JP2022544236A - 制御性t細胞の増殖のためのインターロイキン-2変異タンパク質 - Google Patents
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Abstract
本明細書中で提供されるのは、細胞を優先的に増殖させ、且つ活性化し、そして大規模生産に適しているIL-2変異タンパク質及びIL-2変異タンパク質Fc融合分子である。また、本明細書中で提供されるのは、本発明の組成物の製造方法及び使用方法である。
Description
関連出願の相互参照
本出願は、2019年8月13日出願の米国特許出願第62/886,283号の利益を主張し、この出願は、その全体が参照によって本明細書に組み込まれる。
本出願は、2019年8月13日出願の米国特許出願第62/886,283号の利益を主張し、この出願は、その全体が参照によって本明細書に組み込まれる。
IL-2は、3つの膜貫通受容体サブユニットに結合する:IL-2が結合すると直ぐに、細胞内シグナル伝達事象を共に活性化するIL-2Rβ及びIL-2Rγ、並びにIL-2とIL-2Rβγとの間の相互作用を安定化させるように機能するCD25(IL-2Rα)。IL-2Rβγにより送達されるシグナルとして、PI3-キナーゼ、Ras-MAP-キナーゼ、及びSTAT5経路のシグナルが挙げられる。
T細胞は、典型的には組織中に存在する低濃度のIL-2に応答するのに、CD25の発現を必要とする。CD25を発現するT細胞として、自己免疫性炎症の抑制に不可欠なFOXP3+制御性T細胞(Treg細胞)、及びCD25を発現するように活性化されたFOXP3-T細胞の双方が挙げられる。FOXP3-CD25+エフェクタT細胞(Teff)は、CD4+細胞又はCD8+細胞のいずれかであり得、これらは双方とも、炎症、自己免疫、臓器移植拒絶、又は移植片対宿主病の一因となる虞がある。IL-2刺激性STAT5シグナル伝達は、正常なTreg細胞の増殖及び生存、並びに高いFOXP3発現にとって、非常に重要である。
共同所有の国際公開第2010/085495号パンフレットにおいて、発明者らは、Treg細胞を優先的に増殖させ、又は刺激するためのIL-2変異タンパク質の使用について記載している。対象に投与される場合、Treg細胞に及ぼす効果は、炎症性疾患及び自己免疫疾患を処置するのに有用である。その明細書に記載されるIL-2変異タンパク質は、Teff細胞よりも多くTreg細胞をインビボ増殖させるのに有用であるが、ヒト治療薬にとって最適な属性を有するIL-2変異タンパク質を生成することが望まれた。
本明細書中に記載されるのは、高収率の製造性に適しており、且つ薬理活性を有するIL-2変異タンパク質である。特に、本発明のIL-2変異タンパク質は、Treg:Teff選択性ウィンドウを向上させる。ヒト治療薬として用いられるような分子を生成しようとして、幾つかの予想外且つ予測不能な観察があった。本明細書中に記載される組成物及び方法は、その努力の結果であった。
本明細書中に記載されるIL-2変異タンパク質は、IL-2変異タンパク質及び/又は内因性IL-2に対する免疫応答が引き起こされる可能性が比較的低く、Tregの優先的増殖及び活性化を実現する。さらに、特定の実施形態において、IL-2変異タンパク質は、対象に投与された場合に、血清半減期を増大させる分子、例えば抗体Fcに融合されている。IL-2変異タンパク質は、血清半減期が短い(皮下注射について、3~5時間)。本明細書中に記載される例示的なIL-2変異タンパク質Fc融合体は、半減期がヒトにおいて、少なくとも1日、少なくとも3日、少なくとも5日、少なくとも10日、少なくとも15日、少なくとも20日、又は少なくとも25日である。IL-2変異タンパク質の薬物動態に及ぼすこの効果は、IL-2変異タンパク質治療薬の投薬減少又は低頻度投薬を可能にする。
さらに、医薬大分子を作出する場合、分子の凝集を最小限に抑え、且つ分子の安定性を最大にしながら、大分子を大量に生成する能力について考慮しなければならない。IL-2変異タンパク質Fc融合分子は、そのような属性を実証する。
加えて、特定の実施形態において、IL-2変異タンパク質Fc融合タンパク質は、IgG1 Fc領域を含有する。IgG1のエフェクタ機能(例えばADCC活性)を無効にすることが望ましい場合、297位のアスパラギンの、グリシンへの変異(N297G;EUナンバリングスキーム)が、非グリコシル化IgG1 Fcをもたらす他の変異よりも、精製効率及び生物物理学的特性の大きな向上を実現することが見出された。好ましい実施形態において、システインをFc中に入るように操作してジスルフィド結合させて、これにより非グリコシル化Fc含有分子の安定性が増大した。非グリコシル化Fcの有用性は、IL-2変異タンパク質Fc融合体のコンテクストを超えている。ゆえに、本明細書で提供されるのは、N297G置換、及び、場合によっては、1つ以上の追加的な残基の、システインへの置換を含む、Fc含有分子、Fc融合体、及び抗体である。
一態様において、本発明は、配列番号1に記載されるアミノ酸配列と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含むヒトインターロイキン-2(IL-2)変異タンパク質を提供し、前記IL-2変異タンパク質は、V91K,D20L;D84R,E61Q;V91K,D20A,E61Q,M104T;N88K,M104L;V91H,M104L;V91K,H16E,M104V;V91K,H16R,M104V;V91K,H16R,M104T;V91K,D20A,M104T;V91K,H16E,M104T;V91K,H16E,E61Q,M104T;V91K,H16R,E61Q,M104T;V91K,H16E;V91H,D20A,M104T;H16E,V91H,M104V;V91H,D20A,E61Q,M104T;V91H,H16R,E16Q;V91K,D20A,M104V;H16E,V91H;V91H,D20A,M104V;H16E,V91H,M104T;H16E,V91H,E61Q,M104T;V91K,E61Q,H16E;V91K,H16R,M104L;H16E,V91H,E16Q;V91K,E61Q,H16R;D20W,V91K,E61Q;V91H,H16R;V91K,H16R;D20W,V91K,E61Q,M104T;V91K,D20A;V91H,D20A,E16Q;V91K,D20A,M104L;V91H,D20A;V91K,E61Q,D20A;V91H,M104T;V91H,M104V;V91K,E61Q;V91K,N88K,E61Q,M104T;V91K,N88K,E61Q;V91H,E61Q;V91K,N88K;D20A,H16E,M104T;D20A,M104T;H16E,N88K;D20A,M104V;D20A,M104L;H16E,M104T;H16E,M104V;N88K,M104V;N88K,E61Q;D20A,E61Q;H16R,D20A;D20W,E61Q;H16E,E61Q;H16E,M104L;N88K,M104T;D20A,H16E;D20A,H16E,E16Q;D20A,H16R,E16Q;V91K,D20W;V91A,H16A;V91A,H16D;V91A,H16E;V91A,H16S;V91E,H16A;V91E,H16D;V91E,H16E;V91E,H16S;V91K,H16A;V91K,H16D;V91K,H16S;及びV91S,H16Eから選択される少なくとも1つの変異を有しており、インビトロアッセイ及びヒト化マウス(CD34+造血幹細胞で再構成されたNSGマウス)の双方において、他のT細胞又はNK細胞と比較して、制御性T細胞を優先的に刺激する。一実施形態において、前記変異タンパク質は、配列番号1に記載されるアミノ酸配列と少なくとも95%同一である。別の実施形態において、前記変異タンパク質は、配列番号1に記載されるアミノ酸配列と少なくとも97%同一である。別の実施形態において、前記変異タンパク質のアミノ酸配列は、C125Aについて、そしてV91K,D20L;D84R,E61Q;V91K,D20A,E61Q,M104T;N88K,M104L;V91H,M104L;V91K,H16E,M104V;V91K,H16R,M104V;V91K,H16R,M104T;V91K,D20A,M104T;V91K,H16E,M104T;V91K,H16E,E61Q,M104T;V91K,H16R,E61Q,M104T;V91K,H16E;V91H,D20A,M104T;H16E,V91H,M104V;V91H,D20A,E61Q,M104T;V91H,H16R,E16Q;V91K,D20A,M104V;H16E,V91H;V91H,D20A,M104V;H16E,V91H,M104T;H16E,V91H,E61Q,M104T;V91K,E61Q,H16E;V91K,H16R,M104L;H16E,V91H,E16Q;V91K,E61Q,H16R;D20W,V91K,E61Q;V91H,H16R;V91K,H16R;D20W,V91K,E61Q,M104T;V91K,D20A;V91H,D20A,E16Q;V91K,D20A,M104L;V91H,D20A;V91K,E61Q,D20A;V91H,M104T;V91H,M104V;V91K,E61Q;V91K,N88K,E61Q,M104T;V91K,N88K,E61Q;V91H,E61Q;V91K,N88K;D20A,H16E,M104T;D20A,M104T;H16E,N88K;D20A,M104V;D20A,M104L;H16E,M104T;H16E,M104V;N88K,M104V;N88K,E61Q;D20A,E61Q;H16R,D20A;D20W,E61Q;H16E,E61Q;H16E,M104L;N88K,M104T;D20A,H16E;D20A,H16E,E16Q;D20A,H16R,E16Q;V91K,D20W;V91A,H16A;V91A,H16D;V91A,H16E;V91A,H16S;V91E,H16A;V91E,H16D;V91E,H16E;V91E,H16S;V91K,H16A;V91K,H16D;V91K,H16S;及びV91S,H16Eから選択される1つの位置についてのみ、配列番号1に記載されるアミノ酸配列と異なる。
別の態様において、本発明は、Fc及び先に記載されるヒトIL-2変異タンパク質を含むFc融合タンパク質を提供する。一実施形態において、Fcは、ヒトIgG1 Fcである。別の実施形態において、ヒトIgG1 Fcは、前記Fcのエフェクタ機能を変更する1つ以上の変異を含む。別の実施形態において、ヒトIgG1は、N297での置換を含む。別の実施形態において、N297での置換は、N297Gである。別の実施形態において、Fc融合タンパク質は、前記ヒトIgG FcのC末端リジンの置換又は欠失を含む。別の実施形態において、前記ヒトIgG FcのC末端リジンは欠失している。別の実施形態において、リンカーが、前記タンパク質のFc部分とヒトIL-2変異タンパク質部分とを連結している。別の実施形態において、リンカーは、GGGGS(配列番号5)、GGNGT(配列番号6)、又はYGNGT(配列番号7)である。別の実施形態において、リンカーは、GGGGS(配列番号5)である。別の実施形態において、IL-2変異タンパク質はさらに、哺乳動物細胞内で発現される場合、前記Fc融合タンパク質のグリコシル化を変更するアミノ酸の付加、置換、又は欠失を含む。別の実施形態において、IL-2変異タンパク質は、T3置換を含む。別の実施形態において、IL-2変異タンパク質は、T3N置換又はT3A置換を含む。別の実施形態において、IL-2変異タンパク質は、T3N置換を含む。別の実施形態において、IL-2変異タンパク質はさらに、S5変異を含む。別の実施形態において、IL-2変異タンパク質はさらに、S5T変異を含む。別の実施形態において、前記Fc融合タンパク質は、Fc二量体を含む。別の実施形態において、前記Fc融合タンパク質は、2つのIL-2変異タンパク質を含む。別の実施形態において、前記Fc融合タンパク質は、単一のIL-2変異タンパク質を含む。
別の態様において、本発明は、先に記載されるヒトIL-2変異タンパク質をコードする単離核酸を提供する。
別の態様において、本発明は、抗体のFc部分及び先に記載されるヒトIL-2変異タンパク質をコードする単離核酸を提供する。一実施形態において、抗体の前記Fc部分、及びヒトIL-2変異タンパク質は、単一のオープンリーディングフレーム内にコードされている。別の実施形態において、Fcは、ヒトIgG1 Fcである。別の実施形態において、ヒトIgG1 Fcは、前記Fcのエフェクタ機能を変更する1つ以上の変異を含む。別の実施形態において、ヒトIgG1は、N297での置換を含む。別の実施形態において、N297での置換は、N297Gである。別の実施形態において、核酸は、前記ヒトIgG FcのC末端リジンの置換又は欠失をコードしている。別の実施形態において、前記ヒトIgG FcのC末端リジンは欠失している。別の実施形態において、核酸はさらに、抗体のFc部分とヒトIL-2変異タンパク質とを連結するリンカーをコードしている。別の実施形態において、リンカーは、GGGGS(配列番号5)、GGNGT(配列番号6)、又はYGNGT(配列番号7)である。別の実施形態において、リンカーは、GGGGS(配列番号5)である。別の実施形態において、IL-2変異タンパク質はさらに、哺乳動物細胞内で発現される場合、前記IL-2変異タンパク質を含むタンパク質のグリコシル化を変更するアミノ酸の付加、置換、又は欠失を含む。別の実施形態において、IL-2変異タンパク質は、T3置換を含む。別の実施形態において、IL-2変異タンパク質は、T3N置換又はT3A置換を含む。別の実施形態において、IL-2変異タンパク質は、T3N置換を含む。別の実施形態において、IL-2変異タンパク質はさらに、S5変異を含む。別の実施形態において、IL-2変異タンパク質はさらに、S5T変異を含む。
別の態様において、本発明は、プロモータに作動可能に連結された、先に記載される単離核酸を含む発現ベクターを提供する。
別の態様において、本発明は、先に記載される単離核酸を含む宿主細胞を提供する。一実施形態において、単離核酸は、プロモータに作動可能に連結されている。別の実施形態において、前記宿主細胞は原核細胞である。別の実施形態において、宿主細胞は大腸菌(E.coli)である。別の実施形態において、前記宿主細胞は真核細胞である。別の実施形態において、宿主細胞は哺乳動物細胞である。別の実施形態において、宿主細胞は、チャイニーズハムスター卵巣(CHO)細胞株である。
別の態様において、本発明は、ヒトIL-2変異タンパク質を形成する方法であって、先に記載される宿主細胞を、前記プロモータが発現される条件の下で培養することと、前記培養からヒトIL-2変異タンパク質を収穫することとを含む方法を提供する。
別の態様において、本発明は、Fc融合タンパク質を形成する方法であって、先に記載される宿主細胞を、前記プロモータが発現される条件の下で培養することと、前記培養からFc融合タンパク質を収穫することとを含む方法を提供する。
別の態様において、本発明は、T細胞の集団内の制御性T細胞(Treg)の、非制御性T細胞に対する比率を増大させる方法であって、T細胞の集団を、有効量の、先に記載されるヒトIL-2変異タンパク質と接触させることを含む方法を提供する。一実施形態において、CD3+FoxP3+細胞の、CD3+FoxP3-細胞に対する比率が増大する。別の実施形態において、CD3+FoxP3+細胞の、CD3+FoxP3-細胞に対する比率は、少なくとも50%増大する。
別の態様において、本発明は、T細胞の集団内の制御性T細胞(Treg)の、非制御性T細胞に対する比率を増大させる方法であって、T細胞の集団を、有効量の、先に記載されるFc融合タンパク質と接触させることを含む方法を提供する。一実施形態において、CD3+FoxP3+細胞の、CD3+FoxP3-細胞に対する比率が増大する。別の実施形態において、CD3+FoxP3+細胞の、CD3+FoxP3-細胞に対する比率は、少なくとも50%増大する。
別の態様において、本発明は、対象の末梢血中内の制御性T細胞(Treg)の、非制御性T細胞に対する比率を増大させる方法であって、有効量の、先に記載されるヒトIL-2変異タンパク質を投与することを含む方法を提供する。一実施形態において、CD3+FoxP3+細胞の、CD3+FoxP3-細胞に対する比率が増大する。別の実施形態において、CD3+FoxP3+細胞の、CD3+FoxP3-細胞に対する比率は、少なくとも50%増大する。
別の態様において、本発明は、対象の末梢血内の制御性T細胞(Treg)の、非制御性T細胞に対する比率を増大させる方法であって、有効量の、先に記載されるFc融合タンパク質を投与することを含む方法を提供する。一実施形態において、CD3+FoxP3+細胞の、CD3+FoxP3-細胞に対する比率が増大する。別の実施形態において、CD3+FoxP3+細胞の、CD3+FoxP3-細胞に対する比率は、少なくとも50%増大する。
別の態様において、本発明は、対象の末梢血内の制御性T細胞(Treg)の、ナチュラルキラー(NK)細胞に対する比率を増大させる方法であって、有効量の、先に記載されるヒトIL-2変異タンパク質を投与することを含む方法を提供する。一実施形態において、CD3+FoxP3+細胞の、CD56及び/又はCD16を発現するCD3-CD19-リンパ球に対する比率が増大する。別の実施形態において、CD3+FoxP3+細胞の、CD56及び/又はCD16を発現するCD3-CD19-リンパ球に対する比率は、少なくとも50%増大する。
別の態様において、本発明は、対象の末梢血内の制御性T細胞(Treg)の、ナチュラルキラー(NK)細胞に対する比率を増大させる方法であって、有効量の、先に記載されるFc融合タンパク質を投与することを含む方法を提供する。一実施形態において、CD3+FoxP3+細胞の、CD56及び/又はCD16を発現するCD3-CD19-リンパ球に対する比率が増大する。別の実施形態において、CD3+FoxP3+細胞の、CD56及び/又はCD16を発現するCD3-CD19-リンパ球に対する比率は、少なくとも50%増大する。
別の態様において、本発明は、炎症性疾患又は自己免疫疾患を患う対象を処置する方法であって、前記対象に、治療有効量の、先に記載されるIL-2変異タンパク質、又は治療有効量の、先に記載されるFc融合タンパク質を投与することを含む方法を提供する。一実施形態において、投与により、疾患の少なくとも1つの病徴の軽減が引き起こされる。別の実施形態において、対象の末梢血内の制御性T細胞(Treg)の、非制御性T細胞に対する比率が、投与後に増大する。別の実施形態において、対象の末梢血内の制御性T細胞(Treg)の、非制御性T細胞に対する比率が、投与後も本質的に同じままである。別の実施形態において、炎症性疾患又は自己免疫疾患は、ループス、移植片対宿主病、C型肝炎誘発性血管炎、I型糖尿病、II型糖尿病、多発性硬化症、関節リウマチ、円形脱毛症、アテローム性動脈硬化症、乾癬、器官移植片拒絶、シェーグレン症候群、ベーチェット病、自然流産、アトピー性疾患、喘息、又は炎症性腸疾患である。
本明細書中で用いられる節の見出しは、単に構成を目的とするものに過ぎず、記載される主題を限定するものと解釈されるべきではない。本明細書の本文内に引用される全ての参考文献は、それらの全体が参照によって明示的に組み込まれる。
標準的な技術を、組換えDNA、オリゴヌクレオチド合成、組織培養及び形質転換、タンパク質精製等に用いることができる。酵素反応及び精製技術は、製造者の仕様書に従って、又は当該技術において一般的に達成されるように、若しくは本明細書中に記載されるように実行されてよい。以下の手順及び技術は、概して、当該技術において周知の従来の方法に従って、並びに本明細書全体を通して引用され、且つ考察されている種々の一般的且つより具体的な参考文献に説明されているように実行されてよい。例えば、Sambrook et al.,2001,Molecular Cloning:A Laboratory Manuel,3rd ed.,Cold Spring Harbor Laboratory Press,cold Spring Harbor,N.Y.参照。この文献は、あらゆる目的について、参照によって本明細書中に組み込まれる。特定の定義が提供されない限り、本明細書中に記載される分析化学、有機化学、並びに医薬品化学及び薬化学に関連して用いられる命名法、及びこれらのラボ手順及び技術は、当該技術において周知であり、且つ一般的に用いられるものである。標準的な技術は、化学合成、化学分析、医薬調製物、製剤、及び送達、並びに患者の処置に用いることができる。
IL-2
本明細書に記載されるIL-2変異タンパク質は、野生型ヒトIL-2のバリアントである。本明細書中で用いられる「野生型ヒトIL-2」、「野生型IL-2」、又は「WT IL-2」は、以下のアミノ酸配列を有するポリペプチドを意味するものとする:
APTSSSTKKTQLQLEHLLLDLQMILNGINNYKNPKLTRMLTFKFYMPKKATELKHLQCLEEELKPLEEVLNLAQSKNFHLRPRDLISNINVIVLELKGSETTFMCEYADETATIVEFLNRWITFXQSIISTLT
配列中、Xは、C、S、V、又はAである(配列番号2)。
本明細書に記載されるIL-2変異タンパク質は、野生型ヒトIL-2のバリアントである。本明細書中で用いられる「野生型ヒトIL-2」、「野生型IL-2」、又は「WT IL-2」は、以下のアミノ酸配列を有するポリペプチドを意味するものとする:
APTSSSTKKTQLQLEHLLLDLQMILNGINNYKNPKLTRMLTFKFYMPKKATELKHLQCLEEELKPLEEVLNLAQSKNFHLRPRDLISNINVIVLELKGSETTFMCEYADETATIVEFLNRWITFXQSIISTLT
配列中、Xは、C、S、V、又はAである(配列番号2)。
バリアントは、野生型IL-2アミノ酸配列内に1つ以上の置換、欠失、又は挿入を含有してもよい。残基は、本明細書中で、1文字アミノ酸コードに続いてIL-2アミノ酸位置によって指定されており、例えば、K35は、配列番号2の35位にあるリジン残基である。置換は、本明細書中で、1文字アミノ酸コードに続いてIL-2アミノ酸位置、それに続いて置換する1文字アミノ酸コードによって指定されており、例えば、K35Aは、配列番号2の35位にあるリジン残基の、アラニン残基による置換である。
IL-2変異タンパク質
本明細書中で提供されるのは、制御性T(Treg)細胞を優先的に刺激するヒトIL-2変異タンパク質及び抗IL-2抗体である。本明細書中で用いられる「制御性T細胞を優先的に刺激する」は、変異タンパク質又は抗体が、CD3+FoxP3-T細胞よりもCD3+FoxP3+T細胞の増殖、生存、活性化、及び/又は機能を促進することを意味する。Tregを優先的に刺激する能力を測定する方法は、末梢血白血球のフローサイトメトリーによって測定することができ、FOXP3+CD4+T細胞の、総CD4+T細胞中のパーセンテージの増大、FOXP3+CD8+T細胞の、総CD8+T細胞中のパーセンテージの増大、FOXP3+T細胞の、NK細胞と比較したパーセンテージの増大、及び/又は他のT細胞上でのCD25発現の増大と比較した、FOXP3+T細胞の表面上でのCD25の発現レベルのより大きな増大が観察される。また、Treg細胞の優先的増殖は、ビスルフィットで処理したゲノムDNA由来のポリメラーゼ連鎖反応(PCR)産物の配列決定によって検出されるような、全血から抽出されたDNA中の脱メチル化CD3遺伝子と比較した、脱メチル化FOXP3プロモータDNA(すなわち、Treg特異的脱メチル化領域、又はTSDR)の発現の増大として検出することができる(J.Sehouli,et al. 2011.Epigenetics 6:2,236-246)。特に、本発明のIL-2変異タンパク質は、Treg:Teffウィンドウを増強する、すなわち、Treg細胞において高いレベルの活性を保持する一方、Teff細胞において有意な減弱化を示す。活性化されたTeff細胞は、高いレベルのCD25を発現し、そして自己免疫疾患及び炎症性疾患を患う患者は、当該細胞の数が上昇するので、発明者らは、Teff細胞上でのCD25+-ゲーティングを用いて、患者におけるCD25発現のより現実的な分化を模倣した。
本明細書中で提供されるのは、制御性T(Treg)細胞を優先的に刺激するヒトIL-2変異タンパク質及び抗IL-2抗体である。本明細書中で用いられる「制御性T細胞を優先的に刺激する」は、変異タンパク質又は抗体が、CD3+FoxP3-T細胞よりもCD3+FoxP3+T細胞の増殖、生存、活性化、及び/又は機能を促進することを意味する。Tregを優先的に刺激する能力を測定する方法は、末梢血白血球のフローサイトメトリーによって測定することができ、FOXP3+CD4+T細胞の、総CD4+T細胞中のパーセンテージの増大、FOXP3+CD8+T細胞の、総CD8+T細胞中のパーセンテージの増大、FOXP3+T細胞の、NK細胞と比較したパーセンテージの増大、及び/又は他のT細胞上でのCD25発現の増大と比較した、FOXP3+T細胞の表面上でのCD25の発現レベルのより大きな増大が観察される。また、Treg細胞の優先的増殖は、ビスルフィットで処理したゲノムDNA由来のポリメラーゼ連鎖反応(PCR)産物の配列決定によって検出されるような、全血から抽出されたDNA中の脱メチル化CD3遺伝子と比較した、脱メチル化FOXP3プロモータDNA(すなわち、Treg特異的脱メチル化領域、又はTSDR)の発現の増大として検出することができる(J.Sehouli,et al. 2011.Epigenetics 6:2,236-246)。特に、本発明のIL-2変異タンパク質は、Treg:Teffウィンドウを増強する、すなわち、Treg細胞において高いレベルの活性を保持する一方、Teff細胞において有意な減弱化を示す。活性化されたTeff細胞は、高いレベルのCD25を発現し、そして自己免疫疾患及び炎症性疾患を患う患者は、当該細胞の数が上昇するので、発明者らは、Teff細胞上でのCD25+-ゲーティングを用いて、患者におけるCD25発現のより現実的な分化を模倣した。
Treg細胞を優先的に刺激するIL-2変異タンパク質又はそのFc融合タンパク質は、対象又は末梢血試料において、CD3+FoxP3+T細胞の、CD3+FoxP3-T細胞に対する比率を、少なくとも30%、少なくとも40%、少なくとも50%、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも80%、少なくとも90%、少なくとも100%、少なくとも150%、少なくとも200%、少なくとも300%、少なくとも400%、少なくとも500%、少なくとも600%、少なくとも700%、少なくとも800%、少なくとも900%、又は少なくとも1000%増大させる。
一部の実施形態において、IL-2変異タンパク質又はそのFc融合タンパク質は、実施例1のプロトコールを用いて、1nM IL-2処理時のエフェクタT細胞のpSTAT活性化が50%未満である。一部の実施形態において、IL-2変異タンパク質又はそのFc融合タンパク質は、実施例1のプロトコールを用いて、1nM IL-2処理時のエフェクタT細胞のpSTAT活性化が40%未満である。一部の実施形態において、IL-2変異タンパク質又はそのFc融合タンパク質は、実施例1のプロトコールを用いて、1nM IL-2処理時のエフェクタT細胞のpSTAT活性化が30%未満である。一部の実施形態において、IL-2変異タンパク質又はそのFc融合タンパク質は、実施例1のプロトコールを用いて、1nM IL-2処理時のエフェクタT細胞のpSTAT活性化が20%未満である。一部の実施形態において、IL-2変異タンパク質又はそのFc融合タンパク質は、実施例1のプロトコールを用いて、1nM IL-2処理時のエフェクタT細胞のpSTAT活性化が10%未満である。また、一部の実施形態において、IL-2変異タンパク質又はそのFc融合タンパク質は、実施例2のプロトコールを用いて、10日安定性が25%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、又は90%超である。
一部の実施形態において、IL-2変異タンパク質又はそのFc融合タンパク質は、実施例1のプロトコールを用いて、200nM IL-2処理時のエフェクタT細胞のpSTAT活性化が50%未満である。一部の実施形態において、IL-2変異タンパク質又はそのFc融合タンパク質は、実施例1のプロトコールを用いて、200nM IL-2処理時のエフェクタT細胞のpSTAT活性化が40%未満である。一部の実施形態において、IL-2変異タンパク質又はそのFc融合タンパク質は、実施例1のプロトコールを用いて、200nM IL-2処理時のエフェクタT細胞のpSTAT活性化が30%未満である。一部の実施形態において、IL-2変異タンパク質又はそのFc融合タンパク質は、実施例1のプロトコールを用いて、200nM IL-2処理時のエフェクタT細胞のpSTAT活性化が20%未満である。一部の実施形態において、IL-2変異タンパク質又はそのFc融合タンパク質は、実施例1のプロトコールを用いて、200nM IL-2処理時のエフェクタT細胞のpSTAT活性化が10%未満である。また、一部の実施形態において、IL-2変異タンパク質又はそのFc融合タンパク質は、実施例2のプロトコールを用いて、10日安定性が25%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、又は90%超である。
一部の実施形態において、IL-2変異タンパク質又はそのFc融合タンパク質は、実施例1のプロトコールを用いて、1nM IL-2処理時の制御性T細胞のpSTAT活性化が30%超である。一部の実施形態において、IL-2変異タンパク質又はそのFc融合タンパク質は、実施例1のプロトコールを用いて、1nM IL-2処理時の制御性T細胞のpSTAT活性化が40%超である。一部の実施形態において、IL-2変異タンパク質又はそのFc融合タンパク質は、実施例1のプロトコールを用いて、1nM IL-2処理時の制御性T細胞のpSTAT活性化が50%超である。一部の実施形態において、IL-2変異タンパク質又はそのFc融合タンパク質は、実施例1のプロトコールを用いて、1nM IL-2処理時の制御性T細胞のpSTAT活性化が60%超である。一部の実施形態において、IL-2変異タンパク質又はそのFc融合タンパク質は、実施例1のプロトコールを用いて、1nM IL-2処理時の制御性T細胞のpSTAT活性化が70%超である。また、一部の実施形態において、IL-2変異タンパク質又はそのFc融合タンパク質は、実施例2のプロトコールを用いて、10日安定性が25%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、又は90%超である。
一部の実施形態において、IL-2変異タンパク質又はそのFc融合タンパク質は、実施例1のプロトコールを用いて、200nM IL-2処理時の制御性T細胞のpSTAT活性化が30%超である。一部の実施形態において、IL-2変異タンパク質又はそのFc融合タンパク質は、実施例1のプロトコールを用いて、200nM IL-2処理時の制御性T細胞のpSTAT活性化が40%超である。一部の実施形態において、IL-2変異タンパク質又はそのFc融合タンパク質は、実施例1のプロトコールを用いて、200nM IL-2処理時の制御性T細胞のpSTAT活性化が50%超である。一部の実施形態において、IL-2変異タンパク質又はそのFc融合タンパク質は、実施例1のプロトコールを用いて、200nM IL-2処理時の制御性T細胞のpSTAT活性化が60%超である。一部の実施形態において、IL-2変異タンパク質又はそのFc融合タンパク質は、実施例1のプロトコールを用いて、200nM IL-2処理時の制御性T細胞のpSTAT活性化が70%超である。また、一部の実施形態において、IL-2変異タンパク質又はそのFc融合タンパク質は、実施例2のプロトコールを用いて、10日安定性が25%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、又は90%超である。
IL-2変異タンパク質の例として、以下を含むIL-2変異タンパク質が挙げられるが、これらに限定されない:配列番号2に示されるアミノ酸配列におけるV91K,D20L;D84R,E61Q;V91K,D20A,E61Q,M104T;N88K,M104L;V91H,M104L;V91K,H16E,M104V;V91K,H16R,M104V;V91K,H16R,M104T;V91K,D20A,M104T;V91K,H16E,M104T;V91K,H16E,E61Q,M104T;V91K,H16R,E61Q,M104T;V91K,H16E;V91H,D20A,M104T;H16E,V91H,M104V;V91H,D20A,E61Q,M104T;V91H,H16R,E16Q;V91K,D20A,M104V;H16E,V91H;V91H,D20A,M104V;H16E,V91H,M104T;H16E,V91H,E61Q,M104T;V91K,E61Q,H16E;V91K,H16R,M104L;H16E,V91H,E16Q;V91K,E61Q,H16R;D20W,V91K,E61Q;V91H,H16R;V91K,H16R;D20W,V91K,E61Q,M104T;V91K,D20A;V91H,D20A,E16Q;V91K,D20A,M104L;V91H,D20A;V91K,E61Q,D20A;V91H,M104T;V91H,M104V;V91K,E61Q;V91K,N88K,E61Q,M104T;V91K,N88K,E61Q;V91H,E61Q;V91K,N88K;D20A,H16E,M104T;D20A,M104T;H16E,N88K;D20A,M104V;D20A,M104L;H16E,M104T;H16E,M104V;N88K,M104V;N88K,E61Q;D20A,E61Q;H16R,D20A;D20W,E61Q;H16E,E61Q;H16E,M104L;N88K,M104T;D20A,H16E;D20A,H16E,E16Q;D20A,H16R,E16Q;V91K,D20W;V91A,H16A;V91A,H16D;V91A,H16E;V91A,H16S;V91E,H16A;V91E,H16D;V91E,H16E;V91E,H16S;V91K,H16A;V91K,H16D;V91K,H16S;及び/又はV91S,H16E置換。本発明のIL-2変異タンパク質は、場合によっては、C125A置換を含む。また、野生型IL-2配列に対する更なる変異の数を引き下げることは有利である場合があるが、本発明は、以下に加えて、切断(truncation)並びに/又は追加的な挿入、欠失、及び/若しくは置換を含むIL-2変異タンパク質を含む:V91K,D20L;D84R,E61Q;V91K,D20A,E61Q,M104T;N88K,M104L;V91H,M104L;V91K,H16E,M104V;V91K,H16R,M104V;V91K,H16R,M104T;V91K,D20A,M104T;V91K,H16E,M104T;V91K,H16E,E61Q,M104T;V91K,H16R,E61Q,M104T;V91K,H16E;V91H,D20A,M104T;H16E,V91H,M104V;V91H,D20A,E61Q,M104T;V91H,H16R,E16Q;V91K,D20A,M104V;H16E,V91H;V91H,D20A,M104V;H16E,V91H,M104T;H16E,V91H,E61Q,M104T;V91K,E61Q,H16E;V91K,H16R,M104L;H16E,V91H,E16Q;V91K,E61Q,H16R;D20W,V91K,E61Q;V91H,H16R;V91K,H16R;D20W,V91K,E61Q,M104T;V91K,D20A;V91H,D20A,E16Q;V91K,D20A,M104L;V91H,D20A;V91K,E61Q,D20A;V91H,M104T;V91H,M104V;V91K,E61Q;V91K,N88K,E61Q,M104T;V91K,N88K,E61Q;V91H,E61Q;V91K,N88K;D20A,H16E,M104T;D20A,M104T;H16E,N88K;D20A,M104V;D20A,M104L;H16E,M104T;H16E,M104V;N88K,M104V;N88K,E61Q;D20A,E61Q;H16R,D20A;D20W,E61Q;H16E,E61Q;H16E,M104L;N88K,M104T;D20A,H16E;D20A,H16E,E16Q;D20A,H16R,E16Q;V91K,D20W;V91A,H16A;V91A,H16D;V91A,H16E;V91A,H16S;V91E,H16A;V91E,H16D;V91E,H16E;V91E,H16S;V91K,H16A;V91K,H16D;V91K,H16S;及び/又はV91S,H16E置換。但し、前記変異タンパク質がTregを優先的に刺激する活性を維持する場合に限る。ゆえに、実施形態として、Treg細胞を優先的に刺激し、且つV91K,D20L;D84R,E61Q;V91K,D20A,E61Q,M104T;N88K,M104L;V91H,M104L;V91K,H16E,M104V;V91K,H16R,M104V;V91K,H16R,M104T;V91K,D20A,M104T;V91K,H16E,M104T;V91K,H16E,E61Q,M104T;V91K,H16R,E61Q,M104T;V91K,H16E;V91H,D20A,M104T;H16E,V91H,M104V;V91H,D20A,E61Q,M104T;V91H,H16R,E16Q;V91K,D20A,M104V;H16E,V91H;V91H,D20A,M104V;H16E,V91H,M104T;H16E,V91H,E61Q,M104T;V91K,E61Q,H16E;V91K,H16R,M104L;H16E,V91H,E16Q;V91K,E61Q,H16R;D20W,V91K,E61Q;V91H,H16R;V91K,H16R;D20W,V91K,E61Q,M104T;V91K,D20A;V91H,D20A,E16Q;V91K,D20A,M104L;V91H,D20A;V91K,E61Q,D20A;V91H,M104T;V91H,M104V;V91K,E61Q;V91K,N88K,E61Q,M104T;V91K,N88K,E61Q;V91H,E61Q;V91K,N88K;D20A,H16E,M104T;D20A,M104T;H16E,N88K;D20A,M104V;D20A,M104L;H16E,M104T;H16E,M104V;N88K,M104V;N88K,E61Q;D20A,E61Q;H16R,D20A;D20W,E61Q;H16E,E61Q;H16E,M104L;N88K,M104T;D20A,H16E;D20A,H16E,E16Q;D20A,H16R,E16Q;V91K,D20W;V91A,H16A;V91A,H16D;V91A,H16E;V91A,H16S;V91E,H16A;V91E,H16D;V91E,H16E;V91E,H16S;V91K,H16A;V91K,H16D;V91K,H16S;及び/又はV91S,H16E置換を有するアミノ酸配列を含み、そして配列番号2で示されるアミノ酸配列と少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、又は少なくとも99%同一のIL-2変異タンパク質が挙げられる。特に好ましい実施形態において、そのようなIL-2変異タンパク質は、配列番号2で示されるアミノ酸配列と少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、又は少なくとも99%同一のアミノ酸配列を含む。
アミノ酸配列について、配列同一性及び/又は類似性は、当該技術において知られている標準的な技術、例えば、限定されないが、Smith and Waterman,1981,Adv.Appl.Math.2:482の局所的配列同一性アルゴリズム、Needleman and Wunsch,1970,J.Mol.Biol.48:443の配列同一性アラインメントアルゴリズム、Pearson and Lipman,1988,Proc.Nat.Acad.Sci.U.S.A. 85:2444の類似法の検索、これらのアルゴリズムの、コンピュータによる実現(Wisconsin Genetics Software Package,Genetics Computer Group,575 Science Drive,Madison,Wis.におけるGAP、BESTFIT、FASTA、及びTFASTA)、Devereux et al.,1984,Nucl. Acid Res.12:387-395により記載されている、好ましくはデフォルト設定を用いたBest Fit配列プログラムを用いることによって、又は目視によって判定される。好ましくは、同一性パーセントは、以下のパラメータに基づくFastDBによって算出される:ミスマッチペナルティが1;ギャップペナルティが1;ギャップサイズペナルティが0.33;且つ結合ペナルティが30、“Current Methods in Sequence Comparison and Analysis”,Macromolecule Sequencing and Synthesis, Selected Methods and Applications,pp 127-149(1988),Alan R.Liss,Inc.。
有用なアルゴリズムの一例が、PILEUPである。PILEUPは、プログレッシブペアワイズアラインメントを用いて、関連配列の群から多重配列アラインメントを作成する。これにより、アラインメントを作成するのに用いられるクラスタリング関係を示すツリーをプロットすることもできる。PILEUPは、Feng&Doolittle,1987,J.Mol.Evol.35:351-360のプログレッシブアラインメント法の簡易版を用いる;当該方法は、Higgins and Sharp,1989,CABIOS 5:151-153により記載されるものと類似している。有用なPILEUPパラメータとして、3.00のデフォルトのギャップ加重、0.10のデフォルトのギャップ長加重、及び加重エンドギャップが挙げられる。
有用なアルゴリズムの別の例は、Altschul et al.,1990,J.Mol.Biol.215:403410;Altschul et al.,1997,Nucleic Acids Res.25:33893402;及びKarin et al.,1993,Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A.90:5873-5787に記載されているBLASTアルゴリズムである。特に有用なBLASTプログラムは、Altschul et al.,1996,Methods in Enzymology 266:460-480から入手したWU-BLAST-2プログラムである。WU-BLAST-2は、幾つかの検索パラメータを用いており、その大部分がデフォルト値に設定されている。調整可能なパラメータは、以下の値に設定されている:オーバーラップスパン=1、オーバーラップフラクション=0.125、ワード閾値(T)=II。HSP Sパラメータ及びHSP S2パラメータは、ダイナミック値であり、対象となる配列が検索されている、特定の配列の組成及び特定のデータベースの組成に依存して、プログラム自体によって確立される;しかしながら、感度を増大させるように値が調整されてよい。
追加の有用なアルゴリズムは、Altschul et al.,1993,Nucl.Acids Res.25:3389-3402によって報告されているようなギャップ入りBLASTである。ギャップ入りBLASTは、BLOSUM-62置換スコア;9に設定された閾値Tパラメータ;ギャップなし伸長をトリガーするための2ヒット法、kのギャップ長への10+kのコストのチャージ;16に設定されたXu、及びデータベース検索ステージについて40に設定され、且つアルゴリズムの出力ステージについて67に設定されたXgを用いる。ギャップ入りアラインメントは、約22ビットに対応するスコアによってトリガーされる。
アミノ酸配列変異を導入するための部位又は領域は予め決まっていてもよいが、変異それ自体は予め決まっている必要はない。例えば、所与の部位での変異の性能を最適化するために、ランダム変異誘発が、標的コドン又は標的領域にて行われて、発現されるIL-2変異タンパク質が、所望の活性の最適な組合せについてスクリーニングされてよい。知られている配列を有するDNA内の所定部位にて置換変異を形成する技術は周知であり、例えばM13プライマー変異誘発及びPCR変異誘発がある。変異体のスクリーニングは、例えば、本明細書中に記載されるアッセイを用いて行われてよい。
アミノ酸置換は、典型的には単一残基のものである;挿入は通常、約1~約20個のアミノ酸残基程度であろうが、それよりも大幅に大きな挿入が許容され得る。欠失は、約1~約20個のアミノ酸残基に及ぶが、一部の場合には、欠失がはるかに大きくなってもよい。
置換、欠失、挿入、又はそれらのあらゆる組合せが用いられて、最終的な誘導体又はバリアントに達してよい。一般に、これらの変化は、分子、特に抗原結合タンパク質の免疫原性及び特異性の変更を最小限に抑えるために、数個のアミノ酸に対して行われる。しかしながら、特定の状況では、より大きな変化が許容され得る。保存的置換が、表1として示される以下のチャートに従って一般に行われる。
機能又は免疫学的同一性の実質的な変化は、表1に示されるものよりも保存性が低い置換を選択することによって形成される。例えば:変更の領域内のポリペプチド骨格の構造、例えば、アルファへリックス構造若しくはベータシート構造;標的部位での分子の電荷若しくは疎水性;又は側鎖の嵩に対してより大きな影響を及ぼす置換が形成されてよい。一般にポリペプチドの特性に最大の変化をもたらすと予想される置換は、(a)親水性残基、例えば、セリル若しくはトレオニルが、疎水性残基、例えば、ロイシル、イソロイシル、フェニルアラニル、バリル、若しくはアラニルと(又はそれによって)置換される;(b)システイン若しくはプロリンが、他のあらゆる残基と(又はそれによって)置換される;(c)電気陽性側鎖を有する残基、例えば、リジル、アルギニル、若しくはヒスチジルが、電気陰性残基、例えば、グルタミル若しくはアスパルチルと(又はそれによって)置換される;又は(d)嵩高い側鎖を有する残基、例えばフェニルアラニンが、側鎖を有していない残基、例えばグリシンと(又はそれによって)置換されるものである。
バリアントは、必要に応じてIL-2変異タンパク質の特徴を改変するようにも選択されるが、バリアントは典型的に、天然に存在する類似体と同じ定性的生物活性を示し、且つ同じ免疫応答を誘発することとなる。これ以外にも、バリアントは、IL-2変異タンパク質の生物活性が変更されるように設計されてよい。例えば、グリコシル化部位が、本明細書中に記載されるように変更されても除去されてよい。
血清半減期が延長されたIL-2変異タンパク質
本明細書中で提供されるIL-2変異タンパク質は、例えば、Teff細胞又はNK細胞よりもTreg細胞を優先的に増殖させるので、患者に投与される場合の安全性プロファイルは、野生型IL-2又はPROLEUKIN(登録商標)(アルデスロイキン;Novartis,Basel,Switzerland)のものとは異なることとなると予想される。野生型IL-2又はPROLEUKIN(登録商標)と関連する副作用として、インフルエンザ様病徴、寒気/悪寒、関節痛、発熱、発疹、掻痒、注射部位反応、低血圧、下痢、嘔気、不安、錯乱、及び鬱病が挙げられる。本明細書中で提供されるIL-2変異タンパク質は、変異タンパク質の血清半減期を延長する分子を含むように変更されても、当該分子に融合されてもよく、そのような半減期の延長は、患者における副作用又は有害事象の可能性又は強度を高めることとなるリスクを増大させることはない。そのように血清半減期が延長された変異タンパク質の皮下投薬により、最大全身曝露(Cmax)がより低い標的範囲の長期化が可能となり得る。血清半減期の延長により、より少ない又はより頻度の低い変異タンパク質の投薬レジメンが可能となり得る。
本明細書中で提供されるIL-2変異タンパク質は、例えば、Teff細胞又はNK細胞よりもTreg細胞を優先的に増殖させるので、患者に投与される場合の安全性プロファイルは、野生型IL-2又はPROLEUKIN(登録商標)(アルデスロイキン;Novartis,Basel,Switzerland)のものとは異なることとなると予想される。野生型IL-2又はPROLEUKIN(登録商標)と関連する副作用として、インフルエンザ様病徴、寒気/悪寒、関節痛、発熱、発疹、掻痒、注射部位反応、低血圧、下痢、嘔気、不安、錯乱、及び鬱病が挙げられる。本明細書中で提供されるIL-2変異タンパク質は、変異タンパク質の血清半減期を延長する分子を含むように変更されても、当該分子に融合されてもよく、そのような半減期の延長は、患者における副作用又は有害事象の可能性又は強度を高めることとなるリスクを増大させることはない。そのように血清半減期が延長された変異タンパク質の皮下投薬により、最大全身曝露(Cmax)がより低い標的範囲の長期化が可能となり得る。血清半減期の延長により、より少ない又はより頻度の低い変異タンパク質の投薬レジメンが可能となり得る。
本明細書中で提供されるIL-2変異タンパク質の血清半減期は、当該技術において知られている本質的にあらゆる方法によって延長されてよい。そのような方法は、IL-2変異タンパク質の配列を、新生児Fcγ受容体に結合するペプチドを含むように、又は血清半減期が延長されたタンパク質、例えば、IgG若しくはヒト血清アルブミンに結合するように変更させることを含む。他の実施形態において、IL-2変異タンパク質は、融合分子に対して半減期の延長を付与するポリペプチドに融合されている。そのようなポリペプチドとして、新生児Fcγ受容体に結合するIgG Fc若しくは他のポリペプチド、ヒト血清アルブミン、又は血清半減期が延長されたタンパク質に結合するポリペプチドが挙げられる。好ましい実施形態において、IL-2変異タンパク質は、IgG Fc分子に融合されている。
IL-2変異タンパク質は、IgG Fc領域のN末端又はC末端に融合されていてよい。実施例に示されるように、IgG Fc領域のC末端への融合は、IgG FcのN末端に融合される場合よりも大幅にIL-2変異タンパク質活性を維持する。
本発明の一実施形態は、IL-2変異タンパク質を抗体のFc領域に融合させることによって作出される2つのFc融合ポリペプチドを含む二量体に関する。二量体は、例えば、融合タンパク質をコードする遺伝子融合体を適切な発現ベクター中に挿入して、遺伝子融合体を、組換え発現ベクターにより形質転換した宿主細胞内で発現させて、発現した融合タンパク質を、抗体分子と非常に類似するようにアセンブルすることによって形成されると、Fc部分間で鎖間結合が形成されて、二量体が生じ得る。
本明細書中で用いられる用語「Fcポリペプチド」又は「Fc領域」は、抗体のFc領域に由来するポリペプチドの天然形態及び変異タンパク質形態を含み、本発明のIL-2変異タンパク質融合タンパク質又は抗IL-2抗体のいずれかの一部となり得る。また、二量体化を促進するヒンジ領域を含有するそのようなポリペプチドの切断型も含まれる。特定の実施形態において、Fc領域は、抗体のCH2ドメイン及びCH3ドメインを含む。血清半減期の延長と共に、Fc部分を含む融合タンパク質(及びそれから形成されるオリゴマー)は、プロテインAカラム又はプロテインGカラム上でのアフィニティクロマトグラフィによる精製が容易であるという利点を提供する。好ましいFc領域は、ヒトIgGに由来し、これとして、IgG1、IgG2、IgG3、及びIgG4が挙げられる。本明細書中では、Fc内のある特定の残基は、位置によって同定される。全てのFc位置は、EUナンバリングスキームに基づいている。
抗体のFc部分の機能の1つは、当該抗体がその標的に結合すると、免疫系とコミュニケートすることである。これは、「エフェクタ機能」とみなされる。コミュニケーションは、抗体依存性細胞傷害(ADCC)、抗体依存性細胞貪食(ADCP)、及び/又は補体依存性細胞障害(CDC)に至る。ADCC及びADCPは、免疫系の細胞の表面上のFc受容体へのFcの結合を介して媒介される。CDCは、補体系のタンパク質、例えばC1qとのFcの結合により媒介される。
IgGサブクラスは、エフェクタ機能を媒介する能力が異なる。例えば、IgG1は、ADCC及びCDCを媒介することにおいて、IgG2及びIgG4よりもはるかに優れている。ゆえに、エフェクタ機能が望ましくない実施形態においては、IgG2 Fcが好ましいであろう。しかしながら、IgG2 Fc含有分子は、IgG1 Fc含有分子と比較して、製造がより困難であること、及び半減期がより短い等のあまり魅力的ではない生物物理学的特性を有することが知られている。
抗体のエフェクタ機能は、1つ以上の変異をFc中に導入することによって増大又は低下させることができる。本発明の実施形態として、エフェクタ機能を増大させるように操作されたFcを有するIL-2変異タンパク質Fc融合タンパク質が挙げられる(米国特許第7,317,091号明細書及びStrohl,Curr.Opin.Biotech.,20:685-691,2009;双方共にその全体が参照によって本明細書に組み込まれる)。エフェクタ機能が増大した例示的なIgG1 Fc分子として、以下の置換基を有するものが挙げられる。S239D/I332E;S239D/A330S/I332E;S239D/A330L/I332E;S298A/D333A/K334A;P247I/A339D;P247I/A339Q;D280H/K290S;D280H/K290S/S298D;D280H/K290S/S298V;F243L/R292P/Y300L;F243L/R292P/Y300L/P396L;F243L/R292P/Y300L/V305I/P396L;G236A/S239D/I332E;K326A/E333A;K326W/E333S;K290E/S298G/T299A;K290N/S298G/T299A;K290E/S298G/T299A/K326E;及び/又はK290N/S298G/T299A/K326E。
IgG Fc含有タンパク質のエフェクタ機能を増大させる別の方法として、Fcのフコシル化を減少させることによるものがある。Fcに結合した二分岐複合型オリゴ糖からコアフコースを除去することにより、抗原結合性又はCDCエフェクタ機能を変化させることなく、ADCCエフェクタ機能が著しく増大する。Fc含有分子、例えば抗体のフコシル化を減少させ、又は無効にするための幾つかの方法が知られている。これらの方法は、FUT8ノックアウト細胞株、変異型CHO株Lec13、ラットハイブリドーマ細胞株YB2/0、FUT8遺伝子に対して特異的な低分子干渉RNAを含む細胞株、並びにβ-1,4-N-アセチルグルコサミニルトランスフェラーゼIII及びゴルジα-マンノシダーゼIIを共発現する細胞株が挙げられる特定の哺乳動物細胞株における組換え発現を含む。これ以外にも、Fc含有分子は、植物細胞、酵母、又は原核細胞、例えば大腸菌(E.coli)等の非哺乳細胞内で発現されてもよい。
特定の実施形態において、本発明のIL-2変異タンパク質Fc融合タンパク質又は抗IL-2抗体は、エフェクタ機能を低下させるように操作されたFcを含む。エフェクタ機能が低下した例示的なFc分子として、以下の置換基を有するものが挙げられる:N297A若しくはN297Q(IgG1);L234A/L235A(IgG1);V234A/G237A(IgG2);L235A/G237A/E318A(IgG4);H268Q/V309L/A330S/A331S(IgG2);C220S/C226S/C229S/P238S(IgG1);C226S/C229S/E233P/L234V/L235A(IgG1);L234F/L235E/P331S(IgG1);及び/又はS267E/L328F(IgG1)。
基は、非グリコシル化抗体を形成するように変異したN297を有する。当該変異は、N297を、生理化学的性質がアスパラギンと類似するアミノ酸、例えばグルタミンにより(N297Q)、又は極性基を有していないアスパラギンを模倣するアラニンにより(N297A)置換することに焦点を当てている。
本明細書中で用いられる「非グリコシル化抗体」又は「非グリコシル化fc」は、Fcの297位にある残基のグリコシル化状態を指す。抗体又は他の分子は、1つ以上の他の位置にてグリコシル化を含有してよいが、依然として非グリコシル化抗体又は非グリコシル化Fc融合タンパク質であるとみなされ得る。
エフェクタ無機能IgG1 Fcを形成しようとして、ヒトIgG1のアミノ酸N297の、グリシンへの変異、すなわちN297Gが、当該残基での他のアミノ酸置換よりもはるかに優れた精製効率及び生物物理学的特性を提供することが発見された。実施例8参照。ゆえに、好ましい実施形態において、IL-2変異タンパク質Fc融合タンパク質は、N297G置換を有するヒトIgG1 Fcを含む。N297G置換を含むFcは、分子がヒトIgG1 Fcを含むあらゆるコンテクストにおいて有用であり、IL-2変異タンパク質Fc融合体のコンテクストにおける使用に限定されない。特定の実施形態において、抗体は、N297G置換を有するFcを含む。
また、N297G変異を有するヒトIgG1 Fcを含有するFcはさらに、挿入、欠失、及び置換を含んでよい。特定の実施形態において、ヒトIgG1 Fcは、N297G置換を含み、配列番号3に記載されるアミノ酸配列と、少なくとも90%同一、少なくとも91%同一、少なくとも92%同一、少なくとも93%同一、少なくとも94%同一、少なくとも95%同一、少なくとも96%同一、少なくとも97%同一、少なくとも98%同一、又は少なくとも99%同一である。特に好ましい実施形態において、C末端リジン残基は、置換又は欠失されている。N297G置換、及びC末端リジンの欠失を含むヒトIgG1のアミノ酸配列は、配列番号4に記載されている。
グリコシル化IgG1 Fc含有分子は、グリコシル化IgG1 Fc含有分子よりも安定ではないことが示された。Fc領域はさらに、非グリコシル化分子の安定性を増大させるように操作されていてよい。一部の実施形態において、1つ以上のアミノ酸がシステインに置換されて、ジスルフィド結合を二量体状態で形成している。配列番号3に記載されるアミノ酸配列の残基V259、A287、R292、V302、L306、V323、又はI332が、システインにより置換されていてよい。好ましい実施形態において、特定の残基対は、互いにジスルフィド結合を優先的に形成することでジスルフィド結合のスクランブリングを制限又は防止するような置換である。好ましい対として、以下に限定されないが、A287C及びL306C、V259C及びL306C、R292C及びV302C、並びにV323C及びI332Cが挙げられる。
本明細書中で提供されるのは、残基V259、A287、R292、V302、L306、V323、又はI332の1つ以上がシステインで置換されているFc含有分子であり、その例として、A287C及びL306C、V259C及びL306C、R292C及びV302C、又はV323C及びI332Cの置換を含むものが挙げられる。
IgG1 Fcに対して形成されてよい追加的な変異として、Fc含有ポリペプチドの中でヘテロ二量体形成を促進するものが挙げられる。一部の実施形態において、Fc領域は、細胞中で共発現される場合に2つの異なるFc含有ポリペプチド鎖のヘテロ二量体形成を促進する「ノブ」及び「ホール」を作出するように操作されている。米国特許第7,695,963号明細書。他の実施形態において、Fc領域は、静電的ステアリングを用いて、細胞中で共発現される場合に2つの異なるFc含有ポリペプチドのホモ二量体形成を阻止しながら、ヘテロ二量体形成を促進するように変更されている。国際公開第09/089,004号パンフレット(その全体が参照によって本明細書に組み込まれる)。好ましいヘテロ二量体Fcとして、Fcの一方の鎖がD399K及びE356Kの置換を含み、Fcの他方の鎖がK409D及びK392Dの置換を含むものが挙げられる。他の実施形態において、Fcの一方の鎖が、D399K、E356K、及びE357Kの置換を含み、Fcの他方の鎖が、K409D、K392D、及びK370Dの置換を含む。
特定の実施形態において、IL-2変異タンパク質Fc融合タンパク質が単量体であること、すなわち、単一のIL-2変異タンパク質分子のみを含有することが有利である場合がある。同様に、1つ以上の追加的な標的に特異的に結合し得る二重、三重、又は四重特異性抗体が望ましい場合もある。そのような実施形態において、融合タンパク質又は抗体のFc領域は、ヘテロ二量体形成を促進する1つ以上の変異を含有してよい。融合タンパク質又は抗体は、IL-2変異タンパク質Fc融合ポリペプチド内のFc領域に対して相互変異を有するが、IL-2変異タンパク質又は抗IL-2重鎖可変ドメインを欠いているFc領域と共発現される。2つのFc含有ポリペプチドのヘテロ二量体が形成される場合、結果として生じるタンパク質は、単一のIL-2変異タンパク質又は抗IL-2結合ドメインのみを含む。
単量体IL-2変異タンパク質Fc融合タンパク質を作出する別の方法として、IL-2変異タンパク質を、単量体Fcに融合するもの、すなわち、Fc領域が二量体化しないものがある。安定した単量体Fcは、二量体化を阻止して、分子を単量体形態で安定化させる変異を含む。好ましい単量体Fcが、国際公開第2011/063348号パンフレットに開示されており、この文献は、その全体が参照によって本明細書に組み込まれる。特定の実施形態において、IL-2変異タンパク質Fc融合タンパク質は、Y349、L351、L368、V397、L398、F405、又はY407でのトレオニン置換と共に、392位及び409位に負荷電アミノ酸を含むFcを含む。
特定の実施形態において、IL-2変異タンパク質Fc融合タンパク質は、FcとIL-2変異タンパク質との間にリンカーを含む。様々な多くのリンカーポリペプチドが、当該技術において知られており、IL-2変異タンパク質Fc融合タンパク質のコンテクストにおいて用いられてよい。好ましい実施形態において、IL-2変異タンパク質Fc融合タンパク質は、FcとIL-2変異タンパク質との間にGGGGS(配列番号5)、GGNGT(配列番号6)、又はYGNGT(配列番号7)からなるペプチドの1つ以上のコピーを含む。一部の実施形態において、Fc領域とIL-2変異タンパク質領域との間のポリペプチド領域は、GGGGS(配列番号5)、GGNGT(配列番号6)、又はYGNGT(配列番号7)の単一コピーを含む。本明細書中に示されるように、リンカーGGNGT(配列番号6)又はYGNGT(配列番号7)は、適切な細胞内で発現される場合にグリコシル化され、そのようなグリコシル化は、タンパク質を、溶液中で、且つ/又はインビボで投与された場合に、安定化させる一助となり得る。ゆえに、特定の実施形態において、IL-2変異タンパク質融合タンパク質は、Fc領域とIL-2変異タンパク質領域との間にグリコシル化リンカーを含む。
グリコシル化リンカーは、ポリペプチドのコンテクストにおいて配置される場合に有用な場合があると考えられている。本明細書中で提供されるのは、ポリペプチドのアミノ酸配列中に挿入される、又はポリペプチドのアミノ酸配列内の1つ以上のアミノ酸を置換する、GGNGT(配列番号6)又はYGNGT(配列番号7)を含むポリペプチドである。好ましい実施形態において、GGNGT(配列番号6)又はYGNGT(配列番号7)が、ポリペプチド三次構造のループ中に挿入されている。他の実施形態において、ループの1つ以上のアミノ酸が、GGNGT(配列番号6)又はYGNGT(配列番号7)で置換されている。
FcのC末端部分及び/又はIL-2変異タンパク質のアミノ末端部分は、哺乳動物細胞内で発現される場合に、IL-2変異タンパク質Fc融合タンパク質のグリコシル化プロファイルを変更する1つ以上の変異を含有してよい。特定の実施形態において、IL-2変異タンパク質はさらに、T3置換、例えば、T3N又はT3Aを含む。IL-2変異タンパク質はさらに、S5T等のS5置換を含んでよい。
IL-2変異タンパク質及びIL-2変異タンパク質Fc融合タンパク質、並びに抗IL-2抗体の共有結合修飾が、本発明の範囲内に含まれており、一般に翻訳後になされるが、必ずしもそうとは限らない。例えば、幾つかのタイプの共有結合修飾が、分子中に、そのアミノ酸残基の幾つかを、選択された側鎖又はN末端残基若しくはC末端残基と反応させることができる有機誘導体化剤と反応させることによって、導入される。
システイニル残基は、最も一般的には、α-ハロアセタート(及び対応するアミン)、例えばクロロ酢酸又はクロロアセトアミドと反応して、カルボキシメチル又はカルボキシアミドメチル誘導体が生じる。また、システイニル残基は、ブロモトリフルオロアセトン、α-ブロモ-β-(5-イミドゾイル)プロピオン酸、リン酸クロロアセチル、N-アルキルマレイミド、3-ニトロ-2-ピリジルジスルフィド、メチル2-ピリジルジスルフィド、p-クロロメルクリ安息香酸、2-クロロメルクリ-4-ニトロフェノール、又はクロロ-7-ニトロベンゾ-2-オキサ-1,3-ジアゾールとの反応によって誘導体化される。
ヒスチジル残基は、pH5.5~7.0でのジエチルピロカーボナートとの反応によって誘導体化される。なぜなら、当該剤は、ヒスチジル側鎖に対して比較的特異的であるからである。また、パラ-ブロモフェナシルブロミドが有用である;反応は、好ましくは、pH6.0の0.1Mカコジル酸ナトリウム中で実行される。
リシニル及びアミノ末端残基は、コハク酸無水物又は他のカルボン酸無水物と反応する。これらの剤による誘導体化は、リシニル残基の電荷を反転させる効果を有する。アルファ-アミノ含有残基を誘導体化するのに適した他の試薬として、イミドエステル、例えばピコリンイミド酸メチル;リン酸ピリドキサール;ピリドキサール;クロロボロヒドリド;トリニトロベンゼンスルホン酸;O-メチルイソ尿素;2,4-ペンタンジオン;及びグリオキシラートとのトランスアミナーゼ触媒反応が挙げられる。
アルギニル残基は、1つ又は幾つかの従来型の試薬、とりわけフェニルグリオキサール、2,3-ブタンジオン、1,2-シクロヘキサンジオン、及びニンヒドリンとの反応によって修飾される。アルギニン残基の誘導体化は、反応がアルカリ条件下で実行される必要がある。なぜなら、グアニジン官能基のpKaが高いためである。さらに、当該試薬は、リジンの基及びアルギニンイプシロン-アミノ基と反応し得る。
チロシル残基の特異的修飾は、特に、芳香族ジアゾニウム化合物又はテトラニトロメタンとの反応によるチロシル残基中へのスペクトル標識の導入を目的として、行われてよい。最も一般的には、N-アセチルイミジゾール及びテトラニトロメタンを用いて、それぞれO-アセチルチロシル種及び3-ニトロ誘導体を形成する。チロシル残基を、125I又は131Iを用いてヨウ素化して、ラジオイムノアッセイに用いられる標識タンパク質を調製する、先に記載されるクロラミンT法が適している。
カルボキシル側基(アスパルチル又はグルタミル)が、カルボジイミド(R’-N=C=N--R’)との反応によって選択的に修飾され、ここで、R及びR’は、場合によっては、異なるアルキル基、例えば1-シクロヘキシル-3-(2-モルホリニル-4-エチル)カルボジイミド又は1-エチル-3-(4-アゾニア-4,4-ジメチルペンチル)カルボジイミドである。さらに、アスパルチル残基及びグルタミル残基は、アンモニウムイオンとの反応によってアスパラギニル残基及びグルタミニル残基に変換される。
二官能性剤による誘導体化は、種々の方法に用いられる水不溶性支持マトリックス又は表面に抗原結合タンパク質を架橋するのに有用である。一般的に用いられる架橋剤として、例えば、1,1-ビス(ジアゾアセチル)-2-フェニルエタン、グルタルアルデヒド、N-ヒドロキシスクシンイミドエステル、例えば、4-アジドサリチル酸とのエステル、ホモ二官能性イミドエステル(3,3’-ジチオビス(スクシンイミジルプロピオナート)等のジスクシンイミジルエステルが挙げられる)、及びビス-N-マレイミド-1,8-オクタン等の二官能性マレイミドが挙げられる。メチル-3-[(p-アジドフェニル)ジチオ]プロピオイミダート等の誘導体化剤により、光の存在下で架橋を形成することができる光活性化可能な中間体が得られる。これ以外にも、反応性非水溶性マトリックス、例えば、米国特許第3,969,287号明細書;米国特許第3,691,016号明細書;米国特許第4,195,128号明細書;米国特許第4,247,642号明細書;米国特許第4,229,537号明細書;及び米国特許第4,330,440号明細書に記載されている臭化シアン活性化炭水化物及び反応基質が、タンパク質固定化に使用される。
グルタミニル残基及びアスパラギニル残基は、頻繁に脱アミド化されて、それぞれ、対応するグルタミル残基及びアスパルチル残基になる。これ以外にも、これらの残基は、弱酸性条件下で脱アミド化される。これらの残基のいずれの形態も、本発明の範囲内に含まれる。
他の修飾として、プロリン及びリジンのヒドロキシル化、セリル残基又はスレオニル残基のヒドロキシル基のリン酸化、リジン、アルギニン、及びヒスチジン側鎖のα-アミノ基のメチル化(T.E.Creighton,Proteins:Structure and Molecular Properties,W.H.Freeman&Co.,San Francisco,1983,pp.79-86)、N末端アミンのアセチル化、並びに任意のC末端カルボキシル基のアミド化が挙げられる。
本発明の範囲内に含まれるIL-2変異タンパク質、IL-2変異タンパク質Fc融合体、又は抗IL-2抗体の別のタイプの共有結合修飾は、タンパク質のグリコシル化パターンを変更することを含む。当該技術において知られているように、グリコシル化パターンは、タンパク質の配列(例えば、以下で考察される特定のグリコシル化アミノ酸残基の存在又は不在)、又はタンパク質が産生される宿主細胞若しくは生物体の双方によって決まり得る。特定の発現系を以下で考察する。
ポリペプチドのグリコシル化は、典型的に、N結合型又はO結合型のいずれかである。N結合型は、アスパラギン残基の側鎖への炭水化物部分の結合を指す。トリペプチド配列のアスパラギン-X-セリン及びアスパラギン-X-トレオニン(Xは、プロリン以外のあらゆるアミノ酸である)は、アスパラギン側鎖への炭水化物部分の酵素的結合のための認識配列である。ゆえに、ポリペプチド中にこれらのトリペプチド配列のいずれかが存在すると、潜在的なグリコシル化部位が作出される。O結合型グリコシル化は、糖であるN-アセチルガラクトサミン、ガラクトース、又はキシロースの1つの、ヒドロキシアミノ酸、最も一般的にはセリン又はトレオニンへの結合を指すが、5-ヒドロキシプロリン又は5-ヒドロキシリシンが用いられてもよい。
IL-2変異タンパク質、IL-2変異タンパク質Fc融合体、又は抗IL-2抗体へのグリコシル化部位の付加は、アミノ酸配列が、(N結合型グリコシル化部位の)上記トリペプチド配列の1つ以上を含有するように、当該アミノ酸配列を変更することによって首尾良く達成され得る。また、変更は、(O結合型グリコシル化部位について)1つ以上のセリン残基若しくはトレオニン残基の、開始配列への付加、又はそれらによる置換によってなされてもよい。容易にするために、IL-2変異タンパク質、IL-2変異タンパク質Fc融合体、又は抗IL-2抗体のアミノ酸配列は好ましくは、DNAレベルでの変化を介して、特に、所望のアミノ酸に翻訳されることとなるコドンを生成するように、標的ポリペプチドをコードするDNAを、予め選択された塩基にて変異させることによって変更される。
IL-2変異タンパク質、IL-2変異タンパク質Fc融合体、又は抗IL-2抗体上の炭水化物部分の数を増やす別の手段として、グリコシドの、タンパク質との化学的カップリング又は酵素的カップリングによるものがある。この手順は、N結合型グリコシル化及びO結合型グリコシル化について、グリコシル化能を有する宿主細胞におけるタンパク質の産生を必要としない点で、有利である。用いられるカップリング様式に応じて、糖は、(a)アルギニン及びヒスチジン、(b)遊離カルボキシル基、(c)遊離スルフヒドリル基、例えばシステインの基、(d)遊離ヒドロキシル基、例えば、セリン、スレオニン、若しくはヒドロキシプロリンの基、(e)芳香族残基、例えば、フェニルアラニン、チロシン、若しくはトリプトファンの残基、又は(f)グルタミンのアミド基に結合されてよい。これらの方法は、1987年9月11日公開の国際公開第87/05330号パンフレット及びAplin and Wriston,1981,CRC Crit.Rev.Biochem.,pp.259-306に記載されている。
開始IL-2変異タンパク質、IL-2変異タンパク質Fc融合体、又は抗IL-2抗体上に存在する炭水化物部分の除去は、化学的に達成されても酵素的に達成されてもよい。化学的脱グリコシル化は、化合物トリフルオロメタンスルホン酸又は等価の化合物へのタンパク質の曝露が必要となる。この処理により、ポリペプチドは無傷な状態のままで、結合している糖(N-アセチルグルコサミン又はN-アセチルガラクトサミン)を除くほとんど又は全ての糖が切断される。化学的脱グリコシル化は、Hakimuddin et al.,1987,Arch.Biochem.Biophys.259:52及びEdge et al.,1981,Anal.Biochem.118:131によって記載されている。ポリペプチド上の炭水化物部分の酵素的切断は、Thotakura et al.,1987,Meth.Enzymol.138:350によって記載されるように、種々のエンドグリコシダーゼ及びエキソグリコシダーゼの使用によって達成することができる。潜在的なグリコシル化部位でのグリコシル化は、Duskin et al.,1982,J.Biol.Chem.257:3105によって記載される化合物ツニカマイシンの使用によって妨げられ得る。ツニカマイシンは、タンパク質-N-グリコシド結合の形成を阻止する。
IL-2変異タンパク質、IL-2変異タンパク質Fc融合体、又は抗IL-2抗体の別のタイプの共有結合修飾は、タンパク質を、以下に限定されないが、種々のポリオール、例えば、ポリエチレングリコール、ポリプロピレングリコール、又はポリオキシアルキレンが挙げられる種々の非タンパク質性ポリマーに、米国特許第4,640,835号明細書;米国特許第4,496,689号明細書;米国特許第4,301,144号明細書;米国特許第4,670,417号明細書;米国特許第4,791,192号明細書、又は米国特許第4,179,337号明細書に記載されている手法で結合することを含む。加えて、アミノ酸置換が、IL-2変異タンパク質、IL-2変異タンパク質Fc融合体、又は抗IL-2抗体内の種々の位置において行われて、PEG等のポリマーの付加を促進してよい。ゆえに、本発明の実施形態として、PEG化IL-2変異タンパク質、IL-2変異タンパク質Fc融合体、又は抗IL-2抗体が挙げられる。そのようなPEG化タンパク質は、その非PEG化形態よりも半減期が増大し、且つ/又は免疫原性が減少する場合がある。
IL-2変異タンパク質及びIL-2変異タンパク質Fc融合タンパク質をコードするポリヌクレオチド
本発明内に包含されるのは、IL-2変異タンパク質、IL-2変異タンパク質Fc融合体、又は抗IL-2抗体をコードする核酸である。本発明の態様は、本明細書中に記載されるアミノ酸配列をコードするポリヌクレオチドバリアント(例えば、縮重に起因する)を含む。
本発明内に包含されるのは、IL-2変異タンパク質、IL-2変異タンパク質Fc融合体、又は抗IL-2抗体をコードする核酸である。本発明の態様は、本明細書中に記載されるアミノ酸配列をコードするポリヌクレオチドバリアント(例えば、縮重に起因する)を含む。
核酸の単離用のプローブ若しくはプライマーとして、又はデータベース検索用のクエリー配列として用いられることとなる、本明細書中に記載されるアミノ酸配列に対応するヌクレオチド配列を、アミノ酸配列からの「逆翻訳」によって得ることができる。周知のポリメラーゼ連鎖反応(PCR)手順を使用して、IL-2変異タンパク質及びIL-2変異タンパク質Fc融合タンパク質をコードするDNA配列を単離且つ増幅することができる。DNA断片の組合せの所望の末端を定義するオリゴヌクレオチドが、5’プライマー及び3’プライマーとして使用される。オリゴヌクレオチドは追加的に、制限エンドヌクレアーゼ用の認識部位を含有して、DNA断片の増幅した組合せの、発現ベクター中への挿入を促進することができる。PCR技術は、Saiki et al.,Science 239:487(1988);Recombinant DNA Methodology,Wu et al.,eds.,Academic Press,Inc.,San Diego(1989),pp.189-196;及びPCR Protocols:A Guide to Methods and Applications,Innis et al.,eds.,Academic Press,Inc.(1990)に記載されている。
本発明の核酸分子には、一本鎖及び二本鎖の双方の形態のDNA及びRNA、並びに対応する相補的配列が含まれる。「単離核酸」は、天然に存在する源から単離された核酸の場合、核酸が単離された生物のゲノム中に存在する、隣接する遺伝子配列から分離された核酸である。鋳型から酵素的に、又は化学的に合成された核酸、例えば、PCR産物、cDNA分子、又はオリゴヌクレオチドの場合、そのようなプロセスに由来する核酸は、単離核酸であると理解される。単離核酸分子は、別個の断片の形態の核酸分子、又はより大きな核酸コンストラクトの構成要素としての核酸分子を指す。好ましい一実施形態において、核酸は、夾雑する内因性物質を実質的に含まない。核酸分子は、好ましくは、実質的に純粋な形態で、且つ標準的な生化学的方法(例えば、Sambrook et al.,Molecular Cloning:A Laboratory Manual,2nd ed.,Cold Spring Harbor Laboratory,Cold Spring Harbor,NY(1989)に概説されているもの)によって、その構成要素ヌクレオチド配列の識別、操作、及び回収を可能にする量又は濃度で、少なくとも1回単離されたDNA又はRNAから由来した。そのような配列は、好ましくは、典型的には真核生物遺伝子内に存在する内部非翻訳配列又はイントロンによって中断されないオープンリーディングフレームの形態で提供且つ/又は構築される。非翻訳DNAの配列は、オープンリーディングフレームから5’側又は3’側に存在することができ、この場合、これは、コード領域の操作又は発現を妨害しない。
本発明に従うIL-2変異タンパク質は、通常、カセット若しくはPCR変異誘発、又は当該技術において周知の他の技術を用いた、IL-2変異タンパク質又はIL-2変異タンパク質Fc融合タンパク質をコードするDNA中のヌクレオチドの部位特異的変異誘発によって、バリアントをコードするDNAを生成し、その後、本明細書中で概説されているような細胞培養において組換えDNAを発現させることによって、調製される。しかしながら、IL-2変異タンパク質及びIL-2変異タンパク質Fc融合体は、確立された技術を用いるインビトロ合成によって調製されてもよい。バリアントは典型的に、天然に存在する類似体と同じ定性的生物活性、例えば、Treg増殖を示すが、以下でより詳細に概説されるように、改変された特徴を有するバリアントを選択することもできる。
当業者によって理解されるように、遺伝子コードの縮重に起因して、本発明の各IL-2変異タンパク質、IL-2変異タンパク質Fc融合体、及び抗IL-2抗体は、極めて多数の核酸によってコードされており、当該核酸の各々が、本発明の範囲内であり、標準的な技術を用いて形成することができる。ゆえに、特定のアミノ酸配列を識別すると、当業者であれば、コードされたタンパク質のアミノ酸配列を変化させない方法で、1つ以上のコドンの配列を単に修飾することによって、任意の数の異なる核酸を形成することができる。
本発明はまた、先の少なくとも1つのポリヌクレオチドを含むプラスミド、発現ベクター、転写又は発現カセットの形態で、発現系及び構築物を提供する。加えて、本発明は、そのような発現系又は構築物を含む宿主細胞を提供する。
典型的には、いずれの宿主細胞においても用いられる発現ベクターは、プラスミドを維持するための配列、並びに外因性ヌクレオチド配列のクローニング及び発現のための配列を含有することとなる。まとめて「フランキング配列」と称されるそのような配列は、特定の実施形態において、典型的には、以下のヌクレオチド配列:プロモータ、1つ以上のエンハンサ配列、複製起点、転写終結配列、ドナー及びアクセプタスプライス部位を含有する完全イントロン配列、ポリペプチド分泌のためのリーダー配列をコードする配列、リボソーム結合部位、ポリアデニル化配列、発現されることとなるポリペプチドをコードする核酸を挿入するためのポリリンカー領域、並びに選択マーカーエレメントの1つ以上を含むこととなる。これらの配列の各々を、以下で考察する。
場合によっては、ベクターは、「タグ」コード配列、すなわち、IL-2変異タンパク質、IL-2変異タンパク質Fc融合体、又は抗IL-2抗体コード配列の5’末端又は3’末端に位置するオリゴヌクレオチド分子を含有してよく;オリゴヌクレオチド配列は、市販の抗体が存在するポリHis(ヘキサHis(配列番号8)等)、又は別の「タグ」、例えば、FLAG、HA(赤血球凝集素インフルエンザウイルス)、若しくはmycをコードする。このタグは典型的に、ポリペプチドの発現直後にポリペプチドに融合されて、宿主細胞からのポリペプチドのアフィニティ精製又は検出のための手段として機能し得る。アフィニティ精製は、例えば、タグに対する抗体を親和性マトリックスとして用いるカラムクロマトグラフィによって達成することができる。場合によっては、タグはその後、種々の手段によって、例えば、切断用の特定のペプチダーゼを用いて除去され得る。
フランキング配列は、同種(すなわち、宿主細胞と同じ種及び/又は株に由来)、異種(すなわち、宿主細胞種又は株以外の種に由来)、ハイブリッド(すなわち、2つ以上の源由来のフランキング配列の組合せ)、合成、又は天然であってよい。したがって、フランキング配列の源は、あらゆる原核生物若しくは真核生物、あらゆる脊椎生物若しくは無脊椎生物、又はあらゆる植物であってよいが、フランキング配列は、宿主細胞機構において機能的であり、且つ当該機構によって活性化され得ることを条件とする。
本発明のベクターにおいて有用なフランキング配列は、当該技術において周知の幾つかの方法のいずれかによって得ることができる。典型的には、本明細書において有用なフランキング配列は、マッピング及び/又は制限エンドヌクレアーゼ消化によって以前に同定されていることになるため、適切な制限エンドヌクレアーゼを用いて、適切な組織源から単離することができる。場合により、フランキング配列の全ヌクレオチド配列が知られている場合がある。この場合、核酸合成又はクローニングのための本明細書中に記載される方法を用いてフランキング配列を合成することができる。
フランキング配列の全てが知られているか、又はその一部のみが知られているかに拘わらず、ポリメラーゼ連鎖反応(PCR)を用いて、且つ/又は同じ若しくは別の種に由来するオリゴヌクレオチド及び/若しくはフランキング配列断片等の適したプローブによりゲノムライブラリをスクリーニングすることによって、フランキング配列を得ることができる。フランキング配列が不明である場合、フランキング配列を含有するDNAの断片は、例えば、コード配列又は1つ又は複数の別の遺伝子すら含有し得るより大きなDNA片から単離することができる。制限エンドヌクレアーゼで消化することで適切なDNA断片を生成した後に、アガロースゲル精製、Qiagen(登録商標)カラムクロマトグラフィ(Chatsworth,CA)、又は当業者に知られている他の方法を用いて単離することによって、単離を達成してよい。この目的を達成するのに適した酵素の選択は、当業者であれば容易に明らかとなろう。
複製起点は典型的に、市販の原核生物発現ベクターの一部であり、当該起点は、宿主細胞内でのベクターの増幅を補助する。選択したベクターが複製起点部位を含有していなければ、知られている配列に基づいて当該部位を化学的に合成して、ベクター中にライゲートしてもよい。例えば、プラスミドpBR322(New England Biolabs,Beverly,MA)に由来する複製起点は、ほとんどのグラム陰性菌に適しており、種々のウイルス起点(例えば、SV40、ポリオーマ、アデノウイルス、水疱性口内炎ウイルス(VSV)、又はパピローマウイルス、例えば、HPV又はBPV)が、哺乳動物細胞におけるベクターのクローニングに有用である。一般に、複製起点構成要素は、哺乳動物発現ベクターには必要でない(例えば、SV40起点は、多くの場合、ウイルス初期プロモータも含有するという理由でのみ、用いられている)。
転写終結配列は典型的に、ポリペプチドコード領域の末端に対して3’側に位置しており、転写を終結させるように機能する。通常、原核細胞における転写終結配列は、G-Cリッチ断片と、それに続くポリT配列である。当該配列は、ライブラリから容易にクローニングされるか、又はベクターの一部として商業的に購入すらされる一方、本明細書中に記載される方法等の核酸合成方法を用いて容易に合成することもできる。
選択マーカー遺伝子は、選択培地中で増殖させた宿主細胞の生存及び増殖に必須のタンパク質をコードする。典型的な選択マーカー遺伝子は、(a)原核生物宿主細胞に、抗生物質若しくは他の毒素、例えば、アンピシリン、テトラサイクリン、若しくはカナマイシンに対する耐性を付与し;(b)細胞の栄養要求性欠損を補完し;又は(c)複合培地若しくは規定培地からは利用不能の重要な栄養素を供給するタンパク質をコードする。特異的選択マーカーは、カナマイシン耐性遺伝子、アンピシリン耐性遺伝子、及びテトラサイクリン耐性遺伝子である。有利には、ネオマイシン耐性遺伝子もまた、原核生物宿主細胞及び真核生物宿主細胞の双方における選択に用いることができる。
他の選択遺伝子を用いて、発現されることとなる遺伝子を増幅してもよい。
増幅は、増殖又は細胞生存にとって重要なタンパク質の産生に必要とされる遺伝子が、連続する世代の組換え細胞の染色体内でタンデムに反復されるプロセスである。哺乳動物細胞に適した選択マーカーの例として、ジヒドロ葉酸還元酵素(DHFR)遺伝子及びプロモーターレスチミジンキナーゼ遺伝子が挙げられる。哺乳動物細胞形質転換体を、当該形質転換体のみが唯一、ベクター中に存在する選択遺伝子によって生存するように一意的に適合される選択圧の下に置く。選択圧は、培地中の選択剤の濃度が連続的に増大する条件の下で形質転換細胞を培養することによって課され、これによって、選択可能な遺伝子の、そして結果として、所望のポリペプチド、例えば、IL-2変異タンパク質、IL-2変異タンパク質Fc融合体、又は抗IL-2抗体の重鎖及び/若しくは軽鎖をコードする遺伝子の双方の増幅に至る。結果として、増幅されたDNAから多量のポリペプチドが合成される。
増幅は、増殖又は細胞生存にとって重要なタンパク質の産生に必要とされる遺伝子が、連続する世代の組換え細胞の染色体内でタンデムに反復されるプロセスである。哺乳動物細胞に適した選択マーカーの例として、ジヒドロ葉酸還元酵素(DHFR)遺伝子及びプロモーターレスチミジンキナーゼ遺伝子が挙げられる。哺乳動物細胞形質転換体を、当該形質転換体のみが唯一、ベクター中に存在する選択遺伝子によって生存するように一意的に適合される選択圧の下に置く。選択圧は、培地中の選択剤の濃度が連続的に増大する条件の下で形質転換細胞を培養することによって課され、これによって、選択可能な遺伝子の、そして結果として、所望のポリペプチド、例えば、IL-2変異タンパク質、IL-2変異タンパク質Fc融合体、又は抗IL-2抗体の重鎖及び/若しくは軽鎖をコードする遺伝子の双方の増幅に至る。結果として、増幅されたDNAから多量のポリペプチドが合成される。
リボソーム結合部位は、通常、mRNAの翻訳開始に必須であり、シャイン・ダルガーノ配列(原核生物)又はコザック配列(真核生物)によって特徴付けられる。当該エレメントは典型的に、プロモータの3’側に、且つ発現されることになるポリペプチドのコード配列の5’側に位置決めされる。特定の実施形態において、1つ以上のコード領域は、内部リボソーム結合部位(IRES)に作動可能に連結されていてよく、単一のRNA転写産物から2つのオープンリーディングフレームの翻訳が可能となる。
真核生物宿主細胞発現系においてグリコシル化が所望される等の場合には、グリコシル化又は収率を向上させるために、種々のプレ配列又はプロ配列を操作してよい。例えば、特定のシグナルペプチドのペプチダーゼ切断部位を変更するか、又はプロ配列を付加してよく、これもグリコシル化に影響し得る。最終タンパク質産物は、-1位(成熟タンパク質の第1のアミノ酸に対して)において、発現に付随する1つ以上の追加的なアミノ酸を有する場合があり、これは、完全には除去されていない場合がある。例えば、最終タンパク質産物は、アミノ末端に結合した、ペプチダーゼ切断部位内に見出される1つ又は2つのアミノ酸残基を有し得る。これ以外にも、幾つかの酵素切断部位の使用により、酵素が成熟ポリペプチド内のそのような領域にて切れているならば、所望のポリペプチドが僅かに切断された形態が生じる場合がある。
本発明の発現ベクター及びクローニングベクターは典型的に、宿主生物によって認識され、且つIL-2変異タンパク質、IL-2変異タンパク質Fc融合体、又は抗IL-2抗体の重鎖及び/若しくは軽鎖をコードする分子に作動可能に連結されているプロモータを含有することとなる。プロモータは、構造遺伝子(一般に、約100~1000bp以内)の開始コドンの上流(即ち5’側)に位置決めされた、構造遺伝子の転写を制御する非転写配列である。従来、プロモータは、2つのクラス:誘導性プロモータ及び構成的プロモータの1つにグループ化される。誘導性プロモータは、その制御下で、栄養素の有無又は温度の変化等の培養条件の何らかの変化に応じて、DNAからの転写レベルの増大を開始する。一方、構成的プロモータは、これが作動可能に連結されている遺伝子を一様に、即ち、遺伝子発現に対する制御をほとんど又は全く行わずに、転写する。種々の潜在的宿主細胞によって認識される多数のプロモータが周知である。
酵母宿主に用いるのに適したプロモータもまた、当該技術において周知である。有利には、酵母エンハンサが、酵母プロモータと共に用いられる。哺乳動物宿主細胞に用いるのに適したプロモータは周知であり、以下に限定されないが、ポリオーマウイルス、鶏痘ウイルス、アデノウイルス(アデノウイルス2型等)、ウシパピローマウイルス、トリ肉腫ウイルス、サイトメガロウイルス、レトロウイルス、B型肝炎ウイルス、及び最も好ましくはシミアンウイルス40(SV40)等のウイルスのゲノムから得られるものが挙げられる。他の適した哺乳動物プロモータとして、異種哺乳動物プロモータ、例えば、熱ショックプロモータ及びアクチンプロモータが挙げられる。
対象となり得る追加的なプロモータとして、以下に限定されないが:SV40初期プロモータ(Benoist and Chambon,1981,Nature 290:304-310);CMVプロモータ(Thornsen et al.,1984,Proc.Natl.Acad.U.S.A.81:659-663);ラウス肉腫ウイルスの3’側の長い末端リピートに含有されるプロモータ(Yamamoto et al.,1980,Cell 22:787-797);ヘルペスチミジンキナーゼプロモータ(Wagner et al.,1981,Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A.78:1444-1445);メタロチオネイン遺伝子由来のプロモータ及び調節配列(Prinster et al.,1982,Nature 296:39-42);及びベータ-ラクタマーゼプロモータ等の原核生物プロモータ(Villa-Kamaroff et al.,1978,Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A.75:3727-3731);又はtacプロモータ(DeBoer et al.,1983,Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A.80:21-25)が挙げられる。また、対象となるのは、組織特異性を示し、且つトランスジェニック動物において利用されている以下の動物転写制御領域である:膵腺房細胞において活性であるエラスターゼI遺伝子制御領域(Swift et al.,1984,Cell 38:639-646;Ornitz et al.,1986,Cold Spring Harbor Symp.Quant.Biol.50:399-409;MacDonald,1987,Hepatology 7:425-515);膵ベータ細胞において活性であるインスリン遺伝子制御領域(Hanahan,1985,Nature 315:115-122);リンパ球系細胞において活性である免疫グロブリン遺伝子制御領域(Grosschedl et al.,1984,Cell 38:647-658;Adames et al.,1985,Nature 318:533-538;Alexander et al.,1987,Mol.Cell.Biol.7:1436-1444);精巣細胞、乳房細胞、リンパ球系細胞及びマスト細胞において活性であるマウス乳房腫瘍ウイルス制御領域(Leder et al.,1986,Cell 45:485-495);肝臓において活性であるアルブミン遺伝子制御領域(Pinkert et al.,1987,Genes and Devel.1:268-276);肝臓において活性であるアルファ-フェト-タンパク質遺伝子制御領域(Krumlauf et al.,1985,Mol.Cell.Biol.5:1639-1648;Hammer et al.,1987,Science 253:53-58);肝臓において活性であるアルファ1-アンチトリプシン遺伝子制御領域(Kelsey et al.,1987,Genes and Devel.1:161-171);骨髄細胞において活性であるベータグロビン遺伝子制御領域(Mogram et al,1985,Nature 315:338-340;Kollias et al,1986,Cell 46:89-94);脳内のオリゴデンドロサイト細胞において活性であるミエリン塩基性タンパク質遺伝子制御領域(Readhead et al.,1987,Cell 48:703-712);骨格筋において活性であるミオシン軽鎖2遺伝子制御領域(Sani,1985,Nature 314:283-286);並びに視床下部において活性である性腺刺激放出ホルモン遺伝子制御領域(Mason et al.,1986,Science 234:1372-1378)。
エンハンサ配列をベクター中に挿入して、高等真核生物による転写を増大させてもよい。エンハンサは、DNAのシス作用性エレメントであり、通常、約10~300bp長であり、プロモータに作用して転写を増大させる。エンハンサは、方向及び位置に比較的依存せず、転写単位に対して5’側及び3’側の双方の位置にて見出されている。哺乳動物遺伝子から入手可能な幾つかのエンハンサ配列が知られている(例えば、グロビン、エラスターゼ、アルブミン、アルファ-フェト-タンパク質、及びインスリン)。しかしながら、典型的には、ウイルス由来のエンハンサが用いられる。当該技術において知られているSV40エンハンサ、サイトメガロウイルス初期プロモータエンハンサ、ポリオーマエンハンサ、及びアデノウイルスエンハンサは、真核生物プロモータの活性化のための例示的な増強エレメントである。エンハンサは、ベクターにおいて、コード配列の5’側又は3’側のいずれに位置してもよいが、典型的には、プロモータから5’側の部位に位置決めされる。適切な天然又は異種のシグナル配列(リーダー配列又はシグナルペプチド)をコードする配列を発現ベクター中に組み込んで、IL-2変異タンパク質、IL-2変異タンパク質Fc融合体、又は抗IL-2抗体の重鎖及び/若しくは軽鎖の細胞外分泌を促進することができる。シグナルペプチド又はリーダーの選択は、タンパク質が産生されることになる宿主細胞のタイプに依存し、異種性のシグナル配列が、天然のシグナル配列に取って代わり得る。哺乳動物宿主細胞内で機能するシグナルペプチドの例として、以下のものが挙げられる:米国特許第4,965,195号明細書に記載されているインターロイキン-7(IL-7)のシグナル配列;Cosman et al.,1984,Nature 312:768に記載されているインターロイキン-2受容体のシグナル配列;欧州特許第0367566号明細書に記載されているインターロイキン-4受容体シグナルペプチド;米国特許第4,968,607号明細書に記載されているI型インターロイキン-1受容体シグナルペプチド;欧州特許第0460846号明細書に記載されているII型インターロイキン-1受容体シグナルペプチド。一実施形態において、本発明のIL-2変異タンパク質Fc融合体は、図24に示されるようなリーダー配列を含む。
ベクターは、ベクターが宿主細胞ゲノム中に組み込まれた場合に発現を促進する1つ以上のエレメントを含有してよい。例として、EASEエレメント(Aldrich et al. 2003 Biotechnol Prog. 19:1433-38)及びマトリックス結合領域(MAR)が挙げられる。MARは、クロマチンの構造的組織化を媒介して、統合されたベクターを「位置」効果から保護し得る。ゆえに、MARは、安定したトランスフェクタントを作出するのにベクターが用いられる場合に、特に有用である。幾つかの天然及び合成MAR含有核酸が、当該技術、例えば、米国特許第6,239,328号明細書;米国特許第7,326,567号明細書;米国特許第6,177,612号明細書;米国特許第6,388,066号明細書;米国特許第6,245,974号明細書;米国特許第7,259,010号明細書;米国特許第6,037,525号明細書;米国特許第7,422,874号明細書;米国特許第7,129,062号明細書において知られている。
本発明の発現ベクターは、市販のベクター等の開始ベクターから構築されてよい。そのようなベクターは、所望のフランキング配列の全てを含有していてもよいし、含有していなくてもよい。本明細書中に記載されるフランキング配列の1つ以上がベクター内に最初から存在していない場合、それらを個々に得てベクター中にライゲートしてもよい。フランキング配列の各々を得るために用いられる方法は、当業者に周知である。
ベクターが構築されて、IL-2変異タンパク質、IL-2変異タンパク質Fc融合体、又は抗IL-2抗体の重鎖及び/若しくは軽鎖をコードする核酸分子が、ベクターの適切な部位中に挿入された後に、完全なベクターが、増幅及び/又はポリペプチド発現に適した宿主細胞中に挿入されてよい。選択された宿主細胞中への発現ベクターの形質転換は、周知の方法、例えば、形質移入、感染、リン酸カルシウム共沈殿、エレクトロポレーション、マイクロインジェクション、リポフェクション、DEAE-デキストラン媒介形質移入、又は他の知られている技術によって達成されてよい。選択される方法は、部分的に、用いられることになる宿主細胞のタイプに応じることとなる。これらの方法及び他の適した方法は、当業者に周知であり、例えば、前掲のSambrook et al.,2001に示されている。
宿主細胞は、適切な条件下で培養される場合、IL-2変異タンパク質、IL-2変異タンパク質Fc融合体、又は抗IL-2抗体の重鎖及び/若しくは軽鎖を合成し、これらはその後、(宿主細胞が培地中に分泌するならば)培地から収集され得、又は(分泌されなければ)産生宿主細胞から直接収集され得る。適切な宿主細胞の選択は、所望の発現レベル、活性に望ましいか又は必須であるポリペプチド修飾(グリコシル化又はリン酸化等)、及び生物学的に活性な分子へのフォールディングの容易さ等の種々の要因によって決まることとなる。宿主細胞は、真核生物であっても原核生物であってもよい。
発現用の宿主として利用可能な哺乳動物細胞株は、当該技術において周知であり、以下に限定されないが、American Type Culture Collection(ATCC)から入手可能な不死化細胞株が挙げられ、当該技術において知られている発現系に用いられるあらゆる細胞株を用いて、本発明の組換えポリペプチドを形成することができる。一般に、宿主細胞は、所望のIL-2変異タンパク質、IL-2変異タンパク質Fc融合体、又は抗IL-2抗体をコードするDNAを含む組換え発現ベクターにより形質転換される。使用されてよい宿主細胞には、原核生物、酵母、又は高等真核細胞がある。原核生物として、グラム陰性生物又はグラム陽性生物、例えば、大腸菌(E.coli)又はバシラス綱(Bacilli)が挙げられる。高等真核細胞として、昆虫細胞、及び哺乳動物起源の確立された細胞株が挙げられる。適した哺乳動物宿主細胞株の例として、サル腎細胞のCOS-7系(ATCC CRL1651)(Gluzman et al.,1981,Cell 23:175)、L細胞、293細胞、C127細胞、3T3細胞(ATCC CCL163)、チャイニーズハムスター卵巣(CHO)細胞、若しくはそれらの誘導体、例えば、無血清培地中で増殖するVeggie CHO及び関連細胞株(Rasmussen et al.,1998,Cytotechnology 28:31)、HeLa細胞、BHK(ATCC CRL10)細胞株、及びMcMahan et al.,1991,EMBO J.10:2821に記載されているようなアフリカミドリザル腎細胞株CVI(ATCC CCL70)に由来するCVI/EBNA細胞株、ヒト胎児腎細胞、例えば、293、293EBNA若しくはMSR293、ヒト表皮A431細胞、ヒトColo205細胞、他の形質転換霊長類細胞株、正常な二倍体細胞、一次組織のインビトロ培養物に由来する細胞株、一次外植片、HL-60細胞、U937細胞、HaK細胞、又はJurkat細胞が挙げられる。場合によっては、種々のシグナル伝達アッセイ又はレポータアッセイにおいてポリペプチドを用いることが望ましい場合に、哺乳動物細胞株、例えば、HepG2/3B、KB、NIH3T3、又はS49が、ポリペプチドの発現に用いられ得る。
これ以外にも、酵母等の下等真核生物において、又は細菌等の原核生物において、ポリペプチドを生成することが可能である。適した酵母として、出芽酵母(Saccharomyces cerevisiae)、分裂酵母(Schizosaccharomyces pombe)、クルイベロマイセス(Kluyveromyces)属株、カンジダ(Candida)属、又は異種ポリペプチドを発現することができるあらゆる酵母株が挙げられる。適した細菌株として、大腸菌(Escherichia coli)、枯草菌(Bacillus subtilis)、サルモネラ(Salmonella typhimurium)、又は異種ポリペプチドを発現することができるあらゆる細菌株が挙げられる。ポリペプチドが、酵母又は細菌内で形成されるならば、酵母又は細菌内で産生されるポリペプチドを、例えば、適切な部位のリン酸化又はグリコシル化によって修飾して、機能的ポリペプチドを得ることが望ましい場合がある。そのような共有結合は、知られている化学的方法又は酵素的方法を用いて達成することができる。
また、ポリペプチドは、本発明の単離核酸を、1種以上の昆虫発現ベクター内の適した制御配列に作動可能に連結させて、昆虫発現系を使用することによって生成することができる。バキュロウイルス/昆虫細胞発現系用の材料及び方法は、例えば、Invitrogen, San Diego, Calif., U.S.A.由来のキット形態で市販されており (MaxBac(登録商標)キット)、そのような方法は、Summers and Smith,Texas Agricultural Experiment Station Bulletin No.1555(1987)、及びLuckow and Summers,Bio/Technology 6:47(1988)に記載されているように、当該技術において周知である。無細胞翻訳系もまた、本明細書中で開示される核酸構築物に由来するRNAを用いてポリペプチドを生成するのに使用することができる。細菌、真菌、酵母、及び哺乳動物細胞宿主に用いるのに適切なクローニングベクター及び発現ベクターが、Pouwels et al.(Cloning Vectors:A Laboratory Manual,Elsevier,New York,1985)によって記載されている。好ましくは少なくとも1つの発現制御配列に作動可能に連結された、本発明の単離核酸を含む宿主細胞は、「組換え宿主細胞」である。
特定の態様において、本発明は、制御性T細胞を優先的に刺激し、且つV91K,D20L;D84R,E61Q;V91K,D20A,E61Q,M104T;N88K,M104L;V91H,M104L;V91K,H16E,M104V;V91K,H16R,M104V;V91K,H16R,M104T;V91K,D20A,M104T;V91K,H16E,M104T;V91K,H16E,E61Q,M104T;V91K,H16R,E61Q,M104T;V91K,H16E;V91H,D20A,M104T;H16E,V91H,M104V;V91H,D20A,E61Q,M104T;V91H,H16R,E16Q;V91K,D20A,M104V;H16E,V91H;V91H,D20A,M104V;H16E,V91H,M104T;H16E,V91H,E61Q,M104T;V91K,E61Q,H16E;V91K,H16R,M104L;H16E,V91H,E16Q;V91K,E61Q,H16R;D20W,V91K,E61Q;V91H,H16R;V91K,H16R;D20W,V91K,E61Q,M104T;V91K,D20A;V91H,D20A,E16Q;V91K,D20A,M104L;V91H,D20A;V91K,E61Q,D20A;V91H,M104T;V91H,M104V;V91K,E61Q;V91K,N88K,E61Q,M104T;V91K,N88K,E61Q;V91H,E61Q;V91K,N88K;D20A,H16E,M104T;D20A,M104T;H16E,N88K;D20A,M104V;D20A,M104L;H16E,M104T;H16E,M104V;N88K,M104V;N88K,E61Q;D20A,E61Q;H16R,D20A;D20W,E61Q;H16E,E61Q;H16E,M104L;N88K,M104T;D20A,H16E;D20A,H16E,E16Q;D20A,H16R,E16Q;V91K,D20W;V91A,H16A;V91A,H16D;V91A,H16E;V91A,H16S;V91E,H16A;V91E,H16D;V91E,H16E;V91E,H16S;V91K,H16A;V91K,H16D;V91K,H16S;及び/又はV91S,H16E置換、並びに配列番号1に記載されるアミノ酸配列と少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、又は100%同一のアミノ酸配列を含むヒトIL-2変異タンパク質をコードする単離核酸を含む。
また、含まれるのは、本明細書中に記載される例示的なIL-2変異タンパク質Fc融合タンパク質のいずれかをコードする単離核酸である。好ましい実施形態において、抗体のFc部分、及びヒトIL-2変異タンパク質は、場合によってはリンカーがFc領域とIL-2変異タンパク質との間にコードされて、単一のオープンリーディングフレーム内にコードされている。
別の態様において、本明細書中で提供されるのは、プロモータに作動可能に連結された、上記IL-2変異タンパク質又はIL-2変異タンパク質Fc融合タンパク質コード核酸を含む発現ベクターである。
別の態様において、本明細書中で提供されるのは、上記IL-2変異タンパク質、IL-2変異タンパク質Fc融合タンパク質、又は抗IL-2抗体をコードする単離核酸を含む宿主細胞である。宿主細胞は、大腸菌(E.coli)等の原核細胞であってもよいし、哺乳動物細胞等の真核細胞であってもよい。特定の実施形態において、宿主細胞は、チャイニーズハムスター卵巣(CHO)細胞株である。
別の態様において、本明細書中で提供されるのは、ヒトIL-2変異タンパク質を形成する方法である。当該方法は、ヒトIL-2変異タンパク質に作動可能に連結されたプロモータが発現される条件の下で、宿主細胞を培養することを含む。その後、ヒトIL-2変異タンパク質は、前記培養から収穫される。IL-2変異タンパク質は、培地及び/又は宿主細胞溶解物から収穫され得る。
別の態様において、本明細書中で提供されるのは、ヒトIL-2変異タンパク質Fc融合タンパク質を形成する方法である。当該方法は、ヒトIL-2変異タンパク質Fc融合タンパク質に作動可能に連結されたプロモータが発現される条件の下で、宿主細胞を培養することを含む。その後、ヒトIL-2変異タンパク質Fc融合タンパク質は、前記培養から収穫される。ヒトIL-2変異タンパク質Fc融合タンパク質は、培地及び/又は宿主細胞溶解物から収穫され得る。
別の態様において、本明細書中で提供されるのは、抗IL-2抗体を形成する方法である。当該方法は、抗IL-2抗体の重鎖及び軽鎖に作動可能に連結されたプロモータが発現される条件の下で、宿主細胞を培養することを含む。その後、抗IL-2抗体は、前記培養から収穫される。抗IL-2抗体は、培地及び/又は宿主細胞溶解物から収穫され得る。
医薬組成物
一部の実施形態において、本発明は、治療有効量のIL-2変異タンパク質又は抗IL-2抗体を、薬学的に有効な希釈剤、担体、可溶化剤、乳化剤、防腐剤、及び/又はアジュバントと一緒に含む医薬組成物を提供する。特定の実施形態において、IL-2変異タンパク質は、IL-2変異タンパク質Fc融合タンパク質のコンテクスト内である。本発明の医薬組成物として、液体組成物、凍結組成物、及び凍結乾燥組成物が挙げられるが、これらに限定されない。
一部の実施形態において、本発明は、治療有効量のIL-2変異タンパク質又は抗IL-2抗体を、薬学的に有効な希釈剤、担体、可溶化剤、乳化剤、防腐剤、及び/又はアジュバントと一緒に含む医薬組成物を提供する。特定の実施形態において、IL-2変異タンパク質は、IL-2変異タンパク質Fc融合タンパク質のコンテクスト内である。本発明の医薬組成物として、液体組成物、凍結組成物、及び凍結乾燥組成物が挙げられるが、これらに限定されない。
好ましくは、製剤材料は、使用される投与量及び濃度にて、レシピエントにとって非毒性である。特定の実施形態において、治療有効量のIL-2変異タンパク質含有治療分子、例えば、IL-2変異タンパク質Fc融合体を含む医薬組成物が提供される。
特定の実施形態において、医薬組成物は、組成物の、例えば、pH、オスモル濃度、粘性、透明性、色調、等張性、臭気、滅菌状態、安定性、溶解速度若しくは放出速度、吸収性、又は透過性を改変、維持、又は保存するための製剤材料を含有してよい。そのような実施形態において、適した製剤材料として、アミノ酸(グリシン、グルタミン、アスパラギン、アルギニン、プロリン、又はリシン等);抗微生物剤;抗酸化剤(アスコルビン酸、亜硫酸ナトリウム、又は亜硫酸水素ナトリウム等);緩衝液(ホウ酸、重炭酸、トリス-HCl、クエン酸、リン酸、又は他の有機酸等);増量剤(マンニトール又はグリシン等);キレート化剤(エチレンジアミン四酢酸(EDTA)等);錯化剤(カフェイン、ポリビニルピロリドン、ベータ-シクロデキストリン、又はヒドロキシプロピル-ベータ-シクロデキストリン等);充填剤;単糖、二糖、及び他の炭水化物(グルコース、マンノース、又はデキストリン等);タンパク質(血清アルブミン、ゼラチン、又は免疫グロブリン等);着色剤、香味剤、及び希釈剤;乳化剤;親水性ポリマー(ポリビニルピロリドン等);低分子量ポリペプチド;塩形成対イオン(ナトリウム等);防腐剤(塩化ベンザルコニウム、安息香酸、サリチル酸、チメロサール、フェネチルアルコール、メチルパラベン、プロピルパラベン、クロルヘキシジン、ソルビン酸、又は過酸化水素等);溶媒(グリセリン、プロピレングリコール、又はポリエチレングリコール等);糖アルコール(マンニトール又はソルビトール等);懸濁化剤;界面活性剤若しくは湿潤剤(プルロニック、PEG、ソルビタンエステル、ポリソルベート20等のポリソルベート、ポリソルベート、トリトン、トロメタミン、レシチン、コレステロール、チロキサポール等);安定性増強剤(スクロース又はソルビトール等);張度増強剤(アルカリ金属ハロゲン化物、好ましくは塩化ナトリウム又は塩化カリウム、マンニトールソルビトール等);送達ビヒクル;希釈剤;賦形剤、並びに/又は医薬アジュバントが挙げられるが、これらに限定されない。REMINGTON’S PHARMACEUTICAL SCIENCES,18”Edition,(A.R.Genrmo,ed.),1990,Mack Publishing Company参照。
特定の実施形態において、最適な医薬組成物は、例えば、意図される投与経路、送達形式、及び所望の投与量に応じて、当業者によって決定されることとなる。例えば、前掲のREMINGTON’S PHARMACEUTICAL SCIENCES参照。特定の実施形態において、そのような組成物は、本発明の抗原結合タンパク質の物理的状態、安定性、インビボでの放出速度、及びインビボでのクリアランス速度に影響し得る。特定の実施形態において、医薬組成物中の主なビヒクル又は担体は、実際は、水性又は非水性のいずれかであり得る。例えば、適したビヒクル又は担体は、注射用水、生理食塩水、又は人工脳脊髄液であり得るが、非経口投与用の組成物において一般的な他の材料が補充される可能性がある。中性緩衝生理食塩水、又は血清アルブミンを混合した生理食塩水が、更なる例示的なビヒクルである。特定の実施形態において、医薬組成物は、約pH7.0~8.5のトリス緩衝液、又は約pH4.0~5.5の酢酸塩緩衝液を含み、ソルビトール又はその適した代替物をさらに含んでよい。本発明の特定の実施形態において、Il-2変異タンパク質組成物又は抗IL-2抗体組成物は、所望の純度を有する選択された組成物を、任意選択の製剤用剤(前掲のREMINGTON’S PHARMACEUTICAL SCIENCES)と混合することによって、凍結乾燥ケーキ又は水溶液の形態での保存のために調製されてよい。さらに、特定の実施形態において、IL-2変異タンパク質又は抗IL-2抗体生成物は、スクロース等の適切な賦形剤を用いて、凍結乾燥物として製剤化されてよい。
本発明の医薬組成物は、非経口送達用に選択することができる。これ以外にも、組成物は、吸入用に、又は経口等、消化管を介した送達用に選択されてよい。そのような医薬的に許容可能な組成物の調製は、当該技術の範囲内である。製剤構成要素は、好ましくは、投与部位に許容可能な濃度で存在する。特定の実施形態において、緩衝液は、組成物を、生理学的pH又は僅かに低いpH、典型的には約5~約8のpH範囲内に維持するのに用いられる。
非経口投与が意図される場合、本発明に用いられる治療用組成物は、所望のIL-2変異タンパク質又は抗IL-2抗体組成物を、薬学的に許容されるビヒクル中に含む、発熱物質非含有の非経口的に許容される水溶液の形態で提供されてよい。非経口注射に特に適したビヒクルは、滅菌蒸留水であり、この中で変異タンパク質又は抗IL-2抗体組成物が、滅菌等張液として製剤化されて、適切に保持される。特定の実施形態において、調製は、デポ注射を介して送達することができる産物の制御放出又は持続放出を実現し得る剤、例えば注射可能なミクロスフェア、生体内分解性粒子、ポリマー性化合物(ポリ乳酸又はポリグリコール酸等)、ビーズ、又はリポソームとの所望の分子の製剤化を含み得る。特定の実施形態において、循環系における持続期間を増進する効果を有するヒアルロン酸が用いられてもよい。特定の実施形態において、移植可能な薬物送達デバイスが、IL-2変異タンパク質又は抗IL-2抗体組成物を導入するのに用いられてよい。
持続送達製剤又は制御送達製剤中にIL-2変異タンパク質組成物又は抗IL-2抗体組成物を含む製剤を含む、追加的な医薬組成物が当業者に明らかとなろう。また、種々の他の持続性又は制御性の送達手段、例えば、リポソーム担体、生体内分解性マイクロ粒子、又は多孔ビーズ、及びデポ注射を製剤化する技術が当業者に知られている。例えば、国際出願PCT/US93/00829号明細書(参照によって組み込まれる)参照。この文献では、医薬組成物を送達するための多孔性ポリマー微粒子の制御放出について記載されている。持続放出調製物は、成形物品、例えば、フィルム又はマイクロカプセルの形態の半透過性ポリマーマトリックスを含み得る。持続放出マトリックスは、ポリエステル、ヒドロゲル、ポリラクチド(米国特許第3,773,919号明細書及び欧州特許出願公開第058481号明細書に開示されており、これらの文献はそれぞれ、参照によって組み込まれる)、L-グルタミン酸及びガンマ-エチル-L-グルタマートのコポリマー(Sidman et al.,1983,Biopolymers 2:547-556)、ポリ(2-ヒドロキシエチル-メタクリラート)(Langer et al.,1981,J.Biomed.Mater.Res.15:167-277及びLanger,1982,Chem.Tech.12:98-105)、エチレン酢酸ビニル(Langer et al.,1981、前掲)又はポリ-D(-)-3-ヒドロキシ酪酸(欧州特許出願公開第133,988号明細書)を含み得る。また、持続放出組成物は、当該技術において知られている幾つかの方法のいずれかによって調製可能なリポソームを含み得る。例えば、参照によって組み込まれる、Eppstein et al.,1985,Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A.82:3688-3692;欧州特許出願公開第036,676号明細書;欧州特許出願公開第088,046号明細書、及び欧州特許出願公開第143,949号明細書参照。
インビボ投与に用いられる医薬組成物は典型的に、滅菌調製物として提供される。滅菌化は、滅菌濾過膜による濾過によって達成することができる。組成物を凍結乾燥する場合、この方法を用いる滅菌化は、凍結乾燥及び再構成の前後のいずれに実施されてもよい。非経口投与用の組成物は、凍結乾燥形態で、又は溶液中に保存することができる。非経口組成物は、一般に、滅菌アクセスポートを有するコンテナ、例えば、皮下注射針によって貫通可能なストッパーを有する、静脈注射用溶液バッグ又はバイアル中に配置される。
本発明の態様は、自己緩衝IL-2変異タンパク質製剤又は抗IL-2抗体製剤を含み、これらは、その全体が参照によって本明細書に組み込まれる国際公開第06138181(A2)号パンフレット(PCT/US2006/022599)に記載されているような医薬組成物として用いることができる。
先で考察されるように、特定の実施形態は、IL-2変異タンパク質組成物又は抗IL-2抗体組成物、特に、IL-2変異タンパク質又は抗IL-2抗体組成物に加えて、本節及び本明細書内の他の箇所に例示的に記載されているもの等の1つ以上の賦形剤を含む医薬Il-2変異タンパク質Fc融合タンパク質を提供する。賦形剤は、粘度の調整等の製剤の物理的、化学的、若しくは生物学的特性の調整、及び/又は有効性を向上させ、且つ/若しくはそのような製剤を安定化させるための本発明のプロセス、並びに、例えば製造、輸送、保管、使用前の調製、投与の間に、そしてこれらの後に生じるストレスに起因する劣化及び腐敗に対するプロセス等、広範囲の目的について、本発明に用いることができる。
タンパク質の安定化、並びにこれに関して有用な製剤材料及び方法に対して種々の説明が可能であり、例えば、Arakawa et al.,“Solvent interactions in pharmaceutical formulations”,Pharm Res.8(3):285-91(1991);Kendrick et al.“Physical stabilization of proteins in aqueous solution” in:RATIONAL DESIGN OF STABLE PROTEIN FORMULATIONS:THEORY AND PRACTICE,Carpenter and Manning,eds.Pharmaceutical Biotechnology.13:61-84(2002)、及びRandolph et al.,“Surfactant-protein interactions”,Pharm Biotechnol.13:159-75(2002)(それらの各々の全体が参照によって本明細書に組み込まれる)があり、特に、本発明に従う自己緩衝タンパク質製剤のための賦形剤及びそのプロセスに関する部分において、とりわけ、獣医学的用途及び/又はヒト医学的用途のタンパク質医薬製品及びプロセスに関して、種々の説明が可能である。
本発明の特定の実施形態に従って塩を用いて、例えば、製剤のイオン強度及び/若しくは等張性を調整し、且つ/又は本発明に従う組成物のタンパク質若しくは他の成分の溶解度及び/若しくは物理的安定性を向上させることができる。
周知の通り、イオンは、タンパク質の表面上の荷電残基に結合することによって、且つタンパク質中の荷電基及び極性基を遮蔽して、その静電気相互作用、引力、及び反発相互作用の強度を低減することによって、天然状態のタンパク質を安定化させることができる。また、イオンは、特に、タンパク質の変性ペプチド結合(--CONH)に結合することによって、変性状態のタンパク質を安定化させることができる。さらに、タンパク質中の荷電基及び極性基とのイオン相互作用は、分子間静電相互作用を低減し、それによってタンパク質の凝集及び不溶化を防止又は低減することもできる。
イオン種は、タンパク質に及ぼす効果が著しく異なる。イオン、及びタンパク質に及ぼす効果の分類上の順位付けが幾つか展開されており、これを、本発明に従う医薬組成物の製剤化に用いることができる。一例が、イオン性溶質及び極性非イオン性溶質を、溶液中のタンパク質の立体構造安定性に及ぼす効果によって順位付けするホフマイスター系列である。安定化溶質は、「コスモトロピック」と称される。不安定化溶質は、「カオトロピック」と称される。コスモトロープは、一般に、溶液からタンパク質を沈殿(「塩析」)させるために、高濃度(例えば、>1モル硫酸アンモニウム)にて用いられる。カオトロープは、一般に、タンパク質を変性且つ/又は可溶化(「塩溶」)させるために用いられる。「塩溶」且つ「塩析」するためのイオンの相対的有効性は、ホフマイスター系列におけるイオンの位置を定義する。
遊離アミノ酸は、増量剤、安定化剤、及び抗酸化剤として、そして他の標準的用途として、本発明の種々の実施形態に従うIL-2変異タンパク質製剤又は抗IL-2抗体製剤に用いることができる。リシン、プロリン、セリン、及びアラニンは、製剤中でタンパク質を安定化させるのに用いることができる。グリシンは、正確なケーキ構造及び特性を確保するのに、凍結乾燥において有用である。アルギニンは、液体及び凍結乾燥の双方の製剤において、タンパク質の凝集を阻害するのに有用であり得る。メチオニンは、抗酸化剤として有用である。
ポリオールは、糖、例えば、マンニトール、スクロース、及びソルビトール、並びに多価アルコール、例えば、グリセロール及びプロピレングリコール、並びに、本明細書中での考察を目的として、ポリエチレングリコール(PEG)及び関連物質を含む。ポリオールはコスモトロピックである。ポリオールは、液体及び凍結乾燥の双方の製剤において、タンパク質を、物理的劣化プロセス及び化学的劣化プロセスから保護するのに有用な安定化剤である。また、ポリオールは、製剤の張度を調整するのに有用である。
ポリオールの中でも、本発明の選択実施形態において有用なものはマンニトールであり、これは一般に、凍結乾燥製剤においてケーキの構造安定性を確保するのに用いられる。マンニトールは、ケーキの構造安定性を確保する。マンニトールは一般に、凍結乾燥保護剤、例えばスクロースと共に用いられる。ソルビトール及びスクロースは、好ましい薬剤の中でも、張度を調節するための、そして輸送中の凍結融解ストレス、又は製造プロセス中のバルクの調製から保護するための安定化剤として、好ましい剤である。還元糖(遊離アルデヒド基又はケトン基を含有する)、例えばグルコース及びラクトースは、表面のリジン及びアルギニン残基を糖化し得る。したがって、還元糖は、一般に、本発明に従う使用にとって好ましいポリオールには入らない。加えて、そのような反応種を形成する糖、例えばスクロースも、酸性条件下でフルクトース及びグルコースに加水分解されて、結果として糖化を生じさせる点で、本発明の好ましいポリオールには入らない。PEGは、タンパク質を安定化させるのに、且つ凍結保護物質として有用であり、この点に関して本発明に用いることができる。
IL-2変異タンパク質製剤及び/又は抗IL-2抗体製剤の実施形態はさらに、界面活性剤を含む。タンパク質分子は、表面への吸着、並びに気体-液体界面、固体-液体界面、及び液体-液体界面での変性及びその結果としての凝集の影響を受け易い場合がある。これらの効果は一般に、タンパク質濃度に反比例する。これらの有害な相互作用は、一般に、タンパク質濃度と反比例し、典型的には、例えば製品の輸送及び取扱い中に生じる物理的撹拌によって悪化する。
界面活性剤は、日常的に、表面吸着を防止する、最小限に抑える、又は低減するのに用いられる。この点に関して、本発明において有用な界面活性剤として、ポリソルベート20、ポリソルベート80、ソルビタンポリエトキシラートの他の脂肪酸エステル、及びポロキサマー188が挙げられる。
また、界面活性剤は一般に、タンパク質の立体構造安定性を制御するのに用いられる。この点に関して、界面活性剤の使用は、所与のあらゆる界面活性剤が典型的に、一部のタンパク質を安定化させ、且つその他を不安定化させることとなるため、タンパク質特異的である。
ポリソルベートは、酸化劣化の影響を受け易く、多くの場合、供給されるならば、タンパク質残基の側鎖、とりわけメチオニンの酸化を引き起こすほど十分な過酸化物量を含有している。結果として、ポリソルベートは、慎重に用いられるべきであり、用いられる場合には最低有効濃度にて使用されるべきである。この点に関して、ポリソルベートは、賦形剤が最低有効濃度で用いられるべきとする原則を例示している。
IL-2変異タンパク質製剤又は抗IL-2抗体製剤の実施形態はさらに、1つ以上の抗酸化剤を含む。医薬製剤中のタンパク質の有害な酸化は、適切なレベルの周囲酸素及び周囲温度を維持することによって、且つ光への曝露を回避することによって、ある程度まで防止することができる。抗酸化賦形剤も同様に、タンパク質の酸化劣化を防止するのに用いることができる。この点に関して有用な抗酸化剤には、還元剤、酸素/フリーラジカルスカベンジャ、及びキレート化剤がある。本発明に従う治療用タンパク質製剤に用いられる抗酸化剤は、好ましくは、水溶性であり、製品の有効期間全体を通して活性を維持する。この点に関して、EDTAが、本発明に従う好ましい抗酸化剤である。
抗酸化剤は、タンパク質を損傷する虞がある。例えば、還元剤、例えばグルタチオンは特に、分子内ジスルフィド結合を破壊する虞がある。ゆえに、本発明に用いられる抗酸化剤は、とりわけ、それ自体が製剤中のタンパク質に損傷を与える可能性を排除するか、又はその可能性を十分に低減するように選択される。
本発明に従う製剤は、タンパク質補因子であり、且つタンパク質配位錯体を形成するのに必須である金属イオン、例えば特定のインスリン懸濁液を形成するのに必須の亜鉛を含んでもよい。また、金属イオンは、タンパク質を分解する幾つかのプロセスを阻害することができる。しかしながら、金属イオンはまた、タンパク質を分解する物理的プロセス及び化学的プロセスを触媒する。
マグネシウムイオン(10~120mM)を用いて、アスパラギン酸の、イソアスパラギン酸への異性化を阻害することができる。Ca+2イオン(最大100mM)は、ヒトデオキシリボヌクレアーゼの安定性を増大させ得る。しかしながら、Mg+2、Mn+2、及びZn+2は、rhDNaseを不安定化させ得る。同様に、Ca+2及びSr+2は、第VIII因子を安定化させ得、これは、Mg+2、Mn+2及びZn+2、Cu+2及びFe+2によって不安定化し得、その凝集は、Al+3イオンによって増大し得る。
IL-2変異タンパク質製剤又は抗IL-2抗体製剤の実施形態はさらに、1つ以上の防腐剤を含む。防腐剤は、同じコンテナからの2回以上の抽出を伴う複数回用量の非経口製剤を開発する場合に、必須である。その主な機能は、薬物製品の有効期間又は使用期間の全体にわたって微生物の増殖を阻害し、且つ製品の滅菌状態を確保することである。一般に用いられる防腐剤として、ベンジルアルコール、フェノール、及びm-クレゾールが挙げられる。防腐剤は、低分子の非経口薬での使用の歴史が長いが、防腐剤を含むタンパク質製剤の開発は、困難となり得る。防腐剤はほぼ常に、タンパク質に及ぼす不安定化効果(凝集)を有しており、これが複数回用量のタンパク質製剤における使用を制限する主要な要因となっている。現在に至るまで、ほとんどのタンパク質薬物は、単回使用用でしか製剤化されていない。しかしながら、複数回用量製剤が可能である場合、患者の利便性及び市場性の増大を可能にするという利点が加わる。良い例が、保存処理された製剤の開発により、より便利な複数回使用の注射ペンの提案が製品化に至ったヒト成長ホルモン(hGH)の例である。hGHの保存処理された製剤を含有するそのような少なくとも4つのペンデバイスが、現在市場で入手可能である。Norditropin(液体、Novo Nordisk)、Nutropin AQ(液体、Genentech)、及びGenotropin(凍結乾燥-デュアルチャンバーカートリッジ、Pharmacia & Upjohn)が、フェノールを含有する一方で、Somatrope(Eli Lilly)が、m-クレゾールにより製剤化されている。
一実施形態において、IL-2変異タンパク質、又はIL-2変異タンパク質のFc-融合体、例えば本明細書中に記載されるIL-2変異タンパク質、又はIL-2変異タンパク質のFc-融合体のいずれかが、pH7.6の10mM KPi、161mM L-アルギニン中で製剤化されている。
幾つかの態様が、保存剤型の製剤化且つ開発中に考慮される必要がある。薬物製品中の有効防腐剤濃度は最適化されなければならない。これには、タンパク質安定性を損なうことなく抗微生物有効性を付与する濃度範囲の、剤型中の所与の防腐剤を試験する必要がある。
別の態様において、本発明は、IL-2変異タンパク質、又はIL-2変異タンパク質のFc融合体を、凍結乾燥製剤で提供する。凍結乾燥製品は、防腐剤なしで凍結乾燥されて、使用時に、防腐剤を含有する希釈剤により再構成することができる。これにより、防腐剤がタンパク質と接触する時間が短縮されて、付随する安定性のリスクが大幅に最小化される。液体製剤の場合、防腐剤の有効性及び安定性は、製品有効期間全体(約18~24ヶ月)にわたって維持されるべきである。注意すべき重要な点は、防腐剤の有効性が、活性薬物及び全ての賦形剤構成要素を含有する最終製剤において実証されるべきであることである。
IL-2変異タンパク質製剤は一般に、特定の投与経路及び投与方法のために、特定の投与量及び投与頻度のために、特定の疾患の特定の処置のために、とりわけバイオアベイラビリティ及び持続性の範囲で、設計されることとなる。ゆえに、製剤は、経口経路、経耳経路、経眼経路、経直腸経路、及び経膣経路が挙げられるがこれらに限定されない適切なあらゆる経路による、そして静脈内注射及び動脈内注射、筋肉内注射、及び皮下注射が挙げられる非経口経路による送達のために、本発明に従って設計され得る。
医薬組成物が製剤化されると、これは、溶液、懸濁液、ゲル、エマルジョン、固体、結晶として、又は脱水粉末若しくは凍結乾燥粉末として、滅菌バイアル中に保存され得る。そのような製剤は、即時使用形態で、又は投与前に再構成される形態(例えば凍結乾燥形態)で保存され得る。本発明はまた、単回用量投与単位を生成するためのキットを提供する。本発明のキットは各々、乾燥タンパク質を有する第1のコンテナ、及び水性製剤を有する第2のコンテナの双方を含有してよい。本発明の特定の実施形態において、シングルチャンバー及びマルチチャンバー式充填済みシリンジ(例えば、液体シリンジ及びリオシリンジ)を含有するキットが提供される。
使用されることになるIL-2変異タンパク質医薬組成物の治療有効量は、例えば、治療のコンテクスト及び目的によって決まることとなる。当業者であれば、処置に適切な投与量レベルが、送達される分子、IL-2変異タンパク質又は抗IL-2抗体が用いられている適応症、投与経路、並びに患者のサイズ(体重、体表面、又は器官サイズ)及び/又は状態(年齢及び健康状態)に部分的に応じて変動することとなることを理解するであろう。特定の実施形態において、臨床医は、最適な治療効果を得るために、投与量を力価測定し、且つ投与経路を改変してよい。典型的な投与量は、上記の要因に応じて、約0.1μg/kg~最大約1mg/kg以上に及び得る。特定の実施形態において、投与量は、0.5μg/kg~最大約100μg/kg、場合によっては2.5μg/kg~最大約50μg/kgに及び得る。
治療有効量のIL-2変異タンパク質又は抗IL-2抗体は好ましくは、疾患病徴の重症度の低下、疾患無病徴期間の頻度若しくは期間の増大、又は疾患の苦痛に起因する障害若しくは不自由の予防をもたらす。
医薬組成物は、医療デバイスを用いて投与されてよい。医薬組成物を投与するための医療デバイスの例が、米国特許第4,475,196号明細書;米国特許第4,439,196号明細書;米国特許第4,447,224号明細書;米国特許第4,447,233号明細書;米国特許第4,486,194号明細書;米国特許第4,487,603号明細書;米国特許第4,596,556号明細書;米国特許第4,790,824号明細書;米国特許第4,941,880号明細書;米国特許第5,064,413号明細書;米国特許第5,312,335号明細書;米国特許第5,312,335号明細書;米国特許第5,383,851号明細書;及び米国特許第5,399,163号明細書(全てが参照によって本明細書に組み込まれる)に記載されている。
一実施形態において、を含む医薬組成物が提供される。
自己免疫障害又は炎症性障害を処置する方法
特定の実施形態において、本発明のIL-2変異タンパク質又は抗IL-2抗体は、自己免疫障害又は炎症性障害を処置するために用いられる。好ましい実施形態において、IL-2変異タンパク質Fc融合タンパク質が用いられる。
特定の実施形態において、本発明のIL-2変異タンパク質又は抗IL-2抗体は、自己免疫障害又は炎症性障害を処置するために用いられる。好ましい実施形態において、IL-2変異タンパク質Fc融合タンパク質が用いられる。
本明細書中で開示されるIL-2変異タンパク質又は抗IL-2抗体による処置に特に適している障害として、炎症、自己免疫疾患、アトピー性疾患、腫瘍随伴性自己免疫疾患、軟骨炎症、関節炎、関節リウマチ、若年性関節炎、若年性関節リウマチ、小関節型若年性関節リウマチ、多関節型若年性関節リウマチ、全身性発症若年性関節リウマチ、若年性強直性脊椎炎、若年性腸疾患性関節炎、若年性反応性関節炎、若年性ライター症候群、SEA症候群(血清反応陰性、腱付着部症、関節症症候群)、若年性皮膚筋炎、若年性乾癬性関節炎、若年性強皮症、若年性全身性エリテマトーデス、若年性血管炎、小関節型関節リウマチ、多関節型関節リウマチ、全身性発症関節リウマチ、強直性脊椎炎、腸疾患性関節炎、反応性関節炎、ライター症候群、SEA症候群(血清反応陰性、腱付着部症、関節症症候群)、皮膚筋炎、乾癬性関節炎、強皮症、血管炎、脊髄炎、多発性筋炎、皮膚筋炎、結節性多発動脈炎、ウェゲナー肉芽腫症、動脈炎、リウマチ性多発筋痛症、サルコイドーシス、硬化症、原発性胆汁性硬化症、硬化性胆管炎、シェーグレン症候群、乾癬、尋常性乾癬、滴状乾癬、逆乾癬、膿疱性乾癬、乾癬性紅皮症、皮膚炎、アトピー性皮膚炎、アテローム性動脈硬化症、ループス、スティル病、全身性エリテマトーデス(SLE)、重症筋無力症、炎症性腸疾患(IBD)、クローン病、潰瘍性大腸炎、セリアック病、多発性硬化症(MS)、喘息、COPD、鼻副鼻腔炎、ポリープを伴う鼻副鼻腔炎、好酸球性食道炎、好酸球性気管支炎、ギラン・バレー病、I型糖尿病、甲状腺炎(例えば、グレーブス病)、アジソン病、レイノー現象、自己免疫性肝炎、GVHD、移植拒絶、腎障害、C型肝炎誘発性血管炎、及び自然流産が挙げられるが、これらに限定されない。
好ましい実施形態において、自己免疫障害又は炎症性障害は、ループス、移植片対宿主病、C型肝炎誘発性血管炎、I型糖尿病、多発性硬化症、自然流産、アトピー性疾患、及び炎症性腸疾患である。
別の実施形態において、自己免疫障害又は炎症性障害を患う、又は発症するリスクのある患者は、IL-2変異タンパク質又は抗IL-2抗体(例えば、本明細書中で開示されるIL-2変異タンパク質、例えば、本明細書中で開示されるようなIL-2変異タンパク質Fc融合体、又は、場合によっては本明細書中に記載されるタイプのFc融合分子の一部としての、当該技術において知られている別のIL-2変異タンパク質若しくは野生型IL-2)により処置されて、当該処置に対する患者の応答がモニターされる。モニターされる患者の応答は、処置に対する患者の検出可能又は測定可能ないかなる応答であっても、そのような応答のいかなる組合せであってもよい。例えば、応答は、患者の生理学的状態、例えば、体温若しくは発熱、欲望、発汗、頭痛、嘔気、疲労、空腹、口渇、知力等の変化であり得る。これ以外にも、応答は、例えば、患者から採取した末梢血の試料中の細胞型又は遺伝子産物(例えば、タンパク質、ペプチド、又は核酸)の量の変化であり得る。一実施形態において、患者の処置レジメンは、患者が処置に対する検出可能若しくは測定可能な応答を有するならば、又はそのような応答が特定の閾値を超えるならば、変更される。この変更は、投薬頻度の減少若しくは増大、又は1回用量あたりに投与されるIL-2変異タンパク質若しくは抗IL-2抗体の量の減少若しくは増大、又は投薬の「休止」(すなわち、特定の期間、又は処置を行う医師が処置を継続すべきであると決定するまで、又はモニターされる患者の応答が処置を再開すべき、若しくは再開できると示すまでのいずれかの、一時的な処置の中断)、又は処置の終了であり得る。一実施形態において、応答は、患者の体温又はCRPレベルの変化である。例えば、応答は、患者の体温上昇、若しくは末梢血の試料中のCRPレベルの増大、又はそれらの双方であり得る。特定の一実施形態において、患者の処置は、処置過程中に患者の体温が少なくとも0.1、0.2、0.3、0.4、0.5、0.7、1、1.5、2、又は2.5℃上昇するならば、引き下げられる、一時中断される、又は終了する。別の特定の実施形態において、患者の処置は、処置過程中に患者の末梢血の試料中のCRPの濃度が少なくとも0.1、0.2、0.3、0.4、0.5、0.7、1、1.5、又は2mg/mL増大するならば、引き下げられる、一時中断される、又は終了する。処置を改変する、引き下げる、一時中断する、又は終了するかを決定する際にモニターされ、且つ用いられ得る他の患者反応として、毛細管漏出症候群(低血圧及び心血管不安定)の発症若しくは悪化、好中球機能障害(例えば、感染症の発症又は悪化が生じる、又は検出される)、血小板減少症、血栓性血管症、注射部位反応、血管炎(C型肝炎ウイルス血管炎等)、又は炎症病徴若しくは疾患が挙げられる。処置を改変する、引き下げる、増大させる、一時中断する、又は終了するかを決定する際にモニターされ、且つ用いられ得る更なる患者反応として、NK細胞、Treg細胞、FOXP3-CD4T細胞、FOXP3+CD4T細胞、FOXP3-CD8T細胞、又は好酸球の数の増大が挙げられる。これらの細胞型の増大は、例えば、末梢血の単位あたりのそのような細胞の数の増大として(例えば、血液1ミリリットルあたりの細胞の増大として表される)、又はそのような細胞型の、血液試料中の別の細胞型と比較したパーセンテージの増大として検出することができる。モニターされ得る別の患者反応は、患者の末梢血の試料中のCD25+細胞上の細胞表面結合したIL-2変異タンパク質又は抗IL-2抗体の量の増大である。
Treg細胞を増殖させる方法
IL-2変異タンパク質、抗IL-2抗体、又はIL-2変異タンパク質Fc融合タンパク質は、対象又は試料内のTreg細胞を増殖させるのに用いられてよい。本明細書中で提供されるのは、Tregの、非制御性T細胞に対する比率を増大させる方法である。本方法は、T細胞の集団を、有効量のヒトIL-2変異タンパク質、抗IL-2抗体、又はIL-2変異タンパク質Fc融合体と接触させることを含む。当該比率は、T細胞の集団内のCD3+FOXP3+細胞の、CD3+FOXP3-細胞に対する比率を求めることによって測定され得る。ヒト血液中の典型的なTreg頻度は、総CD4+CD3+T細胞の5~10%である。しかしながら、先で列挙される疾患において、このパーセンテージは、より低い場合もより高い場合もある。好ましい実施形態において、Tregのパーセンテージは、少なくとも10%、少なくとも20%、少なくとも30%、少なくとも40%、少なくとも50%、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも80%、少なくとも90%、少なくとも100%、少なくとも200%、少なくとも300%、少なくとも400%、少なくとも500%、少なくとも600%、少なくとも700%、少なくとも800%、少なくとも900%、又は少なくとも1000%増大する。Tregの最大増大倍率は、特定の疾患毎に変動し得る;しかしながら、IL-2変異タンパク質処置により得られる可能性のある最大Treg頻度は、総CD4+CD3+T細胞の50%又は60%である。特定の実施形態において、IL-2変異タンパク質、抗IL-2抗体、又はIL-2変異タンパク質Fc融合タンパク質が対象に投与されると、対象の末梢血内の制御性T細胞(Treg)の、非制御性T細胞に対する比率が増大する。
IL-2変異タンパク質、抗IL-2抗体、又はIL-2変異タンパク質Fc融合タンパク質は、対象又は試料内のTreg細胞を増殖させるのに用いられてよい。本明細書中で提供されるのは、Tregの、非制御性T細胞に対する比率を増大させる方法である。本方法は、T細胞の集団を、有効量のヒトIL-2変異タンパク質、抗IL-2抗体、又はIL-2変異タンパク質Fc融合体と接触させることを含む。当該比率は、T細胞の集団内のCD3+FOXP3+細胞の、CD3+FOXP3-細胞に対する比率を求めることによって測定され得る。ヒト血液中の典型的なTreg頻度は、総CD4+CD3+T細胞の5~10%である。しかしながら、先で列挙される疾患において、このパーセンテージは、より低い場合もより高い場合もある。好ましい実施形態において、Tregのパーセンテージは、少なくとも10%、少なくとも20%、少なくとも30%、少なくとも40%、少なくとも50%、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも80%、少なくとも90%、少なくとも100%、少なくとも200%、少なくとも300%、少なくとも400%、少なくとも500%、少なくとも600%、少なくとも700%、少なくとも800%、少なくとも900%、又は少なくとも1000%増大する。Tregの最大増大倍率は、特定の疾患毎に変動し得る;しかしながら、IL-2変異タンパク質処置により得られる可能性のある最大Treg頻度は、総CD4+CD3+T細胞の50%又は60%である。特定の実施形態において、IL-2変異タンパク質、抗IL-2抗体、又はIL-2変異タンパク質Fc融合タンパク質が対象に投与されると、対象の末梢血内の制御性T細胞(Treg)の、非制御性T細胞に対する比率が増大する。
また、IL-2変異タンパク質、抗IL-2抗体、及びIL-2変異タンパク質Fc融合タンパク質は、他の細胞型よりもTregを優先的に増殖させるので、対象の末梢血内の制御性T細胞(Treg)の、ナチュラルキラー(NK)細胞に対する比率を増大させるのに有用である。当該比率は、CD3+FOXP3+細胞の、CD19-及びCD3-であるCD16+及び/又はCD56+リンパ球に対する比率を求めることによって測定され得る。
IL-2変異タンパク質、抗IL-2抗体、又はIL-2変異タンパク質Fc融合タンパク質は、患者の末梢血内のTregの、非制御性T細胞又はNK細胞に対する比率を有意に増殖させることなく、患者内の疾患又は障害に及ぼす治療効果を有し得ると考えられる。治療効果は、IL-2変異タンパク質、抗IL-2抗体、又はIL-2変異タンパク質Fc融合タンパク質の、炎症又は自己免疫の部位での局在化された活性に起因し得る。
実際の、且つ予測の双方の以下の実施例は、本発明の具体的な実施形態又は特徴を説明する目的で提供されており、その範囲を限定することは意図されていない。
実施例1-IL-2変異タンパク質のpSTAT5シグナル伝達
IL-2変異タンパク質を、相対的pSTAT5活性化について調査した。Treg:Teffウィンドウを増強する、すなわち、Treg細胞において高いレベルの活性を保持する一方、Teff細胞において有意な減弱化を示す変異タンパク質を識別するように、活性スクリーンを設計した。活性化されたTeff細胞は、高いレベルのCD25を発現し、そして自己免疫疾患及び炎症性疾患を患う患者は、当該細胞の数が上昇するので、発明者らは、Teff細胞上でのCD25+-ゲーティングを用いて、患者におけるCD25発現のより現実的な分化を模倣した。IL-2変異タンパク質の活性を、FACSベースのアッセイによって測定した細胞内でのリン光体-STAT5応答によって評価した。手短に言うと、以前に凍結したヒトPBMCを解凍して、完全培地中に0.5~2時間静置した。細胞を、500万~1000万細胞/mlにて懸濁させて、96ウェルディープウェルプレート内に、1ウェルあたり100μl(ウェルあたり50万~100万細胞)にてアリコートした。細胞を、IL-2変異タンパク質で、10μlの最終容量の1nM~200nMに及ぶ10×用量滴定にて30分間刺激した。STAT5リン酸化のレベルを、BD phosflow緩衝液キットを用いて測定した。手短に言うと、1mlのBD lyse/fix phosflow緩衝液を加えて、刺激を停止した。細胞を、37℃にて10~15分間固定して、氷上で1×BD phosflow perm緩衝液により透過化処理してから、CD3、CD4、CD25、FOXP3、CD8、及びpSTAT5について染色した。PBMCの2人のドナーの結果を、以下の表2に示す。
IL-2変異タンパク質を、相対的pSTAT5活性化について調査した。Treg:Teffウィンドウを増強する、すなわち、Treg細胞において高いレベルの活性を保持する一方、Teff細胞において有意な減弱化を示す変異タンパク質を識別するように、活性スクリーンを設計した。活性化されたTeff細胞は、高いレベルのCD25を発現し、そして自己免疫疾患及び炎症性疾患を患う患者は、当該細胞の数が上昇するので、発明者らは、Teff細胞上でのCD25+-ゲーティングを用いて、患者におけるCD25発現のより現実的な分化を模倣した。IL-2変異タンパク質の活性を、FACSベースのアッセイによって測定した細胞内でのリン光体-STAT5応答によって評価した。手短に言うと、以前に凍結したヒトPBMCを解凍して、完全培地中に0.5~2時間静置した。細胞を、500万~1000万細胞/mlにて懸濁させて、96ウェルディープウェルプレート内に、1ウェルあたり100μl(ウェルあたり50万~100万細胞)にてアリコートした。細胞を、IL-2変異タンパク質で、10μlの最終容量の1nM~200nMに及ぶ10×用量滴定にて30分間刺激した。STAT5リン酸化のレベルを、BD phosflow緩衝液キットを用いて測定した。手短に言うと、1mlのBD lyse/fix phosflow緩衝液を加えて、刺激を停止した。細胞を、37℃にて10~15分間固定して、氷上で1×BD phosflow perm緩衝液により透過化処理してから、CD3、CD4、CD25、FOXP3、CD8、及びpSTAT5について染色した。PBMCの2人のドナーの結果を、以下の表2に示す。
実施例2-IL-2変異タンパク質の安定性
DSC Tm測定の分子評価アッセイを、SECクロマトグラフィによって測定した40℃10日の安定性と共に、安定した、製造容易性の潜在性が良好な分子の選択について試験した。10日後のMP%の結果を図1に示す。
DSC Tm測定の分子評価アッセイを、SECクロマトグラフィによって測定した40℃10日の安定性と共に、安定した、製造容易性の潜在性が良好な分子の選択について試験した。10日後のMP%の結果を図1に示す。
実施例3-ヒトIL-2変異タンパク質の減弱化
減弱化ヒトIL-2変異タンパク質を、マウス脾細胞における活性について、インビトロpSTAT5アッセイで評価した。発明者らは、マウス免疫細胞上の選択された変異タンパク質の活性を、マウス脾細胞pSTAT5アッセイで確認した(図2)。示すのは、3つの減弱化変異タンパク質、H16R、V91K D20A M104V、D20W、及び対照、野生型ヒトIL-2.Fc、組換えヒトIL-2、並びに組換えマウスIL-2についての用量滴定曲線である。マウス脾細胞を、滴定濃度の変異タンパク質を含有する培地中で30分間刺激して、FACSによって分析した。変異タンパク質は、ヒトTreg細胞内で実証したように、マウスTreg細胞内で類似した順位の活性を実証した(すなわち、WT>H16R>V91K D20A M104V>D20W)。順位は、エフェクタT細胞についても同様に類似していた。
減弱化ヒトIL-2変異タンパク質を、マウス脾細胞における活性について、インビトロpSTAT5アッセイで評価した。発明者らは、マウス免疫細胞上の選択された変異タンパク質の活性を、マウス脾細胞pSTAT5アッセイで確認した(図2)。示すのは、3つの減弱化変異タンパク質、H16R、V91K D20A M104V、D20W、及び対照、野生型ヒトIL-2.Fc、組換えヒトIL-2、並びに組換えマウスIL-2についての用量滴定曲線である。マウス脾細胞を、滴定濃度の変異タンパク質を含有する培地中で30分間刺激して、FACSによって分析した。変異タンパク質は、ヒトTreg細胞内で実証したように、マウスTreg細胞内で類似した順位の活性を実証した(すなわち、WT>H16R>V91K D20A M104V>D20W)。順位は、エフェクタT細胞についても同様に類似していた。
実施例4-マウスにおけるヒトIL-2変異タンパク質のインビボ活性
C57Bl6マウスに、PBS(ビヒクル対照)、野生型IL-2-Fc、V91K D20A M104V、H16R、又はD20Wの単回用量を0日目に与えて、4日目に、脾細胞を収集して、Treg細胞、CD8 T細胞、及びNK細胞に及ぼす効果について分析した。25μgのみ与えたD20W以外は、3つの用量(マウス1頭あたり1μg、5μg、又は25μg)を評価した。総ゲーテッド生細胞における、CD4+CD25+FoxP3+細胞によって定義されるTreg細胞のパーセンテージを(A)に示し、そしてTreg細胞(B)、CD8 T細胞(C)、及びNK細胞(D)の算出した総数を示す。図3に示すように、野生型IL-2、H16R、及びV91K D20A M104Vは、Treg細胞の有意な用量依存的インビボ増殖を誘導した。2つの変異タンパク質、H16R及びV91K D20A M104Vは、驚くべきことに、野生型IL-2.Fcと類似するか、又はさらに大きな程度まで、Treg細胞上でのロバストな活性を示した。これに対し、H16RもV91K D20A M104Vも、野生型IL-2.Fcと比較して、CD8 T細胞又はNK細胞上での有意な活性を実証しなかった。これらの結果は、インビトロでのpSTAT5リードアウトによって測定される活性の有意な減弱化にも拘わらず、減弱化変異タンパク質が、ロバストなTreg応答をインビボ誘導する一方で、最小のCD8 T及びNK細胞応答を誘導する能力を保持することを実証している。ゆえに、減弱化は不相応に、Treg:非Tregインビボ選択性に影響を与える。
C57Bl6マウスに、PBS(ビヒクル対照)、野生型IL-2-Fc、V91K D20A M104V、H16R、又はD20Wの単回用量を0日目に与えて、4日目に、脾細胞を収集して、Treg細胞、CD8 T細胞、及びNK細胞に及ぼす効果について分析した。25μgのみ与えたD20W以外は、3つの用量(マウス1頭あたり1μg、5μg、又は25μg)を評価した。総ゲーテッド生細胞における、CD4+CD25+FoxP3+細胞によって定義されるTreg細胞のパーセンテージを(A)に示し、そしてTreg細胞(B)、CD8 T細胞(C)、及びNK細胞(D)の算出した総数を示す。図3に示すように、野生型IL-2、H16R、及びV91K D20A M104Vは、Treg細胞の有意な用量依存的インビボ増殖を誘導した。2つの変異タンパク質、H16R及びV91K D20A M104Vは、驚くべきことに、野生型IL-2.Fcと類似するか、又はさらに大きな程度まで、Treg細胞上でのロバストな活性を示した。これに対し、H16RもV91K D20A M104Vも、野生型IL-2.Fcと比較して、CD8 T細胞又はNK細胞上での有意な活性を実証しなかった。これらの結果は、インビトロでのpSTAT5リードアウトによって測定される活性の有意な減弱化にも拘わらず、減弱化変異タンパク質が、ロバストなTreg応答をインビボ誘導する一方で、最小のCD8 T及びNK細胞応答を誘導する能力を保持することを実証している。ゆえに、減弱化は不相応に、Treg:非Tregインビボ選択性に影響を与える。
実施例5-IL-2変異タンパク質のpSTAT5シグナル伝達
IL-2変異タンパク質を、相対的pSTAT5活性化について調査した。Treg:Teffウィンドウを増強する、すなわち、Treg細胞において高いレベルの活性を保持する一方、Teff細胞において有意な減弱化を示す変異タンパク質を識別するように、活性スクリーンを設計した。活性化されたTeff細胞は、高いレベルのCD25を発現し、そして自己免疫疾患及び炎症性疾患を患う患者は、当該細胞の数が上昇するので、発明者らは、Teff細胞上でのCD25+-ゲーティングを用いて、患者におけるCD25発現のより現実的な分化を模倣した。IL-2変異タンパク質の活性を、FACSベースのアッセイによって測定した細胞内でのリン光体-STAT5応答によって評価した。手短に言うと、以前に凍結したヒトPBMCを解凍して、完全培地中に0.5~2時間静置した。細胞を、500万~1000万細胞/mlにて懸濁させて、96ウェルディープウェルプレート内に、1ウェルあたり100μl(ウェルあたり50万~100万細胞)にてアリコートした。細胞を、IL-2変異タンパク質で、10μlの最終容量の0.4nM~25nMに及ぶ10×用量滴定にて30分間刺激した。STAT5リン酸化のレベルを、BD phosflow緩衝液キットを用いて測定した。手短に言うと、1mlのBD lyse/fix phosflow緩衝液を加えて、刺激を停止した。細胞を、37℃にて10~15分間固定して、氷上で1×BD phosflow perm緩衝液により透過化処理してから、CD3、CD4、CD25、FOXP3、CD8、及びpSTAT5について染色した。PBMCの2人のドナーの結果を、以下の表3に示す。
IL-2変異タンパク質を、相対的pSTAT5活性化について調査した。Treg:Teffウィンドウを増強する、すなわち、Treg細胞において高いレベルの活性を保持する一方、Teff細胞において有意な減弱化を示す変異タンパク質を識別するように、活性スクリーンを設計した。活性化されたTeff細胞は、高いレベルのCD25を発現し、そして自己免疫疾患及び炎症性疾患を患う患者は、当該細胞の数が上昇するので、発明者らは、Teff細胞上でのCD25+-ゲーティングを用いて、患者におけるCD25発現のより現実的な分化を模倣した。IL-2変異タンパク質の活性を、FACSベースのアッセイによって測定した細胞内でのリン光体-STAT5応答によって評価した。手短に言うと、以前に凍結したヒトPBMCを解凍して、完全培地中に0.5~2時間静置した。細胞を、500万~1000万細胞/mlにて懸濁させて、96ウェルディープウェルプレート内に、1ウェルあたり100μl(ウェルあたり50万~100万細胞)にてアリコートした。細胞を、IL-2変異タンパク質で、10μlの最終容量の0.4nM~25nMに及ぶ10×用量滴定にて30分間刺激した。STAT5リン酸化のレベルを、BD phosflow緩衝液キットを用いて測定した。手短に言うと、1mlのBD lyse/fix phosflow緩衝液を加えて、刺激を停止した。細胞を、37℃にて10~15分間固定して、氷上で1×BD phosflow perm緩衝液により透過化処理してから、CD3、CD4、CD25、FOXP3、CD8、及びpSTAT5について染色した。PBMCの2人のドナーの結果を、以下の表3に示す。
Claims (80)
- 配列番号1に記載されるアミノ酸配列と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含むヒトインターロイキン-2(IL-2)変異タンパク質であって、V91K,D20L;D84R,E61Q;V91K,D20A,E61Q,M104T;N88K,M104L;V91H,M104L;V91K,H16E,M104V;V91K,H16R,M104V;V91K,H16R,M104T;V91K,D20A,M104T;V91K,H16E,M104T;V91K,H16E,E61Q,M104T;V91K,H16R,E61Q,M104T;V91K,H16E;V91H,D20A,M104T;H16E,V91H,M104V;V91H,D20A,E61Q,M104T;V91H,H16R,E16Q;V91K,D20A,M104V;H16E,V91H;V91H,D20A,M104V;H16E,V91H,M104T;H16E,V91H,E61Q,M104T;V91K,E61Q,H16E;V91K,H16R,M104L;H16E,V91H,E16Q;V91K,E61Q,H16R;D20W,V91K,E61Q;V91H,H16R;V91K,H16R;D20W,V91K,E61Q,M104T;V91K,D20A;V91H,D20A,E16Q;V91K,D20A,M104L;V91H,D20A;V91K,E61Q,D20A;V91H,M104T;V91H,M104V;V91K,E61Q;V91K,N88K,E61Q,M104T;V91K,N88K,E61Q;V91H,E61Q;V91K,N88K;D20A,H16E,M104T;D20A,M104T;H16E,N88K;D20A,M104V;D20A,M104L;H16E,M104T;H16E,M104V;N88K,M104V;N88K,E61Q;D20A,E61Q;H16R,D20A;D20W,E61Q;H16E,E61Q;H16E,M104L;N88K,M104T;D20A,H16E;D20A,H16E,E16Q;D20A,H16R,E16Q;V91K,D20W;V91A,H16A;V91A,H16D;V91A,H16E;V91A,H16S;V91E,H16A;V91E,H16D;V91E,H16E;V91E,H16S;V91K,H16A;V91K,H16D;V91K,H16S;又はV91S,H16Eの1つ以上の変異を有しており、他のT細胞と比較して、制御性T細胞を優先的に刺激する、ヒトIL-2変異タンパク質。
- さらに、NK細胞と比較して、制御性T細胞を優先的に刺激する、請求項1に記載のヒトIL-2変異タンパク質。
- 配列番号1に記載されるアミノ酸配列と少なくとも95%同一である、請求項1に記載のヒトIL-2変異タンパク質。
- 配列番号1に記載されるアミノ酸配列と少なくとも99%同一である、請求項1に記載のヒトIL-2変異タンパク質。
- 前記変異タンパク質のアミノ酸配列は、配列番号1に記載されるアミノ酸配列と、C125Aについて、及び変異V91K,D20L;D84R,E61Q;V91K,D20A,E61Q,M104T;N88K,M104L;V91H,M104L;V91K,H16E,M104V;V91K,H16R,M104V;V91K,H16R,M104T;V91K,D20A,M104T;V91K,H16E,M104T;V91K,H16E,E61Q,M104T;V91K,H16R,E61Q,M104T;V91K,H16E;V91H,D20A,M104T;H16E,V91H,M104V;V91H,D20A,E61Q,M104T;V91H,H16R,E16Q;V91K,D20A,M104V;H16E,V91H;V91H,D20A,M104V;H16E,V91H,M104T;H16E,V91H,E61Q,M104T;V91K,E61Q,H16E;V91K,H16R,M104L;H16E,V91H,E16Q;V91K,E61Q,H16R;D20W,V91K,E61Q;V91H,H16R;V91K,H16R;D20W,V91K,E61Q,M104T;V91K,D20A;V91H,D20A,E16Q;V91K,D20A,M104L;V91H,D20A;V91K,E61Q,D20A;V91H,M104T;V91H,M104V;V91K,E61Q;V91K,N88K,E61Q,M104T;V91K,N88K,E61Q;V91H,E61Q;V91K,N88K;D20A,H16E,M104T;D20A,M104T;H16E,N88K;D20A,M104V;D20A,M104L;H16E,M104T;H16E,M104V;N88K,M104V;N88K,E61Q;D20A,E61Q;H16R,D20A;D20W,E61Q;H16E,E61Q;H16E,M104L;N88K,M104T;D20A,H16E;D20A,H16E,E16Q;D20A,H16R,E16Q;V91K,D20W;V91A,H16A;V91A,H16D;V91A,H16E;V91A,H16S;V91E,H16A;V91E,H16D;V91E,H16E;V91E,H16S;V91K,H16A;V91K,H16D;V91K,H16S;又はV91S,H16Eについて異なる、請求項1~4のいずれか一項に記載のヒトIL-2変異タンパク質。
- 実施例1のプロトコールを用いて、1nM IL-2処理時のエフェクタT細胞のpSTAT活性化が30%未満である、請求項1~5のいずれか一項に記載のヒトIL-2変異タンパク質。
- 実施例1のプロトコールを用いて、1nM IL-2処理時のエフェクタT細胞のpSTAT活性化が30%未満であり、且つ制御性T細胞のpSTAT活性化が40%超である、請求項1~5のいずれか一項に記載のヒトIL-2変異タンパク質。
- 実施例1のプロトコールを用いて、1nM IL-2処理時の制御性T細胞のpSTAT活性化が40%超である、請求項1~5のいずれか一項に記載のヒトIL-2変異タンパク質。
- さらに、実施例2のプロトコールを用いて、安定性が30%超である、請求項1~8のいずれか一項に記載のヒトIL-2変異タンパク質。
- Fc及び請求項1~9のいずれか一項に記載のヒトIL-2変異タンパク質を含むFc融合タンパク質。
- 前記FcはヒトIgG1 Fcである、請求項10に記載のFc融合タンパク質。
- 前記ヒトIgG1 Fcは、前記Fcのエフェクタ機能を変更する1つ以上の変異を含む、請求項11に記載のFc融合タンパク質。
- 前記ヒトIgG1は、N297での置換を含む、請求項12に記載のFc融合タンパク質。
- N297での前記置換はN297Gである、請求項13に記載のFc融合タンパク質。
- 前記ヒトIgG FcのC末端リジンの置換又は欠失を含む、請求項11~14のいずれか一項に記載のFc融合タンパク質。
- 前記ヒトIgG Fcの前記C末端リジンは欠失している、請求項15に記載のFc融合タンパク質。
- リンカーが、前記タンパク質のFc部分とヒトIL-2変異タンパク質部分とを連結している、請求項11~16のいずれか一項に記載のFc融合タンパク質。
- 前記リンカーは、GGGGS(配列番号5)、GGNGT(配列番号6)、又はYGNGT(配列番号7)である、請求項17に記載のFc融合タンパク質。
- 前記リンカーは、GGGGS(配列番号5)である、請求項18に記載のFc融合タンパク質。
- 前記IL-2変異タンパク質はさらに、哺乳動物細胞内で発現される場合、前記Fc融合タンパク質のグリコシル化を変更するアミノ酸の付加、置換、又は欠失を含む、請求項11~19のいずれか一項に記載のFc融合タンパク質。
- 前記IL-2変異タンパク質は、T3置換を含む、請求項20に記載のFc融合タンパク質。
- 前記IL-2変異タンパク質は、T3N置換又はT3A置換を含む、請求項21に記載のFc融合タンパク質。
- 前記IL-2変異タンパク質は、T3N置換を含む、請求項22に記載のFc融合タンパク質。
- 前記IL-2変異タンパク質はさらに、S5変異を含む、請求項23に記載のFc融合タンパク質。
- 前記IL-2変異タンパク質はさらに、S5T変異を含む、請求項24に記載のFc融合タンパク質。
- Fc二量体を含む、請求項11~25のいずれか一項に記載のFc融合タンパク質。
- 2つのIL-2変異タンパク質を含む、請求項26に記載のFc融合タンパク質。
- 単一のIL-2変異タンパク質を含む、請求項26に記載のFc融合タンパク質。
- 請求項1~9のいずれか一項に記載のヒトIL-2変異タンパク質をコードする単離核酸。
- 抗体のFc部分及び請求項1~9のいずれか一項に記載のヒトIL-2変異タンパク質をコードする単離核酸。
- 抗体の前記Fc部分、及び前記ヒトIL-2変異タンパク質は、単一のオープンリーディングフレーム内にコードされている、請求項30に記載の単離核酸。
- 前記FcはヒトIgG1 Fcである、請求項30又は31に記載の単離核酸。
- 前記ヒトIgG1 Fcは、前記Fcのエフェクタ機能を変更する1つ以上の変異を含む、請求項32に記載の単離核酸。
- 前記ヒトIgG1は、N297での置換を含む、請求項33に記載の単離核酸。
- N297での前記置換はN297Gである、請求項34に記載の単離核酸。
- 前記ヒトIgG FcのC末端リジンの置換又は欠失をコードしている、請求項32~35のいずれか一項に記載の単離核酸。
- 前記ヒトIgG Fcの前記C末端リジンは欠失している、請求項36に記載の単離核酸。
- 抗体の前記Fc部分と前記ヒトIL-2変異タンパク質とを連結するリンカーをさらにコードしている、請求項30~37のいずれか一項に記載の単離核酸。
- 前記リンカーは、GGGGS(配列番号5)、GGNGT(配列番号6)、又はYGNGT(配列番号7)である、請求項38に記載の単離核酸。
- 前記リンカーはGGGGS(配列番号5)である、請求項39に記載の単離核酸。
- 前記IL-2変異タンパク質はさらに、哺乳動物細胞内で発現される場合、前記IL-2変異タンパク質を含むタンパク質のグリコシル化を変更するアミノ酸の付加、置換、又は欠失を含む、請求項30~40のいずれか一項に記載の単離核酸。
- 前記IL-2変異タンパク質はT3置換を含む、請求項41に記載の単離核酸。
- 前記IL-2変異タンパク質は、T3N置換又はT3A置換を含む、請求項42に記載の単離核酸。
- 前記IL-2変異タンパク質はT3N置換を含む、請求項43に記載の単離核酸。
- 前記IL-2変異タンパク質はさらにS5変異を含む、請求項44に記載の単離核酸。
- 前記IL-2変異タンパク質はさらにS5T変異を含む、請求項45に記載の単離核酸。
- プロモータに作動可能に連結された、請求項29~46のいずれか一項に記載の単離核酸を含む発現ベクター。
- 請求項29~46のいずれか一項に記載の単離核酸を含む宿主細胞。
- 前記単離核酸は、プロモータに作動可能に連結されている、請求項48に記載の宿主細胞。
- 原核細胞である、請求項48又は49に記載の宿主細胞。
- 大腸菌(E.coli)である、請求項50に記載の宿主細胞。
- 真核細胞である、請求項48又は49に記載の宿主細胞。
- 哺乳動物細胞である、請求項52に記載の宿主細胞。
- チャイニーズハムスター卵巣(CHO)細胞株である、請求項53に記載の宿主細胞。
- ヒトIL-2変異タンパク質を形成する方法であって、請求項49~54のいずれか一項に記載の宿主細胞を、前記プロモータが発現される条件の下で培養することと、前記培養から前記ヒトIL-2変異タンパク質を収穫することとを含む方法。
- Fc融合タンパク質を形成する方法であって、請求項49~54のいずれか一項に記載の宿主細胞を、前記プロモータが発現される条件の下で培養することと、前記培養から前記Fc融合タンパク質を収穫することとを含む方法。
- T細胞の集団内の制御性T細胞(Treg)の、非制御性T細胞に対する比率を増大させる方法であって、T細胞の前記集団を、有効量の、請求項1~9のいずれか一項に記載のヒトIL-2変異タンパク質と接触させることを含む方法。
- CD3+FoxP3+細胞の、CD3+FoxP3-細胞に対する比率が増大する、請求項57に記載の方法。
- CD3+FoxP3+細胞の、CD3+FoxP3-細胞に対する前記比率は、少なくとも50%増大する、請求項58に記載の方法。
- T細胞の集団内の制御性T細胞(Treg)の、非制御性T細胞に対する比率を増大させる方法であって、T細胞の前記集団を、有効量の、請求項10~28のいずれか一項に記載のFc融合タンパク質と接触させることを含む方法。
- CD3+FoxP3+細胞の、CD3+FoxP3-細胞に対する比率が増大する、請求項60に記載の方法。
- CD3+FoxP3+細胞の、CD3+FoxP3-細胞に対する前記比率は、少なくとも50%増大する、請求項61に記載の方法。
- 対象の末梢血中内の制御性T細胞(Treg)の、非制御性T細胞に対する比率を増大させる方法であって、有効量の、請求項1~9のいずれか一項に記載のヒトIL-2変異タンパク質を投与することを含む方法。
- CD3+FoxP3+細胞の、CD3+FoxP3-細胞に対する比率が増大する、請求項63に記載の方法。
- CD3+FoxP3+細胞の、CD3+FoxP3-細胞に対する前記比率は、少なくとも50%増大する、請求項64に記載の方法。
- 対象の末梢血内の制御性T細胞(Treg)の、非制御性T細胞に対する比率を増大させる方法であって、有効量の、請求項10~28のいずれか一項に記載のFc融合タンパク質を投与することを含む方法。
- CD3+FoxP3+細胞の、CD3+FoxP3-細胞に対する比率が増大する、請求項66に記載の方法。
- CD3+FoxP3+細胞の、CD3+FoxP3-細胞に対する前記比率は、少なくとも50%増大する、請求項67に記載の方法。
- 対象の末梢血内の制御性T細胞(Treg)の、ナチュラルキラー(NK)細胞に対する比率を増大させる方法であって、有効量の、請求項1~9のいずれか一項に記載のヒトIL-2変異タンパク質を投与することを含む方法。
- CD3+FoxP3+細胞の、CD56及び/又はCD16を発現するCD3-CD19-リンパ球に対する比率が増大する、請求項69に記載の方法。
- CD3+FoxP3+細胞の、CD56及び/又はCD16を発現するCD3-CD19-リンパ球に対する前記比率は、少なくとも50%増大する、請求項70に記載の方法。
- 対象の末梢血内の制御性T細胞(Treg)の、ナチュラルキラー(NK)細胞に対する比率を増大させる方法であって、有効量の、請求項10~28のいずれか一項に記載のFc融合タンパク質を投与することを含む方法。
- CD3+FoxP3+細胞の、CD56及び/又はCD16を発現するCD3-CD19-リンパ球に対する比率が増大する、請求項72に記載の方法。
- CD3+FoxP3+細胞の、CD56及び/又はCD16を発現するCD3-CD19-リンパ球に対する前記比率は、少なくとも50%増大する、請求項73に記載の方法。
- 炎症性疾患又は自己免疫疾患を患う対象を処置する方法であって、前記対象に、治療有効量の、請求項1~9のいずれか一項に記載のIL-2変異タンパク質を投与することを含む方法。
- 炎症性疾患又は自己免疫疾患を患う対象を処置する方法であって、前記対象に、治療有効量の、請求項10~25のいずれか一項に記載のFc融合タンパク質を投与することを含む方法。
- 請求項75又は76に記載の炎症性疾患又は自己免疫疾患を患う対象を処置する方法であって、投与により、前記疾患の少なくとも1つの病徴の軽減が引き起こされる方法。
- 対象の末梢血内の制御性T細胞(Treg)の、非制御性T細胞に対する比率が、前記投与後に増大する、請求項77に記載の方法。
- 対象の末梢血内の制御性T細胞(Treg)の、非制御性T細胞に対する比率が、前記投与後も本質的に同じままである、請求項77に記載の方法。
- 前記炎症性疾患又は前記自己免疫疾患は、ループス、移植片対宿主病、C型肝炎誘発性血管炎、I型糖尿病、II型糖尿病、多発性硬化症、関節リウマチ、円形脱毛症、アテローム性動脈硬化症、乾癬、器官移植片拒絶、シェーグレン症候群、ベーチェット病、自然流産、アトピー性疾患、喘息、又は炎症性腸疾患である、請求項75~79のいずれか一項に記載の方法。
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