JP2022502072A - がんの予後に関する向上されたバイオマーカーツールとしてのsatbファミリークロマチンオーガナイザーの複合発現パターン - Google Patents
がんの予後に関する向上されたバイオマーカーツールとしてのsatbファミリークロマチンオーガナイザーの複合発現パターン Download PDFInfo
- Publication number
- JP2022502072A JP2022502072A JP2021530331A JP2021530331A JP2022502072A JP 2022502072 A JP2022502072 A JP 2022502072A JP 2021530331 A JP2021530331 A JP 2021530331A JP 2021530331 A JP2021530331 A JP 2021530331A JP 2022502072 A JP2022502072 A JP 2022502072A
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- cancer
- satb
- expression
- adenocarcinoma
- satb1
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Pending
Links
- 206010028980 Neoplasm Diseases 0.000 title claims abstract description 171
- 230000014509 gene expression Effects 0.000 title claims abstract description 144
- 201000011510 cancer Diseases 0.000 title claims abstract description 137
- 108010077544 Chromatin Proteins 0.000 title claims abstract description 68
- 210000003483 chromatin Anatomy 0.000 title claims abstract description 68
- 238000004393 prognosis Methods 0.000 title claims abstract description 23
- 239000000090 biomarker Substances 0.000 title abstract description 8
- 102100032881 DNA-binding protein SATB1 Human genes 0.000 claims abstract description 71
- 101000655234 Homo sapiens DNA-binding protein SATB1 Proteins 0.000 claims abstract description 70
- 238000000034 method Methods 0.000 claims abstract description 42
- 230000036210 malignancy Effects 0.000 claims abstract description 29
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 claims abstract description 16
- 238000000338 in vitro Methods 0.000 claims abstract description 15
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 claims abstract description 15
- 238000010824 Kaplan-Meier survival analysis Methods 0.000 claims abstract description 8
- 102100032883 DNA-binding protein SATB2 Human genes 0.000 claims description 56
- 101000655236 Homo sapiens DNA-binding protein SATB2 Proteins 0.000 claims description 56
- 230000004083 survival effect Effects 0.000 claims description 49
- 210000004027 cell Anatomy 0.000 claims description 45
- 206010038019 Rectal adenocarcinoma Diseases 0.000 claims description 27
- 201000001281 rectum adenocarcinoma Diseases 0.000 claims description 27
- 208000029742 colonic neoplasm Diseases 0.000 claims description 22
- 201000010897 colon adenocarcinoma Diseases 0.000 claims description 21
- 206010009944 Colon cancer Diseases 0.000 claims description 20
- 208000001333 Colorectal Neoplasms Diseases 0.000 claims description 19
- 210000004185 liver Anatomy 0.000 claims description 16
- 201000006585 gastric adenocarcinoma Diseases 0.000 claims description 15
- 210000001519 tissue Anatomy 0.000 claims description 15
- 208000031261 Acute myeloid leukaemia Diseases 0.000 claims description 14
- 206010052747 Adenocarcinoma pancreas Diseases 0.000 claims description 14
- 206010005003 Bladder cancer Diseases 0.000 claims description 14
- 206010014759 Endometrial neoplasm Diseases 0.000 claims description 14
- 208000033776 Myeloid Acute Leukemia Diseases 0.000 claims description 14
- 208000007097 Urinary Bladder Neoplasms Diseases 0.000 claims description 14
- 201000002094 pancreatic adenocarcinoma Diseases 0.000 claims description 14
- 201000005112 urinary bladder cancer Diseases 0.000 claims description 14
- 206010014733 Endometrial cancer Diseases 0.000 claims description 13
- 201000006612 cervical squamous cell carcinoma Diseases 0.000 claims description 13
- 208000030381 cutaneous melanoma Diseases 0.000 claims description 13
- 206010073071 hepatocellular carcinoma Diseases 0.000 claims description 13
- 231100000844 hepatocellular carcinoma Toxicity 0.000 claims description 13
- 201000003708 skin melanoma Diseases 0.000 claims description 13
- 208000034254 Squamous cell carcinoma of the cervix uteri Diseases 0.000 claims description 12
- 210000001635 urinary tract Anatomy 0.000 claims description 12
- 238000004113 cell culture Methods 0.000 claims description 11
- 230000003247 decreasing effect Effects 0.000 claims description 11
- 208000030173 low grade glioma Diseases 0.000 claims description 11
- 238000003757 reverse transcription PCR Methods 0.000 claims description 11
- 238000002123 RNA extraction Methods 0.000 claims description 10
- 231100000588 tumorigenic Toxicity 0.000 claims description 10
- 230000000381 tumorigenic effect Effects 0.000 claims description 10
- 201000005243 lung squamous cell carcinoma Diseases 0.000 claims description 9
- 238000012163 sequencing technique Methods 0.000 claims description 9
- 201000009030 Carcinoma Diseases 0.000 claims description 8
- 208000011767 Sarcoma of cervix uteri Diseases 0.000 claims description 8
- 230000002357 endometrial effect Effects 0.000 claims description 8
- 206010039491 Sarcoma Diseases 0.000 claims description 7
- 238000003559 RNA-seq method Methods 0.000 claims description 6
- 201000003914 endometrial carcinoma Diseases 0.000 claims description 6
- 210000004072 lung Anatomy 0.000 claims description 6
- 238000012258 culturing Methods 0.000 claims description 5
- 230000008569 process Effects 0.000 claims description 5
- 230000007423 decrease Effects 0.000 claims description 4
- 206010052360 Colorectal adenocarcinoma Diseases 0.000 claims description 3
- 239000013642 negative control Substances 0.000 claims description 3
- 239000013641 positive control Substances 0.000 claims description 2
- 208000006265 Renal cell carcinoma Diseases 0.000 description 11
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 description 8
- 230000009977 dual effect Effects 0.000 description 8
- 201000010279 papillary renal cell carcinoma Diseases 0.000 description 8
- 230000033228 biological regulation Effects 0.000 description 7
- 208000010507 Adenocarcinoma of Lung Diseases 0.000 description 5
- 206010033128 Ovarian cancer Diseases 0.000 description 5
- 206010061535 Ovarian neoplasm Diseases 0.000 description 5
- 208000009956 adenocarcinoma Diseases 0.000 description 5
- 230000002596 correlated effect Effects 0.000 description 5
- 208000030776 invasive breast carcinoma Diseases 0.000 description 5
- 201000005249 lung adenocarcinoma Diseases 0.000 description 5
- 239000003550 marker Substances 0.000 description 5
- 210000005170 neoplastic cell Anatomy 0.000 description 5
- 208000032612 Glial tumor Diseases 0.000 description 4
- 206010018338 Glioma Diseases 0.000 description 4
- 206010027476 Metastases Diseases 0.000 description 4
- 230000015572 biosynthetic process Effects 0.000 description 4
- 238000011161 development Methods 0.000 description 4
- 230000018109 developmental process Effects 0.000 description 4
- 230000004069 differentiation Effects 0.000 description 4
- 208000005017 glioblastoma Diseases 0.000 description 4
- 230000009401 metastasis Effects 0.000 description 4
- 208000005623 Carcinogenesis Diseases 0.000 description 3
- 101000994460 Homo sapiens Keratin, type I cytoskeletal 20 Proteins 0.000 description 3
- 102100032700 Keratin, type I cytoskeletal 20 Human genes 0.000 description 3
- 230000001594 aberrant effect Effects 0.000 description 3
- 230000036952 cancer formation Effects 0.000 description 3
- 231100000504 carcinogenesis Toxicity 0.000 description 3
- 210000001072 colon Anatomy 0.000 description 3
- 230000000875 corresponding effect Effects 0.000 description 3
- 201000010099 disease Diseases 0.000 description 3
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 description 3
- 230000003828 downregulation Effects 0.000 description 3
- 238000003119 immunoblot Methods 0.000 description 3
- 238000003364 immunohistochemistry Methods 0.000 description 3
- 238000010874 in vitro model Methods 0.000 description 3
- 239000000092 prognostic biomarker Substances 0.000 description 3
- 230000014493 regulation of gene expression Effects 0.000 description 3
- 230000001105 regulatory effect Effects 0.000 description 3
- 238000011282 treatment Methods 0.000 description 3
- 101710084907 AT-rich binding protein Proteins 0.000 description 2
- 102000007469 Actins Human genes 0.000 description 2
- 108010085238 Actins Proteins 0.000 description 2
- 208000030808 Clear cell renal carcinoma Diseases 0.000 description 2
- 108700021430 Kruppel-Like Factor 4 Proteins 0.000 description 2
- 206010061309 Neoplasm progression Diseases 0.000 description 2
- 108700020796 Oncogene Proteins 0.000 description 2
- 101100247004 Rattus norvegicus Qsox1 gene Proteins 0.000 description 2
- 230000002159 abnormal effect Effects 0.000 description 2
- 230000005856 abnormality Effects 0.000 description 2
- 206010073251 clear cell renal cell carcinoma Diseases 0.000 description 2
- 238000003745 diagnosis Methods 0.000 description 2
- 238000011156 evaluation Methods 0.000 description 2
- 230000006870 function Effects 0.000 description 2
- 210000003734 kidney Anatomy 0.000 description 2
- 210000003292 kidney cell Anatomy 0.000 description 2
- 230000001172 regenerating effect Effects 0.000 description 2
- 210000005102 tumor initiating cell Anatomy 0.000 description 2
- 230000005751 tumor progression Effects 0.000 description 2
- 230000003827 upregulation Effects 0.000 description 2
- 108091032973 (ribonucleotides)n+m Proteins 0.000 description 1
- 108060000903 Beta-catenin Proteins 0.000 description 1
- 102000015735 Beta-catenin Human genes 0.000 description 1
- 206010005949 Bone cancer Diseases 0.000 description 1
- 208000018084 Bone neoplasm Diseases 0.000 description 1
- 206010006187 Breast cancer Diseases 0.000 description 1
- 208000026310 Breast neoplasm Diseases 0.000 description 1
- 101710149415 DNA-binding protein SATB1 Proteins 0.000 description 1
- 102100037858 G1/S-specific cyclin-E1 Human genes 0.000 description 1
- 101000738568 Homo sapiens G1/S-specific cyclin-E1 Proteins 0.000 description 1
- 208000008839 Kidney Neoplasms Diseases 0.000 description 1
- 206010025323 Lymphomas Diseases 0.000 description 1
- 108010090115 Matrix Attachment Region Binding Proteins Proteins 0.000 description 1
- 102000012894 Matrix Attachment Region Binding Proteins Human genes 0.000 description 1
- 101710126211 POU domain, class 5, transcription factor 1 Proteins 0.000 description 1
- 206010061902 Pancreatic neoplasm Diseases 0.000 description 1
- 238000010240 RT-PCR analysis Methods 0.000 description 1
- 206010041848 Squamous cell carcinoma of the cervix Diseases 0.000 description 1
- 208000031673 T-Cell Cutaneous Lymphoma Diseases 0.000 description 1
- 208000000389 T-cell leukemia Diseases 0.000 description 1
- 208000028530 T-cell lymphoblastic leukemia/lymphoma Diseases 0.000 description 1
- 108091046869 Telomeric non-coding RNA Proteins 0.000 description 1
- 230000004156 Wnt signaling pathway Effects 0.000 description 1
- 230000035508 accumulation Effects 0.000 description 1
- 238000009825 accumulation Methods 0.000 description 1
- 239000000853 adhesive Substances 0.000 description 1
- 230000001070 adhesive effect Effects 0.000 description 1
- 230000019552 anatomical structure morphogenesis Effects 0.000 description 1
- 230000033115 angiogenesis Effects 0.000 description 1
- 230000006907 apoptotic process Effects 0.000 description 1
- 230000008901 benefit Effects 0.000 description 1
- 239000012620 biological material Substances 0.000 description 1
- 238000001574 biopsy Methods 0.000 description 1
- 206010005084 bladder transitional cell carcinoma Diseases 0.000 description 1
- 201000001528 bladder urothelial carcinoma Diseases 0.000 description 1
- 210000000481 breast Anatomy 0.000 description 1
- 230000003915 cell function Effects 0.000 description 1
- 230000001413 cellular effect Effects 0.000 description 1
- 238000012512 characterization method Methods 0.000 description 1
- 230000000973 chemotherapeutic effect Effects 0.000 description 1
- 210000000038 chest Anatomy 0.000 description 1
- 239000002131 composite material Substances 0.000 description 1
- 230000001276 controlling effect Effects 0.000 description 1
- 201000007241 cutaneous T cell lymphoma Diseases 0.000 description 1
- 230000034994 death Effects 0.000 description 1
- 238000013461 design Methods 0.000 description 1
- 238000001514 detection method Methods 0.000 description 1
- 239000012636 effector Substances 0.000 description 1
- 238000002825 functional assay Methods 0.000 description 1
- 230000004077 genetic alteration Effects 0.000 description 1
- 231100000118 genetic alteration Toxicity 0.000 description 1
- 210000004907 gland Anatomy 0.000 description 1
- 230000012010 growth Effects 0.000 description 1
- 201000010536 head and neck cancer Diseases 0.000 description 1
- 208000014829 head and neck neoplasm Diseases 0.000 description 1
- 210000003494 hepatocyte Anatomy 0.000 description 1
- 230000007365 immunoregulation Effects 0.000 description 1
- 238000001727 in vivo Methods 0.000 description 1
- 230000008595 infiltration Effects 0.000 description 1
- 238000001764 infiltration Methods 0.000 description 1
- 230000000968 intestinal effect Effects 0.000 description 1
- 238000002955 isolation Methods 0.000 description 1
- 238000012423 maintenance Methods 0.000 description 1
- 208000015486 malignant pancreatic neoplasm Diseases 0.000 description 1
- 239000000203 mixture Substances 0.000 description 1
- 230000004879 molecular function Effects 0.000 description 1
- 238000011242 molecular targeted therapy Methods 0.000 description 1
- 238000012544 monitoring process Methods 0.000 description 1
- 201000005962 mycosis fungoides Diseases 0.000 description 1
- 210000001989 nasopharynx Anatomy 0.000 description 1
- 210000001672 ovary Anatomy 0.000 description 1
- 201000002528 pancreatic cancer Diseases 0.000 description 1
- 208000008443 pancreatic carcinoma Diseases 0.000 description 1
- 230000001991 pathophysiological effect Effects 0.000 description 1
- 201000009981 periampullary adenocarcinoma Diseases 0.000 description 1
- 208000025638 primary cutaneous T-cell non-Hodgkin lymphoma Diseases 0.000 description 1
- 230000035755 proliferation Effects 0.000 description 1
- 210000002307 prostate Anatomy 0.000 description 1
- 208000015347 renal cell adenocarcinoma Diseases 0.000 description 1
- 238000011160 research Methods 0.000 description 1
- 238000009331 sowing Methods 0.000 description 1
- 230000008685 targeting Effects 0.000 description 1
- 238000012360 testing method Methods 0.000 description 1
- 230000001225 therapeutic effect Effects 0.000 description 1
- 230000005748 tumor development Effects 0.000 description 1
- 230000005740 tumor formation Effects 0.000 description 1
- 201000003701 uterine corpus endometrial carcinoma Diseases 0.000 description 1
- 210000004291 uterus Anatomy 0.000 description 1
Images
Classifications
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
- G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
- G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
- G01N33/53—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor
- G01N33/574—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for cancer
- G01N33/57407—Specifically defined cancers
- G01N33/57411—Specifically defined cancers of cervix
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
- C12Q1/6886—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material for cancer
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
- G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
- G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
- G01N33/53—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor
- G01N33/574—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for cancer
- G01N33/57407—Specifically defined cancers
- G01N33/57419—Specifically defined cancers of colon
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
- G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
- G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
- G01N33/53—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor
- G01N33/574—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for cancer
- G01N33/57407—Specifically defined cancers
- G01N33/57446—Specifically defined cancers of stomach or intestine
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/112—Disease subtyping, staging or classification
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/158—Expression markers
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N2800/00—Detection or diagnosis of diseases
- G01N2800/52—Predicting or monitoring the response to treatment, e.g. for selection of therapy based on assay results in personalised medicine; Prognosis
Landscapes
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Immunology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Pathology (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Biomedical Technology (AREA)
- Hematology (AREA)
- Urology & Nephrology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Hospice & Palliative Care (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Oncology (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Zoology (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Cell Biology (AREA)
- Food Science & Technology (AREA)
- Medicinal Chemistry (AREA)
- General Physics & Mathematics (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
Description
i. 原発腫瘍組織から単離された、腫瘍原性細胞培養物を培養する工程、並びに
ii. RNA単離及びシークエンシング及び定量RT-PCRによって、上記培養物における、SATB-1及びSATB-2クロマチンオーガナイザーの複合発現レベルを評価する工程
を含む方法を提供する。
(a) 複数のがんの種類に由来する、患者のTCGA(The Cancer Genome Atlas)データセットのカプランマイヤー生存解析(Kaplan Meier survival analysis)を実施する工程、並びに
(b) 患者生存データを、TCGA由来の、複数のがんの種類の腫瘍サンプルの、RNAシークエンシングを通して得られる遺伝子発現と比較して、がんの予後に対する、SATB1及びSATB2クロマチンオーガナイザーの重要性を評価する工程
を含む方法を提供する。
(i) SATB-1及びSATB-2の増加した複合発現は、子宮頸部扁平上皮がん、肉腫、及び胃腺がんに関して、劣った患者生存に強く相関する;
(ii) 大腸腺がん(COAD)、尿路上皮膀胱がん(urothelial bladder carcinoma)、直腸腺がん(READ)、肺扁平上皮がん、子宮体部子宮内膜がん(uterine corpus endometrial carcinoma)、及び肝臓肝細胞がんに関して、劣った患者生存となる、SATB2との、負の相関するSATB1の発現;
(iii) SATB2の発現増加及びSATB1の発現減少は、急性骨髄性白血病、低悪性度のグリオーマ、皮膚黒色腫、及び膵腺がんに関して、劣った患者生存の決定因子である(図1;図2)。
(i) 原発腫瘍組織から単離された、腫瘍原性細胞培養物を培養する工程、並びに
(ii) RNA単離及びシークエンシング、定量RT-PCR、免疫組織化学、並びに免疫ブロット法によって、上記培養物における、SATB-1及びSATB-2クロマチンオーガナイザーの複合発現レベルを評価する工程
を含む方法を提供する。
(a) 複数のがんの種類に由来する、患者のTCGA(The Cancer Genome Atlas)データセットのカプランマイヤー生存解析を実施し、患者生存データを、TCGAデータセットのRNAシークエンシング解析を通して得られる原発腫瘍の遺伝子発現と比較する工程、
(b) 工程(a)のRNAシークエンシングを通して得られた、SATB-1及びSATB-2クロマチンオーガナイザーの遺伝子発現を相互に関連付けて、がんの予後に対する、SATB-1及びSATB-2クロマチンオーガナイザーの遺伝子発現の重要性を評価する工程
を含む。
i. SATB1及びSATB2の複合発現の増加は、子宮頸部扁平上皮がん、肉腫、及び胃腺がんにおける、劣った患者生存と相関する;
ii. SATB2の減少を伴う、SATB1の発現増加は、尿路上皮膀胱がん、大腸腺がん(COAD)、直腸腺がん(READ)、肺扁平上皮がん、子宮体部子宮内膜がん、及び肝臓肝細胞がんにおける、劣った患者生存となる;並びに
iii. 急性骨髄性白血病、低悪性度グリオーマ、皮膚黒色腫、及び膵腺がんの場合、SATB2の発現増加及びSATB1の発現減少は、劣った患者生存の決定因子であった(図1;図2)
を含む。
(i) SATB1及びSATB2の複合発現の増加は、子宮頸部扁平上皮がん、肉腫、及び胃腺がんにおける、劣った患者生存と相関する;
(ii) SATB2の減少を伴う、SATB1の発現増加は、尿路上皮膀胱がん、大腸腺がん(COAD)、直腸腺がん(READ)、肺扁平上皮がん、子宮体部子宮内膜がん、及び肝臓肝細胞がんにおける、劣った患者生存となる;並びに
(iii) 急性骨髄性白血病、低悪性度グリオーマ、皮膚黒色腫、及び膵腺がんの場合、SATB2の発現増加及びSATB1の発現減少は、劣った患者生存の決定因子であった。
(i) 原発腫瘍組織から単離された、腫瘍原性細胞培養物を培養する工程、並びに
(ii) RNA単離及びシークエンシング、定量RT-PCR、免疫組織化学、並びに免疫ブロット法によって、上記培養物における、SATB-1及びSATB-2クロマチンオーガナイザーの複合発現レベルを評価する工程
を含み、SATBの複合発現パターンは、3Dスフェロイドとして培養された腫瘍原性細胞における、 SATB-2の減少を伴う、SATB-1の発現の増加は、大腸がん/大腸腺がん/直腸腺がんと診断された患者において、劣った患者生存となることを指す、方法を提供する。
(a) がん細胞株から3D及び2D培養物を構築する工程、並びに
(b) 上記がん細胞株から製造されたスフェロイド(3D培養)及び細胞株(2D培養)における、定量RT-PCRを使用して、SATBファミリークロマチンオーガナイザーの遺伝子発現パターンをプロファイリングする工程
を含む方法を提供する。
(i) ネガティブコントロールとしての、健康な細胞培養物
(ii) ポジティブコントロールとしての、がんの種類に特異的な腫瘍原性細胞培養物;
(iii) RNA単離、シークエンシング、及びRT-PCRを実施するためのツール;並びに
(iv) 以下を示す、がんの種類に特異的な、SATB1及びSATB2の複合発現パターンを示す表;
(a) SATB1及びSATB2の複合発現の増加は、子宮頸部扁平上皮がん、肉腫、及び胃腺がんにおける、劣った患者生存と相関する;
(b) SATB2の減少を伴う、SATB1の発現増加は、尿路上皮膀胱がん、大腸腺がん(COAD)、直腸腺がん(READ)、肺扁平上皮がん、子宮体部子宮内膜がん、及び肝臓肝細胞がんにおける、劣った患者生存と相関する;並びに
(iii) SATB2の発現増加及びSATB1の発現減少は、急性骨髄性白血病、低悪性度グリオーマ、膵腺がん、及び皮膚黒色腫における、劣った患者生存と相関する。
生存解析は、SATB1及びSATB2の両方のより高い発現は、子宮頸部扁平上皮がん、肉腫、及び胃腺がんにおける、劣った患者生存と相関することを明らかにした。SATB1の相関関係は、Wang et al Jpn J Clin Oncol. 2015、及びHedner et al Virchows Arch. 2014によって、胃腺がん及び子宮頸部扁平上皮がんの場合に、悪性度と結び付けられるが、しかしながら、これらの研究のどれもが、SATB2の関連性を報告していなかった。これらの発見は、Wang et al Tumour Biol. 2015、Zhang et al Mol Cell Biochem. 2013、及びLiu et al Mol Cell Biochem. 2017による、肉腫に関する、より早期の報告に一致しており、独立した研究において、SATB1及びSATB2の発現は、それぞれ、腫瘍悪性度に相関した。
生体物質の供給源:
HCT116、HCT15細胞株は、欧州細胞培養コレクション(European Collection of Cell Cultures )(ECACC, SIGMA, St Loius, USA)から製造され、HT29は細胞株は、米国培養細胞系統保存機関(American Type Culture Collection)(ATCC, Manssas, Virginia, USA)から製造された。
・本発明は、腫瘍の種類に特異的で、がん患者の生存の決定因子として働く、SATBファミリークロマチンオーガナイザーの発現パターンの間のダイナミックなバランスを提供する。
・SATBファミリークロマチンオーガナイザーのがん組織特異的な制御は、がんの予後に関する正確なバイオマーカーとして働く。
・がんの悪性度の向上した評価。
Claims (7)
- SATB-1及びSATB-2(Special AT-rich Sequence-Binding Protein)クロマチンオーガナイザーの複合発現レベルを評価することによって特徴付けられる、対象における、がんの進展及び悪性度を評価するためのin-vitroの方法であって、
i. 原発腫瘍組織から単離された、腫瘍原性細胞培養物を培養する工程、並びに
ii. RNA単離及びシークエンシング及び定量RT-PCRによって、上記培養物における、SATB-1及びSATB-2クロマチンオーガナイザーの複合発現パターンを評価する工程
を含む方法。 - 前記腫瘍原性細胞が、3Dスフェロイド培養物として培養される、請求項1に記載のin-vitroの方法。
- SATB-1及びSATB-2の複合発現レベルが、子宮頸部扁平上皮がん、肉腫、胃腺がん、尿路上皮膀胱がん、大腸腺がん(COAD)、直腸腺がん(READ)、肺扁平上皮がん、子宮体部子宮内膜がん、及び肝臓肝細胞がん、急性骨髄性白血病、低悪性度グリオーマ、膵腺がん、及び皮膚黒色腫を含む群から選択されるがんに関して評価される、請求項1に記載のin-vitroの方法。
- SATB-1及びSATB-2の複合発現パターンを評価することが、以下を含む群から選択される、請求項3に記載のin-vitroの方法;
(i) SATB1及びSATB2の複合発現の増加は、子宮頸部扁平上皮がん、肉腫、及び胃腺がんにおける、劣った患者生存と相関する;
(ii) SATB2の減少を伴う、SATB1の発現増加は、尿路上皮膀胱がん、大腸腺がん(COAD)、直腸腺がん(READ)、肺扁平上皮がん、子宮体部子宮内膜がん、及び肝臓肝細胞がんにおける、劣った患者生存と相関する;並びに
(iii) SATB2の発現増加及びSATB1の発現減少は、急性骨髄性白血病、低悪性度グリオーマ、膵腺がん、及び皮膚黒色腫における、劣った患者生存と相関する。 - がんの予後に対する、SATB-1及びSATB-2ファミリークロマチンオーガナイザーの複合発現パターンが、以下を含む方法によって規定される、請求項1に記載のin-vitroの方法;
(a) 複数のがんの種類に由来する、患者のTCGA(The Cancer Genome Atlas)データセットのカプランマイヤー生存解析を実施する工程、並びに
(b) 患者生存データを、TCGA由来の、複数のがんの種類の腫瘍サンプルの、RNAシークエンシングを通して得られる遺伝子発現と比較して、がんの予後に対する、SATB1及びSATB2クロマチンオーガナイザーの重要性を評価する工程。 - SATB(Special AT-rich Sequence-Binding Protein)クロマチンオーガナイザー(すなわち、SATB-1及びSATB-2)の複合発現パターンを評価することによって特徴付けられる、患者における、請求項1に記載の、大腸がん/大腸腺がん/直腸腺がんの進展及び悪性度を評価するための、in-vitroの方法であって、
(i) 原発腫瘍組織から単離された、腫瘍原性細胞培養物を培養する工程、並びに
(ii) RNA単離及びシークエンシング及び定量RT-PCRによって、上記培養物における、SATB-1及びSATB-2クロマチンオーガナイザーの複合発現レベルを評価する工程
を含み、
SATBの複合発現パターンは、3Dスフェロイドとして培養された腫瘍原性細胞における、SATB-2の減少を伴う、SATB-1の発現の増加が、大腸がん/大腸腺がん/直腸腺がんと診断された患者において、劣った患者生存となることを指す、方法。 - がんと診断された対象における、がんの種類の、進展及び悪性度を評価するための、予後キットであって、以下を含む、予後キット;
(i) ネガティブコントロールとしての、健康な細胞培養物
(ii) ポジティブコントロールとしての、がんの種類に特異的な腫瘍原性細胞培養物;
(iii) RNA単離、シークエンシング、及びRT-PCRを実施するためのツール;並びに
(iv) 以下を示す、がんの種類に特異的な、SATB1及びSATB2の複合発現パターンを示す表;
(a) SATB1及びSATB2の複合発現の増加は、子宮頸部扁平上皮がん、肉腫、及び胃腺がんにおける、劣った患者生存と相関する;
(b) SATB2の減少を伴う、SATB1の発現増加は、尿路上皮膀胱がん、大腸腺がん(COAD)、直腸腺がん(READ)、肺扁平上皮がん、子宮体部子宮内膜がん、及び肝臓肝細胞がんにおける、劣った患者生存と相関する;並びに
(c) SATB2の発現増加及びSATB1の発現減少は、急性骨髄性白血病、低悪性度グリオーマ、膵腺がん、及び皮膚黒色腫における、劣った患者生存と相関する。
Applications Claiming Priority (3)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
IN201821029791 | 2018-08-08 | ||
IN201821029791 | 2018-08-08 | ||
PCT/IN2019/050580 WO2020031206A1 (en) | 2018-08-08 | 2019-08-08 | Combined expression pattern of satb family chromatin organizers as improved biomarker tool for cancer prognosis |
Publications (1)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
JP2022502072A true JP2022502072A (ja) | 2022-01-11 |
Family
ID=69414247
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2021530331A Pending JP2022502072A (ja) | 2018-08-08 | 2019-08-08 | がんの予後に関する向上されたバイオマーカーツールとしてのsatbファミリークロマチンオーガナイザーの複合発現パターン |
Country Status (5)
Country | Link |
---|---|
US (1) | US20210262041A1 (ja) |
EP (1) | EP3833779A4 (ja) |
JP (1) | JP2022502072A (ja) |
CN (1) | CN112912517A (ja) |
WO (1) | WO2020031206A1 (ja) |
Families Citing this family (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN111932538B (zh) * | 2020-10-10 | 2021-01-15 | 平安科技(深圳)有限公司 | 分析甲状腺图谱的方法、装置、计算机设备及存储介质 |
CN112562785A (zh) * | 2020-12-10 | 2021-03-26 | 哈尔滨医科大学附属第一医院 | 基于atac测序数据筛选子宫内膜癌关键基因的方法及应用 |
Family Cites Families (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN104774925B (zh) * | 2015-03-13 | 2018-01-19 | 中山大学肿瘤防治中心 | Brca2的3′非翻译区在制备肿瘤诊断、治疗和预后试剂中的应用 |
-
2019
- 2019-08-08 EP EP19847807.5A patent/EP3833779A4/en active Pending
- 2019-08-08 CN CN201980066379.7A patent/CN112912517A/zh active Pending
- 2019-08-08 JP JP2021530331A patent/JP2022502072A/ja active Pending
- 2019-08-08 WO PCT/IN2019/050580 patent/WO2020031206A1/en unknown
- 2019-08-08 US US17/266,206 patent/US20210262041A1/en active Pending
Non-Patent Citations (2)
Title |
---|
CANCER CELL INTERNATIONAL, vol. 9, no. 18, JPN7023001593, 2009, pages 1 - 10, ISSN: 0005050389 * |
ONCOTARGET, vol. 7, no. 4, JPN7023001594, 2015, pages 4993 - 5006, ISSN: 0005050388 * |
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
EP3833779A1 (en) | 2021-06-16 |
WO2020031206A1 (en) | 2020-02-13 |
CN112912517A (zh) | 2021-06-04 |
EP3833779A4 (en) | 2022-05-11 |
US20210262041A1 (en) | 2021-08-26 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
Leemans et al. | The molecular landscape of head and neck cancer | |
Manoranjan et al. | FoxG1 interacts with Bmi1 to regulate self-renewal and tumorigenicity of medulloblastoma stem cells | |
Okugawa et al. | Metastasis-associated long non-coding RNA drives gastric cancer development and promotes peritoneal metastasis | |
Lamb et al. | Wnt pathway activity in breast cancer sub-types and stem-like cells | |
Liep et al. | Cooperative effect of miR-141-3p and miR-145-5p in the regulation of targets in clear cell renal cell carcinoma | |
Tai et al. | Persistent Krüppel‐like factor 4 expression predicts progression and poor prognosis of head and neck squamous cell carcinoma | |
Chen et al. | Expression and prognostic value of miR-486-5p in patients with gastric adenocarcinoma | |
Cichon et al. | Growth of lung cancer cells in three-dimensional microenvironments reveals key features of tumor malignancy | |
Song et al. | Identification of urinary hsa_circ_0137439 as a potential biomarker and tumor regulator of bladder cancer. | |
Abbas et al. | Distinct TP63 isoform-driven transcriptional signatures predict tumor progression and clinical outcomes | |
Akita et al. | Ep-CAM is a significant prognostic factor in pancreatic cancer patients by suppressing cell activity | |
Zhang et al. | Rab5a is overexpressed in oral cancer and promotes invasion through ERK/MMP signaling | |
WO2015015000A1 (en) | Signature of cycling hypoxia and use thereof for the prognosis of cancer | |
CA2673784A1 (en) | Dna methylation markers based on epigenetic stem cell signatures in cancer | |
Lou et al. | Long non-coding RNA BANCR indicates poor prognosis for breast cancer and promotes cell proliferation and invasion | |
WO2012013931A1 (en) | Methods for diagnosing cancer | |
Ryu et al. | Overexpression of epithelial-mesenchymal transition–related markers according to cell dedifferentiation: clinical implications as an independent predictor of poor prognosis in cholangiocarcinoma | |
Uchida et al. | Investigation of HOXA9 promoter methylation as a biomarker to distinguish oral cancer patients at low risk of neck metastasis | |
Sassenberg et al. | Upregulation of the long non-coding RNA CASC9 as a biomarker for squamous cell carcinoma | |
Xu et al. | LncRNA HOXB-AS3 promotes growth, invasion and migration of epithelial ovarian cancer by altering glycolysis | |
JP2022502072A (ja) | がんの予後に関する向上されたバイオマーカーツールとしてのsatbファミリークロマチンオーガナイザーの複合発現パターン | |
Gasinska et al. | Biomarkers of epithelial-mesenchymal transition in localized, surgically treated clear-cell renal cell carcinoma | |
Huang et al. | The prognostic potential of alpha-1 type I collagen expression in papillary thyroid cancer | |
Zhou et al. | miR‐942‐5p inhibits proliferation, metastasis, and epithelial‐mesenchymal transition in colorectal cancer by targeting CCBE1 | |
Cheng et al. | LAPTM4B-35, a cancer-related gene, is associated with poor prognosis in TNM stages I-III gastric cancer patients |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20211019 |
|
A621 | Written request for application examination |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A621 Effective date: 20220601 |
|
A977 | Report on retrieval |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A971007 Effective date: 20230420 |
|
A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20230508 |
|
A601 | Written request for extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A601 Effective date: 20230808 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20231027 |
|
A02 | Decision of refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A02 Effective date: 20240115 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20240510 |