態では、抗原性ペプチドは、がん組織、例えば腫瘍のみに存在する突然変異ペプチドである。一部の実施形態では、1つまたは複数の抗原性ペプチド、および1つまたは複数のペプチドまたはタンパク質アジュバントは、骨髄細胞を工学操作するために使用される組換え核酸によってコードすることができる。一部の実施形態では、抗原は、卵巣がん抗原またはTリンパ腫抗原である。一部の実施形態では、例えば、組換え核酸によってコードされるがん抗原性ポリペプチドは、突然変異/がん抗原:MUC16、CCAT2、CTAG1A、CTAG1B、MAGEA1、MAGEA2、MAGEA3、MAGEA4、MAGEA6、PRAME、PCA3、MAGEC1、MAGEC2、MAGED2、AFP、MAGEA8、MAGE9、MAGEA11、MAGEA12、IL13RA2、PLAC1、SDCCAG8、LSP1、CT45A1、CT45A2、CT45A3、CT45A5、CT45A6、CT45A8、CT45A10、CT47A1、CT47A2、CT47A3、CT47A4、CT47A5、CT47A6、CT47A8、CT47A9、CT47A10、CT47A11、CT47A12、CT47B1、SAGE1およびCT55の1つまたは複数から選択することができる抗原またはその断片またはそのエピトープを含む。
[0354]一部の実施形態では、治療的に有効な骨髄細胞は、1つまたは複数の外因性または組換えの腫瘍抗原を含むか、提示するか、発現する。一部の実施形態では、腫瘍抗原は組織特異的抗原である。一部の実施形態では、腫瘍抗原は、内因性の過剰発現される抗原である。一部の実施形態では、腫瘍抗原は、突然変異したタンパク質抗原である。一部の実施形態では、治療的に有効な骨髄細胞は、黒色腫抗原、例えばチロシナーゼ関連のタンパク質2(TRP2)抗原、例えばTRP2エピトープ、例えばTRP2のアミノ酸180~188(SVYDFFVWL)を含むか、提示するか、発現する。一部の実施形態では、治療的に有効な骨髄細胞は、突然変異抗原、例えば神経膠芽腫抗原、例えば、イソクエン酸脱水素酵素1(mIDHI)抗原、例えば突然変異IDH1抗原(R132H)、例えばGWVKPIIIGHHAYGDQYRATDFVVPを含むか、提示するか、発現する。一部の実施形態では、方法は、がん、例えば脳がん、神経膠腫または神経膠芽腫を処置するために、1つまたは複数の外因性または組換えの抗原を含むか、提示するか、発現する骨髄細胞を投与することを含むことができる。
[0355]一部の実施形態では、例えば、骨髄細胞は免疫原性または抗原性のペプチドをコードする組換え核酸を含み、ここで、免疫原性または抗原性のペプチドは、突然変異/がん抗原:IDH1、ATRX、PRL3またはETBRの1つまたは複数であってよく、がんは神経膠芽腫(GBM)である。一部の実施形態では、GBMの抗原性ペプチドは突然変異したIDHである。一部の実施形態では、突然変異したIDHはR13H突然変異を含み、アミノ酸配列GWVKPIIIGHHAYGDQYRATDFVVP(配列番号48)を含むことができる。
[0356]一部の実施形態では、免疫原性ペプチドはTRP2(180~188)ペプチドであり、アミノ酸配列SVYDFFVWL(配列番号49)を有するエピトープを含む。
[0357]一部の実施形態では、抗原性ペプチドはCMVpp65ペプチドである。
[0358]一部の実施形態では、組換え核酸はエンドソーム標的化配列を含み、エンドソーム標的化配列はLAMP1配列である。
[0359]一部の実施形態では、組換え核酸は、ヒト顆粒球マクロファージコロニー刺激因子(GMCSF)シグナル伝達配列、ヒト免疫グロブリン重鎖シグナル伝達配列、ヒト免疫グロブリン軽鎖シグナル伝達配列、ヒト血清アルブミンシグナル伝達配列またはヒトアズロシジンシグナル伝達配列、ヒトシスタチンの分泌シグナルペプチド配列である分泌配列を含む。
[0360]一実施形態では、骨髄細胞を操作するために使用される組換え核酸は、mRNAである。一部の実施形態では、mRNAは逆転写され、精製される。一部の実施形態では、mRNAはエレクトロポレーションによって細胞に組み込まれる。一部の実施形態では、mRNAは長い半減期を有するように設計される。一部の実施形態では、mRNAは長いポリAテールを含む。一部の実施形態では、mRNAの3’UTRは、ベータグロビンmRNAの3’-UTRからの領域を含む。
[0361]一部の実施形態では、組換え核酸はcircRNAである。
[0362]一部の実施形態では、組換え核酸をコードするmRNAは、レトロトランスポゾン配列を含む。一部の実施形態では、組換えCARをコードする核酸配列は、レトロトランスポゾンエレメントの中に置かれる。一部の実施形態では、レトロトランスポゾンはAluエレメントを含む。
[0363]一部の実施形態では、本明細書で提供される方法は、細胞のゲノムに導入遺伝子を安定して組み入れることを含み、この方法は:細胞に:(a)導入遺伝子をコードする配列;(b)導入遺伝子をコードする配列に連なる5’UTR核酸配列および3’UTR核酸配列;を含むmRNAを導入することを含み、ここで、5’UTR核酸配列または3’UTR核酸配列は:(i)エンドヌクレアーゼ結合部位、(ii)逆転写酵素結合部位、(iii)リボソーム結合部位、(iv)レトロトランスポザーゼ結合部位、および(v)ポリA配列;の1つまたは複数を含み、導入遺伝子をコードする配列はセンスまたはアンチセンス方向性であり、導入遺伝子は細胞のゲノムに安定して組み込まれる。一部の実施形態では、本方法は、エンドヌクレアーゼおよび/または逆転写酵素をコードする配列を細胞に導入することをさらに含む。一部の実施形態では、mRNAは、エンドヌクレアーゼおよび/または逆転写酵素をコードする配列を含む。
[0364]一部の実施形態では、エンドヌクレアーゼおよび/または逆転写酵素はORF2pである。
[0365]一部の実施形態では、レトロトランスポザーゼはL1 ORFタンパク質である。一部の実施形態では、レトロトランスポザーゼはL1 ORF2pタンパク質である。一部の実施形態では、レトロトランスポザーゼはL1 ORF1pタンパク質である。一部の実施形態では、ポリA配列は、ゲノムDNAプライミング配列である。一部の実施形態では、ポリA配列は、逆転写のための標的部位プライマーである。
[0366]一部の実施形態では、ゲノムDNAプライミング配列は、ポリA配列に隣接して少なくとも1つ、少なくとも2つ、少なくとも3つ、少なくとも4つまたは少なくとも5つのヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、ポリA配列に隣接する少なくとも1つ、少なくとも2つ、少なくとも3つ、少なくとも4つまたは少なくとも5つのヌクレオチドは、逆転写のための標的部位プライマーを形成する。一部の実施形態では、ゲノムDNAプライミング配列は、特異的ゲノムターゲッティングが可能な配列を含む。一部の実施形態では、5’UTRまたは3’UTRはSINE配列を含む。一部の実施形態では、5’UTRはAlu配列を含む。一部の実施形態では、3’UTRはAlu配列を含む。一部の実施形態では、5’UTRはL1配列を含む。一部の実施形態では、3’UTRはL1配列を含む。一部の実施形態では、導入遺伝子はゲノムDNAにレトロ転位される。導入遺伝子は、CFP、エンゲージャーまたは本明細書のどこかに記載される抗原性ポリペプチドをコードする配列を含むことができる。一部の実施形態では、導入遺伝子はトランスでレトロ転位される。一部の実施形態では、導入遺伝子はシスでレトロ転位される。一部の実施形態では、導入遺伝子は特異的ゲノム遺伝子座でレトロ転位される。一部の実施形態では、本方法は、導入遺伝子の3’末端に隣接して1つまたは複数の終止コドンをさらに含む。一部の実施形態では、導入遺伝子の3’末端に隣接する1つまたは複数の終止コドンは、導入遺伝子に作動可能に連結される。一部の実施形態では、導入遺伝子の3’末端に隣接する1つまたは複数の終止コドンは、タンデムに配置される。一部の実施形態では、導入遺伝子の3’末端に隣接する1つまたは複数の終止コドンは、別個の読み枠に配置される。一部の実施形態では、本方法は、骨髄細胞にL1-ORF2をコードする核酸を導入することをさらに含む。
[0367]一部の実施形態では、本明細書に記載される方法は、キメラ抗原受容体タンパク質をコードする核酸、および1つまたは複数のさらなるタンパク質またはペプチドをコードする1つまたは複数のさらなる核酸を骨髄細胞に導入することを含む。例えば、本方法は、CARをコードする核酸および第2のタンパク質またはペプチドをコードする第2の核酸を骨髄細胞に導入することを含む。例えば、本方法は、CARをコードする核酸、および第2のタンパク質または第2のペプチドをコードする第2の核酸、および第3のタンパク質または第3のペプチドをコードする第3の核酸を骨髄細胞に導入することを含む。一部の実施形態では、CAR発現の増加を促進するために、1つまたは複数のさらなるタンパク質またはペプチドをコードする1つまたは複数のさらなる核酸を骨髄細胞にさらに導入することができる。一部の実施形態では、1つまたは複数のさらなる核酸は骨髄細胞のための増殖因子をコードすること、または食作用機能もしくは任意の他の関連した機能を増強することができる。一部の実施形態では、1つまたは複数のさらなる核酸は、化学向性を正に調節するタンパク質をコードすることができる。一部の実施形態では、1つまたは複数のさらなる核酸は、骨髄細胞に組み込まれる導入遺伝子の発現を増強するタンパク質をコードすることができる。
[0368]一実施形態では、1つまたは複数のさらなる核酸は、ギャップジャンクションタンパク質をコードする核酸を含む。一実施形態では、ギャップジャンクションタンパク質の同時発現は、骨髄細胞に組み込まれるCAR導入遺伝子の発現を増強する。ギャップジャンクションは動的構造であり、擬似結晶性アレイに組織されるコネキシンで構成される、何百から何千のチャネルからなる。これらの細胞間構造は、イオンおよび小さい代謝産物およびさらに核酸の通行を可能にすることによって、隣接細胞が直通で係合するのを許す。一部の実施形態では、1つまたは複数のさらなる核酸は、接着分子をコードする。細胞接着分子は、細胞が互いとおよび細胞外マトリックスに接着することを可能にする能力を有し、さらに、細胞が互いと、およびそれらの環境と相互作用し、通信することも可能にし、それによって、増殖、遺伝子発現、分化、アポトーシスおよび移動を含む様々な細胞機能を調節する。例示的な接着分子には、インテグリンファミリーのメンバー、セレクチン、カドヘリン、免疫グロブリンスーパーファミリーに属するメンバーおよびCD44ファミリーのメンバーが限定されずに含まれる。一部の実施形態では、例えば、ICAM-1をコードする第2の核酸配列が骨髄細胞に導入され、同じ細胞の中でCARと同時発現される。一部の実施形態では、VCAM-1をコードする第2の核酸配列は、CARと一緒に骨髄細胞の中で同時発現される。一部の実施形態では、第2の核酸はセレクチンをコードする。一部の実施形態では、第2の核酸は、CD49a/CD29、またはCD49b/CD29、またはCD49c/CD29、またはCD49d/CD29、またはCD49e/CD29、またはCD49f/CD29をコードする。一部の実施形態では、第2のタンパク質またはペプチドまたはさらなるタンパク質ペプチドをコードする第2の核酸および/または任意のさらなる核酸はベクターに、例えば発現ベクターに含まれ、発現ベクターは、制御される発現、例えば転写「オン-オフ」スイッチによって制御される発現のために設計することができる調節エレメントを有する。転写オン-オフスイッチを有する例示的なベクターは、当業者に公知であるかまたは当業者が容易に考案することができる、テトラサイクリンで調節される系(Tet-オン、Tet-オフ系)を含むことができる。
[0369]一部の実施形態では、1つまたは複数のさらなる核酸、例えば第2の核酸は、コネキシンをコードする核酸配列を含む。一部の実施形態では、1つまたは複数のさらなる核酸は、コネキシン43をコードする核酸を含む。一部の実施形態では、コネキシン43をコードする核酸は発現ベクターにパッケージされ、ベクターは、コネキシンをコードする核酸領域に作動可能に連結される、プロモーター、場合によりエンハンサー、5’-UTRおよび3’-UTR、3’UTRの安定化部分、例えばBGH3’領域、ならびにポリAポリヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、コネキシン43は細胞中で過剰発現される。一部の実施形態では、コネキシンをコードする核酸は、キメラ抗原受容体CARをコードする核酸と別である。一部の実施形態では、CARをコードする核酸はCARと異なるベクターにある。一部の実施形態では、CARは裸の核酸として骨髄細胞に送達されるが、CARをコードする1つの核酸を含む1つまたは複数の核酸は発現ベクターの中で発現される。一部の実施形態では、発現ベクターはCMVプロモーターを含む。一部の実施形態では、実施形態コネキシン43は過剰発現される。一部の実施形態では、第2のタンパク質またはペプチドまたはさらなるタンパク質ペプチドをコードする第2の核酸および/または任意のさらなる核酸はベクターに、例えば発現ベクターに含まれ、発現ベクターは、制御される発現、例えば転写「オン-オフ」スイッチによって制御される発現のために設計することができる調節エレメントを有する。転写オン-オフスイッチを有する例示的なベクターは、当業者に公知であるかまたは当業者が容易に考案することができる、テトラサイクリンで調節される系(Tet-オン、Tet-オフ系)を含むことができる。
[0370]一部の実施形態では、核酸、例えばキメラタンパク質をコードする組換え核酸は、化学的トランスフェクションまたはエレクトロポレーションによって骨髄細胞に導入される。一部の実施形態では、核酸はエレクトロポレーションによって骨髄細胞に導入される。
[0371]一部の実施形態では、核酸はmRNAである。
[0372]一部の実施形態では、mRNAは療法のために対象に直接的に注射される。一部の実施形態では、mRNAは脂質に封入される。一部の実施形態では、RNAはin vivoで導入されたときに骨髄細胞による優先的取り込みを促進するために改変される。RNA改変は、グリコシル化を含むことができる。一部の実施形態では、mRNAは、食細胞によって取り込まれる前に循環中での長期安定性のためにグリコシル化によって特異的に改変される。
[0373]一部の実施形態では、核酸は対象に静脈内注射される。
[0374]一部の実施形態では、CARを発現する細胞は、1つまたは複数の内因性遺伝子の発現を低減するようにさらに操作することができる。一部の実施形態では、操作は、CARをコードする核酸を導入する前か後に、内因性遺伝子を骨髄細胞のゲノムレベルで編集することを含むことができる。例えば、骨髄細胞の1つまたは複数の機能を増強するために、骨髄細胞で遺伝子またはその調節断片を編集することができる。
[0375]一部の実施形態では、CARを発現する細胞は、CARを発現しない細胞と比較してサイトカインおよびケモカインの生成の増加を示す。一部の実施形態では、サイトカインは、IL-1、IL3、IL-6、IL-12、IL-13、IL-23、TNF、CCL2、CXCL9、CXCL10、CXCL11、IL-18、IL-23、IL-27、CSF、MCSF、GMCSF、IL17、IP-10、RANTES、インターフェロンおよびその組合せからなる群から選択される。
[0376]一部の実施形態では、CARを発現する細胞は、CARを発現しない細胞と比較してエフェクター活性の増加を示す。
[0377]一部の実施形態では、CARを発現する細胞は、CARを発現しない細胞と比較して、食作用のCD47媒介の阻害への抵抗性の増加を示す。
[0378]一部の実施形態では、CARを発現する細胞は、CARを発現しない細胞と比較して、食作用のLILRB1媒介の阻害への抵抗性の増加を示す。
[0379]一部の実施形態では、細胞外ドメインはIg結合性ドメインを含む。
感染性疾患療法のための骨髄細胞
[0380]一態様では、本明細書に記載される骨髄細胞は、感染性疾患を処置するための治療的に有効な細胞を開発するために使用される。骨髄細胞は、細菌感染症、ウイルス感染症、真菌感染症、ある特定の原虫感染症などの感染症を処置するための強力なツールである可能性がある。一実施形態では、本発明に記載されるように単離される骨髄細胞は、病原細菌の上の抗原に結合することができる細胞外抗原結合性ドメイン、ならびに食作用を誘発および/または増強し、および/または骨髄細胞の中のインフラマソーム成分を活性化する細胞内ドメインを有するキメラ抗原性受容体(CAR)を発現するように、さらに操作または改変される。
[0381]一部の実施形態では、リポアラビノマンナン(LAM)などの細菌表面抗原に特異的である細胞外結合性ドメインを有するCARを設計することができ、結核菌の食菌で有益である可能性がある。結核菌などの病原体を効果的に食菌する骨髄細胞は、抗原をリンパ球に提示し、長期免疫応答および免疫記憶を起こさせることもできる。活性化により骨髄細胞による食作用を増強する細胞内シグナル伝達ドメインに作動可能に連結されている、例えば肺炎球菌、インフルエンザ菌または髄膜炎菌からの抗原に特異的である細胞外結合性ドメインを有するCARを設計することができる。
[0382]一部の実施形態では、CARは、ウイルス抗原を標的にした、ウイルスに向けられた結合性ドメインを含むことができる。一部の実施形態では、ウイルス抗原はインフルエンザ抗原、例えばHA(血球凝集素)抗原(例えば、H1、H2、H3、H5)、ノイラミニダーゼ抗原(例えば、N1、N2、N3など)またはマトリックスタンパク質抗原(M1)、イオンチャネルタンパク質(M2)である。本明細書に記載される例示的な抗原に向けられるCARを発現する骨髄細胞は、インフルエンザに対する骨髄細胞をベースとしたワクチンとして有益かもしれない。
[0383]一部の実施形態では、CARはHBVタンパク質に向けられる結合性ドメインを含むことができ、CARを発現する骨髄細胞は骨髄細胞をベースとしたHBVワクチンの開発で有益かもしれない。例示的なHBV抗原には、M-HbsAg、S-HBsAgおよびL-HBsAgが限定されずに含まれる。一部の実施形態では、CARは、HPV16またはHPV18のキャプシドタンパク質に向けられた結合性ドメインを含むことができる。
[0384]一実施形態では、COVIDパンデミックを引き起こす、新規コロナウイルス-19または2019-nCOV-2を限定されずに含むコロナウイルスに対して強力なT細胞応答を生成することができる。コロナウイルス抗原、例えばSタンパク質抗原、NSPタンパク質抗原、Eタンパク質抗原、Mタンパク質抗原、Nタンパク質抗原またはNSP抗原を発現する骨髄細胞が本明細書で企図され、ここで、コロナウイルス抗原は組換え核酸によってコードされる。nCOV-2抗原、例えばSタンパク質抗原、NSPタンパク質抗原、Eタンパク質抗原、Mタンパク質抗原、Nタンパク質抗原またはNSP抗原に向けられるCARを発現する骨髄細胞も本明細書で企図される。
[0385]一部の実施形態では、病原体に向けられるCARを発現する骨髄細胞療法は、食作用および排除による初期の病原体負荷を低減しつつ、宿主で強力なB細胞応答を編成するのを助けることができる。
[0386]一部の実施形態では、病原体に向けられるCARを発現する骨髄細胞療法は、食作用および排除による初期の病原体負荷を低減しつつ、宿主で強力なT細胞応答を編成するのを助けることができる。
[0387]一部の実施形態では、T細胞活性化のための抗原をin vivoまたはex vivoでその表面に提示する骨髄細胞が本明細書で企図される。一部の実施形態では、骨髄細胞は、外因性または組換えの病原体抗原を含むか、提示するか、発現する。一部の実施形態では、骨髄細胞は、外因性または組換えのウイルス抗原を含むか、提示するか、発現する。一部の実施形態では、骨髄細胞は、外因性または組換えの細菌抗原を含むか、提示するか、発現する。一部の実施形態では、骨髄細胞は、外因性または組換えの腫瘍抗原を含むか、提示するか、発現する。
[0388]一部の実施形態では、骨髄細胞は、ワクチン接種のために治療的に有効である。一部の実施形態では、骨髄細胞は1つまたは複数の特異的抗原を積んでいる。一部の実施形態では、骨髄細胞は、本開示に記載される前駆細胞である。一部の実施形態では、骨髄細胞はCD14+である。一部の実施形態では、骨髄細胞はCD16-である。一部の実施形態では、骨髄細胞はCD14+/CD16-である。一部の実施形態では、骨髄細胞はCCR2+である。
[0389]一部の実施形態では、骨髄細胞は、1つまたは複数の外因性または組換えのウイルス抗原を含むか、提示するか、発現する。
[0390]一部の実施形態では、骨髄細胞は、外因性または組換えのインフルエンザ抗原、例えばHA抗原、NA抗原、M1抗原、M2抗原、NP抗原、PB1抗原、PB2抗原、PA抗原またはその組合せを含むか、提示するか、発現する。一部の実施形態では、インフルエンザ抗原を発現する骨髄細胞は、本開示に記載される前駆細胞である。一部の実施形態では、骨髄細胞はCD14+である。一部の実施形態では、骨髄細胞はCD16-である。一部の実施形態では、骨髄細胞はCD14+/CD16-である。一部の実施形態では、骨髄細胞はCCR2+である。
[0391]一部の実施形態では、骨髄細胞は、外因性または組換えの2019-nCOV2抗原を含むか、提示するか、発現する。一部の実施形態では、治療的に有効な骨髄細胞は、2019-COV2に特異的である1つまたは複数の抗原を積んでいる。一部の実施形態では、2019-nCOV2抗原を含むか、提示するか、発現する治療的に有効な骨髄細胞は、本開示に記載される前駆骨髄細胞である。一部の実施形態では、治療的に有効な骨髄細胞はCD14+である。一部の実施形態では、骨髄細胞はCD16-である。一部の実施形態では、骨髄細胞はCD14+/CD16-である。一部の実施形態では、骨髄細胞はCCR2+である。一部の実施形態では、コロナウイルスワクチン接種のための治療的に有効な骨髄細胞は、外因性または組換えのレプリカーゼタンパク質抗原、Sタンパク質抗原、NSPタンパク質抗原、Eタンパク質抗原、Mタンパク質抗原、Nタンパク質抗原またはその組合せを含むか、提示するか、発現する。
[0392]一実施形態では、COVIDパンデミックを引き起こす、新規コロナウイルス-19または2019-nCOV-2を限定されずに含むコロナウイルスに対して強力なT細胞応答を生成することができる。nCOV-2(互換的に、SARS-CoV-2)抗原、例えばSタンパク質抗原、NSPタンパク質抗原、Eタンパク質抗原、Mタンパク質抗原、Nタンパク質抗原またはNSP抗原に向けられるCARを発現する骨髄細胞が本明細書で企図される。
[0393]一部の実施形態では、1つまたは複数の抗原をコードする融合タンパク質をコードする組換え核酸が本明細書に記載される骨髄細胞に導入され、例えば、CD14+/CD16-は骨髄細胞である。一部の実施形態では、組換え抗原または抗原(複数)は、骨髄細胞、例えばCD14+およびCD16-を発現する骨髄細胞によってエンドソームでプロセシングされる。
[0394]一部の実施形態では、ワクチンに開発することができる組成物が本明細書で提供され、例示的なワクチン組成物は組換え核酸を含む細胞を含むことができる。
[0395]一部の実施形態では、融合タンパク質をコードするmRNAは、7-メチル-GTPキャップでキャップされる5’末端を含む。一部の実施形態では、改変されたRNAの約70%は、7-メチル-GTPキャップを有する。一部の実施形態では、改変されたRNAの約80%は、7-メチル-GTPキャップを有する。一部の実施形態では、改変されたRNAの約90%は、7-メチル-GTPキャップを有する。一部の実施形態では、改変されたRNAの90%超は、7-メチル-GTPキャップを有する。一部の実施形態では、3’-ポリAテールを含む融合タンパク質をコードするmRNA。一部の実施形態では、ポリAテールは長さが20~200ヌクレオチドである。一部の実施形態では、ポリAテールは長さが50~100ヌクレオチドである。一部の実施形態では、ポリAテールは長さが50ヌクレオチド未満か、それを超えるかまたは約50ヌクレオチドである。一部の実施形態では、ポリAテールは長さが100ヌクレオチド未満か、それを超えるかまたは約100ヌクレオチドである。一部の実施形態では、ポリAテールは長さが200ヌクレオチド未満か、それを超えるかまたは約200ヌクレオチドである。
[0396]一部の実施形態では、融合タンパク質をコードするmRNAは、改変されたヌクレオチドまたはヌクレオチド類似体を含む。一部の実施形態では、融合タンパク質をコードするmRNAは、2’-Oメチル化ヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、2’-Oメチル化ヌクレオチドは第1のヌクレオチドである。一部の実施形態では、融合タンパク質をコードするmRNAは、5-メトキシウリジンを含む。一部の実施形態では、融合タンパク質をコードするmRNAは、1つまたは複数の5-メトキシウリジンによる1つまたは複数のウリジンヌクレオチドの置換を含む。
[0397]一部の実施形態では、その後骨髄細胞がCD8+T細胞、CD4+T細胞およびB細胞を含む様々なリンパ球細胞型を活性化することができるように、骨髄細胞を活性化するために使用することができる、向上した免疫原性薬剤が開示される。
[0398]一部の実施形態では、抗原は骨髄細胞の中で発現され、骨髄細胞はCD14+/CD16-骨髄細胞である。抗原は、組換え抗原であってよい。抗原は、それがMHCプロセシング経路に向けられるように設計することができる。抗原は、それが分泌経路に向けられるように設計することができる。抗原は、それがMHCプロセシング経路および分泌経路の両方に向けられるように設計することができる。そのような抗原性デザインをコードするのに好適な例示的組換え核酸は、抗原のプロセシングおよび提示のためにエンドソームコンパートメントへの同時翻訳トラフィッキングを促進するペプチドに抗原性ペプチドが融合される、融合タンパク質をコードする構築物であってよい。一部の実施形態では、エンドソーム標的化配列は、LAMPタンパク質、例えばLAMP1またはLAMP2に由来する標的化配列であってもよい。
[0399]例示的なLAMP1配列は、LIPIAVGGALAGLVLIVLIAYLVGRKRSHAGYQTI(配列番号54)である。ペプチド配列は、抗原配列のC末端に融合させることができる。
[0400]一部の実施形態では、構築物は、分泌のための標的であるシグナル配列またはリーダー配列を含む抗原をコードする配列を含むことができる。そのような配列は、分泌シグナル配列である。分泌されるタンパク質はリーダーまたはシグナル配列を通常N末端に含み、それは長さが約8~20アミノ酸である。例示的な分泌タンパク質は、サイトカイン、増殖因子、ケモカイン、アルブミン等である。そのような配列は、天然の抗原シグナル配列を置き換えるために使用することができる。他の実施形態では、抗原配列のN末端にシグナル配列を加えることができる。例示的な分泌シグナルペプチド配列はヒト顆粒球マクロファージコロニー刺激因子(GMCSF)シグナル伝達配列:MWLQSLLLLGTVACSIS(配列番号7)である。別の例示的な分泌シグナル配列は、ヒト免疫グロブリン重鎖シグナル伝達配列:MDWTWRVFCLLAVTPGAHP(配列番号57)、またはヒト免疫グロブリン軽鎖シグナル伝達配列:MAWSPLFLTLITHCAGSWA(配列番号58)である。別の例示的な分泌シグナル配列は、ヒト血清アルブミンシグナル伝達配列:MKWVTFISLLFLFSSAYS(配列番号59)である。別の例示的な分泌シグナル配列は、ヒトアズロシジンシグナル伝達配列:MTRLTVLALLAGLLASSRA(配列番号60)である。分泌を促進するために使用することができる例示的な分泌シグナルペプチドは:ヒトシスタチン:MARPLCTLLLLMATLAGALA(配列番号61)である。それがCD4+T細胞およびB細胞を活性化するように、任意の抗原を細胞からの放出のために改変することができる。
[0401]一部の実施形態では、組換え核酸は、T2A配列などの自己切断配列によって分離される複数の抗原をコードする。例示的な組換え構築物は、エンドソーム標的化タンパク質配列、例えばLAMP1タンパク質配列に融合している抗原のコピー、および分泌シグナルを有する別のコピーを含む融合構築物であり、ここで、2つのコピーは、T2A配列などの切断可能な配列によって分離される。
[0402]一部の実施形態では、組換え核酸は、エンドソーム標的化配列に融合させることができる1つまたは複数の抗原をコードすることができる。一部の実施形態では、組換え核酸は、少なくとも1つの分泌配列を含む1つまたは複数の抗原をコードすることができる。
[0403]一部の実施形態では、組換え核酸は、エンドソーム標的化配列に融合される第1の抗原、および分泌配列を含む第2の抗原をコードする。一部の実施形態では、第1の抗原および第2の抗原は同じ遺伝子によってコードされる。
[0404]一部の実施形態では、1つまたは複数の抗原をコードするmRNAは、長さが100~10,000ヌクレオチドである。一部の実施形態では、1つまたは複数の抗原をコードするmRNAは、長さが1000~5000ヌクレオチドである。一部の実施形態では、1つまたは複数の抗原をコードするmRNAは、長さが500~2000ヌクレオチドである。一部の実施形態では、1つまたは複数の抗原をコードするmRNAは、長さが500~8000ヌクレオチドである。一部の実施形態では、1つまたは複数の抗原をコードするmRNAは、長さが3000ヌクレオチド未満かそれを超えるか、または約3000ヌクレオチドである。一部の実施形態では、1つまたは複数の抗原をコードするmRNAは、長さが4000ヌクレオチド未満かそれを超えるか、または約4000ヌクレオチドである。一部の実施形態では、1つまたは複数の抗原をコードするmRNAは、長さが5000ヌクレオチド未満かそれを超えるか、または約5000ヌクレオチドである。一部の実施形態では、1つまたは複数の抗原をコードするmRNAは、長さが6000ヌクレオチド未満かそれを超えるか、または約6000ヌクレオチドである。一部の実施形態では、1つまたは複数の抗原をコードするmRNAは、長さが7000ヌクレオチド未満かそれを超えるか、または約7000ヌクレオチドである。一部の実施形態では、1つまたは複数の抗原をコードするmRNAは、長さが8000ヌクレオチド未満かそれを超えるか、または約8000ヌクレオチドである。一部の実施形態では、1つまたは複数の抗原をコードするmRNAは、長さが9000ヌクレオチド未満かそれを超えるか、または約9000ヌクレオチドである。
[0405]一部の実施形態では、組換え核酸は、SARS-CoV-2スパイク(S)の1つまたは複数のT細胞エピトープおよび/またはSARS-CoV-2ヌクレオカプシドタンパク質(NP)の1つまたは複数のT細胞エピトープを含む融合タンパク質をコードするmRNAである。一部の実施形態では、融合タンパク質をコードするmRNAは、リソソーム標的化部分であってよいタグに融合される、SARS-CoV-2スパイク(S)の1つまたは複数のT細胞エピトープおよび/またはSARS-CoV-2ヌクレオカプシドタンパク質(NP)の1つまたは複数のT細胞エピトープを含む。
[0406]組換え核酸によってコードされるSARS-CoV-2の例示的なT細胞エピトープは、配列:MRALWVLGLCCVLLTFGSVRA(配列番号50)を有するペプチドであってよい。
[0407]一部の実施形態では、核酸、例えばmRNAまたはプラスミドは、配列番号51:VASQSIIAYTMSLGAENSVAYSNNSIAIPTNFTISVTTEILPVSMTKTSVDCTMYICGDSTECSNLLLQYGSFCTQLNRALTGIAVEQDKNTQEVFAQVKQIYKTPPIKDFGGFNFSQILPDPSKPSKRSFIEDLLFNKVTLADAGFIKQYGDCLGDIAARDLICAQKFNGLTVLPPLLTDEMIAQYTSALLAGTITSGWTFGAGAALQIPFAMQMAYRFNGIGVTQNVLYENQKLIANQFNSAIGKIQDSLSSTASALGKLQDVVNQNAQALNTLVKQLSSNFGAISSVLNDILSRLDPPEAEVQIDRLITGRLQSLQTYVTQQLIRAAEIRASANLAATKMSECVLGQSKRVDFCGKGYHLMSFPQSAPHGVVFLHVTYVPAQEKNFTTAPAICHDGKAHFPREGVFVSNGTHWFVTQRNFYEPQIITTDNTFVSGNCDVVIGIVNNTVYDPLQPELDSFKEELDKYFKNHTSPDVDLGDISGINASVVNIQKEIDRLNEVAKNLNESLIDLQELGKYEQ(配列番号51)で表されるSARS-CoV-2の1つまたは複数のT細胞エピトープをコードする。
[0408]一部の実施形態では、SARS-CoV-2の1つまたは複数のT細胞エピトープをコードする核酸、例えばmRNAまたはプラスミドは、配列番号52:ISAMVRS(配列番号52)で表される配列を有するペプチドをコードする。
[0409]一部の実施形態では、核酸、例えばmRNAまたはプラスミドは、配列番号53:AGNGGDAALALLLLDRLNQLESKMSGKGQQQQGQTVTKKSAAEASKKPRQKRTATKAYNVTQAFGRRGPEQTQGNFGDQELIRQGTDYKHWPQIAQFAPSASAFFGMSRIGMEVTPSGTWLTYTAAIKLDDKDPNFKDQVILLNKHIDAYKTFPPTEPKKDKKKKADETQALPQRQKKQQTVTLLPAADLDDFSKQLQQSMSSADSTQA(配列番号53)で表されるSARS-CoV-2の1つまたは複数のT細胞エピトープをコードする。
[0410]一部の実施形態では、SARS-CoV-2の1つまたは複数のT細胞エピトープをコードする核酸、例えばmRNAまたはプラスミドは、配列番号54:LIPIAVGGALAGLVLIVLIAYLVGRKRSHAGYQTI(配列番号54)で表される配列を有するペプチドをコードする。
[0411]一部の実施形態では、SARS-CoV-2の1つまたは複数の抗原をコードする核酸、例えばmRNAまたはプラスミドは、配列番号55:ATGAGGGCCCTGTGGGTGCTGGGCCTCTGCTGCGTCCTGCTGACCTTCGGGagcGTacgtGCT(配列番号55)の配列を含む。
[0412]一部の実施形態では、SARS-CoV-2の1つまたは複数の抗原をコードする核酸、例えばmRNAまたはプラスミドは、配列番号56:GTAGCTAGCCAGAGCATCATCGCCTACACCATGAGCCTGGGCGCAGAGAACAGCGTGGCCTATTCCAACAACTCTATCGCCATTCCCACCAACTTTACAATTAGCGTCACAACAGAGATCCTGCCCGTGAGCATGACCAAGACCAGCGTGGACTGTACAATGTACATCTGTGGCGACAGCACTGAATGCAGCAACCTGCTGCTGCAATACGGCTCCTTTTGCACCCAACTGAACCGGGCGCTGACCGGAATCGCCGTGGAACAGGACAAAAATACCCAGGAGGTGTTCGCCCAAGTGAAGCAGATCTACAAGACCCCACCTATCAAGGACTTCGGCGGCTTTAACTTTAGCCAGATTCTCCCTGATCCTTCTAAGCCTAGCAAGCGGAGCTTTATCGAGGATCTGCTGTTCAACAAGGTCACCCTGGCCGATGCCGGCTTTATCAAACAGTATGGCGATTGCCTGGGCGACATAGCCGCCAGAGATCTGATCTGCGCCCAGAAATTCAACGGCCTGACAGTTCTCCCACCTCTGCTGACCGACGAGATGATCGCTCAGTACACCTCTGCCCTGCTGGCTGGCACCATCACATCTGGGTGGACATTTGGCGCCGGCGCCGCCCTGCAGATCCCCTTTGCCATGCAGATGGCCTATAGATTCAACGGAATCGGCGTGACCCAGAACGTGCTGTATGAAAACCAGAAGCTGATCGCTAACCAGTTCAATTCTGCCATCGGCAAGATCCAGGACTCCCTCTCCTCTACCGCCAGCGCCCTGGGCAAACTGCAGGACGTGGTGAATCAGAACGCCCAAGCCCTGAACACCCTGGTGAAGCAGCTCAGCAGCAATTTTGGCGCCATCAGCTCTGTGCTGAACGATATCCTGTCTAGACTGGACCCTCCAGAAGCCGAAGTCCAGATCGATAGACTGATCACAGGCAGACTGCAGTCCCTGCAAACCTACGTGACCCAACAGCTGATCAGGGCCGCTGAAATAAGAGCCAGCGCCAATCTCGCCGCTACCAAGATGTCCGAGTGTGTGCTGGGACAGTCTAAACGCGTTGACTTCTGCGGCAAAGGCTATCACCTGATGAGCTTCCCCCAGAGCGCGCCGCACGGCGTGGTGTTCCTGCATGTGACATACGTGCCTGCCCAAGAGAAGAATTTCACAACCGCCCCTGCCATCTGCCACGACGGCAAGGCCCACTTCCCAAGAGAGGGCGTTTTCGTTTCCAATGGCACACACTGGTTCGTGACACAAAGAAACTTCTACGAACCCCAGATTATCACCACCGACAACACCTTCGTGAGTGGCAATTGTGACGTGGTCATCGGAATCGTGAACAACACAGTGTACGACCCTCTGCAACCTGAGCTGGACTCTTTTAAGGAAGAGCTGGACAAGTACTTTAAAAACCACACCAGCCCCGATGTGGACCTGGGCGACATCAGTGGCATTAACGCCAGCGTGGTGAACATCCAAAAGGAAATCGACAGACTGAACGAGGTGGCCAAGAACCTGAACGAGTCCCTGATCGACCTGCAGGAGCTCGGCAAATACGAGCAG(配列番号56)の配列を含むことができる。
治療的に有効な骨髄細胞の作製方法
骨髄細胞の単離および/または富化
[0413]骨髄細胞は、ヒト末梢血から単離することができる。一部の実施形態では、骨髄細胞は末梢血の直接的引き抜きによって対象から単離することができる。一部の実施形態では、骨髄細胞は容器中の利用可能な白血球分離試料から単離することができる。一部の実施形態では、骨髄細胞の供与源として、健康ドナーからの末梢血が使用される。一部の実施形態では、PBMCは健康なドナーの血液試料から単離される。
[0414]一部の実施形態では、PBMCは無菌の閉鎖系の中に単離される。
[0415]一部の実施形態では、PBMCは、単球または単球前駆細胞の上の細胞表面分子に結合する抗体と接触させることができ、抗体は目的の細胞を単離するために使用される。一部の実施形態では、PBMC細胞は、PBMCの中の特異的細胞、抗体が結合する特異的細胞表面マーカーを発現する細胞、に結合する抗体でコーティングされたビーズと接触させる。一部の実施形態では、抗原は固定化すること、例えば、容器もしくはカラムの表面に接着させるか、またはPBMC細胞懸濁液の中を通過させたとき、抗体が結合する細胞表面分子を発現する細胞を捕捉するビーズの上に付着させることができる。この方法は、正の選択方法と呼ばれる。一部の実施形態では、PBMCは抗CD14抗体または抗CD14抗体でコーティングされたビーズと接触させる。一部の実施形態では、本明細書に記載されるように目的の骨髄細胞の上で発現される表面マーカーの1つまたは複数に結合することができる以下の抗体の1つまたは複数が正の選択のために使用されるが、そのようなマーカーは、CD64、CD192(CCR2)、CD195(CCR5)、CD120a(TNFR1)およびCD120b(TNFR2)からなるリストに限定されない。一部の実施形態では、本明細書で使用されるように任意の抗体は完全抗体、またはその機能的断片、Fab’、組換え抗体、工学操作された抗体、scFv、ダイアボディ、トリアボディまたは他の工学操作された捕捉分子であってよい。一部の実施形態では、結合により1つまたは複数の細胞表面分子を活性化しない抗体、および/または骨髄細胞で緊張性シグナル伝達へ導かない抗体を工学操作することができる。
[0416]抗体でコーティングされたビーズに結合した細胞は、密度勾配遠心分離によって;磁気分離(ビーズは磁気ビーズである)によって;または、任意の他の好適な手段によって、例えば、表面に前もって固定化されたビーズを使用し、移動相として固定化されたビーズの床の上にPBMCを通過させることによって分離することができる。ビーズに結合した細胞から未結合の細胞を分離し、好適なバッファーで洗浄した後、細胞を好適な方法によって、例えば、好適なバッファーを使用して、または抗体でコーティングしたビーズへの細胞の結合をかい離させるペプチダーゼもしくは任意の他の好適な酵素もしくは化合物を使用して、リガンド-抗体結合をかい離させることによって、ビーズから溶出させる。細胞は、さらなる分析のために回収される。
[0417]一部の実施形態では、PBMCは、単球でも単球前駆細胞でもない細胞で発現される細胞表面分子に結合する抗体と接触させることができ、抗体は、PBMCから望ましくない細胞を除去し、目的の残った細胞を単離するために使用される。これは、負の選択方法と呼ばれる。一部の実施形態では、この方法は、例えば、単球は、抗体などの細胞表面結合性分子との接触により活性化させることができるという事実を考慮すると好ましいかもしれない。早発性の活性化は、負の選択によって回避することができる。一部の実施形態では、本発明と関連した負の選択は、リンパ球、NK細胞、樹状細胞、成熟マクロファージおよび/または消耗した食細胞の1つまたは複数を除去することによって達成することができる。一部の実施形態では、本方法は、最後に採取される残りの細胞が本明細書に記載される単球または前駆単球細胞であるように、任意の生体試料からのリンパ球、NK細胞、樹状細胞、成熟マクロファージおよび/または消耗した食細胞の1つまたは複数の選択的枯渇を含む。一部の実施形態では、上記の前記細胞を除去するために好適に使用される1つまたは複数の抗体は、限定されずにCD3抗体、CD16抗体、CD19抗体、CD56抗体を含むことができる。一部の実施形態では、例えば、負の選択は、PBMCを抗CD3抗体ビーズと接触させることによって目的の細胞を得るために実行される。一部の実施形態では、例えば、負の選択は、PBMCを抗CD16抗体ビーズと接触させることによって目的の細胞を得るために実行される。一部の実施形態では、抗CD19抗体が使用され、例えば抗CD19抗体でコーティングされたビーズが使用される。一部の実施形態では、負の選択のために抗CD56抗体を使用することができる。一部の実施形態では、負の選択のために抗TNFR2抗体を使用することができる。一部の実施形態では、CD3結合抗体、CD8結合抗体、CD16結合抗体、CD19結合抗体、CD56結合抗体、CX3CR1(フラクタルキン)結合抗体およびTNFR2結合抗体を含む選択肢からの抗体の任意の1つまたは任意の数の組合せを使用することができる。
[0418]1つの決定的な問題はPBMCを得るための密度勾配の必要性であるが、その理由は、GMP目的のために密度勾配が直ちに利用できなく、および/または閉鎖系で容易に実行することができないからである。プラスチック接着に頼る方法は比較的安価であるが、抗huCD14-ミクロビーズによる正の選択または負の選択のような他のアプローチは経済的であるとは言えない。さらに、正の選択では、異種抗体の使用に対するさらなる懸念がある。一部の実施形態では、単球は、細胞を早期に活性化することを回避するために自然のままで単離される。このプロセスは負の選択であると言うこともでき、エラトリエーションによって実行することができる。
[0419]単球のエラトリエーションは、閉鎖系の中で大量の自然のままの単球の迅速で安価な単離または富化を可能にするElutrakで実行することができる。末梢血単球は、細胞分離器(Elutrak、Gambro BCT、Lakewood、Colorado、USA)および40mlエラトリエーションチャンバーを有する1回きりの機能的に密封された使い捨て式セットを使用して、未固定化白血球分離生成物から直接的に富化することができる。細胞分離は、細胞のサイズおよびまたは密度に依存する沈降速度に基づいて起こる。白血球分離生成物は、細胞注入ポンプを使用してエラトリエーションチャンバーにロードし、2400rpmの速度で遠心分離にかけることができる。その後、遠心分離速度を一定に保ち、前もって取り付けた収集バッグへの特異的細胞分画のエラトリエーションを可能にするために、2つの3lプーリングバッグ(T3006、Cell-Max GmbH、Munich、Germany)に含有されるエラトリエーション媒体(PBS;Bio Whittaker、Walkersville、USA、1%ヒト血清アルブミンを追加;Aventis-Behring、Marburg、Germany)のフローを段階的に増加することができる。
[0420]一部の実施形態では、少なくとも10から約1012のPBMCが必要であり、そこから目的の細胞が単離(富化)される。一部の実施形態では、目的の細胞はCD14+細胞である。一部の実施形態では、目的の細胞はCD14+/CD16-細胞である。一部の実施形態では、目的の細胞はCD14またはCD16以外の細胞表面タンパク質の高いレベルを発現することができる、CD14+/CD16-細胞である。一部の実施形態では、目的の細胞は高レベルのCCR2を発現することができる。一部の実施形態では、目的の細胞の単離または富化より前の全細胞数は、約10、5×10、10、5×10、1010、5×1010、1011、5×1011、1012、5×1012個の細胞またはそれより多くてもよい。一部の実施形態では、目的の細胞の単離または富化の前のPBMCの総数は、少なくとも10から約1012個の細胞であってよい。一部の実施形態では、目的の細胞の単離または富化の前の全細胞数は、約2×10、3×10、4×10、5×10、6×10、7×10、8×10、9×10または1010個の細胞;約2×1010、3×1010、4×1010、5×1010、6×1010、7×1010、8×1010、9×1010個の細胞または1011個の細胞;約2×1011、3×1011、4×1011、5×1011、6×1011、7×1011、8×1011、9×1011または1012個の細胞;約5×1012またはそれより多くてもよい。
[0421]一部の実施形態では、例えば前記のように抗体でコーティングされたビーズを使用した単離または富化手順の後に回収される目的の細胞は、単離または富化の前の時点でカウントされる全PBMCの分画であってよい。一部の実施形態では、単離または富化の後の目的の細胞は、少なくとも10個の細胞であってよい。一部の実施形態では、単離または富化の後の目的の細胞は、少なくとも10個の細胞であってよい。一部の実施形態では、単離または富化の後の目的の細胞は、少なくとも10個の細胞であってよい。一部の実施形態では、単離または富化の後の目的の細胞は、少なくとも1010個の細胞であってよい。一部の実施形態では、単離または富化の後の目的の細胞は、約2×10個の細胞であってよい。一部の実施形態では、単離または富化の後の目的の細胞は、約3×10個の細胞であってよい。一部の実施形態では、単離または富化の後の目的の細胞は、約4×10個の細胞であってよい。一部の実施形態では、単離または富化の後の目的の細胞は、約5×10個の細胞であってよい。一部の実施形態では、単離または富化の後の目的の細胞は、約6×10個の細胞であってよい。一部の実施形態では、単離または富化の後の目的の細胞は、約7×10個の細胞であってよい。一部の実施形態では、単離または富化の後の目的の細胞は、約8×10個の細胞であってよい。一部の実施形態では、単離または富化の後の目的の細胞は、約9×10個の細胞であってよい。一部の実施形態では、単離または富化の後の目的の細胞は、約10個の細胞であってよい。一部の実施形態では、単離または富化の後の目的の細胞は、約2×10個の細胞であってよい。一部の実施形態では、単離または富化の後の目的の細胞は、約3×10個の細胞であってよい。一部の実施形態では、単離または富化の後の目的の細胞は、約4×10個の細胞であってよい。一部の実施形態では、単離または富化の後の目的の細胞は、約5×10個の細胞であってよい。一部の実施形態では、単離または富化の後の目的の細胞は、約6×10個の細胞であってよい。一部の実施形態では、単離または富化の後の目的の細胞は、約7×10個の細胞であってよい。一部の実施形態では、単離または富化の後の目的の細胞は、約8×10個の細胞であってよい。一部の実施形態では、単離または富化の後の目的の細胞は、約9×10個の細胞であってよい。一部の実施形態では、単離または富化の後の目的の細胞は、約10個の細胞であってよい。一部の実施形態では、単離または富化の後の目的の細胞は、約2×10個の細胞であってよい。一部の実施形態では、単離または富化の後の目的の細胞は、約5×10個の細胞であってよい。一部の実施形態では、単離または富化の後の目的の細胞は、約8×10個の細胞であってよい。一部の実施形態では、単離または富化の後の目的の細胞は、約9×10個の細胞であってよい。一部の実施形態では、単離または富化の後の目的の細胞は、約1010個の細胞であってよい。一部の実施形態では、単離または富化の後の目的の細胞は、約5×1010個の細胞であってよい。一部の実施形態では、単離または富化の後の目的の細胞は、約1011個の細胞であってよい。一部の実施形態では、単離または富化の後の目的の細胞は、約5×1011個の細胞またはそれより多くてもよい。
[0422]一部の実施形態では、単離または富化プロセスは、目的の細胞を2倍を超えて富化することができる。一部の実施形態では、単離または富化プロセスは、目的の細胞を3倍を超えて富化することができる。一部の実施形態では、単離または富化プロセスは、目的の細胞を4倍を超えて富化することができる。一部の実施形態では、単離または富化プロセスは、目的の細胞を5倍を超えて富化することができる。一部の実施形態では、単離または富化プロセスは、目的の細胞を6倍を超えて富化することができる。一部の実施形態では、単離または富化プロセスは、目的の細胞を7倍を超えて富化することができる。一部の実施形態では、単離または富化プロセスは、目的の細胞を8倍を超えて富化することができる。一部の実施形態では、単離または富化プロセスは、目的の細胞を9倍を超えて富化することができる。一部の実施形態では、単離または富化プロセスは、目的の細胞を10倍を超えて富化することができる。一部の実施形態では、単離または富化プロセスは、目的の細胞を12倍を超えて富化することができる。一部の実施形態では、単離または富化プロセスは、目的の細胞を14倍を超えて富化することができる。一部の実施形態では、単離または富化プロセスは、目的の細胞を15倍を超えて富化することができる。一部の実施形態では、単離または富化プロセスは、目的の細胞を20倍を超えて富化することができる。一部の実施形態では、単離または富化プロセスは、目的の細胞を25倍を超えて富化することができる。
単離した細胞の特徴付け
[0423]目的の細胞の単離または富化の後、細胞は特徴付けられる。ほとんどの場合、回収された目的の細胞からのアリコートは、性質および機能的特徴をサンプリングするためにさらなるアッセイにかけられる。細胞は、好適な細胞生存能力アッセイを使用して細胞生存能力について検査される。例示的なアッセイには、トリパンブルー排除アッセイ、LDH放出アッセイおよびNC200アッセイが含まれる。一部の実施形態では、NucleoCounter NC200(Chemometec)などの自動生細胞カウンターが使用され、ここでは生細胞だけが数えられ、全細胞数は全生細胞数に等しい。
[0424]一部の実施形態では、回収された細胞のアリコートを使用してフローサイトメトリーアッセイなどの好適なアッセイによって決定したとき、単離された細胞の少なくとも50%より多くがCD14+であってよい。一部の実施形態では、単離された細胞の少なくとも60%より多くがCD14+であってよい。一部の実施形態では、単離された細胞の少なくとも70%より多くがCD14+であってよい。一部の実施形態では、単離された細胞の少なくとも71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%または80%より多くがCD14+であってよい。一部の実施形態では、単離された細胞の81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%または90%より多くがCD14+であってよい。一部の実施形態では、単離された細胞の91%より多くがCD14+であってよい。一部の実施形態では、単離された細胞の92%より多くがCD14+であってよい。一部の実施形態では、単離された細胞の93%より多くがCD14+であってよい。一部の実施形態では、単離された細胞の94%より多くがCD14+であってよい。一部の実施形態では、単離された細胞の95%より多くがCD14+であってよい。一部の実施形態では、単離された細胞の96%より多くがCD14+であってよい。一部の実施形態では、単離された細胞の97%より多くがCD14+であってよい。一部の実施形態では、単離された細胞の98%より多くがCD14+であってよい。一部の実施形態では、単離された細胞の99%より多くがCD14+であってよい。
[0425]回収された細胞のアリコートを使用してフローサイトメトリーアッセイによって決定したとき、単離された細胞はCD16-であってよい。一部の実施形態では、回収された細胞のアリコートを使用してフローサイトメトリーアッセイによって決定したとき、単離された細胞の少なくとも50%はCD16-であってよい。一部の実施形態では、単離された細胞の少なくとも60%はCD16-であってよい。一部の実施形態では、単離された細胞の少なくとも70%はCD16-であってよい。一部の実施形態では、単離された細胞の少なくとも71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%または80%より多くがCD16-であってよい。一部の実施形態では、単離された細胞の81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%または90%より多くがCD16-であってよい。一部の実施形態では、単離された細胞の91%より多くがCD16-であってよい。一部の実施形態では、単離された細胞の92%より多くがCD16-であってよい。一部の実施形態では、単離された細胞の93%より多くがCD16-であってよい。一部の実施形態では、単離された細胞の94%より多くがCD16-であってよい。一部の実施形態では、単離された細胞の95%より多くがCD16-であってよい。一部の実施形態では、単離された細胞の96%より多くがCD16-であってよい。一部の実施形態では、単離された細胞の97%より多くがCD16-であってよい。一部の実施形態では、単離された細胞の98%より多くがCD16-であってよい。一部の実施形態では、単離された細胞の99%より多くがCD16-であってよい。
[0426]一部の実施形態では、単離または富化された細胞の少なくとも50%、55%、60%、65%または70%はCD14+/CD16-であってよい。一部の実施形態では、単離または富化された細胞の少なくとも75%はCD14+/CD16-であってよい。一部の実施形態では、単離または富化された細胞の少なくとも80%はCD14+/CD16-であってよい。一部の実施形態では、単離または富化された細胞の少なくとも85%はCD14+/CD16-であってよい。一部の実施形態では、単離または富化された細胞の少なくとも90%はCD14+/CD16-であってよい。一部の実施形態では、単離または富化された細胞の少なくとも95%はCD14+/CD16-であってよい。
[0427]回収された細胞のアリコートを使用してフローサイトメトリーアッセイによって決定したとき、単離または富化された細胞は少なくとも5%未満のCD3+細胞を含むことができる。単離された細胞は、少なくとも4%未満のCD3+細胞を含むことができる。単離された細胞は、少なくとも3%未満のCD3+細胞を含むことができる。単離された細胞は、少なくとも2%未満のCD3+細胞を含むことができる。回収された細胞のアリコートを使用してフローサイトメトリーアッセイによって決定したとき、単離された細胞は少なくとも5%未満のCD19+細胞を含むことができる。単離された細胞は、少なくとも4%未満のCD19+細胞を含むことができる。単離された細胞は、少なくとも4%未満のCD3+細胞を含むことができる。単離された細胞は、少なくとも3%未満のCD19+細胞を含むことができる。単離された細胞は、少なくとも2%未満のCD19+細胞を含むことができる。回収された細胞のアリコートを使用してフローサイトメトリーアッセイによって決定したとき、単離された細胞の少なくとも5%はCD56-細胞であってよい。単離された細胞の少なくとも4%はCD56-細胞であってよい。単離された細胞の少なくとも3%はCD56-細胞であってよい。単離された細胞の少なくとも2%はCD56-細胞であってよい。
[0428]一部の実施形態では、細胞集団中の細胞の10%未満は樹状細胞である。例えば、細胞の集団は、9%、8%、7%、6%、5%、4%、3%、2%または1%未満の樹状細胞を含むことができる。一部の実施形態では、細胞集団中の細胞の少なくとも50%はCCR2+である。例えば、細胞の集団は、少なくとも55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%または95%またはそれ以上のCCR2+細胞を含むことができる。一部の実施形態では、細胞集団中の細胞の少なくとも50%はCCR5+である。例えば、細胞の集団は、少なくとも55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%または95%またはそれ以上のCCR5+細胞を含むことができる。一部の実施形態では、細胞集団中の細胞の少なくとも50%はCD11b+である。例えば、細胞の集団は、少なくとも55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%または95%またはそれ以上のCD11b+細胞を含むことができる。一部の実施形態では、細胞集団中の細胞の少なくとも50%はCD63+である。例えば、細胞の集団は、少なくとも55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%または95%またはそれ以上のCD63+細胞を含むことができる。一部の実施形態では、細胞集団中の細胞の少なくとも50%はCD16-である。例えば、細胞の集団は、少なくとも55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%または95%またはそれ以上のCD16-細胞を含むことができる。一部の実施形態では、細胞集団中の細胞の少なくとも50%はCD56-である。例えば、細胞の集団は、少なくとも55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%または95%またはそれ以上のCD56-細胞を含むことができる。一部の実施形態では、細胞集団中の細胞の少なくとも50%はCD3-である。例えば、細胞の集団は、少なくとも55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%または95%またはそれ以上のCD3-細胞を含むことができる。一部の実施形態では、細胞集団中の細胞の少なくとも50%はCD19-である。例えば、細胞の集団は、少なくとも55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%または95%またはそれ以上のCD19-細胞を含むことができる。一部の実施形態では、細胞集団中の細胞の少なくとも50%はCD42b-である。例えば、細胞の集団は、少なくとも55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%または95%またはそれ以上のCD42b-細胞を含むことができる。一部の実施形態では、細胞集団中の細胞の40%未満はマクロファージ細胞である。例えば、細胞の集団は、35%未満、30%、25%、20%、15%、10%、9%、8%、7%、6%、5%、4%、3%、2%または1%またはそれ以下のマクロファージ細胞を含むことができる。
[0429]一部の実施形態では、細胞集団中の細胞の少なくとも25%はCD14+/CD16-/CD3-である。例えば、細胞の集団は、少なくとも30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%または95%またはそれ以上のCD14+/CD16-/CD3-細胞を含むことができる。
[0430]一部の実施形態では、細胞集団中の細胞の少なくとも25%はCD14+/CD16-である。例えば、細胞の集団は、少なくとも30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%または95%またはそれ以上のCD14+/CD16-細胞を含むことができる。
[0431]一部の実施形態では、細胞集団中の細胞の少なくとも25%はCD3-/CD19-/CD42b-/CD56-である。例えば、細胞の集団は、少なくとも30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%または95%またはそれ以上のCD3-/CD19-/CD42b-/CD56-細胞を含むことができる。
[0432]一部の実施形態では、細胞集団中の細胞の少なくとも25%はCD14+/CD16-/CD11b+である。例えば、細胞の集団は、少なくとも30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%または95%またはそれ以上のCD14+/CD16-/CD11b+細胞を含むことができる。
[0433]一部の実施形態では、細胞集団中の細胞の少なくとも25%はCD14+/CD16-/CD11b+/CD3-/CD19-/CD42b-である。例えば、細胞の集団は、少なくとも30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%または95%またはそれ以上のCD14+/CD16-/CD11b+/CD3-/CD19-/CD42b-細胞を含むことができる。
[0434]一部の実施形態では、細胞集団中の細胞の少なくとも25%はCD14+/CD16-/CD11b+/CD3-/CD19-/CD56-である。例えば、細胞の集団は、少なくとも30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%または95%またはそれ以上のCD14+/CD16-/CD11b+/CD3-/CD19-/CD56-細胞を含むことができる。
[0435]一部の実施形態では、細胞集団中の細胞の少なくとも25%はCD14+/CD16-/CD11b+/CD3-/CD42b-/CD56-である。例えば、細胞の集団は、少なくとも30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%または95%またはそれ以上のCD14+/CD16-/CD11b+/CD3-/CD42b-/CD56-細胞を含むことができる。
[0436]一部の実施形態では、細胞集団中の細胞の少なくとも25%はCD14+/CD16-/CD11b+/CD19-/CD42b-/CD56-である。例えば、細胞の集団は、少なくとも30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%または95%またはそれ以上のCD14+/CD16-/CD11b+/CD19-/CD42b-/CD56-細胞を含むことができる。
[0437]一部の実施形態では、細胞集団中の細胞の少なくとも25%はCD14+/CD16-/CD3-/CD19-/CD42b-/CD56-でる。例えば、細胞の集団は、少なくとも30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%または95%またはそれ以上のCD14+/CD16-/CD3-/CD19-/CD42b-/CD56-細胞を含むことができる。
[0438]一部の実施形態では、細胞集団中の細胞の少なくとも25%はCD14+/CD11b+/CD3-/CD19-/CD42b-/CD56-である。例えば、細胞の集団は、少なくとも30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%または95%またはそれ以上のCD14+/CD11b+/CD3-/CD19-/CD42b-/CD56-細胞を含むことができる。
[0439]一部の実施形態では、細胞集団中の細胞の少なくとも25%はCD16-/CD11b+/CD3-/CD19-/CD42b-/CD56-である。例えば、細胞の集団は、少なくとも30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%または95%またはそれ以上のCD16-/CD11b+/CD3-/CD19-/CD42b-/CD56-細胞を含むことができる。
[0440]一部の実施形態では、細胞集団中の細胞の少なくとも25%はCD14+/CD16-/CD11b+/CD3-/CD19-/CD42b-/CD56-である。例えば、細胞の集団は、少なくとも30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%または95%またはそれ以上のCD14+/CD16-/CD11b+/CD3-/CD19-/CD42b-/CD56-細胞を含むことができる。
[0441]以下の単離または富化細胞は、機能アッセイ、例えば食作用アッセイまたは化学向性アッセイによってさらに特徴付けることができる。一部の実施形態では、上記の特徴を有する細胞は、治療的に有効な骨髄細胞に開発するためにさらに前に進められる。細胞は単離もしくは富化の後に冷凍することができるか、または医薬組成物の調製のために次のステップに進めることができる。一部の実施形態では、骨髄細胞は、それを必要とする対象に投与する前に形質転換も活性化もされない。
[0442]一部の実施形態では、CD14+/CD16-細胞集団は、負の選択によって生体試料、例えば末梢血から、例えば白血球分離試料から単離し、その後、CFPタンパク質などの1つまたは複数の組換えタンパク質をコードする核酸を組み込むためにin vitro(すなわち、ex vivo)で操作する(例えば、工学操作する)ことができる。一部の実施形態では、骨髄細胞の工学操作は、トランスフェクションによる外因性核酸の組込み、または、外因性核酸、例えば組換え核酸のエレクトロポレーションもしくはヌクレオフェクションを含む。一部の実施形態では、核酸の組込みは、エレクトロポレーションによって実行される。核酸の組込みは、組換えタンパク質、例えばCFPを発現する工学操作された細胞をもたらす。一部の実施形態では、組換えタンパク質を発現するCD14+/CD16-細胞集団は、in vitroで細胞を安定させるために、および細胞中の外来核酸の組込みからの回収のために、2~20時間培養される。一部の実施形態では、細胞集団は、CD14+/CD16-である細胞を末梢血、例えばPBMCから得るための本明細書に記載される方法によって単離され、1~10時間以内にエレクトロポレーションされる。一部の実施形態では、単離された集団から等分される試料は、細胞表面分子の生存能力および発現、例えばCD14発現、CD16発現、CD11b発現、CD3発現、CD19発現、CD56発現、CD42b発現、CD63発現、CCR2発現、CCR5および/またはCXCR1発現について試験される。一部の実施形態では、細胞集団は、単離または富化から1時間以内にエレクトロポレーションされる。一部の実施形態では、細胞集団は、単離または富化の時間から2時間以内、1~3時間以内、2~4時間以内、1~5時間、3~6時間以内、6時間未満、8時間未満または10時間未満以内にエレクトロポレーションされる。一部の実施形態では、エレクトロポレーションされた細胞集団は、(i)対象に投与する前に、または(ii)将来の使用のために冷凍する前に最高でも2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12時間、in vitroで培養することができる。一部の実施形態では、エレクトロポレーションされた細胞集団は、(i)対象に投与する前に、または(ii)将来の使用のために冷凍する前に12時間未満、in vitroで培養することができる。一部の実施形態では、エレクトロポレーションされた細胞集団は、(i)対象に投与する前に、または(ii)将来の使用のために冷凍する前に18時間未満、in vitroで培養することができる。一部の実施形態では、エレクトロポレーションされた細胞集団は、(i)対象に投与する前に、または(ii)将来の使用のために冷凍する前に24時間未満、in vitroで培養することができる。一部の実施形態では、エレクトロポレーションされた細胞集団は、(i)対象に投与する前に、または(ii)将来の使用のために冷凍する前に0~2時間、in vitroで培養することができる。一部の実施形態では、本発明の方法により工学操作され、ex vivoで培養された細胞集団の少なくとも50%は、CFPも発現するCD14+およびCD16-細胞を含む。一部の実施形態では、本発明の方法により工学操作され、ex vivoで培養された細胞集団は、CFPも発現するCD14+およびCD16-細胞である細胞を50%を超えて含み、細胞集団は10%未満の樹状細胞を含む。一部の実施形態では、本発明の方法により工学操作され、ex vivoで培養された細胞は、DC様表現型にもマクロファージ様表現型にも分化していない細胞、またはCD16+もしくはCD14-細胞の表現型を有する細胞を70~90%を超えて含む。一部の実施形態では、細胞はさらなる分化可能性を保持する。一部の実施形態では、細胞はM1表現型にもM2表現型にも分極されず、in vivo投与されるときに分化する能力を保持する。
[0443]一部の実施形態では、骨髄は、対象に投与する時点で緊張性シグナル伝達を示さない。
[0444]一部の実施形態では、骨髄細胞は、対象に投与する前に、または外部の刺激により、例えばサイトカイン、または増殖因子で、または食作用の標的の存在下でex vivoで活性化する前に低い食作用を示す。一部の実施形態では、骨髄細胞は、対象に投与する前に、または外部の刺激により、例えばサイトカイン、または増殖因子で、または食作用の標的の存在下でex vivoで活性化する前に中等度の食作用を示す。一部の実施形態では、骨髄細胞は、GMCSF、GCSF、IL-4、IL-1b、IL-6、TNF、CCL2、CCL5、CXCL1またはその組合せのいずれか1つまたは複数への応答性を示す。
[0445]一部の実施形態では、骨髄細胞は、外部の刺激により、例えばサイトカイン、または増殖因子で、または食作用の標的の存在下でex vivoで活性化された後に増強した食作用を示す。一部の実施形態では、骨髄細胞は、外部の刺激により、例えばサイトカイン、または増殖因子で、または食作用の標的の存在下でex vivoで活性化した後に、成熟した活性化後マクロファージなどの活性化された最終分化骨髄細胞と比較して、約1.1倍、1.2倍、1.5倍、1.7倍、2倍、3倍、4倍、5倍、6倍、7倍、8倍、9倍、10倍、11倍、12倍、13倍、14倍、14倍、17倍、20倍またはそれ以上増強された食作用を示す。一部の実施形態では、骨髄細胞は、GMCSF、GCSF、IL-4、IL-1b、IL-6、TNF、CCL2、CCL5、CXCL1またはその組合せのいずれか1つまたは複数によって例示されるサイトカインまたはケモカインへの応答性を示す。
[0446]一部の実施形態では、生体試料から単離される骨髄細胞は、M1またはM2系統にさらに分化させることができる。単離または富化の後の骨髄細胞が、in vivo投与の後にM1細胞へのさらなる分化の可能性を保持することが望ましい。
骨髄細胞の改変
[0447]一部の実施形態では、骨髄細胞は治療的に有効な骨髄細胞を開発するためにさらに改変または操作することができる。単離された細胞は、その機能的および発達上の柔軟性、分化可能性および細胞生存能力を変更することなく、細胞内で遺伝子またはその断片を発現させることによって操作することができる。
[0448]一部の実施形態では、骨髄細胞は、細胞の中で非内因性ポリヌクレオチドを発現させることによって、治療的に有効な骨髄細胞を開発するためにさらに改変または操作することができる。非内因性ポリヌクレオチドは、タンパク質またはペプチドをコードすることができる。あるいは、非内因性ポリペプチドは、非コード配列、例えば阻害性RNAまたはモルホリノであってよい。
[0449]一部の実施形態では、骨髄細胞は、細胞のゲノム配列を安定して変更することによって、治療的に有効な骨髄細胞を開発するためにさらに改変または操作することができる。一部の実施形態では、骨髄細胞は、CRISPR-CAS系を使用して骨髄細胞ゲノムを編集することによって操作される。一部の実施形態では、1つまたは複数の遺伝子を編集して遺伝子発現を静止することができる。一部の実施形態では、遺伝子を欠失させるように骨髄細胞が操作される。一部の実施形態では、1つまたは複数の遺伝子を編集して遺伝子発現を増強することができる。一部の実施形態では、遺伝物質がメッセンジャーRNAの形で骨髄細胞に導入され、ここで、メッセンジャーRNAはタンパク質またはペプチドをコードし、それによって骨髄細胞を治療的に有効にする。一部の実施形態では、骨髄細胞の中に核酸を導入するために、裸のDNAまたはメッセンジャーRNA(mRNA)を使用することができる。一部の実施形態では、キメラ抗原受容体をコードするDNAまたはmRNAが、脂質ナノ粒子(LNP)封入によって食細胞に導入される。mRNAは一本鎖であり、コドン最適化することができる。一部の実施形態では、mRNAは1つまたは複数の改変された、または非天然の塩基、例えば5’-メチルシトシン、またはプソイドウリジンもしくはメチルプソイドウリジンを含むことができる。一部の実施形態では、mRNAの50%を超えるか約50%のウリジン(「U」)残基は、メチルプソイドウリジンに変換することができる。一部の実施形態では、mRNAは長さが50~10,000塩基であってよい。一態様では、導入遺伝子はmRNAとして送達される。mRNAは、約100、200、300、400、500、600、700、800、900、1000、1100、1200、1300、1400、1500、1600、1700、1800、1900、2000、3000、4000、5000、6000、7000、8000、9000、10,000塩基より多く含むことができる。一部の実施形態では、mRNAは長さが10,000塩基を超えてもよい。一部の実施形態では、mRNAは長さが約11,000塩基であってよい。一部の実施形態では、mRNAは長さが約12,000塩基であってよい。一部の実施形態では、mRNAは、融合タンパク質をコードする導入遺伝子配列を含む。LNP封入DNAまたはRNAは、マクロファージをトランスフェクトするために使用することができるか、または対象に投与することができる。一部の実施形態では、mRNAは一時的トランスフェクションによってエフェクター骨髄細胞集団に組み込まれる。一部の実施形態では、一時的トランスフェクション方法は、mRNAのエレクトロポレーションを含む。一部の実施形態では、一時的トランスフェクションは化学的トランスフェクションを含む。一部の実施形態では、上記の方法の好適なプロトコールを使用したトランスフェクションのために、1~5,000マイクログラム/mlのmRNAを使用することができる。一部の実施形態では、トランスフェクションのために1~2,000マイクログラム/mlのmRNAを使用することができる。一部の実施形態では、トランスフェクションのために1~1,000マイクログラム/mlのmRNAを使用することができる。一部の実施形態では、トランスフェクションのために1~1,000マイクログラム/mlのmRNAを使用することができる。一部の実施形態では、トランスフェクションのために1~500マイクログラム/mlのmRNAを使用することができる。一部の実施形態では、トランスフェクションのために1~250マイクログラム/mlのmRNAを使用することができる。一部の実施形態では、トランスフェクションのために約500マイクログラム/mlのmRNAまたはそれ以下を使用することができる。一部の実施形態では、トランスフェクションのために約250マイクログラム/mlのmRNAまたはそれ以下を使用することができる。一部の実施形態では、約10マイクログラム/mlのmRNAが使用される。一部の実施形態では、約20マイクログラム/mlのmRNAが使用される。一部の実施形態では、約30マイクログラム/mlのmRNAが使用される。一部の実施形態では、約40マイクログラム/mlのmRNAが使用される。一部の実施形態では、約50マイクログラム/mlのmRNAが使用される。一部の実施形態では、約60マイクログラム/mlのmRNAが使用される。一部の実施形態では、約80マイクログラム/mlのmRNAが使用される。一部の実施形態では、約100マイクログラム/mlのmRNAが使用される。一部の実施形態では、約150マイクログラム/mlのmRNAが使用される。一部の実施形態では、約200マイクログラム/mlのmRNAが使用される。一部の実施形態では、20、50、100、150、200、250、300、400、500または約1000マイクログラム/mlのmRNAが使用される。方法および機器および/または試薬、製造業者の使用説明書に基づき、または当業者に周知であるように、好適な細胞密度がトランスフェクションのために選択される。
[0450]一部の実施形態では、組換え核酸はmRNAである。mRNA構築物は氷上で解凍し、単球に静かにピペットで加え、プレミックスすることができる。一部の実施形態では、mRNAは細胞にエレクトロポレーションされる。エラトリエーションの後の細胞をプールし、遠心分離し、前記目的のために最適化されたMaxCyte ATX系を使用してmRNAによるエレクトロポレーションにかけることができる。一部の実施形態では、各構築物のための各プロトコールのために最適化されたエレクトロポレーションバッファー、細胞密度および/またはmRNA濃度が使用される。
[0451]一部の実施形態では、ポリヌクレオチドは環状RNA(circRNA)の形で骨髄細胞に導入することができる。環状RNA(circRNA)では、3’および5’末端は共有結合される。CircRNAは、LNPを使用して細胞の中に送達することができる。
[0452]一部の実施形態では、マクロファージおよび他の食作用細胞への導入遺伝子の安定した組入れは、トランスポザーゼおよび転位性因子、特にmRNAコードトランスポザーゼの使用を通して達成することができる。一実施形態では、導入遺伝子のレトロトランスポジションおよびマクロファージまたは食細胞への安定した組入れのために、長い散在性反復配列-1(L1)RNAを企図することができる。食作用または拘束性受容体(PR)融合タンパク質(PFP)をコードする組換え核酸の安定した組入れのために、レトロトランスポゾンを使用することができる。
[0453]一部の実施形態では、一時的発現ベクターへの導入遺伝子の組込みを通して導入遺伝子を発現させることによって、骨髄細胞を改変することができる。一部の実施形態では、導入遺伝子の発現は、細胞外からの調節因子によって一時的に調節することができる。例としてはTet-on Tet-off系が挙げられ、ここでは導入遺伝子の発現はテトラサイクリンの有無を通して調節される。
[0454]一部の実施形態では、細胞を化合物と接触させることによって治療的に有効な細胞を開発するために骨髄細胞を改変することができ、この化合物は骨髄細胞の中のタンパク質または酵素の阻害剤または活性化剤であってよい。
[0455]一部の実施形態では、キメラ抗原受容体をコードするポリヌクレオチドを、前のセクションで記載される方法によって得られる単離された骨髄細胞に導入することができ、ここで、キメラ抗原受容体は、骨髄細胞で発現された後に骨髄細胞の先天性免疫応答機能を増強する。一部の実施形態では、キメラ抗原受容体の発現は、骨髄細胞をin vivoまたはin vitroで特異的標的に向けることができる。一部の実施形態では、キメラ抗原受容体は、骨髄細胞の食作用能力を増加させることができる。一部の実施形態では、キメラ抗原受容体は、骨髄細胞の免疫原性を増加させる。一部の実施形態では、キメラ抗原受容体は、細胞内シグナル伝達を増加増強することができる。一部の実施形態では、キメラ抗原受容体は、細胞の中の1つまたは複数のタンパク質と協力して機能することができる。一部の実施形態では、キメラ抗原受容体は、骨髄細胞の中の第2の受容体または膜貫通タンパク質と二量体化または多量体化することができ、ここで、第2の受容体または膜貫通タンパク質は内因性タンパク質である。一部の実施形態では、細胞は解凍の直後または核酸の組込みの後にex vivoで培養される。一部の実施形態では、ex vivo培養は、調節された血清成分、例えばヒト血清アルブミン(HSA)を含むことができる好適な培地の存在下で実行される。一部の実施形態では、ex vivo培養および操作は、血清低含有培地で実行することができる。一部の実施形態では、血清は補体失活のために特異的に処理される。一部の実施形態では、骨髄細胞は、M-CSFの存在下で前記のようにex vivoで培養することができる。一部の実施形態では、骨髄細胞は、GM-CSFの存在下で前記のようにex vivoで培養することができる。一部の実施形態では、骨髄細胞は、1つまたは複数のサイトカインの存在下で培養することができる。一部の実施形態では、骨髄細胞は、ある期間増殖因子またはサイトカインの不在下でex vivoで培養または操作することができる。一部の実施形態では、本明細書で提供される方法は、72時間未満、70時間、65時間、60時間、55時間、50時間、45時間、40時間または35時間、または30時間、または28時間、または26時間または24時間内の骨髄細胞の単離または富化および操作を含む。一部の実施形態では、骨髄細胞は、24時間未満、または20時間未満または16時間未満、または14時間未満、または12時間未満、または10時間未満、または8時間未満、または6時間未満または約4時間未満培養することができる。単離または富化および操作の後の骨髄細胞は、短時間培養し、さらなる使用まで冷凍することができる。一部の実施形態では、骨髄細胞は1回、または最高でも2回解凍される。
[0456]一部の実施形態では、治療的にコンピテントな細胞は、ポリペプチドをコードする組換え核酸でエレクトロポレーションされ、冷凍、解凍され、24時間未満培養が安定化された細胞であり、投与時点で細胞集団中の細胞は、(i)少なくとも70%を超える生存能力、(ii)少なくとも50%を超えるCD14+およびCD16-細胞;および/または50%を超えるCD11b+/CD14+/CD16-細胞;(iii)5%未満のCD3+細胞、5%未満のCD19+細胞、約10%未満のCD56+細胞、約10%未満のCD42b+細胞、(iv)50%を超える、エレクトロポレーションされた核酸によってコードされるポリペプチドを発現する細胞を示す。一部の実施形態では、治療的にコンピテントな細胞は、ポリペプチドをコードする組換え核酸でエレクトロポレーションされ、24時間未満培養が安定化され、冷凍および解凍された細胞であり、投与時点で細胞集団中の細胞は、(i)少なくとも70%を超える生存能力、(ii)少なくとも50%を超えるCD14+およびCD16-細胞;および/または50%を超えるCD11b+/CD14+/CD16-細胞;(iii)5%未満のCD3+細胞、5%未満のCD19+細胞、約10%未満のCD56+細胞、約10%未満のCD42b+細胞、(iv)50%を超える、エレクトロポレーションされた核酸によってコードされるポリペプチドを発現する細胞を示す。一部の実施形態では、治療的にコンピテントな細胞は、24時間未満培養が安定化され、ポリペプチドをコードする組換え核酸でエレクトロポレーションされ、冷凍、解凍された細胞であり、投与時点で細胞集団中の細胞は、(i)少なくとも70%を超える生存能力、(ii)少なくとも50%を超えるCD14+およびCD16-細胞;および/または50%を超えるCD11b+/CD14+/CD16-細胞;(iii)5%未満のCD3+細胞、5%未満のCD19+細胞、約10%未満のCD56+細胞、約10%未満のCD42b+細胞、(iv)50%を超える、エレクトロポレーションされた核酸によってコードされるポリペプチドを発現する細胞を示す。細胞は、病原体未感染でなければならない。上記の実施形態では、治療的にコンピテントな細胞は、2回以下、好ましくは1回冷凍および解凍されていてもよく、解凍から24時間以内、解凍から18時間以内、解凍から8時間以内、または解凍から2時間以内に投与することができる。細胞は投与する前に本開示の明細書に記載されるような基準を満たすために、品質保証のために試験される。
医薬組成物
[0457]本明細書で、組換え核酸を含む細胞の集団を含む医薬組成物が提供され、組換え核酸はキメラ融合タンパク質(CFP)をコードする配列または抗原性ペプチドをコードする配列を含む。細胞の集団は、エフェクター骨髄細胞を含む。一部の実施形態では、エフェクター骨髄細胞は生体試料から単離されるPBMCの集団から単離、富化され、医薬組成物は、(i)少なくとも50%の、CD14+およびCD16-である細胞の集団中の細胞、および(ii)10%未満の、樹状細胞である細胞の集団中の細胞;ならびに薬学的に許容される賦形剤を含む。
[0458]一部の実施形態では、組換え核酸はCFPをコードする配列を含み、CFPは以下を含む:(a)抗原結合性ドメインを含む細胞外ドメイン、および(b)細胞外ドメインに作動可能に連結される膜貫通ドメイン。一部の実施形態では、組換え核酸はCFPをコードする配列を含み、CFPは:(a)抗原結合性ドメインを含む細胞外ドメイン、および(b)膜貫通ドメインおよび(c)1つまたは複数の細胞内シグナル伝達ドメインを含み、その全ては、細胞外ドメインが標的抗原に結合するとき、細胞内ドメインが活性化され、細胞内シグナル伝達を活性化し、骨髄細胞を活性化するように互いに作動可能に連結される。活性化された骨髄細胞は、以下の1つまたは複数を示す:より高い食作用活性、より高い化学走性、増加した炎症性機能および食菌された細胞または生物体のより高い殺滅。
[0459]一部の実施形態では、医薬組成物は、感染性疾患のための治療組成物であり、医薬組成物は、病原体抗原または感染細胞の上で提示される抗原、例えば、細菌の上の抗原、ウイルス抗原、真菌抗原、原生動物抗原等に結合する細胞外抗原結合性ドメインを有するCFPを含む細胞の集団を含む。
[0460]一部の実施形態では、本明細書に記載される技術的詳細を使用した他の例示的医薬組成物はがん治療組成物であり、医薬組成物は、がん抗原に結合する細胞外抗原結合性ドメインを有するCFPを含む細胞の集団を含む。一部の実施形態では、がん抗原はリンパ腫抗原である。一部の実施形態では、医薬組成物は組換えCFPを発現するエフェクター骨髄細胞を含み、抗原結合性ドメインはCD5結合性ドメインまたはHER2結合性ドメインである。一部の実施形態では、医薬組成物は、CD5またはHER2抗原結合性ドメインを有する組換えCFPを発現するエフェクター骨髄細胞を含み、食作用受容体またはスカベンジャー受容体に由来する細胞内ドメインをさらに含む。一部の実施形態では、前記の医薬組成物はCFPを発現し、CFPは:(a)(i)CD5またはHER2に特異的に結合するscFv、および(ii)CD8またはCD28またはCD68の細胞外ドメインまたはその一部に由来するヒンジドメイン;を含む細胞外ドメイン、(b)CD8膜貫通ドメイン、CD28膜貫通ドメインまたはCD68膜貫通ドメイン;ならびに(c)少なくとも2つの細胞内シグナル伝達ドメインを含む細胞内ドメインを含み、少なくとも2つの細胞内シグナル伝達ドメインは:(i)FcγRまたはFcεRに由来する第1の細胞内シグナル伝達ドメイン、および(ii)(A)PI3-キナーゼ(PI3K)補充ドメインを含むか、または(B)CD40に由来する第2の細胞内シグナル伝達ドメインを含む。一部の実施形態では、組換え核酸は抗原性ペプチドをコードする配列を含み、抗原性ペプチドはCMVpp65ペプチドである。
[0461]一部の実施形態では、治療的に有効な骨髄細胞は、それを必要とする対象への投与のための医薬組成物に直接的に製剤化される。あるいは、保存された骨髄細胞(冷凍)は一度解凍され、生存能力を試験され、富栄養培地で少なくとも1~4時間安定化され、その後医薬組成物に製剤化される。医薬組成物は、骨髄細胞および少なくとも1つの賦形剤を含む。一部の実施形態では、賦形剤は中性pHの無菌バッファー(例えばHEPESまたはPBS)を含む。一部の実施形態では、医薬組成物のpHは7.5である。一部の実施形態では、pHは許容される範囲内で異なることができる。一部の実施形態では、工学操作された細胞は、不活性化された補体または合成血清を含む無菌の富化細胞懸濁培地に含まれてもよい。一部の実施形態では、医薬組成物は、細胞の保存および機能のためにサイトカイン、ケモカインまたは増殖因子をさらに含む。一部の実施形態では、単一の治療投与量は、1ml~100mlの全量に懸濁させることができる。一部の実施形態では、単一の治療投与量は、1~25ml、または1~20ml、または1~15ml、または1~10ml、または1~5mlの全量に懸濁させることができる。一部の実施形態では、懸濁液量は約1mlである。一部の実施形態では、懸濁液量は約5mlである。一部の実施形態では、懸濁液量は約10mlである。一部の実施形態では、医薬組成物は、約10エフェクター骨髄細胞から約1012エフェクター骨髄細胞を含む。一部の実施形態では、医薬組成物は、1mlにつき約10エフェクター骨髄細胞から1mlにつき約10エフェクター骨髄細胞を含む。
[0462]一部の実施形態では、医薬組成物は、CFPを発現する工学操作されたエフェクター骨髄細胞と同時投与される、さらなる治療剤を含むことができる。
処置方法
[0463]免疫学的疾患、例えば感染性疾患またはがんを処置する方法が本明細書で提供される。一部の実施形態では、本方法は、細菌性疾患を処置するのに有益である。一部の実施形態では、本方法はウイルス疾患を処置するためにウイルスを処置するのに有益である。一部の実施形態では、本方法は、免疫学的疾患を処置するのに有益である。
[0464]一部の実施形態では、医薬組成物は、骨髄細胞の治療的有効用量を含む細胞の集団を含む。一部の実施形態では、細胞の集団は:投与後に対象においてエフェクター細胞に分化し;投与後に対象の患部に浸潤するかもしくは投与後に対象の患部に移動し;および/または投与後に対象において少なくとも5日間の寿命を有する。
[0465]本明細書において、がん細胞を標的にして攻撃し、死滅させるように特異的に設計されている、食作用受容体(PR)融合タンパク質(PFP)をコードする組換え核酸を発現する、工学操作された食作用細胞、特にマクロファージを含む医薬組成物を使用して、対象でがんを処置する方法が提供される。PFPは食作用(CAR-P)のためのキメラ抗原性受容体とも呼ばれ、両方の用語は本明細書で互換的に使用することができる。工学操作された食作用細胞は、本明細書の記載においてCAR-P細胞とも呼ばれる。
[0466]がんには、限定されずに、T細胞リンパ腫、皮膚リンパ腫、B細胞がん(例えば、多発性骨髄腫、ワルデンストレームマクログロブリン血症)、重鎖疾患(例えば、アルファ鎖疾患、ガンマ鎖疾患およびミュー鎖疾患)、良性モノクローナル高ガンマグロブリン血症および免疫細胞アミロイド症、黒色腫、乳がん、肺がん、気管支がん、結腸直腸がん、前立腺がん(例えば、転移性のホルモン難治性前立腺がん)、膵がん、胃がん、卵巣がん、尿膀胱がん、脳または中枢神経系がん、末梢神経系がん、食道がん、子宮頸がん、子宮または子宮内膜がん、口腔または咽頭のがん、肝がん、腎臓がん、精巣がん、胆道がん、小腸または盲腸がん、唾液腺がん、甲状腺がん、副腎腺がん、骨肉腫、軟骨肉腫、血液学的組織のがんなどが含まれる。本開示によって包含される方法にとって適用可能ながんのタイプの他の非限定的な例には、ヒト肉腫および癌腫、例えば、線維肉腫、粘液肉腫、脂肪肉腫、軟骨肉腫、骨原性肉種、脊索腫、血管肉腫、内皮肉腫、リンパ管肉腫、リンパ管内皮肉腫、滑膜腫、中皮腫、骨髄原発性肉腫、平滑筋肉腫、横紋筋肉腫、結腸癌、結腸直腸がん、膵がん、乳がん、卵巣がん、扁平上皮癌、基底細胞癌、腺癌、汗腺癌、皮脂性腺癌、乳頭状癌、乳頭状腺癌、嚢胞腺癌、髄質癌、気管支癌、腎細胞癌、肝癌、胆管癌、肝がん、絨毛癌、セミノーマ、胚性癌、ウィルムス腫瘍、子宮頸がん、骨がん、脳腫瘍、精巣がん、肺癌、小細胞肺癌、膀胱癌、上皮癌、神経膠腫、星状細胞腫、髄芽細胞腫、頭蓋咽頭腫、上衣細胞腫、松果体腫、血管芽腫、耳神経腫、希突起膠細胞腫、髄膜腫、黒色腫、神経芽細胞腫、網膜芽細胞腫;白血病、例えば、急性リンパ球性白血病および急性骨髄性白血病(骨髄芽球性、前骨髄球性、骨髄単球性、単核球性および赤白血病);慢性白血病(慢性骨髄球(顆粒球)白血病および慢性リンパ球性白血病);ならびに、真性赤血球増加症、リンパ腫(ホジキン病および非ホジキン病)、多発性骨髄腫、ワルデンストレームマクログロブリン血症および重鎖病が含まれる。一部の実施形態では、がんは上皮がん、例えば限定されずに、膀胱がん、乳がん、子宮頸がん、結腸がん、婦人科がん、腎臓がん、喉頭がん、肺がん、口腔がん、頭頸部がん、卵巣がん、膵がん、前立腺がんまたは皮膚がんである。他の実施形態では、がんは乳がん、前立腺がん、肺がんまたは結腸がんである。さらに他の実施形態では、上皮がんは、非小細胞肺がん、非乳頭状腎細胞癌、子宮頸癌、卵巣癌(例えば、漿液卵巣癌)または乳癌である。上皮がんは、漿液、類子宮内膜、粘液、明細胞または未分化を限定されずに含む、様々な他の方法で特徴付けることができる。一部の実施形態では、本開示は、リンパ腫またはマントル細胞リンパ腫を限定されずに含むそのサブタイプの処置、診断および/または予後診断で使用される。リンパ増殖性障害も、増殖性疾患であるとみなされる。
[0467]一般に、細胞性免疫療法は、生細胞を含む医薬を患者に提供することを含む。一部の態様では、がんを有する患者または対象は自家細胞で処置され、この方法は、PBMC由来のマクロファージの単離または富化、食作用受容体融合タンパク質(PFP)である食作用のためのキメラ抗原性受容体をコードする組換え核酸をマクロファージに導入することによって、腫瘍溶解が可能である高度に食作用性のマクロファージを生成するためにex vivoでマクロファージを改変すること、および改変されたマクロファージを患者または対象に投与することを含む。
[0468]一態様では、対象は、治療的食作用細胞を含む医薬組成物の1または複数用量を投与され、ここで、細胞は同種異系である。HLAは対象との適合性のために、および細胞が移植片対宿主病GVHDに導かないように、マッチさせることができる。クリニックに来る対象は、治療薬または治療レジメンを決定する前に、対象によって発現されるHLA抗原を決定するためにHLA型を検査する。
[0469]一部の実施形態では、治療的有効用量は、1回の注入につき10個の細胞から1012個の骨髄細胞の範囲内である。細胞数は、年齢、体重および他の対象関連のパラメータにより異なることができ、治療医師が決定することができる。一部の実施形態では、治療的有効用量は、約10個の骨髄細胞である。一部の実施形態では、治療的有効用量は、約2×10個の骨髄細胞である。一部の実施形態では、治療的有効用量は、約3×10個の骨髄細胞である。一部の実施形態では、治療的有効用量は、約4×10個の骨髄細胞である。一部の実施形態では、治療的有効用量は、約5×10個の骨髄細胞である。一部の実施形態では、治療的有効用量は、約6×10個の骨髄細胞である。一部の実施形態では、治療的有効用量は、約7×10個の骨髄細胞である。一部の実施形態では、治療的有効用量は、約8×10個の骨髄細胞である。一部の実施形態では、治療的有効用量は、約9×10個の骨髄細胞である。一部の実施形態では、治療的有効用量は、約10個の骨髄細胞である。一部の実施形態では、治療的有効用量は、約2×10個の骨髄細胞である。一部の実施形態では、治療的有効用量は、約3×10個の骨髄細胞である。一部の実施形態では、治療的有効用量は、約4×10個の骨髄細胞である。一部の実施形態では、治療的有効用量は、約5×10個の骨髄細胞である。一部の実施形態では、治療的有効用量は、約6×10個の骨髄細胞である。一部の実施形態では、治療的有効用量は、約7×10個の骨髄細胞である。一部の実施形態では、治療的有効用量は、約8×10個の骨髄細胞である。一部の実施形態では、治療的有効用量は、約9×10個の骨髄細胞である。一部の実施形態では、治療的有効用量は、約10個の骨髄細胞である。一部の実施形態では、治療的有効用量は、約2×10個の骨髄細胞である。一部の実施形態では、治療的有効用量は、約3×10個の骨髄細胞である。一部の実施形態では、治療的有効用量は、約4×10個の骨髄細胞である。一部の実施形態では、治療的有効用量は、約5×10個の骨髄細胞である。一部の実施形態では、治療的有効用量は、約6×10個の骨髄細胞である。一部の実施形態では、治療的有効用量は、約7×10個の骨髄細胞である。一部の実施形態では、治療的有効用量は、約8×10個の骨髄細胞である。一部の実施形態では、治療的有効用量は、約9×10個の骨髄細胞である。一部の実施形態では、治療的有効用量は、約1010個の骨髄細胞である。一部の実施形態では、治療的有効用量は、約5×1010個の骨髄細胞である。一部の実施形態では、治療的有効用量は、約1011個の骨髄細胞である。一部の実施形態では、治療的有効用量は、約5×1011個の骨髄細胞である。一部の実施形態では、治療的有効用量は、約1012個の骨髄細胞である。
実施形態
1.CD14+/CD16-細胞の集団を含む組成物であって、CD14+/CD16-細胞の集団が、細胞の改変された集団であり、および/または外因性物質を含む、組成物。
2.細胞の集団を含む組成物であって、細胞の集団が、細胞の改変された集団であり、および/または外因性物質を含み、細胞の集団が、CD14+および/またはCD16-であり、(a)細胞の集団が、CCR2および/またはCCR5および/またはCD11bを発現し;ならびに/あるいは(b)細胞の集団が、CD63+であり;ならびに/あるいは(c)細胞の集団が、CD56-、CD3-、および/またはCD19-であり;ならびに/あるいは(d)骨髄性細胞の集団が、40%未満のマクロファージ細胞、および/または10%未満の樹状細胞(DC)、および/または10%未満のNK細胞、および/または10%未満の顆粒球を含み;(e)外因性物質が、キメラ融合タンパク質(CFP)(例えば、キメラ抗原受容体(CAR))をコードする配列を含む組換え核酸を含み;ならびに/あるいは細胞の集団が、CARを介したトニックシグナル伝達を欠失する、組成物。
3.細胞の集団を含む組成物であって、細胞の集団が、細胞の改変された集団であり、および/または外因性物質を含み、細胞の集団が、CD14+および/またはCD16-であり、(a)細胞の集団が、非極性の骨髄性細胞であり;(b)細胞の集団が、投与後に対象においてエフェクター細胞に分化し;(c)細胞の集団が、投与後に対象の患部に浸潤するか、もしくは投与後に対象の患部に移動し;または(d)細胞の集団が、投与後の対象において少なくとも5日間の寿命を有する、組成物。
4.上記の実施形態のいずれか1つの組成物と、薬学的に許容される賦形剤とを含む医薬組成物。
5.疾患または状態の処置を必要とする対象における疾患または状態を処置する方法であって、パラグラフ4に記載の実施形態の医薬組成物を対象に投与するステップを含む、方法。
6.疾患または状態の処置を必要とする対象における疾患または状態を処置する方法であって、細胞の集団を含む医薬組成物を対象に投与するステップを含み、細胞の集団が、改変された細胞の集団であり、および/または外因性物質を含み、細胞の集団が、CD14+および/またはCD16-であり、(a)医薬組成物が、(i)外因性物質が細胞の集団に導入されたか、または(ii)細胞の集団が改変された後72時間以内に対象に投与され、(b)骨髄性細胞の集団が、投与前に48日未満の間ex vivoで培養されており;(c)細胞の集団が、幹細胞動員を含まない方法によって得られ;ならびに/あるいは(d)細胞の集団が、ネガティブ選択によって得られる、方法。
7.疾患または状態の処置を必要とする対象における疾患または状態を処置する方法であって、骨髄性細胞を含む組成物を対象に投与するステップを含み、骨髄性細胞が、(a)(i)強いCD14発現;(ii)低CD16発現または検出不可能なCD16発現;(iii)CCR2および/またはCCR5の発現;(iv)1つまたは複数の適切な刺激を受けた際に、複数の骨髄系統サブタイプに分化する能力を有すること、のうちの1つまたは複数によって特徴付けられ;(b)外因性物質を含み、外因性物質によってex vivoで修飾された場合に、外因性物質が、骨髄性細胞の分化または極性化状態を変化させない、方法。
8.骨髄性細胞がCD16-(CD16陰性)またはCD16low(CD16低)である、上記の実施形態のいずれか1つに記載の組成物または方法。
9.骨髄性細胞がCD14+(CD14陽性)である、上記の実施形態のいずれか1つに記載の組成物または方法。
10.骨髄性細胞がCCR2+(CCR2陽性)および/またはCCR5+(CCR5陽性)である、上記の実施形態のいずれか1つに記載の組成物または方法。
11.骨髄性細胞が、医薬組成物を投与した後に、対象においてエフェクター細胞に分化することができる、上記の実施形態のいずれか1つに記載の組成物または方法。
12.骨髄性細胞が、医薬組成物を投与した後に、対象の患部に移動することができる、上記の実施形態のいずれか1つに記載の組成物または方法。
13.骨髄性細胞が、医薬組成物を投与した後に、対象の患部に浸潤することができる、上記の実施形態のいずれか1つに記載の組成物または方法。
14.骨髄性細胞がCD14+/CCR2+である、上記の実施形態のいずれか1つに記載の組成物または方法。
15.骨髄性細胞がCD14+/CCR5+である、上記の実施形態のいずれか1つに記載の組成物または方法。骨髄性細胞がCD14+/CCR2+/CCR5+である、上記の実施形態のいずれか1つに記載の組成物または方法。
16.骨髄性細胞がCD14+/CD11b+/CCR2+/CCR5+である、上記の実施形態のいずれか1つに記載の組成物または方法。
17.骨髄性細胞がCD63+である、上記の実施形態のいずれか1つに記載の組成物または方法。
18.外因性物質が組換え核酸、ペプチド、炭水化物、脂質または小分子である、上記の実施形態のいずれか1つに記載の組成物または方法。
19.外因性物質が、ペプチドをコードする配列を含む組換え核酸を含み、ペプチドがキメラ抗原受容体(CAR)である、上記の実施形態のいずれか1つに記載の組成物または方法。
20.骨髄性細胞が、医薬組成物を投与する時点で、in vitroで2日未満の間培養されている、上記の実施形態のいずれか1つに記載の組成物または方法。
21.骨髄性細胞が、医薬組成物を投与する時点で、細胞の可塑性を保持する、上記の実施形態のいずれか1つに記載の組成物または方法。
22.投与する時点で、骨髄性細胞がCARを発現する、上記の実施形態のいずれか1つに記載の組成物または方法。
23.医薬組成物を投与する時点で、骨髄性細胞が、CARよるトニックシグナル伝達を示さない、上記の実施形態のいずれか1つに記載の組成物または方法。
24.骨髄性細胞の集団が、単離された複数の骨髄性細胞を、in vitroでの操作に供するステップを含む方法によって得られる、上記の実施形態のいずれか1つに記載の組成物または方法。
25.骨髄性細胞の集団が、幹細胞動員を含まない方法によって得られる、上記の実施形態のいずれか1つに記載の組成物または方法。
26.複数の骨髄性細胞が、生体試料中の1つまたは複数の骨髄性細胞の抗体媒介性結合を使用するネガティブ選択によって、生体試料から単離される、上記の実施形態のいずれか1つに記載の組成物または方法。
27.ネガティブ選択が、フローサイトメトリーを使用して実施される、パラグラフ26に記載の実施形態の方法。
28.複数の単離された骨髄性細胞が、(i)CD3-(陰性)、(ii)CD16-(陰性)またはCD16low、(iii)CD19-(陰性);(iv)CD56-(陰性);および(v)CD14+(陽性)である、パラグラフ26に記載の実施形態の方法。
29.骨髄性細胞の集団が、生体試料から単離された複数の骨髄性細胞のネガティブ選択によって得られるCD16、CD56、CD3またはCD19を発現しない(CD16-/CD56-/CD3-/CD19-細胞)、上記の実施形態のいずれか1つに記載の組成物または方法。
30.生体試料が末梢血試料である、パラグラフ29に記載の実施形態の方法。
31.生体試料がアフェレーシス試料である、パラグラフ29に記載の実施形態の方法。一部の実施形態では、アフェレーシス試料の1つ、2つ、または3つの適切な画分のみが、本明細書に開示の治療用細胞の調製に利用される。
32.生体試料が、対象にとって異種または自己である、パラグラフ24に記載の実施形態の方法。
33.骨髄性細胞の集団の骨髄性細胞の少なくとも50%が未分化である、上記の実施形態のいずれか1つに記載の組成物または方法。
34.骨髄性細胞の集団がM0単球を含む、上記の実施形態のいずれか1つに記載の組成物または方法。
35.骨髄性細胞の集団がM1単球を含む、上記の実施形態のいずれか1つに記載の組成物または方法。
36.骨髄性細胞の集団がM2単球を含む、上記の実施形態のいずれか1つに記載の組成物または方法。
37.骨髄性細胞の集団の骨髄性細胞の少なくとも50%が非極性である、上記の実施形態のいずれか1つに記載の組成物または方法。
38.対象がヒトである、上記の実施形態のいずれか1つに記載の組成物または方法。
39.疾患または状態が、がん、感染症、自己免疫疾患、炎症性疾患、代謝性疾患、神経変性疾患、および一遺伝子性、多遺伝子性または多因子性の疾患または障害から選択される、上記の実施形態のいずれか1つに記載の組成物または方法。
40.疾患または状態ががんである、上記の実施形態のいずれか1つに記載の組成物または方法。
41.疾患または状態が、細菌性、ウイルス性、真菌性または寄生虫性の感染症である、上記の実施形態のいずれか1つに記載の組成物または方法。
42.疾患または状態が神経変性である、上記の実施形態のいずれか1つに記載の組成物または方法。
43.治療的に有効な骨髄性細胞を単離または濃縮する方法であって、(a)(i)生体試料を、抗CD16抗体、抗CD56抗体、抗CD3抗体、および抗CD19抗体から選択される1つまたは複数の抗体と接触させるステップと、(ii)1つまたは複数の抗体に結合されている生体試料中の細胞を除去し、それによってこのプロセスで比較的無秩序でない治療的に有効な骨髄性細胞を単離または濃縮するステップによって、骨髄性細胞を含む生体試料から治療的に有効な骨髄性細胞をネガティブに選択するステップを含む、方法。一部の実施形態では、濃縮は、例えば、フローサイトメトリーによって、サイズおよび/または粒度に基づいて実施される。
44.単離された治療的に有効な骨髄性細胞がCD14+である、パラグラフ43に記載の実施形態の方法。
45.単離された治療的に有効な骨髄性細胞がCD14hiである、パラグラフ43に記載の実施形態の方法。
46.単離された治療的に有効な骨髄性細胞がCD16-またはCD16lowである、パラグラフ43に記載の実施形態の方法。
47.単離された治療的に有効な骨髄性細胞が、適切な刺激に応答して骨髄系統サブセットに分化する能力を保持している、パラグラフ43に記載の実施形態の方法。
48.単離された治療的に有効な骨髄性細胞が、極性の単球、マクロファージ、DC1、DC2、DC3、DC4、DC5、DC6樹状細胞、またはそれらの任意の組合せにさらに分化することができる、パラグラフ43に記載の実施形態の方法。
49.単離された治療的に有効な骨髄性細胞が、適切な刺激に応答して、M1およびM2表現型に向かって極性化する能力を保持している、パラグラフ43に記載の実施形態の方法。
50.処置を必要とする対象を処置するための骨髄性細胞の集団を生成する方法であって、(i)複数の骨髄性細胞を生体試料から単離または濃縮するステップであって、複数の骨髄性細胞が、細胞可塑性を示す、ステップと;(ii)生体試料から単離された複数の骨髄性細胞を、外因性物質を使用するin vitroでの操作に供し、骨髄性細胞の集団を得るステップであって、in vitroでの操作が、複数の骨髄性細胞の細胞可塑性を変化させない、ステップと;(iii)骨髄性細胞の集団と、許容される賦形剤とを含む治療用組成物を調製するステップとを含む方法。
51.対象がヒトである、パラグラフ50に記載の実施形態の方法。
52.生体試料が、末梢血試料、アフェレーシス試料、白血球アフェレーシス試料、または臍帯血試料である、パラグラフ50に記載の実施形態の方法。
53.生体試料が対象に由来する、パラグラフ50に記載の実施形態の方法。
54.生体試料が適切なヒトドナーに由来する、パラグラフ50に記載の実施形態の方法。
55.生体試料から複数の骨髄性細胞を単離または濃縮するステップが、ネガティブ選択によってCD14+細胞を単離または濃縮するステップを含む、パラグラフ50に記載の実施形態の方法。
56.ネガティブ選択が、ヒト試料中の細胞を、抗CD16抗体、抗CD56抗体、抗CD3抗体、および抗CD19抗体からなる群から選択される1つまたは複数の抗体と接触させ、1つまたは複数の抗体によって結合されたヒト試料中の細胞を固定化または除去することによって達成される、パラグラフ55に記載の実施形態の方法。
57.ネガティブ選択がフローサイトメトリーによって行われる、パラグラフ55に記載の実施形態の方法。
58.生体試料から単離された複数の骨髄性細胞が、CD14+であり、CD3、CD19、CD56、および/またはCD16を発現しない、パラグラフ50に記載の実施形態の方法。
59.骨髄性細胞が、未分化であるか、または非極性である、実施形態43~58のいずれか1つに記載の方法。
60.外因性物質が、組換え核酸、ペプチド、炭水化物、脂質または小分子である、パラグラフ50に記載の実施形態の方法。
61.操作が、複数の骨髄性細胞を遺伝子改変するステップを含む、パラグラフ50に記載の実施形態の方法。
62.操作が、ペプチドをコードする配列を含む組換え核酸を、複数の骨髄性細胞に導入するステップを含む、パラグラフ50または61に記載の実施形態の方法。
63.組換え核酸がRNAである、パラグラフ60に記載の実施形態の方法。
64.組換え核酸がmRNAである、パラグラフ63に記載の実施形態の方法。
65.骨髄性細胞の集団が、ペプチドをコードする配列を含む核酸を導入する際に、ペプチドを発現する、パラグラフ63に記載の実施形態の方法。
66.ペプチドがキメラ抗原受容体(CAR)である、パラグラフ63に記載の実施形態の方法。
67.ペプチドが、(i)膜貫通ドメイン;(ii)第2の細胞の表面成分に結合する、少なくとも標的結合ドメインを含む細胞外領域;および(iii)1つまたは複数のシグナル伝達ドメインを含む細胞内領域を含む、パラグラフ66に記載の実施形態の方法。
68.第2の細胞が、罹患細胞またはがん細胞である、パラグラフ67に記載の実施形態の方法。
69.ペプチドが、少なくとも1つの細胞内貪食シグナル伝達ドメインを含む、パラグラフ67に記載の実施形態の方法。
70.細胞内貪食シグナル伝達ドメインが、細胞外標的結合ドメインと作動可能に連結され、細胞外標的結合ドメインが、第2の細胞の表面成分に結合する際に活性化されるように構成される、実施形態61~69のいずれか1つに記載の方法。
71.組換え核酸を導入するステップが、電気穿孔またはヌクレオポレーションを介して導入するステップを含む、実施形態61~70のいずれか1つに記載の方法。
72.組換え核酸を導入するステップが、化学的送達を介して導入するステップを含む、実施形態61~70のいずれか1つに記載の方法。
73.組換え核酸が、細胞のゲノムに安定的に組み込まれる、実施形態61~72のいずれか1つに記載の方法。
74.組み込むステップが、トランスポザーゼ、インテグラーゼ、エンドヌクレアーゼ、リコンビナーゼ、および逆転写酵素のうちの1つまたは複数の活性化を介する、パラグラフ73に記載の実施形態の方法。
75.組成物を調製するステップが、薬学的に許容される賦形剤に細胞を懸濁するステップを含む、パラグラフ50に記載の実施形態の方法。
76.骨髄性細胞の集団が、細胞の可塑性と、適切な刺激後に複数の骨髄系統に分化する能力を保持する、実施形態61~75のいずれか1つに記載の方法。
77.骨髄性細胞の集団が、CARによるトニックシグナル伝達を示さない、実施形態61~76のいずれか1つに記載の方法。
78.骨髄性細胞の集団が、機能性CARを発現し、CAR媒介性抗原特異的応答を示すことができる、実施形態61~77のいずれか1つに記載の方法。
79.許容される賦形剤が、緩衝液、または栄養素、DMSO、グリセロールを含む細胞培養培地、またはそれらの組合せである、パラグラフ50または75に記載の実施形態の方法。
80.組成物が、さらなる使用まで凍結される、パラグラフ50に記載の実施形態の方法。
81.方法が、12時間未満、10時間未満、8時間未満、6時間未満、4時間未満、または2時間未満で実施され得る、パラグラフ50に記載の実施形態の方法。
82.方法が2時間以内に完了される、パラグラフ50に記載の実施形態の方法。
83.複数の骨髄性細胞が、遺伝子修飾および/または編集に供され、それにより骨髄性細胞の集団が得られる、パラグラフ50に記載の実施形態の方法。
84.複数の骨髄性細胞が、1つまたは複数の抗原ペプチドとの接触に供され、それにより抗原負荷された骨髄性細胞の集団が得られる、パラグラフ50に記載の実施形態の方法。
85.実施形態43~84のいずれか1つの方法を使用して骨髄性細胞の集団を製造する方法であって、方法が約6時間以内に実施されることが可能であり;骨髄性細胞の集団が、未分化または非極性であり、細胞可塑性を示し、およびトニックシグナル伝達を欠失している、方法。
86.細胞療法のための骨髄性細胞の集団が、(a)CD14+CD16-である、集団中の約50%を超える生細胞;(b)CCR2+および/またはCCR5+である、集団中の約50%を超える生細胞;(c)CD64、CD68、CD80、CD86、CD163、CD206、CD200R、CD31、CD71、CLEC9A、CD1C、およびAXL/SIGLEC6のうちの1つまたは複数を発現する、集団中の50%未満の生細胞;(d)M0単球、(e)M1単球、(f)M2単球、(g)樹状細胞、ならびに(h)前駆樹状細胞または樹状前駆体細胞のうちのいずれか1つまたは複数を含む、実施形態50~84のいずれかに記載の方法。
87.生体試料から単離され、組換え核酸、ペプチド、炭水化物、化合物および小分子から選択される外部物質を使用してin vitroでさらに操作された、未分化または非極性の細胞を含む細胞療法で使用するための骨髄性細胞の集団であって、骨髄性細胞の集団中の骨髄性細胞がCD14+CD16-であり;またはCD14hiおよびCD16loであり;(i)細胞の可塑性、(ii)複数の骨髄系統に分化する能力、(iii)in vivoで罹患組織に移動する能力、(iv)罹患組織に浸潤する能力、ならびに(v)疾患発症性の細胞、組織、または生物を隔離および/または破壊する能力、のうちの1つまたは複数を示す、集団。
88.ネガティブ選択を介して単離される、パラグラフ87に記載の実施形態の骨髄性細胞の集団。
89.外因性物質が、組換え核酸、ペプチド、炭水化物、脂質または小分子である、パラグラフ80に記載の実施形態の方法。
90.骨髄性細胞の集団の細胞が、ペプチドをコードする配列を有する組換え核酸を含む、パラグラフ87に記載の実施形態の骨髄性細胞の集団。
91.骨髄性細胞の集団の細胞が、CARをコードする配列を有する組換え核酸を含む、パラグラフ87に記載の実施形態の骨髄性細胞の集団。
92.骨髄性細胞の集団の細胞が、CAR媒介性活性化を示すCARを発現する、パラグラフ87に記載の実施形態の骨髄性細胞の集団。
93.骨髄性細胞の集団の細胞が、CARを発現し、CARによるトニックシグナル伝達を示さない、パラグラフ87に記載の実施形態の骨髄性細胞の集団。
94.骨髄性細胞の集団の細胞が、CD14+である、パラグラフ87に記載の実施形態の骨髄性細胞の集団。
95.骨髄性細胞の集団の細胞が、CD16-である、パラグラフ87に記載の実施形態の骨髄性細胞の集団。
96.骨髄性細胞の集団の細胞が、CD14highCD16lowである、パラグラフ87に記載の実施形態の骨髄性細胞の集団。
97.骨髄性細胞の集団の細胞が、CD56-である、パラグラフ87に記載の実施形態の骨髄性細胞の集団。
98.骨髄性細胞の集団の細胞が、CD3-である、パラグラフ87に記載の実施形態の骨髄性細胞の集団。
99.骨髄性細胞の集団の細胞が、CD19-である、パラグラフ87に記載の実施形態の骨髄性細胞の集団。
100.骨髄性細胞の集団の細胞が、1つまたは複数のケモカイン受容体を発現する、パラグラフ87に記載の実施形態の骨髄性細胞の集団。
101.骨髄性細胞の集団の細胞が、CCR2を発現する、パラグラフ87に記載の実施形態の骨髄性細胞の集団。
102.骨髄性細胞の集団の細胞が、CCR5を発現する、パラグラフ87に記載の実施形態の骨髄性細胞の集団。
103.骨髄性細胞の集団の細胞が、CCR2およびCCR5を発現する、パラグラフ87に記載の実施形態の骨髄性細胞の集団。
104.骨髄性細胞の集団の細胞が、CD16-/CD56-/CD3-/CD19-である、パラグラフ87に記載の実施形態の骨髄性細胞の集団。
105.パラグラフ87~104に記載の実施形態の骨髄性細胞の集団を含む医薬組成物。
106.がん治療で使用するための、パラグラフ87に記載の実施形態の骨髄性細胞の集団。
107.神経変性の治療で使用するための、パラグラフ87に記載の実施形態の骨髄性細胞の集団。
108.集団中の細胞が、in vitroで操作されていない細胞と比較して、細胞療法として投与された後に免疫原性の増強を示す、パラグラフ87に記載の実施形態の骨髄性細胞の集団。
109.集団中の細胞が、in vitroで操作されていない細胞と比較して、細胞療法としての投与された後に罹患組織への細胞移動の増強を示す、パラグラフ87に記載の実施形態の骨髄性細胞の集団。
110.集団中の細胞が、in vitroで操作されていない細胞と比較して、細胞療法として投与された後に貪食能力の増強を示す、パラグラフ87に記載の実施形態の骨髄性細胞の集団。
111.集団中の細胞は、in vitroで操作されていない細胞と比較して、細胞療法として投与された後に細胞毒性の増強を示す、パラグラフ87に記載の実施形態の骨髄性細胞の集団。
112.単独療法として使用するための、パラグラフ87に記載の実施形態の骨髄性細胞の集団。
113.併用療法として使用するための、パラグラフ87に記載の実施形態の骨髄性細胞の集団。
114.処置を必要とするヒト対象を処置するためのヒト骨髄性細胞を作製する方法であって、(i)同種または自己の生体試料から、少なくとも抗CD16抗体、抗CD3抗体、抗CD56抗体および抗CD19抗体を含む複数の抗体を使用するネガティブ選択により、未分化または非極性の骨髄性細胞を含む複数の骨髄性細胞を得るステップと;(ii)ステップ(i)からの細胞を改変、培養、安定化、活性化、濃縮、および/または増殖させるステップと;(iii)ステップ(ii)からの細胞を対象に投与するステップとを含み、(i)で得るステップから(iii)で投与するステップまでの経過時間が約3日未満である、方法。
115.生体試料が末梢血試料である、パラグラフ103に記載の実施形態の方法。
116.生体試料がアフェレーシス試料である、パラグラフ103に記載の実施形態の方法。
117.ステップ(ii)からの細胞が、CD14+CD16-またはCD14hiおよびCD16loである、パラグラフ103に記載の実施形態の方法。
実施例
実施例1.CD14+骨髄細胞の単離/富化および特徴付け
[0470]この実施例では、治療的使用のための骨髄エフェクター細胞の調製のために、目的の骨髄細胞を白血球分離試料から単離した。単球は、CD14抗体媒介選択、および細胞特異的表面マーカーを検出する抗体を使用した単離/富化前後の細胞の特徴付けを使用して、ヒト末梢血からの市販の白血球分離試料(Leukopak、Hemacare.com)から単離した。抗CD14抗体を使用した正の選択は、細胞分離器カラム(LS Column.Miltenyi Biotec)で実行した。図4、図5および図6に示す結果は、CD14抗体結合を使用して白血球分離試料から富化させた細胞は、ほとんど様々なリンパ球系統マーカーCD3、CD19およびCD56を発現する細胞が実質的に含まれない単球であることを示す。図4の上下のパネルは、CD14+単球の単離/富化の前(上パネル)および後(下パネル)の指示された表面マーカー発現に基づく細胞サブタイプの相対組成を示す。特異的マーカーおよびフローサイトメトリー分析を使用すると、細胞の95%より多くは生存能力があることが見出され;leukopak試料からの細胞の91.6%はCD14+細胞であって高い回収を示していた。CD14抗体媒介細胞単離/富化の前の白血球分離試料は、57.8%のCD3+細胞を含んでいた。CD14+抗体は、CD3+であったわずか2%の細胞、CD56+陽性であった2.53%の細胞、およびCD19+陽性であった0.29%の細胞を有する単球富化細胞の集団を引き抜いた。66.9%の細胞はCD14+およびCD16-であって、22%の細胞はCD14およびCD16陽性であった。図5Aおよび5Bは、それぞれ単離/富化前後のフローサイトメトリーデータを示す、上パネル:アイソタイプ対照を使用したフローサイトメトリー;下パネル:それぞれの抗体を使用したフローサイトメトリー。図6は、CD14およびCD16抗体:6% CD14-CD16+;22% CD14+CD16+;および66.9% CD14+CD16-細胞で染色した単離/富化後のCD14+のサイトメトリーデータを示す。
[0471]単離したCD14+細胞がM0、M1およびM2分極化マクロファージにさらに分化する可能性を有するかどうか決定するために、単離した細胞はin vitroで短時間培養し、外因性因子で刺激した。刺激のために使用した外因性因子は、下の表2に掲載される。
Figure 2023506764000008
[0472]通常の組織培養プレートの上で、または低接着プレート(細胞忌避培養プレート)の上で細胞培養を実行した(図7)。細胞は、図7に示すように所与の刺激に応答してM0、M1、M2細胞に容易に分化し、細胞忌避プレートの上で培養した細胞は、通常の組織培養プレートの上で培養した細胞と比較して、M2系統分極にわずかにより良好に応答した。図8Aおよび図8Bは、それぞれ24および48時間後に光学顕微鏡検査で観察された細胞表現型を示す。M1またはM2分極化刺激は、CD206およびCD80発現の変化につながった。CD206は、M2細胞で容易に増加した。他方、M0またはM1細胞は高いCD206発現を示さなかった。他方、CD80発現はM1細胞で上方制御され、M2細胞ではそうでなかった(図9A)。CD16発現分析は、それが培養で容易に上方制御され、上方制御はM2刺激に応答して有意により高いことを示す。M1分極化細胞は、CD16発現の上方制御を示さない(図9B)。CCR2発現レベルは、CD14+細胞で高い。それは、M1およびM2表現型で上昇し、細胞が炎症もしくは感染部位への、または腫瘍部位への走化性移動を受けることが可能なことを示す(図9C)。
実施例2.骨髄細胞(CAR発現エフェクター骨髄細胞)製造プロセス
[0473]この実施例では、治療的に有効な骨髄細胞(CAR発現エフェクター骨髄細胞とも呼ばれる)の単離または富化および開発のためのプロセスが記載され、それはスケーリングのために追従することができる。このプロセスは、生体試料からのCD14+細胞の単離または富化、ペプチドをコードする核酸を細胞に導入することによって単離された細胞を改変すること、および骨髄細胞をベースとした療法を必要とする対象への送達のために治療組成物を調製することを含む。図10は、プロセスワークフローの模式図を示す。細胞の単離または富化の前に、細胞に導入するための組換え核酸が調製される。この実施例では、メッセンジャーRNAが導入される。
CARをコードする組換え核酸の調製
[0474]キメラ抗原受容体(CAR)をコードする組換え核酸構築物を調製し、真核細胞での増幅および/または試験発現のためにプラスミドベクターに組み込む。この実施例では、いくつかの組換えキメラ抗原受容体(CAR)が調製される。当技術分野で公知の分子クローニング技術を使用して、組換えCARが構築される。組換えCARタンパク質は、細胞内ドメイン、膜貫通ドメインおよび細胞外ドメインを含む。各ドメインまたはドメインのサブセクションは、異種のソース配列からPCRによって生成され、ベクターに個々にクローニングすることによって一緒にされるか、またはより長い核酸にライゲーションされ、それは増幅のために適当なプロモーターおよび3’調節エレメントを有する好適なプラスミドまたはベクターの多クローニング部位に次に挿入される、核酸配列によってコードすることができる。簡潔には、例示的なCARは、1つまたは複数のシグナル伝達ドメイン(例えば、PI3キナーゼ動員ドメイン)をコードする核配列、CD8ヒンジおよび膜貫通ドメインをコードする核酸配列、細胞外末端にHER2結合性scFv(HER2 scFv)をコードする配列を有する、細胞外ドメインをコードする核酸配列を組み込むことによって調製される。ある特定の構築物は、それがその標的、例えばこの場合HER2、へのscFv結合を妨害しないように設計されるFLAGペプチド配列を細胞外末端に含む。これらの成分は、完全に機能的な膜貫通CARをコードする配列の中に一緒にライゲーションされる。組換えタンパク質の個々のドメインをコードする核酸サブユニットは、2つのドメインの間に介在する短いフレキシブルリンカー配列を含むように設計される。構築物は、プロモーターおよび3’安定化構造単位を有するプラスミドの中でライゲーションされる。一変形形態では、構築物は、ORF2pをコードし、それぞれの5’-および3’-UTR配列、CMVプロモーターを有するAluレトロトランスポゾンエレメントの中に置かれる。プラスミドは大腸菌で増幅され、シークエンシングによって検証されるか、-80℃で保存される。
mRNA調製
[0475]mRNAは鋳型として消化されたプラスミドを使用したin vitro転写によって調製し、混入DNAを除去するために精製し、ポリアデニル化した。RNA生成物を精製し、RNアーゼが含まれない水で1mg/mlに再懸濁させ、クリオバイアルに保存する。
CD14+細胞の単離/富化
[0476]白血球分離容器(Leukopak、Miltenyi Biotec)からの細胞を希釈し、フィコール分離にかけた。遠心分離を400gで40分間実行した。単球富化バフィー層を除去し、バッファーで洗浄し、軽く遠心分離し、バッファーに再懸濁し、CD3、CD16、CD19、CD56に結合する抗体の混合物を使用した負の選択にかけ、細胞分離器カラム(LS Column。Miltenyi Biotec)に通した。カラムは抗体結合細胞を保持するように設計され、溶出した細胞にはCD3、CD16、CD19、CD56を発現する細胞が実質的に含まれない。カラムに繰り返し通した後、細胞を遠心分離し、洗浄し、一晩培養した後安定化させた。
エレクトロポレーションおよび保存/放出
[0477]エレクトロポレーションのために、CARをコードするmRNA試料を氷上で解凍した。キュベットエレクトロポレーションを使用して、細胞をmRNAでエレクトロポレーションした。細胞を数時間培養した後、放出または低温保存または投与のための処理のための特徴付けまたは検証にそれらをかけた。
[0478]細胞の単離/富化から保存/放出までのステップは、72時間以内に起こった。
[0479]CD14+細胞中のCARの3日発現プロファイルは、図11に実証される。発現レベルは1日目に最も高く、CAR発現は72時間後に検出可能であるが、それはピーク発現から徐々に低下する。これらの発現プロファイルは、これらの細胞におけるCARによる緊張性シグナル伝達の欠如を示唆する。
[0480]実施例のセクションの残りの記載において、これらの細胞はエフェクター骨髄細胞と呼ぶことができる。
実施例3.CARを発現する単離したCD14+細胞の分極化可能性の特徴付け。
[0481]この実施例は、細胞表面マーカーの発現によって決定される、CARを発現する単離したCD14+細胞(エフェクター骨髄細胞)の異なる骨髄細胞系に分化する可能性の特徴付けを実証する。例えば実施例2に記載されているように調製し、冷凍した細胞は、解凍し、24時間培養する。これらのエフェクター骨髄細胞は、次に例えば図12に示すように分極化刺激にかけた、(i)GMCSF、(ii)IL4、IL10およびTGFベータ(M2刺激)、(iii)活性化T細胞順化培地(TCM)および(iv)MCSF。24、48および72時間後にフローサイトメトリーによって細胞を分析し、サイトカイン分析はLuminexによって実行した。解凍の1日後にCAR発現によってCD14発現は変化せず、2日後にほとんどの分極化刺激で増加したが、M2細胞ではわずかにより低かった(図13A、左)。1日目、CD16発現が上方制御されたM2細胞を除いて、CARを発現するかまたは発現しない細胞におけるCD16レベルは変化しなかった。しかし、2日目、MCSFで誘導されたCAR発現細胞を除いて、GMCSF、IL4、IL10およびTGFベータ、およびTCMとCARを発現するかまたはしないほとんどの系でCD16発現レベルは誘導された(図13A)。
[0482]図13Bに示すように、CD206は刺激のいずれでも容易に誘導され、変化はCARを発現しない細胞と比較してCARを発現する細胞でより高かったが、CD163は1日でほとんど変化せず、変化はCARを発現するおよび発現しない細胞で、および様々な刺激に応答して均一だった。CD206およびCD163は、マクロファージ活性化マーカーである。増加したCD206またはマンノース受容体はより高い食作用活性を示し、増加したCD163はより高い炎症性応答を示す。1日目に他の刺激に対してPDL1発現はM2細胞でより高く、2日目に全セットで増加した。CAR発現の有無にかかわらずCCR発現はCD14細胞で高く、一般的に2日目にさらに増加した(図13C)。様々に刺激したCAR発現および対照細胞で、MHCIおよびMHCII発現を分析した。各場合に、CAR発現細胞は、対照(CAR-)細胞と比較して、わずかにより高いMHCIおよびMHCII発現レベルを有する。
実施例4.CAR発現細胞は高い標的特異性を有し、標的認識に応答性である
[0483]HER2-CARコードmRNAは、THP-1細胞、ヒト単球細胞系で発現され、HER2でコーティングしたビーズとインキュベートした。HER2-THP-1細胞は、Luminexアッセイキットを使用して上清を分析することによって検出された炎症性サイトカインを分泌することによって応答した(図14Aおよび図14B)。図14Bに示すように、HER2-THP-1細胞は、BSAでコーティングしたビーズでなくHER2でコーティングしたビーズのみに応答して、MIP-1アルファ、IL-8、エオタキシンおよびPIGF-1を発現放出する。
[0484]次に、実施例3に記載されるプロトコールに従って、HER2-FCR-PI3K発現エフェクター骨髄細胞を、解凍後に分極刺激にかけた。分極化刺激で細胞を培養し(表2)、次に細胞をHER2ビーズまたは対照BSAビーズと接触させることによって、CAR媒介活性化の可能性および特異性をこれらの細胞で試験した。18時間後に、サイトカイン分泌をLuminex多重キットによって分析した(図14C)。結果を、図14Dに示す。M1刺激でさらに分極化したHER2標的化CD14+CAR細胞は、HER2ビーズで処理したとき、HER2ビーズで処理したM0またはM2で分極化したHER2-CAR発現骨髄細胞と比較して、最も高いレベルのIL1ベータおよびTNFアルファを発現し、分泌した。M2で分極化したHER2-CAR発現エフェクター骨髄細胞は、HER2ビーズと接触させたとき、高レベルのIFN-ガンマを分泌し、それはHER2-CARを同様に発現するM1またはM0細胞より高く、HER2ビーズによって活性化された。標的の不在下では、緊張性炎症性サイトカイン発現は観察されなかった。
[0485]これらのエフェクター骨髄細胞の腫瘍細胞または非腫瘍対照細胞への影響をさらに理解するために、HER2特異的およびCD5特異的CAR発現骨髄細胞をM0、M1またはM2分極シグナルに曝露させ、培養の腫瘍細胞または非腫瘍対照細胞の存在下で18時間インキュベートした(図15A)。サイトカインおよびケモカインプロファイルは図15Biに示され、CD80またはCD206発現プロファイルは図15Biiに示される。HER2-CARまたはC5-CARを発現するM1細胞は、SKOV3またはMSTO細胞系の存在下でインキュベートしたとき、CCL3を容易に分泌し、そのことは細胞が活性化されたことを示す。CCL3ケモカインは、腫瘍細胞への単球の移動を助ける。腫瘍または対照細胞の不在下で、M2分化細胞は高いレベルのIL10を放出した(図15Bi)。全ての細胞は、H9(リンパ腫細胞)の存在下でケモカインCCL3またはIL6またはIL10の上昇したレベルで応答する。理論によって縛られることを望まないが、一部の場合にはH9細胞に応答した上昇したCCL3に関する観察は、骨髄細胞のリンパ腫細胞との相互作用に帰することができる。様々な処理にもかかわらず、CD80およびCD206の発現レベルはこれらの細胞で変化せず、細胞が柔軟性を維持し、成熟した細胞マーカーを発現しないことを示した。さらに、M1条件による分極は類似の結果を示し、例えば、CARの発現は細胞がこれらの条件下で分極する能力を変更しない。腫瘍細胞との同時インキュベーションは分極を変更しないが、強力なMHC発現およびケモカインの変化があった(データ示さず)。
[0486]この実施例で議論される結果は、CARを発現するCD14+細胞が活性であり、CARが認識して結合するように設計されている標的(例えば、HER2)を発現する特異的腫瘍細胞に応答性であることを実証する。
実施例5.CD14+骨髄細胞の食作用可能性
[0487]この実施例では、細胞外HER2結合性ドメインおよび標識のためのFLAG配列を有するCARを発現する第1のTHP-1細胞;および活性細胞内シグナル伝達ドメイン、例えば、CD3z細胞内ドメイン、またはMegf10-PI3キナーゼ補充ドメイン;またはFcRシグナル伝達およびPI3キナーゼ補充ドメインを使用した。細胞を標識した腫瘍細胞とインキュベートし、PMAまたは対照で刺激した食作用を画像化によりモニタリングした。HER2発現腫瘍細胞の食作用は、全ての群で観察された(図16A)。
[0488]前記のようにHER2 CARを発現するレンチウイルスで形質導入した骨髄細胞をHER2陽性腫瘍細胞(標的細胞)またはHER2陰性Jurkat細胞とインキュベートし、食菌された細胞をフローサイトメトリーによって定量化した(図16B)。HER2発現骨髄細胞は、HER2陽性SKOV3細胞を特異的に食菌したが、Jurkat細胞はしなかった。図16Cは、サイトメトリーデータと一致する画像化結果を示す。
実施例6.マウス腫瘍モデルに及ぼす特異的CAR発現エフェクター骨髄細胞の影響
[0489]この実施例では、CAR発現エフェクター骨髄細胞のin vivo影響を調査した。目的は、マウス腫瘍モデルを設立し、マウスに好適な骨髄細胞を注射して結果をモニタリングし、有効用量レベルを決定することであった。その部位に約7~10日で約200mmの腫瘍を生じる、CD5-HU9 Szeary症候群腫瘍細胞系の1×10個の細胞を健康なマウスの皮下に導入した。この腫瘍モデルを、実験のために使用した。マウスを4つの群に分けた、(a)ビヒクル、(b)処置群:I(0.8×10個のエフェクター骨髄細胞/マウス);(c)II(0.1.4×10個のエフェクター骨髄細胞/マウス);および(d)III(0.1.4×10個のエフェクター骨髄細胞/マウス)。図17Aに示すように5回の注入を3日ごとに投与し、生存ならびにフローサイトメトリーおよび生体画像化を含む最終アッセイについてマウスをモニタリングした。図17Bは、3回の処置投与の後の1週間の画像データを示す。驚くべきことに、単回投与の後でさえ数匹のマウスで腫瘍退行が観察され、完全寛解は3回投与の後に二、三匹のマウスで観察された(図17B)。定量的腫瘍退行データは、図17Cおよび図17Dで提供される。
実施例7.骨髄細胞の単離/富化およびCAR+骨髄細胞の生成
[0490]この実施例では、CAR+骨髄細胞の生成のための骨髄細胞は、プロトコール1またはプロトコール2を使用して、健康なドナーまたはLeukopak容器から単離された末梢血試料から単離し、富化した。
[0491]プロトコール1。末梢血単核細胞(PBMC)は、フィコール-Paque密度遠心分離を使用して健康なドナーから収集したLeukopakから単離した。古典的単球は、複数の細胞集団を消去するために、抗体カクテル(CD3、CD7、CD16、CD19、CD56、CD123およびCD235aに対する市販の抗ヒト抗体)を使用して単離(富化)した。
[0492]プロトコール2。末梢血単核細胞(PBMC)は、フィコール-Paque密度遠心分離を使用して健康なドナーから収集したLeukopakから単離した。CD14+単球は、CD14+細胞を標識して単離するために抗ヒト抗体を使用して単離(富化)した。
[0493]単離/富化の前および単離/富化の後に、細胞生存能力および総数を各試料について検査した。CAR+骨髄細胞(CD14+/CD16-)の生成のための骨髄細胞を、各試料で数えた。プロトコール1およびプロトコール2を使用して富化した単球は、CD14、CD16に対する抗ヒト抗体で染色し、フローサイトメトリーによって分析した。両方のプロトコールは、CD14+/CD16-細胞の高い富化を示した。表3に示すように、ドナー試料1、2、3、5および6は、プロトコール1を使用してそれぞれCD14+/CD16-細胞の4.74倍、7.06倍、7.6倍、24.96倍および9.61倍の富化を示し;各場合で細胞生存能力は90%を超えた。ドナー試料4、8、9および2つの白血球分離試料は、プロトコール2を使用してそれぞれCD14+/CD16-細胞の5.14倍、4.51倍、5.49倍、4.3倍および3.02倍の富化を示し;同じく、各場合で細胞生存能力は90%を超えた。
[0494]プロトコール3。末梢血単核細胞(PBMC)は、エラトリエーションを使用して健康なドナーから収集したLeukopakから単離した。CD14+単球は、サイズおよび密度に基づいて富化した。
[0495]表3は、プロトコール1、プロトコール2およびプロトコール3を使用した、単離/富化前および単離/富化後の細胞数、生存能力およびCD14+/CD16-集団を示す。
Figure 2023506764000009
[0496]PBMCならびにプロトコール1およびプロトコール2富化単球の免疫表現型は、CD14、CD16、CD3、CD19およびCD56に対する抗ヒト抗体で染色し、フローサイトメトリーによって分析した。図18Aでは、表3のドナー試料6を使用した1つの代表的なアッセイを示す。CD3、CD19およびCD56陽性細胞の1%未満が試料中に存在し、CD14+/CD16-細胞の効率的な回収および富化を示し、T細胞、B細胞およびNK細胞の混入は無視できる。同様に、図19Aは、CD14、CD16、CD3、CD19およびCD56に対する抗ヒト抗体でさらに染色し、フローサイトメトリーによって分析した、選択された単球のプロトコール2を使用したPBMCのドナー試料9の代表的な免疫表現型検査を示す。この実験から選択された単球は、78%のCD14+CD16-と5%未満のCD3、CD19およびCD56陽性細胞である。
[0497]この実施例で示すCD14+/CD16-単球の回収および富化の後、CD5 CAR組換え構築物をコードするmRNAで細胞をエレクトロポレーションした。
[0498]エレクトロポレーションの18時間または24時間後に、単球をCD14およびCD16に対する抗ヒト抗体ならびにCD5-CAR導入遺伝子発現を検出する試薬で染色し、細胞をフローサイトメトリーによって分析した。結果は、細胞が82.5%のCD14+CD16-であり、プロトコール1を使用して79.1%の細胞がCD5 CAR発現を有し(図18B);プロトコール2を使用して68.8%のCD14+CD16-および94%の細胞がCD5 CAR発現を有する(図19B)ことを示す。プロトコール3からの結果は、図23で実証される。
[0499]代表的なCD5-CARおよびHER2-CARアミノ酸配列は、下で提供する。
[0500]CD5-FcR-PI3K
MWLQSLLLLGTVACSISEIQLVQSGGGLVKPGGSVRISCAASGYTFTNYGMNWVRQAPGKGLEWMGWINTHTGEPTYADSFKGRFTFSLDDSKNTAYLQINSLRAEDTAVYFCTRRGYDWYFDVWGQGTTVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQDINSYLSWFQQKPGKAPKTLIYRANRLESGVPSRFSGSGSGTDYTLTISSLQYEDFGIYYCQQYDESPWTFGGGTKLEIKSGGGGSGALSNSIMYFSHFVPVFLPAKPTTTPAPRPPTPAPTIASQPLSLRPEACRPAAGGAVHTRGLDIYIWAPLAGTCGVLLLSLVITLYCRRLKIQVRKAAITSYEKSDGVYTGLSTRNQETYETLKHEKPPQGSGSYEDMRGILYAAPQLRSIRGQPGPNHEEDADSYENM(配列番号1)
[0501]HER2-FcR-PI3K
MWLQSLLLLGTVACSISDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQDVNTAVAWYQQKPGKAPKLLIYSASFLYSGVPSRFSGSRSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQHYTTPPTFGQGTKVEIKRTGSTSGSGKPGSGEGSEVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFNIKDTYIHWVRQAPGKGLEWVARIYPTNGYTRYADSVKGRFTISADTSKNTAYLQMNSLRAEDTAVYYCSRWGGDGFYAMDVWGQGTLVTVSSSGGGGSGALSNSIMYFSHFVPVFLPAKPTTTPAPRPPTPAPTIASQPLSLRPEACRPAAGGAVHTRGLDIYIWAPLAGTCGVLLLSLVITLYCRRLKIQVRKAAITSYEKSDGVYTGLSTRNQETYETLKHEKPPQGSGSYEDMRGILYAAPQLRSIRGQPGPNHEEDADSYENM(配列番号2)
[0502]CD5-FcR-CD40
MWLQSLLLLGTVACSISEIQLVQSGGGLVKPGGSVRISCAASGYTFTNYGMNWVRQAPGKGLEWMGWINTHTGEPTYADSFKGRFTFSLDDSKNTAYLQINSLRAEDTAVYFCTRRGYDWYFDVWGQGTTVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQDINSYLSWFQQKPGKAPKTLIYRANRLESGVPSRFSGSGSGTDYTLTISSLQYEDFGIYYCQQYDESPWTFGGGTKLEIKSGGGGSGALSNSIMYFSHFVPVFLPAKPTTTPAPRPPTPAPTIASQPLSLRPEACRPAAGGAVHTRGLDIYIWAPLAGTCGVLLLSLVITLYCRLKIQVRKAAITSYEKSDGVYTGLSTRNQETYETLKHEKPPQKKVAKKPTNKAPHPKQEPQEINFPDDLPGSNTAAPVQETLHGCQPVTQEDGKESRISVQERQ(配列番号3)
実施例8.細胞に及ぼすウイルス形質導入の影響
[0503]この実施例は、CFP発現細胞の生成および冷凍前に形質導入細胞を安定させるためにそれらをex vivoで培養するためのプロセスの試験ランを実証する。その期間中のCD14およびCD16の発現のために、細胞をモニタリングした。本明細書に記載される例示的な試験では、CD14+/CD16-単球をドナー血液から単離し、その後50MOIのHER2-CFPを発現する第4世代レンチウイルスで形質導入し、冷凍した。単球を解凍し(0日目)、コーニングUltraLow接着プレートの中で100ng/mlのMCSFを含むTexMACSに2.5×10/mlで4日間培養した。毎日、細胞をピペッティングによって再懸濁させ、100,000個の細胞をAlexa700コンジュゲート抗CD14抗体(1:20希釈)およびPEコンジュゲート抗CD16抗体(1:20希釈)またはマッチするアイソタイプ対照抗体で染色した。抗体染色細胞は、次にAttune NXTフローサイトメーターで分析した。データは、FlowJoで分析した。図20のドットプロットで示すように、0日目に細胞の72%はCD14+/CD16-であり、CD16の発現レベルはそれらが培養されるにしたがって徐々に増加した。2日目に、細胞のわずか約27.3%はCD14+/CD16-であり;3日目に、細胞のわずか約19.6%はCD14+/CD16-であり;4日目に、細胞のわずか約12%はCD14+/CD16-であった。これは、ウイルス形質導入の結果CD14+/CD16-細胞はそれらのCD114+/CD16-サインを保持することができず、治療薬製造プロセスに不適当である可能性があることを示した。
実施例9.ex vivo培養のM-CSFおよびGM-CSFの影響
[0504]この実施例は、CFP発現細胞の生成およびM-CSFまたはGM-CSFの存在下でそれらをex vivoで培養するためのプロセスの試験ランを実証する。この試験では、CD14+/CD16-単球をドナー血液から単離し、冷凍した。細胞を解凍し、100ng/mlのMCSFまたは100ng/mlのGM-CSFと一晩培養し、次に、4つのCD5結合剤CFP構築物:CD5-FcR-PI3K構築物、CD5-FcR-CD40構築物、CD5-FcR-MDA5構築物、CD5-FcR-MyD88構築物のうちの1つをコードする構築物でエレクトロポレーションした。2セットの対照は、エレクトロポレーション前の対照およびmockエレクトロポレーションした対照であった。エレクトロポレーション(EP)に続いて、コーニングUltraLow接着プレートの中で100ng/mlのMCSFまたは100ng/mlのGM-CSFを含むTexMACS中に2.5×10/mlで細胞を4日間培養した。本開示の他の場所で記載されるように、細胞を採取し、結合剤発現、サイトカイン発現および食作用アッセイについて試験した。一般的なアッセイスキームは:0日目の単離/富化-1日目のエレクトロポレーション(EP)-2日目の食作用-3日目のサイトカイン収集にしたがった。
[0505]データは、図21A(細胞生存能力)、図21B(受容体(結合剤)発現アッセイ)、図21C(食作用アッセイ)および図21D(サイトカイン生成)に示す。これらの試験は、M-CSFおよびGM-CSFが細胞表現型および受容体活性に影響を与えるかもしれないことを実証した。図21Aに記載されるデータは、GM-CSFで細胞を培養することが細胞の生存能力および数をわずかに低下させたことを実証する。しかし、図21Bに示すように、GM-CSFは構築物の発現レベルを増強した。しかし、37℃でのH9腫瘍細胞取り込みによって実証された食作用アッセイからのデータは、GM-CSFがCFP発現細胞の食作用能力を低減したことを示す(図21C)。同時に、図21Dは、GM-CSFがCFP発現細胞で様々なサイトカインのレベルを抑圧したことを示す。これらの研究は、GM-CSFが、炎症能力の消耗を非常に速やかに実証することができる炎症性単球様表現型を誘導する点で、GM-CSFがM-CSFより複雑な役割を有することを示すことができる。それは、GM-CSFが免疫寛容を促進して、免疫調節サイトカインとして作用することができることを示すこともできる。その役割は、濃度および状況次第である可能性がある。他方、M-CSFは短期(例えば一晩)培養に、およびそれらの表現型を速やかに変換することから細胞を維持することのために好適である。
実施例10.組換え核酸を発現するヒト細胞のex vivo集団の生成
[0506]以下の実施例は、医薬組成物への組入れのための、抗CD5 CFP(CD5-CFP発現細胞)または抗HER-2 CFP(HER2-CFP発現細胞)をコードする配列を有する組換え核酸を含むヒト細胞の首尾よく生成されたex vivo集団を実証し、ここで、ヒト細胞のex vivo集団中の細胞の70%より多くはCD14+およびCD16-である。図22に例示される試験に関して、ヒトCD14+/CD16-単球を単離し、CD5結合性CFP(左)またはHER2結合性CFP(右)をコードするそれぞれの核酸を細胞に組み込み、続いて細胞を一晩培養してタンパク質の発現を可能にした。100,000個の細胞をAlexa700コンジュゲート抗CD14抗体(1:20希釈)およびPEコンジュゲート抗CD16抗体(1:20希釈)またはマッチするアイソタイプ対照抗体で染色した。抗体染色細胞は、次にAttune NXTフローサイトメーターで分析した。データは、FlowJoで分析した。CD5-CFPまたはHER2-CFPの発現は、抗CD5-CFPおよび抗HER2-CFP抗体を使用して分析した。図22に示すように:71.3%の細胞はCD14+/CD16-(左)であり、細胞の76%はCD5-CFP(中央)を発現し;76.7%の細胞はCD14+/CD16-であり、細胞の95%はHER2-CFP(右)を発現した。
[0507]別の例示的ランでは、臨床グレード製造プロトコール、臨床スケールドナーCD14+/CD16-細胞を白血球分離試料から負の選択によって単離し、構築物(表4に示す)(CD5-FcR-PI3K、HER2-FcR-PI3K、CoVID19抗原配列、および神経膠芽腫抗原配列(GBM))を単離したヒトCD14+/CD16-細胞へ送達した。CD5-FcR-PI3K構築物のために1ドナー試料を使用し;HER2-FcR-PI3K構築物のために1ドナー試料を使用した。CoVID19抗原構築物によるセットのために、4人の独立したドナーによる4つの臨床スケールランを使用し、データは全4つの平均を実証する。GBM抗原によるセットのために、3人の独立したドナーによる3つの臨床スケールランを実行した。これらの細胞は、直後に冷凍した。投与(注射による)の時に細胞を解凍し、試料アリコートを前のセクションに記載したフローサイトメトリーによって分析した。
Figure 2023506764000010
[0508]別の例示的なランでは、細胞を単離し、エレクトロポレーションの前、またはエレクトロポレーションした細胞を、細胞培養バイオプロセッサーバッグ、または、製造業者、製造もしくはモデル、または表面積が異なる、異なる種類の培養フラスコの中で解凍した後に培養した。図23の試験ランから示された結果は、培養バッグでより培養フラスコで培養されたときに治療的に有効な細胞のより優れた収量を示し、例えば、フラスコで培養した後にバッグより高いパーセンテージのCD5結合剤CFP発現細胞が得られた。しかし、一部の試料セットは、トランスフェクションの48時間後または72時間後に組換え核酸の発現の低下を示した。
[0509]例示的な白血球分離採血では、関連する白血球分離分画を収集し、分画からの細胞型を、例えば分画のプールでCD14+およびCD11b陽性細胞を得ることにおける細胞型一貫性について評価した。白血球分離アッセイからの3連続分画(例えば、分画2~5の間)からプールした細胞は、CD14およびCD11bを発現した細胞で一貫して富化され、CD16-およびCD3-であった細胞が高いパーセンテージであった。1人のヒトドナーからの例示的な採血を図24に表し、エラトリエーション後の評価の結果を示す。例示的なアッセイでは、前記のように白血球分離試料からの細胞を収集した後のエレクトロポレーションによる細胞のトランスフェクションは、図25Aおよび25Bに示すように高いCD14+、高いCD11b+、低いCD16+および低いCD3+細胞による細胞集団をもたらし;細胞はエレクトロポレーションの結果高いトランスフェクション効率を示した(図25C)。図25Dは、エレクトロポレーションの後の例示的なランにおける7AADで染色した生細胞のパーセンテージを実証する。CD5結合剤CFPを発現するトランスフェクトされていない細胞およびトランスフェクトされた細胞で、高いパーセンテージの細胞が生きていた。細胞は、エレクトロポレーションの後に冷凍した。分析は、解凍の0時間後に実行した。UNT-トランスフェクトされていない;CD5、CD5結合剤CFPでトランスフェクトされた。
[0510]開示で記載される方法およびプロトコールを使用して、治療的使用のための高品質の細胞を生成し、ヒト患者での投与の前に品質について検査した。図26に示すように、放出前に試験した細胞は例示的な判定基準を示す。単球は、示すようにゲーティングした。細胞の80%より多くは、フローサイトメトリーにより単一細胞(シングレット)であり、細胞の90%より多くは、並行フローサイトメトリーアッセイでアポトーシスのためのマーカーとして7AADを使用して生細胞であった。細胞の90%より多くは、試料中のCFPの発現が陽性であった。試料は、エレクトロポレーションの18時間後に分析した。

Claims (85)

  1. CD14+/CD16-細胞のex vivo集団を含む組成物であって、CD14+/CD16-細胞のex vivo集団が、細胞の改変されたex vivo集団であり、および/または外因性物質を含む、組成物。
  2. CD14+/CD16-細胞のex vivo集団が、ヒト細胞の集団である、請求項1に記載の組成物。
  3. CD14+/CD16-細胞のex vivo集団が、非極性または未分化の骨髄性細胞の集団である、請求項1に記載の組成物。
  4. 外因性物質が、CD14+/CD16-細胞の集団の細胞で発現されるタンパク質またはペプチドをコードする配列を含む組換え核酸である、請求項1に記載の組成物。
  5. 組換え核酸が、キメラ融合タンパク質(CFP)をコードする配列を含む、請求項1~4のいずれか一項に記載の組成物。
  6. CFPが、(a)抗原結合性ドメインを含む細胞外ドメイン、および(b)細胞外ドメインに作動可能に連結された膜貫通ドメインを含む、請求項1~5のいずれか一項に記載の組成物。
  7. 組換え核酸が、CD14+/CD16-細胞の集団の細胞の膜表面に発現されるタンパク質またはペプチドをコードする配列を含む、請求項1~6のいずれか一項に記載の組成物。
  8. 膜表面に発現されるタンパク質またはペプチドが、抗原または疾患発症性物質に結合する細胞外抗原結合性ドメインを含む、請求項7に記載の組成物。
  9. 抗原が、がん抗原である、請求項8に記載の組成物。
  10. 抗原が、微生物病原性抗原である、請求項8に記載の組成物。
  11. 組換え核酸が、細胞の免疫応答を増強するタンパク質またはペプチドをコードする、請求項1に記載の組成物。
  12. 組換え核酸が、二重特異性エンゲージャーまたは三重特異性エンゲージャーをコードする、請求項11に記載の組成物。
  13. タンパク質またはペプチドが、1つまたは複数の抗原またはその断片を含む、請求項1~4に記載の組成物。
  14. 1つまたは複数の抗原のうちの抗原が、エンドソーム標的配列に融合される、請求項13に記載の組成物。
  15. 1つまたは複数の抗原のうちの抗原が、分泌配列を含む、請求項13に記載の組成物。
  16. 組換え核酸が、エンドソーム標的配列に融合される第1の抗原と、分泌配列を含む第2の抗原とをコードする、請求項13~15のいずれか一項に記載の組成物。
  17. 組換え核酸が、CD14+/CD16-細胞の集団中の細胞によって分泌されるタンパク質またはペプチドをコードする、請求項1~4または13~16のいずれか一項に記載の組成物。
  18. 第1の抗原および第2の抗原が、同じ遺伝子によってコードされる、請求項16に記載の組成物。
  19. タンパク質またはペプチドが、エンドソームでプロセシングされたタンパク質である、請求項13~18のいずれか一項に記載の組成物。
  20. タンパク質またはペプチドが、細胞表面に提示される抗原のエピトープである、請求項13~19に記載のいずれか一項に記載の組成物。
  21. 抗原が、ウイルス、細菌、原生動物、または真菌の抗原である、請求項13~20のいずれか一項に記載の組成物。
  22. 外因性物質が、細胞質タンパク質またはペプチドであるタンパク質またはペプチドをコードする配列を含む組換え核酸である、請求項1に記載の組成物。
  23. 外因性物質が、免疫原性であるタンパク質またはペプチドをコードする配列を含む組換え核酸である、請求項1に記載の組成物。
  24. 外因性物質が、抗原である、請求項1に記載の組成物。
  25. (i)細胞の集団中の細胞の少なくとも25%が、CD14+およびCD16-であり、(ii)細胞の集団中の細胞の25%未満が、樹状細胞である、請求項1~24に記載の組成物。
  26. 細胞の集団中の細胞の少なくとも50%が、CCR2+および/またはCCR5+である、請求項1~25のいずれか一項に記載の組成物。
  27. 細胞の集団中の細胞の少なくとも50%が、CD63+である、請求項1~26に記載の組成物。
  28. 細胞の集団中の細胞の少なくとも50%が、CD56-、CD3-、および/またはCD19-である、請求項1~27のいずれか一項に記載の組成物。
  29. 細胞の集団中の細胞の40%未満が、マクロファージ細胞である、請求項1~28のいずれか一項に記載の組成物。
  30. ヒト細胞のex vivo集団が、少なくとも1×10個の細胞を含む、請求項1~29に記載の組成物。
  31. 請求項1~30のいずれか一項に記載の組成物と、薬学的に許容される賦形剤とを含む医薬組成物。
  32. (a)組換え核酸を含むヒト細胞の集団であって、組換え核酸が、キメラ融合タンパク質(CFP)をコードする配列を含み、(i)ヒト細胞の集団中の細胞の少なくとも25%が、CD14+およびCD16-であり、(ii)ヒト細胞の集団中の細胞の25%未満が、樹状細胞である、集団と;
    (b)薬学的に許容される賦形剤と
    を含む、医薬組成物。
  33. CFPが、(i)細胞外抗原結合性ドメインと(ii)膜貫通ドメインを含み、細胞外抗原結合性ドメインおよび膜貫通ドメインが、作動可能に連結されている、請求項32に記載の医薬組成物。
  34. CFPが、膜貫通ドメインに作動可能に連結された、1つまたは複数の細胞内シグナル伝達ドメインをさらに含む、請求項32または33に記載の医薬組成物。
  35. CFPが、貧食受容体またはスカベンジャー受容体に由来する細胞内ドメインを含む、請求項32~34のいずれか一項に記載の医薬組成物。
  36. 抗原結合性ドメインが、CD5結合ドメインまたはHER2結合ドメインである、請求項32~35のいずれか一項に記載の医薬組成物。
  37. 膜貫通ドメインが、CD8膜貫通ドメイン、CD28膜貫通ドメイン、またはCD68膜貫通ドメインに由来する、請求項32~36のいずれか一項に記載の医薬組成物。
  38. 1つまたは複数の細胞内シグナル伝達ドメインが、キナーゼ動員ドメインを含む、請求項32~37のいずれか一項に記載の医薬組成物。
  39. CFPが、(a)(i)CD5またはHER2に特異的に結合するscFvと、(ii)CD8に由来するヒンジドメイン、またはCD28またはCD68の細胞外ドメインまたはその一部とを含む細胞外ドメインと;(b)CD8膜貫通ドメイン、CD28膜貫通ドメイン、またはCD68膜貫通ドメインと;(c)少なくとも2つの細胞内シグナル伝達ドメインを含む細胞内ドメインであって、少なくとも2つの細胞内シグナル伝達ドメインが、(i)FcγRまたはFcεRに由来する第1の細胞内シグナル伝達ドメインと、(ii)(A)PI3-キナーゼ(PI3K)動員ドメインを含むか、または(B)CD40に由来する、第2の細胞内シグナル伝達ドメインとを含む、細胞内ドメインとを含む、請求項32~38のいずれか一項に記載の医薬組成物。
  40. ヒト細胞の集団が、ex vivoで改変された細胞である、請求項32に記載の医薬組成物。
  41. (a)組換え核酸を含むヒト細胞の集団であって、組換え核酸が、抗原性ペプチドをコードする配列をコードする配列を含み、(i)ヒト細胞の集団中の細胞の少なくとも25%が、CD14+およびCD16-であり、(ii)ヒト細胞の集団中の細胞の25%未満が、樹状細胞である、集団と;
    (b)薬学的に許容される賦形剤と
    を含む、医薬組成物。
  42. ヒト細胞の集団のCD14+およびCD16-細胞が、細胞表面上のMHCクラスIまたはMHCクラスII分子と会合して微生物抗原またはその断片を提示する、請求項41に記載の医薬組成物。
  43. 組換え核酸が、CMVpp65ペプチド、変異体R132H、イソクエン酸デヒドロゲナーゼ1(IDH)ペプチド、TRP2ペプチド、およびSARS-CoV-2抗原ペプチドから選択される抗原ペプチドをコードする配列を含む、請求項41または42に記載の医薬組成物。
  44. 組換え核酸が、エンドソーム標的配列に融合される第1の抗原と、分泌配列を含む第2の抗原とをコードする、請求項41~42のいずれか一項に記載の医薬組成物。
  45. 抗原が、CD14+およびCD16-細胞によってエンドソームでプロセシングされる、請求項41~44のいずれか一項に記載の医薬組成物。
  46. ヒト細胞の集団の細胞が、対象由来の生体試料から単離される、請求項1に記載の組成物、または請求項32~45のいずれか一項に記載の医薬組成物。
  47. 細胞が、末梢血から単離される、請求項1に記載の組成物、または請求項32~46のいずれか一項に記載の医薬組成物。
  48. 細胞が、ex vivoで改変される、請求項1に記載の組成物、または請求項32~47のいずれか一項に記載の医薬組成物。
  49. (a)細胞の集団中の細胞の少なくとも25%が、CCR2+および/またはCCR5+であり;
    (b)細胞の集団中の細胞の少なくとも25%が、CD63+であり;
    (c)細胞の集団中の細胞の少なくとも50%が、CD56-、CD3-、および/またはCD19-であり;
    (d)細胞の集団中の細胞の40%未満が、マクロファージ細胞である、
    請求項32~48のいずれか一項に記載の医薬組成物。
  50. 細胞の集団が、非極性または未分化の骨髄性細胞の集団である、請求項32~49のいずれか一項に記載の医薬組成物。
  51. 約10個の細胞~約1010個の細胞を含む、請求項32~50のいずれか一項に記載の医薬組成物。
  52. 組成物の細胞が、2回以下の凍結/解凍サイクルに曝露されている、請求項32~51のいずれか一項に記載の医薬組成物。
  53. 細胞が、生体試料からの単離または濃縮後48時間未満の間ex vivoで培養されている、請求項1に記載の組成物、または請求項32~52のいずれか一項に記載の医薬組成物。
  54. 投与前の細胞の生存率が、80%を超える、85%を超える、90%を超える、または95%を超える、請求項1に記載の組成物、または請求項32~52のいずれか一項に記載の医薬組成物。
  55. 微生物感染症の処置を必要とする対象における微生物感染症を処置する方法であって、請求項41~54のいずれか一項に記載の医薬組成物を対象に投与するステップを含む、方法。
  56. 投与前に微生物抗原を発現するCD14+およびCD16-細胞を調製するステップであって、
    (i)生体試料からCD14+およびCD16-細胞を単離または濃縮するステップと、
    (ii)細胞の表面に抗原を発現および提示するための少なくとも1つの抗原をコードする配列を含む組換え核酸を、(i)からの細胞に導入するステップと
    を含む、ステップをさらに含む、請求項55に記載の方法。
  57. 疾患または状態の処置を必要とする対象における疾患または状態を処置する方法であって、請求項31~40のいずれか一項に記載の医薬組成物を対象に投与するステップを含む、方法。
  58. 疾患または状態が、がんである、請求項57に記載の方法。
  59. 投与前にCFPを発現するCD14+およびCD16-細胞を調製するステップであって、
    (i)生体試料からCD14+およびCD16-細胞を単離または濃縮するステップと、
    (ii)CFPをコードする配列を含む組換え核酸を、(i)からの細胞に導入するステップと
    を含む、ステップをさらに含む、請求項57に記載の方法。
  60. 細胞に導入するステップが、組換え核酸による細胞の電気穿孔を実施するステップを含む、請求項55または57に記載の方法。
  61. 組換え核酸が、RNAである、請求項55~60のいずれか一項に記載の方法。
  62. 組換え核酸が、mRNAである、請求項61に記載の方法。
  63. 組換え核酸が、細胞に取り込まれる前に、水性混合物中で1つまたは複数の脂質と会合される、請求項55~62のいずれか一項に記載の方法。
  64. CD14+/CD16-細胞が、投与前に2回以下の凍結/解凍サイクルに曝露される、請求項55~63のいずれか一項に記載の方法。
  65. 医薬組成物中の細胞が、投与前に48時間未満の間ex vivoで培養されている、請求項55~64のいずれか一項に記載の方法。
  66. 医薬組成物が、in vitroで培養された場合には組換え核酸細胞を取り込んだ48時間以内にヒト対象に投与されるか、または将来の投与のために凍結される、請求項55~65のいずれか一項に記載の方法。
  67. ヒト細胞のex vivo集団が、投与前に36時間未満、24時間、18時間未満、12時間未満、または6時間未満の間ex vivoで培養されている、請求項55~66のいずれか一項に記載の方法。
  68. 医薬組成物が、細胞の集団中に少なくとも10個の細胞を含む、請求項55~67のいずれか一項に記載の方法。
  69. 医薬組成物が、細胞の集団中に少なくとも10個の細胞を含む、請求項55~68のいずれか一項に記載の方法。
  70. 医薬組成物が、細胞の集団中に少なくとも10個の細胞を含む、請求項55~69のいずれか一項に記載の方法。
  71. 医薬組成物が、1回投与される、請求項55~68のいずれか一項に記載の方法。
  72. 医薬組成物が、2回以上投与される、請求項55~71のいずれか一項に記載の方法。
  73. 医薬組成物が、2週間に1回、4週間に1回、6週間に1回、8週間に1回、10週間に1回、12週間に1回、16週間に1回、20週間に1回、24週間に1回、または毎年1回投与される、請求項55~72のいずれか一項に記載の方法。
  74. 細胞が、対象にとって自己由来である、請求項55~73のいずれか一項に記載の方法。
  75. 医薬組成物が、
    (a)投与後に対象においてエフェクター細胞に分化する;
    (b)投与後に対象の患部に浸潤するか、もしくは投与後に対象の患部に移動する;または
    (c)投与後の対象において少なくとも5日間の寿命を有する
    ことを可能にする細胞を含む、請求項55~74のいずれか一項に記載の方法。
  76. 疾患または状態を処置する細胞ベースの治療薬を調製するための、請求項1~54のいずれか一項に記載の組成物または医薬組成物の使用。
  77. 疾患または状態が、がん、感染症または自己免疫疾患である、請求項76に記載の使用。
  78. 疾患または状態を処置するための、請求項1~54のいずれか一項に記載の組成物または医薬組成物の使用。
  79. 疾患または状態が、がん、感染症または自己免疫疾患である、請求項78に記載の使用。
  80. 医薬組成物を調製するための細胞をネガティブに選択する方法であって、
    (a)ヒト対象からの生体試料を、抗CD16抗体、ならびに抗CD56抗体、抗CD3抗体および抗CD19抗体から選択される1つまたは複数の抗体と接触させるステップと、
    (b)抗CD16抗体によって結合されておらず、1つまたは複数の抗体によって結合されていない生体試料中の細胞を収集するステップと、
    (c)CFPをコードする配列を含む組換え核酸を、(b)から収集された細胞に導入し、それによって細胞の集団を形成するステップと
    を含み、
    (i)細胞の集団中の細胞の少なくとも25%が、CD14+およびCD16であり、
    (ii)細胞の集団中の細胞の25%未満が、樹状細胞である、
    方法。
  81. フローサイトメトリーまたは蛍光活性化セルソーティング(FACS)を含む、請求項80に記載の方法。
  82. 組換え核酸を含むCD14+/CD16-細胞の集団を含むワクチン組成物で
    あって、細胞が、48時間未満の間ex vivoで培養されている、ワクチン組成物。
  83. 組換え核酸が、エンドソーム標的配列を含み、エンドソーム標的配列が、LAMP1配列である、請求項14または82に記載の組成物。
  84. 組換え核酸が、ヒト顆粒球マクロファージコロニー刺激因子(GMCSF)シグナル配列、ヒト免疫グロブリン重鎖シグナル配列、ヒト免疫グロブリン軽鎖シグナル配列、ヒト血清アルブミンシグナル配列、ヒトアズロシジンシグナル配列、またはヒトシスタチンの分泌シグナルペプチド配列である分泌配列を含む、請求項15または82に記載の組成物。
  85. 疾患または状態の処置を必要とするヒト対象における疾患または状態を処置する方法であって、請求項82~84のいずれか一項に記載の組成物を含む医薬組成物をヒト対象に投与するステップを含む、方法。
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Families Citing this family (5)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
JP2022546592A (ja) 2019-09-03 2022-11-04 マイエロイド・セラピューティクス,インコーポレーテッド ゲノム組込みのための方法および組成物
US10980836B1 (en) * 2019-12-11 2021-04-20 Myeloid Therapeutics, Inc. Therapeutic cell compositions and methods of manufacturing and use thereof
JP2023549140A (ja) 2020-11-04 2023-11-22 マイエロイド・セラピューティクス,インコーポレーテッド 操作されたキメラ融合タンパク質組成物およびその使用方法
WO2022197949A2 (en) 2021-03-17 2022-09-22 Myeloid Therapeutics, Inc. Engineered chimeric fusion protein compositions and methods of use thereof
WO2024039683A1 (en) * 2022-08-15 2024-02-22 Myeloid Therapeutics, Inc. Compositions and methods for conditioning patients for cell therapy

Family Cites Families (13)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US5633234A (en) * 1993-01-22 1997-05-27 The Johns Hopkins University Lysosomal targeting of immunogens
US8007805B2 (en) * 2003-08-08 2011-08-30 Paladin Labs, Inc. Chimeric antigens for breaking host tolerance to foreign antigens
EP2004237A1 (en) * 2006-04-03 2008-12-24 Keele University Targeted therapy
EP2248903A1 (en) * 2009-04-29 2010-11-10 Universitat Autònoma De Barcelona Methods and reagents for efficient and targeted gene transfer to monocytes and macrophages
JP5975983B2 (ja) * 2010-04-16 2016-08-23 ベリカム ファーマシューティカルズ, インコーポレイテッド 固形腫瘍を処置するための方法
WO2012005763A1 (en) * 2010-07-06 2012-01-12 The Scripps Research Institute Use of myeloid-like progenitor cell populations to treat tumors
MX2018001182A (es) * 2015-07-28 2018-04-20 Univ Pennsylvania Monocitos/macrofagos modificados que expresan receptores de antigeno quimerico y sus usos.
WO2017025944A2 (en) * 2015-08-13 2017-02-16 Brigham Young University Macrophage car (moto-car) in imunotherapy
CA3062978A1 (en) * 2017-05-17 2018-11-22 Thunder Biotech Inc. Transgenic macrophages, chimeric antigen receptors, and associated methods
WO2019152781A1 (en) * 2018-02-02 2019-08-08 The Trustees Of The University Of Pennsylvania Modified monocytes/macrophages/dendritic cells expressing chimeric antigen receptors and uses in diseases and disorders associated with protein aggregates
GB201818110D0 (en) * 2018-11-06 2018-12-19 Macrophox Ltd Monocytes for cancer targeting
US11013764B2 (en) * 2019-04-30 2021-05-25 Myeloid Therapeutics, Inc. Engineered phagocytic receptor compositions and methods of use thereof
JP2023549140A (ja) * 2020-11-04 2023-11-22 マイエロイド・セラピューティクス,インコーポレーテッド 操作されたキメラ融合タンパク質組成物およびその使用方法

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