JP2022531861A - 異染性白質ジストロフィーの治療に有用な組成物 - Google Patents
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Abstract
Description
移植(HSCT)の有効性は、MLD表現型および患者の疾患状態に対する介入のタイミングに依存する(Patil and Maegawa,2013、van Rappard et al.,2015)。骨髄移植(BMT)は、最良の結果のために、ヒト白血球抗原の一致した同胞ドナーの利用可能性を必要とし(Boucher et al.,2015)、移植片対宿主病(GvHD)、感染症、および死亡などの、移植およびコンディショニング関連の合併症のリスクを有する。臍帯血(UCB)移植は、より迅速な利用可能性、GvHDのより低いリスク、より低い死亡率、より高い完全ドナーキメリズム率、および良好な酵素欠損の修正の利点を有するBMTの代替を提供する(Batzios and Zafeiriou,2012、Martin et al.,2013)。しかしながら、BMTは欧州では広く利用可能ではない。脳生着は遅く、多くの場合、細胞が生着し、CNSに移動し、分化し、酵素レベルを回復するのに何ヶ月もかかる。さらに、HSCTで達成された生理学的酵素レベルは、CNS全体で欠損を修正するのに十分ではない場合がある。これは、移植が急速に進行する早発型のMLDにおいて有効ではない理由を説明することができ、発症前に実施しても疾患のすべての態様を修正または安定化することができない(de Hosson et al.,2011、Martin et al.,2013、Boucher et al.,2015)。
カプシドに対して完全に外因性である。
。特定の実施形態では、組成物は、pHが7.2~7.8である。
アリールスルファターゼA(ARSA)は、セレブロシド硫酸を加水分解する酵素的活性を有する(すなわち、以下の反応:セレブロシド3-硫酸塩+H2O=セレブロシド+硫酸塩)。ヒトARSA(hARSA)タンパク質(UniProtKB-P15289、ARSA_HUMAN)の2つのアイソフォームが特定されている:P51608-1、配列番号2、およびP51608-2、配列番号15。本明細書全体を通して、別途指定されない限り、ARSAへの言及はhARSAである。
、機能的hARSAタンパク質は、野生型hARSAタンパク質(例えば、P51608-1、配列番号2、またはP51608-2、配列番号15)の酵素的活性の少なくとも約10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、100%、1.5倍、2倍、3倍、4倍、5倍、10倍以上を有する。特定の実施形態では、機能的hARSAタンパク質は、野生型hARSAタンパク質(例えば、P51608-1、配列番号2、またはP51608-2、配列番号15)の酵素的活性の約10%~約15%、約10%~約20%、約10%~約25%、約10%~約30%、約10%~約50%、約10%~約75%、約10%~約90%、約10%~約100%、約10%~約3倍、約15%~約20%、約15%~約25%、約15%~約30%、約15%~約50%、約15%~約75%、約15%~約90%、約15%~約100%、約15%~約3倍、約20%~約25%、約20%~約30%、約20%~約50%、約20%~約75%、約20%~約90%、約20%~約100%、約20%~約3倍、約25%~約30%、約25%~約50%、約25%~約75%、約25%~約90%、約25%~約100%、約25%~約3倍、約50%~約75%、約50%~約90%、約50%~約100%、約50%~約3倍、約75%~約90%、約75%~約100%、または約75%~約3倍を有する。hARSAの酵素的活性を測定する方法(例えば、合成基質に基づくアッセイによる、および/またはスルファチド負荷アッセイによる)は、実施例ならびに様々な刊行物、例えば、Kreysing et al.,High residual arylsulfatase A(ARSA)activity in a patient with late-infantile metachromatic leukodystrophy.Am J Hum Genet.1993 Aug;53(2):339-46.、Lee-Vaupel M and Conzelmann E.A simple chromogenic assay for arylsulfatase A.Clin Chim Acta.1987 Apr 30;164(2):171-80、Bohringer et al.,Enzymatic characterization of novel arylsulfatase A variants using human arylsulfatase A-deficient immortalized mesenchymal stromal cells.Hum Mutat.2017 Nov;38(11):1511-1520.doi:10.1002/humu.23306.Epub 2017 Sep 6、およびFrancesco
Morena,et al.,A new analytical bench assay for the determination of arylsulfatase a activity toward galactosyl-3-sulfate ceramide:implication for metachromatic
leukodystrophy diagnosis.Anal Chem.2014
Jan 7;86(1):473-81.doi:10.1021/ac4023555.Epub 2013 Dec 11に見出すことができる。
列、またはそれと少なくとも約90%(例えば、少なくとも約90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または99.9%)同一のアミノ酸配列と、(iii)配列番号2のaa448~aa507のアミノ酸配列、またはそれと少なくとも約90%(例えば、少なくとも約90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または99.9%)同一のアミノ酸配列とを含む。さらなる実施形態では、(ii)のアミノ酸配列は、ジスルフィド結合によって(iii)のアミノ酸配列に連結され得る。他の化学結合、例えば、共有結合、および非共有結合(水素結合、イオン結合、疎水結合、およびVan Der Waals結合を含む)が、利用されてもよい。なおさらなる実施形態では、(ii)と(iii)のアミノ酸配列間の連結は、記載される結合の組み合わせによって形成される。別の実施形態では、(ii)と(iii)のアミノ酸配列間の連結は、ペプチドリンカーである(例えば、parts.igem.org/Protein_domains/Linkerを参照されたい)。特定の実施形態では、機能的hARSAタンパク質は、(i)シグナルペプチドと、(ii)配列番号2のアミノ酸(aa)85~aa444のアミノ酸配列、またはそれと少なくとも約90%(例えば、少なくとも約90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または99.9%)同一のアミノ酸配列と、(iii)配列番号2のaa448~aa507のアミノ酸配列、またはそれと少なくとも約90%(例えば、少なくとも約90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または99.9%)同一のアミノ酸配列とを含む。さらなる実施形態では、(ii)のアミノ酸配列は、ジスルフィド結合によって(iii)のアミノ酸配列に連結され得る。他の化学結合、例えば、共有結合、および非共有結合(水素結合、イオン結合、疎水結合、およびVan Der Waals結合を含む)が、利用されてもよい。なおさらなる実施形態では、(ii)と(iii)のアミノ酸配列間の連結は、記載される結合の組み合わせによって形成される。別の実施形態では、(ii)と(iii)のアミノ酸配列間の連結は、ペプチドリンカーである(例えば、parts.igem.org/Protein_domains/-Linkerを参照されたい)。特定の実施形態では、機能的hARSAタンパク質は、(i)シグナルペプチドと、(ii)配列番号2のアミノ酸(aa)23~aa348のアミノ酸配列、またはそれと少なくとも約90%(例えば、少なくとも約90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または99.9%)同一のアミノ酸配列を含む。特定の実施形態では、機能的hARSAタンパク質は、(i)シグナルペプチドと、(ii)配列番号2のアミノ酸(aa)19~aa448のアミノ酸配列、またはそれと少なくとも約90%(例えば、少なくとも約90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または99.9%)同一のアミノ酸配列を含む。特定の実施形態では、機能的hARSAタンパク質は、(i)シグナルペプチドと、(ii)配列番号2のアミノ酸(aa)448~aa507のアミノ酸配列、またはそれと少なくとも約90%(例えば、少なくとも約90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または99.9%)同一のアミノ酸配列を含む。特定の実施形態では、特定された同一性を有する機能的hARSAタンパク質は、配列番号2の番号付けに基づいてaa85~aa507の外側、および/もしくは配列番号2の番号付けに基づいてaa29、69、123、125、150、229、281、282のいずれか1つ以上の外側、および/もしくはhARSA保存ドメイン(例えば、Pfam:PF00884を有するスルファターゼドメイン)のいずれかの外側、および/もしくは配列番号2の番号付けに基づいてaa19~aa444の外側、および/もしくは配列番号2の番号付けに基づいてaa448~aa507の外側、および/もしくは配列番号2の番号付けに基づいてaa23~aa348の外側、またはそれらの任意の組み合わせにその修飾を有する。例えば、von Bulow R et al,Crystal structure of an enzyme-substrate complex provides insight into the interaction between human arylsulfatase
A and its substrates during catalysis,J Mol Biol.2001 Jan 12;305(2):269-77を参照されたい。
約95%、少なくとも約96%、少なくとも約97%、少なくとも約98%、少なくとも約99%、または少なくとも約99.9%)同一の核酸配列である。特定の実施形態では、hARSAコード配列は、配列番号1またはそれと少なくとも95%~99.9%同一の配列である。特定の実施形態では、hARSAコード配列は、配列番号1、またはそれと少なくとも約70%(例えば、少なくとも約75%、少なくとも約80%、少なくとも約85%、少なくとも約90%、少なくとも約91%、少なくとも約92%、少なくとも約93%、少なくとも約94%、少なくとも約95%、少なくとも約96%、少なくとも約97%、少なくとも約98%、少なくとも約99%、または少なくとも約99.9%)同一の核酸配列である。特定の実施形態では、hARSAコード配列は、配列番号3またはそれと少なくとも95%~99.9%同一の配列である。特定の実施形態では、hARSAコード配列は、配列番号3、またはそれと少なくとも約70%(例えば、少なくとも約75%、少なくとも約80%、少なくとも約85%、少なくとも約90%、少なくとも約91%、少なくとも約92%、少なくとも約93%、少なくとも約94%、少なくとも約95%、少なくとも約96%、少なくとも約97%、少なくとも約98%、少なくとも約99%、または少なくとも約99.9%)同一の核酸配列である。
ド、少なくとも約36個以上のヌクレオチドの、より小さい断片間の同一性も望まれ得る。
sequence alignments”,27(13):2682-2690(1999)を参照されたい。
本明細書では、「疾患」、例えば、異染性白質ジストロフィーと称される、アリールスルファターゼA(ARSA)遺伝子の変異および/または正常なレベルの機能的アリールスルファターゼAの欠損によって引き起こされる疾患または異常な状態を治療するのに有用なrAAV、ベクター、方法および組成物が提供される。例えば、omim.org/entry/250100を参照されたい。
D(典型的に、30ヶ月齢以下で始まる)および早期若年性MLD(通常、30ヶ月齢~6歳(6歳を含む)で始まるを含む早発型MLD;早期若年性MLDおよび後期若年性MLDを含む若年性MLD(通常、16歳を含む、7歳~16歳で始まる);および成人型MLD(16歳よりも遅く発症する)。後期乳児MLD患者は、運動障害および認知機能障害の両方の症状において同質である、急速かつ予測可能な衰退を伴う深刻な疾患経過を有する(Kehrer et al.,2011a、Sessa et al.,2016)。これらの子供の大部分は、5歳未満で死亡し、98人の患者の平均生存期間は4.2年であり、5年生存率は25%である(Mahmood et al.,2010)。早期若年性MLD(30ヶ月齢~6歳の間で症状発症)を伴う子供の表現型は、後期乳児MLDを伴う子供の表現型と非常に類似しているが、早期若年性MLD患者は、それほど急速でない初期疾患の進行がある場合がある(Biffi et al.,2008、Chen et al.,2016、Sessa et al.,2016)。しかしながら、明らかな症状が現れると、特に早期若年性MLD患者が自立して歩行する能力を失うと、それらの患者の疾患経過は、後期乳児MLD患者と同様に急速に悪化する可能性がある。また、これらの子供は、後期乳児MLD患者と同様の兆候および症状を有し、単独で発生するか、または行動および認知症状と同時に発生する、神経筋障害を最初に発症する(Groeschel et al.,2011、Kehrer et al.,2014)。早期若年性および後期乳児表現型は、まとめて早発型MLDと称される(Sessa et al.,2016)。
、3.5、4、4.5、5、5.5、6、6.5、7、7.5、8、8.5、9、9.5、10、10.5、11、12、13、14、15、16、17、18歳である。特定の実施形態では、患者は、約30ヶ月齢~約7歳である。特定の実施形態では、患者は、約30ヶ月齢~16歳、7歳~16歳、または16歳~40歳である。
pard et al.,2015を参照されたい)を示す脳磁気共鳴画像法(MRI)、U-線維(U-fiber)病変および小脳変化、白質脱髄、特に前頭葉における白質低密度の両側の領域、ならびにミエリンの喪失を反映する脳萎縮症)、異常なレベルの脳バイオマーカーN-アセチルアスパラギン酸およびミオイノシトールが含まれるが、これらに限定されない。
ムス、IFN-β、IFN-γ、オピオイド、またはTNF-α(腫瘍壊死因子-α)結合剤を含み得る。特定の実施形態では、免疫抑制療法は、遺伝子療法投与前または投与後0、1、2、3、4、5、6、7日以上の日に開始され得る。かかる免疫抑制療法は、1つ、2つ以上の薬物(例えば、グルココルチコイド、プレネリゾン、ミコフェノール酸モフェチル(MMF)および/またはシロリムス(すなわち、ラパマイシン))の投与を伴い得る。かかる免疫抑制薬は、同じ用量または調整用量で、1回、2回、またはそれ超、必要とする対象に投与され得る。かかる療法は、同じ日に2つ以上の薬物、(例えば、プレドネリゾン、ミコフェノール酸モフェチル(MMF)および/またはシロリムス(すなわち、ラパマイシン))の同時投与を含み得る。これらの薬物のうちの1つ以上が、同じ用量または調整された用量で、遺伝子療法投与後に継続されてもよい。かかる療法は、必要に応じて、約1週間(7日間)、約60日間、またはそれ超であり得る。特定の実施形態では、タクロリムスを含まないレジメンが選択される。
本明細書では、機能的hARSAタンパク質をコードするhARSAコード配列と、発現カセットとも称される標的細胞中でhARSAの発現を指示する調節配列とを含む核酸配列が提供される。本明細書で使用される場合、「発現カセット」は、コード配列(例えば、hARSAコード配列)、プロモーターを含む核酸分子を指し、それらのための他の調節配列を含み得る。必要な調節配列は、標的細胞中でその転写、翻訳、および/または発現を可能にする様式でhARSAコード配列と作動可能に連結される。本明細書で使用される場合、「作動可能に連結される」配列には、hARSAコード配列と隣接する発現制御配列、およびhARSAコード配列を制御するためにトランスでまたは離れて作用する発現制御配列の両方が含まれる。かかる調節配列は、典型的には、例えば、プロモーター、エンハンサー、イントロン、Kozak配列、ポリアデニル化配列、およびTATAシグナルのうちの1つ以上を含む。特定の実施形態では、プロモーターは、サイトメガロウイルスエンハンサー(CB7)プロモーター(例えば、本明細書でhSynまたはSynとも称される、配列番号5のnt198~nt862)を有するニワトリβアクチンプロモーターである。しかしながら、特定の実施形態では、他のプロモーター、または追加のプロモーターが選択され得る。
配列、イントロン、エンハンサー、およびTATAシグナルのうちの1つ以上を含む。
miRNAはヘアピン前駆体を形成し、その後、miRNA二本鎖に、さらに「成熟」一本鎖miRNA分子に処理される。この成熟miRNAは、成熟miRNAとの相補性に基づいて、例えば、3′UTR領域内の標的mRNAの標的部位を特定する、多タンパク質複合体miRISCを誘導する。
AAVhu68.CB7.CI.hARSAco.RBGについてのカプシドとして選択されたAAVhu68血清型は、アミノ酸レベルでAAV9と99%同一である。AAVhu68は、AAV9に匹敵するNHPおよびマウスの神経系における形質導入特性を示す。これには、皮質ニューロンの広範な形質導入(データは示さず)、およびミエリン産生オリゴデンドロサイトの小さなサブセットが含まれる。さらに、AAVhu68は、
脊髄および末梢神経に突出する軸索とともにPNSおよびDRG感覚ニューロンに突出する軸索を有する運動ニューロンを形質導入する(データは示さず)。腹角の下位運動ニューロンおよびDRGの感覚ニューロンにおいて形質導入が観察された。形質導入された運動ニューロンは、末梢神経に寄与する軸索を有する。したがって、AAVhu68カプシドは、MLD患者において両方、影響を受ける、CNSおよびPNSにおける細胞を標的とする。さらに、新たに合成されたARSAは、トランスーゴルジ網からリソソームに直接輸送され得るが、これはまた、マンノース-6-リン酸受容体を介して他の細胞によって分泌され、取り込まれ、その後リソソームに輸送され得る。したがって、内在する欠陥は、機能的酵素を欠くCNSの隣接細胞に供給されるrAAVhu68.hARSA発現ARSA酵素によって交差補正され得る。
ノ酸配列をコードする配列番号6の少なくともヌクレオチド412~2211と少なくとも70%同一の核酸配列から産生されるvp2タンパク質、および/または配列番号7の少なくともアミノ酸約203~736の予測アミノ酸配列をコードする核酸配列からの発現により産生されるAAVhu68 vp3タンパク質、配列番号6の少なくともヌクレオチド607~2211を含む配列から産生されるvp3タンパク質、もしくは配列番号7の少なくともアミノ酸約203~736の予測アミノ酸配列をコードする配列番号6の少なくともヌクレオチド607~2211と少なくとも70%同一の核酸配列から産生されるvp3タンパク質を含む。
ドする核酸配列も提供される。特定の実施形態では、vp1固有領域(約aa1~約aa137)を有しない配列番号7のAAVhu68 vp2アミノ酸配列(約aa138~736)、またはそれに相補的な鎖、対応するmRNAもしくはtRNA(配列番号6のnt412~2211)をコードする核酸配列も提供される。
AVカプシド中の少なくとも1つの(1)vp1タンパク質であり、すべてのvp1タンパク質未満である。vp3タンパク質の「亜集団」は、別途指定されない限り、組み立てられたAAVカプシド中のすべてのvp3タンパク質よりも少ない1つの(1)vp3タンパク質であり得る。例えば、vp1タンパク質は、vpタンパク質の亜集団であり得、vp2タンパク質は、vpタンパク質の別個の亜集団であり得、vp3は、組み立てられたAAVカプシド中のvpタンパク質のさらなる亜集団であり得る。別の例では、vp1、vp2、およびvp3タンパク質は、例えば、少なくとも1つ、2つ、3つ、または4つの高度脱アミド化アスパラギン、例えば、アスパラギン-グリシン対で異なる修飾を有する亜集団を含み得る。
ラフィは、NanoFlex source(Thermo Fisher Scientific)を備えたQ Exactive HFに結合されたAcclaim PepMapカラムおよびThermo UltiMate 3000 RSLCシステム(Thermo Fisher Scientific)で実行され得る。MSデータは、Q
Exactive HFのデータ依存性Top-20法を使用して取得され、調査スキャン(200~2000m/z)から最も豊富なまだ配列決定されていない前駆体イオンを動的に選択する。シーケンシングは、予測自動増加制御で決定された1e5イオンの標的値で、より高いエネルギー衝突解離断片化を介して行われ、4m/zのウィンドウで前駆体の単離を行った。m/z200で120,000の解像度で、調査スキャンを取得した。HCDスペクトルの解像度は、最大イオン注入時間が50ms、正規化された衝突エネルギーが30で、m/z200で30,000に設定され得る。S-レンズRFレベルを50に設定して、消化物からのペプチドが占めるm/z領域の透過率を最適化できる。前駆体イオンは、単一、割り当てられていない、または断片化選択から6つ以上の電荷状態で除外され得る。BioPharma Finder 1.0ソフトウェア(Thermo Fischer Scientific)は、取得したデータの分析に使用され得る。ペプチドマッピングのために、固定変更としてカルバミドメチル化が設定された単一エントリのタンパク質FASTAデータベース、可変修飾として酸化、脱アミド、およびリン酸化の設定、10ppm質量精度、高プロテアーゼ特異性、ならびにMS/MSスペクトルに対する信頼レベル0.8を使用して検索を行う。好適なプロテアーゼの例としては、例えば、トリプシンまたはキモトリプシンが含まれ得る。脱アミド化は、無傷分子の質量+0.984 Da(-OHおよび-NH2基の質量差)を付加するので、脱アミド化ペプチドの質量分析的同定は比較的簡単である。特定のペプチドの脱アミド化率は、脱アミド化ペプチドの質量面積を、脱アミド化および天然ペプチドの面積の合計で割ることによって決定される。考えられる脱アミド化部位の数を考慮すると、異なる部位で脱アミド化されている等張種は、単一のピークで共移行し得る。したがって、複数の潜在的脱アミド部位を有するペプチドに由来する断片イオンを使用して、複数の脱アミド部位を特定または区別することができる。これらの事例では、観察された同位体パターン内の相対強度を使用して、異なる脱アミド化ペプチド異性体の相対的存在量を特異的に決定することができる。この方法は、すべての異性体種についての断片化効率が同じであり、脱アミド化部位において独立していることを想定する。これらの例示的な方法のいくつかの変形が使用され得ることは、当業者によって理解されるであろう。例えば、好適な質量分析器は、例えば、Waters XevoもしくはAgilent 6530などの四重飛行質量分析器(QTOF)、またはOrbitrap FusionまたはOrbitrap
Velos(Thermo Fisher)などのオービトラップ装置を含み得る。好適な液体クロマトグラフィシステムとしては、例えば、Waters製のAcquity
UPLCシステムまたはAgilentのシステム(1100または1200シリーズ)が含まれる。好適なデータ分析ソフトウェアとしては、例えば、MassLynx(Waters)、PinpointおよびPepfinder(Thermo Fischer Scientific)、Mascot(Matrix Science)、Peaks DB(Bioinformatics Solutions)が含まれ得る。さらに他の技法は、例えば、2017年6月16日にオンラインで公開されたX.Jin et al,Hu Gene Therapy Methods,Vol.28,No.5,pp.255-267に記載され得る。
ンは、異なるアミノ酸、例えば、より遅い速度で脱アミド化するグルタミン、またはアミド基を欠くアミノ酸(例えば、グルタミンおよびアスパラギンが、アミド基を含む)、および/またはアミン基を欠くアミノ酸(例えば、リジン、アルギニン、およびヒスチジンが、アミン基を含む)に変更される。本明細書で使用される場合、アミドまたはアミン側基を欠くアミノ酸は、例えば、グリシン、アラニン、バリン、ロイシン、イソロイシン、セリン、トレオニン、シスチン、フェニルアラニン、チロシン、またはトリプトファン、および/またはプロリンを指す。記載されるような修飾は、コードされたAAVアミノ酸配列に見出されるアスパラギン-グリシン対のうちの1つ、2つ、または3つにあり得る。特定の実施形態では、かかる修飾は、アスパラギン-グリシン対の4つすべてでは行われない。したがって、AAVおよび/または操作されたAAVバリアントの脱アミドを低減するための方法は、より低い脱アミド率を有する。加えて、または代替え的に、1つ以上の他のアミドアミノ酸を非アミドアミノ酸に変更して、AAVの脱アミド化を低減し得る。特定の実施形態では、本明細書に記載される変異体AAVカプシドは、グリシンがアラニンまたはセリンに変化するように、アルギニン-グリシン対における変異を含む。変異AAVカプシドは、参照AAVが天然に4つのNG対を含む1つ、2つ、または3つの変異を含み得る。特定の実施形態では、AAVカプシドは、参照AAVが天然に5つのNG対を含む1つ、2つ、3つ、または4つのかかる変異を含み得る。特定の実施形態では、変異AAVカプシドは、NG対に単一の変異のみを含む。特定の実施形態では、変異AAVカプシドは、2つの異なるNG対に変異を含む。特定の実施形態では、変異AAVカプシドは、変異を含む2つの異なるNG対であり、AAVカプシド中の構造的に別個の位置に位置する。特定の実施形態では、変異は、VP1固有領域にはない。特定の実施形態では、変異の1つは、VP1固有領域にある。任意選択的に、変異体AAVカプシドは、NG対中に修飾を含まないが、NG対の外側に位置する1つ以上のアスパラギンまたはグルタミンの脱アミド化を最小化または排除するための変異を含む。
番号10と99%同一のアミノ酸配列を有するAAVを含む。また、US7906111およびWO2005/033321も参照されたい。本明細書で使用される「AAV9バリアント」には、例えば、WO2016/049230、US8,927,514、US2015/0344911、およびUS8,734,809に記載のバリアントが含まれる。
lustal W」、「CAP Sequence Assembly」、「MAP」、および「MEME」が挙げられる。かかるプログラムの他のソースは、当業者に既知である。あるいは、Vector NTIユーティリティもまた使用される。また、当該技術分野で既知のいくつかのアルゴリズムが存在し、上に記載のプログラムに含まれるものを含め、ヌクレオチド配列同一性を測定するために使用することができる。別の例として、ポリヌクレオチド配列は、GCGバージョン6.1のプログラムであるFasta(商標)を使用して比較することができる。Fasta(商標)は、照会配列(query sequence)および検索配列(search sequence)の間の最良の重複領域の整列およびパーセント配列同一性を提供する。例えば、核酸配列間のパーセント配列同一性は、GCGバージョン6.1(参照により本明細書に組み込まれる)に提供されるように、Fasta(商標)をそのデフォルトパラメータ(ワードサイズ6およびスコアリングマトリックスのためのNOPAM因子)とともに使用して決定することができる。「Clustal Omega」、「Clustal X」、「MAP」、「PIMA」、「MSA」、「BLOCKMAKER」、「MEME」、および「Match-Box」プログラムなどの多重配列整列プログラムもまた、アミノ酸配列に対して利用可能である。一般に、これらのプログラムのいずれかがデフォルト設定で使用されるが、必要に応じて、当業者は、これらの設定を変更することができる。あるいは、当業者は、参照のアルゴリズムおよびプログラムによって提供されるものと少なくとも同じレベルの同一性または整列を提供する、別のアルゴリズムまたはコンピュータプログラムを利用することができる。例えば、J.D.Thomson et al,Nucl.Acids.Res.,“A comprehensive comparison of multiple sequence alignments”,27(13):2682-2690(1999)を参照されたい。
アリールスルファターゼA遺伝子(ARSA)変異と関連する疾患、または正常なレベルの機能的アリールスルファターゼAの欠損によって引き起こされる疾患(例えば、異染性白質ジストロフィー(MLD))を治療する必要のある対象において、それらを治療するために有用である、治療用、組換え型、および複製欠損アデノ随伴ウイルス(rAAV)が、本明細書に提供される。rAAVは、望ましくは、複製欠損であり、逆位末端反復(ITR)と、調節配列の制御下の機能的ヒトアリールスルファターゼA(hARSA)をコードする核酸配列とを含み、その調節配列が標的細胞内でhARSAの発現を指示する、ベクターゲノムを有する。特定の実施形態では、hARSAコード配列は、機能的hARSAをコードする、配列番号1のヌクレオチド(nt)55~nt1521の配列、またはそれと少なくとも95%~99.9%同一の配列を含む。特定の実施形態では、ベクターゲノムは、第III部に記載されるように、逆位末端反復(ITR)および発現カセットを含む。さらなる実施形態では、rAAVは、AAVカプシドを含む。
39カプシド、rh64カプシド、AAV6カプシド、AAV1カプシド、hu44カプシド、hu48カプシド、cy05カプシド hu11カプシド、hu32カプシド、pi2カプシド、またはそれらの変形から選択される。特定の実施形態では、AAVカプシドは、AAV9カプシド、AAVhu68カプシド、AAV-PHP.Bカプシド、hu31カプシド、hu32カプシド、またはそれらの変形などの系統群Fのカプシドである。例えば、2015年4月14日に公開されたWO2005/033321、WO2018/160582、およびUS2015/0079038を参照されたい(これらの各々は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる)。特定の実施形態では、AAVカプシドは、系統群Fではないカプシド、例えば、系統群A、B、C、D、またはEのカプシドである。特定の実施形態では、系統群Fではないカプシドは、AAV1またはその変形である。特定の実施形態では、AAVカプシドは、神経系細胞以外の標的細胞を形質導入する。特定の実施形態では、AAVカプシドは、系統群Aのカプシド(例えば、AAV1、AAV6)、系統群Bのカプシド(例えば、AAV2)、系統群Cのカプシド(例えば、hu53)、系統群Dのカプシド(例えば、AAV7)、または系統群Eのカプシド(例えば、rh10)である。それでも、他のAAVカプシドが選択されてもよい。
3の配列を有する。より詳細については、第III部を参照されたい。
する配列、および必要に応じて、コードされた産物の分泌を増強する配列を含み得る。好適なエンハンサーの例は、CMVエンハンサーである。他の好適なエンハンサーには、所望の標的組織適応症に適切なものが含まれる。一実施形態では、調節配列は、1つ以上の発現エンハンサーを含む。一実施形態では、調節配列は、2つ以上の発現エンハンサーを含有する。これらのエンハンサーは同じであっても、互いに異なっていてもよい。例えば、エンハンサーは、CMV最初期エンハンサー(配列番号19)を含み得る。このエンハンサーは、互いに隣接して位置する2つのコピーに存在し得る。あるいは、エンハンサーの二重コピーは、1つ以上の配列により分離され得る。さらに別の実施形態では、発現カセットは、イントロン、例えば、ニワトリβ-アクチンイントロン(配列番号17)をさらに含む。特定の実施形態では、イントロンは、キメライントロン(CI)であり、ヒトβ-グロビンスプライスドナーおよび免疫グロブリンG(IgG)スプライスアクセプターエレメントからなるハイブリッドイントロンである。他の好適なイントロンとしては、当該技術分野で既知のものが含まれ、例えば、WO 2011/126808に記載される。好適なポリA配列の例には、例えば、SV40、SV50、ウシ成長ホルモン(bGH)、ヒト成長ホルモン、および合成ポリAが含まれる。任意選択的に、1つ以上の配列を選択して、mRNAを安定させてもよい。かかる配列の一例は、修飾WPRE配列であり、これは、ポリA配列の上流およびコード配列の下流で操作され得る(例えば、MA Zanta-Boussif,et al,Gene Therapy(2009)16:605-619を参照されたい)。特定の実施形態では、WPRE配列は、存在しない。
、全長AAV 5’および3’ITRが使用される。しかしながら、他のAAV起源からのITRが選択されてもよい。ITRの起源がAAV2からであり、AAVカプシドが別のAAV起源からのものである場合、得られたベクターは、疑似型であると称され得る。しかしながら、これらのエレメントの他の構成も好適であり得る。
哺乳動物細胞(例えば、とりわけヒト胚性腎臓293細胞)または昆虫細胞(例えば、Spodoptera frugiperda(Sf9)細胞)で構成される。特定の実施形態では、バキュロウイルスは、組換えAAVhu68カプシド中にベクターゲノムをパッケージングするのに必要なヘルパー機能を提供する。
願第PCT/US2016/065970号、およびその優先権書類、2016年4月13日に出願された米国特許出願第62/322,071号、および2015年12月11日に出願された「Scalable Purification Method for
AAV9」という名称の同第62/226,357号により詳細に記載されており、それらは、参照により本明細書に組み込まれる。
ることにより、ベクターゲノム力価を決定する。デジタルPCRに基づくエンドポイントアッセイも使用され得る。
ed Viruses.Journal of Infectious Diseases,2009.199(3):p.381-390に記載されているように測定され得、それは参照により本明細書に組み込まれる。
一態様では、ARSA変異と関連する疾患、または正常なレベルの機能的アリールスルファターゼAの欠損によって引き起こされる疾患(例えば、MLD)の治療を必要とする対象において、それらを治療するのに有用なベクターが、本明細書に提供される。ベクターは、調節配列の制御下の機能的ヒトアリールスルファターゼA(hARSA)をコードする核酸配列を有し、その調節配列は標的細胞内でhARSAの発現を指示する。特定の
実施形態では、hARSAコード配列は、配列番号1と約95%~100%同一である。追加的または代替的に、機能的hARSAタンパク質は、配列番号2のアミノ酸配列を有する。特定の実施形態では、hARSAコード配列は、配列番号1である。特定の実施形態では、ベクターまたはベクターを含む組成物は、ARSA変異と関連する疾患もしくは正常なレベルの機能的アリールスルファターゼAの欠損によって引き起こされる疾患(例えば、MLD)の症状を改善するため、かつ/またはARSA変異と関連する疾患もしくは正常なレベルの機能的アリールスルファターゼAの欠損によって引き起こされる疾患(例えば、MLD)の進行を遅延させるために、それらを必要とする対象に投与可能である。
に必要とされる酵素をコードする遺伝子を含まないが(ゲノムは、人工ゲノムの増幅およびパッケージングに必要とされるシグナルに隣接する目的の導入遺伝子のみを含む「ガットレス」であるように操作することができる)、これらの遺伝子は、産生の際に供給され得る。したがって、それは、後代ビリオンによる複製および感染が、複製に必要とされるウイルス酵素の存在下以外で生じることができないために、遺伝子療法における使用のために安全であると考えられる。かかる複製欠損ウイルスは、アデノ随伴ウイルス(AAV)、アデノウイルス、レンチウイルス(組み込みまたは非組み込み)、または別の好適なウイルス源であり得る。
さらなる態様では、本明細書に記載されるrAAVまたはベクターおよび水性懸濁媒体を含む組成物が本明細書に提供される。特定の実施形態では、製剤緩衝液および記載されるrAAVまたはベクターを含む水性組成物が提供される。特定の実施形態では、製剤緩衝液は、緩衝生理食塩水、ならびにナトリウム、カルシウム、マグネシウム、カリウム、またはそれらの混合物のうちの1つ以上含む人工脳脊髄液と、界面活性剤とを含む。特定の実施形態では、製剤緩衝液は、約0.0005%~約0.001%の界面活性剤を含む。特定の実施形態では、組成物は、pHが7.2~7.8である。特定の実施形態では、AAV.CB7.CI.hARSAco.rBG製剤は、本明細書に記載される非複製組換えアデノ随伴ウイルス(rAAV)ベクターおよび製剤緩衝液からなる。
用は、当該技術分野において周知である。補足有効成分を組成物中に組み込むこともできる。「薬学的に許容される」という語句は、宿主に投与されるときにアレルギーまたは類似の有害反応を生じない分子実体および組成物を指す。リポソーム、ナノカプセル、微粒子、ミクロスフェア、脂質粒子、小胞などの送達ビヒクルが、本発明の組成物を好適な宿主細胞に導入するために使用され得る。特に、rAAVベクター送達ベクターゲノムは、脂質粒子、リポソーム、小胞、ナノスフィア、またはナノ粒子などのいずれかに封入された送達ために製剤化され得る。
伝子導入および発現を提供して、過度の悪影響なしに、または医学的に許容される生理学的効果を伴う治療効果を提供し、これは当業者によって決定され得る。従来のおよび薬学的に許容される投与経路には、限定されないが、所望の臓器(例えば、脳、CSF、肝臓(任意選択的に、肝動脈を介して)、肺、心臓、眼、腎臓)への直接送達、経口、吸入、鼻腔内、髄腔内、気管内、動脈内、眼内、静脈内、筋肉内、皮下、皮内、実質内、側脳室内、髄腔内、ICM、腰椎穿刺、および他の非経口の投与経路が含まれる。投与経路は、所望される場合、組み合わされてもよい。
ウイルスを含み、その範囲内のすべての整数または分数量、好ましくは1.0×1012GC~1.0×1014GCを含むことができる。一実施形態では、組成物は、範囲内のすべての整数または分数量を含む用量当たり少なくとも1×109、2×109、3×109、4×109、5×109、6×109、7×109、8×109、または9×109GCを含むように製剤化される。別の実施形態では、組成物は、範囲内のすべての整数または分数量を含む、用量当たり少なくとも1×1010、2×1010、3×1010、4×1010、5×1010、6×1010、7×1010、8×1010、または9×1010GCを含むように製剤化される。別の実施形態では、組成物は、範囲内のすべての整数または分数量を含む、用量当たり少なくとも1×1011、2×1011、3×1011、4×1011、5×1011、6×1011、7×1011、8×1011、または9×1011GCを含むように製剤化される。別の実施形態では、組成物は、範囲内のすべての整数または分数量を含む、用量当たり少なくとも1×1012、2×1012、3×1012、4×1012、5×1012、6×1012、7×1012、8×1012、または9x1012GCを含むように製剤化される。別の実施形態では、組成物は、範囲内のすべての整数または分数量を含む、用量当たり少なくとも1×1013、2×1013、3×1013、4×1013、5×1013、6×1013、7×1013、8×1013、または9×1013GCを含むように製剤化される。別の実施形態では、組成物は、範囲内のすべての整数または分数量を含む、用量当たり少なくとも1×1014、2×1014、3×1014、4×1014、5×1014、6×1014、7×1014、8×1014、または9×1014GCを含むように製剤化される。別の実施形態では、組成物は、範囲内のすべての整数または分数量を含む、用量当たり少なくとも1×1015、2×1015、3×1015、4×1015、5×1015、6×1015、7×1015、8×1015、または9×1015GCを含むように製剤化される。一実施形態では、ヒト適用のために、用量は、範囲内のすべての整数または分数量を含む用量当たり1×1010~約1×1012GCの範囲であり得る。
いで毎年、約5年まで測定されてもよい。測定頻度は、約1ヶ月毎、約2ヶ月毎、約3ヶ月毎、約4ヶ月毎、約5ヶ月毎、約6ヶ月毎、約7ヶ月毎、約8ヶ月毎、約9ヶ月毎、約10ヶ月毎、約11ヶ月毎、または約12ヶ月毎であり得る。
別の態様では、ARSA変異と関連する疾患もしくは正常なレベルの機能的アリールスルファターゼAの欠損によって引き起こされる疾患(例えば、MLD)を有する対象を治療するか、またはARSA変異と関連する疾患もしくは正常なレベルの機能的アリールスルファターゼAの欠損によって引き起こされる疾患(例えば、MLD)の症状を改善するか、またはARSA変異と関連する疾患もしくは正常なレベルの機能的アリールスルファターゼAの欠損によって引き起こされる疾患(例えば、MLD)の進行を遅延させる方法が提供される。この方法は、有効量の本明細書に記載されるrAAVまたはベクターを、それを必要とする対象に投与することを含む。特定の実施形態では、ベクターまたはrA
AVは、大槽内注入(ICM)、例えば、大槽内へのCTガイド下の後頭下注入を介して患者に投与可能である。特定の実施形態では、7歳以下である異染性白質ジストロフィーを有する患者へ投与可能であるベクターまたは組成物が提供される。特定の実施形態では、この方法は、rAAVまたはベクターを単回用量でヒト患者に送達することを含む。特定の実施形態では、rAAVは、3.00×1010ゲノムコピー(GC)毎グラム(GC/g)脳質量~1.00×1012GC/g脳質量の用量で投与される。特定の実施形態では、投与後、対象の疾患症状が改善され、かつ/または疾患の進行が遅延される。
く、かかる投薬量は、組換えベクターが利用される治療用途に応じて変化し得る。導入遺伝子の発現レベルをモニタリングして、ウイルスベクター(好ましくは、ミニ遺伝子を含有するAAVベクター)をもたらす投薬頻度を決定することができる。任意選択的に、治療目的で記載されているものと同様の投薬レジメンは、本発明の組成物を使用した免疫に利用され得る。
たは分数量を含む、約1×1014、2×1014、3×1014、4×1014、5×1014、6×1014、7×1014、8×1014、または9×1014GC毎kg体重である。別の実施形態では、ベクターの有効量は、範囲内のすべての整数または分数量を含む、約1×1015、2×1015、3×1015、4×1015、5×1015、6×1015、7×1015、8×1015、または9×1015GC毎kg体重である。
形質導入プロファイルを考慮すると、ARSA酵素交差補正は、HSC-GTまたはHSCTによって対処されない、多くのMLD患者で観察されるCNSの症状および末梢神経障害の両方を治療することができる。
al.,2011b)。GMFC-MLDは、MLDの自然歴を説明し(Kehrer
et al.,2011a)、治療的介入後の運動機能を評価する(Sessa et
al.,2016)ための両方に使用されている。GMFC-MLDの1つの潜在的な制限は、このツールが18ヶ月齢以降からの子供のために検証されたことである。なぜならこれは、子供が通常歩き方を習得する年齢上限を表すからである(Largo et al.,1985、WHO,2006)。しかしながら、このツールは、この年齢より前に歩行のマイルストーンを達成した子供にも適用される。
準化された一連の発達プレイタスクから構成される。これは、うまく完了した項目の素点を、スケールスコアおよび複合スコアに変換し、続いて、それらのスコアを、典型的に同じ年齢の発達している子供から得られた達成基準と比較することによって発達指数を導き出す。BSID-IIIには、3つの主要なサブテストがある。認知スケールには、見慣れている対象物と見慣れていない対象物への注意、落ちている対象物を探すこと、および遊んでいるふりをすることなどの項目が含まれる。言語スケールは、言語の理解および表現(例えば、指示に従いおよび対象物の名前を挙げる能力)を評価する。運動スケールは、粗大および微細運動技能(例えば、掴む、座る、ブロックを積み重ねる、および階段を登る)を測定する。したがって、BSID-IIIは、GMFC-MLDおよびGMFMを補完するための追加の運動機能情報を提供することができる。
al.,2009、Absoud et al.,2011、Consolaro a
nd Ravelli,2016)。したがって、PedsQLは、AAV.hARSAcoが患者およびその家族の生活の質に及ぼす影響を評価するために含まれている。これは、2歳以上の子供の親に適用することができ、したがって、5年間の経過観察期間にわたる子供の年齢として有益であり得る。小児の生活の質調査(Pediatric Quality of Life Inventory)(商標)乳児スケール(Varni
et al.,2011)は、1~24ヶ月齢の健康および病気の乳児について、特に健康関連の生活の質を測定するように設計された、親によって記入される検証済みのモジュラー手段である。これはまた、5歳以上の子供による自己報告の可能性も提供する。
AVの能力を評価する機会を提供する。VEPは、中心視力の障害または喪失の指標としての視覚刺激に対する応答を客観的に測定するために使用され得る。聴覚喪失もまた、疾患進行中によく見られ、聴覚異常の初期兆候は、BAER検査によって測定され得る。
血液学、血清化学、凝固、LFT;尿検査;HepB/HepC/HIV血清学;血清バイオマーカー(ARSA);血清中および尿中のベクターDNA;血清抗AAVhu68nAb;ELISpot(カプシドおよびARSA);CSF採取および評価;LP(CSFを採取するため);CSF細胞学および化学;CSF疾患バイオマーカー(ARSA、スルファチド、リソ-スルファチド);CSF抗AAVhu68nAb;CSF中のベクターDNA;身体検査(身長および体重を含む);神経学的検査;バイタルサイン;ECGd;感覚神経伝導検査;GMFC-MLD;GMFM;BSID-IIIe;WISC-V;Vineland-IIIe;Lanskyパフォーマンス指数;PedsQL;PedsQL-IS;介護者/親QoL評価;運動マイルストーン評価;発作日記完成の訓練;発作日記のレビュー;イメージング評価;MRI;MRS;NCV測定;およびVEP。
AAVhu68、アデノ随伴ウイルス血清型hu68;AE、有害事象;ARSA、アリールスルファターゼA;BAER、脳幹聴覚誘発反応;BSID-III、乳児および幼児発達のBayleyスケール、第3版;CSF、脳脊髄液;DNA、デオキシリボ核酸;ECG、心電図;ELISpot、酵素結合免疫スポット;GMFC-MLD:異染性白質ジストロフィーにおける粗大運動機能分類;GMFM、粗大運動機能測定;HepB、B型肝炎;HepC、C型肝炎;HIV、ヒト免疫不全ウイルス;ICM、大槽内;LFT、肝機能検査;LP、腰椎穿刺;MRI、磁気共鳴イメージング;MRS、磁気共鳴分光分析;nAb、中和抗体;NCV、神経伝導速度;PedsQL/PedQL-IS、小児の生活の質調査;QoL、生活の質;VEP、視覚誘発電位;Vineland-III、Vineland適応行動尺度、第3版;WISC-V、児童向けWechsler式知能検査、第5版。
特定の実施形態では、AAV.CB7.CI.hARSAco.rBGは、大槽内への(大槽内[ICM])コンピュータ断層撮影(CT)ガイド下の後頭下注入を介して、単回用量として投与される。
在するため、ITベクター送達は、AAVカプシドに対する既存のNAbによって影響されず、このアプローチをより広範な患者集団に適用可能にする(Haurigot et
al.,2013)。IT AAV送達は、CSFアクセスのための様々な経路を使用して行うことができる。腰椎穿刺(LP)は、CSFにアクセスするための最も一般的な方法であり、したがって、NHPにおけるAAV投与のための経路として評価された。LPを介したCSFへのAAV9ベクターの送達は、大槽のレベルでのより優れたベクターの注入と比較して、脳および脊髄の細胞の形質導入において少なくとも10倍低い効率であることが見出された(Hinderer et al.,2014)。
00gの脳質量に基づく。以下の表は、マウスMED研究、NHP毒性試験、および同等のヒト用量の例示的な用量を提供する。
ゲノムは、2つ以上の発現カセットを含み得る。他の実施形態では、「導入遺伝子」という用語は、「発現カセット」と互換的に使用され得る。典型的に、ウイルスベクターを産生するためのかかる発現カセットは、ウイルスゲノムのパッケージングシグナルに隣接する本明細書に記載される遺伝子産物のコード配列、および本明細書に記載のものなどの他の発現制御配列を含む。
enhancer)」は、1つ以上のエンハンサーを表すことに留意されたい。したがって、「a」(または「an」)、「1つ以上(one or more)」、および「少なくとも1つ(at least one)」という用語は、本明細書では互換的に使用される。
(ICV)投与が、健常な野生型マウスの脳内で酵素的に活性なARSAの発現をもたらすことを示した。実施例3は、観察されたARSAの発現が、MLD患者におけるARSA欠損によって影響を受ける2つの主要な細胞型である皮質ニューロンおよびオリゴデンドロサイトの両方の形質導入および/または交差補正に部分的に起因することを示した。サイズに関連する動物である、カニクイザルマカク(実施例4)においても、潜在的に治療レベルのARSAが得られており、有効性試験が、インビボおよび/またはインビトロMLD疾患モデルにおいて実施される。健常な成体カニクイザルマカクにおいても、用量範囲を試験する追加の実験を実施し、これにより、抗ヒトARSA(hARSA)抗体の誘導にもかかわらず、脳、脊髄、およびDRGのニューロンが、AAV.CB7.CI.hARSAco.rBGのICM投与後少なくとも6週間にわたってARSAの強固な発現を示したことが実証された(実施例4)。ベースラインCSF ARSA活性レベルの倍加もまた、治療の2週間後に観察され(実施例4)、早発型のMLD患者においてARSAの治療的発現レベルを達成する可能性を示唆した。
apy 21,1259-1271(2010)に先に記載されるように、ヨジキサノール勾配遠心分離によって精製される。
逆位末端反復(ITR):ITRは、同一の逆相補配列であり、AAV2(130塩基対[bp]、GenBank:NC_001401)に由来し、ベクターゲノムのすべての成分に隣接する。ITR配列は、AAVおよびアデノウイルスヘルパー機能がトランスで提供される場合、ベクターDNAの複製起点およびベクターゲノムのパッケージングシグナルの両方として機能する。したがって、ITR配列は、ベクターゲノムの複製およびパッケージングに必要とされるシス配列のみを表す。
ションを伴う。産生で使用したHEK293ワーキングセルバンク(WCB)は、FDAおよび調和国際会議(ICH)ガイドラインに詳述されているように、試験し、適格であった。臨床開発を支援するために、バルク原薬(BDS)の単一バッチまたは複数バッチを、バイオリアクター内でのHEK293細胞のポリエチレンイミン-(PEI-)媒介性三重トランスフェクションによって産生する。回収したAAV材料を、可能な場合、使い捨ての閉鎖型バイオプロセッシングシステムにおいて、清澄化、タンジェンシャルフロー濾過(TFF)、アフィニティクロマトグラフィ、およびアニオン交換クロマトグラフィによって連続的に精製する。この産生物を、髄腔内最終製剤緩衝液(ITFFB、0.001%のPluronic F-68を含む人工CSF)中に製剤化する。BDSバッチを凍結し、その後解凍し、必要に応じてプールし、標的濃度に調整し、0.22μmフィルターを通して滅菌濾過し、バイアルを充填する。
完全に特徴付けられたHEK293細胞株が、産生プロセスに使用される。WCBが産生されている。ベクター産生に使用される細胞培養は、1つまたは2つの解凍されたWCBバイアルから開始され、マスターバッチレコード(MBR)文書に従って増殖される。細胞は、組織培養プラスチックを使用して増殖され、DSバッチ当たりのベクター産生のために大規模なバイオリアクター容器表面積に播種するための十分な細胞量を生成することができる。細胞は、10%のガンマ照射したニュージーランド起源のウシ胎児血清(FBS)を補足したダルベッコ改変イーグル培地(DMEM)からなる培地中で培養される。細胞は、足場依存的であり、細胞の解離は、TrypLE(商標)Select、動物製品不含の細胞解離用試薬を使用して成し遂げられる。細胞播種は、滅菌、単回使用の使い捨てバイオプロセス用バックおよびチューブセットを使用して成し遂げられる。リアクターは、温度、pH、および溶存酸素(DO-)が制御される。
約4日間の増殖後(DMEM培地+10%FBS)、細胞培養培地を新鮮な無血清DMEM培地に交換し、細胞を、PEIベースのトランスフェクション方法を使用して、3つの産生プラスミドでトランスフェクトする。産生プロセスで使用されるすべてのプラスミドは、トレーサビリティ、文書管理、および材料分離を確実にするためにインフラストラクチャー利用の制御で上記のCMO品質システムのコンテキストにおいて産生される。十分なプラスミドDNAトランスフェクション複合体は、最大で500m2(BDSバッチ
当たり)をトランスフェクトするためにBSC中で調製される。最初、シス(ベクターゲノム)プラスミド、トランス(repおよびcap遺伝子)プラスミド、およびヘルパープラスミドを含有するDNA/PEI混合物を、GMPグレードのPEI(PEIPro
HQ、PolyPlus Transfection SA)と任意選択の比率で調製する。このプラスミド比は、小規模最適化研究におけるAAV産生に最適であると判断された。よく混合した後、溶液を室温で最大25分間静置し、次いで無血清培地に添加して反応をクエンチし、最終的にバイオリアクターに添加する。リアクターは、温度およびDOが調節され、細胞は、5日間インキュベートされる。
トランスフェクトした細胞および培地は、バイオリアクターから培地を無菌的に汲み出すことによって、使い捨てバイオプロセスバッグを使用して、バイオリアクターから回収される。回収後、洗剤、エンドヌクレアーゼ、およびMgCl2(エンドヌクレアーゼの補因子)を添加してベクターを遊離し、パッケージングされていないDNAを消化する。生成物(使い捨てバイオプロセスバッグ内)を温度制御された単回使用のミキサー中で、37℃で2時間インキュベートして、回収物(トランスフェクション手順で得られた)中に存在する残留細胞およびプラスミドDNAの酵素消化に十分な時間を提供する。この工程は、最終的なベクターDP中の残留DNAの量を最小限にするために、実施される。インキュベーション後、NaClを最終濃度が500mMになるように添加し、濾過および下流TFF中の生成物の回収を補助する。
蠕動ポンプによって駆動される滅菌された閉鎖チューブおよびバッグセットとして直列に接続されたプレフィルターおよびデプスフィルターカプセル(1.2/0.22μm)を使用して、細胞および細胞デブリを産物から除去する。清澄化は、下流のフィルターおよびクロマトグラフィカラムを汚損から保護されることを保証し、生物負荷(bioburden)を低減する濾過は、フィルタートレイン(filter train)の終わりに、上流の産生プロセス中に導入される可能性のあるあらゆる生物負荷が、下流の精製の前に除去されることを保証する。
清澄化された生成物の体積低減(20倍)は、カスタムの滅菌された閉鎖バイオプロセッシングチューブ、バッグ、および膜セットを使用して、TFFによって達成される。TFFの原理は、好適な多孔度(100kDa)の膜に平行な圧力下で溶液を流すことである。圧力差は、膜孔よりも大きな分子を保持しながら、より小さいサイズの分子を、膜を通して効果的に廃棄流路に駆動する。溶液を再循環させることで、平行流が膜表面を押し流し、膜への結合による膜孔汚れおよび生成物の損失を防ぐ。適切な膜孔径および表面積を選択することによって、液体試料は、所望の分子を保持および濃縮しながら体積を急速に減少させ得る。TFF用途における透析濾過は、液体が膜を通して、廃棄流路に通過するのと同じ速度で再循環試料に新鮮な緩衝液を添加することを伴う。透析濾過の体積の増加に伴う、小分子の量の増加は、再循環試料から除去される。この透析濾過は、清澄化された生成物の適度な精製をもたらすが、その後のアフィニティカラムクロマトグラフィ工程と適合性の緩衝液交換も達成する。したがって、濃縮のために100kDaのPES(ポリエーテルスルホン)膜を利用し、次いで最小の4透析濾過体積の20mMのTris
(pH7.5)および400mMのNaClからなる緩衝液で透析濾過する。次いで、透析濾過された産物を1.2/0.22μmのデプスフィルターカプセルでさらに清澄化して、あらゆる沈殿した材料を除去する。
透析濾過された生成物を、AAVhu68血清型を効率的に捕捉するPoros(商標)Capture-Select(商標)AAVアフィニティ樹脂(Life Technologies)に適用する。これらのイオン条件下、残留細胞DNAおよびタンパク質の有意なパーセンテージは、カラムの中を流れ、AAV粒子は効率的に捕捉される。適用後、カラムを5体積の低塩エンドヌクレアーゼ溶液(250U/mLのエンドヌクレアーゼ、20mMのTris(pH7.5)、40mMのNaCl、および1.5mMのMgCl2)で処理して、残りの宿主細胞およびプラスミド核酸をすべて除去する。カラムを洗浄して、追加の供給不純物を除去し、続いて低pH段階溶出液(400mMのNaCl、20mMのクエン酸ナトリウム、pH2.5)で洗浄して、これを直ちに1/10体積の中和緩衝液(200mMのBis-Trisプロパン、pH10.2)中に回収することによって中和する。
空のAAV粒子を含むプロセス内不純物のさらなる低減を達成するために、Poros-AAV溶出プールを50倍に希釈して(20mMのBis-Trisプロパン、0.001%のPluronic F-68、pH10.2)、イオン強度を低下させ、CIMultus(商標)QAモノリスマトリックス(BIA Separations)への結合を可能にする。低塩洗浄後、ベクター生成物を、60カラム体積(column volume)のNaCl直線塩勾配(10~180mMのNaCl)を使用して溶出する。この浅い塩勾配は、ベクターゲノムを含まないカプシド粒子(空の粒子)を、ベクターゲノムを含有する粒子(完全粒子)から効果的に分離し、完全粒子について濃縮された調製物が得られる。完全粒子のピーク溶出液を回収し、中和する。ピーク面積を評価し、おおよそのベクター収率を決定するために、以前のデータと比較する。
プールされたアニオン交換中間体を濃縮し、TFFを使用して緩衝液を交換する。この工程では、100kDaの膜中空繊維TFF膜が使用される。この工程中、生成物を標的濃度にもたらし、次いで緩衝液をITFFB(0.001%のPluronic F-68を含む人工CSF)に交換する。
クを検証するために、増幅されたプラスミドDNAを、制限酵素消化、続いてゲル電気泳動、およびQiagenのサンガー配列決定による完全プラスミド配列解析を含む社内構造解析に供する。プラスミドDNA製造業者への輸送のための細菌ワーキングセルバンク(BWCB)グリセロールストックアリコートを調製するために、3mLの培養液をBMCBグリセロールストックから接種し、一晩増殖させる。次に、1mLの一晩培養物を使用して、上記のようにBWCBグリセロールストックアリコートを調製する。新しいBWCBグリセロールストックアリコートを、残りの2mLの一晩の細菌培養物から抽出されたDNAについて前述の構造解析によって検証する。プラスミドDNA製造業者で受け取ると、BWCBグリセロールストックは、プロジェクト固有の場所に-80℃で保管される。生成培養物は、凍結したBWCBグリセロールストックを擦り取ることによって接種される。
AAVベクター(2.00×1011GC)を、Baseline ZeroエンドヌクレアーゼおよびプラスミドSafe DNAseで処理して、環境中の非カプセル化DNAを排除し、次いで1×リン酸緩衝生理食塩水(PBS)および0.5%ドデシル硫酸ナトリウム(SDS)中で95℃で10分間インキュベートして、ベクターゲノムを変性させる。その後、変性したベクターゲノムを、サーモサイクラー内で反応混合物を0.6℃/分の速度で24℃までゆっくりと冷却することによってアニーリングし、QIAquick PCR精製キット(QIAGEN)を使用して浄化し、Covaris超音波処理器で平均500bpのサイズに剪断する。DNA剪断は、High Sensitivity DNA試薬キットを備えた2100 Bioanalyzer(Agilent)で評価する。剪断したDNAを、製造業者のプロトコルに従って、NEBNextUltraIIライブラリキットを使用してNGSライブラリに調製し、サイズを選択し、Agencourt AMPure XPビーズ(Beckman Coulter)によって浄化する。次いで、個々のNGSライブラリを、断片サイズ分布について再びBioanalyzerで分析し、等モル濃度でプールする前に、Qubit(登録商標)3.0蛍光光度計によって定量化する。最終的にプールしたライブラリの濃度を、Qubit(登録商標)3.0蛍光光度計によって測定し、変性させ、IlluminaのMiseq System変性および希釈ライブラリガイドに従って8pMまで希釈する。PhiX対照を、10%で最終ライブラリにスパイクする。MiSeqシーケンサー上でIllumina MiSeq Nano試薬キットV2(250bpペアエンド)を使用して配列決定を実施する。データ分析を、上記のように、NGS整列アプローチを使用して実
施する。
DPのAAVhu68血清型の確認は、AAVカプシドタンパク質のペプチドの分析に基づいて、University of Pennsylvania and Bioproximity,LLCで開発された新たなアッセイを使用して達成される。この方法は、VPのトリプシン消化、続いて、カプシドタンパク質ペプチドの配列に対するQ-Exactive Orbitrap質量分析でのタンデム質量分析(MS)の特徴付けを含む。タンデム質量スペクトルからのスペクトルライブラリを配列決定し、標的化されたMS法を使用して、特定のAAVウイルス粒子血清型を一意的に識別することができるシグネチャーペプチドをアッセイする。8つの血清型(AAVhu68、AAV1、AAV2、AAV6、AAV8、AAV9、AAVrh10、およびAAVhu37)に特異的なシグネチャーペプチドのバンクを、試験物質の消化によって生成されたタンデム質量スペクトルに対してスクリーニングする。陽性同定について、単一の血清型からのシグネチャーペプチドのみが検出される。
AAVベクターについてのGC力価を決定するためのddPCRベースの技術が開発されている(Lock et al.,2014)。基準標準物を、パイロットランの間に生成し、アッセイを適格化するために使用する。この方法は実用的であり、qPCRと同等またはそれ以上の力価を報告し、プラスミド標準曲線を必要としない。利用されるアッセイは、DNase Iによる消化、続いて、ddPCR分析を含み、カプセル化ベクターGCを測定する。DNA検出は、ポリA領域を標的化する配列特異的プライマーをこの同じ領域にハイブリダイズする蛍光標識されたプローブと組み合わせて使用して達成される。多数の標準物、確認用試料、および対照(バックグラウンドおよびDNA汚染について)が、アッセイに導入されている。このアッセイは、パイロット基準標準物を使用して適格とされる。このアッセイは、感受性、検出限界(LOD)、適格性範囲、ならびにアッセイ内およびアッセイ間正確性を含むアッセイパラメータを確立して定めることによって、適格とされる。内部AAVhu68参照ロットが構築され、適格性研究を実施するために使用される。
感染単位(IU)アッセイを使用して、RC32細胞(rep2発現HeLa細胞)に
おけるrAAVベクターの生産的取り込みおよび複製を測定する。96ウェルエンドポイントフォーマットは、以前公開されたものと同様のものを利用している。簡潔には、RC32細胞を、rAAVの各希釈において12レプリケートを伴う、連続希釈のrAAV BDS、および均一希釈のAd5により同時感染させる。感染の72時間後、細胞を溶解し、qPCRを実施して、インプットにわたってrAAVベクター増幅を検出する。エンドポイント希釈50%組織培養感染用量(TCID50)算出(Spearman-Karber)を実施して、IU/mLとして表される複製力価を測定する。「感染性」値は、細胞との各粒子の接触、受容体結合、内部移行、核への輸送、およびゲノム複製に依存的であるので、それらは、アッセイ幾何学、ならびに使用される細胞株における適切な受容体の存在、および結合後経路により影響を受ける。受容体および結合後経路は、不死化細胞株において通常は維持されず、故に、感染性アッセイ力価は、存在する「感染性」粒子の数の絶対的尺度ではない。しかしながら、カプシドに封入されたGC対「感染単位」の比(GC/IU比として記載される)は、ロットからロットへの産物一貫性の尺度として使用されることができる。
分析超遠心分離器(AUC)で測定される沈降速度は、凝集体、他の軽微な成分を検出することができ、またそれらの異なる沈降係数に基づいて異なる粒子種の相対量の適切な定量を提供することができる。これは、基本的な長さと時間の単位に基づいた絶対的な方法であり、参照として標準的な分子を必要としない。ベクター試料を、12mMの光路長を有する2チャネルのチャコール-エポンセンターピースを有するセルにロードする。供給された希釈緩衝液を、各細胞の参照チャネルにロードする。次いで、ロードされた細胞を、AN-60Ti分析ローターに配置し、吸光度およびRI検出器の両方を備えたBeckman-Coulter ProteomeLab XL-I分析超遠心分離器にロードする。20℃で完全に温度平衡化した後、ローターを、12,000毎分回転数(RPM)の最終実行速度にする。280nmスキャンにおける吸光度は、おおよそ3分毎に約5.5時間記録される(各試料について110回の総スキャン)。生データを、c(s)メソッドを使用して分析し、分析プログラムSEDFITに実装する。得られたサイズ分布をグラフ化し、ピークを統合する。各ピークと関連付けられたパーセンテージ値は、すべてのピーク下の総面積のピーク面積分率を表し、280nmで生成された生データに基づく。多くの研究室では、これらの値を使用して完全:空の比を計算する。しかしながら、空の粒子と完全粒子は、この波長で異なる吸光係数を有するため、それに応じて生データを調整することができる。吸光係数調整の前後の両方の空の粒子および完全モノマーピーク値の比を使用して、空:完全の比を決定し、両方の比を記録する。
qPCRアッセイを使用して、残留HEK293DNAを検出する。「非関連DNA」でスパイクした後、全DNA(非関連、ベクター、および残留ゲノムDNA)を、約1mLの生成物から抽出する。HCDNAは、18S rDNAを標的とするqPCRを使用して定量化する。検出されたDNAの量は、スパイクされた非関連DNAの回収に基づいて正規化する。3つの異なるアンプリコンサイズを試験して、残留HCDNAのサイズスペクトルを確立する。
ELISAを実施して、汚染宿主HEK293細胞タンパク質のレベルを測定する。Cygnus Technologies HEK293 Host Cell Proteins 2nd Generation ELISAキットを、供給業者が提供する説明書に従って使用する。
試料は、産生プロセス中に生じる可能性がある複製能のあるAAV2/hu68(rcAAV)の存在について分析される。細胞に基づく増幅および継代、続いて、リアルタイムqPCRによるrcAAV DNAの検出(caphu68標的)からなる3継代アッセイが、開発されている。細胞ベースの成分は、試験試料および野生型ヒトAd5の希釈物をHEK293細胞(P1)の単層に接種することからなる。試験した生成物の最大量は、1.00×1010GCのベクター生成物である。アデノウイルスの存在により、rcAAVは細胞培養物中で増幅する。2日後、細胞溶解物を生成し、Ad5を熱不活性化する。次いで、清澄化された溶解物を2回目の細胞(P2)に継代し、感度を増強する(再度、Ad5の存在下で)。2日後、細胞溶解物を生成し、Ad5を熱不活性化する。次いで、清澄化された溶解物を3回目の細胞(P3)に継代し、感度を増強する(再度、Ad5の存在下で)。2日後、細胞を溶解してDNAを遊離し、次いで、qPCRに供して、AAVhu68 cap配列を検出する。AAVhu68 cap配列がAd5依存的な様式で増幅することで、rcAAVの存在が示される。AAV2 repおよびAAVhu68 cap遺伝子を含むAAV2/hu68代替陽性対照を使用すると、アッセイのLODを決定することが可能になる(0.1IU、1IU、10IU、および100IU)。rAAV(1.00×1010GC、1.00×109GC、1.00×108GC、および1.00×107GC)の連続希釈を使用して、試験試料中に存在するrcAAVのおおよその量を定量化することができる。この試験方法を実施する。
DdPCR GC力価を遺伝子発現に関連付けるために、インビトロの相対効力バイオアッセイを行う。簡潔に、細胞を96ウェルプレートに播種し、37℃/5%CO2で一晩インキュベートする。翌日、細胞を、段階希釈されたAAVベクターで感染させ、37℃/5%CO2で最大3日間インキュベートする。培養期間の終了時に、細胞培養培地を回収し、比色基質の切断に基づいて、ARSA活性についてアッセイする。アッセイの最適化は進行中である。
ビシンコニン酸(BCA)アッセイを使用して、ウシ血清アルブミン(BSA)タンパク質の標準曲線に対して、ベクター試料を最初に総タンパク質について定量化する。決定は、等量の試料を、キットで提供されるMicro-BCA試薬と混合することによって行われる。BSA標準の希釈も、同じ手順を適用する。混合物を60℃でインキュベートし、562nmで吸光度を測定する。標準曲線は、4パラメータ適合を使用して、既知の濃度の標準吸光度から生成される。未知の試料を4パラメータ回帰に従って定量化する。
GC/IU比は、産物一貫性の尺度である。ddPCR力価(GC/mL)を感染単位(IU/mL)で割って、算出されたGC/IU比を得る。
実験を実施して、マウスにおけるICV注射後のAAVhu68.hARSAcoベク
ターの効力を確立した。この概念実証(POC)実験のために、健常な6~8週齢のC57BL6/Jマウスを選択した。小さいサイズのマウスは、ICMを介してAAVベクターを確実に注入することを困難にするため、ICV経路を選択した。年齢は、過去のデータおよびこの年齢のマウスでICV注入を実施した本発明者らの以前の経験に基づいて選択した(Hinderer et al.,2016)。マウスにおける他のICV投与AAVベクターの以前の経験に基づいて、21日の剖検時点を選択して、安定した導入遺伝子発現を得た(Hinderer et al.,2016)。
RSA酵素は、血清および肝臓にも存在し、これは、AAVHU68.CB7.CI.HARSACO.RBGベクターが、末梢臓器系において形質導入されたことを示唆している。しかしながら、本発明者らは、野生型ベースラインレベルを上回る過剰発現としてARSA活性を測定していたため、この過剰発現は、潜在的に有効な治療用量へのこれらの結果の変換を除外した。したがって、用量範囲を確認するために、MED試験をArsa-/-マウスで実施する(実施例4)。
野生型マウスにおけるベクターのICV投与後に、ARSA酵素のCNS発現プロファイルを評価した。AAVhu68が主にニューロンを形質導入し、実験を実施して、ARSAがミエリン産生オリゴデンドロサイトに局在しているかどうかを決定したことが示された。ARSAのオリゴデンドロサイト特異的発現は、MLD患者において影響を受ける主要な細胞型の交差補正の可能性を支持する。この試験のために、C末端HAペプチドで標識された操作されたヒトARSA酵素をコードするAAVhu68.CB7.CI.hARSAco.rBGに類似するAAVhu68ベクターである、AAVhu68.CB7.CI.hARSAcoHA.rBGを利用した。抗ARSA抗体は、理論的には、野生型動物において内因性マウスARSAと交差反応することができるため、抗血球凝集素(HA)抗体を使用して、ICV投与後のARSA発現を評価した。この類似のAAVhu68ベクターの投与後の観察されたARSA発現プロファイルは、AAVhu68.CB7.CI.hARSAco.rBG投与後のARSA発現を代表すると予測される。
この試験は、AAVhu68.CB7.CI.hARSAco.rBGベクターのICM投与後の非ヒト霊長類(NHP)におけるベースラインレベルを上回るCSF内のARSA活性レベルを増加させるために必要な用量範囲を決定するためのパイロット試験であった。エクスビボレンチウイルスHSC-GTの第1/2相試験の結果は、CSF内の正常なレベルのARSA活性の達成が、早発型MLD患者の良好な転帰と相関することを示している(Sessa et al.,2016)。HSC-GTは、ARSAを分泌するCNS常在細胞からの交差補正に依存するという点で、これらの実施例に記載される治療アプローチに類似するため、NHPにおけるARSAのCSFレベルは、AAVhu68.CB7.CI.hARSAco.rBGベクターの潜在的な有効性を予測するものであると推論された。
al.,2018)。
MLDの天然に存在する動物モデルは、文献に報告されていない。MLDには、実験室で生成された2つのマウスモデルがあり、それらのどちらもVolkmar Gieselmannのグループがドイツで作製した(Hess et al.,1996、Ramakrishnan et al.,2007)。試験のためのこれらの公開された系統を得ることが困難であるため、クラスター化された規則的な間隔の短い回文リピート-CRISPR関連タンパク質9(CRISPR-Cas9)遺伝子編集技術を使用して、MLDマウスモデルを生成した。3つの異なる実験室で生成したマウスモデルの比較を以下の表に提供する。
古典的なMLDマウスモデル(文献では「非脱髄性MLDマウス」と称される)を、Arsa遺伝子のエクソン4への1.3kbネオマイシンカセットの挿入を介した相同組換えによって開発した。この挿入により、検出可能なArsa mRNAおよび機能的タンパク質を欠くホモ接合性Arsa-/-マウスで遺伝子の完全なノックアウトがもたらされた。これらのマウスは、MLD患者において記載されているものと同様に、CNS、PNS、腎臓、および肝臓において進行性スルファチド貯蔵を発達させる。しかしながら、貯蔵および関連する表現型は、ヒト患者と比較すると進行が遅く、マウスでは中年(6~12ヶ月)頃に現れる。スルファチドレベルの増加は、生化学的解析を使用して6ヶ月まで検出することができるが(Ramakrishnan et al.,2007)、有意な組織学的スルファチド染色は、10~12ヶ月齢までにのみ観察可能である(Gie
selmann et al.,1998)。Arsa-/-マウスにおいて測定可能な最も一貫した神経学的症状は、歩行パターンの異常(フットプリント分析に基づく)および運動協調の減少(ロータロッド能力によって測定される)(Gieselmann et al.,1998、Matzner et al.,2009、Stroobants et al.,2011)であり、これらは、通常、6~10ヶ月齢後に現れる。ヒトMLD患者とは対照的に、Arsa-/-マウスのCNSまたはPNSにおいて脱髄は見出されず、このことは、これらの動物に対して観察された驚くほど軽度な表現型および正常な寿命を説明する。
遅いスルファチド貯蔵が、Arsa-/-マウスにおいて観察された疾患発症の遅延および脱髄の欠如の原因であると仮説を立てた(Ramakrishnan et al.,2007)。この仮説に取り組むために、脱髄を示すMLDの遺伝子的に悪化させたマウスモデル(文献では「脱髄MLDマウス」と称される)を開発した。この系統は、ミエリン産生細胞内に導入遺伝子(tg)過剰発現GAL3ST1酵素を担持するマウスと、Arsa-/-マウスとを交配させることによって作製した。GAL3ST1は、スルファチドの生合成に関与し、二重変異体マウス(tg/Arsa-/-)は、Arsa-/-マウスと比較して、それらの組織内に約2倍多くのスルファチドを蓄積する。tg/Arsa-/-マウスは、親アルシアン性(alcianophilic)組織学的染色によって検出されたCNSおよびPNSにおけるスルホリピドの貯蔵の増加、神経伝導の障害、ならびにPNSおよびより少ない程度でCNSにおける髄鞘形成の減少を示し(Ramakrishnan et al.,2007)、これらのすべてはヒト患者におけるMLDの主要な特徴である。しかしながら、これらの所見の出現は、ヒト患者の疾患進行と比較して遅延し、特徴は、約6ヶ月齢から始まり、成体マウスで顕在化した。具体的には、研究者は、生化学アッセイを使用して、6ヶ月までのスルファチド蓄積を説明し、他のすべての表現型は、17~22ヶ月までに生じた。スルファチド貯蔵およびその後の脱髄の遅延は、tg/Arsa-/-マウスにおいて観察された正常な寿命の理由である可能性が高く、これは、MLD患者の寿命が短くなったことと対照的である。
AAVhu68.CB7.CI.hARSAco.rBGの薬理活性を、MLDのインビボおよびインビトロモデルの両方において評価する。インビボモデルについては、新規のArsa-/-(+/-AAV-PH.B-GAL3ST1)マウスモデルを生成し、公開されたインビボモデル(Arsa-/-[単一変異]およびtg/Arsa-/-[二重変異])の利用可能性が限定されることを特徴とする。新しいマウスモデルは、MLD患者において観察されたものと同様の表現型、具体的には、歩行異常および運動協調の減少とともに、中枢神経系(CNS)、末梢神経系(PNS)、腎臓、および肝臓の細胞におけるスルファチド貯蔵を含む、古典的なArsa-/-マウスに匹敵する自然歴を示すことが評価段階にある。
するマウスArsa遺伝子を標的とし、エクソン4を介したエクソン2の標的とした欠失を促進する。古典的なArsa-/-モデルは、ネオマイシンカセットの相同組換えを使用してヌル対立遺伝子を産生したが、CRISPR/Cas 9遺伝子編集は、以前の遺伝子標的化方法よりも少ない時間で、同等の表現型を有する完全なノックアウトを産生することが予想される。
1.CNSおよび末梢組織における残留ARSA活性の減少または欠如の実証;
2.CNS、PNS、腎臓、および肝臓におけるスルファチド貯蔵の実証;
3.組織病理学における脱髄の実証;
4.脱髄と一致する行動表現型の実証。
実施例5で特定されたArsa-/-マウス系統を選択して、ICV投与AAV.CB7.CI.hARSAco.rBGのMED試験を実施する。注射時の年齢、生体内パラメータ、および剖検時の年齢は、他の実施例に定義される最も関連性の高い疾患バイオマーカーに基づく。
AAV.CB7.CI.hARSAco.rBGのインビボ研究を補完するために、AAV媒介性ARSA遺伝子送達の有効性を、インビトロ疾患モデルを使用して評価する。最近、欠陥のあるグリアおよびニューロンの分化、ならびにリソソーム区画の拡大、スルファチド貯蔵、酸化ストレス、およびアポトーシスなどのMLDのいくつかの特徴を再現するMLD患者由来のiPSCベースのモデルが特徴付けられた(Frati et al.,2018)。1つの患者由来の細胞株(RIKENセルバンク参照HPS0240)、ならびに2つのCRISPR-Cas9 ARSAノックアウトiPSCクローンを特徴付ける。適切な細胞株を同定する。AAVベクター投与後の疾患バイオマーカー救出の程度を評価する。AAVhu68カプシドは、培養物中で細胞を不十分に形質導入することが知られているため、これらの試験のために、異なるAAV血清型を使用して、AAV.CB7.CI.hARSAco.rBGであるか、またはそれに類似するARSAコードベクターゲノムを送達することができる。
6~8歳の成体カニクイザルマカクを、AAV.CB7.CI.hARSAco.rBGの非GLPパイロット用量範囲試験において使用した。若年性アカゲザル(1~2歳)を、AAV.CB7.CI.hARSAco.rBGの毒性試験のために選択する。便宜上(動物の利用可能性)、2つの異なる種のNHPが使用される。アカゲザルとカニクイザルマカクとの間で、AAV ICM投与後の形質導入プロファイルに差はない。成体カ
ニクイザルマカクおよび幼若アカゲザルの両方は、類似した解剖学的および生理学的特徴を有し、意図した乳児臨床集団のCNS解剖学的構造を再現し、臨床ROA(ICM)を使用して治療することができる。解剖学的構造およびROAの類似性から、代表的なベクター分布および形質導入プロファイルを得ることができ、これにより、マウスにおいて可能な毒性の評価よりも、正確な毒性の評価が可能になる。加えて、げっ歯類モデルよりもNHPにおいてより厳密な神経学的評価が行われ、より敏感なCNS毒性の検出が可能になる。
臓器内のカプシドおよび導入遺伝子産物の両方に反応するT細胞の存在について評価する。1~4群を安楽死させてから90日後(AAV.CB7.CI.hARSAco.rBGまたはビヒクル投与から180日後)、残りの動物(5~8群)を安楽死させ、上記のように組織病理学的分析を実施する。
AAV.CB7.CI.hARSAco.rBG毒性試験において現れるDRG感覚ニューロンの最小から軽度の無症状性の変性を低減させるために、drg脱標的化miRNA配列を含むベクターゲノムを構築する。rAAVベクターゲノムは、5’から3’まで、CB7プロモーター、操作されたhARSAコード配列、4つの連続したmiRNA183(AGTGAATTCTACCAGTGCCATAの配列、配列番号20を有する)として構築され、これらは、スペーサーによって分離され、各スペーサーは、(A)GGAT;(B)CACGTG;または(C)GCATGC、およびrBGポリAのうちの1つ以上から独立して選択される。このベクターゲノムは、AAV.CB7.CI.hARSAco.miRNA183.rBGと称され、一方、このベクターゲノムおよびAAVhu68カプシドを含むrAAVは、AAVhu68.CB7.CI.hARSAco.miRNA183.rBGと称される。このベクターゲノムを含むrAAVベクターの産生は、実施例1に記載される方法と同様に実施する。AAVhu68.CB7.CI.hARSAco.miRNA183.rBGの有効性および毒性を、実施例2~8および10に記載される方法およびモデルを使用して試験する。
ARSA酵素欠損によって引き起こされる早発型(後期乳児または早期若年性)MLDを有する小児患者(4ヶ月齢以上)において、単回ICM注入によって投与されるAAV.CB7.CI.hARSAco.rBGの第1/2相、多施設、非盲検、単群、用量漸増試験を実施する。安全性および耐容性、薬力学、ならびに臨床有効性を2年間にわたっ
て評価し、すべての対象をAAV.CB7.CI.hARSAco.rBGの投与後5年間にわたって経過観察して、安全性および耐容性、薬力学、疾患進行、ならびに臨床転帰の長期評価を行う。
投薬期間は、急性毒性、アレルギー反応、および処置関連事象について患者を観察するための少なくとも24時間である。疾患の希少性を考慮すると、2人の対象が治療のために同時に現れる確率は低いと考えられる。提案されたアプローチに対する根拠は、患者が急速な疾患の進行を経験したために治療期間を逃すリスクが、コホートの次の患者に投薬される前の長期の安全性経過観察の潜在的な利益を上回ることである。患者が登録から治療までの間に実質的な疾患進行を経験するこのようなシナリオは、HSC-GTで治療されたいくつかの早発型のMLD患者で観察された不良転帰の考えられる原因として挙げられており(Sessa et al.,2016)、急速な疾患進行のリスクがある患者の迅速な特定および治療の必要性を強調した。
以下のエンドポイントに基づいて、単回ICM用量の投与後の2年間にわたって、AAV.CB7.CI.hARSACO.RBGの薬物動態および生物学的活性を評価すること:CSF中および血清中のARSAのレベル。
以下によって測定される、単回ICM用量の投与後の2年間にわたるAAV.CB7.
CI.hARSAco.rBGの有効性を評価すること:粗大運動機能測定(GMFM)、神経認知(Bayley乳幼児発達検査[BSID-III]、児童向けWechsler式知能検査、第5版[WISC-V]によって測定される合計知能指数[IQ]およびサブドメインIQ)、生存率、神経学的臨床検査(NCE)、尺骨、深腓骨、正中、腓腹神経のNCV、運動マイルストーンを維持または獲得する子供の達成時の年齢、喪失時の年齢、および割合によって評価される運動マイルストーン達成(世界保健機関[WHO]基準によって定義される)。
以下によって測定される、単回ICM用量の投与後の2年間にわたるAAV.CB7.CI.hARSAco.rBGの有効性をさらに評価すること:発作日記によって捕捉される発作の発症年齢および頻度、Vineland適応行動尺度、第3版(Vineland-III)、Lanskyパフォーマンス指数、小児の生活の質調査(PedsQLおよびPedsQL-IS)、介護者/親の生活の質。
以下によって測定される、単回ICM用量の投与後の2年間にわたるAAV.CB7.CI.hARSAco.rBGの薬力学的効果をさらに評価すること:MRIによって測定される、CNSの髄鞘形成(脱髄負荷およびパターン)および白質萎縮、プロトン磁気共鳴分光法(MRS)によって測定される、神経代謝産物であるN-アセチルアスパラギン酸(NAA)、ミオイノシトール(mI)、コリン(Cho)および乳酸塩(Lac)レベル、CSFスルファチドおよびリソ-スルファチドレベル、視覚誘発電位(VEP)、脳幹聴覚誘発反応(BAER)、胆嚢壁肥厚の超音波評価。
(i)正常範囲未満のARSA活性に基づくMLDの文書化された生化学的診断および分子診断、ならびに既知または新規変異のいずれかの2つの疾患を引き起こすARSA対立遺伝子の同定。新規の変異の場合、24時間の採尿は、スルファチドレベルの上昇を示さなければならない。
(ii)4ヶ月齢以上。
(iii)発症前の対象は、以下のいずれかを有しなければならない。
症状の発症年齢が7歳未満のMLDに罹患した年長の兄弟姉妹(発端者)。対象は、発端者の症状発症年齢およびそれらのARSA遺伝子型に基づいて、以下のように、後期乳児、早期若年性、または後期乳児/早期若年性の中間に分類される:後期乳児:30ヶ月齢以下の発端者における症状発症および遺伝子型は典型的に0/0;早期若年性:典型的に0/Rの遺伝子型を有する30ヶ月齢超かつ7歳未満の発端者における症状発症;後期乳児/早期若年性の中間:7歳未満の発端者における症状発症、しかし後期乳児もしくは早期若年性として発端者を明確に特徴付けることはできない
または
MLDが、年長の罹患した兄弟姉妹を伴わない発症前の子供において診断される場合(例えば、偶発的にまたは利用可能な場合、新生児スクリーニングを介して)、利用可能なデータの全体は、対象が、遺伝子療法から利益を受ける可能性が高いMLDの早発型バリアントを有することを強く示唆し、かつ対象が7歳未満である場合、対象は、治験委託者の医療モニターによる考察および承認後に適格であるとみなされ得る。
(iv)症候性後期乳児対象は、以下によって顕在されるMLDの軽度の臨床的または神経学的症状を有するならば、適格である:
自立した起立もしくは歩行の達成の遅れなどの運動マイルストーンの予測される達成の遅延(WHOマイルストーン範囲で95パーセンタイル超)
および/または
限定されないが、緊張、痙攣、または反射亢進の増加を含む、NCEでの軽度の異常。対象が自立した歩行を達成している場合、対象が少なくとも10歩を自立して歩くことができるならば、軽度の運動失調の兆候は許容される。
(v)症候性早期若年性対象は、限定されないが、緊張、痙攣、反射亢進の増加、または歩行のために補助を必要としない軽度の歩行異常を含む、NCEで軽度/中等度の異常を
有する場合、適格である。
(vi)親/保護者は、インフォームドコンセントに署名し、日付を記入する。
達成された運動マイルストーンの退行の証拠。
歩行のための補助を必要とする歩行可能な対象。
70未満の合計IQに基づく認知障害を有するEJ MLD対象。
治験責任医師の見解では、試験結果の解釈を混乱させる可能性のあるMLDに起因しない、いずれかの臨床的に有意な神経認知障害があること。
ヒト免疫不全ウイルス(HIV)またはC型肝炎(HepC)の試験結果が陽性の患者であること。
治験責任医師の見解では、対象を過度のリスクにさらす可能性がある、または治験薬の安全性もしくは有効性の結果の評価および解釈を妨げる可能性がある、いずれかの現在または以前の状態または身体検査または臨床検査所見があること。
透視イメージングに対する禁忌を含む、ICM投与手順に対するいずれかの禁忌があること。
MRIまたはLPに対するいずれかの禁忌があること。
治験薬を用いた任意の他の臨床試験への登録があり、スクリーニング前の4週間以内であるか、またはその臨床試験で使用された治験薬の5半減期以内であるかのいずれか長い方の期間内であること。
以前に同種異系HSCTを受け、ドナー起源の残存細胞の証拠を有すること。
以前の遺伝子療法があること。
AAVhu68を修飾について分析した。簡潔には、AAVhu68ベクターは、この研究に関連していないベクターゲノムを使用して産生され、各々は、293細胞における従来の三重トランスフェクション方法を使用して産生された。これらの技術の一般的な説明については、例えば、Bell CL,et al.,The AAV9 receptor and its modification to improve in vivo lung gene transfer in mice.J Clin Invest.2011;121:2427-2435。簡潔には、AAV2逆位末端反復に隣接するパッケージ化される配列をコードするプラスミド(ニワトリβ-アクチンプロモーターから発現される導入遺伝子、イントロン、およびサルウイルス40(SV40)後期遺伝子に由来するポリA)を、AAV2 rep遺伝子およびAAVhu68 cap遺伝子をコードするプラスミドと、アデノウイルスヘルパープラスミド(pAdΔF6)とを用いたHEK293細胞の三重トランスフェクションによってパッケージングした。得られたAAVウイルス粒子は、CsCl勾配遠心分離を使用して精製し、濃縮し、後で使用するために凍結することができる。
質量分析器は、上位20個のイオンからタンデム質量スペクトルを取得するようにプログラムされている。最大MS分解能は120,000、MS/MS分解能は30,000。正規化された衝突エネルギーは30、自動ゲイン制御は1e5、最大充填MSは100ms、最大充填MS/MSは50msに設定されている。
ほとんどの場合90%超である。さらなるアスパラギン残基(N94、N253、N270、N304、N409、N477、およびQ599)も、様々なロットにわたって最大約20%の脱アミドレベルを示す。脱アミド化レベルは、最初にトリプシン消化を使用して特定され、キモトリプシン消化で検証された。
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Claims (39)
- 異染性白質ジストロフィーを治療するのに有用な組換えアデノ随伴ウイルス(rAAV)であって、前記rAAVが、
(a)AAVhu68カプシドと、
(b)前記(a)のAAVカプシド中にパッケージングされたベクターゲノムであって、前記ベクターゲノムが、逆位末端反復(ITR)と、調節配列の制御下の機能的ヒトアリールスルファターゼA(hARSA)をコードする核酸配列とを含み、前記調節配列が前記hARSAの発現を指示し、前記hARSAコード配列が、機能的hARSAをコードする、配列番号1のヌクレオチド(nt)55~nt1521の配列、またはそれと少なくとも95%~99.9%同一の配列を含む、ベクターゲノムと、を含む、組換えアデノ随伴ウイルス(rAAV)。 - 前記機能的hARSAタンパク質が、シグナルペプチドと、配列番号2のアミノ酸(aa)19~aa507のアミノ酸配列とを含む、請求項1に記載のrAAV。
- 前記シグナルペプチドが、配列番号2のaa1~aa18のアミノ酸配列または配列番号4のaa1~aa20のアミノ酸配列を有する、請求項1または2に記載のrAAV。
- 前記調節配列が、神経系細胞においてhARSAの発現を指示する、請求項1~3のいずれか一項に記載のrAAV。
- 前記調節配列が、CB7プロモーター含む、ユビキタスプロモーターを含む、請求項1~4のいずれか一項に記載のrAAV。
- 調節エレメントが、Kozak配列、ポリアデニル化配列、イントロン、エンハンサー、およびTATAシグナルのうちの1つ以上を含む、請求項1~5のいずれか一項に記載のrAAV。
- 前記hARSAコード配列が、配列番号1と少なくとも95%~99.9%同一であり、機能的hARSAをコードする、請求項1~6のいずれか一項に記載のrAAV。
- 前記hARSAコード配列が、配列番号1または配列番号3である、請求項1~7のいずれか一項に記載のrAAV。
- 前記ベクターゲノムが、配列番号5のnt1~nt3883の配列を有する、請求項1~8のいずれか一項に記載のrAAV。
- 前記AAVhu68カプシドが、配列番号7の予測アミノ酸配列をコードする配列から産生される、請求項1~9のいずれか一項に記載のrAAV。
- 請求項1~10のいずれか一項に記載のrAAVと、製剤緩衝液とを含む、水性医薬組成物。
- 前記製剤緩衝液が、緩衝生理食塩水、ならびにナトリウム、カルシウム、マグネシウム、カリウム、またはそれらの混合物のうちの1つ以上を含む人工脳脊髄液と、界面活性剤とを含む、請求項11に記載の医薬組成物。
- 前記界面活性剤が、前記医薬組成物の0.0005%~約0.001%で存在する、請求項11または12に記載の医薬組成物。
- 前記組成物が、7.5~7.8の範囲のpHである、請求項11~13のいずれか一項に記載の医薬組成物。
- 前記製剤緩衝液が、大槽内注入(ICM)、静脈内送達、髄腔内投与、または側脳室内投与に好適である、請求項11~14のいずれか一項に記載の医薬組成物。
- 発現カセットを含むベクターであって、前記発現カセットが、調節配列の制御下の機能的ヒトアリールスルファターゼA(hARSA)をコードする核酸配列を含み、前記調節配列が、前記hARSAの発現を指示する、ベクター。
- 前記機能的hARSAタンパク質が、シグナルペプチドと、配列番号2のアミノ酸(aa)19~aa507のアミノ酸配列とを含む、請求項16に記載のベクター。
- 前記シグナルペプチドが、配列番号2のaa1~aa18のアミノ酸配列または配列番号4のaa1~aa20のアミノ酸配列を有する、請求項16または17に記載のベクター。
- 前記hARSAコード配列が、機能的hARSAをコードする、配列番号1のヌクレオチド(nt)55~nt1521の配列、またはそれと少なくとも95%~99.9%同一の配列を有する、請求項16~18のいずれか一項に記載のベクター。
- 前記hARSAコード配列が、配列番号1または配列番号3である、請求項16~19のいずれか一項に記載のベクター。
- 前記ベクターが、組換えアデノ随伴ウイルス、組換えパルボウイルス、組換えレンチウイルス、組換えレトロウイルス、もしくは組換えアデノウイルスから選択されるウイルスベクター、または裸のDNA、裸のRNA、無機粒子、脂質粒子、ポリマーベースのベクター、もしくはキトサンベースの製剤から選択される非ウイルスベクターである、請求項16~20のいずれか一項に記載のベクター。
- 請求項16~21のいずれか一項に記載のベクターと、製剤緩衝液とを含む、医薬組成物。
- 前記製剤緩衝液が、静脈内送達、大槽内注入(ICM)髄腔内投与、または側脳室内投与に好適である、請求項22に記載の医薬組成物。
- 異染性白質ジストロフィーまたはアリールスルファターゼA(ARSA)遺伝子変異に関連する疾患を治療する方法であって、有効量の請求項1~10のいずれか一項に記載のrAAV、請求項11~15および22~23のいずれか一項に記載の医薬組成物、または請求項16~21のいずれか一項に記載のベクターを、それを必要とする対象に投与することを含む、方法。
- 前記rAAVまたは前記ベクターが、大槽内へのCTガイド下の後頭下注入を介して投与される、請求項24に記載の方法。
- 前記方法が、単回用量で前記rAAV、前記医薬組成物、または前記ベクターを送達することを含む、請求項24または25に記載の方法。
- 前記rAAVが、3.00×1010ゲノムコピー(GC)毎グラム(GC/g)脳質
量~1.00×1012GC/g脳質量の用量で投与される、請求項24~26のいずれか一項に記載の方法。 - 前記投与後、前記対象の疾患の症状が改善され、かつ/または前記疾患の進行が遅延される、請求項24~27のいずれか一項に記載の方法。
- 大槽内へのCTガイド下の後頭下注入を介することを含む、大槽内注入(ICM)を介する患者への投与に好適な、請求項1~10のいずれか一項に記載のrAAV、請求項16~21のいずれか一項に記載のベクター、または請求項11~15および22~23のいずれか一項に記載の医薬組成物。
- 7歳以下である対象への投与に好適な、請求項1~10のいずれか一項に記載のrAAV、請求項16~21のいずれか一項に記載のベクター、または請求項11~15および22~23のいずれか一項に記載の医薬組成物。
- 異染性白質ジストロフィーもしくはアリールスルファターゼA(ARSA)遺伝子変異と関連する疾患の症状を改善するため、かつ/または異染性白質ジストロフィーもしくはアリールスルファターゼA(ARSA)遺伝子変異と関連する疾患の進行を遅延させるための、それを必要とする対象への投与に好適な、請求項1~10のいずれか一項に記載のrAAV、請求項16~21のいずれか一項に記載のベクター、または請求項11~15および22~23のいずれか一項に記載の医薬組成物。
- 前記rAAVまたはベクターまたは組成物が、単回用量で投与される、請求項1~10のいずれか一項に記載のrAAV、請求項16~21のいずれか一項に記載のベクター、または請求項11~15および22~23のいずれか一項に記載の医薬組成物。
- 請求項1~10のいずれか一項に記載のrAAVを産生するのに有用なrAAV産生システムであって、前記産生システムが、
(a)AAVhu68カプシドタンパク質をコードする核酸配列と、
(b)ベクターゲノムと、
(c)前記AAVhu68カプシド中への前記ベクターゲノムのパッケージングを可能にするのに十分なAAV rep機能およびヘルパー機能と、を含む細胞培養物を含む、rAAV産生システム。 - 前記ベクターゲノムが、配列番号5のnt1~nt3883の配列を有する、請求項33に記載のrAAV産生システム。
- 前記細胞培養物が、ヒト胚性腎臓293細胞培養物である、請求項33または34に記載のrAAV産生システム。
- 前記AAV repが、AAVhu68とは異なるAAV由来である、請求項33~35のいずれか一項に記載のシステム。
- 前記AAV repが、AAV2由来である、請求項36に記載のシステム。
- 前記AAV repコード配列およびcap遺伝子が、同じ核酸分子上にあり、任意選択的に、前記rep配列とcap遺伝子との間にスペーサーが存在する、請求項33~37のいずれか一項に記載のシステム。
- 前記スペーサーが、配列番号24のポリヌクレオチドである、請求項38に記載のシス
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