JP2022051447A - 細胞分析方法及び細胞分析装置 - Google Patents
細胞分析方法及び細胞分析装置 Download PDFInfo
- Publication number
- JP2022051447A JP2022051447A JP2020157930A JP2020157930A JP2022051447A JP 2022051447 A JP2022051447 A JP 2022051447A JP 2020157930 A JP2020157930 A JP 2020157930A JP 2020157930 A JP2020157930 A JP 2020157930A JP 2022051447 A JP2022051447 A JP 2022051447A
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- parallel processing
- cell
- data
- processor
- unit
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Pending
Links
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 title claims abstract description 192
- 238000012545 processing Methods 0.000 claims abstract description 481
- 238000005259 measurement Methods 0.000 claims description 245
- 238000013135 deep learning Methods 0.000 claims description 110
- 238000004422 calculation algorithm Methods 0.000 claims description 91
- 238000000034 method Methods 0.000 claims description 75
- 239000011159 matrix material Substances 0.000 claims description 57
- 230000008569 process Effects 0.000 claims description 51
- 230000005540 biological transmission Effects 0.000 claims description 43
- 238000005070 sampling Methods 0.000 claims description 35
- 238000004891 communication Methods 0.000 claims description 14
- 230000001678 irradiating effect Effects 0.000 claims description 9
- 238000013473 artificial intelligence Methods 0.000 claims description 4
- 238000001914 filtration Methods 0.000 claims 1
- 210000004027 cell Anatomy 0.000 description 467
- 239000000523 sample Substances 0.000 description 145
- 238000012549 training Methods 0.000 description 91
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 description 88
- 239000003153 chemical reaction reagent Substances 0.000 description 59
- 238000013528 artificial neural network Methods 0.000 description 57
- 230000006870 function Effects 0.000 description 51
- 238000003860 storage Methods 0.000 description 44
- 210000004369 blood Anatomy 0.000 description 42
- 239000008280 blood Substances 0.000 description 42
- 238000010586 diagram Methods 0.000 description 40
- 239000012472 biological sample Substances 0.000 description 38
- 238000004364 calculation method Methods 0.000 description 35
- 230000003287 optical effect Effects 0.000 description 29
- 210000000440 neutrophil Anatomy 0.000 description 28
- 238000001514 detection method Methods 0.000 description 26
- 238000002360 preparation method Methods 0.000 description 21
- 210000000265 leukocyte Anatomy 0.000 description 20
- 210000003924 normoblast Anatomy 0.000 description 20
- 210000003743 erythrocyte Anatomy 0.000 description 19
- 238000012546 transfer Methods 0.000 description 19
- 239000000975 dye Substances 0.000 description 17
- 210000002700 urine Anatomy 0.000 description 16
- 210000001124 body fluid Anatomy 0.000 description 15
- 239000010839 body fluid Substances 0.000 description 15
- 210000000601 blood cell Anatomy 0.000 description 14
- 238000007689 inspection Methods 0.000 description 13
- 210000004940 nucleus Anatomy 0.000 description 13
- 241000894006 Bacteria Species 0.000 description 12
- 239000000306 component Substances 0.000 description 12
- 230000002159 abnormal effect Effects 0.000 description 11
- 238000012360 testing method Methods 0.000 description 11
- 210000003651 basophil Anatomy 0.000 description 10
- 238000007405 data analysis Methods 0.000 description 10
- 238000011478 gradient descent method Methods 0.000 description 10
- 239000007788 liquid Substances 0.000 description 10
- 210000004698 lymphocyte Anatomy 0.000 description 10
- 238000010186 staining Methods 0.000 description 10
- 239000003219 hemolytic agent Substances 0.000 description 9
- 230000002949 hemolytic effect Effects 0.000 description 9
- 208000032839 leukemia Diseases 0.000 description 9
- 230000007246 mechanism Effects 0.000 description 9
- 210000001616 monocyte Anatomy 0.000 description 9
- 239000004094 surface-active agent Substances 0.000 description 9
- 230000015572 biosynthetic process Effects 0.000 description 8
- 210000000170 cell membrane Anatomy 0.000 description 8
- 238000005755 formation reaction Methods 0.000 description 8
- 238000003384 imaging method Methods 0.000 description 8
- 230000000877 morphologic effect Effects 0.000 description 8
- 239000004065 semiconductor Substances 0.000 description 8
- 230000002485 urinary effect Effects 0.000 description 8
- 210000003979 eosinophil Anatomy 0.000 description 7
- 210000003714 granulocyte Anatomy 0.000 description 7
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 description 7
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 description 7
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 description 7
- 230000008054 signal transmission Effects 0.000 description 7
- 208000031261 Acute myeloid leukaemia Diseases 0.000 description 6
- 208000033776 Myeloid Acute Leukemia Diseases 0.000 description 6
- 230000004913 activation Effects 0.000 description 6
- 239000003086 colorant Substances 0.000 description 6
- 239000007850 fluorescent dye Substances 0.000 description 6
- 210000005259 peripheral blood Anatomy 0.000 description 6
- 239000011886 peripheral blood Substances 0.000 description 6
- 210000004881 tumor cell Anatomy 0.000 description 6
- 230000001154 acute effect Effects 0.000 description 5
- 238000009826 distribution Methods 0.000 description 5
- 230000003204 osmotic effect Effects 0.000 description 5
- 239000012192 staining solution Substances 0.000 description 5
- PGLIUCLTXOYQMV-UHFFFAOYSA-N Cetirizine hydrochloride Chemical compound Cl.Cl.C1CN(CCOCC(=O)O)CCN1C(C=1C=CC(Cl)=CC=1)C1=CC=CC=C1 PGLIUCLTXOYQMV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 241000233866 Fungi Species 0.000 description 4
- 208000006664 Precursor Cell Lymphoblastic Leukemia-Lymphoma Diseases 0.000 description 4
- 230000002378 acidificating effect Effects 0.000 description 4
- 239000003795 chemical substances by application Substances 0.000 description 4
- 238000013527 convolutional neural network Methods 0.000 description 4
- 238000003703 image analysis method Methods 0.000 description 4
- 230000035945 sensitivity Effects 0.000 description 4
- 206010025323 Lymphomas Diseases 0.000 description 3
- 210000004460 N cell Anatomy 0.000 description 3
- 238000000149 argon plasma sintering Methods 0.000 description 3
- 210000001185 bone marrow Anatomy 0.000 description 3
- 239000012141 concentrate Substances 0.000 description 3
- 230000007423 decrease Effects 0.000 description 3
- 201000010099 disease Diseases 0.000 description 3
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 description 3
- 210000002919 epithelial cell Anatomy 0.000 description 3
- 210000000981 epithelium Anatomy 0.000 description 3
- 210000003958 hematopoietic stem cell Anatomy 0.000 description 3
- 238000007430 reference method Methods 0.000 description 3
- 239000012128 staining reagent Substances 0.000 description 3
- 239000000126 substance Substances 0.000 description 3
- 239000000725 suspension Substances 0.000 description 3
- 230000001360 synchronised effect Effects 0.000 description 3
- 208000024893 Acute lymphoblastic leukemia Diseases 0.000 description 2
- 208000014697 Acute lymphocytic leukaemia Diseases 0.000 description 2
- 206010000890 Acute myelomonocytic leukaemia Diseases 0.000 description 2
- XKRFYHLGVUSROY-UHFFFAOYSA-N Argon Chemical compound [Ar] XKRFYHLGVUSROY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 206010003445 Ascites Diseases 0.000 description 2
- 208000010839 B-cell chronic lymphocytic leukemia Diseases 0.000 description 2
- 208000032791 BCR-ABL1 positive chronic myelogenous leukemia Diseases 0.000 description 2
- 208000010833 Chronic myeloid leukaemia Diseases 0.000 description 2
- 208000017604 Hodgkin disease Diseases 0.000 description 2
- 208000021519 Hodgkin lymphoma Diseases 0.000 description 2
- 208000010747 Hodgkins lymphoma Diseases 0.000 description 2
- 208000031422 Lymphocytic Chronic B-Cell Leukemia Diseases 0.000 description 2
- 208000034578 Multiple myelomas Diseases 0.000 description 2
- 208000033761 Myelogenous Chronic BCR-ABL Positive Leukemia Diseases 0.000 description 2
- 208000033835 Myelomonocytic Acute Leukemia Diseases 0.000 description 2
- 206010035226 Plasma cell myeloma Diseases 0.000 description 2
- 208000002151 Pleural effusion Diseases 0.000 description 2
- 208000011912 acute myelomonocytic leukemia M4 Diseases 0.000 description 2
- 210000001175 cerebrospinal fluid Anatomy 0.000 description 2
- 230000008859 change Effects 0.000 description 2
- 208000032852 chronic lymphocytic leukemia Diseases 0.000 description 2
- 238000007796 conventional method Methods 0.000 description 2
- 239000003085 diluting agent Substances 0.000 description 2
- 238000004043 dyeing Methods 0.000 description 2
- 239000000284 extract Substances 0.000 description 2
- 238000000684 flow cytometry Methods 0.000 description 2
- 239000012530 fluid Substances 0.000 description 2
- 239000007789 gas Substances 0.000 description 2
- 230000007274 generation of a signal involved in cell-cell signaling Effects 0.000 description 2
- 239000011521 glass Substances 0.000 description 2
- 239000012535 impurity Substances 0.000 description 2
- 210000004005 intermediate erythroblast Anatomy 0.000 description 2
- 238000012886 linear function Methods 0.000 description 2
- 230000000527 lymphocytic effect Effects 0.000 description 2
- 208000003747 lymphoid leukemia Diseases 0.000 description 2
- 210000001237 metamyelocyte Anatomy 0.000 description 2
- 210000001167 myeloblast Anatomy 0.000 description 2
- 210000003887 myelocyte Anatomy 0.000 description 2
- 210000000633 nuclear envelope Anatomy 0.000 description 2
- 210000004180 plasmocyte Anatomy 0.000 description 2
- 230000010287 polarization Effects 0.000 description 2
- 210000004765 promyelocyte Anatomy 0.000 description 2
- APTZNLHMIGJTEW-UHFFFAOYSA-N pyraflufen-ethyl Chemical compound C1=C(Cl)C(OCC(=O)OCC)=CC(C=2C(=C(OC(F)F)N(C)N=2)Cl)=C1F APTZNLHMIGJTEW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 230000009467 reduction Effects 0.000 description 2
- 210000001995 reticulocyte Anatomy 0.000 description 2
- 239000000758 substrate Substances 0.000 description 2
- 208000011580 syndromic disease Diseases 0.000 description 2
- ANRHNWWPFJCPAZ-UHFFFAOYSA-M thionine Chemical compound [Cl-].C1=CC(N)=CC2=[S+]C3=CC(N)=CC=C3N=C21 ANRHNWWPFJCPAZ-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 2
- HIXDQWDOVZUNNA-UHFFFAOYSA-N 2-(3,4-dimethoxyphenyl)-5-hydroxy-7-methoxychromen-4-one Chemical compound C=1C(OC)=CC(O)=C(C(C=2)=O)C=1OC=2C1=CC=C(OC)C(OC)=C1 HIXDQWDOVZUNNA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 206010000871 Acute monocytic leukaemia Diseases 0.000 description 1
- CIWBSHSKHKDKBQ-JLAZNSOCSA-N Ascorbic acid Chemical compound OC[C@H](O)[C@H]1OC(=O)C(O)=C1O CIWBSHSKHKDKBQ-JLAZNSOCSA-N 0.000 description 1
- 206010018910 Haemolysis Diseases 0.000 description 1
- 108010052285 Membrane Proteins Proteins 0.000 description 1
- 102000018697 Membrane Proteins Human genes 0.000 description 1
- 208000035489 Monocytic Acute Leukemia Diseases 0.000 description 1
- 206010028980 Neoplasm Diseases 0.000 description 1
- 208000015914 Non-Hodgkin lymphomas Diseases 0.000 description 1
- 241000047703 Nonion Species 0.000 description 1
- 238000012951 Remeasurement Methods 0.000 description 1
- 240000004808 Saccharomyces cerevisiae Species 0.000 description 1
- RTAQQCXQSZGOHL-UHFFFAOYSA-N Titanium Chemical compound [Ti] RTAQQCXQSZGOHL-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- JQDZNJOONPXQSL-UHFFFAOYSA-N [acetyloxy-[2-(diacetyloxyamino)ethyl]amino] acetate;sodium Chemical compound [Na].CC(=O)ON(OC(C)=O)CCN(OC(C)=O)OC(C)=O JQDZNJOONPXQSL-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000002253 acid Substances 0.000 description 1
- 230000003321 amplification Effects 0.000 description 1
- 150000001450 anions Chemical class 0.000 description 1
- 239000003146 anticoagulant agent Substances 0.000 description 1
- 229940127219 anticoagulant drug Drugs 0.000 description 1
- 229910052786 argon Inorganic materials 0.000 description 1
- 210000001367 artery Anatomy 0.000 description 1
- 150000001555 benzenes Chemical class 0.000 description 1
- 239000012503 blood component Substances 0.000 description 1
- 201000011510 cancer Diseases 0.000 description 1
- 239000003093 cationic surfactant Substances 0.000 description 1
- 150000001768 cations Chemical class 0.000 description 1
- 210000003855 cell nucleus Anatomy 0.000 description 1
- 238000004590 computer program Methods 0.000 description 1
- 238000012937 correction Methods 0.000 description 1
- 210000000805 cytoplasm Anatomy 0.000 description 1
- 238000013136 deep learning model Methods 0.000 description 1
- 230000001419 dependent effect Effects 0.000 description 1
- 230000009977 dual effect Effects 0.000 description 1
- RTZKZFJDLAIYFH-UHFFFAOYSA-N ether Substances CCOCC RTZKZFJDLAIYFH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000002349 favourable effect Effects 0.000 description 1
- 238000002073 fluorescence micrograph Methods 0.000 description 1
- 230000002068 genetic effect Effects 0.000 description 1
- 238000009499 grossing Methods 0.000 description 1
- CPBQJMYROZQQJC-UHFFFAOYSA-N helium neon Chemical compound [He].[Ne] CPBQJMYROZQQJC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 208000019691 hematopoietic and lymphoid cell neoplasm Diseases 0.000 description 1
- 210000000777 hematopoietic system Anatomy 0.000 description 1
- 230000008588 hemolysis Effects 0.000 description 1
- 229920000669 heparin Polymers 0.000 description 1
- ZFGMDIBRIDKWMY-PASTXAENSA-N heparin Chemical compound CC(O)=N[C@@H]1[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](COS(O)(=O)=O)O[C@@H]1O[C@@H]1[C@@H](C(O)=O)O[C@@H](O[C@H]2[C@@H]([C@@H](OS(O)(=O)=O)[C@@H](O[C@@H]3[C@@H](OC(O)[C@H](OS(O)(=O)=O)[C@H]3O)C(O)=O)O[C@@H]2O)CS(O)(=O)=O)[C@H](O)[C@H]1O ZFGMDIBRIDKWMY-PASTXAENSA-N 0.000 description 1
- 229960001008 heparin sodium Drugs 0.000 description 1
- 210000003701 histiocyte Anatomy 0.000 description 1
- 230000010365 information processing Effects 0.000 description 1
- 230000010354 integration Effects 0.000 description 1
- 230000031700 light absorption Effects 0.000 description 1
- 239000004973 liquid crystal related substance Substances 0.000 description 1
- 210000005074 megakaryoblast Anatomy 0.000 description 1
- 210000003593 megakaryocyte Anatomy 0.000 description 1
- 210000004379 membrane Anatomy 0.000 description 1
- 239000012528 membrane Substances 0.000 description 1
- 230000028161 membrane depolarization Effects 0.000 description 1
- QSHDDOUJBYECFT-UHFFFAOYSA-N mercury Chemical compound [Hg] QSHDDOUJBYECFT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229910052753 mercury Inorganic materials 0.000 description 1
- 210000005033 mesothelial cell Anatomy 0.000 description 1
- 206010061289 metastatic neoplasm Diseases 0.000 description 1
- 238000002156 mixing Methods 0.000 description 1
- 210000003003 monocyte-macrophage precursor cell Anatomy 0.000 description 1
- 230000001537 neural effect Effects 0.000 description 1
- 230000007935 neutral effect Effects 0.000 description 1
- 238000010606 normalization Methods 0.000 description 1
- 238000012758 nuclear staining Methods 0.000 description 1
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 description 1
- 210000000056 organ Anatomy 0.000 description 1
- 239000002245 particle Substances 0.000 description 1
- 210000004303 peritoneum Anatomy 0.000 description 1
- XAEFZNCEHLXOMS-UHFFFAOYSA-M potassium benzoate Chemical compound [K+].[O-]C(=O)C1=CC=CC=C1 XAEFZNCEHLXOMS-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 1
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 description 1
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 description 1
- 230000004044 response Effects 0.000 description 1
- 238000013341 scale-up Methods 0.000 description 1
- 230000001568 sexual effect Effects 0.000 description 1
- 238000009751 slip forming Methods 0.000 description 1
- 239000000243 solution Substances 0.000 description 1
- 238000005507 spraying Methods 0.000 description 1
- 238000003756 stirring Methods 0.000 description 1
- -1 urine Substances 0.000 description 1
- 210000003741 urothelium Anatomy 0.000 description 1
- 210000003462 vein Anatomy 0.000 description 1
- 210000001835 viscera Anatomy 0.000 description 1
Images
Classifications
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N15/00—Investigating characteristics of particles; Investigating permeability, pore-volume or surface-area of porous materials
- G01N15/10—Investigating individual particles
- G01N15/14—Optical investigation techniques, e.g. flow cytometry
- G01N15/1434—Optical arrangements
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N15/00—Investigating characteristics of particles; Investigating permeability, pore-volume or surface-area of porous materials
- G01N15/10—Investigating individual particles
- G01N15/14—Optical investigation techniques, e.g. flow cytometry
- G01N15/1456—Optical investigation techniques, e.g. flow cytometry without spatial resolution of the texture or inner structure of the particle, e.g. processing of pulse signals
- G01N15/1459—Optical investigation techniques, e.g. flow cytometry without spatial resolution of the texture or inner structure of the particle, e.g. processing of pulse signals the analysis being performed on a sample stream
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N15/00—Investigating characteristics of particles; Investigating permeability, pore-volume or surface-area of porous materials
- G01N15/10—Investigating individual particles
- G01N15/14—Optical investigation techniques, e.g. flow cytometry
- G01N15/1429—Signal processing
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N15/00—Investigating characteristics of particles; Investigating permeability, pore-volume or surface-area of porous materials
- G01N15/01—Investigating characteristics of particles; Investigating permeability, pore-volume or surface-area of porous materials specially adapted for biological cells, e.g. blood cells
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N15/00—Investigating characteristics of particles; Investigating permeability, pore-volume or surface-area of porous materials
- G01N15/10—Investigating individual particles
- G01N2015/1006—Investigating individual particles for cytology
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N15/00—Investigating characteristics of particles; Investigating permeability, pore-volume or surface-area of porous materials
- G01N15/10—Investigating individual particles
- G01N15/14—Optical investigation techniques, e.g. flow cytometry
- G01N2015/1488—Methods for deciding
-
- G—PHYSICS
- G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
- G16H—HEALTHCARE INFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR THE HANDLING OR PROCESSING OF MEDICAL OR HEALTHCARE DATA
- G16H10/00—ICT specially adapted for the handling or processing of patient-related medical or healthcare data
- G16H10/40—ICT specially adapted for the handling or processing of patient-related medical or healthcare data for data related to laboratory analysis, e.g. patient specimen analysis
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Dispersion Chemistry (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- General Physics & Mathematics (AREA)
- Immunology (AREA)
- Pathology (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Signal Processing (AREA)
- Investigating Or Analysing Biological Materials (AREA)
- Apparatus Associated With Microorganisms And Enzymes (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
- Medical Treatment And Welfare Office Work (AREA)
- Investigating, Analyzing Materials By Fluorescence Or Luminescence (AREA)
Abstract
【課題】検体に含まれる複数の細胞から得られたデータを分析する構成において、大幅に増加した情報量の細胞のデータを要求された処理能力で処理可能な細胞分析方法および細胞分析装置を提供する。【解決手段】細胞分析方法は、ホストプロセッサと、並列処理プロセッサとを含む細胞分析装置において、前記ホストプロセッサによる制御に基づいて、検体中の複数の細胞の各々に関するデータを取得し、前記並列処理プロセッサによって、前記データに関する並列処理を実行し、前記並列処理の結果に基づき、前記複数の細胞の各々について細胞種別に関する情報を生成する、ことを含む。【選択図】図1
Description
本発明は、細胞分析方法及び細胞分析装置に関する。
特許文献1には、血球細胞をフローサイトメータによって測定して得られたデータを、プロセッサを搭載したデータ処理システムにおいて解析し、細胞を種別に応じて分類する方法が記載されている。特許文献1では、フローサイトメータによって測定した光学的な情報で細胞を分類できない場合に、さらに細胞の体積と導電率の情報を用いることが記載されている。
細胞の分類精度を向上するために細胞の分類に用いる情報量を増やすと、複数の細胞を含む血液や尿などの検体においては、一つの細胞から得られる情報量が増えることで検体単位でのデータ容量は膨大なものとなる。例えば、深層学習アルゴリズムを用いて個々の細胞の分類を行うには、細胞毎の特徴を抽出するために個々の細胞から取得する情報量を大幅に増やす必要がある。特許文献1には、大幅に増加した情報量を、要求された処理能力の範囲内で処理可能なシステムは開示されていない。
本発明の一態様は、検体に含まれる複数の細胞から得られたデータを分析する構成において、大幅に増加する情報量の細胞のデータを、要求された処理能力の要求を満たすことが可能な細胞分析方法、細胞分析装置を提供することを目的とする。
上記の課題を解決するために、本発明の一態様に係る細胞分析方法は、ホストプロセッサ(3001、4831、6001、8111)と、並列処理プロセッサ(3002、4833、6002、8112)とを含む細胞分析装置(4000、4000’、4000'')において、ホストプロセッサ(3001、4831、6001、8111)による制御に基づいて、検体中の複数の細胞の各々に関するデータを取得し、並列処理プロセッサ(3002、4833、6002、8112)によって、前記データに関する並列処理を実行し、並列処理の結果に基づき、複数の細胞の各々について細胞種別に関する情報を生成する、ことを含む。
上記の課題を解決するために、本発明の別の態様に係る細胞分析方法は、測定ユニット(400、400a、500、500a、700)によって細胞を測定し、測定ユニット(400、400a、500、500a、700)とインターネットまたはイントラネットを介さずに接続された並列処理プロセッサ(3002、4833、6002、8112)によって、前記測定に基づく細胞に関するデータの並列処理を実行し、並列処理の結果に基づき、前記細胞の細胞種別に関する情報を生成する、ことを含む。
上記の課題を解決するために、本発明の別の態様に係る細胞分析方法は、細胞分析装置(4000、4000’、4000'')に搭載された測定ユニット(400、400a、500、500a、700)によって検体を吸引し、吸引された検体中の細胞に関するデータを生成し、前記データに関する並列処理を、細胞分析装置(4000、4000’、4000'')に搭載された並列処理プロセッサ(3002、4833、6002、8112)で実行し、並列処理プロセッサ(3002、4833、6002、8112)が実行する並列処理の結果に基づき、細胞の細胞種別に関する情報を生成する、ことを含む。
上記の課題を解決するために、本発明の一態様に係る細胞分析装置は、検体に含まれる複数の細胞を測定する測定ユニット(400、400a、500、500a、700)と、複数の細胞の分析に関する情報処理を行うプロセッサ(3001、4831、6001、8111)と、並列処理プロセッサ(3002、4833、6002、8112)と、を備え、測定ユニット(400、400a、500、500a、700)は、複数の細胞の各々に関するデータを取得し、並列処理プロセッサ(3002、4833、6002、8112)は、前記データに関する並列処理を実行し、プロセッサ(3001、4831、6001、8111)は、並列処理の結果に基づいて生成された、複数の細胞の各々の細胞種別に関する情報を処理する、ことを含む。
複数の細胞を大容量のデータに基づいて分析しつつ、処理能力の要求を満たすことが可能となる。
以下、本発明の概要及び実施の形態を、添付の図面を参照して詳細に説明する。なお、以下の説明及び図面において、同じ符号は同じ又は類似の構成要素を示すこととし、よって、同じ又は類似の構成要素に関する説明を省略する。
[1.細胞の分析方法]
本実施形態は、ホストプロセッサと、並列処理プロセッサとを含む細胞分析装置において、前記ホストプロセッサによる制御に基づいて細胞の各々に関するデータを取得し、前記並列処理プロセッサで前記データに関する並列処理を実行し、前記並列処理の結果に基づき、前記細胞の各々について細胞種別に関する情報を生成する、ことを含む細胞分析方法を開示する。
本実施形態は、ホストプロセッサと、並列処理プロセッサとを含む細胞分析装置において、前記ホストプロセッサによる制御に基づいて細胞の各々に関するデータを取得し、前記並列処理プロセッサで前記データに関する並列処理を実行し、前記並列処理の結果に基づき、前記細胞の各々について細胞種別に関する情報を生成する、ことを含む細胞分析方法を開示する。
本分析方法によれば、1検体あたり数百メガバイトから数ギガバイトに及ぶ膨大な容量のデータを分析する場合であっても、ホストプロセッサとは別に設けられた並列処理プロセッサによって細胞のデータに関する処理を並列で実行できる。そのため、例えば膨大な容量のデータを用いる深層学習アルゴリズムによって細胞を分類する場合であっても、細胞分析装置のみでデータの処理が完結する。例えば、深層学習アルゴリズムを格納した分析用サーバに、インターネットまたはイントラネットを介して細胞のデータを送信する必要がない。したがって、本分析方法によれば、細胞分析装置から分析用サーバに大容量のデータを送信し、分析用サーバから返ってくる分析結果を取得する必要がなく、細胞の分類精度を向上しながらも細胞分析装置の処理能力を維持することができる。
図1を用いて、本実施形態の概要の例を説明する。図1(a)は従来法の白血球分類を模式的に表す図であり、図1(b)は本法の白血球分類を模式的に示す図である。図1(a)、図1(b)において、FSCは前方散乱光の信号強度を示すアナログ信号を示し、SSCは側方散乱光のアナログ信号を示し、SFLは側方蛍光の信号強度を示すアナログ信号を示す。図1(a)に図示されるように、従来法では、検体に含まれる個々の細胞をフローサイトメータで測定し、前方散乱光、側方散乱光、側方蛍光のそれぞれのアナログ信号のパルスのピーク高さを前方散乱光強度、側方散乱光強度、側方蛍光強度として取得する。次に、細胞を前方散乱光強度、側方散乱光強度、側方蛍光強度に基づき、特定の種別に分類する。細胞を分類した結果は図1(a)に示すようなスキャッタグラムとして表示される。図1(a)のスキャッタグラムにおいて、横軸は側方散乱光、縦軸は側方蛍光の強度を示す。
従来の白血球分類は、図1(a)に示されるように、アナログ波形のピーク高さの情報のみに基づいて血球の種別を判定していた。これに対して、本実施形態の方法では、検体中の細胞に関するデータとして、図1(b)に示されるように、1つの細胞からフローサイトメータによって取得されるアナログ信号の波形全体を解析対象のデータとして分析することで細胞を分類する。図1(b)にはフローサイトメータによって得られるアナログ信号を描画した波形を示しているが、後述するように、本実施形態において検体中の細胞に関するデータは、このアナログ信号をA/D変換することによって得られる複数時点の信号強度を示す値を要素とするデジタルデータ(後述する波形データ)を意図している。このデジタルデータ群は行列データであり、本実施形態では、例えば、一行複数列の行列データ(すなわち、一次元の配列データ)である。
本実施形態では、図1(b)に示される訓練前の深層学習アルゴリズム50に、細胞種別毎の波形データを学習させる。そして、検体に含まれる細胞種別が未知の細胞の波形データを訓練済みの深層学習アルゴリズム60に入力することで、深層学習アルゴリズム60から、細胞の各々について細胞種別の判定結果を導く。深層学習アルゴリズム50、60は、人工知能アルゴリズムの一つであり、多層の中間層を含むニューラルネットワークで構成される。本実施形態では、訓練済みの深層学習アルゴリズム60に従って波形データの分析に関する処理を実行するにあたり、深層学習アルゴリズム60に多量に含まれる行列演算を、細胞分析装置に搭載された並列処理プロセッサを用いて、並列処理で実行する。細胞分析装置は、並列処理を実行可能な並列処理プロセッサと、並列処理プロセッサに並列処理を実行させる実行命令プロセッサ(以下、単にプロセッサという)とを備える。
以下、細胞種別を判定する目的で分析に供される生体試料中の個々の細胞を「分析対象の細胞」ともいう。言い換えると、生体試料は、複数個の分析対象の細胞を含みうる。複数個の細胞は、分析対象となる複数種別の細胞を含みうる。
生体試料として、被検者から採取された生体試料を挙げることができる。例えば、生体試料は、例えば、静脈血、動脈血等の末梢血、尿、血液及び尿以外の体液を含み得る。血液及び尿以外の体液として、骨髄液、腹水、胸水、脳脊髄液等を含みうる。以下、血液及び尿以外の体液を単に「体液」という場合がある。血液試料は、細胞数の計数及び細胞種別の判定ができる状態である限り、制限されない。血液は、好ましくは末梢血である。例えば、血液は、エチレンジアミン四酢酸塩ナトリウム塩又はカリウム塩)、ヘパリンナトリウム等の抗凝固剤を使用して採血された末梢血を挙げることができる。末梢血は、動脈から採取されても静脈から採取されてもよい。
本実施形態において判定しようとする細胞種別は、形態学的な分類に基づく細胞種別を基準とするものであり、生体試料の種類に応じて異なる。生体試料が血液である場合であって、血液が健常者から採血されたものである場合、本実施形態において判定しようとする細胞種別には、例えば、赤血球、白血球等の有核細胞、血小板等が含まれる。有核細胞には、例えば、好中球、リンパ球、単球、好酸球、好塩基球が含まれる。好中球には、例えば、分葉核好中球及び桿状核好中球が含まれる。一方、血液が非健常者から採血されたものである場合、有核細胞には、例えば、幼若顆粒球及び異常細胞からなる群から選択される少なくとも一種が含まれる場合がある。このような細胞も本実施形態において判定しようとする細胞種別に含まれる。幼若顆粒球には、例えば、後骨髄球、骨髄球、前骨髄球、骨髄芽球等の細胞が含まれ得る。
また、有核細胞には、正常細胞の他、健常人の末梢血には含まれない異常細胞が含まれていてもよい。異常細胞の例は、所定の疾患に罹患した際に出現する細胞であり、例えば腫瘍細胞である。造血系の場合、所定の疾患は、例えば、骨髄異型性症候群、急性骨髄芽球性白血病、急性骨髄芽球性白血病、急性前骨髄球性白血病、急性骨髄単球性白血病、急性単球性白血病、赤白血病、急性巨核芽球性白血病、急性骨髄性白血病、急性リンパ球性白血病、リンパ芽球性白血病、慢性骨髄性白血病、又は慢性リンパ球性白血病等の白血病、ホジキンリンパ腫、非ホジキンリンパ腫等の悪性リンパ腫、及び多発性骨髄腫よりなる群から選択される疾患であり得る。
さらに、異常細胞には、例えば、リンパ芽球、形質細胞、異型リンパ球、反応性リンパ球、前赤芽球、好塩基性赤芽球、多染性赤芽球、正染性赤芽球、前巨赤芽球、好塩基性巨赤芽球、多染性巨赤芽球、及び正染性巨赤芽球等の有核赤血球である赤芽球、及びミクロメガカリオサイトを含む巨核球等の健常人の末梢血では通常認められない細胞が含まれ得る。
また、生体試料が尿である場合、本実施形態において判定しようとする細胞種別には、例えば、赤血球、白血球、移行上皮、扁平上皮等の上皮細胞等が含まれ得る。異常細胞としては、例えば、細菌、糸状菌、酵母等の真菌、腫瘍細胞等が含まれ得る。
生体試料が腹水、胸水、髄液等の通常血液成分を含まない体液である場合、細胞種別には、例えば、赤血球、白血球、大型細胞を含みうる。ここでいう「大型細胞」とは、体腔内膜又は内臓の腹膜から剥がれた細胞で白血球より大きいものを指し、例えば、中皮細胞、組織球、腫瘍細胞等が該当する。
生体試料が骨髄液である場合、本実施形態において判定しようとする細胞種別には、正常な細胞として、成熟した血球細胞と幼若な血球系細胞を含みうる。成熟した血球細胞には、例えば、赤血球、白血球等の有核細胞、血小板等が含まれる。白血球等の有核細胞には、例えば、好中球、リンパ球、形質細胞、単球、好酸球、好塩基球が含まれる。好中球には、例えば、分葉核好中球及び桿状核好中球が含まれる。幼若な血球系細胞には、例えば、造血系幹細胞、幼若顆粒球系細胞、幼若リンパ球系細胞、幼若単球系細胞、幼若赤血球系細胞、巨核球系細胞、間葉系細胞等が含まれる。幼若顆粒球には、例えば、後骨髄球、骨髄球、前骨髄球、骨髄芽球等の細胞が含まれ得る。幼若リンパ球系細胞には、例えば、リンパ芽球等が含まれる。幼若単球系細胞には、単芽球等が含まれる。幼若赤血球系細胞には、例えば、前赤芽球、好塩基性赤芽球、多染性赤芽球、正染性赤芽球、前巨赤芽球、好塩基性巨赤芽球、多染性巨赤芽球、及び正染性巨赤芽球等の有核赤血球が含まれる。巨核球系細胞には、例えば、巨核芽球等が含まれる。
骨髄に含まれ得る異常細胞としては、例えば、上述した骨髄異型性症候群、急性骨髄芽球性白血病、急性骨髄芽球性白血病、急性前骨髄球性白血病、急性骨髄単球性白血病、急性単球性白血病、赤白血病、急性巨核芽球性白血病、急性骨髄性白血病、急性リンパ球性白血病、リンパ芽球性白血病、慢性骨髄性白血病、又は慢性リンパ球性白血病等の白血病、ホジキンリンパ腫、非ホジキンリンパ腫等の悪性リンパ腫、及び多発性骨髄腫よりなる群から選択される造血系腫瘍細胞、骨髄以外の器官に発生した悪性腫瘍の転移腫瘍細胞を挙げることができる。
図1には、細胞から得られる信号として、フローセルを流れる細胞に光を照射して得られる光学的信号である前方散乱光信号、側方散乱光信号、側方蛍光信号を例示しているが、細胞の特徴を表し、細胞を種別ごとに分類できる信号であれば特に制限されない。
細胞から得られる信号としては、細胞の形態学的特徴を表す信号、化学的特徴を表す信号、物理的特徴を表す信号、遺伝学的特徴を表す信号のいずれでもよいが、好ましくは細胞の形態学的特徴を表す信号である。細胞の形態学的特徴を表す信号は、好ましくは、細胞から得られる光学的信号である。
光学的信号は、好ましくは、細胞に光を照射することで光学的な応答として得られる光信号である。光信号は、光散乱に基づく信号、光吸収に基づく信号、透過光に基づく信号、及び蛍光に基づく信号から選択される少なくとも一種を含み得る。
光散乱に基づく信号は、光照射によって生じる散乱光信号および光照射によって生じる光損失信号を含み得る。散乱光信号は、照射光の進行方向に対する散乱光の受光角度に応じて、細胞の特徴を示す異なるパラメータとなる。前方散乱光信号は、細胞の大きさを表すパラメータとして用いられる。側方散乱光信号は、細胞の核の複雑さを表すパラメータとして用いられる。
前方散乱光の「前方」は、光源から発せられた光の進行方向を意図する。「前方」には、照射光の角度を0度とした場合に受光角度が0から5度付近である前方低角、及び/又は受光角度5から20度付近である前方高角を含み得る。「側方」は、「前方」と重ならない限り制限されない。「側方」には、照射光の角度を0度とした場合、受光角度が25度から155度付近、好ましくは45度から135度付近、より好ましくは90度付近を含み得る。
光散乱に基づく信号は、偏光または偏光解消を信号の成分として含んでもよい。例えば、細胞に光を照射して生じる散乱光を偏光板を通して受光することで、特定角度に偏光した散乱光のみを受光することができる。また、偏光板を通して光を細胞に照射し、生じた散乱光を照射用の偏光板と異なる角度の偏光のみを透過する偏光板を通して受光することで、偏光解消散乱光のみを受光することができる。
光損失信号は、光が細胞に照射されて散乱することで受光部における受光量が減少することに基づく、受光量の損失量を表す。光損失信号は、好ましくは、照射光の光軸方向における光損失(軸方向光損失)として得られる。光損失信号は、細胞がフローセルを流れていない状態で受光部における受光量を100%としたときの、細胞がフローセルを流れた時の受光量の割合として表すことができる。軸方向光損失は、前方散乱光信号と同様に細胞の大きさを表すパラメータとして用いられるが、細胞が透光性を有する場合とそうでない場合とで得られる信号は異なる。
蛍光に基づく信号は、蛍光物質によって標識した細胞に対して光を照射することで励起される蛍光であってもよいし、非染色の細胞から生じる自家蛍光であってもよい。蛍光物質は、核酸や膜タンパクに結合する蛍光色素であってもよいし、細胞の特定のタンパク質に結合する抗体を蛍光色素で修飾した標識抗体であってもよい。
光学的信号は、細胞に対して光を照射し、照射された細胞を撮像することによって得られる画像データの形式で取得してもよい。画像データは、いわゆるイメージングフローサイトメータによって、流路を流れる個々の細胞をTDIカメラやCCDカメラ等の撮像素子によって撮像することで得ることができる。または、スライドガラス上に細胞を含む検体または測定試料を塗布し、散布し、または点着し、スライドガラスを撮像素子によって撮像することで細胞の画像データを得てもよい。
細胞から得られる信号は、光学的信号に限られず、細胞から得られる電気的信号であってもよい。電気的信号は、例えば、フローセルに直流電流を印加し、細胞がフローセルを流れることによって生じるインピーダンスの変化を電気的信号として用いてもよい。このようにして得られる電気的信号は細胞の容積を反映するパラメータとなる。または、電気的信号は、フローセルを流れる細胞に無線周波を印加したときのインピーダンスの変化を電気的信号としてもよい。このようにして得られる電気的信号は細胞の伝導度を反映するパラメータとなる。
細胞から得られる信号は、上述の細胞から得られる信号のうち少なくとも2種類以上の信号を組み合わせてもよい。複数の信号を組み合わせることで、細胞の特徴を多面的に分析することができ、より高精度な細胞の分類が可能になる。組み合わせは、例えば、複数の光学的信号、例えば前方散乱光信号、側方散乱光信号、蛍光信号のうち少なくとも2つを組み合わせてもよいし、角度の異なる散乱光信号、例えば低角度散乱光信号と高角度散乱光信号を組み合わせてもよい。または光学的信号と電気的信号を組み合わせてもよく、組み合わせる信号の種類および数は特に制限されない。
本実施形態における、細胞の分析方法において、細胞種別の判定は、深層学習アルゴリズムを使用する方法に限られない。流路内の所定位置を通過する個々の細胞から、前記細胞毎に、前記細胞が前記所定位置を通過している間の複数の時点において信号強度を取得し、取得した個々の細胞に関する複数の時点における信号強度をパターンとして認識した結果に基づいて細胞種別を判定してもよい。パターンは、複数時点の信号強度の数値パターンとして認識してもよく、複数時点の信号強度をグラフとしてプロットした場合の形状パターンとして認識してもよい。数値パターンとして認識する場合には、分析対象である細胞の数値パターンと、既に細胞種別が既知である数値パターンとを比較することにより、細胞種別を判定することができる。分析対象である細胞の数値パターンと対照の数値パターンとの比較は、例えばスピアマンの順位相関、zスコア等を用いることができる。分析対象である細胞のグラフ形状のパターンと、既に細胞種別が既知であるグラフ形状のパターンとを比較することにより、細胞種別を判定することができる。分析対象である細胞のグラフ形状のパターンと、既に細胞種別が既知であるグラフ形状のパターンとの比較は、例えば、幾何学形状パターンマッチングを用いてもよいし、SIFT Descriptorに代表されるフィーチャーディスクリプターを用いてもよい。
<細胞の分析方法の概要>
次に、図2、図3~図5に示す例を用いて訓練データ75の生成方法及び波形データの分析方法を説明する。
次に、図2、図3~図5に示す例を用いて訓練データ75の生成方法及び波形データの分析方法を説明する。
<波形データ>
図2は、本分析方法において用いられる波形データを説明するための模式図である。図2(a)に示すように、細胞Cを含む検体をフローセルFCに流し、フローセルFCを流れる細胞Cに光を照射すると、光の進行方向に対して前方に前方散乱光FSCが生じる。同様に、光の進行方向に対して側方に側方散乱光SSCと側方蛍光SFLが生じる。前方散乱光は、第1受光部D1によって受光され、受光量に応じた信号が出力される。側方散乱光は、第2受光部D2によって受光され、受光量に応じた信号が出力される。側方蛍光は、第3受光部D3によって受光され、受光量に応じた信号が出力される。これにより、受光部D1~D3から、時間経過に伴う信号の変化を表すアナログ信号が出力される。前方散乱光に対応するアナログ信号を「前方散乱光信号」、側方散乱光に対応するアナログ信号を「側方散乱光信号」、側方蛍光に対応するアナログ信号を「蛍光信号」という。各アナログ信号の1つのパルスが一つの細胞に対応する。
図2は、本分析方法において用いられる波形データを説明するための模式図である。図2(a)に示すように、細胞Cを含む検体をフローセルFCに流し、フローセルFCを流れる細胞Cに光を照射すると、光の進行方向に対して前方に前方散乱光FSCが生じる。同様に、光の進行方向に対して側方に側方散乱光SSCと側方蛍光SFLが生じる。前方散乱光は、第1受光部D1によって受光され、受光量に応じた信号が出力される。側方散乱光は、第2受光部D2によって受光され、受光量に応じた信号が出力される。側方蛍光は、第3受光部D3によって受光され、受光量に応じた信号が出力される。これにより、受光部D1~D3から、時間経過に伴う信号の変化を表すアナログ信号が出力される。前方散乱光に対応するアナログ信号を「前方散乱光信号」、側方散乱光に対応するアナログ信号を「側方散乱光信号」、側方蛍光に対応するアナログ信号を「蛍光信号」という。各アナログ信号の1つのパルスが一つの細胞に対応する。
アナログ信号は、A/D変換部に入力され、デジタル信号に変換される。図2(b)はA/D変換部によるデジタル信号への変換を模式的に示す図である。ここでは説明を簡略化するためアナログ信号をA/D変換部に直接入力するような図としている。アナログ信号のレベルをそのままデジタル信号に変換してもよいが、必要に応じて、ノイズ除去、ベースライン補正、正規化等の処理を行ってもよい。図2(b)に示すように、A/D変換部は、受光部D1~D3から入力されるアナログ信号のうち、前方散乱光信号のレベルが所定の閾値として設定されたレベルに至った時点を始点として、前方散乱光信号、側方散乱光信号、蛍光信号のサンプリングを行う。A/D変換部は、所定のサンプリングレート(例えば、10ナノ秒間隔で1024ポイントのサンプリング、80ナノ秒間隔で128ポイントのサンプリング、又は160ナノ秒間隔で64ポイントのサンプリング等)で、それぞれのアナログ信号をサンプリングする。
図2(c)は、サンプリングによって得られる波形データを模式的に示す図である。サンプリングによって、一つの細胞に対応する波形データとして、複数の時点におけるアナログ信号レベルをデジタルに示す値を要素とする行列データが得られる。このようにしてA/D変換部は、一つの細胞に対応する前方散乱光のデジタル信号、側方散乱光のデジタル信号、側方蛍光のデジタル信号を生成する。A/D変換は、デジタル信号化された細胞数が所定数に達するまで、または検体をフローセルに流し始めてから所定時間が経過するまで繰り返される。これにより、図2(c)に示すように、一つの検体に含まれるN個の細胞の波形データを合体したデジタル信号が得られる。各細胞に対するサンプリングデータの集合(図2の例ではt=0nsからt=10240nsまで10ナノ秒毎に1024個のデジタル値の集合)を波形データと呼び、一つの検体から得られた波形データの集合をデジタル信号と呼ぶ。
A/D変換部によって生成された各々の波形データには、各々の細胞を識別するためのインデックスが付与されてもよい。インデックスは、例えば、生成された波形データの順に1~Nの整数が付与され、同じ細胞から得られた前方散乱光の波形データ、側方散乱光の波形データ、側方蛍光の波形データには、それぞれ、同一のインデックスが付与される。
一つの波形データは一つの細胞に対応するので、インデックスは測定された細胞に対応する。同じ細胞に対応する波形データに同一のインデックスが付与されることで、後述する深層学習アルゴリズムは、個々の細胞に対応する前方散乱光の波形データと、側方散乱光の波形データと、蛍光の波形データを1セットとして解析し、細胞の種別を分類できる。
<訓練データの生成>
図3は、細胞の種別を判定するための深層学習アルゴリズムを訓練するために使用される訓練データの生成方法の一例を示す模式図である。訓練データ75は、検体をフローサイトメータによって測定し、検体に含まれる細胞について得られた前方散乱光(FSC)のアナログ信号70a、側方散乱光(SSC)のアナログ信号70b、及び側方蛍光(SFL)のアナログ信号70cに基づいて生成される波形データである。波形データの取得方法は、上述のとおりである。
図3は、細胞の種別を判定するための深層学習アルゴリズムを訓練するために使用される訓練データの生成方法の一例を示す模式図である。訓練データ75は、検体をフローサイトメータによって測定し、検体に含まれる細胞について得られた前方散乱光(FSC)のアナログ信号70a、側方散乱光(SSC)のアナログ信号70b、及び側方蛍光(SFL)のアナログ信号70cに基づいて生成される波形データである。波形データの取得方法は、上述のとおりである。
訓練データ75は、例えば、フローサイトメータによって検体を測定し、その検体に含まれる細胞を従来法のスキャッタグラムに基づいて解析した結果、特定の細胞種別である可能性が高いと判断された細胞の波形データを用いることができる。血球計数装置を用いる例で説明すると、まず、血液検体をフローサイトメータで測定し、検体に含まれる個々の細胞の前方散乱光、側方散乱光、蛍光の波形データを蓄積しておく。側方散乱光強度(側方散乱光信号のパルスの高さ)と蛍光強度(蛍光信号のパルス高さ)に基づいて、細胞を好中球、リンパ球、単球、好酸球、好塩基球、幼若顆粒球、異常細胞の集団に分類する。分類された細胞種別に対応するラベル値をその細胞の波形データに付与することで、訓練データが得られる。例えば、好中球の集団に含まれる細胞の側方散乱光強度および側方蛍光強度の最頻値、平均値または中央値を求め、それらの値に基づいて代表的な細胞を特定し、それらの細胞の波形データに好中球に対応するラベル値「1」を付与することで訓練データを得ることができる。訓練データの生成方法はこれに限らず、例えばセルソータによって特定の細胞だけを回収しておき、その細胞をフローサイトメータによって測定し、得られた波形データに細胞のラベル値を付与することによって訓練データを得てもよい。
アナログ信号70a、70b、70cは、フローサイトメータによって好中球が測定されたときの前方散乱光信号、側方散乱光信号、側方蛍光信号をそれぞれ示す。これらのアナログ信号が、上述したようにA/D変換されると、前方散乱光信号の波形データ72a、側方散乱光信号の波形データ72b、側方蛍光信号の波形データ72cが得られる。波形データ72a、72b、72cそれぞれの内部で隣り合うセルは、サンプリングレートに対応する間隔、例えば10ナノ秒間隔での信号レベルを格納している。波形データ72a、72b、72cは、データの元となった細胞の種別を表すラベル値77と組み合わされて、各細胞に対応する3つの波形データ、言い換えれば3つの信号強度(前方散乱光の信号強度、側方散乱光の信号強度、及び側方蛍光の信号強度)のデータがセットとなるように訓練データ75として深層学習アルゴリズム50に入力される。図3の例では訓練データの元となった細胞が好中球であるため、波形データ72a、72b、72cに好中球であることを示すラベル値77として「1」が付与され、訓練データ75が生成される。図4にラベル値77の例を示す。訓練データ75は、細胞種別毎に生成されるため、ラベル値は、細胞種別に応じて異なるラベル値77が付与される。
<深層学習の概要>
図3を例として、ニューラルネットワークの訓練の概要を説明する。ニューラルネットワーク50は、畳み込み層を有する畳み込みニューラルネットワークであることが好ましい。ニューラルネットワーク50における入力層50aのノード数は、入力される訓練データ75の波形データに含まれる配列の要素数に対応している。配列の要素数は、1つの細胞に対応する前方散乱光、側方散乱光、側方蛍光の波形データ72a、72b、72cの要素数の総和に等しい。図3の例では、波形データ72a、72b、72cのそれぞれが1024個の要素を含んでいるため、入力層50aのノード数は、1024×3=3072個となる。波形データ72a、72b、72cは、ニューラルネットワーク50の入力層50aに入力される。訓練データ75の各波形データのラベル値77は、ニューラルネットワークの出力層50bに入力され、ニューラルネットワーク50を訓練する。図3の符号50cは、中間層を示す。
図3を例として、ニューラルネットワークの訓練の概要を説明する。ニューラルネットワーク50は、畳み込み層を有する畳み込みニューラルネットワークであることが好ましい。ニューラルネットワーク50における入力層50aのノード数は、入力される訓練データ75の波形データに含まれる配列の要素数に対応している。配列の要素数は、1つの細胞に対応する前方散乱光、側方散乱光、側方蛍光の波形データ72a、72b、72cの要素数の総和に等しい。図3の例では、波形データ72a、72b、72cのそれぞれが1024個の要素を含んでいるため、入力層50aのノード数は、1024×3=3072個となる。波形データ72a、72b、72cは、ニューラルネットワーク50の入力層50aに入力される。訓練データ75の各波形データのラベル値77は、ニューラルネットワークの出力層50bに入力され、ニューラルネットワーク50を訓練する。図3の符号50cは、中間層を示す。
<波形データの分析方法>
図5に分析対象である細胞の波形データを分析する方法の例を示す。波形データの分析方法では、分析対象の細胞からフローサイトメータによって取得した前方散乱光のアナログ信号80a、側方散乱光のアナログ信号80b、及び側方蛍光のアナログ信号80cから、上述の方法によって得られる波形データからなる分析データ85が生成される。
図5に分析対象である細胞の波形データを分析する方法の例を示す。波形データの分析方法では、分析対象の細胞からフローサイトメータによって取得した前方散乱光のアナログ信号80a、側方散乱光のアナログ信号80b、及び側方蛍光のアナログ信号80cから、上述の方法によって得られる波形データからなる分析データ85が生成される。
分析データ85と訓練データ75は、少なくとも取得条件を同じにすることが好ましい。取得条件とは、検体に含まれる細胞をフローサイトメータによって測定するための条件、例えば測定試料の調製条件、測定試料をフローセルに流すときの流速、フローセルに照射される光の強度、散乱光及び蛍光を受光する受光部の増幅率などを含む。取得条件は、さらに、アナログ信号をA/D変換するときのサンプリングレートも含む。
分析対象の細胞がフローセルを流れると、前方散乱光のアナログ信号80a、側方散乱光のアナログ信号80b、及び側方蛍光のアナログ信号80cが得られる。これらのアナログ信号80a、80b、80cが上述したようにA/D変換されると、細胞毎に、信号強度を取得した時点が同期され、前方散乱光信号の波形データ82a、側方散乱光信号の波形データ82b、側方蛍光信号の波形データ82cとなる。波形データ82a、82b、82cは、各細胞の3つの信号強度(前方散乱光の信号強度、側方散乱光の信号強度、及び側方蛍光の信号強度)のデータがセットとなるように組み合わされて、分析データ85として深層学習アルゴリズム60に入力される。
分析データ85を訓練済みの深層学習アルゴリズム60を構成するニューラルネットワーク60の入力層60aに入力すると、出力層60bから、分析データ85に対応する細胞の種別に関する分類情報として分析結果83が出力される。図5の符号60cは、中間層を示す。細胞種別に関する分類情報とは、例えば、細胞が複数の細胞種別の各々に属する確率である。さらに、この確率の中で、値が最も高い分類に、分析データ85を取得した分析対象の細胞が属すると判断し、その細胞種別を表す識別子であるラベル値82等が分析結果83に含まれてもよい。分析結果83は、ラベル値そのものの他、ラベル値を細胞種別を示す情報(例えば文字列)に置き換えたデータであってもよい。図5では分析データ85に基づいて、深層学習アルゴリズム60が分析データ85を取得した分析対象の細胞が属する確率が最も高かったラベル値「1」を出力し、さらに、このラベル値に対応する「好中球」という文字データが分析結果83として出力される例を示している。ラベル値の出力は、深層学習アルゴリズム60が行ってもよいが、他のコンピュータプログラムが、深層学習アルゴリズム60が算出した確率に基づいて、最も好ましいラベル値を出力してもよい。
[2.細胞分析装置と細胞分析装置における生体試料の測定]
本実施形態の細胞の波形データ、またはその元となる細胞のアナログ信号は、第1の細胞分析装置4000又は第2の細胞分析装置4000’において取得され得る。図6の(a)は、細胞分析装置4000の外観の例を示す。図6の(b)は、細胞分析装置4000’の外観の例を示す。図6の(a)において、細胞分析装置4000は、測定ユニット400と、測定ユニット400における試料の測定条件の設定や測定を制御したり、深層学習アルゴリズム60による細胞のデータの分析結果を分析するための処理ユニット300を備える。図6の(b)において、細胞分析装置4000’は、測定ユニット500と、測定ユニット500における試料の測定条件の設定や測定を制御したり、深層学習アルゴリズム60による細胞のデータの分析結果を分析するための処理ユニット300を備える。測定ユニット400、500と処理ユニット300は相互に通信可能に有線、又は無線で接続されうる。以下に、測定ユニット400、500の構成例を示すが、本実施形態は、以下の例示に限定されて解釈されるものではない。処理ユニット300は、後述するベンダ側装置100と共用されてもよい。
本実施形態の細胞の波形データ、またはその元となる細胞のアナログ信号は、第1の細胞分析装置4000又は第2の細胞分析装置4000’において取得され得る。図6の(a)は、細胞分析装置4000の外観の例を示す。図6の(b)は、細胞分析装置4000’の外観の例を示す。図6の(a)において、細胞分析装置4000は、測定ユニット400と、測定ユニット400における試料の測定条件の設定や測定を制御したり、深層学習アルゴリズム60による細胞のデータの分析結果を分析するための処理ユニット300を備える。図6の(b)において、細胞分析装置4000’は、測定ユニット500と、測定ユニット500における試料の測定条件の設定や測定を制御したり、深層学習アルゴリズム60による細胞のデータの分析結果を分析するための処理ユニット300を備える。測定ユニット400、500と処理ユニット300は相互に通信可能に有線、又は無線で接続されうる。以下に、測定ユニット400、500の構成例を示すが、本実施形態は、以下の例示に限定されて解釈されるものではない。処理ユニット300は、後述するベンダ側装置100と共用されてもよい。
<第1の細胞分析装置と測定試料の調製>
(測定ユニット及び処理ユニットの構成)
測定ユニット400が、血液試料中の細胞を検出するためのフローサイトメータであるFCM検出部を備える血液分析装置、より具体的には血球計数装置である場合の構成例を説明する。
(測定ユニット及び処理ユニットの構成)
測定ユニット400が、血液試料中の細胞を検出するためのフローサイトメータであるFCM検出部を備える血液分析装置、より具体的には血球計数装置である場合の構成例を説明する。
(構成例1)
図7から図19を参照し、測定ユニット400及び処理ユニット300の構成例を説明する。図7は、測定ユニット400のブロック図の例を示す。図7に示されるように、測定ユニット400は、血球を検出するFCM検出部410、FCM検出部410から出力されるアナログ信号を処理するアナログ処理部420、測定ユニット制御部480、試料調製部440、装置機構部430及び検体吸引部450を備えている。
図7から図19を参照し、測定ユニット400及び処理ユニット300の構成例を説明する。図7は、測定ユニット400のブロック図の例を示す。図7に示されるように、測定ユニット400は、血球を検出するFCM検出部410、FCM検出部410から出力されるアナログ信号を処理するアナログ処理部420、測定ユニット制御部480、試料調製部440、装置機構部430及び検体吸引部450を備えている。
図8は、検体吸引部450と試料調製部440を説明するための模式図である。検体吸引部450は、採血管Tから血液検体(全血)を吸引するためのノズル451と、ノズルに陰圧/陽圧を付与するためのポンプ452を備える。ノズル451は、装置機構部430によって上下移動されることで採血管Tに挿入される。ノズル451が採血管Tに挿入された状態でポンプ452が陰圧を付与すると、ノズル451を介して血液検体が吸引される。なお、装置機構部430は、採血管Tからの血液の吸引前に採血管Tを転倒攪拌するハンド部材を備えてもよい。
試料調製部440は、5つの反応チャンバ440a~440eを備える。反応チャンバ440a~440eは、それぞれ、DIFF、RET、WPC、PLT-F、WNRの測定チャネルにおいて用いられる。各反応チャンバには、各測定チャネルに対応する試薬である溶血剤を収容した溶血剤容器と染色液を収容した染色液容器が流路を介して接続されている。一つの反応チャンバとそれに接続された試薬(溶血剤及び染色液)によって、測定チャネルが構成されている。例えば、DIFF測定チャネルは、DIFF測定用試薬であるDIFF溶血剤およびDIFF染色液と、DIFF反応チャンバ440aによって構成されている。他の測定チャネルも同様に構成されている。なお、ここでは一つの測定チャネルが溶血剤と染色液を一つずつ備えた構成を例示しているが、一つの測定チャネルが必ずしも溶血剤と染色液の両方を備えなくてもよく、複数の測定チャネルによって一つの試薬が共用されてもよい。
血液検体を吸引したノズル451は、装置機構部430による水平・上下移動によって、反応チャンバ440a~440eのうち、オーダーに対応する測定チャネルに対応する反応チャンバに上方からアクセスし、吸引した血液検体を吐出する。試料調製部440は、血液検体が吐出された反応チャンバに、対応する溶血剤と染色液を供給し、反応チャンバ内で血液検体と溶血剤と染色液を混合することで測定試料を調製する。調製された測定試料は、流路を介して反応チャンバからFCM検出部410に供給され、フローサイトメトリー法による細胞の測定が行われる。
図9は、FCM検出部410の光学系の構成例を示している。図9に示すように、フローサイトメータによる測定では、測定試料に含まれる細胞がフローサイトメータ内に備えられたフローセル(シースフローセル)4113を通過する際に、光源4111がフローセル4113に光を照射し、この光によってフローセル4113内の細胞から発せられる散乱光及び蛍光を検出する。
図9において、光源4111であるレーザダイオードから出射された光は、照射レンズ系4112を介してフローセル4113内を通過する細胞に照射される。
本実施形態において、フローサイトメータの光源4111は特に限定されず、蛍光色素の励起に好適な波長の光源4111が選択される。そのような光源4111としては、例えば赤色半導体レーザ光源及び/又は青色半導体レーザ光源を含む半導体レーザ光源、アルゴンレーザ光源、ヘリウム-ネオンレーザ等の気体レーザ光源、水銀アークランプなどが使用される。特に半導体レーザ光源は、気体レーザ光源に比べて非常に安価であるので好適である。
図9に示されるように、フローセル4113を通過する粒子から発せられる前方散乱光は、集光レンズ4114とピンホール部4115を介して前方散乱光受光素子4116によって受光される。前方散乱光受光素子4116はフォトダイオードである。側方散乱光は、集光レンズ4117、ダイクロイックミラー4118、バンドパスフィルタ4119、及びピンホール部4120を介して側方散乱光受光素子4121によって受光される。側方散乱光受光素子4121は、フォトダイオードである。側方蛍光は、集光レンズ4117及びダイクロイックミラー4118を介して側方蛍光受光素子4122によって受光される。側方蛍光受光素子4122は、アバランシェフォトダイオードである。なお、前方散乱光受光素子4116、側方散乱光受光素子4121、側方蛍光受光素子4122として光電子増倍管を用いてもよい。
各受光素子4116、4121及び4122から出力された受光信号は、それぞれ、アンプ4151、4152及び4153を介してアナログ処理部420に入力される。
図7に戻って、アナログ処理部420は、FCM検出部410から入力されるアナログ信号に対してノイズ除去、平滑化等の処理を行い、処理後のアナログ信号を測定ユニット制御部480に対して出力する。
測定ユニット制御部480は、A/D変換部482と、プロセッサ4831と、RAM4834と、記憶部4835と、バスコントローラ4850と、並列処理プロセッサ4833と、処理ユニット300と接続するインタフェース部489とを備えている。さらに、測定ユニット制御部480は、A/D変換部482との間に介在するインタフェース部484と、装置機構部430との間に介在するインタフェース部488とを備えている。図7に示されるように、本構成例では、並列処理プロセッサ4833は、測定ユニット400の内部に組み込まれる形で細胞分析装置4000に搭載されている。
プロセッサ4831は、バス485を介して、インタフェース部489、インタフェース部488、インタフェース部484、RAM4834、記憶部4835と接続されている。プロセッサ4831は、バス485を介して並列処理プロセッサ4833と接続されている。処理ユニット300は、インタフェース部489とバス485を介して測定ユニット400の各部に接続されている。バス485は、例えば、数百MB/s以上のデータ転送速度を有する伝送路である。バス485は、例えば、1GB/s以上のデータ転送速度を有する伝送路で構成してもよい。バス485は、例えば、PCI-Express又はPCI-X規格に基づいてデータ転送を行う。
A/D変換部482は、アナログ処理部420から出力されたアナログ信号をデジタル信号に変換する。A/D変換部482は、検体の測定開始から測定終了までのアナログ信号をデジタル信号に変換する。ある測定チャネルでの測定によって複数種類のアナログ信号(例えば、前方散乱光強度、側方散乱光強度および蛍光強度にそれぞれ対応するアナログ信号)が生成される場合、A/D変換部482は、それぞれのアナログ信号の測定開始から測定終了までをデジタル信号に変換する。A/D変換部482には、例えば、図9を参照して説明したように、3種類のアナログ信号(すなわち前方散乱光信号、側方散乱光信号および蛍光信号)が、それぞれ対応する複数の信号伝送経路421を介して入力される。A/D変換部482は、複数の信号伝送経路421から入力されたアナログ信号のそれぞれをデジタル信号に変換する。それぞれの信号伝送経路421は、例えば、アナログ信号を差動信号として伝送するように構成されている。
A/D変換部482は、図2を参照して説明したように、所定のサンプリングレート(例えば、10ナノ秒間隔で1024ポイントのサンプリング、80ナノ秒間隔で128ポイントのサンプリング、又は160ナノ秒間隔で64ポイントのサンプリング等)で、アナログ信号をサンプリングする。A/D変換部482は、各細胞に対応する3種類のアナログ信号に対してサンプリング処理を実行することで、各細胞について前方散乱光信号の波形データ、側方散乱光信号の波形データおよび蛍光信号の波形データを生成する。A/D変換部482は、生成した波形データのそれぞれにインデックスを付与する。生成された波形データは、図2(c)に示すように、一つの検体に含まれるN個の細胞の波形データが連続してできるデジタル信号になる。これによりN個の細胞から得られる3種類のアナログ信号(前方散乱光信号、側方散乱光信号および蛍光信号)に対応する3つのデジタル信号が生成される。
A/D変換部482は、アナログ信号から波形データを生成することに加えて、アナログ信号のパルスからピーク値を計算してもよい。
A/D変換部482は、生成したデジタル信号をバス485に入力する。バスコントローラ4850は、A/D変換部482から出力されたデジタル信号を、例えば、DMA(Direct Memory Access)転送によって、RAM4834に送信する。RAM4834は、デジタル信号を記憶する。
プロセッサ4831は、並列処理プロセッサ4833を用いて、深層学習アルゴリズム60に従って、生成されたデジタル信号に含まれる波形データの分析処理を実行する。すなわちプロセッサ4831は、深層学習アルゴリズム60にしたがってデジタル信号に含まれる波形データの分析処理を実行するようにプログラムされている。深層学習アルゴリズム60に基づいて細胞のデータを分析するための解析ソフトウェア4832は、記憶部4835に格納されていてもよい。この場合、プロセッサ4831は、記憶部4835に格納されている解析ソフトウェア4832を実行することにより、深層学習アルゴリズム60に基づくデータの分析処理を実行する。プロセッサ4831は、例えば、CPU(Central Processing Unit)である。プロセッサ4831は、例えばインテル社製のCore i9、Core i7、Core i5、AMD社製のRyzen 9、Ryzen 7、Ryzen 5、Ryzen 3などを用いてもよい。
プロセッサ4831は、並列処理プロセッサ4833を制御する。並列処理プロセッサ4833は、プロセッサ4831による制御に応じて、例えば行列演算に関する並列処理を実行する。つまり、プロセッサ4831は、並列処理プロセッサ4833のマスタプロセッサであり、並列処理プロセッサ4833は、プロセッサ4831のスレーブプロセッサである。プロセッサ4831は、ホストプロセッサまたはメインプロセッサとも呼ばれる。
並列処理プロセッサ4833は、波形データの分析に関する処理の少なくとも一部である複数の演算処理を並列に実行する。並列処理プロセッサ4833は、例えば、GPU(Graphics Processing Unit)、FPGA(Field Programmable Gate Array)、ASIC(Application Specific Integrated Circuit)である。並列処理プロセッサ4833がFPGAである場合、並列処理プロセッサ4833は、例えば、訓練済みの深層学習アルゴリズム60に関する演算処理が予めプログラムされていてもよい。並列処理プロセッサ4833がASICである場合、並列処理プロセッサ4833は、例えば、訓練済みの深層学習アルゴリズム60に関する演算処理を実行するための回路が予め組み込まれていてもよいし、そのような組み込み回路に加えてプログラマブルなモジュールが内蔵されていてもよい。並列処理プロセッサ4833は、例えば、NVIDIA社製のGeForce,Quadro,TITAN,Jetsonなどを用いてもよい。Jetsonシリーズであれば、例えば、Jetson Nano、Jetson Tx2、Jetson Xavier、Jetson AGX Xavierが用いられる。
プロセッサ4831は、例えば、測定ユニット400の制御に関する計算処理を実行する。プロセッサ4831は、例えば、装置機構部430、試料調製部440、検体吸引部450との間で送受信される制御信号に関する計算処理を実行する。プロセッサ4831は、例えば、処理ユニット300との間での情報の送受信に関する計算処理を実行する。プロセッサ4831は、例えば、記憶部4835からのプログラムデータの読み出し、RAM4834へのプログラムの展開、RAM4834との間のデータの送受信に関する処理を実行する。プロセッサ4831により実行される上述の各処理は、例えば、所定の順番に実行することが求められる。例えば、装置機構部430、試料調製部440、検体吸引部450の制御に要する処理がA、B及びCとすると、B、A、Cの順で実行することが求められることがある。プロセッサ4831はこのような順序に依存する連続的な処理を実行することが多いため、演算ユニット(「プロセッサコア」、「コア」等と呼ばれることがある)の数を増したとしても、必ずしも処理速度が高まるものではない。
一方、並列処理プロセッサ4833は、例えば、多量の要素を含む行列データの演算のように、定型的で多量な計算処理を実行する。本実施形態では、並列処理プロセッサ4833は、深層学習アルゴリズム60に従って波形データを分析する処理の少なくとも一部を並列化した並列処理を実行する。深層学習アルゴリズム60には、例えば、多量の行列演算が含まれる。深層学習アルゴリズム60には、例えば、少なくとも100の行列演算が含まれることがあり、また、少なくとも1000の行列演算が含まれることもある。並列処理プロセッサ4833は、複数の演算ユニットを有し、これらの演算ユニットの各々が同時に行列演算を実行可能である。つまり、並列処理プロセッサ4833は、並列処理として、複数の演算ユニットの各々による行列演算を並列に実行することができる。例えば、深層学習アルゴリズム60に含まれる行列演算は、互いに順序依存が無い複数の演算処理に分割することができる。このように分割された演算処理は、複数の演算ユニットの各々で並列に実行可能となる。これらの演算ユニットは、「プロセッサコア」、「コア」等と呼ばれることがある。
このような並列処理を実行することにより、測定ユニット400全体としての演算処理を高速化することが可能となる。深層学習アルゴリズム60に含まれる行列演算のような処理は、例えば、「単一命令複数データ処理」(SIMD:Single Instruction Multiple Data)と呼ばれることがある。並列処理プロセッサ4833は、例えばこのようなSIMD演算に適している。このような並列処理プロセッサ4833は、ベクトルプロセッサと呼ばれることがある。
上述のように、プロセッサ4831は、多様かつ複雑な処理を実行することに適している。一方、並列処理プロセッサ4833は、定型化された多量の処理を並列に実行することに適している。定型化された多量の処理を並列に実行することにより、計算処理に要するTAT(Turn Around Time)が短縮される。
なお、並列処理プロセッサ4833が実行する並列処理の対象は、行列演算に限られない。例えば、並列処理プロセッサ4833が深層学習アルゴリズム50に従って学習処理を実行するときは、学習処理に関する微分演算等が並列処理の対象となり得る。
プロセッサ4831の演算ユニットの数は、例えば、デュアルコア(コア数:2)、クアッドコア(コア数:4)、オクタコア(コア数:8)である。一方、並列処理プロセッサ4833は、演算ユニットを、例えば、少なくとも10個有し(コア数:10)、10の行列演算を並列に実行し得る。並列処理プロセッサ4833は、例えば、演算ユニットを数十個有するものもある。また、並列処理プロセッサ4833は、演算ユニットを、例えば、少なくとも100個有し(コア数:100)、100の行列演算を並列に実行し得るものもある。並列処理プロセッサ4833は、例えば、演算ユニットを数百個有するものもある。また、並列処理プロセッサ4833は、演算ユニットを、例えば、少なくとも1000個有し(コア数:1000)、1000の行列演算を並列に実行し得るものもある。並列処理プロセッサ4833は、例えば、演算ユニットを数千個有するものもある。
図11は、並列処理プロセッサ4833の構成例を示す。並列処理プロセッサ4833は、複数の演算ユニット4836、及びRAM4837を含む。演算ユニット4836の各々は、行列データの演算処理を並列に実行する。RAM4837は、演算ユニット4836が実行する演算処理に関するデータを記憶する。RAM4837は、少なくとも1ギガバイトの容量を有するメモリである。RAM4837は、2ギガバイト、4ギガバイト、6ギガバイト、8ギガバイト、又は10ギガバイト以上の容量を有するメモリであってもよい。演算ユニット4836は、RAM4837からデータを取得し、演算処理を実行する。演算ユニット4836は、「プロセッサコア」、「コア」等と呼ばれることがある。
図12~図14は、測定ユニット400への並列処理プロセッサ4833の搭載例を示す。図12~図14は、並列処理プロセッサ4833が測定ユニット400の内部に組み込まれる形で細胞分析装置4000に搭載されている例を示す。図12及び図13は、プロセッサ4831と並列処理プロセッサ4833とを別体として設ける搭載例を示す。図12に示すように、プロセッサ4831は、例えば、基板4838に搭載される。並列処理プロセッサ4833は、例えば、グラフィックボード4830に搭載され、グラフィックボード4830がコネクタ4839を介して基板4838に接続される。プロセッサ4831は、バス485を介して並列処理プロセッサ4833と接続される。図13に示すように、並列処理プロセッサ4833は、例えば、基板4838に直に搭載され、バス485を介してプロセッサ4831に接続されてもよい。図14は、プロセッサ4831と並列処理プロセッサ4833とを一体として設ける搭載例を示す。図14に示すように、並列処理プロセッサ4833は、例えば、基板4838に搭載されたプロセッサ4831に内蔵されてもよい。
図15は、測定ユニット400への並列処理プロセッサ4833の他の搭載例を示す。図15は、測定ユニット400に接続される外付け装置4800によって、測定ユニット400に並列処理プロセッサ4833を搭載する例を示す。並列処理プロセッサ4833は、例えば、USB(Universal Serial Bus)デバイスである外付け装置4800に実装され、このUSBデバイスがインタフェース部487を介してバス485に接続されることで、並列処理プロセッサ4833が細胞分析装置4000に搭載される。USBデバイスは、例えば、USBドングルのような小型デバイスでもよい。インタフェース部487は、例えば、数百Mbpsの転送速度を有するUSBインタフェースであり、より好ましくは、数Gbps~数10Gbps以上の転送速度を有するUSBインタフェースである。並列処理プロセッサ4833が実装された外付け装置4800として、例えば、Intel社製 Neural Compute Stick 2が用いられてもよい。
並列処理プロセッサ4833が実装された複数のUSBデバイスをインタフェース部487に接続することで、複数の並列処理プロセッサ4833を細胞分析装置4000に搭載してもよい。一つのUSBデバイスに実装される並列処理プロセッサ4833は、演算ユニット4836の数がGPU等に比べて少ないことがあるため、測定ユニット400に接続するUSBデバイスを複数に増設することにより、コア数のスケールアップが可能となる。
図16、図17および図18は、プロセッサ4831上で動作する解析ソフトウェア4832の制御に基づいて、並列処理プロセッサ4833で実行される演算処理の概要を示す。図16は、演算処理を実行する並列処理プロセッサ4833の構成例を示す。並列処理プロセッサ4833は、複数の演算ユニット4836、RAM4837を有する。解析ソフトウェア4832を実行するプロセッサ4831は、並列処理プロセッサ4833に命令し、波形データを深層学習アルゴリズム60で分析する場合に要する少なくとも一部の演算処理を並列処理プロセッサ4833に実行させることができる。プロセッサ4831は、並列処理プロセッサ4833に対して、深層学習アルゴリズムに基づく波形データ分析に関する演算処理の実行を命令する。FCM検出部410で検出された信号に対応する波形データの全部又は少なくとも一部は、RAM4834に記憶される。RAM4834に記憶されたデータは、並列処理プロセッサ4833のRAM4837に転送される。RAM4834に記憶されたデータは、例えば、DMA(Direct Memory Access)方式によりRAM4837に転送される。並列処理プロセッサ4833の複数の演算ユニット4836の各々は、RAM4837に記憶されたデータに対する演算処理を並列に実行する。複数の演算ユニット4836の各々は、必要なデータをRAM4837から取得して演算処理を実行する。演算結果に対応するデータは、並列処理プロセッサ4833のRAM4837に記憶される。演算結果に対応するデータは、RAM4837からRAM4834に、例えばDMA方式で、転送される。
図17は、並列処理プロセッサ4833が実行する行列演算の概要を示す。波形データを深層学習アルゴリズム60に従って分析するにあたり、行列の積の計算(行列演算)が実行される。並列処理プロセッサ4833は、例えば、行列演算に関する複数の演算処理を並列に実行する。図17の(a)は、行列の積の計算式を示す。(a)に示す計算式では、n行n列の行列aとn行n列の行列bとの積により、行列cを求める。図17に例示されるように、計算式は、多階層のループ構文で記述される。図17の(b)は、並列処理プロセッサ4833で並列に実行される演算処理の例を示す。図17(a)に例示された計算式は、例えば、1階層目のループ用変数iと、2階層目のループ用変数jとの組合せ数であるn×n個の演算処理に分割することができる。このように分割された演算処理の各々は、互いに依存しない演算処理であるため、並列に実行し得る。
図18は、図17の(b)に例示された複数の演算処理が、並列処理プロセッサ4833で並列に実行されることを示す概念図である。図18に示すように、複数の演算処理の各々は、並列処理プロセッサ4833が備える複数の演算ユニット4836のいずれかに割り当てられる。演算ユニット4836の各々は、割り当てられた演算処理を、互いに並列に実行する。つまり、演算ユニット4836の各々は、分割された演算処理を同時に実行する。
図17および図18に例示された並列処理プロセッサ4833による演算によって、例えば、波形データに対応する細胞が複数の細胞種別の各々に属する確率に関する情報が求められる。演算の結果に基づいて、解析ソフトウェア4832を実行するプロセッサ4831は、波形データに対応する細胞の細胞種に関する解析を行う。演算結果は、並列処理プロセッサ4833のRAM4837に記憶され、RAM4837からRAM4834に転送される。プロセッサ4831は、RAM4834に記憶された演算結果に基づいて解析した結果を、バス485及びインタフェース部489を介して処理ユニット300に送信する。
細胞が複数の細胞種別の各々に属する確率の演算は、並列処理プロセッサ4833とは別のプロセッサが行ってもよい。例えば、並列処理プロセッサ4833による演算結果がRAM4837からRAM4834に転送され、プロセッサ4831が、RAM4834から読み出した演算結果に基づいて、各々の波形データに対応する細胞が複数の細胞種別の各々に属する確率に関する情報を演算してもよい。また、並列処理プロセッサ4833による演算結果をRAM4837から処理ユニット300に転送され、処理ユニット300に搭載されたプロセッサが、各々の波形データに対応する細胞が複数の細胞種別の各々に属する確率に関する情報を演算してもよい。
本実施形態では、図17及び図18に示された処理は、例えば、深層学習アルゴリズム60における畳み込み層に関する演算処理(フィルタ処理とも呼ばれる)に適用される。
図19に、畳み込み層に関する演算処理の概要を示す。図19の(a)は、深層学習アルゴリズム60に入力される波形データとして、前方散乱光(FSC)の波形データの例を示す。本実施形態の波形データは、図2に示すように一次元の行列データである。より単純に言えば、波形データは要素を一列に並べた配列である。ここでは、説明の便宜上、波形データの要素数はn(nは1以上の整数)とする。(a)には、複数のフィルタが示されている。フィルタは、深層学習アルゴリズム50の学習処理により生成される。複数のフィルタの各々は、波形データの特徴を表す一次元の行列データである。(a)に示すフィルタは、1行3列の行列データであるが、列数は3に限られない。深層学習アルゴリズム60に入力される波形データと、各々のフィルタとを行列演算することで、波形データに関する細胞種別に対応する特徴が計算される。図19の(b)は、波形データとフィルタとの行列演算の概要を示す。(b)に示されるように、各フィルタを波形データの各要素に対して1つずらしながら行列演算が実行される。行列演算の計算は、下記の式1により実行される。
式1において、xの添え字は、波形データの行番号及び列番号を示す変数である。hの添え字は、フィルタの行番号及び列番号を示す変数である。図19に示す例の場合、波形データは一次元の行列データであり、フィルタは、1行3列の行列データであるから、L=1、M=3、p=0、q=0,1,2、i=0、j=0,1,…n-1である。
式1において、xの添え字は、波形データの行番号及び列番号を示す変数である。hの添え字は、フィルタの行番号及び列番号を示す変数である。図19に示す例の場合、波形データは一次元の行列データであり、フィルタは、1行3列の行列データであるから、L=1、M=3、p=0、q=0,1,2、i=0、j=0,1,…n-1である。
並列処理プロセッサ4833は、式1で表される行列演算を、複数の演算ユニット4836の各々によって並列に実行する。並列処理プロセッサ4833が実行した演算処理に基づき、各細胞の細胞種別に関する分類情報が生成される。生成された分類情報は、分類情報に基づく検体の検査結果の生成および表示に用いられる処理ユニット300に送信される。
測定ユニット400は、波形データと識別情報とを対応付けて処理することができる。具体的には、測定ユニット400は、波形データの分析結果(即ち、各細胞の細胞種別に関する分類情報)と識別情報とを対応付けて生成することができる。測定ユニット400は、例えば、各細胞の細胞種別に関する分類情報と識別情報とを対応付けて、処理ユニット300に送信する。識別情報は、例えば、(1)波形データに対応する生体試料の識別情報、(2)波形データに対応する細胞の識別情報(例えば上述のインデックス)、(3)波形データに対応する患者の識別情報、(4)波形データに対応する検査の識別情報、(5)波形データが測定された細胞分析装置の識別情報、(6)波形データが測定された病院や検査施設などの施設(以下、「検査関連施設」という。)の識別情報、が挙げられる。なお、(1)波形データに対応する生体試料の識別情報は、生体試料に対する測定オーダーが登録された時刻に関する情報、分析装置が生体試料を識別した時刻に関する情報、分析装置が生体試料の測定を開始した時刻に関する情報、生体試料が緊急検体か通常検体かを識別するための情報、生体試料が再計測か新規計測かを識別するための情報などの、並列処理の優先順位を決定するための情報を含み得る。測定ユニット400は、例えば、LIS(Laboratory Information System)又は処理ユニット300から検査オーダーを受領する際に、LIS又は処理ユニット300から、上記識別情報(1)~(6)の少なくとも一つ又はそれらの組み合わせを取得できる。例えば、例示された(1)~(6)の少なくとも一つが、分類情報に対応付けられて処理ユニット300に送信され、処理ユニット300を介してユーザに検査結果として提供される。例示された(1)~(6)の複数の組み合わせが、分類情報と対応付けられて処理ユニット300に送信されてもよい。測定ユニット400は、例えば、上記識別情報(1)~(6)の少なくとも一つ又はそれらの組み合わせを自ら生成することもできる。
波形データと上記識別情報(上記(1)~(6)の少なくとも一つ又はそれらの組み合わせ)との対応付けは、処理ユニット300が行ってもよい。処理ユニット300は、例えば、LISから検査オーダーを受領した際に、生体試料の識別情報や、患者の識別情報を取得する。処理ユニット300は、上記検査オーダーに対応する測定を測定ユニット400に指示する。処理ユニット300は、当該測定指示に対応する結果(即ち、波形データ)を測定ユニット400から取得した際、その結果(即ち、波形データ)と上記識別情報とを対応付ける。
図6に戻り、処理ユニット300は、インタフェース部489、及びバス485を介してプロセッサ4831と接続されており、プロセッサ4831及び並列処理プロセッサ4833による分析結果を受信することができる。インタフェース部489は、例えば、USBインタフェースである。
図10は、処理ユニット300の構成を示す図である。処理ユニット300は、プロセッサ3001と、バス3003と、記憶部3004と、インタフェース部3006と、表示部3015と、操作部3016とを備える。処理ユニット300は、ハードウェアとしては一般的なパーソナルコンピュータによって構成されており、記憶部3004に格納された専用のプログラムを実行することで、細胞分析装置4000の処理ユニットとして機能する。
プロセッサ3001はCPUであり、記憶部3004に記憶されたプログラムを実行することが可能である。
記憶部3004は、ハードディスク装置を備える。記憶部3004には、少なくとも、測定ユニット400から送信される細胞の分類情報を処理して、検体の検査結果を生成するためのプログラム60が格納されている。なお、検体の検査結果とは、後述するように、測定ユニット400によって得られた個々の細胞の分類情報82を分析結果83に基づいて、検体に含まれる血球を計数した結果を意味する。
表示部3015は、コンピュータスクリーンを備える。表示部3015はインタフェース部3006とバス3003を介してプロセッサ3001に接続されている。表示部3015は、プロセッサ3001から入力される画像信号を受けて、測定ユニット400から受領した分析結果83と、プロセッサ3001が分析結果83を分析して得られる検査結果を表示することができる。
操作部3016は、キーボード、マウスまたはタッチパネルを含むポインティングデバイスを備える。医師や検査技師等のユーザは、操作部3016を操作することで、細胞分析装置4000に測定オーダーを入力し、測定オーダーにしたがって測定指示を入力することができる。操作部3016は、ユーザから検査結果を表示する指示を受け付けることもできる。ユーザは、操作部3016を操作し、検査結果に関する様々な情報、例えば、グラフ、チャート、検体に付与されたフラグ情報を閲覧することができる。
上述の測定ユニット400は、インタフェース部3006を介して処理ユニット300に接続されている。測定ユニット400のプロセッサ4831は、深層学習アルゴリズム60によって生成した個々の細胞の分類情報を、検体の識別情報と関連付けて、処理ユニット300のプロセッサ3001に送信することができる。プロセッサ3001は、測定ユニット400から受信した細胞の分析結果83を、検体の識別情報と関連付けて記憶部3004に格納する。
<細胞分析装置の動作>
図20~図22を参照し、細胞分析装置4000による検体の分析動作を説明する。
図20~図22を参照し、細胞分析装置4000による検体の分析動作を説明する。
処理ユニット300のプロセッサ3001は、操作部3016を介してユーザから測定オーダーと測定指示を受け付けると、測定ユニット400に対して測定コマンドを送信する(ステップS1)。
測定ユニット400のプロセッサ4831は、測定コマンドを受信すると、検体の測定を開始する。プロセッサ4831は、検体吸引部450に、採血管Tから検体を吸引させる(ステップS10)。次に、プロセッサ4831は、検体吸引部450に、吸引した検体を試料調製部440のいずれかの反応チャンバ440a~440eに分注させる。ステップS1において処理ユニット300から送信される測定コマンドには、測定オーダーによって測定が要求されている測定チャネルの情報が含まれている。プロセッサ4831は、測定コマンドに含まれる測定チャネルの情報に基づいて、対応する測定チャネルの反応チャンバに検体を吐出するよう検体吸引部450を制御する。
プロセッサ4831は、試料調製部440に測定試料を調製させる(ステップS11)。具体的には、試料調製部440は、プロセッサ4831からの命令を受けて、検体が吐出された反応チャンバに試薬(溶血剤および染色液)を供給し、検体と試薬を混合する。これにより反応チャンバ内で、赤血球が溶血剤により溶血され、かつ白血球や網状赤血球などの、測定チャネルがターゲットとする細胞が染色的によって染色された測定試料が調製される。
プロセッサ4831は、FCM検出部410に、調製した測定試料を測定させる(ステップS12)。具体的に、プロセッサ4831は、装置機構部430を制御して、試料調製部440の反応チャンバ内にある測定試料をFCM検出部410へ送液する。反応チャンバとFCM検出部410は流路で接続されており、反応チャンバから送液された測定試料はフローセル4113内を流れて光源4111によってレーザ光が照射される(図9参照)。測定試料に含まれる細胞がフローセル4113を通過すると、光が細胞に照射され、細胞から生じた前方散乱光、側方散乱光、側方蛍光が、それぞれ受光素子4116、4121、4122によって検出され、受光強度に応じたアナログ信号が出力される。アナログ信号は、アナログ処理部420を介してA/D変換部482に出力される。
A/D変換部482は、アナログ信号を所定レートでサンプリングすることで、個々の細胞の波形データを含むデジタル信号を生成する(ステップS13)。波形データおよびデジタル信号の生成方法はすでに述べたとおりである。プロセッサ4831は、A/D変換部482によって生成されたデジタル信号をRAM4834に取り込む。例えば、プロセッサ4831は、バスコントローラ4850を制御し、A/D変換部482によって生成されたデジタル信号をDMA転送によってRAM4834に取り込ませる。DMA転送により、デジタル信号は、プロセッサ4831を介さずに直接RAM4834に転送される。具体的には、プロセッサ4831は、検査対象の検体に含まれる細胞から取得された前方散乱光信号のデジタル信号、側方散乱光のデジタル信号および蛍光信号のデジタル信号をRAM4834に取り込む。デジタル信号はRAM4834に格納される。
プロセッサ4831は、深層学習アルゴリズム60を用いて、生成したデジタル信号に含まれる波形データに基づく細胞分類を実行する(ステップS14)。S14の処理については後述する。
プロセッサ4831は、S14の結果として得られた個々の細胞の分類情報82を含む分析結果83を、検体の識別情報と関連付けて処理ユニット300に送信する(ステップS15)。分析結果83は、例えば、一つの検体に含まれる複数の細胞の分析結果83が、それぞれ、検体の識別情報に紐づけられて、処理ユニット300へ送られる。
処理ユニット300のプロセッサ3001は、測定ユニットから分析結果83を受信すると(ステップS2)、記憶部3004に格納されたプログラムを用いて分析結果83を分析し、検体の検査結果を生成する(ステップS3)。S3の処理では、例えば、個々の細胞の分析結果83に含まれるラベル値に基づいて、細胞種別ごとに細胞の数が計数される。例えば、1つの検体から好中球を示すラベル値「1」が付与された分類情報がN個あれば、検体の検査結果として好中球の数=Nとする計数結果が取得される。
プロセッサ3001は、分析結果83に基づいて測定チャネルに応じた測定項目に関する計数結果を取得し、検体の識別情報とともに記憶部3004に格納する。測定チャネルに応じた測定項目とは、測定オーダーによって計数結果が要求されている項目である。例えばDIFFチャネルに応じた測定項目とは白血球5分類、すなわち単球、好中球、リンパ球、好酸球、好塩基球の数である。RETチャネルに応じた測定項目とは網赤血球の数である。PLT-Fに応じた測定項目とは血小板の数である。WPCに応じた測定項目とは造血前駆細胞の数である。WNRに応じた測定項目とは白血球と有核赤血球の数である。計数結果は、上に列挙したような測定が要求されている項目(リポータブル項目ともいう)に限らず、同じ測定チャネルで測定可能な他の細胞の計数結果も含みうる。例えば測定チャネルがDIFFであれば、図4に示すように、白血球5分類に加えて、幼若顆粒球(IG)および異常細胞も計数結果に含まれる。さらにプロセッサ3001は、得られた計数結果を分析することで検体の検査結果を生成し、記憶部3004に格納する。計数結果の分析とは、例えば計数結果が正常値範囲内であるか、異常細胞が検出されていないか、前回の検査結果と比べて乖離が許容範囲内か、などを判断することを含む。
プロセッサ3001は、生成した検査結果を表示部3015に表示する(ステップS4)。
次に図21を参照して、ステップS14の細胞分類の処理について説明する。ステップS14の細胞分類の処理は、解析ソフトウェア4832の動作に応じて、プロセッサ4831が行う処理である。プロセッサ4831は、ステップS13においてRAM4834に取り込まれたデジタル信号を並列処理プロセッサ4833に転送する(S101)。プロセッサ4831は、図16に示されるように、DMA転送によって、RAM4834からRAM4837にデジタル信号を転送する。プロセッサ4831は、例えば、バスコントローラ4850を制御し、RAM4834からRAM4837にデジタル信号をDMA転送させる。
プロセッサ4831は、並列処理プロセッサ4833に、デジタル信号に含まれる波形データに対する並列処理の実行を指示する(S102)。プロセッサ4831は、例えば、並列処理プロセッサ4833のカーネル関数を呼び出すことで、並列処理の実行を指示する。並列処理プロセッサ4833で実行される処理は、図22に例示されたフローチャートで後述される。プロセッサ4831は、例えば、深層学習アルゴリズム60に関する行列演算の実行を並列処理プロセッサ4833に指示する。デジタル信号は複数の波形データに分解され、順次、深層学習アルゴリズム60に入力される。デジタル信号に含まれる、各細胞に対応するインデックスは深層学習アルゴリズム60には入力されない。深層学習アルゴリズム60に入力された波形データは、並列処理プロセッサ4833によって演算される。
プロセッサ4831は、並列処理プロセッサ4833によって実行された演算結果を受領する(S103)。演算結果は、例えば、図16に示されるように、RAM4837からRAM4834にDMA転送される。
プロセッサ4831は、並列処理プロセッサ4833による演算結果に基づいて、測定された各々の細胞の細胞種別の解析結果を生成する(S104)。
図22は、解析ソフトウェア4832の動作に応じたプロセッサ4831の指示に基づいて実行される並列処理プロセッサ4833の演算処理の動作例を示す。
解析ソフトウェア4832を実行するプロセッサ4831は、並列処理プロセッサ4833に、演算ユニット4836に対する演算処理の割り当てを実行させる(S110)。プロセッサ4831は、例えば、並列処理プロセッサ4833のカーネル関数を呼び出すことで、並列処理プロセッサ4833に、演算ユニット4836への演算処理の割り当てを実行させる。図18に示されるように、例えば、深層学習アルゴリズム60に関する行列演算が複数の演算処理に分割され、分割された各演算処理が演算ユニット4836に割り当てられる。複数の波形データが、順次、深層学習アルゴリズム60に入力される。波形データに対応する行列演算が複数の演算処理に分割され、演算ユニット4836に割り当てられる。
各演算処理は、複数の演算ユニット4836によって並列に処理される(S111)。演算処理は、複数の波形データに対して実行される。
複数の演算ユニット4836によって並列に処理されることで生成された演算結果は、RAM4837からRAM4834に転送される(S112)。例えば、演算結果は、RAM4837からRAM4834へ、DMAによって転送される。
(構成例2)
図23及び図24を参照し、測定ユニット400及び処理ユニット300によって構成される細胞分析装置4000の他の構成例を説明する。本構成例では、並列処理プロセッサは、処理ユニット300に設けられる。
図23及び図24を参照し、測定ユニット400及び処理ユニット300によって構成される細胞分析装置4000の他の構成例を説明する。本構成例では、並列処理プロセッサは、処理ユニット300に設けられる。
図23は、測定ユニット400のブロック図の他の例を示す。図23に示す測定ユニット400は、A/D変換部482、プロセッサ4831、RAM4834、記憶部4835、並列処理プロセッサ4833を備えておらず、接続ポート4201が設けられていることを除き、図6、図7及びその関連記載で説明された測定ユニット400と同様の構成及び機能を有する。接続ポート4201には接続ケーブル4202が接続される。
図24は、処理ユニット300のブロック図の例を示す。図24に示すように、処理ユニット300は、プロセッサ3001、並列処理プロセッサ3002、記憶部3004、RAM3005、インタフェース部3006、A/D変換部3008、バスコントローラ4850、インタフェース部3009を備えており、これらはバス3003に接続されている。つまり図24の例では、並列処理プロセッサ3002が処理ユニット300の内部に組み込まれる形で細胞分析装置4000に搭載されている。バス3003は、例えば、数百MB/s以上のデータ転送速度を有する伝送路である。バス3003は、1GB/s以上のデータ転送速度を有する伝送路であってもよい。バス3003は、例えば、PCI-ExpressやPCI-X規格に基づいてデータ転送を行う。プロセッサ3001、並列処理プロセッサ3002、記憶部3004、RAM3005の構成、及び、それらで実行される処理は、上述の図11~図19で説明されたプロセッサ4831、並列処理プロセッサ4833、記憶部4835、RAM4834の構成及び処理と同様である。A/D変換部3008は、測定ユニット400から出力されたアナログ信号を上述したようにサンプリングし、細胞の波形データを含むデジタル信号を生成する。デジタル信号の生成方法については上述のとおりである。図23及び図24の例では、接続ケーブル4202は、例えば、測定ユニット400から処理ユニット300に伝送されるアナログ信号の種類に対応する数の伝送経路を備える。例えば、接続ケーブル4202は、ツイストペアケーブルで構成され、処理ユニット300に伝送されるアナログ信号の種類に対応する数のペア数の配線を有する。接続ポート3007からA/D変換部3008の伝送経路も、処理ユニット300に伝送されるアナログ信号の種類に対応する数の配線を有してもよい。接続ポート3007からA/D変換部3008の伝送経路では、例えば、アナログ信号は差動信号として伝送される。
図25に示すように、プロセッサ3001および並列処理プロセッサ3002は、上述のプロセッサ4831および並列処理プロセッサ4833と同様の構成および機能を有する。並列処理プロセッサ3002は、複数の演算ユニット3200、及びRAM3201を含む。プロセッサ3001上で、測定された細胞の細胞種別を解析する解析ソフトウェア3100が実行される。なお、並列処理プロセッサ3002は、バス3003に直接接続される必要はなく、例えば、USBデバイスに実装され、このUSBデバイスがインタフェース部(不図示)を介してバス3003に接続されることで、処理ユニット300の一部として細胞分析装置4000に搭載されてもよい。このUSBデバイスは、例えば、USBドングルのような小型デバイスでもよい。
図23及び図24に示すとおり、処理ユニット300は、インタフェース部3006を介して、測定ユニット400のインタフェース部489と接続されている。処理ユニット300は、インタフェース部3006を介して、装置機構部430及び試料調製部440の制御信号を測定ユニット400に送信する。インタフェース部3006は、例えばUSBインタフェースである。
図23及び図24に示す例では、処理ユニット300は、インタフェース部3006の他に、A/D変換部3008に接続される接続ポート3007、接続ポート3007に接続される接続ケーブル4202を介して、測定ユニット400の接続ポート4201と接続される。接続ポート4201はアナログ処理部420と接続される。接続ポート4201から処理ユニット300に出力されるアナログ信号は、上述の通り、測定ユニット400のFCM検出部410の出力がアナログ処理部420によって処理された信号である。アナログ処理部420は、FCM検出部410から入力されたアナログ信号に対してノイズ除去を含む処理を行う。アナログ処理部420で処理されたアナログ信号は、接続ポート4201、接続ケーブル4202を介して、処理ユニット300に伝送される。接続ケーブル4202は、信号伝送中のノイズ低減のため、例えば、1メートル又はそれ以下の長さで構成される。アナログ信号は、例えば、差動信号として、接続ケーブル4202を介して処理ユニット300に伝送される。処理ユニット300は、複数の接続ポート3007を備えてもよい。処理ユニット300は、複数の接続ポート3007を介して、複数の測定ユニット400からアナログ信号を取得してもよい。
測定ユニット400から接続ケーブル4202を介して伝送されたアナログ信号は、処理ユニット300のA/D変換部3008によって、デジタル信号に変換される。A/D変換部3008は、例えば、図2を参照して説明したように、所定のサンプリングレート(例えば、10ナノ秒間隔で1024ポイントのサンプリング、80ナノ秒間隔で128ポイントのサンプリング、又は160ナノ秒間隔で64ポイントのサンプリング等)で、伝送されたアナログ信号をサンプリングし、細胞ごとの波形データを生成する。波形データはバス3003を介して記憶部3004又はRAM3005に記憶される。波形データは、例えば、DMAによりRAM3005に転送される。プロセッサ3001及び並列処理プロセッサ3002は、記憶部3004又はRAM3005に記憶された波形データに対して演算処理を実行する。
プロセッサ3001上で動作する解析ソフトウェア3100は、図16に示された解析ソフトウェア4832と同様の機能を有する。プロセッサ3001は、解析ソフトウェア3100を実行することにより、図16、図17、図18、図21、図22およびその関連記載と同様の動作によって、測定された細胞の細胞種別に関する分類情報を生成する。
この図23、図24に示される構成例2の細胞分析装置4000の場合、図20に示すフローチャートのうち、ステップS13(デジタル信号生成)、ステップS14(細胞分類)が処理ユニット300において行われる。ステップS15(分類情報の送信)は省略される。図21、図22の処理は、処理ユニット300のプロセッサ3001と並列処理プロセッサ3002によって行われる。
プロセッサ3001は、波形データと識別情報とを対応付けて処理することができる。具体的には、プロセッサ3001は、波形データの分析結果(即ち、各細胞の細胞種別に関する分類情報)と識別情報とを対応付けることができる。識別情報は、例えば、(1)波形データに対応する生体試料の識別情報、(2)波形データに対応する細胞の識別情報、(3)波形データに対応する患者の識別情報、(4)波形データに対応する検査の識別情報、(5)波形データが測定された細胞分析装置の識別情報、(6)波形データが測定された検査関連施設の識別情報、が挙げられる。プロセッサ3001は、例えば、LISから検査オーダーを受領する際に、LISから、上記識別情報(1)~(6)の少なくとも一つ又はそれらの組み合わせを取得できる。例えば、例示された(1)~(6)の少なくとも一つが、分類情報に対応付けられて、検査結果としてユーザに提供される。例示された(1)~(6)の複数の組み合わせが、分類情報と対応付けられて、検査結果としてユーザに提供されてもよい。
(構成例3)
図26及び図27を参照し、測定ユニット400及び処理ユニット300によって構成される細胞分析装置4000の他の構成例を説明する。本構成例においても、並列処理プロセッサ3002は、処理ユニット300の内部に組み込まれる形で細胞分析装置4000に搭載される。
図26及び図27を参照し、測定ユニット400及び処理ユニット300によって構成される細胞分析装置4000の他の構成例を説明する。本構成例においても、並列処理プロセッサ3002は、処理ユニット300の内部に組み込まれる形で細胞分析装置4000に搭載される。
図26は、測定ユニット400のブロック図の他の例を示す。図26に示す測定ユニット400は、プロセッサ4831、RAM4834、記憶部4835、並列処理プロセッサ4833を備えておらず、A/D変換部482で生成されたデジタル信号を処理ユニット300に伝送するためのインタフェース部4851と伝送路4852が設けられていることを除き、図6、図7及びその関連記載で説明された測定ユニット400と同様の構成及び機能を有する。インタフェース部4851は、例えば、1ギガビット/秒以上の通信帯域を備える専用回線としてのインタフェースである。例えば、インタフェース部4851は、ギガビットイーサ、USB3.0、またはThunderbolt3に準拠したインタフェースである。インタフェース部4851がギガビットイ―サである場合、伝送路4852は例えばLANケーブルである。インタフェース部4851がUSB3.0である場合、伝送路4852はUSB3.0に準拠したUSBケーブルである。伝送路4852は、例えば、測定ユニット400と処理ユニット300との間でデジタル信号を伝送するための専用の伝送路である。
図27は、処理ユニット300のブロック図の他の例を示す。図27に示す処理ユニット300は、A/D変換部3008及び接続ポート3007を備えていないこと、および、インタフェース部3010を備えることを除き、図24及びその関連記載で説明された処理ユニット300と同様の構成及び機能を有する。処理ユニット300は、複数のインタフェース部3010、および、複数のインタフェース部3006を介して、複数の測定ユニット400と接続されてもよい。
プロセッサ3001および並列処理プロセッサ3002は、図25およびその関連記載で説明されたプロセッサ3001および並列処理プロセッサ3002と同様の構成および機能を有する。図27において、並列処理プロセッサ3002は、必ずしもバス3003に直接接続される必要はなく、例えば、USBデバイスに実装され、このUSBデバイスがインタフェース部(不図示)を介してバス3003に接続されてもよい。このUSBデバイスは、例えば、USBドングルのような小型デバイスでもよい。
プロセッサ3001上で動作する解析ソフトウェア3100は、図16に示された解析ソフトウェア4832と同様の機能を有する。解析ソフトウェア3100は、図16、図17、図18、図21、図22およびその関連記載と同様の動作によって、測定された細胞の細胞種別を解析する。
この図26、図27に示される構成例3の細胞分析装置4000の場合、図20に示すフローチャートのうち、ステップS14(細胞分類)が処理ユニット300において行われる。ステップS15(分類情報の送信)は省略される。図21、図22の処理は、処理ユニット300のプロセッサ3001と並列処理プロセッサ3002によって行われる。
図26、図27の構成では、FCM検出部410において生成された細胞のアナログ信号(前方散乱光信号、側方散乱光信号、側方蛍光信号)は、測定ユニット400内のA/D変換部482においてデジタル信号に変換される。デジタル信号は、インタフェース部484、バス485、インタフェース部4851、伝送路4852を介して、処理ユニット300に送られる。伝送路4852は、上述のとおり測定ユニット400と処理ユニット300との間でデジタル信号を伝送するための専用の伝送路である。、例えば、測定ユニット400と処理ユニット300は、伝送路4852を介して、一対一で接続される。言い換えれば、伝送路4852は、例えば、細胞分析装置4000を構成するコンポーネント(例えば、測定ユニット400および処理ユニット300)以外の装置に関連するデータの伝送が介在しない伝送路である。伝送路4852は、例えば、イントラネット又インターネットとは、別の伝送路である。これにより、測定ユニット400内でA/D変換を行って生成されたデジタル信号を処理ユニット300に送信しても、デジタル信号の伝送の通信速度のボトルネックを回避できる。
(構成例4)
図28、図29、図30、図31、及び図32を参照し、細胞分析装置4000の他の構成例を説明する。
図28、図29、図30、図31、及び図32を参照し、細胞分析装置4000の他の構成例を説明する。
本構成例では、図28に例示されるように、測定ユニット400と処理ユニット300の間に、解析ユニット600が設けられる。つまり、図28、図29、図30、図31、図32の構成において、細胞分析装置4000は、測定ユニット400と、処理ユニット300と、解析ユニット600を備えて構成される。解析ユニット600は、測定された細胞の細胞種別を解析する。後述するとおり、本構成例では並列処理プロセッサ6002は解析ユニット600に組み込まれる形で細胞分析装置4000に搭載される。
図29に例示された測定ユニット400の構成は、図26およびその関連記載で説明された測定ユニット400と同様の構成および機能を有する。測定ユニット400と処理ユニット300との間に、解析ユニット600が設けられている。解析ユニット600は、複数の測定ユニット400と接続されてもよい。解析ユニット600は、複数の処理ユニット300と接続されてもよい。インタフェース部4851は、例えば、1ギガビット/秒以上の通信帯域を備えるインタフェースである。例えば、インタフェース部4851は、ギガビットイーサ、USB3.0又はThunderbolt3に準拠したインタフェースである。インタフェース部4851がギガビットイーサである場合、伝送路4852は例えばLANケーブルである。インタフェース部4851がUSB3.0である場合、伝送路4852はUSB3.0に準拠したUSBケーブルである。伝送路4852は、上述のとおり測定ユニット400と処理ユニット300との間でデジタル信号を伝送するための専用の伝送路である。例えば、測定ユニット400と処理ユニット300は、伝送路4852を介して、一対一で接続される。
図30は、解析ユニット600の構成例を示す。解析ユニット600は、例えば、プロセッサ6001、並列処理プロセッサ6002、バス6003、記憶部6004、RAM6005、インタフェース部6006、インタフェース部6007を備え、これらはバス6003に接続されている。バス6003は、例えば、数百MB/s以上のデータ転送速度を有する伝送路である。バス3003は、1GB/s以上のデータ転送速度を有する伝送路であってもよい。バス3003は、例えば、PCI-ExpressやPCI-X規格に基づいてデータ転送を行う。解析ユニット600は、複数のインタフェース部6006を介して、複数の測定ユニット400と接続されてもよい。複数の測定ユニット400が設けられている場合、測定ユニット400のそれぞれに解析ユニット600が接続されてもよい(例えば、複数の測定ユニット400と複数の解析ユニット600が、それぞれ、一対一に接続される)。
図31に示すように、プロセッサ6001および並列処理プロセッサ6002は、上述のプロセッサ4831および並列処理プロセッサ4833と同様の構成および機能を有する。並列処理プロセッサ6002は、複数の演算ユニット6200、及びRAM6201を含む。プロセッサ6001上で、測定された細胞の細胞種別を解析する解析ソフトウェア6100が動作する。プロセッサ6001上で動作する解析ソフトウェア6100は、図16に示された解析ソフトウェア4832と同様の機能を有する。解析ソフトウェア6100は、図16、図17、図18、図21、図22およびその関連記載と同様の動作によって、測定された細胞の細胞種別を解析する。解析ソフトウェア6100は、測定された細胞の分類情報を、インタフェース部6007を介して処理ユニット300に送信する。インタフェース部6007は、例えば、イーサネット(登録商標)、USBである。インタフェース部6007は、無線通信可能なインタフェース(例えば、WiFi(登録商標)、Bluetooth(登録商標))でもよい。
図32は、処理ユニット300の構成例を示す。図32に示された処理ユニット300は、図24および図27に示された処理ユニット300のように並列処理プロセッサ3002を備えなくてもよい。また、図32に示されたプロセッサ3001上では、図24および図27に示された解析ソフトウェア3100が動作していなくてもよい。処理ユニット300は、インタフェース部3006を介して、解析ユニット600による解析結果を受信する。インタフェース部3006は、例えば、イーサネット、USBである。インタフェース部3006は、無線通信可能なインタフェース(例えば、WiFi、Bluetooth)でもよい。
図29、図30、図31、図32の構成では、FCM検出部410において生成された細胞のアナログ信号(前方散乱光信号、側方散乱光信号、側方蛍光信号)は、測定ユニット400内のA/D変換部482においてデジタル信号に変換される。波形データは、インタフェース部484、バス485、インタフェース部4851、伝送路4852を介して、解析ユニット600に送られる。インタフェース部4851は、上述のとおり測定ユニット400と解析ユニット600を接続する専用のインタフェースであり、測定ユニット400と解析ユニット600を一対一で接続する。言い換えれば、伝送路4852は、例えば、細胞分析装置4000を構成するコンポーネント(例えば、測定ユニット400および処理ユニット300)以外の装置に関連するデータの伝送が介在しない伝送路である。伝送と4852は、例えば、イントラネット又インターネットとは、別の伝送路である。これにより、測定ユニット400内でA/D変換を行って生成されたデジタル信号を処理ユニット300に送信しても、デジタル信号の伝送の通信速度のボトルネックを回避できる。
この図29、図30、図31、図32に示される構成例4の細胞分析装置4000の場合、図20に示すフローチャートのうち、ステップS14(細胞分類)とステップS15(分類情報の送信)が解析ユニット600において行われる。すなわち、ステップS13で生成されたデジタル信号が測定ユニット400から解析ユニット600へ送信され、ステップS15で分類情報が処理ユニット300へ送信される。図21、図22の処理は、解析ユニット600のプロセッサ6001と並列処理プロセッサ6002によって行われる。
(構成例5)
図28、図33および図34を参照し、細胞分析装置4000の他の構成例を説明する。この構成例5の細胞分析装置も、前述の構成例4と同様、測定ユニット400と、処理ユニット300と、解析ユニット600を備えて構成される。
図33に示される測定ユニット400は、図23およびその関連記載で説明された測定ユニット400と同様の機能及び構成を備える。図33に示される測定ユニット400は、接続ケーブル4202を介して、解析ユニット600と接続される。例えば、接続ケーブル4202は、ツイストペアケーブルで構成され、処理ユニット300に伝送されるアナログ信号の種類に対応する数のペア数の配線を有する。接続ケーブル4202は、信号伝送中のノイズ低減のため、例えば、1メートル又はそれ以下の長さで構成される。測定ユニット400は、接続ケーブル4202を介して、解析ユニット600にアナログ信号を伝送する。
図28、図33および図34を参照し、細胞分析装置4000の他の構成例を説明する。この構成例5の細胞分析装置も、前述の構成例4と同様、測定ユニット400と、処理ユニット300と、解析ユニット600を備えて構成される。
図33に示される測定ユニット400は、図23およびその関連記載で説明された測定ユニット400と同様の機能及び構成を備える。図33に示される測定ユニット400は、接続ケーブル4202を介して、解析ユニット600と接続される。例えば、接続ケーブル4202は、ツイストペアケーブルで構成され、処理ユニット300に伝送されるアナログ信号の種類に対応する数のペア数の配線を有する。接続ケーブル4202は、信号伝送中のノイズ低減のため、例えば、1メートル又はそれ以下の長さで構成される。測定ユニット400は、接続ケーブル4202を介して、解析ユニット600にアナログ信号を伝送する。
図34に示される解析ユニット600は、図30およびその関連記載で説明された解析ユニット600と同様の機能および構成を備える。つまり、図34の例では、解析ユニット600に組み込まれる形で並列処理プロセッサ6002が細胞分析装置4000に搭載されている。図34に示される解析ユニット600は、さらに、接続ポート6008、A/D変換部6009を備える。解析ユニット600から接続ケーブル4202を介して伝送されたアナログ信号は、接続ポート6008を介してA/D変換部6009に入力される。A/D変換部6009は、A/D変換部482と同様の処理により、アナログ信号をデジタル信号に変換する。
解析ユニット600は、複数の接続ポート6008を介して、複数の測定ユニット400と接続されてもよい。複数の測定ユニット400が設けられている場合、測定ユニット400のそれぞれに解析ユニット600が接続されてもよい(例えば、複数の測定ユニット400と複数の解析ユニット600が、それぞれ、一対一に接続される)。
図31に示すように、プロセッサ6001および並列処理プロセッサ6002は、上述のプロセッサ4831および並列処理プロセッサ4833と同様の構成および機能を有する。プロセッサ6001上で、測定された細胞の細胞種別を解析する解析ソフトウェア6100が動作する。プロセッサ6001上で動作する解析ソフトウェア6100は、図16に示された解析ソフトウェア4832と同様の機能を有する。解析ソフトウェア6100は、図16、図17、図18、図21、図22およびその関連記載と同様の動作によって、測定された細胞の細胞種別を解析する。解析ソフトウェア6100は、測定された細胞の細胞種別の解析結果を、インタフェース部6007を介して処理ユニット300に送信する。インタフェース部6007は、例えば、イーサネット、USBである。インタフェース部6007は、無線通信可能なインタフェース(例えば、WiFi、Bluetooth)でもよい。
この図33、図34に示される構成例5の細胞分析装置4000の場合、図20に示すフローチャートのうち、ステップS13(デジタル信号の生成)、ステップS14(細胞分類)、及びステップS15(分類情報の送信)が解析ユニット600において行われる。すなわち、解析ユニット600のA/D変換部6009においてデジタル信号の生成(ステップS13)が行われ、デジタル信号に基づく細胞分類(ステップS14)がプロセッサ6001と並列処理プロセッサ6002によって行われ、分類情報が解析ユニット600から処理ユニット300へ送信される(ステップS15)。図21、図22の処理は、解析ユニット600のプロセッサ6001と並列処理プロセッサ6002によって行われる。
(波形データおよびデジタル信号のデータサイズ)
次に、波形データ及びデジタル信号のデータサイズについて説明する。本実施形態では、例えば、前方散乱光のアナログ信号(FSC)、側方散乱光のアナログ信号(SSC)、側方蛍光のアナログ信号(SFL)のそれぞれに対して、1つの細胞について一定間隔で複数の時点においてサンプリングが行われる。サンプリングレートの例は、10ナノ秒間隔で1024ポイントのサンプリング、80ナノ秒間隔で128ポイントのサンプリング、又は160ナノ秒間隔で64ポイントのサンプリング等を挙げることができる。データ量は、例えば、1サンプリングあたり2バイトとなる。FSC、SSC、SFLの各々について、サンプリングレートに応じた量のデータ(1024ポイントのレートの場合、2バイト×1024=2048バイト)が取得される。このデータ量は、一つの細胞あたりのデータ量である。1回の測定で、例えば、少なくとも100個の細胞について、FSC、SSC、SFLが測定される。また、1回の測定で、例えば、少なくとも1000個の細胞について、FSC、SSC、SFLが測定されることもある。また、1回の測定で、例えば、約10000個~約140000個の細胞について、FSC、SSC、SFLが測定されることもある。よって、例えば、1回の測定で計測される細胞数が100000個で、サンプリングレートが1024の場合、FSC、SSC、SFLの各々のデジタル信号のデータ量は、2バイト×1024×100000=204,800,000バイトとなり、FSC、SSC、SFLの合計で、614,400,000バイトとなる。
次に、波形データ及びデジタル信号のデータサイズについて説明する。本実施形態では、例えば、前方散乱光のアナログ信号(FSC)、側方散乱光のアナログ信号(SSC)、側方蛍光のアナログ信号(SFL)のそれぞれに対して、1つの細胞について一定間隔で複数の時点においてサンプリングが行われる。サンプリングレートの例は、10ナノ秒間隔で1024ポイントのサンプリング、80ナノ秒間隔で128ポイントのサンプリング、又は160ナノ秒間隔で64ポイントのサンプリング等を挙げることができる。データ量は、例えば、1サンプリングあたり2バイトとなる。FSC、SSC、SFLの各々について、サンプリングレートに応じた量のデータ(1024ポイントのレートの場合、2バイト×1024=2048バイト)が取得される。このデータ量は、一つの細胞あたりのデータ量である。1回の測定で、例えば、少なくとも100個の細胞について、FSC、SSC、SFLが測定される。また、1回の測定で、例えば、少なくとも1000個の細胞について、FSC、SSC、SFLが測定されることもある。また、1回の測定で、例えば、約10000個~約140000個の細胞について、FSC、SSC、SFLが測定されることもある。よって、例えば、1回の測定で計測される細胞数が100000個で、サンプリングレートが1024の場合、FSC、SSC、SFLの各々のデジタル信号のデータ量は、2バイト×1024×100000=204,800,000バイトとなり、FSC、SSC、SFLの合計で、614,400,000バイトとなる。
更に、FSC、SSC、SFLは、測定チャネル毎に計測される。よって、例えば、1回の測定で計測される細胞数が100000個で、サンプリングレートが1024、測定チャネル数が5の場合、FSC、SSC、SFLの各々のデータ量は、2バイト×1024×100000×5=1,024,000,000バイトとなり、FSC、SSC、SFLの合計で、3,072,000,000バイトとなる。
以上より、デジタル信号の容量は、例えば、1検体あたり数百メガバイトから数ギガバイトとなり、細胞数、サンプリングレート、測定チャンネル数によっては、少なくとも1ギガバイトとなる。
本実施形態によれば、1検体あたり数百メガバイトから数ギガバイトに及ぶ膨大な容量のデジタル信号を分析するにあたり、上述のとおり細胞分析装置4000又は4000’の内部で深層学習アルゴリズム60を用いた分析処理が完結し、細胞分析装置4000又は4000’の外部に設置された分析用サーバにインターネットまたはイントラネットを介してデジタル信号が送信されることはない。よって、細胞分析装置4000又は4000’から分析用サーバにデジタル信号を送信する場合に生じる通信負荷の増大に伴う処理能力低下を回避することができる。
<第2の細胞分析装置と第2の細胞分析装置における生体試料の測定>
第2の細胞分析装置4000’の構成例として、測定ユニット500が尿試料又は体液試料を測定するためのフローサイトメータを備える尿中有形成分分析装置または体液分析装置である場合のブロック図の例を示す。
第2の細胞分析装置4000’の構成例として、測定ユニット500が尿試料又は体液試料を測定するためのフローサイトメータを備える尿中有形成分分析装置または体液分析装置である場合のブロック図の例を示す。
図35は、測定ユニット500のブロック図の例である。図35において、測定ユニット500は、検体分配部501、試料調製部502、光学検出部505、光学検出部505の出力信号(プリアンプにより増幅された出力信号)を増幅する増幅回路550、増幅回路550からの出力信号に対してフィルタ処理を行うフィルタ回路506、フィルタ回路506の出力信号(アナログ信号)をデジタル信号に変換するA/D変換部507、プロセッサ4831、並列処理プロセッサ4833、RAM4834、バスコントローラ4850、記憶装置511a、LAN(Local Area Network)アダプタ512を含む。プロセッサ4831、並列処理プロセッサ4833、RAM4834、バスコントローラ4850、記憶装置511a、LANアダプタ512は、バス508に接続されている。深層学習アルゴリズム60および深層学習アルゴリズム60に基づく解析ソフトウェアは記憶装置511aに格納されている。
プロセッサ4831は、第1の細胞分析装置4000の例に基づいて説明したように、A/D変換部507から出力されたデジタル信号に対して所定の演算処理を行う。プロセッサ4831は、並列処理プロセッサ4833を用いて、波形データを分析する。プロセッサ4831及び並列処理プロセッサ4833の構成例及び並列処理プロセッサ4833の動作は、上述の図11~図19及びその関連記載と同様である。
処理ユニット300は、例えば、LANアダプタ512を介して測定ユニット500とLANケーブルにて接続されており、この処理ユニット300により、測定ユニット500で取得された測定データに基づく検査結果の生成が行われる。光学検出部505、増幅回路550、フィルタ回路506、A/D変換部507、プロセッサ4831、並列処理プロセッサ4833、記憶装置511aは、測定試料を測定し、測定データを生成する光学測定部510を構成している。
図36は、測定ユニット500の光学検出部505の構成を示す図である。図36において、コンデンサレンズ552は、光源である半導体レーザ光源553から放射されたレーザ光をフローセル551に集光し、集光レンズ554は測定試料中の有形成分から発せられる前方散乱光を前方散乱光受光部555に集光する。また、他の集光レンズ556は有形成分から発せられる側方散乱光と蛍光とをダイクロイックミラー557に集光する。ダイクロイックミラー557は、側方散乱光を側方散乱光受光部558へ反射し、蛍光を蛍光受光部559の方へ透過させる。これらの光信号は、測定試料中の有形成分の特徴を反映する。そして、前方散乱光受光部555、側方散乱光受光部558及び蛍光受光部559は光信号を電気信号に変換し、それぞれ、前方散乱光信号、側方散乱光信号及び蛍光信号を出力する。これらの出力は、プリアンプにより増幅された後、次段の処理に供される。また、前方散乱光受光部555、側方散乱光受光部558及び蛍光受光部559のそれぞれは、駆動電圧を切り替えることにより、低感度出力と高感度出力との切り替えが可能である。この感度の切り替えは、後述のプロセッサ4831により行われる。本実施形態では、前方散乱光受光部555としてフォトダイオードが用いられ、側方散乱光受光部558及び蛍光受部55としてフォトマルチプライヤチューブを用いてもよいし、側方散乱光受光部558及び蛍光受光部559としてフォトダイオードを用いてもよい。なお、蛍光受光部559から出力された蛍光信号は、プリアンプにより増幅された後、分岐する二つの信号チャンネルに与えられる。二つの信号チャンネルは、それぞれ図35にて前述した増幅回路550に接続されている。一方の信号チャンネルに入力された蛍光は、増幅回路550により高感度に増幅される。
(測定試料の調製)
図37は、図35にて示した試料調製部502及び光学検出部505の概略機能構成を示す図である。図35及び図37に示した検体分配部501は、吸引管517とシリンジポンプとを備える。検体分配部501は、検体(尿又は体液)00bを、吸引管517を介して吸引し、試料調製部502へ分注する。試料調製部502は、反応槽512uと反応槽512bとを備えている。検体分配部501は、反応槽512u及び反応槽512bのそれぞれに定量された測定試料を分配する。
図37は、図35にて示した試料調製部502及び光学検出部505の概略機能構成を示す図である。図35及び図37に示した検体分配部501は、吸引管517とシリンジポンプとを備える。検体分配部501は、検体(尿又は体液)00bを、吸引管517を介して吸引し、試料調製部502へ分注する。試料調製部502は、反応槽512uと反応槽512bとを備えている。検体分配部501は、反応槽512u及び反応槽512bのそれぞれに定量された測定試料を分配する。
反応槽512uにおいて、分配された生体試料は、希釈液としての第1試薬519u及び染料を含む第3試薬518uと混合される。第3試薬518uに含まれる色素により、検体中の有形成分が染色される。生体試料が尿の場合、この反応槽512uにおいて調製された試料は、赤血球、白血球、上皮細胞、腫瘍細胞等の比較的大きい尿中有形成分を分析するための第1測定試料として使用される。生体試料が体液の場合、反応槽512uにおいて調製された試料は、体液中の赤血球を分析するための第3測定試料として使用される。
一方、反応槽512bにおいて、分配された生体試料は、希釈液としての第2試薬519b及び染料を含む第4試薬518bと混合される。後述するように、第2試薬519bは、溶血作用を有する。第4試薬518bに含まれる色素により、検体中の有形成分が染色される。生体試料が尿の場合、この反応槽512bにおいて調製された試料は、尿中の細菌を分析するための第2測定試料となる。生体試料が体液である場合において、反応槽512bにおいて調製された試料は、体液中の有核細胞(白血球及び大型細胞)及び細菌を分析するための第4測定試料となる。
反応槽512uからは、光学検出部505のフローセル551へとチューブが延設されており、反応槽512uにおいて調製された測定試料がフローセル551へと供給可能となっている。また、反応槽512uの出口には、電磁弁521uが設けられている。反応槽512bからもチューブが延設されており、このチューブが反応槽2uから延びたチューブの途中に連結されている。これにより、反応槽512bにおいて調製された測定試料がフローセル551へと供給可能となっている。また、反応槽512uの出口には、電磁弁521bが設けられている。
反応槽512u、512bからフローセル551まで延設されたチューブは、フローセル551の手前で分岐しており、その分岐先がシリンジポンプ520aに接続されている。また、シリンジポンプ520aと分岐点との間には、電磁弁521cが設けられている。
反応槽512u、512bのそれぞれから延設されたチューブの接続点から、分岐点までの途中で、チューブはさらに分岐しており、その分岐先がシリンジポンプ520bに接続されている。また、シリンジポンプ520bへ延びるチューブの分岐点と、接続点との間には、電磁弁521dが設けられている。
また、試料調製部502には、シース液を収容するシース液収容部522が接続されており、このシース液収容部522がチューブによってフローセル551に接続されている。シース液収容部522にはコンプレッサ522aが接続されており、コンプレッサ522aが駆動されると、シース液収容部522に圧縮空気が供給され、シース液収容部522からフローセル551へとシース液が供給される。
反応槽512u、512bのそれぞれにおいて調製された2種類の懸濁液(測定試料)は、先に反応槽512uの懸濁液(生体試料が尿のときは第1測定試料。生体試料が体液のときは第3測定試料。)が光学検出部505に導かれ、フローセル551においてシース液に包まれた細い流れを形成し、そこに、レーザ光が照射される。その後同様に、反応槽512bの懸濁液(生体試料が尿のときは第2測定試料。生体試料が体液のときは第4測定試料。)が光学検出部505に導かれ、フローセル551において細い流れを形成し、レーザ光が照射される。このような動作は、プロセッサ4831(制御部)の制御により、電磁弁521a、521b、521c、521d及び駆動部503等を動作させることで、自動的に行われる。
第1試薬から第4試薬について詳細に説明する。第1試薬519uは、緩衝剤を主成分とする試薬であって、赤血球を溶血させずに安定した蛍光信号を得ることができるように浸透圧補償剤を含有しており、分類測定に適するような浸透圧となるよう100~600mOsm/kgに調整されている。第1試薬519uは、尿中の赤血球に対する溶血作用を有していないことが好ましい。
第2試薬519bは、第1試薬519uと異なり、溶血作用を有している。これは、後述する第4試薬518bの細菌の細胞膜への通過性を高めて染色を早く進行させるためである。さらに、粘液糸、赤血球破片などの夾雑物を収縮させるためでもある。第2試薬519bは溶血作用を獲得するために界面活性剤を含む。界面活性剤は、アニオン、ノニオン、カチオンなど種々用いられるが、カチオン系界面活性剤が特に好適である。界面活性剤により細菌の細胞膜にダメージを与えることができるため、第4試薬518bが含有する色素により効率よく細菌の核酸を染色することができる。その結果、細菌の測定を短時間の染色処理で行うことができる。
さらに他の実施形態として、第2試薬519bは、界面活性剤ではなく、酸性又は低pHに調整されることで溶血作用を獲得してもよい。低pHとは、第1試薬19uよりもpHが低いことをいう。第1試薬519uが中性若しくは弱酸性~弱アルカリ性の範囲内であるとき、第2試薬19bは酸性又は強酸性である。第1試薬519uのpHが6.0~8.0であるとき、第2試薬519bのpHは、それよりも低いpHであり、好ましくは2.0~6.0である。
第2試薬519bは、界面活性剤を含み、かつ、低pHに調整されていてもよい。
さらに他の実施形態として、第2試薬519bは、第1試薬19uよりも低い浸透圧にすることで、溶血作用を獲得してもよい。
一方、第1試薬519uは界面活性剤を含んでいない。なお、他の実施形態としては、第1試薬519uは界面活性剤を含んでもよいが、赤血球を溶血させないように種類と濃度を調整する必要がある。よって、第1試薬519uは、第2試薬519bと同じ界面活性剤を含まないか、若しくは同じ界面活性剤を含んでいたとしても、第2試薬519bよりも低濃度であることが好ましい。
第3試薬518uは、尿中有形成分(赤血球、白血球、上皮細胞、円柱等)の測定に用いられる染色試薬である。第3試薬518uが含む染料としては、核酸を有していない有形成分をも染色するために、膜染色をする染料が選ばれる。第3試薬518uは、好ましくは赤血球溶血を防ぐ目的及び安定した蛍光強度を得る目的のために浸透圧補償剤を含み、分類測定に適するような浸透圧となるよう100~600mOsm/kgに調整されている。第3試薬18uによって尿中有形成分の細胞膜、核(膜)が染色される。膜染色する色素を含有する染色試薬としては縮合ベンゼン誘導体が用いられ、例えば、シアニン系色素を用いることができる。なお、第3試薬18uは、細胞膜だけでなく核膜も染色するようになっている。第3試薬518uを用いると、白血球、上皮等の有核細胞では、細胞質(細胞膜)における染色強度と核(核膜)における染色強度とが合わさり、核酸を有しない尿中有形成分よりも染色強度が高くなる。これによって白血球及び上皮等の有核細胞を赤血球等の核酸のない尿中有形成分と弁別することができる。第3試薬として、米国5891733号公報に記載の試薬を用いることができる。米国5891733号公報は、参照により本明細書に組み込まれる。第3試薬518uは、第1試薬519uとともに尿又は体液と混合される。
第4試薬518bは、細菌及び真菌と同等の大きさの夾雑物が含まれている検体であっても、細菌を精度良く測定しうる染色試薬である。第4試薬518bとしては、欧州出願公開1136563号公報に詳細な説明がある。第4試薬518bに含まれる染料としては核酸を染色する染料が好適に用いられる。核染色する色素を含有する染色試薬としては、例えば、米国特許7309581号のシアニン系色素を用いることができる。第4試薬518bは、第2試薬519bとともに尿又は検体と混合される。欧州出願公開1136563号公報及び米国特許7309581号は、参照により本明細書に組み込まれる。
したがって、第3試薬518uは細胞膜を染色する色素を含有し、一方、第4試薬518bは核酸を染色する色素を含有していることが好ましい。尿中有形成分には、赤血球のような核を有しないものが含まれているため、第3試薬518uが細胞膜を染色する色素を含有することにより、このような核を有しないものも含めて尿中有形成分を検出することができる。また、第2試薬は細菌の細胞膜にダメージを与えることができるため、第4試薬18bが含有する色素により効率よく細菌及び真菌の核酸を染色することができる。その結果、細菌の測定を短時間の染色処理で行うことができる。
[3.第1の波形データ分析システム]
<第1の波形データ分析システムの構成>
他の実施形態は、波形データ分析システムに関する。図38を参照すると、第1の波形データ分析システムは、深層学習装置100Aを備える。ベンダ側装置100は深層学習装置100Aとして動作する。深層学習装置100Aは、ニューラルネットワーク50に訓練データを使って学習させ、訓練データによって訓練された深層学習アルゴリズム60をユーザに提供する。学習済みのニューラルネットワークから構成される深層学習アルゴリズム60は、記録媒体98又は通信ネットワーク99を通じて、深層学習装置100Aから測定ユニット400に提供される。測定ユニット400は、学習済みのニューラルネットワークから構成される深層学習アルゴリズム60を用いて分析対象の細胞の波形データの分析を行う。
<第1の波形データ分析システムの構成>
他の実施形態は、波形データ分析システムに関する。図38を参照すると、第1の波形データ分析システムは、深層学習装置100Aを備える。ベンダ側装置100は深層学習装置100Aとして動作する。深層学習装置100Aは、ニューラルネットワーク50に訓練データを使って学習させ、訓練データによって訓練された深層学習アルゴリズム60をユーザに提供する。学習済みのニューラルネットワークから構成される深層学習アルゴリズム60は、記録媒体98又は通信ネットワーク99を通じて、深層学習装置100Aから測定ユニット400に提供される。測定ユニット400は、学習済みのニューラルネットワークから構成される深層学習アルゴリズム60を用いて分析対象の細胞の波形データの分析を行う。
深層学習装置100Aは、例えば汎用コンピュータで構成されており、後述するフローチャートに基づいて、深層学習処理を行う。測定ユニット400は、後述するフローチャートに基づいて、波形データ分析処理を行う。記録媒体98は、例えばDVD-ROMやUSBメモリ等の、コンピュータ読み取り可能であって非一時的な有形の記録媒体である。
深層学習装置100Aは測定ユニット400a又は測定ユニット500aに接続されている。測定ユニット400a又は測定ユニット500aの構成は、それぞれ上述した測定ユニット400又は測定ユニット500と同様である。深層学習装置100Aは、測定ユニット400a又は測定ユニット500aによって取得された訓練用の波形データを取得する。訓練用の波形データの生成方法は、上述の通りである。
図38に示すように、測定ユニット400a又は測定ユニット500aは、それぞれフローセル4113、551を備える。測定ユニット400a又は測定ユニット500aは、生体試料をフローセル4113、551に送液する。フローセル4113、551に供給された生体試料に、光源4112、553から光が照射され、生体試料中の細胞から発せられた前方散乱光、側方散乱光、及び側方蛍光を光検出部(4116、4121、4122、555、558、559)が検出する。測定ユニット400a又は測定ユニット500aは、光検出部(4116、4121、4122、555、558、559)が光を検出して得られる前方散乱光信号、側方散乱光信号、及び側方蛍光信号から波形データを生成し、ベンダ側装置100に波形データを送信する。
<深層学習装置のハードウェア構成>
図39に、ベンダ側装置100(深層学習装置100A)のブロック図を例示する。ベンダ側装置100は、処理部10(10A)と、入力部16と、出力部17とを備える。
図39に、ベンダ側装置100(深層学習装置100A)のブロック図を例示する。ベンダ側装置100は、処理部10(10A)と、入力部16と、出力部17とを備える。
処理部10は、例えば、後述するデータ処理を行うCPU11と、データ処理の作業領域に使用するメモリ12と、後述するプログラム及び処理データを記録する記憶部13と、各部の間でデータを伝送するバス14と、外部機器とのデータの入出力を行うインタフェース部(I/F部)15と、GPU19とを備えている。入力部16及び出力部17は、インタフェース部15を介して処理部10に接続されている。例示的には、入力部16はキーボード又はマウス等の入力装置であり、出力部17は液晶ディスプレイ等の表示装置である。GPU19は、CPU11が行う演算処理(例えば、並列演算処理)を補助するアクセラレータとして機能する。すなわち以下の説明においてCPU11が行う処理とは、CPU11がGPU19をアクセラレータとして用いて行う処理も含むことを意味する。GPU19は、上述の並列処理プロセッサ4833と同等の機能を有する。ここで、GPU19に代えて、ニューラルネットワークの計算に好ましい、チップを搭載してもよい。このようなチップとして、例えば、FPGA、ASIC、Myriad X(Intel)等を挙げることができる。
また、処理部10は、以下の図43で説明する各ステップの処理を行うために、本実施形態に係るプログラム及び訓練前のニューラルネットワークで構成される深層学習アルゴリズム50を、例えば実行形式で記憶部13に予め記録している。実行形式は、例えばプログラミング言語からコンパイラにより変換されて生成される形式である。処理部10は、記憶部13に記録したプログラムを使用して、訓練前のニューラルネットワーク50の訓練処理を行う。
以下の説明においては、特に断らない限り、処理部10が行う処理は、記憶部13又はメモリ12に格納されたプログラム及びニューラルネットワーク50に基づいて、CPU11が行う処理を意味する。CPU11はメモリ12を作業領域として必要なデータ(処理途中の中間データ等)を一時記憶し、記憶部13に演算結果等の長期保存するデータを適宜記録する。
<分析装置のハードウェア構成>
ベンダ側装置100から提供されたアルゴリズムに基づいて波形データを処理する測定ユニット400又は500の構成は、上述の構成と同等である。また、測定ユニット400又は500は、ベンダ側装置100(深層学習装置100A)の機能を兼備し、訓練データを使ってニューラルネットワーク50を学習させてもよい。この場合、ベンダ側装置100(深層学習装置100A)は不要となる。
ベンダ側装置100から提供されたアルゴリズムに基づいて波形データを処理する測定ユニット400又は500の構成は、上述の構成と同等である。また、測定ユニット400又は500は、ベンダ側装置100(深層学習装置100A)の機能を兼備し、訓練データを使ってニューラルネットワーク50を学習させてもよい。この場合、ベンダ側装置100(深層学習装置100A)は不要となる。
また、測定ユニット制御部480は、以下の波形データ分析処理で説明する各ステップの処理を行うために、本実施形態に係るプログラム及び訓練済みのニューラルネットワークで構成される深層学習アルゴリズム60を、例えば実行形式で記憶部4835に予め記録している。実行形式は、例えばプログラミング言語からコンパイラにより変換されて生成される形式である。測定ユニット制御部480は、記憶部4835に記録したプログラム及び深層学習アルゴリズム60を使用して処理を行う。
図40に示すように、測定ユニット制御部480は、例えば、LANアダプタ481を介して、通信ネットワーク経由で、記憶部4835に記録したプログラム及び深層学習アルゴリズム60を更新してもよい。
図41に示すように、上述の解析ユニット600は、測定ユニット400から受信したデジタル信号と解析結果を、インタフェース部6011を介して、深層学習装置100Aに送信してもよい。解析ユニット600は、例えば、インターネットを介して、深層学習装置100Aに、波形データと、波形データに対応する分類情報とを送信する。深層学習装置100Aは、解析ユニット600から送信された波形データと、当該波形データに対応する分類情報とに基づいて学習処理を行い、深層学習アルゴリズム60を更新する。深層学習装置100Aは、更新した深層学習アルゴリズム60を解析ユニット600に送信する。解析ユニット600は、深層学習装置100Aから送信された深層学習アルゴリズム60により、記憶部6004に格納されたアルゴリズムを更新する。解析ユニット600は、例えば、測定ユニット400から伝送された波形データをプロセッサ6001および並列処理プロセッサ6002で処理している間に、並行して、その波形データを深層学習装置100Aに送信する。解析ユニット600は、波形データの解析、つまり分類情報の生成が完了次第、分類情報を深層学習装置100Aに送信する。
図41に示すように、上述の解析ユニット600は、測定ユニット400から受信したデジタル信号と解析結果を、インタフェース部6011を介して、深層学習装置100Aに送信してもよい。解析ユニット600は、例えば、インターネットを介して、深層学習装置100Aに、波形データと、波形データに対応する分類情報とを送信する。深層学習装置100Aは、解析ユニット600から送信された波形データと、当該波形データに対応する分類情報とに基づいて学習処理を行い、深層学習アルゴリズム60を更新する。深層学習装置100Aは、更新した深層学習アルゴリズム60を解析ユニット600に送信する。解析ユニット600は、深層学習装置100Aから送信された深層学習アルゴリズム60により、記憶部6004に格納されたアルゴリズムを更新する。解析ユニット600は、例えば、測定ユニット400から伝送された波形データをプロセッサ6001および並列処理プロセッサ6002で処理している間に、並行して、その波形データを深層学習装置100Aに送信する。解析ユニット600は、波形データの解析、つまり分類情報の生成が完了次第、分類情報を深層学習装置100Aに送信する。
以下の説明においては、特に断らない限り、測定ユニット制御部480が行う処理は、記憶部4835又はRAM4834に格納されたプログラム及び深層学習アルゴリズム60に基づいて、実際にはプロセッサ4831及び並列処理プロセッサ4833が行う処理を意味する。プロセッサ4831は、例えば、RAM4834を作業領域として必要なデータ(処理途中の中間データ、測定結果、分析結果等)を一時記憶し、記憶部4835に演算結果等の長期保存するデータを適宜記録する。
<機能ブロック及び処理手順>
(深層学習処理)
図42は、深層学習を行う深層学習装置100Aの機能ブロックの例を示す。図42を参照すると、本実施形態に係る深層学習装置100Aの処理部10Aは、訓練データ生成部101と、訓練データ入力部102と、アルゴリズム更新部103とを備える。これらの機能ブロックは、コンピュータに深層学習処理を実行させるプログラムを、図39に示す処理部10Aの記憶部13又はメモリ12にインストールし、このプログラムをCPU11及びGPU19が実行することにより実現される。訓練データデータベース(DB)104と、アルゴリズムデータベース(DB)105とは、処理部10Aの記憶部13又はメモリ12に記録される。
(深層学習処理)
図42は、深層学習を行う深層学習装置100Aの機能ブロックの例を示す。図42を参照すると、本実施形態に係る深層学習装置100Aの処理部10Aは、訓練データ生成部101と、訓練データ入力部102と、アルゴリズム更新部103とを備える。これらの機能ブロックは、コンピュータに深層学習処理を実行させるプログラムを、図39に示す処理部10Aの記憶部13又はメモリ12にインストールし、このプログラムをCPU11及びGPU19が実行することにより実現される。訓練データデータベース(DB)104と、アルゴリズムデータベース(DB)105とは、処理部10Aの記憶部13又はメモリ12に記録される。
訓練用波形データ76a、76b、76cは、例えば、測定ユニット400、500によって予め取得され、処理部10Aの記憶部13又はメモリ12に予め記憶されている。深層学習アルゴリズム50はアルゴリズムデータベース105に予め格納されている。
深層学習装置100Aの処理部10Aは、図43に示す処理を行う。図42に示す各機能ブロックを用いて説明すると、図43に示すステップS211、S214及びS216の処理は、訓練データ生成部101が行う。ステップS212の処理は、訓練データ入力部102が行う。ステップS213、及びS215の処理は、アルゴリズム更新部103が行う。
図43を用いて、処理部10Aが行う深層学習処理の例について説明する。はじめに、処理部10Aは、訓練用波形データ72a、72b、72cを取得する。訓練用の波形データ72aは前方散乱光の波形データであり、訓練用の波形データ72bは側方散乱光の波形データであり、訓練用の波形データ72cは側方蛍光の波形データである。訓練用の波形データ72a、72b、72cの取得は、例えば、オペレータの操作によって、測定ユニット400、500から取り込まれるか、記録媒体98から取り込まれるか、通信ネットワーク経由でI/F部15を介して行われる。訓練用波形データ72a、72b、72cを取得する際に、その訓練用波形データ72a、72b、72cが、いずれの細胞種別を示すものであるかの情報も取得される。いずれの細胞種別を示すものであるかの情報は、訓練用波形データ72a、72b、72cに紐付けられ、またオペレータが入力部16から入力してもよい。
ステップS211において、処理部10Aは、取得した波形データ72a、72b、72cとラベル値77とから、訓練データ75を生成する。
ステップS212において、処理部10Aは、訓練データ75をニューラルネットワーク50に入力し、試行結果を取得する。試行結果は複数の訓練データ75をニューラルネットワーク50に入力する度に蓄積される。
本実施形態に係る細胞種別の分析方法では、畳み込みニューラルネットワークを使用しており、確率的勾配降下法を用いるため、ステップS213において、処理部10Aは、予め定められた所定の回数分の試行結果が蓄積されているか否かを判断する。試行結果が所定の回数分蓄積されている場合(YES)、処理部10AはステップS214の処理に進み、試行結果が所定の回数分蓄積されていない場合(NO)、処理部10AはステップS215の処理に進む。
次に、試行結果が所定の回数分蓄積されている場合、ステップS214において、処理部10Aは、ステップS212において蓄積しておいた訓練結果を用いて、ニューラルネットワーク50の結合重みwを更新する。本実施形態に係る細胞種別の分析方法では、確率的勾配降下法を用いるため、所定の回数分の試行結果が蓄積した段階で、ニューラルネットワーク50の結合重みwを更新する。結合重みwを更新する処理は、具体的には、後述の(式12)及び(式13)に示される、勾配降下法による計算を実施する処理である。
ステップS215において、処理部10Aは、ニューラルネットワーク50を規定数の訓練データ75で訓練したか否かを判断する。規定数の訓練データ75で訓練した場合(YES)には、深層学習処理を終了する。
ニューラルネットワーク50を規定数の訓練データ75で訓練していない場合(NO)には、処理部10Aは、ステップS215からステップS216に進み、次の訓練用波形データについてステップS211からステップS215までの処理を行う。
以上で説明した処理にしたがって、ニューラルネットワーク50を訓練し深層学習アルゴリズム60を得る。
(ニューラルネットワークの構造)
上述したように、本実施形態において、畳み込みニューラルネットワークを用いる。図44の(a)にニューラルネットワーク50の構造を例示する。ニューラルネットワーク50は、入力層50aと、出力層50bと、入力層50a及び出力層50bの間の中間層50cとを備え、中間層50cが複数の層で構成されている。中間層50cを構成する層の数は、例えば5層以上、好ましくは50層以上、より好ましくは100層以上とすることができる。
上述したように、本実施形態において、畳み込みニューラルネットワークを用いる。図44の(a)にニューラルネットワーク50の構造を例示する。ニューラルネットワーク50は、入力層50aと、出力層50bと、入力層50a及び出力層50bの間の中間層50cとを備え、中間層50cが複数の層で構成されている。中間層50cを構成する層の数は、例えば5層以上、好ましくは50層以上、より好ましくは100層以上とすることができる。
ニューラルネットワーク50では、層状に配置された複数のノード89が、層間において結合されている。これにより、情報が入力側の層50aから出力側の層50bに、図中矢印Dに示す一方向のみに伝播する。
(各ノードにおける演算)
図44の(b)は、各ノードにおける演算を示す模式図である。各ノード89では、複数の入力を受け取り、1つの出力(z)を計算する。図44の(b)に示す例の場合、ノード89は4つの入力を受け取る。ノード89が受け取る総入力(u)は、例として以下の(式2)で表される。ここで、本実施形態においては、訓練データ75及び分析データ85として一次元の行列データを用いるため、演算式の変数が二次元の行列データに対応する場合には、変数を一次元の行列データに対応するように変換する処理を行う。
各入力には、それぞれ異なる重みが掛けられる。(式2)中、bはバイアスと呼ばれる値である。ノードの出力(z)は、(式2)で表される総入力(u)に対する所定の関数fの出力となり、以下の(式3)で表される。関数fは活性化関数と呼ばれる。
図44の(c)は、ノード間の演算を示す模式図である。ニューラルネットワーク50では、(式2)で表される、各ノード89の総入力(u)に対して、(式3)で表される結果(z)を出力するノードが層状に並べられている。前の層のノードの出力が、次の層のノードの入力となる。図44の(c)に示す例では、図中左側の層のノード89aの出力が、図中右側の層のノード89bの入力となる。各ノード89bは、それぞれ、ノード89aからの出力を受け取る。各ノード89aと各ノード89bとの間の各結合には、異なる重みが掛けられる。複数のノード89aのそれぞれの出力をx1~x4とすると、3つのノード89bのそれぞれに対する入力は、以下の(式4-1)~(式4-3)で表される。
これら(式4-1)~(式4-3)を一般化すると、(式4-4)となる。ここで、i=1、・・・I、j=1、・・・Jである(Iは入力総数、Jは総出力数)。
(式4-4)を活性化関数に適用すると出力が得られる。出力は以下の(式5)で表される。
(活性化関数)
実施形態に係る細胞種別の分析方法では、活性化関数として、正規化線形関数(rectified linear unit function)を用いる。正規化線形関数は以下の(式6)で表される。
(式6)は、z=uの線形関数のうち、u<0の部分をu=0とする関数である。図44の(c)に示す例では、j=1のノードの出力は、(式6)により、以下の式で表される。
(ニューラルネットワークの学習)
ニューラルネットワークを用いて表現される関数をy(x:w)とおくと、関数y(x:w)は、ニューラルネットワークのパラメータwを変化させると変化する。入力xに対してニューラルネットワークがより好適なパラメータwを選択するように、関数y(x:w)を調整することを、ニューラルネットワークの訓練または学習と呼ぶ。ニューラルネットワークを用いて表現される関数の入力と出力との組が複数与えられているとする。ある入力xに対する望ましい出力をdとすると、入出力の組は、{(x1、d1)、(x2、d2)、・・・、(xn、dn)}と与えられる。(x、d)で表される各組の集合を、訓練データと呼ぶ。具体的には、図3に示す、波形データ(前方散乱光波形データ、側方散乱光波形データ、蛍光波形データ)の集合が、図3に示す訓練データである。
図44の(b)は、各ノードにおける演算を示す模式図である。各ノード89では、複数の入力を受け取り、1つの出力(z)を計算する。図44の(b)に示す例の場合、ノード89は4つの入力を受け取る。ノード89が受け取る総入力(u)は、例として以下の(式2)で表される。ここで、本実施形態においては、訓練データ75及び分析データ85として一次元の行列データを用いるため、演算式の変数が二次元の行列データに対応する場合には、変数を一次元の行列データに対応するように変換する処理を行う。
各入力には、それぞれ異なる重みが掛けられる。(式2)中、bはバイアスと呼ばれる値である。ノードの出力(z)は、(式2)で表される総入力(u)に対する所定の関数fの出力となり、以下の(式3)で表される。関数fは活性化関数と呼ばれる。
図44の(c)は、ノード間の演算を示す模式図である。ニューラルネットワーク50では、(式2)で表される、各ノード89の総入力(u)に対して、(式3)で表される結果(z)を出力するノードが層状に並べられている。前の層のノードの出力が、次の層のノードの入力となる。図44の(c)に示す例では、図中左側の層のノード89aの出力が、図中右側の層のノード89bの入力となる。各ノード89bは、それぞれ、ノード89aからの出力を受け取る。各ノード89aと各ノード89bとの間の各結合には、異なる重みが掛けられる。複数のノード89aのそれぞれの出力をx1~x4とすると、3つのノード89bのそれぞれに対する入力は、以下の(式4-1)~(式4-3)で表される。
これら(式4-1)~(式4-3)を一般化すると、(式4-4)となる。ここで、i=1、・・・I、j=1、・・・Jである(Iは入力総数、Jは総出力数)。
(式4-4)を活性化関数に適用すると出力が得られる。出力は以下の(式5)で表される。
(活性化関数)
実施形態に係る細胞種別の分析方法では、活性化関数として、正規化線形関数(rectified linear unit function)を用いる。正規化線形関数は以下の(式6)で表される。
(式6)は、z=uの線形関数のうち、u<0の部分をu=0とする関数である。図44の(c)に示す例では、j=1のノードの出力は、(式6)により、以下の式で表される。
(ニューラルネットワークの学習)
ニューラルネットワークを用いて表現される関数をy(x:w)とおくと、関数y(x:w)は、ニューラルネットワークのパラメータwを変化させると変化する。入力xに対してニューラルネットワークがより好適なパラメータwを選択するように、関数y(x:w)を調整することを、ニューラルネットワークの訓練または学習と呼ぶ。ニューラルネットワークを用いて表現される関数の入力と出力との組が複数与えられているとする。ある入力xに対する望ましい出力をdとすると、入出力の組は、{(x1、d1)、(x2、d2)、・・・、(xn、dn)}と与えられる。(x、d)で表される各組の集合を、訓練データと呼ぶ。具体的には、図3に示す、波形データ(前方散乱光波形データ、側方散乱光波形データ、蛍光波形データ)の集合が、図3に示す訓練データである。
ニューラルネットワークの学習とは、どのような入出力の組(xn、dn)に対しても、入力xnを与えたときのニューラルネットワークの出力y(xn:w)が、出力dnになるべく近づくように重みwを調整することを意味する。誤差関数(error function)とは、ニューラルネットワークを用いて表現される関数と訓練データとの近さ
を測る尺度である。誤差関数は損失関数(loss function)とも呼ばれる。実施形態に係る細胞種別の分析方法において用いる誤差関数E(w)は、以下の(式7)で表される。(式7)は交差エントロピー(cross entropy)と呼ばれる。
(式7)の交差エントロピーの算出方法を説明する。実施形態に係る細胞種別の分析方法において用いるニューラルネットワーク50の出力層50bでは、すなわちニューラルネットワークの最終層では、入力xを内容に応じて有限個のクラスに分類するための活性化関数を用いる。活性化関数はソフトマックス関数(softmax function)と呼ばれ、以下の(式8)で表される。なお、出力層50bには、クラス数kと同数のノードが並べられているとする。出力層Lの各ノードk(k=1、・・・、K)の総入力uは、前層L-1の出力から、uk(L)で与えられるとする。これにより、出力層のk番目のノードの出力は以下の(式8)で表される。
(式8)がソフトマックス関数である。(式8)で決まる出力y1、・・・、yKの総和は常に1となる。
を測る尺度である。誤差関数は損失関数(loss function)とも呼ばれる。実施形態に係る細胞種別の分析方法において用いる誤差関数E(w)は、以下の(式7)で表される。(式7)は交差エントロピー(cross entropy)と呼ばれる。
(式7)の交差エントロピーの算出方法を説明する。実施形態に係る細胞種別の分析方法において用いるニューラルネットワーク50の出力層50bでは、すなわちニューラルネットワークの最終層では、入力xを内容に応じて有限個のクラスに分類するための活性化関数を用いる。活性化関数はソフトマックス関数(softmax function)と呼ばれ、以下の(式8)で表される。なお、出力層50bには、クラス数kと同数のノードが並べられているとする。出力層Lの各ノードk(k=1、・・・、K)の総入力uは、前層L-1の出力から、uk(L)で与えられるとする。これにより、出力層のk番目のノードの出力は以下の(式8)で表される。
(式8)がソフトマックス関数である。(式8)で決まる出力y1、・・・、yKの総和は常に1となる。
各クラスをC1、・・・、CKと表すと、出力層Lのノードkの出力yK(すなわちuk(L))は、与えられた入力xがクラスCKに属する確率を表す。以下の(式9)を参照されたい。入力xは、(式9)で表される確率が最大になるクラスに分類される。
ニューラルネットワークの学習では、ニューラルネットワークで表される関数を、各クラスの事後確率(posterior probability)のモデルとみなし、そのような確率モデルの下で、訓練データに対する重みwの尤度(likelihood)を評価し、尤度を最大化するような重みwを選択する。
ニューラルネットワークの学習では、ニューラルネットワークで表される関数を、各クラスの事後確率(posterior probability)のモデルとみなし、そのような確率モデルの下で、訓練データに対する重みwの尤度(likelihood)を評価し、尤度を最大化するような重みwを選択する。
(式8)のソフトマックス関数による目標出力dnを、出力が正解のクラスである場合のみ1とし、出力がそれ以外の場合は0になるとする。目標出力をdn=[dn1、・・・、dnK]というベクトル形式で表すと、例えば入力xnの正解クラスがC3である場合、目標出力dn3のみが1となり、それ以外の目標出力は0となる。このように符号化すると、事後分布(posterior)は以下の(式10)で表される。
訓練データ{(xn、dn)}(n=1、・・・、N)に対する重みwの尤度L(w)は、以下の(式11)で表される。尤度L(w)の対数をとり符号を反転すると、(式7)の誤差関数が導出される。
学習は、訓練データを基に計算される誤差関数E(w)を、ニューラルネットワークのパラメータwについて最小化することを意味する。実施形態に係る細胞種別の分析方法では、誤差関数E(w)は(式7)で表される。
訓練データ{(xn、dn)}(n=1、・・・、N)に対する重みwの尤度L(w)は、以下の(式11)で表される。尤度L(w)の対数をとり符号を反転すると、(式7)の誤差関数が導出される。
学習は、訓練データを基に計算される誤差関数E(w)を、ニューラルネットワークのパラメータwについて最小化することを意味する。実施形態に係る細胞種別の分析方法では、誤差関数E(w)は(式7)で表される。
誤差関数E(w)をパラメータwについて最小化することは、関数E(w)の局所的な極小点を求めることと同じ意味である。パラメータwはノード間の結合の重みである。重みwの極小点は、任意の初期値を出発点として、パラメータwを繰り返し更新する反復計算によって求められる。このような計算の一例には、勾配降下法(gradient descent method)がある。
勾配降下法では、次の(式12)で表されるベクトルを用いる。
勾配降下法では、現在のパラメータwの値を負の勾配方向(すなわち-∇E)に移動させる処理を何度も繰り返す。現在の重みをw(t)とし、移動後の重みをw(t+1)とすると、勾配降下法による演算は、以下の(式13)で表される。値tは、パラメータwを移動させた回数を意味する。
記号
は、パラメータwの更新量の大きさを決める定数であり、学習係数と呼ばれる。(式13)で表される演算を繰り返すことにより、値tの増加に伴って誤差関数E(w(t))が減少し、パラメータwは極小点に到達する。
勾配降下法では、現在のパラメータwの値を負の勾配方向(すなわち-∇E)に移動させる処理を何度も繰り返す。現在の重みをw(t)とし、移動後の重みをw(t+1)とすると、勾配降下法による演算は、以下の(式13)で表される。値tは、パラメータwを移動させた回数を意味する。
記号
は、パラメータwの更新量の大きさを決める定数であり、学習係数と呼ばれる。(式13)で表される演算を繰り返すことにより、値tの増加に伴って誤差関数E(w(t))が減少し、パラメータwは極小点に到達する。
なお、(式13)による演算は、全ての訓練データ(n=1、・・・、N)に対して実施してもよく、一部の訓練データのみに対して実施してもよい。一部の訓練データのみに対して行う勾配降下法は、確率的勾配降下法(stochastic gradient descent)と呼ばれる。実施形態に係る細胞種別の分析方法では、確率的勾配降下法を用いる。
[4.ディープラーニングモデルの構築]
健常血液試料として健常人から採血した血液を測定し、非健常血液試料としてXN CHECK Lv2(ストレック社のコントロール血液(固定などの処理が行われている))をSysmex XN-1000でそれぞれ測定した。蛍光染色試薬にはシスメックス株式会社製のフルオロセルWDFを用いた。また溶血剤にはシスメックス株式会社製のライザセルWDFを用いた。それぞれの生体試料に含まれる細胞毎に、前方散乱光の測定開始から10ナノ秒間隔で前方散乱光、側方散乱光、及び側方蛍光の波形データを1024ポイントについて取得した。健常血液試料に関しては、8名の健常者から採血した血液中の細胞の波形データをデジタル信号としてプールした。それぞれの細胞の波形データに対して好中球(NEUT)、リンパ球(LYMPH)、単球(MONO)、好酸球(EO)、好塩基球(BASO)、幼若顆粒球(IG)の分類を手動にて実施し、それぞれの波形データに細胞種別のアノテーション(ラベル付け)を付した。前方散乱光の信号強度が閾値を超えた時点を測定開始時点とし、前方散乱光、側方散乱光、側方蛍光の波形データの取得時点を同期させ、訓練データを生成した。またコントロール血液についてもコントロール血液由来細胞(CONT)とアノテーションを行った。深層学習アルゴリズムに訓練データを入力し、学習させた。
健常血液試料として健常人から採血した血液を測定し、非健常血液試料としてXN CHECK Lv2(ストレック社のコントロール血液(固定などの処理が行われている))をSysmex XN-1000でそれぞれ測定した。蛍光染色試薬にはシスメックス株式会社製のフルオロセルWDFを用いた。また溶血剤にはシスメックス株式会社製のライザセルWDFを用いた。それぞれの生体試料に含まれる細胞毎に、前方散乱光の測定開始から10ナノ秒間隔で前方散乱光、側方散乱光、及び側方蛍光の波形データを1024ポイントについて取得した。健常血液試料に関しては、8名の健常者から採血した血液中の細胞の波形データをデジタル信号としてプールした。それぞれの細胞の波形データに対して好中球(NEUT)、リンパ球(LYMPH)、単球(MONO)、好酸球(EO)、好塩基球(BASO)、幼若顆粒球(IG)の分類を手動にて実施し、それぞれの波形データに細胞種別のアノテーション(ラベル付け)を付した。前方散乱光の信号強度が閾値を超えた時点を測定開始時点とし、前方散乱光、側方散乱光、側方蛍光の波形データの取得時点を同期させ、訓練データを生成した。またコントロール血液についてもコントロール血液由来細胞(CONT)とアノテーションを行った。深層学習アルゴリズムに訓練データを入力し、学習させた。
学習した細胞データとは別の健常人の血液細胞についてSysmex XN-1000により訓練データと同様に分析用波形データを取得した。コントロール血液由来の波形データを混合し分析用データを作成した。この分析用データを、構築した深層学習アルゴリズムに入力し、個々の細胞種別のデータを取得した。
その結果を混合マトリックスとして図45に示す。横軸に構築した深層学習アルゴリズムによる判定結果を示し、縦軸にヒトによる手動(参照法)の判定結果を示す。構築した深層学習アルゴリズムによる判定結果は、好塩基球とリンパ球間、好塩基球とゴースト間で若干の混同を生じたものの、参照法による判手結果と98.8%の一致率を示した。
次に各細胞種別について、ROC解析を行い、感度特異度を評価した。図46の(a)は好中球、図46の(b)はリンパ球、図46の(c)は単球、図47の(a)は好中球、図47の(b)は好塩基球、図47の(c)はコントロール血液(CONT)のROC曲線を示す。感度と特異度は、好中球はそれぞれ99.5%、99.6%、リンパ球はそれぞれ99.4%、99.5%、単球はそれぞれ98.5%、99.9%、好酸球はそれぞれ97.9%、99.8%、好塩基球はそれぞれ71.0%、81.4%、コントロール血液(CONT)は、99.8%、99.6%となり、いずれも良好な成績を示した。
以上の結果から、波形データに基づいて生体試料に含まれる細胞から取得される信号に基づいて、深層学習アルゴリズムを用いることにより、高い分類精度で細胞種別を判定することが可能であることが明らかとなった。
さらに、コントロール血液のような非健常血液細胞が健常血液細胞と混じっている場合、従来のスキャッタグラム法では、個々の細胞の種別の判定が困難な場合があった。しかし、本実施形態の深層学習アルゴリズムを使用することにより、非健常血液細胞が健常血液細胞と混じっている場合であっても、個別の細胞の判定が可能であることが示された。
[5.画像分析装置を用いた分析システム]
細胞分析装置として画像分析装置を用いた実施形態を説明する。画像分析装置である第3の細胞分析装置4000''は、撮像された画像データを分析することにより、撮像された細胞の細胞種別を推定する。
細胞分析装置として画像分析装置を用いた実施形態を説明する。画像分析装置である第3の細胞分析装置4000''は、撮像された画像データを分析することにより、撮像された細胞の細胞種別を推定する。
図48に細胞分析装置4000''の構成例を示す。図48に示す細胞分析装置4000''は、測定ユニット700及び処理ユニット800を備えており、前処理装置900による前処理により調製された試料901を測定し、分析を行う。
測定ユニット700は、フローセル710と、光源720~723と、集光レンズ730~733と、ダイクロイックミラー740~741と、集光レンズ750と、光学ユニット751と、集光レンズ752と、撮像部760と、を備えている。フローセル710の流路711には、試料701が流される。
光源720~723は、フローセル710を流れる試料701に光を照射する。光源720~723は、例えば半導体レーザ光源により構成される。光源720~723からは、それぞれ波長λ11~λ14の光が出射される。
集光レンズ730~733は、光源720~723から出射された波長λ11~λ14の光をそれぞれ集光する。ダイクロイックミラー740は、波長λ11の光を透過させ、波長λ12の光を屈折させる。ダイクロイックミラー741は、波長λ11及びλ12の光を透過させ、波長λ13の光を屈折させる。こうして、波長λ11~λ14の光が、フローセル710の流路711を流れる試料701に照射される。なお、測定ユニット700が備える半導体レーザ光源の数は1以上であれば制限されない。半導体レーザ光源の数は、例えば、1、2、3、4、5又は6の中から選択することができる。
集光レンズ730~733は、光源720~723から出射された波長λ11~λ14の光をそれぞれ集光する。ダイクロイックミラー740は、波長λ11の光を透過させ、波長λ12の光を屈折させる。ダイクロイックミラー741は、波長λ11及びλ12の光を透過させ、波長λ13の光を屈折させる。こうして、波長λ11~λ14の光が、フローセル710の流路711を流れる試料701に照射される。なお、測定ユニット700が備える半導体レーザ光源の数は1以上であれば制限されない。半導体レーザ光源の数は、例えば、1、2、3、4、5又は6の中から選択することができる。
フローセル710を流れる試料701が蛍光色素で染色されている場合、試料701に波長λ11~λ13の光が照射されると、細胞を染色している蛍光色素から蛍光が生じる。例えば、波長λ11、λ12、λ13に各々対応する波長λ21、λ22、λ23の蛍光が生じる。フローセル710を流れる試料701に波長λ14の光が照射されると、この光は細胞を透過する。細胞を透過した波長λ14の透過光は、明視野画像の生成に用いられる。
集光レンズ750は、フローセル710の流路711を流れる試料701から生じた蛍光と、フローセル710の流路711を流れる試料701を透過した透過光とを集光する。光学ユニット751は、例えば、4枚のダイクロイックミラーが組み合わせられた構成を有する。光学ユニット751の4枚のダイクロイックミラーは、蛍光と透過光とを、互いに僅かに異なる角度で反射し、撮像部760の受光面上において分離させる。集光レンズ752は、蛍光と透過光とを集光する。
撮像部760は、TDI(Time Delay Integration)カメラにより構成される。撮像部760は、蛍光と透過光とを撮像して、蛍光に対応した蛍光画像と、透過光に対応した明視野画像とを、撮像信号として処理ユニット800に出力できる。
処理ユニット800は、ハードウェア構成として、処理部811、記憶部812、インタフェース部816、バス815を備える。処理部811、記憶部812、インタフェース部816は、バス815に接続されている。測定ユニット700の撮像部760が撮像した撮像信号で構成される画像データ(例えば、蛍光画像、明視野画像)は、インタフェース部816を介して、記憶部812に記憶される。処理部811は、記憶部812から画像データを読み出し、画像データを分析する。
図49は、処理部811の構成例を示す。処理部811は、例えば、プロセッサ8111、並列処理プロセッサ8112、RAM8113を備える。プロセッサ8111、並列処理プロセッサ8112、RAM8113は、それぞれ、上述したプロセッサ4831、並列処理プロセッサ4833、RAM4834と同様の構成及び機能を有する。プロセッサ8111及び並列処理プロセッサ8112により、撮像部760が撮像した画像データを分析する。並列処理プロセッサ8112は、例えば、図16、図17及び図18に例示された処理により、画像データに関する行列データの演算処理を複数の演算ユニットにより並列に実行する。
なお、処理部811の機能(プロセッサ8111、並列処理プロセッサ8112、RAM8113)は、必ずしも処理ユニット800が備える必要は無く、測定ユニット700が備えてもよい。
<訓練データの生成>
以下、本実施形態における訓練データの生成例を説明する。
以下、本実施形態における訓練データの生成例を説明する。
深層学習アルゴリズムを訓練するために使用される訓練用画像は、RGBカラー及びCMYカラー等で撮像されることが好ましい。カラー画像は、赤、緑及び青又はシアン、マゼンタ、イエロー等の各原色の濃淡又は輝度を、24ビットの値(8ビット×3色)で表すことが好ましい。訓練用画像は、少なくとも1つの色相と、その色相の濃淡又は輝度とを含んでいればよいが、少なくとも2つの色相と、それぞれ色相の濃淡又は輝度とを含むことがより好ましい。色相とその色相の濃淡又は輝度とを含む情報を色調ともいう。
訓練用画像における各画素の色調情報が、例えば、RGBカラーから、輝度の情報と色相の情報を含むフォーマットに変換される。輝度の情報と色相の情報を含むフォーマットとして、YUV(YCbCr、YPbPr、YIQ等)等を挙げることができる。ここでは、YCbCrフォーマットへの変換を例として説明する。RGBカラーで撮像された訓練用画像は、輝度に基づく画像データ、第1の色相(例えば青色系)に基づく画像データ及び第2の色相(例えば、赤色系)に基づく画像データにそれぞれ変換される。RGBからYCbCrへの変換は公知の方法により行うことができる。例えば、RGBからYCbCrへは、国際規格ITU-R BT.601にしたがって変換できる。輝度に基づく画像データ、第1の色相に基づく画像データ及び第2の色相に基づく画像データはそれぞれ図50に示すように階調値の行列データとして表すことができる(以下、色調行列データ72y,72cb,72crともいう)。輝度に基づく画像データ、第1の色相に基づく画像データ、第2の色相に基づく画像データは、例えば、それぞれ0から255階調までの256階調で表される。ここで、輝度、第1の色相及び第2の色相に換えて、赤R、緑G、青Bの3原色や、シアンC、マゼンタM、イエローYの色の3原色で訓練用画像を変換してもよい。
次に、色調行列データ72y,72cb,72crに基づいて、画素ごとに、輝度72y、第1の色相72cb、及び第2の色相72crの3つの階調値を組み合わせた色調ベクトルデータ74を生成する。
次に、例えば、訓練用画像で分葉核好中球が撮像されていたとして、訓練用画像から生成される各色調ベクトルデータ74には、分葉核好中球であることを示すラベル値77として「1」が付与され、訓練データ75となる。図50では、便宜上、訓練データ75を3画素×3画素で表しているが、実際は訓練用画像を撮像した際の画素の分だけ色調ベクトルデータが存在する。
図51にラベル値77の例を示す。ラベル値は、細胞種別及び各細胞の特徴の有無に応じて異なるラベル値77が付与される。
<深層学習の概要>
図50を例として、ニューラルネットワークの訓練の概要を説明する。ニューラルネットワーク50は、畳み込みニューラルネットワークであることが好ましい。ニューラルネットワーク50における入力層50aのノード数は、入力される訓練データ75の画素数と画像に含まれる輝度と色相の数(例えば上記例では、輝度72y、第1の色相72cb、及び第2の色相72crの3つ)との積に対応している。色調ベクトルデータ74はその集合76としてニューラルネットワーク50の入力層50aに入力される。訓練データ75の各画素のラベル値77を、ニューラルネットワークの出力層50bとして、ニューラルネットワーク50を訓練する。
図50を例として、ニューラルネットワークの訓練の概要を説明する。ニューラルネットワーク50は、畳み込みニューラルネットワークであることが好ましい。ニューラルネットワーク50における入力層50aのノード数は、入力される訓練データ75の画素数と画像に含まれる輝度と色相の数(例えば上記例では、輝度72y、第1の色相72cb、及び第2の色相72crの3つ)との積に対応している。色調ベクトルデータ74はその集合76としてニューラルネットワーク50の入力層50aに入力される。訓練データ75の各画素のラベル値77を、ニューラルネットワークの出力層50bとして、ニューラルネットワーク50を訓練する。
ニューラルネットワーク50は、訓練データ75に基づいて、形態学的な細胞種別や細胞の特徴について、特徴量を抽出する。ニューラルネットワークの出力層50bは、これらの特徴量を反映する結果を出力する。
図50の符号50cは、中間層を示す。
斯くして訓練されたニューラルネットワーク60を有する深層学習アルゴリズム60は、分析対象の細胞が、所定の細胞群に属し形態学的に分類される複数の細胞種別のいずれに該当するかを識別するための識別器として使用される。
<画像の分析方法>
図52に画像の分析方法の例を示す。画像の分析方法では、分析対象の細胞を撮像した分析用画像から分析データ81を生成する。分析用画像は、分析対象の細胞を撮像した画像である。
図52に画像の分析方法の例を示す。画像の分析方法では、分析対象の細胞を撮像した分析用画像から分析データ81を生成する。分析用画像は、分析対象の細胞を撮像した画像である。
例示的には、本実施形態において撮像装置における撮像は、RGBカラー及びCMYカラー等で行われることが好ましい。カラー画像は、赤、緑及び青又はシアン、マゼンタ、イエロー等の各原色の濃淡又は輝度を、24ビットの値(8ビット×3色)で表すことが好ましい。分析用画像は、少なくとも1つの色相と、その色相の濃淡又は輝度とを含んでいればよいが、少なくとも2つの色相と、それぞれ色相の濃淡又は輝度とを含むことがより好ましい。色相とその色相の濃淡又は輝度とを含む情報を色調ともいう。
例えば、RGBカラーから、輝度の情報と色相の情報を含むフォーマットに変換する。輝度の情報と色相の情報を含むフォーマットとして、YUV(YCbCr、YPbPr、YIQ等)等を挙げることができる。ここでは、YCbCrフォーマットへの変換を例として説明する。ここでは、RGBカラーの訓練用画像は、輝度に基づく画像データ、第1の色相(例えば青色系)に基づく画像データ及び第2の色相(例えば、赤色系)に基づく画像データに変換される。RGBから、YCbCrへの変換は公知の方法により行うことができる。例えば、RGBから、YCbCrへは、国際規格ITU-R BT.601にしたがって変換できる。輝度、第1の色相及び第2の色相の各々に対応する画像データは、それぞれ図52に示すように階調値の行列データとして表すことができる(以下、色調行列データ79y,79cb,79crともいう)。輝度、第1の色相及び第2の色相72Crは、それぞれ0から255階調までの256階調で表される。ここで、輝度、第1の色相、第2の色相に換えて、赤R、緑G、青Bの3原色や、シアンC、マゼンタM、イエローYの色の3原色で訓練用画像を変換してもよい。
次に、色調行列79y,79cb,79crに基づいて、画素ごとに、輝度79y、第1の色相79cb、及び第2の色相79crの3つの階調値を組み合わせた色調ベクトルデータ80を生成する。1枚の分析用画像から生成された色調ベクトルデータ80の集合を分析データ81として生成する。
分析データ81の生成と訓練データ75の生成は、少なくとも撮像条件や、各画像からニューラルネットワークに入力するベクトルデータの生成条件を同じにすることが好ましい。
分析データ81を訓練済みの深層学習アルゴリズム60を構成するニューラルネットワーク60の入力層60aに入力する。深層学習アルゴリズムは、分析データ81から特徴量を抽出し、その結果をニューラルネットワーク60の出力層60bから出力する。出力層60bから出力される値は、訓練データとして入力された形態学的な細胞の分類や特徴のそれぞれに、分析用画像に含まれる分析対象の細胞が属する確率である。
この確率の中で、値が最も高い形態学的分類に、分析用画像に含まれる分析対象の細胞が属すると判断し、その形態学的な細胞種別又は細胞の特徴をと紐付けられたラベル値が出力される。ラベル値そのもの、あるいはラベル値を形態学的な細胞種別又は細胞の特徴の有無を示す情報(例えば用語等)に置き換えたデータが細胞の形態に関する分析結果83として出力される。図52では分析データ81から、識別器によってラベル値「1」が最も可能性が高いラベル値82として出力され、このラベル値に対応する「分葉核好中球」という文字データが、細胞の形態に関する分析結果83として出力される。
図52の符号60cは、中間層を示す。
[6.その他の形態]
以上、本発明を概要及び特定の実施形態によって説明したが、本発明は上記した概要及び各実施形態に限定されるものではない。
以上、本発明を概要及び特定の実施形態によって説明したが、本発明は上記した概要及び各実施形態に限定されるものではない。
上記の実施形態では、訓練データ生成部101、訓練データ入力部102、アルゴリズム更新部103、分析データ生成部201、分析データ入力部202、及び分析部203の各機能ブロックは、単一のプロセッサ4831及び単一の並列処理プロセッサ4833において実行されているが、これら各機能ブロックは単一のプロセッサ及び並列処理プロセッサにおいて実行される必要は必ずしもなく、複数のプロセッサ及び複数の並列処理プロセッサで分散して実行されてもよい。
上記の実施形態では、図43で説明する各ステップの処理を行うためのプログラムを記憶部4835に予め記録している。これに代えて、プログラムは、例えばDVD-ROMやUSBメモリ等の、コンピュータ読み取り可能であって非一時的な有形の記録媒体98から測定ユニット制御部480にインストールしてもよい。又は、測定ユニット制御部480を通信ネットワーク99と接続し、通信ネットワーク99を介して例えば外部のサーバ(図示せず)からプログラムをダウンロードしてインストールしてもよい。
図53に、分析結果の一実施形態を示す。図53では、フローサイトメトリーで測定された生体試料中に含まれる、図4で示したラベル値を付与した細胞種別とそれぞれの細胞数の種別の細胞数が示されている。細胞数の表示に代えて、あるいは細胞数の表示とともに、カウントした細胞数全体における各細胞種別の割合(例えば%)を出力してもよい。細胞数のカウントは、出力された各細胞種別に対応するラベル値の数(同じラベル値の数)を係数することにより求めることができる。また、出力結果には、生体試料中に異常細胞が含まれることを示す警告が出力されてもよい。図53では異常細胞の項に警告として感嘆符が付されている例を示しているがこれに限られない。さらに、各細胞腫の分布をスキャッタグラムそして出力してもよい。スキャッタグラムとして出力する際には、例えば信号強度を取得した際の最も高い値を、例えば、側方蛍光強度を縦軸とし、側方散乱光強度を横軸としてプロットすることができる。
50 訓練前の深層学習アルゴリズム
60 訓練済み深層学習アルゴリズム
400、400a、500、500a、700 測定ユニット
410 FCM検出部
450 検体吸引部
482、507、3008、6009 A/D変換部
3001、4831、6001、8111 プロセッサ(ホストプロセッサ)
3002、4833、6002、8112 並列処理プロセッサ
4000、4000’、4000'' 細胞分析装置
3200、6200、4836 演算ユニット
60 訓練済み深層学習アルゴリズム
400、400a、500、500a、700 測定ユニット
410 FCM検出部
450 検体吸引部
482、507、3008、6009 A/D変換部
3001、4831、6001、8111 プロセッサ(ホストプロセッサ)
3002、4833、6002、8112 並列処理プロセッサ
4000、4000’、4000'' 細胞分析装置
3200、6200、4836 演算ユニット
Claims (34)
- ホストプロセッサと、並列処理プロセッサとを含む細胞分析装置において、
前記ホストプロセッサによる制御に基づいて、検体中の複数の細胞の各々に関するデータを取得し、
前記並列処理プロセッサによって、前記データに関する並列処理を実行し、
前記並列処理の結果に基づき、前記複数の細胞の各々について細胞種別に関する情報を生成する、
ことを含む細胞分析方法。 - 前記並列処理は、人工知能アルゴリズムに従って実行される処理の少なくとも一部である、
請求項1に記載の細胞分析方法。 - 前記データを、前記細胞分析装置が備える伝送路を介して前記並列処理プロセッサに伝送する、
請求項1または2に記載の細胞分析方法。 - 前記データを、インターネットまたはイントラネットとは異なる伝送路を介して前記並列処理プロセッサに伝送する、請求項1または2に記載の細胞分析方法。
- 前記伝送路は、1ギガビット/秒以上の通信帯域を備える、請求項3に記載の細胞分析方法。
- 前記伝送路はバスであり、前記バスを介して、前記並列処理プロセッサに前記データを伝送する、請求項3に記載の細胞分析方法。
- フローサイトメータによって測定された前記複数の細胞に関するアナログ信号から変換された前記データが、前記伝送路を介して前記並列処理プロセッサに伝送される、請求項3から6のいずれか1項に記載の細胞分析方法。
- 前記情報は、前記細胞種別を識別するための識別子を含む、
請求項1から7のいずれか1項に記載の細胞分析方法。 - 前記情報は、前記細胞が複数の前記細胞種別の各々に属する確率を含む、
請求項1から8のいずれか1項に記載の細胞分析方法。 - 前記細胞種別を識別するための識別子を含む分析結果を、当該分析結果の分析を行う処理ユニットに送信する、
請求項1から9のいずれか1項に記載の細胞分析方法。 - 前記細胞が複数の前記細胞種別の各々に属する確率を含む分析結果を、当該分析結果の分析を行う処理ユニットに送信する、
請求項1から10のいずれか1項に記載の細胞分析方法。 - 前記並列処理プロセッサは、前記並列処理として、前記データの分析に関する複数の演算処理を並列に実行する、
請求項1から11のいずれか1項に記載の細胞分析方法。 - 前記並列処理プロセッサは、
前記データの分析に関する演算処理を実行可能な演算ユニットを複数有し、
前記並列処理として、前記演算ユニットの各々による前記演算処理を並列に実行する、
請求項1から12のいずれか1項に記載の細胞分析方法。 - 前記人工知能アルゴリズムは、深層学習アルゴリズムである、
請求項2、または、請求項2を引用する請求項3から13のいずれか1項に記載の細胞分析方法。 - 前記並列処理プロセッサは、前記並列処理として、前記データの特徴を抽出するためのフィルタリング処理を並列に実行する、
請求項1から14のいずれか1項に記載の細胞分析方法。 - 前記人工知能アルゴリズムは、深層学習アルゴリズムであり、
前記並列処理プロセッサは、前記並列処理として、前記深層学習アルゴリズムにおける畳み込み層における複数の演算処理を並列に実行する、
請求項2、または、請求項2を引用する請求項3から15のいずれか1項に記載の細胞分析方法。 - 前記並列処理プロセッサは、単一の命令に従って前記並列処理を実行する、
請求項1から16のいずれか1項に記載の細胞分析方法。 - 前記データは、前記細胞に光を照射することにより検出される信号に基づくデータである、
請求項1から17のいずれか1項に記載の細胞分析方法。 - 前記細胞を測定して得られる信号を所定のレートでサンプリングしたサンプリングデータを前記データとして前記並列処理プロセッサに入力し、
前記並列処理プロセッサは、前記並列処理を実行することにより前記サンプリングデータを分析する、
請求項1から18のいずれか1項に記載の細胞分析方法。 - 前記細胞に光を照射して取得された画像データを前記データとして前記並列処理プロセッサに入力し、
前記並列処理プロセッサは、前記並列処理を実行することにより前記画像データを分析する、
請求項1から18のいずれか1項に記載の細胞分析方法。 - 前記並列処理プロセッサは、前記データの各々について複数の行列演算を実行する、
請求項1から20のいずれか1項に記載の細胞分析方法。 - 前記並列処理プロセッサは、前記データの各々について少なくとも100の行列演算を実行する、
請求項1から21のいずれか1項に記載の細胞分析方法。 - 前記並列処理プロセッサは、前記データの各々について少なくとも1000の行列演算を実行する、
請求項1から22のいずれか1項に記載の細胞分析方法。 - 前記並列処理プロセッサは、少なくとも100個の前記細胞の各々に対応する前記データを分析する、
請求項1から23のいずれか1項に記載の細胞分析方法。 - 前記並列処理プロセッサは、少なくとも1000個の前記細胞の各々に対応する前記データを分析する、
請求項1から24のいずれか1項に記載の細胞分析方法。 - 前記並列処理プロセッサは、各々が、少なくとも1ギガバイトの容量を有する前記データを分析する、
請求項1から25のいずれか1項に記載の細胞分析方法。 - 前記並列処理プロセッサは、
前記データの分析に関する演算処理を実行可能な演算ユニットを少なくとも10個有し、
前記並列処理として、前記演算ユニットの各々による前記演算処理を並列に実行する、
請求項1から26のいずれか1項に記載の細胞分析方法。 - 前記並列処理プロセッサは、
前記データの分析に関する演算処理を実行可能な演算ユニットを少なくとも100個有し、
前記並列処理として、前記演算ユニットの各々による前記演算処理を並列に実行する、
請求項1から27のいずれか1項に記載の細胞分析方法。 - 前記並列処理プロセッサは、
前記データの分析に関する演算処理を実行可能な演算ユニットを少なくとも1000個有し、
前記並列処理として、前記演算ユニットの各々による前記演算処理を並列に実行する、
請求項1から28のいずれか1項に記載の細胞分析方法。 - 前記並列処理プロセッサは、少なくとも1ギガバイトの容量を有するメモリから読み出された前記データを入力とし、前記並列処理を実行する、
請求項1から29のいずれか1項に記載の細胞分析方法。 - 検体中の細胞に関するデータは、細胞から得られる複数種類の信号に基づくデータの組み合わせである、請求項1から30のいずれか1項に記載の細胞分析方法。
- 測定ユニットによって細胞を測定し、
前記測定ユニットとインターネットまたはイントラネットを介さずに接続された並列処理プロセッサによって、前記測定に基づく細胞に関するデータの並列処理を実行し、
前記並列処理の結果に基づき、前記細胞の細胞種別に関する情報を生成する、
ことを含む細胞分析方法。 - 細胞分析装置に搭載された測定ユニットによって検体を吸引し、
吸引された前記検体中の細胞に関するデータを生成し、
前記データに関する並列処理を、前記細胞分析装置に搭載された並列処理プロセッサで実行し、
前記並列処理プロセッサが実行する前記並列処理の結果に基づき、前記細胞の細胞種別に関する情報を生成する、
ことを含む細胞分析方法。 - 検体に含まれる複数の細胞を測定する測定ユニットと、
前記複数の細胞の分析に関する情報処理を行うプロセッサと、
並列処理プロセッサと、を備え、
前記測定ユニットは、前記複数の細胞の各々に関するデータを取得し、
前記並列処理プロセッサは、前記データに関する並列処理を実行し、
前記プロセッサは、前記並列処理の結果に基づいて生成された、前記複数の細胞の各々の細胞種別に関する情報を処理する、
細胞分析装置。
Priority Applications (5)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
JP2020157930A JP2022051447A (ja) | 2020-09-18 | 2020-09-18 | 細胞分析方法及び細胞分析装置 |
CN202180049471.XA CN115867637A (zh) | 2020-09-18 | 2021-08-30 | 细胞分析方法以及细胞分析装置 |
EP21869154.1A EP4215901A4 (en) | 2020-09-18 | 2021-08-30 | CELL ANALYSIS METHOD AND CELL ANALYSIS DEVICE |
PCT/JP2021/031651 WO2022059467A1 (ja) | 2020-09-18 | 2021-08-30 | 細胞分析方法及び細胞分析装置 |
US18/185,589 US20230314300A1 (en) | 2020-09-18 | 2023-03-17 | Cell analysis method and cell analyzer |
Applications Claiming Priority (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
JP2020157930A JP2022051447A (ja) | 2020-09-18 | 2020-09-18 | 細胞分析方法及び細胞分析装置 |
Publications (1)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
JP2022051447A true JP2022051447A (ja) | 2022-03-31 |
Family
ID=80776154
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2020157930A Pending JP2022051447A (ja) | 2020-09-18 | 2020-09-18 | 細胞分析方法及び細胞分析装置 |
Country Status (5)
Country | Link |
---|---|
US (1) | US20230314300A1 (ja) |
EP (1) | EP4215901A4 (ja) |
JP (1) | JP2022051447A (ja) |
CN (1) | CN115867637A (ja) |
WO (1) | WO2022059467A1 (ja) |
Family Cites Families (12)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP3299817B2 (ja) * | 1993-07-26 | 2002-07-08 | シスメックス株式会社 | イメージングフローサイトメータ |
JP3539581B2 (ja) * | 1994-09-19 | 2004-07-07 | 株式会社日立製作所 | 粒子画像の解析方法 |
AU701948B2 (en) | 1994-10-20 | 1999-02-11 | Sysmex Corporation | Reagent for analyzing solid components in urine and method for analyzing solid components by employing the same |
EP1227898A4 (en) * | 1999-10-21 | 2011-11-16 | Beckman Coulter Inc | SYSTEM FOR ANALYSIS BY FLOW CYTOMETRY WITH TEMPORARY DYNAMICS |
JP3837006B2 (ja) | 2000-03-22 | 2006-10-25 | シスメックス株式会社 | 細菌の染色方法及び検出方法 |
US7309581B2 (en) | 2000-11-01 | 2007-12-18 | Sysmex Corporation | Method of staining, detection and counting bacteria, and a diluent for bacterial stain |
US8060353B2 (en) * | 2008-05-02 | 2011-11-15 | Iguran LLC | Flow cytometer remote monitoring system |
US9464978B2 (en) | 2009-03-04 | 2016-10-11 | Beckman Coulter, Inc. | Cross-instrument method and system for cell population discrimination |
JP6903494B2 (ja) * | 2017-06-09 | 2021-07-14 | シスメックス株式会社 | 感染症を識別するための粒子分析方法 |
JP2019195304A (ja) * | 2018-05-10 | 2019-11-14 | 学校法人順天堂 | 画像解析方法、装置、コンピュータプログラム、及び深層学習アルゴリズムの生成方法 |
CN209485938U (zh) * | 2019-01-08 | 2019-10-11 | 广西师范大学 | 一种流式细胞仪数据采集系统 |
JP6685057B1 (ja) * | 2019-07-30 | 2020-04-22 | 株式会社Cybo | イメージングフローサイトメーター、ソート方法、及び、キャリブレーション方法 |
-
2020
- 2020-09-18 JP JP2020157930A patent/JP2022051447A/ja active Pending
-
2021
- 2021-08-30 EP EP21869154.1A patent/EP4215901A4/en active Pending
- 2021-08-30 WO PCT/JP2021/031651 patent/WO2022059467A1/ja active Application Filing
- 2021-08-30 CN CN202180049471.XA patent/CN115867637A/zh active Pending
-
2023
- 2023-03-17 US US18/185,589 patent/US20230314300A1/en active Pending
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
WO2022059467A1 (ja) | 2022-03-24 |
CN115867637A (zh) | 2023-03-28 |
US20230314300A1 (en) | 2023-10-05 |
EP4215901A4 (en) | 2024-08-21 |
EP4215901A1 (en) | 2023-07-26 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
WO2020196074A1 (ja) | 細胞の分析方法、深層学習アルゴリズムの訓練方法、細胞分析装置、深層学習アルゴリズムの訓練装置、細胞の分析プログラム及び深層学習アルゴリズムの訓練プログラム | |
KR101963477B1 (ko) | 백혈구 수치를 측정하기 위한 방법 및 장치 | |
US9880155B2 (en) | System, method, and article for detecting abnormal cells using multi-dimensional analysis | |
JP2020180954A (ja) | 疾患解析を支援する方法、装置、及びコンピュータプログラム、並びにコンピュータアルゴリズムを訓練する方法、装置、及びプログラム | |
CN114450589A (zh) | 分析血液样本中红细胞方法及血液分析系统 | |
US20230221238A1 (en) | Cell analysis method and cell analyzer | |
WO2022059467A1 (ja) | 細胞分析方法及び細胞分析装置 | |
US20220291199A1 (en) | Analysis method and analyzer | |
EP4246123A1 (en) | Specimen analyzer, specimen analysis method, and program | |
EP4439571A1 (en) | Analysis method, specimen analyzer, and program | |
JP2023137001A (ja) | 検体分析装置、検体分析方法およびプログラム | |
JP2023137000A (ja) | 検体分析装置、検体分析方法およびプログラム | |
RU2820983C2 (ru) | Способ клеточного анализа, способ обучения для алгоритма глубокого обучения, устройство клеточного анализа, обучающее устройство для алгоритма глубокого обучения, программа клеточного анализа и обучающая программа для алгоритма глубокого обучения | |
JP2022140144A (ja) | 分析方法および分析装置 | |
JP2022140145A (ja) | 分析方法および分析装置 | |
JP2022140146A (ja) | 分析方法および分析装置 | |
JP2021162323A (ja) | 疾患鑑別支援方法、疾患鑑別支援装置、及び疾患鑑別支援コンピュータプログラム |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
A621 | Written request for application examination |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A621 Effective date: 20230828 |