JP2022113769A - 食道新生物および/または食道における化生を検出するための方法および組成物 - Google Patents
食道新生物および/または食道における化生を検出するための方法および組成物 Download PDFInfo
- Publication number
- JP2022113769A JP2022113769A JP2022092841A JP2022092841A JP2022113769A JP 2022113769 A JP2022113769 A JP 2022113769A JP 2022092841 A JP2022092841 A JP 2022092841A JP 2022092841 A JP2022092841 A JP 2022092841A JP 2022113769 A JP2022113769 A JP 2022113769A
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- sequences
- sequence
- sample
- methylated
- esophageal
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Pending
Links
- 238000000034 method Methods 0.000 title abstract description 203
- 206010028980 Neoplasm Diseases 0.000 title abstract description 170
- 230000009826 neoplastic cell growth Effects 0.000 title abstract description 105
- 206010054949 Metaplasia Diseases 0.000 title abstract description 77
- 230000015689 metaplastic ossification Effects 0.000 title abstract description 76
- 210000003238 esophagus Anatomy 0.000 title abstract description 37
- 239000000203 mixture Substances 0.000 title abstract description 5
- 102000013127 Vimentin Human genes 0.000 abstract description 212
- 108010065472 Vimentin Proteins 0.000 abstract description 212
- 210000005048 vimentin Anatomy 0.000 abstract description 212
- 208000023514 Barrett esophagus Diseases 0.000 abstract description 175
- 208000023665 Barrett oesophagus Diseases 0.000 abstract description 175
- 208000000461 Esophageal Neoplasms Diseases 0.000 abstract description 79
- 238000002560 therapeutic procedure Methods 0.000 abstract description 26
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 abstract description 20
- 201000010099 disease Diseases 0.000 abstract description 19
- 230000002496 gastric effect Effects 0.000 abstract description 13
- 230000001613 neoplastic effect Effects 0.000 abstract description 6
- 230000004043 responsiveness Effects 0.000 abstract 1
- 239000000523 sample Substances 0.000 description 368
- 108091028043 Nucleic acid sequence Proteins 0.000 description 272
- 238000007069 methylation reaction Methods 0.000 description 267
- 230000011987 methylation Effects 0.000 description 266
- 150000007523 nucleic acids Chemical group 0.000 description 235
- 239000012634 fragment Substances 0.000 description 192
- 230000002441 reversible effect Effects 0.000 description 155
- 206010030137 Oesophageal adenocarcinoma Diseases 0.000 description 148
- 208000036764 Adenocarcinoma of the esophagus Diseases 0.000 description 147
- 208000028653 esophageal adenocarcinoma Diseases 0.000 description 147
- 206010058314 Dysplasia Diseases 0.000 description 146
- 102000053602 DNA Human genes 0.000 description 137
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 description 137
- 230000000295 complement effect Effects 0.000 description 129
- LSNNMFCWUKXFEE-UHFFFAOYSA-M Bisulfite Chemical compound OS([O-])=O LSNNMFCWUKXFEE-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 126
- 239000013615 primer Substances 0.000 description 125
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 description 109
- 108091093088 Amplicon Proteins 0.000 description 92
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 description 90
- 108010078814 Tumor Suppressor Protein p53 Proteins 0.000 description 88
- 102000015098 Tumor Suppressor Protein p53 Human genes 0.000 description 87
- 238000003556 assay Methods 0.000 description 87
- 210000004027 cell Anatomy 0.000 description 64
- 239000003814 drug Substances 0.000 description 62
- 238000001514 detection method Methods 0.000 description 61
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 description 59
- 238000007790 scraping Methods 0.000 description 58
- GHASVSINZRGABV-UHFFFAOYSA-N Fluorouracil Chemical compound FC1=CNC(=O)NC1=O GHASVSINZRGABV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 55
- 229960002949 fluorouracil Drugs 0.000 description 55
- 239000003550 marker Substances 0.000 description 52
- 206010069754 Acquired gene mutation Diseases 0.000 description 50
- 230000037439 somatic mutation Effects 0.000 description 50
- 238000007674 radiofrequency ablation Methods 0.000 description 48
- XKRFYHLGVUSROY-UHFFFAOYSA-N Argon Chemical compound [Ar] XKRFYHLGVUSROY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 44
- DQLATGHUWYMOKM-UHFFFAOYSA-L cisplatin Chemical compound N[Pt](N)(Cl)Cl DQLATGHUWYMOKM-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 44
- 229960004316 cisplatin Drugs 0.000 description 44
- 238000001356 surgical procedure Methods 0.000 description 44
- 238000001369 bisulfite sequencing Methods 0.000 description 43
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 description 42
- 230000035945 sensitivity Effects 0.000 description 41
- 206010030155 Oesophageal carcinoma Diseases 0.000 description 36
- 201000004101 esophageal cancer Diseases 0.000 description 36
- 229940124597 therapeutic agent Drugs 0.000 description 35
- AOJJSUZBOXZQNB-TZSSRYMLSA-N Doxorubicin Chemical compound O([C@H]1C[C@@](O)(CC=2C(O)=C3C(=O)C=4C=CC=C(C=4C(=O)C3=C(O)C=21)OC)C(=O)CO)[C@H]1C[C@H](N)[C@H](O)[C@H](C)O1 AOJJSUZBOXZQNB-TZSSRYMLSA-N 0.000 description 34
- 150000001875 compounds Chemical class 0.000 description 34
- GAGWJHPBXLXJQN-UORFTKCHSA-N Capecitabine Chemical compound C1=C(F)C(NC(=O)OCCCCC)=NC(=O)N1[C@H]1[C@H](O)[C@H](O)[C@@H](C)O1 GAGWJHPBXLXJQN-UORFTKCHSA-N 0.000 description 33
- RNAMYOYQYRYFQY-UHFFFAOYSA-N 2-(4,4-difluoropiperidin-1-yl)-6-methoxy-n-(1-propan-2-ylpiperidin-4-yl)-7-(3-pyrrolidin-1-ylpropoxy)quinazolin-4-amine Chemical compound N1=C(N2CCC(F)(F)CC2)N=C2C=C(OCCCN3CCCC3)C(OC)=CC2=C1NC1CCN(C(C)C)CC1 RNAMYOYQYRYFQY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 32
- 238000003752 polymerase chain reaction Methods 0.000 description 32
- 208000025402 neoplasm of esophagus Diseases 0.000 description 31
- 206010061882 Oesophageal neoplasm Diseases 0.000 description 30
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 description 30
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 description 30
- 210000003236 esophagogastric junction Anatomy 0.000 description 28
- 210000002381 plasma Anatomy 0.000 description 28
- 238000012549 training Methods 0.000 description 28
- 230000007067 DNA methylation Effects 0.000 description 27
- 230000003321 amplification Effects 0.000 description 27
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 description 27
- 208000035269 cancer or benign tumor Diseases 0.000 description 26
- 229940079593 drug Drugs 0.000 description 26
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 description 25
- 210000001519 tissue Anatomy 0.000 description 25
- 238000010200 validation analysis Methods 0.000 description 25
- 238000012326 endoscopic mucosal resection Methods 0.000 description 24
- 238000000608 laser ablation Methods 0.000 description 24
- 238000002428 photodynamic therapy Methods 0.000 description 24
- 238000000315 cryotherapy Methods 0.000 description 23
- 230000005855 radiation Effects 0.000 description 23
- AOJJSUZBOXZQNB-VTZDEGQISA-N 4'-epidoxorubicin Chemical compound O([C@H]1C[C@@](O)(CC=2C(O)=C3C(=O)C=4C=CC=C(C=4C(=O)C3=C(O)C=21)OC)C(=O)CO)[C@H]1C[C@H](N)[C@@H](O)[C@H](C)O1 AOJJSUZBOXZQNB-VTZDEGQISA-N 0.000 description 22
- GAGWJHPBXLXJQN-UHFFFAOYSA-N Capecitabine Natural products C1=C(F)C(NC(=O)OCCCCC)=NC(=O)N1C1C(O)C(O)C(C)O1 GAGWJHPBXLXJQN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 22
- ZDZOTLJHXYCWBA-VCVYQWHSSA-N N-debenzoyl-N-(tert-butoxycarbonyl)-10-deacetyltaxol Chemical compound O([C@H]1[C@H]2[C@@](C([C@H](O)C3=C(C)[C@@H](OC(=O)[C@H](O)[C@@H](NC(=O)OC(C)(C)C)C=4C=CC=CC=4)C[C@]1(O)C3(C)C)=O)(C)[C@@H](O)C[C@H]1OC[C@]12OC(=O)C)C(=O)C1=CC=CC=C1 ZDZOTLJHXYCWBA-VCVYQWHSSA-N 0.000 description 22
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 description 22
- 229910052786 argon Inorganic materials 0.000 description 22
- 229960004117 capecitabine Drugs 0.000 description 22
- 238000005345 coagulation Methods 0.000 description 22
- 230000015271 coagulation Effects 0.000 description 22
- UWKQSNNFCGGAFS-XIFFEERXSA-N irinotecan Chemical compound C1=C2C(CC)=C3CN(C(C4=C([C@@](C(=O)OC4)(O)CC)C=4)=O)C=4C3=NC2=CC=C1OC(=O)N(CC1)CCC1N1CCCCC1 UWKQSNNFCGGAFS-XIFFEERXSA-N 0.000 description 22
- 235000018102 proteins Nutrition 0.000 description 22
- 238000011282 treatment Methods 0.000 description 22
- 230000000151 anti-reflux effect Effects 0.000 description 21
- 210000004369 blood Anatomy 0.000 description 21
- 239000008280 blood Substances 0.000 description 21
- OPTASPLRGRRNAP-UHFFFAOYSA-N cytosine Chemical class NC=1C=CNC(=O)N=1 OPTASPLRGRRNAP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 21
- 230000003247 decreasing effect Effects 0.000 description 21
- 238000009297 electrocoagulation Methods 0.000 description 21
- 230000035772 mutation Effects 0.000 description 21
- 238000007481 next generation sequencing Methods 0.000 description 21
- 238000012360 testing method Methods 0.000 description 19
- 238000001827 electrotherapy Methods 0.000 description 18
- 210000002438 upper gastrointestinal tract Anatomy 0.000 description 18
- 108091029523 CpG island Proteins 0.000 description 17
- 238000001574 biopsy Methods 0.000 description 14
- 108090000765 processed proteins & peptides Proteins 0.000 description 14
- 230000002759 chromosomal effect Effects 0.000 description 13
- 210000001035 gastrointestinal tract Anatomy 0.000 description 13
- 102000004196 processed proteins & peptides Human genes 0.000 description 13
- 108091008146 restriction endonucleases Proteins 0.000 description 13
- 238000009396 hybridization Methods 0.000 description 12
- 229940126409 proton pump inhibitor Drugs 0.000 description 12
- 239000000612 proton pump inhibitor Substances 0.000 description 12
- 108010006654 Bleomycin Proteins 0.000 description 11
- HTIJFSOGRVMCQR-UHFFFAOYSA-N Epirubicin Natural products COc1cccc2C(=O)c3c(O)c4CC(O)(CC(OC5CC(N)C(=O)C(C)O5)c4c(O)c3C(=O)c12)C(=O)CO HTIJFSOGRVMCQR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 11
- 206010063655 Erosive oesophagitis Diseases 0.000 description 11
- FBOZXECLQNJBKD-ZDUSSCGKSA-N L-methotrexate Chemical compound C=1N=C2N=C(N)N=C(N)C2=NC=1CN(C)C1=CC=C(C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(O)=O)C=C1 FBOZXECLQNJBKD-ZDUSSCGKSA-N 0.000 description 11
- 229930192392 Mitomycin Natural products 0.000 description 11
- NWIBSHFKIJFRCO-WUDYKRTCSA-N Mytomycin Chemical compound C1N2C(C(C(C)=C(N)C3=O)=O)=C3[C@@H](COC(N)=O)[C@@]2(OC)[C@@H]2[C@H]1N2 NWIBSHFKIJFRCO-WUDYKRTCSA-N 0.000 description 11
- 229930012538 Paclitaxel Natural products 0.000 description 11
- 229940009456 adriamycin Drugs 0.000 description 11
- VSRXQHXAPYXROS-UHFFFAOYSA-N azanide;cyclobutane-1,1-dicarboxylic acid;platinum(2+) Chemical compound [NH2-].[NH2-].[Pt+2].OC(=O)C1(C(O)=O)CCC1 VSRXQHXAPYXROS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 11
- 229960001561 bleomycin Drugs 0.000 description 11
- OYVAGSVQBOHSSS-UAPAGMARSA-O bleomycin A2 Chemical compound N([C@H](C(=O)N[C@H](C)[C@@H](O)[C@H](C)C(=O)N[C@@H]([C@H](O)C)C(=O)NCCC=1SC=C(N=1)C=1SC=C(N=1)C(=O)NCCC[S+](C)C)[C@@H](O[C@H]1[C@H]([C@@H](O)[C@H](O)[C@H](CO)O1)O[C@@H]1[C@H]([C@@H](OC(N)=O)[C@H](O)[C@@H](CO)O1)O)C=1N=CNC=1)C(=O)C1=NC([C@H](CC(N)=O)NC[C@H](N)C(N)=O)=NC(N)=C1C OYVAGSVQBOHSSS-UAPAGMARSA-O 0.000 description 11
- 229940088954 camptosar Drugs 0.000 description 11
- 229960004562 carboplatin Drugs 0.000 description 11
- 239000003795 chemical substances by application Substances 0.000 description 11
- 229960003668 docetaxel Drugs 0.000 description 11
- 229940087477 ellence Drugs 0.000 description 11
- 238000001839 endoscopy Methods 0.000 description 11
- 229960001904 epirubicin Drugs 0.000 description 11
- 235000013305 food Nutrition 0.000 description 11
- 208000021302 gastroesophageal reflux disease Diseases 0.000 description 11
- 230000014509 gene expression Effects 0.000 description 11
- 229960004768 irinotecan Drugs 0.000 description 11
- 230000014759 maintenance of location Effects 0.000 description 11
- 229960000485 methotrexate Drugs 0.000 description 11
- 229960004857 mitomycin Drugs 0.000 description 11
- 229940086322 navelbine Drugs 0.000 description 11
- 229960001592 paclitaxel Drugs 0.000 description 11
- 229920001184 polypeptide Polymers 0.000 description 11
- 229960002633 ramucirumab Drugs 0.000 description 11
- RCINICONZNJXQF-MZXODVADSA-N taxol Chemical compound O([C@@H]1[C@@]2(C[C@@H](C(C)=C(C2(C)C)[C@H](C([C@]2(C)[C@@H](O)C[C@H]3OC[C@]3([C@H]21)OC(C)=O)=O)OC(=O)C)OC(=O)[C@H](O)[C@@H](NC(=O)C=1C=CC=CC=1)C=1C=CC=CC=1)O)C(=O)C1=CC=CC=C1 RCINICONZNJXQF-MZXODVADSA-N 0.000 description 11
- RCINICONZNJXQF-XAZOAEDWSA-N taxol® Chemical compound O([C@@H]1[C@@]2(CC(C(C)=C(C2(C)C)[C@H](C([C@]2(C)[C@@H](O)C[C@H]3OC[C@]3(C21)OC(C)=O)=O)OC(=O)C)OC(=O)[C@H](O)[C@@H](NC(=O)C=1C=CC=CC=1)C=1C=CC=CC=1)O)C(=O)C1=CC=CC=C1 RCINICONZNJXQF-XAZOAEDWSA-N 0.000 description 11
- 229940063683 taxotere Drugs 0.000 description 11
- 229960000303 topotecan Drugs 0.000 description 11
- UCFGDBYHRUNTLO-QHCPKHFHSA-N topotecan Chemical compound C1=C(O)C(CN(C)C)=C2C=C(CN3C4=CC5=C(C3=O)COC(=O)[C@]5(O)CC)C4=NC2=C1 UCFGDBYHRUNTLO-QHCPKHFHSA-N 0.000 description 11
- 229960000575 trastuzumab Drugs 0.000 description 11
- GBABOYUKABKIAF-IELIFDKJSA-N vinorelbine Chemical compound C1N(CC=2C3=CC=CC=C3NC=22)CC(CC)=C[C@H]1C[C@]2(C(=O)OC)C1=CC([C@]23[C@H]([C@@]([C@H](OC(C)=O)[C@]4(CC)C=CCN([C@H]34)CC2)(O)C(=O)OC)N2C)=C2C=C1OC GBABOYUKABKIAF-IELIFDKJSA-N 0.000 description 11
- 229960002066 vinorelbine Drugs 0.000 description 11
- CILBMBUYJCWATM-PYGJLNRPSA-N vinorelbine ditartrate Chemical compound OC(=O)[C@H](O)[C@@H](O)C(O)=O.OC(=O)[C@H](O)[C@@H](O)C(O)=O.C1N(CC=2C3=CC=CC=C3NC=22)CC(CC)=C[C@H]1C[C@]2(C(=O)OC)C1=CC([C@]23[C@H]([C@@]([C@H](OC(C)=O)[C@]4(CC)C=CCN([C@H]34)CC2)(O)C(=O)OC)N2C)=C2C=C1OC CILBMBUYJCWATM-PYGJLNRPSA-N 0.000 description 11
- 229940053867 xeloda Drugs 0.000 description 11
- 108700028369 Alleles Proteins 0.000 description 10
- 206010050171 Oesophageal dysplasia Diseases 0.000 description 10
- 239000012472 biological sample Substances 0.000 description 10
- 230000000694 effects Effects 0.000 description 10
- 210000004877 mucosa Anatomy 0.000 description 10
- DWAFYCQODLXJNR-BNTLRKBRSA-L oxaliplatin Chemical compound O1C(=O)C(=O)O[Pt]11N[C@@H]2CCCC[C@H]2N1 DWAFYCQODLXJNR-BNTLRKBRSA-L 0.000 description 10
- 229960001756 oxaliplatin Drugs 0.000 description 10
- 210000001124 body fluid Anatomy 0.000 description 9
- PKGVHUPHLJLSIM-JIUSCHCVSA-N 2-chloro-1-[(8s,9s,10r,13s,14s,17s)-3-hydroxy-10,13-dimethyl-2,3,4,7,8,9,11,12,14,15,16,17-dodecahydro-1h-cyclopenta[a]phenanthren-17-yl]ethanone Chemical compound C1C(O)CC[C@]2(C)[C@H]3CC[C@](C)([C@H](CC4)C(=O)CCl)[C@@H]4[C@@H]3CC=C21 PKGVHUPHLJLSIM-JIUSCHCVSA-N 0.000 description 8
- 108091029430 CpG site Proteins 0.000 description 8
- LSNNMFCWUKXFEE-UHFFFAOYSA-N Sulfurous acid Chemical group OS(O)=O LSNNMFCWUKXFEE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 8
- 239000000090 biomarker Substances 0.000 description 8
- 230000003902 lesion Effects 0.000 description 8
- 230000000717 retained effect Effects 0.000 description 8
- DWAQJAXMDSEUJJ-UHFFFAOYSA-M Sodium bisulfite Chemical compound [Na+].OS([O-])=O DWAQJAXMDSEUJJ-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 7
- 230000008859 change Effects 0.000 description 7
- 239000000463 material Substances 0.000 description 7
- 238000011002 quantification Methods 0.000 description 7
- 210000003296 saliva Anatomy 0.000 description 7
- 235000010267 sodium hydrogen sulphite Nutrition 0.000 description 7
- 102000003710 Histamine H2 Receptors Human genes 0.000 description 6
- 108090000050 Histamine H2 Receptors Proteins 0.000 description 6
- 229940122957 Histamine H2 receptor antagonist Drugs 0.000 description 6
- 108010091086 Recombinases Proteins 0.000 description 6
- 102000018120 Recombinases Human genes 0.000 description 6
- 150000001413 amino acids Chemical class 0.000 description 6
- 239000012620 biological material Substances 0.000 description 6
- 229960004679 doxorubicin Drugs 0.000 description 6
- 210000000981 epithelium Anatomy 0.000 description 6
- 238000005259 measurement Methods 0.000 description 6
- 230000006798 recombination Effects 0.000 description 6
- 239000007787 solid Substances 0.000 description 6
- 208000024891 symptom Diseases 0.000 description 6
- 238000005406 washing Methods 0.000 description 6
- 108091026890 Coding region Proteins 0.000 description 5
- 235000001014 amino acid Nutrition 0.000 description 5
- 201000011510 cancer Diseases 0.000 description 5
- 239000003153 chemical reaction reagent Substances 0.000 description 5
- 238000002512 chemotherapy Methods 0.000 description 5
- 229940104302 cytosine Drugs 0.000 description 5
- 230000006870 function Effects 0.000 description 5
- 239000003485 histamine H2 receptor antagonist Substances 0.000 description 5
- 238000007855 methylation-specific PCR Methods 0.000 description 5
- 210000005170 neoplastic cell Anatomy 0.000 description 5
- 230000007170 pathology Effects 0.000 description 5
- 238000003753 real-time PCR Methods 0.000 description 5
- 238000005215 recombination Methods 0.000 description 5
- 229920002477 rna polymer Polymers 0.000 description 5
- 238000012163 sequencing technique Methods 0.000 description 5
- 210000002784 stomach Anatomy 0.000 description 5
- 201000009030 Carcinoma Diseases 0.000 description 4
- 108010051219 Cre recombinase Proteins 0.000 description 4
- 102100031780 Endonuclease Human genes 0.000 description 4
- IQFYYKKMVGJFEH-XLPZGREQSA-N Thymidine Chemical compound O=C1NC(=O)C(C)=CN1[C@@H]1O[C@H](CO)[C@@H](O)C1 IQFYYKKMVGJFEH-XLPZGREQSA-N 0.000 description 4
- 229940024606 amino acid Drugs 0.000 description 4
- 125000000539 amino acid group Chemical group 0.000 description 4
- 238000003491 array Methods 0.000 description 4
- 230000009286 beneficial effect Effects 0.000 description 4
- 238000013461 design Methods 0.000 description 4
- 238000002474 experimental method Methods 0.000 description 4
- 230000002068 genetic effect Effects 0.000 description 4
- 230000000968 intestinal effect Effects 0.000 description 4
- 239000007788 liquid Substances 0.000 description 4
- 210000003750 lower gastrointestinal tract Anatomy 0.000 description 4
- 239000003147 molecular marker Substances 0.000 description 4
- 238000012544 monitoring process Methods 0.000 description 4
- 238000001959 radiotherapy Methods 0.000 description 4
- 230000002829 reductive effect Effects 0.000 description 4
- 102200104166 rs11540652 Human genes 0.000 description 4
- 102200104041 rs28934576 Human genes 0.000 description 4
- 238000005070 sampling Methods 0.000 description 4
- 238000012216 screening Methods 0.000 description 4
- 210000002966 serum Anatomy 0.000 description 4
- 230000004083 survival effect Effects 0.000 description 4
- 108020005029 5' Flanking Region Proteins 0.000 description 3
- SUBDBMMJDZJVOS-UHFFFAOYSA-N 5-methoxy-2-{[(4-methoxy-3,5-dimethylpyridin-2-yl)methyl]sulfinyl}-1H-benzimidazole Chemical compound N=1C2=CC(OC)=CC=C2NC=1S(=O)CC1=NC=C(C)C(OC)=C1C SUBDBMMJDZJVOS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 102100025064 Cellular tumor antigen p53 Human genes 0.000 description 3
- 238000002965 ELISA Methods 0.000 description 3
- 241001465754 Metazoa Species 0.000 description 3
- 108020004711 Nucleic Acid Probes Proteins 0.000 description 3
- CGNLCCVKSWNSDG-UHFFFAOYSA-N SYBR Green I Chemical compound CN(C)CCCN(CCC)C1=CC(C=C2N(C3=CC=CC=C3S2)C)=C2C=CC=CC2=[N+]1C1=CC=CC=C1 CGNLCCVKSWNSDG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 230000002159 abnormal effect Effects 0.000 description 3
- 239000011543 agarose gel Substances 0.000 description 3
- 230000027455 binding Effects 0.000 description 3
- 238000011161 development Methods 0.000 description 3
- 230000018109 developmental process Effects 0.000 description 3
- 238000003745 diagnosis Methods 0.000 description 3
- 210000003743 erythrocyte Anatomy 0.000 description 3
- 210000004907 gland Anatomy 0.000 description 3
- 230000012010 growth Effects 0.000 description 3
- 239000012216 imaging agent Substances 0.000 description 3
- 230000000869 mutational effect Effects 0.000 description 3
- 239000002853 nucleic acid probe Substances 0.000 description 3
- 230000037361 pathway Effects 0.000 description 3
- 230000001105 regulatory effect Effects 0.000 description 3
- 238000003757 reverse transcription PCR Methods 0.000 description 3
- 230000000392 somatic effect Effects 0.000 description 3
- 239000000126 substance Substances 0.000 description 3
- YBJHBAHKTGYVGT-ZKWXMUAHSA-N (+)-Biotin Chemical group N1C(=O)N[C@@H]2[C@H](CCCCC(=O)O)SC[C@@H]21 YBJHBAHKTGYVGT-ZKWXMUAHSA-N 0.000 description 2
- HWPZZUQOWRWFDB-UHFFFAOYSA-N 1-methylcytosine Chemical compound CN1C=CC(N)=NC1=O HWPZZUQOWRWFDB-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- DCXYFEDJOCDNAF-UHFFFAOYSA-N Asparagine Chemical compound OC(=O)C(N)CC(N)=O DCXYFEDJOCDNAF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- DWRXFEITVBNRMK-UHFFFAOYSA-N Beta-D-1-Arabinofuranosylthymine Natural products O=C1NC(=O)C(C)=CN1C1C(O)C(O)C(CO)O1 DWRXFEITVBNRMK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 102220590416 Cellular tumor antigen p53_A347T_mutation Human genes 0.000 description 2
- 102220574545 Cellular tumor antigen p53_F113S_mutation Human genes 0.000 description 2
- 102220549704 Cellular tumor antigen p53_V218E_mutation Human genes 0.000 description 2
- 239000003155 DNA primer Substances 0.000 description 2
- 238000001712 DNA sequencing Methods 0.000 description 2
- 108010042407 Endonucleases Proteins 0.000 description 2
- 206010017993 Gastrointestinal neoplasms Diseases 0.000 description 2
- 108700039691 Genetic Promoter Regions Proteins 0.000 description 2
- 238000000636 Northern blotting Methods 0.000 description 2
- 108091034117 Oligonucleotide Proteins 0.000 description 2
- 108700026244 Open Reading Frames Proteins 0.000 description 2
- 102000035195 Peptidases Human genes 0.000 description 2
- 108091005804 Peptidases Proteins 0.000 description 2
- ISWSIDIOOBJBQZ-UHFFFAOYSA-N Phenol Chemical compound OC1=CC=CC=C1 ISWSIDIOOBJBQZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 239000004365 Protease Substances 0.000 description 2
- 108010092799 RNA-directed DNA polymerase Proteins 0.000 description 2
- 240000004808 Saccharomyces cerevisiae Species 0.000 description 2
- 235000014680 Saccharomyces cerevisiae Nutrition 0.000 description 2
- 238000012300 Sequence Analysis Methods 0.000 description 2
- FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M Sodium chloride Chemical compound [Na+].[Cl-] FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 2
- 101150080074 TP53 gene Proteins 0.000 description 2
- 108700019146 Transgenes Proteins 0.000 description 2
- 102000001742 Tumor Suppressor Proteins Human genes 0.000 description 2
- 108010040002 Tumor Suppressor Proteins Proteins 0.000 description 2
- ISAKRJDGNUQOIC-UHFFFAOYSA-N Uracil Chemical compound O=C1C=CNC(=O)N1 ISAKRJDGNUQOIC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 206010047700 Vomiting Diseases 0.000 description 2
- 238000002679 ablation Methods 0.000 description 2
- 239000002253 acid Substances 0.000 description 2
- 239000000061 acid fraction Substances 0.000 description 2
- 238000013459 approach Methods 0.000 description 2
- 238000002820 assay format Methods 0.000 description 2
- 229910052788 barium Inorganic materials 0.000 description 2
- DSAJWYNOEDNPEQ-UHFFFAOYSA-N barium atom Chemical compound [Ba] DSAJWYNOEDNPEQ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- IQFYYKKMVGJFEH-UHFFFAOYSA-N beta-L-thymidine Natural products O=C1NC(=O)C(C)=CN1C1OC(CO)C(O)C1 IQFYYKKMVGJFEH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 102220391121 c.430C>T Human genes 0.000 description 2
- 102220391135 c.548C>G Human genes 0.000 description 2
- 238000004422 calculation algorithm Methods 0.000 description 2
- 210000004671 cell-free system Anatomy 0.000 description 2
- 238000004590 computer program Methods 0.000 description 2
- 230000034994 death Effects 0.000 description 2
- 231100000517 death Toxicity 0.000 description 2
- MJIHNNLFOKEZEW-RUZDIDTESA-N dexlansoprazole Chemical compound CC1=C(OCC(F)(F)F)C=CN=C1C[S@@](=O)C1=NC2=CC=CC=C2N1 MJIHNNLFOKEZEW-RUZDIDTESA-N 0.000 description 2
- 238000002405 diagnostic procedure Methods 0.000 description 2
- 238000007877 drug screening Methods 0.000 description 2
- 210000001198 duodenum Anatomy 0.000 description 2
- 239000012530 fluid Substances 0.000 description 2
- 201000007492 gastroesophageal junction adenocarcinoma Diseases 0.000 description 2
- 238000003384 imaging method Methods 0.000 description 2
- 238000001727 in vivo Methods 0.000 description 2
- 229910052738 indium Inorganic materials 0.000 description 2
- MJIHNNLFOKEZEW-UHFFFAOYSA-N lansoprazole Chemical compound CC1=C(OCC(F)(F)F)C=CN=C1CS(=O)C1=NC2=CC=CC=C2N1 MJIHNNLFOKEZEW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 238000004949 mass spectrometry Methods 0.000 description 2
- 230000007246 mechanism Effects 0.000 description 2
- 230000001404 mediated effect Effects 0.000 description 2
- 108020004999 messenger RNA Proteins 0.000 description 2
- 125000002496 methyl group Chemical group [H]C([H])([H])* 0.000 description 2
- 229930014626 natural product Natural products 0.000 description 2
- SGXXNSQHWDMGGP-IZZDOVSWSA-N nizatidine Chemical compound [O-][N+](=O)\C=C(/NC)NCCSCC1=CSC(CN(C)C)=N1 SGXXNSQHWDMGGP-IZZDOVSWSA-N 0.000 description 2
- 108700025694 p53 Genes Proteins 0.000 description 2
- 210000000496 pancreas Anatomy 0.000 description 2
- 238000002360 preparation method Methods 0.000 description 2
- 239000002987 primer (paints) Substances 0.000 description 2
- 230000008569 process Effects 0.000 description 2
- YREYEVIYCVEVJK-UHFFFAOYSA-N rabeprazole Chemical compound COCCCOC1=CC=NC(CS(=O)C=2NC3=CC=CC=C3N=2)=C1C YREYEVIYCVEVJK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 239000011541 reaction mixture Substances 0.000 description 2
- 230000000306 recurrent effect Effects 0.000 description 2
- 238000002271 resection Methods 0.000 description 2
- 230000004044 response Effects 0.000 description 2
- 102200108201 rs1042522 Human genes 0.000 description 2
- 102220198383 rs1057519992 Human genes 0.000 description 2
- 102200109041 rs1057519996 Human genes 0.000 description 2
- 102200140666 rs121912664 Human genes 0.000 description 2
- 102220045635 rs121913344 Human genes 0.000 description 2
- 102200103947 rs17849781 Human genes 0.000 description 2
- 102200102887 rs28934578 Human genes 0.000 description 2
- 102220013057 rs397516436 Human genes 0.000 description 2
- 102200107867 rs587781504 Human genes 0.000 description 2
- 102200106406 rs587781589 Human genes 0.000 description 2
- 102200108666 rs587782705 Human genes 0.000 description 2
- 102200107902 rs730881999 Human genes 0.000 description 2
- 102200102922 rs786203436 Human genes 0.000 description 2
- 102200106100 rs864622237 Human genes 0.000 description 2
- 239000000243 solution Substances 0.000 description 2
- 238000006467 substitution reaction Methods 0.000 description 2
- 230000009747 swallowing Effects 0.000 description 2
- 230000001225 therapeutic effect Effects 0.000 description 2
- 229940104230 thymidine Drugs 0.000 description 2
- 210000002700 urine Anatomy 0.000 description 2
- 230000008673 vomiting Effects 0.000 description 2
- 238000001262 western blot Methods 0.000 description 2
- XAUDJQYHKZQPEU-KVQBGUIXSA-N 5-aza-2'-deoxycytidine Chemical compound O=C1N=C(N)N=CN1[C@@H]1O[C@H](CO)[C@@H](O)C1 XAUDJQYHKZQPEU-KVQBGUIXSA-N 0.000 description 1
- NMUSYJAQQFHJEW-KVTDHHQDSA-N 5-azacytidine Chemical compound O=C1N=C(N)N=CN1[C@H]1[C@H](O)[C@H](O)[C@@H](CO)O1 NMUSYJAQQFHJEW-KVTDHHQDSA-N 0.000 description 1
- ZCYVEMRRCGMTRW-UHFFFAOYSA-N 7553-56-2 Chemical compound [I] ZCYVEMRRCGMTRW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 208000003200 Adenoma Diseases 0.000 description 1
- 206010001233 Adenoma benign Diseases 0.000 description 1
- 229920000936 Agarose Polymers 0.000 description 1
- 241000894006 Bacteria Species 0.000 description 1
- 208000037051 Chromosomal Instability Diseases 0.000 description 1
- 108020004705 Codon Proteins 0.000 description 1
- 238000007399 DNA isolation Methods 0.000 description 1
- 208000002699 Digestive System Neoplasms Diseases 0.000 description 1
- 206010061818 Disease progression Diseases 0.000 description 1
- 102000004190 Enzymes Human genes 0.000 description 1
- 108090000790 Enzymes Proteins 0.000 description 1
- 206010064212 Eosinophilic oesophagitis Diseases 0.000 description 1
- 241000702191 Escherichia virus P1 Species 0.000 description 1
- LFQSCWFLJHTTHZ-UHFFFAOYSA-N Ethanol Chemical compound CCO LFQSCWFLJHTTHZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108700024394 Exon Proteins 0.000 description 1
- 108010046276 FLP recombinase Proteins 0.000 description 1
- WHUUTDBJXJRKMK-UHFFFAOYSA-N Glutamic acid Natural products OC(=O)C(N)CCC(O)=O WHUUTDBJXJRKMK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 101001012157 Homo sapiens Receptor tyrosine-protein kinase erbB-2 Proteins 0.000 description 1
- CKLJMWTZIZZHCS-REOHCLBHSA-N L-aspartic acid Chemical compound OC(=O)[C@@H](N)CC(O)=O CKLJMWTZIZZHCS-REOHCLBHSA-N 0.000 description 1
- WHUUTDBJXJRKMK-VKHMYHEASA-N L-glutamic acid Chemical compound OC(=O)[C@@H](N)CCC(O)=O WHUUTDBJXJRKMK-VKHMYHEASA-N 0.000 description 1
- 241000124008 Mammalia Species 0.000 description 1
- 206010027476 Metastases Diseases 0.000 description 1
- 208000032818 Microsatellite Instability Diseases 0.000 description 1
- 101800000135 N-terminal protein Proteins 0.000 description 1
- 101710163270 Nuclease Proteins 0.000 description 1
- 108091005461 Nucleic proteins Chemical group 0.000 description 1
- 101800001452 P1 proteinase Proteins 0.000 description 1
- 108091008103 RNA aptamers Proteins 0.000 description 1
- 102100030086 Receptor tyrosine-protein kinase erbB-2 Human genes 0.000 description 1
- 108091081062 Repeated sequence (DNA) Proteins 0.000 description 1
- 102000006382 Ribonucleases Human genes 0.000 description 1
- 108010083644 Ribonucleases Proteins 0.000 description 1
- 108020004682 Single-Stranded DNA Proteins 0.000 description 1
- 238000002105 Southern blotting Methods 0.000 description 1
- 108700025716 Tumor Suppressor Genes Proteins 0.000 description 1
- 102000044209 Tumor Suppressor Genes Human genes 0.000 description 1
- JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N [3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-hydroxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methyl [5-(6-aminopurin-9-yl)-2-(hydroxymethyl)oxolan-3-yl] hydrogen phosphate Polymers Cc1cn(C2CC(OP(O)(=O)OCC3OC(CC3OP(O)(=O)OCC3OC(CC3O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)C(COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3CO)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)O2)c(=O)[nH]c1=O JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- SWPYNTWPIAZGLT-UHFFFAOYSA-N [amino(ethoxy)phosphanyl]oxyethane Chemical compound CCOP(N)OCC SWPYNTWPIAZGLT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000005299 abrasion Methods 0.000 description 1
- 150000007513 acids Chemical class 0.000 description 1
- 229940062327 aciphex Drugs 0.000 description 1
- 230000009471 action Effects 0.000 description 1
- 230000004913 activation Effects 0.000 description 1
- 239000000654 additive Substances 0.000 description 1
- 230000002411 adverse Effects 0.000 description 1
- 238000000246 agarose gel electrophoresis Methods 0.000 description 1
- 230000004075 alteration Effects 0.000 description 1
- 238000010171 animal model Methods 0.000 description 1
- 230000000692 anti-sense effect Effects 0.000 description 1
- 239000003146 anticoagulant agent Substances 0.000 description 1
- 229940127219 anticoagulant drug Drugs 0.000 description 1
- 239000002246 antineoplastic agent Substances 0.000 description 1
- 230000006907 apoptotic process Effects 0.000 description 1
- 239000007864 aqueous solution Substances 0.000 description 1
- 235000009582 asparagine Nutrition 0.000 description 1
- 229960001230 asparagine Drugs 0.000 description 1
- 235000003704 aspartic acid Nutrition 0.000 description 1
- 230000004900 autophagic degradation Effects 0.000 description 1
- 229940072293 axid Drugs 0.000 description 1
- OQFSQFPPLPISGP-UHFFFAOYSA-N beta-carboxyaspartic acid Natural products OC(=O)C(N)C(C(O)=O)C(O)=O OQFSQFPPLPISGP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000004791 biological behavior Effects 0.000 description 1
- 230000015572 biosynthetic process Effects 0.000 description 1
- 229960002685 biotin Drugs 0.000 description 1
- 235000020958 biotin Nutrition 0.000 description 1
- 239000011616 biotin Substances 0.000 description 1
- 230000000740 bleeding effect Effects 0.000 description 1
- 210000000601 blood cell Anatomy 0.000 description 1
- 210000001772 blood platelet Anatomy 0.000 description 1
- 238000004364 calculation method Methods 0.000 description 1
- 150000001720 carbohydrates Chemical class 0.000 description 1
- 235000014633 carbohydrates Nutrition 0.000 description 1
- 231100000504 carcinogenesis Toxicity 0.000 description 1
- 238000000423 cell based assay Methods 0.000 description 1
- 230000006037 cell lysis Effects 0.000 description 1
- 230000001413 cellular effect Effects 0.000 description 1
- 238000005119 centrifugation Methods 0.000 description 1
- 239000002738 chelating agent Substances 0.000 description 1
- AQIXAKUUQRKLND-UHFFFAOYSA-N cimetidine Chemical compound N#C/N=C(/NC)NCCSCC=1N=CNC=1C AQIXAKUUQRKLND-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000009918 complex formation Effects 0.000 description 1
- 230000001010 compromised effect Effects 0.000 description 1
- 238000002591 computed tomography Methods 0.000 description 1
- 229940127089 cytotoxic agent Drugs 0.000 description 1
- 230000003013 cytotoxicity Effects 0.000 description 1
- 231100000135 cytotoxicity Toxicity 0.000 description 1
- 238000007405 data analysis Methods 0.000 description 1
- 230000001934 delay Effects 0.000 description 1
- 239000012649 demethylating agent Substances 0.000 description 1
- 239000003599 detergent Substances 0.000 description 1
- 229940008871 dexilant Drugs 0.000 description 1
- 229960003568 dexlansoprazole Drugs 0.000 description 1
- 230000029087 digestion Effects 0.000 description 1
- 210000002249 digestive system Anatomy 0.000 description 1
- 229940079920 digestives acid preparations Drugs 0.000 description 1
- 230000005750 disease progression Effects 0.000 description 1
- 208000035475 disorder Diseases 0.000 description 1
- 231100000673 dose–response relationship Toxicity 0.000 description 1
- 230000000857 drug effect Effects 0.000 description 1
- 238000007878 drug screening assay Methods 0.000 description 1
- 238000002651 drug therapy Methods 0.000 description 1
- 238000001962 electrophoresis Methods 0.000 description 1
- 238000012143 endoscopic resection Methods 0.000 description 1
- 230000007613 environmental effect Effects 0.000 description 1
- 230000002255 enzymatic effect Effects 0.000 description 1
- 201000000708 eosinophilic esophagitis Diseases 0.000 description 1
- SUBDBMMJDZJVOS-DEOSSOPVSA-N esomeprazole Chemical compound C([S@](=O)C1=NC2=CC=C(C=C2N1)OC)C1=NC=C(C)C(OC)=C1C SUBDBMMJDZJVOS-DEOSSOPVSA-N 0.000 description 1
- 229960004770 esomeprazole Drugs 0.000 description 1
- KWORUUGOSLYAGD-YPPDDXJESA-N esomeprazole magnesium Chemical compound [Mg+2].C([S@](=O)C=1[N-]C2=CC=C(C=C2N=1)OC)C1=NC=C(C)C(OC)=C1C.C([S@](=O)C=1[N-]C2=CC=C(C=C2N=1)OC)C1=NC=C(C)C(OC)=C1C KWORUUGOSLYAGD-YPPDDXJESA-N 0.000 description 1
- ZMMJGEGLRURXTF-UHFFFAOYSA-N ethidium bromide Chemical compound [Br-].C12=CC(N)=CC=C2C2=CC=C(N)C=C2[N+](CC)=C1C1=CC=CC=C1 ZMMJGEGLRURXTF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229960005542 ethidium bromide Drugs 0.000 description 1
- 238000011156 evaluation Methods 0.000 description 1
- 239000000284 extract Substances 0.000 description 1
- 238000000605 extraction Methods 0.000 description 1
- XUFQPHANEAPEMJ-UHFFFAOYSA-N famotidine Chemical compound NC(N)=NC1=NC(CSCCC(N)=NS(N)(=O)=O)=CS1 XUFQPHANEAPEMJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000002349 favourable effect Effects 0.000 description 1
- 239000007850 fluorescent dye Substances 0.000 description 1
- 239000000499 gel Substances 0.000 description 1
- 230000030279 gene silencing Effects 0.000 description 1
- 238000010353 genetic engineering Methods 0.000 description 1
- 230000000762 glandular Effects 0.000 description 1
- 235000013922 glutamic acid Nutrition 0.000 description 1
- 239000004220 glutamic acid Substances 0.000 description 1
- ZDXPYRJPNDTMRX-UHFFFAOYSA-N glutamine Natural products OC(=O)C(N)CCC(N)=O ZDXPYRJPNDTMRX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000005484 gravity Effects 0.000 description 1
- 230000036541 health Effects 0.000 description 1
- 238000012203 high throughput assay Methods 0.000 description 1
- 239000001257 hydrogen Substances 0.000 description 1
- 229910052739 hydrogen Inorganic materials 0.000 description 1
- -1 hydrogen salt Chemical class 0.000 description 1
- 230000001969 hypertrophic effect Effects 0.000 description 1
- 238000003364 immunohistochemistry Methods 0.000 description 1
- 238000001114 immunoprecipitation Methods 0.000 description 1
- 238000007901 in situ hybridization Methods 0.000 description 1
- 238000000338 in vitro Methods 0.000 description 1
- 238000010348 incorporation Methods 0.000 description 1
- APFVFJFRJDLVQX-UHFFFAOYSA-N indium atom Chemical compound [In] APFVFJFRJDLVQX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000002401 inhibitory effect Effects 0.000 description 1
- 230000005764 inhibitory process Effects 0.000 description 1
- 230000000977 initiatory effect Effects 0.000 description 1
- 238000003780 insertion Methods 0.000 description 1
- 230000037431 insertion Effects 0.000 description 1
- 230000003834 intracellular effect Effects 0.000 description 1
- 229910052740 iodine Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000011630 iodine Substances 0.000 description 1
- 238000002955 isolation Methods 0.000 description 1
- 230000002147 killing effect Effects 0.000 description 1
- 229960003174 lansoprazole Drugs 0.000 description 1
- 210000002429 large intestine Anatomy 0.000 description 1
- 210000000265 leukocyte Anatomy 0.000 description 1
- 230000000670 limiting effect Effects 0.000 description 1
- 238000004811 liquid chromatography Methods 0.000 description 1
- 210000004698 lymphocyte Anatomy 0.000 description 1
- 239000006166 lysate Substances 0.000 description 1
- 230000002934 lysing effect Effects 0.000 description 1
- 230000003211 malignant effect Effects 0.000 description 1
- 238000004519 manufacturing process Methods 0.000 description 1
- 210000001370 mediastinum Anatomy 0.000 description 1
- 238000002483 medication Methods 0.000 description 1
- 229910052751 metal Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000002184 metal Substances 0.000 description 1
- 150000002739 metals Chemical class 0.000 description 1
- 238000002493 microarray Methods 0.000 description 1
- 230000004048 modification Effects 0.000 description 1
- 238000012986 modification Methods 0.000 description 1
- 238000001823 molecular biology technique Methods 0.000 description 1
- 239000003068 molecular probe Substances 0.000 description 1
- 238000010172 mouse model Methods 0.000 description 1
- 210000000214 mouth Anatomy 0.000 description 1
- 230000017074 necrotic cell death Effects 0.000 description 1
- 229940112641 nexium Drugs 0.000 description 1
- 229960004872 nizatidine Drugs 0.000 description 1
- 229960000381 omeprazole Drugs 0.000 description 1
- 230000008520 organization Effects 0.000 description 1
- 150000002902 organometallic compounds Chemical class 0.000 description 1
- YNWDKZIIWCEDEE-UHFFFAOYSA-N pantoprazole sodium Chemical compound [Na+].COC1=CC=NC(CS(=O)C=2[N-]C3=CC=C(OC(F)F)C=C3N=2)=C1OC YNWDKZIIWCEDEE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000036961 partial effect Effects 0.000 description 1
- 239000000816 peptidomimetic Substances 0.000 description 1
- 230000002688 persistence Effects 0.000 description 1
- 230000002085 persistent effect Effects 0.000 description 1
- 230000000144 pharmacologic effect Effects 0.000 description 1
- 150000004713 phosphodiesters Chemical class 0.000 description 1
- 230000000704 physical effect Effects 0.000 description 1
- 230000001766 physiological effect Effects 0.000 description 1
- BASFCYQUMIYNBI-UHFFFAOYSA-N platinum Chemical compound [Pt] BASFCYQUMIYNBI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 102000040430 polynucleotide Human genes 0.000 description 1
- 108091033319 polynucleotide Proteins 0.000 description 1
- 239000002157 polynucleotide Substances 0.000 description 1
- 230000029279 positive regulation of transcription, DNA-dependent Effects 0.000 description 1
- 238000001556 precipitation Methods 0.000 description 1
- 239000002243 precursor Substances 0.000 description 1
- 239000003755 preservative agent Substances 0.000 description 1
- 229940032668 prevacid Drugs 0.000 description 1
- 229940089505 prilosec Drugs 0.000 description 1
- 238000012545 processing Methods 0.000 description 1
- 230000035755 proliferation Effects 0.000 description 1
- 230000000069 prophylactic effect Effects 0.000 description 1
- 238000002331 protein detection Methods 0.000 description 1
- 238000000734 protein sequencing Methods 0.000 description 1
- 229940061276 protonix Drugs 0.000 description 1
- 229960004157 rabeprazole Drugs 0.000 description 1
- 230000002285 radioactive effect Effects 0.000 description 1
- 238000011127 radiochemotherapy Methods 0.000 description 1
- GGWBHVILAJZWKJ-KJEVSKRMSA-N ranitidine hydrochloride Chemical compound [H+].[Cl-].[O-][N+](=O)\C=C(/NC)NCCSCC1=CC=C(CN(C)C)O1 GGWBHVILAJZWKJ-KJEVSKRMSA-N 0.000 description 1
- 238000010992 reflux Methods 0.000 description 1
- 238000011160 research Methods 0.000 description 1
- 150000003839 salts Chemical class 0.000 description 1
- 238000007423 screening assay Methods 0.000 description 1
- 230000028327 secretion Effects 0.000 description 1
- 239000013049 sediment Substances 0.000 description 1
- 238000011896 sensitive detection Methods 0.000 description 1
- 238000000926 separation method Methods 0.000 description 1
- 210000000813 small intestine Anatomy 0.000 description 1
- 150000003384 small molecules Chemical class 0.000 description 1
- 239000011780 sodium chloride Substances 0.000 description 1
- NLJMYIDDQXHKNR-UHFFFAOYSA-K sodium citrate Chemical compound O.O.[Na+].[Na+].[Na+].[O-]C(=O)CC(O)(CC([O-])=O)C([O-])=O NLJMYIDDQXHKNR-UHFFFAOYSA-K 0.000 description 1
- 239000001509 sodium citrate Substances 0.000 description 1
- 230000009870 specific binding Effects 0.000 description 1
- 239000007858 starting material Substances 0.000 description 1
- 230000002194 synthesizing effect Effects 0.000 description 1
- 230000008685 targeting Effects 0.000 description 1
- 229910052713 technetium Inorganic materials 0.000 description 1
- GKLVYJBZJHMRIY-UHFFFAOYSA-N technetium atom Chemical compound [Tc] GKLVYJBZJHMRIY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000013518 transcription Methods 0.000 description 1
- 230000035897 transcription Effects 0.000 description 1
- 230000002103 transcriptional effect Effects 0.000 description 1
- 230000009261 transgenic effect Effects 0.000 description 1
- 230000005748 tumor development Effects 0.000 description 1
- 238000000539 two dimensional gel electrophoresis Methods 0.000 description 1
- 229940035893 uracil Drugs 0.000 description 1
- 230000002618 waking effect Effects 0.000 description 1
Images
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
- C12Q1/6886—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material for cancer
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
- A61P1/00—Drugs for disorders of the alimentary tract or the digestive system
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
- A61P35/00—Antineoplastic agents
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6813—Hybridisation assays
- C12Q1/6827—Hybridisation assays for detection of mutation or polymorphism
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6844—Nucleic acid amplification reactions
- C12Q1/6853—Nucleic acid amplification reactions using modified primers or templates
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
- G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
- G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
- G01N33/53—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor
- G01N33/574—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for cancer
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/154—Methylation markers
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/156—Polymorphic or mutational markers
Landscapes
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Immunology (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Zoology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Pathology (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- Biophysics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- Oncology (AREA)
- Hospice & Palliative Care (AREA)
- Biomedical Technology (AREA)
- Hematology (AREA)
- Urology & Nephrology (AREA)
- Medicinal Chemistry (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
- Cell Biology (AREA)
- Food Science & Technology (AREA)
- General Physics & Mathematics (AREA)
- Nuclear Medicine, Radiotherapy & Molecular Imaging (AREA)
- General Chemical & Material Sciences (AREA)
- Pharmacology & Pharmacy (AREA)
- Animal Behavior & Ethology (AREA)
- Public Health (AREA)
- Veterinary Medicine (AREA)
- Medicines That Contain Protein Lipid Enzymes And Other Medicines (AREA)
- Pharmaceuticals Containing Other Organic And Inorganic Compounds (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
Description
本出願は、2016年7月6日に出願された米国仮出願番号第62/358,701号に基づく優先権を主張している。前述の出願の開示は、その全体が参考として本明細書によって援用される。
本発明は、国立衛生研究所(NIH)により与えられたUO1CA152756;U54CA163060;およびP50CA150964の下での政府支援を受けて行われた。政府は本発明に一定の権利を有する。
本出願は、EFS-Webを介して提出されており、その全体がこれにより参照により組み込まれる配列表を含有する。前記ASCIIコピーは、2017年7月5日に作成され、1848493_0002_098_WO1_SL.TXTと名付けられており、サイズは14,247,735バイトである。
2010年には15,000を超える食道がんの新たな症例が診断され、このがん単独によるほぼ同数の死者が出た。他のがんの場合と同様に、この率は、改良された診断法により減らすことが可能である。食道がんを検出する方法は存在するが、その方法は理想的なものではない。一般に、内視鏡検査、細胞の単離(例えば、液体試料からのもしくは組織試料からの細胞/組織の収集を介して)および/または撮像技術の組合せを使用して、がん性細胞および腫瘍を同定する。上部消化管内視鏡検査は、通常胃腸科医により実施され、食道のならびに胃および十二指腸の新生物を検出することが可能であるが、この検査は不快であり費用の掛かる手技である。バリウム食道造影検査などの他の検出手技も利用可能であるが、偽陽性、偽陰性、ならびに費用および不快感の問題を伴う。
ある特定の態様では、本開示は、CpGジヌクレオチド内のシトシンが正常なヒト組織と比べて食道新生物では差次的にメチル化されている特定のヒトゲノムDNA領域(本明細書では情報価値のある遺伝子座またはパッチとも呼ばれる)の発見に一部基づいている。
特定の実施形態において、例えば、以下が提供される:
(項目1)
対象が食道新生物または化生を有するかどうかを診断する方法であって、
対象から試料を得るステップと、
前記試料から得たビメンチン核酸配列またはその部分におけるCpGジヌクレオチド中のメチル化シトシンの量を測定するステップであって、前記ビメンチン核酸配列またはその部分におけるCpGジヌクレオチド中の前記シトシンの少なくとも80%がメチル化されている場合、前記ビメンチン核酸配列またはその部分はメチル化リードとみなされる、ステップと、
前記試料中に存在するメチル化リードの数を測定するステップであって、
前記試料中の前記ビメンチン核酸配列またはその部分の少なくとも1%がメチル化リードである場合、前記対象は食道新生物または化生を有すると判定される、ステップと
を含む方法。
(項目2)
前記試料由来の前記ビメンチン核酸配列が亜硫酸水素塩で処理される、項目1に記載の方法。
(項目3)
前記亜硫酸水素塩で変換された核酸配列の配列が次世代配列決定により判定される、項目2に記載の方法。
(項目4)
メチル化シトシンのレベルが、前記対象から得られた前記ビメンチン核酸配列の増幅された部分において判定される、項目1~3のいずれか一項に記載の方法。
(項目5)
増幅プライマー間で前記増幅された部分が、天然の亜硫酸水素塩で処理されていないビメンチンゲノム配列に存在する10のCpGジヌクレオチドに対応するかまたはそれに由来する10のジヌクレオチドを含む、項目4に記載の方法。
(項目6)
前記ビメンチン核酸配列の前記部分を増幅するために使用される前記プライマーが配列番号16209および16210を含む、項目4または5に記載の方法。
(項目7)
増幅された部分が配列番号16207および/または16208のヌクレオチド配列を含む、項目4~6のいずれか一項に記載の方法。
(項目8)
前記試料中の前記ビメンチン核酸配列またはその部分の少なくとも1.05%がメチル化リードである場合、前記対象は食道新生物または化生を有すると判定される、項目1~7のいずれか一項に記載の方法。
(項目9)
前記試料中の前記ビメンチン核酸配列またはその部分の少なくとも3%がメチル化リードである場合、前記対象は食道新生物または化生を有すると判定される、項目1~8のいずれか一項に記載の方法。
(項目10)
前記試料中の前記ビメンチン核酸配列またはその部分の少なくとも5%がメチル化リードである場合、前記対象は食道新生物または化生を有すると判定される、項目1~9のいずれか一項に記載の方法。
(項目11)
前記対象が食道新生物または化生を有すると判定された場合、前記対象に寒冷療法、光線力学的療法(PDT);ラジオ波焼灼療法(RFA);レーザー焼灼術;アルゴンプラズマ凝固法(APC);電気凝固法(高周波電気療法);食道ステント、外科手術、および/または治療剤を施すステップをさらに含む、項目1~10のいずれか一項に記載の方法。
(項目12)
食道新生物または化生を有する対象を処置する方法であって、前記対象由来の試料において、ビメンチン核酸配列またはその部分の少なくとも1%は、CpGジヌクレオチドの少なくとも80%がメチル化されていることが先に判定されており、前記対象に、寒冷療法、光線力学的療法(PDT);ラジオ波焼灼療法(RFA);レーザー焼灼術;アルゴンプラズマ凝固法(APC);電気凝固法(高周波電気療法);食道ステント、外科手術、および/または治療剤を施すステップを含む方法。
(項目13)
前記治療剤が、プロトンポンプ阻害剤、ヒスタミンH2受容体遮断剤、逆流防止薬物、胃腸管の中を食物をもっと迅速に移動させる薬物、カルボプラチンおよびパクリタキセル(Taxol(登録商標))(放射線と組み合わせてもよい);シスプラチンおよび5-フルオロウラシル(5-FU)(放射線と組み合わせることが多い);ECF:エピルビシン(Ellence(登録商標))、シスプラチンおよび5-FU(特に、胃食道接合部腫瘍用に);DCF:ドセタキセル(Taxotere(登録商標))、シスプラチン、および5-FU;カペシタビンと一緒のシスプラチン(Xeloda(登録商標));オキサリプラチンおよび5-FUまたはカペシタビン;ドキソルビシン(Adriamycin(登録商標))、ブレオマイシン、マイトマイシン、メトトレキサート、ビノレルビン(Navelbine(登録商標))、トポテカン、およびイリノテカン(Camptosar(登録商標))、トラスツズマブ、ならびに/またはラムシルマブである、項目11または12に記載の方法。
(項目14)
前記外科手術が内視鏡的粘膜切除術(EMR)、食道切除術、および/または逆流防止手術である、項目11または12に記載の方法。
(項目15)
前記10のCpGが、亜硫酸水素塩で処理された後に配列番号16211および16212に含まれるCpGに対応する、項目5に記載の方法。
(項目16)
対象が食道新生物または化生を有するかどうかを診断する方法であって、
擦過(例えば、細胞擦過)によって対象から試料を得るステップと、
前記試料から得たSqBE18核酸配列またはその部分におけるCpGジヌクレオチド中のメチル化シトシンの量を測定するステップであって、前記SqBE18核酸配列またはその部分におけるCpGジヌクレオチド中の前記シトシンの少なくとも70%または少なくとも75%がメチル化されている場合、前記SqBE18核酸配列またはその部分はメチル化リードとみなされる、ステップと、
前記試料中に存在するメチル化リードの数を測定するステップであって、
前記試料中の前記SqBE18核酸配列またはその部分の少なくとも3%がメチル化リードである場合、前記対象は食道新生物または化生を有すると判定されるステップと
を含む方法。
(項目17)
前記試料由来の前記SqBE18核酸配列が亜硫酸水素塩で処理される、項目16に記載の方法。
(項目18)
前記亜硫酸水素塩で変換された核酸配列の配列が次世代配列決定により判定される、項目17に記載の方法。
(項目19)
メチル化シトシンのレベルが、前記対象から得られた前記SqBE18核酸配列の増幅された部分において判定される、項目16~18のいずれか一項に記載の方法。
(項目20)
前記増幅された部分が、天然の亜硫酸水素塩で処理されていないSqBE18ゲノム配列に存在する21のCpGジヌクレオチドに対応するかまたはそれに由来する21のジヌクレオチドを含む、項目19に記載の方法。
(項目21)
前記試料中の前記SqBE18核酸配列またはその部分の少なくとも3.11%がメチル化リードである場合、前記対象は食道新生物または化生を有すると判定される、項目16~20のいずれか一項に記載の方法。
(項目22)
前記対象が食道新生物または化生を有すると判定された場合、前記対象に、寒冷療法、光線力学的療法(PDT);ラジオ波焼灼療法(RFA);レーザー焼灼術;アルゴンプラズマ凝固法(APC);電気凝固法(高周波電気療法);食道ステント、外科手術、および/または治療剤を施すステップをさらに含む、項目16~21のいずれか一項に記載の方法。
(項目23)
食道新生物または化生を有する対象を処置する方法であって、前記対象由来の擦過(例えば、細胞擦過)試料中のSqBE18核酸配列またはその部分の少なくとも3%は、CpGジヌクレオチドの少なくとも70%または少なくとも75%がメチル化されていることが先に判定されており、前記対象に、寒冷療法、光線力学的療法(PDT);ラジオ波焼灼療法(RFA);レーザー焼灼術;アルゴンプラズマ凝固法(APC);電気凝固法(高周波電気療法);食道ステント、外科手術、および/または治療剤を施すステップを含む方法。
(項目24)
前記治療剤が、プロトンポンプ阻害剤、ヒスタミンH2受容体遮断剤、逆流防止薬物、胃腸管の中を食物をもっと迅速に移動させる薬物、カルボプラチンおよびパクリタキセル(Taxol(登録商標))(放射線と組み合わせてもよい);シスプラチンおよび5-フルオロウラシル(5-FU)(放射線と組み合わせることが多い);ECF:エピルビシン(Ellence(登録商標))、シスプラチンおよび5-FU(特に、胃食道接合部腫瘍用に);DCF:ドセタキセル(Taxotere(登録商標))、シスプラチン、および5-FU;カペシタビンと一緒のシスプラチン(Xeloda(登録商標));オキサリプラチンおよび5-FUまたはカペシタビン;ドキソルビシン(Adriamycin(登録商標))、ブレオマイシン、マイトマイシン、メトトレキサート、ビノレルビン(Navelbine(登録商標))、トポテカン、およびイリノテカン(Camptosar(登録商標))、トラスツズマブ、ならびに/またはラムシルマブである、項目22または23に記載の方法。
(項目25)
前記外科手術が内視鏡的粘膜切除術(EMR)、食道切除術、および/または逆流防止手術である、項目22または23に記載の方法。
(項目26)
対象が食道新生物または化生を有するかどうかを診断する方法であって、
バルーンによって対象から試料を得るステップと、
前記試料から得たSqBE18核酸配列またはその部分におけるCpGジヌクレオチド中のメチル化シトシンの量を測定するステップであって、前記SqBE18核酸配列またはその部分におけるCpGジヌクレオチド中の前記シトシンの少なくとも70%または少なくとも75%がメチル化されている場合、前記SqBE18核酸配列またはその部分はメチル化リードとみなされる、ステップと、
前記試料中に存在するメチル化リードの数を測定するステップであって、
前記試料中の前記SqBE18核酸配列またはその部分の少なくとも0.1%がメチル化リードである場合、前記対象は食道新生物または化生を有すると判定される、ステップと
を含む方法。
(項目27)
前記試料由来の前記SqBE18核酸配列が亜硫酸水素塩で処理される、項目26に記載の方法。
(項目28)
前記亜硫酸水素塩で変換された核酸配列の配列が次世代配列決定により判定される、項目27に記載の方法。
(項目29)
メチル化シトシンのレベルが、前記対象から得られた前記SqBE18核酸配列の増幅された部分において判定される、項目26~28のいずれか一項に記載の方法。
(項目30)
前記増幅された部分が、天然の亜硫酸水素塩で処理されていないSqBE18ゲノム配列に存在する21のCpGジヌクレオチドに対応するかまたはそれに由来する21のジヌクレオチドを含む、項目29に記載の方法。
(項目31)
前記試料中の前記SqBE18核酸配列またはその部分の少なくとも0.76%がメチル化リードである場合、前記対象は食道新生物または化生を有すると判定される、項目26~30のいずれか一項に記載の方法。
(項目32)
前記試料中の前記SqBE18核酸配列またはその部分の少なくとも1%がメチル化リードである場合、前記対象は食道新生物または化生を有すると判定される、項目26~30のいずれか一項に記載の方法。
(項目33)
前記対象が食道新生物または化生を有すると判定された場合、前記対象に、寒冷療法、光線力学的療法(PDT);ラジオ波焼灼療法(RFA);レーザー焼灼術;アルゴンプラズマ凝固法(APC);電気凝固法(高周波電気療法);食道ステント、外科手術、および/または治療剤を施すステップをさらに含む、項目26~32のいずれか一項に記載の方法。
(項目34)
食道新生物または化生を有する対象を処置する方法であって、前記対象由来のバルーン試料中のSqBE18核酸配列またはその部分の少なくとも1%は、CpGジヌクレオチドの少なくとも70%がメチル化されていることが先に判定されており、前記対象に、寒冷療法、光線力学的療法(PDT);ラジオ波焼灼療法(RFA);レーザー焼灼術;アルゴンプラズマ凝固法(APC);電気凝固法(高周波電気療法);食道ステント、外科手術、および/または治療剤を施すステップを含む方法。
(項目35)
前記治療剤が、プロトンポンプ阻害剤、ヒスタミンH2受容体遮断剤、逆流防止薬物、胃腸管の中を食物をもっと迅速に移動させる薬物、カルボプラチンおよびパクリタキセル(Taxol(登録商標))(放射線と組み合わせてもよい);シスプラチンおよび5-フルオロウラシル(5-FU)(放射線と組み合わせることが多い);ECF:エピルビシン(Ellence(登録商標))、シスプラチンおよび5-FU(特に、胃食道接合部腫瘍用に);DCF:ドセタキセル(Taxotere(登録商標))、シスプラチン、および5-FU;カペシタビンと一緒のシスプラチン(Xeloda(登録商標));オキサリプラチンおよび5-FUまたはカペシタビン;ドキソルビシン(Adriamycin(登録商標))、ブレオマイシン、マイトマイシン、メトトレキサート、ビノレルビン(Navelbine(登録商標))、トポテカン、およびイリノテカン(Camptosar(登録商標))、トラスツズマブ、ならびに/またはラムシルマブである、項目33または34に記載の方法。
(項目36)
前記外科手術が内視鏡的粘膜切除術(EMR)、食道切除術、および/または逆流防止手術である、項目33または34に記載の方法。
(項目37)
対象が食道新生物または化生を有するかどうかを診断する方法であって、
擦過(例えば、細胞擦過)によって対象から試料を得るステップと、
前記試料から得たビメンチン核酸配列またはその部分におけるCpGジヌクレオチド中のメチル化シトシンの量を測定するステップであって、前記ビメンチン核酸配列またはその部分におけるCpGジヌクレオチド中の前記シトシンの少なくとも80%がメチル化されている場合、前記ビメンチン核酸配列またはその部分はビメンチンメチル化リードとみなされる、ステップと、
前記試料から得たSqBE18核酸配列またはその部分におけるCpGジヌクレオチド中のメチル化シトシンの量を測定するステップであって、前記SqBE18核酸配列またはその部分におけるCpGジヌクレオチド中の前記シトシンの少なくとも70%または75%がメチル化されている場合、前記SqBE18核酸配列またはその部分はSqBE18メチル化リードとみなされる、ステップと、
前記試料中に存在するメチル化リードの数を測定するステップであって、
前記試料中の前記ビメンチン核酸配列またはその部分の少なくとも1%がビメンチンメチル化リードである場合、および前記試料中の前記SqBE18核酸配列またはその部分の少なくとも3%がSqBE18メチル化リードである場合、前記対象は食道新生物または化生を有すると判定される、ステップと
を含む方法。
(項目38)
前記試料由来の前記ビメンチンおよびSqBE18核酸配列が亜硫酸水素塩で処理される、項目36に記載の方法。
(項目39)
前記亜硫酸水素塩で変換された核酸配列の配列が次世代配列決定により判定される、項目38に記載の方法。
(項目40)
メチル化シトシンのレベルが、前記対象から得られた前記ビメンチン核酸配列の増幅された部分で、および前記SqBE18核酸配列の増幅された部分で判定される、項目36~39のいずれか一項に記載の方法。
(項目41)
前記SqBE18核酸配列の前記増幅された部分が、前記天然の亜硫酸水素塩で処理されていないSqBE18ゲノム配列に存在する21のCpGジヌクレオチドに対応するかまたはそれに由来する21のジヌクレオチドを含む、項目40に記載の方法。
(項目42)
前記ビメンチン核酸配列の前記増幅された部分が、前記天然の亜硫酸水素塩で処理されていないビメンチンゲノム配列に存在する10のCpGジヌクレオチドに対応するかまたはそれに由来する10のジヌクレオチドを含む、項目40または41に記載の方法。
(項目43)
前記試料中の前記ビメンチン核酸配列またはその部分の少なくとも1%がビメンチンメチル化リードである場合、前記試料中の前記SqBE18核酸配列またはその部分の少なくとも3.11%がメチル化リードである場合、前記対象は食道新生物または化生を有すると判定される、項目37~42のいずれか一項に記載の方法。
(項目44)
前記対象が食道新生物または化生を有すると判定された場合、前記対象に、寒冷療法、光線力学的療法(PDT);ラジオ波焼灼療法(RFA);レーザー焼灼術;アルゴンプラズマ凝固法(APC);電気凝固法(高周波電気療法);食道ステント、外科手術、および/または治療剤を施すステップをさらに含む、項目37~43のいずれか一項に記載の方法。
(項目45)
食道新生物または化生を有する対象を処置する方法であって、前記対象由来の擦過(例えば、細胞擦過)試料中のビメンチン核酸配列またはその部分の少なくとも1%は、CpGジヌクレオチドの少なくとも80%がメチル化されていることが先に判定されており、前記対象由来の擦過(例えば、細胞擦過)試料中のSqBE18核酸配列またはその部分の少なくとも3%は、CpGジヌクレオチドの少なくとも75%がメチル化されていることが先に判定されており、前記対象に、寒冷療法、光線力学的療法(PDT);ラジオ波焼灼療法(RFA);レーザー焼灼術;アルゴンプラズマ凝固法(APC);電気凝固法(高周波電気療法);食道ステント、外科手術、および/または治療剤を施すステップを含む方法。
(項目46)
前記治療剤が、プロトンポンプ阻害剤、ヒスタミンH2受容体遮断剤、逆流防止薬物、胃腸管の中を食物をもっと迅速に移動させる薬物、カルボプラチンおよびパクリタキセル(Taxol(登録商標))(放射線と組み合わせてもよい);シスプラチンおよび5-フルオロウラシル(5-FU)(放射線と組み合わせることが多い);ECF:エピルビシン(Ellence(登録商標))、シスプラチンおよび5-FU(特に、胃食道接合部腫瘍用に);DCF:ドセタキセル(Taxotere(登録商標))、シスプラチン、および5-FU;カペシタビンと一緒のシスプラチン(Xeloda(登録商標));オキサリプラチンおよび5-FUまたはカペシタビン;ドキソルビシン(Adriamycin(登録商標))、ブレオマイシン、マイトマイシン、メトトレキサート、ビノレルビン(Navelbine(登録商標))、トポテカン、およびイリノテカン(Camptosar(登録商標))、トラスツズマブ、ならびに/またはラムシルマブである、項目44または45に記載の方法。
(項目47)
前記外科手術が内視鏡的粘膜切除術(EMR)、食道切除術、および/または逆流防止手術である、項目44または45に記載の方法。
(項目48)
対象が食道新生物または化生を有するかどうかを診断する方法であって、
バルーンによって対象から試料を得るステップと、
前記試料から得たビメンチン核酸配列またはその部分におけるCpGジヌクレオチド中のメチル化シトシンの量を測定するステップであって、前記ビメンチン核酸配列またはその部分におけるCpGジヌクレオチド中の前記シトシンの少なくとも80%がメチル化されている場合、前記ビメンチン核酸配列またはその部分はビメンチンメチル化リードとみなされる、ステップと、
前記試料から得たSqBE18核酸配列またはその部分におけるCpGジヌクレオチド中のメチル化シトシンの量を測定するステップであって、前記SqBE18核酸配列またはその部分におけるCpGジヌクレオチド中の前記シトシンの少なくとも70%または少なくとも75%がメチル化されている場合、前記SqBE18核酸配列またはその部分はSqBE18メチル化リードとみなされる、ステップと、
前記試料中に存在するメチル化リードの数を測定するステップであって、
前記試料中の前記ビメンチン核酸配列またはその部分の少なくとも0.95%がビメンチンメチル化リードである場合、および前記試料中の前記SqBE18核酸配列またはその部分の少なくとも0.1%がSqBE18メチル化リードである場合、前記対象は食道新生物または化生を有すると判定される、ステップと
を含む方法。
(項目49)
前記試料由来の前記ビメンチンおよびSqBE18核酸配列が亜硫酸水素塩で処理される、項目48に記載の方法。
(項目50)
前記亜硫酸水素塩で変換された核酸配列の配列が次世代配列決定により判定される、項目49に記載の方法。
(項目51)
メチル化シトシンのレベルが、前記対象から得られた前記ビメンチン核酸配列の増幅された部分で、および前記SqBE18核酸配列の増幅された部分で判定される、項目48~50のいずれか一項に記載の方法。
(項目52)
前記増幅された部分が、天然の亜硫酸水素塩で処理されていないSqBE18ゲノム配列に存在する21のCpGジヌクレオチドに対応するかまたはそれに由来する21のジヌクレオチドを含む、項目51に記載の方法。
(項目53)
前記ビメンチン核酸配列の前記増幅された部分が、前記天然の亜硫酸水素塩で処理されていないビメンチンゲノム配列に存在する10のCpGジヌクレオチドに対応するかまたはそれに由来する10のジヌクレオチドを含む、項目51または52に記載の方法。
(項目54)
前記試料中の、前記ビメンチン核酸配列またはその部分の少なくとも1%、および前記SqBE18核酸配列またはその部分の少なくとも0.76%がメチル化リードである場合、前記対象は食道新生物または化生を有すると判定される、項目のいずれか一項に記載の方法。
(項目55)
前記試料中の、前記ビメンチン核酸配列またはその部分の少なくとも1%、および前記SqBE18核酸配列またはその部分の少なくとも1%がメチル化リードである場合、前記対象は食道新生物または化生を有すると判定される、項目48~53のいずれか一項に記載の方法。
(項目56)
前記対象が食道新生物または化生を有すると判定された場合、前記対象に、寒冷療法、光線力学的療法(PDT);ラジオ波焼灼療法(RFA);レーザー焼灼術;アルゴンプラズマ凝固法(APC);電気凝固法(高周波電気療法);食道ステント、外科手術、および/または治療剤を施すステップをさらに含む、項目48~55のいずれか一項に記載の方法。
(項目57)
食道新生物または化生を有する対象を処置する方法であって、前記対象由来のバルーン試料において、SqBE18核酸配列またはその部分の少なくとも1%は、CpGジヌクレオチドの少なくとも70%または少なくとも75%がメチル化されていることが先に判定されており、前記対象に、寒冷療法、光線力学的療法(PDT);ラジオ波焼灼療法(RFA);レーザー焼灼術;アルゴンプラズマ凝固法(APC);電気凝固法(高周波電気療法);食道ステント、外科手術、および/または治療剤を施すステップを含む方法。
(項目58)
前記治療剤が、プロトンポンプ阻害剤、ヒスタミンH2受容体遮断剤、逆流防止薬物、胃腸管の中を食物をもっと迅速に移動させる薬物、カルボプラチンおよびパクリタキセル(Taxol(登録商標))(放射線と組み合わせてもよい);シスプラチンおよび5-フルオロウラシル(5-FU)(放射線と組み合わせることが多い);ECF:エピルビシン(Ellence(登録商標))、シスプラチンおよび5-FU(特に、胃食道接合部腫瘍用に);DCF:ドセタキセル(Taxotere(登録商標))、シスプラチン、および5-FU;カペシタビンと一緒のシスプラチン(Xeloda(登録商標));オキサリプラチンおよび5-FUまたはカペシタビン;ドキソルビシン(Adriamycin(登録商標))、ブレオマイシン、マイトマイシン、メトトレキサート、ビノレルビン(Navelbine(登録商標))、トポテカン、およびイリノテカン(Camptosar(登録商標))、トラスツズマブ、ならびに/またはラムシルマブである、項目56または57に記載の方法。
(項目59)
前記外科手術が内視鏡的粘膜切除術(EMR)、食道切除術、および/または逆流防止手術である、項目56または57に記載の方法。
(項目60)
前記SqBE18核酸配列の前記部分を増幅させるために使用されるプライマーが配列番号8388および/または8402を含む、項目16~59のいずれか一項に記載の方法。
(項目61)
前記増幅された部分が配列番号8318、8360、8332および/または8374のヌクレオチド配列を含む、項目16~59のいずれか一項に記載の方法。
(項目62)
前記増幅された部分が配列番号8332および/または8374のヌクレオチド配列を含む、項目16~59のいずれか一項に記載の方法。
(項目63)
前記対象が食道新生物または化生を有するという判定が追加の診断アッセイにより確かめられる、項目1~62のいずれか一項に記載の方法。
(項目64)
前記追加の診断アッセイが内視鏡アッセイである、項目63に記載の方法。
I.定義
便宜上、明細書、実施例、および添付されている特許請求の範囲で用いられるある特定の用語がここに集められている。他に定義されていなければ、本明細書で使用される専門用語および科学用語はすべて、本発明が属する技術分野の当業者により一般に理解されるのと同じ意味を有する。
くは「含む(comprising)」などの変形は、述べられている整数または整数の群を含むが、他のいかなる整数または整数の群も排除しないことを意味すると理解される。
の1つまたは1つよりも多く(すなわち、少なくとも1つ)を指すために使用される。例として、「1つの要素(an element)」とは1つの要素または1つよりも多い要素を意
味する。
Analysis of Sequence Data、第I部、Griffin, A. M.、およびGriffin, H. G.編、Humana Press、New Jersey、1994年;Sequence Analysis in Molecular Biology、von Heinje, G.、Academic Press、1987年;ならびにSequence Analysis Primer、Gribskov, M.およびDevereux, J.編、M Stockton Press、New York、1991年;ならびにCarillo, H.、およびLipman, D.、SIAM J. Applied Math.、4
8巻:1073頁、1988年)に記載される方法を含むがこれらに限定されない公知の方法により容易に計算することが可能である。同一性を判定する方法は、試験されている配列間に最大の合致を与えるように設計されている。さらに、同一性を判定する方法は、公に利用可能なコンピュータプログラムに体系化されている。2つの配列間の同一性を判定するコンピュータプログラム法は、GCGプログラムパッケージ(Devereux, J.ら、Nucleic Acids Research 12巻(1号):387頁(1984年))、BLASTP
、BLASTN、およびFASTA(Altschul, S. F.ら、J. Molec. Biol. 215巻:403~410頁(1990年)およびAltschulら、Nuc. Acids Res.25巻:3
389~3402頁(1997年))を含むがこれらに限定されない。BLAST XプログラムはNCBIおよび他の出典から公に利用可能である(BLAST Manual、Altschul,
S.ら、NCBI NLM NIH Bethesda、Md.20894;Altschul, S.ら、J. Mol. Biol. 215巻:403~410頁(1990年))。周知のスミスウォターマンアルゴリ
ズムを使用して同一性を判定してもよい。
書では使用され、この語句と互換的に使用される。
本開示は、特定のゲノム遺伝子座(例えば、ビメンチンおよび/またはSqBE18)の差次的メチル化は上部胃腸管、例えば、食道の新生物または化生を示すことができるという認識に少なくとも一部基づいている。本所見は、これらのゲノム遺伝子座でのメチル化が上部胃腸管での新生物の有用なバイオマーカーになる可能性があることを実証している。本所見は、TP53での体細胞突然変異(単数または複数)の状態と組み合わせて使用されるこれらの遺伝子座でのメチル化の状態は、上部胃腸管での新生物の高度に感度がよく特異的なバイオマーカーになる可能性があることをさらに実証している。
MEEPQSDPSVEPPLSQETFSDLWKLLPENNVLSPLPSQAMDDLMLSPDDIEQWFTEDPGPDEAPRMPEAAPPVAPAPAAPTPAAPAPAPSWPLSSSVPSQKTYQGSYGFRLGFLHSGTAKSVTCTYSPALNKMFCQLAKTCPVQLWVDSTPPPGTRVRAMAIYKQSQHMTEVVRRCPHHERCSDSDGLAPPQHLIRVEGNLRVEYLDDRNTFRHSVVVPYEPPEVGSDCTTIHYNYMCNSSCMGGMNRRPILTIITLEDSSGNLLGRNSFEVRVCACPGRDRRTEEENLRKKGEPHHELPPGSTKRALPNNTSSSPQPKKKPLDGEYFTLQIRGRERFEMFRELNEALELKDAQAGKEPGGSRAHSSHLKSKKGQSTSRHKKLMFKTEGPDSD
GATGGGATTGGGGTTTTCCCCTCCCATGTGCTCAAGACTGGCGCTAAAAGTTTTGAGCTTCTCAAAAGTCTAGAGCCACCGTCCAGGGAGCAGGTAGCTGCTGGGCTCCGGGGACACTTTGCGTTCGGGCTGGGAGCGTGCTTTCCACGACGGTGACACGCTTCCCTGGATTGGCAGCCAGACTGCCTTCCGGGTCACTGCCATGGAGGAGCCGCAGTCAGATCCTAGCGTCGAGCCCCCTCTGAGTCAGGAAACATTTTCAGACCTATGGAAACTACTTCCTGAAAACAACGTTCTGTCCCCCTTGCCGTCCCAAGCAATGGATGATTTGATGCTGTCCCCGGACGATATTGAACAATGGTTCACTGAAGACCCAGGTCCAGATGAAGCTCCCAGAATGCCAGAGGCTGCTCCCCCCGTGGCCCCTGCACCAGCAGCTCCTACACCGGCGGCCCCTGCACCAGCCCCCTCCTGGCCCCTGTCATCTTCTGTCCCTTCCCAGAAAACCTACCAGGGCAGCTACGGTTTCCGTCTGGGCTTCTTGCATTCTGGGACAGCCAAGTCTGTGACTTGCACGTACTCCCCTGCCCTCAACAAGATGTTTTGCCAACTGGCCAAGACCTGCCCTGTGCAGCTGTGGGTTGATTCCACACCCCCGCCCGGCACCCGCGTCCGCGCCATGGCCATCTACAAGCAGTCACAGCACATGACGGAGGTTGTGAGGCGCTGCCCCCACCATGAGCGCTGCTCAGATAGCGATGGTCTGGCCCCTCCTCAGCATCTTATCCGAGTGGAAGGAAATTTGCGTGTGGAGTATTTGGATGACAGAAACACTTTTCGACATAGTGTGGTGGTGCCCTATGAGCCGCCTGAGGTTGGCTCTGACTGTACCACCATCCACTACAACTACATGTGTAACAGTTCCTGCATGGGCGGCATGAACCGGAGGCCCATCCTCACCATCATCACACTGGAAGACTCCAGTGGTAATCTACTGGGACGGAACAGCTTTGAGGTGCGTGTTTGTGCCTGTCCTGGGAGAGACCGGCGCACAGAGGAAGAGAATCTCCGCAAGAAAGGGGAGCCTCACCACGAGCTGCCCCCAGGGAGCACTAAGCGAGCACTGCCCAACAACACCAGCTCCTCTCCCCAGCCAAAGAAGAAACCACTGGATGGAGAATATTTCACCCTTCAGATCCGTGGGCGTGAGCGCTTCGAGATGTTCCGAGAGCTGAATGAGGCCTTGGAACTCAAGGATGCCCAGGCTGGGAAGGAGCCAGGGGGGAGCAGGGCTCACTCCAGCCACCTGAAGTCCAAAAAGGGTCAGTCTACCTCCCGCCATAAAAAACTCATGTTCAAGACAGAAGGGCCTGACTCAGACTGACATTCTCCACTTCTTGTTCCCCACTGACAGCCTCCCACCCCCATCTCTCCCTCCCCTGCCATTTTGGGTTTTGGGTCTTTGAACCCTTGCTTGCAATAGGTGTGCGTCAGAAGCACCCAGGACTTCCATTTGCTTTGTCCCGGGGCTCCACTGAACAAGTTGGCCTGCACTGGTGTTTTGTTGTGGGGAGGAGGATGGGGAGTAGGACATACCAGCTTAGATTTTAAGGTTTTTACTGTGAGGGATGTTTGGGAGATGTAAGAAATGTTCTTGCAGTTAAGGGTTAGTTTACAATCAGCCACATTCTAGGTAGGGGCCCACTTCACCGTACTAACCAGGGAAGCTGTCCCTCACTGTTGAATTTTCTCTAACTTCAAGGCCCATATCTGTGAAATGCTGGCATTTGCACCTACCTCACAGAGTGCATTGTGAGGGTTAATGAAATAATGTACATCTGGCCTTGAAACCACCTTTTATTACATGGGGTCTAGAACTTGACCCCCTTGAGGGTGCTTGTTCCCTCTCCCTGTTGGTCGGTGGGTTGGTAGTTTCTACAGTTGGGCAGCTGGTTAGGTAGAGGGAGTTGTCAAGTCTCTGCTGGCCCAGCCAAACCCTGTCTGACAACCTCTTGGTGAACCTTAGTACCTAAAAGGAAATCTCACCCCATCCCACACCCTGGAGGATTTCATCTCTTGTATATGATGATCTGGATCCACCAAGACTTGTTTTATGCTCAGGGTCAATTTCTTTTTTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTCTTTTTCTTTGAGACTGGGTCTCGCTTTGTTGCCCAGGCTGGAGTGGAGTGGCGTGATCTTGGCTTACTGCAGCCTTTGCCTCCCCGGCTCGAGCAGTCCTGCCTCAGCCTCCGGAGTAGCTGGGACCACAGGTTCATGCCACCATGGCCAGCCAACTTTTGCATGTTTTGTAGAGATGGGGTCTCACAGTGTTGCCCAGGCTGGTCTCAAACTCCTGGGCTCAGGCGATCCACCTGTCTCAGCCTCCCAGAGTGCTGGGATTACAATTGTGAGCCACCACGTCCAGCTGGAAGGGTCAACATCTTTTACATTCTGCAAGCACATCTGCATTTTCACCCCACCCTTCCCCTCCTTCTCCCTTTTTATATCCCATTTTTATATCGATCTCTTATTTTACAATAAAACTTTGCTGCCACCTGTGTGTCTGAGGGGTG.
本開示は、その変化したDNAメチル化が食道新生物ならびに/またはバレット食道(BE)および/もしくは食道腺癌(EAC)を含む化生の存在を示すゲノム遺伝子座の同定に少なくとも一部関する。一部の実施形態では、バレット食道は異形成に関連している。一部の実施形態では、異形成は高悪性度異形成である。一部の実施形態では、異形成は低悪性度異形成である。一部の実施形態では、本明細書で開示される情報価値のある遺伝子座のメチル化パターンは本明細書に記載されている対象から採取される試料において判定され、これを使用して、バレット食道を有する対象と高悪性度異形成および/もしくは低悪性度異形成ならびに/または食道腺癌を有する対象を区別することができる。情報価値のある遺伝子座の例は本明細書に提供されている。
一部の実施形態では、バレット食道と食道腺癌試料の両方での増加したメチル化に関連しているマイナスDNA鎖のいずれかの配列は、配列番号1713~2140、4281~4708、6717~7111、7611~7636、7767~7792、7915~7938、8019~8032、8103~8116、8183~8195、8265~8278、8349~8362、もしくは8425~8429、またはその断片もしくは相補体のいずれかに対して少なくとも80%、85%、87%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%または100%の同一性を有する配列からなる群から選択される。特定の実施形態では、バレット食道と食道腺癌試料の両方での増加したメチル化に関連しているマイナスDNA鎖のいずれかの配列は、配列番号8019~8032、8103~8116、8183~8195、8265~8278、8349~8362、もしくは8425~8429、またはその断片もしくは相補体のいずれかに対して少なくとも80%、85%、87%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%または100%の同一性を有する配列からなる群から選択されるいずれか1つまたは複数の亜硫酸水素塩で変換されたメチル化マイナス鎖DNA配列を含む。一部の実施形態では、本開示は、異形成のないバレット食道を有する対象から採取した同じタイプの試料と比べた場合、食道腺癌試料または低悪性度もしくは高悪性度異形成のあるバレット試料での増加したメチル化に関連しているマイナスDNA鎖のいずれかの亜硫酸水素塩で処理された配列を提供する。一部の実施形態では、食道腺癌試料または低悪性度もしくは高悪性度異形成のあるバレット試料での増加したメチル化に関連しているマイナスDNA鎖のいずれかの配列は、配列番号9191~9376、10307~10492、11267~11413、11765~11815、12071~12121、12361~12407、12479~12484、12515~12520、もしくは12551~12556、12587~12592、12623~12628、もしくは12659~12661、またはその断片もしくは相補体のいずれかに対して少なくとも80%、85%、87%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%または100%の同一性を有する配列からなる群から選択されるいずれか1つまたは複数の亜硫酸水素塩で変換されたメチル化マイナス鎖DNA配列を含む。特定の実施形態では、食道腺癌試料または低悪性度もしくは高悪性度異形成のあるバレット試料での増加したメチル化に関連しているマイナスDNA鎖のいずれかの非メチル化配列は、配列番号12479~12484、12515~12520、12551~12556、12587~12592、12623~12628、もしくは12659~12661、またはその断片もしくは相補体のいずれかに対して少なくとも80%、85%、87%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%または100%の同一性を有する配列のいずれか1つまたは複数を含む。一部の実施形態では、情報価値のある遺伝子座は、バレット食道を有する対象から採取した同じタイプの試料と比べた場合、食道腺癌試料での減少したメチル化に関連している。一部の実施形態では、本開示は、バレット食道を有する対象から採取した同じタイプの試料と比べた場合、食道腺癌試料での減少したメチル化に関連しているマイナスDNA鎖のメチル化対照配列を提供する。一部の実施形態では、食道腺癌試料での減少したメチル化に関連しているマイナスDNA鎖のいずれかのメチル化対照配列は、配列番号13619~13855、15041~15277、15607~15629、15813~15852、16053~16092、16153~16157、16175~16177、16192~16195、もしくは16203、またはその断片もしくは相補体のいずれかに対して少なくとも80%、85%、87%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%または100%の同一性を有する配列からなる群から選択されるいずれか1つまたは複数の亜硫酸水素塩で変換されたメチル化プラス鎖DNA配列を含む。特定の実施形態では、食道腺癌試料での減少したメチル化に関連しているマイナスDNA鎖のいずれかのメチル化対照配列は、配列番号16175~16177、16192~16195もしくは16203、またはその断片もしくは相補体のいずれかに対して少なくとも80%、85%、87%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%または100%の同一性を有する配列からなる群から選択されるいずれか1つまたは複数の亜硫酸水素塩で変換されたメチル化マイナス鎖DNA配列を含む。
digital quantification of DNA methylation in clinical samples. Nat Biotechnol 27巻(9号):858~863頁)に記載される様式と一致する様式で検出される。一部の実施形態では、ビメンチンメチル化パターンは、配列番号16207または16208に対して少なくとも80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%または100%の同一性を有するヌクレオチド配列で判定される。一部の実施形態では、メチル化パターンは、以下の核酸配列組合せ:a)ビメンチンおよびSQBE5;b)ビメンチンおよびSQBE7、c)ビメンチンおよびSQBE16、d)ビメンチンおよびSQBE17またはe)ビメンチンおよびSQBE18のいずれかで判定される。
ある特定の態様では、本出願は、本明細書に開示される、情報を提供する遺伝子座、またはその亜硫酸水素塩で変換されたメチル化もしくは非メチル化配列のいずれかを使用したアッセイおよび方法を提供する。一部の実施形態では、情報を提供する遺伝子座は、配列番号1~428、2569~2996、5137~5531、7507~7532、7663~7668、7819~7842、7963~7976、8047~8060、8131~8143、8209~8222、8293~8306、8405~8409、8447~8632、9563~9748、10679~10825、11561~11611、11867~11917、12173~12219、12455~12460、12491~12496、12527~12532、12563~12568、12599~12604、12647~12649、12671~12908、14093~14329、15515~15537、15653~15692、15893~15932、16133~16137、16163~16165、16181~16183、16199、429~856、2997~3424、5532~5926、7533~7558、7689~7714、7843~7866、7977~7990、8061~8074、8144~8156、8251~8264、8335~8348、8420~8424、8633~8818、9749~9934、10826~10972、11612~11662、11918~11968、12220~12266、12461~12466、12497~12502、12533~12538、12581~12586、12617~12622、12656~12658、12909~13144、14330~14566、15538~15560、15693~15732、15933~15972、16138~16142、16166~16168、16184~16186 or 16200の配列、または任意のその断片もしくは相補体のいずれかに対して少なくとも80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%または100%の同一性を有する配列を含む。一部の実施形態では、情報を提供する遺伝子座は、健康な細胞と化生細胞(例えば、バレット食道細胞)を識別する分子マーカーとして使用される。一部の実施形態では、情報を提供する遺伝子座は、健康な細胞と新生物細胞(例えば、がん細胞)を識別する分子マーカーとして使用される。特定の実施形態では、情報を提供する遺伝子座は、健康な細胞と食道腺癌細胞を識別する分子マーカーとして使用される。一部の実施形態では、情報を提供する遺伝子座は、バレット食道細胞とがん細胞を識別する分子マーカーとして使用される。一部の実施形態では、情報を提供する遺伝子座は、バレット食道細胞と食道腺癌細胞を識別する分子マーカーとして使用される。例えば、一実施形態では、本出願は、配列番号8447~8818、9563~9934、10679~10972、11561~11662、11867~11968、12173~12266、12455~12466、12491~12502、12527~12538、12563~12568、12581~12586、12599~12604、12617~12622、12647~12649または12656~12658、または任意のその断片もしくは相補体のいずれか1つもしくは複数に対して、少なくとも80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%または100%の同一性を有する配列を含む情報を提供する遺伝子座のいずれかを、健康な細胞と新生物細胞を識別するマーカーとして使用する方法およびアッセイを提供する。他の実施形態では、本出願は、配列番号1~856、2569~3424、5137~5926、7507~7558、7663~7714、7819~7866、7963~7990、8047~8047、8131~8156、8209~8222、8251~8264、8293~8306、8335~8348、8405~8409、8420~8424、8447~8818、9563~9934、10679~10972、11561~11662、11867~11968、12173~12266、12455~12466、12491~12502、12527~12538、12563~12568、12581~12586、12599~12604、12617~12622、12647~12649、12656~12658、12671~13144、14093~14566、15515~15560、15653~15732、15893~15972、16135~16142、16163~16168、16181~16186および/もしくは16199~16200、または任意のその断片もしくは相補体のいずれか1つもしくは複数に対して少なくとも80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%または100%の同一性を有する配列を含む情報を提供する遺伝子座を、健康な細胞と上部胃腸管の新生物に由来する細胞を識別するマーカーとして使用する方法およびアッセイを提供する。一態様では、本発明の分子マーカーは、情報を提供する遺伝子座の差別的にメチル化された配列である。ある特定の態様では、本出願は、配列番号1~856、2569~3424、5137~5926、7507~7558、7663~7714、7819~7866、7963~7990、8047~8047、8131~8156、8209~8222、8251~8264、8293~8306、8335~8348、8405~8409、8420~8424、8447~8818、9563~9934、10679~10972、11561~11662、11867~11968、12173~12266、12455~12466、12491~12502、12527~12538、12563~12568、12581~12586、12599~12604、12617~12622、12647~12649、12656~12658、12671~13144、14093~14566、15515~15560、15653~15732、15893~15972、16135~16142、16163~16168、16181~16186および/もしくは16199~16200、または任意のその断片もしくは相補体のいずれか1つもしくは複数に対して少なくとも80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%または100%の同一性を有する配列を含む情報を提供する遺伝子座を、健康な細胞とがん細胞を識別する分子マーカーとして、TP53における体細胞突然変異(単数または複数)の状態と組み合わせて使用するアッセイおよび方法を提供する。例えば、一実施形態では、本出願は、配列番号1~856、2569~3424、5137~5926、7507~7558、7663~7714、7819~7866、7963~7990、8047~8047、8131~8156、8209~8222、8251~8264、8293~8306、8335~8348、8405~8409、8420~8424、8447~8818、9563~9934、10679~10972、11561~11662、11867~11968、12173~12266、12455~12466、12491~12502、12527~12538、12563~12568、12581~12586、12599~12604、12617~12622、12647~12649、12656~12658、12671~13144、14093~14566、15515~15560、15653~15732、15893~15972、16135~16142、16163~16168、16181~16186および/もしくは16199~16200、または任意のその断片もしくは相補体のいずれか1つもしくは複数に対して少なくとも80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%または100%の同一性を有する配列を含む情報を提供する遺伝子座、ならびにTP53における体細胞突然変異(単数または複数)の状態を、健康な細胞と新生物細胞(例えば、がん/食道腺癌細胞)を識別する分子マーカーとして使用する方法およびアッセイを提供する。他の実施形態では、本出願は、本明細書に開示される情報を提供する遺伝子座(例えば、染色体遺伝子座Up15-1、Up35-1、Up35-2、Up3、Up27およびUp10)およびTP53における体細胞突然変異(単数または複数)の状態を、健康な細胞と上部胃腸管の新生物に由来する細胞を識別するマーカーとして使用する方法およびアッセイを提供する。一態様では、本発明の分子マーカーは、情報を提供する遺伝子座の差別的にメチル化された配列である。
Acad Sci USA、93巻:9821~6頁;HermanおよびBaylin、1998年、Current Protocols in Human Genetics、N. E. A. Dracopoli編、John Wiley & Sons、2巻:10.6.1~10.6.10;米国特許第5,786,146号)。例示すると、非メチル化Cヌクレオチドを含有するDNA分子を亜硫酸水素ナトリウムで処理して化合物変換DNAになるとき、そのDNAの配列が変化する(CからU)。変換されたヌクレオチド配列におけるUの検出は、非メチル化Cを示す。
されない。
を使用することができる。Creリコンビナーゼは、loxP配列の間に位置する介在標的配列の部位特異的組換えを触媒する。loxP配列は、Creリコンビナーゼが結合し、Creリコンビナーゼ媒介遺伝子組換えのために必要である、34塩基対のヌクレオチド反復配列である。loxP配列の配向は、Creリコンビナーゼが存在するときに介在標的配列が切除されるかまたは反転されるかを判定する(Abremskiら、(1984年)J.
Biol. Chem.259巻:1509~1514頁);loxP配列がダイレクトリピートとして配向されるときに標的配列の切除を触媒し、loxP配列が逆位反復として配向されるときに標的配列の反転を触媒する。
ある特定の態様では、本発明は、上部胃腸管のがん、異形成または新生物(例えば、食道がん)を有することが疑われるかまたは有する対象に関する。この代わりに、対象はルーチンのスクリーニングを受けていてもよく、そのような異形成または新生物を有することが必ずしも疑われていなくてもよい。一部の実施形態では、対象はヒト対象であり、新生物は食道などの上部胃腸管の新生物である。一部の実施形態では、対象はヒト対象であり、異形成はバレット食道である。
食道がん情報を提供する遺伝子座の同定
quantification of DNA methylation in clinical samples. Nat Biotechnol
、27巻(9号):858~863頁)に開示されるプライマーを使用して増幅したビメンチン(VIM)遺伝子座におけるメチル化を検出するための同じデータを提供する。これらのプライマーは、配列番号8445~8446に対応する。これらのプライマーを使用して増幅されるアンプリコンは、親の(-)鎖に由来し、以下の通りである:
GtTGtttAGGtTGTAGGTGYGGGTGGAYGTAGTtAYGTAGtTtYGGtTGGAGtTYGGtYGGtTYGYGGTGttYGGGtYGtYGAAtATttTGYGGTAGGAGGAYGAG
配列番号16208の逆相補体も、生成される。
ビメンチンアンプリコン(-)鎖(配列番号16212):
GGAYGTAGTtAYGTAGtTtYGGtTGGAGtTYGGtYGGtTYGYGGTGttYGGGtYGtYGA
配列番号16212の逆相補体も生成され、分析される。
tTYGTttTttTAtYGtAGGATGTTYGGYGGttYGGGtAtYGYGAGtYGGtYGAGtTttAGtYGGAGtTAYGTGAtTAYGTttAttYGtAttTAtAGttTGGGtAGt
加えて、配列番号16207の逆相補体も。
ビメンチン(-)鎖アンプリコンを増幅するために使用したプライマーの間に入る配列番号16211の対応する部分は以下の通りである:
ビメンチンアンプリコン(+)鎖(配列番号16211):
TYGGYGGttYGGGtAtYGYGAGtYGGtYGAGtTttAGtYGGAGtTAYGTGAtTAYGTtt
加えて、配列番号16211の逆相補体も。
フォワードプライマー:CTCRTCCTCCTACCRCAAAATATTC(配列番号16209)および
リバースプライマー:GTTGTTTAGGTTGTAGGTGYGGG(配列番号16210)
(これらの表記では、RはAまたはG塩基を有することができる代替配列を表し、YはCまたはT塩基を有することができる代替配列を表す)。
これらのプライマーを使用して増幅されるアンプリコンは、親の(-)鎖に由来し、以下の通りである:
ビメンチンアンプリコン(-)鎖(配列番号16208):
GtTGtttAGGtTGTAGGTGYGGGTGGAYGTAGTtAYGTAGtTtYGGtTGGAGtTYGGtYGGtTYGYGGTGttYGGGtYGtYGAAtATttTGYGGTAGGAGGAYGAG
配列番号16208の逆相補体も生成される。
メチル化が分析される増幅プライマーの間に存在するこのアンプリコンの領域は、以下の通りである:
ビメンチンアンプリコン(-)鎖(配列番号16212):
GGAYGTAGTtAYGTAGtTtYGGtTGGAGtTYGGtYGGtTYGYGGTGttYGGGtYGtYGA
配列番号16212の逆相補体も生成され、分析される。
参考のために、ビメンチン(+)鎖に由来した対応する亜硫酸水素塩で変換された領域の増幅に由来するだろう亜硫酸水素塩で変換された配列は、以下の通りになる。
ビメンチンアンプリコン(+)鎖(配列番号16207):
tTYGTttTttTAtYGtAGGATGTTYGGYGGttYGGGtAtYGYGAGtYGGtYGAGtTttAGtYGGAGtTAYGTGAtTAYGTttAttYGtAttTAtAGttTGGGtAGt
ならびに、配列番号16207の逆相補体。
ビメンチン(-)鎖アンプリコンを増幅するために使用したプライマーの間にある配列番号16211の対応する部分は、以下の通りである:
ビメンチンアンプリコン(+)鎖(配列番号16211):
TYGGYGGttYGGGtAtYGYGAGtYGGtYGAGtTttAGtYGGAGtTAYGTGAtTAYGTtt
ならびに、配列番号16211の逆相補体。
塩配列決定方法は、より優れた感度およびより優れた特異性によって優位性を示した。特に、qMSPアッセイのための受信者動作曲線下の面積は0.925であり、qMSPによって測定した2.2%VIMメチル化の最適なカットオフでは(受信者動作曲線によって規定される)、アッセイ感度は82.9%であって、アッセイ特異性は91.3%であったが、それらの全ては表1.5に載せた次世代亜硫酸水素塩配列決定アッセイおよび分析アルゴリズムで得られた結果に劣っている。
・1マーカーの失敗は削除される:mVIMまたはmSqBE18のいずれかの配列決定が失敗したならば、試料は分析から除外された
・1マーカーの失敗は許可される:1マーカーが失敗したならば、試料はなお分析に含まれ、1つの有効マーカーの成績に基づいて陽性または陰性と評価された。
トレーニングセット分析からのデータは図3に要約され、検証セット分析からのデータは図4に要約される。
・対照-1マーカーの失敗は削除される:mVIMまたはmSqBE18のいずれかの配列決定が失敗したならば、試料は分析から除外された。これは、アッセイの特異性を強める。
・症例-1マーカーの失敗は許可される:1マーカーが失敗したならば、試料はなお分析に含まれ、1つの有効マーカーの成績に基づいて陽性または陰性と評価された。これは、アッセイの感度を強める。
対照の場合:1つのマーカーが失敗したならば、特異性を過大評価しないために試料は削除された。症例の場合:1つのマーカーが失敗し、他のマーカーが機能したならば、試料はなお数えられた。これらの分析の結果を、図5に提供する。
食道新生物の進行を検出するための食道がんの情報を提供する遺伝子座の同定
EACをBEから識別するために使用することができる遺伝子座を同定するために、RRBSデータセットにおいて各個々のCpG残基についてディスカバリーデータも分析した。個々のCpGは、情報を提供する全てのBE試料のリードの10%未満のメチル化をそれらが示し、少なくとも3つのBE試料が情報を提供したならば、および、情報を提供する全ての正常な扁平上皮試料のリードの10%未満のメチル化をそれらが示し、情報を提供する試料が、CpGを包含する20個と同等またはそれよりも多いリードを有したならば、および、EAC試料のうちの6個またはそれよりも多くが、ほとんどのメチル化されたBE試料のメチル化レベルより少なくとも20百分率ポイント高いレベルのパーセントメチル化を実証したならば、BEに対してEACにおいてメチル化されているとみなされた。EAC対BEにおけるメチル化のための基準を満たすCpGは、EAC対BEでメチル化されていると規定される。そのようなメチル化CpGは、メチル化CpGがお互いから200bp以内にあった場合に、次にパッチに凝集させた。
食道新生物の進行を検出するための食道がんの情報を提供する遺伝子座の同定
バレット食道の高グレード形成異常(HGD)または食道腺癌(EAC)へのバレット食道の進行を検出するためのマーカーのパネルの試験において、生検試料(確証生検試料セットと重なっていた)をさらに分析した。マーカーの3つのパネルを研究のために選択した。第1のマーカーパネルは、以下の4つのメチル化マーカー:Up15-1、Up35-1、Up27およびUp10の少なくとも1つを検出することからなった(対応するアンプリコンの亜硫酸水素塩配列決定分析を使用して、および表2Aに規定される検出のための基準を使用して)。第2のパネルは、TP53コード領域にわたったPCRアンプリコンのセットを使用してゲノムDNAからTP53を増幅し、次に、次世代DNA配列決定を使用して、食道病変対マッチさせた正常な食道組織からのTP53配列を比較したアッセイにおいて、TP53における体細胞性非同義突然変異について試験することからなった。10%を超えるまたはそれと同等のTP53突然変異対立遺伝子の頻度が同定されたならば、試料は検出されたと分類された。第3のパネルは、Up15-1、Up35-1、Up27およびUp10のいずれかにおけるメチル化の検出、またはTP53における突然変異の検出の組合せであった。
ホルマリン固定パラフィン包埋組織における食道がんの情報を提供する遺伝子座の分析
胃および食道のホルマリン固定パラフィン包埋(FFPE)組織試料から抽出されたDNAで、高いグレードの形成異常および食道腺癌を有するバレット以外の異なる診断カテゴリーを捕捉するさらなる研究を実行した。各試料からの亜硫酸水素塩で変換されたDNAは、選択されたアンプリコンに対応している亜硫酸水素塩特異的メチル化に無関係なプライマーで増幅し、次に、アンプリコンを亜硫酸水素塩配列決定によって分析して、親のDNA鋳型の上でのメチル化状態を判定した。
以下の方法を使用して、TP53における体細胞突然変異を検出した。全てのコード配列およびスプライスジャンクションを包含するプライマー対の多重系を使用して、TP53のエクソン2~11を増幅した。プライマーは、バーコード配列ならびにIllumina I5およびI7配列を最終PCR生成物に導入した二次増幅のためにその後使用された、さらなる5’末端配列を含有した。Illumina MiSeq機器でPCR生成物を混合し、精製し、分析した。CLCBioソフトウェア(Qiagen)およびVariantStudioソフトウェア(Illumina)を使用して、データ分析を実行した。
Claims (1)
- 本明細書に記載の発明。
Applications Claiming Priority (4)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
US201662358701P | 2016-07-06 | 2016-07-06 | |
US62/358,701 | 2016-07-06 | ||
JP2019500232A JP2019522993A (ja) | 2016-07-06 | 2017-07-05 | 食道新生物および/または食道における化生を検出するための方法および組成物 |
PCT/US2017/040708 WO2018009535A1 (en) | 2016-07-06 | 2017-07-05 | Methods and compositions for detecting esophageal neoplasias and/or metaplasias in the esophagus |
Related Parent Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2019500232A Division JP2019522993A (ja) | 2016-07-06 | 2017-07-05 | 食道新生物および/または食道における化生を検出するための方法および組成物 |
Publications (1)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
JP2022113769A true JP2022113769A (ja) | 2022-08-04 |
Family
ID=60912272
Family Applications (2)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2019500232A Pending JP2019522993A (ja) | 2016-07-06 | 2017-07-05 | 食道新生物および/または食道における化生を検出するための方法および組成物 |
JP2022092841A Pending JP2022113769A (ja) | 2016-07-06 | 2022-06-08 | 食道新生物および/または食道における化生を検出するための方法および組成物 |
Family Applications Before (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2019500232A Pending JP2019522993A (ja) | 2016-07-06 | 2017-07-05 | 食道新生物および/または食道における化生を検出するための方法および組成物 |
Country Status (7)
Country | Link |
---|---|
US (2) | US20190309372A1 (ja) |
EP (1) | EP3481965A4 (ja) |
JP (2) | JP2019522993A (ja) |
CN (1) | CN109757109B (ja) |
AU (1) | AU2017292668B2 (ja) |
CA (1) | CA3029866A1 (ja) |
WO (1) | WO2018009535A1 (ja) |
Families Citing this family (4)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US8415100B2 (en) | 2003-08-14 | 2013-04-09 | Case Western Reserve University | Methods and compositions for detecting gastrointestinal and other cancers |
JP2022535747A (ja) * | 2019-05-28 | 2022-08-10 | ケース ウエスタン リザーブ ユニバーシティ | Dnaのメチル化を保存するための組成物および方法 |
US20230357852A1 (en) * | 2020-08-19 | 2023-11-09 | Mayo Foundation For Medical Education And Research | Detecting non-hodgkin lymphoma |
WO2022253288A1 (zh) * | 2021-06-03 | 2022-12-08 | 广州燃石医学检验所有限公司 | 一种甲基化测序方法和装置 |
Family Cites Families (9)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2004505612A (ja) * | 2000-03-31 | 2004-02-26 | ユニバーシティ・オブ・サザン・カリフォルニア | 食道腺ガンに関する後成的配列 |
WO2005017207A2 (en) * | 2003-08-14 | 2005-02-24 | Case Western Reserve University | Methods and compositions for detecting colon cancers |
US8415100B2 (en) * | 2003-08-14 | 2013-04-09 | Case Western Reserve University | Methods and compositions for detecting gastrointestinal and other cancers |
US7785772B2 (en) * | 2007-01-23 | 2010-08-31 | Mayo Foundation For Medical Education And Research | Detecting methylated mammalian nucleic acid in stool |
JP2008283947A (ja) * | 2007-04-19 | 2008-11-27 | Tokyo Medical & Dental Univ | 食道癌の判別方法 |
WO2010118016A2 (en) * | 2009-04-06 | 2010-10-14 | The Johns Hopkins University | Digital quantification of dna methylation |
GB201208874D0 (en) * | 2012-05-18 | 2012-07-04 | Medical Res Council | Methods |
US9506116B2 (en) * | 2013-03-14 | 2016-11-29 | Mayo Foundation For Medical Education And Research | Detecting neoplasm |
CA2972782A1 (en) * | 2014-12-31 | 2016-07-07 | Case Western Reserve University | Methods and compositions for detecting esophageal neoplasias and/or metaplasias in the esophagus |
-
2017
- 2017-07-05 US US16/315,405 patent/US20190309372A1/en active Pending
- 2017-07-05 WO PCT/US2017/040708 patent/WO2018009535A1/en unknown
- 2017-07-05 AU AU2017292668A patent/AU2017292668B2/en active Active
- 2017-07-05 JP JP2019500232A patent/JP2019522993A/ja active Pending
- 2017-07-05 CN CN201780054668.6A patent/CN109757109B/zh active Active
- 2017-07-05 CA CA3029866A patent/CA3029866A1/en active Pending
- 2017-07-05 EP EP17824802.7A patent/EP3481965A4/en active Pending
-
2022
- 2022-02-02 US US17/590,986 patent/US20220154294A1/en active Pending
- 2022-06-08 JP JP2022092841A patent/JP2022113769A/ja active Pending
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
WO2018009535A1 (en) | 2018-01-11 |
US20220154294A1 (en) | 2022-05-19 |
EP3481965A1 (en) | 2019-05-15 |
AU2017292668A1 (en) | 2019-01-24 |
EP3481965A4 (en) | 2020-03-18 |
US20190309372A1 (en) | 2019-10-10 |
CN109757109B (zh) | 2023-05-02 |
CN109757109A (zh) | 2019-05-14 |
JP2019522993A (ja) | 2019-08-22 |
CA3029866A1 (en) | 2018-01-11 |
AU2017292668B2 (en) | 2023-11-09 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
US20240068045A1 (en) | Methods and compositions for detecting esophageal neoplasias and/or metaplasias in the esophagus | |
JP5575053B2 (ja) | 大腸癌を検出する方法及び組成物 | |
JP2022113769A (ja) | 食道新生物および/または食道における化生を検出するための方法および組成物 | |
US7432050B2 (en) | Methods and compositions for detecting colon cancers | |
US11136629B2 (en) | Methods and compositions for detecting gastrointestinal and other cancers | |
US8642271B2 (en) | Aberrant methylation of C6Orf150 DNA sequences in human colorectal cancer | |
EP2978861A2 (en) | Unbiased dna methylation markers define an extensive field defect in histologically normal prostate tissues associated with prostate cancer: new biomarkers for men with prostate cancer |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
A621 | Written request for application examination |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A621 Effective date: 20220608 |
|
A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20230419 |
|
A601 | Written request for extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A601 Effective date: 20230712 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20231013 |
|
A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20231201 |
|
A601 | Written request for extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A601 Effective date: 20240229 |