JP2022535798A - ハイパースペクトル定量的イメージング・サイトメトリ・システム - Google Patents
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Abstract
Description
1つまたは複数の固相試料を保持するように構成された試料保持器を含む、観察領域と、
観察領域を照射するように構成された少なくとも1つの放射線源と、
少なくとも1つの放射線源による照射時に試料を通して放射された、またはそれによって反射された放射線を集光するように構成された集光要素と、
集光要素によって集光された放射線の波長を選択的に濾波するように構成されたマルチチャネル濾波要素と、
濾波された放射線を受け取り、試料の2次元マップである画像を生成するように構成された画像センサであって、画像センサが放射線検出要素の2次元アレイを含む、画像センサと、
を備える、ハイパースペクトル定量的イメージング・サイトメトリ・システムを提供する。
- 試料の複数の波長符号化2次元マップを受け取るステップであって、複数の波長符号化2次元マップが濾波要素の複数の位置に関連付けられており、波長符号化2次元マップが、画像センサによって、それが濾波要素の位置のために受け取った放射線に基づいて生成された画像である、ステップと、
- 特定の波長に対応する試料の波長符号化2次元マップの部分を組み合わせることによって試料の複数の単色2次元マップを生成するステップと、
- 複数の単色2次元マップを含むスペクトル・キューブを構築するステップと、
- スペクトル・キューブ上の試料構造を識別し、それらのスペクトル・シグネチャを獲得するステップと、
- 獲得されたスペクトル・シグネチャを既知の構造のスペクトル・シグネチャのデータベースと比較し、および/またはスペクトル・シグネチャを分解し、識別された試料構造の各々の内部における各マーカの存在度(abundance)の推定を獲得するステップであって、マーカが、天然に、または試料に添加された分子タグの存在に起因して放射線を放射する試料上の任意の成分であり、これにより、マーカが、細胞または組織の性質を定めるために用いられる、ステップと、
を遂行するように構成されている。
- 試料の複数の波長符号化2次元マップを受け取ることであって、複数の波長符号化2次元マップが濾波要素の複数の位置に関連付けられており、波長符号化2次元マップが、画像センサによって、それが濾波要素の位置のために受け取った放射線に基づいて生成された画像であることと、
- 特定の波長(λ)に対応する試料の複数の単色2次元マップを、単色2次元マップのピクセルごとに、多変数補間プロセスによって全ての波長符号化2次元マップからこのような特定の波長(λ)における測定された信号を推定することによって、生成することと、
- 複数の単色2次元マップを含むスペクトル・キューブを構築することと、
- スペクトル・キューブ上の試料構造を識別し、それらのスペクトル・シグネチャを獲得することと、
- 獲得されたスペクトル・シグネチャを既知の構造のスペクトル・シグネチャのデータベースと比較し、および/またはスペクトル・シグネチャを分解し、識別された試料構造の各々の内部における各マーカの存在度の推定を獲得することであって、マーカが、天然に、または試料に添加された分子タグの存在に起因して放射線を放射する試料上の任意の成分であり、これにより、マーカが、細胞または組織の性質を定めるために用いられることと、
を行うように構成されている。
a) 試料を提供するステップと、
b) 試料を、試料と相互作用する放射線を用いて照射するステップであって、これにより、試料が放射線を放射する、ステップと、
c) 集光要素を用いて、放射された放射線を撮像するステップと、
d) マルチチャネル濾波要素を用いて、放射された放射線を濾波するステップと、
e) 濾波要素の順次変位と協調して試料の複数の波長符号化2次元マップを順次に記録するステップであって、濾波要素の各位置が、画像センサの各放射線検出要素に到達した放射線の波長を選択的に濾波し、波長符号化2次元マップが、画像センサによって、それが濾波要素の位置ごとに受け取った放射線に基づいて生成される、ステップと、
f) 特定の波長に対応する試料の波長符号化2次元マップの部分を組み合わせることによって試料の複数の単色2次元マップを生成するステップと、
g) 複数の単色2次元マップを含むスペクトル・キューブを構築するステップと、
h) スペクトル・キューブ上の試料構造を識別し、それらのスペクトル・シグネチャを獲得するステップと、
i) 獲得されたスペクトル・シグネチャを既知の構造のスペクトル・シグネチャのデータベースと比較し、および/またはスペクトル・シグネチャを分解し、識別された試料構造の各々の内部における試料の各マーカの存在度の推定を獲得するステップと、
を含む方法を提供する。
試料構造に対応するピクセルの数を決定し、
背景を表すと考えられる区域を識別し、
背景内の区域を決定し、
スペクトルの波長ごとに背景補正信号を次式のように決定することによって獲得する:
試料構造に対応するピクセルの数を決定し、
構造のサイズを以下のように決定することによって獲得する:
Y=AH
ここで、Yは、検出された強度のLxN行列であり、Aは、L個のスペクトル・チャネルの各々におけるM個のマーカの各々の予想される放射を包含する混合のLxM行列であり、Hは構造ごとの現実のマーカ濃度のMxN行列である。
Y=AH+R
ここで、Rは、0の平均を有する独立で同一の分布に従うガウス変数によって形成された行列である。第2のモデルはポアソン過程を用いて光子放射をモデル化する。
第1項. 1つまたは複数の固相試料を保持するように構成された試料保持器を含む、観察領域(104)と、
観察領域(104)を照射するように構成された少なくとも1つの放射線源(101、102、103)と、
少なくとも1つの放射線源(101、102、103)による照射時に試料を通して放射された、またはそれによって反射された放射線を集光するように構成された集光要素(105)と、
集光要素(105)によって集光された放射線の波長を選択的に濾波するように構成されたマルチチャネル濾波要素(108)と、
濾波された放射線を受け取り、試料の2次元マップである画像を生成するように構成された画像センサ(109)であって、画像センサ(109)が放射線検出要素の2次元アレイを含む、画像センサ(109)と、
を備える、ハイパースペクトル定量的イメージング・サイトメトリ・システム(100)。
- 試料の複数の波長符号化2次元マップ(301)を受け取ることであって、複数の波長符号化2次元マップ(301)が濾波要素(108)の複数の位置に関連付けられており、波長符号化2次元マップが、画像センサ(109)によって、それが濾波要素(108)の位置のために受け取った放射線に基づいて生成された画像であることと、
- 特定の波長(λ)に対応する試料の波長符号化2次元マップ(301)の部分を組み合わせることによって試料の複数の単色2次元マップ(304)を生成すること(205)と、
- 複数の単色2次元マップ(304)を含むスペクトル・キューブ(306)を構築することと、
- スペクトル・キューブ(306)上の試料構造を識別し(206)、それらのスペクトル・シグネチャを獲得すること(207)と、
- 獲得されたスペクトル・シグネチャを既知の構造のスペクトル・シグネチャのデータベースと比較し(208)、および/またはスペクトル・シグネチャを分解し、識別された試料構造の各々の内部における各マーカの存在度の推定を獲得すること(209)と、
を行うように構成されている、第2項に記載のハイパースペクトル定量的イメージング・サイトメトリ・システム(100)。
集光要素(105)が、0.25よりも高い、好ましくは、0.5以上の開口数値を有する、第1項から第11項のいずれか一項に記載のハイパースペクトル定量的イメージング・サイトメトリ・システム(100)。
a) 試料を提供するステップ(201)と、
b) 試料を、試料と相互作用する放射線を用いて照射するステップ(202)であって、これにより、試料が放射線を放射する、ステップ(202)と、
c) 集光要素(105)を用いて、放射された放射線を撮像するステップと、
d) マルチチャネル濾波要素(108)を用いて、放射された放射線を濾波するステップと、
e) 濾波要素(108)の順次変位(203)と協調して試料の複数の波長符号化2次元マップ(301)を順次に記録するステップ(204)であって、濾波要素(108)の各位置が、画像センサ(109)の各放射線検出要素に到達した放射線の波長(λ)を選択的に濾波し、波長符号化2次元マップが、画像センサ(109)によって、それが濾波要素(108)の位置ごとに受け取った放射線に基づいて生成される、ステップ(204)と、
f) 放射された放射線の特定の波長(λ)に対応する試料の波長符号化2次元マップ(301)の部分を組み合わせることによって試料の複数の単色2次元マップ(304)を生成するステップ(205)と、
g) 複数の単色2次元マップ(304)を含むスペクトル・キューブ(306)を構築するステップと、
h) スペクトル・キューブ(306)上の試料構造を識別し(206)、それらのスペクトル・シグネチャを獲得するステップ(207)と、
i) 獲得されたスペクトル・シグネチャを既知の構造のスペクトル・シグネチャのデータベースと比較し(208)、および/またはスペクトル・シグネチャを分解し、識別された試料構造の各々の内部における各マーカの存在度の推定を獲得するステップ(209)と、
を含む方法。
Claims (20)
- 1つまたは複数の固相試料を保持するように構成された試料保持器を含む、観察領域(104)と、
前記観察領域(104)を照射するように構成された少なくとも1つの放射線源(101、102、103)と、
前記少なくとも1つの放射線源(101、102、103)による照射時に前記試料を通して放射された、または前記試料によって反射された放射線を集光するように構成された集光要素(105)であって、前記集光要素(105)が20以下の拡大率値(M)を有し、0.25以上の開口数値を有する、集光要素(105)と、
前記集光要素(105)によって集光された前記放射線の波長を選択的に濾波するように構成されたマルチチャネル濾波要素(108)と、
前記濾波された放射線を受け取り、前記試料の2次元マップである画像を生成するように構成された画像センサ(109)であって、前記画像センサ(109)が放射線検出要素の2次元アレイを含む、画像センサ(109)と、
を備える、ハイパースペクトル定量的イメージング・サイトメトリ・システム(100)。 - 前記濾波要素(108)が、少なくとも2つの位置の間で可動であるように構成されており、前記濾波要素(108)の各位置が、前記画像センサ(109)の各放射線検出要素に到達した前記放射線の前記波長を選択的に濾波する、請求項1に記載のハイパースペクトル定量的イメージング・サイトメトリ・システム(100)。
- 前記システムがプロセッサ(110)をさらに備え、前記プロセッサ(110)が、
- 前記試料の複数の波長符号化2次元マップ(301)を受け取ることであって、前記複数の波長符号化2次元マップ(301)が前記濾波要素(108)の複数の位置に関連付けられており、波長符号化2次元マップが、前記画像センサ(109)によって、それが前記濾波要素(108)の位置のために受け取った前記放射線に基づいて生成された画像であることと、
- 特定の波長(λ)に対応する前記試料の前記波長符号化2次元マップ(301)の部分を組み合わせることによって前記試料の複数の単色2次元マップ(304)を生成すること(205)と、
- 前記複数の単色2次元マップ(304)を含むスペクトル・キューブ(306)を構築することと、
- 前記スペクトル・キューブ(306)上の試料構造を識別し(206)、それらのスペクトル・シグネチャを獲得すること(207)と、
- 前記獲得されたスペクトル・シグネチャを既知の構造のスペクトル・シグネチャのデータベースと比較し(208)、および/または前記スペクトル・シグネチャを分解し、前記識別された試料構造の各々の内部における各マーカの存在度の推定を獲得すること(209)であって、マーカが、天然に、または前記試料に添加された分子タグの存在に起因して放射線を放射する前記試料上の任意の成分であることと、
を行うように構成されている、請求項2に記載のハイパースペクトル定量的イメージング・サイトメトリ・システム(100)。 - 前記システムがプロセッサ(110)をさらに備え、前記プロセッサ(110)が、
- 前記試料の複数の波長符号化2次元マップ(301)を受け取ることであって、前記複数の波長符号化2次元マップ(301)が前記濾波要素(108)の複数の位置に関連付けられており、波長符号化2次元マップが、前記画像センサ(109)によって、それが前記濾波要素(108)の位置のために受け取った前記放射線に基づいて生成された画像であることと、
- 特定の波長(λ)に対応する前記試料の複数の単色2次元マップ(304)を、多変数補間プロセスを利用し、ピクセルごとに、前記波長符号化2次元マップからの記録に基づいてこのような特定の波長(λ)において受け取られた前記放射線の推定を獲得することによって生成すること(205)と、
- 前記複数の単色2次元マップ(304)を含むスペクトル・キューブ(306)を構築することと、
- 前記スペクトル・キューブ(306)上の試料構造を識別し(206)、それらのスペクトル・シグネチャを獲得すること(207)と、
- 前記獲得されたスペクトル・シグネチャを既知の構造のスペクトル・シグネチャのデータベースと比較し(208)、および/または前記スペクトル・シグネチャを分解し、前記識別された試料構造の各々の内部における各マーカの存在度の推定を獲得すること(209)であって、マーカが、天然に、または前記試料に添加された分子タグの存在に起因して放射線を放射する前記試料上の任意の成分であることと、
を行うように構成されている、請求項2に記載のハイパースペクトル定量的イメージング・サイトメトリ・システム(100)。 - 前記観察領域(104)は、前記放射線源(103)の前記放射線が、前記集光要素(105)によって集光される前に前記観察領域(104)を通過するよう、透過照明構成に従って、少なくとも1つの放射線源(103)と前記集光要素(105)との間に介在させられている、請求項1から4のいずれか一項に記載のハイパースペクトル定量的イメージング・サイトメトリ・システム(100)。
- 少なくとも1つの放射線源(102)、前記観察領域(104)、および前記集光要素(105)が暗視野構成に従って配置されている、請求項1から5のいずれか一項に記載のハイパースペクトル定量的イメージング・サイトメトリ・システム(100)。
- 少なくとも1つの放射線源(101、103)、前記観察領域(104)、および前記集光要素(105)が明視野構成に従って配置されている、請求項1から6のいずれか一項に記載のハイパースペクトル定量的イメージング・サイトメトリ・システム(100)。
- 少なくとも1つの放射線源(101、102)は、前記観察領域(104)が、前記集光要素(105)によって集光される前に前記放射線源(101、102)の前記放射線を反射するよう、落射照明構成に従って、前記観察領域(104)に向けて配向されている、請求項1から7のいずれか一項に記載のハイパースペクトル定量的イメージング・サイトメトリ・システム(100)。
- 前記システム(100)がメモリ(111)をさらに備える、請求項1から8のいずれか一項に記載のハイパースペクトル定量的イメージング・サイトメトリ・システム(100)。
- 前記システム(100)が、少なくとも1つの放射線源(101、102、103)と前記観察領域(104)との間に介在させられた少なくとも1つのバンド・パス・フィルタ(107)をさらに備える、請求項1から9のいずれか一項に記載のハイパースペクトル定量的イメージング・サイトメトリ・システム(100)。
- 少なくとも1つの放射線源(101、102、103)が、レーザ、発光ダイオード、またはランプである、請求項1から10のいずれか一項に記載のハイパースペクトル定量的イメージング・サイトメトリ・システム(100)。
- 前記集光要素(105)が、前記観察領域の複数の空間的位置からの放射線を同時に撮像するように構成された、レンズ、またはレンズの組み合わせを含む、請求項1から11のいずれか一項に記載のハイパースペクトル定量的イメージング・サイトメトリ・システム(100)。
- 前記集光要素(105)が、10以下、好ましくは、2以下の拡大率値(M)を有し、および/または
前記集光要素(105)が0.5以上の開口数値を有する、請求項1から12のいずれか一項に記載のハイパースペクトル定量的イメージング・サイトメトリ・システム(100)。 - 前記濾波要素(108)が、好ましくは、200nm~1200nm、より好ましくは、350nm~950nmの、連続または半連続線形可変フィルタである、請求項1から13のいずれか一項に記載のハイパースペクトル定量的イメージング・サイトメトリ・システム(100)。
- 請求項1から14のいずれか一項に記載のハイパースペクトル定量的イメージング・サイトメトリ・システム(100)を用いて固相試料からデータを獲得するための方法であって、
a) 固相試料を提供するステップ(201)と、
b) 前記試料を、前記試料と相互作用する放射線を用いて照射するステップ(202)であって、これにより、前記試料が放射線を放射する、ステップ(202)と、
c) 前記集光要素(105)を用いて、前記放射された放射線を撮像するステップと、
d) 前記マルチチャネル濾波要素(108)を用いて、前記放射された放射線を濾波するステップと、
e) 前記濾波要素(108)の順次変位(203)と協調して前記試料の複数の波長符号化2次元マップ(301)を順次に記録するステップ(204)であって、前記濾波要素(108)の各位置が、前記画像センサ(109)の各放射線検出要素に到達した前記放射線の前記波長(λ)を選択的に濾波し、波長符号化2次元マップが、前記画像センサ(109)によって、それが前記濾波要素(108)の位置ごとに受け取った前記放射線に基づいて生成される、ステップ(204)と、
f) 前記試料の前記波長符号化2次元マップ(301)に基づいて前記試料の複数の単色2次元マップ(304)を生成するステップ(205)と、
g) 前記複数の単色2次元マップ(304)を含むスペクトル・キューブ(306)を構築するステップと、
h) 前記スペクトル・キューブ(306)上の試料構造を識別し(206)、それらのスペクトル・シグネチャを獲得するステップ(207)と、
i) 前記獲得されたスペクトル・シグネチャを既知の構造のスペクトル・シグネチャのデータベースと比較し(208)、および/または前記スペクトル・シグネチャを分解し、前記識別された試料構造の各々の内部における各マーカの存在度の推定を獲得するステップ(209)であって、マーカが、天然に、または前記試料に添加された分子タグの存在に起因して放射線を放射する前記試料上の任意の成分である、ステップ(209)と、
を含む方法。 - ステップb)~f)が複数の照射波長(Λ)および/または複数の照射モード(α)のために遂行され、ステップf)において、各単色2次元マップ(304)は、前記試料が、所与の照射波長(Λ)を用いて、および所与の照射モード(α)で照射されたときに、特定の波長(λ)で放射された放射線に対応し、ステップg)が、前記複数の単色2次元マップ(304)を組み合わせることによって遂行される、請求項15に記載の方法。
- 前記単色2次元マップ(304)が、特定の波長(300)に対応する前記波長符号化2次元マップの部分を組み合わせることによって生成される、請求項15または16に記載の方法。
- 前記単色2次元マップが、多変数補間プロセスを利用し、ピクセルごとに、前記波長符号化2次元マップからの記録に基づいてこのような特定の波長(λ)において受け取られた前記放射線の推定を獲得することによって生成される、請求項15または16に記載の方法。
- 前記多変数補間プロセスがトリキュービック・スプライン補間法である、請求項18に記載の方法。
- ステップa)において、コントラストをもたらし、特定の成分の検出を可能にするために、種別特異的タグが前記固相試料に添加された(201)、請求項15から19のいずれか一項に記載の方法。
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