JP2022528444A - 重合酵素連鎖反応システム - Google Patents

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Abstract

本発明は重合酵素連鎖反応を具現する装置内で核酸の抽出と増幅反応および増幅された結果物をリアルタイムで検出できるシステム構造に対するものであり、内部に貯蔵された核酸抽出試薬を媒介として前記生体試料の核酸を抽出したり、追加的に重合酵素反応乾燥物と混合してPCR予備混合物を形成する核酸抽出カートリッジと前記核酸抽出カートリッジに挿入されて流路が連結される構造で結合し、前記核酸抽出カートリッジから抽出された核酸溶液やPCR予備混合物の印加を受けて、乾燥したプライマー/プローブ、またはプライマー/プローブを含むPCR反応乾燥物が収容された少なくとも1以上の反応ウェルに分散させて収容するPCRプレート、前記PCRプレートの上部に配置され、前記反応ウェルWに隣接して互いに異なる温度を印加する一対のヒーティングブロックを含む温度制御モジュールおよび前記PCRプレートの下部に配置され、前記反応ウェルWで増幅された反応物の濃度をスキャニングするスキャニングモジュールを含んで構成される。

Description

本発明は重合酵素連鎖反応を具現する装置内で核酸の抽出と増幅反応および増幅された結果物をリアルタイムで検出できるシステム構造に関する。
時間と場所にかかわらずに患者の疾病を正確かつ迅速に診断するPOC(Point of care)診断技術は、証拠基盤精密医学の非常に重要な技術として注目を浴びている。咳、下痢、高熱、生殖器異常などの疾病の症状を基準として、疾病の症状の原因となるすべての感染病原体を一度に短い時間で検査して原因病原体を確認し最適の抗生剤と治療剤を処方する症状基盤の現場診断は、未来精密医学の核心的な新技術であって、多くの研究がなされて発展しつつある。このような現場診断技術は、既存の妊娠を確認するための妊娠テストキット、血糖を確認できる血糖測定器のように、現場で非専門家によっても迅速かつ正確に診断することにその長所がある。現在の分子診断技術は多様な病原体を同時に検査できる多重検査法が開発されており、このような技術を活用して感染疾病で正確な原因を知り最適の処方を可能とすることによって、早期に疾病を治療して患者の回復期間を画期的に短縮して医療の質を高め、医療費用を節減する未来医学の核心的な技術として注目を浴びている。
しかし、現在の分子診断システムは結果の確認まで3時間以上が必要とされ、熟練した専門家が使用しなければならないため、現場で要求されるPOC分子診断のためには、複雑な核酸抽出過程とリアルタイム遺伝子増幅検査を全自動で遂行できる自動化された小型装置の開発が必須であり、専門担当者ではなくても容易に作動することができなければならない。
代表的な分子診断方法としては、重合酵素連鎖反応(PCR(polymerase chain reaction)、以下、「PCR」という。)を利用する方法がある。重合酵素連鎖反応(PCR)は1985年Kary Mullisによって発明された以来、特定のDNAを迅速かつ容易に増幅できるため分子生物学と分子診断などに広範囲に使われている。PCR/RT-PCRを利用すると、生体試料内に特定のDNA/RNAが存在するかどうかを確認できるため、ウイルスなどの病原性微生物感染の診断に多く利用されている。このPCR/RT-PCR技術は、リアルタイム定量PCR(RealtimePCR、quantitative PCR)に発展することによってPCR終了と同時に結果が分かるため検査過程を簡素化して検査時間を大幅に減らしただけではなく、病原体の数を正確に秤量できるためHIV、HCV、HBVウイルスなどの治療効果をモニタリングする標準診断法として使われている。また、特定疾病に関連した遺伝子の発現様相や遺伝子変移を検査できるため、疾病の診断に最も重要な技術として利用されている。
このようなPCRを遂行するためには、生体試料からPCR反応を阻害する物質を除去して純粋な核酸を抽出する核酸抽出段階が必要である。核酸抽出過程は多段階で形成されており、生体試料および核酸抽出操作に熟練した技術が必要であり、手作業で遂行される場合は作業者のミスによる汚染問題などがあるため、ほとんど自動化された核酸抽出装備を使って分子診断がなされている。
PCR反応および反応産物の検出のためにはリアルタイム定量PCR装置が備えられていなければならないため、既存には主に大型病院や臨床検査専門機関で分子診断がなされていた。
最近研究開発を通じて核酸の抽出、PCR反応および反応産物の検出の全過程を自動化して、専門的な技術がなくても容易にPCRを利用できる多様な自動化システムおよびこれを利用する装置が開発されたことがある。
しかし、既存の装置は過度に高価であるか処理時間が多く必要とされ、一度に多様な検査を行い難い問題点がある。
PCRの基本原理を説明すると、DNAの二重螺旋を95℃に加熱して単一の縒りに分離させた後、反応溶液をアニーリング温度で冷却させてPCR反応溶液に入っている増幅しようとする部位の両末端に相補的なプライマーが選択的に混成化されるようにすると、DNA重合酵素がそれぞれの単一の縒りに相補的なA、G、T、Cの4種のnucleotide triphosphateを順次連結して二重螺旋に作る反応を繰り返し遂行するのである。実験的にPCR反応溶液を加温、冷却することを反復的に30~45サイクル(n)を遂行して、特定のDNA二重螺旋を2個だけ幾何級数的に増幅させる反応である。RT-PCR反応は逆転写反応を通じてcDNAを合成した後、PCRを通じて増幅できるようになることによってRNAを検出するための方法として拡張された。
PCRが分子診断に本格的に活用されるために、新しく開発されたリアルタイム定量PCRの原理を説明すると、PCR反応を利用して増幅されるDNAの定量分析のために、DNAの量に比例して蛍光が発生する物質をPCR反応液に添加した後、各サイクルごとに蛍光を測定して臨界蛍光値が検出されるサイクルを捜し出してこれから初期のターゲット核酸の濃度を定量的に測定する方法である。
PCRが発明されて以来、多様な応用技術が開発される間、ゲノムプロジェクトを通じて数多くの病原体と疾病関連遺伝子塩基配列が知らされ、このような疾病関連DNA/RNA塩基配列を増幅して定性、定量で診断する分子診断が急速に発展してきた。既存のPCRは温度を循環するにおいて2時間内外の時間がかかるため、現場診断のために、より迅速かつ正確にPCRを遂行できる方法が持続的に開発されてきた(Lab Chip、2016、16、3866-3884)。
短い時間でPCR反応を遂行するためには反応溶液の温度を素早く変化させなければならない。また正確なPCR反応で望むターゲットのみを増幅するためには、プライマーが望むターゲットに特異的に付着するようにデザインされなければならず、PCR温度循環反応でアニーリング温度を正確に調節しなければならない。
このためには、既存に実験室で一般的に使われている0.5、0.2ml反応器よりできるだけ熱容量が小さく、熱伝達が良い微細PCR反応容器が開発された。このような微細反応器は、反応溶液を少なく使い、広い表面積を有しているため、素早く熱が伝達されて迅速な加熱と冷却が可能である。シリコンウェハーに17×5mmの大きさで40-80umの薄い反応溝にPCR溶液10ulを入れてガラス板で覆って表面積を高く維持してあげたが(>100mm/10ul)、既存のPeltier方式のthermal blockを使って一サイクルが約3分に時間を短縮させることは見せることができなかった(Clin.Chem.40/9、1815-1818(1994))。
PCR反応器を素早く熱循環をさせるために高温水槽と低温水槽にPCR反応器を反復的に漬けて移していく方式が初期のPCR反応装置として開発された(Turbo Thermalcycler.Bioneer Corp.Daejeon)。このように温度が異なる区域に反応器を循環させるPCR装備は空間移動方式であって、予め正確に温度が維持されている恒温水槽に反応器を漬けることによって迅速かつ正確にPCR反応をさせることができる長所がある。しかし、多数の恒温水槽が必要であるため、装備が大きく維持管理が煩雑であるため、固定されたブロックでPeltier素子などを利用して時間により温度を変える時間差温度循環方式を採択したPCR装備が主流をなしている。
微細流路を利用したPCR方式も空間移動温度循環方式と時間差温度循環方式で開発された。空間移動温度循環方式はFIFO(First-In-First-Out)方式で連続的に流れ出る開放された反応器方式と、異なる温度区間を反復的に移動する閉鎖型方式に大別することができる。開放型方式としては1994年にNakanoなどが温度が異なる区画を有する円筒形ブロックに毛細管を巻いて、ここに連続的にPCR溶液を流す方式で開発された(Biosci.Biotech.Biochem.、58(2)、349-352、1994)。これを微細流路の形態で1998年高温と低温区間を繰り返し流れて通過する微細流路方式のPCR装備がKoppなどによって10ulの溶液を4.5秒のサイクルで20サイクル通過させてPCRが進行されるlptpを確認した(Science 280 1046-1048、1998)。
[先行技術文献]
韓国公開特許第10-2016-0067872号
したがって、本発明の主な目的は、生体試料から核酸の抽出、PCR反応および多様な波長帯の励起光と該当蛍光をスキャニングを通じて全自動でターゲット核酸検出を遂行することができ、一度の作動で多数のターゲットを検査することができ、使用が手軽で、特に短い時間で正確な結果を得ることができる装置を提供するところにある。
ひいては、本発明の他の目的は、PCR過程に必要な温度調節過程を熱変性過程に必要な温度と結合過程に必要な正確な温度を反応対象物に素早く反復的に印加可能にして迅速かつ正確なPCRを可能として、反応の信頼性を最大化できる装置を提供するところにある。
前述した課題を解決するための手段として、本発明の実施例では、図1~図23に掲示されたように、内部に貯蔵された核酸抽出試薬を媒介として前記生体試料の核酸を抽出する、核酸抽出カートリッジ100;前記核酸抽出カートリッジに流路が連結される構造で結合し、前記核酸抽出カートリッジ100で抽出された核酸溶液の印加を受けて、プライマーまたはプライマー/プローブまたはプライマープローブが含まれたPCR混合物乾燥物が収容された少なくとも1以上の反応ウェルに収容するPCRプレート200;および前記PCRプレート200の上部に配置され、前記反応ウェルWに隣接して互いに異なる温度を印加し、水平動作および上下移動動作が可能な一対のヒーティングブロック310、320を含む温度制御モジュール300を含む重合酵素連鎖反応システムを提供できるようにする。
本発明の実施例によると、生体試料から核酸の抽出、PCR反応および多様な波長帯の励起光と該当蛍光スキャニングを通じてのリアルタイム反応産物の検出を自動化して遂行することができ、一度の作動で多様な検査が可能であり、使用が手軽で、特に短い時間で正確な結果を得ることができる装置を提供することができる。
また、本発明の実施例によると、PCR過程に必要な温度調節を熱変性段階と結合に必要な正確な温度を反応対象物に素早くリアルタイムで一度に印加可能にして正確なPCRを可能とすることによって、反応の信頼性を最大化できる効果がある。
すなわち、従来の反応液を移動させて温度を上昇させる温度制御方式の場合、温度を均一に増加させることができないためPCR反応に不利となり、反応液が移動しながら順次的な温度の増加をもたらすことになる方式で反応物全体に同時に温度均一化を具現できないため異なる反応が起きる可能性が高くなる問題を一掃して、ヒーティングブロックに設定された温度範囲を恒温状態に維持し、反応液全体に直接加圧して温度を増加させる方式でPCR反応に必要な温度の増加を非常に効率的に具現することができる。
さらに、温度を高温から低温に変化させる過程も時間の遅延を最小化するために、ブロック状のヒーティングブロック構造物を並んで離隔するように配置し、PCRプレートを加圧する場合、ヒーティングブロックの位置を変更して、個別的に互いに異なる温度を有するヒーティングブロックにリアルタイムで加圧がなされるようにするところ、温度変化の過程で必要な時間の遅延による問題を画期的に解消できることになる。
ひいては、PCRプレートを核酸抽出カートリッジに挿入型構造で具現して、核酸抽出カートリッジは共通で使用し、多様な検査キットに使われるPCRプレートを少ない空間に保管して検査時に適合なPCRプレートを必要に応じて挿入して使うことができる。PCRプレート内に備えられる一個の反応ウェルで最大6個の蛍光値を分析できるようにし、必要に応じてPCRプレートの反応ウェルを8個まで増加させることができるため、症状に関連した患者の生体試料に含まれている可能性があるすべての病原菌を増幅して検出できるため、症状基盤の多重分子診断検査を提供できるようにする。
また、本発明の実施例によると、恒温プレートを第1温度と第2温度の勾配を有する領域に分画し、駆動モジュールを通じてヒーティングブロックの加圧時に前記ヒーティングブロックの温度に対応する設定温度(第1温度または第2温度)を有する領域が対応するように移動して、PCRプレートの上下面に同時に接触加圧を遂行するようにすることによって、単一温度に維持される恒温プレート方式に比べて2倍の効率を具現できる効果もある。
また、移動型恒温プレート構造を具現するにおいて、駆動動作を進める構成でスライディングテープを使って製品の構成と移動の信頼性を確保できるようにし、ターゲット内に入っているプレートの加熱時間を上下面同時に具現される方法を採択するため、検査時間を1/2に減らし得る長所も具現される。
本発明の実施例に係る重合酵素連鎖反応システムを構成する要部の構成を図示したブロック構成図である。 本発明での温度調節モジュール300の構造を説明するための図面を図示したものである。 本発明での温度調節モジュール300の構造を説明するための図面を図示したものである。 本発明での温度調節モジュール300の構造を説明するための図面を図示したものである。 本発明での温度調節モジュール300の構造を説明するための図面を図示したものである。 本発明での温度調節モジュール300の構造を説明するための図面を図示したものである。 本発明での温度調節モジュール300の構造を説明するための図面を図示したものである。 本発明に適用されるPCRプレート200の一実施例を図示したものである。 本発明に適用される恒温プレートと水平移動駆動モジュールの構造および作動を説明するための概念図である。 本発明に適用される恒温プレートと水平移動駆動モジュールの構造および作動を説明するための概念図である。 本発明に適用される恒温プレートと水平移動駆動モジュールの構造および作動を説明するための概念図である。 本発明に適用される恒温プレートと水平移動駆動モジュールの構造および作動を説明するための概念図である。 本発明の核酸抽出カートリッジの斜視概念図であって、前述したPCRプレートが挿入結合された構造を図示したものである。 図13の分離斜視図である。 図14の構造でカートリッジ蓋部R1の内部構造を図示したものである。 図14の構造の結合状態を透視図で図示したものである。 本発明のカートリッジ構造の下部の作動状態を図示したものである。 本発明のカートリッジ構造の下部の作動状態を図示したものである。 本発明のカートリッジ構造の下部の作動状態を図示したものである。 前述した本発明である重合酵素連鎖反応システムを構成する装置の全体的な構造と配置構成を図示したものである。 図20で本発明の主要部の結合配置図を拡大したものである。 図21の部分の垂直断面概念図を図示して要部の構成の配置を提示したものである。 図22の側面斜視断面概念図を図示したものである。
本発明の利点および特徴、そしてそれらを達成する方法は添付される図面と共に詳細に後述されている実施例を参照すると明確となるであろう。しかし、本発明はここで説明される実施例に限定されず、他の形態で具体化されてもよい。かえって、ここで紹介される実施例は開示された内容が徹底かつ完全となり得るように、そして当業者に本発明の思想が十分に伝達されるようにするために提供されるものである。
本出願で使った用語は単に特定の実施例を説明するために使われたものであり、本発明を限定しようとする意図ではない。単数の表現は文脈上明白に異なるように意味しない限り、複数の表現を含む。本出願で、「含む」または「有する」等の用語は、明細書上に記載された特徴、数字、段階、動作、構成要素、部分品またはこれらを組み合わせたものが存在することを指定しようとするものであって、一つまたはそれ以上の他の特徴や数字、段階、動作、構成要素、部分品またはこれらを組み合わせたものなどの存在または付加の可能性を予め排除しないものと理解されるべきである。
図1は、本発明の実施例に係る重合酵素連鎖反応システム(以下、「本発明」という。)を構成する要部の構成を図示したブロック構成図である。
図1を参照すると、本発明の実施例に係る重合酵素連鎖反応システム(以下、「本発明」という。)は、PCR過程に必要な温度調節過程を熱変性(denaturation)過程に必要な温度と結合過程(annealing)に必要な正確な温度を、反応対象物に時間的な差がなくリアルタイムで一度に印加可能にして正確なPCRを可能とし、反応の信頼性を最大化できるように、PCR反応プレートに接触して特定温度を印加するヒーティングブロック構造物で具現される温度調節モジュールを具備することを特徴とする。
このような本発明に係る温度調節モジュールは、温度を第1温度から相対的に低温である第2温度またはこの逆の過程で第2温度から相対的に高温である第1温度に具現するのに必要とされる、時間の遅延を最小化するように、第1温度と第2温度にそれぞれ設定されたヒーティングブロックの位置を変更してリアルタイムでPCR反応プレートに加圧がなされるようにするところ、温度変化の過程で必要な時間の遅延による問題を画期的に解消することができるようになる。
さらに、本発明ではPCRプレートの下部に配置され、スライディング方式で水平移動する構造で動作する恒温プレート構造物をさらに具備するように具現することができる。この場合、前記PCRプレートの温度を第1温度または第2温度に維持する恒温プレート構造物で温度変化条件の印加に必要な所要時間を最小化して反応速度を最大化できるようにする。
具体的には、本発明は、内部に貯蔵された核酸抽出試薬を媒介として前記生体試料の核酸を抽出し、PCR予備混合物または鋳型物を形成する核酸抽出カートリッジ100、前記核酸抽出カートリッジに挿入されて流路が連結される構造で結合し、前記核酸抽出カートリッジ100で抽出されたPCR予備混合物または鋳型物の印加を受けて、プライマー/プローブまたはプライマー/プローブが含まれたPCR乾燥物が収容された少なくとも一個以上の反応ウェルに分散させて収容するPCRプレート200、前記PCRプレート200の上部に配置され、前記反応ウェルWに隣接して互いに異なる温度を印加する一対のヒーティングブロック310、320を含む温度制御モジュール300を含んで構成され得る。
本発明は前述した構成を通じて、核酸抽出カートリッジを通じて専門家ではなくても望む試料を投入して自在に核酸抽出がなされ得るようにする便宜性を提供するとともに、PCRプレート200に加えられる増幅に必要な温度循環を薄いフィルムと圧着を通じてPCRプレート内の反応溶液に直接目標温度を印加できるヒーティングブロック構造物を利用して、迅速かつ精密な温度制御を可能とすることができる。
また、スキャニングモジュールを通じて、リアルタイムでPCRプレートの下部で多様な波長帯の励起光と該当蛍光スキャニングを通じて反応物に対する検出作業がなされるように一つのシステムで具現された重合酵素連鎖反応(以下、「PCR」という。)装置を提供できるようにすることができる。
図2~図7は、本発明での温度調節モジュール300の構造を説明するための図面を図示したものである。
図2および図3は、本発明の温度調節モジュールの斜視概念図を図示したものである。
図2および図3を参照すると、前記温度調節モジュール300は生体試料の核酸を抽出し、重合酵素と混合してPCR(polymerase chain reaction)予備混合物または核酸抽出物を核酸抽出カートリッジから注入を受けて収容するPCRプレート200に対して一定の温度制御を遂行する機能を遂行する。
具体的には、前記温度制御モジュール300は、PCRプレート200に具現される反応ウェルWの表面に対応する第1加圧面G1が具現され、加熱ユニットによって熱変性(denaturation)に必要な温度(以下、「第1温度」)の範囲で設定された温度に維持される第1ヒーティングブロック310を具備する。これとともに、前記第1ヒーティングブロック310と対応する位置に離隔して配置され、前記反応ウェルの表面に対応する第2加圧面G2が設けられ、加熱ユニットによって結合(annealing)に必要な温度(以下、「第2温度」)の範囲で設定された温度に維持される第2ヒーティングブロック320を具備して構成される。特に、前記第1ヒーティングブロック310と、前記第2ヒーティングブロック320の構造物は水平動作および上下移動動作が可能なように具現され得るようにする。
好ましい実施例では、前記第1ヒーティングブロック310と、前記第2ヒーティングブロック320は立体形構造を具備し、下部面に平たい構造の加圧面を具備するようにすることができ、第1ヒーティングブロック310と、前記第2ヒーティングブロック320は互いに離隔するように配置され得、それぞれ異なる温度範囲の温度を有するようにすることができる。
具体的には、前記第1ヒーティングブロック310と前記第2ヒーティングブロック320は、図2および図3に図示されたように、互いに向かい合う構造で対向配置され、全体的に上部面には平たい構造の加圧機能を遂行するための構造で具現され、その上の部分は直六面体の立体形構造で備えられ得る。直六面体の立体形構造の具現は一つの実施例であり、加圧のための平たい構造の加圧面を具備する形状であればいかなる立体形状を具備しても本発明の要旨に含まれると言える。
また、前記第1ヒーティングブロック310と前記第2ヒーティングブロック320は側面に配置されるものの、隣接した面は互いに離隔する構造で具現され、それぞれが互いに異なる設定温度を具備するように維持され得る。
例えば、第1ヒーティングブロック310の前記第1温度は二重螺旋DNA(生体試料から抽出されたDNAを含む)を分離させる熱変性段階(denaturation)に適用する温度であって、94~96℃の範囲で設定され得る。本発明の好ましい一例では、95℃に維持されるようにすることができる。
さらに、第2ヒーティングブロック320の前記第2温度は、分離された鋳型DNAにプライマーが結合されるようにするプライマー結合段階(annealing)に必要な温度であり、50~65℃の範囲で設定され得る。本発明の好ましい一例では、55℃に維持されるようにすることができる。
前記第1ヒーティングブロック310と前記第2ヒーティングブロック320は、内部に水や熱伝達流体を収容する方式ではなく熱容量が大きく熱伝達効率が良い金属材質の胴体を具備する構造で具現されて、内部の加熱ユニットによって設定温度に常時維持が可能である。このために、内部に温度センサを装着して一定に温度を維持できるように加熱ユニットは温度調節を通じて制御されなければならない。
すなわち、前記PCRプレート200にPCR予備混合物が注入される場合、前記第1温度の適用が必要な時期には前記第1ヒーティングブロック310が水平移動して前記PCRプレート200の表面に隣接することになる。すなわち、第1加圧面G1は平たい構造の平板の構造であるため、PCRプレート200の全表面に同時に同一の温度で同一の加圧力で加熱が可能となるところ、全体の試料に均一な温度の伝達が可能となる。
また、結合段階に必要な前記第2温度の適用が必要な時期には第2ヒーティングブロック320が水平移動してPCRプレートの上部に位置することになり、PCRプレート200の全表面に同時に同一の温度で同一の加圧力で加熱を可能とする。
すなわち、設定温度反応を準備する別途の時間が不要であり、簡単な水平動作によってPCRプレート200の全表面に同時に同一の温度で同一の加圧力で加熱が可能な方式で駆動することになるところ、既存の設定温度を制御するための方式に比べて迅速かつ精密なPCR反応を導出できるようになる。
また、前記第1ヒーティングブロック310と前記第2ヒーティングブロック320は互いに異なる温度で設定されているため、常時的に第1ヒーティングブロックによって第2ヒーティングブロックが輻射熱、伝導熱によって加熱され得ることを勘案して、二つの構造物の間の離隔空間に冷却効果を具現できる冷却ファンユニット340を具備できるようにする。
前記第2ヒーティングブロック320は相対的に第2温度、例えば、55℃のアニーリング温度を維持できるようにすることが重要であるところ、第1ヒーティングブロック310の熱干渉を最小化しあふれる熱を容易に冷却ファンユニットによって発散できる発散型冷却パターンを上部に具備することができる。このような一例として、本発明では、前記第2ヒーティングブロック320に第2加圧面G2の側面部に具現される温度調節パターン部321をさらに含むようにすることができる。前記温度調節パターン部321は上部に突出形のパターンが多数具現される構造であり、空気との接触表面積を広げて熱発散効率を高め得るため、一定の低温を維持するのに有利とする。
前述した本発明はPCR反応を具現する反応試料を移動したり時間設定を通じて他の加熱領域に移動させる方式とは異なり、反応試料を固定した状態で上部で全体的に同時に均一な温度を高めることができるようにヒーティングブロック構造を適用して、第1温度および第2温度の正確な伝達が具現できるようになる。
併せて、本発明での前記第1ヒーティングブロック310や第2ヒーティングブロック320は、水平動作または上下移動動作を具現する駆動モジュール330と連動するようにすることが好ましい。前記駆動モジュール330は前記第1ヒーティングブロック310と前記第2ヒーティングブロック320を貫通するガイド部材331、332を含み、前記第1ヒーティングブロック310と前記第2ヒーティングブロック320は前記ガイド部材331、332に沿って上下移動を遂行するようにすることができる。
すなわち、本発明での前記第1ヒーティングブロック310と前記第2ヒーティングブロック320は互いに離隔して配置され、前記駆動モジュール330の動作により互いに交差して上下移動を具現することになる。さらに、前記ガイド部材331、332の下部に配置される弾性部材S1、S2をさらに含むようにして、ヒーティングブロックがPCRプレートを加圧する場合、適切な弾性力を与えて緩衝作用ができるようにすることが好ましい(図5参照)。
また、本発明の実施例では、前述した温度調節モジュールと連動する恒温プレート350をさらに含んで具備できるようにする。
また、本発明の実施例では、前述した温度調節モジュールと連動する恒温プレート350をさらに含んで具備できるようにする。
前記恒温プレート350は図2および図3に図示されたように、温度調節モジュール300を構成するヒーティングブロック310、320構造物の下部に配置され、PCRプレート200が進入した後、上部で温度調節モジュール300の第1ヒーティングブロック310や第2ヒーティングブロック320が水平動作と上下移動動作によってPCRプレートを加圧する場合、第1ヒーティングブロック310や第2ヒーティングブロック320の温度と同一の温度を有するように機能できるようにする。
このために、前記恒温プレート350は、前記PCRプレート200の下部に水平移動する水平移動駆動モジュール400をさらに含んで構成されるようにする。
このために、前記恒温プレート350は、前記PCRプレート200の下部に水平移動する水平移動駆動モジュール400をさらに含んで構成されるようにする。
前記水平移動駆動モジュール400は、図2および図3に図示されたように、恒温プレート350の一端に結合する移動バー420と駆動モータ部410、そして前記駆動モータ部410の回転力を前記移動バー420の水平移動力に切り換える切り換えプレート430を含んで構成され得る。
このような水平移動駆動モジュール400は前記恒温プレート350を前述した温度調節モジュール300の下部方向に水平移動できるようにし、特に、本発明の実施例に係る前記恒温プレート350は、第1温度で加温される第1領域と、前記第1領域と離隔する第2温度で加温される第2領域に区画される構造で具現され得る(図21~図23部分の説明参照)。
特に、本発明の好ましい実施例では、前記温度制御モジュール300と前記恒温プレート350は前記ガイド部材331、332を媒介として互いに一体型に具現されるようにすることができる。
すなわち、水平移動駆動モジュール400が駆動する場合、前記恒温プレート350と前記ヒーティングブロック310、320を含む温度調節モジュール300が共に移動できるようにすることができる。
この場合、前記恒温プレート350は、第1温度で加温される第1領域と、前記第1領域と離隔する第2温度で加温される第2領域を含み、前記第1ヒーティングブロック310の第1加圧面G1は前記第1領域の上部に対応するように配置されるようにして、同時に同一の温度で上下で恒温プレート350とヒーティングブロック310、320の間にPCRプレート200を配置して加圧がなされるようにすることができる。
すなわち、本発明の実施例では、前記恒温プレート350を第1温度と第2温度の勾配を有する領域に分画し、水平移動駆動モジュール400を通じてヒーティングブロックの加圧時に前記ヒーティングブロックの温度に対応する設定温度(第1温度または第2温度)を有する領域が対応するようにスライディング構造で水平移動して、PCRプレートの上下面に同時に接触加圧を遂行するようにすることによって、単一の温度に維持される恒温プレート方式に比べて2倍の効率を具現することになる。
図4は図3での温度調節モジュールを後方から見た横断面図であり、図5は温度調節モジュールを前方から見た横断面図を図示したものである。
このように、本発明の温度調節モジュール300は前記第1ヒーティングブロック310と前記第2ヒーティングブロック320の水平動作または上下移動動作を具現する駆動モジュール330を具備して、このようなヒーティングモジュールの動作を自動化できるようにする。
図2~図5を参照すると、前記駆動モジュール330は、第1ヒーティングブロック310と前記第2ヒーティングブロック320を上下移動させる動作を遂行し、同時に水平移動駆動モジュール400は前記第1ヒーティングブロック310と前記第2ヒーティングブロック320を水平移動させて、PCRプレート200上の前記反応ウェルの表面に接する部分を前記第1加圧面G1または第2加圧面G2に変更させることができるようにする。
前記第1ヒーティングブロック310と前記第2ヒーティングブロック320は互いに離隔した状態で並んで配置される構造であり、それぞれにはガイド溝(312、322;図2参照)が貫通構造で設けられ、前記第1ヒーティングブロック310と前記第2ヒーティングブロック320は前記ガイド溝を貫通するガイド部材331、332に装着されることになる。これを通じて、前記第1ヒーティングブロック310と前記第2ヒーティングブロック320は前記ガイド部材331、332に沿って上下移動を遂行し、PCRプレートを上部で加圧できるようになる。
もちろん、この場合、前記第1ヒーティングブロック310と前記第2ヒーティングブロック320の下部には恒温プレート350が配置され、それぞれのヒーティングブロックが具備した第1温度または第2温度と同一の温度を有する領域を対応させて、PCRプレートを上下で加圧できるようにする。
前述した通り、本発明での温度制御モジュール300はPCRプレート200内のPCR対象物全体に、第1温度と第2温度をPCRプレート表面全体にすぐに印加できるようになる長所が具現され、印加速度の側面および反応効率の側面で卓越した効果を具現できるようになる。
また、前記温度制御モジュール300のヒーティングブロックの構造物は、常時水平移動が可能な上部に位置するようにし、PCRプレートと圧着する場合にのみ下部に降りてくる構造である。
このような構造を具現するために、前記駆動フレームの内部に内挿される構造で配置されて圧着しない場合、常時上部に上昇するようにする復原力を有する第1弾成部材S1)を含むことができるようにする。本発明では、また、前記PCRプレート200に接して加圧を具現する場合、過度の加圧力を印加することを防止するために加圧する力を伝達する第2弾成部材335を具備した(図5)。前記第2弾成部材335は図示された実施例では板スプリング構造物で具現されて、下部方向への第1および第2ヒーティングブロックが加圧される場合に一定の緩衝力を発揮して、過度の加圧力がPCRプレートの表面に印加されないように制御できることになる。
また、本発明のシステム構造において、PCRプレート200は上面に反応ウェルが具現される板状構造物の形態を具備するが、この場合、前記PCRプレート200は一定の温度、例えば第2温度(ex:55℃)の範囲を維持できるように下部に恒温プレート350構造物をさらに含んで構成されるようにする。
これは、本発明の温度制御モジュール300により第1温度((ex:95℃)の第1ヒーティングブロックを密着して温度を上昇させる場合や、第2温度(ex:55℃)の第2ヒーティングブロックを密着する場合、PCRプレート200が目標温度に素早く到達しないと内部増幅効率が大幅に良くならないためである。
したがって、本発明の実施例では、前記PCRプレート200の下部に配置されて、前記PCRプレート200の温度を前記第2温度に維持する恒温プレート350をさらに含んで構成されるようにすることが好ましい。
特に、前記恒温プレート350構造物を具備するものは固定型で装着し、一定に設定された温度を印加する方式で具現してもよいが、前述したように、恒温プレート350自体を区画して第1温度および第2温度を印加する領域に区分し、恒温プレートを水平移動できる構造で具現され得るようにすることがさらに好ましい。
図6は図2の構造で恒温プレート350を水平移動駆動モジュール400を通じて温度調節モジュールの下部に水平移動させて進入させた様子を図示した図面であり、図7は図6の動作で恒温プレート350を外側に水平移動させて温度領域に変更を与えた様子を図示したものである。
すなわち、図6の構造においては、第1ヒーティングブロック310が第1温度を印加するように配置されると、恒温プレート350での第1領域が第1ヒーティングブロックと共にPCRプレートの下部に水平移動して配置されて、前記第1ヒーティングブロック310が前記PCRプレートの上部面と向き合うように対応し、その後図7のように、前記第2領域が第2ヒーティングブロックと共にPCRプレートの下部に水平移動して配置される場合、前記第2ヒーティングブロックが水平移動して前記PCRプレートの上部面と向き合うように対応するように作動する様子を図示したものである。
前記恒温プレート350の水平移動動作はスライディング方式で具現されるものの、前記恒温プレート350の側面部と接触するスライディングテープと接触して移動するように具現することができる。
また、図6および図7を参照すると、これは本発明に係る温度制御モジュールの底面を図示した概念図であり、図示されたように、恒温プレート350は前記PCRプレート200と下部のスキャニングモジュール(図示されず:図1の符号500)の間に配置されるようにして、前記スキャニングモジュールから照射される励起光が照射して前記PCRプレート200に伝達され、蛍光が検出されるように前記スキャニングモジュール500の光が誘導される光透過部hが貫通構造で多数設けられ得る。
したがって、本発明では、前述したスキャナを装着した一体型システムで核酸抽出、PCR過程と検出過程を一つのシステムの中で具現することができ、多様な疾病診断に適用が可能なように分離型PCRプレート構造物を具現できるようにする。
図8は、本発明に適用されるPCRプレート200の一実施例を図示したものである。
図8を参照し、前述した図2および図3の概念図を参照すると、本発明に係る前記PCRプレート200は、プレート状の表面にプライマー乾燥物が収容される少なくとも1以上の反応ウェルW1....Wnが具現される胴体部210と、前記胴体部210の一端から延び、前記核酸抽出カートリッジ100に内挿される構造で結合する。
特に、前記核酸抽出カートリッジ100で引き込まれるように前記PCR予備混合物が注入される注入ホールh1を具備する挿入部220が具現される構造で具現され得る。また、前記PCRプレート200は前記注入ホールh1と連結されて前記多数の反応ウェルで連結されるように前記胴体部の表面に設けられる流路部231を具備する連結部230が設けられる構造で具現され得るようにする。
具体的には、前記PCRプレート200は、図8に図示されたように、多数の反応ウェルW1....Wnが具現される胴体部210を具備する。この場合、前記反応ウェルの場合、図示された構造では8個の反応ウェルを具備する構造で具現されたが、これに限定されるものではなく、少なくとも1個以上の個数を具備する構造で具現できることはもちろん、反応ウェルの構造も胴体部210の表面を加工して凹んだパターン構造で具現することも可能である。
特に、本発明の好ましい実施例では、図8のように胴体部210の表面領域に一定の前記反応ウェルの領域を区画する隔壁パターン215が突出する構造で設けられるようにし、前記反応ウェル内に乾燥された状態で備えられるプライマーと核酸抽出カートリッジで注入されるPCR(polymerase chain reaction)予備混合物が反応ウェル内で分散されて混合され得るようにする。
また、前記PCRプレート200は、前記多数の反応ウェルの上部を密封するカバー部材(図示されず)を含んで構成され、前記カバー部材は光透過性がある透明な材質のフィルム素材を適用することができる。
前記カバー部材が反応ウェルの表面に密着して反応ウェル内部を空洞部に具現することになると、後程核酸抽出カートリッジで注入されるPCR(polymerase chain reaction)予備混合物は前記空洞部に存在する空気層を押し出しながら反応ウェルの内部に注入されることになる。
特に、本発明では、図8の構造のように、前記胴体部210内の反応ウェルと連結される流路部231が具備され得るようにする。前記流路部は、注入ホールh1と連結される始点231から前記胴体部210を経由して前記胴体部の末端部232まで延長されるように具現されるものの、前記末端部232で前記挿入部と反対となる方向の前記多数の反応ホールの端部とそれぞれ連結されるように具現され得るようにする。
すなわち、図2でのように、挿入部の下部に設けられる注入口h1を通じて核酸抽出カートリッジが注入されることになる場合、流路の始点231から胴体部を横切る方向x1に流路が具現され、胴体部の末端の地点で左右に分枝してそれぞれの反応ウェルに入口と連結されるように具現することができる。このように流路を形成する理由は、カバー部材によって密封される反応ウェル領域には内部に空気層が微量存在することになって、注入されるPCR(polymerase chain reaction)予備混合物が図8の構造のように胴体部の中心線cxを基準として、下部領域Cbから満ちてくることになり、空気層は胴体部の上部領域Caに押し出されて上がることになる。
したがって、相対的に反応ウェルの下部領域CbにPCR反応がなされる混合物が配置されることになり、これは本発明のヒーティングブロックが加圧を遂行する領域とスキャナモジュールの検出を遂行する領域が、装備の特性上図8のように下部領域Cbでなされることになるため、検出の精密度やPCR反応の効率性、温度制御の効率性のすべてを高め得るようにすることができる。
また、本発明で前記PCRプレート200は光透過性が高い合成樹脂材で具現されるようにすることが好ましい。これは前述したスキャナモジュールの機能に応じて光透過性が高い材質で構成して検出の効率性を高め得るようにするためである。
このような材質としては、透明PP.PE、PPA、PMMA、PCなどの多様な合成樹脂材を適用できるが、必ずしもこれに限定されるものではなく、一定の光透過性を確保できる材質であれば適用が可能であると言える。
ただし、前記PCRプレート200は下部の恒温プレートで印加される熱願によって一定の温度を維持できるようになり、反応ウェル内に充填されるPCR(polymerase chain reaction)予備混合物または核酸溶液と乾燥されたプライマー/プローブまたはこれらを含むPCR反応物に直接印加される温度制御モジュールの温度維持の効率性のために、前記胴体部210の厚さは1.0mm~3.0mmの範囲で具現され得るようにする。1.0mm未満の厚さでは、第1温度を設定する高温の熱が胴体部の下部まで容易に伝達されて恒温プレートとの熱干渉がなされて温度制御が容易でなく、3.0mmを超過する場合には、反応ウェルに収容される物質に対する温度制御は容易であるが、下部の恒温プレートの温度制御が難しくなるため一定の温度維持が難しい短所が発生することになる。
すなわち、本発明では、図4および図5で前述したように、前記第1ヒーティングブロック310と前記第2ヒーティングブロック320を水平移動させて前記反応ウェルの表面に接する前記第1加圧面G1または第2加圧面G2は、前記隔壁パターン215の上部面と前記隔壁パターンをカバーするカバー部材と接触する構造で加圧して、設定温度を第1温度や第2温度にして反応水の温度を制御することになる。
また、前記PCRプレート200に対して温度循環をさせる場合、図2および図3の構造による温度調節モジュールで、第1温度に上げるためには第1ヒーティングブロックがPCRプレートの上部面と向かい合うように水平移動し、PCRプレートの下部面は前記恒温プレートの第1領域が第1ヒーティングブロックとともに水平移動した後に第1ヒーティングブロックが下に移動して接触加圧され、第2温度に下げるためには前記PCRプレート200の上部面が前記第2ヒーティングブロックと向かい合うように水平移動し、PCRプレート200の下部面では、前記恒温プレートの第2領域が第2ヒーティングブロックとともに水平移動した後に第2ヒーティングブロックが下に移動して接触加圧され、前記PCRプレート200の上下面に同時加温と冷却がなされるように駆動されるようになる。本発明では、恒温プレート350と前記第1および第2ヒーティングブロック310、320が一体に水平移動を共にする構造で具現されるところ、PCRプレート200の上下部の加圧は同時に同一の温度で具現され得ることは言うまでもない。
このような動作により、PCRプレートの上下面に同時に接触加圧を遂行するようにすることによって、単一の温度に維持される恒温プレート方式に比べて2倍の効率を具現することができるため、ターゲット内に入っているプレートの加熱時間を上下面同時に具現される方法を採択するため検査時間を1/2に減らし得る長所が具現される。
図9~図12は、このような恒温フロイトと水平移動駆動モジュールの構造および作動方式を詳細に説明するための図面である。
図9は図2および図3で恒温プレート350が装着された構造を図示したものであり、図10は恒温プレートの構造のみを分離した構造を図示したものである。
図9および図10を参照すると、本発明の実施例に係る恒温プレート350は、図2および図3に図示された温度調節モジュールを構成するヒーティングブロック構造物の下部に配置され、PCRプレート200が配置された後、上部で温度調節モジュール300の第1ヒーティングブロック310や第2ヒーティングブロック320が水平動作と上下移動動作によってPCRプレートを加圧する場合、第1ヒーティングブロック310や第2ヒーティングブロック320の温度と同一の温度を有するように機能できるようにする。
前記恒温プレート350は、図9に図示されたように、第1温度を維持する前記第1領域a1と第2温度を維持する前記第2領域a2を画する離隔部SSが設けられ、前記離隔部SSの両側端a3、a4を基準として前記第1領域とa1前記第2領域a2が連結される構造で具現される。
前記恒温プレート350の一端にはコネクター構造物Ca、Cbが装着されて電源の印加または制御信号を伝達できるようにする。
特に、前記恒温プレート350の水平移動動作はスライディング方式で具現されるものの、前記恒温プレート350の側面部と接触するスライディングテープと接触して移動するように具現して、構造の簡素化を具現することはもちろん、移動性を増進できるようにする。
この場合、第2領域a2部分には透過ホールHを形成して増幅された反応物の濃度をスキャニングするスキャニングモジュール500の検出光を透過できるように具現してもよい。
前記第1領域a1と前記第2領域a2には温度センサSa、Sbを設けて該当領域の温度を測定して制御管理できるようにすることができる。
図11は図10の下部面を図示したものであり、制御信号と電源を印加する接続コネクター部Cc、Cdが設けられ、温度センサSa、Sbを設けて第1温度および第2温度の恒温維持を具現できるようにする。
恒温プレートの第1領域や第2領域の温度維持は、多様な加熱手段、熱線や加熱抵抗体などの多様な手段をプレートの内部に装着する方式を使ってもよいが、本発明の好ましい実施例では、エポキシ印刷回路に電極と温度センサ回路を具現して電極間に発熱ペイントを塗布した後、第1領域と第2領域に該当する金属板をそれぞれの温度センサと発熱ペイントに密着するように接着してこのような効果を具現できるようにする。
図12は、図6および図7で前述した作動方式をさらに具体的に説明するための上部平面概念図である。
本発明では、前記PCRプレート200の下部に前記恒温プレート350を、水平移動する水平移動駆動モジュール400をさらに含んで構成されるようにする。
前記水平移動駆動モジュール400は、図2および図3に図示されたように、恒温プレート350の一端に結合する移動バー420と駆動モータ部410、そして前記駆動モータ部410の回転力を前記移動バー420の水平移動力に切り換える切り換えプレート430を含んで構成され得ることは前述した通りである。
図12に図示されたように、核酸抽出カートリッジに挿入されて流路が連結される構造で結合し、前記核酸抽出カートリッジ100から抽出された核酸溶液は注入ホールh1に注入されることになり、注入された抽出核酸溶液はその後、プライマーまたはプライマー/プローブまたはプライマープローブが含まれたPCR混合物乾燥物が収容された少なくとも1以上の反応ウェルに注入させて収容するPCRプレート200に移動することになる。
その後、前記PCRプレート200の反応ウェル部分に第1温度または第2温度を形成するための本発明の温度調節モジュール300の第1ヒーティングブロック310や第2ヒーティングブロック320が下降することになる。
この場合、水平移動駆動モジュール400は前記恒温プレート350と温度調節モジュール300を共に水平移動することになり、PCRプレートは前記恒温プレート350と温度調節モジュール300の間で内挿される構造で配置されることになる。
前記水平移動駆動モジュール400を通じて水平移動したヒーティングブロックが前記PCRプレートを加圧時、前記ヒーティングブロックの温度に対応する設定温度(第1温度または第2温度)を有する恒温プレートの第1領域または第2領域が自然に対応するように配置されることになる。
すなわち、恒温プレート350の前記第1領域a1がPCRプレート200の下部に水平移動して配置される場合、前記第1ヒーティングブロック(図2、310)が同時に水平移動することになり、前記PCRプレートの上部面と向き合うように対応し、この後、ヒーティングブロックが下降してPCRプレートの上部面と接触することになる。
また、前記第2領域a2がPCRプレートの下部に水平移動して配置される場合、前記第2ヒーティングブロック(図2、320)が同時に水平移動して前記PCRプレートの上部面と向き合うように対応するように作動し、この後、ヒーティングブロックが下降してPCRプレートの上部面と接触することになる。
要するに、PCRプレート200に対して温度循環をさせる場合、第1温度に上げるためには第1ヒーティングブロックがPCRプレートの上部面と向かい合うように水平移動し、PCRプレートの下部面は前記恒温プレートの第1領域が水平移動した後に第1ヒーティングブロックが下へ移動して接触加圧されるように駆動する。
また、再び第2温度に下げるためには前記PCRプレート200の上部面が前記第2ヒーティングブロックと向かい合うように水平移動し、PCRプレート200の下部面では、前記恒温プレートの第2領域が水平移動した後に第2ヒーティングブロックが下へ移動して接触加圧されて、前記PCRプレート200の上下面に同時加温と冷却がなされるように駆動することになる。
このように、PCRプレートの上下面に同時に接触加圧を遂行するようにすることによって、単一の温度に維持される恒温プレート方式に比べて2倍の効率を具現することになる。
以下では、前述した本発明でのPCRプレートに核酸抽出物を含むPCR(polymerase chain reaction)予備混合物を具現する核酸抽出カートリッジ100を図13~図19を参照して説明することにする。
図13は本発明の核酸抽出カートリッジの斜視概念図であって、前述したPCRプレートが挿入結合された構造を図示したものである。図10は図9の分離斜視図であり、図11は図10の構造でカートリッジ蓋部R1の内部構造を図示したものである(本実施例では、遺伝子増幅プレートの反応ウェルが2個である構造を挙げて説明することにする。)。
図13~図15を参照すると、本発明に係る核酸抽出カートリッジ100は、DNA抽出に必要な溶液が入れられた多数の隔壁構造の収容部22、23、24、25、26を具備するカートリッジ蓋部R1および前記蓋部R1と挿入構造で結合し、前記収容部で引き込まれる溶液を試料と反応または洗浄する反応収容部11が設けられるカートリッジ本体部R2を含んで構成され得る。
この場合、前記反応収容部11で精製されたPCR予備混合物を前記カートリッジ本体部R2に内挿される構造で結合される前記PCRプレート200の注入ホールh1に注射するピストン部18を具備して構成される。
このような本発明の作用を核酸抽出カートリッジ図14および図15、図17を参照して説明すると次の通りである。図16は図13の透明斜視図を図示するものであって、結合後の内部構造を示したものである。
本発明の核酸抽出カートリッジは本体部R2の底面に内部に流路19-1が形成されたロータリーバルブ19が装着されており、このロータリーバルブを回転させると、カートリッジ本体R2の各収容部11、12、13、14、15、16、17の空間と前記ロータリーバルブ19の流路を連結させることができる。特定の収容部に流路を連結させた後、ピストン18を作動させて収容部に入っている溶液を取り、他の収容部あるいはPCRプレート200に物質を移すことができるように設計された。
図14および図15に図示されたように、前記カートリッジ蓋部R1の内部にはDNA抽出に必要なそれぞれの溶液が入れられた収容部22、23、24、25、26が形成されており、この収容部の底面はフィルムなどで密封されているため本体収容部の貫通針(図12の10-1構成)によって容易に突き抜かれるように設計された。また、5個の孔21-1、21-2、27、28、29が形成されている。
前記カートリッジ蓋部R1の第1収容部22にはBinding buffer、第2収容部23には1st Washing buffer、第3収容部24には2nd Washing buffer、第4収容部25には3rd Washing buffer、第5収容部26にはElution bufferが入れられている。
PCRプレート200は透明なプラスチック材質[polyethylene、polypropylene、PETなど]のフィルムで覆われており、反応ウェル内部には乾燥したPCRプライマー/プローブまたはこれらを含んだPCR混合物が含まれている構造であり、これは前述した図8で前述した構造と同じである。
本発明の核酸抽出カートリッジの作用は次のような順序で進行され得る。
1.生体試料の投入
カートリッジ本体部R2、カートリッジ蓋部R1およびPCRプレート200が結合された状態で後述する自動化装備に装着され、図14に図示された第1孔21-1に生体試料(血液)が投入される。
2.細胞から核酸の流出およびビーズとの結合
図17に図示されたように、カートリッジ本体部R2の下部に配置されたロータリーバルブ19の回転およびピストン18の作用を通じて、第1収容部22のBinding bufferが反応収容部11に投入されて生体試料およびマグネチックタブレットMTのビーズ(シリカがコーティングされたマグネチックビーズ)と混ぜられる。
本発明で使われるマグネチックタブレットMTはカートリッジ本体部R2の前記反応収容部11の内部に延びる貫通管路の末端部にマグネチックタブレットMTが装着されて、生体試料に含まれた細胞から抽出される核酸が前記マグネチックタブレットが溶解して分散されたマグネチックビーズの表面と核酸が結合するようにする機能を遂行する。
この時、前記マグネチックタブレットの代わりに、Binding bufferに前記マグネチックビーズを懸濁させて使ってもよい。
この後、カートリッジ本体部R2の密閉された第2孔21-2に振動子(sonication tip)が投入されて超音波が加えられると、プラスチックを通じて超音波が伝達されて生体試料、タブレットおよびBinding bufferが混合されて反応液が均質化され、この時、生体試料に含まれた生体組織も破砕されて核酸が流出し、流出した核酸はビーズの表面に結合される。
カートリッジ本体部R2の第3孔27にマグネチックバー(magnetic bar)が投入されるとビーズが反応収容部の壁面に固定され、ロータリーバルブの回転およびピストンの作用を通じて残りの反応液が第1収容部に移される。
3.1次洗浄
図16で図示されたカートリッジ本体部R2のロータリーバルブの回転およびピストンの作用を通じて、第2収容部23の1st Washing bufferが反応収容部11に投入されて核酸が結合されたビーズと混ぜられる。
その後、図14の第3孔27でマグネチックバーが除去され第2孔21-2に振動子(sonication tip)に超音波が加えられると、1次洗浄が遂行される。この1次洗浄により核酸以外にビーズに非特異的に結合された物質が洗浄される。
第3孔27にマグネチックバーが投入されてビーズが反応収容部の壁面に固定され、ロータリーバルブの回転およびピストンの作用を通じて1次洗浄液が第2収容部23に移される。
4.2次洗浄
図16で図示されたカートリッジ本体部R2のロータリーバルブの回転およびピストンの作用を通じて、第3収容部24の2nd Washing bufferが反応収容部11に投入されて核酸が結合されたビーズと混ぜられる。
その後、図14の第3孔27でマグネチックバーが除去され第2孔21-2に振動子(sonication tip)に超音波が加えられると2次洗浄が遂行される。この2次洗浄により核酸以外にビーズに非特異的に結合された物質が洗浄される。
前記第3孔27にマグネチックバーが投入されてビーズが反応収容部の壁面に固定され、ロータリーバルブの回転およびピストンの作用を通じて2次洗浄液が第3収容部24に移される。
5.3次洗浄
図16で図示されたカートリッジ本体部R2のロータリーバルブの回転およびピストンの作用を通じて、第4収容部25の3rd Washing bufferが反応収容部11に投入されて核酸が結合されたビーズと混ぜられる。
その後、図14の第3孔27でマグネチックバーが除去され第2孔21-2に振動子(sonication tip)に超音波が加えられると3次洗浄が遂行される。この3次洗浄により核酸以外にビーズに非特異的に結合された物質が洗浄される。
前記第3孔27にマグネチックバーが投入されてビーズが反応収容部の壁面に固定され、ロータリーバルブの回転およびピストンの作用を通じて3次洗浄液が第4収容部25に移される。
6.核酸の溶出
図16で図示されたカートリッジ本体部R2のロータリーバルブの回転およびピストンの作用を通じて、第5収容部26のElution bufferが反応収容部11に投入されて核酸が結合されたビーズと混ぜられる。
その後、図14の第3孔27でマグネチックバーが除去され第2孔21-2に振動子(sonication tip)が投入されて超音波が加えられるとビーズ表面に結合されていた核酸がElution bufferに溶解する。
7.PCR予備混合物の生成
第3孔27にマグネチックバーが投入されてビーズが反応収容部の壁面に固定され、ロータリーバルブの回転および小さいピストンを選択してこれを利用して核酸が溶解したElution bufferが第6収容部17に投入されて、第6収容部に含まれたPCR材料[重合酵素(polymerase)、dNTPなどの混合物]と混ぜられ、これによってPCR予備混合物が生成される。本発明で使われる「PCR予備混合物」は以上の物質で具現されるものと定義して使う。前記過程はプライマー/プローブを含んでいるPCR反応物がPCRプレートの各ウェルに乾燥している場合は省略され、核酸溶出液を下記のようにすぐにPCRプレートに注入する。
8.PCRプレートへの伝達
図16で図示されたカートリッジ本体部R2のロータリーバルブの回転およびピストンの作用を通じて、第6収容部に生成されたPCR予備混合物がPCRプレート200に投入されて、PCRプレート200に入れられたプライマー/プローブと混ぜられる。このような投入過程は図19に図示されたように、ピストン18の加圧によってロータリーバルブの流路Yに沿って移動して注入口h1に注入されることになる。
その後、第4孔29に加熱棒が投入されてPCR反応プレートの入口部分の蓋フィルムが加圧加熱され、これによってPCR反応プレートが密封される。
9.PCR反応
最終的にPCRプレート200には生体試料から抽出された核酸、重合酵素(polymerase)、dNTP、プライマー/プローブおよびその他の緩衝液が含まれた状態となる。
したがって、このPCRプレート200に前述した本発明の温度制御モジュールを通じての加圧式熱印加を通じてPCR反応がなされるようにする。
図20~図23は、前述した本発明である重合酵素連鎖反応システムを構成する装置の全体的な構造と配置構成を図示したものである。
図20のように、本発明に係る重合酵素連鎖反応システムに核酸抽出カートリッジ100が内部に装着されると、側面には前述したPCRプレート200が装着されることになる。前記PCRプレート200の胴体部に該当する反応ウェルが存在する部分は外部に露出され、その上部に前述した温度制御モジュール300が配置されることになる。
図21は図20で本発明の主要部の結合配置図を拡大したものであり、図22は図21の部分の垂直断面概念図を図示して要部の構成の配置を提示したものである。図23は図22の側面斜視断面概念図を図示したものである。
図21~図23に図示されたように、本発明に係る核酸抽出カートリッジ100の内部で抽出された核酸を含むPCR予備混合物は、反応ウェルが具現されたPCRプレート200に注入されることになる。前記PCRプレート200の上部には前記反応ウェルの表面に対応する第1加圧面G1が具現され、加熱ユニットによって熱変性(denaturation)に必要な温度に維持される第1ヒーティングブロック310が配置され、水平移動して加圧される領域が変更される構造で具現できる第2ヒーティングブロック320が近接配置される。これにより、反応ウェルに注入されたPCR予備混合物は熱変性に必要な第1温度(95℃)や、結合(annealing)に必要な第2温度(55℃)に符合するようにヒーティングブロックによって直接加熱されることになる。
併せて、図22および図23に図示されたように、PCRプレート200の下部には恒温プレート350が配置され、PCRプレート200の温度を一定の温度水準で維持されるようにする。
前記恒温プレート350の下部にはスキャニングモジュール500が配置されて、光照射部E1により照射される光Lが、恒温プレート350の光透過部Hを経由してPCRプレート200に到達することになって蛍光検出がなされることになる。
本発明の実施例では、前述したように、温度制御モジュールによって第1温度((ex:95℃)の第1ヒーティングブロックを密着して温度を上昇させる場合や、第2温度(ex:55℃)の第2ヒーティングブロックを密着する場合、PCRプレート200が一定の温度範囲に維持される状態であれば内部増幅反応物の温度制御がはるかに容易となるため、前述した恒温プレートの温度を第2温度に一定に維持することが反応の信頼性を高めるための非常に重要な要因として作用することになる。PCRプレートの温度を95℃に上げる場合、第1温度ブロックと第1恒温区域を密着させて熱伝達速度を増加させてPCRプレートの温度を2-3秒内に迅速に95℃に到達させることができる。
RNAターゲットを検出するRT/PCRを遂行する場合、RT-PCR反応乾燥物が入っているPCR予備混合物やPCRプレートを使う。低温ブロックをRT反応温度に調節してPCR反応プレートに密着した後、RT反応時間だけ維持して逆転写反応を遂行した後に前記PCR反応を遂行できる。
前記PCR反応を通じて増幅された核酸の存在の有無あるいは増幅された核酸の濃度を決定してこの情報を診断に利用できるが、この時、増幅された核酸の存在の有無あるいは濃度は通常の核酸検出方法を利用して達成することができる。
例えば、DNA挿入(intercalation)染料であるDNAマイナーグルーブ挿入蛍光染料であるSYBR greenを使う方法、多様な蛍光と消光体が付着されたプローブを使って多様な波長帯の励起光と該当蛍光スキャニングする方法、などが利用され得、これに制限されるものではない。
以上、本発明を好ましい実施例に基づいて説明したが、本発明の技術的思想はこれに限定されず、請求項に記載された範囲内で変形や変更実施が可能であることは本発明が属する技術分野で通常の知識を有する者に明白なものであり、そのような変形や変更は添付された特許請求の範囲に属するものと言える。
100:核酸抽出カートリッジ
200:PCRプレート
210:胴体部
220:挿入部
300:温度制御モジュール
310:第1ヒーティングブロック
320:第2ヒーティングブロック
330:駆動モジュール
340:冷却ファンユニット
350:恒温プレート
400:水平移動駆動モジュール
500:スキャニングモジュール
W:反応ウェル

Claims (20)

  1. 内部に貯蔵された核酸抽出試薬を媒介として前記生体試料の核酸を抽出する、核酸抽出カートリッジ(100);
    前記核酸抽出カートリッジに流路が連結される構造で結合し、前記核酸抽出カートリッジ(100)で抽出された核酸溶液の印加を受けて、プライマーまたはプライマー/プローブまたはプライマープローブが含まれたPCR混合物乾燥物が収容された少なくとも1以上の反応ウェルに収容するPCRプレート(200);および
    前記PCRプレート(200)の上部に配置され、前記反応ウェル(W)に隣接して互いに異なる温度を印加し、水平動作および上下移動動作が可能な一対のヒーティングブロック(310、320)を含む温度制御モジュール(300)を含む、重合酵素連鎖反応システム。
  2. 前記温度制御モジュール(300)は、
    前記反応ウェル表面に対応する第1加圧面(G1)が具現され、熱変性(denaturation)に必要な温度(以下、「第1温度」)に維持される第1ヒーティングブロック(310);
    前記第1ヒーティングブロック(310)と対応する位置に離隔して配置され、前記反応ウェル表面に対応する第2加圧面(G2)が設けられ、結合(annealing)に必要な温度(以下、「第2温度」)に維持される第2ヒーティングブロック(320);および
    前記第1ヒーティングブロック(310)と前記第2ヒーティングブロック(320)の水平動作または上下移動動作を具現する駆動モジュール(330);を含む、請求項1に記載の重合酵素連鎖反応システム。
  3. 前記第1ヒーティングブロック(310)と前記第2ヒーティングブロック(320)の間の熱輻射伝導を制御する冷却ファンユニット(340);をさらに含む、請求項2に記載の重合酵素連鎖反応システム。
  4. 前記第1ヒーティングブロック(310)と前記第2ヒーティングブロック(320)は互いに離隔して配置され、
    前記駆動モジュール(330)の動作により互いに交差して上下移動を具現するようにする、請求項3に記載の重合酵素連鎖反応システム。
  5. 前記第1ヒーティングブロック(310)または前記第2ヒーティングブロック(320)は、
    一側面の表面に具現される冷却パターン部(311、321)をさらに含む、請求項3に記載の重合酵素連鎖反応システム。
  6. 前記第1ヒーティングブロック(310)と前記第2ヒーティングブロック(320)は、
    温度センサと加熱ユニットを通じて前記第1温度または第2温度に設定温度を維持する、請求項3に記載の重合酵素連鎖反応システム。
  7. 前記駆動モジュール(330)は、
    前記第1ヒーティングブロック(310)と前記第2ヒーティングブロック(320)を貫通するガイド部材(331、332)を含み、
    前記第1ヒーティングブロック(310)と前記第2ヒーティングブロック(320)は前記ガイド部材(331、332)に沿って上下移動を遂行する、請求項3に記載の重合酵素連鎖反応システム。
  8. 前記ガイド部材(331、332)の下部に配置される弾性部材(S1、S2)をさらに含む、請求項6に記載の重合酵素連鎖反応システム。
  9. 核酸溶液の印加を受けて、プライマーまたはプライマー/プローブまたはプライマー/プローブが含まれたPCR混合物乾燥物が収容されたPCRプレート(200)の上部に互いに異なる第1温度および第2温度を印加するように、水平動作および上下移動動作が可能な一対のヒーティングブロック(310)、(320)を含む温度制御モジュール(300);および
    前記PCRプレート(200)の下部に配置され、前記PCRプレート(200)の温度を前記第1温度または前記第2温度に維持する恒温プレート(350);をさらに含む、重合酵素連鎖反応システム。
  10. 前記恒温プレート(350)は、
    第1温度で加温される第1領域と、前記第1領域と離隔する第2温度で加温される第2領域を含み、
    前記第1ヒーティングブロック(310)の第1加圧面(G1)は前記第1領域の上部に対応するように配置され、
    前記第2ヒーティングブロック(320)の第2加圧面(G2)は前記第2領域の上部と対応するように配置される、請求項9に記載の重合酵素連鎖反応システム。
  11. 前記温度制御モジュール(300)と前記恒温プレート(350)は前記ガイド部材(331、332)を媒介として互いに一体型に具現される、請求項10に記載の重合酵素連鎖反応システム。
  12. 前記恒温プレート(350)および前記温度制御モジュール(300)を前記PCRプレート(200)の下部に水平移動する水平移動駆動モジュール(400)をさらに含む、請求項11に記載の重合酵素連鎖反応システム。
  13. 前記恒温プレート(350)は、
    前記第1領域と前記第2領域を区画する離隔部(SS)が設けられ、
    前記離隔部(SS)の両側端を基準として前記第1領域と前記第2領域が連結される構造である、請求項10に記載の重合酵素連鎖反応システム。
  14. 前記恒温プレート(350)は、
    PCB基板に温度センサと発熱素子回路を形成して発熱素子と温度センサが密着するように第1領域と第2領域に該当するそれぞれの金属板を接着することを特徴とする、請求項10に記載の重合酵素連鎖反応システム。
  15. 前記恒温プレート(350)の水平移動動作はスライディング方式で具現されるものの、
    前記恒温プレート(350)の側面部と接触するスライディングテープと接触して移動する、請求項10に記載の重合酵素連鎖反応システム。
  16. 前記第1領域がPCRプレートの下部に水平移動して配置される場合、前記第1ヒーティングブロックが上部から下部に移動して前記PCRプレートの上部面と向き合って加圧され、
    前記第2領域がPCRプレートの下部に水平移動して配置される場合、前記第2ヒーティングブロックが上部から下部に移動して前記PCRプレートの上部面と向き合って加圧するように作動する、請求項10に記載の重合酵素連鎖反応システム。
  17. 前記PCRプレート(200)に対して温度循環をさせる場合、
    第1温度に上げるためには第1ヒーティングブロックがPCRプレートの上部面と向かい合うように水平移動し、PCRプレートの下部面は前記恒温プレートの第1領域が水平移動した後に第1ヒーティングブロックが下へ移動して接触加圧され、
    第2温度に下げるためには前記PCRプレート(200)の上部面が前記第2ヒーティングブロックと向かい合うように水平移動し、PCRプレート(200)の下部面では、前記恒温プレートの第2領域が水平移動した後に第2ヒーティングブロックが下へ移動して接触加圧され、
    前記PCRプレート(200)の上下面に同時加温と冷却がなされるように駆動される、請求項14に記載の重合酵素連鎖反応システム。
  18. 前記恒温プレート(350)は、
    少なくとも一つ以上の開所で前記恒温プレートの温度をセンシンハは温度センサ(T1、T2)と設定温度の変化を制御する制御モジュール(Cp)を含む温度センサ部(351);をさらに含む、請求項10に記載の重合酵素連鎖反応システム。
  19. 前記PCRプレート(200)の下部に配置されて、前記反応ウェル(W)で増幅された反応物の濃度を多様な波長帯の励起光と該当蛍光をスキャニングするスキャニングモジュール(500)を含む、請求項10に記載の重合酵素連鎖反応システム。
  20. 前記恒温プレート(350)に前記スキャニングモジュール(500)の検出光が誘導される光透過部(H)が貫通構造で多数設けられる、請求項19に記載の重合酵素連鎖反応システム。
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