JP2021528963A - 高悪性度漿液性卵巣癌の治療的治癒についてのmiRNAの予測的及び予後的使用 - Google Patents
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Abstract
Description
IA−いずれか一方の卵巣又は卵管における限局的発生、ここでは外側の卵巣被膜は破綻していない。卵巣の外面には腫瘍はなく、腹水貯留がなく、及び/又は洗浄液は陰性である。
IB−癌が両方の卵巣又は卵管に存在するが、外側の被膜は無傷であり、外面上に腫瘍はない。腹水貯留がなく、洗浄液は陰性である。
IC−癌は病期IA又はIBのレベルのいずれかであるが、被膜が破綻しているか、又は卵巣表面上に腫瘍があるか、又は腹水若しくは洗浄液中に悪性細胞が存在する。
IIA−子宮及び/又は卵管への進展又は転移。洗浄液は陰性洗浄液であり、腹水貯留はない。
IIB−他の骨盤組織への進展又は転移。洗浄液は陰性であり、腹水貯留はない。
IIC−病期IIA又はIIBのような骨盤での進展又は転移であるが、骨盤洗浄液は陽性である。
IIIA−腫瘍は主に、骨盤に限定されているが、微視的腹膜転移が骨盤を越えて腹部の腹膜表面又は大網に広がっている。
IIIB−IIIAと同じであるが、骨盤を越えた巨視的腹膜転移又は大網転移のサイズが2cm未満である。
IIIC−IIIAと同じであるが、骨盤を越えた腹膜転移若しくは大網転移が2cmより大きいか、又はリンパ節転移が鼠径部、骨盤部、若しくは傍大動脈部に広がっている。癌は、リンパ節まで広がっている場合もあるが、肝臓若しくは脾臓の内部、又は遠隔部位には広がっていない。
病期IVA:癌細胞は、肺の周りの体液に見られ(これは、悪性胸水と呼ばれる)、癌の他の領域は骨盤又は腹腔の外側には広がっていない。
病期IVB:癌は、脾臓若しくは肝臓の内部に、後腹膜リンパ節以外のリンパ節に、及び/又は腹腔の外側の他の器官若しくは組織に広がっている。これには、肺、脳、及び皮膚が含まれる。
疾患再発(無増悪生存期間(PFS))、及び、
全生存期間(OS)。
上記HGSOC患者の液体生体試料、好ましくは血液、血清又は血漿中の少なくともhsa−miR−622の濃度を測定する工程と、
得られた値と少なくとも1つの参照値とを比較する工程と、
その結果として、上記患者が、プラチナ製剤感受性患者又はプラチナ製剤抵抗性患者と予測されるか判断する工程と、
を含む、方法に関する。
ACAGUCUGCUGAGGUUGGAGC(配列番号1)
である。
AGAGAAGCUGGACAAGUACUGGUCUCAGCAGAUUGAGGAGAGCACCACAGUGGUCAUCACACAGUCUGCUGAGGUUGGAGCUGCUGAGAUGACACU(配列番号2)
である。
特に、循環hsa−miR−622濃度の値が厳密に0.128zmol/μl未満である場合、被検患者はプラチナ製剤感受性患者と予測することができ、
特に、循環hsa−miR−622濃度の値が0.128zmol/μl以上である場合、被検患者はプラチナ製剤抵抗性患者と予測することができる。
特に、循環hsa−miR−622濃度の値が厳密に0.124zmol/μl未満である場合、被検患者はプラチナ製剤感受性患者と予測することができ、
特に、循環hsa−miR−622濃度の値が0.28zmol/μl以上である場合、被検患者はプラチナ製剤抵抗性患者と予測することができ、
特に、循環hsa−miR−622濃度の値が0.124zmol/μl以上であり、かつ厳密に0.28zmol/μl未満である場合、被検患者は、
患者がネオアジュバント化学療法で治療されている場合には、プラチナ製剤抵抗性患者、又は、
患者がネオアジュバント化学療法の代わりに一次腫瘍減量手術で治療されている場合、プラチナ製剤感受性患者、
と予測することができる。
特に、患者が再発中であり、循環hsa−miR−622濃度の値が0.34zmol/μl未満である場合、被検患者をプラチナ製剤感受性患者と予測することができ、
特に、患者が再発中であり、循環hsa−miR−622濃度の値が0.34zmol/μl以上である場合、被検患者をプラチナ製剤抵抗性患者と予測することができる。
上記HGSOC患者の、PARPiベースの治療及び/又は従来の化学療法中に得られる液体生体試料中の少なくともhsa−miR−622の濃度を測定する工程と、
得られた値と少なくとも1つの参照値とを比較する工程と、
上記患者が上記従来のプラチナ製剤ベースの化学療法に対して感受性であるか否かを判断する工程と、
を含む、方法に関する。本発明の方法を用いて、患者における治療の失敗が腫瘍のプラチナ製剤抵抗性の変化に関連するものであるかを判断することもできる。
HGSOCを患うヒト患者から液体生体試料を得ることと、
上記患者の液体生体試料中のhsa−miR−622の濃度を測定することと、
hsa−miR−622の濃度と少なくとも1つの参照値とを比較することにより、患者をプラチナ製剤感受性患者又はプラチナ製剤抵抗性患者と診断することと、
プラチナ製剤感受性と診断された患者に従来のプラチナ製剤ベースの化学療法及び/又はPARPi治療を実施することと、
を含む、方法にも関する。
少なくとも上記HGSOC患者の液体生体試料中のhsa−miR−622の濃度を測定する工程と、
得られた値と少なくとも1つの参照値とを比較する工程と、
その結果として上記患者がPARPi感受性患者又はPARPi抵抗性患者と予測されるか判断する工程と、
を含む、方法も提供する。
特に、循環hsa−miR−622濃度の値が厳密に0.128zmol/μl未満である場合、被検患者はPARPi感受性患者と予測することができ、
特に、循環hsa−miR−622濃度の値が0.128zmol/μl以上である場合、被検患者はPARPi抵抗性患者と予測することができる。
特に、循環hsa−miR−622濃度の値が厳密に0.124zmol/μl未満である場合、被検患者はPARPi感受性患者と予測することができ、
特に、循環hsa−miR−622濃度の値が0.28zmol/μl以上である場合、被検患者はPARPi抵抗性患者と予測することができ、
特に、循環hsa−miR−622濃度の値が0.124zmol/μl以上であり、かつ厳密に0.28zmol/μl未満である場合、被検患者は、
患者がネオアジュバント化学療法で治療されている場合には、PARPi抵抗性患者、又は、
患者がネオアジュバント化学療法の代わりに一次腫瘍減量手術で治療されている場合、PARPi感受性患者、
と予測することができる。
特に、患者が再発中であり、循環hsa−miR−622濃度の値が0.34zmol/μl未満である場合、被検患者をPARPi感受性患者と予測することができ、
特に、患者が再発中であり、循環hsa−miR−622濃度の値が0.34zmol/μl以上である場合、被検患者をPARPi抵抗性患者と予測することができる。
患者の血液試料
全体で、HGSOC(病期III及びIV)の女性由来の試料の2つの治療未経験コホート:CRB(後向きコホート)及びmiRSA(多施設前向きコホート、NCT01391351)をこの研究に使用した。コホートは、疾患及び治療の同種基準を満たす患者に限定し、患者の臨床的特徴を表1に概説する。
本プロジェクトにて後向きコホート研究に(retrospectively)使用される血清試料は全て、フランス、カーンのF.Baclesse総合癌センター(CCC)(2000年設立)の婦人科腫瘍部門により回収され、生物資源センター(CRB)のOvaRessources(ISO 9001品質マネジメント)のバイオバンクに由来するものであった。血清試料を品質及び安全性の最適条件にて−20℃で保存した。全ての患者から、F.Baclesse CCCの生物コレクションでの保存及び生物学的調査に関する使用について書面による同意を得た。これらの血清試料は、フランスの現行規程、特に公衆衛生規約の生物医学研究に関する規定に準拠して、また生命倫理法、Computer Law and Freedoms、ヘルシンキ宣言、及び良き臨床上の基準(GCP)に従って得た。加えて、血清試料は、所轄官庁、すなわちANSM(National Agency for the Safety of Medicines)、CPP(Committee for the Protection of Individuals)、ARH(Regional Agency for Hospitalization)、MESR(Ministry of Education, Health and Research)及びCNIL(National Commission for Computing and Freedoms)に対するそれぞれの規程に従って提出された。
2011年〜2013年に行われたmiRSA臨床研究(NCT01391351)に含まれていた患者から血清試料を得た。miRSA研究は、標準操作手順にて専門臨床チーム及び腫瘍学研究所により行われた。この研究は、倫理委員会「Nord−Ouest III」(CPP番号2011 02)及び国内当局(AFSSAPS番号B110260−20)による承認を受けた。試料及びデータの科学的使用の前に、フランス及び欧州の規則に遵守して、患者に適切な情報を与え、書面による同意を求めた。患者の血清は、SST IIチューブ(BD Vacutainer(商標)、Becton Dickinson(フランス、ル・ポン=ド=クレ))に回収し、通常の分析前プロトコルに従って処理した。要するに、体液を2回遠心分離して、残存細胞を全て除去した後、−80℃で速やかに凍結した。実験は、1度だけ融解したRNAを用いて行った。全ての手順を通してRNaseフリーのプロトコルに従った。
主要評価項目は、予測因子の主な目的が早期再発のリスクがある患者を特定することができることであったことから、無増悪生存期間(PFS)とした。無増悪生存期間は、診断日と、進行日若しくは死亡日(どちらか初めに起こった方)又は進行なく生存している患者への最終追跡日との間の時間(月数)として定義した。
SDS−PAGEにより精製された合成マイクロRNAを、hsa−miR−622(配列番号1)、cel−miR−54−3p(UACCCGUAAUCUUCAUAAUCCGAG、配列番号3)及びcel−miR−238−3p(UUUGUACUCCGAUGCCAUUCAGA、配列番号4)についてEurogentec(ベルギー、リエージュ)から購入した。オリゴヌクレオチドを20μMの濃度にて−80℃で保存した。
miRNAは、製造業者の推奨及び先に公開済みの方法論(Vigneron et al., 2016)に従って、市販のNucleoSpin(商標) miRNAプラズマキット(Macherey-Nagel(フランス、ウルト)を使用して血清試料から単離した。変性工程後、Eurogentecにより合成された1500アトモルのcel−miR−54−3p及びcel−miR−238−3pを各試料に加えた。全RNAを30μLにてヌクレアーゼフリー水に溶出させた後、−80℃で凍結した。
初めに、miRNAを、特異的なステム−ループプライマー(Thermo Fisher Scientific, Life Technologies)及びマイクロRNA逆転写キット(Thermo Fisher Scientific, Life Technologies)を用いて逆転写してから、加水分解プローブ(Thermo Fisher Scientific, Life Technologies)を用いて増幅した。要するに、5μLの単離RNAを10μLのRTマスターミックスと混合した。次いで、1.33μLのcDNAを有する三連試料(triplicates)を96ウェル光学プレートにおいて18.7μLのqPCRマスターミックス(Universal Master Mix II、UNGなし)と混合した。ステム−ループプライマー及び加水分解プローブについてのThermo Fisherの参照IDは、下記の通りであった:cel−miR−54−3p(001361)、cel−miR−238−3p(000248)及びhsa−miR−622(001553)。蛍光及び閾値のベースラインは、7500ソフトウェアv2.0.6を備えるApplied ABI Prism 7500 Fast PCRシステム(Thermo Fisher Scientific, Life Technologies, Applied Biosystems)を使用して測定した。絶対検量線は、RT−qPCR工程の前に、合成cel−miR−54−3p、cel−miR−238−3p、及びhsa−miR−622を、2×105zmol/μL、2×104zmol/μL、2×103zmol/μL、2×102zmol/μL、2×101zmol/μL及び2zmol/μLで希釈することにより作成した。この検量線を用いて、定量的サイクル数(Cq)をRNA抽出物1マイクロリットル当たりのアトモル数でのmiRNA濃度に換算した。cel−miR−54−3p及びcel−miR−238−3pの血清単離収率を、各試料について、回収量を添加量で割ることにより算出し、その幾何平均を用いて、血清1マイクロリットル当たりのゼプトモル数でのhsa−miR−622濃度を推定した。
PFI(Platinum-free interval)は、プラチナ製剤ベースの第一選択化学療法の最終日から、進行性疾患(再発、死亡又は追跡の喪失)が記録されるまでの期間として定義される。卵巣癌患者は通例、プラチナ製剤抵抗性再発又はプラチナ製剤感受性再発(それぞれ6ヶ月未満及び6ヶ月以上のPFI)のいずれかに分類された。
卵巣癌腫瘍におけるhsa−miR−622の予後的利得を示す先の観察結果に基づき、CRBコホート由来の患者の血清におけるhsa−miR−622の発現を分析した。上記のように、患者を短期生存者及び長期生存者(それぞれ、24ヶ月未満及び24ヶ月以上)に分類し、最良の判別子であるhsa−miR−622値を、ROC曲線を用いて、最良のヨーデン指標に従って特定した。患者を高hsa−miR−622発現及び低hsa−miR−622発現の2つの群に分けた(カットオフ=0.28zmol/μL又は169コピー/μL)。高血清hsa−miR−622発現群は、低hsa−miR−622発現群に比べて有意に悪いOSを示すことが観察された(中央値OS 22.8ヶ月対48.9ヶ月、ログランクp=0.0062)(図1を参照されたい)。PFSについては、低hsa−miR−622群と高hsa−miR−622群との間で有意差は観察されなかった(p=0.81)。次に、Cox単変量モデルを用いて、それぞれの関連の予後変数についてのハザード比(HR)を推定した。高hsa−miR−622発現群(HR=3.43、CI95% 1.3〜8.7、p=0.0098)及び一次手術後の準最適な腫瘍減量(HR=3.41、CI95% 1.1〜10.2、p=0.028)は、単変量分析においてOSと大きく関連していた(表2を参照されたい)。次いで、Cox回帰モデルによる多変量分析を用いて、他の既知の予後因子(すなわち、病期及び残存疾患)の随伴効果に関してhsa−miR−622の予後効果を評価した。予想外のことに、これらの臨床共変量に合わせて調整を行う多変量分析にて分析したところ、hsa−miR−622は、独立した予後効果(OSについて、p=0.044)を維持した。
血清hsa−miR−622発現レベルをmiRSAコホート由来の患者試料において分析した。高hsa−miR−622発現及び低hsa−miR−622発現の2つの群が構成された(カットオフ=0.124zmol/μL又は75コピー/μL)。CRBコホートにて導かれた先の観察結果と十分一致して、血清hsa−miR−622の高発現がより悪い全生存期間を予測するものであった(24.4ヶ月対32.2ヶ月以上(最終生存確率0.5超)、ログランクp=0.025)(図2を参照されたい)。興味深いことに、高血清hsa−miR−622発現群は、低hsa−miR−622発現群と比べて有意に低いPFSを示すことも見いだされた(中央値PFS 12.7ヶ月対22ヶ月、ログランクp=0.0077)。このmiRNAシグネチャーは、HGSOCに対する治療を受けた女性を癌再発に関して低リスク群又は高リスク群に分けることができた。高リスク群と低リスク群との無増悪生存期間の中央値の差は9.4ヶ月であった。次に、miRSAコホートの単変量分析及び多変量分析を行った(NACTは、一次手術を受けなかった)。高hsa−miR−622発現群は、単変量分析においてPFS(HR=2.82、CI95% 1.3〜6.2、p=0.010)及びOS(HR=4.00、CI95% 1.1〜14.7、p=0.037)と大きく関連していた(表3を参照されたい)。さらに、臨床共変量に合わせて調整を行う多変量分析にて分析したところ、hsa−miR−622発現は、PFS(p=0.0057)及びOS(p=0.036)について独立した予後因子であった。
miRSAコホートのNACT患者に対するhsa−miR−622の予後的利得を示す先の観察結果に基づき、予備的に、0.124zmol/μLという同じ閾値をCRBコホート由来のNACT患者に用いた。患者を高hsa−miR−622発現及び低hsa−miR−622発現の2つの群に分けた(カットオフ=0.124zmol/μL)。興味深いことに、高血清hsa−miR−622発現群は、低hsa−miR−622発現群と比べて悪いPFS及びOSを示すことが見いだされた(中央値PFS 20.3ヶ月対16.8ヶ月、ログランクp=0.17及び中央値OS 35.9ヶ月対15.1ヶ月、ログランクp=0.29)(図3を参照されたい)。
補足的分析を行い、ベースライン時の血清hsa−miR−622発現レベルの予後的利得を調べた。
血清hsa−miR−622発現レベルの予後的利得をCRBコホート(n=65)においてもベースライン時に評価した。同じカットオフ値を用いて、高hsa−miR−622群(n=52、42事象)は、低hsa−miR−622群(n=13、7事象)より有意に大きい死亡リスクと関連していた(中央値 30.3ヶ月対48.9ヶ月、ログランクp=0.040、HR 2.28、95%CI 1.0〜5.1、p=0.045、図4Dを参照されたい)。
次いで、血清hsa−miR−622発現レベルの動的な予後的利得をCRB(n=35)において再発時に調べた。患者を残存OSに従って短期生存者(12ヶ月未満)及び長期生存者(12ヶ月以上)に分類した。ROC曲線を用いて、最適カットオフ発現を205コピー/μL(0.34zmol/μL)に固定した(図5Aを参照されたい)。高miR 622群(n=11、11事象)は、低miR 622群(n=24、21事象)より有意に低いOSを示す(中央値 7.9ヶ月対20.6ヶ月、ログランクp=0.00077、HR 3.56、95%CI 1.6〜7.8、p=0.0015、図5Bを参照されたい)。
さらに、第二選択PARPi維持適格基準に従って、第二選択のプラチナ製剤ベースの化学療法に応答性のあるプラチナ製剤感受性患者に注目したところ(図5Cを参照されたい)、高miR−622群(n=2、2事象)は、低miR−622群(n=11、8事象)より低いOSに関連していた(中央値 15.3ヶ月対34.8ヶ月、ログランクp=0.0026)。CRBコホート(n=65)に対してベースライン時に同じカットオフ値を用いた場合と一致して、高miR−622群(n=20、19事象)は、低miR−622群(n=45、30事象)より有意に低いOSを示す(中央値 22.8ヶ月対35.9ヶ月、ログランクp=0.017、HR 2.01、95%CI 1.1〜3.6、p=0.019)。
進行時にPARPi維持により治療された8人の患者(CRBコホート)由来の血清に対する第一選択化学療法前のmiR−622の予後的利得を評価した。上記と同じカットオフ値を用いて、高miR−622群(n=2、1事象)は、低miR−622群(n=6、3事象)よりも有意に低い全生存期間(OS)に関連していた(中央値 34.7ヶ月対94.9ヶ月、ログランクp=0.28、HR 4.24、p=0.31、図6を参照されたい)。
Claims (11)
- PARPiベースの治療及び/又は従来のプラチナ製剤ベースの化学療法に対する進行期のHGSOC患者の応答を予後診断する方法であって、
前記HGSOC患者の液体生体試料中の、少なくともhsa−miR−622の濃度を測定する工程と、
得られた値と少なくとも1つの参照値とを比較する工程と、
その結果として、前記患者が、
PARPi感受性及び/又はプラチナ製剤感受性の患者、又は、
PARPi抵抗性及び/又はプラチナ製剤抵抗性の患者、
と予測されるか判断する工程と、
を含む、方法。 - PARPiベースの治療及び/又は従来のプラチナ製剤ベースの化学療法に対するHGSOC患者の感受性をモニタリングする方法であって、
前記HGSOC患者の、PARPiベースの治療及び/又は従来の化学療法中に得られる液体生体試料中の少なくともhsa−miR−622の濃度を測定する工程と、
得られた値と少なくとも1つの参照値とを比較する工程と、
前記患者がPARPiベースの治療及び/又は従来のプラチナ製剤ベースの化学療法に対して感受性であるか否かを判断する工程と、
を含む、方法。 - 前記液体生体試料が、尿、血液、血清、血漿、腹水からなる群において選択され、好ましくは血清である、請求項1又は2に記載の方法。
- 前記hsa−miR−622濃度をベースライン時に使用して、治療方針の決定の前に治療シーケンス(PDS又はNACT)に関わらず治療応答を予測し、
特に、前記循環hsa−miR−622濃度の値が厳密に0.128zmol/μl未満である場合、被検患者は治療シーケンスに関わらずPARPi感受性及び/又はプラチナ製剤感受性の患者と予測することができ、
特に、前記循環hsa−miR−622濃度の値が0.128zmol/μl以上である場合、被検患者は治療シーケンスに関わらずPARPi抵抗性及び/又はプラチナ製剤抵抗性の患者と予測することができる、請求項1〜3のいずれか一項に記載の方法。 - 前記hsa−miR−622濃度をベースライン時に使用して、治療方針の決定の後に治療シーケンス(PDS又はNACT)と組み合わせた治療応答を予測し、
特に、前記循環hsa−miR−622濃度の値が厳密に0.124zmol/μl未満である場合、被検患者はPARPi感受性及び/又はプラチナ製剤感受性の患者と予測することができ、
特に、前記循環hsa−miR−622濃度の値が0.28zmol/μl以上である場合、被検患者はPARPi抵抗性及び/又はプラチナ製剤抵抗性の患者と予測することができ、
特に、前記循環hsa−miR−622濃度の値が0.124zmol/μl以上であり、かつ厳密に0.28zmol/μl未満である場合、被検患者は、
患者がネオアジュバント化学療法で治療されている場合には、PARPi抵抗性及び/又はプラチナ製剤抵抗性の患者、又は、
患者がネオアジュバント化学療法の代わりに一次腫瘍減量手術で治療されている場合、PARPi感受性及び/又はプラチナ製剤感受性の患者、
と予測することができる、請求項1〜3のいずれか一項に記載の方法。 - 前記hsa−miR−622濃度を使用して、再発時の治療応答を予測し、
特に、前記患者が再発中であり、前記循環hsa−miR−622濃度の値が0.34zmol/μl未満である場合、被検患者をPARPi感受性及び/又はプラチナ製剤感受性の患者と予測することができ、
特に、前記患者が再発中であり、前記循環hsa−miR−622濃度の値が0.34zmol/μl以上である場合、被検患者をPARPi抵抗性及び/又はプラチナ製剤抵抗性の患者と予測することができる、請求項1〜3のいずれか一項に記載の方法。 - 前記循環hsa−miR−622濃度の値を、RT−qPCR、マイクロアレイ、又は次世代シークエンシングを用いて測定する、請求項1〜6のいずれか一項に記載の方法。
- 前記循環hsa−miR−622濃度の値を、外因性ノーマライザーを用いたTaqMan(商標) RT−qPCRによる絶対量を用いて測定する、請求項1〜7のいずれか一項に記載の方法。
- 循環hsa−miR−622の少なくとも一部に結合することが可能な少なくとも1つのオリゴヌクレオチドプローブを備える、請求項1〜8のいずれか一項に記載の方法に使用されるキット。
- 少なくとも1つの参照RNA及び/又は該参照RNAの少なくとも一部に結合することが可能な少なくとも1つの特異的オリゴヌクレオチドプローブを備えるPCRキットである、請求項9に記載のキット。
- PARPiベースの治療及び/又は従来のプラチナ製剤ベースの化学療法に対して予測された予後及び/又は予測された応答に従ってHGSOC患者を層別化するためのバイオマーカーとしての液体生体試料中で測定されたhsa−miR−622の濃度の使用。
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