JP2022116265A - 両親媒性化合物、新生抗原及び疎水性担体を含むワクチン組成物、並びにその使用方法 - Google Patents

両親媒性化合物、新生抗原及び疎水性担体を含むワクチン組成物、並びにその使用方法 Download PDF

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Abstract

【課題】新生抗原に対する強力な体液性及び／又は細胞媒介性免疫応答を誘導するための最適なワクチン組成物、並びに癌の治療における該ワクチン組成物の使用を提供する。【解決手段】ワクチン組成物は、（ａ）両親媒性化合物；（ｂ）新生抗原；及び（ｃ）疎水性担体を含む。【選択図】図１

Description

分野
[0001]本出願は、両親媒性化合物、新生抗原及び疎水性担体を含むワクチン組成物、並びにそのような組成物を癌の治療に使用する方法に関する。
背景
[0002]免疫療法、特に癌免疫療法では、十分に強力な免疫応答を引き起こすことが、大きな障害である。癌ワクチン抗原に対する免疫応答は、免疫回避の機序として腫瘍内で生じる免疫寛容機序によって阻害されることが多い（Ｋｉｍ ２００７年）。さらに、ペプチドなどの高度に精製された且つ合成された抗原は、免疫原性が低いことが多く、したがって、頑強な免疫応答を促進するためのアジュバントのような免疫刺激物質を必要とする（Ｉｒｖｉｎｅ ２０１３年）。
[0003]新生抗原は、精密に個別化された免疫療法をもたらす癌治療の効果に非常に大きな可能性を有するために、個別化された癌治療薬を開発するための非常に有力な選択肢として浮上しているが、好適な送達プラットフォームが依然として必要とされている（Ｍｕｌｌａｒｄ ２０１６年）。
[0004]新生抗原は、腫瘍の体細胞ＤＮＡにおける突然変異の結果、生じるものであり、したがって、個別化治療の形態を示す。多くの個体において腫瘍内に選択的に発現する又は過剰発現する（正常細胞中に発現する場合もあるが）共通腫瘍抗原とは対照的に、新生抗原は、腫瘍特異的及び／又は患者特異的突然変異を含み、且つ腫瘍を特異的にマークして破壊する可能性を有し、同時に自己寛容を回避する。
[0005]これらの及び他の突然変異又は修飾の結果として、新生抗原は、各患者に特有である予測されたエピトープ（Ｂ細胞及びＴ細胞）を含む。新生抗原、及びそこに含まれる新生エピトープは、ワクチンとして注射したときに、免疫原性がある場合があり、又はない場合があり、したがって免疫化のために適切な配合剤を選択することが、最適な免疫原性を確実にするために重要である。さらに、各ペプチドプールは各患者に対して特有であるために、新生抗原及び／又は新生エピトープを識別し、そして合理的な時間枠内で適切なワクチン配合剤に配合するプロセスは、患者治療におけるその最終的な使用の点で、重要な考慮すべき問題である。各ペプチドプールは、異なる特性を有する異なるペプチドを含み、特に、ワクチン配合剤が弱免疫原性抗原を扱うのに不十分である場合に、最適化を必要とすることがある。
[0006]新生抗原に対する強力な体液性及び／又は細胞媒介性免疫応答を誘導するための最適なワクチン組成物の開発が依然として必要とされている。本開示では、本発明者らは、弱免疫原性である新生抗原を含む新生抗原に対する免疫原性を強化するための新規なワクチン組成物を記載する。
概要
[0007]ある実施形態において、本発明は、（ａ）両親媒性化合物；（ｂ）新生抗原；及び（ｃ）疎水性担体を含むワクチン組成物に関する。
[0008]別の実施形態において、本明細書に記載されるようなワクチン組成物は、水を含まない又は水を実質的に含まない。
[0009]別の実施形態において、本発明は、（ａ）１，２－ジオレオイル－ｓｎ－グリセロ－３－ホスホコリン（ＤＯＰＣ）及びコレステロールの脂質分子混合物；（ｂ）新生抗原；（ｃ）疎水性担体モンタナイド（Ｍｏｎｔａｎｉｄｅ）（登録商標）ＩＳＡ５１；（ｄ）アミノ酸配列ＡＱＹＩＫＡＮＳＫＦＩＧＩＴＥＬ（Ａ１６Ｌペプチド；配列番号１）を含む破傷風トキソイドからのユニバーサルヘルパーＴエピトープ；及び（ｅ）ＤＮＡ及び／又はＲＮＡ ｐｏｌｙＩ：Ｃポリヌクレオチドアジュバントを含むワクチン組成物に関する。
[0010]別の実施形態において、本発明は、本明細書に記載されるようなワクチン組成物を、それを必要とする対象に投与することを含む方法に関する。本実施形態の態様において、方法は、新生抗原に対する抗体免疫応答及び／又は細胞媒介性免疫応答を、対象において誘導するためのものである。本実施形態の別の態様において、方法は、癌を治療及び／又は予防するためのものである。
[0011]別の実施形態において、本明細書に記載されるような方法は、例えば、シクロホスファミドなどのＤＮＡ複製に干渉する薬剤を対象に投与することをさらに含む。
[0012]別の実施形態において、本明細書に記載されるような方法は、例えば、プログラム死リガンド１（Ｐｒｏｇｒａｍｍｅｄ Ｄｅａｔｈ－Ｌｉｇａｎｄ １）（ＰＤ－Ｌ１）、プログラム死１（Ｐｒｏｇｒａｍｍｅｄ Ｄｅａｔｈ １）（ＰＤ－１）、ＣＴＬＡ－４、ＰＤ－Ｌ２、ＬＡＧ３、ＴＩＭ３、４１ＢＢ、２Ｂ４、Ａ２ａＲ、Ｂ７Ｈ１、Ｂ７Ｈ３、Ｂ７Ｈ４、ＢＴＬＡ、ＣＤ２、ＣＤ２７、ＣＤ２８、ＣＤ３０、ＣＤ４０、ＣＤ７０、ＣＤ８０、ＣＤ８６、ＣＤ１６０、ＣＤ２２６、ＣＤ２７６、ＤＲ３、ＧＡＬ９、ＧＩＴＲ、ＨＶＥＭ、ＩＤＯ１、ＩＤＯ２、誘導性Ｔ細胞共刺激体（ＩＣＯＳ）、ＫＩＲ、ＬＡＩＲ１、ＬＩＧＨＴ、コラーゲン構造を有するマクロファージ受容体（ＭＡＲＣＯ）、ホスファチジルセリン（ＰＳ）、ＯＸ－４０、ＳＬＡＭ、ＴＩＧＩＴ、ＶＩＳＴＡ、ＶＴＣＮ１、又はこれらの任意の組合せの阻害剤などの免疫応答チェックポイント阻害剤を対象に投与することをさらに含む。
[0013]別の実施形態において、本発明は、前記新生抗原に対する抗体免疫応答を対象において誘導するための、本明細書に記載されるような組成物の使用に関する。
[0014]別の実施形態において、本発明は、前記新生抗原に対する細胞媒介性免疫応答を対象において誘導するための、本明細書に記載されるような組成物の使用に関する。
[0015]別の実施形態において、本発明は、癌を治療及び／又は予防するための、本明細書に記載されるような組成物の使用に関する。
[0016]別の実施形態において、本発明は、両親媒性化合物及び新生抗原を含む第１の容器、並びに疎水性担体を含む第２の容器を含むキットに関する。
[0017]図面には、発明の実施形態が一例として例示されているにすぎない。
油性配合剤又は水性配合剤のいずれかとして調製されたＭｕｔ３０抗原をワクチン接種されたＣ５７ＢＬ／６ＶＡＦ／エリート（Ｅｌｉｔｅ）（登録商標）ＣｒｌマウスのＩＦＮ－ガンマＥＬＩＳＰＯＴ応答を示すグラフである。免疫応答は、ワクチン接種から８日後に、ＩＦＮ－ガンマＥＬＩＳＰＯＴプレート中で、非関連ペプチド又はＭｕｔ３０新生抗原を負荷していない又は負荷した同系樹状細胞で脾細胞を刺激することによって測定した。統計的分析は、二元配置ＡＮＯＶＡによって、ボンフェローニ事後検定を用い、Ｍｕｔ３０ペプチドに応答する群を比較して行った。＊ｐ＜０．０５、＊＊＊ｐ＜０．００１。 油性配合剤として異なる用量で調製されたＭｕｔ３０新生抗原をワクチン接種されたＣ５７ＢＬ／６ＶＡＦ／エリート（登録商標）ＣｒｌマウスのＩＦＮ－ガンマＥＬＩＳＰＯＴ応答を示すグラフである。免疫応答は、ワクチン接種から８日後に、ＩＦＮ－ガンマＥＬＩＳＰＯＴプレート中で、非関連ペプチド又はＭｕｔ３０新生抗原を負荷していない又は負荷した同系樹状細胞で脾細胞を刺激することによって測定した。統計的分析は、二元配置ＡＮＯＶＡによって、ボンフェローニ事後検定を用い、Ｍｕｔ３０ペプチドに応答する群を比較して行った。 油性配合剤又は水性緩衝液配合剤のいずれかとしてＲＮＡ又はＤＮＡ系ｐｏｌｙＩ；Ｃ分子とともに調製されたＭｕｔ３０新生抗原をワクチン接種されたＣ５７ＢＬ／６ＮＣｒｌマウスのＩＦＮ－ガンマＥＬＩＳＰＯＴ応答を示すグラフである。免疫応答は、ワクチン接種から８日後に、ＩＦＮ－ガンマＥＬＩＳＰＯＴプレート中で、非関連ペプチド又はＭｕｔ３０新生抗原を負荷していない又は負荷した同系樹状細胞で脾細胞を刺激することによって測定した。統計的分析は、二元配置ＡＮＯＶＡによって、ボンフェローニ事後検定を用い、Ｍｕｔ３０ペプチドに応答する群を比較して行った。＊ｐ＜０．０５、＊＊＊ｐ＜０．００１。
詳細な説明
[0021]常に突然変異している癌細胞及びエピトープに対する有効な治療を見出すのに重大な障壁のうちの１つは、新生抗原（又はその突然変異したエピトープ）を迅速に識別すること、これらをペプチドとして合成すること、及びこれらのペプチドを好適な配合剤として製造し、個別化ワクチンとして患者に送達することができない点であった。個別化医薬品に関しては、この全プロセスを約６～８週で達成することが理想的である。
[0022]いくつかのハードルとしては、例えば、（ｉ）新生抗原及び／又はその新生エピトープを迅速に識別する科学技術が存在しないこと、（ｉｉ）１名の患者程度の小さい生産規模に対して、例えば個別化医薬品に対して、迅速な且つ費用効率が高い様式で製造することができるワクチン組成物の識別、（ｉｉｉ）新生抗原に対する十分に強力な且つ特異的な免疫応答をもたらす好適なワクチン組成物（例えば送達プラットフォーム）の識別であって、交差反応を回避するために、単回投与後に低用量の新生抗原を用いるのが好ましい識別、（ｉｖ）長鎖ペプチド抗原（例えば２５個超のアミノ酸長）を効果的に送達するワクチン組成物の能力、（ｖ）複数のペプチド新生抗原に対する免疫応答（例えばＣＴＬ免疫応答）をもたらし、広範囲のエピトープにわたって複数のエピトープを標的化するのに好適なワクチン組成物の識別、及び（ｖｉ）その能力が強力な免疫原性であることが証明済みのために選択されておらず、且つ弱免疫原性となる傾向がある、新生抗原又は新生エピトープに対する強力な免疫応答を誘導するワクチン組成物の能力が挙げられる。
[0023]これらのハードルを考慮すると、新生抗原の免疫原性を改善する能力を有するワクチン組成物の重要性は、従来のワクチンエピトープの選択における重要性よりも著しく大きい。さらに、ワクチン組成物は、ペプチド新生抗原を使用して、同時に複数のエピトープに対して有効な免疫応答を誘導できることが望ましい。また、ワクチン組成物は、対象において野生型ペプチドに対する交差反応を回避する目的で、単回のみの投与後に低用量の新生抗原に対する免疫応答を誘導できることが望ましい。
[0024]弱免疫原性新生抗原に関してさえ、強力な免疫応答を誘導することができるワクチン組成物が、本出願に記載される。さらに、本明細書に開示されるようなワクチン組成物は、費用効率が高く、拡大可能な生産能力に適合し且つそれを受け入れるはずである。
[0025]両親媒性化合物、新生抗原、及び疎水性担体を含む本発明の油性組成物は、驚くべきことに、単回投与後に、同等の水性配合剤と比較して、新生抗原ペプチドに対して統計的に有意に強化された免疫応答をもたらすことができた。
[0026]例示的な新生抗原として、本発明者らは、Ｃａｓｔｌｅ ２０１２年で識別されたＭｕｔ３０新生抗原を使用した。Ｃａｓｔｌｅ ２０１２年では、Ｍｕｔ３０新生抗原により、水性組成物を使用して、強力な突然変異特異的免疫応答をマウスにもたらすことができたことが主張されている。しかし、Ｃａｓｔｌｅ ２０１２年では、単回投与のみによるＭｕｔ３０の低用量投与の研究はされていない。この低用量投与は、高用量で又は反復して投与した場合に自己ペプチドとの交差反応性が生じることがある、特に弱免疫原性新生抗原に対する良好な新生抗原ワクチンの重要な特色を示し得る。
[0027]本明細書に示されるように、本発明者らは、Ｍｕｔ３０新生抗原を含む水性配合剤を用いて、単回投与後に強力な免疫応答をもたらすことはできなかった。対照的に、Ｍｕｔ３０新生抗原を本発明の油性組成物として配合したときに、免疫応答は有意に強化された。これらの結果を図１及び３に示す。本発明の油性組成物は、単回投与後に、水性配合剤のレベルよりも一貫して少なくとも約３倍高いレベルで、２７個のアミノ酸であるＭｕｔ３０新生抗原ペプチドに対する細胞媒介性免疫応答をもたらすことができた。これは、新生抗原が弱免疫原性ペプチドであることが多いということを示す予測外の結果である。
[0028]さらに、本発明の油性配合剤は、これらの強化された免疫応答を、有意に低い用量の新生抗原を用いてもたらすことができた。図２で示すように、本発明の油性組成物は、１００マイクログラムと５０マイクログラムの、それぞれ高用量と低用量の両方でＭｕｔ３０新生抗原に対する同等な免疫応答もたらすことができた。新生抗原と自己ペプチドとの間に類似性が生じると（例えば単一アミノ酸突然変異）、送達される新生抗原の量は減少するが、有効な免疫応答をさらに与えられるという能力によって、本発明の重要な利点が示される。
[0029]本発明の組成物が、単回投与後に、低用量で、新生抗原に対する著しく強力な免疫応答を誘導できることは、本明細書に記載される実施例より明らかである。
[0030]ワクチン組成物
[0031]ある実施形態において、本開示は、両親媒性化合物、新生抗原及び疎水性担体を含むワクチン組成物に関する。これらの構成成分のそれぞれを、本明細書に個々にさらに詳細に説明する。ある実施形態において、ワクチン組成物は、本明細書に記載されるように水を含まない又は水を実質的に含まない。
[0032]本明細書に使用される「ワクチン」、「ワクチン組成物」又は「組成物」という用語は、文脈に応じて、交換可能に使用することがある。
[0033]本明細書に開示されるようなワクチン組成物は、治療有効量で対象に投与してもよい。本明細書に使用される「治療有効量」は、対象において免疫応答を刺激、誘導、維持、ブースト又は強化するのに有効なワクチン又は活性成分（例えば、１つ又は複数の新生抗原）の量を意味する。いくつかの実施形態において、ワクチンの治療有効量は、特に疾患又は障害の治療において対象に臨床応答を誘導することができる量である。ワクチンの治療有効量の決定は、特に本明細書に提供される開示を考慮すると、当業者の能力の範囲内で十分である。治療有効量は、対象の状態、体重、性別及び年齢などのさまざまな因子に従って変更してもよい。
[0034]新生抗原
[0035]本明細書に開示されるようなワクチン組成物は、１つ又は複数の新生抗原を含む。
[0036]本明細書に使用される「新生抗原」という用語は、発現タンパク質における腫瘍特異的突然変異に起因するある種の腫瘍抗原を指す。新生抗原は、任意の癌、腫瘍又はこれらの細胞由来であるとすることができる。その用語は、新生抗原性ペプチドと新生抗原性ペプチドをコードするポリヌクレオチドの両方を包含する。したがって、「新生抗原性ペプチド」という用語は、特にペプチド新生抗原を指すが、「新生抗原」という用語は、新生抗原性ペプチドをコードするポリヌクレオチドをより広範に包含する。
[0037]本明細書に使用される「～由来の（ｄｅｒｉｖｅｄ ｆｒｏｍ）」という用語は、限定するものではないが：起源原料（例えば対象）から直接単離された又は得られた新生抗原；起源原料からの新生抗原と同一の配列である、合成又は遺伝子組換えで生成された新生抗原；又は起源原料の新生抗原又はこれらのフラグメントから作成された新生抗原を包含する。
[0038]新生抗原を生成する、発現タンパク質における突然変異は、患者特異的であってもよい。「患者特異的」は、突然変異（複数可）が、個々の対象に対して特有であることを意味する。しかし、１名を超える対象が同じ突然変異（複数可）を共有することは可能である。したがって、「患者特異的」突然変異は、対象の小さな又は大きな部分母集団によって共有されていてもよい。
[0039]特定の実施形態において、新生抗原性ペプチドのサイズは、約５、約６、約７、約８、約９、約１０、約１１、約１２、約１３、約１４、約１５、約１６、約１７、約１８、約１９、約２０、約２１、約２２、約２３、約２４、約２５、約２６、約２７、約２８、約２９、約３０、約３１、約３２、約３３、約３４、約３５、約３６、約３７、約３８、約３９、約４０、約４１、約４２、約４３、約４４、約４５、約４６、約４７、約４８、約４９、約５０、約６０、約７０、約８０、約９０、約１００、約１１０、約１２０個以上のアミノ酸残基、及びこれらの中から導き出される任意の範囲であってもよい。いくつかの実施形態において、新生抗原性ペプチドは、２５個超のアミノ酸長である。いくつかの実施形態において、新生抗原性ペプチドは、５～５０個のアミノ酸長である。いくつかの実施形態において、新生抗原性ペプチドは、２７個のアミノ酸長である。
[0040]新生抗原性ペプチドは、１つ又は複数の新生エピトープを含んでいてもよい。本明細書に使用される「エピトープ」という用語は、免疫系によって、特に抗体、Ｂ細胞又はＴ細胞によって認識することができるペプチド配列を指す。「新生エピトープ」は、天然アミノ酸配列と比較すると腫瘍特異的突然変異を含む新生抗原性ペプチドのエピトープである。一般的には、新生エピトープは、患者ＨＬＡと結合するための潜在力を有するアンカー残基に関する新生抗原のスクリーニングによって識別してもよい。新生エピトープは、通常は、ＨＬＡに結合するペプチドを予測することができるＮｅｔＭＨＣなどのアルゴリズムを使用してランク付けされる。
[0041]「Ｔ細胞新生エピトープ」は、ペプチド提示ＭＨＣ分子又はＭＨＣ複合体の形態でクラスＩ又はＩＩのＭＨＣ分子が結合することができる、突然変異したペプチド配列を意味するとして理解するべきである。Ｔ細胞新生エピトープは、典型的には、Ｔ細胞受容体によって認識を受け入れられて、細胞媒介性免疫応答をもたらすことができるものとするべきである。ＭＨＣクラスＩ分子によって提示されるＴ細胞エピトープは、典型的には、８個から１５個の間のアミノ酸長、及びより頻繁には９個から１１個の間のアミノ酸長のペプチドである。ＭＨＣクラスＩＩ分子によって提示されるＴ細胞エピトープは、典型的には、５個から２４個の間のアミノ酸長、より頻繁には１３個から１７個の間のアミノ酸長のペプチドである。新生抗原がこれらのサイズよりも大きい場合、免疫系によって、ＭＨＣクラスＩ又はＩＩ分子との相互作用に、より好適なサイズのフラグメントに処理されることになる。したがって、Ｔ細胞新生エピトープは、上記で述べられたものよりも大きいペプチドの一部であってもよい。
[0042]「Ｂ細胞新生エピトープ」は、Ｂ細胞によって及び／又は抗体によって認識することができる突然変異したペプチド配列を意味するとして理解するべきである。Ｂ細胞エピトープは、典型的には、少なくとも５個のアミノ酸長、より頻繁には少なくとも６個のアミノ酸長、さらにより頻繁には少なくとも７個又は８個のアミノ酸長であり、且つ連続的（「線状」）又は不連続的（「立体構造状」）であってもよく、後者は、例えば、一次アミノ酸配列の非隣接部分が物理的に近接するようにタンパク質を折りたたむことによって形成されている。線状Ｂ細胞エピトープは、典型的には、５～２０個のアミノ酸長に変化する。
[0043]いくつかの実施形態において、新生抗原性ペプチドの新生エピトープのうちの少なくとも１つは、患者特異的新生エピトープである。本明細書に使用される「患者特異的新生エピトープ」は、新生エピトープにおける突然変異（複数可）が個々の対象に対して特有であることを意味する。しかし、１名を超える対象が同じ突然変異（複数可）を共有することは可能である。したがって、「患者特異的新生エピトープ」は、対象の小さな又は大きな部分母集団によって共有されていてもよい。
[0044]ある実施形態において、ワクチン組成物は、少なくとも１つの、少なくとも２つの、少なくとも３つの、少なくとも４つの、少なくとも５つの、又は任意のより大きな数の異なる新生抗原を含む。いくつかの実施形態において、ワクチン組成物は、１つ、２つ、３つ、４つ又は５つの異なる新生抗原を含む。「異なる新生抗原」は、新生抗原がまったく同じ配列を共有しないことを広く意味する。新生抗原性ペプチドは、異なるタンパク質、重複しているが非同一の腫瘍特異的抗原を含む異なる腫瘍特異的抗原、又は同じ抗原の異なる突然変異に由来していてもよい。ある実施形態において、各異なる新生抗原は、同じ患者からの少なくとも１つの患者特異的新生エピトープを含む。
[0045]ある実施形態において、ワクチン組成物は、１つの新生抗原（すなわち、単一の新生抗原配列）のみを含む。ワクチン組成物は、同じ新生抗原の複数のコピーを含んでいてもよい。
[0046]上記から明らかであるように、新生抗原性ペプチドは、個体に対して特有であるペプチドの多様なセットを含むことができる。これらのペプチドは、水性緩衝液配合剤又はエマルション型配合剤などの従来のタイプのワクチン配合剤に配合することを困難にする、異なる溶解特性を有していてもよい。さらに、これらのペプチドに対する既存の寛容が、それが誘導される宿主に存在していてもよい。中でも、これらの態様は、新生抗原性ペプチドを弱免疫原性にする場合がある。したがって、これらを、頑強な免疫応答を生成することができる、本明細書に開示されるようなワクチン配合剤として送達することが重要である。
[0047]いくつかの実施形態において、本明細書に開示されるようなワクチン組成物は、弱免疫原性である新生抗原を含む。新生抗原は、その配列において異質性が欠如していること；サイズが小さいこと；免疫系による認識に対して外来性が不十分であること；抗原のプロセシング及び提示に対する感受性が低いこと、分解性又は不溶性が高いこと、並びに腫瘍細胞だけでのその発現に起因する新生抗原のプロセシング及び提示が制限されることなどのさまざまな理由のために弱免疫原性であってもよい。一般的には、新生抗原は、これらの因子に対して、正常な抗原よりもより感受性が強い。
[0048]本明細書に使用される「弱免疫原性」は、新生抗原が、従来のワクチン（例えば、水性ワクチン、エマルションなど）では、新生抗原特異的免疫応答を誘導、維持及び／又はブーストする能力をわずかに有するか、まったく有さないことを意味する。ある実施形態において、弱免疫原性新生抗原は、新生抗原の単回投与後に、新生抗原特異的免疫応答を誘導、維持及び／又はブーストする能力をわずかに有するか、まったく有さないものである。
[0049]例えば、ある実施形態において、弱免疫原性新生抗原は、水性ワクチンとして配合されたときに、免疫応答を十分に誘導できないものである。より詳細な実施形態において、弱免疫原性新生抗原は、水性ワクチンとして配合されたときに、ワクチン組成物の単回投与後に免疫応答を十分に誘導できないものである。これらの実施形態は、同じ新生抗原を、新生抗原が免疫応答を十分に誘導することができるようになった本明細書に開示されるような（すなわち、疎水性担体中に両親媒性化合物とともに配合されたことを除いて同じ構成成分を有している）同等のワクチン組成物として配合するときとは対照的である。前文における、「免疫応答を十分に誘導する」は、新生抗原が、例えば、癌の治療における治療的効果を提供することができる程度に免疫応答を誘導することが可能であることを意味する。
[0050]ある実施形態において、弱免疫原性新生抗原は、水性ワクチンとして対象に曝露する際に、免疫応答を誘導しないか、本明細書に記載されるようなワクチン組成物として対象に曝露する際に誘導される免疫応答と比較して、有効性が少なくとも２倍、３倍、４倍、５倍、６倍、７倍、８倍、９倍、１０倍、１５倍、２０倍、３０倍、４０倍又は５０倍低い免疫応答を誘導するものである。ある実施形態において、免疫応答は、新生抗原の単回投与後に測定する。免疫応答は、例えば、酵素結合免疫スポットアッセイ（ｅｎｚｙｍｅ－ｌｉｎｋｅｄ ｉｍｍｕｎｏｓｐｏｔ ａｓｓａｙ）（ＥＬＩＳＰＯＴ）によって測定してもよい。
[0051]ある実施形態において、弱免疫原性新生抗原は、水性ワクチンとして投与するときに、対象に対する測定可能な治療的利点が得られないが、測定可能な治療的利点は、本明細書に開示されるような組成物として新生抗原を投与するときに達成することができるものである。ある実施形態において、測定可能な治療的利点は、例えば、腫瘍サイズの減少又は癌生存予後の増加であってもよい。ある実施形態において、測定可能な治療的利点は、少なくとも２５％、５０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％又は１００％の腫瘍サイズの減少である。ある実施形態において、測定可能な治療的利点は、本発明のワクチンでは単回のみの投与後に検出可能なものであってもよい。
[0052]ある実施形態において、弱免疫原性新生抗原は、水性ワクチンとして高用量で投与するときに、本発明の組成物を低用量で投与したときよりも、免疫応答の生成において有効性が低いものである。ある実施形態において、高用量は（マウスで測定したときに）、少なくとも１００マイクログラム、２００マイクログラム、３００マイクログラム、４００マイクログラム、５００マイクログラム以上である。ある実施形態において、低用量は（マウスで測定したときに）、約１０マイクログラム、２０マイクログラム、３０マイクログラム、４０マイクログラム、５０マイクログラム、６０マイクログラム又は７５マイクログラム以下である。当業者であれば、ヒトにおける等価な又は適切な用量を容易に理解するであろう。ある実施形態において、低用量は、高用量の約７５％、約７０％、約６５％、約６０％、約５５％、約５０％、約４５％、約４０％、約３５％、約３０％又は約２５％である。ある実施形態において、免疫応答は、新生抗原の単回投与後に測定する。
[0053]限定するものではないが、弱免疫原性新生抗原としては、例えば、癌関連抗原由来の精製及び合成ペプチド新生抗原を含み得る。
[0054]弱抗原性は、免疫系が一般に腫瘍成長を制御できない理由の根本的原因であると考えられてきた。多くの癌抗原は、腫瘍細胞に免疫回避機序を発生させるための、且つ最終的に優位になるための機会及び時間を与える、弱く、したがって遅延性の免疫応答を刺激する。いくつかの実施形態において、新生抗原はまた、この弱抗原性を示していてもよい。
[0055]これらの理由のために、中でも、弱免疫原性新生抗原は、本明細書に開示される組成物及び方法に使用するのに特に好適なタイプの新生抗原を示していてもよい。実施形態において、本明細書に開示されるワクチン組成物は、弱免疫原性である腫瘍特異的新生抗原を含む。
[0056]本発明を実施するために使用される新生抗原性ペプチドは、天然原料から単離することができ、合成することができ、又は遺伝子組換えで生成したポリペプチドとすることができる。新生抗原性ペプチドは、ｉｎ ｖｉｔｒｏ又はｉｎ ｖｉｖｏによる遺伝子組換えで発現させることができる。本発明を実施するために使用される新生抗原性ペプチドは、当技術分野において公知の任意の方法を使用して作製及び単離することができる。本発明を実施するために使用される新生抗原性ペプチドはまた、当技術分野において周知の化学的方法を使用して、全体又は一部を合成することができる。例えば、Ｃａｒｕｔｈｅｒｓ １９８０年；Ｈｏｒｎ １９８０年；及びＢａｎｇａ １９９５年を参照されたい。例えば、ペプチド合成は、さまざまな固相技術を使用して行うことができ（例えば、Ｒｏｂｅｒｇｅ １９９５年；Ｍｅｒｒｉｆｉｅｌｄ １９９７年を参照のこと）；且つ自動合成は、例えば、ＡＢＩ４３１Ａ Ｐｅｐｔｉｄｅ Ｓｙｎｔｈｅｓｉｚｅｒ（Ｐｅｒｋｉｎ Ｅｌｍｅｒ）を使用して、製造業者によって提供される取扱説明書に従って達成してもよい。
[0057]ある実施形態において、新生抗原は、突然変異した癌体細胞タンパク質から、ＭＨＣクラスＩ及び／又はＭＨＣクラスＩＩタンパク質に結合することが予測されるモチーフを探索するＮｅｔＭＨＣなどの選択アルゴリズムを使用して選択してもよい（例えば実施例１を参照のこと）。
[0058]ある実施形態において、新生抗原は、例えば、腫瘍抑制遺伝子（例えばｐ５３）；ＤＮＡ修復経路タンパク質（例えばＢＲＣＡ２）及び癌遺伝子などの癌表現型とあらかじめ関連付けられている突然変異した遺伝子又はタンパク質由来であってもよい。癌表現型をもたらす突然変異を頻繁に含む遺伝子の例示的な実施形態は、例えば、Ｃａｓｔｌｅ ２０１２年に記載されている。当業者であれば、他の突然変異した遺伝子及び／又は癌と関連するタンパク質を十分理解するであろうし、且つこれらは他の参考文献から入手可能である。
[0059]いくつかの実施形態において、新生抗原は、Ｃａｓｔｌｅ ２０１２年によって開示された新生抗原を含んでいてもよい、又はそれからなっていてもよい。Ｃａｓｔｌｅ ２０１２年では、新生抗原の実際の配列は提供されていないが、遺伝子ＩＤ及び突然変異したペプチドの位置を提供しており、そこから実際の配列を、例えば、全米バイオテクノロジー情報センター（Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｃｅｎｔｅｒ ｆｏｒ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ）（ＮＣＢＩ）からオンラインで利用可能なＰｕｂｍｅｄデータベースを使用して識別することができる。
[0060]ある実施形態において、新生抗原は、Ｃａｓｔｌｅ ２０１２年の表１に開示されたＭｕｔ１－５０新生抗原、又は同一の若しくは関連するタンパク質（例えばヒト相同体）の新生抗原のうちの１つ若しくは複数であってもよい。特定の実施形態において、新生抗原は、アミノ酸配列ＰＳＫＰＳＦＱＥＦＶＤＷＥＮＶＳＰＥＬＮＳＴＤＱＰＦＬ（配列番号２）を有するＭｕｔ３０、又は同一の若しくは関連するタンパク質（例えばヒト相同体）の新生抗原であってもよい。Ｍｕｔ３０は、Ｂ１６Ｆ１０マウスメラノーマ細胞における体細胞点突然変異から識別されたＫｉｆ１８ｂ遺伝子の新生抗原を表す。Ｃａｓｔｌｅ ２０１２年によって報告されたように、ＫＩＦ１８Ｂ（キネシンファミリーメンバー１８Ｂ）は、微小管モーター活性、並びにＡＴＰ及びヌクレオチド結合を有するキネシンであり、細胞分裂の調節に関与している。新生抗原は、Ｋ７３９Ｎ突然変異を有する。Ｃａｓｔｌｅ ２０１２年によって、Ｍｕｔ３０は、水性配合剤として投与したときに、優先的には突然変異したペプチドに対して強力な免疫反応を誘導することが見出された。
[0061]上述のように、「新生抗原」という用語はまた、新生抗原性ペプチドをコードするポリヌクレオチドを含む。ポリヌクレオチドを含むワクチン組成物が対象に投与される核酸系ワクチン接種戦略は公知である。ポリヌクレオチドによってコードされた新生抗原性ペプチドが、ワクチン組成物自体が新生抗原性ペプチドを含んでいたかのように対象において発現し、新生抗原性ペプチドが、最終的に対象において提示されるようになる。本開示の目的に関して、「新生抗原」という用語は、文脈で示される場合、新生抗原として機能する新生抗原性ペプチドをコードするポリヌクレオチドを包含する。
[0062]「ポリヌクレオチド」という用語は、（例えば、９、１２、１８、２４、３０、６０、１５０、３００、６００、１５００個以上のヌクレオチドの）任意の長さの、又は（例えば、一本鎖ストランドの又は二本鎖ストランドの）ストランド数のヌクレオチド鎖を包含する。ポリヌクレオチドはＤＮＡ（例えばゲノムＤＮＡ又はｃＤＮＡ）若しくはＲＮＡ（例えばｍＲＮＡ）又はこれらの組合せであってもよい。これらは、天然に存在していても、合成品であっても（例えば、化学的に合成されていても）よい。ポリヌクレオチドは、ヌクレオチド鎖の１つ又は複数の窒素含有塩基、ペントース糖又はホスフェート基の修飾を含んでいてもよいと考えられる。このような修飾は、当技術分野において周知であり、且つ例えばポリヌクレオチドの安定性を改善することを目的とするものであってもよい。
[0063]ポリヌクレオチドは、様々な形態で送達してもよい。いくつかの実施形態において、裸のポリヌクレオチドは、線状形態で、又は発現プラスミドのようにプラスミドへ挿入して使用してもよい。別の実施形態において、ウィルス性又は細菌性ベクターなどの生ベクターを使用してもよい。
[0064]ＤＮＡのＲＮＡへの転写及び／又はＲＮＡのポリペプチドへの翻訳に役立つ、１つ又は複数の調節配列が存在していてもよい。場合によっては、ポリヌクレオチド、すなわちメッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）分子の場合のように、転写プロセスに関連する調節配列（例えばプロモーター）は必要とせず、且つタンパク質発現はプロモーター非存在下で生じてもよい。必要な場合、当業者であれば、好適な調節配列を含めることができる。
[0065]いくつかの実施形態において、ポリヌクレオチドは発現カセットに存在し、そこで調節配列へ操作可能に連結して、ポリヌクレオチドが、本発明の組成物が投与された対象に発現することを可能にする。発現カセットの選択は、組成物が投与される対象並びに発現するポリペプチドに望まれる特色による。
[0066]典型的には、発現カセットは、対象において機能的であり且つ構成的又は誘導的とすることができるプロモーター；リボソーム結合部位；必要に応じて開始コドン（ＡＴＧ）；新生抗原性ペプチドをコードするポリヌクレオチド；終止コドン；及び任意選択で３’末端領域（翻訳及び／又は転写ターミネーター）を含む。シグナルペプチドをコードする領域などの追加の配列が含まれていてもよい。新生抗原性ペプチドをコードするポリヌクレオチドは、発現カセットの他の調節配列のいずれかと相同又は非相同であってもよい。領域をコードするシグナルペプチドなどの、新生抗原性ペプチドと一緒に発現する配列は、典型的には、タンパク質をコードするポリヌクレオチドに近接して位置し、発現し、適切なリーディングフレームに配置される。新生抗原性ペプチドをコードするポリヌクレオチドによって構成され、単独で発現する又はその他の配列（例えばシグナルペプチド）と一緒になって発現する、オープンリーディングフレームは、プロモーターの制御下に置かれて、組成物が投与された対象に転写及び翻訳が生じる。
[0067]いくつかの実施形態において、新生抗原は、例えば、約２５％～５０％の純度、約５０％～約７５％の純度、約７５％～約８５％の純度、約８５％～約９０％の純度、約９０％～約９５％の純度、約９５％～約９８％の純度、約９８％～約９９％の純度、又は９９％超の純度の精製新生抗原であってもよい。
[0068]本明細書に記載されるような組成物を用いて単回治療で使用する新生抗原の量は、新生抗原のタイプ及び対象の特徴（例えば、サイズ、体重、年齢、性別など）によって変更してもよい。当業者であれば、過度の実験を行わずに、特定の用途に使用するための新生抗原の有効量を判定できるであろう。本明細書に使用される「有効量」という用語は、所望の結果を達成するために必要な用量及び期間での有効な量を意味する。
[0069]ある実施形態において、本明細書に記載されるような組成物の、１回用量で使用される新生抗原の量は、０．００１～５ｍｇ／組成物単位用量であってもよい。特定の実施形態において、新生抗原の量は、約０．２５０ｍｇ／組成物単位用量となる。特定の実施形態において、新生抗原の量は、約１ｍｇ／組成物ｍＬとなる。
[0070]いくつかの実施形態において、本明細書に記載されるような組成物の１回用量で使用される新生抗原の量は、約１００マイクログラムであってもよい。
[0071]いくつかの実施形態において、本明細書に記載されるような組成物の１回用量で使用される新生抗原の量は、約５０マイクログラムであってもよい。
[0072]本明細書に開示されるように、本発明の油性組成物は、単回投与後に、低用量（例えば５０マイクログラム）と高用量（例えば１００マイクログラム）の両方で新生抗原性ペプチドに対して同等な免疫応答をもたらすことができるという点が驚くべきことに見出された。
[0073]ある実施形態において、本発明の組成物は、低用量の新生抗原を送達するためのものである。本明細書に使用される「低用量」という用語は、本発明の組成物中の新生抗原の低用量であって、本発明の組成物中の及び／又は水性緩衝液配合剤若しくはエマルション型配合剤などの従来のタイプのワクチン配合剤中の高用量の同じ新生抗原と同等な免疫応答を依然として与えることができる用量を指す。
[0074]ある実施形態において、「低用量」という用語は、新生抗原の任意の用量であって、水性配合剤を使用して免疫応答をもたらすのに最小限必要な用量よりも少ないが、本発明の組成物を使用して免疫応答を誘導するのに十分である用量を包含する。
[0075]ある実施形態において、低用量は、マウスで測定したときに、約１０マイクログラム、２０マイクログラム、３０マイクログラム、４０マイクログラム、５０マイクログラム、６０マイクログラム又は７５マイクログラム又はそれ以下である。ある実施形態において、低用量は、高用量の約７５％、約７０％、約６５％、約６０％、約５５％、約５０％、約４５％、約４０％、約３５％、約３０％又は約２５％である。高用量は、典型的には、水性配合剤で使用される用量であってもよい。ある実施形態において、新生抗原の高用量は、マウスで測定したときに、少なくとも１００マイクログラム、２００マイクログラム、３００マイクログラム、４００マイクログラム、５００マイクログラム以上である。当業者であれば、マウスにおける投薬に基づいてヒトにおける同等の又は適切な用量を容易に理解するであろう。
[0076]両親媒性化合物
[0077]「両親媒性化合物」は、親水性と疎水性（親油性）の両方の部分又は特徴を有する化合物である。「両親媒性（ａｍｐｈｉｐａｔｈｉｃ）化合物」という用語は、「両親媒性物質（ａｍｐｈｉｐｈｉｌｅ）」又は「両親媒性（ａｍｐｈｉｐｈｉｌｉｃ）」と交換可能に使用することがある。いくつかの実施形態において、好適な両親媒性化合物としてはまた、本明細書の以下に記載されるものなどの乳化剤を含むことができる。「両親媒性化合物」という用語によって本明細書に包含される乳化剤の例示的な実施形態としては、限定するものではないが、ポリソルベート（例えばソルビタンモノオレエート）、オレイン酸マンニド（アラセル（Ａｒｌａｃｅｌ）（商標）Ａ）、レシチン、ツウィーン（Ｔｗｅｅｎ）（商標）８０、及びスパン（Ｓｐａｎ）（商標）２０、８０、８３及び８５が挙げられる。両親媒性化合物は、親水親和性を有するワクチン構成成分の、油などの疎水性担体中への取り込みを水非存在下で促進することができる。ワクチン構成成分としては、限定するものではないが、新生抗原及び／又はアジュバント及び／又は免疫応答の産生を促進することができる他の成分（例えばヘルパーＴエピトープ）を挙げることができる。
[0078]限定するものではないが、両親媒性化合物の疎水性部分は、典型的には、ＣＨ３（ＣＨ２）ｎ（式中、ｎ＞４）の形態の長鎖などの大きな炭化水素部分である。両親媒性化合物の親水性部分は通常、荷電基又は極性非荷電基のいずれかである。荷電基としては、アニオン性及びカチオン性基が挙げられる。アニオン性荷電基の例としては、以下のもの（ここで、分子の疎水性部分は、「Ｒ」によって表される）：カルボキシレート：ＲＣＯ２ －；スルフェート：ＲＳＯ４ －；スルホネート：ＲＳＯ３ －；及びホスフェート（リン脂質の荷電官能性）が挙げられる。陽イオン荷電基としては、例えば、アミン：ＲＮＨ３ ＋（「Ｒ」は、この場合も分子の疎水性部分を表す）が挙げられる。非荷電極性基としては、例えばジアシルグリセロール（ＤＡＧ）などの大きなＲ基を有するアルコールが挙げられる。両親媒性化合物は、いくつかの疎水性部分、いくつかの親水性部分、又はいくつかの両方の部分を有していてもよい。タンパク質及びいくつかのブロックコポリマーは例である。ステロイド、コレステロール、脂肪酸、胆汁酸、及びサポニンはまた、両親媒性物質である。
[0079]使用してもよい多数の両親媒性化合物が存在し、且つ本明細書に開示されるワクチン組成物は、単一タイプの両親媒性化合物又は異なるタイプの両親媒性化合物の混合物を含んでいてもよい。
[0080]ある実施形態において、両親媒性化合物は脂質である。任意の両親媒性脂質を使用してもよいが、特に好適な脂質としては、少なくとも４個の炭素長及び典型的には約４～２８個の炭素長を含む少なくとも１つの脂肪酸鎖を有するものを含み得る。脂肪酸鎖は、飽和及び／又は不飽和結合を何個でも含んでいてもよい。脂質は、天然脂質又は合成脂質であってもよい。両親媒性脂質の非限定的な例としては、リン脂質、スフィンゴ脂質、スフィンゴミエリン、セレブロシド、ガングリオシド、エーテル脂質、ステロール、カルジオリピン、カチオン性脂質及びポリ（エチレングリコール）で修飾された脂質及び他のポリマーが挙げられ得る。合成脂質としては、限定するものではないが、以下の脂肪酸構成要素：ラウロイル、ミリストイル、パルミトイル、ステアロイル、アラキドイル、オレオイル、リノレオイル、エルコイル、又はこれらの脂肪酸の組合せが挙げられ得る。
[0081]ある実施形態において、両親媒性化合物は、リン脂質又はリン脂質の混合物である。広範に定義される「リン脂質」は、リン酸、アルコール、脂肪酸、及び窒素含有塩基の加水分解によって得られる脂質化合物の群のメンバーである。
[0082]使用してもよいリン脂質としては、例えば、且つ限定するものではないが、ホスホグリセロール、ホスホエタノールアミン、ホスホセリン、ホスホコリン（例えばＤＯＰＣ；１，２－ジオレオイル－ｓｎ－グリセロ－３－ホスホコリン）及びホスホイノシトールからなる群から選択される少なくとも１つの頭部基を有するものが挙げられる。いくつかの実施形態において、ＤＯＰＣ及び非エステル化コレステロールの混合物を使用してもよい。別の実施形態において、リポイド（Ｌｉｐｏｉｄ）Ｓ１００レシチン及び非エステル化コレステロールの混合物を使用してもよい。非エステル化コレステロールを使用するときに、コレステロールは、リン脂質の重量の約１０％と同等の量で（例えば１０：１ｗ／ｗのＤＯＰＣ：コレステロール比率又は１０：１ｗ／ｗのＳ１００レシチン：コレステロール比率で）使用してもよい。コレステロールは、リン脂質ビヒクルの形成を安定化させるために使用する。コレステロール以外の化合物を使用する場合、当業者であれば、必要な量を容易に判定することができる。
[0083]いくつかの実施形態において、本明細書に開示される組成物は、ＤＯＰＣ約１２０ミリグラム及びコレステロール約１２ミリグラムを含んでいてもよい。
[0084]他の一般的なリン脂質は、スフィンゴミエリンである。スフィンゴミエリンは、長鎖不飽和炭化水素を有するアミノアルコールであるスフィンゴシンを含む。脂肪アシル側鎖は、スフィンゴシンのアミノ基へアミド結合によって連結し、セラミドを形成している。スフィンゴシンのヒドロキシル基は、ホスホコリンにエステル化している。ホスホグリセリドのように、スフィンゴミエリンは両親媒性である。
[0085]また使用してもよいレシチンは、典型的には、鶏卵又は羊毛由来の天然のリン脂質混合物である。
[0086]これらの且つ他のリン脂質のすべては、本発明の実施に際して使用してもよい。リン脂質は、例えば、Ａｖａｎｔｉ ｌｉｐｉｄｓ（Ａｌａｂａｓｔａｒ、ＡＬ、ＵＳＡ）、及びｌｉｐｏｉｄ ＬＬＣ（Ｎｅｗａｒｋ、ＮＪ、ＵＳＡ）から購入することができる。
[0087]ある実施形態において、両親媒性化合物は、疎水性担体中に実質的に均一に分散されていてもよく、そのため、両親媒性化合物単独での存在は、親水親和性（ｈｙｄｒｏｐｈｉｌｉｃ ａｆｆｉｎｉｔｙ）を有するワクチン構成成分（例えば新生抗原）の疎水性担体への取り込みを促進するのに十分である。
[0088]別の実施形態において、両親媒性化合物は、新生抗原を疎水性担体に混和性にするために、新生抗原と密接に会合してもよい。「密接に会合している」は、両親媒性化合物が、新生抗原が疎水性担体に混和性である形態で提示されるほど新生抗原と近接していることを意味する。密接な会合は、新生抗原と両親媒性物質との間の物理的相互作用と関与していても、関与していなくてもよい。典型的には、両親媒性化合物の親水性部分は、新生抗原の親水性部分へと向かっている。両親媒性化合物は、互いに実質的に分離したままであってもよく、又はこれらはさまざまな異なるタイプの構造体、集合体又は配列体を形成していてもよい。
[0089]両親媒性化合物が形成し得る構造体、集合体又は配列体のタイプの例示的な実施形態としては、限定するものではないが：単層シート、二層シート、多層シート、単層小胞構造（例えばミセル）、二層小胞構造（例えば、ユニラメラ又はマルチラメラビヒクル）、又はこれらのさまざまな組合せが挙げられる。「単層」は、両親媒性化合物が二層を形成しておらず、むしろ層のままであり、疎水性部分が片側に向き、且つ親水性部分がもう片側に向いていることを意味する。「二層」は、両親媒性化合物が、二層のシートを形成し、典型的には、疎水性部分の各層が、二層の中心に対して内部に向いており、親水性部分が外部に向いていることを意味する。しかし、逆の立体配置もまた可能である。「多層」という用語は、単層及び二層構造体の任意の組合せを包含することを意味する。選択される形態は、使用される特定の新生抗原、特定の両親媒性化合物、及び／又は特定の疎水性担体によって決めてもよい。
[0090]ある実施形態において、両親媒性化合物によって形成される構造体、集合体又は配列体は、新生抗原を部分的又は完全に囲んでいてもよい。例として、両親媒性化合物は、封じられた小胞構造を新生抗原の周囲に形成していてもよい。
[0091]ある実施形態において、小胞構造は、単層小胞構造である。そのような構造体の例はミセルである。水溶液中の典型的なミセルは、周囲の水溶液と接触しながら、親水性部分を用いて凝集体を形成し、ミセル中心の疎水性部分を封鎖している。対照的に、疎水性担体では、疎水性部分が周囲の水溶液と接触した状態で、逆（ｉｎｖｅｒｓｅ／ｒｅｖｅｒｓｅ）ミセルが形成され、ミセル中心の親水性部分を封鎖している。球状逆ミセルは、そのコア内が親水親和性の状態で新生抗原をパッケージすることができる。
[0092]ある実施形態において、小胞構造は、ミセル又は逆ミセルである。限定するものではないが、ミセル又は逆ミセルのサイズは、直径２ｎｍ（２０Ａ）～２０ｎｍ（２００Ａ）の範囲である。特定の実施形態において、ミセル又は逆ミセルのサイズは、直径約１０ｎｍである。
[0093]別の実施形態において、小胞構造は、例えば、リポソームなどの二層小胞構造である。リポソームは、完全に封じられた脂質二層膜であり、封入された水性容積を含む。リポソームは、ユニラメラビヒクル（単一の二層膜を有する）又は多重膜二層によって特徴付けられるマルチラメラビヒクルであってもよく、各二層は、水性層によって隣と分離されていてもよい、又はされていなくてもよい。一般的なリポソームの論文は、Ｇｒｅｇｏｒｉａｄｉｓ １９９０年；及びＦｒｅｚａｒｄ １９９９年で見出すことができる。リポソームは、どのタイプの細胞にも実質的に吸着することができ、次いで、組み込まれた薬剤（例えば新生抗原）を放出する。或いは、リポソームは、標的細胞と融合することができ、それによってリポソームの内容物は、標的細胞に流入する。或いは、リポソームは、食細胞である細胞によってエンドサイトーシスされていてもよい。
[0094]リポソームは、抗原がカプセル化された、ビヒクルのような疎水性担体並びに配合剤を安定化させるための乳化剤を含む組成物の調製において使用されてきた（例えば国際公開第２００２／０３８１７５号、国際公開第２００７／０４１８３２号、国際公開第２００９／０３９６２８号、国際公開第２００９／１４６５２３号及び国際公開第２０１３／０４９９４１号を参照のこと）。親水性抗原は、典型的には、水性内部に封入され、同時に疎水性抗原は脂質二重層にインターカレートすることができる、又は油相に分散することができる。別の実施形態において、あらかじめ製造したリポソームを、本明細書に開示されるワクチン組成物として使用してもよい。
[0095]組成物が水を含まない実施形態において、組成物の構成成分（例えば新生抗原、アジュバント、及び／又はヘルパーＴエピトープ）のうちの１つ又は複数は、水性相中のリポソームにカプセル化し、又はそこへ混合若しくは懸濁し；凍結乾燥し；次いで疎水性担体中に復元してもよい。そのような実施形態において、リポソームを、再構成し、疎水性担体中の代替構造体を形成してもよい。
[0096]二層及び多層小胞構造の別の実施形態としては、限定するものではないが：ニオソーム（ｎｉｏｓｏｍｅ）、トランスファーソーム（ｔｒａｎｓｆｅｒｓｏｍｅ）、ウイロソーム（ｖｉｒｏｓｏｍｅ）、マルチラメラビヒクル（ＭＬＶ）、オリゴラメラビヒクル（ＯＬＶ）、ユニラメラビヒクル（ＵＶ）、小ユニラメラビヒクル（ｓｍａｌｌ ｕｎｉｌａｍｅｌｌａｒ ｖｅｓｉｃｌｅ）（ＳＵＶ）、中型ユニラメラビヒクル（ｍｅｄｉｕｍ－ｓｉｚｅｄ ｕｎｉｌａｍｅｌｌａｒ ｖｅｓｉｃｌｅ）（ＭＵＶ）、大ユニラメラビヒクル（ｌａｒｇｅ ｕｎｉｌａｍｅｌｌａｒ ｖｅｓｉｃｌｅ）（ＬＵＶ）、巨大ユニラメラビヒクル（ｇｉａｎｔ ｕｎｉｌａｍｅｌｌａｒ ｖｅｓｉｃｌｅｓ）（ＧＵＶ）、多小胞体ビヒクル（ｍｕｌｔｉｖｅｓｉｃｕｌａｒ ｖｅｓｉｃｌｅ）（ＭＶＶ）、逆相蒸発法によって作製された単一又はオリゴラメラビヒクル（ＲＥＶ）、逆相蒸発法によって作製されたマルチラメラビヒクル（ＭＬＶ－ＲＥＶ）、安定プルリラメラビヒクル（ｓｔａｂｌｅ ｐｌｕｒｉｌａｍｅｌｌａｒ ｖｅｓｉｃｌｅ）（ＳＰＬＶ）、凍結及び解凍ＭＬＶ（ＦＡＴＭＬＶ）、押出形成法によって調製されたビヒクル（ＶＥＴ）、フレンチプレスによって調製されたビヒクル（ＦＰＶ）、融合によって調製されたビヒクル（ＦＵＶ）、脱水－再水和ビヒクル（ＤＲＶ）、及びバブルソーム（ｂｕｂｂｌｅｓｏｍｅ）（ＢＳＶ）が挙げられる。当業者であれば、これらの小胞構造を調製するための技術は、当技術分野において周知であることを認識しているであろう（例えばＫｒｅｕｔｅｒ １９９４年を参照のこと）。
[0097]疎水性担体
[0098]本明細書に開示される組成物は、疎水性担体を含み、液体疎水性物質を含むことが好ましい。これらの組成物は、本明細書では交換可能に「油性配合剤」、「油性ワクチン」、「油性デポーワクチン」、「油性デポー形成ワクチン」、「疎水性ワクチン」、「疎水性組成物」又は「疎水性ワクチン組成物」と称されることがある。
[0099]疎水性担体は、実質的に純粋な疎水性物質又は疎水性物質の混合物であってもよい。本明細書に記載される組成物に有用である疎水性物質は、薬学的に及び／又は免疫学的に許容されるものである。担体は、典型的には、液体であるが、大気温度で液体ではない特定の疎水性物質を、例えば加温によって液化していてもよく、且つそれも有用であり得る。
[00100]油又は油の混合物は、詳細には、本明細書に開示される組成物に使用するのに好適な担体である。油は、薬学的に及び／又は免疫学的に許容されるべきである。好適な油としては、例えば、鉱油（特にドラケオール（Ｄｒａｋｅｏｌ）（登録商標）６ＶＲなどの軽又は低粘度鉱油）、植物油（例えば、ダイズ油）、堅果油（例えば、落花生油）、又はこれらの混合物が挙げられる。したがって、ある実施形態において、疎水性担体は、植物油、堅果油又は鉱油などの疎水性物質である。動物脂肪及び人工疎水性ポリマー材料、詳細には大気温度で液体であるもの又は比較的容易に液化できるものをまた、使用してもよい。
[00101]いくつかの実施形態において、疎水性担体は、鉱油系モデル疎水性担体である不完全フロインドアジュバント（ＩＦＡ）であってもよい、又はそれを含んでいてもよい。別の実施形態において、疎水性担体は、モンタナイド（登録商標）ＩＳＡ５１（ＳＥＰＰＩＣ、Ｆｒａｎｃｅ）として市販されているものなどの、鉱油溶液中のオレイン酸マンニド（ｍａｎｎｉｄｅ ｏｌｅａｔｅ）であってもよい、又は含んでいてもよい。これらの担体は、通常、油中水エマルションを調製するために使用するが、本開示は、本明細書に記載されるように、両親媒性化合物を使用し、実質的な量の水の非存在下で構成成分を懸濁することによって、このタイプの配合剤を回避する。
[00102]Ｉｍｍｕｎｏｖａｃｃｉｎｅ Ｉｎｃ．は、ワクチマックス（ＶａｃｃｉＭａｘ）（登録商標）及びデポヴァックス（ＤｅｐｏＶａｘ）（商標）（ＤＰＸ）と称されるワクチン送達プラットフォームを開発した（例えば、米国特許第６，７９３，９２３号及び同第７，８２４，６８６号；国際公開第２００２／０３８１７５号；国際公開第２００７／０４１８３２号；国際公開第２００９／０３９６２８号；国際公開第２００９／０４３１６５号及び国際公開第２００９／１４６５２３号を参照のこと）。ＤＰＸは、任意の抗原、又は抗原の混合物と配合することができる油中脂質配合剤である。抗原及びアジュバントを含む水滴を捕捉している油に依存する油中水エマルション系ワクチンとは異なり、デポヴァックス（商標）系配合剤は脂質に依存し、抗原及びアジュバントが直接油へ取り込まれるのを促進し、乳化を必要としない。このアプローチの利点としては、（１）普通であれば水性希釈剤中で最大溶解度を通常有する、油希釈剤中の親水性抗原／アジュバントの溶解度を増加させること、及び（２）ワクチン投与前の煩雑な乳化手順がなくなることが挙げられる。
[00103]いくつかの実施形態において、本明細書に開示されるワクチン組成物は、Ｉｍｍｕｎｏｖａｃｃｉｎｅ Ｉｎｃ．の送達プラットフォームであるデポヴァックス（商標）を含んでいてもよい。
[00104]他の構成成分
[00105]本明細書に開示される組成物は、当技術分野において公知であるように、１つ又は複数の追加の構成成分をさらに含んでいてもよい（例えば、Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ、Ｍａｃｋ Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ Ｃｏｍｐａｎｙ、Ｅａｓｔｏｎ、Ｐａ．、ＵＳＡ １９８５年；及び米国薬局方：国民医薬品集（ＵＳＰ２４ＮＦ１９）１９９９年出版を参照のこと）。
[00106]いくつかの実施形態において、ワクチン組成物は、アジュバント、ヘルパーＴエピトープ、乳化剤及び／又は賦形剤をさらに含んでいてもよい。
[00107]アジュバント
[00108]いくつかの実施形態において、本明細書に開示されるワクチン組成物は、１つ又は複数のアジュバントを含んでいてもよい。
[00109]多くのアジュバントが記載されており、且つ当業者であれば公知である。例示的なアジュバントとしては、限定するものではないが、ミョウバン、その他のアルミニウム化合物、カルメット・ゲラン桿菌（ＢＣＧ）、タイターマックス（Ｔｉｔｅｒ Ｍａｘ）（商標）、リビ（Ｒｉｂｉ）（商標）、完全フロイントアジュバント（ＦＣＡ）、ＣｐＧ含有オリゴデオキシヌクレオチド（ＣｐＧ ＯＤＮ）、脂質Ａ模倣体又は類似体、リポペプチド及びｐｏｌｙＩ：Ｃポリヌクレオチドが挙げられる。
[00110]例示的なＣｐＧ ＯＤＮは、５’－ＴＣＣＡＴＧＡＣＧＴＴＣＣＴＧＡＣＧＴＴ－３’（配列番号３）である。当業者であれば、標的の種及び有効性に基づいて他の適切なＣｐＧ ＯＤＮを容易に選択することができる。
[00111]例示的リポペプチドとしては、限定するものではないが、Ｐａｍ３Ｃｙｓ－ＳＫＫＫＫ（ＥＭＣ Ｍｉｃｒｏｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎｓ、Ｇｅｒｍａｎｙ；配列番号４）又はその変異体、相同体及び類似体が挙げられる。リポペプチドのＰａｍ２ファミリーは、リポペプチドのＰａｍ３ファミリーの有効な代替物であることが示されてきた。
[00112]いくつかの実施形態において、医薬又はワクチン組成物は、ｐｏｌｙＩ：Ｃポリヌクレオチドをアジュバントとして含んでいてもよい。
[00113]ＰｏｌｙＩ：Ｃポリヌクレオチドは、イノシン酸残基（Ｉ）及びシチジル酸残基（Ｃ）を含むポリヌクレオチド分子（ＲＮＡ若しくはＤＮＡのいずれか、又はＤＮＡ及びＲＮＡの組合せ）であり、且つインターフェロンなどの炎症性サイトカインの産生を誘導する。いくつかの実施形態において、ｐｏｌｙＩ：Ｃポリヌクレオチドは、二本鎖ストランドである。そのような実施形態において、これらは、典型的には、すべてシトシン含有ヌクレオチドからなる１本のストランド及びすべてイノシン含有ヌクレオチドからなる１本のストランドから構成されるが、他の立体配置が可能である。例えば、各ストランドは、シトシン含有ヌクレオチドとイノシン含有ヌクレオチドの両方を含んでいてもよい。場合によっては、いずれかの又は両方のストランドは、１つ又は複数の非シトシン又は非イノシンヌクレオチドをさらに含んでいてもよい。
[00114]別の実施形態において、ｐｏｌｙＩ：Ｃポリヌクレオチドは、イノシン酸残基（Ｉ）及びシチジル酸残基（Ｃ）を含む一本鎖ストランドの分子であってもよい。例として、且つ限定するものではないが、一本鎖ストランドのｐｏｌｙＩ：Ｃは、反復ｄＩｄＣの配列であってもよい。特定の実施形態において、一本鎖ストランドのｐｏｌｙＩ：Ｃの配列は、（ＩＣ）１３の２６－ｍｅｒ配列、すなわちＩＣＩＣＩＣＩＣＩＣＩＣＩＣＩＣＩＣＩＣＩＣＩＣＩＣ（配列番号５）であってもよい。当業者であれば、それらの特質（例えば相補性）によって、反復ｄＩｄＣのこれらの一本鎖ストランドの分子は、ホモ二量体を自然に形成して、これらがｐｏｌｙＩ／ｐｏｌｙＣ二量体と概念上同様であることが予測される点は理解するであろう。
[00115]ｐｏｌｙＩ：Ｃは、そのインターフェロン活性化能に影響を与えずに、１６個の残基ごとにセグメント化できることが報告されている。（Ｂｏｂｓｔ １９８１年）。さらに、ウリジン残基を１２個の反復シチジル酸残基ごとに導入することによってミスマッチさせたｐｏｌｙＩ：Ｃ分子のインターフェロン誘導能によって（Ｈｅｎｄｒｉｘ １９９３年）、１２個の残基の最小二本鎖ｐｏｌｙＩ：Ｃ分子は、インターフェロン産生を促進するのに十分であることが示唆される。他の研究者らによっても０．５～１個の二本鎖ポリヌクレオチドの螺旋ターンに相当する６～１２個の残基のように小さい領域は、誘導プロセスを引き起こすことができる点が示唆された（Ｇｒｅｅｎｅ １９７８年）。合成的に作製する場合、ｐｏｌｙＩ：Ｃポリヌクレオチドは、典型的には、約２０個以上の残基長（通常２２個、２４個、２６個、２８個又は３０個の残基長）である。半合成的に作成する（例えば、酵素を使用する）場合、ストランドの長さは、５００個、１０００個以上の残基であってもよい。
[00116]ＰｏｌｙＩ：Ｃは、ウィルス性ゲノムの模倣体として作用し、且つ詳細には、ｉｎ ｖｉｖｏで免疫系をモジュレートするのに有用である。例えば、合成ｐｏｌｙＩ：ｐｏｌｙＣホモポリマーは、静脈内又は筋肉内注射によってｉｎ ｖｉｖｏで全身的に送達するときに、インターフェロンガンマを非特異的に誘導することで先天性免疫を強化することが報告されている（Ｋｒｏｗｎ １９８５年、Ｚｈｕ ２００７年）。ポリイノシン酸及びシチジル酸ポリマーのいくつかの変異体は、数年にわたって記載されてきており（ｄｅ Ｃｌｅｒｃｑ １９７８年、Ｂｏｂｓｔ １９８１年、ｄｅ Ｃｌｅｒｃｑ １９７５年、Ｇｕｓｃｈｌｂａｕｅｒ １９７７年、Ｆｕｋｕｉ １９７７年、Ｊｏｈｎｓｔｏｎ １９７５年、米国特許第３，９０６，０９２号、Ｋａｍａｔｈ ２００８年、Ｉｃｈｉｎｏｈｅ ２００７年）、そのうちのいくつかには、共有結合的に修飾された残基の使用、リボ及びデオキシリボイノシン酸及びシチジル酸残基の使用、イノシン酸及びシチジル酸残基を含むホモポリマー及び代替コポリマーの使用、並びにミスマッチさせたポリマーを生成するための特異的残基の導入が含まれる。
[00117]イノシン酸及びシチジル酸を含む二本鎖ポリヌクレオチドの使用は、多数のウィルス性疾患の治療（Ｋｅｎｄｅ １９８７年、Ｐｏａｓｔ ２００２年、米国特許第６，４６８，５５８号、Ｓａｒｍａ １９６９年、Ｓｔｅｐｈｅｎ １９７７年、Ｌｅｖｙ １９７８年）、癌（Ｄｕｒｉｅ １９８５年、Ｓａｌａｚａｒ １９９６年、Ｔｈｅｒｉａｕｌｔ １９８６年、Ｎａｋａｍｕｒａ １９８２年、Ｔａｌｍａｄｇｅ １９８５年、Ｄｒｏｌｌｅｒ １９８７年）、多発性硬化症などの自己免疫疾患（Ｂｅｖｅｒ １９８６年）、及びマラリアなどの他の感染性疾患（Ａｗａｓｔｈｉ １９９７年、Ｐｕｒｉ １９９６年）に関して報告されている。ｐｏｌｙＩ：Ｃ分子の有効性は、一部の例では、分子を正電荷のポリリシン及びカルボキシメチル－セルロースと錯体形成させることによって、ｉｎ ｖｉｖｏでポリヌクレオチドをヌクレアーゼ分解から効果的に保護することによって（Ｓｔｅｐｈｅｎ １９７７年、Ｌｅｖｙ１９８５年）、又はｐｏｌｙＩ：Ｃを正電荷の合成ペプチドと錯体形成させることによって（Ｓｃｈｅｌｌａｃｋ ２００６年）さらに強化されてきた。
[00118]さらに、先天性免疫の非特異的エンハンサーとしての使用に加えて、ｐｏｌｙＩ：Ｃはまた、ワクチン組成物中のアジュバントとして有用である。先天性免疫の強化によって、場合により、ＮＫ細胞、マクロファージ及び／又は樹状細胞に少なくとも部分的に関与する機序を介して、強化された抗原特異的適応性免疫をもたらすことができる（Ｃｈｉｒｉｇｏｓ １９８５年、Ｓａｌｅｍ ２００６年、Ａｌｅｘｏｐｏｕｌｏｕ ２００１年、Ｔｒｕｍｐｆｈｅｌｌｅｒ ２００８年）。本文章におけるｐｏｌｙＩ：Ｃ分子の使用に関する証拠は、感染性疾患を制御するためのさまざまなワクチン研究（Ｈｏｕｓｔｏｎ １９７６年、Ｓｔｅｐｈｅｎ １９７７年、Ｉｃｈｉｎｏｈｅ ２００７年、Ｓｌｏａｔ ２００８年、Ａｇｇｅｒ ２００６年、Ｐａｄａｌｋｏ ２００４年）及びさまざまなワクチン様式による癌の予防又は治療（Ｚｈｕ ２００７年、Ｃｕｉ ２００６年、Ｓａｌｅｍ ２００５年、Ｆｕｊｉｍｕｒａ ２００６年、Ｌｌｏｐｉｚ ２００８年）を起源とする。これらの研究によって、特異的な感染性疾患抗原に対する強化された抗体応答から明白であるように、ｐｏｌｙＩ：Ｃが体液性の応答を強化することが実証される。ＰｏｌｙＩ：Ｃはまた、抗原特異的細胞応答の増強物質である（Ｚｈｕ ２００７年、Ｚａｋｓ ２００６年、Ｃｕｉ ２００６年、Ｒｉｅｄｌ ２００８年）。ｐｏｌｙＩ：Ｃ分子のアジュバント効果は、少なくとも一部は、（ＴＬＲ）ＴＬＲ３、ＴＬＲ４、ＴＬＲ７、ＴＬＲ８及びＴＬＲ９などのトール様受容体とのその相互作用を介して、インターフェロンガンマを誘導することによって起こり（Ａｌｅｘｏｐｏｕｌｏｕ ２００１年、Ｔｒｕｍｐｆｈｅｌｌｅｒ ２００８年、Ｓｃｈｅｌｌａｃｋ ２００６年、Ｒｉｅｄｌ ２００８年）、ＴＬＲ３は大部分のｐｏｌｙＩ：Ｃ分子に特に関連すると考えられる。証拠によって、ｐｏｌｙＩ：Ｃ分子が、少なくとも一部は、ＲＮＡヘリカーゼレチノイン酸誘導タンパク質Ｉ（ＲＩＧ－Ｉ）／メラノーマ分化関連遺伝子５（ＭＤＡ５）などの、ＴＬＲｓ以外の受容体と相互作用することによってそれらの効果をもたらす場合があることが示唆される（Ａｌｅｘｏｐｏｕｌｏｕ ２００１年、Ｙｏｎｅｙａｍａ ２００４年、Ｇｏｗｅｎ ２００７年、Ｄｏｎｇ ２００８年）。ｐｏｌｙＩ：Ｃ分子の作用機序は、完全に理解されていないままである。
[00119]したがって、本明細書に使用される「ｐｏｌｙＩ：Ｃ」、「ｐｏｌｙＩ：Ｃポリヌクレオチド」又は「ｐｏｌｙＩ：Ｃポリヌクレオチドアジュバント」は、二本鎖又は単鎖のポリヌクレオチド分子（ＲＮＡ若しくはＤＮＡ又はＤＮＡ及びＲＮＡの組合せ）であり、その各ストランドは、少なくとも６個の隣接するイノシン酸若しくはシチジル酸残基、又はイノシン酸及びシチジル酸から任意の順序で選択される６個の隣接する残基（例えばＩＩＣＩＩＣ又はＩＣＩＣＩＣ）を含み、且つ哺乳動物対象においてインターフェロンなどの少なくとも１つの炎症性サイトカインの産生を誘導又は強化することができる。ＰｏｌｙＩ：Ｃポリヌクレオチドは、典型的には、約８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２５、２６、２８、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５、１００、１５０、２００、２５０、３００、５００、１０００個以上の長さの残基を有することになる。ｐｏｌｙＩ：Ｃポリヌクレオチドは、約６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、又は３０ヌクレオチドの最小長及び約１０００、５００、３００、２００、１００、９０、８０、７０、６０、５０、４５又は４０ヌクレオチドの最大長を有していてもよいのが好ましい。
[00120]二本鎖ｐｏｌｙＩ：Ｃポリヌクレオチドの各ストランドは、イノシン酸又はシチジル酸残基のホモポリマーであってもよく、又は各ストランドは、イノシン酸とシチジル酸残基の両方を含むヘテロポリマーであってもよい。いずれの場合も、ポリマーは、上述のように６Ｉ、６Ｃ又は６Ｉ／Ｃ残基のうちの少なくとも１つの隣接領域が存在するという条件で、１つ又は複数の非イノシン酸又は非シチジル酸残基（例えばウリジン）によって遮断されていてもよい。典型的には、ｐｏｌｙＩ：Ｃポリヌクレオチドの各ストランドは、６Ｉ／Ｃ残基あたり１個以下の非Ｉ／Ｃ残基を含むことになり、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８又は３０個のＩ／Ｃ残基ごとに１個以下の非Ｉ／Ｃ残基を含むことになるのがより好ましい。
[00121]ｐｏｌｙＩ：Ｃポリヌクレオチド中のイノシン酸又はシチジル酸（又は他の）残基は、インターフェロンなどの炎症性サイトカインの産生を促進するｐｏｌｙＩ：Ｃポリヌクレオチドの能力を保持するという条件で、当技術分野において公知のように誘導体化又は修飾してもよい。誘導体化又は修飾の非限定的な例としては、例えば、アジド修飾、フルオロ修飾、又は天然ホスホジエステル連結の代わりにチオエステル（又は類似の）連結を使用し、ｉｎ ｖｉｖｏで安定性を強化することが挙げられる。ｐｏｌｙＩ：Ｃポリヌクレオチドはまた、修飾し、例えば分子の、正電荷のポリリシン及びカルボキシメチルセルロースとの、又は正電荷の合成ペプチドとの錯体形成によって、ｉｎ ｖｉｖｏでの分解に対するその抵抗性が強化されていてもよい。
[00122]いくつかの実施形態において、ｐｏｌｙＩ：Ｃポリヌクレオチドアジュバントは、従来のｐｏｌｙＩ：Ｃの形態であり、約９８９，４８６ダルトンの分子量を有し、数百種類の塩基対のさまざまなストランド長のｐｏｌｙＩ及びｐｏｌｙＣ混合物を含む（Ｔｈｅｒｍｏ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ；ＵＳＡ）。
[00123]いくつかの実施形態において、本明細書に開示されるようなワクチン組成物は、ＴＬＲ２を活性化させる又はその活性を増加させるアジュバントを含んでいてもよい。本明細書に使用される、ＴＬＲ２を「活性化させる」又は「活性を増加させる」アジュバントとしては、任意のアジュバントが挙げられ、いくつかの実施形態において、脂質系アジュバントはＴＬＲ２アゴニストとして作用する。さらに、ＴＬＲ２の活性化又は活性の増加は、任意のモノマー、ホモ二量体又はヘテロ二量体の形態でのその活性化を包含し、且つ詳細には、ＴＬＲ１又はＴＬＲ６とのヘテロ二量体（すなわち、ＴＬＲ１／２又はＴＬＲ２／６）としてのＴＬＲ２の活性化を含む。ＴＬＲ２を活性化させる又は活性を増加させるアジュバントの例示的な実施形態としては、国際公開第２０１３／０４９９４１号に記載されているものなどの脂質系アジュバントが挙げられる。
[00124]したがって、ある実施形態において、本明細書に開示されるようなワクチン組成物は、例えば、国際公開第２０１３／０４９９４１号で開示されたような脂質系アジュバントを含んでいてもよい。ある実施形態において、脂質系アジュバントは、ＰＡＭ２Ｃｙｓ－Ｓｅｒ－（Ｌｙｓ）４（配列番号４）又はＰＡＭ３Ｃｙｓ－Ｓｅｒ－（Ｌｙｓ）４（配列番号４）である。
[00125]別の実施形態において、本明細書に開示されるようなワクチン組成物は、例えば、国際特許出願ＰＣＴ／ＣＡ２０１５／０５１３０９及びそこに引用されている文献で開示されたものなどの脂質Ａ模倣体又は類似体アジュバントを含んでいてもよい。特定の実施形態において、アジュバントは、国際出願ＰＣＴ／ＣＡ２０１５／０５１３０９で開示されたようなＪＬ－２６５又はＪＬ－２６６であってもよい。
[00126]使用してもよいアジュバントのさらなる例としては、限定するものではないが、ケモカイン、コロニー刺激因子、サイトカイン、１０１８ ＩＳＳ、アルミニウム塩、アンプリヴァックス（Ａｍｐｌｉｖａｘ）、ＡＳ０４、ＡＳ１５、ＡＢＭ２、アジュマー（Ａｄｊｕｍｅｒ）、アルガムリン（Ａｌｇａｍｍｕｌｉｎ）、ＡＳ０１Ｂ、ＡＳ０２（ＳＢＡＳＡ）、ＡＳＯ２Ａ、ＢＣＧ、カルシトリオール、キトサン、コレラ毒素、ＣＰ－８７０，８９３、ＣｐＧ、ｐｏｌｙＩ：Ｃ、ＣｙａＡ、デトックス（ＤＥＴＯＸ）（Ｒｉｂｉ Ｉｍｍｕｎｏｃｈｅｍｉｃａｌｓ）、臭化ジメチルジオクタデシルアンモニウム（ＤＤＡ）、フタル酸ジブチル（ＤＢＰ）、ｄＳＬＩＭ、ガンマイヌリン、ＧＭ－ＣＳＦ、ＧＭＤＰ、グリセロール、ＩＣ３０、ＩＣ３１、イミキモド、イムファクト（ＩｍｕＦａｃｔ）ＩＭＰ３２１、ＩＳパッチ（ＩＳ Ｐａｔｃｈ）、イスコム（ＩＳＣＯＭ）、イスコマトリックス（ＩＳＣＯＭＡＴＲＩＸ）、ジュヴイミューン（ＪｕｖＩｍｍｕｎｅ）、リポバック（ＬｉｐｏＶａｃ）、ＬＰＳ、脂質コアタンパク質、ＭＦ５９、モノホスホリル脂質Ａ及びその類似体又は模倣体、モンタナイド（登録商標）ＩＭＳ１３１２、モンタナイド（登録商標）系アジュバント（例えば、モンタナイドＩＳＡ－５１、－５０及び－７０）、ＯＫ－４３２、ＯＭ－１７４、ＯＭ－１９７－ＭＰ－ＥＣ、オンタック（ＯＮＴＡＫ）、ペプテル（Ｐｅｐ Ｔｅｌ）ベクター系、他のパルミトイル系分子、ＰＬＧ微小粒子、レシキモド、スクアレン、ＳＬＲ１７２、ＹＦ－１７ＤＢＣＧ、ＱＳ２１、クイルＡ（Ｑｕｉｌ Ａ）、Ｐ１００５、ポロキサマー、サポニン、合成ポリヌクレオチド、ザイモサン、百日咳毒素が挙げられる。
[00127]したがって、本明細書における組成物は、１つ又は複数の薬学的に許容されるアジュバントを含んでいてもよい。いくつかの実施形態において、新生抗原のうちの少なくとも１つは、アジュバントのうちの少なくとも１つにカップリングされていてもよい。
[00128]いくつかの実施形態において、本明細書における組成物は、ｐｏｌｙＩ：Ｃポリヌクレオチドアジュバント、脂質系アジュバント、脂質Ａ模倣体若しくは類似体、又はこれらの任意の組合せを含んでいてもよい。特定の実施形態において、組成物は、２０１５年１１月１８日に出願された米国特許仮出願第６２／２５６，８７５号に開示されたアジュバント系に記載されているような、ｐｏｌｙＩ：Ｃポリヌクレオチドアジュバント及び脂質系アジュバントの組合せを含んでいてもよい。
[00129]使用するアジュバントの量は、新生抗原のタイプ及び量並びにアジュバントのタイプによる。当業者であれば、特定の用途に必要なアジュバントの量を、実証実験によって容易に決定することができる。
[00130]ヘルパーＴエピトープ
[00131]いくつかの実施形態において、本明細書に開示される組成物はまた、少なくとも１つのヘルパーＴエピトープ又はヘルパーＴ抗原を含んでいてもよい。
[00132]ヘルパーＴエピトープは、ヘルパーＴ活性を有するアミノ酸（天然又は非天然アミノ酸）の配列である。ヘルパーＴエピトープは、免疫系の能力を確立し且つ最大限にする重要な役割を果たすヘルパーＴリンパ球によって認識され、例えば、細胞毒性Ｔリンパ球などの他の免疫細胞を活性化すること及び指示することに関与する。
[00133]ヘルパーＴエピトープは、連続的な又は不連続的なエピトープからなることができる。したがって、ヘルパーＴのすべてのアミノ酸が、必ずしもエピトープの一部とは限らない。したがって、ヘルパーＴエピトープの類似体及びセグメントを含むヘルパーＴエピトープは、免疫応答を強化又は刺激することができる。免疫優勢ヘルパーＴエピトープは、広く多様なＭＨＣタイプを有する動物及びヒト母集団において広範に反応する（Ｃｅｌｉｓ １９８８年、Ｄｅｍｏｔｚ １９８９年、Ｃｈｏｎｇ １９９２年）。対象ペプチドのヘルパーＴドメインは、約１０～約５０個のアミノ酸、より詳細には約１０～約３０個のアミノ酸を有していてもよい。複数のヘルパーＴエピトープが存在するときは、次いで、各ヘルパーＴエピトープを独立に作用する。
[00134]いくつかの実施形態において、ヘルパーＴエピトープは、本明細書に記載される新生抗原の一部を形成していてもよい。特に、新生抗原が十分なサイズのものである場合、その新生抗原は、ヘルパーＴエピトープとして機能するエピトープを含んでいてもよい。別の実施形態において、ヘルパーＴエピトープは、新生抗原とは別の分子である。別の実施形態において、ヘルパーＴエピトープは、新生抗原に融合されていてもよい。
[00135]別の実施形態において、ヘルパーＴエピトープ類似体は、ヘルパーＴエピトープ中の１～約１０個のアミノ酸残基の置換、欠失及び挿入を含んでいてもよい。ヘルパーＴセグメントは、免疫応答を強化する又は刺激するのに十分であるヘルパーＴエピトープの隣接する部分である。ヘルパーＴセグメントの例は、単一の長いペプチド由来である一連の重複ペプチドである。
[00136]ある特定の実施形態において、本明細書に開示されるような組成物は、ヘルパーＴエピトープ又は抗原として、アラニン残基をそのアミノ末端に付加し、安定性が強化された、修飾破傷風毒素ペプチドＡ１６Ｌ（８３０～８４４；ＡＱＹＩＫＡＮＳＫＦＩＧＩＴＥＬ（配列番号１）を含んでいてもよい（Ｓｌｉｎｇｌｕｆｆ ２００１年）。
[00137]本組成物において使用してもよいヘルパーＴエピトープの他の原料としては、例えば、Ｂ型肝炎表面抗原ヘルパーＴ細胞エピトープ、百日咳毒素ヘルパーＴ細胞エピトープ、麻疹ウィルスＦタンパク質ヘルパーＴ細胞エピトープ、クラミジア・トラコマチス（Ｃｈｌａｍｙｄｉａ ｔｒａｃｈｏｍｉｔｉｓ）の主要外膜タンパク質ヘルパーＴ細胞エピトープ、ジフテリア毒素ヘルパーＴ細胞エピトープ、熱帯熱マラリア原虫（Ｐｌａｓｍｏｄｉｕｍ ｆａｌｃｉｐａｒｕｍ）スポロゾイト周囲ヘルパーＴ細胞エピトープ、マンソン住血吸虫（Ｓｃｈｉｓｔｏｓｏｍａ ｍａｎｓｏｎｉ）トリオースリン酸イソメラーゼヘルパーＴ細胞エピトープ、大腸菌（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ）ＴｒａＴヘルパーＴ細胞エピトープ及びこれらのヘルパーＴエピトープのいずれかの免疫強化類似体及びセグメントが挙げられる。
[00138]いくつかの実施形態において、ヘルパーＴエピトープは、ユニバーサルヘルパーＴエピトープであってもよい。本明細書に使用されるユニバーサルヘルパーＴエピトープは、ペプチド若しくは他の免疫原性の分子、又はこれらのフラグメントを指し、多数のＭＨＣクラスＩＩ分子に、クラスＩＩ（ＣＤ４＋Ｔ細胞）拘束様式でＴ細胞機能を活性化させる様式で結合する。ユニバーサルヘルパーＴエピトープの例は、ペプチド配列ＡＫＸＶＡＡＷＴＬＫＡＡＡ（配列番号６）を含むＰＡＤＲＥ（ｐａｎ－ＤＲエピトープ）である（ここで、Ｘは、シクロヘキシルアラニルであってもよい）。ＰＡＤＲＥは特に、ＣＤ４＋ヘルパーＴエピトープを有し、すなわち、ＰＡＤＲＥ－特異的ＣＤ４＋ヘルパーＴ応答の誘導を刺激する。
[00139]前述の修飾破傷風毒素ペプチドＡ１６Ｌに加えて、破傷風トキソイドは、他のヘルパーＴエピトープを有し、ＰＡＤＲＥと同じ様式で機能する。破傷風及びジフテリア毒素は、ヒトＣＤ４＋細胞に対するユニバーサルエピトープを有する（Ｄｉｅｔｈｅｌｍ－Ｏｋｉｔａ ２０００年）。別の実施形態において、ヘルパーＴエピトープは、ペプチド配列ＦＮＮＦＴＶＳＦＷＬＲＶＰＫＶＳＡＳＨＬＥ（アミノ酸９４７～９６７個；配列番号７）を含むＦ２１Ｅなどの破傷風トキソイドペプチドであってもよい。
[00140]特定の実施形態において、ヘルパーＴエピトープは、本明細書に開示されるような組成物中の１つ又は複数の新生抗原のうちの少なくとも１つに融合される（例えば融合ペプチド）。
[00141]乳化剤
[00142]いくつかの実施形態において、本明細書に開示されるワクチン組成物は、１つ又は複数の乳化剤を含んでいてもよい。乳化剤は、純粋な乳化剤又は乳化剤の混合物であってもよい。乳化剤（複数可）は、薬学的に及び／又は免疫学的に許容されるべきである。
[00143]乳化剤の使用は、水を含まない又は水を実質的に含まない組成物を調製するのに特に適切なものであってもよい。例えば、いくつかの実施形態において、乳化剤は、両親媒性化合物又は混合物を疎水性担体に再懸濁するときに、両親媒性化合物、両親媒性化合物及び新生抗原の混合物、又は両親媒性化合物、新生抗原及び他のワクチン構成成分（例えばｐｏｌｙＩ：Ｃ及び／又は脂質系アジュバント、ヘルパーＴエピトープなど）の混合物の安定化を補助するために使用してもよい。乳化剤の使用は、例えば、疎水性担体中の両親媒性化合物又は混合物がさらにいっそう分散するのを促進し得る。
[00144]乳化剤は、両親媒性であってもよく、したがって、乳化剤には、広範な範囲の化合物が含まれていてもよい。いくつかの実施形態において、乳化剤は、例えば、非イオン性界面活性剤などの界面活性剤であってもよい。使用してもよい乳化剤の例としては、ポリエチレングリコール化ソルビタン（ｐｏｌｙｅｔｈｙｌｅｎｅ ｇｌｙｃｏｌｙａｔｅｄ ｓｏｒｂｉｔａｌ）から誘導される油性液体であるポリソルベート、及びソルビタンエステルが挙げられる。ポリソルベートとしては、例えば、ソルビタンモノオレエートが挙げられ得る。典型的な乳化剤は、当技術分野において周知であり、その乳化剤としては、限定するものではないが、オレイン酸マンニド（アラセル（商標）Ａ）、レシチン、ツウィーン（商標）８０、スパン（商標）２０、８０、８３及び８５が挙げられる。ある実施形態において、乳化剤に使用するためのワクチン組成物は、オレイン酸マンニドである。
[00145]乳化剤は、一般的には、疎水性担体とあらかじめ混合される。いくつかの実施形態において、乳化剤をすでに含む疎水性担体を使用してもよい。例えば、モンタナイド（商標）ＩＳＡ５１などの疎水性担体は、乳化剤であるオレイン酸マンニドをすでに含む。別の実施形態において、疎水性担体は、乳化剤と混合してから、両親媒性化合物、両親媒性化合物及び新生抗原の混合物、又は両親媒性化合物、新生抗原及び他のワクチン構成成分（例えば、ｐｏｌｙＩ：Ｃ及び／又は脂質系アジュバント、ヘルパーＴエピトープなど）の混合物と組み合わせてもよい。
[00146]乳化剤は、疎水性担体中で両親媒性化合物が均一に分散することを促進するのに及び／又は本明細書に記載される構造体、集合体又は配列体の形成を補助するのに有効な量で使用される。典型的には、疎水性担体対乳化剤の体積比率（ｖ／ｖ）は、約５：１～約１５：１、より詳細には１０：１の範囲である。
[00147]水を含まない組成物の実施形態
[00148]ある実施形態において、本明細書に開示されるワクチン組成物は、水を含まず又は水を実質的に含まず、すなわちワクチン組成物はエマルションではない。
[00149]「水を含まない」は、組成物が水をまったく含まないことを意味する。別の実施形態において、組成物は、水を実質的に含まなくてもよい。「水を実質的に含まない」という用語は、疎水性担体が少量の水を依然として含み得る実施形態を包含し、ただし、水は担体の非連続的相に存在することを意図する。例えば、組成物の個々の構成成分は、凍結乾燥又は蒸発などのプロセスによって完全に除去されていない場合がある少量の結合水を有していてもよく、且つ特定の疎水性担体は、そこに溶解している少量の水を含んでいてもよい。一般的には、「水を実質的に含まない」本明細書に開示されるような組成物は、例えば、組成物の担体構成成分の全重量に対して、重量／重量基準で約１０％、９％、８％、７％、６％、５％、４％、３％、２％、１％、０．５％、０．１％、０．０５％又は０．０１％未満の水を含む。少量の水を依然として含む組成物は、エマルションが形成され得るように十分な量の水を含まない。
[00150]本明細書に開示されるような水を含まないワクチン組成物は、有意に高い抗体力価及びより強力な細胞媒介性免疫応答を、低用量の構成成分、例えば、新生抗原、アジュバント（複数可）、ヘルパーＴエピトープなどのうちの１つ又は複数を用いてもたらすことができ得ると考えられる。これは、ワクチン構成成分の強制的な能動的取込みにおけるデポヴァックス（商標）の作用の特有な機序に基づく。
[00151]いかなる作用理論にも拘束されるものではないが、本開示の水を含まない組成物を使用するときに、配合剤によって、数週間にわたって持続する強力なデポーが作製され、新生抗原のクリアランスの延長、及びワクチンの免疫系との相互作用を可能にすると思われる。この点において、油中脂質系配合剤は、免疫化から３週以内にピーククリアランスに達し、且つクリアランスは６カ月にわたって低速度で継続することが報告されている（Ｂｒｅｗｅｒら ２０１４年）。これは、抗原を数時間から１週間にわたって素早く放出する水性ワクチン配合剤、又は一時的なデポー剤を形成するエマルションと対照的である。
[00152]キット及び試薬
[00153]本明細書に開示されるワクチン組成物は、キットとしてユーザへ任意選択で提供される。例えば、本開示のキットは、本明細書に開示される組成物のうちの１つ又は複数の構成成分を含む。キットは、１つ又は複数の追加の試薬、包装材料、キットの構成成分を収容するための容器、及びキット構成成分を使用する好ましい方法を詳述している取扱説明書セット又はユーザマニュアルをさらに含むことができる。ある実施形態において、容器は、バイアルである。
[00154]ある実施形態において、キットは、あらかじめ配合されたワクチンを、調製不要形式（ｒｅａｄｙ－ｔｏ－ｕｓｅ ｆｏｒｍａｔ）として個別の容器に含む。例として、ある実施形態において、キットは、両親媒性化合物、新生抗原及び疎水性担体を含む少なくとも１つの容器を含む。各個別の容器中にあらかじめ配合されたワクチンは、同じであっても、異なっていてもよい。
[00155]キットの代替の実施形態において、ワクチンは、疎水性担体を除くすべての構成成分を、１つの容器に、疎水性担体中にすぐに復元できる状態で（例えば乾燥塊として）、又は配合するため、凍結乾燥するため、且つ疎水性担体中に復元するための個別の容器中に個々の構成成分のままで備えていてもよい。
[00156]ある実施形態において、キットは、両親媒性化合物及び新生抗原を含む第１の容器、並びに疎水性担体を含む第２の容器を含んでいてもよい。この実施形態において、第１の容器中のワクチン構成成分は、疎水性担体中にすぐに再懸濁できる状態の乾燥塊の形態であってもよい。
[00157]上記キットの実施形態のさまざまな態様において、新生抗原、両親媒性化合物及び疎水性担体に加えて、ワクチンは、ヘルパーＴエピトープ、アジュバント、及び乳化剤のうちの１つ又は複数を任意選択でさらに含んでいてもよい。これらの構成成分は、個別の容器で個々に提供されていてもよい、又は新生抗原及び両親媒性化合物を容器中で一緒になど、これらの任意の組合せとして容器中で一緒に提供されていてもよい。
[00158]キットのある実施形態において、ヘルパーＴエピトープは、アミノ酸配列ＦＮＮＦＴＶＳＦＷＬＲＶＰＫＶＳＡＳＨＬＥ（配列番号７）を含むペプチドである。
[00159]キットのある実施形態において、ヘルパーＴエピトープは、アミノ酸配列ＡＱＹＩＫＡＮＳＫＦＩＧＩＴＥＬ（配列番号１）を含むペプチドである。
[00160]キットのある実施形態において、アジュバントは、ｐｏｌｙＩ：Ｃポリヌクレオチドである。
[00161]キットのある実施形態において、両親媒性化合物は、リン脂質などの１つ又は複数の脂質である。ある実施形態において、脂質は、１，２－ジオレオイル－ｓｎ－グリセロ－３－ホスホコリン（ＤＯＰＣ）及びコレステロールである。
[00162]ある実施形態において、キットは、ＤＮＡ複製に干渉する薬剤をさらに含んでいてもよい。ＤＮＡ複製に干渉する薬剤は、個別の容器にキットとして含まれていてもよく、又は薬剤は、他の構成成分とともに含まれていてもよい。特定の実施形態において、キットに含まれるＤＮＡ複製に干渉する薬剤は、例えばシクロホスファミドなどのアルキル化剤である。
[00163]ある実施形態において、キットは、免疫応答チェックポイント阻害剤をさらに含んでいてもよい。免疫応答チェックポイント阻害剤は、個別の容器にキットとして含まれていてもよく、又は他の構成成分とともに含まれていてもよい。免疫応答チェックポイント阻害剤は、プログラム死リガンド１（ＰＤ－Ｌ１）、プログラム死１（ＰＤ－１）、ＣＴＬＡ－４、ＰＤ－Ｌ２、ＬＡＧ３、ＴＩＭ３、４１ＢＢ、２Ｂ４、Ａ２ａＲ、Ｂ７Ｈ１、Ｂ７Ｈ３、Ｂ７Ｈ４、ＢＴＬＡ、ＣＤ２、ＣＤ２７、ＣＤ２８、ＣＤ３０、ＣＤ４０、ＣＤ７０、ＣＤ８０、ＣＤ８６、ＣＤ１６０、ＣＤ２２６、ＣＤ２７６、ＤＲ３、ＧＡＬ９、ＧＩＴＲ、ＨＶＥＭ、ＩＤＯ１、ＩＤＯ２、誘導性Ｔ細胞共刺激体（ＩＣＯＳ）、ＫＩＲ、ＬＡＩＲ１、ＬＩＧＨＴ、コラーゲン構造を有するマクロファージ受容体（ＭＡＲＣＯ）、ホスファチジルセリン（ＰＳ）、ＯＸ－４０、ＳＬＡＭ、ＴＩＧＩＴ、ＶＩＳＴＡ、ＶＴＣＮ１、又はこれらの任意の組合せの阻害剤であってもよい。
[00164]当業者であれば、キットの代替構成（ａｌｔｅｒｎａｔｅ ａｒｒａｎｇｅｍｅｎｔｓ）が可能であり、且つ本明細書の開示において包含されることを理解するであろう。
[00165]本明細書に開示されるようなキットは、本明細書に開示される方法の実施に使用してもよい。ある実施形態において、キットは、対象において、新生抗原に対する抗体免疫応答及び／又は細胞媒介性免疫応答の誘導に使用するためのものである。特に好適であり得るある実施形態において、キットは、水を含まない又は水を実質的に含まないワクチン組成物を調製するためのものである。
[00166]免疫応答及び使用方法
[00167]本明細書に開示される組成物は、新生抗原を対象に投与することが望ましいあらゆる場合において用途を見出し得る。対象は、魚類、鳥類又は哺乳動物などの脊椎動物であってもよく、ヒトが好ましい。
[00168]本明細書に言及される「免疫応答」は、細胞媒介性免疫応答又は抗体（体液性）免疫応答のいずれかであってもよい。
[00169]いくつかの実施形態において、本明細書に開示されるワクチン組成物は、新生抗原に対する細胞媒介性免疫応答を誘導するために使用してもよい。
[00170]本明細書に使用される、免疫応答を「誘導する」ことは、免疫応答を引き起こすこと及び／又は強化することである。免疫応答を誘導することは、免疫応答状態の前、例えば、本明細書に開示される組成物を投与する前と比較して、宿主の利点となるように免疫応答が強化され、高められ、改善され又は増強された場合を包含する。
[00171]本明細書に使用される、「細胞媒介性免疫応答」、「細胞性免疫」、「細胞性免疫応答」又は「細胞毒性Ｔリンパ球（ＣＴＬ）免疫応答」（本明細書では交換可能に使用）という用語は、マクロファージ及びナチュラルキラー細胞の活性化、新生抗原特異的細胞毒性Ｔリンパ球の産生及び／又は新生抗原に応答したさまざまなサイトカインの放出によって特徴付けられる免疫応答を指す。細胞毒性Ｔリンパ球は、感染した体細胞又は腫瘍細胞の死滅を誘導することができるＴリンパ球のサブグループ（ある種の白血球）であり、ウィルス（又は他の病原体）に感染した、或いは別に損傷した又は機能不全の細胞を殺傷する。
[00172]大部分の細胞毒性Ｔ細胞は、ＭＨＣクラスＩ分子に結合する特異的ペプチド抗原を認識することができるＴ細胞受容体を発現する。典型的には、細胞毒性Ｔ細胞はまたＣＤ８（すなわちＣＤ８＋Ｔ細胞）を発現し、このＣＤ８はＭＨＣクラスＩ分子の一部分に誘引される。この親和性によって、抗原特異的活性化の間に、細胞毒性Ｔ細胞及び標的細胞が一緒になって密接に結合することが維持される。
[00173]細胞性免疫は、例えば腫瘍特異的新生抗原を提示する癌細胞などの、その表面上に外来性の又は突然変異した抗原のエピトープを提示する体細胞を溶解することができる、抗原特異的細胞毒性Ｔリンパ球（例えば抗原特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞）を活性化すること；マクロファージ及びナチュラルキラー細胞を活性化し、細胞内病原体を破壊できるようにすること；並びに細胞を刺激し、適応性免疫応答及び先天性免疫応答に関与する他の細胞の機能に影響を与えるさまざまなサイトカインを分泌することによって身体を保護する。
[00174]細胞性免疫は、適応性免疫応答の重要な構成成分であり、樹状細胞、Ｂリンパ球及び少ない程度ではあるがマクロファージなどの新生抗原提示細胞との相互作用を介し、細胞によって新生抗原を認識した後に、
１．腫瘍特異的新生抗原を提示する癌細胞などの、その表面上に外来性の又は突然変異した抗原のエピトープを提示する体細胞において、アポトーシスを誘導できる抗原特異的細胞毒性Ｔリンパ球を活性化すること；
２．マクロファージ及びナチュラルキラー細胞を活性化し、細胞内病原体を破壊できるようにすること；及び
３．細胞を刺激し、適応性免疫応答及び先天性免疫応答に関与する他の細胞の機能に影響を与えるさまざまなサイトカインを分泌すること
などのさまざまな機序によって身体を保護する。
[00175]細胞媒介性免疫は、ウィルス感染した細胞を除去するのに最も効果的であるが、真菌、原生動物、癌、及び細胞内細菌に対する防御にも関与する。また、移植による拒絶反応において主要な役割を果たす。
[00176]細胞媒介性免疫は、さまざまな細胞型の関与を伴い、且つ異なる機序によって介在されるために、いくつかの方法を使用し、ワクチン接種後の免疫の誘導を実証することができる。これらは、以下のものの検出に広範に分類することができる。ｉ）特異的抗原提示細胞、ｉｉ）特異的エフェクター細胞及びその機能、並びにｉｉｉ）サイトカインなどの可溶性メディエーターの放出。
[00177]ｉ）抗原提示細胞：樹状細胞及びＢ細胞（及び少ない程度ではあるがマクロファージ）は、Ｔ細胞の活性化を強化することを可能にする特殊な免疫刺激受容体を備え、プロフェッショナル抗原提示細胞（ＡＰＣ）と称される。これらの免疫刺激分子（共刺激分子とも呼ばれる）は、感染又はワクチン接種後、ＣＤ４及びＣＤ８細胞毒性Ｔ細胞などのエフェクター細胞に抗原提示するプロセスの間、Ｔ細胞上で上方調節される。このような共刺激分子（ＣＤ４０、ＣＤ８０、ＣＤ８６、ＭＨＣクラスＩ又はＭＨＣクラスＩＩなど）は、例えば、これらの分子に対する蛍光色素コンジュゲート抗体を、ＡＰＣを特異的に識別する抗体（樹状細胞に関してはＣＤ１１ｃなど）とともに用いた、フローサイトメトリーを使用することによって検出することができる。
[00178]ｉｉ）細胞毒性Ｔ細胞：（Ｔｃ、キラーＴ細胞、又は細胞毒性Ｔリンパ球（ＣＴＬ）としても公知である）は、ウィルス（及び他の病原体）に感染した又は腫瘍抗原若しくは新生抗原を発現している細胞の死滅を誘導するＴ細胞のサブグループである。これらのＣＴＬは、特定の外来性分子又は異常分子をその表面に有する他の細胞を直接攻撃する。そのような細胞毒性（ｃｅｌｌｕｌａｒ ｃｙｔｏｔｏｘｉｃｉｔｙ）の能力は、ｉｎ ｖｉｔｒｏでの細胞溶解アッセイ（クロム放出アッセイ）を使用して検出することができる。したがって、適応性細胞性免疫の誘導は、新生抗原が負荷された標的細胞が、ワクチン接種又は感染症の後にｉｎ ｖｉｖｏで生じた特異的ＣＴＬによって溶解するときの、そのような細胞毒性Ｔ細胞の存在によって実証することができる。
[00179]ナイーブ細胞毒性Ｔ細胞は、そのＴ細胞受容体（ＴＣＲ）がペプチド結合ＭＨＣクラスＩ分子と強く相互作用するときに活性化される。この親和性は、抗原／ＭＨＣ複合体のタイプ及び向きに依存し、且つＣＴＬ及び感染した細胞がともに結合するのを維持する。一度活性化すると、ＣＴＬは、クローン増殖と呼ばれるプロセスを受け、このプロセスで機能性を獲得し、且つ急速に分裂し、「武装化」エフェクター細胞の集団を産生する。次いで、活性化ＣＴＬが、その特有のＭＨＣクラスＩ＋ペプチドを有する細胞を探し求めて身体のあらゆる場所を移動することになる。これは、ペプチドＭＨＣクラスＩテトラマーをフローサイトメトリーアッセイで使用することによって、ｉｎ ｖｉｔｒｏでそのようなＣＴＬを識別するために使用することができる。
[00180]これらの感染した又は機能不全の体細胞に曝露したときに、エフェクターＣＴＬは細胞毒素であるパーフォリン及びグラニュリシンを放出し、細胞毒素は標的細胞の形質膜に孔を形成し、イオン及び水が感染した細胞へ流出することを可能にし、感染細胞に破裂又は溶解をもたらす。ＣＴＬは、セリンプロテアーゼであるグランザイムを放出し、セリンプロテアーゼが孔を介して細胞に侵入し、アポトーシス（細胞死）を誘導する。ＣＴＬからのこれらの分子の放出は、ワクチン接種後の細胞媒介性免疫応答の良好な誘導の測定として使用することができる。これは、ＣＴＬを定量的に測定することができる場合に、酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）又は酵素結合免疫スポットアッセイ（ＥＬＩＳＰＯＴ）によって行うことができる。ＣＴＬはまた、ＩＦＮ－γなどの重要なサイトカインを産生することができるために、ＩＦＮ－γ産生ＣＤ８細胞の定量的測定を、ＥＬＩＳＰＯＴによって及びこれらの細胞における細胞内ＩＦＮ－γのフローサイトメトリー測定によって達成することができる。
[00181]ＣＤ４＋「ヘルパー」Ｔ細胞：ＣＤ４＋リンパ球、又はヘルパーＴ細胞は、免疫応答メディエーターであり、且つ適応性免疫応答の能力の確立及び最大化に重要な役割を果たす。これらの細胞は、細胞毒性又は食細胞活性を有さず、且つ感染した細胞を殺傷し又は病原体を除去することができないが、本質的には、他の細胞にこれらの作業を行うように指示することによって免疫応答を「管理する」。２つのタイプのエフェクターＣＤ４＋ヘルパーＴ細胞応答が、プロフェッショナルＡＰＣによって誘導することができ、Ｔｈ１及びＴｈ２と呼ばれ、それぞれ異なるタイプの病原体を除去するように設計されている。
[00182]ヘルパーＴ細胞は、ＭＨＣクラスＩＩ分子に結合した抗原を認識するＴ細胞受容体（ＴＣＲ）を発現する。ナイーブヘルパーＴ細胞は活性化されるとサイトカインを放出し、そのサイトカインは、それによって活性化されるＡＰＣを含め、多くの細胞型の活性に影響を与える。ヘルパーＴ細胞は、細胞毒性Ｔ細胞よりもはるかに軽度の活性化刺激を必要とする。ヘルパーＴ細胞は、細胞毒性細胞の活性化を「助ける」追加のシグナルを与えることができる。２つのタイプのエフェクターＣＤ４＋ヘルパーＴ細胞応答が、プロフェッショナルＡＰＣによって誘導することができ、Ｔｈ１及びＴｈ２と呼ばれ、それぞれ異なるタイプの病原体を除去するように設計されている。エフェクタータンパク質（サイトカイン）のパターンが異なる２つのＴｈ細胞集団が産生された。一般的に、Ｔｈ１細胞は、マクロファージ及び細胞毒性Ｔ細胞を活性化することによって、細胞媒介性免疫応答を補助するが、Ｔｈ２細胞は、Ｂ細胞を刺激して、形質細胞に変換することによって且つ抗体を形成することによって体液性免疫応答を促進する。例えば、Ｔｈ１細胞によって調節される応答は、マウスにおいてＩｇＧ２ａ及びＩｇＧ２ｂ（ヒトにおいてＩｇＧＩ及びＩｇＧ３）を誘導することができ、且つ新生抗原に対する細胞媒介性免疫応答を誘導することができるのが好ましい。抗原に対するＩｇＧ応答がＴｈ２型細胞によって調節される場合、マウスにおけるＩｇＧＩ（ヒトにおけるＩｇＧ２）の産生が圧倒的に強化され得る。Ｔｈ１又はＴｈ２応答と関連するサイトカインを測定すると、良好なワクチン接種の測定が得られることになる。これは、ＩＦＮ－γ、ＩＬ－２、ＩＬ－１２、ＴＮＦ－αなどのＴｈ１－サイトカイン、又は中でもＩＬ－４、ＩＬ－５、ＩＬ１０などのＴｈ２サイトカイン用に設計された特異的ＥＬＩＳＡによって達成することができる。
[00183]ｉｉｉ）局所リンパ節から放出されたサイトカインを測定すると、良好な免疫化の優れた指標が得られる。新生抗原が提示され、且つＡＰＣ並びにＣＤ４及びＣＤ８Ｔ細胞などの免疫エフェクター細胞が成熟した結果として、いくつかのサイトカインがリンパ節細胞によって放出される。これらのＬＮＣを、新生抗原の存在下、ｉｎ ｖｉｔｒｏで培養して、ＩＦＮ－γ、ＩＬ－２、ＩＬ－１２、ＴＮＦ－α及びＧＭ－ＣＳＦなどの特定の重要なサイトカインが放出されるかどうかを測定することによって、新生抗原特異的免疫応答を検出することができる。これは、培養上澄み及び標準品として遺伝子組換えサイトカインを使用したＥＬＩＳＡによって行うことができる。
[00184]良好な免疫化は、当業者に公知の多数の方法で判定してもよく、その方法としては、これらに限定されないが、機能的抗体を検出するための血球凝集阻害（ΗＡＩＪ）及び血清中和阻害アッセイ；ワクチン接種された対象に、関連する病原体を負荷し、ワクチン接種の有効性を判定する負荷試験；及び例えば活性化又は記憶リンパ球の識別において特異的細胞表面マーカーを発現する細胞集団を判定するための蛍光活性化細胞分類（ＦＡＣＳ）が挙げられる。当業者であればまた、他の公知の方法を使用して、本明細書に開示されるような組成物を用いた免疫化が、抗体及び／又は細胞媒介性免疫応答を引き起こしたかどうかを判定してもよい。例えば、Ｃｏｌｉｇａｎら編、Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ、Ｗｉｌｅｙ Ｉｎｔｅｒｓｃｉｅｎｃｅ、２００７年を参照のこと。
[00185]ある実施形態において、本明細書に開示される組成物は、新生抗原を水性ワクチン配合剤として配合したときよりも、少なくとも２倍、少なくとも３倍、少なくとも４倍、少なくとも５倍、少なくとも６倍、少なくとも７倍、少なくとも８倍、少なくとも９倍又は少なくとも１０倍強化された細胞媒介性免疫応答をもたらすことができる。「水性ワクチン」は、疎水性担体が水性担体で置き換えられたことを除いて、本明細書に記載される油性配合剤と同一の構成成分を含むワクチンを意味し、水性ワクチンは、両親媒性化合物を含まない。
[00186]ある実施形態において、本明細書に開示される組成物は、組成物の単回投与のみで、強化された細胞媒介性免疫応答をもたらすことができる。したがって、ある実施形態において、本明細書に開示される組成物は、単回投与によって新生抗原を送達するためのものである。
[00187]ある実施形態において、本明細書に開示される組成物は、低用量の新生抗原によって強化された細胞媒介性免疫応答をもたらすことができ、低用量は、水性ワクチン配合剤中の用量の約５０％である。
[00188]いくつかの実施形態において、本明細書に開示されるワクチン組成物は、新生抗原に対する抗体免疫応答を誘導するために使用してもよい。
[00189]「抗体免疫応答」又は「体液性免疫応答」（本明細書では交換可能に使用）は、細胞媒介性免疫とは対照的に、Ｂリンパ球系列（Ｂ細胞）の細胞で生成される分泌抗体によって介在される。このような分泌抗体は、例えば、異物、病原体（例えばウィルス、細菌など）及び／又は癌細胞の表面上のものなどの抗原に結合し、フラグ付けして（ｆｌａｇ）破壊する。
[00190]本明細書に使用される「体液性免疫応答」は、抗体産生を指し、さらに又は代わりに、体液性免疫応答としては、例えば、ヘルパーＴ２（Ｔｈ２）又はヘルパーＴ１７（Ｔｈ１７）細胞の生成及び／又は活性化、サイトカイン産生、アイソタイプ転換、親和性成熟並びに記憶細胞活性化などの、それに伴う付属のプロセスも含み得る。「体液性免疫応答」としてはまた、例えば、毒素の中和、古典的補体活性化、及び貪食作用の促進などの抗体のエフェクター機能並びに病原体の排除も含み得る。体液性免疫応答は、ＣＤ４＋Ｔｈ２細胞によって頻繁に促進され、したがってこの細胞型の活性化又は生成はまた、体液性免疫応答の指標であり得る。「体液性免疫応答」という用語は、本明細書では「抗体応答」又は「抗体免疫応答」と交換可能に使用される。
[00191]「抗体」は、免疫グロブリン遺伝子又は免疫グロブリン遺伝子のフラグメントによって実質的に又は部分的にコードされた１つ又は複数のポリペプチドを含むタンパク質である。認められている免疫グロブリン遺伝子としては、κ、λ、α、γ、δ、ε及びμ定常領域遺伝子、並びに無数の免疫グロブリン可変領域遺伝子が挙げられる。軽鎖は、κ又はλのいずれかとして分類される。重鎖は、γ、μ、α、δ、又はεとして分類され、これらは免疫グロブリンクラス、ＩｇＧ、ＩｇＭ、ＩｇＡ、ＩｇＤ及びＩｇＥをそれぞれ定義する。典型的な免疫グロブリン（抗体）構造単位は、４つのポリペプチドを含むタンパク質を含む。各抗体構造単位は、２つの同一のポリペプチド鎖の対で構成され、その対が１つの「軽鎖」及び１つの「重鎖」をそれぞれ有する。各鎖のＮ－末端は、抗原認識に主に関与する可変領域を定義する。（例えばＩｇＡ及びＩｇＭクラスの）抗体構造単位はまた、互いに、及び例えばＪ鎖ポリペプチドと会合したＩｇＭペンタマーとして追加のポリペプチド鎖とともにオリゴマー形態で集合していてもよい。
[00192]抗体は、Ｂリンパ球（Ｂ細胞）と呼ばれる白血球のサブセットの抗原特異的糖タンパク質生成物である。新生抗原が、Ｂ細胞の表面上に発現される抗体と連結すると、抗体応答を誘導することができ、その抗体応答には、Ｂ細胞を刺激し、活性化し、有糸分裂させ、最終的に形質細胞に分化し、その形質細胞が、抗原特異的抗体の合成及び分泌を専門に行うことが含まれる。
[00193]Ｂ細胞は、免疫応答中の唯一の抗体プロデューサーであり、したがって有効な体液性免疫のための鍵となる要素である。大量の抗体を産生することに加えて、Ｂ細胞はまた、抗原提示細胞として作用し、且つヘルパーＴＣＤ４又は細胞毒性ＣＤ８＋Ｔ細胞などのＴ細胞に対して新生抗原性ペプチドを提示することができ、こうして免疫応答を伝播する。Ｂ細胞並びにＴ細胞は、適応性免疫応答の一部である。例えば、ワクチン接種又は自然感染のいずれかによって誘導された能動免疫応答中に、抗原特異的Ｂ細胞が活性され、且つクローン増殖する。増殖中に、Ｂ細胞が進化し、エピトープに対して高親和性を有する。Ｂ細胞の増殖は、活性ヘルパーＴ細胞によって間接的に、またＴＬＲなどの受容体の刺激を介して直接誘導することができる。
[00194]樹状細胞及びＢ細胞などの抗原提示細胞は、ワクチン接種部位に集まり、ワクチン組成物に含まれる新生抗原及びアジュバントと相互作用することができる。典型的には、アジュバントは細胞を刺激し、活性化させ、且つ新生抗原は、標的に対する詳細な計画を与える。異なるタイプのアジュバントが、異なる刺激シグナルを細胞へ与え得る。例えば、ｐｏｌｙＩ：Ｃ（ＴＬＲ３アゴニスト）は、樹状細胞を活性化することができるが、Ｂ細胞は活性化できない。Ｐａｍ３Ｃｙｓ、Ｐａｍ２Ｃｙｓ及びＦＳＬ－１などのアジュバントは特に、Ｂ細胞を巧みに活性化させ且つ増殖を開始させ、抗体応答の産生を促進することが予想される（Ｍｏｙｌｅ ２００８；Ｓｏ２０１２年）。
[00195]体液性免疫応答は、（例えば、ウィルス性又は細菌性侵入物に対して保護するのに）有効な感染性疾患ワクチンに関する一般的な機序のうちの１つである。しかし、体液性免疫応答はまた、癌を阻止するのに有用であり得る。癌ワクチンは、典型的には、癌細胞を認識し、且つ破壊することができる細胞媒介性免疫応答を産生するように設計されているが、Ｂ細胞媒介性応答は、他の機序を介して癌細胞を標的とする場合があり、場合によっては、最大利点のために細胞毒性Ｔ細胞と協力することがある。Ｂ細胞媒介性（例えば体液性免疫応答介在性）抗腫瘍応答の例としては、限定するものではないが、次のものが挙げられる。１）Ｂ細胞によって産生される抗体であって、腫瘍細胞上又は腫瘍形成に影響を与える他の細胞上に認められる表面抗原（例えば新生抗原）に結合する抗体。このような抗体は、例えば、抗体依存性細胞媒介性細胞毒性（ＡＤＣＣ）又は補体結合を介して標的細胞の殺傷を誘導することができ、免疫系によって認識することができる追加の抗原を放出させる可能性がある、２）腫瘍細胞上の受容体に結合し、その刺激をブロックし、且つその効果を事実上中和する抗体、３）腫瘍又は腫瘍関連細胞によって、又はそれらと連結して放出される因子に結合し、癌を維持するシグナル伝達又は細胞経路をモジュレートする抗体、並びに４）細胞内標的に結合し、現在のところ未知の機序によって抗腫瘍活性を介在する抗体。
[00196]抗体応答を評価する１つの方法は、特に抗原と反応する抗体の力価を測定することである。これは、動物から得られた抗体含有物質の酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）など、当技術分野において公知のさまざまな方法を使用して行ってもよい。例えば、特定の新生抗原に結合する血清抗体の力価は、新生抗原に曝露する前と後の対象の両方において判定してもよい。新生抗原に曝露した後に新生抗原特異的抗体の力価が統計的に有意に増加すると、対象が新生抗原に対する抗体応答を開始したことを示すことになる。
[00197]限定するものではないが、新生抗原特異的抗体の存在を検出するために使用してもよい他のアッセイとしては、免疫学的アッセイ（例えば放射免疫アッセイ（ＲＩＡ））、免疫沈降アッセイ、及びタンパク質ブロット（例えばウエスタンブロット）アッセイ、及び中和アッセイ（例えば、ｉｎ ｖｉｔｒｏ又はｉｎ ｖｉｖｏアッセイにおけるウィルス性感染力の中和）が挙げられる。
[00198]本明細書に開示されるワクチン組成物は、細胞媒介性免疫応答又は体液性免疫応答によって回復する疾患及び／又は障害を治療又は予防するのに有用であり得る。ワクチンは、新生抗原を対象へ投与し、細胞媒介性免疫応答又は体液性免疫応答を誘導することが所望されるあらゆる場合において適用が見出され得る。ある実施形態において、ワクチンは、個別化ワクチンを送達するための適用が見出され得る。
[00199]ある実施形態において、本開示は、本明細書に記載されるような組成物を、それを必要とする対象に投与することを含む方法に関する。いくつかの実施形態において、方法は、新生抗原に対する抗体免疫応答及び／又は細胞媒介性免疫応答を、前記対象において誘導するためのものである。いくつかの実施形態において、方法は、癌を治療及び／又は予防するためのものである。
[00200]本明細書に使用される「治療（Ｔｒｅａｔｉｎｇ）」若しくは「～の治療（ｔｒｅａｔｍｅｎｔ ｏｆ）」、又は「予防（ｐｒｅｖｅｎｔｉｎｇ）」若しくは「～の予防（ｐｒｅｖｅｎｔｉｏｎ ｏｆ）」は、有益な又は所望の結果を得るためのアプローチを指す。有益な又は所望の結果としては、これらに限定されるものではないが、１つ又は複数の症状又は状態の緩和又は回復、疾患の範囲の縮小、疾患の状態の安定化、疾患の発症の予防、疾患のまん延の予防、疾患の進行の遅延又は減速（例えば抑制）、疾患発症の遅延又は減速、疾患を引き起こす薬剤に対する保護免疫の付与、及び病態の回復又は一時的軽減が挙げられ得る。「治療」又は「予防」はまた、治療しない場合に予想される生存率を超えて患者の生存率を延長することができること、また、対象において疾患の進行を一時的に阻害すること、又は例えば感染症を予防することによって疾患の発生を予防することを意味し得る。「治療」又は「予防」はまた、腫瘍塊のサイズの減少、腫瘍の攻撃性の減少などを指していてもよい。
[00201]ある実施形態において、本明細書に開示される方法及び組成物は、それを必要とする対象において、癌の治療及び／又は予防に使用するためのものであってもよい。対象は、癌を有していてもよく、又は癌の発症リスクがあってもよい。
[00202]本明細書に使用される、「癌」、「癌細胞」、「腫瘍」及び「腫瘍細胞」（交換可能に使用）という用語は、細胞増殖の制御の有意な損失によって特徴付けられる異常な成長を示す細胞、又は不死化した細胞を指す。「癌」又は「腫瘍」という用語は、転移性の並びに非転移性の癌又は腫瘍を含む。癌は、当技術分野において一般的に認められる基準を使用して診断してもよく、悪性腫瘍の存在が含まれる。
[00203]限定するものではないが、本明細書に開示されるような組成物を使用又は投与することによって治療及び／又は予防することができ得る癌としては、癌腫、腺癌、リンパ腫、白血病、肉腫、芽細胞腫、骨髄腫、及び胚細胞腫瘍が挙げられる。限定するものではないが、特に好適な実施形態としては、膠芽腫、多発性骨髄腫、卵巣癌、乳癌、卵管癌、前立腺癌又は腹膜癌が挙げられ得る。１つの実施形態において、癌は、ウィルスなどの病原体によって生じ得る。癌の発症と関連するウィルスは、当業者であれば公知であり、そのウィルスとしては、これらに限定されるものではないが、ヒトパピローマウィルス（ＨＰＶ）、ジョンカニンガムウィルス（ＪＣＶ）、ヒトヘルペスウィルス８、エプスタインバーウィルス（ＥＢＶ）、メルケル細胞ポリオーマウィルス、Ｃ型肝炎ウィルス及びヒトＴ細胞白血病ウィルス１が挙げられる。癌は、１つ又は複数の腫瘍特異的新生抗原を発現するものである。
[00204]ある特定の実施形態において、癌は、乳癌、卵巣癌、前立腺癌、卵管癌、腹膜癌、膠芽腫又はびまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫である。
[00205]本明細書に開示される方法及び組成物は、癌の治療又は予防；例えば、癌の重症度（例えば、腫瘍のサイズ、攻撃性及び／又は侵襲性、悪性度など）の減少、又は癌再発の予防のいずれかに有用であってもよい。
[00206]ある実施形態において、癌を治療及び／又は予防するための方法は、最初に、患者の腫瘍細胞において１つ又は複数の新生抗原又は新生エピトープを識別することを含む。当業者であれば、１つ又は複数の新生抗原を識別するために使用することができる当技術分野において公知の方法は理解するであろう（例えば、Ｓｒｉｖａｓｔａｖａ ２０１５年及びそこに引用されている文献を参照のこと）。例示的な実施形態として、全ゲノム／エクソームシークエンシングを使用し、個々の患者の腫瘍に固有に存在する突然変異した新生抗原を識別してもよい。識別された新生抗原の収集物を分析し、特異的な、最適化された新生抗原及び／又は新生エピトープのサブセットを（例えばアルゴリズムに基づいて）選択して、個別化癌ワクチンとして使用することができる。
[00207]１つ又は複数の新生抗原が識別され且つ選択されると、当業者であれば、ｉｎ ｖｉｔｒｏ又はｉｎ ｖｉｖｏのいずれかでそのような新生抗原を産生するさまざまな方法が存在することは理解するであろう。新生抗原性ペプチドは、本技術分野で公知の任意の方法によって生成してもよく、次いで本明細書に記載されるようなワクチン組成物又はキットに配合し、対象に投与してもよい。
[00208]ある実施形態において、対象に投与する際に、ワクチン組成物は、癌の治療において腫瘍特異的免疫応答を誘導する。このことは、免疫応答が、新生抗原を発現していない身体の正常細胞に有意な影響を与えることなく腫瘍細胞を特異的に標的化することを意味する。さらに、ある実施形態において、組成物は、腫瘍特異的免疫応答が対象又は対象の一部に関して患者特異的、すなわち個別化免疫療法となるように、少なくとも１つの患者特異的新生エピトープを含んでいてもよい。
[00209]本明細書に開示されるようなワクチン組成物は、任意の好適な経路によって投与してもよい。ある実施形態において、投与の経路は皮下注射である。
[00210]ＤＮＡ複製に干渉する薬剤
[00211]本明細書に開示される方法はまた、ＤＮＡ複製に干渉する薬剤を投与することを含んでいてもよい。特定の実施形態において、ＤＮＡ複製に干渉する薬剤は、本明細書に開示される方法を癌の治療又は予防において使用するときに投与する。
[00212]そのような薬剤及びその使用方法の例示的な実施形態は、例えば、国際公開第２０１４／１５３６３６号に記載されている。
[00213]本明細書に使用される、「ＤＮＡ複製に干渉する」という表現は、細胞のＤＮＡをコピーする（すなわち複製する）生物学的プロセスを予防する、阻害する、又は遅延させる任意の作用を包含することを意図する。当業者であれば、例えば、ＤＮＡ架橋、ＤＮＡのメチル化、塩基置換などのＤＮＡ複製を予防する、阻害する、又は遅延させるためのさまざまな機序が存在することは理解するであろう。本発明による方法は、当技術分野において公知の任意の手段によってＤＮＡ複製に干渉する任意の薬剤の使用を包含する。例示的な実施形態において、且つ限定するものではないが、ＤＮＡ複製に干渉する薬剤は薬物である。
[00214]ある実施形態において、ＤＮＡ複製に干渉する薬剤は、非化学療法である用量で使用したときに、免疫系をモジュレートし、ワクチン応答を強化することを意図しながら、免疫系の細胞におけるＤＮＡ複製に選択的に作用することができるものである。「非化学療法」は、薬剤の用量が、悪性又は癌性の細胞及び組織を直接且つ選択的に破壊するために使用され得る用量よりも低い用量であることを意味する。
[00215]ＤＮＡ複製に干渉する薬剤の別の実施形態としては、免疫系の急速な分裂細胞を選択的に標的化する能力を用い、ＤＮＡ複製に干渉し、プログラムされた細胞死をもたらす薬剤が挙げられる。そのような薬剤の目的は、免疫系の細胞をモジュレートし、ワクチン応答を強化することである。このような薬剤は、典型的には、化学療法となることが期待されない、且つヒトにおける使用に許容されると考えられる用量で使用する。免疫細胞を選択的に標的化する目的は、免疫抑制細胞の数を減少させること、及び／又は薬物に標的化されるＤＮＡ複製を除去する際に、急速な増殖を誘導することを目的とする免疫応答の介在に関与する有用な免疫細胞を激減させることであってもよい。
[00216]ＤＮＡ複製に干渉して細胞死をもたらすことは、多数の機序によって生じることがあり、その機序としては、これらに限定されないが、ＤＮＡ架橋の形成（例えば、アルキル化剤、白金化合物などによる）、ＤＮＡのメチル化（すなわち、メチル化剤による）、塩基置換（すなわち、ヌクレオシド類似体による）が挙げられる。例示的な薬剤及びその機序は、Ｃａｎｃｅｒ Ｃｈｅｍｏｔｈｅｒａｐｙ ａｎｄ Ｂｉｏｔｈｅｒａｐｙ：Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ ａｎｄ Ｐｒａｃｔｉｃｅ（ＣａｂｎｅｒＢ．Ａ．、第５版、Ｌｉｐｐｉｎｃｏｔｔ Ｗｉｌｌｉａｍｓ＆Ｗｉｌｋｉｎｓ、ＰＡ、ＵＳＡ、２０１１年）に記載されている。
[00217]ある実施形態において、ＤＮＡ複製に干渉する薬剤は、アルキル化剤である。アルキル化剤としては、これらに限定されるものではないが、シクロホスファミド、テモゾロマイド、イホスファミド、マホスファミド、メルファラン、ブスルファン、ベンダムスチン、ウラムスチン、カルムスチン又はビスクロロエチルニトロソウレア（ＢＣＮＵ）、クロラムブシル、マイトマイシンＣ、及びこれらの誘導体、活性代謝産物、又は代謝産物中間体が挙げられる。好適な誘導体は、例えば且つ限定するものではないが、パリフォスファミド（例えばイホスファミドの誘導体）であってもよい。
[00218]別の実施形態において、ＤＮＡ複製に干渉する薬剤は、白金化合物である。白金化合物としては、これらに限定されるものではないが、カルボプラチン、シスプラチン、オキサリプラチン及びこれらの誘導体が挙げられる。
[00219]別の実施形態において、ＤＮＡ複製に干渉する薬剤は、メチル化剤である。メチル化剤としては、これらに限定されるものではないが、テモゾロミド、プロカルバジン及びダカルバジン、並びにこれらの誘導体が挙げられる。
[00220]別の実施形態において、ＤＮＡ複製に干渉する薬剤は、ヌクレオシド類似体である。ヌクレオシド類似体の非限定的な例としては、ゲムシタビン、５－フルオロウラシル、シトシンアラビノシド（Ａｒａ－Ｃ）及びこれらの誘導体が挙げられる。
[00221]別の実施形態において、トポイソメラーゼＩ、トポイソメラーゼＩＩ又はＤＮＡポリメラーゼなどのＤＮＡ複製に不可欠な酵素を間接的に阻害することによってＤＮＡ複製を阻害する任意の薬物をまた使用してもよい。このような薬物としては、例えば且つ限定するものではないが、ドキソルビシン、ダウノルビシン、ミトキサントロン、エトポシド、テニポシド、トポテカン、カンプトセシン、イリノテカン、アシクロビル及びガンシクロビルが挙げられる。
[00222]ＤＮＡ複製に干渉し、且つ本発明の方法に使用してもよい例示的な薬剤としては、限定するものではないが、以下の表１に列挙するものなどが挙げられる。当業者であれは理解するであろうように、これらは使用してもよい薬剤の例である。追加の薬剤としては、例えば、同様の機序によってＤＮＡ複製に干渉する及び／又は類似の官能基を有する任意の薬物又は化合物が挙げられる。
[00223]
Figure 2022116265000002
Figure 2022116265000003

Figure 2022116265000004
[00224]ある特定の実施形態において、ＤＮＡ複製に干渉する薬剤は、ナイトロジェンマスタードアルキル化剤、又はその任意の中間若しくは活性代謝産物である。ナイトロジェンマスタードは、非特異的ＤＮＡアルキル化剤である。ナイトロジェンマスタードは、クロライドをアミン窒素に分子内置換することによって環状アミニウムイオン（アジリジニウム環）を形成する。次いで、このアジリジニウム基がグアニン塩基のＮ－７求核中心を攻撃することによって、ＤＮＡをアルキル化することができる。第２のクロライドを置換する際に、第２のアルキル化ステップが生じ、ストランド内架橋（ＩＣＬ）が形成される。これらの傷害は、ＤＮＡ複製及び転写などの基本的な代謝プロセスをブロックするために、非常に高い細胞毒性である。
[00225]本発明の方法は、任意のそのような非特異的ナイトロジェンマスタードＤＮＡアルキル化剤の使用を包含する。特に好適なナイトロジェンマスタードアルキル化剤としては、例えば且つ限定するものではないが、シクロホスファミド、パリフォスファミド、ベンダムスチン、及びイホスファミドが挙げられ得る。
[00226]イホスファミドは、ナイトロジェンマスタードアルキル化剤である。イホスファミドのＩＵＰＡＣ名は、Ｎ－３－ビス（２－クロロエチル）－１，３，２－オキサザホスフィナン－２－アミド－２－オキシドである。イホスファミドは、イフェクス（Ｉｆｅｘ）（登録商標）として通常公知である。イホスファミドの化学構造は、
Figure 2022116265000005
である。
[00227]パリフォスファミドは、安定性のためにアミノ酸リシンに共有結合的に連結しているイホスファミドの活性代謝産物である。パリフォスファミドはＤＮＡを不可逆的にアルキル化し、且つＧＣ塩基対を介して架橋し、再生不可能な７原子のストランド内架橋、ＤＮＡ複製の阻害、及び／又は細胞死をもたらす。パリフォスファミドはザイマフォス（Ｚｙｍａｆｏｓ）（登録商標）としても公知である。
[00228]ベンダムスチンは、別のナイトロジェンマスタードアルキル化剤である。ベンダムスチンのＩＵＰＡＣ名は、４－［５－［ビス（２－クロロエチル）アミノ］－１－メチルベンズイミダゾール－２－イル］ブタン酸であり、且つ通常トレアキシン（Ｔｒｅａｋｉｓｙｍ）（登録商標）リボムスチン（Ｒｉｂｏｍｕｓｔｉｎ）（登録商標）、リーバクト（Ｌｅｖａｃｔ）（登録商標）、及びトレアンダ（Ｔｒｅａｎｄａ）（登録商標）と称される。ベンダムスチンの化学構造は、
Figure 2022116265000006
である。
[00229]また、本発明の方法は、ＤＮＡアルキル化剤の中間及び／又は活性代謝産物、詳細には本明細書に記載されるナイトロジェンマスタードＤＮＡアルキル化剤の中間及び／又は活性代謝産物の使用を包含する。このような代謝産物としては、限定するものではないが、アルドホスファミド、４－ヒドロキシシクロホスファミド、４－ヒドロキシイホスファミド、クロルアセトアルデヒド及びホスファミドマスタードが挙げられる。
[00230]さらなる実施形態において、ＤＮＡ複製に干渉する薬剤は、本明細書に記載されるアルキル化剤、白金化合物、メチル化剤、又はヌクレオシド類似体の、任意の好適な薬学的に許容される塩、エステル、互変異性体、立体異性体、ラセミ混合物、溶媒和物、水和物又はプロドラッグであってもよい。
[00231]ある特定の実施形態において、本発明の方法において使用するための、ＤＮＡ複製に干渉する薬剤は、シクロホスファミドである。シクロホスファミド（Ｎ，Ｎ－ビス（２－クロロエチル）－１，３，２－オキサザホスフィナン－２－アミン２－酸化物）は、サイトホスファンとしても公知であり、ナイトロジェンマスタードアルキル化剤である。シクロホスファミドの化学構造は、
Figure 2022116265000007
である。
[00232]シクロホスファミドはまた、公知であり、エンドキサン（Ｅｎｄｏｘａｎ）（登録商標）、サイトキサン（登録商標）、ネオサール（Ｎｅｏｓａｒ）（登録商標）、プロサイトックス（Ｐｒｏｃｙｔｏｘ）（登録商標）及びレビミューン（Ｒｅｖｉｍｍｕｎｅ）（登録商標）の商標で称される。シクロホスファミドと同じクラスの他のナイトロジェンマスタードアルキル化剤としては、限定するものではないが、パリフォスファミド、ベンダムスチン及びイホスファミドが挙げられる。
[00233]シクロホスファミド（ＣＰＡ）は、典型的には、静脈内注入を介して投与するが、バイオアベイラビリティをほとんど変化させずに（Ｊｕｍａ １９７９年）非経口及び経口で投与することもできる（ｄｅ Ｊｏｎｇｅ ２００５年）プロドラッグである。ＣＰＡは、肝臓のＰ４５０酵素で酸化されることによって、その活性代謝産物である４－ヒドロキシ－ＣＰＡ及びアルドホスファミドへ変換される（Ｅｍｍｅｎｅｇｇｅｒ ２００７年、Ｅｍｍｅｎｅｇｇｅｒ ２０１１年）。ＣＰＡの活性代謝産物は脂溶性であり、且つ受動拡散を介して細胞に侵入する。細胞内の４－ＯＨ－ＣＰＡは、最終的な活性代謝産物であるホスホラミドマスタードへと自然に分解される。ホスホラミドマスタードは、ストランド内及びストランド間ＤＮＡ架橋並びにＤＮＡ複製を阻害するＤＮＡ－タンパク質架橋を触媒し、細胞死をもたらす（ｄｅ Ｊｏｎｇｅ ２００５年）。ホスホラミドマスタードは、細胞質アルデヒド脱水素酵素（ＡＬＤＨ）によってカルボキシホスファミドへと酵素的に変換されることで消失する（Ｅｍｍｅｎｅｇｇｅｒ ２００７年、Ｅｍｍｅｎｅｇｇｅｒ ２０１１年）。
[00234]ＡＬＤＨが低レベルの細胞は、ＣＰＡ代謝産物を蓄積する傾向があり、且つその効果に対してより感受性があり、且つ実際に腫瘍によるＡＬＤＨの上方調節は、ＣＰＡ抵抗性の１つの機序である（Ｚｈａｎｇ ２００５年）。ＡＬＤＨに加えて、細胞内ＡＴＰレベルが低いことがまた、特定の細胞型に対するＣＰＡの選択性と関連している（Ｚｈａｏ ２０１０年）。高用量で、典型的には１～５ｇ／ｍ２の範囲で、ＣＰＡの細胞毒性効果は、細胞型の区別なく急速な分裂細胞に対して最大であり、且つ大部分の造血細胞は急速に分裂するために、ＣＰＡは骨髄抑制性である（Ｂｒｕｃｅ １９９６年；Ｓｍｉｔｈ １９８５年）。
[00235]ＣＰＡ及びその代謝産物の全身クリアランスの合計は、５時間から９時間の間で変化し、且つ親のピーク血漿レベルはまた、患者間で大幅に変化し（３～１１時間）、人によって代謝に遺伝的差異があることを反映している（Ｃｏｈｅｎ １９７１年；Ｍｏｕｒｉｄｓｅｎ １９７４年）。ＣＰＡの反復投与は、代謝に関与する酵素の活性が増加することによって消失半減期が短いことが報告されているが（Ｄ’Ｉｎｃａｌｃｉ １９７９年）、このことが、活性代謝産物の代謝が増加する原因となるかどうかは、特に低用量では（Ｅｍｍｅｎｅｇｇｅｒ ２００７年）公知ではない（ｄｅ Ｊｏｎｇｅ、Ｈｕｉｔｅｍａら ２００５年）。
[00236]ヒトからマウス研究への用量換算は、以下の式を使用して計算される。
ヒト用量（ｍｇ／ｋｇ）＝動物Ｋｍ
動物用量（ｍｇ／ｋｇ）＝ヒトＫｍ
[00237]式中、定数であるマウスＫｍ値は３であり、且つヒトＫｍ値は３７である（Ｒｅａｇａｎ Ｓｈａｗ、Ｎｉｈａｌら ２００８年）。
[00238]過去２０年間で、低用量ＣＰＡは、その免疫モジュレート及び抗血管新生効果に関して高く評価されてきた。高用量のＣＰＡとは対照的に、低用量の、典型的には１００～３００ｍｇ／ｍ２のＣＰＡは広範な細胞毒性活性がないが、免疫系細胞を選択的にモジュレートすることによって、また腫瘍微小環境内の血管新生を減少させることによって、免疫介在性腫瘍の消失を強化すると思われる。作用機序及び低用量ＣＰＡの使用は、例えば、国際公開第２０１４／１５３６３６号にさらに記載されている。
[00239]ある実施形態において、本明細書に開示される方法は、ＤＮＡ複製に干渉する薬剤を投与することを含む。
[00240]ＤＮＡ複製に干渉する薬剤は、典型的には、免疫モジュレート効果を与えるのに十分な量で投与される。本明細書に使用される「免疫モジュレート効果」という表現は、ＤＮＡ複製に干渉し、免疫系及び／又は免疫系の細胞の１つ又は複数のアスペクトを変化させる（調節する）薬剤の能力を指す。ある実施形態において、「免疫モジュレート効果を与えるのに十分な量」は、免疫系細胞におけるＤＮＡ複製に選択的に作用することができる薬剤の量である。例えば、薬剤の量は、免疫系の急速な分裂細胞を選択的に標的化し、プログラムされた細胞死をもたらすのに十分な量であってもよい。
[00241]「免疫モジュレート効果を与えるのに十分な量」は、本明細書では交換可能に「低用量」量と称することがある。本発明の特定の実施形態に関して、ＤＮＡ複製に干渉する薬剤が、アルキル化剤であるシクロホスファミドである場合、「低用量」という表現は、典型的には、例えば、２５～３００ｍｇ／ｍ２、より詳細には１００～３００ｍｇ／ｍ２などの、３００ｍｇ／ｍ２以下であるシクロホスファミドの用量を指す。ある実施形態において、シクロホスファミドの低用量は、１０、２５、５０、７５又は１００ｍｇ ＢＩＤ（１日２回）である。特定の実施形態において、シクロホスファミドの低用量は、５０ｍｇ ＢＩＤである。本明細書に包含されるような、ＤＮＡ複製に干渉する他の薬剤の「低用量」量は、当業者であれば公知であり、又はごく普通の技術によって決定することができるはずである。
[00242]ある特定の実施形態において、本明細書に開示される方法は、低用量のメトロノミックなシクロホスファミドのサイクルを含む。本開示の目的に関して、「メトロノミック」は、ＤＮＡ複製に干渉する薬剤（例えばシクロホスファミド）の通常用量よりも低い用量の頻回投与を指すことを意味する。本明細書に使用される「通常用量」という用語は、例えば且つ限定するものではないが、（ｉ）従来の投薬スケジュールを介して確立された最大耐量（ＭＴＤ）又は標準用量、又は（ｉｉ）低用量の単回ボーラス量が、ＤＮＡ複製に干渉する特定の薬剤に関して確立されている場合は、それよりも低い用量のいずれかを指していてもよい。
[00243]メトロノミック投薬において、従来の投薬スケジュールを介して投与され得るような用量と同じ、それより少ない、又はそれより多い、特定の期間にわたる累積用量が、最終的に投与されてもよい。特定の好適な実施形態において、これは、投薬を実施する間の時間枠を拡大し及び／又は投与頻度を増加させ、同時に投与する量を通常用量と比較して減少させることによって達成される。例えば、ＤＮＡ複製に干渉する薬剤の３００ｍｇ／ｍ２の低用量を（例えば単回ボーラス注射によって）典型的に投与する場合、メトロノミックレジメンは、同じ量を数日間にわたって頻繁に低用量で投与することを含んでいてもよい。
[00244]本明細書に開示される方法のある実施形態において、ＤＮＡ複製に干渉する薬剤（例えばシクロホスファミド）を用いたメトロノミック治療は、例えば、２、３、４、５、６又は７日間以上連続などの、ある特定の期間にわたって低用量の薬剤を毎日投与することを包含することを意図する。これらのメトロノミック投薬の日数の間、ＤＮＡ複製に干渉する薬剤は、頻繁に一定間隔で又は異なる間隔で与えてもよい。例えば、ある実施形態において、ＤＮＡ複製に干渉する薬剤の用量は、１、２、３、４、６、８、１２又は２４時間ごとに投与してもよい。別の実施形態において、ＤＮＡ複製に干渉する薬剤の用量は、２、３、又は４日に１回投与してもよい。特定の実施形態において、ＤＮＡ複製に干渉する薬剤の用量は、１日２回投与してもよい。
[00245]いくつかの実施形態において、ＤＮＡ複製に干渉する薬剤を用いたメトロノミック治療の期間に中断又は間欠があってもよい。このように、メトロノミック治療は、投与のオン期間とオフ期間との間を交互に行う周期的な方式で起こり得る。ＤＮＡ複製に干渉する薬剤を、１週間交替で毎日対象に投与する間隔が特に好適である。例えば、ＤＮＡ複製に干渉する薬剤を１週間投与した後に、治療を１週間休止し、そのサイクルを繰り返す。
[00246]したがって、ある実施形態において、本明細書に開示される方法は、ＤＮＡ複製に干渉する薬剤を７日間連続で毎日対象に投与し、２週ごとに開始することを含む。本実施形態の特定の態様において、ＤＮＡ複製に干渉する薬剤の投与は、デポー形成ワクチンの初回投与の約７日前に開始する。本実施形態のさらなる態様において、ＤＮＡ複製に干渉する薬剤は、５０ｍｇ ＢＩＤ（１日２回）の用量で、１日おきの投与で投与してもよい。
[00247]本明細書に開示される方法のある実施形態において、ＤＮＡ複製に干渉する薬剤は、初回抗原刺激薬剤として、デポー形成ワクチン及び／又は非デポー形成ワクチンをそれぞれ投与する間の間欠期間中に投与してもよい。
[00248]当業者であれば理解するであろうように、ＤＮＡ複製に干渉する薬剤の投与、並びにデポー形成及び非デポー形成ワクチンの投与の頻度及び持続時間は、上述のパラメーターの範囲内で、任意の与えられる対象に関して所望されるとおりに調整してもよい。考慮してもよい因子としては、例えば：ワクチン中の１つ又は複数の新生抗原の性質；疾患又は障害のタイプ；年齢、身体状態、体重、性別及び対象の食生活；及び他の因子が挙げられる。
[00249]ＤＮＡ複製に干渉する薬剤は、任意の好適な送達手段及び任意の好適な投与経路によって投与してもよい。ある実施形態において、ＤＮＡ複製に干渉する薬剤は、丸剤、錠剤又はカプセル剤の形態などとして経口で投与する。代替の実施形態において、薬剤は、注射（例えば静脈内）によって投与する。本明細書に開示される方法の特定の実施形態において、薬剤は、シクロホスファミドであり、且つ経口で投与する。
[00250]本明細書に開示される方法のある特定の実施形態において、ＤＮＡ複製に干渉する薬剤はシクロホスファミドである。
[00251]チェックポイント阻害剤
[00252]本明細書に開示される方法はまた、免疫応答チェックポイント阻害剤を投与することを含んでいてもよい。
[00253]本明細書に使用される「免疫応答チェックポイント阻害剤」は、１つ又は複数のチェックポイントタンパク質を完全に又は部分的に減少させる、阻害する、干渉する又はモジュレートする任意の化合物又は分子を指す。チェックポイントタンパク質は、Ｔ細胞の活性化又は機能を調節する。例えば、ＣＴＬＡ－４及びそのリガンドＣＤ８０及びＣＤ８６；並びにＰＤ－１及びそのリガンドＰＤ－Ｌ１及びＰＤ－Ｌ２などの多数のチェックポイントタンパク質が公知である。チェックポイントタンパク質は、Ｔ細胞応答の共刺激性又は阻害性の相互作用に関与する。チェックポイントタンパク質は、自己寛容並びに生理学的免疫応答の持続及び振幅を調節し且つ維持する。本明細書では、「免疫応答チェックポイント阻害剤」という用語は、「チェックポイント阻害剤」と交換可能に使用することがある。
[00254]いくつかの実施形態において、免疫応答チェックポイント阻害剤は、プログラム死リガンド１（Ｂ７－Ｈ１、ＣＤ２７４としても公知のＰＤ－Ｌ１）、プログラム死１（ＰＤ－１、ＣＤ２７９）、ＣＴＬＡ－４（ＣＤ１５４）、ＰＤ－Ｌ２（Ｂ７－ＤＣ、ＣＤ２７３）、ＬＡＧ３（ＣＤ２２３）、ＴＩＭ３（ＨＡＶＣＲ２、ＣＤ３６６）、４１ＢＢ（ＣＤ１３７）、２Ｂ４、Ａ２ａＲ、Ｂ７Ｈ１、Ｂ７Ｈ３、Ｂ７Ｈ４、ＢＴＬＡ、ＣＤ２、ＣＤ２７、ＣＤ２８、ＣＤ３０、ＣＤ４０、ＣＤ７０、ＣＤ８０、ＣＤ８６、ＣＤ１６０、ＣＤ２２６、ＣＤ２７６、ＤＲ３、ＧＡＬ９、ＧＩＴＲ、ＨＶＥＭ、ＩＤＯ１、ＩＤＯ２、ＩＣＯＳ（誘導性Ｔ細胞共刺激体）、ＫＩＲ、ＬＡＩＲ１、ＬＩＧＨＴ、ＭＡＲＣＯ（コラーゲン構造を有するマクロファージ受容体）、ＰＳ（ホスファチジルセリン）、ＯＸ－４０、ＳＬＡＭ、ＴＩＧＩＴ、ＶＩＳＴＡ、ＶＴＣＮ１、又はこれらの任意の組合せの阻害剤である。
[00255]いくつかの実施形態において、免疫応答チェックポイント阻害剤は、ＰＤ－Ｌ１、ＰＤ－１、ＣＴＬＡ－４又はこれらの任意の組合せの阻害剤である。
[00256]いくつかの実施形態において、免疫応答チェックポイント阻害剤は、ＰＤ－Ｌ１又はＰＤ－１の阻害剤である。ある実施形態において、ＰＤ－Ｌ１又はＰＤ－１の阻害剤は、例えば且つ限定するものではないが、国際公開第２０１５／１０３６０２号に開示されているものなどの抗ＰＤ－１又は抗ＰＤ－Ｌ１抗体であってもよい。例えば、ある実施形態において、抗ＰＤ－１抗体又は抗ＰＤ－Ｌ１抗体は、ニボルマブ、ペンブロリズマブ、ピジリズマブ、ＢＭＳ－９３６５５９（ＣｌｉｎｉｃａｌＴｒｉａｌｓ．ｇｏｖ；識別番号ＮＣＴ０２０２８４０３を参照のこと）、ＭＰＤＬ３２８０Ａ（Ｒｏｃｈｅ、ＣｌｉｎｉｃａｌＴｒｉａｌｓ．ｇｏｖ；識別番号ＮＣＴ０２００８２２７を参照のこと）、ＭＤＸ１１０５－０１（Ｂｒｉｓｔｏｌ Ｍｙｅｒｓ Ｓｑｕｉｂｂ、ＣｌｉｎｉｃａｌＴｒｉａｌｓ．ｇｏｖ；識別番号ＮＣＴ００７２９６６４を参照のこと）、ＭＥＤＩ４７３６（ＭｅｄＩｍｍｕｎｅ、ＣｌｉｎｉｃａｌＴｒｉａｌｓ．ｇｏｖ；識別番号ＮＣＴ０１６９３５６２を参照のこと）、及びＭＫ－３４７５（Ｍｅｒｃｋ、ＣｌｉｎｉｃａｌＴｒｉａｌｓ．ｇｏｖ；識別番号ＮＣＴ０２１２９５５６を参照のこと）から選択してもよい。ある実施形態において、抗ＰＤ－１抗体は、ＲＭＰ１－４若しくはＪ４３（ＢｉｏＸＣｅｌｌ）又はこれらのヒト若しくはヒト化同等物であってもよい。
[00257]いくつかの実施形態において、免疫応答チェックポイント阻害剤は、ＣＴＬＡ－４阻害剤である。ある実施形態において、ＣＴＬＡ－４阻害剤は、例えば且つ限定するものではないが、イピリムマブ（Ｂｒｉｓｔｏｌ－Ｍｙｅｒｓ Ｓｑｕｉｂｂ）又はＢＮ１３（ＢｉｏＸＣｅｌｌ）などの抗体であってもよい。別の実施形態において、抗ＣＴＬＡ－４抗体は、ＵＣ１０－４Ｆ１０－１１、９Ｄ９又は９Ｈ１０（ＢｉｏＸＣｅｌｌ）又はこれらのヒト若しくはヒト化同等物であってもよい。
[00258]１つ又は複数の免疫応答チェックポイント阻害剤は、任意の好適な経路によって投与してもよい。いくつかの実施形態において、１つ又は複数の免疫応答チェックポイント阻害剤の投与の経路は、非経口、粘膜、経口、舌下、経皮、局所、吸入、鼻腔内、エアロゾル、腹腔内、腫瘍内、眼内、気管内、直腸内、胃内、膣内、遺伝子銃によるもの、皮膚パッチ、又は点眼剤若しくは口内洗浄液の形態としてのものである。ある実施形態において、免疫応答チェックポイント阻害剤は、皮下注射によって投与してもよい。
[00259]当業者であれば理解するであろうように、免疫応答チェックポイント阻害剤の投与の頻度及び持続時間は、任意の与えられる対象に関して所望されるとおりに調整してもよい。考慮してもよい因子としては、例えば、特定のチェックポイント阻害剤の性質及びタイプ；ワクチン中の１つ又は複数の新生抗原の性質；疾患又は障害のタイプ；年齢、身体状態、体重、性別及び対象の食生活；及び他の因子が挙げられる。
[00260]いくつかの実施形態において、１つ又は複数の免疫応答チェックポイント阻害剤は、デポー形成ワクチン及び／又は非デポー形成ワクチンの前に、後に、又はこれらと並行して投与してもよい。ある実施形態において、免疫応答チェックポイント阻害剤は、デポー形成ワクチンを初回投与した後に投与してもよい。本実施形態の態様において、免疫応答チェックポイント阻害剤は、非デポー形成ワクチンを初回投与する前又は後に投与してもよい。
[00261]ある実施形態において、免疫応答チェックポイント阻害剤の投与は、デポー形成ワクチンの初回投与と同じ日に開始してもよく、その後は所望のスケジュールで投与してもよい。ある実施形態において、所望のスケジュールは、免疫応答チェックポイント阻害剤を１、２、３、４、６、８、１２又は１８時間ごとに；１、２、３、４、５又は６日ごとに；又は１、２、３又は４週ごとに投与するものであってもよい。ある実施形態において、所望のスケジュールは、３日ごとに１回であってもよい。
[00262]免疫応答チェックポイント阻害剤の投与期間に中断又は間欠があってもよい。このように、投与は、投与のオン期間とオフ期間との間を交互に行う周期的な方式で起こり得る。
[00263]ワクチン組成物を調製するための方法
[00264]ワクチン組成物は、本開示を考慮し、当技術分野において公知の方法によって調製してもよい。本明細書に開示されるワクチン組成物を調製するための例示的な実施形態を以下に記載するが、限定するものではない。
[00265]本セクションにおいて使用される「新生抗原」という用語は、一般的に、どのようにして新生抗原が本開示のワクチン組成物中に配合され得るかを説明するために使用される。「新生抗原」という用語は、単数形の「新生抗原」と複数形の「新生抗原」の両方を包含する。すべての新生抗原をワクチン組成物に同様に導入することは必須ではない。
[00266]ワクチン組成物を調製するためのある実施形態において、新生抗原及び任意選択で他のワクチン構成成分（例えばアジュバント、ヘルパーＴエピトープなど）は、好適な溶媒中で両親媒性化合物と一緒に復元する。次いで、ワクチン構成成分を乾燥し、乾燥塊を形成し、乾燥塊を疎水性担体中に再懸濁する。乾燥ステップは、フリーズドライ、凍結乾燥、ロータリーエバポレーション、加圧下での蒸発によってなど、当技術分野において公知のさまざまな手段によって行ってもよい。構成成分の完全性を損なうことがない低温乾燥をまた使用することができる。加熱を使用し、新生抗原／両親媒性化合物の混合物の再懸濁を補助することもできる。
[00267]「好適な溶媒」は、新生抗原、アジュバント及び／又は両親媒性化合物を可溶化するのに好適であるものであり、且つ当業者によって決定することができる。ある実施形態において、リン酸ナトリウム緩衝液（０．２Ｍ、ｐＨ６．０）又はリン酸ナトリウム緩衝液（０．１Ｍ、ｐＨ７．０）を使用してもよい。ある実施形態において、酢酸緩衝液（０．１Ｍ、ｐＨ９．５）を使用してもよい。別の実施形態において、アルコール（例えば、ｔｅｒｔ－ブタノール、ｎ－ブタノール、イソプロパノール、ｎ－プロパノール、エタノール又はメタノール）、水、酢酸緩衝液、ギ酸又はクロロホルムなどの極性プロトン性溶媒を使用してもよい。場合によっては、同じ溶媒を使用し、両親媒性化合物、新生抗原及びアジュバントをそれぞれ可溶化することができ、次いで可溶化された構成成分を混合する。或いは、新生抗原、アジュバント及び両親媒性化合物を可溶化する前に混合し、次いで一緒に可溶化してもよい。さらなる代替のものにおいて、両親媒性化合物、新生抗原又はアジュバントのうちの１つ又は複数のみを可溶化し、可溶化されない構成成分（複数可）を添加する。
[00268]ある特定の実施形態において、ワクチン組成物を調製するために、新生抗原及びアジュバントを、Ｓ１００脂質及びコレステロール（Ｌｉｐｏｉｄ、Ｇｅｒｍａｎｙ）を含むリン酸ナトリウム緩衝液中に一緒に又は個別に復元する。次いで、これらのワクチン構成成分を凍結乾燥し、乾燥塊を形成する。注射を行う直前に、乾燥塊をＩＳＡ５１ ＶＧ油（ＳＥＰＰＩＣ、Ｆｒａｎｃｅ）中に再懸濁し、水を含まない油性ワクチン組成物を調製する。
[00269]ある特定の実施形態において、ワクチン組成物を調製するために、新生抗原及びアジュバントを、ＤＯＰＣ及びコレステロール（Ｌｉｐｏｉｄ、Ｇｅｒｍａｎｙ）とともに、酢酸緩衝液（０．１Ｍ、ｐＨ９．５）中に一緒に又は個別に復元する。次いで、これらのワクチン構成成分を凍結乾燥し、乾燥塊を形成する。注射を行う直前に、乾燥塊をＩＳＡ５１ ＶＧ油（ＳＥＰＰＩＣ、Ｆｒａｎｃｅ）中に再懸濁し、水を含まない油性ワクチン組成物を調製する。
[00270]別の実施形態において、ワクチン組成物を調製するために、コンジュゲートされた新生抗原／ヘルパーＴエピトープを、脂質ＤＯＰＣ及びコレステロール（Ｌｉｐｏｉｄ、Ｇｅｒｍａｎｙ）とともに０．２％ＰＥＧ－Ｈ２Ｏ中に復元する。ｐｏｌｙＩ：Ｃ及び脂質系アジュバントを、水中に復元し、次いで新生抗原－脂質混合物に添加する。次いで、これらのワクチン構成成分を凍結乾燥し、乾燥塊を形成する。注射を行う直前に、乾燥塊をＩＳＡ５１ ＶＧ油（ＳＥＰＰＩＣ、Ｆｒａｎｃｅ）中に再懸濁し、水を含まないワクチン組成物を調製する。
[00271]上記実施形態において、特定の作用理論に拘束されるものではないが、溶媒を除去（乾燥）すると、新生抗原を含むワクチン構成成分が、両親媒性化合物分子の配列体中に、その親水性頭部基がワクチン構成成分に向いている状態で残ると思われる。そして、ワクチン構成成分及び両親媒性化合物は、十分に疎水性となったために、疎水性担体（油など）中に水の非存在下で、懸濁することができる。
[00272]ヘルパーＴエピトープなどの本明細書に記載されるような追加の構成成分は、配合プロセスの任意の段階で添加してもよい。例えば、１つ又は複数のそのような追加の構成成分は、可溶化の前又は後のいずれかに、新生抗原、アジュバント及び／又は両親媒性化合物と合わせるか、可溶化された混合物に添加してもよい。別の実施形態において、その代わりとして、追加の構成成分は、新生抗原、アジュバント及び両親媒性化合物の乾燥混合物へ添加する又はこれらと合わせるか、新生抗原、アジュバント及び両親媒性化合物の乾燥混合物を疎水性担体中に再懸濁する前又は後のいずれかに疎水性担体と合わせてもよい。ある実施形態において、ヘルパーＴエピトープは、新生抗原と同じようにワクチン組成物に添加する。ある実施形態において、新生抗原及びヘルパーＴエピトープは融合ペプチドである。
[00273]いくつかの実施形態において、乾燥塊のワクチン構成成分を疎水性担体中に再懸濁するときに、これらの安定化を補助するために、疎水性担体中に乳化剤を含むことは適切であり得る。乳化剤は、疎水性担体中に新生抗原、アジュバント及び両親媒性化合物の乾燥混合物を再懸濁し、且つ疎水性担体中に懸濁液として新生抗原、アジュバント及び両親媒性化合物を維持するのに十分な量で提供される。例えば、乳化剤は、疎水性担体の約５％～約１５重量／重量又は重量／体積％で存在してもよい。
[00274]生物学的活性を維持し、又は化学的安定性を改善し、ワクチン構成成分のいずれかの貯蔵期間を延長する、糖、抗酸化剤、又は保存料などの安定化剤を、そのような組成物に添加してもよい。
[00275]実施形態
[00276]（１）
（ａ）両親媒性化合物；
（ｂ）新生抗原；及び
（ｃ）疎水性担体
を含むワクチン組成物。
[00277]（２）水を含まない又は水を実質的に含まない、第１項に記載の組成物。
[00278]（３）水を実質的に含まない組成物が、担体の全重量に対して、重量／重量基準で約１０％、９％、８％、７％、６％、５％、４％、３％、２％、１％、０．５％、０．１％、０．０５％又は０．０１％未満の水を含む、第２項に記載の組成物。
[00279]（４）新生抗原が、新生抗原性ペプチド又は新生抗原性ペプチドをコードするポリヌクレオチドである、第１項～第３項のいずれか一項に記載の組成物。
[00280]（５）新生抗原性ペプチドが、５～５０個のアミノ酸長である、第４項に記載の組成物。
[00281]（６）新生抗原性ペプチドが、１つ又は複数の新生エピトープを含む、第４項又は５項に記載の組成物。
[00282]（７）１つ又は複数の新生エピトープが、９～１１個のアミノ酸長のＭＨＣクラスＩ Ｔ細胞新生エピトープ；１３～１７個のアミノ酸長のＭＨＣクラスＩＩ Ｔ細胞新生エピトープ；又は５～２０個のアミノ酸長のＢ細胞新生エピトープから選択される、第６項に記載の組成物。
[00283]（８）新生抗原が、アミノ酸配列ＰＳＫＰＳＦＱＥＦＶＤＷＥＮＶＳＰＥＬＮＳＴＤＱＰＦＬ（配列番号２）を含む、第１項～第７項のいずれか一項に記載の組成物。
[00284]（９）１つ又は複数の新生エピトープのうちの少なくとも１つが、患者特異的新生エピトープである、第６項又は第７項に記載の組成物。
[00285]（１０）１つ、２つ、３つ、４つ又は５つの異なる新生抗原を含み、任意選択で、各異なる新生抗原が、異なる腫瘍特異的抗原由来である、第１項～第９項のいずれか一項に記載の組成物。
[00286]（１１）各異なる新生抗原が、同じ患者からの少なくとも１つの患者特異的新生エピトープを含む、第１０項に記載の組成物。
[00287]（１２）新生抗原が弱免疫原性抗原である、第１項～第１１項のいずれか一項に記載の組成物。
[00288]（１３）低用量の新生抗原を含む、第１項～第１２項のいずれか一項に記載の組成物。
[00289]（１４）新生抗原が疎水性担体に混和性となるように、新生抗原が十分に疎水性である、又は十分に疎水性にされている、第１項～第１３項のいずれか一項に記載の組成物。
[00290]（１５）新生抗原が、両親媒性化合物の存在によって十分に疎水性にされている、第１４項に記載の組成物。
[00291]（１６）両親媒性化合物が、新生抗原と密接に会合し、新生抗原を疎水性担体中で混和性にしている、第１５項に記載の組成物。
[00292]（１７）両親媒性化合物が、シート又は小胞構造を形成し、新生抗原を部分的に又は完全に囲んでいる、第１６項に記載の組成物。
[00293]（１８）両親媒性化合物が、脂質、例えば、リン脂質又はリン脂質の混合物であり、任意選択で、ジオレオイルホスファチジルコリン（ＤＯＰＣ）、レシチン（例えばリポイドＳ１００）、又はこれらの混合物から選択される、第１項～第１７項のいずれか一項に記載の組成物。
[00294]（１９）脂質が、封じられた小胞構造、例えば、単層小胞構造（例えばミセル）又は二層小胞構造（例えば、ユニラメラ又はマルチラメラリポソーム）を新生抗原の周囲に形成している、第１８項に記載の組成物。
[00295]（２０）疎水性担体が、油又は油の混合物であり、任意選択で、植物油、堅果油、鉱油、又はこれらの混合物から選択される、第１項～第１９項のいずれか一項に記載の組成物。
[00296]（２１）疎水性担体が、鉱油である、又は鉱油溶液中のオレイン酸マンニド、例えばモンタナイド（登録商標）ＩＳＡ５１である、第２０項に記載の組成物。
[00297]（２２）アジュバントをさらに含む、第１項～第２１項のいずれか一項に記載の組成物。
[00298]（２３）アジュバントがｐｏｌｙＩ：Ｃポリヌクレオチドアジュバント、脂質系アジュバント、脂質Ａ模倣体若しくは類似体、又はこれらの任意の組合せである、第２２項に記載の組成物。
[00299]（２４）脂質系アジュバントが、ＰＡＭ２Ｃｙｓ－Ｓｅｒ－（Ｌｙｓ）４（配列番号４）又はＰＡＭ３Ｃｙｓ－Ｓｅｒ－（Ｌｙｓ）４（配列番号４）である、第２３項に記載の組成物。
[00300]（２５）ヘルパーＴエピトープをさらに含む、第１項～第２４項のいずれか一項に記載の組成物。
[00301]（２６）ヘルパーＴエピトープが、アミノ酸配列ＡＫＸＶＡＡＷＴＬＫＡＡＡ（配列番号６）を含むＰＡＤＲＥ；アミノ酸配列ＦＮＮＦＴＶＳＦＷＬＲＶＰＫＶＳＡＳＨＬＥ（配列番号７）を含む破傷風トキソイドペプチドＦ２１Ｅ；又はアミノ酸配列ＡＱＹＩＫＡＮＳＫＦＩＧＩＴＥＬ（配列番号１）を含む修飾破傷風毒素ペプチドＡ１６Ｌである、第２５項に記載の組成物。
[00302]（２７）ヘルパーＴエピトープが、任意選択で、新生抗原にコンジュゲート又は融合されている、第２６項に記載の組成物。
[00303]（２８）
（ａ）１，２－ジオレオイル－ｓｎ－グリセロ－３－ホスホコリン（ＤＯＰＣ）及びコレステロールの脂質分子混合物；
（ｂ）新生抗原；
（ｃ）疎水性担体モンタナイド（登録商標）ＩＳＡ５１；
（ｄ）アミノ酸配列ＡＱＹＩＫＡＮＳＫＦＩＧＩＴＥＬ（配列番号１）を含む破傷風トキソイドからのユニバーサルヘルパーＴエピトープ；及び
（ｅ）ｐｏｌｙＩ：Ｃポリヌクレオチドアジュバント
を含む、第１項～第２７項のいずれか一項に記載の組成物。
[00304]（２９）対象において、新生抗原に対する抗体免疫応答及び／又は細胞媒介性免疫応答の誘導に使用するための、第１項～第２８項のいずれか一項に記載の組成物。
[00305]（３０）強化された細胞媒介性免疫応答をもたらし、その強化された細胞媒介性免疫応答が、新生抗原を水性ワクチン配合剤として配合したときよりも、少なくとも２倍、少なくとも３倍、少なくとも４倍、少なくとも５倍、少なくとも６倍、少なくとも７倍、少なくとも８倍、少なくとも９倍又は少なくとも１０倍高い、第１項～第２９項のいずれか一項に記載の組成物。
[00306]（３１）強化された細胞媒介性免疫応答が、
組成物を用いた１回の免疫化のみで得られる；及び／又は
組成物中の低用量の新生抗原によって得られ、低用量が、水性ワクチン配合剤中の用量の約５０％である
第２０項に記載の組成物。
[00307]（３２）第１項～第３１項のいずれか一項に記載の組成物を、それを必要とする対象に投与することを含む方法。
[00308]（３３）新生抗原に対する抗体免疫応答及び／又は細胞媒介性免疫応答を、対象において誘導するための方法である、第３２項に記載の方法。
[00309]（３４）組成物を、対象に単回のみ投与することを含む、第３３項に記載の方法。
[00310]（３５）組成物が、低用量の新生抗原を含む、第３３項又は第３４項に記載の方法。
[00311]（３６）癌を治療及び／又は予防するための方法である、第３３項～第３５項のいずれか一項に記載の方法。
[00312]（３７）組成物が、癌の治療において腫瘍特異的免疫応答を誘導する、第３６項に記載の方法。
[00313]（３８）組成物が、少なくとも１つの患者特異的新生エピトープを含み、且つ腫瘍特異的免疫応答が、対象に関して患者特異的である、第３７項に記載の方法。
[00314]（３９）ＤＮＡ複製に干渉する薬剤を対象に投与することをさらに含む、第３２項～第３８項のいずれか一項に記載の方法。
[00315]（４０）ＤＮＡ複製に干渉する薬剤がシクロホスファミドである、第３９項に記載の方法。
[00316]（４１）低用量のメトロノミックなシクロホスファミドのサイクルを含み、そのサイクルが、シクロホスファミドを７日間連続で毎日対象に投与し、２週ごとに開始することを含む、第４０項に記載の方法。
[00317]（４２）免疫応答チェックポイント阻害剤を対象に投与することをさらに含む、第３２項～第４１項のいずれか一項に記載の方法。
[00318]（４３）免疫応答チェックポイント阻害剤が、プログラム死リガンド１（ＰＤ－Ｌ１）、プログラム死１（ＰＤ－１）、ＣＴＬＡ－４、ＰＤ－Ｌ２、ＬＡＧ３、ＴＩＭ３、４１ＢＢ、２Ｂ４、Ａ２ａＲ、Ｂ７Ｈ１、Ｂ７Ｈ３、Ｂ７Ｈ４、ＢＴＬＡ、ＣＤ２、ＣＤ２７、ＣＤ２８、ＣＤ３０、ＣＤ４０、ＣＤ７０、ＣＤ８０、ＣＤ８６、ＣＤ１６０、ＣＤ２２６、ＣＤ２７６、ＤＲ３、ＧＡＬ９、ＧＩＴＲ、ＨＶＥＭ、ＩＤＯ１、ＩＤＯ２、誘導性Ｔ細胞共刺激（ＩＣＯＳ）、ＫＩＲ、ＬＡＩＲ１、ＬＩＧＨＴ、コラーゲン構造を有するマクロファージ受容体（ＭＡＲＣＯ）、ホスファチジルセリン（ＰＳ）、ＯＸ－４０、ＳＬＡＭ、ＴＩＧＩＴ、ＶＩＳＴＡ、ＶＴＣＮ１、又はこれらの任意の組合せの阻害剤である、第４２項に記載の方法。
[00319]（４４）前記新生抗原に対する抗体免疫応答及び／又は細胞媒介性免疫応答を、対象において誘導するための、第１項～第３１項のいずれか一項に記載の組成物の使用。
[00320]（４５）組成物を、対象に単回のみ投与することを含む、第４４項に記載の使用。
[00321]（４６）組成物が低用量の新生抗原を含む、第４４項又は第４５項に記載の使用。
[00322]（４７）抗体免疫応答及び／又は細胞媒介性免疫応答が、腫瘍特異的免疫応答である、第４４項～第４６項のいずれか一項に記載の使用。
[00323]（４８）癌を治療及び／又は予防するための、第１項～第３１項のいずれか一項に記載の組成物の使用。
[00324]（４９）組成物を、対象に単回のみ投与することを含む、第４８項に記載の使用。
[00325]（５０）組成物が、低用量の新生抗原を含む、第４８項又は第４９項に記載の使用。
[00326]（５１）ＤＮＡ複製に干渉する薬剤及び／又は免疫応答チェックポイント阻害剤を使用することをさらに含む、第４４項～第５０項のいずれか一項に記載の使用。
[00327]（５２）ＤＮＡ複製に干渉する薬剤がシクロホスファミドである、第５１項に記載の使用。
[00328]（５３）免疫応答チェックポイント阻害剤が、プログラム死リガンド１（ＰＤ－Ｌ１）、プログラム死１（ＰＤ－１）、ＣＴＬＡ－４、ＰＤ－Ｌ２、ＬＡＧ３、ＴＩＭ３、４１ＢＢ、２Ｂ４、Ａ２ａＲ、Ｂ７Ｈ１、Ｂ７Ｈ３、Ｂ７Ｈ４、ＢＴＬＡ、ＣＤ２、ＣＤ２７、ＣＤ２８、ＣＤ３０、ＣＤ４０、ＣＤ７０、ＣＤ８０、ＣＤ８６、ＣＤ１６０、ＣＤ２２６、ＣＤ２７６、ＤＲ３、ＧＡＬ９、ＧＩＴＲ、ＨＶＥＭ、ＩＤＯ１、ＩＤＯ２、誘導性Ｔ細胞共刺激（ＩＣＯＳ）、ＫＩＲ、ＬＡＩＲ１、ＬＩＧＨＴ、コラーゲン構造を有するマクロファージ受容体（ＭＡＲＣＯ）、ホスファチジルセリン（ＰＳ）、ＯＸ－４０、ＳＬＡＭ、ＴＩＧＩＴ、ＶＩＳＴＡ、ＶＴＣＮ１、又はこれらの任意の組合せの阻害剤である、第５１項又は第５２項に記載の使用。
[00329]（５４）両親媒性化合物及び新生抗原を含む第１の容器；並びに疎水性担体を含む第２の容器を含むキット。
[00330]（５５）第１の容器中の両親媒性化合物が、１，２－ジオレオイル－ｓｎ－グリセロ－３－ホスホコリン（ＤＯＰＣ）及びコレステロールを含む、第５４項に記載のキット。
[00331]（５６）第１の容器が、ヘルパーＴエピトープをさらに含む、第５５項又は第５６項に記載のキット。
[00332]（５７）ヘルパーＴエピトープが、アミノ酸配列ＡＱＹＩＫＡＮＳＫＦＩＧＩＴＥＬ（配列番号１）を含むペプチドである、第５６項に記載のキット。
[00333]（５８）第１の容器がアジュバントをさらに含む、第５４項～第５７項のいずれか一項に記載のキット。
[00334]（５９）アジュバントがｐｏｌｙＩ：Ｃポリヌクレオチドである、第５８項に記載のキット。
[00335]（６０）第１の容器の構成成分が、凍結乾燥に供されて乾燥塊を形成した、第５４項～第５９項のいずれか一項に記載のキット。
[00336]（６１）対象において、新生抗原に対する抗体免疫応答及び／又は細胞媒介性免疫応答の誘導に使用するための、第５４項～第６０項のいずれか一項に記載のキット。
[00337]（６２）単回のみの投与に十分な量の構成成分を含む、第５４項～第６１項のいずれか一項に記載のキット。
[00338]（６３）キットが、低用量の新生抗原を含む、第５４項～第６２項のいずれか一項に記載のキット。
[00339]本発明は、以下の非限定的な例によってさらに示される。
[00340]実施例１
[00341]ｉ）新生抗原の識別及び合成
[00342]新生抗原を識別するために、腫瘍のエクソーム全体の配列（ＲＮＡ及び／又はゲノムＤＮＡ）を決定し、正常組織ゲノムに対してスクリーニングするが、正常組織ゲノムは同じ患者からのものが好ましい。これは、次世代シーケンシングを使用して行う。体細胞遺伝子突然変異を、腫瘍及び正常ゲノム配列を比較することによって識別する。突然変異は、ミスセンス突然変異又は挿入／欠失に起因する場合がある。突然変異を有する遺伝子を、タンパク質配列に翻訳し、次いで、これを患者ＨＬＡに結合する可能性が高いペプチド配列を予測することができるアルゴリズム（例えばＮｅｔＭＨＣ、ＮｅｔＭＨＣｐａｎ、ＭＨＣＦｌｕｒｒｙ、ＩＥＤＢ）を使用して、ｉｎ ｓｉｌｉｃｏでスクリーニングする。これらのアルゴリズムから、ＭＨＣ結合に関するその親和性、これらが自然に処理された且つ提示されたかどうか、並びにｉｎ ｓｉｌｉｃｏでのアルゴリズム（例えばＳＩＦＴ、ＰＯＬＹＰＨＥＮ）を使用した突然変異の機能的影響の予測に基づいてペプチドを選択する。ペプチドは、委託製造業者によってＧＭＰ条件下で配列を決定する。
[00343]ｉｉ）デポヴァックス（ＤＰＸ）としての配合剤
[00344]ワクチンを調製するために、最初に、ペプチド混合物及びアジュバントを、ＤＯＰＣ及びコレステロール（Ｌｉｐｏｉｄ、Ｇｅｒｍａｎｙ）とともに適切な水性緩衝液（例えば、酢酸緩衝液、リン酸ナトリウム、重炭酸ナトリウム、リン酸緩衝液生理食塩水）中で復元する。次いで、この製剤を凍結乾燥し、乾燥塊を形成する。注射を行う直前に、乾燥塊を油（例えばＩＳＡ５１ ＶＧ）中に復元する。余分なバイアルを水分分析及び復元試験用に準備する。
[00345]ｉｉｉ）動物試験
[00346]新生抗原ワクチンは、各患者に対して特有に且つ個々に調製されるため、これらを動物モデルを使用してあらかじめ試験することはできない。代わりに、マウス腫瘍（例えばＭｅｔｈＡ、Ｂ１６Ｆ１０など）からの新生抗原を使用して、概念実証を行うことは可能である。
[00347]ｉｖ）臨床試験
[00348]患者特異的新生抗原ワクチンを、本明細書に記載される方法を使用して調製し、メトロノミックなシクロホスファミド又はチェックポイント阻害剤などの免疫モジュレーターで併用治療を行った又は行っていない患者に投与する。免疫原性は、ＩＦＮ－ガンマＥＬＩＳＰＯＴアッセイを使用し、研究期間にわたって一定間隔で患者から単離されたＰＢＭＣを用いてモニターする。免疫原性はまた、カスタムペプチド－ＭＨＣマルチマー試薬を使用し、フローサイトメトリー用に細胞を染色してモニターすることができる。
[00349]実施例２
[00350]６～８週齢の病原菌不含Ｃ５７ＢＬ／６ＶＡＦ／エリート（登録商標）ＣｒｌマウスをＣｈａｒｌｅｓ Ｒｉｖｅｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ（Ｓｔ．Ｃｏｎｓｔａｎｔ、ＰＱ）から購入し、協会ガイドラインに従って、水及び餌を自由に与え、フィルター制御された空気循環下で飼育した。新生抗原Ｍｕｔ３０（ＰＳＫＰＳＦＱＥＦＶＤＷＥＮＶＳＰＥＬＮＳＴＤＱＰＦＬ；配列番号２）を、Ｃａｓｔｌｅ ２０１２年から識別し、Ｇｅｎｓｃｒｉｐｔによって合成した。
[00351]油性配合剤又は水性配合剤のいずれかとして調製されたＭｕｔ３０ペプチドの免疫原性を比較した。配合剤は、アジュバントとしてＤＮＡ又はＲＮＡ系ｐｏｌｙＩ：Ｃ分子を含んでいた。
[00352]油性配合剤を調製するために、最初に、Ｍｕｔ３０ペプチド、ｐｏｌｙＩ：Ｃアジュバント（ＤＮＡ又はＲＮＡ）及びヘルパーＴエピトープ（Ａ１６Ｌペプチド）を、ＤＯＰＣ及びコレステロール（Ｌｉｐｏｉｄ、Ｇｅｒｍａｎｙ）とともに酢酸緩衝液（０．１Ｍ、ｐＨ９．５）中に復元した。次いで、ワクチン構成成分を凍結乾燥し、乾燥塊を形成した。注射を行う直前に、乾燥塊をＩＳＡ５１ ＶＧ油（ＳＥＰＰＩＣ、Ｆｒａｎｃｅ）中に復元した。
[00353]水性配合剤を調製するために、Ｍｕｔ３０ペプチド、ｐｏｌｙＩ：Ｃアジュバント（ＤＮＡ又はＲＮＡ）及びヘルパーＴエピトープ（Ａ１６Ｌペプチド）を、ｐＨ１０±１の０．０５Ｍ酢酸ナトリウム緩衝液中に配合した。
[00354]第１群のマウス（ｎ＝６）に、ｐＨ６±１の０．０５Ｍ酢酸ナトリウム緩衝液中にＭｕｔ３０新生抗原１００マイクログラム、Ａ１６Ｌペプチド５０マイクログラム及びＤＮＡ系ｐｏｌｙＩ：Ｃ ４０マイクログラムを含む水性緩衝液配合剤１００マイクロリットルをワクチン接種した。
[00355]第２群のマウス（ｎ＝６）に、ｐＨ６±１の０．０５Ｍ酢酸ナトリウム緩衝液中にＭｕｔ３０新生抗原１００マイクログラム、Ａ１６Ｌペプチド５０マイクログラム及びＲＮＡ系ｐｏｌｙＩ：Ｃ ４０マイクログラムを含む水性緩衝液配合剤１００マイクロリットルをワクチン接種した。
[00356]第３群のマウス（ｎ＝６）に、Ｍｕｔ３０新生抗原１００マイクログラム、Ａ１６Ｌペプチド５０マイクログラム、ＤＮＡ系ｐｏｌｙＩ：Ｃ ４０マイクログラム、ＤＯＰＣ １２ミリグラム及びコレステロール１．２ミリグラムを含む油性デポーワクチン１００マイクロリットルをワクチン接種した。
[00357]第４群のマウス（ｎ＝６）に、Ｍｕｔ３０新生抗原１００マイクログラム、Ａ１６Ｌペプチド５０マイクログラム、ＲＮＡ系ｐｏｌｙＩ：Ｃ ４０マイクログラム、ＤＯＰＣ １２ミリグラム及びコレステロール１．２ミリグラムを含む油性デポーワクチン１００マイクロリットルをワクチン接種した。
[00358]第５群のマウス（ｎ＝１）にはワクチン接種を行わなかった。
[00359]ワクチン接種から８日後、マウスを屠殺し、脾臓を収集した。脾細胞を、ＩＦＮ－ガンマＥＬＩＳＰＯＴプレート（ＢＤ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）中で、非関連ペプチド（ＲＡＨＹＮＩＶＴＦ；配列番号８）又はＭｕｔ３０抗原を負荷していない（バックグラウンド）又は負荷した同系樹状細胞で刺激した。培養から１８時間後、プレートを展開し、スポット形成単位（ＳＦＵ）の数を、Ｉｍｍｕｎｏｓｐｏｔ Ｒｅａｄｅｒ（Ｃ．Ｔ．Ｌ．）を使用して計数した。結果を、平均応答±ＳＥＭとして図１に示す。二元配置ＡＮＯＶＡによって、ボンフェローニ事後検定を用い、Ｍｕｔ３０ペプチドに応答する群を比較して統計的分析を行った。＊ｐ＜０．０５、＊＊＊ｐ＜０．００１。
[00360]結果より、油性デポー形成ワクチンは、同一の構成成分を含む水性非デポー形成ワクチン配合剤と比較して、単回免疫化後に、新生抗原ペプチドに対する統計的に有意で強力な免疫応答をもたらすことが実証される。
[00361]実施例３
[00362]６～８週齢の病原菌不含Ｃ５７ＢＬ／６ＶＡＦ／エリート（登録商標）ＣｒｌマウスをＣｈａｒｌｅｓ Ｒｉｖｅｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ（Ｓｔ．Ｃｏｎｓｔａｎｔ、ＰＱ）から購入し、協会ガイドラインに従って、水及び餌を自由に与え、フィルター制御された空気循環下で飼育した。新生抗原Ｍｕｔ３０（ＰＳＫＰＳＦＱＥＦＶＤＷＥＮＶＳＰＥＬＮＳＴＤＱＰＦＬ；配列番号２）を、Ｃａｓｔｌｅ ２０１２年から識別し、Ｇｅｎｓｃｒｉｐｔによって合成した。
[00363]Ｍｕｔ３０抗原を高用量（１００マイクログラム）で及び低用量（５０マイクログラム）で含む油性デポーワクチン配合剤を調製した。
[00364]油性配合剤を調製するために、最初に、Ｍｕｔ３０ペプチド（低用量又は高用量）、ｐｏｌｙＩ：Ｃアジュバント（ＤＮＡ又はＲＮＡ）及びヘルパーＴエピトープ（Ａ１６Ｌペプチド）を、ＤＯＰＣ及びコレステロール（Ｌｉｐｏｉｄ、Ｇｅｒｍａｎｙ）とともに酢酸緩衝液（０．１Ｍ、ｐＨ９．５）中に復元した。次いで、ワクチン構成成分を凍結乾燥し、乾燥塊を形成した。注射を行う直前に、乾燥塊をＩＳＡ５１ ＶＧ油（ＳＥＰＰＩＣ、Ｆｒａｎｃｅ）中に復元した。
[00365]第１群のマウス（ｎ＝６）に、Ｍｕｔ３０新生抗原１００マイクログラム、Ａ１６Ｌペプチド５０マイクログラム、ＤＮＡ系ｐｏｌｙＩ：Ｃ ４０マイクログラム、ＤＯＰＣ １２ミリグラム及びコレステロール１．２ミリグラムを含む油性デポーワクチン１００マイクロリットルをワクチン接種した。
[00366]第２群のマウス（ｎ＝６）に、Ｍｕｔ３０新生抗原１００マイクログラム、Ａ１６Ｌペプチド５０マイクログラム、ＲＮＡ－系ｐｏｌｙＩ：Ｃ ４０マイクログラム、ＤＯＰＣ １２ミリグラム及びコレステロール１．２ミリグラムを含む油性デポーワクチン１００マイクロリットルをワクチン接種した。
[00367]第３群のマウス（ｎ＝６）に、Ｍｕｔ３０新生抗原５０マイクログラム、Ａ１６Ｌペプチド５０マイクログラム、ＤＮＡ系ｐｏｌｙＩ：Ｃ ４０マイクログラム、ＤＯＰＣ １２ミリグラム及びコレステロール１．２ミリグラムを含む油性デポーワクチン１００マイクロリットルをワクチン接種した。
[00368]第４群のマウス（ｎ＝６）に、Ｍｕｔ３０新生抗原５０マイクログラム、Ａ１６Ｌペプチド５０マイクログラム、ＲＮＡ系ｐｏｌｙＩ：Ｃ ４０マイクログラム、ＤＯＰＣ １２ミリグラム及びコレステロール１．２ミリグラムを含む油性デポーワクチン１００マイクロリットルをワクチン接種した。
[00369]第５群のマウス（ｎ＝１）にはワクチン接種を行わなかった。
[00370]ワクチン接種から８日後、マウスを屠殺し、脾臓を収集した。脾細胞を、ＩＦＮ－ガンマＥＬＩＳＰＯＴプレート（ＢＤ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）中で、非関連ペプチド（ＲＡＨＹＮＩＶＴＦ；配列番号８）又はＭｕｔ３０新生抗原を負荷していない（バックグラウンド）又は負荷した同系樹状細胞で刺激した。培養から１８時間後、プレートを展開し、スポット形成単位（ＳＦＵ）の数を、Ｉｍｍｕｎｏｓｐｏｔ Ｒｅａｄｅｒ（Ｃ．Ｔ．Ｌ．）を使用して計数した。結果を、平均応答±ＳＥＭとして図２に示す。二元配置ＡＮＯＶＡによって、ボンフェローニ事後検定を用い、Ｍｕｔ３０ペプチドに応答する群を比較して統計的分析を行った。ＤＮＡ系ｐｏｌｙＩ：ＣとＲＮＡ系ｐｏｌｙＩ：Ｃの両方を含む、高用量（１００マイクログラム）のＭｕｔ３０新生抗原と低用量（５０マイクログラム）のＭｕｔ３０新生抗原を比較した群間に統計的に有意な差は観察されなかった。
[00371]結果より、油性デポー形成ワクチンは、単回免疫化後に、高用量（１００マイクログラム）及び低用量（５０マイクログラム）の抗原で、新生抗原ペプチドに対する同等の免疫応答をもたらすことが実証される。
[00372]実施例４
[00373]６～８週齢の病原菌不含Ｃ５７ＢＬ／６ＮＣｒｌマウスをＣｈａｒｌｅｓ Ｒｉｖｅｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ（Ｓｔ．Ｃｏｎｓｔａｎｔ、ＰＱ）から購入し、協会ガイドラインに従って、水及び餌を自由に与え、フィルター制御された空気循環下で飼育した。新生抗原Ｍｕｔ３０（ＰＳＫＰＳＦＱＥＦＶＤＷＥＮＶＳＰＥＬＮＳＴＤＱＰＦＬ；配列番号２）を、Ｃａｓｔｌｅ ２０１２年から識別し、Ｇｅｎｓｃｒｉｐｔによって合成した。
[00374]ＲＮＡ又はＤＮＡ系ｐｏｌｙＩ：Ｃ分子を含む２つの油性配合剤を調製し、ＲＮＡ系ｐｏｌｙＩ：Ｃを含む水性緩衝液ワクチンと比較した。水性緩衝液ワクチンは、Ｃａｓｔｌｅ ２０１２年に記載されている配合剤を模倣するようにデザインした。
[00375]油性配合剤を調製するために、最初に、Ｍｕｔ３０ペプチド、ｐｏｌｙＩ：Ｃアジュバント（ＤＮＡ又はＲＮＡ）及びヘルパーＴエピトープ（Ａ１６Ｌペプチド）を、ＤＯＰＣ及びコレステロール（Ｌｉｐｏｉｄ、Ｇｅｒｍａｎｙ）とともに酢酸緩衝液（０．１Ｍ、ｐＨ９．５）中に復元した。次いで、ワクチン構成成分を凍結乾燥し、乾燥塊を形成した。注射を行う直前に、乾燥塊をＩＳＡ ５１ＶＧ油（ＳＥＰＰＩＣ、Ｆｒａｎｃｅ）中に復元した。
[00376]水性配合剤を調製するために、Ｍｕｔ３０ペプチド及びＲＮＡ系ｐｏｌｙＩ：Ｃアジュバントを、ｐＨ１０．０±１の０．１Ｍリン酸緩衝液生理食塩水中に配合した。
[00377]第１群のマウス（ｎ＝５）に、ｐＨ６．０の０．０５Ｍ酢酸ナトリウム緩衝液中にＭｕｔ３０新生抗原１００マイクログラム及びＲＮＡ系ｐｏｌｙＩ：Ｃ １００マイクログラムを含む水性緩衝液配合剤１００マイクロリットルをワクチン接種した。
[00378]第２群のマウス（ｎ＝５）に、Ｍｕｔ３０新生抗原５０マイクログラム、Ａ１６Ｌペプチド５０マイクログラム、ＲＮＡ系ｐｏｌｙＩ：Ｃ ４０マイクログラム、ＤＯＰＣ １２ミリグラム及びコレステロール１．２ミリグラムを含む油性デポーワクチン１００マイクロリットルをワクチン接種した。
[00379]第３群のマウス（ｎ＝４）に、Ｍｕｔ３０新生抗原５０マイクログラム、Ａ１６Ｌペプチド ５０マイクログラム、ＤＮＡ系ｐｏｌｙＩ：Ｃ ４０マイクログラム、ＤＯＰＣ １２ミリグラム及びコレステロール１．２ミリグラムを含む油性デポーワクチン１００マイクロリットルをワクチン接種した。
[00380]第４群のマウス（ｎ＝１）にはワクチン接種を行わなかった。
[00381]ワクチン接種から８日後、マウスを屠殺し、脾臓を収集した。脾細胞を、ＩＦＮ－ガンマＥＬＩＳＰＯＴプレート（ＢＤ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）中で、非関連ペプチド（ＥＧＰＲＮＱＤＷＬ；配列番号９）又はＭｕｔ３０新生抗原を負荷していない（バックグラウンド）又は負荷した同系樹状細胞で刺激した。培養から１８時間後、プレートを展開し、スポット形成単位（ＳＦＵ）の数を、Ｉｍｍｕｎｏｓｐｏｔ Ｒｅａｄｅｒ（Ｃ．Ｔ．Ｌ．）を使用して計数した。結果を平均応答±ＳＥＭとして図３に示す。二元配置ＡＮＯＶＡによって、ボンフェローニ事後検定を用い、Ｍｕｔ３０ペプチドに応答する群を比較して統計的分析を行った。＊ｐ＜０．０５、＊＊＊ｐ＜０．００１。
[00382]結果より、油性デポー形成ワクチンは、水性非デポー形成ワクチンと比較して、単回免疫化後に、新生抗原ペプチドに対する強力な免疫応答をもたらすことが実証される。
[00383]本明細書に挙げられるすべての文献及び特許出願は、各個々の文献又は特許出願が参照によって組み込まれることを明確に且つ個々に示したかのように、参照によって本明細書に組み込まれるものとする。どの文献の引用も出願日前のその開示内容に関するものであり、且つ発明前の効力によって本発明がそのような文献に先行する権利を受けないことを認めるものとして解釈されるべきではない。
[00384]前述の発明は、明瞭に理解することを目的に、例示及び実施例によってある程度詳細に説明してきたが、当業者であれば、本発明の教示を考慮して、添付の特許請求の範囲の趣旨又は範囲から逸脱することなく、ある程度の変更及び改良をそこへ行ってもよいことは容易に明白である。
[00385]本明細書及び添付の特許請求の範囲で使用される単数形「ａ」、「ａｎ」、及び「ｔｈｅ」は、文脈上明らかに別段の指示がない限り、複数の指示対象を含むことに留意されたい。別段の定義がない限り、本明細書に使用されるすべての技術及び科学用語は、本発明が所属する当業者に通常理解されるものと同じ意味を有する。
[00386]本明細書及び特許請求の範囲で使用される「及び／又は」という語句は、そのように等位接続した要素の「いずれか又は両方」、すなわち、場合によっては接続的に存在し、且つ別の場合では離接的に存在する要素を意味することを理解されたい。「及び／又は」とともに挙げられた複数の要素、すなわち、「１つ又は複数の」のそのように等位接続した要素は、同じように解釈されたい。特に識別されたこれらの要素に関連するか関連しないかにかかわらず、「及び／又は」の節によって特に識別された要素以外に他の要素が任意選択で存在する場合がある。したがって、非限定的な例として、「Ａ及び／又はＢ」という言及は、「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」などのオープンエンドな用語と同時に使用されたときに、１つの実施形態において、Ａのみ（任意選択でＢ以外の要素を含む）；別の実施形態において、Ｂのみ（任意選択でＡ以外の要素を含む）；さらに別の実施形態において、ＡとＢの両方（任意選択で他の要素を含む）などを指すことができる。
[00387]本明細書及び特許請求の範囲で使用される「又は」は、上記で定義されたとおり「及び／又は」と同じ意味を包含すると理解されたい。例えば、列挙において項目を分離するとき、「又は」又は「及び／又は」は、包含的である、すなわち、ある数の又は列挙された要素及び任意選択で追加の列挙されていない項目のうちの少なくとも１つ、ただし１超も含む、を含む、と解釈されたい。
[00388]ここで使用されているように、本明細書においてであろうと添付の特許請求の範囲においてであろうと、「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」、「含む（ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ）」、「有する（ｃａｒｒｙｉｎｇ）」、「有する（ｈａｖｉｎｇ）」、「含む（ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ）」、「伴う（ｉｎｖｏｌｖｉｎｇ）」などの移行句は、包含的又はオープンエンドであり（すなわち、これらに限定されないが、～がある（ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ ｂｕｔ ｎｏｔ ｌｉｍｉｔｅｄ ｔｏ）を意味する）、且つこれらは、列挙されていない要素、材料又は方法ステップを除外するものではないとして理解されたい。「からなる」及び「～から実質的になる」という移行句のみ、それぞれ、特許請求の範囲及び本明細書の例示的な実施形態の段落に対してクローズド又はセミクローズド移行句である。「からなる」という移行句は、特に列挙されていない任意の要素、工程、又は成分を除外する。「～から実質的になる」という移行句は、特定の要素、材料又はステップの、且つ本明細書に開示される及び／又は特許請求される発明の基本的な特徴（複数可）に実質的に影響を与えないものの範囲を限定する。
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Claims (41)

  1. （ａ）両親媒性化合物；
    （ｂ）新生抗原；及び
    （ｃ）疎水性担体
    を含むワクチン組成物。
  2. 水を含まない又は水を実質的に含まない、請求項１に記載の組成物。
  3. 水を実質的に含まない組成物が、担体の全重量に対して、重量／重量基準で約１０％、９％、８％、７％、６％、５％、４％、３％、２％、１％、０．５％、０．１％、０．０５％又は０．０１％未満の水を含む、請求項２に記載の組成物。
  4. 新生抗原が、新生抗原性ペプチド又は新生抗原性ペプチドをコードするポリヌクレオチドである、請求項１～３のいずれか一項に記載の組成物。
  5. 新生抗原性ペプチドが、５～５０個のアミノ酸長である、請求項４に記載の組成物。
  6. 新生抗原性ペプチドが、１つ又は複数の新生エピトープを含む、請求項４又は５に記載の組成物。
  7. １つ又は複数の新生エピトープが、９～１１個のアミノ酸長のＭＨＣクラスＩ Ｔ細胞新生エピトープ；１３～１７個のアミノ酸長のＭＨＣクラスＩＩ Ｔ細胞新生エピトープ；又は５～２０個のアミノ酸長のＢ細胞新生エピトープから選択される、請求項６に記載の組成物。
  8. 新生抗原が、アミノ酸配列ＰＳＫＰＳＦＱＥＦＶＤＷＥＮＶＳＰＥＬＮＳＴＤＱＰＦＬ（配列番号２）を含む、請求項１～７のいずれか一項に記載の組成物。
  9. 新生抗原が弱免疫原性抗原である、請求項１～８のいずれか一項に記載の組成物。
  10. 低用量の新生抗原を含む、請求項１～９のいずれか一項に記載の組成物。
  11. 新生抗原が疎水性担体に混和性となるように、新生抗原が十分に疎水性である、又は十分に疎水性にされている、請求項１～１０のいずれか一項に記載の組成物。
  12. 新生抗原が、両親媒性化合物の存在によって十分に疎水性にされており、
    両親媒性化合物が、新生抗原と密接に会合し、新生抗原を疎水性担体中で混和性にしている；及び／又は
    両親媒性化合物が、シート又は小胞構造を形成し、新生抗原を部分的に又は完全に囲んでいる
    請求項１１に記載の組成物。
  13. 両親媒性化合物が、リン脂質又はリン脂質の混合物から選択される脂質である、請求項１～１２のいずれか一項に記載の組成物。
  14. 疎水性担体が、油又は油の混合物である、請求項１～１３のいずれか一項に記載の組成物。
  15. 疎水性担体が、鉱油である、又は鉱油溶液中のオレイン酸マンニドである、請求項１４に記載の組成物。
  16. アジュバント、ヘルパーＴエピトープ、又はアジュバントとヘルパーＴエピトープの両方をさらに含む、請求項１～１５のいずれか一項に記載の組成物。
  17. アジュバントが、ｐｏｌｙＩ：Ｃポリヌクレオチドアジュバント、脂質系アジュバント、脂質Ａ模倣体若しくは類似体、又はこれらの任意の組合せである、請求項１６に記載の組成物。
  18. ヘルパーＴエピトープが、アミノ酸配列ＡＫＸＶＡＡＷＴＬＫＡＡＡ（配列番号６）を含むＰＡＤＲＥ；アミノ酸配列ＦＮＮＦＴＶＳＦＷＬＲＶＰＫＶＳＡＳＨＬＥ（配列番号７）を含む破傷風トキソイドペプチドＦ２１Ｅ；又はアミノ酸配列ＡＱＹＩＫＡＮＳＫＦＩＧＩＴＥＬ（配列番号１）を含む修飾破傷風毒素ペプチドＡ１６Ｌである、請求項１６又は１７に記載の組成物。
  19. （ａ）１，２－ジオレオイル－ｓｎ－グリセロ－３－ホスホコリン（ＤＯＰＣ）及びコレステロールの脂質分子混合物；
    （ｂ）新生抗原；
    （ｃ）疎水性担体モンタナイド（登録商標）ＩＳＡ５１；
    （ｄ）アミノ酸配列ＡＱＹＩＫＡＮＳＫＦＩＧＩＴＥＬ（配列番号１）を含む破傷風トキソイドからのユニバーサルヘルパーＴエピトープ；及び
    （ｅ）ｐｏｌｙＩ：Ｃポリヌクレオチドアジュバント
    を含む、請求項１～１８のいずれか一項に記載の組成物。
  20. 対象において、新生抗原に対する抗体免疫応答及び／又は細胞媒介性免疫応答の誘導に使用するための、請求項１～１９のいずれか一項に記載の組成物。
  21. 強化された細胞媒介性免疫応答をもたらし、その強化された細胞媒介性免疫応答が、新生抗原を水性ワクチン配合剤に配合したときよりも、少なくとも２倍、少なくとも３倍、少なくとも４倍、少なくとも５倍、少なくとも６倍、少なくとも７倍、少なくとも８倍、少なくとも９倍又は少なくとも１０倍高い、請求項１～２０のいずれか一項に記載の組成物。
  22. 強化された細胞媒介性免疫応答が、組成物を用いた１回の免疫化のみで得られる、請求項２１に記載の組成物。
  23. 強化された細胞媒介性免疫応答が、組成物中の低用量の新生抗原によって得られ、低用量が、水性ワクチン配合剤中の用量の約５０％である、請求項２１又は２２に記載の組成物。
  24. 新生抗原に対する抗体免疫応答及び／又は細胞媒介性免疫応答を誘導するための方法であって、請求項１～２３のいずれか一項に記載の組成物を、それを必要とする対象に投与することを含む方法。
  25. 組成物を、対象に単回のみ投与することを含む、請求項２４に記載の方法。
  26. 組成物が、低用量の新生抗原を含む、請求項２４又は２５に記載の方法。
  27. 癌を治療及び／又は予防するための方法である、請求項２４～２６のいずれか一項に記載の方法。
  28. ＤＮＡ複製に干渉する薬剤及び／又は免疫応答チェックポイント阻害剤を対象に投与することをさらに含む、請求項２４～２７のいずれか一項に記載の方法。
  29. ＤＮＡ複製に干渉する薬剤がシクロホスファミドであり、且つ免疫応答チェックポイント阻害剤が、プログラム死リガンド１（ＰＤ－Ｌ１）、プログラム死１（ＰＤ－１）、ＣＴＬＡ－４、ＰＤ－Ｌ２、ＬＡＧ３、ＴＩＭ３、４１ＢＢ、２Ｂ４、Ａ２ａＲ、Ｂ７Ｈ１、Ｂ７Ｈ３、Ｂ７Ｈ４、ＢＴＬＡ、ＣＤ２、ＣＤ２７、ＣＤ２８、ＣＤ３０、ＣＤ４０、ＣＤ７０、ＣＤ８０、ＣＤ８６、ＣＤ１６０、ＣＤ２２６、ＣＤ２７６、ＤＲ３、ＧＡＬ９、ＧＩＴＲ、ＨＶＥＭ、ＩＤＯ１、ＩＤＯ２、誘導性Ｔ細胞共刺激（ＩＣＯＳ）、ＫＩＲ、ＬＡＩＲ１、ＬＩＧＨＴ、コラーゲン構造を有するマクロファージ受容体（ＭＡＲＣＯ）、ホスファチジルセリン（ＰＳ）、ＯＸ－４０、ＳＬＡＭ、ＴＩＧＩＴ、ＶＩＳＴＡ、ＶＴＣＮ１、又はこれらの任意の組合せの阻害剤である、請求項２８に記載の方法。
  30. 新生抗原に対する抗体免疫応答及び／又は細胞媒介性免疫応答を、対象において誘導するための、請求項１～２３のいずれか一項に記載の組成物の使用。
  31. 癌を治療及び／又は予防するための、請求項１～２３のいずれか一項に記載の組成物の使用。
  32. 組成物を、対象に単回のみ投与することを含む、請求項３０又は３１に記載の使用。
  33. 組成物が、低用量の新生抗原を含む、請求項３０～３２のいずれか一項に記載の使用。
  34. 両親媒性化合物及び新生抗原を含む第１の容器；並びに
    疎水性担体を含む第２の容器
    を含むキット。
  35. 第１の容器中の両親媒性化合物が、１，２－ジオレオイル－ｓｎ－グリセロ－３－ホスホコリン（ＤＯＰＣ）及びコレステロールを含む、請求項３４に記載のキット。
  36. 第１の容器が、ヘルパーＴエピトープ、アジュバント、又はヘルパーＴエピトープとアジュバントの両方をさらに含む、請求項３４又は３５に記載のキット。
  37. ヘルパーＴエピトープが、アミノ酸配列ＡＱＹＩＫＡＮＳＫＦＩＧＩＴＥＬ（配列番号１）を含むペプチドであり、且つアジュバントがｐｏｌｙＩ：Ｃポリヌクレオチドである、請求項３６に記載のキット。
  38. 第１の容器の構成成分が、凍結乾燥に供されて乾燥塊を形成した、請求項３４～３７のいずれか一項に記載のキット。
  39. 対象において、新生抗原に対する抗体免疫応答及び／又は細胞媒介性免疫応答の誘導に使用するための、請求項３４～３８のいずれか一項に記載のキット。
  40. 単回投与に十分な量の構成成分を含む、請求項３４～３９のいずれか一項に記載のキット。
  41. 低用量の新生抗原を含む、請求項３４～４０のいずれか一項に記載のキット。
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