JP2021531794A - 単一のフローセルを使用した多重シークエンシング - Google Patents
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Abstract
Description
本出願は、2018年7月26日に出願された米国仮特許出願第62/703,763号(これは、参照により本明細書に完全に組み込まれる)の利益を主張する。
ヒトゲノムをマッピングしたいという要望は、迅速な核酸シークエンシングのための技術への関心を生み出した。しかしながら、最初のヒトゲノムのシークエンシングは約10億ドルのコストがかかり、完了までに10年超を要した。核酸シークエンシングに関連する技術は進歩したが、大規模なゲノムプロジェクトは依然として高額である。例えば、全ゲノムシークエンシングは数千ドルのコストがかかる可能性があり、法外なコストをゲノミクス研究プロジェクトに課し得る。加えて、シークエンシングシステムの能力を効率的に利用することは依然として困難であり得る。
所望の程度の複雑さとは異なる第1の程度の複雑さを有する第1の核酸サンプルを提供すること;
第1の程度の複雑さとは異なり、所望の程度の複雑さとは異なる第2の程度の複雑さを有する第2の核酸サンプルを提供すること;
第1の核酸サンプルの少なくとも一部および第2の核酸サンプルの少なくとも一部をプールし、それにより、所望の程度の複雑さを有するプールされた核酸サンプルを生成すること;ならびに
プールされた核酸サンプルの少なくとも一部をシークエンシングすること
を含む、方法を提供する。
第1の複数の核酸分子を処理して、偏りのないシークエンシングを実施するための第1の複数のライブラリーを生成すること;
第2の複数の核酸分子を処理して、偏りのあるシークエンシングを実施するための第2の複数のライブラリーを生成すること;
第1の複数のライブラリーおよび第2の複数のライブラリーをプールして、プールされた複数のライブラリーを生成すること;ならびに
シークエンシングプラットフォームの単一のフローセルを使用して、プールされた複数のライブラリーをシークエンシングして、第1の複数の核酸分子に対応する第1の複数のシークエンシングリードと、第2の複数の核酸分子に対応する第2の複数のシークエンシングリードとを生成すること
を含む、方法を提供する。
第1の複数の核酸分子を処理して、第1の偏りのあるシークエンシングを実施するための第1の複数のライブラリーを生成すること;
第2の複数の核酸分子を処理して、第2の偏りのあるシークエンシングを実施するための第2の複数のライブラリーを生成すること;
第1の複数のライブラリーおよび第2の複数のライブラリーをプールして、プールされた複数のライブラリーを生成すること;ならびに
シークエンシングプラットフォームの単一のフローセルを使用して、プールされた複数のライブラリーをシークエンシングして、第1の複数の核酸分子に対応する第1の複数のシークエンシングリードと、第2の複数の核酸分子に対応する第2の複数のシークエンシングリードとを生成すること
を含む、方法を提供する。
第1の複数の核酸分子を処理して、第1の偏りのないシークエンシングを実施するための第1の複数のライブラリーを生成すること;
第2の複数の核酸分子を処理して、第2の偏りのないシークエンシングを実施するための第2の複数のライブラリーを生成すること;
第1の複数のライブラリーおよび第2の複数のライブラリーをプールして、プールされた複数のライブラリーを生成すること;ならびに
シークエンシングプラットフォームの単一のフローセルを使用して、プールされた複数のライブラリーをシークエンシングして、第1の複数の核酸分子に対応する第1の複数のシークエンシングリードと、第2の複数の核酸分子に対応する第2の複数のシークエンシングリードとを生成すること
を含む、方法を提供する。
1つまたはそれより多くのコンピュータプロセッサを含むコントローラ;および
コントローラに作動可能に結合した支持体
を含み;
1つまたはそれより多くのコンピュータプロセッサは、
第1の複数の核酸分子を処理して、偏りのないシークエンシングを実施するための第1の複数のライブラリーを生成することを指示し;
第2の複数の核酸分子を処理して、偏りのあるシークエンシングを実施するための第2の複数のライブラリーを生成することを指示し;
第1の複数のライブラリーおよび第2の複数のライブラリーをプールして、プールされた複数のライブラリーを生成することを指示し;
プールされた複数のライブラリーから、第1の複数の核酸分子に対応する第1の複数のシークエンシングリードを生成し;ならびに、
プールされた複数のライブラリーから、第2の複数の核酸分子に対応する第2の複数のシークエンシングリードを生成するように個々にまたは集合的にプログラムされている、システムを提供する。
1つまたはそれより多くのコンピュータプロセッサを含むコントローラ;および
コントローラに作動可能に結合した支持体
を含み;
1つまたはそれより多くのコンピュータプロセッサは、
第1の複数の核酸分子を処理して、第1の偏りのあるシークエンシングを実施するための第1の複数のライブラリーを生成することを指示し;
第2の複数の核酸分子を処理して、第2の偏りのあるシークエンシングを実施するための第2の複数のライブラリーを生成することを指示し;
第1の複数のライブラリーおよび第2の複数のライブラリーをプールして、プールされた複数のライブラリーを生成することを指示し;
プールされた複数のライブラリーから、第1の複数の核酸分子に対応する第1の複数のシークエンシングリードを生成し;ならびに、
プールされた複数のライブラリーから、第2の複数の核酸分子に対応する第2の複数のシークエンシングリードを生成するように個々にまたは集合的にプログラムされている、システムを提供する。
1つまたはそれより多くのコンピュータプロセッサを含むコントローラ;および
コントローラに作動可能に結合した支持体
を含み;
1つまたはそれより多くのコンピュータプロセッサは、
第1の複数の核酸分子を処理して、第1の偏りのないシークエンシングを実施するための第1の複数のライブラリーを生成することを指示し;
第2の複数の核酸分子を処理して、第2の偏りのないシークエンシングを実施するための第2の複数のライブラリーを生成することを指示し;
第1の複数のライブラリーおよび第2の複数のライブラリーをプールして、プールされた複数のライブラリーを生成することを指示し;
プールされた複数のライブラリーから、第1の複数の核酸分子に対応する第1の複数のシークエンシングリードを生成し;ならびに、
プールされた複数のライブラリーから、第2の複数の核酸分子に対応する第2の複数のシークエンシングリードを生成するように個々にまたは集合的にプログラムされている、システムを提供する。
第1の複数の核酸分子を処理して、偏りのないシークエンシングを実施するための第1の複数のライブラリーを生成することを指示すること、
第2の複数の核酸分子を処理して、偏りのあるシークエンシングを実施するための第2の複数のライブラリーを生成することを指示すること;
第1の複数のライブラリーおよび第2の複数のライブラリーをプールして、プールされた複数のライブラリーを生成することを指示すること;
プールされた複数のライブラリーから、第1の複数の核酸分子に対応する第1の複数のシークエンシングリードを生成すること;ならびに、
プールされた複数のライブラリーから、第2の複数の核酸分子に対応する第2の複数のシークエンシングリードを生成すること
を含む、非一時的コンピュータ可読媒体を提供する。
第1の複数の核酸分子を処理して、第1の偏りのあるシークエンシングを実施するための第1の複数のライブラリーを生成することを指示すること、
第2の複数の核酸分子を処理して、第2の偏りのあるシークエンシングを実施するための第2の複数のライブラリーを生成することを指示すること;
第1の複数のライブラリーおよび第2の複数のライブラリーをプールして、プールされた複数のライブラリーを生成することを指示すること;
プールされた複数のライブラリーから、第1の複数の核酸分子に対応する第1の複数のシークエンシングリードを生成すること;ならびに、
プールされた複数のライブラリーから、第2の複数の核酸分子に対応する第2の複数のシークエンシングリードを生成すること
を含む、非一時的コンピュータ可読媒体を提供する。
第1の複数の核酸分子を処理して、第1の偏りのないシークエンシングを実施するための第1の複数のライブラリーを生成することを指示すること、
第2の複数の核酸分子を処理して、第2の偏りのないシークエンシングを実施するための第2の複数のライブラリーを生成することを指示すること;
第1の複数のライブラリーおよび第2の複数のライブラリーをプールして、プールされた複数のライブラリーを生成することを指示すること;
プールされた複数のライブラリーから、第1の複数の核酸分子に対応する第1の複数のシークエンシングリードを生成すること;ならびに、
プールされた複数のライブラリーから、第2の複数の核酸分子に対応する第2の複数のシークエンシングリードを生成すること
を含む、非一時的コンピュータ可読媒体を提供する。
本明細書で言及されるすべての刊行物、特許および特許出願は、個々の刊行物、特許または特許出願がそれぞれ、参照により組み込まれると具体的かつ個々に示されているのと同じ程度に、参照により本明細書に組み込まれる。参照により組み込まれる刊行物、特許および特許出願が、本明細書に含まれる本開示と矛盾する程度において、本明細書は、いかなるこのような矛盾材料にも優先しおよび/またはその上位にあることを意図する。
本発明の様々な実施形態が本明細書に示され記載されているが、このような実施形態がほんの一例として提供されていることは当業者には明らかである。本発明から逸脱せずに多数の変形、変更および置換を当業者に想起させ得る。本明細書に記載される本発明の実施形態の様々な代替物が用いられ得ることを理解すべきである。
サンプルに基づくシークエンシングライブラリーをバイアスすると、目的の特定領域周辺において信頼が得られ得るが、いくつかの場合では、バイアスすることは、サンプルをシークエンシングするためにシークエンサーが使用するアルゴリズムの問題をもたらし得る。例えば、いくつかのIlluminaシークエンシング技術では、初期シークエンシングサイクル(例えば、シークエンシングの最初から5番目のサイクル、シークエンシングの最初の25サイクルなど)を中心に設計された特定の調整済みフィルタがある。いくつかの例では、シークエンサー上のコンピュータが、初期サイクル(例えば、最初の5サイクル内)において過度に多くの同じ塩基を検出する場合、それは、シークエンシングランのクラッシュをもたらし得る。このようなものとして、いくつかの例では、偏りのあるサンプルがシークエンサーで主にランされ、初期(例えば、最初の5サイクル)の塩基が過度に類似する場合(フローセルの大部分が同じ塩基である場合)、それは、そのフローセル中の個々の塩基を同定する際に矛盾を生じ得る。しかしながら、複雑さを追加することにより、この問題に対処し、情報消失を防止し得る。
本開示は、核酸分子のプールされたライブラリーを使用することにより、核酸分子をシークエンシングするための方法を提供する。シークエンシングライブラリーを調製する場合、可能な限り合理的にまたは実用的に高い複雑さレベルを得ることが重要であり得る。ライブラリー複雑さは、有限シークエンシングによりサンプリングされたライブラリー中のユニークな分子の数を指し得る。いくつかの例では、シークエンシングライブラリーの調製の前におよびその間に使用され得る特定の方法は、サンプル複雑さを減少させ得る。例えば、サンプル複雑さは、重複を増加させることにより減少され得る。一部の実施形態では、PCRおよび他のバイアスする方法は、サンプル複雑さを減少させ得る。
態様では、核酸分子をシークエンシングするための方法が本明細書に開示される。前記方法は、第1の複数の核酸分子を処理することを含み得る。これは、偏りのないシークエンシングを実施するための第1の複数のライブラリーを生成し得る。前記方法は、第2の複数の核酸分子を処理することを含み得る。これは、偏りのあるシークエンシングを実施するための第2の複数のライブラリーを生成し得る。前記方法は、第1の複数のライブラリーおよび第2の複数のライブラリーをプールして、プールされた複数のライブラリーを生成することを含み得る。前記方法は、シークエンシングプラットフォームの単一のフローセルを使用して、プールされた複数のライブラリーをシークエンシングし得る。これは、第1の複数の核酸分子に対応する第1の複数のシークエンシングリードと、第2の複数の核酸分子に対応する第2の複数のシークエンシングリードとを生成し得る。
態様では、核酸分子をシークエンシングするための方法が本明細書に開示される。前記方法は、第1の複数の核酸分子を処理することを含み得る。これは、第1の偏りのあるシークエンシングを実施するための第1の複数のライブラリーを生成し得る。前記方法は、第2の複数の核酸分子を処理することを含み得る。これは、第2の偏りのあるシークエンシングを実施するための第2の複数のライブラリーを生成し得る。前記方法は、第1の複数のライブラリーおよび第2の複数のライブラリーをプールして、プールされた複数のライブラリーを生成することを含み得る。前記方法は、シークエンシングプラットフォームの単一のフローセルを使用して、プールされた複数のライブラリーをシークエンシングし得る。これは、第1の複数の核酸分子に対応する第1の複数のシークエンシングリードと、第2の複数の核酸分子に対応する第2の複数のシークエンシングリードとを生成し得る。
態様では、核酸分子をシークエンシングするための方法が本明細書に開示される。前記方法は、第1の複数の核酸分子を処理することを含み得る。これは、第1の偏りのないシークエンシングを実施するための第1の複数のライブラリーを生成し得る。前記方法は、第2の複数の核酸分子を処理することを含み得る。これは、第2の偏りのないシークエンシングを実施するための第2の複数のライブラリーを生成し得る。前記方法は、第1の複数のライブラリーおよび第2の複数のライブラリーをプールして、プールされた複数のライブラリーを生成することを含み得る。前記方法は、シークエンシングプラットフォームの単一のフローセルを使用して、プールされた複数のライブラリーをシークエンシングし得る。これは、第1の複数の核酸分子に対応する第1の複数のシークエンシングリードと、第2の複数の核酸分子に対応する第2の複数のシークエンシングリードとを生成し得る。
別の態様では、核酸分子をシークエンシングするためのシステムが本明細書に開示される。システムはコントローラを含み得る。システムはまた、コントローラに作動可能に結合した支持体を含み得る。コントローラは、1つまたはそれより多くのコンピュータプロセッサを含み得る。1つまたはそれより多くのコンピュータプロセッサは、第1の複数の核酸分子を処理して、第1の複数のライブラリーを生成することを指示するように個々にまたは集合的にプログラムされ得る。これは、偏りのないシークエンシングを実施するための第1の複数のライブラリーを生成し得る。コンピュータプロセッサは、第2の複数の核酸分子を処理して、第2の複数のライブラリーを生成することを指示するように個々にまたは集合的にプログラムされ得る。これは、偏りのあるシークエンシングを実施するための第2の複数のライブラリーを生成し得る。コンピュータプロセッサは、第1の複数のライブラリーおよび第2の複数のライブラリーをプールすることを指示するように個々にまたは集合的にプログラムされ得る。これは、プールされた複数のライブラリーを生成し得る。このプールされた複数のライブラリーは、第1の複数の核酸分子に対応する第1の複数のシークエンシングリードを生成するために使用され得る。このプールされた複数のライブラリーはまた、第2の複数の核酸分子に対応する第2の複数のシークエンシングリードを生成するために使用され得る。
態様では、機械実行可能コードを含み得る非一時的コンピュータ可読媒体が本明細書に記載される。コンピュータプロセッサにより実行される際の、機械実行可能コードは、核酸分子をシークエンシングするための方法を実装し得る。実装される方法は、第1の複数の核酸分子を処理して、偏りのないシークエンシングを実施するための第1の複数のライブラリーを生成することを含み得る。実装される方法は、第2の複数の核酸分子を処理して、偏りのあるシークエンシングを実施するための第2の複数のライブラリーを生成することを含み得る。実装される方法は、第1の複数のライブラリーおよび第2の複数のライブラリーをプールし得る。実装される方法は、プールされた複数のライブラリーを生成し得る。実装される方法は、シークエンシングプラットフォームの単一のフローセルを使用して、プールされた複数のライブラリーをシークエンシングし得る。実装される方法は、第1の複数の核酸分子に対応する第1の複数のシークエンシングリードと、第2の複数の核酸分子に対応する第2の複数のシークエンシングリードとを生成し得る。
本開示は、本開示の方法を実装するようにプログラムされたコンピュータシステムを提供する。図1は、核酸配列および配列分析を実施するなど、本開示の方法またはシステムを実装するようにプログラムされたかまたは別様に構成されたコンピュータシステム101を示す。
例では、本開示は、偏りのないおよび偏りのあるシークエンシングを実施するために調製されたライブラリーを使用してDNAをシークエンシングする方法を提供する(図2)。DNAを組織または細胞から抽出する。抽出されたDNAを2つのサンプル(第1のサンプル202および第2のサンプル203)に分割する。
例では、本開示は、偏りのないおよび偏りのあるシークエンシングを実施するために調製されたライブラリーを使用してDNAをシークエンシングする方法を提供する(図3)。DNAを組織または細胞から抽出する。抽出されたDNAを2つのサンプル(第1のサンプル302および第2のサンプル303)に分割する。
例では、本開示は、偏りのないおよび偏りのあるシークエンシングを実施するために調製されたライブラリーを使用してDNAをシークエンシングする方法を提供する(図4)。DNAを組織または細胞から抽出する。抽出されたDNAを2つのサンプル(第1のサンプル402および第2のサンプル403)に分割する。
例では、本開示は、偏りのないおよび偏りのあるシークエンシングを実施するために調製されたライブラリーを使用してRNAをシークエンシングする方法を提供する(図2)。RNAを組織または細胞から抽出する。抽出されたRNAを2つのサンプル(第1のサンプル202および第2のサンプル203)に分割する。
例では、本開示は、偏りのないおよび偏りのあるシークエンシングを実施するために調製されたライブラリーを使用してRNAをシークエンシングする方法を提供する(図3)。RNAを組織または細胞から抽出する。抽出されたRNAを2つのサンプル(第1のサンプル302および第2のサンプル303)に分割する。
例では、本開示は、偏りのないおよび偏りのあるシークエンシングを実施するために調製されたライブラリーを使用してRNAをシークエンシングする方法を提供する(図4)。RNAを組織または細胞から抽出する。抽出されたRNAを2つのサンプル(第1のサンプル402および第2のサンプル403)に分割する。
例では、本開示は、偏りのないおよび偏りのあるシークエンシングを実施するために調製されたライブラリーを使用してDNAをシークエンシングする方法を提供する(図5)。DNAを組織または細胞から抽出する。抽出されたDNAを3つのサンプル(第1のサンプル502、第2のサンプル503および第3のサンプル504)に分割する。
一例では、偏りのないおよび偏りのあるシークエンシングを実施するために調製されたライブラリーを使用してRNAをシークエンシングする方法が存在する(図5)。RNAを生物学的サンプルから抽出する。抽出されたRNAを3つのサンプル(第1のサンプル502、第2のサンプル503および第3のサンプル504)に分割する。
例では、本開示は、偏りのないおよび偏りのあるシークエンシングを実施するために調製されたライブラリーを使用して、DNAおよびRNAをシークエンシングする方法を提供する。RNAを生物学的サンプルから抽出する。DNAを生物学的サンプルから抽出する。生物学的サンプルは、無細胞核酸、組織、細胞またはそれらの任意の組み合わせを含み得る。
一例では、偏りのないおよび偏りのあるシークエンシングを実施するために調製されたライブラリーを使用して、DNAおよびRNAをシークエンシングする方法が存在する。RNAを生物学的サンプルから抽出する。DNAを生物学的サンプルから抽出する。生物学的サンプルは、無細胞核酸、組織、細胞またはそれらの任意の組み合わせを含み得る。
Claims (40)
- シークエンシングのためのサンプルの複雑さを増加させるための方法であって、
所望の程度の複雑さとは異なる第1の程度の複雑さを有する第1の核酸サンプルを提供すること;
前記第1の程度の複雑さとは異なり、前記所望の程度の複雑さとは異なる第2の程度の複雑さを有する第2の核酸サンプルを提供すること;
前記第1の核酸サンプルの少なくとも一部および前記第2の核酸サンプルの少なくとも一部をプールし、それにより、前記所望の程度の複雑さを有するプールされた核酸サンプルを生成すること;ならびに
前記プールされた核酸サンプルの少なくとも一部をシークエンシングすること
を含む、方法。 - 前記シークエンシングすることが全ゲノムシークエンシング(WGS)を含む、請求項1に記載の方法。
- 前記シークエンシングすることが大規模並列シークエンシングを含む、請求項1に記載の方法。
- 前記シークエンシングすることが、フローセル当たり少なくとも約10億個のリードのアウトプットを含むシークエンシングプラットフォームでシークエンシングすることを含む、請求項1に記載の方法。
- 前記シークエンシングすることが、フローセル当たり少なくとも約15億個のリードのアウトプットを含むシークエンシングプラットフォームでシークエンシングすることを含む、請求項1に記載の方法。
- 前記シークエンシングすることが、フローセル当たり少なくとも約20億個のリードのアウトプットを含むシークエンシングプラットフォームでシークエンシングすることを含む、請求項1に記載の方法。
- 核酸分子をシークエンシングするための方法であって、
第1の複数の核酸分子を処理して、偏りのないシークエンシングを実施するための第1の複数のライブラリーを生成すること;
第2の複数の核酸分子を処理して、偏りのあるシークエンシングを実施するための第2の複数のライブラリーを生成すること;
前記第1の複数のライブラリーおよび前記第2の複数のライブラリーをプールして、プールされた複数のライブラリーを生成すること;ならびに
シークエンシングプラットフォームの単一のフローセルを使用して、前記プールされた複数のライブラリーをシークエンシングして、前記第1の複数の核酸分子に対応する第1の複数のシークエンシングリードと、前記第2の複数の核酸分子に対応する第2の複数のシークエンシングリードとを生成すること
を含む、方法。 - 前記偏りのないシークエンシングが全ゲノムシークエンシング(WGS)を含む、請求項7に記載の方法。
- 前記偏りのないシークエンシングが約10倍以下の深度で実施される、請求項8に記載の方法。
- 前記偏りのあるシークエンシングが、複数の遺伝子座を含む標的捕捉パネルの標的シークエンシングを含む、請求項7に記載の方法。
- 前記標的シークエンシングが標的メチル−seqを含む、請求項10に記載の方法。
- 前記偏りのないシークエンシングがメチル化シークエンシングを含む、請求項7に記載の方法。
- 前記メチル化シークエンシングが、バイサルファイトシークエンシング、全ゲノムバイサルファイトシークエンシング(WGBS)、APOBEC−seq、メチル−CpG結合ドメイン(MBD)タンパク質捕捉、メチル−DNA免疫沈降(MeDIP)、メチル化感受性制限酵素シークエンシング(MSRE/MRE−Seqまたはメチル−Seq)、酸化的バイサルファイトシークエンシング(oxBS−Seq)、還元表示バイサルファイトシークエンシング(RRBS)またはTet支援バイサルファイトシークエンシング(TAB−Seq)を含む、請求項12に記載の方法。
- 前記第2の複数のシークエンシングリードを生成することが、コントロールライブラリーとして前記第1の複数のライブラリーの少なくとも一部を使用することを含む、請求項7に記載の方法。
- 第3の複数のライブラリーをプールして、前記プールされた複数のライブラリーを生成することをさらに含み、前記第3の複数のライブラリーが、前記第1の複数のシークエンシングリードまたは前記第2の複数のシークエンシングリードを生成するためのコントロールライブラリーを含む、請求項7に記載の方法。
- 前記第1の複数の核酸分子および前記第2の複数の核酸分子がDNA分子を含む、請求項7に記載の方法。
- 前記第1の複数の核酸分子および前記第2の複数の核酸分子がRNA分子を含む、請求項7に記載の方法。
- 前記シークエンシングプラットフォームがIllumina(商標)シークエンサーである、請求項7に記載の方法。
- 核酸分子をシークエンシングするための方法であって、
第1の複数の核酸分子を処理して、第1の偏りのあるシークエンシングを実施するための第1の複数のライブラリーを生成すること;
第2の複数の核酸分子を処理して、第2の偏りのあるシークエンシングを実施するための第2の複数のライブラリーを生成すること;
前記第1の複数のライブラリーおよび前記第2の複数のライブラリーをプールして、プールされた複数のライブラリーを生成すること;ならびに
シークエンシングプラットフォームの単一のフローセルを使用して、前記プールされた複数のライブラリーをシークエンシングして、前記第1の複数の核酸分子に対応する第1の複数のシークエンシングリードと、前記第2の複数の核酸分子に対応する第2の複数のシークエンシングリードとを生成すること
を含む、方法。 - 前記第1の偏りのあるシークエンシングが、第1の複数の遺伝子座を含む第1の標的捕捉パネルの標的シークエンシングを含み、前記第2の偏りのあるシークエンシングが、第2の複数の遺伝子座を含む第2の標的捕捉パネルの標的シークエンシングを含む、請求項19に記載の方法。
- 核酸分子をシークエンシングするための方法であって、
第1の複数の核酸分子を処理して、第1の偏りのないシークエンシングを実施するための第1の複数のライブラリーを生成すること;
第2の複数の核酸分子を処理して、第2の偏りのないシークエンシングを実施するための第2の複数のライブラリーを生成すること;
前記第1の複数のライブラリーおよび前記第2の複数のライブラリーをプールして、プールされた複数のライブラリーを生成すること;ならびに
シークエンシングプラットフォームの単一のフローセルを使用して、前記プールされた複数のライブラリーをシークエンシングして、前記第1の複数の核酸分子に対応する第1の複数のシークエンシングリードと、前記第2の複数の核酸分子に対応する第2の複数のシークエンシングリードとを生成すること
を含む、方法。 - 前記第1の偏りのないシークエンシングが全ゲノムシークエンシング(WGS)を含み、前記第2の偏りのないシークエンシングがメチル化シークエンシングを含む、請求項21に記載の方法。
- 前記メチル化シークエンシングが、バイサルファイトシークエンシング、全ゲノムバイサルファイトシークエンシング(WGBS)、APOBEC−seq、メチル−CpG結合ドメイン(MBD)タンパク質捕捉、メチル−DNA免疫沈降(MeDIP)、メチル化感受性制限酵素シークエンシング(MSRE/MRE−Seqまたはメチル−Seq)、酸化的バイサルファイトシークエンシング(oxBS−Seq)、還元表示バイサルファイトシークエンシング(RRBS)またはTet支援バイサルファイトシークエンシング(TAB−Seq)を含む、請求項22に記載の方法。
- 前記偏りのないシークエンシングが約10倍以下の深度で実施される、請求項22に記載の方法。
- 前記核酸分子がサンプルから抽出される、請求項7〜24のいずれか一項に記載の方法。
- 前記サンプルが生物学的サンプルである、請求項25に記載の方法。
- 前記第1の複数の核酸分子および前記第2の複数の核酸分子が、同じ初期生物学的サンプルから生成される、前述の請求項のいずれかに記載の方法。
- 核酸分子をシークエンシングするためのシステムであって、
1つまたはそれより多くのコンピュータプロセッサを含むコントローラ;および
前記コントローラに作動可能に結合した支持体
を含み;
前記1つまたはそれより多くのコンピュータプロセッサが、
第1の複数の核酸分子を処理して、偏りのないシークエンシングを実施するための第1の複数のライブラリーを生成することを指示し;
第2の複数の核酸分子を処理して、偏りのあるシークエンシングを実施するための第2の複数のライブラリーを生成することを指示し;
前記第1の複数のライブラリーおよび前記第2の複数のライブラリーをプールして、プールされた複数のライブラリーを生成することを指示し;
前記プールされた複数のライブラリーから、前記第1の複数の核酸分子に対応する第1の複数のシークエンシングリードを生成し;ならびに、
前記プールされた複数のライブラリーから、前記第2の複数の核酸分子に対応する第2の複数のシークエンシングリードを生成するように個々にまたは集合的にプログラムされている、システム。 - 前記偏りのないシークエンシングが全ゲノムシークエンシング(WGS)またはメチル化シークエンシングを含む、請求項28に記載のシステム。
- 前記メチル化シークエンシングが、バイサルファイトシークエンシング、全ゲノムバイサルファイトシークエンシング(WGBS)、APOBEC−seq、メチル−CpG結合ドメイン(MBD)タンパク質捕捉、メチル−DNA免疫沈降(MeDIP)、メチル化感受性制限酵素シークエンシング(MSRE/MRE−Seqまたはメチル−Seq)、酸化的バイサルファイトシークエンシング(oxBS−Seq)、還元表示バイサルファイトシークエンシング(RRBS)またはTet支援バイサルファイトシークエンシング(TAB−Seq)を含む、請求項29に記載のシステム。
- 前記偏りのあるシークエンシングが、複数の遺伝子座を含む標的捕捉パネルの標的シークエンシングを含む、請求項28に記載のシステム。
- 前記標的シークエンシングが標的メチル−seqを含む、請求項31に記載のシステム。
- 核酸分子をシークエンシングするためのシステムであって、
1つまたはそれより多くのコンピュータプロセッサを含むコントローラ;および
前記コントローラに作動可能に結合した支持体
を含み;
前記1つまたはそれより多くのコンピュータプロセッサが、
第1の複数の核酸分子を処理して、第1の偏りのあるシークエンシングを実施するための第1の複数のライブラリーを生成することを指示し;
第2の複数の核酸分子を処理して、第2の偏りのあるシークエンシングを実施するための第2の複数のライブラリーを生成することを指示し;
前記第1の複数のライブラリーおよび前記第2の複数のライブラリーをプールして、プールされた複数のライブラリーを生成することを指示し;
前記プールされた複数のライブラリーから、前記第1の複数の核酸分子に対応する第1の複数のシークエンシングリードを生成し;ならびに、
前記プールされた複数のライブラリーから、前記第2の複数の核酸分子に対応する第2の複数のシークエンシングリードを生成するように個々にまたは集合的にプログラムされている、システム。 - 前記第1の偏りのあるシークエンシングが、第1の複数の遺伝子座を含む第1の標的捕捉パネルの標的シークエンシングを含み、前記第2の偏りのあるシークエンシングが、第2の複数の遺伝子座を含む第2の標的捕捉パネルの標的シークエンシングを含む、請求項33に記載のシステム。
- 核酸分子をシークエンシングするためのシステムであって、
1つまたはそれより多くのコンピュータプロセッサを含むコントローラ;および
前記コントローラに作動可能に結合した支持体
を含み;
前記1つまたはそれより多くのコンピュータプロセッサが、
第1の複数の核酸分子を処理して、第1の偏りのないシークエンシングを実施するための第1の複数のライブラリーを生成することを指示し;
第2の複数の核酸分子を処理して、第2の偏りのないシークエンシングを実施するための第2の複数のライブラリーを生成することを指示し;
前記第1の複数のライブラリーおよび前記第2の複数のライブラリーをプールして、プールされた複数のライブラリーを生成することを指示し;
前記プールされた複数のライブラリーから、前記第1の複数の核酸分子に対応する第1の複数のシークエンシングリードを生成し;ならびに、
前記プールされた複数のライブラリーから、前記第2の複数の核酸分子に対応する第2の複数のシークエンシングリードを生成するように個々にまたは集合的にプログラムされている、システム。 - 前記第1の偏りのないシークエンシングまたは前記第2の偏りのないシークエンシングが全ゲノムシークエンシング(WGS)またはメチル化シークエンシングを含む、請求項35に記載のシステム。
- 前記メチル化シークエンシングが、バイサルファイトシークエンシング、全ゲノムバイサルファイトシークエンシング(WGBS)、APOBEC−seq、メチル−CpG結合ドメイン(MBD)タンパク質捕捉、メチル−DNA免疫沈降(MeDIP)、メチル化感受性制限酵素シークエンシング(MSRE/MRE−Seqまたはメチル−Seq)、酸化的バイサルファイトシークエンシング(oxBS−Seq)、還元表示バイサルファイトシークエンシング(RRBS)またはTet支援バイサルファイトシークエンシング(TAB−Seq)を含む、請求項36に記載のシステム。
- コンピュータプロセッサにより実行される際の、核酸分子をシークエンシングするための方法を実装する機械実行可能コードを含む非一時的コンピュータ可読媒体であって、前記方法が、
第1の複数の核酸分子を処理して、偏りのないシークエンシングを実施するための第1の複数のライブラリーを生成することを指示すること、
第2の複数の核酸分子を処理して、偏りのあるシークエンシングを実施するための第2の複数のライブラリーを生成することを指示すること;
前記第1の複数のライブラリーおよび前記第2の複数のライブラリーをプールして、プールされた複数のライブラリーを生成することを指示すること;
前記プールされた複数のライブラリーから、前記第1の複数の核酸分子に対応する第1の複数のシークエンシングリードを生成すること;ならびに、
前記プールされた複数のライブラリーから、前記第2の複数の核酸分子に対応する第2の複数のシークエンシングリードを生成すること
を含む、非一時的コンピュータ可読媒体。 - コンピュータプロセッサにより実行される際の、核酸分子をシークエンシングするための方法を実装する機械実行可能コードを含む非一時的コンピュータ可読媒体であって、前記方法が、
第1の複数の核酸分子を処理して、第1の偏りのあるシークエンシングを実施するための第1の複数のライブラリーを生成することを指示すること、
第2の複数の核酸分子を処理して、第2の偏りのあるシークエンシングを実施するための第2の複数のライブラリーを生成することを指示すること;
前記第1の複数のライブラリーおよび前記第2の複数のライブラリーをプールして、プールされた複数のライブラリーを生成することを指示すること;
前記プールされた複数のライブラリーから、前記第1の複数の核酸分子に対応する第1の複数のシークエンシングリードを生成すること;ならびに、
前記プールされた複数のライブラリーから、前記第2の複数の核酸分子に対応する第2の複数のシークエンシングリードを生成すること
を含む、非一時的コンピュータ可読媒体。 - コンピュータプロセッサにより実行される際の、核酸分子をシークエンシングするための方法を実装する機械実行可能コードを含む非一時的コンピュータ可読媒体であって、前記方法が、
第1の複数の核酸分子を処理して、第1の偏りのないシークエンシングを実施するための第1の複数のライブラリーを生成することを指示すること、
第2の複数の核酸分子を処理して、第2の偏りのないシークエンシングを実施するための第2の複数のライブラリーを生成することを指示すること;
前記第1の複数のライブラリーおよび前記第2の複数のライブラリーをプールして、プールされた複数のライブラリーを生成することを指示すること;
前記プールされた複数のライブラリーから、前記第1の複数の核酸分子に対応する第1の複数のシークエンシングリードを生成すること;ならびに、
前記プールされた複数のライブラリーから、前記第2の複数の核酸分子に対応する第2の複数のシークエンシングリードを生成すること
を含む、非一時的コンピュータ可読媒体。
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