JP2021531046A - メチル化修飾に基づく腫瘍マーカーstamp−ep2 - Google Patents
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Abstract
Description
ヒトの腫瘍には多くの種類があり、腫瘍がほとんどの人体組織に発生できる;さまざまな種類の腫瘍が多くのサブタイプに分類され、特に近年、腫瘍分子生物学の発達により、腫瘍の分類がより細かくなる。異なる種類、病期、または分子サブタイプの腫瘍に対して、その治療法も完全に異なる。
本発明の第三の様態では、腫瘍検出用の試薬又はキットを調製するための、前記の第一の様態又は第二の様態に記載されたポリヌクレオチドの用途を提供する。
本発明の第四の様態では、腫瘍検出試薬を調製する方法を提供し、上記の方法が、以下を含む:前記第一の様態又は第二の様態に記載されたポリヌクレオチドを提供し、上記のポリヌクレオチドの全長又はフラグメントを標的配列とし、当該標的配列のCpGサイトの修飾状況を特異的に検出する検出試薬をデザインする;ただし、上記の標的配列には、少なくとも1個(例えば2〜45個、より具体的に3、5、10、15、20、25、30、40個)の修飾されたCpGサイトが存在する;好ましくは、上記の検出試薬が、プライマー、プローブを含むが、これらに限定されない。
本発明の第六の様態では、腫瘍検出用のキットを調製するための、前記の第五の様態に記載された試薬又は組み合わせた試薬の用途を提供する;好ましくは、上記の腫瘍が、食道がん、胃がん、結腸直腸がん、肝臓がん、膵臓がん、胆管がん、胆嚢がんなどの消化器系腫瘍;肺がん、胸膜腫などの呼吸器系腫瘍;白血病、リンパ腫、多発性骨髄腫などの血液系腫瘍;乳がん、卵巣がん、子宮頸がん、外陰がん、精巣がん、前立腺がん、陰茎がんなどの婦人科および生殖器系の腫瘍;神経膠腫、神経芽細胞腫、髄膜腫などの神経系腫瘍;口腔がん、舌がん、喉頭がん、鼻咽頭がんなどの頭頸部がん;腎臓がん、膀胱がんなどの泌尿器系腫瘍;皮膚がん、黒色腫、骨肉腫、脂肪肉腫、甲状腺がんなどの皮膚および他のシステム腫瘍を含むが、これらに限定されない。
本発明の第七の様態では、容器、及び容器に位置する前記の試薬又は試薬の組み合わせを含む検出キットを提供する;好ましくは、各試薬は別々の容器に位置する。
本文に開示された内容に基づき、当業者にとって、本発明の他の面は自明なものである。
本明細書で使用される場合、「単離」とは、物質をその元の環境から単離することを指す(天然物質である場合、元の環境は自然環境である)。例えば、生細胞において、自然状態にあるポリヌクレオチドとポリペプチドは、単離・精製されないが、同じポリヌクレオチドまたはポリペプチドが自然状態で共存する他の物質から単離される場合、それは単離・精製されるものである。
本明細書で使用される場合、「サンプル」または「試料」は、任意の個体または単離された組織、細胞、または体液(血漿など)から得られる、DNAメチル化状態の検出に適した物質を含む。
腫瘍を診断するために有用な標的を見つけるために、本発明者らは、広範囲で詳細な研究を行い、STAMP-EP2という標的を確定した。STAMP-EP2遺伝子配列領域のメチル化状態が、腫瘍組織と非腫瘍組織では有意差があるので、上記遺伝子のいずれかのプロモーター領域に異常なメチル化状態(高メチル化)が検出されると、当該受検者が、がんのハイリスクグループであることを判定できる。さらに、STAMP-EP2によって提示される腫瘍組織と非腫瘍組織の間の有意差が、固形腫瘍と非固形腫瘍を含むさまざまな種類の腫瘍に広範に存在する。
本発明の新たな発見に基づき、生体外で試料におけるポリヌクレオチドのメチル化プロファイルを検出するための、ポリヌクレオチド配列に基づいてデザインされた検出試薬も提供する。本分野に既知された確定なゲノムの配列とメチル化状態の検出方法と試薬は、いずれも本発明に適用できる。
上記の試薬は、例えばプライマーペアであり、ポリヌクレオチドの配列を知っている場合、プライマーのデザインは当業者に既知されたものであり、2つのプライマーが、増幅される標的遺伝子の特定の配列の両側に隣接している(CpG配列を含み、その中のCpGと相補するのは、元のメチル化された遺伝子領域を標的とするものであり、その中のTpGと相補するのは、元の脱メチル化された遺伝子領域を標的とするものである)。本発明の新たな発見によれば、上記の標的配列の異なる位置にあるCpGサイトまたはそれらの組み合わせについて、当業者は、様々なプライマーまたはプローブまたは他のタイプの検出試薬をデザインすることができ、これらは、本発明の技術案に含まれることを理解すべきである。
ポリヌクレオチドのメチル化プロファイルは、既存の技術(例えばメチル化特異的PCR(MSP)またはリアルタイム定量的メチル化特異的PCR、Methylight)、または開発中と開発予定の他の技術によって測定することができる。
本発明の好ましい様態として、生体外で試料におけるポリヌクレオチドのメチル化プロファイルを検出する方法も提供する。上記の方法は、以下の原理に基づくものである:バイサルファイトは、メチル化されていないシトシンをウラシルに変換でき、その後のPCR増幅プロセスでチミンに変換されるが、メチル化されたシトシンは変化しない;したがって、ポリヌクレオチドをバイサルファイトで処理した後、メチル化されたサイトには、C/Tのようなポリヌクレオチド多型(SNP)が生成される。上記の原理に基づいて試料におけるポリヌクレオチドのメチル化プロファイルを検出すると、メチル化シトシンと非メチル化シトシンを効果的に区別できる。
以下のSEQ ID NO:1(chr5:140797163〜140797701 (hg19/Human))に示すように、STAMP-EP2腫瘍マーカーの配列を提供した;ただし、下線が引かれた塩基はメチル化されたCpGサイトであり、下線が引かれた数字はそのサイトの番号を示す。
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CGGTCTATTCGGTTCTTCACAAGTAAGTCCCCGCTCTCCGCGTCTACGCTGAAGTGCAGCTTCTCCGCGCTCACTCGCAGCTTGCGAGCCGACACATCCAGGACACTGAGCCCTAGATCCTTAGCGAGGTTCCCCACCACCGAGCCCTTGGCCAGCTCCTCCGGAATCGAGTAGCGGATCGGCTCACTCAGGGTGGGGTAGAACAAAGGCAGCAGCAAAGGAAATAGCACCTGCCGCGGGCCGGCCCGGCGCCTCTGCGCGCAGCTCCCTCCCATCGTTCGCTCGGGTTCTCGCTGGGTCCCCGCTTTTCCAGTTGGAGAAAGTGCACTCTACCGCGCTAAAAGAGCATTCGGCCCAGGACAGGAGGAGTCCCGGGTCTCGGAGCTGGCAATCCGCTGTGCTGGGAAAGGTCTGCGCAGCCGGGAGGCTCTGTGTGGGAGCTGGTTTTCTTCTTTCTGTTGTTGGCTGCGCAGGGAATCCCAGGCCAGAGGCTGACGGATCCCCGGCGTCAGCGCTTGCTCTGCACTGGCCGACAGCGGCG
臨床サンプルの入手:臨床から腫瘍随伴-肺がんサンプルを20ペア得られ、腫瘍随伴サンプルを肺がんコントロールグループとし、20例の肺がんサンプルを肺がん実験グループとした;
DNAの抽出:それぞれに実験グループとコントロールグループのDNAを抽出した;この実験では、フェノール-クロロホルム抽出法を使用したが、この方法に限定されない;
バイサルファイトの処理:抽出されたDNAサンプルをバイサルファイトで処理し、手順に厳密に従った;この実験では、ZYMO Research社のEZDNA Methylation-Gold Kit、アイテム番号D5006を使用したが、このキットに限定されない;
プライマーのデザイン:STAMP-EP2配列とするSEQ ID NO:1とSEQ ID NO:2の特徴に基づき、PCR増幅プライマーとパイロシーケンスプライマーをデザインした;SEQ ID NO:1とSEQ ID NO:2が相当的な類似性を有するので、本実験でデザインされたプライマーが、同時にSEQ ID NO:1の17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27号CpGサイトと、SEQ ID NO:2の18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28号CpGサイトのメチル化を検出できる。続いて、パイロシーケンス法でSEQ ID NO:1の17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27号CpGサイトと、SEQ ID NO:2の18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28号CpGサイトのメチル化値を検出し、STAMP-EP2メチル化値の代表として、PCRプライマー増幅配列、パイロシーケンスプライマー配列、パイロシーケンスマシン検出配列及び検出サイトは、表1に示された;
パイロシーケンシング:QIAGEN会社のPyroMark Q96 IDパイロシーケンサーで検出し、ユーザーマニュアルのステップに従って厳密に操作した;
STAMP-EP2メチル化値の計算:パイロシーケンシングが、標的領域とするSEQ ID NO:1の17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27号CpGサイトと、SEQ ID NO:2の18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28号CpGサイトのメチル化状況を検出でき、平均値を計算し、当該サンプルにおけるSTAMP-EP2のメチル化値とした;
8.結果分析:肺がんコントロールグループと実験グループのSTAMP-EP2メチル化値を比較した;図1に示すように、結果としては、肺がんの臨床サンプルにおいて、STAMP-EP2は肺がん実験グループで有意に高いメチル化値を示し、P<0.0001、検出感度95%、特異度100%である。
臨床サンプルの入手:臨床から得られた10例の結腸直腸がん腫瘍随伴サンプルをコントロールグループとし、得られた30例の結腸直腸がんサンプルを実験グループとした;
ステップ2、3、4、5、6、7は、実施例3のステップと同じにした;
8.結果分析:結腸直腸がんコントロールグループと実験グループのSTAMP-EP2メチル化値を比較した;図2に示すように、結果としては、結腸直腸がんの臨床サンプルにおいて、STAMP-EP2は結腸直腸がん実験グループで有意に高いメチル化値を示し、P<0.0001、検出感度93.33%、特異度100%である。
臨床サンプルの入手:臨床で得られた10例の正常な胃(又は胃炎)サンプルをコントロールグループとし、10例の胃癌手術断端サンプルを実験グループ1とし、20例の胃がんサンプルを実験グループ2とした;
ステップ2、3、4、5、6、7は、実施例3のステップと同じにした;
8.結果分析:正常な胃(または胃炎)コントロールグループと手術断端実験グループ1および胃がん実験グループ2という3つのグループのSTAMP-EP2メチル化値を比較した;図3に示すように、結果としては、胃がんの臨床サンプルにおいて、STAMP-EP2は胃がん実験グループ2で有意に高いメチル化値を示し、P<0.0001。同時に、手術断端実験グループ1のメチル化状況は、正常な胃(または胃炎)コントロールグループと胃がん実験グループ2の間にあり、STAMP-EP2のメチル化が、手術断端部位で変化し始めたことを示した;胃癌マーカーとしてのSTAMP-EP2は、胃がんの検出に使用できる同時に、胃がん手術の手術断端の判断に使用できる。
1. 臨床サンプルの入手:臨床から得られた12例の子宮頸がん腫瘍随伴サンプルをコントロールグループとし、得られた16例の子宮頸がんサンプルを実験グループとした;
2. ステップ2、3、4、5、6、7は、実施例3のステップと同じにした;
8.結果分析:子宮頸がんコントロールグループと実験グループのSTAMP-EP2メチル化値を比較した;図4に示すように、結果としては、子宮頸がんの臨床サンプルにおいて、STAMP-EP2は子宮頸がん実験グループで有意に高いメチル化値を示し、P<0.0001、検出感度93.33%、特異度100%である。
1. 臨床サンプルの入手:臨床から腫瘍随伴-肝臓がんサンプルを22ペア得られ、腫瘍随伴サンプルを肝臓がんコントロールグループとし、肝臓がんサンプルを肝臓がん実験グループとした;
2. ステップ2、3、4、5、6、7は、実施例3のステップと同じにした;
8.結果分析:肝臓がんコントロールグループと実験グループのSTAMP-EP2メチル化値を比較した;図5に示すように、結果としては、肝臓がんの臨床サンプルにおいて、STAMP-EP2は肝臓がん実験グループで有意に高いメチル化値を示し、P<0.0001、検出感度100%、特異度100%である。
1. 臨床サンプルの入手:臨床から腫瘍随伴-乳がんサンプルを20ペア得られ、腫瘍随伴サンプルを乳がんコントロールグループとし、乳がんサンプルを乳がん実験グループとした;
2. ステップ2、3、4、5、6、7は、実施例3のステップと同じにした;
8.結果分析:乳がんコントロールグループと実験グループのSTAMP-EP2メチル化値を比較した;図6に示すように、結果としては、乳がんの臨床サンプルにおいて、STAMP-EP2は乳がん実験グループで有意に高いメチル化値を示し、P<0.0001、検出感度100%、特異度100%である。
1. 臨床サンプルの入手:臨床から腫瘍随伴-膵臓がんサンプルを18ペア得られ、腫瘍随伴サンプルを膵臓がんコントロールグループとし、膵臓がんサンプルを膵臓がん実験グループとした;
2. ステップ2、3、4、5、6、7は、実施例3のステップと同じにした;
8.結果分析:膵臓がんコントロールグループと実験グループのSTAMP-EP2メチル化値を比較した;図7に示すように、結果としては、膵臓がんの臨床サンプルにおいて、STAMP-EP2は膵臓がん実験グループで有意に高いメチル化値を示し、P<0.0001、検出感度88.9%、特異度100%である。
1. 臨床サンプルの入手:11ペアの腫瘍随伴-頭頸部がんサンプル(5例の喉頭がん、2例の扁桃がん、2例の喉頭蓋がん、1例の舌根がん、1例の下咽頭がんを含む)を臨床で得られ、腫瘍随伴サンプルをコントロールとし、がん組織を実験グループとした;
2. ステップ2、3、4、5、6、7は、実施例3のステップと同じにした;
8.結果分析:頭頸部がんコントロールグループと実験グループのSTAMP-EP2メチル化値を比較した;図8に示すように、結果としては、頭頸部がんの臨床サンプルにおいて、STAMP-EP2は頭頸部がん実験グループで有意に高いメチル化値を示し、P<0.0001、検出感度100%、特異度100%である。
1. 臨床サンプルの入手:10例の非がん患者の胆汁サンプル、10例の胆のうがん患者の胆汁サンプルを臨床で得られ、非がんサンプルを胆のうがんコントロールグループとし、胆のうがんサンプルを胆のうがん実験グループとした;
2. ステップ2、3、4、5、6、7は、実施例3のステップと同じにした;
8.結果分析:胆のうがんコントロールグループと実験グループのSTAMP-EP2メチル化値を比較した;図9に示すように、結果としては、胆のうがんの臨床サンプルにおいて、STAMP-EP2は胆のうがん実験グループで有意に高いメチル化値を示し、P<0.0001、検出感度90%、特異度100%である。
1. 臨床サンプルの入手:臨床で得られた10例の非白血病骨髄塗抹サンプルを、コントロールグループとし、20例の白血病骨髄塗抹サンプルを、実験グループとした;
2. ステップ2、3、4、5、6、7は、実施例3のステップと同じにした;
8.結果分析:白血病コントロールグループと実験グループのSTAMP-EP2メチル化値を比較した;図10に示すように、結果としては、白血病の臨床サンプルにおいて、STAMP-EP2は白血病実験グループで有意に高いメチル化値を示し、P<0.0001、検出感度100%、特異度100%である。
1. 臨床サンプルの入手:臨床から得られた8例の腎臓がん腫瘍随伴サンプルをコントロールグループとし、得られた14例の腎臓がんサンプルを実験グループとした;
2. ステップ2、3、4、5、6、7は、実施例3のステップと同じにした;
8.結果分析:腎臓がんコントロールグループと実験グループのSTAMP-EP2メチル化値を比較した;図11に示すように、結果としては、腎臓がんの臨床サンプルにおいて、STAMP-EP2は腎臓がん実験グループで有意に高いメチル化値を示し、P<0.0001、検出感度92.86%、特異度100%である。
1. 臨床サンプルの入手:臨床で得られた5例の膀胱がん腫瘍随伴サンプルと非がん尿サンプルをコントロールグループとし、得られた7例の膀胱がん組織サンプルと膀胱がん尿サンプルを実験グループとした;
2. ステップ2、3、4、5、6、7は、実施例3のステップと同じにした;
8.結果分析:膀胱がんコントロールグループと実験グループのSTAMP-EP2メチル化値を比較した;図12に示すように、結果としては、膀胱がんの臨床サンプルにおいて、STAMP-EP2は膀胱がん実験グループで有意に高いメチル化値を示した。
1.SATMP-C腫瘍マーカーがリキッドバイオプシーでも検出できることを証明するために、コントロールグループである20例の正常なヒト血漿と、異なる腫瘍タイプの患者からの血漿サンプル(10例の肝臓がん血漿サンプル、10例の膵臓がん血漿サンプル、10例の肺がん血漿サンプル、10例の結腸直腸がん血漿サンプル、10例の乳がん血漿サンプルを含む)を収集した;
2.ステップ2、3、4、5、6、7は、実施例3のステップと同じにした;
8.結果分析:図13に示すように、正常なヒト血漿コントロールと比較して、肝臓がん、膵臓がん、肺がん、結腸直腸がん、および乳がんのグループにおけるSTAMP-EP2メチル値は、有意に高かった。
肺がん細胞株HepG2および正常な肺線維細胞株からゲノムDNAを抽出した;
HepG2および正常な肺線維細胞株から抽出されたゲノムDNAをバイサルファイトで処理し、その後のPCR増幅のテンプレートとした;
SEQ ID NO:1と2の配列に従って増幅プライマーをデザインし、異なる配列領域に対して、従来の方法でプライマーをデザインし、増幅を行った。
PCR増幅後、2%アガロースゲル電気泳動でPCRフラグメントの特異性を検出し、ゲルを切断して標的フラグメントを回収し、Tベクターを接続して挿入し、コンピテント大腸菌を形質転換し、プレートを広げ、2日目に、シーケンスのためにクローンを選択し、サンガーシーケンスのために各フラグメントから10個のクローンを選択した;
Claims (16)
- (a)SEQ ID NO:1に示されたヌクレオチド配列のポリヌクレオチドと、
(b)SEQ ID NO:2に示されたヌクレオチド配列のポリヌクレオチドと、
(c)上記(a)〜(b)のポリヌクレオチドのフラグメントであって、かつその中に少なくとも1個の修飾されたCpGサイトが存在するものと、
(d)上記(a)〜(c)のポリヌクレオチド又はフラグメントと相補する核酸と、
を含むことを特徴とする単離されたポリヌクレオチド。 - 上記の修飾は、5-メチル化修飾、5-ヒドロキシメチル化修飾、5-アルデヒドメチル化修飾又は5-カルボキシメチル化修飾を含むことを特徴とする請求項1に記載された単離されたポリヌクレオチド。
- 請求項1又は2に記載されたポリヌクレオチドから転換され、請求項1の配列と対応し、修飾されたCpGサイトのシトシンCが変化せず、未修飾のシトシンがT又はUに転換することを特徴とする単離されたポリヌクレオチド。
- (e) SEQ ID NO:3又はSEQ ID NO: 7に示されたヌクレオチド配列のポリヌクレオチドと、
(f) SEQ ID NO:4又はSEQ ID NO: 8に示されたヌクレオチド配列のポリヌクレオチドと、
(g) 上記(e)〜(f)のポリヌクレオチドのフラグメントであって、かつその中に少なくとも1個の修飾されたCpGサイトが存在するものと、
を含むことを特徴とする請求項3に記載されたポリヌクレオチド。 - 腫瘍検出用の試薬又はキットを調製するために用いられることを特徴とする請求項1〜4のいずれか一つに記載されたポリヌクレオチドの使用。
- 上記の腫瘍が、白血病、リンパ腫、多発性骨髄腫などの血液系腫瘍;食道がん、胃がん、結腸直腸がん、肝臓がん、膵臓がん、胆管がん、胆嚢がんなどの消化器系腫瘍;肺がん、胸膜腫などの呼吸器系腫瘍;神経膠腫、神経芽細胞腫、髄膜腫などの神経系腫瘍;口腔がん、舌がん、喉頭がん、鼻咽頭がんなどの頭頸部がん;乳がん、卵巣がん、子宮頸がん、外陰がん、精巣がん、前立腺がん、陰茎がんなどの婦人科および生殖器系の腫瘍;腎臓がん、膀胱がんなどの泌尿器系腫瘍;皮膚がん、黒色腫、骨肉腫、脂肪肉腫、甲状腺がんなどの皮膚および他のシステム腫瘍を含むことを特徴とする請求項5の使用。
- 上記の腫瘍のサンプルが、組織サンプル、パラフィン包埋サンプル、血液サンプル、胸水サンプル、肺胞洗浄液サンプル、腹水および洗浄液サンプル、胆汁サンプル、便サンプル、尿サンプル、唾液サンプル、喀痰サンプル、脳脊髄液サンプル、細胞塗抹サンプル、子宮頸部塗抹サンプルまたはブラシサンプル、組織および細胞生検サンプルを含むことを特徴とする請求項5又は6の応用。
- 請求項1〜4のいずれか一つに記載されたポリヌクレオチドを提供し、上記のポリヌクレオチドの全長又はフラグメントを標的配列とし、当該標的配列のCpGサイトの修飾状況を特異的に検出する検出試薬をデザインすることを含む腫瘍検出試薬を調製する方法;ただし、上記の標的配列には、少なくとも1個の修飾されたCpGサイトが存在する。
- 標的配列のCpGサイトの修飾状況を特異的に検出し、上記の標的配列とは、請求項1〜4のいずれか一つに記載されたポリヌクレオチドの全長又はフラグメントであり、ただし、少なくとも1個の修飾されたCpGサイトが存在することを特徴とする試薬又は組み合わせた試薬。
- 上記の試薬又は組み合わせた試薬が、上記の標的配列を含む遺伝子配列を標的とし、上記の遺伝子配列が、遺伝子パネル又は遺伝子グループを含むことを特徴とする請求項9に記載された試薬又は組み合わせた試薬。
- 上記の試薬又は組み合わせた試薬が、プライマー、プローブを含むことを特徴とする請求項9に記載された試薬又は組み合わせた試薬;好ましくは、上記のプライマーは、SEQ ID NO: 5と6に示されたプライマーである。
- 腫瘍検出用のキットを調製するための、請求項9〜11のいずれか一つに記載された試薬又は組み合わせた試薬の使用;好ましくは、上記の腫瘍が、食道がん、胃がん、結腸直腸がん、肝臓がん、膵臓がん、胆管がん、胆嚢がんなどの消化器系腫瘍;肺がん、胸膜腫などの呼吸器系腫瘍;白血病、リンパ腫、多発性骨髄腫などの血液系腫瘍;乳がん、卵巣がん、子宮頸がん、外陰がん、精巣がん、前立腺がん、陰茎がんなどの婦人科および生殖器系の腫瘍;神経膠腫、神経芽細胞腫、髄膜腫などの神経系腫瘍;口腔がん、舌がん、喉頭がん、鼻咽頭がんなどの頭頸部がん;腎臓がん、膀胱がんなどの泌尿器系腫瘍;皮膚がん、黒色腫、骨肉腫、脂肪肉腫、甲状腺がんなどの皮膚および他のシステム腫瘍を含む。
- 容器、及び前記容器に位置する請求項9〜11のいずれか一つに記載された試薬又は組み合わせた試薬を含むことを特徴とする検出キット。
- (i)試料を提供し、核酸を抽出することと、
(ii)(i)の核酸における標的配列のCpGサイトの修飾状況を検出し、上記の標的配列は、請求項1又は2に記載されたポリヌクレオチド又はこれから転換されてなる請求項3又は4に記載されたポリヌクレオチドであることと、
を含むことを特徴とする生体外で試料のメチル化プロファイルを検出する方法。 - ステップ(3)には、分析する方法が、パイロシーケンス法、バイサルファイトシーケンス法、メチル化チップ法、qPCR法、デジタルPCR法、次世代シーケンス法、3世代シーケンス法、全ゲノムメチル化シーケンス法、DNA濃縮検出法、Reduced Representation Bisulfite Sequencing(RRBS)技術、HPLC法、MassArray、メチル化特異的PCR、又はそれらの組み合わせ及びSEQ ID NO.1に示された配列における一部又は全部のメチル化サイトの組み合わせた遺伝子グループの生体外での検出方法及び生体内トレーサー検出方法を含むことを特徴とする請求項14に記載された方法。
- ステップ(ii)が、
(1)その中の未修飾のシトシンがウラシルに転化するように(i)の産物を処理する;好ましくは、上記の修飾が、5-メチル化修飾、5-ヒドロキシメチル化修飾、5-アルデヒドメチル化修飾又は5-カルボキシメチル化修飾を含む;好ましくは、バイサルファイトでステップ(i)に記載された核酸を処理することと、
(2)上記(1)で処理された核酸における上記の標的配列の修飾状況を分析することと、
を含むことを特徴とする請求項14に記載された方法。
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Citations (1)
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---|---|---|---|---|
WO2007050706A2 (en) * | 2005-10-27 | 2007-05-03 | University Of Missouri-Columbia | Dna methylation biomarkers in lymphoid and hematopoietic malignancies |
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---|---|---|---|---|
WO2001053836A2 (en) * | 2000-01-24 | 2001-07-26 | Millennium Pharmaceuticals, Inc. | Identification, assessment, prevention, and therapy of prostate cancer |
US6812339B1 (en) * | 2000-09-08 | 2004-11-02 | Applera Corporation | Polymorphisms in known genes associated with human disease, methods of detection and uses thereof |
US20040009481A1 (en) * | 2001-06-11 | 2004-01-15 | Millennium Pharmaceuticals, Inc. | Compositions, kits, and methods for identification, assessment, prevention, and therapy of human prostate cancer |
BRPI0607508B8 (pt) * | 2005-04-15 | 2021-07-27 | Epigenomics Ag | método para detecção e/ou classificação de distúrbios proliferativos celulares colorretais ou hepatocelulares, e uso do mesmo |
US20070161031A1 (en) * | 2005-12-16 | 2007-07-12 | The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University | Functional arrays for high throughput characterization of gene expression regulatory elements |
WO2008073303A2 (en) * | 2006-12-07 | 2008-06-19 | Switchgear Genomics | Transcriptional regulatory elements of biological pathways, tools, and methods |
US8399193B2 (en) * | 2007-08-30 | 2013-03-19 | City Of Hope | DNA methylation biomarkers for lung cancer |
RU2492243C2 (ru) * | 2007-09-17 | 2013-09-10 | Конинклейке Филипс Электроникс Н.В. | Способ анализа онкологических заболеваний молочной железы |
EP3168309B8 (en) * | 2015-11-10 | 2020-06-03 | Eurofins LifeCodexx GmbH | Detection of foetal chromosomal aneuploidies using dna regions that are differentially methylated between the foetus and the pregnant female |
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Non-Patent Citations (6)
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---|
CANCER MED., 2015, 4(1), PP.43-55, JPN6022012597, ISSN: 0004908338 * |
CLIN. CANCER RES., 2011, 17(13), PP.4341-4354, JPN6022012598, ISSN: 0004908337 * |
DATABASE NCBI REFERENCE SEQUENCE [ONLINE], ACCESSION NO. NG_000012.2: "<http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/50284693?sat=47&satkey=91988111>, 01-DEC-2017 updated, [retriev", DALLOSSO AR ET AL., DEFINITION: HOMO SAPIENS PROTOCADHERIN GAMMA CLUSTER (PCDHG@) ON CHROMOSOME 5, JPN6022012595, ISSN: 0004908340 * |
EXP. LUNG RES., 2016, 42(6), PP.307-313, JPN6022012599, ISSN: 0004908336 * |
INT. J. CANCER, 2005, 116(3), PP.407-414, JPN6022012600, ISSN: 0004908335 * |
ONCOTARGET, 2016, 7(14), PP. 18485-18494, JPN6022012596, ISSN: 0004908339 * |
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