JP2022548472A - Ｔ細胞調節ポリペプチド及びその使用方法 - Google Patents

Ｔ細胞調節ポリペプチド及びその使用方法 Download PDF

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Abstract

Figure 2022548472000001
本開示は、免疫調節ポリペプチドと、クラスＩ ＨＬＡポリペプチド（クラスＩ ＨＬＡ重鎖ポリペプチド及びβ２ミクログロブリンポリペプチド）と、Ｔ細胞受容体にエピトープを提示するＫＲＡＳペプチド（例えば、がん関連変異を含むＫＲＡＳペプチド）とを含むＴ細胞調節ポリペプチド（ＴＭＰ）を提供する。ＴＭＰは、Ｔ細胞の活性の調節、及び個体の免疫応答の調節に有用である。

Description

相互参照
本出願は、２０１９年９月２０日に出願された米国仮特許出願第６２／９０３，４４１号、２０２０年３月１７日に出願された米国仮特許出願第６２／９９０，６９３号、及び２０２０年７月６日に出願された米国仮特許出願第６３／０４８，５６１号の利益を主張し、これらの各出願は、その全体が参照により本明細書に援用される。
序文
適応免疫応答は、Ｔ細胞の表面に存在するＴ細胞受容体（ＴＣＲ）と、主要組織適合遺伝子複合体（ＭＨＣ、ヒトではヒト白血球抗原（ＨＬＡ）複合体とも呼ばれる）により抗原提示細胞（ＡＰＣ）の表面に非共有結合的に提示される小さなペプチド抗原との会合を伴う。この会合は、免疫系の標的指向化メカニズムを表しており、Ｔ細胞の調節（活性化または阻害）及びエフェクター機能に必要な分子相互作用である。エピトープ特異的細胞標的指向化に続いて、標的指向化されたＴ細胞は、ＡＰＣ上に見られる共刺激タンパク質と、対応するＴ細胞上の共刺激タンパク質との会合を通じて活性化される。Ｔ細胞の特異性及び活性化または阻害を促進するには、エピトープ／ＴＣＲ結合、及びＡＰＣ共刺激タンパク質とＴ細胞共刺激タンパク質との会合の両方のシグナルが必要である。ＡＰＣ上の共刺激タンパク質は、Ｔ細胞上の共刺激タンパク質と結合するとＴ細胞の活性を調節することから、「免疫調節」タンパク質とも呼ばれ、特異的な調節は、ＡＰＣ上のどの免疫調節タンパク質が、Ｔ細胞上のどの共刺激タンパク質に結合するかの関数である。ＴＣＲは所与のエピトープに特異的であり、ただし、Ｔ細胞の共刺激タンパク質はエピトープ特異的ではなく、一般的には、すべてのＴ細胞上またはラージＴ細胞サブセット上で発現する。
本開示は、免疫調節ポリペプチドと、クラスＩ ＨＬＡポリペプチド（クラスＩ ＨＬＡ重鎖ポリペプチド及びβ２ミクログロブリンポリペプチド）と、Ｔ細胞受容体にエピトープを提示するＫＲＡＳペプチド（例えば、がん関連変異を含むＫＲＡＳペプチド）とを含む、ヘテロ二量体及び一本鎖のＴ細胞調節ポリペプチド（ＴＭＰ）、ならびにそれらの二量体を提供する。ＴＭＰは、Ｔ細胞の活性を調節し、個体の免疫応答を調節するのに役立つ。
図１Ａ～１Ｆは、本開示の様々な例示的なＴＭＰの概略図である。 図１Ａの説明を参照。 図１Ａの説明を参照。 図１Ａの説明を参照。 図１Ａの説明を参照。 図１Ａの説明を参照。 図２Ａ～２Ｆは、本開示の様々なジスルフィド結合ＴＭＰの概略図である。 図２Ａの説明を参照。 図２Ａの説明を参照。 図２Ａの説明を参照。 図２Ａの説明を参照。 図２Ａの説明を参照。 図３Ａ～３Ｇは、免疫グロブリンＦｃポリペプチドのアミノ酸配列を提供する。配列は、配列番号１９～３０に記載されている。 図３Ａの説明を参照。 図３Ａの説明を参照。 図３Ａの説明を参照。 図３Ａの説明を参照。 図３Ａの説明を参照。 図３Ａの説明を参照。 ヒト（Ｈｏｍｏ ｓａｐｉｅｎｓ）（ＮＰ＿００４０３９．１、配列番号３１）、チンパンジー（Ｐａｎ ｔｒｏｇｌｏｄｙｔｅｓ）（ＮＰ＿００１００９０６６．１、配列番号３１）、アカゲザル（Ｍａｃａｃａ ｍｕｌａｔｔａ）（ＮＰ＿００１０４０６０２．１、配列番号３２）、ウシ（Ｂｏｓ ｔａｕｒｕｓ）（ＮＰ＿７７６３１８．１、配列番号３３）及びマウス（Ｍｕｓ ｍｕｓｃｕｌｕｓ）（ＮＰ＿０３３８６５．２、配列番号３４）のβ２－ミクログロブリン（β２Ｍ）前駆体（すなわち、リーダー配列を含む）の複数アミノ酸配列アライメントを提供する。アミノ酸１～２０はシグナルペプチドである。 対立遺伝子Ａ＊０１０１（配列番号３５）、Ａ＊１１０１（配列番号３６）、Ａ＊２４０２（配列番号３７）、及びＡ＊３３０３（配列番号３８）の全長ヒトＨＬＡ重鎖のアミノ酸配列を提供する。 対立遺伝子Ｂ＊０７０２の全長ヒトＨＬＡ重鎖（配列番号３９）のアミノ酸配列を提供する。 全長ヒトＨＬＡ－Ｃ重鎖（配列番号４０）のアミノ酸配列を提供する。 リーダー配列、膜貫通ドメイン、及び細胞内ドメインを含まない１１種の成熟ＭＨＣクラスＩ重鎖アミノ酸配列のアラインメントを提供する。配列は、上から下の順に配列番号４１～５１に記載されている。 図６－１の続きを示す。 ＨＬＡ－Ａ重鎖アミノ酸配列（それぞれ、配列番号５２～６０）のアラインメントを提供する。 図７Ａ－１の続きを示す。 ＨＬＡ－Ａ重鎖コンセンサス配列（配列番号６１）を提供する。 ＨＬＡ－Ｂ重鎖アミノ酸配列（それぞれ、配列番号６２～６８）のアラインメントを提供する。 図８Ａ－１の続きを示す。 ＨＬＡ－Ｂ重鎖コンセンサス配列（配列番号６９）を提供する。 ＨＬＡ－Ｃ重鎖アミノ酸配列（それぞれ、配列番号７０～７８）のアラインメントを提供する。 図９Ａ－１の続きを示す。 ＨＬＡ－Ｃ重鎖コンセンサス配列（配列番号７９）を提供する。 ＨＬＡ－Ｅ、－Ｆ、及び－Ｇ重鎖のそれぞれについてのコンセンサスアミノ酸配列を提供する（それぞれ、配列番号８０～８２）。可変アミノ酸（ａａ）の位置を、連続番号が付けられた「Ｘ」残基として示している。アミノ酸８４、１３９、及び２３６の位置には二重下線が引かれている。 ＨＬＡ－Ａ（配列番号８３）、－Ｂ（配列番号８４）、－Ｃ（配列番号８５）、－Ｅ（配列番号８６）、－Ｆ（配列番号８７）、及び－Ｇ（配列番号８８）のコンセンサスアミノ酸配列のアラインメントを提供する。 図１２Ａ～１２Ｄは、本開示の複数のジスルフィド結合ＴＭＰの概略図を提供する。 図１２Ａの説明を参照。 図１２Ａの説明を参照。 図１２Ａの説明を参照。 図１３Ａ～１３Ｌは、本開示のＴＭＰに含めるのに適したポリペプチドの例のアミノ酸配列を提供する。図１３Ａ～１３Ｆの配列は、配列番号２５５～２６０に記載されている。図１３Ｇ～１３Ｌの配列は、配列番号３３９～３４４に記載されている。 図１３Ａの説明を参照。 図１３Ａの説明を参照。 図１３Ａの説明を参照。 図１３Ａの説明を参照。 図１３Ａの説明を参照。 図１３Ａの説明を参照。 図１３Ａの説明を参照。 図１３Ａの説明を参照。 図１３Ａの説明を参照。 図１３Ａの説明を参照。 図１３Ａの説明を参照。 図１４Ａ～１４ＪＪは、本開示のＴＭＰに含めるのに適したポリペプチドの例のアミノ酸配列を提供する。配列は、配列番号２６１～２９６に記載されている。 図１４Ａの説明を参照。 図１４Ａの説明を参照。 図１４Ａの説明を参照。 図１４Ａの説明を参照。 図１４Ａの説明を参照。 図１４Ａの説明を参照。 図１４Ａの説明を参照。 図１４Ａの説明を参照。 図１４Ａの説明を参照。 図１４Ａの説明を参照。 図１４Ａの説明を参照。 図１４Ａの説明を参照。 図１４Ａの説明を参照。 図１４Ａの説明を参照。 図１４Ａの説明を参照。 図１４Ａの説明を参照。 図１４Ａの説明を参照。 図１４Ａの説明を参照。 図１４Ａの説明を参照。 図１４Ａの説明を参照。 図１４Ａの説明を参照。 図１４Ａの説明を参照。 図１４Ａの説明を参照。 図１４Ａの説明を参照。 図１４Ａの説明を参照。 図１４Ａの説明を参照。 図１４Ａの説明を参照。 図１４Ａの説明を参照。 図１４Ａの説明を参照。 図１４Ａの説明を参照。 図１４Ａの説明を参照。 図１４Ａの説明を参照。 図１４Ａの説明を参照。 図１４Ａの説明を参照。 図１４Ａの説明を参照。 図１５Ａ～１５ＪＪは、本開示のＴＭＰに含めるのに適したポリペプチドの例のアミノ酸配列を提供する。配列は、配列番号２９７～３３２に記載されている。 図１５Ａの説明を参照。 図１５Ａの説明を参照。 図１５Ａの説明を参照。 図１５Ａの説明を参照。 図１５Ａの説明を参照。 図１５Ａの説明を参照。 図１５Ａの説明を参照。 図１５Ａの説明を参照。 図１５Ａの説明を参照。 図１５Ａの説明を参照。 図１５Ａの説明を参照。 図１５Ａの説明を参照。 図１５Ａの説明を参照。 図１５Ａの説明を参照。 図１５Ａの説明を参照。 図１５Ａの説明を参照。 図１５Ａの説明を参照。 図１５Ａの説明を参照。 図１５Ａの説明を参照。 図１５Ａの説明を参照。 図１５Ａの説明を参照。 図１５Ａの説明を参照。 図１５Ａの説明を参照。 図１５Ａの説明を参照。 図１５Ａの説明を参照。 図１５Ａの説明を参照。 図１５Ａの説明を参照。 図１５Ａの説明を参照。 図１５Ａの説明を参照。 図１５Ａの説明を参照。 図１５Ａの説明を参照。 図１５Ａの説明を参照。 図１５Ａの説明を参照。 図１５Ａの説明を参照。 図１５Ａの説明を参照。 図１６Ａ～１６Ｃは、本開示のジスルフィド結合ＴＭＰの構成の例の概略図を提供する。 図１６Ａの説明を参照。 図１６Ａの説明を参照。 本開示の「分割鎖」ＴＭＰにおける免疫調節ポリペプチドの位置の例の概略図を提供する。 本開示の「一本鎖」ＴＭＰにおける免疫調節ポリペプチドの位置の例の概略図を提供する。 図１９Ａ～１９Ｐは、本開示の一本鎖ＴＭＰのいくつかの例のアミノ酸配列を提供する。配列は、配列番号３３３～３３８及び５９３～６０２に記載されている。 図１９Ａの説明を参照。 図１９Ａの説明を参照。 図１９Ａの説明を参照。 図１９Ａの説明を参照。 図１９Ａの説明を参照。 図１９Ａの説明を参照。 図１９Ａの説明を参照。 図１９Ａの説明を参照。 図１９Ａの説明を参照。 図１９Ａの説明を参照。 図１９Ａの説明を参照。 図１９Ａの説明を参照。 図１９Ａの説明を参照。 図１９Ａの説明を参照。 図１９Ａの説明を参照。 インビトロでのＫＲＡＳ Ｇ１２Ｖ（７－１６）特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞の増殖に対するＫＲＡＳ Ｇ１２Ｖ（７－１６）ＨＬＡ－Ａ１１ ＴＭＰの効果を示す。 図２１Ａ～２１ＪＪは、本開示のＴＭＰのＨＬＡ－Ａ重鎖アミノ酸配列及びβ２Ｍアミノ酸配列のためのアミノ酸配列を提供する。 図２１Ａの説明を参照。 図２１Ａの説明を参照。 図２１Ａの説明を参照。 図２１Ａの説明を参照。 図２１Ａの説明を参照。 図２１Ａの説明を参照。 図２１Ａの説明を参照。 図２１Ａの説明を参照。 図２１Ａの説明を参照。 図２１Ａの説明を参照。 図２１Ａの説明を参照。 図２１Ａの説明を参照。 図２１Ａの説明を参照。 図２１Ａの説明を参照。 図２１Ａの説明を参照。 図２１Ａの説明を参照。 図２１Ａの説明を参照。 図２１Ａの説明を参照。 図２１Ａの説明を参照。 図２１Ａの説明を参照。 図２１Ａの説明を参照。 図２１Ａの説明を参照。 図２１Ａの説明を参照。 図２１Ａの説明を参照。 図２１Ａの説明を参照。 図２１Ａの説明を参照。 図２１Ａの説明を参照。 図２１Ａの説明を参照。 図２１Ａの説明を参照。 図２１Ａの説明を参照。 図２１Ａの説明を参照。 図２１Ａの説明を参照。 図２１Ａの説明を参照。 図２１Ａの説明を参照。 図２１Ａの説明を参照。 図２２Ａ～２２ＢＢは、本開示のＴＭＰのＨＬＡ－Ａ重鎖アミノ酸配列のアミノ酸配列を提供する。 図２２Ａの説明を参照。 図２２Ａの説明を参照。 図２２Ａの説明を参照。 図２２Ａの説明を参照。 図２２Ａの説明を参照。 図２２Ａの説明を参照。 図２２Ａの説明を参照。 図２２Ａの説明を参照。 図２２Ａの説明を参照。 図２２Ａの説明を参照。 図２２Ａの説明を参照。 図２２Ａの説明を参照。 図２２Ａの説明を参照。 図２２Ａの説明を参照。 図２２Ａの説明を参照。 図２２Ａの説明を参照。 図２２Ａの説明を参照。 図２２Ａの説明を参照。 図２２Ａの説明を参照。 図２２Ａの説明を参照。 図２２Ａの説明を参照。 図２２Ａの説明を参照。 図２２Ａの説明を参照。 図２２Ａの説明を参照。 図２２Ａの説明を参照。 図２２Ａの説明を参照。 図２２Ａの説明を参照。
定義
用語「ポリヌクレオチド」及び「核酸」は、本明細書において同じ意味で用いられ、任意の長さを有するヌクレオチドのポリマー形態（リボヌクレオチドまたはデオキシリボヌクレオチドのいずれか）を意味する。それゆえ、この用語は、一本鎖、二本鎖、もしくは多本鎖のＤＮＡもしくはＲＮＡ、ゲノムＤＮＡ、ｃＤＮＡ、ＤＮＡ－ＲＮＡハイブリッド、または、プリン塩基及びピリミジン塩基、もしくは、その他の天然ヌクレオチド塩基、化学的に修飾したヌクレオチド塩基もしくは生化学的に修飾したヌクレオチド塩基、非天然ヌクレオチド塩基、もしくは誘導体化されたヌクレオチド塩基を含むポリマー、を含むがこれらに限定されない。
用語「ペプチド」、「ポリペプチド」及び「タンパク質」は、本明細書において同じ意味で用いられ、任意の長さを有するアミノ酸のポリマー形態を意味し、コード及び非コードアミノ酸、化学的にもしくは生化学的に修飾もしくは誘導体化されたアミノ酸、及び、修飾ペプチド主鎖を有するポリペプチドを含んでいてもよい。さらに、本明細書中で使用する場合、「ポリペプチド」とは、タンパク質が望ましい活性を維持する限りにおいて、天然配列に対する欠失、付加、及び置換（一般的に当業者には公知であろう本質的に保存的な）などの改変を含むタンパク質を指す。これらの改変は、部位特異的変異誘発などによる意図的な改変であり得るか、あるいはタンパク質を産生する宿主の変異、またはポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）増幅もしくは他の組換えＤＮＡ法によるエラーなどによる偶発的な改変であり得る。本明細書中での既知のポリペプチドの特定の残基または残基番号への言及は、野生型ポリペプチドのその位置のアミノ酸を指すと理解される。１つ以上のアミノ酸の付加または欠失のいずれかによって野生型ポリペプチドの配列が改変される限り、当業者は、改変されたポリペプチド中の同じ特定のアミノ酸を参照するように、特定の残基または残基番号への参照が、それに応じて変更され、それが改変された位置番号の残基であると理解されることを理解するであろう。例えば、ＭＨＣクラスＩポリペプチドを、Ｎ末端に１つのアミノ酸を付加することによって改変する場合、８４位または８４位の特定の残基への参照は、改変されたポリペプチドの８５位にあるアミノ酸を示すと理解される。同様に、本明細書中での、特定の位置、例えば、Ｙ８４での特定のアミノ酸置換への言及は、野生型ポリペプチドの８４位のアミノ酸のアミノ酸置換を指すと理解される。したがって、Ｙ８４Ｃ置換は、野生型配列に存在するＴｙｒ残基からＣｙｓ残基への置換であると理解される。例えば、野生型ポリペプチドが改変されて、８４位のアミノ酸がその野生型アミノ酸から代替アミノ酸に変化する場合、８４位のアミノ酸の置換は、代替アミノ酸への置換を指すと理解されるであろう。そのような場合、ポリペプチドがまた、１つ以上のアミノ酸の付加または欠失によって改変される場合、置換への言及は、改変された位置番号での代替アミノ酸への置換を指すと理解されるであろう。ポリペプチド、例えば、ＭＨＣクラスＩポリペプチドにおける「非天然のＣｙｓ残基」への言及は、そのポリペプチドが、対応する野生型ポリペプチドにおいてＣｙｓが存在しない位置にＣｙｓ残基を含むことを意味する。これは、野生型配列に存在するアミノ酸の代わりにシステインを使用する通常のタンパク質工学によって実現することができる。
ポリヌクレオチドまたはポリペプチドは、別のポリヌクレオチドまたはポリペプチドに対する特定のパーセント「配列同一性」を有し、そのことは、アラインして２つの配列を比較した場合に、塩基またはアミノ酸のパーセンテージが同一であり、かつ同一の相対位置にあることを意味する。配列同一性については多数の異なる方法を用いて測定することができる。配列同一性を測定するために、様々な簡便な方法、及び、ｗｏｒｌｄ ｗｉｄｅ ｗｅｂにおいて、ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｌｉ．ｇｏｖ／ＢＬＡＳＴ、ｅｂｉ．ａｃ．ｕｋ／Ｔｏｏｌｓ／ｍｓａ／ｔｃｏｆｆｅｅ／、ｅｂｉ．ａｃ．ｕｋ／Ｔｏｏｌｓ／ｍｓａ／ｍｕｓｃｌｅ／、ｍａｆｆｔ．ｃｂｒｃ．ｊｐ／ａｌｉｇｎｍｅｎｔ／ｓｏｆｔｗａｒｅ／を含むサイトで利用可能なコンピュータプログラム（例えば、ＢＬＡＳＴ、Ｔ－ＣＯＦＦＥＥ、ＭＵＳＣＬＥ、ＭＡＦＦＴなど）を使用して配列をアラインしてもよい。例えば、Ａｌｔｓｃｈｕｌ ｅｔ ａｌ．（１９９０），Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｉ．２１５：４０３－１０を参照されたい。特に明記しない限り、本明細書で言及される「配列同一性」は、Ａｌｔｓｃｈｕｌ ｅｔ ａｌ．（１９９０）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２１５：４０３に記載されているように、ＢＬＡＳＴ（基本的なローカルアラインメント検索ツール）によって決定する。
用語「保存的アミノ酸置換」とは、類似した側鎖を有するアミノ酸残基のタンパク質における互換性を意味する。例えば、脂肪族側鎖を有するアミノ酸の基は、グリシン、アラニン、バリン、ロイシン、及びイソロイシンから構成され、脂肪族ヒドロキシル側鎖を有するアミノ酸の基はセリン及びスレオニンから構成され、アミド含有側鎖を有するアミノ酸の基はアスパラギン及びグルタミンから構成され、芳香族側鎖を有するアミノ酸の基は、フェニルアラニン、チロシン、及びトリプトファンから構成され、塩基性側鎖を有するアミノ酸の基は、リジン、アルギニン、及びヒスチジンから構成され、酸性側鎖を有するアミノ酸の基はグルタミン酸及びアスパラギン酸から構成され、硫黄含有側鎖を有するアミノ酸の基はシステイン及びメチオニンから構成される。例示的な保存的アミノ酸置換基は、バリン－ロイシン－イソロイシン、フェニルアラニン－チロシン、リジン－アルギニン、アラニン－バリン－グリシン、及びアスパラギン－グルタミンである。
本明細書で使用する場合、用語「免疫学的シナプス」または「免疫シナプス」とは一般に、適応免疫応答の２つの相互作用する免疫細胞間の自然境界面（例えば、抗原提示細胞（ＡＰＣ）または標的細胞と、エフェクター細胞（例えば、リンパ球）、エフェクターＴ細胞、ナチュラルキラー細胞などの間の境界面を含む）を意味する。ＡＰＣとＴ細胞の間の免疫学的シナプスは通常、例えば、Ｂｒｏｍｌｅｙ ｅｔ ａｌ．，Ａｎｎｕ Ｒｅｖ Ｉｍｍｕｎｏｌ．２００１、１９：３７５－９６（その開示全体は参照により本明細書に組み込まれる）に記載されているように、Ｔ細胞抗原受容体と主要組織適合遺伝子複合体分子の相互作用によって開始される。
「Ｔ細胞」は、ＣＤ３を発現する全てのタイプの免疫細胞を含み、例えば、ヘルパーＴ細胞（ＣＤ４＋細胞）、細胞傷害性Ｔ細胞（ＣＤ８＋細胞）、Ｔ抑制細胞（Ｔｒｅｇ）、及びＮＫ－Ｔ細胞を含む。
本明細書中で使用する場合、用語「免疫調節ポリペプチド」（本明細書中では「ＭＯＤ」とも呼ばれる）とは、Ｔ細胞上の同族（ｃｏｇｎａｔｅ）共刺激ポリペプチドに特異的に結合し、それにより、例えば、ＴＣＲ／ＣＤ３複合体がペプチド結合主要組織適合遺伝子複合体（ＭＨＣ）ポリペプチドと結合することにより生じる一次シグナルに加えて、増殖、活性化、分化などを含むがこれらに限定されないＴ細胞応答を媒介するシグナルを生じさせるポリペプチドを意味する。本明細書中で述べるように、免疫調節ポリペプチドとしては、野生型または野生型ポリペプチドのバリアント、例えば、サイトカイン（例えば、ＩＬ－２）、ＣＤ７、Ｂ７－１（ＣＤ８０）、Ｂ７－２（ＣＤ８６）、ＰＤ－Ｌ１、ＰＤ－Ｌ２、４－１ＢＢＬ、ＯＸ４０Ｌ、Ｆａｓリガンド（ＦａｓＬ）、誘導性共刺激リガンド（ＩＣＯＳ－Ｌ）、細胞間接着分子（ＩＣＡＭ）、ＣＤ３０Ｌ、ＣＤ４０、ＣＤ７０、ＣＤ８３、ＨＬＡ－Ｇ、ＭＩＣＡ、ＭＩＣＢ、ＨＶＥＭ、リンホトキシンβ受容体、３／ＴＲ６、ＩＬＴ３、ＩＬＴ４、ＨＶＥＭ、Ｔｏｌｌリガンド受容体に結合するアゴニストまたは抗体、及び、Ｂ７－Ｈ３に特異的に結合するリガンドを挙げることができるがこれらに限定されない。本開示のＴＭＰの免疫調節ドメインすなわち「ＭＯＤ」は、標的Ｔ細胞上に存在する同族共刺激ポリペプチドに結合することができる。
本明細書中で使用する場合、用語「インビボ」とは、体内で発生する任意のプロセスまたは手順を指す。
本明細書中で使用する場合、「インビトロ」とは、体外で起こる任意のプロセスまたは手順を指す。
本明細書中で使用する「異種」とは、それぞれ、天然の核酸またはタンパク質には見出されないヌクレオチドまたはポリペプチドを意味する。
本明細書で使用する場合、「組換え」とは、特定の核酸（ＤＮＡまたはＲＮＡ）が、天然系に存在する内在性核酸と識別することが可能な構造コードまたは非コード配列を有する構築物をもたらすクローニング工程、制限工程、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）工程及び／またはライゲーション工程の様々な組み合わせによる生成物であることを意味する。ポリペプチドをコードするＤＮＡ配列を、ｃＤＮＡフラグメントまたは一続きの合成オリゴヌクレオチドからアセンブルして、細胞内または無細胞転写及び翻訳系内に含まれる組換え転写単位が発現可能な合成核酸を得てもよい。
用語「組換え発現ベクター」または「ＤＮＡ構築物」は本明細書において同じ意味で用いられ、ベクターと少なくとも１つのインサートを含むＤＮＡ分子を意味する。組換え発現ベクターは通常、インサート（複数可）を発現及び／または増殖させることを目的として、または、その他の組換えヌクレオチド配列を構築するために、作製される。インサート（複数可）は、プロモーター配列に機能的に連結していてもしていなくてもよく、ＤＮＡ調節配列に機能的に連結していてもしていなくてもよい。
本発明で使用する場合、用語「親和性」とは、２つの物質（例えば、抗体及び抗原）の可逆結合における平衡定数を意味し、また解離定数（ＫＤ）で表される。親和性は、無関係なアミノ酸配列に対する抗体親和性の、少なくとも１倍超、少なくとも２倍超、少なくとも３倍超、少なくとも４倍超、少なくとも５倍超、少なくとも６倍超、少なくとも７倍超、少なくとも８倍超、少なくとも９倍超、少なくとも１０倍超、少なくとも２０倍超、少なくとも３０倍超、少なくとも４０倍超、少なくとも５０倍超、少なくとも６０倍超、少なくとも７０倍超、少なくとも８０倍超、少なくとも９０倍超、少なくとも１００倍超、もしくは、少なくとも１，０００倍超、またはそれ以上であってもよい。標的タンパク質に対する抗体の親和性は、例えば、約１００ナノモル（ｎＭ）～約０．１ｎＭ、約１００ｎＭ～約１ピコモル（ｐＭ）、もしくは、約１００ｎＭ～約１フェムトモル（ｆＭ）、またはそれ以上であってもよい。本明細書で使用する場合、用語「結合力」とは、希釈後における、２つ以上の物質の複合体の解離に対する抵抗力を意味する。用語「免疫反応性」及び「優先的に結合する」は、抗体及び／または抗原結合フラグメントに関し、本明細書において同じ意味で用いられる。
本明細書で使用する場合（例えば、Ｔ細胞上のポリペプチド（例えば、Ｔ細胞受容体）へのＴＭＰの結合に関して）、用語「結合」とは、２つの分子間の非共有結合相互作用を意味する。非共有結合とは、例えば、塩橋及び水架橋などの相互作用を含む、静電相互作用、疎水性相互作用、イオン性相互作用及び／または水素結合相互作用による、２つの分子間の直接会合を意味する。非共有結合相互作用は通常、１０－６Ｍ未満、１０－７Ｍ未満、１０－８Ｍ未満、１０－９Ｍ未満、１０－１０Ｍ未満、１０－１１Ｍ未満、１０－１２Ｍ未満、１０－１３Ｍ未満、１０－１４Ｍ未満、または１０－１５Ｍ未満の解離定数（ＫＤ）を特徴とする。「親和性」とは非共有結合の強度を意味し、高い結合親和性は低いＫＤと相関している。「特異的結合」とは通常、少なくとも約１０－７Ｍ以上、例えば、５×１０－７Ｍ、１０－８Ｍ、５×１０－８Ｍ、１０－９Ｍ、及び、それより高い親和性を有する結合を意味する。「非特異的結合」とは通常、約１０－７Ｍ未満の親和性を有する結合（例えば、１０－６Ｍ、１０－５Ｍ、１０－４Ｍの親和性を有する結合）（例えば、リガンドの指定結合部位または受容体以外の部分へのリガンドの結合）を意味する。しかしながら、一部の文脈、例えば、ＴＣＲとペプチド／ＭＨＣ複合体の間の結合において、「特異的結合」は、１μＭ～１００μＭ、または１００μＭ～１ｍＭの範囲内であってもよい。本明細書で使用する場合、「共有結合（ｃｏｖａｌｅｎｔ ｂｉｎｄｉｎｇ）」または「共有結合（ｃｏｖａｌｅｎｔ ｂｏｎｄ）」とは、２つの異なる分子間に１つ以上の共有化学結合が形成されることを意味する。
本明細書中で使用する場合、「リン酸緩衝生理食塩水」または「ＰＢＳ」とは、通常、濃縮溶液として利用可能な水系緩衝液を意味する。特に明記しない限り、本開示で使用されるＰＢＳ溶液は、塩化ナトリウム（５００ｍＭ）、リン酸二水素ナトリウム（１０ｍＭ）、リン酸二水素カリウム（２ｍＭ）、塩化カリウム（２．７ｍＭ）、及び残部は水を含む。ＰＢＳのｐＨは７．５±０．１５である。緩衝液は、１８．２メガオームのＤＮａｓｅ及びＲＮａｓｅフリー水で調製し、０．２２ミクロンのフィルターでろ過する。
本発明で使用する場合、用語「治療」、「治療すること」などは通常、所望の薬理学的効果及び／または生理学的効果を得ることを意味する。その効果は、疾患またはその症状を完全にまたは部分的に予防するという観点において予防的であり得、及び／または、疾患及び／またはその疾患に起因する副作用の部分的または完全な治癒という観点において治療的であり得る。本発明で使用する場合、「治療」は、哺乳動物における疾患または症状の任意の治療を包含し、（ａ）その疾患または症状にかかりやすいが、まだそれを有すると診断されていない対象における疾患または症状の発症を予防すること、（ｂ）その疾患または症状を抑制すること、すなわち、その発症を阻止すること、及び／または、（ｃ）その疾患を軽減すること、すなわち、その疾患を退行させること、を含む。疾患または障害の発症前、その間、またはその後に、治療薬を投与してもよい。進行中の疾患の治療（治療は患者の望ましくない臨床症状を安定化または抑制する）には特に利点がある。このような治療は、望ましくは、罹患組織の機能が完全に喪失される前に実施される。本治療薬は、望ましくは、疾患の症候期中に、一部の例では、疾患の症候期後に投与される。
用語「個体」、「対象」、「宿主」及び「患者」は本明細書において同じ意味で用いられ、診断、処置または治療が望まれる任意の哺乳動物対象を意味する。哺乳動物としては、例えば、ヒト、非ヒト霊長類、げっ歯類（例えば、ラット、マウス）、ウサギ目（例えば、ウサギ）、有蹄類（例えば、ウシ、ヒツジ、ブタ、ウマ、ヤギなど）などが挙げられる。
特に明記しない限り、用語「実質的に」とは、「完全に」及び「大部分ではあるが完全ではない」の両方を包含することを意図している。例えば、「実質的に細胞溶解を誘発しない」Ｉｇ Ｆｃとは、細胞溶解を全く誘発しないか、または細胞溶解をほとんど誘発しないＩｇ Ｆｃを意味する。
本明細書中で使用する場合、量に関連して使用される用語「約」とは、その量が、記載される量の１０％変動し得ることを示す。例えば、「約１００」とは、９０～１１０の量を意味する。範囲に関して約が使用される場合、範囲の下限量に関して使用される「約」は、下限量が範囲の下限量よりも１０％低い量を含むことを意味し、範囲の上限量に関して使用される「約」は、上限量が範囲の上限量よりも１０％高い量を含むことを意味する。例えば、約１００～約１０００は、範囲が９０～１１００に及ぶことを意味する。
本明細書中で使用する場合、用語「ＭＨＣ重鎖ポリペプチド」とは、ＴＭＰに存在するＭＨＣ重鎖ポリペプチドのドメインを集合的に意味する。例えば、図１７及び１８に示すように、ＭＨＣ重鎖ポリペプチドは、α１、α２及びα３ドメインを含み得る。
本開示を更に説明する前に、本開示が記載する特定の実施形態に限定されることはなく、それゆえ当然変化し得るということを理解されたい。本明細書で用いる専門用語は、特定の実施形態を説明するためだけのものであり、本開示の範囲は添付の特許請求の範囲によってのみ限定されることから、限定することを意図するものではないということを理解されたい。
数値の範囲を提供する場合、その範囲の上限と下限との間にある各介在値（文脈上明確に指示しない限り、下限値の単位の１０分の１まで）、及び、その明示範囲内の任意のその他明示値または介在値が本開示に包含されることを理解されたい。これら狭めた範囲の上限値及び下限値は、その狭めた範囲内に独立して含まれていてもよく、また、明示範囲内において特に除外した任意の値に従い、本開示に包含される。明示範囲がそれら上限値及び下限値のうちの１つまたは両方を含む場合、それら包含される上限値及び下限値のいずれかまたは両方を除外する範囲もまた本開示に包含される。
別途定義しない限り、本明細書で使用する全ての技術用語及び科学用語は、本開示が属する技術分野の当業者が一般に理解する意味と同一の意味を有する。本明細書に記載の方法及び物質と同様または同等の任意の方法及び物質を、本開示の実施または試験において使用することもできるが、好ましい方法及び物質については以下で説明する。本明細書で言及する全ての刊行物は、それら刊行物が引用する内容と関連させて本方法及び／または物質を開示及び説明するために、参照により本明細書に組み込まれる。
本明細書及び添付の特許請求の範囲で使用される単数形「ａ」、「ａｎ」、及び「ｔｈｅ」は、文脈上明確に指示しない限り、複数の指示対象を含むことに留意すべきである。それゆえ、例えば、「Ｔ細胞調節ポリペプチド」への言及は、複数のそのようなポリペプチドを含み、「免疫調節ポリペプチド」への言及は、１つ以上の免疫調節ポリペプチド及び当業者に周知のその同等物などへの言及を含む。更に、特許請求の範囲が任意の要素を除外するように作成されてもよいということに留意されたい。したがって、この記述は、クレーム要素の列挙と関連させて、「単に」、「のみ」などの排他的な用語の使用、または「否定的な」限定の使用が、先行詞として機能することを意図するものである。
分かりやすく、個々の実施形態との関係において記載した本開示における特定の特徴を、更に、単一の実施形態内において組み合わせて提供してもよいということを理解されたい。逆の言い方をすれば、簡潔とするため、単一の実施形態との関係において記載した本開示における様々な特徴を、更に、別々に、または任意の好適な副組み合わせで提供してもよい。本開示に属する実施形態の全ての組み合わせは、本開示により明示的に包含され、全ての組み合わせが個別にかつ明確に開示されるかのように本明細書において開示される。加えて、様々な実施形態及びそれらの要素における全ての副組み合わせもまた、本発明により明示的に包含され、全てのこのような副組み合わせが個別にかつ明確に本明細書において開示されるかのように、本明細書において開示される。
本明細書に記載する刊行物は、単に本願の出願日前にそれらの開示を提供したに過ぎない。本明細書におけるいずれの内容も、本開示が、このような刊行物に先行する権利を持たないことを認めるものとして解釈されるべきではない。更に、提供した刊行物の日付は実際の刊行日とは異なる場合があり、個別に確認する必要が生じる場合がある。
詳細な説明
本開示は、免疫調節ポリペプチドを含みかつエピトープ提示ペプチドを含む、Ｔ細胞調節ポリペプチドを提供する。ＴＭＰは、Ｔ細胞の活性化を調節するのに、また個体における免疫応答を調節するのに有用である。
Ｔ細胞調節ポリペプチド
本開示は、ａ）第１のポリペプチド、及びｂ）第２のポリペプチドを含むＴ細胞調節ポリペプチド（ＴＭＰ）を提供し、ＴＭＰは、ｉ）主要組織適合遺伝子複合体（ＭＨＣ）ポリペプチドに結合するとＴ細胞受容体（ＴＣＲ）にエピトープを提示する、ＫＲＡＳペプチド、ｉｉ）第１のＭＨＣポリペプチド、ｉｉｉ）第２のＭＨＣポリペプチド、及びｉｖ）１つ以上の免疫調節ポリペプチド、ならびに任意選択で、免疫グロブリン（Ｉｇ）Ｆｃポリペプチドまたは非Ｉｇスキャフォールドを含む。第１のポリペプチド及び第２のポリペプチドを含むＴＭＰはまた、本明細書中では「分割鎖ＴＭＰ」または「ヘテロ二量体ＴＭＰ」と呼ばれ得る。本明細書中で述べるように、そのようなＴＭＰの第１及び第２のポリペプチドは、通常、１つ以上のジスルフィド結合によって互いに共有結合し、これは、ＴＭＰに高い安定性及び／または高い発現を付与し得る。
しかしながら、一部の例では、本開示のＴＭＰは、一緒に連結されて単一のポリペプチド鎖を形成する複数の異なるポリペプチドを含み得る。そのような一本鎖ＴＭＰは、例えば、ｉ）主要組織適合遺伝子複合体（ＭＨＣ）ポリペプチドに結合するとＴ細胞受容体（ＴＣＲ）にエピトープを提示する、ＫＲＡＳペプチド、ｉｉ）第１及び第２のＭＨＣポリペプチド、及びｉｉｉ）１つ以上の免疫調節ポリペプチド、ならびに任意選択で、免疫グロブリン（Ｉｇ）Ｆｃポリペプチドまたは非Ｉｇスキャフォールドを含み得る。以下で述べるように、ヘテロ二量体ＴＭＰ及び一本鎖ＴＭＰは、例えば、ＴＭＰがＩｇ Ｆｃ、例えば、ＩｇＧ１ Ｆｃを含む場合に、二量体に自己組織化することができる。そのような場合、ジスルフィド結合が自発的に形成されて、２つのＴＭＰを結合する。
本明細書中で使用する場合、用語「ＫＲＡＳペプチド」とは、少なくとも４アミノ酸、例えば、４アミノ酸～約２５アミノ酸の長さ（例えば、４～２０アミノ酸、６～１８アミノ酸、８～１５アミノ酸、８～１２アミノ酸、５～１０アミノ酸、１０～２０アミノ酸、及び１５～２５アミノ酸の範囲内を含む、４アミノ酸（ａａ）、５ａａ、６ａａ、７ａａ、８ａａ、９ａａ、１０ａａ、１１ａａ、１２ａａ、１３ａａ、１４ａａ、１５ａａ、１６ａａ、１７ａａ、１８ａａ、１９ａａ、２０ａａ、２１ａａ、２２ａａ、２３ａａ、２４ａａ、または２５ａａの長さ）を有し、ＫＲＡＳペプチドがＭＨＣ複合体に結合した場合にＴＣＲにＫＲＡＳエピトープを提示するペプチドを意味する。本明細書中で使用する場合、用語「ＫＲＡＳエピトープ」とは、ＫＲＡＳタンパク質上に見出されるエピトープを意味する。本明細書中で使用する場合、用語「ＫＲＡＳ」及び「ＫＲＡＳタンパク質」は同義であり、以下のいずれかに存在するアミノ酸配列を有するタンパク質を意味する：（ｉ）ＫＲＡＳ４Ａポリペプチド、（ｉｉ）ＫＲＡＳ４Ｂ、及び（ｉｉｉ）例えば、変異型を含む、ヒトのがんで生じる（ｉ）及び（ｉｉ）のバリアント。本明細書中で使用する場合、用語「ＫＲＡＳポリペプチド」とは、ＫＲＡＳタンパク質の全部または一部に見出されるアミノ酸配列を有するポリペプチド、または特定される場合、ＫＲＡＳタンパク質、または変異型を含む、ヒトのがんにおいて生じるバリアントの全部または一部に見出されるアミノ酸配列に対して、例えば、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％のアミノ酸配列同一性を有するポリペプチドを意味する。
ＫＲＡＳ（「ＫＲＡＳがん原遺伝子、ＧＴＰアーゼ」、キルステンラット肉腫ウイルス発がん遺伝子ホモログ、及び「Ｋ－Ｒａｓ Ｐ２１タンパク質」としても知られる）は、細胞増殖を制御するＧＴＰアーゼである。変異すると、ＫＲＡＳは細胞増殖の制御に失敗し、がんを引き起こし得る。
野生型（正常、非がん関連）ＫＲＡＳポリペプチドは、以下のアミノ酸配列：
Figure 2022548472000002
（配列番号１）を有し得る。
野生型（正常、非がん関連）ＫＲＡＳポリペプチドは、以下のアミノ酸配列：
Figure 2022548472000003
（配列番号２）を有し得る。
ＫＲＡＳの変異型は、特定のがんに関連しており、ＫＲＡＳの変異型の少なくとも一部が特定のがん細胞の表面に存在する。例えば、Ｐｒｉｏｒ ｅｔ ａｌ．（２０１２）Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．７２：２４５７、及びＷａｒｒｅｎ ａｎｄ Ｈｏｌｔ（２０１０）Ｈｕｍａｎ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ ７１：２４５を参照されたい。配列番号１及び配列番号２において、アミノ酸Ｇ１２、Ｇ１３、Ｔ３５、Ｉ３６、Ｅ４９、Ｑ６１、Ｋ１２７、及びＡ１５６には、太字で下線が引かれており、これらの残基の１つ以上の置換が、がん関連ＫＲＡＳポリペプチドにおいて存在し得る。がん関連ＫＲＡＳポリペプチドには、以下の１つ以上が含まれ得る：ｉ）Ｇ１２の置換（例えば、Ｇ１２Ｃ、Ｇ１２Ｖ、Ｇ１２５、Ｇ１２Ａ、Ｇ１２Ｒ、Ｇ１２Ｆ、またはＧ１２Ｄ）、ｉｉ）Ｇ１３の置換（例えば、Ｇ１３Ｃ、Ｇ１３Ｄ、Ｇ１３Ｒ、Ｇ１３Ｖ、Ｇ１３Ｓ、またはＧ１３Ａ）、ｉｉｉ）Ｔ３５の置換（例えば、Ｔ３５Ｉ）、ｉｖ）Ｉ３６の置換（例えば、Ｉ３６ＬまたはＩ３６Ｍ）、ｖ）Ｅ４９の置換（例えば、Ｅ４９Ｋ）、ｖｉ）Ｑ６１の置換（例えば、Ｑ６１Ｈ、Ｑ６１Ｒ、Ｑ６１Ｐ、Ｑ６１Ｅ、Ｑ６１Ｋ、Ｑ６１Ｌ、またはＱ６１Ｋ）、ｖｉｉ）Ｋ１１７の置換（例えば、Ｋ１１７Ｎ）、及びｖｉｉｉ）Ａ１４６の置換（例えば、Ａ１４６ＴまたはＡ１４６Ｖ）、アミノ酸番号は、配列番号１及び配列番号２に記載されている通りである。例えば、Ｕ．Ｓ．２０１９／０１９４１９２を参照されたい。
例えば、がん関連の変異型ＫＲＡＳポリペプチドは、配列番号１または配列番号２に記載のアミノ酸配列と比較して、１つ以上のアミノ酸置換を有し得る。一部の例では、がん関連の変異型ＫＲＡＳポリペプチドは、配列番号１または配列番号２に記載のアミノ酸配列と比較して、単一のアミノ酸置換のみを有する。一部の例では、がん関連の変異型ＫＲＡＳポリペプチドは、配列番号１または配列番号２に記載のアミノ酸配列と比較して、２つのアミノ酸置換のみを有する。一部の例では、がん関連の変異型ＫＲＡＳポリペプチドは、配列番号１または配列番号２に記載のアミノ酸配列と比較して、３つのアミノ酸置換のみを有する。一部の例では、がん関連の変異型ＫＲＡＳポリペプチドは、配列番号１または配列番号２に記載のアミノ酸配列と比較して、４つのアミノ酸置換のみを有する。一部の例では、がん関連の変異型ＫＲＡＳポリペプチドは、配列番号１または配列番号２に記載のアミノ酸配列と比較して、５つのアミノ酸置換のみを有する。
例えば、ＫＲＡＳ（Ｇ１２Ｄ）（配列番号１に記載のアミノ酸付番に基づいて、アミノ酸位置１２でＧからＤへの置換を有するＫＲＡＳポリペプチド）は、膵管腺癌（ＰＤＡＣ）と関連している。ＫＲＡＳ（Ｇ１２Ｖ）（配列番号１または配列番号２に記載のアミノ酸付番に基づいて、アミノ酸位置１２でＧからＶへの置換を有するＫＲＡＳポリペプチド）もまた、膵臓癌に関連している。ＫＲＡＳ（Ｇ１２Ｒ）（配列番号１または配列番号２に記載のアミノ酸付番に基づいて、アミノ酸位置１２でＧからＲへの置換を有するＫＲＡＳポリペプチド）もまた、膵臓癌に関連している。例えば、Ｗａｔｅｒｓ ａｎｄ Ｄｅｒ（２０１８）Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂ．Ｐｅｒｓｐｅｃｔ．Ｍｅｄ．８：（９）．ｐｉｉ：ａ０３１４３５．ｄｏｉ：０．１１０１／ｃｓｈｐｅｒｓｐｅｃｔ．ａ０３１４３５を参照されたい。別の例として、ＫＲＡＳ（Ｇ１２Ｃ）（配列番号１または配列番号２に記載のアミノ酸付番に基づいて、アミノ酸位置１２でＧからＣへの置換を有するＫＲＡＳポリペプチド）は、肺癌、例えば、非小細胞肺癌と関連している。例えば、Ｒｏｍａｎ ｅｔ ａｌ．（２０１８）Ｍｏｌ．Ｃａｎｃｅｒ １７：３３を参照されたい。ＫＲＡＳの他の変異型（例えば、Ｇ１２Ａ、Ｇ１２Ｃ、Ｇ１２Ｄ、Ｇ１２Ｒ、Ｇ１２Ｓ、Ｇ１２Ｖ、Ｇ１３Ａ、Ｇ１３Ｃ、Ｇ１３Ｄ、Ｇ１３Ｒ、Ｇ１３Ｓ、Ｇ１３Ｖ）は様々ながんに関連しており、そのようながんには、例えば、胆管癌、胆嚢癌、腺癌、直腸腺癌、子宮内膜癌、造血器腫瘍、及び肺癌が含まれる。例えば、Ｐｒｉｏｒ ｅｔ ａｌ．（２０１２０ Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．７２：２４５７を参照されたい。
別の例として、がん関連変異型のＫＲＡＳポリペプチドは、ＫＲＡＳポリペプチド（例えば、配列番号１または配列番号２に記載のアミノ酸配列を有するＫＲＡＳポリペプチド）のアミノ酸６１にアミノ酸置換を有し得る。例えば、がん関連変異型のＫＲＡＳポリペプチドは、Ｑ６１Ｈ、Ｑ６１Ｌ、Ｑ６１Ｅ、Ｑ６１Ｒ、またはＱ６１Ｋなどのアミノ酸置換を有し得る。
上記のように、一部の例では、本開示は、ヘテロ二量体を含むＴＭＰを提供し、ヘテロ二量体は、ａ） 第１のＭＨＣポリペプチドを含む第１のポリペプチド、及びｂ）第２のＭＨＣポリペプチドを含む第２のポリペプチドを含み、第１のポリペプチドまたは第２のポリペプチドは、ＫＲＡＳペプチド（例えば、がん関連変異を含むＫＲＡＳペプチド、その場合、ＫＲＡＳペプチドは、少なくとも４アミノ酸（例えば、４アミノ酸～約２５アミノ酸）の長さを有し、ＫＲＡＳペプチドは、ＭＨＣ複合体に結合すると、Ｔ細胞受容体にエピトープを提示する）を含み、第１のポリペプチド及び／または第２のポリペプチドは、互いに同じかまたは異なり得る１つ以上の免疫調節ポリペプチド、及び任意選択で、Ｉｇ Ｆｃポリペプチドまたは非Ｉｇスキャフォールドを含む。一部の例では、１つ以上の免疫調節ポリペプチドの少なくとも１つは、対応する野生型免疫調節ポリペプチドの同族共刺激ポリペプチドに対する親和性と比較して低い、同族共刺激ポリペプチドに対する親和性を示す、バリアント型免疫調節ポリペプチドである。
本開示のＴＭＰに存在するＫＲＡＳペプチド／ＭＨＣ複合体は、少なくとも１００μＭ（例えば、少なくとも１０μＭ、少なくとも１μＭ、少なくとも１００ｎＭ、少なくとも１０ｎＭ、または少なくとも１ｎＭ）の親和性で、Ｔ細胞上のＴ細胞受容体（ＴＣＲ）に結合する。一般的に言えば、本開示のＴＭＰは、同族共刺激ポリペプチド及びＴＭＰのＫＲＡＳペプチド／ＭＨＣ複合体に結合するＴＣＲを有するＴ細胞に対して、同じＴＭＰが、同じ同族共刺激ポリペプチドを有するが、ＫＲＡＳペプチド／ＭＨＣ複合体に実質的に結合しないＴＣＲを有する第２のＴ細胞に結合する親和性よりも高い、例えば２５％高い親和性で結合し、例えば、ＫＲＡＳペプチド／ＭＨＣ複合体は、１０－７Ｍ未満の親和性でＴＣＲに結合する。
本開示は、ＴＭＰを提供し、ＴＭＰは、ａ）第１のＭＨＣポリペプチドを含む第１のポリペプチド、及びｂ）第２のＭＨＣポリペプチドを含む第２のポリペプチドを含むヘテロ二量体であり、第１のポリペプチドまたは第２のポリペプチドは、ＫＲＡＳペプチドを含み、第１のポリペプチド及び／または第２のポリペプチドは、同じかまたは異なり得る１つ以上の免疫調節ポリペプチドを含み、１つ以上の免疫調節ポリペプチドの少なくとも１つは、野生型免疫調節ポリペプチドまたは野生型免疫調節ポリペプチドのバリアント型であってもよく、バリアント型免疫調節ポリペプチドは、対応する野生型免疫調節ポリペプチドのアミノ酸配列と比較して、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０個のアミノ酸置換を含み、第１のポリペプチドまたは第２のポリペプチドは、任意選択で、Ｉｇ Ｆｃポリペプチドまたは非Ｉｇスキャフォールドを含む。一部の例では、１つ以上の免疫調節ドメインの少なくとも１つは、対応する野生型免疫調節ポリペプチドの同族共刺激ポリペプチドに対する親和性と比較して低い、同族共刺激ポリペプチドに対する親和性を示す、バリアント型免疫調節ポリペプチドであり、例えば、生物層干渉法によって測定した場合の（ｉ）同族共刺激ポリペプチドに対する野生型免疫調節ポリペプチドの結合親和性と、（ｉｉ）同族共刺激ポリペプチドに対する野生型免疫調節ポリペプチドのバリアント型の結合親和性との比率は、１．５：１～１０６：１の範囲であり、バリアント型免疫調節ポリペプチドは、対応する野生型免疫調節ポリペプチドのアミノ酸配列と比較して、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０個のアミノ酸置換を含み、第１のポリペプチドまたは第２のポリペプチドは、任意選択で、Ｉｇ Ｆｃポリペプチドまたは非Ｉｇスキャフォールドを含む。
一部の例では、本開示のヘテロ二量体ＴＭＰは、ａ）Ｎ末端からＣ末端の順に：ｉ）ＫＲＡＳペプチド、ｉｉ）第１のＭＨＣポリペプチドを含む第１のポリペプチド、ならびにｂ）Ｎ末端からＣ末端の順に：ｉ）第２のＭＨＣポリペプチド、及びｉｉ）任意選択で免疫グロブリン（Ｉｇ）Ｆｃポリペプチドまたは非Ｉｇスキャフォールドを含む第２のポリペプチドを含んでいてもよく、ＴＭＰは、同じかまたは異なり得る１つ以上の免疫調節ドメインを含み、１つ以上の免疫調節ドメインの少なくとも１つは、Ａ）第１のポリペプチドのＣ末端に、Ｂ）第２のポリペプチドのＮ末端に、Ｃ）第２のポリペプチドのＣ末端に、またはＤ）第１のポリペプチドのＣ末端及び第２のポリペプチドのＮ末端にあり、１つ以上の免疫調節ドメインの少なくとも１つは、野生型免疫調節ポリペプチドまたは野生型免疫調節ポリペプチドのバリアント型であってもよく、バリアント型免疫調節ポリペプチドは、対応する野生型免疫調節ポリペプチドのアミノ酸配列と比較して、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０個のアミノ酸置換を含む。
本開示は、基本的なスキャフォールドとして：ａ）Ｎ末端からＣ末端の順に：ｉ）ＫＲＡＳペプチド、ｉｉ）第１のＭＨＣポリペプチドを含む第１のポリペプチド、ならびにｂ）Ｎ末端からＣ末端の順に：ｉ）第２のＭＨＣポリペプチド、及びｉｉ）任意選択でＩｇ Ｆｃポリペプチドまたは非Ｉｇスキャフォールドを含む第２のポリペプチドを含むＴＭＰを提供する。本開示のＴＭＰは、１つ以上の免疫調節ポリペプチドをさらに含み、１つ以上の免疫調節ポリペプチドのうちの少なくとも１つは、Ａ）第１のポリペプチドのＣ末端に、Ｂ）第２のポリペプチドのＮ末端に、Ｃ）第２のポリペプチドのＣ末端に、またはＤ）第１のポリペプチドのＣ末端及び第２のポリペプチドのＮ末端にある。一部の例では、１つ以上の免疫調節ポリペプチドの少なくとも１つは、対応する野生型免疫調節ポリペプチドの同族共刺激ポリペプチドに対する親和性と比較して低い、同族共刺激ポリペプチドに対する親和性を示す、バリアント型免疫調節ポリペプチドである。
本開示のＴＭＰに存在するＫＲＡＳペプチド／ＭＨＣ複合体は、少なくとも１００μＭ（例えば、少なくとも１０μＭ、少なくとも１μＭ、少なくとも１００ｎＭ、少なくとも１０ｎＭ、または少なくとも１ｎＭ）の親和性で、Ｔ細胞上のＴ細胞受容体（ＴＣＲ）に結合する。
上記のように、一部の例では、本開示のＴＭＰは、単一のポリペプチド鎖を含む。本開示のそのような一本鎖ＴＭＰは、ｉ）第１のＭＨＣポリペプチド、ｉｉ）第２のＭＨＣポリペプチド、ｉｉｉ）ＭＨＣポリペプチドに結合するとＴＣＲにエピトープを提示する、ＫＲＡＳペプチド、及びｉｖ）１つ以上の免疫調節ポリペプチドを含み、任意選択で、Ｉｇ Ｆｃポリペプチドまたは非Ｉｇスキャフォールドを含む。
一部の例では、本開示の一本鎖ＴＭＰは、Ｎ末端からＣ末端の順に：ｉ）ＫＲＡＳペプチド、ｉｉ）第１のＭＨＣポリペプチド、ｉｉｉ）第２のＭＨＣポリペプチド、ｉｖ）１つ以上の免疫調節ポリペプチド、及びｖ）Ｉｇ Ｆｃポリペプチドを含む。一部の例では、本開示の一本鎖ＴＭＰは、Ｎ末端からＣ末端の順に：ｉ）ＫＲＡＳペプチド、ｉｉ）β２Ｍポリペプチド、ｉｉｉ）クラスＩ ＭＨＣ重鎖ポリペプチド、ｉｖ）１つ以上の免疫調節ポリペプチド、及びｖ）Ｉｇ Ｆｃポリペプチドを含む。この構成要素の配置は、図１８ではＭＯＤ位置２と呼ばれる。
一部の例では、本開示の一本鎖ＴＭＰは、Ｎ末端からＣ末端の順に：ｉ）ＫＲＡＳペプチド、ｉｉ）第１のＭＨＣポリペプチド、ｉｉｉ）第２のＭＨＣポリペプチド、ｉｖ）Ｉｇ Ｆｃポリペプチド、及びｖ）１つ以上の免疫調節ポリペプチドを含む。一部の例では、本開示の一本鎖ＴＭＰは、Ｎ末端からＣ末端の順に：ｉ）ＫＲＡＳペプチド、ｉｉ）β２Ｍポリペプチド、ｉｉｉ）クラスＩ ＭＨＣ重鎖ポリペプチド、ｉｖ）Ｉｇ Ｆｃポリペプチド、及びｖ）１つ以上の免疫調節ポリペプチドを含む。構成要素のこの配置は、図１８ではＭＯＤ位置３と呼ばれる。
一部の例では、本開示の一本鎖ＴＭＰは、Ｎ末端からＣ末端の順に：ｉ）１つ以上の免疫調節ポリペプチド、ｉｉ）ＫＲＡＳペプチド、ｉｉｉ）第１のＭＨＣポリペプチド、ｉｖ）第２のＭＨＣポリペプチド、及びｖ）Ｉｇ Ｆｃポリペプチドを含む。一部の例では、本開示の一本鎖ＴＭＰは、Ｎ末端からＣ末端の順に：ｉ）１つ以上の免疫調節ポリペプチド、ｉｉ）ＫＲＡＳペプチド、ｉｉｉ）第１のクラスＩ ＭＨＣポリペプチド、ｉｖ）第２のクラスＩ ＭＨＣポリペプチド、及びｖ）Ｉｇ Ｆｃポリペプチドを含む。一部の例では、本開示の一本鎖ＴＭＰは、Ｎ末端からＣ末端の順に：ｉ）１つ以上の免疫調節ポリペプチド、ｉｉ）ＫＲＡＳペプチド、ｉｉｉ）β２Ｍポリペプチド、ｉｖ）クラスＩ ＭＨＣ重鎖ポリペプチド、及びｖ）Ｉｇ Ｆｃポリペプチドを含む。この構成要素の配置は、図１８ではＭＯＤ位置４と呼ばれる。
一部の例では、本開示のＴＭＰ内に存在するＫＲＡＳペプチド／ＭＨＣ複合体は、約１０－４Ｍ～約５×１０－４Ｍ、約５×１０－４Ｍ～約１０－５Ｍ、約１０－５Ｍ～５×１０－５Ｍ、約５×１０－５Ｍ～１０－６Ｍ、約１０－６Ｍ～約５×１０－６Ｍ、約５×１０－６Ｍ～約１０－７Ｍ、約１０－７Ｍ～約５×１０－７Ｍ、約５×１０－７Ｍ～約１０－８Ｍ、または約１０－８Ｍ～約１０－９Ｍの親和性で、Ｔ細胞上のＴＣＲに結合する。別の様式で表すと、一部の例では、本開示のＴＭＰ内に存在するＫＲＡＳペプチド／ＭＨＣ複合体は、約１ｎＭ～約５ｎＭ、約５ｎＭ～約１０ｎＭ、約１０ｎＭ～約５０ｎＭ、約５０ｎＭ～約１００ｎＭ、約０．１μＭ～約０．５μＭ、約０．５μＭ～約１μＭ、約１μＭ～約５μＭ、約５μＭ～約１０μＭ、約１０μＭ～約２５μＭ、約２５μＭ～約５０μＭ、約５０μＭ～約７５μＭ、約７５μＭ～約１００μＭの親和性で、Ｔ細胞上のＴＣＲに結合する。
一部の例では、本開示のＴＭＰ内に存在する免疫調節ポリペプチドは、対応する野生型免疫調節ポリペプチドの同族共刺激ポリペプチドに対する親和性よりも少なくとも１０％低い、少なくとも１５％低い、少なくとも２０％低い、少なくとも２５％低い、少なくとも３０％低い、少なくとも３５％低い、少なくとも４０％低い、少なくとも４５％低い、少なくとも５０％低い、少なくとも５５％低い、少なくとも６０％低い、少なくとも６５％低い、少なくとも７０％低い、少なくとも７５％低い、少なくとも８０％低い、少なくとも８５％低い、少なくとも９０％低い、少なくとも９５％低い、または９５％超低い親和性で、その同族共刺激ポリペプチドに結合する。
一部の例では、本開示のＴＭＰ内に存在するバリアント型免疫調節ポリペプチドは、同族共刺激ポリペプチドに対して、１ｎＭ～１００ｎＭ、または１００ｎＭ～１００μＭの結合親和性を有する。例えば、一部の例では、本開示のＴＭＰ内に存在するバリアント型免疫調節ポリペプチドは、同族共刺激ポリペプチドに対して、約１００ｎＭ～１５０ｎＭ、約１５０ｎＭ～約２００ｎＭ、約２００ｎＭ～約２５０ｎＭ、約２５０ｎＭ～約３００ｎＭ、約３００ｎＭ～約３５０ｎＭ、約３５０ｎＭ～約４００ｎＭ、約４００ｎＭ～約５００ｎＭ、約５００ｎＭ～約６００ｎＭ、約６００ｎＭ～約７００ｎＭ、約７００ｎＭ～約８００ｎＭ、約８００ｎＭ～約９００ｎＭ、約９００ｎＭ～約１μＭ、約１μＭ～約５μＭ、約５μＭ～約１０μＭ、約１０μＭ～約１５μＭ、約１５μＭ～約２０μＭ、約２０μＭ～約２５μＭ、約２５μＭ～約５０μＭ、約５０μＭ～約７５μＭ、または約７５μＭ～約１００μＭの結合親和性を有する。一部の例では、本開示のＴＭＰ内に存在するバリアント型免疫調節ポリペプチドは、同族共刺激ポリペプチドに対して、約１ｎＭ～約５ｎＭ、約５ｎＭ～約１０ｎＭ、約１０ｎＭ～約５０ｎＭ、約５０ｎＭ～約１００ｎＭの結合親和性を有する。
免疫調節ポリペプチドのその同族共刺激ポリペプチドに対する低下した親和性と、ＴＣＲに対するＫＲＡＳペプチドの親和性との組み合わせにより、本開示のＴＭＰの向上した選択性がもたらされる。例えば、本開示のＴＭＰは、ｉ）ＴＭＰ内に存在するエピトープ以外のエピトープに特異的なＴＣＲとｉｉ）ＴＭＰ内に存在する免疫調節ポリペプチドに結合する共刺激ポリペプチドとを提示する第２のＴ細胞への結合性と比較して、ｉ）ＴＭＰ内に存在するＫＲＡＳペプチドに特異的なＴＣＲとｉｉ）ＴＭＰ内に存在する免疫調節ポリペプチドに結合する共刺激ポリペプチドとの両方を提示する第１のＴ細胞に選択的に結合する。例えば、本開示のＴＭＰは、本開示のＴＭＰが第２のＴ細胞に結合する親和性よりも少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも９０％、少なくとも２倍、少なくとも２．５倍、少なくとも５倍、少なくとも１０倍、少なくとも１５倍、少なくとも２０倍、少なくとも２５倍、少なくとも５０倍、少なくとも１００倍、または１００倍超高い親和性で第１のＴ細胞に結合する。
一部の例では、本開示のＴＭＰは、それを必要とする個体に投与されると、エピトープ特異的Ｔ細胞応答とエピトープ非特異的Ｔ細胞応答の両方を誘導する。言い換えると、一部の例では、本開示のＴＭＰは、それを必要とする個体に投与されると、ｉ）ＴＭＰ内に存在するＫＲＡＳエピトープに特異的なＴＣＲとｉｉ）ＴＭＰ内に存在する免疫調節ポリペプチドに結合する共刺激ポリペプチドの両方を提示する第１のＴ細胞の活性化を調節することによって、エピトープ特異的Ｔ細胞応答を誘導し、かつｉ）ＴＭＰ内に存在するＫＲＡＳエピトープ以外のエピトープに特異的なＴＣＲとｉｉ）ＴＭＰ内に存在する免疫調節ポリペプチドに結合する共刺激ポリペプチドを提示する第２のＴ細胞の活性化を調節することによって、エピトープ非特異的Ｔ細胞応答を誘導する。エピトープ特異的Ｔ細胞応答とエピトープ非特異的Ｔ細胞応答の比率は、少なくとも２：１、少なくとも５：１、少なくとも１０：１、少なくとも１５：１、少なくとも２０：１、少なくとも２５：１、少なくとも５０：１、または少なくとも１００：１である。エピトープ特異的Ｔ細胞応答とエピトープ非特異的Ｔ細胞応答の比率は、約２：１～約５：１、約５：１～約１０：１、約１０：１～約１５：１、約１５：１～約２０：１、約２０：１～約２５：１、約２５：１～約５０：１、もしくは約５０：１～約１００：１であるか、または１００：１より大きい。Ｔ細胞の「活性化を調節すること」としては、ｉ）細胞傷害性（例えば、ＣＤ８＋）Ｔ細胞を活性化させること、ｉｉ）細胞傷害性（例えば、ＣＤ８＋）Ｔ細胞の細胞傷害活性を誘導すること、ｉｉｉ）細胞傷害性（例えば、ＣＤ８＋）Ｔ細胞による細胞毒（例えば、パーフォリン、グランザイム、グラニュライシン）の産生及び放出を誘導すること、ｉｖ）細胞傷害性（例えば、ＣＤ８＋）Ｔ細胞の増殖を誘導すること、ｖ）自己反応性Ｔ細胞の活性化を抑制することなどのうちの１つ以上を挙げることができる。
免疫調節ポリペプチドのその同族共刺激ポリペプチドに対する低下した親和性と、ＴＣＲに対するＫＲＡＳエピトープの親和性との組み合わせにより、本開示のＴＭＰの向上した選択性がもたらされる。それゆえ、例えば、本開示のＴＭＰは、ｉ）ＴＭＰ内に存在するエピトープ以外のエピトープに特異的なＴＣＲとｉｉ）ＴＭＰ内に存在する免疫調節ポリペプチドに結合する共刺激ポリペプチドとを提示する第２のＴ細胞に本開示のＴＭＰが結合する結合力よりも高い結合力で、ｉ）ＴＭＰ内に存在するＫＲＡＳエピトープに特異的なＴＣＲとｉｉ）ＴＭＰ内に存在する免疫調節ポリペプチドに結合する共刺激ポリペプチドとの両方を提示する第１のＴ細胞に結合する。
免疫調節ポリペプチドとその同族共刺激ポリペプチドの間の結合親和性は、精製免疫調節ポリペプチド及び精製同族共刺激ポリペプチドを使用したバイオレイヤー干渉法（ＢＬＩ）により測定することができる。ＴＭＰとその同族共刺激ポリペプチドの間の結合親和性は、精製ＴＭＰ及び同族共刺激ポリペプチドを使用したＢＬＩにより測定することができる。ＢＬＩ法は当業者に周知である。例えば、Ｌａｄ ｅｔ ａｌ．（２０１５）Ｊ．Ｂｉｏｍｏｌ．Ｓｃｒｅｅｎ．２０（４）：４９８－５０７、及びＳｈａｈ ａｎｄ Ｄｕｎｃａｎ（２０１４）Ｊ．Ｖｉｓ．Ｅｘｐ．１８：ｅ５１３８３を参照されたい。
ＢＬＩアッセイは、Ｏｃｔｅｔ ＲＥＤ ９６（Ｐａｌ ＦｏｒｔｅＢｉｏ）装置または類似装置を使用して以下のように実施することができる。ＴＭＰ（例えば、本開示のＴＭＰ、対照ＴＭＰ（対照ＴＭＰは野生型免疫調節ポリペプチドを含む））を不溶性支持体（「バイオセンサー」）上に固定する。固定ＴＭＰは「標的」である。固定化は、捕捉抗体を不溶性支持体上に固定することにより行うことができ、捕捉抗体はＴＭＰを固定する。例えば、固定化は、抗Ｆｃ（例えば、抗ヒトＩｇＧ Ｆｃ）抗体を不溶性支持体上に固定することにより行うことができ、固定抗Ｆｃ抗体はＴＭＰに結合してＴＭＰを固定する（ＴＭＰはＩｇ Ｆｃポリペプチドを含む）。数種類の異なる濃度の共刺激ポリペプチドを固定ＴＭＰに加えて、装置の応答を記録する。アッセイは、２５ｍＭ ＨＥＰＥＳ ｐＨ６．８、５％ポリ（エチレングリコール）６０００、５０ｍＭ ＫＣｌ、０．１％ウシ血清アルブミン、及び０．０２％ Ｔｗｅｅｎ ２０非イオン性界面活性剤を含む液体培地中で実施する。共刺激ポリペプチドの固定ＴＭＰへの結合は３０℃で実施する。結合親和性のための陽性対照として、抗ＭＨＣクラスＩモノクローナル抗体を使用することができる。例えば、７ｎＭのＫＤを有する抗ＨＬＡクラスＩモノクローナル抗体Ｗ６／３２（Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｔｙｐｅ Ｃｕｌｔｕｒｅ Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ Ｎｏ．ＨＢ－９５、Ｐａｒｈａｍ ｅｔ ａｌ．（１９７９）Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１２３：３４２）を使用することができる。標準曲線は、抗ＭＨＣクラスＩモノクローナル抗体の系列希釈液を使用して作成することができる。共刺激ポリペプチド、すなわち、抗ＭＨＣクラスＩ ｍＡｂは「検体」である。ＢＬＩでは、２つの表面、ｉ）固定ポリペプチド（「標的」）及びｉｉ）内部基準レイヤーから反射した白色光の干渉縞を解析する。バイオセンサーチップに結合した分子（「検体」、例えば、共刺激ポリペプチド、抗ＨＬＡ抗体）の数が変化すると、干渉縞のシフトが生じるが、干渉縞のこのシフトをリアルタイムで測定することができる。標的／検体相互作用の親和性を記述する２つの動力学用語は結合速度定数（ｋａ）及び解離定数（ｋｄ）である。これら２つの用語の比率（ｋｄ／ａ）により親和性定数（ＫＤ）が求められる。
ＢＬＩアッセイはマルチウェルプレートを用いて実施する。アッセイをランするために、Ｏｃｔｅｔ Ｄａｔａ Ａｃｑｕｉｓｉｔｉｏｎソフトウェアを用いて、プレートレイアウトを定義し、アッセイ工程を定義し、バイオセンサーを割り当てる。バイオセンサーアセンブリを水和する。水和バイオセンサーアセンブリ及びアッセイプレートをＯｃｔｅｔ装置上で１０分間平衡させる。データが得られると、得られたデータをＯｃｔｅｔ Ｄａｔａ Ａｎａｌｙｓｉｓソフトウェアにロードする。リファレンスサブトラクション、ｙ軸アライメント、工程間補正、及びＳａｖｉｔｚｋｙ－Ｇｏｌａｙフィルタリングの方法を指定することにより、Ｐｒｏｃｅｓｓｉｎｇウィンドウでデータを処理する。解析用工程（結合及び解離）を指定し、カーブフィッティングモデル（１：１）、フィッティング法（大域）、及び目的のウィンドウ（秒）を選択することにより、Ａｎａｌｙｓｉｓウィンドウでデータを解析する。フィッティングの質を評価する。３倍の範囲内である場合、それぞれのデータ記録のＫＤ値（検体濃度）を平均することができる。ＫＤ誤差値は親和性定数値の１桁以内でなければならず、Ｒ２値は０．９５超でなければならない。例えば、Ａｂｄｉｃｈｅ ｅｔ ａｌ．（２００８）Ｊ．Ａｎａｌ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．３７７：２０９を参照されたい。
本明細書において特に明記しない限り、同族共刺激ポリペプチドに対する本開示のＴＭＰの親和性、または同族共刺激ポリペプチドに対する対照ＴＭＰ（対照ＴＭＰは野生型免疫調節ポリペプチドを含む）の親和性は、上記のようにＢＬＩを用いて測定される。
一部の例では、ｉ）同族共刺激ポリペプチドに対する対照ＴＭＰ（対照は野生型免疫調節ポリペプチドを含む）の結合親和性と、ｉｉ）同族共刺激ポリペプチドに対する野生型免疫調節ポリペプチドのバリアント型を含む本開示のＴＭＰの結合親和性の比率は、ＢＬＩ（上記）で測定した場合、少なくとも１．５：１、少なくとも２：１、少なくとも５：１、少なくとも１０：１、少なくとも１５：１、少なくとも２０：１、少なくとも２５：１、少なくとも５０：１、少なくとも１００：１、少なくとも５００：１、少なくとも１０２：１、少なくとも５×１０２：１、少なくとも１０３：１、少なくとも５×１０３：１、少なくとも１０４：１、少なくとも１０５：１、または少なくとも１０６：１である。一部の例では、ｉ）同族共刺激ポリペプチドに対する対照ＴＭＰ（対照は野生型免疫調節ポリペプチドを含む）の結合親和性と、ｉｉ）同族共刺激ポリペプチドに対する野生型免疫調節ポリペプチドのバリアント型を含む本開示のＴＭＰの結合親和性の比率は、ＢＬＩで測定した場合、１．５：１～１０６：１、例えば、１．５：１～１０：１、１０：１～５０：１、５０：１～１０２：１、１０２：１～１０３：１、１０３：１～１０４：１、１０４：１～１０５：１、または１０５：１～１０６：１の範囲である。
１つの例では、免疫調節ポリペプチドとして、対照ＴＭＰが野生型ＩＬ－２ポリペプチドを含み、本開示のＴＭＰがバリアント型ＩＬ－２ポリペプチド（野生型ＩＬ－２ポリペプチドのアミノ酸配列と比較して１～１０個のアミノ酸置換を含む）、例えば、本明細書に記載のＨ１６Ａ及びＦ４２Ａ置換を含むＩＬ－２バリアントを含み、ｉ）ＩＬ－２受容体（すなわち、同族共刺激ポリペプチド）に対する対照ＴＭＰの結合親和性と、ｉｉ）ＩＬ－２受容体に対する本開示のＴＭＰの結合親和性の比率は、ＢＬＩで測定した場合、少なくとも１．５：１、少なくとも２：１、少なくとも５：１、少なくとも１０：１、少なくとも１５：１、少なくとも２０：１、少なくとも２５：１、少なくとも５０：１、少なくとも１００：１、少なくとも５００：１、少なくとも１０２：１、少なくとも５×１０２：１、少なくとも１０３：１、少なくとも５×１０３：１、少なくとも１０４：１、少なくとも１０５：１、または、少なくとも１０６：１である。一部の例では、免疫調節ポリペプチドとして、対照ＴＭＰが野生型ＩＬ－２ポリペプチドを含み、本開示のＴＭＰがバリアント型ＩＬ－２ポリペプチド（野生型ＩＬ－２ポリペプチドのアミノ酸配列と比較して１～１０個のアミノ酸置換を含む）を含み、ｉ）ＩＬ－２受容体（すなわち、同族共刺激ポリペプチド）に対する対照ＴＭＰの結合親和性と、ｉｉ）ＩＬ－２受容体に対する本開示のＴＭＰの結合親和性の比率は、ＢＬＩで測定した場合、１．５：１～１０６：１、例えば、１．５：１～１０：１、１０：１～５０：１、５０：１～１０２：１、１０２：１～１０３：１、１０３：１～１０４：１、１０４：１～１０５：１、または、１０５：１～１０６：１の範囲である。
別の例では、免疫調節ポリペプチドとして、対照ＴＭＰが野生型ＣＤ８０ポリペプチドを含み、本開示のＴＭＰがバリアント型ＣＤ８０ポリペプチド（野生型ＣＤ８０ポリペプチドのアミノ酸配列と比較して１～１０個のアミノ酸置換を含む）を含み、ｉ）ＣＴＬＡ４ポリペプチド（すなわち、同族共刺激ポリペプチド）に対する対照ＴＭＰの結合親和性と、ｉｉ）ＣＴＬＡ４ポリペプチドに対する本開示のＴＭＰの結合親和性の比率は、ＢＬＩで測定した場合、少なくとも１．５：１、少なくとも２：１、少なくとも５：１、少なくとも１０：１、少なくとも１５：１、少なくとも２０：１、少なくとも２５：１、少なくとも５０：１、少なくとも１００：１、少なくとも５００：１、少なくとも１０２：１、少なくとも５×１０２：１、少なくとも１０３：１、少なくとも５×１０３：１、少なくとも１０４：１、少なくとも１０５：１、または、少なくとも１０６：１である。
別の例では、免疫調節ポリペプチドとして、対照ＴＭＰが野生型ＣＤ８０ポリペプチドを含み、本開示のＴＭＰがバリアント型ＣＤ８０ポリペプチド（野生型ＣＤ８０ポリペプチドのアミノ酸配列と比較して１～１０個のアミノ酸置換を含む）を含み、ｉ）ＣＤ２８ポリペプチド（すなわち、同族共刺激ポリペプチド）に対する対照ＴＭＰの結合親和性と、ｉｉ）ＣＤ２８ポリペプチドに対する本開示のＴＭＰの結合親和性の比率は、ＢＬＩで測定した場合、少なくとも１．５：１、少なくとも２：１、少なくとも５：１、少なくとも１０：１、少なくとも１５：１、少なくとも２０：１、少なくとも２５：１、少なくとも５０：１、少なくとも１００：１、少なくとも５００：１、少なくとも１０２：１、少なくとも５×１０２：１、少なくとも１０３：１、少なくとも５×１０３：１、少なくとも１０４：１、少なくとも１０５：１、または、少なくとも１０６：１である。
別の例では、免疫調節ポリペプチドとして、対照ＴＭＰが野生型４－１ＢＢＬポリペプチドを含み、本開示のＴＭＰがバリアント型４－１ＢＢＬポリペプチド（野生型４－１ＢＢＬポリペプチドのアミノ酸配列と比較して１～１０個のアミノ酸置換を含む）を含み、ｉ）４－１ＢＢポリペプチド（すなわち、同族共刺激ポリペプチド）に対する対照ＴＭＰの結合親和性と、ｉｉ）４－１ＢＢポリペプチドに対する本開示のＴＭＰの結合親和性の比率は、ＢＬＩで測定した場合、少なくとも１．５：１、少なくとも２：１、少なくとも５：１、少なくとも１０：１、少なくとも１５：１、少なくとも２０：１、少なくとも２５：１、少なくとも５０：１、少なくとも１００：１、少なくとも５００：１、少なくとも１０２：１、少なくとも５×１０２：１、少なくとも１０３：１、少なくとも５×１０３：１、少なくとも１０４：１、少なくとも１０５：１、または、少なくとも１０６：１である。
別の例では、免疫調節ポリペプチドとして、対照ＴＭＰが野生型ＣＤ８６ポリペプチドを含み、本開示のＴＭＰがバリアント型ＣＤ８６ポリペプチド（野生型ＣＤ８６ポリペプチドのアミノ酸配列と比較して１～１０個のアミノ酸置換を含む）を含み、ｉ）ＣＤ２８ポリペプチド（すなわち、同族共刺激ポリペプチド）に対する対照ＴＭＰの結合親和性と、ｉｉ）ＣＤ２８ポリペプチドに対する本開示のＴＭＰの結合親和性の比率は、ＢＬＩで測定した場合、少なくとも１．５：１、少なくとも２：１、少なくとも５：１、少なくとも１０：１、少なくとも１５：１、少なくとも２０：１、少なくとも２５：１、少なくとも５０：１、少なくとも１００：１、少なくとも５００：１、少なくとも１０２：１、少なくとも５×１０２：１、少なくとも１０３：１、少なくとも５×１０３：１、少なくとも１０４：１、少なくとも１０５：１、または、少なくとも１０６：１である。
標的Ｔ細胞に対する本開示のＴＭＰの結合親和性は、以下の方法、Ａ）ｉ）親野生型免疫調節ポリペプチドに結合する同族共刺激ポリペプチドとｉｉ）実質的にエピトープに結合するＴ細胞受容体をその表面上に発現する標的Ｔ細胞に、本開示のＴＭＰを接触させて（ＴＭＰはエピトープタグを含み、その結果、ＴＭＰは標的Ｔ細胞に結合する）、Ｂ）エピトープタグに結合する蛍光標識結合因子（例えば、蛍光標識抗体）に標的Ｔ細胞結合ＴＭＰを接触させて、ＴＭＰ／標的Ｔ細胞／結合因子複合体を作製して、Ｃ）フローサイトメトリーを使用してＴＭＰ／標的Ｔ細胞／結合因子複合体の平均蛍光強度（ＭＦＩ）を測定することにより、測定することができる。エピトープタグは、例えば、ＦＬＡＧタグ、ヘマグルチニンタグ、ｃ－ｍｙｃタグ、ポリ（ヒスチジン）タグなどであり得る。ＴＭＰの濃度範囲にわたり測定されたＭＦＩにより親和性の指標がもたらされる。ＴＭＰの濃度範囲にわたり測定されたＭＦＩによりＴＭＰの半数効果濃度（ＥＣ５０）がもたらされる。一部の例では、標的Ｔ細胞に対する本開示のＴＭＰのＥＣ５０はｎＭ範囲であり、対照Ｔ細胞（対照Ｔ細胞はその表面上に、ｉ）親野生型免疫調節ポリペプチドに結合する同族共刺激ポリペプチドとｉｉ）ＴＭＰ内に存在するエピトープに結合しないＴ細胞受容体を発現する）に対するＴＭＰのＥＣ５０はμＭ範囲である。一部の例では、対照Ｔ細胞に対する本開示のＴＭＰのＥＣ５０と、標的Ｔ細胞に対するＴＭＰのＥＣ５０の比率は、少なくとも１．５：１、少なくとも２：１、少なくとも５：１、少なくとも１０：１、少なくとも１５：１、少なくとも２０：１、少なくとも２５：１、少なくとも５０：１、少なくとも１００：１、少なくとも５００：１、少なくとも１０２：１、少なくとも５×１０２：１、少なくとも１０３：１、少なくとも５×１０３：１、少なくとも１０４：１、少なくとも１０５：１、または、少なくとも１０６：１である。対照Ｔ細胞に対する本開示のＴＭＰのＥＣ５０と、標的Ｔ細胞に対するＴＭＰのＥＣ５０の比率は、ＴＭＰの選択性の発現である。
一部の例では、直前の段落に記載したとおりに測定すると、低親和性ＭＯＤを含む本開示のＴＭＰは、ｉ）親野生型ＭＯＤに結合する同族共刺激ポリペプチドとｉｉ）ＴＭＰ内に存在するエピトープ以外のエピトープに実質的に結合するＴ細胞受容体とを含む対照Ｔ細胞へのＴＭＰの結合と比較して、標的Ｔ細胞への選択的結合を示す。
ＫＲＡＳペプチド
上記のように、本開示のＴＭＰは通常、少なくとも約４アミノ酸の長さであり、ＭＨＣ／ペプチド複合体（例えば、ＨＬＡ／ペプチド複合体）内にある場合にＫＲＡＳエピトープをＴ細胞に提示するＫＲＡＳペプチドを含む。
本開示のＴＭＰに存在するＫＲＡＳペプチドは、少なくとも４アミノ酸の長さ、例えば、４アミノ酸～約２５アミノ酸の長さ（例えば、９～１０アミノ酸、４～２０アミノ酸、６～１８アミノ酸、８～１５アミノ酸、８～１２アミノ酸、５～１０アミノ酸、１０～２０アミノ酸、及び１５～２５アミノ酸の長さの範囲内を含む、４アミノ酸（ａａ）、５ａａ、６ａａ、７ａａ、８ａａ、９ａａ、１０ａａ、１１ａａ、１２ａａ、１３ａａ、１４ａａ、１５ａａ、１６ａａ、１７ａａ、１８ａａ、１９ａａ、２０ａａ、２１ａａ、２２ａａ、２３ａａ、２４ａａ、または２５ａａ）を有し得る。一部の例では、ＫＲＡＳペプチドの長さは、９アミノ酸または１０アミノ酸である。
本開示のＴＭＰに存在するＫＲＡＳエピトープは、Ｔ細胞によって特異的に結合されるペプチドであり、すなわち、エピトープは、エピトープ特異的Ｔ細胞、すなわち、ＫＲＡＳエピトープに特異的なＴＣＲを有するＴ細胞によって特異的に結合される。エピトープ特異的Ｔ細胞は、参照アミノ酸配列を有するエピトープに結合するが、参照アミノ酸配列とは異なるエピトープには実質的に結合しない。例えば、エピトープ特異的Ｔ細胞は、参照アミノ酸配列を有するエピトープに結合し、参照アミノ酸配列とは異なるエピトープには、結合する場合でも、１０－６Ｍ未満、１０－５Ｍ未満、または１０－４Ｍ未満の親和性で結合する。エピトープ特異的Ｔ細胞は、特異的なエピトープに、少なくとも１０－７Ｍ、少なくとも１０－８Ｍ、少なくとも１０－９Ｍ、または少なくとも１０－１０Ｍの親和性で結合することができる。
一部の例では、好適なＫＲＡＳペプチドは、以下のＫＲＡＳアミノ酸配列のうちの１つに対して、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含む、少なくとも４アミノ酸の長さ、例えば、４アミノ酸～約２５アミノ酸（例えば、９～１０アミノ酸、４～２０アミノ酸、６～１８アミノ酸、８～１５アミノ酸、８～１２アミノ酸、５～１０アミノ酸、１０～２０アミノ酸、及び１５～２５アミノ酸の長さの範囲内を含む、４アミノ酸（ａａ）、５ａａ、６ａａ、７ａａ、８ａａ、９ａａ、１０ａａ、１１ａａ、１２ａａ、１３ａａ、１４ａａ、１５ａａ、１６ａａ、１７ａａ、１８ａａ、１９ａａ、２０ａａ、２１ａａ、２２ａａ、２３ａａ、２４ａａ、または２５ａａ）のＫＲＡＳポリペプチドである：
（Ａ） ＭＴＥＹＫＬＶＶＶＧ ＡＧＧＶＧＫＳＡＬＴ ＩＱＬＩＱＮＨＦＶＤ ＥＹＤＰＴＩＥＤＳＹ ＲＫＱＶＶＩＤＧＥＴ ＣＬＷＤＩＬＤＴＡＧ ＱＥＥＹＳＡＭＲＤＱ ＹＭＲＴＧＥＧＦＬＣ ＶＦＡＩＮＮＴＫＳＦ ＥＤＩＨＨＹＲＥＱＩ ＫＲＶＫＤＳＥＤＶＰ ＭＶＬＶＧＮＫＣＤＬ ＰＳＲＴＶＤＴＫＱＡ ＱＤＬＡＲＳＹＧＩＰ ＦＩＥＴＳＡＫＴＲＱ ＧＶＤＤＡＦＹＴＬＶ ＲＥＩＲＫＨＫＥＫＭ ＳＫＤＧＫＫＫＫＫＫ ＳＫＴＫＣＶＩＭ （配列番号１）、ここで、当該ＫＲＡＳポリペプチドは、配列番号１に記載のアミノ酸配列と比較して、１つ以上（例えば、１、２、３、４、または５個）のアミノ酸置換を含み、１つ以上のアミノ酸置換は、がんに関連する置換、例えば、がん細胞のＫＲＡＳポリペプチドに見出される置換を含み得、
（Ｂ）ＭＴＥＹＫＬＶＶＶＧ ＡＧＧＶＧＫＳＡＬＴ ＩＱＬＩＱＮＨＦＶＤ ＥＹＤＰＴＩＥＤＳＹ ＲＫＱＶＶＩＤＧＥＴ ＣＬＬＤＩＬＤＴＡＧ ＱＥＥＹＳＡＭＲＤＱ ＹＭＲＴＧＥＧＦＬＣ ＶＦＡＩＮＮＴＫＳＦ ＥＤＩＨＨＹＲＥＱＩ ＫＲＶＫＤＳＥＤＶＰ ＭＶＬＶＧＮＫＣＤＬ ＰＳＲＴＶＤＴＫＱＡ ＱＤＬＡＲＳＹＧＩＰ ＦＩＥＴＳＡＫＴＲＱ ＲＶＥＤＡＦＹＴＬＶ ＲＥＩＲＱＹＲＬＫＫ ＩＳＫＥＥＫＴＰＧＣ ＶＫＩＫＫＣＩＩＭ （配列番号２）、ここで、当該ＫＲＡＳポリペプチドは、配列番号１に記載のアミノ酸配列と比較して、１つ以上（例えば、１、２、３、４、または５個）のアミノ酸置換を含み、１つ以上のアミノ酸置換は、がんに関連する置換、例えば、がん細胞のＫＲＡＳポリペプチドに見出される置換を含み得、そして、
（Ｃ）ＭＴＥＹ（Ｘ１）Ｌ（Ｘ２）（Ｘ３）（Ｘ４）ＧＡ（Ｘ５）（Ｘ６）ＶＧＫＳＡＬＴ ＩＱＬＩＱＮＨＦＶＤ ＥＹＤＰＴＩＥＤＳＹ ＲＫＱＶＶＩＤＧＥＴ ＣＬＷＤＩＬＤＴＡＧ ＱＥＥＹＳＡＭＲＤＱ ＹＭＲＴＧＥＧＦＬＣ ＶＦＡＩＮＮＴＫＳＦ ＥＤＩＨＨＹＲＥＱＩ ＫＲＶＫＤＳＥＤＶＰ ＭＶＬＶＧＮＫＣＤＬ ＰＳＲＴＶＤＴＫＱＡ ＱＤＬＡＲＳＹＧＩＰ ＦＩＥＴＳＡＫＴＲＱ ＧＶＤＤＡＦＹＴＬＶ ＲＥＩＲＫＨＫＥＫＭ ＳＫＤＧＫＫＫＫＫＫ ＳＫＴＫＣＶＩＭ （配列番号８９）、配列中、Ｘ１は、Ｌｙｓ、Ｐｈｅ、またはＬｅｕであり、Ｘ２は、ＶａｌまたはＬｅｕであり、Ｘ３は、ＶａｌまたはＴｈｒであり、Ｘ４は、ＶａｌまたはＴｈｒであり、Ｘ５は、Ｇｌｙ、Ａｓｐ、Ｃｙｓ、Ｖａｌ、またはＳｅｒであり、Ｘ６は、Ｇｌｙ、Ｃｙｓ、またはＡｓｐであり、Ｘ５とＸ６の一方または両方がＣｙｓではない。
好適なＫＲＡＳペプチドの非限定的な例として、ＶＶＧＡＤＧＶＧＫ（配列番号１７６）、ＶＶＧＡＣＧＶＧＫ（配列番号１７７）、ＶＶＧＡＶＧＶＧＫ（配列番号１７８）、ＶＶＶＧＡＤＧＶＧＫ（配列番号１７９）、ＶＶＶＧＡＶＧＶＧＫ（配列番号１８０）、ＶＶＶＧＡＣＧＶＧＫ（配列番号１８１）、ＶＴＧＡＤＧＶＧＫ（配列番号１８２）、ＶＴＧＡＶＧＶＧＫ（配列番号１８３）、ＶＴＧＡＣＧＶＧＫ（配列番号１８４）、ＶＴＶＧＡＤＧＶＧＫ（配列番号１８５）、ＶＴＶＧＡＶＧＶＧＫ（配列番号１８６）、及びＶＴＶＧＡＣＧＶＧＫ（配列番号１８７）からなる群から選択される配列を含むペプチドが挙げられ、ＫＲＡＳペプチドは、９アミノ酸もしくは１０アミノ酸の長さ、または少なくとも９アミノ酸もしくは１０アミノ酸の長さである。
好適なＫＲＡＳペプチドの追加の非限定的な例として、ＶＶＶＧＡＧＤＶＧＫ（配列番号１８８）、ＶＶＧＡＧＤＶＧＫ（配列番号１８９）、ＶＶＶＧＡＲＧＶＧＫ（配列番号１９０）、及びＶＶＧＡＲＧＶＧＫ（配列番号１９１）からなる群から選択される配列を含むペプチドが挙げられ、ＫＲＡＳペプチドは、９アミノ酸もしくは１０アミノ酸の長さ、または少なくとも９アミノ酸もしくは１０アミノ酸の長さである。
好適なＫＲＡＳペプチドの非限定的な例として、ＬＶＶＶＧＡＤＧＶ（配列番号１９２）、ＬＶＶＶＧＡＶＧＶ（配列番号１９３）、ＬＶＶＶＧＡＣＧＶ（配列番号１９４）、ＫＬＶＶＶＧＡＤＧＶ（配列番号１９５）、ＫＬＶＶＶＧＡＶＧＶ（配列番号１９６）、ＫＬＶＶＶＧＡＣＧＶ（配列番号１９７）、ＬＬＶＶＧＡＤＧＶ（配列番号１９８）、ＬＬＶＶＧＡＶＧＶ（配列番号１９９）、ＬＬＶＶＧＡＣＧＶ（配列番号２００）、ＦＬＶＶＶＧＡＤＧＶ（配列番号２０１）、ＦＬＶＶＶＧＡＶＧＶ（配列番号２０２）、及びＦＬＶＶＶＧＡＣＧＶ（配列番号２０３）からなる群から選択される配列を含むペプチドが挙げられ、ＫＲＡＳペプチドは、９アミノ酸もしくは１０アミノ酸の長さ、または少なくとも９アミノ酸もしくは１０アミノ酸の長さである。
好適なＫＲＡＳペプチドの追加の非限定的な例として、ＫＬＶＶＶＧＡＧＤＶ（配列番号２０４）、及びＫＬＶＶＶＧＡＲＧＶ（配列番号２０５）からなる群から選択される配列を含むペプチドが挙げられ、ＫＲＡＳペプチドは、９アミノ酸もしくは１０アミノ酸の長さ、または少なくとも９アミノ酸もしくは１０アミノ酸の長さである。
好適なＫＲＡＳペプチドの追加の非限定的な例として、ＧＡＧＤＶＧＫＳＡＬ（配列番号２０６）、ＡＧＤＶＧＫＳＡＬ（配列番号２０７）、ＤＶＧＫＳＡＬＴＩ（配列番号２０８）、ＧＡＶＧＶＧＫＳＡＬ（配列番号２０９）、ＡＶＧＶＧＫＳＡＬ（配列番号２１０）、ＹＫＬＶＶＶＧＡＶ（配列番号２１１）、ＡＲＧＶＧＫＳＡＬ（配列番号２１２）、ＧＡＲＧＶＧＫＳＡＬ（配列番号２１３）、ＥＹＫＬＶＶＶＧＡＲ（配列番号２１４）、ＲＧＶＧＫＳＡＬＴＩ（配列番号２１５）、ＬＶＶＶＧＡＲＧＶ（配列番号２１６）、ＧＡＤＧＶＧＫＳＡＬ（配列番号２１７）、ＡＣＧＶＧＫＳＡＬ（配列番号２１８）、及びＧＡＣＧＶＧＫＳＡＬ（配列番号２１９）からなる群から選択される配列を含むペプチドが挙げられ、ＫＲＡＳペプチドは、９アミノ酸もしくは１０アミノ酸の長さ、または少なくとも９アミノ酸もしくは１０アミノ酸の長さである。
一部の例では、本開示のＴＭＰは、上記のように、ＫＲＡＳポリペプチドのＧ１２Ｖ形態に特異的なＴＣＲを含むＴ細胞の活性を調節する。そのような場合、本開示のＴＭＰに存在するＫＲＡＳペプチドは、例えば、以下のアミノ酸配列：ＶＶＧＡＶＧＶＧＫ（配列番号１７８）、ＶＶＶＧＡＶＧＶＧＫ（配列番号１８０）、ＶＧＡＶＧＶＧＫＳ（配列番号２２２）、ＶＧＡＶＧＶＧＫＳＡ（配列番号２２３）、ＡＶＧＶＧＫＳＡＬ（配列番号２１０）、ＡＶＧＶＧＫＳＡＬＴ（配列番号２２５）、ＧＡＶＧＶＧＫＳＡＬ（配列番号２０９）、ＧＡＶＧＶＧＫＳＡ（配列番号２２７）、ＬＶＶＶＧＡＶＧＶＧ（配列番号２２８）、ＬＶＶＶＧＡＶＧＶ（配列番号１９３）、ＫＬＶＶＶＧＡＶＧＶ（配列番号１９６）、及びＫＬＶＶＶＧＡＶＧ（配列番号２３１）のうちの１つを含み得、ＫＲＡＳペプチドは、９アミノ酸もしくは１０アミノ酸の長さ、または少なくとも９アミノ酸もしくは１０アミノ酸の長さである。
一部の例では、本開示のＴＭＰに存在するＫＲＡＳペプチドは、ＨＬＡ－Ａ、－Ｂ、－Ｃ、－Ｅ、－Ｆ、または－Ｇ対立遺伝子に特異的なエピトープを提示する。一実施形態では、ＴＭＰに存在するＫＲＡＳペプチドは、ＨＬＡ－Ａ＊０１０１、Ａ＊０２０１、Ａ＊０２０３、Ａ＊０３０１、Ａ＊１１０１、Ａ＊２３０１、Ａ＊２４０２、Ａ＊２４０７、Ａ＊３１０１、Ａ＊３３０３、Ａ＊３４０１、及び／またはＡ＊６８０１に限定されたエピトープを提示する。一実施形態では、ＴＭＰに存在するＫＲＡＳエピトープペプチドは、ＨＬＡ－Ｂ＊０７０２、Ｂ＊０８０１、Ｂ＊１５０２、Ｂ＊２７０５、Ｂ＊３８０２、Ｂ＊３８０２、Ｂ＊３９０１、Ｂ＊３９０２、Ｂ＊４００１、Ｂ＊４６０１、Ｂ＊５１０１、及び／またはＢ＊５３０１に限定されたエピトープを提示する。一実施形態では、ＴＭＰに存在するＫＲＡＳエピトープペプチドは、Ｃ＊０１０２、Ｃ＊０３０３、Ｃ＊０３０４、Ｃ＊０４０１、Ｃ＊０６０２、Ｃ＊０７０１、Ｃ＊７０２、Ｃ＊０８０１、及び／またはＣ＊１５０２に限定されたエピトープを提示する。
非限定的な例として、ＶＶＧＡＤＧＶＧＫ（配列番号１７６）、ＶＶＧＡＣＧＶＧＫ（配列番号１７７）、ＶＶＧＡＶＧＶＧＫ（配列番号１７８）、ＶＶＶＧＡＤＧＶＧＫ（配列番号１７９）、ＶＶＶＧＡＶＧＶＧＫ（配列番号１８０）、ＶＶＶＧＡＣＧＶＧＫ（配列番号１８１）、ＶＴＧＡＤＧＶＧＫ（配列番号１８２）、ＶＴＧＡＶＧＶＧＫ（配列番号１８３）、ＶＴＧＡＣＧＶＧＫ（配列番号１８４）、ＶＴＶＧＡＤＧＶＧＫ（配列番号１８５）、ＶＴＶＧＡＶＧＶＧＫ（配列番号１８６）、ＶＴＶＧＡＣＧＶＧＫ（配列番号１８７）、ＶＶＶＧＡＧＤＶＧＫ（配列番号１８８）、ＶＶＧＡＧＤＶＧＫ（配列番号１８９）、ＶＶＶＧＡＲＧＶＧＫ（配列番号１９０）、及びＶＶＧＡＲＧＶＧＫ（配列番号１９１）からなる群から選択されるペプチドを含むＫＲＡＳペプチド（当該ＫＲＡＳペプチドは、９アミノ酸もしくは１０アミノ酸の長さ、または少なくとも９アミノ酸もしくは１０アミノ酸の長さを有する）は、β２ＭポリペプチドとＡ＊１１０１ ＨＬＡ－Ａ重鎖とを含むＨＬＡ複合体に結合した場合に、エピトープを提示する。そのようなペプチドはまた、β２ＭポリペプチドとＡ＊６８０１ ＨＬＡ－Ａ重鎖とを含むＨＬＡ複合体との複合体として提示され得る。
非限定的な例として、ＬＶＶＶＧＡＤＧＶ（配列番号１９２）、ＬＶＶＶＧＡＶＧＶ（配列番号１９３）、ＬＶＶＶＧＡＣＧＶ（配列番号１９４）、ＫＬＶＶＶＧＡＤＧＶ（配列番号１９５）、ＫＬＶＶＶＧＡＶＧＶ（配列番号１９６）、ＫＬＶＶＶＧＡＣＧＶ（配列番号１９７）、ＬＬＶＶＧＡＤＧＶ（配列番号１９８）、ＬＬＶＶＧＡＶＧＶ（配列番号１９９）、ＬＬＶＶＧＡＣＧＶ（配列番号２００）、ＦＬＶＶＶＧＡＤＧＶ（配列番号２０１）、ＦＬＶＶＶＧＡＶＧＶ（配列番号２０２）、及びＦＬＶＶＶＧＡＣＧＶ（配列番号２０３）からなる群から選択されるペプチドを含むＫＲＡＳペプチド（当該ＫＲＡＳペプチドは、９アミノ酸もしくは１０アミノ酸の長さ、または少なくとも９アミノ酸もしくは１０アミノ酸の長さを有する）は、β２ＭポリペプチドとＡ＊０２０１ ＨＬＡ－Ａ重鎖とを含むＨＬＡ複合体に結合した場合にエピトープを提示する。
さらなる例として、以下のＫＲＡＳペプチドは、以下のようにβ２ＭポリペプチドとＨＬＡ－Ａ重鎖とを含むＨＬＡ複合体に結合した場合にエピトープを提示することができる：ＧＡＧＤＶＧＫＳＡＬ（配列番号２０６）（β２ＭポリペプチドとＢ＊３８０１ ＨＬＡ－Ａ重鎖とを含むＨＬＡ複合体に結合した場合にエピトープを提示することができる）、ＡＧＤＶＧＫＳＡＬ（配列番号２０７）（β２ＭポリペプチドとＢ０７０２、Ｂ＊３８０１、またはＢ＊３９０１ ＨＬＡ－Ａ重鎖とを含むＨＬＡ複合体に結合した場合にエピトープを提示することができる）、ＤＶＧＫＳＡＬＴＩ（配列番号２０８）（β２ＭポリペプチドとＢ＊５１０１ ＨＬＡ－Ａ重鎖とを含むＨＬＡ複合体に結合した場合にエピトープを提示することができる）、ＧＡＶＧＶＧＫＳＡＬ（配列番号２０９）（β２ＭポリペプチドとＢ＊０７０２またはＢ＊３８０１ ＨＬＡ－Ａ重鎖とを含むＨＬＡ複合体に結合した場合にエピトープを提示することができる）、ＡＶＧＶＧＫＳＡＬ（配列番号２１０）（β２ＭポリペプチドとＢ＊０７０２ ＨＬＡ－Ａ重鎖とを含むＨＬＡ複合体に結合した場合にエピトープを提示することができる）、ＹＫＬＶＶＶＧＡＶ（配列番号２１１）（β２ＭポリペプチドとＡ＊０２０３またはＢ＊３９０２ ＨＬＡ－Ａ重鎖とを含むＨＬＡ複合体に結合した場合にエピトープを提示することができる）、ＡＲＧＶＧＫＳＡＬ（配列番号２１２）（β２ＭポリペプチドとＢ＊０７０２、Ｂ＊２７０５、またはＢ＊３９０１ ＨＬＡ－Ａ重鎖とを含むＨＬＡ複合体に結合した場合にエピトープを提示することができる）、ＧＡＲＧＶＧＫＳＡＬ（配列番号２１３）（β２ＭポリペプチドとＢ＊０７０２ ＨＬＡ－Ａ重鎖とを含むＨＬＡ複合体に結合した場合にエピトープを提示することができる）、ＥＹＫＬＶＶＶＧＡＲ（配列番号２１４）（β２ＭポリペプチドとＡ＊３１０１ ＨＬＡ－Ａ重鎖とを含むＨＬＡ複合体に結合した場合にエピトープを提示することができる）、ＲＧＶＧＫＳＡＬＴＩ（配列番号２１５）（β２ＭポリペプチドとＢ＊０７０２ ＨＬＡ－Ａ重鎖とを含むＨＬＡ複合体に結合した場合にエピトープを提示することができる）、ＬＶＶＶＧＡＲＧＶ（配列番号２１６）（β２ＭポリペプチドとＡ＊０２０３ ＨＬＡ－Ａ重鎖とを含むＨＬＡ複合体に結合した場合にエピトープを提示することができる）、ＧＡＤＧＶＧＫＳＡＬ（配列番号２１７）（β２ＭポリペプチドとＢ＊３８０１ ＨＬＡ－Ａ重鎖とを含むＨＬＡ複合体に結合した場合にエピトープを提示することができる）、ＡＣＧＶＧＫＳＡＬ（配列番号２１８）（β２ＭポリペプチドとＢ＊０７０２ ＨＬＡ－Ａ重鎖とを含むＨＬＡ複合体に結合した場合にエピトープを提示することができる）、ならびにＧＡＣＧＶＧＫＳＡＬ（配列番号２１９）（β２ＭポリペプチドとＢ＊３８０１ ＨＬＡ－Ａ重鎖とを含むＨＬＡ複合体に結合した場合にエピトープを提示することができる）。
ＭＨＣポリペプチド
上記のように、本開示のＴＭＰは、ＭＨＣポリペプチドを含む。本開示の目的において、用語「主要組織適合遺伝子複合体（ＭＨＣ）ポリペプチド」とは、ヒトＭＨＣ（ヒト白血球抗原（ＨＬＡ）とも呼ばれる）ポリペプチド、げっ歯類（例えば、マウス、ラットなど）ＭＨＣポリペプチド、及び、その他の哺乳動物種（例えば、ウサギ目、非ヒト霊長類、イヌ科動物、ネコ科動物、有蹄類（例えば、ウマ、ウシ、ヒツジ、ヤギなど））のＭＨＣポリペプチドを含む、様々な種類のＭＨＣポリペプチドを含むことを意味する。用語「ＭＨＣポリペプチド」とは、クラスＩＭＨＣポリペプチド（例えば、β－２ミクログロブリン及びＭＨＣクラスＩ重鎖）を含むことを意味する。
一部の例では、第１のＭＨＣポリペプチドはＭＨＣクラスＩβ２Ｍ（β２Ｍ）ポリペプチドであり、第２のＭＨＣポリペプチドはＭＨＣクラスＩ重鎖（Ｈ鎖）（「ＭＨＣ－Ｈ」））である。他の例では、第１のＭＨＣポリペプチドはＭＨＣクラスＩ重鎖ポリペプチドであり、第２のＭＨＣポリペプチドはβ２Ｍポリペプチドである。一部の例では、β２Ｍ鎖とＭＨＣ－Ｈ鎖の両方がヒト由来であり、すなわち、ＭＨＣ－Ｈ鎖はＨＬＡ重鎖またはそのバリアントである。特に明記しない限り、本開示のＴＭＰは、ＭＨＣクラスＩ重鎖の膜固定ドメイン（膜貫通領域）、または結果として生じるＴＭＰを、それを発現する細胞（例えば、哺乳動物細胞などの真核細胞）に固定するのに十分なＭＨＣクラスＩ重鎖の一部を含まない。一部の例では、本開示のＴＭＰに存在するＭＨＣクラスＩ重鎖は、天然のＭＨＣクラスＩ重鎖に関連するシグナルペプチド、膜貫通ドメイン、または細胞内ドメイン（細胞質尾部）を含まない。したがって、例えば、一部の例では、本開示のＴＭＰに存在するＭＨＣクラスＩ重鎖は、ＭＨＣクラスＩ重鎖のα１、α２、及びα３ドメインのみを含む。一部の例では、本開示のＴＭＰに存在するＭＨＣクラスＩ重鎖は、約２７０アミノ酸（ａａ）～約２９０ａａの長さを有する。一部の例では、本開示のＴＭＰに存在するＭＨＣクラスＩ重鎖は、２７０ａａ、２７１ａａ、２７２ａａ、２７３ａａ、２７４ａａ、２７５ａａ、２７６ａａ、２７７ａａ、２７８ａａ、２７９ａａ、２８０ａａ、２８１ａａ、２８２ａａ、２８３ａａ、２８４ａａ、２８５ａａ、２８６ａａ、２８７ａａ、２８８ａａ、２８９ａａ、または２９０ａａの長さを有する。
一部の例では、ＴＭＰのＭＨＣポリペプチドはヒトＭＨＣポリペプチドであり、ヒトＭＨＣポリペプチドはまた、「ヒト白血球抗原」（「ＨＬＡ」）」ポリペプチドとも呼ばれる。一部の例では、ＴＭＰのＭＨＣポリペプチドは、クラスＩＨＬＡポリペプチド、例えば、β２－ミクログロブリンポリペプチド、または、クラスＩＨＬＡ重鎖ポリペプチドである。クラスＩＨＬＡ重鎖ポリペプチドとしては、ＨＬＡ－Ａ重鎖ポリペプチド、ＨＬＡ－Ｂ重鎖ポリペプチド、ＨＬＡ－Ｃ重鎖ポリペプチド、ＨＬＡ－Ｅ重鎖ポリペプチド、ＨＬＡ－Ｆ重鎖ポリペプチド、及びＨＬＡ－Ｇ重鎖ポリペプチドが挙げられる。
ＭＨＣクラスＩ重鎖
一部の例では、本開示のＴＭＰに存在するＭＨＣクラスＩ重鎖ポリペプチドは、図７～１３に示すヒトＨＬＡ重鎖ポリペプチドのいずれかのアミノ酸配列の全部または一部（例えば、５０、７５、１００、１５０、２００、または２５０個の連続アミノ酸）に対して、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。一部の例では、ＭＨＣクラスＩ重鎖は、２７０ａａ、２７１ａａ、２７２ａａ、２７３ａａ、２７４ａａ、２７５ａａ、２７６ａａ、２７７ａａ、２７８ａａ、２７９ａａ、２８０ａａ、２８１ａａ、２８２ａａ、２８３ａａ、２８４ａａ、２８５ａａ、２８６ａａ、２８７ａａ、２８８ａａ、２８９ａａ、または２９０ａａの長さを有する。一部の例では、本開示のＴＭＰに存在するＭＨＣクラスＩ重鎖ポリペプチドは、図７～１３に示すアミノ酸配列のいずれか１つの、１～３０、１～５、５～１０、１０～１５、１５～２０、２０～２５、または２５～３０個のアミノ酸の挿入、欠失、及び／または置換を含む（重鎖コンセンサス配列において可変であると示されるそれらの位置に加えて）。一部の例では、ＭＨＣクラスＩ重鎖は、膜貫通ドメインまたは細胞質ドメインを含まない。一例として、本開示のＴＭＰのＭＨＣクラスＩ重鎖ポリペプチドは、図５Ａ、５Ｂ、及び５Ｃのいずれか１つに示すヒトＨＬＡ－Ａ重鎖ポリペプチドの、アミノ酸２５～３００（リーダー配列、膜貫通配列及び細胞質配列の全て、または実質的に全てを欠いている）またはアミノ酸２５～３６５（リーダーを欠いている）に対して、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含み得る。
図５Ａ、５Ｂ及び５Ｃは、ヒト白血球抗原（ＨＬＡ）クラスＩ重鎖ポリペプチドのアミノ酸配列を提供する。シグナル配列であるアミノ酸１～２４を、太字で示し、下線を引いている。図５Ａのエントリー：３Ａ．１は、ＨＬＡ－Ａ重鎖（ＨＬＡ－Ａ＊０１：０１：０１：０１またはＡ＊０１０１）（ＮＣＢＩ登録番号ＮＰ＿００１２２９６８７．１）であり、配列番号３５、エントリー３Ａ．２は、ＨＬＡ－Ａ＊１１０１配列番号３６由来であり、エントリー３Ａ．３は、ＨＬＡ－Ａ＊２４０２配列番号３７由来であり、エントリー３Ａ．４は、ＨＬＡ－Ａ＊３３０３配列番号３８由来である。図５Ｂは、配列ＨＬＡ－Ｂ＊０７：０２：０１（ＨＬＡ－Ｂ＊０７０２）ＮＣＢＩ ＧｅｎＢａｎｋ登録番号ＮＰ＿００５５０５．２（ＧｅｎＢａｎｋ登録番号ＡＵＶ５０１１８．１も参照のこと）を提供する。図５Ｃは、配列ＨＬＡ－Ｃ＊０７０１（ＧｅｎＢａｎｋ登録番号ＮＰ＿００１２２９９７１．１）（ＨＬＡ－Ｃ＊０７：０１：０１：０１またはＨＬＡ－Ｃｗ＊０７０１０１、ＨＬＡ－Ｃｗ＊０７、ＧｅｎＢａｎｋ登録番号ＣＡＯ７８１９４．１を参照のこと）を提供する。
上記のように、ヘテロ二量体ＴＭＰの第１及び第２のポリペプチドは、通常、１つ以上のジスルフィド結合を含み、ＴＭＰに高い安定性及び／または高い発現を付与する。１つ以上のジスルフィド結合は、同じポリペプチド内に提供されるＣｙｓ残基、すなわち鎖内ジスルフィド結合との間に形成され得る。あるいは、またはそのような鎖内ジスルフィド結合に加えて、第１及び第２のポリペプチドで提供されるＣｙｓ残基の間に１つ以上の鎖間ジスルフィド結合が形成され得、例えば、（ｉ）非天然Ｃｙｓ残基が、ＭＨＣクラスＩポリペプチドの両方、すなわち、β２Ｍポリペプチド及びＭＨＣクラスＩ重鎖ポリペプチドに提供され得、及び／または（ｉｉ）Ｃｙｓ残基を含むリンカーが、第１及び第２のポリペプチドの両方に提供され得、及び／または（ｉｉｉ）Ｃｙｓ残基を含むリンカーが、第１及び第２のポリペプチドの一方に（例えば、第１のポリペプチドのエピトープとβ２Ｍとの間に）提供され得、非天然Ｃｙｓ残基が、他方のＭＨＣクラスＩポリペプチドに（例えば、ＭＨＣクラスＩ重鎖ポリペプチドに）提供され得る。例示的な構成を以下に記載する。
図６は、１１種の成熟ＭＨＣクラスＩ重鎖アミノ酸配列（それらのリーダー配列または膜貫通ドメインまたは細胞内ドメインを含まない）のアライメントを示している。アラインした配列は、ヒトＨＬＡ－Ａ、ＨＬＡ－Ｂ、及びＨＬＡ－Ｃ、マウスＨ２Ｋタンパク質配列、ＨＬＡ－Ａの３種のバリアント型（バリアント型１、バリアント型２Ｃ、及びバリアント型２ＣＰ）、ならびに、３種のヒトＨＬＡ－Ａバリアント型（ＨＬＡ－Ａ＊１１０１、ＨＬＡ－Ａ＊２４０２、及びＨＬＡ－Ａ＊３３０３）である。アライメント内に示しているものは、ＭＨＣＨ鎖－β２Ｍ複合体を安定化させるジスルフィド結合を形成するために、システイン残基が導入され得る（例えば、置換によって）位置（成熟タンパク質の８４及び１３９）である。更にアライメント内に示しているものは、β２Ｍと鎖間ジスルフィド結合を形成可能（例えば、ａａ１２において）なシステイン残基で置換され得る２３６位（成熟ポリペプチドの）である。それらの位置のそれぞれの上に矢印を示し、残基を太字にしている。アライメント内に示す７番目のＨＬＡ－Ａ配列（バリアント型２ｃ）は、８４位、１３９位及び２３６位においてＣ残基で置換されたバリアント型２の配列を示している。残基８４、１３９及び２３６の両側に隣接するボックスは、（ｉ）任意の天然アミノ酸、または（ｉｉ）プロリンもしくはグリシンを除く任意の天然アミノ酸から独立して選択される１～５つのアミノ酸で置換され得、ａａｃ１（「アミノ酸クラスター１」）、ａａｃ２（「アミノ酸クラスター２」）、ａａｃ３（「アミノ酸クラスター３」）、ａａｃ４（「アミノ酸クラスター４」）、ａａｃ５（「アミノ酸クラスター５」）、及びａａｃ６（「アミノ酸クラスター６」）で示される、６セットの５残基の片側における５アミノ酸のグループを示している。
図６に関して、一部の例では、ｉ）ａａｃ１（アミノ酸クラスター１）は、アミノ酸配列ＧＴＬＲＧ（配列番号９８）、または、１つまたは２つのアミノ酸が欠失したまたはその他の天然アミノ酸で置換されている（例えば、ＬがＩ、Ｖ、ＡまたはＦで置換されている）配列であってもよく、ｉｉ）ａａｃ２（アミノ酸クラスター２）は、アミノ酸配列ＹＮＱＳＥ（配列番号９９）、または、１つまたは２つのアミノ酸が欠失したまたはその他の天然アミノ酸で置換されている（例えば、ＮがＱで置換されている、ＱがＮで置換されている、及び／または、ＥがＤで置換されている）配列であってもよく、ｉｉｉ）ａａｃ３（アミノ酸クラスター３）は、アミノ酸配列ＴＡＡＤＭ（配列番号１００）、または、１つまたは２つのアミノ酸が欠失したまたはその他の天然アミノ酸で置換されている（例えば、ＴがＳで置換されている、ＡがＧで置換されている、ＤがＥで置換されている、及び／または、ＭがＬ、ＶまたはＩで置換されている）配列であってもよく、ｉｖ）ａａｃ４（アミノ酸クラスター４）は、アミノ酸配列ＡＱＴＴＫ（配列番号１０１）、または、１つまたは２つのアミノ酸が欠失したまたはその他の天然アミノ酸で置換されている（例えば、ＡがＧで置換されている、ＱがＮで置換されている、ＴがＳで置換されている、及び／または、ＫがＲまたはＱで置換されている）配列であってもよく、ｖ）ａａｃ５（アミノ酸クラスター５）は、アミノ酸配列ＶＥＴＲＰ（配列番号１０２）、または、１つまたは２つのアミノ酸が欠失したまたはその他の天然アミノ酸で置換されている（例えば、ＶがＩまたはＬで置換されている、ＥがＤで置換されている、ＴがＳで置換されている、及び／または、ＲがＫで置換されている）配列であってもよく、及び／または、ｖｉ）ａａｃ６（アミノ酸クラスター６）は、アミノ酸配列ＧＤＧＴＦ（配列番号１０３）、または、１つまたは２つのアミノ酸が欠失したまたはその他の天然アミノ酸で置換されている（例えば、ＤがＥで置換されている、ＴがＳで置換されている、または、ＦがＬ、ＷまたはＹで置換されている）配列であってもよい。
図７～９は、成熟ＨＬＡクラスＩ重鎖アミノ酸配列（リーダー配列または膜貫通ドメインまたは細胞内ドメインを含まない）のアライメントを示す。図７Ａのアラインされたアミノ酸配列は、以下の対立遺伝子のＨＬＡ－ＡクラスＩ重鎖である：Ａ＊０１０１、Ａ＊０２０１、Ａ＊０３０１、Ａ＊１１０１、Ａ＊２３０１、Ａ＊２４０２、Ａ＊２４０７、Ａ＊３３０３、及びＡ＊３４０１。図８Ａのアラインされたアミノ酸配列は、以下の対立遺伝子のＨＬＡ－ＢクラスＩ重鎖である：Ｂ＊０７０２、Ｂ＊０８０１、Ｂ＊１５０２、Ｂ＊３８０２、Ｂ＊４００１、Ｂ＊４６０１、及びＢ＊５３０１。図９Ａのアラインされたアミノ酸配列は、以下の対立遺伝子のＨＬＡ－ＣクラスＩ重鎖である：Ｃ＊０１０２、Ｃ＊０３０３、Ｃ＊０３０４、Ｃ＊０４０１、Ｃ＊０６０２、Ｃ＊０７０１、Ｃ＊０８０１、及びＣ＊１５０２。アライメントには、ＨＬＡＨ鎖－β２Ｍ複合体を安定化するためのジスルフィド結合を形成するためにシステイン残基が（例えば、置換によって）導入され得る位置（成熟タンパク質の８４及び１３９）を示している。アライメントには、位置２３６（成熟ポリペプチドの）も示しており、これは、β２Ｍと鎖間ジスルフィド結合を形成することができるシステイン残基によって置換され得る（例えば、ａａ１２で）。残基８４、１３９、及び２３６に隣接するボックスは、ａａｃ１（「アミノ酸クラスター１」の場合）、ａａｃ２（「アミノ酸クラスター２」の場合）、ａａｃ３（「アミノ酸クラスター３」の場合）、ａａｃ４（「アミノ酸クラスター４」の場合）、ａａｃ５（「アミノ酸クラスター５」の場合）、及びａａｃ６（「アミノ酸クラスター６」の場合）で示される５残基の６つのセットのいずれかの側にある５つのアミノ酸群を示しており、これらは、（ｉ）天然アミノ酸または（ｉｉ）プロリンもしくはグリシンを除く天然アミノ酸から独立して選択される１～５個のアミノ酸によって置換してもよい。
図７Ａ、８Ａ、及び９Ａは、それぞれ、成熟ＨＬＡ－Ａ、ＨＬＡ－Ｂ、及びＨＬＡ－ＣクラスＩ重鎖のアミノ酸配列のアライメントを示す。当該配列は、当該成熟タンパク質の細胞外部分を示す（リーダー配列または膜貫通ドメインまたは細胞内ドメインを含まない）。図６に記載のように、ａａ残基８４、１３９、及び２３６の位置、ならびに（ｉ）任意の天然アミノ酸または（ｉｉ）プロリンもしくはグリシンを除く天然アミノ酸から独立して選択される１～５個のアミノ酸によって置換され得るそれらの隣接残基（ａａｃ１～ａａｃ６）も示している。図７Ｂ、８Ｂ、及び９Ｂは、それぞれ、図７Ａ、８Ａ、及び９Ａに示すＨＬＡ－Ａ、ＨＬＡ－Ｂ、及びＨＬＡ－Ｃ配列のコンセンサスアミノ酸配列を示す。コンセンサス配列では、可変アミノ酸位置を、連番の「Ｘ」残基として示し、アミノ酸８４、１３９、及び２３６の位置に二重下線を引いている。
図７Ａに関して、一部の例では、ｉ）ａａｃ１（アミノ酸クラスター１）は、アミノ酸配列ＧＴＬＲＧ（配列番号９８）またはその配列から１つもしくは２つのアミノ酸を欠失させるか、もしくは他の天然アミノ酸に置換した（例えば、ＬをＩ、Ｖ、ＡまたはＦに置換した）配列であってもよく、ｉｉ）ａａｃ２（アミノ酸クラスター２）は、アミノ酸配列ＹＮＱＳＥ（配列番号９９）またはその配列から１つもしくは２つのアミノ酸を欠失させるか、もしくは他の天然アミノ酸に置換した（例えば、ＮをＱに置換、ＱをＮに置換、及び／またはＥをＤに置換した）配列であってもよく、ｉｉｉ）ａａｃ３（アミノ酸クラスター３）は、アミノ酸配列ＴＡＡＤＭ（配列番号１００）またはその配列から１つもしくは２つのアミノ酸を欠失させるか、もしくは他の天然アミノ酸に置換した（例えば、ＴをＳに置換、ＡをＧに置換、ＤをＥに置換、及び／またはＭをＬ、Ｖ、またはＩに置換した）配列であってもよく、ｉｖ）ａａｃ４（アミノ酸クラスター４）は、アミノ酸配列ＡＱＴＴＫ（配列番号１０１）またはその配列から１つもしくは２つのアミノ酸を欠失させるか、もしくは他の天然アミノ酸に置換した（例えば、ＡをＧに置換、ＱをＮに置換、ＴをＳに置換、及び／またはＫをＲまたはＱに置換した）配列であってもよく、ｖ）ａａｃ５（アミノ酸クラスター５）は、アミノ酸配列ＶＥＴＲＰ（配列番号１０２）またはその配列から１つもしくは２つのアミノ酸を欠失させるか、もしくは他の天然アミノ酸に置換した（例えば、ＶをＩまたはＬに置換、ＥをＤに置換、ＴをＳに置換、及び／またはＲをＫに置換した）配列であってもよく、及び／またはｖｉ）ａａｃ６（アミノ酸クラスター６）は、アミノ酸配列ＧＤＧＴＦ（配列番号１０３）またはその配列から１つもしくは２つのアミノ酸を欠失させるか、もしくは他の天然アミノ酸に置換した（例えば、ＤをＥに置換、ＴをＳに置換、またはＦをＬ、Ｗ，もしくはＹに置換した）配列であってもよい。
図８Ａに関して、一部の例では、ｉ）ａａｃ１（アミノ酸クラスター１）は、アミノ酸配列ＲＮＬＲＧ（配列番号１０４）またはその配列から１つもしくは２つのアミノ酸を欠失させるか、もしくは他の天然アミノ酸に置換した（例えば、ＮをＴまたはＩに置換、及び／またはＬをＡに置換、及び／または第２のＲをＬに置換、及び／またはＧをＲに置換した）配列であってもよく、ｉｉ）ａａｃ２（アミノ酸クラスター２）は、アミノ酸配列ＹＮＱＳＥ（配列番号９９）またはその配列から１つもしくは２つのアミノ酸を欠失させるか、もしくは他の天然アミノ酸に置換した（例えば、ＮをＱに置換、ＱをＮに置換、及び／またはＥをＤに置換した）配列であってもよく、ｉｉｉ）ａａｃ３（アミノ酸クラスター３）は、アミノ酸配列ＴＡＡＤＴ（配列番号１０５）またはその配列から１つもしくは２つのアミノ酸を欠失させるか、もしくは他の天然アミノ酸に置換した（例えば、第１のＴをＳに置換、及び／またはＡをＧに置換、及び／またはＤをＥに置換、及び／または第２のＴをＳに置換した）配列であってもよく、ｉｖ）ａａｃ４（アミノ酸クラスター４）は、アミノ酸配列ＡＱＩＴＱ（配列番号１０６）またはその配列から１つもしくは２つのアミノ酸を欠失させるか、もしくは他の天然アミノ酸に置換した（例えば、ＡをＧに置換、及び／または第１のＱをＮに置換、及び／またはＩをＬまたはＶに置換、及び／またはＴをＳに置換、及び／または第２のＱをＮに置換した）配列であってもよく、ｖ）ａａｃ５（アミノ酸クラスター５）は、アミノ酸配列ＶＥＴＲＰ（配列番号１０２）またはその配列から１つもしくは２つのアミノ酸を欠失させるか、もしくは他の天然アミノ酸に置換した（例えば、ＶをＩまたはＬに置換、ＥをＤに置換、ＴをＳに置換、及び／またはＲをＫに置換した）配列であってもよく、及び／またはｖｉ）ａａｃ６（アミノ酸クラスター６）は、アミノ酸配列ＧＤＲＴＦ（配列番号１０７）またはその配列から１つもしくは２つのアミノ酸を欠失させるか、もしくは他の天然アミノ酸に置換した（例えば、ＤをＥに置換、及び／またはＴをＳに置換、及び／またはＲをＫまたはＨに置換、及び／またはＦをＬ、Ｗ、またはＹに置換した）配列であってもよい。
図９Ａに関して、一部の例では、ｉ）ａａｃ１（アミノ酸クラスター１）は、アミノ酸配列ＲＮＬＲＧ（配列番号１０４）またはその配列から１つもしくは２つのアミノ酸を欠失させるか、もしくは他の天然アミノ酸に置換した（例えば、ＮをＫに置換、及び／またはＬをＡまたはＩに置換、及び／またはＲをＨに置換、及び／またはＧをＴまたはＳに置換した）配列であってもよく、ｉｉ）ａａｃ２（アミノ酸クラスター２）は、アミノ酸配列ＹＮＱＳＥ（配列番号９９）またはその配列から１つもしくは２つのアミノ酸を欠失させるか、もしくは他の天然アミノ酸に置換した（例えば、ＮをＱに置換、ＱをＮに置換、及び／またはＥをＤに置換した）配列であってもよく、ｉｉｉ）ａａｃ３（アミノ酸クラスター３）は、アミノ酸配列ＴＡＡＤＴ（配列番号１０５）またはその配列から１つもしくは２つのアミノ酸を欠失させるか、もしくは他の天然アミノ酸に置換した（例えば、第１のＴをＳに置換、及び／またはＡをＧに置換、及び／またはＤをＥに置換、及び／または第２のＴをＳに置換した）配列であってもよく、ｉｖ）ａａｃ４（アミノ酸クラスター４）は、アミノ酸配列ＡＱＩＴＱ（配列番号１０６）またはその配列から１つもしくは２つのアミノ酸を欠失させるか、もしくは他の天然アミノ酸に置換した（例えば、ＡをＧに置換、及び／または第１のＱをＮに置換、及び／またはＩをＬに置換、及び／または第２のＱをＮまたはＫに置換した）配列であってもよく、ｖ）ａａｃ５（アミノ酸クラスター５）は、アミノ酸配列ＶＥＴＲＰ（配列番号１０２）またはその配列から１つもしくは２つのアミノ酸を欠失させるか、もしくは他の天然アミノ酸に置換した（例えば、ＶをＩまたはＬに置換、ＥをＤに置換、ＴをＳに置換、及び／またはＲをＫまたはＨに置換した）配列であってもよく、及び／またはｖｉ）ａａｃ６（アミノ酸クラスター６）は、アミノ酸配列ＧＤＧＴＦ（配列番号１０３）またはその配列から１つもしくは２つのアミノ酸を欠失させるか、もしくは他の天然アミノ酸に置換した（例えば、ＤをＥに置換、及び／またはＴをＳに置換、及び／またはＦをＬ、Ｗ、またはＹに置換した）配列であってもよい。
ＨＬＡ－Ａ
一部の例では、本開示のＴＭＰは、ＨＬＡ－Ａ重鎖ポリペプチドを含む。本開示のＴＭＰに組み込まれ得るＨＬＡ－Ａ重鎖ペプチド配列またはその一部として、限定されないが、対立遺伝子Ａ＊０１０１、Ａ＊０２０１、Ａ＊０３０１、Ａ＊１１０１、Ａ＊２３０１、Ａ＊２４０２、Ａ＊２４０７、Ａ＊３３０３、及びＡ＊３４０１が挙げられ、これらを、図７Ａにおいて、リーダー配列、膜貫通配列及び細胞質配列の全て、または実質的に全てを含めずにアラインしている。これらの対立遺伝子のいずれも、８４位、１３９位及び／または２３６位（図７Ａに示す）の１か所以上で、以下から選択される変異を含んでいてもよい：８４位でのチロシンからアラニン（Ｙ８４Ａ）、８４位でのチロシンからシステイン（Ｙ８４Ｃ）、１３９位でのアラニンからシステイン（Ａ１３９Ｃ）、及び２３６位でのアラニンからシステインへの置換（Ａ２３６Ｃ）。さらに、ＨＬＡ－Ａ対立遺伝子の配列の全部または一部（例えば、５０、７５、１００、１５０、２００、または２５０連続アミノ酸）に対して、少なくとも７５％（例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％）または１００％のアミノ酸配列同一性を有するＨＬＡ－Ａ配列もまた、使用してよい（例えば、それは、１～２５、１～５、５～１０、１０～１５、１５～２０、２０～２５、または２５～３０アミノ酸の挿入、欠失、及び／または置換を含み得る）。本開示のＴＭＰは、図２１Ａ～２１ＡＡ、２１ＤＤ～２１ＦＦ、２１ＨＨ、及び２２Ａ～２２ＢＢのいずれか１つに示すアミノ酸配列を含むＭＨＣクラスＩ重鎖を含み得る。
一部の例では、本開示のＴＭＰは、図２１ＩＩ（配列番号６１）に示すＨＬＡ－Ａコンセンサスアミノ酸配列（Ｘ１は、Ｆ、Ｙ、Ｓ、またはＴであり、Ｘ２は、ＫまたはＲであり、Ｘ３は、Ｑ、Ｇ、Ｅ、またはＲであり、Ｘ４は、ＮまたはＥであり、Ｘ５は、ＲまたはＧであり、Ｘ６は、ＮまたはＫであり、Ｘ７は、ＭまたはＶであり、Ｘ８は、ＨまたはＱであり、Ｘ９は、ＴまたはＩであり、Ｘ１０は、ＤまたはＨであり、Ｘ１１は、Ａ、Ｖ、またはＥであり、Ｘ１２は、ＮまたはＤであり、Ｘ１３は、ＧまたはＲであり、Ｘ１４は、ＴまたはＩであり、Ｘ１５は、ＬまたはＡであり、Ｘ１６は、ＲまたはＬであり、Ｘ１７は、ＧまたはＲであり、Ｘ１８は、ＡまたはＤであり、Ｘ１９は、Ｉ、Ｌ、またはＶであり、Ｘ２０は、Ｉ、Ｒ、またはＭであり、Ｘ２１は、ＦまたはＹであり、Ｘ２２は、ＳまたはＰであり、Ｘ２３は、ＷまたはＧであり、Ｘ２４は、Ｒ、Ｈ、またはＱであり、Ｘ２５は、ＤまたはＹであり、Ｘ２６は、ＮまたはＫであり、Ｘ２７は、ＴまたはＩであり、Ｘ２８は、ＫまたはＱであり、Ｘ２９は、ＲまたはＨであり、Ｘ３０は、ＡまたはＴであり、Ｘ３１は、ＡまたはＶであり、Ｘ３２は、ＨまたはＲであり、Ｘ３３は、Ｒ、Ｌ、Ｑ、またはＷであり、Ｘ３４は、ＶまたはＡであり、Ｘ３５は、ＤまたはＥであり、Ｘ３６は、ＲまたはＴであり、Ｘ３７は、ＤまたはＥであり、Ｘ３８は、ＷまたはＧであり、Ｘ３９は、ＰまたはＡであり、Ｘ４０は、ＰまたはＡであり、Ｘ４１は、ＶまたはＩであり、Ｘ４２は、ＳまたはＧであり、Ｘ４３は、ＡまたはＳであり、Ｘ４４は、ＱまたはＥであり、及びＸ４５は、ＰまたはＬである）を含むＨＬＡ－Ａ重鎖ポリペプチドを含む。
一例として、ＴＭＰのＭＨＣクラスＩ重鎖ポリペプチドは、図２１Ａ（配列番号１０８）または２１Ｂ（配列番号１０９）に示すヒトＨＬＡ－Ａ重鎖アミノ酸配列に対して、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含み得る。図２１ＢのＨＬＡ－Ａ重鎖ポリペプチドは、「ＨＬＡ－Ａ＊０２０１」または単に「ＨＬＡ－Ａ０２」とも呼ばれる。一部の例では、Ｃ末端Ｐｒｏは本開示のＴＭＰに含まれない。例えば、一部の例では、本開示のＴＭＰに含めるのに適したＨＬＡ－Ａ０２ポリペプチドは、図２１Ｃ（配列番号１１０）に示すアミノ酸配列に対して、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％のアミノ酸配列同一性を有する。
ＨＬＡ－Ａ（Ｙ８４Ａ、Ａ２３６Ｃ）
一部の例では、ＭＨＣクラスＩ重鎖ポリペプチドは、Ｙ８４Ａ置換及びＡ２３６Ｃ置換を含む。例えば、一部の例では、ＭＨＣクラスＩ重鎖ポリペプチドは、図２１Ｄ（配列番号１１１）に示すヒトＨＬＡ－Ａ重鎖（Ｙ８４Ａ、Ａ２３６Ｃ）アミノ酸配列（アミノ酸８４はＡｌａであり、アミノ酸２３６はＣｙｓである）に対して、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。一部の例では、Ｃｙｓ－２３６は、Ｒ１２Ｃ置換を含むバリアント型β２ＭポリペプチドのＣｙｓ－１２と鎖間ジスルフィド結合を形成する。
一部の例では、本開示のＴＭＰに含めるのに適したＨＬＡ－Ａ重鎖ポリペプチドは、図２１Ｅ（配列番号１１２）のアミノ酸配列を含むＨＬＡ－Ａ０２（Ｙ８４Ａ、Ａ２３６Ｃ）ポリペプチドである。一部の例では、本開示のＴＭＰに含めるのに適したＨＬＡ－Ａ重鎖ポリペプチドは、図２１Ｆ（配列番号１１３）に示すアミノ酸配列を含むＨＬＡ－Ａ０２（Ｙ８４Ａ、Ａ２３６Ｃ）ポリペプチドである。
ＨＬＡ－Ａ（Ｙ８４Ｃ、Ａ１３９Ｃ）
一部の例では、ＭＨＣクラスＩ重鎖ポリペプチドは、Ｙ８４Ｃ置換及びＡ１３９Ｃ置換を含む。例えば、一部の例では、ＭＨＣクラスＩ重鎖ポリペプチドは、図２１Ｇ（配列番号１１４）に示すヒトＨＬＡ－Ａ重鎖（Ｙ８４Ｃ、Ａ１３９Ｃ）アミノ酸配列（アミノ酸８４はＣｙｓであり、アミノ酸１３９はＣｙｓである）に対して、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。一部の例では、Ｃｙｓ－８４は、Ｃｙｓ－１３９と鎖内ジスルフィド結合を形成する。
ＨＬＡ－Ａ（Ｙ８４Ｃ、Ａ１３９Ｃ、Ａ２３６Ｃ）
一部の例では、本開示のＴＭＰに含めるのに適したＭＨＣクラスＩ重鎖ポリペプチドは、図２１Ｈ（配列番号１２０）に示すヒトＨＬＡ－Ａ重鎖（Ｙ８４Ｃ、Ａ１３９Ｃ、Ａ２３６Ｃ）アミノ酸配列に対して、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、アミノ酸８４はＣｙｓ、アミノ酸１３９はＣｙｓ、及びアミノ酸２３６はＣｙｓである。一部の例では、Ｃｙｓ－８４は、Ｃｙｓ－１３９と鎖内ジスルフィド結合を形成する。アミノ酸２３６のＣｙｓは、第２のポリペプチド鎖のＣｙｓ残基とジスルフィド結合を形成し得る。例えば、アミノ酸２３６のＣｙｓは、Ｒ１２Ｃ置換を含むβ２ＭポリペプチドのＣｙｓ－１２残基とジスルフィド結合を形成し得る。
一部の例では、本開示のＴＭＰに含めるのに適したＨＬＡ－Ａ重鎖ポリペプチドは、図２１Ｉ（配列番号２３２）に示すアミノ酸配列を含むＨＬＡ－Ａ０２（Ｙ８４Ｃ、Ａ１３９Ｃ、Ａ２３６Ｃ）ポリペプチドである。
ＨＬＡ－Ａ１１（ＨＬＡ－Ａ＊１１０１）
１つの非限定例として、ＴＭＰのＭＨＣクラスＩ重鎖ポリペプチドは、図２１Ｊ（配列番号１１５）に示すヒトＨＬＡ－Ａ１１重鎖アミノ酸配列に対して、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含み得る。そのようなＭＨＣクラスＩ重鎖は、アジア系の個人の集団を含むアジア人集団において顕著であり得る。
ＨＬＡ－Ａ１１（Ｙ８４Ａ、Ａ２３６Ｃ）
１つの非限定例として、一部の例では、ＭＨＣクラスＩ重鎖ポリペプチドは、Ｙ８４Ａ置換とＡ２３６Ｃ置換を含むＨＬＡ－Ａ１１対立遺伝子である。例えば、一部の例では、ＭＨＣクラスＩ重鎖ポリペプチドは、図２１Ｋ（配列番号１１６）に示すヒトＨＬＡ－Ａ Ａ１１重鎖（Ｙ８４Ａ、Ａ２３６Ｃ）アミノ酸配列（アミノ酸８４はＡｌａであり、アミノ酸２３６はＣｙｓである）に対して、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。一部の例では、Ｃｙｓ－２３６は、図２１Ｌ（配列番号２３３）に示すように、Ｒ１２Ｃ置換を含むバリアント型β２ＭポリペプチドのＣｙｓ－１２と鎖間ジスルフィド結合を形成する（アミノ酸８４はＣｙｓであり、アミノ酸２３６はＣｙｓである）。
ＨＬＡ－Ａ２４（ＨＬＡ－Ａ＊２４０２）
１つの非限定例として、本開示のＴＭＰのＭＨＣクラスＩ重鎖ポリペプチドは、図２１Ｍ（配列番号１１７）に示すヒトＨＬＡ－Ａ２４重鎖アミノ酸配列に対して、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含み得る。そのようなＭＨＣクラスＩ重鎖は、アジア系の個人の集団を含むアジア人集団において顕著であり得る。一部の例では、アミノ酸８４はＡｌａである。一部の例では、アミノ酸８４はＣｙｓである。一部の例では、アミノ酸２３６はＣｙｓである。一部の例では、アミノ酸８４はＡｌａであり、アミノ酸２３６はＣｙｓである。一部の例では、アミノ酸８４はＣｙｓであり、アミノ酸２３６はＣｙｓである。
１つの非限定例として、本開示のＴＭＰのＭＨＣクラスＩ重鎖ポリペプチドは、図２１Ｎ（配列番号５８６）に示すヒトＨＬＡ－Ａ２４（ＨＬＡ－Ａ＊２４０２とも呼ばれる）重鎖アミノ酸配列に対して、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含み得る。そのようなＭＨＣクラスＩ重鎖は、アジア系の個人の集団を含むアジア人集団において顕著であり得る。一部の例では、８４位のアミノ酸Ｘ１はＡｌａである。一部の例では、８４位のアミノ酸はＣｙｓである。一部の例では、２３６位のアミノ酸Ｘ２はＣｙｓである。一部の例では、アミノ酸８４はＡｌａであり、アミノ酸２３６はＣｙｓである。一部の例では、アミノ酸８４はＣｙｓであり、アミノ酸２３６はＣｙｓである。
一部の例では、本開示のＴＭＰのＭＨＣクラスＩ重鎖ポリペプチドは、以下の図のうちの１つに示すヒトＨＬＡ－Ａ２４（ＨＬＡ－Ａ＊２４０２とも呼ばれる）重鎖アミノ酸配列に対して、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含み得る：
（ｉ）図２１Ｏ（配列番号２３５）（アミノ酸８４はＴｙｒであり、アミノ酸２３６はＡｌａである）（アミノ酸８４及び２３６には太字で下線が引かれている）（ＭＨＣクラスＩ重鎖の長さは約２７５アミノ酸である）
（ｉｉ）ＴＭＰ図２１Ｐ（配列番号２３６）（アミノ酸８４はＡｌａであり、アミノ酸２３６はＡｌａである（アミノ酸８４及び２３６には太字で下線が引かれている）（ＭＨＣクラスＩ重鎖の長さは約２７５アミノ酸である）
（ｉｉｉ）ＴＭＰ図２１Ｑ（配列番号２３７）（アミノ酸８４はＴｙｒであり、アミノ酸２３６はＣｙｓである）（アミノ酸８４及び２３６には太字で下線が引かれている）（ＭＨＣクラスＩ重鎖の長さは約２７５アミノ酸である）
（ｉｖ）ＴＭＰ図２１Ｒ（配列番号２３８）（アミノ酸８４はＡｌａであり、アミノ酸２３６はＣｙｓである）（アミノ酸８４及び２３６には太字で下線が引かれている）（ＭＨＣクラスＩ重鎖の長さは約２７５アミノ酸である）
（ｖ）ＴＭＰ図２１Ｓ（配列番号２３９）（アミノ酸８４はＣｙｓであり、アミノ酸２３６はＡｌａである）（アミノ酸８４及び２３６には太字で下線が引かれている）（ＭＨＣクラスＩ重鎖の長さは約２７５アミノ酸である）
（ｖｉ）ＴＭＰ図２１Ｔ（配列番号２４０）（アミノ酸８４はＣｙｓであり、アミノ酸２３６はＣｙｓである）（アミノ酸８４及び２３６には太字で下線が引かれている）（ＭＨＣクラスＩ重鎖の長さは約２７５アミノ酸である）
ＨＬＡ－Ａ３３（ＨＬＡ－Ａ＊３３０３）
１つの非限定的な例として、本開示のＴＭＰのＭＨＣクラスＩ重鎖ポリペプチドは、図２１Ｕ（配列番号１１８）に示すヒトＨＬＡ－Ａ３３重鎖アミノ酸配列に対して、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含み得る。そのようなＭＨＣクラスＩ重鎖は、アジア系の個人の集団を含むアジアの集団で顕著であり得る。一部の例では、アミノ酸８４はＡｌａである。一部の例では、アミノ酸８４はＣｙｓである。一部の例では、アミノ酸２３６はＣｙｓである。一部の例では、アミノ酸８４はＡｌａであり、アミノ酸２３６はＣｙｓである。一部の例では、アミノ酸８４はＣｙｓであり、アミノ酸２３６はＣｙｓである。
ＨＬＡ－Ｂ
一部の例では、本開示のＴＭＰは、ＨＬＡ－Ｂ重鎖ポリペプチドを含む。本開示のＴＭＰに組み込まれ得るＨＬＡ－Ｂ重鎖ペプチド配列またはその一部として、限定されないが、対立遺伝子：Ｂ＊０７０２、Ｂ＊０８０１、Ｂ＊１５０２、Ｂ＊３８０２、Ｂ＊４００１、Ｂ＊４６０１、及びＢ＊５３０１が挙げられ、これらを、図８Ａにおいて、リーダー配列、膜貫通配列及び細胞質配列の全て、または実質的に全てを含めずにアラインしている。これらの対立遺伝子のいずれも、８４位、１３９位及び／または２３６位（図８Ａに示す）の１か所以上で、以下から選択される変異を含んでいてもよい：８４位でのチロシンからアラニン（Ｙ８４Ａ）、８４位でのチロシンからシステイン（Ｙ８４Ｃ）、１３９位でのアラニンからシステイン（Ａ１３９Ｃ）、及び２３６位でのアラニンからシステインへの置換（Ａ２３６Ｃ）。さらに、ＨＬＡ－Ｂ対立遺伝子の配列の全部または一部（例えば、５０、７５、１００、１５０、２００、または２５０連続アミノ酸）に対して、少なくとも７５％（例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％）または１００％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含むＨＬＡ－Ｂポリペプチドもまた使用してよい（例えば、それは、１～２５、１～５、５～１０、１０～１５、１５～２０、２０～２５、または２５～３０アミノ酸の挿入、欠失、及び／または置換を含み得る）。
一部の例では、本開示のＴＭＰは、図２１ＪＪ（配列番号６９）に示すＨＬＡ－Ｂコンセンサスアミノ酸配列（Ｘ１は、Ｈ、Ｙ、またはＤであり、Ｘ２は、ＡまたはＳであり、Ｘ３は、ＭまたはＶであり、Ｘ４は、Ａ、Ｓ、またはＴであり、Ｘ５は、ＱまたはＬであり、Ｘ６は、ＡまたはＴであり、Ｘ７は、Ｅ、Ｍ、Ｋ、またはＴであり、Ｘ８は、ＡまたはＴであり、Ｘ９は、ＥまたはＮであり、Ｘ１０は、ＩまたはＫであり、Ｘ１１は、Ｙ、Ｆ、Ｓ、またはＣであり、Ｘ１２は、ＮまたはＱであり、Ｘ１３は、ＡまたはＴであり、Ｘ１４は、ＤまたはＹであり、Ｘ１５は、ＥまたはＶであり、Ｘ１６は、ＳまたはＮであり、Ｘ１７は、Ｔ、Ｎ、またはＩであり、Ｘ１８は、ＡまたはＬであり、Ｘ１９は、ＬまたはＲであり、Ｘ２０は、ＲまたはＧであり、Ｘ２１は、ＴまたはＩであり、Ｘ２２は、ＬまたはＩであり、Ｘ２３は、ＲまたはＳであり、Ｘ２４は、ＲまたはＳであり、Ｘ２５は、ＳまたはＴであり、Ｘ２６は、ＬまたはＷであり、Ｘ２７は、ＥまたはＶであり、Ｘ２８は、Ｒ、Ｄ、Ｌ、またはＷであり、Ｘ２９は、ＡまたはＴであり、Ｘ３０は、Ｌ、Ｅ、またはＴであり、Ｘ３１は、ＥまたはＤであり、Ｘ３２は、ＫまたはＴであり、Ｘ３３は、ＥまたはＱであり、Ｘ３４は、ＩまたはＶである）を含むＨＬＡ－Ｂ重鎖ポリペプチドを含む。
一例として、本開示のＴＭＰのＭＨＣクラスＩ重鎖ポリペプチドは、図２１Ｖ（配列番号１１９）に示すヒトＨＬＡ－Ｂ重鎖アミノ酸配列に対して、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含み得る。
ＨＬＡ－Ｂ（Ｙ８４Ａ、Ａ２３６Ｃ）
１つの非限定例として、一部の例では、ＭＨＣクラスＩ重鎖ポリペプチドは、Ｙ８４Ａ置換とＡ２３６Ｃ置換を含むＨＬＡ－Ｂポリペプチドである。例えば、一部の例では、ＭＨＣクラスＩ重鎖ポリペプチドは、図２１Ｗ（配列番号１２１）に示すヒトＨＬＡ－Ｂ重鎖（Ｙ８４Ａ、Ａ２３６Ｃ）アミノ酸配列（アミノ酸８４はＡｌａであり、アミノ酸２３６はＣｙｓである）に対して、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。一部の例では、Ｃｙｓ－２３６は、Ｒ１２Ｃ置換を含むバリアント型β２ＭポリペプチドのＣｙｓ－１２と鎖間ジスルフィド結合を形成する。
ＨＬＡ－Ｂ（Ｙ８４Ｃ、Ａ１３９Ｃ）
一部の例では、ＭＨＣクラスＩ重鎖ポリペプチドはＹ８４Ｃ置換及びＡ１３９Ｃ置換を含む。例えば、一部の例では、ＭＨＣクラスＩ重鎖ポリペプチドは、図２１Ｘ（配列番号１２２）に示すヒトＨＬＡ－Ｂ重鎖（Ｙ８４Ｃ、Ａ１３９Ｃ）アミノ酸配列（アミノ酸８４はＣｙｓであり、アミノ酸１３９はＣｙｓである）に対して、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。一部の例では、Ｃｙｓ－８４は、Ｃｙｓ－１３９と鎖内ジスルフィド結合を形成する。
ＨＬＡ－Ｂ＊０７０２
一例として、一部の例では、本開示のＴＭＰに存在するＭＨＣクラスＩ重鎖ポリペプチドは、図８ＡのＨＬＡ－Ｂ＊０７０２（配列番号６２）のアミノ酸配列、またはその配列の全部もしくは一部（例えば、５０、７５、１００、１５０、２００、または２５０連続アミノ酸）に対して、少なくとも７５％（例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％）もしくは１００％のアミノ酸配列同一性を有する配列（例えば、それは、１～２５、１～５、５～１０、１０～１５、１５～２０、２０～２５、または２５～３０アミノ酸の挿入、欠失、及び／または置換を含み得る）を含む。一部の例では、本開示のＴＭＰのＨＬＡ－Ｂ重鎖ポリペプチドが、図６においてＨＬＡ－Ｂとラベル付けされた配列、または図８Ａにおいて「Ｂ＊０７０２」とラベル付けされた配列に対して１００％未満の同一性を有する場合、それは、８４位、１３９位及び／または２３６位のうちの１つ以上で、以下から選択される変異を含んでいてもよい：８４位でのチロシンからアラニンへの置換（Ｙ８４Ａ）、８４位（Ｙ８４Ｃ）でのチロシンからシステインへの置換、１３９位でのアラニンからシステイン（Ａ１３９Ｃ）、及び２３６位でのアラニンからシステインへの置換（Ａ２３６Ｃ）。一部の例では、本開示のＴＭＰのＨＬＡ－Ｂ重鎖ポリペプチドは、Ｙ８４Ａ及びＡ２３６Ｃ置換を含む。一部の例では、本開示のＴＭＰのＨＬＡ－Ｂ＊０７０２重鎖ポリペプチドは、Ｙ８４Ｃ及びＡ１３９Ｃ置換を含む。一部の例では、本開示のＴＭＰのＨＬＡ－Ｂ重鎖ポリペプチドは、Ｙ８４Ｃ、Ａ１３９Ｃ、及びＡ２３６Ｃ置換を含む。
ＨＬＡ－Ｃ
一部の例では、本開示のＴＭＰは、ＨＬＡ－Ｃ重鎖ポリペプチドを含む。本開示のＴＭＰに組み込まれ得るＨＬＡ－Ｃ重鎖ポリペプチドまたはその一部として、限定されないが、対立遺伝子：Ｃ＊０１０２、Ｃ＊０３０３、Ｃ＊０３０４、Ｃ＊０４０１、Ｃ＊０６０２、Ｃ＊０７０１、Ｃ＊０８０１、及びＣ＊１５０２が挙げられ、図９Ａにおけるリーダー配列、膜貫通配列及び細胞質配列の全て、または実質的に全てを含めずにアラインしている。これらの対立遺伝子のいずれも、８４位、１３９位及び／または２３６位（図９Ａに示される）の１つ以上で、以下から選択される変異を含んでいてもよい：８４位でのチロシンからアラニンへの置換（Ｙ８４Ａ）、８４位でのチロシンからシステインへの置換（Ｙ８４Ｃ）、１３９位でのアラニンからシステインへの置換（Ａ１３９Ｃ）、２３６位でのアラニンからシステインへの置換（Ａ２３６Ｃ）。さらに、ＨＬＡ－Ｃ対立遺伝子の配列の全部または一部（例えば、５０、７５、１００、１５０、２００、または２５０連続アミノ酸）に対して、少なくとも７５％（例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％）または１００％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含むＨＬＡ－Ｃポリペプチドもまた、使用してよい（例えば、それは、１～２５、１～５、５～１０、１０～１５、１５～２０、２０～２５、または２５～３０アミノ酸の挿入、欠失、及び／または置換を含み得る）。
一部の例では、本開示のＴＭＰは、以下のＨＬＡ－Ｃコンセンサスアミノ酸配列：
Figure 2022548472000004
（配列番号７９）を含むＨＬＡ－Ｃ重鎖ポリペプチドを含み、配列中、Ｘ１は、ＣまたはＧであり、Ｘ２は、ＲまたはＫであり、Ｘ３は、Ｆ、Ｙ、Ｓ、またはＤであり、Ｘ４は、ＲまたはＷであり、Ｘ５は、ＨまたはＲであり、Ｘ６は、ＡまたはＳであり、Ｘ７は、ＱまたはＲであり、Ｘ８は、ＡまたはＥであり、Ｘ９は、ＮまたはＫであり、Ｘ１０は、ＴまたはＡであり、Ｘ１１は、ＳまたはＮであり、Ｘ１２は、ＮまたはＫであり、Ｘ１３は、ＡまたはＤであり、Ｘ１４は、ＧまたはＲであり、Ｘ１５は、ＴまたはＩであり、Ｘ１６は、ＬまたはＩであり、Ｘ１７は、ＷまたはＲであり、Ｘ１８は、Ｃ、Ｙ、Ｆ、またはＳであり、Ｘ１９は、ＬまたはＶであり、Ｘ２０は、ＹまたはＨであり、Ｘ２１は、ＤまたはＮであり、Ｘ２２は、Ｙ、Ｆ、Ｓ、またはＬであり、Ｘ２３は、ＬまたはＷであり、Ｘ２４は、Ｅ、Ａ、またはＴであり、Ｘ２５は、Ｒ、Ｌ、またはＷであり、Ｘ２６は、ＬまたはＴであり、Ｘ２７は、ＥまたはＫであり、Ｘ２８は、ＥまたはＫであり、Ｘ２９は、ＨまたはＰであり、Ｘ３０は、ＲまたはＶであり、Ｘ３１は、ＷまたはＲであり、Ｘ３２は、ＶまたはＭであり、Ｘ３３は、ＥまたはＱであり、Ｘ３４は、ＭまたはＶであり、Ｘ３５は、ＰまたはＱであり、Ｘ３６は、ＲまたはＳであり、Ｘ３７は、ＰまたはＧである。
一例として、本開示のＴＭＰのＭＨＣクラスＩ重鎖ポリペプチドは、図２１Ｙ（配列番号１２３）に示すヒトＨＬＡ－Ｃ重鎖アミノ酸配列に対して、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含み得る。
ＨＬＡ－Ｃ（Ｙ８４Ａ、Ａ２３６Ｃ）
１つの非限定例として、一部の例では、ＭＨＣクラスＩ重鎖ポリペプチドは、Ｙ８４Ａ置換とＡ２３６Ｃ置換を含むＨＬＡ－Ｃポリペプチドである。例えば、一部の例では、ＭＨＣクラスＩ重鎖ポリペプチドは、図２１Ｚ（配列番号１２４）に示すヒトＨＬＡ－Ｃ重鎖（Ｙ８４Ａ、Ａ２３６Ｃ）アミノ酸配列（アミノ酸８４はＡｌａであり、アミノ酸２３６はＣｙｓである）に対して、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。一部の例では、Ｃｙｓ－２３６は、Ｒ１２Ｃ置換を含むバリアント型β２ＭポリペプチドのＣｙｓ－１２と鎖間ジスルフィド結合を形成する。
ＨＬＡ－Ｃ（Ｙ８４Ｃ、Ａ１３９Ｃ）
一部の例では、ＭＨＣクラスＩ重鎖ポリペプチドはＹ８４Ｃ置換及びＡ１３９Ｃ置換を含む。例えば、一部の例では、ＭＨＣクラスＩ重鎖ポリペプチドは、図２１ＡＡ（配列番号１２５）に示すヒトＨＬＡ－Ｃ重鎖（Ｙ８４Ｃ、Ａ１３９Ｃ）アミノ酸配列（アミノ酸８４はＣｙｓであり、アミノ酸１３９はＣｙｓである）に対して、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。一部の例では、Ｃｙｓ－８４は、Ｃｙｓ－１３９と鎖内ジスルフィド結合を形成する。
ＨＬＡ－Ｃ＊０７０１
一部の例では、本開示のＴＭＰのＭＨＣクラスＩ重鎖ポリペプチドは、図９ＡのＨＬＡ－Ｃ＊０７０１（図６においてＨＬＡ－Ｃとラベル付けされている）のアミノ酸配列、またはその配列の全部もしくは一部（例えば、５０、７５、１００、１５０、２００、または２５０連続アミノ酸）に対して、少なくとも７５％（例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％）もしくは１００％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含む（例えば、それは、１～２５、１～５、５～１０、１０～１５、１５～２０、２０～２５、または２５～３０アミノ酸の挿入、欠失、及び／または置換を含み得る）。一部の例では、本開示のＴＭＰのＨＬＡ－Ｃ重鎖ポリペプチドが図９ＡにおけるＨＬＡ－Ｃ＊０７０１とラベル付けされた配列に対して１００％未満の同一性を有する場合、それは、８４位、１３９位及び／または２３６位の１つ以上で、以下から選択される変異を含んでいてもよい：８４位でのチロシンからアラニンへの置換（Ｙ８４Ａ）、８４位でのチロシンからシステインへの置換（Ｙ８４Ｃ）、１３９位でのアラニンからシステイン（Ａ１３９Ｃ）、２３６位でのアラニンからシステインへの置換（Ａ２３６Ｃ）。一部の例では、本開示のＴＭＰのＨＬＡ－Ｃ重鎖ポリペプチドは、Ｙ８４Ａ及びＡ２３６Ｃ置換を含む。一部の例では、Ｔ細胞ＭＭＰのＨＬＡ－Ｃ＊０７０１重鎖ポリペプチドまたはそのエピトープ複合体は、Ｙ８４Ｃ及びＡ１３９Ｃ置換を含む。一部の例では、本開示のＴＭＰのＨＬＡ－Ｃ重鎖ポリペプチドは、Ｙ８４Ｃ、Ａ１３９Ｃ、及びＡ２３６Ｃ置換を含む。
非古典的ＨＬＡ－Ｅ、ＨＬＡ－Ｆ、及びＨＬＡ－Ｇ ＭＨＣクラスＩ重鎖
一部の例では、本開示のＴＭＰは、非古典的ＭＨＣクラスＩ重鎖ポリペプチドを含む。非古典的ＨＬＡ重鎖ポリペプチドまたはその一部のうち、本開示のＴＭＰに組み込まれ得るものとして、限定されないが、ＨＬＡ－Ｅ、ＨＬＡ－Ｆ、及びＨＬＡ－Ｇ対立遺伝子のものが挙げられる。ＨＬＡ－Ｅ、ＨＬＡ－Ｆ、及びＨＬＡ－Ｇ重鎖ポリペプチド（及びＨＬＡ－Ａ、ＨＬＡ－Ｂ、及びＨＬＡ－Ｃ対立遺伝子）のアミノ酸配列は、ワールドワイドウェブｈｌａ．ａｌｌｅｌｅｓ．ｏｒｇ／ｎｏｍｅｎｃｌａｔｕｒｅ／ｉｎｄｅｘ．ｈｔｍｌ、Ｅｕｒｏｐｅａｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ（ＥＭＢＬ）の一部であるＥｕｒｏｐｅａｎ Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ（ｗｗｗ．ｅｂｉ．ａｃ．ｕｋ）及びＮａｔｉｏｎａｌ Ｃｅｎｔｅｒ ｆｏｒ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ（ｗｗｗ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ）に見出され得る。
好適なＨＬＡ－Ｅ対立遺伝子の非限定的な例として、ＨＬＡ－Ｅ＊０１０１（ＨＬＡ－Ｅ＊０１：０１：０１：０１）、ＨＬＡ－Ｅ＊０１：０３（ＨＬＡ－Ｅ＊０１：０３：０１：０１）、ＨＬＡ－Ｅ＊０１：０４、ＨＬＡ－Ｅ＊０１：０５、ＨＬＡ－Ｅ＊０１：０６、ＨＬＡ－Ｅ＊０１：０７、ＨＬＡ－Ｅ＊０１：０９、及びＨＬＡ－Ｅ＊０１：１０が挙げられるが、これらに限定されない。好適なＨＬＡ－Ｆ対立遺伝子の非限定的な例として、ＨＬＡ－Ｆ＊０１０１（ＨＬＡ－Ｆ＊０１：０１：０１：０１）、ＨＬＡ－Ｆ＊０１：０２、ＨＬＡ－Ｆ＊０１：０３（ＨＬＡ－Ｆ＊０１：０３：０１：０１）、ＨＬＡ－Ｆ＊０１：０４、ＨＬＡ－Ｆ＊０１：０５、及びＨＬＡ－Ｆ＊０１：０６が挙げられるが、これらに限定されない。好適なＨＬＡ－Ｇ対立遺伝子の非限定的な例として、ＨＬＡ－Ｇ＊０１０１（ＨＬＡ－Ｇ＊０１：０１：０１：０１）、ＨＬＡ－Ｇ＊０１：０２、ＨＬＡ－Ｇ＊０１：０３（ＨＬＡ－Ｇ＊０１：０３：０１：０１）、ＨＬＡ－Ｇ＊０１：０４（ＨＬＡ－Ｇ＊０１：０４：０１：０１）、ＨＬＡ－Ｇ＊０１：０６、ＨＬＡ－Ｇ＊０１：０７、ＨＬＡ－Ｇ＊０１：０８、ＨＬＡ－Ｇ＊０１：０９：ＨＬＡ－Ｇ＊０１：１０、ＨＬＡ－Ｇ＊０１：１０、ＨＬＡ－Ｇ＊０１：１１、ＨＬＡ－Ｇ＊０１：１２、ＨＬＡ－Ｇ＊０１：１４、ＨＬＡ－Ｇ＊０１：１５、ＨＬＡ－Ｇ＊０１：１６、ＨＬＡ－Ｇ＊０１：１７、ＨＬＡ－Ｇ＊０１：１８：ＨＬＡ－Ｇ＊０１：１９、ＨＬＡ－Ｇ＊０１：２０、及びＨＬＡ－Ｇ＊０１：２２が挙げられるが、これらに限定されない。リーダー配列、膜貫通配列及び細胞質配列の全てまたは実質的に全てを含まないそれらのＨＬＡ Ｅ、ＨＬＡ－Ｆ及びＨＬＡ－Ｇ対立遺伝子のコンセンサス配列を図１０に示し、図１１において、上記のＨＬＡ－Ａ、ＨＬＡ－Ｂ及びＨＬＡ－Ｃ対立遺伝子のコンセンサス配列とともにアラインする。
図１は、ＨＬＡ－Ｅ、ＨＬＡ－Ｆ、及びＨＬＡ－Ｇのそれぞれについてのコンセンサス配列を示し、可変ａａ位置を、連番の「Ｘ」残基として示し、ａａｓ８４、１３９、及び２３６の位置に二重下線を引いている。
図１１は、図７～１１に示すＨＬＡ－Ａ、ＨＬＡ－Ｂ、ＨＬＡ－Ｃ、ＨＬＡ－Ｅ、ＨＬＡ－Ｆ、及びＨＬＡ－Ｇのコンセンサスアミノ酸配列のアライメントを示す。各配列の可変残基を、連番を削除した「Ｘ」として記載する。図６に示すように、（ｉ）任意の天然アミノ酸または（ｉｉ）プロリンもしくはグリシンを除く任意の天然アミノ酸から独立して選択される１～５個のアミノ酸によって置換され得るそれらの隣接する５個のアミノ酸クラスターとともに示すａａｓ８４、１３９及び２３６の位置も示す。
上記のＨＬＡ－Ｅ、ＨＬＡ－Ｆ、及び／またはＨＬＡ－Ｇ対立遺伝子のいずれも、コンセンサス配列について図１１に示すように、８４位、１３９位、及び／または２３６位のうちの１つ以上で置換を含み得る。一部の例では、置換は以下から選択され得る：８４位でのチロシンからアラニン（Ｙ８４Ａ）もしくはシステイン（Ｙ８４Ｃ）、またはＨＬＡ－Ｆの場合はＲ８４ＡもしくはＲ８４Ｃ置換、１３９位のアラニンからシステイン（Ａ１３９Ｃ）、またはＨＬＡ－Ｆの場合はＶ１３９Ｃ、及び２３６位でのアラニンからシステインへの置換（Ａ２３６Ｃ）。さらに、図１１に記載のコンセンサス配列のいずれかの全部または一部（例えば、５０、７５、１００、１５０、２００、または２５０連続アミノ酸）に対して、少なくとも７５％（例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％）または１００％のアミノ酸配列同一性を有するＨＬＡ－Ｅ、ＨＬＡ－Ｆ及び／またはＨＬＡ－Ｇ配列もまた、使用してよい（例えば、配列は、図中に記載の可変残基での変化に加えて、１～２５、１～５、５～１０、１０～１５、１５～２０、２０～２５、または２５～３０個のアミノ酸の挿入、欠失、及び／または置換を含み得る）。
マウスＨ２Ｋ
一部の例では、本開示のＴＭＰに存在するＭＨＣクラスＩ重鎖ポリペプチドは、マウスＨ２Ｋのアミノ酸配列（配列番号４５）（図６のマウスＨ２Ｋ）、またはその配列の全部もしくは一部（例えば、５０、７５、１００、１５０、２００、または２５０連続アミノ酸）に対して、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、もしくは１００％のアミノ酸配列同一性を有する配列を含む（例えば、それは、１～２５、１～５、５～１０、１０～１５、１５～２０、２０～２５、または２５～３０アミノ酸の挿入、欠失、及び／または置換を含み得る）。一部の例では、本開示のＴＭＰのマウスＨ２Ｋ重鎖ポリペプチドが、図６においてマウスＨ２Ｋとラベル付けされた配列に対して１００％未満の同一性を有する場合、それは、８４位、１３９位及び／または２３６位のうちの１つ以上で、以下から選択される変異を含んでいてもよい：８４位でのチロシンからアラニン（Ｙ８４Ａ）、８４位でのチロシンからシステイン（Ｙ８４Ｃ）、１３９位でのアラニンからシステイン（Ａ１３９Ｃ）、及び２３６位でのアラニンからシステインへの置換（Ａ２３６Ｃ）。一部の例では、本開示のＴＭＰのマウスＨ２Ｋ重鎖ポリペプチドは、Ｙ８４Ａ及びＡ２３６Ｃ置換を含む。一部の例では、本開示のＴＭＰのマウスＨ２Ｋ重鎖ポリペプチドは、Ｙ８４Ｃ及びＡ１３９Ｃ置換を含む。一部の例では、本開示のＴＭＰのマウスＨ２Ｋ重鎖ポリペプチドは、Ｙ８４Ｃ、Ａ１３９Ｃ及びＡ２３６Ｃ置換を含む。
組み合わせ例
以下の表１は、本開示のＴＭＰに組み込むことができるＭＨＣクラスＩ重鎖配列修飾の様々な組み合わせを示す。
（表１）
Figure 2022548472000005
Figure 2022548472000006
配列同一性の範囲は、コンセンサス配列の可変残基をカウントしない図６～１１に列挙した配列の対応する部分と比較した、ＴＭＰに組み込むＭＨＣ－Ｈポリペプチド配列の配列同一性の許容範囲である。
β２ミクログロブリン
本開示のＴＭＰのβ２－ミクログロブリン（β２Ｍ）ポリペプチドは、ヒトβ２Ｍポリペプチド、非ヒト霊長類β２Ｍポリペプチド、マウスβ２Ｍポリペプチドなどであり得る。一部の例では、β２Ｍポリペプチドは、図４に記載のβ２Ｍアミノ酸配列に対して、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。一部の例では、β２Ｍポリペプチドは、図４に記載のβ２Ｍアミノ酸配列のアミノ酸２１～１１９に対して、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。
一部の例では、好適なβ２Ｍポリペプチドは、図２１ＣＣ（配列番号１２６）に示すアミノ酸配列を含み、ＨＬＡクラスＩ重鎖ポリペプチドは、図２１ＨＨ（配列番号１２７）に示すアミノ酸配列（｛Ｃ｝で示すシステイン残基は、α１へリックスとα２－１へリックスの間にジスルフィド結合を形成し、この残基は、１２位のβ２Ｍポリペプチドシステインとジスルフィド結合を形成する）を含む。上記の配列において、「ａａ１」は「アミノ酸クラスター１」であり、「ａａ２」は「アミノ酸クラスター２」であり、「ａａ３」は「アミノ酸クラスター３」であり、「ａａ４」は「アミノ酸クラスター４」であり、「ａａ５」は「アミノ酸クラスター５」であり、「ａａ６」は「アミノ酸クラスター６」であるが、例えば、図８を参照されたい。ａａ１、ａａ２、ａａ３、ａａ４、ａａ５、及びａａ６のそれぞれの存在は、１～５アミノ酸残基であり、１～５アミノ酸残基となるように独立して選択され、それらアミノ酸残基は、ｉ）任意の天然（例えば、コード）アミノ酸から独立して選択されるか、または、ｉｉ）プロリンはグリシンを除く任意の天然アミノ酸である。
一部の例では、ＭＨＣポリペプチドは、参照ＭＨＣポリペプチド（参照ＭＨＣポリペプチドは野生型ＭＨＣポリペプチドであってもよい）と比較して単一のアミノ酸置換を含み、その単一のアミノ酸置換は、アミノ酸をシステイン（Ｃｙｓ）残基で置換する。そのような非天然システイン残基は、本開示のヘテロ二量体ＴＭＰの第１のポリペプチドのＭＨＣポリペプチド内に、または一本鎖ＴＭＰのＭＨＣポリペプチド内に存在する場合、本開示のＴＭＰの第２のポリペプチド鎖内に、または一本鎖ＴＭＰの別のＭＨＣポリペプチド内に存在するシステイン残基とジスルフィド結合を形成し得る。
一部の例では、本開示のヘテロ二量体ＴＭＰの第１のポリペプチド内の第１のＭＨＣポリペプチド、及び／または、本開示のヘテロ二量体ＴＭＰの第２のポリペプチド内の第２のＭＨＣポリペプチドは、アミノ酸をシステインで置換するアミノ酸置換を含み、第１のＭＨＣポリペプチド内の非天然システインが、第２のＭＨＣポリペプチド内のシステインとジスルフィド結合を形成するか、第１のＭＨＣポリペプチド内のシステインが、第２のＭＨＣポリペプチド内の非天然システインとジスルフィド結合を形成するか、または、第１のＭＨＣポリペプチド内の非天然システインが、第２のＭＨＣポリペプチド内の非天然システインとジスルフィド結合を形成する。同様に、本開示の一本鎖ＴＭＰ内のＭＨＣポリペプチドの１つは、アミノ酸をシステインで置換するためのアミノ酸置換を含み、ＭＨＣポリペプチド内の非天然システインは、ＴＭＰ内の異なるＭＨＣポリペプチド内の天然システインまたは非天然システインとジスルフィド結合を形成する。
例えば、一部の例では、以下の、ＨＬＡβ２－ミクログロブリン内の残基とＨＬＡクラスＩ重鎖内の残基のペア、１）β２Ｍ残基１２、ＨＬＡクラスＩ重鎖残基２３６、２）β２Ｍ残基１２、ＨＬＡクラスＩ重鎖残基２３７、３）β２Ｍ残基８、ＨＬＡクラスＩ重鎖残基２３４、４）β２Ｍ残基１０、ＨＬＡクラスＩ重鎖残基２３５、５）β２Ｍ残基２４、ＨＬＡクラスＩ重鎖残基２３６、６）β２Ｍ残基２８、ＨＬＡクラスＩ重鎖残基２３２、７）β２Ｍ残基９８、ＨＬＡクラスＩ重鎖残基１９２、８）β２Ｍ残基９９、ＨＬＡクラスＩ重鎖残基２３４、９）β２Ｍ残基３、ＨＬＡクラスＩ重鎖残基１２０、１０）β２Ｍ残基３１、ＨＬＡクラスＩ重鎖残基９６、１１）β２Ｍ残基５３、ＨＬＡクラスＩ重鎖残基３５、１２）β２Ｍ残基６０、ＨＬＡクラスＩ重鎖残基９６、１３）β２Ｍ残基６０、ＨＬＡクラスＩ重鎖残基１２２、１４）β２Ｍ残基６３、ＨＬＡクラスＩ重鎖残基２７、１５）β２Ｍ残基Ａｒｇ３、ＨＬＡクラスＩ重鎖残基Ｇｌｙ１２０、１６）β２Ｍ残基Ｈｉｓ３１、ＨＬＡクラスＩ重鎖残基Ｇｌｎ９６、１７）β２Ｍ残基Ａｓｐ５３、ＨＬＡクラスＩ重鎖残基Ａｒｇ３５、１８）β２Ｍ残基Ｔｒｐ６０、ＨＬＡクラスＩ重鎖残基Ｇｌｎ９６、１９）β２Ｍ残基Ｔｒｐ６０、ＨＬＡクラスＩ重鎖残基Ａｓｐ１２２、２０）β２Ｍ残基Ｔｙｒ６３、ＨＬＡクラスＩ重鎖残基Ｔｙｒ２７、２１）β２Ｍ残基Ｌｙｓ６、ＨＬＡクラスＩ重鎖残基Ｇｌｕ２３２、２２）β２Ｍ残基Ｇｌｎ８、ＨＬＡクラスＩ重鎖残基Ａｒｇ２３４、２３）β２Ｍ残基Ｔｙｒ１０、ＨＬＡクラスＩ重鎖残基Ｐｒｏ２３５、２４）β２Ｍ残基Ｓｅｒ１１、ＨＬＡクラスＩ重鎖残基Ｇｌｎ２４２、２５）β２Ｍ残基Ａｓｎ２４、ＨＬＡクラスＩ重鎖残基Ａｌａ２３６、２６）β２Ｍ残基Ｓｅｒ２８、ＨＬＡクラスＩ重鎖残基Ｇｌｕ２３２、２７）β２Ｍ残基Ａｓｐ９８、ＨＬＡクラスＩ重鎖残基Ｈｉｓ１９２、及び、２８）β２Ｍ残基Ｍｅｔ９９、ＨＬＡクラスＩ重鎖残基Ａｒｇ２３４、の一方は、システインで置換される（残基番号は成熟ポリペプチドの番号である）。ＭＨＣ／ＨＬＡクラスＩ重鎖のアミノ酸付番は、シグナルペプチドを含まない成熟ＭＨＣ／ＨＬＡクラスＩ重鎖を基準としている。例えば、一部の例では、成熟ＨＬＡ－Ａアミノ酸配列の残基２３６はＣｙｓで置換されている。一部の例では、成熟ＨＬＡ－Ｂアミノ酸配列の残基２３６はＣｙｓで置換されている。一部の例では、成熟ＨＬＡ－Ｃアミノ酸配列の残基２３６はＣｙｓで置換されている。一部の例では、図４に記載のアミノ酸配列の残基３２（成熟β２ＭのＡｒｇ－１２に対応する）はＣｙｓで置換されている。
一部の例では、β２Ｍポリペプチドは、図２１ＢＢ（配列番号１２８）または図２１ＣＣ（配列番号１２９）に示すアミノ酸配列を含む。
一部の例では、ＨＬＡクラスＩ重鎖ポリペプチドは、図２１ＤＤ（配列番号１３０）、２１ＥＥ（配列番号１３１）または２１ＦＦ（配列番号１３２）に示すアミノ酸配列を含む。
一部の例では、本開示のＴＭＰのβ２Ｍポリペプチドは、図２１ＣＣ（配列番号１３３）のアミノ酸配列を含み、ＴＭＰのＨＬＡクラスＩ重鎖ポリペプチドは、図２１ＥＥ（配列番号１３４）のアミノ酸配列を含む（下線が引かれ、太字で示されているＣｙｓ残基は、ＴＭＰ内で互いにジスルフィド結合を形成する）。
一部の例では、β２Ｍポリペプチドは、図２１ＧＧ（配列番号１３５）のアミノ酸配列を含む。
一部の例では、本開示のヘテロ二量体または一本鎖ＴＭＰ内のＭＨＣポリペプチドは、ｉ）ペプチドエピトープとβ２Ｍポリペプチドを接続するリンカーに存在するＣｙｓ残基、及びｉｉ）ＭＨＣクラスＩ重鎖内に存在するＣｙｓ残基を介して互いにジスルフィド結合する。一部の例では、ＭＨＣクラスＩ重鎖内に存在するＣｙｓ残基は、Ｙ８４Ｃ置換として導入されたＣｙｓである。一部の例では、ペプチドエピトープとβ２Ｍポリペプチドを接続するリンカーはＧＣＧＧＳ（ＧＧＧＧＳ）ｎ（配列番号５８３）であり、配列中、ｎは、１、２、３、４、５、６、７、８、または９である。例えば、一部の例では、リンカーは、アミノ酸配列ＧＣＧＧＳＧＧＧＧＳＧＧＧＧＳＧＧＧＧＳ（配列番号１３７）を含む。別の例として、リンカーは、アミノ酸配列ＧＣＧＧＳＧＧＧＧＳＧＧＧＧＳ（配列番号１３８）を含む。本開示のヘテロ二量体ＴＭＰのジスルフィド結合した第１及び第２のポリペプチドの例を、図２Ａ～２Ｆに概略的に示す。
多重ジスルフィド結合ＴＭＰ
一部の例では、本開示のヘテロ二量体ＴＭＰの第１のポリペプチドと第２のポリペプチドを、少なくとも２つのジスルフィド結合（すなわち、２つの鎖間ジスルフィド結合）によって互いに連結する。そのような多重ジスルフィド結合ＴＭＰの例を、図１２Ａ及び１２Ｂならびに図１６Ｃに概略的に示す。さらに、本開示のヘテロ二量体ＴＭＰまたは一本鎖ＴＭＰが、Ｉｇ Ｆｃポリペプチドを含む場合、ヘテロ二量体ＴＭＰを二量体化することができ、ジスルフィド結合が２つのヘテロ二量体ＴＭＰ内のＩｇ Ｆｃポリペプチドを連結する。そのような配置を、図１２Ｃ及び１２Ｄに概略的に示し、図中、ジスルフィド結合を破線で表す。特に明記しない限り、本節における多重ジスルフィド結合ＴＭＰＰに記載する少なくとも２つのジスルフィド結合は、二量体化ＴＭＰのＩｇ Ｆｃポリペプチドを連結するジスルフィド結合を指すものではない。
例えば、いくつかの例では、本開示のヘテロ二量体ＴＭＰの第１のポリペプチドと第２のポリペプチドを、２つの鎖間ジスルフィド結合によって互いに連結する。別の例として、一部の例では、本開示のＴＭＰの第１のポリペプチドと第２のポリペプチドを、３つの鎖間ジスルフィド結合によって互いに連結する。別の例として、一部の例では、本開示のＴＭＰの第１のポリペプチドと第２のポリペプチドを、４つの鎖間ジスルフィド結合によって互いに連結する。
一部の例では、本開示のヘテロ二量体または一本鎖ＴＭＰのペプチドエピトープを、Ｃｙｓを含むリンカーによってβ２Ｍポリペプチドに連結する場合、少なくとも２つのジスルフィド結合のうちの少なくとも１つは、リンカー内のＣｙｓをＴＭＰ内のＭＨＣクラスＩ重鎖のＣｙｓに連結する。一部の例では、本開示のＴＭＰのペプチドエピトープをリンカーによってＭＨＣクラスＩ重鎖ポリペプチドに連結する場合、少なくとも２つのジスルフィド結合のうちの少なくとも１つは、リンカー内のＣｙｓをＴＭＰに存在するβ２Ｍポリペプチド内のＣｙｓに連結する。
一部の例では、本開示の多重ジスルフィド結合ＴＭＰ（例えば、二重ジスルフィド結合ＴＭＰ）は、少なくとも２つのジスルフィド結合のうちの１つのみを含む対照ＴＭＰに比べて高い安定性及び／または高い発現を示す。一部の例では、本開示の多重ジスルフィド結合ＴＭＰ（例えば、二重ジスルフィド結合ＴＭＰ）は、少なくとも２つのジスルフィド結合のうちの１つのみを含む対照ＴＭＰに比べて、高いインビトロ安定性を示す。例えば、一部の例では、本開示の多重ジスルフィド結合ＴＭＰ（例えば、二重ジスルフィド結合ＴＭＰ）は、少なくとも２つのジスルフィド結合のうちの１つのみを含む対照ＴＭＰに比べて、インビトロでの安定性が、少なくとも５％、少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも５０％、少なくとも２倍、少なくとも５倍、または少なくとも１０倍高い。
安定性は、指定温度の溶液中で指定時間後に溶液中に残存しているＴＭＰの割合を測定することによって決定される。安定性は、５００ｍＭ ＮａＣｌ（上記）を含有するＰＢＳ緩衝液中にて、指定期間にわたって、指定温度で（例えば、３７℃～４２℃の温度の溶液中にて、１時間～２８日の期間、例えば、３７℃で１時間、３７℃で１日間、３７℃で５日間、４２℃で１時間、４２℃で１日間、４２℃で５日間、３７℃で５日間、３７℃で１０日間、３７℃で１４日間、３７℃で２８日間など）、ヘテロ二量体の第１のポリペプチドと第２のポリペプチドの間における少なくとも１つのジスルフィド結合を欠く対照ＴＭＭＰと比較して、インビトロで測定することができる。ＴＭＭＰは、０．１ｍｇ／ｍＬ～１０ｍｇ／ｍＬの濃度で、例えば、約１ｍＬ、約２ｍＬ、約３ｍＬ、約４ｍＬ、約５ｍＬ、約６ｍＬ、約７ｍＬ、約８ｍＬ、約９ｍＬ、または約１０ｍＬの濃度でＰＢＳ緩衝液中に存在させることができ、緩衝液は、３７℃または４２℃で１時間、５日間、１０日間、１４日間、２１日間、または２８日間、保持され得る。
本開示の複数のジスルフィド結合ＴＭＰが、少なくとも２つのジスルフィド結合のうちの１つのみを含む対照ＴＭＰと比較して、高いインビトロ安定性を示すかどうかは、上記で述べた、例えば、３７℃及び／または４２℃で、１時間、５日間、１０日間、１４日間、２１日間、または２８日間保持した試料中に存在する各ＴＭＰの量を測定することによって決定することができる。
例えば、一部の例では、本開示の多重ジスルフィド結合ＴＭＰ（例えば、二重ジスルフィド結合ＴＭＰ）は、ＴＭＰを３７℃で一定期間（例えば、約１週間～約２週間、約２週間～約４週間、または約４週間～約２か月間）保存した場合、少なくとも２つのジスルフィドのうちの１つのみを含む対照ＴＭＰに比べて、少なくとも５％、少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも５０％、少なくとも２倍、少なくとも５倍、または少なくとも１０倍高いインビトロ安定性を示す。例えば、一部の例では、本開示の多重ジスルフィド結合ＴＭＰ（例えば、二重ジスルフィド結合ＴＭＰ）を３７℃で２８日間、インビトロで保存した後に残存するジスルフィド結合ヘテロ二量体ＴＭＰの量は、対照ＴＭＰ（多重ジスルフィド結合ＴＭＰに存在する少なくとも２つのジスルフィド結合のうちの１つのみを含むＴＭＰ）を３７℃で２８日間、インビトロで保存した後に残存するジスルフィド結合ヘテロ二量体ＴＭＰの量に比べて、少なくとも５％、少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも５０％、少なくとも２倍、少なくとも５倍、または少なくとも１０倍多い。
一部の例では、本開示の多重ジスルフィド結合ＴＭＰは、少なくとも２つのジスルフィド結合のうちの１つのみを含む対照ＴＭＰに比べて、より高いインビボ安定性を示す。例えば、一部の例では、本開示の多重ジスルフィド結合ＴＭＰは、少なくとも２つのジスルフィド結合のうちの１つのみを含む対照ＴＭＰに比べて、少なくとも５％、少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも５０％、少なくとも２倍、少なくとも５倍、または少なくとも１０倍高いインビボ安定性を示す。
一部の例では、本開示の多重ジスルフィド結合ＴＭＰ（例えば、二重ジスルフィド結合ＴＭＰ）に２つのジスルフィド結合が存在することは、ＴＭＰが少なくとも２つのジスルフィド結合のうちの１つのみを含む対照ＴＭＰである場合に生成されるジスルフィド結合ヘテロ二量体ＴＭＰの量に比べて、ジスルフィド結合ヘテロ二量体または一本鎖ＴＭＰの産生量を高める。例えば、本開示の多重ジスルフィド結合ＴＭＰ（例えば、二重ジスルフィド結合ＴＭＰ）を、哺乳動物細胞を液体細胞培養培地で培養するインビトロ細胞培養において、哺乳動物細胞内で産生することができる。ＴＭＰは、細胞培養培地に分泌され得る。細胞を溶解して細胞溶解物を生成することができ、ＴＭＰを細胞溶解物中に存在させることができる。ＴＭＰは、細胞培養培地及び／または細胞溶解物から精製することができる。例えば、ＴＭＰがＩｇＧ１ Ｆｃポリペプチドを含む場合、細胞培養培地及び／または細胞溶解物を、固定化したプロテインＡと接触させることができる（例えば、細胞培養培地及び／または細胞溶解物を、プロテインＡをビーズに固定化させたプロテインＡカラムにアプライすることができる）。細胞培養液及び／または細胞溶解物に存在するＴＭＰは、固定化されたプロテインＡに結合する。カラムを洗浄して未結合の物質を除去した後、結合したＴＭＰを溶出し、プロテインＡ溶出液を生成する。プロテインＡ溶出液中に存在するジスルフィド結合ヘテロ二量体または一本鎖ＴＭＰの量は、ＴＭＰが多重ジスルフィド結合ＴＭＰ（例えば、二重ジスルフィド結合ＴＭＰ）に存在する少なくとも２つのジスルフィド結合のうちの１つのみを含む対照ＴＭＰである場合、プロテインＡ溶出液中に存在するジスルフィド結合ヘテロ二量体または一本鎖ＴＭＰの量に比べて、少なくとも０．５％、少なくとも１％、少なくとも２％、少なくとも３％、少なくとも４％、少なくとも５％、少なくとも６％、少なくとも７％、少なくとも８％、少なくとも９％、または少なくとも１０％高い。一部の例では、非凝集ジスルフィド結合ヘテロ二量体または一本鎖ＴＭＰである溶出液中の総ＴＭＰタンパク質の割合は、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、または少なくとも９９％である。プロテインＡ溶出液は、サイズ排除クロマトグラフィー（ＳＥＣ）及び／または１つ以上の他の追加の精製工程に供することができる。
一部の例では、本開示のＴ細胞調節ポリペプチドは、以下を含む少なくとも１つのヘテロ二量体を含む：ａ）ｉ）ＫＲＡＳペプチド（ＫＲＡＳペプチドは、少なくとも４アミノ酸の長さ、例えば、４アミノ酸～約２５アミノ酸（例えば、４アミノ酸（ａａ）、５ａａ、６ａａ、７ａａ、８ａａ、９ａａ、１０ａａ、１１ａａ、１２ａａ、１３ａａ、１４ａａ、１５ａａ、１６ａａ、１７ａａ、１８ａａ、１９ａａ、２０ａａ、２１ａａ、２２ａａ、２３ａａ、２４ａａ、または２５ａａ、及び４～２０アミノ酸、６～１８アミノ酸、８～１５アミノ酸、８～１２アミノ酸、５～１０アミノ酸、１０～２０アミノ酸、及び１５～２５アミノ酸の長さの範囲内のペプチド）を有する）、及びｉｉ）第１のＭＨＣポリペプチドを含む第１のポリペプチド、ｂ）第２のＭＨＣポリペプチドを含む第２のポリペプチド、ならびにｃ）少なくとも１つの免疫調節ポリペプチド（第１及び／または第２のポリペプチドが免疫調節ポリペプチドを含み、ヘテロ二量体が第１のポリペプチドと第２のポリペプチドとの間に少なくとも２つのジスルフィド結合（例えば、２つのジスルフィド結合）を含む（例えば、ヘテロ二量体は、ｉ）第１のポリペプチドと第２のポリペプチドを連結する第１のジスルフィド結合、及びｉｉ）第１のポリペプチドと第２のポリペプチドを連結する第２のジスルフィド結合を含む））。別の言い方をすれば、第１のポリペプチドは、第２のポリペプチドの第１のＣｙｓ残基とジスルフィド結合（第１のジスルフィド結合）を形成する第１のＣｙｓ残基を含み、第１のポリペプチドは、第２のポリペプチドの第２のＣｙｓ残基とジスルフィド結合（第２のジスルフィド結合）を形成する第２のＣｙｓ残基を含む。
一部の例では、本開示のＴＭＰは、ａ）Ｎ末端からＣ末端の順に、ｉ）ＫＲＡＳペプチド、ｉｉ）ペプチドリンカー、及びｉｉｉ）β２Ｍポリペプチドを含む第１のポリペプチド、ならびにｂ）ＭＨＣクラスＩ重鎖ポリペプチドを含む第２のポリペプチド（第１及び第２のポリペプチドの一方または両方が、少なくとも１つの免疫調節ポリペプチドを含む）を含み、ＴＭＰは、ａ）ｉ）ＫＲＡＳペプチドとβ２Ｍポリペプチドの間のリンカーに存在するＣｙｓと、ｉｉ）ＭＨＣクラスＩ重鎖ポリペプチドに導入された第１のＣｙｓとの間の第１のジスルフィド結合、及びｂ）第１のポリペプチドと第２のポリペプチドとの間の少なくとも第２のジスルフィド結合を含み、少なくとも第２のジスルフィド結合は、ｉ）第１のポリペプチド内の、リンカーに存在するＣｙｓに対してＣ末端のＣｙｓと、ｉｉ）第２のポリペプチド内の、ＭＨＣクラスＩ重鎖ポリペプチドに導入された第１のＣｙｓに対してＣ末端のＣｙｓとの間に存在する。
概して言えば、ジスルフィド結合のヘテロ二量体または一本鎖ＴＭＰの潜在的な位置は、ＴＭＰの異なるポリペプチドの残基が５オングストローム以下の距離で分離されている位置である。そのような位置は、Ｃｙｓ残基が、天然に存在しない場合、ポリペプチドに存在する残基の代わりになり得る潜在的な位置を表す。例えば、ヘテロ二量体ＴＭＰの第１及び第２のポリペプチドは、ヘテロ二量体において一般的に約５オングストローム以内で互いに離れている２つのＣｙｓ残基間のジスルフィド結合を介して潜在的に連結され得る。一部の例では、Ｃｙｓ残基の一方または両方が非天然である。ヘテロ二量体または一本鎖ＴＭＰのβ２Ｍ及びＭＨＣ重鎖の、互いに５オングストローム以内のアミノ酸は、Ｃｙｓで置換した場合に、本開示のＴＭＰ内でジスルフィド結合を形成し得るアミノ酸を表す。同様に、２つのＣｙｓ残基が互いに約５オングストローム以内で離れている、リンカーのＣｙｓ残基と、ＭＨＣ重鎖の天然または非天然のＣｙｓ残基との間に、ジスルフィド結合が形成され得る。しかしながら、特に、約５オングストローム以内で離れた残基のすべてのペアが、ジスルフィド結合の形成に適しているわけではなく、結果として生じるＴＭＰを安定化するか、または発現を増強させるジスルフィド結合を提供するわけでもない。
本開示の多重ジスルフィド結合ヘテロ二量体ＴＭＰ（例えば、二重ジスルフィド結合ＴＭＰ）には、例えば、ａ）ｉ）ＫＲＡＳペプチド（例えば、４アミノ酸～約２５アミノ酸の長さのＫＲＡＳペプチドであり、このペプチドがＭＨＣポリペプチドと複合体を形成する場合、ＴＣＲが結合する）と、ｉｉ）第１のＭＨＣポリペプチドとを含む第１のポリペプチド（第１のポリペプチドは、ＫＲＡＳペプチドと第１のＭＨＣポリペプチドとの間にペプチドリンカーを含み、ペプチドリンカーはＣｙｓ残基を含み、第１のＭＨＣポリペプチドは、Ｃｙｓ残基を導入するアミノ酸置換を含むβ２Ｍポリペプチドを含む）、ｂ）及び第２のＭＨＣポリペプチドを含む第２のポリペプチド（第２のＭＨＣポリペプチドは、ＨＬＡ－Ａ＊０２０１のアミノ酸付番に基づくＹ８４Ｃ置換及びＡ２３６Ｃ置換（図７Ａに示す）か、または別のクラスＩ重鎖対立遺伝子の対応する位置に置換を含むクラスＩ重鎖であり、ＴＭＰは、ペプチドリンカーのＣｙｓ残基とクラスＩ重鎖のアミノ酸８４位または別のクラスＩ重鎖対立遺伝子の対応する位置のＣｙｓ残基との間にジスルフィド結合を有し、ＴＭＰは、β２Ｍポリペプチドに導入されたＣｙｓ残基と、クラスＩ重鎖のアミノ酸２３６位または別のクラスＩ重鎖対立遺伝子の対応する位置のＣｙｓとの間にジスルフィド結合を有する）、ならびにｃ）少なくとも１つの免疫調節ポリペプチドを含ませることができ、第１及び／または第２のポリペプチドは、少なくとも１つの免疫調節ポリペプチドを含む。例を、図１２Ａ及び図１２Ｂに概略的に示す。
一部の例では、ペプチドリンカーは、アミノ酸配列ＧＣＧＧＳ（配列番号１３９）を含む。一部の例では、ペプチドリンカーは、アミノ酸配列ＧＣＧＧＳ（ＧＧＧＧＳ）ｎ（配列番号１４０）を含み、配列中、ｎは、１、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０、例えば、１、２、または３である。
一部の例では、ペプチドリンカーは、アミノ酸配列ＣＧＧＧＳ（配列番号１４１）を含む。一部の例では、ペプチドリンカーは、アミノ酸配列ＣＧＧＧＳ（ＧＧＧＧＳ）ｎ（配列番号１４２）を含み、配列中、ｎは、１、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０、例えば、１、２、または３である。
一部の例では、ペプチドリンカーは、アミノ酸配列ＧＧＣＧＳ（配列番号５８７）を含む。一部の例では、ペプチドリンカーは、アミノ酸配列ＧＧＣＧＳ（ＧＧＧＧＳ）ｎ（配列番号５９２）を含み、配列中、ｎは、１、２、３、４、５、６、７、８、９または１０、例えば、１、２、または３である。
一部の例では、ペプチドリンカーは、アミノ酸配列ＧＧＧＣＳ（配列番号５８８）を含む。一部の例では、ペプチドリンカーは、アミノ酸配列ＧＧＧＣＳ（ＧＧＧＧＳ）ｎ（配列番号５８９）を含み、配列中、ｎは、１、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０、例えば、１、２、または３である。
一部の例では、ペプチドリンカーは、アミノ酸配列ＧＧＧＧＣ（配列番号５９０）を含む。一部の例では、ペプチドリンカーはアミノ酸配列ＧＧＧＧＣ（ＧＧＧＧＳ）ｎ（配列番号５９１）を含み、配列中、ｎは、１、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０、例えば、１、２、または３である。
以下は、ＨＬＡ－Ａ＊０２０１のアミノ酸付番（図７Ａに示す）に基づくＹ８４Ｃ置換及びＡ２３６Ｃ置換、または別のクラスＩ重鎖対立遺伝子の対応する位置における置換を含むＭＨＣクラスＩ重鎖の非限定的な例である。
ＨＬＡ－Ａ
一部の例では、本開示の多重ジスルフィド結合ヘテロ二量体または一本鎖ＴＭＰ（例えば、二重ジスルフィド結合ＴＭＰ）は、ｉ）ＫＲＡＳペプチド（例えば、４アミノ酸～２５アミノ酸の長さのＫＲＡＳペプチドであり、このペプチドがＭＨＣポリペプチドと複合体を形成する場合、ＴＣＲが結合し、例えば、ＫＲＡＳペプチドは、がん関連変異を含む）、ｉｉ）第１のＭＨＣポリペプチド、ｉｉｉ）ペプチドと第１のＭＨＣポリペプチドとの間のペプチドリンカー（ペプチドリンカーは、Ｃｙｓ残基を含み、第１のＭＨＣポリペプチドは、Ｃｙｓ残基を導入するアミノ酸置換を含むβ２Ｍポリペプチドである）、及びｉｖ）図２２Ａ（配列番号１４３）に示すアミノ酸配列に対して、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含むＨＬＡ－Ａ ＭＨＣクラスＩ重鎖を含む第２のポリペプチド（アミノ酸８４はＣｙｓであり、アミノ酸２３６はＣｙｓである）を含み、ＴＭＰは、少なくとも１つの免疫調節ポリペプチドを含む。一部の例では、ペプチドリンカーは、アミノ酸配列ＧＣＧＧＳ（配列番号１３９）を含む。一部の例では、ペプチドリンカーは、アミノ酸配列ＧＣＧＧＳ（ＧＧＧＧＳ）ｎ（配列番号１４０）を含み、配列中、ｎは、１～１０の整数、例えば、１，２または３である。一部の例では、β２Ｍポリペプチドは、Ｒ１２Ｃ置換を含む。例えば、β２Ｍポリペプチドには、図２１ＣＣ（配列番号１４４）に示すアミノ酸配列に対して、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含ませることができ、配列中、アミノ酸１２はＣｙｓである。少なくとも１つの免疫調節ポリペプチドは、免疫調節ポリペプチドの野生型またはバリアントであり得、例えば、サイトカイン（例えば、ＩＬ－２）、４－１ＢＢＬポリペプチド、ＣＤ８０ポリペプチド、ＣＤ８６ポリペプチド、またはそれらの組み合わせからなる群から選択される。一部の例では、少なくとも１つの免疫調節ポリペプチドは、本明細書中の他の箇所に記載されているように、親和性の低下したバリアント、例えば、親和性の低下したＩＬ－２のバリアントである。一部の例では、ＴＭＰは、Ｉｇ Ｆｃポリペプチド、例えば、図３Ｇに示すような細胞溶解を実質的に誘導しないヒトＩｇＧ１ Ｆｃを含む。
一部の例では、本開示の多重ジスルフィド結合ヘテロ二量体または一本鎖ＴＭＰ（例えば、二重ジスルフィド結合ＴＭＰ）は、ＨＬＡ－ＡクラスＩ重鎖ポリペプチドを含む。一部の例では、本開示の多重ジスルフィド結合ＴＭＰ（例えば、二重ジスルフィド結合ＴＭＰ）に存在するＨＬＡ－Ａ重鎖ポリペプチドは、図７Ａに示すＨＬＡ－Ａ＊０１０１、ＨＬＡ－Ａ＊０２０１、ＨＬＡ－Ａ＊０２０２、ＨＬＡ－Ａ＊１１０１、ＨＬＡ－Ａ＊２３０１、ＨＬＡ－Ａ＊２４０２、ＨＬＡ－Ａ＊２４０７、ＨＬＡ－Ａ＊３３０３、またはＨＬＡ－Ａ＊３４０１のアミノ酸配列に対して、少なくとも９５％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、ＨＬＡ－Ａ重鎖ポリペプチドは、Ｙ８４Ｃ及びＡ２３６Ｃ置換を含む。
一部の例では、本開示の複数のジスルフィド結合ヘテロ二量体または一本鎖ＴＭＰ（例えば、二重ジスルフィド結合ＴＭＰ）に存在するＨＬＡ－Ａ重鎖ポリペプチドは、以下の配列のうちの１つに対して、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含む：
（ｉ）図２２Ｂ（配列番号１４５）に示すＨＬＡ－Ａ＊０１０１（Ｙ８４Ｃ、Ａ２３６Ｃ）アミノ酸配列（アミノ酸８４はＣｙｓであり、アミノ酸２３６はＣｙｓである）、
（ｉｉ）図２２Ｃ（配列番号１４６）に示すＨＬＡ－Ａ＊０２０１（Ｙ８４Ｃ、Ａ２３６Ｃ）アミノ酸配列（アミノ酸８４はＣｙｓであり、アミノ酸２３６はＣｙｓである）、
（ｉｉｉ）図２２Ｄ（配列番号１４７）に示すＨＬＡ－Ａ＊０２０２（Ｙ８４Ｃ、Ａ２３６Ｃ）アミノ酸配列（アミノ酸８４はＣｙｓであり、アミノ酸２３６はＣｙｓである）、
（ｉｖ）図２２Ｅ（配列番号１４８）に示すＨＬＡ－Ａ＊１１０１（Ｙ８４Ｃ、Ａ２３６Ｃ）アミノ酸配列（アミノ酸８４はＣｙｓであり、アミノ酸２３６はＣｙｓである）、
（ｖ）図２２Ｆ（配列番号１４９）に示すＨＬＡ－Ａ＊２３０１（Ｙ８４Ｃ、Ａ２３６Ｃ）アミノ酸配列（アミノ酸８４はＣｙｓであり、アミノ酸２３６はＣｙｓである）、
（ｖｉ）図２２Ｇ（配列番号１５０）に示すＨＬＡ－Ａ＊２４０２（Ｙ８４Ｃ、Ａ２３６Ｃ）アミノ酸配列（アミノ酸８４はＣｙｓであり、アミノ酸２３６はＣｙｓである）、
（ｖｉｉ）図２２Ｈ（配列番号１５１）に示すＨＬＡ－Ａ＊２４０７（Ｙ８４Ｃ、Ａ２３６Ｃ）アミノ酸配列（アミノ酸８４はＣｙｓであり、アミノ酸２３６はＣｙｓである）、
（ｖｉｉｉ）図２２Ｉ（配列番号１５２）に示すＨＬＡ－Ａ＊３３０３（Ｙ８４Ｃ、Ａ２３６Ｃ）アミノ酸配列（アミノ酸８４はＣｙｓであり、アミノ酸２３６はＣｙｓである）、
（ｉｘ）図２２Ｊ（配列番号１５３）に示すＨＬＡ－Ａ＊３４０１（Ｙ８４Ｃ、Ａ２３６Ｃ）アミノ酸配列（アミノ酸８４はＣｙｓであり、アミノ酸２３６はＣｙｓである）。
ＨＬＡ－Ｂ
一部の例では、本開示の複数のジスルフィド結合ヘテロ二量体または一本鎖ＴＭＰ（例えば、二重ジスルフィド結合ＴＭＰ）は、ｉ）ＫＲＡＳペプチド（このペプチドがＴＭＰのＭＨＣポリペプチドと複合体を形成する場合、ＴＣＲが結合する）、ｉｉ）非天然Ｃｙｓ残基を含むβ２Ｍポリペプチド、ｉｉｉ）ＫＲＡＳペプチドとβ２Ｍポリペプチドとの間のペプチドリンカー、及びｉｖ）図２２Ｋ（配列番号１５４）に示す以下のアミノ酸配列に対して、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含むＨＬＡ－Ｂ ＭＨＣクラスＩ重鎖ポリペプチド（アミノ酸８４はＣｙｓであり、アミノ酸２３６はＣｙｓである）を含む。一部の例では、ペプチドリンカーは、アミノ酸配列ＧＣＧＧＳ（配列番号１３９）を含む。一部の例では、ペプチドリンカーはアミノ酸配列ＧＣＧＧＳ（ＧＧＧＧＳ）ｎ（配列番号１４０）を含み、配列中、ｎは、１～１０の整数、例えば、１、２または３である。一部の例では、β２Ｍポリペプチドは、Ｒ１２Ｃ置換を含む。例えば、β２Ｍポリペプチドは、図２１ＣＣ（配列番号１５５）のアミノ酸配列に対して、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含み得る（アミノ酸１２はＣｙｓである）。ＴＭＰの少なくとも１つの免疫調節ポリペプチドは、例えば、サイトカイン（例えば、ＩＬ－２）、４－１ＢＢＬ、ＣＤ８０、ＣＤ８６、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される、野生型またはバリアント型免疫調節ポリペプチドであり得る。一部の例では、少なくとも１つの免疫調節ポリペプチドは、本明細書の他の箇所に記載されているように、ＩＬ－２バリアントなどの低親和性バリアントである。一部の例では、ＴＭＰは、Ｉｇ Ｆｃポリペプチド、例えば、細胞溶解を実質的に誘発しないバリアント型ヒトＩｇＧ１ Ｆｃポリペプチドを含む。
一部の例では、本開示の多重ジスルフィド結合ヘテロ二量体または一本鎖ＴＭＰは、ＨＬＡ－ＢクラスＩ重鎖ポリペプチドを含む。一部の例では、本開示の多重ジスルフィド結合ＴＭＰ（例えば、二重ジスルフィド結合ＴＭＰ）に存在するＨＬＡ－Ｂ重鎖ポリペプチドは、図８Ａに示すＨＬＡ－Ｂ＊０７０２、ＨＬＡ－Ｂ＊０８０１、ＨＬＡ－Ｂ＊１５０２、ＨＬＡ－Ｂ＊３８０２、ＨＬＡ－Ｂ＊４００１、ＨＬＡ－Ｂ＊４６０１、またはＨＬＡ－Ｂ＊５３０１アミノ酸配列に対して、少なくとも９５％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、ＨＬＡ－Ｂ重鎖ポリペプチドはＹ８４Ｃ及びＡ２３６Ｃ置換を含む。
ＨＬＡ－Ｂ＊０７０２（Ｙ８４Ｃ、Ａ２３６Ｃ）
一部の例では、本開示の多重ジスルフィド結合ヘテロ二量体または一本鎖ＴＭＰ（例えば、二重ジスルフィド結合ＴＭＰ）に存在するＨＬＡ－Ｂ重鎖ポリペプチドは、以下の配列に対して、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含む（アミノ酸８４はＣｙｓであり、アミノ酸２３６はＣｙｓである）：
（ｉ）図２２Ｌ（配列番号１５６）に示すＨＬＡ－Ｂ＊０７０２（Ｙ８４Ｃ、Ａ２３６Ｃ）アミノ酸配列（アミノ酸８４はＣｙｓであり、アミノ酸２３６はＣｙｓである）、
（ｉｉ）図２２Ｍ（配列番号１５７）に示すＨＬＡ－Ｂ＊０８０１（Ｙ８４Ｃ、Ａ２３６Ｃ）アミノ酸配列（アミノ酸８４はＣｙｓであり、アミノ酸２３６はＣｙｓである）、
（ｉｉｉ）図２２Ｎ（配列番号１５８）に示すＨＬＡ－Ｂ＊１５０２（Ｙ８４Ｃ、Ａ２３６Ｃ）アミノ酸配列（アミノ酸８４はＣｙｓであり、アミノ酸２３６はＣｙｓである）、
（ｉｖ）図２２Ｏ（配列番号１５９）に示すＨＬＡ－Ｂ＊３８０２（Ｙ８４Ｃ、Ａ２３６Ｃ）アミノ酸配列（アミノ酸８４はＣｙｓであり、アミノ酸２３６はＣｙｓである）、
（ｖ）図２２Ｐ（配列番号１６０）に示すＨＬＡ－Ｂ＊４００１（Ｙ８４Ｃ、Ａ２３６Ｃ）アミノ酸配列（アミノ酸８４はＣｙｓであり、アミノ酸２３６はＣｙｓである）、
（ｖｉ）図２２Ｑ（配列番号１６１）に示すＨＬＡ－Ｂ＊４６０１（Ｙ８４Ｃ、Ａ２３６Ｃ）アミノ酸配列（アミノ酸８４はＣｙｓであり、アミノ酸２３６はＣｙｓである）、
（ｖｉｉ）図２２Ｒ（配列番号１６２）に示すＨＬＡ－Ｂ＊５３０１（Ｙ８４Ｃ、Ａ２３６Ｃ）アミノ酸配列（アミノ酸８４はＣｙｓであり、アミノ酸２３６はＣｙｓである）。
ＨＬＡ－Ｃ
一部の例では、本開示の多重ジスルフィド結合ヘテロ二量体または一本鎖ＴＭＰ（例えば、二重ジスルフィド結合ＴＭＰ）は、ｉ）ＫＲＡＳペプチド（このペプチドがＴＭＰのＭＨＣポリペプチドと複合体を形成する場合、ＴＣＲが結合する）、ｉｉ）非天然Ｃｙｓ残基を含むβ２Ｍポリペプチド、ｉｉｉ）ＫＲＡＳペプチドとβ２Ｍポリペプチドとの間のペプチドリンカー、及びｉｖ）図２２Ｓ（配列番号１６３）に示すアミノ酸配列に対して、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含むＨＬＡ－ＣＭＨＣクラスＩ重鎖アミノ酸配列（アミノ酸８４はＣｙｓであり、アミノ酸２３６はＣｙｓである）、ならびにｃ）少なくとも１つの免疫調節ポリペプチド（第１及び／または第２のポリペプチドは、少なくとも１つの免疫調節ポリペプチドを含む）を含む。一部の例では、ペプチドリンカーは、アミノ酸配列ＧＣＧＧＳ（配列番号１３９）を含む。一部の例では、ペプチドリンカーは、アミノ酸配列ＧＣＧＧＳ（ＧＧＧＧＳ）ｎ（配列番号１４０）を含み、配列中、ｎは、１～１０の整数、例えば、１、２または３である。一部の例では、β２Ｍポリペプチドは、Ｒ１２Ｃ置換を含む。例えば、β２Ｍポリペプチドは、図２１ＣＣ（配列番号１６４）に示す以下のアミノ酸配列に対して、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含み得る（アミノ酸１２はＣｙｓである）。少なくとも１つの免疫調節ポリペプチドは、例えば、サイトカイン（例えば、ＩＬ－２）、４－１ＢＢＬポリペプチド、ＣＤ８０ポリペプチド、ＣＤ８６ポリペプチド、またはそれらの組み合わせからなる群から選択される野生型またはバリアント型ポリペプチド免疫調節ポリペプチドを含む。一部の例では、少なくとも１つの免疫調節ポリペプチドは、本明細書中の他の箇所に記載されているように、親和性の低下したバリアント、例えば、親和性の低下したＩＬ－２のバリアントである。一部の例では、ＴＭＰは、Ｉｇ Ｆｃポリペプチド、例えば、細胞溶解を実質的に誘発しないバリアント型ヒトＩｇＧ１ Ｆｃポリペプチドを含む。
一部の例では、本開示の多重ジスルフィド結合ＴＭＰ（例えば、二重ジスルフィド結合ＴＭＰ）は、ＨＬＡ－ＣクラスＩ重鎖ポリペプチドを含む。一部の例では、本開示の多重ジスルフィド結合ＴＭＰ（例えば、二重ジスルフィド結合ＴＭＰ）に存在するＨＬＡ－Ｃ重鎖ポリペプチドは、図９Ａに示すＨＬＡ－Ｃ＊０１０２、ＨＬＡ－Ｃ＊０３０３、ＨＬＡ－Ｃ＊０３０４、ＨＬＡ－Ｃ＊０４０１、ＨＬＡ－Ｃ＊０６０２、ＨＬＡ－Ｃ＊０７０１、ＨＬＡ－Ｃ＊０７０２、ＨＬＡ－Ｃ＊０８０１、またはＨＬＡ－Ｃ＊１５０２アミノ酸配列に対して、少なくとも９５％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、ＨＬＡ－Ｃ重鎖ポリペプチドは、Ｙ８４Ｃ及びＡ２３６Ｃ置換を含む。
一部の例では、本開示の多重ジスルフィド結合ＴＭＰ（例えば、二重ジスルフィド結合ＴＭＰ）に存在するＨＬＡ－Ｃ重鎖ポリペプチドは、以下の配列のうちの１つに対して、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含む：
（ｉ）図２２Ｔ（配列番号１６５）に示すＨＬＡ－Ｃ＊０１：０２（Ｙ８４Ｃ、Ａ２３６Ｃ）アミノ酸配列（アミノ酸８４はＣｙｓであり、アミノ酸２３６はＣｙｓである）
（ｉｉ）図２２Ｕ（配列番号１６６）に示すＨＬＡ－Ｃ＊０３：０３（Ｙ８４Ｃ、Ａ２３６Ｃ）アミノ酸配列（アミノ酸８４はＣｙｓであり、アミノ酸２３６はＣｙｓである）
（ｉｉｉ）図２２Ｖ（配列番号１６７）に示すＨＬＡ－Ｃ＊０３：０４（Ｙ８４Ｃ、Ａ２３６Ｃ）アミノ酸配列（アミノ酸８４はＣｙｓであり、アミノ酸２３６はＣｙｓである）
（ｉｖ）図２２Ｗ（配列番号１６８）に示すＨＬＡ－Ｃ＊０４：０１（Ｙ８４Ｃ、Ａ２３６Ｃ）アミノ酸配列（アミノ酸８４はＣｙｓであり、アミノ酸２３６はＣｙｓである）
（ｖ）図２２Ｘ（配列番号１６９）に示すＨＬＡ－Ｃ＊０６：０２（Ｙ８４Ｃ、Ａ２３６Ｃ）アミノ酸配列（アミノ酸８４はＣｙｓであり、アミノ酸２３６はＣｙｓである）
（ｖｉ）図２２Ｙ（配列番号１７０）に示すＨＬＡ－Ｃ＊０７：０１（Ｙ８４Ｃ、Ａ２３６Ｃ）アミノ酸配列（アミノ酸８４はＣｙｓであり、アミノ酸２３６はＣｙｓである）
（ｖｉｉ）図２２Ｚ（配列番号１７１）に示すＨＬＡ－Ｃ＊０７：０２（Ｙ８４Ｃ、Ａ２３６Ｃ）アミノ酸配列（アミノ酸８４はＣｙｓであり、アミノ酸２３６はＣｙｓである）
（ｖｉｉｉ）図２２ＡＡ（配列番号１７２）に示すＨＬＡ－Ｃ＊０８：０１（Ｙ８４Ｃ、Ａ２３６Ｃ）アミノ酸配列（アミノ酸８４はＣｙｓであり、アミノ酸２３６はＣｙｓである）、及び
（ｉｘ）図２２ＢＢ（配列番号１７３）に示すＨＬＡ－Ｃ＊１５：０２（Ｙ８４Ｃ、Ａ２３６Ｃ）アミノ酸配列（アミノ酸８４はＣｙｓであり、アミノ酸２３６はＣｙｓである）。
抗原を提示するジスルフィド結合ＴＭＰ（すなわち、ＭＯＤを欠くＴＭＰ）
本開示は、ヘテロ二量体または一本鎖ポリペプチド（または２つのそのようなポリペプチドのホモ二量体）を含む抗原提示ポリペプチド（ＡＰＰ）を提供し、当該ＡＰＰは、ｉ）ＫＲＡＳペプチド（このペプチドがＴＭＰのＭＨＣポリペプチドと複合体を形成するとき、このペプチドはＴＣＲにより結合される）、ｉｉ）任意選択で非天然Ｃｙｓ残基を含む、β２Ｍポリペプチド、ｉｉｉ）ＫＲＡＳペプチドとβ２Ｍポリペプチドとの間のペプチドリンカー（当該リンカーは任意選択でＣｙｓ残基を含む）、及びｉｖ）図２１Ａ～２１ＡＡ、２１ＤＤ～２１ＦＦ、２１ＨＨ～２１ＪＪ、または２２Ａ～２２ＢＢに示すアミノ酸配列のいずれかに対して、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含むＨＬＡ－Ｃ ＭＨＣクラスＩ重鎖を含む。当該ヘテロ二量体または一本鎖ＡＰＰは、上記の多重ジスルフィド結合ヘテロ二量体または一本鎖ＴＭＰのいずれかと同じ構成であり、かつそれらと同じ方式で単一または多重ジスルフィド結合することができ、唯一の違いは、上述のＴＭＰとは異なり、ＡＰＰにはＭＯＤが含まれていないことである。上述のように、本明細書中で言及されるジスルフィド結合は、ＡＰＰのＩｇ Ｆｃポリペプチド、例えば、図３ＧのヒトＩｇＧ１ Ｆｃポリペプチドなどの細胞溶解を実質的に誘発しないＩｇ Ｆｃポリペプチド間のジスルフィド結合を指すことを意図するものではない。
ヘテロ二量体ＡＰＰの例として、ａ）ｉ）図１９Ｏに示す「４０２７」ポリペプチド、及びｉｉ）図１４Ｑに示す「４０３０」ポリペプチドを含むＡＰＰ、ｂ）ｉ）図１９Ｏに示す「４０２７」ポリペプチド、及びｉｉ）図１４Ｋに示す「４０２９」ポリペプチドを含むＡＰＰが挙げられる。一本鎖ＡＰＰの例として、「４２３８」（図１９Ｇ）、「４２４１」（図１９Ｈ）、及び「４３３４」（図１９Ｉ）と呼ばれるポリペプチドが挙げられる。
本開示のＡＰＰは、診断用途及び治療用途に有用である。以下で述べるように、診断用途に使用する場合、ＡＰＰに、検出可能な標識を含ませることもでき、それにより、標的Ｔ細胞へのＡＰＰの結合が、検出可能な標識を検出することによって検出される。
したがって、本開示は、抗原特異的Ｔ細胞を検出する方法を提供する。方法は、Ｔ細胞を本開示のＡＰＰと接触させ、Ｔ細胞へのＡＰＰの結合を検出することを含む。本開示は、抗原特異的Ｔ細胞を検出する方法を提供し、方法は、Ｔ細胞を本開示のＡＰＰと接触させることを含み、Ｔ細胞へのＡＰＰの結合は、Ｔ細胞が、ＡＰＰに存在するエピトープに特異的であることを示す。
一部の例では、ＡＰＰは検出可能な標識を含む。好適な検出可能な標識として、放射性同位元素、蛍光ポリペプチド、または蛍光生成物を生成する酵素、及び着色生成物を生成する酵素が挙げられるが、これらに限定されない。ＡＰＰが検出可能な標識を含む場合、Ｔ細胞へのＡＰＰの結合は、検出可能な標識を検出することによって検出される。
一部の例では、本開示のＡＰＰは、インビボイメージングでの使用に適した、例えば、ポジトロン放出断層撮影（ＰＥＴ）、単一光子放出断層撮影（ＳＰＥＣＴ）、近赤外（ＮＩＲ）光学イメージング、Ｘ線イメージング、コンピューター断層撮影（ＣＡＴ）、磁気共鳴イメージング（ＭＲＩ）、または他のインビボイメージング法での使用に適した検出可能な標識を含む。インビボイメージングに適した標識の例として、ガドリニウムキレート剤（例えば、ＤＴＰＡ（ジエチレントリアミン五酢酸）、ＤＴＰＡ－ビスメチルアミド（ＢＭＡ）、ＤＯＴＡ（ドデカン四酢酸）、またはＨＰ－ＤＯ３Ａ（１，４，７－トリス（カルボキシメチル）－１０－（２’－ヒドロキシプロピル）－１，４，７，１０－テトラアザサイクルオドデカン）を含むガドリニウムキレート剤）、鉄キレート剤、マグネシウムキレート剤、マンガンキレート剤、銅キレート剤、クロムキレート剤、ヨウ素系物質、及び放射性核種が挙げられる。好適な放射性核種として、１２３Ｉ、１２５Ｉ、１３０Ｉ、１３１Ｉ、１３３Ｉ、１３５Ｉ、４７Ｓｃ、７２Ａｓ、７２Ｓｅ、９０Ｙ、８８Ｙ、９７Ｒｕ、１００Ｐｄ、１０１ｍＲｈ、１１９Ｓｂ、１２８Ｂａ、１９７Ｈｇ、２１１Ａｔ、２１２Ｂｉ、２１２Ｐｂ、１０９Ｐｄ、１１１Ｉｎ、６７Ｇａ、６８Ｇａ、６４Ｃｕ、６７Ｃｕ、７５Ｂｒ、７７Ｂｒ、９９ｍＴｃ、１４Ｃ、１３Ｎ、１５Ｏ、３２Ｐ、３３Ｐ、及び１８Ｆが挙げられるが、これらに限定されない。一部の例では、検出可能な標識は、１１Ｃ、１３Ｎ、１５Ｏ、１８Ｆ、６４Ｃｕ、６８Ｇａ、７８Ｂｒ、８２Ｒｂ、８６Ｙ、９０Ｙ、２２Ｎａ、２６Ａｌ、４０Ｋ、８３Ｓｒ、８９Ｚｒ、または１２４Ｉなどの陽電子放出同位体である。一部の例では、検出可能な標識は６４Ｃｕである。例えば、Ｗｏｏｄｈａｍ，Ａｎｄｒｅｗ ｅｔ ａｌ．，Ｉｎ ｖｉｖｏ ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ ｏｆ ａｎｔｉｇｅｎ－ｓｐｅｃｉｆｉｃ ＣＤ８＋ Ｔ ｃｅｌｌｓ ｂｙ ｉｍｍｕｎｏ－ｐｏｓｉｔｒｏｎ ｅｍｉｓｓｉｏｎ ｔｏｍｏｇｒａｐｈｙ，Ｎａｔｕｒｅ Ｍｅｔｈｏｄｓ Ａｒｔｉｃｌｅｓ（２０２０） ｈｔｔｐｓ：／／ｄｏｉ．ｏｒｇ／１０．１０３８／ｓ４１５９２－０２０－０９３４－５を参照されたい。
好適な蛍光タンパク質として、緑色蛍光タンパク質（ＧＦＰ）またはそのバリアント、ＧＦＰの青色蛍光バリアント（ＢＦＰ）、ＧＦＰのシアン蛍光バリアント（ＣＦＰ）、ＧＦＰの黄色蛍光バリアント（ＹＦＰ）、高感度ＧＦＰ（ＥＧＦＰ）、高感度ＣＦＰ（ＥＣＦＰ）、高感度ＹＦＰ（ＥＹＦＰ）、ＧＦＰＳ６５Ｔ、Ｅｍｅｒａｌｄ、Ｔｏｐａｚ（ＴＹＦＰ）、Ｖｅｎｕｓ、Ｃｉｔｒｉｎｅ、ｍＣｉｔｒｉｎｅ、ＧＦＰｕｖ、不安定化ＥＧＦＰ（ｄＥＧＦＰ）、不安定化ＥＣＦＰ（ｄＥＣＦＰ）、不安定化ＥＹＦＰ （ｄＥＹＦＰ）、ｍＣＦＰｍ、Ｃｅｒｕｌｅａｎ、Ｔ－Ｓａｐｐｈｉｒｅ、ＣｙＰｅｔ、ＹＰｅｔ、ｍＫＯ、ＨｃＲｅｄ、ｔ－ＨｃＲｅｄ、ＤｓＲｅｄ、ＤｓＲｅｄ２、ＤｓＲｅｄ単量体、Ｊ－Ｒｅｄ、ｄｉｍｅｒ２、ｔ－ｄｉｍｅｒ２（１２）、ｍＲＦＰ１、ｐｏｃｉｌｌｏｐｏｒｉｎ、Ｒｅｎｉｌｌａ ＧＦＰ、Ｍｏｎｓｔｅｒ ＧＦＰ、ｐａＧＦＰ、Ｋａｅｄｅタンパク質及びｋｉｎｄｌｉｎｇタンパク質、Ｂ－フィコエリトリン、Ｒ－フィコエリトリン及びアロフィコシアニンを含むフィコビリタンパク質及びフィコビリタンパク質複合体が挙げられるが、これらに限定されない。蛍光タンパク質の他の例として、ｍＨｏｎｅｙｄｅｗ、ｍＢａｎａｎａ、ｍＯｒａｎｇｅ、ｄＴｏｍａｔｏ、ｔｄＴｏｍａｔｏ、ｍＴａｎｇｅｒｉｎｅ、ｍＳｔｒａｗｂｅｒｒｙ、ｍＣｈｅｒｒｙ、ｍＧｒａｐｅ１、ｍＲａｓｐｂｅｒｒｙ、ｍＧｒａｐｅ２、ｍＰｌｕｍ（Ｓｈａｎｅｒ ｅｔ ａｌ．（２００５）Ｎａｔ．Ｍｅｔｈｏｄｓ ２：９０５－９０９）などが挙げられる。例えば、Ｍａｔｚ ｅｔ ａｌ．（１９９９）Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．１７：９６９－９７３に記載されている、花虫類由来の様々な蛍光及び着色タンパク質のいずれかが、使用に適している。
好適な酵素として、西洋ワサビペルオキシダーゼ（ＨＲＰ）、アルカリホスファターゼ（ＡＰ）、βガラクトシダーゼ（ＧＡＬ）、グルコース－６－リン酸デヒドロゲナーゼ、β－Ｎ－アセチルグルコサミニダーゼ、β－グルクロニダーゼ、インベルターゼ、キサンチンオキシダーゼ、ホタルルシフェラーゼ、グルコースオキシダーゼ（ＧＯ）などが挙げられる。
一部の例では、Ｔ細胞へのＡＰＰの結合を、検出可能に標識されたＡＰＰ特異的抗体を使用して検出する。ＡＰＰ特異的抗体には、放射性同位元素、蛍光ポリペプチド、または蛍光産物を生成する酵素、または着色産物を生成する酵素などの検出可能な標識を含ませることができる。
一部の例では、検出されるＴ細胞を、複数のＴ細胞を含む試料中に存在させる。例えば、検出されるＴ細胞を、１０～１０９個のＴ細胞、例えば、１０～１０２個、１０２個～１０４個、１０４個～１０６個、１０６個～１０７個、１０７個～１０８個、または１０８個～１０９個、または１０９個超のＴ細胞を含む試料中に存在させることができる。
ＨＬＡ／ペプチド結合アッセイ
所与のペプチド（例えば、ＫＲＡＳエピトープを含むＫＲＡＳペプチド）がクラスＩ ＨＬＡ（ＨＬＡ重鎖及びβ２Ｍポリペプチドを含む）に結合するかどうか、及びＨＬＡ複合体に結合した場合にＴＣＲに対してエピトープを効果的に提示できるかどうかを、多くの周知の方法のいずれかを使用して決定することができる。アッセイには、結合アッセイ及びＴ細胞活性化アッセイが含まれ、細胞ベースの結合アッセイ、生化学的結合アッセイ、Ｔ細胞活性化アッセイ、ＥＬＩＳＰＯＴアッセイ、細胞傷害性アッセイ、及びペプチド－ＨＬＡテトラマーによる抗原特異的Ｔ細胞の検出が含まれる。そのようなアッセイは、公開科学文献ならびに公開ＰＣＴ出願ＷＯ２０２０１３２１３８Ａ１に記載されており、それらの開示は、それらが特異的結合アッセイに関するものとして、具体的には段落［００２１７］～［００２２５］を含めて、参照により本明細書に明示的に援用される。
別の例として、ペプチド－ＨＬＡ複合体の多量体（例えば、四量体）を、蛍光または重金属タグで生成する。次いで、多量体を使用して、フローサイトメトリー（ＦＡＣＳ）またはマスサイトメトリー（ＣｙＴＯＦ）を介して特異的Ｔ細胞を同定し、定量化することができる。エピトープ特異的Ｔ細胞の検出は、ペプチド結合ＨＬＡ分子が抗原特異的Ｔ細胞のサブセット上の特定のＴＣＲに結合することができるという直接的なエビデンスを提供する。例えば、Ｋｌｅｎｅｒｍａｎ ｅｔ ａｌ．（２００２）Ｎａｔｕｒｅ Ｒｅｖｉｅｗｓ Ｉｍｍｕｎｏｌ．２：２６３を参照のこと。
免疫調節ポリペプチド
一部の例では、本開示のＴＭＰに存在する免疫調節ポリペプチドすなわち「ＭＯＤ」は、野生型免疫調節ポリペプチドである。他の例では、本開示のＴＭＰに存在する免疫調節ポリペプチドは、共刺激ポリペプチドに対する親和性が、対応する野生型の免疫調節ポリペプチドの当該共刺激ポリペプチドに対する親和性に比べて低い、バリアント型免疫調節ポリペプチドである。共刺激ドメインに対する低い親和性を示す好適な免疫調節ドメインは、野生型免疫調節ドメインとの１アミノ酸（ａａ）～２０ａａの差異を有し得る。例えば、一部の例では、本開示のＴＭＰ内に存在するバリアント型免疫調節ポリペプチドは、対応する野生型免疫調節ポリペプチドとは、１ａａ、２ａａ、３ａａ、４ａａ、５ａａ、６ａａ、７ａａ、８ａａ、９ａａ、または１０ａａ分、アミノ酸配列が異なる。別の例として、一部の例では、本開示のＴＭＰ内に存在するバリアント型免疫調節ポリペプチドは、対応する野生型免疫調節ポリペプチドとは、１１ａａ、１２ａａ、１３ａａ、１４ａａ、１５ａａ、１６ａａ、１７ａａ、１８ａａ、１９ａａ、または２０ａａ分、アミノ酸配列が異なる。
免疫調節性ポリペプチド及びその同族共刺激ポリペプチドの例示的なペアとして、以下の表１に記載のペアが挙げられるが、これらに限定されない。
（表１）
Figure 2022548472000007
一部の例では、本開示のＴＭＰ内に存在するバリアント型免疫調節ポリペプチドは、同族共刺激ポリペプチドに対して、１００ｎＭ～１００μＭの結合親和性を有する。例えば、一部の例では、本開示のＴＭＰ内に存在するバリアント型免疫調節ポリペプチドは、同族共刺激ポリペプチドに対して、約１００ｎＭ～１５０ｎＭ、約１５０ｎＭ～約２００ｎＭ、約２００ｎＭ～約２５０ｎＭ、約２５０ｎＭ～約３００ｎＭ、約３００ｎＭ～約３５０ｎＭ、約３５０ｎＭ～約４００ｎＭ、約４００ｎＭ～約５００ｎＭ、約５００ｎＭ～約６００ｎＭ、約６００ｎＭ～約７００ｎＭ、約７００ｎＭ～約８００ｎＭ、約８００ｎＭ～約９００ｎＭ、約９００ｎＭ～約１μＭ、約１μＭ～約５μＭ、約５μＭ～約１０μＭ、約１０μＭ～約１５μＭ、約１５μＭ～約２０μＭ、約２０μＭ～約２５μＭ、約２５μＭ～約５０μＭ、約５０μＭ～約７５μＭ、または、約７５μＭ～約１００μＭの結合親和性を有する。
本開示のＴＭＰ内に存在するバリアント型免疫調節ポリペプチドは、同族共刺激ポリペプチドに対して、低下した親和性を示す。同様に、バリアント型免疫調節ポリペプチドを含む本開示のＴＭＰは、同族共刺激ポリペプチドに対して、低下した親和性を示す。それゆえ、例えば、バリアント型免疫調節ポリペプチドを含む本開示のＴＭＰは、同族共刺激ポリペプチドに対して、１００ｎＭ～１００μＭの結合親和性を有する。例えば、一部の例では、バリアント型免疫調節ポリペプチドを含む本開示のＴＭＰは、同族共刺激ポリペプチドに対して、約１００ｎＭ～１５０ｎＭ、約１５０ｎＭ～約２００ｎＭ、約２００ｎＭ～約２５０ｎＭ、約２５０ｎＭ～約３００ｎＭ、約３００ｎＭ～約３５０ｎＭ、約３５０ｎＭ～約４００ｎＭ、約４００ｎＭ～約５００ｎＭ、約５００ｎＭ～約６００ｎＭ、約６００ｎＭ～約７００ｎＭ、約７００ｎＭ～約８００ｎＭ、約８００ｎＭ～約９００ｎＭ、約９００ｎＭ～約１μＭ、約１μＭ～約５μＭ、約５μＭ～約１０μＭ、約１０μＭ～約１５μＭ、約１５μＭ～約２０μＭ、約２０μＭ～約２５μＭ、約２５μＭ～約５０μＭ、約５０μＭ～約７５μＭ、または、約７５μＭ～約１００μＭの結合親和性を有する。
図１７に概略的に示すように、免疫調節ポリペプチド（すなわち、１つ以上の免疫調節ポリペプチド）を、本開示のヘテロ二量体ＴＭＰの様々な位置のいずれかに存在させることができる。図１７は、バリアント型ＩＬ－２ポリペプチドの２つのコピーの位置を示すが、免疫調節ポリペプチドは、本明細書に記載のような、任意の数の任意の様々な免疫調節ポリペプチドであり得る。図１７に示すように、免疫調節ポリペプチドを、１）ＭＨＣクラスＩ重鎖のＮ末端側、２）ＭＨＣクラスＩ重鎖のＣ末端側かつＩｇ ＦｃポリペプチドのＮ末端側、言い換えれば、ＭＨＣクラスＩ重鎖とＩｇ Ｆｃポリペプチドの間、３）Ｉｇ ＦｃポリペプチドのＣ末端側、４）ペプチドエピトープのＮ末端側、または５）β２ＭポリペプチドのＣ末端側とすることができる。
図１８に概略的に示すように、免疫調節ポリペプチド（すなわち、１つ以上の免疫調節ポリペプチド）を、本開示の一本鎖ＴＭＰの様々な位置のいずれかに存在させることができる。図１８は、バリアント型ＩＬ－２ポリペプチドの２つのコピーの位置を示すが、免疫調節ポリペプチドは、本明細書に記載のような、任意の数の任意の様々な免疫調節ポリペプチドであり得る。図１８に示すように、免疫調節ポリペプチドを、１）ＭＨＣクラスＩ重鎖のＣ末端側かつＩｇ ＦｃポリペプチドのＮ末端側、２）Ｉｇ ＦｃポリペプチドのＣ末端側、または３）ペプチドエピトープのＮ末端側とすることができる。
免疫調節ポリペプチド及びバリアント（低親和性バリアントを含む）、例えば、ＰＤ－Ｌ１、ＣＤ８０、ＣＤ８６、４－１ＢＢＬ、及びＩＬ－２は、公開文献、例えば、公開ＰＣＴ出願ＷＯ２０２０１３２１３８Ａ１及びＷＯ２０１９／０５１０９１に記載されており、その開示は、それらがＰＤ－Ｌ１、ＣＤ８０、ＣＤ８６、４－１ＢＢＬ、ＩＬ－２の免疫調節ポリペプチド及び特定のバリアント型免疫調節ポリペプチドに関連するものとして、ＷＯ２０２０１３２１３８Ａ１の段落［００２６０］～［００４５５］及びＷＯ２０１９／０５１０９１の段落［００１５７］－［００３５２］を含めて、参照により本明細書に明示的に援用される。
サイトカインＩＬ－２のバリアントであるＭＯＤは特に興味深い。野生型ＩＬ－２は、Ｔ細胞表面のＩＬ－２受容体（ＩＬ－２Ｒ）に結合する。野生型ＩＬ－２はＩＬ－２Ｒに対して強い親和性を有し、結合してほとんどまたは実質的にすべてのＣＤ８＋Ｔ細胞を活性化させる。このため、薬剤アルデスロイキン（商品名Ｐｒｏｌｅｕｋｉｎ（登録商標））などの野生型ＩＬ－２の合成形態は、がんの治療のためにヒトに投与すると、標的Ｔ細胞と非標的Ｔ細胞の両方を無差別に活性化させるため、重篤な副作用があることが知られている。
ＩＬ－２受容体は、一部の例では、α鎖（ＩＬ－２Ｒα、ＣＤ２５とも呼ばれる）、β鎖（ＩＬ－２Ｒβ、ＣＤ１２２とも呼ばれる）、及びγ鎖（ＩＬ－２Ｒγ、ＣＤ１３２とも呼ばれる）を含むヘテロ三量体ポリペプチドである。ヒトＩＬ－２（配列番号１５）、ヒトＩＬ－２Ｒα（配列番号１６）、ＩＬ２Ｒβ（配列番号１７）、及びＩＬ－２Ｒγ（配列番号１８）のアミノ酸配列は既知である。例えば、上記の公開ＰＣＴ出願ＷＯ２０２０１３２１３８Ａ１及びＷＯ２０１９／０５１０９１を参照されたい。
一部の例では、本開示のＩＬ－２バリアント型ＭＯＤは、ＩＬ－２Ｒαへの結合が実質的に低下しているか、または全く結合を示さず、それにより、ＩＬ－２バリアントによるＴｒｅｇの活性化を最小化または実質的に低下させる。一部の例では、本開示のＩＬ－２バリアント型ＭＯＤは、ＩＬ－２Ｒβ及び／またはＩＬ－２Ｒγに対する親和性が低下しており、それにより、ＩＬ－２バリアント型ＭＯＤは、ＩＬ－２Ｒに対して全体的に低い親和性を示す。一部の例では、本開示のＩＬ－２バリアント型ＭＯＤは、両方の特性を示し、すなわち、ＩＬ－２Ｒαへの結合が実質的に低下しているか、または全く結合を示さず、かつＩＬ－２Ｒβ及び／またはＩＬ－２Ｒγに対する親和性が低下しており、それにより、ＩＬ－２バリアント型ポリペプチドは、ＩＬ－２Ｒに対して全体的に低い親和性を示す。実質的にＩＬ－２Ｒαに結合せずかつＩＬ－２Ｒβに対する親和性が低下しているバリアントを含む、そのようなバリアントを含むＴＭＰは、ＴＭＰ上のペプチドエピトープに特異的な標的ＴＣＲを有するＴ細胞上のＩＬ－２受容体に優先的に結合して活性化させる能力を示したが、それゆえ、非標的Ｔ細胞、すなわち、ＴＭＰ上のペプチドエピトープに特異的に結合するＴＣＲを有さないＴ細胞にＩＬ－２を送達する可能性は低い。すなわち、Ｔ細胞上の共刺激ポリペプチドへのＩＬ－２バリアント型ＭＯＤの結合は、Ｉｌ－２の結合によってではなく、ＭＨＣ－エピトープ部分の結合によって実質的に駆動される。
したがって、好適なＩＬ－２バリアント型ＭＯＤは、ＩＬ－２Ｒについて、配列番号１５に記載のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含むポリペプチドを含む。一部の例では、本開示のそのようなバリアント型ＩＬ－２ポリペプチドは、配列番号１５に記載のアミノ酸配列を含むＩＬ－２ポリペプチドの結合親和性と比較して低い、ＩＬ－２Ｒに対する結合親和性を示す。例えば、一部の例では、バリアント型ＩＬ－２ポリペプチドは、同じ条件下でアッセイした場合に、配列番号１５に記載のアミノ酸配列を含むＩＬ－２ポリペプチドのＩＬ－２Ｒ（例えば、配列番号１６～１８に記載のアミノ酸配列を含むポリペプチドを含むＩＬ－２Ｒ）に対する結合親和性と比較して、少なくとも１０％低い、少なくとも１５％低い、少なくとも２０％低い、少なくとも２５％低い、少なくとも３０％低い、少なくとも３５％低い、少なくとも４０％低い、少なくとも４５％低い、少なくとも５０％低い、少なくとも５５％低い、少なくとも６０％低い、少なくとも６５％低い、少なくとも７０％低い、少なくとも７５％低い、少なくとも８０％低い、少なくとも８５％低い、少なくとも９０％低い、少なくとも９５％低い、または９５％超低い結合親和性でＩＬ－２Ｒに結合する。一部の例では、そのようなバリアント型ＩＬ－２ポリペプチドは、ＩＬ－２Ｒに対して、１００ｎＭ～１００μＭの結合親和性を有する。別の例として、一部の例では、バリアント型ＩＬ－２ポリペプチドは、ＩＬ－２Ｒ（例えば、配列番号１６～１８に記載のアミノ酸配列を含むポリペプチドを含むＩＬ－２Ｒ）に対して、約１００ｎＭ～１５０ｎＭ、約１５０ｎＭ～約２００ｎＭ、約２００ｎＭ～約２５０ｎＭ、約２５０ｎＭ～約３００ｎＭ、約３００ｎＭ～約３５０ｎＭ、約３５０ｎＭ～約４００ｎＭ、約４００ｎＭ～約５００ｎＭ、約５００ｎＭ～約６００ｎＭ、約６００ｎＭ～約７００ｎＭ、約７００ｎＭ～約８００ｎＭ、約８００ｎＭ～約９００ｎＭ、約９００ｎＭ～約１μＭ、約１μＭ～約５μＭ、約５μＭ～約１０μＭ、約１０μＭ～約１５μＭ、約１５μＭ～約２０μＭ、約２０μＭ～約２５μＭ、約２５μＭ～約５０μＭ、約５０μＭ～約７５μＭ、または約７５μＭ～約１００μＭの結合親和性を有する。
一部の例では、好適なバリアント型ＩＬ－２ポリペプチドは、アミノ酸酸配列：
Figure 2022548472000008
（配列番号２４１）に対して、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、すなわち、バリアント型ＩＬ－２ポリペプチドは、野生型ＩＬ－２のアミノ酸配列を有しているが、Ｈ１６Ａ及びＦ４２Ａ置換（太字で示されている）を有する。あるいは、前述の配列であるが、Ｈ１６及び／またはＦ４２でのＡｌａ以外の置換を使用してもよく、例えば、Ｈ１６Ａの代わりにＨ１６Ｔを使用してもよい。
スキャフォールドポリペプチド
本開示のＴＭＰは、Ｆｃポリペプチドを含んでもよいし、別の好適なスキャフォールドポリペプチドを含んでもよい。
好適なスキャフォールドポリペプチドとしては、抗体ベースのスキャフォールドポリペプチド及び非抗体ベースのスキャフォールドが挙げられる。非抗体ベースのスキャフォールドとしては、例えば、アルブミン、ＸＴＥＮ（伸長組換え）ポリペプチド、トランスフェリン、Ｆｃ受容体ポリペプチド、エラスチン様ポリペプチド（例えば、Ｈａｓｓｏｕｎｅｈ ｅｔ ａｌ．（２０１２）Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｅｎｚｙｍｏｌ．５０２：２１５を参照のこと。例えば、（Ｖａｌ－Ｐｒｏ－Ｇｌｙ－Ｘ－Ｇｌｙ、配列番号５６１）（式中、Ｘは、プロリン以外の任意のアミノ酸）のペンタペプチド繰り返し単位を含むポリペプチド）、アルブミン結合ポリペプチド、シルク様ポリペプチド（例えば、Ｖａｌｌｕｚｚｉ ｅｔ ａｌ．（２００２）Ｐｈｉｌｏｓ Ｔｒａｎｓ Ｒ Ｓｏｃ Ｌｏｎｄ Ｂ Ｂｉｏｌ Ｓｃｉ．３５７：１６５を参照のこと）、シルク－エラスチン様ポリペプチド（ＳＥＬＰ、例えば、Ｍｅｇｅｅｄ ｅｔ ａｌ．（２００２）Ａｄｖ Ｄｒｕｇ Ｄｅｌｉｖ Ｒｅｖ．５４：１０７５を参照のこと）などが挙げられる。好適なＸＴＥＮポリペプチドとしては、例えば、ＷＯ２００９／０２３２７０、ＷＯ２０１０／０９１１２２、ＷＯ２００７／１０３５１５、ＵＳ２０１０／０１８９６８２、及びＵＳ２００９／００９２５８２に開示されているＸＴＥＮポリペプチドが挙げられるが、Ｓｃｈｅｌｌｅｎｂｅｒｇｅｒ ｅｔ ａｌ．（２００９）Ｎａｔ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．２７：１１８６もまた参照されたい。好適なアルブミンポリペプチドとしては、例えば、ヒト血清アルブミンが挙げられる。
好適なスキャフォールドポリペプチドは、一部の例では、半減期を延長するポリペプチドである。それゆえ、一部の例では、好適なスキャフォールドポリペプチドは、スキャフォールドポリペプチドを欠く対照ＴＭＰと比較して、ＴＭＰのインビボ半減期（例えば、血清中半減期）を延長する。例えば、一部の例では、スキャフォールドポリペプチドは、スキャフォールドポリペプチドを欠く対照ＴＭＰと比較して、ＴＭＰのインビボ半減期（例えば、血清中半減期）を、少なくとも約１０％、少なくとも約１５％、少なくとも約２０％、少なくとも約２５％、少なくとも約５０％、少なくとも約２倍、少なくとも約２．５倍、少なくとも約５倍、少なくとも約１０倍、少なくとも約２５倍、少なくとも約５０倍、少なくとも約１００倍、または１００倍超延長する。１つの例として、一部の例では、Ｆｃポリペプチドは、Ｆｃポリペプチドを欠く対照ＴＭＰと比較して、ＴＭＰのインビボ半減期（例えば、血清中半減期）を、少なくとも約１０％、少なくとも約１５％、少なくとも約２０％、少なくとも約２５％、少なくとも約５０％、少なくとも約２倍、少なくとも約２．５倍、少なくとも約５倍、少なくとも約１０倍、少なくとも約２５倍、少なくとも約５０倍、少なくとも約１００倍、または１００倍超延長する。
Ｆｃポリペプチド
一部の例では、本開示のＴＭＰの第１及び／または第２のポリペプチド鎖はＦｃポリペプチドを含む。本開示のＴＭＰのＦｃポリペプチドは、ヒトＩｇＧ１ Ｆｃ、ヒトＩｇＧ２ Ｆｃ、ヒトＩｇＧ３ Ｆｃ、ヒトＩｇＧ４ Ｆｃなどであってもよい。一部の例では、Ｆｃポリペプチドは、図３Ａ～図３Ｇに記載のＦｃ領域のアミノ酸配列に対して、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％、または１００％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。一部の例では、Ｆｃ領域は、図３Ａに記載のヒトＩｇＧ１ Ｆｃポリペプチドに対して、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％、または１００％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、任意選択でＮ７７の置換を含み、例えば、ＦｃポリペプチドはＮ７７Ａ置換を含む。一部の例では、Ｆｃポリペプチドは、図３Ａに記載のヒトＩｇＧ２ Ｆｃポリペプチドに対して、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％、または１００％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、例えば、Ｆｃポリペプチドは、図３Ａに記載のヒトＩｇＧ２ Ｆｃポリペプチドのアミノ酸９９～３２５に対して、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％、または１００％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。一部の例では、Ｆｃポリペプチドは、図３Ａに記載のヒトＩｇＧ３ Ｆｃポリペプチドに対して、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％、または１００％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、例えば、Ｆｃポリペプチドは、図３Ａに記載のヒトＩｇＧ３ Ｆｃポリペプチドのアミノ酸１９～２４６に対して、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％、または１００％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。一部の例では、Ｆｃポリペプチドは、図３Ｂに記載のヒトＩｇＭ Ｆｃポリペプチドに対して、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％、または１００％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、例えば、Ｆｃポリペプチドは、図３Ｂに記載のヒトＩｇＭ Ｆｃポリペプチドのアミノ酸１～２７６に対して、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％、または１００％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。一部の例では、Ｆｃポリペプチドは、図３Ｃに記載のヒトＩｇＡ Ｆｃポリペプチドに対して、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％、または１００％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、例えば、Ｆｃポリペプチドは、図３Ｃに記載のヒトＩｇＡ Ｆｃポリペプチドのアミノ酸１～２３４に対して、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％、または１００％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。
一部の例では、Ｆｃポリペプチドは、図３Ｃに示すヒトＩｇＧ４ Ｆｃポリペプチドに対して、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％、または１００％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。一部の例では、Ｆｃポリペプチドは、図３Ｃに示すヒトＩｇＧ４ Ｆｃポリペプチドのアミノ酸１００～３２７に対して、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％、または１００％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。
一部の例では、ＩｇＧ４ Ｆｃポリペプチドは、以下のアミノ酸配列：
ＰＰＣＰＳＣＰＡＰＥＦＬＧＧＰＳＶＦＬＦＰＰＫＰＫＤＴＬＭＩＳＲＴＰＥＶＴＣＶＶＶＤＶＳＱＥＤＰＥＶＱＦＮＷＹＶＤＧＶＥＶＨＮＡＫＴＫＰＲＥＥＱＦＮＳＴＹＲＶＶＳＶＬＴＶＬＨＱＤＷＬＮＧＫＥＹＫＣＫＶＳＮＫＧＬＰＳＳＩＥＫＴＩＳＫＡＫＧＱＰＲＥＰＱＶＹＴＬＰＰＳＱＥＥＭＴＫＮＱＶＳＬＴＣＬＶＫＧＦＹＰＳＤＩＡＶＥＷＥＳＮＧＱＰＥＮＮＹＫＴＴＰＰＶＬＤＳＤＧＳＦＦＬＹＳＲＬＴＶＤＫＳＲＷＱＥＧＮＶＦＳＣＳＶＭＨＥＡＬＨＮＨＹＴＱＫＳＬＳＬＳＰＧ
（配列番号１７５）を含む。
典型的には、ＴＭＰで使用されるＩｇ Ｆｃは、野生型配列中にアミノ酸の１つ以上の置換を含み、それにより、Ｉｇ Ｆｃは、「実質的に細胞溶解を誘発しない」。例えば、一部の例では、ＴＭＰに存在するＦｃポリペプチドは、Ｌ２３４（図３Ａに示すアミノ酸配列のＬ１４）の、ロイシン以外のアミノ酸への置換、またはＬ２３５（図３Ａに示すアミノ酸配列のＬ１５）の、ロイシン以外のアミノ酸への置換を除いて、図３Ａに示すアミノ酸配列（ヒトＩｇＧ１ Ｆｃ）を含む。
一部の例では、ＴＭＰに存在するＦｃポリペプチドは、図３Ｇに示すアミノ酸配列（図３Ｇに示すアミノ酸配列の１４位及び１５位に対応するＬ２３４Ａ置換及びＬ２３５Ａ置換を含むヒトＩｇＧ１ Ｆｃ）を含む。一部の例では、ＴＭＰに存在するＦｃポリペプチドは、Ｌ２３４及びＬ２３５（図３Ａに示すアミノ酸配列のＬ１４及びＬ１５）でのロイシン以外のアミノ酸への置換を除いて、図３Ａ（ヒトＩｇＧ１ Ｆｃ）に示すアミノ酸配列を含む。一部の例では、ＴＭＰに存在するＦｃポリペプチドは、Ｌ２３４及びＬ２３５（図３Ａに示すアミノ酸配列のＬ１４及びＬ１５）でのロイシン以外のアミノ酸への置換、及びＰ３３１（図３Ａに示すアミノ酸配列のＰ１１１）の、プロリン以外のアミノ酸への置換を除いて、図３Ａ（ヒトＩｇＧ１ Ｆｃ）に示すアミノ酸配列を含む。一部の例では、ＴＭＰに存在するＦｃポリペプチドは、図３Ｅに示すアミノ酸配列（Ｌ２３４Ｆ、Ｌ２３５Ｅ、及びＰ３３１Ｓ置換を含むヒトＩｇＧ１ Ｆｃ（図３Ｅに示すアミノ酸配列のアミノ酸１４位、１５位、及び１１１位に対応する）を含む。一部の例では、ＴＭＰに存在するＦｃポリペプチドは、図３Ｇに示すように、Ｌ２３４Ａ及びＬ２３５Ａ置換（図３Ａに示すアミノ酸配列のＬ１４及びＬ１５の、Ａｌａへの置換）を含むＩｇＧ１ Ｆｃポリペプチドである。
リンカー
本開示のＴＭＰには、１つ以上のリンカーを含ませることができ、１つ以上のリンカーは、ｉ）ＭＨＣクラスＩポリペプチドとＩｇ Ｆｃポリペプチドの間（そのようなリンカーを本明細書中では「Ｌ１」と呼ぶ）、ｉｉ）免疫調節ポリペプチドとＭＨＣクラスＩポリペプチドの間（そのようなリンカーを本明細書中では「Ｌ２」と呼ぶ）、ｉｉｉ）第１の免疫調節ポリペプチドと第２の免疫調節ポリペプチドの間（そのようなリンカーを本明細書中では「Ｌ３」と呼ぶ）、ｉｖ）ペプチド抗原（「エピトープ」）とＭＨＣクラスＩポリペプチドの間、ｖ）ＭＨＣクラスＩポリペプチドと二量体化ポリペプチド（例えば、二量体化ペアの第１または第２のメンバー）の間、及び、ｖｉ）二量体化ポリペプチド（例えば、二量体化ペアの第１または第２のメンバー）とＩｇＦｃポリペプチドの間、のうちの１つ以上にある。
好適なリンカー（「スペーサー」とも呼ばれる）は、容易に選択することができ、多数の好適な長さ、例えば、４アミノ酸～１０アミノ酸、５アミノ酸～９アミノ酸、６アミノ酸～８アミノ酸、または、７アミノ酸～８アミノ酸を含む、１アミノ酸～２５アミノ酸、３アミノ酸～２０アミノ酸、２アミノ酸～１５アミノ酸、３アミノ酸～１２アミノ酸などのいずれかであり得る。好適なリンカーは、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、または２５アミノ酸長であり得る。一部の例では、リンカーは、２５アミノ酸～５０アミノ酸の長さ、例えば、２５～３０、３０～３５、３５～４０、４０～４５、または、４５～５０アミノ酸長を有する。
例示的なリンカーとしては、グリシンポリマー（Ｇ）ｎ、グリシン－セリンポリマー（例えば、（ＧＳ）ｎ、（ＧＳＧＧＳ）ｎ（配列番号３６６）、及び（ＧＧＧＳ）ｎ（配列番号３６７）を含み、ｎは、少なくとも１の整数である）、グリシン－アラニンポリマー、アラニン－セリンポリマー、及び、当技術分野において公知の他のフレキシブルリンカーが挙げられる。グリシンポリマー及びグリシン－セリンポリマーを使用してもよく、ＧｌｙとＳｅｒの両方は比較的自由であるため、構成要素間の中間テザーとして機能することができる。グリシンポリマーを使用してもよく、グリシンは、アラニンよりもさらに相当φ－ψ空間に接近し、より長い側鎖を有する残基と比べはるかに制限を受けない（Ｓｃｈｅｒａｇａ，Ｒｅｖ．Ｃｏｍｐｕｔａｔｉｏｎａｌ Ｃｈｅｍ．１１１７３－１４２（１９９２）を参照されたい）。例示的なリンカーは、ＧＧＳＧ（配列番号３６８）、ＧＧＳＧＧ（配列番号３６９）、ＧＳＧＳＧ（配列番号３７０）、ＧＳＧＧＧ（配列番号３７１）、ＧＧＧＳＧ（配列番号３７２）、ＧＳＳＳＧ（配列番号３７３）などを含むがこれらに限定されないアミノ酸配列を含んでいてもよい。例示的なリンカーとしては、例えば、Ｇｌｙ（Ｓｅｒ４）ｎ（配列番号３７４）（ｎは、１、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０である）を挙げてもよい。一部の例では、リンカーは、アミノ酸配列（ＧＳＳＳＳ）ｎ（配列番号３７５）（ｎは４である）を含む。一部の例では、リンカーは、アミノ酸配列（ＧＳＳＳＳ）ｎ（配列番号３７６）（ｎは５である）を含む。
例示的なリンカーとして、（ＧＧＧＧＳ）ｎ（配列番号３７７）、「Ｇ４Ｓ」リンカーとも呼ばれる）が挙げられ、配列中、ｎは、１、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０である。一部の例では、リンカーは、アミノ酸配列（ＧＧＧＧＳ）ｎ（配列番号３７７）を含み、配列中、ｎは、１、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０である。一部の例では、リンカーは、アミノ酸配列ＡＡＡＧＧ（配列番号３８７）を含む。アミノ酸配列ＡＡＡＧＧ（配列番号３８７）を有するリンカーもまた好適である。本開示の一本鎖ＴＭＰでは、β２Ｍポリペプチドは、（ＧＧＧＧＳ）ｎ（配列番号３７７）リンカーによってＭＨＣ重鎖ポリペプチドに接続することができ、配列中、ｎは、１、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０、例えば、ｎ＝３または７である。
一部の例では、本開示のＴＭＰの第１のポリペプチド内に存在するリンカーポリペプチドは、本開示のＴＭＰの第２のポリペプチド内に存在するシステイン残基とジスルフィド結合を形成し得るシステイン残基を含む。一部の例では、例えば、好適なリンカーは、アミノ酸配列
Figure 2022548472000009
（配列番号３８８）を含む。別の例では、好適なリンカーは、アミノ酸配列ＧＣＧＧＳ（ＧＧＧＧＳ）ｎ（配列番号３８９）（ｎは、１、２、３、４、５、６、７、８、または９である）を含んでいてもよい。例えば、一部の例では、リンカーはアミノ酸配列ＧＣＧＧＳＧＧＧＧＳＧＧＧＧＳＧＧＧＧＳ（配列番号３９０）を含む。別の例では、リンカーはアミノ酸配列ＧＣＧＧＳＧＧＧＧＳＧＧＧＧＳ（配列番号３９１）を含む。
二量体化ＴＭＰ
一部の例では、本開示の一本鎖及びヘテロ二量体ＴＭＰは二量体を形成することができ、すなわち、本開示は、本開示のＴＭＰの二量体を含むポリペプチドを提供する。本開示は、例えば、以下を含むタンパク質（本開示の二量体化ＴＭＰ）を提供する：Ａ）ａ）ｉ）ＫＲＡＳペプチド、及びｉｉ）第１のＭＨＣポリペプチドを含む第１のポリペプチド、ならびにｂ）ｉ）第２のＭＨＣポリペプチドを含む第２のポリペプチドを含む第１のヘテロ二量体を含み、第１のヘテロ二量体は、１つ以上の免疫調節ポリペプチドを含み、ならびにＢ）ａ）ｉ）ＫＲＡＳペプチド、及びｉｉ）第１のＭＨＣポリペプチドを含む第１のポリペプチド、ならびにｂ）ｉ）第２のＭＨＣポリペプチドを含む第２のポリペプチドを含む第２のヘテロ二量体を含み、第２のヘテロ二量体は、１つ以上の免疫調節ポリペプチドを含み、第１のヘテロ二量体及び第２のヘテロ二量体は、互いに共有結合している。あるいは、二量体化されたＴＭＰは、互いに共有結合している２つの一本鎖ＴＭＰを含み得る。二量体の共有結合は、第１の一本鎖またはヘテロ二量体ＴＭＰのＩｇ Ｆｃポリペプチドと第２の一本鎖またはヘテロ二量体ＴＭＰのＩｇ Ｆｃポリペプチドとの間のジスルフィド結合であり得る。ＴＭＰがＩｇ Ｆｃポリペプチド、例えば、細胞溶解を実質的に誘発しないヒトＩｇＧ１ Ｆｃポリペプチド（例えば、図３Ｇのポリペプチド）を含む場合、ＴＭＰは、通常、別のＴＭＰのＩｇＧ１ Ｆｃポリペプチドと自発的にジスルフィド結合を形成することによって二量体に自己集合する。したがって、例えば、第１の一本鎖またはヘテロ二量体ＴＭＰ内、及び第２の一本鎖またはヘテロ二量体内のＩｇ Ｆｃポリペプチドは、１つ以上のジスルフィド結合によって互いに連結することができる。一部の例では、２つのＴＭＰは、アミノ酸配列が互いに同一である。一部の例では、第１のヘテロ二量体及び第２のヘテロ二量体は、第１のヘテロ二量体の第２のポリペプチドのＣ末端領域及び第２のヘテロ二量体の第２のポリペプチドのＣ末端領域を介して互いに共有結合している。一部の例では、第１のヘテロ二量体及び第２のヘテロ二量体は、第１のヘテロ二量体の第２のポリペプチドのＣ末端アミノ酸及び第２のヘテロ二量体の第２のポリペプチドのＣ末端領域を介して互いに共有結合している。例えば、一部の例では、第１のヘテロ二量体の第２のポリペプチドのＣ末端アミノ酸及び第２のヘテロ二量体の第２のポリペプチドのＣ末端領域が、直接またはリンカーを介して互いに連結される。リンカーはペプチドリンカーであり得る。ペプチドリンカーは、１アミノ酸～２００アミノ酸（例えば、１アミノ酸（ａａ）～５ａａ、５ａａ～１０ａａ、１０ａａ～２５ａａ、２５ａａ～５０ａａ、５０ａａ～１００ａａ、１００ａａ～１５０ａａ、または１５０ａａ～２００ａａ）の長さを有し得る。一部の例では、第１のヘテロ二量体のペプチドエピトープ及び第２のヘテロ二量体のペプチドエピトープは、同じアミノ酸配列を含む。一部の例では、第１及び第２のヘテロ二量体の第１のＭＨＣポリペプチドは、ＭＨＣクラスＩ β２－ミクログロブリンであり、第１及び第２のヘテロ二量体の第２のＭＨＣポリペプチドはＭＨＣクラスＩ重鎖である。一部の例では、第１のヘテロ二量体の免疫調節ポリペプチド及び第２のヘテロ二量体の免疫調節ポリペプチドは、同じアミノ酸配列を含む。一部の例では、第１のヘテロ二量体の免疫調節ポリペプチド及び第２のヘテロ二量体の免疫調節ポリペプチドは、対応する親の野生型免疫調節ポリペプチドと比較して１～１０個のアミノ酸置換を含み、当該１～１０個のアミノ酸置換は、バリアント型免疫調節ポリペプチドの同族共刺激ポリペプチドに対する親和性結合の低下をもたらす。一部の例では、第１のヘテロ二量体の免疫調節ポリペプチド及び第２のヘテロ二量体の免疫調節ポリペプチドはそれぞれ、ＩＬ－２、４－１ＢＢＬ、ＰＤ－Ｌ１、ＣＤ８０、ＣＤ８６、ＩＣＯＳ－Ｌ、ＯＸ－４０Ｌ、ＦａｓＬ、ＪＡＧ１（ＣＤ３３９）、ＴＧＦβ、ＣＤ７０、及びＩＣＡＭの野生型及びバリアント型ポリペプチドからなる群から独立して選択される。好適なＭＨＣポリペプチド、免疫調節ポリペプチド、及びペプチドエピトープの例を本明細書に記載する。
一部の例では、本開示の一本鎖ＴＭＰは二量体化される。したがって、本開示は、ａ）本開示の第１の一本鎖ＴＭＰ、及びｂ）本開示の第２の一本鎖ＴＭＰを含むタンパク質を提供し、第１及び第２の一本鎖ＴＭＰは、互いに共有結合している。共有結合は、第１の一本鎖ＴＭＰのＩｇ Ｆｃポリペプチドと第２の一本鎖ＴＭＰのＩｇ Ｆｃポリペプチドとの間のジスルフィド結合であり得る。
追加のポリペプチド
本開示のＴＭＰのポリペプチド鎖は、上記のものに加えて、１つ以上のポリペプチド及び複合体薬物を含み得る。エピトープタグ及び親和性ドメインを含む好適な追加のポリペプチド、ならびに薬物複合体は、上記の公開ＰＣＴ出願ＷＯ２０２０１３２１３８Ａ１及びＷＯ２０１９／０５１０９１に記載されており、その開示は、それらがエピトープタグ、親和性ドメイン及び薬物複合体に関連するものとして、具体的には、ＷＯ２０２０１３２１３８Ａ１の段落［００４９８］～［００５０８］及びＷＯ２０１９／０５１０９１の段落［００３５３］～［００３６３］を含めて、参照により本明細書に明示的に援用される。１つ以上の追加のポリペプチドは、ＴＭＰのポリペプチド鎖のＮ末端、ＴＭＰのポリペプチド鎖のＣ末端、またはＴＭＰのポリペプチド鎖の内部に含まれ得る。
例示的なＴＭＰ
一部の例では、本開示のＴＭＰは、ａ）ｉ）ＫＲＡＳペプチド、及びｉｉ）第１のＭＨＣポリペプチドを含む第１のポリペプチド、ｂ）第２のＭＨＣポリペプチドを含む第２のポリペプチド、ならびにｃ）少なくとも１つの免疫調節ポリペプチドを含む少なくとも１つのヘテロ二量体を含み、第１及び／または第２のポリペプチドは、免疫調節ポリペプチドを含み、任意選択でＩｇ Ｆｃを含む。したがって、一部の例では、本開示のＴＭＰは、ａ）ｉ）ＫＲＡＳペプチド、ｉｉ）第１のＭＨＣポリペプチド、及びｉｉｉ）少なくとも１つの免疫調節ポリペプチドを含む第１のポリペプチド、ならびにｂ）第２のＭＨＣポリペプチドを含む第２のポリペプチドを含む少なくとも１つのヘテロ二量体を含み、任意選択でＩｇ Ｆｃを含む。他の例では、本開示のＴＭＰは、ａ）ｉ）ＫＲＡＳペプチド、及びｉｉ）第１のＭＨＣポリペプチドを含む第１のポリペプチド、ならびにｂ）ｉ）第２のＭＨＣポリペプチド、及びｉｉ）少なくとも１つの免疫調節ポリペプチドを含む第２のポリペプチドを含む少なくとも１つのヘテロ二量体を含み、任意選択でＩｇ Ｆｃを含む。一部の例では、本開示のＴＭＰは、ａ）ｉ）ＫＲＡＳペプチド、ｉｉ）第１のＭＨＣポリペプチド、及びｉｉｉ）少なくとも１つの免疫調節ポリペプチドを含む第１のポリペプチド、ならびにｂ）ｉ）第２のＭＨＣポリペプチド、及びｉｉ）少なくとも１つの免疫調節ポリペプチドを含む第２のポリペプチドを含む少なくとも１つのヘテロ二量体を含み、任意選択でＩｇ Ｆｃを含む。一部の例では、少なくとも１つの免疫調節ポリペプチドは野生型免疫調節ポリペプチドである。他の場合では、少なくとも１つの免疫調節ポリペプチドは、対応する野生型免疫調節ポリペプチドの共刺激ポリペプチドに対する親和性と比較して低い、共刺激ポリペプチドに対する親和性を示す、バリアント型免疫調節ポリペプチドである。
上記のように、そして図１７に概略的に示すように、免疫調節ポリペプチド（すなわち、１つ以上の免疫調節ポリペプチド）は、本開示のＴＭＰに様々な位置のいずれかで存在させることができる。図１７は、バリアント型ＩＬ－２ポリペプチドの２つのコピーの位置を示すが、免疫調節ポリペプチドは、本明細書に記載のように、任意の数及び任意の様々な免疫調節ポリペプチドであり得る。図１７に示すように、免疫調節ポリペプチドは、１）ＭＨＣクラスＩ重鎖のＮ末端（位置１）、２）ＭＨＣクラスＩ重鎖のＣ末端及びＩｇ ＦｃポリペプチドのＮ末端、言い換えれば、ＭＨＣクラスＩ重鎖とＩｇ Ｆｃポリペプチドの間（位置２）、３）Ｉｇ ＦｃポリペプチドのＣ末端（位置３）、４）ペプチドエピトープのＮ末端（位置４）。または５）β２ＭポリペプチドのＣ末端（位置５）とすることができる。したがって、一部の例では、本開示のＴＭＰは、構成要素の定義された配置を有する以下のスキャフォールドのうちの１つを含み、第１のＭＨＣポリペプチドは、β２Ｍポリペプチドであり、第２のＭＨＣポリペプチドはＨＬＡ重鎖ポリペプチドである：
ａ）Ｎ末端からＣ末端の順に、ｉ）ＫＲＡＳペプチド、及びｉｉ）第１のＭＨＣポリペプチドを含む第１のポリペプチド、ならびにｂ）Ｎ末端からＣ末端の順に、ｉ）少なくとも１つの免疫調節ポリペプチド、ｉｉ）第２のＭＨＣポリペプチド、及びｉｉｉ）Ｉｇ Ｆｃポリペプチドを含む第２のポリペプチド（この配置はＭＯＤ位置１と呼ばれる）、
ａ）Ｎ末端からＣ末端の順に、ｉ）ＫＲＡＳペプチド、及びｉｉ）第１のＭＨＣポリペプチドを含む第１のポリペプチド、ならびにｂ）Ｎ末端からＣ末端の順に、ｉ）第２のＭＨＣポリペプチド、ｉｉ）少なくとも１つの免疫調節ポリペプチド、及びｉｉｉ）Ｉｇ Ｆｃポリペプチドを含む第２のポリペプチド（この配置はＭＯＤ位置２と呼ばれる）、ＴＭＰ
ａ）Ｎ末端からＣ末端の順に、ｉ）ＫＲＡＳペプチド、及びｉｉ）第１のＭＨＣポリペプチドを含む第１のポリペプチド、ならびにｂ）Ｎ末端からＣ末端の順に、ｉ）第２のＭＨＣポリペプチド、ｉｉ）Ｉｇ Ｆｃポリペプチド、及びｉｉｉ）少なくとも１つの免疫調節ポリペプチドを含む第２のポリペプチド（この配置はＭＯＤ位置３と呼ばれる）。
ａ）Ｎ末端からＣ末端の順に、ｉ）少なくとも１つの免疫調節ポリペプチド、ｉｉ）ＫＲＡＳペプチド、及びｉｉｉ）第１のＭＨＣポリペプチドを含む第１のポリペプチド、ならびにｂ）Ｎ末端からＣ末端の順に、ｉ）第２のＭＨＣポリペプチド、及びｉｉ）Ｉｇ Ｆｃポリペプチドを含む第２のポリペプチド（この配置はＭＯＤ位置４と呼ばれる）、
ａ）Ｎ末端からＣ末端の順に、ｉ）ＫＲＡＳペプチド、ｉｉ）第１のＭＨＣポリペプチド、及びｉｉｉ）少なくとも１つの免疫調節ポリペプチドを含む第１のポリペプチド、ならびにｂ）Ｎ末端からＣ末端の順に、ｉ）第２のＭＨＣポリペプチド、及びｉｉ）Ｉｇ Ｆｃポリペプチドを含む第２のポリペプチド（この配置はＭＯＤ位置５と呼ばれる）、
上記のスキャフォールドにおいて、第１及び第２のポリペプチドの構成要素のいずれかは、任意選択で、リンカーによってポリペプチドの後続の構成要素に接続されていてもよい。一部の例では、ペプチドリンカーは、ｉ）第２のＭＨＣポリペプチドとＩｇ Ｆｃポリペプチド、ｉｉ）エピトープと第１のＭＨＣポリペプチド、ｉｉｉ）第１のＭＨＣポリペプチドと免疫調節ポリペプチド、及び（ＴＭＰが第１のポリペプチド鎖上に２つの免疫調節ポリペプチドを含む場合）ｉｖ）２つの免疫調節ポリペプチドの間、ｖ）第２のＭＨＣポリペプチドとＩｇ Ｆｃポリペプチド、ｖｉ）第１のＭＨＣポリペプチドと免疫調節ポリペプチド（複数可）の１つ以上の間にある。一部の例では、ペプチドリンカーは、アミノ酸配列ＡＡＡＧＧ（配列番号３８７）を含む。一部の例では、ペプチドリンカーは、アミノ酸配列（ＧＧＧＧＳ）ｎを含み、配列中、ｎは、１～１０の整数である（例えば、ｎは、２、３、または４である）。
上記のスキャフォールドのいずれかにおいて、ＫＲＡＳペプチドは、以下の群から選択されるアミノ酸配列を有する：ＶＶＧＡＤＧＶＧＫ（配列番号１７６）、ＶＶＧＡＣＧＶＧＫ（配列番号１７７）、ＶＶＧＡＶＧＶＧＫ（配列番号１７８）、ＶＶＶＧＡＤＧＶＧＫ（配列番号１７９）、ＶＶＶＧＡＶＧＶＧＫ（配列番号１８０）、ＶＶＶＧＡＣＧＶＧＫ（配列番号１８１）、ＶＴＧＡＤＧＶＧＫ（配列番号１８２）、ＶＴＧＡＶＧＶＧＫ（配列番号１８３）、ＶＴＧＡＣＧＶＧＫ（配列番号１８４）、ＶＴＶＧＡＤＧＶＧＫ（配列番号１８５）、ＶＴＶＧＡＶＧＶＧＫ（配列番号１８６）、ＶＴＶＧＡＣＧＶＧＫ（配列番号１８７）、ＬＶＶＶＧＡＤＧＶ（配列番号１９２）、ＬＶＶＶＧＡＶＧＶ（配列番号１９３）、ＬＶＶＶＧＡＣＧＶ（配列番号１９４）、ＫＬＶＶＶＧＡＤＧＶ（配列番号１９５）、ＫＬＶＶＶＧＡＶＧＶ（配列番号１９６）、ＫＬＶＶＶＧＡＣＧＶ（配列番号１９７）、ＬＬＶＶＧＡＤＧＶ（配列番号１９８）、ＬＬＶＶＧＡＶＧＶ（配列番号１９９）、ＬＬＶＶＧＡＣＧＶ（配列番号２００）、ＦＬＶＶＶＧＡＤＧＶ（配列番号２０１）、ＦＬＶＶＶＧＡＶＧＶ（配列番号２０２）、ＦＬＶＶＶＧＡＣＧＶ（配列番号２０３）。
上記のスキャフォールドにおいて、一部の例では、第２のＭＨＣポリペプチドは、ＨＬＡ－Ａ＊０２０１ポリペプチド、ＨＬＡ－Ａ＊１１０１ポリペプチドまたはＨＬＡ－Ａ２４ポリペプチドに対して少なくとも９５％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含むＨＬＡ重鎖である。一部の例では、ＨＬＡ重鎖ポリペプチドは、ＨＬＡ－Ａ＊０２０１ポリペプチドである。一部の例では、ＨＬＡ重鎖ポリペプチドは、Ａ２３６Ｃ置換を含むＨＬＡ－Ａ＊０２０１ポリペプチドである。一部の例では、ＨＬＡ重鎖ポリペプチドは、Ａ２３６Ｃ置換を含むＨＬＡ－Ａ＊１１０１ポリペプチドである。
一部の例では、スキャフォールドは、２つの免疫調節ポリペプチドを含み、２つの免疫調節ポリペプチドは、同じアミノ酸配列を有し、例えば、免疫調節ポリペプチドは、Ｈ１６Ａ及びＦ４２Ａ置換を含むバリアント型ＩＬ－２ポリペプチド、またはＨ１６Ｔ及びＦ４２Ａ置換を含むバリアント型ＩＬ－２ポリペプチドである。
一部の例では、Ｉｇ Ｆｃポリペプチドは、細胞溶解を実質的に誘発しないヒトＩｇＧ１ Ｆｃポリペプチドのバリアントであり、例えば、図３Ｇに示すようなＬ２３４Ａ及びＬ２３５Ａ置換を含むＩｇＧ１ Ｆｃポリペプチドである。
一部の例では、第１及び第２のポリペプチドは、互いにジスルフィド結合している。
一部の例では、本開示のＴＭＰは、ＭＯＤ位置１または位置３の配置を有するスキャフォールドを含み、ＨＬＡ重鎖ポリペプチドは、野生型またはバリアント型ＨＬＡ－Ａ＊０２０１ポリペプチド、例えば、Ａ２３６Ｃ置換または図２２Ｃに示すような配列を含むＨＬＡ－Ａ＊０２０１ポリペプチド、またはそのバリアントである。一部の例では、Ｉｇ Ｆｃポリペプチドは、細胞溶解を実質的に引き起こさないヒトＩｇＧ１ Ｆｃポリペプチド、例えば、図３Ｇに示すようなＬ２３４Ａ及びＬ２３５Ａ置換を含むヒトＩｇＧ１ Ｆｃポリペプチドである。一部の例では、第１及び第２のポリペプチドは、互いにジスルフィド結合している。一部の例では、免疫調節ポリペプチドは、Ｈ１６Ａ及びＦ４２Ａ置換またはＨ１６Ｔ及びＦ４２Ａ置換を含むバリアント型ＩＬ－２ポリペプチドである。一部の例では、ＫＲＡＳペプチドは、以下の群から選択されるアミノ酸配列を有する：ＶＶＧＡＤＧＶＧＫ（配列番号１７６）、ＶＶＧＡＣＧＶＧＫ（配列番号１７７）、ＶＶＧＡＶＧＶＧＫ（配列番号１７８）、ＶＶＶＧＡＤＧＶＧＫ（配列番号１７９）、ＶＶＶＧＡＶＧＶＧＫ（配列番号１８０）、ＶＶＶＧＡＣＧＶＧＫ（配列番号１８１）、ＶＴＧＡＤＧＶＧＫ（配列番号１８２）、ＶＴＧＡＶＧＶＧＫ（配列番号１８３）、ＶＴＧＡＣＧＶＧＫ（配列番号１８４）、ＶＴＶＧＡＤＧＶＧＫ（配列番号１８５）、ＶＴＶＧＡＶＧＶＧＫ（配列番号１８６）、ＶＴＶＧＡＣＧＶＧＫ（配列番号１８７）、ＬＶＶＶＧＡＤＧＶ（配列番号１９２）、ＬＶＶＶＧＡＶＧＶ（配列番号１９３）、ＬＶＶＶＧＡＣＧＶ（配列番号１９４）、ＫＬＶＶＶＧＡＤＧＶ（配列番号１９５）、ＫＬＶＶＶＧＡＶＧＶ（配列番号１９６）、ＫＬＶＶＶＧＡＣＧＶ（配列番号１９７）、ＬＬＶＶＧＡＤＧＶ（配列番号１９８）、ＬＬＶＶＧＡＶＧＶ（配列番号１９９）、ＬＬＶＶＧＡＣＧＶ（配列番号２００）、ＦＬＶＶＶＧＡＤＧＶ（配列番号２０１）、ＦＬＶＶＶＧＡＶＧＶ（配列番号２０２）、ＦＬＶＶＶＧＡＣＧＶ（配列番号２０３）。
一部の例では、本開示のＴＭＰは、ＭＯＤ位置１または位置３配置を有するスキャフォールドを含み、ＨＬＡ重鎖ポリペプチドは、野生型またはバリアント型ＨＬＡ－Ａ２４ポリペプチド（ＨＬＡ－Ａ＊２４０２とも呼ばれる）、例えば、Ａ２３６Ｃ置換または図２１Ｏ、２１Ｐ、２１Ｑ、２１Ｒ、２１Ｓ、もしくは２１Ｔのいずれか１つに示すアミノ酸配列を含むＨＬＡ－Ａ＊０２０１ポリペプチド、またはそのバリアントである。一部の例では、Ｉｇ Ｆｃポリペプチドは、細胞溶解を実質的に引き起こさないヒトＩｇＧ１ Ｆｃポリペプチド、例えば、図３Ｇに示すようなＬ２３４Ａ及びＬ２３５Ａ置換を含むヒトＩｇＧ１ Ｆｃポリペプチドである。一部の例では、第１及び第２のポリペプチドは、互いにジスルフィド結合している。一部の例では、免疫調節ポリペプチドは、Ｈ１６Ａ及びＦ４２Ａ置換またはＨ１６Ｔ及びＦ４２Ａ置換を含むバリアント型ＩＬ－２ポリペプチドである。一部の例では、ＫＲＡＳペプチドは、以下の群から選択されるアミノ酸配列を有する：ＶＶＧＡＤＧＶＧＫ（配列番号１７６）、ＶＶＧＡＣＧＶＧＫ（配列番号１７７）、ＶＶＧＡＶＧＶＧＫ（配列番号１７８）、ＶＶＶＧＡＤＧＶＧＫ（配列番号１７９）、ＶＶＶＧＡＶＧＶＧＫ（配列番号１８０）、ＶＶＶＧＡＣＧＶＧＫ（配列番号１８１）、ＶＴＧＡＤＧＶＧＫ（配列番号１８２）、ＶＴＧＡＶＧＶＧＫ（配列番号１８３）、ＶＴＧＡＣＧＶＧＫ（配列番号１８４）、ＶＴＶＧＡＤＧＶＧＫ（配列番号１８５）、ＶＴＶＧＡＶＧＶＧＫ（配列番号１８６）、ＶＴＶＧＡＣＧＶＧＫ（配列番号１８７）、ＬＶＶＶＧＡＤＧＶ（配列番号１９２）、ＬＶＶＶＧＡＶＧＶ（配列番号１９３）、ＬＶＶＶＧＡＣＧＶ（配列番号１９４）、ＫＬＶＶＶＧＡＤＧＶ（配列番号１９５）、ＫＬＶＶＶＧＡＶＧＶ（配列番号１９６）、ＫＬＶＶＶＧＡＣＧＶ（配列番号１９７）、ＬＬＶＶＧＡＤＧＶ（配列番号１９８）、ＬＬＶＶＧＡＶＧＶ（配列番号１９９）、ＬＬＶＶＧＡＣＧＶ（配列番号２００）、ＦＬＶＶＶＧＡＤＧＶ（配列番号２０１）、ＦＬＶＶＶＧＡＶＧＶ（配列番号２０２）、ＦＬＶＶＶＧＡＣＧＶ（配列番号２０３）。
一部の例では、本開示のＴＭＰは、ＭＯＤ位置１または位置３の配置を有するスキャフォールドを含み、ＨＬＡ重鎖ポリペプチドは、本明細書中に開示するような野生型またはバリアント型ＨＬＡ－Ａ＊１１０１ポリペプチド、例えば、Ａ２３６Ｃ置換を含むか、または図２１Ｊもしくは２１Ｋのうちの１つに示すようなアミノ酸配列を有するＨＬＡ－Ａ＊１１０１ポリペプチド、またはそのバリアントである。一部の例では、Ｉｇ Ｆｃポリペプチドは、細胞溶解を実質的に引き起こさないヒトＩｇＧ１ Ｆｃポリペプチド、例えば、図３Ｇに示すようなＬ２３４Ａ及びＬ２３５Ａ置換を含むヒトＩｇＧ１ Ｆｃポリペプチドである。一部の例では、第１及び第２のポリペプチドは、互いにジスルフィド結合している。一部の例では、免疫調節ポリペプチドは、Ｈ１６Ａ及びＦ４２Ａ置換またはＨ１６Ｔ及びＦ４２Ａ置換を含むバリアント型ＩＬ－２ポリペプチドである。一部の例では、ＫＲＡＳペプチドは、以下の群から選択されるアミノ酸配列を有する：ＶＶＧＡＤＧＶＧＫ（配列番号１７６）、ＶＶＧＡＣＧＶＧＫ（配列番号１７７）、ＶＶＧＡＶＧＶＧＫ（配列番号１７８）、ＶＶＶＧＡＤＧＶＧＫ（配列番号１７９）、ＶＶＶＧＡＶＧＶＧＫ（配列番号１８０）、ＶＶＶＧＡＣＧＶＧＫ（配列番号１８１）、ＶＴＧＡＤＧＶＧＫ（配列番号１８２）、ＶＴＧＡＶＧＶＧＫ（配列番号１８３）、ＶＴＧＡＣＧＶＧＫ（配列番号１８４）、ＶＴＶＧＡＤＧＶＧＫ（配列番号１８５）、ＶＴＶＧＡＶＧＶＧＫ（配列番号１８６）、ＶＴＶＧＡＣＧＶＧＫ（配列番号１８７）、ＬＶＶＶＧＡＤＧＶ（配列番号１９２）、ＬＶＶＶＧＡＶＧＶ（配列番号１９３）、ＬＶＶＶＧＡＣＧＶ（配列番号１９４）、ＫＬＶＶＶＧＡＤＧＶ（配列番号１９５）、ＫＬＶＶＶＧＡＶＧＶ（配列番号１９６）、ＫＬＶＶＶＧＡＣＧＶ（配列番号１９７）、ＬＬＶＶＧＡＤＧＶ（配列番号１９８）、ＬＬＶＶＧＡＶＧＶ（配列番号１９９）、ＬＬＶＶＧＡＣＧＶ（配列番号２００）、ＦＬＶＶＶＧＡＤＧＶ（配列番号２０１）、ＦＬＶＶＶＧＡＶＧＶ（配列番号２０２）、ＦＬＶＶＶＧＡＣＧＶ（配列番号２０３）。
一部の例では、本開示のＴＭＰは、ＭＯＤ位置１または位置３の配置を有するスキャフォールドを含み、ＨＬＡ重鎖ポリペプチドは、本明細書に開示するような野生型またはバリアント型ＨＬＡ－Ａ＊１１０１ポリペプチド、例えば、Ａ２３６Ｃ置換を含むか、または図２１Ｊもしくは２１Ｋのうちの１つに示すようなアミノ酸配列を有するＨＬＡ－Ａ＊１１０１ポリペプチド、またはそのバリアントである。一部の例では、Ｉｇ Ｆｃポリペプチドは、細胞溶解を実質的に引き起こさないヒトＩｇＧ１ Ｆｃポリペプチド、例えば、図３Ｇに示すようなＬ２３４Ａ及びＬ２３５Ａ置換を含むヒトＩｇＧ１ Ｆｃポリペプチドである。一部の例では、第１及び第２のポリペプチドは、互いにジスルフィド結合している。一部の例では、免疫調節ポリペプチドは、Ｈ１６Ａ及びＦ４２Ａ置換またはＨ１６Ｔ及びＦ４２Ａ置換を含むバリアント型ＩＬ－２ポリペプチドである。一部の例では、ＫＲＡＳペプチドは、以下の群から選択されるアミノ酸配列を有する：ＶＶＧＡＤＧＶＧＫ（配列番号１７６）、ＶＶＧＡＣＧＶＧＫ（配列番号１７７）、ＶＶＧＡＶＧＶＧＫ（配列番号１７８）、ＶＶＶＧＡＤＧＶＧＫ（配列番号１７９）、ＶＶＶＧＡＶＧＶＧＫ（配列番号１８０）、ＶＶＶＧＡＣＧＶＧＫ（配列番号１８１）、ＶＴＧＡＤＧＶＧＫ（配列番号１８２）、ＶＴＧＡＶＧＶＧＫ（配列番号１８３）、ＶＴＧＡＣＧＶＧＫ（配列番号１８４）、ＶＴＶＧＡＤＧＶＧＫ（配列番号１８５）、ＶＴＶＧＡＶＧＶＧＫ（配列番号１８６）、ＶＴＶＧＡＣＧＶＧＫ（配列番号１８７）、ＬＶＶＶＧＡＤＧＶ（配列番号１９２）、ＬＶＶＶＧＡＶＧＶ（配列番号１９３）、ＬＶＶＶＧＡＣＧＶ（配列番号１９４）、ＫＬＶＶＶＧＡＤＧＶ（配列番号１９５）、ＫＬＶＶＶＧＡＶＧＶ（配列番号１９６）、ＫＬＶＶＶＧＡＣＧＶ（配列番号１９７）、ＬＬＶＶＧＡＤＧＶ（配列番号１９８）、ＬＬＶＶＧＡＶＧＶ（配列番号１９９）、ＬＬＶＶＧＡＣＧＶ（配列番号２００）、ＦＬＶＶＶＧＡＤＧＶ（配列番号２０１）、ＦＬＶＶＶＧＡＶＧＶ（配列番号２０２）、ＦＬＶＶＶＧＡＣＧＶ（配列番号２０３）。ＭＯＤ位置１の配置では、一部の例では、独立して選択された１つ以上のペプチドリンカーが、ｉ）ＫＲＡＳペプチドと第１のＭＨＣポリペプチド、ｉｉ）免疫調節ポリペプチドと第２のＭＨＣポリペプチド（その場合、ＴＭＰは、２つの免疫調節ポリペプチドの間の第２のポリペプチド鎖上に２つの免疫調節ポリペプチドを含む）、及び／またはｉｉｉ）第２のＭＨＣポリペプチドとＩｇ Ｆｃポリペプチドのうちの１つ以上の間に配置される。ＭＯＤ位置３の配置では、一部の例では、独立して選択された１つ以上のペプチドリンカーが、ｉ）ＫＲＡＳペプチドと第１のＭＨＣポリペプチド、ｉｉ）第２のＭＨＣポリペプチドとＩｇ Ｆｃポリペプチド、及びｉｉｉ）Ｉｇ Ｆｃと免疫調節ポリペプチド（その場合、ＴＭＰは、２つの免疫調節ポリペプチドの間の第２のポリペプチド鎖上に２つの免疫調節ポリペプチドを含む）ＴＭＰのうちの１つ以上の間に配置される。一部の例では、ペプチドリンカーは、アミノ酸配列ＡＡＡＧＧ（配列番号３８７）を含む。一部の例では、ペプチドリンカーは、アミノ酸配列（ＧＧＧＧＳ）ｎ（配列番号３７７）を含み、配列中、ｎは、１～１０の整数である（例えば、ｎは、２、３、または４である）。
さらに、上述のように、及び図１６Ａ～１６Ｃに概略的に示したように、本開示のＴＭＰの第１のポリペプチド鎖及び第２のポリペプチド鎖は、１つ以上のジスルフィド結合によって連結され得る。例えば、本開示のＴＭＭＰは、ａ）Ｒ１２Ｃ置換を有するβ２Ｍポリペプチドを含む第１のポリペプチド鎖、及びｂ）Ａ２３６Ｃ置換を有するクラスＩ ＭＨＣ重鎖ポリペプチドを含む第２のポリペプチド鎖を含み得るが、それにより、第１のポリペプチド鎖のβ２Ｍポリペプチドの１２位のＣｙｓと第２のポリペプチド鎖のクラスＩ ＭＨＣ重鎖ポリペプチドの２３６位のＣｙｓとの間にジスルフィド結合が形成される。別の例として、本開示のＴＭＭＰは、ａ）Ｎ末端からＣ末端の順に、ｉ）ペプチドエピトープ、ｉｉ）ＧＣＧＧＳ（ＧＧＧＧＳ）ｎ（配列番号５８２）配列を含むペプチドリンカー（配列中、ｎは、１、２、または３である）、及びｉｉｉ）β２Ｍポリペプチドを含む第１のポリペプチド、ならびにｂ）Ｙ８４Ｃ置換を有するクラスＩ ＭＨＣ重鎖ポリペプチドを含む第２のポリペプチドを含み得るが、それにより、第１のポリペプチド鎖のペプチドリンカーのＣｙｓと第２のポリペプチド鎖のクラスＩのＭＨＣ重鎖ポリペプチドの８４位のＣｙｓとの間にジスルフィド結合が形成される。他の例では、本開示のＴＭＰは、ａ）Ｎ末端からＣ末端の順に、ｉ）ペプチドエピトープ、ｉｉ）ＧＣＧＧＳ（ＧＧＧＧＳ）ｎ（配列番号５８２）配列を含むペプチドリンカー（配列中、ｎは、１、２、または３である）、ｉｉｉ）Ｒ１２Ｃ置換を有するβ２Ｍポリペプチドを含む第１のポリペプチド、ｂ）Ｙ８４Ｃ置換及びＡ２３６Ｃ置換を有するクラスＩ ＭＨＣ重鎖ポリペプチドを含む第２のポリペプチドを含み得るが、それにより、ｉ）第１のポリペプチド鎖のペプチドリンカーのＣｙｓと第２のポリペプチド鎖のクラスＩ ＭＨＣ重鎖ポリペプチドの８４位のＣｙｓとの間に第１のジスルフィド結合が形成され、ｉｉ）第１のポリペプチド鎖のβ２Ｍポリペプチドの１２位のＣｙｓと第２のポリペプチド鎖のクラスＩ ＭＨＣ重鎖ポリペプチドの２３６位のＣｙｓとの間に第２のジスルフィド結合が形成される。簡略化のために、第１のジスルフィド結合は「Ｇ２Ｃ／Ｙ８４Ｃ」と呼ばれ、第２のジスルフィド結合は「Ｒ１２Ｃ／Ａ２３６Ｃ」と呼ばれる。本開示のＴＭＰは、ａ）Ｇ２Ｃ／Ｙ８４Ｃジスルフィド結合を含み、Ｒ１２Ｃ／Ａ２３６Ｃジスルフィド結合を含まないか、ｂ）Ｇ２Ｃ／Ｙ８４Ｃジスルフィド結合を含まず、Ｒ１２Ｃ／Ａ２３６Ｃジスルフィド結合を含むか、またはｃ）Ｇ２Ｃ／Ｙ８４Ｃジスルフィド結合とＲ１２Ｃ／Ａ２３６Ｃジスルフィド結合を含む。
本開示のＴＭＰは、ａ）Ｇ２Ｃ／Ｙ８４Ｃジスルフィド結合を含み、Ｒ１２Ｃ／Ａ２３６Ｃジスルフィド結合を含まず、ｂ）位置１または３に、少なくとも１つの免疫調節ポリペプチドを含み得る。本開示のＴＭＰは、ａ）Ｇ２Ｃ／Ｙ８４Ｃジスルフィド結合を含み、Ｒ１２Ｃ／Ａ２３６Ｃジスルフィド結合を含まず、ｂ）位置２、４または５に、少なくとも１つの免疫調節ポリペプチドを含み得る。
本開示のＴＭＰは、ａ）Ｒ１２Ｃ／Ａ２３６Ｃジスルフィド結合を含み、Ｇ２Ｃ／Ｙ８４Ｃジスルフィド結合を含まず、位置１または３に、少なくとも１つの免疫調節ポリペプチドを含み得る。本開示のＴＭＰは、ａ）Ｒ１２Ｃ／Ａ２３６Ｃジスルフィド結合を含み、Ｇ２Ｃ／Ｙ８４Ｃジスルフィド結合を含まず、位置２、４または５に、少なくとも１つの免疫調節ポリペプチドを含み得る。
本開示のＴＭＰは、ａ）Ｇ２Ｃ／Ｙ８４Ｃジスルフィド結合及びＲ１２Ｃ／Ａ２３６Ｃジスルフィド結合、ならびにｂ）位置１または３に、少なくとも１つの免疫調節ポリペプチドを含み得る。本開示のＴＭＰは、ａ）Ｇ２Ｃ／Ｙ８４Ｃジスルフィド結合及びＲ１２Ｃ／Ａ２３６Ｃジスルフィド結合、ならびにｂ）位置２、４または５に、少なくとも１つの免疫調節ポリペプチドを含み得る。
一部の例では、本開示のＴＭＰは、例えば、それぞれ図１３Ａ、１３Ｂ、または１３Ｃに示すように、（ｉ）８４位におけるＡｌａ及び２３６位におけるＣｙｓを含むＨＬＡ－Ａ０２０１（Ｙ８４Ａ、Ａ２３６Ｃ）ポリペプチド、または（ｉｉ）８４位及び１３９位におけるＣｙｓを含むＨＬＡ－Ａ０２０１（Ｙ８４Ｃ、Ａ１３９Ｃ）ポリペプチド、または（ｉｉｉ）８４位におけるＣｙｓ及び２３６位におけるアラニンを含むＨＬＡ－Ａ０２０１（Ｙ８４Ｃ、Ａ２３６）ポリペプチドを含む第２のポリペプチドを含む。
一部の例では、本開示の一本鎖ＴＭＰは、例えば、それぞれ図１３Ｄ、図１３Ｅ、または図１３Ｆに示すように、（ｉ）８４位におけるＡｌａ及び２３６位におけるＣｙｓを含むＨＬＡ－Ａ＊１１０１（Ｙ８４Ａ、Ａ２３６Ｃ）ポリペプチド、または（ｉｉ）８４位及び２３６位におけるＣｙｓを含むＨＬＡ－Ａ＊１１０１（Ｙ８４Ｃ、Ａ２３６Ｃ）ポリペプチド、または（ｉｉｉ）８４位におけるＣｙｓ及び２３６位におけるアラニンを含むＨＬＡ－Ａ＊１１０１（Ｙ８４Ｃ、Ａ２３６）ポリペプチドを含むＭＨＣクラスＩ重鎖ポリペプチドを含む。
一部の例では、本開示のＴＭＰは、それぞれ図１３Ｇ、図１３Ｈまたは図１３Ｉに示すように、（ｉ）８４位におけるＡｌａ及び２３６位におけるＣｙｓを含むＨＬＡ－Ａ２４（Ｙ８４Ａ、Ａ２３６Ｃ）ポリペプチド、または（ｉｉ）８４位及び２３６位におけるＣｙｓを含むＨＬＡ－Ａ２４（Ｙ８４Ｃ、Ａ２３６Ｃ）ポリペプチド、または（ｉｉｉ）８４位におけるＣｙｓ及び２３６位におけるアラニンを含むＨＬＡ－Ａ２４（Ｙ８４Ｃ、Ａ２３６）ポリペプチドを含む第２のポリペプチドを含む。
非限定的な例として、本開示のＴＭＰは、以下の表２に記載されている第１及び第２のポリペプチドの組み合わせのうちの１つを含み得る。
（表２）
Figure 2022548472000010
Figure 2022548472000011
非限定的な例として、本開示のＴＭＰは、以下の表３に記載されている第１及び第２のポリペプチドの組み合わせのうちの１つを含み得る。
（表３）
Figure 2022548472000012
Figure 2022548472000013
Figure 2022548472000014
一部の例では、本開示のヘテロ二量体ＴＭＰは、鎖内ジスルフィド結合を含むクラスＩ ＭＨＣ重鎖を含む。例えば、一部の例では、本開示のヘテロ二量体ＴＭＰは、Ｙ８４Ｃ及びＡ１３９Ｃ置換から生じるＣｙｓ残基間に形成される鎖内ジスルフィド結合を含むクラスＩ ＭＨＣ重鎖を含む。一部の例では、そのようなヘテロ二量体ＴＭＰは、Ａ２３６Ｃ置換を含むクラスＩ ＭＨＣ重鎖も含み、Ｃｙｓ－２３６は、ｉ）ペプチドエピトープ、ｉｉ）Ｒ１２Ｃ置換を含むβ２Ｍポリペプチド（それにより、Ｃｙｓ－１２は、クラスＩ ＭＨＣ重鎖のＣｙｓ－２３６とジスルフィド結合を形成する）、及びｉｉｉ）ペプチドエピトープとβ２Ｍポリペプチドとの間のペプチドリンカー（リンカーは、アミノ酸配列（ＧＧＧＧＳ）ｎを含み、配列中、ｎは、１～９の整数である（例えば、ｎは、１、２、または３である）を含む第２のポリペプチド鎖とジスルフィド結合を形成することができる。
例として、本開示のＴＭＰは、Ｙ８４Ｃ、Ａ１３９Ｃ、及びＡ２３６Ｃ置換を有するクラスＩ ＭＨＣ Ａ０２重鎖対立遺伝子を含むヘテロ二量体ＴＭＰを提供するために、以下の表４に記載されている第１及び第２のポリペプチドの組み合わせのうちの１つを含み得るが、その場合、免疫調節ポリペプチドは、図１７に示すように、位置１または位置３にある。
（表４）
Figure 2022548472000015
別の例として、本開示のヘテロ二量体ＴＭＰは、ａ）図１３Ｌに示すアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド、及び図１４Ｋに示すアミノ酸配列を含む第２のポリペプチドを含み得る。別の例として、本開示のヘテロ二量体ＴＭＰは、ａ）図１３Ｌに示すアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド、及び図１４Ｑに示すアミノ酸配列を含む第２のポリペプチドを含み得る。
上記のように、一部の例では、本開示のＴＭＰは、第１のポリペプチド及び第２のポリペプチドを含むヘテロ二量体ＴＭＰであり、第１のポリペプチド及び第２のポリペプチドは、１つ以上のジスルフィド結合、例えば、単一のジスルフィド結合または２つのジスルフィド結合によって連結されている。例えば、上記のように、本開示のＴＭＰは、ａ）Ｇ２Ｃ／Ｙ８４Ｃジスルフィド結合を含み、Ｒ１２Ｃ／Ａ２３６Ｃジスルフィド結合を含まないか、ｂ）Ｒ１２Ｃ／Ａ２３６Ｃジスルフィド結合を含み、Ｇ２Ｃ／Ｙ８４Ｃジスルフィド結合を含まないか、またはｃ）Ｇ２Ｃ／Ｙ８４Ｃジスルフィド結合及びＲ１２Ｃ／Ａ２３６Ｃジスルフィド結合を含み得る。一部の例では、例えば、本開示のＴＭＰがＧ２Ｃ／Ｙ８４Ｃジスルフィド結合を含み、Ｒ１２Ｃ／Ａ２３６Ｃジスルフィド結合を含まない場合、β２ＭポリペプチドはＲ１２Ｃ置換を含まず（代わりに１２位にＡｒｇを有する）、クラスＩ ＭＨＣ重鎖ポリペプチドはＡ２３６Ｃ置換を含まない（代わりに２３６位にＡｌａを有する）。言い換えれば、β２Ｍポリペプチド及びクラスＩ ＭＨＣ重鎖ポリペプチドは、β２Ｍの１２位及びクラスＩ ＭＨＣ重鎖ポリペプチドの２３６位に「遊離の」（対になっていない）Ｃｙｓ残基を含まない。同様に、一部の例では、例えば、本開示のＴＭＰがＲ１２Ｃ／Ａ２３６Ｃジスルフィド結合を含み、Ｇ２Ｃ／Ｙ８４Ｃジスルフィド結合を含まない場合、ペプチドエピトープとβ２Ｍポリペプチドとの間のリンカーは、Ｃｙｓ置換を含まず（そして代わりに、リンカーは（ＧＧＧＧＳ）ｎリンカーであり、配列中、ｎは、１～５の整数である）、クラスＩ ＭＨＣポリペプチドは、Ｙ８４Ｃ置換を含まない（代わりに８４位にＴｙｒを有する）。言い換えれば、ペプチドエピトープとβ２Ｍポリペプチドとの間のリンカーも、クラスＩ ＭＨＣポリペプチドも、リンカー内またはクラスＩ ＭＨＣポリペプチドの８４位に「遊離の」（対になっていない）Ｃｙｓ残基を含まない。
一本鎖ＴＭＰ
上記のように、そして図１８に概略的に示すように、免疫調節ポリペプチド（すなわち、１つ以上の免疫調節ポリペプチド）を、本開示の一本鎖ＴＭＰに様々な位置のいずれかで存在させることができる。図１８は、バリアント型ＩＬ－２ポリペプチドの２つのコピーの位置を示すが、免疫調節ポリペプチドは、本明細書に記載のように、任意の数及び任意の様々な免疫調節ポリペプチドであり得る。図１８に示すように、免疫調節ポリペプチドは、１）ＭＨＣクラスＩ重鎖のＣ末端及びＩｇ ＦｃポリペプチドのＮ末端、２）Ｉｇ ＦｃポリペプチドのＣ末端、または３）ペプチドエピトープのＮ末端とすることができる。
本開示による一本鎖ＴＭＰのＭＨＣクラスＩポリペプチド（すなわち、β２Ｍ及び重鎖ポリペプチド）、免疫調節ポリペプチド、Ｉｇ Ｆｃ構成要素及びリンカーは、ヘテロ二量体ＴＭＰについて上記で記載したものと同一である。さらに、一本鎖ＴＭＰは、ヘテロ二量体ＴＭＰと同じジスルフィド結合、すなわち、ＭＨＣクラスＩ重鎖ポリペプチドの鎖内、例えば、上述の２つのＣｙｓ残基間（例えば、重鎖のＣｙｓ－８４とＣｙｓ－１３９）、β２Ｍと重鎖ポリペプチドの間の鎖間（例えば、β２ＭのＲ１２Ｃと重鎖の残基２３６のＣｙｓの間）、及び／またはＭＨＣクラスＩ重鎖のＣｙｓを、エピトープとβ２Ｍポリペプチドの間のリンカーのＣｙｓ残基に接続するジスルフィドを含み得る。一部の例では、ＭＨＣクラスＩ重鎖は、Ａ０２対立遺伝子ＭＨＣクラスＩ重鎖である。一部の例では、ＭＨＣクラスＩ重鎖は、Ｙ８４Ｃ及びＡ１３９Ｃ置換を含み、それにより、鎖内ジスルフィド結合が、Ｃｙｓ－８４とＣｙｓ－１３９の間に形成される。一部の例では、ＭＨＣクラスＩ重鎖は、Ａ０２対立遺伝子ＭＨＣクラスＩ重鎖である。
一部の例では、本開示の一方鎖ＴＭＰは、図１８に示すように、ＭＯＤ位置２または位置３の配置を有するスキャフォールドを含み、ＨＬＡ重鎖ポリペプチドは、野生型またはバリアント型ＨＬＡ－Ａ＊０２０１ポリペプチド、例えば、Ａ２３６Ｃ置換、または図２２Ｃに示す配列を含むＨＬＡ－Ａ＊０２０１ポリペプチド、またはそのバリアントである。一部の例では、Ｉｇ Ｆｃポリペプチドは、細胞溶解を実質的に引き起こさないヒトＩｇＧ１ Ｆｃポリペプチド、例えば、図３Ｇに示すようなＬ２３４Ａ及びＬ２３５Ａ置換を含むヒトＩｇＧ１ Ｆｃポリペプチドである。一部の例では、一本鎖ＴＭＰは、（ｉ）ＭＨＣクラスＩ重鎖ポリペプチドの２つのＣｙｓ残基間、（ｉｉ）β２Ｍと重鎖ポリペプチド間、及び／またはＭＨＣクラスＩ重鎖のＣｙｓと、ＫＲＡＳエピトープとβ２Ｍポリペプチド間のリンカーのＣｙｓとの間の鎖内ジスルフィド結合を含む。一部の例では、免疫調節ポリペプチドは、Ｈ１６Ａ及びＦ４２Ａ置換またはＨ１６Ｔ及びＦ４２Ａ置換を含むバリアント型ＩＬ－２ポリペプチドである。一部の例では、ＫＲＡＳペプチドは、以下の群から選択されるアミノ酸配列を有する：ＶＶＧＡＤＧＶＧＫ（配列番号１７６）、ＶＶＧＡＣＧＶＧＫ（配列番号１７７）、ＶＶＧＡＶＧＶＧＫ（配列番号１７８）、ＶＶＶＧＡＤＧＶＧＫ（配列番号１７９）、ＶＶＶＧＡＶＧＶＧＫ（配列番号１８０）、ＶＶＶＧＡＣＧＶＧＫ（配列番号１８１）、ＶＴＧＡＤＧＶＧＫ（配列番号１８２）、ＶＴＧＡＶＧＶＧＫ（配列番号１８３）、ＶＴＧＡＣＧＶＧＫ（配列番号１８４）、ＶＴＶＧＡＤＧＶＧＫ（配列番号１８５）、ＶＴＶＧＡＶＧＶＧＫ（配列番号１８６）、ＶＴＶＧＡＣＧＶＧＫ（配列番号１８７）、ＬＶＶＶＧＡＤＧＶ（配列番号１９２）、ＬＶＶＶＧＡＶＧＶ（配列番号１９３）、ＬＶＶＶＧＡＣＧＶ（配列番号１９４）、ＫＬＶＶＶＧＡＤＧＶ（配列番号１９５）、ＫＬＶＶＶＧＡＶＧＶ（配列番号１９６）、ＫＬＶＶＶＧＡＣＧＶ（配列番号１９７）、ＬＬＶＶＧＡＤＧＶ（配列番号１９８）、ＬＬＶＶＧＡＶＧＶ（配列番号１９９）、ＬＬＶＶＧＡＣＧＶ（配列番号２００）、ＦＬＶＶＶＧＡＤＧＶ（配列番号２０１）、ＦＬＶＶＶＧＡＶＧＶ（配列番号２０２）、ＦＬＶＶＶＧＡＣＧＶ（配列番号２０３）。
一部の例では、本開示の一本鎖ＴＭＰは、図１８に示すように、ＭＯＤ位置２または位置３の配置を有するスキャフォールドを含み、ＨＬＡ重鎖ポリペプチドは、野生型またはバリアント型ＨＬＡ－Ａ２４ポリペプチド（ＨＬＡ－Ａ＊２４０２とも呼ばれる）、例えば、Ａ２３６Ｃ置換または図２１Ｏ、２１Ｐ、２１Ｑ、２１Ｒ、２１Ｓもしくは２１Ｔに示すアミノ酸配列のうちのいずれか１つを含むＨＬＡ－Ａ＊０２０１ポリペプチド、またはそのバリアントである。一部の例では、Ｉｇ Ｆｃポリペプチドは、細胞溶解を実質的に引き起こさないヒトＩｇＧ１ Ｆｃポリペプチド、例えば、図３Ｇに示すようなＬ２３４Ａ及びＬ２３５Ａ置換を含むヒトＩｇＧ１ Ｆｃポリペプチドである。一部の例では、一本鎖ＴＭＰは、（ｉ）ＭＨＣクラスＩ重鎖ポリペプチドの２つのＣｙｓ残基間、（ｉｉ）β２Ｍと重鎖ポリペプチド間、及び／またはＭＨＣクラスＩ重鎖のＣｙｓと、ＫＲＡＳエピトープとβ２Ｍポリペプチドの間のリンカーのＣｙｓとの鎖内ジスルフィド結合を含む。一部の例では、免疫調節ポリペプチドは、Ｈ１６Ａ及びＦ４２Ａ置換またはＨ１６Ｔ及びＦ４２Ａ置換を含むバリアント型ＩＬ－２ポリペプチドである。一部の例では、ＫＲＡＳペプチドは、以下の群から選択されるアミノ酸配列を有する：ＶＶＧＡＤＧＶＧＫ（配列番号１７６）、ＶＶＧＡＣＧＶＧＫ（配列番号１７７）、ＶＶＧＡＶＧＶＧＫ（配列番号１７８）、ＶＶＶＧＡＤＧＶＧＫ（配列番号１７９）、ＶＶＶＧＡＶＧＶＧＫ（配列番号１８０）、ＶＶＶＧＡＣＧＶＧＫ（配列番号１８１）、ＶＴＧＡＤＧＶＧＫ（配列番号１８２）、ＶＴＧＡＶＧＶＧＫ（配列番号１８３）、ＶＴＧＡＣＧＶＧＫ（配列番号１８４）、ＶＴＶＧＡＤＧＶＧＫ（配列番号１８５）、ＶＴＶＧＡＶＧＶＧＫ（配列番号１８６）、ＶＴＶＧＡＣＧＶＧＫ（配列番号１８７）、ＬＶＶＶＧＡＤＧＶ（配列番号１９２）、ＬＶＶＶＧＡＶＧＶ（配列番号１９３）、ＬＶＶＶＧＡＣＧＶ（配列番号１９４）、ＫＬＶＶＶＧＡＤＧＶ（配列番号１９５）、ＫＬＶＶＶＧＡＶＧＶ（配列番号１９６）、ＫＬＶＶＶＧＡＣＧＶ（配列番号１９７）、ＬＬＶＶＧＡＤＧＶ（配列番号１９８）、ＬＬＶＶＧＡＶＧＶ（配列番号１９９）、ＬＬＶＶＧＡＣＧＶ（配列番号２００）、ＦＬＶＶＶＧＡＤＧＶ（配列番号２０１）、ＦＬＶＶＶＧＡＶＧＶ（配列番号２０２）、ＦＬＶＶＶＧＡＣＧＶ（配列番号２０３）。
一部の例では、本開示のＴＭＰは、図１８に示すようなＭＯＤ位置２または位置３の配置を有するスキャフォールドを含み、ＨＬＡ重鎖ポリペプチドは、本明細書中に開示するように、野生型またはバリアント型ＨＬＡ－Ａ＊１１０１ポリペプチド、例えば、Ａ２３６Ｃ置換を含むか、または図２１Ｊもしくは２１Ｋのうちの１つに示すようなアミノ酸配列を有するＨＬＡ－Ａ＊１１０１ポリペプチド、またはそのバリアントである。一部の例では、Ｉｇ Ｆｃポリペプチドは、細胞溶解を実質的に引き起こさないヒトＩｇＧ１ Ｆｃポリペプチド、例えば、図３Ｇに示すようなＬ２３４Ａ及びＬ２３５Ａ置換を含むヒトＩｇＧ１ Ｆｃポリペプチドである。一部の例では、一本鎖ＴＭＰは、（ｉ）ＭＨＣクラスＩ重鎖ポリペプチドの２つのＣｙｓ残基間、（ｉｉ）β２Ｍと重鎖ポリペプチド間、及び／またはＭＨＣクラスＩ重鎖のＣｙｓと、ＫＲＡＳエピトープとβ２Ｍポリペプチドの間のリンカーのＣｙｓとの鎖内ジスルフィド結合を含む。一部の例では、免疫調節ポリペプチドは、Ｈ１６Ａ及びＦ４２Ａ置換またはＨ１６Ｔ及びＦ４２Ａ置換を含むバリアント型ＩＬ－２ポリペプチドである。一部の例では、ＫＲＡＳペプチドは、以下の群から選択されるアミノ酸配列を有する：ＶＶＧＡＤＧＶＧＫ（配列番号１７６）、ＶＶＧＡＣＧＶＧＫ（配列番号１７７）、ＶＶＧＡＶＧＶＧＫ（配列番号１７８）、ＶＶＶＧＡＤＧＶＧＫ（配列番号１７９）、ＶＶＶＧＡＶＧＶＧＫ（配列番号１８０）、ＶＶＶＧＡＣＧＶＧＫ（配列番号１８１）、ＶＴＧＡＤＧＶＧＫ（配列番号１８２）、ＶＴＧＡＶＧＶＧＫ（配列番号１８３）、ＶＴＧＡＣＧＶＧＫ（配列番号１８４）、ＶＴＶＧＡＤＧＶＧＫ（配列番号１８５）、ＶＴＶＧＡＶＧＶＧＫ（配列番号１８６）、ＶＴＶＧＡＣＧＶＧＫ（配列番号１８７）、ＬＶＶＶＧＡＤＧＶ（配列番号１９２）、ＬＶＶＶＧＡＶＧＶ（配列番号１９３）、ＬＶＶＶＧＡＣＧＶ（配列番号１９４）、ＫＬＶＶＶＧＡＤＧＶ（配列番号１９５）、ＫＬＶＶＶＧＡＶＧＶ（配列番号１９６）、ＫＬＶＶＶＧＡＣＧＶ（配列番号１９７）、ＬＬＶＶＧＡＤＧＶ（配列番号１９８）、ＬＬＶＶＧＡＶＧＶ（配列番号１９９）、ＬＬＶＶＧＡＣＧＶ（配列番号２００）、ＦＬＶＶＶＧＡＤＧＶ（配列番号２０１）、ＦＬＶＶＶＧＡＶＧＶ（配列番号２０２）、ＦＬＶＶＶＧＡＣＧＶ（配列番号２０３）。
上記のように、一本鎖ＴＭＰのポリペプチドを、１つ以上のジスルフィド結合によって連結することができる。例えば、本開示のＴＭＰに、Ｒ１２Ｃ置換を有するβ２Ｍポリペプチド及びＡ２３６Ｃ置換を有するクラスＩ ＭＨＣ重鎖ポリペプチドを含ませることができ、それにより、β２Ｍポリペプチドの１２位のＣｙｓとクラスＩ ＭＨＣ重鎖ポリペプチドの２３６位のＣｙｓとの間にジスルフィド結合が形成される。別の例として、本開示の一本鎖ＴＭＰに、ｉ）ＧＣＧＧＳ（ＧＧＧＧＳ）ｎ（配列番号５８２）配列（配列中、ｎは、１、２、または３である）を含むペプチドリンカーによって接続されているＫＲＡＳエピトープ及びβ２Ｍポリペプチド、ならびにｉｉ）Ｙ８４Ｃ置換を有するクラスＩ ＭＨＣ重鎖ポリペプチドを含ませることができ、それにより、ペプチドリンカーのＣｙｓと、クラスＩ ＭＨＣ重鎖ポリペプチドの８４位のＣｙｓとの間にジスルフィド結合が形成される。他の例では、本開示の一本鎖ＴＭＰに、ｉ）ＧＣＧＧＳ（ＧＧＧＧＳ）ｎ（配列番号５８２）配列（配列中、ｎは、１、２、または３である）を含むペプチドリンカーによって接続されているＫＲＡＳエピトープ及びβ２Ｍポリペプチド（その場合、β２Ｍポリペプチドは、Ｒ１２Ｃ置換を含む）、ｉｉ）Ｙ８４Ｃ置換及びＡ２３６Ｃ置換を有するクラスＩ ＭＨＣ重鎖ポリペプチドを含ませることができ、それにより、ａ）ペプチドリンカーのＣｙｓと、クラスＩ ＭＨＣ重鎖ポリペプチドの８４位のＣｙｓとの間に第１のジスルフィド結合が形成され、ｂ）β２Ｍポリペプチドの１２位のＣｙｓと、クラスＩ ＭＨＣ重鎖ポリペプチドの２３６位のＣｙｓとの間に第２のジスルフィド結合が形成される。簡略化のために、第１のジスルフィド結合は「Ｇ２Ｃ／Ｙ８４Ｃ」と呼ばれ、第２のジスルフィド結合は「Ｒ１２Ｃ／Ａ２３６Ｃ」と呼ばれる。本開示の一本鎖ＴＭＰは、ａ）Ｇ２Ｃ／Ｙ８４Ｃジスルフィド結合を含み、Ｒ１２Ｃ／Ａ２３６Ｃジスルフィド結合を含まないか、ｂ）Ｒ１２Ｃ／Ａ２３６Ｃジスルフィド結合を含み、Ｇ２Ｃ／Ｙ８４Ｃジスルフィド結合を含まないか、またはｃ）Ｇ２Ｃ／Ｙ８４Ｃジスルフィド結合及びＲ１２Ｃ／Ａ２３６Ｃジスルフィド結合を含み得る。一部の例では、ＭＨＣクラスＩ重鎖は、８４位に非天然Ｃｙｓ、及び１３９位に非天然残基を含み、それにより、鎖内ジスルフィド結合がＣｙｓ－８４とＣｙｓ－１３９との間に形成される。
本開示の一本鎖ＴＭＰは、ａ）Ｇ２Ｃ／Ｙ８４Ｃジスルフィド結合を含み、Ｒ１２Ｃ／Ａ２３６Ｃジスルフィド結合を含まず、ｂ）位置２または３に少なくとも１つの免疫調節ポリペプチドを含み得る。本開示の一本鎖ＴＭＰは、ａ）Ｒ１２Ｃ／Ａ２３６Ｃジスルフィド結合を含み、Ｇ２Ｃ／Ｙ８４Ｃジスルフィド結合を含まず、ｂ）位置２または３に少なくとも１つの免疫調節ポリペプチドを含み得る。本開示の一本鎖ＴＭＰは、ａ）Ｇ２Ｃ／Ｙ８４Ｃジスルフィド結合及びＲ１２Ｃ／Ａ２３６Ｃジスルフィド結合、及びｂ）位置２または３に少なくとも１つの免疫調節ポリペプチドを含み得る。
一部の例では、本開示の一本鎖ＴＭＰは、例えば、それぞれ、図１３Ａ、１３Ｂまたは１３Ｃに示すように、（ｉ）８４位におけるＡｌａ及び２３６位におけるＣｙｓを含むＨＬＡ－Ａ０２０１（Ｙ８４Ａ、Ａ２３６Ｃ）ポリペプチド、または（ｉｉ）８４位及び１３９位におけるＣｙｓを含むＨＬＡ－Ａ０２０１（Ｙ８４Ｃ、Ａ１３９Ｃ）ポリペプチド、または（ｉｉｉ）８４位におけるＣｙｓ及び２３６位におけるアラニンを含むＨＬＡ－Ａ０２０１（Ｙ８４Ｃ、Ａ２３６）ポリペプチドを含むＭＨＣクラスＩ重鎖ポリペプチドを含む。
一部の例では、本開示の一本鎖ＴＭＰは、例えば、それぞれ図１３Ｄ、図１３Ｅ、または図１３Ｆに示すように、（ｉ）８４位におけるＡｌａ、２３６位におけるＣｙｓを含むＨＬＡ－Ａ＊１１０１（Ｙ８４Ａ、Ａ２３６Ｃ）ポリペプチド、または（ｉｉ）８４位及び２３６位におけるＣｙｓを含むＨＬＡ－Ａ＊１１０１（Ｙ８４Ｃ、Ａ２３６Ｃ）ポリペプチド、または（ｉｉｉ）８４位におけるＣｙｓ、２３６位におけるアラニンを含むＨＬＡ－Ａ＊１１０１（Ｙ８４Ｃ、Ａ２３６）ポリペプチドを含むＭＨＣクラスＩ重鎖ポリペプチドを含む。
一部の例では、本開示のＴＭＰは、それぞれ、図１３Ｇ、図１３Ｈまたは図１３Ｉに示すように、（ｉ）８４位におけるＡｌａ及び２３６位におけるＣｙｓを含むＨＬＡ－Ａ２４（Ｙ８４Ａ、Ａ２３６Ｃ）ポリペプチド、または（ｉｉ）８４位及び２３６位におけるＣｙｓを含むＨＬＡ－Ａ２４（Ｙ８４Ｃ、Ａ２３６Ｃ）ポリペプチド、または（ｉｉｉ）８４位におけるＣｙｓ及び２３６位におけるアラニンを含むＨＬＡ－Ａ２４（Ｙ８４Ｃ、Ａ２３６）ポリペプチドを含む第２のポリペプチドを含む。
１つの非限定的な例として、本開示の一本鎖ＴＭＰは、図１９Ａに示すアミノ酸配列（ＴＭＰ「４０９５」）を含み得る。別の非限定的な例として、本開示の一本鎖ＴＭＰは、図１９Ｂに示すアミノ酸配列（ＴＭＰ「４０７３」）を含み得る。別の非限定的な例として、本開示の一本鎖ＴＭＰは、図１９Ｃに示すアミノ酸配列（ＴＭＰ「４０７４」）を含み得る。別の非限定的な例として、本開示の一本鎖ＴＭＰは、図１９Ｄに示すアミノ酸配列（ＴＭＰ「４３３３」）を含み得る。別の非限定的な例として、本開示の一本鎖ＴＭＰは、図１９Ｅに示すアミノ酸配列（ＴＭＰ「４３３５」）を含み得る。別の非限定的な例として、本開示の一本鎖ＴＭＰは、図１９Ｆに示すアミノ酸配列を含み得る。別の非限定的な例として、本開示の一本鎖ＴＭＰは、図１９Ｇに示すアミノ酸配列（ＴＭＰ「４２３８」）を含み得る。別の非限定的な例として、本開示の一本鎖ＴＭＰは、図１９Ｈに示すアミノ酸配列（ＴＭＰ「４２４１」）を含み得る。別の非限定的な例として、本開示の一本鎖ＴＭＰは、図１９Ｉに示すアミノ酸配列（ＴＭＰ「４３３４」）を含み得る。別の非限定的な例として、本開示の一本鎖ＴＭＰは、図１９Ｊに示すアミノ酸配列（ＴＭＰ「４１４４」）を含み得る。別の非限定的な例として、本開示の一本鎖ＴＭＰは、図１９Ｋに示すアミノ酸配列（ＴＭＰ「４１４５」）を含み得る。別の非限定的な例として、本開示の一本鎖ＴＭＰは、図１９Ｌに示すアミノ酸配列（ＴＭＰ「４１４６」）を含み得る。
多量体Ｔ細胞調節ポリペプチドの生成方法
対応する親野生型免疫調節ポリペプチドの共刺激ポリペプチドに対する親和性と比較してより低い、同族共刺激ポリペプチドに対する親和性を示す、１つ以上のバリアント型免疫調節ポリペプチドを含むＴＭＰを取得する方法は、公開ＰＣＴ出願出願ＷＯ２０２０１３２１３８Ａ１及び上述のＷＯ２０１９／０５１０９１に開示されており、その開示は、それらがＴＭＰを生成する方法に関連するものとして、具体的にはＷＯ２０２０１３２１３８Ａ１の段落［００５６０］～［００５８３］及びＷＯ２０１９／０５１０９１の段落［００３６４］～［００３８７］を含めて、参照により本明細書に明示的に援用される。
核酸
本開示は、本開示のＴＭＰをコードするヌクレオチド配列を含む核酸を提供する。本開示は、本開示のＴＭＰをコードするヌクレオチド配列を含む核酸を提供する。
本開示は、本開示のＴＭＰをコードするヌクレオチド配列を含む核酸を提供する。一部の例では、本開示のヘテロ二量体ＴＭＰの個々のポリペプチド鎖は、個々の核酸内でコードされる。一部の例では、本開示のヘテロ二量体または一本鎖ＴＭＰのすべてのポリペプチド鎖は、単一の核酸内でコードされる。一部の例では、第１の核酸は、本開示のヘテロ二量体ＴＭＰの第１のポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含み、第２の核酸は、本開示のヘテロ二量体ＴＭＰの第２のポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む。一部の例では、単一の核酸は、本開示のＴＭＰの第１のポリペプチドと本開示のヘテロ二量体ＴＭＰの第２のポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む。
ポリペプチドの個々のポリペプチド鎖をコードする個々の核酸
上記のＴＭＰＡは、一部の例では、本開示のヘテロ二量体ＴＭＰの個々のポリペプチド鎖は、個々の核酸内でコードされる。一部の例では、本開示のＴＭＰの個々のポリペプチド鎖をコードするヌクレオチド配列は、転写制御エレメント、例えば、プロモーター、例えば、真核細胞において機能的であるプロモーターなどに機能的に連結し、プロモーターは、構成的プロモーターまたは誘導性プロモーターであってもよい。
したがって、例えば、本開示は、第１の核酸及び第２の核酸を提供し、第１の核酸は、ヘテロ二量体ＴＭＰの第１のポリペプチドをコードする別個のヌクレオチド配列を含み、第２の核酸は、本開示のヘテロ二量体ＴＭＰの第２のポリペプチドをコードする別個のヌクレオチド配列を含む。例えば、ヘテロ二量体ＴＭＰについて上述したＭＯＤ位置１（図１７を参照のこと）において、第１のＭＨＣポリペプチドがβ２Ｍポリペプチドを含み、第２のポリペプチドがＨＬＡ重鎖ポリペプチドを含む場合、第１の核酸は、Ｎ末端からＣ末端の順に、ｉ）ＫＲＡＳペプチド、及びｉｉ）β２Ｍポリペプチドを含み、第２の核酸は、Ｎ末端からＣ末端の順に、ｉ）少なくとも１つの免疫調節ポリペプチド、ｉｉ）ＨＬＡ重鎖ポリペプチド、及びｉｉｉ）Ｉｇ Ｆｃポリペプチドを含む第２のポリペプチドをコードする。上記のように、リンカーは、任意選択で、第１及び第２のポリペプチドの両方の個々の構成要素の間に含まれ得る。同様に、例えば、ＭＯＤ位置３の場合、第１の核酸は、Ｎ末端からＣ末端の順に、ｉ）ＫＲＡＳペプチド、及びｉｉ）β２Ｍポリペプチドを含む第１のポリペプチドをコードし、第２の核酸は、Ｎ末端からＣ末端の順に、ｉ）ＨＬＡ重鎖ポリペプチド、ｉｉ）Ｉｇ Ｆｃポリペプチド、及びｉｉｉ）ｉ）少なくとも１つの免疫調節ポリペプチドを含む第２のポリペプチドをコードする。この場合も、リンカーは、任意選択で、第１及び第２のポリペプチドの両方の個々の構成要素の間に含まれ得る。
一部の例では、第１及び第２のポリペプチドをコードするヌクレオチド配列は、転写制御エレメントに作動可能に連結されている。一部の例では、転写制御エレメントは真核細胞で機能するプロモーターである。一部の例では、核酸は、別々の発現ベクターに存在する。
ポリペプチドに存在する２つ以上のポリペプチドをコードする核酸
本開示はまた、本開示のヘテロ二量体または一本鎖ＴＭＰの少なくとも第１のポリペプチド及び第２のポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む単一の核酸を提供する。単一の核酸を使用してヘテロ二量体ＴＭＰを調製するためのＴＭＰ方法は、公開ＰＣＴ出願ＷＯ２０２０１３２１３８Ａ１及びＷＯ２０１９／０５１０９１に開示されており、その開示は、それらがＴＭＰをコードする核酸に関連するものとして、具体的にはＷＯ２０２０１３２１３８Ａ１の段落［００５０７］～［００５１４］及びＷＯ２０１９／０５１０９１の段落［００３９３］～［００４００］を含めて、参照により本明細書に明示的に援用される。
組換え発現ベクター
本開示は、本開示の核酸を含む組換え発現ベクターを提供する。一部の例では、組換え発現ベクターは非ウイルスベクターである。一部の例では、組換え発現ベクターは、ウイルス構築物、例えば、組換えアデノ随伴ウイルス構築物（例えば、米国特許第７，０７８，３８７号を参照のこと）、組換えアデノウイルス構築物、組換えレンチウイルス構築物、組換えレトロウイルス構築物、非組み込み型ウイルスベクターなどである。
好適な発現ベクターは、公開ＰＣＴ出願ＷＯ２０２０１３２１３８Ａ１及びＷＯ２０１９／０５１０９１に開示されており、その開示は、それらがそのような発現ベクターに関連するものとして、具体的にはＷＯ２０２０１３２１３８Ａ１の段落［００５１５］～［００５２０］及びＷＯ２０１９／０５１０９１の段落［００４０１］～［００４０６］を含めて、参照により本明細書に明示的に援用される。
遺伝子組換え宿主細胞
本開示は遺伝子組換え宿主細胞を提供し、その宿主細胞は本開示の核酸で遺伝子組換えされている。
好適な宿主細胞としては、イースト菌などの真核細胞、昆虫細胞、及び哺乳動物細胞が挙げられる。一部の例では、宿主細胞は哺乳動物細胞株の細胞である。好適な哺乳動物細胞株としては、ヒト細胞株、非ヒト霊長類細胞株、げっ歯類（例えば、マウス、ラット）細胞株などが挙げられる。好適な哺乳動物細胞株としては、ＨｅＬａ細胞（例えば、Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｔｙｐｅ Ｃｕｌｔｕｒｅ Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ（ＡＴＣＣ）番号ＣＣＬ－２）、ＣＨＯ細胞（例えば、ＡＴＣＣ番号ＣＲＬ９６１８、ＣＣＬ６１、ＣＲＬ９０９６）、２９３細胞（例えば、ＡＴＣＣ番号ＣＲＬ－１５７３）、Ｖｅｒｏ細胞、ＮＩＨ ３Ｔ３細胞（例えば、ＡＴＣＣ番号ＣＲＬ－１６５８）、Ｈｕｈ－７細胞、ＢＨＫ細胞（例えば、ＡＴＣＣ番号ＣＣＬ１０）、ＰＣ１２細胞（ＡＴＣＣ番号ＣＲＬ１７２１）、ＣＯＳ細胞、ＣＯＳ－７細胞（ＡＴＣＣ番号ＣＲＬ１６５１）、ＲＡＴ１細胞、マウスＬ細胞（ＡＴＣＣ番号ＣＣＬＩ．３）、ヒト胎児腎臓（ＨＥＫ）細胞（ＡＴＣＣ番号ＣＲＬ１５７３）、ＨＬＨｅｐＧ２細胞などが挙げられるがこれらに限定されない。
一部の例では、宿主細胞は、内在性ＭＨＣβ２－Ｍを合成しないように遺伝子組換えされた哺乳動物細胞である。
一部の例では、宿主細胞は、内在性ＭＨＣクラスＩ重鎖を合成しないように遺伝子組換えされた哺乳動物細胞である。一部の例では、宿主細胞は、内在性ＭＨＣβ２－Ｍを合成しないように、及び内在性ＭＨＣクラスＩ重鎖を合成しないように遺伝子組換えされた哺乳動物細胞である。
上記のように、ＴＭＰは、一部の例では、一本鎖ポリペプチドである（例えば、単一のポリペプチド鎖からなるか、または単一のポリペプチド鎖のホモ二量体である）。一本鎖ＴＭＰがインタクトかつ全長で、すなわちポリペプチド鎖の切断を伴わずに生成されることが観察された。一本鎖ＴＭＰは、一部の例では、ヘテロ二量体ＴＭＰよりも大量に生産され得る。
組成物
本開示は、本開示のＴＭＰ（ｓｙｎＴａｃ）を含む組成物（医薬組成物を含む）を提供する。本開示は、本開示のＴＭＰを含む組成物（医薬組成物を含む）を提供する。本開示は、本開示の核酸または組換え発現ベクターを含む組成物（医薬組成物を含む）を提供する。
ＴＭＰを含む組成物
本開示の組成物は、本開示のＴＭＰに加えて、塩、例えば、ＮａＣｌ、ＭｇＣｌ２、ＫＣｌ、ＭｇＳＯ４など、緩衝剤、可溶化剤、界面活性剤、例えば、Ｔｗｅｅｎ－２０などの非イオン性界面活性剤など、プロテアーゼ阻害剤、グリセロール、など、のうちの１種以上を含んでいてもよい。組成物はまた、薬学的に許容される賦形剤を含んでいてもよく、その様々な賦形剤は当技術分野で公知であり、本明細書で詳細に述べる必要はない。薬学的に許容される塩、緩衝剤、賦形剤、製剤、剤形などの例は、公開ＰＣＴ出願ＷＯ２０２０１３２１３８Ａ１及びＷＯ２０１９／０５１０９１に開示されており、その開示は、本開示のＴＭＰを含む組成物に関連するものとして、具体的には、ＷＯ２０２０１３２１３８Ａ１の段落［００５２６］～［００５３６］及びＷＯ２０１９／０５１０９１の段落［００４１２］～［００４２２］を含めて、参照により本明細書に明示的に援用される。
本開示のＴＭＰが、注射剤として組織へと直接投与される（例えば、皮下、腹腔内、筋肉内及び／または静脈内）場合、製剤は、患者に直接注射または注入されるか、注入のために生理食塩水と混合されるか、あるいは非水性形態（例えば、再構成可能な保存安定性のある粉末）または水性形態（例えば、薬学的に許容される担体と、薬学的に許容される賦形剤からなる液体など）であり得るレディートゥーユース剤形として提供されてもよい。製剤はまた、投与後におけるＴＭＰの血清中半減期を延長するように提供されてもよい。例えば、ＴＭＰは、コロイド状に調製されるリポソーム製剤として提供されてもよく、あるいは、血清中半減期を延長するためのその他の従来技術を用いて提供されてもよい。リポソームを調製するための様々な方法が利用可能であり、例えば、Ｓｚｏｋａ ｅｔ ａｌ．１９８０ Ａｎｎ．Ｒｅｖ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．Ｂｉｏｅｎｇ．９：４６７，米国特許第４，２３５，８７１号、第４，５０１，７２８号及び第４，８３７，０２８号に記載されている。製剤はまた、制御放出形態または徐放形態で提供されてもよい。
液体組成製剤中における本開示のＴＭＰの濃度は、広い範囲（例えば、重量比で、約０．１％未満から、通常は（または少なくとも）約２％から、２０％～５０％まで、またはそれ以上）で変化し得る。この範囲内に含まれる濃度は、約５～約１５ｍｇ／ｍＬの濃度であり、これには、約５ｍｇ／ｍＬ、約６ｍｇ／ｍＬ、約７ｍｇ／ｍＬ、約８ｍｇ／ｍＬ、約９ｍｇ／ｍＬ、約１０ｍｇ／ｍＬ、約１１ｍｇ／ｍＬ、約１２ｍｇ／ｍＬ、約１３ｍｇ／ｍＬ、約１４ｍｇ／ｍＬ、及び約１５ｍｇ／ｍＬが含まれ、濃度は、液体組成物中のＴＭＰの安定性を含む多くの因子に依存し得る。
一部の例では、本開示のＴＭＰは、液体組成物中に存在する。一部の例では、本開示の組成物は、ａ）本開示のＴＭＰ、及びｂ）生理食塩水（例えば、０．９％ＮａＣｌ）を含む。一部の例では、組成物は滅菌されており、ヒト対象への投与に好適である。
核酸または組換え発現ベクターを含む組成物
本開示は、本開示の核酸または組換え発現ベクターを含む組成物、例えば、医薬組成物を提供する。公開ＰＣＴ出願ＷＯ２０２０１３２１３８Ａ１及びＷＯ２０１９／０５１０９１には、そのような組成物の調製方法が開示されている。ＷＯ２０２０１３２１３８Ａ１の段落［００５３７］～［００５４６］及びＷＯ２０１９／０５１０９１の段落［００４２３］～［００４３２］を参照されたい（その開示は、参照により本明細書に明示的に援用される）。
Ｔ細胞活性の調節方法
本開示は、エピトープ特異的Ｔ細胞（例えば、がん関連変異を含むＫＲＡＳペプチドなどのＫＲＡＳエピトープに特異的なＴ細胞）の活性を選択的に調節する方法を提供し、この方法は、Ｔ細胞を本開示のＴＭＰと接触させることを含み、Ｔ細胞を本開示のＴＭＰと接触させることにより、エピトープ特異的Ｔ細胞の活性が選択的に調節される。一部の例では、接触をインビトロで行う。一部の例では、接触をインビボで行う。
本開示のＴＭＰが活性化型ポリペプチドである免疫調節ポリペプチドを含む場合、Ｔ細胞をＴＭＰと接触させると、エピトープ特異的Ｔ細胞が活性化される。一部の例では、エピトープ特異的Ｔ細胞は、がん細胞に存在するエピトープに特異的なＴ細胞であり、エピトープ特異的Ｔ細胞をＴＭＰと接触させると、がん細胞に対するＴ細胞の細胞傷害活性が増加し、及び／またはエピトープ特異的Ｔ細胞の数が増加する。
本開示は、個体における免疫応答の調節方法を提供し、方法は、有効量の本開示のＴＭＰを個体に投与することを含む。ＴＭＰを投与することにより、エピトープ特異的Ｔ細胞応答（例えば、がんエピトープ特異的Ｔ細胞応答）及びエピトープ非特異的Ｔ細胞応答が誘導され、その場合、エピトープ特異的Ｔ細胞応答とエピトープ非特異的Ｔ細胞応答の比は、少なくとも２：１である。一部の例では、エピトープ特異的Ｔ細胞応答とエピトープ非特異的Ｔ細胞応答の比は、少なくとも５：１である。一部の例では、エピトープ特異的Ｔ細胞応答とエピトープ非特異的Ｔ細胞応答の比は、少なくとも１０：１である。一部の例では、エピトープ特異的Ｔ細胞応答とエピトープ非特異的Ｔ細胞応答の比は、少なくとも２５：１である。一部の例では、エピトープ特異的Ｔ細胞応答とエピトープ非特異的Ｔ細胞応答の比は、少なくとも５０：１である。一部の例では、エピトープ特異的Ｔ細胞応答とエピトープ非特異的Ｔ細胞応答の比は、少なくとも１００：１である。一部の例では、個体はヒトである。一部の例では、調節は、がん細胞、例えば、ＴＭＰに存在するＫＲＡＳペプチドによって提示される同じエピトープを提示する抗原を発現するがん細胞に対する細胞傷害性Ｔ細胞応答を増加させ、及び／またはＫＲＡＳエピトープに特異的なＴ細胞の数を増加させる。一部の例では、投与は、静脈内、皮下、筋肉内、全身、リンパ内、治療部位の遠位、局所、または治療部位もしくはその近位である。
本開示は、免疫調節ポリペプチドを標的Ｔ細胞に選択的に送達する方法を提供し、方法は、Ｔ細胞の混合集団を本開示のＴＭＰに接触させることを含み、Ｔ細胞の混合集団は、標的Ｔ細胞及び非標的Ｔ細胞を含み、その場合、標的Ｔ細胞は、ＴＭＰ内に存在するエピトープに特異的であり（例えば、標的Ｔ細胞は、ＴＭＰ内に存在するエピトープに特異的である）、接触工程により、ＴＭＰ内に存在する１つ以上の免疫調節ポリペプチドが標的Ｔ細胞に送達される。一部の例では、Ｔ細胞の集団はインビトロである。一部の例では、Ｔ細胞の集団は、個体内のインビボである。一部の例では、方法は、ＴＭＰを個体に投与することを含む。一部の例では、Ｔ細胞は細胞傷害性Ｔ細胞である。一部の例では、Ｔ細胞の混合集団は、個体から得られる混合Ｔ細胞のインビトロ集団であり、接触工程は、標的Ｔ細胞の活性化及び／または増殖をもたらし、活性化及び／または増殖した標的Ｔ細胞の集団を生成し、これらの例のいくつかでは、方法は、活性化及び／または増殖した標的Ｔ細胞の集団を個体に投与することをさらに含む。
本開示は、個体から得られるＴ細胞の混合集団において、目的のエピトープ（例えば、がんエピトープ、がん関連変異を含むＫＲＡＳペプチド）に結合する標的Ｔ細胞の存在を検出する方法を提供し、方法は、ａ）Ｔ細胞の混合集団を本開示のＴＭＰとインビトロで接触させ（ＴＭＰは、目的のＫＲＡＳエピトープを含む）、ｂ）前記接触に応答したＴ細胞の活性化及び／または増殖を検出することを含み、活性化及び／または増殖したＴ細胞は、標的Ｔ細胞が存在することを示す。
治療方法
本開示は個体を治療するための方法を提供し、その方法は、個体を治療するのに有効な量の、本開示のＴＭＰまたはＴＭＰをコードする１種以上の核酸を個体に投与することを含む。ヒトまたは非ヒト動物の体を治療するための方法に使用する本開示のＴＭＰも提供する。一部の例では、本開示の治療方法は、本開示のＴＭＰをコードするヌクレオチド配列を含む１種以上の組換え発現ベクターを必要とする個体にそれを投与することを含む。一部の例では、本開示の治療方法は、本開示のＴＭＰをコードするヌクレオチド配列を含む１種以上のｍＲＮＡ分子を必要とする個体にそれを投与することを含む。一部の例では、本開示の治療方法は、本開示のＴＭＰを必要とする個体にそれを投与することを含む。治療可能な病態としては、例えば、上記のようながん、例えば、ＫＲＡＳポリペプチド、例えば、変異型ＫＲＡＳポリペプチドを発現するがんが挙げられる。
一部の例では、本開示のＴＭＰは、それを必要とする個体に投与されると、エピトープ特異的Ｔ細胞応答とエピトープ非特異的Ｔ細胞応答の両方を誘導する。言い換えると、一部の例では、本開示のＴＭＰは、それを必要とする個体に投与されると、ｉ）ＴＭＰ内に存在するエピトープに特異的なＴＣＲとｉｉ）ＴＭＰ内に存在する免疫調節ポリペプチドに結合する共刺激ポリペプチドの両方を提示する第１のＴ細胞の活性化を調節することによって、エピトープ特異的Ｔ細胞応答を誘導し、ｉ）ＴＭＰ内に存在するエピトープ以外のエピトープに特異的なＴＣＲとｉｉ）ＴＭＰ内に存在する免疫調節ポリペプチドに結合する共刺激ポリペプチドを提示する第２のＴ細胞の活性化を調節することによって、エピトープ非特異的Ｔ細胞応答を誘導する。エピトープ特異的Ｔ細胞応答とエピトープ非特異的Ｔ細胞応答の比率は、少なくとも２：１、少なくとも５：１、少なくとも１０：１、少なくとも１５：１、少なくとも２０：１、少なくとも２５：１、少なくとも５０：１、または、少なくとも１００：１である。エピトープ特異的Ｔ細胞応答とエピトープ非特異的Ｔ細胞応答の比率は、約２：１～約５：１、約５：１～約１０：１、約１０：１～約１５：１、約１５：１～約２０：１、約２０：１～約２５：１、約２５：１～約５０：１、もしくは、約５０：１～約１００：１、または、１００：１超である。Ｔ細胞の「活性化を調節すること」としては、ｉ）細胞傷害性（例えば、ＣＤ８＋）Ｔ細胞を活性化させること、ｉｉ）細胞傷害性（例えば、ＣＤ８＋）Ｔ細胞の細胞傷害活性を誘導すること、ｉｉｉ）細胞傷害性（例えば、ＣＤ８＋）Ｔ細胞による細胞毒（例えば、パーフォリン、グランザイム、グラニュライシン）の産生及び放出を誘導すること、及びｉｖ）細胞傷害性（例えば、ＣＤ８＋）Ｔ細胞の数を増加させること、などのうちの１つ以上を挙げることができる。
ＭＯＤが野生型ＭＯＤの低親和性バリアントである場合、ＭＯＤの同族共刺激ポリペプチドに対するＭＯＤの低い親和性と、ＴＣＲに対するエピトープの親和性を組み合わせることにより、本開示のＴＭＰの向上した選択性がもたらされる。それゆえ、例えば、本開示のＴＭＰは、ｉ）ＴＭＰ内に存在するエピトープ以外のエピトープに特異的なＴＣＲとｉｉ）ＴＭＰ内に存在する免疫調節ポリペプチドに結合する共刺激ポリペプチドを提示する第２のＴ細胞に本開示のＴＭＰが結合する結合力よりも高い結合力で、ｉ）ＴＭＰ内に存在するエピトープに特異的なＴＣＲとｉｉ）ＴＭＰ内に存在する免疫調節ポリペプチドに結合する共刺激ポリペプチドの両方を提示する第１のＴ細胞に結合する。
したがって、本開示は、個体におけるエピトープ特異的Ｔ細胞の活性化を選択的に調節するための方法を提供し、その方法は、有効量の、本開示のＴＭＰ、または、ＴＭＰをコードするヌクレオチド配列を含む１種以上の核酸（例えば、発現ベクター、ｍＲＮＡなど）を個体に投与することを含み、ＴＭＰは、個体におけるエピトープ特異的Ｔ細胞の活性化を選択的に調節する。エピトープ特異的Ｔ細胞の活性化を選択的に調節することにより、個体における疾患または障害を治療することが可能となる。それゆえ、本開示は、有効量の本開示のＴＭＰを必要とする個体にそれを投与することを含む治療方法を提供する。
一部の例では、免疫調節ポリペプチド（「ＭＯＤ」）は活性化型ポリペプチドであり、ＴＭＰはエピトープ特異的Ｔ細胞を活性化させる。一部の例では、ＴＭＰは、ＫＲＡＳエピトープに特異的なＴ細胞の活性化を促進する。一部の例では、ＭＯＤは活性化型ポリペプチドであり、ＴＭＰは、エピトープ特異的Ｔ細胞（例えば、ＫＲＡＳエピトープに特異的なＴ細胞）を活性化させる。一部の例では、Ｔ細胞は、Ｔヘルパー細胞（ＣＤ４＋細胞）、細胞傷害性Ｔ細胞（ＣＤ８＋細胞）、またはＮＫ－Ｔ細胞である。一部の例では、エピトープはがんエピトープであり、ＴＭＰは、ＫＲＡＳがんエピトープを発現するがん細胞（例えば、Ｔヘルパー細胞（ＣＤ４＋細胞）、細胞傷害性Ｔ細胞（ＣＤ８＋細胞）、及び／またはＮＫ－Ｔ細胞）の活性を増加させる。ＣＤ４＋Ｔ細胞の活性化には、ＣＤ４＋Ｔ細胞の増殖の増加、及び／またはＣＤ４＋Ｔ細胞による放出サイトカインの誘導または増強が含まれ得る。ＮＫ－Ｔ細胞及び／またはＣＤ８＋細胞の活性化には、ＮＫ－Ｔ細胞及び／またはＣＤ８＋細胞の増殖の増加、及び／またはＮＫ－Ｔ細胞及び／またはＣＤ８＋細胞によるインターフェロンγなどのサイトカインの放出の誘導が含まれ得る。
本開示のＴＭＰを、それを必要とする個体に投与して、個体におけるがんを治療することができ、その場合、がんは、ＴＭＰに存在するＫＲＡＳペプチドを発現している。例えば、がんは、上記のように、がん細胞が、ＫＲＡＳ、例えば、ＫＲＡＳの変異型を発現するか、または過剰発現するがんであり得る。本開示は、個体におけるがんを治療するための方法を提供し、その方法は、有効量の、本開示のＴＭＰ、または、ＴＭＰをコードするヌクレオチド配列を含む１種以上の核酸（例えば、発現ベクター、ｍＲＮＡなど）を個体に投与することを含み、ＴＭＰはＫＲＡＳエピトープであるＴ細胞エピトープを含み、ＴＭＰは刺激性免疫調節ポリペプチドを含む。一部の例では、「有効量」の本開示のＴＭＰとは、それを必要とする個体に１つ以上の用量で投与されると、個体におけるがん細胞の数を減少させる量のことである。例えば、一部の例では、「有効量」の本開示のＴＭＰとは、それを必要とする個体に１つ以上の用量で投与されると、ＴＭＰを投与する前またはＴＭＰを投与しない状態における、個体におけるがん細胞の数と比較して、個体におけるがん細胞の数を少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも９０％、または、少なくとも９５％減少させる量のことである。一部の例では、「有効量」の本開示のＴＭＰとは、それを必要とする個体に１つ以上の用量で投与されると、個体におけるがん細胞の数を減少させる（実質的に検出不能レベルにまで減少させることを含む）量のことである。
一部の例では、「有効量」の本開示のＴＭＰとは、それを必要とする個体に１つ以上の用量で投与されると、個体における腫瘍重量を減少させる量のことである。例えば、一部の例では、「有効量」の本開示のＴＭＰとは、それを必要とする個体（腫瘍を有する個体）に１つ以上の用量で投与されると、ＴＭＰを投与する前またはＴＭＰを投与しない状態における、個体における腫瘍重量と比較して、個体における腫瘍重量を少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも９０％、または、少なくとも９５％減少させる量のことである。一部の例では、「有効量」の本開示のＴＭＰとは、それを必要とする個体（腫瘍を有する個体）に１つ以上の用量で投与されると、個体における腫瘍容積を減少させる量のことである。例えば、一部の例では、「有効量」の本開示のＴＭＰとは、それを必要とする個体（腫瘍を有する個体）に１つ以上の用量で投与されると、ＴＭＰを投与する前またはＴＭＰを投与しない状態における、個体における腫瘍容積と比較して、個体における腫瘍容積を少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも９０％、または、少なくとも９５％減少させる量のことである。一部の例では、「有効量」の本開示のＴＭＰとは、それを必要とする個体に１つ以上の用量で投与されると、個体の生存期間を延長させる量のことである。例えば、一部の例では、「有効量」の本開示のＴＭＰとは、それを必要とする個体に１つ以上の用量で投与されると、ＴＭＰを投与しない状態の個体における想定生存期間と比較して、個体の生存期間を少なくとも１ヶ月間、少なくとも２ヶ月間、少なくとも３ヶ月間、３ヶ月間～６ヶ月間、６ヶ月間～１年間、１年間～２年間、２年間～５年間、５年間～１０年間、または、１０年間超、延長させる量のことである。
本開示の方法で治療することができるがんには、がん細胞が変異型のＫＲＡＳを発現するがんが含まれる。例としては、腺癌及び血液系腫瘍が挙げられる。本開示の方法で治療することができるがんの例として、多発性骨髄腫、Ｂ細胞リンパ腫、乳癌、肺癌、卵巣癌、膵臓癌、結腸直腸癌、前立腺癌、腎癌、急性骨髄性白血病、中皮腫、甲状腺癌、頭頸部癌、胃癌、尿路上皮癌、子宮頸癌、及び卵巣子宮内膜癌が挙げられる。
上記のように、一部の例では、本治療方法の実施において、本開示のＴＭＰは、それを必要とする個体にそれ自体ＴＭＰとして投与される。その他の例では、本治療方法の実施において、本開示のＴＭＰをコードするヌクレオチド配列を含む１種以上の核酸は、それを必要とする個体に投与される。それゆえ、その他の例では、本開示の１種以上の核酸、例えば、本開示の１種以上の組換え発現ベクターは、それを必要とする個体に投与される。
上記のように、本開示のＡＰＰはまた、ＡＰＰのＫＲＡＳペプチドに特異的なＴ細胞のＴＣＲに会合することが望まれる事例において、治療目的で患者に投与することができる。そのような事例では、患者における天然の免疫調節ポリペプチドの存在は、ＡＰＰがＴＣＲに会合するときにＴ細胞の調節に影響を及ぼし得る。
製剤
好適な製剤は、上記のとおりであり、好適な製剤は、薬学的に許容される賦形剤を含む。一部の例では、好適な製剤は、ａ）本開示のＴＭＰ、及びｂ）薬学的に許容される賦形剤を含む。一部の例では、好適な製剤は、ａ）本開示のＴＭＰをコードするヌクレオチド配列を含む核酸、及びｂ）薬学的に許容される賦形剤を含み、一部の例では、核酸はｍＲＮＡである。一部の例では、好適な製剤は、ａ）本開示のＴＭＰの第１のポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む第１の核酸、ｂ）本開示のＴＭＰの第２のポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む第２の核酸、及びｃ）薬学的に許容される賦形剤を含む。一部の例では、好適な製剤は、ａ）本開示のＴＭＰをコードするヌクレオチド配列を含む組換え発現ベクター、及びｂ）薬学的に許容される賦形剤を含む。一部の例では、好適な製剤は、ａ）本開示のＴＭＰの第１のポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む第１の組換え発現ベクター、ｂ）本開示のＴＭＰの第２のポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む第２の組換え発現ベクター、及びｃ）薬学的に許容される賦形剤を含む。好適な薬学的に許容される賦形剤は、上記のとおりである。
用量
好適な用量については、様々な臨床因子に基づき、主治医またはその他の資格のある医療関係者が決定することができる。医学技術分野においては周知のことではあるが、任意の１名の患者の用量は、患者の大きさ、体表面積、年齢、投与する特定のポリペプチドまたは核酸、患者の性別、投与期間及び投与経路、全身健康、ならびに、同時に投与するその他の薬物、を含む多くの因子によって決まる。本開示のＴＭＰは、用量あたり０．１ｍｇ／ｋｇ（体重）～２０ｍｇ／ｋｇ（体重）、例えば、０．１ｍｇ／ｋｇ（体重）～１０ｍｇ／ｋｇ（体重）、例えば、０．５ｍｇ／ｋｇ（体重）～５ｍｇ／ｋｇ（体重）、１ｍｇ／ｋｇ（体重）～５ｍｇ／ｋｇ（体重）、５ｍｇ／ｋｇ（体重）～１０ｍｇ／ｋｇ（体重）、１０ｍｇ／ｋｇ（体重）～１５ｍｇ／ｋｇ（体重）、１５ｍｇ／ｋｇ（体重）～２０ｍｇ／ｋｇ（体重）の量で投与してもよいが、この例示的な範囲超の用量は、特に上記の因子を考慮して想定されている。レジメンが持続注入である場合、１分間あたり体重１キログラムあたり１μｇ～１０ｍｇの範囲であってもよい。本開示のＴＭＰは、約１ｍｇ／ｋｇ（体重）～５０ｍｇ／ｋｇ（体重）、例えば、約１ｍｇ／ｋｇ（体重）～約５ｍｇ／ｋｇ（体重）、約５ｍｇ／ｋｇ（体重）～約１０ｍｇ／ｋｇ（体重）、約１０ｍｇ／ｋｇ（体重）～約１５ｍｇ／ｋｇ（体重）、約１５ｍｇ／ｋｇ（体重）～約２０ｍｇ／ｋｇ（体重）、約２０ｍｇ／ｋｇ（体重）～約２５ｍｇ／ｋｇ（体重）、約２５ｍｇ／ｋｇ（体重）～約３０ｍｇ／ｋｇ（体重）、約３０ｍｇ／ｋｇ（体重）～約３５ｍｇ／ｋｇ（体重）、約３５ｍｇ／ｋｇ（体重）～約４０ｍｇ／ｋｇ（体重）、または、約４０ｍｇ／ｋｇ（体重）～約５０ｍｇ／ｋｇ（体重）の量で投与してもよい。
当業者は、体液または組織中における投与薬剤の測定滞留時間及び濃度に基づき、投与の反復速度を容易に概算することができる。奏効した治療に続き、患者に維持療法を受けさせて疾患状態の再発を予防することが望ましい場合があるが、本開示のＴＭＰは、約１ｍｇ／ｋｇ（体重）～約５ｍｇ／ｋｇ（体重）、約５ｍｇ／ｋｇ（体重）～約１０ｍｇ／ｋｇ（体重）、約１０ｍｇ／ｋｇ（体重）～約１５ｍｇ／ｋｇ（体重）、約１５ｍｇ／ｋｇ（体重）～約２０ｍｇ／ｋｇ（体重）、または、２０ｍｇ／ｋｇ（体重）を上回る量の範囲の維持量で投与される。
特定のＴＭＰ、症状の重症度、及び、対象の副作用の受けやすさに応じて用量レベルが変化し得るということを、当業者は容易に理解する。任意の化合物の好ましい用量は、当業者が様々な方法を用いて容易に決定することができる。
一部の例では、複数回用量の、本開示のＴＭＰ、本開示の核酸、または、本開示の組換え発現ベクターを投与する。本開示のＴＭＰ、本開示の核酸、または、本開示の組換え発現ベクターの投与頻度は、様々な因子、例えば、症状の重症度などのいずれかに応じて変化し得る。例えば、一部の例では、本開示のＴＭＰ、本開示の核酸、または、本開示の組換え発現ベクターは、月に１回、月に２回、月に３回、１週おき（ｑｏｗ）、週に１回（ｑｗ）、２週に１回、３週に１回、４週に１回、週に２回（ｂｉｗ）、週に３回（ｔｉｗ）、週に４回、週に５回、週に６回、１日おき（ｑｏｄ）、毎日（ｑｄ）、１日２回（ｑｉｄ）、または、１日３回（ｔｉｄ）で投与される。
本開示のＴＭＰ、本開示の核酸、または、本開示の組換え発現ベクターの投与の持続期間、例えば、本開示のＴＭＰ、本開示の核酸、または、本開示の組換え発現ベクターを投与する期間は、様々な因子、例えば、患者の応答などのいずれかに応じて変化し得る。例えば、本開示のＴＭＰ、本開示の核酸、または、本開示の組換え発現ベクターを、約１日間～約１週間、約２週間～約４週間、約１ヶ月間～約２ヶ月間、約２ヶ月間～約４ヶ月間、約４ヶ月間～約６ヶ月間、約６ヶ月間～約８ヶ月間、約８ヶ月間～約１年間、約１年間～約２年間、もしくは、約２年間～約４年間、または、それ以上の範囲の期間にわたり投与してもよい。
投与経路
活性剤（本開示のＴＭＰ、本開示の核酸、または、本開示の組換え発現ベクター）は、全身及び局所投与経路に加えて、インビボ法及びインビトロ法を含む任意の利用可能な方法及び薬物送達に好適な経路を使用して、個体に投与される。
本開示のＴＭＰは、通常、静脈内投与を介して送達されるが、腫瘍内、腫瘍周囲、筋肉内、リンパ管内、気管内、頭蓋内、皮下、皮膚内、局所塗布、動脈内、経直腸、経鼻、経口、ならびに、他の経腸及び非経口投与経路を含む、他の従来の薬学的に許容される投与経路を使用してもよい。必要に応じて投与経路を組み合わせてもよく、または、ＴＭＰ及び／または所望の効果に応じて投与経路を調整してもよい。本開示のＴＭＰ、または、本開示の核酸または組換え発現ベクターを、単回用量または複数回用量で投与してもよい。
本開示のＴＭＰ、本開示の核酸、または、本開示の組換え発現ベクターは、任意の利用可能な一般的な方法、及び、全身または局所経路を含む一般的な薬物の送達に好適な経路を使用して、宿主に投与されてもよい。一般的に、本開示の方法における使用を検討する投与経路としては、経腸経路、非経口経路、及び、吸入経路が挙げられるが必ずしもこれらに限定されるものではない。
併用療法
本開示のＴＭＰを、１つ以上の追加の治療薬または治療処置と組み合わせて、それを必要とする個体に投与することができる。ＴＭＰの好適な用量は、ＡＰＰを用いた単剤療法の用量（上記）と同じであるか、または単剤療法の用量より少なくても多くてもよい。好適な追加の治療薬として、例えば、ｉ）免疫チェックポイント阻害剤、ｉｉ）がん化学療法剤、ｉｉｉ）がん関連変異型のＫＲＡＳを阻害する薬剤、及びｉｖ）１つ以上の追加のＴＭＰが挙げられる。好適な追加の治療的処置には、例えば、放射線、外科手術（例えば、腫瘍の外科的切除）などが含まれる。
一部の例では、方法は、それを必要とする個体に、ａ）本開示のＴＭＰを含む第１の組成物、及びｂ）免疫チェックポイント阻害剤を含む第２の組成物を投与することを含む。一部の例では、方法は、それを必要とする個体に、ａ）本開示のＴＭＰを含む第１の組成物、及びｂ）ＫＲＡＳ（Ｇ１２Ｃ）などのがん関連変異型のＫＲＡＳを阻害する薬剤を含む第２の組成物を投与することを含む。一部の例では、方法は、それを必要とする個体に、ａ）本開示のＴＭＰを含む第１の組成物、及びｂ）第２のＴＭＰを含む第２の組成物を投与することを含む。
本開示のＴＭＰは、１つ以上の追加の治療薬を投与するのと同時に、または様々な時間で、それを必要とする個体に投与することができる。
したがって、例えば、本開示の治療方法は、本開示のＴＭＰと少なくとも１つの追加の治療薬との共投与を含み得る。「共投与」とは、ＴＭＰと少なくとも１つの追加の治療薬の両方を投与した結果である治療効果を達成するために、必ずしも同時である必要はないが、本開示のＴＭＰと少なくとも１つの追加の治療薬の両方を個体に投与することを意味する。ＴＭＰと少なくとも１つの追加の治療薬の投与は、実質的に同時にすることができ、例えば、ＴＭＰを、少なくとも１つの追加の治療薬の投与の約１分～約２４時間以内（例えば、約１分以内、約５分以内、約１５分以内、約３０分以内、約１時間以内、約４時間以内、約８時間以内、約１２時間以内、または約２４時間以内）に、個体に投与することができる。一部の例では、本開示のＴＭＰを、少なくとも１つの追加の治療薬で治療を受けているか、または治療を受けていた個体に投与する。ＴＭＰと少なくとも１つの追加の治療薬の投与は、様々な時間及び／または様々な頻度で行うことができる。
別の例として、本開示の治療方法は、本開示のＴＭＰと、免疫チェックポイントに特異的な抗体などの免疫チェックポイント阻害剤との共投与を含み得る。「共投与」とは、ＴＭＰと免疫チェックポイントの阻害剤の両方を投与した結果である治療効果を達成するために、本開示のＴＭＰと免疫チェックポイントに特異的な抗体の両方を、必ずしも同時である必要はないが、個体に投与することを意味する。ＴＭＰと免疫チェックポイントポリペプチドに特異的な抗体の投与は、実質的に同時にすることができ、例えば、ＴＭＰを、免疫チェックポイントに特異的な抗体の投与の約１分～約２４時間以内（例えば、約１分以内、約５分以内、約１５分以内、約３０分以内、約１時間以内、約２時間以内、約４時間以内、約８時間以内、約１２時間以内、または約２４時間以内））に、個体に投与することができる。一部の例では、本開示のＴＭＰを、免疫チェックポイントに特異的な抗体で治療を受けているか、または治療を受けていた個体に投与する。ＴＭＰと免疫チェックポイントに特異的な抗体の投与は、様々な時間及び／または様々な頻度で行うことができる。
例示的な免疫チェックポイント阻害剤として、ＣＤ２７、ＣＤ２８、ＣＤ４０、ＣＤ１２２、ＣＤ９６、ＣＤ７３、ＣＤ４７、ＯＸ４０、ＧＩＴＲ、ＣＳＦ１Ｒ、ＪＡＫ、ＰＩ３Ｋδ、ＰＩ３Ｋγ、ＴＡＭ、アルギナーゼ、ＣＤ１３７（４－１ＢＢとしても知られる）、ＩＣＯＳ、Ａ２ＡＲ、Ｂ７－Ｈ３、Ｂ７－Ｈ４、ＢＴＬＡ、ＣＴＬＡ－４、ＬＡＧ３、ＴＩＭ３、ＶＩＳＴＡ、ＣＤ９６、ＴＩＧＩＴ、ＣＤ１２２、ＰＤ－１、ＰＤ－Ｌ１及びＰＤ－Ｌ２などの免疫チェックポイントポリペプチドを標的とする阻害剤が挙げられる。一部の例では、免疫チェックポイントポリペプチドは、ＣＤ２７、ＣＤ２８、ＣＤ４０、ＩＣＯＳ、ＯＸ４０、ＧＩＴＲ、ＣＤ１２２、及びＣＤ１３７から選択される刺激チェックポイント分子である。一部の例では、免疫チェックポイントポリペプチドは、Ａ２ＡＲ、Ｂ７－Ｈ３、Ｂ７－Ｈ４、ＢＴＬＡ、ＣＴＬＡ－４、ＩＤＯ、ＫＩＲ、ＬＡＧ３、ＰＤ－１、ＴＩＭ３、ＣＤ９６、ＴＩＧＩＴ及びＶＩＳＴＡから選択される阻害チェックポイント分子である。
一部の例では、免疫チェックポイント阻害剤は、免疫チェックポイントに特異的な抗体である。好適な抗免疫チェックポイント抗体として、ニボルマブ（Ｂｒｉｓｔｏｌ－Ｍｙｅｒｓ Ｓｑｕｉｂｂ）、ペンブロリズマブ（Ｍｅｒｃｋ）、ピジリズマブ（Ｃｕｒｅｔｅｃｈ）、ＡＭＰ－２２４（ＧｌａｘｏＳｍｉｔｈＫｌｉｎｅ／Ａｍｐｌｉｍｍｕｎｅ）、ＭＰＤＬ３２８０Ａ（Ｒｏｃｈｅ）、ＭＤＸ－１１０５（Ｍｅｄａｒｅｘ，Ｉｎｃ．／Ｂｒｉｓｔｏｌ Ｍｙｅｒ Ｓｑｕｉｂｂ）、ＭＥＤＩ－４７３６（Ｍｅｄｉｍｍｕｎｅ／ＡｓｔｒａＺｅｎｅｃａ）、ａｒｅｌｕｍａｂ（Ｍｅｒｃｋ Ｓｅｒｏｎｏ）、ｉｐｉｌｉｍｕｍａｂ（ＹＥＲＶＯＹ，（Ｂｒｉｓｔｏｌ－Ｍｙｅｒｓ Ｓｑｕｉｂｂ）、ｔｒｅｍｅｌｉｍｕｍａｂ（Ｐｆｉｚｅｒ）、ピジリズマブ（ＣｕｒｅＴｅｃｈ，Ｌｔｄ．）、ＩＭＰ３２１（Ｉｍｍｕｔｅｐ Ｓ．Ａ．）、ＭＧＡ２７１（Ｍａｃｒｏｇｅｎｉｃｓ）、ＢＭＳ－９８６０１６（Ｂｒｉｓｔｏｌ－Ｍｅｙｅｒｓ Ｓｑｕｉｂｂ）、リリルマブ（Ｂｒｉｓｔｏｌ－Ｍｙｅｒｓ Ｓｑｕｉｂｂ）、ウレルマブ（Ｂｒｉｓｔｏｌ－Ｍｅｙｅｒｓ Ｓｑｕｉｂｂ）、ＰＦ－０５０８２５６６（Ｐｆｉｚｅｒ）、ＩＰＨ２１０１（Ｉｎｎａｔｅ Ｐｈａｒｍａ／Ｂｒｉｓｔｏｌ－Ｍｙｅｒｓ Ｓｑｕｉｂｂ）、ＭＥＤＩ－６４６９（ＭｅｄＩｍｍｕｎｅ／ＡＺ）、ＣＰ－８７０，８９３（Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ）、モガムリズマブ（Ｋｙｏｗａ Ｈａｋｋｏ Ｋｉｒｉｎ）、バルリルマブ（ＣｅｌＩＤｅｘ Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ）、アベルマブ（ＥＭＤ Ｓｅｒｏｎｏ）、ガリキシマブ（Ｂｉｏｇｅｎ Ｉｄｅｃ）、ＡＭＰ－５１４（Ａｍｐｌｉｍｍｕｎｅ／ＡＺ）、ＡＵＮＰ１２（Ａｕｒｉｇｅｎｅ及びＰｉｅｒｒｅ Ｆａｂｒｅ）、インドキシモド（Ｉｎｄｏｘｉｍｏｄ）（ＮｅｗＬｉｎｋ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ）、ＮＬＧ－９１９（ＮｅｗＬｉｎｋ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ）、ＩＮＣＢ０２４３６０（Ｉｎｃｙｔｅ）、ＫＮ０３５、及びそれらの組み合わせが挙げられるが、これらに限定されない。例えば、一部の例では、免疫チェックポイント阻害剤は抗ＰＤ－１抗体である。好適な抗ＰＤ－１抗体として、例えば、ニボルマブ、ペンブロリズマブ（ＭＫ－３４７５としても知られる）、ピジリズマブ、ＳＨＲ－１２１０、ＰＤＲ００１、及びＡＭＰ－２２４が挙げられる。一部の例では、抗ＰＤ－１モノクローナル抗体は、ニボルマブ、ペムブロリズマブ、またはＰＤＲ００１である。好適な抗ＰＤ１抗体は、米国特許公開第２０１７／００４４２５９号に記載されている。ピジリズマブについては、例えば、Ｒｏｓｅｎｂｌａｔｔ ｅｔ ａｌ．（２０１１）Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒ．３４：４０９－１８を参照のこと。一部の例では、免疫チェックポイント阻害剤は抗ＣＴＬＡ－４抗体である。一部の例では、抗ＣＴＬＡ－４抗体は、イピリムマブまたはトレメリムマブである。トレメリムマブについては、例えば、Ｒｉｂａｓ ｅｔ ａｌ．（２０１３）Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｏｎｃｏｌ．３１：６１６－２２を参照のこと。一部の例では、免疫チェックポイント阻害剤は抗ＰＤ－Ｌ１抗体である。一部の例では、抗ＰＤ－Ｌ１モノクローナル抗体は、ＢＭＳ－９３５５５９、ＭＥＤＩ４７３６、ＭＰＤＬ３２８０Ａ（ＲＧ７４４６としても知られる）、ＫＮ０３５、またはＭＳＢ００１０７１８Ｃである。一部の実施形態では、抗ＰＤ－Ｌ１モノクローナル抗体は、ＭＰＤＬ３２８０Ａ（アテゾリズマブ）またはＭＥＤＩ４７３６（デュルバルマブ）である。デュルバルマブについては、例えば、ＷＯ２０１１／０６６３８９を参照のこと。アテゾリズマブについては、例えば、米国特許第８，２１７，１４９号を参照のこと。
一部の例では、少なくとも１つの追加の治療薬は、ＫＲＡＳ（Ｇ１２Ｃ）、ＫＲＡＳ（Ｋ１１７Ａ）などの変異型のＫＲＡＳを選択的に阻害する薬剤である。変異型のＫＲＡＳを選択的に阻害する薬剤の例として、ＡＲＳ－１６２０、ＡＭＧ５１０、ＫＲＡ－５３３、及びＭＲＴＸ８４９が挙げられる。
ＡＭＧ１５０は、以下の構造：
Figure 2022548472000016
を有する。
ＡＲＳ－１６２０は、以下の構造：
Figure 2022548472000017
を有する。
一部の例では、少なくとも１つの追加の治療薬は、１つ以上の追加のＴＭＰを含む。一部の例では、方法は、それを必要とする個体に、ａ）第１のＴＭＰを含む第１の組成物（第１のＴＭＰは、本開示のＴＭＰである）、及びｂ）第２のＴＭＰを含む第２の組成物（第２のＴＭＰは、例えば、異なるＫＲＡＳエピトープ及び／または１つ以上の異なるＭＯＤを含む、本開示の第１のＴＭＰとは異なる本開示のＴＭＰである）を投与することを含む。さらに、または代替として、１つ以上の追加のＴＭＰは、ＫＲＡＳペプチドエピトープ以外のがん関連ペプチドであるエピトープを含み得る。
治療に好適な対象
本開示の方法を用いた治療に好適な対象としては、がんを有すると診断されている個体と、がんの治療を受けてはいるがその治療に反応を示していない個体と、がんの治療を受けており最初は反応を示していたがその後治療に反応しなくなった個体と、を含む、がんを有する個体が挙げられる。本開示の方法を用いた治療に好適な対象としては、がん細胞が変異型のＫＲＡＳを発現するがんを有する個体が挙げられ、その場合、変異型のＫＲＡＳはがん関連変異型である。本開示の方法による治療に適した対象としては、多発性骨髄腫、Ｂ細胞リンパ腫、乳癌、肺癌、卵巣癌、膵臓癌、結腸直腸癌、前立腺癌、腎癌、急性骨髄性白血病、中皮腫、甲状腺癌、頭頸部癌、胃癌、尿路上皮癌、子宮頸癌、及び卵巣子宮内膜癌などのがんを有する個体が挙げられる。
一部の例では、対象は、免疫チェックポイント阻害剤による治療を受けている個体である。一部の例では、対象は、免疫チェックポイント阻害剤による治療を受けたが、そのような治療を受けたにもかかわらず疾患が進行した個体である。一部の例では、対象は、がん化学療法剤で治療を受けているか、または治療を受けた個体である。一部の例では、対象は、免疫チェックポイント阻害剤による治療を受ける準備をしているか、治療を受けているか、または治療を受けた個体である。一部の例では、対象は、がん化学療法剤、放射線治療、外科手術、及び／または別の治療薬による治療を受ける準備をしているか、治療を受けているか、または治療を受けた個体である。
本開示の非限定態様の例
実施形態を含む、上記の本主題の態様は、単独で、または１つ以上の他の態様もしくは実施形態と組み合わせて有益であり得る。前述の記載を制限することなく、開示の特定の非限定的な態様を以下に提供する。本開示を読解することにより当業者には明らかとなるが、個別に番号を振った態様のそれぞれを使用してもよく、あるいは、個別に番号を振った態様のそれぞれを、個別に番号を振った先行するまたは後に続く態様のいずれかと組み合わせてもよい。このことは、態様の全てのこのような組み合わせに対する支持を提供することを意味し、以下において明確に記載する態様の組み合わせに限定されない。
態様１．Ｔ細胞調節ポリペプチド（ＴＭＰ）であって、
ｉ）がん細胞上に発現するＫＲＡＳエピトープを含み、少なくとも４アミノ酸の長さを有する、ＫＲＡＳペプチド、
ｉｉ）第１の主要組織適合遺伝子複合体（ＭＨＣ）ポリペプチド、
ｉｉｉ）第２のＭＨＣポリペプチド、及び
ｉｖ）少なくとも１つの免疫調節ポリペプチド
を含む、Ｔ細胞調節ポリペプチド（ＴＭＰ）。
態様２．Ｉｇ Ｆｃポリペプチドをさらに含む、態様１に記載のＴ細胞調節ポリペプチド。
態様３．前記Ｉｇ Ｆｃポリペプチドが、細胞溶解を実質的に誘発しないヒトＩｇＧ１ Ｆｃポリペプチドである、態様２に記載のＴ細胞調節ポリペプチド。
態様４．前記ＩｇＧ１ Ｆｃポリペプチドが、Ｎ２９７Ａ、Ｌ２３４Ａ、Ｌ２３５Ａ、Ｌ２３４Ｆ、Ｌ２３５Ｅ、及びＰ３３１Ｓから選択される１つ以上のアミノ酸置換を含む、態様２または３に記載のＴ細胞調節ポリペプチド。
態様５．前記ＩｇＧ１ Ｆｃポリペプチドが、図３Ｇのアミノ酸配列を含む、態様４に記載のＴ細胞調節ポリペプチド。
態様６．前記第１の主要組織適合遺伝子複合体（ＭＨＣ）ポリペプチドがβ２－ミクログロブリンポリペプチドであり、前記第２のＭＨＣポリペプチドがＭＨＣクラスＩ重鎖ポリペプチドである、態様１～５のいずれか一つに記載のＴ細胞調節ポリペプチド。
態様７．前記β２－ミクログロブリンポリペプチドが、第１のリンカーによって前記ＫＲＡＳペプチドに接続されている、態様５に記載のＴ細胞調節ポリペプチド。
態様８．前記β２－ミクログロブリンポリペプチド及びＭＨＣクラスＩ重鎖ポリペプチドが、互いに共有結合している、態様１～７のいずれか一つに記載のＴ細胞調節ポリペプチド。
態様９．前記共有結合が、１つ以上のジスルフィド結合を介する、態様８に記載のＴ細胞調節ポリペプチド。
態様１０．前記β２Ｍポリペプチド及び前記ＭＨＣ重鎖ポリペプチドが、前記β２ＭポリペプチドのＣｙｓ残基と、前記ＭＨＣ重鎖ポリペプチドのＣｙｓ残基とを接続するジスルフィド結合によって接続されている、態様９に記載のＴ細胞調節ポリペプチド。
態様１１．前記β２Ｍポリペプチドのアミノ酸残基１２のＣｙｓが、前記ＭＨＣ重鎖ポリペプチドのアミノ酸残基２３６のＣｙｓにジスルフィド結合している、態様１０に記載のＴ細胞調節ポリペプチド。
態様１２．前記第１のリンカーがＣｙｓを含み、ジスルフィド結合が、前記第１のリンカーに存在するＣｙｓを前記ＭＨＣ重鎖ポリペプチドに存在するＣｙｓと連結する、態様７～１１のいずれか一つに記載のＴ細胞調節ポリペプチド。
態様１３．前記第１のリンカーが、配列ＣＧＧＧＳ（配列番号１４１）、ＧＣＧＧＳ（配列番号１３９）、ＧＧＣＧＳ（配列番号５８７）、ＧＧＧＣＳ（配列番号５８８）またはＧＧＧＧＣ（配列番号５９０）を含み、ジスルフィド結合が、前記リンカー中のＣｙｓを、前記ＭＨＣ重鎖ポリペプチドのＴｙｒ８４から置換されたＣｙｓと連結する、態様１２に記載のＴ細胞調節ポリペプチド。
態様１４．前記第１のリンカーが、配列ＣＧＧＧＳ（ＧＧＧＧＳ）ｎ（配列番号１４２）またはＧＣＧＧＳ（ＧＧＧＧＳ）ｎ（配列番号１４０）を含み、配列中、ｎは、１～１０の整数、例えば２または３であり、ジスルフィド結合が、前記リンカーのＣｙｓを前記ＭＨＣ重鎖ポリペプチドのＴｙｒ８４から置換されたＣｙｓと連結する、態様１３に記載のＴ細胞調節ポリペプチド。
態様１５．前記ＴＭＰが、（ｉ）前記β２ＭポリペプチドのＣｙｓ残基と前記ＭＨＣ重鎖ポリペプチドのＣｙｓ残基との間の第１のジスルフィド結合、及び（ｉｉ）前記第１のリンカーに存在するＣｙｓを前記ＭＨＣ重鎖ポリペプチドに存在するＣｙｓと連結する第２のジスルフィド結合を含む、態様９～１４に記載のＴ細胞調節ポリペプチド。
態様１６．（ｉ）前記β２Ｍポリペプチドのアミノ酸残基１２のＣｙｓが、前記ＭＨＣ重鎖ポリペプチドのアミノ酸残基２３６のＣｙｓにジスルフィド結合しており、（ｉｉ）前記第１のリンカーが、配列ＣＧＧＧＳ（配列番号１４１）、ＧＣＧＧＳ（配列番号１３９）、ＧＧＣＧＳ（配列番号５８７）、ＧＧＧＣＳ（配列番号５８８）またはＧＧＧＧＣ（配列番号５９０）を含み、ジスルフィド結合が、前記リンカーのＣｙｓを前記ＭＨＣ重鎖ポリペプチドのＴｙｒ８４から置換されたＣｙｓと連結する、態様１５に記載のＴ細胞調節ポリペプチド。
態様１７．前記第１のリンカーが、配列ＣＧＧＧＳ（ＧＧＧＧＳ）ｎ（配列番号１４２）またはＧＣＧＧＳ（ＧＧＧＧＳ）ｎ（配列番号１４０）を含み、配列中、ｎが、１～１０の整数、例えば、２または３である、態様１６に記載のＴ細胞調節ポリペプチド。
態様１８．ジスルフィド結合が、ＭＨＣ重鎖ポリペプチドに存在する２つのＣｙｓ残基を接続する、態様１～１７のいずれかのＴ細胞調節ポリペプチド。
態様１９．前記ＭＨＣ重鎖ポリペプチドが、
ａ）図７Ａに示すＨＬＡ－Ａ＊０１０１、ＨＬＡ－Ａ＊０２０１、ＨＬＡ－Ａ＊１１０１、ＨＬＡ－Ａ＊２３０１、ＨＬＡ－Ａ＊２４０２、ＨＬＡ－Ａ＊２４０７、ＨＬＡ－Ａ＊３３０３、もしくはＨＬＡ－Ａ＊３４０１アミノ酸配列に対して少なくとも９５％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列、または、
ｂ）図８Ａに示すＨＬＡ－Ｂ＊０７０２、ＨＬＡ－Ｂ＊０８０１、ＨＬＡ－Ｂ＊１５０２、ＨＬＡ－Ｂ＊３８０２、ＨＬＡ－Ｂ＊４００１、ＨＬＡ－Ｂ＊４６０１、もしくはＨＬＡ－Ｂ＊５３０１アミノ酸配列に対して少なくとも９５％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列、または
ｃ）図９Ａに示すＨＬＡ－Ｃ＊０１０２、ＨＬＡ－Ｃ＊０３０３、ＨＬＡ－Ｃ＊０３０４、ＨＬＡ－Ｃ＊０４０１、ＨＬＡ－Ｃ＊０６０２、ＨＬＡ－Ｃ＊０７０１、ＨＬＡ－Ｃ＊０７０２、ＨＬＡ－Ｃ＊０８０１、もしくはＨＬＡ－Ｃ＊１５０２に対して少なくとも９５％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列
を含む、態様１～１８のいずれか一つに記載のＴ細胞調節ポリペプチド。
態様２０．前記ＭＨＣ重鎖ポリペプチドが、ＨＬＡ－Ａ＊０２０１ポリペプチド、ＨＬＡ－Ａ＊１１０１ポリペプチド、ＨＬＡ－Ａ＊３３０３ポリペプチド、及びＨＬＡ－Ａ＊２４０１ポリペプチドからなる群から選択されるＨＬＡ－Ａポリペプチドに対して少なくとも９５％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含む、態様１９に記載のＴ細胞調節ポリペプチド。
態様２１．前記少なくとも１つの免疫調節ポリペプチドが、野生型またはバリアント型の活性化型免疫調節ポリペプチドである、態様１～２０のいずれか一つに記載のＴ細胞調節ポリペプチド。
態様２２．前記少なくとも１つの免疫調節ポリペプチドが、ＩＬ－２ポリペプチド、４－１ＢＢＬポリペプチド、ＣＤ８０ポリペプチド、ＣＤ８６ポリペプチド、またはそれらの組み合わせからなる群から選択される野生型またはバリアント型の活性化型免疫調節ポリペプチドである、態様１～２１のいずれか一つに記載のＴ細胞調節ポリペプチド。
態様２３．前記少なくとも１つの免疫調節ポリペプチドの少なくとも１つが、対応する野生型免疫調節ポリペプチドの同族共刺激ポリペプチドに対する親和性と比較して低い、前記同族共刺激ポリペプチドに対する親和性を示す、バリアント型免疫調節ポリペプチドである、態様１～２２のいずれか一つに記載のＴ細胞調節ポリペプチド。
態様２４．前記少なくとも１つの免疫調節ポリペプチドが、実質的にＩＬ－２Ｒαに結合せずかつＩＬ－２Ｒβに対して低い親和性を有するバリアント型ＩＬ－２である、態様２１～２３のいずれか一つに記載のＴ細胞調節ポリペプチド。
態様２５．前記バリアント型ＩＬ－２ポリペプチドが、ｉ）Ｈ１６Ａ置換及びＦ４２Ａ置換、またはｉｉ）Ｈ１６Ｔ置換及びＦ４２Ａ置換を含む、態様２４に記載のＴ細胞調節ポリペプチド。
態様２６．前記ポリペプチドが、少なくとも２つの免疫調節ポリペプチドを含み、前記少なくとも２つの免疫調節ポリペプチドが同じである、態様１～２５のいずれか一つに記載のＴ細胞調節ポリペプチド。
態様２７．前記２つ以上の免疫調節ポリペプチドがタンデムに存在する、態様２５または２６のいずれか一つに記載のＴ細胞調節ポリペプチド。
態様２８．それぞれが、ｉ）Ｈ１６Ａ置換及びＦ４２Ａ置換、またはｉｉ）Ｈ１６Ｔ置換及びＦ４２Ａ置換を含む、２つのバリアント型ＩＬ－２ポリペプチドをタンデムに含む、態様２７に記載のＴ細胞調節ポリペプチド。
態様２９．前記ＫＲＡＳペプチドが、少なくとも４アミノ酸の長さ、例えば、４アミノ酸～約２５アミノ酸（例えば、４～２０アミノ酸、６～１８アミノ酸、８～１５アミノ酸、８～１２アミノ酸、５～１０アミノ酸、９～１０アミノ酸、１０～２０アミノ酸、及び１５～２５アミノ酸の長さの範囲を含む、４アミノ酸（ａａ）、５ａａ、６ａａ、７ａａ、８ａａ、９ａａ、１０ａａ、１１ａａ、１２ａａ、１３ａａ、１４ａａ、１５ａａ、１６ａａ、１７ａａ、１８ａａ、１９ａａ、２０ａａ、２１ａａ、２２ａａ、２３ａａ、２４ａａ、または２５ａａ）のペプチドである、態様１～２８のいずれか一つに記載のＴ細胞調節ポリペプチド。
態様３０．前記ＫＲＡＳペプチドが、ＶＶＧＡＤＧＶＧＫ（配列番号１７６）、ＶＶＧＡＣＧＶＧＫ（配列番号１７７）、ＶＶＧＡＶＧＶＧＫ（配列番号１７８）、ＶＶＶＧＡＤＧＶＧＫ（配列番号１７９）、ＶＶＶＧＡＶＧＶＧＫ（配列番号１８０）、ＶＶＶＧＡＣＧＶＧＫ（配列番号１８１）、ＶＴＧＡＤＧＶＧＫ（配列番号１８２）、ＶＴＧＡＶＧＶＧＫ（配列番号１８３）、ＶＴＧＡＣＧＶＧＫ（配列番号１８４）、ＶＴＶＧＡＤＧＶＧＫ（配列番号１８５）、ＶＴＶＧＡＶＧＶＧＫ（配列番号１８６）、及びＶＴＶＧＡＣＧＶＧＫ（配列番号１８７）からなる群から選択される配列を含み、前記ＫＲＡＳペプチドが、９アミノ酸もしくは１０アミノ酸の長さ、または少なくとも９アミノ酸もしくは１０アミノ酸の長さを有する、態様２９に記載のＴ細胞調節ポリペプチド。
態様３１．前記ＫＲＡＳペプチドが、ＶＶＶＧＡＧＤＶＧＫ（配列番号１８８）、ＶＶＧＡＧＤＶＧＫ（配列番号１８９）、ＶＶＶＧＡＲＧＶＧＫ（配列番号１９０）、及びＶＶＧＡＲＧＶＧＫ（配列番号１９１）からなる群から選択される配列を含み、前記ＫＲＡＳペプチドが、９アミノ酸もしくは１０アミノ酸の長さ、または少なくとも９アミノ酸もしくは１０アミノ酸の長さを有する、態様２９に記載のＴ細胞調節ポリペプチド。
態様３２．前記ＫＲＡＳペプチドが、ＬＶＶＶＧＡＤＧＶ（配列番号１９２）、ＬＶＶＶＧＡＶＧＶ（配列番号１９３）、ＬＶＶＶＧＡＣＧＶ（配列番号１９４）、ＫＬＶＶＶＧＡＤＧＶ（配列番号１９５）、ＫＬＶＶＶＧＡＶＧＶ（配列番号１９６）、ＫＬＶＶＶＧＡＣＧＶ（配列番号１９７）、ＬＬＶＶＧＡＤＧＶ（配列番号１９８）、ＬＬＶＶＧＡＶＧＶ（配列番号１９９）、ＬＬＶＶＧＡＣＧＶ（配列番号２００）、ＦＬＶＶＶＧＡＤＧＶ（配列番号２０１）、ＦＬＶＶＶＧＡＶＧＶ（配列番号２０２）、及びＦＬＶＶＶＧＡＣＧＶ（配列番号２０３）からなる群から選択される配列を含み、前記ＫＲＡＳペプチドが、９アミノ酸もしくは１０アミノ酸の長さ、または少なくとも９アミノ酸もしくは１０アミノ酸の長さを有する、態様２９に記載のＴ細胞調節ポリペプチド。
態様３３．前記ＫＲＡＳペプチドが、ＫＬＶＶＶＧＡＧＤＶ（配列番号２０４）、及びＫＬＶＶＶＧＡＲＧＶ（配列番号２０５）からなる群から選択される配列を含み、前記ＫＲＡＳペプチドが、９アミノ酸もしくは１０アミノ酸の長さ、または少なくとも９アミノ酸もしくは１０アミノ酸の長さを有する、態様２９に記載のＴ細胞調節ポリペプチド。
態様３４．前記ＫＲＡＳペプチドが、ＧＡＧＤＶＧＫＳＡＬ（配列番号２０６）、ＡＧＤＶＧＫＳＡＬ（配列番号２０７）、ＤＶＧＫＳＡＬＴＩ（配列番号２０８）、ＧＡＶＧＶＧＫＳＡＬ（配列番号２０９）、ＡＶＧＶＧＫＳＡＬ（配列番号２１０）、ＹＫＬＶＶＶＧＡＶ（配列番号２１１）、ＡＲＧＶＧＫＳＡＬ（配列番号２１２）、ＧＡＲＧＶＧＫＳＡＬ（配列番号２１３）、ＥＹＫＬＶＶＶＧＡＲ（配列番号２１４）、ＲＧＶＧＫＳＡＬＴＩ（配列番号２１５）、ＬＶＶＶＧＡＲＧＶ（配列番号２１６）、ＧＡＤＧＶＧＫＳＡＬ（配列番号２１７）、ＡＣＧＶＧＫＳＡＬ（配列番号２１８）、及びＧＡＣＧＶＧＫＳＡＬ（配列番号２１９）からなる群から選択される配列を含み、前記ＫＲＡＳペプチドが、９アミノ酸もしくは１０アミノ酸の長さ、または少なくとも９アミノ酸もしくは１０アミノ酸の長さを有する、態様２９に記載のＴ細胞調節ポリペプチド。
態様３５．前記ＫＲＡＳペプチドが、ＶＶＧＡＶＧＶＧＫ（配列番号１７８）、ＶＶＶＧＡＶＧＶＧＫ（配列番号１８０）、ＶＧＡＶＧＶＧＫＳ（配列番号２２２）、ＶＧＡＶＧＶＧＫＳＡ（配列番号２２３）、ＡＶＧＶＧＫＳＡＬ（配列番号２１０）、ＡＶＧＶＧＫＳＡＬＴ（配列番号２２５）、ＧＡＶＧＶＧＫＳＡＬ（配列番号２０９）、ＧＡＶＧＶＧＫＳＡ（配列番号２２７）、ＬＶＶＶＧＡＶＧＶＧ（配列番号２２８）、ＬＶＶＶＧＡＶＧＶ（配列番号１９３）、ＫＬＶＶＶＧＡＶＧＶ（配列番号１９６）、及びＫＬＶＶＶＧＡＶＧ（配列番号２３１）からなる群から選択される配列を含み、前記ＫＲＡＳペプチドが、９アミノ酸もしくは１０アミノ酸の長さ、または少なくとも９アミノ酸もしくは１０アミノ酸の長さを有する、態様２９に記載のＴ細胞調節ポリペプチド。。
態様３６．前記ＫＲＡＳペプチドが、９または１０アミノ酸の長さのペプチドである、態様２９～３５のいずれか一つに記載のＴ細胞調節ポリペプチド。
態様３７．前記ＫＲＡＳペプチドが、アミノ酸配列ＶＶＧＡＤＧＶＧＫ（配列番号１７６）、ＶＶＧＡＣＧＶＧＫ（配列番号１７７）、またはＶＶＧＡＶＧＶＧＫ（配列番号１７８）を有し、９アミノ酸の長さを有する、態様３６に記載のＴ細胞調節ポリペプチド。
態様３８．前記ＫＲＡＳペプチドが、アミノ酸配列ＶＶＶＧＡＤＧＶＧＫ（配列番号１７９）、ＶＶＶＧＡＣＧＶＧＫ（配列番号１８１）、またはＶＶＶＧＡＶＧＶＧＫ（配列番号１８０）を有し、１０アミノ酸の長さを有する、態様３６に記載のＴ細胞調節ポリペプチド。
態様３９．前記ＫＲＡＳペプチドが、アミノ酸配列ＶＴＧＡＤＧＶＧＫ（配列番号１８２）、ＶＴＧＡＣＧＶＧＫ（配列番号１８４）、またはＶＴＧＡＶＧＶＧＫ（配列番号１８３）を有し、９アミノ酸の長さを有する、態様３６に記載のＴ細胞調節ポリペプチド。
態様４０．前記ＫＲＡＳペプチドが、アミノ酸配列ＶＴＶＧＡＤＧＶＧＫ（配列番号１８５）、ＶＴＶＧＡＣＧＶＧＫ（配列番号１８７）、またはＶＴＶＧＡＶＧＶＧＫ（配列番号１８６）を有し、１０アミノ酸の長さを有する、態様３６に記載のＴ細胞調節ポリペプチド。
態様４１．前記ＫＲＡＳペプチドが、ＫＬＶＶＶＧＡＤＧＶ（配列番号１９５）であり、かつ前記ＭＨＣ重鎖ポリペプチドが、ＨＬＡ－Ａ＊０２０１ポリペプチドに対して少なくとも９５％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含む、態様３２に記載のＴ細胞調節ポリペプチド。
態様４２．前記ＫＲＡＳペプチドがＶＶＶＧＡＤＧＶＧＫ（配列番号１７９）であり、かつ前記ＭＨＣ重鎖ポリペプチドが、ＨＬＡ－Ａ１１＊０１ポリペプチドに対して少なくとも９５％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含む、態様３２に記載のＴ細胞調節ポリペプチド。
態様４３．前記ＫＲＡＳペプチドがＶＶＧＡＶＧＶＧＫ（配列番号１７８）であり、かつ前記ＭＨＣ重鎖ポリペプチドが、ＨＬＡ－Ａ１１＊０１ポリペプチドに対して少なくとも９５％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含む、態様３７に記載のＴ細胞調節ポリペプチド。
態様４４．
ａ）
ｉ）がん細胞上に発現するＫＲＡＳエピトープを含み、少なくとも４アミノ酸の長さを有する、ＫＲＡＳペプチド、及び
ｉｉ）β２－ミクログロブリンポリペプチド
を含む第１のポリペプチド、ならびに
ｂ）ＭＨＣクラスＩ重鎖ポリペプチド、ならびに
ｃ）少なくとも１つの免疫調節ポリペプチド
を含み、前記第１及び／または第２のポリペプチドが、前記免疫調節ポリペプチドを含む、態様１～４３のいずれか一つに記載のヘテロ二量体Ｔ細胞調節ポリペプチド。
態様４５．
ａ１）前記第１のポリペプチドが、Ｎ末端からＣ末端の順に、
ｉ）前記ＫＲＡＳペプチド、及び
ｉｉ）β２－ミクログロブリンポリペプチド
を含み、かつ
ｂ１）前記第２のポリペプチドが、Ｎ末端からＣ末端の順に、
ｉ）少なくとも１つの免疫調節ポリペプチド、
ｉｉ）ＭＨＣクラスＩ重鎖ポリペプチド、及び
ｉｉｉ）Ｉｇ Ｆｃポリペプチド
を含むか、または
ａ２）前記第１のポリペプチドが、Ｎ末端からＣ末端の順に、
ｉ）前記ＫＲＡＳペプチド、及び
ｉｉ）β２－ミクログロブリンポリペプチド
を含み、かつ
ｂ２）前記第２のポリペプチドが、Ｎ末端からＣ末端の順に、
ｉ）ＭＨＣクラスＩ重鎖ポリペプチド、及び
ｉｉ）少なくとも１つの免疫調節ポリペプチド、及び
ｉｉｉ）免疫グロブリン（Ｉｇ）Ｆｃポリペプチド
を含むか、または
ａ３）前記第１のポリペプチドが、Ｎ末端からＣ末端の順に、
ｉ）前記ＫＲＡＳペプチド、及び
ｉｉ）β２－ミクログロブリンポリペプチド
を含み、かつ
ｂ３）前記第２のポリペプチドが、Ｎ末端からＣ末端の順に、
ｉ）ＭＨＣクラスＩ重鎖ポリペプチド、及び
ｉｉ）Ｉｇ Ｆｃポリペプチド、及び
ｉｉｉ）少なくとも１つの免疫調節ポリペプチド
を含むか、または
ａ４）前記第１のポリペプチドが、Ｎ末端からＣ末端の順に、
ｉ）少なくとも１つの免疫調節ポリペプチド、
ｉｉ）前記ＫＲＡＳペプチド、及び
ｉｉｉ）β２－ミクログロブリンポリペプチド
を含み、かつ
ｂ４）前記第２のポリペプチドが、Ｎ末端からＣ末端の順に、
ｉ）ＭＨＣクラスＩ重鎖ポリペプチド、及び
ｉｉ）Ｉｇ Ｆｃポリペプチド
を含むか、または
ａ５）前記第１のポリペプチドが、Ｎ末端からＣ末端の順に、
ｉ）前記ＫＲＡＳペプチド、
ｉｉ）β２－ミクログロブリンポリペプチド、及び
ｉｉｉ）少なくとも１つの免疫調節ポリペプチド
を含み、かつ
ｂ５）前記第２のポリペプチドが、
ｉ）ＭＨＣクラスＩ重鎖ポリペプチド、及び
ｉｉ）Ｉｇ Ｆｃポリペプチド
を含む、
態様４４に記載のヘテロ二量体Ｔ細胞調節ポリペプチド。
態様４６．
ａ１）前記第１のポリペプチドが、Ｎ末端からＣ末端の順に
ｉ）前記ＫＲＡＳペプチド、及び
ｉｉ）β２－ミクログロブリンポリペプチド
を含み、かつ
ｂ１）前記第２のポリペプチドが、Ｎ末端からＣ末端の順に
ｉ）少なくとも１つの免疫調節ポリペプチド、
ｉｉ）ＭＨＣクラスＩ重鎖ポリペプチド、及び
ｉｉｉ）Ｉｇ Ｆｃポリペプチド
を含むか、または
ａ３）前記第１のポリペプチドが、Ｎ末端からＣ末端の順に、
ｉ）前記ＫＲＡＳペプチド、及び
ｉｉ）β２－ミクログロブリンポリペプチド
を含み、かつ
ｂ３）前記第２のポリペプチドが、Ｎ末端からＣ末端の順に、
ｉ）ＭＨＣクラスＩ重鎖ポリペプチド、及び
ｉｉ）Ｉｇ Ｆｃポリペプチド、及び
ｉｉｉ）少なくとも１つの免疫調節ポリペプチド
を含み、
前記Ｉｇ Ｆｃポリペプチドが、細胞溶解を実質的に誘発しないヒトＩｇＧ１ Ｆｃポリペプチドであり、任意選択で、図３Ｇのアミノ酸配列を含み、
前記β２－ミクログロブリンポリペプチドが、配列ＣＧＧＧＳ（ＧＧＧＧＳ）ｎ（配列番号１４２）またはＧＣＧＧＳ（ＧＧＧＧＳ）ｎ（配列番号１４０）を含む第１のリンカーによって前記ＫＲＡＳペプチドに接続されており、配列中、ｎが、１～１０の整数、例えば、２または３であり、
前記ＭＨＣ重鎖ポリペプチドが、残基８４におけるＣｙｓ及び残基２３６におけるＣｙｓを含み、
前記β２Ｍポリペプチドが、残基１２におけるＣｙｓを含み、
前記β２Ｍポリペプチドのアミノ酸残基１２のＣｙｓが、前記ＭＨＣ重鎖ポリペプチドのアミノ酸残基２３６のＣｙｓにジスルフィド結合し、
ジスルフィド結合が、前記リンカーのＣｙｓを前記ＭＨＣ重鎖ポリペプチドのＴｙｒ８４から置換されたＣｙｓと連結し、
前記ＭＨＣ重鎖ポリペプチドが、ＨＬＡ－Ａ＊０２０１ポリペプチド、ＨＬＡ－Ａ＊１１０１ポリペプチド、ＨＬＡ－Ａ＊３３０３ポリペプチド、及びＨＬＡ－Ａ＊２４０１ポリペプチドからなる群から選択されるＨＬＡ－Ａポリペプチドに対して少なくとも９５％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、
前記少なくとも１つの免疫調節ポリペプチドが、ｉ）Ｈ１６Ａ置換及びＦ４２Ａ置換、またはｉｉ）Ｈ１６Ｔ置換及びＦ４２Ａ置換を含むバリアント型ＩＬ－２であり、ならびに
前記ポリペプチドが、同一であり、タンデムであり、かつｉ）Ｈ１６Ａ置換及びＦ４２Ａ置換、またはｉｉ）Ｈ１６Ｔ置換及びＦ４２Ａ置換を含むバリアント型ＩＬ－２を含む、２つの免疫調節ポリペプチドを含む、
態様４５に記載のヘテロ二量体Ｔ細胞調節ポリペプチド。
態様４７．前記ＫＲＡＳペプチドが、アミノ酸配列ＶＶＧＡＤＧＶＧＫ（配列番号１７６）、ＶＶＧＡＣＧＶＧＫ（配列番号１７７）、またはＶＶＧＡＶＧＶＧＫ（配列番号１７８）を含み、９アミノ酸の長さを有する、態様４６に記載のヘテロ二量体Ｔ細胞調節ポリペプチド。
態様４８．前記ＫＲＡＳペプチドが、アミノ酸配列ＶＶＶＧＡＤＧＶＧＫ（配列番号１７９）、ＶＶＶＧＡＣＧＶＧＫ（配列番号１８１）、またはＶＶＶＧＡＶＧＶＧＫ（配列番号１８０）を含み、１０アミノ酸の長さを有する、態様４６に記載のヘテロ二量体Ｔ細胞調節ポリペプチド。
態様４９．前記ＫＲＡＳペプチドが、アミノ酸配列ＶＴＧＡＤＧＶＧＫ（配列番号１８２）、ＶＴＧＡＣＧＶＧＫ（配列番号１８４）、またはＶＴＧＡＶＧＶＧＫ（配列番号１８３）を含み、９アミノ酸の長さを有する、態様４６に記載のヘテロ二量体Ｔ細胞調節ポリペプチド。
態様５０．前記ＫＲＡＳペプチドが、アミノ酸配列ＶＴＶＧＡＤＧＶＧＫ（配列番号１８５）、ＶＴＶＧＡＣＧＶＧＫ（配列番号１８７）、またはＶＴＶＧＡＶＧＶＧＫ（配列番号１８６）を含み、１０アミノ酸の長さを有する、態様４６に記載のヘテロ二量体Ｔ細胞調節ポリペプチド。
態様５１．前記ＫＲＡＳペプチドが、ＫＬＶＶＶＧＡＤＧＶ（配列番号１９５）であり、かつ前記ＭＨＣ重鎖ポリペプチドが、ＨＬＡ－Ａ＊０２０１ポリペプチドに対して少なくとも９５％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含む、態様４６に記載のヘテロ二量体Ｔ細胞調節ポリペプチド。
態様５２．前記ＫＲＡＳペプチドが、ＶＶＶＧＡＤＧＶＧＫ（配列番号１７９）であり、かつ前記ＭＨＣ重鎖ポリペプチドが、ＨＬＡ－Ａ１１＊０１ポリペプチドに対して少なくとも９５％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含む、態様４６に記載のヘテロ二量体Ｔ細胞調節ポリペプチド。
態様５３．前記ＫＲＡＳペプチドが、ＶＶＧＡＶＧＶＧＫ（配列番号１７８）であり、かつ前記ＭＨＣ重鎖ポリペプチドが、ＨＬＡ－Ａ１１＊０１ポリペプチドに対して少なくとも９５％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含む、態様４６に記載のヘテロ二量体Ｔ細胞調節ポリペプチド。
態様５４．
ｉ）がん細胞上に発現するＫＲＡＳエピトープを含み、少なくとも４アミノ酸の長さを有する、ＫＲＡＳペプチド、
ｉｉ）β２－ミクログロブリンポリペプチド、
ｉｉｉ）ＭＨＣクラスＩ重鎖ポリペプチド、及び
ｉｖ）少なくとも１つの免疫調節ポリペプチド
を含む、態様１～４３のいずれか一つに記載の一本鎖Ｔ細胞調節ポリペプチド。
態様５５．Ｎ末端からＣ末端の順に、
Ａ）ｉ）ＫＲＡＳペプチド、ｉｉ）β２Ｍポリペプチド、ｉｉｉ）クラスＩ ＭＨＣ重鎖ポリペプチド、ｉｖ）１つ以上の免疫調節ポリペプチド、及びｖ）Ｉｇ Ｆｃポリペプチド、または
Ｂ）ｉ）ＫＲＡＳペプチド、ｉｉ）β２Ｍポリペプチド、ｉｉｉ）クラスＩ ＭＨＣ重鎖ポリペプチド、ｉｖ）Ｉｇ Ｆｃポリペプチド、及びｖ）１つ以上の免疫調節ポリペプチド、または
Ｃ）ｉ）１つ以上の免疫調節ポリペプチド、ｉｉ）ＫＲＡＳペプチド、ｉｉｉ）β２Ｍポリペプチド、ｉｖ）クラスＩ ＭＨＣ重鎖ポリペプチド、及びｖ）Ｉｇ Ｆｃポリペプチドを含む、態様５４に記載の一本鎖Ｔ細胞調節ポリペプチド。
態様５６．前記一本鎖Ｔ細胞調節ポリペプチドが、Ｎ末端からＣ末端の順に、
ｉ）ＫＲＡＳペプチド、ｉｉ）β２Ｍポリペプチド、ｉｉｉ）クラスＩ ＭＨＣ重鎖ポリペプチド、ｉｖ）Ｉｇ Ｆｃポリペプチド、及びｖ）１つ以上の免疫調節ポリペプチドを含み、
前記Ｉｇ Ｆｃポリペプチドが、細胞溶解を実質的に誘発しないヒトＩｇＧ１ Ｆｃポリペプチドであり、任意選択で、図３Ｇのアミノ酸配列を含み、
前記β２－ミクログロブリンポリペプチドが、配列ＣＧＧＧＳ（ＧＧＧＧＳ）ｎ（配列番号１４２）またはＧＣＧＧＳ（ＧＧＧＧＳ）ｎ（配列番号１４０）を含む第１のリンカーによって前記ＫＲＡＳペプチドに接続されており、配列中、ｎは、１～１０の整数、例えば２または３であり、
前記ＭＨＣ重鎖ポリペプチドが、残基８４におけるＣｙｓ及び残基２３６におけるＣｙｓを含み、
前記β２Ｍポリペプチドが、残基１２におけるＣｙｓを含み、
前記β２Ｍポリペプチドのアミノ酸残基１２のＣｙｓが、前記ＭＨＣ重鎖ポリペプチドのアミノ酸残基２３６のＣｙｓにジスルフィド結合し、
ジスルフィド結合が、前記リンカーのＣｙｓを前記ＭＨＣ重鎖ポリペプチドのＴｙｒ８４から置換されたＣｙｓと連結し、
前記ＭＨＣ重鎖ポリペプチドが、ＨＬＡ－Ａ＊０２０１ポリペプチド、ＨＬＡ－Ａ＊１１０１ポリペプチド、ＨＬＡ－Ａ＊３３０３ポリペプチド、及びＨＬＡ－Ａ＊２４０１ポリペプチドからなる群から選択されるＨＬＡ－Ａポリペプチドに対して少なくとも９５％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、
前記β２Ｍポリペプチドが、（ＧＧＧＧＳ）ｎ（配列番号３７７）リンカーによって前記ＭＨＣ重鎖ポリペプチドに接続されており、配列中、ｎは、１、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０、例えば、ｎ＝３または７であり、
前記少なくとも１つの免疫調節ポリペプチドが、ｉ）Ｈ１６Ａ置換及びＦ４２Ａ置換またはｉｉ）Ｈ１６Ｔ置換及びＦ４２Ａ置換を含むバリアント型ＩＬ－２であり、前記ポリペプチドが、同一であり、タンデムであり、かつｉ）Ｈ１６Ａ置換及びＦ４２Ａ置換またはｉｉ）Ｈ１６Ｔ置換及びＦ４２Ａ置換を含むバリアント型ＩＬ－２を含む、２つの免疫調節ポリペプチドを含む、
態様５５に記載の一本鎖Ｔ細胞調節ポリペプチド。
態様５７．前記ＫＲＡＳペプチドが、アミノ酸配列ＶＶＧＡＤＧＶＧＫ（配列番号１７６）、ＶＶＧＡＣＧＶＧＫ（配列番号１７７）、またはＶＶＧＡＶＧＶＧＫ（配列番号１７８）を含み、９アミノ酸の長さを有する、態様５６に記載のヘテロ二量体Ｔ細胞調節ポリペプチド。
態様５８．前記ＫＲＡＳペプチドが、アミノ酸配列ＶＶＶＧＡＤＧＶＧＫ（配列番号１７９）、ＶＶＶＧＡＣＧＶＧＫ（配列番号１８１）、またはＶＶＶＧＡＶＧＶＧＫ（配列番号１８０）を含み、１０アミノ酸の長さを有する、態様５６に記載のヘテロ二量体Ｔ細胞調節ポリペプチド。
態様５９．前記ＫＲＡＳペプチドが、アミノ酸配列ＶＴＧＡＤＧＶＧＫ（配列番号１８２）、ＶＴＧＡＣＧＶＧＫ（配列番号１８４）、またはＶＴＧＡＶＧＶＧＫ（配列番号１８３）を含み、９アミノ酸の長さを有する、態様５６に記載のヘテロ二量体Ｔ細胞調節ポリペプチド。
態様６０．前記ＫＲＡＳペプチドが、アミノ酸配列ＶＴＶＧＡＤＧＶＧＫ（配列番号１８５）、ＶＴＶＧＡＣＧＶＧＫ（配列番号１８７）、またはＶＴＶＧＡＶＧＶＧＫ（配列番号１８６）を含み、１０アミノ酸の長さを有する、態様５６に記載のヘテロ二量体Ｔ細胞調節ポリペプチド。
態様６１．前記ＫＲＡＳペプチドが、ＫＬＶＶＶＧＡＤＧＶ（配列番号１９５）であり、かつ前記ＭＨＣ重鎖ポリペプチドが、ＨＬＡ－Ａ＊０２０１ポリペプチドに対して少なくとも９５％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含む、態様５６に記載のヘテロ二量体Ｔ細胞調節ポリペプチド。
態様６２．前記ＫＲＡＳペプチドが、ＶＶＶＧＡＤＧＶＧＫ（配列番号１７９）であり、かつ前記ＭＨＣ重鎖ポリペプチドが、ＨＬＡ－Ａ１１＊０１ポリペプチドに対して少なくとも９５％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含む、態様５６に記載のヘテロ二量体Ｔ細胞調節ポリペプチド。
態様６３．前記ＫＲＡＳペプチドが、ＶＶＧＡＶＧＶＧＫ（配列番号１７８）であり、かつ前記ＭＨＣ重鎖ポリペプチドが、ＨＬＡ－Ａ１１＊０１ポリペプチドに対して少なくとも９５％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含む、態様５６に記載のヘテロ二量体Ｔ細胞調節ポリペプチド。
態様６４．Ｔ細胞調節ポリペプチドであって、前記ＴＭＰが、態様４４～５３のいずれか一つに記載の第１及び第２のヘテロ二量体を含むホモ二量体であり、前記第１及び第２のヘテロ二量体が、同じであり、かつ前記第１及び第２のヘテロ二量体のＩｇ Ｆｃポリペプチド間の１つ以上のジスルフィド結合によって共有結合している、前記Ｔ細胞調節ポリペプチド。
態様６５．Ｔ細胞調節ポリペプチドであって、前記ＴＭＰが、態様５４～６３のいずれか一つに記載の第１及び第２の一本鎖ＴＭＰを含むホモ二量体であり、前記第１及び第２の一本鎖ＴＭＰが、同じであり、かつ前記第１及び第２のＴＭＰのＩｇ Ｆｃポリペプチド間の１つ以上のジスルフィド結合によって共有結合している、前記Ｔ細胞調節ポリペプチド。
態様６６．態様４４～５３のいずれか一つに記載の第１または第２のポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む、核酸。
態様６７．態様５４～６３のいずれか一つに記載の一本鎖ＴＭＰをコードするヌクレオチド配列を含む、核酸。
態様６８．態様６６または６７に記載の核酸を含む発現ベクター。
態様６９．ＫＲＡＳペプチドエピトープに特異的なＴ細胞の活性を選択的に調節する方法であって、前記方法が、前記Ｔ細胞を、態様１～６５のいずれか一つに記載のＴ細胞調節ポリペプチドと接触させることを含み、前記接触が、前記エピトープ特異的Ｔ細胞の活性を選択的に調節する、前記方法。
態様７０．ＫＲＡＳ関連がんを有する患者において前記がんを治療する方法であって、前記方法が、態様１～６５のいずれか一つに記載のＴ細胞調節ポリペプチドを含む有効量の医薬組成物を前記患者に投与することを含む、前記方法。
態様７１．前記がんが、非小細胞肺癌、肺腺癌、粘液性腺腫、膵管癌、結腸直腸癌、または白血病である、態様７０に記載の方法。
態様７２．前記投与が静脈内である、態様７０または７１に記載の方法。
態様７３． 前記患者に免疫チェックポイント阻害剤を同時投与することをさらに含む、態様７０～７２のいずれか一つに記載の方法。
態様７４．前記免疫チェックポイント阻害剤が、ＰＤ－Ｌ１、ＰＤ－１、またはＣＴＬＡ４に特異的な抗体である、態様７３に記載の方法。
態様７５．ＫＲＡＳ（Ｇ１２Ｃ）阻害剤を投与することをさらに含む、態様７０～７４のいずれか一つに記載の方法。
態様７６．個体における免疫応答を調節する方法であって、前記方法が、態様１～６５のいずれか一つに記載の有効量のＴ細胞調節ポリペプチドを前記個体に投与することを含み、前記投与が、エピトープ特異的Ｔ細胞応答及びエピトープ非特異的Ｔ細胞応答を誘導し、前記エピトープ特異的Ｔ細胞応答と前記エピトープ非特異的Ｔ細胞応答との比率が、少なくとも２：１である、前記方法。
態様７７．標的Ｔ細胞への免疫調節ポリペプチドの選択的な送達方法であって、前記方法が、Ｔ細胞の混合集団を、態様１～６５のいずれか一つに記載のＴ細胞調節ポリペプチドと接触させることを含み、前記Ｔ細胞の混合集団が、前記標的Ｔ細胞と非標的Ｔ細胞を含み、前記標的Ｔ細胞が、前記Ｔ細胞調節ポリペプチド内に存在する前記ＫＲＡＳエピトープに特異的であり、前記接触が、前記Ｔ細胞調節ポリペプチド内に存在する前記１つ以上の免疫調節ポリペプチドを前記標的Ｔ細胞に送達する、前記送達方法。
態様７８．個体から得られたＴ細胞の混合集団において、がん関連変異を含むＫＲＡＳペプチドに結合する標的Ｔ細胞の存在の検出方法であって、前記方法が、ａ）前記Ｔ細胞の混合集団を、態様１～６５のいずれか一つに記載のＴ細胞調節ポリペプチドとインビトロで接触させることを含み、前記Ｔ細胞調節ポリペプチドが前記ペプチドエピトープを含み、前記方法がまた、ｂ）前記接触に応答してＴ細胞の活性化及び／または増殖を検出することを含み、活性化及び／または増殖したＴ細胞が、前記標的Ｔ細胞の存在を示す、前記検出方法。
態様７９．ＫＲＡＳ特異的Ｔ細胞の存在の検出方法であって、
Ａ）ＫＲＡＳ特異的Ｔ細胞を、
ｉ）ＫＲＡＳ特異的Ｔ細胞上のＴＣＲに特異的なＫＲＡＳエピトープを含むＫＲＡＳペプチド、
ｉｉ）第１の主要組織適合遺伝子複合体（ＭＨＣ）ポリペプチド、
ｉｉｉ）第２のＭＨＣポリペプチド、及び
ｉｖ）検出可能な標識
を含む抗原提示ポリペプチド（ＡＰＰ）と接触させるステップ、ならびに
Ｂ）標識の存在を検出するステップ
を含む、前記検出方法。
態様８０．前記接触させるステップを、インビボで実施する、態様７９に記載の方法。
態様８１．前記接触させるステップを、インビトロで実施する、態様７９に記載の方法。
態様８２．前記ＡＰＰが、第１及び第２のポリペプチドを含むヘテロ二量体であり、
ａ１）前記第１のポリペプチドが、Ｎ末端からＣ末端の順に
ｉ）前記ＫＲＡＳペプチド、及び
ｉｉ）β２－ミクログロブリンポリペプチド
を含み、かつ
ｂ１）前記第２のポリペプチドが、Ｎ末端からＣ末端の順に、
ｉ）ＭＨＣクラスＩ重鎖ポリペプチド、及び
ｉｉ）Ｉｇ Ｆｃポリペプチド
を含むか、または
ａ３）前記第１のポリペプチドが、Ｎ末端からＣ末端の順に
ｉ）前記ＫＲＡＳペプチド、及び
ｉｉ）β２－ミクログロブリンポリペプチド
を含み、かつ
ｂ３）前記第２のポリペプチドが、Ｎ末端からＣ末端の順に
ｉ）ＭＨＣクラスＩ重鎖ポリペプチド
ｉｉ）Ｉｇ Ｆｃポリペプチド
を含み、
前記Ｉｇ Ｆｃポリペプチドが、細胞溶解を実質的に誘発しないヒトＩｇＧ１ Ｆｃポリペプチドであり、任意選択で、図３Ｇのアミノ酸配列を含む、
態様７９～８１のいずれか一つに記載の方法。
態様８３．
前記β２－ミクログロブリンポリペプチドが、配列ＣＧＧＧＳ（ＧＧＧＧＳ）ｎ（配列番号１４２）またはＧＣＧＧＳ（ＧＧＧＧＳ）ｎ（配列番号１４０）を含む第１のリンカーによってＫＲＡＳペプチドに接続されており、配列中、ｎが、１～１０の整数、例えば、２または３であり、
前記ＭＨＣ重鎖ポリペプチドが、残基８４におけるＣｙｓ及び残基２３６におけるＣｙｓを含み、
前記β２Ｍポリペプチドが、残基１２におけるＣｙｓを含み、
前記β２Ｍポリペプチドのアミノ酸残基１２のＣｙｓが、前記ＭＨＣ重鎖ポリペプチドのアミノ酸残基２３６のＣｙｓにジスルフィド結合し、
ジスルフィド結合が、前記リンカーのＣｙｓを前記ＭＨＣ重鎖ポリペプチドのＴｙｒ８４から置換されたＣｙｓに連結し、
前記ＭＨＣ重鎖ポリペプチドが、ＨＬＡ－Ａ＊０２０１ポリペプチド、ＨＬＡ－Ａ＊１１０１ポリペプチド、ＨＬＡ－Ａ＊３３０３ポリペプチド、及びＨＬＡ－Ａ＊２４０１ポリペプチドからなる群から選択されるＨＬＡ－Ａポリペプチドに対して少なくとも９５％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含む、
態様８２に記載の方法。
態様８４．前記ＡＰＰが、
ｉ）ＫＲＡＳペプチド、
ｉｉ）β２－ミクログロブリンポリペプチド、及び
ｉｉｉ）ＭＨＣクラスＩ重鎖ポリペプチド。
を含む一本鎖ポリペプチドである、態様７９～８１のいずれか一つに記載の方法。
態様８５．前記一本鎖ＡＰＰが、Ｎ末端からＣ末端の順に、Ａ）ｉ）ＫＲＡＳペプチド、ｉｉ）β２Ｍポリペプチド、ｉｉｉ）クラスＩ ＭＨＣ重鎖ポリペプチド、及びｉｖ）Ｉｇ Ｆｃポリペプチドを含み、
前記Ｉｇ Ｆｃポリペプチドが、細胞溶解を実質的に誘発しないヒトＩｇＧ１ Ｆｃポリペプチドであり、任意選択で、図３Ｇのアミノ酸配列を含む、態様８４に記載の方法。
態様８６．
前記β２－ミクログロブリンポリペプチドが、配列ＣＧＧＧＳ（ＧＧＧＧＳ）ｎ（配列番号１４２）またはＧＣＧＧＳ（ＧＧＧＧＳ）ｎ（配列番号１４０）を含む第１のリンカーによって前記ＫＲＡＳペプチドに接続されており、配列中、ｎが、１～１０の整数、例えば、２または３であり、
前記ＭＨＣ重鎖ポリペプチドが、残基８４におけるＣｙｓ及び残基２３６におけるＣｙｓを含み、
前記β２Ｍポリペプチドが、残基１２におけるＣｙｓを含み、
前記β２Ｍポリペプチドのアミノ酸残基１２のＣｙｓが、前記ＭＨＣ重鎖ポリペプチドのアミノ酸残基２３６のＣｙｓにジスルフィド結合し、
ジスルフィド結合が、前記リンカーのＣｙｓを前記ＭＨＣ重鎖ポリペプチドのＴｙｒ８４から置換されたＣｙｓに連結し、
前記ＭＨＣ重鎖ポリペプチドが、ＨＬＡ－Ａ＊０２０１ポリペプチド、ＨＬＡ－Ａ＊１１０１ポリペプチド、ＨＬＡ－Ａ＊３３０３ポリペプチド、及びＨＬＡ－Ａ＊２４０１ポリペプチドからなる群から選択されるＨＬＡ－Ａポリペプチドに対して少なくとも９５％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含む、態様８５に記載の方法。
以下の実施例は、当業者に、本開示を作成及び使用する方法の完全な開示及び説明を提供するために提示されており、発明者が見なす範囲を限定することを意図するものではなく、また、それらの発明が、以下の実験が実行されたすべてまたは唯一の実験であることを表すことを意図したものでもない。使用される数値（例えば、量、温度など）に関して精度を確保するための努力が払われているが、多少の実験誤差と偏差を考慮する必要がある。特に明記されていない限り、部は重量部、分子量は重量平均分子量、温度は摂氏、圧力は大気圧または大気圧近傍である。標準的な略語、例えば、ｂｐ、塩基対（複数可）、ｋｂ、キロベース（複数可）、ｐｌ、ピコリットル（複数可）、ｓまたはｓｅｃ、秒（複数可）、ｍｉｎ、分（複数可）、ｈまたはｈｒ、時間（複数可）、ａａ、アミノ酸（複数可）、ｋｂ、キロベース（複数可）、ｂｐ、塩基対（複数可）、ｎｔ、ヌクレオチド（複数可）、ｉ．ｍ．、筋肉内（に）、ｉ．ｐ．、腹腔内（に）、ｓ．ｃ．、皮下（に）、などが使用され得る。
実施例１：ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｖ特異的ＨＬＡ－Ａ１１＋Ｔ細胞の生成及びＫＲＡＳ Ｇ１２Ｖ ＨＬＡ－Ａ１１ ＴＭＰに応答したその増殖の評価
Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）を形質導入した初代ヒトＴ細胞を、ＨＬＡ－Ａ１１＋ドナーから生成した。ＴＣＲは、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｖ（７－１６）ペプチドに応答性であった。ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｖ（７－１６）及びＨＬＡ－Ａ１１を含むＴＭＰが、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｖ（７－１６）特異的な、ＴＣＲを形質導入されたＣＤ８＋Ｔ細胞を増殖させる能力を評価した。
材料及び方法
以下のＴＭＰを使用した：（ｉ）ＴＭＰ４０７４（一本鎖、ペプチドエピトープとしてＧ１２Ｖ（７－１６）を含む）、（ｉｉ）ＴＭＰ４０７３（一本鎖、ペプチドエピトープとしてＧ１２Ｄ（７－１６）を含む）、（ｉｉｉ）ＴＭＰ４０７２－４０３０（構築物４０７２及び構築物４０３０のヘテロ二量体を含み、ペプチドエピトープとしてＧ１２Ｖ（７－１６）を含む、分割鎖）、（ｉｖ）ＴＭＰ４０７２－４０２９（構築物４０７２及び構築物４０２９のヘテロ二量体を含み、ペプチドエピトープとしてＧ１２Ｄ（７－１６）を含む、分割鎖）。ＴＭＰは、ＨＬＡ－Ａ＊１１：０１対立遺伝子重鎖、β２Ｍポリペプチド、ペプチドエピトープとしてのＫＲＡＳ Ｇ１２Ｖ（７－１６）またはＫＲＡＳ Ｇ１２Ｄ（７－１６）、親和性が減弱されたＩＬ－２バリアント（ＩＬ－２（Ｈ１６Ａ、Ｆ４２Ａ））、及びヒト免疫グロブリンＧ１（ＩｇＧ１）フラグメント結晶性（Ｆｃ）ポリペプチドを含んでいた。
Ｇ１２Ｄ（７－１６）ペプチドエピトープは、アミノ酸配列：
Figure 2022548472000018
（配列番号１７９）を有する。Ｇ１２Ｖ（７－１６）ペプチドエピトープは、アミノ酸配列：
Figure 2022548472000019
（配列番号１８０）を有する。
４０７２－４０２９ＴＭＰは、２つのヘテロ二量体のホモ二量体であり、各ヘテロ二量体は、ａ）ｉ）Ｇ１２Ｄ（７－１６）ペプチド、ｉｉ）ＧＣＧＧＳ（ＧＧＧＳ）２）（配列番号５８４）リンカー、及びｉｉｉ）Ｒ１２Ｃ置換を含むβ２Ｍポリペプチドを含む「軽鎖」ポリペプチドである４０２９ポリペプチド（図１４Ｋ）、ならびにｂ）ｉ）Ｙ８４Ｃ及びＡ２３６Ｃ置換を有するＨＬＡ－Ａ＊１１：０１対立遺伝子重鎖、ｉｉ）Ｌ２３４Ａ及びＬ２３５Ａ置換を有するＩｇＧ１ Ｆｃポリペプチド、及びｉｉｉ）ＩＬ２（Ｈ１６Ａ、Ｆ４２Ａ）の２つのコピーを含む「重鎖」ポリペプチドである４０７２ポリペプチド（図１３Ｌ）を含む。重鎖及び軽鎖ポリペプチドは、ｉ）ＧＣＧＧＳ（ＧＧＧＧＳ）２（配列番号５８５）リンカーのＣｙｓとＨＬＡ－Ａ＊１１．０１重鎖ポリペプチドのＹ８４Ｃ置換によって形成されるＣｙｓ、及びｉｉ）β２ＭポリペプチドのＲ１２Ｃ置換によって形成されるＣｙｓとＨＬＡ－Ａ＊１１．０１重鎖ポリペプチドのＡ２３６Ｃ置換によって形成されるＣｙｓの間に形成される２つのジスルフィド結合によって接続される。４０７２－４０２９ＴＭＰは、ヘテロ二量体の２つのコピーのホモ二量体であり、それぞれのＩｇＧ１ Ｆｃ領域間に形成されるジスルフィド結合によって接続される。４０７２－４０２９ＴＭＰは、図２０では「分割鎖Ｇ１２Ｄ ＴＭＰ」と呼ばれる。
４０７２－４０３０ＴＭＰは、２つのヘテロ二量体のホモ二量体であり、各ヘテロ二量体は、ａ）ｉ）Ｇ１２Ｖ（７－１６）ペプチド、ｉｉ）ＧＣＧＧＳ（ＧＧＧＳ）２）（配列番号５８４）リンカー、及びｉｉｉ）Ｒ１２Ｃ置換を含むβ２Ｍポリペプチドを含む４０３０ポリペプチド（図１４Ｑ）、ならびにｂ）ｉ）Ｙ８４Ｃ及びＡ２３６Ｃ置換を有するＨＬＡ－Ａ＊１１：０１対立遺伝子重鎖、ｉｉ）Ｌ２３４Ａ及びＬ２３５Ａ置換を有するＩｇＧ１ Ｆｃポリペプチド、及びｉｉｉ）ＩＬ２（Ｈ１６Ａ、Ｆ４２Ａ）の２つのコピーを含む「重鎖」ポリペプチドである４０７２ポリペプチド（図１３Ｌ）を含む。重鎖及び軽鎖ポリペプチドは、ｉ）ＧＣＧＧＳ（ＧＧＧＧＳ）２（配列番号５８５）リンカーのＣｙｓとＨＬＡ－Ａ＊１１．０１重鎖ポリペプチドのＹ８４Ｃ置換によって形成されるＣｙｓ、及びｉｉ）β２ＭポリペプチドのＲ１２Ｃ置換によって形成されるＣｙｓとＨＬＡ－Ａ＊１１．０１重鎖ポリペプチドのＡ２３６Ｃ置換によって形成されるＣｙｓの間に形成される２つのジスルフィド結合によって接続される。４０７２－４０３０ＴＭＰは、ヘテロ二量体の２つのコピーのホモ二量体であり、それぞれのＩｇＧ１ Ｆｃ領域間に形成されるジスルフィド結合によって接続される。４０７２－４０３０ＴＭＰは、図２０では「分割鎖Ｇ１２Ｖ ＴＭＰ」と呼ばれる。
４０７３ＴＭＰは、２つの一本鎖ポリペプチドのホモ二量体であり、各一本鎖ポリペプチド（図１９Ｂに示す）は、ｉ）Ｇ１２Ｄ（７－１６）ペプチド、ｉｉ）ＧＣＧＧＳ（ＧＧＧＧＳ）２（配列番号５８５）リンカー、ｉｉｉ）β２Ｍ（Ｒ１２Ｃ）ポリペプチド、ｉｖ）Ｙ８４Ｃ及びＡ２３６Ｃ置換を有するＨＬＡ－Ａ＊１１：０１対立遺伝子重鎖、ｖ）Ｌ２３４Ａ及びＬ２３５Ａ置換を有するＩｇＧ１ Ｆｃポリペプチド、及びｖｉ）ＩＬ２（Ｈ１６Ａ、Ｆ４２Ａ）の２つのコピーを含む。２つの一本鎖ポリペプチドのそれぞれは、ｉ）ＧＣＧＧＳ（ＧＧＧＧＳ）２（配列番号５８５）リンカーのＣｙｓとＨＬＡ－Ａ＊１１．０１重鎖ポリペプチドのＹ８４Ｃ置換によって形成されるＣｙｓ、及びｉｉ）β２ＭポリペプチドのＲ１２Ｃ置換によって形成されるＣｙｓとＨＬＡ－Ａ＊１１．０１重鎖ポリペプチドのＡ２３６Ｃ置換によって形成されるＣｙｓの間に形成される鎖内ジスルフィド結合を含み得る。２つの一本鎖ポリペプチドは、それぞれの一本鎖ポリペプチドのＩｇＧ１ Ｆｃポリペプチド間に形成されるジスルフィド結合を介して互いにジスルフィド結合する。４０７３ＴＭＰは、図２０では「一本鎖Ｇ１２Ｄ ＴＭＰ」と呼ばれる。
４０７４ＴＭＰは、２つの一本鎖ポリペプチドのホモ二量体であり、各一本鎖ポリペプチド（図１９Ｃに示す）は、ｉ）Ｇ１２Ｖ（７－１６）ペプチド、ｉｉ）ＧＣＧＧＳ（ＧＧＧＧＳ）２（配列番号５８５）リンカー、ｉｉｉ）β２Ｍ（Ｒ１２Ｃ）ポリペプチド、ｉｖ）Ｙ８４Ｃ及びＡ２３６Ｃ置換を有するＨＬＡ－Ａ＊１１：０１対立遺伝子重鎖、ｖ）Ｌ２３４Ａ及びＬ２３５Ａ置換を有するＩｇＧ１ Ｆｃポリペプチド、及びｖｉ）ＩＬ２（Ｈ１６Ａ、Ｆ４２Ａ）の２つのコピーを含む。２つの一本鎖ポリペプチドのそれぞれは、ｉ）ＧＣＧＧＳ（ＧＧＧＧＳ）２（配列番号５８５）リンカーのＣｙｓとＨＬＡ－Ａ＊１１．０１重鎖ポリペプチドのＹ８４Ｃ置換によって形成されるＣｙｓ、及びｉｉ）β２ＭポリペプチドのＲ１２Ｃ置換によって形成されるＣｙｓとＨＬＡ－Ａ＊１１．０１重鎖ポリペプチドのＡ２３６Ｃ置換によって形成されるＣｙｓの間に形成される鎖内ジスルフィド結合を含み得る。２つの一本鎖ポリペプチドは、それぞれの一本鎖ポリペプチドのＩｇＧ１ Ｆｃポリペプチド間に形成されるジスルフィド結合を介して互いにジスルフィド結合する。４０７４ＴＭＰは、図２０では「一本鎖Ｇ１２Ｖ ＴＭＰ」と呼ばれる。
ＨＬＡ－Ａ１１＋ヒト健康ドナーＣＤ８＋Ｔ細胞に、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｖ（７－１６）に特異的なＴＣＲを形質導入した。形質導入されたＣＤ８＋Ｔ細胞を、フィーダーとしての自己末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）の存在下で、ペプチドエピトープとしてＫＲＡＳ Ｇ１２Ｖ（７－１６）を含むか、またはペプチドエピトープとしてＫＲＡＳ Ｇ１２Ｄ（７－１６）を含むＴＭＰで刺激した。ＴＣＲで形質導入されたＴ細胞の増殖を、ＴＣＲのマウス定常領域（ＴＣＲに組み込まれた）に特異的な抗体を使用してモニタリングし、フローサイトメトリーによって評価した。
結果
図２０に示すように、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｖ（７－１６）ＨＬＡ－Ａ１１ ＴＭＰは、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｖ（７－１６）特異的なＣＤ８＋Ｔ細胞を、１０日間のインビトロアッセイにおけるＣＤ８＋Ｔ細胞の割合（上段パネル）及び抗原特異的細胞の総数（下段パネル）として、用量依存的に増殖させることができる。ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｄ（７－１６）を含む対照ＴＭＰが用量依存的に増殖を誘発しなかったことから、効果はエピトープ特異的であった。
本発明における特定の実施形態を参照して本発明を説明してきたが、本発明の真の趣旨及び範囲を逸脱することなく、様々な変更を行うことが可能であること、また均等物で置き換え可能であることを当業者は理解するであろう。更に、特定の状態、材料、物質の組成物、プロセス、１つのプロセス工程または複数のプロセス工程について多くの修正を行い、本発明の目的、趣旨及び範囲に適合させることも可能である。全てのこのような修正は、本書に添付する特許請求の範囲の範囲内となることを意図している。

Claims (20)

  1. Ｔ細胞調節ポリペプチド（ＴＭＰ）であって、
    ｉ）がん細胞上に発現するＫＲＡＳエピトープを含み、少なくとも４アミノ酸の長さを有する、ＫＲＡＳペプチド、
    ｉｉ）第１の主要組織適合遺伝子複合体（ＭＨＣ）ポリペプチド、
    ｉｉｉ）第２のＭＨＣポリペプチド、及び
    ｉｖ）少なくとも１つの免疫調節ポリペプチド
    を含み、
    前記第１の主要組織適合遺伝子複合体（ＭＨＣ）ポリペプチドがβ２－ミクログロブリンポリペプチドであり、前記第２のＭＨＣポリペプチドがＭＨＣクラスＩ重鎖ポリペプチドである、前記Ｔ細胞調節ポリペプチド。
  2. 前記Ｔ細胞調節ポリペプチドが、細胞溶解を実質的に誘発しないＩｇ Ｆｃポリペプチドをさらに含み、任意選択で、ＩｇＧ１ Ｆｃポリペプチドが、Ｎ２９７Ａ、Ｌ２３４Ａ、Ｌ２３５Ａ、Ｌ２３４Ｆ、Ｌ２３５Ｅ、及びＰ３３１Ｓから選択される１つ以上のアミノ酸置換を含む、請求項１に記載のＴ細胞調節ポリペプチド。
  3. 前記β２Ｍポリペプチド及び前記ＭＨＣ重鎖ポリペプチドが、前記β２ＭポリペプチドのＣｙｓ残基と前記ＭＨＣ重鎖ポリペプチドのＣｙｓ残基とを接続するジスルフィド結合によって接続されており、任意選択で、前記β２Ｍポリペプチドのアミノ酸残基１２のＣｙｓが、前記ＭＨＣ重鎖ポリペプチドのアミノ酸残基２３６のＣｙｓにジスルフィド結合されている、請求項１または２に記載のＴ細胞調節ポリペプチド。
  4. 前記β２－ミクログロブリンポリペプチドが、Ｃｙｓを含む第１のリンカーによって前記ＫＲＡＳペプチドに接続されており、ジスルフィド結合が前記第１のリンカーに存在するＣｙｓを前記ＭＨＣ重鎖ポリペプチドに存在するＣｙｓに連結し、任意選択で、前記第１のリンカーが、配列ＣＧＧＧＳ（ＧＧＧＧＳ）ｎ（配列番号１４２）またはＧＣＧＧＳ（ＧＧＧＧＳ）ｎ（配列番号１４０）を含み、配列中、ｎが、１～１０の整数、例えば、２または３であり、ジスルフィド結合が、前記リンカーのＣｙｓを前記ＭＨＣ重鎖ポリペプチドのＴｙｒ８４から置換されたＣｙｓに連結する、請求項１～３に記載のＴ細胞調節ポリペプチド。
  5. 前記ＭＨＣ重鎖ポリペプチドが、ＨＬＡ－Ａ＊０２０１ポリペプチド、ＨＬＡ－Ａ＊１１０１ポリペプチド、ＨＬＡ－Ａ＊３３０３ポリペプチド、及びＨＬＡ－Ａ＊２４０１ポリペプチドからなる群から選択されるＨＬＡ－Ａポリペプチドに対して少なくとも９５％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含む、請求項４に記載のＴ細胞調節ポリペプチド。
  6. 前記少なくとも１つの免疫調節ポリペプチドが、ＩＬ－２、４－１ＢＢＬ、ＣＤ８０、ＣＤ８６、またはそれらの組み合わせからなる群から選択される活性化型免疫調節ポリペプチドの野生型またはバリアント型であり、任意選択で、前記少なくとも１つの免疫調節ポリペプチドの少なくとも１つが、対応する野生型免疫調節ポリペプチドの同族共刺激ポリペプチドに対する親和性と比較して低い、前記同族共刺激ポリペプチドに対する親和性を示す、バリアント型免疫調節ポリペプチドである、請求項１～５のいずれか一項に記載のＴ細胞調節ポリペプチド。
  7. 前記少なくとも１つの免疫調節ポリペプチドが、実質的にＩＬ－２Ｒαに結合せずかつＩＬ－２Ｒβに対する親和性が低下しているバリアント型ＩＬ－２であり、任意選択で、前記バリアント型ＩＬ－２ポリペプチドが、ｉ）Ｈ１６Ａ置換及びＦ４２Ａ置換、またはｉｉ）Ｈ１６Ｔ置換及びＦ４２Ａ置換を含む、請求項６に記載のＴ細胞調節ポリペプチド。
  8. 前記ＫＲＡＳペプチドが、以下からなる群から選択される配列を含む、請求項１～７のいずれか一項に記載のＴ細胞調節ポリペプチド：
    Ａ）ＶＶＧＡＤＧＶＧＫ（配列番号１７６）、ＶＶＧＡＣＧＶＧＫ（配列番号１７７）、ＶＶＧＡＶＧＶＧＫ（配列番号１７８）、ＶＶＶＧＡＤＧＶＧＫ（配列番号１７９）、ＶＶＶＧＡＶＧＶＧＫ（配列番号１８０）、ＶＶＶＧＡＣＧＶＧＫ（配列番号１８１）、ＶＴＧＡＤＧＶＧＫ（配列番号１８２）、ＶＴＧＡＶＧＶＧＫ（配列番号１８３）、ＶＴＧＡＣＧＶＧＫ（配列番号１８４）、ＶＴＶＧＡＤＧＶＧＫ（配列番号１８５）、ＶＴＶＧＡＶＧＶＧＫ（配列番号１８６）、及びＶＴＶＧＡＣＧＶＧＫ（配列番号１８７）；ここで前記ＫＲＡＳペプチドは、９アミノ酸もしくは１０アミノ酸の長さ、または少なくとも９アミノ酸もしくは１０アミノ酸の長さを有する；
    Ｂ）ＶＶＶＧＡＧＤＶＧＫ（配列番号１８８）、ＶＶＧＡＧＤＶＧＫ（配列番号１８９）、ＶＶＶＧＡＲＧＶＧＫ（配列番号１９０）、及びＶＶＧＡＲＧＶＧＫ（配列番号１９１）；ここで前記ＫＲＡＳペプチドは、９アミノ酸もしくは１０アミノ酸の長さ、または少なくとも９アミノ酸もしくは１０アミノ酸の長さを有する；
    Ｃ）ＬＶＶＶＧＡＤＧＶ（配列番号１９２）、ＬＶＶＶＧＡＶＧＶ（配列番号１９３）、ＬＶＶＶＧＡＣＧＶ（配列番号１９４）、ＫＬＶＶＶＧＡＤＧＶ（配列番号１９５）、ＫＬＶＶＶＧＡＶＧＶ（配列番号１９６）、ＫＬＶＶＶＧＡＣＧＶ（配列番号１９７）、ＬＬＶＶＧＡＤＧＶ（配列番号１９８）、ＬＬＶＶＧＡＶＧＶ（配列番号１９９）、ＬＬＶＶＧＡＣＧＶ（配列番号２００）、ＦＬＶＶＶＧＡＤＧＶ（配列番号２０１）、ＦＬＶＶＶＧＡＶＧＶ（配列番号２０２）、及びＦＬＶＶＶＧＡＣＧＶ（配列番号２０３）；ここで前記ＫＲＡＳペプチドは、９アミノ酸もしくは１０アミノ酸の長さ、または少なくとも９アミノ酸もしくは１０アミノ酸の長さを有する；
    Ｄ）ＫＬＶＶＶＧＡＧＤＶ（配列番号２０４）、及びＫＬＶＶＶＧＡＲＧＶ（配列番号２０５）；ここで前記ＫＲＡＳペプチドは、９アミノ酸もしくは１０アミノ酸の長さ、または少なくとも９アミノ酸もしくは１０アミノ酸の長さを有する；
    Ｅ）ＧＡＧＤＶＧＫＳＡＬ（配列番号２０６）、ＡＧＤＶＧＫＳＡＬ（配列番号２０７）、ＤＶＧＫＳＡＬＴＩ（配列番号２０８）、ＧＡＶＧＶＧＫＳＡＬ（配列番号２０９）、ＡＶＧＶＧＫＳＡＬ（配列番号２１０）、ＹＫＬＶＶＶＧＡＶ（配列番号２１１）、ＡＲＧＶＧＫＳＡＬ（配列番号２１２）、ＧＡＲＧＶＧＫＳＡＬ（配列番号２１３）、ＥＹＫＬＶＶＶＧＡＲ（配列番号２１４）、ＲＧＶＧＫＳＡＬＴＩ（配列番号２１５）、ＬＶＶＶＧＡＲＧＶ（配列番号２１６）、ＧＡＤＧＶＧＫＳＡＬ（配列番号２１７）、ＡＣＧＶＧＫＳＡＬ（配列番号２１８）、及びＧＡＣＧＶＧＫＳＡＬ（配列番号２１９）；ここで前記ＫＲＡＳペプチドは、９アミノ酸もしくは１０アミノ酸の長さ、または少なくとも９アミノ酸もしくは１０アミノ酸の長さを有する；ならびに
    Ｆ）ＶＶＧＡＶＧＶＧＫ（配列番号１７８）、ＶＶＶＧＡＶＧＶＧＫ（配列番号１８０）、ＶＧＡＶＧＶＧＫＳ（配列番号２２２）、ＶＧＡＶＧＶＧＫＳＡ（配列番号２２３）、ＡＶＧＶＧＫＳＡＬ（配列番号２１０）、ＡＶＧＶＧＫＳＡＬＴ（配列番号ＩＤ ＮＯ：２２５）、ＧＡＶＧＶＧＫＳＡＬ（配列番号２０９）、ＧＡＶＧＶＧＫＳＡ（配列番号２２７）、ＬＶＶＶＧＡＶＧＶＧ（配列番号２２８）、ＬＶＶＶＧＡＶＧＶ（配列番号１９３）、ＫＬＶＶＶＧＡＶＧＶ（配列番号１９６）、及びＫＬＶＶＶＧＡＶＧ（配列番号２３１）；ここで前記ＫＲＡＳペプチドは、９アミノ酸もしくは１０アミノ酸の長さ、または少なくとも９アミノ酸もしくは１０アミノ酸の長さを有する。
  9. Ａ）前記ＫＲＡＳペプチドが、ＫＬＶＶＶＧＡＤＧＶ（配列番号１９５）であり、かつ前記ＭＨＣ重鎖ポリペプチドが、ＨＬＡ－Ａ＊０２０１ポリペプチドに対して少なくとも９５％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含むか、または
    Ｂ）前記ＫＲＡＳペプチドが、ＶＶＶＧＡＤＧＶＧＫ（配列番号１７９）またはＶＶＧＡＶＧＶＧＫ（配列番号１７８）であり、かつ前記ＭＨＣ重鎖ポリペプチドが、ＨＬＡ－Ａ１１＊０１ポリペプチドに対して少なくとも９５％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含む、
    請求項１～８のいずれか一項に記載のＴ細胞調節ポリペプチド。
  10. 前記ＴＭＰがヘテロ二量体を含み、前記ヘテロ二量体が以下を含む、請求項１～９のいずれか一項に記載のＴ細胞調節ポリペプチド：
    ａ１）第１のポリペプチドが、Ｎ末端からＣ末端の順に、
    ｉ）前記ＫＲＡＳペプチド、及び
    ｉｉ）β２－ミクログロブリンポリペプチド
    を含み、かつ
    ｂ１）第２のポリペプチドが、Ｎ末端からＣ末端の順に、
    ｉ）少なくとも１つの免疫調節ポリペプチド、
    ｉｉ）ＭＨＣクラスＩ重鎖ポリペプチド、及び
    ｉｉｉ）Ｉｇ Ｆｃポリペプチド
    を含むか、または
    ａ３）第１のポリペプチドが、Ｎ末端からＣ末端の順に、
    ｉ）前記ＫＲＡＳペプチド、及び
    ｉｉ）β２－ミクログロブリンポリペプチド
    を含み、かつ
    ｂ３）第２のポリペプチドが、Ｎ末端からＣ末端の順に、
    ｉ）ＭＨＣクラスＩ重鎖ポリペプチド、及び
    ｉｉ）Ｉｇ Ｆｃポリペプチド、及び
    ｉｉｉ）少なくとも１つの免疫調節ポリペプチド
    を含み、
    ここで、前記Ｉｇ Ｆｃポリペプチドが、細胞溶解を実質的に誘発しないヒトＩｇＧ１ Ｆｃポリペプチドであり、任意選択で、図３Ｇのアミノ酸配列を含む。
  11. 前記β２－ミクログロブリンポリペプチドが、配列ＣＧＧＧＳ（ＧＧＧＧＳ）ｎ（配列番号１４２）またはＧＣＧＧＳ（ＧＧＧＧＳ）ｎ（配列番号１４０）を含む第１のリンカーによって前記ＫＲＡＳペプチドに接続されており、配列中、ｎは、１～１０の整数、例えば、２または３であり、
    前記ＭＨＣ重鎖ポリペプチドが、残基８４におけるＣｙｓ及び残基２３６におけるＣｙｓを含み、
    前記β２Ｍポリペプチドが、残基１２におけるＣｙｓを含み、
    前記β２Ｍポリペプチドのアミノ酸残基１２のＣｙｓが、前記ＭＨＣ重鎖ポリペプチドのアミノ酸残基２３６のＣｙｓにジスルフィド結合し、
    ジスルフィド結合が、前記リンカーのＣｙｓを前記ＭＨＣ重鎖ポリペプチドのＴｙｒ８４から置換されたＣｙｓに連結し、
    前記ＭＨＣ重鎖ポリペプチドが、ＨＬＡ－Ａ＊０２０１ポリペプチド、ＨＬＡ－Ａ＊１１０１ポリペプチド、ＨＬＡ－Ａ＊３３０３ポリペプチド、及びＨＬＡ－Ａ＊２４０１ポリペプチドからなる群から選択されるＨＬＡ－Ａポリペプチドに対して少なくとも９５％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、
    前記少なくとも１つの免疫調節ポリペプチドが、ｉ）Ｈ１６Ａ置換及びＦ４２Ａ置換またはｉｉ）Ｈ１６Ｔ置換及びＦ４２Ａ置換を含むバリアント型ＩＬ－２であり、ならびに
    前記ポリペプチドが、同一であり、タンデムであり、かつｉ）Ｈ１６Ａ置換及びＦ４２Ａ置換またはｉｉ）Ｈ１６Ｔ置換及びＦ４２Ａ置換を含むバリアント型ＩＬ－２を含む、２つの免疫調節ポリペプチドを含む、
    請求項１０に記載のヘテロ二量体Ｔ細胞調節ポリペプチド。
  12. Ａ）前記ＫＲＡＳペプチドが、ＫＬＶＶＶＧＡＤＧＶ（配列番号１９５）であり、かつ前記ＭＨＣ重鎖ポリペプチドが、ＨＬＡ－Ａ＊０２０１ポリペプチドに対して少なくとも９５％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含むか、または
    Ｂ）前記ＫＲＡＳペプチドが、ＶＶＶＧＡＤＧＶＧＫ（配列番号１７９）またはＶＶＧＡＶＧＶＧＫ（配列番号１７８）であり、かつ前記ＭＨＣ重鎖ポリペプチドが、ＨＬＡ－Ａ１１＊０１ポリペプチドに対して少なくとも９５％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含む、
    請求項１０または１１に記載のヘテロ二量体Ｔ細胞調節ポリペプチド。
  13. 前記ＴＭＰが、
    ｉ）がん細胞上に発現するＫＲＡＳエピトープを含み、少なくとも４アミノ酸の長さを有する、ＫＲＡＳペプチド、
    ｉｉ）β２－ミクログロブリンポリペプチド、
    ｉｉｉ）ＭＨＣクラスＩ重鎖ポリペプチド、及び
    ｉｖ）少なくとも１つの免疫調節ポリペプチド
    を含む単一のポリペプチド鎖である、請求項１～９のいずれか一項に記載のＴ細胞調節ポリペプチド。
  14. 前記一本鎖Ｔ細胞調節ポリペプチドが、Ｎ末端からＣ末端の順に、
    ｉ）ＫＲＡＳペプチド、ｉｉ）β２Ｍポリペプチド、ｉｉｉ）クラスＩ ＭＨＣ重鎖ポリペプチド、ｉｖ）Ｉｇ Ｆｃポリペプチド、及びｖ）１つ以上の免疫調節ポリペプチドを含み、
    前記Ｉｇ Ｆｃポリペプチドが、細胞溶解を実質的に誘発しないヒトＩｇＧ１ Ｆｃポリペプチドであり、任意選択で、図３Ｇのアミノ酸配列を含む、
    請求項１３に記載の一本鎖Ｔ細胞調節ポリペプチド。
  15. 前記β２ミクログロブリンポリペプチドが、配列ＣＧＧＧＳ（ＧＧＧＧＳ）ｎ（配列番号１４２）またはＧＣＧＧＳ（ＧＧＧＧＳ）ｎ（配列番号１４０）を含む第１のリンカーによって前記ＫＲＡＳペプチドに接続されており、配列中、ｎは、１～１０の整数、例えば、２または３であり、
    前記ＭＨＣ重鎖ポリペプチドが、残基８４におけるＣｙｓ及び残基２３６におけるＣｙｓを含み、
    前記β２Ｍポリペプチドが、残基１２におけるＣｙｓを含み、
    前記β２Ｍポリペプチドのアミノ酸残基１２のＣｙｓが、前記ＭＨＣ重鎖ポリペプチドのアミノ酸残基２３６のＣｙｓにジスルフィド結合し、
    ジスルフィド結合が、前記リンカーのＣｙｓを前記ＭＨＣ重鎖ポリペプチドのＴｙｒ８４から置換されたＣｙｓに連結し、
    前記β２Ｍポリペプチドが、（ＧＧＧＧＳ）ｎリンカーによって前記ＭＨＣ重鎖ポリペプチドに接続されており、配列中、ｎは、１、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０、例えば、ｎ＝３または７であり、
    前記ＭＨＣ重鎖ポリペプチドが、ＨＬＡ－Ａ＊０２０１ポリペプチド、ＨＬＡ－Ａ＊１１０１ポリペプチド、ＨＬＡ－Ａ＊３３０３ポリペプチド、及びＨＬＡ－Ａ＊２４０１ポリペプチドからなる群から選択されるＨＬＡ－Ａポリペプチドに対して少なくとも９５％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、
    前記少なくとも１つの免疫調節ポリペプチドが、ｉ）Ｈ１６Ａ置換及びＦ４２Ａ置換またはｉｉ）Ｈ１６Ｔ置換及びＦ４２Ａ置換を含むバリアント型ＩＬ－２であり、
    前記ポリペプチドが、同一であり、タンデムであり、かつｉ）Ｈ１６Ａ置換及びＦ４２Ａ置換またはｉｉ）Ｈ１６Ｔ置換及びＦ４２Ａ置換を含むバリアント型ＩＬ－２を含む、２つの免疫調節ポリペプチドを含む、
    請求項１４に記載の一本鎖Ｔ細胞調節ポリペプチド。
  16. Ａ）前記ＫＲＡＳペプチドが、ＫＬＶＶＶＧＡＤＧＶ（配列番号１９５）であり、かつ前記ＭＨＣ重鎖ポリペプチドが、ＨＬＡ－Ａ＊０２０１ポリペプチドに対して少なくとも９５％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含むか、または
    Ｂ）前記ＫＲＡＳペプチドが、ＶＶＶＧＡＤＧＶＧＫ（配列番号１７９）またはＶＶＧＡＶＧＶＧＫ（配列番号１７８）であり、かつ前記ＭＨＣ重鎖ポリペプチドが、ＨＬＡ－Ａ１１＊０１ポリペプチドに対して少なくとも９５％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含む、
    請求項１５に記載の一本鎖Ｔ細胞調節ポリペプチド。
  17. Ｔ細胞調節ポリペプチドであって、前記ＴＭＰが、請求項１０～１２のいずれか一項に記載の第１及び第２のヘテロ二量体ＴＭＰまたは請求項１３～１６のいずれか一項に記載の第１及び第２の一本鎖ＴＭＰを含む、ホモ二量体であり、前記第１及び第２のヘテロ二量体が、同じであり、かつ前記第１及び第２のヘテロ二量体の前記Ｉｇ Ｆｃポリペプチド間の１つ以上のジスルフィド結合によって共有結合している、前記Ｔ細胞調節ポリペプチド。
  18. 請求項１０～１２のいずれか一項に記載のヘテロ二量体ＴＭＰの第１もしくは第２のポリペプチドまたは請求項１３～１６のいずれか一項に記載の一本鎖ＴＭＰをコードするヌクレオチド配列を含む、核酸。
  19. ＫＲＡＳペプチドエピトープに特異的なＴ細胞の活性を選択的に調節する方法であって、前記方法が、前記Ｔ細胞を、態様１～１７のいずれか一つに記載のＴ細胞調節ポリペプチドと接触させることを含み、前記接触が、前記エピトープ特異的Ｔ細胞の活性を選択的に調節する、前記方法。
  20. ＫＲＡＳ関連がんを有する患者において前記がんを治療する方法であって、前記方法が、請求項１～１７のいずれか一項に記載のＴ細胞調節ポリペプチドを含む有効量の医薬組成物を前記患者に投与することを含み、任意選択で、前記患者に免疫チェックポイント阻害剤を同時投与することをさらに含み、任意選択で、前記免疫チェックポイント阻害剤が、ＰＤ－Ｌ１、ＰＤ－１、またはＣＴＬＡ４に特異的な抗体である、前記方法。
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