JP2022533438A - 改変ウイルス粒子およびその使用 - Google Patents
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Abstract
本明細書において、非霊長類動物ＡＡＶ、リモートＡＡＶ、またはそれらの組み合わせのカプシドを含むアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）粒子を適合させるための組成物および方法が提供される。それに応じて適合されたＡＡＶは、その必要のある患者の治療に実施可能な遺伝子治療プラットフォームとなり得、現行の治療用ＡＡＶ粒子に対する抗体の力価が高いために、現行の治療用ＡＡＶ粒子を含む現行の治療モダリティからはじかれた患者において特に有用であり得る。
Description
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ＥＦＳウェブ経由でテキストファイルとして提出された配列表への参照
ファイル名１０３６４ＷＯ０１＿ＳＴ２５．ｔｘｔに記述されている配列表は、２６９キロバイトであり、２０２０年５月１９日に作成され、参照により本明細書に組み込まれる。
ＥＦＳウェブ経由でテキストファイルとして提出された配列表への参照
ファイル名１０３６４ＷＯ０１＿ＳＴ２５．ｔｘｔに記述されている配列表は、２６９キロバイトであり、２０２０年５月１９日に作成され、参照により本明細書に組み込まれる。
本明細書の開示は、非霊長類動物ＡＡＶおよび／またはリモートＡＡＶのカプシドタンパク質を含む組換えＡＡＶ粒子を作製および使用する方法に関する。
特定の標的細胞への遺伝子の送達は、様々な慢性疾患および遺伝的疾患の潜在的治療のための現代医学における最も重要な技術のうちの一つとなっている。現在のところ、理想的な遺伝子送達媒体がないために、遺伝子療法の臨床適用における進歩が制限されている。
理想的には、遺伝子送達媒体は、（１）遺伝物質を所望の細胞に安定的に導入することができ、（２）遺伝物質が非標的細胞に導入されることを回避し、および（３）例えば患者の抗体などの患者の免疫システムによる中和を逃れることができる媒体である。いくつかの非病原性媒体が現在でも利用可能であるが、これら媒体が特定の細胞を形質導入し、宿主免疫応答から隠された状態を維持する能力は未だ理想的とは言えない。
例えば、特にヒトなどの霊長類から単離されたアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）を基にしたウイルス粒子、例えば、ＡＡＶ血清型のＡＡＶ２、ＡＡＶ４、ＡＡＶ６、ＡＡＶ７、ＡＡＶ８、およびＡＡＶ９は、毒性または病原性の明白な証拠を伴わずに、インビボで広範な霊長類の種および組織を形質導入する能力を有しているために、多くの研究が為されている。（Ｍｕｚｙｃｚｋａ，ｅｔ ａｌ．（１９９２）Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｔｏｐｉｃｓ ｉｎ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ ａｎｄ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，１５８：９７－１２９）。さらにＡＡＶは有糸分裂後の組織に安全に形質導入される。ウイルスは稀に宿主の染色体内に統合される場合があり、ヒト第１９番染色体のセーフハーバー座位への統合が非常に稀に発生するが、複製（Ｒｅｐ）タンパク質がトランスで供給された場合のみである。ＡＡＶゲノムは、感染細胞中で迅速に環状化および鎖状体化し、感染細胞内に安定したエピソーム状態で存在し、ペイロードの長期的で安定した発現を提供する。
さらにここ数年、特定細胞への霊長類ＡＡＶ感染を操作して、再指導させることが実現されている。ウイルス粒子を使用した標的化遺伝子療法の進歩のうちの多くは、ウイルス粒子の本来の指向性のシュードタイピング、拡張、および／または再標的化をもたらす、ウイルスベクターの非組換え的（非遺伝的）な改変、または組換え的（遺伝的）な改変として要約され得る。（Ｎｉｃｋｌｉｎ ａｎｄ Ｂａｋｅｒ（２００２）Ｃｕｒｒ．Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒ．２：２７３－９３、Ｖｅｒｈｅｉｊｉ ａｎｄ Ｒｏｔｔｉｅｒ（２０１２）Ａｄｖａｎｃｅｓ Ｖｉｒｏｌ２０１２：１－１５において検証されている）。
直接的な組換え標的化手法では、標的化リガンドは、ウイルスカプシドに直接挿入されるか、またはウイルスカプシドに連結される。すなわち、タンパク質ウイルスカプシドの遺伝子が改変されて異種標的化リガンドを含むカプシドタンパク質が発現される。次いで標的化リガンドは、標的細胞上で優先的または排他的に発現される受容体またはマーカーに再指導され、例えば結合する。（Ｓｔａｃｈｌｅｒ ｅｔ ａｌ．（２００６）Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒ．１３：９２６－９３１；Ｗｈｉｔｅ ｅｔ ａｌ．（２００４）Ｃｉｒｃｕｌａｔｉｏｎ １０９：５１３－５１９；ｓｅｅ ａｌｓｏ Ｐａｒｋ ｅｔ ａｌ．，（２００７）Ｆｒｏｎｔｉｅｒｓ ｉｎ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅ １３：２６５３－５９；Ｇｉｒｏｄ ｅｔ ａｌ．（１９９９）Ｎａｔｕｒｅ Ｍｅｄｉｃｉｎｅ ５：１０５２－５６；Ｇｒｉｆｍａｎ ｅｔ ａｌ．（２００１）Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｔｈｅｒａｐｙ ３：９６４－７５；Ｓｈｉ ｅｔ ａｌ．（２００１）Ｈｕｍａｎ Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒａｐｙ １２：１６９７－１７１１；Ｓｈｉ ａｎｄ Ｂａｒｔｌｅｔｔ（２００３）Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｔｈｅｒａｐｙ ７：５１５－５２５）。
間接的な組換え手法では、ウイルスカプシドは、異種の「スキャホールド」を用いて改変され、次いで標的化リガンドを含むアダプターに連結される。アダプターは、足場および標的細胞に結合する。（Ａｒｎｏｌｄ ｅｔ ａｌ．（２００６）Ｍｏｌ．Ｔｈｅｒ．５：１２５－１３２；Ｐｏｎｎａｚｈａｇｅｎ ｅｔ ａｌ．（２００２）Ｊ．Ｖｉｒｏｌ．７６：１２９００－９０７；ＷＯ ９７／０５２６６も参照のこと）。スキャホールド、例えば、（１）抗体アダプターのＦｃに結合するＦｃ結合分子（例えば、Ｆｃ受容体、プロテインＡなど）、（２）ビオチニル化アダプターに結合する（ストレプト）アビジン、（３）（ストレプト）アビジンに融合されたアダプターに結合するビオチン、（４）ウイルス粒子の検出および／または単離に有用な検出可能な標識であり、当該検出可能な標識および標的分子に非共有結合する能力を有する二特異性アダプターに結合されるもの、そして近年では（５）イソペプチド結合を形成するタンパク質：タンパク質結合ペアが、様々なウイルス粒子に関して報告されている。（例えば、Ｇｉｇｏｕｔ ｅｔ ａｌ．（２００５）Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｔｈｅｒａｐｙ １１：８５６－８６５；Ｓｔａｃｈｌｅｒ ｅｔ ａｌ．（２００８）Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｔｈｅｒａｐｙ １６：１４６７－１４７３；Ｑｕｅｔｇｌａｓ ｅｔ ａｌ．（２０１０）Ｖｉｒｕｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ １５３：１７９－１９６；Ｏｈｎｏ ｅｔ ａｌ．（１９９７）Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ １５：７６３－７６７；Ｋｌｉｍｓｔｒａ ｅｔ ａｌ．（２００５）Ｖｉｒｏｌｏｇｙ ３３８：９－２１を参照のこと）。
ＡＡＶ感染を指導する能力をもたらすような進歩があるにもかかわらず、ＡＡＶカプシドに対する中和抗体（ＮＡｂ）が存在するため、遺伝子送達媒体としての再標的化ＡＡＶは、理想からは程遠い。小児におけるＡＡＶ ＮＡｂの存在からは、ＡＡＶ感染は、生後すぐに発生することが示唆される（Ｃａｌｃｅｄｏ ｅｔ ａｌ．（２０１１）ＡＳＧＣＴ；Ｈｕｓｅｒ ｅｔ ａｌ．（２０１７）Ｊ．Ｖｉｒｏｌ．９１：ｅ０２１３７－１６）。生後すぐのＡＡＶ感染により生成された抗体は、ＡＡＶから導出されたＡＡＶ遺伝子療法ベクターのその後の使用を損ない、当該既存抗体により当該ベクターが認識および中和されることが示されている。（Ｈｕｒｌｂｕｔ ｅｔ ａｌ．（２０１０）Ｍｏｌ．Ｔｈｅｒ．１８：１９８３－９４；Ｊｉａｎｇ ｅｔ ａｌ．（２００６）Ｂｌｏｏｄ １０８：３３２１－８；Ｍａｎｎｏ ｅｔ ａｌ．（２００６）Ｎａｔ．Ｍｅｄ．１２：３４２－７；Ｓｃａｌｌａｎ ｅｔ ａｌ．（２００６）Ｂｌｏｏｄ １０７：１８１０－７；Ｗａｎｇ ｅｔ ａｌ．（２０１０）Ｍｏｌ．Ｔｈｅｒ．１８：１２６－３４）。さらに、ＡＡＶ血清型に対する中和抗体価の存在は臨床的に重要であり、高い抗体価を伴う患者は、当該血清型を含む治療全てに不適格であるとみなされる。（Ｊｅｕｎｅ ｅｔ ａｌ．（２０１３）Ｈｕｍ Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒ Ｍｅｔｈｏｄｓ ２４：５９－６７）。
したがって、非病原性で、様々な標的細胞への対象核酸の標的移送に適用可能であり、治療を必要とする患者に以前から存在する抗体により課せられるハードルを克服するウイルスシステムに対するニーズはいまだ存在している。
したがって、非病原性で、様々な標的細胞への対象核酸の標的移送に適用可能であり、治療を必要とする患者に以前から存在する抗体により課せられるハードルを克服するウイルスシステムに対するニーズはいまだ存在している。
Ｍｕｚｙｃｚｋａ，ｅｔ ａｌ．（１９９２）Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｔｏｐｉｃｓ ｉｎ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ ａｎｄ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，１５８：９７－１２９）
Ｎｉｃｋｌｉｎ ａｎｄ Ｂａｋｅｒ（２００２）Ｃｕｒｒ．Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒ．２：２７３－９３
Ｖｅｒｈｅｉｊｉ ａｎｄ Ｒｏｔｔｉｅｒ（２０１２）Ａｄｖａｎｃｅｓ Ｖｉｒｏｌ２０１２：１－１５
Ｓｔａｃｈｌｅｒ ｅｔ ａｌ．（２００６）Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒ．１３：９２６－９３１
Ｗｈｉｔｅ ｅｔ ａｌ．（２００４）Ｃｉｒｃｕｌａｔｉｏｎ １０９：５１３－５１９
Ｐａｒｋ ｅｔ ａｌ．，（２００７）Ｆｒｏｎｔｉｅｒｓ ｉｎ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅ １３：２６５３－５９
Ｇｉｒｏｄ ｅｔ ａｌ．（１９９９）Ｎａｔｕｒｅ Ｍｅｄｉｃｉｎｅ ５：１０５２－５６
Ｇｒｉｆｍａｎ ｅｔ ａｌ．（２００１）Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｔｈｅｒａｐｙ ３：９６４－７５
Ｓｈｉ ｅｔ ａｌ．（２００１）Ｈｕｍａｎ Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒａｐｙ １２：１６９７－１７１１
Ｓｈｉ ａｎｄ Ｂａｒｔｌｅｔｔ（２００３）Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｔｈｅｒａｐｙ ７：５１５－５２５
本明細書において、過去および現在のアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）粒子治療法に関連するいくつかの課題を同時に緩和し得る戦略が記述される。理論に拘束されることは望まないが、ほとんどのヒトは、過去のヒトへの暴露が低いＡＡＶに対する既存ＮＡｂは欠いていると予測される。しかしながら、特定の細胞を標的化し、および感染する能力を有する、ならびに／またはヒト集団中の任意の既存抗体からの交差反応を回避する能力を有する、遺伝子療法ベクターとして使用するための操作に成功したＡＡＶ血清型の能力は未知であった。
本明細書では、非霊長類動物種のＡＡＶカプシドタンパク質を改変して、異なる動物種の哺乳動物細胞に対象ヌクレオチドを標的導入し得ることを示す。さらに本明細書において、非霊長類動物のＡＡＶ粒子がそのように改変されても、詳細に特徴解析されたヒトＡＡＶ血清型に基づく現行のＡＡＶ治療モダリティよりもヒト集団に存在する既存抗体に認識され、および／または検出される可能性が低いことを実証する。したがって本明細書において、選択された細胞に感染することができ、既存抗体による中和をより優れて回避することができる組換えＡＡＶウイルス粒子が記述される。
本明細書において、（ｉ）ＡＡＶ ＶＰ１、ＶＰ２、およびＶＰ３カプシドタンパク質を含むＡＡＶカプシド、ならびに（ｉｉ）当該ＡＡＶカプシド内にパッケージングされた、ＡＡＶ末端逆位配列（ＩＴＲ：Ｉｎｖｅｒｔｅｄ Ｔｅｒｍｉｎａｌ Ｒｅｐｅａｔ）を含む核酸配列、を含む組換えＡＡＶウイルス粒子が記述され、
ａ）ＡＡＶ ＶＰ１カプシドタンパク質、
ｂ）ＡＡＶ ＶＰ１カプシドタンパク質の任意の部分、
ｃ）ＡＡＶ ＶＰ２カプシドタンパク質、
ｄ）ＡＡＶ ＶＰ２カプシドタンパク質の任意の部分、
ｅ）ＡＡＶ ＶＰ３カプシドタンパク質、および
ｆ）ＡＡＶ ＶＰ３カプシドタンパク質の任意の部分、のうちの少なくとも一つが、
非霊長類動物のＡＡＶのカプシドタンパク質もしくはその一部、またはリモートＡＡＶのカプシドタンパク質もしくはその一部のアミノ酸配列に対し、例えば少なくとも９５％の同一性などの顕著な配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、
Ｉ．ＡＡＶ ＶＰ１、ＶＰ２、およびＶＰ３カプシドタンパク質の少なくとも一つは、以下からなる群から選択される改変を含む：
（ａ）タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーであって、当該タンパク質：タンパク質結合ペアは、ＡＡＶウイルス粒子の指向性を指導する、第一のメンバー、
（ｂ）検出可能な標識、
（ｃ）点変異であって、好ましくは、当該点変異は、ＡＡＶウイルス粒子の本来の指向性を低下させ、および／または検出可能な標識を生成する、点変異、
（ｄ）キメラアミノ酸配列、および
（ｅ）（ａ）、（ｂ）、（ｃ）、および（ｄ）の任意の組み合わせ、ならびに／または
ＩＩ．ＩＴＲ配列、またはその一部は、第二のＡＡＶのＩＴＲ配列またはその一部に対し、例えば少なくとも９５％の同一性など、顕著な配列同一性を有する核酸配列を含み、この場合において当該第二のＡＡＶは、非霊長類動物ＡＡＶまたはリモートＡＡＶと同一ではなく、
当該組換えＡＡＶウイルス粒子は、哺乳動物の宿主、好ましくは霊長類の宿主に感染する能力を有する。
ａ）ＡＡＶ ＶＰ１カプシドタンパク質、
ｂ）ＡＡＶ ＶＰ１カプシドタンパク質の任意の部分、
ｃ）ＡＡＶ ＶＰ２カプシドタンパク質、
ｄ）ＡＡＶ ＶＰ２カプシドタンパク質の任意の部分、
ｅ）ＡＡＶ ＶＰ３カプシドタンパク質、および
ｆ）ＡＡＶ ＶＰ３カプシドタンパク質の任意の部分、のうちの少なくとも一つが、
非霊長類動物のＡＡＶのカプシドタンパク質もしくはその一部、またはリモートＡＡＶのカプシドタンパク質もしくはその一部のアミノ酸配列に対し、例えば少なくとも９５％の同一性などの顕著な配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、
Ｉ．ＡＡＶ ＶＰ１、ＶＰ２、およびＶＰ３カプシドタンパク質の少なくとも一つは、以下からなる群から選択される改変を含む：
（ａ）タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーであって、当該タンパク質：タンパク質結合ペアは、ＡＡＶウイルス粒子の指向性を指導する、第一のメンバー、
（ｂ）検出可能な標識、
（ｃ）点変異であって、好ましくは、当該点変異は、ＡＡＶウイルス粒子の本来の指向性を低下させ、および／または検出可能な標識を生成する、点変異、
（ｄ）キメラアミノ酸配列、および
（ｅ）（ａ）、（ｂ）、（ｃ）、および（ｄ）の任意の組み合わせ、ならびに／または
ＩＩ．ＩＴＲ配列、またはその一部は、第二のＡＡＶのＩＴＲ配列またはその一部に対し、例えば少なくとも９５％の同一性など、顕著な配列同一性を有する核酸配列を含み、この場合において当該第二のＡＡＶは、非霊長類動物ＡＡＶまたはリモートＡＡＶと同一ではなく、
当該組換えＡＡＶウイルス粒子は、哺乳動物の宿主、好ましくは霊長類の宿主に感染する能力を有する。
一部の実施形態では、組換えＡＡＶウイルス粒子は、（ｉ）ＡＡＶ ＶＰ１、ＶＰ２、およびＶＰ３カプシドタンパク質、ならびに（ｉｉ）当該ＡＡＶカプシド内にパッケージングされた、ＡＡＶ末端逆位配列（ＩＴＲ）を含む核酸配列、を含み、
ａ）ＡＡＶ ＶＰ１カプシドタンパク質、
ｂ）ＡＡＶ ＶＰ２カプシドタンパク質、および
ｃ）ＡＡＶ ＶＰ３カプシドタンパク質のうちの少なくとも一つは、
非霊長類動物のＡＡＶまたはリモートＡＡＶのカプシドタンパク質のアミノ酸配列に対し、例えば少なくとも９５％の同一性などの顕著な配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、
Ｉ．ＡＡＶ ＶＰ１、ＶＰ２、およびＶＰ３カプシドタンパク質の少なくとも一つは、以下からなる群から選択される改変を含む：
（ａ）タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーであって、当該タンパク質：タンパク質結合ペアは、ＡＡＶウイルス粒子の指向性を指導する、第一のメンバー、
（ｂ）検出可能な標識、
（ｃ）点変異であって、好ましくは、当該点変異は、ＡＡＶウイルス粒子の本来の指向性を低下させ、および／または検出可能な標識を生成する、点変異、
（ｄ）キメラアミノ酸配列、および
（ｅ）（ａ）、（ｂ）、（ｃ）、および（ｄ）の任意の組み合わせ、ならびに／または
ＩＩ．ＩＴＲ配列、またはその一部は、第二のＡＡＶのＩＴＲ配列またはその一部に対し、例えば少なくとも９５％の同一性など、顕著な配列同一性を有する核酸配列を含み、この場合において当該第二のＡＡＶは、非霊長類動物ＡＡＶまたはリモートＡＡＶと同一ではなく、
当該組換えＡＡＶウイルス粒子は、哺乳動物の宿主、好ましくは霊長類の宿主に感染する能力を有する。
ａ）ＡＡＶ ＶＰ１カプシドタンパク質、
ｂ）ＡＡＶ ＶＰ２カプシドタンパク質、および
ｃ）ＡＡＶ ＶＰ３カプシドタンパク質のうちの少なくとも一つは、
非霊長類動物のＡＡＶまたはリモートＡＡＶのカプシドタンパク質のアミノ酸配列に対し、例えば少なくとも９５％の同一性などの顕著な配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、
Ｉ．ＡＡＶ ＶＰ１、ＶＰ２、およびＶＰ３カプシドタンパク質の少なくとも一つは、以下からなる群から選択される改変を含む：
（ａ）タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーであって、当該タンパク質：タンパク質結合ペアは、ＡＡＶウイルス粒子の指向性を指導する、第一のメンバー、
（ｂ）検出可能な標識、
（ｃ）点変異であって、好ましくは、当該点変異は、ＡＡＶウイルス粒子の本来の指向性を低下させ、および／または検出可能な標識を生成する、点変異、
（ｄ）キメラアミノ酸配列、および
（ｅ）（ａ）、（ｂ）、（ｃ）、および（ｄ）の任意の組み合わせ、ならびに／または
ＩＩ．ＩＴＲ配列、またはその一部は、第二のＡＡＶのＩＴＲ配列またはその一部に対し、例えば少なくとも９５％の同一性など、顕著な配列同一性を有する核酸配列を含み、この場合において当該第二のＡＡＶは、非霊長類動物ＡＡＶまたはリモートＡＡＶと同一ではなく、
当該組換えＡＡＶウイルス粒子は、哺乳動物の宿主、好ましくは霊長類の宿主に感染する能力を有する。
一部の実施形態では、組換えＡＡＶウイルス粒子は、（ｉ）ＡＡＶ ＶＰ１、ＶＰ２、およびＶＰ３カプシドタンパク質、ならびに（ｉｉ）当該ＡＡＶカプシド内にパッケージングされた、ＡＡＶ末端逆位配列（ＩＴＲ）を含む核酸配列、を含み、
ａ．ＡＡＶ ＶＰ１カプシドタンパク質の任意の部分、
ｂ．ＡＡＶ ＶＰ２カプシドタンパク質の任意の部分、および
ｃ．ＡＡＶ ＶＰ３カプシドタンパク質の任意の部分、のうちの少なくとも一つが、
非霊長類動物のＡＡＶのカプシドタンパク質もしくはその一部、またはリモートＡＡＶのカプシドタンパク質もしくはその一部のアミノ酸配列に対し、例えば少なくとも９５％の同一性などの顕著な配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、
Ｉ．ＡＡＶ ＶＰ１、ＶＰ２、およびＶＰ３カプシドタンパク質の少なくとも一つは、以下からなる群から選択される改変を含む：
（ａ）タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーであって、当該タンパク質：タンパク質結合ペアは、ＡＡＶウイルス粒子の指向性を指導する、第一のメンバー、
（ｂ）検出可能な標識、
（ｃ）点変異であって、好ましくは、当該点変異は、ＡＡＶウイルス粒子の本来の指向性を低下させ、および／または検出可能な標識を生成する、点変異、
（ｄ）キメラアミノ酸配列、および
（ｅ）（ａ）、（ｂ）、（ｃ）、および（ｄ）の任意の組み合わせ、ならびに／または
ＩＩ．ＩＴＲ配列、またはその一部は、第二のＡＡＶのＩＴＲ配列またはその一部に対し、例えば少なくとも９５％の同一性など、顕著な配列同一性を有する核酸配列を含み、この場合において当該第二のＡＡＶは、非霊長類動物ＡＡＶまたはリモートＡＡＶと同一ではなく、
当該組換えＡＡＶウイルス粒子は、哺乳動物の宿主、好ましくは霊長類の宿主に感染する能力を有する。
ａ．ＡＡＶ ＶＰ１カプシドタンパク質の任意の部分、
ｂ．ＡＡＶ ＶＰ２カプシドタンパク質の任意の部分、および
ｃ．ＡＡＶ ＶＰ３カプシドタンパク質の任意の部分、のうちの少なくとも一つが、
非霊長類動物のＡＡＶのカプシドタンパク質もしくはその一部、またはリモートＡＡＶのカプシドタンパク質もしくはその一部のアミノ酸配列に対し、例えば少なくとも９５％の同一性などの顕著な配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、
Ｉ．ＡＡＶ ＶＰ１、ＶＰ２、およびＶＰ３カプシドタンパク質の少なくとも一つは、以下からなる群から選択される改変を含む：
（ａ）タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーであって、当該タンパク質：タンパク質結合ペアは、ＡＡＶウイルス粒子の指向性を指導する、第一のメンバー、
（ｂ）検出可能な標識、
（ｃ）点変異であって、好ましくは、当該点変異は、ＡＡＶウイルス粒子の本来の指向性を低下させ、および／または検出可能な標識を生成する、点変異、
（ｄ）キメラアミノ酸配列、および
（ｅ）（ａ）、（ｂ）、（ｃ）、および（ｄ）の任意の組み合わせ、ならびに／または
ＩＩ．ＩＴＲ配列、またはその一部は、第二のＡＡＶのＩＴＲ配列またはその一部に対し、例えば少なくとも９５％の同一性など、顕著な配列同一性を有する核酸配列を含み、この場合において当該第二のＡＡＶは、非霊長類動物ＡＡＶまたはリモートＡＡＶと同一ではなく、
当該組換えＡＡＶウイルス粒子は、哺乳動物の宿主、好ましくは霊長類の宿主に感染する能力を有する。
一部の組換えＡＡＶウイルス粒子の実施形態では、組換えウイルス粒子は、（ｉ）ＡＡＶ ＶＰ１、ＶＰ２およびＶＰ３カプシドタンパク質を含むＡＡＶカプシド、ならびに（ｉｉ）当該ＡＡＶカプシド内にパッケージングされた、ＡＡＶ末端逆位配列（ＩＴＲ）を含む核酸配列、を含み、この場合においてＡＡＶ ＶＰ１カプシドタンパク質、ＡＡＶ ＶＰ１カプシドタンパク質の任意の部分、ＡＡＶ ＶＰ２カプシドタンパク質、ＡＡＶ ＶＰ２カプシドタンパク質の任意の部分、ＡＡＶ ＶＰ３カプシドタンパク質、およびＡＡＶ ＶＰ３カプシドタンパク質の任意の部分のうちの少なくとも一つは、非霊長類動物のＡＡＶのカプシドタンパク質またはその一部のアミノ酸配列に対し、例えば少なくとも９５％の同一性など顕著な配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、ならびにこの場合において、ＡＡＶ ＶＰ１、ＶＰ２およびＶＰ３カプシドタンパク質のうちの少なくとも一つは、以下からなる群から選択される改変を含み：
（ａ）タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーであって、当該タンパク質：タンパク質結合ペアは、ＡＡＶウイルス粒子の指向性を指導する、第一のメンバー、
（ｂ）検出可能な標識、
（ｃ）点変異であって、好ましくは、当該点変異は、ＡＡＶウイルス粒子の本来の指向性を低下させ、および／または検出可能な標識を生成する、点変異、
（ｄ）キメラアミノ酸配列、および
（ｅ）（ａ）、（ｂ）、（ｃ）、および（ｄ）の任意の組み合わせ、
この場合において、ＩＴＲ配列全体またはＩＴＲ配列の一部は、当該非霊長類動物ＡＡＶのＩＴＲに対し、例えば少なくとも９５％の同一性などの顕著な配列同一性を有する核酸配列を含み、任意でこの場合においてＩＴＲ配列は、キメラ核酸配列を含み、およびこの場合において当該非霊長類ＡＡＶのＩＴＲまたはその一部に対して例えば少なくとも９５％の同一性などの顕著な配列同一性を有するキメラ核酸配列の一部は、第二のＡＡＶのＩＴＲまたはその一部に対して例えば少なくとも９５％の同一性などの顕著な配列同一性を有するキメラ核酸配列の一部に動作可能に連結され、この場合において当該第二のＡＡＶは、当該非霊長類動物ＡＡＶと同一ではなく、およびこの場合において組換えＡＡＶウイルス粒子は、哺乳動物宿主、好ましくは霊長類宿主に感染する能力を有する。
（ａ）タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーであって、当該タンパク質：タンパク質結合ペアは、ＡＡＶウイルス粒子の指向性を指導する、第一のメンバー、
（ｂ）検出可能な標識、
（ｃ）点変異であって、好ましくは、当該点変異は、ＡＡＶウイルス粒子の本来の指向性を低下させ、および／または検出可能な標識を生成する、点変異、
（ｄ）キメラアミノ酸配列、および
（ｅ）（ａ）、（ｂ）、（ｃ）、および（ｄ）の任意の組み合わせ、
この場合において、ＩＴＲ配列全体またはＩＴＲ配列の一部は、当該非霊長類動物ＡＡＶのＩＴＲに対し、例えば少なくとも９５％の同一性などの顕著な配列同一性を有する核酸配列を含み、任意でこの場合においてＩＴＲ配列は、キメラ核酸配列を含み、およびこの場合において当該非霊長類ＡＡＶのＩＴＲまたはその一部に対して例えば少なくとも９５％の同一性などの顕著な配列同一性を有するキメラ核酸配列の一部は、第二のＡＡＶのＩＴＲまたはその一部に対して例えば少なくとも９５％の同一性などの顕著な配列同一性を有するキメラ核酸配列の一部に動作可能に連結され、この場合において当該第二のＡＡＶは、当該非霊長類動物ＡＡＶと同一ではなく、およびこの場合において組換えＡＡＶウイルス粒子は、哺乳動物宿主、好ましくは霊長類宿主に感染する能力を有する。
一部の実施形態では、組換えＡＡＶウイルス粒子は、（ｉ）ＡＡＶ ＶＰ１、ＶＰ２およびＶＰ３カプシドタンパク質を含むＡＡＶカプシド、ならびに（ｉｉ）当該ＡＡＶカプシド内にパッケージングされた、ＡＡＶ末端逆位配列（ＩＴＲ）を含む核酸配列、を含み、この場合においてＡＡＶ ＶＰ１カプシドタンパク質、ＡＡＶ ＶＰ１カプシドタンパク質の任意の部分、ＡＡＶ ＶＰ２カプシドタンパク質、ＡＡＶ ＶＰ２カプシドタンパク質の任意の部分、ＡＡＶ ＶＰ３カプシドタンパク質、およびＡＡＶ ＶＰ３カプシドタンパク質の任意の部分のうちの少なくとも一つは、非霊長類動物のＡＡＶのカプシドタンパク質またはその一部のアミノ酸配列に対し、例えば少なくとも９５％の同一性など顕著な配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、
この場合において当該ＩＴＲ配列、またはその一部は、第二のＡＡＶのＩＴＲ配列またはその一部に対し、例えば少なくとも９５％の同一性など、顕著な配列同一性を有する核酸配列を含み、この場合において当該第二のＡＡＶは、当該非霊長類動物ＡＡＶと同一ではなく、
当該組換えＡＡＶウイルス粒子は、哺乳動物の宿主、好ましくは霊長類の宿主に感染する能力を有し、および
任意で、ＡＡＶ ＶＰ１、ＶＰ２、およびＶＰ３カプシドタンパク質の少なくとも一つは、以下からなる群から選択される改変を含む：
（ａ）タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーであって、当該タンパク質：タンパク質結合ペアは、ＡＡＶウイルス粒子の指向性を指導する、第一のメンバー、
（ｂ）検出可能な標識、
（ｃ）点変異であって、好ましくは、当該点変異は、ＡＡＶウイルス粒子の本来の指向性を低下させ、および／または検出可能な標識を生成する、点変異、および
（ｄ）（ａ）～（ｃ）の任意の組み合わせ。
この場合において当該ＩＴＲ配列、またはその一部は、第二のＡＡＶのＩＴＲ配列またはその一部に対し、例えば少なくとも９５％の同一性など、顕著な配列同一性を有する核酸配列を含み、この場合において当該第二のＡＡＶは、当該非霊長類動物ＡＡＶと同一ではなく、
当該組換えＡＡＶウイルス粒子は、哺乳動物の宿主、好ましくは霊長類の宿主に感染する能力を有し、および
任意で、ＡＡＶ ＶＰ１、ＶＰ２、およびＶＰ３カプシドタンパク質の少なくとも一つは、以下からなる群から選択される改変を含む：
（ａ）タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーであって、当該タンパク質：タンパク質結合ペアは、ＡＡＶウイルス粒子の指向性を指導する、第一のメンバー、
（ｂ）検出可能な標識、
（ｃ）点変異であって、好ましくは、当該点変異は、ＡＡＶウイルス粒子の本来の指向性を低下させ、および／または検出可能な標識を生成する、点変異、および
（ｄ）（ａ）～（ｃ）の任意の組み合わせ。
一部の実施形態では、組換えＡＡＶウイルス粒子は、（ｉ）ＡＡＶ ＶＰ１、ＶＰ２およびＶＰ３カプシドタンパク質を含むＡＡＶカプシド、ならびに（ｉｉ）当該ＡＡＶカプシド内にパッケージングされた、ＡＡＶ末端逆位配列（ＩＴＲ）を含む核酸配列、を含み、この場合においてＡＡＶ ＶＰ１カプシドタンパク質、ＡＡＶ ＶＰ１カプシドタンパク質の任意の部分、ＡＡＶ ＶＰ２カプシドタンパク質、ＡＡＶ ＶＰ２カプシドタンパク質の任意の部分、ＡＡＶ ＶＰ３カプシドタンパク質、およびＡＡＶ ＶＰ３カプシドタンパク質の任意の部分のうちの少なくとも一つは、（Ａ）非霊長類動物ＡＡＶカプシドタンパク質またはその一部のアミノ酸配列に対し、例えば少なくとも９５％の同一性などの顕著な配列同一性を有するアミノ酸配列、を含むキメラアミノ酸配列を含み、（Ａ）は、（Ｂ）第二のＡＡＶカプシドタンパク質またはその一部のアミノ酸配列に対し、例えば少なくとも９５％の同一性などの顕著な配列同一性を有するアミノ酸配列、に動作可能に連結され、この場合において当該第二のＡＡＶは、当該非霊長類動物ＡＡＶと同一ではなく、この場合において当該組換えＡＡＶウイルス粒子は、哺乳動物宿主、好ましくは霊長類宿主に感染する能力を有し、ならびに任意で、キメラアミノ酸配列を含む、ＡＡＶ ＶＰ１カプシドタンパク質、ＡＡＶ ＶＰ１カプシドタンパク質の任意の部分、ＡＡＶ ＶＰ２カプシドタンパク質、ＡＡＶ ＶＰ２カプシドタンパク質の任意の部分、ＡＡＶ ＶＰ３カプシドタンパク質、およびＡＡＶ ＶＰ３カプシドタンパク質の任意の部分のうちの少なくとも一つはさらに、以下からなる群から選択される改変を含む：
（ａ）タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバー、
（ｂ）検出可能な標識、および
（ｃ）（ａ）と（ｂ）の組み合わせ。
（ａ）タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバー、
（ｂ）検出可能な標識、および
（ｃ）（ａ）と（ｂ）の組み合わせ。
一部の組換えＡＡＶウイルス粒子の実施形態では、組換えウイルス粒子は、（ｉ）ＡＡＶ ＶＰ１、ＶＰ２およびＶＰ３カプシドタンパク質を含むＡＡＶカプシド、ならびに（ｉｉ）当該ＡＡＶカプシド内にパッケージングされた、ＡＡＶ末端逆位配列（ＩＴＲ）を含む核酸配列、を含み、この場合においてＡＡＶ ＶＰ１カプシドタンパク質、ＡＡＶ ＶＰ１カプシドタンパク質の任意の部分、ＡＡＶ ＶＰ２カプシドタンパク質、ＡＡＶ ＶＰ２カプシドタンパク質の任意の部分、ＡＡＶ ＶＰ３カプシドタンパク質、およびＡＡＶ ＶＰ３カプシドタンパク質の任意の部分のうちの少なくとも一つは、リモートＡＡＶのカプシドタンパク質またはその一部のアミノ酸配列に対し、例えば少なくとも９５％の同一性など顕著な配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、ならびにこの場合において、ＡＡＶ ＶＰ１、ＶＰ２およびＶＰ３カプシドタンパク質のうちの少なくとも一つは、以下からなる群から選択される改変を含み：
（ａ）タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーであって、当該タンパク質：タンパク質結合ペアは、ＡＡＶウイルス粒子の指向性を指導する、第一のメンバー、
（ｂ）検出可能な標識、
（ｃ）点変異であって、好ましくは、当該点変異は、ＡＡＶウイルス粒子の本来の指向性を低下させ、および／または検出可能な標識を生成する、点変異、
（ｄ）キメラアミノ酸配列、および
（ｅ）（ａ）、（ｂ）、（ｃ）、および（ｄ）の任意の組み合わせ、
この場合において、ＩＴＲ配列全体またはＩＴＲ配列の一部は、当該リモートＡＡＶのＩＴＲに対し、例えば少なくとも９５％の同一性などの顕著な配列同一性を有する核酸配列を含み、任意でこの場合においてＩＴＲ配列は、キメラ核酸配列を含み、およびこの場合において当該リモートＡＡＶのＩＴＲまたはその一部に対して例えば少なくとも９５％の同一性などの顕著な配列同一性を有するキメラ核酸配列の一部は、第二のＡＡＶのＩＴＲまたはその一部に対して例えば少なくとも９５％の同一性などの顕著な配列同一性を有するキメラ核酸配列の一部に動作可能に連結され、この場合において当該第二のＡＡＶは、当該リモートＡＡＶと同一ではなく、およびこの場合において組換えＡＡＶウイルス粒子は、哺乳動物宿主、好ましくは霊長類宿主に感染する能力を有する。
（ａ）タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーであって、当該タンパク質：タンパク質結合ペアは、ＡＡＶウイルス粒子の指向性を指導する、第一のメンバー、
（ｂ）検出可能な標識、
（ｃ）点変異であって、好ましくは、当該点変異は、ＡＡＶウイルス粒子の本来の指向性を低下させ、および／または検出可能な標識を生成する、点変異、
（ｄ）キメラアミノ酸配列、および
（ｅ）（ａ）、（ｂ）、（ｃ）、および（ｄ）の任意の組み合わせ、
この場合において、ＩＴＲ配列全体またはＩＴＲ配列の一部は、当該リモートＡＡＶのＩＴＲに対し、例えば少なくとも９５％の同一性などの顕著な配列同一性を有する核酸配列を含み、任意でこの場合においてＩＴＲ配列は、キメラ核酸配列を含み、およびこの場合において当該リモートＡＡＶのＩＴＲまたはその一部に対して例えば少なくとも９５％の同一性などの顕著な配列同一性を有するキメラ核酸配列の一部は、第二のＡＡＶのＩＴＲまたはその一部に対して例えば少なくとも９５％の同一性などの顕著な配列同一性を有するキメラ核酸配列の一部に動作可能に連結され、この場合において当該第二のＡＡＶは、当該リモートＡＡＶと同一ではなく、およびこの場合において組換えＡＡＶウイルス粒子は、哺乳動物宿主、好ましくは霊長類宿主に感染する能力を有する。
一部の実施形態では、組換えＡＡＶウイルス粒子は、（ｉ）ＡＡＶ ＶＰ１、ＶＰ２およびＶＰ３カプシドタンパク質を含むＡＡＶカプシド、ならびに（ｉｉ）当該ＡＡＶカプシド内にパッケージングされた、ＡＡＶ末端逆位配列（ＩＴＲ）を含む核酸配列、を含み、この場合においてＡＡＶ ＶＰ１カプシドタンパク質、ＡＡＶ ＶＰ１カプシドタンパク質の任意の部分、ＡＡＶ ＶＰ２カプシドタンパク質、ＡＡＶ ＶＰ２カプシドタンパク質の任意の部分、ＡＡＶ ＶＰ３カプシドタンパク質、およびＡＡＶ ＶＰ３カプシドタンパク質の任意の部分のうちの少なくとも一つは、リモートＡＡＶのカプシドタンパク質またはその一部のアミノ酸配列に対し、例えば少なくとも９５％の同一性など顕著な配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、
この場合において当該ＩＴＲ配列、またはその一部は、第二のＡＡＶのＩＴＲ配列またはその一部に対し、例えば少なくとも９５％の同一性など、顕著な配列同一性を有する核酸配列を含み、この場合において当該第二のＡＡＶは、当該リモートＡＡＶと同一ではなく、
当該組換えＡＡＶウイルス粒子は、哺乳動物の宿主、好ましくは霊長類の宿主に感染する能力を有し、および
任意で、ＡＡＶ ＶＰ１、ＶＰ２、およびＶＰ３カプシドタンパク質の少なくとも一つは、以下からなる群から選択される改変を含む：
（ａ）タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーであって、当該タンパク質：タンパク質結合ペアは、ＡＡＶウイルス粒子の指向性を指導する、第一のメンバー、
（ｂ）検出可能な標識、
（ｃ）点変異であって、好ましくは、当該点変異は、ＡＡＶウイルス粒子の本来の指向性を低下させ、および／または検出可能な標識を生成する、点変異、および
（ｄ）（ａ）～（ｃ）の任意の組み合わせ。
この場合において当該ＩＴＲ配列、またはその一部は、第二のＡＡＶのＩＴＲ配列またはその一部に対し、例えば少なくとも９５％の同一性など、顕著な配列同一性を有する核酸配列を含み、この場合において当該第二のＡＡＶは、当該リモートＡＡＶと同一ではなく、
当該組換えＡＡＶウイルス粒子は、哺乳動物の宿主、好ましくは霊長類の宿主に感染する能力を有し、および
任意で、ＡＡＶ ＶＰ１、ＶＰ２、およびＶＰ３カプシドタンパク質の少なくとも一つは、以下からなる群から選択される改変を含む：
（ａ）タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーであって、当該タンパク質：タンパク質結合ペアは、ＡＡＶウイルス粒子の指向性を指導する、第一のメンバー、
（ｂ）検出可能な標識、
（ｃ）点変異であって、好ましくは、当該点変異は、ＡＡＶウイルス粒子の本来の指向性を低下させ、および／または検出可能な標識を生成する、点変異、および
（ｄ）（ａ）～（ｃ）の任意の組み合わせ。
一部の実施形態では、組換えＡＡＶウイルス粒子は、（ｉ）ＡＡＶ ＶＰ１、ＶＰ２およびＶＰ３カプシドタンパク質を含むＡＡＶカプシド、ならびに（ｉｉ）当該ＡＡＶカプシド内にパッケージングされた、ＡＡＶ末端逆位配列（ＩＴＲ）を含む核酸配列、を含み、この場合においてＡＡＶ ＶＰ１カプシドタンパク質、ＡＡＶ ＶＰ１カプシドタンパク質の任意の部分、ＡＡＶ ＶＰ２カプシドタンパク質、ＡＡＶ ＶＰ２カプシドタンパク質の任意の部分、ＡＡＶ ＶＰ３カプシドタンパク質、およびＡＡＶ ＶＰ３カプシドタンパク質の任意の部分のうちの少なくとも一つは、（Ａ）リモートＡＡＶカプシドタンパク質またはその一部のアミノ酸配列に対し、例えば少なくとも９５％の同一性などの顕著な配列同一性を有するアミノ酸配列、を含むキメラアミノ酸配列を含み、（Ａ）は、（Ｂ）第二のＡＡＶカプシドタンパク質またはその一部のアミノ酸配列に対し、例えば少なくとも９５％の同一性などの顕著な配列同一性を有するアミノ酸配列、に動作可能に連結され、この場合において当該第二のＡＡＶは、当該リモートＡＡＶと同一ではなく、この場合において当該組換えＡＡＶウイルス粒子は、哺乳動物宿主、好ましくは霊長類宿主に感染する能力を有し、ならびに任意で、キメラアミノ酸配列を含む、ＡＡＶ ＶＰ１カプシドタンパク質、ＡＡＶ ＶＰ１カプシドタンパク質の任意の部分、ＡＡＶ ＶＰ２カプシドタンパク質、ＡＡＶ ＶＰ２カプシドタンパク質の任意の部分、ＡＡＶ ＶＰ３カプシドタンパク質、およびＡＡＶ ＶＰ３カプシドタンパク質の任意の部分のうちの少なくとも一つはさらに、以下からなる群から選択される改変を含む：
（ａ）タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバー、
（ｂ）検出可能な標識、および
（ｃ）（ａ）と（ｂ）の組み合わせ。
（ａ）タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバー、
（ｂ）検出可能な標識、および
（ｃ）（ａ）と（ｂ）の組み合わせ。
本発明の一部の実施形態では、ＡＡＶウイルス粒子は、ＡＡＶカプシドを含み、この場合において当該ＡＡＶカプシドの少なくとも一つのＡＡＶカプシドタンパク質（例えば、ＡＡＶ ＶＰ１カプシドタンパク質、ＡＡＶ ＶＰ２カプシドタンパク質、および／またはＡＡＶ ＶＰ３カプシドタンパク質）は、非霊長類動物ＡＡＶのカプシドタンパク質、リモートＡＡＶのカプシドタンパク質、およびそれらの組み合わせからなる群から選択されるカプシドタンパク質のアミノ酸配列の少なくとも一部を含み、この場合において当該ＡＡＶカプシドの少なくとも一つのＡＡＶカプシドタンパク質は、改変されて、（ａ）タンパク質：タンパク質結合ペアの少なくとも第一のメンバー、（ｂ）検出可能な標識、（ｃ）点変異、（ｄ）非霊長類動物ＡＡＶのカプシドタンパク質、リモートＡＡＶのカプシドタンパク質、またはそれらの組み合わせからなる群から選択されるカプシドタンパク質のアミノ酸配列に動作可能に連結される、例えば第二など、他のＡＡＶカプシドタンパク質のアミノ酸配列の一部を含むキメラアミノ酸配列、ならびに（ｅ）（ａ）、（ｂ）、（ｃ）および（ｄ）の任意の組み合わせ、を含む。本発明の一部の実施形態では、ＡＡＶウイルス粒子は、ＡＡＶカプシドを含み、この場合において当該ＡＡＶカプシドまたはその一部の少なくとも一つのＡＡＶカプシドタンパク質（例えば、ＡＡＶ ＶＰ１カプシドタンパク質、ＡＡＶ ＶＰ２カプシドタンパク質、および／またはＡＡＶ ＶＰ３カプシドタンパク質）は、非霊長類動物ＡＡＶのカプシドタンパク質、非霊長類動物ＡＡＶのカプシドタンパク質の一部、リモートＡＡＶのカプシドタンパク質、リモートＡＡＶのカプシドタンパク質の一部、およびそれらの組み合わせからなる群から選択されるカプシドタンパク質に対し、例えば少なくとも９５％の同一性などの顕著な配列同一性を有し、この場合において当該ＡＡＶカプシドの少なくとも一つのＡＡＶカプシドタンパク質は、改変されて、（ａ）タンパク質：タンパク質結合ペアの少なくとも第一のメンバー、（ｂ）検出可能な標識、（ｃ）点変異、（ｄ）非霊長類動物ＡＡＶのカプシドタンパク質、リモートＡＡＶのカプシドタンパク質、またはそれらの組み合わせからなる群から選択されるカプシドタンパク質のアミノ酸配列に動作可能に連結される、例えば第二など、他のＡＡＶカプシドタンパク質のアミノ酸配列の一部を含むキメラアミノ酸配列、ならびに（ｅ）（ａ）、（ｂ）、（ｃ）および（ｄ）の任意の組み合わせ、を含む。本発明の一部の実施形態では、ＡＡＶウイルス粒子は、ＡＡＶカプシドを含み、この場合において当該ＡＡＶカプシドの少なくとも一つのＡＡＶカプシドタンパク質（例えば、ＡＡＶ ＶＰ１カプシドタンパク質、ＡＡＶ ＶＰ２カプシドタンパク質、および／またはＡＡＶ ＶＰ３カプシドタンパク質）は、非霊長類動物ＡＡＶのカプシドタンパク質のアミノ酸配列の少なくとも一部を含み（例えば、この場合において少なくとも一つのＡＡＶカプシドタンパク質は、非霊長類動物ＡＡＶのカプシドタンパク質に対し、例えば少なくとも９５％の同一性などの顕著な配列同一性を有するアミノ酸配列を含む）、この場合において当該ＡＡＶカプシドの少なくとも一つのＡＡＶカプシドタンパク質は、改変されて、（ａ）タンパク質：タンパク質結合ペアの少なくとも第一のメンバー、（ｂ）検出可能な標識、（ｃ）点変異、（ｄ）非霊長類動物ＡＡＶのカプシドのアミノ酸配列に動作可能に連結される、例えば第二など、他のＡＡＶカプシドタンパク質のアミノ酸配列の一部を含むキメラアミノ酸配列、ならびに（ｅ）（ａ）、（ｂ）、（ｃ）および（ｄ）の任意の組み合わせ、を含む。
本発明の一部の実施形態では、ＡＡＶウイルス粒子は、ＡＡＶカプシドを含み、この場合において当該ＡＡＶカプシドの少なくとも一つのＡＡＶカプシドタンパク質（例えば、ＡＡＶ ＶＰ１カプシドタンパク質、ＡＡＶ ＶＰ２カプシドタンパク質、および／またはＡＡＶ ＶＰ３カプシドタンパク質）は、リモートＡＡＶのカプシドタンパク質のアミノ酸配列の少なくとも一部を含み（例えば、この場合において少なくとも一つのＡＡＶカプシドタンパク質は、リモートＡＡＶのカプシドタンパク質に対し、例えば少なくとも９５％の同一性などの顕著な配列同一性を有するアミノ酸配列を含む）、この場合において当該ＡＡＶカプシドの少なくとも一つのＡＡＶカプシドタンパク質は、改変されて、（ａ）タンパク質：タンパク質結合ペアの少なくとも第一のメンバー、（ｂ）検出可能な標識、（ｃ）点変異、（ｄ）リモートＡＡＶのカプシドタンパク質のアミノ酸配列に動作可能に連結される、例えば第二など、他のＡＡＶカプシドタンパク質のアミノ酸配列の一部を含むキメラアミノ酸配列、ならびに（ｅ）（ａ）、（ｂ）、（ｃ）および（ｄ）の任意の組み合わせ、を含む。
本発明の一部の実施形態では、ＡＡＶウイルス粒子は、（Ａ）（ｉ）非霊長類動物ＡＡＶのカプシドタンパク質のアミノ酸配列、（ｉｉ）リモート霊長類ＡＡＶのカプシドタンパク質のアミノ酸配列、および（ｉｉｉ）それらの組み合わせのアミノ酸配列、からなる群から選択されるアミノ酸配列に対し、同一である、または例えば少なくとも９５％の配列同一性などの顕著な同一性を有するアミノ酸配列を含む、例えばＡＡＶ ＶＰ１カプシドタンパク質、ＡＡＶ ＶＰ２カプシドタンパク質、および／またはＡＡＶ ＶＰ３カプシドタンパク質などの少なくとも一つのＡＡＶカプシドタンパク質、ならびに（Ｂ）対象ヌクレオチド、および例えば第二など、他のＡＡＶのＩＴＲ配列の少なくとも一部を含むＡＡＶ ＩＴＲ、を含むＡＡＶゲノムであって、当該他のＡＡＶは、非霊長類動物ＡＡＶと同一ではなく、リモート霊長類ＡＡＶとも同一ではないもの、を含む。
本発明の一部の実施形態では、ＡＡＶウイルス粒子は、（Ａ）非霊長類動物ＡＡＶのカプシドタンパク質のアミノ酸配列に対し、同一である、または例えば少なくとも９５％の配列同一性などの顕著な同一性を有するアミノ酸配列を含む、少なくとも一つのＡＡＶカプシドタンパク質（例えば、ＡＡＶ ＶＰ１カプシドタンパク質、ＡＡＶ ＶＰ２カプシドタンパク質、および／またはＡＡＶ ＶＰ３カプシドタンパク質）、ならびに（Ｂ）対象ヌクレオチド、および例えば第二のＡＡＶなど、他のＡＡＶのＩＴＲ配列の少なくとも一部を含むＡＡＶ ＩＴＲ、を含むＡＡＶゲノムであって、当該他のＡＡＶは、当該非霊長類動物ＡＡＶと同一ではないもの、を含む。
本発明の一部の実施形態では、ＡＡＶウイルス粒子は、（Ａ）リモートＡＡＶのカプシドタンパク質のアミノ酸配列に対し、同一である、または例えば少なくとも９５％の配列同一性などの顕著な同一性を有するアミノ酸配列を含む、少なくとも一つのＡＡＶカプシドタンパク質（例えば、ＡＡＶ ＶＰ１カプシドタンパク質、ＡＡＶ ＶＰ２カプシドタンパク質、および／またはＡＡＶ ＶＰ３カプシドタンパク質）、ならびに（Ｂ）対象ヌクレオチド、および例えば第二のＡＡＶなど、他のＡＡＶのＩＴＲ配列の少なくとも一部を含むＡＡＶ ＩＴＲ、を含むＡＡＶゲノムであって、当該他のＡＡＶは、当該リモート霊長類ＡＡＶと同一ではないもの、を含む。
本発明の一部のＡＡＶウイルス粒子の実施形態では、非霊長類動物ＡＡＶのカプシドタンパク質のアミノ酸配列、リモートＡＡＶのカプシドタンパク質のアミノ酸配列、またはそれらの組み合わせに対し、同一である、または例えば少なくとも９５％の配列同一性などの顕著な同一性を有するアミノ酸配列を含むカプシドタンパク質は、改変されて、（ａ）タンパク質：タンパク質結合ペアの少なくとも第一のメンバー、（ｂ）検出可能な標識、（ｃ）点変異を含む。
本発明の一部のＡＡＶウイルス粒子の実施形態では、非霊長類動物ＡＡＶのカプシドタンパク質、リモートＡＡＶのカプシドタンパク質、またはそれらの組み合わせのアミノ酸配列に対し、同一である、または例えば少なくとも９５％の配列同一性などの顕著な同一性を有するアミノ酸配列を含むカプシドタンパク質は、非霊長類動物ＡＡＶのＶＰ３カプシドタンパク質のアミノ酸配列、および／またはリモートＡＡＶのＶＰ３カプシドタンパク質のアミノ酸配列に対し、同一である、または例えば少なくとも９５％の配列同一性などの顕著な同一性を有するアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、非霊長類動物ＡＡＶのカプシドタンパク質、リモートＡＡＶのカプシドタンパク質、またはそれらの組み合わせのアミノ酸配列に対し、同一である、または例えば少なくとも９５％の配列同一性などの顕著な同一性を有するアミノ酸配列を含むカプシドタンパク質は、非霊長類動物ＡＡＶのＶＰ２カプシドタンパク質のアミノ酸配列、および／またはリモートＡＡＶのＶＰ２カプシドタンパク質のアミノ酸配列に対し、同一である、または例えば少なくとも９５％の配列同一性などの顕著な同一性を有するアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、非霊長類動物ＡＡＶのカプシドタンパク質、リモートＡＡＶのカプシドタンパク質、またはそれらの組み合わせのアミノ酸配列に対し、同一である、または例えば少なくとも９５％の配列同一性などの顕著な同一性を有するアミノ酸配列を含むカプシドタンパク質は、非霊長類動物ＡＡＶのＶＰ１カプシドタンパク質のアミノ酸配列、および／またはリモートＡＡＶのＶＰ１カプシドタンパク質のアミノ酸配列に対し、同一である、または例えば少なくとも９５％の配列同一性などの顕著な同一性を有するアミノ酸配列を含む。
本発明の一部のＡＡＶウイルス粒子の実施形態では、当該粒子のカプシドは、（ｉ）（ａ）キメラＡＡＶ ＶＰ１カプシドタンパク質であって、任意で当該キメラＶＰ１カプシドタンパク質は、ＶＰ１／ＶＰ２共通領域に動作可能に連結された例えば第二のＡＡＶなどの他のＡＡＶのＶＰ１固有領域（ＶＰ１－ｕ）、および非霊長類ＡＡＶまたはリモートＡＡＶのＶＰ３領域を含むもの、または（ｂ）非霊長類ＡＡＶもしくはリモートＡＡＶのＶＰ１カプシドタンパク質、のいずれかであるＶＰ１カプシドタンパク質、（ｉｉ）（ａ）キメラＡＡＶ ＶＰ２カプシドタンパク質であって、任意で当該キメラＶＰ２カプシドタンパク質は、非霊長類ＡＡＶまたはリモートＡＡＶのＶＰ３領域に動作可能に連結された例えば第二のＡＡＶなどの他のＡＡＶのＶＰ１／ＶＰ２共通領域を含むもの、または（ｂ）非霊長類ＡＡＶもしくはリモートＡＡＶのＶＰ２カプシドタンパク質、のいずれかであるＶＰ２カプシドタンパク質、および（ｉｉｉ）非霊長類ＡＡＶまたはリモートＡＡＶのＶＰ３カプシドタンパク質、を含む。一部の実施形態では、当該粒子のカプシドは、（ｉ）キメラＡＡＶ ＶＰ１カプシドタンパク質であって、任意で当該キメラＶＰ１カプシドタンパク質は、ＶＰ１／ＶＰ２共通領域に動作可能に連結された例えば第二のＡＡＶなどの他のＡＡＶのＶＰ１固有領域（ＶＰ１－ｕ）、および非霊長類ＡＡＶまたはリモートＡＡＶのＶＰ３領域を含むもの、（ｉｉ）キメラＡＡＶ ＶＰ２カプシドタンパク質であって、任意で当該キメラＶＰ２カプシドタンパク質は、非霊長類ＡＡＶまたはリモートＡＡＶのＶＰ３領域に動作可能に連結された例えば第二のＡＡＶなどの他のＡＡＶのＶＰ１／ＶＰ２共通領域を含むもの、および（ｉｉｉ）非霊長類ＡＡＶまたはリモートＡＡＶのＶＰ３カプシドタンパク質、を含む。一部の実施形態では、当該粒子のカプシドは、（ｉ）キメラＡＡＶ ＶＰ１カプシドタンパク質であって、任意で当該キメラＶＰ１カプシドタンパク質は、ＶＰ１／ＶＰ２共通領域に動作可能に連結された例えば第二のＡＡＶなどの他のＡＡＶのＶＰ１固有領域（ＶＰ１－ｕ）、および非霊長類ＡＡＶまたはリモートＡＡＶのＶＰ３領域を含むもの、（ｉｉ）非霊長類ＡＡＶまたはリモートＡＡＶのＶＰ２カプシドタンパク質、および（ｉｉｉ）非霊長類ＡＡＶまたはリモートＡＡＶのＶＰ３カプシドタンパク質、を含む。一部の実施形態では、カプシドは、（ｉ）非霊長類ＡＡＶまたはリモートＡＡＶのＶＰ１カプシドタンパク質、（ｉｉ）非霊長類ＡＡＶまたはリモートＡＡＶのＶＰ２カプシドタンパク質、および（ｉｉｉ）非霊長類ＡＡＶまたはリモートＡＡＶのＶＰ３カプシドタンパク質、を含み、および任意でこの場合において当該粒子は、当該カプシド内に、例えば第二のＡＡＶなどの他のＡＡＶのＩＴＲ配列の少なくとも一部を含むＡＡＶ ＩＴＲを含むＡＡＶゲノムを含む。一部の実施形態では、他のＡＡＶは、非霊長類動物ＡＡＶと同一ではない。
一部の組換えＡＡＶウイルス粒子の実施形態では、（ｉ）ＶＰ１カプシドタンパク質は、（ａ）キメラアミノ酸配列であって、任意でキメラＡＡＶ ＶＰ１カプシドタンパク質のＶＰ１固有領域（ＶＰ１－ｕ）は、第二のＡＡＶのＶＰ１－ｕのアミノ酸配列に対し、例えば少なくとも９５％の同一性などの顕著な配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、この場合において、キメラＡＡＶ ＶＰ１カプシドのＶＰ１／ＶＰ２共通領域およびＶＰ３領域は、非霊長類動物ＡＡＶのＶＰ１／ＶＰ２共通領域およびＶＰ３領域のアミノ酸配列に対し、例えば少なくとも９５％の同一性などの顕著な配列同一性を有するアミノ酸配列を含むもの、または（ｂ）非霊長類動物ＡＡＶのＶＰ１カプシドタンパク質に対し、例えば少なくとも９５％の同一性などの顕著な配列同一性を有するアミノ酸配列、のいずれかを含み、（ｉｉ）ＶＰ２カプシドタンパク質は、（ａ）キメラアミノ酸配列であって、任意でキメラＡＡＶ ＶＰ２カプシドタンパク質のＶＰ１／ＶＰ２共通領域は、第二のＡＡＶのＶＰ１／ＶＰ２共通領域のアミノ酸配列に対し、例えば少なくとも９５％の同一性などの顕著な配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、この場合において、キメラＶＰ２カプシドタンパク質のＶＰ３領域は、非霊長類動物ＡＡＶのＶＰ３領域に対し、少なくとも９５％の同一性を含むもの、または（ｂ）非霊長類動物ＡＡＶのＶＰ２カプシドタンパク質に対し、例えば少なくとも９５％の同一性などの顕著な配列同一性を有するアミノ酸配列、のいずれかを含み、および（ｉｉｉ）ＶＰ３カプシドタンパク質は、非霊長類動物ＡＡＶ ＶＰ３カプシドタンパク質のアミノ酸配列に対し、例えば少なくとも９５％の同一性などの顕著な配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、（ｉ）ＶＰ１カプシドタンパク質は、キメラアミノ酸配列を含み、任意でキメラＡＡＶ ＶＰ１カプシドタンパク質のＶＰ１固有領域（ＶＰ１－ｕ）は、第二のＡＡＶのＶＰ１－ｕのアミノ酸配列に対し、例えば少なくとも９５％の同一性などの顕著な配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、この場合において、キメラＡＡＶ ＶＰ１カプシドのＶＰ１／ＶＰ２共通領域およびＶＰ３領域は、非霊長類動物ＡＡＶのＶＰ１／ＶＰ２共通領域およびＶＰ３領域のアミノ酸配列に対し、例えば少なくとも９５％の同一性などの顕著な配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、（ｉｉ）ＶＰ２カプシドタンパク質は、キメラアミノ酸配列を含み、任意でキメラＡＡＶ ＶＰ２カプシドタンパク質のＶＰ１／ＶＰ２共通領域は、第二のＡＡＶのＶＰ１／ＶＰ２共通領域のアミノ酸配列に対し、例えば少なくとも９５％の同一性などの顕著な配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、この場合において、キメラＶＰ２カプシドタンパク質のＶＰ３領域は、非霊長類動物ＡＡＶのＶＰ３領域に対し、少なくとも９５％の同一性を含み、および（ｉｉｉ）ＶＰ３カプシドタンパク質は、非霊長類動物ＡＡＶのＶＰ３カプシドタンパク質のアミノ酸配列に対し、例えば少なくとも９５％の同一性などの顕著な配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、（ｉ）ＡＡＶ ＶＰ１カプシドタンパク質は、キメラアミノ酸配列を含み、任意でキメラＡＡＶ ＶＰ１カプシドタンパク質のＶＰ１固有領域（ＶＰ１－ｕ）は、第二のＡＡＶのＶＰ１－ｕのアミノ酸配列に対し、例えば少なくとも９５％の同一性などの顕著な配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、この場合において、キメラＡＡＶ ＶＰ１カプシドのＶＰ１／ＶＰ２共通領域およびＶＰ３領域は、非霊長類動物ＡＡＶのＶＰ１／ＶＰ２共通領域およびＶＰ３領域のアミノ酸配列に対し、例えば少なくとも９５％の同一性などの顕著な配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、（ｉｉ）ＶＰ２カプシドタンパク質は、非霊長類動物ＡＡＶのＶＰ２カプシドタンパク質のアミノ酸配列に対し、例えば少なくとも９５％の同一性などの顕著な配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、および（ｉｉｉ）ＶＰ３カプシドタンパク質は、非霊長類動物ＡＡＶのＶＰ３カプシドタンパク質のアミノ酸配列に対し、例えば少なくとも９５％の同一性などの顕著な配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、（ｉ）ＶＰ１カプシドタンパク質は、非霊長類動物ＡＡＶのＶＰ１カプシドタンパク質のアミノ酸配列に対し、例えば少なくとも９５％の同一性などの顕著な配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、（ｉｉ）ＶＰ２カプシドタンパク質は、非霊長類動物ＡＡＶのＶＰ２カプシドタンパク質のアミノ酸配列に対し、例えば少なくとも９５％の同一性などの顕著な配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、および（ｉｉｉ）ＶＰ３カプシドタンパク質は、非霊長類動物ＡＡＶのＶＰ３カプシドタンパク質のアミノ酸配列に対し、例えば少なくとも９５％の同一性などの顕著な配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、および任意でこの場合において当該粒子は、当該カプシド内に、例えば第二のＡＡＶなどの他のＡＡＶのＩＴＲ配列の少なくとも一部を含むＡＡＶ ＩＴＲを含むＡＡＶゲノムを含む。一部の実施形態では、他のＡＡＶは、非霊長類動物ＡＡＶと同一ではない。
本発明の一部のＡＡＶウイルス粒子の実施形態では、例えば第二のＡＡＶなどの他のＡＡＶは、霊長類ＡＡＶであるか、または霊長類ＡＡＶの組み合わせである。一部の実施形態では、他のＡＡＶは、ＡＡＶ１、ＡＡＶ２、ＡＡＶ３、ＡＡＶ４、ＡＡＶ５、ＡＡＶ６、ＡＡＶ７、ＡＡＶ８、ＡＡＶ９、ＡＡＶ１０、ＡＡＶ１１、ＡＡＶ１２、ＡＡＶ１３、およびそれらの組み合わせからなる群から選択される。一部の実施形態では、他のＡＡＶは、ＡＡＶ２である。
本発明の一部のＡＡＶウイルス粒子の実施形態では、非霊長類動物ＡＡＶは、表２に列挙される非霊長類ＡＡＶである。一部の実施形態では、非霊長類ＡＡＶは、鳥類ＡＡＶ（ＡＡＡＶ）、アシカ（ｓｅａ ｌｉｏｎ）ＡＡＶ、またはフトアゴヒゲトカゲ（ｂｅａｒｄｅｄ ｄｒａｇｏｎ）ＡＡＶである。一部の実施形態では、非霊長類動物ＡＡＶは、ＡＡＡＶであり、任意でＡＡＡＶカプシドタンパク質のアミノ酸配列は、ＡＡＡＶのＶＰ１カプシドタンパク質のＩ４４４位またはＩ５８０位で改変を含む。一部の実施形態では、非霊長類動物のＡＡＶは、例えば、フトアゴヒゲトカゲＡＡＶなどの有隣目ＡＡＶであり、任意でフトアゴヒゲトカゲＡＡＶのアミノ酸配列は、フトアゴヒゲトカゲＡＡＶのＶＰ１カプシドタンパク質のＩ５７３位またはＩ４３６位で改変を含む。一部の実施形態では、非霊長類動物ＡＡＶは、哺乳動物ＡＡＶ、例えばアシカＡＡＶであり、任意でアシカＡＡＶのアミノ酸配列は、アシカＡＡＶのＶＰ１カプシドタンパク質のＩ４２９、Ｉ４３０、Ｉ４３１、Ｉ４３２、Ｉ４３３、Ｉ４３４、Ｉ４３６、Ｉ４３７、およびＡ５６５からなる群から選択される位置で改変を含む。
本発明の一部のＡＡＶウイルス粒子の実施形態では、タンパク質：タンパク質結合ペアは、ＳｐｙＴａｇ：ＳｐｙＣａｔｃｈｅｒ、ＳｐｙＴａｇ：ＫＴａｇ、Ｉｓｏｐｅｐｔａｇ：ｐｉｌｉｎ Ｃ、ＳｎｏｏｐＴａｇ：ＳｎｏｏｐＣａｔｃｈｅｒ、およびＳｐｙＴａｇ００２：ＳｐｙＣａｔｃｈｅｒ００２から選択される。一部の実施形態では、タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーは、配列番号４４として記載される配列を含むｃ－ｍｙｃを含む。一部の実施形態では、検出可能な標識は、ＩＧＴＲＹＬＴＲ（配列番号４５）のアミノ酸配列を含むＢ１エピトープを含む。
一部の実施形態では、本発明のＡＡＶ粒子は、非霊長類動物ＡＡＶ、リモートＡＡＶ、またはそれらの組み合わせのＶＰ３カプシドタンパク質を含み、この場合において当該ＶＰ３カプシドタンパク質は改変されて、（ａ）タンパク質：タンパク質結合ペアの少なくとも第一のメンバーであって、任意で当該タンパク質：タンパク質結合ペアは、ＳｐｙＴａｇ：ＳｐｙＣａｔｃｈｅｒ、ＳｐｙＴａｇ：ＫＴａｇ、Ｉｓｏｐｅｐｔａｇ：ｐｉｌｉｎ Ｃ、ＳｎｏｏｐＴａｇ：ＳｎｏｏｐＣａｔｃｈｅｒ、およびＳｐｙＴａｇ００２：ＳｐｙＣａｔｃｈｅｒ００２からなる群から選択されるもの、（ｂ）検出可能な標識であって、任意で当該検出可能な標識は、配列番号４４として記載されるアミノ酸配列または配列番号４５として記載されるアミノ酸配列を含むもの、（ｃ）点変異、または（ｄ）（ａ）、（ｂ）、および（ｃ）の任意の組み合わせ、を含む。一部の実施形態では、非霊長類動物ＡＡＶ、リモートＡＡＶ、またはそれらの組み合わせのＶＰ３カプシドタンパク質は、改変されて、（ａ）配列番号４３として記載されるアミノ酸配列を含む少なくともＳｐｙＴａｇ、および／または（ｂ）配列番号４５として記載されるアミノ酸配列を含む検出可能な標識を含む。
一部の実施形態では、本発明のＡＡＶ粒子は、タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーおよび／または検出可能な標識を、当該ＡＡＶ粒子のカプシドのカプシドタンパク質に動作可能に連結する第一および／または第二のリンカーを含む。一部の実施形態では、第一および第二のリンカーは、同一ではない。一部の実施形態では、第一および第二のリンカーは、同一である。一部の実施形態では、第一および第二のリンカーは、１０アミノ酸の長さである。
本発明の一部のウイルス粒子の実施形態では、ＶＰ１、ＶＰ２、およびＶＰ３カプシドタンパク質のうちの少なくとも一つ、任意で少なくともＶＰ３カプシドは、改変されて、（ａ）タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバー、（ｂ）検出可能な標識、（ｃ）点変異、または（ｄ）（ａ）、（ｂ）、および／または（ｃ）の任意の組み合わせ、を含む。一部の実施形態では、タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバー、および／または検出可能な標識、または点変異は、カプシドタンパク質の可変領域内に配置される。一部の実施形態では、タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバー、または検出可能な標識は、第一のリンカーおよび／または第二のリンカーに隣接される。一部の実施形態では、第一および／または第二のリンカーは、１～１０アミノ酸の長さである。一部の実施形態では、第一および第二のリンカーは、同一ではない。一部の実施形態では、第一および第二のリンカーは、同一である。
一部のウイルス粒子の実施形態では、ＡＡＡＶ ＶＰ３カプシドタンパク質は、改変、任意でタンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーを含み、任意でこの場合において当該改変は、Ｉ４４４位（例えば、Ｇ４４４）および／またはＩ５８０位（例えば、Ｋ５８０）にある。一部の実施形態では、ＡＡＡＶ ＶＰ３カプシドタンパク質は、改変、任意でタンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーを含み、任意でこの場合において当該改変は、Ｉ４４４位（例えば、Ｇ４４４）および／またはＩ５８０位（例えば、Ｋ５８０）にある。一部の実施形態では、フトアゴヒゲトカゲＡＡＶ ＶＰ３カプシドタンパク質は、改変、任意でタンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーを含み、任意でこの場合において当該改変は、Ｉ５７３位（例えば、Ｔ５７３）および／またはＩ４３６位（例えば、Ｇ４３６）にある。一部の実施形態では、アシカＶＰ３カプシドタンパク質は、改変、任意でタンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーを含み、任意でこの場合において当該改変は、Ｉ４２９（例えば、Ｎ４２９）、Ｉ４３０（例えば、Ｐ４３０）、Ｉ４３１（例えば、Ｔ４３１）、Ｉ４３２（例えば、Ｇ４３２）、Ｉ４３３（例えば、Ｓ４３３）、Ｉ４３４（例えば、Ｔ４３４）、Ｉ４３６（例えば、Ｒ４３６）、Ｉ４３７（例えば、Ｄ４３７）、およびＩ５６５（Ａ５６５）からなる群から選択される位置にある。
本発明の一部のウイルス粒子の実施形態では、少なくとも一つのカプシドタンパク質、任意で少なくともＶＰ３カプシドは、改変されて、タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーを含む。一部の実施形態では、タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーは、タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーを含む。一部の実施形態では、タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーは、タンパク質：タンパク質結合ペアの第二の同族メンバーを含む。一部の実施形態では、タンパク質：タンパク質結合ペアの第一および第二のメンバーは、例えばイソペプチド結合などの共有結合により結合される。一部の実施形態では、タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーは、ＳｐｙＴａｇであり、および任意で、タンパク質：タンパク質結合ペアの第二のメンバーは、ＳｐｙＣａｔｃｈｅｒまたはＫＴａｇである。一部の実施形態では、タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーは、ＫＴａｇであり、および任意で、タンパク質：タンパク質結合ペアの第二のメンバーは、ＳｐｙＴａｇである。一部の実施形態では、タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーは、ＳｎｏｏｐＴａｇであり、タンパク質：タンパク質結合ペアの第二のメンバーは、ＳｎｏｏｐＣａｔｃｈｅｒである。一部の実施形態では、タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーは、ｉｓｏｐｅｐｔａｇであり、タンパク質：タンパク質結合ペアの第二のメンバーは、Ｐｉｌｉｎ－Ｃである。一部の実施形態では、タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーは、ＳｐｙＴａｇ００２であり、タンパク質：タンパク質結合ペアの第二のメンバーは、ＳｐｙＣａｔｃｈｅｒ００２である。一部の実施形態では、タンパク質：タンパク質結合ペアの第二のメンバーは、例えば抗体またはその断片などの結合部分などの標的化リガンドに連結される。一部の実施形態では、標的化リガンドは、例えばＳｐｙＣａｔｃｈｅｒなどのタンパク質：タンパク質結合ペアの第二のメンバーに、任意でリンカーを介して第二のメンバーのＣ末端で融合されてもよく、当該リンカーは、当該リンカーのＣ末端でＳｐｙＣａｔｃｈｅｒに融合される。一部の実施形態では、リンカーは、配列ＧＳＧＥＳＧ（配列番号４９）を含む。一部の実施形態では、タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーは、検出可能な標識を含む。一部の実施形態では、タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーは、検出可能な標識のｃ－ｍｙｃを含む。
本発明の一部のウイルス粒子の実施形態では、少なくとも一つのカプシドタンパク質、任意で少なくともＶＰ３カプシドは、改変されて、検出可能な標識を含む。一部の実施形態では、検出可能な標識は、例えば、ＩＧＴＲＹＬＴＲ（配列番号４５）のアミノ酸配列などのＡＡＶ Ｂ１エピトープを含む。
本発明の一部のウイルス粒子の実施形態では、少なくとも一つのカプシドタンパク質、任意で少なくともＶＰ３カプシドは、改変されて、
（ａ）タンパク質：タンパク質結合ペアの少なくとも一つのメンバーを含む、タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーであって、任意でこの場合において、当該タンパク質：タンパク質結合ペアは、ＳｐｙＴａｇ：ＳｐｙＣａｔｃｈｅｒ、ＳｐｙＴａｇ：ＫＴａｇ、Ｉｓｏｐｅｐｔａｇ：ｐｉｌｉｎ－Ｃ、ＳｎｏｏｐＴａｇ：ＳｎｏｏｐＣａｔｃｈｅｒ、ＳｐｙＴａｇ００２：ＳｐｙＣａｔｃｈｅｒ００２、およびｃ－ｍｙｃ：ａｎｔｉ－ｃ－ｍｙｃ抗体からなる群から選択されるもの、
（ｂ）検出可能な標識であって、任意でこの場合において、当該検出可能な標識は、配列番号４４として記載されるアミノ酸配列、または配列番号４５として記載されるアミノ酸配列を含むもの、
（ｃ）点変異、または
（ｄ）（ａ）、（ｂ）、および（ｃ）の任意の組み合わせ、を含む。
（ａ）タンパク質：タンパク質結合ペアの少なくとも一つのメンバーを含む、タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーであって、任意でこの場合において、当該タンパク質：タンパク質結合ペアは、ＳｐｙＴａｇ：ＳｐｙＣａｔｃｈｅｒ、ＳｐｙＴａｇ：ＫＴａｇ、Ｉｓｏｐｅｐｔａｇ：ｐｉｌｉｎ－Ｃ、ＳｎｏｏｐＴａｇ：ＳｎｏｏｐＣａｔｃｈｅｒ、ＳｐｙＴａｇ００２：ＳｐｙＣａｔｃｈｅｒ００２、およびｃ－ｍｙｃ：ａｎｔｉ－ｃ－ｍｙｃ抗体からなる群から選択されるもの、
（ｂ）検出可能な標識であって、任意でこの場合において、当該検出可能な標識は、配列番号４４として記載されるアミノ酸配列、または配列番号４５として記載されるアミノ酸配列を含むもの、
（ｃ）点変異、または
（ｄ）（ａ）、（ｂ）、および（ｃ）の任意の組み合わせ、を含む。
本発明の一部のウイルス粒子の実施形態では、少なくとも一つのカプシドタンパク質、任意で少なくともＶＰ３カプシドは、改変されて、
（ａ）配列番号４３として記載されるアミノ酸配列を含む少なくともＳｐｙＴａｇを含むタンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバー、および／または
（ｂ）配列番号４５として記載されるアミノ酸配列を含む検出可能な標識、を含む。
（ａ）配列番号４３として記載されるアミノ酸配列を含む少なくともＳｐｙＴａｇを含むタンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバー、および／または
（ｂ）配列番号４５として記載されるアミノ酸配列を含む検出可能な標識、を含む。
一部の実施形態では、本発明のＡＡＶ粒子は、（ａ）配列番号２として記載されるアミノ酸配列、（ｂ）配列番号４として記載されるアミノ酸配列、
（ｃ）配列番号６として記載されるアミノ酸配列、（ｄ）配列番号８として記載されるアミノ酸配列、（ｅ）配列番号１０として記載されるアミノ酸配列、（ｆ）配列番号１２として記載されるアミノ酸配列、（ｇ）配列番号１４として記載されるアミノ酸配列、（ｈ）配列番号１６として記載されるアミノ酸配列、（ｉ）配列番号１８として記載されるアミノ酸配列、（ｊ）配列番号２０として記載されるアミノ酸配列、（ｋ）配列番号２２として記載されるアミノ酸配列、（ｌ）配列番号２４として記載されるアミノ酸配列、（ｍ）配列番号２６として記載されるアミノ酸配列、（ｎ）配列番号２８として記載されるアミノ酸配列、（ｏ）配列番号３０として記載されるアミノ酸配列、（ｐ）配列番号３２として記載されるアミノ酸配列、（ｑ）配列番号３４として記載されるアミノ酸配列、（ｒ）配列番号３６として記載されるアミノ酸配列、（ｓ）配列番号５３として記載されるアミノ酸配列、（ｔ）配列番号５５として記載されるアミノ酸配列、（ｕ）配列番号５７として記載されるアミノ酸配列、（ｖ）配列番号５９として記載されるアミノ酸配列、（ｗ）配列番号６１として記載されるアミノ酸配列、（ｘ）配列番号６３として記載されるアミノ酸配列、（ｙ）配列番号６５として記載されるアミノ酸配列、（ｚ）配列番号６７として記載されるアミノ酸配列、（ａａ）配列番号６９として記載されるアミノ酸配列、（ｂｂ）配列番号７１として記載されるアミノ酸配列、（ｃｃ）配列番号２、配列番号４、配列番号６、配列番号８、配列番号１０、配列番号１２、配列番号１４、配列番号１６、配列番号１８、配列番号２０、配列番号２２、配列番号２４、配列番号２６、配列番号２８、配列番号３０、配列番号３２、配列番号３４、配列番号３６、配列番号５３、配列番号５５、配列番号５７、配列番号５９、配列番号６１、配列番号６３、配列番号６５、配列番号６７、配列番号６９、または配列番号７１に対し、少なくとも９５％の同一性を有するアミノ酸配列、および（ｄｄ）（ａ）～（ｃｃ）のいずれかに記載されるアミノ酸配列の任意のＶＰ２部分および／またはＶＰ３部分のアミノ酸配列、からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むカプシドタンパク質を含む。
（ｃ）配列番号６として記載されるアミノ酸配列、（ｄ）配列番号８として記載されるアミノ酸配列、（ｅ）配列番号１０として記載されるアミノ酸配列、（ｆ）配列番号１２として記載されるアミノ酸配列、（ｇ）配列番号１４として記載されるアミノ酸配列、（ｈ）配列番号１６として記載されるアミノ酸配列、（ｉ）配列番号１８として記載されるアミノ酸配列、（ｊ）配列番号２０として記載されるアミノ酸配列、（ｋ）配列番号２２として記載されるアミノ酸配列、（ｌ）配列番号２４として記載されるアミノ酸配列、（ｍ）配列番号２６として記載されるアミノ酸配列、（ｎ）配列番号２８として記載されるアミノ酸配列、（ｏ）配列番号３０として記載されるアミノ酸配列、（ｐ）配列番号３２として記載されるアミノ酸配列、（ｑ）配列番号３４として記載されるアミノ酸配列、（ｒ）配列番号３６として記載されるアミノ酸配列、（ｓ）配列番号５３として記載されるアミノ酸配列、（ｔ）配列番号５５として記載されるアミノ酸配列、（ｕ）配列番号５７として記載されるアミノ酸配列、（ｖ）配列番号５９として記載されるアミノ酸配列、（ｗ）配列番号６１として記載されるアミノ酸配列、（ｘ）配列番号６３として記載されるアミノ酸配列、（ｙ）配列番号６５として記載されるアミノ酸配列、（ｚ）配列番号６７として記載されるアミノ酸配列、（ａａ）配列番号６９として記載されるアミノ酸配列、（ｂｂ）配列番号７１として記載されるアミノ酸配列、（ｃｃ）配列番号２、配列番号４、配列番号６、配列番号８、配列番号１０、配列番号１２、配列番号１４、配列番号１６、配列番号１８、配列番号２０、配列番号２２、配列番号２４、配列番号２６、配列番号２８、配列番号３０、配列番号３２、配列番号３４、配列番号３６、配列番号５３、配列番号５５、配列番号５７、配列番号５９、配列番号６１、配列番号６３、配列番号６５、配列番号６７、配列番号６９、または配列番号７１に対し、少なくとも９５％の同一性を有するアミノ酸配列、および（ｄｄ）（ａ）～（ｃｃ）のいずれかに記載されるアミノ酸配列の任意のＶＰ２部分および／またはＶＰ３部分のアミノ酸配列、からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むカプシドタンパク質を含む。
本発明の一部のウイルス粒子の実施形態では、ＡＡＶ ＶＰ１、ＶＰ２、およびＶＰ３カプシドタンパク質のうちの少なくとも一つは、改変、例えばタンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーを含み、ウイルス粒子は、任意で当該改変を除けば、ＡＡＶ ＶＰ１、ＶＰ２およびＶＰ３カプシドタンパク質のうちの少なくとも一つに相当するカプシドタンパク質である参照カプシドタンパク質をさらに含み、それにより当該カプシドは、モザイクカプシドとなる。一部の実施形態では、モザイクカプシドは、タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーで改変されたＶＰ１カプシドタンパク質、および参照ＶＰ１カプシドタンパク質を含む。一部の実施形態では、モザイクカプシドは、タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーで改変されたＶＰ２カプシドタンパク質、および参照ＶＰ２カプシドタンパク質を含む。一部の実施形態では、モザイクカプシドは、タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーで改変されたＶＰ３カプシドタンパク質、および参照ＶＰ３カプシドタンパク質を含む。
また、本発明のＡＡＶカプシドタンパク質を含む、本発明のウイルス粒子も記載される。本発明の一部の実施形態では、本発明のＡＡＶカプシドタンパク質は、非霊長類動物ＡＡＶまたはリモートＡＡＶのカプシドタンパク質のアミノ酸配列に対し、同一である、または例えば少なくとも９５％の配列同一性などの顕著な同一性を有する、アミノ酸配列を含み、この場合において当該ＡＡＶカプシドタンパク質は、（ａ）キメラＡＡＶ ＶＰ１カプシドタンパク質であって、任意でこの場合において当該キメラ動物ＡＡＶ ＶＰ１カプシドタンパク質は、改変されて、タンパク質：タンパク質結合ペアの少なくとも第一のメンバー、検出可能な標識、および／または点変異を含むもの、（ｂ）改変されて、タンパク質：タンパク質結合ペアの少なくとも第一のメンバー、および／または検出可能な標識を含む、非キメラＡＡＶ ＶＰ１カプシドタンパク質、（ｃ）キメラＶＰ２カプシドタンパク質であって、任意でこの場合において当該キメラＡＡＶ ＶＰ２カプシドタンパク質は、改変されて、タンパク質：タンパク質結合ペアの少なくとも第一のメンバー、検出可能な標識、および／または点変異を含むもの、（ｄ）改変されて、タンパク質：タンパク質結合ペアの少なくとも第一のメンバー、検出可能な標識、および／または点変異を含む、非キメラＡＡＶ ＶＰ２カプシドタンパク質、（ｅ）改変されて、タンパク質：タンパク質結合ペアの少なくとも第一のメンバー、検出可能な標識、および／または点変異を含む、キメラＡＡＶ ＶＰ３カプシドタンパク質、ならびに（ｆ）改変されて、タンパク質：タンパク質結合ペアの少なくとも第一のメンバー、検出可能な標識、および／または点変異を含む、非キメラＡＡＶ ＶＰ３カプシドタンパク質、からなる群から選択される。
本発明の一部のＡＡＶカプシドタンパク質の実施形態では、タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーおよび／または検出可能な標識は、第一および／または第二のリンカーにより、それぞれ片側または両側に隣接され、当該リンカーは、タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバー、および／または検出可能な標識を、カプシドタンパク質に連結し、この場合において当該第一および／または第二のリンカーはそれぞれ独立して、少なくとも一アミノ酸の長さである。一部の実施形態では、第一および第二のリンカーは、同一ではない。一部の実施形態では、第一および第二のリンカーは、同一であり、１０アミノ酸の長さである。
一部の実施形態では、本発明のＡＡＶカプシドタンパク質は、検出可能な標識を含み、任意でこの場合において当該検出可能な標識は、配列番号４５として記載されるアミノ酸配列を含むＢ１エピトープを含む。一部の実施形態では、検出可能な標識は、ｃ－ｍｙｃを含む。
一部の実施形態では、本発明のＡＡＶカプシドタンパク質は、タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバー、および第二の同族メンバーの両方を含み、任意でこの場合において当該第一および第二のメンバーは、共有結合、任意でイソペプチド結合により結合される。一部の実施形態では、タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーは、ＳｐｙＴａｇであり、任意で第二の同族メンバーは、ＳｐｙＣａｔｃｈｅｒまたはＫＴａｇである。一部の実施形態では、第一のメンバーは、ＫＴａｇであり、第二の同族メンバーは、ＳｐｙＴａｇである。一部の実施形態では、第一のメンバーは、ＳｎｏｏｐＴａｇであり、第二の同族メンバーは、ＳｎｏｏｐＣａｔｃｈｅｒである。一部の実施形態では、第一のメンバーは、ｉｓｏｐｅｐｔａｇであり、第二の同族メンバーは、Ｐｉｌｉｎ－Ｃである。一部の実施形態では、第一のメンバーは、ＳｐｙＴａｇ００２であり、第二の同族メンバーは、ＳｐｙＣａｔｃｈｅｒ００２である。一部の実施形態では、第一のメンバーは、検出可能な標識、例えば限定されないが、ｃ－ｍｙｃを含み、この場合においてその結合ペアは、抗ｃ－ｍｙｃ抗体またはその一部である。一部の実施形態では、第二のメンバーは、標的化リガンドに動作可能に連結され、任意でこの場合において当該標的化リガンドは、任意に細胞マーカーを標的とする結合部分である。一部の実施形態では、結合部分は、抗体またはその一部である。一部の実施形態では、結合部分は、タンパク質：タンパク質結合ペアの第二のメンバーに、任意で共有結合（例えば限定されないが、イソペプチド結合）またはリンカーを介して、動作可能に連結される。一部の実施形態では、結合部分は、タンパク質：タンパク質結合ペアの第二のメンバーに、結合部分のＣ末端で融合されたリンカーを介して融合され、この場合において当該リンカーは、リンカーのＣ末端で第二のメンバーに融合され、任意でこの場合において当該リンカーは、配列番号４９（ＧＳＧＥＳＧ）として記載される配列を含む。一部の実施形態では、タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーは、カプシドタンパク質のＶＲ Ｉ、ＶＲ ＩＩ、ＶＲ ＩＩＩ、ＶＲ ＩＶ、ＶＲ Ｖ、ＶＲ ＶＩ、ＶＲ ＶＩＩ、ＶＲ ＶＩＩＩ ＶＲ ＩＸ、またはＨＩループ、任意でカプシドタンパク質のＶＲ ＶＩＩＩまたはＶＲ ＩＶ中に存在するアミノ酸位置にある。
本発明の一部のＡＡＶカプシドタンパク質の実施形態では、非霊長類動物ＡＡＶは、表２に列挙される非霊長類ＡＡＶである。一部の実施形態では、非霊長類ＡＡＶは、鳥類ＡＡＶ（ＡＡＡＶ）、アシカ（ｓｅａ ｌｉｏｎ）ＡＡＶ、またはフトアゴヒゲトカゲ（ｂｅａｒｄｅｄ ｄｒａｇｏｎ）ＡＡＶである。一部の実施形態では、非霊長類動物ＡＡＶは、ＡＡＡＶであり、任意でＡＡＡＶカプシドタンパク質のアミノ酸配列は、ＡＡＡＶのＶＰ１カプシドタンパク質のＩ４４４位またはＩ５８０位で改変を含む。一部の実施形態では、非霊長類動物のＡＡＶは、例えば、フトアゴヒゲトカゲＡＡＶなどの有隣目ＡＡＶであり、任意でフトアゴヒゲトカゲＡＡＶのアミノ酸配列は、フトアゴヒゲトカゲＡＡＶのＶＰ１カプシドタンパク質のＩ５７３位またはＩ４３６位で改変を含む。一部の実施形態では、非霊長類動物ＡＡＶは、哺乳動物ＡＡＶ、例えばアシカＡＡＶであり、任意でアシカＡＡＶのアミノ酸配列は、アシカＡＡＶのＶＰ１カプシドタンパク質のＩ４２９、Ｉ４３０、Ｉ４３１、Ｉ４３２、Ｉ４３３、Ｉ４３４、Ｉ４３６、Ｉ４３７、およびＡ５６５からなる群から選択される位置で改変を含む。
本発明の非霊長類動物ＶＰ３カプシドタンパク質は、（ａ）例えば第二のＡＡＶなどの他のＡＡＶのゲノムをカプシド封入する、および／または（ｂ）変異された、非霊長類ＶＰ３カプシドを含む。一部の実施形態では、本発明の非ヒト動物ＡＡＶのＶＰ３カプシドタンパク質は、非霊長類動物のものではない第二のＡＡＶのゲノムをカプシド封入する。一部の実施形態では、本発明の非霊長類動物ＡＡＶのＶＰ３カプシドタンパク質は、タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーに、（任意で第一および／または第二のリンカーを介して）動作可能に連結されてもよく、ならびに／または点変異を含んでもよく、例えばそれにより、当該カプシドタンパク質の本来の指向性が低下して無効化されるようになり、および／もしくはそれにより、当該カプシドタンパク質は、検出可能な標識を含むようになる。一部の実施形態では、タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーは、検出可能な標識を含む。一部の実施形態では、タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーは、ｃ－ｍｙｃ（配列番号４４）を含む、検出可能な標識を含む。一部の実施形態では、タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーは、共有結合を形成するタンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーと、任意で第二のメンバーを含む。一部の実施形態では、タンパク質：タンパク質結合ペアは、（ａ）ＳｐｙＴａｇ：ＳｐｙＣａｔｃｈｅｒ、（ｂ）ＳｐｙＴａｇ：ＫＴａｇ、（ｃ）Ｉｓｏｐｅｐｔａｇ：ｐｉｌｉｎ Ｃ、（ｄ）ＳｎｏｏｐＴａｇ：ＳｎｏｏｐＣａｔｃｈｅｒ、およびＩ ＳｐｙＴａｇ００２：ＳｐｙＣａｔｃｈｅｒ００２からなる群から選択される。一部の実施形態では、非霊長類動物ＡＡＶのＶＰ３カプシドタンパク質は、（ａ）Ｂ１エピトープ（配列番号４５）、（ｂ）ＳｐｙＴａｇ、（ｃ）ＳｐｙＣａｔｃｈｅｒ、または（ａ）～（ｃ）の任意の組み合わせを含んでもよい。
一部の実施形態では、本発明の非霊長類動物ＡＡＶのＶＰ３カプシドタンパク質は、任意で第一または第二のリンカーを介して、当該カプシドタンパク質と動作可能に連結されたタンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーを含む。一部の実施形態では、タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーは、ＶＰ３カプシドタンパク質の可変領域（ＶＲ）またはその一部において存在するアミノ酸の位置で、非霊長類動物ＡＡＶのＶＰ３カプシドに動作可能に連結され、任意でこの場合において当該タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーは、第一および／または第二のリンカーを介してＶＰ３カプシドに連結される。一部の実施形態では、タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーは、ＶＰ３カプシドタンパク質のＶＲ Ｉ、ＶＲ ＩＩ、ＶＲ ＩＩＩ、ＶＲ ＩＶ、ＶＲ Ｖ、ＶＲ ＶＩ、ＶＲ ＶＩＩ、ＶＲ ＶＩＩＩ ＶＲ ＩＸ、またはＨＩループにおいて存在するアミノ酸の位置で、非霊長類動物ＡＡＶのＶＰ３カプシドに動作可能に連結され、任意でこの場合において当該タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーは、第一および／または第二のリンカーを介してＶＰ３カプシドに連結される。一部の実施形態では、タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーは、ＶＰ３カプシドタンパク質のＶＲ ＶＩＩＩまたはＶＲ ＩＶにおいて存在するアミノ酸の位置で、非霊長類動物ＡＡＶのＶＰ３カプシドに動作可能に連結され、任意でこの場合において当該タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーは、第一および／または第二のリンカーを介してＶＰ３カプシドに連結される。一部の実施形態では、非霊長類動物ＡＡＶのＶＰ３カプシドタンパク質は、表２に提示される非霊長類動物ＡＡＶから選択される非霊長類動物ＡＡＶのＶＰ３カプシドタンパク質である。一部の実施形態では、非霊長類動物ＡＡＶのＶＰ３カプシドタンパク質は、鳥類ＡＡＶ（ＡＡＡＶ）のＶＰ３カプシドタンパク質である。一部の実施形態では、ＡＡＡＶのＶＰ３カプシドタンパク質は、Ｉ４４４位またはＩ５８０位で、任意で第一および／または第二のリンカーを介して動作可能に連結されたタンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバー（例えば、ＳｐｙＴａｇ）を含む。一部の実施形態では、非霊長類動物ＡＡＶのＶＰ３カプシドタンパク質は、フトアゴヒゲトカゲＡＡＶのＶＰ３カプシドタンパク質である。一部の実施形態では、フトアゴヒゲトカゲＡＡＶのＶＰ３カプシドタンパク質は、Ｉ５７３位またはＩ４３６位で、任意で第一および／または第二のリンカーを介して動作可能に連結されたタンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバー（例えば、ＳｐｙＴａｇ）を含む。一部の実施形態では、非霊長類動物ＡＡＶのＶＰ３カプシドタンパク質は、アシカＡＡＶのＶＰ３カプシドタンパク質である。一部の実施形態では、アシカＡＡＶのＶＰ３カプシドタンパク質は、Ｉ４２９、Ｉ４３０、Ｉ４３１、Ｉ４３２、Ｉ４３３、Ｉ４３４、Ｉ４３６、Ｉ４３７およびＩ５６５からなる群から選択される位置で、任意でＩ４２９、Ｉ４３０、Ｉ４３１、Ｉ４３２、Ｉ４３３、Ｉ４３６およびＩ４３７からなる群から選択される位置で、任意でＩ４３２位で、任意で第一および／または第二のリンカーを介して動作可能に連結されたタンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバー（例えば、ＳｐｙＴａｇ）を含む。
本発明の非霊長類動物ＶＰ２カプシドタンパク質は、（ａ）例えば第二のＡＡＶなどの他のＡＡＶのゲノムをカプシド封入する、および／または（ｂ）変異された、非霊長類ＶＰ２カプシドを含む。一部の実施形態では、本発明の非霊長類動物ＡＡＶのＶＰ２カプシドタンパク質は、例えば第二のＡＡＶなど他のＡＡＶのゲノムをカプシド封入する。一部の実施形態では、本発明の非霊長類動物ＡＡＶのＶＰ２カプシドタンパク質は、タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーに動作可能に連結されてもよく、ならびに／または点変異を含んでもよく、例えばそれにより、当該カプシドタンパク質の本来の指向性が低下して無効化されるようになり、および／もしくはそれにより、当該カプシドタンパク質は、検出可能な標識を含むようになる。一部の実施形態では、タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーは、検出可能な標識を含む。一部の実施形態では、タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーは、ｃ－ｍｙｃ（配列番号４４）を含む検出可能な標識を含む。一部の実施形態では、タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーは、共有結合を形成するタンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーと、任意で第二のメンバーを含む。一部の実施形態では、タンパク質：タンパク質結合ペアは、（ａ）ＳｐｙＴａｇ：ＳｐｙＣａｔｃｈｅｒ、（ｂ）ＳｐｙＴａｇ：ＫＴａｇ、（ｃ）Ｉｓｏｐｅｐｔａｇ：ｐｉｌｉｎ Ｃ、（ｄ）ＳｎｏｏｐＴａｇ：ＳｎｏｏｐＣａｔｃｈｅｒ、および（ｅ）ＳｐｙＴａｇ００２：ＳｐｙＣａｔｃｈｅｒ００２からなる群から選択される。一部の実施形態では、非霊長類動物ＡＡＶのＶＰ２カプシドタンパク質は、（ａ）Ｂ１エピトープ（配列番号４５）、（ｂ）ＳｐｙＴａｇ、（ｃ）ＳｐｙＣａｔｃｈｅｒ、または（ａ）～（ｃ）の任意の組み合わせを含んでもよい。
一部の実施形態では、本発明の非霊長類動物ＡＡＶのＶＰ２カプシドタンパク質は、任意で第一および第二のリンカーを介して、当該カプシドタンパク質と動作可能に連結されたタンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーを含む。一部の実施形態では、タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーは、ＶＰ２カプシドタンパク質の可変領域（ＶＲ）またはその一部において存在するアミノ酸の位置で、非霊長類動物ＡＡＶのＶＰ２カプシドに動作可能に連結され、任意でこの場合において当該タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーは、第一および／または第二のリンカーを介してＶＰ２カプシドに連結される。一部の実施形態では、タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーは、ＶＰ２カプシドタンパク質のＶＲ Ｉ、ＶＲ ＩＩ、ＶＲ ＩＩＩ、ＶＲ ＩＶ、ＶＲ Ｖ、ＶＲ ＶＩ、ＶＲ ＶＩＩ、ＶＲ ＶＩＩＩ ＶＲ ＩＸ、またはＨＩループにおいて存在するアミノ酸の位置で、非霊長類動物ＡＡＶのＶＰ２カプシドに動作可能に連結され、任意でこの場合において当該タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーは、第一および／または第二のリンカーを介してＶＰ２カプシドに連結される。一部の実施形態では、タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーは、ＶＰ２カプシドタンパク質のＶＲ ＶＩＩＩまたはＶＲ ＩＶにおいて存在するアミノ酸の位置で、非霊長類動物ＡＡＶのＶＰ２カプシドに動作可能に連結され、任意でこの場合において当該タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーは、第一および／または第二のリンカーを介してＶＰ２カプシドに連結される。一部の実施形態では、非霊長類動物ＡＡＶのＶＰ２カプシドタンパク質は、表２に提示される非霊長類動物ＡＡＶから選択される非霊長類動物ＡＡＶのＶＰ２カプシドタンパク質である。一部の実施形態では、非霊長類動物ＡＡＶのＶＰ２カプシドタンパク質は、鳥類ＡＡＶ（ＡＡＡＶ）のＶＰ２カプシドタンパク質である。一部の実施形態では、ＡＡＡＶのＶＰ２カプシドタンパク質は、Ｉ４４４位またはＩ５８０位で、任意で第一および／または第二のリンカーを介して動作可能に連結されたタンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバー（例えば、ＳｐｙＴａｇ）を含む。一部の実施形態では、非霊長類動物ＡＡＶのＶＰ２カプシドタンパク質は、フトアゴヒゲトカゲＡＡＶのＶＰ２カプシドタンパク質である。一部の実施形態では、フトアゴヒゲトカゲＡＡＶのＶＰ２カプシドタンパク質は、Ｉ５７３位またはＩ４３６位で、任意で第一および／または第二のリンカーを介して動作可能に連結されたタンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバー（例えば、ＳｐｙＴａｇ）を含む。一部の実施形態では、非霊長類動物ＡＡＶのＶＰ２カプシドタンパク質は、アシカＡＡＶのＶＰ２カプシドタンパク質である。一部の実施形態では、アシカＡＡＶのＶＰ２カプシドタンパク質は、Ｉ４２９、Ｉ４３０、Ｉ４３１、Ｉ４３２、Ｉ４３３、Ｉ４３４、Ｉ４３６、Ｉ４３７およびＩ５６５からなる群から選択される位置で、任意でＩ４２９、Ｉ４３０、Ｉ４３１、Ｉ４３２、Ｉ４３３、Ｉ４３６およびＩ４３７からなる群から選択される位置で、任意でＩ４３１位で、任意で第一および／または第二のリンカーを介して動作可能に連結されたタンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバー（例えば、ＳｐｙＴａｇ）を含む。
一部の実施形態では、本発明のＶＰ２カプシドタンパク質は、キメラＶＰ２カプシドタンパク質であってもよく、当該キメラＶＰ２カプシドタンパク質は、非霊長類動物ＡＡＶのＶＰ２カプシドタンパク質の一部、および例えば第二のＡＡＶなど他のＡＡＶのＶＰ２カプシドタンパク質の一部を、動作可能に連結して含む。一部の実施形態では、キメラＶＰ２カプシドタンパク質は、Ｎ末端からＣ末端に向かって、（ａ）例えば第二のＡＡＶなどの他のＡＡＶのＶＰ２カプシドタンパク質の一部、および（ｂ）非霊長類動物ＡＡＶの少なくともＶＰ３カプシドタンパク質のアミノ酸配列を含む非霊長類動物ＡＡＶのＶＰ２カプシドの一部、を含み、（ａ）は（ｂ）に動作可能に連結される。一部の実施形態では、キメラＶＰ２カプシドタンパク質は、Ｎ末端からＣ末端に向かって、（ａ）他のＡＡＶのＶＰ１／ＶＰ２共通領域のアミノ酸配列、および（ｂ）非霊長類動物ＡＡＶのＶＰ３カプシドタンパク質のアミノ酸配列、を含んでもよく、（ａ）は（ｂ）に動作可能に連結される。一部の実施形態では、他のＡＡＶは、非霊長類動物ＡＡＶである。一部の他の実施形態では、他のＡＡＶは、霊長類ＡＡＶである。
一部の実施形態では、本発明のキメラＶＰ２カプシドタンパク質は、（ａ）霊長類ＡＡＶのＶＰ２カプシドタンパク質の一部、および（ｂ）非霊長類動物ＡＡＶの少なくともＶＰ３カプシドタンパク質のアミノ酸配列を含む非霊長類動物ＡＡＶのＶＰ２カプシドの一部、を含み、（ａ）は（ｂ）に動作可能に連結される。一部の実施形態では、キメラＶＰ２カプシドタンパク質は、Ｎ末端からＣ末端に向かって、（ａ）霊長類ＡＡＶのＶＰ１／ＶＰ２共通領域のアミノ酸配列、および（ｂ）非霊長類動物ＡＡＶのＶＰ３カプシドタンパク質のアミノ酸配列、を含んでもよく、（ａ）は（ｂ）に動作可能に連結される。一部の実施形態において、霊長類ＡＡＶは、ＡＡＶ１である。一部の実施形態において、霊長類ＡＡＶは、ＡＡＶ２である。一部の実施形態において、霊長類ＡＡＶは、ＡＡＶ３である。一部の実施形態において、霊長類ＡＡＶは、ＡＡＶ４である。一部の実施形態において、霊長類ＡＡＶは、ＡＡＶ５である。一部の実施形態において、霊長類ＡＡＶは、ＡＡＶ６である。一部の実施形態において、霊長類ＡＡＶは、ＡＡＶ７である。一部の実施形態において、霊長類ＡＡＶは、ＡＡＶ８である。一部の実施形態において、霊長類ＡＡＶは、ＡＡＶ９である。一部の実施形態では、非霊長類動物ＡＡＶは、表２に提示される非霊長類動物ＡＡＶの群から選択される。一部の実施形態では、非霊長類動物ＡＡＶは、鳥類ＡＡＶ、フトアゴヒゲトカゲＡＡＶ、またはアシカＡＡＶである。
一部の実施形態では、本発明のキメラＶＰ２カプシドタンパク質は、（ａ）ＡＡＶ２のＶＰ２カプシドタンパク質の一部、および（ｂ）非霊長類動物ＡＡＶの少なくともＶＰ３カプシドタンパク質のアミノ酸配列を含む非霊長類動物ＡＡＶのＶＰ２カプシドの一部、を含み、（ａ）は（ｂ）に動作可能に連結される。一部の実施形態では、キメラＶＰ２カプシドタンパク質は、Ｎ末端からＣ末端に向かって、（ａ）ＡＡＶ２のＶＰ１／ＶＰ２共通領域のアミノ酸配列、および（ｂ）非霊長類動物ＡＡＶのＶＰ３カプシドタンパク質のアミノ酸配列、を含んでもよく、（ａ）は（ｂ）に動作可能に連結される。
一部の実施形態では、本発明のキメラＡＡＶ２／ＡＡＡＶ ＶＰ２カプシドタンパク質は、（ａ）ＡＡＶ２のＶＰ２カプシドタンパク質の一部、および（ｂ）ＡＡＡＶの少なくともＶＰ３カプシドタンパク質のアミノ酸配列を含む鳥類ＡＡＶ（ＡＡＡＶ）のＶＰ２カプシドタンパク質の一部、を含み、（ａ）は（ｂ）に動作可能に連結される。一部の実施形態では、キメラＡＡＶ２／ＡＡＡＶ ＶＰ２カプシドタンパク質は、Ｎ末端からＣ末端に向かって、（ａ）ＡＡＶ２のＶＰ１／ＶＰ２共通領域のアミノ酸配列、および（ｂ）ＡＡＡＶのＶＰ３カプシドタンパク質のアミノ酸配列、を含んでもよく、（ａ）は（ｂ）に動作可能に連結される。
一部の実施形態では、本発明のキメラＡＡＶ２／アシカＡＡＶ ＶＰ２カプシドタンパク質は、（ａ）ＡＡＶ２のＶＰ２カプシドタンパク質の一部、および（ｂ）アシカＡＡＶの少なくともＶＰ３カプシドタンパク質のアミノ酸配列を含むアシカＡＡＶのＶＰ２カプシドタンパク質の一部、を含み、（ａ）は（ｂ）に動作可能に連結される。一部の実施形態では、キメラＡＡＶ２／アシカＡＡＶ ＶＰ２カプシドタンパク質は、Ｎ末端からＣ末端に向かって、（ａ）ＡＡＶ２のＶＰ１／ＶＰ２共通領域のアミノ酸配列、および（ｂ）アシカＡＡＶのＶＰ３カプシドタンパク質のアミノ酸配列、を含んでもよく、（ａ）は（ｂ）に動作可能に連結される。
一部の実施形態では、本発明のキメラＡＡＶ２／フトアゴヒゲトカゲＡＡＶ ＶＰ２カプシドタンパク質は、（ａ）ＡＡＶ２のＶＰ２カプシドタンパク質の一部、および（ｂ）フトアゴヒゲトカゲＡＡＶの少なくともＶＰ３カプシドタンパク質のアミノ酸配列を含むフトアゴヒゲトカゲＡＡＶのＶＰ２カプシドタンパク質の一部、を含み、（ａ）は（ｂ）に動作可能に連結される。一部の実施形態では、キメラＡＡＶ２／フトアゴヒゲトカゲＡＡＶ ＶＰ２カプシドタンパク質は、Ｎ末端からＣ末端に向かって、（ａ）ＡＡＶ２のＶＰ１／ＶＰ２共通領域のアミノ酸配列、および（ｂ）フトアゴヒゲトカゲＡＡＶのＶＰ３カプシドタンパク質のアミノ酸配列、を含んでもよく、（ａ）は（ｂ）に動作可能に連結される。
一部の実施形態では、本発明のキメラＶＰ２カプシドタンパク質は、タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーに動作可能に連結されてもよく、ならびに／または点変異を含んでもよく、例えばそれにより、当該カプシドタンパク質の本来の指向性が低下して無効化されるようになり、および／もしくはそれにより、当該カプシドタンパク質は、検出可能な標識を含むようになる。一部の実施形態では、タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーは、検出可能な標識を含む。一部の実施形態では、タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーは、ｃ－ｍｙｃ（配列番号４４）を含む、検出可能な標識を含む。一部の実施形態では、タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーは、共有結合を形成するタンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーと、任意で第二のメンバーを含む。一部の実施形態では、タンパク質：タンパク質結合ペアは、（ａ）ＳｐｙＴａｇ：ＳｐｙＣａｔｃｈｅｒ、（ｂ）ＳｐｙＴａｇ：ＫＴａｇ、（ｃ）Ｉｓｏｐｅｐｔａｇ：ｐｉｌｉｎ Ｃ、（ｄ）ＳｎｏｏｐＴａｇ：ＳｎｏｏｐＣａｔｃｈｅｒ、および（ｅ）ＳｐｙＴａｇ００２：ＳｐｙＣａｔｃｈｅｒ００２からなる群から選択される。一部の実施形態では、キメラＶＰ２カプシドタンパク質は、（ａ）Ｂ１エピトープ（配列番号４５）、（ｂ）ＳｐｙＴａｇ、（ｃ）ＳｐｙＣａｔｃｈｅｒ、または（ａ）～（ｃ）の任意の組み合わせを含んでもよい。
一部の実施形態では、本発明のキメラ霊長類／非霊長類動物ＶＰ２カプシドタンパク質（例えば、キメラＡＡＶ２／ＡＡＡＶ ＶＰ２カプシドタンパク質、キメラＡＡＶ２／アシカＡＡＶ ＶＰ２カプシドタンパク質、キメラＡＡＶ２／フトアゴヒゲトカゲＡＡＶ ＶＰ２カプシドタンパク質など）は、任意で第一または第二のリンカーを介して、当該カプシドタンパク質に動作可能に連結されるタンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーを含む。一部の実施形態では、タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーは、キメラ霊長類／非霊長類動物ＶＰ２カプシドタンパク質（例えば、キメラＡＡＶ２／ＡＡＡＶ ＶＰ２カプシドタンパク質、キメラＡＡＶ２／アシカＡＡＶ ＶＰ２カプシドタンパク質、キメラＡＡＶ２／フトアゴヒゲトカゲＡＡＶ ＶＰ２カプシドタンパク質など）に、キメラ霊長類／非霊長類ＶＰ２カプシドタンパク質の可変領域（ＶＲ）またはその一部において存在するアミノ酸の位置で、動作可能に連結され、任意でこの場合において当該タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーは、第一および／または第二のリンカーを介して、キメラ霊長類／非霊長類ＶＰ２カプシドタンパク質に連結される。一部の実施形態では、タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーは、キメラ霊長類／非霊長類ＶＰ２カプシドタンパク質のＶＲ Ｉ、ＶＲ ＩＩ、ＶＲ ＩＩＩ、ＶＲ ＩＶ、ＶＲ Ｖ、ＶＲ ＶＩ、ＶＲ ＶＩＩ、ＶＲ ＶＩＩＩ ＶＲ ＩＸ、またはＨＩループにおいて存在するアミノ酸の位置で、キメラ霊長類／非霊長類ＶＰ２カプシドタンパク質に動作可能に連結され、任意でこの場合において当該タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーは、第一および／または第二のリンカーを介してＶＰ２カプシドに連結される。一部の実施形態では、タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーは、キメラ霊長類／非霊長類ＶＰ２カプシドタンパク質（例えば、キメラＡＡＶ２／ＡＡＡＶ ＶＰ２カプシドタンパク質、キメラＡＡＶ２／アシカＡＡＶ ＶＰ２カプシドタンパク質、キメラＡＡＶ２／フトアゴヒゲトカゲＡＡＶ ＶＰ２カプシドタンパク質など）に、キメラ霊長類／非霊長類ＶＰ２カプシドタンパク質のＶＲ ＶＩＩＩまたはＶＲ ＩＶにおいて存在するアミノ酸の位置で、動作可能に連結され、任意でこの場合において当該タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーは、第一および／または第二のリンカーを介して、キメラ霊長類／非霊長類ＶＰ２カプシドタンパク質に連結される。一部の実施形態では、キメラＡＡＶ２／ＡＡＡＶ ＶＰ２カプシドタンパク質は、Ｉ４４４位またはＩ５８０位で、任意で第一および／または第二のリンカーを介して動作可能に連結されたタンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバー（例えば、ＳｐｙＴａｇ）を含む。一部の実施形態では、キメラＡＡＶ２／フトアゴヒゲトカゲＡＡＶ ＶＰ２カプシドタンパク質は、Ｉ５７３位またはＩ４３６位で、任意で第一および／または第二のリンカーを介して動作可能に連結されたタンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバー（例えば、ＳｐｙＴａｇ）を含む。一部の実施形態では、キメラＡＡＶ２／アシカＡＡＶ ＶＰ２カプシドタンパク質は、Ｉ４２９、Ｉ４３０、Ｉ４３１、Ｉ４３２、Ｉ４３３、Ｉ４３４、Ｉ４３６、Ｉ４３７およびＩ５６５からなる群から選択される位置で、任意でＩ４２９、Ｉ４３０、Ｉ４３１、Ｉ４３２、Ｉ４３３、Ｉ４３６およびＩ４３７からなる群から選択される位置で、任意でＩ４３１位で、任意で第一および／または第二のリンカーを介して動作可能に連結されたタンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバー（例えば、ＳｐｙＴａｇ）を含む。
本発明の非霊長類動物ＶＰ１カプシドタンパク質は、（ａ）例えば第二のＡＡＶなどの他のＡＡＶのゲノムをカプシド封入する、および／または（ｂ）変異された、非霊長類ＶＰ１カプシドを含む。一部の実施形態では、本発明の非霊長類動物ＡＡＶのＶＰ１カプシドタンパク質は、例えば第二のＡＡＶなど他のＡＡＶのゲノムをカプシド封入する。一部の実施形態では、本発明の非霊長類動物のＶＰ１カプシドタンパク質は、タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーに動作可能に連結されてもよく、ならびに／または点変異を含んでもよく、例えばそれにより、当該カプシドタンパク質の本来の指向性が低下して無効化されるようになり、および／もしくはそれにより、当該カプシドタンパク質は、検出可能な標識を含むようになる。一部の実施形態では、タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーは、検出可能な標識を含む。一部の実施形態では、タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーは、ｃ－ｍｙｃ（配列番号４４）を含む、検出可能な標識を含む。一部の実施形態では、タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーは、共有結合を形成するタンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーと、任意で第二のメンバーを含む。一部の実施形態では、タンパク質：タンパク質結合ペアは、（ａ）ＳｐｙＴａｇ：ＳｐｙＣａｔｃｈｅｒ、（ｂ）ＳｐｙＴａｇ：ＫＴａｇ、（ｃ）Ｉｓｏｐｅｐｔａｇ：ｐｉｌｉｎ Ｃ、（ｄ）ＳｎｏｏｐＴａｇ：ＳｎｏｏｐＣａｔｃｈｅｒ、および（ｅ）ＳｐｙＴａｇ００２：ＳｐｙＣａｔｃｈｅｒ００２からなる群から選択される。一部の実施形態では、非霊長類動物ＡＡＶのＶＰ３カプシドタンパク質は、（ａ）Ｂ１エピトープ（配列番号４５）、（ｂ）ＳｐｙＴａｇ、（ｃ）ＳｐｙＣａｔｃｈｅｒ、または（ａ）～（ｃ）の任意の組み合わせを含んでもよい。
一部の実施形態では、タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーは、ＶＰ１カプシドタンパク質の可変領域（ＶＲ）またはその一部において存在するアミノ酸の位置で、本発明の非霊長類動物ＡＡＶのＶＰ１カプシドに動作可能に連結され、任意でこの場合において当該タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーは、第一および／または第二のリンカーを介してＶＰ１カプシドに連結される。一部の実施形態では、タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーは、ＶＰ１カプシドタンパク質のＶＲ Ｉ、ＶＲ ＩＩ、ＶＲ ＩＩＩ、ＶＲ ＩＶ、ＶＲ Ｖ、ＶＲ ＶＩ、ＶＲ ＶＩＩ、ＶＲ ＶＩＩＩ ＶＲ ＩＸ、またはＨＩループにおいて存在するアミノ酸の位置で、非霊長類動物ＡＡＶのＶＰ１カプシドに動作可能に連結され、任意でこの場合において当該タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーは、第一および／または第二のリンカーを介してＶＰ１カプシドに連結される。一部の実施形態では、タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーは、ＶＰ１カプシドタンパク質のＶＲ ＶＩＩＩまたはＶＲ ＩＶにおいて存在するアミノ酸の位置で、非霊長類動物ＡＡＶのＶＰ１カプシドに動作可能に連結され、任意でこの場合において当該タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーは、第一および／または第二のリンカーを介してＶＰ１カプシドに連結される。一部の実施形態では、非霊長類動物ＡＡＶのＶＰ１カプシドタンパク質は、表２に提示される非霊長類ＡＡＶの群から選択される非霊長類ＡＡＶのＶＰ１カプシドタンパク質である。一部の実施形態では、非霊長類動物ＡＡＶのＶＰ１カプシドタンパク質は、鳥類ＡＡＶ（ＡＡＡＶ）のＶＰ１カプシドタンパク質である。一部の実施形態では、ＡＡＡＶのＶＰ１カプシドタンパク質は、Ｉ４４４位またはＩ５８０位で、任意で第一および／または第二のリンカーを介して動作可能に連結されたタンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバー（例えば、ＳｐｙＴａｇ）を含む。一部の実施形態では、非霊長類動物ＡＡＶのＶＰ１カプシドタンパク質は、フトアゴヒゲトカゲＡＡＶのＶＰ３１カプシドタンパク質である。一部の実施形態では、フトアゴヒゲトカゲＡＡＶのＶＰ１カプシドタンパク質は、Ｉ５７３位またはＩ４３６位で、任意で第一および／または第二のリンカーを介して動作可能に連結されたタンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバー（例えば、ＳｐｙＴａｇ）を含む。一部の実施形態では、非霊長類動物ＡＡＶのＶＰ１カプシドタンパク質は、アシカＡＡＶのＶＰ１カプシドタンパク質である。一部の実施形態では、アシカＡＡＶのＶＰ１カプシドタンパク質は、Ｉ４２９、Ｉ４３０、Ｉ４３１、Ｉ４３２、Ｉ４３３、Ｉ４３４、Ｉ４３６、Ｉ４３７およびＩ５６５からなる群から選択される位置で、任意でＩ４２９、Ｉ４３０、Ｉ４３１、Ｉ４３２、Ｉ４３３、Ｉ４３６およびＩ４３７からなる群から選択される位置で、任意でＩ４３１位で、任意で第一および／または第二のリンカーを介して動作可能に連結されたタンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバー（例えば、ＳｐｙＴａｇ）を含む。
一部の他の実施形態では、本発明のＶＰ１カプシドタンパク質は、キメラＶＰ１カプシドタンパク質であってもよく、当該キメラＶＰ１カプシドタンパク質は、非霊長類動物ＡＡＶのＶＰ１カプシドタンパク質の一部、および他のＡＡＶのＶＰ１カプシドタンパク質の一部を、動作可能に連結して含み、この場合いおいて他のＡＡＶは、非霊長類動物ＡＡＶではない。一部の実施形態では、キメラＶＰ１カプシドタンパク質は、Ｎ末端からＣ末端に向かって、（ａ）他のＡＡＶの少なくともＰＬＡ２ドメインを含む、他のＡＡＶのＶＰ１カプシドタンパク質の一部、および（ｂ）非霊長類動物ＡＡＶの少なくともＶＰ３カプシドタンパク質のアミノ酸配列を含む非霊長類動物ＡＡＶのＶＰ１カプシドの一部、を含む。一部の実施形態では、キメラＶＰ１カプシドタンパク質は、Ｎ末端からＣ末端に向かって、（ａ）他のＡＡＶの少なくともＶＰ１－ｕドメインを含む、他のＡＡＶのＶＰ１カプシドタンパク質の一部、および（ｂ）非霊長類動物ＡＡＶの少なくともＶＰ３カプシドタンパク質のアミノ酸配列を含む非霊長類動物ＡＡＶのＶＰ１カプシドの一部、を含む。一部の実施形態では、キメラＶＰ１カプシドタンパク質は、Ｎ末端からＣ末端に向かって、（ａ）例えば第二のＡＡＶなどの他のＡＡＶのＶＰ１－ｕドメインおよびＶＰ１／ＶＰ２共通領域のアミノ酸配列、および（ｂ）非霊長類動物ＡＡＶのＶＰ３カプシドタンパク質のアミノ酸配列、を含む。一部の実施形態では、他のＡＡＶは、非霊長類動物ＡＡＶである。一部の他の実施形態では、他のＡＡＶは、霊長類ＡＡＶである。
一部の実施形態では、キメラＶＰ１カプシドタンパク質は、Ｎ末端からＣ末端に向かって、（ａ）霊長類ＡＡＶの少なくともＰＬＡ２ドメインを含む、霊長類ＡＡＶのＶＰ１カプシドタンパク質の一部、および（ｂ）非霊長類動物ＡＡＶの少なくともＶＰ３カプシドタンパク質のアミノ酸配列を含む非霊長類動物ＡＡＶのＶＰ１カプシドの一部、を含む。一部の実施形態では、キメラＶＰ１カプシドタンパク質は、Ｎ末端からＣ末端に向かって、（ａ）霊長類ＡＡＶの少なくともＶＰ１－ｕドメインを含む、霊長類ＡＡＶのＶＰ１カプシドタンパク質の一部、および（ｂ）非霊長類動物ＡＡＶの少なくともＶＰ３カプシドタンパク質のアミノ酸配列を含む非霊長類動物ＡＡＶのＶＰ１カプシドの一部、を含む。一部の実施形態では、キメラＶＰ１カプシドタンパク質は、Ｎ末端からＣ末端に向かって、（ａ）霊長類ＡＡＶのＶＰ１－ｕドメインおよびＶＰ１／ＶＰ２共通領域のアミノ酸配列、および（ｂ）非霊長類動物ＡＡＶのＶＰ３カプシドタンパク質のアミノ酸配列、を含む。一部の実施形態において、霊長類ＡＡＶは、ＡＡＶ１である。一部の実施形態において、霊長類ＡＡＶは、ＡＡＶ２である。一部の実施形態において、霊長類ＡＡＶは、ＡＡＶ３である。一部の実施形態において、霊長類ＡＡＶは、ＡＡＶ４である。一部の実施形態において、霊長類ＡＡＶは、ＡＡＶ５である。一部の実施形態において、霊長類ＡＡＶは、ＡＡＶ６である。一部の実施形態において、霊長類ＡＡＶは、ＡＡＶ７である。一部の実施形態において、霊長類ＡＡＶは、ＡＡＶ８である。一部の実施形態において、霊長類ＡＡＶは、ＡＡＶ９である。一部の実施形態では、非霊長類動物ＡＡＶは、表２に提示される非霊長類動物ＡＡＶの群から選択される。一部の実施形態では、非霊長類動物ＡＡＶは、鳥類ＡＡＶ、フトアゴヒゲトカゲＡＡＶ、またはアシカＡＡＶである。
一部の実施形態では、キメラＶＰ１カプシドタンパク質は、Ｎ末端からＣ末端に向かって、（ａ）ＡＡＶ２の少なくともＰＬＡ２ドメインを含む、ＡＡＶ２のＶＰ１カプシドタンパク質の一部、および（ｂ）非霊長類動物ＡＡＶの少なくともＶＰ３カプシドタンパク質のアミノ酸配列を含む非霊長類動物ＡＡＶのＶＰ１カプシドの一部、を含む。一部の実施形態では、キメラＶＰ１カプシドタンパク質は、Ｎ末端からＣ末端に向かって、（ａ）ＡＡＶ２の少なくともＶＰ１－ｕドメインを含む、ＡＡＶ２のＶＰ１カプシドタンパク質の一部、および（ｂ）非霊長類動物ＡＡＶの少なくともＶＰ３カプシドタンパク質のアミノ酸配列を含む非霊長類動物ＡＡＶのＶＰ１カプシドの一部、を含む。一部の実施形態では、キメラＶＰ１カプシドタンパク質は、Ｎ末端からＣ末端に向かって、（ａ）ＡＡＶ２のＶＰ１－ｕドメインおよびＶＰ１／ＶＰ２共通領域のアミノ酸配列、および（ｂ）非霊長類動物のＶＰ３カプシドタンパク質のアミノ酸配列、を含む。
一部の実施形態では、キメラＡＡＶ２／ＡＡＡＶ ＶＰ１カプシドタンパク質は、Ｎ末端からＣ末端に向かって、（ａ）ＡＡＶ２の少なくともＰＬＡ２ドメインを含む、ＡＡＶ２のＶＰ１カプシドタンパク質の一部、および（ｂ）ＡＡＡＶの少なくともＶＰ３カプシドタンパク質のアミノ酸配列を含む鳥類ＡＡＶ（ＡＡＡＶ）のＶＰ１カプシドの一部、を含む。一部の実施形態では、キメラＡＡＶ２／ＡＡＡＶ ＶＰ１カプシドタンパク質は、Ｎ末端からＣ末端に向かって、（ａ）ＡＡＶ２の少なくともＶＰ１－ｕドメインを含む、ＡＡＶ２のＶＰ１カプシドタンパク質の一部、および（ｂ）ＡＡＡＶの少なくともＶＰ３カプシドタンパク質のアミノ酸配列を含むＡＡＡＶのＶＰ１カプシドの一部、を含む。一部の実施形態では、キメラＡＡＶ２／ＡＡＡＶ ＶＰ１カプシドタンパク質は、Ｎ末端からＣ末端に向かって、（ａ）ＡＡＶ２のＶＰ１－ｕドメインおよびＶＰ１／ＶＰ２共通領域のアミノ酸配列、および（ｂ）ＡＡＡＶのＶＰ３カプシドタンパク質のアミノ酸配列、を含む。一部の実施形態では、キメラＡＡＶ２／ＡＡＡＶ ＶＰ１カプシドタンパク質は、配列番号２として記載されるアミノ酸配列を含む。
一部の実施形態では、キメラＡＡＶ２／アシカ ＶＰ１カプシドタンパク質は、Ｎ末端からＣ末端に向かって、（ａ）ＡＡＶ２の少なくともＰＬＡ２ドメインを含む、ＡＡＶ２のＶＰ１カプシドタンパク質の一部、および（ｂ）アシカの少なくともＶＰ３カプシドタンパク質のアミノ酸配列を含むアシカＡＡＶのＶＰ１カプシドの一部、を含む。一部の実施形態では、キメラＡＡＶ２／アシカ ＶＰ１カプシドタンパク質は、Ｎ末端からＣ末端に向かって、（ａ）ＡＡＶ２の少なくともＶＰ１－ｕドメインを含む、ＡＡＶ２のＶＰ１カプシドタンパク質の一部、および（ｂ）アシカの少なくともＶＰ３カプシドタンパク質のアミノ酸配列を含むアシカのＶＰ１カプシドの一部、を含む。一部の実施形態では、キメラＡＡＶ２／アシカ ＶＰ１カプシドタンパク質は、Ｎ末端からＣ末端に向かって、（ａ）ＡＡＶ２のＶＰ１－ｕドメインおよびＶＰ１／ＶＰ２共通領域のアミノ酸配列、および（ｂ）アシカのＶＰ３カプシドタンパク質のアミノ酸配列、を含む。一部の実施形態では、キメラＡＡＶ２／アシカ ＶＰ１カプシドタンパク質は、配列番号４として記載されるアミノ酸配列を含む。
一部の実施形態では、キメラＡＡＶ２／フトアゴヒゲトカゲ ＶＰ１カプシドタンパク質は、Ｎ末端からＣ末端に向かって、（ａ）ＡＡＶ２の少なくともＰＬＡ２ドメインを含む、ＡＡＶ２のＶＰ１カプシドタンパク質の一部、および（ｂ）フトアゴヒゲトカゲの少なくともＶＰ３カプシドタンパク質のアミノ酸配列を含むフトアゴヒゲトカゲＡＡＶのＶＰ１カプシドの一部、を含む。一部の実施形態では、キメラＡＡＶ２／フトアゴヒゲトカゲ ＶＰ１カプシドタンパク質は、Ｎ末端からＣ末端に向かって、（ａ）ＡＡＶ２の少なくともＶＰ１－ｕドメインを含む、ＡＡＶ２のＶＰ１カプシドタンパク質の一部、および（ｂ）フトアゴヒゲトカゲの少なくともＶＰ３カプシドタンパク質のアミノ酸配列を含むフトアゴヒゲトカゲのＶＰ１カプシドの一部、を含む。一部の実施形態では、キメラＡＡＶ２／フトアゴヒゲトカゲ ＶＰ１カプシドタンパク質は、Ｎ末端からＣ末端に向かって、（ａ）ＡＡＶ２のＶＰ１－ｕドメインおよびＶＰ１／ＶＰ２共通領域のアミノ酸配列、および（ｂ）フトアゴヒゲトカゲのＶＰ３カプシドタンパク質のアミノ酸配列、を含む。一部の実施形態では、キメラＡＡＶ２／フトアゴヒゲトカゲ ＶＰ１カプシドタンパク質は、配列番号６として記載されるアミノ酸配列を含む。
一部の実施形態では、キメラＶＰ１カプシドタンパク質は、タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーに動作可能に連結されてもよく、ならびに／または点変異を含んでもよく、例えばそれにより、当該カプシドタンパク質の本来の指向性が低下して無効化されるようになり、および／もしくはそれにより、当該カプシドタンパク質は、検出可能な標識を含むようになる。一部の実施形態では、タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーは、検出可能な標識を含む。一部の実施形態では、タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーは、ｃ－ｍｙｃ（配列番号４４）を含む、検出可能な標識を含む。一部の実施形態では、タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーは、共有結合を形成するタンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーと、任意で第二のメンバーを含む。一部の実施形態では、タンパク質：タンパク質結合ペアは、（ａ）ＳｐｙＴａｇ：ＳｐｙＣａｔｃｈｅｒ、（ｂ）ＳｐｙＴａｇ：ＫＴａｇ、（ｃ）Ｉｓｏｐｅｐｔａｇ：ｐｉｌｉｎ Ｃ、（ｄ）ＳｎｏｏｐＴａｇ：ＳｎｏｏｐＣａｔｃｈｅｒ、および（ｅ）ＳｐｙＴａｇ００２：ＳｐｙＣａｔｃｈｅｒ００２からなる群から選択される。一部の実施形態では、キメラＶＰ１カプシドタンパク質は、（ａ）Ｂ１エピトープ（配列番号４５）、（ｂ）ＳｐｙＴａｇ、（ｃ）ＳｐｙＣａｔｃｈｅｒ、および（ａ）～（ｃ）の任意の組み合わせを含んでもよい。
一部の実施形態では、キメラ霊長類／非霊長類動物ＶＰ１カプシドタンパク質（例えば、キメラＡＡＶ２／ＡＡＡＶ ＶＰ１カプシドタンパク質、キメラＡＡＶ２／アシカＡＡＶ ＶＰ１カプシドタンパク質、キメラＡＡＶ２／フトアゴヒゲトカゲＡＡＶ ＶＰ１カプシドタンパク質など）は、任意で第一または第二のリンカーを介して、当該カプシドタンパク質に動作可能に連結されるタンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーを含む。一部の実施形態では、タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーは、キメラ霊長類／非霊長類動物ＶＰ１カプシドタンパク質（例えば、キメラＡＡＶ２／ＡＡＡＶ ＶＰ１カプシドタンパク質、キメラＡＡＶ２／アシカＡＡＶ ＶＰ１カプシドタンパク質、キメラＡＡＶ２／フトアゴヒゲトカゲＡＡＶ ＶＰ１カプシドタンパク質など）に、キメラ霊長類／非霊長類ＶＰ１カプシドタンパク質の可変領域（ＶＲ）またはその一部において存在するアミノ酸の位置で、動作可能に連結され、任意でこの場合において当該タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーは、第一および／または第二のリンカーを介して、キメラ霊長類／非霊長類ＶＰ１カプシドタンパク質に連結される。一部の実施形態では、タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーは、キメラ霊長類／非霊長類動物ＶＰ１カプシドタンパク質のＶＲ Ｉ、ＶＲ ＩＩ、ＶＲ ＩＩＩ、ＶＲ ＩＶ、ＶＲ Ｖ、ＶＲ ＶＩ、ＶＲ ＶＩＩ、ＶＲ ＶＩＩＩ ＶＲ ＩＸ、またはＨＩループにおいて存在するアミノ酸の位置で、キメラ霊長類／非霊長類動物ＶＰ１カプシドタンパク質のＶＰ１カプシドに動作可能に連結され、任意でこの場合において当該タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーは、第一および／または第二のリンカーを介してキメラ霊長類／非霊長類動物ＶＰ１カプシドタンパク質カプシドに連結される。一部の実施形態では、タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーは、キメラ霊長類／非霊長類ＶＰ１カプシドタンパク質（例えば、キメラＡＡＶ２／ＡＡＡＶ ＶＰ１カプシドタンパク質、キメラＡＡＶ２／アシカＡＡＶ ＶＰ１カプシドタンパク質、キメラＡＡＶ２／フトアゴヒゲトカゲＡＡＶ ＶＰ１カプシドタンパク質など）に、キメラ霊長類／非霊長類ＶＰ１カプシドタンパク質のＶＲ ＶＩＩＩまたはＶＲ ＩＶにおいて存在するアミノ酸の位置で、動作可能に連結され、任意でこの場合において当該タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーは、第一および／または第二のリンカーを介して、キメラ霊長類／非霊長類ＶＰ１カプシドタンパク質に連結される。
一部の実施形態では、キメラＡＡＶ２／ＡＡＡＶ ＶＰ１カプシドタンパク質は、Ｉ４４４位またはＩ５８０位で、任意で第一および／または第二のリンカーを介して動作可能に連結されたタンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーを含む。一部の実施形態では、キメラＡＡＶ２／ＡＡＡＶ ＶＰ１カプシドタンパク質は、Ｉ４４４位で、任意で第一および第二のリンカー配列を介して、動作可能に連結されたＳｐｙＴａｇを含む。一部の実施形態では、キメラＡＡＶ２／ＡＡＡＶ ＶＰ１カプシドタンパク質は、配列番号８として記載されるアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、キメラＡＡＶ２／ＡＡＡＶ ＶＰ１カプシドタンパク質は、Ｉ５８０位で、任意で第一および第二のリンカー配列を介して、動作可能に連結されたＳｐｙＴａｇを含む。一部の実施形態では、キメラＡＡＶ２／ＡＡＡＶ ＶＰ１カプシドタンパク質は、配列番号１０として記載されるアミノ酸配列を含む。
一部の実施形態では、キメラＡＡＶ２／アシカＡＡＶ ＶＰ１カプシドタンパク質は、Ｉ４２９、Ｉ４３０、Ｉ４３１、Ｉ４３２、Ｉ４３３、Ｉ４３４、Ｉ４３６、Ｉ４３７およびＩ５６５からなる群から選択される位置で、任意でＩ４２９、Ｉ４３０、Ｉ４３１、Ｉ４３２、Ｉ４３３、Ｉ４３６ およびＩ４３７からなる群から選択される位置で、任意でＩ４３２位で、任意で第一および／または第二のリンカーを介して動作可能に連結されたタンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーを含む。一部の実施形態では、キメラＡＡＶ２／アシカＡＡＶ ＶＰ１カプシドタンパク質は、Ｉ４３２位で、任意で第一および第二のリンカー配列を介して、動作可能に連結されたＳｐｙＴａｇを含む。一部の実施形態では、キメラＡＡＶ２／アシカＡＡＶ ＶＰ１カプシドタンパク質は、配列番号１２として記載されるアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、キメラＡＡＶ２／アシカＡＡＶ ＶＰ１カプシドタンパク質は、Ｉ５６５位で、任意で第一および第二のリンカー配列を介して、動作可能に連結されたＳｐｙＴａｇを含む。一部の実施形態では、キメラＡＡＶ２／アシカＡＡＶ ＶＰ１カプシドタンパク質は、配列番号１４として記載されるアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、キメラＡＡＶ２／アシカＡＡＶ ＶＰ１カプシドタンパク質は、Ｉ４２９位で、任意で第一および第二のリンカー配列を介して、動作可能に連結されたＳｐｙＴａｇを含む。一部の実施形態では、キメラＡＡＶ２／アシカＡＡＶ ＶＰ１カプシドタンパク質は、配列番号１６として記載されるアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、キメラＡＡＶ２／アシカＡＡＶ ＶＰ１カプシドタンパク質は、Ｉ４３０位で、任意で第一および第二のリンカー配列を介して、動作可能に連結されたＳｐｙＴａｇを含む。一部の実施形態では、キメラＡＡＶ２／アシカＡＡＶ ＶＰ１カプシドタンパク質は、配列番号１８として記載されるアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、キメラＡＡＶ２／アシカＡＡＶ ＶＰ１カプシドタンパク質は、Ｉ４３１位で、第一および第二のリンカー配列を介して、任意で動作可能に連結されたＳｐｙＴａｇを含む。一部の実施形態では、キメラＡＡＶ２／アシカＡＡＶ ＶＰ１カプシドタンパク質は、配列番号２０として記載されるアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、キメラＡＡＶ２／アシカＡＡＶ ＶＰ１カプシドタンパク質は、Ｉ４３３位で、任意で第一および第二のリンカー配列を介して、動作可能に連結されたＳｐｙＴａｇを含む。一部の実施形態では、キメラＡＡＶ２／アシカＡＡＶ ＶＰ１カプシドタンパク質は、配列番号２２として記載されるアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、キメラＡＡＶ２／アシカＡＡＶ ＶＰ１カプシドタンパク質は、Ｉ４３４位で、任意で第一および第二のリンカー配列を介して、動作可能に連結されたＳｐｙＴａｇを含む。一部の実施形態では、キメラＡＡＶ２／アシカＡＡＶ ＶＰ１カプシドタンパク質は、配列番号２４として記載されるアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、キメラＡＡＶ２／アシカＡＡＶ ＶＰ１カプシドタンパク質は、Ｉ４３５位で、任意で第一および第二のリンカー配列を介して、動作可能に連結されたＳｐｙＴａｇを含む。一部の実施形態では、キメラＡＡＶ２／アシカＡＡＶ ＶＰ１カプシドタンパク質は、配列番号２６として記載されるアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、キメラＡＡＶ２／アシカＡＡＶ ＶＰ１カプシドタンパク質は、Ｉ４３６位で、第一および第二のリンカー配列を介して、任意で動作可能に連結されたＳｐｙＴａｇを含む。一部の実施形態では、キメラＡＡＶ２／アシカＡＡＶ ＶＰ１カプシドタンパク質は、配列番号２８として記載されるアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、キメラＡＡＶ２／アシカＡＡＶ ＶＰ１カプシドタンパク質は、Ｉ４３７位で、任意で第一および第二のリンカー配列を介して、動作可能に連結されたＳｐｙＴａｇを含む。一部の実施形態では、キメラＡＡＶ２／アシカＡＡＶ ＶＰ１カプシドタンパク質は、配列番号３０として記載されるアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、キメラＡＡＶ２／アシカＡＡＶ ＶＰ１カプシドタンパク質は、Ｉ４３２位で、任意で第一および第二のリンカー配列を介して、動作可能に連結されたＳｐｙＴａｇを含む。一部の実施形態では、キメラＡＡＶ２／アシカＡＡＶ ＶＰ１カプシドタンパク質は、配列番号３２として記載されるアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、キメラＡＡＶ２／アシカＡＡＶ ＶＰ１カプシドタンパク質は、配列番号５３として記載されるアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、キメラＡＡＶ２／アシカＡＡＶ ＶＰ１カプシドタンパク質は、配列番号５５として記載されるアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、キメラＡＡＶ２／アシカＡＡＶ ＶＰ１カプシドタンパク質は、配列番号５７として記載されるアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、キメラＡＡＶ２／アシカＡＡＶ ＶＰ１カプシドタンパク質は、配列番号５９として記載されるアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、キメラＡＡＶ２／アシカＡＡＶ ＶＰ１カプシドタンパク質は、配列番号６１として記載されるアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、キメラＡＡＶ２／アシカＡＡＶ ＶＰ１カプシドタンパク質は、配列番号６３として記載されるアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、キメラＡＡＶ２／アシカＡＡＶ ＶＰ１カプシドタンパク質は、配列番号６５として記載されるアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、キメラＡＡＶ２／アシカＡＡＶ ＶＰ１カプシドタンパク質は、配列番号６７として記載されるアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、キメラＡＡＶ２／アシカＡＡＶ ＶＰ１カプシドタンパク質は、配列番号６９として記載されるアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、キメラＡＡＶ２／アシカＡＡＶ ＶＰ１カプシドタンパク質は、配列番号７１として記載されるアミノ酸配列を含む。
一部の実施形態では、キメラＡＡＶ２／フトアゴヒゲトカゲＡＡＶ ＶＰ１カプシドタンパク質は、Ｉ４３６位またはＩ５７３位で、任意で第一および／または第二のリンカーを介して動作可能に連結されたタンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーを含む。一部の実施形態では、キメラＡＡＶ２／フトアゴヒゲトカゲＡＡＶ ＶＰ１カプシドタンパク質は、Ｉ４３６位で、任意で第一および第二のリンカー配列を介して、動作可能に連結されたＳｐｙＴａｇを含む。一部の実施形態では、キメラＡＡＶ２／フトアゴヒゲトカゲＡＡＶ ＶＰ１カプシドタンパク質は、配列番号３４として記載されるアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、キメラＡＡＶ２／フトアゴヒゲトカゲＡＡＶ ＶＰ１カプシドタンパク質は、Ｉ５７３位で、任意で第一および第二のリンカー配列を介して、動作可能に連結されたＳｐｙＴａｇを含む。一部の実施形態では、キメラＡＡＶ２／フトアゴヒゲトカゲＡＡＶ ＶＰ１カプシドタンパク質は、配列番号３６として記載されるアミノ酸配列を含む。
一部の実施形態では、本発明のカプシドタンパク質は、タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーおよび第二のメンバーをさらに含み、任意でこの場合において当該第二のメンバーは、標的化リガンドに動作可能に連結され、任意でこの場合において当該標的化リガンドは、結合部分である。一部の実施形態では、結合部分は、抗体またはその一部である。一部の実施形態では、抗体またはその一部は、例えばＳｐｙＣａｔｃｈｅｒなどの第二のメンバーに融合される。一部の実施形態では、抗体またはその一部は、そのＣ末端でリンカーに融合され、任意でリンカーは、配列番号４９（ＧＳＧＥＳＧ）として記載される配列を含み、リンカーは、リンカーのＣ末端で、例えばＳｐｙＣａｔｃｈｅｒなどの第二のメンバーに融合される。
一部の実施形態では、本発明のカプシドタンパク質は、検出可能な標識を含んでもよく、当該検出可能な標識は、任意でタンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーとしての機能を果たしてもよく、ならびに／またはカプシドタンパク質の検出および／もしくは単離のための機能を果たしてもよい。一部の実施形態では、検出可能な標識は、ｃ－ｍｙｃである。一部の実施形態では、検出可能な標識は、例えば、ＩＧＴＲＹＬＴＲ（配列番号４５）のアミノ酸配列などのＡＡＶ Ｂ１エピトープを含む。
本発明のＡＡＶカプシドタンパク質は、（ａ）配列番号２として記載されるアミノ酸配列、（ｂ）配列番号４として記載されるアミノ酸配列、（ｃ）配列番号６として記載されるアミノ酸配列、（ｄ）配列番号８として記載されるアミノ酸配列、（ｅ）配列番号１０として記載されるアミノ酸配列、（ｆ）配列番号１２として記載されるアミノ酸配列、（ｇ）配列番号１４として記載されるアミノ酸配列、（ｈ）配列番号１６として記載されるアミノ酸配列、（ｉ）配列番号１８として記載されるアミノ酸配列、（ｊ）配列番号２０として記載されるアミノ酸配列、（ｋ）配列番号２２として記載されるアミノ酸配列、（ｌ）配列番号２４として記載されるアミノ酸配列、（ｍ）配列番号２６として記載されるアミノ酸配列、（ｎ）配列番号２８として記載されるアミノ酸配列、（ｏ）配列番号３０として記載されるアミノ酸配列、（ｐ）配列番号３２として記載されるアミノ酸配列、（ｑ）配列番号３４として記載されるアミノ酸配列、（ｒ）配列番号３６として記載されるアミノ酸配列、（ｓ）配列番号５３として記載されるアミノ酸配列、（ｔ）配列番号５５として記載されるアミノ酸配列、（ｕ）配列番号５７として記載されるアミノ酸配列、（ｖ）配列番号５９として記載されるアミノ酸配列、（ｗ）配列番号６１として記載されるアミノ酸配列、（ｘ）配列番号６３として記載されるアミノ酸配列、（ｙ）配列番号６５として記載されるアミノ酸配列、（ｚ）配列番号６７として記載されるアミノ酸配列、（ａａ）配列番号６９として記載されるアミノ酸配列、（ｂｂ）配列番号７１として記載されるアミノ酸配列、（ｃｃ）配列番号２、配列番号４、配列番号６、配列番号８、配列番号１０、配列番号１２、配列番号１４、配列番号１６、配列番号１８、配列番号２０、配列番号２２、配列番号２４、配列番号２６、配列番号２８、配列番号３０、配列番号３２、配列番号３４、配列番号３６、配列番号５３、配列番号５５、配列番号５７、配列番号５９、配列番号６１、配列番号６３、配列番号６５、配列番号６７、配列番号６９、または配列番号７１に対し、例えば少なくとも９５％の同一性などの顕著な配列同一性を有するアミノ酸配列、および（ｄｄ）（ａ）～（ｃｃ）のいずれかに記載されるアミノ酸配列の任意のＶＰ２部分および／またはＶＰ３部分のアミノ酸配列、からなる群から選択されるアミノ酸配列を含んでもよい。
一部の実施形態では、本発明のカプシドタンパク質は、本発明の核酸分子によりコードされる。また本明細書において、本発明のカプシドタンパク質をコードする核酸分子も提供される。
本明細書において、ＡＡＶ ＶＰ１カプシドタンパク質、ＡＡＶ ＶＰ２カプシドタンパク質、および／またはＡＡＶ ＶＰ３カプシドタンパク質をコードするＡＡＶ ｃａｐ遺伝子を含む核酸分子が記載され、この場合において当該ＡＡＶ ｃａｐ遺伝子またはその一部は、非霊長類動物ＡＡＶのｃａｐ遺伝子もしくはその一部、またはリモートＡＡＶのｃａｐ遺伝子もしくはその一部の核酸配列に対し、例えば９５％の同一性などの顕著な配列同一性を有する核酸配列を含み、およびこの場合において当該ＡＡＶ ｃａｐ遺伝子はさらに改変されて、（ａ）タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーをコードするヌクレオチド配列、（ｂ）検出可能な標識をコードするヌクレオチド配列、（ｃ）点変異、（ｄ）キメラヌクレオチド配列、または（ｅ）（ａ）、（ｂ）、（ｃ）および（ｄ）の任意の組み合わせ、を含む。一部の核酸分子の実施形態では、核酸は、ＡＡＶ ｒｅｐ遺伝子およびＡＡＶ ｃａｐ遺伝子を含み、この場合においてＡＡＶ ｃａｐ遺伝子全体が、非霊長類動物ＡＡＶまたはリモートＡＡＶのｃａｐ遺伝子の核酸配列に対し、例えば少なくとも９５％の同一性などの顕著な配列同一性を有する第一の核酸配列を含み、およびこの場合において当該ＡＡＶ ｒｅｐ遺伝子またはその一部は、第二のＡＡＶのｒｅｐ遺伝子またはその一部の核酸配列に対し、例えば少なくとも９５％の同一性などの顕著な配列同一性を有する第二の核酸配列を含み、この場合において当該非霊長類動物ＡＡＶは、第二のＡＡＶと同一ではない。一部の実施形態では、本発明の核酸分子は、ＡＡＶカプシドタンパク質をコードするＡＡＶ ｃａｐ遺伝子を含み、この場合において当該ＡＡＶ ｃａｐ遺伝子は、（ｉ）非霊長類動物ＡＡＶのｃａｐ遺伝子、（ｉｉ）リモートＡＡＶのｃａｐ遺伝子、または（ｉｉｉ）それらの組み合わせ、からなる群から選択されるｃａｐ遺伝子のヌクレオチド配列の少なくとも一部に対し、同一である、または例えば少なくとも９５％の配列同一性などの顕著な同一性を有するヌクレオチド配列を含み、この場合において当該ＡＡＶ ｃａｐ遺伝子はさらに改変されて、（ａ）タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーをコードするヌクレオチド配列、（ｂ）検出可能な標識をコードするヌクレオチド配列、（ｃ）点変異、（ｄ）非霊長類動物ＡＡＶ、リモートＡＡＶまたはそれらの組み合わせのｃａｐ遺伝子からなる群から選択されるＡＡＶ ｃａｐ遺伝子のヌクレオチド配列に動作可能に連結される、例えば第二のＡＡＶなどの他のＡＡＶのｃａｐ遺伝子のヌクレオチド配列の一部を含むキメラヌクレオチド配列、（ｅ）（ａ）、（ｂ）、（ｃ）、および（ｄ）の任意の組み合わせ、を含む。
一部の実施形態では、本発明の核酸分子は、ＡＡＶカプシドタンパク質をコードするＡＡＶ ｃａｐ遺伝子を含み、この場合において当該ＡＡＶ ｃａｐ遺伝子は、非霊長類動物ＡＡＶのｃａｐ遺伝子のヌクレオチド配列の少なくとも一部に対し、同一である、または例えば少なくとも９５％の配列同一性などの顕著な同一性を有するヌクレオチド配列を含み、この場合において当該ＡＡＶ ｃａｐ遺伝子はさらに改変されて、（ａ）タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーをコードするヌクレオチド配列、（ｂ）検出可能な標識をコードするヌクレオチド配列、（ｃ）点変異、（ｄ）非霊長類動物ＡＡＶのｃａｐ遺伝子のヌクレオチド配列に動作可能に連結される、例えば第二のＡＡＶなどの他のＡＡＶのｃａｐ遺伝子のヌクレオチド配列の一部を含むキメラヌクレオチド配列、（ｅ）（ａ）、（ｂ）、（ｃ）、および（ｄ）の任意の組み合わせ、を含む。
一部の実施形態では、本発明の核酸分子は、ＡＡＶカプシドタンパク質をコードするＡＡＶ ｃａｐ遺伝子を含み、この場合において当該ＡＡＶ ｃａｐ遺伝子は、リモート動物ＡＡＶのｃａｐ遺伝子のヌクレオチド配列の少なくとも一部に対し、同一である、または例えば少なくとも９５％の配列同一性などの顕著な同一性を有するヌクレオチド配列を含み、この場合において当該ＡＡＶ ｃａｐ遺伝子はさらに改変されて、（ａ）タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーをコードするヌクレオチド配列、（ｂ）検出可能な標識をコードするヌクレオチド配列、（ｃ）点変異、（ｄ）リモート動物ＡＡＶのｃａｐ遺伝子のヌクレオチド配列に動作可能に連結される、他のＡＡＶのｃａｐ遺伝子のヌクレオチド配列の一部を含むキメラヌクレオチド配列、（ｅ）（ａ）、（ｂ）、（ｃ）、および（ｄ）の任意の組み合わせ、を含む。
一部の実施形態では、本発明の核酸分子は、ＡＡＶ ｒｅｐ遺伝子およびＡＡＶ ｃａｐ遺伝子を含み、この場合において当該ＡＡＶ ｃａｐ遺伝子は、（ｉ）非霊長類動物ＡＡＶのｃａｐ遺伝子、（ｉｉ）リモート霊長類ＡＡＶのｃａｐ遺伝子、および（ｉｖ）それらの組み合わせ、からなる群から選択されるｃａｐ遺伝子のヌクレオチド配列に対し、同一である、または例えば少なくとも９５％の配列同一性などの顕著な同一性を有する第一のヌクレオチド配列を含み、この場合において当該ＡＡＶ ｒｅｐ遺伝子は、例えば第二のＡＡＶなどの他のＡＡＶのＡＡＶ ｒｅｐ遺伝子の第二のヌクレオチド配列を含む。
一部の実施形態では、本発明の核酸分子は、ＡＡＶ ｒｅｐ遺伝子およびＡＡＶ ｃａｐ遺伝子を含み、この場合において当該ＡＡＶ ｃａｐ遺伝子は、非霊長類動物ＡＡＶのｃａｐ遺伝子のヌクレオチド配列に対し、同一である、または例えば少なくとも９５％の配列同一性などの顕著な同一性を有する第一のヌクレオチド配列を含み、この場合においてＡＡＶ ｒｅｐ遺伝子は、例えば第二のＡＡＶなどの他のＡＡＶのＡＡＶ ｒｅｐ遺伝子のヌクレオチド配列に対し、同一である、または例えば少なくとも９５％の配列同一性などの顕著な同一性を有する第二のヌクレオチド配列を含む。
一部の実施形態では、本発明の核酸分子は、ＡＡＶ ｒｅｐ遺伝子およびＡＡＶ ｃａｐ遺伝子を含み、この場合において当該ＡＡＶ ｃａｐ遺伝子は、リモート動物ＡＡＶのｃａｐ遺伝子の第一のヌクレオチド配列に対し、同一である、または例えば少なくとも９５％の配列同一性などの顕著な同一性を有するヌクレオチド配列を含み、この場合においてＡＡＶ ｒｅｐ遺伝子は、例えば第二のＡＡＶなどの他のＡＡＶのＡＡＶ ｒｅｐ遺伝子の第二のヌクレオチド配列に対し、同一である、または例えば少なくとも９５％の配列同一性などの顕著な同一性を有するヌクレオチド配列を含む。
本発明の一部の核酸分子の実施形態では、非霊長類動物ＡＡＶのヌクレオチド配列に対し、同一である、または例えば少なくとも９５％の配列同一性などの顕著な同一性を有するヌクレオチド配列を含むｃａｐ遺伝子のヌクレオチド配列、リモートＡＡＶのヌクレオチド配列に対し、同一である、または例えば少なくとも９５％の配列同一性などの顕著な同一性を有するヌクレオチド配列を含むｃａｐ遺伝子のヌクレオチド配列、またはそれらの組み合わせは、改変されて、（ａ）タンパク質：タンパク質結合ペアの少なくとも第一のメンバーをコードするヌクレオチド配列、（ｂ）検出可能な標識をコードするヌクレオチド配列、および／または（ｃ）点変異をコードするヌクレオチド配列、を含む。
一部の核酸の実施形態では、タンパク質：タンパク質結合ペアは、ＳｐｙＴａｇ：ＳｐｙＣａｔｃｈｅｒ、ＳｐｙＴａｇ：ＫＴａｇ、Ｉｓｏｐｅｐｔａｇ：ｐｉｌｉｎ－Ｃ、ＳｎｏｏｐＴａｇ：ＳｎｏｏｐＣａｔｃｈｅｒ、およびＳｐｙＴａｇ００２：ＳｐｙＣａｔｃｈｅｒ００２から選択される。一部の実施形態では、タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーは、例えば配列番号４４として記載される配列を含むｃ－ｍｙｃなどの検出可能な標識を含む。
一部の核酸の実施形態では、非霊長類動物ＡＡＶのｃａｐ遺伝子、リモートＡＡＶのｃａｐ遺伝子、またはそれらの組み合わせのヌクレオチド配列は、改変されて、ＩＧＴＲＹＬＴＲ（配列番号４５）のアミノ酸配列を含むＢ１エピトープを含む。
本発明の一部の核酸分子の実施形態では、非霊長類動物ＡＡＶのｃａｐ遺伝子、リモートＡＡＶのｃａｐ遺伝子、またはそれらの組み合わせのヌクレオチド配列は、非霊長類動物ＡＡＶのＶＰ３カプシドタンパク質のアミノ酸配列、および／またはリモートＡＡＶのＶＰ３カプシドタンパク質のアミノ酸配列に対し、同一である、または例えば少なくとも９５％の配列同一性などの顕著な同一性を有するアミノ酸配列を含む、ＶＰ３カプシドタンパク質またはその一部をコードするヌクレオチド配列を含む。一部の実施形態では、非霊長類動物ＡＡＶのｃａｐ遺伝子、リモートＡＡＶのｃａｐ遺伝子、またはそれらの組み合わせのヌクレオチド配列は、非霊長類動物ＡＡＶのＶＰ２カプシドタンパク質のアミノ酸配列、および／またはリモートＡＡＶのＶＰ２カプシドタンパク質のアミノ酸配列に対し、同一である、または例えば少なくとも９５％の配列同一性などの顕著な同一性を有するアミノ酸配列を含む、ＶＰ２カプシドタンパク質またはその一部をコードするヌクレオチド配列を含む。一部の実施形態では、非霊長類動物ＡＡＶのｃａｐ遺伝子、リモートＡＡＶのｃａｐ遺伝子、またはそれらの組み合わせのヌクレオチド配列は、非霊長類動物ＡＡＶのＶＰ１カプシドタンパク質のアミノ酸配列、および／またはリモートＡＡＶのＶＰ１カプシドタンパク質のアミノ酸配列に対し、同一である、または例えば少なくとも９５％の配列同一性などの顕著な同一性を有するアミノ酸配列を含む、ＶＰ１カプシドタンパク質またはその一部をコードするヌクレオチド配列を含む。
一部の実施形態では、本発明の核酸分子は、本発明の非霊長類動物ＶＰ３カプシドタンパク質をコードするヌクレオチド配列を含む。一部の実施形態では、本発明の核酸分子は、本発明の非霊長類動物ＶＰ３カプシドタンパク質、および本発明の非霊長類動物ＶＰ２カプシドタンパク質をコードするヌクレオチド配列を含む。一部の実施形態では、本発明の核酸分子は、本発明の非霊長類動物ＶＰ３カプシドタンパク質、本発明のＶＰ２カプシドタンパク質、および本発明のＶＰ１カプシドタンパク質をコードするヌクレオチド配列を含む。
一部の実施形態では、本発明の核酸分子のｃａｐ遺伝子は、（ｉ）（ａ）キメラＡＡＶ ＶＰ１カプシドタンパク質であって、任意でこの場合において当該キメラＶＰ１カプシドタンパク質は、非霊長類動物ＡＡＶまたはリモートＡＡＶのアミノ酸配列に対し、同一である、または例えば少なくとも９５％の配列同一性などの顕著な同一性を有するアミノ酸配列を含むＶＰ１／ＶＰ２共通領域およびＶＰ３領域に動作可能に連結された、例えば第二のＡＡＶなどの他のＡＡＶのアミノ酸配列に対し、同一である、または例えば少なくとも９５％の配列同一性などの顕著な同一性を有するアミノ酸配列を含む、ＶＰ１固有領域（ＶＰ１－ｕ）を含むもの、もしくは（ｂ）非霊長類ＡＡＶまたはリモートＡＡＶのＶＰ１カプシドタンパク質のアミノ酸配列に対し、同一である、または例えば少なくとも９５％の配列同一性などの顕著な同一性を有するアミノ酸配列を含むＶＰ１カプシドタンパク質、のいずれかであるＶＰ１カプシドタンパク質、（ｉｉ）（ａ）キメラＡＡＶ ＶＰ２カプシドタンパク質であって、任意でこの場合において当該キメラＶＰ２カプシドタンパク質は、非霊長類動物ＡＡＶのアミノ酸配列に対し、同一である、または例えば少なくとも９５％の配列同一性などの顕著な同一性を有するアミノ酸配列を含むＶＰ３領域に動作可能に連結された、例えば第二のＡＡＶなどの他のＡＡＶのアミノ酸配列に対し、同一である、または例えば少なくとも９５％の配列同一性などの顕著な同一性を有するアミノ酸配列を含む、ＶＰ１／ＶＰ２共通領域を含むもの、もしくは（ｂ）非霊長類ＡＡＶのＶＰ２カプシドタンパク質のアミノ酸配列に対し、同一である、または例えば少なくとも９５％の配列同一性などの顕著な同一性を有するアミノ酸配列を含むＶＰ２カプシドタンパク質、のいずれかであるＶＰ２カプシドタンパク質、および／または（ｉｉｉ）非霊長類ＡＡＶまたはリモートＡＡＶのＶＰ３カプシドタンパク質のアミノ酸配列に対し、同一である、または例えば少なくとも９５％の配列同一性などの顕著な同一性を有するアミノ酸配列を含むＶＰ３カプシドタンパク質、をコードする。
一部の実施形態では、本発明の核酸分子のｃａｐ遺伝子は、（ｉ）キメラＡＡＶ ＶＰ１カプシドタンパク質であって、任意でこの場合において当該キメラＶＰ１カプシドタンパク質は、非霊長類動物ＡＡＶまたはリモートＡＡＶのアミノ酸配列に対し、同一である、または例えば少なくとも９５％の配列同一性などの顕著な同一性を有するアミノ酸配列を含むＶＰ１／ＶＰ２共通領域およびＶＰ３領域に動作可能に連結された、例えば第二のＡＡＶなどの他のＡＡＶのアミノ酸配列に対し、同一である、または例えば少なくとも９５％の配列同一性などの顕著な同一性を有するアミノ酸配列を含む、ＶＰ１固有領域（ＶＰ１－ｕ）を含むもの、（ｉｉ）キメラＡＡＶ ＶＰ２カプシドタンパク質であって、任意でこの場合において当該キメラＶＰ２カプシドタンパク質は、非霊長類動物ＡＡＶまたはリモートＡＡＶのＶＰ３領域に動作可能に連結された、例えばＡＡＶなどの他のＡＡＶのアミノ酸配列に対し、同一である、または例えば少なくとも９５％の配列同一性などの顕著な同一性を有するアミノ酸配列を含む、ＶＰ１／ＶＰ２共通領域を含むもの、および／または（ｉｉｉ）非霊長類ＡＡＶまたはリモートＡＡＶのアミノ酸配列に対し、同一である、または例えば少なくとも９５％の配列同一性などの顕著な同一性を有するアミノ酸配列を含むＶＰ３カプシドタンパク質、をコードする。
一部の実施形態では、本発明の核酸分子のｃａｐ遺伝子は、（ｉ）キメラＡＡＶ ＶＰ１カプシドタンパク質であって、任意でこの場合において当該キメラＶＰ１カプシドタンパク質は、非霊長類動物ＡＡＶまたはリモートＡＡＶのアミノ酸配列に対し、同一である、または例えば少なくとも９５％の配列同一性などの顕著な同一性を有するアミノ酸配列を含むＶＰ１／ＶＰ２共通領域およびＶＰ３領域に動作可能に連結された、他のＡＡＶのアミノ酸配列に対し、同一である、または例えば少なくとも９５％の配列同一性などの顕著な同一性を有するアミノ酸配列を含む、ＶＰ１固有領域（ＶＰ１－ｕ）を含むもの、（ｉｉ）非霊長類動物ＡＡＶまたはリモートＡＡＶのアミノ酸配列に対し、同一である、または例えば少なくとも９５％の配列同一性などの顕著な同一性を有するアミノ酸配列を含む、ＶＰ２カプシドタンパク質、および（ｉｉｉ）非霊長類ＡＡＶまたはリモートＡＡＶのアミノ酸配列に対し、同一である、または例えば少なくとも９５％の配列同一性などの顕著な同一性を有するアミノ酸配列を含むＶＰ３カプシドタンパク質、をコードする。
一部の実施形態では、本発明の核酸分子のｃａｐ遺伝子は、（ｉ）非霊長類動物ＡＡＶまたはリモートＡＡＶのアミノ酸配列に対し、同一である、または例えば少なくとも９５％の配列同一性などの顕著な同一性を有するアミノ酸配列を含むＶＰ１カプシドタンパク質、（ｉｉ）非霊長類動物ＡＡＶまたはリモートＡＡＶのアミノ酸配列に対し、同一である、または例えば少なくとも９５％の配列同一性などの顕著な同一性を有するアミノ酸配列を含む、ＶＰ２カプシドタンパク質、および（ｉｉｉ）非霊長類ＡＡＶまたはリモートＡＡＶのアミノ酸配列に対し、同一である、または例えば少なくとも９５％の配列同一性などの顕著な同一性を有するアミノ酸配列を含むＶＰ３カプシドタンパク質、をコードする。
本発明の一部の核酸分子の実施形態では、第二のＡＡＶなどの他のＡＡＶは、霊長類ＡＡＶであるか、または霊長類ＡＡＶの組み合わせである。一部の実施形態では、他のＡＡＶは、ＡＡＶ１、ＡＡＶ２、ＡＡＶ３、ＡＡＶ４、ＡＡＶ５、ＡＡＶ６、ＡＡＶ７、ＡＡＶ８、ＡＡＶ９、ＡＡＶ１０、ＡＡＶ１１、ＡＡＶ１２、ＡＡＶ１３、およびそれらの組み合わせからなる群から選択される。一部の実施形態では、他のＡＡＶは、ＡＡＶ２である。
本発明の一部の核酸分子の実施形態では、非霊長類動物ＡＡＶは、表２に列挙される非霊長類ＡＡＶである。一部の実施形態では、非霊長類ＡＡＶは、鳥類ＡＡＶ（ＡＡＡＶ）、アシカ（ｓｅａ ｌｉｏｎ）ＡＡＶ、またはフトアゴヒゲトカゲ（ｂｅａｒｄｅｄ ｄｒａｇｏｎ）ＡＡＶである。一部の実施形態では、非霊長類動物ＡＡＶは、ＡＡＡＶであり、任意でＡＡＡＶカプシドタンパク質のヌクレオチド配列は、ＡＡＡＶのＶＰ１カプシドタンパク質のＩ４４４位またはＩ５８０位で改変を含む。一部の実施形態では、非霊長類動物のＡＡＶは、例えば、フトアゴヒゲトカゲＡＡＶなどの有隣目ＡＡＶであり、任意でフトアゴヒゲトカゲＡＡＶのヌクレオチド配列は、フトアゴヒゲトカゲＡＡＶのＶＰ１カプシドタンパク質のＩ５７３位またはＩ４３６位で改変を含む。一部の実施形態では、非霊長類動物ＡＡＶは、哺乳動物ＡＡＶ、例えばアシカＡＡＶであり、任意でアシカＡＡＶのヌクレオチド配列は、アシカＡＡＶのＶＰ１カプシドタンパク質のＩ４２９、Ｉ４３０、Ｉ４３１、Ｉ４３２、Ｉ４３３、Ｉ４３４、Ｉ４３６、Ｉ４３７、およびＡ５６５からなる群から選択される位置で改変を含む。
本発明の核酸分子の実施形態は、以下からなる群から選択されるヌクレオチド配列を含んでもよい：（ａ）配列番号１として記載されるヌクレオチド配列、（ｂ）配列番号３として記載されるヌクレオチド配列、（ｃ）配列番号５として記載されるヌクレオチド配列、（ｄ）配列番号７として記載されるヌクレオチド配列、（ｅ）配列番号９として記載されるヌクレオチド配列、（ｆ）配列番号１１として記載されるヌクレオチド配列、（ｇ）配列番号１３として記載されるヌクレオチド配列、（ｈ）配列番号１５として記載されるヌクレオチド配列、（ｉ）配列番号１７として記載されるヌクレオチド配列、（ｊ）配列番号１９として記載されるヌクレオチド配列、（ｋ）配列番号２１として記載されるヌクレオチド配列、（ｌ）配列番号２３として記載されるヌクレオチド配列、（ｍ）配列番号２５として記載されるヌクレオチド配列、（ｎ）配列番号２７として記載されるヌクレオチド配列、（ｏ）配列番号２９として記載されるヌクレオチド配列、（ｐ）配列番号３１として記載されるヌクレオチド配列、（ｑ）配列番号３３として記載されるヌクレオチド配列、（ｒ）配列番号３５として記載されるヌクレオチド配列、（ｓ）配列番号５２として記載されるヌクレオチド配列、（ｔ）配列番号５４として記載されるヌクレオチド配列、（ｕ）配列番号５６として記載されるヌクレオチド配列、（ｖ）配列番号５８として記載されるヌクレオチド配列、（ｗ）配列番号６０として記載されるヌクレオチド配列、（ｘ）配列番号６２として記載されるヌクレオチド配列、（ｙ）配列番号６４として記載されるヌクレオチド配列、（ｚ）配列番号６６として記載されるヌクレオチド配列、（ａａ）配列番号６８として記載されるヌクレオチド配列、（ｂｂ）配列番号７０として記載されるヌクレオチド配列、（ｃｃ）配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、５２、５４、５６、５８、６０、６２、６４、６６、６８、または７０として記載されるヌクレオチド配列に対して少なくとも９５％の同一性を有するヌクレオチド配列、（ｄｄ）ＶＰ２カプシドタンパク質および／またはＶＰ３カプシドタンパク質をコードする、（ａ）～（ｃｃ）のヌクレオチド配列の任意の部分。
一部の実施形態では、核酸分子は、配列番号１として記載されるヌクレオチド配列、ＶＰ２および／またはＶＰ３カプシドタンパク質をコードするその一部、ならびにその縮重バリアントを含む。一部の実施形態では、核酸分子は、配列番号３として記載されるヌクレオチド配列、ＶＰ２および／またはＶＰ３カプシドタンパク質をコードするその一部、ならびにその縮重バリアントを含む。一部の実施形態では、核酸分子は、配列番号５として記載されるヌクレオチド配列、ＶＰ２および／またはＶＰ３カプシドタンパク質をコードするその一部、ならびにその縮重バリアントを含む。一部の実施形態では、核酸分子は、配列番号７として記載されるヌクレオチド配列、ＶＰ２および／またはＶＰ３カプシドタンパク質をコードするその一部、ならびにその縮重バリアントを含む。一部の実施形態では、核酸分子は、配列番号９として記載されるヌクレオチド配列、ＶＰ２および／またはＶＰ３カプシドタンパク質をコードするその一部、ならびにその縮重バリアントを含む。一部の実施形態では、核酸分子は、配列番号１１として記載されるヌクレオチド配列、ＶＰ２および／またはＶＰ３カプシドタンパク質をコードするその一部、ならびにその縮重バリアントを含む。一部の実施形態では、核酸分子は、配列番号１３として記載されるヌクレオチド配列、ＶＰ２および／またはＶＰ３カプシドタンパク質をコードするその一部、ならびにその縮重バリアントを含む。一部の実施形態では、核酸分子は、配列番号１５として記載されるヌクレオチド配列、ＶＰ２および／またはＶＰ３カプシドタンパク質をコードするその一部、ならびにその縮重バリアントを含む。一部の実施形態では、核酸分子は、配列番号１７として記載されるヌクレオチド配列、ＶＰ２および／またはＶＰ３カプシドタンパク質をコードするその一部、ならびにその縮重バリアントを含む。一部の実施形態では、核酸分子は、配列番号１９として記載されるヌクレオチド配列、ＶＰ２および／またはＶＰ３カプシドタンパク質をコードするその一部、ならびにその縮重バリアントを含む。一部の実施形態では、核酸分子は、配列番号２１として記載されるヌクレオチド配列、ＶＰ２および／またはＶＰ３カプシドタンパク質をコードするその一部、ならびにその縮重バリアントを含む。一部の実施形態では、核酸分子は、配列番号２３として記載されるヌクレオチド配列、ＶＰ２および／またはＶＰ３カプシドタンパク質をコードするその一部、ならびにその縮重バリアントを含む。一部の実施形態では、核酸分子は、配列番号２５として記載されるヌクレオチド配列、ＶＰ２および／またはＶＰ３カプシドタンパク質をコードするその一部、ならびにその縮重バリアントを含む。一部の実施形態では、核酸分子は、配列番号２７として記載されるヌクレオチド配列、ＶＰ２および／またはＶＰ３カプシドタンパク質をコードするその一部、ならびにその縮重バリアントを含む。一部の実施形態では、核酸分子は、配列番号２９として記載されるヌクレオチド配列、ＶＰ２および／またはＶＰ３カプシドタンパク質をコードするその一部、ならびにその縮重バリアントを含む。一部の実施形態では、核酸分子は、配列番号３１として記載されるヌクレオチド配列、ＶＰ２および／またはＶＰ３カプシドタンパク質をコードするその一部、ならびにその縮重バリアントを含む。一部の実施形態では、核酸分子は、配列番号３３として記載されるヌクレオチド配列、ＶＰ２および／またはＶＰ３カプシドタンパク質をコードするその一部、ならびにその縮重バリアントを含む。一部の実施形態では、核酸分子は、配列番号３５として記載されるヌクレオチド配列、ＶＰ２および／またはＶＰ３カプシドタンパク質をコードするその一部、ならびにその縮重バリアントを含む。一部の実施形態では、核酸分子は、配列番号５２として記載されるヌクレオチド配列、ＶＰ２および／またはＶＰ３カプシドタンパク質をコードするその一部、ならびにその縮重バリアントを含む。一部の実施形態では、核酸分子は、配列番号５４として記載されるヌクレオチド配列、ＶＰ２および／またはＶＰ３カプシドタンパク質をコードするその一部、ならびにその縮重バリアントを含む。一部の実施形態では、核酸分子は、配列番号５６として記載されるヌクレオチド配列、ＶＰ２および／またはＶＰ３カプシドタンパク質をコードするその一部、ならびにその縮重バリアントを含む。一部の実施形態では、核酸分子は、配列番号５８として記載されるヌクレオチド配列、ＶＰ２および／またはＶＰ３カプシドタンパク質をコードするその一部、ならびにその縮重バリアントを含む。一部の実施形態では、核酸分子は、配列番号６０として記載されるヌクレオチド配列、ＶＰ２および／またはＶＰ３カプシドタンパク質をコードするその一部、ならびにその縮重バリアントを含む。一部の実施形態では、核酸分子は、配列番号６２として記載されるヌクレオチド配列、ＶＰ２および／またはＶＰ３カプシドタンパク質をコードするその一部、ならびにその縮重バリアントを含む。一部の実施形態では、核酸分子は、配列番号６４として記載されるヌクレオチド配列、ＶＰ２および／またはＶＰ３カプシドタンパク質をコードするその一部、ならびにその縮重バリアントを含む。一部の実施形態では、核酸分子は、配列番号６６として記載されるヌクレオチド配列、ＶＰ２および／またはＶＰ３カプシドタンパク質をコードするその一部、ならびにその縮重バリアントを含む。一部の実施形態では、核酸分子は、配列番号６８として記載されるヌクレオチド配列、ＶＰ２および／またはＶＰ３カプシドタンパク質をコードするその一部、ならびにその縮重バリアントを含む。一部の実施形態では、核酸分子は、配列番号７０として記載されるヌクレオチド配列、ＶＰ２および／またはＶＰ３カプシドタンパク質をコードするその一部、ならびにその縮重バリアントを含む。
一部の実施形態では、本発明のＶＰ１カプシドタンパク質、ならびに任意で本発明のＶＰ２および／またはＶＰ３カプシドタンパク質をコードするヌクレオチド配列は、プロモーターに動作可能に連結される。一部の実施形態では、プロモーターは、ウイルスプロモーター、細菌プロモーター、哺乳動物プロモーター（例えばヒトまたは非ヒト）、鳥類プロモーター、魚類プロモーター、昆虫プロモーター、およびそれらの任意の組み合わせから選択される。一部の実施形態では、プロモーターは、ｐ４０、ＳＶ４０、ＥＦ、ＣＭＶ、Ｂ１９ｐ６、およびＣＡＧから選択される。一部の実施形態では、プロモーターは、ＡＡＶ ｐ４０プロモーターである。一部の実施形態では、プロモーターは、パッケージング細胞において、カプシドタンパク質の発現を指導する。
一部の実施形態では、本発明の核酸分子のｃａｐ遺伝子は、プロモーターに動作可能に連結される。一部の実施形態では、プロモーターは、パッケージング細胞において、カプシドタンパク質の発現を指導する。一部の実施形態では、プロモーターは、ｐ４０、ＳＶ４０、ＥＦ、例えばＥＦ１α ＣＭＶ、Ｂ１９ｐ６、およびＣＡＧから選択される。
一部の実施形態では、本発明の核酸分子は、一つ以上のＡＡＶ Ｒｅｐタンパク質をコードする第二のヌクレオチド配列をさらに含み、任意でこの場合において当該第二のヌクレオチド配列は、プロモーターに動作可能に連結される。一部の実施形態では、一つ以上のＲｅｐタンパク質は、霊長類動物ＡＡＶ Ｒｅｐタンパク質である。一部の実施形態では、一つ以上のＲｅｐタンパク質は、非霊長類動物ＡＡＶ Ｒｅｐタンパク質である。一部の実施形態では、一つ以上のＲｅｐタンパク質は、Ｒｅｐ７８、Ｒｅｐ６８、Ｒｅｐ５２、およびＲｅｐ４０から選択され、任意で一つ以上のＲｅｐタンパク質が、Ｒｅｐ７８を含む。一部の実施形態では、一つ以上のＡＡＶ Ｒｅｐタンパク質をコードする第二のヌクレオチド配列に動作可能に連結されたプロモーターは、ウイルスプロモーター、細菌プロモーター、哺乳動物プロモーター（例えばヒトまたは非ヒト）、鳥類プロモーター、魚類プロモーター、昆虫プロモーター、およびそれらの任意の組み合わせから選択される。一部の実施形態では、一つ以上のＡＡＶ Ｒｅｐタンパク質をコードする第二のヌクレオチド配列に動作可能に連結されたプロモーターは、ｐ１９、ｐ５、ｐ４０、ＳＶ４０、ＥＦ、例えば、ＥＦ１α ＣＭＶ、Ｂ１９ｐ６、およびＣＡＧから選択される。一部の実施形態では、プロモーターは、パッケージング細胞において、カプシドタンパク質の発現を指導する。一部の実施形態では、一つ以上のＡＡＶ Ｒｅｐタンパク質をコードする第二のヌクレオチド配列に動作可能に連結されたプロモーターは、ｐ１９および／またはｐ５から選択される。
本発明の核酸分子を含む組成物およびパッケージング細胞、ならびに本発明の核酸分子からコードされるカプシドタンパク質も、本発明の一部である。本発明のパッケージング細胞により発現されるウイルス粒子も記載される。
一部の実施形態では、本発明のＡＡＶウイルス粒子を作製するための組成物およびパッケージング細胞は、本発明の核酸分子を含み、例えば、本発明のＡＡＶカプシドタンパク質をコードする本発明のｃａｐ遺伝子を含む。一部の実施形態では、本発明の組成物および／またはパッケージング細胞は、本発明の核酸分子を含む。一部の実施形態では、ｃａｐ遺伝子は、配列番号１として記載されるヌクレオチド配列、配列番号３として記載されるヌクレオチド配列、配列番号５として記載されるヌクレオチド配列、配列番号７として記載されるヌクレオチド配列、配列番号９として記載されるヌクレオチド配列、配列番号１１として記載されるヌクレオチド配列、配列番号１３として記載されるヌクレオチド配列、配列番号１５として記載されるヌクレオチド配列、配列番号１７として記載されるヌクレオチド配列、配列番号１９として記載されるヌクレオチド配列、配列番号２１として記載されるヌクレオチド配列、配列番号２３として記載されるヌクレオチド配列、配列番号２５として記載されるヌクレオチド配列、配列番号２７として記載されるヌクレオチド配列、配列番号２９として記載されるヌクレオチド配列、配列番号３１として記載されるヌクレオチド配列、配列番号３３として記載されるヌクレオチド配列、配列番号３５として記載されるヌクレオチド配列、配列番号５２として記載されるヌクレオチド配列、配列番号５４として記載されるヌクレオチド配列、配列番号５６として記載されるヌクレオチド配列、配列番号５８として記載されるヌクレオチド配列、配列番号６０として記載されるヌクレオチド配列、配列番号６２として記載されるヌクレオチド配列、配列番号６４として記載されるヌクレオチド配列、配列番号６６として記載されるヌクレオチド配列、配列番号６８として記載されるヌクレオチド配列、配列番号７０として記載されるヌクレオチド配列、ＶＰ２カプシドをコードする、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、５２、５４、５６、５８、６０、６２、６４、６６、６８または７０として記載されるヌクレオチド配列の任意の部分、ＶＰ３カプシドをコードする、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、５２、５４、５６、５８、６０、６２、６４、６６、６８または７０として記載されるヌクレオチド配列の任意の部分、およびそれらの任意の組み合わせ、からなる群から選択されるヌクレオチド配列を含む。
一部の実施形態では、組成物およびパッケージング細胞は、一つ以上のＡＡＶ Ｒｅｐタンパク質をコードするｒｅｐ遺伝子を含む核酸分子をさらに含み、この場合において当該ｒｅｐ遺伝子は、プロモーターに動作可能に連結され、任意でこの場合において当該ｒｅｐ遺伝子およびｃａｐ遺伝子は、二つの異なるＡＡＶの遺伝子である。一部の実施形態では、ｒｅｐ遺伝子に動作可能に連結されたプロモーターは、パッケージング細胞において、Ｒｅｐタンパク質の発現を指導する。例えば、プロモーターは、ｐ５、ｐ１９ ＳＶ４０、ＥＦ、ＣＭＶ、Ｂ１９ｐ６、およびＣＡＧから選択される。一部の実施形態では、一つ以上のＲｅｐタンパク質は、Ｒｅｐ７８、Ｒｅｐ６８、Ｒｅｐ５２、およびＲｅｐ４０から選択され、任意で一つ以上のＲｅｐタンパク質が、Ｒｅｐ７８を含む。一部の実施形態では、一つ以上のＲｅｐタンパク質は、霊長類動物ＡＡＶ Ｒｅｐタンパク質である。一部の他の実施形態では、一つ以上のＲｅｐタンパク質は、非霊長類動物ＡＡＶ Ｒｅｐタンパク質である。一部の実施形態では、一つ以上のＲｅｐタンパク質が、両方を含む。
一部の実施形態では、本発明の組成物およびパッケージング細胞は、一つ以上のＲｅｐタンパク質により認識される少なくとも一つのＡＡＶ末端逆位配列（ＩＴＲ）が少なくとも片側で隣接する対象ヌクレオチドのヌクレオチド配列を含む核酸分子をさらに含む。一部の実施形態では、対象ヌクレオチドは、当該少なくとも一つのＩＴＲと同じＡＡＶの第二のＩＴＲにより、他方の側で隣接される。一部の実施形態では、対象ヌクレオチドは、第二のＩＴＲにより、他方の側で隣接され、この場合において当該第二のＩＴＲおよび当該少なくとも一つのＩＴＲは、異なるＡＡＶのものである。
一部の実施形態では、本発明の組成物および／またはパッケージング細胞は、５’および３’のＡＡＶ末端逆位配列（ＩＴＲ）により隣接された対象ヌクレオチド（例えば、導入遺伝子のヌクレオチド配列）を含む核酸分子をさらに含み、それにより、対象のウイルス粒子は、５’および３’のＡＡＶ ＩＴＲにより隣接された対象ヌクレオチドを含むゲノムをさらに含む。
一部の実施形態では、本発明の組成物および／またはパッケージング細胞は、参照カプシドタンパク質をコードするヌクレオチド配列をさらに含む。
したがって一部の実施形態では、本発明の組成物、パッケージング細胞、および／またはウイルス粒子は、５’から３’に向かって、５’ＩＴＲ、対象ヌクレオチド、および３’ＩＴＲを含むゲノムをさらに含む。一部の実施形態では、ゲノムは、対象ヌクレオチドに動作可能に連結されたプロモーターをさらに含む。一部の実施形態では、５’および３’のＩＴＲは、同種のＡＡＶに由来する。一部の実施形態では、５’および３’のＩＴＲは、異なる種のＡＡＶに由来する。
いくつかの実施形態では、対象ヌクレオチドは、レポーター遺伝子である。一部の実施形態では、レポーター遺伝子は、β‐ガラクトシダーゼ、緑色蛍光タンパク質（ＧＦＰ）、強化型緑色蛍光タンパク質（ｅＧＦＰ）、ＭｍＧＦＰ、青色蛍光タンパク質（ＢＦＰ）、強化型青色蛍光タンパク質（ｅＢＦＰ）、ｍＰｌｕｍ、ｍＣｈｅｒｒｙ、ｔｄＴｏｍａｔｏ、ｍＳｔｒａｗｂｅｒｒｙ、Ｊ－Ｒｅｄ、ＤｓＲｅｄ、ｍＯｒａｎｇｅ、ｍＫＯ、ｍＣｉｔｒｉｎｅ、Ｖｅｎｕｓ、ＹＰｅｔ、黄色蛍光タンパク質（ＹＦＰ）、強化型黄色蛍光タンパク質（ｅＹＦＰ）、Ｅｍｅｒａｌｄ、ＣｙＰｅｔ、シアン蛍光タンパク質（ＣＦＰ）、Ｃｅｒｕｌｅａｎ、Ｔ－Ｓａｐｐｈｉｒｅ、ルシフェラーゼ、アルカリホスファターゼ、またはそれらの組み合わせをコードする。
一部の実施形態では、対象ヌクレオチドは、治療用タンパク質、自殺遺伝子、抗体もしくはその断片、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓシステムもしくはその一部（複数可）、アンチセンスオリゴヌクレオチド、リボザイム、ＲＮＡｉ分子、またはｓｈＲＮＡをコードする。
本発明のＡＡＶウイルス粒子を作製する方法が本明細書において記載され、当該方法は、ウイルス粒子の生成に充分な条件下でパッケージング細胞を培養することを含み、当該パッケージング細胞は、（１）一つ以上のＡＡＶ Ｒｅｐタンパク質をコードする少なくとも一つのヌクレオチド配列、例えばｒｅｐ遺伝子、および（２）ＡＡＶ ＶＰ１カプシドタンパク質をコードする第一のヌクレオチド配列、任意でＡＡＶ ＶＰ２カプシドタンパク質をコードする第二のヌクレオチド配列、および非霊長類動物ＡＡＶ ＶＰ３カプシドタンパク質をコードする第三のヌクレオチド配列（例えば、本発明の第一、第二、および第三のヌクレオチド分子）、ならびに（３）第二のＡＡＶの第一および／または第二のＩＴＲに隣接された対象ヌクレオチド、を含み、この場合において当該一つ以上のＡＡＶ Ｒｅｐタンパク質は、第二のＡＡＶの第一および／または第二のＩＴＲの認識部位を認識し、この場合において当該第三のヌクレオチド配列は、本発明の非霊長類動物ＡＡＶ ＶＰ３カプシドタンパク質をコードし、および任意でこの場合において当該第一のヌクレオチド配列は、本発明のＡＡＶ ＶＰ１カプシドタンパク質をコードし、および／または当該第二のヌクレオチド配列は、本発明のＡＡＶ ＶＰ２カプシドタンパク質をコードする。一部の実施形態では、本発明の一つのｃａｐ遺伝子は、第一、第二、および第三のヌクレオチド配列を含む。一部の実施形態では、一つのパッケージングプラスミドは、一つ以上のＡＡＶ Ｒｅｐタンパク質をコードする少なくとも一つのヌクレオチド配列、ならびに非霊長類動物のＡＡＶ ＶＰ１カプシドタンパク質、ＡＡＶ ＶＰ２カプシドタンパク質、およびＡＡＶ ＶＰ３カプシドタンパク質をそれぞれコードする第一、第二および第三のヌクレオチドの任意の組み合わせを含む。
一部の実施形態では、方法は、本発明のパッケージング細胞を培養することを含む。一部の実施形態では、方法は、本発明の核酸分子を含む本発明のパッケージング細胞を培養することを含み、この場合において当該パッケージング細胞は、任意で、ヘルパープラスミド、および／または対象ヌクレオチドを含むトランスファープラスミドをさらに含む。
一部の方法の実施形態はさらに、培養上清および／または細胞溶解物から、自己補完的アデノ随伴ウイルス粒子を単離することを含む。一部の方法の実施形態はさらに、パッケージング細胞を溶解すること、および一本鎖アデノ随伴ウイルス粒子を培養上清および／または細胞溶解物から単離することをさらに含む。一部の実施形態はさらに、ａ．細胞残渣を除去すること、ｂ．ＢｅｎｚｏｎａｓｅまたはＤＮａｓｅＩおよびＭｇＣｌ２を用いてウイルス粒子を含有する上清を処置すること、ｃ．ウイルス粒子を濃縮すること、ｄ．ウイルス粒子を精製すること、およびｅ．ａ～ｄの任意の組み合わせを含む。
一部の実施形態では、モザイクウイルス粒子は、タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーを含むＶＰカプシドタンパク質をコードする第一のｃａｐ遺伝子と、参照ＶＰカプシドタンパク質をコードする少なくとも一つの参照ｃａｐ遺伝子との混合物を、特定の比率で、パッケージング細胞へとトランスフェクトすることにより作製される。一部の実施形態では、本発明のモザイクウイルス粒子は、改変ｃａｐ遺伝子：参照ｃａｐ遺伝子の混合物を用いて作製されてもよい。一部の実施形態では、改変ｃａｐ遺伝子は、例えばタンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーなど、改変を含むＡＡＶ ＶＰ１、ＶＰ２、およびＶＰ３カプシドタンパク質のうちの少なくとも一つをコードし、参照ｃａｐ遺伝子は、当該改変を除き、改変ＡＡＶ ＶＰ１、ＶＰ２、およびＶＰ３カプシドタンパク質のうちの少なくとも一つに対応する参照カプシドタンパク質をコードする。一部の実施形態では、改変ｃａｐ遺伝子は、タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーで改変されたＶＰ１カプシドタンパク質をコードし、参照ｃａｐ遺伝子は、当該改変を欠く参照ＶＰ１カプシドタンパク質をコードする。一部の実施形態では、改変ｃａｐ遺伝子は、タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーで改変されたＶＰ２カプシドタンパク質をコードし、参照ｃａｐ遺伝子は、当該改変を欠く参照ＶＰ２カプシドタンパク質をコードする。一部の実施形態では、改変ｃａｐ遺伝子は、タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーで改変されたＶＰ３カプシドタンパク質をコードし、参照ｃａｐ遺伝子は、当該改変を欠く参照ＶＰ３カプシドタンパク質をコードする。
概して、本明細書に記載されるウイルス粒子は、モザイクウイルスカプシドを含む、本明細書に記載されるウイルスカプシドタンパク質を含むウイルスカプシドを含み、この場合において当該ウイルスカプシドは、対象ヌクレオチドをカプシド封入する。いくつかの実施形態では、対象ヌクレオチドは、ウイルスプロモーター、細菌プロモーター、哺乳類プロモーター、鳥類プロモーター、魚プロモーター、昆虫プロモーター、およびそれらの任意の組み合わせからなる群から選択されるプロモーターの制御下にある。いくつかの実施形態では、対象ヌクレオチドは、非ヒトプロモーターの制御下にある。いくつかの実施形態では、プロモーターは、サイトメガロウイルス（ＣＭＶ）プロモーターである。いくつかの実施形態では、プロモーターは、ＥＦ、例えばＥＦ１αプロモーターである。いくつかの実施形態では、プロモーターは、ＣＡＧプロモーターである。いくつかの実施形態では、プロモーターは、ユビキチンＣ（ＵｂＣ）プロモーターである。
概して、対象ヌクレオチドは、一つ以上の遺伝子であってもよく、これは検出可能なマーカー、例えば、レポーター、または治療ポリペプチドをコードしてもよい。いくつかの実施形態では、対象ヌクレオチドは、レポーター遺伝子である。いくつかの実施形態では、対象ヌクレオチドは、緑色蛍光タンパク質、ルシフェラーゼ、β－ガラクトシダーゼなどからなる群から選択される検出可能なマーカーをコードするレポーター遺伝子である。いくつかの実施形態では、検出可能なマーカーは、緑色蛍光タンパク質である。他の実施形態では、対象ヌクレオチドは、自殺遺伝子、抗体またはその断片をコードするヌクレオチド、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓシステムまたはその一部分（複数可）をコードするヌクレオチド、アンチセンスＲＮＡをコードするヌクレオチド、ｓｉＲＮＡをコードするヌクレオチド、分泌酵素、治療用タンパク質をコードする遺伝子などからなる群選択される。一実施形態では、対象ヌクレオチドは、マルチドメイン治療用のタンパク質、例えば、二つの別個の機能を提供する少なくとも二つのドメインを含むタンパク質をコードする。
本明細書に記載される組成物は概して、本明細書に記載されるウイルスカプシドタンパク質を含むウイルス粒子を含み、例えば、ウイルスカプシドタンパク質（モザイクカプシドを含む）を含むカプシドを含み、この場合において当該カプシドは、対象ヌクレオチドをカプシド封入する。一部の実施形態では、本明細書に記載される組成物は、（１）本明細書に記載されるウイルスカプシドタンパク質を含むカプシドを有するウイルス粒子、および（２））薬学的に許容可能な担体を含む。
また本明細書において、ウイルスカプシドタンパク質、ウイルスカプシドタンパク質を含むウイルス粒子、組成物などを使用する方法も記載される。一部の実施形態では、方法は、標的細胞（インビトロ（例えば生体外（ｅｘ ｖｉｖｏ））またはインビボ、例えばヒト中にあってもよい）と、本明細書に記載されるウイルスカプシドタンパク質を含むウイルス粒子とを接触させることを含み、この場合において当該ウイルスカプシドまたはウイルス粒子は、標的細胞の表面上に発現されるタンパク質に特異的に結合する標的化リガンドを含む。
本明細書に記載されるウイルスカプシドタンパク質は、任意で標的化リガンドに連結される、その同族の第二のメンバーに対する、タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーを含んでいるため、本明細書に記載されるウイルス粒子は、特定の細胞への対象ヌクレオチドの標的導入に特に適する。一部の実施形態では、標的化リガンドは、タンパク質（第二のメンバー）に動作可能に連結され、例えば、任意でリンカーを介して当該タンパク質に融合される。一部の実施形態では、標的化リガンドは、結合部分、例えば、天然リガンド、抗体、多特異性結合分子などであってもよい。一部の実施形態では、標的化リガンドは、抗体またはその一部分である。一部の実施形態では、標的化リガンドは、標的細胞上の細胞表面タンパク質および重鎖定常ドメインに結合する可変ドメインを含む抗体である。一部の実施形態では、標的化リガンドは、標的細胞上の細胞表面タンパク質およびＩｇＧ重鎖定常ドメインに結合する可変ドメインを含む抗体である。一部の実施形態では、標的化リガンドは、標的細胞上の細胞表面タンパク質に結合する可変ドメインおよびＩｇＧ重鎖定常ドメインを含む抗体であり、この場合において当該ＩｇＧ重鎖定常ドメインは、第一のメンバーとイソペプチド共有結合を形成するタンパク質（例えば、タンパク質：タンパク質結合ペアの第二のメンバー）に例えばリンカーを介して動作可能に連結される。一部の実施形態では、本明細書に記載のカプシドタンパク質は、ウイルスカプシドタンパク質に動作可能に連結されるＳｐｙＴａｇを含み、および当該ＳｐｙＴａｇに共有結合される第一のメンバー、抗体可変ドメインおよびＩｇＧ重鎖ドメインを含む標的化リガンドに連結されたＳｐｙＣａｔｃｈｅｒを含む第二のメンバーを含み、この場合においてＳｐｙＣａｔｃｈｅｒおよびＩｇＧ重鎖ドメインは、例えば、ＧＳＧＥＳＧ（配列番号４９）などのアミノ酸リンカーを介して連結される。一部の実施形態では、第二のメンバーは、配列番号４７として記載される配列を含み、当該配列は、ヒトＩｇＧ４重鎖の一部を含み、当該ＩｇＧ４部分は、リンカー（配列番号４９）を介してＳｐｙＣａｔｃｈｅｒ（配列番号４３）に連結される配列番号５１として記載される配列を有する。
一般に、標的化リガンドは、哺乳類（例えば、ヒト）真核細胞、例えば、標的細胞の表面上に発現される、細胞表面分子、例えば、オリゴ糖、受容体、細胞表面マーカーなどに特異的に結合する。
ＡＡＶ遺伝子治療を介して特定の細胞を標的化するための組換え法は近年改善が見られているが、おそらく幼少期に発現した既存抗体による検出および／または中和から逃れるＡＡＶの開発に使用される現行の組み換え法にはいまだ課題が残る。本明細書において、（１）霊長類細胞に感染する非霊長類動物ＡＡＶまたはリモートＡＡＶの本来の能力、（２）ヒトにおける、非霊長類動物ＡＡＶカプシドタンパク質に対するＮＡｂの欠落、および所望の場合、または必要な場合には（３）方向付けられた遺伝子治療に有用なＡＡＶウイルス粒子の産生に関する、ＡＡＶカプシドタンパク質へと操作されたタンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーの適応力、例えば対象の特定の細胞への対象ヌクレオチドの導入などを活用する方法が記載される。本明細書において、望ましい機能に従い活用される、少なくともＡＡＶ ｃａｐ遺伝子を含むヌクレオチド分子が記載される。本発明のヌクレオチド分子は、非霊長類動物ＡＡＶおよび／またはリモートＡＡＶに由来するｃａｐ遺伝子またはその一部を含む（既存のＮａｂには容易に認識されないウイルスカプシドの産生を目的とする）。非霊長類ＡＡＶのｃａｐ遺伝子またはその部分は、タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーで改変されてもよく、それに対し、標的化リガンドを含む第二のメンバーが結合し、および得られたＡＡＶウイルス流の指向性を指導し得る。
霊長類細胞に感染することができない非霊長類動物ＡＡＶまたはリモートＡＡＶについて、ｃａｐ遺伝子は、霊長類ＡＡＶ ＶＰ１カプシドタンパク質の少なくともホスホリパーゼＡ２（ＰＬＡ２）ドメイン、および非ヒト霊長類ＡＡＶまたはリモートＡＡＶのＶＰ３カプシドタンパク質の少なくとも一部をコードする、キメラｃａｐ遺伝子として設計されてもよい。ＰＬＡ２ドメインは、ＶＰ１カプシドタンパク質（より具体的にはＶＰ１カプシドのＶＰ１－固有（ＶＰ１－ｕ）領域）により担持され、後期エンドソーム／リソソームから核へのウイルスゲノムの移送を介在して複製を開始させることにより、ＡＡＶ感染中に重要であると考えられる（Ｚａｄｏｒｉ ｅｔ ａｌ．，２００１，Ｄｅｖ Ｃｅｌｌ，１（２）：２９１－３０２）。ＶＰ３カプシドタンパク質は、ＡＡＶウイルス粒子の主要な表面カプシドタンパク質であり、それゆえに非霊長類動物ＡＡＶまたはリモートＡＡＶのＶＰ３カプシドタンパク質の少なくとも一部を含有するウイルスカプシドは、霊長類ＡＡＶの感染過程中の霊長類から単離されたＡＡＶ血清型に対して産生されたＮＡｂｓに認識される可能性は低い。
霊長類ＡＡＶのｒｅｐ遺伝子、およびキメラｃａｐ遺伝子を含む核酸分子の非限定的な描写を図１に提供する。霊長類細胞に感染することができる非霊長類ヒトＡＡＶ、リモートＡＡＶについては、霊長類ＡＡＶのｒｅｐ遺伝子を、本明細書に記載されるキメラｃａｐ遺伝子または非霊長類ＡＡＶのｃａｐ遺伝子に動作可能に連結してもよい。本明細書の実施例は、当該核酸分子が、ヘルパープラスミド、および対象ヌクレオチドを担持する霊長類ＡＡＶゲノムを含むパッケージング細胞株において発現されたとき、適切な複製およびカプシドタンパク質をコードし、インビボで細胞に感染する能力を有するウイルス粒子内にそれぞれ霊長類ゲノムを複製し、およびカプシド封入する機能を果たすことを示している。さらに本実施例は、当該ＡＡＶウイルス粒子の指向性が、タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーおよび第二のメンバーを使用することで容易に適合されること、さらにはタンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーおよび第二のメンバーの挿入によって、霊長類ＡＡＶ感染に対して産生されたＮａｂに認識される可能性が増大しないことを示す。このように、遺伝子改変ウイルス粒子、これらを含む組成物、およびこれらを作製および使用する方法を本明細書に提供する。
別途定義されない限り、本明細書で使用される全ての技術用語および科学用語は、本発明の属する分野の当業者によって一般に理解されるものと同一の意味を有する。
単数形「ａ」、「ａｎ」、および「ｔｈｅ」は、文脈で別途明確に指示されない限り、複数への言及を含む。したがって、例えば、「一つの方法」への言及は、本明細書に記載され、かつ／または当業者には本開示の閲読により明らかになるであろう種類の一つ以上の方法および／または工程を含む。
「同一性割合（％）」等は、タンパク質の全長またはその一部にわたる、アミノ酸配列またはヌクレオチド配列に対して容易に決定することができる。部分は、それぞれ少なくとも約５アミノ酸または２４ヌクレオチドの長さであってもよく、それぞれ約７００アミノ酸または２１００ヌクレオチドまでの長さであってもよい。一般的に、二つの異なるアデノ随伴ウイルスの間の「同一性」、「相同性」、または「類似性」に言及する場合、「同一性」、「相同性」、または「類似性」は、「アライメントされた」配列を参照して決定される。「アライメントされた」配列または「アライメント」とは、複数の核酸配列またはタンパク質（アミノ酸）配列を指し、それらは多くの場合、参照配列と比較して塩基もしくはアミノ酸の欠落または追加に対する補正を含む。
アライメントは、公開されている、または市販の様々な多重配列アライメントプログラムのいずれかを使用して実施されてもよい。配列アライメントプログラムは、アミノ酸配列については、例えば、「Ｃｌｕｓｔａｌ Ｘ」、「ＭＡＰ」、「ＰＩＭＡ」、「ＭＳＡ」、「ＢＬＯＣＫＭＡＫＥＲ」、「ＭＥＭＥ」、および「Ｍａｔｃｈ－Ｂｏｘ」プログラムなどが利用可能である。概して、これらのプログラムのいずれかをデフォルト設定で使用するが、当業者は、必要に応じてこれらの設定を変更することもできる。あるいは当業者は、参照されるアルゴリズムおよびプログラムによって提供されるものと少なくとも同レベルの同一性またはアライメントを提供する、別のアルゴリズムまたはコンピュータプログラムを利用することもできる。例えば、Ｊ．Ｄ．Ｔｈｏｍｓｏｎ ｅｔ ａｌ，Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ．Ｒｅｓ．，“Ａ ｃｏｍｐｒｅｈｅｎｓｉｖｅ ｃｏｍｐａｒｉｓｏｎ ｏｆ ｍｕｌｔｉｐｌｅ ｓｅｑｕｅｎｃｅ ａｌｉｇｎｍｅｎｔｓ”，２７（１３）：２６８２－２６９０（１９９９）を参照のこと。
核酸配列については、複数の配列アライメントプログラムも利用可能である。そのようなプログラムの例としては、インターネット上のウェブサーバーを介してアクセス可能な「Ｃｌｕｓｔａｌ Ｗ」、「ＣＡＰ Ｓｅｑｕｅｎｃｅ Ａｓｓｅｍｂｌｙ」、「ＭＡＰ」、および「ＭＥＭＥ」が挙げられる。当業者には、そのようなプログラムに関する他のソースも公知である。あるいは、Ｖｅｃｔｏｒ ＮＴＩユーティリティも使用される。また、ヌクレオチド配列の同一性を測定するために使用され得る当分野で公知の多数のアルゴリズムも存在しており、上述のプログラムも含有される。別の例としては、ポリヌクレオチド配列は、ＧＣＧバージョン６．１のプログラムであるＦＡＳＴＡ（商標）を使用して比較することができる。ＦＡＳＴＡ（商標）は、クエリと検索配列の間の最良重複の領域のアラインメントおよび配列同一性の百分率を提供する。例えば、核酸配列間の配列同一性の百分率は、参照により本明細書に組み込まれるＧＣＧバージョン６．１において提供される、そのデフォルトパラメータ（スコアリングマトリクスについて、ワードサイズは６およびＮＯＰＡＭ因子）を用いてＦＡＳＴＡ（商標）を使用することで決定することができる。
「顕著な同一性」は、少なくとも９０％、例えば少なくとも９３％、例えば少なくとも９５％、例えば少なくとも９６％、例えば少なくとも９７％、例えば少なくとも９８％、例えば少なくとも９９％、または例えば少なくとも１００％同一であるアミノ酸配列または核酸配列のアライメントを包含する。
「キメラ」という用語は、少なくとも二つの異なる生物体にそれぞれ由来する核酸配列またはアミノ酸配列を含む機能性の遺伝子またはポリペプチドを包含し、例えば少なくとも第一のＡＡＶと第二のＡＡＶの遺伝子またはポリペプチドの部分を包含し、この場合において当該少なくとも第一および第二の部分は動作可能に連結される。キメラとして指定されない限り、ヌクレオチド配列、遺伝子、ポリペプチド、およびアミノ酸は、非キメラとみなされ、例えば、一つの生物体のみ、例えば、一つのＡＡＶのみの核酸配列またはアミノ酸配列を含む非キメラとみなされる。
「抗体」という用語には、四つのポリペプチド鎖（ジスルフィド結合によって相互接続された二つの重（Ｈ）鎖および二つの軽（Ｌ）鎖）を含む、免疫グロブリン分子が含まれる。各重鎖は、重鎖可変ドメイン（Ｖ‐Ｈ）および重鎖定常領域（ＣＨ）を含む。重鎖定常領域は、少なくとも三つのドメイン、ＣＨ１、ＣＨ２、ＣＨ３、および任意選択的にＣＨ４を含む。各軽鎖は、軽鎖可変ドメイン（ＣＨ）および軽鎖定常領域（ＣＬ）を含む。重鎖および軽鎖可変ドメインはさらに、フレームワーク領域（ＦＲ）と称されるより保存的な領域に差し込まれている、相補性決定領域（ＣＤＲ）と称される超可変性の領域にさらに細分化することができる。各重鎖および軽鎖可変ドメインは、三つのＣＤＲおよび四つのＦＲを含み、アミノ末端からカルボキシ末端に向かって、以下の順序で配列される。ＦＲ１、ＣＤＲ１、ＦＲ２、ＣＤＲ２、ＦＲ３、ＣＤＲ３、ＦＲ４（重鎖ＣＤＲは、ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、およびＨＣＤＲ３と省略される場合もある。軽鎖ＣＤＲは、ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２、およびＬＣＤＲ３と省略される場合もある）。典型的な四量体抗体構造は、二つの同一の抗原結合ドメインを含み、その各々がＶＨドメインおよびＶＬドメインの会合によって形成されており、およびその各々がそれぞれのＣＨドメインおよびＣＬドメインと共に抗体Ｆｖ領域を形成する。単一ドメイン抗体は、単一の抗原結合ドメイン、例えば、ＶＨまたはＶＬを含む。例えば抗原の特定の結合ペアの第一のメンバーを認識および結合する抗体部分などの抗体の抗原結合ドメインは、「パラトープ」とも呼称される。パラトープは抗体の抗原結合断片（Ｆａｂ領域）の一部であるＦｖ領域の小さな領域（５～１０アミノ酸）であり、抗体の重鎖および／または軽鎖の一部を含有し得る。パラトープが特定の結合ペアの第一のメンバーに高アフィニティで結合するとき、パラトープは特定の結合ペアの第一のメンバーに特異的に結合する。「高アフィニティ」抗体という用語は、特定の結合ペアの標的の第一のメンバーに対し、約１０－９Ｍ以下（例えば、約１×１０－９Ｍ、１×１０－１０、１×１０－１１Ｍ、または約１×１０－１２Ｍ）のＫＤを有する抗体を指す。一実施形態では、ＫＤは、表面プラズモン共鳴、例えば、ＢＩＡＣＯＲＥ（商標）によって測定され、別の実施形態では、ＫＤは、ＥＬＩＳＡによって測定される。
語句「相補性決定領域」または用語「ＣＤＲ」には、生物体のイムノグロブリン遺伝子の核酸配列でコードされるアミノ酸配列が含まれ、該アミノ酸配列は、通常（すなわち、野生型動物では）イムノグロブリン分子（例えば、抗体またはＴ細胞受容体）の軽鎖または重鎖の可変領域における二つのフレームワーク領域の間に見られる。ＣＤＲは、例えば生殖細胞系の配列または再構成配列もしくは非再構成配列によって、例えば、ナイーヴＢ細胞もしくは成熟Ｂ細胞、またはＴ細胞によってコードされ得る。ＣＤＲは、体細胞変異され（例えば動物生殖細胞系でコードされた配列と異なり）、ヒト化され、および／またはアミノ酸置換、付加、もしくは欠失で改変され得る。一部の環境下（例えば、ＣＤＲ３に関して）では、ＣＤＲは、二つ以上の配列（例えば、生殖細胞系配列）によってコードされ得、その二つ以上の配列は（例えば、非再構成核酸配列においては）連続していないが、例えば、配列のスプライシングまたは接続（例えば、重鎖ＣＤＲ３を形成するためのＶ－Ｄ－Ｊ再構成）の結果として、Ｂ細胞核酸配列では連続している。
「軽鎖」という語句は、任意の生物体由来の免疫グロブリン軽鎖配列を含み、別段の規定がない限り、代替軽鎖のみならず、ヒトκ軽鎖およびλ軽鎖、ならびにＶｐｒｅＢを含む。軽鎖可変ドメインは、典型的には、別段の規定がない限り、三つの軽鎖ＣＤＲおよび四つのフレームワーク（ＦＲ）領域を含む。一般に、完全長軽鎖には、アミノ末端からカルボキシル末端の方向に、ＦＲ１－ＣＤＲ１－ＦＲ２－ＣＤＲ２－ＦＲ３－ＣＤＲ３－ＦＲ４を含む可変ドメインと、軽鎖定常領域とが含まれる。軽鎖可変ドメインは、軽鎖可変領域遺伝子配列によってコードされ、概して、生殖細胞系に存在するＶセグメントおよびＪセグメントのレパートリーに由来するＶＬセグメントおよびＪＬセグメントを含む。様々な生物体のＶ軽鎖セグメントおよびＪ軽鎖セグメントの配列、位置、および命名は、ＩＭＧＴデータベース、ｗｗｗ．ｉｍｇｔ．ｏｒｇで見ることができる。軽鎖は、例えば、当該軽鎖が現れる特異的結合ペア結合タンパク質の第一のメンバーによって選択的に結合される特異的結合ペアの第一のメンバーまたは第二のメンバーのいずれも選択的に結合しない軽鎖を含む。軽鎖はまた、当該軽鎖が現れる特異的結合ペア結合タンパク質の第一のメンバーによって選択的に結合される特異的結合ペアの一つ以上の第一のメンバーの結合および認識により重鎖または別の軽鎖に結合し、これを認識するか、またはこれを補助する軽鎖を含む。一般的な軽鎖または汎用的な軽鎖は、ヒトＶκ１～３９Ｊκ遺伝子またはヒトＶκ３～２０Ｊκ遺伝子に由来する軽鎖を含み、それらの体細胞変異（例えば、アフィニティ成熟）バージョンを含む。例示的なヒトＶＬセグメントは、ヒトＶκ１－３９遺伝子セグメント、ヒトＶκ３－２０遺伝子セグメント、ヒトＶλ１－４０遺伝子セグメント、ヒトＶλ１－４４遺伝子セグメント、ヒトＶλ２－８遺伝子セグメント、ヒトＶλ２－１４遺伝子セグメント、およびヒトＶλ３－２１遺伝子セグメントを含み、それらの体細胞変異型（例えば、アフィニティ成熟型）を含む。一つの生物体（例えば、ヒトもしくは齧歯類、例えば、ラットもしくはマウス、または鳥類、例えばニワトリ）からの可変ドメインと、同じかまたは異なる生物体（例えば、ヒトもしくは齧歯類、例えばラットももしくはマウス、または鳥類、例えばニワトリ）からの定常領域とを含む軽鎖を作製することができる。
「約」または「およそ」という用語は、統計的に有意の値の範囲内であることを含む。かかる範囲は、所与の値または範囲の１０倍以内、好ましくは５０％以内、より好ましくは２０％以内、なおより好ましくは１０％以内、さらにより好ましくは５％以内であり得る。「約」または「およそ」という用語によって包含される許容可能な変動は、研究中の特定の系に依存し、当業者によって容易に理解され得る。
語句「重鎖」または「イムノグロブリン重鎖」には、任意の生物体由来のイムノグロブリン重鎖配列（イムノグロブリン重鎖定常領域配列など）が含まれる。別段の指定のない限り、重鎖可変ドメインは、三つの重鎖ＣＤＲと四つのＦＲ領域とを含む。重鎖の断片としては、ＣＤＲ、ＣＤＲおよびＦＲ、ならびにそれらの組み合わせが挙げられる。典型的な重鎖は、可変ドメインに続いて（Ｎ末端からＣ末端へ）、ＣＨ１ドメイン、ヒンジ、ＣＨ２ドメイン、およびＣＨ３ドメインを有する。重鎖の機能性断片には、特異的結合ペアの第一のメンバーを特異的に認識する（例えば、マイクロモル濃度、ナノモル濃度、またはピコモル濃度範囲のＫＤにより特異的結合ペアの第一のメンバーを認識する）ことができ、細胞を発現し、細胞から分泌可能であり、かつ少なくとも一つのＣＤＲを含む、断片が含まれる。重鎖可変ドメインは、可変領域ヌクレオチド配列によってコードされ、概して、生殖系細胞に存在するＶＨ、ＤＨ、およびＪＨセグメントのレパートリー由来の、ＶＨ、ＤＨ、およびＪＨセグメントを含む。様々な生物体のＶ重鎖セグメント、Ｄ重鎖セグメント、およびＪ重鎖セグメントの配列、位置、および命名は、ＩＭＧＴデータベースで見ることができ、これは、インターネットを介してＵＲＬが「ｉｍｇｔ．ｏｒｇ」の世界的なウェブ（ｗｗｗ）でアクセス可能である。
「重鎖のみの抗体」、「重鎖のみの抗原結合タンパク質」、「単一ドメイン抗原結合タンパク質」、「単一ドメイン結合タンパク質」、などの用語は、重鎖定常領域に動作可能に連結されている可変ドメインを含む可変領域を含む免疫グロブリン様鎖を含む単量体またはホモ二量体の免疫グロブリン分子を指し、これは重鎖定常領域が、典型的には機能的ＣＨ１ドメインを欠くために軽鎖と会合不可能である。したがって、「重鎖のみの抗体」、「重鎖のみの抗原結合タンパク質」、「単一ドメイン抗原結合タンパク質」、「単一ドメイン結合タンパク質」、などの用語は、（ｉ）機能的ＣＨ１ドメインを欠く重鎖定常領域に動作可能に連結されている可変ドメインを含む免疫グロブリン様鎖のうちの一つを含む単量体単一ドメイン抗原結合タンパク質、または（ｉｉ）二つの免疫グロブリン様鎖を含み、各々が機能的ＣＨ１ドメインを欠く重鎖定常領域に動作可能に連結されている可変ドメインを含む、ホモ二量体単一ドメイン抗原結合タンパク質、の両方を包含する。様々な態様では、ホモ二量体単一ドメイン抗原結合タンパク質は、二つの同一の免疫グロブリン様鎖を含み、各々が機能的ＣＨ１ドメインを欠く同一の重鎖定常領域に動作可能に連結されている同一の可変ドメインを含む。加えて、単一ドメイン抗原結合タンパク質の各免疫グロブリン様鎖は、可変ドメインを含み、これは、重鎖可変領域遺伝子セグメント（例えば、ＶＨ、ＤＨ、ＪＨ）、軽鎖遺伝子セグメント（例えば、ＶＬ、ＪＬ）、またはそれらの組み合わせに由来し得、重鎖定常領域（および任意選択的にヒンジ領域）の遺伝子の配列、例えばＩｇＧ、ＩｇＡ、ＩｇＥ、ＩｇＤ、またはそれらの組み合わせをコードするＣＨ１における欠失変異または不活性化変異を含む重鎖定常領域（ＣＨ）遺伝子配列に連結し得る。重鎖遺伝子セグメントに由来する可変ドメインを含む単一ドメイン抗原結合タンパク質は、「ＶＨ単一ドメイン抗体」または「ＶＨ単一ドメイン抗体結合タンパク質」と称され得、例えば、米国特許第８，７５４，２８７号、米国特許公開第２０１４／０２８９８７６号、同第２０１５／０１９７５５３号、同第２０１５／０１９７５５４号、同第２０１５／０１９７５５５号、同第２０１５／０１９６０１５号、同第２０１５／０１９７５５６号、同第２０１５／０１９７５５７号（それらの各々は、それらの全体が参照により組み込まれる）を参照されたい。軽鎖遺伝子セグメント由来の可変ドメインを含む単一ドメイン抗原結合タンパク質は、「ＶＬ単一ドメイン抗原結合タンパク質」と称され得、例えば、米国公開第２０１５／０２８９４８９号（その全体が参照により組み込まれる）を参照されたい。
「軽鎖」という語句は、任意の生物体由来の免疫グロブリン軽鎖配列を含み、別段の規定がない限り、代替軽鎖のみならず、ヒトカッパ（κ）軽鎖およびラムダ（λ）軽鎖、ならびにＶｐｒｅＢを含む。軽鎖可変ドメインは、典型的には、別段の規定がない限り、三つの軽鎖ＣＤＲおよび四つのフレームワーク（ＦＲ）領域を含む。概して、完全長軽鎖は、アミノ末端からカルボキシル末端に向かって、ＦＲ１－ＣＤＲ１－ＦＲ２－ＣＤＲ２－ＦＲ３－ＣＤＲ３－ＦＲ４を含む可変ドメイン、および軽鎖定常領域アミノ酸配列を含む。軽鎖可変ドメインは、軽鎖可変領域ヌクレオチド配列によってコードされ、概して、生殖系細胞に存在する軽鎖ＶおよびＪ遺伝子セグメントのレパートリーに由来する、軽鎖ＶＬおよび軽鎖ＪＬセグメントを含む。様々な生物体の軽鎖Ｖ遺伝子セグメントおよび軽鎖Ｊ遺伝子セグメントの配列、位置、および命名は、ＩＭＧＴデータベースで見ることができ、これは、インターネットを介してＵＲＬが「ｉｍｇｔ．ｏｒｇ」の世界的なウェブ（ｗｗｗ）でアクセス可能である。軽鎖は、例えば、当該軽鎖が現れる特異的結合ペア結合タンパク質の第一のメンバーによって選択的に結合される特異的結合ペアの第一のメンバーまたは第二のメンバーのいずれも選択的に結合しない軽鎖を含む。軽鎖にはまた、当該軽鎖が現れる特異的結合ペア－結合タンパク質の第一のメンバーによって選択的に結合される特異的結合ペアの一つ以上の第一のメンバーに結合し、これを認識することにより重鎖に結合し、これを認識するか、または重鎖を補助する軽鎖が含まれる。軽鎖にはまた、当該軽鎖が現れる特異的結合ペア－結合タンパク質の第一のメンバーによって選択的に結合される特異的結合ペアの一つ以上の第一のメンバーに結合し、これを認識することにより重鎖に結合し、これを認識するか、または重鎖を補助する軽鎖が含まれる。一般的な軽鎖または汎用的な軽鎖は、ヒトＶκ１～３９Ｊκ５遺伝子またはヒトＶκ３～２０Ｊκ１遺伝子由来の軽鎖を含み、それらの体細胞変異（例えば、アフィニティ成熟）バージョンを含む。
「動作可能に連結されている」という語句は、本明細書で使用される場合、互いに直接的または間接的に相互作用する、あるいは生物学的事象に関わるように互いに配置される、構成要素または要素の物理的な並置（例えば、三次元的空間における）を含み、この並置は、かかる相互作用および／または配置を達成または可能にする。一例を挙げると、核酸中の制御配列（例えば、発現制御配列）は、コード配列の発現および／または活性に対してその存在または非存在が影響を与えるように、コード配列に位置すると、コード配列に「動作可能に連結されている」と言われる。多くの実施形態では、「操作可能な連結」は、互いに関連する構成要素または要素の共有結合を含む。当業者であれば、いくつかの実施形態では、共有結合は、効果的で操作可能な連結を達成する必要がないことを容易に理解するであろう。例えば、いくつかの実施形態では、核酸制御配列が制御するコード配列と動作可能に連結されている核酸制御配列は、対象ヌクレオチドと連続している。代替的にまたは加えて、いくつかの実施形態では、一つ以上のかかる制御配列は、トランスで、または対象のコード配列を制御するための距離で機能する。いくつかの実施形態では、「発現制御配列」という用語は、本明細書で使用される場合、それらが連結されているコード配列の発現および処理に影響を与えるのに必要なおよび／または十分なポリヌクレオチド配列を指す。いくつかの実施形態では、発現制御配列は、適切な転写開始、終結、プロモーターおよびエンハンサー配列、スプライシングおよびポリアデニル化シグナルなどの効率的なＲＮＡ処理シグナル、細胞質ｍＲＮＡを安定化する配列、翻訳効率を向上する配列（例えばコザックコンセンサス配列）、タンパク質安定性を向上する配列、ならびに／またはいくつかの実施形態では、タンパク質分泌を向上する配列であり得るか、あるいはこれらを含み得る。いくつかの実施形態では、一つ以上の制御配列は、特定の宿主細胞もしくは生物体、またはそれらのタイプで優先的にまたはそれらでのみ活性である。一例を挙げると、原核生物では、制御配列は、典型的には、プロモーター、リボソーム結合部位、および転写終結配列を含み、真核生物では、多くの実施形態では、制御配列は、典型的には、プロモーター、エンハンサー、および／または転写終結配列を含む。当業者であれば、多くの実施形態で、「制御配列」という用語は、発現および処理に不可欠な構成要素を指し、いくつかの実施形態で、その存在が発現に有利である構成要素（例えば、リーダー配列、標的化配列、および／または融合パートナー配列を含む）を含むことを理解するであろう。
「再標的化」または「再指導」とは、野生型粒子が生物体内の組織および／または器官内のいくつかの細胞を標的化し、そして当該組織または器官の全般的な標的化が、異種アミノ酸の挿入によって低下または無効にされ、生物体内の組織または特定の器官のより特定の細胞の再標的化が、当該特定の細胞によって発現されるマーカーに結合する標的化リガンドで（例えば、標的化リガンドを介して）、達成されるというシナリオを含み得る。こうした再標的化または再指導はまた、野生型粒子が組織を標的化し、当該組織の標的化が、異種アミノ酸の挿入によって低下または無効にされ、完全に異なる組織への再標的化が標的化リガンドで達成されるというシナリオも含み得る。
「特異的結合ペア」、「タンパク質：タンパク質結合ペア」などは、相互作用して、結合形成を可能にする条件下または結合形成を促進する条件下で、結合（例えば、エピトープを認識する抗体の第一のメンバーのエピトープと第二のメンバーの抗原結合部分との間の共有結合）を形成する、または共有結合的なイソペプチド結合を形成する二つのタンパク質（例えば、第一のメンバー（例えば第一のポリペプチド）と第二の同族メンバー（例えば第二のポリペプチド））を含む。一部の実施形態では、「同族」という用語は、一緒に機能する構成要素を指す。エピトープとその同族抗体、特に検出可能な標識としての機能も果たし得るエピトープ（例えば、ｃ－ｍｙｃ）は、当分野で公知である。相互作用して共有結合的イソペプチド結合を形成する能力を有する特異的タンパク質：タンパク質結合ペアは、Ｖｅｇｇｉａｎｉ ｅｔ ａｌ．（２０１４）Ｔｒｅｎｄｓ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．３２：５０６で再検討されており、これらは、ＳｐｙＴａｇ：ＳｐｙＣａｔｃｈｅｒ、ＳｐｙＴａｇ００２：ＳｐｙＣａｔｃｈｅｒ００２、ＳｐｙＴａｇ：ＫＴａｇ、イソペプタグ：ピリンＣ、ＳｎｏｏｐＴａｇ：ＳｎｏｏｐＣａｔｃｈｅｒなどのペプチド：ペプチド結合ペアを含む。概して、タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーとは概して、３０アミノ酸よりも短く、第二の同族タンパク質と共有結合的イソペプチド結合を形成する、タンパク質：タンパク質結合ペアのメンバーを指し、この場合において当該第二の同族タンパク質は概してさらに大きいが、例えばＳｐｙＴａｇ：ＫＴａｇシステムなど、３０アミノ酸よりも短い場合もある。
「イソペプチド結合」という用語は、カルボキシル基またはカルボキサミド基とアミノ基との間のアミド結合を指し、ここで、アミノ基の少なくとも一つは、タンパク質主鎖に由来しないか、または代替的に、タンパク質骨格の一部でないものと見られる。イソペプチド結合は、単一のタンパク質内に形成され得るか、または二つのペプチド間もしくはペプチドとタンパク質との間で生じ得る。したがって、イソペプチド結合は、単一のタンパク質内の分子内に、または分子内に、すなわち、二つのペプチド／タンパク質分子間に、例えば、二つのペプチドリンカー間に、形成され得る。典型的には、イソペプチド結合は、リシン残基と、アスパラギン、アスパラギン酸、グルタミン、またはグルタミン酸残基、またはタンパク質もしくはペプチド鎖からなる末端カルボキシル基との間に生じ得るか、またはタンパク質もしくはペプチド鎖のアルファ－アミノ末端と、アスパラギン、アスパラギン酸、グルタミン、もしくはグルタミン酸残基との間に生じ得る。イソペプチド結合に関与する対の各残基は、本明細書では反応性残基と呼ばれる。本発明の好ましい実施形態では、イソペプチド結合は、リシン残基とアスパラギン残基との間に、またはリジン残基とアスパラギン酸残基との間に形成され得る。特に、イソペプチド結合は、リシンの側鎖アミンと、アスパラギンのカルボキサミド基またはアスパラギン酸のカルボキシル基との間に生じ得る。
ＳｐｙＴａｇ：ＳｐｙＣａｔｃｈｅｒシステムは、米国特許第９，５４７，００３号およびＺａｖｅｒｉ ｅｔ ａｌ．（２０１２）ＰＮＡＳ １０９：Ｅ６９０－Ｅ６９７に記載されており（それらのそれぞれは、それらの全体が参照により本明細書に組み込まれる）、当該システムは、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｙｏｇｅｎｅｓのフィブロネクチン結合タンパク質のＦｂａＢのＣｎａＢ２ドメインに由来している。ドメインを分割することによって、Ｚａｋｅｒｉらは、ＡＨＩＶＭＶＤＡＹＫＰＴＫ配列（配列番号４２）を有する「ＳｐｙＴａｇ」ペプチドを得た。当該ペプチドは、その同族タンパク質である「ＳｐｙＣａｔｃｈｅｒ」とアミド結合を形成する。ＳｐｙＣａｔｃｈｅｒは、配列番号４３で記載されるアミノ酸配列を有する１１２アミノ酸のポリペプチドである。（Ｚａｋｅｒｉ（２０１２）、上記）。ＣｎａＢ２ドメインに由来するさらなる特異的結合ペアは、ＳｐｙＴａｇ：ＫＴａｇであり、これは、ＳｐｙＬｉｇａｓｅの存在下でイソペプチド結合を形成する。（Ｆｉｅｒｅｒ（２０１４）ＰＮＡＳ １１１：Ｅ１１７６－１１８１）。ＳｐｙＬｉｇａｓｅは、反応性リシンを含有するＳｐｙＣａｔｃｈｅｒからβ鎖を削除することによって操作されており、それによりＫＴａｇが得られた。ＫＴａｇは、アミノ酸配列ＡＴＨＩＫＦＳＫＲＤ（配列番号７２）を有する、タンパク質：タンパク質結合ペアの１０残基の第一のメンバーである。ＳｐｙＴａｇ００２：ＳｐｙＣａｔｃｈｅｒ００２システムは、Ｋｅｅｂｌｅ ｅｔ ａｌ（２０１７）Ａｎｇｅｗ Ｃｈｅｍ Ｉｎｔ Ｅｄ Ｅｎｇｌ ５６：１６５２１－２５に記載されている（その全体が参照により本明細書に組み込まれる）。ＳｐｙＴａｇ００２は、配列番号７３として記載されるアミノ酸配列ＶＰＴＩＶＭＶＤＡＹＫＲＹＫを有しており、ＳｐｙＣａｔｃｈｅｒ００２に結合する。
ＳｎｏｏｐＴａｇ：ＳｎｏｏｐＣａｔｃｈｅｒシステムは、Ｖｅｇｇｉａｎｉ（２０１６）ＰＮＡＳ １１３：１２０２－０７に記載されている。Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ由来の接着因子である、ＲｒｇＡのＤ４ Ｉｇ様ドメインを分割して、ＳｎｏｏｐＴａｇ（残基７３４～７４５）およびＳｎｏｏｐＣａｔｃｈｅｒ（残基７４９～８６０）が形成された。ＳｎｏｏｐＴａｇおよびＳｎｏｏｐＣａｔｃｈｅｒのインキュベーションにより、相補的タンパク質間に特異的な自発的イソペプチド結合が生じる。上記のＶｅｇｇｉａｎｉ（２０１６））を参照のこと。
ｉｓｏｐｅｐｔａｇ：ｐｉｌｉｎ－Ｃ特異的結合ペアは、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｙｏｇｅｎｅｓ由来の主要Ｐｉｌｉｎタンパク質のＳｐｙ０１２８に由来した。（Ｚａｋｅｉｒ ａｎｄ Ｈｏｗａｒｔｈ（２０１０）Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．１３２：４５２６－２７）。Ｉｓｏｐｅｐｔａｇは、配列番号７５として記載されるアミノ酸配列ＴＤＫＤＭＴＩＴＦＴＮＫＫＤＡＥを有しており、ｐｉｌｉｎ－Ｃ（Ｓｐｙ０１２８の残基１８～２９９）に結合する。ＳｎｏｏｐＴａｇおよびＳｎｏｏｐＣａｔｃｈｅｒのインキュベーションにより、相補的タンパク質間に特異的な自発的イソペプチド結合が生じる。上記のＺａｋｅｉｒ ａｎｄ Ｈｏｗａｒｔｈ（２０１０）を参照のこと。
「検出可能な標識」という用語は、例えば、非共有結合を介して例えば抗体パラトープなどの別のポリペプチド配列に高アフィニティで特異的に結合する特異的結合ペアのメンバーである、ポリペプチド配列を含む。例示的および非限定的な検出可能な標識としては、ヘキサヒスチジンタグ、ＦＬＡＧタグ、ＳｔｒｅｐＩＩタグ、ストレプトアビジン結合ペプチド（ＳＢＰ）タグ、カルタチオン結合ペプチド（ＣＢＰ）、グルタチオンＳ－トランスフェラーゼ（ＧＳＴ）、マルトース結合タンパク質（ＭＢＰ）、Ｓ－タグ、ＨＡタグ、およびｃ－ｍｙｃ（配列番号４４）が挙げられる。（Ｚｈａｏ ｅｔ ａｌ．（２０１３）Ｊ．Ａｎａｌｙｔｉｃａｌ Ｍｅｔｈ．Ｃｈｅｍ．１－８において検証され、参照により本明細書に組み込まれる）。霊長類ＡＡＶに対する共通の検出可能な標識は、Ｂ１エピトープ（配列番号４５）である。本発明の非霊長類ＡＡＶカプシドタンパク質は、自然にはＢ１エピトープを含まず、本明細書においてＢ１エピトープを含むように改変され得る。概して非霊長類ＡＡＶカプシドタンパク質は、カプシドタンパク質の最後の１０アミノ酸以内のＢ１エピトープに対して、実質的な相同性を有する配列を含み得る。したがって一部の実施形態では、本発明の非霊長類ＡＡＶカプシドタンパク質は、カプシドタンパク質の最後の１０アミノ酸以内に、一個から五個未満の点変異を伴い改変されてもよく、それによって、ＡＡＶカプシドタンパク質は、Ｂ１エピトープを含むようになる。
「標的細胞」という用語は、対象ヌクレオチドの発現が望ましい任意の細胞を含む。好ましくは、標的細胞は、以下に記載のように、細胞を標的化リガンドにより標的化することを可能にする受容体をそれらの表面上に呈する。
「形質導入」または「感染」などの用語は、ウイルス粒子による標的細胞核への核酸の導入を指す。形質導入などに関係する効率、例えば、「形質導入効率」という用語は、対象ヌクレオチドを含むウイルス粒子の組数との培養後に、対象ヌクレオチドを発現する細胞の画分（例えば、パーセンテージ）を指す。形質導入効率を決定する公知の方法としては、蛍光レポーター遺伝子を用いて形質導入された細胞のフローサイトメトリー、対象ヌクレオチドの発現に関するＲＴ－ＰＣＲなどが挙げられる。
概して、「参照」ウイルスカプシドタンパク質／カプシド／粒子は、被験ウイルスカプシドタンパク質／カプシド／粒子と同一であるが、効果が試験される変化については同一ではない。例えば、特異的結合ペアの第一のメンバーを被験ウイルス粒子に挿入することの効果、例えば形質導入効率に対する効果を決定するために、被験ウイルス粒子の形質導入効率（適切な標的化リガンドの存在下または非存在下）は、特異的結合ペアの第一のメンバーの存在を除き、あらゆる例（例えば、追加の点変異、対象ヌクレオチド、ウイルス粒子の数および標的細胞など）において被験ウイルス粒子と同一である参照ウイルス粒子の形質導入効率と比較され得る（必要に応じて、適切な標的化リガンドの非存在下または存在下で）。一部の実施形態では、参照ウイルスカプシドタンパク質は、タンパク質：タンパク質結合ペアの少なくとも第一のメンバーを含むように改変された第二のウイルスカプシドタンパク質とカプシドを形成することができ、ここで当該参照ウイルスカプシドタンパク質は、タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーを含まず、好ましくは当該参照ウイルスカプシドタンパク質と改変ウイルスカプシドタンパク質によって形成されるカプシドは、モザイクカプシドである。
アデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）
「ＡＡＶ」は、アデノ随伴ウイルスの略語であり、ウイルスそれ自体またはその誘導体を指すように使用され得る。ＡＡＶは、小さな非エンベロープ性の一本鎖ＤＮＡウイルスである。一般的に、野生型ＡＡＶゲノムは４．７ｋｂであり、二つの末端逆位配列（ＩＴＲ）と二つのオープンリーディングフレーム（ＯＲＦ）であるｒｅｐおよびｃａｐを特徴とする。野生型ｒｅｐのリーディングフレームは、分子量７８ｋＤ（Ｒｅｐ７８）、６８ｋＤ（Ｒｅｐ６８）、５２ｋＤ（Ｒｅｐ５２）、および４０ｋＤ（Ｒｅｐ４０）の四つのタンパク質をコードする。Ｒｅｐ７８とＲｅｐ６８は、ｐ５プロモーターから転写され、Ｒｅｐ５２とＲｅｐ４０は、ｐ１９プロモーターから転写される。これらのタンパク質は、主に、ＡＡＶゲノムの転写および複製を調節する機能を果たす。野生型のｃａｐリーディングフレームは、８３～８５ｋＤ（ＶＰ１）、７２～７３ｋＤ（ＶＰ２）、および６１～６２ｋＤ（ＶＰ３）の分子量を有する三つの構造（カプシド）ウイルスタンパク質（ＶＰ）をコードする。ＡＡＶビリオン（カプシド）中の総タンパク質のうちの８０％超は、ＶＰ３から構成され、成熟ビリオンにおいて、ＶＰ１、ＶＰ２、およびＶＰ３は、およそ１：１：１０の相対量で存在しているが、１：１：８の比率でも報告されている。Ｐａｄｒｏｎ ｅｔ ａｌ．（２００５）Ｊ．Ｖｉｒｏｌｏｇｙ ７９：５０４７－５８。
ＡＡＶの様々な血清型のゲノム配列、ならびに天然の末端逆位配列（ＩＴＲ）、Ｒｅｐタンパク質、およびカプシドサブユニットの配列が、当分野で公知である。かかる配列は、文献中、または例えばＧｅｎＢａｎｋなどの公開データベース中に見出され得る。例えば、ＧｅｎＢａｎｋのアクセッション番号ＮＣ＿００２０７７（ＡＡＶ１）、ＡＦ０６３４９７（ＡＡＶ１）、ＮＣ００１４０１（ＡＡＶ－２）、ＡＦ０４３３０３（ＡＡＶ２）、ＮＣ＿００１７２９（ＡＡＶ３）、ＮＣ＿００１８２９（ＡＡＶ４）、Ｕ８９７９０（ＡＡＶ４）、ＮＣ＿００６１５２（ＡＡＶ５）、ＡＦ５１３８５１（ＡＡＶ７）、ＡＦ５１３８５２（ＡＡＶ８）、およびＮＣ＿００６２６１（ＡＡＶ８）を参照のこと。その開示内容は、ＡＡＶの核酸配列およびアミノ酸配列の教示に関し、参照により本明細書に組み込まれる。例えば、Ｓｒｉｖｉｓｔａｖａ ｅｔ ａｌ．（１９８３）Ｊ．Ｖｉｒｏｌｏｇｙ ４５：５５５；Ｃｈｉｏｒｉｎｉ ｅｔ ａｌ．（１９９８）Ｊ．Ｖｉｒｏｌｏｇｙ ７１：６８２３；Ｃｈｉｏｒｉｎｉ ｅｔ ａｌ．（１９９９）Ｊ．Ｖｉｒｏｌｏｇｙ ７３：１３０９；Ｂａｎｔｅｌ－Ｓｃｈａａｌ ｅｔ ａｌ．（１９９９）Ｊ．Ｖｉｒｏｌｏｇｙ ７３：９３９；Ｘｉａｏ ｅｔ ａｌ．（１９９９）Ｊ．Ｖｉｒｏｌｏｇｙ ７３：３９９４；Ｍｕｒａｍａｔｓｕ ｅｔ ａｌ．（１９９６）Ｖｉｒｏｌｏｇｙ ２２１：２０８；Ｓｈａｄｅ ｅｔ ａｌ．，（１９８６）Ｊ．Ｖｉｒｏｌ．５８：９２１；Ｇａｏ ｅｔ ａｌ．（２００２）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ９９：１１８５４；Ｍｏｒｉｓ ｅｔ ａｌ．（２００４）Ｖｉｒｏｌｏｇｙ ３３：３７５－３８３；米国特許公開２０１７０１３０２４５；国際特許出願公開ＷＯ００／２８０６１、ＷＯ９９／６１６０１、ＷＯ ９８／１１２４４；および米国特許第６，１５６，３０３号も参照のこと。それら各々が、参照によりその全体で本明細書に組み込まれる。本明細書の表２は、様々な非霊長類ＡＡＶの配列を提供する。
「ＡＡＶ」は、別段の要求がない限り、全てのサブタイプ、ならびに天然型および改変型の両方を包含する。ＡＡＶには、霊長類ＡＡＶ（例えば、ＡＡＶ１型（ＡＡＶ１）、霊長類ＡＡＶ２型（ＡＡＶ２）、霊長類ＡＡＶ３型（ＡＡＶ３）、霊長類ＡＡＶ４型（ＡＡＶ４）、霊長類ＡＡＶ５型（ＡＡＶ５）、霊長類ＡＡＶ６型（ＡＡＶ６）、霊長類ＡＡＶ７型（ＡＡＶ７）、霊長類ＡＡＶ８型（ＡＡＶ８）、非霊長類動物ＡＡＶ（例えば、鳥類ＡＡＶ（ＡＡＡＶ））、および他の非霊長類動物ＡＡＶ、例えば哺乳動物ＡＡＶ（例えば、コウモリＡＡＶ、アシカＡＡＶ、ウシＡＡＶ、イヌＡＡＶ、ウマＡＡＶ、ヤギＡＡＶ、およびヒツジＡＡＶなど）、有隣目ＡＡＶ（例えば、ヘビＡＡＶ、フトアゴヒゲトカゲＡＡＶ）など、ならびにリモートＡＡＶが含まれる。「霊長類ＡＡＶ」とは概して霊長類から単離されたＡＡＶを指す。同様に、「非霊長類動物ＡＡＶ」とは、非霊長類動物から単離されたＡＡＶを指す。本明細書で使用される場合、「リモートＡＡＶ」は、以下を包含する：
一般的なヒト集団との接触が概して限定的な霊長類または非霊長類動物から単離されたＡＡＶ、以下の各々に対し、９９％未満、例えば９５％未満、例えば９０％未満、例えば８５％未満のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含む野生型ＶＰ１カプシドタンパク質を含む、例えば霊長類ＡＡＶなどの霊長類動物から単離されたＡＡＶ：ＡＡＶ１のＶＰ１カプシドタンパク質、ＡＡＶ２のＶＰ１カプシドタンパク質、ＡＡＶ３のＶＰ１カプシドタンパク質、ＡＡＶ４のＶＰ１カプシドタンパク質、ＡＡＶ５のＶＰ１カプシドタンパク質、ＡＡＶ６のＶＰ１カプシドタンパク質、ＡＡＶ７のＶＰ１カプシドタンパク質、ＡＡＶ８のＶＰ１カプシドタンパク質、ＡＡＶ９のＶＰ１カプシドタンパク質、ＡＡＶ１０のＶＰ１カプシドタンパク質、ＡＡＶ１１のＶＰ１カプシドタンパク質、ＡＡＶ１２のＶＰ１カプシドタンパク質、およびＡＡＶ１３のＶＰ１カプシドタンパク質、ならびに／または表２に列記されるＡＡＶの各々に対し、９９％未満、例えば９５％未満、例えば９０％未満、例えば８５％未満のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含む野生型カプシドタンパク質を含む、例えば非霊長類動物ＡＡＶなどの非霊長類動物から単離されたＡＡＶ。
一般的なヒト集団との接触が概して限定的な霊長類または非霊長類動物から単離されたＡＡＶ、以下の各々に対し、９９％未満、例えば９５％未満、例えば９０％未満、例えば８５％未満のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含む野生型ＶＰ１カプシドタンパク質を含む、例えば霊長類ＡＡＶなどの霊長類動物から単離されたＡＡＶ：ＡＡＶ１のＶＰ１カプシドタンパク質、ＡＡＶ２のＶＰ１カプシドタンパク質、ＡＡＶ３のＶＰ１カプシドタンパク質、ＡＡＶ４のＶＰ１カプシドタンパク質、ＡＡＶ５のＶＰ１カプシドタンパク質、ＡＡＶ６のＶＰ１カプシドタンパク質、ＡＡＶ７のＶＰ１カプシドタンパク質、ＡＡＶ８のＶＰ１カプシドタンパク質、ＡＡＶ９のＶＰ１カプシドタンパク質、ＡＡＶ１０のＶＰ１カプシドタンパク質、ＡＡＶ１１のＶＰ１カプシドタンパク質、ＡＡＶ１２のＶＰ１カプシドタンパク質、およびＡＡＶ１３のＶＰ１カプシドタンパク質、ならびに／または表２に列記されるＡＡＶの各々に対し、９９％未満、例えば９５％未満、例えば９０％未満、例えば８５％未満のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含む野生型カプシドタンパク質を含む、例えば非霊長類動物ＡＡＶなどの非霊長類動物から単離されたＡＡＶ。
血清陽性は、公知の方法を使用して評価されてもよい。例えば、ＩｇＧの非存在は、酵素結合免疫吸着測定法（ＥＬＩＳＡ）または他の公知の免疫ベースアッセイによって行われてもよい。中和抗体を検出するために中和アッセイが実施されてもよい。当該アッセイでは、ＡＡＶ粒子は、（ｉ）特定の対象の血清、もしくは複数の対象の混合血清、または（ｉｉ）個々のサンプルもしくはプールされた血清サンプル（例えば、所与の集団における免疫グロブリンの標本となる数十から数千のドナーに由来する）の量を増加させて（連続希釈）、インキュベートされ、次いで細胞の感染が、例えばレポーター遺伝子の発現（例えばルシフェラーゼ遺伝子、ＧＦＰなど）を監視することにより検出される。次いで感染レベルは、血清／ＩＶＩＧ／ＩｇＧに曝露されていない対照サンプル中のレベルと比較される。例えば、実施例８を参照のこと。中和力価は、例えば、対照と比較して、レポーター遺伝子発現の５０％以上の阻害をもたらす、ＩＶＩＧ／ＩｇＧの濃度または血清の最高希釈倍率として定義され得る。一つの実施形態では、対照と比較して感染細胞数に７０％を超える低下が観察される血清希釈が、中和活性陽性であるとみなされる。特定の公知の中和抗体との相互作用は、例えば、イムノブロットアッセイを使用して試験することができる。
本明細書で使用される場合、遺伝子（例えば、ｒｅｐ、ｃａｐなど）、カプシドタンパク質（例えば、ＶＰ１カプシドタンパク質、ＶＰ２カプシドタンパク質、ＶＰ３カプシドタンパク質など）、指定されるＡＡＶのカプシドタンパク質の領域（例えば、ＰＬＡ２領域、ＶＰ１－ｕ領域、ＶＰ１／ＶＰ２共通領域、ＶＰ３領域）、ヌクレオチド配列（例えば、ＩＴＲ配列）、例えばＡＡＶ２などのｃａｐ遺伝子またはカプシドタンパク質に関して、「［指定される］ＡＡＶの」は、それぞれ当該指定されるＡＡＶに関して本明細書に記載される核酸配列またはアミノ酸配列を含む遺伝子またはポリペプチドに加えて、当該遺伝子またはポリペプチドのバリアントも包含し、当該バリアントは、一つ以上の生物学的機能を保持するために必要とされる最小の数のヌクレオチドまたはアミノ酸を含むバリアントを含む。本明細書で使用される場合、バリアント遺伝子またはバリアントポリペプチドは、指定されるＡＡＶの遺伝子またはポリペプチドに関して本明細書に記載される核酸配列またはアミノ酸配列とは異なる核酸配列またはアミノ酸配列を含み、この場合においてその差異は概して、当該遺伝子またはポリペプチドの少なくとも一つの生物学的機能は変化させず、および／または当該遺伝子またはポリペプチドの系統発生学的な特徴は変化させず、例えばその差異は、遺伝子コードの縮重、孤立性の変動、配列の長さなどが原因であってもよい。例えば、本明細書で使用される場合、ｒｅｐ遺伝子およびｃａｐ遺伝子は、当該遺伝子が、一つ以上のＲｅｐタンパク質およびＣａｐタンパク質をそれぞれコードし得るという点で、野生型遺伝子とは異なるｒｅｐ遺伝子およびｃａｐ遺伝子を包含し得る。一部の実施形態では、Ｒｅｐ遺伝子は、少なくともＲｅｐ７８および／またはＲｅｐ６８をコードする。一部の実施形態では、ｃａｐ遺伝子は、一つ以上の選択的開始コドン、または一つ以上の選択的開始コドン間の配列が除去され、それにより当該ｃａｐ遺伝子が、ただ一つのＣａｐタンパク質のみをコードするという点で野生型とは異なり得、例えばＶＰ２および／またはＶＰ３の開始コドンが除去され、または置換されて、それにより当該ｃａｐ遺伝子は、機能性ＶＰ１カプシドタンパク質をコードするが、ＶＰ２カプシドタンパク質またはＶＰ３カプシドタンパク質はコードしない。したがって本明細書で使用される場合、ｒｅｐ遺伝子は、機能性Ｒｅｐタンパク質をコードする任意の配列を包含する。ｃａｐ遺伝子は、少なくとも一つの機能性ｃａｐ遺伝子をコードする任意の配列を包含する。
野生型ｃａｐ遺伝子は、ｒｅｐ ＯＲＦ中に存在するｐ４０プロモーターの制御下で、ｃａｐ遺伝子の一つのオープンリーディングフレームから三つすべてのＶＰ１、ＶＰ２、およびＶＰ３カプシドタンパク質を発現することが知られている。「カプシドタンパク質」、「Ｃａｐタンパク質」などの用語は、ウイルスのカプシドの部分であるタンパク質を含む。アデノ随伴ウイルスについては、カプシドタンパク質は一般的に、ＶＰ１、ＶＰ２、および／またはＶＰ３と呼称され、それらは一つのｃａｐ遺伝子によりコードされ得る。ＡＡＶに関しては、三つのＡＡＶカプシドタンパク質は、自然にはｃａｐ ＯＲＦの選択的翻訳開始コドンを利用して重複した様式で産生されるが、三つすべてのタンパク質は共通の停止コドンを使用する。野生型ｃａｐ遺伝子のＯＲＦは、５’から３’に向かって三つの選択的開始コドン、すなわち「ＶＰ１開始コドン」、「ＶＰ２開始コドン」、および「ＶＰ３開始コドン」、ならびに一つの「共通停止コドン」をコードする。最大のウイルスタンパク質であるＶＰ１は一般的に、ＶＰ１開始コドンから「共通停止コドン」までコードされる。ＶＰ２は一般的に、ＶＰ２開始コドンから共通停止コドンまでコードされる。ＶＰ３は一般的に、ＶＰ３開始コドンから共通停止コドンまでコードされる。したがってＶＰ１は、ＶＰ２またはＶＰ３と共有しないＮ末端配列を含んでおり、これをＶＰ１固有領域（ＶＰ１－ｕ）と呼ぶ。ＶＰ１－ｕ領域は一般的に、ＶＰ１開始コドンから始まり、「ＶＰ２開始コドン」までの野生型ｃａｐ遺伝子の配列によりコードされる。ＶＰ１－ｕはホスホリパーゼＡ２ドメイン（ＰＬＡ２）を含み、これは感染ならびに核局在シグナルに重要であり得、当該シグナルは、ウイルスが脱殻およびゲノム放出を行うための核への標的化を補助し得る。ＶＰ１、ＶＰ２、およびＶＰ３カプシドタンパク質は、ＶＰ３全体を構成するものと同じＣ末端配列を共有し、これを本明細書においてＶＰ３領域と呼称する場合もある。ＶＰ３領域は、ＶＰ３開始コドンから共通停止コドンまでコードされる。ＶＰ２は、ＶＰ１と共有する追加の約６０アミノ酸を有する。この領域は、ＶＰ１／ＶＰ２共通領域と呼ばれている。
一部の実施形態では、本発明のキャップタンパク質のうちの一つ以上は、一つ以上のＯＲＦを有する一つ以上のｃａｐ遺伝子によりコードされ得る。一部の実施形態では、本発明のＶＰタンパク質は、パッケージング細胞における発現用の少なくとも一つの発現制御配列に動作可能に連結された別個のヌクレオチド配列を使用することによって、ＶＰ１、ＶＰ２、および／またはＶＰ３の任意の組み合わせをコードするヌクレオチド配列を含む複数のＯＲＦから発現されてもよく、各々が、本発明のＶＰ１、ＶＰ２、および／またはＶＰ３カプシドタンパク質のうちの一つ以上を産生する。一部の実施形態では、本発明のＶＰカプシドタンパク質は、ウイルス複製細胞における発現用の一つの発現制御配列に動作可能に連結された別個のヌクレオチド配列を使用することによって、ＶＰ１、ＶＰ２またはＶＰ３のいずれか一つをコードするヌクレオチド配列を含むＯＲＦから個々に発現されてもよく、各々が、ＶＰ１、ＶＰ２またはＶＰ３カプシドタンパク質のうちの一つのみを産生する。別の実施形態では、ＶＰタンパク質は、ウイルス複製細胞における発現用の少なくとも一つの発現制御配列に動作可能に連結されたＶＰ１、ＶＰ２およびＶＰ３カプシドタンパク質をコードするヌクレオチド配列を含む一つのＯＲＦから発現されてもよく、各々が、ＶＰ１、ＶＰ２およびＶＰ３カプシドタンパク質を産生する。したがって、本明細書に提供されているアミノ酸位置は、参照されるＡＡＶのＶＰ１カプシドタンパク質に関連させて提供されてもよく、当業者であれば、ＡＡＶのＶＰ２および／またはＶＰ３カプシドタンパク質内の同じアミノ酸の位置、および異なるＡＡＶ間での対応するアミノ酸位置をそれぞれ容易に決定することが可能であろう。
「末端逆位配列」または「ＩＴＲ」という文言は、効率的な複製に必要とされるアデノ随伴ウイルスのゲノム中の対称性の核酸配列を含む。ＩＴＲ配列は、ＡＡＶ ＤＮＡゲノムの各末端に位置する。ＩＴＲは、ウイルスＤＮＡ合成の複製起源として機能し、ＡＡＶ粒子へのパッケージングなど、ＡＡＶ粒子の生成に必須のシス構成要素である。
ＡＡＶ ＩＴＲは、複製タンパク質のＲｅｐ７８またはＲｅｐ６８の認識部位を含む。ＩＴＲのＡ”Ｄ”領域は、ＤＮＡニック部位を含み、ここでＤＮＡ複製が開始されて、核酸複製工程に方向性を提供する。哺乳動物細胞におけるＡＡＶ複製は、典型的には二つのＩＴＲ配列を含む。
一つのＩＴＲは、ＩＴＲパリンドロームの両側の“Ａ”領域と二つの対称性のＤ領域の両方の鎖上で、Ｒｅｐ結合部位を用いて操作されてもよい。二本鎖の環状ＤＮＡ鋳型上で、かかる操作が行われた構築物は、Ｒｅｐ７８またはＲｅｐ６８が開始した核酸複製を、両方向に進行させることができる。一つのＩＴＲは、環状粒子のＡＡＶ複製に充分である。本発明のＡＡＶウイルス粒子を作製する方法において、ｒｅｐコード配列は、Ｒｅｐタンパク質またはＲｅｐタンパク質均等物をコードし、それらタンパク質は、トランスファープラスミド上に含まれるＩＴＲに結合することができる。
本発明のＣａｐタンパク質は、パッケージング細胞によって適切なＲｅｐタンパク質とともに発現された場合、対象ヌクレオチドと偶数個の二つ以上のＩＴＲ配列とを含むトランスファープラスミドをカプシド封入し得る。一部の実施形態では、トランスファープラスミドは、一つのＩＴＲ配列を含む。一部の実施形態では、トランスファープラスミドは、二つのＩＴＲ配列を含む。
Ｒｅｐ７８および／またはＲｅｐ６８のいずれかが、ＩＴＲヘアピン配列上の固有で公知の部位に結合し、ＡＡＶゲノムの末端でヘアピン構造を破壊およびほぐすように機能する。それによりウイルス複製細胞の複製機構へのアクセスが提供される。公知のように、Ｒｅｐタンパク質は、Ｒｅｐ７８、Ｒｅｐ６８、Ｒｅｐ５２および／またはＲｅｐ４０の任意の組み合わせをコードするヌクレオチド配列を含む複数のＯＲＦから、ウイルス複製細胞における発現用の少なくとも一つの発現制御配列に動作可能に連結された別個のヌクレオチド配列を使用することによって、発現されてもよく、各々が、Ｒｅｐ７８、Ｒｅｐ６８、Ｒｅｐ５２および／またはＲｅｐ４０ Ｒｅｐタンパク質のうちの一つ以上を産生する。あるいはＲｅｐタンパク質は、パッケージング細胞における発現用の一つの発現制御配列に動作可能に連結された別個のヌクレオチド配列を使用することによって、Ｒｅｐ７８、Ｒｅｐ６８、Ｒｅｐ５２またはＲｅｐ４０の任意の組み合わせをコードするヌクレオチド配列を含むＯＲＦから個々に発現されてもよく、各々が、ただ一つのＲｅｐ７８、Ｒｅｐ６８、Ｒｅｐ５２またはＲｅｐ４０ Ｒｅｐタンパク質のみを産生する。別の実施形態では、Ｒｅｐタンパク質は、ウイルス複製細胞における発現用の少なくとも一つの発現制御配列に動作可能に連結されたＲｅｐ７８およびＲｅｐ５２ Ｒｅｐタンパク質をコードするヌクレオチド配列を含む一つのＯＲＦから発現されてもよく、各々が、Ｒｅｐ７８およびＲｅｐ５２ Ｒｅｐタンパク質を産生する。
本発明の例えばウイルス粒子などのＡＡＶビリオンを作製する方法において、本発明のｒｅｐコード配列およびｃａｐ遺伝子は、単一パッケージングプラスミド（例えば、図１を参照）で提供されてもよい。しかしながら、当業者であれば、かかる条件は必須ではないことを認識するであろう。かかるウイルス粒子は、ゲノムを含んでも含まなくてもよい。
「キメラＡＡＶカプシドタンパク質」は、二つ以上の異なるＡＡＶからのアミノ酸配列、例えば部分を含み、ならびにＡＡＶウイルスカプシド／ウイルス粒子を形成する能力を有する、および／または形成する、ＡＡＶカプシドタンパク質を含む。キメラＡＡＶカプシドタンパク質は、例えば複数の、例えば少なくとも二つの核酸配列を含むキメラヌクレオチドなどのキメラＡＡＶカプシド遺伝子によりコードされてもよく、当該複数のうちの各々は、別個のＡＡＶのカプシドタンパク質をコードするカプシド遺伝子の部分と同一であり、それら複数が一緒に機能性キメラＡＡＶカプシドタンパク質をコードする。特定のＡＡＶに対するキメラカプシドタンパク質の関連付けは、当該カプシドタンパク質が、当該ＡＡＶのカプシドタンパク質に由来する一つ以上の部分、および異なるＡＡＶのカプシドタンパク質に由来する一つ以上の部分を含むことを示している。例えば、キメラＡＡＶ２カプシドタンパク質は、ＡＡＶ２のＶＰ１、ＶＰ２、および／またはＶＰ３カプシドタンパク質の一つ以上の部分、ならびに異なるＡＡＶのＶＰ１、ＶＰ２、および／またはＶＰ３カプシドタンパク質の一つ以上の部分を含む、カプシドタンパク質を含む。
「部分」という用語は、少なくとも５つのアミノ酸または少なくとも１５個のヌクレオチドであるが、全長のポリペプチドまたは核酸分子よりも小さく、当該部分が由来する配列に対し、１００％の同一性を有することを指す。Ｐｅｎｚｅｓ（２０１５）Ｊ．Ｇｅｎｅｒａｌ Ｖｉｒｏｌ．２７６９を参照のこと。「部分」は、当該部分が由来するポリペプチドまたは核酸分子が、例えば非霊長類動物ＡＡＶまたはリモートＡＡＶなど、「［指定される］ＡＡＶの」ものであること、または特定のＡＡＶに対し「顕著な同一性」を有すること、を判定するのに充分なアミノ酸またはヌクレオチドの任意の連続セグメントを包含する。一部の実施形態では、部分は、指定されるＡＡＶと関連付けられた配列に対し、１００％の同一性を有する少なくとも５アミノ酸または１５ヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、部分は、指定されるＡＡＶと関連付けられた配列に対し、１００％の同一性を有する少なくとも１０アミノ酸または３０ヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、部分は、指定されるＡＡＶと関連付けられた配列に対し、１００％の同一性を有する少なくとも１５アミノ酸または４５ヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、部分は、指定されるＡＡＶと関連付けられた配列に対し、１００％の同一性を有する少なくとも２０アミノ酸または６０ヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、部分は、指定されるＡＡＶと関連付けられた配列に対し、１００％の同一性を有する少なくとも２５アミノ酸または７５ヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、部分は、指定されるＡＡＶと関連付けられた配列に対し、１００％の同一性を有する少なくとも３０アミノ酸または９０ヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、部分は、指定されるＡＡＶと関連付けられた配列に対し、１００％の同一性を有する少なくとも３５アミノ酸または１０５ヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、部分は、指定されるＡＡＶと関連付けられた配列に対し、１００％の同一性を有する少なくとも４０アミノ酸または１２０ヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、部分は、指定されるＡＡＶと関連付けられた配列に対し、１００％の同一性を有する少なくとも４５アミノ酸または１３５ヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、部分は、指定されるＡＡＶと関連付けられた配列に対し、１００％の同一性を有する少なくとも５０アミノ酸または１５０ヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、部分は、指定されるＡＡＶと関連付けられた配列に対し、１００％の同一性を有する少なくとも６０アミノ酸または１８０ヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、部分は、指定されるＡＡＶと関連付けられた配列に対し、１００％の同一性を有する少なくとも７０アミノ酸または２１０ヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、部分は、指定されるＡＡＶと関連付けられた配列に対し、１００％の同一性を有する少なくとも８０アミノ酸または２４０ヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、部分は、指定されるＡＡＶと関連付けられた配列に対し、１００％の同一性を有する少なくとも９０アミノ酸または２７０ヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、部分は、指定されるＡＡＶと関連付けられた配列に対し、１００％の同一性を有する少なくとも１００アミノ酸または３００ヌクレオチドを含む。
改変されたウイルスカプシドタンパク質、ウイルス粒子、核酸
一部の実施形態では、本発明のＣａｐタンパク質、例えば本明細書に記載されるＶＰ１カプシドタンパク質、本明細書に記載されるＶＰ２カプシドタンパク質、および／または本明細書に記載されるＶＰ３カプシドタンパク質は、例えば、タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバー、検出可能な標識、点変異などを含むように改変される。
キメラは、本明細書に記載される改変の一種である。概して、指定されるＡＡＶの遺伝子もしくはポリペプチドまたはそのバリアントの改変は、当該指定されるＡＡＶに関して本明細書に記載される核酸配列またはアミノ酸配列とは異なる核酸配列またはアミノ酸配列を生じさせ、この場合において当該改変は、一つ以上の生物学的機能を変化させ、与え、または除去するが、当該遺伝子またはポリペプチドの系統発生的な特徴は変化させない。改変は、例えばタンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーおよび点変異の挿入を含み得、例えばそれにより、当該カプシドタンパク質の本来の指向性が低下して無効化されるようになり、および／またはそれにより、当該カプシドタンパク質は、検出可能な標識を含むようになる。好ましい改変としては、例えばＡＡＶ１、ＡＡＶ２、ＡＡＶ３、ＡＡＶ４、ＡＡＶ５、ＡＡＶ６、ＡＡＶ７、ＡＡＶ８、ＡＡＶ９、ＡＡＶ１０、ＡＡＶ１１、ＡＡＶ１２、ＡＡＶ１３、ＡＡＶＤＪ、Ａｎｃ８０Ｌ６５、ＡＡＶ２Ｇ９、ＡＡＶ－ＬＫ０３、かかる血清型に基づくビリオン、現在使用されているＡＡＶ遺伝子治療モダリティからのビリオン、またはそれらの組み合わせなどの血清型の感染など、別のＡＡＶの感染の過程で産生された、一般集団に存在する既存の抗体による改変カプシドの認識を変化させず、好ましくは、低認識を無認識へと低下させる改変が含まれる。本明細書に記載される他の改変としては、カプシドタンパク質の改変が挙げられ、これによりカプシドタンパク質は、タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバー、検出可能な標識などを含み、当該改変は概して、例えばｃａｐ遺伝子の改変を介した遺伝子レベルでの改変から生じる。
一部の実施形態では、本明細書に記載される改変ウイルスカプシドタンパク質を含むウイルスカプシドは、モザイクカプシドであり、例えば、少なくとも二組のＶＰ１、ＶＰ２、および／またはＶＰ３タンパク質を含み、各組は、異なるｃａｐ遺伝子によりコードされる。本明細書のモザイクカプシドは概して、タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーと、タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーを欠く第二の対応するウイルスカプシドタンパク質を含むように改変された、第一のウイルスカプシドタンパク質のモザイクを指す。モザイクカプシドに関連して、タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーを欠く第二のウイルスカプシドタンパク質は、参照カプシドタンパク質と呼称される場合もあり、参照ｃａｐ遺伝子によりコードされる。一部のモザイクカプシドの実施形態では、好ましくは、タンパク質：タンパク質ペアの第一のメンバーで改変されたＶＰ１、ＶＰ２、および／またはＶＰ３カプシドタンパク質がキメラカプシドタンパク質ではない場合、ＶＰ１、ＶＰ２および／またはＶＰ３参照カプシドタンパク質は、タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーで改変されたウイルスＶＰ１、ＶＰ２および／またはＶＰ３カプシドタンパク質と同一であるアミノ酸配列を含んでもよいが、当該参照カプシドタンパク質は、タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーを欠いている。一部のモザイクカプシドの実施形態では、ＶＰ１、ＶＰ２、および／またはＶＰ３参照カプシドタンパク質は、タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーで改変されたウイルスＶＰ１、ＶＰ２、および／またはＶＰ３カプシドタンパク質に対応するが、参照カプシドタンパク質はタンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーを欠いている。一部の実施形態では、ＶＰ１参照カプシドタンパク質は、タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーで改変されたウイルスＶＰ１カプシドタンパク質に対応するが、当該参照カプシドタンパク質はタンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーを欠いている。一部の実施形態では、ＶＰ２参照カプシドタンパク質は、タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーで改変されたウイルスＶＰ２カプシドタンパク質に対応するが、当該参照カプシドタンパク質はタンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーを欠いている。一部の実施形態では、ＶＰ３参照カプシドタンパク質は、タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーで改変されたウイルスＶＰ３カプシドタンパク質に対応するが、当該参照カプシドタンパク質はタンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーを欠いている。タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーを含むようにさらに改変されたキメラＶＰ１、ＶＰ２、および／またはＶＰ３カプシドタンパク質を含む一部のモザイクカプシドの実施形態では、参照タンパク質は、対応するカプシドタンパク質であってもよく、その一部は、キメラカプシドタンパク質の一部を形成する。一部の実施形態では非限定的な例として、タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーを含むように改変されたキメラＡＡＶ２／ＡＡＡＶ ＶＰ１カプシドタンパク質を含むモザイクカプシドは、参照カプシドタンパク質として、第一のメンバーを欠くＡＡＶ２ ＶＰ１カプシドタンパク質、第一のメンバーを欠くＡＡＡＶ ＶＰ１カプシドタンパク質、第一のメンバーを欠くキメラＡＡＶ２／ＡＡＡＶ ＶＰ１カプシドタンパク質をさらに含んでもよい。同様に一部の実施形態では、タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーを含むように改変されたキメラＡＡＶ２／ＡＡＡＶ ＶＰ２カプシドタンパク質を含むモザイクカプシドは、参照カプシドタンパク質として、第一のメンバーを欠くＡＡＶ２ ＶＰ２カプシドタンパク質、第一のメンバーを欠くＡＡＡＶ ＶＰ１カプシドタンパク質、第一のメンバーを欠くキメラＡＡＶ２／ＡＡＡＶ ＶＰ２カプシドタンパク質をさらに含んでもよい。一部の実施形態では、タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーを含むように改変されたキメラＡＡＶ２／ＡＡＡＶ ＶＰ３カプシドタンパク質を含むモザイクカプシドは、参照カプシドタンパク質として、第一のメンバーを欠くＡＡＶ２ ＶＰ２カプシドタンパク質、第一のメンバーを欠くＡＡＡＶ ＶＰ１カプシドタンパク質、第一のメンバーを欠くキメラＡＡＶ２／ＡＡＡＶ ＶＰ３カプシドタンパク質をさらに含んでもよい。一部のモザイクカプシドの実施形態では、参照カプシドタンパク質は、タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーを欠く限りは、およびタンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーで改変された第一のカプシドタンパク質とカプシドを形成することができる限りは、任意のカプシドタンパク質であってもよい。
概してモザイク粒子は、改変および参照ｃａｐ遺伝子の混合物を、指定される比率で産生細胞にトランスフェクトすることにより作製されてもよい。粒子中のタンパク質サブユニットの比率、例えば改変ＶＰタンパク質：非改変ＶＰタンパク質の比率は、必ずではないが、タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーで改変された第一のカプシドタンパク質をコードするｃａｐ遺伝子と、一つ以上の参照ｃａｐ遺伝子の少なくとも二種、例えばパッケージング細胞へとトランスフェクトされる、改変ｃａｐ遺伝子：参照ｃａｐ遺伝子などの比率を化学量論的に反映している。一部の実施形態では、粒子中のタンパク質サブユニットの比率は、パッケージング細胞へとトランスフェクトされる、改変ｃａｐ遺伝子：参照ｃａｐ遺伝子の比率を化学量論的に反映しない。
一部のモザイクウイルス粒子の実施形態では、タンパク質サブユニットの比率は、約１：５９～約５９：１の範囲である。一部のモザイクウイルス粒子の実施形態では、タンパク質サブユニットは、少なくとも約１：１である（例えば、モザイクウイルス粒子は、約３０の改変カプシドタンパク質と、約３０の参照カプシドタンパク質を含む）。一部のモザイクウイルス粒子の実施形態では、タンパク質サブユニットの比率は、少なくとも約１：２である（例えば、モザイクウイルス粒子は、約２０の改変カプシドタンパク質と、約４０の参照カプシドタンパク質を含む）。一部のモザイクウイルス粒子の実施形態では、タンパク質サブユニットの比率は、少なくとも約３：５である。一部のモザイクウイルス粒子の実施形態では、タンパク質サブユニットの比率は、少なくとも約１：３である（例えば、モザイクウイルス粒子は、約１５の改変カプシドタンパク質と、約４５の参照カプシドタンパク質を含む）。一部のモザイクウイルス粒子の実施形態では、タンパク質サブユニットの比率は、少なくとも約１：４である（例えば、モザイクウイルス粒子は、約１２の改変カプシドタンパク質と、約４８の参照カプシドタンパク質を含む）。一部のモザイクウイルス粒子の実施形態では、タンパク質サブユニットの比率は、少なくとも約１：５である（例えば、モザイクウイルス粒子は、約１０の改変カプシドタンパク質と、約５０の参照カプシドタンパク質を含む）。一部のモザイクウイルス粒子の実施形態では、タンパク質サブユニットの比率は、少なくとも約１：６である。一部のモザイクウイルス粒子の実施形態では、タンパク質サブユニットの比率は、少なくとも約１：７である。一部のモザイクウイルス粒子の実施形態では、タンパク質サブユニットの比率は、少なくとも約１：８である。一部のモザイクウイルス粒子の実施形態では、タンパク質サブユニットの比率は、少なくとも約１：９である（例えば、モザイクウイルス粒子は、約６の改変カプシドタンパク質と、約５４の参照カプシドタンパク質を含む）。一部のモザイクウイルス粒子の実施形態では、タンパク質サブユニットの比率は、少なくとも約１：１０である。一部のモザイクウイルス粒子の実施形態では、タンパク質サブユニットの比率は、少なくとも約１：１１である（例えば、モザイクウイルス粒子は、約５の改変カプシドタンパク質と、約５５の参照カプシドタンパク質を含む）。一部のモザイクウイルス粒子の実施形態では、タンパク質サブユニットの比率は、少なくとも約１：１２である。一部のモザイクウイルス粒子の実施形態では、タンパク質サブユニットの比率は、少なくとも約１：１３である。一部のモザイクウイルス粒子の実施形態では、タンパク質サブユニットの比率は、少なくとも約１：１４である（例えば、モザイクウイルス粒子は、約４の改変カプシドタンパク質と、約５６の参照カプシドタンパク質を含む）。一部のモザイクウイルス粒子の実施形態では、タンパク質サブユニットの比率は、少なくとも約１：１５である。一部のモザイクウイルス粒子の実施形態では、タンパク質サブユニットの比率は、少なくとも約１：１９である（例えば、モザイクウイルス粒子は、約３の改変カプシドタンパク質と、約５７の参照カプシドタンパク質を含む）。一部のモザイクウイルス粒子の実施形態では、タンパク質サブユニットの比率は、少なくとも約１：２９である（例えば、モザイクウイルス粒子は、約２の改変カプシドタンパク質と、約５８の参照カプシドタンパク質を含む）。一部のモザイクウイルス粒子の実施形態では、タンパク質サブユニットの比率は、少なくとも約１：５９である。一部のモザイクウイルス粒子の実施形態では、タンパク質サブユニットの比率は、少なくとも約２：１である（例えば、モザイクウイルス粒子は、約４０の改変カプシドタンパク質と、約２０の参照カプシドタンパク質を含む）。一部のモザイクウイルス粒子の実施形態では、タンパク質サブユニットの比率は、少なくとも約５：３である。一部のモザイクウイルス粒子の実施形態では、タンパク質サブユニットの比率は、少なくとも約３：１である（例えば、モザイクウイルス粒子は、約４５の改変カプシドタンパク質と、約１５の参照カプシドタンパク質を含む）。一部のモザイクウイルス粒子の実施形態では、タンパク質サブユニットの比率は、少なくとも約４：１である（例えば、モザイクウイルス粒子は、約４８の改変カプシドタンパク質と、約１２の参照カプシドタンパク質を含む）。一部のモザイクウイルス粒子の実施形態では、タンパク質サブユニットの比率は、少なくとも約５：１である（例えば、モザイクウイルス粒子は、約５０の改変カプシドタンパク質と、約１０の参照カプシドタンパク質を含む）。一部のモザイクウイルス粒子の実施形態では、タンパク質サブユニットの比率は、少なくとも約６：１である。一部のモザイクウイルス粒子の実施形態では、タンパク質サブユニットの比率は、少なくとも約７：１である。一部のモザイクウイルス粒子の実施形態では、タンパク質サブユニットの比率は、少なくとも約８：１である。一部のモザイクウイルス粒子の実施形態では、タンパク質サブユニットの比率は、少なくとも約９：１である（例えば、モザイクウイルス粒子は、約５４の改変カプシドタンパク質と、約６の参照カプシドタンパク質を含む）。一部のモザイクウイルス粒子の実施形態では、タンパク質サブユニットの比率は、少なくとも約１０：１である。一部のモザイクウイルス粒子の実施形態では、タンパク質サブユニットの比率は、少なくとも約１１：１である（例えば、モザイクウイルス粒子は、約５５の改変カプシドタンパク質と、約５の参照カプシドタンパク質を含む）。一部のモザイクウイルス粒子の実施形態では、タンパク質サブユニットの比率は、少なくとも約１２：１である。一部のモザイクウイルス粒子の実施形態では、タンパク質サブユニットの比率は、少なくとも約１３：１である。一部のモザイクウイルス粒子の実施形態では、タンパク質サブユニットの比率は、少なくとも約１４：１である（例えば、モザイクウイルス粒子は、約５６の改変カプシドタンパク質と、約４の参照カプシドタンパク質を含む）。一部のモザイクウイルス粒子の実施形態では、タンパク質サブユニットの比率は、少なくとも約１５：１である。一部のモザイクウイルス粒子の実施形態では、タンパク質サブユニットの比率は、少なくとも約１９：１である（例えば、モザイクウイルス粒子は、約５７の改変カプシドタンパク質と、約３の参照カプシドタンパク質を含む）。一部のモザイクウイルス粒子の実施形態では、タンパク質サブユニットの比率は、少なくとも約２９：１である（例えば、モザイクウイルス粒子は、約５８の改変カプシドタンパク質と、約２の参照カプシドタンパク質を含む）。一部のモザイクウイルス粒子の実施形態では、タンパク質サブユニットの比率は、少なくとも約５９：１である。
一部の非モザイクウイルス粒子の実施形態では、タンパク質サブユニットの比率は、１：０であってもよく、この場合において非モザイクウイルス粒子の各カプシドタンパク質は、タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーで改変される。一部の非モザイクウイルス粒子の実施形態では、タンパク質サブユニットの比率は、０：１であってもよく、この場合において非モザイクウイルス粒子の各カプシドタンパク質は、タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーで改変されない。
一部の実施形態では、本発明のカプシドタンパク質は、検出可能な標識を含むように改変される。多くの検出可能な標識が当分野で公知である。（例えば、Ｎｉｌｓｓｏｎ ｅｔ ａｌ．（１９９７）”Ａｆｆｉｎｉｔｙ ｆｕｓｉｏｎ ｓｔｒａｔｅｇｉｅｓ ｆｏｒ ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ，ｐｕｒｉｆｉｃａｔｉｏｎ，ａｎｄ ｉｍｍｏｂｉｌｉｚａｔｉｏｎ ｏｆ ｍｏｄｉｆｉｅｄ ｐｒｏｔｅｉｎｓ” Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ａｎｄ Ｐｕｒｉｆｉｃａｔｉｏｎ １１：１－１６、Ｔｅｒｐｅ ｅｔ ａｌ．（２００３）”Ｏｖｅｒｖｉｅｗ ｏｆ ｔａｇ ｐｒｏｔｅｉｎ ｆｕｓｉｏｎｓ：Ｆｒｏｍ ｍｏｌｅｃｕｌａｒ ａｎｄ ｂｉｏｃｈｅｍｉｃａｌ ｆｕｎｄａｍｅｎｔａｌｓ ｔｏ Ｃｏｍｍｅｒｃｉａｌ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ ａｎｄ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ ６０：５２３－５３３、および参考文献を参照されたい）。検出可能な標識としては、限定されないが、固定化二価カチオン（例えば、Ｎｉ２＋）に結合するポリヒスチジン検出可能標識（例えば、Ｈｉｓ－６、Ｈｉｓ－８、またはＨｉｓ－１０）、（例えば、生体内でビオチン化ポリペプチド配列上の）固定化アビジンに結合するビオチン部分、固定化グルタチオンに結合するＧＳＴ（グルタチオンＳ－トランスフェラーゼ）配列、固定化Ｓタンパク質に結合するＳタグ、固定化抗体もしくはドメインまたはそれらの断片に結合する抗原（例えば、対応する抗体に結合するＴ７、ｍｙｃ、ＦＬＡＧ、およびＢタグを含む）、ＦＬＡＳＨ（登録商標）タグ（特定のヒ素系部分に連結する高検出可能な標識）、固定化リガンドに結合する受容体または受容体ドメイン（またはその逆）、固定化ＩｇＧに結合するプロテインＡまたはその誘導体（例えばＺ）、固定化アミロースに結合するマルトース結合タンパク質（ＭＢＰ）、固定化アルブミンに結合するアルブミン結合タンパク質、固定化キチンに結合するキチン結合ドメイン、固定化カルモジュリンに結合するカルモジュリン結合ペプチド、および固定化セルロースに結合するセルロース結合ドメイン、が挙げられる。別の検出可能な標識の例は、Ｃｏｖａｌｙｓから市販されているＳＮＡＰ－タグである（ｗｗｗ．ｃｏｖａｌｙｓ．ｃｏｍ）。一部の実施形態では、本明細書に開示される検出可能な標識は、抗体パラトープによってのみ認識される検出可能な標識を含む。一部の実施形態では、本明細書に開示される検出可能な標識は、抗体パラトープと他の特異的結合ペアによって認識される検出可能な標識を含む。
一部の実施形態では、検出可能な標識は、免疫グロブリン定常ドメインとの結合ペアを形成する。一部の実施形態では、検出可能な標識および／または検出可能な標識は、金属イオン、例えば、Ｎｉ２＋、Ｃｏ２＋、Ｃｕ２＋、Ｚｎ２＋、Ｆｅ３＋などとの結合ペアを形成する。一部の実施形態では、検出可能な標識は、ストレプトアビジン、ＳｔｒｅｐＩＩ、ＨＡ、Ｌ１４、４Ｃ－ＲＧＤ、ＬＨ、およびプロテインＡからなる群から選択される。
一部の実施形態では、検出可能な標識はＦＬＡＧ、ＨＡおよびｃ－ｍｙｃ（配列番号４４）からなる群から選択される。一部の実施形態では、検出可能な標識は、ｃ－ｍｙｃ（配列番号４４）である。
一部の実施形態では、検出可能な標識は、Ｂ細胞エピトープである。例えば、検出可能な標識は、約１アミノ酸～約３５アミノ酸の長さであり、例えば、免疫グロブリン可変ドメインなどの抗体パラトープとの結合ペアを形成する。一部の実施形態では、検出可能な標識は、Ｂ１エピトープ（配列番号４５）を含む。一部の実施形態では、カプシドタンパク質は、ＶＰ３領域にＢ１エピトープを含むように改変される。
一部の実施形態では、本発明のカプシドタンパク質は、ペプチド：ペプチド結合ペアの少なくとも第一のメンバーを含む。
一部の実施形態では、本発明のカプシドタンパク質は、検出可能な標識を含むタンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーを含み、Ｃａｐタンパク質の検出および／もしくは単離に使用されてもよく、ならびに／またはタンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーとして使用されてもよい。一部の実施形態では、検出可能な標識は、当該検出可能な標識と、対象細胞により発現される標的の両方に結合し得る多特異性結合タンパク質を含む標的化リガンドの結合のために、タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーとしての役割を果たす。一部の実施形態では、本発明のＣａｐタンパク質は、ｃ－ｍｙｃ（配列番号４４）を含むタンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーを含む。タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーとしての検出可能な標識の使用は、例えば、ＷＯ２０１９００６０４３に記載されており、当該文献は参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
一部の実施形態では、カプシドタンパク質は、タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーを含み、この場合において当該タンパク質：タンパク質結合ペアは、共有結合的なイソペプチド結合を形成する。一部の実施形態では、ペプチド：ペプチド結合ペアの第一のメンバーは、イソペプチド結合を介して、ペプチド：ペプチド結合ペアの同族の第二のメンバーに共有結合され、および任意でこの場合においてペプチド：ペプチド結合ペアの同族の第二のメンバーは、標的化リガンドと融合され、当該標的化リガンドは、対象細胞によって発現される標的に結合する。一部の実施形態では、タンパク質：タンパク質結合ペアは、ＳｐｙＴａｇ：ＳｐｙＣａｔｃｈｅｒ、ＳｐｙＴａｇ００２：ＳｐｙＣａｔｃｈｅｒ００２、ＳｐｙＴａｇ：ＫＴａｇ、Ｉｓｏｐｅｐｔａｇ：ｐｉｌｉｎ－Ｃ、およびＳｎｏｏｐＴａｇ：ＳｎｏｏｐＣａｔｃｈｅｒからなる群から選択されてもよい。一部の実施形態では、第一のメンバーは、ＳｐｙＴａｇ（またはその生物学的活性部分）であり、タンパク質（第二の同族メンバー）は、ＳｐｙＣａｔｃｈｅｒ（またはその生物学的活性部分）である。一部の実施形態では、第一のメンバーは、ＳｐｙＴａｇ（またはその生物学的活性部分）であり、タンパク質（第二の同族メンバー）は、ＫＴａｇ（またはその生物学的活性部分）である。一部の実施形態では、第一のメンバーは、ＫＴａｇ（またはその生物学的活性部分）であり、タンパク質（第二の同族メンバー）は、ＳｐｙＴａｇ（またはその生物学的活性部分）である。一部の実施形態では、第一のメンバーは、ＳｎｏｏｐＴａｇ（またはその生物学的活性部分）であり、タンパク質（第二の同族メンバー）は、ＳｎｏｏｐＣａｔｃｈｅｒ（またはその生物学的活性部分）である。一部の実施形態では、第一のメンバーは、Ｉｓｏｐｅｐｔａｇ（またはその生物学的活性部分）であり、タンパク質（第二の同族メンバー）は、Ｐｉｌｉｎ－Ｃ（またはその生物学的活性部分）である。一部の実施形態では、第一のメンバーは、ＳｐｙＴａｇ００２（またはその生物学的活性部分）であり、タンパク質（第二の同族メンバー）は、ＳｐｙＣａｔｃｈｅｒ００２（またはその生物学的活性部分）である。一部の実施形態では、本発明のＣａｐタンパク質は、ＳｐｙＴａｇを含む。タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーの使用は、ＷＯ２０１９００６０４６に記載されており、当該文献は、その全体で本明細書に組み込まれる。
一部の実施形態では、タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバー、および／または検出可能な標識は、例えば少なくとも１アミノ酸の長さであるアミノ酸スペーサーなどの第一または第二のリンカーを介して、本発明のＣａｐタンパク質に動作可能に連結される（本発明のＣａｐタンパク質とともにインフレームで翻訳される、本発明のＣａｐタンパク質に化学的に付加される、および／または本発明のＣａｐタンパク質により提示される）。一部の実施形態では、タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーは、第一および／または第二のアミノ酸スペーサーなどの第一および／または第二のリンカーに隣接され、当該スペーサーの各々は、少なくとも１アミノ酸の長さである
一部の実施形態では、第一および／または第二のリンカーは同一ではない。一部の実施形態では、第一および／または第二のリンカーは、それぞれ独立して１または２アミノ酸の長さである。一部の実施形態では、第一および／または第二のリンカーは、それぞれ独立して１、２または３アミノ酸の長さである。一部の実施形態では、第一および／または第二のリンカーは、それぞれ独立して１、２、３または４アミノ酸の長さである。一部の実施形態では、第一および／または第二のリンカーは、それぞれ独立して１、２、３、４または５アミノ酸の長さである。一部の実施形態では、第一および／または第二のリンカーは、それぞれ独立して１、２、３、４または５アミノ酸の長さである。一部の実施形態では、第一および／または第二のリンカーは、それぞれ独立して１、２、３、４、５または６アミノ酸の長さである。一部の実施形態では、第一および／または第二のリンカーは、それぞれ独立して１、２、３、４、５、６または７アミノ酸の長さである。一部の実施形態では、第一および／または第二のリンカーは、それぞれ独立して１、２、３、４、５、６、７または８アミノ酸の長さである。一部の実施形態では、第一および／または第二のリンカーは、それぞれ独立して１、２、３、４、５、６、７、８または９アミノ酸の長さである。一部の実施形態では、第一および／または第二のリンカーは、それぞれ独立して１、２、３、４、５、６、７、８、９または１０アミノ酸の長さである。一部の実施形態では、第一および／または第二のリンカーは、それぞれ独立して１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０アミノ酸、またはそれ以上の長さである。
一部の実施形態では、第一および第二のリンカーは、配列および／または長さにおいて同一であり、各々、１アミノ酸の長さである。一部の実施形態では、第一および第二のリンカーは、長さにおいて同一であり、各々、１アミノ酸の長さである。一部の実施形態では、第一および第二のリンカーは、長さにおいて同一であり、各々、２アミノ酸の長さである。一部の実施形態では、第一および第二のリンカーは、長さにおいて同一であり、各々、３アミノ酸の長さである。一部の実施形態では、第一および第二のリンカーは、長さにおいて同一であり、各々、４アミノ酸の長さであり、例えばリンカーは、ＧＬＳＧ（配列番号３７）である。一部の実施形態では、第一および第二のリンカーは、長さにおいて同一であり、各々、５アミノ酸の長さである。一部の実施形態では、第一および第二のリンカーは、長さにおいて同一であり、各々、６アミノ酸の長さであり、例えば第一および第二のリンカーは各々、ＧＬＳＧＳＧ（配列番号３８）の配列を含む。一部の実施形態では、第一および第二のリンカーは、長さにおいて同一であり、各々、７アミノ酸の長さである。一部の実施形態では、第一および第二のリンカーは、長さにおいて同一であり、各々、８アミノ酸の長さであり、例えば第一および第二のリンカーは各々、ＧＬＳＧＬＳＧＳ（配列番号３９）の配列を含む。一部の実施形態では、第一および第二のリンカーは、長さにおいて同一であり、各々、９アミノ酸の長さである。一部の実施形態では、第一および第二のリンカーは、長さにおいて同一であり、各々、１０アミノ酸の長さであり、例えば第一および第二のリンカーは各々、ＧＬＳＧＬＳＧＬＳＧ（配列番号４０）またはＧＬＳＧＧＳＧＬＳＧ（配列番号４１）を含む。一部の実施形態では、第一および第二のリンカーは、長さにおいて同一であり、各々、１０を超えるアミノ酸の長さである。
概して本明細書に記載されるタンパク質：タンパク質結合ペアのアミノ酸配列の第一のメンバーは、例えば、自身による特異的結合ペアの第一のメンバーを含むか、または一つ以上のリンカーと組み合わされて、約５アミノ酸～約５０アミノ酸の長さである。一部の実施形態では、タンパク質：タンパク質結合ペアのアミノ酸配列の第一のメンバーは、少なくとも５アミノ酸の長さである。一部の実施形態では、タンパク質：タンパク質結合ペアのアミノ酸配列の第一のメンバーは、６アミノ酸の長さである。一部の実施形態では、タンパク質：タンパク質結合ペアのアミノ酸配列の第一のメンバーは、７アミノ酸の長さである。一部の実施形態では、タンパク質：タンパク質結合ペアのアミノ酸配列の第一のメンバーは、８アミノ酸の長さである。一部の実施形態では、タンパク質：タンパク質結合ペアのアミノ酸配列の第一のメンバーは、９アミノ酸の長さである。一部の実施形態では、タンパク質：タンパク質結合ペアのアミノ酸配列の第一のメンバーは、１０アミノ酸の長さである。一部の実施形態では、タンパク質：タンパク質結合ペアのアミノ酸配列の第一のメンバーは、１１アミノ酸の長さである。一部の実施形態では、タンパク質：タンパク質結合ペアのアミノ酸配列の第一のメンバーは、１２アミノ酸の長さである。一部の実施形態では、タンパク質：タンパク質結合ペアのアミノ酸配列の第一のメンバーは、１３アミノ酸の長さである。一部の実施形態では、タンパク質：タンパク質結合ペアのアミノ酸配列の第一のメンバーは、１４アミノ酸の長さである。一部の実施形態では、タンパク質：タンパク質結合ペアのアミノ酸配列の第一のメンバーは、１５アミノ酸の長さである。一部の実施形態では、タンパク質：タンパク質結合ペアのアミノ酸配列の第一のメンバーは、１６アミノ酸の長さである。一部の実施形態では、タンパク質：タンパク質結合ペアのアミノ酸配列の第一のメンバーは、１７アミノ酸の長さである。一部の実施形態では、タンパク質：タンパク質結合ペアのアミノ酸配列の第一のメンバーは、１８アミノ酸の長さである。一部の実施形態では、タンパク質：タンパク質結合ペアのアミノ酸配列の第一のメンバーは、１９アミノ酸の長さである。一部の実施形態では、タンパク質：タンパク質結合ペアのアミノ酸配列の第一のメンバーは、２０アミノ酸の長さである。一部の実施形態では、タンパク質：タンパク質結合ペアのアミノ酸配列の第一のメンバーは、２１アミノ酸の長さである。一部の実施形態では、タンパク質：タンパク質結合ペアのアミノ酸配列の第一のメンバーは、２２アミノ酸の長さである。一部の実施形態では、タンパク質：タンパク質結合ペアのアミノ酸配列の第一のメンバーは、２３アミノ酸の長さである。一部の実施形態では、タンパク質：タンパク質結合ペアのアミノ酸配列の第一のメンバーは、２４アミノ酸の長さである。一部の実施形態では、タンパク質：タンパク質結合ペアのアミノ酸配列の第一のメンバーは、２５アミノ酸の長さである。一部の実施形態では、タンパク質：タンパク質結合ペアのアミノ酸配列の第一のメンバーは、２６アミノ酸の長さである。一部の実施形態では、タンパク質：タンパク質結合ペアのアミノ酸配列の第一のメンバーは、２７アミノ酸の長さである。一部の実施形態では、タンパク質：タンパク質結合ペアのアミノ酸配列の第一のメンバーは、２８アミノ酸の長さである。一部の実施形態では、タンパク質：タンパク質結合ペアのアミノ酸配列の第一のメンバーは、２９アミノ酸の長さである。一部の実施形態では、タンパク質：タンパク質結合ペアのアミノ酸配列の第一のメンバーは、３０アミノ酸の長さである。一部の実施形態では、タンパク質：タンパク質結合ペアのアミノ酸配列の第一のメンバーは、３１アミノ酸の長さである。一部の実施形態では、タンパク質：タンパク質結合ペアのアミノ酸配列の第一のメンバーは、３２アミノ酸の長さである。一部の実施形態では、タンパク質：タンパク質結合ペアのアミノ酸配列の第一のメンバーは、３３アミノ酸の長さである。一部の実施形態では、タンパク質：タンパク質結合ペアのアミノ酸配列の第一のメンバーは、３４アミノ酸の長さである。一部の実施形態では、タンパク質：タンパク質結合ペアのアミノ酸配列の第一のメンバーは、３５アミノ酸の長さである。一部の実施形態では、タンパク質：タンパク質結合ペアのアミノ酸配列の第一のメンバーは、３６アミノ酸の長さである。一部の実施形態では、タンパク質：タンパク質結合ペアのアミノ酸配列の第一のメンバーは、３７アミノ酸の長さである。一部の実施形態では、タンパク質：タンパク質結合ペアのアミノ酸配列の第一のメンバーは、３８アミノ酸の長さである。一部の実施形態では、タンパク質：タンパク質結合ペアのアミノ酸配列の第一のメンバーは、３９アミノ酸の長さである。一部の実施形態では、タンパク質：タンパク質結合ペアのアミノ酸配列の第一のメンバーは、４０アミノ酸の長さである。一部の実施形態では、タンパク質：タンパク質結合ペアのアミノ酸配列の第一のメンバーは、４１アミノ酸の長さである。一部の実施形態では、タンパク質：タンパク質結合ペアのアミノ酸配列の第一のメンバーは、４２アミノ酸の長さである。一部の実施形態では、タンパク質：タンパク質結合ペアのアミノ酸配列の第一のメンバーは、４３アミノ酸の長さである。一部の実施形態では、タンパク質：タンパク質結合ペアのアミノ酸配列の第一のメンバーは、４４アミノ酸の長さである。一部の実施形態では、タンパク質：タンパク質結合ペアのアミノ酸配列の第一のメンバーは、４５アミノ酸の長さである。一部の実施形態では、タンパク質：タンパク質結合ペアのアミノ酸配列の第一のメンバーは、４６アミノ酸の長さである。一部の実施形態では、タンパク質：タンパク質結合ペアのアミノ酸配列の第一のメンバーは、４７アミノ酸の長さである。一部の実施形態では、タンパク質：タンパク質結合ペアのアミノ酸配列の第一のメンバーは、４８アミノ酸の長さである。一部の実施形態では、タンパク質：タンパク質結合ペアのアミノ酸配列の第一のメンバーは、４９アミノ酸の長さである。一部の実施形態では、タンパク質：タンパク質結合ペアのアミノ酸配列の第一のメンバーは、５０アミノ酸の長さである。
少なくとも広範囲かつ多数の近縁なファミリーメンバーが高度に保存されていることにより、列挙されるＡＡＶ以外のＡＡＶの対応する挿入部位は、アミノ酸のアライメントまたはカプシド構造の比較を行うことによって特定することができる。例えば、様々なＡＡＶカプシドタンパク質のアライメントの例については、Ｒｕｔｌｅｄｇｅ ｅｔ ａｌ．（１９９８）Ｊ．Ｖｉｒｏｌ．７２：３０９－１９；Ｍｉｅｔｚｓｃｈ ｅｔ ａｌ．（２０１９）Ｖｉｒｕｓｅｓ １１，３６２，１－３４、および米国特許第９，６２４，２７４号を参照のこと。それら各文献は、その全体で参照により本明細書に組み込まれる。例えば、Ｍｉｅｔｚｃｓｈら（２０１９）は、図７で様々なディペンドパルボウイルス（ｄｅｐｅｎｄｏｐａｒｖｏｖｉｒｕｓ）のリボンのオーバーレイを提示しており、可変領域ＶＲ Ｉ～ＶＲ ＩＸを描写している。当該文献に記載されるような構造解析、および配列解析を使用して、当業者であれば可変領域内のどのアミノ酸が、タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーおよび／または検出可能な標識の挿入を受け入れられる、ＡＡＶのアミノ酸配列に相当するかを決定することができる。
したがって一部の実施形態では、タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーおよび／または検出可能な標識は、非霊長類動物ＡＡＶのＶＰ１カプシドタンパク質において、ＡＡＶ２カプシドタンパク質ＶＰ１のＧ４５３、ＡＡＶ２カプシドタンパク質ＶＰ１のＮ５８７、ＡＡＶ９カプシドタンパク質ＶＰ１のＧ４５３、およびＡＡＶ９カプシドタンパク質ＶＰ１のＡ５８９からなる群から選択されるアミノ酸の位置に相当するアミノ酸の位置の後に、挿入される。一部の実施形態では、タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーおよび／または検出可能な標識は、非霊長類動物ＡＡＶのＶＰ１カプシドタンパク質において、ＡＡＶ２ ＶＰ１カプシドのＮ５８７およびＲ５８８に相当するアミノ酸の間に挿入される。非霊長類動物ＶＰ１カプシドタンパク質の追加の適切な挿入部位としては、ＡＡＶ２のＶＰ１カプシドタンパク質のＩ－１、Ｉ－３４、Ｉ－１３８、Ｉ－１３９、Ｉ－１６１、Ｉ－２６１、Ｉ－２６６、Ｉ－３８１、Ｉ－４４７、Ｉ－４４８、Ｉ－４５９、Ｉ－４７１、Ｉ－５２０、Ｉ－５３４、Ｉ－５７０、Ｉ－５７３、Ｉ－５８４、Ｉ－５８７、Ｉ－５８８、Ｉ－５９１、Ｉ－６５７、Ｉ－６６４、Ｉ－７１３、およびＩ－７１６に相当する部位が挙げられる（Ｗｕ ｅｔ ａｌ．（２０００）Ｊ．Ｖｉｒｏｌ．７４：８６３５－８６４７）。本明細書に記載される改変ウイルスカプシドタンパク質は、Ｉ－１、Ｉ－３４、Ｉ－１３８、Ｉ－１３９、Ｉ－１６１、Ｉ－２６１、Ｉ－２６６、Ｉ－３８１、Ｉ－４４７、Ｉ－４４８、Ｉ－４５９、Ｉ－４７１、Ｉ－５２０、Ｉ－５３４、Ｉ－５７０、Ｉ－５７３、Ｉ－５８４、Ｉ－５８７、Ｉ－５８８、Ｉ－５９１、Ｉ－６５７、Ｉ－６６４、Ｉ－７１３、Ｉ－７１６、およびそれらの組み合わせからなる群から選択されるＡＡＶ２カプシドタンパク質の位置に相当する位置に挿入された、タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーおよび／または検出可能な標識を含む非霊長類動物カプシドタンパク質であってもよい。非霊長類動物ＡＡＶの追加の適切な挿入部位としては、ＡＡＶ１のＩ－５８７、ＡＡＶ１のＩ－５８９、ＡＡＶ３のＩ－５８５、ＡＡＶ４のＩ－５８５、およびＡＡＶ５のＩ－５８５に相当する部位が挙げられる。一部の実施形態では、本明細書に記載される改変ウイルスカプシドタンパク質は、Ｉ－５８７（ＡＡＶ１）、Ｉ－５８９（ＡＡＶ１）、Ｉ－５８５（ＡＡＶ３）、Ｉ－５８５（ＡＡＶ４）、Ｉ－５８５（ＡＡＶ５）、およびそれらの組み合わせからなる群から選択される位置に相当する位置に挿入された、タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーおよび／または検出可能な標識を含む、非霊長類動物カプシドタンパク質であってもよい。
一部の実施形態では、タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバー、および／または検出可能な標識は、非霊長類動物ＡＡＶのＶＰ１カプシドタンパク質において、鳥類ＡＡＶカプシドタンパク質ＶＰ１のＩ４４４、鳥類ＡＡＶカプシドタンパク質ＶＰ１のＩ５８０、フトアゴヒゲトカゲＡＡＶカプシドタンパク質ＶＰ１のＩ５７３、フトアゴヒゲトカゲＡＡＶカプシドタンパク質ＶＰ１のＩ４３６、アシカＡＡＶカプシドタンパク質ＶＰ１のＩ４２９、アシカＡＡＶカプシドタンパク質ＶＰ１のＩ４３０、アシカＡＡＶカプシドタンパク質ＶＰ１のＩ４３１、アシカＡＡＶカプシドタンパク質ＶＰ１のＩ４３２、アシカＡＡＶカプシドタンパク質ＶＰ１のＩ４３３、アシカＡＡＶカプシドタンパク質ＶＰ１のＩ４３４、アシカＡＡＶカプシドタンパク質ＶＰ１のＩ４３６、アシカＡＡＶカプシドタンパク質ＶＰ１のＩ４３７、およびアシカＡＡＶカプシドタンパク質ＶＰ１のＩ５６５からなる群から選択されるアミノ酸の位置に相当するアミノ酸の位置の後に、挿入される。
本明細書において、Ｉ－＃＃＃、Ｉ＃などの命名は、ＡＡＶカプシドタンパク質のＶＰ１タンパク質に関するアミノ酸番号を＃＃＃に命名する挿入部位（Ｉ）を指すが、このような挿入は、直接Ｎ末端もしくはＣ末端に、好ましくは所与のアミノ酸の５アミノ酸のＮ末端またはＣ末端の配列中の一つのアミノ酸のＣ末端に、好ましくは所与のアミノ酸の３アミノ酸、より好ましくは２アミノ酸、特に１アミノ酸のＮ末端またはＣ末端の配列中の一つのアミノ酸のＣ末端に位置してもよい。さらに本明細書で言及される位置は、ＡＡＶカプシド遺伝子によってコードされるＶＰ１タンパク質との比較であり、対応する位置（およびその点変異）は、適切なＡＡＶカプシド遺伝子によってコードされるＶＰ１、ＶＰ２、およびＶＰ３タンパク質の配列アラインメントを実施することによって、カプシド遺伝子によってコードされるＶＰ２およびＶＰ３カプシドタンパク質を容易に特定することができる。
同一遺伝子のリーディングフレームを、開始コドンをずらして重複させることにより、カプシドタンパク質はコードされているため、ｃａｐ遺伝子のこれら部位のうちの一つのコード核酸の対応する位置への挿入は、ＶＰ１、ＶＰ２および／またはＶＰ３の挿入ももたらす。したがって例えばＡＡＶ２について、この命名に従えば、アミノ酸１～１３８の挿入はＶＰ１にのみ挿入され、１３８～２０３の挿入は、ＶＰ１およびＶＰ２に挿入され、２０３～Ｃ末端の挿入は、ＶＰ１、ＶＰ２、およびＶＰ３に挿入され、これは当然のことながら、挿入部位Ｉ－５８７についても当てはまる。したがって、本発明は、ＶＰ１、ＶＰ２、および／またはＶＰ３タンパク質における対応する挿入を有するＡＡＶの構造遺伝子を包含する。
また本明細書において、本発明のＶＰ３カプシドタンパク質をコードする核酸も提供される。ＡＡＶカプシドタンパク質は、必ずではないが、同一遺伝子のリーディングフレームを、開始コドンをずらして重複させることによりコードされる場合がある。一部の実施形態では、本発明のＶＰ３カプシドタンパク質をコードする核酸は、本発明のＶＰ２カプシドタンパク質またはＶＰ１カプシドタンパク質はコードしない。一部の実施形態では、本発明のＶＰ３カプシドタンパク質をコードする核酸は、本発明のＶＰ２カプシドタンパク質はコードし得るが、本発明のＶＰ１カプシドはコードしない。一部の実施形態では、本発明のＶＰ３カプシドタンパク質をコードする核酸は、本発明のＶＰ２カプシドタンパク質、および本発明のＶＰ１カプシドもコードし得る。
一部の実施形態では、タンパク質：タンパク質結合ペアの第一および第二のメンバーを含む改変ウイルスカプシドタンパク質を含むウイルスカプシド（例えば、この場合において当該第二のメンバーは、標的化リガンドに動作可能に連結され、多特異性結合タンパク質を含む）は、特定の細胞に感染する能力を有し、例えば、対照ウイルスカプシドと比較して、特定の細胞を標的とし、結合する能力が強化されている。対照ウイルスカプシドは、タンパク質：タンパク質結合ペアの第一および第二のメンバーのいずれか、または両方を欠き、例えば対照カプシドタンパク質を含むという点を除き、当該改変ウイルスカプシドタンパク質と同一である。一部の実施形態では、標的化リガンドに連結されたタンパク質：タンパク質結合ペアの第一および第二のメンバーに結合された、本明細書に記載される改変ウイルスカプシドタンパク質を含むウイルスカプシドは、対照ウイルスカプシドの形質導入効率が検出不可能であることと比較して、検出可能な形質導入効率を示す。一部の実施形態では、標的化リガンドに連結されたタンパク質：タンパク質結合ペアの第一および第二のメンバーに結合された、本明細書に記載される改変ウイルスカプシドタンパク質を含むウイルスカプシドは、対照ウイルスカプシドの形質導入効率よりも１０％高い形質導入効率を示す。一部の実施形態では、標的化リガンドに連結されたタンパク質：タンパク質結合ペアの第一および第二のメンバーに結合された、本明細書に記載される改変ウイルスカプシドタンパク質を含むウイルスカプシドは、対照ウイルスカプシドの形質導入効率よりも２０％高い形質導入効率を示す。一部の実施形態では、標的化リガンドに連結されたタンパク質：タンパク質結合ペアの適切な第一および第二のメンバーに結合された、本明細書に記載される改変ウイルスカプシドタンパク質を含むウイルスカプシドは、対照ウイルスカプシドの形質導入効率よりも３０％高い形質導入効率を示す。一部の実施形態では、標的化リガンドに連結されたタンパク質：タンパク質結合ペアの適切な第一および第二のメンバーに結合された、本明細書に記載される改変ウイルスカプシドタンパク質を含むウイルスカプシドは、対照ウイルスカプシドの形質導入効率よりも４０％高い形質導入効率を示す。一部の実施形態では、標的化リガンドに連結されたタンパク質：タンパク質結合ペアの適切な第一および第二のメンバーに結合された、本明細書に記載される改変ウイルスカプシドタンパク質を含むウイルスカプシドは、対照ウイルスカプシドの形質導入効率よりも５０％高い形質導入効率を示す。一部の実施形態では、標的化リガンドに連結されたタンパク質：タンパク質結合ペアの適切な第一および第二のメンバーに結合された、本明細書に記載される改変ウイルスカプシドタンパク質を含むウイルスカプシドは、対照ウイルスカプシドの形質導入効率よりも６０％高い形質導入効率を示す。一部の実施形態では、標的化リガンドに連結されたタンパク質：タンパク質結合ペアの適切な第一および第二のメンバーに結合された、本明細書に記載される改変ウイルスカプシドタンパク質を含むウイルスカプシドは、対照ウイルスカプシドの形質導入効率よりも７０％高い形質導入効率を示す。一部の実施形態では、標的化リガンドに連結されたタンパク質：タンパク質結合ペアの適切な第一および第二のメンバーに結合された、本明細書に記載される改変ウイルスカプシドタンパク質を含むウイルスカプシドは、対照ウイルスカプシドの形質導入効率よりも７５％高い形質導入効率を示す。一部の実施形態では、標的化リガンドに連結されたタンパク質：タンパク質結合ペアの適切な第一および第二のメンバーに結合された、本明細書に記載される改変ウイルスカプシドタンパク質を含むウイルスカプシドは、対照ウイルスカプシドの形質導入効率よりも８０％高い形質導入効率を示す。一部の実施形態では、標的化リガンドに連結されたタンパク質：タンパク質結合ペアの適切な第一および第二のメンバーに結合された、本明細書に記載される改変ウイルスカプシドタンパク質を含むウイルスカプシドは、対照ウイルスカプシドの形質導入効率よりも８５％高い形質導入効率を示す。一部の実施形態では、標的化リガンドに連結されたタンパク質：タンパク質結合ペアの適切な第一および第二のメンバーに結合された、本明細書に記載される改変ウイルスカプシドタンパク質を含むウイルスカプシドは、対照カプシドの形質導入効率よりも９０％高い形質導入効率を示す。一部の実施形態では、標的化リガンドに連結されたタンパク質：タンパク質結合ペアの適切な第一および第二のメンバーに結合された、本明細書に記載される改変ウイルスカプシドタンパク質を含むウイルスカプシドは、対照ウイルスカプシドの形質導入効率よりも９５％高い形質導入効率を示す。一部の実施形態では、標的化リガンドに連結されたタンパク質：タンパク質結合ペアの第一および第二のメンバーに結合された、本明細書に記載される改変ウイルスカプシドタンパク質を含むウイルスカプシドは、対照ウイルスカプシドの形質導入効率よりも９９％高い形質導入効率を示す。
一部の実施形態では、タンパク質：タンパク質結合ペアの第一および第二のメンバーを含む改変ウイルスカプシドタンパク質を含むウイルスカプシド（例えば、この場合において当該第二のメンバーは、標的化リガンドに動作可能に連結され、多特異性結合タンパク質を含む）は、特定の細胞に感染する能力を有し、例えば、対照ウイルスカプシドと比較して、特定の細胞を標的とし、結合する能力が強化されている。対照ウイルスカプシドは、タンパク質：タンパク質結合ペアの第一および第二のメンバーのいずれか、または両方を欠き、例えば対照カプシドタンパク質を含むという点を除き、当該改変ウイルスカプシドタンパク質と同一である。一部の実施形態では、標的化リガンドに連結されたタンパク質：タンパク質結合ペアの第一および第二のメンバーに結合された、本明細書に記載される改変ウイルスカプシドタンパク質を含むウイルスカプシドは、対照ウイルスカプシドの形質導入効率が検出不可能であることと比較して、検出可能な形質導入効率を示す。一部の実施形態では、標的化リガンドに連結されたタンパク質：タンパク質結合ペアの第一および第二のメンバーに結合された、本明細書に記載される改変ウイルスカプシドタンパク質を含むウイルスカプシドは、対照ウイルスカプシドの形質導入効率よりも１０％高い形質導入効率を示す。一部の実施形態では、標的化リガンドに連結されたタンパク質：タンパク質結合ペアの第一および第二のメンバーに結合された、本明細書に記載される改変ウイルスカプシドタンパク質を含むウイルスカプシドは、対照ウイルスカプシドの形質導入効率よりも２０％高い形質導入効率を示す。一部の実施形態では、標的化リガンドに連結されたタンパク質：タンパク質結合ペアの適切な第一および第二のメンバーに結合された、本明細書に記載される改変ウイルスカプシドタンパク質を含むウイルスカプシドは、対照ウイルスカプシドの形質導入効率よりも３０％高い形質導入効率を示す。一部の実施形態では、標的化リガンドに連結されたタンパク質：タンパク質結合ペアの適切な第一および第二のメンバーに結合された、本明細書に記載される改変ウイルスカプシドタンパク質を含むウイルスカプシドは、対照ウイルスカプシドの形質導入効率よりも４０％高い形質導入効率を示す。一部の実施形態では、標的化リガンドに連結されたタンパク質：タンパク質結合ペアの適切な第一および第二のメンバーに結合された、本明細書に記載される改変ウイルスカプシドタンパク質を含むウイルスカプシドは、対照ウイルスカプシドの形質導入効率よりも５０％高い形質導入効率を示す。一部の実施形態では、標的化リガンドに連結されたタンパク質：タンパク質結合ペアの適切な第一および第二のメンバーに結合された、本明細書に記載される改変ウイルスカプシドタンパク質を含むウイルスカプシドは、対照ウイルスカプシドの形質導入効率よりも６０％高い形質導入効率を示す。一部の実施形態では、標的化リガンドに連結されたタンパク質：タンパク質結合ペアの適切な第一および第二のメンバーに結合された、本明細書に記載される改変ウイルスカプシドタンパク質を含むウイルスカプシドは、対照ウイルスカプシドの形質導入効率よりも７０％高い形質導入効率を示す。一部の実施形態では、標的化リガンドに連結されたタンパク質：タンパク質結合ペアの適切な第一および第二のメンバーに結合された、本明細書に記載される改変ウイルスカプシドタンパク質を含むウイルスカプシドは、対照ウイルスカプシドの形質導入効率よりも７５％高い形質導入効率を示す。一部の実施形態では、標的化リガンドに連結されたタンパク質：タンパク質結合ペアの適切な第一および第二のメンバーに結合された、本明細書に記載される改変ウイルスカプシドタンパク質を含むウイルスカプシドは、対照ウイルスカプシドの形質導入効率よりも８０％高い形質導入効率を示す。一部の実施形態では、標的化リガンドに連結されたタンパク質：タンパク質結合ペアの適切な第一および第二のメンバーに結合された、本明細書に記載される改変ウイルスカプシドタンパク質を含むウイルスカプシドは、対照ウイルスカプシドの形質導入効率よりも８５％高い形質導入効率を示す。一部の実施形態では、標的化リガンドに連結されたタンパク質：タンパク質結合ペアの適切な第一および第二のメンバーに結合された、本明細書に記載される改変ウイルスカプシドタンパク質を含むウイルスカプシドは、対照カプシドの形質導入効率よりも９０％高い形質導入効率を示す。一部の実施形態では、標的化リガンドに連結されたタンパク質：タンパク質結合ペアの適切な第一および第二のメンバーに結合された、本明細書に記載される改変ウイルスカプシドタンパク質を含むウイルスカプシドは、対照ウイルスカプシドの形質導入効率よりも９５％高い形質導入効率を示す。一部の実施形態では、標的化リガンドに連結されたタンパク質：タンパク質結合ペアの第一および第二のメンバーに結合された、本明細書に記載される改変ウイルスカプシドタンパク質を含むウイルスカプシドは、対照ウイルスカプシドの形質導入効率よりも９９％高い形質導入効率を示す。一部の実施形態では、標的化リガンドに連結されたタンパク質：タンパク質結合ペアの第一および第二のメンバーに結合された、本明細書に記載される改変ウイルスカプシドタンパク質を含むウイルスカプシドは、対照ウイルスカプシドの形質導入効率よりも少なくとも１．５倍高い形質導入効率を示す。一部の実施形態では、標的化リガンドに連結されたタンパク質：タンパク質結合ペアの第一および第二のメンバーに結合された、本明細書に記載される改変ウイルスカプシドタンパク質を含むウイルスカプシドは、対照ウイルスカプシドの形質導入効率よりも少なくとも２倍高い形質導入効率を示す。一部の実施形態では、標的化リガンドに連結されたタンパク質：タンパク質結合ペアの適切な第一および第二のメンバーに結合された、本明細書に記載される改変ウイルスカプシドタンパク質を含むウイルスカプシドは、対照ウイルスカプシドの形質導入効率よりも少なくとも３倍高い形質導入効率を示す。一部の実施形態では、標的化リガンドに連結されたタンパク質：タンパク質結合ペアの適切な第一および第二のメンバーに結合された、本明細書に記載される改変ウイルスカプシドタンパク質を含むウイルスカプシドは、対照ウイルスカプシドの形質導入効率よりも少なくとも４倍高い形質導入効率を示す。一部の実施形態では、標的化リガンドに連結されたタンパク質：タンパク質結合ペアの適切な第一および第二のメンバーに結合された、本明細書に記載される改変ウイルスカプシドタンパク質を含むウイルスカプシドは、対照ウイルスカプシドの形質導入効率よりも少なくとも５倍高い形質導入効率を示す。一部の実施形態では、標的化リガンドに連結されたタンパク質：タンパク質結合ペアの適切な第一および第二のメンバーに結合された、本明細書に記載される改変ウイルスカプシドタンパク質を含むウイルスカプシドは、対照ウイルスカプシドの形質導入効率よりも少なくとも６倍高い形質導入効率を示す。一部の実施形態では、標的化リガンドに連結されたタンパク質：タンパク質結合ペアの適切な第一および第二のメンバーに結合された、本明細書に記載される改変ウイルスカプシドタンパク質を含むウイルスカプシドは、対照ウイルスカプシドの形質導入効率よりも少なくとも７倍高い形質導入効率を示す。一部の実施形態では、標的化リガンドに連結されたタンパク質：タンパク質結合ペアの適切な第一および第二のメンバーに結合された、本明細書に記載される改変ウイルスカプシドタンパク質を含むウイルスカプシドは、対照ウイルスカプシドの形質導入効率よりも少なくとも８倍高い形質導入効率を示す。一部の実施形態では、標的化リガンドに連結されたタンパク質：タンパク質結合ペアの適切な第一および第二のメンバーに結合された、本明細書に記載される改変ウイルスカプシドタンパク質を含むウイルスカプシドは、対照ウイルスカプシドの形質導入効率よりも少なくとも９倍高い形質導入効率を示す。一部の実施形態では、標的化リガンドに連結されたタンパク質：タンパク質結合ペアの適切な第一および第二のメンバーに結合された、本明細書に記載される改変ウイルスカプシドタンパク質を含むウイルスカプシドは、対照ウイルスカプシドの形質導入効率よりも少なくとも１０倍高い形質導入効率を示す。一部の実施形態では、標的化リガンドに連結されたタンパク質：タンパク質結合ペアの適切な第一および第二のメンバーに結合された、本明細書に記載される改変ウイルスカプシドタンパク質を含むウイルスカプシドは、対照カプシドの形質導入効率よりも少なくとも２０倍高い形質導入効率を示す。一部の実施形態では、標的化リガンドに連結されたタンパク質：タンパク質結合ペアの適切な第一および第二のメンバーに結合された、本明細書に記載される改変ウイルスカプシドタンパク質を含むウイルスカプシドは、対照ウイルスカプシドの形質導入効率よりも少なくとも３０倍高い形質導入効率を示す。一部の実施形態では、標的化リガンドに連結されたタンパク質：タンパク質結合ペアの第一および第二のメンバーに結合された、本明細書に記載される改変ウイルスカプシドタンパク質を含むウイルスカプシドは、対照ウイルスカプシドの形質導入効率よりも少なくとも４０倍高い形質導入効率を示す。一部の実施形態では、標的化リガンドに連結されたタンパク質：タンパク質結合ペアの第一および第二のメンバーに結合された、本明細書に記載される改変ウイルスカプシドタンパク質を含むウイルスカプシドは、対照ウイルスカプシドの形質導入効率よりも少なくとも５０倍高い形質導入効率を示す。一部の実施形態では、標的化リガンドに連結されたタンパク質：タンパク質結合ペアの第一および第二のメンバーに結合された、本明細書に記載される改変ウイルスカプシドタンパク質を含むウイルスカプシドは、対照ウイルスカプシドの形質導入効率よりも少なくとも６０倍高い形質導入効率を示す。一部の実施形態では、標的化リガンドに連結されたタンパク質：タンパク質結合ペアの第一および第二のメンバーに結合された、本明細書に記載される改変ウイルスカプシドタンパク質を含むウイルスカプシドは、対照ウイルスカプシドの形質導入効率よりも少なくとも７０倍高い形質導入効率を示す。一部の実施形態では、標的化リガンドに連結されたタンパク質：タンパク質結合ペアの第一および第二のメンバーに結合された、本明細書に記載される改変ウイルスカプシドタンパク質を含むウイルスカプシドは、対照ウイルスカプシドの形質導入効率よりも少なくとも８０倍高い形質導入効率を示す。一部の実施形態では、標的化リガンドに連結されたタンパク質：タンパク質結合ペアの第一および第二のメンバーに結合された、本明細書に記載される改変ウイルスカプシドタンパク質を含むウイルスカプシドは、対照ウイルスカプシドの形質導入効率よりも少なくとも９０倍高い形質導入効率を示す。一部の実施形態では、標的化リガンドに連結されたタンパク質：タンパク質結合ペアの第一および第二のメンバーに結合された、本明細書に記載される改変ウイルスカプシドタンパク質を含むウイルスカプシドは、対照ウイルスカプシドの形質導入効率よりも少なくとも１００倍高い形質導入効率を示す。一部の実施形態では、非霊長類動物ＡＡＶ、リモートＡＡＶ、またはそれらの組み合わせのカプシドタンパク質のアミノ酸配列、ならびに任意でタンパク質：タンパク質結合ペアの第一および第二のメンバー（例えばこの場合において第二のメンバーは、標的化リガンドに動作可能に連結され、多特異性結合タンパク質などを含む）、を含むウイルスカプシドタンパク質を含む本発明のウイルス粒子は、適切な対照ウイルス粒子（例えば、非霊長類動物ＡＡＶ、リモートＡＡＶまたはそれらの組み合わせのカプシドタンパク質のアミノ酸配列を含むウイルスカプシドタンパク質の一部として、本発明のウイルスカプシド中の部分が含まれるＡＡＶ血清型のウイルスカプシドを含む）と比較して、ヒト患者から単離された血清中の既存抗体による中和をより上手く回避することがで
き、また任意で、タンパク質：タンパク質結合ペアの第一および第二のメンバーを含む（例えばこの場合において、第二のメンバーは、標的化リガンドに動作可能に連結され、多特異性結合タンパク質などを含む）。一部の実施形態では、非霊長類動物ＡＡＶ、リモートＡＡＶまたはそれらの組み合わせのカプシドタンパク質のアミノ酸配列を含むウイルスカプシドタンパク質を含む本発明のウイルス粒子は、適切な対照ウイルス粒子と比較して、中和（例えば、５０％以上の感染阻害）に、少なくとも２倍多い総ＩＶＩＧまたはＩｇＧを必要とする（例えば、本発明のウイルス粒子は、対照ウイルス粒子の少なくとも２倍のＩＣ５０値を有する）。
き、また任意で、タンパク質：タンパク質結合ペアの第一および第二のメンバーを含む（例えばこの場合において、第二のメンバーは、標的化リガンドに動作可能に連結され、多特異性結合タンパク質などを含む）。一部の実施形態では、非霊長類動物ＡＡＶ、リモートＡＡＶまたはそれらの組み合わせのカプシドタンパク質のアミノ酸配列を含むウイルスカプシドタンパク質を含む本発明のウイルス粒子は、適切な対照ウイルス粒子と比較して、中和（例えば、５０％以上の感染阻害）に、少なくとも２倍多い総ＩＶＩＧまたはＩｇＧを必要とする（例えば、本発明のウイルス粒子は、対照ウイルス粒子の少なくとも２倍のＩＣ５０値を有する）。
一部の実施形態では、非霊長類動物ＡＡＶ、リモートＡＡＶまたはそれらの組み合わせのカプシドタンパク質のアミノ酸配列を含むウイルスカプシドタンパク質を含む本発明のウイルス粒子は、適切な対照ウイルス粒子と比較して、中和（例えば、５０％以上の感染阻害）に、少なくとも３倍多い総ＩＶＩＧまたはＩｇＧを必要とする（例えば、本発明のウイルス粒子は、対照ウイルス粒子の少なくとも３倍のＩＣ５０値を有する）。一部の実施形態では、非霊長類動物ＡＡＶ、リモートＡＡＶまたはそれらの組み合わせのカプシドタンパク質のアミノ酸配列を含むウイルスカプシドタンパク質を含む本発明のウイルス粒子は、適切な対照ウイルス粒子と比較して、中和（例えば、５０％以上の感染阻害）に、少なくとも４倍多い総ＩＶＩＧまたはＩｇＧを必要とする（例えば、本発明のウイルス粒子は、対照ウイルス粒子の少なくとも４倍のＩＣ５０値を有する）。一部の実施形態では、非霊長類動物ＡＡＶ、リモートＡＡＶまたはそれらの組み合わせのカプシドタンパク質のアミノ酸配列を含むウイルスカプシドタンパク質を含む本発明のウイルス粒子は、適切な対照ウイルス粒子と比較して、中和（例えば、５０％以上の感染阻害）に、少なくとも５倍多い総ＩＶＩＧまたはＩｇＧを必要とする（例えば、本発明のウイルス粒子は、対照ウイルス粒子の少なくとも５倍のＩＣ５０値を有する）。一部の実施形態では、非霊長類動物ＡＡＶ、リモートＡＡＶまたはそれらの組み合わせのカプシドタンパク質のアミノ酸配列を含むウイルスカプシドタンパク質を含む本発明のウイルス粒子は、適切な対照ウイルス粒子と比較して、中和（例えば、５０％以上の感染阻害）に、少なくとも６倍多い総ＩＶＩＧまたはＩｇＧを必要とする（例えば、本発明のウイルス粒子は、対照ウイルス粒子の少なくとも６倍のＩＣ５０値を有する）。一部の実施形態では、非霊長類動物ＡＡＶ、リモートＡＡＶまたはそれらの組み合わせのカプシドタンパク質のアミノ酸配列を含むウイルスカプシドタンパク質を含む本発明のウイルス粒子は、適切な対照ウイルス粒子と比較して、中和（例えば、５０％以上の感染阻害）に、少なくとも７倍多い総ＩＶＩＧまたはＩｇＧを必要とする（例えば、本発明のウイルス粒子は、対照ウイルス粒子の少なくとも７倍のＩＣ５０値を有する）。一部の実施形態では、非霊長類動物ＡＡＶ、リモートＡＡＶまたはそれらの組み合わせのカプシドタンパク質のアミノ酸配列を含むウイルスカプシドタンパク質を含む本発明のウイルス粒子は、適切な対照ウイルス粒子と比較して、中和（例えば、５０％以上の感染阻害）に、少なくとも８倍多い総ＩＶＩＧまたはＩｇＧを必要とする（例えば、本発明のウイルス粒子は、対照ウイルス粒子の少なくとも８倍のＩＣ５０値を有する）。一部の実施形態では、非霊長類動物ＡＡＶ、リモートＡＡＶまたはそれらの組み合わせのカプシドタンパク質のアミノ酸配列を含むウイルスカプシドタンパク質を含む本発明のウイルス粒子は、適切な対照ウイルス粒子と比較して、中和（例えば、５０％以上の感染阻害）に、少なくとも９倍多い総ＩＶＩＧまたはＩｇＧを必要とする（例えば、本発明のウイルス粒子は、対照ウイルス粒子の少なくとも９倍のＩＣ５０値を有する）。一部の実施形態では、非霊長類動物ＡＡＶ、リモートＡＡＶまたはそれらの組み合わせのカプシドタンパク質のアミノ酸配列を含むウイルスカプシドタンパク質を含む本発明のウイルス粒子は、適切な対照ウイルス粒子と比較して、中和（例えば、５０％以上の感染阻害）に、少なくとも１０倍多い総ＩＶＩＧまたはＩｇＧを必要とする（例えば、本発明のウイルス粒子は、対照ウイルス粒子の少なくとも１０倍のＩＣ５０値を有する）。一部の実施形態では、非霊長類動物ＡＡＶ、リモートＡＡＶまたはそれらの組み合わせのカプシドタンパク質のアミノ酸配列を含むウイルスカプシドタンパク質を含む本発明のウイルス粒子は、適切な対照ウイルス粒子と比較して、中和（例えば、５０％以上の感染阻害）に、少なくとも２０倍多い総ＩＶＩＧまたはＩｇＧを必要とする（例えば、本発明のウイルス粒子は、対照ウイルス粒子の少なくとも２０倍のＩＣ５０値を有する）。一部の実施形態では、非霊長類動物ＡＡＶ、リモートＡＡＶまたはそれらの組み合わせのカプシドタンパク質のアミノ酸配列を含むウイルスカプシドタンパク質を含む本発明のウイルス粒子は、適切な対照ウイルス粒子と比較して、中和（例えば、５０％以上の感染阻害）に、少なくとも３０倍多い総ＩＶＩＧまたはＩｇＧを必要とする（例えば、本発明のウイルス粒子は、対照ウイルス粒子の少なくとも３０倍のＩＣ５０値を有する）。一部の実施形態では、非霊長類動物ＡＡＶ、リモートＡＡＶまたはそれらの組み合わせのカプシドタンパク質のアミノ酸配列を含むウイルスカプシドタンパク質を含む本発明のウイルス粒子は、適切な対照ウイルス粒子と比較して、中和（例えば、５０％以上の感染阻害）に、少なくとも４０倍多い総ＩＶＩＧまたはＩｇＧを必要とする（例えば、本発明のウイルス粒子は、対照ウイルス粒子の少なくとも４０倍のＩＣ５０値を有する）。一部の実施形態では、非霊長類動物ＡＡＶ、リモートＡＡＶまたはそれらの組み合わせのカプシドタンパク質のアミノ酸配列を含むウイルスカプシドタンパク質を含む本発明のウイルス粒子は、適切な対照ウイルス粒子と比較して、中和（例えば、５０％以上の感染阻害）に、少なくとも５０倍多い総ＩＶＩＧまたはＩｇＧを必要とする（例えば、本発明のウイルス粒子は、対照ウイルス粒子の少なくとも５０倍のＩＣ５０値を有する）。一部の実施形態では、非霊長類動物ＡＡＶ、リモートＡＡＶまたはそれらの組み合わせのカプシドタンパク質のアミノ酸配列を含むウイルスカプシドタンパク質を含む本発明のウイルス粒子は、適切な対照ウイルス粒子と比較して、中和（例えば、５０％以上の感染阻害）に、少なくとも６０倍多い総ＩＶＩＧまたはＩｇＧを必要とする（例えば、本発明のウイルス粒子は、対照ウイルス粒子の少なくとも６０倍のＩＣ５０値を有する）。一部の実施形態では、非霊長類動物ＡＡＶ、リモートＡＡＶまたはそれらの組み合わせのカプシドタンパク質のアミノ酸配列を含むウイルスカプシドタンパク質を含む本発明のウイルス粒子は、適切な対照ウイルス粒子と比較して、中和（例えば、５０％以上の感染阻害）に、少なくとも７０倍多い総ＩＶＩＧまたはＩｇＧを必要とする（例えば、本発明のウイルス粒子は、対照ウイルス粒子の少なくとも７０倍のＩＣ５０値を有する）。一部の実施形態では、非霊長類動物ＡＡＶ、リモートＡＡＶまたはそれらの組み合わせのカプシドタンパク質のアミノ酸配列を含むウイルスカプシドタンパク質を含む本発明のウイルス粒子は、適切な対照ウイルス粒子と比較して、中和（例えば、５０％以上の感染阻害）に、少なくとも８０倍多い総ＩＶＩＧまたはＩｇＧを必要とする（例えば、本発明のウイルス粒子は、対照ウイルス粒子の少なくとも８０倍のＩＣ５０値を有する）。一部の実施形態では、非霊長類動物ＡＡＶ、リモートＡＡＶまたはそれらの組み合わせのカプシドタンパク質のアミノ酸配列を含むウイルスカプシドタンパク質を含む本発明のウイルス粒子は、適切な対照ウイルス粒子と比較して、中和（例えば、５０％以上の感染阻害）に、少なくとも９０倍多い総ＩＶＩＧまたはＩｇＧを必要とする（例えば、本発明のウイルス粒子は、対照ウイルス粒子の少なくとも９０倍のＩＣ５０値を有する）。一部の実施形態では、非霊長類動物ＡＡＶ、リモートＡＡＶまたはそれらの組み合わせのカプシドタンパク質のアミノ酸配列を含むウイルスカプシドタンパク質を含む本発明のウイルス粒子は、適切な対照ウイルス粒子と比較して、中和（例えば、５０％以上の感染阻害）に、少なくとも１００倍多い総ＩＶＩＧまたはＩｇＧを必要とする（例えば、本発明のウイルス粒子は、対照ウイルス粒子の少なくとも１００倍のＩＣ５０値を有する）。一部の実施形態では、非霊長類動物ＡＡＶ、リモートＡＡＶ、またはそれらの組み合わせのカプシドタンパク質のアミノ酸配列を含むウイルスカプシドタンパク質を含む本発明のウイルス粒子は、少なくとも１００、１０，０００、２０，０００、３０，０００、４０，０００、５０，０００、またはそれ以上のヒトドナーからプールされたヒト血清Ｉｇとインキュベートされたとき、検出不能なＩＣ５０を有する。
標的化リガンド
本明細書に記載されるウイルス粒子は、標的化リガンドをさらに含んでもよい。
検出可能な標識を含む本発明の一部の実施形態では、標的化リガンドは、（ｉ）検出可能な標識に特異的に結合する抗体パラトープ、および（ｉｉ）（例えば精製用）ビーズの表面に結合され得る、または標的細胞により発現され得る、受容体に特異的に結合する第二の結合ドメイン、を含む、多特異性結合分子を含む。したがって、（ｉ）検出可能な標識に特異的に結合する抗体パラトープ、および（ｉｉ）受容体に特異的に結合する第二の結合ドメイン、を含む多特異性結合分子は、ウイルス粒子を標的とする。そのような「標的化」または「指導」は、野生型ウイルス粒子が生物体内の組織および／またはいくつかの器官内のいくつかの細胞を標的化し、検出可能な標識の挿入によって当該組織または当該器官の広範な標的化を低下または無効化し、生物体内の組織またはより特定の器官中のより特定の細胞への再標的化は多特異性結合分子で達成されるというシナリオを含み得る。そのような再標的化または再指導はまた、野生型ウイルス粒子が組織を標的化し、当該組織の標的化が、検出可能な標識の挿入によって低下して無効にされ、完全に異なる組織への再標的化は、多特異性結合分子で達成されるというシナリオも含み得る。本明細書に記載される抗体パラトープは概して、例えば重鎖および／または軽鎖可変ドメインのＣＤＲ３領域など、検出可能な標識を特異的に認識する相補性決定領域（ＣＤＲ）を最小限で含む。一部の実施形態では、多特異性結合分子は、検出可能な標識に特異的結合する抗体パラトープを含む抗体（またはその一部分）を含む。例えば多特異性結合分子は、単一ドメイン重鎖可変領域または単一ドメイン軽鎖可変領域を含んでもよく、この場合において当該単一ドメイン重鎖可変領域または単一ドメイン軽鎖可変領域は、検出可能な標識に特異的結合する抗体パラトープを含む。一部の実施形態では、多特異性結合分子は、Ｆｖ領域を含んでもよく、例えば、多特異性結合分子は、検出可能な標識に特異的結合する抗体パラトープを含む、ｓｃＦｖを含んでもよい。一部の実施形態では、本明細書に記載される多特異性結合分子は、ｃ－ｍｙｃ（配列番号４４）に特異的に結合する抗体パラトープを含む。
本発明の一つの実施形態は、本発明の改変ウイルスカプシドタンパク質を含む多量体構造である。多量体構造は、本明細書に記載される特異的結合ペアの第一のメンバーを含む、少なくとも５個、好ましくは少なくとも１０個、より好ましくは少なくとも３０個、最も好ましくは少なくとも６０個の改変ウイルスカプシドタンパク質を含む。それらは、普通のウイルスカプシド（空のウイルス粒子）、またはウイルス粒子（対象ヌクレオチドをカプシド封入しているカプシド）を形成することができる。ウイルスゲノムを含むウイルス粒子の形成は、本明細書に記載される改変ウイルスカプシドの使用に対し、非常に好ましい特性である。
本発明のさらなる実施形態は、少なくとも一つの改変ウイルスカプシドタンパク質および／またはそれをコードする核酸の使用、好ましくは、製造のための、および標的細胞への対象ヌクレオチドの移送における使用のための少なくとも一つの多量体構造（例えばウイルス粒子）の使用である。
使用および作製方法
本明細書に記載される改変ウイルスカプシドタンパク質のさらなる実施形態は、対象ヌクレオチド、例えば、レポーター遺伝子または治療遺伝子を標的細胞に送達するためのそれらの使用である。概して対象ヌクレオチドはトランスファープラスミドであってもよく、当該プラスミドは概して、レポーター遺伝子または治療遺伝子に隣接する５’および３’末端逆位配列（ＩＴＲ）を含み得る（ＡＡＶ粒子内に包含されるとき、ウイルス性または非ウイルス性プロモーターの制御下にあってもよい）。一つの実施形態では、対象ヌクレオチドは、５’から３’に向かって、５’ＩＴＲ、プロモーター、遺伝子（例えば、レポーター遺伝子および／または治療遺伝子）、および３’ＩＴＲを含むトランスファープラスミドである。
有用なプロモーターの非限定的な例としては、例えば、サイトメガロウイルス（ＣＭＶ）プロモーター、脾臓焦点形成ウイルス（ＳＦＦＶ）プロモーター、伸長因子１アルファ（ＥＦ１ａ）プロモーター（１．２ｋｂ ＥＦｌａプロモーター、または０．２ｋｂ ＥＦｌａプロモーター）、キメラＥＦ １ａ／ＩＦ４－プロモーター、およびホスホグリセリン酸キナーゼ（ＰＧＫ）プロモーターが挙げられる。内部エンハンサーはまた、対象遺伝子の発現を増加させるためにウイルス構築物中に存在し得る。例えば、ＣＭＶエンハンサー（Ｋａｒａｓｕｙａｍａ ｅｔ ａｌ．１９８９．Ｊ．Ｅｘｐ．Ｍｅｄ．１６９：１３（その全体が参照により本明細書に組み込まれる）を使用し得る。いくつかの実施形態では、ＣＭＶエンハンサーは、ニワトリβ－アクチンプロモーターと組み合わせて使用することができる。
多様なレポーター遺伝子（または検出可能部分）を、本明細書に記載される改変えウイルスカプシドタンパク質を含む多量体構造にカプシド封入することができる。例示的なレポーター遺伝子には、例えば、β‐ガラクトシダーゼ（ｌａｃＺ遺伝子がコード）、緑色蛍光タンパク質（ＧＦＰ）、強化型緑色蛍光タンパク質（ｅＧＦＰ）、ＭｍＧＦＰ、青色蛍光タンパク質（ＢＦＰ）、強化型青色蛍光タンパク質（ｅＢＦＰ）、ｍＰｌｕｍ、ｍＣｈｅｒｒｙ、ｔｄＴｏｍａｔｏ、ｍＳｔｒａｗｂｅｒｒｙ、Ｊ－Ｒｅｄ、ＤｓＲｅｄ、ｍＯｒａｎｇｅ、ｍＫＯ、ｍＣｉｔｒｉｎｅ、Ｖｅｎｕｓ、ＹＰｅｔ、黄色蛍光タンパク質（ＹＦＰ）、強化型黄色蛍光タンパク質（ｅＹＦＰ）、Ｅｍｅｒａｌｄ、ＣｙＰｅｔ、シアン蛍光タンパク質（ＣＦＰ）、Ｃｅｒｕｌｅａｎ、Ｔ－Ｓａｐｐｈｉｒｅ、ルシフェラーゼ、アルカリホスファターゼ、またはこれらの組み合わせが含まれる。本明細書に記載の方法は、緑色蛍光タンパク質をコードするレポーター遺伝子の使用を採用する標的化粒子の構築を実証する。しかし本開示の閲読時に当業者であれば、本明細書に記載のウイルスカプシドは、レポーター遺伝子の非存在下で作製され得ること、または当分野で公知の任意のレポーター遺伝子を用いて作製され得ることを理解するであろう。
多様な治療遺伝子は、例えばトランスファー粒子の一部として、本明細書に記載の改変ウイルスカプシドタンパク質を含む多量体構造にカプシド封入されることもできる。治療遺伝子の非限定的な例としては、毒素（例えば、自殺遺伝子）、治療抗体またはその断片、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ系またはその一部分（複数可）、アンチセンスＲＮＡ、ｓｉＲＮＡ、ｓｈＲＮＡなどをコードするものが挙げられる。
本発明のさらなる実施形態は、改変カプシドタンパク質の調製のためのプロセスであり、当該方法は、
ａ）好適な条件下で改変カプシドタンパク質をコードする核酸を発現させる工程、および
ｂ）工程ａ）の発現カプシドタンパク質を単離する工程、を含む。
ａ）好適な条件下で改変カプシドタンパク質をコードする核酸を発現させる工程、および
ｂ）工程ａ）の発現カプシドタンパク質を単離する工程、を含む。
一部の実施形態では、本明細書に記載のウイルス粒子は、モザイクカプシドを含み、例えば当該モザイクカプシドは、参照カプシドタンパク質との特定の比率で、本明細書に記載されるように（標的化リガンドとの共有結合の存在下または非存在下で）遺伝子改変されたカプシドタンパク質を含む。こうしたモザイクウイルス粒子を作製するための方法は、
ａ）好適な条件下で、改変カプシドタンパク質をコードする核酸と、参照カプシドタンパク質をコードするヌクレオチドを、少なくとも約６０：１～１：６０、例えば２：１、１：１、３：５、１：２、１：３などの比率（ｗｔ／ｗｔ）で発現すること、
ｂ）工程ａ）の発現カプシドタンパク質を単離する工程、を含む。
ａ）好適な条件下で、改変カプシドタンパク質をコードする核酸と、参照カプシドタンパク質をコードするヌクレオチドを、少なくとも約６０：１～１：６０、例えば２：１、１：１、３：５、１：２、１：３などの比率（ｗｔ／ｗｔ）で発現すること、
ｂ）工程ａ）の発現カプシドタンパク質を単離する工程、を含む。
一部の実施形態では、本明細書に記載の組成物は、少なくとも約１：６０～約６０：１、例えば２：１、１：１、３：５、１：２、１：３などの範囲の比率で、改変ｃａｐ遺伝子：参照ｃａｐ遺伝子（または参照ｃａｐ遺伝子の組み合わせ）を含み、または本明細書に記載の方法は、混合する。一部の実施形態では、比率は、少なくとも約１：２である。一部の実施形態では、比率は、少なくとも約１：３である。一部の実施形態では、比率は、少なくとも約１：４である。一部の実施形態では、比率は、少なくとも約１：５である。一部の実施形態では、比率は、少なくとも約１：６である。一部の実施形態では、比率は、少なくとも約１：７である。一部の実施形態では、比率は、少なくとも約１：８である。一部の実施形態では、比率は、少なくとも約１：９である。一部の実施形態では、比率は、少なくとも約１：１０である。一部の実施形態では、比率は、少なくとも約１：１１である。一部の実施形態では、比率は、少なくとも約１：１２である。一部の実施形態では、比率は、少なくとも約１：１３である。一部の実施形態では、比率は、少なくとも約１：１４である。一部の実施形態では、比率は、少なくとも約１：１５である。一部の実施形態では、比率は、少なくとも約１：１６である。一部の実施形態では、比率は、少なくとも約１：１７である。一部の実施形態では、比率は、少なくとも約１：１８である。一部の実施形態では、比率は、少なくとも約１：１９である。一部の実施形態では、比率は、少なくとも約１：２０である。一部の実施形態では、比率は、少なくとも約１：２５である。一部の実施形態では、比率は、少なくとも約１：３０である。一部の実施形態では、比率は、少なくとも約１：３５である。一部の実施形態では、比率は、少なくとも約１：４０である。一部の実施形態では、比率は、少なくとも約１：４５である。一部の実施形態では、比率は、少なくとも約１：５０である。一部の実施形態では、比率は、少なくとも約１：５５である。一部の実施形態では、比率は、少なくとも約１：６０である。一部の実施形態では、比率は、少なくとも約２：１である。一部の実施形態では、比率は、少なくとも約３：１である。一部の実施形態では、比率は、少なくとも約４：１である。一部の実施形態では、比率は、少なくとも約５：１である。一部の実施形態では、比率は、少なくとも約６：１である。一部の実施形態では、比率は、少なくとも約７：１である。一部の実施形態では、比率は、少なくとも約８：１である。一部の実施形態では、比率は、少なくとも約９：１である。一部の実施形態では、比率は、少なくとも約１０：１である。一部の実施形態では、比率は、少なくとも約１１：１である。一部の実施形態では、比率は、少なくとも約１２：１である。一部の実施形態では、比率は、少なくとも約１３：１である。一部の実施形態では、比率は、少なくとも約１４：１である。一部の実施形態では、比率は、少なくとも約１５：１である。一部の実施形態では、比率は、少なくとも約１６：１である。一部の実施形態では、比率は、少なくとも約１７：１である。一部の実施形態では、比率は、少なくとも約１８：１である。一部の実施形態では、比率は、少なくとも約１９：１である。一部の実施形態では、比率は、少なくとも約２０：１である。一部の実施形態では、比率は、少なくとも約２５：１である。一部の実施形態では、比率は、少なくとも約３０：１である。一部の実施形態では、比率は、少なくとも約３５：１である。一部の実施形態では、比率は、少なくとも約４０：１である。一部の実施形態では、比率は、少なくとも約４５：１である。一部の実施形態では、比率は、少なくとも約５０：１である。一部の実施形態では、比率は、少なくとも約５５：１である。一部の実施形態では、比率は、少なくとも約６０：１である。
一部の実施形態では、モザイクウイルス粒子中のＶＰタンパク質サブユニットの比率は、必ずではないが、改変ｃａｐ遺伝子：参照ｃａｐ遺伝子の比率を化学量論的に反映する。非限定的な例示的実施形態として、本方法に従って形成されたモザイクカプシドは、必ずではないが、モザイクカプシドを作製するために使用されるものと同じものをコードする核酸の比率（ｗｔ：ｗｔ）と同様の改変カプシドタンパク質：参照カプシドタンパク質の比率をみなされ得る。一部の実施形態では、モザイクカプシドは、約１：５９～約５９：１のタンパク質サブユニットの比率を含む。
本発明のさらなる実施形態は、ウイルスの指向性を変更させる方法であり、当該方法は、（ａ）アミノ酸配列をコードする核酸を、ウイルスカプシドタンパク質をコードする核酸配列に挿入して、当該アミノ酸配列を含む遺伝子改変カプシドタンパク質をコードするヌクレオチド配列を形成する工程、および／または（ｂ）ウイルス粒子の生成に充分な条件下でパッケージング細胞を培養する工程であって、この場合において当該パッケージング細胞は、当該核酸を含む、工程、を含む。本発明のさらなる実施形態は、カプシドタンパク質の表面上に標的化リガンドを提示させる方法であり、当該方法は、（ａ）好適な条件下で、本明細書に記載される改変ウイルスカプシドタンパク質をコードする核酸を（任意で参照カプシドタンパク質をコードするヌクレオチドとともに）発現させる工程であって、当該核酸は、特異的結合ペアの第一のメンバーを含むカプシドタンパク質をコードする、工程、（ｂ）工程（ａ）の特異的結合ペアの第一のメンバーを含む発現カプシドタンパク質、またはこれを含むカプシドを単離する工程、および（ｃ）第一のメンバーと第二のメンバーの間のイソペプチド結合の形成が可能となる好適な条件下で、特異的結合ペアの第二の同族メンバーと、当該カプシドタンパク質またはカプシドをインキュベートする工程であって、当該特異的結合ペアの第二の同族メンバーは、標的化リガンドに融合されている、工程、を含む。
一部の実施形態では、パッケージング細胞は、ヘルパープラスミドおよび／または対象ヌクレオチドを含むトランスファープラスミドをさらに含む。一部の実施形態では、方法はさらに、培養上清から、自己補完的アデノ随伴ウイルス粒子を単離することを含む。一部の実施形態では、方法は、パッケージング細胞を溶解すること、および一本鎖アデノ随伴ウイルス粒子を細胞溶解物から単離することをさらに含む。一部の実施形態では、方法は、（ａ）細胞残渣を除去すること、（ｂ）例えばＤＮａｓｅＩおよびＭｇＣｌ２などのヌクレアーゼを用いてウイルス粒子を含有する上清を処置すること、（ｃ）ウイルス粒子を濃縮すること、（ｄ）ウイルス粒子を精製すること、および（ｅ）（ａ）～（ｄ）の任意の組み合わせをさらに含む。
本明細書に記載のウイルス粒子の生成に有用なパッケージング細胞としては、例えば、ウイルスに対して許容状態の動物細胞、もしくはウイルスに対して許容状態になるように改変された細胞、または例えば、リン酸カルシウムなどの形質転換剤を使用したパッケージング細胞構築物が挙げられる。本明細書に記載のウイルス粒子の生成に有用なパッケージング細胞株の非限定的な例としては、例えば、ヒト胚腎臓２９３（ＨＥＫ－２９３）細胞（例えば、アメリカ合衆国培養細胞系統保存機関［ＡＴＣＣ］番号ＣＲＬ－１５７３）、ＳＶ４０ Ｌａｒｇｅ Ｔ－抗原を含有するＨＥＫ－２９３細胞（ＨＥＫ－２９３Ｔまたは２９３Ｔ）、ＨＥＫ２９３Ｔ／１７細胞、ヒト肉腫細胞株ＨＴ－１０８０（ＣＣＬ－１２１）、リンパ芽球様細胞株ラージー（ＣＣＬ－８６）、上皮神経膠芽腫－星状細胞腫様細胞株Ｕ８７－ＭＧ（ＨＴＢ－１４）、Ｔ－リンパ腫細胞株ＨｕＴ７８（ＴＩＢ－１６１）、ＮＩＨ／３Ｔ３細胞、チャイニーズハムスター卵巣細胞（ＣＨＯ）（例えば、ＡＴＣＣ番号ＣＲＬ９６１８、ＣＣＬ６１、ＣＲＬ９０９６）、ＨｅＬａ細胞（例えば、ＡＴＣＣ番号ＣＣＬ－２）、Ｖｅｒｏ細胞、ＮＩＨ ３Ｔ３細胞（例えば、ＡＴＣＣ番号ＣＲＬ－１６５８）、Ｈｕｈ－７細胞、ＢＨＫ細胞（例えば、ＡＴＣＣ番号ＣＣＬ１０）、ＰＣ１２細胞（ＡＴＣＣ番号ＣＲＬ１７２１）、ＣＯＳ細胞、ＣＯＳ－７細胞（ＡＴＣＣ番号ＣＲＬ１６５１）、ＲＡＴＩ細胞、マウスＬ細胞（ＡＴＣＣ番号ＣＣＬＩ．３）、ＨＬＨｅｐＧ２細胞、ＣＡＰ細胞、ＣＡＰ－Ｔ細胞などが挙げられる。
Ｌ９２９細胞、Ｃｏｓｓｅｔ ｅｔ ａｌ（１９９５）Ｊ Ｖｉｒｏｌ ６９，７４３０－７４３６に概説されているＦＬＹウイルスパッケージング細胞系、ＮＳ０（マウス骨髄腫）細胞、ヒト羊膜細胞（例えば、ＣＡＰ、ＣＡＰ－Ｔ）、酵母細胞（Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ、Ｐｉｃｈｉａ ｐａｓｔｏｒｉｓを含むがこれらに限定されない）、植物細胞（タバコＮＴｌ、ＢＹ－２を含むがこれらに限定されない）、昆虫細胞（ＳＦ９、Ｓ２、ＳＦ２１、Ｔｎｉ（例えば、Ｈｉｇｈ５）を含むがこれらに限定されない）、または細菌細胞（（Ｅ．ｃｏｌｉを含むがこれに限定されない）。
さらなるパッケージング細胞およびシステム、核酸ゲノムを偽型ウイルス粒子にパッケージングするためのパッケージング技術および粒子については、例えば、Ｐｏｌｏ，ｅｔ ａｌ，Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ ＵＳＡ，（１９９９）９６：４５９８－４６０３を参照されたい。パッケージングの方法は、ウイルス構成要素を永久的に発現するパッケージング細胞を使用すること、またはプラスミドを用いて細胞を一過性にトランスフェクトすることを含む。
さらなる実施形態には、ウイルスを再指導する方法、および／またはレポーターもしくは治療遺伝子を標的細胞に送達する方法が含まれ、当該方法は、細胞をインビトロ（例えば生体外）またはインビボで形質導入するための方法を含み、当該方法は、本明細書に記載のカプシドを含むウイルス粒子と標的細胞を接触させる工程を含み、この場合において当該カプシドは、標的細胞によって発現される受容体に特異的に結合する標的化リガンドを含む。一部の実施形態では、標的細胞は、インビトロ（生体外）にある。他の実施形態では、標的細胞は、対象、例えばヒトにおいて、インビボにある。
標的細胞
本明細書に開示される改変ウイルス粒子を使用して、対象ヌクレオチドを送達するために、多種多様な細胞を標的化してもよい。標的細胞は、概して、対象ヌクレオチドおよび所望の効果に基づいて選択されるであろう。
いくつかの実施形態では、対象ヌクレオチドを送達して、酵素欠損症、またはＸ連結されている重症複合免疫不全などの免疫欠損症などの生物体の欠損を埋め合わせるタンパク質を、標的細胞が産生することを可能にすることができる。したがって、いくつかの実施形態では、通常は動物中でタンパク質を産生するであろう細胞が標的化される。他の実施形態では、タンパク質が最も有益である領域内の細胞が標的化される。
他の実施形態では、ｓｉＲＮＡをコードする遺伝子などの対象ヌクレオチドは、標的細胞中の特定の遺伝子の発現を阻害することができる。対象ヌクレオチドは、例えば、病原体ライフサイクルに関与する遺伝子の発現を阻害し得る。したがって、病原体から感染しやすいか、あるいは病原体に感染した細胞が標的化され得る。他の実施形態では、対象ヌクレオチドは、標的細胞中の毒素の産生を担う遺伝子の発現を阻害し得る。
他の実施形態では、対象ヌクレオチドは、毒性タンパク質を発現する細胞を殺傷する毒性タンパク質をコードし得る。この場合、腫瘍細胞または他の不要な細胞が標的化され得る。
さらに他の実施形態では、治療用タンパク質をコードする対象ヌクレオチド。
対象ヌクレオチドの発現が望ましい標的細胞の特定の集団が同定されると、その標的細胞の集団上で特異的に発現される標的受容体が選択される。標的受容体は、細胞の集団に対してのみか、または他の細胞の集団に対するよりもその細胞の集団に対してより高い程度に発現され得る。発現が特異的であるほど、標的細胞に対してより特異的に送達が指導され得る。文脈に応じて、マーカーの（およびしたがって、遺伝子送達の）特異性の所望の量は変化し得る。例えば、毒性遺伝子を導入するために、非標的細胞の殺傷を回避するように高い特異性が最も好ましい。採取用のタンパク質の発現、または包括的な影響が望ましい分泌生成物の発現のために、より低いマーカー特異性が必要とされる場合がある。
上記に考察されるように、標的受容体は、標的化リガンドを同定または作成することができる任意の受容体であり得る。好ましくは、標的受容体は、受容体などのペプチドまたはポリペプチドである。しかしながら、他の実施形態では、標的受容体は、結合パートナーによって認識され得る炭水化物または他の分子であり得る。標的受容体の結合パートナー、例えば、リガンドが公知である場合、リガンドをアフィニティ分子として使用してもよい。しかしながら、結合分子が不明である場合、標準的な手順を使用して標的受容体に対する抗体を生成することができる。次に、抗体を標的化リガンドとして使用することができる。
したがって標的細胞は、例えば、（１）用途（例えば、治療、収集されるタンパク質の発現、および疾患抵抗性の付与）、および（２）所望の量の特異性を有するマーカーの発現、を含む多様な因子に基づいて選択され得る。
標的細胞は、いかなる方法でも限定されず、生殖系細胞および細胞株、ならびに体細胞および細胞株の両方を含む。標的細胞は、いずれかの起源に由来する幹細胞であり得る。標的細胞が生殖系細胞であるとき、標的細胞は、好ましくは、単細胞胚および胚幹細胞（ＥＳ）からなる群から選択される。
医薬組成物、剤形、および投与
さらなる実施形態は、少なくとも一つの改変ウイルスカプシドタンパク質、および本発明による適切な標的化リガンド、ならびに／または本発明による核酸を含む、医薬品を提供する。好ましくは、そのような医薬品は、遺伝子導入粒子として有用である。
本明細書に記載のウイルス粒子、および薬学的に許容可能な担体および／または賦形剤を含む医薬組成物も本明細書に開示する。追加的に、本明細書に記載のウイルス粒子を含む医薬剤形を本明細書に開示する。
本明細書で考察されるように、本明細書に記載のウイルス粒子は、様々な治療用途（生体内および生体外で）のために、また研究ツールとして使用することができる。
本明細書に開示されるウイルス粒子に基づく医薬組成物は、一つ以上の生理学的に許容可能な担体および／または賦形剤を使用して、任意の従来的な方法で製剤化され得る。ウイルス粒子は、投与するために、例えば、注射、吸入、もしくは単離によって（口もしくは鼻のいずれかを通して）、または経口、口腔内、非経口、もしくは直腸内投与によって、または腫瘍に直接投与することによって処方され得る。
医薬組成物は、全身投与、局所投与、または局在化投与を含む、多様な投与モード用に製剤化され得る。技法および製剤は、例えば、Ｒｅｍｒｎｉｎｇｔｏｎ’ｓ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ，Ｍｅａｄｅ Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ Ｃｏ．，Ｅａｓｔｏｎ，Ｐａに見ることができる。全身投与については、筋肉内、静脈内、腹腔内、および皮下を含む、注射が好ましい。注射のために、医薬組成物は、好ましくは、ハンク溶液またはリンガー溶液などの生理学的に適合性のある緩衝液で、液体溶液中に製剤化され得る。加えて、医薬組成物は、固体形態で製剤化され得、使用直前に再溶解または懸濁され得る。医薬組成物の凍結乾燥形態も好適である。
経口投与のために、医薬組成物は、結合剤（例えば、アルファ―化トウモロコシデンプン、ポリビニルピロリドン、またはヒドロキシプロピルメチルセルロース）、充填剤（例えば、ラクトース、微晶質セルロース、またはリン酸水素カルシウム）、潤滑剤（例えば、ステアリン酸マグネシウム、タルク、またはシリカ）、崩壊剤（例えば、ジャガイモデンプンまたはデンプングリコール酸ナトリウム）、または湿潤剤（例えば、ラウリル硫酸ナトリウム）などの薬学的に許容可能な賦形剤と共に従来的な手段によって調製される、例えば、錠剤またはカプセルの形態をとることができる。錠剤はまた、当該技術分野で周知の方法によってコーティングされ得る。経口投与のための液体調製物は、例えば、溶液、シロップ、または懸濁液の形態をとり得るか、あるいは使用前に水または他の好適な媒体を含む構成を用いる乾燥生成物として提示され得る。かかる液体調製物は、懸濁剤（例えば、ソルビトールシロップ、セルロース誘導体、または水素化食用脂）、乳化剤（例えば、レシチンまたはアカシア）、非水性媒体（例えば、油、油性エステル、エチルアルコール、または分画植物油）、および防腐剤（例えば、メチルまたはプロピル－ｐ－ヒドロキシ安息香酸またはソルビン酸）などの薬学的に許容可能な添加剤を用いる従来的な手段によって調製され得る。調製物はまた、必要に応じて、緩衝塩、香味剤、着色剤、および甘味剤を含有してもよい。
医薬組成物は、注射によって、例えば、ボーラス注射または連続点滴によって、非経口投与用に製剤化することができる。注射用の製剤は、任意選択的に防腐剤を添加して、例えば、アンプルまたは多用量容器内で単位剤形で提示することができる。医薬組成物は、油性媒体または水性媒体中に懸濁液、溶液、または乳濁液としてさらに製剤化することができ、懸濁剤、安定化剤、および／または分散剤を含む、他の薬剤を含有し得る。
加えて、医薬組成物は、デポ剤として製剤化することもできる。これらの長時間作用する製剤は、移植（例えば、皮下または筋肉内）または筋肉内注射によって投与することができる。したがって、例えば、化合物は、好適な高分子もしくは疎水性材料（例えば、許容可能な油中の乳濁液として）またはイオン交換樹脂と共に、あるいは難溶性誘導体として、例えば、難溶性塩として製剤化され得る。他の好適な送達系としては、長期間にわたる薬物の局所的な非浸潤性送達の可能性を提供するマイクロスフェアが挙げられる。この技術は、炎症または虚血を引き起こすことなく、冠動脈カテーテルを介して器官の任意の選択される部分に注射することができる前毛細血管サイズを有する、マイクロスフェアを含み得る。投与された治療薬は、マイクロスフェアから徐々に放出され、選択される組織中に存在する周囲細胞によって吸収される。
全身投与は、経粘膜的手段または経皮的手段によっても可能である。経粘膜的投与または経皮的投与については、浸透するバリアに対して適切な浸透剤が製剤中に使用される。かかる浸透剤は、概して、当該技術分野で既知であり、例えば経粘膜的投与用に、胆汁酸塩およびフシジン酸誘導体が挙げられる。加えて、洗剤を使用して浸透を促進してもよい。経粘膜的投与は、鼻腔内噴霧または座薬を使用して行ってもよい。局所投与のために、本明細書に記載のウイルス粒子は、当該技術分野で一般に知られている、軟膏、膏薬、ゲル、またはクリームに製剤化することができる。治癒を加速させるために、洗浄溶液を局所的に使用して損傷または炎症を治療することもできる。
注射可能な使用に好適な医薬品形態としては、滅菌水溶液または分散液；ゴマ油、ピーナッツ油、または水性プロピレングリコールを含む製剤；滅菌注射溶溶液または分散液の即時調製のための滅菌粉末を挙げることができる。すべての場合において、医薬品形態は、滅菌される必要があり、かつ流体である必要がある。また、製造条件およびある特定の保存パラメータ（例えば、冷却および凍結）の条件下で安定している必要があり、細菌および真菌などの微生物の汚染作用に対して保存される必要がある。
本明細書に開示される製剤が対象における免疫応答を促進する治療剤として使用される場合、治療剤は、中性または塩形態の組成物に製剤化され得る。薬学的に許容可能な塩には、酸付加塩（タンパク質の遊離アミノ基で形成される）であって、例えば、塩酸もしくはリン酸などの無機酸、または酢酸、シュウ酸、酒石酸、マンデル酸などの有機酸などで形成される、酸付加塩が含まれる。遊離カルボキシル基で形成される塩は、例えば、ナトリウム、カリウム、アンモニウム、カルシウム、または水酸化第二鉄などの無機塩基、ならびにイソプロピルアミン、トリメチルアミン、ヒスチジン、プロカインなどの有機塩基などにも由来し得る。
担体はまた、例えば、水、エタノール、ポリオール（例えば、グリセロール、プロピレングリコール、および液体ポリエチレングリコールなど）、それらの好適な混合物、および植物油を含有する溶媒または分散媒体であり得る。適切な流動性は、例えば、レシチンなどの被覆の使用によって、分散の場合は必要な粒子径の維持によって、かつ界面活性剤の使用の場合によって維持することができる。微生物の活動の防止は、当該技術分野で既知の様々な抗細菌剤および抗真菌剤によってもたらされ得る。多くの場合、等張剤、例えば、糖または塩化ナトリウムを含むことが好ましいであろう。注射可能な組成物の長期間の吸収は、吸収を遅らせる薬剤の組成物、例えば、アルミニウムモノステアリン酸およびゼラチン使用によってもたらされ得る。
滅菌注射可能な溶液は、必要に応じて、上記に列挙されている様々な他の成分を用いて、活性化合物または構築物を適切な溶媒中に必要な量で組み込むことによって調製することができ、その後に濾過滅菌を行う。
処方の際、溶液は、投与製剤と適合する様式で、および療上有効な量で投与され得る。製剤は、上記に記載の注射可能な溶液のタイプなど、多様な剤形で容易に投与されるが、徐放性カプセルまたはマイクロ粒子およびマイクロスフェアなども用いることができる。
水溶液中での非経口投与のために、例えば、必要に応じて溶液を好適に緩衝化し、最初に液体希釈剤を十分な生理食塩水またはグルコースと等張させるべきである。これらの特定の水溶液は、静脈内、腫瘍内、筋肉内、皮下、および腹腔内投与に特に好適である。この文脈では、用いることができる滅菌水性媒体は、本開示に照らして当業者には分かるであろう。例えば、１ｍｌの等張性ＮＡｃｌ溶液中に１回分の用量を溶解し、１０００ｍｌの皮下注入流体に添加するか、または提案される点滴部位に注射することができる。
投与に責任を有する人物は、いずれの場合でも、個々の対象に対する適切な用量を決定するであろう。例えば、対象は、病原性微生物に対する、または対象の条件（例えば、癌）に対する必要性もしくは曝露に応じて、ある期間の間毎日もしくは毎週、または月１回、年２回、もしくは年１回、本明細書に記載のウイルス粒子を投与され得る。
静脈内、腫瘍内、皮下、または筋肉内注射などの非経口投与のために製剤化される化合物に加えて、他の薬学的に許容可能な形態には、例えば、経口投与のための錠剤または他の固体、リポソーム製剤、徐放性カプセル、生分解性形態、および現在使用されている任意の他の形態が含まれる。
また、鼻腔内もしくは吸入可能な溶液もしくは噴霧、エアロゾル、または吸入剤も使用し得る。鼻腔溶液は、ドロップまたは噴霧中の鼻腔通路に投与するように設計された水溶液であり得る。鼻腔溶液は、鼻の分泌に多くの点で類似しているように調製され得る。したがって、水性の鼻腔溶液は、通常、等張性であり、わずかに緩衝化されて、ｐＨ５．５～７．５を維持する。加えて、必要に応じて、眼科調製物および適切な薬物安定剤に使用されるものと類似した抗菌防腐剤を製剤に含めることができる。様々な市販の鼻腔調製物が知られており、例えば、抗生物質および抗ヒスタミン剤を含むことができ、喘息予防のために使用される。
経口製剤は、例えば、医薬品グレードのマンニトール、ラクトース、デンプン、ステアリン酸マグネシウム、サッカリンナトリウム、セルロース、炭酸マグネシウムとしての賦形剤を含み得る。これらの組成物は、溶液、懸濁液、錠剤、ピル、カプセル、徐放性製剤、または粉末の形態をとる。特定の定義された実施形態では、経口医薬組成物は、不活性希釈剤または同化可能な食用担体を含むか、または硬質もしくは軟質のシェルゼラチンカプセルで囲まれ得るか、または錠剤に圧縮され得るか、または食事の食品により直接組み込まれ得る。経口治療投与のために、活性化合物は、賦形剤により組み込まれ得、摂取性錠剤、バッカル錠、トローチ、カプセル、エリキシル剤、懸濁液、シロップ、ウエハなどの形態で使用され得る。
錠剤、トローチ、ピル、カプセルなどはまた、以下：トラガントゴム、アカシア、コーンスターチ、またはゼラチンとしての結合剤、リン酸二カルシウムなどの賦形剤、コーンスターチ、ジャガイモデンプン、アルギン酸などの崩壊剤、ステアリン酸マグネシウムなどの潤滑剤、およびスクロース、ラクトース、もしくはサッカリンなどの甘味剤、またはハッカ油、イチャクソウの油、もしくはチェリー香味料などの香味剤を含有し得る。投薬単位形態がカプセルである場合、上記のタイプの材料に加えて、液体担体が含有され得る。様々な他の材料が被覆として、または別様に、投薬単位の物理的形態を変更するために存在し得る。例えば、錠剤、ピル、またはカプセルは、シェラック、糖、またはそれらの両方で被覆され得る。エリキシル剤のシロップは、甘味剤としてのスクロース、防腐剤としてのメチルおよびプロピルパラベン、染料、ならびにチェリーまたはオレンジ風味などの香味剤を含有し得る。
本明細書に開示されるさらなる実施形態は、方法および組成物と併用するためのキットに関する場合がある。キットはまた、好適な容器、例えば、バイアル、チューブ、ミニチューブもしくはマイクロチューブ、試験管、フラスコ、ボトル、シリンジ、または他の容器も含み得る。追加の構成要素または薬剤が提供されるとき、キットは、この薬剤または構成要素が配置され得る一つ以上の追加の容器を収容し得る。本明細書のキットはまた、典型的には、ウイルス粒子および市販のための密封閉じ込めにおける任意の他の試薬容器を含む手段を含むであろう。かかる容器としては、所望のバイアルが保持される注射器またはブロー成形プラスチック容器を挙げることができる。任意選択的に、記載の組成物には、例えば、抗炎症剤、抗ウイルス剤、抗真菌もしくは抗細菌剤、または抗腫瘍剤などの一つ以上の追加の活性剤が必要な場合がある。
本明細書に開示の組成物は、当該技術分野で既知の任意の手段によって投与され得る。例えば、組成物は、静脈内、腫瘍内、皮内、動脈内、腹腔内、病巣内、頭蓋内、関節内、前立腺内、胸膜内、気管内、鼻腔内、硝子体内、腟内、直腸内、局所的（ｔｏｐｉｃａｌｌｙ）、腫瘍内、筋肉内、髄腔内、皮下、結膜下、小胞内、粘膜、心膜内、臍下、眼球内、経口的、局所的（ｌｏｃａｌｌｙ）に、吸入、注射、点滴、連続点滴、局所的灌流によって、カテーテル、洗浄を介して、クリーム中で、または脂質組成物中で、対象に投与することを含み得る。
当業者に知られている任意の方法は、本明細書に記載のウイルス粒子、パッケージング細胞、および粒子構築物の大規模生成に使用され得る。例えば、マスターシードおよびワーキングシード在庫は、必要条件を満たした初代ＣＥＦにおいてＧＭＰ条件下で、または他の方法によって調製され得る。パッケージング細胞は、大きな表面積のフラスコにプレーティングして、ほぼ合流点まで成長させ、ウイルス粒子を精製し得る。細胞を収穫し、単離および精製された培養培地中にウイルス粒子を放出し得るか、または機械的破損によって細胞内ウイルス粒子を放出することができる（細胞残渣は、大孔深度濾過およびエンドヌクレアーゼで消化された宿主細胞ＤＮＡによって除去することができる）。ウイルス粒子を、その後精製し、接線流濾過によって濃縮し、その後透析濾過し得る。得られた濃縮バルクは、安定化剤を含有する緩衝液で希釈し、バイアルに充填し、凍結乾燥させることによって製剤化することができる。組成物および製剤は、後の使用のために保存されうる。使用のために、凍結乾燥ウイルス粒子を、希釈剤を添加することによって再構成することができる。
併用療法で使用されるある特定の追加の薬剤は、当技術分野で既知の任意の手段によって製剤化および投与することができる。
本明細書に開示の組成物は、アルミニウム塩および他の鉱物アジュバント、張力活性剤（ｔｅｎｓｏａｃｔｉｖｅ ａｇｅｎｔｓ）、細菌誘導体、媒体、およびサイトカインなどのアジュバントも含み得る。アジュバントはまた、拮抗免疫調節特性を有してもよい。例えば、アジュバントは、Ｔｈ１またはＴｈ２免疫性を刺激することができる。本明細書に開示の組成物および方法はまた、アジュバント療法を含み得る。
非限定的で例示的な実施形態を以下に列挙する。
実施形態１。
ＡＡＶカプシドを含むＡＡＶウイルス粒子であって、
当該ＡＡＶカプシドの少なくとも一つのＡＡＶカプシドタンパク質は、
非霊長類動物ＡＡＶのカプシドタンパク質、
リモートＡＡＶのカプシドタンパク質、および
それらの任意の組み合わせ、からなる群から選択されるカプシドタンパク質のアミノ酸配列の少なくとも一部を含み、および
当該ＡＡＶカプシドの少なくとも一つのＡＡＶカプシドタンパク質は、改変されて、
（ａ）少なくともタンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバー、
（ｂ）検出可能な標識、
（ｃ）点変異、
（ｄ）非霊長類動物ＡＡＶのカプシドタンパク質、リモートＡＡＶのカプシドタンパク質、またはそれらの組み合わせからなる群から選択されるカプシドタンパク質の当該アミノ酸配列に動作可能に連結された他のＡＡＶカプシドタンパク質のアミノ酸配列の一部を含むキメラアミノ酸配列、および
（ｅ）（ａ）、（ｂ）、（ｃ）、および（ｄ）の任意の組み合わせ、を含む、ＡＡＶウイルス粒子。
実施形態２。
ＡＡＶカプシドを含むＡＡＶウイルス粒子であって、
当該ＡＡＶカプシドの少なくとも一つのＡＡＶカプシドタンパク質は、非霊長類動物ＡＡＶのカプシドタンパク質のアミノ酸配列の少なくとも一部を含み、
当該ＡＡＶカプシドの少なくとも一つのＡＡＶカプシドタンパク質は、改変されて、
（ａ）少なくともタンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバー、
（ｂ）検出可能な標識、
（ｃ）点変異、
（ｄ）非霊長類動物ＡＡＶのカプシドの当該アミノ酸配列に動作可能に連結された他のＡＡＶカプシドタンパク質のアミノ酸配列の一部を含むキメラアミノ酸配列、および
（ｅ）（ａ）、（ｂ）、（ｃ）、および（ｄ）の任意の組み合わせ、を含む、ＡＡＶウイルス粒子。
実施形態３。
ＡＡＶカプシドを含むＡＡＶウイルス粒子であって、
当該ＡＡＶカプシドの少なくとも一つのＡＡＶカプシドタンパク質は、リモートＡＡＶのカプシドタンパク質のアミノ酸配列の少なくとも一部を含み、
当該ＡＡＶカプシドの少なくとも一つのＡＡＶカプシドタンパク質は、改変されて、
（ａ）少なくともタンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバー、
（ｂ）検出可能な標識、
（ｃ）点変異、
（ｄ）リモートＡＡＶのカプシドタンパク質の当該アミノ酸配列に動作可能に連結された他のＡＡＶカプシドタンパク質のアミノ酸配列の一部を含むキメラアミノ酸配列、および
（ｅ）（ａ）、（ｂ）、（ｃ）、および（ｄ）の任意の組み合わせ、を含む、ＡＡＶウイルス粒子。
実施形態４。
（ｉ）非霊長類動物ＡＡＶのカプシドタンパク質のアミノ酸配列、
（ｉｉ）リモートＡＡＶのカプシドタンパク質のアミノ酸配列、および
（ｉｉｉ）それらの組み合わせのアミノ酸配列、からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む少なくとも一つのＡＡＶカプシドタンパク質、ならびに
（Ｂ）対象ヌクレオチド、および他のＡＡＶのＩＴＲ配列の少なくとも一部を含むＡＡＶ ＩＴＲを含むＡＡＶゲノム、を含むＡＡＶウイルス粒子。
実施形態５。
（Ａ）非霊長類動物ＡＡＶのカプシドタンパク質のアミノ酸配列を含む少なくとも一つのＡＡＶカプシドタンパク質、および
（Ｂ）対象ヌクレオチド、および他のＡＡＶのＩＴＲ配列の少なくとも一部を含むＡＡＶ ＩＴＲを含むＡＡＶゲノム、を含むＡＡＶウイルス粒子。
実施形態６。
（Ａ）リモートＡＡＶのカプシドタンパク質のアミノ酸配列を含む少なくとも一つのＡＡＶカプシドタンパク質、および
（Ｂ）対象ヌクレオチド、および他のＡＡＶのＩＴＲ配列の少なくとも一部を含むＡＡＶ ＩＴＲを含むＡＡＶゲノム、を含むＡＡＶウイルス粒子。
実施形態７。
非霊長類動物ＡＡＶのカプシドタンパク質、リモートＡＡＶのカプシドタンパク質、またはそれらの組み合わせの当該アミノ酸配列が、改変されて、
（ａ）少なくともタンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバー、
（ｂ）検出可能な標識、
（ｃ）点変異、を含む、前述の実施形態のいずれかに記載のＡＡＶウイルス粒子。
実施形態８。
当該タンパク質：タンパク質結合ペアは、ＳｐｙＴａｇ：ＳｐｙＣａｔｃｈｅｒ、ＳｐｙＴａｇ：ＫＴａｇ、Ｉｓｏｐｅｐｔａｇ：ｐｉｌｉｎ Ｃ、ＳｎｏｏｐＴａｇ：ＳｎｏｏｐＣａｔｃｈｅｒ、およびＳｐｙＴａｇ００２：ＳｐｙＣａｔｃｈｅｒ００２から選択される、実施形態７に記載のＡＡＶ粒子。
実施形態９。
当該タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーは、配列番号４４として記載される配列を含むｃ－ｍｙｃを含む、実施形態７に記載のＡＡＶ粒子。
実施形態１０。
当該検出可能な標識が、ＩＧＴＲＹＬＴＲ（配列番号４５）のアミノ酸配列を含むＢ１エピトープを含む、上述の実施形態のいずれか一つに記載のＡＡＶ粒子。
実施形態１１。
当該非霊長類動物ＡＡＶのカプシドタンパク質、当該リモートＡＡＶのカプシドタンパク質、またはそれらの組み合わせの当該アミノ酸配列が、当該非霊長類動物ＡＡＶのＶＰ３カプシドタンパク質のアミノ酸配列および／または当該リモートＡＡＶのＶＰ３カプシドタンパク質のアミノ酸配列を含む、上述の実施形態のいずれか一つに記載のＡＡＶウイルス粒子。
実施形態１２。
当該非霊長類動物ＡＡＶのカプシドタンパク質、当該リモートＡＡＶのカプシドタンパク質、またはそれらの組み合わせの当該アミノ酸配列が、当該非霊長類動物ＡＡＶのＶＰ２カプシドタンパク質のアミノ酸配列および／または当該リモートＡＡＶのＶＰ２カプシドタンパク質のアミノ酸配列を含む、上述の実施形態のいずれか一つに記載のＡＡＶウイルス粒子。
実施形態１３。
当該非霊長類動物ＡＡＶのカプシドタンパク質、当該リモートＡＡＶのカプシドタンパク質、またはそれらの組み合わせの当該アミノ酸配列が、当該非霊長類動物ＡＡＶのＶＰ１カプシドタンパク質のアミノ酸配列および／または当該リモートＡＡＶのＶＰ１カプシドタンパク質のアミノ酸配列を含む、上述の実施形態のいずれか一つに記載のＡＡＶウイルス粒子。
実施形態１４。
当該粒子のカプシドが、
（ｉ）キメラＡＡＶ ＶＰ１カプシドタンパク質であって、任意でこの場合において当該キメラＶＰ１カプシドタンパク質は、当該非霊長類ＡＡＶまたは当該リモートＡＡＶのＶＰ１／ＶＰ２共通領域およびＶＰ３領域に動作可能に連結された他のＡＡＶのＶＰ１固有領域（ＶＰ１－ｕ）を含むもの、または
当該非霊長類ＡＡＶもしくは当該リモートＡＡＶのＶＰ１カプシドタンパク質、のいずれかであるＶＰ１カプシドタンパク質、
（ｉｉ）キメラＡＡＶ ＶＰ２カプシドタンパク質であって、任意でこの場合において当該キメラＶＰ２カプシドタンパク質は、当該非霊長類ＡＡＶまたは当該リモートＡＡＶのＶＰ３領域に動作可能に連結された他のＡＡＶのＶＰ１／ＶＰ２共通領域を含むもの、または
当該非霊長類ＡＡＶもしくは当該リモートＡＡＶのＶＰ２カプシドタンパク質、のいずれかであるＶＰ２カプシドタンパク質、および
（ ｉｉｉ）当該非霊長類ＡＡＶまたは当該リモートＡＡＶのＶＰ３カプシドタンパク質、を含む、上述の実施形態のいずれか一つに記載のＡＡＶウイルス粒子。
実施形態１５。
当該粒子のカプシドが、
（ｉ）キメラＡＡＶ ＶＰ１カプシドタンパク質であって、任意でこの場合において当該キメラＶＰ１カプシドタンパク質は、当該非霊長類ＡＡＶまたは当該リモートＡＡＶのＶＰ１／ＶＰ２共通領域およびＶＰ３領域に動作可能に連結された他のＡＡＶのＶＰ１固有領域（ＶＰ１－ｕ）を含むもの、
（ｉｉ）キメラＡＡＶ ＶＰ２カプシドタンパク質であって、任意でこの場合において当該キメラＶＰ２カプシドタンパク質は、当該非霊長類ＡＡＶまたは当該リモートＡＡＶのＶＰ３領域に動作可能に連結された他のＡＡＶのＶＰ１／ＶＰ２共通領域を含むもの、および
（ｉｉｉ）当該非霊長類ＡＡＶまたは当該リモートＡＡＶのＶＰ３カプシドタンパク質、を含む、上述の実施形態のいずれか一つに記載のＡＡＶウイルス粒子。
実施形態１６。
当該粒子のカプシドが、
（ｉ）キメラＡＡＶ ＶＰ１カプシドタンパク質であって、任意でこの場合において当該キメラＶＰ１カプシドタンパク質は、当該非霊長類ＡＡＶまたは当該リモートＡＡＶのＶＰ１／ＶＰ２共通領域およびＶＰ３領域に動作可能に連結された他のＡＡＶのＶＰ１固有領域（ＶＰ１－ｕ）を含むもの、
（ｉｉ）当該非霊長類ＡＡＶまたは当該リモートＡＡＶのＶＰ２カプシドタンパク質、および
（ｉｉｉ）当該非霊長類ＡＡＶまたは当該リモートＡＡＶのＶＰ３カプシドタンパク質、を含む、上述の実施形態のいずれか一つに記載のＡＡＶウイルス粒子。
実施形態１７。
当該カプシドが、
（ｉ）当該非霊長類ＡＡＶまたは当該リモートＡＡＶのＶＰ１カプシドタンパク質、
（ｉｉ）当該非霊長類ＡＡＶまたは当該リモートＡＡＶのＶＰ２カプシドタンパク質、および
（ｉｉｉ）当該非霊長類ＡＡＶまたは当該リモートＡＡＶのＶＰ３カプシドタンパク質、を含む、上述の実施形態のいずれか一つに記載のＡＡＶウイルス粒子。
実施形態１８。
当該他のＡＡＶが、霊長類ＡＡＶ、または霊長類ＡＡＶの組み合わせである、上述の実施形態のいずれか一つに記載のＡＡＶウイルス粒子。
実施形態１９。
当該他のＡＡＶが、ＡＡＶ１、ＡＡＶ２、ＡＡＶ３、ＡＡＶ４、ＡＡＶ５、ＡＡＶ６、ＡＡＶ７、ＡＡＶ８、ＡＡＶ９、およびそれらの組み合わせからなる群から選択される、上述の実施形態のいずれか一つに記載のＡＡＶウイルス粒子。
実施形態２０。
当該他のＡＡＶが、ＡＡＶ２である、上述の実施形態のいずれか一つに記載のＡＡＶウイルス粒子。
実施形態２１。
当該非霊長類動物ＡＡＶが、表２に列挙された非霊長類ＡＡＶである、実施形態１～２、４～５、および７～２０のいずれか一つに記載のＡＡＶウイルス粒子。
実施形態２２。
当該非霊長類ＡＡＶが、鳥類ＡＡＶ、アシカＡＡＶ、またはフトアゴヒゲトカゲＡＡＶである、実施形態１～２、４～５、および７～２１のいずれか一つに記載のＡＡＶウイルス粒子。
実施形態２３。
当該非霊長類動物ＡＡＶが、ＡＡＡＶである、実施形態１～２、４～５、および７～２２のいずれか一つに記載のＡＡＶウイルス粒子。
実施形態２４。
当該改変が、ＡＡＡＶのＶＰ１カプシドタンパク質のＩ４４４位またはＩ５８０位にある、実施形態１～２、４～５、および７－２３のいずれか一つに記載のＡＡＶウイルス粒子。
実施形態２５。
当該非霊長類動物ＡＡＶが、有隣目ＡＡＶである、実施形態１～２、４～５、および７～２２のいずれか一つに記載のＡＡＶウイルス粒子。
実施形態２６。
当該有隣目ＡＡＶが、フトアゴヒゲトカゲＡＡＶである、実施形態１～２、４～５、７－２２、および２５のいずれか一つに記載のＡＡＶウイルス粒子。
実施形態２７。
当該改変が、フトアゴヒゲトカゲＡＡＶのＶＰ１カプシドタンパク質のＩ５７３位またはＩ４３６位にある、実施形態１～２、４～５、７－２２、および２５～２６のいずれか一つに記載のＡＡＶウイルス粒子。
実施形態２８。
当該非霊長類動物ＡＡＶが、哺乳動物ＡＡＶである、実施形態１～２、４～５、および７～２２のいずれか一つに記載のＡＡＶウイルス粒子。
実施形態２９。
当該哺乳動物ＡＡＶが、アシカＡＡＶである、実施形態１～２、４～５、７－２２、および２８のいずれか一つに記載のＡＡＶウイルス粒子。
実施形態３０。
当該改変が、アシカＡＡＶのＶＰ１のＩ４２９、Ｉ４３０、Ｉ４３１、Ｉ４３２、Ｉ４３３、Ｉ４３４、Ｉ４３６、Ｉ４３７およびＡ５６５からなる群から選択される位置にある、実施形態１～２、４～５、７－２２、および２８～２９のいずれか一つに記載のＡＡＶウイルス粒子。
実施形態３１。
非霊長類動物ＡＡＶ、リモートＡＡＶ、またはそれらの組み合わせのＶＰ３カプシドタンパク質を含み、この場合において当該ＶＰ３カプシドタンパク質が改変されて、
（ａ）タンパク質：タンパク質結合ペアの少なくとも第一のメンバーであって、任意で当該タンパク質：タンパク質結合ペアが、ＳｐｙＴａｇ：ＳｐｙＣａｔｃｈｅｒ、ＳｐｙＴａｇ：ＫＴａｇ、Ｉｓｏｐｅｐｔａｇ：ｐｉｌｉｎ－Ｃ、ＳｎｏｏｐＴａｇ：ＳｎｏｏｐＣａｔｃｈｅｒ、およびＳｐｙＴａｇ００２：ＳｐｙＣａｔｃｈｅｒ００２からなる群から選択される、第一のメンバー、
（ｂ）検出可能な標識であって、任意で当該検出可能な標識は、配列番号４４として記載されるアミノ酸配列、または配列番号４５として記載されるアミノ酸配列を含む、検出可能な標識、
（ｃ）点変異、または
（ｄ）（ａ）、（ｂ）、および（ｃ）の任意の組み合わせ、を含む、上述の実施形態のいずれか一つに記載のＡＡＶ粒子。
実施形態３２。
非霊長類動物ＡＡＶ、リモートＡＡＶ、またはそれらの組み合わせのＶＰ３カプシドタンパク質が、改変されて、
（ａ）配列番号４２として記載されるアミノ酸配列を含む少なくともＳｐｙＴａｇ、および／または
（ｂ）配列番号４５として記載されるアミノ酸配列を含む検出可能な標識、を含む、実施形態３１に記載のＡＡＶ粒子。
実施形態３３。
タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーおよび／または検出可能な標識を、当該ＡＡＶ粒子のカプシドのカプシドタンパク質に動作可能に連結する第一および／または第二のリンカーを含む、上述の実施形態のいずれか一つに記載のＡＡＶ粒子。
実施形態３４。
当該第一および第二のリンカーが、同一ではない、実施形態３３に記載のＡＡＶ粒子。
実施形態３５。
当該第一および第二のリンカーが、同一である、実施形態３３または実施形態３４に記載のＡＡＶ粒子。
実施形態３６。
当該第一および／または第二のリンカーが、１０アミノ酸の長さである、実施形態３３～３５のいずれか一つに記載のＡＡＶ粒子。
実施形態３７。
当該ＡＡＶ粒子のカプシドのカプシドタンパク質の可変領域に動作可能に連結された、タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーおよび／または検出可能な標識を含む、上述の実施形態のいずれか一つに記載のＡＡＶ粒子。
実施形態３８。
以下からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むカプシドタンパク質を含む、実施形態１または実施形態２に記載のＡＡＶ粒子：
（ａ）配列番号２として記載されるアミノ酸配列、
（ｂ）配列番号４として記載されるアミノ酸配列、
（ｃ）配列番号６として記載されるアミノ酸配列、
（ｄ）配列番号８として記載されるアミノ酸配列、
（ｅ）配列番号１０として記載されるアミノ酸配列、
（ｆ）配列番号１２として記載されるアミノ酸配列、
（ｇ）配列番号１４として表されるアミノ酸配列、
（ｈ）配列番号１６として記載されるアミノ酸配列、
（ｉ）配列番号１８として記載されるアミノ酸配列、
（ｊ）配列番号２０として記載されるアミノ酸配列、
（ｋ）配列番号２２として記載されるアミノ酸配列、
（ｌ）配列番号２４として記載されるアミノ酸配列、
（ｍ）配列番号２６として記載されるアミノ酸配列、
（ｎ）配列番号２８として記載されるアミノ酸配列、
（ｏ）配列番号３０として記載されるアミノ酸配列、
（ｐ）配列番号３２として記載されるアミノ酸配列、
（ｑ）配列番号３４として記載されるアミノ酸配列、
（ｒ）配列番号３６として記載されるアミノ酸配列、
（ｓ）配列番号５３として記載されるアミノ酸配列、
（ｔ）配列番号５５として記載されるアミノ酸配列、
（ｕ）配列番号５７として記載されるアミノ酸配列、
（ｖ）配列番号５９として記載されるアミノ酸配列、
（ｗ）配列番号６１として記載されるアミノ酸配列、
（ｘ）配列番号６３として記載されるアミノ酸配列、
（ｙ）配列番号６５として記載されるアミノ酸配列、
（ｚ）配列番号６７として記載されるアミノ酸配列、
（ａａ）配列番号６９として記載されるアミノ酸配列、
（ｂｂ）配列番号７１として記載されるアミノ酸配列、
（ｃｃ）配列番号２、配列番号４、配列番号６、配列番号８、配列番号１０、配列番号１２、配列番号１４、配列番号１６、配列番号１８、配列番号２０、配列番号２２、配列番号２４、配列番号２６、配列番号２８、配列番号３０、配列番号３２、配列番号３４、配列番号３６、配列番号５３、配列番号５５、配列番号５７、配列番号５９、配列番号６１、配列番号６３、配列番号６５、配列番号６７、配列番号６９または配列番号７１に対し、例えば少なくとも９５％の同一性などの顕著な配列同一性を有するアミノ酸配列、および
（ｄｄ）（ａ）～（ｃｃ）のいずれかに記載されるアミノ酸配列の任意のＶＰ２部分および／またはＶＰ３部分のアミノ酸配列。
実施形態３９。
参照カプシドタンパク質をさらに含み、そのため当該カプシドはモザイクカプシドである、上述の実施形態のいずれか一つに記載のＡＡＶ粒子。
実施形態４０。
タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーで改変されたＶＰ３カプシドタンパク質、および参照ＶＰ３カプシドタンパク質を含むモザイクカプシドを含む、上述の実施形態のいずれか一つに記載のＡＡＶ粒子。
実施形態４１。
非霊長類動物ＡＡＶまたはリモートＡＡＶのカプシドタンパク質のアミノ酸配列を含むアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）カプシドタンパク質であって、当該ＡＡＶカプシドタンパク質が、
（ａ）キメラＡＡＶ ＶＰ１カプシドタンパク質であって、任意でこの場合において当該キメラ動物ＡＡＶ ＶＰ１カプシドタンパク質が改変されて、タンパク質：タンパク質結合ペアの少なくとも第一のメンバー、検出可能な標識、および／または点変異を含むもの、
（ｂ）タンパク質：タンパク質結合ペアの少なくとも第一のメンバーおよび／または検出可能な標識を含むように改変された非キメラＡＡＶ ＶＰ１カプシドタンパク質、
（ｃ）キメラＶＰ２カプシドタンパク質であって、任意でこの場合において当該キメラＡＡＶ ＶＰ２カプシドタンパク質が改変されて、タンパク質：タンパク質結合ペアの少なくとも第一のメンバー、検出可能な標識、および／または点変異を含むもの、
（ｄ）タンパク質：タンパク質結合ペアの少なくとも第一のメンバー、検出可能な標識、および／または点変異を含むように改変された非キメラＡＡＶ ＶＰ２カプシドタンパク質、
（ｅ）タンパク質：タンパク質結合ペアの少なくとも第一のメンバー、検出可能な標識、および／または点変異を含むように改変されたキメラＡＡＶ ＶＰ３カプシドタンパク質、
（ｆ）タンパク質：タンパク質結合ペアの少なくとも第一のメンバー、検出可能な標識、および／または点変異を含むように改変された非キメラＡＡＶ ＶＰ３カプシドタンパク質、からなる群から選択される、ＡＡＶカプシドタンパク質。
実施形態４２。
当該タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーは、第一および／または第二のリンカーに隣接され、当該リンカーは、タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーをカプシドタンパク質に連結し、およびこの場合において当該第一および／または第二のリンカーはそれぞれ独立して、少なくとも一アミノ酸の長さである、実施形態４１に記載のＡＡＶカプシドタンパク質。
実施形態４３。
当該第一および第二のリンカーが、同一ではない、実施形態４２に記載のＡＡＶカプシドタンパク質。
実施形態４４。
当該第一および第二のリンカーは、同一であり、１０アミノ酸の長さである、実施形態４２に記載のＡＡＶカプシドタンパク質。
実施形態４５。
当該カプシドタンパク質は、タンパク質：タンパク質結合ペアの第二の同族メンバーをさらに含み、任意でこの場合において当該第一および第二のメンバーは、共有結合、任意でイソペプチド結合により結合される、実施形態４１～４４のいずれか一つに記載のＡＡＶカプシドタンパク質。
実施形態４６。
当該タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーは、ＳｐｙＴａｇを含む、実施形態４１～４５のいずれか一つに記載のＡＡＶカプシドタンパク質。
実施形態４７。
当該第二の同族メンバーは、ＳｐｙＣａｔｃｈｅｒを含む、実施形態４５または実施形態４６に記載のＡＡＶカプシドタンパク質。
実施形態４８。
当該第二の同族メンバーが、ＫＴａｇを含む、実施形態４５～４７のいずれか一つに記載のＡＡＶカプシドタンパク質。
実施形態４９。
当該第一のメンバーは、ＫＴａｇであり、当該第二の同族メンバーは、ＳｐｙＴａｇを含む、実施形態４５に記載のＡＡＶカプシドタンパク質。
実施形態５０。
当該第一のメンバーは、ＳｎｏｏｐＴａｇであり、当該第二の同族メンバーは、ＳｎｏｏｐＣａｔｃｈｅｒを含む、実施形態４５に記載のＡＡＶカプシドタンパク質。
実施形態５１。
当該第一のメンバーは、ｉｓｏｐｅｐｔａｇであり、当該第二の同族メンバーは、Ｐｉｌｉｎ－Ｃを含む、実施形態４５に記載のＡＡＶカプシドタンパク質。
実施形態５２。
当該第一のメンバーは、ＳｐｙＴａｇ００２であり、当該第二の同族メンバーは、ＳｐｙＣａｔｃｈｅｒ００２を含む、実施形態４５に記載のＡＡＶカプシドタンパク質。
実施形態５３。
当該第二のメンバーが標的化リガンドに動作可能に連結され、任意でこの場合において当該標的化リガンドは、結合部分である、実施形態４５～５２のいずれか一つに記載のＡＡＶカプシドタンパク質。
実施形態５４。
当該結合部分が、抗体またはその一部である、実施形態５３に記載のＡＡＶカプシドタンパク質。
実施形態５５。
当該抗体またはその一部が、ＳｐｙＣａｔｃｈｅｒに融合される、実施形態５４に記載のＡＡＶカプシドタンパク質。
実施形態５６。
当該抗体またはその一部が、Ｃ末端でリンカーに融合され、当該リンカーが、当該リンカーのＣ末端でＳｐｙＣａｔｃｈｅｒに融合される、実施形態５４または５５に記載のＡＡＶカプシドタンパク質。
実施形態５７。
当該リンカーが、配列番号４９（ＧＳＧＥＳＧ）として記載される配列を含む、実施形態５６に記載のＡＡＶカプシドタンパク質。
実施形態５８。
当該検出可能な標識が、配列番号４５として記載されるアミノ酸配列を含むＢ１エピトープを含む、実施形態４１～５７のいずれか一つに記載のＡＡＶカプシドタンパク質。
実施形態５９。
当該非霊長類動物ＡＡＶが、表２に列記される非霊長類ＡＡＶである、実施形態４１～５８のいずれか一つに記載のＡＡＶカプシドタンパク質。
実施形態６０。
当該非霊長類ＡＡＶは、鳥類ＡＡＶ、アシカＡＡＶ、またはフトアゴヒゲトカゲＡＡＶである、実施形態４１～５９のいずれか一つに記載のＡＡＶカプシドタンパク質。
実施形態６１。
当該非霊長類動物ＡＡＶが、ＡＡＡＶである、実施形態４１～６０のいずれか一つに記載のＡＡＶカプシドタンパク質。
実施形態６２。
当該改変が、ＡＡＡＶのＶＰ１カプシドタンパク質のＩ４４４位またはＩ５８０位にある、実施形態４１～６１のいずれか一つに記載のＡＡＶカプシドタンパク質。
実施形態６３。
当該非霊長類動物ＡＡＶが、有隣目ＡＡＶである、実施形態４１～６０のいずれか一つに記載のＡＡＶカプシドタンパク質。
実施形態６４。
当該有隣目ＡＡＶが、フトアゴヒゲトカゲＡＡＶである、実施形態４１～６０、および６３のいずれか一つに記載のＡＡＶカプシドタンパク質。
実施形態６５。
当該改変が、フトアゴヒゲトカゲＡＡＶのＶＰ１カプシドタンパク質のＩ５７３位またはＩ４３６位にある、実施形態４１～６０、および６３～６４のいずれか一つに記載のＡＡＶカプシドタンパク質。
実施形態６６。
当該非霊長類動物ＡＡＶが、哺乳動物ＡＡＶである、実施形態４１～６０のいずれか一つに記載のＡＡＶカプシドタンパク質。
実施形態６７。
当該哺乳動物ＡＡＶが、アシカＡＡＶである、実施形態４１～６０、および６６のいずれか一つに記載のＡＡＶカプシドタンパク質。
実施形態６８。
当該改変が、アシカＡＡＶのＶＰ１のＩ４２９、Ｉ４３０、Ｉ４３１、Ｉ４３２、Ｉ４３３、Ｉ４３４、Ｉ４３６、Ｉ４３７およびＡ５６５からなる群から選択される位置にある、実施形態４１～６０、および６６～６７のいずれか一つに記載のＡＡＶカプシドタンパク質。
実施形態６９。
以下からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、実施形態４１～６８のいずれか一つに記載のＡＡＶカプシドタンパク質：
（ａ）配列番号２として記載されるアミノ酸配列、
（ｂ）配列番号４として記載されるアミノ酸配列、
（ｃ）配列番号６として記載されるアミノ酸配列、
（ｄ）配列番号８として記載されるアミノ酸配列、
（ｅ）配列番号１０として記載されるアミノ酸配列、
（ｆ）配列番号１２として記載されるアミノ酸配列、
（ｇ）配列番号１４として表されるアミノ酸配列、
（ｈ）配列番号１６として記載されるアミノ酸配列、
（ｉ）配列番号１８として記載されるアミノ酸配列、
（ｊ）配列番号２０として記載されるアミノ酸配列、
（ｋ）配列番号２２として記載されるアミノ酸配列、
（ｌ）配列番号２４として記載されるアミノ酸配列、
（ｍ）配列番号２６として記載されるアミノ酸配列、
（ｎ）配列番号２８として記載されるアミノ酸配列、
（ｏ）配列番号３０として記載されるアミノ酸配列、
（ｐ）配列番号３２として記載されるアミノ酸配列、
（ｑ）配列番号３４として記載されるアミノ酸配列、
（ｒ）配列番号３６として記載されるアミノ酸配列、
（ｓ）配列番号５３として記載されるアミノ酸配列、
（ｔ）配列番号５５として記載されるアミノ酸配列、
（ｕ）配列番号５７として記載されるアミノ酸配列、
（ｖ）配列番号５９として記載されるアミノ酸配列、
（ｗ）配列番号６１として記載されるアミノ酸配列、
（ｘ）配列番号６３として記載されるアミノ酸配列、
（ｙ）配列番号６５として記載されるアミノ酸配列、
（ｚ）配列番号６７として記載されるアミノ酸配列、
（ａａ）配列番号６９として記載されるアミノ酸配列、
（ｂｂ）配列番号７１として記載されるアミノ酸配列、
（ｃｃ）配列番号２、配列番号４、配列番号６、配列番号８、配列番号１０、配列番号１２、配列番号１４、配列番号１６、配列番号１８、配列番号２０、配列番号２２、配列番号２４、配列番号２６、配列番号２８、配列番号３０、配列番号３２、配列番号３４、配列番号３６、配列番号５３、配列番号５５、配列番号５７、配列番号５９、配列番号６１、配列番号６３、配列番号６５、配列番号６７、配列番号６９または配列番号７１に対し、例えば少なくとも９５％の同一性などの顕著な配列同一性を有するアミノ酸配列、および
（ｄｄ）（ａ）～（ｃｃ）のいずれかに記載されるアミノ酸配列の任意のＶＰ２部分および／またはＶＰ３部分のアミノ酸配列。
実施形態７０。
当該タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーは、検出可能な標識を含む、実施形態４１～６９のいずれか一つに記載のＡＡＶカプシドタンパク質。
実施形態７１。
当該検出可能な標識は、ｃ－ｍｙｃ（配列番号４４）を含む、実施形態７０に記載のＡＡＶカプシドタンパク質。
実施形態７２。
実施形態４１～７１のいずれか一つに記載のＡＡＶカプシドタンパク質を含む、ＡＡＶ粒子。
実施形態７３。
実施形態４１～７１のいずれか一つに記載のＡＡＶカプシドタンパク質をコードするｃａｐ遺伝子を含む核酸。
実施形態７４。
ＡＡＶカプシドタンパク質をコードするＡＡＶｃａｐ遺伝子を含む核酸分子であって、
当該ＡＡＶｃａｐ遺伝子が、
（ｉ）非霊長類動物ＡＡＶのｃａｐ遺伝子、
（ｉｉ）リモートＡＡＶのｃａｐ遺伝子、または
（ｉｉｉ）それらの組み合わせ、からなる群から選択される、ｃａｐ遺伝子のヌクレオチド配列の少なくとも一部を含み、
当該ＡＡＶｃａｐ遺伝子がさらに改変されて、
（ａ）タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーをコードするヌクレオチド配列、
（ｂ）検出可能な標識をコードするヌクレオチド配列、
（ｃ）点変異、
（ｄ）非霊長類動物ＡＡＶ、リモートＡＡＶ、またはそれらの組み合わせのｃａｐ遺伝子からなる群から選択されるＡＡＶｃａｐ遺伝子の当該ヌクレオチド配列に動作可能に連結された他のＡＡＶｃａｐ遺伝子のヌクレオチド配列の一部を含むキメラヌクレオチド配列、
（ｅ）（ａ）、（ｂ）、（ｃ）、および（ｄ）の任意の組み合わせ、を含む、核酸分子。
実施形態７５。
ＡＡＶカプシドタンパク質をコードするＡＡＶｃａｐ遺伝子を含む核酸分子であって、
当該ＡＡＶｃａｐ遺伝子が、非霊長類動物ＡＡＶのｃａｐ遺伝子のヌクレオチド配列の少なくとも一部を含み、
当該ＡＡＶｃａｐ遺伝子がさらに改変されて、
（ａ）タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーをコードするヌクレオチド配列、
（ｂ）検出可能な標識をコードするヌクレオチド配列、
（ｃ）点変異、
（ｄ）非霊長類動物ＡＡＶのｃａｐ遺伝子の当該ヌクレオチド配列に動作可能に連結された他のＡＡＶｃａｐ遺伝子のヌクレオチド配列の一部を含むキメラヌクレオチド配列、
（ｅ）（ａ）、（ｂ）、（ｃ）、および（ｄ）の任意の組み合わせ、を含む、核酸分子。
実施形態７６。
ＡＡＶカプシドタンパク質をコードするＡＡＶｃａｐ遺伝子を含む核酸分子であって、
当該ＡＡＶｃａｐ遺伝子が、リモート動物ＡＡＶのｃａｐ遺伝子のヌクレオチド配列の少なくとも一部を含み、
当該ＡＡＶｃａｐ遺伝子がさらに改変されて、
（ａ）タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーをコードするヌクレオチド配列、
（ｂ）検出可能な標識をコードするヌクレオチド配列、
（ｃ）点変異、
（ｄ）リモート動物ＡＡＶのｃａｐ遺伝子の当該ヌクレオチド配列に動作可能に連結された他のＡＡＶｃａｐ遺伝子のヌクレオチド配列の一部を含むキメラヌクレオチド配列、
（ｅ）（ａ）、（ｂ）、（ｃ）、および（ｄ）の任意の組み合わせ、を含む、核酸分子。
実施形態７７。
ＡＡＶ ｒｅｐ遺伝子およびＡＡＶｃａｐ遺伝子を含む核酸分子であって、
当該ＡＡＶｃａｐ遺伝子が、
（ｉ）非霊長類動物ＡＡＶのｃａｐ遺伝子、
（ｉｉ）リモートＡＡＶのｃａｐ遺伝子、および
（ｉｉｉ）それらの組み合わせ、からなる群から選択される、ｃａｐ遺伝子の第一のヌクレオチド配列を含み、
当該ＡＡＶ ｒｅｐ遺伝子が、他のＡＡＶのＡＡＶ ｒｅｐ遺伝子の第二のヌクレオチド配列を含む、核酸分子。
実施形態７８。
ＡＡＶ ｒｅｐ遺伝子およびＡＡＶｃａｐ遺伝子を含む核酸分子であって、
当該ＡＡＶｃａｐ遺伝子が、非霊長類動物ＡＡＶのｃａｐ遺伝子の第一のヌクレオチド配列を含み、
当該ＡＡＶ ｒｅｐ遺伝子が、他のＡＡＶのＡＡＶ ｒｅｐ遺伝子の第二のヌクレオチド配列を含む、核酸分子。
実施形態７９。
ＡＡＶ ｒｅｐ遺伝子およびＡＡＶｃａｐ遺伝子を含む核酸分子であって、
当該ＡＡＶｃａｐ遺伝子が、リモート動物ＡＡＶのｃａｐ遺伝子の第一のヌクレオチド配列を含み、
当該ＡＡＶ ｒｅｐ遺伝子が、他のＡＡＶのＡＡＶ ｒｅｐ遺伝子の第二のヌクレオチド配列を含む、核酸分子。
実施形態８０。
当該ｃａｐ遺伝子は、プロモーターに動作可能に連結される、実施形態７３～７９のいずれか一つに記載の核酸分子。
実施形態８１。
当該プロモーターは、パッケージング細胞において、カプシドタンパク質の発現を指導する、実施形態８０に記載の核酸分子。
実施形態８２。
当該プロモーターは、ｐ４０、ＳＶ４０、ＥＦ、ＣＭＶ、Ｂ１９ｐ６、およびＣＡＧから選択される、実施形態８０または実施形態８１に記載の核酸分子。
実施形態８３。
非霊長類動物ＡＡＶのｃａｐ遺伝子、リモートＡＡＶのｃａｐ遺伝子、またはそれらの組み合わせの当該ヌクレオチド配列が、改変されて、
（ａ）タンパク質：タンパク質結合ペアの少なくとも第一のメンバーをコードするヌクレオチド配列、
（ｂ）検出可能な標識をコードするヌクレオチド配列、および／または
（ｃ）点変異をコードするヌクレオチド配列、を含む、実施形態７３～８２のいずれか一つに記載の核酸分子。
実施形態８４。
当該タンパク質：タンパク質結合ペアは、ＳｐｙＴａｇ：ＳｐｙＣａｔｃｈｅｒ、ＳｐｙＴａｇ：ＫＴａｇ、Ｉｓｏｐｅｐｔａｇ：ｐｉｌｉｎ Ｃ、ＳｎｏｏｐＴａｇ：ＳｎｏｏｐＣａｔｃｈｅｒ、およびＳｐｙＴａｇ００２：ＳｐｙＣａｔｃｈｅｒ００２から選択される、実施形態８３に記載の核酸分子。
実施形態８５。
当該タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーは、配列番号４４として記載される配列を含むｃ－ｍｙｃを含む、実施形態８３に記載の核酸分子。
実施形態８６。
当該検出可能な標識が、ＩＧＴＲＹＬＴＲ（配列番号４５）のアミノ酸配列を含むＢ１エピトープを含む、実施形態８３～８５のいずれか一つに記載の核酸分子。
実施形態８７。
当該非霊長類動物ＡＡＶのｃａｐ遺伝子、当該リモートＡＡＶのｃａｐ遺伝子、またはそれらの組み合わせの当該ヌクレオチド配列が、当該非霊長類動物ＡＡＶのＶＰ３カプシドタンパク質のアミノ酸配列および／または当該リモートＡＡＶのＶＰ３カプシドタンパク質のアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列を含む、実施形態７３～８６のいずれか一つに記載の核酸分子。
実施形態８８。
当該非霊長類動物ＡＡＶのｃａｐ遺伝子、当該リモートＡＡＶのｃａｐ遺伝子、またはそれらの組み合わせの当該ヌクレオチド配列が、当該非霊長類動物ＡＡＶのＶＰ２カプシドタンパク質のアミノ酸配列および／または当該リモートＡＡＶのＶＰ２カプシドタンパク質のアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列を含む、実施形態７３～８７のいずれか一つに記載の核酸分子。
実施形態８９。
当該非霊長類動物ＡＡＶのｃａｐ遺伝子、当該リモートＡＡＶのｃａｐ遺伝子、またはそれらの組み合わせの当該ヌクレオチド配列が、当該非霊長類動物ＡＡＶのＶＰ１カプシドタンパク質のアミノ酸配列および／または当該リモートＡＡＶのＶＰ１カプシドタンパク質のアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列を含む、実施形態７３～８７のいずれか一つに記載の核酸分子。
実施形態９０。
当該ｃａｐ遺伝子が、
（ｉ）キメラＡＡＶ ＶＰ１カプシドタンパク質であって、任意でこの場合において当該キメラＶＰ１カプシドタンパク質は、当該非霊長類ＡＡＶまたは当該リモートＡＡＶのＶＰ１／ＶＰ２共通領域およびＶＰ３領域に動作可能に連結された他のＡＡＶのＶＰ１固有領域（ＶＰ１－ｕ）を含むもの、または
当該非霊長類ＡＡＶもしくは当該リモートＡＡＶのＶＰ１カプシドタンパク質、のいずれかであるＶＰ１カプシドタンパク質、
（ｉｉ）キメラＡＡＶ ＶＰ２カプシドタンパク質であって、任意でこの場合において当該キメラＶＰ２カプシドタンパク質は、当該非霊長類ＡＡＶまたは当該リモートＡＡＶのＶＰ３領域に動作可能に連結された他のＡＡＶのＶＰ１／ＶＰ２共通領域を含むもの、または
当該非霊長類ＡＡＶもしくは当該リモートＡＡＶのＶＰ２カプシドタンパク質、のいずれかであるＶＰ２カプシドタンパク質、および／または
（ｉｉｉ）当該非霊長類ＡＡＶまたは当該リモートＡＡＶのＶＰ３カプシドタンパク質、をコードする、実施形態７３～８９のいずれか一つに記載の核酸分子。
実施形態９１。
当該ｃａｐ遺伝子が、
（ｉ）キメラＡＡＶ ＶＰ１カプシドタンパク質であって、任意でこの場合において当該キメラＶＰ１カプシドタンパク質は、当該非霊長類ＡＡＶまたは当該リモートＡＡＶのＶＰ１／ＶＰ２共通領域およびＶＰ３領域に動作可能に連結された他のＡＡＶのＶＰ１固有領域（ＶＰ１－ｕ）を含むもの、
（ｉｉ）キメラＡＡＶ ＶＰ２カプシドタンパク質であって、任意でこの場合において当該キメラＶＰ２カプシドタンパク質は、当該非霊長類ＡＡＶまたは当該リモートＡＡＶのＶＰ３領域に動作可能に連結された他のＡＡＶのＶＰ１／ＶＰ２共通領域を含むもの、および／または
（ｉｉｉ）当該非霊長類ＡＡＶまたは当該リモートＡＡＶのＶＰ３カプシドタンパク質、をコードする、実施形態７３～９０のいずれか一つに記載の核酸分子。
実施形態９２。
当該ｃａｐ遺伝子が、
（ｉ）キメラＡＡＶ ＶＰ１カプシドタンパク質であって、任意でこの場合において当該キメラＶＰ１カプシドタンパク質は、当該非霊長類ＡＡＶまたは当該リモートＡＡＶのＶＰ１／ＶＰ２共通領域およびＶＰ３領域に動作可能に連結された他のＡＡＶのＶＰ１固有領域（ＶＰ１－ｕ）を含むもの、
（ｉｉ）当該非霊長類ＡＡＶまたは当該リモートＡＡＶのＶＰ２カプシドタンパク質、および
（ｉｉｉ）当該非霊長類ＡＡＶまたは当該リモートＡＡＶのＶＰ３カプシドタンパク質、をコードする、実施形態７３～９０のいずれか一つに記載の核酸分子。
実施形態９３。
当該ｃａｐ遺伝子が、
（ｉ）当該非霊長類ＡＡＶまたは当該リモートＡＡＶのＶＰ１カプシドタンパク質、
（ｉｉ）当該非霊長類ＡＡＶまたは当該リモートＡＡＶのＶＰ２カプシドタンパク質、および／または
（ｉｉｉ）当該非霊長類ＡＡＶまたは当該リモートＡＡＶのＶＰ３カプシドタンパク質、をコードする、実施形態７３～９０のいずれか一つに記載の核酸分子。
実施形態９４。
当該他のＡＡＶが、霊長類ＡＡＶ、または霊長類ＡＡＶの組み合わせである、実施形態７３～９３のいずれか一つに記載の核酸分子。
実施形態９５。
当該他のＡＡＶが、ＡＡＶ１、ＡＡＶ２、ＡＡＶ３、ＡＡＶ４、ＡＡＶ５、ＡＡＶ６、ＡＡＶ７、ＡＡＶ８、ＡＡＶ９、およびそれらの組み合わせからなる群から選択される、実施形態７３～９４のいずれか一つに記載の核酸分子。
実施形態９６。
当該他のＡＡＶが、ＡＡＶ２である、実施形態７３～９５のいずれか一つに記載の核酸分子。
実施形態９７。
当該非霊長類動物ＡＡＶが、表２に列記される非霊長類ＡＡＶである、実施形態７３～７５、７７～７８、および８０～９６のいずれか一つに記載の核酸分子。
実施形態９８。
当該非霊長類ＡＡＶが、鳥類ＡＡＶ、アシカＡＡＶ、またはフトアゴヒゲトカゲＡＡＶである、実施形態７３～７５、７７～７８、および８０～９７のいずれか一つに記載の核酸分子。
実施形態９９。
当該非霊長類動物ＡＡＶが、ＡＡＡＶである、実施形態７３～７５、７７～７８、および８０～９８のいずれか一つに記載の核酸分子。
実施形態１００。
当該改変が、ＡＡＡＶのＶＰ１カプシドタンパク質のＩ４４４位またはＩ５８０位をコードするコドンにある、実施形態７３～７５、７７～７８、および８０～９９のいずれか一つに記載の核酸分子。
実施形態１０１。
当該非霊長類動物ＡＡＶが、有隣目ＡＡＶである、実施形態７３～７５、７７～７８、および８０～９８のいずれか一つに記載の核酸分子。
実施形態１０２。
当該有隣目ＡＡＶが、フトアゴヒゲトカゲＡＡＶである、実施形態７３～７５、７７～７８、８０～９８、および１０１のいずれか一つに記載の核酸分子。
実施形態１０３。
当該改変が、フトアゴヒゲトカゲＡＡＶのＶＰ１カプシドタンパク質のＩ５７３位またはＩ４３６位をコードするコドンにある、実施形態７３～７５、７６～７７、および８０～９８、および１０１～１０２のいずれか一つに記載の核酸分子。
実施形態１０４。
当該非霊長類動物ＡＡＶが、哺乳動物ＡＡＶである、実施形態７３～７５、７６～７７、および８０～９８のいずれか一つに記載の核酸分子。
実施形態１０５。
当該哺乳動物ＡＡＶが、アシカＡＡＶである、実施形態７３～７５、７７～７８、８０～９８、および１０４のいずれか一つに記載の核酸分子。
実施形態１０６。
当該改変が、アシカＡＡＶのＶＰ１のＩ４２９、Ｉ４３０、Ｉ４３１、Ｉ４３２、Ｉ４３３、Ｉ４３４、Ｉ４３６、Ｉ４３７およびＡ５６５からなる群から選択される位置にある、実施形態７３～７５、７７～７８、８０～９８、および１０５のいずれか一つに記載の核酸分子。
実施形態１０７。
以下からなる群から選択されるヌクレオチド配列を含む、実施形態７３～１０６のいずれか一つに記載の核酸分子：
（ａ）配列番号１として記載されるヌクレオチド配列、
（ｂ）配列番号３として記載されるヌクレオチド配列、
（ｃ）配列番号５として記載されるヌクレオチド配列、
（ｄ）配列番号７として記載されるヌクレオチド配列、
（ｅ）配列番号９として記載されるヌクレオチド配列、
（ｆ）配列番号１１として記載されるヌクレオチド配列、
（ｇ）配列番号１３として記載されるヌクレオチド配列、
（ｈ）配列番号１５として記載されるヌクレオチド配列、
（ｉ）配列番号１７として記載されるヌクレオチド配列、
（ｊ）配列番号１９として記載されるヌクレオチド配列、
（ｋ）配列番号２１として記載されるヌクレオチド配列、
（ｌ）配列番号２３として記載されるヌクレオチド配列、
（ｍ）配列番号２５として記載されるヌクレオチド配列、
（ｎ）配列番号２７として記載されるヌクレオチド配列、
（ｏ）配列番号２９として記載されるヌクレオチド配列、
（ｐ）配列番号３１として記載されるヌクレオチド配列、
（ｑ）配列番号３３として記載されるヌクレオチド配列、
（ｒ）配列番号３５として記載されるヌクレオチド配列、
（ｓ）配列番号５２として記載されるヌクレオチド配列、
（ｔ）配列番号５４として記載されるヌクレオチド配列、
（ｕ）配列番号５６として記載されるヌクレオチド配列
（ｖ）配列番号５８として記載されるヌクレオチド配列
（ｗ）配列番号６０として記載されるヌクレオチド配列、
（ｘ）配列番号６２として記載されるヌクレオチド配列、
（ｙ）配列番号６４として記載されるヌクレオチド配列
（ｚ）配列番号６６として記載されるヌクレオチド配列、
（ａａ）配列番号６８として記載されるヌクレオチド配列、
（ｂｂ）配列番号７０として記載されるヌクレオチド配列、
（ｃｃ）配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、５２、５４、５６、５８、６０、６２、６４、６６、６８、７０、またはＶＰ２カプシドをコードするそれらのいずれかとして記載されるヌクレオチド配列に対し、例えば少なくとも９５％の同一性などの顕著な配列同一性を有するヌクレオチド配列、
（ｄｄ）ＶＰ２カプシドタンパク質および／またはＶＰ３カプシドタンパク質をコードする、（ａ）～（ｓ）のヌクレオチド配列の任意の部分。
実施形態１０８。
一つ以上のＡＡＶ Ｒｅｐタンパク質をコードし、プロモーターに動作可能に連結される、ＡＡＶ ｒｅｐ遺伝子をさらに含む、実施形態７３～１０７のいずれか一つに記載の核酸分子。
実施形態１０９。
当該プロモーターが、ｐ５、ｐ１９ ＳＶ４０、ＥＦ、ＣＭＶ、Ｂ１９ｐ６、およびＣＡＧからなる群から選択される、実施形態１０８に記載の核酸分子。
実施形態１１０。
一つ以上のＲｅｐタンパク質が、Ｒｅｐ７８、Ｒｅｐ６８、Ｒｅｐ５２、およびＲｅｐ４０から選択される、実施形態１０８または実施形態１０９に記載の核酸分子。
実施形態１１１。
当該一つ以上のＲｅｐタンパク質が、Ｒｅｐ７８を含む、実施形態１０８～１１０のいずれか一つに記載の核酸分子。
実施形態１１２。
当該一つ以上のＲｅｐタンパク質が、霊長類動物ＡＡＶ Ｒｅｐタンパク質である、実施形態１０８～１１０のいずれか一つに記載の核酸分子。
実施形態１１３。
実施形態７３～１１２に記載の核酸分子のいずれか一つのアミノ酸配列を含む、ＡＡＶカプシドタンパク質。
実施形態１１４。
実施形態１１３に記載のカプシドタンパク質を含む、ＡＡＶ粒子。
実施形態１１５。
実施形態７３～１１２のいずれか一つに記載されるｃａｐ遺伝子を含む核酸分子を含むＡＡＶ粒子を作製するためのパッケージング細胞。
実施形態１１６。
一つ以上のＡＡＶ Ｒｅｐタンパク質をコードするｒｅｐ遺伝子を含む核酸分子をさらに含み、この場合において当該ｒｅｐ遺伝子は、プロモーターに動作可能に連結され、任意でこの場合において当該ｒｅｐ遺伝子およびｃａｐ遺伝子は、二つの異なるＡＡＶの遺伝子である、実施形態１１５に記載のパッケージング細胞。
実施形態１１７。
Ｒｅｐ遺伝子に動作可能に連結された当該プロモーターが、パッケージング細胞におけるＲｅｐタンパク質の発現を指導する、実施形態１１６に記載のパッケージング細胞。
実施形態１１８。
当該プロモーターは、ｐ５、ｐ１９ ＳＶ４０、ＥＦ、ＣＭＶ、Ｂ１９ｐ６、およびＣＡＧから選択される、実施形態１１６または実施形態１１７に記載のパッケージング細胞。
実施形態１１９。
当該一つ以上のＲｅｐタンパク質が、Ｒｅｐ７８、Ｒｅｐ６８、Ｒｅｐ５２、およびＲｅｐ４０から選択される、実施形態１１６～１１８のいずれか一つに記載のパッケージング細胞。
実施形態１２０。
当該一つ以上のＲｅｐタンパク質が、Ｒｅｐ７８を含む、実施形態１１６～１１９のいずれか一つに記載のパッケージング細胞。
実施形態１２１。
当該一つ以上のＲｅｐタンパク質が、霊長類動物ＡＡＶ Ｒｅｐタンパク質である、実施形態１１６～１２０のいずれか一つに記載のパッケージング細胞。
実施形態１２２。
当該一つ以上のＲｅｐタンパク質が、非霊長類動物ＡＡＶ Ｒｅｐタンパク質である、実施形態１１６～１２０のいずれか一つに記載のパッケージング細胞。
実施形態１２３。
一つ以上のＲｅｐタンパク質により認識される少なくとも一つのＡＡＶ末端逆位配列（ＩＴＲ）が少なくとも片側で隣接する対象ヌクレオチドのヌクレオチド配列を含む核酸分子をさらに含む、実施形態１１６～１２２のいずれか一つに記載のパッケージング細胞。
実施形態１２４。
当該ヌクレオチドが、当該少なくとも一つのＩＴＲと同じＡＡＶの第二のＩＴＲにより他方の側で隣接される、実施形態１２３に記載のパッケージング細胞。
実施形態１２５。
当該ヌクレオチドが、第二のＩＴＲにより他方の側で隣接され、この場合において当該第二のＩＴＲおよび当該少なくとも一つのＩＴＲは、異なるＡＡＶのＩＴＲである、実施形態１２４に記載のパッケージング細胞。
実施形態１２６。
対象ヌクレオチドが、レポーター遺伝子である、実施形態１２３～１２５のいずれか一つに記載のパッケージング細胞。
実施形態１２７。
当該レポーター遺伝子が、β‐ガラクトシダーゼ、緑色蛍光タンパク質（ＧＦＰ）、強化型緑色蛍光タンパク質（ｅＧＦＰ）、ＭｍＧＦＰ、青色蛍光タンパク質（ＢＦＰ）、強化型青色蛍光タンパク質（ｅＢＦＰ）、ｍＰｌｕｍ、ｍＣｈｅｒｒｙ、ｔｄＴｏｍａｔｏ、ｍＳｔｒａｗｂｅｒｒｙ、Ｊ－Ｒｅｄ、ＤｓＲｅｄ、ｍＯｒａｎｇｅ、ｍＫＯ、ｍＣｉｔｒｉｎｅ、Ｖｅｎｕｓ、ＹＰｅｔ、黄色蛍光タンパク質（ＹＦＰ）、強化型黄色蛍光タンパク質（ｅＹＦＰ）、Ｅｍｅｒａｌｄ、ＣｙＰｅｔ、シアン蛍光タンパク質（ＣＦＰ）、Ｃｅｒｕｌｅａｎ、Ｔ－Ｓａｐｐｈｉｒｅ、ルシフェラーゼ、アルカリホスファターゼ、またはそれらの組み合わせをコードする、実施形態１２６に記載のパッケージング細胞。
実施形態１２８。
対象ヌクレオチドが、治療用タンパク質、自殺遺伝子、抗体もしくはその断片、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓシステムもしくはその一部（複数可）、アンチセンスオリゴヌクレオチド、リボザイム、ＲＮＡｉ分子、またはｓｈＲＮＡ分子をコードする、実施形態１２３～１２５のいずれか一つに記載のパッケージング細胞。
実施形態１２９。
参照カプシドタンパク質をコードするヌクレオチド配列をさらに含む、実施形態１１５～１３３のいずれか一つに記載のパッケージング細胞。
実施形態１３０。
ウイルス粒子を作製する方法であって、ウイルス粒子の作製に充分な条件下で、実施形態１１５～１２９のいずれか一つに記載のパッケージング細胞を培養することを含む、方法。
実施形態１３１。
当該パッケージング細胞は、ヘルパープラスミドおよび／または対象ヌクレオチドを含むトランスファープラスミドをさらに含む、実施形態１３０に記載の方法。
実施形態１３２。
以下の工程：
ａ．細胞残渣を除去する工程、
ｂ．ＢｅｎｚｏｎａｓｅまたはＤＮａｓｅ Ｉ、およびＭｇＣｌ２を用いて、ウイルス粒子を含有する上清を処理する工程、
ｃ．ウイルス粒子を濃縮する工程、
ｄ．当該ウイルス粒子を精製する工程、および
ｅ．ａ～ｄの任意の組み合わせ、のうちの一つ以上をさらに含み、
任意で当該ウイルス粒子は、自己補完的アデノ随伴ウイルス粒子であり、および／または培養上清から単離される、実施形態１３０または実施形態１３１に記載の方法。
実施形態１３３。
実施形態１３０～１３２のいずれか一つに記載の方法に従って作製されたＡＡＶ粒子。
実施形態１３４。
対象ヌクレオチドをさらに含む、実施形態１～４０、７２、１１４、および１３３のいずれか一つに記載のＡＡＶ粒子。
実施形態１３５。
対象ヌクレオチドが、レポーター遺伝子である、実施形態１３４に記載のＡＡＶ粒子。
実施形態１３６。
当該レポーター遺伝子が、β‐ガラクトシダーゼ、緑色蛍光タンパク質（ＧＦＰ）、強化型緑色蛍光タンパク質（ｅＧＦＰ）、ＭｍＧＦＰ、青色蛍光タンパク質（ＢＦＰ）、強化型青色蛍光タンパク質（ｅＢＦＰ）、ｍＰｌｕｍ、ｍＣｈｅｒｒｙ、ｔｄＴｏｍａｔｏ、ｍＳｔｒａｗｂｅｒｒｙ、Ｊ－Ｒｅｄ、ＤｓＲｅｄ、ｍＯｒａｎｇｅ、ｍＫＯ、ｍＣｉｔｒｉｎｅ、Ｖｅｎｕｓ、ＹＰｅｔ、黄色蛍光タンパク質（ＹＦＰ）、強化型黄色蛍光タンパク質（ｅＹＦＰ）、Ｅｍｅｒａｌｄ、ＣｙＰｅｔ、シアン蛍光タンパク質（ＣＦＰ）、Ｃｅｒｕｌｅａｎ、Ｔ－Ｓａｐｐｈｉｒｅ、ルシフェラーゼ、アルカリホスファターゼ、またはそれらの組み合わせをコードする、実施形態１３５に記載のＡＡＶ粒子。
実施形態１３７。
対象ヌクレオチドが、治療用タンパク質、自殺遺伝子、抗体もしくはその断片、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓシステムもしくはその一部（複数可）、アンチセンスオリゴヌクレオチド、リボザイム、ＲＮＡｉ分子、またはｓｈＲＮＡ分子をコードする、実施形態１３４に記載のＡＡＶ粒子。
実施形態１３８。
（ａ）実施形態１～４０、７２、１１４、および１３３のいずれか一つに記載のＡＡＶ粒子、実施形態４１～７１および１１３のいずれか一つに記載のＡＡＶカプシドタンパク質を含むＡＡＶ粒子、または実施形態１３０～１３２のいずれか一つに記載の方法に従って作製されたＡＡＶ粒子、ならびに（ｂ）薬学的に許容可能な担体または賦形剤、を含む、医薬組成物。
実施形態１３９。
対象ヌクレオチドを標的細胞に送達する方法であって、当該標的細胞を、（ａ）実施形態１～４０、７２、１１４、および１３３のいずれか一つに記載されるＡＡＶ粒子、または（ｂ）実施形態１３８に記載の組成物、と接触させることを含む、方法。
実施形態１４０。
ＡＡＶ粒子のカプシドは、標的細胞の表面上に発現されるタンパク質に特異的に結合する標的化リガンドを含む、実施形態１３９に記載の方法。
実施形態１４１。
接触することが、生体外で実施される、実施形態１３９または実施形態１４０に記載の方法。
実施形態１４２。
当該標的細胞が、対象中にある、実施形態１３９または実施形態１４０に記載の方法。
実施形態１４３。
当該対象が、ヒトである、実施形態１４２に記載の方法。
実施形態１４４。
当該標的細胞が、ヒト細胞である、実施形態１３９～１４３のいずれか一つに記載の方法。
実施形態１４５。
対象ヌクレオチドが、治療用タンパク質、自殺遺伝子、抗体もしくはその断片、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓシステムもしくはその一部（複数可）、アンチセンスオリゴヌクレオチド、リボザイム、ＲＮＡｉ分子、またはｓｈＲＮＡ分子をコードする、実施形態１３９～１４４のいずれか一つに記載の方法。
実施形態１。
ＡＡＶカプシドを含むＡＡＶウイルス粒子であって、
当該ＡＡＶカプシドの少なくとも一つのＡＡＶカプシドタンパク質は、
非霊長類動物ＡＡＶのカプシドタンパク質、
リモートＡＡＶのカプシドタンパク質、および
それらの任意の組み合わせ、からなる群から選択されるカプシドタンパク質のアミノ酸配列の少なくとも一部を含み、および
当該ＡＡＶカプシドの少なくとも一つのＡＡＶカプシドタンパク質は、改変されて、
（ａ）少なくともタンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバー、
（ｂ）検出可能な標識、
（ｃ）点変異、
（ｄ）非霊長類動物ＡＡＶのカプシドタンパク質、リモートＡＡＶのカプシドタンパク質、またはそれらの組み合わせからなる群から選択されるカプシドタンパク質の当該アミノ酸配列に動作可能に連結された他のＡＡＶカプシドタンパク質のアミノ酸配列の一部を含むキメラアミノ酸配列、および
（ｅ）（ａ）、（ｂ）、（ｃ）、および（ｄ）の任意の組み合わせ、を含む、ＡＡＶウイルス粒子。
実施形態２。
ＡＡＶカプシドを含むＡＡＶウイルス粒子であって、
当該ＡＡＶカプシドの少なくとも一つのＡＡＶカプシドタンパク質は、非霊長類動物ＡＡＶのカプシドタンパク質のアミノ酸配列の少なくとも一部を含み、
当該ＡＡＶカプシドの少なくとも一つのＡＡＶカプシドタンパク質は、改変されて、
（ａ）少なくともタンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバー、
（ｂ）検出可能な標識、
（ｃ）点変異、
（ｄ）非霊長類動物ＡＡＶのカプシドの当該アミノ酸配列に動作可能に連結された他のＡＡＶカプシドタンパク質のアミノ酸配列の一部を含むキメラアミノ酸配列、および
（ｅ）（ａ）、（ｂ）、（ｃ）、および（ｄ）の任意の組み合わせ、を含む、ＡＡＶウイルス粒子。
実施形態３。
ＡＡＶカプシドを含むＡＡＶウイルス粒子であって、
当該ＡＡＶカプシドの少なくとも一つのＡＡＶカプシドタンパク質は、リモートＡＡＶのカプシドタンパク質のアミノ酸配列の少なくとも一部を含み、
当該ＡＡＶカプシドの少なくとも一つのＡＡＶカプシドタンパク質は、改変されて、
（ａ）少なくともタンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバー、
（ｂ）検出可能な標識、
（ｃ）点変異、
（ｄ）リモートＡＡＶのカプシドタンパク質の当該アミノ酸配列に動作可能に連結された他のＡＡＶカプシドタンパク質のアミノ酸配列の一部を含むキメラアミノ酸配列、および
（ｅ）（ａ）、（ｂ）、（ｃ）、および（ｄ）の任意の組み合わせ、を含む、ＡＡＶウイルス粒子。
実施形態４。
（ｉ）非霊長類動物ＡＡＶのカプシドタンパク質のアミノ酸配列、
（ｉｉ）リモートＡＡＶのカプシドタンパク質のアミノ酸配列、および
（ｉｉｉ）それらの組み合わせのアミノ酸配列、からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む少なくとも一つのＡＡＶカプシドタンパク質、ならびに
（Ｂ）対象ヌクレオチド、および他のＡＡＶのＩＴＲ配列の少なくとも一部を含むＡＡＶ ＩＴＲを含むＡＡＶゲノム、を含むＡＡＶウイルス粒子。
実施形態５。
（Ａ）非霊長類動物ＡＡＶのカプシドタンパク質のアミノ酸配列を含む少なくとも一つのＡＡＶカプシドタンパク質、および
（Ｂ）対象ヌクレオチド、および他のＡＡＶのＩＴＲ配列の少なくとも一部を含むＡＡＶ ＩＴＲを含むＡＡＶゲノム、を含むＡＡＶウイルス粒子。
実施形態６。
（Ａ）リモートＡＡＶのカプシドタンパク質のアミノ酸配列を含む少なくとも一つのＡＡＶカプシドタンパク質、および
（Ｂ）対象ヌクレオチド、および他のＡＡＶのＩＴＲ配列の少なくとも一部を含むＡＡＶ ＩＴＲを含むＡＡＶゲノム、を含むＡＡＶウイルス粒子。
実施形態７。
非霊長類動物ＡＡＶのカプシドタンパク質、リモートＡＡＶのカプシドタンパク質、またはそれらの組み合わせの当該アミノ酸配列が、改変されて、
（ａ）少なくともタンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバー、
（ｂ）検出可能な標識、
（ｃ）点変異、を含む、前述の実施形態のいずれかに記載のＡＡＶウイルス粒子。
実施形態８。
当該タンパク質：タンパク質結合ペアは、ＳｐｙＴａｇ：ＳｐｙＣａｔｃｈｅｒ、ＳｐｙＴａｇ：ＫＴａｇ、Ｉｓｏｐｅｐｔａｇ：ｐｉｌｉｎ Ｃ、ＳｎｏｏｐＴａｇ：ＳｎｏｏｐＣａｔｃｈｅｒ、およびＳｐｙＴａｇ００２：ＳｐｙＣａｔｃｈｅｒ００２から選択される、実施形態７に記載のＡＡＶ粒子。
実施形態９。
当該タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーは、配列番号４４として記載される配列を含むｃ－ｍｙｃを含む、実施形態７に記載のＡＡＶ粒子。
実施形態１０。
当該検出可能な標識が、ＩＧＴＲＹＬＴＲ（配列番号４５）のアミノ酸配列を含むＢ１エピトープを含む、上述の実施形態のいずれか一つに記載のＡＡＶ粒子。
実施形態１１。
当該非霊長類動物ＡＡＶのカプシドタンパク質、当該リモートＡＡＶのカプシドタンパク質、またはそれらの組み合わせの当該アミノ酸配列が、当該非霊長類動物ＡＡＶのＶＰ３カプシドタンパク質のアミノ酸配列および／または当該リモートＡＡＶのＶＰ３カプシドタンパク質のアミノ酸配列を含む、上述の実施形態のいずれか一つに記載のＡＡＶウイルス粒子。
実施形態１２。
当該非霊長類動物ＡＡＶのカプシドタンパク質、当該リモートＡＡＶのカプシドタンパク質、またはそれらの組み合わせの当該アミノ酸配列が、当該非霊長類動物ＡＡＶのＶＰ２カプシドタンパク質のアミノ酸配列および／または当該リモートＡＡＶのＶＰ２カプシドタンパク質のアミノ酸配列を含む、上述の実施形態のいずれか一つに記載のＡＡＶウイルス粒子。
実施形態１３。
当該非霊長類動物ＡＡＶのカプシドタンパク質、当該リモートＡＡＶのカプシドタンパク質、またはそれらの組み合わせの当該アミノ酸配列が、当該非霊長類動物ＡＡＶのＶＰ１カプシドタンパク質のアミノ酸配列および／または当該リモートＡＡＶのＶＰ１カプシドタンパク質のアミノ酸配列を含む、上述の実施形態のいずれか一つに記載のＡＡＶウイルス粒子。
実施形態１４。
当該粒子のカプシドが、
（ｉ）キメラＡＡＶ ＶＰ１カプシドタンパク質であって、任意でこの場合において当該キメラＶＰ１カプシドタンパク質は、当該非霊長類ＡＡＶまたは当該リモートＡＡＶのＶＰ１／ＶＰ２共通領域およびＶＰ３領域に動作可能に連結された他のＡＡＶのＶＰ１固有領域（ＶＰ１－ｕ）を含むもの、または
当該非霊長類ＡＡＶもしくは当該リモートＡＡＶのＶＰ１カプシドタンパク質、のいずれかであるＶＰ１カプシドタンパク質、
（ｉｉ）キメラＡＡＶ ＶＰ２カプシドタンパク質であって、任意でこの場合において当該キメラＶＰ２カプシドタンパク質は、当該非霊長類ＡＡＶまたは当該リモートＡＡＶのＶＰ３領域に動作可能に連結された他のＡＡＶのＶＰ１／ＶＰ２共通領域を含むもの、または
当該非霊長類ＡＡＶもしくは当該リモートＡＡＶのＶＰ２カプシドタンパク質、のいずれかであるＶＰ２カプシドタンパク質、および
（ ｉｉｉ）当該非霊長類ＡＡＶまたは当該リモートＡＡＶのＶＰ３カプシドタンパク質、を含む、上述の実施形態のいずれか一つに記載のＡＡＶウイルス粒子。
実施形態１５。
当該粒子のカプシドが、
（ｉ）キメラＡＡＶ ＶＰ１カプシドタンパク質であって、任意でこの場合において当該キメラＶＰ１カプシドタンパク質は、当該非霊長類ＡＡＶまたは当該リモートＡＡＶのＶＰ１／ＶＰ２共通領域およびＶＰ３領域に動作可能に連結された他のＡＡＶのＶＰ１固有領域（ＶＰ１－ｕ）を含むもの、
（ｉｉ）キメラＡＡＶ ＶＰ２カプシドタンパク質であって、任意でこの場合において当該キメラＶＰ２カプシドタンパク質は、当該非霊長類ＡＡＶまたは当該リモートＡＡＶのＶＰ３領域に動作可能に連結された他のＡＡＶのＶＰ１／ＶＰ２共通領域を含むもの、および
（ｉｉｉ）当該非霊長類ＡＡＶまたは当該リモートＡＡＶのＶＰ３カプシドタンパク質、を含む、上述の実施形態のいずれか一つに記載のＡＡＶウイルス粒子。
実施形態１６。
当該粒子のカプシドが、
（ｉ）キメラＡＡＶ ＶＰ１カプシドタンパク質であって、任意でこの場合において当該キメラＶＰ１カプシドタンパク質は、当該非霊長類ＡＡＶまたは当該リモートＡＡＶのＶＰ１／ＶＰ２共通領域およびＶＰ３領域に動作可能に連結された他のＡＡＶのＶＰ１固有領域（ＶＰ１－ｕ）を含むもの、
（ｉｉ）当該非霊長類ＡＡＶまたは当該リモートＡＡＶのＶＰ２カプシドタンパク質、および
（ｉｉｉ）当該非霊長類ＡＡＶまたは当該リモートＡＡＶのＶＰ３カプシドタンパク質、を含む、上述の実施形態のいずれか一つに記載のＡＡＶウイルス粒子。
実施形態１７。
当該カプシドが、
（ｉ）当該非霊長類ＡＡＶまたは当該リモートＡＡＶのＶＰ１カプシドタンパク質、
（ｉｉ）当該非霊長類ＡＡＶまたは当該リモートＡＡＶのＶＰ２カプシドタンパク質、および
（ｉｉｉ）当該非霊長類ＡＡＶまたは当該リモートＡＡＶのＶＰ３カプシドタンパク質、を含む、上述の実施形態のいずれか一つに記載のＡＡＶウイルス粒子。
実施形態１８。
当該他のＡＡＶが、霊長類ＡＡＶ、または霊長類ＡＡＶの組み合わせである、上述の実施形態のいずれか一つに記載のＡＡＶウイルス粒子。
実施形態１９。
当該他のＡＡＶが、ＡＡＶ１、ＡＡＶ２、ＡＡＶ３、ＡＡＶ４、ＡＡＶ５、ＡＡＶ６、ＡＡＶ７、ＡＡＶ８、ＡＡＶ９、およびそれらの組み合わせからなる群から選択される、上述の実施形態のいずれか一つに記載のＡＡＶウイルス粒子。
実施形態２０。
当該他のＡＡＶが、ＡＡＶ２である、上述の実施形態のいずれか一つに記載のＡＡＶウイルス粒子。
実施形態２１。
当該非霊長類動物ＡＡＶが、表２に列挙された非霊長類ＡＡＶである、実施形態１～２、４～５、および７～２０のいずれか一つに記載のＡＡＶウイルス粒子。
実施形態２２。
当該非霊長類ＡＡＶが、鳥類ＡＡＶ、アシカＡＡＶ、またはフトアゴヒゲトカゲＡＡＶである、実施形態１～２、４～５、および７～２１のいずれか一つに記載のＡＡＶウイルス粒子。
実施形態２３。
当該非霊長類動物ＡＡＶが、ＡＡＡＶである、実施形態１～２、４～５、および７～２２のいずれか一つに記載のＡＡＶウイルス粒子。
実施形態２４。
当該改変が、ＡＡＡＶのＶＰ１カプシドタンパク質のＩ４４４位またはＩ５８０位にある、実施形態１～２、４～５、および７－２３のいずれか一つに記載のＡＡＶウイルス粒子。
実施形態２５。
当該非霊長類動物ＡＡＶが、有隣目ＡＡＶである、実施形態１～２、４～５、および７～２２のいずれか一つに記載のＡＡＶウイルス粒子。
実施形態２６。
当該有隣目ＡＡＶが、フトアゴヒゲトカゲＡＡＶである、実施形態１～２、４～５、７－２２、および２５のいずれか一つに記載のＡＡＶウイルス粒子。
実施形態２７。
当該改変が、フトアゴヒゲトカゲＡＡＶのＶＰ１カプシドタンパク質のＩ５７３位またはＩ４３６位にある、実施形態１～２、４～５、７－２２、および２５～２６のいずれか一つに記載のＡＡＶウイルス粒子。
実施形態２８。
当該非霊長類動物ＡＡＶが、哺乳動物ＡＡＶである、実施形態１～２、４～５、および７～２２のいずれか一つに記載のＡＡＶウイルス粒子。
実施形態２９。
当該哺乳動物ＡＡＶが、アシカＡＡＶである、実施形態１～２、４～５、７－２２、および２８のいずれか一つに記載のＡＡＶウイルス粒子。
実施形態３０。
当該改変が、アシカＡＡＶのＶＰ１のＩ４２９、Ｉ４３０、Ｉ４３１、Ｉ４３２、Ｉ４３３、Ｉ４３４、Ｉ４３６、Ｉ４３７およびＡ５６５からなる群から選択される位置にある、実施形態１～２、４～５、７－２２、および２８～２９のいずれか一つに記載のＡＡＶウイルス粒子。
実施形態３１。
非霊長類動物ＡＡＶ、リモートＡＡＶ、またはそれらの組み合わせのＶＰ３カプシドタンパク質を含み、この場合において当該ＶＰ３カプシドタンパク質が改変されて、
（ａ）タンパク質：タンパク質結合ペアの少なくとも第一のメンバーであって、任意で当該タンパク質：タンパク質結合ペアが、ＳｐｙＴａｇ：ＳｐｙＣａｔｃｈｅｒ、ＳｐｙＴａｇ：ＫＴａｇ、Ｉｓｏｐｅｐｔａｇ：ｐｉｌｉｎ－Ｃ、ＳｎｏｏｐＴａｇ：ＳｎｏｏｐＣａｔｃｈｅｒ、およびＳｐｙＴａｇ００２：ＳｐｙＣａｔｃｈｅｒ００２からなる群から選択される、第一のメンバー、
（ｂ）検出可能な標識であって、任意で当該検出可能な標識は、配列番号４４として記載されるアミノ酸配列、または配列番号４５として記載されるアミノ酸配列を含む、検出可能な標識、
（ｃ）点変異、または
（ｄ）（ａ）、（ｂ）、および（ｃ）の任意の組み合わせ、を含む、上述の実施形態のいずれか一つに記載のＡＡＶ粒子。
実施形態３２。
非霊長類動物ＡＡＶ、リモートＡＡＶ、またはそれらの組み合わせのＶＰ３カプシドタンパク質が、改変されて、
（ａ）配列番号４２として記載されるアミノ酸配列を含む少なくともＳｐｙＴａｇ、および／または
（ｂ）配列番号４５として記載されるアミノ酸配列を含む検出可能な標識、を含む、実施形態３１に記載のＡＡＶ粒子。
実施形態３３。
タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーおよび／または検出可能な標識を、当該ＡＡＶ粒子のカプシドのカプシドタンパク質に動作可能に連結する第一および／または第二のリンカーを含む、上述の実施形態のいずれか一つに記載のＡＡＶ粒子。
実施形態３４。
当該第一および第二のリンカーが、同一ではない、実施形態３３に記載のＡＡＶ粒子。
実施形態３５。
当該第一および第二のリンカーが、同一である、実施形態３３または実施形態３４に記載のＡＡＶ粒子。
実施形態３６。
当該第一および／または第二のリンカーが、１０アミノ酸の長さである、実施形態３３～３５のいずれか一つに記載のＡＡＶ粒子。
実施形態３７。
当該ＡＡＶ粒子のカプシドのカプシドタンパク質の可変領域に動作可能に連結された、タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーおよび／または検出可能な標識を含む、上述の実施形態のいずれか一つに記載のＡＡＶ粒子。
実施形態３８。
以下からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むカプシドタンパク質を含む、実施形態１または実施形態２に記載のＡＡＶ粒子：
（ａ）配列番号２として記載されるアミノ酸配列、
（ｂ）配列番号４として記載されるアミノ酸配列、
（ｃ）配列番号６として記載されるアミノ酸配列、
（ｄ）配列番号８として記載されるアミノ酸配列、
（ｅ）配列番号１０として記載されるアミノ酸配列、
（ｆ）配列番号１２として記載されるアミノ酸配列、
（ｇ）配列番号１４として表されるアミノ酸配列、
（ｈ）配列番号１６として記載されるアミノ酸配列、
（ｉ）配列番号１８として記載されるアミノ酸配列、
（ｊ）配列番号２０として記載されるアミノ酸配列、
（ｋ）配列番号２２として記載されるアミノ酸配列、
（ｌ）配列番号２４として記載されるアミノ酸配列、
（ｍ）配列番号２６として記載されるアミノ酸配列、
（ｎ）配列番号２８として記載されるアミノ酸配列、
（ｏ）配列番号３０として記載されるアミノ酸配列、
（ｐ）配列番号３２として記載されるアミノ酸配列、
（ｑ）配列番号３４として記載されるアミノ酸配列、
（ｒ）配列番号３６として記載されるアミノ酸配列、
（ｓ）配列番号５３として記載されるアミノ酸配列、
（ｔ）配列番号５５として記載されるアミノ酸配列、
（ｕ）配列番号５７として記載されるアミノ酸配列、
（ｖ）配列番号５９として記載されるアミノ酸配列、
（ｗ）配列番号６１として記載されるアミノ酸配列、
（ｘ）配列番号６３として記載されるアミノ酸配列、
（ｙ）配列番号６５として記載されるアミノ酸配列、
（ｚ）配列番号６７として記載されるアミノ酸配列、
（ａａ）配列番号６９として記載されるアミノ酸配列、
（ｂｂ）配列番号７１として記載されるアミノ酸配列、
（ｃｃ）配列番号２、配列番号４、配列番号６、配列番号８、配列番号１０、配列番号１２、配列番号１４、配列番号１６、配列番号１８、配列番号２０、配列番号２２、配列番号２４、配列番号２６、配列番号２８、配列番号３０、配列番号３２、配列番号３４、配列番号３６、配列番号５３、配列番号５５、配列番号５７、配列番号５９、配列番号６１、配列番号６３、配列番号６５、配列番号６７、配列番号６９または配列番号７１に対し、例えば少なくとも９５％の同一性などの顕著な配列同一性を有するアミノ酸配列、および
（ｄｄ）（ａ）～（ｃｃ）のいずれかに記載されるアミノ酸配列の任意のＶＰ２部分および／またはＶＰ３部分のアミノ酸配列。
実施形態３９。
参照カプシドタンパク質をさらに含み、そのため当該カプシドはモザイクカプシドである、上述の実施形態のいずれか一つに記載のＡＡＶ粒子。
実施形態４０。
タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーで改変されたＶＰ３カプシドタンパク質、および参照ＶＰ３カプシドタンパク質を含むモザイクカプシドを含む、上述の実施形態のいずれか一つに記載のＡＡＶ粒子。
実施形態４１。
非霊長類動物ＡＡＶまたはリモートＡＡＶのカプシドタンパク質のアミノ酸配列を含むアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）カプシドタンパク質であって、当該ＡＡＶカプシドタンパク質が、
（ａ）キメラＡＡＶ ＶＰ１カプシドタンパク質であって、任意でこの場合において当該キメラ動物ＡＡＶ ＶＰ１カプシドタンパク質が改変されて、タンパク質：タンパク質結合ペアの少なくとも第一のメンバー、検出可能な標識、および／または点変異を含むもの、
（ｂ）タンパク質：タンパク質結合ペアの少なくとも第一のメンバーおよび／または検出可能な標識を含むように改変された非キメラＡＡＶ ＶＰ１カプシドタンパク質、
（ｃ）キメラＶＰ２カプシドタンパク質であって、任意でこの場合において当該キメラＡＡＶ ＶＰ２カプシドタンパク質が改変されて、タンパク質：タンパク質結合ペアの少なくとも第一のメンバー、検出可能な標識、および／または点変異を含むもの、
（ｄ）タンパク質：タンパク質結合ペアの少なくとも第一のメンバー、検出可能な標識、および／または点変異を含むように改変された非キメラＡＡＶ ＶＰ２カプシドタンパク質、
（ｅ）タンパク質：タンパク質結合ペアの少なくとも第一のメンバー、検出可能な標識、および／または点変異を含むように改変されたキメラＡＡＶ ＶＰ３カプシドタンパク質、
（ｆ）タンパク質：タンパク質結合ペアの少なくとも第一のメンバー、検出可能な標識、および／または点変異を含むように改変された非キメラＡＡＶ ＶＰ３カプシドタンパク質、からなる群から選択される、ＡＡＶカプシドタンパク質。
実施形態４２。
当該タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーは、第一および／または第二のリンカーに隣接され、当該リンカーは、タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーをカプシドタンパク質に連結し、およびこの場合において当該第一および／または第二のリンカーはそれぞれ独立して、少なくとも一アミノ酸の長さである、実施形態４１に記載のＡＡＶカプシドタンパク質。
実施形態４３。
当該第一および第二のリンカーが、同一ではない、実施形態４２に記載のＡＡＶカプシドタンパク質。
実施形態４４。
当該第一および第二のリンカーは、同一であり、１０アミノ酸の長さである、実施形態４２に記載のＡＡＶカプシドタンパク質。
実施形態４５。
当該カプシドタンパク質は、タンパク質：タンパク質結合ペアの第二の同族メンバーをさらに含み、任意でこの場合において当該第一および第二のメンバーは、共有結合、任意でイソペプチド結合により結合される、実施形態４１～４４のいずれか一つに記載のＡＡＶカプシドタンパク質。
実施形態４６。
当該タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーは、ＳｐｙＴａｇを含む、実施形態４１～４５のいずれか一つに記載のＡＡＶカプシドタンパク質。
実施形態４７。
当該第二の同族メンバーは、ＳｐｙＣａｔｃｈｅｒを含む、実施形態４５または実施形態４６に記載のＡＡＶカプシドタンパク質。
実施形態４８。
当該第二の同族メンバーが、ＫＴａｇを含む、実施形態４５～４７のいずれか一つに記載のＡＡＶカプシドタンパク質。
実施形態４９。
当該第一のメンバーは、ＫＴａｇであり、当該第二の同族メンバーは、ＳｐｙＴａｇを含む、実施形態４５に記載のＡＡＶカプシドタンパク質。
実施形態５０。
当該第一のメンバーは、ＳｎｏｏｐＴａｇであり、当該第二の同族メンバーは、ＳｎｏｏｐＣａｔｃｈｅｒを含む、実施形態４５に記載のＡＡＶカプシドタンパク質。
実施形態５１。
当該第一のメンバーは、ｉｓｏｐｅｐｔａｇであり、当該第二の同族メンバーは、Ｐｉｌｉｎ－Ｃを含む、実施形態４５に記載のＡＡＶカプシドタンパク質。
実施形態５２。
当該第一のメンバーは、ＳｐｙＴａｇ００２であり、当該第二の同族メンバーは、ＳｐｙＣａｔｃｈｅｒ００２を含む、実施形態４５に記載のＡＡＶカプシドタンパク質。
実施形態５３。
当該第二のメンバーが標的化リガンドに動作可能に連結され、任意でこの場合において当該標的化リガンドは、結合部分である、実施形態４５～５２のいずれか一つに記載のＡＡＶカプシドタンパク質。
実施形態５４。
当該結合部分が、抗体またはその一部である、実施形態５３に記載のＡＡＶカプシドタンパク質。
実施形態５５。
当該抗体またはその一部が、ＳｐｙＣａｔｃｈｅｒに融合される、実施形態５４に記載のＡＡＶカプシドタンパク質。
実施形態５６。
当該抗体またはその一部が、Ｃ末端でリンカーに融合され、当該リンカーが、当該リンカーのＣ末端でＳｐｙＣａｔｃｈｅｒに融合される、実施形態５４または５５に記載のＡＡＶカプシドタンパク質。
実施形態５７。
当該リンカーが、配列番号４９（ＧＳＧＥＳＧ）として記載される配列を含む、実施形態５６に記載のＡＡＶカプシドタンパク質。
実施形態５８。
当該検出可能な標識が、配列番号４５として記載されるアミノ酸配列を含むＢ１エピトープを含む、実施形態４１～５７のいずれか一つに記載のＡＡＶカプシドタンパク質。
実施形態５９。
当該非霊長類動物ＡＡＶが、表２に列記される非霊長類ＡＡＶである、実施形態４１～５８のいずれか一つに記載のＡＡＶカプシドタンパク質。
実施形態６０。
当該非霊長類ＡＡＶは、鳥類ＡＡＶ、アシカＡＡＶ、またはフトアゴヒゲトカゲＡＡＶである、実施形態４１～５９のいずれか一つに記載のＡＡＶカプシドタンパク質。
実施形態６１。
当該非霊長類動物ＡＡＶが、ＡＡＡＶである、実施形態４１～６０のいずれか一つに記載のＡＡＶカプシドタンパク質。
実施形態６２。
当該改変が、ＡＡＡＶのＶＰ１カプシドタンパク質のＩ４４４位またはＩ５８０位にある、実施形態４１～６１のいずれか一つに記載のＡＡＶカプシドタンパク質。
実施形態６３。
当該非霊長類動物ＡＡＶが、有隣目ＡＡＶである、実施形態４１～６０のいずれか一つに記載のＡＡＶカプシドタンパク質。
実施形態６４。
当該有隣目ＡＡＶが、フトアゴヒゲトカゲＡＡＶである、実施形態４１～６０、および６３のいずれか一つに記載のＡＡＶカプシドタンパク質。
実施形態６５。
当該改変が、フトアゴヒゲトカゲＡＡＶのＶＰ１カプシドタンパク質のＩ５７３位またはＩ４３６位にある、実施形態４１～６０、および６３～６４のいずれか一つに記載のＡＡＶカプシドタンパク質。
実施形態６６。
当該非霊長類動物ＡＡＶが、哺乳動物ＡＡＶである、実施形態４１～６０のいずれか一つに記載のＡＡＶカプシドタンパク質。
実施形態６７。
当該哺乳動物ＡＡＶが、アシカＡＡＶである、実施形態４１～６０、および６６のいずれか一つに記載のＡＡＶカプシドタンパク質。
実施形態６８。
当該改変が、アシカＡＡＶのＶＰ１のＩ４２９、Ｉ４３０、Ｉ４３１、Ｉ４３２、Ｉ４３３、Ｉ４３４、Ｉ４３６、Ｉ４３７およびＡ５６５からなる群から選択される位置にある、実施形態４１～６０、および６６～６７のいずれか一つに記載のＡＡＶカプシドタンパク質。
実施形態６９。
以下からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、実施形態４１～６８のいずれか一つに記載のＡＡＶカプシドタンパク質：
（ａ）配列番号２として記載されるアミノ酸配列、
（ｂ）配列番号４として記載されるアミノ酸配列、
（ｃ）配列番号６として記載されるアミノ酸配列、
（ｄ）配列番号８として記載されるアミノ酸配列、
（ｅ）配列番号１０として記載されるアミノ酸配列、
（ｆ）配列番号１２として記載されるアミノ酸配列、
（ｇ）配列番号１４として表されるアミノ酸配列、
（ｈ）配列番号１６として記載されるアミノ酸配列、
（ｉ）配列番号１８として記載されるアミノ酸配列、
（ｊ）配列番号２０として記載されるアミノ酸配列、
（ｋ）配列番号２２として記載されるアミノ酸配列、
（ｌ）配列番号２４として記載されるアミノ酸配列、
（ｍ）配列番号２６として記載されるアミノ酸配列、
（ｎ）配列番号２８として記載されるアミノ酸配列、
（ｏ）配列番号３０として記載されるアミノ酸配列、
（ｐ）配列番号３２として記載されるアミノ酸配列、
（ｑ）配列番号３４として記載されるアミノ酸配列、
（ｒ）配列番号３６として記載されるアミノ酸配列、
（ｓ）配列番号５３として記載されるアミノ酸配列、
（ｔ）配列番号５５として記載されるアミノ酸配列、
（ｕ）配列番号５７として記載されるアミノ酸配列、
（ｖ）配列番号５９として記載されるアミノ酸配列、
（ｗ）配列番号６１として記載されるアミノ酸配列、
（ｘ）配列番号６３として記載されるアミノ酸配列、
（ｙ）配列番号６５として記載されるアミノ酸配列、
（ｚ）配列番号６７として記載されるアミノ酸配列、
（ａａ）配列番号６９として記載されるアミノ酸配列、
（ｂｂ）配列番号７１として記載されるアミノ酸配列、
（ｃｃ）配列番号２、配列番号４、配列番号６、配列番号８、配列番号１０、配列番号１２、配列番号１４、配列番号１６、配列番号１８、配列番号２０、配列番号２２、配列番号２４、配列番号２６、配列番号２８、配列番号３０、配列番号３２、配列番号３４、配列番号３６、配列番号５３、配列番号５５、配列番号５７、配列番号５９、配列番号６１、配列番号６３、配列番号６５、配列番号６７、配列番号６９または配列番号７１に対し、例えば少なくとも９５％の同一性などの顕著な配列同一性を有するアミノ酸配列、および
（ｄｄ）（ａ）～（ｃｃ）のいずれかに記載されるアミノ酸配列の任意のＶＰ２部分および／またはＶＰ３部分のアミノ酸配列。
実施形態７０。
当該タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーは、検出可能な標識を含む、実施形態４１～６９のいずれか一つに記載のＡＡＶカプシドタンパク質。
実施形態７１。
当該検出可能な標識は、ｃ－ｍｙｃ（配列番号４４）を含む、実施形態７０に記載のＡＡＶカプシドタンパク質。
実施形態７２。
実施形態４１～７１のいずれか一つに記載のＡＡＶカプシドタンパク質を含む、ＡＡＶ粒子。
実施形態７３。
実施形態４１～７１のいずれか一つに記載のＡＡＶカプシドタンパク質をコードするｃａｐ遺伝子を含む核酸。
実施形態７４。
ＡＡＶカプシドタンパク質をコードするＡＡＶｃａｐ遺伝子を含む核酸分子であって、
当該ＡＡＶｃａｐ遺伝子が、
（ｉ）非霊長類動物ＡＡＶのｃａｐ遺伝子、
（ｉｉ）リモートＡＡＶのｃａｐ遺伝子、または
（ｉｉｉ）それらの組み合わせ、からなる群から選択される、ｃａｐ遺伝子のヌクレオチド配列の少なくとも一部を含み、
当該ＡＡＶｃａｐ遺伝子がさらに改変されて、
（ａ）タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーをコードするヌクレオチド配列、
（ｂ）検出可能な標識をコードするヌクレオチド配列、
（ｃ）点変異、
（ｄ）非霊長類動物ＡＡＶ、リモートＡＡＶ、またはそれらの組み合わせのｃａｐ遺伝子からなる群から選択されるＡＡＶｃａｐ遺伝子の当該ヌクレオチド配列に動作可能に連結された他のＡＡＶｃａｐ遺伝子のヌクレオチド配列の一部を含むキメラヌクレオチド配列、
（ｅ）（ａ）、（ｂ）、（ｃ）、および（ｄ）の任意の組み合わせ、を含む、核酸分子。
実施形態７５。
ＡＡＶカプシドタンパク質をコードするＡＡＶｃａｐ遺伝子を含む核酸分子であって、
当該ＡＡＶｃａｐ遺伝子が、非霊長類動物ＡＡＶのｃａｐ遺伝子のヌクレオチド配列の少なくとも一部を含み、
当該ＡＡＶｃａｐ遺伝子がさらに改変されて、
（ａ）タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーをコードするヌクレオチド配列、
（ｂ）検出可能な標識をコードするヌクレオチド配列、
（ｃ）点変異、
（ｄ）非霊長類動物ＡＡＶのｃａｐ遺伝子の当該ヌクレオチド配列に動作可能に連結された他のＡＡＶｃａｐ遺伝子のヌクレオチド配列の一部を含むキメラヌクレオチド配列、
（ｅ）（ａ）、（ｂ）、（ｃ）、および（ｄ）の任意の組み合わせ、を含む、核酸分子。
実施形態７６。
ＡＡＶカプシドタンパク質をコードするＡＡＶｃａｐ遺伝子を含む核酸分子であって、
当該ＡＡＶｃａｐ遺伝子が、リモート動物ＡＡＶのｃａｐ遺伝子のヌクレオチド配列の少なくとも一部を含み、
当該ＡＡＶｃａｐ遺伝子がさらに改変されて、
（ａ）タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーをコードするヌクレオチド配列、
（ｂ）検出可能な標識をコードするヌクレオチド配列、
（ｃ）点変異、
（ｄ）リモート動物ＡＡＶのｃａｐ遺伝子の当該ヌクレオチド配列に動作可能に連結された他のＡＡＶｃａｐ遺伝子のヌクレオチド配列の一部を含むキメラヌクレオチド配列、
（ｅ）（ａ）、（ｂ）、（ｃ）、および（ｄ）の任意の組み合わせ、を含む、核酸分子。
実施形態７７。
ＡＡＶ ｒｅｐ遺伝子およびＡＡＶｃａｐ遺伝子を含む核酸分子であって、
当該ＡＡＶｃａｐ遺伝子が、
（ｉ）非霊長類動物ＡＡＶのｃａｐ遺伝子、
（ｉｉ）リモートＡＡＶのｃａｐ遺伝子、および
（ｉｉｉ）それらの組み合わせ、からなる群から選択される、ｃａｐ遺伝子の第一のヌクレオチド配列を含み、
当該ＡＡＶ ｒｅｐ遺伝子が、他のＡＡＶのＡＡＶ ｒｅｐ遺伝子の第二のヌクレオチド配列を含む、核酸分子。
実施形態７８。
ＡＡＶ ｒｅｐ遺伝子およびＡＡＶｃａｐ遺伝子を含む核酸分子であって、
当該ＡＡＶｃａｐ遺伝子が、非霊長類動物ＡＡＶのｃａｐ遺伝子の第一のヌクレオチド配列を含み、
当該ＡＡＶ ｒｅｐ遺伝子が、他のＡＡＶのＡＡＶ ｒｅｐ遺伝子の第二のヌクレオチド配列を含む、核酸分子。
実施形態７９。
ＡＡＶ ｒｅｐ遺伝子およびＡＡＶｃａｐ遺伝子を含む核酸分子であって、
当該ＡＡＶｃａｐ遺伝子が、リモート動物ＡＡＶのｃａｐ遺伝子の第一のヌクレオチド配列を含み、
当該ＡＡＶ ｒｅｐ遺伝子が、他のＡＡＶのＡＡＶ ｒｅｐ遺伝子の第二のヌクレオチド配列を含む、核酸分子。
実施形態８０。
当該ｃａｐ遺伝子は、プロモーターに動作可能に連結される、実施形態７３～７９のいずれか一つに記載の核酸分子。
実施形態８１。
当該プロモーターは、パッケージング細胞において、カプシドタンパク質の発現を指導する、実施形態８０に記載の核酸分子。
実施形態８２。
当該プロモーターは、ｐ４０、ＳＶ４０、ＥＦ、ＣＭＶ、Ｂ１９ｐ６、およびＣＡＧから選択される、実施形態８０または実施形態８１に記載の核酸分子。
実施形態８３。
非霊長類動物ＡＡＶのｃａｐ遺伝子、リモートＡＡＶのｃａｐ遺伝子、またはそれらの組み合わせの当該ヌクレオチド配列が、改変されて、
（ａ）タンパク質：タンパク質結合ペアの少なくとも第一のメンバーをコードするヌクレオチド配列、
（ｂ）検出可能な標識をコードするヌクレオチド配列、および／または
（ｃ）点変異をコードするヌクレオチド配列、を含む、実施形態７３～８２のいずれか一つに記載の核酸分子。
実施形態８４。
当該タンパク質：タンパク質結合ペアは、ＳｐｙＴａｇ：ＳｐｙＣａｔｃｈｅｒ、ＳｐｙＴａｇ：ＫＴａｇ、Ｉｓｏｐｅｐｔａｇ：ｐｉｌｉｎ Ｃ、ＳｎｏｏｐＴａｇ：ＳｎｏｏｐＣａｔｃｈｅｒ、およびＳｐｙＴａｇ００２：ＳｐｙＣａｔｃｈｅｒ００２から選択される、実施形態８３に記載の核酸分子。
実施形態８５。
当該タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーは、配列番号４４として記載される配列を含むｃ－ｍｙｃを含む、実施形態８３に記載の核酸分子。
実施形態８６。
当該検出可能な標識が、ＩＧＴＲＹＬＴＲ（配列番号４５）のアミノ酸配列を含むＢ１エピトープを含む、実施形態８３～８５のいずれか一つに記載の核酸分子。
実施形態８７。
当該非霊長類動物ＡＡＶのｃａｐ遺伝子、当該リモートＡＡＶのｃａｐ遺伝子、またはそれらの組み合わせの当該ヌクレオチド配列が、当該非霊長類動物ＡＡＶのＶＰ３カプシドタンパク質のアミノ酸配列および／または当該リモートＡＡＶのＶＰ３カプシドタンパク質のアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列を含む、実施形態７３～８６のいずれか一つに記載の核酸分子。
実施形態８８。
当該非霊長類動物ＡＡＶのｃａｐ遺伝子、当該リモートＡＡＶのｃａｐ遺伝子、またはそれらの組み合わせの当該ヌクレオチド配列が、当該非霊長類動物ＡＡＶのＶＰ２カプシドタンパク質のアミノ酸配列および／または当該リモートＡＡＶのＶＰ２カプシドタンパク質のアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列を含む、実施形態７３～８７のいずれか一つに記載の核酸分子。
実施形態８９。
当該非霊長類動物ＡＡＶのｃａｐ遺伝子、当該リモートＡＡＶのｃａｐ遺伝子、またはそれらの組み合わせの当該ヌクレオチド配列が、当該非霊長類動物ＡＡＶのＶＰ１カプシドタンパク質のアミノ酸配列および／または当該リモートＡＡＶのＶＰ１カプシドタンパク質のアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列を含む、実施形態７３～８７のいずれか一つに記載の核酸分子。
実施形態９０。
当該ｃａｐ遺伝子が、
（ｉ）キメラＡＡＶ ＶＰ１カプシドタンパク質であって、任意でこの場合において当該キメラＶＰ１カプシドタンパク質は、当該非霊長類ＡＡＶまたは当該リモートＡＡＶのＶＰ１／ＶＰ２共通領域およびＶＰ３領域に動作可能に連結された他のＡＡＶのＶＰ１固有領域（ＶＰ１－ｕ）を含むもの、または
当該非霊長類ＡＡＶもしくは当該リモートＡＡＶのＶＰ１カプシドタンパク質、のいずれかであるＶＰ１カプシドタンパク質、
（ｉｉ）キメラＡＡＶ ＶＰ２カプシドタンパク質であって、任意でこの場合において当該キメラＶＰ２カプシドタンパク質は、当該非霊長類ＡＡＶまたは当該リモートＡＡＶのＶＰ３領域に動作可能に連結された他のＡＡＶのＶＰ１／ＶＰ２共通領域を含むもの、または
当該非霊長類ＡＡＶもしくは当該リモートＡＡＶのＶＰ２カプシドタンパク質、のいずれかであるＶＰ２カプシドタンパク質、および／または
（ｉｉｉ）当該非霊長類ＡＡＶまたは当該リモートＡＡＶのＶＰ３カプシドタンパク質、をコードする、実施形態７３～８９のいずれか一つに記載の核酸分子。
実施形態９１。
当該ｃａｐ遺伝子が、
（ｉ）キメラＡＡＶ ＶＰ１カプシドタンパク質であって、任意でこの場合において当該キメラＶＰ１カプシドタンパク質は、当該非霊長類ＡＡＶまたは当該リモートＡＡＶのＶＰ１／ＶＰ２共通領域およびＶＰ３領域に動作可能に連結された他のＡＡＶのＶＰ１固有領域（ＶＰ１－ｕ）を含むもの、
（ｉｉ）キメラＡＡＶ ＶＰ２カプシドタンパク質であって、任意でこの場合において当該キメラＶＰ２カプシドタンパク質は、当該非霊長類ＡＡＶまたは当該リモートＡＡＶのＶＰ３領域に動作可能に連結された他のＡＡＶのＶＰ１／ＶＰ２共通領域を含むもの、および／または
（ｉｉｉ）当該非霊長類ＡＡＶまたは当該リモートＡＡＶのＶＰ３カプシドタンパク質、をコードする、実施形態７３～９０のいずれか一つに記載の核酸分子。
実施形態９２。
当該ｃａｐ遺伝子が、
（ｉ）キメラＡＡＶ ＶＰ１カプシドタンパク質であって、任意でこの場合において当該キメラＶＰ１カプシドタンパク質は、当該非霊長類ＡＡＶまたは当該リモートＡＡＶのＶＰ１／ＶＰ２共通領域およびＶＰ３領域に動作可能に連結された他のＡＡＶのＶＰ１固有領域（ＶＰ１－ｕ）を含むもの、
（ｉｉ）当該非霊長類ＡＡＶまたは当該リモートＡＡＶのＶＰ２カプシドタンパク質、および
（ｉｉｉ）当該非霊長類ＡＡＶまたは当該リモートＡＡＶのＶＰ３カプシドタンパク質、をコードする、実施形態７３～９０のいずれか一つに記載の核酸分子。
実施形態９３。
当該ｃａｐ遺伝子が、
（ｉ）当該非霊長類ＡＡＶまたは当該リモートＡＡＶのＶＰ１カプシドタンパク質、
（ｉｉ）当該非霊長類ＡＡＶまたは当該リモートＡＡＶのＶＰ２カプシドタンパク質、および／または
（ｉｉｉ）当該非霊長類ＡＡＶまたは当該リモートＡＡＶのＶＰ３カプシドタンパク質、をコードする、実施形態７３～９０のいずれか一つに記載の核酸分子。
実施形態９４。
当該他のＡＡＶが、霊長類ＡＡＶ、または霊長類ＡＡＶの組み合わせである、実施形態７３～９３のいずれか一つに記載の核酸分子。
実施形態９５。
当該他のＡＡＶが、ＡＡＶ１、ＡＡＶ２、ＡＡＶ３、ＡＡＶ４、ＡＡＶ５、ＡＡＶ６、ＡＡＶ７、ＡＡＶ８、ＡＡＶ９、およびそれらの組み合わせからなる群から選択される、実施形態７３～９４のいずれか一つに記載の核酸分子。
実施形態９６。
当該他のＡＡＶが、ＡＡＶ２である、実施形態７３～９５のいずれか一つに記載の核酸分子。
実施形態９７。
当該非霊長類動物ＡＡＶが、表２に列記される非霊長類ＡＡＶである、実施形態７３～７５、７７～７８、および８０～９６のいずれか一つに記載の核酸分子。
実施形態９８。
当該非霊長類ＡＡＶが、鳥類ＡＡＶ、アシカＡＡＶ、またはフトアゴヒゲトカゲＡＡＶである、実施形態７３～７５、７７～７８、および８０～９７のいずれか一つに記載の核酸分子。
実施形態９９。
当該非霊長類動物ＡＡＶが、ＡＡＡＶである、実施形態７３～７５、７７～７８、および８０～９８のいずれか一つに記載の核酸分子。
実施形態１００。
当該改変が、ＡＡＡＶのＶＰ１カプシドタンパク質のＩ４４４位またはＩ５８０位をコードするコドンにある、実施形態７３～７５、７７～７８、および８０～９９のいずれか一つに記載の核酸分子。
実施形態１０１。
当該非霊長類動物ＡＡＶが、有隣目ＡＡＶである、実施形態７３～７５、７７～７８、および８０～９８のいずれか一つに記載の核酸分子。
実施形態１０２。
当該有隣目ＡＡＶが、フトアゴヒゲトカゲＡＡＶである、実施形態７３～７５、７７～７８、８０～９８、および１０１のいずれか一つに記載の核酸分子。
実施形態１０３。
当該改変が、フトアゴヒゲトカゲＡＡＶのＶＰ１カプシドタンパク質のＩ５７３位またはＩ４３６位をコードするコドンにある、実施形態７３～７５、７６～７７、および８０～９８、および１０１～１０２のいずれか一つに記載の核酸分子。
実施形態１０４。
当該非霊長類動物ＡＡＶが、哺乳動物ＡＡＶである、実施形態７３～７５、７６～７７、および８０～９８のいずれか一つに記載の核酸分子。
実施形態１０５。
当該哺乳動物ＡＡＶが、アシカＡＡＶである、実施形態７３～７５、７７～７８、８０～９８、および１０４のいずれか一つに記載の核酸分子。
実施形態１０６。
当該改変が、アシカＡＡＶのＶＰ１のＩ４２９、Ｉ４３０、Ｉ４３１、Ｉ４３２、Ｉ４３３、Ｉ４３４、Ｉ４３６、Ｉ４３７およびＡ５６５からなる群から選択される位置にある、実施形態７３～７５、７７～７８、８０～９８、および１０５のいずれか一つに記載の核酸分子。
実施形態１０７。
以下からなる群から選択されるヌクレオチド配列を含む、実施形態７３～１０６のいずれか一つに記載の核酸分子：
（ａ）配列番号１として記載されるヌクレオチド配列、
（ｂ）配列番号３として記載されるヌクレオチド配列、
（ｃ）配列番号５として記載されるヌクレオチド配列、
（ｄ）配列番号７として記載されるヌクレオチド配列、
（ｅ）配列番号９として記載されるヌクレオチド配列、
（ｆ）配列番号１１として記載されるヌクレオチド配列、
（ｇ）配列番号１３として記載されるヌクレオチド配列、
（ｈ）配列番号１５として記載されるヌクレオチド配列、
（ｉ）配列番号１７として記載されるヌクレオチド配列、
（ｊ）配列番号１９として記載されるヌクレオチド配列、
（ｋ）配列番号２１として記載されるヌクレオチド配列、
（ｌ）配列番号２３として記載されるヌクレオチド配列、
（ｍ）配列番号２５として記載されるヌクレオチド配列、
（ｎ）配列番号２７として記載されるヌクレオチド配列、
（ｏ）配列番号２９として記載されるヌクレオチド配列、
（ｐ）配列番号３１として記載されるヌクレオチド配列、
（ｑ）配列番号３３として記載されるヌクレオチド配列、
（ｒ）配列番号３５として記載されるヌクレオチド配列、
（ｓ）配列番号５２として記載されるヌクレオチド配列、
（ｔ）配列番号５４として記載されるヌクレオチド配列、
（ｕ）配列番号５６として記載されるヌクレオチド配列
（ｖ）配列番号５８として記載されるヌクレオチド配列
（ｗ）配列番号６０として記載されるヌクレオチド配列、
（ｘ）配列番号６２として記載されるヌクレオチド配列、
（ｙ）配列番号６４として記載されるヌクレオチド配列
（ｚ）配列番号６６として記載されるヌクレオチド配列、
（ａａ）配列番号６８として記載されるヌクレオチド配列、
（ｂｂ）配列番号７０として記載されるヌクレオチド配列、
（ｃｃ）配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、５２、５４、５６、５８、６０、６２、６４、６６、６８、７０、またはＶＰ２カプシドをコードするそれらのいずれかとして記載されるヌクレオチド配列に対し、例えば少なくとも９５％の同一性などの顕著な配列同一性を有するヌクレオチド配列、
（ｄｄ）ＶＰ２カプシドタンパク質および／またはＶＰ３カプシドタンパク質をコードする、（ａ）～（ｓ）のヌクレオチド配列の任意の部分。
実施形態１０８。
一つ以上のＡＡＶ Ｒｅｐタンパク質をコードし、プロモーターに動作可能に連結される、ＡＡＶ ｒｅｐ遺伝子をさらに含む、実施形態７３～１０７のいずれか一つに記載の核酸分子。
実施形態１０９。
当該プロモーターが、ｐ５、ｐ１９ ＳＶ４０、ＥＦ、ＣＭＶ、Ｂ１９ｐ６、およびＣＡＧからなる群から選択される、実施形態１０８に記載の核酸分子。
実施形態１１０。
一つ以上のＲｅｐタンパク質が、Ｒｅｐ７８、Ｒｅｐ６８、Ｒｅｐ５２、およびＲｅｐ４０から選択される、実施形態１０８または実施形態１０９に記載の核酸分子。
実施形態１１１。
当該一つ以上のＲｅｐタンパク質が、Ｒｅｐ７８を含む、実施形態１０８～１１０のいずれか一つに記載の核酸分子。
実施形態１１２。
当該一つ以上のＲｅｐタンパク質が、霊長類動物ＡＡＶ Ｒｅｐタンパク質である、実施形態１０８～１１０のいずれか一つに記載の核酸分子。
実施形態１１３。
実施形態７３～１１２に記載の核酸分子のいずれか一つのアミノ酸配列を含む、ＡＡＶカプシドタンパク質。
実施形態１１４。
実施形態１１３に記載のカプシドタンパク質を含む、ＡＡＶ粒子。
実施形態１１５。
実施形態７３～１１２のいずれか一つに記載されるｃａｐ遺伝子を含む核酸分子を含むＡＡＶ粒子を作製するためのパッケージング細胞。
実施形態１１６。
一つ以上のＡＡＶ Ｒｅｐタンパク質をコードするｒｅｐ遺伝子を含む核酸分子をさらに含み、この場合において当該ｒｅｐ遺伝子は、プロモーターに動作可能に連結され、任意でこの場合において当該ｒｅｐ遺伝子およびｃａｐ遺伝子は、二つの異なるＡＡＶの遺伝子である、実施形態１１５に記載のパッケージング細胞。
実施形態１１７。
Ｒｅｐ遺伝子に動作可能に連結された当該プロモーターが、パッケージング細胞におけるＲｅｐタンパク質の発現を指導する、実施形態１１６に記載のパッケージング細胞。
実施形態１１８。
当該プロモーターは、ｐ５、ｐ１９ ＳＶ４０、ＥＦ、ＣＭＶ、Ｂ１９ｐ６、およびＣＡＧから選択される、実施形態１１６または実施形態１１７に記載のパッケージング細胞。
実施形態１１９。
当該一つ以上のＲｅｐタンパク質が、Ｒｅｐ７８、Ｒｅｐ６８、Ｒｅｐ５２、およびＲｅｐ４０から選択される、実施形態１１６～１１８のいずれか一つに記載のパッケージング細胞。
実施形態１２０。
当該一つ以上のＲｅｐタンパク質が、Ｒｅｐ７８を含む、実施形態１１６～１１９のいずれか一つに記載のパッケージング細胞。
実施形態１２１。
当該一つ以上のＲｅｐタンパク質が、霊長類動物ＡＡＶ Ｒｅｐタンパク質である、実施形態１１６～１２０のいずれか一つに記載のパッケージング細胞。
実施形態１２２。
当該一つ以上のＲｅｐタンパク質が、非霊長類動物ＡＡＶ Ｒｅｐタンパク質である、実施形態１１６～１２０のいずれか一つに記載のパッケージング細胞。
実施形態１２３。
一つ以上のＲｅｐタンパク質により認識される少なくとも一つのＡＡＶ末端逆位配列（ＩＴＲ）が少なくとも片側で隣接する対象ヌクレオチドのヌクレオチド配列を含む核酸分子をさらに含む、実施形態１１６～１２２のいずれか一つに記載のパッケージング細胞。
実施形態１２４。
当該ヌクレオチドが、当該少なくとも一つのＩＴＲと同じＡＡＶの第二のＩＴＲにより他方の側で隣接される、実施形態１２３に記載のパッケージング細胞。
実施形態１２５。
当該ヌクレオチドが、第二のＩＴＲにより他方の側で隣接され、この場合において当該第二のＩＴＲおよび当該少なくとも一つのＩＴＲは、異なるＡＡＶのＩＴＲである、実施形態１２４に記載のパッケージング細胞。
実施形態１２６。
対象ヌクレオチドが、レポーター遺伝子である、実施形態１２３～１２５のいずれか一つに記載のパッケージング細胞。
実施形態１２７。
当該レポーター遺伝子が、β‐ガラクトシダーゼ、緑色蛍光タンパク質（ＧＦＰ）、強化型緑色蛍光タンパク質（ｅＧＦＰ）、ＭｍＧＦＰ、青色蛍光タンパク質（ＢＦＰ）、強化型青色蛍光タンパク質（ｅＢＦＰ）、ｍＰｌｕｍ、ｍＣｈｅｒｒｙ、ｔｄＴｏｍａｔｏ、ｍＳｔｒａｗｂｅｒｒｙ、Ｊ－Ｒｅｄ、ＤｓＲｅｄ、ｍＯｒａｎｇｅ、ｍＫＯ、ｍＣｉｔｒｉｎｅ、Ｖｅｎｕｓ、ＹＰｅｔ、黄色蛍光タンパク質（ＹＦＰ）、強化型黄色蛍光タンパク質（ｅＹＦＰ）、Ｅｍｅｒａｌｄ、ＣｙＰｅｔ、シアン蛍光タンパク質（ＣＦＰ）、Ｃｅｒｕｌｅａｎ、Ｔ－Ｓａｐｐｈｉｒｅ、ルシフェラーゼ、アルカリホスファターゼ、またはそれらの組み合わせをコードする、実施形態１２６に記載のパッケージング細胞。
実施形態１２８。
対象ヌクレオチドが、治療用タンパク質、自殺遺伝子、抗体もしくはその断片、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓシステムもしくはその一部（複数可）、アンチセンスオリゴヌクレオチド、リボザイム、ＲＮＡｉ分子、またはｓｈＲＮＡ分子をコードする、実施形態１２３～１２５のいずれか一つに記載のパッケージング細胞。
実施形態１２９。
参照カプシドタンパク質をコードするヌクレオチド配列をさらに含む、実施形態１１５～１３３のいずれか一つに記載のパッケージング細胞。
実施形態１３０。
ウイルス粒子を作製する方法であって、ウイルス粒子の作製に充分な条件下で、実施形態１１５～１２９のいずれか一つに記載のパッケージング細胞を培養することを含む、方法。
実施形態１３１。
当該パッケージング細胞は、ヘルパープラスミドおよび／または対象ヌクレオチドを含むトランスファープラスミドをさらに含む、実施形態１３０に記載の方法。
実施形態１３２。
以下の工程：
ａ．細胞残渣を除去する工程、
ｂ．ＢｅｎｚｏｎａｓｅまたはＤＮａｓｅ Ｉ、およびＭｇＣｌ２を用いて、ウイルス粒子を含有する上清を処理する工程、
ｃ．ウイルス粒子を濃縮する工程、
ｄ．当該ウイルス粒子を精製する工程、および
ｅ．ａ～ｄの任意の組み合わせ、のうちの一つ以上をさらに含み、
任意で当該ウイルス粒子は、自己補完的アデノ随伴ウイルス粒子であり、および／または培養上清から単離される、実施形態１３０または実施形態１３１に記載の方法。
実施形態１３３。
実施形態１３０～１３２のいずれか一つに記載の方法に従って作製されたＡＡＶ粒子。
実施形態１３４。
対象ヌクレオチドをさらに含む、実施形態１～４０、７２、１１４、および１３３のいずれか一つに記載のＡＡＶ粒子。
実施形態１３５。
対象ヌクレオチドが、レポーター遺伝子である、実施形態１３４に記載のＡＡＶ粒子。
実施形態１３６。
当該レポーター遺伝子が、β‐ガラクトシダーゼ、緑色蛍光タンパク質（ＧＦＰ）、強化型緑色蛍光タンパク質（ｅＧＦＰ）、ＭｍＧＦＰ、青色蛍光タンパク質（ＢＦＰ）、強化型青色蛍光タンパク質（ｅＢＦＰ）、ｍＰｌｕｍ、ｍＣｈｅｒｒｙ、ｔｄＴｏｍａｔｏ、ｍＳｔｒａｗｂｅｒｒｙ、Ｊ－Ｒｅｄ、ＤｓＲｅｄ、ｍＯｒａｎｇｅ、ｍＫＯ、ｍＣｉｔｒｉｎｅ、Ｖｅｎｕｓ、ＹＰｅｔ、黄色蛍光タンパク質（ＹＦＰ）、強化型黄色蛍光タンパク質（ｅＹＦＰ）、Ｅｍｅｒａｌｄ、ＣｙＰｅｔ、シアン蛍光タンパク質（ＣＦＰ）、Ｃｅｒｕｌｅａｎ、Ｔ－Ｓａｐｐｈｉｒｅ、ルシフェラーゼ、アルカリホスファターゼ、またはそれらの組み合わせをコードする、実施形態１３５に記載のＡＡＶ粒子。
実施形態１３７。
対象ヌクレオチドが、治療用タンパク質、自殺遺伝子、抗体もしくはその断片、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓシステムもしくはその一部（複数可）、アンチセンスオリゴヌクレオチド、リボザイム、ＲＮＡｉ分子、またはｓｈＲＮＡ分子をコードする、実施形態１３４に記載のＡＡＶ粒子。
実施形態１３８。
（ａ）実施形態１～４０、７２、１１４、および１３３のいずれか一つに記載のＡＡＶ粒子、実施形態４１～７１および１１３のいずれか一つに記載のＡＡＶカプシドタンパク質を含むＡＡＶ粒子、または実施形態１３０～１３２のいずれか一つに記載の方法に従って作製されたＡＡＶ粒子、ならびに（ｂ）薬学的に許容可能な担体または賦形剤、を含む、医薬組成物。
実施形態１３９。
対象ヌクレオチドを標的細胞に送達する方法であって、当該標的細胞を、（ａ）実施形態１～４０、７２、１１４、および１３３のいずれか一つに記載されるＡＡＶ粒子、または（ｂ）実施形態１３８に記載の組成物、と接触させることを含む、方法。
実施形態１４０。
ＡＡＶ粒子のカプシドは、標的細胞の表面上に発現されるタンパク質に特異的に結合する標的化リガンドを含む、実施形態１３９に記載の方法。
実施形態１４１。
接触することが、生体外で実施される、実施形態１３９または実施形態１４０に記載の方法。
実施形態１４２。
当該標的細胞が、対象中にある、実施形態１３９または実施形態１４０に記載の方法。
実施形態１４３。
当該対象が、ヒトである、実施形態１４２に記載の方法。
実施形態１４４。
当該標的細胞が、ヒト細胞である、実施形態１３９～１４３のいずれか一つに記載の方法。
実施形態１４５。
対象ヌクレオチドが、治療用タンパク質、自殺遺伝子、抗体もしくはその断片、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓシステムもしくはその一部（複数可）、アンチセンスオリゴヌクレオチド、リボザイム、ＲＮＡｉ分子、またはｓｈＲＮＡ分子をコードする、実施形態１３９～１４４のいずれか一つに記載の方法。
以下の実施例は、説明目的のみに提供され、本発明の範囲を制限することを意図していない。
材料および方法
細胞株および抗体
２９３細胞株および２９３Ｔ細胞株のすべてを、１０％のＦＢＳ、１％のＰｅｎ／Ｓｔｒｅｐ、および１％のＬ－グルタミンを補充したＤＭＥＭ中に維持した。２９３ ｈＥｒｂＢ２細胞株および２９３ｈＡＳＧＲ１／２細胞株は、対応するｃＤＮＡを発現する粒子を用いて親２９３細胞株をレンチウイルス形質導入することにより作製した。すべての細胞株を、Ｒｅｇｅｎｅｒｏｎ ＴＣコア施設から得た。Ｂ１抗体は、ＡＡＶ ＶＰ１、ＶＰ２、およびＶＰ３に共有される線形エピトープを認識する。
ＡＡＶカプシドタンパク質構築物
所望のＡＡＶカプシド配列、またはＳｐｙＴａｇの挿入、隣接リンカーアミノ酸、および追加の点変異を含む所望のＡＡＶカプシド配列のポリメラーゼ連鎖反応増幅のためのプライマーをコードするＧｅｎｅＢｌｏｃｋは、ＩＤＴから購入し、メーカー（ＮＥＢ）のプロトコールに従いＧｉｂｓｏｎ Ａｓｓｅｍｂｌｙを使用して、ｐＡＡＶ Ｒ２Ｃ２にクローニングした。
抗体へのＳｐｙＣａｔｃｈｅｒの融合
ＳｐｙＣａｔｃｈｅｒをコードするＧｅｎｅＢｌｏｃｋをＩＤＴから購入し、柔軟性のあるアミノ酸リンカーＧＳＧＥＳＧ（配列番号４９）によって分離される、各構築物のＣ末端での抗体重鎖の発現用プラスミドに、Ｇｉｂｓｏｎ Ａｓｓｅｍｂｌｙを使用してコード配列をインフレームでクローニングした。
ＡＡＶウイルス粒子の調製
ウイルスは、以下のプラスミドを用いてＰＥＩ ＰｒｏまたはＰＥＩ Ｍａｘを使用して２９３Ｔ細胞パッケージング細胞をトランスフェクトすることにより作製された：ｓｃＦｖまたは抗体の重鎖と軽鎖のいずれかをコードする追加プラスミドとともに、または伴わずに、ｐＡｄヘルパー、レポータータンパク質をコードするＡＡＶ２ ＩＴＲ含有ゲノムプラスミド、およびＡＡＶ ＲｅｐとＣａｐ遺伝子をコードするｐＡＡＶ－ＣＡＰプラスミド。ｓｃＦｖおよび抗体重鎖構築物は、すべて、上記に記載されるようにＣ末端でＳｐｙＣａｔｃｈｅｒに融合されている。ＯｐｔｉＭＥＭにおいてトランスフェクトを行い、８時間後に培地を、１０％のＦＢＳ、１％のＰｅｎ／Ｓｔｒｅｐ、および１％のＬ－Ｇｌｕｔを補充したＤＭＥＭに変更した。別のトランスフェクションプロトコルを、トランスフェクション後に培地を交換することなく、１５０ｍＭのＮａＣｌ中で実施した。
トランスフェクトされたパッケージング細胞を、３７℃で３日間インキュベートし、次に、標準的凍結解凍プロトコールを使用して細胞溶解物からウイルスを回収した。簡潔に言うと、パッケージング細胞を、破砕および沈殿させることにより釣り上げた。上清を除去し、細胞を、５０ｍＭのＴｒｉｓ－ＨＣｌ、１５０ｍＭのＮａＣｌ、および２ｍＭのＭｇＣｌ２［ｐＨ８．０］または２５ｍＭのＴｒｉｓ－ＨＣｌ、１００ｍＭのＮａＣｌ、１ｍＭのＭｇＣｌ２、２．５ｍＭのＫＣｌ、０．００１％のＰｌｕｒｏｎｉｃ Ｆ６８［ｐＨ７．４］の溶液中に再懸濁した。ドライアイス／エタノール槽と、激しくボルテックスを行いながらの３７℃の水槽との間で細胞懸濁液を行き来させる工程からなる凍結融解サイクルを３回連続で行うことにより、細胞溶解を誘導し、細胞内ウイルス粒子を放出させた。ＥＭＤ Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅ Ｂｅｎｚｏｎａｓｅ（５０Ｕ／ｍｌ 細胞溶解物）を用いて、時々混合しながら３７℃で６０分間溶解物を処理することによって、粘度を低下させた。次いで残渣を遠心分離により沈殿させ、得られた上清を、粗溶解物の調製、またはさらなるイオジキサノール勾配精製のために処理した。粗溶解物の調整に関しては、上清は、０．２２μｍのＰＶＤＦ Ｍｉｌｌｅｘ－ＧＶフィルターを通して、Ｕｌｔｒａｃｅｌ－１００メンブレン（１００ＫＤａのＭＷＣＯ）フィルターカートリッジを有するＡｍｉｃｏｎ Ｕｌｔｒａ－１５遠心フィルターユニットの上部チャンバー内に直接濾過した。フィルターユニットは、上部チャンバーにおいて所望の体積に達するまで５～１０分間隔で遠心分離され、次いで濃縮された粗ウイルスを低タンパク質結合管にピペッティングし、４Ｃで保存した。イオジキサノール勾配精製に関しては、溶解物は、０．２μｍのＰＥＳ Ｎａｌｇｅｎｅ Ｒａｐｉｄ－Ｆｌｏｗフィルターを通してろ過された。ＡＡＶ含有培地は、接線流ろ過、および０．００１％ Ｐｌｕｒｏｎｉｃ Ｆ－６８が補充された１ｘＰＢＳを用いた透析ろ過によって個別に濃縮された。精製された溶解物または濃縮培地を、不連続なイオジキサノール勾配上にローディングし、ＳＷ ３２ Ｔｉローターを使用して、２９，６００ｒｐｍで１０℃、１６～１８時間、遠心分離した。ウイルス画分は、４０～６０％のイオジキサノール溶液の間の界面から取り出され、１００ｋＤａの公称分子量限界のＡｍｉｃｏｎ Ｕｌｔｒａ Ｃｅｎｔｒｉｆｕｇａｌフィルターを使用して、０．００１％ Ｐｌｕｒｏｎｉｃ Ｆ－６８を補充した１ｘＰＢＳへと交換した。力価（ミリリットル当たりのベクターゲノム ｖｇ／ｍＬ）を、濃度が判明しているウイルスの標準曲線を使用したｑＰＣＲによって決定した。
細胞感染／形質導入およびフローサイトメトリー分析／発光分析
細胞に感染させるために、培養中の細胞の培地にウイルス粒子を直接加え、混合物を３７℃で一晩インキュベートした。粗溶解物を用いた形質導入に関しては、各ウェル中の培地を２４時間後に交換し、細胞を３～５日間インキュベートした。ＧＦＰ発現の評価に関しては、感染から３、４または５日目に、細胞をトリプシン処理し、２％のＦＢＳを含むＰＢＳ中に再懸濁し、ＧＦＰ＋細胞のパーセンテージをＢＤ ＦＡＣＳＣａｎｔｏフローサイトメトリー上で収集し、ＦｌｏｗＪｏソフトウェアを使用して分析した。ＮａｎｏＬｕｃ発現の評価に関しては、感染から２、または３日目に、細胞を１ｘ Ｐａｓｓｉｖｅ Ｌｙｓｉｓ Ｂｕｆｆｅｒ（Ｐｒｏｍｅｇａ社）中で溶解させ、Ｎａｎｏ－Ｇｌｏ Ｌｕｃｉｆｅｒａｓｅ Ａｓｓａｙ Ｒｅａｇｅｎｔとともにインキュベートした。ＳｐｅｃｔｒａＭａｘプレートリーダーを使用して発光を評価した。
ＩｇＧ存在下での中和アッセイ
ＰＢＳ中で調製された精製ヒトＩｇＧを濃度を増加させながらウイルス粒子と混合し、ウイルス粒子とＩｇＧの混合物を３７℃で３０分間インキュベートして、結合させた。細胞に感染させるために、培養中の細胞の培地にウイルス粒子を直接加え、混合物を３７℃で２日間インキュベートした。感染から２日目に、Ｎａｎｏｇｌｏルシフェラーゼアッセイ（Ｐｒｏｍｅｇａ社）およびプレートリーダー（ＰｅｒｋｉｎＥｌｍｅｒ社）で収集されたＲＬＵデータを使用して、Ｎａｎｏｌｕｃ発現を測定した。
ウェスタンブロット解析
ＳｐｙＴａｇ付きタンパク質ＶＰ１、ＶＰ２、およびＶＰ３と、ＳｐｙＣａｔｃｈｅｒタグ付き抗体またはｓｃＦｖとの間の反応を、ウェスタンブロット分析によって観察した。還元剤を含むＮｏｖｅｘ（登録商標）トリス－グリシンＳＤＳ試料緩衝液を、等体積の粗ウイルス調製物に加え、試料を８５℃まで５分間加熱し、次に、室温まで冷却し、プレキャスト４～１２％のトリス‐グリシンゲル（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）に装填した。タンパク質を還元ＳＤＳ－ＰＡＧＥによって分離し、湿潤導入を介してＰＶＤＦ上にブロットした。膜を、５％ミルクでブロッキングし、ＴＢＳＴ中で１：１００希釈されたマウスモノクロ―ナルＢ１抗体（ＡＲＰ Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｐｒｏｄｕｃｔｓ，Ｉｎｃ．）を用いて４℃で一晩、プローブした。ブロットをＴＢＳＴで洗浄し、抗マウスＨＲＰ結合抗体でプローブし、Ｂｉｏ－Ｒａｄ ＣｈｅｍｉＤｏｃ ＭＰ撮像装置上で化学発光検出試薬を使用して検出した。
タンパク質染色分析
ＡＡＶタンパク質のＶＰ１、ＶＰ２、およびＶＰ３の相対的な発現を、ＳＤＳ－ＰＡＧＥゲルのタンパク質染色分析によってモニタリングした。メーカーの指示に従い、ＮｕＰＡＧＥ ＬＤＳサンプル緩衝液および還元剤（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ社）を使用して、ＡＡＶサンプルを調製した。サンプルを１０分間、９５℃に加熱し、次いで室温に冷却して、プレキャスト４～１２％のＮｕＰＡＧＥ Ｂｉｓ－Ｔｒｉｓゲル（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ社）にローディングした。タンパク質分離後、ゲルを５０％メタノール、７％酢酸中で固定し、ＳＹＰＲＯ Ｒｕｂｙゲル染色剤（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ社）中で染色して、１０％メタノール、７％酢酸中で洗浄した。ゲル画像を、Ｂｉｏ－Ｒａｄ ＣｈｅｍｉＤｏｃ ＭＰ撮像装置上で撮影した。
実施例１．非霊長類ＡＡＶキメラ粒子は、アフィニティクロマトグラフィーを介して作製および精製することができる。
以下のプラスミドおよび数量で、２９３Ｔパッケージング細胞の１５ｃｍプレート１枚分をトランスフェクトすることにより、上述のように各ウイルスが作製された：
ｐＡｄ ヘルパー ８μｇ
ｐＡＡＶ－ＵｂＣ－ホタルルシフェラーゼ ４μｇ
ｐＲｅｐ Ｃａｐプラスミド構築物 ４μｇ
Ｒｅｐ Ｃａｐプラスミド構築物には、以下が含まれる：
ｐＲｅｐ２ Ｃａｐ ＡＡＶ２ ＶＰ１ ＡＡＡＶ ＶＰ２ ＶＰ３
ｐＲｅｐ２ Ｃａｐ ＡＡＶ２ ＶＰ１ アシカ ＶＰ２ ＶＰ３
ｐＲｅｐ２ Ｃａｐ ＡＡＶ２ ＶＰ１ フトアゴヒゲトカゲ ＶＰ２ ＶＰ３
ｐＡｄ ヘルパー ８μｇ
ｐＡＡＶ－ＵｂＣ－ホタルルシフェラーゼ ４μｇ
ｐＲｅｐ Ｃａｐプラスミド構築物 ４μｇ
Ｒｅｐ Ｃａｐプラスミド構築物には、以下が含まれる：
ｐＲｅｐ２ Ｃａｐ ＡＡＶ２ ＶＰ１ ＡＡＡＶ ＶＰ２ ＶＰ３
ｐＲｅｐ２ Ｃａｐ ＡＡＶ２ ＶＰ１ アシカ ＶＰ２ ＶＰ３
ｐＲｅｐ２ Ｃａｐ ＡＡＶ２ ＶＰ１ フトアゴヒゲトカゲ ＶＰ２ ＶＰ３
次いで粗ウイルス調製物をアフィニティクロマトグラフィーにより精製し、投入画分、フロースルー（ＦＴ）画分、および溶出画分に存在するカプシドタンパク質をウェスタンブロット法により評価した（図２）。三種すべてのウイルスに由来するカプシドタンパク質が、クロマトグラフィーカラムの投入時に存在したが、フロースルーでは減少し、溶出画分には存在していた。このことから、例えばＡＡＶ２などの霊長類由来カプシドを精製するために使用されたアフィニティカラムクロマトグラフィー法を、非霊長類ＡＡＶの精製にも使用できることが示唆される。
以下の各実施例において、ＡＡＶ２のｒｅｐ遺伝子、ならびにＡＡＡＶのＶＰ１／ＶＰ２共通領域に動作可能に連結されたＡＡＶ２のＶＰ１－ｕ領域を含むキメラＶＰ１カプシドタンパク質、ＡＡＡＶ ＶＰ２カプシドタンパク質、およびＡＡＡＶ ＶＰ３カプシドタンパク質をコードするキメラｃａｐ遺伝子とを含む、ｐＲｅｐ２ Ｃａｐ ＡＡＶ２ ＶＰ１ ＡＡＡＶ ＶＰ２ ＶＰ３プラスミドは、「ｐＡＡＶ Ｒ２Ｃａｐ ＡＡＶ２／ＡＡＡＶ」と示される。ＡＡＶ２のｒｅｐ遺伝子、ならびにアシカＡＡＶのＶＰ１／ＶＰ２共通領域に動作可能に連結されたＡＡＶ２のＶＰ１－ｕ領域を含むキメラＶＰ１カプシドタンパク質、アシカ ＶＰ２カプシドタンパク質、およびアシカ ＶＰ３カプシドタンパク質をコードするキメラｃａｐ遺伝子とを含む、ｐＲｅｐ２ Ｃａｐ ＡＡＶ２ ＶＰ１ アシカ ＶＰ２ ＶＰ３プラスミドは、「ｐＡＡＶ Ｒ２Ｃａｐ ＡＡＶ２／アシカ」と示される。ＡＡＶ２のｒｅｐ遺伝子、ならびにフトアゴヒゲトカゲＡＡＶのＶＰ１／ＶＰ２共通領域に動作可能に連結されたＡＡＶ２のＶＰ１－ｕ領域を含むキメラＶＰ１カプシドタンパク質、フトアゴヒゲトカゲ ＶＰ２カプシドタンパク質、およびフトアゴヒゲトカゲ ＶＰ３カプシドタンパク質をコードするキメラｃａｐ遺伝子とを含む、ｐＲｅｐ２ Ｃａｐ ＡＡＶ２ ＶＰ１ フトアゴヒゲトカゲ ＶＰ２ ＶＰ３プラスミドは、「ｐＡＡＶ Ｒ２Ｃａｐ ＡＡＶ２／フトアゴヒゲトカゲ」と示される。
実施例２．鳥類ＡＡＶカプシドのＶＰ３領域へのペプチド挿入は忍容性良好であり、ＳｐｙＣａｔｃｈｅｒ－ＳｐｙＴａｇを介したウイルス粒子への抗体の共有結合的付加を介在することができる。
ＰｙＭｏｌモデリングを使用して、鳥類ＡＡＶの推定可変ループＩＶおよび可変ループＶＩＩＩの中の可能性のあるペプチド挿入部位を予測し（図３Ａ）、対応するＳｐｙＴａｇ挿入構築物をクローニングした。以下のプラスミドおよび数量で、２９３Ｔパッケージング細胞の１５ｃｍプレート１枚分をトランスフェクトすることにより、上述のように各ウイルスが作製された：
ｐＡｄ ヘルパー １６μｇ
ｐＡＡＶ－ＣＡＧ－ＧＦＰ ８μｇ
ｐＡＡＶ Ｒ２ＣａｐＸ ８μｇ
ｐＡＡＶ Ｒ２ＣａｐＸ構築物には、以下が含まれる：
ｐＡＡＶ Ｒ２Ｃａｐ ＡＡＶ２／ＡＡＡＶ ＳｐｙＴａｇなし
ｐＡＡＶ Ｒ２Ｃａｐ ＡＡＶ２／ＡＡＡＶ Ｇ４４４ Ｌｉｎｋｅｒ６ ＳｐｙＴａｇ
ｐＡＡＶ Ｒ２Ｃａｐ ＡＡＶ２／ＡＡＡＶ Ｋ５８０ Ｌｉｎｋｅｒ６ ＳｐｙＴａｇ
または
ｐＡｄ ヘルパー １６μｇ
ｐＡＡＶ－ＣＡＧ－ＧＦＰ ８μｇ
ｐＡＡＶ Ｒ２Ｃａｐ ＡＡＶ２／ＡＡＡＶ ＳｐｙＴａｇなし ６．７ｕｇ
と
ｐＡＡＶ Ｒ２Ｃａｐ ＡＡＶ２／ＡＡＡＶ Ｇ４４４ Ｌｉｎｋｅｒ６ ＳｐｙＴａｇ １．３μｇ
または
ｐＡＡＶ Ｒ２Ｃａｐ ＡＡＶ２／ＡＡＡＶ Ｋ５８０ Ｌｉｎｋｅｒ６ ＳｐｙＴａｇ １．３μｇ
ｐＡｄ ヘルパー １６μｇ
ｐＡＡＶ－ＣＡＧ－ＧＦＰ ８μｇ
ｐＡＡＶ Ｒ２ＣａｐＸ ８μｇ
ｐＡＡＶ Ｒ２ＣａｐＸ構築物には、以下が含まれる：
ｐＡＡＶ Ｒ２Ｃａｐ ＡＡＶ２／ＡＡＡＶ ＳｐｙＴａｇなし
ｐＡＡＶ Ｒ２Ｃａｐ ＡＡＶ２／ＡＡＡＶ Ｇ４４４ Ｌｉｎｋｅｒ６ ＳｐｙＴａｇ
ｐＡＡＶ Ｒ２Ｃａｐ ＡＡＶ２／ＡＡＡＶ Ｋ５８０ Ｌｉｎｋｅｒ６ ＳｐｙＴａｇ
または
ｐＡｄ ヘルパー １６μｇ
ｐＡＡＶ－ＣＡＧ－ＧＦＰ ８μｇ
ｐＡＡＶ Ｒ２Ｃａｐ ＡＡＶ２／ＡＡＡＶ ＳｐｙＴａｇなし ６．７ｕｇ
と
ｐＡＡＶ Ｒ２Ｃａｐ ＡＡＶ２／ＡＡＡＶ Ｇ４４４ Ｌｉｎｋｅｒ６ ＳｐｙＴａｇ １．３μｇ
または
ｐＡＡＶ Ｒ２Ｃａｐ ＡＡＶ２／ＡＡＡＶ Ｋ５８０ Ｌｉｎｋｅｒ６ ＳｐｙＴａｇ １．３μｇ
ＳｐｙＴａｇ挿入を欠くキメラＡＡＶ２／ＡＡＡＶ粒子、ならびに上記に列挙されるようにカプシド内の様々な位置にＳｐｙＴａｇ挿入を有するキメラＡＡＶ２／ＡＡＡＶ粒子を、ＩＴＲ２－含有ＡＡＶゲノムとともにパッケージングした。キメラＡＡＶ２／ＡＡＡＶカプシドの形成と、ＡＡＶ２ ＩＴＲを含有するゲノムとのパッケージングが成功し得るかを判断する試みにおいて、定量的ＰＣＲを実施して、ＳｐｙＴａｇ挿入を欠くキメラＡＡＶ２／ＡＡＡＶ粒子に対する、ＳｐｙＴａｇ挿入を有するキメラＡＡＶ２／ＡＡＡＶ粒子の力価（ミリリットル当たりのゲノム数またはｖｇ／ｍＬ）を測定した（図３Ｂ）。測定された力価から、キメラＡＡＶ２／ＡＡＡＶ粒子が、ＡＡＶ２ ＩＴＲゲノムと共にパッケージングされ得たことが示される。キメラＡＡＶ２／ＡＡＡＶ粒子の力価は、ＳｐｙＴａｇ挿入を欠くキメラＡＡＶ２／ＡＡＡＶ粒子と、ＳｐｙＴａｇ挿入を有するキメラＡＡＶ２／ＡＡＡＶ粒子との間で、同様であった。
次に、ＡＳＧＲ１に結合するＳｐｙＣａｔｃｈｅｒ－タグ付き抗体とともに、および含まずに、ＳｐｙＴａｇ挿入を欠くキメラＡＡＶ２／ＡＡＡＶ粒子ならびにＳｐｙＴａｇ挿入を有するキメラＡＡＶ２／ＡＡＡＶ粒子をインキュベートした。ＳｐｙＴａｇ付きキメラＡＡＶ２／ＡＡＡＶタンパク質のＶＰ１、ＶＰ２、およびＶＰ３と、ＳｐｙＣａｔｃｈｅｒ－タグ付き抗ＡＳＧＲ１重鎖との間の反応を、ウェスタンブロッティングによってモニタリングした。ＳｐｙＣａｔｃｈｅｒ－タグ付き抗体と反応したＳｐｙＴａｇ付きカプシドタンパク質は、ＳＤＳ－ＰＡＧＥによるサイズの増加を示す。ＳｐｙＣａｔｃｈｅｒタグ付き抗ＡＳＧＲ１ ｍＡｂの存在下で、ＳｐｙＴａｇ付きキメラＡＡＶ２／ＡＡＡＶカプシドタンパク質は、ＳｐｙＴａｇ付きＡＡＡＶカプシドタンパク質単独と比較して、ウェスタンブロッティングによる見かけのサイズの増加を示した（図３Ｃ）。このことから、ＳｐｙＴａｇ付きキメラＡＡＶ２／ＡＡＡＶ粒子が、ＳｐｙＣａｔｃｈｅｒタグ付き抗ＡＳＧＲ１ ｍＡｂとの共有結合の形成に成功し得たことが示される。
実施例３．アシカＡＡＶカプシドのＶＰ３領域へのペプチド挿入は忍容性良好であり、ＳｐｙＣａｔｃｈｅｒ－ＳｐｙＴａｇを介したウイルス粒子への抗体の共有結合的付加を介在することができる。
ＰｙＭｏｌモデリングを使用して、アシカＡＡＶの推定可変ループＩＶおよび可変ループＶＩＩＩの中の可能性のあるペプチド挿入部位を予測し（図４Ａ）、対応するＳｐｙＴａｇ挿入構築物をクローニングした。以下のプラスミドおよび数量で、２９３Ｔパッケージング細胞の１５ｃｍプレート１枚分をトランスフェクトすることにより、上述のように各ウイルスが作製された：
ｐＡｄ ヘルパー ８μｇ
ｐＡＡＶ－ＣＡＧ－ＧＦＰ ４μｇ
ｐＡＡＶ Ｒ２ＣａｐＸ ４μｇ
ｐＡＡＶ Ｒ２ＣａｐＸ構築物には、以下が含まれる：
ｐＡＡＶ Ｒ２Ｃａｐ ＡＡＶ２／アシカ ＳｐｙＴａｇなし
ｐＡＡＶ Ｒ２Ｃａｐ ＡＡＶ２／アシカ Ｎ４２９ Ｌｉｎｋｅｒ６ ＳｐｙＴａｇ
ｐＡＡＶ Ｒ２Ｃａｐ ＡＡＶ２／アシカ Ｐ４３０ Ｌｉｎｋｅｒ６ ＳｐｙＴａｇ
ｐＡＡＶ Ｒ２Ｃａｐ ＡＡＶ２／アシカ Ｔ４３１ Ｌｉｎｋｅｒ６ ＳｐｙＴａｇ
ｐＡＡＶ Ｒ２Ｃａｐ ＡＡＶ２／アシカ Ｇ４３２ Ｌｉｎｋｅｒ６ ＳｐｙＴａｇ
ｐＡＡＶ Ｒ２Ｃａｐ ＡＡＶ２／アシカ Ｓ４３３ Ｌｉｎｋｅｒ６ ＳｐｙＴａｇ
ｐＡＡＶ Ｒ２Ｃａｐ ＡＡＶ２／アシカ Ｔ４３４ Ｌｉｎｋｅｒ６ ＳｐｙＴａｇ
ｐＡＡＶ Ｒ２Ｃａｐ ＡＡＶ２／アシカ Ｒ４３６ Ｌｉｎｋｅｒ６ ＳｐｙＴａｇ
ｐＡＡＶ Ｒ２Ｃａｐ ＡＡＶ２／アシカ Ｄ４３７ Ｌｉｎｋｅｒ６ ＳｐｙＴａｇ
ｐＡＡＶ Ｒ２Ｃａｐ ＡＡＶ２／アシカ Ａ５６５ Ｌｉｎｋｅｒ６ ＳｐｙＴａｇ
または
ｐＡｄ ヘルパー ８μｇ
ｐＡＡＶ－ＣＭＶ－ＧＦＰ ４μｇ
ｐＡＡＶ Ｒ２Ｃａｐ ＡＡＶ２／アシカ ＳｐｙＴａなし ３．３ｕｇ
と
ｐＡＡＶ Ｒ２Ｃａｐ ＡＡＶ２／アシカ Ｇ４３２ Ｌｉｎｋｅｒ６ ＳｐｙＴａｇ ０．７μｇ
または
ｐＡＡＶ Ｒ２Ｃａｐ ＡＡＶ２／アシカ Ａ５６５ Ｌｉｎｋｅｒ６ ＳｐｙＴａｇ ０．７μｇ
ｐＡｄ ヘルパー ８μｇ
ｐＡＡＶ－ＣＡＧ－ＧＦＰ ４μｇ
ｐＡＡＶ Ｒ２ＣａｐＸ ４μｇ
ｐＡＡＶ Ｒ２ＣａｐＸ構築物には、以下が含まれる：
ｐＡＡＶ Ｒ２Ｃａｐ ＡＡＶ２／アシカ ＳｐｙＴａｇなし
ｐＡＡＶ Ｒ２Ｃａｐ ＡＡＶ２／アシカ Ｎ４２９ Ｌｉｎｋｅｒ６ ＳｐｙＴａｇ
ｐＡＡＶ Ｒ２Ｃａｐ ＡＡＶ２／アシカ Ｐ４３０ Ｌｉｎｋｅｒ６ ＳｐｙＴａｇ
ｐＡＡＶ Ｒ２Ｃａｐ ＡＡＶ２／アシカ Ｔ４３１ Ｌｉｎｋｅｒ６ ＳｐｙＴａｇ
ｐＡＡＶ Ｒ２Ｃａｐ ＡＡＶ２／アシカ Ｇ４３２ Ｌｉｎｋｅｒ６ ＳｐｙＴａｇ
ｐＡＡＶ Ｒ２Ｃａｐ ＡＡＶ２／アシカ Ｓ４３３ Ｌｉｎｋｅｒ６ ＳｐｙＴａｇ
ｐＡＡＶ Ｒ２Ｃａｐ ＡＡＶ２／アシカ Ｔ４３４ Ｌｉｎｋｅｒ６ ＳｐｙＴａｇ
ｐＡＡＶ Ｒ２Ｃａｐ ＡＡＶ２／アシカ Ｒ４３６ Ｌｉｎｋｅｒ６ ＳｐｙＴａｇ
ｐＡＡＶ Ｒ２Ｃａｐ ＡＡＶ２／アシカ Ｄ４３７ Ｌｉｎｋｅｒ６ ＳｐｙＴａｇ
ｐＡＡＶ Ｒ２Ｃａｐ ＡＡＶ２／アシカ Ａ５６５ Ｌｉｎｋｅｒ６ ＳｐｙＴａｇ
または
ｐＡｄ ヘルパー ８μｇ
ｐＡＡＶ－ＣＭＶ－ＧＦＰ ４μｇ
ｐＡＡＶ Ｒ２Ｃａｐ ＡＡＶ２／アシカ ＳｐｙＴａなし ３．３ｕｇ
と
ｐＡＡＶ Ｒ２Ｃａｐ ＡＡＶ２／アシカ Ｇ４３２ Ｌｉｎｋｅｒ６ ＳｐｙＴａｇ ０．７μｇ
または
ｐＡＡＶ Ｒ２Ｃａｐ ＡＡＶ２／アシカ Ａ５６５ Ｌｉｎｋｅｒ６ ＳｐｙＴａｇ ０．７μｇ
ＳｐｙＴａｇ挿入を欠くキメラＡＡＶ２／アシカＡＡＶ粒子、ならびに上記に列挙されるようにカプシド内の様々な位置にＳｐｙＴａｇ挿入を有するキメラＡＡＶ２／アシカＡＡＶ粒子を、ＩＴＲ２－含有ＡＡＶゲノムとともにパッケージングした。キメラＡＡＶ２／アシカＡＡＶカプシドの形成と、ＡＡＶ２ ＩＴＲを含有するゲノムとのパッケージングが成功し得るかを判断する試みにおいて、定量的ＰＣＲを実施して、ＳｐｙＴａｇ挿入を欠くキメラＡＡＶ２／アシカＡＡＶ粒子に対する、ＳｐｙＴａｇ挿入を有するキメラＡＡＶ２／アシカＡＡＶ粒子の力価（ミリリットル当たりのゲノム数またはｖｇ／ｍＬ）を測定した（図４Ｂ、５Ａ）。測定された力価から、ＳｐｙＴａｇ挿入を欠くキメラＡＡＶ２／アシカＡＡＶ粒子が、ＡＡＶ２ ＩＴＲゲノムと共にパッケージングされ得たことが示される。ＳｐｙＴａｇを欠くキメラＡＡＶ２／アシカＡＡＶ粒子と、Ｎ４２９、Ｐ４３０、Ｔ４３１、Ｇ４３２、Ｓ４３３、Ｒ４３６、およびＤ４３７の位置にＳｐｙＴａｇ挿入を有するキメラＡＡＶ２／アシカＡＡＶ粒子との間で力価は同様であったが、Ｔ４３４位またはＡ５６５位のＳｐｙＴａｇ挿入は、キメラＡＡＶ２／アシカＡＡＶ粒子に忍容されず、低力価であった。
次に、本発明者らは、ＨＥＲ２に結合するＳｐｙＣａｔｃｈｅｒ－タグ付き抗体とともに、および伴わずに、ＳｐｙＴａｇを欠くキメラＡＡＶ２／アシカＡＡＶ粒子、ならびにＳｐｙＴａｇ挿入を有するキメラＡＡＶ２／アシカＡＡＶ粒子をインキュベートした。ＳｐｙＴａｇ付きキメラＡＡＶ２／アシカＡＡＶタンパク質のＶＰ１、ＶＰ２、およびＶＰ３と、ＳｐｙＣａｔｃｈｅｒ－タグ付き抗ＨＥＲ２重鎖との間の反応を、ウェスタンブロッティングによってモニタリングした。ＳｐｙＣａｔｃｈｅｒ－タグ付き抗体と反応したＳｐｙＴａｇ付きカプシドタンパク質は、ＳＤＳ－ＰＡＧＥによるサイズの増加を示す。ＳｐｙＣａｔｃｈｅｒタグ付き抗ＨＥＲ２ ｍＡｂの存在下で、全ての検出可能なＳｐｙＴａｇ付きキメラＡＡＶ２／アシカＡＡＶカプシドタンパク質は、ＳｐｙＴａｇ付きキメラＡＡＶ２／アシカＡＡＶカプシドタンパク質単独と比較して、ウェスタンブロッティングによる見かけのサイズの増加を示した（図４Ｃ、５Ｂ）。このことから、ＳｐｙＴａｇ付きキメラＡＡＶ２／アシカＡＡＶ粒子が、ＳｐｙＣａｔｃｈｅｒタグ付き抗ＨＥＲ２ ｍＡｂとの共有結合の形成に成功し得たことが示される。測定された力価が低いＳｐｙＴａｇ付きキメラＡＡＶ２／アシカＡＡＶ粒子（Ｔ４３４およびＡ５６５でＳｐｙＴａｇ挿入）は、ウェスタンブロット上に検出可能なタンパク質が何もなかった（図４Ｃ、５Ｂ）。
実施例４．フトアゴヒゲトカゲＡＡＶカプシドのＶＰ３領域へのペプチド挿入は忍容性良好であり、ＳｐｙＣａｔｃｈｅｒ－ＳｐｙＴａｇを介したウイルス粒子への抗体の共有結合的付加を介在することができる。
ＰｙＭｏｌモデリングを使用して、鳥類ＡＡＶの推定可変ループＩＶおよび可変ループＶＩＩＩの中の可能性のあるペプチド挿入部位を予測し（図６Ａ）、対応するＳｐｙＴａｇ挿入構築物をクローニングした。以下のプラスミドおよび数量で、２９３Ｔパッケージング細胞の１５ｃｍプレート１枚分をトランスフェクトすることにより、上述のように各ウイルスが作製された：
ｐＡｄ ヘルパー ８μｇ
ｐＡＡＶ－ＣＭＶ－ＧＦＰ ４μｇ
ｐＡＡＶ Ｒ２ＣａｐＸ ４μｇ
ｐＡＡＶ Ｒ２ＣａｐＸ構築物には、以下が含まれる：
ｐＡＡＶ Ｒ２Ｃａｐ ＡＡＶ２／フトアゴヒゲトカゲ ＳｐｙＴａｇなし
ｐＡＡＶ Ｒ２Ｃａｐ ＡＡＶ２／フトアゴヒゲトカゲ Ｇ４３６ Ｌｉｎｋｅｒ６ ＳｐｙＴａｇ
ｐＡＡＶ Ｒ２Ｃａｐ ＡＡＶ２／フトアゴヒゲトカゲ Ｔ５７３ Ｌｉｎｋｅｒ６ ＳｐｙＴａｇ
または
ｐＡｄ ヘルパー ８μｇ
ｐＡＡＶ－ＣＭＶ－ＧＦＰ ４μｇ
ｐＡＡＶ Ｒ２Ｃａｐ ＡＡＶ２／フトアゴヒゲトカゲ ＳｐｙＴａｇなし ３．３ｕｇ
と
ｐＡＡＶ Ｒ２Ｃａｐ ＡＡＶ２／フトアゴヒゲトカゲ Ｇ４３６ Ｌｉｎｋｅｒ６ ＳｐｙＴａｇ ０．７μｇ
または
ｐＡＡＶ Ｒ２Ｃａｐ ＡＡＶ２／フトアゴヒゲトカゲ Ｔ５７３ Ｌｉｎｋｅｒ６ ＳｐｙＴａｇ ０．７μｇ
ｐＡｄ ヘルパー ８μｇ
ｐＡＡＶ－ＣＭＶ－ＧＦＰ ４μｇ
ｐＡＡＶ Ｒ２ＣａｐＸ ４μｇ
ｐＡＡＶ Ｒ２ＣａｐＸ構築物には、以下が含まれる：
ｐＡＡＶ Ｒ２Ｃａｐ ＡＡＶ２／フトアゴヒゲトカゲ ＳｐｙＴａｇなし
ｐＡＡＶ Ｒ２Ｃａｐ ＡＡＶ２／フトアゴヒゲトカゲ Ｇ４３６ Ｌｉｎｋｅｒ６ ＳｐｙＴａｇ
ｐＡＡＶ Ｒ２Ｃａｐ ＡＡＶ２／フトアゴヒゲトカゲ Ｔ５７３ Ｌｉｎｋｅｒ６ ＳｐｙＴａｇ
または
ｐＡｄ ヘルパー ８μｇ
ｐＡＡＶ－ＣＭＶ－ＧＦＰ ４μｇ
ｐＡＡＶ Ｒ２Ｃａｐ ＡＡＶ２／フトアゴヒゲトカゲ ＳｐｙＴａｇなし ３．３ｕｇ
と
ｐＡＡＶ Ｒ２Ｃａｐ ＡＡＶ２／フトアゴヒゲトカゲ Ｇ４３６ Ｌｉｎｋｅｒ６ ＳｐｙＴａｇ ０．７μｇ
または
ｐＡＡＶ Ｒ２Ｃａｐ ＡＡＶ２／フトアゴヒゲトカゲ Ｔ５７３ Ｌｉｎｋｅｒ６ ＳｐｙＴａｇ ０．７μｇ
ＳｐｙＴａｇを欠くキメラＡＡＶ２／フトアゴヒゲトカゲＡＡＶ粒子、ならびに上記に列挙されるようにカプシド内の様々な位置にＳｐｙＴａｇ挿入を有するキメラＡＡＶ２／フトアゴヒゲトカゲＡＡＶ粒子を、ＩＴＲ２－含有ＡＡＶゲノムとともにパッケージングした。キメラＡＡＶ２／フトアゴヒゲトカゲカプシドの形成と、ＡＡＶ２ ＩＴＲを含有するゲノムとのパッケージングが成功し得るかを判断する試みにおいて、定量的ＰＣＲを実施して、ＳｐｙＴａｇを欠くキメラＡＡＶ２／フトアゴヒゲトカゲＡＡＶ粒子に対する、ＳｐｙＴａｇ挿入を有するキメラＡＡＶ２／フトアゴヒゲトカゲＡＡＶ粒子の力価（ミリリットル当たりのゲノム数またはｖｇ／ｍＬ）を測定した（図６Ｂ）。測定された力価から、キメラＡＡＶ２／フトアゴヒゲトカゲＡＡＶ粒子が、ＡＡＶ２ ＩＴＲゲノムと共にパッケージングされ得たことが示される。ＳｐｙＴａｇ挿入を有するキメラＡＡＶ２／フトアゴヒゲトカゲＡＡＶ粒子の力価は、ＳｐｙＴａｇを欠くキメラＡＡＶ２／フトアゴヒゲトカゲＡＡＶ粒子よりも低かった。
次に、ＳｐｙＴａｇを欠いたキメラＡＡＶ２／フトアゴヒゲトカゲＡＡＶ粒子、およびＳｐｙＴａｇ挿入を有するキメラＡＡＶ２／フトアゴヒゲトカゲＡＡＶ粒子を、ＨＥＲ２に結合するＳｐｙＣａｔｃｈｅｒタグ付き抗体と共に、および伴わずにインキュベートした。ＳｐｙＴａｇ付きキメラＡＡＶ２／フトアゴヒゲトカゲＡＡＶタンパク質のＶＰ１、ＶＰ２、およびＶＰ３と、ＳｐｙＣａｔｃｈｅｒ－タグ付き抗ＨＥＲ２重鎖との間の反応を、ウェスタンブロッティングによってモニタリングした。ＳｐｙＣａｔｃｈｅｒ－タグ付き抗体と反応したＳｐｙＴａｇ付きカプシドタンパク質は、ＳＤＳ－ＰＡＧＥによるサイズの増加を示す。ＳｐｙＣａｔｃｈｅｒタグ付き抗ＨＥＲ２ ｍＡｂの存在下で、ＳｐｙＴａｇ付きキメラＡＡＶ２／フトアゴヒゲトカゲＡＡＶカプシドタンパク質は、ＳｐｙＴａｇ付きキメラＡＡＶ２／フトアゴヒゲトカゲＡＡＶカプシドタンパク質単独と比較して、ウェスタンブロッティングによる見かけのサイズの増加を示した（図６Ｃ）。このことから、ＳｐｙＴａｇ付きキメラＡＡＶ２／フトアゴヒゲトカゲＡＡＶ粒子が、ＳｐｙＣａｔｃｈｅｒタグ付き抗ＨＥＲ２ ｍＡｂとの共有結合の形成に成功し得たことが示される。
実施例５．Ｇ４４４残基またはＫ５８０残基で鳥類ＡＡＶカプシドに挿入されたペプチドへの抗体の結合は、インビトロにおいて抗原特異的な標的化を指導する。
以下のプラスミドおよび数量で、２９３Ｔパッケージング細胞の１５ｃｍプレート１枚分をトランスフェクトすることにより、上述のように各ウイルスが作製された：
ｐＡｄ ヘルパー １６μｇ
ｐＡＡＶ－ＣＡＧ－ＧＦＰ ８μｇ
ｐＡＡＶ Ｒ２ＣａｐＸ ８μｇ
ｐＡＡＶ Ｒ２ＣａｐＸ構築物には、以下が含まれる：
ｐＡＡＶ Ｒ２Ｃａｐ ＡＡＶ２／ＡＡＡＶ ＳｐｙＴａｇなし
ｐＡＡＶ Ｒ２Ｃａｐ ＡＡＶ２／ＡＡＡＶ Ｇ４４４ Ｌｉｎｋｅｒ６ ＳｐｙＴａｇ
ｐＡＡＶ Ｒ２Ｃａｐ ＡＡＶ２／ＡＡＡＶ Ｋ５８０ Ｌｉｎｋｅｒ６ ＳｐｙＴａｇ
以下を含む、または含まない
ＳｐｙＣａｔｃｈｅｒ－融合Ｖｈ重鎖プラスミド １．５μｇ
Ｖｋ軽鎖プラスミド ３μｇ
ｐＡｄ ヘルパー １６μｇ
ｐＡＡＶ－ＣＡＧ－ＧＦＰ ８μｇ
ｐＡＡＶ Ｒ２ＣａｐＸ ８μｇ
ｐＡＡＶ Ｒ２ＣａｐＸ構築物には、以下が含まれる：
ｐＡＡＶ Ｒ２Ｃａｐ ＡＡＶ２／ＡＡＡＶ ＳｐｙＴａｇなし
ｐＡＡＶ Ｒ２Ｃａｐ ＡＡＶ２／ＡＡＡＶ Ｇ４４４ Ｌｉｎｋｅｒ６ ＳｐｙＴａｇ
ｐＡＡＶ Ｒ２Ｃａｐ ＡＡＶ２／ＡＡＡＶ Ｋ５８０ Ｌｉｎｋｅｒ６ ＳｐｙＴａｇ
以下を含む、または含まない
ＳｐｙＣａｔｃｈｅｒ－融合Ｖｈ重鎖プラスミド １．５μｇ
Ｖｋ軽鎖プラスミド ３μｇ
ＳｐｙＴａｇを欠くキメラＡＡＶ２／鳥類ＡＡＶ粒子、ならびに上記に列記されるようにカプシド内の様々な位置でＳｐｙＴａｇ挿入を有するキメラＡＡＶ２／鳥類ＡＡＶ粒子は、ＧＬＰ１Ｒに結合し、重鎖のＣ末端でＳｐｙＣａｔｃｈｅｒに融合された抗体であるＳｐｙＣａｔｃｈｅｒ－抗ＧＬＰ１Ｒ、ＨＥＲ２に結合し、重鎖のＣ末端でＳｐｙＣａｔｃｈｅｒに融合された抗体であるＳｐｙＣａｔｃｈｅｒ－ハーセプチン、またはＡＳＧＲ１に結合し、重鎖のＣ末端でＳｐｙＣａｔｃｈｅｒに融合された抗体であるＳｐｙＣａｔｃｈｅｒ－抗ＡＳＧＲ１のいずれかをコードする抗体の重鎖および軽鎖の存在下または非存在下で作製された。上記に記載のウイルス粒子を感染した細胞を、フローサイトメトリー分析によって評価し、形質導入を観察した。ＨＥＲ２－標的化抗体に結合されたキメラＡＡＶ２／ＡＡＡＶは、ＨＥＲ２＋細胞に特異的に感染した（図７Ａ）。対照の非標的化抗ＧＬＰ１Ｒ抗体に結合したキメラＡＡＶ２／ＡＡＡＶは、いずれの細胞型においてもわずかなバックグラウンド感染を呈した（図７Ａ、７Ｂ）。ＡＳＧＲ１－標的化抗体に結合したキメラＡＡＶ２／ＡＡＡＶは、ＡＳＧＲ１＋細胞に特異的に感染し、ＡＳＧＲ１－細胞に関しては、わずかなバックグラウンド感染を呈した（図７Ｂ）。
実施例６．Ｇ４３２残基でアシカＡＡＶカプシドに挿入されたペプチドへの抗体の結合は、インビトロにおいて抗原特異的な標的化を指導する。
以下のプラスミドおよび数量で、２９３Ｔパッケージング細胞の１５ｃｍプレート１枚分をトランスフェクトすることにより、上述のように各ウイルスが作製された：
ｐＡｄ ヘルパー １６μｇ
ｐＡＡＶ－ＣＡＧ－ＧＦＰ ８μｇ
ｐＡＡＶ Ｒ２Ｃａｐ ＡＡＶ２／アシカ ＳｐｙＴａｇなし ８ｕｇ
または
ｐＡｄ ヘルパー １６μｇ
ｐＡＡＶ－ＣＡＧ－ＧＦＰ ８μｇ
ｐＡＡＶ Ｒ２Ｃａｐ ＡＡＶ２／アシカ ＳｐｙＴａｇなし ４ｕｇ
と
ｐＡＡＶ Ｒ２ＣａｐＸ ４ｕｇ
ｐＡＡＶ Ｒ２ＣａｐＸ構築物には、以下が含まれる：
ｐＡＡＶ Ｒ２Ｃａｐ ＡＡＶ２／アシカ Ｎ４２９ Ｌｉｎｋｅｒ６ ＳｐｙＴａｇ
ｐＡＡＶ Ｒ２Ｃａｐ ＡＡＶ２／アシカ Ｐ４３０ Ｌｉｎｋｅｒ６ ＳｐｙＴａｇ
ｐＡＡＶ Ｒ２Ｃａｐ ＡＡＶ２／アシカ Ｔ４３１ Ｌｉｎｋｅｒ６ ＳｐｙＴａｇ
ｐＡＡＶ Ｒ２Ｃａｐ ＡＡＶ２／アシカ Ｇ４３２ Ｌｉｎｋｅｒ６ ＳｐｙＴａｇ
ｐＡＡＶ Ｒ２Ｃａｐ ＡＡＶ２／アシカ Ｓ４３３ Ｌｉｎｋｅｒ６ ＳｐｙＴａｇ
ｐＡＡＶ Ｒ２Ｃａｐ ＡＡＶ２／アシカ Ｒ４３６ Ｌｉｎｋｅｒ６ ＳｐｙＴａｇ
ｐＡＡＶ Ｒ２Ｃａｐ ＡＡＶ２／アシカ Ｄ４３７ Ｌｉｎｋｅｒ６ ＳｐｙＴａｇ
以下を含む、または含まない
ＳｐｙＣａｔｃｈｅｒ－融合Ｖｈ重鎖プラスミド １．５μｇ
Ｖｋ軽鎖プラスミド ３μｇ
ｐＡｄ ヘルパー １６μｇ
ｐＡＡＶ－ＣＡＧ－ＧＦＰ ８μｇ
ｐＡＡＶ Ｒ２Ｃａｐ ＡＡＶ２／アシカ ＳｐｙＴａｇなし ８ｕｇ
または
ｐＡｄ ヘルパー １６μｇ
ｐＡＡＶ－ＣＡＧ－ＧＦＰ ８μｇ
ｐＡＡＶ Ｒ２Ｃａｐ ＡＡＶ２／アシカ ＳｐｙＴａｇなし ４ｕｇ
と
ｐＡＡＶ Ｒ２ＣａｐＸ ４ｕｇ
ｐＡＡＶ Ｒ２ＣａｐＸ構築物には、以下が含まれる：
ｐＡＡＶ Ｒ２Ｃａｐ ＡＡＶ２／アシカ Ｎ４２９ Ｌｉｎｋｅｒ６ ＳｐｙＴａｇ
ｐＡＡＶ Ｒ２Ｃａｐ ＡＡＶ２／アシカ Ｐ４３０ Ｌｉｎｋｅｒ６ ＳｐｙＴａｇ
ｐＡＡＶ Ｒ２Ｃａｐ ＡＡＶ２／アシカ Ｔ４３１ Ｌｉｎｋｅｒ６ ＳｐｙＴａｇ
ｐＡＡＶ Ｒ２Ｃａｐ ＡＡＶ２／アシカ Ｇ４３２ Ｌｉｎｋｅｒ６ ＳｐｙＴａｇ
ｐＡＡＶ Ｒ２Ｃａｐ ＡＡＶ２／アシカ Ｓ４３３ Ｌｉｎｋｅｒ６ ＳｐｙＴａｇ
ｐＡＡＶ Ｒ２Ｃａｐ ＡＡＶ２／アシカ Ｒ４３６ Ｌｉｎｋｅｒ６ ＳｐｙＴａｇ
ｐＡＡＶ Ｒ２Ｃａｐ ＡＡＶ２／アシカ Ｄ４３７ Ｌｉｎｋｅｒ６ ＳｐｙＴａｇ
以下を含む、または含まない
ＳｐｙＣａｔｃｈｅｒ－融合Ｖｈ重鎖プラスミド １．５μｇ
Ｖｋ軽鎖プラスミド ３μｇ
ＳｐｙＴａｇを欠くキメラＡＡＶ２／アシカＡＡＶ粒子、ならびに上記に列記されるようにカプシド内のＧ４３２位でＳｐｙＴａｇ挿入を有するキメラＡＡＶ２／アシカＡＡＶ粒子は、ＧＬＰ１Ｒに結合し、重鎖のＣ末端でＳｐｙＣａｔｃｈｅｒに融合された抗体であるＳｐｙＣａｔｃｈｅｒ－抗ＧＬＰ１Ｒ、ＨＥＲ２に結合し、重鎖のＣ末端でＳｐｙＣａｔｃｈｅｒに融合された抗体であるＳｐｙＣａｔｃｈｅｒ－ハーセプチン、またはＡＳＧＲ１に結合し、重鎖のＣ末端でＳｐｙＣａｔｃｈｅｒに融合された抗体であるＳｐｙＣａｔｃｈｅｒ－抗ＡＳＧＲ１のいずれかをコードする抗体の重鎖および軽鎖の存在下または非存在下で作製された。上記に記載のウイルス粒子を感染した細胞を、フローサイトメトリー分析によって評価し、形質導入を観察した。Ｇ４３２でＳｐｙＴａｇを有し、ＨＥＲ２－標的化抗体に結合されたキメラＡＡＶ２／アシカＡＡＶは、ＨＥＲ２＋細胞に特異的に感染し、ＨＥＲ２－細胞にはわずかなバックグラウンド感染を呈した（図８Ａ）。一方で対照の非標的化抗ＧＬＰ１Ｒ抗体に結合したキメラＡＡＶ２／ＡＡＡＶは、いずれの細胞型においてもわずかなバックグラウンド感染を呈した（図８Ａ、８Ｂ）。Ｇ４３２でＳｐｙＴａｇを有し、ＡＳＧＲ１－標的化抗体に結合したキメラＡＡＶ２／アシカＡＡＶは、ＡＳＧＲ１＋細胞に特異的に感染し、ＡＳＧＲ１－細胞に関しては、わずかなバックグラウンド感染を呈した（図８Ｂ）。
ＳｐｙＴａｇを欠くキメラＡＡＶ２／アシカＡＡＶ粒子、ならびに上述のようにカプシドの予測可変ループ４の中の様々な位置でＳｐｙＴａｇ挿入を有するキメラＡＡＶ２／アシカＡＡＶ粒子のパネルは、ＨＥＲ２に結合し、重鎖のＣ末端でＳｐｙＣａｔｃｈｅｒに融合された抗体である、ＳｐｙＣａｔｃｈｅｒ－ハーセプチンをコードする抗体の重鎖および軽鎖の存在下または非存在下で作製された。上記に記載のウイルス粒子を感染した細胞を、フローサイトメトリー分析によって評価し、形質導入を観察した。カプシド内の多くの異なる位置でＳｐｙＴａｇ挿入を有し、ＨＥＲ２－標的化抗体に結合されたキメラＡＡＶ２／アシカＡＡＶ粒子は、ＨＥＲ２＋細胞に特異的に感染し、そしてＳｐｙＴａｇを含まないキメラＡＡＶ２／アシカＡＡＶ粒子は、ＨＥＲ２＋細胞に関して僅かなバックグラウンド感染を示した（図９）。このことから、キメラＡＡＶ２／アシカＡＡＶカプシド内の複数の部位が、ＳｐｙＴａｇの挿入、およびＳｐｙＣａｔｃｈｅｒ融合抗体法を使用した再標的化に適していることが示される。
実施例７．Ｇ４３６残基またはＴ５７３残基でフトアゴヒゲトカゲＡＡＶカプシド内に挿入されたペプチドへの抗体の結合は、インビトロにおいて抗原特異的な標的化を指導する。
以下のプラスミドおよび数量で、２９３Ｔパッケージング細胞の１５ｃｍプレート１枚分をトランスフェクトすることにより、上述のように各ウイルスが作製された：
ｐＡｄ ヘルパー ８μｇ
ｐＡＡＶ－ＣＭＶ－ＧＦＰ ４μｇ
ｐＡＡＶ Ｒ２ＣａｐＸ ４μｇ
ｐＡＡＶ Ｒ２ＣａｐＸ構築物には、以下が含まれる：
ｐＡＡＶ Ｒ２Ｃａｐ ＡＡＶ２／フトアゴヒゲトカゲ ＳｐｙＴａｇなし
ｐＡＡＶ Ｒ２Ｃａｐ ＡＡＶ２／フトアゴヒゲトカゲ Ｇ４３６ Ｌｉｎｋｅｒ６ ＳｐｙＴａｇ
ｐＡＡＶ Ｒ２Ｃａｐ ＡＡＶ２／フトアゴヒゲトカゲ Ｔ５７３ Ｌｉｎｋｅｒ６ ＳｐｙＴａｇ
または
ｐＡｄ ヘルパー ８μｇ
ｐＡＡＶ－ＣＭＶ－ＧＦＰ ４μｇ
ｐＡＡＶ Ｒ２Ｃａｐ ＡＡＶ２／フトアゴヒゲトカゲ ＳｐｙＴａｇなし ３．４ｕｇ
と
ｐＡＡＶ Ｒ２Ｃａｐ ＡＡＶ２／フトアゴヒゲトカゲ Ｇ４３６ Ｌｉｎｋｅｒ６ ＳｐｙＴａｇ ０．６μｇ
または
ｐＡＡＶ Ｒ２Ｃａｐ ＡＡＶ２／フトアゴヒゲトカゲ Ｔ５７３ Ｌｉｎｋｅｒ６ ＳｐｙＴａｇ ０．６μｇ
以下を含むまたは含まない １．５μｇ
Ｖｋ軽鎖プラスミド ３ｕｇ
ｐＡｄ ヘルパー ８μｇ
ｐＡＡＶ－ＣＭＶ－ＧＦＰ ４μｇ
ｐＡＡＶ Ｒ２ＣａｐＸ ４μｇ
ｐＡＡＶ Ｒ２ＣａｐＸ構築物には、以下が含まれる：
ｐＡＡＶ Ｒ２Ｃａｐ ＡＡＶ２／フトアゴヒゲトカゲ ＳｐｙＴａｇなし
ｐＡＡＶ Ｒ２Ｃａｐ ＡＡＶ２／フトアゴヒゲトカゲ Ｇ４３６ Ｌｉｎｋｅｒ６ ＳｐｙＴａｇ
ｐＡＡＶ Ｒ２Ｃａｐ ＡＡＶ２／フトアゴヒゲトカゲ Ｔ５７３ Ｌｉｎｋｅｒ６ ＳｐｙＴａｇ
または
ｐＡｄ ヘルパー ８μｇ
ｐＡＡＶ－ＣＭＶ－ＧＦＰ ４μｇ
ｐＡＡＶ Ｒ２Ｃａｐ ＡＡＶ２／フトアゴヒゲトカゲ ＳｐｙＴａｇなし ３．４ｕｇ
と
ｐＡＡＶ Ｒ２Ｃａｐ ＡＡＶ２／フトアゴヒゲトカゲ Ｇ４３６ Ｌｉｎｋｅｒ６ ＳｐｙＴａｇ ０．６μｇ
または
ｐＡＡＶ Ｒ２Ｃａｐ ＡＡＶ２／フトアゴヒゲトカゲ Ｔ５７３ Ｌｉｎｋｅｒ６ ＳｐｙＴａｇ ０．６μｇ
以下を含むまたは含まない １．５μｇ
Ｖｋ軽鎖プラスミド ３ｕｇ
ＳｐｙＴａｇを欠くキメラＡＡＶ２／フトアゴヒゲトカゲＡＡＶ粒子、ならびに上記に列記されるようにカプシド内の様々な位置でＳｐｙＴａｇ挿入を有するキメラＡＡＶ２／フトアゴヒゲトカゲＡＡＶ粒子は、ＨＥＲ２に結合し、重鎖のＣ末端でＳｐｙＣａｔｃｈｅｒに融合された抗体であるＳｐｙＣａｔｃｈｅｒ－ハーセプチン、またはＡＳＧＲ１に結合し、重鎖のＣ末端でＳｐｙＣａｔｃｈｅｒに融合された抗体であるＳｐｙＣａｔｃｈｅｒ－抗ＡＳＧＲ１のいずれかをコードする抗体の重鎖および軽鎖の存在下または非存在下で作製された。上記に記載のウイルス粒子を感染した細胞を、フローサイトメトリー分析によって評価し、形質導入を観察した。ＨＥＲ２－標的化抗体に結合されたキメラＡＡＶ２／フトアゴヒゲトカゲＡＡＶは、ＨＥＲ２＋細胞に感染した（図１０Ａ）。ＡＳＧＲ１－標的化抗体に結合したキメラＡＡＶ２／フトアゴヒゲトカゲＡＡＶは、ＡＳＧＲ１＋細胞に特異的に感染し、ＡＳＧＲ１－細胞に関しては、わずかなバックグラウンド感染を呈した（図１０Ｂ）。
実施例８．抗体が結合した鳥類ＡＡＶおよびアシカＡＡＶは、高レベルの精製ヒト免疫グロブリンの存在下でＡＡＶ２よりも細胞に感染することができる。
ヒト血清中に存在する抗体による中和に対する、キメラＡＡＶ２／ＡＡＡＶ粒子およびキメラＡＡＶ２／アシカＡＡＶ粒子の感受性をプローブするために、本発明者らは中和アッセイを行った。当該アッセイにおいて、ＡＡＶ粒子は、数十～数千のヒトドナーからプールされ、ヒト集団における免疫グロブリンの標本となる血清サンプルから調製されたＩｇＧ（ｈＩｇＧ）の量を増加させながらインキュベートされる。
以下のプラスミドおよび数量で、２９３Ｔパッケージング細胞の１５ｃｍプレートをトランスフェクトすることにより、上述のように各ウイルスが作製された：
ｐＡｄ ヘルパー １６μｇ
ｐＡＡＶ－ＣＭＶ－Ｎａｎｏｌｕｃ ８μｇ
ｐ抗－ｈＡＳＧＲ１ ＳｐｙＣａｔｃｈｅｒ Ｖｈ ３μｇ
ｐ抗－ｈＡＳＧＲ１ Ｖｋ ６μｇ
以下のいずれかを含む：
ｐＡＡＶ Ｒ２Ｃ２ Ｎ５８７ Ｍｙｃ ７．５μｇ
ｐＡＡＶ Ｒ２Ｃ２ Ｇ４５３ Ｌｉｎｋｅｒ１０ ＳｐｙＴａｇ ０．５μｇ
または：
ｐＡＡＶ Ｒ２Ｃａｐ ＡＡＶ２／ＡＡＡＶ ＳｐｙＴａｇなし ５μｇ
ｐＡＡＶ Ｒ２Ｃａｐ ＡＡＶ２／ＡＡＡＶ Ｋ５８０ Ｌｉｎｋｅｒ６ ＳｐｙＴａｇ ３μｇ
または：
ｐＡＡＶ Ｒ２Ｃａｐ ＡＡＶ２／アシカ ＳｐｙＴａｇなし ５μｇ
ｐＡＡＶ Ｒ２Ｃａｐ ＡＡＶ２／アシカ Ｇ４３２ Ｌｉｎｋｅｒ１０ ＳｐｙＴａｇ ３μｇ
ｐＡｄ ヘルパー １６μｇ
ｐＡＡＶ－ＣＭＶ－Ｎａｎｏｌｕｃ ８μｇ
ｐ抗－ｈＡＳＧＲ１ ＳｐｙＣａｔｃｈｅｒ Ｖｈ ３μｇ
ｐ抗－ｈＡＳＧＲ１ Ｖｋ ６μｇ
以下のいずれかを含む：
ｐＡＡＶ Ｒ２Ｃ２ Ｎ５８７ Ｍｙｃ ７．５μｇ
ｐＡＡＶ Ｒ２Ｃ２ Ｇ４５３ Ｌｉｎｋｅｒ１０ ＳｐｙＴａｇ ０．５μｇ
または：
ｐＡＡＶ Ｒ２Ｃａｐ ＡＡＶ２／ＡＡＡＶ ＳｐｙＴａｇなし ５μｇ
ｐＡＡＶ Ｒ２Ｃａｐ ＡＡＶ２／ＡＡＡＶ Ｋ５８０ Ｌｉｎｋｅｒ６ ＳｐｙＴａｇ ３μｇ
または：
ｐＡＡＶ Ｒ２Ｃａｐ ＡＡＶ２／アシカ ＳｐｙＴａｇなし ５μｇ
ｐＡＡＶ Ｒ２Ｃａｐ ＡＡＶ２／アシカ Ｇ４３２ Ｌｉｎｋｅｒ１０ ＳｐｙＴａｇ ３μｇ
モザイクＡＡＶ２、カプシド内にＳｐｙＴａｇ挿入を有するモザイクキメラＡＡＶ２／ＡＡＡＶ粒子、および上記に列記されるようにカプシド内にＳｐｙＴａｇ挿入を有するモザイクキメラＡＡＶ２／アシカＡＡＶ粒子は、ｈＡＳＧＲ１に結合し、重鎖のＣ末端でＳｐｙＣａｔｃｈｅｒに融合された抗体であるＳｐｙＣａｔｃｈｅｒ－抗ＡＳＧＲ１をコードする抗体の重鎖および軽鎖の存在下で作製された。次いで当該粒子は、３７℃で３０分間、ｈＩｇＧの濃度を増加させながらインキュベートされ、その後、ウイルス粒子とｈＩｇＧの混合物は、ｈＡＳＧＲ１を発現する細胞に添加された。上述のようにウイルス粒子に感染した細胞を、Ｎａｎｏｇｌｏルシフェラーゼアッセイによって評価し、形質導入をモニタリングした。
図１１Ａは、指定された濃度のｈＩｇＧの存在下で、指定されたウイルス粒子に感染したＡＳＧＲ１＋細胞の未加工のＮａｎｏｌｕｃルシフェラーゼ活性を示す。抗ＡＳＧＲ１抗体に結合したモザイクＡＡＶ２粒子と比較して、抗ＡＳＧＲ１抗体に結合したモザイクキメラＡＡＶ２／ＡＡＡＶ粒子の感染を阻害するためには、より多量のｈＩｇＧが必要となる。抗ＡＳＧＲ１抗体に結合したモザイクキメラＡＡＶ２／アシカＡＡＶ粒子の感染を阻害するためには、さらに多量のｈＩｇＧが必要となる。図１１Ｂは、三種のＡＡＶ血清型を互いに直接比較するために、各ＡＡＶ血清型についてＰＢＳのみ（ｈＩｇＧなし）の条件に対して正規化された図１１ＡのＮａｎｏｌｕｃルシフェラーゼデータを示す。抗ＡＳＧＲ１抗体に結合したモザイクキメラＡＡＶ２／ＡＡＡＶ粒子と、抗ＡＳＧＲ１抗体に結合したモザイクキメラＡＡＶ２／アシカＡＡＶ粒子の両方のＮａｎｏｌｕｃルシフェラーゼ発現を低下させるためには、より高濃度のｈＩｇＧが必要となる。二つの独立した実験について、感染を５０％まで阻害するために必要とされる、１ウェル当たりのｈＩｇＧの濃度（ＩＣ５０値）を、図１１Ｃに示す。抗ＡＳＧＲ１抗体に結合されたザイクキメラＡＡＶ２／ＡＡＡＶ粒子のｈＩｇＧ ＩＣ５０値、および抗ＡＳＧＲ１抗体に結合されたモザイクキメラＡＡＶ２／アシカＡＡＶ粒子のｈＩｇＧ ＩＣ５０値は、抗ＡＳＧＲ１抗体に結合されたモザイクＡＡＶ２粒子のｈＩｇＧ ＩＣ５０値よりもはるかに高い。特にモザイクキメラＡＡＶ２／アシカＡＡＶ粒子は、試験された最高濃度のｈＩｇＧ以外のヒト抗体では影響を全く受けないと思われる。
実施例９．鳥類ＡＡＶは、インビボにおいてＡＳＧＲ１に再標的化され得る。
ＡＳＧＲ１に特異的な抗体に結合されたウイルス粒子が、インビボでｈＡＳＧＲ１を発現する肝細胞に再標的化され得るかを判定するために、Ｃ５７ＢＬ／６バックグラウンドで肝細胞がｈＡＳＧＲ１を発現するように遺伝子改変されたマウスに、ホタルルシフェラーゼレポーター遺伝子を担持し、ｈＡＳＧＲ１に特異的な抗体またはヒトＧＬＰ１Ｒを標的とする対照抗体のいずれかにＳｐｙＣａｔｃｈｅｒ－ＳｐｙＴａｇを介して結合されたモザイクキメラＡＡＶ２／ＡＡＡＶウイルス粒子を、静脈内注射した。リン酸緩衝生理食塩水（ＰＢＳ）を注射されたマウスは、追加の対照としての役割を果たした。
以下のプラスミドおよび数量で、２９３Ｔパッケージング細胞の１５ｃｍプレートをトランスフェクトすることにより、上述のように各ウイルスが作製された：
鳥類ＡＡＶ抗ヒトＧＬＰ１Ｒ／抗ヒトＡＳＧＲ１ルシフェラーゼ
ｐＡｄ ヘルパー １６μｇ
ｐＡＡＶ－ＵｂＣ－ホタルルシフェラーゼ ８μｇ
ｐＡＡＶ Ｒ２Ｃａｐ ＡＡＶ２／ＡＡＡＶ ＳｐｙＴａｇなし ５μｇ
ｐＡＡＶ Ｒ２Ｃａｐ ＡＡＶ２／ＡＡＡＶ Ｋ５８０ Ｌｉｎｋｅｒ６ ＳｐｙＴａｇ ３μｇ
以下を含む、または含まない
ｐ抗ｈＧＬＰ１Ｒまたは抗ｈＡＳＧＲ１ ＳｐｙＣａｔｃｈｅｒ Ｖｈ ２．５μｇ
ｐ抗ｈＧＬＰ１Ｒまたは抗ｈＡＳＧＲ１ Ｖｋ ５μｇ
鳥類ＡＡＶ抗ヒトＧＬＰ１Ｒ／抗ヒトＡＳＧＲ１ルシフェラーゼ
ｐＡｄ ヘルパー １６μｇ
ｐＡＡＶ－ＵｂＣ－ホタルルシフェラーゼ ８μｇ
ｐＡＡＶ Ｒ２Ｃａｐ ＡＡＶ２／ＡＡＡＶ ＳｐｙＴａｇなし ５μｇ
ｐＡＡＶ Ｒ２Ｃａｐ ＡＡＶ２／ＡＡＡＶ Ｋ５８０ Ｌｉｎｋｅｒ６ ＳｐｙＴａｇ ３μｇ
以下を含む、または含まない
ｐ抗ｈＧＬＰ１Ｒまたは抗ｈＡＳＧＲ１ ＳｐｙＣａｔｃｈｅｒ Ｖｈ ２．５μｇ
ｐ抗ｈＧＬＰ１Ｒまたは抗ｈＡＳＧＲ１ Ｖｋ ５μｇ
図１２は、ＰＢＳを注射、または上述のようにｈＡＳＧＲ１を標的とする抗体もしくは非標的化対照としてｈＧＬＰ１Ｒを標的とする抗体に結合されたモザイクキメラＡＡＶ２／ＡＡＡＶウイルス粒子を注射されてから３３日後の動物の発光を示す。生きている動物にイソフルランを使用して麻酔をかけ、ルシフェリン基質を注射して、ＩＶＩＳ Ｓｐｅｃｔｒｕｍ Ｉｎ Ｖｉｖｏ Ｉｍａｇｉｎｇ Ｓｙｓｔｅｍ（ＰｅｒｋｉｎＥｌｍｅｒ社）を使用して１０分後に撮像した。図１２Ａは、モザイクキメラＡＡＶ２／ＡＡＡＶ－ＳｐｙＴａｇ－ＳｐｙＣａｔｃｈｅｒ－Ｖｈ複合体による感染が、ｈＡＳＧＲ１－再標的化モザイクキメラＡＡＶ２／ＡＡＡＶを注射されたｈＡＳＧＲ１発現マウスの肝臓でのみ検出され、ＰＢＳまたは対照非標的化ｈＧＬＰ１Ｒ再標的化モザイクキメラＡＡＶ２／ＡＡＡＶを注射されたｈＡＳＧＲ１発現マウスの肝臓では検出されなかったことを示す。ＩＶＩＳ Ｓｐｅｃｔｒｕｍ Ｉｎ Ｖｉｖｏ Ｉｍａｇｉｎｇ Ｓｙｓｔｅｍ（ＰｅｒｋｉｎＥｌｍｅｒ社）を使用して生きているマウスから検出されたホタルルシフェラーゼシグナルの平均放射輝度を、図１２Ｂにおいて定量化し、感染マウスの解剖後に生体外で撮像された個々の器官の平均放射輝度を、図１２Ｃにおいて定量化する。これらの図は、モザイクキメラＡＡＶ２／ＡＡＡＶは、ｈＡＳＧＲ１特異的抗体に結合されたときのみ、ｈＡＳＧＲ１発現マウスの肝臓に特異的に形質導入されることを示す。
実施例１０．アシカＡＡＶは、マウスにおいてインビボで肝臓および肺に形質導入される。
ＡＳＧＲ１に特異的な抗体に結合されたウイルス粒子が、インビボでｈＡＳＧＲ１を発現する肝細胞に再標的化され得るかを判定するために、Ｃ５７ＢＬ／６バックグラウンドで肝細胞がｈＡＳＧＲ１を発現するように遺伝子改変されたマウスに、ホタルルシフェラーゼレポーター遺伝子を担持し、ｈＡＳＧＲ１に特異的な抗体またはヒトＧＬＰ１Ｒを標的とする対照抗体のいずれかにＳｐｙＣａｔｃｈｅｒ－ＳｐｙＴａｇを介して結合されたモザイクキメラＡＡＶ２／アシカＡＡＶウイルス粒子を、静脈内注射した。リン酸緩衝生理食塩水（ＰＢＳ）を注射されたマウスは、追加の対照としての役割を果たした。
以下のプラスミドおよび数量で、２９３Ｔパッケージング細胞の１５ｃｍプレートをトランスフェクトすることにより、上述のように各ウイルスが作製された：
アシカＡＡＶ抗ヒトＧＬＰ１Ｒ／抗ヒトＡＳＧＲ１ルシフェラーゼ
ｐＡｄ ヘルパー １６μｇ
ｐＡＡＶ－ＵｂＣ－ホタルルシフェラーゼ ８μｇ
ｐＡＡＶ Ｒ２Ｃａｐ ＡＡＶ２／アシカ ＳｐｙＴａｇなし ５μｇ
ｐＡＡＶ Ｒ２Ｃａｐ ＡＡＶ２／アシカ Ｇ４３２ Ｌｉｎｋｅｒ１０ ＳｐｙＴａｇ ３ｕｇ
以下を含む、または含まない
ｐ抗ｈＧＬＰ１Ｒまたは抗ｈＡＳＧＲ１ ＳｐｙＣａｔｃｈｅｒ Ｖｈ ２．５μｇ
ｐ抗ｈＧＬＰ１Ｒまたは抗ｈＡＳＧＲ１ Ｖｋ ５μｇ
アシカＡＡＶ抗ヒトＧＬＰ１Ｒ／抗ヒトＡＳＧＲ１ルシフェラーゼ
ｐＡｄ ヘルパー １６μｇ
ｐＡＡＶ－ＵｂＣ－ホタルルシフェラーゼ ８μｇ
ｐＡＡＶ Ｒ２Ｃａｐ ＡＡＶ２／アシカ ＳｐｙＴａｇなし ５μｇ
ｐＡＡＶ Ｒ２Ｃａｐ ＡＡＶ２／アシカ Ｇ４３２ Ｌｉｎｋｅｒ１０ ＳｐｙＴａｇ ３ｕｇ
以下を含む、または含まない
ｐ抗ｈＧＬＰ１Ｒまたは抗ｈＡＳＧＲ１ ＳｐｙＣａｔｃｈｅｒ Ｖｈ ２．５μｇ
ｐ抗ｈＧＬＰ１Ｒまたは抗ｈＡＳＧＲ１ Ｖｋ ５μｇ
図１３は、ＰＢＳを注射、または上述のようにｈＡＳＧＲ１を標的とする抗体もしくは非標的化対照としてｈＧＬＰ１Ｒを標的とする抗体に結合されたモザイクキメラＡＡＶ２／アシカＡＡＶウイルス粒子を注射されてから３３日後の動物の発光を示す。生きている動物にイソフルランを使用して麻酔をかけ、ルシフェリン基質を注射して、ＩＶＩＳ Ｓｐｅｃｔｒｕｍ Ｉｎ Ｖｉｖｏ Ｉｍａｇｉｎｇ Ｓｙｓｔｅｍ（ＰｅｒｋｉｎＥｌｍｅｒ社）を使用して１０分後に撮像した。図１３Ａは、モザイクキメラＡＡＶ２／アシカ ＡＡＶ－ＳｐｙＴａｇ－ＳｐｙＣａｔｃｈｅｒ－Ｖｈ複合体による感染が、ｈＡＳＧＲ１－再標的化キメラＡＡＶ２／アシカＡＡＶ、および対照非標的化ｈＧＬＰ１Ｒ－再標的化モザイクキメラＡＡＶ２／アシカＡＡＶを注射されたｈＡＳＧＲ１発現マウスの両方において検出されたことを示す。このことから、キメラＡＡＶ２／アシカＡＡＶは、再標的化抗体の補助が無くともマウスの肝臓および他の器官に自然に形質導入され得ることが示唆される。ＩＶＩＳ Ｓｐｅｃｔｒｕｍ Ｉｎ Ｖｉｖｏ Ｉｍａｇｉｎｇ Ｓｙｓｔｅｍ（ＰｅｒｋｉｎＥｌｍｅｒ社）を使用して生きているマウスから検出されたホタルルシフェラーゼシグナルの平均放射輝度を、図１３Ｂにおいて定量化し、感染マウスの解剖後に生体外で撮像された個々の器官の平均放射輝度を、図１３Ｃにおいて定量化する。これらの図は、モザイクキメラＡＡＶ２／アシカＡＡＶは、ｈＡＳＧＲ１特異的抗体または非標的化対照ｈＧＬＰ１Ｒ特異的対照抗体に結合されたときに、ｈＡＳＧＲ１発現マウスの肝臓および肺に形質導入されることを示す。
実施例１１．キメラＡＡＶ２／アシカＡＡＶは、マウスの内耳において、なんらかの本来の指向性を示す。
以下のプラスミドおよび数量で、２９３Ｔパッケージング細胞の１５ｃｍプレートをトランスフェクトすることにより、上述のように各ウイルスが作製された：
ｐＡｄ ヘルパー １６μｇ
ｐＡＡＶ－ＣＡＧ－ＧＦＰ ８μｇ
ｐＡＡＶ Ｒ２Ｃａｐ ＡＡＶ２／アシカ ＳｐｙＴａｇなし ８μｇ
ｐＡｄ ヘルパー １６μｇ
ｐＡＡＶ－ＣＡＧ－ＧＦＰ ８μｇ
ｐＡＡＶ Ｒ２Ｃａｐ ＡＡＶ２／アシカ ＳｐｙＴａｇなし ８μｇ
キメラＡＡＶ２／アシカＡＡＶが、マウスの特定の組織において本来の指向性を有するかを判定するために、コルチ器官を新生児マウスから摘出し、生体外で培養して、ＡＡＶ２／アシカＡＡＶウイルス粒子を使用して培養物に感染させた。感染から３日後、蝸牛有毛細胞はＭｙｏ７ａで赤色に染色され、およびウイルスは形質導入のマーカーとしてＧＦＰを発現させた。複数の細胞型で安定的な形質導入が観察された（図１４）。このことから、キメラＡＡＶ２／アシカＡＡＶ粒子が、内耳を自然に形質導入し得ることが示唆される。
実施例１２．キメラＡＡＶ２／アシカ ＡＡＶカプシドのＢ１エピトープを、部分的または完全に、アシカＡＡＶに由来する相同配列と置換することは、忍容性良好であり、形質導入効率を高める。
ＡＡＶ２／アシカキメラのＢ１エピトープ内で改変が行われた（図１５Ａ）。そしてＢ１エピトープ配列は、Ｙ７３０で、またはＩ７０５からＨ７１２まで、相同なアシカカプシド配列と置換された。１プレート当たり以下のプラスミドおよび数量で、１５ｃｍプレート５枚分、１０枚分または２０枚分のＨＥＫ ２９３Ｔパッケージング細胞をトランスフェクトすることによって、上記に記載のように各ウイルスを生産した。
ｐＡｄヘルパー １２μｇ
ｐＡＡＶ－ＣＭＶ－Ｘ ６μｇ
ｐＡＡＶ－ＣＭＶ－Ｘ構築物には、以下が含まれる：
ｐＡＡＶ－ＣＭＶ－ＮａｎｏＬｕｃルシフェラーゼ
ｐＡＡＶ－ＣＭＶ－ホタルルシフェラーゼ
ｐＡＡＶ Ｒ２ＣａｐＸ １０μｇ
ｐＡＡＶ Ｒ２ＣａｐＸ構築物には、以下が含まれる：
ｐＡＡＶ Ｒ２Ｃａｐ ＡＡＶ２／アシカＡＡＶ ＳｐｙＴａｇなし
ｐＡＡＶ Ｒ２Ｃａｐ ＡＡＶ２／アシカＡＡＶ ＳｐｙＴａｇなし／Ｙ７３０Ｆ
ｐＡＡＶ Ｒ２Ｃａｐ ＡＡＶ２／アシカＡＡＶ ＳｐｙＴａｇなし／Ｂ１なし
ｐＡｄヘルパー １２μｇ
ｐＡＡＶ－ＣＭＶ－Ｘ ６μｇ
ｐＡＡＶ－ＣＭＶ－Ｘ構築物には、以下が含まれる：
ｐＡＡＶ－ＣＭＶ－ＮａｎｏＬｕｃルシフェラーゼ
ｐＡＡＶ－ＣＭＶ－ホタルルシフェラーゼ
ｐＡＡＶ Ｒ２ＣａｐＸ １０μｇ
ｐＡＡＶ Ｒ２ＣａｐＸ構築物には、以下が含まれる：
ｐＡＡＶ Ｒ２Ｃａｐ ＡＡＶ２／アシカＡＡＶ ＳｐｙＴａｇなし
ｐＡＡＶ Ｒ２Ｃａｐ ＡＡＶ２／アシカＡＡＶ ＳｐｙＴａｇなし／Ｙ７３０Ｆ
ｐＡＡＶ Ｒ２Ｃａｐ ＡＡＶ２／アシカＡＡＶ ＳｐｙＴａｇなし／Ｂ１なし
ＳｐｙＴａｇ挿入を欠き、上記に列記されるようにカプシド内のＢ１エピトープ配列の改変を含むキメラＡＡＶ２／アシカＡＡＶ粒子を、ＩＴＲ２含有ＡＡＶゲノムとともにパッケージングした。改変Ｂ１エピトープを含むキメラＡＡＶ２／アシカカプシドの形成と、ＡＡＶ２ ＩＴＲを含有するゲノムとのパッケージングが成功し得るかを判断する試みにおいて、定量的ＰＣＲを実施して、Ｂ１エピトープ改変を含むキメラＡＡＶ２／アシカＡＡＶ粒子に対する、Ｂ１エピトープを含むキメラＡＡＶ２／アシカＡＡＶ粒子の力価（ミリリットル当たりのベクターゲノム数またはｖｇ／ｍＬ）を測定した（図１５Ｂ）。測定された力価から、Ｂ１エピトープ改変を含むキメラＡＡＶ２／アシカＡＡＶ粒子が、ＡＡＶ２ ＩＴＲゲノムと共にパッケージングされ得たことが示される。キメラＡＡＶ２／アシカＡＡＶ粒子の力価は、Ｂ１エピトープ改変の有無に関わらず、キメラＡＡＶ２／アシカ粒子間で同様であった。
改変Ｂ１エピトープを含むキメラＡＡＶ２／アシカＡＡＶ粒子内にアセンブリされるＶＰ１、ＶＰ２およびＶＰ３の存在は、ＳＤＳ－ＰＡＧＥおよびタンパク質染色により観察された。結果から、ＶＰ２およびＶＰ３に対するＶＰ１発現の割合は、Ｂ１エピトープを含むＡＡＶ２／アシカＡＡＶウイルス粒子またはＢ１エピトープ中にＹ７３０Ｆ変異を含むＡＡＶ２／アシカＡＡＶウイルス粒子よりも、相同なアシカＡＡＶカプシド配列で完全にＢ１エピトープが置換されたＡＡＶ２／アシカＡＡＶウイルス粒子で高かったことが示された（図１５Ｃ）。この実験結果は、ＮａｎｏＬｕｃルシフェラーゼ活性により決定されたＨＥＫ２９３Ｔ細胞の形質導入効率の増加と相関していた（図１５Ｄ）。
ＡＡＶアシカ配列で完全にＢ１エピトープが置換されたＡＡＶ２／アシカＡＡＶ粒子の形質導入効率の増加が、インビボでも再現されるかを判定するために、Ｃ５７ＢＬ／６マウスに、ホタルルシフェラーゼレポーター遺伝子を担持するキメラＡＡＶ２／アシカ粒子を静脈内注射した。リン酸緩衝生理食塩水（ＰＢＳ）を注射されたマウスは、追加の対照としての役割を果たした。
図１６は、ＰＢＳ、または上述のようにキメラＡＡＶ２／アシカウイルス粒子のいずれかを注射してから３４日後の動物の発光データを示す。生きている動物にイソフルランを使用して麻酔をかけ、ルシフェリン基質を注射して、ＩＶＩＳ Ｓｐｅｃｔｒｕｍ Ｉｎ Ｖｉｖｏ Ｉｍａｇｉｎｇ Ｓｙｓｔｅｍ（ＰｅｒｋｉｎＥｌｍｅｒ社）を使用して１０分後に撮像した。感染マウスの解剖後に、生体外で撮像された個々の器官の平均放射輝度が定量化される。図は、キメラＡＡＶ２／アシカＡＡＶが、肝臓と肺に形質導入されていることを示す。相同なアシカＡＡＶカプシド配列で完全にＢ１エピトープが置換された改変を含むＡＡＶ２／アシカＡＡＶは、心臓にまで指向性を拡大し、肝臓および肺における形質導入をわずかに改善した。
実施例１３．ＡＡＶ２カプシド配列とアシカカプシド配列の間のキメラ境界面の調整、またはアシカＡＡＶから完全に構成されたカプシド配列を使用することは、忍容性良好である。
改変を行って、ＡＡＶ２カプシド配列とアシカカプシド配列との間のキメラ境界面を調整し、ＶＰ１およびＶＰ２の固有配列がＡＡＶ２またはアシカＡＡＶまたはそれらの組み合わせのいずれかから誘導された転写物を作製した（図１７）。１プレート当たり以下のプラスミドおよび数量で、１５ｃｍプレート５枚分、１０枚分または２０枚分のＨＥＫ ２９３Ｔパッケージング細胞をトランスフェクトすることによって、上記に記載のように各ウイルスを生産した。
ｐＡｄヘルパー １２μｇ
ｐＡＡＶ－ＣＭＶ－ＮａｎｏＬｕｃルシフェラーゼ ６μｇ
ｐＡＡＶ Ｒ２ＣａｐＸ １０μｇ
ｐＡＡＶ Ｒ２ＣａｐＸ構築物には、以下が含まれる：
ｐＡＡＶ Ｒ２Ｃａｐ ＡＡＶ２／アシカＡＡＶ ＳｐｙＴａｇなし
ｐＡＡＶ Ｒ２Ｃａｐ ＡＡＶ２／アシカＡＡＶ ＳｐｙＴａｇなし ｖ２
ｐＡＡＶ Ｒ２Ｃａｐ ＡＡＶ２／アシカＡＡＶ ＳｐｙＴａｇなし ｖ３
ｐＡＡＶ Ｒ２Ｃａｐ ＡＡＶ２／アシカＡＡＶ ＳｐｙＴａｇなし ｖ４
ｐＡＡＶ Ｒ２Ｃａｐ ＡＡＶ２／アシカＡＡＶ ＳｐｙＴａｇなし ｖ５
ｐＡｄヘルパー １２μｇ
ｐＡＡＶ－ＣＭＶ－ＮａｎｏＬｕｃルシフェラーゼ ６μｇ
ｐＡＡＶ Ｒ２ＣａｐＸ １０μｇ
ｐＡＡＶ Ｒ２ＣａｐＸ構築物には、以下が含まれる：
ｐＡＡＶ Ｒ２Ｃａｐ ＡＡＶ２／アシカＡＡＶ ＳｐｙＴａｇなし
ｐＡＡＶ Ｒ２Ｃａｐ ＡＡＶ２／アシカＡＡＶ ＳｐｙＴａｇなし ｖ２
ｐＡＡＶ Ｒ２Ｃａｐ ＡＡＶ２／アシカＡＡＶ ＳｐｙＴａｇなし ｖ３
ｐＡＡＶ Ｒ２Ｃａｐ ＡＡＶ２／アシカＡＡＶ ＳｐｙＴａｇなし ｖ４
ｐＡＡＶ Ｒ２Ｃａｐ ＡＡＶ２／アシカＡＡＶ ＳｐｙＴａｇなし ｖ５
上記に列記されるようにキメラＡＡＶ２カプシド配列とＡＡＶアシカのカプシド配列の間に代替的境界面を有するキメラＡＡＶ２／アシカＡＡＶ粒子を、ＩＴＲ２含有ＡＡＶゲノムとともにパッケージングした。これらの代替的なキメラＡＡＶ２／アシカカプシドの形成とＡＡＶ２ ＩＴＲを含有するゲノムを伴うパッケージングが成功するかを判定する試みにおいて、定量的ＰＣＲを実施して、溶解物または上清のいずれかから精製されたウイルス粒子の力価（ミリリットル当たりのベクターゲノム数、またはｖｇ／ｍＬ）を測定した（図１８Ａ）。測定された力価から、代替的キメラ境界面を含むキメラＡＡＶ２／アシカＡＡＶ粒子が、ＡＡＶ２ ＩＴＲゲノムと共にパッケージングされ得たことが示される。ｖ３を除き、キメラＡＡＶ２／アシカＡＡＶ粒子の力価は、溶解物から精製されたキメラＡＡＶ２／アシカ粒子の間で同様であった。培地から精製されたＡＡＶ２／アシカＡＡＶ ＳｐｙＴａｇなし ｖ５粒子の力価は、溶解物から精製された力価よりもわずかに高かった。キメラＡＡＶ２／アシカＡＡＶ粒子のＮａｎｏＬｕｃルシフェラーゼ活性により決定されたＨＥＫ２９３Ｔ細胞の形質導入効率は、代替的境界面の配置の間で同等であった（図１８Ｂおよび１８Ｃ）。
Ｂ１エピトープを、代替的境界面部位を有するＡＡＶ２／アシカキメラにおいて、完全に相同なアシカカプシド配列へと改変して、Ｂ１改変が、ＡＡＶ２／アシカＡＡＶ ＳｐｙＴａｇなしと同様に形質導入を向上させるかを判定した。１プレート当たり以下のプラスミドおよび数量で、１５ｃｍプレート５枚分、１０枚分または２０枚分のＨＥＫ ２９３Ｔパッケージング細胞をトランスフェクトすることによって、上記に記載のように各ウイルスを生産した。
ｐＡｄヘルパー １２μｇ
ｐＡＡＶ－ＣＭＶ－ホタルルシフェラーゼ ６μｇ
ｐＡＡＶ Ｒ２ＣａｐＸ １０μｇ
ｐＡＡＶ Ｒ２ＣａｐＸ構築物には、以下が含まれる：
ｐＡＡＶ Ｒ２Ｃａｐ ＡＡＶ２／アシカＡＡＶ ＳｐｙＴａｇなし
ｐＡＡＶ Ｒ２Ｃａｐ ＡＡＶ２／アシカＡＡＶ ＳｐｙＴａｇなし／Ｂ１なし ｖ２
ｐＡＡＶ Ｒ２Ｃａｐ ＡＡＶ２／アシカＡＡＶ ＳｐｙＴａｇなし／Ｂ１なし ｖ３
ｐＡＡＶ Ｒ２Ｃａｐ ＡＡＶ２／アシカＡＡＶ ＳｐｙＴａｇなし／Ｂ１なし ｖ４
ｐＡＡＶ Ｒ２Ｃａｐ ＡＡＶ２／アシカＡＡＶ ＳｐｙＴａｇなし／Ｂ１なし ｖ５
ｐＡｄヘルパー １２μｇ
ｐＡＡＶ－ＣＭＶ－ホタルルシフェラーゼ ６μｇ
ｐＡＡＶ Ｒ２ＣａｐＸ １０μｇ
ｐＡＡＶ Ｒ２ＣａｐＸ構築物には、以下が含まれる：
ｐＡＡＶ Ｒ２Ｃａｐ ＡＡＶ２／アシカＡＡＶ ＳｐｙＴａｇなし
ｐＡＡＶ Ｒ２Ｃａｐ ＡＡＶ２／アシカＡＡＶ ＳｐｙＴａｇなし／Ｂ１なし ｖ２
ｐＡＡＶ Ｒ２Ｃａｐ ＡＡＶ２／アシカＡＡＶ ＳｐｙＴａｇなし／Ｂ１なし ｖ３
ｐＡＡＶ Ｒ２Ｃａｐ ＡＡＶ２／アシカＡＡＶ ＳｐｙＴａｇなし／Ｂ１なし ｖ４
ｐＡＡＶ Ｒ２Ｃａｐ ＡＡＶ２／アシカＡＡＶ ＳｐｙＴａｇなし／Ｂ１なし ｖ５
ＡＡＶアシカ配列で完全にＢ１エピトープが置換された代替的キメラＡＡＶ２／アシカＡＡＶ粒子の形質導入効率の増加が、インビボにおいて形質導入の向上をもたらすかを判定するために、Ｃ５７ＢＬ／６マウスに、ホタルルシフェラーゼレポーター遺伝子を担持するキメラＡＡＶ２／アシカ粒子を静脈内注射した。リン酸緩衝生理食塩水（ＰＢＳ）を注射されたマウスは、追加の対照としての役割を果たした。
図１８Ｄは、ＰＢＳ、または上述のようにキメラＡＡＶ２／アシカウイルス粒子のいずれかを注射してから４６日後の動物の発光データを示す。生きている動物にイソフルランを使用して麻酔をかけ、ルシフェリン基質を注射して、ＩＶＩＳ Ｓｐｅｃｔｒｕｍ Ｉｎ Ｖｉｖｏ Ｉｍａｇｉｎｇ Ｓｙｓｔｅｍ（ＰｅｒｋｉｎＥｌｍｅｒ社）を使用して１０分後に撮像した。感染マウスの解剖後に、生体外で撮像された個々の器官の放射輝度が定量化される。図は、キメラＡＡＶ２／アシカＡＡＶが、肝臓、肺および心臓に形質導入されていることを示す。ＡＡＶ２／アシカＡＡＶ ＳｐｙＴａｇなし／Ｂ１なし ｖ５（配列番号７１）が組織に形質導入される能力は、キメラＡＡＶ２／アシカＡＡＶカプシド粒子に加えて、アシカカプシドで完全に構成されるＡＡＶカプシド粒子（非キメラカプシドタンパク質）が、遺伝子トランスファーベクターとして機能し得ることを示している。
本発明は、多数の実施形態を参照して具体的に示され、記載されているが、本発明の趣旨および範囲から逸脱することなく、本明細書に開示の様々な実施形態に対して、形式および詳細が変更され得、本明細書に開示の様々な実施形態は、特許請求の範囲を限定するように機能することを意図しないことを当業者は理解するであろう。本明細書に記載された方法および材料と類似または同等の任意の方法および材料を、本発明の実践または試験に使用することができるが、いくつかの好適な方法および材料をこれより記載する。本明細書で引用された全ての出版物は、その記述全体が参照により本明細書に組み込まれる。別途定義されない限り、本明細書で使用される全ての技術用語および科学用語は、本発明の属する分野の当業者によって一般に理解されるものと同一の意味を有する。
Claims (138)
- （ｉ）ＡＡＶ ＶＰ１、ＶＰ２、およびＶＰ３カプシドタンパク質を含むＡＡＶカプシド、ならびに（ｉｉ）前記ＡＡＶカプシド内にパッケージングされた、ＡＡＶ末端逆位配列（ＩＴＲ）を含む核酸配列、を含む組換えＡＡＶウイルス粒子であって、
前記ＡＡＶ ＶＰ１カプシドタンパク質、前記ＡＡＶ ＶＰ１カプシドタンパク質の任意の部分、前記ＡＡＶ ＶＰ２カプシドタンパク質、前記ＡＡＶ ＶＰ２カプシドタンパク質の任意の部分、前記ＡＡＶ ＶＰ３カプシドタンパク質、および前記ＡＡＶ ＶＰ３カプシドタンパク質の任意の部分のうちの少なくとも一つは、非霊長類動物ＡＡＶのカプシドタンパク質もしくはその一部、またはリモートＡＡＶのカプシドタンパク質もしくはその一部のアミノ酸配列に対し、例えば少なくとも９５％の同一性など顕著な配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、
Ｉ．前記ＡＡＶ ＶＰ１、ＶＰ２、およびＶＰ３カプシドタンパク質の少なくとも一つは、
（ａ）タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーであって、前記タンパク質：タンパク質結合ペアは、前記ＡＡＶウイルス粒子の指向性を指導する、第一のメンバー、
（ｂ）検出可能な標識、
（ｃ）点変異であって、好ましくは、前記点変異は、前記ＡＡＶウイルス粒子の本来の指向性を低下させ、および／または検出可能な標識を生成する、点変異、
（ｄ）キメラアミノ酸配列、および
（ｅ）（ａ）、（ｂ）、（ｃ）、および（ｄ）の任意の組み合わせ、からなる群から選択される改変を含み、ならびに／または
ＩＩ．前記ＩＴＲ配列、またはその一部は、第二のＡＡＶのＩＴＲ配列に対し、例えば少なくとも９５％の同一性など、顕著な配列同一性を有する核酸配列を含み、前記第二のＡＡＶは、前記非霊長類動物ＡＡＶまたは前記リモートＡＡＶと同一ではなく、
前記組換えＡＡＶウイルス粒子は、哺乳動物の宿主、好ましくは霊長類の宿主に感染する能力を有する、組換えＡＡＶウイルス粒子。 - （ｉ）ＡＡＶ ＶＰ１、ＶＰ２、およびＶＰ３カプシドタンパク質を含むＡＡＶカプシド、ならびに（ｉｉ）前記ＡＡＶカプシド内にパッケージングされた、ＡＡＶ末端逆位配列（ＩＴＲ）を含む核酸配列、を含む組換えＡＡＶウイルス粒子であって、
前記ＡＡＶ ＶＰ１カプシドタンパク質、前記ＡＡＶ ＶＰ１カプシドタンパク質の任意の部分、前記ＡＡＶ ＶＰ２カプシドタンパク質、前記ＡＡＶ ＶＰ２カプシドタンパク質の任意の部分、前記ＡＡＶ ＶＰ３カプシドタンパク質、および前記ＡＡＶ ＶＰ３カプシドタンパク質の任意の部分のうちの少なくとも一つは、非霊長類動物ＡＡＶのカプシドタンパク質またはその一部のアミノ酸配列に対し、例えば少なくとも９５％の同一性など顕著な配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、
前記ＡＡＶ ＶＰ１、ＶＰ２、およびＶＰ３カプシドタンパク質の少なくとも一つは、
（ａ）タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーであって、前記タンパク質：タンパク質結合ペアは、前記ＡＡＶウイルス粒子の指向性を指導する、第一のメンバー、
（ｂ）検出可能な標識、
（ｃ）点変異であって、好ましくは、前記点変異は、前記ＡＡＶウイルス粒子の本来の指向性を低下させ、および／または検出可能な標識を生成する、点変異、
（ｄ）キメラアミノ酸配列、および
（ｅ）（ａ）、（ｂ）、（ｃ）、および（ｄ）の任意の組み合わせ、からなる群から選択される改変を含み、
前記ＩＴＲ配列の全体、または前記ＩＴＲ配列の一部は、前記非霊長類動物ＡＡＶのＩＴＲに対し、例えば少なくとも９５％の同一性などの顕著な配列同一性を有する核酸配列を含み、任意で前記ＩＴＲ配列は、キメラ核酸配列を含み、および前記非霊長類ＡＡＶのＩＴＲに対して例えば少なくとも９５％の同一性などの顕著な配列同一性を有する前記キメラ核酸配列の一部は、第二のＡＡＶのＩＴＲに対して例えば少なくとも９５％の同一性などの顕著な配列同一性を有するキメラ核酸配列の一部に動作可能に連結され、前記第二のＡＡＶは、前記非霊長類動物ＡＡＶと同一ではなく、
前記組換えＡＡＶウイルス粒子は、哺乳動物の宿主、好ましくは霊長類の宿主に感染する能力を有する、組換えＡＡＶウイルス粒子。 - （ｉ）ＡＡＶ ＶＰ１、ＶＰ２、およびＶＰ３カプシドタンパク質を含むＡＡＶカプシド、ならびに（ｉｉ）前記ＡＡＶカプシド内にパッケージングされた、ＡＡＶ末端逆位配列（ＩＴＲ）を含む核酸配列、を含む組換えＡＡＶウイルス粒子であって、
前記ＡＡＶ ＶＰ１カプシドタンパク質、前記ＡＡＶ ＶＰ１カプシドタンパク質の任意の部分、前記ＡＡＶ ＶＰ２カプシドタンパク質、前記ＡＡＶ ＶＰ２カプシドタンパク質の任意の部分、前記ＡＡＶ ＶＰ３カプシドタンパク質、および前記ＡＡＶ ＶＰ３カプシドタンパク質の任意の部分のうちの少なくとも一つは、非霊長類動物ＡＡＶのカプシドタンパク質またはその一部のアミノ酸配列に対し、例えば少なくとも９５％の同一性など顕著な配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、任意で前記ＡＡＶ ＶＰ１、ＶＰ２およびＶＰ３カプシドタンパク質のうちの少なくとも一つは、
（ａ）タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーであって、前記タンパク質：タンパク質結合ペアは、前記ＡＡＶウイルス粒子の指向性を指導する、第一のメンバー、
（ｂ）検出可能な標識、
（ｃ）点変異であって、好ましくは、前記点変異は、前記ＡＡＶウイルス粒子の本来の指向性を低下させ、および／または検出可能な標識を生成する、点変異、および
（ｄ）（ａ）～（ｃ）の任意の組み合わせ、からなる群から選択される改変を含み、
前記ＩＴＲ配列、またはその一部は、第二のＡＡＶのＩＴＲ配列に対し、例えば少なくとも９５％の同一性など、顕著な配列同一性を有する核酸配列を含み、前記第二のＡＡＶは、前記非霊長類動物ＡＡＶと同一ではなく、ならびに
前記組換えＡＡＶウイルス粒子は、哺乳動物の宿主、好ましくは霊長類の宿主に感染する能力を有する、組換えＡＡＶウイルス粒子。 - （ｉ）ＡＡＶ ＶＰ１、ＶＰ２、およびＶＰ３カプシドタンパク質を含むＡＡＶカプシド、ならびに（ｉｉ）前記ＡＡＶカプシド内にパッケージングされた、ＡＡＶ末端逆位配列（ＩＴＲ）を含む核酸配列、を含む組換えＡＡＶウイルス粒子であって、
前記ＡＡＶ ＶＰ１カプシドタンパク質、前記ＡＡＶ ＶＰ１カプシドタンパク質の任意の部分、前記ＡＡＶ ＶＰ２カプシドタンパク質、前記ＡＡＶ ＶＰ２カプシドタンパク質の任意の部分、前記ＡＡＶ ＶＰ３カプシドタンパク質、および前記ＡＡＶ ＶＰ３カプシドタンパク質の任意の部分のうちの少なくとも一つは、（Ａ）非霊長類動物ＡＡＶのカプシドタンパク質もしくはその一部のアミノ酸配列に対し、例えば少なくとも９５％の同一性など顕著な配列同一性を有するアミノ酸配列、を含むキメラアミノ酸配列を含み、（Ａ）は、（Ｂ）第二のＡＡＶカプシドタンパク質またはその一部のアミノ酸配列に対し、例えば少なくとも９５％の同一性などの顕著な配列同一性を有するアミノ酸配列に動作可能に連結され、
前記第二のＡＡＶは、前記非霊長類動物ＡＡＶと同一ではなく、
前記組換えＡＡＶウイルス粒子は、哺乳動物の宿主、好ましくは霊長類の宿主に感染する能力を有し、および任意で、
キメラアミノ酸配列を含む、前記ＡＡＶ ＶＰ１カプシドタンパク質、前記ＡＡＶ ＶＰ１カプシドタンパク質の任意の部分、前記ＡＡＶ ＶＰ２カプシドタンパク質、前記ＡＡＶ ＶＰ２カプシドタンパク質の任意の部分、前記ＡＡＶ ＶＰ３カプシドタンパク質、および前記ＡＡＶ ＶＰ３カプシドタンパク質の任意の部分のうちの前記少なくとも一つは、
（ａ）タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバー、
（ｂ）検出可能な標識、および
（ｃ）（ａ）と（ｂ）の組み合わせ、からなる群から選択される改変をさらに含む、組換えＡＡＶウイルス粒子。 - 前記タンパク質：タンパク質結合ペアは、ＳｐｙＴａｇ：ＳｐｙＣａｔｃｈｅｒ、ＳｐｙＴａｇ：ＫＴａｇ、Ｉｓｏｐｅｐｔａｇ：ｐｉｌｉｎ－Ｃ、ＳｎｏｏｐＴａｇ：ＳｎｏｏｐＣａｔｃｈｅｒ、およびＳｐｙＴａｇ００２：ＳｐｙＣａｔｃｈｅｒ００２から選択される、請求項１～４のいずれか一項に記載の組換えＡＡＶ粒子。
- 前記タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーは、配列番号４４として記載される配列を含むｃ－ｍｙｃを含む、請求項１～５のいずれか一項に記載の組換えＡＡＶ粒子。
- 前記検出可能な標識が、ＩＧＴＲＹＬＴＲ（配列番号４５）のアミノ酸配列を含むＢ１エピトープを含む、請求項１～６のいずれか一項に記載の組換えＡＡＶ粒子。
- 前記カプシドタンパク質またはその一部が、前記非霊長類動物ＡＡＶのＶＰ３カプシドタンパク質のアミノ酸配列に対し、例えば少なくとも９５％の同一性など、顕著な配列同一性を有するアミノ酸配列を含む、請求項１～７のいずれか一項に記載の組換えＡＡＶウイルス粒子。
- 前記カプシドタンパク質またはその一部が、前記非霊長類動物ＡＡＶのＶＰ２カプシドタンパク質のアミノ酸配列に対し、例えば少なくとも９５％の同一性など、顕著な配列同一性を有するアミノ酸配列を含む、請求項１～８のいずれか一項に記載の組換えＡＡＶウイルス粒子。
- 前記カプシドタンパク質またはその一部が、前記非霊長類動物ＡＡＶのＶＰ１カプシドタンパク質のアミノ酸配列に対し、例えば少なくとも９５％の同一性など、顕著な配列同一性を有するアミノ酸配列を含む、請求項１～９のいずれか一項に記載の組換えＡＡＶウイルス粒子。
- （ｉ）前記ＶＰ１カプシドタンパク質が、
キメラアミノ酸配列であって、任意で前記キメラＡＡＶ ＶＰ１カプシドタンパク質のＶＰ１固有領域（ＶＰ１－ｕ）が、第二のＡＡＶのＶＰ１－ｕのアミノ酸配列に対し、例えば少なくとも９５％の同一性などの顕著な配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、および前記キメラＡＡＶ ＶＰ１カプシドのＶＰ１／ＶＰ２共通領域およびＶＰ３領域が、前記非霊長類動物ＡＡＶのＶＰ１／ＶＰ２共通領域およびＶＰ３領域のアミノ酸配列に対し、例えば少なくとも９５％の同一性などの顕著な配列同一性を有するアミノ酸配列を含む、キメラアミノ酸配列、または
前記非霊長類動物のＡＡＶの前記ＶＰ１カプシドタンパク質に対し、例えば少なくとも９５％の同一性などの顕著な配列同一性を有するアミノ酸配列、のいずれかを含み、
（ｉｉ）前記ＶＰ２カプシドタンパク質が、
キメラアミノ酸配列であって、任意で前記キメラＡＡＶ ＶＰ２カプシドタンパク質のＶＰ１／ＶＰ２共通領域が、第二のＡＡＶのＶＰ１／ＶＰ２共通領域のアミノ酸配列に対し、例えば少なくとも９５％の同一性などの顕著な配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、および前記キメラＶＰ２カプシドタンパク質のＶＰ３領域が、前記非霊長類動物ＡＡＶのＶＰ３領域に対し、少なくとも９５％の同一性を含む、キメラアミノ酸配列、または
前記非霊長類動物ＡＡＶの前記ＶＰ２カプシドタンパク質に対し、例えば少なくとも９５％の同一性などの顕著な配列同一性を有するアミノ酸配列、のいずれかを含み、
（ｉｉｉ）前記ＶＰ３カプシドタンパク質が、前記非霊長類動物のＡＡＶの前記ＶＰ３カプシドタンパク質のアミノ酸配列に対し、例えば少なくとも９５％の同一性などの顕著な配列同一性を有するアミノ酸配列を含む、請求項１～１０のいずれか一項に記載の組換えＡＡＶウイルス粒子。 - （ｉ）前記ＶＰ１カプシドタンパク質が、キメラアミノ酸配列を含み、任意で前記キメラＡＡＶ ＶＰ１カプシドタンパク質のＶＰ１固有領域（ＶＰ１－ｕ）が、第二のＡＡＶのＶＰ１－ｕのアミノ酸配列に対し、例えば少なくとも９５％の同一性などの顕著な配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、および前記キメラＡＡＶ ＶＰ１カプシドのＶＰ１／ＶＰ２共通領域およびＶＰ３領域が、前記非霊長類動物ＡＡＶのＶＰ１／ＶＰ２共通領域およびＶＰ３領域のアミノ酸配列に対し、例えば少なくとも９５％の同一性などの顕著な配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、
（ｉｉ）前記ＶＰ２カプシドタンパク質が、キメラアミノ酸配列を含み、任意で前記キメラＡＡＶ ＶＰ２カプシドタンパク質のＶＰ１／ＶＰ２共通領域が、第二のＡＡＶのＶＰ１／ＶＰ２共通領域のアミノ酸配列に対し、例えば少なくとも９５％の同一性などの顕著な配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、および前記キメラＶＰ２カプシドタンパク質のＶＰ３領域が、前記非霊長類動物ＡＡＶのＶＰ３領域に対し、少なくとも９５％の同一性を含み、ならびに
（ｉｉｉ）前記ＶＰ３カプシドタンパク質が、前記非霊長類動物ＡＡＶの前記ＶＰ３カプシドタンパク質のアミノ酸配列に対し、例えば少なくとも９５％の同一性などの顕著な配列同一性を有するアミノ酸配列を含む、請求項１～１１のいずれか一項に記載の組換えＡＡＶウイルス粒子。 - （ｉ）前記ＡＡＶ ＶＰ１カプシドタンパク質が、キメラアミノ酸配列を含み、任意で前記キメラＡＡＶ ＶＰ１カプシドタンパク質のＶＰ１固有領域（ＶＰ１－ｕ）が、第二のＡＡＶのＶＰ１－ｕのアミノ酸配列に対し、例えば少なくとも９５％の同一性などの顕著な配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、および前記キメラＡＡＶ ＶＰ１カプシドのＶＰ１／ＶＰ２共通領域およびＶＰ３領域が、前記非霊長類動物ＡＡＶのＶＰ１／ＶＰ２共通領域およびＶＰ３領域のアミノ酸配列に対し、例えば少なくとも９５％の同一性などの顕著な配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、
（ｉｉ）前記ＶＰ２カプシドタンパク質が、前記非霊長類動物ＡＡＶの前記ＶＰ２カプシドタンパク質のアミノ酸配列に対し、例えば少なくとも９５％の同一性などの顕著な配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、ならびに
（ｉｉｉ）前記ＶＰ３カプシドタンパク質が、前記非霊長類動物ＡＡＶのＶＰ３カプシドタンパク質のアミノ酸配列に対し、例えば少なくとも９５％の同一性などの顕著な配列同一性を有するアミノ酸配列を含む、請求項１～１２のいずれか一項に記載の組換えＡＡＶウイルス粒子。 - （ｉ）前記ＶＰ１カプシドタンパク質が、前記非霊長類動物ＡＡＶの前記ＶＰ１カプシドタンパク質のアミノ酸配列に対し、例えば少なくとも９５％の同一性などの顕著な配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、
（ｉｉ）前記ＶＰ２カプシドタンパク質が、前記非霊長類動物ＡＡＶの前記ＶＰ２カプシドタンパク質のアミノ酸配列に対し、例えば少なくとも９５％の同一性などの顕著な配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、ならびに
（ｉｉｉ）前記ＶＰ３カプシドタンパク質が、前記非霊長類動物ＡＡＶの前記ＶＰ３カプシドタンパク質のアミノ酸配列に対し、例えば少なくとも９５％の同一性などの顕著な配列同一性を有するアミノ酸配列を含む、請求項１～１３のいずれか一項に記載の組換えＡＡＶウイルス粒子。 - 前記第二のＡＡＶが、霊長類ＡＡＶ、または霊長類ＡＡＶの組み合わせである、請求項１～１４のいずれか一項に記載の組換えＡＡＶウイルス粒子。
- 前記第二のＡＡＶが、ＡＡＶ１、ＡＡＶ２、ＡＡＶ３、ＡＡＶ４、ＡＡＶ５、ＡＡＶ６、ＡＡＶ７、ＡＡＶ８、ＡＡＶ９、およびそれらの組み合わせからなる群から選択される、請求項１～１５のいずれか一項に記載の組換えＡＡＶウイルス粒子。
- 前記第二のＡＡＶが、ＡＡＶ２である、請求項１～１６のいずれか一項に記載の組換えＡＡＶウイルス粒子。
- 前記非霊長類動物ＡＡＶが、表２に列挙される群から選択される非霊長類ＡＡＶである、請求項１～１７のいずれか一項に記載の組換えＡＡＶウイルス粒子。
- 前記非霊長類動物ＡＡＶが、鳥類ＡＡＶ（ＡＡＡＶ）、アシカＡＡＶ、またはフトアゴヒゲトカゲＡＡＶである、請求項１～１８のいずれか一項に記載の組換えＡＡＶウイルス粒子。
- 前記非霊長類動物ＡＡＶが、ＡＡＡＶである、請求項１～１９のいずれか一項に記載の組換えＡＡＶウイルス粒子。
- 前記改変が、ＡＡＡＶのＶＰ１カプシドタンパク質のＩ４４４位またはＩ５８０位にある、請求項１～２０のいずれか一項に記載の組換えＡＡＶウイルス粒子。
- 前記非霊長類動物ＡＡＶが、有隣目ＡＡＶである、請求項１～１９のいずれか一項に記載の組換えＡＡＶウイルス粒子。
- 前記有隣目ＡＡＶが、フトアゴヒゲトカゲＡＡＶである、請求項１～１９および２２のいずれか一項に記載の組換えＡＡＶウイルス粒子。
- 前記改変が、フトアゴヒゲトカゲＡＡＶのＶＰ１カプシドタンパク質のＩ５７３位またはＩ４３６位にある、請求項１～１９および２２～２３のいずれか一項に記載の組換えＡＡＶウイルス粒子。
- 前記非霊長類動物ＡＡＶが、哺乳動物ＡＡＶである、請求項１～１９のいずれか一項に記載の組換えＡＡＶウイルス粒子。
- 前記哺乳動物ＡＡＶが、アシカＡＡＶである、請求項１～１９および２５のいずれか一項に記載の組換えＡＡＶウイルス粒子。
- 前記改変が、アシカＡＡＶのＶＰ１のＩ４２９、Ｉ４３０、Ｉ４３１、Ｉ４３２、Ｉ４３３、Ｉ４３４、Ｉ４３６、Ｉ４３７およびＡ５６５からなる群から選択される位置にある、請求項１～１９および２５～２６のいずれか一項に記載の組換えＡＡＶウイルス粒子。
- 前記ＶＰ３カプシドタンパク質が改変され、
（ａ）タンパク質：タンパク質結合ペアの少なくとも第一のメンバーであって、任意で前記タンパク質：タンパク質結合ペアが、ＳｐｙＴａｇ：ＳｐｙＣａｔｃｈｅｒ、ＳｐｙＴａｇ：ＫＴａｇ、Ｉｓｏｐｅｐｔａｇ：ｐｉｌｉｎ－Ｃ、ＳｎｏｏｐＴａｇ：ＳｎｏｏｐＣａｔｃｈｅｒ、およびＳｐｙＴａｇ００２：ＳｐｙＣａｔｃｈｅｒ００２からなる群から選択される、第一のメンバー、
（ｂ）検出可能な標識であって、任意で前記検出可能な標識は、配列番号４４として記載されるアミノ酸配列、または配列番号４５として記載されるアミノ酸配列を含む、検出可能な標識、
（ｃ）点変異、または
（ｄ）（ａ）、（ｂ）、および（ｃ）の任意の組み合わせ、を含む、請求項１～２７のいずれか一項に記載の組換えＡＡＶウイルス粒子。 - 前記ＶＰ３カプシドタンパク質が改変され、
（ａ）配列番号４２として記載されるアミノ酸配列を含む少なくともＳｐｙＴａｇ、および／または
（ｂ）配列番号４５として記載されるアミノ酸配列を含む検出可能な標識、を含む、請求項２８に記載の組換えＡＡＶウイルス粒子。 - タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーおよび／または検出可能な標識を、前記ＡＡＶ粒子のカプシドのカプシドタンパク質に動作可能に連結する第一および／または第二のリンカーを含む、請求項１～２９のいずれか一項に記載の組換えＡＡＶウイルス粒子。
- 前記第一および第二のリンカーが、同一ではない、請求項３０に記載の組換えＡＡＶウイルス粒子。
- 前記第一および第二のリンカーが、同一である、請求項３０に記載の組換えＡＡＶウイルス粒子。
- 前記第一および／または第二のリンカーが、１０アミノ酸の長さである、請求項３０～３２のいずれか一項に記載の組換えＡＡＶウイルス粒子。
- 前記ＡＡＶ粒子のカプシドのカプシドタンパク質の可変領域に動作可能に連結された、タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーおよび／または検出可能な標識を含む、請求項１～３３のいずれか一項に記載の組換えＡＡＶウイルス粒子。
- （ａ）配列番号２として記載されるアミノ酸配列、
（ｂ）配列番号４として記載されるアミノ酸配列、
（ｃ）配列番号６として記載されるアミノ酸配列、
（ｄ）配列番号８として記載されるアミノ酸配列、
（ｅ）配列番号１０として記載されるアミノ酸配列、
（ｆ）配列番号１２として記載されるアミノ酸配列、
（ｇ）配列番号１４として表されるアミノ酸配列、
（ｈ）配列番号１６として記載されるアミノ酸配列、
（ｉ）配列番号１８として記載されるアミノ酸配列、
（ｊ）配列番号２０として記載されるアミノ酸配列、
（ｋ）配列番号２２として記載されるアミノ酸配列、
（ｌ）配列番号２４として記載されるアミノ酸配列、
（ｍ）配列番号２６として記載されるアミノ酸配列、
（ｎ）配列番号２８として記載されるアミノ酸配列、
（ｏ）配列番号３０として記載されるアミノ酸配列、
（ｐ）配列番号３２として記載されるアミノ酸配列、
（ｑ）配列番号３４として記載されるアミノ酸配列、
（ｒ）配列番号３６として記載されるアミノ酸配列、
（ｓ）配列番号５３として記載されるアミノ酸配列、
（ｔ）配列番号５５として記載されるアミノ酸配列、
（ｕ）配列番号５７として記載されるアミノ酸配列、
（ｖ）配列番号５９として記載されるアミノ酸配列、
（ｗ）配列番号６１として記載されるアミノ酸配列、
（ｘ）配列番号６３として記載されるアミノ酸配列、
（ｙ）配列番号６５として記載されるアミノ酸配列、
（ｚ）配列番号６７として記載されるアミノ酸配列、
（ａａ）配列番号６９として記載されるアミノ酸配列、
（ｂｂ）配列番号７１として記載されるアミノ酸配列、
（ｃｃ）配列番号２、配列番号４、配列番号６、配列番号８、配列番号１０、配列番号１２、配列番号１４、配列番号１６、配列番号１８、配列番号２０、配列番号２２、配列番号２４、配列番号２６、配列番号２８、配列番号３０、配列番号３２、配列番号３４、配列番号３６、配列番号５３、配列番号５５、配列番号５７、配列番号５９、配列番号６１、配列番号６３、配列番号６５、配列番号６７、配列番号６９または配列番号７１に対し、例えば少なくとも９５％の同一性などの顕著な配列同一性を有するアミノ酸配列、および
（ｄｄ）（ａ）～（ｃｃ）のいずれかに記載されるアミノ酸配列の任意のＶＰ２部分および／またはＶＰ３部分のアミノ酸配列、からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むカプシドタンパク質を含む、請求項１～３４のいずれか一項に記載の組換えＡＡＶウイルス粒子。 - 前記カプシドがモザイクカプシドであるように、参照カプシドタンパク質をさらに含む、請求項１～３５のいずれか一項に記載の組換えＡＡＶウイルス粒子。
- 前記ＶＰ３カプシドタンパク質が、タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーを用いた改変を含み、前記カプシドが、前記タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーを欠いた参照ＶＰ３カプシドタンパク質をさらに含む、請求項１～３６のいずれか一項に記載の組換えＡＡＶウイルス粒子。
- アミノ酸配列を含むアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）カプシドタンパク質であって、前記アミノ酸配列またはその一部は、霊長類動物ＡＡＶのカプシドタンパク質もしくはその一部、またはリモートＡＡＶのカプシドタンパク質もしくはその一部のアミノ酸配列に対し、例えば少なくとも９５％の同一性などの顕著な配列同一性を有し、
前記ＡＡＶカプシドタンパク質が、
（ａ）キメラＡＡＶ ＶＰ１カプシドタンパク質であって、任意で前記キメラＡＡＶ ＶＰ１カプシドタンパク質は改変されて、タンパク質：タンパク質結合ペアの少なくとも第一のメンバー、検出可能な標識、ならびに／または前記ＡＡＶウイルス粒子の本来の指向性を低下させ、および／もしくは検出可能な標識を生成する点変異を含む、キメラＡＡＶ ＶＰ１カプシドタンパク質、
（ｂ）改変されて、タンパク質：タンパク質結合ペアの少なくとも第一のメンバー、検出可能な標識、ならびに／または前記ＡＡＶウイルス粒子の本来の指向性を低下させ、および／もしくは検出可能な標識を生成する点変異を含む、前記非霊長類動物ＡＡＶまたはリモートＡＡＶの非キメラＡＡＶ ＶＰ１カプシドタンパク質、
（ｃ）キメラＶＰ２カプシドタンパク質であって、任意で前記キメラＡＡＶ ＶＰ２カプシドタンパク質は改変されて、タンパク質：タンパク質結合ペアの少なくとも第一のメンバー、検出可能な標識、ならびに／または前記ＡＡＶウイルス粒子の本来の指向性を低下させ、および／もしくは検出可能な標識を生成する点変異を含む、キメラＶＰ２カプシドタンパク質、
（ｄ）改変されて、タンパク質：タンパク質結合ペアの少なくとも第一のメンバー、検出可能な標識、ならびに／または前記ＡＡＶウイルス粒子の本来の指向性を低下させ、および／もしくは検出可能な標識を生成する点変異を含む、前記非霊長類動物ＡＡＶまたはリモートＡＡＶの非キメラＡＡＶ ＶＰ２カプシドタンパク質、
（ｅ）改変されて、タンパク質：タンパク質結合ペアの少なくとも第一のメンバー、検出可能な標識、ならびに／または前記ＡＡＶウイルス粒子の本来の指向性を低下させ、および／もしくは検出可能な標識を生成する点変異を含む、キメラＡＡＶ ＶＰ３カプシドタンパク質、および
（ｆ）改変されて、タンパク質：タンパク質結合ペアの少なくとも第一のメンバー、検出可能な標識、ならびに／または前記ＡＡＶウイルス粒子の本来の指向性を低下させ、および／もしくは検出可能な標識を生成する点変異を含む、非ヒトＡＡＶまたはリモートＡＡＶの非キメラＡＡＶ ＶＰ３カプシドタンパク質、からなる群から選択される、ＡＡＶカプシドタンパク質。 - 前記タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーは、第一および／または第二のリンカーに隣接され、前記リンカーは、タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーを前記カプシドタンパク質に連結し、および前記第一および／または第二のリンカーはそれぞれ独立して、少なくとも一アミノ酸の長さである、請求項３８に記載のＡＡＶカプシドタンパク質。
- 前記第一および第二のリンカーが、同一ではない、請求項３９に記載のＡＡＶカプシドタンパク質。
- 前記第一および第二のリンカーは、同一であり、１０アミノ酸の長さである、請求項３９に記載のＡＡＶカプシドタンパク質。
- 前記カプシドタンパク質は、前記タンパク質：タンパク質結合ペアの第二の同族メンバーをさらに含み、任意で前記第一および第二のメンバーは、共有結合、任意でイソペプチド結合により結合される、請求項３８～４１のいずれか一項に記載のＡＡＶカプシドタンパク質。
- 前記タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーは、ＳｐｙＴａｇを含む、請求項３８～４２のいずれか一項に記載のＡＡＶカプシドタンパク質。
- 前記第二の同族メンバーは、ＳｐｙＣａｔｃｈｅｒを含む、請求項４２または請求項４３に記載のＡＡＶカプシドタンパク質。
- 前記第二の同族メンバーが、ＫＴａｇを含む、請求項４２～４４のいずれか一項に記載のＡＡＶカプシドタンパク質。
- 前記第一のメンバーは、ＫＴａｇであり、前記第二の同族メンバーは、ＳｐｙＴａｇを含む、請求項４２に記載のＡＡＶカプシドタンパク質。
- 前記第一のメンバーは、ＳｎｏｏｐＴａｇであり、前記第二の同族メンバーは、ＳｎｏｏｐＣａｔｃｈｅｒを含む、請求項４２に記載のＡＡＶカプシドタンパク質。
- 前記第一のメンバーは、ｉｓｏｐｅｐｔａｇであり、前記第二の同族メンバーは、Ｐｉｌｉｎ－Ｃを含む、請求項４２に記載のＡＡＶカプシドタンパク質。
- 前記第一のメンバーは、ＳｐｙＴａｇ００２であり、前記第二の同族メンバーは、ＳｐｙＣａｔｃｈｅｒ００２を含む、請求項４２に記載のＡＡＶカプシドタンパク質。
- 前記第二のメンバーが標的化リガンドに動作可能に連結され、任意で前記標的化リガンドは、結合部分である、請求項４２～４９のいずれか一項に記載のＡＡＶカプシドタンパク質。
- 前記結合部分が、抗体またはその一部である、請求項５０に記載のＡＡＶカプシドタンパク質。
- 前記抗体またはその一部が、ＳｐｙＣａｔｃｈｅｒに融合される、請求項５１に記載のＡＡＶカプシドタンパク質。
- 前記抗体またはその一部が、Ｃ末端でリンカーに融合され、前記リンカーが、前記リンカーのＣ末端でＳｐｙＣａｔｃｈｅｒに融合される、請求項５１または請求項５２に記載のＡＡＶカプシドタンパク質。
- 前記リンカーが、配列番号４９（ＧＳＧＥＳＧ）として記載される配列を含む、請求項５３に記載のＡＡＶカプシドタンパク質。
- 前記検出可能な標識が、配列番号４５として記載されるアミノ酸配列を含むＢ１エピトープを含む、請求項３８～５４のいずれか一項に記載のＡＡＶカプシドタンパク質。
- 前記非霊長類動物ＡＡＶが、表２に列記される非霊長類ＡＡＶである、請求項３８～５５のいずれか一項に記載のＡＡＶカプシドタンパク質。
- 前記非霊長類ＡＡＶは、鳥類ＡＡＶ（ＡＡＡＶ）、アシカＡＡＶ、またはフトアゴヒゲトカゲＡＡＶである、請求項３８～５６のいずれか一項に記載のＡＡＶカプシドタンパク質。
- 前記非霊長類動物ＡＡＶが、ＡＡＡＶである、請求項３８～５７のいずれか一項に記載のＡＡＶカプシドタンパク質。
- 前記改変が、ＡＡＡＶのＶＰ１カプシドタンパク質のＩ４４４位またはＩ５８０位にある、請求項３８～５８のいずれか一項に記載のＡＡＶカプシドタンパク質。
- 前記非霊長類動物ＡＡＶが、有隣目ＡＡＶである、請求項３８～５６のいずれか一項に記載のＡＡＶカプシドタンパク質。
- 前記有隣目ＡＡＶが、フトアゴヒゲトカゲＡＡＶである、請求項３８～５６、および６０のいずれか一項に記載のＡＡＶカプシドタンパク質。
- 前記改変が、フトアゴヒゲトカゲＡＡＶのＶＰ１カプシドタンパク質のＩ５７３位またはＩ４３６位にある、請求項３８～５６、および６０～６１のいずれか一項に記載のＡＡＶカプシドタンパク質。
- 前記非霊長類動物ＡＡＶが、哺乳動物ＡＡＶである、請求項３８～５６のいずれか一項に記載のＡＡＶカプシドタンパク質。
- 前記哺乳動物ＡＡＶが、アシカＡＡＶである、請求項３８～５６、および６３のいずれか一項に記載のＡＡＶカプシドタンパク質。
- 前記改変が、アシカＡＡＶのＶＰ１のＩ４２９、Ｉ４３０、Ｉ４３１、Ｉ４３２、Ｉ４３３、Ｉ４３４、Ｉ４３６、Ｉ４３７およびＡ５６５からなる群から選択される位置にある、請求項３８～５６、および６３～６４のいずれか一項に記載のＡＡＶカプシドタンパク質。
- （ａ）配列番号２として記載されるアミノ酸配列、
（ｂ）配列番号４として記載されるアミノ酸配列、
（ｃ）配列番号６として記載されるアミノ酸配列、
（ｄ）配列番号８として記載されるアミノ酸配列、
（ｅ）配列番号１０として記載されるアミノ酸配列、
（ｆ）配列番号１２として記載されるアミノ酸配列、
（ｇ）配列番号１４として表されるアミノ酸配列、
（ｈ）配列番号１６として記載されるアミノ酸配列、
（ｉ）配列番号１８として記載されるアミノ酸配列、
（ｊ）配列番号２０として記載されるアミノ酸配列、
（ｋ）配列番号２２として記載されるアミノ酸配列、
（ｌ）配列番号２４として記載されるアミノ酸配列、
（ｍ）配列番号２６として記載されるアミノ酸配列、
（ｎ）配列番号２８として記載されるアミノ酸配列、
（ｏ）配列番号３０として記載されるアミノ酸配列、
（ｐ）配列番号３２として記載されるアミノ酸配列、
（ｑ）配列番号３４として記載されるアミノ酸配列、
（ｒ）配列番号３６として記載されるアミノ酸配列、
（ｓ）配列番号５３として記載されるアミノ酸配列、
（ｔ）配列番号５５として記載されるアミノ酸配列、
（ｕ）配列番号５７として記載されるアミノ酸配列、
（ｖ）配列番号５９として記載されるアミノ酸配列、
（ｗ）配列番号６１として記載されるアミノ酸配列、
（ｘ）配列番号６３として記載されるアミノ酸配列、
（ｙ）配列番号６５として記載されるアミノ酸配列、
（ｚ）配列番号６７として記載されるアミノ酸配列、
（ａａ）配列番号６９として記載されるアミノ酸配列、
（ｂｂ）配列番号７１として記載されるアミノ酸配列、
（ｃｃ）配列番号２、配列番号４、配列番号６、配列番号８、配列番号１０、配列番号１２、配列番号１４、配列番号１６、配列番号１８、配列番号２０、配列番号２２、配列番号２４、配列番号２６、配列番号２８、配列番号３０、配列番号３２、配列番号３４、配列番号３６、配列番号５３、配列番号５５、配列番号５７、配列番号５９、配列番号６１、配列番号６３、配列番号６５、配列番号６７、配列番号６９または配列番号７１に対し、例えば少なくとも９５％の同一性などの顕著な配列同一性を有するアミノ酸配列、および
（ｄｄ）（ａ）～（ｃｃ）のいずれかに記載されるアミノ酸配列の任意のＶＰ２部分および／またはＶＰ３部分のアミノ酸配列、からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、請求項３８～６５のいずれか一項に記載のＡＡＶカプシドタンパク質。 - 前記タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーは、検出可能な標識を含む、請求項３８～６６のいずれか一項に記載のＡＡＶカプシドタンパク質。
- 前記検出可能な標識は、ｃ－ｍｙｃ（配列番号４４）を含む、請求項６７に記載のＡＡＶカプシドタンパク質。
- 請求項３８～６８のいずれか一項に記載のＡＡＶカプシドタンパク質を含む、ＡＡＶ粒子。
- 請求項３８～６８のいずれか一項に記載のＡＡＶカプシドタンパク質をコードするｃａｐ遺伝子を含む、核酸分子。
- ＡＡＶ ＶＰ１カプシドタンパク質、ＡＡＶ ＶＰ２カプシドタンパク質、および／またはＡＡＶ ＶＰ３カプシドタンパク質をコードする、ＡＡＶ ｃａｐ遺伝子を含む核酸分子であって、
前記ＡＡＶ ｃａｐ遺伝子またはその一部は、非霊長類動物ＡＡＶのｃａｐ遺伝子もしくはその一部、またはリモートＡＡＶのｃａｐ遺伝子もしくはその一部の核酸配列に対し、例えば少なくとも９５％の同一性などの顕著な配列同一性を有する核酸配列を含み、
前記ＡＡＶｃａｐ遺伝子がさらに改変されて、
（ａ）タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーをコードするヌクレオチド配列、
（ｂ）検出可能な標識をコードするヌクレオチド配列、
（ｃ）点変異、
（ｄ）キメラヌクレオチド配列、または
（ｅ）（ａ）、（ｂ）、（ｃ）、および（ｄ）の任意の組み合わせ、を含む、核酸分子。 - ＡＡＶ ｒｅｐ遺伝子およびＡＡＶｃａｐ遺伝子を含む核酸分子であって、
前記ＡＡＶ ｃａｐ遺伝子の全体が、非霊長類動物ＡＡＶまたはリモートＡＡＶのｃａｐ遺伝子の核酸配列に対し、例えば少なくとも９５％の同一性などの顕著な配列同一性を有する第一の核酸配列を含み、
前記ＡＡＶ ｒｅｐ遺伝子またはその一部が、第二のＡＡＶのｒｅｐ遺伝子またはその一部の核酸配列に対し、例えば少なくとも９５％の同一性などの顕著な配列同一性を有する第二の核酸配列を含み、
前記非霊長類動物ＡＡＶは、前記第二のＡＡＶと同一ではない、核酸分子。 - 前記ｃａｐ遺伝子は、プロモーターに動作可能に連結される、請求項７０～７２のいずれか一項に記載の核酸分子。
- 前記プロモーターは、パッケージング細胞において、前記カプシドタンパク質の発現を指導する、請求項７３に記載の核酸分子。
- 前記プロモーターは、ｐ４０、ＳＶ４０、ＥＦ、ＣＭＶ、Ｂ１９ｐ６、およびＣＡＧから選択される、請求項７３または請求項７４に記載の核酸分子。
- 前記ＡＡＶ ｃａｐ遺伝子は改変されて、
（ａ）タンパク質：タンパク質結合ペアの少なくとも第一のメンバーをコードするヌクレオチド配列、
（ｂ）検出可能な標識をコードするヌクレオチド配列、および／または
（ｃ）点変異をコードするヌクレオチド配列、を含む、請求項７０～７５のいずれか一項に記載の核酸分子。 - 前記タンパク質：タンパク質結合ペアは、ＳｐｙＴａｇ：ＳｐｙＣａｔｃｈｅｒ、ＳｐｙＴａｇ：ＫＴａｇ、Ｉｓｏｐｅｐｔａｇ：ｐｉｌｉｎ Ｃ、ＳｎｏｏｐＴａｇ：ＳｎｏｏｐＣａｔｃｈｅｒ、およびＳｐｙＴａｇ００２：ＳｐｙＣａｔｃｈｅｒ００２から選択される、請求項７６に記載の核酸分子。
- 前記タンパク質：タンパク質結合ペアの第一のメンバーは、配列番号４４として記載される配列を含むｃ－ｍｙｃを含む、請求項７６に記載の核酸分子。
- 前記検出可能な標識が、ＩＧＴＲＹＬＴＲ（配列番号４５）のアミノ酸配列を含む前記Ｂ１エピトープを含む、請求項７６～７８のいずれか一項に記載の核酸分子。
- 前記ｃａｐ遺伝子が、ＶＰ３カプシドタンパク質をコードし、前記ＶＰ３カプシドタンパク質またはその一部が、前記非霊長類動物ＡＡＶのＶＰ３カプシドタンパク質のアミノ酸配列に対し、例えば少なくとも９５％の同一性など、顕著な配列同一性を有するアミノ酸配列を含む、請求項７０～７９のいずれか一項に記載の核酸分子。
- 前記ｃａｐ遺伝子が、ＶＰ２カプシドタンパク質をコードし、前記ＶＰ２カプシドタンパク質またはその一部が、前記非霊長類動物ＡＡＶのＶＰ２カプシドタンパク質のアミノ酸配列に対し、例えば少なくとも９５％の同一性など、顕著な配列同一性を有するアミノ酸配列を含む、請求項７０～８０のいずれか一項に記載の核酸分子。
- 前記ｃａｐ遺伝子が、ＶＰ１カプシドタンパク質をコードし、前記ＶＰ１カプシドタンパク質またはその一部が、前記非霊長類動物ＡＡＶのＶＰ１カプシドタンパク質のアミノ酸配列に対し、例えば少なくとも９５％の同一性など、顕著な配列同一性を有するアミノ酸配列を含む、請求項７０～８１のいずれか一項に記載の核酸分子。
- ｃａｐ遺伝子が、
（ｉ）キメラアミノ酸配列であって、任意で前記キメラＡＡＶ ＶＰ１カプシドタンパク質のＶＰ１固有領域（ＶＰ１－ｕ）が、第二のＡＡＶのＶＰ１－ｕのアミノ酸配列に対し、例えば少なくとも９５％の同一性などの顕著な配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、および前記キメラＡＡＶ ＶＰ１カプシドのＶＰ１／ＶＰ２共通領域およびＶＰ３領域が、前記非霊長類動物ＡＡＶのＶＰ１／ＶＰ２共通領域およびＶＰ３領域のアミノ酸配列に対し、例えば少なくとも９５％の同一性などの顕著な配列同一性を有するアミノ酸配列を含む、キメラアミノ酸配列、または
前記非霊長類動物のＡＡＶのＶＰ１カプシドタンパク質に対し、例えば少なくとも９５％の同一性などの顕著な配列同一性を有するアミノ酸配列、のいずれかを含むＶＰ１カプシドタンパク質、
（ｉｉ）キメラアミノ酸配列であって、任意で前記キメラＡＡＶ ＶＰ２カプシドタンパク質のＶＰ１／ＶＰ２共通領域が、第二のＡＡＶのＶＰ１／ＶＰ２共通領域のアミノ酸配列に対し、例えば少なくとも９５％の同一性などの顕著な配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、および前記キメラＶＰ２カプシドタンパク質のＶＰ３領域が、前記非霊長類動物ＡＡＶのＶＰ３領域に対し、例えば少なくとも９５％の同一性などの顕著な配列同一性を有するアミノ酸配列を含む、キメラアミノ酸配列、もしくは
前記非霊長類動物のＡＡＶのＶＰ２カプシドタンパク質に対し、例えば少なくとも９５％の同一性などの顕著な配列同一性を有するアミノ酸配列、のいずれかを含むＶＰ２カプシドタンパク質、および／または
（ｉｉｉ）前記非霊長類動物のＡＡＶのＶＰ３カプシドタンパク質のアミノ酸配列に対し、例えば少なくとも９５％の同一性などの顕著な配列同一性を有するアミノ酸配列を含むＶＰ３カプシドタンパク質、をコードする、請求項７０～８２のいずれか一項に記載の核酸分子。 - ｃａｐ遺伝子が、
（ｉ）キメラアミノ酸配列を含むＶＰ１カプシドタンパク質であって、任意で前記キメラＡＡＶ ＶＰ１カプシドタンパク質のＶＰ１固有領域（ＶＰ１－ｕ）が、第二のＡＡＶのＶＰ１－ｕのアミノ酸配列に対し、例えば少なくとも９５％の同一性などの顕著な配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、および前記キメラＡＡＶ ＶＰ１カプシドのＶＰ１／ＶＰ２共通領域およびＶＰ３領域が、前記非霊長類動物ＡＡＶのＶＰ１／ＶＰ２共通領域およびＶＰ３領域のアミノ酸配列に対し、例えば少なくとも９５％の同一性などの顕著な配列同一性を有するアミノ酸配列を含む、ＶＰ１カプシドタンパク質、
（ｉｉ）キメラアミノ酸配列を含むＶＰ２カプシドタンパク質であって、任意で前記キメラＡＡＶ ＶＰ２カプシドタンパク質のＶＰ１／ＶＰ２共通領域は、第二のＡＡＶのＶＰ１／ＶＰ２共通領域のアミノ酸配列に対し、例えば少なくとも９５％の同一性などの顕著な配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、および前記キメラＶＰ２カプシドタンパク質のＶＰ３が、前記非霊長類動物ＡＡＶのＶＰ３領域のアミノ酸配列に対し、例えば少なくとも９５％の同一性などの顕著な配列同一性を有するアミノ酸配列を含む、ＶＰ２カプシドタンパク質、
（ｉｉｉ）前記非霊長類動物ＡＡＶのＶＰ３カプシドタンパク質のアミノ酸配列に対し、例えば少なくとも９５％の同一性などの顕著な配列同一性を有するアミノ酸配列を含むＶＰ３カプシドタンパク質、をコードする、請求項７０～８３のいずれか一項に記載の核酸分子。 - ｃａｐ遺伝子が、
（ｉ）キメラアミノ酸配列を含むＶＰ１カプシドタンパク質であって、任意で前記キメラＡＡＶ ＶＰ１カプシドタンパク質のＶＰ１固有領域（ＶＰ１－ｕ）が、第二のＡＡＶのＶＰ１－ｕのアミノ酸配列に対し、例えば少なくとも９５％の同一性などの顕著な配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、および前記キメラＡＡＶ ＶＰ１カプシドのＶＰ１／ＶＰ２共通領域およびＶＰ３領域が、前記非霊長類動物ＡＡＶのＶＰ１／ＶＰ２共通領域およびＶＰ３領域のアミノ酸配列に対し、例えば少なくとも９５％の同一性などの顕著な配列同一性を有するアミノ酸配列を含む、ＶＰ１カプシドタンパク質、
（ｉｉ）前記非霊長類動物ＡＡＶのＶＰ２カプシドタンパク質に対し、例えば少なくとも９５％の同一性などの顕著な配列同一性を有するアミノ酸配列を含むＶＰ２カプシドタンパク質、ならびに
（ｉｉｉ）前記非霊長類動物ＡＡＶのＶＰ３カプシドタンパク質のアミノ酸配列に対し、例えば少なくとも９５％の同一性などの顕著な配列同一性を有するアミノ酸配列を含むＶＰ３カプシドタンパク質、をコードする、請求項７０～８４のいずれか一項に記載の核酸分子。 - ｃａｐ遺伝子が、
（ｉ）前記非霊長類動物ＡＡＶのＶＰ１カプシドタンパク質に対し、例えば少なくとも９５％の同一性などの顕著な配列同一性を有するアミノ酸配列を含むＶＰ１カプシドタンパク質、
（ｉｉ）前記非霊長類動物ＡＡＶのＶＰ２カプシドタンパク質に対し、例えば少なくとも９５％の同一性などの顕著な配列同一性を有するアミノ酸配列を含むＶＰ２カプシドタンパク質、ならびに
（ｉｉｉ）前記非霊長類動物ＡＡＶのＶＰ３カプシドタンパク質のアミノ酸配列に対し、例えば少なくとも９５％の同一性などの顕著な配列同一性を有するアミノ酸配列を含むＶＰ３カプシドタンパク質、をコードする、請求項７０～８３のいずれか一項に記載の核酸分子。 - 前記第二のＡＡＶが、霊長類ＡＡＶ、または霊長類ＡＡＶの組み合わせである、請求項７０～８６のいずれか一項に記載の核酸分子。
- 前記第二のＡＡＶが、ＡＡＶ１、ＡＡＶ２、ＡＡＶ３、ＡＡＶ４、ＡＡＶ５、ＡＡＶ６、ＡＡＶ７、ＡＡＶ８、ＡＡＶ９、およびそれらの組み合わせからなる群から選択される、請求項７０～８７のいずれか一項に記載の核酸分子。
- 前記第二のＡＡＶが、ＡＡＶ２である、請求項７０～８８のいずれか一項に記載の核酸分子。
- 前記非霊長類動物ＡＡＶが、表２に列挙される非霊長類ＡＡＶから選択される非霊長類ＡＡＶである、請求項７０～８９のいずれか一項に記載の核酸分子。
- 前記非霊長類ＡＡＶが、鳥類ＡＡＶ、アシカＡＡＶ、またはフトアゴヒゲトカゲＡＡＶである、請求項７０～９０のいずれか一項に記載の核酸分子。
- 前記非霊長類動物ＡＡＶが、ＡＡＡＶである、請求項７０～９１のいずれか一項に記載の核酸分子。
- 前記改変が、ＡＡＡＶのＶＰ１カプシドタンパク質のＩ４４４位またはＩ５８０位をコードするコドンにある、請求項７０～９２のいずれか一項に記載の核酸分子。
- 前記非霊長類動物ＡＡＶが、有隣目ＡＡＶである、請求項７０～９１のいずれか一項に記載の核酸分子。
- 前記有隣目ＡＡＶが、フトアゴヒゲトカゲＡＡＶである、請求項７０～９１および９４のいずれか一項に記載の核酸分子。
- 前記改変が、フトアゴヒゲトカゲＡＡＶのＶＰ１カプシドタンパク質のＩ５７３位またはＩ４３６位をコードするコドンにある、請求項７０～９１および９４～９５のいずれか一項に記載の核酸分子。
- 前記非霊長類動物ＡＡＶが、哺乳動物ＡＡＶである、請求項７０～９１のいずれか一項に記載の核酸分子。
- 前記哺乳動物ＡＡＶが、アシカＡＡＶである、請求項７０～９１、および９７のいずれか一項に記載の核酸分子。
- 前記改変が、アシカＡＡＶのＶＰ１のＩ４２９、Ｉ４３０、Ｉ４３１、Ｉ４３２、Ｉ４３３、Ｉ４３４、Ｉ４３６、Ｉ４３７およびＡ５６５からなる群から選択される位置にある、請求項７０～９１、および９７～９８のいずれか一項に記載の核酸分子。
- （ａ）配列番号１として記載されるヌクレオチド配列、
（ｂ）配列番号３として記載されるヌクレオチド配列、
（ｃ）配列番号５として記載されるヌクレオチド配列、
（ｄ）配列番号７として記載されるヌクレオチド配列、
（ｅ）配列番号９として記載されるヌクレオチド配列、
（ｆ）配列番号１１として記載されるヌクレオチド配列、
（ｇ）配列番号１３として記載されるヌクレオチド配列、
（ｈ）配列番号１５として記載されるヌクレオチド配列、
（ｉ）配列番号１７として記載されるヌクレオチド配列、
（ｊ）配列番号１９として記載されるヌクレオチド配列、
（ｋ）配列番号２１として記載されるヌクレオチド配列、
（ｌ）配列番号２３として記載されるヌクレオチド配列、
（ｍ）配列番号２５として記載されるヌクレオチド配列、
（ｎ）配列番号２７として記載されるヌクレオチド配列、
（ｏ）配列番号２９として記載されるヌクレオチド配列、
（ｐ）配列番号３１として記載されるヌクレオチド配列、
（ｑ）配列番号３３として記載されるヌクレオチド配列、
（ｒ）配列番号３５として記載されるヌクレオチド配列、
（ｓ）配列番号５２として記載されるヌクレオチド配列、
（ｔ）配列番号５４として記載されるヌクレオチド配列、
（ｕ）配列番号５６として記載されるヌクレオチド配列
（ｖ）配列番号５８として記載されるヌクレオチド配列
（ｗ）配列番号６０として記載されるヌクレオチド配列、
（ｘ）配列番号６２として記載されるヌクレオチド配列、
（ｙ）配列番号６４として記載されるヌクレオチド配列
（ｚ）配列番号６６として記載されるヌクレオチド配列、
（ａａ）配列番号６８として記載されるヌクレオチド配列、
（ｂｂ）配列番号７０として記載されるヌクレオチド配列、
（ｃｃ）配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、５２、５４、５６、５８、６０、６２、６４、６６、６８、７０、またはＶＰ２カプシドをコードするそれらのいずれかとして記載されるヌクレオチド配列に対し、例えば少なくとも９５％の同一性などの顕著な配列同一性を有するヌクレオチド配列、
（ｄｄ）ＶＰ２カプシドタンパク質および／またはＶＰ３カプシドタンパク質をコードする、（ａ）～（ｓ）のヌクレオチド配列の任意の部分、からなる群から選択されるヌクレオチド配列を含む、請求項７０～９９のいずれか一項に記載の核酸分子。 - 一つ以上のＡＡＶ Ｒｅｐタンパク質をコードし、プロモーターに動作可能に連結される、ＡＡＶ ｒｅｐ遺伝子をさらに含む、請求項７０～１００のいずれか一項に記載の核酸分子。
- 前記プロモーターが、ｐ５、ｐ１９ ＳＶ４０、ＥＦ、ＣＭＶ、Ｂ１９ｐ６、およびＣＡＧからなる群から選択される、請求項１０１に記載の核酸分子。
- 前記一つ以上のＲｅｐタンパク質が、Ｒｅｐ７８、Ｒｅｐ６８、Ｒｅｐ５２、およびＲｅｐ４０から選択される、請求項１０１または請求項１０２に記載の核酸分子。
- 前記一つ以上のＲｅｐタンパク質が、Ｒｅｐ７８を含む、請求項１０１～１０３のいずれか一項に記載の核酸分子。
- 前記一つ以上のＲｅｐタンパク質が、霊長類動物ＡＡＶ Ｒｅｐタンパク質である、請求項１０１～１０４のいずれか一項に記載の核酸分子。
- 請求項７０～１０５のいずれか一項に記載の核酸分子によりコードされるアミノ酸配列を含む、ＡＡＶカプシドタンパク質。
- 請求項１０６に記載のカプシドタンパク質を含む、ＡＡＶ粒子。
- 請求項７０～１０５のいずれか一項に記載の核酸分子を含むＡＡＶ粒子を作製するためのパッケージング細胞。
- 一つ以上のＡＡＶ Ｒｅｐタンパク質をコードするｒｅｐ遺伝子を含む核酸分子を含み、前記ｒｅｐ遺伝子は、プロモーターに動作可能に連結され、任意で前記ｒｅｐ遺伝子およびｃａｐ遺伝子は、二つの異なるＡＡＶの遺伝子である、請求項１０８に記載のパッケージング細胞。
- 前記Ｒｅｐ遺伝子に動作可能に連結された前記プロモーターが、前記パッケージング細胞における前記Ｒｅｐタンパク質の発現を指導する、請求項１０９に記載のパッケージング細胞。
- 前記プロモーターは、ｐ５、ｐ１９ ＳＶ４０、ＥＦ、ＣＭＶ、Ｂ１９ｐ６、およびＣＡＧから選択される、請求項１０９または請求項１１０に記載のパッケージング細胞。
- 前記一つ以上のＲｅｐタンパク質が、Ｒｅｐ７８、Ｒｅｐ６８、Ｒｅｐ５２、およびＲｅｐ４０から選択される、請求項１０９～１１１のいずれか一項に記載のパッケージング細胞。
- 前記一つ以上のＲｅｐタンパク質が、Ｒｅｐ７８を含む、請求項１０９～１１２のいずれか一項に記載のパッケージング細胞。
- 前記一つ以上のＲｅｐタンパク質が、霊長類動物ＡＡＶ Ｒｅｐタンパク質である、請求項１０９～１１３のいずれか一項に記載のパッケージング細胞。
- 前記一つ以上のＲｅｐタンパク質が、非霊長類動物ＡＡＶ Ｒｅｐタンパク質である、請求項１０９～１１４のいずれか一項に記載のパッケージング細胞。
- 前記一つ以上のＲｅｐタンパク質により認識される少なくとも一つのＡＡＶ末端逆位配列（ＩＴＲ）が少なくとも片側で隣接する対象ヌクレオチドのヌクレオチド配列を含む核酸分子をさらに含む、請求項１０９～１１５のいずれか一項に記載のパッケージング細胞。
- 前記ヌクレオチドが、前記少なくとも一つのＩＴＲと同じＡＡＶの第二のＩＴＲにより他方の側で隣接される、請求項１１６に記載のパッケージング細胞。
- 前記ヌクレオチドが、第二のＩＴＲにより他方の側で隣接され、前記第二のＩＴＲおよび前記少なくとも一つのＩＴＲは、異なるＡＡＶのＩＴＲである、請求項１１７に記載のパッケージング細胞。
- 前記対象ヌクレオチドが、レポーター遺伝子である、請求項１１６～１１８のいずれか一項に記載のパッケージング細胞。
- 前記レポーター遺伝子が、β‐ガラクトシダーゼ、緑色蛍光タンパク質（ＧＦＰ）、強化型緑色蛍光タンパク質（ｅＧＦＰ）、ＭｍＧＦＰ、青色蛍光タンパク質（ＢＦＰ）、強化型青色蛍光タンパク質（ｅＢＦＰ）、ｍＰｌｕｍ、ｍＣｈｅｒｒｙ、ｔｄＴｏｍａｔｏ、ｍＳｔｒａｗｂｅｒｒｙ、Ｊ－Ｒｅｄ、ＤｓＲｅｄ、ｍＯｒａｎｇｅ、ｍＫＯ、ｍＣｉｔｒｉｎｅ、Ｖｅｎｕｓ、ＹＰｅｔ、黄色蛍光タンパク質（ＹＦＰ）、強化型黄色蛍光タンパク質（ｅＹＦＰ）、Ｅｍｅｒａｌｄ、ＣｙＰｅｔ、シアン蛍光タンパク質（ＣＦＰ）、Ｃｅｒｕｌｅａｎ、Ｔ－Ｓａｐｐｈｉｒｅ、ルシフェラーゼ、アルカリホスファターゼ、またはそれらの組み合わせをコードする、請求項１１９に記載のパッケージング細胞。
- 前記対象ヌクレオチドが、治療用タンパク質、自殺遺伝子、抗体もしくはその断片、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓシステムもしくはその一部（複数可）、アンチセンスオリゴヌクレオチド、リボザイム、ＲＮＡｉ分子、またはｓｈＲＮＡ分子をコードする、請求項１１６～１１８のいずれか一項に記載のパッケージング細胞。
- 参照カプシドタンパク質をコードするヌクレオチド配列をさらに含む、請求項１０８～１２１のいずれか一項に記載のパッケージング細胞。
- ウイルス粒子を作製する方法であって、前記ウイルス粒子の作製に充分な条件下で、請求項１０８～１２２のいずれか一項に記載のパッケージング細胞を培養することを含む、方法。
- 前記パッケージング細胞は、ヘルパープラスミドおよび／または対象ヌクレオチドを含むトランスファープラスミドをさらに含む、請求項１２３に記載の方法。
- 以下の工程：
ａ．細胞残渣を除去する工程、
ｂ．ＢｅｎｚｏｎａｓｅまたはＤＮａｓｅ Ｉ、およびＭｇＣｌ２を用いて、ウイルス粒子を含有する上清を処理する工程、
ｃ．ウイルス粒子を濃縮する工程、
ｄ．前記ウイルス粒子を精製する工程、および
ｅ．ａ～ｄの任意の組み合わせ、のうちの一つ以上をさらに含み、
任意で前記ウイルス粒子は、自己補完的アデノ随伴ウイルス粒子であり、および／または培養上清から単離される、請求項１２３または請求項１２４に記載の方法。 - 請求項１２３～１２５のいずれか一項に記載の方法に従って作製されるＡＡＶ粒子。
- 対象ヌクレオチドを含む、請求項１～３７、６９、１０７、および１２６のいずれか一項に記載のＡＡＶ粒子。
- 前記対象ヌクレオチドが、レポーター遺伝子である、請求項１２７に記載のＡＡＶ粒子。
- 前記レポーター遺伝子が、β‐ガラクトシダーゼ、緑色蛍光タンパク質（ＧＦＰ）、強化型緑色蛍光タンパク質（ｅＧＦＰ）、ＭｍＧＦＰ、青色蛍光タンパク質（ＢＦＰ）、強化型青色蛍光タンパク質（ｅＢＦＰ）、ｍＰｌｕｍ、ｍＣｈｅｒｒｙ、ｔｄＴｏｍａｔｏ、ｍＳｔｒａｗｂｅｒｒｙ、Ｊ－Ｒｅｄ、ＤｓＲｅｄ、ｍＯｒａｎｇｅ、ｍＫＯ、ｍＣｉｔｒｉｎｅ、Ｖｅｎｕｓ、ＹＰｅｔ、黄色蛍光タンパク質（ＹＦＰ）、強化型黄色蛍光タンパク質（ｅＹＦＰ）、Ｅｍｅｒａｌｄ、ＣｙＰｅｔ、シアン蛍光タンパク質（ＣＦＰ）、Ｃｅｒｕｌｅａｎ、Ｔ－Ｓａｐｐｈｉｒｅ、ルシフェラーゼ、アルカリホスファターゼ、またはそれらの組み合わせをコードする、請求項１２８に記載のＡＡＶ粒子。
- 前記対象ヌクレオチドが、治療用タンパク質、自殺遺伝子、抗体もしくはその断片、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓシステムもしくはその一部（複数可）、アンチセンスオリゴヌクレオチド、リボザイム、ＲＮＡｉ分子、またはｓｈＲＮＡ分子をコードする、請求項１２７に記載のＡＡＶ粒子。
- （ａ）請求項１～３７、６９、１０７および１２６～１３０のいずれか一項に記載のＡＡＶ粒子、請求項３８～６８および１０６のいずれか一項に記載のＡＡＶカプシドタンパク質を含むＡＡＶ粒子、または請求項１２３～１２５のいずれか一項に記載の方法に従って作製されたＡＡＶ粒子、ならびに（ｂ）薬学的に許容可能な担体または賦形剤、を含む、医薬組成物。
- （ａ）請求項１～３７、６９、１０７、および１２６～１３０のいずれか一項に記載のＡＡＶ粒子、請求項３８～６８および１０６のいずれか一項に記載のＡＡＶカプシドタンパク質を含むＡＡＶ粒子、もしくは請求項１２３～１２５のいずれか一項に記載の方法に従って作製されたＡＡＶ粒子、または（ｂ）請求項１３１に記載の組成物と、標的細胞を接触させることを含む、前記標的細胞に対象ヌクレオチドを送達する方法。
- 前記ＡＡＶ粒子のカプシドは、前記標的細胞の表面上に発現されるタンパク質に特異的に結合する標的化リガンドを含む、請求項１３２に記載の方法。
- 前記接触することが、生体外で実施される、請求項１３２または請求項１３３に記載の方法。
- 前記標的細胞が、対象内にある、請求項１３２または請求項１３３に記載の方法。
- 前記対象が、霊長類動物、好ましくはヒトである、請求項１３５に記載の方法。
- 前記標的細胞が、ヒト細胞である、請求項１３２～１３６のいずれか一項に記載の方法。
- 前記対象ヌクレオチドが、治療用タンパク質、自殺遺伝子、抗体もしくはその断片、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓシステムもしくはその一部（複数可）、アンチセンスオリゴヌクレオチド、リボザイム、ＲＮＡｉ分子、またはｓｈＲＮＡ分子をコードする、請求項１３２～１３７のいずれか一項に記載の方法。
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