JP2022520427A - 脳損傷の唾液バイオマーカー - Google Patents
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Abstract
軽度外傷性脳損傷(mTBI)を含む外傷性脳損傷(TBI)の経過を診断、監視、治療、及び予測する方法は、対象からの唾液試料中の少なくとも1つのRNAバイオマーカー(例えば、miRNA)のレベルを決定することを含む。TBIの経過を診断、監視、治療及び予測するためのセンサ素子、検出システム、組成物及びキットも記載される。
Description
本発明は、外傷性脳損傷(TBI)を含むがこれに限定されない脳損傷を診断及び/又は監視するための組成物、キット、システム及び方法に関する。より詳細には、本発明は、RNAバイオマーカーを使用したTBIの診断及び監視に関する。
外傷性脳損傷(TBI)は、西欧諸国における45歳未満での死亡及び身体障害の主な原因である。その医療費負担及び社会的費用は上昇し続けると予想され、2020年までに、世界保健機関は、TBIが世界中で身体障害の3番目の主因になると予測している。
多くの研究にもかかわらず、TBIの重症度を評価し、回復を予測するための信頼できるバイオマーカーは見出されていない。これは、軽度TBI(mTBI)に特に当てはまり、これは依然として臨床診療で評価することが困難である。TBI患者は、グラスゴー昏睡スコア(GCS)及び神経イメージング技術によって最初に評価されるが、これには費用のかかる装置が必要であり、現在の診断ツールは、脳損傷の実際の重症度を正確に定義及び定量する能力に欠けており、したがって重度のTBIは容易に検出するが、症例の大部分(75~90%)を占めるmTBIを容易に検出しない。
mTBIの正確な診断は、反復性mTBI、及び反復性TBIの相乗効果が深刻な損傷及び死亡さえももたらす、セカンドインパクト症候群(SIS)として知られる壊滅的な脳損傷のリスクの高い、運動選手、軍人及び子供においては特に重要である。したがって、TBIの重症度の早期診断及び評価は、患者の健康及び最終的には生命を守るために極めて重要になる。
主題技術は、これらの問題を念頭に置いて考案された。
本開示は、頭部外傷を負ったヒト対象における軽度外傷性脳損傷(mTBI)を含む外傷性脳損傷(TBI)を、対象からの生物学的試料中の1つ又は複数のmiRNA分子を検出することによって、診断、監視、及び治療することに関する方法及び検出システムを提供する。以下の開示の文脈において、生物学的試料中の1つ又は複数のmiRNA分子のレベル又は量に関する「レベル」及び「量」という用語は互換的に使用される。
一態様では、本開示は、外傷性脳損傷(TBI)の診断及び治療を必要とするヒト対象における外傷性脳損傷の診断及び治療方法に関する。この方法は、対象から唾液試料を得ること、唾液試料を、(a)hsa-miR-1246、hsa-miR-126-3p(miR-126*)、hsa-miR-144-3p(miR-144*)、hsa-miR-144-5p(=miR-144*)、hsa-miR-16-1-3p、hsa-miR-339-5p、hsa-miR-497-5p、put-miR-1204、put-miR-323、put-miR-325、put-miR-444、put-miR-465、put-miR-469、put-miR-594、put-miR-856、put-miR-893、put-miR-958、RNU4-6p、SNORA57、SNORD3B-2、tRNA120-AlaAGC、tRNA18-ArgCCT、tRNA27-MetCAT、tRNA2-LeuTAA、tRNA73-ArgCCG、tRNA8-ThrAGT、tRNA9-TyrGTA、U2.3、U4.64、U6.168、U6.601、UC022CJG1、YRNA-245、及びYRNA-684、又はそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される、及び/又は(b)put-miR-1003、put-miR-1080、put-miR-1084、put-miR-1146(2)、put-miR-1207、put-miR-1306、put-miR-188、put-miR-209、put-miR-468、put-miR-476、put-miR-6、put-miR-71、put-miR-742、put-miR-806、put-miR-92、put-miR-961、RNU6-4、RNU6-45、RNU6-6、RNU6-7、RNU6-73、U6.1249、U6.375、U6.428、及びYRNA-255、又はそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される、少なくとも1つのRNAバイオマーカーに結合することができる核酸を含むプローブと接触させること、唾液試料中の当該少なくとも1つのRNAバイオマーカーの量を決定すること、少なくとも1つのRNAバイオマーカーの量が、所定の閾値に対して、又は対照試料中のRNAバイオマーカーの量に対して増加又は減少する対象をTBIを有するものとして同定すること、及び以下の1つ又は複数:対象を言語試験、認知試験、運動試験若しくは光学試験又は前述の任意の組み合わせに供すること、対象をCT若しくはMRI又はこれらの組み合わせの形態の画像診断に供すること、及び/又は対象に1つ又は複数の神経保護療法を施すこと、に従って、TBIを有すると同定された対象を治療することを含む。
この方法の特定の実施形態では、少なくとも1つのRNAバイオマーカーは、(a)hsa-let-7i-5p、hsa-miR-107、hsa-miR-126-5p(=miR-126*)、hsa-miR-135b-5p、hsa-miR-142-3p、hsa-miR-142-5p、hsa-miR-143-3p(=miR-143)、hsa-miR-148a-3p、hsa-miR-206、hsa-miR-29c-3p、hsa-miR-34b-3p、hsa-miR-425-5p、hsa-miR-449a、hsa-miR-671-3p、hsa-miR-6748-3p、及びhsa-miR-934、又はそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される、及び/又は(b)hsa-let-7a-5p、hsa-let-7b-5p、hsa-let-7f-5p、hsa-miR-103a-3p、hsa-miR-21-5p、及びhsa-miR-92a-3p、又はそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される、1つ又は複数のmiRNAを更に含む。
別の態様では、本開示は、対象の外傷性脳損傷(TBI)の診断及び/又は監視方法に関する。この方法は、対象から得られた唾液試料中の少なくとも1つのRNAバイオマーカーのレベルを決定することを含み、少なくとも1つのRNAバイオマーカーは、(a)hsa-miR-1246、hsa-miR-126-3p(miR-126*)、hsa-miR-144-3p(miR-144*)、hsa-miR-144-5p(=miR-144*)、hsa-miR-16-1-3p、hsa-miR-339-5p、hsa-miR-497-5p、put-miR-1204、put-miR-323、put-miR-325、put-miR-444、put-miR-465、put-miR-469、put-miR-594、put-miR-856、put-miR-893、put-miR-958、RNU4-6p、SNORA57、SNORD3B-2、tRNA120-AlaAGC、tRNA18-ArgCCT、tRNA27-MetCAT、tRNA2-LeuTAA、tRNA73-ArgCCG、tRNA8-ThrAGT、tRNA9-TyrGTA、U2.3、U4.64、U6.168、U6.601、UC022CJG1、YRNA-245、及びYRNA-684、又はそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される、及び/又は(b)put-miR-1003、put-miR-1080、put-miR-1084、put-miR-1146(2)、put-miR-1207、put-miR-1306、put-miR-188、put-miR-209、put-miR-468、put-miR-476、put-miR-6、put-miR-71、put-miR-742、put-miR-806、put-miR-92、put-miR-961、RNU6-4、RNU6-45、RNU6-6、RNU6-7、RNU6-73、U6.1249、U6.375、U6.428、及びYRNA-255、又はそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される。
この方法の一実施形態では、少なくとも1つのRNAバイオマーカーは、(a)hsa-let-7i-5p、hsa-miR-107、hsa-miR-126-5p(=miR-126*)、hsa-miR-135b-5p、hsa-miR-142-3p、hsa-miR-142-5p、hsa-miR-143-3p(=miR-143)、hsa-miR-148a-3p、hsa-miR-206、hsa-miR-29c-3p、hsa-miR-34b-3p、hsa-miR-425-5p、hsa-miR-449a、hsa-miR-671-3p、hsa-miR-6748-3p、及びhsa-miR-934、又はそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される、及び/又は(b)hsa-let-7a-5p、hsa-let-7b-5p、hsa-let-7f-5p、hsa-miR-103a-3p、hsa-miR-21-5p、及びhsa-miR-92a-3p、又はそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される、1つ又は複数のmiRNAを更に含む。
別の態様では、本開示は、TBIを診断及び/又は監視するための検出システムのためのセンサ素子に関し、センサ素子は、(a)hsa-miR-1246、hsa-miR-126-3p(miR-126*)、hsa-miR-144-3p(miR-144*)、hsa-miR-144-5p(=miR-144*)、hsa-miR-16-1-3p、hsa-miR-339-5p、hsa-miR-497-5p、put-miR-1204、put-miR-323、put-miR-325、put-miR-444、put-miR-465、put-miR-469、put-miR-594、put-miR-856、put-miR-893、put-miR-958、RNU4-6p、SNORA57、SNORD3B-2、tRNA120-AlaAGC、tRNA18-ArgCCT、tRNA27-MetCAT、tRNA2-LeuTAA、tRNA73-ArgCCG、tRNA8-ThrAGT、tRNA9-TyrGTA、U2.3、U4.64、U6.168、U6.601、UC022CJG1、YRNA-245、及びYRNA-684、又はそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される、及び/又は(b)put-miR-1003、put-miR-1080、put-miR-1084、put-miR-1146(2)、put-miR-1207、put-miR-1306、put-miR-188、put-miR-209、put-miR-468、put-miR-476、put-miR-6、put-miR-71、put-miR-742、put-miR-806、put-miR-92、put-miR-961、RNU6-4、RNU6-45、RNU6-6、RNU6-7、RNU6-73、U6.1249、U6.375、U6.428、及びYRNA-255、又はそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される少なくとも1つのRNAバイオマーカーに特異的なプローブで機能化された基板を含む。
センサ素子の一実施形態では、少なくとも1つのRNAバイオマーカーは、(a)hsa-let-7i-5p、hsa-miR-107、hsa-miR-126-5p(=miR-126*)、hsa-miR-135b-5p、hsa-miR-142-3p、hsa-miR-142-5p、hsa-miR-143-3p(=miR-143)、hsa-miR-148a-3p、hsa-miR-206、hsa-miR-29c-3p、hsa-miR-34b-3p、hsa-miR-425-5p、hsa-miR-449a、hsa-miR-671-3p、hsa-miR-6748-3p、及びhsa-miR-934、又はそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される、及び/又は(b)hsa-let-7a-5p、hsa-let-7b-5p、hsa-let-7f-5p、hsa-miR-103a-3p、hsa-miR-21-5p、及びhsa-miR-92a-3p、又はそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される、1つ又は複数のmiRNAを更に含む。
別の態様では、本開示は、本開示によるセンサ素子と、プローブへの標的RNAバイオマーカーの結合を検出することができる検出装置とを含む、TBIを診断及び/又は監視するための検出システムに関する。
別の態様では、本開示は、TBIを有することが疑われる対象に対する一連の処置を決定する方法に関し、対象から得られた唾液試料を本開示による検出システムに適用することと、少なくとも1つのRNAバイオマーカーのアップレギュレーションされたレベル又はダウンレギュレーションされたレベルが検出された場合、TBIに対する治療を提供することとを含む。
別の態様では、本開示は、TBIが疑われる対象を治療する方法に関する。この方法は、(a)hsa-miR-1246、hsa-miR-126-3p(miR-126*)、hsa-miR-144-3p(miR-144*)、hsa-miR-144-5p(=miR-144*)、hsa-miR-16-1-3p、hsa-miR-339-5p、hsa-miR-497-5p、put-miR-1204、put-miR-323、put-miR-325、put-miR-444、put-miR-465、put-miR-469、put-miR-594、put-miR-856、put-miR-893、put-miR-958、RNU4-6p、SNORA57、SNORD3B-2、tRNA120-AlaAGC、tRNA18-ArgCCT、tRNA27-MetCAT、tRNA2-LeuTAA、tRNA73-ArgCCG、tRNA8-ThrAGT、tRNA9-TyrGTA、U2.3、U4.64、U6.168、U6.601、UC022CJG1、YRNA-245、及びYRNA-684、又はそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される、及び/又は(b)put-miR-1003、put-miR-1080、put-miR-1084、put-miR-1146(2)、put-miR-1207、put-miR-1306、put-miR-188、put-miR-209、put-miR-468、put-miR-476、put-miR-6、put-miR-71、put-miR-742、put-miR-806、put-miR-92、put-miR-961、RNU6-4、RNU6-45、RNU6-6、RNU6-7、RNU6-73、U6.1249、U6.375、U6.428、及びYRNA-255、又はそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される、少なくとも1つのRNAバイオマーカーのアップレギュレーションされたレベル又はダウンレギュレーションされたレベルが、対象から得られた唾液試料で検出可能であるかどうかを決定することと、少なくとも1つのRNAバイオマーカーのアップレギュレーションされたレベル又はダウンレギュレーションされたレベルが検出された場合、対象にTBIに対する治療を提供することとを含む。
この方法の一実施形態では、少なくとも1つのRNAバイオマーカーは、(a)hsa-let-7i-5p、hsa-miR-107、hsa-miR-126-5p(=miR-126*)、hsa-miR-135b-5p、hsa-miR-142-3p、hsa-miR-142-5p、hsa-miR-143-3p(=miR-143)、hsa-miR-148a-3p、hsa-miR-206、hsa-miR-29c-3p、hsa-miR-34b-3p、hsa-miR-425-5p、hsa-miR-449a、hsa-miR-671-3p、hsa-miR-6748-3p、及びhsa-miR-934、又はそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される、及び/又は(b)hsa-let-7a-5p、hsa-let-7b-5p、hsa-let-7f-5p、hsa-miR-103a-3p、hsa-miR-21-5p、及びhsa-miR-92a-3p、又はそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される、1つ又は複数のmiRNAを更に含む。
別の態様では、本開示は、唾液試料中のRNAバイオマーカーを検出する方法に関する。この方法は、ヒト対象から唾液試料を得ること、唾液試料を、(a)hsa-miR-1246、hsa-miR-126-3p(miR-126*)、hsa-miR-144-3p(miR-144*)、hsa-miR-144-5p(=miR-144*)、hsa-miR-16-1-3p、hsa-miR-339-5p、hsa-miR-497-5p、put-miR-1204、put-miR-323、put-miR-325、put-miR-444、put-miR-465、put-miR-469、put-miR-594、put-miR-856、put-miR-893、put-miR-958、RNU4-6p、SNORA57、SNORD3B-2、tRNA120-AlaAGC、tRNA18-ArgCCT、tRNA27-MetCAT、tRNA2-LeuTAA、tRNA73-ArgCCG、tRNA8-ThrAGT、tRNA9-TyrGTA、U2.3、U4.64、U6.168、U6.601、UC022CJG1、YRNA-245、及びYRNA-684、又はそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される、及び/又は(b)put-miR-1003、put-miR-1080、put-miR-1084、put-miR-1146(2)、put-miR-1207、put-miR-1306、put-miR-188、put-miR-209、put-miR-468、put-miR-476、put-miR-6、put-miR-71、put-miR-742、put-miR-806、put-miR-92、put-miR-961、RNU6-4、RNU6-45、RNU6-6、RNU6-7、RNU6-73、U6.1249、U6.375、U6.428、及びYRNA-255、又はそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される、少なくとも1つのRNAバイオマーカーに相補的な少なくとも1つのオリゴヌクレオチドプライマーと接触させること、ポリメラーゼ連鎖反応を使用して少なくとも1つのRNAバイオマーカーを増幅すること、及び増幅されたRNAバイオマーカーを検出することを含む。
この方法の一実施形態では、少なくとも1つのRNAバイオマーカーは、(a)hsa-let-7i-5p、hsa-miR-107、hsa-miR-126-5p(=miR-126*)、hsa-miR-135b-5p、hsa-miR-142-3p、hsa-miR-142-5p、hsa-miR-143-3p(=miR-143)、hsa-miR-148a-3p、hsa-miR-206、hsa-miR-29c-3p、hsa-miR-34b-3p、hsa-miR-425-5p、hsa-miR-449a、hsa-miR-671-3p、hsa-miR-6748-3p、及びhsa-miR-934、又はそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される、及び/又は(b)hsa-let-7a-5p、hsa-let-7b-5p、hsa-let-7f-5p、hsa-miR-103a-3p、hsa-miR-21-5p、及びhsa-miR-92a-3p、又はそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される、1つ又は複数のmiRNAを更に含む。
別の態様では、本開示は、ヒト対象からの唾液における外傷性脳損傷(TBI)を診断及び/又は監視する方法で使用するためのキットに関し、キットは、(a)hsa-miR-1246、hsa-miR-126-3p(miR-126*)、hsa-miR-144-3p(miR-144*)、hsa-miR-144-5p(=miR-144*)、hsa-miR-16-1-3p、hsa-miR-339-5p、hsa-miR-497-5p、put-miR-1204、put-miR-323、put-miR-325、put-miR-444、put-miR-465、put-miR-469、put-miR-594、put-miR-856、put-miR-893、put-miR-958、RNU4-6p、SNORA57、SNORD3B-2、tRNA120-AlaAGC、tRNA18-ArgCCT、tRNA27-MetCAT、tRNA2-LeuTAA、tRNA73-ArgCCG、tRNA8-ThrAGT、tRNA9-TyrGTA、U2.3、U4.64、U6.168、U6.601、UC022CJG1、YRNA-245、及びYRNA-684、又はそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される、及び/又は(b)put-miR-1003、put-miR-1080、put-miR-1084、put-miR-1146(2)、put-miR-1207、put-miR-1306、put-miR-188、put-miR-209、put-miR-468、put-miR-476、put-miR-6、put-miR-71、put-miR-742、put-miR-806、put-miR-92、put-miR-961、RNU6-4、RNU6-45、RNU6-6、RNU6-7、RNU6-73、U6.1249、U6.375、U6.428、及びYRNA-255、又はそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される少なくとも1つのRNAバイオマーカーに特異的な少なくとも1つのプローブを含む。
このキットの一実施形態では、少なくとも1つのRNAバイオマーカーは、(a)hsa-let-7i-5p、hsa-miR-107、hsa-miR-126-5p(=miR-126*)、hsa-miR-135b-5p、hsa-miR-142-3p、hsa-miR-142-5p、hsa-miR-143-3p(=miR-143)、hsa-miR-148a-3p、hsa-miR-206、hsa-miR-29c-3p、hsa-miR-34b-3p、hsa-miR-425-5p、hsa-miR-449a、hsa-miR-671-3p、hsa-miR-6748-3p、及びhsa-miR-934、又はそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される、及び/又は(b)hsa-let-7a-5p、hsa-let-7b-5p、hsa-let-7f-5p、hsa-miR-103a-3p、hsa-miR-21-5p、及びhsa-miR-92a-3p、又はそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される、1つ又は複数のmiRNAを更に含む。
別の態様では、本開示は、ヒト対象からの唾液における外傷性脳損傷(TBI)を診断及び/又は監視する方法で使用するための組成物に関し、組成物は、(a)hsa-miR-1246、hsa-miR-126-3p(miR-126*)、hsa-miR-144-3p(miR-144*)、hsa-miR-144-5p(=miR-144*)、hsa-miR-16-1-3p、hsa-miR-339-5p、hsa-miR-497-5p、put-miR-1204、put-miR-323、put-miR-325、put-miR-444、put-miR-465、put-miR-469、put-miR-594、put-miR-856、put-miR-893、put-miR-958、RNU4-6p、SNORA57、SNORD3B-2、tRNA120-AlaAGC、tRNA18-ArgCCT、tRNA27-MetCAT、tRNA2-LeuTAA、tRNA73-ArgCCG、tRNA8-ThrAGT、tRNA9-TyrGTA、U2.3、U4.64、U6.168、U6.601、UC022CJG1、YRNA-245、及びYRNA-684又はそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される、及び/又は(b)put-miR-1003、put-miR-1080、put-miR-1084、put-miR-1146(2)、put-miR-1207、put-miR-1306、put-miR-188、put-miR-209、put-miR-468、put-miR-476、put-miR-6、put-miR-71、put-miR-742、put-miR-806、put-miR-92、put-miR-961、RNU6-4、RNU6-45、RNU6-6、RNU6-7、RNU6-73、U6.1249、U6.375、U6.428、及びYRNA-255、又はそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される少なくとも1つのRNAバイオマーカーに特異的な少なくとも1つのプローブを含む。
この組成物の一実施形態では、少なくとも1つのRNAバイオマーカーは、(a)hsa-let-7i-5p、hsa-miR-107、hsa-miR-126-5p(=miR-126*)、hsa-miR-135b-5p、hsa-miR-142-3p、hsa-miR-142-5p、hsa-miR-143-3p(=miR-143)、hsa-miR-148a-3p、hsa-miR-206、hsa-miR-29c-3p、hsa-miR-34b-3p、hsa-miR-425-5p、hsa-miR-449a、hsa-miR-671-3p、hsa-miR-6748-3p、及びhsa-miR-934、又はそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される、及び/又は(b)hsa-let-7a-5p、hsa-let-7b-5p、hsa-let-7f-5p、hsa-miR-103a-3p、hsa-miR-21-5p、及びhsa-miR-92a-3p、又はそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される、1つ又は複数のmiRNAを更に含む。
本発明は、対象の外傷性脳損傷(TBI)を診断又は監視する方法、並びにTBIに罹患していると同定された対象を治療する方法を提供する。
TBIバイオマーカーの探求は、メディアにおけるスポーツ脳震盪のプロファイルの増加によって大きな刺激を受けている。ここ数年、多くの研究は、ピッチサイド又はスポーツクリニックでの臨床的意思決定を支援することができるバイオマーカーに焦点を当ててきた。しかし、文献に報告されているタンパク質バイオマーカーは、特異性又は感度を欠いているか、又は損傷後しばらくの間は検出できない。これは、TBIの一形態である脳震盪の後、脳由来化合物が非常に少量しか放出されず、血液脳関門がほとんど閉じたままであるという事実に起因し得る。
マイクロRNA(miRNA)は、標的遺伝子の3’UTRの部分的相補部位との対形成を介してmRNA分解、翻訳抑制又はその両方を誘導する、約22ヌクレオチド長の高度に保存された非コードRNA分子の豊富なクラスである。ヒトゲノムは、2,000を超えるmiRNAをコードし、これは、全ての遺伝子の約60%を標的とすることができる。しかし、miRNAの豊富さにもかかわらず、それらの生体分子機能及び病理学における関与は、完全には解明されていない。miRNAは、細胞周期、細胞代謝、アポトーシス及び免疫応答を含む多くの生物学的プロセスにおいて中心的な役割を果たし、癌及び神経変性疾患を含む他の疾患状態の検出、同定及び分類のための潜在的なバイオマーカーとして臨床研究においてますます関心を集めている。
誤解を避けるために、本明細書で使用される場合、「少なくとも1つのmiRNAがmiRNAの群から選択される」とは、問題となっている方法が、診断目的、予後診断目的又は治療目的のために実施されるかどうかにかかわらず、列挙されたmiRNAのいずれか1つ又は列挙されたmiRNAのいずれか複数(例えば、2つ、3つ、4つ又はそれを超える列挙されたmiRNA)を用いて実施され得ることを意味することが理解される。そのため、列挙されたmiRNAのいずれか1つ又は複数を明示的に除外することができる。
外傷性脳損傷は、外力が脳を外傷的に損傷するときに生じる。TBIを、例えば、重症度、損傷のタイプ及び予後に基づいて分類するための様々なシステムが存在する。TBIを分類するために最も一般的に使用されるシステムは、グラスゴー昏睡尺度(GCS)であり、これは、刺激に対する言語反応、運動反応、及び開眼反応に基づいて、人の意識レベルを3~15の尺度で評価する。一般に、GCSスコアが13以上のTBIは軽度、9~12は中等度、8以下は重度と定義される。別のシステム、Mayo分類システムは、明確な中等度~重度TBI、可能性のある軽度TBI及び可能性のあるTBIを含む3つの主な分類を有する。意識消失、外傷後健忘症、頭蓋骨骨折、並びに硬膜下血腫、脳挫傷、及び出血性挫傷を含む神経放射線学的異常の証拠を含む複数の基準が各診断に使用される。GCSシステム又はMayoシステムを用いたTBIの分類は、当業者に公知であろう。
本明細書で使用される場合、「軽度」、「中等度」及び「重度」のTBIへの言及は、GCSに従って行われる。本明細書における「中等度~重度」TBIへの言及は、GCSによる中等度及び重度のTBIの両方を包含する。
本明細書で使用される場合、軽度TBI(mTBI)への言及はまた、脳震盪への言及である。
本発明のバイオマーカーを使用するTBIの診断及び/又は監視は、医療補助者による初期評価の一部として、患者を脳神経外科の専門知識を有する施設、大規模な外傷センター又は地域の外傷ユニットに搬送すべきかどうかを決定すること、病院の救急科において、CT脳スキャンの必要性を含む適切な治療を決定すること、ピッチサイドでは、プレーヤーをプレーから外すことに関する意思決定と、プレーヤーを病院に搬送する必要性の評価を支援すること、スポーツクリニックでは、脳震盪の事象を確認し、プレーへの復帰に関する意思決定を可能にすること、戦闘時では、救助隊の出動や被災者の避難の必要性を判断すること、を含む様々な状況で臨床的意思決定及び治療レジメンを支援することが期待される。したがって、本発明が特定の利益を提供する対象は、事故被害者、スポーツ選手、及び軍人を含むことができるが、これらに限定されない。
いずれの場合においても、しかし、おそらくは、特に、対象がTBIのリスクが高い場合(例えば、対象がプロの運動選手であるか、又は軍隊に入隊している場合)、既知又は最近の外傷に先立って(例えば、スポーツ選手としてのキャリアの始まりに近い時期や軍隊への派遣に先立って)対象から試料を採取し、その時点で、又はその後、対象がTBIを経験した可能性があるときに、目的のmiRNAを評価することができる。それにより、そのようなサンプルは、内部参照標準を提供することができる。
いくつかの実施形態では、対象はヒトである。
TBIは、軽度TBI(mTBI)、中等度TBI又は重度TBI(sTBI)であり得る。いくつかの実施形態では、TBIは中等度~重度のTBI(m-sTBI)である。
試料中のmiRNA又は各miRNAのレベルは、定量的又は半定量的に決定することができる。「定量的に」によって、試料中のmiRNA又は各miRNAの絶対量又は絶対濃度が決定されることが理解される。次いで、試料中のmiRNA又は各miRNAの絶対量を、所定の閾値(例えば、予想される正常レベルについての公表された文献値)、健常対象から採取した対照試料中の同じmiRNA若しくは参照miRNAの既知のレベル、又は対象から採取した試料中の参照miRNAの量と比較することができる。いくつかの態様では、対象は、miRNAのレベルが所定の閾値を下回るとき、又は参照試料若しくは対照試料と比較して低下しているとき、TBIを有すると診断される。他の実施形態では、対象は、miRNAのレベルが所定の閾値と比較して増加しているとき、TBIを有すると診断される。
「半定量的に」によって、目的のmiRNA又は各miRNAのレベルが参照と比較して測定されることが理解される。
参照は、インバリアントmiRNA、すなわち、健常対象とTBIを有する対象との間で実質的に不変のままである発現レベルを有するmiRNAであってもよい。目的のmiRNA又は各miRNAのレベルがインバリアントmiRNAのレベルと比較して増加又は減少している場合、対象はTBIに罹患していると診断することができる。
いくつかの実施形態では、対象から得られる試料におけるmiRNA又は各miRNAのレベルは、対照試料、参照レベル又は公表値におけるレベルよりも約0.01倍~約100倍、約0.05倍~約50倍、約0.1倍~約10倍、約0.5倍~約5倍、約1.0倍~約3倍、又は約1.5倍~約2.0倍低くてもよく、又は高くてもよい。
値を生成するために装置又は方法が使用される場合、記載された値及び使用される装置又は方法に固有のその値の任意の変動を捕捉するために、その値を「約」という用語で修飾することができる。値又は値の範囲が具体的に開示されている場合、「約」は、記載された値又は範囲のプラスマイナス10%を意味し得る。例えば、約10分は、9~11分を意味し得る。
目的のmiRNA又は各miRNAのレベルは、当業者に公知の方法を使用して決定することができる。いくつかの実施形態では、目的のmiRNA又は各miRNAのレベルを決定することは、miRNAを増幅することを含む。いくつかの実施形態では、総miRNAを、最初に、標準的な技術を使用して、例えば、miRNeasyミニキット(Qiagen社)を使用して、試料から単離することができる。次いで、目的のmiRNAの量を決定することができる。いくつかの実施形態では、試料中の目的のmiRNA又は各miRNAのレベルは、PCR(ポリメラーゼ連鎖反応)を使用して決定される。例えば、定量的PCRを、目的のmiRNA又は各miRNAのレベルの定量的決定のために使用することができる。PCRはまた、試料中の目的のmiRNA又は各miRNAのレベルを参照(例えば、インバリアントmiRNA)のレベルと比較することによって、半定量的決定のために使用することができる。
当業者に公知である、miRNAの検出及び/又は定量のための好適な技術には、qPCR、miRNAアッセイ、次世代シーケンシング(NGS)及びマルチプレックスmiRNAプロファイリングアッセイが含まれる。
いくつかの実施形態では、目的のmiRNA又は各miRNAのレベルは、インサイチュハイブリダイゼーションを使用して、例えば、miRNAに特異的なプローブ(例えば、標識プローブ)を使用して決定される。
miRNAのレベルは、損傷の直後(すなわち、損傷後1時間未満)に対象から得られた試料において、及び/又は、損傷の数時間後若しくは数日後の1つ又は複数の時点において得られた試料において決定することができる。したがって、miRNAレベルの変化を経時的に検出して、TBIの監視を可能にすることができる。miRNAレベルが経時的に変化する場合、TBIを監視するための本明細書に記載される方法を、それに応じて対象の治療レジメンを維持すること又は調整することを含むように拡大することができる。
特異的miRNA及びTBIのタイプに依存して、対象におけるmiRNAのレベルが経時的に有意に変化し得る。いくつかの実施形態では、したがって、正確な診断を可能にするために、損傷後比較的早くmiRNAを測定することが有利であり得る。いくつかの実施形態では、miRNAのレベルが、損傷後の72時間以内、48時間以内、36時間以内、24時間以内、12時間以内、6時間以内、4時間以内、2時間以内又は1時間以内に対象から得られる試料において決定される。
いくつかのmiRNAのレベルは、経時的に実質的に安定であり、したがって、診断を、損傷の数時間後、数日後又は数週間後に行うことを可能にする。いくつかの態様では、miRNAのレベルは、損傷から20、18、15、12、10、8、5又は2日目までに対象から得られる試料において決定される。
いくつかの態様では、miRNAのレベルは、損傷直後(例えば、T=0時間)、損傷の4時間後~12時間後、損傷の48時間後~72時間後、又は損傷の15日後に対象から得られる試料において決定される。
いくつかの態様では、miRNAのレベルは、損傷の少なくとも24時間後に対象から得られる試料において決定される。いくつかの態様では、miRNAのレベルは、損傷後15日以内に対象から得られる試料において決定される。いくつかの態様では、miRNAのレベルは、損傷の24時間後~15日後、損傷の24時間後~10日後、損傷の24時間後~7日後、又は損傷の48時間後~5日後に対象から得られる試料において決定される。
いくつかの実施形態では、TBIは、軽度TBI(mTBI)又は中等度~重度TBI(m-sTBI)である。
いくつかの実施形態では、TBIは軽度TBI(mTBI)である。
好都合には、試料は、対象から得られた任意の適切な流体又は組織試料であってもよい。例えば、生物学的試料は、尿、唾液、全血、血漿、血清、痰、精液、糞便、鼻スワブ、涙、膣スワブ、直腸スワブ、子宮頸部スメア、組織生検、及び尿道スワブからなる群のうちの少なくとも1つを含むことができる。いくつかの実施形態では、試料は流体試料である。適切には、試料は、尿、唾液、血液及び痰など、個体から容易に得ることができるものである。いくつかの実施形態では、試料は、唾液、血液、血漿又は血清を含む。いくつかの実施形態では、試料を得るプロセスは、本明細書に記載の本発明の一部を形成しないことが理解される。
いくつかの実施形態では、試料は血清を含むか、又は血清によって構成される。血清は実用的な利点を有するだけでなく、PCR反応の潜在的阻害剤であるヘパリンなどの抗凝固剤も含まない。血清はまた、血漿と比較して溶血の影響を受けにくい場合がある。
いくつかの実施形態では、試料は唾液である。唾液は、専門家の訓練又は医療機器なしで、患者(例えばピッチサイド、又は現場で)から容易に得ることができる。
対象がTBIに罹患していると診断されると、特に軽度TBI又は中等度~重度TBIIと診断されると、適切な治療法の決定を容易にし得る。したがって、本発明は、医師、臨床医、医療補助者などの医療従事者、更には非医療従事者(例えば、教師、スポーツ指導者、軍人)が、TBIを有する疑いのある対象に対する適切な措置を決定することを可能にする試験を提供する。したがって、TBIを有すると判定された対象は、診断が行われた結果として最も適切な治療を受けることができる。したがって、本発明の方法は、TBIと診断された対象に適切な治療を指示することを更に含むことができる。
TBIと診断された対象は、例えばCTスキャンによって更に評価することができる。いくつかの実施形態では、対象は病院に入院する。いくつかの実施形態では、中等度~重度のTBIが除外され得る場合、対象は、評価のために病院に入院する必要がない場合がある。中等度~重度のTBIと診断された対象は、病院、又は神経外傷の専門知識を有する専門センターに入院することができる。
例えばスポーツイベントにおいて、戦闘中又はプレー中に、病院環境外でTBI(特にmTBI)と診断された対象は、直ちにプレー又は戦闘から外され得る。対象は、その後、プレー又は戦闘への段階的な復帰を開始することができる。
更なる態様では、TBIを緩和するための治療を対象に施すことが適切であるかどうかを決定するための方法が提供され、方法は、対象からの試料中の少なくとも1つのmiRNAのレベルを決定すること、及び少なくとも1つのmiRNAのレベルに基づいて、TBIを緩和するための治療を施すことが適切であるか否かを判定することを含む。
治療を対象に施すステップは、特に明記しない限り、特許請求される方法の一部を形成しないことが理解される。
いくつかの実施形態では、方法は、対象に適切な治療を施すことを更に含むことができる。いくつかの態様では、治療は、TBIを緩和するための治療を含むことができる。したがって、本発明は、対象におけるTBIを診断及び治療する方法を特徴とし、方法は、(a)試料(例えば、血液、血漿、尿又は唾液の試料)を対象から得ること、(b)1つ又は複数のmiRNA(本明細書に記載されるmiRNAから選択される)を検出すること、miRNAのレベルが参照標準(本明細書に記載される)と異なる場合、患者がTBIを有すると診断すること、及びTBIに対する治療を施すことを含む。
更なる態様では、本発明は、TBIに罹患している疑いがある対象に対する適切な治療を決定する方法を提供し、方法は、対象からの試料中の少なくとも1つのmiRNAのレベルを決定することによって対象がTBIを有するか否かを同定することを含む。
対象がTBIを有すると同定された場合、適切な治療としては、例えば更なる検査(例えば、言語、認知、運動及び/又は光学試験)、CT及び/又はミル走査によって対象を更に評価すること、対象を活動(例えば、TBIが発生した時の活動)から除外すること、対象を病院又は専門クリニックに入院させること、手術、及びTBIを緩和するための治療を対象に施すことのうち、1つ又は複数を挙げることができる。
TBIを緩和するための治療は、神経保護薬、例えばマンニトール及び高張性生理食塩水などの脳腫脹を治療するための薬物、及び/又は高血圧性蘇生の回避及び鎮静剤の使用などの他の神経保護措置を含むことができる。
いくつかの実施形態では、対象は、例えば病院又はクリニックで、回復を追跡するためにその後監視され得る。
本発明の更なる態様によれば、対象における標的miRNAのレベルを検出する及び/又は決定する方法が提供され、方法は、(a)対象からサンプルを得るステップ、(b)標的miRNAに特異的なプローブと試料を接触させることによって、試料中の標的miRNAのレベルを検出する及び/又は決定するステップを含む。
試料は、上で定義したように、対象から得られた任意の適切な流体又は組織試料であってもよい。いくつかの実施形態では、試料は、血液、血清、血漿、尿又は唾液である。
いくつかの態様では、方法は、試料中の2つ以上の標的miRNAのレベルを決定することを含むことができる。
本発明の更なる態様によれば、それを必要とする対象を治療する方法において使用されるためのTBIを緩和するための治療が提供され、当該対象は、対象からの試料中の少なくとも1つのmiRNAのレベルを決定することによって、TBIを有すると同定される。
標的miRNAのレベルを決定するステップは、プローブで機能化された基板、例えば、プローブを含むチップと試料を接触させることを含むことができる。基板又はチップは、好都合には、各々が異なる標的miRNAに特異的な複数のプローブを含むことができる。
対象は、損傷、特に頭部損傷を受けている可能性がある。対象は、TBIを有すると疑われ得る。対象は、mTBI又は脳震盪を有すると疑われ得る。いくつかの実施形態では、試料は、損傷後72時間以内、48時間以内、36時間以内、24時間以内、12時間以内、6時間以内、4時間以内、2時間以内又は1時間以内に得られる。いくつかの実施形態では、試料は、損傷後24時間以上後に得られる。更なる実施形態では、試料は、損傷後15日以内に対象から得られる。いくつかの態様では、試料は、損傷の24時間後~15日後、損傷の24時間後~10日後、損傷の24時間後~7日後、又は損傷の48時間後~5日後に対象から得られる。
いくつかの実施形態では、方法は、対象を治療することを更に含む。治療は、例えば更なる検査(例えば、言語、認知、運動及び/又は光学試験)、CT及び/又はMRI走査によって対象を更に評価すること、対象を活動(例えば、TBIが発生した時の活動)から除外すること、対象を病院又は専門クリニックに入院させること、及びTBIを緩和するための治療を対象に施すことのうち、1つ又は複数を挙げることができる。いくつかの実施形態では、治療は、有効量の神経保護薬を投与することを含む。
したがって、なお更なる態様では、本発明は、TBIを治療する方法を提供し、方法は、対象からの試料における少なくとも1つのmiRNAのレベルを決定すること、及び少なくとも1つのmiRNAのレベルがmTBIを示す場合、mTBIに適切な治療を施すこと、又は少なくとも1つのmiRNAのレベルがm-sTBIを示す場合、m-sTBIに適切な治療を施すことを含む。
異なる治療経路がmTBI及びm-sTBIに使用することができることが当業者によって理解される。
mTBIを有する対象は、以下のように治療することができる。
mTBIと診断された運動選手は、典型的には、段階的な競技復帰プロトコル(脳震盪に関するベルリンコンセンサス会議及び個々のスポーツ当局、例えばRFU、IRB、NFL、NHL、NBA、IMMAFによって定義される)で開始される。これには、一定の休息期間の後、徐々に運動量を増やし、接触する機会を増やすことが含まれる。mTBIを有する運動選手は、典型的には、医学的監督のレベル及び年齢に応じて、6~23日間の間で変化する期間、競技することができない。逆に、mTBIが除外された場合、運動選手はいかなる制限も受けず、翌日から通常通りにトレーニングすることができる。病院到着前の状況でmTBIと診断された場合、患者は医師の診察(例えば、病院又はプライマリーケアで)を受けする必要があるが、mTBIが除外された場合、医療的な確認は指示されない。
mTBI患者は、24~48時間監視下に置かれる必要があり、回復するまでは、運転したり、フォークリフトや建設機械を操作してはならない。
mTBIと診断された軍人は作戦地域から離脱して、休養することになるが、mTBIが除外された場合、その者は現役で任務を継続する。
NHSでは、NICEが発行したガイダンスに従って、mTBI患者は、観察のために入院する、又は、CTスキャンを受けることができるが、mTBIが除外された場合、その患者は直ちに退院することになり得る。
mTBIと診断された人は、典型的には、一定期間、仕事又は研究に戻らないように求められる。
mTBIと診断された人は、軽度TBIクリニック又は神経科クリニック又は神経外科クリニックに紹介されることがある。mTBIのための典型的な介入は、教育、仕事、研究及び運転に関するアドバイス、必要であれば投薬及び/又は心理学的介入を伴う、例えば、頭痛又は不安又は気分障害又は心的外傷後ストレス障害などの典型的な続発症の医学的管理、並びに例えば、神経心理学、神経前庭又は眼科学などの示されるような他のサービスへの紹介からなる。
mTBIを有する患者は、英国神経外科学会によって発行されたガイダンスに従って、遅延性外傷後下垂体機能障害について監視される必要がある。
法医学的な状況では、mTBIの診断は、放射線検査では典型的には正常であり、症状が非特異的であるので、しばしば不明確であり、推測的である。mTBIの客観的な確定は、損害賠償及び介護の必要性の裁定につながる可能性がある。mTBIの適切な治療法には、対象を活動から除くこと、現場又は地域での治療、一晩入院することなく対象を病院で更に評価すること(通常、mTBI患者は頭部損傷のアドバイスを受けて速やかに退院する)、又は入院して一定期間(通常1~2日)観察するなどを含むことができる。対象は、試験(例えば、言語、認知、運動及び/又は光学試験)を用いて更に評価することができる。CTスキャンは、一般に、NICEガイドラインに従って、頭蓋骨骨折の疑い、外傷後痙攣、局所的神経障害、反復嘔吐、初期評価時のGCSスコアが13未満(小児の場合は14未満、1歳未満の乳児の場合は15未満)を含む特定の徴候が存在する場合にのみ必要である。
m-sTBIの適切な治療としては、MRI又はCTスキャン(特に損傷の1時間以内)、入院(集中治療室への入院及び/又は脳神経外科施設を有する専門クリニック又は大規模外傷センターへの転院を含み得る)、神経モニタリング、手術、神経保護薬、例えばマンニトール及び高張性生理食塩水などの脳腫脹を治療するための薬物の投与、及び/又は高血圧性蘇生の回避及び鎮静剤の使用などの他の神経保護措置などの、TBIを緩和するための治療を施すことを含むことができる。
したがって、本発明は、TBIを有する対象が最も適切な治療を受けることができるように、mTBI又はm-sTBIに臨床的かつ迅速に層別化されることを可能にする。
本発明の更なる態様によれば、TBIを診断及び/又は監視するための検出システムが提供され、検出システムは、標的miRNAに特異的なプローブで機能化される基板を含むセンサ素子を含む。検出システムは更に、標的miRNAのプローブへの結合を検出することができる検出装置を含むことができる。
本発明のなお更なる態様によれば、TBIを診断及び/又は監視するための検出システムで使用するためのセンサ素子が提供され、センサ素子は、標的miRNAに特異的なプローブで機能化された基板を含む。
センサ素子は、その上に試料(例えば、流体試料)を受け取るための試料添加ゾーンを更に含むことができる。
プローブは、目的のmiRNAに選択的に結合することができる。基板は、複数のプローブで機能化することができる。プローブは全て同じであってもよいし、異なる2種類以上のプローブが提供されてもよい。例えば、いくつかの実施形態では、基板は、第1のmiRNAに特異的な第1のプローブ及び第2のmiRNAに特異的な第2のプローブで機能化することができる。第1及び第2のプローブは、例えばセンサ素子の異なる部分に一緒にグループ化されてもよい。
本発明の更なる態様では、対象における外傷性脳損傷(TBI)を診断及び/又は監視する方法において使用するための組成物が提供され、組成物は、標的miRNAに特異的なプローブを含む。組成物は、列挙されたmiRNAのいずれか1つ、又は、列挙されたmiRNAのいずれか複数(例えば、2つ、3つ、4つ又はそれを超える列挙されたmiRNA)と共に含んでよい。
プローブは、タンパク質(例えば、抗体)又は核酸などの生物学的分子を含むことができる。いくつかの実施形態では、プローブは核酸を含む。核酸は、標的miRNAの全長配列の相補体である配列と少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%又は少なくとも95%同一である配列を含むことができる。いくつかの実施形態では、核酸は、標的miRNAの配列の相補体である配列と100%同一である配列を含む(すなわち、受容体は、標的miRNA配列の正確な相補体である核酸配列を含む)。
プローブは、当業者に公知のカップリング化学などの任意の適切な手段によって基板の表面に結合することができる。いくつかの実施形態では、各プローブはリンカーを介して基板の表面に結合される。いくつかの実施形態では、プローブは、基板上にプローブを固定化するための、又は基板上に固定化されたリンカーにプローブを結合させるための部分を含む。
代替的に、又は加えて、プローブは、検出可能な標識を含むことができる。検出可能な標識は、例えば、放射性、蛍光性、発光性、又は抗体ベース(例えば、従来の四量体抗体又はその検出可能なフラグメントを構成することができる)であってもよい。
センサ素子の基板は、任意の適切な材料から形成されてもよい。いくつかの実施形態では、基板は、金属、プラスチック、ガラス、シリカ、ケイ素、グラファイト、グラフェン、又はそれらの任意の組み合わせを含むか、又はそれらから形成される。いくつかの実施形態では、基板は複数の層を含む。例えば、基板は、炭化ケイ素又はシリカの層上にグラフェンの表面又は層を形成することによって調製することができる。グラフェン表面は、例えば、グラフェン-酸化物(GO)又はグラフェン-アミン(GA)に化学的に修飾することができる。エピタキシャル成長及び昇華成長などのグラフェン層を形成する方法は、当業者に公知である。
好都合には、核酸を含むプローブ又は核酸によって構成されるプローブを、アミドカップリング試薬(例えば、O-(7-アザベンゾトリアゾール-1-イル)-N,N,N,N’-テトラメチルウロニウムヘキサフルオロホスファート(HATU))を使用して、リンカーを介してGO表面に付着させることができる。次いで、核酸プローブで機能化された表面を含むセンサ素子を使用して、その相補的miRNAを選択的に検出することができる。
適切なリンカーは、アニリン部分(又はその誘導体)、安息香酸部分(又はその誘導体)又はエテンジアミン部分(又はその誘導体)を含むことができる。アニリンリンカーは、ニトロベンゼン分子(又は誘導体)をグラフェン表面(例えば、ジアゾニウム塩を使用して)に結合させ、ニトロベンゼンをアニリンに還元することによって形成することができる。次いで、アニリンのアミン基を使用してプローブに結合させることができる。同様に、ジアゾニウム塩(例えば、4-安息香酸ジアゾニウムテトラフルオロボラート)を使用して、安息香酸又は安息香酸誘導体をグラフェン表面に付着させることができる。エタンジアミン部分は、カルボキシル化グラフェン又は酸化グラフェンに結合することができる。
センサ素子は、試験ストリップ内に含まれてもよい。試験ストリップは使い捨てであってもよい。
検出装置は、当業者に公知の任意の適切な手段によって、例えば電気インピーダンス、水素イオン濃度の変化、又はハイブリダイゼーションに起因する立体配座変化を検出することによって、標的miRNAの受容体への結合を検出するように構成することができる。
検出装置は、ユーザにデータを出力するためのユーザインターフェースを更に含むことができる。
いくつかの実施形態では、検出装置は、治療情報のデータベースを含む。装置は、目的のmiRNAのレベルに応じて、データベースから適切な治療オプションを特定することができる。治療情報は、ユーザインターフェースを介してユーザに提供することができる。
好都合には、検出装置は、携帯型、例えばハンドヘルド型であってもよい。検出装置は、miRNAレベル及び対象に関する他の情報を保存するためのデータ保存ユニットを含むことができる。いくつかの実施形態では、装置は、他の装置にデータを通信するためのデータ通信手段を含む。例えば、装置は、WiFi、3G、4G、Bluetoothを介して、又はモバイルアプリを介して無線でデータを通信することができる。これにより、必要に応じて医療従事者が容易にデータにアクセスできるようになり、利便性が向上する。
したがって、本発明の検出装置は、TBIを非侵襲的に診断及び監視するための手頃な価格の携帯型ポイントオブケア手段を提供することが想定される。装置は、救急車の乗員、軍、学校、スポーツクラブ及び医療専門家によって使用することができ、TBIを有すると疑われる患者の正確な評価及びトリアージを可能にする。
本発明の更なる態様は、対象におけるmTBIを検出及び/又は監視するためのシステムである。
検出システムのタイプは、標的miRNAと核酸プローブ、一般にはオリゴヌクレオチドプローブとの間の相補性に基づく。相補的領域又は塩基対合領域は、7又は8以上のヌクレオチド長であってもよい。実施形態では、相補的領域又は塩基対合領域は、9、10、12、15若しくはそれを超えるヌクレオチド長であってもよく、又は相補的領域又は塩基対合領域は、miRNAの全長であってもよい。オリゴヌクレオチドで機能化された基板は、ビーズ又はナノ粒子であってもよい。検出システムは、結合した核酸プローブ-miRNAを検出可能なシグナルに変換することができる更なる構成要素を有することができる。
別の種類の検出システムは、RT-PCTに基づく。したがって、本発明は、本明細書に記載される少なくとも1つのmiRNAのcDNA相補体の増幅のために設計されるプライマー対を含む、mTBIを対象において検出及び/又は監視するための検出システムを包含する。
更なる態様では、本方法で使用するためのキットが提供される。キットは、目的のmiRNAに選択的に結合することができるプローブ(例えば、抗体などのタンパク質、又は核酸)を少なくとも含むことができる。いくつかの実施形態では、キットは、複数のプローブを含むアレイを含む。いくつかの実施形態では、少なくとも1つのプローブは、PCRを行うためのプライマーである。キットは、使用説明書、例えば、TBIの診断及び/又は監視に使用するための説明書を更に含むことができる。キットは、増幅プライマー及び酵素(例えば、DNAポリメラーゼ、miRNAをcDNAに変換するための逆転写酵素)などの適切な緩衝液及び試薬を更に含むことができる。
更なる態様及び実施形態
更なる態様では、本開示は、とりわけ、ヒト対象における軽度外傷性脳損傷(mTBI)を含む外傷性脳損傷(TB)の診断、監視、及び治療に使用するのに適した様々な示差的に発現されたRNAバイオマーカーを含む方法、センサ素子、検出システム、キット、及び組成物を提供する。
更なる態様では、本開示は、とりわけ、ヒト対象における軽度外傷性脳損傷(mTBI)を含む外傷性脳損傷(TB)の診断、監視、及び治療に使用するのに適した様々な示差的に発現されたRNAバイオマーカーを含む方法、センサ素子、検出システム、キット、及び組成物を提供する。
本開示の一態様によれば、それを必要とするヒト対象における外傷性脳損傷(TBI)を診断及び治療する方法が提供され、方法は、対象から唾液試料を得ること、唾液試料を、Y_RNA.255、RNU6-7、RNU6-4、RNU6-6、RNU6-73、RNU6-45、U6.375、put-miR-1207、U6.428、put-miR-742、hsa-miR-6748-3p、put-miR-6、put-miR-410、put-miR-476、put-miR-293、hsa-miR-34b-3p、hsa-miR-1271-5p、hsa-miR-449a、put-miR-806、put-miR-71、put-miR-468、put-miR-1306、put-miR-1146、put-miR-1084、put-miR-92、put-miR-209、put-miR-961、U6.1249、put-miR-188、put-miR-1352、put-miR-1080、put-miR-750、put-miR-1003、put-miR-1098、hsa-miR-934、及びhsa-miR-142-5pからなる群から選択される少なくとも1つのRNAバイオマーカーに結合することができる核酸を含むプローブと接触させること、唾液試料中の少なくとも1つのRNAバイオマーカーの量を決定すること、少なくとも1つのRNAバイオマーカーの量が、所定の閾値に対して、又は対照試料中のRNAバイオマーカーの量に対して増加又は減少する対象をTBIを有するものとして同定すること、及び以下の1つ又は複数:対象を言語試験、認知試験、運動試験若しくは光学試験又は前述の任意の組み合わせに供すること、対象をCT若しくはMRI又はこれらの組み合わせの形態の画像診断に供すること、及び/又は対象に1つ又は複数の神経保護療法を施すこと、に従って、TBIを有すると同定された対象を治療することを含む。
TBIを治療するために臨床医によって選択され得る神経保護療法の例としては、スタチン、プロゲステロン、コルチコステロイド、細胞周期阻害剤(フラボピリドール、半合成フラボノイド、及びプリン類似体ロスコビチン及びオロモウシンなど)、カスパーゼ阻害剤(テトラペプチドカスパーゼ-3阻害剤(z-DEVD-fmk)、汎カスパーゼペプチド阻害剤Boc-アスパルチルフルオロメチルケトン及びBoc-アスパルチルフルオロメチルケトン)を含むオートファジー阻害剤、ポリ(ADP-リボース)ポリメラーゼ(PARP)の阻害剤、抗炎症剤(ミノサイクリン及び抗炎症性サイトカイン(例えば、IL-10)又はインターロイキン-1受容体アンタゴニスト(IL-1ra)など)、スルホニル尿素受容体1(SUR1)調節カルシウムチャネル阻害剤(グリベンクラミドなど)、サブスタンスP(SP)アンタゴニスト、ジケトピペラジン、及びシクロスポリンAを挙げることができるが、これらに限定されない。
いくつかの実施形態では、唾液試料は、損傷直後から損傷後の任意の期間から選択される損傷後の期間中に得られる。
いくつかの実施形態では、唾液試料は、損傷直後から、RNAバイオマーカーの少なくとも1つの発現レベルが所定の閾値又は対照試料中のRNAバイオマーカーの量に戻るまでから選択される損傷後の期間中に得られる。
いくつかの実施形態では、唾液試料は、損傷直後から損傷後1年まで、10ヶ月まで、8ヶ月まで、6ヶ月まで、5ヶ月まで、4ヶ月まで、3ヶ月まで、2ヶ月まで、1ヶ月まで、25日まで、20日まで、15日まで、7日まで、5日まで、3日まで、2日まで、及び/又は24時間までから選択される損傷後の期間中に得られる。
いくつかの実施形態では、唾液試料は、損傷直後から15日間、1時間から15日間、24時間から15日間、24時間から7日間、及び2から5日間から選択される損傷後の期間中に得られる。
いくつかの実施形態では、本方法は、損傷後の1回又は複数の更なる時間に対象から1つ又は複数の更なる唾液試料を得ること、及び各更なる試料について検出及び増幅ステップを繰り返すことを更に含む。
いくつかの実施形態では、1つ又は複数の更なる唾液試料は、損傷直後から損傷後の任意の期間から選択される損傷後の期間中に得られる。
いくつかの実施形態では、1つ又は複数の更なる唾液試料は、損傷直後から、RNAバイオマーカーの少なくとも1つの発現レベルが所定の閾値又は対照試料中のRNAバイオマーカーの量に戻るまでから選択される損傷後の期間中に得られる。
いくつかの実施形態では、1つ又は複数の更なる唾液試料は、損傷直後から損傷後1年まで、10ヶ月まで、8ヶ月まで、6ヶ月まで、5ヶ月まで、4ヶ月まで、3ヶ月まで、2ヶ月まで、1ヶ月まで、25日まで、20日まで、15日まで、7日まで、5日まで、3日まで、2日まで、及び/又は24時間までから選択される損傷後の期間中に得られる。
いくつかの実施形態では、1つ又は複数の更なる唾液試料は、損傷直後から15日間、1時間から15日間、24時間から15日間、24時間から7日間、及び2から5日間から選択される損傷後の期間中に得られる。
いくつかの実施形態では、1つ又は複数の更なる唾液試料は、損傷後1、1.5、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、又は15日目に得られる。
いくつかの態様では、少なくとも1つのRNAバイオマーカーの量を検出することは、PCRベースのアッセイ、ライトアレイアッセイ、層流チップアッセイ、又は少なくとも1つのRNAバイオマーカーを検出するのに適した任意のアッセイを使用して行われる。
いくつかの実施形態では、PCRベースのアッセイを使用する場合、所定の閾値は、2デルタデルタCT(2-ΔΔCT)法を使用して1.5以上の倍数変化に相当する。
いくつかの実施形態では、所定の閾値は、2デルタデルタCT(2-ΔΔCT)法を使用して2以上の倍数変化に相当する。
いくつかの実施形態では、少なくとも1つのRNAバイオマーカーは、hsa-miR-143-3p及びhsa-miR-135b-5pからなる群から選択される1つ又は複数のmiRNAを更に含む。
いくつかの実施形態では、方法は、TBIの治療に成功した後の正常な活動に適しているとしてヒト対象を特定することを更に含む。
本開示の別の態様では、対象における外傷性脳損傷(TBI)を診断及び/又は監視する方法が提供され、方法は、対象から得られた唾液試料中の少なくとも1つのRNAバイオマーカーのレベルを決定することを含み、少なくとも1つのRNAバイオマーカーは、Y_RNA.255、RNU6-7、RNU6-4、RNU6-6、RNU6-73、RNU6-45、U6.375、put-miR-1207、U6.428、put-miR-742、hsa-miR-6748-3p、put-miR-6、put-miR-410、put-miR-476、put-miR-293、hsa-miR-34b-3p、hsa-miR-1271-5p、hsa-miR-449a、put-miR-806、put-miR-71、put-miR-468、put-miR-1306、put-miR-1146、put-miR-1084、put-miR-92、put-miR-209、put-miR-961、U6.1249、put-miR-188、put-miR-1352、put-miR-1080、put-miR-750、put-miR-1003、put-miR-1098、hsa-miR-934、及びhsa-miR-142-5p、又はそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される。
いくつかの実施形態では、少なくとも1つのRNAバイオマーカーのアップレギュレーションされたレベル又はダウンレギュレーションされたレベルのいずれかは、TBIを示す。
いくつかの態様では、少なくとも1つのRNAバイオマーカーのレベルが所定の閾値を上回る若しくは下回る、又は対照と比較して増加若しくは減少している場合、対象はTBIを有すると診断される。
いくつかの実施形態では、方法は、TBIの治療に成功した後の正常な活動に適しているとしてヒト対象を特定することを更に含む。
いくつかの実施形態では、少なくとも1つのRNAバイオマーカーは、hsa-miR-143-3p及びhsa-miR-135b-5pからなる群から選択される1つ又は複数のmiRNAを更に含む。
本開示の別の態様では、TBIを診断及び/又は監視するための検出システム用のセンサ素子が提供され、センサ素子は、Y_RNA.255、RNU6-7、RNU6-4、RNU6-6、RNU6-73、RNU6-45、U6.375、put-miR-1207、U6.428、put-miR-742、hsa-miR-6748-3p、put-miR-6、put-miR-410、put-miR-476、put-miR-293、hsa-miR-34b-3p、hsa-miR-1271-5p、hsa-miR-449a、put-miR-806、put-miR-71、put-miR-468、put-miR-1306、put-miR-1146、put-miR-1084、put-miR-92、put-miR-209、put-miR-961、U6.1249、put-miR-188、put-miR-1352、put-miR-1080、put-miR-750、put-miR-1003、put-miR-1098、hsa-miR-934、及びhsa-miR-142-5pからなる群から選択される少なくとも1つのRNAバイオマーカーに特異的なプローブで機能化された基板を含む。
いくつかの実施形態では、プローブは、少なくとも1つのRNAバイオマーカーに結合することができる核酸を含む。
いくつかの実施形態では、プローブは、標的RNAバイオマーカーの配列の相補体である配列と少なくとも70%の同一性を有する核酸を含む。
いくつかの実施形態では、プローブは、配列番号70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100、101、102、103、104、及び105の相補体である配列と少なくとも70%の同一性を有する核酸を含む。
いくつかの実施形態では、少なくとも1つのRNAバイオマーカーは、hsa-miR-143-3p及びhsa-miR-135b-5pからなる群から選択される1つ又は複数のmiRNAを更に含む。
本開示の別の態様では、本開示によるセンサ素子と、プローブへの標的RNAバイオマーカーの結合を検出することができる検出装置とを含む、TBIを診断及び/又はモニタリングするための検出システムが提供される。
いくつかの態様では、検出システムは、標的RNAバイオマーカーがアップレギュレーションされているか又はダウンレギュレーションされているかを判定する手段を更に含む。
本開示の別の態様では、TBIを有する疑いがある対象に対する一連の処置を決定する方法が提供され、対象から得られた唾液試料を本開示による検出システムに適用すること、少なくとも1つのRNAバイオマーカーのアップレギュレーションされたレベル又はダウンレギュレーションされたレベルが検出された場合、TBIの治療を提供することを含む。
本開示の別の態様では、TBIが疑われる対象を治療する方法が提供され、方法は、Y_RNA.255、RNU6-7、RNU6-4、RNU6-6、RNU6-73、RNU6-45、U6.375、put-miR-1207、U6.428、put-miR-742、hsa-miR-6748-3p、put-miR-6、put-miR-410、put-miR-476、put-miR-293、hsa-miR-34b-3p、hsa-miR-1271-5p、hsa-miR-449a、put-miR-806、put-miR-71、put-miR-468、put-miR-1306、put-miR-1146、put-miR-1084、put-miR-92、put-miR-209、put-miR-961、U6.1249、put-miR-188、put-miR-1352、put-miR-1080、put-miR-750、put-miR-1003、put-miR-1098、hsa-miR-934、及びhsa-miR-142-5pからなる群から選択される少なくとも1つのRNAバイオマーカーのアップレギュレーションされたレベル又はダウンレギュレーションされたレベルが、対象から得られた唾液試料で検出可能であるかどうかを決定すること、及び少なくとも1つのRNAバイオマーカーのアップレギュレーションされたレベル又はダウンレギュレーションされたレベルが検出された場合、対象にTBIに対する治療を提供することを含む。
いくつかの実施形態では、少なくとも1つのRNAバイオマーカーは、hsa-miR-143-3p及びhsa-miR-135b-5pからなる群から選択される1つ又は複数のmiRNAを更に含む。
本開示の別の態様では、唾液試料中のRNAバイオマーカーを検出する方法が提供され、方法は、ヒト対象から唾液試料を得ること、唾液試料を、Y_RNA.255、RNU6-7、RNU6-4、RNU6-6、RNU6-73、RNU6-45、U6.375、put-miR-1207、U6.428、put-miR-742、hsa-miR-6748-3p、put-miR-6、put-miR-410、put-miR-476、put-miR-293、hsa-miR-34b-3p、hsa-miR-1271-5p、hsa-miR-449a、put-miR-806、put-miR-71、put-miR-468、put-miR-1306、put-miR-1146、put-miR-1084、put-miR-92、put-miR-209、put-miR-961、U6.1249、put-miR-188、put-miR-1352、put-miR-1080、put-miR-750、put-miR-1003、put-miR-1098、hsa-miR-934、及びhsa-miR-142-5pからなる群から選択される少なくとも1つのRNAバイオマーカーに相補的な少なくとも1つのオリゴヌクレオチドプライマーと接触させること、ポリメラーゼ連鎖反応を使用して少なくとも1つのRNAバイオマーカーを増幅すること、及び増幅されたRNAバイオマーカーを検出することを含む。
いくつかの実施形態では、少なくとも1つのRNAバイオマーカーは、hsa-miR-143-3p及びhsa-miR-135b-5pからなる群から選択される1つ又は複数のmiRNAを更に含む。
本開示の別の態様では、ヒト対象の唾液における外傷性脳損傷(TBI)を診断及び/又は監視する方法に使用するためのキットが提供され、キットは、Y_RNA.255、RNU6-7、RNU6-4、RNU6-6、RNU6-73、RNU6-45、U6.375、put-miR-1207、U6.428、put-miR-742、hsa-miR-6748-3p、put-miR-6、put-miR-410、put-miR-476、put-miR-293、hsa-miR-34b-3p、hsa-miR-1271-5p、hsa-miR-449a、put-miR-806、put-miR-71、put-miR-468、put-miR-1306、put-miR-1146、put-miR-1084、put-miR-92、put-miR-209、put-miR-961、U6.1249、put-miR-188、put-miR-1352、put-miR-1080、put-miR-750、put-miR-1003、put-miR-1098、hsa-miR-934、及びhsa-miR-142-5pからなる群から選択される少なくとも1つのRNAバイオマーカーに特異的な少なくとも1つのプローブを含む。
いくつかの実施形態では、プローブは、少なくとも1つのRNAバイオマーカーに結合することができる核酸を含む。
いくつかの実施形態では、プローブは、標的RNAバイオマーカーの配列の相補体である配列と少なくとも70%の同一性を有する核酸を含む。
いくつかの実施形態では、プローブは、配列番号70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100、101、102、103、104、及び105の相補体である配列と少なくとも70%の同一性を有する核酸を含む。
いくつかの実施形態では、少なくとも1つのRNAバイオマーカーは、hsa-miR-143-3p及びhsa-miR-135b-5pからなる群から選択される1つ又は複数のmiRNAを更に含む。
本開示の別の態様では、ヒト対象の唾液における外傷性脳損傷(TBI)を診断及び/又は監視する方法に使用するための組成物が提供され、組成物は、Y_RNA.255、RNU6-7、RNU6-4、RNU6-6、RNU6-73、RNU6-45、U6.375、put-miR-1207、U6.428、put-miR-742、hsa-miR-6748-3p、put-miR-6、put-miR-410、put-miR-476、put-miR-293、hsa-miR-34b-3p、hsa-miR-1271-5p、hsa-miR-449a、put-miR-806、put-miR-71、put-miR-468、put-miR-1306、put-miR-1146、put-miR-1084、put-miR-92、put-miR-209、put-miR-961、U6.1249、put-miR-188、put-miR-1352、put-miR-1080、put-miR-750、put-miR-1003、put-miR-1098、hsa-miR-934、及びhsa-miR-142-5pからなる群から選択される少なくとも1つのRNAバイオマーカーに特異的な少なくとも1つのプローブを含む。
いくつかの実施形態では、プローブは、少なくとも1つのRNAバイオマーカーに結合することができる核酸を含む。
いくつかの実施形態では、プローブは、標的RNAバイオマーカーの配列の相補体である配列と少なくとも70%の同一性を有する核酸を含む。
いくつかの実施形態では、プローブは、配列番号70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100、101、102、103、104、及び105の相補体である配列と少なくとも70%の同一性を有する核酸を含む。
いくつかの実施形態では、少なくとも1つのRNAバイオマーカーは、hsa-miR-143-3p及びhsa-miR-135b-5pからなる群から選択される1つ又は複数のmiRNAを更に含む。
本発明の任意の態様に関連して本明細書で行われる記述は、必要に応じて、本発明の任意の他の態様にも等しく適用され得ることが理解される。更に、本開示の様々な態様及び実施形態は、国際公開第2017/153710号及び国際公開第2018/138468号に記載されているような様々な技術、方法、システム、組成物、装置及び/又は開示と組み合わせて使用することもでき、その開示全体は参照により本明細書に組み込まれる。
更なる追加の態様及び実施形態
更なる態様では、本開示は、とりわけ、ヒト対象における軽度外傷性脳損傷(mTBI)を含む外傷性脳損傷(TB)の診断、監視、及び治療に使用するのに適した様々な示差的に発現されたRNAバイオマーカーを含む方法、センサ素子、検出システム、キット、及び組成物を提供する。
更なる態様では、本開示は、とりわけ、ヒト対象における軽度外傷性脳損傷(mTBI)を含む外傷性脳損傷(TB)の診断、監視、及び治療に使用するのに適した様々な示差的に発現されたRNAバイオマーカーを含む方法、センサ素子、検出システム、キット、及び組成物を提供する。
例1(以下)に示すように、特定の実施形態では、176の唾液ベースライン試料(B)、損傷後の脳震盪プレーヤーからの42の試料(Ca群)、試合後の脳震盪プレーヤーからの52の試料(Cb群)及び36~48時間後の脳震盪プレーヤーからの54の試料(Cc群)、試合後の61人の損傷していないプレーヤー(Ub群)、36~48時間後の45人の損傷していないプレーヤー(Uc群)、試合後の30人の筋骨格損傷プレーヤー(Mb群)、36~48時間後の24人の筋骨格損傷プレーヤー(Mc群)で行われたMiRNA qPCR検証試験に従って適切なRNAバイオマーカーを同定した。
例1(以下)でより詳細に論じるように、これらのバイオマーカーは、異なる群比較と異なる時点(Ca対Ub、Cb対Ub、Cc対Uc、Ca対Mb、Cb対Mb、Cc対Mc、Ca対U+Mb、Cb対U+Mb、Cc対U+Mc、Ca対B、Cb対B、Cc対B)との間で示差的に発現され、統計学的に有意であることが見出された。
本開示の一態様によれば、それを必要とするヒト対象において外傷性脳損傷(TBI)を診断及び治療する方法が提供され、方法は、対象から唾液試料を得ること、唾液試料を、hsa-let-7a-5p、hsa-let-7b-5p、hsa-let-7f-5p、hsa-let-7i-5p、hsa-miR-103a-3p、hsa-miR-107、hsa-miR-1246、hsa-miR-126-3p(miR-126*)、hsa-miR-126-5p(=miR-126*)、hsa-miR-135b-5p、hsa-miR-142-3p、hsa-miR-142-5p、hsa-miR-143-3p(=miR-143)、hsa-miR-144-3p(miR-144*)、hsa-miR-144-5p(=miR-144*)、hsa-miR-148a-3p、hsa-miR-16-1-3p、hsa-miR-206、hsa-miR-21-5p、hsa-miR-29c-3p、hsa-miR-339-5p、hsa-miR-34b-3p、hsa-miR-425-5p、hsa-miR-449a、hsa-miR-497-5p、hsa-miR-671-3p、hsa-miR-6748-3p、hsa-miR-92a-3p、hsa-miR-934、put-miR-1003、put-miR-1080、put-miR-1084、put-miR-1146(2)、put-miR-1204、put-miR-1207、put-miR-1306、put-miR-188、put-miR-209、put-miR-323、put-miR-325、put-miR-444、put-miR-465、put-miR-468、put-miR-469、put-miR-476、put-miR-594、put-miR-6、put-miR-71、put-miR-742、put-miR-806、put-miR-856、put-miR-893、put-miR-92、put-miR-958、put-miR-961、RNU4-6p、RNU6-4、RNU6-45、RNU6-6、RNU6-7、RNU6-73、SNORA57、SNORD3B-2、tRNA120-AlaAGC、tRNA18-ArgCCT、tRNA27-MetCAT、tRNA2-LeuTAA、tRNA73-ArgCCG、tRNA8-ThrAGT、tRNA9-TyrGTA、U2.3、U4.64、U6.1249、U6.168、U6.375、U6.428、U6.601、UC022CJG1、YRNA-245、YRNA-255、及びYRNA-684からなる群から選択される少なくとも1つのRNAバイオマーカーに結合することができる核酸を含むプローブと接触させること、唾液試料中の少なくとも1つのRNAバイオマーカーの量を決定すること、少なくとも1つのRNAバイオマーカーの量が、所定の閾値に対して、又は対照試料中のRNAバイオマーカーの量に対して増加又は減少する対象をTBIを有するものとして同定すること、及び以下の1つ又は複数:対象に1つ又は複数の神経保護療法を施すこと、に従って、TBIを有すると同定された対象を治療することを含む。
TBIを治療するために臨床医によって選択され得る神経保護療法の例としては、スタチン、プロゲステロン、コルチコステロイド、細胞周期阻害剤(フラボピリドール、半合成フラボノイド、及びプリン類似体ロスコビチン及びオロモウシンなど)、カスパーゼ阻害剤(テトラペプチドカスパーゼ-3阻害剤(z-DEVD-fmk)、汎カスパーゼペプチド阻害剤Boc-アスパルチルフルオロメチルケトン及びBoc-アスパルチルフルオロメチルケトン)を含むオートファジー阻害剤、ポリ(ADP-リボース)ポリメラーゼ(PARP)の阻害剤、抗炎症剤(ミノサイクリン及び抗炎症性サイトカイン(例えば、IL-10)又はインターロイキン-1受容体アンタゴニスト(IL-1ra)など)、スルホニル尿素受容体1(SUR1)調節カルシウムチャネル阻害剤(グリベンクラミドなど)、サブスタンスP(SP)アンタゴニスト、ジケトピペラジン、及びシクロスポリンAを挙げることができるが、これらに限定されない。
いくつかの実施形態では、方法は、TBIの治療に成功した後の正常な活動に適しているとしてヒト対象を特定することを更に含む。
本開示の別の態様では、対象における外傷性脳損傷(TBI)を診断及び/又は監視する方法が提供され、方法は、対象から得られた唾液試料中の少なくとも1つのRNAバイオマーカーのレベルを決定することを含み、少なくとも1つのRNAバイオマーカーは、hsa-let-7a-5p、hsa-let-7b-5p、hsa-let-7f-5p、hsa-let-7i-5p、hsa-miR-103a-3p、hsa-miR-107、hsa-miR-1246、hsa-miR-126-3p(miR-126*)、hsa-miR-126-5p(=miR-126*)、hsa-miR-135b-5p、hsa-miR-142-3p、hsa-miR-142-5p、hsa-miR-143-3p(=miR-143)、hsa-miR-144-3p(miR-144*)、hsa-miR-144-5p(=miR-144*)、hsa-miR-148a-3p、hsa-miR-16-1-3p、hsa-miR-206、hsa-miR-21-5p、hsa-miR-29c-3p、hsa-miR-339-5p、hsa-miR-34b-3p、hsa-miR-425-5p、hsa-miR-449a、hsa-miR-497-5p、hsa-miR-671-3p、hsa-miR-6748-3p、hsa-miR-92a-3p、hsa-miR-934、put-miR-1003、put-miR-1080、put-miR-1084、put-miR-1146(2)、put-miR-1204、put-miR-1207、put-miR-1306、put-miR-188、put-miR-209、put-miR-323、put-miR-325、put-miR-444、put-miR-465、put-miR-468、put-miR-469、put-miR-476、put-miR-594、put-miR-6、put-miR-71、put-miR-742、put-miR-806、put-miR-856、put-miR-893、put-miR-92、put-miR-958、put-miR-961、RNU4-6p、RNU6-4、RNU6-45、RNU6-6、RNU6-7、RNU6-73、SNORA57、SNORD3B-2、tRNA120-AlaAGC、tRNA18-ArgCCT、tRNA27-MetCAT、tRNA2-LeuTAA、tRNA73-ArgCCG SNORD3B-2、tRNA8-ThrAGT、tRNA9-TyrGTA、U2.3、U4.64、U6.1249、U6.168、U6.375、U6.428、U6.601、UC022CJG1、YRNA-245、YRNA-255、及びYRNA-684、又はそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される。
いくつかの実施形態では、少なくとも1つのRNAバイオマーカーのアップレギュレーションされたレベル又はダウンレギュレーションされたレベルのいずれかは、TBIを示す。
いくつかの態様では、少なくとも1つのRNAバイオマーカーのレベルが所定の閾値を上回る若しくは下回る、又は対照と比較して増加若しくは減少している場合、対象はTBIを有すると診断される。
いくつかの実施形態では、方法は、TBIの治療に成功した後の正常な活動に適しているとしてヒト対象を特定することを更に含む。
いくつかの実施形態では、少なくとも1つのRNAバイオマーカーは、hsa-miR-143-3p及びhsa-miR-135b-5pからなる群から選択される1つ又は複数のmiRNAを更に含む。
本開示の別の態様では、TBIを診断及び/又は監視するための検出システム用のセンサ素子が提供され、センサ素子は、hsa-let-7a-5p、hsa-let-7b-5p、hsa-let-7f-5p、hsa-let-7i-5p、hsa-miR-103a-3p、hsa-miR-107、hsa-miR-1246、hsa-miR-126-3p(miR-126*)、hsa-miR-126-5p(=miR-126*)、hsa-miR-135b-5p、hsa-miR-142-3p、hsa-miR-142-5p、hsa-miR-143-3p(=miR-143)、hsa-miR-144-3p(miR-144*)、hsa-miR-144-5p(=miR-144*)、hsa-miR-148a-3p、hsa-miR-16-1-3p、hsa-miR-206、hsa-miR-21-5p、hsa-miR-29c-3p、hsa-miR-339-5p、hsa-miR-34b-3p、hsa-miR-425-5p、hsa-miR-449a、hsa-miR-497-5p、hsa-miR-671-3p、hsa-miR-6748-3p、hsa-miR-92a-3p、hsa-miR-934、put-miR-1003、put-miR-1080、put-miR-1084、put-miR-1146(2)、put-miR-1204、put-miR-1207、put-miR-1306、put-miR-188、put-miR-209、put-miR-323、put-miR-325、put-miR-444、put-miR-465、put-miR-468、put-miR-469、put-miR-476、put-miR-594、put-miR-6、put-miR-71、put-miR-742、put-miR-806、put-miR-856、put-miR-893、put-miR-92、put-miR-958、put-miR-961、RNU4-6p、RNU6-4、RNU6-45、RNU6-6、RNU6-7、RNU6-73、SNORA57、SNORD3B-2、tRNA120-AlaAGC、tRNA18-ArgCCT、tRNA27-MetCAT、tRNA2-LeuTAA、tRNA73-ArgCCG、tRNA8-ThrAGT、tRNA9-TyrGTA、U2.3、U4.64、U6.1249、U6.168、U6.375、U6.428、U6.601、UC022CJG1、YRNA-245、YRNA-255、及びYRNA-684からなる群から選択される少なくとも1つのRNAバイオマーカーに特異的なプローブで機能化された基板を含む。
いくつかの実施形態では、プローブは、少なくとも1つのRNAバイオマーカーに結合することができる核酸を含む。
いくつかの実施形態では、プローブは、標的RNAバイオマーカーの配列の相補体である配列と少なくとも70%の同一性を有する核酸を含む。
いくつかの実施形態では、プローブは、配列番号1、2、14、16、23、26、27、29、39、40、48、71、72、73、74、75、77、78、79、80、81、82、84、85、86、87、89、97、98、99、100、101、102、103、104、105、106、107、108、109、110、111、112、113、114、115、116、117、118、119、120、121、122、123、124、125、126、127、128、129、130、131、132、133、134、135、136、137、138、139、140、141、142、143、144、145、146、147、148、149、及び150の相補体である配列と少なくとも70%の同一性を有する核酸を含む。
いくつかの実施形態では、少なくとも1つのRNAバイオマーカーは、hsa-miR-143-3p及びhsa-miR-135b-5pからなる群から選択される1つ又は複数のmiRNAを更に含む。
本開示の別の態様では、本開示によるセンサ素子と、プローブへの標的RNAバイオマーカーの結合を検出することができる検出装置とを含む、TBIを診断及び/又はモニタリングするための検出システムが提供される。
いくつかの態様では、検出システムは、標的RNAバイオマーカーがアップレギュレーションされているか又はダウンレギュレーションされているかを判定する手段を更に含む。
本開示の別の態様では、TBIを有する疑いがある対象に対する一連の処置を決定する方法が提供され、対象から得られた唾液試料を本開示による検出システムに適用すること、少なくとも1つのRNAバイオマーカーのアップレギュレーションされたレベル又はダウンレギュレーションされたレベルが検出された場合、TBIの治療を提供することを含む。
本開示の別の態様では、TBIが疑われる対象を治療する方法が提供され、方法は、hsa-let-7a-5p、hsa-let-7b-5p、hsa-let-7f-5p、hsa-let-7i-5p、hsa-miR-103a-3p、hsa-miR-107、hsa-miR-1246、hsa-miR-126-3p(miR-126*)、hsa-miR-126-5p(=miR-126*)、hsa-miR-135b-5p、hsa-miR-142-3p、hsa-miR-142-5p、hsa-miR-143-3p(=miR-143)、hsa-miR-144-3p(miR-144*)、hsa-miR-144-5p(=miR-144*)、hsa-miR-148a-3p、hsa-miR-16-1-3p、hsa-miR-206、hsa-miR-21-5p、hsa-miR-29c-3p、hsa-miR-339-5p、hsa-miR-34b-3p、hsa-miR-425-5p、hsa-miR-449a、hsa-miR-497-5p、hsa-miR-671-3p、hsa-miR-6748-3p、hsa-miR-92a-3p、hsa-miR-934、put-miR-1003、put-miR-1080、put-miR-1084、put-miR-1146(2)、put-miR-1204、put-miR-1207、put-miR-1306、put-miR-188、put-miR-209、put-miR-323、put-miR-325、put-miR-444、put-miR-465、put-miR-468、put-miR-469、put-miR-476、put-miR-594、put-miR-6、put-miR-71、put-miR-742、put-miR-806、put-miR-856、put-miR-893、put-miR-92、put-miR-958、put-miR-961、RNU4-6p、RNU6-4、RNU6-45、RNU6-6、RNU6-7、RNU6-73、SNORA57、SNORD3B-2、tRNA120-AlaAGC、tRNA18-ArgCCT、tRNA27-MetCAT、tRNA2-LeuTAA、tRNA73-ArgCCG、tRNA8-ThrAGT、tRNA9-TyrGTA、U2.3、U4.64、U6.1249、U6.168、U6.375、U6.428、U6.601、UC022CJG1、YRNA-245、YRNA-255、及びYRNA-684からなる群から選択される少なくとも1つのRNAバイオマーカーのアップレギュレーションされたレベル又はダウンレギュレーションされたレベルが、対象から得られた唾液試料で検出可能であるかどうかを決定すること、及び少なくとも1つのRNAバイオマーカーのアップレギュレーションされたレベル又はダウンレギュレーションされたレベルが検出された場合、対象にTBIに対する治療を提供することを含む。
いくつかの実施形態では、少なくとも1つのRNAバイオマーカーは、hsa-miR-143-3p及びhsa-miR-135b-5pからなる群から選択される1つ又は複数のmiRNAを更に含む。
本開示の別の態様では、唾液試料中のRNAバイオマーカーを検出する方法が提供され、方法は、ヒト対象から唾液試料を得ること、唾液試料を、hsa-let-7a-5p、hsa-let-7b-5p、hsa-let-7f-5p、hsa-let-7i-5p、hsa-miR-103a-3p、hsa-miR-107、hsa-miR-1246、hsa-miR-126-3p(miR-126*)、hsa-miR-126-5p(=miR-126*)、hsa-miR-135b-5p、hsa-miR-142-3p、hsa-miR-142-5p、hsa-miR-143-3p(=miR-143)、hsa-miR-144-3p(miR-144*)、hsa-miR-144-5p(=miR-144*)、hsa-miR-148a-3p、hsa-miR-16-1-3p、hsa-miR-206、hsa-miR-21-5p、hsa-miR-29c-3p、hsa-miR-339-5p、hsa-miR-34b-3p、hsa-miR-425-5p、hsa-miR-449a、hsa-miR-497-5p、hsa-miR-671-3p、hsa-miR-6748-3p、hsa-miR-92a-3p、hsa-miR-934、put-miR-1003、put-miR-1080、put-miR-1084、put-miR-1146(2)、put-miR-1204、put-miR-1207、put-miR-1306、put-miR-188、put-miR-209、put-miR-323、put-miR-325、put-miR-444、put-miR-465、put-miR-468、put-miR-469、put-miR-476、put-miR-594、put-miR-6、put-miR-71、put-miR-742、put-miR-806、put-miR-856、put-miR-893、put-miR-92、put-miR-958、put-miR-961、RNU4-6p、RNU6-4、RNU6-45、RNU6-6、RNU6-7、RNU6-73、SNORA57、SNORD3B-2、tRNA120-AlaAGC、tRNA18-ArgCCT、tRNA27-MetCAT、tRNA2-LeuTAA、tRNA73-ArgCCG、tRNA8-ThrAGT、tRNA9-TyrGTA、U2.3、U4.64、U6.1249、U6.168、U6.375、U6.428、U6.601、UC022CJG1、YRNA-245、YRNA-255、及びYRNA-684からなる群から選択される少なくとも1つのRNAバイオマーカーに相補的な少なくとも1つのオリゴヌクレオチドプライマーと接触させること、ポリメラーゼ連鎖反応を使用して少なくとも1つのRNAバイオマーカーを増幅すること、及び増幅されたRNAバイオマーカーを検出することを含む。
いくつかの実施形態では、少なくとも1つのRNAバイオマーカーは、hsa-miR-143-3p及びhsa-miR-135b-5pからなる群から選択される1つ又は複数のmiRNAを更に含む。
本開示の別の態様では、ヒト対象からの唾液における外傷性脳損傷(TBI)を診断及び/又は監視する方法で使用するためのキットが提供され、キットは、hsa-let-7a-5p、hsa-let-7b-5p、hsa-let-7f-5p、hsa-let-7i-5p、hsa-miR-103a-3p、hsa-miR-107、hsa-miR-1246、hsa-miR-126-3p(miR-126*)、hsa-miR-126-5p(=miR-126*)、hsa-miR-135b-5p、hsa-miR-142-3p、hsa-miR-142-5p、hsa-miR-143-3p(=miR-143)、hsa-miR-144-3p(miR-144*)、hsa-miR-144-5p(=miR-144*)、hsa-miR-148a-3p、hsa-miR-16-1-3p、hsa-miR-206、hsa-miR-21-5p、hsa-miR-29c-3p、hsa-miR-339-5p、hsa-miR-34b-3p、hsa-miR-425-5p、hsa-miR-449a、hsa-miR-497-5p、hsa-miR-671-3p、hsa-miR-6748-3p、hsa-miR-92a-3p、hsa-miR-934、put-miR-1003、put-miR-1080、put-miR-1084、put-miR-1146(2)、put-miR-1204、put-miR-1207、put-miR-1306、put-miR-188、put-miR-209、put-miR-323、put-miR-325、put-miR-444、put-miR-465、put-miR-468、put-miR-469、put-miR-476、put-miR-594、put-miR-6、put-miR-71、put-miR-742、put-miR-806、put-miR-856、put-miR-893、put-miR-92、put-miR-958、put-miR-961、RNU4-6p、RNU6-4、RNU6-45、RNU6-6、RNU6-7、RNU6-73、SNORA57、SNORD3B-2、tRNA120-AlaAGC、tRNA18-ArgCCT、tRNA27-MetCAT、tRNA2-LeuTAA、tRNA73-ArgCCG、tRNA8-ThrAGT、tRNA9-TyrGTA、U2.3、U4.64、U6.1249、U6.168、U6.375、U6.428、U6.601、UC022CJG1、YRNA-245、YRNA-255、及びYRNA-684からなる群から選択される少なくとも1つのRNAバイオマーカーに特異的な少なくとも1つのプローブを含む。
いくつかの実施形態では、プローブは、少なくとも1つのRNAバイオマーカーに結合することができる核酸を含む。
いくつかの実施形態では、プローブは、標的RNAバイオマーカーの配列の相補体である配列と少なくとも70%の同一性を有する核酸を含む。
いくつかの実施形態では、プローブは、配列番号1、2、14、16、23、26、27、29、39、40、48、71、72、73、74、75、77、78、79、80、81、82、84、85、86、87、89、97、98、99、100、101、102、103、104、105、106、107、108、109、110、111、112、113、114、115、116、117、118、119、120、121、122、123、124、125、126、127、128、129、130、131、132、133、134、135、136、137、138、139、140、141、142、143、144、145、146、147、148、149、及び150の相補体である配列と少なくとも70%の同一性を有する核酸を含む。
いくつかの実施形態では、少なくとも1つのRNAバイオマーカーは、hsa-miR-143-3p及びhsa-miR-135b-5pからなる群から選択される1つ又は複数のmiRNAを更に含む。
本開示の別の態様では、ヒト対象からの唾液における外傷性脳損傷(TBI)を診断及び/又は監視する方法で使用するための組成物が提供され、組成物は、hsa-let-7a-5p、hsa-let-7b-5p、hsa-let-7f-5p、hsa-let-7i-5p、hsa-miR-103a-3p、hsa-miR-107、hsa-miR-1246、hsa-miR-126-3p(miR-126*)、hsa-miR-126-5p(=miR-126*)、hsa-miR-135b-5p、hsa-miR-142-3p、hsa-miR-142-5p、hsa-miR-143-3p(=miR-143)、hsa-miR-144-3p(miR-144*)、hsa-miR-144-5p(=miR-144*)、hsa-miR-148a-3p、hsa-miR-16-1-3p、hsa-miR-206、hsa-miR-21-5p、hsa-miR-29c-3p、hsa-miR-339-5p、hsa-miR-34b-3p、hsa-miR-425-5p、hsa-miR-449a、hsa-miR-497-5p、hsa-miR-671-3p、hsa-miR-6748-3p、hsa-miR-92a-3p、hsa-miR-934、put-miR-1003、put-miR-1080、put-miR-1084、put-miR-1146(2)、put-miR-1204、put-miR-1207、put-miR-1306、put-miR-188、put-miR-209、put-miR-323、put-miR-325、put-miR-444、put-miR-465、put-miR-468、put-miR-469、put-miR-476、put-miR-594、put-miR-6、put-miR-71、put-miR-742、put-miR-806、put-miR-856、put-miR-893、put-miR-92、put-miR-958、put-miR-961、RNU4-6p、RNU6-4、RNU6-45、RNU6-6、RNU6-7、RNU6-73、SNORA57、SNORD3B-2、tRNA120-AlaAGC、tRNA18-ArgCCT、tRNA27-MetCAT、tRNA2-LeuTAA、tRNA73-ArgCCG、tRNA8-ThrAGT、tRNA9-TyrGTA、U2.3、U4.64、U6.1249、U6.168、U6.375、U6.428、U6.601、UC022CJG1、YRNA-245、YRNA-255、及びYRNA-684からなる群から選択される少なくとも1つのRNAバイオマーカーに特異的な少なくとも1つのプローブを含む。
いくつかの実施形態では、プローブは、少なくとも1つのRNAバイオマーカーに結合することができる核酸を含む。
いくつかの実施形態では、プローブは、標的RNAバイオマーカーの配列の相補体である配列と少なくとも70%の同一性を有する核酸を含む。
いくつかの実施形態では、プローブは、配列番号1、2、14、16、23、26、27、29、39、40、48、71、72、73、74、75、77、78、79、80、81、82、84、85、86、87、89、97、98、99、100、101、102、103、104、105、106、107、108、109、110、111、112、113、114、115、116、117、118、119、120、121、122、123、124、125、126、127、128、129、130、131、132、133、134、135、136、137、138、139、140、141、142、143、144、145、146、147、148、149、及び150の相補体である配列と少なくとも70%の同一性を有する核酸を含む。
いくつかの実施形態では、少なくとも1つのRNAバイオマーカーは、hsa-miR-143-3p及びhsa-miR-135b-5pからなる群から選択される1つ又は複数のmiRNAを更に含む。
本発明の任意の態様に関連して本明細書で行われる記述は、必要に応じて、本発明の任意の他の態様にも等しく適用され得ることが理解される。
例
次いで、本発明の実施形態を例として説明する。
次いで、本発明の実施形態を例として説明する。
例1
唾液非コードRNA:
脳震盪を受けたラグビーのユニオンプレーヤーにおける次世代バイオマーカー
研究デザイン
ラグビーユニオンにおける脳震盪のマイクロRNAによる研究(SCRUM研究)は、イングランドにおけるシニアプロ国内ラグビー競技の上位二層、すなわち、プレミアシップとチャンピオン層におけるプレーヤー(1100名まで)の前向き観察研究である。この研究は、進行中の2017~2018シーズンのRFU損傷監視プログラムに組み込まれている。
唾液非コードRNA:
脳震盪を受けたラグビーのユニオンプレーヤーにおける次世代バイオマーカー
研究デザイン
ラグビーユニオンにおける脳震盪のマイクロRNAによる研究(SCRUM研究)は、イングランドにおけるシニアプロ国内ラグビー競技の上位二層、すなわち、プレミアシップとチャンピオン層におけるプレーヤー(1100名まで)の前向き観察研究である。この研究は、進行中の2017~2018シーズンのRFU損傷監視プログラムに組み込まれている。
全てのプレーヤーは、事前の書面による同意を得て、シーズン前の準備の間(B群)に、可能であればトレーニングセッションの前に、所属するクラブで約2mLの唾液の単一のベースライン試料を提供するように求められ、並びに、試料の処理及び取扱い、データの匿名化、及び自発的な同意をいつでも取り消す権利を詳述した同意書を記入するように求められた。研究者らは、これらのベースライン抽出のタイミングを、シーズン前のトレーニングセッション、他の損傷、又はサプリメント/医薬品の使用に関連して記録した。
シーズン中、プレーヤーが頭部損傷評価(HIA)プロセス(C群)に入るたびに、唾液試料を提供するように求められた。ピッチサイド評価のために試合中に退出したプレーヤーは、HIA1と呼ばれるこの医療評価中に試料を提供し、グループCaを構成した。プレーヤーが、カテゴリ1の徴候としても知られる脳震盪の明確な徴候を示した場合、ワールドラグビーのガイダンスに従って、ピッチサイド評価は必要ではなく、プレーヤーは試合から直ちに完全に外された。これらのプレーヤーは、「直ちに完全な退場」群(IPR)を形成した。脳震盪のためにピッチサイドで評価された全てのプレーヤー、又は脳震盪のために直ちに完全に退場させられた全てのプレーヤーは、試合直後(HIA2)及び試合後36~48時間(HIA3)に評価された。これらの評価のそれぞれで試料を収集した。したがって、本発明者らは、試合直後のC群及びIPR群(それぞれ、Cb群及びIPRb群)及び36時間~48時間のHIA群(それぞれ、Cc群及びIPRc群)の唾液試料を得た。
各時点でのHIAは、スポーツ関連脳震盪の状況で診断ツールとしてよく研究されている改変スポーツ脳震盪評価ツール第5版(SCAT5)の形態をとり、これは、シーズン前の準備中にクラブによって収集されたこれらの評価におけるベースライン性能データによって補完される。このようにして、本発明者らは、脳震盪診断用miRNAの存在を複数の時点で非侵襲的に調査し、これらのmiRNAを、ラグビーの頭部損傷の経験を有する臨床医によって行われる脳震盪についての標準化された臨床評価及び診断閾値と一致させた。全てのIPRプレーヤーは脳震盪を起こしたとみなされた。C群のプレーヤーは、いずれかの時点(HIA1、HIA2又はHIA3)でHIAに不合格であった場合は脳震盪と判断し、それ以外の場合は脳震盪ではないと判断した。脳震盪の疑いでHIAプロセスに参加したが、クリアされたプレーヤーは別々に分析した。
脳震盪と診断されたプレーヤーには、ベルリンコンセンサス段階的復帰(GRTP)プロトコルに従って、チームの医師によって競争競技(ステージVI)(Cd群及びIPRd)に復帰することが許可された時点で、更に唾液の試料を求めた。
プレーヤーがHIAのために外されるときはいつでも、クラブの医療チームはまた、「負傷していない対照」(U群)のプレーヤーにも声を掛け、試合後(Ub群)及び36~48時間後(Uc群)に唾液試料を採取した。「負傷していない対照」とは、可能な限り、脳震盪を起こしたプレーヤーと同じ試合、同じプレーポジションで、ほぼ同じ期間(分)、プレーした、脳震盪を起こしていないプレーヤーのことである。これにより、運動による活動の物理的ストレス及び衝突スポーツに参加した際に生じる可能性のある脳震盪下の打撃への曝露に応答したmiRNAプロファイルの説明が可能になる。
非神経学的損傷及び筋骨格外傷による混入を排除するために、クラブの衛生担当者は、「負傷していない対照」群(Mb群及びMc群)と同じ時点で筋骨格損傷(整形外科対照)によりプレーフィールドから退出したプレーヤー(M群)から試料を採取した。
倫理及び普及
SCRUM研究は、スポーツにおける反復性脳震盪(RECOS)研究の一部として、バーミンガム大学(UoB)の倫理観(ERN_11-0429AP28)の下で実施されている。本研究は、2017年9月22日にEast of England-Essex Research Ethics Committee(REC)によって、REC 17/EE/0275;IRAS 216703と承認された。
SCRUM研究は、スポーツにおける反復性脳震盪(RECOS)研究の一部として、バーミンガム大学(UoB)の倫理観(ERN_11-0429AP28)の下で実施されている。本研究は、2017年9月22日にEast of England-Essex Research Ethics Committee(REC)によって、REC 17/EE/0275;IRAS 216703と承認された。
唾液採取
試料を、RNA安定化溶液を含有するOragene(登録商標)-RNA RE-100唾液自己収集キット(DNA Genotek社)で合計8週間採取した。水道水で口をすすいだ後、登録時に各参加者から唾液を採取した。次いで、試料をバーミンガム大学に輸送し、そこで試料ポット製造業者のガイダンスに従って試料を処理して冷凍及び貯蔵した。
試料を、RNA安定化溶液を含有するOragene(登録商標)-RNA RE-100唾液自己収集キット(DNA Genotek社)で合計8週間採取した。水道水で口をすすいだ後、登録時に各参加者から唾液を採取した。次いで、試料をバーミンガム大学に輸送し、そこで試料ポット製造業者のガイダンスに従って試料を処理して冷凍及び貯蔵した。
材料及び方法
次世代シーケンシング-発見段階
全ての実験は独国QIAGEN Genomic Servicesで行った。
次世代シーケンシング-発見段階
全ての実験は独国QIAGEN Genomic Servicesで行った。
RNA調製
RNA調製は、RNeasyキットの代わりにmiRNeasyキット(Qiagen社、独国)を使用したことを除いて、Orageneの推奨に従って実施した。
RNA調製は、RNeasyキットの代わりにmiRNeasyキット(Qiagen社、独国)を使用したことを除いて、Orageneの推奨に従って実施した。
次世代シーケンシング
ライブラリーの調製及びシーケンシング
ライブラリーの調製は、QIAseq miRNAライブラリーキット(QIAGEN社)を使用して行った。合計5ulの総RNAをマイクロRNA NGSライブラリーに変換した。UMIを含有するアダプタをRNAにライゲートした。次いで、RNAをcDNAに変換した。PCRを使用してcDNAを増幅し(22サイクル)、PCR中にインデックスを追加した。PCR後、試料を精製した。ライブラリー調製QCを、Bioanalyzer2100(Agilent社)又はTapeStation4200(Agilent社)のいずれかを使用して行った。インサートの品質及び濃度測定値に基づいて、ライブラリーを等モル比でプールした。ライブラリープールを、qPCR ExiSEQ LNA(商標)Quantキット(Exiqon社)を使用して定量した。次いで、ライブラリープールを製造者の説明書(Illumina用NEBNext Multiplex Small RNA Library Prep Set)に従ってNextSeq500シーケンシング装置で配列決定して、約163~175塩基対サイズのライブラリーを作成した。bcl2fastqソフトウェア(Illumina社)を使用して、各試料の逆多重化ファイル及びFASTQファイルとしての生データを生成した。FastQCツール(www.bioinformatics.babraham.ac.uk/proeects/fastqc/)を使用してFASTQデータを確認した。
ライブラリーの調製及びシーケンシング
ライブラリーの調製は、QIAseq miRNAライブラリーキット(QIAGEN社)を使用して行った。合計5ulの総RNAをマイクロRNA NGSライブラリーに変換した。UMIを含有するアダプタをRNAにライゲートした。次いで、RNAをcDNAに変換した。PCRを使用してcDNAを増幅し(22サイクル)、PCR中にインデックスを追加した。PCR後、試料を精製した。ライブラリー調製QCを、Bioanalyzer2100(Agilent社)又はTapeStation4200(Agilent社)のいずれかを使用して行った。インサートの品質及び濃度測定値に基づいて、ライブラリーを等モル比でプールした。ライブラリープールを、qPCR ExiSEQ LNA(商標)Quantキット(Exiqon社)を使用して定量した。次いで、ライブラリープールを製造者の説明書(Illumina用NEBNext Multiplex Small RNA Library Prep Set)に従ってNextSeq500シーケンシング装置で配列決定して、約163~175塩基対サイズのライブラリーを作成した。bcl2fastqソフトウェア(Illumina社)を使用して、各試料の逆多重化ファイル及びFASTQファイルとしての生データを生成した。FastQCツール(www.bioinformatics.babraham.ac.uk/proeects/fastqc/)を使用してFASTQデータを確認した。
トリミング
cutadaptを使用して、生のリードにおけるアダプタ及びUMIの情報を抽出し、cutadaptからの出力を使用して、アダプタ配列を除去し、内部スクリプトを有するUMIによってリードを折り畳んだ。
cutadaptを使用して、生のリードにおけるアダプタ及びUMIの情報を抽出し、cutadaptからの出力を使用して、アダプタ配列を除去し、内部スクリプトを有するUMIによってリードを折り畳んだ。
UMI補正
実験プロトコルによれば、生のリードはそれぞれ、5’末端から開始して、挿入配列、アダプタ配列、12nt長のUMI配列、及び他のライゲーションされた配列を含むと予想された。リード長及びインサート長に応じて、全ての部分が全てのリードに存在したわけではなかった。UMI情報を用いてPCRバイアスを補正するために、生のリードを以下に記載されるように処理した。
実験プロトコルによれば、生のリードはそれぞれ、5’末端から開始して、挿入配列、アダプタ配列、12nt長のUMI配列、及び他のライゲーションされた配列を含むと予想された。リード長及びインサート長に応じて、全ての部分が全てのリードに存在したわけではなかった。UMI情報を用いてPCRバイアスを補正するために、生のリードを以下に記載されるように処理した。
1.提供されたアダプタ配列を有する生のリードに対してcutadaptを使用し、各リードのアダプタの存在に関する情報を有する出力を取得する。
2.cutadaptの出力を解析し、以下の要件の全てを満たすリードのみを保持する。
-リードにアダプタが含まれている。
-インサート配列は、最小インサート長(デフォルト16nt)以上でなければならない。
-UMI配列は、最小UMI長(デフォルト10nt)以上でなければならない。
-リードにアダプタが含まれている。
-インサート配列は、最小インサート長(デフォルト16nt)以上でなければならない。
-UMI配列は、最小UMI長(デフォルト10nt)以上でなければならない。
3.ステップ2からの完全長UMI配列を含まないリードからインサート配列を抽出し、部分UMIリードとして出力する。
4.ステップ2で出力された全長UMIのリードを調べ、全ての固有のインサート+UMIの組み合わせを同定する。固有のインサート+UMIの組み合わせからインサート配列を完全なUMIリードとして抽出する。
5.部分UMIリードと完全UMIリードとをUMI補正の出力として組み合わせる。
マッピング
Genome Reference Consortiumからダウンロードした全ヒトゲノム配列GRCh37及びアノテーション参照としてmirbase_20を使用して、各試料のシーケンシングデータの参照プロファイルを得た。リードを、Bowtie2を使用してmiRbaseにアラインメントした。リードをスパイクイン、豊富な配列及びmiRBaseにアラインメントするためのマッピング基準は、リードが参照配列と完全に一致しなければならないというものであった。ゲノムへのマッピングのために、リードの最初の32塩基において1つのミスマッチの制限を許容した。インデルはマッピングにおいて許容されなかった。非アライメントリードを宿主の参照ゲノムに対してマッピングし、mirPara及びmiRbaseの入力として使用して、推定miRNAを予測した。
Genome Reference Consortiumからダウンロードした全ヒトゲノム配列GRCh37及びアノテーション参照としてmirbase_20を使用して、各試料のシーケンシングデータの参照プロファイルを得た。リードを、Bowtie2を使用してmiRbaseにアラインメントした。リードをスパイクイン、豊富な配列及びmiRBaseにアラインメントするためのマッピング基準は、リードが参照配列と完全に一致しなければならないというものであった。ゲノムへのマッピングのために、リードの最初の32塩基において1つのミスマッチの制限を許容した。インデルはマッピングにおいて許容されなかった。非アライメントリードを宿主の参照ゲノムに対してマッピングし、mirPara及びmiRbaseの入力として使用して、推定miRNAを予測した。
示差的発現
アラインメントされたリードをカウントし、示差的発現分析、有意に示差的に発現されたマイクロRNAのp値及びBenjamini-Hochbergによる偽発見率を、EdgeRを用いて行った。正規化のために、試料間の発現レベルのlog倍及び絶対遺伝子変化に基づくM値のトリム平均(TMM)法を使用した。
アラインメントされたリードをカウントし、示差的発現分析、有意に示差的に発現されたマイクロRNAのp値及びBenjamini-Hochbergによる偽発見率を、EdgeRを用いて行った。正規化のために、試料間の発現レベルのlog倍及び絶対遺伝子変化に基づくM値のトリム平均(TMM)法を使用した。
目的変数なしの分析
主成分分析は、試料の定義されたコレクションからのTMMで正規化された定量化を入力として使用して、Rで実行される。
主成分分析は、試料の定義されたコレクションからのTMMで正規化された定量化を入力として使用して、Rで実行される。
miRNA qPCRデータ分析-検証研究
全ての実験は独国QIAGEN Genomic Servicesで行った。
全ての実験は独国QIAGEN Genomic Servicesで行った。
MiRNA qPCR検証を、176の唾液ベースライン試料(B)、損傷後の脳震盪プレーヤーからの42の試料(Ca群)、試合後の脳震盪プレーヤーからの52の試料(Cb群)及び36~48時間後の脳震盪プレーヤーからの54の試料(Cc群)、試合後の61人の損傷していないプレーヤー(Ub群)、36~48時間後の45人の損傷していないプレーヤー(Uc群)、試合後の30人の筋骨格損傷プレーヤー(Mb群)、36~48時間後の24人の筋骨格損傷プレーヤー(Mc群)で行った。
RNA抽出及びqPCR
miRNeasy血清/血漿キット(QIAGEN社)を製造者の説明書に従って使用して、試料から総RNAを抽出した。精製した総RNAを32μlの最終容量で溶出した。14μlのRNAを、miRCURY LNA RT Kit(QIAGEN社)を使用して70μlの反応物において逆転写した。cDNAを50倍希釈し、miRCURY LNA miRNA PCRのためのプロトコルに従って10μlのPCR反応物においてアッセイし、各miRNAを、miRCURY LNA SYBR Greenマスターミックスを使用して、miRNA Ready-to-Use PCR、カスタムパネルでqPCRにより1回アッセイした。テンプレートを逆転写反応から除外した陰性対照を行い、試料と同様にプロファイリングした。増幅は、384ウェルプレート中のLightCyclerp 480 Real-Time PCR System(Roche社)で行った。Cqの決定(二次導関数法による)及び融解曲線分析の両方のために、Roche LCソフトウェアを使用して増幅曲線を分析した。増幅効率は、LinRegソフトウェアと同様のアルゴリズムを使用して計算した。全てのアッセイを別個の融解曲線について検査し、Tmがアッセイの既知の仕様内にあることを確認した。更に、アッセイは、データ分析に含めるために、陰性対照よりも低い0Cq及び37未満のCqで検出されなければならない。これらの基準を満たさなかったデータは、更なる分析から除外した。Cqを二次導関数として計算した。正規化を、hsa-miR-29c-3p及びhsa-let-7b-5pの平均(カスタムノーマライザアッセイ)に基づいて行い、2つのより安定なmiRが、Normofinderソフトウェアによって全ての試料にわたって同定された(33)。正規化Cq値を計算するために使用される式は、カスタムノーマライザアッセイ平均CqとアッセイCq(目的のmiRNA)との差である。より高い値は、miRNAがその試料においてより豊富であることを示す。
miRNeasy血清/血漿キット(QIAGEN社)を製造者の説明書に従って使用して、試料から総RNAを抽出した。精製した総RNAを32μlの最終容量で溶出した。14μlのRNAを、miRCURY LNA RT Kit(QIAGEN社)を使用して70μlの反応物において逆転写した。cDNAを50倍希釈し、miRCURY LNA miRNA PCRのためのプロトコルに従って10μlのPCR反応物においてアッセイし、各miRNAを、miRCURY LNA SYBR Greenマスターミックスを使用して、miRNA Ready-to-Use PCR、カスタムパネルでqPCRにより1回アッセイした。テンプレートを逆転写反応から除外した陰性対照を行い、試料と同様にプロファイリングした。増幅は、384ウェルプレート中のLightCyclerp 480 Real-Time PCR System(Roche社)で行った。Cqの決定(二次導関数法による)及び融解曲線分析の両方のために、Roche LCソフトウェアを使用して増幅曲線を分析した。増幅効率は、LinRegソフトウェアと同様のアルゴリズムを使用して計算した。全てのアッセイを別個の融解曲線について検査し、Tmがアッセイの既知の仕様内にあることを確認した。更に、アッセイは、データ分析に含めるために、陰性対照よりも低い0Cq及び37未満のCqで検出されなければならない。これらの基準を満たさなかったデータは、更なる分析から除外した。Cqを二次導関数として計算した。正規化を、hsa-miR-29c-3p及びhsa-let-7b-5pの平均(カスタムノーマライザアッセイ)に基づいて行い、2つのより安定なmiRが、Normofinderソフトウェアによって全ての試料にわたって同定された(33)。正規化Cq値を計算するために使用される式は、カスタムノーマライザアッセイ平均CqとアッセイCq(目的のmiRNA)との差である。より高い値は、miRNAがその試料においてより豊富であることを示す。
統計分析
全ての分析は、SPSS 20.0(米国イリノイ州シカゴのSPSS社)を使用して行った。
全ての分析は、SPSS 20.0(米国イリノイ州シカゴのSPSS社)を使用して行った。
群比較
本発明者らは、両側独立標本t検定手順を使用して、2つの症例群の平均を比較した。両側対応ありt検定手順は、単一の群について2つの変数の平均を比較する。手順は、各症例について2つの変数の値の差を計算し、平均が0と異なるかどうかを試験する。ブートストラップは、推定値の標準誤差及び信頼区間のロバストな推定値を導出するための方法である。ブートストラップは、パラメトリック推論が不可能な場合のパラメトリック推定の代替として最も有用である。
本発明者らは、両側独立標本t検定手順を使用して、2つの症例群の平均を比較した。両側対応ありt検定手順は、単一の群について2つの変数の平均を比較する。手順は、各症例について2つの変数の値の差を計算し、平均が0と異なるかどうかを試験する。ブートストラップは、推定値の標準誤差及び信頼区間のロバストな推定値を導出するための方法である。ブートストラップは、パラメトリック推論が不可能な場合のパラメトリック推定の代替として最も有用である。
一元配置ANOVA手順は、単一因子(独立)変数による定量的従属変数の一元配置分散分析を生成する。分散分析は、いくつかの平均が等しいという仮説を検証するために使用される。この技術は、2標本t検定の拡張である。平均に差があると判断することに加えて、どの平均に差があるかを知りたい場合がある。平均を比較するための2つのタイプの試験、すなわち先験的コントラスト試験及び事後試験がある。コントラストは、実験を行う前に設定された試験であり、事後試験は、実験が行われた後に行われる。
一般線形モデル反復測定は、同じ属性の異なる測定値を表す関連従属変数の群を分析する。GLM反復測定で使用するための1つ又は複数の対象内因子を定義することが可能である。
判別分析
判別分析(DA)をQiagen社によって提供されたCq値に適用した。
判別分析(DA)をQiagen社によって提供されたCq値に適用した。
DAの主な目的は、群がそれに沿って異なる次元を見つけること、及び変数(予測子)の組み合わせから群メンバーシップを予測するための分類関数を見つけることであった。この場合、2つの群は脳震盪を受けた対象(C+IPR群)及び損傷していない対象(U群)であり、予測子はNGS研究から選択されたバイオマーカーのセットであった。
DAは、既に群に分類されているデータを用いて、観察された変数値に基づいて新たな(及び未分類の)個人を分類するための規則を導き出す。
単変量項(t検定、一元配置Anova)では、群間の有意差は、スコアが与えられると、それがどの群に由来するかを予測できることを意味する。DAでは、群が確実に異なる次元を理解しようとして、予測子間の差のパターンを全体として解釈する努力がなされることが多い。
2つの群のみでは、それらを最もよく分離する予測子の線形結合は1つしかない。2つの群重心の分離(平均の多変量バージョン)は、群1及び群2を分離する予測子の最良の線形結合を表す。2つの重心を結ぶ平行線は、線形結合又は判別関数、2つの群を識別するスコアのパターンを表す。
DAには2つのファセットがあり、いずれの所与の研究用途でも一方又は両方が強調され得る。研究者は、次元の数及びそれらの意味が無関係である場合を分類するための決定規則に関心があるかもしれない。あるいは、様々な群を互いに分離する予測子の組み合わせ(判別関数)に関してDAの結果を解釈することに重点を置くことができる。
分類関数は、新しい症例の群メンバーシップを予測し、交差検証によって同じ試料の症例の分類の妥当性をチェックするために使用される。
正準相関は、これらの群間の判別関数のスコアによって説明される分散のパーセントを説明する。正準相関は、回帰方程式の両辺に複数の変数があり、各判別関数について、二乗されると、その関数上の群と予測子との間で共有される分散の割合を示すため、多重相関である。
標準的な(直接)DAでは、標準的な重回帰と同様に、全ての予測子が一度に方程式に入り、各予測子には、群との固有の関連付けのみが割り当てられる。予測子間で共有される分散は、全関係に寄与するが、いずれか1つの予測子には寄与しない。
段階的DAでは、統計的基準を使用して、予測子の減少したセットを生成することができる。
全ての分析は、SPSS 20.0(米国イリノイ州シカゴのSPSS社)を使用して行った。
ROC曲線分析
試験の診断性能、又は実験症例を正常症例と識別するための試験の精度は、受信者操作特性(ROC)曲線分析を使用して評価される。ROC曲線を使用して、2つの診断試験の診断性能を比較することもできる。
試験の診断性能、又は実験症例を正常症例と識別するための試験の精度は、受信者操作特性(ROC)曲線分析を使用して評価される。ROC曲線を使用して、2つの診断試験の診断性能を比較することもできる。
一方の集団が特徴を有し、他方の集団が特徴を有しない2つの集団における特定の試験の結果を考慮すると、2つの群間の完全な分離はほとんど観察されない。実際、試験結果の分布は重複する。
ROC曲線では、真陽性率(感度)は、パラメータの異なるカットオフポイントに対する偽陽性率(100-特異度)の関数としてプロットされる。ROC曲線上の各ポイント(カットオフ)は、特定の判定閾値に対応する感度/特異度のペアを表す。ROC曲線下面積(AUC)は、パラメータが2つの診断群(実験/正常)をどれだけ区別できるかの尺度である。完全に区別できる(2つの分布に重複がない)試験は、左上隅を通過するROC曲線を有する(感度100%、特異度100%)。したがって、ROC曲線が左上隅に近いほど、試験の全体的な精度は高くなる。
ROC統計
感度:特性が存在する場合に検査結果が陽性となる確率(パーセンテージとして表される真陽性率)。
感度:特性が存在する場合に検査結果が陽性となる確率(パーセンテージとして表される真陽性率)。
特異度:特性が存在しない場合に検査結果が陰性になる確率(パーセンテージとして表される真陰性率)。
陽性尤度比:特性が存在する場合の陽性検査結果の確率と特性が存在しない場合の陽性検査結果の確率との比、すなわち、=真陽性率/偽陽性率=感度/(1-特異度)
陰性尤度比:特性が存在する場合の陰性検査結果の確率と特性が存在しない場合の陰性検査結果の確率との比、すなわち、=偽陰性率/真陰性率=(1-感度)/特異度
結果
試料サイズ
2017年7月から2018年4月の間に、合計906人のプレーヤーがこの研究に採用された。これには、プレミアシップでプレーしている11クラブ、及びIPAチャンピオンシップでプレーしている11クラブのプレーヤーが含まれていた。プレミアシップのあるクラブは、別の組織によって運営されている異なる目的のための唾液採取を含む脳震盪研究プロジェクトに既に参加していたので、RFUとの協議の後に参加しないことを選択した。IPAチャンピオンシップのあるクラブは、医療スタッフの人数が限られているために研究の要件を満たすのが困難であると感じて参加しないことを選択したが、IPAチャンピオンシップの別のクラブは、同様の理由で研究から撤退することを決定したが、プレーヤーがベースライン試料を提供した後であった。これにより、プレミアシップの合計11のクラブと、IPAチャンピオンシップの10のクラブが、シーズン中の頭部損傷イベントの試料収集に参加した。
試料サイズ
2017年7月から2018年4月の間に、合計906人のプレーヤーがこの研究に採用された。これには、プレミアシップでプレーしている11クラブ、及びIPAチャンピオンシップでプレーしている11クラブのプレーヤーが含まれていた。プレミアシップのあるクラブは、別の組織によって運営されている異なる目的のための唾液採取を含む脳震盪研究プロジェクトに既に参加していたので、RFUとの協議の後に参加しないことを選択した。IPAチャンピオンシップのあるクラブは、医療スタッフの人数が限られているために研究の要件を満たすのが困難であると感じて参加しないことを選択したが、IPAチャンピオンシップの別のクラブは、同様の理由で研究から撤退することを決定したが、プレーヤーがベースライン試料を提供した後であった。これにより、プレミアシップの合計11のクラブと、IPAチャンピオンシップの10のクラブが、シーズン中の頭部損傷イベントの試料収集に参加した。
全体で、両方の競技にわたって合計229件の頭部損傷が発生した。この数は、「カテゴリ1」の徴候及び症状を示したためにプレーヤーが直ちに完全にプレーから外された事例、並びにプレーヤーがフィールド外のHIA1評価のために一時的にプレーから外された全ての事例を統合したものである。これらの事例の合計129件から試料を受け取り、全体のコンプライアンスは56%となった。
フィールド上での診断又はその後の診断が脳震盪であった可能性のある120件の事例のうち73件(61%)から試料を受け取った。この群内では、26件(36%)が、「カテゴリ1」の徴候及び症状を示したためにプレーヤーがプレーから直ちに完全に外された事例であった。フィールド上での診断又はその後の診断で脳震盪が除外された可能性のある109件のうち42件(39%)から試料を受け取った。
相当の、負傷していない対照試料を71例(55%)受け取った。相当の、筋骨格損傷対照試料を39例(30%)受け取った。
次世代シーケンシング-発見段階
MicroRNA/small RNA次世代シーケンシング(NGS)を、最初の発見段階において、15の唾液ベースライン試料(B)、脳震盪プレーヤーからの15の試料(10の脳震盪(C)及び5のIPRからなる)及び20の対照(10の筋骨格損傷(M)及び10の損傷していないプレーヤー(U)からなる)を使用して行った。この段階で分析された全ての試料を、試合後に収集した(時点b)。
MicroRNA/small RNA次世代シーケンシング(NGS)を、最初の発見段階において、15の唾液ベースライン試料(B)、脳震盪プレーヤーからの15の試料(10の脳震盪(C)及び5のIPRからなる)及び20の対照(10の筋骨格損傷(M)及び10の損傷していないプレーヤー(U)からなる)を使用して行った。この段階で分析された全ての試料を、試合後に収集した(時点b)。
平均して、試料あたり1630万個のリードが得られた。詳細なmicroRNA/small RNA NGSデータ分析報告が得られた。示差的発現分析ステップは、microRNAごとに異なることを想定し、生物学的変動と実験内の技術的変動を区別することを試みる。
有意に示差的に発現されるmicroRNAのP値を、負の二項分布に対する正確な試験によって推定する。所与の実験条件間で示差的に発現すると予測されるmicroRNAのリストを作成した。このリストには、様々なRNA断片が含まれており、その中には、C+IP群とM+U群、B群とC+IPR群、B群とM+U群の間で示差的に発現される既知のmicroRNA、その他の低分子非コードRNA、予測されるmicroRNA(put-miRと記載)が含まれる。
検証のための選択
C+IPR群とM+U群において、NGS分析で示差的な発現を示したmicroRNA/small RNA/put microRNAのパネルを、以下のパラメータFDR<0.5又はp値<0.05に従って選択した。168個のsmall RNA、38個の既知のmicroRNA及び233個のput-miRからなるパネルをqPCRによる検証研究のために使用した。この試験の後、最も有意に変化したバイオマーカーは、30個の既知のmicroRNA、34個の推定miR、28個の低分子非コードRNAに減少し、これらを更に405個の試料で分析した。2つのqPCR検証セットから得られたCq値を最終的にマージし、合計598個の試料を収集した。
C+IPR群とM+U群において、NGS分析で示差的な発現を示したmicroRNA/small RNA/put microRNAのパネルを、以下のパラメータFDR<0.5又はp値<0.05に従って選択した。168個のsmall RNA、38個の既知のmicroRNA及び233個のput-miRからなるパネルをqPCRによる検証研究のために使用した。この試験の後、最も有意に変化したバイオマーカーは、30個の既知のmicroRNA、34個の推定miR、28個の低分子非コードRNAに減少し、これらを更に405個の試料で分析した。2つのqPCR検証セットから得られたCq値を最終的にマージし、合計598個の試料を収集した。
統計分析-検証研究
C群対U+M群で示差的に発現されるSncRNA
脳震盪試料を、異なる時点での非損傷及び筋骨格損傷と比較した。表5は、Ca対U+Mb(カテゴリU及びMの時点aでは試料を採取しなかったため、Ca群を最も近い時点であるU+Mbと比較した)、Cb対U+Mb、Cc対U+Mcの異なる比較の中でp値<0.05まで生存したsncRNAを示している。表には、個々のバイオマーカーごとのAUC、CI、カウント、CT平均、SD、ddcq、倍数変化及びパワー分析も含まれる。
C群対U+M群で示差的に発現されるSncRNA
脳震盪試料を、異なる時点での非損傷及び筋骨格損傷と比較した。表5は、Ca対U+Mb(カテゴリU及びMの時点aでは試料を採取しなかったため、Ca群を最も近い時点であるU+Mbと比較した)、Cb対U+Mb、Cc対U+Mcの異なる比較の中でp値<0.05まで生存したsncRNAを示している。表には、個々のバイオマーカーごとのAUC、CI、カウント、CT平均、SD、ddcq、倍数変化及びパワー分析も含まれる。
STEPWISE分析から選択されたバイオマーカーを表5の灰色のセルに示し、Ca対U+Mb、Cb対U+Mb、Cc対U+Mcの比較において、それぞれ0.86、0.86、0.97のAUCを示す。
C群対U群で示差的に発現れるSncRNA
脳震盪試料を、負傷していない対照群と異なる時点でのみ比較した。表6は、Ca対Ub、Cb対Ub、Cc対Ucの異なる比較の中でp値<0.05まで生存したsncRNAを示している。表には、個々のバイオマーカーごとのAUC、CI、カウント、CT平均、SD、ddcq、倍数変化及びパワー分析も含まれる。STEPWISE分析から選択されたバイオマーカーを表6の灰色のセルに示し、以下の比較Ca対Ub、Cb対Ub、Cc対Ucにおいて、それぞれ0.83、0.91及び0.97のAUCを示す。
脳震盪試料を、負傷していない対照群と異なる時点でのみ比較した。表6は、Ca対Ub、Cb対Ub、Cc対Ucの異なる比較の中でp値<0.05まで生存したsncRNAを示している。表には、個々のバイオマーカーごとのAUC、CI、カウント、CT平均、SD、ddcq、倍数変化及びパワー分析も含まれる。STEPWISE分析から選択されたバイオマーカーを表6の灰色のセルに示し、以下の比較Ca対Ub、Cb対Ub、Cc対Ucにおいて、それぞれ0.83、0.91及び0.97のAUCを示す。
C群対B群で示差的に発現されるSncRNA
脳震盪試料を、同じ対照のベースラインデータと比較した。表7は、Ca対B、Cb対B、Cc対Bの異なる比較の中でp値<0.05まで生存したsncRNAを示している。表には、個々のバイオマーカーごとのカウント、CT平均、SD、ddcq、倍数変化及びパワー分析も含まれる。
脳震盪試料を、同じ対照のベースラインデータと比較した。表7は、Ca対B、Cb対B、Cc対Bの異なる比較の中でp値<0.05まで生存したsncRNAを示している。表には、個々のバイオマーカーごとのカウント、CT平均、SD、ddcq、倍数変化及びパワー分析も含まれる。
C群とM群とで示差的に発現されるSncRNA
脳震盪試料を、筋骨格損傷対照群と異なる時点でのみ比較した。表8は、Ca対Mb、Cb対Mb、Cc対Mcの異なる比較の中でp値<0.05まで生存したsncRNAを示している。表には、個々のバイオマーカーごとのAUC、CI、カウント、CT平均、SD、ddcq、倍数変化及びパワー分析も含まれる。STEPWISE分析から選択されたバイオマーカーを表8の灰色のセルに示し、以下の比較Ca対Mb、Cb対Mb、Cc対Mcにおいて、それぞれ0.96、0.83及び0.94のAUCを示す。
脳震盪試料を、筋骨格損傷対照群と異なる時点でのみ比較した。表8は、Ca対Mb、Cb対Mb、Cc対Mcの異なる比較の中でp値<0.05まで生存したsncRNAを示している。表には、個々のバイオマーカーごとのAUC、CI、カウント、CT平均、SD、ddcq、倍数変化及びパワー分析も含まれる。STEPWISE分析から選択されたバイオマーカーを表8の灰色のセルに示し、以下の比較Ca対Mb、Cb対Mb、Cc対Mcにおいて、それぞれ0.96、0.83及び0.94のAUCを示す。
3つの時点でC群対U+M群で示差的に発現されたSncRNAを以下の表5に示す。この表には、個々のバイオマーカーごとのAUC、CI、カウント、CT平均、SD、ddcq、倍数変化及びパワー分析、並びにSTEPWISE分析も含まれる。
3つの時点でC群対U群で示差的に発現されたSncRNAを以下の表6に示す。この表には、個々のバイオマーカーごとのAUC、CI、カウント、CT平均、SD、ddcq、倍数変化及びパワー分析、並びにSTEPWISE分析も含まれる。
3つの時点でC群対M群で示差的に発現されたSncRNAを以下の表8に示す。この表には、個々のバイオマーカーごとのAUC、CI、カウント、CT平均、SD、ddcq、倍数変化及びパワー分析、並びにSTEPWISE分析も含まれる。
本開示の実施形態の例の第1のセット
A1.それを必要とするヒト対象における外傷性脳損傷(TBI)を診断及び治療する方法であって、方法は、
対象から唾液試料を得ること、
唾液試料を、Y_RNA.255、RNU6-7、RNU6-4、RNU6-6、RNU6-73、RNU6-45、U6.375、put-miR-1207、U6.428、put-miR-742、hsa-miR-6748-3p、put-miR-6、put-miR-410、put-miR-476、put-miR-293、hsa-miR-34b-3p、hsa-miR-1271-5p、hsa-miR-449a、put-miR-806、put-miR-71、put-miR-468、put-miR-1306、put-miR-1146、put-miR-1084、put-miR-92、put-miR-209、put-miR-961、U6.1249、put-miR-188、及びput-miR-1352からなる群から選択される少なくとも1つのRNAバイオマーカーに結合することができる核酸を含むプローブと接触させること、
唾液試料中の少なくとも1つのRNAバイオマーカーの量を決定すること、
少なくとも1つのRNAバイオマーカーの量が、所定の閾値に対して、又は対照試料中のRNAバイオマーカーの量に対して増加又は減少する対象をTBIを有するものとして同定すること、及び
以下の1つ又は複数:
対象を言語試験、認知試験、運動試験若しくは光学試験又は前述の任意の組み合わせに供すること、
対象をCT若しくはMRI又はこれらの組み合わせの形態の画像診断に供すること、及び/又は
対象に1つ又は複数の神経保護療法を施すこと
に従って、TBIを有すると同定された対象を治療すること、
を含む、方法。
A1.それを必要とするヒト対象における外傷性脳損傷(TBI)を診断及び治療する方法であって、方法は、
対象から唾液試料を得ること、
唾液試料を、Y_RNA.255、RNU6-7、RNU6-4、RNU6-6、RNU6-73、RNU6-45、U6.375、put-miR-1207、U6.428、put-miR-742、hsa-miR-6748-3p、put-miR-6、put-miR-410、put-miR-476、put-miR-293、hsa-miR-34b-3p、hsa-miR-1271-5p、hsa-miR-449a、put-miR-806、put-miR-71、put-miR-468、put-miR-1306、put-miR-1146、put-miR-1084、put-miR-92、put-miR-209、put-miR-961、U6.1249、put-miR-188、及びput-miR-1352からなる群から選択される少なくとも1つのRNAバイオマーカーに結合することができる核酸を含むプローブと接触させること、
唾液試料中の少なくとも1つのRNAバイオマーカーの量を決定すること、
少なくとも1つのRNAバイオマーカーの量が、所定の閾値に対して、又は対照試料中のRNAバイオマーカーの量に対して増加又は減少する対象をTBIを有するものとして同定すること、及び
以下の1つ又は複数:
対象を言語試験、認知試験、運動試験若しくは光学試験又は前述の任意の組み合わせに供すること、
対象をCT若しくはMRI又はこれらの組み合わせの形態の画像診断に供すること、及び/又は
対象に1つ又は複数の神経保護療法を施すこと
に従って、TBIを有すると同定された対象を治療すること、
を含む、方法。
A2.ヒト対象を、TBIの治療が成功した後の正常な活動に適しているとして特定することを更に含む、請求項A1に記載の方法。
B1.対象における外傷性脳損傷(TBI)を診断及び/又は監視する方法であって、方法は、対象から得られた唾液試料中の少なくとも1つのRNAバイオマーカーのレベルを決定することを含み、少なくとも1つのRNAバイオマーカーは、Y_RNA.255、RNU6-7、RNU6-4、RNU6-6、RNU6-73、RNU6-45、U6.375、put-miR-1207、U6.428、put-miR-742、hsa-miR-6748-3p、put-miR-6、put-miR-410、put-miR-476、put-miR-293、hsa-miR-34b-3p、hsa-miR-1271-5p、hsa-miR-449a、put-miR-806、put-miR-71、put-miR-468、put-miR-1306、put-miR-1146、put-miR-1084、put-miR-92、put-miR-209、put-miR-961、U6.1249、put-miR-188、及びput-miR-1352、又はそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される、方法。
B2.少なくとも1つのRNAバイオマーカーのアップレギュレーションされたレベル又はダウンレギュレーションされたレベルのいずれかが、TBIを示す、請求項B1に記載の方法。
B3.少なくとも1つのRNAバイオマーカーのレベルが、所定の閾値を上回る若しくは下回る、又は対照と比較して増加若しくは減少する場合、対象がTBIを有すると診断される、請求項B1に記載の方法。
B4.ヒト対象を、TBIの治療が成功した後の正常な活動に適しているとして特定することを更に含む、請求項B1に記載の方法。
B5.少なくとも1つのRNAバイオマーカーが、hsa-miR-143-3p及びhsa-miR-135b-5pからなる群から選択される1つ又は複数のmiRNAを更に含む、請求項B1からB4のいずれか一項に記載の方法。
C1.TBIを診断及び/又は監視するための検出システムのためのセンサ素子であって、センサ素子は、Y_RNA.255、RNU6-7、RNU6-4、RNU6-6、RNU6-73、RNU6-45、U6.375、put-miR-1207、U6.428、put-miR-742、hsa-miR-6748-3p、put-miR-6、put-miR-410、put-miR-476、put-miR-293、hsa-miR-34b-3p、hsa-miR-1271-5p、hsa-miR-449a、put-miR-806、put-miR-71、put-miR-468、put-miR-1306、put-miR-1146、put-miR-1084、put-miR-92、put-miR-209、put-miR-961、U6.1249、put-miR-188、及びput-miR-1352からなる群から選択される少なくとも1つのRNAバイオマーカーに特異的なプローブで機能化された基板を含む、センサ素子。
C2.プローブが、少なくとも1つのRNAバイオマーカーに結合することができる核酸を含む、請求項C1に記載のセンサ素子。
C3.プローブが、標的RNAバイオマーカーの配列の相補体である配列と少なくとも70%の同一性を有する核酸を含む、請求項C1又はC2に記載のセンサ素子。
C4.プローブが、配列番号70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、及び99の相補体である配列と少なくとも70%の同一性を有する核酸を含む、請求項C1又はC2に記載のセンサ素子。
C5.少なくとも1つのRNAバイオマーカーが、hsa-miR-143-3p及びhsa-miR-135b-5pからなる群から選択される1つ又は複数のmiRNAを更に含む、C1からC4のいずれか一項に記載のセンサ素子。
D1.本開示によるセンサ素子と、プローブへの標的RNAバイオマーカーの結合を検出可能な検出装置とを含む、TBIを診断及び/又は監視するための検出システム。
D2.標的RNAバイオマーカーがアップレギュレーションされているか又はダウンレギュレーションされているかを判定する手段を更に含む、請求項D1に記載の検出システム。
E1.TBIを有することが疑われる対象に対する一連の処置を決定するための方法であって、対象から得られた唾液試料を本開示による検出システムに適用すること、及び少なくとも1つのRNAバイオマーカーのアップレギュレーションされたレベル又はダウンレギュレーションされたレベルが検出された場合、TBIのための治療を提供することを含む方法。
F1.TBIが疑われる対象を治療する方法であって、方法は、
Y_RNA.255、RNU6-7、RNU6-4、RNU6-6、RNU6-73、RNU6-45、U6.375、put-miR-1207、U6.428、put-miR-742、hsa-miR-6748-3p、put-miR-6、put-miR-410、put-miR-476、put-miR-293、hsa-miR-34b-3p、hsa-miR-1271-5p、hsa-miR-449a、put-miR-806、put-miR-71、put-miR-468、put-miR-1306、put-miR-1146、put-miR-1084、put-miR-92、put-miR-209、put-miR-961、U6.1249、put-miR-188、及びput-miR-1352からなる群から選択される少なくとも1つのRNAバイオマーカーのアップレギュレーションされたレベル又はダウンレギュレーションされたレベルが、対象から得られた唾液試料で検出可能であるかどうかを決定すること、及び
少なくとも1つのRNAバイオマーカーのアップレギュレーションされたレベル又はダウンレギュレーションされたレベルが検出された場合、対象にTBIに対する治療を提供すること
を含む、方法。
Y_RNA.255、RNU6-7、RNU6-4、RNU6-6、RNU6-73、RNU6-45、U6.375、put-miR-1207、U6.428、put-miR-742、hsa-miR-6748-3p、put-miR-6、put-miR-410、put-miR-476、put-miR-293、hsa-miR-34b-3p、hsa-miR-1271-5p、hsa-miR-449a、put-miR-806、put-miR-71、put-miR-468、put-miR-1306、put-miR-1146、put-miR-1084、put-miR-92、put-miR-209、put-miR-961、U6.1249、put-miR-188、及びput-miR-1352からなる群から選択される少なくとも1つのRNAバイオマーカーのアップレギュレーションされたレベル又はダウンレギュレーションされたレベルが、対象から得られた唾液試料で検出可能であるかどうかを決定すること、及び
少なくとも1つのRNAバイオマーカーのアップレギュレーションされたレベル又はダウンレギュレーションされたレベルが検出された場合、対象にTBIに対する治療を提供すること
を含む、方法。
F2.少なくとも1つのRNAバイオマーカーが、hsa-miR-143-3p及びhsa-miR-135b-5pからなる群から選択される1つ又は複数のmiRNAを更に含む、請求項F1に記載の方法。
G1.唾液試料中のRNAバイオマーカーを検出する方法であって、方法は、
対象から唾液試料を取得すること、
唾液試料を、Y_RNA.255、RNU6-7、RNU6-4、RNU6-6、RNU6-73、RNU6-45、U6.375、put-miR-1207、U6.428、put-miR-742、hsa-miR-6748-3p、put-miR-6、put-miR-410、put-miR-476、put-miR-293、hsa-miR-34b-3p、hsa-miR-1271-5p、hsa-miR-449a、put-miR-806、put-miR-71、put-miR-468、put-miR-1306、put-miR-1146、put-miR-1084、put-miR-92、put-miR-209、put-miR-961、U6.1249、put-miR-188、及びput-miR-1352からなる群から選択される少なくとも1つのRNAバイオマーカーに相補的な少なくとも1つのオリゴヌクレオチドプライマーと接触させること
ポリメラーゼ連鎖反応を使用して少なくとも1つのRNAバイオマーカーを増幅すること、及び
増幅されたRNAバイオマーカーを検出することを含む、方法。
対象から唾液試料を取得すること、
唾液試料を、Y_RNA.255、RNU6-7、RNU6-4、RNU6-6、RNU6-73、RNU6-45、U6.375、put-miR-1207、U6.428、put-miR-742、hsa-miR-6748-3p、put-miR-6、put-miR-410、put-miR-476、put-miR-293、hsa-miR-34b-3p、hsa-miR-1271-5p、hsa-miR-449a、put-miR-806、put-miR-71、put-miR-468、put-miR-1306、put-miR-1146、put-miR-1084、put-miR-92、put-miR-209、put-miR-961、U6.1249、put-miR-188、及びput-miR-1352からなる群から選択される少なくとも1つのRNAバイオマーカーに相補的な少なくとも1つのオリゴヌクレオチドプライマーと接触させること
ポリメラーゼ連鎖反応を使用して少なくとも1つのRNAバイオマーカーを増幅すること、及び
増幅されたRNAバイオマーカーを検出することを含む、方法。
G2.少なくとも1つのRNAバイオマーカーが、hsa-miR-143-3p及びhsa-miR-135b-5pからなる群から選択される1つ又は複数のmiRNAを更に含む、請求項G1に記載の方法。
H1.ヒト対象の唾液における外傷性脳損傷(TBI)を診断及び/又は監視する方法において使用するためのキットであって、キットは、Y_RNA.255、RNU6-7、RNU6-4、RNU6-6、RNU6-73、RNU6-45、U6.375、put-miR-1207、U6.428、put-miR-742、hsa-miR-6748-3p、put-miR-6、put-miR-410、put-miR-476、put-miR-293、hsa-miR-34b-3p、hsa-miR-1271-5p、hsa-miR-449a、put-miR-806、put-miR-71、put-miR-468、put-miR-1306、put-miR-1146、put-miR-1084、put-miR-92、put-miR-209、put-miR-961、U6.1249、put-miR-188、及びput-miR-1352からなる群から選択される少なくとも1つのRNAバイオマーカーに特異的な少なくとも1つのプローブを含む、キット。
H2.プローブが、少なくとも1つのRNAバイオマーカーに結合することができる核酸を含む、請求項H1に記載のキット。
H3.プローブが、標的RNAバイオマーカーの配列の相補体である配列と少なくとも70%の同一性を有する核酸を含む、請求項H1又はH2に記載のキット。
H4.プローブが、配列番号70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、及び99の相補体である配列と少なくとも70%の同一性を有する核酸を含む、請求項H1又はH2に記載のキット。
H5.少なくとも1つのRNAバイオマーカーが、hsa-miR-143-3p及びhsa-miR-135b-5pからなる群から選択される1つ又は複数のmiRNAを更に含む、請求項H1からH4のいずれか一項に記載のキット。
I1.ヒト対象の唾液における外傷性脳損傷(TBI)を診断及び/又は監視する方法において使用するための組成物であって、組成物は、Y_RNA.255、RNU6-7、RNU6-4、RNU6-6、RNU6-73、RNU6-45、U6.375、put-miR-1207、U6.428、put-miR-742、hsa-miR-6748-3p、put-miR-6、put-miR-410、put-miR-476、put-miR-293、hsa-miR-34b-3p、hsa-miR-1271-5p、hsa-miR-449a、put-miR-806、put-miR-71、put-miR-468、put-miR-1306、put-miR-1146、put-miR-1084、put-miR-92、put-miR-209、put-miR-961、U6.1249、put-miR-188、及びput-miR-1352からなる群から選択される少なくとも1つのRNAバイオマーカーに特異的な少なくとも1つのプローブを含む、組成物。
I2.プローブが、少なくとも1つのRNAバイオマーカーに結合することができる核酸を含む、請求項I1に記載の組成物。
I3.プローブが、標的RNAバイオマーカーの配列の相補体である配列と少なくとも70%の同一性を有する核酸を含む、請求項I1又はI2に記載の組成物。
I4.プローブが、配列番号70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、及び99の相補体である配列と少なくとも70%の同一性を有する核酸を含む、請求項I1又はI2に記載の組成物。
I5.少なくとも1つのRNAバイオマーカーが、hsa-miR-143-3p及びhsa-miR-135b-5pからなる群から選択される1つ又は複数のmiRNAを更に含む、請求項I1からI4のいずれか一項に記載の組成物。
本開示の実施形態の例の第2のセット
A1.それを必要とするヒト対象における外傷性脳損傷(TBI)を診断及び治療する方法であって、方法は、
対象から唾液試料を得ること、
唾液試料を、
a.hsa-miR-1246、hsa-miR-126-3p(miR-126*)、hsa-miR-144-3p(miR-144*)、hsa-miR-144-5p(=miR-144*)、hsa-miR-16-1-3p、hsa-miR-339-5p、hsa-miR-497-5p、put-miR-1204、put-miR-323、put-miR-325、put-miR-444、put-miR-465、put-miR-469、put-miR-594、put-miR-856、put-miR-893、put-miR-958、RNU4-6p、SNORA57、SNORD3B-2、tRNA120-AlaAGC、tRNA18-ArgCCT、tRNA27-MetCAT、tRNA2-LeuTAA、tRNA73-ArgCCG、tRNA8-ThrAGT、tRNA9-TyrGTA、U2.3、U4.64、U6.168、U6.601、UC022CJG1、YRNA-245、及びYRNA-684、又はそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される、及び/又は
b.put-miR-1003、put-miR-1080、put-miR-1084、put-miR-1146(2)、put-miR-1207、put-miR-1306、put-miR-188、put-miR-209、put-miR-468、put-miR-476、put-miR-6、put-miR-71、put-miR-742、put-miR-806、put-miR-92、put-miR-961、RNU6-4、RNU6-45、RNU6-6、RNU6-7、RNU6-73、U6.1249、U6.375、U6.428、及びYRNA-255、又はそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される、
少なくとも1つのRNAバイオマーカーに結合することができる核酸を含むプローブと接触させること、
唾液試料中の少なくとも1つのRNAバイオマーカーの量を決定すること、
少なくとも1つのRNAバイオマーカーの量が、所定の閾値に対して、又は対照試料中のRNAバイオマーカーの量に対して増加又は減少する対象をTBIを有するものとして同定すること、及び
以下の1つ又は複数:
対象を言語試験、認知試験、運動試験若しくは光学試験又は前述の任意の組み合わせに供すること、
対象をCT若しくはMRI又はこれらの組み合わせの形態の画像診断に供すること、及び/又は
対象に1つ又は複数の神経保護療法を施すこと
に従って、TBIを有すると同定された対象を治療することを含む、方法。
A1.それを必要とするヒト対象における外傷性脳損傷(TBI)を診断及び治療する方法であって、方法は、
対象から唾液試料を得ること、
唾液試料を、
a.hsa-miR-1246、hsa-miR-126-3p(miR-126*)、hsa-miR-144-3p(miR-144*)、hsa-miR-144-5p(=miR-144*)、hsa-miR-16-1-3p、hsa-miR-339-5p、hsa-miR-497-5p、put-miR-1204、put-miR-323、put-miR-325、put-miR-444、put-miR-465、put-miR-469、put-miR-594、put-miR-856、put-miR-893、put-miR-958、RNU4-6p、SNORA57、SNORD3B-2、tRNA120-AlaAGC、tRNA18-ArgCCT、tRNA27-MetCAT、tRNA2-LeuTAA、tRNA73-ArgCCG、tRNA8-ThrAGT、tRNA9-TyrGTA、U2.3、U4.64、U6.168、U6.601、UC022CJG1、YRNA-245、及びYRNA-684、又はそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される、及び/又は
b.put-miR-1003、put-miR-1080、put-miR-1084、put-miR-1146(2)、put-miR-1207、put-miR-1306、put-miR-188、put-miR-209、put-miR-468、put-miR-476、put-miR-6、put-miR-71、put-miR-742、put-miR-806、put-miR-92、put-miR-961、RNU6-4、RNU6-45、RNU6-6、RNU6-7、RNU6-73、U6.1249、U6.375、U6.428、及びYRNA-255、又はそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される、
少なくとも1つのRNAバイオマーカーに結合することができる核酸を含むプローブと接触させること、
唾液試料中の少なくとも1つのRNAバイオマーカーの量を決定すること、
少なくとも1つのRNAバイオマーカーの量が、所定の閾値に対して、又は対照試料中のRNAバイオマーカーの量に対して増加又は減少する対象をTBIを有するものとして同定すること、及び
以下の1つ又は複数:
対象を言語試験、認知試験、運動試験若しくは光学試験又は前述の任意の組み合わせに供すること、
対象をCT若しくはMRI又はこれらの組み合わせの形態の画像診断に供すること、及び/又は
対象に1つ又は複数の神経保護療法を施すこと
に従って、TBIを有すると同定された対象を治療することを含む、方法。
A2.少なくとも1つのRNAバイオマーカーが、
a.hsa-let-7i-5p、hsa-miR-107、hsa-miR-126-5p(=miR-126*)、hsa-miR-135b-5p、hsa-miR-142-3p、hsa-miR-142-5p、hsa-miR-143-3p(=miR-143)、hsa-miR-148a-3p、hsa-miR-206、hsa-miR-29c-3p、hsa-miR-34b-3p、hsa-miR-425-5p、hsa-miR-449a、hsa-miR-671-3p、hsa-miR-6748-3p、及びhsa-miR-934、又はそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される、及び/又は
b.hsa-let-7a-5p、hsa-let-7b-5p、hsa-let-7f-5p、hsa-miR-103a-3p、hsa-miR-21-5p、及びhsa-miR-92a-3p、又はそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される、1つ又は複数のmiRNAを更に含む、請求項A1に記載の方法。
a.hsa-let-7i-5p、hsa-miR-107、hsa-miR-126-5p(=miR-126*)、hsa-miR-135b-5p、hsa-miR-142-3p、hsa-miR-142-5p、hsa-miR-143-3p(=miR-143)、hsa-miR-148a-3p、hsa-miR-206、hsa-miR-29c-3p、hsa-miR-34b-3p、hsa-miR-425-5p、hsa-miR-449a、hsa-miR-671-3p、hsa-miR-6748-3p、及びhsa-miR-934、又はそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される、及び/又は
b.hsa-let-7a-5p、hsa-let-7b-5p、hsa-let-7f-5p、hsa-miR-103a-3p、hsa-miR-21-5p、及びhsa-miR-92a-3p、又はそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される、1つ又は複数のmiRNAを更に含む、請求項A1に記載の方法。
A3.ヒト対象を、TBIの治療が成功した後の正常な活動に適しているとして特定することを更に含む、請求項A1に記載の方法。
B1.対象における外傷性脳損傷(TBI)を診断及び/又は監視する方法であって、方法が、対象から得られた唾液試料中の少なくとも1つのRNAバイオマーカーのレベルを決定することを含み、少なくとも1つのRNAバイオマーカーが、
a.hsa-miR-1246、hsa-miR-126-3p(miR-126*)、hsa-miR-144-3p(miR-144*)、hsa-miR-144-5p(=miR-144*)、hsa-miR-16-1-3p、hsa-miR-339-5p、hsa-miR-497-5p、put-miR-1204、put-miR-323、put-miR-325、put-miR-444、put-miR-465、put-miR-469、put-miR-594、put-miR-856、put-miR-893、put-miR-958、RNU4-6p、SNORA57、SNORD3B-2、tRNA120-AlaAGC、tRNA18-ArgCCT、tRNA27-MetCAT、tRNA2-LeuTAA、tRNA73-ArgCCG、tRNA8-ThrAGT、tRNA9-TyrGTA、U2.3、U4.64、U6.168、U6.601、UC022CJG1、YRNA-245、及びYRNA-684、又はそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される、及び/又は
b.put-miR-1003、put-miR-1080、put-miR-1084、put-miR-1146(2)、put-miR-1207、put-miR-1306、put-miR-188、put-miR-209、put-miR-468、put-miR-476、put-miR-6、put-miR-71、put-miR-742、put-miR-806、put-miR-92、put-miR-961、RNU6-4、RNU6-45、RNU6-6、RNU6-7、RNU6-73、U6.1249、U6.375、U6.428、及びYRNA-255、又はそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される、方法。
a.hsa-miR-1246、hsa-miR-126-3p(miR-126*)、hsa-miR-144-3p(miR-144*)、hsa-miR-144-5p(=miR-144*)、hsa-miR-16-1-3p、hsa-miR-339-5p、hsa-miR-497-5p、put-miR-1204、put-miR-323、put-miR-325、put-miR-444、put-miR-465、put-miR-469、put-miR-594、put-miR-856、put-miR-893、put-miR-958、RNU4-6p、SNORA57、SNORD3B-2、tRNA120-AlaAGC、tRNA18-ArgCCT、tRNA27-MetCAT、tRNA2-LeuTAA、tRNA73-ArgCCG、tRNA8-ThrAGT、tRNA9-TyrGTA、U2.3、U4.64、U6.168、U6.601、UC022CJG1、YRNA-245、及びYRNA-684、又はそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される、及び/又は
b.put-miR-1003、put-miR-1080、put-miR-1084、put-miR-1146(2)、put-miR-1207、put-miR-1306、put-miR-188、put-miR-209、put-miR-468、put-miR-476、put-miR-6、put-miR-71、put-miR-742、put-miR-806、put-miR-92、put-miR-961、RNU6-4、RNU6-45、RNU6-6、RNU6-7、RNU6-73、U6.1249、U6.375、U6.428、及びYRNA-255、又はそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される、方法。
B2.少なくとも1つのRNAバイオマーカーのアップレギュレーションされたレベル又はダウンレギュレーションされたレベルのいずれかが、TBIを示す、請求項B1に記載の方法。
B3.少なくとも1つのRNAバイオマーカーのレベルが、所定の閾値を上回る若しくは下回る、又は対照と比較して増加若しくは減少する場合、対象がTBIを有すると診断される、請求項B1に記載の方法。
B4.少なくとも1つのRNAバイオマーカーが、
a.hsa-let-7i-5p、hsa-miR-107、hsa-miR-126-5p(=miR-126*)、hsa-miR-135b-5p、hsa-miR-142-3p、hsa-miR-142-5p、hsa-miR-143-3p(=miR-143)、hsa-miR-148a-3p、hsa-miR-206、hsa-miR-29c-3p、hsa-miR-34b-3p、hsa-miR-425-5p、hsa-miR-449a、hsa-miR-671-3p、hsa-miR-6748-3p、及びhsa-miR-934、又はそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される、及び/又は
b.hsa-let-7a-5p、hsa-let-7b-5p、hsa-let-7f-5p、hsa-miR-103a-3p、hsa-miR-21-5p、及びhsa-miR-92a-3p、又はそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される、1つ又は複数のmiRNAを更に含む、請求項B1からB3のいずれか一項に記載の方法。
a.hsa-let-7i-5p、hsa-miR-107、hsa-miR-126-5p(=miR-126*)、hsa-miR-135b-5p、hsa-miR-142-3p、hsa-miR-142-5p、hsa-miR-143-3p(=miR-143)、hsa-miR-148a-3p、hsa-miR-206、hsa-miR-29c-3p、hsa-miR-34b-3p、hsa-miR-425-5p、hsa-miR-449a、hsa-miR-671-3p、hsa-miR-6748-3p、及びhsa-miR-934、又はそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される、及び/又は
b.hsa-let-7a-5p、hsa-let-7b-5p、hsa-let-7f-5p、hsa-miR-103a-3p、hsa-miR-21-5p、及びhsa-miR-92a-3p、又はそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される、1つ又は複数のmiRNAを更に含む、請求項B1からB3のいずれか一項に記載の方法。
B5.ヒト対象を、TBIの治療が成功した後の正常な活動に適しているとして特定することを更に含む、請求項B1に記載の方法。
B6.少なくとも1つのRNAバイオマーカーが、
a.hsa-let-7i-5p、hsa-miR-107、hsa-miR-126-5p(=miR-126*)、hsa-miR-135b-5p、hsa-miR-142-3p、hsa-miR-142-5p、hsa-miR-143-3p(=miR-143)、hsa-miR-148a-3p、hsa-miR-206、hsa-miR-29c-3p、hsa-miR-34b-3p、hsa-miR-425-5p、hsa-miR-449a、hsa-miR-671-3p、hsa-miR-6748-3p、及びhsa-miR-934、又はそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される、及び/又は
b.hsa-let-7a-5p、hsa-let-7b-5p、hsa-let-7f-5p、hsa-miR-103a-3p、hsa-miR-21-5p、及びhsa-miR-92a-3p、又はそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される、1つ又は複数のmiRNAを更に含む、請求項B1からB7のいずれか一項に記載の方法。
a.hsa-let-7i-5p、hsa-miR-107、hsa-miR-126-5p(=miR-126*)、hsa-miR-135b-5p、hsa-miR-142-3p、hsa-miR-142-5p、hsa-miR-143-3p(=miR-143)、hsa-miR-148a-3p、hsa-miR-206、hsa-miR-29c-3p、hsa-miR-34b-3p、hsa-miR-425-5p、hsa-miR-449a、hsa-miR-671-3p、hsa-miR-6748-3p、及びhsa-miR-934、又はそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される、及び/又は
b.hsa-let-7a-5p、hsa-let-7b-5p、hsa-let-7f-5p、hsa-miR-103a-3p、hsa-miR-21-5p、及びhsa-miR-92a-3p、又はそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される、1つ又は複数のmiRNAを更に含む、請求項B1からB7のいずれか一項に記載の方法。
C1.TBIを診断及び/又は監視するための検出システムのためのセンサ素子であって、センサ素子が、
a.hsa-miR-1246、hsa-miR-126-3p(miR-126*)、hsa-miR-144-3p(miR-144*)、hsa-miR-144-5p(=miR-144*)、hsa-miR-16-1-3p、hsa-miR-339-5p、hsa-miR-497-5p、put-miR-1204、put-miR-323、put-miR-325、put-miR-444、put-miR-465、put-miR-469、put-miR-594、put-miR-856、put-miR-893、put-miR-958、RNU4-6p、SNORA57、SNORD3B-2、tRNA120-AlaAGC、tRNA18-ArgCCT、tRNA27-MetCAT、tRNA2-LeuTAA、tRNA73-ArgCCG、tRNA8-ThrAGT、tRNA9-TyrGTA、U2.3、U4.64、U6.168、U6.601、UC022CJG1、YRNA-245、及びYRNA-684、又はそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される、及び/又は
b.put-miR-1003、put-miR-1080、put-miR-1084、put-miR-1146(2)、put-miR-1207、put-miR-1306、put-miR-188、put-miR-209、put-miR-468、put-miR-476、put-miR-6、put-miR-71、put-miR-742、put-miR-806、put-miR-92、put-miR-961、RNU6-4、RNU6-45、RNU6-6、RNU6-7、RNU6-73、U6.1249、U6.375、U6.428、及びYRNA-255、又はそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される、
少なくとも1つのRNAバイオマーカーに特異的なプローブで機能化された基板を含む、センサ素子。
a.hsa-miR-1246、hsa-miR-126-3p(miR-126*)、hsa-miR-144-3p(miR-144*)、hsa-miR-144-5p(=miR-144*)、hsa-miR-16-1-3p、hsa-miR-339-5p、hsa-miR-497-5p、put-miR-1204、put-miR-323、put-miR-325、put-miR-444、put-miR-465、put-miR-469、put-miR-594、put-miR-856、put-miR-893、put-miR-958、RNU4-6p、SNORA57、SNORD3B-2、tRNA120-AlaAGC、tRNA18-ArgCCT、tRNA27-MetCAT、tRNA2-LeuTAA、tRNA73-ArgCCG、tRNA8-ThrAGT、tRNA9-TyrGTA、U2.3、U4.64、U6.168、U6.601、UC022CJG1、YRNA-245、及びYRNA-684、又はそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される、及び/又は
b.put-miR-1003、put-miR-1080、put-miR-1084、put-miR-1146(2)、put-miR-1207、put-miR-1306、put-miR-188、put-miR-209、put-miR-468、put-miR-476、put-miR-6、put-miR-71、put-miR-742、put-miR-806、put-miR-92、put-miR-961、RNU6-4、RNU6-45、RNU6-6、RNU6-7、RNU6-73、U6.1249、U6.375、U6.428、及びYRNA-255、又はそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される、
少なくとも1つのRNAバイオマーカーに特異的なプローブで機能化された基板を含む、センサ素子。
C2.プローブが、少なくとも1つのRNAバイオマーカーに結合することができる核酸を含む、請求項C1に記載のセンサ素子。
C3.プローブが、標的RNAバイオマーカーの配列の相補体である配列と少なくとも70%の同一性を有する核酸を含む、請求項C1又はC2に記載のセンサ素子。
C4.プローブが、配列番号1、2、14、16、23、26、27、29、39、40、48、71、72、73、74、75、77、78、79、80、81、82、84、85、86、87、89、97、98、99、100、101、102、103、104、105、106、107、108、109、110、111、112、113、114、115、116、117、118、119、120、121、122、123、124、125、126、127、128、129、130、131、132、133、134、135、136、137、138、139、140、141、142、143、144、145、146、147、148、149、及び150の相補体である配列と少なくとも70%の同一性を有する核酸を含む、請求項C1又はC2に記載のセンサ素子。
C5.少なくとも1つのRNAバイオマーカーが、
a.hsa-let-7i-5p、hsa-miR-107、hsa-miR-126-5p(=miR-126*)、hsa-miR-135b-5p、hsa-miR-142-3p、hsa-miR-142-5p、hsa-miR-143-3p(=miR-143)、hsa-miR-148a-3p、hsa-miR-206、hsa-miR-29c-3p、hsa-miR-34b-3p、hsa-miR-425-5p、hsa-miR-449a、hsa-miR-671-3p、hsa-miR-6748-3p、及びhsa-miR-934、又はそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される、及び/又は
b.hsa-let-7a-5p、hsa-let-7b-5p、hsa-let-7f-5p、hsa-miR-103a-3p、hsa-miR-21-5p、及びhsa-miR-92a-3p、又はそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される、1つ又は複数のmiRNAを更に含む、請求項C1からC4のいずれか一項に記載のセンサ素子。
a.hsa-let-7i-5p、hsa-miR-107、hsa-miR-126-5p(=miR-126*)、hsa-miR-135b-5p、hsa-miR-142-3p、hsa-miR-142-5p、hsa-miR-143-3p(=miR-143)、hsa-miR-148a-3p、hsa-miR-206、hsa-miR-29c-3p、hsa-miR-34b-3p、hsa-miR-425-5p、hsa-miR-449a、hsa-miR-671-3p、hsa-miR-6748-3p、及びhsa-miR-934、又はそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される、及び/又は
b.hsa-let-7a-5p、hsa-let-7b-5p、hsa-let-7f-5p、hsa-miR-103a-3p、hsa-miR-21-5p、及びhsa-miR-92a-3p、又はそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される、1つ又は複数のmiRNAを更に含む、請求項C1からC4のいずれか一項に記載のセンサ素子。
D1.本開示によるセンサ素子と、プローブへの標的RNAバイオマーカーの結合を検出可能な検出装置とを含む、TBIを診断及び/又は監視するための検出システム。
D2.標的RNAバイオマーカーがアップレギュレーションされているか又はダウンレギュレーションされているかを判定する手段を更に含む、請求項D1に記載の検出システム。
E1.TBIを有することが疑われる対象に対する一連の処置を決定するための方法であって、対象から得られた唾液試料を本開示による検出システムに適用すること、及び少なくとも1つのRNAバイオマーカーのアップレギュレーションされたレベル又はダウンレギュレーションされたレベルが検出された場合、TBIのための治療を提供することを含む方法。
F1.TBIが疑われる対象を治療する方法であって、
a.hsa-miR-1246、hsa-miR-126-3p(miR-126*)、hsa-miR-144-3p(miR-144*)、hsa-miR-144-5p(=miR-144*)、hsa-miR-16-1-3p、hsa-miR-339-5p、hsa-miR-497-5p、put-miR-1204、put-miR-323、put-miR-325、put-miR-444、put-miR-465、put-miR-469、put-miR-594、put-miR-856、put-miR-893、put-miR-958、RNU4-6p、SNORA57、SNORD3B-2、tRNA120-AlaAGC、tRNA18-ArgCCT、tRNA27-MetCAT、tRNA2-LeuTAA、tRNA73-ArgCCG、tRNA8-ThrAGT、tRNA9-TyrGTA、U2.3、U4.64、U6.168、U6.601、UC022CJG1、YRNA-245、及びYRNA-684、又はそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される、及び/又は
b.put-miR-1003、put-miR-1080、put-miR-1084、put-miR-1146(2)、put-miR-1207、put-miR-1306、put-miR-188、put-miR-209、put-miR-468、put-miR-476、put-miR-6、put-miR-71、put-miR-742、put-miR-806、put-miR-92、put-miR-961、RNU6-4、RNU6-45、RNU6-6、RNU6-7、RNU6-73、U6.1249、U6.375、U6.428、及びYRNA-255、又はそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される、
少なくとも1つのRNAバイオマーカーのアップレギュレーションされたレベル又はダウンレギュレーションされたレベルが、対象から得られた唾液試料で検出可能であるかどうかを決定すること、及び
少なくとも1つのRNAバイオマーカーのアップレギュレーションされたレベル又はダウンレギュレーションされたレベルが検出された場合、対象にTBIに対する治療を提供することを含む、方法。
a.hsa-miR-1246、hsa-miR-126-3p(miR-126*)、hsa-miR-144-3p(miR-144*)、hsa-miR-144-5p(=miR-144*)、hsa-miR-16-1-3p、hsa-miR-339-5p、hsa-miR-497-5p、put-miR-1204、put-miR-323、put-miR-325、put-miR-444、put-miR-465、put-miR-469、put-miR-594、put-miR-856、put-miR-893、put-miR-958、RNU4-6p、SNORA57、SNORD3B-2、tRNA120-AlaAGC、tRNA18-ArgCCT、tRNA27-MetCAT、tRNA2-LeuTAA、tRNA73-ArgCCG、tRNA8-ThrAGT、tRNA9-TyrGTA、U2.3、U4.64、U6.168、U6.601、UC022CJG1、YRNA-245、及びYRNA-684、又はそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される、及び/又は
b.put-miR-1003、put-miR-1080、put-miR-1084、put-miR-1146(2)、put-miR-1207、put-miR-1306、put-miR-188、put-miR-209、put-miR-468、put-miR-476、put-miR-6、put-miR-71、put-miR-742、put-miR-806、put-miR-92、put-miR-961、RNU6-4、RNU6-45、RNU6-6、RNU6-7、RNU6-73、U6.1249、U6.375、U6.428、及びYRNA-255、又はそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される、
少なくとも1つのRNAバイオマーカーのアップレギュレーションされたレベル又はダウンレギュレーションされたレベルが、対象から得られた唾液試料で検出可能であるかどうかを決定すること、及び
少なくとも1つのRNAバイオマーカーのアップレギュレーションされたレベル又はダウンレギュレーションされたレベルが検出された場合、対象にTBIに対する治療を提供することを含む、方法。
F2.少なくとも1つのRNAバイオマーカーが、
a.hsa-let-7i-5p、hsa-miR-107、hsa-miR-126-5p(=miR-126*)、hsa-miR-135b-5p、hsa-miR-142-3p、hsa-miR-142-5p、hsa-miR-143-3p(=miR-143)、hsa-miR-148a-3p、hsa-miR-206、hsa-miR-29c-3p、hsa-miR-34b-3p、hsa-miR-425-5p、hsa-miR-449a、hsa-miR-671-3p、hsa-miR-6748-3p、及びhsa-miR-934、又はそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される、及び/又は
b.hsa-let-7a-5p、hsa-let-7b-5p、hsa-let-7f-5p、hsa-miR-103a-3p、hsa-miR-21-5p、及びhsa-miR-92a-3p、又はそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される、1つ又は複数のmiRNAを更に含む、請求項F1に記載の方法。
a.hsa-let-7i-5p、hsa-miR-107、hsa-miR-126-5p(=miR-126*)、hsa-miR-135b-5p、hsa-miR-142-3p、hsa-miR-142-5p、hsa-miR-143-3p(=miR-143)、hsa-miR-148a-3p、hsa-miR-206、hsa-miR-29c-3p、hsa-miR-34b-3p、hsa-miR-425-5p、hsa-miR-449a、hsa-miR-671-3p、hsa-miR-6748-3p、及びhsa-miR-934、又はそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される、及び/又は
b.hsa-let-7a-5p、hsa-let-7b-5p、hsa-let-7f-5p、hsa-miR-103a-3p、hsa-miR-21-5p、及びhsa-miR-92a-3p、又はそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される、1つ又は複数のmiRNAを更に含む、請求項F1に記載の方法。
G1.唾液試料中のRNAバイオマーカーを検出する方法であって、方法が、
ヒト対象から唾液試料を得ることと、
唾液試料を、
a.hsa-miR-1246、hsa-miR-126-3p(miR-126*)、hsa-miR-144-3p(miR-144*)、hsa-miR-144-5p(=miR-144*)、hsa-miR-16-1-3p、hsa-miR-339-5p、hsa-miR-497-5p、put-miR-1204、put-miR-323、put-miR-325、put-miR-444、put-miR-465、put-miR-469、put-miR-594、put-miR-856、put-miR-893、put-miR-958、RNU4-6p、SNORA57、SNORD3B-2、tRNA120-AlaAGC、tRNA18-ArgCCT、tRNA27-MetCAT、tRNA2-LeuTAA、tRNA73-ArgCCG、tRNA8-ThrAGT、tRNA9-TyrGTA、U2.3、U4.64、U6.168、U6.601、UC022CJG1、YRNA-245、及びYRNA-684、又はそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される、及び/又は
b.put-miR-1003、put-miR-1080、put-miR-1084、put-miR-1146(2)、put-miR-1207、put-miR-1306、put-miR-188、put-miR-209、put-miR-468、put-miR-476、put-miR-6、put-miR-71、put-miR-742、put-miR-806、put-miR-92、put-miR-961、RNU6-4、RNU6-45、RNU6-6、RNU6-7、RNU6-73、U6.1249、U6.375、U6.428、及びYRNA-255、又はそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される、
少なくとも1つのRNAバイオマーカーに相補的な少なくとも1つのオリゴヌクレオチドプライマーと接触させること、
ポリメラーゼ連鎖反応を使用して少なくとも1つのRNAバイオマーカーを増幅すること、及び
増幅されたRNAバイオマーカーを検出することを含む、方法。
ヒト対象から唾液試料を得ることと、
唾液試料を、
a.hsa-miR-1246、hsa-miR-126-3p(miR-126*)、hsa-miR-144-3p(miR-144*)、hsa-miR-144-5p(=miR-144*)、hsa-miR-16-1-3p、hsa-miR-339-5p、hsa-miR-497-5p、put-miR-1204、put-miR-323、put-miR-325、put-miR-444、put-miR-465、put-miR-469、put-miR-594、put-miR-856、put-miR-893、put-miR-958、RNU4-6p、SNORA57、SNORD3B-2、tRNA120-AlaAGC、tRNA18-ArgCCT、tRNA27-MetCAT、tRNA2-LeuTAA、tRNA73-ArgCCG、tRNA8-ThrAGT、tRNA9-TyrGTA、U2.3、U4.64、U6.168、U6.601、UC022CJG1、YRNA-245、及びYRNA-684、又はそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される、及び/又は
b.put-miR-1003、put-miR-1080、put-miR-1084、put-miR-1146(2)、put-miR-1207、put-miR-1306、put-miR-188、put-miR-209、put-miR-468、put-miR-476、put-miR-6、put-miR-71、put-miR-742、put-miR-806、put-miR-92、put-miR-961、RNU6-4、RNU6-45、RNU6-6、RNU6-7、RNU6-73、U6.1249、U6.375、U6.428、及びYRNA-255、又はそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される、
少なくとも1つのRNAバイオマーカーに相補的な少なくとも1つのオリゴヌクレオチドプライマーと接触させること、
ポリメラーゼ連鎖反応を使用して少なくとも1つのRNAバイオマーカーを増幅すること、及び
増幅されたRNAバイオマーカーを検出することを含む、方法。
G2.少なくとも1つのRNAバイオマーカーが、
a.hsa-let-7i-5p、hsa-miR-107、hsa-miR-126-5p(=miR-126*)、hsa-miR-135b-5p、hsa-miR-142-3p、hsa-miR-142-5p、hsa-miR-143-3p(=miR-143)、hsa-miR-148a-3p、hsa-miR-206、hsa-miR-29c-3p、hsa-miR-34b-3p、hsa-miR-425-5p、hsa-miR-449a、hsa-miR-671-3p、hsa-miR-6748-3p、及びhsa-miR-934、又はそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される、及び/又は
b.hsa-let-7a-5p、hsa-let-7b-5p、hsa-let-7f-5p、hsa-miR-103a-3p、hsa-miR-21-5p、及びhsa-miR-92a-3p、又はそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される、1つ又は複数のmiRNAを更に含む、請求項G1に記載の方法。
a.hsa-let-7i-5p、hsa-miR-107、hsa-miR-126-5p(=miR-126*)、hsa-miR-135b-5p、hsa-miR-142-3p、hsa-miR-142-5p、hsa-miR-143-3p(=miR-143)、hsa-miR-148a-3p、hsa-miR-206、hsa-miR-29c-3p、hsa-miR-34b-3p、hsa-miR-425-5p、hsa-miR-449a、hsa-miR-671-3p、hsa-miR-6748-3p、及びhsa-miR-934、又はそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される、及び/又は
b.hsa-let-7a-5p、hsa-let-7b-5p、hsa-let-7f-5p、hsa-miR-103a-3p、hsa-miR-21-5p、及びhsa-miR-92a-3p、又はそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される、1つ又は複数のmiRNAを更に含む、請求項G1に記載の方法。
H1.ヒト対象からの唾液における外傷性脳損傷(TBI)を診断及び/又は監視する方法で使用するためのキットであって、キットが、
a.hsa-miR-1246、hsa-miR-126-3p(miR-126*)、hsa-miR-144-3p(miR-144*)、hsa-miR-144-5p(=miR-144*)、hsa-miR-16-1-3p、hsa-miR-339-5p、hsa-miR-497-5p、put-miR-1204、put-miR-323、put-miR-325、put-miR-444、put-miR-465、put-miR-469、put-miR-594、put-miR-856、put-miR-893、put-miR-958、RNU4-6p、SNORA57、SNORD3B-2、tRNA120-AlaAGC、tRNA18-ArgCCT、tRNA27-MetCAT、tRNA2-LeuTAA、tRNA73-ArgCCG、tRNA8-ThrAGT、tRNA9-TyrGTA、U2.3、U4.64、U6.168、U6.601、UC022CJG1、YRNA-245、及びYRNA-684、又はそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される、及び/又は
b.put-miR-1003、put-miR-1080、put-miR-1084、put-miR-1146(2)、put-miR-1207、put-miR-1306、put-miR-188、put-miR-209、put-miR-468、put-miR-476、put-miR-6、put-miR-71、put-miR-742、put-miR-806、put-miR-92、put-miR-961、RNU6-4、RNU6-45、RNU6-6、RNU6-7、RNU6-73、U6.1249、U6.375、U6.428、及びYRNA-255、又はそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される、
少なくとも1つのRNAバイオマーカーに特異的な少なくとも1つのプローブを含む、キット。
a.hsa-miR-1246、hsa-miR-126-3p(miR-126*)、hsa-miR-144-3p(miR-144*)、hsa-miR-144-5p(=miR-144*)、hsa-miR-16-1-3p、hsa-miR-339-5p、hsa-miR-497-5p、put-miR-1204、put-miR-323、put-miR-325、put-miR-444、put-miR-465、put-miR-469、put-miR-594、put-miR-856、put-miR-893、put-miR-958、RNU4-6p、SNORA57、SNORD3B-2、tRNA120-AlaAGC、tRNA18-ArgCCT、tRNA27-MetCAT、tRNA2-LeuTAA、tRNA73-ArgCCG、tRNA8-ThrAGT、tRNA9-TyrGTA、U2.3、U4.64、U6.168、U6.601、UC022CJG1、YRNA-245、及びYRNA-684、又はそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される、及び/又は
b.put-miR-1003、put-miR-1080、put-miR-1084、put-miR-1146(2)、put-miR-1207、put-miR-1306、put-miR-188、put-miR-209、put-miR-468、put-miR-476、put-miR-6、put-miR-71、put-miR-742、put-miR-806、put-miR-92、put-miR-961、RNU6-4、RNU6-45、RNU6-6、RNU6-7、RNU6-73、U6.1249、U6.375、U6.428、及びYRNA-255、又はそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される、
少なくとも1つのRNAバイオマーカーに特異的な少なくとも1つのプローブを含む、キット。
H2.プローブが、少なくとも1つのRNAバイオマーカーに結合することができる核酸を含む、請求項H1に記載のキット。
H3.プローブが、標的RNAバイオマーカーの配列の相補体である配列と少なくとも70%の同一性を有する核酸を含む、請求項H1又はH2に記載のキット。
H4.プローブが、配列番号1、2、14、16、23、26、27、29、39、40、48、71、72、73、74、75、77、78、79、80、81、82、84、85、86、87、89、97、98、99、100、101、102、103、104、105、106、107、108、109、110、111、112、113、114、115、116、117、118、119、120、121、122、123、124、125、126、127、128、129、130、131、132、133、134、135、136、137、138、139、140、141、142、143、144、145、146、147、148、149、及び150の相補体である配列と少なくとも70%の同一性を有する核酸を含む、請求項H1又はH2に記載のキット。
H5.少なくとも1つのRNAバイオマーカーが、
a.hsa-let-7i-5p、hsa-miR-107、hsa-miR-126-5p(=miR-126*)、hsa-miR-135b-5p、hsa-miR-142-3p、hsa-miR-142-5p、hsa-miR-143-3p(=miR-143)、hsa-miR-148a-3p、hsa-miR-206、hsa-miR-29c-3p、hsa-miR-34b-3p、hsa-miR-425-5p、hsa-miR-449a、hsa-miR-671-3p、hsa-miR-6748-3p、及びhsa-miR-934、又はそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される、及び/又は
b.hsa-let-7a-5p、hsa-let-7b-5p、hsa-let-7f-5p、hsa-miR-103a-3p、hsa-miR-21-5p、及びhsa-miR-92a-3p、又はそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される、1つ又は複数のmiRNAを更に含む、請求項H1からH4のいずれか一項に記載のキット。
a.hsa-let-7i-5p、hsa-miR-107、hsa-miR-126-5p(=miR-126*)、hsa-miR-135b-5p、hsa-miR-142-3p、hsa-miR-142-5p、hsa-miR-143-3p(=miR-143)、hsa-miR-148a-3p、hsa-miR-206、hsa-miR-29c-3p、hsa-miR-34b-3p、hsa-miR-425-5p、hsa-miR-449a、hsa-miR-671-3p、hsa-miR-6748-3p、及びhsa-miR-934、又はそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される、及び/又は
b.hsa-let-7a-5p、hsa-let-7b-5p、hsa-let-7f-5p、hsa-miR-103a-3p、hsa-miR-21-5p、及びhsa-miR-92a-3p、又はそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される、1つ又は複数のmiRNAを更に含む、請求項H1からH4のいずれか一項に記載のキット。
I1.ヒト対象からの唾液における外傷性脳損傷(TBI)を診断及び/又は監視する方法で使用するための組成物であって、組成物が、
a.hsa-miR-1246、hsa-miR-126-3p(miR-126*)、hsa-miR-144-3p(miR-144*)、hsa-miR-144-5p(=miR-144*)、hsa-miR-16-1-3p、hsa-miR-339-5p、hsa-miR-497-5p、put-miR-1204、put-miR-323、put-miR-325、put-miR-444、put-miR-465、put-miR-469、put-miR-594、put-miR-856、put-miR-893、put-miR-958、RNU4-6p、SNORA57、SNORD3B-2、tRNA120-AlaAGC、tRNA18-ArgCCT、tRNA27-MetCAT、tRNA2-LeuTAA、tRNA73-ArgCCG、tRNA8-ThrAGT、tRNA9-TyrGTA、U2.3、U4.64、U6.168、U6.601、UC022CJG1、YRNA-245、及びYRNA-684、又はそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される、及び/又は
b.put-miR-1003、put-miR-1080、put-miR-1084、put-miR-1146(2)、put-miR-1207、put-miR-1306、put-miR-188、put-miR-209、put-miR-468、put-miR-476、put-miR-6、put-miR-71、put-miR-742、put-miR-806、put-miR-92、put-miR-961、RNU6-4、RNU6-45、RNU6-6、RNU6-7、RNU6-73、U6.1249、U6.375、U6.428、及びYRNA-255、又はそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される、
少なくとも1つのRNAバイオマーカーに特異的な少なくとも1つのプローブを含む、組成物。
a.hsa-miR-1246、hsa-miR-126-3p(miR-126*)、hsa-miR-144-3p(miR-144*)、hsa-miR-144-5p(=miR-144*)、hsa-miR-16-1-3p、hsa-miR-339-5p、hsa-miR-497-5p、put-miR-1204、put-miR-323、put-miR-325、put-miR-444、put-miR-465、put-miR-469、put-miR-594、put-miR-856、put-miR-893、put-miR-958、RNU4-6p、SNORA57、SNORD3B-2、tRNA120-AlaAGC、tRNA18-ArgCCT、tRNA27-MetCAT、tRNA2-LeuTAA、tRNA73-ArgCCG、tRNA8-ThrAGT、tRNA9-TyrGTA、U2.3、U4.64、U6.168、U6.601、UC022CJG1、YRNA-245、及びYRNA-684、又はそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される、及び/又は
b.put-miR-1003、put-miR-1080、put-miR-1084、put-miR-1146(2)、put-miR-1207、put-miR-1306、put-miR-188、put-miR-209、put-miR-468、put-miR-476、put-miR-6、put-miR-71、put-miR-742、put-miR-806、put-miR-92、put-miR-961、RNU6-4、RNU6-45、RNU6-6、RNU6-7、RNU6-73、U6.1249、U6.375、U6.428、及びYRNA-255、又はそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される、
少なくとも1つのRNAバイオマーカーに特異的な少なくとも1つのプローブを含む、組成物。
I2.プローブが、少なくとも1つのRNAバイオマーカーに結合することができる核酸を含む、請求項I1に記載の組成物。
I3.プローブが、標的RNAバイオマーカーの配列の相補体である配列と少なくとも70%の同一性を有する核酸を含む、請求項I1又はI2に記載の組成物。
I4.当該プローブが、配列番号1、2、14、16、23、26、27、29、39、40、48、71、72、73、74、75、77、78、79、80、81、82、84、85、86、87、89、97、98、99、100、101、102、103、104、105、106、107、108、109、110、111、112、113、114、115、116、117、118、119、120、121、122、123、124、125、126、127、128、129、130、131、132、133、134、135、136、137、138、139、140、141、142、143、144、145、146、147、148、149、及び150の相補体である配列と少なくとも70%の同一性を有する核酸を含む、請求項I1又はI2に記載の組成物。
I5.少なくとも1つのRNAバイオマーカーが、
a.hsa-let-7i-5p、hsa-miR-107、hsa-miR-126-5p(=miR-126*)、hsa-miR-135b-5p、hsa-miR-142-3p、hsa-miR-142-5p、hsa-miR-143-3p(=miR-143)、hsa-miR-148a-3p、hsa-miR-206、hsa-miR-29c-3p、hsa-miR-34b-3p、hsa-miR-425-5p、hsa-miR-449a、hsa-miR-671-3p、hsa-miR-6748-3p、及びhsa-miR-934、又はそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される、及び/又は
b.hsa-let-7a-5p、hsa-let-7b-5p、hsa-let-7f-5p、hsa-miR-103a-3p、hsa-miR-21-5p、及びhsa-miR-92a-3p、又はそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される、1つ又は複数のmiRNAを更に含む、請求項I1からI4のいずれか一項に記載の組成物。
a.hsa-let-7i-5p、hsa-miR-107、hsa-miR-126-5p(=miR-126*)、hsa-miR-135b-5p、hsa-miR-142-3p、hsa-miR-142-5p、hsa-miR-143-3p(=miR-143)、hsa-miR-148a-3p、hsa-miR-206、hsa-miR-29c-3p、hsa-miR-34b-3p、hsa-miR-425-5p、hsa-miR-449a、hsa-miR-671-3p、hsa-miR-6748-3p、及びhsa-miR-934、又はそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される、及び/又は
b.hsa-let-7a-5p、hsa-let-7b-5p、hsa-let-7f-5p、hsa-miR-103a-3p、hsa-miR-21-5p、及びhsa-miR-92a-3p、又はそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される、1つ又は複数のmiRNAを更に含む、請求項I1からI4のいずれか一項に記載の組成物。
本開示に自明及び/又は固有の他の利点は、当業者には明らかであろう。特定の特徴及び部分的組み合わせは有用であり、他の特徴及び部分的組み合わせを参照せずに採用され得ることが理解されよう。これは、特許請求の範囲によって企図され、特許請求の範囲内である。本開示の範囲から逸脱することなく、多くの可能な実施形態が本開示から作成され得るので、添付の図面に記載又は図示された全ての事項は、例示として解釈されるべきであり、限定的な意味で解釈されるべきではないことを理解されたい。
配列表153 <223>/note=“不明点の説明:
‘DEVD’カスパーゼ-3阻害剤配列”
‘DEVD’カスパーゼ-3阻害剤配列”
Claims (57)
- 対象における外傷性脳損傷(TBI)を診断及び/又は監視する方法であって、前記方法が、前記対象から得られた唾液試料中の少なくとも1つのRNAバイオマーカーのレベルを決定することを含み、前記少なくとも1つのRNAバイオマーカーが、
a.hsa-miR-1246、hsa-miR-126-3p(miR-126*)、hsa-miR-144-3p(miR-144*)、hsa-miR-144-5p(=miR-144*)、hsa-miR-16-1-3p、hsa-miR-339-5p、hsa-miR-497-5p、put-miR-1204、put-miR-323、put-miR-325、put-miR-444、put-miR-465、put-miR-469、put-miR-594、put-miR-856、put-miR-893、put-miR-958、RNU4-6p、SNORA57、SNORD3B-2、tRNA120-AlaAGC、tRNA18-ArgCCT、tRNA27-MetCAT、tRNA2-LeuTAA、tRNA73-ArgCCG、tRNA8-ThrAGT、tRNA9-TyrGTA、U2.3、U4.64、U6.168、U6.601、UC022CJG1、YRNA-245、及びYRNA-684、又はそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される、及び/又は
b.put-miR-1003、put-miR-1080、put-miR-1084、put-miR-1146(2)、put-miR-1207、put-miR-1306、put-miR-188、put-miR-209、put-miR-468、put-miR-476、put-miR-6、put-miR-71、put-miR-742、put-miR-806、put-miR-92、put-miR-961、RNU6-4、RNU6-45、RNU6-6、RNU6-7、RNU6-73、U6.1249、U6.375、U6.428、及びYRNA-255、又はそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される、方法。 - 前記少なくとも1つのRNAバイオマーカーのアップレギュレーションされたレベル又はダウンレギュレーションされたレベルのいずれかが、TBIを示す、請求項1に記載の方法。
- 前記少なくとも1つのRNAバイオマーカーのレベルが所定の閾値を上回る若しくは下回る、又は対照と比較して増加若しくは減少する場合、前記対象がTBIを有すると診断される、請求項1に記載の方法。
- 前記唾液試料が、損傷直後から損傷後の任意の期間から選択される損傷後の期間中に得られる、請求項1に記載の方法。
- 前記唾液試料が、損傷直後から、前記RNAバイオマーカーの少なくとも1つの発現レベルが前記所定の閾値又は前記対照試料中の前記RNAバイオマーカーの量に戻るまでから選択される損傷後の期間中に得られる、請求項4に記載の方法。
- 前記唾液試料が、損傷直後から損傷後1年まで、10ヶ月まで、8ヶ月まで、6ヶ月まで、5ヶ月まで、4ヶ月まで、3ヶ月まで、2ヶ月まで、1ヶ月まで、25日まで、20日まで、15日まで、7日まで、5日まで、3日まで、2日まで、及び/又は24時間までから選択される損傷後の期間中に得られる、請求項4に記載の方法。
- 前記唾液試料が、損傷直後から15日間、1時間から15日間、24時間から15日間、24時間から7日間及び2から5日間から選択される損傷後の期間中に得られる、請求項6に記載の方法。
- 前記損傷後の1回又は複数回の更なる時間に前記対象から1つ又は複数の更なる唾液試料を得ることと、各更なる試料について検出及び増幅ステップを繰り返すこととを更に含む、請求項1に記載の方法。
- 前記1つ又は複数の更なる唾液試料が、損傷直後から損傷後の任意の期間から選択される損傷後の期間中に得られる、請求項8に記載の方法。
- 前記1つ又は複数の更なる唾液試料が、損傷直後から、前記RNAバイオマーカーの少なくとも1つの発現レベルが前記所定の閾値又は前記対照試料中の前記RNAバイオマーカーの量に戻るまでから選択される損傷後の期間中に得られる、請求項8に記載の方法。
- 前記1つ又は複数の更なる唾液試料が、損傷直後から損傷後1年まで、10ヶ月まで、8ヶ月まで、6ヶ月まで、5ヶ月まで、4ヶ月まで、3ヶ月まで、2ヶ月まで、1ヶ月まで、25日まで、20日まで、15日まで、7日まで、5日まで、3日まで、2日まで、及び/又は24時間までから選択される損傷後の期間中に得られる、請求項8に記載の方法。
- 前記1つ又は複数の更なる唾液試料が、損傷直後から15日間、1時間から15日間、24時間から15日間、24時間から7日間、及び2から5日間から選択される損傷後の期間中に得られる、請求項11に記載の方法。
- 前記1つ又は複数の更なる唾液試料が、前記損傷後の1、1.5、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、又は15日目に得られる、請求項8に記載の方法。
- 前記少なくとも1つのRNAバイオマーカーの量を検出することが、PCRベースのアッセイ、ライトアレイアッセイ、層流チップアッセイ、又は少なくとも1つのRNAバイオマーカーを検出するのに適した任意のアッセイを使用して行われる、請求項1から13のいずれか一項に記載の方法。
- 前記PCRベースのアッセイを使用する場合、所定の閾値が、2デルタデルタCT(2-ΔΔCT)法を使用して1.5以上の倍数変化に相当する、請求項14に記載の方法。
- 所定の閾値が、2デルタデルタCT(2-ΔΔCT)法を使用して2以上の倍数変化に相当する、請求項14に記載の方法。
- 前記少なくとも1つのRNAバイオマーカーが、
a.hsa-let-7i-5p、hsa-miR-107、hsa-miR-126-5p(=miR-126*)、hsa-miR-135b-5p、hsa-miR-142-3p、hsa-miR-142-5p、hsa-miR-143-3p(=miR-143)、hsa-miR-148a-3p、hsa-miR-206、hsa-miR-29c-3p、hsa-miR-34b-3p、hsa-miR-425-5p、hsa-miR-449a、hsa-miR-671-3p、hsa-miR-6748-3p、及びhsa-miR-934、又はそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される、及び/又は
b.hsa-let-7a-5p、hsa-let-7b-5p、hsa-let-7f-5p、hsa-miR-103a-3p、hsa-miR-21-5p、及びhsa-miR-92a-3p、又はそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される、1つ又は複数のmiRNAを更に含む、請求項1から16のいずれか一項に記載の方法。 - 前記ヒト対象を、TBIの治療が成功した後の正常な活動に適しているとして特定することを更に含む、請求項33に記載の方法。
- 前記少なくとも1つのRNAバイオマーカーが、
a.hsa-let-7i-5p、hsa-miR-107、hsa-miR-126-5p(=miR-126*)、hsa-miR-135b-5p、hsa-miR-142-3p、hsa-miR-142-5p、hsa-miR-143-3p(=miR-143)、hsa-miR-148a-3p、hsa-miR-206、hsa-miR-29c-3p、hsa-miR-34b-3p、hsa-miR-425-5p、hsa-miR-449a、hsa-miR-671-3p、hsa-miR-6748-3p、及びhsa-miR-934、又はそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される、及び/又は
b.hsa-let-7a-5p、hsa-let-7b-5p、hsa-let-7f-5p、hsa-miR-103a-3p、hsa-miR-21-5p、及びhsa-miR-92a-3p、又はそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される、1つ又は複数のmiRNAを更に含む、請求項1から18のいずれか一項に記載の方法。 - TBIを診断及び/又は監視するための検出システムのためのセンサ素子であって、前記センサ素子が、
a.hsa-miR-1246、hsa-miR-126-3p(miR-126*)、hsa-miR-144-3p(miR-144*)、hsa-miR-144-5p(=miR-144*)、hsa-miR-16-1-3p、hsa-miR-339-5p、hsa-miR-497-5p、put-miR-1204、put-miR-323、put-miR-325、put-miR-444、put-miR-465、put-miR-469、put-miR-594、put-miR-856、put-miR-893、put-miR-958、RNU4-6p、SNORA57、SNORD3B-2、tRNA120-AlaAGC、tRNA18-ArgCCT、tRNA27-MetCAT、tRNA2-LeuTAA、tRNA73-ArgCCG、tRNA8-ThrAGT、tRNA9-TyrGTA、U2.3、U4.64、U6.168、U6.601、UC022CJG1、YRNA-245、及びYRNA-684、又はそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される、及び/又は
b.put-miR-1003、put-miR-1080、put-miR-1084、put-miR-1146(2)、put-miR-1207、put-miR-1306、put-miR-188、put-miR-209、put-miR-468、put-miR-476、put-miR-6、put-miR-71、put-miR-742、put-miR-806、put-miR-92、put-miR-961、RNU6-4、RNU6-45、RNU6-6、RNU6-7、RNU6-73、U6.1249、U6.375、U6.428、及びYRNA-255、又はそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される、
少なくとも1つのRNAバイオマーカーに特異的なプローブで機能化された基板を含む、センサ素子。 - 前記プローブが、前記少なくとも1つのRNAバイオマーカーに結合することができる核酸を含む、請求項20に記載のセンサ素子。
- 前記プローブが、前記標的RNAバイオマーカーの配列の相補体である配列と少なくとも70%の同一性を有する核酸を含む、請求項20又は21に記載のセンサ素子。
- 前記プローブが、配列番号1、2、14、16、23、26、27、29、39、40、48、71、72、73、74、75、77、78、79、80、81、82、84、85、86、87、89、97、98、99、100、101、102、103、104、105、106、107、108、109、110、111、112、113、114、115、116、117、118、119、120、121、122、123、124、125、126、127、128、129、130、131、132、133、134、135、136、137、138、139、140、141、142、143、144、145、146、147、148、149、及び150の相補体である配列と少なくとも70%の同一性を有する核酸を含む、請求項20又は21に記載のセンサ素子。
- 前記少なくとも1つのRNAバイオマーカーが、
a.hsa-let-7i-5p、hsa-miR-107、hsa-miR-126-5p(=miR-126*)、hsa-miR-135b-5p、hsa-miR-142-3p、hsa-miR-142-5p、hsa-miR-143-3p(=miR-143)、hsa-miR-148a-3p、hsa-miR-206、hsa-miR-29c-3p、hsa-miR-34b-3p、hsa-miR-425-5p、hsa-miR-449a、hsa-miR-671-3p、hsa-miR-6748-3p、及びhsa-miR-934、又はそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される、及び/又は
b.hsa-let-7a-5p、hsa-let-7b-5p、hsa-let-7f-5p、hsa-miR-103a-3p、hsa-miR-21-5p、及びhsa-miR-92a-3p、又はそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される、1つ又は複数のmiRNAを更に含む、請求項21から23のいずれか一項に記載のセンサ素子。 - TBIを診断及び/又は監視するための検出システムであって、
請求項20から24のいずれか一項に記載のセンサ素子と、
前記プローブへの標的RNAバイオマーカーの結合を検出可能な検出装置と、を含む、検出システム。 - 前記標的RNAバイオマーカーがアップレギュレーションされているか又はダウンレギュレーションされているかを判定する手段を更に含む、請求項25に記載の検出システム。
- TBIを有することが疑われる対象に対する一連の処置を決定するための方法であって、前記対象から得られた唾液試料を請求項25又は26に記載の検出システムに適用することと、前記少なくとも1つのRNAバイオマーカーのアップレギュレーションされたレベル又はダウンレギュレーションされたレベルが検出された場合、TBIに対する治療を提供することと、を含む方法。
- TBIが疑われる対象を治療する方法であって、
a.hsa-miR-1246、hsa-miR-126-3p(miR-126*)、hsa-miR-144-3p(miR-144*)、hsa-miR-144-5p(=miR-144*)、hsa-miR-16-1-3p、hsa-miR-339-5p、hsa-miR-497-5p、put-miR-1204、put-miR-323、put-miR-325、put-miR-444、put-miR-465、put-miR-469、put-miR-594、put-miR-856、put-miR-893、put-miR-958、RNU4-6p、SNORA57、SNORD3B-2、tRNA120-AlaAGC、tRNA18-ArgCCT、tRNA27-MetCAT、tRNA2-LeuTAA、tRNA73-ArgCCG、tRNA8-ThrAGT、tRNA9-TyrGTA、U2.3、U4.64、U6.168、U6.601、UC022CJG1、YRNA-245、及びYRNA-684、又はそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される、及び/又は
b.put-miR-1003、put-miR-1080、put-miR-1084、put-miR-1146(2)、put-miR-1207、put-miR-1306、put-miR-188、put-miR-209、put-miR-468、put-miR-476、put-miR-6、put-miR-71、put-miR-742、put-miR-806、put-miR-92、put-miR-961、RNU6-4、RNU6-45、RNU6-6、RNU6-7、RNU6-73、U6.1249、U6.375、U6.428、及びYRNA-255、又はそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される、
少なくとも1つのRNAバイオマーカーのアップレギュレーションされたレベル又はダウンレギュレーションされたレベルが、前記対象から得られた唾液試料で検出可能であるかどうかを決定することと、
少なくとも1つのRNAバイオマーカーのアップレギュレーションされたレベル又はダウンレギュレーションされたレベルが検出された場合、前記対象にTBIに対する治療を提供することと、を含む、方法。 - 前記少なくとも1つのRNAバイオマーカーが、
a.hsa-let-7i-5p、hsa-miR-107、hsa-miR-126-5p(=miR-126*)、hsa-miR-135b-5p、hsa-miR-142-3p、hsa-miR-142-5p、hsa-miR-143-3p(=miR-143)、hsa-miR-148a-3p、hsa-miR-206、hsa-miR-29c-3p、hsa-miR-34b-3p、hsa-miR-425-5p、hsa-miR-449a、hsa-miR-671-3p、hsa-miR-6748-3p、及びhsa-miR-934、又はそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される、及び/又は
b.hsa-let-7a-5p、hsa-let-7b-5p、hsa-let-7f-5p、hsa-miR-103a-3p、hsa-miR-21-5p、及びhsa-miR-92a-3p、又はそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される、1つ又は複数のmiRNAを更に含む、請求項28に記載の方法。 - 唾液試料中のRNAバイオマーカーを検出する方法であって、前記方法が、
ヒト対象から唾液試料を得ることと、
前記唾液試料を、
a.hsa-miR-1246、hsa-miR-126-3p(miR-126*)、hsa-miR-144-3p(miR-144*)、hsa-miR-144-5p(=miR-144*)、hsa-miR-16-1-3p、hsa-miR-339-5p、hsa-miR-497-5p、put-miR-1204、put-miR-323、put-miR-325、put-miR-444、put-miR-465、put-miR-469、put-miR-594、put-miR-856、put-miR-893、put-miR-958、RNU4-6p、SNORA57、SNORD3B-2、tRNA120-AlaAGC、tRNA18-ArgCCT、tRNA27-MetCAT、tRNA2-LeuTAA、tRNA73-ArgCCG、tRNA8-ThrAGT、tRNA9-TyrGTA、U2.3、U4.64、U6.168、U6.601、UC022CJG1、YRNA-245、及びYRNA-684、又はそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される、及び/又は
b.put-miR-1003、put-miR-1080、put-miR-1084、put-miR-1146(2)、put-miR-1207、put-miR-1306、put-miR-188、put-miR-209、put-miR-468、put-miR-476、put-miR-6、put-miR-71、put-miR-742、put-miR-806、put-miR-92、put-miR-961、RNU6-4、RNU6-45、RNU6-6、RNU6-7、RNU6-73、U6.1249、U6.375、U6.428、及びYRNA-255、又はそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される、
少なくとも1つのRNAバイオマーカーに相補的な少なくとも1つのオリゴヌクレオチドプライマーと接触させることと、
ポリメラーゼ連鎖反応を使用して前記少なくとも1つのRNAバイオマーカーを増幅することと、
前記増幅されたRNAバイオマーカーを検出することと、を含む、方法。 - 前記少なくとも1つのRNAバイオマーカーが、
a.has-let-7i-5hashsa-miR-107、hsa-miR-126-5p(=miR-126*)、hsa-miR-135hasp、hsa-miR-142-3p、hsa-miR-142-5p、hsa-miR-143-3p(=mhas143)、hsa-mhas148a-3phassa-miR-206hassa-miR-29chas、hsa-miR-has-3p、hsahasR-425-5p、has-miR-449a、hsa-has-671-3p、hsa-miR-6748-3p、及びhsa-miR-934、又はそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される、及び/又は
b.hsa-let-7a-5p、hsa-let-7b-has hsa-let-7f-5hashsa-miR-103a-3p、hsa-miR-21-5p、及びhsa-miR-92a-3p、又はそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される、
1つ又は複数のmiRNAを更に含む、請求項30に記載の方法。 - ヒト対象からの唾液における外傷性脳損傷(TBI)を診断及び/又は監視する方法で使用するためのキットであって、前記キットが、
a.hsa-miR-1246、hsa-miR-126-3p(miR-126*)、hsa-miR-144-3p(miR-144*)、hsa-miR-144-5p(=miR-144*)、hsa-miR-16-1-3p、hsa-miR-339-5p、hsa-miR-497-5p、put-miR-1204、put-miR-323、put-miR-325、put-miR-444、put-miR-465、put-miR-469、put-miR-594、put-miR-856、put-miR-893、put-miR-958、RNU4-6p、SNORA57、SNORD3B-2、tRNA120-AlaAGC、tRNA18-ArgCCT、tRNA27-MetCAT、tRNA2-LeuTAA、tRNA73-ArgCCG、tRNA8-ThrAGT、tRNA9-TyrGTA、U2.3、U4.64、U6.168、U6.601、UC022CJG1、YRNA-245、及びYRNA-684、又はそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される、及び/又は
b.put-miR-1003、put-miR-1080、put-miR-1084、put-miR-1146(2)、put-miR-1207、put-miR-1306、put-miR-188、put-miR-209、put-miR-468、put-miR-476、put-miR-6、put-miR-71、put-miR-742、put-miR-806、put-miR-92、put-miR-961、RNU6-4、RNU6-45、RNU6-6、RNU6-7、RNU6-73、U6.1249、U6.375、U6.428、及びYRNA-255、又はそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される、
少なくとも1つのRNAバイオマーカーに特異的な少なくとも1つのプローブを含む、キット。 - 前記プローブが、前記少なくとも1つのRNAバイオマーカーに結合することができる核酸を含む、請求項32に記載のキット。
- 前記プローブが、前記標的RNAバイオマーカーの配列の相補体である配列と少なくとも70%の同一性を有する核酸を含む、請求項32又は33に記載のキット。
- 前記プローブが、配列番号1、2、14、16、23、26、27、29、39、40、48、71、72、73、74、75、77、78、79、80、81、82、84、85、86、87、89、97、98、99、100、101、102、103、104、105、106、107、108、109、110、111、112、113、114、115、116、117、118、119、120、121、122、123、124、125、126、127、128、129、130、131、132、133、134、135、136、137、138、139、140、141、142、143、144、145、146、147、148、149、及び150の相補体である配列と少なくとも70%の同一性を有する核酸を含む、請求項32又は33に記載のキット。
- 前記少なくとも1つのRNAバイオマーカーが、
a.hsa-let-7i-5p、hsa-miR-107、hsa-miR-126-5p(=miR-126*)、hsa-miR-135b-5p、hsa-miR-142-3p、hsa-miR-142-5p、hsa-miR-143-3p(=miR-143)、hsa-miR-148a-3p、hsa-miR-206、hsa-miR-29c-3p、hsa-miR-34b-3p、hsa-miR-425-5p、hsa-miR-449a、hsa-miR-671-3p、hsa-miR-6748-3p、及びhsa-miR-934、又はそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される、及び/又は
b.hsa-let-7a-5p、hsa-let-7b-5p、hsa-let-7f-5p、hsa-miR-103a-3p、hsa-miR-21-5p、及びhsa-miR-92a-3p、又はそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される、1つ又は複数のmiRNAを更に含む、請求項32から35のいずれか一項に記載のキット。 - ヒト対象からの唾液における外傷性脳損傷(TBI)を診断及び/又は監視する方法で使用するための組成物であって、前記組成物が、
a.hsa-miR-1246、hsa-miR-126-3p(miR-126*)、hsa-miR-144-3p(miR-144*)、hsa-miR-144-5p(=miR-144*)、hsa-miR-16-1-3p、hsa-miR-339-5p、hsa-miR-497-5p、put-miR-1204、put-miR-323、put-miR-325、put-miR-444、put-miR-465、put-miR-469、put-miR-594、put-miR-856、put-miR-893、put-miR-958、RNU4-6p、SNORA57、SNORD3B-2、tRNA120-AlaAGC、tRNA18-ArgCCT、tRNA27-MetCAT、tRNA2-LeuTAA、tRNA73-ArgCCG、tRNA8-ThrAGT、tRNA9-TyrGTA、U2.3、U4.64、U6.168、U6.601、UC022CJG1、YRNA-245、及びYRNA-684、又はそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される、及び/又は
b.put-miR-1003、put-miR-1080、put-miR-1084、put-miR-1146(2)、put-miR-1207、put-miR-1306、put-miR-188、put-miR-209、put-miR-468、put-miR-476、put-miR-6、put-miR-71、put-miR-742、put-miR-806、put-miR-92、put-miR-961、RNU6-4、RNU6-45、RNU6-6、RNU6-7、RNU6-73、U6.1249、U6.375、U6.428、及びYRNA-255、又はそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される、
少なくとも1つのRNAバイオマーカーに特異的な少なくとも1つのプローブを含む、組成物。 - 前記プローブが、前記少なくとも1つのRNAバイオマーカーに結合することができる核酸を含む、請求項37に記載の組成物。
- 前記プローブが、前記標的RNAバイオマーカーの配列の相補体である配列と少なくとも70%の同一性を有する核酸を含む、請求項37又は38に記載の組成物。
- 前記プローブが、配列番号1、2、14、16、23、26、27、29、39、40、48、71、72、73、74、75、77、78、79、80、81、82、84、85、86、87、89、97、98、99、100、101、102、103、104、105、106、107、108、109、110、111、112、113、114、115、116、117、118、119、120、121、122、123、124、125、126、127、128、129、130、131、132、133、134、135、136、137、138、139、140、141、142、143、144、145、146、147、148、149、及び150の相補体である配列と少なくとも70%の同一性を有する核酸を含む、請求項37又は38に記載の組成物。
- 前記少なくとも1つのRNAバイオマーカーが、
a.hsa-let-7i-5p、hsa-miR-107、hsa-miR-126-5p(=miR-126*)、hsa-miR-135b-5p、hsa-miR-142-3p、hsa-miR-142-5p、hsa-miR-143-3p(=miR-143)、hsa-miR-148a-3p、hsa-miR-206、hsa-miR-29c-3p、hsa-miR-34b-3p、hsa-miR-425-5p、hsa-miR-449a、hsa-miR-671-3p、hsa-miR-6748-3p、及びhsa-miR-934、又はそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される、及び/又は
b.hsa-let-7a-5p、hsa-let-7b-5p、hsa-let-7f-5p、hsa-miR-103a-3p、hsa-miR-21-5p、及びhsa-miR-92a-3p、又はそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される、1つ又は複数のmiRNAを更に含む、請求項37から40のいずれか一項に記載の組成物。 - それを必要とするヒト対象における外傷性脳損傷(TBI)を診断及び治療する方法であって、前記方法が、
前記対象から唾液試料を得ることと、
前記唾液試料を、
a.hsa-miR-1246、hsa-miR-126-3p(miR-126*)、hsa-miR-144-3p(miR-144*)、hsa-miR-144-5p(=miR-144*)、hsa-miR-16-1-3p、hsa-miR-339-5p、hsa-miR-497-5p、put-miR-1204、put-miR-323、put-miR-325、put-miR-444、put-miR-465、put-miR-469、put-miR-594、put-miR-856、put-miR-893、put-miR-958、RNU4-6p、SNORA57、SNORD3B-2、tRNA120-AlaAGC、tRNA18-ArgCCT、tRNA27-MetCAT、tRNA2-LeuTAA、tRNA73-ArgCCG、tRNA8-ThrAGT、tRNA9-TyrGTA、U2.3、U4.64、U6.168、U6.601、UC022CJG1、YRNA-245、及びYRNA-684、又はそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される、及び/又は
b.put-miR-1003、put-miR-1080、put-miR-1084、put-miR-1146(2)、put-miR-1207、put-miR-1306、put-miR-188、put-miR-209、put-miR-468、put-miR-476、put-miR-6、put-miR-71、put-miR-742、put-miR-806、put-miR-92、put-miR-961、RNU6-4、RNU6-45、RNU6-6、RNU6-7、RNU6-73、U6.1249、U6.375、U6.428、及びYRNA-255、又はそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される、
少なくとも1つのRNAバイオマーカーに結合することができる核酸を含むプローブと接触させることと、
前記唾液試料中の前記少なくとも1つのRNAバイオマーカーの量を決定することと、
前記少なくとも1つのRNAバイオマーカーの量が、所定の閾値に対して、又は対照試料中のRNAバイオマーカーの量に対して増加又は減少する対象をTBIを有するものとして同定することと、
以下の1つ又は複数:
前記対象に1つ又は複数の神経保護療法を施すこと、
に従って、前記TBIを有すると同定された対象を治療することと、を含む、方法。 - 前記唾液試料が、損傷直後から損傷後の任意の期間から選択される損傷後の期間中に得られる、請求項42に記載の方法。
- 前記唾液試料が、損傷直後から、前記RNAバイオマーカーの少なくとも1つの発現レベルが前記所定の閾値又は前記対照試料中の前記RNAバイオマーカーの量に戻るまでから選択される損傷後の期間中に得られる、請求項43に記載の方法。
- 前記唾液試料が、損傷直後から損傷後1年まで、10ヶ月まで、8ヶ月まで、6ヶ月まで、5ヶ月まで、4ヶ月まで、3ヶ月まで、2ヶ月まで、1ヶ月まで、25日まで、20日まで、15日まで、7日まで、5日まで、3日まで、2日まで、及び/又は24時間までから選択される損傷後の期間中に得られる、請求項43に記載の方法。
- 前記唾液試料が、損傷直後から15日間、1時間から15日間、24時間から15日間、24時間から7日間及び2から5日間から選択される損傷後の期間中に得られる、請求項45に記載の方法。
- 前記損傷後の1回又は複数回の更なる時間に前記対象から1つ又は複数の更なる唾液試料を得ることと、各更なる試料について検出及び増幅ステップを繰り返すこととを更に含む、請求項42に記載の方法。
- 前記1つ又は複数の更なる唾液試料が、損傷直後から損傷後の任意の期間から選択される損傷後の期間中に得られる、請求項47に記載の方法。
- 前記1つ又は複数の更なる唾液試料が、損傷直後から、前記RNAバイオマーカーの少なくとも1つの発現レベルが前記所定の閾値又は前記対照試料中の前記RNAバイオマーカーの量に戻るまでから選択される損傷後の期間中に得られる、請求項47に記載の方法。
- 前記1つ又は複数の更なる唾液試料が、損傷直後から損傷後1年まで、10ヶ月まで、8ヶ月まで、6ヶ月まで、5ヶ月まで、4ヶ月まで、3ヶ月まで、2ヶ月まで、1ヶ月まで、25日まで、20日まで、15日まで、7日まで、5日まで、3日まで、2日まで、及び/又は24時間までから選択される損傷後の期間中に得られる、請求項47に記載の方法。
- 前記1つ又は複数の更なる唾液試料が、損傷直後から15日間、1時間から15日間、24時間から15日間、24時間から7日間、及び2から5日間から選択される損傷後の期間中に得られる、請求項50に記載の方法。
- 前記1つ又は複数の更なる唾液試料が、前記損傷後の1、1.5、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、又は15日目に得られる、請求項47に記載の方法。
- 前記少なくとも1つのRNAバイオマーカーの量を検出することが、PCRベースのアッセイ、ライトアレイアッセイ、層流チップアッセイ、又は少なくとも1つのRNAバイオマーカーを検出するのに適した任意のアッセイを使用して行われる、請求項42から52のいずれか一項に記載の方法。
- 前記PCRベースのアッセイを使用する場合、所定の閾値が、2デルタデルタCT(2-ΔΔCT)法を使用して1.5以上の倍数変化に相当する、請求項53に記載の方法。
- 所定の閾値が、2デルタデルタCT(2-ΔΔCT)法を使用して2以上の倍数変化に相当する、請求項53に記載の方法。
- 前記少なくとも1つのRNAバイオマーカーが、
a.hsa-let-7i-5p、hsa-miR-107、hsa-miR-126-5p(=miR-126*)、hsa-miR-135b-5p、hsa-miR-142-3p、hsa-miR-142-5p、hsa-miR-143-3p(=miR-143)、hsa-miR-148a-3p、hsa-miR-206、hsa-miR-29c-3p、hsa-miR-34b-3p、hsa-miR-425-5p、hsa-miR-449a、hsa-miR-671-3p、hsa-miR-6748-3p、及びhsa-miR-934、又はそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される、及び/又は
b.hsa-let-7a-5p、hsa-let-7b-5p、hsa-let-7f-5p、hsa-miR-103a-3p、hsa-miR-21-5p、及びhsa-miR-92a-3p、又はそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される、
1つ又は複数のmiRNAを更に含む、請求項42から55のいずれか一項に記載の方法。 - 前記ヒト対象を、TBIの治療が成功した後の正常な活動に適しているとして特定することを更に含む、請求項42に記載の方法。
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