JP2023505851A - ハンター病治療用のアデノ随伴ウイルスベクター - Google Patents
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Abstract
本開示はとりわけ、AAV8キャプシドまたはAAV9キャプシドと、ヒトイズロン酸-2-スルファターゼ(I2S)酵素をコードするコドン最適化配列とを含む組み換えアデノ随伴ウイルス(rAAV)ベクターを提供する。本開示は、ハンター症候群(MPS II)である対象の治療方法であって、その治療が必要な対象に、AAV8キャプシドまたはAAV9キャプシドと、イズロン酸-2-スルファターゼ(I2S)をコードする核酸配列に機能可能に連結したプロモーターとを含む組み換えアデノ随伴ウイルス(rAAV)ベクターを投与することを含み、その投与により、その対象におけるI2S酵素活性を向上させる方法も提供する。【選択図】図1A
Description
関連出願の相互参照
本願は、2019年12月10日に出願した米国特許出願第62/945,920号に基づく利益及び優先権を主張するものであり、その特許出願の内容は、本明細書に援用される。
本願は、2019年12月10日に出願した米国特許出願第62/945,920号に基づく利益及び優先権を主張するものであり、その特許出願の内容は、本明細書に援用される。
ハンター症候群(ムコ多糖症II型(MPS II)としても知られている)は、イズロン酸-2-スルファターゼ(I2S)という酵素の欠損または欠如を原因とするライソゾーム蓄積病である。イズロン酸-2-スルファターゼは、グリコサミノグリカンまたはGAGとしても知られる所定のムコ多糖の分解及びリサイクルに関与する。そのため、ハンター症候群では、GAGが全身の細胞に蓄積し、それにより、体内で様々な細胞及び器官の正常な機能が妨げられ、その結果、相当数の重篤な症状が生じる。ハンター症候群の症例の多くでは、罹患している個体のニューロン及び髄膜にGAGが大量に蓄積することで、様々な形態の中枢神経系(CNS)症状、認識能障害及び発達遅延が生じる。
ハンター症候群の管理では、酵素補充療法(ERT)を含む様々な治療選択肢が用いられている。ERTによる認可済みの治療処置としては、組み換えI2S酵素の静脈内投与が挙げられる。しかしながら、静脈内投与されるI2S酵素には、CNSの細胞及び組織への分布が悪いこと、ならびに心臓、肺及び骨のような深部の体細胞組織の細胞への分布が悪いことを含め、様々な制限がある。ハンター症候群の治療は依然として難問である。
疾患の治療には、治療用タンパク質をin vivoで産生させるベクターを用いるのが望ましいが、所望される治療用タンパク質のin vivoでの産生不良を含む様々な要因によって制限されている。
本発明は、I2S(本願全体を通じて、I2SまたはIDSという)をコードする効率的かつロバストな組み換えアデノ随伴ウイルス(rAAV)ベクターを提供する。本発明は部分的には、I2S配列を含む最適化済みのrAAVベクターが、in vivoでI2Sをロバストに発現させるという驚くべき発見に基づいている。
いくつかの態様では、本発明は、AAV8キャプシドと、ヒトイズロン酸-2-スルファターゼ(I2S)酵素をコードする配列とを含む組み換えアデノ随伴ウイルス(rAAV)ベクターを提供する。
いくつかの態様では、本発明は、AAV9キャプシドと、ヒトイズロン酸-2スルファターゼ(I2S)酵素をコードする配列とを含む組み換えアデノ随伴ウイルス(rAAV)ベクターを提供する。
いくつかの実施形態では、そのrAAVは、コドン最適化されたヒトI2S酵素をコードする。いくつかの実施形態では、そのコドン最適化されたヒトI2Sは、配列番号11または12から選択したヌクレオチド配列を有する。
いくつかの実施形態では、ヒトI2S酵素をコードする配列は、配列番号6との同一性が少なくとも約70%、約75%、約80%、約85%、約90%、約95%または約99%である配列を含む。いくつかの実施形態では、そのヒトI2S酵素は、配列番号6との同一性が少なくとも約70%、約75%、約80%、約85%、約90%、約95%または約99%であるヌクレオチド配列によってコードされる。いくつかの実施形態では、そのヒトI2S酵素は、配列番号6のヌクレオチド配列によってコードされる。
いくつかの実施形態では、ヒトI2S酵素のアミノ酸配列は、配列番号1と同一の配列を含む。いくつかの実施形態では、ヒトI2S酵素のアミノ酸配列は、配列番号1と同一の配列である。
いくつかの実施形態では、ヒトI2S酵素のアミノ酸配列は、配列番号2との同一性が少なくとも約70%、約75%、約80%、約85%、約90%、約95%または約99%である配列を含む。
いくつかの実施形態では、ヒトI2S酵素をコードする配列は、配列番号2と同一の配列を含む。いくつかの実施形態では、ヒトI2S酵素のアミノ酸配列は、配列番号2と同一の配列である。
いくつかの実施形態では、ヒトI2S酵素をコードするコドン最適化配列は、配列番号11または12との同一性が少なくとも約70%、約75%、約80%、約85%、約90%、約95%または約99%である配列を含む。いくつかの実施形態では、ヒトI2S酵素をコードするコドン最適化配列は、配列番号11または12と同一の配列を含む。
いくつかの実施形態では、そのベクターは、肝臓特異的プロモーターをさらに含む。
いくつかの実施形態では、その肝臓特異的プロモーターは、トランスサイレチンプロモーター(TTR)である。
いくつかの実施形態では、そのベクターは、5’逆位末端反復配列(ITR)及び3’ITR、I2S配列の上流のイントロン、ならびにシス作動性調節モジュール(CRM)をさらに含む。
いくつかの実施形態では、そのベクターは、ユビキタスプロモーターをさらに含む。
いくつかの実施形態では、そのベクターは、5’逆位末端反復配列及び3’逆位末端反復配列、I2S配列の上流のイントロン、ならびにシス作動性調節モジュール(CRM)をさらに含む。
いくつかの実施形態では、そのrAAVベクターは、スルファターゼ修飾因子1(SUMF1)を含む。
いくつかの実施形態では、そのSUMF1の前には、内部リボソーム侵入部位(IRES)がある。
いくつかの実施形態では、そのベクターは、WPRE配列をさらに含む。いくつかの実施形態では、そのWPRE配列は、バリアントWPRE配列または最適化WPRE配列である。いくつかの実施形態では、そのWPRE配列は、配列番号7との同一性が少なくとも約70%、約75%、約80%、約85%、約90%、約95%または約99%であるヌクレオチド配列によってコードされる。いくつかの実施形態では、そのWPRE配列は、配列番号7を有するヌクレオチド配列によってコードされる。
いくつかの実施形態では、そのイントロンは、マウス微小ウイルス(MVM)またはSV40のイントロンである。いくつかの実施形態では、そのイントロンは、β-グロビン/IgGキメライントロンである。
いくつかの実施形態では、そのCRMは、肝臓特異的CRMである。
いくつかの実施形態では、そのCRMは、ニューロン特異的CRMである。いくつかの実施形態では、そのCRMは、筋肉特異的CRMである。
いくつかの実施形態では、そのCRMは、CRM8である。
いくつかの実施形態では、そのベクターは、CRMを少なくとも3つ含む。
いくつかの態様では、本発明は、AAV8キャプシドを含む組み換えアデノ随伴ウイルス(rAAV)と、rAAVベクターを提供し、該ベクターは、a)5’逆位末端反復配列(ITR)、b.)シス作動性調節モジュール(CRM)、c.)肝臓特異的プロモーター、d)マウス微小ウイルス(MVM)、e.ヒトイズロン酸-2-スルファターゼ(I2S)酵素をコードする配列、f.)ウッドチャック肝炎ウイルス転写後調節エレメント(WPRE)及びg.)3’ITRを含む。
いくつかの実施形態では、ヒトI2S酵素をコードする配列は、野生型配列またはコドン最適化配列である。
いくつかの実施形態では、ヒトI2S酵素をコードするヌクレオチド配列は、配列番号6との同一性が少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、95%または99%である配列である。いくつかの実施形態では、ヒトI2Sをコードするヌクレオチド配列は、配列番号6と同一である。いくつかの実施形態では、ヒトI2S酵素をコードするヌクレオチド配列は、配列番号11または12との同一性が少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、95%または99%である配列である。いくつかの実施形態では、ヒトI2S酵素をコードするヌクレオチド配列は、配列番号11または12と同一の配列である。
いくつかの実施形態では、スルファターゼ修飾因子1(SUMF1)をコードする配列及び内部リボソーム侵入部位(IRES)を含む。
いくつかの態様では、本発明は、AAV9キャプシドを含む組み換えアデノ随伴ウイルス(rAAV)と、rAAVベクターを提供し、該ベクターは、a.)5’逆位末端反復配列(ITR)、b.)シス作動性調節モジュール(CRM)、c)ユビキタスプロモーター、d.)マウス微小ウイルス(MVM)、e.)ヒトイズロン酸-2-スルファターゼ(I2S)酵素をコードする配列、f.)ウッドチャック肝炎ウイルス転写後調節エレメント(WPRE)及びg.)3’ITRを含む。
いくつかの実施形態では、ヒトI2S酵素をコードする配列は、野生型配列またはコドン最適化配列である。
いくつかの実施形態では、スルファターゼ修飾因子1(SUMF1)をコードする配列及び内部リボソーム侵入部位(IRES)を含む。
いくつかの実施形態では、そのrAAVベクターは、ApoBを含まない。
ハンター症候群(MPS II)である対象の治療方法であって、その治療が必要な対象に、先行請求項のいずれか1項に記載のrAAVを投与することを含む方法。
ハンター症候群(MPS II)である対象の治療方法であって、その治療が必要な対象に、AAV8キャプシドまたはAAV9キャプシドと、イズロン酸-2-スルファターゼ(I2S)をコードする核酸配列に機能可能に連結したプロモーターとを含む組み換えアデノ随伴ウイルス(rAAV)ベクターを投与することを含み、その投与により、その対象において、I2S酵素活性を向上させる方法。
いくつかの実施形態では、I2S活性の向上は、その対象の血清において検出される。
いくつかの実施形態では、I2S活性の向上は、その対象の肝臓において検出される。
いくつかの実施形態では、I2S活性は、中枢神経系(CNS)において検出される。
いくつかの実施形態では、I2S活性の向上は、その対象の脳において検出される。
いくつかの実施形態では、I2S活性の向上は、脳の海馬、視床、脳梁、皮質、小脳または線条体において検出される。
いくつかの実施形態では、I2S活性の向上は、対象の腎臓などにおいて検出される。いくつかの実施形態では、I2S活性の向上は、対象の心臓において検出される。いくつかの実施形態では、I2S活性の向上は、対象の肺において検出される。いくつかの実施形態では、I2S活性の向上は、対象の骨髄において検出される。いくつかの実施形態では、I2S活性の向上は、対象の腎臓において検出される。
いくつかの実施形態では、I2S活性の向上は、1回投与してから少なくとも30日、60日、90日、120日、150日、180日またはそれを上回る日数、維持される。
いくつかの実施形態では、I2S活性レベルは、ヘパリン硫酸アッセイによって測定する。
いくつかの実施形態では、I2S活性レベルは、デルマタン硫酸アッセイによって測定する。
いくつかの実施形態では、そのAAVを投与することにより、その対象におけるグリコサミノグリカン(GAG)のレベルを低下させる。
いくつかの実施形態では、そのAAVを投与することにより、その対象の血清におけるGAGのレベルを低下させる。
いくつかの実施形態では、そのAAVを投与することにより、その対象の肝臓におけるGAGのレベルを低下させる。
いくつかの実施形態では、そのAAVを投与することにより、その対象の腎臓などにおけるGAGのレベルを低下させる。いくつかの実施形態では、そのAAVを投与することにより、その対象の心臓におけるGAGのレベルを低下させる。いくつかの実施形態では、そのAAVを投与することにより、その対象の肺におけるGAGのレベルを低下させる。いくつかの実施形態では、そのAAVを投与することにより、その対象の骨髄におけるGAGのレベルを低下させる。いくつかの実施形態では、そのAAVを投与することにより、その対象の腎臓におけるGAGのレベルを低下させる。
いくつかの実施形態では、そのAAVを投与することにより、その対象のCNSにおけるGAGのレベルを低下させる。
いくつかの実施形態では、そのAAVを投与することにより、その対象の脳におけるGAGのレベルを低下させる。
いくつかの実施形態では、そのAAVを投与することにより、脳の海馬、視床、脳梁、皮質、小脳または線条体におけるGAGのレベルを低下させる。
いくつかの実施形態では、そのAAVは、静脈内投与する。
いくつかの実施形態では、そのAAVは、髄腔内投与する。
いくつかの実施形態では、そのAAVは、約5×109vgの用量で投与する。
いくつかの実施形態では、そのrAAVを投与しても、免疫応答を誘発しない。
本発明の様々な態様を、以下の節に詳細に記載する。節の使用は、本発明を限定するものではない。それぞれの節は、本発明のいずれの態様にも適用できる。本願では、「または」の使用は、別段の記載のない限り、「及び/または」を意味する。本明細書で使用する場合、文脈上明らかに別段に示されている場合を除き、「a」、「an」及び「the」の付された単数形には、単数の指示対象及び複数の指示対象の両方が含まれる。
定義
アデノ随伴ウイルス(AAV):本明細書で使用する場合、「アデノ随伴ウイルス」、「AAV」または「組み換えAAV(「rAAV」)」という用語には、1型AAV、2型AAV、3型AAV(3A型及び3B型を含む)、4型AAV、5型AAV、6型AAV、7型AAV、8型AAV、9型AAV、10型AAV、11型AAV、トリAAV、ウシAAV、イヌAAV、ウマAAV、ならびにヒツジAAVが含まれるが、これらに限らない(例えば、Fields et al.,Virology,volume 2,chapter69(4th ed.,Lippincott-Raven Publishers)、Gao et al.,J.Virology 78:6381-6388(2004)、Mori et al.,Virology 330:375-383(2004)を参照されたい)。典型的には、AAVは、分裂細胞及び非分裂細胞の両方に感染することができ、宿主細胞のゲノムに組み込まれることなく、染色体外の状態で存在できる。AAVベクターは、遺伝子療法で一般的に使用されている。
アデノ随伴ウイルス(AAV):本明細書で使用する場合、「アデノ随伴ウイルス」、「AAV」または「組み換えAAV(「rAAV」)」という用語には、1型AAV、2型AAV、3型AAV(3A型及び3B型を含む)、4型AAV、5型AAV、6型AAV、7型AAV、8型AAV、9型AAV、10型AAV、11型AAV、トリAAV、ウシAAV、イヌAAV、ウマAAV、ならびにヒツジAAVが含まれるが、これらに限らない(例えば、Fields et al.,Virology,volume 2,chapter69(4th ed.,Lippincott-Raven Publishers)、Gao et al.,J.Virology 78:6381-6388(2004)、Mori et al.,Virology 330:375-383(2004)を参照されたい)。典型的には、AAVは、分裂細胞及び非分裂細胞の両方に感染することができ、宿主細胞のゲノムに組み込まれることなく、染色体外の状態で存在できる。AAVベクターは、遺伝子療法で一般的に使用されている。
投与:本明細書で使用する場合、「投与」または「導入」という用語は、rAAVベクターを効率的に送達させる方法または経路によって、I2SをコードするrAAVベクターを対象に送達する文脈において、同義的に使用する。rAAVベクターの投与(例えば、静脈内投与、皮下投与または経皮投与を含む)のための様々な方法が、当該技術分野において知られている。rAAVベクターの経皮投与は、「遺伝子銃」またはバイオリスティック粒子送達システムを用いることによって行うことができる。いくつかの実施形態では、脂質ナノ粒子のような非ウイルス化学粒子、エクソソームのような非ウイルス生体分子及び/または細胞外ベシクルを介して、rAAVベクター及び/または導入遺伝子発現カセット及び/または最適化されたIDS導入遺伝子配列及び/またはその遺伝子発現カセットのいずれかの組成物を投与する。
動物:本明細書で使用する場合、「動物」という用語は、動物界の一員のいずれかを指す。いくつかの実施形態では、「動物」は、あらゆる発育段階のヒトを指す。いくつかの実施形態では、「動物」は、あらゆる発育段階の非ヒト動物を指す。特定の実施形態では、非ヒト動物は、哺乳類(例えば、齧歯類、マウス、ラット、ウサギ、サル、イヌ、ネコ、ヒツジ、ウシ、霊長類及び/またはブタ)である。いくつかの実施形態では、動物としては、哺乳類、鳥類、爬虫類、両生類、魚類、昆虫類及び/または蠕虫類が挙げられるが、これらに限らない。いくつかの実施形態では、動物は、トランスジェニック動物、遺伝子操作動物及び/またはクローンであってよい。
認識されている免疫グロブリンポリペプチドとしては、κ軽鎖及びλ軽鎖、ならびにα重鎖、γ重鎖(IgG1、IgG2、IgG3、IgG4)、δ重鎖、ε重鎖及びμ重鎖、または他の種における同等物が挙げられる。完全長免疫グロブリンの「軽鎖」(約25kDaまたは約214アミノ酸)は、NH2末端における約110アミノ酸の可変領域と、COOH末端におけるκ定常領域またはλ定常領域を含む。完全長免疫グロブリンの「重鎖」(約50kDaまたは約446アミノ酸)は同様に、可変領域(約116アミノ酸)と、上記の重鎖定常領域のうちの1つ、例えばγ定常領域(約330アミノ酸)を含む。
およそまたは約:本明細書で使用する場合、対象となる1つ以上の値に付されているような「およそ」または「約」という用語は、示されている基準値と同程度である値を指す。特定の実施形態では、「およそ」または「約」という用語は、別段の記載のない限り、または文脈から明らかにそうでない場合を除き、いずれかの方向(プラス方向またはマイナス方向)において、示されている基準値から25%、20%、19%、18%、17%、16%、15%、14%、13%、12%、11%、10%、9%、8%、7%、6%、5%、4%、3%、2%、1%またはそれを下回る割合に収まる値の範囲を指す(ただし、このような数は、考え得る値の100%を上回らない)。
生物活性がある:本明細書で使用する場合、「生物活性がある」という語句は、生物システム及び特に生物において活性を有するいずれかの薬剤の特徴を指す。例えば、生物に投与したときに、その生物に対して生体作用を及ぼす薬剤は、生物活性があるとみなす。ペプチドが、生物活性のあるものである特定の実施形態では、そのペプチドの部分のうち、そのペプチドの生物活性の少なくとも1つを有する部分は典型的には、「生物活性」部分という。
機能的等価物または機能的誘導体:本明細書で使用する場合、「機能的等価物」または「機能的誘導体」という用語は、アミノ酸配列の機能的誘導体の関連では、元の配列の生物活性と実質的に同様である生物活性(機能または構造のいずれか)を保持する分子を示す。機能的誘導体または機能的等価物は、天然の誘導体であってもよいし、または合成によって調製したものであってもよい。例示的な機能的誘導体としては、タンパク質の生物活性が保存されていることを条件として、1つ以上のアミノ酸が置換、欠失または付加されているアミノ酸配列が挙げられる。その置換するアミノ酸は望ましくは、置換されたアミノ酸の物理化学的特性と同様である物理化学的特性を有する。望ましい同様の物理化学的特性としては、同様の電荷、嵩、疎水性、親水性などが挙げられる。
In vitro:本明細書で使用する場合、「in vitro」という用語は、多細胞生物内ではなく、人工的な環境、例えば、試験管、反応容器、細胞培養液などにおいて生じる事象を指す。
In vivo:本明細書で使用する場合、「in vivo」という用語は、ヒト及びヒト以外の動物のような多細胞生物内で生じる事象を指す。細胞ベースの系との関連では、この用語を用いて、(例えばin vitro系とは対照的に、)生細胞内で生じる事象を指してもよい。
IRES:本明細書で使用する場合、「IRES」という用語は、いずれかの適切な内部リボソーム侵入部位配列を指す。
単離:本明細書で使用する場合、「単離」という用語は、(1)最初に産生されたときに(天然及び/または実験設定におけるかは問わない)付随していた構成成分の少なくとも一部から分離されているか、及び/または(2)人間の手によって生成、調製及び/または製造された物質及び/または実体を指す。単離した物質及び/または実体は、最初にその物質及び/または実体に付随していた他の構成成分の少なくとも約10%、約20%、約30%、約40%、約50%、約60%、約70%、約80%、約90%、約95%、約98%、約99%、実質的に100%または100%から分離されていてよい。いくつかの実施形態では、単離した薬剤の純度は、約80%超、約85%、約90%、約91%、約92%、約93%、約94%、約95%、約96%、約97%、約98%、約99%、実質的に100%または100%である。本明細書で使用する場合、物質は、他の構成成分を実質的に含まない場合には、「純粋」である。本明細書で使用する場合、「単離細胞」という用語は、多細胞生物内に含まれていない細胞を指す。
ポリペプチド:「ポリペプチド」という用語は、本明細書で使用する場合、アミノ酸がペプチド結合によって連なった連続的な鎖を指す。この用語は、いずれかの長さのアミノ酸鎖を指す目的で使用されるが、この用語が、長い鎖に限定されず、ペプチド結合によって結合された2つのアミノ酸を含む最短の鎖も指すことができることを当業者は理解するであろう。当業者に知られているように、ポリペプチドは、プロセシング及び/または修飾されていることもある。
タンパク質:「タンパク質」という用語は、本明細書で使用する場合、別個の単位として機能する1つ以上のポリペプチドを指す。1つのポリペプチドが、別個の機能単位であり、別個の機能単位を形成する目的で、他のポリペプチドと永続的または一時的に物理的結合をする必要がない場合には、「ポリペプチド」及び「タンパク質」という用語は、同義的に使用し得る。別個の機能単位が、物理的に結合し合う2つ以上のポリペプチドで構成されている場合には、「タンパク質」という用語は、物理的に結合し、別個の単位として一緒に機能する複数のポリペプチドを指す。
調節エレメント:本明細書で使用する場合、「調節エレメント」という用語は、転写制御エレメント、特に、遺伝子の転写を調節及び/または制御できる非コードのシス作動性転写制御エレメントを指す。調節エレメントは、転写因子結合部位を少なくとも1つ、例えば、組織特異的転写因子に対する結合部位を少なくとも1つ含む。本明細書に記載されている実施形態では、調節エレメントは、肝臓特異的転写因子に対する結合部位を少なくとも1つ有する。典型的には、調節エレメントのない状態で、プロモーターのみから遺伝子を転写する場合と比べて、調節エレメントは、プロモーターによって駆動される遺伝子発現を増加または増強させる。すなわち、調節エレメントは特に、エンハンサー配列を含むが、転写を増強する調節エレメントは、はるかに上流にある典型的なエンハンサー配列に限定されず、そのエレメントが調節する遺伝子からの距離がいずれでも、調節エレメントは存在し得ることを理解されたい。当該技術分野で理解されているように、転写を調節する配列は、in vivoで調節される遺伝子の上流(例えばプロモーター領域)または下流(例えば3’UTR)のいずれかにあってもよく、その遺伝子のすぐ近くまたはその遺伝子から遠く離れた位置にあってもよい。調節エレメントは、天然の配列、そのような調節エレメントまたは調節エレメントのいくつかのコピー、例えば非天然の配列(の一部)を組み合わせたもののいずれかを含むことができる。したがって、調節エレメントは、所望の発現レベルを実現するために、天然の調節エレメントと、最適化または操作された調節エレメント含む。
対象:本明細書で使用する場合、「対象」という用語は、ヒトまたはいずれかのヒト以外の動物(例えば、マウス、ラット、ウサギ、イヌ、ネコ、ウシ、ブタ、ヒツジ、ウマまたは霊長類動物)を指す。ヒトには、出生前の形態と出生後の形態が含まれる。多くの実施形態では、対象はヒトである。対象は、患者であることができ、患者とは、疾患の診断または治療のために、医療提供者を受診しているヒトを指す。「対象」という用語は、本明細書において、「個体」または「患者」と同義的に使用されている。対象は、疾患もしくは障害に罹患していることができ、または疾患もしくは障害に罹患しやすいが、その疾患もしくは障害の症状を発現していてもしていなくてもよい。
実質的に:本明細書で使用する場合、「実質的に」という用語は、該当する特徴または特性が完全またはほぼ完全な程度または度合いである定性的状態を指す。生物現象及び化学現象では、完結したり及び/または完全な状態まで進行したり、あるいは、疑いの余地のない結果が達成されたりまたは回避されたりすることは、あってもまれであることを生物分野における当業者は理解するであろう。したがって、「実質的に」という用語は、本明細書では、多くの生物現象及び化学現象につきものである、完全性の潜在的欠如を示す目的で使用する。
実質的な相同性:「実質的な相同性」という語句は、本明細書では、アミノ酸配列間または核酸配列間の比較結果を指す目的で使用する。当業者には明らかであるように、2つの配列は概して、対応する位置に相同な残基を含む場合に、「実質的に相同」であるとみなす。相同な残基は、同一な残基であってもよい。あるいは、相同な残基は、適宜、同様の構造的及び/または機能的特徴を有する非同一な残基であってもよい。例えば、当業者には周知であるように、ある特定のアミノ酸は典型的には、「疎水性」アミノ酸もしくは「親水性」アミノ酸、及び/または「極性」側鎖を有するアミノ酸、もしくは「非極性」側鎖を有するアミノ酸として分類される。1つのアミノ酸を、同じタイプの別のアミノ酸に置換することは、「相同な」置換とみなせる場合が多い。
当該技術分野において周知であるように、アミノ酸配列または核酸配列は、ヌクレオチド配列用のBLASTN、ならびにアミノ酸配列用のBLASTP、Gapped BLAST及びPSI-BLASTのような市販のコンピュータープログラムで利用できるアルゴリズムを含む様々なアルゴリズムのいずれかを用いて比較し得る。このようなプログラムの例示的なものは、Altschul,et al.,basic local alignment search tool,J.Mol.Biol.,215(3):403-410,1990、Altschul,et al.,Methods in Enzymology、Altschul,et al.,“Gapped BLAST and PSI-BLAST:a new generation of protein database search programs”,Nucleic Acids Res.25:3389-3402,1997、Baxevanis,et al.,Bioinformatics:A Practical Guide to the Analysis of Genes and Proteins,Wiley,1998及びMisener,et al.,(eds.),Bioinformatics Methods and Protocols(Methods in Molecular Biology,Vol.132),Humana Press,1999に記載されている。上記のプログラムは典型的には、相同な配列を特定するのに加えて、相同性の程度の尺度を提供する。いくつかの実施形態では、2つの配列は、関連する残基領域にわたって、それらの対応する残基の少なくとも50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%またはそれを上回る割合が相同である場合に、実質的に相同とみなす。いくつかの実施形態では、その関連する領域は、完全配列である。いくつかの実施形態では、その関連する領域は、少なくとも10個、15個、20個、25個、30個、35個、40個、45個、50個、55個、60個、65個、70個、75個、80個、85個、90個、95個、100個、125個、150個、175個、200個、225個、250個、275個、300個、325個、350個、375個、400個、425個、450個、475個、500個またはそれを上回る数の残基である。
実質的な同一性:「実質的な同一性」という語句は、本明細書では、アミノ酸配列間または核酸配列間の比較結果を指す目的で使用する。当業者には明らかであるように、2つの配列は概して、対応する位置に同一な残基を含む場合に、「実質的に同一」であるとみなす。当該技術分野において周知であるように、アミノ酸配列または核酸配列は、ヌクレオチド配列用のBLASTN、ならびにアミノ酸配列用のBLASTP、Gapped BLAST及びPSI-BLASTのような市販のコンピュータープログラムで利用できるアルゴリズムを含む様々なアルゴリズムのいずれかを用いて比較し得る。このようなプログラムの例示的なものは、Altschul,et al.,Basic local alignment search tool,J.Mol.Biol.,215(3):403-410,1990、Altschul,et al.,Methods in Enzymology、Altschul et al.,Nucleic Acids Res.25:3389-3402,1997、Baxevanis et al.,Bioinformatics:A Practical Guide to the Analysis of Genes and Proteins,Wiley,1998及びMisener,et al.,(eds.),Bioinformatics Methods and Protocols(Methods in Molecular Biology,Vol.132),Humana Press,1999に記載されている。上記のプログラムは典型的には、同一の配列を特定するのに加えて、同一性の程度の尺度を提供する。いくつかの実施形態では、2つの配列は、関連する残基領域にわたって、それらの対応する残基の少なくとも50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%またはそれを上回る割合が同一である場合に、実質的に同一とみなす。いくつかの実施形態では、その関連する領域は、完全配列である。いくつかの実施形態では、その関連する領域は、少なくとも10個、15個、20個、25個、30個、35個、40個、45個、50個、55個、60個、65個、70個、75個、80個、85個、90個、95個、100個、125個、150個、175個、200個、225個、250個、275個、300個、325個、350個、375個、400個、425個、450個、475個、500個またはそれを上回る数の残基である。
~に罹患している:疾患、障害及び/または状態「に罹患している」個体は、その疾患、障害及び/または状態と診断されているか、あるいはその疾患、障害及び/または状態の症状の1つ以上を示している。
治療有効量:本明細書で使用する場合、治療剤の「治療有効量」という用語は、疾患、障害及び/または状態に罹患しているか、あるいは疾患、障害及び/または状態に罹患しやすい対象に投与したときに、その疾患、障害及び/または状態の症状(複数可)を治療、診断、予防し、及び/またはその発現を遅延するのに十分である量を意味する。治療有効量は典型的には、少なくとも1単位用量を含む投与レジメンによって投与することは、当業者には明らかであろう。
治療:本明細書で使用する場合、「治療する」、「治療」または「治療すること」という用語は、特定の疾患、障害及び/または状態の症状または特徴の1つ以上を部分的または完全に緩和、改善、軽減、阻害、予防し、その発現を遅延し、その重症度を低減し、及び/またはその発症を低減する目的で使用するいずれかの方法を指す。治療は、疾患の徴候が見られないか、及び/またはその疾患の初期徴候しか見られない対象に、その疾患と関連する病態が発現するリスクを低下させる目的で行ってよい。
本明細書で、端点値によって数値範囲が示されている場合には、その範囲に含まれるあらゆる数及び分数が含まれる(例えば、1~5には、1、1.5、2、2.75、3、3.9、4及び5が含まれる)。そのすべての数及び分数は、「約」という用語によって修飾されると推定されることも理解されたい。
本発明の様々な態様を、以下の節に詳細に記載する。節の使用は、本発明を限定するものではない。それぞれの節は、本発明のいずれの態様にも適用できる。本願では、「または」の使用は、別段の記載のない限り、「及び/または」を意味する。本明細書で使用する場合、文脈上明らかに別段に示されている場合を除き、「a」、「an」及び「the」の付された単数形には、単数の指示対象及び複数の指示対象の両方が含まれる。
本発明の様々な態様を、以下の節に詳細に記載する。節の使用は、本発明を限定するものではない。それぞれの節は、本発明のいずれの態様にも適用できる。本願では、「または」の使用は、別段の記載のない限り、「及び/または」を意味する。
本開示は、I2Sの欠損と関連する疾患(ハンター症候群など)の治療のために、I2Sをin vivoで産生させるための効率的かつロバストな組み換えアデノ随伴ウイルス(rAAV)ベクターについて説明する。
ムコ多糖症II型(MPS II、ハンター症候群)は、酵素であるイズロン酸-2-スルファターゼ(I2S)の欠損に起因するX染色体連鎖劣性ライソゾーム蓄積障害である。I2Sは、グリコサミノグリカン(GAG)であるデルマタン硫酸及びヘパラン硫酸から、末端の2-O-硫酸部分を切断する。ハンター症候群患者では、I2S酵素の欠如または欠損により、GAGが、様々な種類の細胞のライソゾームに進行性に蓄積して、細胞の膨張、臓器の肥大、組織の破壊及び器官系の機能障害が生じる。
概して、ハンター症候群の人々における物理的な発現症状には、身体症状及び神経症状の両方が含まれる。例えば、ハンター症候群の症例のいくつかでは、中枢神経系(CNS)の病変により、発達遅延及び神経系の問題が生じる。神経変性及び精神遅滞のような症状は、小児期に現れ、神経への影響をきたしたハンター症候群患者は、脳器官障害により、若齢で死亡する場合が多い。同様に、GAGの蓄積は、体の器官系に悪影響を及ぼすことがある。初期には、心臓、肺及び気道の壁の肥厚、ならびに肝臓、脾臓及び腎臓の異常な肥大として顕在化し、これらの重大な変化は最終的には、広範な破局的臓器不全に至ることがある。その結果、ハンター症候群は常に、重篤で進行性の致死的疾患である。
酵素補充療法(ERT)は、ハンター症候群(MPS II)の治療用として認可済みの療法であり、外因性の補充用I2S酵素をハンター症候群患者に投与することを伴うものである。しかしながら、ERTには、様々な欠点が伴い、それらの欠点の中でも、例えば、I2Sの様々な標的器官への分布が限定的であることが挙げられる。
本明細書に記載されているベクターは、例えば、肝臓、腎臓、脾臓、心臓、肺及び中枢神経系を含む様々な器官で、I2Sをロバストに発現させる。したがって、いくつかの実施形態では、本明細書に記載されているベクターは、I2Sを肝臓で発現させる。いくつかの実施形態では、本明細書に記載されているベクターは、I2Sを腎臓で発現させる。いくつかの実施形態では、本明細書に記載されているベクターは、I2Sを脾臓で発現させる。いくつかの実施形態では、本明細書に記載されているベクターは、I2Sを心臓で発現させる。いくつかの実施形態では、本明細書に記載されているベクターは、I2Sを肺で発現させる。いくつかの実施形態では、本明細書に記載されているベクターは、I2Sを中枢神経系で発現させる。いくつかの実施形態では、本明細書に記載されているベクターは、I2Sを血漿で発現させる。
rAAV I2Sベクターのデザイン
いくつかの態様では、本発明で提供するのは、イズロン酸-2-スルファターゼ(I2S)タンパク質をコードする組み換えアデノ随伴ウイルス(rAAV)ベクターである。本開示の例示的なrAAVベクターを示す概略図が、図1Bに示されている。図1Bに示されているように、いくつかの実施形態では、本開示のrAAVベクターは、肝臓特異的プロモーター、5’逆位末端反復配列(ITR)及び3’ITR、シス作動性調節モジュール(CRM)、イントロン及びWPRE配列を含む。
いくつかの態様では、本発明で提供するのは、イズロン酸-2-スルファターゼ(I2S)タンパク質をコードする組み換えアデノ随伴ウイルス(rAAV)ベクターである。本開示の例示的なrAAVベクターを示す概略図が、図1Bに示されている。図1Bに示されているように、いくつかの実施形態では、本開示のrAAVベクターは、肝臓特異的プロモーター、5’逆位末端反復配列(ITR)及び3’ITR、シス作動性調節モジュール(CRM)、イントロン及びWPRE配列を含む。
いくつかの実施形態では、そのベクターは、スルファターゼ修飾因子1(SUMF)遺伝子も含む。いくつかの実施形態では、そのベクターは、内部リボソーム侵入部位(IRES)を含む。
そのベクターのイズロン酸-2-スルファターゼ(I2S)は、野生型またはコドン最適化したバリアントであることができる。したがって、いくつかの実施形態では、そのrAAVベクターは、野生型I2Sヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態では、コドン最適化したI2S配列を含む。
本発明に適するI2Sは、天然のイズロン酸-2-スルファターゼ(I2S)タンパク質の少なくとも部分的な活性を代替できるか、またはI2S欠損と関連する表現型もしくは症状の1つ以上を救済できるいずれかのタンパク質またはタンパク質部分である。本明細書で使用する場合、「I2S酵素」及び「I2Sタンパク質」という用語、ならびに文法的に同等の用語は、同義的に用いられている。
典型的には、ヒトI2Sタンパク質は、前駆体形態として産生される。ヒトI2Sの前駆体形態は、シグナルペプチド(その完全長前駆体の1~25番目のアミノ酸残基)、プロペプチド(その完全長前駆体の26~33番目のアミノ酸残基)、ならびにさらにプロセシングされて、42kDaの鎖(その完全長前駆体の34~455番目の残基)及び14kDaの鎖(その完全長前駆体の446~550番目の残基)となり得る鎖(その完全長前駆体の34~550番目の残基)を含む。典型的には、その前駆体形態は、完全長前駆体または完全長I2Sタンパク質ともいい、550個のアミノ酸を含む。典型的な野生型、すなわち天然のヒトI2Sタンパク質のシグナルペプチドが除去された成熟形態(配列番号1)と、完全長前駆体(配列番号2)のアミノ酸配列が、表1に示されている。シグナルペプチドには、下線が付されている。
本明細書に記載されているrAAVベクターでは、様々な種類のプロモーターを使用できる。それらのプロモーターとしては、例えば、ユビキタスプロモーター、組織特異的プロモーター及び調節性(例えば、誘導性または抑制性)プロモーターが挙げられる。いくつかの実施形態では、そのプロモーターは、肝臓特異的プロモーターである。肝臓特異的プロモーターの例は、当該技術分野において知られており、そのプロモーターとしては例えば、ヒトトランスサイレチンプロモーター(TTR)、α-アンチトリプシンプロモーター、ヒト前駆体型第IX因子/肝臓転写因子応答性オリゴマー、LSP及び塩基性アルブミンプロモーターが挙げられる。肝臓特異的プロモーターは例えば、Zhijian Wu et al.,Molecular Therapy vol 16,no 2,February 2008に記載されており、その内容は、参照により、本明細書に援用される。
いくつかの実施形態では、そのプロモーターは、ユビキタスプロモーターである。いくつかの実施形態では、そのプロモーターは、ニワトリβアクチンプロモーターである。
いくつかの実施形態では、そのrAAVベクターは、そのmRNAの転写及び/または翻訳を促すための追加のエンハンサーまたは調節エレメント(例えば、エンハンサー配列、Kozak配列、ポリアデニル化配列、転写終結配列、IRESなど)を含む。いくつかの実施形態では、そのベクターは、5’逆位末端反復配列(ITR)及び3’ITRを含む。いくつかの実施形態では、そのベクターは、エンハンサーエレメントを1つ以上含む。いくつかの実施形態では、そのベクターは、ポリ(A)テールを含む。
いくつかの実施形態では、そのrAAVベクターは、イントロンのような小エレメントを1つ以上含む。当該技術分野において、様々なイントロンが知られている。本明細書に記載されているrAAVベクターに適するイントロンとしては例えば、MVMイントロン、トランケート型F.IXイントロン、キメラβグロビンSD/免疫グロブリン重鎖SAイントロン、SV40及び/またはαグロビンの第1イントロンが挙げられる。いくつかの実施形態では、そのrAAVベクターは、MVMイントロンを含む。いくつかの実施形態では、そのrAAVベクターは、SV40イントロンを含む。
いくつかの実施形態では、そのrAAVベクターは、ウッドチャック肝炎ウイルス転写後制御エレメント(WPRE)を含む。当該技術分野では、WPREの様々な最適化形態またはバリアント形態が知られており、その形態としては、とりわけ、WPRE3、WPREmut6delATGが挙げられる。他のバリアントWPRE形態としては例えば、WPRE2、WPRE_wt(GenBankアクセッション番号J04514)、WPRE_wt(GenBankアクセッション番号J02442)及びWPREmut6が挙げられる。
いくつかの実施形態では、そのrAAVベクターは、シス作動性調節モジュール(CRM)を含む。様々な種類のCRMが、本明細書に記載されているベクターでの使用に適しており、そのCRMとしては例えば、肝臓特異的CRM、ニューロン特異的CRMが挙げられる。いくつかの実施形態では、本明細書に記載されているベクターは、肝細胞特異的CRM、例えばCRM8を含む。いくつかの実施形態では、そのベクターは、CRMを2個以上含む。例えば、いくつかの実施形態では、そのベクターは、CRMを2個、3個、4個、5個または6個含む。いくつかの実施形態では、そのベクターは、CRMを3個、例えば、CRM8を3個含む。
いくつかの実施形態では、そのrAAVベクターは、翻訳効率の向上のために、転写産物の安定性を向上させるとともに、免疫原性を低下させるように、配列を最適化されている。いくつかの実施形態では、そのI2Sが、配列を最適化されている。
いくつかの実施形態では、そのrAAVベクターは、AAV1ベクター、AAV2ベクター、AAV3ベクター、AAV4ベクター、AAV5ベクター、AAV6ベクター、AAV7ベクター、AAV8ベクター、AAV9ベクター、AAV10ベクターまたはAAV11ベクターである。いくつかの実施形態では、そのrAAVベクターは、AAV1である。いくつかの実施形態では、そのrAAVベクターは、AAV2である。いくつかの実施形態では、そのrAAVベクターは、AAV3である。いくつかの実施形態では、そのrAAVベクターは、AAV4である。いくつかの実施形態では、そのrAAVベクターは、AAV5である。いくつかの実施形態では、rAAVベクターは、AAV6である。いくつかの実施形態では、そのrAAVベクターは、AAV7である。いくつかの実施形態では、そのrAAVベクターは、AAV8である。いくつかの実施形態では、そのrAAVベクターは、AAV9である。いくつかの実施形態では、そのrAAVベクターは、AAV10である。いくつかの実施形態では、そのrAAVベクターは、AAV11である。
例示的なエレメントの配列は、下記の表2に示されている。いくつかの実施形態では、そのrAAVベクターは、表2に示されているベクターエレメント配列との同一性が少なくとも60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%または99%であるヌクレオチド配列を含むrAAVベクターエレメントを含む。いくつかの実施形態では、そのrAAVベクターは、表2に示されているベクターエレメントヌクレオチド配列と同一のベクターエレメントヌクレオチド配列を含む。表では、Xn(60-100)は、ヌクレオチドを60~100個含むDNA力価測定タグを意味する。
いくつかの実施形態では、そのrAAV I2Sベクターは、下記の表3に示されているヌクレオチド配列との同一性が少なくとも60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%または99%であるヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態では、そのrAAV I2Sベクターは、下記の表3に示されているヌクレオチド配列と同一の配列を含む。
疾患の治療に、I2SをコードするrAAVベクターを使用すること
本明細書に記載されているのは、I2S酵素の欠損と関連する疾患の治療方法である。したがって、いくつかの実施形態では、本明細書に記載されているrAAVベクターは、ハンター症候群(MPSII)のように、I2Sが欠損している対象の治療に適する。その治療方法は、その治療が必要な対象に、本明細書に記載されているような組み換えアデノ随伴ウイルス(rAAV)ベクターを投与することを含む。
本明細書に記載されているのは、I2S酵素の欠損と関連する疾患の治療方法である。したがって、いくつかの実施形態では、本明細書に記載されているrAAVベクターは、ハンター症候群(MPSII)のように、I2Sが欠損している対象の治療に適する。その治療方法は、その治療が必要な対象に、本明細書に記載されているような組み換えアデノ随伴ウイルス(rAAV)ベクターを投与することを含む。
本明細書に記載されているrAAVベクターを用いて、I2S欠損と関連するいずれかの疾患または障害を治療できる。
いくつかの実施形態では、そのrAAVベクターは、その治療が必要な対象に投与した後、エピソーマルな状態を保つ。いくつかの実施形態では、そのrAAVベクターは、その治療が必要な対象に投与した後、エピソーマルな状態を保たない。例えば、いくつかの実施形態では、そのrAAVベクターは、その対象のゲノムに組み込まれる。このような組み込みは例えば、ジンクフィンガーヌクレアーゼ(ZFN)、転写アクチベーター様エフェクターヌクレアーゼ(TALEN)、ARCUSゲノム編集及び/またはCRISPR-Casシステムのような様々な遺伝子編集技術を用いることによって行うことができる。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載されているrAAVベクターを含む医薬組成物を用いて、治療が必要な対象を治療する。本発明のrAAVベクターまたは粒子を含む医薬組成物は、薬学的に許容される賦形剤、希釈剤または担体を含む。適切な医薬用担体の例は、当該技術分野において周知であり、その担体としては、リン酸緩衝生理食塩水、水、油/水乳剤のような乳剤、様々なタイプの湿潤剤、滅菌溶液などが挙げられる。このような担体は、従来の方法によって調合でき、対象に、治療有効量で投与する。
本発明のrAAVベクターは、治療が必要な対象に、適切な経路を介して投与する。実施形態では、そのrAAVベクターは、静脈内投与、腹腔内投与、皮下投与または皮内投与によって投与する。実施形態では、そのrAAVベクターは、静脈内投与する。実施形態では、その皮内投与は、「遺伝子銃」またはバイオリスティック粒子送達システムを使用することによって投与することを含む。いくつかの実施形態では、本発明のrAAVベクターは、非ウイルス脂質ナノ粒子を介して投与する。例えば、そのrAAVベクターを含む組成物は、1つ以上の希釈剤、緩衝剤、リポソーム、脂質、脂質複合体を含んでよい。いくつかの実施形態では、そのrAAVベクターは、マイクロスフェア内、または脂質ナノ粒子のようなナノ粒子内に含まれる。いくつかの実施形態では、脂質ナノ粒子のような非ウイルス化学粒子、エクソソームのような非ウイルス生体分子、及び/または細胞外ベシクルを介して、そのrAAVベクター及び/または導入遺伝子発現カセット及び/または最適化されたIDS導入遺伝子配列及び/またはその遺伝子発現カセットのいずれかの組成物を投与する。
いくつかの実施形態では、機能的なI2Sは、そのrAAVベクターの投与から約2~6週間後に、その対象の血漿または血清において検出可能である。いくつかの実施形態では、機能的なI2Sは、約2週間目に、その対象の血漿または血清において検出可能である。いくつかの実施形態では、機能的なI2Sは、約3週間目に、その対象の血漿または血清において検出可能である。いくつかの実施形態では、機能的なI2Sは、約4週間目に、その対象の血漿または血清において検出可能である。いくつかの実施形態では、機能的なI2Sは、約5週間目に、その対象の血漿または血清において検出可能である。いくつかの実施形態では、機能的なI2Sは、約6週間目に、その対象の血漿または血清において検出可能である。いくつかの実施形態では、機能的なI2Sは、そのrAAVベクターの投与から約2~6週間後に、その対象の肝細胞において検出可能である。
いくつかの実施形態では、機能的なI2Sは、そのrAAVベクターの投与から少なくとも3カ月後、6カ月後、12カ月後、2年後、3年後、4年後、5年後、6年後、7年後、8年後、9年後または10年後に、その対象の血漿において検出可能である。したがって、いくつかの実施形態では、機能的なI2Sは、そのrAAVベクターの投与から少なくとも3カ月後に、その対象の血漿または血清において検出可能である。いくつかの実施形態では、機能的なI2Sは、そのrAAVベクターの投与から少なくとも6カ月後に、その対象の血漿または血清において検出可能である。いくつかの実施形態では、機能的なI2Sは、そのrAAVベクターの投与から少なくとも12カ月後に、その対象の血漿または血清において検出可能である。いくつかの実施形態では、機能的なI2Sは、そのrAAVベクターの投与から少なくとも2年後に、その対象の血漿または血清において検出可能である。いくつかの実施形態では、機能的なI2Sは、そのrAAVベクターの投与から少なくとも3年後に、その対象の血漿または血清において検出可能である。いくつかの実施形態では、機能的なI2Sは、そのrAAVベクターの投与から少なくとも4年後に、その対象の血漿または血清において検出可能である。いくつかの実施形態では、機能的なI2Sは、そのrAAVベクターの投与から少なくとも5年後に、その対象の血漿または血清において検出可能である。いくつかの実施形態では、機能的なI2Sは、そのrAAVベクターの投与から少なくとも6年後に、その対象の血漿または血清において検出可能である。いくつかの実施形態では、機能的なI2Sは、そのrAAVベクターの投与から少なくとも7年後に、その対象の血漿または血清において検出可能である。いくつかの実施形態では、機能的なI2Sは、そのrAAVベクターの投与から少なくとも8年後に、その対象の血漿または血清において検出可能である。いくつかの実施形態では、機能的なI2Sは、そのrAAVベクターの投与から少なくとも9年後に、その対象の血漿または血清において検出可能である。いくつかの実施形態では、機能的なI2Sは、そのrAAVベクターの投与から少なくとも10年後に、その対象の血漿または血清において検出可能である。いくつかの実施形態では、機能的なI2Sは、そのrAAVベクターを投与してから、その対象の残りの寿命にわたって、その対象の血漿または血清において検出可能である。
いくつかの実施形態では、そのI2Sを含むrAAVの投与により、精製I2Sタンパク質の静脈内投与後に見られるのと同程度に、活性I2Sが産生される。いくつかの実施形態では、そのI2Sを含むrAAVの投与により、精製I2Sタンパク質を静脈内投与した場合よりも多い量の活性I2Sが産生される。
いくつかの実施形態では、そのI2Sを含むrAAVの投与により、その対象におけるグリコサミノグリカン(GAG)が減少する。いくつかの実施形態では、そのI2Sを含むrAAVの投与により、I2Sを含むrAAVを投与する前のその対象のベースラインGAGレベルと比べて、その対象におけるGAGが約95%、約90%、約85%、約80%、約75%、約70%、約65%、約60%、約55%、約50%、約45%、約40%、約35%、約30%、約25%、約20%、約15%または約10%減少する。したがって、いくつかの実施形態では、そのI2Sを含むrAAVの投与により、その対象におけるGAGが約95%減少する。いくつかの実施形態では、そのI2Sを含むrAAVの投与により、その対象におけるGAGが約90%減少する。いくつかの実施形態では、そのI2Sを含むrAAVの投与により、その対象におけるGAGが約85%減少する。いくつかの実施形態では、そのI2Sを含むrAAVの投与により、その対象におけるGAGが約80%減少する。いくつかの実施形態では、そのI2Sを含むrAAVの投与により、その対象におけるGAGが約75%減少する。いくつかの実施形態では、そのI2Sを含むrAAVの投与により、その対象におけるGAGが約70%減少する。いくつかの実施形態では、そのI2Sを含むrAAVの投与により、その対象におけるGAGが約65%減少する。いくつかの実施形態では、そのI2Sを含むrAAVの投与により、その対象におけるGAGが約60%減少する。いくつかの実施形態では、そのI2Sを含むrAAVの投与により、その対象におけるGAGが約55%減少する。いくつかの実施形態では、そのI2Sを含むrAAVの投与により、その対象におけるGAGが約50%減少する。いくつかの実施形態では、そのI2Sを含むrAAVの投与により、その対象におけるGAGが約45%減少する。いくつかの実施形態では、そのI2Sを含むrAAVの投与により、その対象におけるGAGが約40%減少する。いくつかの実施形態では、そのI2Sを含むrAAVの投与により、その対象におけるGAGが約35%減少する。いくつかの実施形態では、そのI2Sを含むrAAVの投与により、その対象におけるGAGが約30%減少する。いくつかの実施形態では、そのI2Sを含むrAAVの投与により、その対象におけるGAGが約25%減少する。いくつかの実施形態では、そのI2Sを含むrAAVの投与により、その対象におけるGAGが約20%減少する。いくつかの実施形態では、そのI2Sを含むrAAVの投与により、その対象におけるGAGが約15%減少する。いくつかの実施形態では、そのI2Sを含むrAAVの投与により、その対象におけるGAGが約10%減少する。
いくつかの実施形態では、そのI2Sを含むrAAVの投与により、その対象におけるGAGが、少なくとも約2週間、1カ月、2カ月、3カ月、4カ月、5カ月、6カ月、12カ月、1年、2年、3年、4年、5年または5年超減少する。
いくつかの実施形態では、そのAAVベクターをその対象に投与した後、循環血液において検出可能な機能的なI2Sのレベルは、I2Sを含むrAAVを投与する前のその対象において検出可能な機能的なI2Sの量の約2~10倍高い。
いくつかの実施形態では、そのAAVベクターをその対象に投与した後、検出可能である活性I2Sのレベルは、ヒト治療レベルを満たすかまたは上回る。いくつかの実施形態では、そのrAAVベクターの投与後の活性I2Sのレベルは、ヒト治療レベルの約2~35倍である。いくつかの実施形態では、投与後の活性I2Sのレベルは、ヒト治療レベルの約2倍である。いくつかの実施形態では、投与後の活性I2Sのレベルは、ヒト治療レベルの約3倍である。いくつかの実施形態では、投与後の活性I2Sのレベルは、ヒト治療レベルの約4倍である。いくつかの実施形態では、投与後の活性I2Sのレベルは、ヒト治療レベルの約5倍である。いくつかの実施形態では、投与後の活性I2Sのレベルは、ヒト治療レベルの約6倍である。いくつかの実施形態では、投与後の活性I2Sのレベルは、ヒト治療レベルの約6倍である。いくつかの実施形態では、投与後の活性I2Sのレベルは、ヒト治療レベルの約7倍である。いくつかの実施形態では、投与後の活性I2Sのレベルは、ヒト治療レベルの約8倍である。いくつかの実施形態では、投与後の活性I2Sのレベルは、ヒト治療レベルの約9倍である。いくつかの実施形態では、投与後の活性I2Sのレベルは、ヒト治療レベルの約10倍である。いくつかの実施形態では、投与後の活性I2Sのレベルは、ヒト治療レベルの約15倍である。いくつかの実施形態では、投与後の活性I2Sのレベルは、ヒト治療レベルの約20倍である。いくつかの実施形態では、投与後の活性I2Sのレベルは、ヒト治療レベルの約25倍である。いくつかの実施形態では、投与後の活性I2Sのレベルは、ヒト治療レベルの約30倍である。いくつかの実施形態では、投与後の活性I2Sのレベルは、ヒト治療レベルの約35倍である。
すなわち、I2Sを含むrAAVベクターの投与により、精製I2Sを、必要な対象に1回投与するのと比べて、ロバストな発現が持続する。
いくつかの実施形態では、そのrAAV I2Sベクターは、対象1人につき1回用量として送達する。いくつかの実施形態では、その対象に、最小有効用量(MED)を送達する。本明細書で使用する場合、MEDとは、対象におけるGAGレベルを低下させるI2S活性をもたらすのに必要な、rAAV I2Sベクターの用量を指す。
ベクター力価は、そのベクター調製物のDNA含有量に基づいて求める。いくつかの実施形態では、定量PCRまたは最適化した定量PCRを用いて、rAAV I2Sベクター調製物のDNA含有量を求める。一実施形態では、その投与量は、体重1kg当たり約1×1011ベクターゲノム(vg)~約1×1013vg/kg(端点値を含む)である。
一実施形態では、その投与量は、1×109vg/kg~3×1015vg/kgの範囲で選択する(例えば、1×109vg/kg、3×109vg/kg、1×1010vg/kg、3×1010vg/kg、1×1011vg/kg、3×1011vg/kg、1×1012vg/kg、3×1012vg/kg、1×1013vg/kg、3×1013vg/kg、1×1014vg/kg、3×1014vg/kg、1×1015vg/kg、3×1015vg/kg)。いくつかの実施形態では、その投与量は、5×1013vg/kgである。別の実施形態では、その投与量は、5×1012vg/kgである。具体的な実施形態では、対象に投与するrAAVの用量は、少なくとも5×1011vg/kg、1×1012vg/kg、1.5×1012vg/kg、2.0×1012vg/kg、2.5×1012vg/kg、3.0×1012vg/kg、3.5×1012vg/kg、4.0×1012vg/kg、4.5×1012vg/kg、5.0×1012vg/kg、5.5×1012vg/kg、6.0×1012vg/kg、6.5×1012vg/kg、7.0×1012vg/kgまたは7.5×1012vg/kgである。
いくつかの実施形態では、そのrAAV I2Sベクター組成物は、投与量単位で調合して、約1.0×109vg~約1.0×1015vgの範囲である量の複製欠損ウイルスを含むようにできる。本明細書で使用する場合、「投与量」という用語は、治療過程で対象に送達する総投与量、または(複数回投与のうちの)1回の投与で送達する量を指すことができる。
いくつかの実施形態では、その投与量は、患者において、血漿中GAGレベルを25%以上低下させるのに十分な量である。いくつかの実施形態では、rAAV I2Sは、ハンター症候群を治療するための1つ以上の療法と組み合わせて投与する。
rAAVウイルスベクターの作製
対象に送達するのに適するAAVウイルスベクターを生成及び単離する方法は、当該技術分野において知られている。例えば、米国特許第7790449号、米国特許第7282199号、WO2003/042397、WO2005/033321、WO2006/110689及びUS7588772B2を参照されたい。ある1つのシステムでは、プロデューサー細胞株に、ITRに挟まれた導入遺伝子をコードするコンストラクトと、rep及びcapをコードするコンストラクト(複数可)を一過性にトランスフェクションする。第2のシステムでは、rep及びcapを安定的に供給するパッケージング細胞株に、ITRに挟まれた導入遺伝子をコードするコンストラクトを一過性にトランスフェクションする。これらのシステムのそれぞれでは、ヘルパーアデノウイルスまたはヘルパーヘルペスウイルスへの感染に応答して、AAVビリオンが産生され、そのrAAVを混入ウイルスから分離する必要がある。最近になって、ヘルパーウイルスに感染させて、AAVを回収する必要がないシステムが開発され、すなわち、そのシステムは、アデノウイルスEl、E2a、VA及びE4、またはヘルペスウイルスUL5、UL8、UL52及びUL29、ならびにヘルペスウイルスポリメラーゼもトランスで供給する。これらの新しいシステムでは、そのヘルパー機能は、細胞に、必要なヘルパー機能をコードするコンストラクトを一過性にトラスフェクションすることによって供給でき、または細胞を操作して、ヘルパー機能をコードする遺伝子を安定的に含むようにでき、その発現は、転写レベルまたは転写後レベルで制御できる。
対象に送達するのに適するAAVウイルスベクターを生成及び単離する方法は、当該技術分野において知られている。例えば、米国特許第7790449号、米国特許第7282199号、WO2003/042397、WO2005/033321、WO2006/110689及びUS7588772B2を参照されたい。ある1つのシステムでは、プロデューサー細胞株に、ITRに挟まれた導入遺伝子をコードするコンストラクトと、rep及びcapをコードするコンストラクト(複数可)を一過性にトランスフェクションする。第2のシステムでは、rep及びcapを安定的に供給するパッケージング細胞株に、ITRに挟まれた導入遺伝子をコードするコンストラクトを一過性にトランスフェクションする。これらのシステムのそれぞれでは、ヘルパーアデノウイルスまたはヘルパーヘルペスウイルスへの感染に応答して、AAVビリオンが産生され、そのrAAVを混入ウイルスから分離する必要がある。最近になって、ヘルパーウイルスに感染させて、AAVを回収する必要がないシステムが開発され、すなわち、そのシステムは、アデノウイルスEl、E2a、VA及びE4、またはヘルペスウイルスUL5、UL8、UL52及びUL29、ならびにヘルペスウイルスポリメラーゼもトランスで供給する。これらの新しいシステムでは、そのヘルパー機能は、細胞に、必要なヘルパー機能をコードするコンストラクトを一過性にトラスフェクションすることによって供給でき、または細胞を操作して、ヘルパー機能をコードする遺伝子を安定的に含むようにでき、その発現は、転写レベルまたは転写後レベルで制御できる。
いくつかの実施形態では、バキュロウイルスベースのベクターへの感染によって、ITRに挟まれた発現カセットと、rep/cap遺伝子を所望の細胞または細胞株に導入する。
いくつかの実施形態では、バキュロウイルスベースのベクターへの感染によって、ITRに挟まれた発現カセットと、rep/cap遺伝子を昆虫細胞に導入する。これらの産生システムの論評については、概して、例えば、Zhang et al,2009,“Adenovirus-adeno-associated virus hybrid for large-scale recombinant adeno-associated virus production,”Human Gene Therapy 20:922-929(その内容は、参照により、その全体が本明細書に援用される)を参照されたい。また、上記及び他のAAV産生システムを作製及び使用する方法は、米国特許5,139,941号、同第5,741,683号、同第6,057,152号、同第6,204,059号、同第6,268,213号、同第6,491,907号、同第6,660,514号、同第6,951,753号、同第7,094,604号、同第7,172,893号、同第7,201,898号、同第7,229,823号及び同第7,439,065号(それぞれの内容は、参照により、全体が本明細書に援用される)に記載されている。概して、例えば、Grieger & Samulski,2005,“Adeno-associated virus as a gene therapy vector:Vector development,production and clinical applications,”Adv. Biochem. Engin/Biotechnol.99:119-145、Buning et al,2008,“Recent developments in adeno-associated virus vector technology,”J.Gene Med 10:717-733及び下に引用されている参照文献(それぞれ、参照により、全体が本明細書に援用される)を参照されたい。
本発明の実施形態のいずれかを構築するのに使用する方法は、核酸操作における知識を有する者には既知であり、その方法には、遺伝子工学、組み換え工学及び合成技法が含まれる。例えば、Green and Sambrook et al,Molecular Cloning:A Laboratory Manual,Cold Spring Harbor Press,Cold Spring Harbor,NY(2012)を参照されたい。同様に、rAAVビリオンを生成する方法は周知であり、適切な方法の選択は、本発明を制限するものではない。例えば、K.Fisher et al,(1993)J.Virol,70:520-532及び米国特許第5,478,745号を参照されたい。
本発明に従って使用できる多くのプラスミド、ならびにその他のクローニングベクター及び発現ベクターは、当業者に周知であり、当業者は、それらを容易に利用可能である。さらに、当業者は、本発明での使用に適するいずれの数の他のプラスミドも容易に構築し得る。本発明におけるこのようなプラスミド及びその他のベクターの特性、構築及び使用法は、当業者には、本開示から容易に明らかとなるであろう。
一実施形態では、その産生プラスミドは、本明細書に記載されているか、またはWO2012/158757(参照により、本明細書に援用される)に記載されているようなものである。当該技術分野では、rAAVベクターの作製に用いるものとして、様々なプラスミドが知られており、本発明において有用である。その産生プラスミドを宿主細胞内で培養して、その細胞が、AAVのcapタンパク質及び/またはrepタンパク質を発現する。宿主細胞内で、各rAAVゲノムをレスキューして、そのキャプシドタンパク質またはエンベロープタンパク質にパッケージングして、感染性ウイルス粒子を形成する。
特定の実施形態では、そのrAAV発現カセット、ベクター(rAAVベクターなど)、ウイルス(rAAVなど)、産生プラスミドは、AAV逆位末端反復配列、IDS及び/またはSUMF-1をコードするコドン最適化核酸配列、ならびに宿主細胞において、コードされるタンパク質の発現を誘導する発現制御配列を含む。別の実施形態では、そのrAAV発現カセット、ウイルス、ベクター(rAAVベクターなど)、産生プラスミドは、イントロン、Kozak配列、ポリA、転写後調節エレメントなどのうちの1つ以上をさらに含む。一実施形態では、その転写後調節エレメントは、ウッドチャック肝炎ウイルス(WHP)転写後調節エレメント(WPRE)である。
当該技術分野では、AAVベクターの産生及び精製に関して、様々な方法が知られている。例えば、Mizukami,Hiroaki,et al.A Protocol for AAV vector production and purification、米国特許出願公開第20070015238号及び同第20120322861号を参照されたい。例えば、当該遺伝子を含むプラスミドは、例えば、rep遺伝子(例えば、Rep78、Rep68、Rep52及びRep40をコードする遺伝子)と、cap遺伝子(本明細書に記載されているような改変VP2領域を含め、VP1、VP2及びVP3をコードする遺伝子)とを含む1つ以上のヘルパープラスミドと組み合わせ、組み換え細胞にトランスフェクションして、そのrAAVをパッケージングし、後で精製できるようにしてよい。
いくつかの実施形態では、そのパッケージングは、哺乳動物細胞または昆虫細胞のようなヘルパー細胞またはプロデューサー細胞で行う。例示的な哺乳動物細胞としては、HEK293細胞、COS細胞、HeLa細胞、BHK細胞またはCHO細胞が挙げられるが、これらに限らない(例えば、ATCC(登録商標)CRL-1573(商標)、ATCC(登録商標)CRL-1651(商標)、ATCC(登録商標)CRL-1650(商標)、ATCC(登録商標)CCL-2、ATCC(登録商標)CCL-10(商標)またはATCC(登録商標)CCL-61(商標)を参照されたい)。例示的な昆虫細胞としては、Sf9細胞が挙げられるが、これに限らない(例えば、ATCC(登録商標)CRL-1711(商標)を参照されたい)。そのヘルパー細胞は、本明細書に記載されている方法で用いるRepタンパク質及び/またはCapタンパク質をコードするrep遺伝子及び/またはcap遺伝子を含んでよい。いくつかの実施形態では、そのパッケージングは、in vitroで行う。
いくつかの実施形態では、当該遺伝子を含むプラスミドは、例えば、第1のセロタイプのrep遺伝子と、同じセロタイプまたは異なるセロタイプのcap遺伝子とを含む1つ以上のヘルパープラスミドと組み合わせ、ヘルパー細胞にトランスフェクションして、そのrAAVがパッケージングされるようにする。
いくつかの実施形態では、その1つ以上のヘルパープラスミドは、rep遺伝子とcap遺伝子とを含む第1のヘルパープラスミドと、Ela遺伝子、Elb遺伝子、E4遺伝子、E2a遺伝子及びVA遺伝子というヘルパー遺伝子のうちの1つ以上を含む第2のヘルパープラスミドを含む。明瞭化のために述べると、ヘルパー遺伝子は、ヘルパータンパク質Ela、Elb、E4、E2a及びVAをコードする遺伝子である。いくつかの実施形態では、そのcap遺伝子は、VP1タンパク質、VP2タンパク質及びVP3タンパク質のうちの1つ以上が発現されないように改変されている。いくつかの実施形態では、そのcap遺伝子は、VP2が発現されないように改変されている。このような改変を行う方法は、当該技術分野において知られている(Lux et al.(2005),J Virology,79:11776-87)。
ヘルパープラスミド、及びヘルパープラスミドの作製方法は概して、当該技術分野において知られており、概して、市販されている(例えば、PlasmidFactory(Bielefeld,Germany)製のpDF6、pRep、pDM、pDG、pDPlrs、pDP2rs、pDP3rs、pDP4rs、pDP5rs、pDP6rs、pDG(R484E/R585E)及びpDP8.apeプラスミド、Vector Biolabs(Philadelphia,PA)、Cellbiolabs(San Diego,CA)、Agilent Technologies(Santa Clara,Ca)及びAddgene(Cambridge,MA)から入手可能な他の製品及びサービス、pxx6、Grimm et al.(1998),Novel Tools for Production and Purification of Recombinant Adeno associated Virus Vectors,Human Gene Therapy,Vol.9,2745-2760、Kem,A.et al.(2003),Identification of a Heparin-Binding Motif on Adeno-Associated Virus Type 2 Capsids,Journal of Virology,Vol.77,11072-11081.、Grimm et al.(2003),Helper Virus-Free,Optically Controllable,and Two-Plasmid-Based Production of Adeno-associated Virus Vectors of Serotypes 1 to 6,Molecular Therapy,Vol.7,839-850、Kronenberg et al.(2005)を参照されたい)。
本発明の他の特徴、目的及び利点は、下記の実施例で明らかである。しかしながら、実施例は、本発明の実施形態を示すものの、例示として示されているに過ぎず、限定するものではないことを理解すべきである。本発明の範囲内での様々な変更及び修正は、当業者には、実施例から明らかになるであろう。
実施例1.ベクターのデザイン
この実施例では、ヒトイズロン酸2-スルファターゼ(IDSまたはI2S)のコード配列を含むrAAV発現コンストラクト(rAAVベクター)及びその変形形態を作製する例示的な方法及びその例示的なデザインが示されている。この試験では、組み換えAAVベクター(rAAV8)を使用した。rAAVベクターの基本的デザインは、逆位末端反復配列(ITR)、すなわち5’-ITR及び3’-ITRに挟まれた発現カセットを含む。これらのITRは、ベクタープロデューサー細胞内で、AAV複製タンパク質Rep及び関連因子による、ベクターゲノムの複製及びパッケージングを媒介する。典型的には、図1Aに示されているように、発現カセットは、プロモーター、コード配列、ポリAテール及び/またはタグを含む。ヒトIDS(hIDS)をコードする発現コンストラクトは、標準的な分子生物学技法を用いて、設計及び調製した。hIDSのコード配列は、プロモーターであるhTTR(ヒトトランスサイレチンプロモーター)の下流に挿入した。加えて、肝臓特異的なシス作動性調節モジュール(CRM)をそのプロモーターの上流に挿入し、マウス微小ウイルス(MVM)イントロン配列をそのプロモーターの下流に挿入した。下記の実施例に示されているように、この調節モジュールとプロモーターの組み合わせにおいて、高いトランスダクションレベルについて試験した。さらに、WPRE配列をコード領域の下流に挿入した。理論に束縛されることを望まないが、このエレメントは、mRNAの安定性を向上させる三次構造を作る。WPREについては、例えば、転写終結の増進、及びmRNAの核外輸送の促進を含め、他の機能メカニズムが説明されている。図1Bは、上記の発現コンストラクトの概略図を示している。続いて、その発現コンストラクトをAAVプラスミド骨格にクローニングし、シーケンシングによって確認した。ベクターをウイルス粒子にパッケージングし、保存した。
この実施例では、ヒトイズロン酸2-スルファターゼ(IDSまたはI2S)のコード配列を含むrAAV発現コンストラクト(rAAVベクター)及びその変形形態を作製する例示的な方法及びその例示的なデザインが示されている。この試験では、組み換えAAVベクター(rAAV8)を使用した。rAAVベクターの基本的デザインは、逆位末端反復配列(ITR)、すなわち5’-ITR及び3’-ITRに挟まれた発現カセットを含む。これらのITRは、ベクタープロデューサー細胞内で、AAV複製タンパク質Rep及び関連因子による、ベクターゲノムの複製及びパッケージングを媒介する。典型的には、図1Aに示されているように、発現カセットは、プロモーター、コード配列、ポリAテール及び/またはタグを含む。ヒトIDS(hIDS)をコードする発現コンストラクトは、標準的な分子生物学技法を用いて、設計及び調製した。hIDSのコード配列は、プロモーターであるhTTR(ヒトトランスサイレチンプロモーター)の下流に挿入した。加えて、肝臓特異的なシス作動性調節モジュール(CRM)をそのプロモーターの上流に挿入し、マウス微小ウイルス(MVM)イントロン配列をそのプロモーターの下流に挿入した。下記の実施例に示されているように、この調節モジュールとプロモーターの組み合わせにおいて、高いトランスダクションレベルについて試験した。さらに、WPRE配列をコード領域の下流に挿入した。理論に束縛されることを望まないが、このエレメントは、mRNAの安定性を向上させる三次構造を作る。WPREについては、例えば、転写終結の増進、及びmRNAの核外輸送の促進を含め、他の機能メカニズムが説明されている。図1Bは、上記の発現コンストラクトの概略図を示している。続いて、その発現コンストラクトをAAVプラスミド骨格にクローニングし、シーケンシングによって確認した。ベクターをウイルス粒子にパッケージングし、保存した。
上記スキームの変形形態をいずれかの数行うことができる。代替的なコンストラクトは、図2に示されているように、WPRE配列を、内部リボソーム侵入部位(IRES)の前に位置するSUMF1(スルファターゼ修飾因子1)コード配列に置き換えることによって得ることができる。公開されているデータ(Fraldi A et al.2007. Biochem J.403:305-312)によると、細胞ベースのin vitroアッセイにおいて試験した場合、SUMF1の存在により、I2S活性が向上する。同じ研究で公にされた追加のin vivoデータにより、SUMF1の存在下で、スルファミダーゼ(SGSH)活性が、さらに有意に向上したことが示された。小胞体において、SUMF1の基質(IDSを含む)のホルミルグリシン触媒残基を活性化させるには、SUMF1が必要であるとすると、IDS及びSUMF1を同じベクターから共発現させると、細胞レベルで、SUMF1の量が増えて、処理されるIDSの量が増加するように図ることができるので、活性化IDSが、ライソゾームへの輸送前に処理される可能性が向上したり、またはその細胞から出て、アップデートのために、他の細胞に移動したりする。
コドン最適化
加えて、IDSまたはSUMF1のコード配列は、コドン適応指標(CAI)、CpG部位数、GC含有率及び繰り返し塩基配列のような複数のパラメーターに基づき、コドン最適化した。より使用頻度の高いコドンを使用し、ベクターからの導入遺伝子産物の発現レベルを潜在的に上昇させるには、高いCAIが好ましかった。免疫応答を誘発し得るCpG部位を減少させた。繰り返し塩基も除去した。この目的においては、合成遺伝子デザインのためのウェブベースの多目的最適化プラットフォーム(COOL(Codon Optimization Online)という)と、内部のコドン使用頻度表を使用した。加えて、潜在的なスプライシング部位を手動で除去した。最適化したhIDSコード配列及びSUMF1コード配列の特徴は、表4にまとめられており、hIDS-WPREの代表的なコンストラクトの概略図は図1Bに、hIDS-IRES-SUMF1の代表的なコンストラクトの概略図は図2に示されている。上記スキームの変形形態をいずれかの数行うことができる。例えば、2個以上のプロモーターを使用してもよく、及び/またはIRES配列をコード領域の上流に導入してもよい。加えて、異なる組み合わせの調節領域、プロモーター及びイントロンも企図できる。
加えて、IDSまたはSUMF1のコード配列は、コドン適応指標(CAI)、CpG部位数、GC含有率及び繰り返し塩基配列のような複数のパラメーターに基づき、コドン最適化した。より使用頻度の高いコドンを使用し、ベクターからの導入遺伝子産物の発現レベルを潜在的に上昇させるには、高いCAIが好ましかった。免疫応答を誘発し得るCpG部位を減少させた。繰り返し塩基も除去した。この目的においては、合成遺伝子デザインのためのウェブベースの多目的最適化プラットフォーム(COOL(Codon Optimization Online)という)と、内部のコドン使用頻度表を使用した。加えて、潜在的なスプライシング部位を手動で除去した。最適化したhIDSコード配列及びSUMF1コード配列の特徴は、表4にまとめられており、hIDS-WPREの代表的なコンストラクトの概略図は図1Bに、hIDS-IRES-SUMF1の代表的なコンストラクトの概略図は図2に示されている。上記スキームの変形形態をいずれかの数行うことができる。例えば、2個以上のプロモーターを使用してもよく、及び/またはIRES配列をコード領域の上流に導入してもよい。加えて、異なる組み合わせの調節領域、プロモーター及びイントロンも企図できる。
実施例2.rAAVの駆動による、hIDS-WPREのin vivo発現
この実施例には、最適化コンストラクトにおいて、rAAVの駆動によってIDSがin vivoで発現される効力について例示されている。マウスに、コントロールベクター(rAAV-XL032)(群A)、または図1A及び図1Bに示されているような試験試料のrAAV-XL024(hIDS wt-WPRE)コンストラクト(群B)もしくはrAAV-XL026(hIDS-AUSopt-WPRE)コンストラクト(群C)を注射した。6週齢のマウスに、ベクターを200μlの体積中5×109vgで、尾静脈から投与し、注射から2日後、7日後、21日後、8週間後及び12週間後に、血清試料を採取した。マウスを12週間目に殺処分し、その組織試料を摘出した。週齢を適合させた野生型マウスの群をポジティブコントロールとし、週齢を適合させた未処置のIDS-KOマウスの群をネガティブコントロールとして使用した。その実験デザインは、下記の表5にまとめられている。
この実施例には、最適化コンストラクトにおいて、rAAVの駆動によってIDSがin vivoで発現される効力について例示されている。マウスに、コントロールベクター(rAAV-XL032)(群A)、または図1A及び図1Bに示されているような試験試料のrAAV-XL024(hIDS wt-WPRE)コンストラクト(群B)もしくはrAAV-XL026(hIDS-AUSopt-WPRE)コンストラクト(群C)を注射した。6週齢のマウスに、ベクターを200μlの体積中5×109vgで、尾静脈から投与し、注射から2日後、7日後、21日後、8週間後及び12週間後に、血清試料を採取した。マウスを12週間目に殺処分し、その組織試料を摘出した。週齢を適合させた野生型マウスの群をポジティブコントロールとし、週齢を適合させた未処置のIDS-KOマウスの群をネガティブコントロールとして使用した。その実験デザインは、下記の表5にまとめられている。
B85抗体を用いたELISAによって、ベクターの媒介による発現量を求めた。結果は、図3に示されている。最適化したコンストラクトrAAV-XL024(群B)及びrAAV-XL026(群C)のrAAVベクターを注射したマウスでは、コントロールベクターrAAV-XL032(CpG部位を減少させない異なるアルゴリズム、及び野生型WPRE配列の短縮型によって、コドン最適化hIDSをコードするベクターである)(群A)を注射したマウスと比べて、血清中のhIDS濃度が高かった。ベクター(群A~C)を注射したすべての群において、21日目まで、hIDS濃度が上昇し、1回注射後、最長で12週間(84日)、hIDSレベルが維持された。すべてのWT群及びIDS-KO群においては、ヒトIDSを発現しないので、hIDSは検出されなかった。
図4Aに示されているように、hIDS活性のレベルを試験したところ、同様の結果が得られた。ベクター(群A~C)を注射したすべての群において、21日目まで、その活性レベルが上昇した。その発現結果と同様に、最適化したコンストラクト(群B及び群C)のrAAVベクターを注射したマウス群におけるhIDS活性は、コントロールベクターrAAV-XL032(群A)のマウス群よりも高かった。WTマウス群のhIDS活性レベルは、試験期間にわたって比較的安定していた。この実施例で用いたrAAVベクターは、rAAV8であった。
図4Bに示されているように、ELISAを用いて、組織において、hI2Sを測定した。rAAV-XL024(群B)では、hI2Sは、肝臓及び腎臓において検出可能であったが、脳では検出不能であった。この群では、心臓及び脾臓は解析しなかった。rAAV-XL026(群C)では、hI2Sは、肝臓、腎臓、心臓、脾臓及び脳において検出可能であった。rAAV-XL032(群A)では、hI2Sは、肝臓、腎臓及び脳において検出可能であった。この群では、心臓及び脾臓は解析しなかった。
図4Cに示されているように、活性を用いて、組織において、hI2Sを測定した。rAAV-XL024(群B)では、hI2S活性は、肝臓、腎臓及び脳において検出可能であった。この群では、心臓及び脾臓は解析しなかった。rAAV-XL026(群C)では、hI2Sは、肝臓、腎臓、心臓、脾臓及び脳において検出可能であった。rAAV-XL032(群A)では、hI2Sは、肝臓、腎臓及び脳において検出可能であった。この群では、心臓及び脾臓は解析しなかった。図4Dに示されているように、酵素活性レベルをWT群と比較した。血清及び体細胞組織において、すべてのベクター投与群で、WTよりも高い活性レベルが見られた。脳では、rAAV-XL026及びrAAV-XL032のレベルは、WTよりも低かった。
実施例3.hIDS-WPREコンストラクトを用いた遺伝子療法によるGAGクリアランス
酵素であるイズロン酸-2-スルファターゼ(IDS)は、グリコサミノグリカン(GAG)であるデルマタン硫酸及びヘパラン硫酸から硫酸基を除去するものであり、その欠如または不活性により、ムコ多糖症II型(MPSII)、すなわち、ライソゾーム蓄積障害であるハンター症候群を発症する。そこで、GAGクリアランスを測定して、最適化したrAAVコンストラクトによって発現したhIDSの効力を評価した。12週目に、表5に示されているマウス群から、脳、肝臓及び腎臓の組織を摘出し、各組織中のGAGレベルを測定した。
酵素であるイズロン酸-2-スルファターゼ(IDS)は、グリコサミノグリカン(GAG)であるデルマタン硫酸及びヘパラン硫酸から硫酸基を除去するものであり、その欠如または不活性により、ムコ多糖症II型(MPSII)、すなわち、ライソゾーム蓄積障害であるハンター症候群を発症する。そこで、GAGクリアランスを測定して、最適化したrAAVコンストラクトによって発現したhIDSの効力を評価した。12週目に、表5に示されているマウス群から、脳、肝臓及び腎臓の組織を摘出し、各組織中のGAGレベルを測定した。
図5Aに示されているように、脳では、rAAV-XL026(群C)及びrAAV-XL032(群A)の場合に、未処置のIDS-KOマウスと比べて、GAGレベルが多少低下した。図5B及び図5Cに示されているように、マウスに、hIDSをコードするrAAVベクターを注射したところ、GAGレベルは、肝臓及び腎臓で有意に低下した。そのGAGレベルは、未処置のWTマウスで見られたGAGレベルと同程度であった。
実施例4.hIDS-WPREコンストラクトを用いる遺伝子療法による、ヘパリン硫酸(HS)及びデルマタン硫酸(DS)の低減
この実施例には、マウスにおいて、hIDSを発現させることによって、ヘパラン硫酸及びデルマタン硫酸のレベルが低下することが例示されている。酵素であるイズロン酸-2-スルファターゼ(IDS)は、グリコサミノグリカン(GAG)であるデルマタン硫酸及びヘパラン硫酸から硫酸基を除去するものであり、その欠如または不活性により、GAGが蓄積し、その結果、ムコ多糖症II型(MPSII)、すなわち、ライソゾーム蓄積障害であるハンター症候群を発症する。
この実施例には、マウスにおいて、hIDSを発現させることによって、ヘパラン硫酸及びデルマタン硫酸のレベルが低下することが例示されている。酵素であるイズロン酸-2-スルファターゼ(IDS)は、グリコサミノグリカン(GAG)であるデルマタン硫酸及びヘパラン硫酸から硫酸基を除去するものであり、その欠如または不活性により、GAGが蓄積し、その結果、ムコ多糖症II型(MPSII)、すなわち、ライソゾーム蓄積障害であるハンター症候群を発症する。
最適化したrAAVコンストラクトによって発現したhI2Sの効力を評価するために、GAGクリアランスを測定した。
ヘパラン硫酸(HS)及びデルマタン硫酸(DS)を検出できる液体クロマトグラフィー-質量分析(LC/MS)アッセイを用いて、表5に示されているマウス群から、12週目に摘出した肝臓、腎臓、心臓、脾臓及び脳の組織において、グリコサミノグリカン(GAG)を測定した。その結果は、図6A~Bに示されている。
rAAV-XL024(群B)では、HS GAG及びDS GAGは、肝臓及び腎臓において、未処置のKO(群E)と比べて減少し、脳でも、これらほどではないものの、減少した。この群では、心臓及び脾臓は解析しなかった。rAAV-XL026(群C)では、HS GAG及びDS GAGは、肝臓、腎臓、心臓、脾臓において未処置のKO(群E)と比べて減少し、脳でも、これらほどではないものの、減少した。rAAV-XL032(群A)では、HS GAG及びDS GAGは、肝臓及び腎臓において、未処置のKO(群E)と比べて減少し、脳でも、これらほどではないものの、減少した。
図6Bに示されているように、HS GAG及びDS GAGのレベルは、未処置のIKOを低下率0%、WTを低下率100%として正規化した。
総合すると、すべてのベクター投与群で、体細胞組織におけるHS GAG及びDS GAGの割合の低下と、脳におけるHS GAG及びDS GAGの割合の低下が見られた。それらの結果から、I2Sの発現により、マウスの組織において、GAGレベルが低下したことが示された。
実施例5.マウスにおける、hIDS-WPREコンストラクトを用いた遺伝子療法による、ライソゾーム蓄積区画の縮小
この実施例では、マウスにおいて、例えば、ムコ多糖症(MPSII)の治療の際に、hIDS-WPREコンストラクトを用いた酵素補充療法により、ライソゾーム蓄積区画が、LAMP1染色によって検出した場合に、縮小することが例示されている。
この実施例では、マウスにおいて、例えば、ムコ多糖症(MPSII)の治療の際に、hIDS-WPREコンストラクトを用いた酵素補充療法により、ライソゾーム蓄積区画が、LAMP1染色によって検出した場合に、縮小することが例示されている。
簡潔に述べると、LAMP1染色を用いて、マウスにおけるライソゾーム蓄積区画を測定した。肝臓、ならびに脳の海馬、視床、脳梁、皮質、小脳及び線条体のような様々な組織を染色した。この実施例では、コントロールマウス群には、I2S酵素を実験期間中に5回、0日目、7日目、14日目、21日目及び28日目に、髄腔内(IT)投与した(表5の群F)。LAMP1染色の減少により、基質の減少、KOマウスの病態の改善が示される。
それらの結果は、図7A及び図7Bに示されている。図7Aで見られるように、ベクターを注射したマウスの肝臓組織において、LAMP1の有意な減少が観察された。肝臓での作用は、WTマウス、及びERTで処置したマウス群に匹敵していた。
脳は、図7Bに示されている。未処置のKO(群E)と比べて、LAMP1染色陽性率の低下は、rAAV-XL026での海馬、rAAV-XL024及びrAAV-XL026での脳梁、rAAV-XL024及びrAAV-XL026での視床で、統計的に有意となった。
総合すると、それらの結果から、マウスの肝臓及び脳の組織で、IDSの投与により、ライソゾーム蓄積区画が、LAMP1染色によって測定した場合に、縮小したことが示された。
実施例6.rAAVの駆動による、hIDS-IRES-SUMF1のin vivo発現
この実施例では、マウスにおいて、hIDS-IRES-SUMF1ベクターを投与した場合のhIDSのin vivo発現及び活性が、hIDS-WPREベクターの場合と比較されている。
この実施例では、マウスにおいて、hIDS-IRES-SUMF1ベクターを投与した場合のhIDSのin vivo発現及び活性が、hIDS-WPREベクターの場合と比較されている。
IDSのFGly触媒残基を活性化させるには、SUMF1が必要となるので、hIDS-WPREを発現するベクターに対して、hIDS及びSUMF1を発現するベクターを用いて、比較を行った。
マウスに、hIDS AUSopt-WPREコンストラクト(rAAV-XL026、群C)、hIDS-IRES-SUMF1コンストラクト(群GはrAAV-XL027、群HはXL029)、またはネガティブコントロールとしてのSUMF1コンストラクト(rAAV-XL030、群I)を発現するrAAVベクターを注射した。これらのコンストラクトの概略図は、図1B及び図2に示されている。
6週齢のマウスに、ベクターを200μlの体積中5×109vgで、尾静脈から投与し、注射から2日後、7日後及び21日後に、血清試料を採取した。週齢を適合させた野生型マウスの群をそれぞれポジティブコントロール及びネガティブコントロールとして使用した。例示的なin vivo試験は、表6にまとめられている。
血清におけるIDSの発現レベルをELISAによって定量した。結果は、図8に示されている。予想外にも、hIDS及びSUMF1の両方を発現するrAAV-XL027及びrAAV-XL029を注射したマウスでは、21日目の時点に、血清中のhI2S濃度が、hIDSのみを発現するrAAV-XL026ベクター(群C)を注射したマウスよりも低かった。
図9に示されているように、hI2Sの活性レベルを試験したところ、同様の結果が得られた。hIDS及びSUMF1の両方を発現するベクターを注射したすべての群(群G~H)で、その活性レベルは、hIDS-WPREを発現するベクターを注射した群(群C)よりも低かった。特定の理論に束縛されることを望まないが、rAAV-XL026ベクターにおけるWPREエレメントが、mRNAの安定性を向上させる三次構造をもたらし、その後、タンパク質の発現を増加させるので、活性が高まると考えられる。WPREについては、例えば、転写終結の増進、及びmRNAの核外輸送の促進を含め、他の機能メカニズムが説明されている。一方、SUMF1は、さらに活性な形態のhIDSをもたらすが、WPREエレメントにより発現するhIDSの量の方が有意に高い。この実施例で使用したrAAVベクターは、rAAV8である。
それらの結果から、IDS酵素のレベル及び活性は、hIDS-IRES-SUMF1ベクターよりも、hIDS-WPREベクターでの発現の方が高いことが示された。
実施例7.マウスの血清及び組織における、rAAVの駆動による、hIDS-WPREの長期的なin vivo発現
この実施例では、3つの用量のhIDS-WPREのうちの1つを投与したマウスにおいて、hIDSのin vivoでの発現及び活性が比較されている。血清及び組織において、約12~13カ月にわたり、発現レベル及び活性を評価した。
この実施例では、3つの用量のhIDS-WPREのうちの1つを投与したマウスにおいて、hIDSのin vivoでの発現及び活性が比較されている。血清及び組織において、約12~13カ月にわたり、発現レベル及び活性を評価した。
マウスに、hIDS AUSopt-WPREコンストラクト(rAAV-XL026)を発現するrAAVベクターを5×109vg(群D)、2.5×1010vg(群E)、1.25×1011vg(群F)の用量で注射し、ネガティブコントロールとして、ヌルベクターコンストラクトrAAV-MY011を1.25×1011vgの用量で注射した(群G)。これらのコンストラクトの概略図は、図1B及び図2に示されている。
5~7週齢のマウスに、ベクターを200μlの体積で、尾静脈から注射し、注射から7日後、14日後、28日後、56日後、84日後、112日後、140日後、168日後、196日後、224日後、252日後、280日後、308日後、336日後及び364日後に、血清試料を採取した。週齢を適合させた野生型マウスの群をポジティブコントロールとして、週齢を適合させた未処置のIDS-KOマウスの群をネガティブコントロールとして使用した。例示的なin vivo試験が、表7に示されている。
血清中hI2Sのレベル及び活性:血清中hI2Sの発現レベルをELISAによって求めた。結果は、図10に示されている。hI2Sの濃度は、rAAV-XL026ベクター(群D、E、F)の用量が多いほど上昇したとともに、hI2Sは、注射から364日後という最後の時点まで、検出可能な状態が維持された。この実施例で使用したrAAVベクターは、rAAV8である。
図11に示されているように、hI2S活性のレベルを試験したところ、同様の結果が観察された。hI2S活性の濃度は、rAAV-XL026ベクター(群D、E、F)の用量が多いほど上昇したとともに、hI2S活性は、注射から364日後という最後の時点まで、検出可能な状態が維持された。
組織中hI2Sのレベル及び活性:組織において、図12Aに示されているように、ELISAを用いてhI2Sを測定した。rAAV-XL026(群D、E、F)では、hI2Sは、肝臓、脾臓、腎臓、心臓、肺及び脳において検出可能であったとともに、用量が多いほど増加した。
組織では、hI2Sの活性は、図12Bに示されているように測定された。rAAV-XL026(群D、E、F)では、hI2Sの活性は、肝臓、脾臓、腎臓、心臓、肺及び脳において検出可能であったとともに、用量が多いほど上昇した。
ヘパラン硫酸(HS)及びデルマタン硫酸(DS)を検出できる液体クロマトグラフィー-質量分析(LC/MS)アッセイを用いて、表7に示されているマウス群から、364日目に摘出した肝臓、腎臓、心臓、脾臓、肺及び脳の組織において、グリコサミノグリカン(GAG)を測定した。その結果は、図12Cに示されている。
それらの体細胞組織では、あらゆる用量(群D、E、F)のrAAV-XL026で、HS GAG及びDS GAGのレベルが大きく低下した。図12Dに示されているように、HS GAG及びDS GAGのレベルは、未処置のIKOを低下率0%、WTを低下率100%として正規化した。3つのすべての用量のrAAV-XL026(群D、E、F)で、体細胞組織におけるHS GAG及びDS GAGの低下率が100%であった。脳では、HS GAGは、低下率が、rAAV-XL026の群Dで17%、rAAV-XL026の群Eで38%、rAAV-XL026の群Fで50%であった。
肝臓、ならびに脳の海馬、視床、白質、皮質、小脳及び線条体のような様々な組織をLAMP1染色した。脳は、図12Eに示されている。未処置のKO(群H)と比べて、LAMP1染色陽性率の低下は、rAAV-XL026の群D、群E及び群Fでの海馬、rAAV-XL026の群E及び群Fでの線条体、rAAV-XL026の群E及び群Fでの白質、rAAV-XL026の群E及び群Fでの視床、rAAV-XL026の群E及び群Fでの皮質、ならびにrAAV-XL026の群E及び群Fでの小脳において、統計的に有意となった。
骨の体積:マイクロコンピューター断層撮影(micro-CT)を用いて、体の構造を調べた。図13A及び図13Bに示されているように、micro-CTを用いて、7カ月齢、9カ月齢、11カ月齢及び13カ月齢のマウスで、骨の体積を経時的に測定した。
図13A及び図13Bでは、線Aは、rAAV-XL026の群Dに対応し、線Bは、rAAV-XL026の群Eに対応し、線Cは、rAAV-XL026の群Fに対応し、線Dは、rAAV-MY011の群G(ネガティブコントロール)に対応し、線Eは、未処置のIDS-KO群H(ネガティブコントロール)に対応し、線Fは、未処置の野生型群I(ポジティブコントロール)に対応する。
上腕骨(図13A)では、rAAV-XL026の群D、群E及び群Fにおける骨の体積測定値は、ポジティブコントロールである野生型群Iを上回っており、これらの群における体積は、ネガティブコントロールであるrAAV-MY011の群G及び未処置のIDS-KO群Hよりも小さい。
13カ月時点における頭蓋の頬骨弓(図13B)では、rAAV-XL026の群D、群E及び群Fにおける骨の体積測定値は、ポジティブコントロールである野生型群Iを上回っており、これらの群における体積は、ネガティブコントロールであるrAAV-MY011の群G及び未処置のIDS-KO群Hよりも小さい。
これらの結果から、I2Sを発現させた場合の上腕骨及び頬骨弓の骨の体積の方が小さく、それが、13カ月にわたって維持されたことが示された。
総合すると、それらの結果から、血清及び組織でのI2Sの発現及び活性のレベル、ならびにその結果、骨の体積に及んだ作用が、約12~13カ月にわたって維持されたことが示された。
実施例8.マウスにおいて、低用量で投与してから3カ月間、rAAVの駆動による、hIDS-WPREのin vivo発現をモニタリングした結果
この実施例では、3カ月にわたって、hI2Sを5×106~5×109vgの用量で投与したマウスにおけるhI2Sのin vivo発現及び活性が例示されている。
この実施例では、3カ月にわたって、hI2Sを5×106~5×109vgの用量で投与したマウスにおけるhI2Sのin vivo発現及び活性が例示されている。
マウスに、hIDS AUSopt-WPREコンストラクト(rAAV-XL026)を発現するrAAVベクターを5×106vg(群C)、5×107vg(群D)、5×108vg(群E)、5×109vg(群F)の用量で注射し、ネガティブコントロールとして、ヌルベクターコンストラクトrAAV-MY011を5×109vgの用量で注射した(群B)。
5~7週齢のマウスに、200μlのベクターを尾静脈から投与し、注射から14日後、28日後、56日後及び84日後に、血清試料を採取した。週齢を適合させた野生型マウスの群をポジティブコントロールとして、週齢を適合させた未処置のIDS-KOマウスの群をネガティブコントロールとして使用した。例示的なin vivo試験が、表8にまとめられている。
血清中IDSのレベル及び活性:低用量のhIDS-WPREベクターを投与したマウスの血清におけるhIDSの発現レベルをELISAによって求め、図14Aに示した。hI2Sの濃度は、群D、E、Fにおいて、rAAV-XL026ベクターの用量が少ないほど低下し、hI2Sは、群Cでは検出不能であった。この実施例で用いたrAAVベクターは、rAAV8である。
血清中I2Sの活性レベルは、図14Bにおけるように測定された。hI2Sの濃度は、群D、E、Fにおいて、rAAV-XL026ベクターの用量が少ないほど低下し、hI2Sは、群Cでは検出不能であった。
総合すると、5×108vgの用量を投与した群D、及び5×109vgの用量を投与した群Eでは、I2Sの発現及び活性が、未処置のマウスよりも高く、I2Sのレベル及び活性は、84日または3カ月にわたって維持された。
組織中I2Sのレベル及び活性:肝臓、脾臓、腎臓、心臓、肺、骨髄、大腿四頭筋及び脳で、ELISAによって測定したところ、未処置のKO(群A)及び未処置のWT(群J)、ならびにネガティブコントロールrAAV-MY011(群B)の群は、検出可能なヒトI2S(hI2S)タンパク質を含んでいなかった(図14C)。5×107vg~5×109vgでは、rAAV-XL026の群D、E及びFは、用量が増えるほど、組織中に、高い濃度のhI2Sを含んでいた。
図14Dに示されているように、肝臓、脾臓、腎臓、心臓、肺、骨髄、大腿四頭筋及び脳において、I2S活性を測定した。rAAV-MY011(群B)では、すべての組織において、未処置のKO(群A)と同程度のI2S活性が見られた。5×107vg~5×109vgでは、rAAV-XL026の群D、E及びFは、用量が増えるほど、組織中に、高い濃度のI2S活性を含んでいた。図14Eに示されているように、投与したKOマウスの各組織におけるI2S活性レベルは、未処置のWTレベルに匹敵し得る。
hI2S-WPREを含むrAAVベクターを低用量投与したマウスでは、I2Sの組織中のレベル及び活性は、用量依存的に上昇した。
組織GAGレベル:ヘパラン硫酸(HS)及びデルマタン硫酸(DS)を検出できる液体クロマトグラフィー-質量分析(LC/MS)アッセイを用いて、表8に示されているマウス群から、84日目に摘出した肝臓、脾臓、腎臓、心臓、肺、骨髄、大腿四頭筋、皮膚及び脳の組織において、グリコサミノグリカン(GAG)を測定した。表9及び表10に示されているように、HS GAG及びDS GAGのレベルは、未処置のIKOを低下率0%、WTを低下率100%として正規化した。
5×108vgのrAAV-XL026群Eでは、測定したすべての体細胞組織において、HS及びGAGのレベルが90%超低下した。脳においては、5×108vgのrAAV-XL026群Eでは、脳内のHSのレベルが8.8%低下し、GAGのレベルが41%低下した。5×109vgのrAAV-XL026群Fでは、測定したすべての体細胞組織において、HS及びGAGのレベルが95%超低下した。脳においては、5×109vgのrAAV-XL026群Fでは、脳内のHSのレベルが39%低下し、GAGのレベルが78%低下した。
HS及びGAGのレベルは、体細胞組織及び脳において、IDS-WPREを含むrAAVを5×107、5×108または5×109vg投与した時に低下した。
ライソゾーム蓄積:肝臓、脾臓、腎臓、心臓、ならびに脳の海馬、視床、白質、皮質、小脳及び線条体のような様々な組織をLAMP1染色した。体細胞組織は、図14Fに示されている。肝臓、脾臓及び心臓を含む体細胞組織では、LAMP1 IHC染色陽性率は、rAAV-XL026の用量5×107vgの群D、用量5×108vgの群E及び用量5×109vgの群Fにおいて、ナイーブなKOコントロールと比べて有意に低かった。腎臓では、LAMP1染色陽性率は、rAAV-XL026の用量5×108vgの群E及び用量5×109vgの群Fにおいて、ナイーブなKOコントロールと比べて有意に低かった。
脳領域におけるLAMP1 IHC染色は、図14Gに示されている。脳では、LAMP1染色陽性率は、海馬、線条体、視床、白質、皮質及び小脳において測定した。これらの領域のいずれでも、LAMP1染色陽性率は、rAAV-XL026用量群C、D、E及びFでは、未処置のKOコントロール群Aとの有意差がなかった。
それらの結果から、低用量のIDS-WPREを投与すると、ライソゾーム蓄積が、体細胞組織では軽減されるが、脳では、有意には軽減されないことが示された。
総合すると、これらの結果から、マウスにおいて、hIDS-WPREを含むrAAVを低用量投与すると、血清及び組織でのI2Sの発現及び活性が、約3カ月にわたって維持され、LAMPによって求めたところ、ライソゾーム蓄積が、体細胞組織において軽減されることが示された。
実施例9.非ヒト霊長類動物(NHP)における、hI2S導入遺伝子産物の血清中発現レベル
この実施例では、hI2S導入遺伝子産物を投与した非ヒト霊長類動物における例示的なPK/分布試験が例示されている。
この実施例では、hI2S導入遺伝子産物を投与した非ヒト霊長類動物における例示的なPK/分布試験が例示されている。
雄の非ヒト霊長類動物(約1.8~2年齢)に、hI2S産物を静注によって投与した。低用量コホートの動物には、1.25×1012vg/kgという低用量のhI2Sを投与し(n=3)、高用量コホートの動物には、6.25×1012vg/kgというさらに高い用量のhI2Sを投与した(n=6)。コントロール動物には、処方緩衝液のみを投与した。
血清試料を様々な時点に採取した(投与前から開始して、hI2S導入遺伝子の投与前に採取した後、20日おきに240日目まで採取した)。3カ月目に、低用量コホート及び高用量コホートからそれぞれ3匹の動物を殺処分した。
図15Aには、NHPの血清において、投与から1日後~3カ月後の剖検で、低用量コホートから得られた、hI2S導入遺伝子産物の血清濃度が示されている。1.25×12vg/kg(低用量)において、hI2S導入遺伝子産物の濃度が維持されたことが観察された。
これに対して、図15Bでは、血清におけるhI2S導入遺伝子産物の酵素活性のレベルが、最長で3カ月維持されたことが示された。3カ月時点には、処方緩衝液のみを投与したコントロール動物で測定したNHPの内因性I2Sの活性レベルと比べて、約5倍高いレベルのI2S酵素活性が観察された。
図15Cには、3匹のNHPでは、投与から1日後~約90日後、すなわち3カ月後の剖検において、残りの高用量動物では、投与から1日後~約240日後、すなわち8カ月後において、高用量コホートのhI2S導入遺伝子産物の血清中濃度が示されている。
その個々の動物から、hI2S導入遺伝子産物プロファイルにばらつきがあることが示され、そのばらつきは、得られた初期の最高血清中濃度レベルで観察された。3カ月時点の剖検まで追跡した動物においては、hI2S導入遺伝子産物の血清中濃度の急激な低下が観察された。対応する血清中hI2S酵素活性は、向上した後、21日目以降、約5200~7500nmol/hr/mLのプラトーレベルまで低下したことから(図15D)、3カ月時点に殺処分した3匹の動物では、I2S導入遺伝子産物濃度が低下したものの、血清中のhI2S酵素活性は維持されたことが示された。
血清中のhI2S導入遺伝子産物の濃度及び血清中のI2S活性を約240日まで(8カ月)追跡した動物では、hI2S導入遺伝子産物の濃度プロファイルにばらつきが見られた。2匹の動物では、約8カ月目までに、I2S導入遺伝子産物の濃度が約100ng/mL以下に低下した。このことは、約8カ月目までに、hI2S酵素活性が、ほぼ内因性レベル(処方緩衝液の場合)まで低下したことが観察されたこととも関連付けられた。この試験における動物のうちの1匹では、hI2S導入遺伝子産物の濃度及び酵素活性が約8カ月まで維持された。
総合すると、これらのデータによって、非ヒト霊長類動物において、免疫抑制剤の非存在下でも、hI2S導入遺伝子産物の発現が持続したことが示された。
実施例10.低用量及び高用量の場合の非ヒト霊長類動物におけるhI2S導入遺伝子産物の血清中濃度及びI2S酵素活性と、抗導入遺伝子産物抗体(別名、抗hI2S ADA(抗薬物抗体))及び抗AAV8 ADA滴定値との比較
この実施例では、個々の非ヒト霊長類動物から得た抗hI2S ADAと抗AAV8 ADAのデータを、hI2S導入遺伝子産物の濃度及び酵素活性についてプロットしたものの比較結果が例示されている。
この実施例では、個々の非ヒト霊長類動物から得た抗hI2S ADAと抗AAV8 ADAのデータを、hI2S導入遺伝子産物の濃度及び酵素活性についてプロットしたものの比較結果が例示されている。
個々の動物から得た、抗hI2S ADA及び抗AAV8 ADAのデータを、hI2S導入遺伝子産物の濃度及び酵素活性に対してプロットした(図16)。これらのグラフでは、3カ月までのADAデータのみを示した。抗hI2S ADAの非存在下では、一部の動物(2001、3002、4003、4001及び4002)では、hI2Sレベルの初期低下が1カ月以内に観察された。hI2Sレベルの低下は、用量依存的ではなかった。NHP血清中のhI2S導入遺伝子産物の濃度の初期低下(1カ月以内)は、動物ごとに異なっていた(10%~80%)。
高用量のhI2Sを投与したコホートにおいて、平衡状態後の血清中のhI2S導入遺伝子産物の減少は、抗hI2S ADAの存在と相関していた。「平衡状態」または「再構築状態」とは、I2S酵素またはI2S酵素活性の「定常状態」またはプラトーレベルを指す。一部の動物(3002及び4001)では、抗AAV8 ADAの存在により、再投与を回避し得る。低用量コホートにおけるいずれの動物でも、血清中に抗hI2S ADAの存在は見られなかった。
それらの結果から、hIDS-WPREを含む高用量のrAAV-XL026を投与した非ヒト霊長類動物において、血清中I2Sレベルの低下が、抗hI2S ADAの存在と相関することが示された。
実施例11.個々の非ヒト霊長類動物の肝臓中hI2S導入遺伝子産物の濃度プロファイル
この実施例では、非ヒト霊長類動物の肝臓におけるhI2S導入遺伝子産物の濃度プロファイルが例示されている。
この実施例では、非ヒト霊長類動物の肝臓におけるhI2S導入遺伝子産物の濃度プロファイルが例示されている。
1カ月目及び2カ月目に、低用量(図17A)及び高用量(図17B)の両方の動物から、肝臓生検を行い、3カ月目に、殺処分時の肝臓試料を採取した。12カ月時点での剖検を想定した高用量コホート動物3匹では、生検を3カ月及び6カ月の時点に行った。
各生検標本は、左葉及び右葉から採取した。低用量コホートに由来する肝臓における左葉及び右葉のhI2S導入遺伝子産物濃度の平均は、1カ月及び3カ月の平均が38.2ng/mL~42.5ng/mLの範囲であった。
高用量コホートに由来する肝臓におけるhI2S導入遺伝子産物の濃度は、1カ月目において、175.1ng/mL~367.6ng/mLの範囲であった。これらの動物のうちの1匹(動物3001)では、左葉(101.8ng/mL)と右葉(528.3ng/mL)との差が大きかった。
2カ月目には、2匹の動物(動物3001及び動物3002)で、肝臓中のhI2S導入遺伝子産物の濃度が、1カ月目から2カ月目までに大きく低下した。動物3003を含む他の動物でも、2カ月目から6カ月目までに低下したが、低下の度合いは上記よりも小さかった。
総合すると、これらの結果から、rAAV-XL026の投与から1カ月後から3カ月後の非ヒト霊長類動物の組織におけるI2S導入遺伝子産物の個々の濃度プロファイルが示された。
実施例12.非ヒト霊長類動物の組織におけるhI2S導入遺伝子産物の相対的な濃度プロファイル
この実施例では、非ヒト霊長類動物の組織におけるhI2S導入遺伝子産物の相対的な濃度プロファイルが例示されている。
この実施例では、非ヒト霊長類動物の組織におけるhI2S導入遺伝子産物の相対的な濃度プロファイルが例示されている。
3カ月目に、低用量コホートの動物と、高用量コホートの動物3匹で、組織剖検を行った。
hI2S導入遺伝子産物の濃度は、ELISAによって、腎臓、脾臓、肺、心臓及び骨髄を含む様々な器官に由来する組織ホモジネートで測定した。3カ月目の高用量コホートの血清におけるhI2S導入遺伝子産物の濃度では、抗hI2S ADAの存在下において、低用量コホートの濃度(640ng/mL超)と比べて、有意に低いレベルが見られたが(250ng/mL未満)、腎臓(図18A)及び脾臓(図18B)におけるhI2S濃度の平均は、高用量コホートでは、低用量の場合よりもレベルが高かった。
抗hI2S ADAの存在下において、高用量コホートの動物3匹は、hI2S導入遺伝子産物の濃度が、肺(図18C)及び心臓(図18D)において低かったが、骨髄(図18E)では、hI2Sの組織中濃度は、高用量コホート及び低用量コホートの動物間で同程度であった。例えば処方緩衝液群では、組織が健常なNHPのものであったため、肺において、内因性I2Sが検出される。
これらの結果から、rAAV-XL026の処置後、様々な非ヒト霊長類動物組織において、相対的なI2S濃度プロファイルが見られた。
実施例13.非ヒト霊長類動物における、IDSノックアウトマウスに対する相対的なhI2Sの組織暴露量
この実施例では、非ヒト霊長類動物とIDS KOマウスとの間で、様々な標的組織における相対的なI2S濃度及び酵素活性が例示されている。
この実施例では、非ヒト霊長類動物とIDS KOマウスとの間で、様々な標的組織における相対的なI2S濃度及び酵素活性が例示されている。
IDS KOマウスにおける、2.5x1011vg/kg及び2.5x1010vg/kgの場合の組織中のhI2S酵素活性と、対応するHS GAG低下率(%)が表11に示されている。
マウスでは、約2.5x1010vg/kgの用量において、腎臓を除く大半の組織で、HS GAGの95%超の低下が観察され、腎臓では、約91%の低下が観察された。心臓及び骨髄では、低用量コホートの非ヒト霊長類動物から得られたデータから、hI2Sの組織中濃度及び酵素活性が、2.5x1010vg/kgにおいて、IDS KOマウスの場合よりも高いことが示された。
肺組織においては、IDS KOマウスでは、WT I2S酵素活性の30%に過ぎなかったが、このレベルでは、HS GAGの低下率は97%であった。低用量のhI2Sを投与した非ヒト霊長類動物では、肺における酵素活性は、WT hI2S酵素活性に対する割合がさらに高く、40%であった。rAAV-XL026をIV注入によって、1.25×1012vg/kgでNHPに投与することによって、肺において、hI2S導入遺伝子産物に十分に暴露され、その結果、疾患モデルにおいてHS GAGの低下率が95%以上となり得る。
均等物及び範囲
当業者は、日常的な実験のみを使用して、本明細書に記載の本発明の特定の実施形態に対する多くの均等物を認識し、または確認することができるであろう。本発明の範囲は、上記説明に限定されるようには意図されておらず、むしろ、添付の特許請求の範囲で定められているとおりである。
当業者は、日常的な実験のみを使用して、本明細書に記載の本発明の特定の実施形態に対する多くの均等物を認識し、または確認することができるであろう。本発明の範囲は、上記説明に限定されるようには意図されておらず、むしろ、添付の特許請求の範囲で定められているとおりである。
Claims (48)
- AAV8キャプシドと、ヒトイズロン酸-2-スルファターゼ(I2S)酵素をコードするコドン最適化配列とを含む組み換えアデノ随伴ウイルス(rAAV)ベクター。
- AAV9キャプシドと、ヒトイズロン酸-2スルファターゼ(I2S)酵素をコードするコドン最適化配列とを含む組み換えアデノ随伴ウイルス(rAAV)ベクター。
- 前記ヒトI2S酵素をコードするコドン最適化配列が、配列番号6との同一性が少なくとも約70%、約75%、約80%、約85%、約90%、約95%または約99%である配列を含む、請求項1または2に記載のrAAVベクター。
- 前記ヒトI2S酵素をコードするコドン最適化配列が、配列番号11または12と同一の配列を含む、請求項3に記載のrAAVベクター。
- 肝臓特異的プロモーターをさらに含む、請求項1に記載のrAAVベクター。
- 前記肝臓特異的プロモーターが、トランスサイレチンプロモーター(TTR)である、請求項5に記載のrAAVベクター。
- 5’逆位末端反復配列(ITR)及び3’ITR、前記I2S配列の上流のイントロン、ならびにシス作動性調節モジュール(CRM)をさらに含む、請求項5または6に記載のrAAVベクター。
- ユビキタスプロモーターをさらに含む、請求項2に記載のrAAVベクター。
- 5’逆位末端反復配列及び3’逆位末端反復配列、前記I2S配列の上流のイントロン、ならびにシス作動性調節モジュール(CRM)をさらに含む、請求項8に記載のrAAVベクター。
- スルファターゼ修飾因子1(SUMF1)を含む、先行請求項のいずれか1項に記載のrAAVベクター。
- 前記SUMF1の前に、内部リボソーム侵入部位(IRES)がある、請求項10に記載のrAAVベクター。
- WPRE配列をさらに含む、先行請求項のいずれか1項に記載のrAAVベクター。
- 前記イントロンが、マウス微小ウイルス(MVM)またはSV40のイントロンである、請求項7または9に記載のrAAVベクター。
- 前記CRMが、肝臓特異的CRMである、請求項7または9に記載のrAAVベクター。
- 前記CRMが、ニューロン特異的CRMである、請求項7または9に記載のrAAVベクター。
- 前記CRMが、CRM8である、請求項7または9に記載のrAAVベクター。
- CRMを少なくとも3つ含む、請求項7または9に記載のrAAVベクター。
- AAV8キャプシドを含む組み換えアデノ随伴ウイルス(rAAV)と、rAAVベクターであって、前記ベクターが、
a.5’逆位末端反復配列(ITR)と、
b.シス作動性調節モジュール(CRM)と、
c.肝臓特異的プロモーターと、
d.マウス微小ウイルス(MVM)と、
e.ヒトイズロン酸-2-スルファターゼ(I2S)酵素をコードする配列と、
f.ウッドチャック肝炎ウイルス転写後調節エレメント(WPRE)と、
g.3’ITRと、
を含む前記rAAV及び前記ベクター。 - 前記ヒトI2S酵素をコードする配列が、野生型配列またはコドン最適化配列である、請求項18に記載のrAAV。
- 前記ヒトI2S酵素をコードする配列が、配列番号6との同一性が少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、95%または99%であるコドン最適化配列である、請求項19に記載のrAAV。
- スルファターゼ修飾因子1(SUMF1)をコードする配列と、内部リボソーム侵入部位(IRES)をさらに含む、請求項18に記載のrAAV。
- AAV9キャプシドを含む組み換えアデノ随伴ウイルス(rAAV)と、rAAVベクターであって、前記ベクターが、
a.5’逆位末端反復配列(ITR)と、
b.シス作動性調節モジュール(CRM)と、
c.ユビキタスプロモーターと、
d.マウス微小ウイルス(MVM)と、
e.ヒトイズロン酸-2-スルファターゼ(I2S)酵素をコードする配列と、
f.ウッドチャック肝炎ウイルス転写後調節エレメント(WPRE)と、
g.3’ITRと、
を含む前記rAAV及び前記ベクター。 - 前記ヒトI2S酵素をコードする配列が、野生型配列またはコドン最適化配列である、請求項22に記載のrAAV。
- 前記ヒトI2S酵素をコードする配列が、配列番号6との同一性が少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、95%または99%であるコドン最適化配列である、請求項23に記載のrAAV。
- スルファターゼ修飾因子1(SUMF1)をコードする配列と、内部リボソーム侵入部位(IRES)をさらに含む、請求項22に記載のrAAV。
- 前記rAAVベクターが、ApoBを含まない、先行請求項のいずれか1項に記載のrAAV。
- ハンター症候群(MPS II)である対象の治療方法であって、治療が必要な前記対象に、先行請求項のいずれか1項に記載のrAAVを投与することを含む前記方法。
- ハンター症候群(MPS II)である対象の治療方法であって、治療が必要な前記対象に、AAV8キャプシドまたはAAV9キャプシドと、イズロン酸-2-スルファターゼ(I2S)をコードする核酸配列に機能可能に連結したプロモーターとを含む組み換えアデノ随伴ウイルス(rAAV)ベクターを投与することを含み、前記投与により、前記対象におけるI2S酵素活性を向上させる前記方法。
- 前記I2S活性の向上が、前記対象の血清において検出される、請求項28に記載の方法。
- 前記I2S活性の向上が、前記対象の肝臓において検出される、請求項28~29のいずれか1項に記載の方法。
- 前記I2S活性が、中枢神経系(CNS)において検出される、請求項28~30のいずれか1項に記載の方法。
- 前記I2S活性の向上が、前記対象の脳において検出される、請求項28~31のいずれか1項に記載の方法。
- 前記I2S活性の向上が、前記脳の海馬、視床、脳梁、皮質、小脳または線条体において検出される、請求項28~32のいずれか1項に記載の方法。
- 前記I2S活性の向上が、前記対象の腎臓において検出される、請求項28~33のいずれか1項に記載の方法。
- 前記I2S活性の向上が、1回投与してから少なくとも30日、60日、90日、120日、150日、180日またはそれを上回る日数維持される、請求項28~34のいずれか1項に記載の方法。
- 前記I2S活性のレベルをヘパリン硫酸アッセイによって測定する、請求項28~35のいずれか1項に記載の方法。
- 前記I2S活性のレベルをデルマタン硫酸アッセイによって測定する、請求項28~35のいずれか1項に記載の方法。
- 前記AAVを投与することにより、前記対象におけるグリコサミノグリカン(GAG)のレベルを低下させる、請求項28~37のいずれか1項に記載の方法。
- 前記AAVを投与することにより、前記対象の血清におけるGAGのレベルを低下させる、請求項38に記載の方法。
- 前記AAVを投与することにより、前記対象の肝臓におけるGAGのレベルを低下させる、請求項38~39のいずれか1項に記載の方法。
- 前記AAVを投与することにより、前記対象の腎臓におけるGAGのレベルを低下させる、請求項38~40のいずれか1項に記載の方法。
- 前記AAVを投与することにより、前記対象のCNSにおけるGAGのレベルを低下させる、請求項38~41のいずれか1項に記載の方法。
- 前記AAVを投与することにより、前記対象の脳におけるGAGのレベルを低下させる、請求項38~41のいずれか1項に記載の方法。
- 前記AAVを投与することにより、前記脳の海馬、視床、脳梁、皮質、小脳または線条体におけるGAGのレベルを低下させる、請求項43に記載の方法。
- 前記AAVを静脈内投与する、請求項28~44のいずれか1項に記載の方法。
- 前記AAVを髄腔内投与する、請求項30~44のいずれか1項に記載の方法。
- 前記AAVを約5×109vgの用量で投与する、請求項45または46に記載の方法。
- 前記rAAVを投与しても、免疫応答が誘発されない、請求項30~47のいずれか1項に記載の方法。
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