JP2022513727A - 細菌を安定化させるための組成物及びその使用 - Google Patents

細菌を安定化させるための組成物及びその使用 Download PDF

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Abstract

本明細書で提供されるのは、１種以上の細菌を（例えば、乾燥によって）安定化させるのに有用な組成物及び製剤である。１種以上の細菌を安定化させる方法もまた、開示される。【選択図】なし

Description

関連出願の相互参照
本ＰＣＴ出願は、２０１８年１２月５日出願の米国仮特許出願第６２／７７５，６９７号の優先権の利益を主張するものであり、この仮特許出願は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
ＥＦＳ－ＷＥＢを介して電子的に提出された配列表への言及
本出願とともに提出された、ＡＳＣＩＩテキストファイルで電子的に提出された配列表の内容（名称：４２６８＿０１７ＰＣ０１＿Ｓｅｑｕｅｎｃｅｌｉｓｔｉｎｇ＿ＳＴ２５．ｔｘｔ；サイズ：８３６，７７０バイト；作成日：２０１９年１２月５日）は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
本開示は、乾燥細菌の安定性を促進するのに有用な組成物及び製剤に関する。
凍結乾燥は、ある種の生体分子を保存するために使用されるプロセスであり、再構成されて対象に投与される治療用組成物（例えば、ワクチンとして使用されるペプチド及びタンパク質）を調製するために使用することができる。しかしながら、細菌組成物の凍結乾燥は困難である。凍結乾燥プロセスに伴う過酷な条件及びストレスは、細菌の構造、機能、及び生存率に悪影響を与えるおそれがある（Ｃｈａｌｌｅｎｅｒ，Ｃ．Ａ．，ＢｉｏＰｈａｒｍ Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ ３０（１）：３２－３５（２０１７））。さらに、細菌のある特定の種に対して良好に機能する、例えば、良好な安定性をもたらす凍結乾燥（ｌｙｏｐｈｉｌｉｚｅｄ）（または凍結乾燥させた（ｆｒｅｅｚｅ－ｄｒｉｅｄ））製剤は、異なる種に対しては有効ではない可能性があり、これにより、すべての種が所望の特性を保持した細菌混合物を生成するプロセスが困難になっている。
したがって、治療用途の細菌を乾燥させるために効果的かつ安全に使用することができる組成物及び方法が強く求められている。
本明細書で提供されるのは、（ｉ）生菌の１つ以上の異なるＯＴＵと、（ｉｉ）尿素と、（ｉｉｉ）凍結保護剤、アミノ酸源、抗酸化剤、塩、緩衝剤、またはこれらの組み合わせから選択される１つ以上の賦形剤とを含む組成物である。いくつかの実施形態では、尿素は、約０．５％～約１．０％の濃度（ｗ／ｗ）で存在する。
いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、凍結保護剤を含む。いくつかの実施形態では、凍結保護剤は、糖である。特定の実施形態では、糖は、二糖である。いくつかの実施形態では、二糖は、スクロースまたはトレハロースである。特定の実施形態では、二糖は、スクロース及びトレハロースである。いくつかの実施形態では、スクロース及び／またはトレハロースは、約５％～約２０％の濃度で存在する。
いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、アミノ酸源を含む。いくつかの実施形態では、アミノ酸源は、コラーゲンである。特定の実施形態では、コラーゲンは、加水分解コラーゲンである。いくつかの実施形態では、アミノ酸源は、ゼラチンである。特定の実施形態では、ゼラチンは、加水分解ゼラチンである。さらなる実施形態では、コラーゲンは、約３％の濃度で存在する。いくつかの実施形態では、ゼラチンは、約０．２５％～約４．０％の濃度で存在する。いくつかの実施形態では、アミノ酸源は、カゼインまたはアルブミンである。特定の実施形態では、カゼインは、加水分解カゼインであり、及び／またはアルブミンは、ヒト血清アルブミンである。さらなる実施形態では、カゼイン及び／またはアルブミンは、約１％の濃度で存在する。
いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、抗酸化剤を含む。特定の実施形態では、抗酸化剤は、システインである。いくつかの実施形態では、システインは、約０．２５％の濃度で存在する。いくつかの実施形態では、抗酸化剤は、アスコルビン酸である。さらなる実施形態では、アスコルビン酸は、約１．０％の濃度で存在する。
いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、塩を含む。特定の実施形態では、塩は、カリウム塩である。さらなる実施形態では、カリウム塩は、塩化カリウム（ＫＣｌ）である。いくつかの実施形態では、ＫＣｌは、約２５ｍＭの濃度で存在する。
いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、緩衝剤を含む。いくつかの実施形態では、緩衝剤は、４－（２－ヒドロキシエチル）－１－ピペラジンエタンスルホン酸（ＨＥＰＥＳ）である。特定の実施形態では、ＨＥＰＥＳは、約１０ｍＭ～約１００ｍＭの濃度で存在する。
いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物中に存在する生菌は、嫌気性菌である。特定の実施形態では、嫌気性菌は、参照組成物（例えば、本明細書に記載の賦形剤のうちの１つ（例えば尿素）を欠いている）中の対応する嫌気性菌と比較して、耐気性が増加している。いくつかの実施形態では、嫌気性菌は、通性嫌気性菌である。さらなる実施形態では、嫌気性菌は、偏性嫌気性菌である。なおさらなる実施形態では、嫌気性菌は、耐気性嫌気性菌である。いくつかの実施形態では、生菌は、好気性菌である。
いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、生菌の少なくとも２つのＯＴＵを含み、生菌の少なくとも２つのＯＴＵは、少なくとも１種の通性嫌気性菌、少なくとも１種の偏性嫌気性菌、及び／または少なくとも１種の好気性菌を含む。特定の実施形態では、組成物は、少なくとも１種の嫌気性菌（例えば、耐気性嫌気性菌）及び少なくとも１種の好気性菌を含む。
いくつかの実施形態では、本開示の組成物中に存在する生菌は、芽胞形成菌である。特定の実施形態では、生菌は、芽胞型である。他の実施形態では、生菌は、栄養型である。いくつかの実施形態では、生菌は、芽胞型と栄養型との混合物である。
いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物の生菌は、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ、Ｓｕｔｔｅｒｅｌｌａｃｅａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｃｅａｅ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄａｃｅａｅ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａｃｅａｅ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｃｏｒｉｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ、Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｒｉｋｅｎｅｌｌａｃｅａｅ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、またはＤｅｓｕｌｆｏｖｉｂｒｉｏｎａｃｅａｅ科のうちの１種以上からのものである。特定の実施形態では、生菌は、配列番号１～３６８に記載の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列と少なくとも９７％同一である１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。
本開示に記載の組成物のいずれかを含む乾燥粉末もまた、本明細書に開示される。特定の実施形態では、乾燥粉末中に存在する生菌は、少なくとも１週間、少なくとも２週間、少なくとも３週間、少なくとも１ヶ月間、少なくとも２ヶ月間、少なくとも３ヶ月間、少なくとも６ヶ月間、少なくとも１年間、または少なくとも２年間、安定である。
いくつかの実施形態では、本明細書に開示される乾燥粉末は、カプセル化される。特定の実施形態では、乾燥粉末は、再構成される。さらなる実施形態では、乾燥粉末は、胃腸障害を治療するために使用される。
本明細書に開示される乾燥粉末を含む治療用製剤もまた、本明細書で提供される。いくつかの実施形態では、治療用製剤は、経口的に、直腸的に、非経口的に、局所的に、または粘膜に投与される。特定の実施形態では、治療用製剤は、マイクロバイオーム関連疾患または障害を有する対象を治療するために使用される。いくつかの実施形態では、マイクロバイオーム関連疾患または障害は、炎症性腸疾患、細菌感染症（例えば、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ感染症）、肥満、糖尿病、喘息／アレルギー、自己免疫疾患、中枢神経系（ＣＮＳ）疾患もしくは障害（例えば、自閉スペクトラム症（ＡＳＤ）及びパーキンソン病）、胆汁うっ滞疾患、胃潰瘍、慢性心疾患、リウマチ性疾患、腎疾患、がん、またはこれらの任意の組み合わせを含む。
実施形態
実施形態１．尿素及び１つ以上の賦形剤を含む、製剤。
実施形態２．前記１つ以上の賦形剤が、凍結保護剤、アミノ酸源、抗酸化剤、塩、緩衝剤、またはこれらの組み合わせを含む、実施形態１に記載の製剤。
実施形態３．前記尿素が、約０．５％～約１．０％の濃度（ｗ／ｗ）で存在する、実施形態１または２に記載の製剤。
実施形態４．前記凍結保護剤が、糖である、実施形態２に記載の製剤。
実施形態５．前記糖が、二糖である、実施形態４に記載の製剤。
実施形態６．前記二糖が、スクロースである、実施形態５に記載の製剤。
実施形態７．前記二糖が、トレハロースである、実施形態５に記載の製剤。
実施形態８．前記スクロースが、約５％～約２０％の濃度で存在する、実施形態６に記載の製剤。
実施形態９．前記アミノ酸源が、コラーゲンである、実施形態２～８のいずれか１つに記載の製剤。
実施形態１０．前記コラーゲンが、加水分解コラーゲンである、実施形態９に記載の製剤。
実施形態１１．前記アミノ酸源が、ゼラチンである、実施形態２～８のいずれか１つに記載の製剤。
実施形態１２．前記ゼラチンが、加水分解ゼラチンである、実施形態１１に記載の製剤。
実施形態１３．前記コラーゲンが、約３％の濃度で存在する、実施形態９または１０に記載の製剤。
実施形態１４．前記ゼラチンが、約０．２５％～約４．０％の濃度で存在する、実施形態１１または１２に記載の製剤。
実施形態１５．前記アミノ酸源が、カゼインである、実施形態２～８のいずれか１つに記載の製剤。
実施形態１６．前記カゼインが、加水分解カゼインである、実施形態１５に記載の製剤。
実施形態１７．前記カゼインが、約１％の濃度で存在する、実施形態１５または１６に記載の製剤。
実施形態１８．前記抗酸化剤が、システインである、実施形態２～１７のいずれか１つに記載の製剤。
実施形態１９．前記抗酸化剤が、アスコルビン酸である、実施形態２～１７のいずれか１つに記載の製剤。
実施形態２０．前記システインが、約０．２５％の濃度で存在する、実施形態１８に記載の製剤。
実施形態２１．前記アスコルビン酸が、約１．０％の濃度で存在する、実施形態１９に記載の製剤。
実施形態２２．前記塩が、カリウム塩である、実施形態２～２１のいずれか１つに記載の製剤。
実施形態２３．前記カリウム塩が、塩化カリウム（ＫＣｌ）である、実施形態２２に記載の製剤。
実施形態２４．前記ＫＣｌが、約２５ｍＭの濃度で存在する、実施形態２３に記載の製剤。
実施形態２５．前記緩衝剤が、４－（２－ヒドロキシエチル）－１－ピペラジンエタンスルホン酸（ＨＥＰＥＳ）である、実施形態２～２４のいずれか１つに記載の製剤。
実施形態２６．前記ＨＥＰＥＳが、約１０ｍＭ～約１００ｍＭの濃度で存在する、実施形態２５に記載の製剤。
実施形態２７．（ｉ）実施形態１～２６のいずれか１つに記載の製剤及び（ｉｉ）生菌の１つ以上の異なるＯＴＵを含む、細菌組成物。
実施形態２８．前記生菌が、嫌気性菌である、実施形態２７に記載の細菌組成物。
実施形態２９．前記嫌気性菌が、参照組成物（例えば、本明細書に記載の賦形剤のうちの１つ（例えば尿素）を欠いている）中の対応する嫌気性菌と比較して、耐気性が増加している、実施形態２８に記載の細菌組成物。
実施形態３０．前記生菌が、通性嫌気性菌である、実施形態２７～２９のいずれか１つに記載の細菌組成物。
実施形態３１．前記生菌が、偏性嫌気性菌である、実施形態２７～２９のいずれか１つに記載の細菌組成物。
実施形態３２．前記生菌が、耐気性嫌気性菌である、実施形態２７～２９のいずれか１つに記載の細菌組成物。
実施形態３３．前記生菌が、好気性菌である、実施形態２７に記載の細菌組成物。
実施形態３４．生菌の少なくとも２つのＯＴＵを含み、前記生菌の少なくとも２つのＯＴＵが、少なくとも１種の通性嫌気性菌、少なくとも１種の偏性嫌気性菌、及び／または少なくとも１種の好気性菌を含む、実施形態２７に記載の細菌組成物。
実施形態３５．少なくとも１種の嫌気性菌（例えば、耐気性嫌気性菌）及び少なくとも１種の好気性菌を含む、実施形態３４に記載の細菌組成物。
実施形態３６．前記生菌が、芽胞形成菌である、実施形態２７～３５のいずれか１つに記載の細菌組成物。
実施形態３７．前記生菌が、芽胞型である、実施形態２７～３６のいずれか１つに記載の細菌組成物。
実施形態３８．前記生菌が、栄養型である、実施形態２７～３６のいずれか１つに記載の細菌組成物。
実施形態３９．前記生菌が、芽胞型と栄養型との混合物である、実施形態２７～３６のいずれか１つに記載の細菌組成物。
実施形態４０．尿素及び１つ以上の賦形剤を含む、乾燥粉末。
実施形態４１．前記１つ以上の賦形剤が、凍結保護剤、アミノ酸源、抗酸化剤、塩、緩衝剤、またはこれらの組み合わせを含む、実施形態４０に記載の乾燥粉末。
実施形態４２．生菌の１つ以上の異なるＯＴＵをさらに含む、実施形態４０または４１に記載の乾燥粉末。
実施形態４３．前記生菌が、嫌気性菌である、実施形態４２に記載の乾燥粉末。
実施形態４４．前記嫌気性菌が、参照乾燥粉末（例えば、本明細書に記載の賦形剤のうちの１つ（例えば尿素）を欠いている）中の対応する嫌気性菌と比較して、耐気性が増加している、実施形態４３に記載の乾燥粉末。
実施形態４５．前記生菌が、通性嫌気性菌である、実施形態４２～４４のいずれか１つに記載の乾燥粉末。
実施形態４６．前記生菌が、偏性嫌気性菌である、実施形態４２～４４のいずれか１つに記載の乾燥粉末。
実施形態４７．前記生菌が、耐気性嫌気性菌である、実施形態４２～４６のいずれか１つに記載の乾燥粉末。
実施形態４８．前記生菌が、好気性菌である、実施形態４２に記載の細菌組成物。
実施形態４９．少なくとも２種の生菌を含み、前記少なくとも２種の生菌が、少なくとも１種の通性嫌気性菌、少なくとも１種の偏性嫌気性菌、及び／または少なくとも１種の好気性菌を含む、実施形態４２に記載の乾燥粉末。
実施形態５０．少なくとも１種の嫌気性菌（例えば、耐気性嫌気性菌）及び少なくとも１種の好気性菌を含む、実施形態４９に記載の乾燥粉末。
実施形態５１．前記生菌が、芽胞形成菌である、実施形態４２～５０のいずれか１つに記載の乾燥粉末。
実施形態５２．前記生菌が、芽胞型である、実施形態４２～５１のいずれか１つに記載の乾燥粉末。
実施形態５３．前記生菌が、栄養型である、実施形態４２～５１のいずれか１つに記載の乾燥粉末。
実施形態５４．前記生菌が、芽胞型と栄養型との混合物である、実施形態４２～５１のいずれか１つに記載の乾燥粉末。
実施形態５５．前記生菌が、少なくとも１週間、少なくとも２週間、少なくとも３週間、少なくとも１ヶ月間、少なくとも２ヶ月間、少なくとも３ヶ月間、少なくとも６ヶ月間、少なくとも１年間、または少なくとも２年間、安定である、実施形態４２～５４のいずれか１つに記載の乾燥粉末。
実施形態５６．前記乾燥粉末が、カプセル化される、実施形態４０～５５のいずれか１つに記載の乾燥粉末。
実施形態５７．前記乾燥粉末が、再構成される、実施形態４０～５６のいずれか１つに記載の乾燥粉末。
実施形態５８．前記乾燥粉末が、胃腸障害を治療するために使用される、実施形態４０～５７のいずれか１つに記載の乾燥粉末。
実施形態５９．実施形態４０～５８のいずれか１つに記載の乾燥粉末を含む、治療用製剤。
実施形態６０．前記治療用製剤が、経口的に、直腸的に、非経口的に、局所的に、または粘膜に投与される、実施形態５９に記載の治療用製剤。
実施形態６１．前記治療用製剤が、マイクロバイオーム関連疾患または障害を有する対象を治療するために使用される、実施形態５９または６０に記載の治療用製剤。
実施形態６２．前記マイクロバイオーム関連疾患または障害が、炎症性腸疾患、細菌感染症（例えば、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ感染症）、肥満、糖尿病、喘息／アレルギー、自己免疫疾患、中枢神経系（ＣＮＳ）疾患もしくは障害（例えば、自閉スペクトラム症（ＡＳＤ）及びパーキンソン病）、胆汁うっ滞疾患、胃潰瘍、慢性心疾患、リウマチ性疾患、腎疾患、がん、またはこれらの任意の組み合わせを含む、実施形態６１に記載の治療用製剤。
（ｉ）尿素含有組成物、（ｉｉ）尿素不含組成物、または（ｉｉｉ）市販の微生物凍結乾燥組成物を使用した、凍結乾燥後のＢａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓの短期安定性及び乾燥収率の比較を示す。短期安定性を、３０℃で１週間後（白色バー）及び３０℃で２週間後（黒色バー）の熱安定性データによって表す。乾燥収率を、凍結乾燥後の安定性データ（ストライプバー）で表す。熱安定性及び凍結乾燥後のデータの両方を、生存率の対数減少（ＣＦＵ／ｍＬ）として示す。組成物番号９は、０．５％（ｗ／ｗ）の尿素を含有していた。組成物番号１２は、市販の組成物（ＯＰＳ Ｆｒｅｅｚｅ Ｄｒｙｉｎｇ Ｂｕｆｆｅｒ）であった。組成物番号１～８、１０及び１１は尿素不含であった。試験組成物の賦形剤を表１に示す（実施例１を参照されたい）。 デキストラン７０（Ｐｈａｒｍａｃｏｓｍｏｓ）及びＮｕｔｒａ（登録商標）加水分解ゼラチン（Ｎｕｔｒａ Ｆｏｏｄ Ｉｎｇｒｅｄｉｅｎｔｓ）が、凍結乾燥後のＢａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓの短期安定性及び乾燥収率に及ぼした作用を示す。熱安定性データは、３０℃で１週間後（白色バー）及び３０℃で２週間後（黒色バー）の凍結乾燥したＢａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓの短期安定性を示す。凍結乾燥後の安定性データ（ストライプバー）は、乾燥収率を表す。熱安定性及び凍結乾燥後のデータの両方を、生存率の対数減少（ＣＦＵ／ｍＬ）として示す。組成物番号９～１１は、２．５％（ｗ／ｗ）のデキストラン７０を含有していた。組成物番号３～１１は、Ｎｕｔｒａ（登録商標）加水分解ゼラチンの様々な濃度（１、２、または４％）を含有していた。組成物番号６～１１は、０．５％（ｗ／ｗ）の尿素を含有していた。組成物番号１、２、及び１２は、尿素、デキストラン７０及びＮｕｔｒａ（登録商標）加水分解ゼラチンを含有していなかった。試験組成物の賦形剤を表２に示す（実施例２を参照されたい）。 凍結乾燥後のＢａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓの短期加速安定性及び乾燥収率に関する、ＡｐｐｌｉＣｈｅｍ（登録商標）ゼラチン（ＰａｎＲｅａｃ ＡｐｐｌｉＣｈｅｍ）または加水分解カゼイン（Ｈｙ－Ｃａｓｅ ＳＦ）の作用の比較を示す。短期安定性を、４℃で１週間後（白色バー）及び／または４℃で２週間後（黒色バー）の熱安定性データによって表す。乾燥収率を、凍結乾燥後の安定性データ（ストライプバー）で表す。熱安定性及び凍結乾燥後のデータの両方を、生存率の対数減少（ＣＦＵ／ｍＬ）として示す。組成物番号２は、１％（ｗ／ｗ）のＡｐｐｌｉＣｈｅｍ（登録商標）ゼラチンを含有していた。組成物番号１及び５は、ＡｐｐｌｉＣｈｅｍ（登録商標）ゼラチンを含有せず、代わりに１％のＨｙ－Ｃａｓｅ ＳＦを含有していた。すべての試験組成物は、０．５％（ｗ／ｗ）の尿素を含有していた。図３の左側（すなわち、最初の３本のバー）は、ペプトン、酵母、グルコース（ＰＹＧ）ブロス中で増殖させたＢａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓのデータを示す。図３の右側（すなわち、最後の２本のバー）は、ＡＤＭ（動物由来培地、すなわち増殖培地）ブロス中で増殖させたＢａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓのデータを示す。試験組成物の賦形剤を表３に示す（実施例３を参照されたい）。 凍結乾燥後のＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｐ＿Ｄ５の乾燥収率に対する尿素の作用を示す。乾燥収率を表す凍結乾燥後のデータを、生存率の対数減少（ＣＦＵ／ｍＬ）として示す。組成物番号２～５は、０．５％（ｗ／ｗ）の尿素を含有していた。組成物番号１は、尿素不含であった。組成物番号６は、市販の組成物（ＯＰＳ Ｆｒｅｅｚｅ Ｄｒｙｉｎｇ Ｂｕｆｆｅｒ）であった。試験組成物の成分を表４に示す（実施例４を参照されたい）。 凍結乾燥後の酸素感受性細菌の耐気性に対する尿素の作用を示す。凍結乾燥したＥｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｉｒａｅｕｍのデータを示す。細菌の耐気性を、およそ３時間にわたる酸素の存在下における細菌力価（ＣＦＵ／ｍＬ）の維持として示す。凍結乾燥細菌の耐気性（丸）を、対応する非凍結乾燥細菌の耐気性（四角）と比較する。水平点線は、アッセイの検出限界を表す。 凍結乾燥後の酸素感受性細菌の耐気性に対する尿素の作用を示す。凍結乾燥したＲｏｓｅｂｕｒｉａ ｈｏｍｉｎｉｓのデータを示す。細菌の耐気性を、およそ３時間にわたる酸素の存在下における細菌力価（ＣＦＵ／ｍＬ）の維持として示す。凍結乾燥細菌の耐気性（丸）を、対応する非凍結乾燥細菌の耐気性（四角）と比較する。水平点線は、アッセイの検出限界を表す。 ０．５％の尿素を含む凍結乾燥組成物で凍結乾燥させた場合の、様々な科のグラム陽性菌からの細菌の長期安定性を示す。凍結温度（－６５℃及び－２０℃）、ならびに冷蔵温度（４℃）の両方における様々な時点（すなわち、凍結乾燥の１、２、３、４、または６ヶ月後）での様々な細菌の乾燥収率を示す。個々の細菌株に与えられた初期値は、凍結乾燥のおよそ２週間後に測定された乾燥収率に対応する。ｘ軸に沿って括弧内に示されている期間は、凍結乾燥後の時間を示す。 ０．５％の尿素を含む凍結乾燥組成物で凍結乾燥させた場合の、様々な科のグラム陽性菌からの細菌の長期安定性を示す。凍結乾燥の数ヶ月後の異なる凍結乾燥細菌組成物の含水率を示す。
Ｉ．細菌を安定化させるための製剤
本出願人は、特定の賦形剤を含む製剤が、乾燥させたときに組成物中の細菌の安定性を向上させることができることを発見した。本出願人は、意外にも、尿素が、乾燥後の細菌の収率を増加させ、及び／または細菌の安定性を向上させることができることを見出した。したがって、いくつかの態様では、本開示は、乾燥させたときに当該技術分野における製剤と比較して収率及び／または安定性が向上した細菌組成物の調製に有用である製剤を提供する。本出願人は、本明細書に開示される製剤が、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ ｈｏｍｉｎｉｓ及びＥｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｉｒａｅｕｍなどの酸素感受性細菌種の耐気性を増加させることができることをさらに発見した。したがって、本明細書で提供される製剤は、嫌気性菌（例えば、偏性または耐気性嫌気性菌）及び好気性菌を含む、細菌の複数の種及び株に有用である。本明細書で使用する場合、「製剤」は、細菌を乾燥させるために使用することができる賦形剤の組み合わせを指し、「組成物」または「細菌組成物」は、細菌を含む製剤を指す。本明細書で提供される製剤は、細菌の乾燥及び／または細菌の貯蔵に有用である。
概して、本明細書に開示される製剤は、尿素を含む。いくつかの実施形態では、尿素は、約０．１％、約０．２％、約０．３％、約０．４％、約０．５％、約０．６％、約０．７％、約０．８％、約０．９％、約１．０％、約１．１％、約１．２％、約１．３％、約１．４％、約１．５％、約２．０％、約３．０％、約４．０％、または約５．０％以上の濃度（ｗ／ｗ）である。特定の実施形態では、尿素は、約０．１％、約０．２％、約０．３％、約０．４％、約０．５％、約０．６％、約０．７％、約０．８％、約０．９％、または約１．０％の濃度（ｗ／ｗ）である。いくつかの実施形態では、尿素は、約０．５％の濃度（ｗ／ｗ）である。他の実施形態では、尿素は、約１．０％の濃度（ｗ／ｗ）である。いくつかの実施形態では、尿素は、０．１％、０．２％、０．３％、０．４％、０．５％、０．６％、０．７％、０．８％、０．９％、１．０％、１．１％、１．２％、１．３％、１．４％、１．５％、２．０％、３．０％、４．０％、または５．０％以上の濃度（ｗ／ｗ）である。特定の実施形態では、尿素は、０．１％、０．２％、０．３％、０．４％、０．５％、０．６％、０．７％、０．８％、０．９％、または１．０％の濃度（ｗ／ｗ）である。特定の実施形態では、尿素は、０．５％の濃度（ｗ／ｗ）である。他の実施形態では、尿素は、１．０％の濃度（ｗ／ｗ）である。
いくつかの実施形態では、本明細書に開示される製剤は、１つ以上の追加の賦形剤をさらに含む。いくつかの実施形態では、１つ以上の追加の賦形剤は、凍結保護剤、アミノ酸源、抗酸化剤、塩、緩衝液、またはこれらの任意の組み合わせを含む。
したがって、いくつかの実施形態では、本明細書で提供される製剤は、尿素及び凍結保護剤を含む。特定の実施形態では、製剤は、尿素、凍結保護剤、及びアミノ酸源を含む。さらなる実施形態では、製剤は、尿素、凍結保護剤、及び抗酸化剤を含む。いくつかの実施形態では、製剤は、尿素、凍結保護剤、及び塩を含む。他の実施形態では、製剤は、尿素、凍結保護剤、及び緩衝液を含む。特定の実施形態では、製剤は、尿素、凍結保護剤、アミノ酸源、及び抗酸化剤を含む。いくつかの実施形態では、製剤は、尿素、凍結保護剤、アミノ酸源、及び塩を含む。さらなる実施形態では、製剤は、尿素、凍結保護剤、アミノ酸源、及び緩衝液を含む。いくつかの実施形態では、製剤は、尿素、凍結保護剤、アミノ酸源、抗酸化剤、及び塩を含む。特定の実施形態では、製剤は、尿素、凍結保護剤、アミノ酸源、抗酸化剤、及び緩衝液を含む。いくつかの実施形態では、製剤は、尿素、凍結保護剤、アミノ酸源、抗酸化剤、塩、及び緩衝液を含む。
凍結保護剤
本明細書で使用する場合、「凍結保護剤」という用語は、乾燥プロセス（例えば、凍結及び／または解凍）によって生じ得る損傷を最小化または低減させるために、生物学的試料に添加される化合物を指す。
いくつかの実施形態では、凍結保護剤は、糖である。本明細書で使用する場合、「糖」という用語は、単糖、二糖、及び多糖を指す。いくつかの実施形態では、糖は、スクロース、トレハロース、ラクトース、グルコース、フルクトース、ガラクトース、デキストロース、マルトース、セロビオース、キトビオース、またはラクツロースなどの二糖である。
本出願人らは、特定の実施形態において、スクロースが本明細書に開示される製剤とともに使用することができる有用な凍結保護剤であることを発見した。したがって、いくつかの実施形態では、本明細書に開示される製剤は、尿素及びスクロースを含む。
いくつかの実施形態では、スクロースは、約１％、約２％、約３％、約４％、約５％、約６％、約７％、約８％、約９％、約１０％、約１１％、約１２％、約１３％、約１４％、約１５％、約１６％、約１７％、約１８％、約１９％、約２０％、約２１％、約２２％、約２３％、約２４％、または約２５％以上の濃度（ｗ／ｗ）で、本明細書に開示される製剤中に存在する。特定の実施形態では、スクロースは、約５％～約２０％の濃度（ｗ／ｗ）である。他の実施形態では、スクロースは、約１５％の濃度（ｗ／ｗ）である。さらなる実施形態では、スクロースは、約１２．５％の濃度（ｗ／ｗ）である。特定の実施形態では、スクロースは、約１０％の濃度である。いくつかの実施形態では、スクロースは、１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、または２５％以上の濃度（ｗ／ｗ）で、本明細書に開示される製剤中に存在する。特定の実施形態では、スクロースは、５％～２０％の濃度（ｗ／ｗ）である。他の実施形態では、スクロースは、１５％の濃度（ｗ／ｗ）である。さらなる実施形態では、スクロースは、１２．５％の濃度（ｗ／ｗ）である。特定の実施形態では、スクロースは、１０％の濃度（ｗ／ｗ）である。
本出願人らはまた、いくつかの実施形態において、トレハロースが本明細書に開示される製剤とともに使用することができる有効な凍結保護剤であることを発見した。したがって、特定の実施形態では、本明細書に開示される製剤は、尿素及びトレハロースを含む。
いくつかの実施形態では、トレハロースは、約１％、約２％、約３％、約４％、約５％、約６％、約７％、約８％、約９％、約１０％、約１１％、約１２％、約１３％、約１４％、約１５％、約１６％、約１７％、約１８％、約１９％、約２０％、約２１％、約２２％、約２３％、約２４％、または約２５％以上の濃度（ｗ／ｗ）で、本明細書に開示される製剤中に存在する。特定の実施形態では、トレハロースは、約５％～約２０％の濃度（ｗ／ｗ）である。いくつかの実施形態では、トレハロースは、１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、または２５％以上の濃度（ｗ／ｗ）で、本明細書に開示される製剤中に存在する。特定の実施形態では、トレハロースは、５％～２０％の濃度（ｗ／ｗ）である。トレハロースはまた、他の糖、例えば、スクロースと組み合わせて効果的に使用することができる。例えば、いくつかの実施形態では、本開示の製剤は、尿素、スクロース、及びトレハロースを含む。
単独で、またはスクロースもしくはトレハロースなどの二糖と組み合わせて使用することができる凍結保護剤のさらなる非限定的な例には、ジメチルスルホキシド（ＤＭＳＯ）、ヒドロキシエチルデンプン、グリセロール、ポリエチレングリコール、ポリビニルピロリドン、メチルセルロース、プロリン、ポリマー、エクトイン、及びこれらの組み合わせが含まれる。凍結保護剤は当該技術分野において公知であり、例えば、Ｊａｎｚ ｅｔ ａｌ．，Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｂｉｏｍｅｄｉｃｉｎｅ ａｎｄ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ ２０１２、Ｍａｒｅｓｃｈｉ ｅｔ ａｌ．Ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌ Ｈｅｍａｔｏｌｏｇｙ ２００６ ３４：１５６３－１５７２、及びＨｕｎｔ ｅｔ ａｌ．Ｔｒａｎｓｆｕｓ Ｍｅｄ Ｈｅｍｏｔｈｅｒ ２０１１ ３８：１０７－１２３にさらに記載されており、これらの各々は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
いくつかの実施形態では、本明細書に開示される凍結保護剤（例えば、スクロース、トレハロース）は、充填剤として機能し得る。充填剤を医薬品に添加し、生成物に体積及び質量を加えることで、その正確な計量及び取り扱いを容易にすることができる。スクロース及び／またはトレハロースとの組み合わせを含む、有用であり得るさらなる充填剤は、ラクトース、グルコース、マンニトール、ソルビトール、ラフィノース、グリシン、ヒスチジン、ポリビニルピロリドン（ＰＶＰ）、デキストラン４０、アルブミン、及びこれらの組み合わせであり得るが、これらに限定されない。
アミノ酸源
アミノ酸は、糖及び／またはポリマーなどの確立された安定剤と同様の凍結乾燥保護効果及び凍結保護効果を示し得るが、化学構造及び物理化学的特性のより高い多様性をもたらす。タンパク質凝集を防止するそれらの能力は、疎水性及びイオン性相互作用、水素結合、側鎖の柔軟性、及びモル体積効果を含む、それらの複数の物理化学的特性に起因する。したがって、いくつかの実施形態では、本明細書に開示される製剤は、少なくとも１つのアミノ酸源を含む。
いくつかの実施形態では、アミノ酸源は、アルブミンである。したがって、特定の実施形態では、本明細書に開示される製剤は、尿素、スクロース、及びアルブミンを含む。さらなる実施形態では、製剤は、尿素、トレハロース、及びアルブミンを含む。いくつかの実施形態では、製剤は、尿素、スクロース、トレハロース、及びアルブミンを含む。
特定の実施形態では、アルブミンは、ヒトアルブミンである。いくつかの実施形態では、ヒトアルブミンは、ヒト血清アルブミンである。特定の実施形態では、アルブミンは、約０．１％、約０．２％、約０．３％、約０．４％、約０．５％、約０．６％、約０．７％、約０．８％、約０．９％、約１．０％、約１．１％、約１．２％、約１．３％、約１．４％、約１．５％、約１．６％、約１．７％、約１．８％、約１．９％、約２．０％、約３．０％、約４．０％、または約５．０％以上の濃度（ｗ／ｗ）で、本開示の組成物中に存在する。いくつかの実施形態では、アルブミンは、約１．０％の濃度（ｗ／ｗ）で存在する。特定の実施形態では、アルブミンは、０．１％、０．２％、０．３％、０．４％、０．５％、０．６％、０．７％、０．８％、０．９％、１．０％、１．１％、１．２％、１．３％、１．４％、１．５％、１．６％、１．７％、１．８％、１．９％、２．０％、３．０％、４．０％、または５．０％以上の濃度（ｗ／ｗ）で、本開示の組成物中に存在する。いくつかの実施形態では、アルブミンは、１．０％の濃度（ｗ／ｗ）である。
いくつかの実施形態では、アミノ酸源は、ゼラチンである。特定の実施形態では、本開示の製剤は、尿素、スクロース、及びゼラチンを含む。他の実施形態では、製剤は、尿素、トレハロース、及びゼラチンを含む。さらなる実施形態では、製剤は、尿素、スクロース、トレハロース、及びゼラチンを含む。
本明細書に記載の通りに使用することができるゼラチン、特に加水分解ゼラチンの非限定的な例には、Ｎｕｔｒａ（登録商標）加水分解ゼラチン（Ｎｕｔｒａ Ｆｏｏｄ Ｉｎｇｒｅｄｉｅｎｔｓ）及びＡｐｐｌｉＣｈｅｍ（登録商標）ゼラチン（ＰａｎＲｅａｃ ＡｐｐｌｉＣｈｅｍ）が含まれるが、これらに限定されない。
いくつかの実施形態では、ゼラチン（例えば、加水分解ゼラチン）は、約０．１％、約０．２％、約０．３％、約０．４％、約０．５％、約０．６％、約０．７％、約０．８％、約０．９％、約１．０％、約１．１％、約１．２％、約１．３％、約１．４％、約１．５％、約１．６％、約１．７％、約１．８％、約１．９％、約２．０％、約３．０％、約４．０％、または約５．０％以上の濃度で、本明細書に開示される製剤中に存在する。特定の実施形態では、ゼラチン（例えば、加水分解ゼラチン）は、約０．２５％の濃度である。他の実施形態では、ゼラチン（例えば、加水分解ゼラチン）は、約１．０％の濃度である。さらなる実施形態では、ゼラチン（例えば、加水分解ゼラチン）は、約２．０％の濃度である。なおさらなる実施形態では、ゼラチン（例えば、加水分解ゼラチン）は、約４．０％の濃度である。
いくつかの実施形態では、ゼラチン（例えば、加水分解ゼラチン）は、０．１％、０．２％、０．３％、０．４％、０．５％、０．６％、０．７％、０．８％、０．９％、１．０％、１．１％、１．２％、１．３％、１．４％、１．５％、１．６％、１．７％、１．８％、１．９％、２．０％、３．０％、４．０％、または５．０％以上の濃度で、本明細書に開示される製剤中に存在する。特定の実施形態では、ゼラチン（例えば、加水分解ゼラチン）は、０．２５％の濃度である。他の実施形態では、ゼラチン（例えば、加水分解ゼラチン）は、１．０％の濃度である。さらなる実施形態では、ゼラチン（例えば、加水分解ゼラチン）は、２．０％の濃度である。なおさらなる実施形態では、ゼラチン（例えば、加水分解ゼラチン）は、４．０％の濃度である。
いくつかの実施形態では、アミノ酸源は、コラーゲン（例えば、加水分解コラーゲン（例えば、ＶａｃｃｉＰｒｏ（登録商標）））である。したがって、特定の実施形態では、製剤は、尿素、スクロース、及びコラーゲンを含む。他の実施形態では、製剤は、尿素、トレハロース、及びコラーゲンを含む。いくつかの実施形態では、製剤は、尿素、スクロース、トレハロース、及びコラーゲンを含む。
いくつかの実施形態では、コラーゲン（例えば、加水分解コラーゲン（例えば、ＶａｃｃｉＰｒｏ（登録商標）））は、約０．１％、約０．２％、約０．３％、約０．４％、約０．５％、約０．６％、約０．７％、約０．８％、約０．９％、約１．０％、約１．１％、約１．２％、約１．３％、約１．４％、約１．５％、約１．６％、約１．７％、約１．８％、約１．９％、約２．０％、約３．０％、約４．０％、または約５．０％以上の濃度で、本明細書に開示される組成物中に存在する。特定の実施形態では、コラーゲン（例えば、加水分解コラーゲン）は、約３％の濃度である。
いくつかの実施形態では、コラーゲン（例えば、加水分解コラーゲン、例えば、ＶａｃｃｉＰｒｏ（登録商標）（Ｇｅｌｉｔａ，Ｓｅｒｇｅａｎｔ Ｂｌｕｆｆ，ＩＡ））は、０．１％、０．２％、０．３％、０．４％、０．５％、０．６％、０．７％、０．８％、０．９％、１．０％、１．１％、１．２％、１．３％、１．４％、１．５％、１．６％、１．７％、１．８％、１．９％、２．０％、３．０％、４．０％、または５．０％以上の濃度で、本明細書に開示される組成物中に存在する。特定の実施形態では、コラーゲン（例えば、加水分解コラーゲン）は、３％の濃度である。
いくつかの実施形態では、アミノ酸源は、カゼインである。本製剤とともに使用することができるカゼインの非限定的な例には、加水分解カゼイン、例えば、Ｈｙ－Ｃａｓｅ ＳＦ（Ｋｅｒｒｙ Ｃｏｒｐ．）が含まれる。特定の実施形態では、本明細書で提供される製剤は、尿素、スクロース、及びカゼインを含む。他の実施形態では、製剤は、尿素、トレハロース、及びカゼインを含む。いくつかの実施形態では、製剤は、尿素、スクロース、トレハロース、及びカゼインを含む。
いくつかの実施形態では、本明細書で提供される有用な製剤は、アルブミン（例えば、ヒトアルブミン）、ゼラチン（例えば、加水分解ゼラチン）、コラーゲン（例えば、加水分解コラーゲン）、及び／またはカゼイン（例えば、加水分解カゼイン）を含まない。
抗酸化剤
本出願人はさらに、本明細書で提供される製剤とともに使用することができる有効な抗酸化剤がシステインであることを発見した。本明細書で使用する場合、「抗酸化剤」という用語は、酸化を抑制することができる任意の物質を指す。したがって、いくつかの実施形態では、製剤は、尿素、スクロース、及びシステインを含む。特定の実施形態では、製剤は、尿素、トレハロース、及びシステインを含む。さらなる実施形態では、製剤は、尿素、スクロース、トレハロース、及びシステインを含む。
特定の実施形態では、システインは、約０．０５％、約０．１％、約０．１５％、約０．２％、約０．２５％、約０．３％、約０．３５％、約０．４％、約０．４５％、約０．５％、約０．５５％、約０．６％、約０．６５％、約０．７％、約０．７５％、約０．８％、約０．８５％、約０．９％、約０．９５％、または約１．０％以上の濃度で、本明細書に開示される製剤中に存在する。いくつかの実施形態では、システインは、約０．２５％の濃度で存在する。特定の実施形態では、システインは、０．０５％、０．１％、０．１５％、０．２％、０．２５％、０．３％、０．３５％、０．４％、０．４５％、０．５％、０．５５％、０．６％、０．６５％、０．７％、０．７５％、０．８％、０．８５％、０．９％、０．９５％、または１．０％以上の濃度で、本明細書に開示される製剤中に存在する。いくつかの実施形態では、システインは、０．２５％の濃度で存在する。
いくつかの実施形態では、本開示の製剤とともに使用することができる有効な抗酸化剤は、アスコルビン酸（ビタミンＣ）である。特定の実施形態では、本開示の製剤は、尿素、スクロース、及びアスコルビン酸を含む。他の実施形態では、製剤は、尿素、トレハロース、及びアスコルビン酸を含む。さらなる実施形態では、製剤は、尿素、スクロース、トレハロース、及びアスコルビン酸を含む。
いくつかの実施形態では、アスコルビン酸は、約０．１％、約０．２％、約０．３％、約０．４％、約０．５％、約０．６％、約０．７％、約０．８％、約０．９％、約１．０％、約１．１％、約１．２％、約１．３％、約１．４％、約１．５％、約１．６％、約１．７％、約１．８％、約１．９％、または約２．０％以上の濃度である。特定の実施形態では、本明細書に開示される組成物は、約１．０％の濃度でアスコルビン酸を含む。いくつかの実施形態では、アスコルビン酸は、０．１％、０．２％、０．３％、０．４％、０．５％、０．６％、０．７％、０．８％、０．９％、１．０％、１．１％、１．２％、１．３％、１．４％、１．５％、１．６％、１．７％、１．８％、１．９％、または２．０％以上の濃度である。特定の実施形態では、本明細書に開示される組成物は、１．０％の濃度でアスコルビン酸を含む。
本開示において使用することができる他の抗酸化剤の非限定的な例には、イヌリン、リボフラビン、トコフェロール（ビタミンＥ）、トコトリエノール、カロテノイド、カロテン、プロビタミンＡ、ビタミンＡ、没食子酸プロピル、第三級ブチルヒドロキノン、ブチル化ヒドロキシアニソール、ブチル化ヒドロキシトルエン、メタ重亜硫酸ナトリウム／カリウム、カタラーゼ、スーパーオキシドジスムターゼ、ユビキノール、グルタチオン、チオール、ポリフェノール、シュウ酸、フィチン酸、タンニン、オイゲノール、リポ酸、尿酸、補酵素Ｑ、メラトニン、及びこれらの任意の組み合わせが含まれる。
塩
いくつかの実施形態では、細菌（例えば、嫌気性及び好気性）を乾燥させるための本明細書に開示される製剤は、塩を含む。特定の実施形態では、塩は、カリウム塩である。例えば、特定の実施形態では、製剤は、尿素、スクロース、及びカリウム塩を含む。他の実施形態では、製剤は、尿素、トレハロース、及びカリウム塩を含む。いくつかの実施形態では、製剤は、尿素、スクロース、トレハロース、及びカリウム塩を含む。
いくつかの実施形態では、カリウム塩は、塩化カリウム（ＫＣｌ）である。特定の実施形態では、塩化カリウムは、約５ｍＭ、約１０ｍＭ、約１５ｍＭ、約２０ｍＭ、約２５ｍＭ、約３０ｍＭ、約３５ｍＭ、約４０ｍＭ、約４５ｍＭ、または約５０ｍＭの濃度で、本明細書に開示される製剤中に存在する。いくつかの実施形態では、塩化カリウムは、約２５ｍＭの濃度で存在する。
本明細書に開示される製剤に含めることができる他の塩の非限定的な例には、ヨウ化カリウム、塩化ナトリウム、硫酸ナトリウム、及びこれらの組み合わせが含まれる。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される製剤は、２種以上の塩を含むことができる。
緩衝剤
本発明に有用な緩衝剤は、別の酸または塩基の添加後に溶液のｐＨを選択した値付近に維持するために使用される、弱酸または弱塩基であり得る。好適な緩衝剤は、組成物のｐＨ制御を維持することにより、本明細書に開示される組成物の安定性を最大化することができる。好適な緩衝剤はまた、生理学的適合性を確保するか、または溶解度を最適化することができる。レオロジー、粘性、及び他の特性も、製剤または組成物のｐＨに依存し得る。一般的な緩衝剤には、ヒスチジン、クエン酸塩（例えば、クエン酸ナトリウム）、コハク酸塩、酢酸塩（例えば、トリス酢酸塩）、リン酸塩（例えば、リン酸ナトリウム）、アルギニンＨＥＰＥＳ、酒石酸塩、トリス塩基、トリス－ＨＣｌ、トリス－酢酸、及びこれらの組み合わせが含まれるが、これらに限定されない。
いくつかの実施形態では、緩衝剤は、等張剤、及び場合により当該技術分野で公知の酸または塩基（例えば、ＨＣｌ及び／またはＮａＯＨ）によるｐＨ調整を用いる、Ｌ－ヒスチジンまたはＬ－ヒスチジンとＬ－ヒスチジン塩酸塩との混合物を含む。特定の実施形態では、緩衝剤は、Ｌ－ヒスチジンである。したがって、いくつかの実施形態では、本明細書に開示される製剤は、尿素、スクロース、及びＬ－ヒスチジンを含む。さらなる実施形態では、本明細書に開示される製剤は、尿素、トレハロース、及びＬ－ヒスチジンを含む。さらなる実施形態では、本明細書に開示される製剤は、尿素、スクロース、トレハロース、及びＬ－ヒスチジンを含む。
さらなる実施形態では、製剤または組成物のｐＨは、約６～約８、または約６．５～約７．５に維持される。いくつかの実施形態では、ｐＨは、６～８、または６．５～７．５に維持される。特定の実施形態では、本明細書に開示される製剤または組成物のｐＨは、６．５である。他の実施形態では、本明細書に開示される製剤または組成物のｐＨは、６．０である。さらなる実施形態では、本明細書に開示される製剤または組成物のｐＨは、７．０である。
いくつかの実施形態では、緩衝剤は、ＨＥＰＥＳを含む。例えば、特定の実施形態では、製剤は、尿素、スクロース、及びＨＥＰＥＳを含む。いくつかの実施形態では、製剤は、尿素、トレハロース、及びＨＥＰＥＳを含む。さらなる実施形態では、製剤は、尿素、スクロース、トレハロース、及びＨＥＰＥＳを含む。
特定の実施形態では、本明細書に開示される製剤は、約１ｍＭ、約２ｍＭ、約３ｍＭ、約４ｍＭ、約５ｍＭ、約６ｍＭ、約７ｍＭ、約８ｍＭ、約９ｍＭ、約１０ｍＭ、約１５ｍＭ、約２０ｍＭ、約３０ｍＭ、約４０ｍＭ、約５０ｍＭ、約６０ｍＭ、約７０ｍＭ、約８０ｍＭ、約９０ｍＭ、約１００ｍＭ、約１５０ｍＭ、または約２００ｍＭの濃度でＨＥＰＥＳを含む。特定の実施形態では、ＨＥＰＥＳは、約１０ｍＭ～約１００ｍＭの濃度で存在する。さらなる実施形態では、ＨＥＰＥＳは、約５０ｍＭの濃度で存在する。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される製剤は、１ｍＭ、２ｍＭ、３ｍＭ、４ｍＭ、５ｍＭ、６ｍＭ、７ｍＭ、８ｍＭ、９ｍＭ、１０ｍＭ、１５ｍＭ、２０ｍＭ、３０ｍＭ、４０ｍＭ、５０ｍＭ、６０ｍＭ、７０ｍＭ、８０ｍＭ、９０ｍＭ、１００ｍＭ、１５０ｍＭ、または２００ｍＭの濃度でＨＥＰＥＳを含む。特定の実施形態では、ＨＥＰＥＳは、１０ｍＭ～１００ｍＭの濃度で存在する。さらなる実施形態では、ＨＥＰＥＳは、５０ｍＭの濃度で存在する。さらなる実施形態では、製剤または組成物のｐＨは、約６～約８、または約６．５～約７．５に維持される。いくつかの実施形態では、ｐＨは、６～８、または６．５～７．５に維持される。特定の実施形態では、本明細書に開示される製剤または組成物のｐＨは、６．５である。他の実施形態では、本明細書に開示される製剤または組成物のｐＨは、６．０である。さらなる実施形態では、本明細書に開示される製剤または組成物のｐＨは、７．０である。
いくつかの実施形態では、本開示の製剤は、尿素、スクロース、ヒトアルブミン、システイン、及びＨＥＰＥＳを含む。特定の実施形態では、製剤は、０．５％の尿素、１５％のスクロース、１％のヒトアルブミン、０．２５％のシステイン、５０ｍＭのＨＥＰＥＳを含み、ｐＨ７．０である。他の実施形態では、組成物は、１．０％の尿素、１５％のスクロース、１％のヒトアルブミン、０．２５％のシステイン、５０ｍＭのＨＥＰＥＳを含み、ｐＨ７．０である。
いくつかの実施形態では、本明細書に開示される製剤は、コラーゲン（例えば、加水分解コラーゲン（ＶａｃｃｉＰｒｏ（登録商標）など））を含み、ヒトアルブミンを含有しない。したがって、いくつかの実施形態では、製剤は、尿素、スクロース、コラーゲン、システイン、ＨＥＰＥＳを含み、ヒトアルブミンを含まない。特定の実施形態では、コラーゲンは、約３％の濃度で製剤中に存在する。特定の実施形態では、コラーゲンは、３％の濃度で存在する。
いくつかの実施形態では、本開示の組成物は、ＫＣｌを含み、システインを含有しない。例えば、特定の実施形態では、本明細書に開示される製剤は、尿素、スクロース、ヒトアルブミン、ＫＣｌ、ＨＥＰＥＳを含み、システインを含有しない。他の実施形態では、製剤は、尿素、スクロース、コラーゲン、ＫＣｌ、ＨＥＰＥＳを含み、システインを含有しない。特定の実施形態では、ＫＣｌは、約１０ｍＭ、約２０ｍＭ、約３０ｍＭ、約４０ｍＭ、約５０ｍＭ以上の濃度で存在する。いくつかの実施形態では、ＫＣｌは、約２５ｍＭの濃度で存在する。さらなる実施形態では、ＫＣｌは、少なくとも１０ｍＭ、２０ｍＭ、３０ｍＭ、４０ｍＭ、５０ｍＭ以上の濃度で存在する。いくつかの実施形態では、ＫＣｌは、２５ｍＭの濃度で存在する。
いくつかの実施形態では、本明細書に開示される製剤は、前述の任意数の追加の成分を含む。特定の実施形態では、本明細書に開示される製剤は、前述の２つの成分（例えば、尿素及び凍結保護剤）を含む。他の実施形態では、製剤は、前述の３つの成分を含む。いくつかの実施形態では、製剤は、前述の４つの成分を含む。さらなる実施形態では、製剤は、前述の５つの成分を含む。特定の実施形態では、製剤は、前述の６つの成分を含む。なおさらなる実施形態では、本明細書に開示される製剤は、前述の７つの成分を含む。いくつかの実施形態では、製剤は、前述の８つの成分を含む。特定の実施形態では、製剤は、前述の９つの成分を含む。他の実施形態では、製剤は、前述の１０個の成分を含む。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される製剤は、当該技術分野で公知の他の任意の薬学的に許容可能な成分をさらに含み得る。例えば、Ｐｒａｍａｎｉｃｋ Ｓ．，ｅｔ ａｌ．，Ｐｈａｒｍａ Ｔｉｍｅｓ ４５（３）：６５－７７（２０１３）、Ｍｅｈｍｏｏｄ Ｙ．，ａｎｄ Ｆａｒｏｏｑ Ｕ．，Ｏｐｅｎ Ｓｃｉｅｎｃｅ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｐｈａｒｍａｃｙ ａｎｄ Ｐｈａｒｍａｃｏｌｏｇｙ ３（３）：１９－２７（２０１５）を参照されたく、これらは両方とも、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。特定の実施形態では、本明細書に開示される製剤は、還元剤（例えば、メタ重亜硫酸ナトリウム）、キレート剤（例えば、クエン酸）、酸性アミノ酸（例えば、グルタミン酸ナトリウム）、塩基性アミノ酸（例えば、アルギニン）、中性界面活性剤（例えば、ポロキサマー）、ポリマー（例えば、非イオン性トリブロックコポリマー、ポリビニルピロリドン）、またはこれらの組み合わせをさらに含む。
いくつかの実施形態では、本明細書に開示される細菌組成物を凍結乾燥させるための製剤は、尿素、スクロース、ゼラチン加水分解物、アスコルビン酸、塩化カリウム、ＨＥＰＥＳ、及びＮａＯＨを含む。特定の実施形態では、凍結乾燥製剤は、約０．５％の尿素、約１０％のスクロース、約３％のゼラチン加水分解物、約１％のアスコルビン酸、約２５ｍＭの塩化カリウム、約５０ｍＭのＨＥＰＥＳ、及び製剤のｐＨを約７．０に調整するのに十分な量のＮａＯＨを含む。
本明細書に開示される乾燥プロセス（例えば、凍結乾燥）に供される組成物が構造的一体性を失う温度は、「崩壊温度」（Ｔｃ）である。一般に、凍結工程を含む乾燥プロセスを用いる場合、貯蔵用の良質のケーキを生成するために、崩壊温度未満で組成物を乾燥させることが望ましい。崩壊温度の上昇により、乾燥プロセスが促進される可能性がある。特定の実施形態では、本明細書に開示される製剤は、ゼラチン（例えば、加水分解ゼラチン）、コラーゲン（例えば、加水分解コラーゲン）、カゼイン（例えば、加水分解カゼイン）、フィコール、ヒドロキシエチルデンプン、またはデキストラン（例えば、デキストラン７０）などの１つ以上の崩壊温度調整剤を含む。いくつかの実施形態では、製剤は、１つ以上の張性調整剤（例えば、デキストロース、グリセロール、塩化ナトリウム、グリセリン、及びマンニトール）を含む。
ＩＩ．組成物
いくつかの態様では、本明細書に開示されるのは、組成物、例えば、１つ以上の科、綱、属、種、株、及び／またはＯＴＵに属する細菌集団を含む細菌組成物、ならびに本明細書に開示される凍結乾燥製剤である。いくつかの実施形態では、細菌は生菌であり、凍結乾燥後も生菌のままである。
いくつかの実施形態では、本開示の細菌組成物は、単一の細菌を含む。他の実施形態では、細菌組成物は、２種以上の細菌を含む。したがって、特定の実施形態では、本明細書に開示される細菌組成物は、株、種、または操作的分類単位（ＯＴＵ）により定義される、少なくとも２種、少なくとも３種、少なくとも４種、少なくとも５種、少なくとも６種、少なくとも７種、少なくとも８種、少なくとも９種、少なくとも１０種、少なくとも１１種、少なくとも１２種、少なくとも１３種、少なくとも１４種、少なくとも１５種、少なくとも１６種、少なくとも１７種、少なくとも１８種、少なくとも１９種、少なくとも２０種、少なくとも２１種、少なくとも２２種、少なくとも２３種、少なくとも２４種、少なくとも２５種、少なくとも２６種、少なくとも２７種、少なくとも２８種、少なくとも２９種、少なくとも３０種、少なくとも３１種、少なくとも３２種、少なくとも３３種、少なくとも３４種、少なくとも３５種、少なくとも３６種、少なくとも３７種、少なくとも３８種、少なくとも３９種、少なくとも４０種、少なくとも５０種、または５０種を超える細菌を含む。細菌は、各科、属、種、またはＯＴＵからおよそ等量で存在し得る。他の実施形態では、細菌は、組成物中に異なる量で存在する。
いくつかの実施形態では、本明細書に開示される細菌組成物は、嫌気性菌を含む。例えば、特定の実施形態では、本明細書で提供される細菌組成物は、（ｉ）１種以上の嫌気性菌、（ｉｉ）尿素、（ｉｉｉ）凍結保護剤、及び（ｉｖ）アミノ酸源を含む。いくつかの実施形態では、組成物は、（ｉ）１種以上の嫌気性菌、（ｉｉ）尿素、（ｉｉｉ）スクロース、及び（ｉｖ）ゼラチン加水分解物を含む。いくつかの実施形態では、組成物は、（ｉ）１種以上の嫌気性菌、（ｉｉ）約０．５％の尿素、（ｉｉｉ）約１０％のスクロース、及び（ｉｖ）約３％のゼラチン加水分解物を含む。
特定の実施形態では、本明細書に開示される組成物中に存在する嫌気性菌のうちの１種以上は、偏性嫌気性菌である。いくつかの実施形態では、本明細書で提供される細菌組成物は、（ｉ）１種以上の偏性嫌気性菌、（ｉｉ）尿素、（ｉｉｉ）凍結保護剤、及び（ｉｖ）アミノ酸源を含む。いくつかの実施形態では、組成物は、（ｉ）１種以上の偏性嫌気性菌、（ｉｉ）尿素、（ｉｉｉ）スクロース、及び（ｉｖ）ゼラチン加水分解物を含む。いくつかの実施形態では、組成物は、（ｉ）１種以上の偏性嫌気性菌、（ｉｉ）約０．５％の尿素、（ｉｉｉ）約１０％のスクロース、及び（ｉｖ）約３％のゼラチン加水分解物を含む。
他の実施形態では、嫌気性菌のうちの１種以上は、通性嫌気性菌である。いくつかの実施形態では、本明細書で提供される細菌組成物は、（ｉ）１種以上の通性嫌気性菌、（ｉｉ）尿素、（ｉｉｉ）凍結保護剤、及び（ｉｖ）アミノ酸源を含む。いくつかの実施形態では、組成物は、（ｉ）１種以上の通性嫌気性菌、（ｉｉ）尿素、（ｉｉｉ）スクロース、及び（ｉｖ）ゼラチン加水分解物を含む。いくつかの実施形態では、組成物は、（ｉ）１種以上の通性嫌気性菌、（ｉｉ）約０．５％の尿素、（ｉｉｉ）約１０％のスクロース、及び（ｉｖ）約３％のゼラチン加水分解物を含む。
さらなる実施形態では、嫌気性菌のうちの１種以上は、耐気性嫌気性菌である。いくつかの実施形態では、本明細書で提供される細菌組成物は、（ｉ）１種以上の耐気性嫌気性菌、（ｉｉ）尿素、（ｉｉｉ）凍結保護剤、及び（ｉｖ）アミノ酸源を含む。いくつかの実施形態では、組成物は、（ｉ）１種以上の耐気性嫌気性菌、（ｉｉ）尿素、（ｉｉｉ）スクロース、及び（ｉｖ）ゼラチン加水分解物を含む。いくつかの実施形態では、組成物は、（ｉ）１種以上の耐気性嫌気性菌、（ｉｉ）約０．５％の尿素、（ｉｉｉ）約１０％のスクロース、及び（ｉｖ）約３％のゼラチン加水分解物を含む。
いくつかの実施形態では、本明細書に開示される細菌組成物は、好気性菌を含む。いくつかの実施形態では、本明細書で提供される細菌組成物は、（ｉ）１種以上の好気性菌、（ｉｉ）尿素、（ｉｉｉ）凍結保護剤、及び（ｉｖ）アミノ酸源を含む。いくつかの実施形態では、組成物は、（ｉ）１種以上の好気性菌、（ｉｉ）尿素、（ｉｉｉ）スクロース、及び（ｉｖ）ゼラチン加水分解物を含む。いくつかの実施形態では、組成物は、（ｉ）１種以上の好気性菌、（ｉｉ）約０．５％の尿素、（ｉｉｉ）約１０％のスクロース、及び（ｉｖ）約３％のゼラチン加水分解物を含む。
特定の実施形態では、細菌組成物は、少なくとも１種の嫌気性菌（例えば、耐気性嫌気性菌）及び少なくとも１種の好気性菌を含む。いくつかの実施形態では、本明細書で提供される細菌組成物は、（ｉ）１種以上の嫌気性菌及び１種以上の好気性菌、（ｉｉ）尿素、（ｉｉｉ）凍結保護剤、及び（ｉｖ）アミノ酸源を含む。いくつかの実施形態では、組成物は、（ｉ）１種以上の嫌気性菌及び１種以上の好気性菌、（ｉｉ）尿素、（ｉｉｉ）スクロース、及び（ｉｖ）ゼラチン加水分解物を含む。いくつかの実施形態では、組成物は、（ｉ）１種以上の嫌気性菌及び１種以上の好気性菌、（ｉｉ）約０．５％の尿素、（ｉｉｉ）約１０％のスクロース、及び（ｉｖ）約３％のゼラチン加水分解物を含む。
いくつかの実施形態では、嫌気性菌は、本明細書に開示される細菌組成物中に存在する場合、参照組成物（例えば、本明細書に記載の賦形剤のうちの１つ（例えば尿素）を欠いている）中の対応する嫌気性菌と比較して、耐気性が増加している（例えば、酸素存在下で少なくとも凍結乾燥後３時間安定したままである）。
いくつかの実施形態では、本明細書に開示される細菌組成物は、マイクロバイオーム関連疾患または障害を有する対象を治療するのに有用な科、属、種、またはＯＴＵに由来する１種以上の細菌を含む。特定の実施形態では、対象は、ディスバイオシス、例えばＧＩ管のディスバイオシス、感染症を有し得るか、感染症（例えば、抗生物質治療、放射線、化学療法に伴う感染症）のリスクがあり得るか、あるいはマイクロバイオームによって影響を受ける別の疾患または障害（例えば、炎症性腸疾患（例えば、潰瘍性大腸炎、クローン病）、肥満、糖尿病、喘息／アレルギー、自己免疫疾患、中枢神経系（ＣＮＳ）疾患もしくは障害（例えば、自閉スペクトラム症（ＡＳＤ）もしくはパーキンソン病）、胆汁うっ滞疾患、胃潰瘍、慢性心疾患、リウマチ性疾患、腎疾患、またはがん（例えば、黒色腫））を有し得る。特定の実施形態では、本明細書に開示される細菌製剤は、疾患または危険因子を有する個体と比較して、健康個体において高い罹患率及び／または高い存在量で存在する１種以上の細菌を含む。
いくつかの実施形態では、本開示の細菌組成物は、ヒトから得られる１種以上の共生細菌を含む。いくつかの実施形態では、１種以上の細菌は、Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓである。いくつかの実施形態では、細菌組成物は、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａ綱からの細菌を含む。いくつかの実施形態では、細菌組成物は、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｌｅｓ目からの細菌を含む。いくつかの実施形態では、細菌組成物は、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ、Ｓｕｔｔｅｒｅｌｌａｃｅａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｃｅａｅ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄａｃｅａｅ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａｃｅａｅ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｃｏｒｉｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ、Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｒｉｋｅｎｅｌｌａｃｅａｅ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、またはＤｅｓｕｌｆｏｖｉｂｒｉｏｎａｃｅａｅ科のうちの１種以上からの細菌を含む。特定の実施形態では、細菌組成物は、列挙された科のうちの少なくとも１種、２種、３種、４種、５種、６種、７種、８種、９種、１０種、１１種、１２種、１３種、１４種、またはすべてを含む。例えば、いくつかの実施形態では、細菌組成物は、上に列挙した科のうちの１種からの細菌を含む。他の実施形態では、細菌組成物は、上に列挙した科のうちの２種からの細菌を含む。さらなる実施形態では、細菌組成物は、上に列挙した科のうちの３種からの細菌を含む。いくつかの実施形態では、細菌組成物は、上に列挙した科のうちの４種からの細菌を含む。特定の実施形態では、細菌組成物は、上に列挙した科のうちの５種からの細菌を含む。さらなる実施形態では、細菌組成物は、上に列挙した科のうちの６種からの細菌を含む。なおさらなる実施形態では、細菌組成物は、上に列挙した科のうちの７種からの細菌を含む。いくつかの実施形態では、細菌組成物は、上に列挙した科のうちの８種からの細菌を含む。いくつかの実施形態では、細菌組成物は、上に列挙した科のうちの９種からの細菌を含む。いくつかの実施形態では、細菌組成物は、上に列挙した科のうちの１０種からの細菌を含む。いくつかの実施形態では、細菌組成物は、上に列挙した科のうちの１１種からの細菌を含む。いくつかの実施形態では、細菌組成物は、上に列挙した科のうちの１２種からの細菌を含む。いくつかの実施形態では、細菌組成物は、上に列挙した科のうちの１３種からの細菌を含む。いくつかの実施形態では、細菌組成物は、上に列挙した科のうちの１４種からの細菌を含む。いくつかの実施形態では、細菌組成物は、上に列挙した科のうちの１５種すべてからの細菌を含む。
いくつかの実施形態では、細菌組成物は、哺乳動物ドナー対象（例えば、健康なヒトまたはがん免疫治療などの治療に反応するヒト）から得られた生体物質（例えば、糞便あるいは小腸及び／または大腸の様々な区分から単離された物質などの糞便物質）から精製された細菌集団を含む。いくつかの実施形態では、生体物質（例えば、糞便物質）を、複数のドナー（例えば、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、７５、１００、２００、３００、４００、５００、７５０、１０００、または１０００を超えるドナー）から得て、その物質を、所望の細菌の精製前または精製後にプールする。他の実施形態では、生体物質（試料）を単一のドナー対象から複数回得て、単一のドナーからの２つ以上の試料、例えば、２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、７つ、８つ、９つ、１０個、１５個、２０個、２５個、３０個、３２個、３５個、４０個、４５個、４８個、５０個、１００個の試料をプールすることができる。そのような調製物を作製する方法は、クロロホルム、アセトン、エタノールなどによる糞便の処理を含む。例えば、その全体が参照により本明細書に組み込まれるＰＣＴ／ＵＳ２０１４／０１４７４５及び米国特許第９，０１１，８３４号を参照されたい。
いくつかの実施形態では、糞便に由来する細菌集団から、残留生息環境産物（ｒｅｓｉｄｕａｌ ｈａｂｉｔａｔ ｐｒｏｄｕｃｔ）を除去する。「残留生息環境産物」とは、微生物叢を除く、ヒトまたは動物内またはその上にある微生物叢の生息環境に由来する物質を指す。個体の微生物叢は、例えば、胃腸管の糞便中、皮膚自体の上、唾液、気道の粘液、または泌尿生殖器の分泌物中にあり、これらはすべて、微生物群集と関連する生体物質及び他の物質を含む。「残留生息環境産物を実質的に含まない」とは、細菌組成物が、ヒトまたは動物対象上またはその内部の微生物環境と関連する生体物質を減量した量で含むか、または微生物群集と関連するいずれの汚染生体物質も１００％含まない、９９％含まない、９８％含まない、９７％含まない、９６％含まない、もしくは９５％含まないか、または汚染物質が検出レベルを下回ることを意味する。残留生息環境産物には、非生物的物質（未消化の食物を含む）が含まれる場合もあれば、不要な微生物が含まれる場合もある。残留生息環境産物を実質的に含まないということは、細菌組成物がヒトまたは動物からの検出可能な細胞を含まず、微生物細胞のみが検出可能であることも意味し得る。いくつかの実施形態では、残留生息環境産物を実質的に含まないということは、細菌組成物が検出可能なウイルス（細菌ウイルス（すなわち、ファージ）を含む）、真菌、マイコプラズマ汚染物質を含まないことを意味し得る。他の実施形態では、それは、微生物細胞と比較して、細菌組成物中の生細胞の１×１０－２％、１×１０－３％、１×１０－４％、１×１０－５％、１×１０－６％、１×１０－７％、または１×１０－８％未満が、ヒトまたは動物であることを意味する。残留生息環境産物の存在の減少を実現するための複数の方法が存在するが、いずれも制限はない。したがって、汚染は、連続した単一コロニーからの複製（例えば、限定されないが、２つ）のストリークが単一コロニー形態のみを示すまで、固体培地上で単一コロニーをストリークする複数の工程を通じて所望の成分を単離することにより低減させることができる。あるいは、汚染の低減は、複数の１０倍段階希釈などによる、単一の所望の細胞への複数回の段階希釈（例えば、１０－８または１０－９の希釈）によって実現することができる。これは、複数の単離されたコロニーが同様の細胞形状及びグラム染色挙動を有することを示すことによってさらに確認することができる。残留生息環境産物の適切な低減を確認するための他の方法には、遺伝子解析（例えば、ＰＣＲ、ＤＮＡ配列決定）、血清学的及び抗原分析、酵素及び代謝分析、ならびに所望の成分を汚染物質と区別する試薬を用いるフローサイトメトリーなどの計測装置を使用する方法が含まれる。
いくつかの実施形態では、細菌組成物は、芽胞形成菌と非芽胞形成菌の両方を含む。特定の実施形態では、芽胞形成菌は、グラム陽性菌（例えば、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ ｈｏｍｉｎｉｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｉｒａｅｕｍ、またはＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｐ＿Ｄ７）である。いくつかの実施形態では、非芽胞形成菌は、グラム陰性菌（例えば、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓまたはＢａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｓｐ＿４＿１＿３６）である。特定の実施形態では、細菌組成物は、芽胞形成菌のみを含む。いくつかの実施形態では、芽胞形成菌は、すべて芽胞の形態である。他の実施形態では、芽胞形成菌のうちのいくつかは芽胞の形態であるが、他の芽胞形成菌は栄養型である。本開示の細菌組成物に含めることができる他の細菌株の非限定的な例には、その全体が参照により本明細書に組み込まれる、国際公開第ＷＯ２０１９／２２７０８５Ａ１号の表４、表５、図１３、図１７、図３０、図３１、または図３２に列挙されているものが含まれる。本開示とともに使用することができるさらなる細菌（細菌の組み合わせを含む）は、国際公開第ＷＯ２０１９／１９１３９０Ａ２号、同第ＷＯ２０１９／１９１６９４Ａ１号、同第ＷＯ２０１４／０８２０５０Ａ１号、同第ＷＯ２０１４／１２１２９８Ａ２号、同第ＷＯ２０１４／１２１３０４Ａ１号、同第ＷＯ２０１４／１２１３０１Ａ１号、同第ＷＯ２０１４／１４５９５８Ａ２号、同第ＷＯ２０１４／１２１３０２Ａ２号、同第ＷＯ２０１４／１５３１９４Ａ２号、同第ＷＯ２０１５／０７７７９４Ａ１号、同第ＷＯ２０１５／０９５２４１Ａ２号、同第ＷＯ２０１７／０９１７８３Ａ２号、同第ＷＯ２０１７／００８０２６Ａ１号、同第ＷＯ２０１９／０３６５１０Ａ１号、同第ＷＯ２０１９／０８９６４３Ａ１号、同第ＷＯ２０１９／０７０９１３Ａ１号、同第ＷＯ２０１５／１７９４３７Ａ１号、同第ＷＯ２０１６／０８６１６１Ａ１号、同第ＷＯ２０１７／０４１０３９Ａ１号、及び同第ＷＯ２０１７／０９１７５３Ａ１号に示されており、これらの各々はその全体が参照により本明細書に組み込まれる。
いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、（ｉ）細菌集団、（ｉｉ）尿素、（ｉｉｉ）凍結保護剤、及び（ｉｖ）アミノ酸源を含み、この細菌集団は、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ、Ｓｕｔｔｅｒｅｌｌａｃｅａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｃｅａｅ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄａｃｅａｅ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａｃｅａｅ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｃｏｒｉｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ、Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｒｉｋｅｎｅｌｌａｃｅａｅ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、またはＤｅｓｕｌｆｏｖｉｂｒｉｏｎａｃｅａｅ科のうちの１種以上からの細菌を含む。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、（ｉ）細菌集団、（ｉｉ）尿素、（ｉｉｉ）スクロース、及び（ｉｖ）ゼラチン加水分解物を含み、この細菌集団は、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ、Ｓｕｔｔｅｒｅｌｌａｃｅａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｃｅａｅ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄａｃｅａｅ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａｃｅａｅ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｃｏｒｉｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ、Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｒｉｋｅｎｅｌｌａｃｅａｅ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、またはＤｅｓｕｌｆｏｖｉｂｒｉｏｎａｃｅａｅ科のうちの１種以上からの細菌を含む。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、（ｉ）細菌集団、（ｉｉ）約０．５％の尿素、（ｉｉｉ）約１０％のスクロース、及び（ｉｖ）約３％のゼラチン加水分解物を含み、この細菌集団は、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ、Ｓｕｔｔｅｒｅｌｌａｃｅａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｃｅａｅ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄａｃｅａｅ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａｃｅａｅ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｃｏｒｉｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ、Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｒｉｋｅｎｅｌｌａｃｅａｅ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、またはＤｅｓｕｌｆｏｖｉｂｒｉｏｎａｃｅａｅ科のうちの１種以上からの細菌を含む。
いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、（ｉ）細菌集団、（ｉｉ）尿素、（ｉｉｉ）凍結保護剤、（ｉｖ）アミノ酸源、（ｖ）抗酸化剤、（ｖｉ）塩、及び（ｖｉｉ）緩衝剤を含み、この細菌集団は、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ、Ｓｕｔｔｅｒｅｌｌａｃｅａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｃｅａｅ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄａｃｅａｅ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａｃｅａｅ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｃｏｒｉｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ、Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｒｉｋｅｎｅｌｌａｃｅａｅ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、またはＤｅｓｕｌｆｏｖｉｂｒｉｏｎａｃｅａｅ科のうちの１種以上からの細菌を含む。特定の実施形態では、組成物は、（ｉ）細菌集団、（ｉｉ）尿素、（ｉｉｉ）スクロース、（ｉｖ）ゼラチン加水分解物、（ｖ）アスコルビン酸、（ｖｉ）塩化カリウム、及びＨＥＰＥＳを含み、この細菌集団は、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ、Ｓｕｔｔｅｒｅｌｌａｃｅａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｃｅａｅ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄａｃｅａｅ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａｃｅａｅ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｃｏｒｉｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ、Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｒｉｋｅｎｅｌｌａｃｅａｅ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、またはＤｅｓｕｌｆｏｖｉｂｒｉｏｎａｃｅａｅ科のうちの１種以上からの細菌を含む。さらなる実施形態では、組成物は、（ｉ）細菌集団、（ｉｉ）約０．５％の尿素、（ｉｉｉ）約１０％のスクロース、（ｉｖ）約３％のゼラチン加水分解物、（ｖ）約１％のアスコルビン酸、（ｖｉ）約２５ｍＭの塩化カリウム、及び（ｖｉｉ）約５０ｍＭのＨＥＰＥＳを含み、この細菌集団は、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ、Ｓｕｔｔｅｒｅｌｌａｃｅａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｃｅａｅ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄａｃｅａｅ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａｃｅａｅ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｃｏｒｉｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ、Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｒｉｋｅｎｅｌｌａｃｅａｅ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、またはＤｅｓｕｌｆｏｖｉｂｒｉｏｎａｃｅａｅ科のうちの１種以上からの細菌を含む。
いくつかの実施形態では、細菌組成物は、配列番号１～３９８に記載の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列と少なくとも９７％同一である１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。したがって、特定の実施形態では、本明細書に開示される凍結乾燥のための組成物は、（ｉ）配列番号１～３９８に記載の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列と少なくとも９７％同一である１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む１種以上の細菌、（ｉｉ）尿素、（ｉｉｉ）凍結保護剤、及び（ｉｖ）アミノ酸源を含む。いくつかの実施形態では、組成物は、（ｉ）配列番号１～３９８に記載の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列と少なくとも９７％同一である１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む１種以上の細菌、（ｉｉ）尿素、（ｉｉｉ）スクロース、及び（ｉｖ）ゼラチン加水分解物を含む。さらなる実施形態では、組成物は、（ｉ）配列番号１～３９８に記載の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列と少なくとも９７％同一である１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む１種以上の細菌、（ｉｉ）約０．５％の尿素、（ｉｉｉ）約１０％のスクロース、及び（ｉｖ）約３％のゼラチン加水分解物を含む。
いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、（ｉ）配列番号１～３９８に記載の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列と少なくとも９７％同一である１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む１種以上の細菌、（ｉｉ）尿素、（ｉｉｉ）凍結保護剤、（ｉｖ）アミノ酸源、（ｖ）抗酸化剤、（ｖｉ）塩、及び（ｖｉｉ）緩衝剤を含む。いくつかの実施形態では、組成物は、（ｉ）配列番号１～３９８に記載の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列と少なくとも９７％同一である１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む１種以上の細菌、（ｉｉ）尿素、（ｉｉｉ）スクロース、（ｉｖ）ゼラチン加水分解物、（ｖ）アスコルビン酸、（ｖｉ）塩化カリウム、及び（ｖｉｉ）ＨＥＰＥＳを含む。さらなる実施形態では、凍結乾燥のための組成物は、（ｉ）配列番号１～３９８に記載の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列と少なくとも９７％同一である１６Ｓ配列を含む１種以上の細菌、（ｉｉ）約０．５％の尿素、（ｉｉｉ）約１０％のスクロース、（ｉｖ）約３％のゼラチン加水分解物、（ｖ）約１％のアスコルビン酸、（ｖｉ）約２５ｍＭの塩化カリウム、及び（ｖｉｉ）約５０ｍＭのＨＥＰＥＳを含む。いくつかの実施形態では、製剤のｐＨを約７．０に調整するために十分な量のＮａＯＨが使用される。
いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、（ｉ）１種以上の細菌、（ｉｉ）尿素、（ｉｉｉ）凍結保護剤、及び（ｉｖ）アミノ酸源を含み、この１種以上の細菌は、配列番号１１５に記載の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列と少なくとも９７％同一である１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。特定の実施形態では、組成物は、（ｉ）１種以上の細菌、（ｉｉ）尿素、（ｉｉｉ）スクロース、及び（ｉｖ）ゼラチン加水分解物を含み、この１種以上の細菌は、配列番号１１５に記載の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列と少なくとも９７％同一である１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。さらなる実施形態では、組成物は、（ｉ）１種以上の細菌、（ｉｉ）約０．５％の尿素、（ｉｉｉ）約１０％のスクロース、及び（ｉｖ）約３％のゼラチン加水分解物を含み、この１種以上の細菌は、配列番号１１５に記載の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列と少なくとも９７％同一である１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。
いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、（ｉ）１種以上の細菌、（ｉｉ）尿素、（ｉｉｉ）凍結保護剤、（ｉｖ）アミノ酸源、（ｖ）抗酸化剤、（ｖｉ）塩、及び（ｖｉｉ）緩衝剤を含み、この１種以上の細菌は、配列番号１１５に記載の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列と少なくとも９７％同一である１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。特定の実施形態では、組成物は、（ｉ）１種以上の細菌、（ｉｉ）尿素、（ｉｉｉ）スクロース、（ｉｖ）ゼラチン加水分解物、（ｖ）アスコルビン酸、（ｖｉ）塩化カリウム、及び（ｖｉｉ）ＨＥＰＥＳを含み、この１種以上の細菌は、配列番号１１５に記載の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列と少なくとも９７％同一である１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。さらなる実施形態では、組成物は、（ｉ）１種以上の細菌、（ｉｉ）約０．５％の尿素、（ｉｉｉ）約１０％のスクロース、（ｉｖ）約３％のゼラチン加水分解物、（ｖ）約１％のアスコルビン酸、（ｖｉ）約２５ｍＭの塩化カリウム、及び（ｖｉｉ）約５０ｍＭのＨＥＰＥＳを含み、この１種以上の細菌は、配列番号１１５に記載の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列と少なくとも９７％同一である１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。
いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、（ｉ）１種以上の細菌、（ｉｉ）尿素、（ｉｉｉ）凍結保護剤、及び（ｉｖ）アミノ酸源を含み、この１種以上の細菌は、配列番号２２７または１３６に記載の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列と少なくとも９７％同一である１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。特定の実施形態では、組成物は、（ｉ）１種以上の細菌、（ｉｉ）尿素、（ｉｉｉ）スクロース、及び（ｉｖ）ゼラチン加水分解物を含み、この１種以上の細菌は、配列番号２２７または１３６に記載の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列と少なくとも９７％同一である１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。さらなる実施形態では、組成物は、（ｉ）１種以上の細菌、（ｉｉ）約０．５％の尿素、（ｉｉｉ）約１０％のスクロース、及び（ｉｖ）約３％のゼラチン加水分解物を含み、この１種以上の細菌は、配列番号２２７または１３６に記載の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列と少なくとも９７％同一である１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。
いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、（ｉ）１種以上の細菌、（ｉｉ）尿素、（ｉｉｉ）凍結保護剤、（ｉｖ）アミノ酸源、（ｖ）抗酸化剤、（ｖｉ）塩、及び（ｖｉｉ）緩衝剤を含み、この１種以上の細菌は、配列番号２２７または１３６に記載の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列と少なくとも９７％同一である１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。特定の実施形態では、組成物は、（ｉ）１種以上の細菌、（ｉｉ）尿素、（ｉｉｉ）スクロース、（ｉｖ）ゼラチン加水分解物、（ｖ）アスコルビン酸、（ｖｉ）塩化カリウム、及び（ｖｉｉ）ＨＥＰＥＳを含み、この１種以上の細菌は、配列番号２２７または１３６に記載の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列と少なくとも９７％同一である１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。さらなる実施形態では、組成物は、（ｉ）１種以上の細菌、（ｉｉ）約０．５％の尿素、（ｉｉｉ）約１０％のスクロース、（ｉｖ）約３％のゼラチン加水分解物、（ｖ）約１％のアスコルビン酸、（ｖｉ）約２５ｍＭの塩化カリウム、及び（ｖｉｉ）約５０ｍＭのＨＥＰＥＳを含み、この１種以上の細菌は、配列番号２２７または１３６に記載の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列と少なくとも９７％同一である１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。
いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、（ｉ）１種以上の細菌、（ｉｉ）尿素、（ｉｉｉ）凍結保護剤、及び（ｉｖ）アミノ酸源を含み、この１種以上の細菌は、配列番号１８８に記載の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列と少なくとも９７％同一である１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。特定の実施形態では、組成物は、（ｉ）１種以上の細菌、（ｉｉ）尿素、（ｉｉｉ）スクロース、及び（ｉｖ）ゼラチン加水分解物を含み、この１種以上の細菌は、配列番号１８８に記載の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列と少なくとも９７％同一である１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。さらなる実施形態では、組成物は、（ｉ）１種以上の細菌、（ｉｉ）約０．５％の尿素、（ｉｉｉ）約１０％のスクロース、及び（ｉｖ）約３％のゼラチン加水分解物を含み、この１種以上の細菌は、配列番号１８８に記載の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列と少なくとも９７％同一である１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。
いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、（ｉ）１種以上の細菌、（ｉｉ）尿素、（ｉｉｉ）凍結保護剤、（ｉｖ）アミノ酸源、（ｖ）抗酸化剤、（ｖｉ）塩、及び（ｖｉｉ）緩衝剤を含み、この１種以上の細菌は、配列番号１８８に記載の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列と少なくとも９７％同一である１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。特定の実施形態では、組成物は、（ｉ）１種以上の細菌、（ｉｉ）尿素、（ｉｉｉ）スクロース、（ｉｖ）ゼラチン加水分解物、（ｖ）アスコルビン酸、（ｖｉ）塩化カリウム、及び（ｖｉｉ）ＨＥＰＥＳを含み、この１種以上の細菌は、配列番号１８８に記載の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列と少なくとも９７％同一である１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。さらなる実施形態では、組成物は、（ｉ）１種以上の細菌、（ｉｉ）約０．５％の尿素、（ｉｉｉ）約１０％のスクロース、（ｉｖ）約３％のゼラチン加水分解物、（ｖ）約１％のアスコルビン酸、（ｖｉ）約２５ｍＭの塩化カリウム、及び（ｖｉｉ）約５０ｍＭのＨＥＰＥＳを含み、この１種以上の細菌は、配列番号１８８に記載の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列と少なくとも９７％同一である１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。
いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、（ｉ）１種以上の細菌、（ｉｉ）尿素、（ｉｉｉ）凍結保護剤、及び（ｉｖ）アミノ酸源を含み、この１種以上の細菌は、配列番号１１６に記載の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列と少なくとも９７％同一である１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。特定の実施形態では、組成物は、（ｉ）１種以上の細菌、（ｉｉ）尿素、（ｉｉｉ）スクロース、及び（ｉｖ）ゼラチン加水分解物を含み、この１種以上の細菌は、配列番号１１６に記載の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列と少なくとも９７％同一である１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。さらなる実施形態では、組成物は、（ｉ）１種以上の細菌、（ｉｉ）約０．５％の尿素、（ｉｉｉ）約１０％のスクロース、及び（ｉｖ）約３％のゼラチン加水分解物を含み、この１種以上の細菌は、配列番号１１６に記載の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列と少なくとも９７％同一である１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。
いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、（ｉ）１種以上の細菌、（ｉｉ）尿素、（ｉｉｉ）凍結保護剤、（ｉｖ）アミノ酸源、（ｖ）抗酸化剤、（ｖｉ）塩、及び（ｖｉｉ）緩衝剤を含み、この１種以上の細菌は、配列番号１１６に記載の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列と少なくとも９７％同一である１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。特定の実施形態では、組成物は、（ｉ）１種以上の細菌、（ｉｉ）尿素、（ｉｉｉ）スクロース、（ｉｖ）ゼラチン加水分解物、（ｖ）アスコルビン酸、（ｖｉ）塩化カリウム、及び（ｖｉｉ）ＨＥＰＥＳを含み、この１種以上の細菌は、配列番号１１６に記載の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列と少なくとも９７％同一である１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。さらなる実施形態では、組成物は、（ｉ）１種以上の細菌、（ｉｉ）約０．５％の尿素、（ｉｉｉ）約１０％のスクロース、（ｉｖ）約３％のゼラチン加水分解物、（ｖ）約１％のアスコルビン酸、（ｖｉ）約２５ｍＭの塩化カリウム、及び（ｖｉｉ）約５０ｍＭのＨＥＰＥＳを含み、この１種以上の細菌は、配列番号１１６に記載の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列と少なくとも９７％同一である１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。
いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、（ｉ）１種以上の細菌、（ｉｉ）尿素、（ｉｉｉ）凍結保護剤、及び（ｉｖ）アミノ酸源を含み、この１種以上の細菌は、配列番号１２０～１３１、１０３、１１８、または１８９に記載の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列と少なくとも９７％同一である１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。特定の実施形態では、組成物は、（ｉ）１種以上の細菌、（ｉｉ）尿素、（ｉｉｉ）スクロース、及び（ｉｖ）ゼラチン加水分解物を含み、この１種以上の細菌は、配列番号１２０～１３１、１０３、１１８、または１８９に記載の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列と少なくとも９７％同一である１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。さらなる実施形態では、組成物は、（ｉ）１種以上の細菌、（ｉｉ）約０．５％の尿素、（ｉｉｉ）約１０％のスクロース、及び（ｉｖ）約３％のゼラチン加水分解物を含み、この１種以上の細菌は、配列番号１２０～１３１、１０３、１１８、または１８９に記載の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列と少なくとも９７％同一である１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。
いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、（ｉ）１種以上の細菌、（ｉｉ）尿素、（ｉｉｉ）凍結保護剤、（ｉｖ）アミノ酸源、（ｖ）抗酸化剤、（ｖｉ）塩、及び（ｖｉｉ）緩衝剤を含み、この１種以上の細菌は、配列番号１２０～１３１、１０３、１１８、または１８９に記載の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列と少なくとも９７％同一である１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。特定の実施形態では、組成物は、（ｉ）１種以上の細菌、（ｉｉ）尿素、（ｉｉｉ）スクロース、（ｉｖ）ゼラチン加水分解物、（ｖ）アスコルビン酸、（ｖｉ）塩化カリウム、及び（ｖｉｉ）ＨＥＰＥＳを含み、この１種以上の細菌は、配列番号１２０～１３１、１０３、１１８、または１８９に記載の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列と少なくとも９７％同一である１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。さらなる実施形態では、組成物は、（ｉ）１種以上の細菌、（ｉｉ）約０．５％の尿素、（ｉｉｉ）約１０％のスクロース、（ｉｖ）約３％のゼラチン加水分解物、（ｖ）約１％のアスコルビン酸、（ｖｉ）約２５ｍＭの塩化カリウム、及び（ｖｉｉ）約５０ｍＭのＨＥＰＥＳを含み、この１種以上の細菌は、配列番号１２０～１３１、１０３、１１８、または１８９に記載の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列と少なくとも９７％同一である１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。
いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、（ｉ）１種以上の細菌、（ｉｉ）尿素、（ｉｉｉ）凍結保護剤、及び（ｉｖ）アミノ酸源を含み、この１種以上の細菌は、配列番号１１２に記載の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列と少なくとも９７％同一である１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。特定の実施形態では、組成物は、（ｉ）１種以上の細菌、（ｉｉ）尿素、（ｉｉｉ）スクロース、及び（ｉｖ）ゼラチン加水分解物を含み、この１種以上の細菌は、配列番号１１２に記載の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列と少なくとも９７％同一である１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。さらなる実施形態では、組成物は、（ｉ）１種以上の細菌、（ｉｉ）約０．５％の尿素、（ｉｉｉ）約１０％のスクロース、及び（ｉｖ）約３％のゼラチン加水分解物を含み、この１種以上の細菌は、配列番号１１２に記載の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列と少なくとも９７％同一である１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。
いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、（ｉ）１種以上の細菌、（ｉｉ）尿素、（ｉｉｉ）凍結保護剤、（ｉｖ）アミノ酸源、（ｖ）抗酸化剤、（ｖｉ）塩、及び（ｖｉｉ）緩衝剤を含み、この１種以上の細菌は、配列番号１１２に記載の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列と少なくとも９７％同一である１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。特定の実施形態では、組成物は、（ｉ）１種以上の細菌、（ｉｉ）尿素、（ｉｉｉ）スクロース、（ｉｖ）ゼラチン加水分解物、（ｖ）アスコルビン酸、（ｖｉ）塩化カリウム、及び（ｖｉｉ）ＨＥＰＥＳを含み、この１種以上の細菌は、配列番号１１２に記載の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列と少なくとも９７％同一である１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。さらなる実施形態では、組成物は、（ｉ）１種以上の細菌、（ｉｉ）約０．５％の尿素、（ｉｉｉ）約１０％のスクロース、（ｉｖ）約３％のゼラチン加水分解物、（ｖ）約１％のアスコルビン酸、（ｖｉ）約２５ｍＭの塩化カリウム、及び（ｖｉｉ）約５０ｍＭのＨＥＰＥＳを含み、この１種以上の細菌は、配列番号１１２に記載の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列と少なくとも９７％同一である１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。
いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、（ｉ）１種以上の細菌、（ｉｉ）尿素、（ｉｉｉ）凍結保護剤、及び（ｉｖ）アミノ酸源を含み、この１種以上の細菌は、配列番号１１３に記載の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列と少なくとも９７％同一である１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。特定の実施形態では、組成物は、（ｉ）１種以上の細菌、（ｉｉ）尿素、（ｉｉｉ）スクロース、及び（ｉｖ）ゼラチン加水分解物を含み、この１種以上の細菌は、配列番号１１３に記載の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列と少なくとも９７％同一である１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。さらなる実施形態では、組成物は、（ｉ）１種以上の細菌、（ｉｉ）約０．５％の尿素、（ｉｉｉ）約１０％のスクロース、及び（ｉｖ）約３％のゼラチン加水分解物を含み、この１種以上の細菌は、配列番号１１３に記載の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列と少なくとも９７％同一である１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。
いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、（ｉ）１種以上の細菌、（ｉｉ）尿素、（ｉｉｉ）凍結保護剤、（ｉｖ）アミノ酸源、（ｖ）抗酸化剤、（ｖｉ）塩、及び（ｖｉｉ）緩衝剤を含み、この１種以上の細菌は、配列番号１１３に記載の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列と少なくとも９７％同一である１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。特定の実施形態では、組成物は、（ｉ）１種以上の細菌、（ｉｉ）尿素、（ｉｉｉ）スクロース、（ｉｖ）ゼラチン加水分解物、（ｖ）アスコルビン酸、（ｖｉ）塩化カリウム、及び（ｖｉｉ）ＨＥＰＥＳを含み、この１種以上の細菌は、配列番号１１３に記載の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列と少なくとも９７％同一である１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。さらなる実施形態では、組成物は、（ｉ）１種以上の細菌、（ｉｉ）約０．５％の尿素、（ｉｉｉ）約１０％のスクロース、（ｉｖ）約３％のゼラチン加水分解物、（ｖ）約１％のアスコルビン酸、（ｖｉ）約２５ｍＭの塩化カリウム、及び（ｖｉｉ）約５０ｍＭのＨＥＰＥＳを含み、この１種以上の細菌は、配列番号１１３に記載の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列と少なくとも９７％同一である１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。
いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、（ｉ）１種以上の細菌、（ｉｉ）尿素、（ｉｉｉ）凍結保護剤、及び（ｉｖ）アミノ酸源を含み、この１種以上の細菌は、配列番号１４８～１５０、１０５、２１７、２１４～２１６、１７８、１８４、２２３、１９９、１８１、または１１４に記載の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列と少なくとも９７％同一である１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。特定の実施形態では、組成物は、（ｉ）１種以上の細菌、（ｉｉ）尿素、（ｉｉｉ）スクロース、及び（ｉｖ）ゼラチン加水分解物を含み、この１種以上の細菌は、配列番号１４８～１５０、１０５、２１７、２１４～２１６、１７８、１８４、２２３、１９９、１８１、または１１４に記載の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列と少なくとも９７％同一である１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。さらなる実施形態では、組成物は、（ｉ）１種以上の細菌、（ｉｉ）約０．５％の尿素、（ｉｉｉ）約１０％のスクロース、及び（ｉｖ）約３％のゼラチン加水分解物を含み、この１種以上の細菌は、配列番号１４８～１５０、１０５、２１７、２１４～２１６、１７８、１８４、２２３、１９９、１８１、または１１４に記載の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列と少なくとも９７％同一である１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。
いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、（ｉ）１種以上の細菌、（ｉｉ）尿素、（ｉｉｉ）凍結保護剤、（ｉｖ）アミノ酸源、（ｖ）抗酸化剤、（ｖｉ）塩、及び（ｖｉｉ）緩衝剤を含み、この１種以上の細菌は、配列番号１４８～１５０、１０５、２１７、２１４～２１６、１７８、１８４、２２３、１９９、１８１、または１１４に記載の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列と少なくとも９７％同一である１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。特定の実施形態では、組成物は、（ｉ）１種以上の細菌、（ｉｉ）尿素、（ｉｉｉ）スクロース、（ｉｖ）ゼラチン加水分解物、（ｖ）アスコルビン酸、（ｖｉ）塩化カリウム、及び（ｖｉｉ）ＨＥＰＥＳを含み、この１種以上の細菌は、配列番号１４８～１５０、１０５、２１７、２１４～２１６、１７８、１８４、２２３、１９９、１８１、または１１４に記載の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列と少なくとも９７％同一である１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。さらなる実施形態では、組成物は、（ｉ）１種以上の細菌、（ｉｉ）約０．５％の尿素、（ｉｉｉ）約１０％のスクロース、（ｉｖ）約３％のゼラチン加水分解物、（ｖ）約１％のアスコルビン酸、（ｖｉ）約２５ｍＭの塩化カリウム、及び（ｖｉｉ）約５０ｍＭのＨＥＰＥＳを含み、この１種以上の細菌は、配列番号１４８～１５０、１０５、２１７、２１４～２１６、１７８、１８４、２２３、１９９、１８１、または１１４に記載の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列と少なくとも９７％同一である１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。
いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、（ｉ）１種以上の細菌、（ｉｉ）尿素、（ｉｉｉ）凍結保護剤、及び（ｉｖ）アミノ酸源を含み、この１種以上の細菌は、配列番号１９６、１０７～１１１、２１９、１５３、１６０、１６１、１５４～１５８、１３２～１３５、３１４～３１７、２０５～２０９、２２２、１０４、２２４、１０６、１７９、１８０、２２５、または１８７に記載の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列と少なくとも９７％同一である１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。特定の実施形態では、組成物は、（ｉ）１種以上の細菌、（ｉｉ）尿素、（ｉｉｉ）スクロース、及び（ｉｖ）ゼラチン加水分解物を含み、この１種以上の細菌は、配列番号１９６、１０７～１１１、２１９、１５３、１６０、１６１、１５４～１５８、１３２～１３５、３１４～３１７、２０５～２０９、２２２、１０４、２２４、１０６、１７９、１８０、２２５、または１８７に記載の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列と少なくとも９７％同一である１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。さらなる実施形態では、組成物は、（ｉ）１種以上の細菌、（ｉｉ）約０．５％の尿素、（ｉｉｉ）約１０％のスクロース、及び（ｉｖ）約３％のゼラチン加水分解物を含み、この１種以上の細菌は、配列番号１９６、１０７～１１１、２１９、１５３、１６０、１６１、１５４～１５８、１３２～１３５、３１４～３１７、２０５～２０９、２２２、１０４、２２４、１０６、１７９、１８０、２２５、または１８７に記載の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列と少なくとも９７％同一である１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。
いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、（ｉ）１種以上の細菌、（ｉｉ）尿素、（ｉｉｉ）凍結保護剤、（ｉｖ）アミノ酸源、（ｖ）抗酸化剤、（ｖｉ）塩、及び（ｖｉｉ）緩衝剤を含み、この１種以上の細菌は、配列番号１９６、１０７～１１１、２１９、１５３、１６０、１６１、１５４～１５８、１３２～１３５、３１４～３１７、２０５～２０９、２２２、１０４、２２４、１０６、１７９、１８０、２２５、または１８７に記載の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列と少なくとも９７％同一である１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。特定の実施形態では、組成物は、（ｉ）１種以上の細菌、（ｉｉ）尿素、（ｉｉｉ）スクロース、（ｉｖ）ゼラチン加水分解物、（ｖ）アスコルビン酸、（ｖｉ）塩化カリウム、及び（ｖｉｉ）ＨＥＰＥＳを含み、この１種以上の細菌は、配列番号１９６、１０７～１１１、２１９、１５３、１６０、１６１、１５４～１５８、１３２～１３５、３１４～３１７、２０５～２０９、２２２、１０４、２２４、１０６、１７９、１８０、２２５、または１８７に記載の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列と少なくとも９７％同一である１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。さらなる実施形態では、組成物は、（ｉ）１種以上の細菌、（ｉｉ）約０．５％の尿素、（ｉｉｉ）約１０％のスクロース、（ｉｖ）約３％のゼラチン加水分解物、（ｖ）約１％のアスコルビン酸、（ｖｉ）約２５ｍＭの塩化カリウム、及び（ｖｉｉ）約５０ｍＭのＨＥＰＥＳを含み、この１種以上の細菌は、配列番号１９６、１０７～１１１、２１９、１５３、１６０、１６１、１５４～１５８、１３２～１３５、３１４～３１７、２０５～２０９、２２２、１０４、２２４、１０６、１７９、１８０、２２５、または１８７に記載の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列と少なくとも９７％同一である１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。
いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、（ｉ）１種以上の細菌、（ｉｉ）尿素、（ｉｉｉ）凍結保護剤、及び（ｉｖ）アミノ酸源を含み、この１種以上の細菌は、配列番号１３７～１４６、１９０～１９４、２１８、２００～２０４、１８３、１６６～１７７、２２１、１９７、２６３、１５９、１４７、１５２、１８５、２２６、または２１２に記載の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列と少なくとも９７％同一である１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。特定の実施形態では、組成物は、（ｉ）１種以上の細菌、（ｉｉ）尿素、（ｉｉｉ）スクロース、及び（ｉｖ）ゼラチン加水分解物を含み、この１種以上の細菌は、配列番号１３７～１４６、１９０～１９４、２１８、２００～２０４、１８３、１６６～１７７、２２１、１９７、２６３、１５９、１４７、１５２、１８５、２２６、または２１２に記載の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列と少なくとも９７％同一である１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。さらなる実施形態では、組成物は、（ｉ）１種以上の細菌、（ｉｉ）約０．５％の尿素、（ｉｉｉ）約１０％のスクロース、及び（ｉｖ）約３％のゼラチン加水分解物を含み、この１種以上の細菌は、配列番号１３７～１４６、１９０～１９４、２１８、２００～２０４、１８３、１６６～１７７、２２１、１９７、２６３、１５９、１４７、１５２、１８５、２２６、または２１２に記載の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列と少なくとも９７％同一である１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。
いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、（ｉ）１種以上の細菌、（ｉｉ）尿素、（ｉｉｉ）凍結保護剤、（ｉｖ）アミノ酸源、（ｖ）抗酸化剤、（ｖｉ）塩、及び（ｖｉｉ）緩衝剤を含み、この１種以上の細菌は、配列番号１３７～１４６、１９０～１９４、２１８、２００～２０４、１８３、１６６～１７７、２２１、１９７、２６３、１５９、１４７、１５２、１８５、２２６、または２１２に記載の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列と少なくとも９７％同一である１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。特定の実施形態では、組成物は、（ｉ）１種以上の細菌、（ｉｉ）尿素、（ｉｉｉ）スクロース、（ｉｖ）ゼラチン加水分解物、（ｖ）アスコルビン酸、（ｖｉ）塩化カリウム、及び（ｖｉｉ）ＨＥＰＥＳを含み、この１種以上の細菌は、配列番号１３７～１４６、１９０～１９４、２１８、２００～２０４、１８３、１６６～１７７、２２１、１９７、２６３、１５９、１４７、１５２、１８５、２２６、または２１２に記載の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列と少なくとも９７％同一である１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。さらなる実施形態では、組成物は、（ｉ）１種以上の細菌、（ｉｉ）約０．５％の尿素、（ｉｉｉ）約１０％のスクロース、（ｉｖ）約３％のゼラチン加水分解物、（ｖ）約１％のアスコルビン酸、（ｖｉ）約２５ｍＭの塩化カリウム、及び（ｖｉｉ）約５０ｍＭのＨＥＰＥＳを含み、この１種以上の細菌は、配列番号１３７～１４６、１９０～１９４、２１８、２００～２０４、１８３、１６６～１７７、２２１、１９７、２６３、１５９、１４７、１５２、１８５、２２６、または２１２に記載の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列と少なくとも９７％同一である１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。
いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、（ｉ）１種以上の細菌、（ｉｉ）尿素、（ｉｉｉ）凍結保護剤、及び（ｉｖ）アミノ酸源を含み、この１種以上の細菌は、配列番号１８６または２１１に記載の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列と少なくとも９７％同一である１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。特定の実施形態では、組成物は、（ｉ）１種以上の細菌、（ｉｉ）尿素、（ｉｉｉ）スクロース、及び（ｉｖ）ゼラチン加水分解物を含み、この１種以上の細菌は、配列番号１８６または２１１に記載の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列と少なくとも９７％同一である１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。さらなる実施形態では、組成物は、（ｉ）１種以上の細菌、（ｉｉ）約０．５％の尿素、（ｉｉｉ）約１０％のスクロース、及び（ｉｖ）約３％のゼラチン加水分解物を含み、この１種以上の細菌は、配列番号１８６または２１１に記載の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列と少なくとも９７％同一である１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。
いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、（ｉ）１種以上の細菌、（ｉｉ）尿素、（ｉｉｉ）凍結保護剤、（ｉｖ）アミノ酸源、（ｖ）抗酸化剤、（ｖｉ）塩、及び（ｖｉｉ）緩衝剤を含み、この１種以上の細菌は、配列番号１８６または２１１に記載の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列と少なくとも９７％同一である１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。特定の実施形態では、組成物は、（ｉ）１種以上の細菌、（ｉｉ）尿素、（ｉｉｉ）スクロース、（ｉｖ）ゼラチン加水分解物、（ｖ）アスコルビン酸、（ｖｉ）塩化カリウム、及び（ｖｉｉ）ＨＥＰＥＳを含み、この１種以上の細菌は、配列番号１８６または２１１に記載の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列と少なくとも９７％同一である１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。さらなる実施形態では、組成物は、（ｉ）１種以上の細菌、（ｉｉ）約０．５％の尿素、（ｉｉｉ）約１０％のスクロース、（ｉｖ）約３％のゼラチン加水分解物、（ｖ）約１％のアスコルビン酸、（ｖｉ）約２５ｍＭの塩化カリウム、及び（ｖｉｉ）約５０ｍＭのＨＥＰＥＳを含み、この１種以上の細菌は、配列番号１８６または２１１に記載の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列と少なくとも９７％同一である１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。
いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、（ｉ）１種以上の細菌、（ｉｉ）尿素、（ｉｉｉ）凍結保護剤、及び（ｉｖ）アミノ酸源を含み、この１種以上の細菌は、配列番号１５１、１８２、２１３、または１９８に記載の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列と少なくとも９７％同一である１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。特定の実施形態では、組成物は、（ｉ）１種以上の細菌、（ｉｉ）尿素、（ｉｉｉ）スクロース、及び（ｉｖ）ゼラチン加水分解物を含み、この１種以上の細菌は、配列番号１５１、１８２、２１３、または１９８に記載の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列と少なくとも９７％同一である１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。さらなる実施形態では、組成物は、（ｉ）１種以上の細菌、（ｉｉ）約０．５％の尿素、（ｉｉｉ）約１０％のスクロース、及び（ｉｖ）約３％のゼラチン加水分解物を含み、この１種以上の細菌は、配列番号１５１、１８２、２１３、または１９８に記載の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列と少なくとも９７％同一である１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。
いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、（ｉ）１種以上の細菌、（ｉｉ）尿素、（ｉｉｉ）凍結保護剤、（ｉｖ）アミノ酸源、（ｖ）抗酸化剤、（ｖｉ）塩、及び（ｖｉｉ）緩衝剤を含み、この１種以上の細菌は、配列番号１５１、１８２、２１３、または１９８に記載の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列と少なくとも９７％同一である１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。特定の実施形態では、組成物は、（ｉ）１種以上の細菌、（ｉｉ）尿素、（ｉｉｉ）スクロース、（ｉｖ）ゼラチン加水分解物、（ｖ）アスコルビン酸、（ｖｉ）塩化カリウム、及び（ｖｉｉ）ＨＥＰＥＳを含み、この１種以上の細菌は、配列番号１５１、１８２、２１３、または１９８に記載の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列と少なくとも９７％同一である１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。さらなる実施形態では、組成物は、（ｉ）１種以上の細菌、（ｉｉ）約０．５％の尿素、（ｉｉｉ）約１０％のスクロース、（ｉｖ）約３％のゼラチン加水分解物、（ｖ）約１％のアスコルビン酸、（ｖｉ）約２５ｍＭの塩化カリウム、及び（ｖｉｉ）約５０ｍＭのＨＥＰＥＳを含み、この１種以上の細菌は、配列番号１５１、１８２、２１３、または１９８に記載の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列と少なくとも９７％同一である１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。
いくつかの実施形態では、本明細書に開示される凍結乾燥のための組成物は、１種以上の細菌、尿素、スクロース、及びゼラチン加水分解物を含み、この１種以上の細菌は、配列番号１５１、１９６、１９０、１９１、１９２、１９３、１９４、１２０、１２１、１２２、１２３、１２４、１２５、１２６、１２７、１２８、１２９、１３０、１３１、１３６、２００、２０１、２０２、２０３、２０４、１４８、１４９、１５０、１０７、１０８、１０９、１１０、１１１、１０５、１８２、２１９、１５３、１１５、２１３、１６６、１６７、１６８、１６９、１７０、１７１、１７２、１７３、１７４、１７５、１７６、１７７、２１４、２１５、２１６、１０３、１７８、１６１、１５４、１５５、１５６、１５７、１５８、１１９、１３２、１３３、１３４、１３５、３１４、３１５、３１６、３１７、１１７、２０５、２０６、２０７、２０８、２０９、２２０、２２１、２２２、１９７、２６３、１０２、１１８、１５９、１９８、１１２、１８４、１０４、２２３、１８９、１８６、２２４、１０６、１９９、１４７、２１１、１７９、１８０、１５２、１９５、１８５、１１６、２２５、２２６、２１０、２１２、１８１、１１４、１８７に記載の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列と少なくとも９７％同一である１６Ｓ ｒＤＮＡ配列、またはこれらの組み合わせを含む。特定の実施形態では、凍結乾燥のための組成物は、１種以上の細菌、約０．５％の尿素、約１０％のスクロース、及び約３％のゼラチン加水分解物を含み、この１種以上の細菌は、配列番号１５１、１９６、１９０、１９１、１９２、１９３、１９４、１２０、１２１、１２２、１２３、１２４、１２５、１２６、１２７、１２８、１２９、１３０、１３１、１３６、２００、２０１、２０２、２０３、２０４、１４８、１４９、１５０、１０７、１０８、１０９、１１０、１１１、１０５、１８２、２１９、１５３、１１５、２１３、１６６、１６７、１６８、１６９、１７０、１７１、１７２、１７３、１７４、１７５、１７６、１７７、２１４、２１５、２１６、１０３、１７８、１６１、１５４、１５５、１５６、１５７、１５８、１１９、１３２、１３３、１３４、１３５、３１４、３１５、３１６、３１７、１１７、２０５、２０６、２０７、２０８、２０９、２２０、２２１、２２２、１９７、２６３、１０２、１１８、１５９、１９８、１１２、１８４、１０４、２２３、１８９、１８６、２２４、１０６、１９９、１４７、２１１、１７９、１８０、１５２、１９５、１８５、１１６、２２５、２２６、２１０、２１２、１８１、１１４、１８７に記載の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列と少なくとも９７％同一である１６Ｓ ｒＤＮＡ配列、またはこれらの組み合わせを含む。
いくつかの実施形態では、本明細書に開示される凍結乾燥のための組成物は、１種以上の細菌、尿素、スクロース、及びゼラチン加水分解物を含み、この１種以上の細菌は、配列番号１９０、１９１、１９２、１９３、１９４、２００、２０１、２０２、２０３、２０４、２１４、２１５、２１６、１７８、１９７、２６３、１０２、１０４、１７９、１８０、１５２、２１０、１８１、１９６、１８６、１０６、２１１、２１２、１１６、１８７に記載の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列と少なくとも９７％同一である１６Ｓ ｒＤＮＡ配列、またはこれらの組み合わせを含む。特定の実施形態では、凍結乾燥のための組成物は、１種以上の細菌、約０．５％の尿素、約１０％のスクロース、及び約３％のゼラチン加水分解物を含み、この１種以上の細菌は、配列番号１９０、１９１、１９２、１９３、１９４、２００、２０１、２０２、２０３、２０４、２１４、２１５、２１６、１７８、１９７、２６３、１０２、１０４、１７９、１８０、１５２、２１０、１８１、１９６、１８６、１０６、２１１、２１２、１１６、１８７に記載の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列と少なくとも９７％同一である１６Ｓ ｒＤＮＡ配列、またはこれらの組み合わせを含む。
いくつかの実施形態では、本明細書に開示される凍結乾燥のための組成物は、１種以上の細菌、尿素、スクロース、及びゼラチン加水分解物を含み、この１種以上の細菌は、配列番号１７８、１９７、２６３、１７９、１８０、１５２、１１６、１８１、１８７に記載の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列と少なくとも９７％同一である１６Ｓ ｒＤＮＡ配列、またはこれらの組み合わせを含む。特定の実施形態では、凍結乾燥のための組成物は、１種以上の細菌、約０．５％の尿素、約１０％のスクロース、及び約３％のゼラチン加水分解物を含み、この１種以上の細菌は、配列番号１７８、１９７、２６３、１７９、１８０、１５２、１１６、１８１、１８７に記載の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列と少なくとも９７％同一である１６Ｓ ｒＤＮＡ配列、またはこれらの組み合わせを含む。
いくつかの実施形態では、本明細書に開示される凍結乾燥のための組成物は、１種以上の細菌、尿素、スクロース、及びゼラチン加水分解物を含み、この１種以上の細菌は、配列番号１７８、１９７、２６３、１７９、１８０、１５２、１１６、１８１、１８７、１９６、２００、２０１、２０２、２０３、２０４、１４８、１４９、１５０、１０３、１３２、１３３、１３４、１３５、３１４、３１５、３１６、３１７、１０２、１１８、１８６、１０６、２１１、１９５、２２６、２１０、２１２に記載の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列と少なくとも９７％同一である１６Ｓ ｒＤＮＡ配列、またはこれらの組み合わせを含む。特定の実施形態では、凍結乾燥のための組成物は、１種以上の細菌、約０．５％の尿素、約１０％のスクロース、及び約３％のゼラチン加水分解物を含み、この１種以上の細菌は、配列番号１７８、１９７、２６３、１７９、１８０、１５２、１１６、１８１、１８７、１９６、２００、２０１、２０２、２０３、２０４、１４８、１４９、１５０、１０３、１３２、１３３、１３４、１３５、３１４、３１５、３１６、３１７、１０２、１１８、１８６、１０６、２１１、１９５、２２６、２１０、２１２に記載の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列と少なくとも９７％同一である１６Ｓ ｒＤＮＡ配列、またはこれらの組み合わせを含む。
いくつかの実施形態では、本明細書に開示される凍結乾燥のための組成物は、１種以上の細菌、尿素、スクロース、及びゼラチン加水分解物を含み、この１種以上の細菌は、配列番号１７８、１８７、１９６、１９７、２６３、２００、２０１、２０２、２０３、２０４、２２６、２１２、１５２、１８６、２１０、１９５、２１１、１０２、１７９、１８０、１１６、１１８、１０６、１８１に記載の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列と少なくとも９７％同一である１６Ｓ ｒＤＮＡ配列、またはこれらの組み合わせを含む。特定の実施形態では、凍結乾燥のための組成物は、１種以上の細菌、約０．５％の尿素、約１０％のスクロース、及び約３％のゼラチン加水分解物を含み、この１種以上の細菌は、配列番号１７８、１８７、１９６、１９７、２６３、２００、２０１、２０２、２０３、２０４、２２６、２１２、１５２、１８６、２１０、１９５、２１１、１０２、１７９、１８０、１１６、１１８、１０６、１８１に記載の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列と少なくとも９７％同一である１６Ｓ ｒＤＮＡ配列、またはこれらの組み合わせを含む。
いくつかの実施形態では、本明細書に開示される凍結乾燥のための組成物は、１種以上の細菌、尿素、スクロース、及びゼラチン加水分解物を含み、この１種以上の細菌は、配列番号１７８、１８７、１９６、１９７、２６３、２１２、１５２、１８６、２１０、１９５、２１１、１０３、１０２、１７９、１８０、１４７、１１６、１０６、２２５、１８１に記載の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列と少なくとも９７％同一である１６Ｓ ｒＤＮＡ配列、またはこれらの組み合わせを含む。特定の実施形態では、凍結乾燥のための組成物は、１種以上の細菌、約０．５％の尿素、約１０％のスクロース、及び約３％のゼラチン加水分解物を含み、この１種以上の細菌は、配列番号１７８、１８７、１９６、１９７、２６３、２１２、１５２、１８６、２１０、１９５、２１１、１０３、１０２、１７９、１８０、１４７、１１６、１０６、２２５、１８１に記載の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列と少なくとも９７％同一である１６Ｓ ｒＤＮＡ配列、またはこれらの組み合わせを含む。
いくつかの実施形態では、本明細書に開示される凍結乾燥のための組成物は、１種以上の細菌、尿素、スクロース、及びゼラチン加水分解物を含み、この１種以上の細菌は、配列番号１７８、１８７、１９６、１９７、２６３、２１２、１５２、１８６、２１０、２２３、１９５、２１１、１０３、１０２、１７９、１８０、１１６、１０６、２２５、１８１に記載の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列と少なくとも９７％同一である１６Ｓ ｒＤＮＡ配列、またはこれらの組み合わせを含む。特定の実施形態では、凍結乾燥のための組成物は、１種以上の細菌、約０．５％の尿素、約１０％のスクロース、及び約３％のゼラチン加水分解物を含み、この１種以上の細菌は、配列番号１７８、１８７、１９６、１９７、２６３、２１２、１５２、１８６、２１０、２２３、１９５、２１１、１０３、１０２、１７９、１８０、１１６、１０６、２２５、１８１に記載の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列と少なくとも９７％同一である１６Ｓ ｒＤＮＡ配列、またはこれらの組み合わせを含む。
いくつかの実施形態では、本明細書に開示される凍結乾燥のための組成物は、１種以上の細菌、尿素、スクロース、及びゼラチン加水分解物を含み、この１種以上の細菌は、配列番号１７８、１８７、１９６、２００、２０１、２０２、２０３、２０４、１５９、１５２、１８６、２１０、２２３、１９５、２１１、１０３、１０２、２２４、１７９、１８０、１１６、１０６、２２５、１８１に記載の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列と少なくとも９７％同一である１６Ｓ ｒＤＮＡ配列、またはこれらの組み合わせを含む。特定の実施形態では、凍結乾燥のための組成物は、１種以上の細菌、約０．５％の尿素、約１０％のスクロース、及び約３％のゼラチン加水分解物を含み、この１種以上の細菌は、配列番号１７８、１８７、１９６、２００、２０１、２０２、２０３、２０４、１５９、１５２、１８６、２１０、２２３、１９５、２１１、１０３、１０２、２２４、１７９、１８０、１１６、１０６、２２５、１８１に記載の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列と少なくとも９７％同一である１６Ｓ ｒＤＮＡ配列、またはこれらの組み合わせを含む。
いくつかの実施形態では、本明細書に開示される凍結乾燥のための組成物は、１種以上の細菌、尿素、スクロース、及びゼラチン加水分解物を含み、この１種以上の細菌は、配列番号１７８、１８７、１９６、２００、２０１、２０２、２０３、２０４、１５９、１５２、１８６、２１０、１９５、２１１、１０３、１０２、２２４、１７９、１８０、１４７、１１６、１０６、１８１に記載の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列と少なくとも９７％同一である１６Ｓ ｒＤＮＡ配列、またはこれらの組み合わせを含む。特定の実施形態では、凍結乾燥のための組成物は、１種以上の細菌、約０．５％の尿素、約１０％のスクロース、及び約３％のゼラチン加水分解物を含み、この１種以上の細菌は、配列番号１７８、１８７、１９６、２００、２０１、２０２、２０３、２０４、１５９、１５２、１８６、２１０、１９５、２１１、１０３、１０２、２２４、１７９、１８０、１４７、１１６、１０６、１８１に記載の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列と少なくとも９７％同一である１６Ｓ ｒＤＮＡ配列、またはこれらの組み合わせを含む。
いくつかの実施形態では、本明細書に開示される凍結乾燥のための組成物は、１種以上の細菌、尿素、スクロース、及びゼラチン加水分解物を含み、この１種以上の細菌は、配列番号１７８、１８７、１９６、１９７、２６３、２００、２０１、２０２、２０３、２０４、２２６、１５２、２１０、１９５、２１１、１０３、１０２、１７９、１８０、１４７、１１６、１０６、２２５、１８１に記載の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列と少なくとも９７％同一である１６Ｓ ｒＤＮＡ配列、またはこれらの組み合わせを含む。特定の実施形態では、凍結乾燥のための組成物は、１種以上の細菌、約０．５％の尿素、約１０％のスクロース、及び約３％のゼラチン加水分解物を含み、この１種以上の細菌は、配列番号１７８、１８７、１９６、１９７、２６３、２００、２０１、２０２、２０３、２０４、２２６、１５２、２１０、１９５、２１１、１０３、１０２、１７９、１８０、１４７、１１６、１０６、２２５、１８１に記載の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列と少なくとも９７％同一である１６Ｓ ｒＤＮＡ配列、またはこれらの組み合わせを含む。
いくつかの実施形態では、本明細書に開示される凍結乾燥のための組成物は、１種以上の細菌、尿素、スクロース、及びゼラチン加水分解物を含み、この１種以上の細菌は、配列番号１７８、１８７、１９６、２００、２０１、２０２、２０３、２０４、２２６、２１２、１５２、１８６、２１０、１９５、２１１、１０３、１０２、２２４、１７９、１８０、１１６、１０６、１８１に記載の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列と少なくとも９７％同一である１６Ｓ ｒＤＮＡ配列、またはこれらの組み合わせを含む。特定の実施形態では、凍結乾燥のための組成物は、１種以上の細菌、約０．５％の尿素、約１０％のスクロース、及び約３％のゼラチン加水分解物を含み、この１種以上の細菌は、配列番号１７８、１８７、１９６、２００、２０１、２０２、２０３、２０４、２２６、２１２、１５２、１８６、２１０、１９５、２１１、１０３、１０２、２２４、１７９、１８０、１１６、１０６、１８１に記載の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列と少なくとも９７％同一である１６Ｓ ｒＤＮＡ配列、またはこれらの組み合わせを含む。
いくつかの実施形態では、本明細書に開示される凍結乾燥のための組成物は、１種以上の細菌、尿素、スクロース、及びゼラチン加水分解物を含み、この１種以上の細菌は、配列番号１７８、１８７、１９６、１９７、２６３、２００、２０１、２０２、２０３、２０４、２２６、１５２、１８６、２１０、１９５、２１１、１０２、１７９、１８０、１４７、１１６、１０６、２２５、１８１に記載の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列と少なくとも９７％同一である１６Ｓ ｒＤＮＡ配列、またはこれらの組み合わせを含む。特定の実施形態では、凍結乾燥のための組成物は、１種以上の細菌、約０．５％の尿素、約１０％のスクロース、及び約３％のゼラチン加水分解物を含み、この１種以上の細菌は、配列番号１７８、１８７、１９６、１９７、２６３、２００、２０１、２０２、２０３、２０４、２２６、１５２、１８６、２１０、１９５、２１１、１０２、１７９、１８０、１４７、１１６、１０６、２２５、１８１に記載の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列と少なくとも９７％同一である１６Ｓ ｒＤＮＡ配列、またはこれらの組み合わせを含む。
いくつかの実施形態では、本明細書に開示される凍結乾燥のための組成物は、１種以上の細菌、尿素、スクロース、及びゼラチン加水分解物を含み、この１種以上の細菌は、配列番号１７８、１８７、１９６、１９７、２６３、２００、２０１、２０２、２０３、２０４、１５２、２１０、１９５、２１１、１０３、２２４、１７９、１８０、１１６、１０６、１８１に記載の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列と少なくとも９７％同一である１６Ｓ ｒＤＮＡ配列、またはこれらの組み合わせを含む。特定の実施形態では、凍結乾燥のための組成物は、１種以上の細菌、約０．５％の尿素、約１０％のスクロース、及び約３％のゼラチン加水分解物を含み、この１種以上の細菌は、配列番号１７８、１８７、１９６、１９７、２６３、２００、２０１、２０２、２０３、２０４、１５２、２１０、１９５、２１１、１０３、２２４、１７９、１８０、１１６、１０６、１８１に記載の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列と少なくとも９７％同一である１６Ｓ ｒＤＮＡ配列、またはこれらの組み合わせを含む。
いくつかの実施形態では、本明細書に開示される凍結乾燥のための組成物は、１種以上の細菌、尿素、スクロース、及びゼラチン加水分解物を含み、この１種以上の細菌は、配列番号１７８、１８７、１９６、１９７、２６３、２００、２０１、２０２、２０３、２０４、１５２、２１０、１９５、２１１、１０２、１７９、１８０、１４７、１１６、１０６、１８１に記載の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列と少なくとも９７％同一である１６Ｓ ｒＤＮＡ配列、またはこれらの組み合わせを含む。特定の実施形態では、凍結乾燥のための組成物は、１種以上の細菌、約０．５％の尿素、約１０％のスクロース、及び約３％のゼラチン加水分解物を含み、この１種以上の細菌は、配列番号１７８、１８７、１９６、１９７、２６３、２００、２０１、２０２、２０３、２０４、１５２、２１０、１９５、２１１、１０２、１７９、１８０、１４７、１１６、１０６、１８１に記載の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列と少なくとも９７％同一である１６Ｓ ｒＤＮＡ配列、またはこれらの組み合わせを含む。
いくつかの実施形態では、本明細書に開示される凍結乾燥のための組成物は、１種以上の細菌、尿素、スクロース、及びゼラチン加水分解物を含み、この１種以上の細菌は、配列番号１７８、１８７、１９６、１９７、２６３、２２６、１５２、２１０、１９５、１０３、１０２、１７９、１８０、１４７、１１６、１０６、１８１に記載の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列と少なくとも９７％同一である１６Ｓ ｒＤＮＡ配列、またはこれらの組み合わせを含む。特定の実施形態では、凍結乾燥のための組成物は、１種以上の細菌、約０．５％の尿素、約１０％のスクロース、及び約３％のゼラチン加水分解物を含み、この１種以上の細菌は、配列番号１７８、１８７、１９６、１９７、２６３、２２６、１５２、２１０、１９５、１０３、１０２、１７９、１８０、１４７、１１６、１０６、１８１に記載の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列と少なくとも９７％同一である１６Ｓ ｒＤＮＡ配列、またはこれらの組み合わせを含む。
いくつかの実施形態では、本明細書に開示される凍結乾燥のための組成物は、１種以上の細菌、尿素、スクロース、及びゼラチン加水分解物を含み、この１種以上の細菌は、配列番号１７８、１８７、１９６、１９７、２６３、１５２、２１０、２２３、１９５、２１１、１０２、１７９、１８０、１４７、１１６、１０６、１８１に記載の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列と少なくとも９７％同一である１６Ｓ ｒＤＮＡ配列、またはこれらの組み合わせを含む。特定の実施形態では、凍結乾燥のための組成物は、１種以上の細菌、約０．５％の尿素、約１０％のスクロース、及び約３％のゼラチン加水分解物を含み、この１種以上の細菌は、配列番号１７８、１８７、１９６、１９７、２６３、１５２、２１０、２２３、１９５、２１１、１０２、１７９、１８０、１４７、１１６、１０６、１８１に記載の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列と少なくとも９７％同一である１６Ｓ ｒＤＮＡ配列、またはこれらの組み合わせを含む。
いくつかの実施形態では、本明細書に開示される凍結乾燥のための組成物は、１種以上の細菌、尿素、スクロース、及びゼラチン加水分解物を含み、この１種以上の細菌は、配列番号１７８、１８７、１９６、２００、２０１、２０２、２０３、２０４、１５２、１８６、２１０、１９５、１０３、１０２、２２４、１７９、１８０、１１６、１０６、１８１に記載の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列と少なくとも９７％同一である１６Ｓ ｒＤＮＡ配列、またはこれらの組み合わせを含む。特定の実施形態では、凍結乾燥のための組成物は、１種以上の細菌、約０．５％の尿素、約１０％のスクロース、及び約３％のゼラチン加水分解物を含み、この１種以上の細菌は、配列番号１７８、１８７、１９６、２００、２０１、２０２、２０３、２０４、１５２、１８６、２１０、１９５、１０３、１０２、２２４、１７９、１８０、１１６、１０６、１８１に記載の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列と少なくとも９７％同一である１６Ｓ ｒＤＮＡ配列、またはこれらの組み合わせを含む。
いくつかの実施形態では、本明細書に開示される凍結乾燥のための組成物は、１種以上の細菌、尿素、スクロース、及びゼラチン加水分解物を含み、この１種以上の細菌は、配列番号１７８、１８７、１９６、１９７、２６３、２００、２０１、２０２、２０３、２０４、２１２、１５２、１８６、１９５、２１１、１０３、１０２、１１６、１０６、２２５に記載の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列と少なくとも９７％同一である１６Ｓ ｒＤＮＡ配列、またはこれらの組み合わせを含む。特定の実施形態では、凍結乾燥のための組成物は、１種以上の細菌、約０．５％の尿素、約１０％のスクロース、及び約３％のゼラチン加水分解物を含み、この１種以上の細菌は、配列番号１７８、１８７、１９６、１９７、２６３、２００、２０１、２０２、２０３、２０４、２１２、１５２、１８６、１９５、２１１、１０３、１０２、１１６、１０６、２２５に記載の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列と少なくとも９７％同一である１６Ｓ ｒＤＮＡ配列、またはこれらの組み合わせを含む。
いくつかの実施形態では、本明細書に開示される凍結乾燥のための組成物は、１種以上の細菌、尿素、スクロース、及びゼラチン加水分解物を含み、この１種以上の細菌は、配列番号１７８、１８７、１９６、２００、２０１、２０２、２０３、２０４、１５２、１８６、２１０、１９５、２１１、１０３、１０２、２２４、１１６、１０６、１８１に記載の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列と少なくとも９７％同一である１６Ｓ ｒＤＮＡ配列、またはこれらの組み合わせを含む。特定の実施形態では、凍結乾燥のための組成物は、１種以上の細菌、約０．５％の尿素、約１０％のスクロース、及び約３％のゼラチン加水分解物を含み、この１種以上の細菌は、配列番号１７８、１８７、１９６、２００、２０１、２０２、２０３、２０４、１５２、１８６、２１０、１９５、２１１、１０３、１０２、２２４、１１６、１０６、１８１に記載の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列と少なくとも９７％同一である１６Ｓ ｒＤＮＡ配列、またはこれらの組み合わせを含む。
細菌を乾燥させるとき（例えば、本明細書に記載の通りに）、本出願人は、凍結乾燥細菌組成物を生成する際に初期定常期の細菌を使用することに対する、いくつかの場合における特定の利点を発見した。例えば、特定の実施形態では、初期定常期の細菌を使用することにより、増殖期の異なる段階、例えば、誘導期または対数期からの細菌と比較して、本明細書に開示される製剤を使用して凍結乾燥させたときに、安定性がより高くなる。本明細書で使用する場合、「初期定常期」という用語は、対数期（細胞の倍加を特徴とする対数増殖期または指数期と称されることもある）の直後の細菌増殖の段階を指す。初期定常期は、多くの場合、増殖制限要因、例えば必須栄養素の枯渇及び／または有機酸などの阻害生成物の形成に起因して、正味の増殖がほとんどまたは全くない（すなわち、増殖速度と死滅速度が等しい）状態として定義され得る。したがって、いくつかの実施形態では、本明細書に開示される細菌組成物に含まれる細菌は、初期定常期にある。細菌が初期定常期にあるか否かは、当該技術分野で公知の任意の方法によって判定することができる。例えば、参照によりその全体が組み込まれる、Ｓｃｈｏｒｌ，Ｃ．ａｎｄ Ｓｅｄｉｖｙ，Ｊ．Ｍ．，Ｍｅｔｈｏｄｓ ４１（２）：１４３－１５０（２００７）を参照されたい。
いくつかの実施形態では、本明細書に開示される細菌組成物は、乾燥させたときに、参照組成物（例えば、本明細書に記載の賦形剤のうちの１つ（例えば尿素）を欠いている）と比較して、細菌の安定性の増加をもたらす。いくつかの実施形態では、本明細書で提供される細菌組成物は、乾燥させたときに、市販の凍結乾燥製剤、例えば、ＯＰＳ ＤｉａｇｎｏｓｔｉｃｓのＭｉｃｒｏｂｉａｌ Ｆｒｅｅｚｅ Ｄｒｙｉｎｇ Ｂｕｆｆｅｒ（ＯＰＳ Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃｓ，Ｌｅｂａｎｏｎ，ＮＪ）で乾燥させた細菌の安定性と比較して、細菌の安定性の増加をもたらす。本明細書で使用する場合、「安定性」という用語は、安定であるという特性（例えば、特定の条件での長時間にわたる生存率及び／または効力の維持）を指す。
いくつかの実施形態では、細菌の安定性は、２つの特定の時点での生菌数（例えば、コロニー形成単位）を比較して、回収した生菌のパーセンテージ（すなわち、別の時点での生菌数と比較したある時点での生菌数）を測定することにより、評価することができる。例えば、細菌の５０％の回収は、細菌の半数がその期間にわたり安定したままであることを示し、細菌の１００％の回収は、すべての（または実質的にすべての）細菌がその期間にわたり安定したままであることを示す。
いくつかの実施形態では、本明細書に開示される細菌組成物は、一定期間にわたり、細菌のコロニー形成単位の少なくとも約１％、少なくとも約５％、少なくとも約１０％、少なくとも約２０％、少なくとも約３０％、少なくとも約４０％、少なくとも約５０％、少なくとも約６０％、少なくとも約７０％、少なくとも約８０％、少なくとも約９０％または最大約１００％の回収をもたらす。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される細菌組成物は、一定期間にわたり、細菌のコロニー形成単位の１％、５％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％または最大１００％の回収をもたらす。いくつかの実施形態では、期間は、例えば、３０℃、４℃、または－２０℃で、少なくとも約１週間、少なくとも約２週間、少なくとも約４週間、少なくとも約２ヶ月、少なくとも約３ヶ月、少なくとも約６ヶ月、または少なくとも約１年以上である。
いくつかの実施形態では、本明細書に開示される細菌組成物は、細菌が所定の温度範囲で長期間にわたり安定したままであるように、凍結乾燥させた場合に細菌の安定性を増加させる。特定の実施形態では、所定の温度範囲は、約５５℃、約５０℃、約４５℃、約４０℃、約３５℃、約３０℃、約２５℃、約２０℃、約１５℃、約１０℃、約５℃、約０℃、約－５℃、約－１０℃、約－１５℃、約－２０℃、約－２５℃、約－３０℃、約－３５℃、約－４０℃、約－４５℃、約－５０℃、約－５５℃、約－６０℃、または約－６５℃を含む。特定の実施形態では、細菌が安定したままである所定の温度範囲は、約－６５℃以下である。いくつかの実施形態では、所定の温度範囲は、５５℃、５０℃、４５℃、４０℃、３５℃、３０℃、２５℃、２０℃、１５℃、１０℃、５℃、０℃、－５℃、－１０℃、－１５℃、－２０℃、－２５℃、－３０℃、－３５℃、－４０℃、－４５℃、－５０℃、－５５℃、－６０℃、または－６５℃を含む。特定の実施形態では、細菌が安定したままである所定の温度範囲は、－６５℃以下である。特定の実施形態では、本明細書に開示される細菌組成物の細菌集団は、凍結乾燥させた場合、３０℃で少なくとも１週間安定したままである。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される細菌組成物の細菌集団は、凍結乾燥させた場合、３０℃で少なくとも２週間安定したままである。さらなる実施形態では、本開示の細菌組成物の細菌集団は、凍結乾燥させた場合、４℃で少なくとも１週間安定したままである。他の実施形態では、本明細書に開示される細菌組成物の細菌集団は、凍結乾燥させた場合、４℃で少なくとも２週間安定したままである。
いくつかの実施形態では、本開示の細菌組成物は、参照組成物（例えば、本明細書に記載の賦形剤のうちの１つ（例えば尿素）を欠いている）と比較して、乾燥後の収率がより高くなるように、細菌の生存率を向上させる。いくつかの実施形態では、本明細書で提供される細菌組成物は、市販の凍結乾燥させた組成物、例えば、ＯＰＳ ＤｉａｇｎｏｓｔｉｃｓのＭｉｃｒｏｂｉａｌ Ｆｒｅｅｚｅ Ｄｒｙｉｎｇ Ｂｕｆｆｅｒ（ＯＰＳ Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃｓ，Ｌｅｂａｎｏｎ，ＮＪ）で乾燥させた細菌と比較して、細菌の生存率の向上をもたらす。本明細書で使用する場合、「生存率」という用語は、乾燥プロセス（例えば、凍結乾燥）に伴う過酷かつストレス性の条件に耐える細菌の能力を指す。したがって、特定の実施形態では、「生存率」という用語は、「乾燥収率」（すなわち、乾燥プロセス後に回収した元の生菌の収率または量）と同義である。
いくつかの実施形態では、本明細書に開示される細菌組成物は、凍結乾燥後の細菌の乾燥収率が、参照組成物（例えば、本明細書に記載の賦形剤のうちの１つ（例えば尿素）を欠いている）と比較して、少なくとも約１％、約５％、約１０％、約２０％、約３０％、約４０％、約５０％、約６０％、約７０％、約８０％、約９０％、または最大約１００％増加するように、細菌の生存率を向上させる。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される細菌組成物は、凍結乾燥後の細菌の乾燥収率が、参照組成物（例えば、本明細書に記載の賦形剤のうちの１つ（例えば尿素）を欠いている）と比較して、少なくとも１％、５％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、または最大１００％増加するように、細菌の生存率を向上させる。
いくつかの実施形態では、細菌の安定性及び／または生存率は、生菌の濃度（ＣＦＵ／ｍＬ）の対数減少として示すことができる。特定の実施形態では、乾燥後の細菌の対数減少（すなわち、生存率）は、約１．０未満、０．９未満、０．８未満、０．７未満、０．６未満、０．５未満、０．４未満、０．３未満、０．２未満、または０．１未満である。さらなる実施形態では、３０℃で１週間後（加速安定性条件）の細菌の対数減少は、約２．０未満、１．９未満、１．８未満、１．７未満、１．６未満、１．５未満、１．４未満、１．３未満、１．２未満、１．１未満、１．０未満、０．９未満、０．８未満、０．７未満、０．６未満、０．５未満、０．４未満、０．３未満、０．２未満、または０．１未満である。いくつかの実施形態では、３０℃で３週間後（加速安定性条件）の細菌の対数減少は、約２．０未満、１．９未満、１．８未満、１．７未満、１．６未満、１．５未満、１．４未満、１．３未満、１．２未満、１．１未満、１．０未満、０．９未満、０．８未満、０．７未満、０．６未満、０．５未満、０．４未満、０．３未満、０．２未満、または０．１未満である。特定の実施形態では、３０℃で５週間後（加速安定性条件）の細菌の対数減少は、約３．０未満、２．９未満、２．８未満、２．７未満、２．６未満、２．５未満、２．４未満、２．３未満、２．２未満、２．１未満、２．０未満、１．９未満、１．８未満、１．７未満、１．６未満、１．５未満、１．４未満、１．３未満、１．２未満、１．１未満、１．０未満、０．９未満、０．８未満、０．７未満、０．６未満、０．５未満、０．４未満、０．３未満、０．２未満、または０．１未満である。いくつかの実施形態では、乾燥後の細菌の対数減少は、１．０未満、０．９未満、０．８未満、０．７未満、０．６未満、０．５未満、０．４未満、０．３未満、０．２未満、または０．１未満である。さらなる実施形態では、３０℃で１週間後（加速安定性条件）の細菌の対数減少は、２．０未満、１．９未満、１．８未満、１．７未満、１．６未満、１．５未満、１．４未満、１．３未満、１．２未満、１．１未満、１．０未満、０．９未満、０．８未満、０．７未満、０．６未満、０．５未満、０．４未満、０．３未満、０．２未満、または０．１未満である。いくつかの実施形態では、３０℃で３週間後（加速安定性条件）の細菌の対数減少は、２．０未満、１．９未満、１．８未満、１．７未満、１．６未満、１．５未満、１．４未満、１．３未満、１．２未満、１．１未満、１．０未満、０．９未満、０．８未満、０．７未満、０．６未満、０．５未満、０．４未満、０．３未満、０．２未満、または０．１未満である。特定の実施形態では、３０℃で５週間後（加速安定性条件）の細菌の対数減少は、３．０未満、２．９未満、２．８未満、２．７未満、２．６未満、２．５未満、２．４未満、２．３未満、２．２未満、２．１未満、２．０未満、１．９未満、１．８未満、１．７未満、１．６未満、１．５未満、１．４未満、１．３未満、１．２未満、１．１未満、１．０未満、０．９未満、０．８未満、０．７未満、０．６未満、０．５未満、０．４未満、０．３未満、０．２未満、または０．１未満である。
いくつかの実施形態では、本明細書に開示される細菌組成物は、当該技術分野で公知の他の任意の薬学的に許容可能な成分、例えば、希釈剤、充填剤、保存剤、塩（例えば、カリウム塩、例えば、塩化カリウム）、結合剤、圧縮剤（ｃｏｍｐａｃｔｉｏｎ ａｇｅｎｔ）、滑沢剤、分散促進剤、崩壊剤、香味剤、甘味剤、着色剤、流動促進剤、吸着剤、コーティング剤、ビヒクル、抗酸化剤、アミノ酸、界面活性剤、緩衝液、錯化剤、張性増加剤（ｔｏｎｉｃｉｆｙｉｎｇ ａｇｅｎｔ）、ポリマー、可溶化剤、及びこれらの組み合わせをさらに含み得る。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される製剤または組成物は、１つ以上の崩壊温度調整剤を含む。崩壊温度調整剤の非限定的な例には、加水分解ゼラチン、加水分解コラーゲン、Ｆｉｃｏｌｌ（商標）、ヒドロキシエチルデンプン、デキストラン７０、及びこれらの組み合わせが含まれる。例えば、Ｐｒａｍａｎｉｃｋ Ｓ．，ｅｔ ａｌ．，Ｐｈａｒｍａ Ｔｉｍｅｓ ４５（３）：６５－７７（２０１３）、Ｍｅｈｍｏｏｄ Ｙ．，ａｎｄ Ｆａｒｏｏｑ Ｕ．，Ｏｐｅｎ Ｓｃｉｅｎｃｅ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｐｈａｒｍａｃｙ ａｎｄ Ｐｈａｒｍａｃｏｌｏｇｙ ３（３）：１９－２７（２０１５）を参照されたく、これらは両方とも、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
いくつかの実施形態では、本開示の製剤または組成物は、賦形剤として希釈剤をさらに含む。そのような実施形態では、賦形剤は、活性成分（例えば、本明細書に開示される組成物の細菌）のビヒクル、担体、または媒体として作用する固体、半固体、または液体の物質であり得る。したがって、いくつかの実施形態では、本明細書に開示される細菌組成物は、錠剤、カプセル剤、丸剤、散剤、ロゼンジ剤、サシェ剤、カシェ剤、エリキシル剤、懸濁液、乳濁液、溶液、シロップ剤、エアロゾル剤（固体として、もしくは液体媒体で）、例えば１０重量％までの活性成分を含有する軟膏剤、軟カプセル剤、硬カプセル剤、ゲルキャップ剤、錠剤、坐剤、溶液、包装された散剤、またはこれらの組み合わせの形態であり得る。場合によっては、生菌の送達の最大化は、胃耐性ポリマー、接着促進剤、または制御放出促進剤を、カプセル剤の一部として、または錠剤、丸剤、もしくはカプセル剤上のコーティングとして、製剤に含めることにより強化される。
いくつかの実施形態では、本明細書に開示される製剤または組成物は、保存剤をさらに含む。好適な保存剤の非限定的な例には、アルファ－トコフェロール及びアスコルバート（アスコルビン酸）などの抗酸化剤が含まれる。したがって、特定の実施形態では、本開示の他の箇所（例えば、セクションＩ）に記載されている抗酸化剤もまた、保存剤として機能し得る。通常、生菌を含む組成物中で使用される場合、保存剤は、使用されないか、または細菌の生存率に著しく影響を及ぼさない量（例えば、本開示で開示される濃度など）で存在するかのいずれかである。
いくつかの実施形態では、本明細書に開示される製剤または組成物は、結合剤をさらに含む。好適な結合剤の非限定的な例には、デンプン、アルファ化デンプン、ゼラチン、ポリビニルピロリドン、セルロース、メチルセルロース、カルボキシメチルセルロースナトリウム、エチルセルロース、ポリアクリルアミド、ポリビニルオキサゾリドン（ｐｏｌｙｖｉｎｙｌｏｘｏａｚｏｌｉｄｏｎｅ）、ポリビニルアルコール、Ｃ１２～Ｃ１８脂肪酸アルコール、ポリエチレングリコール、ポリオール、サッカライド、オリゴ糖類、及びこれらの組み合わせが含まれる。当業者には明らかであるように、いくつかの態様では、本開示で開示される賦形剤は、本明細書で開示される製剤または組成物において複数の機能を有し得る。例えば、特定の実施形態では、特定のサッカライド（例えば、糖類、例えば、スクロース）は、凍結保護剤、結合剤、またはその両方として機能し得る。
いくつかの実施形態では、製剤または組成物は、潤沢剤をさらに含む。好適な滑沢剤の非限定的な例には、ステアリン酸マグネシウム、グリセロールジベヘネート、フマル酸ステアリルナトリウム、ステアリン酸カルシウム、ステアリン酸亜鉛、硬化植物油、ステロテックス、モノステアリン酸ポリオキシエチレン、タルク、ポリエチレングリコール、安息香酸ナトリウム、ラウリル硫酸ナトリウム、ラウリル硫酸マグネシウム、軽鉱油、及びこれらの組み合わせが含まれる。
いくつかの実施形態では、本明細書に開示される製剤または組成物は、流動促進剤をさらに含む。好適な流動促進剤の非限定的な例には、ヒュームドシリカ（コロイド状二酸化ケイ素）、タルク、ステアリン酸マグネシウム、デンプン、及びこれらの組み合わせが含まれる。
いくつかの実施形態では、本明細書に開示される製剤または組成物は、分散促進剤をさらに含む。好適な分散剤の非限定的な例には、デンプン、アルギン酸、ポリビニルピロリドン、グアーガム、カオリン、ベントナイト、精製木質セルロース、デンプングリコール酸ナトリウム、イソアモルファスシリケート（ｉｓｏａｍｏｒｐｈｏｕｓ ｓｉｌｉｃａｔｅ）、微結晶セルロース、高ＨＬＢ乳化剤界面活性剤、及びこれらの組み合わせが含まれる。
いくつかの実施形態では、製剤または組成物は、崩壊剤をさらに含む。いくつかの実施形態では、崩壊剤は、非発泡性崩壊剤である。好適な非発泡性崩壊剤の非限定的な例には、デンプン、例えば、トウモロコシデンプン、ジャガイモデンプン、それらのアルファ化デンプン及び加工デンプン、粘土、例えば、ベントナイト、微結晶セルロース、アルギン酸塩、デンプングリコール酸ナトリウム、ガム、例えば、寒天、グアー、ローカストビーン、カラヤ、ペクチン、トラガカント、及びこれらの組み合わせが含まれる。いくつかの実施形態では、崩壊剤は、発泡性崩壊剤である。好適な発泡性崩壊剤の非限定的な例には、クエン酸と組み合わせた炭酸水素ナトリウム、及び酒石酸と組み合わせた炭酸水素ナトリウムが含まれる。
いくつかの実施形態では、本開示の製剤または組成物は、香味剤をさらに含む。香味剤は、合成香味油及び香味芳香剤；天然油；植物、葉、花、及び果実からの抽出物；ならびにこれらの組み合わせから選択することができる。いくつかの実施形態では、香味剤は、桂皮油；冬緑油；ペパーミント油；クローバー油；乾草油；アニス油；ユーカリ；バニラ；柑橘油、例えば、レモン油、オレンジ油、ブドウ油、及びグレープフルーツ油；ならびにリンゴ、モモ、ナシ、イチゴ、ラズベリー、サクランボ、プラム、パイナップル、及びアンズを含む果実エッセンス；ならびにこれらの組み合わせから選択される。
いくつかの実施形態では、製剤または組成物は、甘味剤をさらに含む。好適な甘味剤の非限定的な例には、グルコース（コーンシロップ）、デキストロース、転化糖、フルクトース、及びこれらの混合物（担体として使用しない場合）；サッカリン及びその種々の塩、例えばナトリウム塩；ジペプチド甘味剤、例えば、アスパルテーム；ジヒドロカルコン化合物、グリシルリジン；Ｓｔｅｖｉａ Ｒｅｂａｕｄｉａｎａ（ステビオシド）；スクロースのクロロ誘導体、例えば、スクラロース；及び糖アルコール、例えば、ソルビトール、マンニトール、シリトール（ｓｙｌｉｔｏｌ）など；ならびにこれらの組み合わせが含まれる。また、水素添加デンプン加水分解物、及び合成甘味剤３，６－ジヒドロ－６－メチル－１，２，３－オキサチアジン－４－オン－２，２－ジオキシド、特に、カリウム塩（アセスルファム－Ｋ）、ならびにこれらのナトリウム塩及びカルシウム塩も企図される。
いくつかの実施形態では、本明細書に開示の製剤または組成物は、着色剤をさらに含む。好適な着色剤の非限定的な例として、食品、医薬品及び化粧品用の着色剤（ＦＤ＆Ｃ）、医薬品及び化粧品用の着色剤（Ｄ＆Ｃ）、外用薬及び化粧品用の着色剤（Ｅｘｔ． Ｄ＆Ｃ）、ならびにこれらの組み合わせが含まれる。着色剤を、色素またはそれらの対応するレーキとして使用することができる。色素の非限定的な例には、ビート、ダイコン抽出物、及びカルミンなどの天然色素が含まれる。
本明細書に開示される製剤または組成物に含めることができるさらなる好適な賦形剤には、例えば、生理食塩水、リン酸緩衝生理食塩水（ＰＢＳ）、カカオ脂、ポリエチレングリコール、ポリアルコール（例えば、グリセロール、ソルビトール、またはマンニトール）、及びプレバイオティクスオリゴ糖、例えば、イヌリン、Ｃｒｙｓｔａｌｅａｎ（登録商標）デンプン、デキストリン、ならびにこれらの組み合わせが含まれる。また、追加の成分を、胃のｐＨ（経口で、もしくはＧＩ管に直接送達される場合）及び／または胆汁酸、または対象への送達時に製剤が遭遇する他の条件に耐える、特定の組成物中のＯＴＵの能力を少なくとも部分的にもたらすように選択することもできる。
ＩＩＩ．乾燥粉末
いくつかの態様では、本開示は、尿素及び本明細書に開示される１つ以上の追加の賦形剤を含む乾燥粉末（例えば、凍結乾燥粉末）を提供する。いくつかの実施形態では、１つ以上の追加の賦形剤は、凍結保護剤、アミノ酸源、抗酸化剤、塩、緩衝剤、またはこれらの任意の組み合わせを含む。例えば、特定の実施形態では、乾燥粉末は、尿素及び凍結保護剤を含む。他の実施形態では、乾燥粉末は、尿素、凍結保護剤、及びアミノ酸源を含む。さらなる実施形態では、乾燥粉末は、尿素、凍結保護剤、及び抗酸化剤を含む。いくつかの実施形態では、乾燥粉末は、尿素、凍結保護剤、及び塩を含む。他の実施形態では、乾燥粉末は、尿素、凍結保護剤、及び緩衝液を含む。特定の実施形態では、乾燥粉末は、尿素、凍結保護剤、アミノ酸源、及び抗酸化剤を含む。いくつかの実施形態では、乾燥粉末は、尿素、凍結保護剤、アミノ酸源、及び塩を含む。さらなる実施形態では、乾燥粉末は、尿素、凍結保護剤、アミノ酸源、及び緩衝液を含む。いくつかの実施形態では、乾燥粉末は、尿素、凍結保護剤、アミノ酸源、抗酸化剤、及び塩を含む。特定の実施形態では、乾燥粉末は、尿素、凍結保護剤、アミノ酸源、抗酸化剤、及び緩衝液を含む。いくつかの実施形態では、乾燥粉末は、尿素、凍結保護剤、アミノ酸源、抗酸化剤、塩、及び緩衝液を含む。
いくつかの実施形態では、凍結保護剤は、糖である。いくつかの実施形態では、糖は、スクロース、トレハロース、ラクトース、マルトース、セロビオース、キトビオース、またはラクツロースなどの二糖である。特定の実施形態では、二糖は、スクロースである。他の実施形態では、二糖は、トレハロースである。したがって、特定の実施形態では、本明細書に開示される乾燥粉末は、尿素及びスクロースを含む。さらなる実施形態では、乾燥粉末は、尿素及びトレハロースを含む。いくつかの実施形態では、乾燥粉末は、尿素、スクロース、及びトレハロースを含む。
いくつかの実施形態では、アミノ酸源は、アルブミンである。特定の実施形態では、乾燥粉末は、尿素、スクロース、及びアルブミンを含む。他の実施形態では、乾燥粉末は、尿素、トレハロース、及びアルブミンを含む。さらなる実施形態では、乾燥粉末は、尿素、スクロース、トレハロース、及びアルブミンを含む。特定の実施形態では、アルブミンは、ヒトアルブミンである。いくつかの実施形態では、ヒトアルブミンは、ヒト血清アルブミンである。
他の実施形態では、アミノ酸源は、ゼラチン（例えば、加水分解ゼラチン）（例えば、Ｎｕｔｒａ（登録商標）またはＡｐｐｌｉＣｈｅｍ（登録商標））、コラーゲン（例えば、加水分解コラーゲン（例えば、ＶａｃｃｉＰｒｏ（登録商標）））、またはカゼイン（例えば、加水分解カゼイン（例えば、Ｈｙ－Ｃａｓｅ ＳＦ））である。いくつかの実施形態では、乾燥粉末は、尿素、スクロース、及びゼラチンを含む。他の実施形態では、乾燥粉末は、尿素、トレハロース、及びゼラチンを含む。さらなる実施形態では、乾燥粉末は、尿素、スクロース、トレハロース、及びゼラチンを含む。いくつかの実施形態では、乾燥粉末は、尿素、スクロース、及びコラーゲンを含む。他の実施形態では、乾燥粉末は、尿素、トレハロース、及びコラーゲンを含む。いくつかの実施形態では、乾燥粉末は、尿素、スクロース、トレハロース、及びコラーゲンを含む。
特定の実施形態では、本明細書に開示される乾燥粉末（例えば、凍結乾燥粉末）は、アルブミン（例えば、ヒトアルブミン）、コラーゲン（例えば、加水分解コラーゲン）、ゼラチン（例えば、加水分解ゼラチン）、及び／またはカゼイン（例えば、加水分解カゼイン）を含まない。
いくつかの実施形態では、抗酸化剤は、システインである。他の実施形態では、抗酸化剤は、アスコルビン酸である。例えば、いくつかの実施形態では、本明細書に開示される乾燥粉末は、尿素、スクロース、及びシステインを含む。特定の実施形態では、乾燥粉末は、尿素、トレハロース、及びシステインを含む。さらなる実施形態では、乾燥粉末は、尿素、スクロース、トレハロース、及びシステインを含む。いくつかの実施形態では、乾燥粉末は、尿素、スクロース、及びアスコルビン酸を含む。他の実施形態では、乾燥粉末は、尿素、トレハロース、及びアスコルビン酸を含む。さらなる実施形態では、乾燥粉末は、尿素、スクロース、トレハロース、及びアスコルビン酸を含む。
いくつかの実施形態では、塩は、カリウム塩を含む。特定の実施形態では、カリウム塩は、塩化カリウム（ＫＣｌ）である。例えば、特定の実施形態では、乾燥粉末は、尿素、スクロース、及びカリウム塩を含む。他の実施形態では、乾燥粉末は、尿素、トレハロース、及びカリウム塩を含む。いくつかの実施形態では、乾燥粉末は、尿素、スクロース、トレハロース、及びカリウム塩を含む。
いくつかの実施形態では、緩衝剤は、ＨＥＰＥＳを含む。他の実施形態では、緩衝剤は、ヒスチジンを含む。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される乾燥粉末は、尿素、スクロース、及びＨＥＰＥＳを含む。他の実施形態では、乾燥粉末は、尿素、トレハロース、及びＨＥＰＥＳを含む。さらなる実施形態では、乾燥粉末は、尿素、スクロース、トレハロース、及びＨＥＰＥＳを含む。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される乾燥粉末は、尿素、スクロース、及びヒスチジンを含む。さらなる実施形態では、本明細書に開示される乾燥粉末は、尿素、トレハロース、及びヒスチジンを含む。さらなる実施形態では、本明細書に開示される乾燥粉末は、尿素、スクロース、トレハロース、及びヒスチジンを含む。
いくつかの実施形態では、本明細書に開示される乾燥粉末は、前述の２つの成分（例えば、尿素及び凍結保護剤）を含む。他の実施形態では、乾燥粉末は、前述の３つの成分を含む。いくつかの実施形態では、乾燥粉末は、前述の４つの成分を含む。さらなる実施形態では、乾燥粉末は、前述の５つの成分を含む。特定の実施形態では、乾燥粉末は、前述の６つの成分を含む。なおさらなる実施形態では、本明細書に開示される乾燥粉末は、前述の７つの成分を含む。いくつかの実施形態では、乾燥粉末は、前述の８つの成分を含む。特定の実施形態では、乾燥粉末は、前述の９つの成分を含む。他の実施形態では、乾燥粉末は、前述の１０個の成分を含む。
特定の実施形態では、本開示の乾燥粉末（例えば、凍結乾燥粉末）は、約０．１ｇ／ｃｍ３、約０．２ｇ／ｃｍ３、約０．３ｇ／ｃｍ３、約０．４ｇ／ｃｍ３、約０．５ｇ／ｃｍ３、約０．６ｇ／ｃｍ３、約０．７ｇ／ｃｍ３、約０．８ｇ／ｃｍ３、約０．９ｇ／ｃｍ３、または約１．０ｇ／ｃｍ３の密度を有する。いくつかの実施形態では、本開示の乾燥粉末（例えば、凍結乾燥粉末）は、約０．３ｇ／ｃｍ３の密度を有する。特定の実施形態では、本開示の乾燥粉末（例えば、凍結乾燥粉末）は、約０．４ｇ／ｃｍ３の密度を有する。特定の実施形態では、本開示の乾燥粉末（例えば、凍結乾燥粉末）は、０．１ｇ／ｃｍ３、０．２ｇ／ｃｍ３、０．３ｇ／ｃｍ３、０．４ｇ／ｃｍ３、０．５ｇ／ｃｍ３、０．６ｇ／ｃｍ３、０．７ｇ／ｃｍ３、０．８ｇ／ｃｍ３、０．９ｇ／ｃｍ３、または１．０ｇ／ｃｍ３の密度を有する。いくつかの実施形態では、本開示の乾燥粉末（例えば、凍結乾燥粉末）は、０．３ｇ／ｃｍ３の密度を有する。特定の実施形態では、本開示の乾燥粉末（例えば、凍結乾燥粉末）は、０．４ｇ／ｃｍ３の密度を有する。
いくつかの実施形態では、乾燥粉末（例えば、凍結乾燥粉末）は、約１μｍ、約５μｍ、約１０μｍ、約２０μｍ、約３０μｍ、約４０μｍ、約５０μｍ、約６０μｍ、約７０μｍ、約８０μｍ、約９０μｍ、約１００μｍ、約１１０μｍ、約１２０μｍ、約１３０μｍ、約１４０μｍ、約１５０μｍ、約１６０μｍ、約１７０μｍ、約１８０μｍ、約１９０μｍ、約２００μｍ、約２１０μｍ、約２２０μｍ、約２３０μｍ、約２４０μｍ、約２５０μｍ、約２６０μｍ、約２７０μｍ、約２８０μｍ、約２９０μｍ、または約３００μｍの粒径分布を有する。特定の実施形態では、本明細書に開示される乾燥粉末（例えば、凍結乾燥粉末）は、約１０μｍ～約１５０μｍ、例えば、約１０μｍ、約４５μｍ、または約１４０μｍの粒径分布を有する。いくつかの実施形態では、乾燥粉末（例えば、凍結乾燥粉末）は、１μｍ、５μｍ、１０μｍ、２０μｍ、３０μｍ、４０μｍ、５０μｍ、６０μｍ、７０μｍ、８０μｍ、９０μｍ、１００μｍ、１１０μｍ、１２０μｍ、１３０μｍ、１４０μｍ、１５０μｍ、１６０μｍ、１７０μｍ、１８０μｍ、１９０μｍ、２００μｍ、２１０μｍ、２２０μｍ、２３０μｍ、２４０μｍ、２５０μｍ、２６０μｍ、２７０μｍ、２８０μｍ、２９０μｍ、または３００μｍの粒径分布を有する。特定の実施形態では、本明細書に開示される乾燥粉末（例えば、凍結乾燥粉末）は、１０μｍ～１５０μｍ、例えば、１０μｍ、４５μｍ、または１４０μｍの粒径分布を有する。
いくつかの実施形態では、本開示の乾燥粉末（例えば、凍結乾燥粉末）は、１種以上の細菌（例えば、生菌の１つ以上の異なるＯＴＵ）をさらに含む。したがって、特定の実施形態では、本明細書に開示される乾燥粉末（例えば、凍結乾燥粉末）は、（ａ）１種以上の細菌（例えば、本明細書に開示されるもの）、（ｂ）尿素、スクロース、加水分解コラーゲン、ＫＣｌ、及び／またはＨＥＰＥＳを含む。いくつかの実施形態では、乾燥粉末は、１種以上の細菌、尿素、スクロース、及びゼラチン加水分解物を含む。
いくつかの実施形態では、本開示の乾燥粉末（例えば、凍結乾燥粉末）は、単一の細菌を含む。他の実施形態では、乾燥粉末（例えば、凍結乾燥粉末）は、２種以上の細菌を含む。したがって、特定の実施形態では、本明細書に開示される乾燥粉末（例えば、凍結乾燥粉末）は、種または操作的分類単位（ＯＴＵ）により定義される、少なくとも２種、少なくとも３種、少なくとも４種、少なくとも５種、少なくとも６種、少なくとも７種、少なくとも８種、少なくとも９種、少なくとも１０種、少なくとも１１種、少なくとも１２種、少なくとも１３種、少なくとも１４種、少なくとも１５種、少なくとも１６種、少なくとも１７種、少なくとも１８種、少なくとも１９種、少なくとも２０種、少なくとも２１種、少なくとも２２種、少なくとも２３種、少なくとも２４種、少なくとも２５種、少なくとも２６種、少なくとも２７種、少なくとも２８種、少なくとも２９種、少なくとも３０種、少なくとも３１種、少なくとも３２種、少なくとも３３種、少なくとも３４種、少なくとも３５種、少なくとも３６種、少なくとも３７種、少なくとも３８種、少なくとも３９種、少なくとも４０種、少なくとも５０種、または５０種を超える細菌を含む。
いくつかの実施形態では、本開示の乾燥粉末（例えば、凍結乾燥粉末）は、２つ以上の異なる乾燥粉末を含み、異なる乾燥粉末の各々は、１種以上の異なる種類の細菌を含む。特定の実施形態では、乾燥粉末は、２つの異なる乾燥粉末を含み、異なる乾燥粉末の各々は、異なる種類の細菌を含む。いくつかの実施形態では、乾燥粉末は、３つの異なる乾燥粉末を含み、異なる乾燥粉末の各々は、異なる種類の細菌を含む。さらなる実施形態では、乾燥粉末は、４つの異なる乾燥粉末を含み、異なる乾燥粉末の各々は、異なる種類の細菌を含む。特定の実施形態では、乾燥粉末は、５つ以上の異なる乾燥粉末を含み、異なる乾燥粉末の各々は、異なる種類の細菌を含む。
いくつかの実施形態では、細菌は、各科、属、種、またはＯＴＵからの生菌（例えば、上記のもの）のおよそ等量で存在し得る。他の実施形態では、細菌は、乾燥粉末（例えば、凍結乾燥粉末）中に異なる量で存在する。例えば、２種の細菌を含む乾燥粉末中、細菌は、１：１０，０００比～１：１比、１：１０，０００比～１：１，０００比、１：１，０００比～１：１００比、１：１００比～１：５０比、１：５０比～１：２０比、１：２０比～１：１０比、１：１０比～１：１比で存在し得る。少なくとも３種の細菌を含む乾燥粉末では、細菌の種類の比率は、２種の細菌を含む乾燥粉末の比率からペアごとに選択することができる。例えば、細菌Ａ、Ｂ、及びＣを含む乾燥粉末では、細菌ＡとＢとの間の比率、細菌ＢとＣとの間の比率、及び細菌ＡとＣとの間の比率のうちの少なくとも１つを、前述のペアごとの組み合わせから独立して選択することができる。
いくつかの実施形態では、本明細書に開示される乾燥粉末（例えば、凍結乾燥粉末）は、嫌気性菌を含む。いくつかの実施形態では、本明細書で提供される乾燥粉末は、（ｉ）１種以上の嫌気性菌、（ｉｉ）尿素、（ｉｉｉ）凍結保護剤、及び（ｉｖ）アミノ酸源を含む。いくつかの実施形態では、乾燥粉末は、（ｉ）１種以上の嫌気性菌、（ｉｉ）尿素、（ｉｉｉ）スクロース、及び（ｉｖ）ゼラチン加水分解物を含む。いくつかの実施形態では、乾燥粉末は、（ｉ）１種以上の嫌気性菌、（ｉｉ）約０．５％の尿素、（ｉｉｉ）約１０％のスクロース、及び（ｉｖ）約３％のゼラチン加水分解物を含む。
特定の実施形態では、嫌気性菌は、偏性嫌気性菌である。いくつかの実施形態では、本明細書で提供される乾燥粉末は、（ｉ）１種以上の偏性嫌気性菌、（ｉｉ）尿素、（ｉｉｉ）凍結保護剤、及び（ｉｖ）アミノ酸源を含む。いくつかの実施形態では、乾燥粉末は、（ｉ）１種以上の偏性嫌気性菌、（ｉｉ）尿素、（ｉｉｉ）スクロース、及び（ｉｖ）ゼラチン加水分解物を含む。いくつかの実施形態では、乾燥粉末は、（ｉ）１種以上の偏性嫌気性菌、（ｉｉ）約０．５％の尿素、（ｉｉｉ）約１０％のスクロース、及び（ｉｖ）約３％のゼラチン加水分解物を含む。
他の実施形態では、嫌気性菌は、通性嫌気性菌である。いくつかの実施形態では、本明細書で提供される乾燥粉末は、（ｉ）１種以上の通性嫌気性菌、（ｉｉ）尿素、（ｉｉｉ）凍結保護剤、及び（ｉｖ）アミノ酸源を含む。いくつかの実施形態では、乾燥粉末は、（ｉ）１種以上の通性嫌気性菌、（ｉｉ）尿素、（ｉｉｉ）スクロース、及び（ｉｖ）ゼラチン加水分解物を含む。いくつかの実施形態では、乾燥粉末は、（ｉ）１種以上の通性嫌気性菌、（ｉｉ）約０．５％の尿素、（ｉｉｉ）約１０％のスクロース、及び（ｉｖ）約３％のゼラチン加水分解物を含む。
他の実施形態では、嫌気性菌は、耐気性嫌気性菌である。いくつかの実施形態では、本明細書で提供される乾燥粉末は、（ｉ）１種以上の耐気性嫌気性菌、（ｉｉ）尿素、（ｉｉｉ）凍結保護剤、及び（ｉｖ）アミノ酸源を含む。いくつかの実施形態では、乾燥粉末は、（ｉ）１種以上の耐気性嫌気性菌、（ｉｉ）尿素、（ｉｉｉ）スクロース、及び（ｉｖ）ゼラチン加水分解物を含む。いくつかの実施形態では、乾燥粉末は、（ｉ）１種以上の耐気性嫌気性菌、（ｉｉ）約０．５％の尿素、（ｉｉｉ）約１０％のスクロース、及び（ｉｖ）約３％のゼラチン加水分解物を含む。
いくつかの実施形態では、本明細書に開示される乾燥粉末（例えば、凍結乾燥粉末）は、好気性菌を含む。いくつかの実施形態では、本明細書で提供される細菌組成物は、（ｉ）１種以上の好気性菌、（ｉｉ）尿素、（ｉｉｉ）凍結保護剤、及び（ｉｖ）アミノ酸源を含む。いくつかの実施形態では、組成物は、（ｉ）１種以上の好気性菌、（ｉｉ）尿素、（ｉｉｉ）スクロース、及び（ｉｖ）ゼラチン加水分解物を含む。いくつかの実施形態では、組成物は、（ｉ）１種以上の好気性菌、（ｉｉ）約０．５％の尿素、（ｉｉｉ）約１０％のスクロース、及び（ｉｖ）約３％のゼラチン加水分解物を含む。
特定の実施形態では、本開示の乾燥粉末（例えば、凍結乾燥粉末）は、少なくとも１種の嫌気性菌（例えば、耐気性嫌気性菌）及び少なくとも１種の好気性菌を含む。いくつかの実施形態では、本明細書で提供される乾燥粉末は、（ｉ）１種以上の嫌気性菌及び１種以上の好気性菌、（ｉｉ）尿素、（ｉｉｉ）凍結保護剤、及び（ｉｖ）アミノ酸源を含む。いくつかの実施形態では、乾燥粉末は、（ｉ）１種以上の嫌気性菌及び１種以上の好気性菌、（ｉｉ）尿素、（ｉｉｉ）スクロース、及び（ｉｖ）ゼラチン加水分解物を含む。いくつかの実施形態では、乾燥粉末は、（ｉ）１種以上の嫌気性菌及び１種以上の好気性菌、（ｉｉ）約０．５％の尿素、（ｉｉｉ）約１０％のスクロース、及び（ｉｖ）約３％のゼラチン加水分解物を含む。
いくつかの実施形態では、嫌気性菌は、本明細書に開示される乾燥粉末（例えば、凍結乾燥粉末）中に存在する場合、参照乾燥粉末（例えば、本明細書に記載の賦形剤のうちの１つ（例えば尿素）を欠いている）中の対応する嫌気性菌と比較して、耐気性が増加している（例えば、酸素存在下で少なくとも凍結乾燥後３時間安定したままである）。
いくつかの実施形態では、本明細書に開示される乾燥粉末（例えば、凍結乾燥粉末）は、マイクロバイオーム関連疾患または障害を有する対象を治療するのに有用な科、属、種、またはＯＴＵからの１つ以上の細菌を含む。対象は、ディスバイオシス、例えばＧＩ管のディスバイオシス、感染症を有し得るか、感染症（例えば、抗生物質治療、放射線、化学療法に伴う感染症）のリスクがあり得るか、あるいはマイクロバイオームによって影響を受ける別の疾患または障害（例えば、炎症性腸疾患、肥満、糖尿病、喘息／アレルギー、自己免疫疾患、中枢神経系（ＣＮＳ）疾患もしくは障害（例えば、自閉スペクトラム症（ＡＳＤ）もしくはパーキンソン病（ＰＤ））、胆汁うっ滞疾患、胃潰瘍、慢性心疾患、リウマチ性疾患、腎疾患、またはがん）を有し得る。特定の実施形態では、本明細書に開示される乾燥粉末（例えば、凍結乾燥粉末）は、疾患または危険因子を有する個体と比較して、健康個体において高い罹患率及び／または高い存在量で存在する１種以上の細菌を含む。
いくつかの実施形態では、本開示の乾燥粉末（例えば、凍結乾燥粉末）は、ヒトから得られる１種以上の共生細菌を含む。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の乾燥粉末中の１種以上の細菌は、Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓである。いくつかの実施形態では、乾燥粉末は、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａ綱からの細菌を含む。いくつかの実施形態では、乾燥粉末は、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｌｅｓ目からの細菌を含む。いくつかの実施形態では、乾燥粉末は、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ、Ｓｕｔｔｅｒｅｌｌａｃｅａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｃｅａｅ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄａｃｅａｅ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａｃｅａｅ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｃｏｒｉｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ、Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｒｉｋｅｎｅｌｌａｃｅａｅ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、またはＤｅｓｕｌｆｏｖｉｂｒｉｏｎａｃｅａｅ科のうちの１種以上からの細菌を含む。特定の実施形態では、乾燥粉末（例えば、凍結乾燥粉末）は、列挙された科のうちの少なくとも１種、２種、３種、４種、５種、６種、７種、８種、９種、１０種、１１種、１２種、１３種、１４種、またはすべてを含み得る。例えば、いくつかの実施形態では、乾燥粉末は、上に列挙した科のうちの１種からの細菌を含む。他の実施形態では、乾燥粉末は、上に列挙した科のうちの２種からの細菌を含む。さらなる実施形態では、乾燥粉末は、上に列挙した科のうちの３種からの細菌を含む。いくつかの実施形態では、乾燥粉末は、上に列挙した科のうちの４種からの細菌を含む。特定の実施形態では、乾燥粉末は、上に列挙した科のうちの５種からの細菌を含む。さらなる実施形態では、乾燥粉末は、上に列挙した科のうちの６種からの細菌を含む。なおさらなる実施形態では、乾燥粉末は、上に列挙した科のうちの７種からの細菌を含む。いくつかの実施形態では、乾燥粉末は、上に列挙した科のうちの８種からの細菌を含む。いくつかの実施形態では、乾燥粉末は、上に列挙した科のうちの９種からの細菌を含む。いくつかの実施形態では、乾燥粉末は、上に列挙した科のうちの１０種からの細菌を含む。いくつかの実施形態では、乾燥粉末は、上に列挙した科のうちの１１種からの細菌を含む。いくつかの実施形態では、乾燥粉末は、上に列挙した科のうちの１２種からの細菌を含む。いくつかの実施形態では、乾燥粉末は、上に列挙した科のうちの１３種からの細菌を含む。いくつかの実施形態では、乾燥粉末は、上に列挙した科のうちの１４種からの細菌を含む。いくつかの実施形態では、乾燥粉末は、上に列挙した科のうちの１５種からの細菌を含む。
いくつかの実施形態では、本明細書に開示される乾燥粉末は、（ｉ）上に列挙した科のうちの１種以上からの細菌、（ｉｉ）尿素、及び（ｉｉｉ）凍結保護剤を含む。他の実施形態では、乾燥粉末は、（ｉ）上に列挙した科のうちの１種以上からの細菌、（ｉｉ）尿素、（ｉｉｉ）凍結保護剤、及び（ｉｖ）アミノ酸源を含む。さらなる実施形態では、乾燥粉末は、（ｉ）上に列挙した科のうちの１種以上からの細菌、（ｉｉ）尿素、（ｉｉｉ）凍結保護剤、及び（ｉｖ）抗酸化剤を含む。いくつかの実施形態では、乾燥粉末は、（ｉ）上に列挙した科のうちの１種以上からの細菌、（ｉｉ）尿素、（ｉｉｉ）凍結保護剤、及び（ｉｖ）塩を含む。他の実施形態では、乾燥粉末は、（ｉ）上に列挙した科のうちの１種以上からの細菌、（ｉｉ）尿素、（ｉｉｉ）凍結保護剤、及び（ｉｖ）緩衝液を含む。特定の実施形態では、乾燥粉末は、（ｉ）上に列挙した科のうちの１種以上からの細菌、（ｉｉ）尿素、（ｉｉｉ）凍結保護剤、（ｉｖ）アミノ酸源、及び（ｖ）抗酸化剤を含む。いくつかの実施形態では、乾燥粉末は、（ｉ）上に列挙した科のうちの１種以上からの細菌、（ｉｉ）尿素、（ｉｉｉ）凍結保護剤、（ｉｖ）アミノ酸源、及び（ｖ）塩を含む。さらなる実施形態では、乾燥粉末は、（ｉ）上に列挙した科のうちの１種以上からの細菌、（ｉｉ）尿素、（ｉｉｉ）凍結保護剤、（ｉｖ）アミノ酸源、及び（ｖ）緩衝液を含む。いくつかの実施形態では、乾燥粉末は、（ｉ）上に列挙した科のうちの１種以上からの細菌、（ｉｉ）尿素、（ｉｉｉ）凍結保護剤、（ｉｖ）アミノ酸源、（ｖ）抗酸化剤、及び（ｖｉ）塩を含む。特定の実施形態では、乾燥粉末は、（ｉ）上に列挙した科のうちの１種以上からの細菌、（ｉｉ）尿素、（ｉｉｉ）凍結保護剤、（ｉｖ）アミノ酸源、（ｖ）抗酸化剤、及び（ｖｉ）緩衝液を含む。いくつかの実施形態では、乾燥粉末は、（ｉ）上に列挙した科のうちの１種以上からの細菌、（ｉｉ）尿素、（ｉｉｉ）凍結保護剤、（ｉｖ）アミノ酸源、（ｖ）抗酸化剤、（ｖｉ）塩、及び（ｖｉｉ）緩衝液を含む。
いくつかの実施形態では、本明細書に開示される乾燥粉末（例えば、凍結乾燥粉末）は、哺乳動物ドナー対象（例えば、健康なヒトまたはがん免疫治療などの治療に反応するヒト）から得られた生体物質（例えば、糞便あるいは小腸及び／または大腸の様々な区分から単離された物質などの糞便物質）から精製された細菌集団を含む。いくつかの実施形態では、生体物質（例えば、糞便物質）を、複数のドナー（例えば、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、７５、１００、２００、３００、４００、５００、７５０、１０００、または１０００を超えるドナー）から得て、その物質を、所望の細菌の精製前または精製後にプールする。他の実施形態では、生体物質（試料）を単一のドナー対象から複数回得て、単一のドナーからの２つ以上の試料、例えば、２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、７つ、８つ、９つ、１０個、１５個、２０個、２５個、３０個、３２個、３５個、４０個、４５個、４８個、５０個、１００個の試料をプールすることができる。そのような調製物を作製する方法は、クロロホルム、アセトン、エタノールなどによる糞便の処理を含む。例えば、その全体が参照により本明細書に組み込まれるＰＣＴ／ＵＳ２０１４／０１４７４５及び米国特許第９，０１１，８３４号を参照されたい。
いくつかの実施形態では、乾燥粉末（例えば、凍結乾燥粉末）は、芽胞形成菌と非芽胞形成菌の両方を含む。特定の実施形態では、非芽胞形成菌は、グラム陰性菌（例えば、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓまたはＢａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｓｐ＿４＿１＿３６）である。いくつかの実施形態では、芽胞形成菌は、グラム陽性菌（例えば、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ、またはＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｐ＿Ｄ５）である。特定の実施形態では、本開示の乾燥粉末（例えば、凍結乾燥粉末）は、芽胞形成菌のみを含む。いくつかの実施形態では、芽胞形成菌は、すべて芽胞の形態である。他の実施形態では、芽胞形成菌のうちのいくつかは芽胞の形態であるが、他の芽胞形成菌は栄養型である。本開示の細菌組成物に含めることができる他の細菌株の非限定的な例には、その全体が参照により本明細書に組み込まれる、国際公開第ＷＯ２０１９／２２７０８５Ａ１号の表４、表５、図１３、図１７、図３０、図３１、または図３２に列挙されているものが含まれる。
いくつかの実施形態では、本明細書に開示される乾燥粉末は、（ｉ）細菌集団、（ｉｉ）尿素、（ｉｉｉ）凍結保護剤、及び（ｉｖ）アミノ酸源を含み、この細菌集団は、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ、Ｓｕｔｔｅｒｅｌｌａｃｅａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｃｅａｅ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄａｃｅａｅ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａｃｅａｅ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｃｏｒｉｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ、Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｒｉｋｅｎｅｌｌａｃｅａｅ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、またはＤｅｓｕｌｆｏｖｉｂｒｉｏｎａｃｅａｅ科のうちの１種以上からの細菌を含む。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される乾燥粉末は、（ｉ）細菌集団、（ｉｉ）尿素、（ｉｉｉ）スクロース、及び（ｉｖ）ゼラチン加水分解物を含み、この細菌集団は、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ、Ｓｕｔｔｅｒｅｌｌａｃｅａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｃｅａｅ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄａｃｅａｅ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａｃｅａｅ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｃｏｒｉｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ、Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｒｉｋｅｎｅｌｌａｃｅａｅ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、またはＤｅｓｕｌｆｏｖｉｂｒｉｏｎａｃｅａｅ科のうちの１種以上からの細菌を含む。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される乾燥粉末は、（ｉ）細菌集団、（ｉｉ）約０．５％の尿素、（ｉｉｉ）約１０％のスクロース、及び（ｉｖ）約３％のゼラチン加水分解物を含み、この細菌集団は、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ、Ｓｕｔｔｅｒｅｌｌａｃｅａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｃｅａｅ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄａｃｅａｅ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａｃｅａｅ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｃｏｒｉｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ、Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｒｉｋｅｎｅｌｌａｃｅａｅ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、またはＤｅｓｕｌｆｏｖｉｂｒｉｏｎａｃｅａｅ科のうちの１種以上からの細菌を含む。
いくつかの実施形態では、本明細書に開示される乾燥粉末は、（ｉ）細菌集団、（ｉｉ）尿素、（ｉｉｉ）凍結保護剤、（ｉｖ）アミノ酸源、（ｖ）抗酸化剤、（ｖｉ）塩、及び（ｖｉｉ）緩衝剤を含み、この細菌集団は、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ、Ｓｕｔｔｅｒｅｌｌａｃｅａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｃｅａｅ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄａｃｅａｅ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａｃｅａｅ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｃｏｒｉｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ、Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｒｉｋｅｎｅｌｌａｃｅａｅ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、またはＤｅｓｕｌｆｏｖｉｂｒｉｏｎａｃｅａｅ科のうちの１種以上からの細菌を含む。特定の実施形態では、乾燥粉末は、（ｉ）細菌集団、（ｉｉ）尿素、（ｉｉｉ）スクロース、（ｉｖ）ゼラチン加水分解物、（ｖ）アスコルビン酸、（ｖｉ）塩化カリウム、及び（ｖｉｉ）ＨＥＰＥＳを含み、この細菌集団は、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ、Ｓｕｔｔｅｒｅｌｌａｃｅａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｃｅａｅ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄａｃｅａｅ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａｃｅａｅ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｃｏｒｉｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ、Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｒｉｋｅｎｅｌｌａｃｅａｅ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、またはＤｅｓｕｌｆｏｖｉｂｒｉｏｎａｃｅａｅ科のうちの１種以上からの細菌を含む。さらなる実施形態では、乾燥粉末は、（ｉ）細菌集団、（ｉｉ）約０．５％の尿素、（ｉｉｉ）約１０％のスクロース、（ｉｖ）約３％のゼラチン加水分解物、（ｖ）約１％のアスコルビン酸、（ｖｉ）約２５ｍＭの塩化カリウム、及び（ｖｉｉ）約５０ｍＭのＨＥＰＥＳを含み、この細菌集団は、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ、Ｓｕｔｔｅｒｅｌｌａｃｅａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｃｅａｅ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄａｃｅａｅ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａｃｅａｅ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｃｏｒｉｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ、Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｒｉｋｅｎｅｌｌａｃｅａｅ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、またはＤｅｓｕｌｆｏｖｉｂｒｉｏｎａｃｅａｅ科のうちの１種以上からの細菌を含む。
いくつかの実施形態では、乾燥粉末は、配列番号１～３９８に記載の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列と少なくとも９７％同一である１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を有する細菌を含む。したがって、特定の実施形態では、本明細書に開示される乾燥粉末は、（ｉ）配列番号１～３９８に記載の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列と少なくとも９７％同一である１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む１種以上の細菌、（ｉｉ）尿素、（ｉｉｉ）凍結保護剤、及び（ｉｖ）アミノ酸源を含む。いくつかの実施形態では、乾燥粉末は、（ｉ）配列番号１～３９８に記載の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列と少なくとも９７％同一である１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む１種以上の細菌、（ｉｉ）尿素、（ｉｉｉ）スクロース、及び（ｉｖ）ゼラチン加水分解物を含む。さらなる実施形態では、乾燥粉末は、（ｉ）配列番号１～３９８に記載の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列と少なくとも９７％同一である１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む１種以上の細菌、（ｉｉ）約０．５％の尿素、（ｉｉｉ）約１０％のスクロース、及び（ｉｖ）約３％のゼラチン加水分解物を含む。
いくつかの実施形態では、本明細書に開示される乾燥粉末は、（ｉ）配列番号１～３９８に記載の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列と少なくとも９７％同一である１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む１種以上の細菌、（ｉｉ）尿素、（ｉｉｉ）凍結保護剤、（ｉｖ）アミノ酸源、（ｖ）抗酸化剤、（ｖｉ）塩、及び（ｖｉｉ）緩衝剤を含む。いくつかの実施形態では、乾燥粉末は、（ｉ）配列番号１～３９８に記載の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列と少なくとも９７％同一である１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む１種以上の細菌、（ｉｉ）尿素、（ｉｉｉ）スクロース、（ｉｖ）ゼラチン加水分解物、（ｖ）アスコルビン酸、（ｖｉ）塩化カリウム、及び（ｖｉｉ）ＨＥＰＥＳを含む。さらなる実施形態では、乾燥粉末は、（ｉ）配列番号１～３９８に記載の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列と少なくとも９７％同一である１６Ｓ配列を含む１種以上の細菌、（ｉｉ）約０．５％の尿素、（ｉｉｉ）約１０％のスクロース、（ｉｖ）約３％のゼラチン加水分解物、（ｖ）約１％のアスコルビン酸、（ｖｉ）約２５ｍＭの塩化カリウム、及び（ｖｉｉ）約５０ｍＭのＨＥＰＥＳを含む。
いくつかの実施形態では、本明細書に開示される乾燥粉末（例えば、凍結乾燥粉末）は、カプセル化される。カプセルは、通常、活性成分（例えば、本明細書に開示される凍結乾燥粉末）を含むコア材料と、コア材料をカプセル化するシェル壁とを含む。いくつかの実施形態では、シェル壁材料は、軟質ゼラチン、硬質ゼラチン、またはポリマーのうちの少なくとも１つを含む。好適なポリマーには、セルロースポリマー、例えば、ヒドロキシプロピルセルロース、ヒドロキシエチルセルロース、ヒドロキシメチルセルロース（ＨＰＭＣ）、メチルセルロース、エチルセルロース、酢酸セルロース、酢酸フタル酸セルロース、酢酸トリメリット酸セルロース、フタル酸ヒドロキシプロピルメチルセルロース、コハク酸ヒドロキシプロピルメチルセルロース、及びカルボキシメチルセルロースナトリウム；アクリル酸ポリマー及びコポリマー、例えば、アクリル酸、メタクリル酸、アクリル酸メチル、アンモニオメチルアクリレート、エチルアクリレート、メチルメタクリレート、及び／またはエチルメタクリレートから形成されるもの（例えば、「Ｅｕｄｒａｇｉｔ」の商標名で販売されているコポリマー）；ビニルポリマー及びコポリマー、例えば、ポリビニルピロリドン、ポリビニルアセテート、ポリビニルアセテートフタレート、ビニルアセテートクロトン酸コポリマー、及びエチレン－ビニルアセテートコポリマー；シェラック（精製ラック）；アセテートサクシネート（ＨＰＭＣ－ＡＳ、例えば、ＶＣＡＰＳ（登録商標）腸溶性及び内在性（ｉｎｔｒｉｎｓｉｃ）カプセル剤）；ならびにこれらの組み合わせが含まれるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態では、少なくとも１つのポリマーは、味覚マスキング剤として機能する。特定の実施形態では、カプセルのシェル壁は、カプセルが胃での分解に耐え、コア材料（例えば、本明細書に開示される乾燥粉末、例えば凍結乾燥粉末）を完全な状態で十二指腸へと通過させるか、またはその放出を遅延させることができるように、腸溶コーティングされている。
いくつかの実施形態では、本開示の乾燥粉末（例えば、凍結乾燥粉末）は、再構成溶液により再構成される。再構成溶液の非限定的な例は当該技術分野において公知であり、水、生理学的溶液（例えば、生理食塩水、乳酸加リンゲル）、及び任意の（例えばヒトにおける）薬学的に許容可能な緩衝液が含まれる。
いくつかの実施形態では、本明細書に開示される乾燥粉末（例えば、凍結乾燥粉末）は、食品に組み込むことができる。いくつかの実施形態では、食品は、経口投与用の飲料である。好適な飲料の非限定的な例には、果汁、果実飲料、人工香味剤入り飲料、人工甘味剤入り飲料、炭酸飲料、スポーツ飲料、液体乳製品、シェイク、アルコール飲料、カフェイン入り飲料、調整粉乳、及びこれらの組み合わせが含まれる。経口投与のための他の好適な手段には、好適な溶媒、保存剤、乳化剤、懸濁剤、希釈剤、甘味剤、着色剤、香味剤のうちの少なくとも１つを含有する、水性及び非水性の溶液、乳濁液、懸濁液、ならびに非発泡顆粒剤から再構成された溶液及び／または懸濁液が含まれる。
いくつかの実施形態では、食品は、固形食料品である。固形食料品の好適な例には、フードバー、スナックバー、クッキー、ブラウニー、マフィン、クラッカー、アイスクリームバー、フローズンヨーグルトバー、及びこれらの組み合わせが含まれるが、これらに限定されない。
いくつかの実施形態では、本明細書に開示される乾燥粉末（例えば、凍結乾燥粉末）を、治療食に組み込む。いくつかの実施形態では、治療食は、任意選択で必須主要栄養素及び微量栄養素のいくつかまたはすべてを含有する、直ちに使用可能な食品である。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される乾燥粉末（例えば、凍結乾燥粉末）を、既存の食事に混ぜるように設計された補助食品に組み込む。いくつかの実施形態では、補助食品は、いくつかまたはすべての必須主要栄養素及び微量栄養素を含有する。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される乾燥粉末（例えば、凍結乾燥粉末）を、既存の食品と混ぜるか、またはそれに添加して、その食品のタンパク栄養を強化する。例には、主食（穀物、塩、砂糖、料理油、マーガリン）、飲料（コーヒー、茶、ソーダ、ビール、アルコール飲料、スポーツ飲料）、スナック、スイーツ、及びその他の食品が含まれる。
ＩＶ．細菌を乾燥させる方法
細菌含有組成物を含む組成物を乾燥（例えば、凍結乾燥）させる方法は、当該技術分野において公知である。例えば、米国特許第３，２６１，７６１号、同第４，２０５，１３２号、同第４，５１８，６９６号、ＰＣＴ公開第ＷＯ２０１４／０２９５７８号、同第ＷＯ２０１２／０９８３５８号、同第ＷＯ２０１２／０７６６６５号、同第ＷＯ２０１６／０８３６１７号、及び同第ＷＯ２０１２／０８８２６１号を参照されたく、これらはその全体が参照として本明細書に組み込まれる。しかしながら、細菌、特に嫌気性菌を乾燥させる条件を見出すことは困難である。例えば、参照によりその全体が組み込まれる、Ｐｅｉｒｅｎ，Ｊ．，ｅｔ ａｌ．，Ａｐｐｌ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ ９９（８）：３５５９－７１（２０１５）を参照されたい。いくつかの態様では、本開示は、１種以上の細菌を乾燥させる方法を提供し、乾燥させた細菌は、例えば、先に引用した参照文献に記載されているものなどの当該技術分野で公知の他の方法によって乾燥させた細菌と比較して、はるかに高い安定性を有する。特定の態様では、本開示は、本明細書に開示される乾燥粉末（例えば、凍結乾燥粉末）を生成する方法を提供する。いくつかの態様では、本発明は、本明細書に開示される製剤中で乾燥させることにより調製した細菌を含む。
いくつかの実施形態では、細菌（例えば、好気性及び嫌気性）は、当該技術分野で公知の任意の好適な乾燥方法を使用して乾燥させることができる。好適な乾燥方法の非限定的な例には、凍結乾燥（ｆｒｅｅｚｅ－ｄｒｙｉｎｇ）（すなわち、凍結乾燥（ｌｙｏｐｈｉｌｉｚａｔｉｏｎ））、噴霧乾燥、噴霧凍結乾燥、静電噴霧乾燥、またはこれらの組み合わせが含まれる。例えば、米国特許第６，０１０，７２５号、同第７，００７，４０６号、及び米国特許公開第２０１７／０２５９１８５号を参照されたく、これらの各々は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。特定の実施形態では、本明細書に開示される細菌組成物を、凍結乾燥を使用して乾燥させる。
いくつかの実施形態では、本明細書に開示される１種以上の細菌を乾燥させる方法は、（ａ）細菌製剤（例えば、本明細書に開示されるもの）を凍結させること（「凍結工程」）、（ｂ）凍結細菌製剤の圧力を、凍結細菌製剤から任意の水性溶媒（例えば、水）を除去するのに有効な量だけ減少させること（「減圧工程」）、及び（ｃ）凍結細菌製剤の温度を上昇させること（「乾燥工程」）を含み、これにより、乾燥粉末（例えば、凍結乾燥粉末）を生成する。
いくつかの実施形態では、本明細書に開示される方法により生成される乾燥粉末（例えば、凍結乾燥粉末）の密度は、約０．１ｇ／ｃｍ３、約０．２ｇ／ｃｍ３、約０．３ｇ／ｃｍ３、約０．４ｇ／ｃｍ３、約０．５ｇ／ｃｍ３、約０．６ｇ／ｃｍ３、約０．７ｇ／ｃｍ３、約０．８ｇ／ｃｍ３、約０．９ｇ／ｃｍ３、または約１．０ｇ／ｃｍ３である。いくつかの実施形態では、乾燥粉末（例えば、凍結乾燥粉末）は、約０．３ｇ／ｃｍ３の密度を有する。特定の実施形態では、乾燥粉末（例えば、凍結乾燥粉末）は、約０．４ｇ／ｃｍ３の密度を有する。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される方法により生成される乾燥粉末（例えば、凍結乾燥粉末）の密度は、０．１ｇ／ｃｍ３、０．２ｇ／ｃｍ３、０．３ｇ／ｃｍ３、０．４ｇ／ｃｍ３、０．５ｇ／ｃｍ３、０．６ｇ／ｃｍ３、０．７ｇ／ｃｍ３、０．８ｇ／ｃｍ３、０．９ｇ／ｃｍ３、または１．０ｇ／ｃｍ３である。いくつかの実施形態では、乾燥粉末（例えば、凍結乾燥粉末）は、０．３ｇ／ｃｍ３の密度を有する。特定の実施形態では、乾燥粉末は、０．４ｇ／ｃｍ３の密度を有する。
いくつかの実施形態では、本発明の方法により生成される乾燥粉末（例えば、凍結乾燥粉末）の粒径分布は、約１μｍ、約５μｍ、約１０μｍ、約２０μｍ、約３０μｍ、約４０μｍ、約５０μｍ、約６０μｍ、約７０μｍ、約８０μｍ、約９０μｍ、約１００μｍ、約１１０μｍ、約１２０μｍ、約１３０μｍ、約１４０μｍ、約１５０μｍ、約１６０μｍ、約１７０μｍ、約１８０μｍ、約１９０μｍ、約２００μｍ、約２１０μｍ、約２２０μｍ、約２３０μｍ、約２４０μｍ、約２５０μｍ、約２６０μｍ、約２７０μｍ、約２８０μｍ、約２９０μｍ、または約３００μｍである。特定の実施形態では、本明細書に開示される乾燥粉末（例えば、凍結乾燥粉末）は、約１０～１５０μｍ、例えば、約１０μｍ、約４５μｍ、または約１４０μｍの粒径分布を有する。いくつかの実施形態では、本発明の方法により生成される乾燥粉末（例えば、凍結乾燥粉末）の粒径分布は、１μｍ、５μｍ、１０μｍ、２０μｍ、３０μｍ、４０μｍ、５０μｍ、６０μｍ、７０μｍ、８０μｍ、９０μｍ、１００μｍ、１１０μｍ、１２０μｍ、１３０μｍ、１４０μｍ、１５０μｍ、１６０μｍ、１７０μｍ、１８０μｍ、１９０μｍ、２００μｍ、２１０μｍ、２２０μｍ、２３０μｍ、２４０μｍ、２５０μｍ、２６０μｍ、２７０μｍ、２８０μｍ、２９０μｍ、または３００μｍである。特定の実施形態では、本明細書に開示される乾燥粉末（例えば、凍結乾燥粉末）は、１０～１５０μｍ、例えば、１０μｍ、４５μｍ、または１４０μｍの粒径分布を有する。
いくつかの実施形態では、本明細書に開示される方法により生成される乾燥粉末（例えば、凍結乾燥粉末）中の残留水分は、約５．０％未満、約４．０％未満、約３．０％未満、約２．０％未満、約１．０％未満、約０．９％未満、約０．８％未満、約０．７％未満、約０．６％未満、約０．５％未満、約０．４％未満、約０．３％未満、約０．２％未満、または約０．１％未満である。いくつかの実施形態では、残留水分は、約５％未満である。他の実施形態では、残留水分は、約４％未満である。特定の実施形態では、残留水分は、約３％未満である。いくつかの実施形態では、残留水分は、約２％未満である。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される方法により生成される乾燥粉末（例えば、凍結乾燥粉末）中の残留水分は、５．０％未満、４．０％未満、３．０％未満、２．０％未満、１．０％未満、０．９％未満、０．８％未満、０．７％未満、０．６％未満、０．５％未満、０．４％未満、０．３％未満、０．２％未満、または０．１％未満である。いくつかの実施形態では、残留水分は、５％未満である。他の実施形態では、残留水分は、４％未満である。特定の実施形態では、残留水分は、３％未満である。いくつかの実施形態では、残留水分は、２％未満である。
いくつかの実施形態では、乾燥プロセスが凍結工程を含む場合、細菌製剤は、凍結工程中に、約－６５℃～約－４０℃、約－６５℃～約－４５℃、約－６５℃～約－５５℃、約－６０℃～約－４０℃、約－６０℃～約－５０℃、または約－６０℃～約－５５℃の凍結温度に凍結される。特定の実施形態では、細菌製剤は、凍結工程中に、－６５℃～－４０℃、－６５℃～－４５℃、－６５℃～－５５℃、－６０℃～－４０℃、－６０℃～－５０℃、または－６０℃～－５５℃の凍結温度に凍結される。いくつかの実施形態では、細菌製剤は、約０．５℃／分、約０．６℃／分、約０．７℃／分、約０．８℃／分、約０．９℃／分、約１．０℃／分、約１．１℃／分、約１．２℃／分、約１．３℃／分、約１．４℃／分、約１．５℃／分、約１．６℃／分、約１．７℃／分、約１．８℃／分、約１．９℃／分、約２．０℃／分、約２．１℃／分、約２．２℃／分、約２．３℃／分、約２．４℃／分、約２．５℃／分、約２．６℃／分、約２．７℃／分、約２．８℃／分、約２．９℃／分、または約３．０℃／分の温度速度で凍結温度に凍結される。特定の実施形態では、細菌製剤は、約０．５℃／分、約０．６℃／分、約０．７℃／分、約０．８℃／分、約０．９℃／分、約１．０℃／分、約１．１℃／分、約１．２℃／分、約１．３℃／分、約１．４℃／分、約１．５℃／分、約１．６℃／分、約１．７℃／分、約１．８℃／分、約１．９℃／分、約２．０℃／分、約２．１℃／分、約２．２℃／分、約２．３℃／分、約２．４℃／分、約２．５℃／分、約２．６℃／分、約２．７℃／分、約２．８℃／分、約２．９℃／分、または約３．０℃／分の温度速度で凍結温度に凍結される。いくつかの実施形態では、細菌製剤は、約１．０℃／分の温度速度で約－４５℃の凍結温度に凍結される。特定の実施形態では、細菌製剤は、１．０℃／分の温度速度で－４５℃の凍結温度に凍結される。
いくつかの実施形態では、凍結温度は、凍結工程中に、約３０分～約７時間、約１時間～約７時間、約１．５時間～約７時間、約１．５時間～約６時間、約１．５時間～約５時間、約１．５時間～約４時間、約１．５時間～約３時間、または約１．５時間～約２．５時間保持される。特定の実施形態では、凍結温度は、凍結工程中に、３０分～７時間、１時間～７時間、１．５時間～７時間、１．５時間～６時間、１．５時間～５時間、１．５時間～４時間、１．５時間～３時間、または１．５時間～２．５時間保持される。いくつかの実施形態では、凍結温度は、約４時間～約６時間保持される。特定の実施形態では、凍結温度は、４時間～６時間保持される。
いくつかの実施形態では、本明細書に開示される乾燥プロセスは、「減圧工程」を含み、これは、凍結細菌製剤を約０．０５～約１ｍｂａｒ、約０．０５～約０．５０ｍｂａｒ、約０．１０～約０．５０ｍｂａｒ、約０．１５～約０．５０ｍｂａｒ、約０．２０～約０．５０ｍｂａｒ、または約０．２５～約０．５０ｍｂａｒの減圧に供することを含む。特定の実施形態では、「減圧工程」は、凍結細菌製剤を０．０５～１ｍｂａｒ、０．０５～０．５０ｍｂａｒ、０．１０～０．５０ｍｂａｒ、０．１５～０．５０ｍｂａｒ、０．２０～０．５０ｍｂａｒ、または０．２５～０．５０ｍｂａｒの減圧に供することを含む。いくつかの実施形態では、「減圧工程」は、凍結細菌製剤を約０．０６～約０．２ｍｂａｒの減圧に供することを含む。特定の実施形態では、「減圧工程」は、凍結細菌製剤を０．０６～０．２ｍｂａｒの減圧に供することを含む。ｍｂａｒの単位は、Ｔｏｒｒまたは任意の他の単位に変換することができる。例えば、１ｍｂａｒを０．７５００６３７５５４１９２１Ｔｏｒｒに変換することができる。いくつかの実施形態では、減圧は、「減圧工程」において、約５時間、約４時間、約３時間、約２時間、または約１時間保持される。特定の実施形態では、減圧は、「減圧工程」において、５時間、４時間、３時間、２時間、または１時間保持される。
いくつかの実施形態では、本明細書の乾燥プロセスが凍結工程及び／または減圧工程後の乾燥工程を含む場合、「乾燥工程」（または複数の乾燥工程が使用される場合は「一次乾燥工程」）は、凍結細菌製剤の温度を、凍結温度（例えば、約－４５℃）から少なくとも約－３０℃の乾燥温度まで上昇させることを含む。特定の実施形態では、乾燥温度は、少なくとも約－３２℃、少なくとも約－３３℃、少なくとも約－３４℃、少なくとも約－３５℃、少なくとも約－３６℃、少なくとも約－３７℃、少なくとも約－３８℃、少なくとも約－３９℃、または少なくとも約－４０℃である。いくつかの実施形態では、乾燥温度は、約－３４℃である。特定の実施形態では、「乾燥工程」は、凍結細菌製剤の温度を、凍結温度から少なくとも－３０℃の乾燥温度まで上昇させることを含む。特定の実施形態では、乾燥温度は、少なくとも－３２℃、少なくとも－３３℃、少なくとも－３４℃、少なくとも－３５℃、少なくとも－３６℃、少なくとも－３７℃、少なくとも－３８℃、少なくとも－３９℃、または少なくとも－４０℃である。他の実施形態では、乾燥温度は、－３４℃である。
いくつかの実施形態では、本明細書に開示される乾燥方法は、二次乾燥工程を含む。特定の実施形態では、「二次乾燥工程」は、一次乾燥工程後の温度を、少なくとも約１０℃の温度までさらに上昇させることを含む。いくつかの実施形態では、二次乾燥工程の温度は、少なくとも約１５℃、少なくとも約２０℃、少なくとも約２５℃、または少なくとも約３０℃である。特定の実施形態では、二次乾燥工程の温度は、約２０℃である。いくつかの実施形態では、二次乾燥工程の温度は、少なくとも１５℃、少なくとも２０℃、少なくとも２５℃、または少なくとも３０℃である。特定の実施形態では、二次乾燥工程の温度は、２０℃である。
いくつかの実施形態では、細菌製剤の温度を、約０．０５℃／分、約０．１℃／分、約０．１５℃／分、約０．２℃／分、約０．２５℃／分、約０．３℃／分、約０．３５℃／分、約０．４℃／分、約０．４５℃／分、約０．５℃／分、約０．６℃／分、約０．７℃／分、約０．８℃／分、約０．９℃／分、または約１．０℃／分の速度で、一次乾燥温度から二次乾燥温度へ上昇させる。特定の実施形態では、細菌製剤の温度を、０．０５℃／分、０．１℃／分、０．１５℃／分、０．２℃／分、０．２５℃／分、０．３℃／分、０．３５℃／分、０．４℃／分、０．４５℃／分、０．５℃／分、０．６℃／分、０．７℃／分、０．８℃／分、０．９℃／分、または１．０℃／分の速度で、一次乾燥温度から二次乾燥温度へ上昇させる。いくつかの実施形態では、細菌製剤の温度を、約０．１℃／分の速度で一次乾燥温度から二次乾燥温度へ上昇させる。特定の実施形態では、細菌製剤の温度を、０．１℃／分の速度で一次乾燥温度から二次乾燥温度へ上昇させる。
いくつかの実施形態では、本開示の乾燥方法は、細菌製剤の温度を、約０．０１ｍｂａｒ、約０．０２ｍｂａｒ、約０．０３ｍｂａｒ、約０．０４ｍｂａｒ、約０．０５ｍｂａｒ、約０．０６ｍｂａｒ、約０．０７ｍｂａｒ、約０．０８ｍｂａｒ、約０．０９ｍｂａｒ、または約０．１ｍｂａｒの圧力で、二次乾燥温度で保持することを含む。特定の実施形態では、二次乾燥温度を、０．０１ｍｂａｒ、０．０２ｍｂａｒ、０．０３ｍｂａｒ、０．０４ｍｂａｒ、０．０５ｍｂａｒ、０．０６ｍｂａｒ、０．０７ｍｂａｒ、０．０８ｍｂａｒ、０．０９ｍｂａｒ、または０．１ｍｂａｒの圧力で保持する。いくつかの実施形態では、二次乾燥温度を、０．０６～０．０７ｍｂａｒの圧力で保持する。
いくつかの実施形態では、本明細書に開示される１種以上の細菌を乾燥させる方法は、乾燥プロセス全体（すなわち、凍結工程、減圧工程、及び乾燥工程）が容器内で行われるように、細菌組成物（例えば、本明細書に開示されるもの）を、凍結工程の前にチューブ、バッグ、ボトル、トレイ、バイアル（例えば、ガラスバイアル）、シリンジ、または他の任意の好適な容器などの容器に移すことを含む。特定の実施形態では、容器は、使い捨て式である。
いくつかの実施形態では、容器は、トレイである。特定の実施形態では、本明細書に開示される乾燥方法で使用することができるトレイは、鋼製トレイ（例えば、ステンレス鋼製トレイ）、アルミニウム製トレイ、またはプラスチック製トレイを含む。いくつかの実施形態では、トレイは、鋼製トレイではない。特定の実施形態では、トレイは、テフロン（登録商標）などの非接着性コーティングでコーティングされていてもよい。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される方法で使用することができるトレイは、ＬｙｏＧｕａｒｄ（登録商標）トレイ（Ｗ．Ｌ．Ｇｏｒｅ）を含む。
いくつかの実施形態では、細菌組成物を、約５ｃｍ、約４ｃｍ、約３ｃｍ、約２ｃｍ、約１ｃｍ、約０．９ｃｍ、約０．８ｃｍ、約０．７ｃｍ、約０．６ｃｍ、約０．５ｃｍ、約０．４ｃｍ、約０．３ｃｍ、約０．２ｃｍ、または約０．１ｃｍ以下の溶液の深さでトレイに移す。特定の実施形態では、溶液の深さは約２ｃｍである。他の実施形態では、溶液の深さは約１ｃｍである。さらなる実施形態では、溶液の深さは約０．５ｃｍである。いくつかの実施形態では、溶液の深さは約０．２５ｃｍである。特定の実施形態では、細菌組成物を、５ｃｍ、４ｃｍ、３ｃｍ、２ｃｍ、１ｃｍ、０．９ｃｍ、０．８ｃｍ、０．７ｃｍ、０．６ｃｍ、０．５ｃｍ、０．４ｃｍ、０．３ｃｍ、０．２ｃｍ、または０．１ｃｍ以下の溶液の深さでトレイに移す。特定の実施形態では、溶液の深さは２ｃｍである。他の実施形態では、溶液の深さは１ｃｍである。さらなる実施形態では、溶液の深さは０．５ｃｍである。いくつかの実施形態では、溶液の深さは０．２５ｃｍである。
本明細書に開示される方法により生成した乾燥ケーキを、生成物品質分析、再構成時間、再構成の品質、高分子量、含水率、ガラス転移温度（Ｔｇ）、及び生物学的または生化学的活性（例えば、コロニー形成単位（ＣＦＵ））に基づいて評価することができる。通常、生成物品質分析には、サイズ排除クロマトグラフィー（ＳＥＣ）、カチオン交換ＨＰＬＣ（ＣＥＸ－ＨＰＬＣ）、Ｘ線回折（ＸＲＤ）、変調示差走査熱量測定（ｍＤＳＣ）、逆相ＨＰＬＣ（ＲＰ－ＨＰＬＣ）、多角度光散乱検出器（ＭＡＬＳ）、蛍光、紫外線吸収、比濁法、キャピラリー電気泳動（ＣＥ）、ＳＤＳ－ＰＡＧＥ、及びこれらの組み合わせを含むがこれらに限定されない方法を使用する、生成物分解速度分析が含まれる。いくつかの実施形態では、本発明に従う乾燥生成物の評価は、ケーキ外観の評価工程を含む。さらに、乾燥ケーキは、生成物の生物学的または生化学的活性に基づいて評価することができる。
いくつかの実施形態では、本明細書に開示される方法により生成された乾燥ケーキは、崩壊しない。本明細書で使用する場合、「崩壊」という用語は、乾燥ケーキの完全な構造の喪失または元の構造の変化を指す。乾燥中の生成物の崩壊は、生成物温度測定装置、凍結乾燥顕微鏡検査、または電気抵抗を検出する機器を含むがこれらに限定されない、様々な機器によって検出することができる。乾燥生成物（例えば、ケーキ）の崩壊は、目視検査、残留水分、示差走査熱量測定（ＤＳＣ）、またはＢＥＴ表面積により手動で検出することができる。
Ｖ．治療用製剤
本明細書に開示される乾燥粉末（例えば、凍結乾燥粉末）は、様々な疾患または障害（例えば、胃腸管のディスバイオシスに関連するもの）を治療するために使用することができる。したがって、特定の態様では、本開示は、乾燥粉末（例えば、凍結乾燥粉末）を含む治療用製剤を提供し、この乾燥粉末は、（ｉ）１種以上の細菌（例えば、本明細書に開示されるもの）、（ｉｉ）尿素、及び（ｉｉｉ）本明細書に開示される追加の賦形剤のうちの１つ以上を含む。
いくつかの実施形態では、本明細書に開示される治療用製剤は、単位剤形の状態であり、各剤形は、例えば、１ミリグラム（ｍｇ）あたり約１０２～約１０１２コロニー形成単位（ＣＦＵ）の細菌、例えば、約１０４～約１０１０ＣＦＵの細菌を含有する。特定の実施形態では、本明細書に開示される治療用製剤は、単位剤形の状態であり、各剤形は、例えば、１ミリグラム（ｍｇ）あたり１０２～１０１２コロニー形成単位（ＣＦＵ）の細菌、例えば、１０４～１０１０ＣＦＵの細菌を含有する。他の実施形態では、本明細書に開示される治療用製剤は、複数回用量形態である。本開示の治療用製剤は、幅広い用量範囲にわたって有効であり得、一般に薬学的有効量で投与される。
いくつかの実施形態では、本開示の治療用製剤を、いくつかの異なる手段によって投与することができる。特定の実施形態では、治療用製剤を、所望により、従来許容されている担体、補助剤、及びビヒクルを含有する製剤で、経口的に、直腸内に、非経口的に、局所的に、または粘膜（例えば、口腔粘膜）に投与することができる。本明細書で使用する場合の「非経口的」という用語は、皮下、静脈内、筋肉内、または胸骨内の注射及び注入技法を含む。例示的な実施形態では、治療用製剤を経口投与する。
いくつかの実施形態では、本明細書に開示される治療用製剤を、口、食道、胃、小腸、大腸、直腸、及びこれらの組み合わせを含む胃腸管の少なくとも１つの領域に投与する。他の実施形態では、製剤を、胃腸管のすべての領域に投与する。特定の実施形態では、製剤を、散剤、カプセル剤、錠剤、ゲル剤、液剤、またはこれらの組み合わせなどの医薬品の形態で経口投与する。上記製剤はまた、ゲルまたは液体形態で経口経路により、または経鼻胃管を介して、あるいは直腸経路によりゲルまたは液体形態で、浣腸剤もしくは結腸内視鏡を介した点滴注入により、または坐剤により投与することができる。
いくつかの実施形態では、治療用製剤は、剤形で提供される。いくつかの実施形態では、上記剤形を、本明細書に開示の少なくとも１つのＯＴＵまたはこれらの組み合わせの投与のために設計し、その際、投与される治療用製剤の総量は、約０．１ｎｇ～約１０ｇ、約１０ｎｇ～約１ｇ、約１００ｎｇ～約０．１ｇ、約０．１ｍｇ～約５００ｍｇ、約１ｍｇ～約１０００ｍｇ、約１０００ｍｇ～約５０００ｍｇ、またはそれ以上から選択される。
いくつかの実施形態では、本明細書に開示される治療用製剤は、少なくとも約１日間、少なくとも約２日間、少なくとも約３日間、少なくとも約４日間、少なくとも約５日間、少なくとも約６日間、少なくとも約１週間、少なくとも約２週間、少なくとも約３週間、少なくとも約４週間、少なくとも約１ヶ月間、少なくとも約２ヶ月間、少なくとも約３ヶ月間、少なくとも約４ヶ月間、少なくとも約５ヶ月間、少なくとも約６ヶ月間、または少なくとも約１年間、対象（例えば、本明細書に開示される疾患または障害に罹患している対象）に投与される。いくつかの実施形態では、治療用製剤は、約１日～１週間、約１週間～４週間、約１ヶ月～３ヶ月、約３ヶ月～６ヶ月、または約６ヶ月～１年、または１年超投与される。
いくつかの実施形態では、合計約１０５及び約１０１２の微生物を、本明細書に開示される治療用製剤の所与の剤形で患者に投与する。特定の実施形態では、有効量を、１ｍｌあたりもしくは１グラムあたり約１０７～約１０１１の細菌を有する治療用製剤約１～約５００ｍｌもしくは約１～約５００グラムで、または約１０７～約１０１１の細菌を有する乾燥粉末（例えば、凍結乾燥粉末）約１ｍｇ～約１０００ｍｇを有するカプセル剤、錠剤、もしくは坐剤で提供することができる。いくつかの実施形態では、急性治療を受けているものは、長期投与を受けているもの（病院従事者または長期ケア施設に入院しているものなど）よりも多い用量を受ける。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の治療用製剤を、一度にまたは複数回に１回、例えば、数日間にわたって１日１回、または投与日に１日１回より多く（１日２回、１日３回、もしくは１日５回までを含む）投与する。いくつかの実施形態では、治療用製剤は、設定されたスケジュールに従って断続的に投与される。他の実施形態では、治療用製剤は、疾患または障害（例えば、本明細書に開示されるもの）のリスクがある個体に長期的に投与される。
いくつかの実施形態では、本開示の治療用製剤は、他の薬剤（例えば、抗菌剤またはプレバイオティクス）とともに、併用療法様式として投与される。特定の実施形態では、上記投与は、数時間または数日の期間にわたって連続的である。他の実施形態では、上記投与は、同時である。他の実施形態では、他の薬剤（例えば、抗生物質）は、前治療として投与される。
いくつかの実施形態では、治療用製剤は、投与レジメンの一部として別々に投与することができる抗菌剤、抗真菌剤、抗ウイルス剤、及び抗寄生虫剤を含む、１つ以上の抗菌剤との併用療法に含まれる。
抗菌剤には、セファロスポリン系抗生物質（セファレキシン、セフロキシム、セファドロキシル、セファゾリン、セファロチン、セファクロル、セファマンドール、セフォキシチン、セフプロジル、及びセフトビプロール）；フルオロキノロン系抗生物質（シプロ、レバクイン、フロキシン、テキン（ｔｅｑｕｉｎ）、アベロックス、及びノルフロックス）；テトラサイクリン系抗生物質（テトラサイクリン、ミノサイクリン、オキシテトラサイクリン、及びドキシサイクリン）；ペニシリン系抗生物質（アモキシシリン、アンピシリン、ペニシリンＶ、ジクロキサシリン、カルベニシリン、バンコマイシン、及びメチシリン）；カルバペネム系抗生物質（エルタペネム、ドリペネム、イミペネム／シラスタチン、及びメロペネム）；ならびにこれらの組み合わせが含まれる。場合によっては、抗生物質剤は、本明細書に開示される治療用製剤で対象を治療する前に投与される。いくつかの実施形態では、抗菌剤が対象に投与され、治療用製剤は、対象における抗菌剤のレベルが治療用製剤中の細菌の生存率に実質的に影響を及ぼさないほど十分に低いレベルに達した後に投与される。いくつかの実施形態では、抗菌剤は、投与された用量で、治療用製剤中の細菌の生存率にほとんどまたは全く影響を及ぼさない。
抗ウイルス剤の例には、アバカビル、アシクロビル、アデフォビル、アンプレナビル、アタザナビル、シドフォビル、ダルナビル、デラビルジン、ジダノシン、ドコサノール、エファビレンツ、エルビテグラビル、エムトリシタビン、エンフビルチド、エトラビリン、ファムシクロビル、ホスカルネット、ホミビルセン、ガンシクロビル、インジナビル、イドクスウリジン、ラミブジン、ロピナビル、マラビロク、ＭＫ－２０４８、ネルフィナビル、ネビラピン、ペンシクロビル、ラルテグラビル、リルピビリン、リトナビル、サキナビル、スタブジン、テノホビル、トリフルリジン、バラシクロビル、バルガンシクロビル、ビダラビン、イバシタビン、アマンタジン、オセルタミビル、リマンタジン、チプラナビル、ザルシタビン、ザナミビル、ジドブジン、及びこれらの組み合わせが含まれる。
抗真菌化合物の例には、ポリエン系抗真菌薬、例えば、ナタマイシン、リモシジン、フィリピン、ナイスタチン、アムホテリシンＢ、カンジシン、及びハマイシン；イミダゾール系抗真菌薬、例えば、ミコナゾール、ケトコナゾール、クロトリマゾール、エコナゾール、オモコナゾール、ビホナゾール、ブトコナゾール、フェンチコナゾール、イソコナゾール、オキシコナゾール、セルタコナゾール、スルコナゾール、及びチオコナゾール；トリアゾール系抗真菌薬、例えば、フルコナゾール、イトラコナゾール、イサブコナゾール、ラブコナゾール、ポサコナゾール、ボリコナゾール、テルコナゾール、及びアルバコナゾール；チアゾール系抗真菌薬、例えば、アバファンギン；アリルアミン系抗真菌薬、例えば、テルビナフィン、ナフチフィン、及びブテナフィン；エキノカンジン系抗真菌薬、例えば、アニデュラファンギン、カスポファンギン、及びミカファンギン；ならびにこれらの組み合わせが含まれるが、これらに限定されない。抗真菌特性を有する他の化合物には、ポリゴジアール、安息香酸、シクロピロクス、トルナフタート、ウンデシレン酸、フルシトシンまたは５－フルオロシトシン、グリセオフルビン、ハロプロジン；及びこれらの組み合わせが含まれるが、これらに限定されない。
いくつかの実施形態では、本明細書に開示される治療用製剤は、マイクロバイオーム関連疾患または障害、例えば、潰瘍性大腸炎；クローン病；リンパ球性大腸炎；顕微鏡的大腸炎；膠原性大腸炎；自己免疫性腸炎（ｅｎｔｅｒｉｔｉｓ）及び自己免疫性腸炎（ｅｎｔｅｒｏｃｏｌｉｔｉｓ）を含む自己免疫性腸症；アレルギー性胃腸疾患；好酸球性胃腸炎及び好酸球性腸症を含む好酸球性胃腸疾患；ならびにこれらの組み合わせを有する対象を治療するために使用することができる。特定の実施形態では、対象は、ディスバイオシス、例えばＧＩ管のディスバイオシス、感染症を有し得るか、感染症（例えば、抗生物質治療、放射線、化学療法に伴う感染症）のリスクがあり得るか、あるいはマイクロバイオームによって影響を受ける別の疾患または障害（例えば、炎症性腸疾患、肥満、糖尿病、喘息／アレルギー、自己免疫疾患、中枢神経系（ＣＮＳ）疾患もしくは障害（例えば、自閉スペクトラム症（ＡＳＤ）もしくはパーキンソン病）、胆汁うっ滞疾患、胃潰瘍、慢性心疾患、リウマチ性疾患、腎疾患、またはがん）を有し得る。
ＶＩ．定義
本出願で使用する特定の用語は、次の通りに定義される。追加の定義は、詳細な説明の全体を通して記載される。
用語「ａ」または「ａｎ」の実体は、その実体の１つ以上を指し、例えば、「ヌクレオチド配列（ａ ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ ｓｅｑｕｅｎｃｅ）」は、１つ以上のヌクレオチド配列を表すと理解されることに留意されたい。したがって、「ａ」（または「ａｎ」）、「１つ以上」、及び「少なくとも１つ」という用語は、本明細書において互換的に使用され得る。
さらに、「及び／または」は、本明細書で使用する場合、他のものを伴うかまたは伴わない、２つの特定の特徴または構成要素のそれぞれの具体的な開示として見なされるべきである。したがって、本明細書で「Ａ及び／またはＢ」などの語句で使用する場合の「及び／または」という用語は、「Ａ及びＢ」、「ＡまたはＢ」、「Ａ」（単独）、及び「Ｂ」（単独）を含むことが意図される。同様に、「Ａ、Ｂ、及び／またはＣ」などの語句で使用する場合、「及び／または」という用語は、次の態様の各々を包含することが意図される：Ａ、Ｂ、及びＣ；Ａ、Ｂ、またはＣ；ＡまたはＣ；ＡまたはＢ；ＢまたはＣ；Ａ及びＣ；Ａ及びＢ；Ｂ及びＣ；Ａ（単独）；Ｂ（単独）；ならびにＣ（単独）。
本明細書において「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」という言葉で態様が記載されている場合は常に、「からなる（ｃｏｎｓｉｓｔｉｎｇ ｏｆ）」及び／または「から本質的になる（ｃｏｎｓｉｓｔｉｎｇ ｅｓｓｅｎｔｉａｌｌｙ ｏｆ）」という用語で記載されている他の類似の態様も提供されることを理解されたい。
別段に定義しない限り、本明細書において使用するすべての技術用語及び科学用語は、本開示が関連する技術分野における当業者により一般に理解されるものと同一の意味を有する。
単位、接頭辞、及び記号は、それらのＳｙｓｔｅｍｅ Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ ｄｅ Ｕｎｉｔｅｓ（ＳＩ）で承認された形式で示される。数値範囲はその範囲を定義する数を含む。別段に示さない限り、ヌクレオチド配列は５’から３’の方向で左から右に書かれている。アミノ酸配列は、アミノからカルボキシの方向で左から右に書かれている。本明細書において提供する見出しは、本明細書全体を参照することにより得ることができる本開示の様々な態様を限定するものではない。したがって、すぐ下に定義されている用語は、本明細書全体を参照することにより、さらに完全に定義される。
「約」という用語は、本明細書では、およそ、大体、概ね、またはその範囲内の意味で使用される。「約」という用語が数値範囲とともに使用されるとき、この用語は、規定された数値の上下に境界を広げることによってその範囲を修正する。一般に、「約」という用語は、例えば、１０パーセント、９パーセント、８パーセント、７パーセント、６パーセント、５パーセント、４パーセント、３パーセント、２パーセント、または１パーセント、上または下（より高いまたはより低い）の変動によって、記載された値の上下に数値を修正することができる。
「微生物叢」という用語は、動物対象、典型的にはヒトなどの哺乳動物の内部及びその上に（持続的または一時的に）発生する、微生物の生態学的群集を指し、真核生物、古細菌、細菌、及びウイルス（細菌ウイルス、すなわちファージを含む）を含む。
「マイクロバイオーム」という用語は、真核生物、古細菌、細菌、及びウイルス（細菌ウイルス（すなわち、ファージ）を含む）を含む、持続的及び一時的に人体の内部及びその上に生息する微生物を指す。本明細書で使用する場合、「遺伝的内容」には、ゲノムＤＮＡ、リボソームＲＮＡなどのＲＮＡ、エピゲノム、プラスミド、及び他のすべてのタイプの遺伝情報が含まれる。
「ディスバイオシス」という用語は、生態学的ネットワークの正常な多様性及び／または機能が破壊されている、粘膜または皮膚表面を含む、対象のＧＩ管または他の身体領域の微生物叢の状態を指す。この不健康な状態は、多様性の減少、１種以上の病原体または病原性共生生物の異常増殖、特定の遺伝的及び／または環境条件が対象に存在する場合にのみ疾患を引き起こし得る共生生物、あるいは宿主対象に不可欠な機能をもはや提供せず、したがってもはや健康を促進しない生態学的微生物ネットワークへの移行に起因し得る。
本明細書で使用する場合、「操作的分類単位」または「ＯＴＵ」（複数可）という用語は、系統樹の末端葉を指し、核酸配列、例えば、全ゲノムまたは特定の遺伝子配列、及び種レベルでこの核酸配列と配列同一性を共有するすべての配列により定義される。いくつかの実施形態では、特定の遺伝子配列は、１６Ｓ ｒＤＮＡ配列、または１６Ｓ ｒＤＮＡ配列の一部であり得る。他の実施形態では、２つの実体の全ゲノムを配列決定し、比較する。別の実施形態では、選定領域、例えば、多座位配列タグ（ＭＬＳＴ）、特定の遺伝子、または遺伝子のセットを遺伝的に比較することができる。１６Ｓの実施形態では、全１６Ｓまたは１６Ｓ ｒＤＮＡの可変領域、例えばＶ４領域にわたり、９７％以上の平均ヌクレオチド同一性を共有するＯＴＵは、同じＯＴＵと見なされる（例えば、Ｃｌａｅｓｓｏｎ，Ｍ．Ｊ．，ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ ３８：ｅ２００（２０１０）、Ｋｏｎｓｔａｎｔｉｎｉｄｉｓ，Ｋ．Ｔ．，ｅｔ ａｌ．，Ｐｈｉｌｏｓ Ｔｒａｎｓ Ｒ Ｓｏｃ Ｌｏｎｄ Ｂ Ｂｉｏｌ Ｓｃｉ ３６１：１９２９－１９４０（２００６）を参照されたい）。完全ゲノム、ＭＬＳＴ、特定の遺伝子、または遺伝子のセットに関する実施形態では、９５％以上の平均ヌクレオチド同一性を共有するＯＴＵは、同じＯＴＵと見なされる（例えば、Ａｃｈｔｍａｎ，Ｍ．ａｎｄ Ｗａｇｎｅｒ Ｍ．，Ｎａｔ．Ｒｅｖ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．６：４３１－４４０（２００８）、Ｋｏｎｓｔａｎｔｉｎｉｄｉｓ，Ｋ．Ｔ．，ｅｔ ａｌ．，Ｐｈｉｌｏｓ Ｔｒａｎｓ Ｒ Ｓｏｃ Ｌｏｎｄ Ｂ Ｂｉｏｌ Ｓｃｉ ３６１：１９２９－１９４０（２００６）を参照されたい）。ＯＴＵは多くの場合、生物間の配列を比較することにより定義される。一般的に、９５％未満の配列同一性を有する配列は、同じＯＴＵの一部を構成するとは見なされない。場合によっては、ＯＴＵは、ヌクレオチドマーカー、遺伝子、及び／または一塩基変異（ＳＮＶ）の組み合わせにより特徴付けられる。場合によっては、参照される遺伝子は、高度に保存された遺伝子（例えば、「ハウスキーピング」遺伝子）である。ＯＴＵを定義する特徴は、前述の組み合わせであり得る。そのような特徴付けは、例えば、ＷＧＳデータまたは全ゲノム配列を用いる。
本明細書で使用する場合、「系統樹」という用語は、定義された系統再構築アルゴリズム（例えば、節約、最尤法、またはベイジアン）のセットを使用して生成される、ある遺伝子配列から別の遺伝子配列への進化的関係のグラフ表示を指す。樹の節は、別個の祖先配列を表し、任意の節の信頼度は、分岐の不確実性を測定するブートストラップまたはベイズの事後確率によりもたらされる。
２種以上の細菌の「組み合わせ」は、同じ物質もしくは生成物、または物理的に結合した生成物のいずれかにおける２種の細菌の物理的な共存、及び２種の細菌の一時的な共投与または共局在を含む。
「生物学的に純粋な培養物」は、選択された生存可能な種のみが存在し、他の生存可能な微生物種が検出されない培地中での細菌の培養物である。
「凍結乾燥物」、「凍結乾燥粉末」、「凍結乾燥生成物」、「凍結乾燥させた」、「乾燥粉末」、及び「生成物ケーキ」という用語は、本明細書で使用する場合、本明細書に開示される乾燥方法によって製造される製剤／生成物を示す。いくつかの実施形態では、これらの用語は互換的に使用することができる。
本明細書で使用する場合、「凍結乾燥」という用語は、凍結工程及び乾燥工程の両方を含む、凍結乾燥のプロセス全体を指す。
凍結乾燥では、物質中に存在する水を凍結工程中に氷に変化させ、次いで一次乾燥工程中に低圧条件下で直接昇華させることにより物質から除去する。但し、凍結中にすべての水が氷に変わるわけではない。水の一部は、例えば、製剤成分及び／または有効成分を含有する固体マトリックス中に捕捉されている。マトリックス内の過剰結合水を、二次乾燥工程中に所望のレベルの残留水分まで低減させることができる。すべての凍結乾燥工程、凍結、一次乾燥、二次乾燥は、最終生成物の特性を決定する。一次乾燥は通常、凍結乾燥プロセスにおいて最も長い工程であるため、プロセスのこの部分の最適化は著しい経済的効果を有する。
本明細書で使用する場合、「噴霧乾燥」という用語は、液体混合物（例えば、本明細書に開示される細菌組成物）を小液滴に分解（霧化）させ、液滴から溶媒を蒸発させるための強力な推進力が存在する容器（乾燥チャンバ）内の混合物から溶媒を迅速に除去することを含むプロセスを指す。溶媒を蒸発させるための強力な推進力は、一般に、噴霧乾燥装置内の溶媒の分圧を、乾燥液滴の温度で溶媒の蒸気圧よりも十分に低く維持することによってもたらされる。これは、（１）液滴を温かい乾燥ガスと混合するか、（２）噴霧乾燥装置内の圧力を不完全真空（例えば、０．０１ａｔｍ～０．５０ａｔｍ）に維持するか、または（３）両方によって達成される。例えば、その全体が参照により本明細書に組み込まれる、米国特許第９，２４８，５４８号を参照されたい。
本明細書で使用する場合、「噴霧凍結乾燥」という用語は、液体混合物（例えば、本明細書に開示される細菌組成物）を、液体窒素などの低温または極低温の媒体中に霧化（すなわち、小液滴に分解）させて混合物の凍結液滴を得て、次いでそれを、例えば凍結乾燥により乾燥させることができるプロセスを指す。例えば、その全体が参照により本明細書に組み込まれる、ＷＯ２００９／０１５２８６を参照されたい。
本明細書で使用する場合、「崩壊温度」という用語は、それを超えると生成物ケーキがその構造を失い始める凍結乾燥中の生成物温度を指す。崩壊温度を超えると、生成物は、生成物の外観に影響を与えるおそれのある、ゆっくりとした散発的な発泡、膨潤、起泡、空洞化、開口（ｆｅｎｅｓｔｒａｔｉｏｎ）、総崩壊、収縮、及び数珠状化（ｂｅａｄｉｎｇ）を受ける可能性がある。その結果、崩壊により、生成物安定性の低下、長期の乾燥時間、不均一な乾燥、及びテクスチャの損失が生じ得る。例えば、米国特許出願公開第２０１０／００４１８７０号を参照されたい。
本明細書で使用する場合、「加速安定性」という用語は、高ストレス条件（例えば、高温）で保管された薬物または生成物の安定性を指す。多くの場合、実際の貯蔵条件下における薬物または生成物の長期安定性（例えば２年超）を試験することは実現可能ではないことがある。したがって、加速安定性要因（例えば、高温）と分解速度との関係を理解することで、推奨貯蔵条件での薬物または生成物の分解を予測することが可能である。いくつかの実施形態では、３０℃で２週間の加速安定性条件を使用して、４℃でおよそ１年間の薬物または生成物の安定性を予測することができる。特定の実施形態では、実時間の安定性試験の前に、温度と生成物分解との間の関係を（例えば、アレニウスの式を使用して）見積もることができ、これを使用して、次に、試験前に生成物薬物の貯蔵寿命を予測することができる。
核酸では、「実質的に相同」という用語は、２つの核酸またはそれらの指定の配列が、最適にアラインメント及び比較された場合に、適切なヌクレオチドの挿入または欠失を伴って、ヌクレオチドの少なくとも８０％（例えば、少なくとも８０％）、少なくとも９０％～９５％（例えば、少なくとも９０％～９５％）、またはヌクレオチドの少なくとも９８％～９９．５％（例えば、少なくとも９８％～９９．５％）で同一であることを示す。あるいは、セグメントが選択的ハイブリダイゼーション条件下で鎖の相補体にハイブリダイズする場合に、実質的な相同性が存在する。
ポリペプチドでは、「実質的に相同」という用語は、２つのポリペプチドまたはそれらの指定の配列が、最適にアラインメント及び比較された場合に、適切なアミノ酸の挿入または欠失を伴って、アミノ酸の少なくとも約８０％（例えば、少なくとも８０％）、少なくとも約９０％～９５％（例えば、少なくとも９０％～９５％）、またはアミノ酸の少なくとも約９８％～９９．５％（例えば、少なくとも約９８％～９９．５％）で同一であることを示す。
２つの配列間の同一性パーセントは、２つの配列の最適なアラインメントのために導入する必要のあるギャップの数と各ギャップの長さを考慮して、配列によって共有される同一の位置の数の関数（すなわち、相同性パーセント＝同一の位置の数／位置全体の数×１００）である。２つの配列間の配列の比較及び同一性パーセントの決定は、以下の非限定的な例に記載の通り、数学的アルゴリズムを使用して実行することができる。
２つのヌクレオチド配列間の同一性パーセントは、ＧＣＧソフトウェアパッケージ（ｗｏｒｌｄｗｉｄｅｗｅｂ．ｇｃｇ．ｃｏｍで入手可能）のＧＡＰプログラムを使用し、ＮＷＳｇａｐｄｎａ．ＣＭＰマトリックスと４０、５０、６０、７０、または８０のギャップ加重及び１、２、３、４、５、または６の長さ加重を使用して決定することができる。２つのヌクレオチドまたはアミノ酸配列間の同一性パーセントは、ＡＬＩＧＮプログラム（バージョン２．０）に組み込まれているＥ．Ｍｅｙｅｒｓ ａｎｄ Ｗ．Ｍｉｌｌｅｒ（ＣＡＢＩＯＳ，４：１１－１７（１９８９））のアルゴリズムを使用して、ＰＡＭ１２０加重残基表、ギャップ長ペナルティ１２及びギャップペナルティ４を使用して決定することもできる。加えて、２つのアミノ酸配列間の同一性パーセントは、ＧＣＧソフトウェアパッケージ（ｗｏｒｌｄｗｉｄｅｗｅｂ．ｇｃｇ．ｃｏｍで入手可能）のＧＡＰプログラムに組み込まれているＮｅｅｄｌｅｍａｎ ａｎｄ Ｗｕｎｓｃｈ（Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．（４８）：４４４－４５３（１９７０））アルゴリズムを使用して、Ｂｌｏｓｓｕｍ ６２マトリックスまたはＰＡＭ２５０マトリックスのいずれかと、１６、１４、１２、１０、８、６、または４のギャップ加重及び１、２、３、４、５、または６の長さ加重を使用して決定することができる。
本明細書に記載の核酸及びタンパク質配列をさらに、例えば、関連する配列を同定するために公共データベースに対して検索を行うための「クエリ配列」として使用することができる。このような検索は、Ａｌｔｓｃｈｕｌ，ｅｔ ａｌ．（１９９０）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２１５：４０３－１０のＮＢＬＡＳＴ及びＸＢＬＡＳＴプログラム（バージョン２．０）を使用して実行することができる。ＢＬＡＳＴヌクレオチド検索は、本明細書に記載の核酸分子に相同なヌクレオチド配列を得るために、ＮＢＬＡＳＴプログラム、スコア＝１００、ワード長＝１２で実行することができる。ＢＬＡＳＴタンパク質検索は、本明細書に記載のタンパク質分子に相同なアミノ酸配列を得るために、ＸＢＬＡＳＴプログラム、スコア＝５０、ワード長＝３で実行することができる。比較目的でギャップ付きのアラインメントを得るために、Ａｌｔｓｃｈｕｌ ｅｔ ａｌ．，（１９９７）Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．２５（１７）：３３８９－３４０２に記載されている通りに、Ｇａｐｐｅｄ ＢＬＡＳＴを利用することができる。ＢＬＡＳＴ及びＧａｐｐｅｄ ＢＬＡＳＴプログラムを利用する場合、それぞれのプログラム（例えば、ＸＢＬＡＳＴ及びＮＢＬＡＳＴ）のデフォルトのパラメータを使用することができる。ｗｏｒｌｄｗｉｄｅｗｅｂ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖを参照されたい。当該技術分野で公知の同一性を決定する他の方法を使用することができる。
「患者」という用語は、予防的または治療的処置のいずれかを受けるヒト及び他の哺乳動物対象を含む。
本明細書で使用する場合、「対象」という用語は、任意のヒトまたは非ヒト動物を含む。例えば、本明細書に記載の方法及び組成物は、がんを有する対象を治療するために使用することができる。「非ヒト動物」という用語は、すべての脊椎動物、例えば、哺乳動物及び非哺乳動物、例えば、非ヒト霊長類、ヒツジ、イヌ、雌ウシ、ニワトリ、両性類、爬虫類などを含む。
本明細書で使用する場合、「ｕｇ」及び「ｕＭ」という用語は、それぞれ「μｇ」及び「μＭ」と互換的に使用される。
本明細書に記載の様々な態様は、本明細書全体を通してさらに詳細に説明される。
別段に示さない限り、特許請求の範囲を含め、本明細書で使用される成分の量、反応条件などを表す数字はすべて、すべての場合に、「約」という用語により修飾されていると理解されるべきである。したがって、別段に反対に示さない限り、数値パラメータは近似値であり、得ようとする所望の特性に応じて変化し得る。最低でも、また特許請求の範囲に対する均等論の適用を制限する試みとしてではなく、各数値パラメータは、有効数字の桁数及び通常の四捨五入法に照らして解釈されるべきである。
本明細書は、本明細書内で引用されている参照文献の教示に照らして最も完全に理解される。本明細書内の実施形態は、実施形態の例示を提供するものであり、範囲を限定すると解釈されるべきではない。当業者は、他の多くの実施形態が包含されることを容易に認識する。本開示に引用されたすべての刊行物及び特許は、参照によりそれらの全体が組み込まれる。参照により組み込まれた資料が本明細書と矛盾するか、または一致しない場合、本明細書はいかなるそのような資料にも優先する。本明細書におけるいずれの参照文献の引用も、そのような参照文献が先行技術であることを認めるものではない。
以下の実施例は、例示のために提供するものであり、限定のためのものではない。
実施例１：尿素含有組成物、尿素不含組成物、及び市販の微生物凍結乾燥組成物の、グラム陰性菌の短期安定性及び生存率に関する比較
凍結乾燥中及び凍結乾燥後の細菌の安定性及び収率に対する尿素の作用を評価するために、グラム陰性菌種であるＢａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓの試料を、尿素（０．５％）含有もしくは尿素不含の構築した製剤（すなわち、非市販製剤；「ＣＦ」）、または市販の微生物凍結乾燥組成物（ＯＰＳ ＤｉａｇｎｏｓｔｉｃｓのＭｉｃｒｏｂｉａｌ Ｆｒｅｅｚｅ Ｄｒｙｉｎｇ Ｂｕｆｆｅｒ、カタログ番号ＭＦＤＢ ５００－０６）を使用して凍結乾燥させた。表１を参照されたい。別段の記載がない限り、表１に示す凍結乾燥組成物を、ＮａＯＨでｐＨ７．０に中和した（すなわち、組成物番号１及び４～１１）。細菌を増殖に適した培地で発酵させ、発酵動態をモニタリングした（ｐＨ、６００ｎｍでの光学密度、及びフローサイトメトリーによる細胞生存率－生／死染色（ＳＹＴＯ９色素及びヨウ化プロピジウム））。細菌が初期定常期に達したら、細菌懸濁液の試料を取り出し、次に遠心分離により細菌を３回洗浄し、発酵培地を製剤溶液と交換することによって緩衝液交換を実施した（表１を参照されたい）。製剤溶液中の細菌試料（２００μＬ）を２ｍＬのガラスバイアルに添加して、凍結乾燥させた。凍結乾燥後、バイアルを窒素下で密封し、適切な温度で保管した。各時点（すなわち、凍結乾燥後、３０℃で１週間後、または３０℃で２週間後）で、２～３個の試料バイアルをＰＢＳで再構成し、プレーティングし、インキュベートし、ＣＦＵ分析した。
Figure 2022513727000001
図１に示すように、０．５％尿素の存在下で凍結乾燥させたグラム陰性菌Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ（組成物９）は、尿素非存在下で凍結乾燥させた細菌（組成物１～８、１０及び１１）のものと比較して、全体的により高い凍結乾燥収率及び安定性を有していた。全体として、ＣＦ（尿素の有無を問わず）は、市販の凍結乾燥させた組成物（ＯＰＳ ＤｉａｇｎｏｓｔｉｃｓのＭｉｃｒｏｂｉａｌ Ｆｒｅｅｚｅ Ｄｒｙｉｎｇ Ｂｕｆｆｅｒ、組成物１２）と比較した場合、３０℃での１週間後及び２週間後の両方で、凍結乾燥収率及び安定性がはるかに向上した。
これらのデータは、尿素を特に０．５％（ｗ／ｗ）で含有する組成物は、（例えば、凍結乾燥により）乾燥させる場合に、グラム陰性菌の安定性を向上させるのに有用であり得ることを実証する。これらのデータはまた、尿素非存在下であっても、開示された構築した製剤が市販の凍結乾燥させた製剤と比較して優位であることを実証する。
実施例２：０．５％（ｗ／ｗ）尿素中に製剤化したグラム陰性菌株ＳＰＣ１０４５０の短期安定性及び生存率に関する、デキストラン７０及び／またはＮｕｔｒａ（登録商標）加水分解ゼラチンの添加の評価
デキストラン７０及びＮｕｔｒａ（登録商標）加水分解ゼラチンを、崩壊温度調整剤とすることができる。Ｂａｈｅｔｉ，Ａ．，ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｅｘｃｉｐｉｅｎｔ ａｎｄ Ｆｏｏｄ Ｃｈｅｍ １（１）：４１－５４（２０１０）。崩壊温度の上昇（及びそれによる凍結乾燥プロセスの加速）が凍結乾燥収率及び／または凍結乾燥後の細菌の安定性に影響を与えるか否かを評価するために、グラム陰性菌Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓを、デキストラン７０（Ｐｈａｒｍａｃｏｓｍｏｓ）及び／または加水分解ゼラチン（Ｎｕｔｒａ（登録商標）加水分解ゼラチン、Ｎｕｔｒａ Ｆｏｏｄ Ｉｎｇｒｅｄｉｅｎｔｓ）を含むかまたは含まない０．５％（ｗ／ｗ）の尿素を含有する組成物中で凍結乾燥させた（実施例１を参照されたい）。表２を参照されたい。凍結乾燥後、バイアルを窒素下で密封し、選択した温度で保管した。各時点（すなわち、凍結乾燥後、３０℃で１週間後、または３０℃で２週間後）で、２～３個の試料バイアルをリン酸ＰＢＳで再構成し、プレーティングし、インキュベートし、ＣＦＵについて分析した。
Figure 2022513727000002
実施例１の結果と同様に、凍結乾燥組成物への０．５％尿素の添加により、収率及び安定性の両方が大幅に向上した。このことは、ゼラチン濃度の範囲全体（すなわち、１～４％）で当てはまった（図２の組成物３、４、５対６、７、８を参照されたい）。データはさらに、０．５％（ｗ／ｗ）の尿素と加水分解ゼラチンとを含む組成物への２．５％（ｗ／ｗ）デキストラン７０の添加が、凍結乾燥収率または安定性のいずれにもごくわずかな影響しか及ぼさなかったことを示した。例えば、組成物番号９～１１（デキストラン７０含有）は、３０℃で２週間後、約１．５～２．５の細菌の対数減少を示した。対照的に、組成物番号６～８（デキストラン７０不含）は、３０℃で２週間後、約１．０～１．５の細菌の対数減少を示した。しかしながら、デキストラン７０の添加はケーキの乾燥性能を向上させ、０．５％（ｗ／ｗ）の尿素、２．５％のデキストラン７０、及び２％の加水分解ゼラチンを含有する組成物（組成物番号１０）で最良の結果が観察された。
ケーキの一体性は、乾燥プロセスの重要な側面である。したがって、この結果は、細菌安定性に対する著しい効果は観察されなかったが、デキストラン７０及び加水分解ゼラチン（例えば、Ｎｕｔｒａ（登録商標））の使用は、それでもなお、細菌を乾燥させる際に重要であり得ることを示している。いかなる理論にも拘束されるものではないが、崩壊温度調整剤は、本明細書に開示される組成物に見られる異なる成分（例えば、賦形剤）に結合することができ、このことは、乾燥ケーキを損傷なくトレイから取り出すのに役立ち得る。
実施例３：０．５％（ｗ／ｗ）尿素中に製剤化したグラム陰性菌株Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓの短期安定性及び生存率に関する、ＡｐｐｌｉＣｈｅｍ（登録商標）ゼラチンと加水分解カゼインとの比較
ゼラチンなどの崩壊温度調整剤の作用をさらに評価するために、１％のＡｐｐｌｉＣｈｅｍ（登録商標）ゼラチン（ＰａｎＲｅａｃ ＡｐｐｌｉＣｈｅｍ）を含むかまたは含まない０．５％（ｗ／ｗ）の尿素を含有する組成物中で、グラム陰性菌株Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓを凍結乾燥させた（実施例１を参照されたい）。表３を参照されたい。比較のために、１％の加水分解カゼイン（Ｈｙ－Ｃａｓｅ ＳＦ）を含むかまたは含まない０．５％（ｗ／ｗ）の尿素を含有する組成物も使用した。
Figure 2022513727000003
図３に示すように、１％のＡｐｐｌｉＣｈｅｍ（登録商標）ゼラチンの添加は、細菌安定性を向上させなかった（組成物番号２）。０．５％（ｗ／ｗ）の尿素を含むがＡｐｐｌｉＣｈｅｍ（登録商標）ゼラチンを欠く組成物（組成物番号１）は、ゼラチン含有組成物と比較して、（３０℃で２週間にわたる対数減少がわずか半分であることから明らかなように）良好な細菌安定性を有しており、また、良好なケーキ特性（ケーキの崩壊なし）を示した。同様に、Ｈｙ－Ｃａｓｅ ＳＦ含有組成物もまた、ＡｐｐｌｉＣｈｅｍ（登録商標）ゼラチン含有組成物と比較してはるかに良好な安定性及び収率をもたらした。
これらのデータは、崩壊温度調整剤、例えばＡｐｐｌｉＣｈｅｍ（登録商標）ゼラチンの使用は、必要ではなく、また凍結乾燥後に良好なケーキ特性を有する安定した細菌を生成するためには最適以下であり得ることを示す。
実施例４：別の細菌種を使用した、生存率に関する０．５％（ｗ／ｗ）の尿素を含有する組成物の評価
０．５％（ｗ／ｗ）の尿素を含有する組成物が、凍結乾燥中に他の種類の細菌（例えば、グラム陽性菌）の生存率も向上させることができるか否かを評価するため、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ株及びＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｐ＿Ｄ５株を、表５に示す組成物を使用して凍結乾燥させ、凍結乾燥収率を評価した。
Figure 2022513727000004
図４に示すように、０．５％（ｗ／ｗ）の尿素の添加は、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｐ＿Ｄ５の乾燥収率を向上させた。尿素不含（組成物番号１）では、対数減少は約０．６であった。しかし、尿素含有（組成物番号２～５）では、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｐ＿Ｄ５の対数減少は約０．５に低減した。同様に、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｐ＿Ｄ５の凍結乾燥収率は、市販の凍結乾燥させた製剤（組成物番号６）で凍結乾燥させた場合に著しく異なっていた。
これらのデータはさらに、細菌組成物を乾燥させる際に尿素を使用することの利点を確認し、尿素の添加が特定の芽胞形成菌の安定性及び乾燥収率も向上させることができることを実証する。
実施例５：０．５％尿素中に製剤化した酸素感受性細菌株の耐気性の分析
凍結乾燥中の細菌に対する尿素含有組成物の作用をさらに評価するために、２種の酸素感受性細菌株（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ ｈｏｍｉｎｉｓ及びＥｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｉｒａｅｕｍ）の耐気性を、凍結乾燥後に評価した。
簡単に説明すると、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ Ｈｏｍｉｎｉｓ株及びＥｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｉｒａｅｕｍ株を、増殖に最適化した基本培地と炭素源で発酵させた。６００ｎｍでの光学密度、ｐＨ、ならびにＳＹＴＯ９色素及びヨウ化プロピジウムを用いたフローサイトメトリーによる細胞生存率を使用して、発酵をモニタリングした。細菌が初期定常期に達したときに発酵を停止させ、細菌を、１０％または１２．５％のスクロース、１％のアスコルビン酸、３％のＶａｃｃｉＰｒｏ、２５ｍＭのＫＣｌ、５０ｍＭのＨＥＰＥＳ、及び０．５％の尿素を含有する組成物にｐＨ７で緩衝液交換した。次に、細菌懸濁液を凍結乾燥させた。凍結乾燥後、乾燥した物質を後の分析のためにパウチに入れた。
凍結乾燥細菌の耐気性を判定するために、凍結乾燥物質の約１００ｍｇのアリコートを嫌気性環境でガラスバイアルに分配した。バイアルの蓋を外し、必要な酸素曝露時間の間、嫌気性環境から室内空気に移した。次に、バイアルを嫌気性環境に戻し、そこで、乾燥粉末を予め還元したＰＢＳで再構成し、標準的なコロニー形成単位アッセイで力価を測定した。寒天プレート上の非凍結乾燥細菌の耐気性を判定するために、細菌を増殖に最適化した培地で発酵させ、次に予め還元したＰＢＳで段階希釈した。希釈した細菌を寒天プレート上に広げ、次に、それらを所定の時間にわたり酸素に曝露させた。各時点について、生存細菌のＣＦＵ／ｍＬでの力価を算出した。
図５Ａ及び５Ｂに示すように、前述の組成物（すなわち、０．５％（ｗ／ｗ）の尿素含有）中に凍結乾燥させたＥｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｉｒａｅｕｍ株及びＲｏｓｅｂｕｒｉａ ｈｏｍｉｎｉｓ株の両方の力価は、酸素の存在下でおよそ３時間維持された。対照的に、非凍結乾燥Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｉｒａｅｕｍ株及びＲｏｓｅｂｕｒｉａ ｈｏｍｉｎｉｓ株は、酸素曝露時に生存することができなかった。この結果は、細菌組成物、特に酸素感受性細菌を含む組成物を乾燥させる際に尿素を使用することのさらなる利点（すなわち、耐気性の増加）を強調している。
実施例６：様々なグラム陽性菌を安定化させるための尿素を含有する微生物凍結乾燥組成物の実証
凍結乾燥後の細菌の安定性及び収率に対する、本明細書に開示の凍結乾燥組成物（例えば、尿素を含む組成物）の普遍性を実証するために、グラム陽性細菌科Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ（２つの異なる株）、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ（３つの異なる株）、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ及びＥｕｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅを代表する細菌株の試料を、尿素（０．５％）を含有する構築した製剤を使用して凍結乾燥させた。表５を参照されたい。組成物をＮａＯＨでｐＨ７．０に中和した。細菌を増殖に適した培地で発酵させ、発酵動態をモニタリングした（ｐＨ及び６００ｎｍでの光学密度）。細菌が初期定常期に達したら、細菌懸濁液の試料を取り出し、次に遠心分離により細菌を２回洗浄し、発酵培地を製剤溶液と交換することによって緩衝液交換を実施した（表５を参照されたい）。製剤溶液中の細菌試料（３７５グラム）を凍結乾燥トレイに添加して、凍結乾燥させた。凍結乾燥後、物質をサンプリングし、窒素下で密封して適切な温度で保管した。各時点で、試料バイアルをウシハートインフュージョン溶液（Ｂｏｖｉｎｅ Ｈｅａｒｔ Ｉｎｆｕｓｉｏｎ Ｓｏｌｕｔｉｏｎ）（ＢＨＩＳ）で再構成し、プレーティングし、インキュベートし、ＣＦＵ分析した。凍結乾燥細菌製剤の含水率もまた、－６５℃以下で保管した試料において、カール・フィッシャー滴定ＵＳＰ＜９２１＞により試験した。
Figure 2022513727000005
図６Ａに示すように、様々なグラム陽性細菌科からのすべての試験細菌株は、凍結（－６５℃及び－２０℃）、ならびに冷蔵（４℃）温度において最大６ヶ月間、安定性を示した。さらに、図６Ｂに示すように、０．５％の尿素を含有する細菌組成物を凍結乾燥して、含水率が１．７～２．２％の水の範囲である安定化した乾燥細菌粉末を形成することができた。このような水分レベルは、ペプチド、タンパク質、抗体などを含む安定した凍結乾燥生物学的医薬品に典型的である。したがって、これらのデータは、尿素を特に０．５％（ｗ／ｗ）で含有する組成物は、（例えば、凍結乾燥により）乾燥させる場合に、幅広いグラム陽性菌を安定化させるのに有用であり得ることを実証する。

Claims (48)

  1. （ｉ）生菌の１つ以上の異なるＯＴＵと、
    （ｉｉ）尿素と、
    （ｉｉｉ）凍結保護剤、アミノ酸源、抗酸化剤、塩、緩衝剤、またはこれらの組み合わせから選択される１つ以上の賦形剤と
    を含む、組成物。
  2. 前記尿素が、約０．５％～約１．０％の濃度で存在する、請求項１に記載の組成物。
  3. 前記凍結保護剤が、糖である、請求項１または２に記載の組成物。
  4. 前記糖が、二糖である、請求項３に記載の組成物。
  5. 前記二糖が、スクロースまたはトレハロースである、請求項４に記載の組成物。
  6. 前記二糖が、スクロース及びトレハロースである、請求項４に記載の組成物。
  7. 前記スクロース及び／または前記トレハロースが、約５％～約２０％の濃度で存在する、請求項５または６に記載の組成物。
  8. 前記アミノ酸源が、コラーゲンである、請求項１～７のいずれか１項に記載の組成物。
  9. 前記コラーゲンが、加水分解コラーゲンである、請求項８に記載の組成物。
  10. 前記アミノ酸源が、ゼラチンである、請求項１～９のいずれか１項に記載の組成物。
  11. 前記ゼラチンが、加水分解ゼラチンである、請求項１０に記載の組成物。
  12. 前記コラーゲンが、約３％の濃度で存在する、請求項８または９に記載の組成物。
  13. 前記ゼラチンが、約０．２５％～約４．０％の濃度で存在する、請求項１０または１１に記載の組成物。
  14. 前記アミノ酸源が、カゼインまたはアルブミンである、請求項１～１３のいずれか１項に記載の組成物。
  15. 前記カゼインが、加水分解カゼインであり、及び／または前記アルブミンが、ヒト血清アルブミンである、請求項１４に記載の組成物。
  16. 前記カゼイン及び／または前記アルブミンが、約１％の濃度で存在する、請求項１４または１５に記載の組成物。
  17. 前記抗酸化剤が、システインである、請求項１～１６のいずれか１項に記載の組成物。
  18. 前記抗酸化剤が、アスコルビン酸である、請求項１～１６のいずれか１項に記載の組成物。
  19. 前記システインが、約０．２５％の濃度で存在する、請求項１７に記載の組成物。
  20. 前記アスコルビン酸が、約１．０％の濃度で存在する、請求項１８に記載の組成物。
  21. 前記塩が、カリウム塩である、請求項１～２０のいずれか１項に記載の組成物。
  22. 前記カリウム塩が、塩化カリウム（ＫＣｌ）である、請求項２１に記載の組成物。
  23. 前記ＫＣｌが、約２５ｍＭの濃度で存在する、請求項２２に記載の組成物。
  24. 前記緩衝剤が、４－（２－ヒドロキシエチル）－１－ピペラジンエタンスルホン酸（ＨＥＰＥＳ）である、請求項１～２３のいずれか１項に記載の組成物。
  25. 前記ＨＥＰＥＳが、約１０ｍＭ～約１００ｍＭの濃度で存在する、請求項２４に記載の組成物。
  26. 前記生菌が、嫌気性菌である、請求項１～２５のいずれか１項に記載の組成物。
  27. 前記嫌気性菌が、参照組成物（例えば、本明細書に記載の賦形剤のうちの１つ（例えば尿素）を欠いている）中の対応する嫌気性菌と比較して、耐気性が増加している、請求項２６に記載の組成物。
  28. 前記嫌気性菌が、通性嫌気性菌である、請求項２６または２７に記載の組成物。
  29. 前記嫌気性菌が、偏性嫌気性菌である、請求項２６または２７に記載の組成物。
  30. 前記嫌気性菌が、耐気性嫌気性菌である、請求項２６または２７に記載の組成物。
  31. 前記生菌が、好気性菌である、請求項１～２５のいずれか１項に記載の組成物。
  32. 生菌の少なくとも２つのＯＴＵを含み、前記生菌の少なくとも２つのＯＴＵが、少なくとも１種の通性嫌気性菌、少なくとも１種の偏性嫌気性菌、及び／または少なくとも１種の好気性菌を含む、請求項１～３１のいずれか１項に記載の組成物。
  33. 少なくとも１種の嫌気性菌（例えば、耐気性嫌気性菌）及び少なくとも１種の好気性菌を含む、請求項３２に記載の組成物。
  34. 前記生菌が、芽胞形成菌である、請求項１～３３のいずれか１項に記載の組成物。
  35. 前記生菌が、芽胞型である、請求項１～３４のいずれか１項に記載の組成物。
  36. 前記生菌が、栄養型である、請求項１～３４のいずれか１項に記載の組成物。
  37. 前記生菌が、芽胞型と栄養型との混合物である、請求項１～３４のいずれか１項に記載の組成物。
  38. 前記生菌が、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ、Ｓｕｔｔｅｒｅｌｌａｃｅａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｃｅａｅ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄａｃｅａｅ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａｃｅａｅ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｃｏｒｉｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ、Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｒｉｋｅｎｅｌｌａｃｅａｅ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、またはＤｅｓｕｌｆｏｖｉｂｒｉｏｎａｃｅａｅ科のうちの１種以上からのものである、請求項１～３７のいずれか１項に記載の組成物。
  39. 前記生菌が、配列番号１～３６８に記載の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列と少なくとも９７％同一である１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む、請求項１～３８のいずれか１項に記載の組成物。
  40. 請求項１～３９のいずれか１項に記載の組成物を含む、乾燥粉末。
  41. 前記生菌が、少なくとも１週間、少なくとも２週間、少なくとも３週間、少なくとも１ヶ月間、少なくとも２ヶ月間、少なくとも３ヶ月間、少なくとも６ヶ月間、少なくとも１年間、または少なくとも２年間、安定である、請求項４０に記載の乾燥粉末。
  42. 前記乾燥粉末が、カプセル化される、請求項４０または４１のいずれか１項に記載の乾燥粉末。
  43. 前記乾燥粉末が、再構成される、請求項４０～４２のいずれか１項に記載の乾燥粉末。
  44. 前記乾燥粉末が、胃腸障害を治療するために使用される、請求項４０～４３のいずれか１項に記載の乾燥粉末。
  45. 請求項４０～４４のいずれか１項に記載の乾燥粉末を含む、治療用製剤。
  46. 前記治療用製剤が、経口的に、直腸的に、非経口的に、局所的に、または粘膜に投与される、請求項４５に記載の治療用製剤。
  47. 前記治療用製剤が、マイクロバイオーム関連疾患または障害を有する対象を治療するために使用される、請求項４５または４６に記載の治療用製剤。
  48. 前記マイクロバイオーム関連疾患または障害が、炎症性腸疾患、細菌感染症（例えば、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ感染症）、肥満、糖尿病、喘息／アレルギー、自己免疫疾患、中枢神経系（ＣＮＳ）疾患もしくは障害（例えば、自閉スペクトラム症（ＡＳＤ）及びパーキンソン病）、胆汁うっ滞疾患、胃潰瘍、慢性心疾患、リウマチ性疾患、腎疾患、がん、またはこれらの任意の組み合わせを含む、請求項４７に記載の治療用製剤。
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