JP2021525084A - Apol1発現のモジュレーター - Google Patents
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Abstract
Description
本出願は、電子形式の配列表とともに出願されている。配列表は、2019年5月20日に作成された465kbサイズの200779−WO−PCT−SeqListingUpdated.txtという名称のファイルとして提供される。配列表の電子形式の情報は、参照により全体として本明細書に組み込まれる。
別途示されない限り、以下の用語は、以下の意味を有する:
「2’−デオキシヌクレオシド」は、天然存在デオキシリボ核酸(DNA)中に見出される2’−H(H)フラノシル糖部分を含むヌクレオシドを意味する。特定の実施形態において、2’−デオキシヌクレオシドは、修飾核酸塩基を含み得、又はRNA核酸塩基(ウラシル)を含み得る。
特定の実施形態は、APOL1(APOL1)発現を阻害するための方法、化合物及び組成物を提供する。
結合デオキシヌクレオシドからなるギャップセグメント、
結合ヌクレオシドからなる5’ウイングセグメント、及び
結合ヌクレオシドからなる3’ウイングセグメント
を含み、
ギャップセグメントは、5’ウイングセグメントと3’ウイングセグメントとの間に位置し、それぞれのウイングセグメントのそれぞれのヌクレオシドは、修飾糖を含む。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、16〜80個の結合ヌクレオシド長であり、配列番号1164、13、76、81、1095、1326、1730、及び1925のいずれか1つに記載の配列を含む核酸塩基配列を有する。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、16〜30個の結合ヌクレオシド長であり、配列番号1164、13、76、81、1095、1326、1730、及び1925のいずれか1つに記載の配列を含む核酸塩基配列を有する。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、16個の結合ヌクレオシド長であり、配列番号1164、13、76、81、1095、1326、1730、及び1925のいずれか1つに記載の配列からなる核酸塩基配列を有する。
10個の結合デオキシヌクレオシドからなるギャップセグメント;
3個の結合ヌクレオシドからなる5’ウイングセグメント;及び
3個の結合ヌクレオシドからなる3’ウイングセグメント
を含み、
ギャップセグメントは、5’ウイングセグメントと3’ウイングセグメントとの間に位置し、5’及び3’ウイングセグメントは、cEtヌクレオシドを含み;それぞれのヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエート結合であり;それぞれのシトシンは、5−メチルシトシンである。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、16〜80個の結合ヌクレオシド長である。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、16〜30個の結合ヌクレオシド長である。
9個の結合デオキシヌクレオシドからなるギャップセグメント;
3個の結合ヌクレオシドからなる5’ウイングセグメント;及び
4個の結合ヌクレオシドからなる3’ウイングセグメント
を含み、
ギャップセグメントは、5’ウイングセグメントと3’ウイングセグメントとの間に位置し;5’ウイングセグメントは、cEtヌクレオシドを含み;3’ウイングセグメントは、5’から3’方向のcEtヌクレオシド、cEtヌクレオシド、cEtヌクレオシド、及び2’−O−メトキシエチルヌクレオシドを含み;それぞれのヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエート結合であり;それぞれのシトシンは、5−メチルシトシンである。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、16〜30個の結合ヌクレオシド長である。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、16個の結合ヌクレオシド長である。
9個の結合デオキシヌクレオシドからなるギャップセグメント;
3個の結合ヌクレオシドからなる5’ウイングセグメント;及び
4個の結合ヌクレオシドからなる3’ウイングセグメント
を含み、
ギャップセグメントは、5’ウイングセグメントと3’ウイングセグメントとの間に位置し;5’ウイングセグメントは、cEtヌクレオシドを含み;3’ウイングセグメントは、5’から3’方向のcEtヌクレオシド、cEtヌクレオシド、cEtヌクレオシド、及び2’−O−メトキシエチルヌクレオシドを含み;それぞれのヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエート結合であり;それぞれのシトシンは、5−メチルシトシンである。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、16〜30個の結合ヌクレオシド長である。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、16個の結合ヌクレオシド長である。
A=アデニン、
mC=5−メチルシトシン
G=グアニン、
T=チミン、
e=2’−メトキシエチル修飾ヌクレオシド、
k=cEt修飾ヌクレオシド、
d=2’−デオキシヌクレオシド、及び
s=ホスホロチオエートヌクレオシド間結合である。
本明細書に提供される特定の実施形態は、個体におけるAPOL1に関連する疾患の治療、予防、又は改善に有用であり得る、APOL1を標的化する化合物を投与することによってAPOL1発現を阻害する方法に関する。特定の実施形態において、化合物は、APOL1特異的阻害剤であり得る。特定の実施形態において、化合物は、APOL1に標的化されるアンチセンス化合物、オリゴマー化合物、又はオリゴヌクレオチドであり得る。
結合2’−デオキシヌクレオシドからなるギャップセグメント;
結合ヌクレオシドからなる5’ウイングセグメント;及び
結合ヌクレオシドからなる3’ウイングセグメント
を含み、
ギャップセグメントは、5’ウイングセグメントと3’ウイングセグメントとの間に位置し、それぞれのウイングセグメントのそれぞれのヌクレオシドは、修飾糖を含む。
10個の結合デオキシヌクレオシドからなるギャップセグメント;
3つの結合ヌクレオシドからなる5’ウイングセグメント;及び
3つの結合ヌクレオシドからなる3’ウイングセグメント
を含み、
ギャップセグメントは、5’ウイングセグメントと3’ウイングセグメントとの間に位置し、5’及び3’ウイングセグメントは、cEtヌクレオシドを含み;それぞれのヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエート結合であり;それぞれのシトシンは、5−メチルシトシンである。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、16〜30個の結合ヌクレオシド長である。
9つの結合デオキシヌクレオシドからなるギャップセグメント;
3つの結合ヌクレオシドからなる5’ウイングセグメント;及び
4つの結合ヌクレオシドからなる3’ウイングセグメント
を含み、
ギャップセグメントは、5’ウイングセグメントと3’ウイングセグメントとの間に位置し;5’ウイングセグメントは、cEtヌクレオシドを含み;3’ウイングセグメントは、5’から3’方向のcEtヌクレオシド、cEtヌクレオシド、cEtヌクレオシド、及び2’−O−メトキシエチルヌクレオシドを含み;それぞれのヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエート結合であり;それぞれのシトシンは、5−メチルシトシンである。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、16〜30個の結合ヌクレオシド長である。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、16個の結合ヌクレオシド長である。
特定の実施形態において、本明細書に記載の化合物は、アンチセンス化合物であり得る。特定の実施形態において、アンチセンス化合物は、オリゴマー化合物を含むか又はそれからなる。特定の実施形態において、オリゴマー化合物は、修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、標的核酸の核酸塩基配列に相補的な核酸塩基配列を有する。
特定の実施形態において、本明細書に記載の化合物は、修飾オリゴヌクレオチドを含むか又はそれからなる。特定の実施形態において、本明細書に記載の化合物は、アンチセンス化合物である。特定の実施形態において、化合物は、オリゴマー化合物を含む。特定の実施形態において、本明細書に記載の化合物は、標的核酸にハイブリダイズし得、少なくとも1つのアンチセンス活性をもたらす。特定の実施形態において、本明細書に記載の化合物は、1個以上の標的核酸に選択的に影響する。このような化合物は、1個以上の標的核酸にハイブリダイズする核酸塩基配列を含み、1つ以上の所望のアンチセンス活性をもたらし、1個以上の非標的核酸にハイブリダイズせず、顕著に不所望なアンチセンス活性をもたらすような方式でも1個以上の非標的核酸にハイブリダイズしない。
特定の実施形態において、本明細書に記載の化合物は、標的核酸に相補的な領域を含むオリゴヌクレオチドを含むか又はそれからなる。特定の実施形態において、標的核酸は、内因性RNA分子である。特定の実施形態において、標的核酸は、タンパク質をコードする。特定のこのような実施形態において、標的核酸は、mRNA及びプレmRNA、例としてイントロン、エクソン及び非翻訳領域から選択される。特定の実施形態において、標的RNAは、mRNAである。特定の実施形態において、標的核酸は、プレmRNAである。特定のこのような実施形態において、標的領域は、完全にイントロン内に存在する。特定の実施形態において、標的領域は、イントロン/エクソンジャンクションに跨る。特定の実施形態において、標的領域は、イントロン内に少なくとも50%存在する。
一部の実施形態において、ハイブリダイゼーションは、本明細書に開示の化合物と、APOL1核酸との間で生じる。ハイブリダイゼーションの最も一般的な機序は、核酸分子の相補的核酸塩基間の水素結合(例えば、ワトソン・クリック、フーグスティーン又は逆フーグスティーン型水素結合)を含む。
オリゴヌクレオチドは、そのようなオリゴヌクレオチド又はその1個以上の領域の核酸塩基配列が別のオリゴヌクレオチド又は核酸又はその1個以上の領域の核酸塩基配列に、この2個の核酸塩基配列を逆方向にアラインした場合にマッチする場合、別の核酸に相補的であると記載される。本明細書に記載の核酸塩基マッチ又は相補的核酸塩基は、別途規定されない限り、以下の対:アデニン(A)及びチミン(T)、アデニン(A)及びウラシル(U)、シトシン(C)及びグアニン(G)、並びに5−メチルシトシン(mC)及びグアニン(G)に限定される。相補的オリゴヌクレオチド及び/又は核酸は、それぞれのヌクレオシドにおける核酸塩基相補性を有する必要はなく、1個以上の核酸塩基ミスマッチを含み得る。オリゴヌクレオチドは、そのようなオリゴヌクレオチドがいかなる核酸塩基ミスマッチも有さずにそれぞれのヌクレオシドにおける核酸塩基マッチを有する場合、完全相補的又は100%相補的である。
本明細書に提供される化合物は、特定のヌクレオチド配列、配列番号若しくは規定のION番号により表される化合物又はそれらの一部に対する定義された同一性パーセントも有し得る。特定の実施形態において、本明細書に記載の化合物は、アンチセンス化合物又はオリゴマー化合物である。特定の実施形態において、本明細書に記載の化合物は、修飾オリゴヌクレオチドである。本明細書において使用される化合物は、それが同一の核酸塩基対合能を有する場合、本明細書に開示の配列と同一である。例えば、ウラシル及びチミジンは両方ともアデニンと対合するため、開示DNA配列中のチミジンの代わりにウラシルを含有するRNAは、そのDNA配列と同一であるとみなされる。本明細書に記載の化合物の短縮型及び延長型、並びに本明細書に提供される化合物に対して非同一塩基を有する化合物も企図される。非同一塩基は互いに隣接していてよく、又は化合物全体にわたり分散していてよい。化合物の同一性パーセントは、比較される配列に対して同一塩基対合を有する塩基の数に従って計算される。
特定の実施形態において、本明細書に記載の化合物は、結合ヌクレオシドからなるオリゴヌクレオチドを含むか又はそれからなる。オリゴヌクレオチドは、非修飾オリゴヌクレオチド(RNA又はDNA)であり得、又は修飾オリゴヌクレオチドであり得る。修飾オリゴヌクレオチドは、非修飾RNA又はDNAに対して少なくとも1個の修飾を含む(すなわち少なくとも1個の修飾ヌクレオシド(修飾糖部分及び/又は修飾核酸塩基を含む)及び/又は少なくとも1個の修飾ヌクレオシド間結合を含む)。
修飾ヌクレオシドは、修飾糖部分若しくは修飾核酸塩基又は修飾糖部分及び修飾核酸塩基の両方を含む。
特定の実施形態において、糖部分は、非二環式修飾糖部分である。特定の実施形態において、修飾糖部分は、二環式又は三環式糖部分である。特定の実施形態において、修飾糖部分は、糖代替物である。このような糖代替物は、修飾糖部分の他のタイプのものに対応する1個以上の置換を含み得る。
式中、
xは、0、1、又は2であり;
nは、1、2、3、又は4であり;
それぞれのRa及びRbは、独立して、H、保護基、ヒドロキシル、C1〜C12アルキル、置換C1〜C12アルキル、C2〜C12アルケニル、置換C2〜C12アルケニル、C2〜C12アルキニル、置換C2〜C12アルキニル、C5〜C20アリール、置換C5〜C20アリール、複素環基、置換複素環基、ヘテロアリール、置換ヘテロアリール、C5〜C7脂環式基、置換C5〜C7脂環式基、ハロゲン、OJ1、NJ1J2、SJ1、N3、COOJ1、アシル(C(=O)−H)、置換アシル、CN、スルホニル(S(=O)2−J1)、又はスルホキシル(S(=O)−J1)であり;
それぞれのJ1及びJ2は、独立して、H、C1〜C12アルキル、置換C1〜C12アルキル、C2〜C12アルケニル、置換C2〜C12アルケニル、C2〜C12アルキニル、置換C2〜C12アルキニル、C5〜C20アリール、置換C5〜C20アリール、アシル(C(=O)−H)、置換アシル、複素環基、置換複素環基、C1〜C12アミノアルキル、置換C1〜C12アミノアルキル、又は保護基である。
Bxは、核酸塩基部分であり;
T3及びT4は、それぞれ独立して、修飾THPヌクレオシドをオリゴヌクレオチドの残部に結合するヌクレオシド間結合基であり、又はT3及びT4の一方は、修飾THPヌクレオシドをオリゴヌクレオチドの残部に結合するヌクレオシド間結合基であり、T3及びT4の他方は、H、ヒドロキシル保護基、結合コンジュゲート基、又は5’若しくは3’−末端基であり;q1、q2、q3、q4、q5、q6及びq7は、それぞれ独立して、H、C1〜C6アルキル、置換C1〜C6アルキル、C2〜C6アルケニル、置換C2〜C6アルケニル、C2〜C6アルキニル、又は置換C2〜C6アルキニルであり;R1及びR2のそれぞれは、水素、ハロゲン、置換又は非置換アルコキシ、NJ1J2、SJ1、N3、OC(=X)J1、OC(=X)NJ1J2、NJ3C(=X)NJ1J2、及びCNの中から独立して選択され、Xは、O、S又はNJ1であり、それぞれのJ1、J2、及びJ3は、独立して、H又はC1〜C6アルキルである。
核酸塩基(又は塩基)の修飾又は置換は、天然存在の又は合成非修飾核酸塩基と構造的に区別可能であるが、機能的には天然存在の又は合成非修飾核酸塩基と交換可能である。天然核酸塩基及び修飾核酸塩基は、両方とも水素結合に関与し得る。このような核酸塩基修飾は、ヌクレアーゼ安定性、結合親和性又は他の何らかの有益な生物学的特性をアンチセンス化合物に付与し得る。
RNA及びDNAの天然存在のヌクレオシド間結合は、3’から5’へのホスホジエステル結合である。特定の実施形態において、1個以上の修飾、すなわち非天然存在のヌクレオシド間結合を有する本明細書に記載の化合物は、望ましい特性、例えば向上した細胞取り込み、標的核酸についての向上した親和性、及びヌクレアーゼの存在下の増加した安定性などのため、天然存在のヌクレオシド間結合を有する化合物よりも選択されることが多い。
特定の実施形態において、本明細書に記載の化合物は、オリゴヌクレオチドを含む。オリゴヌクレオチドは、モチーフ、例えば非修飾及び/若しくは修飾糖部分、核酸塩基、並びに/又はヌクレオシド間結合のパターンを有し得る。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、修飾糖を含む1個以上の修飾ヌクレオシドを含む。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、修飾核酸塩基を含む1個以上の修飾ヌクレオシドを含む。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、1個以上の修飾ヌクレオシド間結合を含む。このような実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドの修飾、非修飾、及び示差的修飾糖部分、核酸塩基、並びに/又はヌクレオシド間結合が、パターン又はモチーフを定義する。特定の実施形態において、糖部分、核酸塩基、及びヌクレオシド間結合のパターンは、それぞれ互いに独立している。したがって、修飾オリゴヌクレオチドは、その糖モチーフ、核酸塩基モチーフ及び/又はヌクレオシド間結合モチーフにより説明することができる(本明細書において使用される核酸塩基モチーフは、核酸塩基の配列とは独立した核酸塩基の修飾を説明する)。
特定の実施形態において、本明細書に記載の化合物は、オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、定義されたパターン又は糖モチーフでオリゴヌクレオチド又はその領域に沿って配置された1つ以上のタイプの修飾糖及び/又は非修飾糖部分を含む。特定の例において、このような糖モチーフとしては、限定されるものではないが、本明細書において考察される糖修飾のいずれかが挙げられる。
特定の実施形態において、本明細書に記載の化合物は、オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、定義されたパターン又はモチーフでオリゴヌクレオチド又はその領域に沿って配置された修飾及び/又は非修飾核酸塩基を含む。特定の実施形態において、それぞれの核酸塩基は、修飾されている。特定の実施形態において、核酸塩基はいずれも修飾されていない。特定の実施形態において、それぞれのプリン又はそれぞれのピリミジンは修飾されている。特定の実施形態において、それぞれのアデニンは修飾されている。特定の実施形態において、それぞれのグアニンは修飾されている。特定の実施形態において、それぞれのチミンは修飾されている。特定の実施形態において、それぞれのウラシルは修飾されている。特定の実施形態において、それぞれのシトシンは修飾されている。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチド中のシトシン核酸塩基の一部又は全部は、5−メチルシトシンである。
特定の実施形態において、本明細書に記載の化合物は、オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、定義されたパターン又はモチーフでオリゴヌクレオチド又はその領域に沿って配置された修飾及び/又は非修飾ヌクレオシド間結合を含む。特定の実施形態において、本質的には、それぞれのヌクレオシド間結合基は、ホスフェートヌクレオシド間結合(P=O)である。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドのそれぞれのヌクレオシド間結合基は、ホスホロチオエート(P=S)である。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドのそれぞれのヌクレオシド間結合基は、ホスホロチオエート及びホスフェートヌクレオシド間結合から独立して選択される。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドの糖モチーフは、ギャップマーであり、ギャップ内のヌクレオシド間結合は、全て修飾されている。特定のこのような実施形態において、ウイング中のヌクレオシド間結合の一部又は全部は、非修飾ホスフェート結合である。特定の実施形態において、末端ヌクレオシド間結合は、修飾されている。特定のこのような実施形態において、ウイング中のヌクレオシド間結合の一部又は全部は、非修飾ホスフェート結合である。特定の実施形態において、末端ヌクレオシド間結合は、修飾されている。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドの糖モチーフはギャップマーであり、ヌクレオシド間結合モチーフは、少なくとも1個のウイング中の少なくとも1個のホスホジエステルヌクレオシド間結合を含み、少なくとも1個のホスホジエステル結合は、末端ヌクレオシド間結合でなく、残りのヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合である。特定のこのような実施形態において、ホスホロチオエート結合の全部は、ステレオランダムである。特定の実施形態において、ウイング中のホスホロチオエート結合の全ては、(Sp)ホスホロチオエートであり、ギャップは、少なくとも1個のSp、Sp、Rpモチーフを含む。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドの集団は、そのようなヌクレオシド間結合モチーフを含む修飾オリゴヌクレオチドについて濃縮されている。
特定の実施形態において、本明細書に記載の化合物は、修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、上記修飾(糖、核酸塩基、ヌクレオシド間結合)は、修飾オリゴヌクレオチド中に取り込まれる。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、その修飾、モチーフ、及び全長により特徴付けられる。特定の実施形態において、このようなパラメータは、互いにそれぞれ独立している。したがって、別途示されない限り、ギャップマー糖モチーフを有するオリゴヌクレオチドのそれぞれのヌクレオシド間結合は、修飾でも非修飾でもよく、糖修飾のギャップマー修飾パターンに従っても従わなくてもよい。例えば、糖ギャップマーのウイング領域内のヌクレオシド間結合は、互いに同一であっても異なっていてもよく、糖モチーフのギャップ領域のヌクレオシド間結合と同一であっても異なっていてもよい。同様に、このようなギャップマーオリゴヌクレオチドは、糖修飾のギャップマーパターンから独立した1個以上の修飾核酸塩基を含み得る。さらに、特定の例において、オリゴヌクレオチドは、全長又は範囲により、及び2個以上の領域(例えば、規定の糖修飾を有するヌクレオシドの領域)の長さ又は長さ範囲により記載され、このような状況において、規定の範囲外の全長を有するオリゴヌクレオチドをもたらすそれぞれの範囲についての数を選択することが可能であり得る。このような状況において、両方の要素が充足されなければならない。例えば、特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、15〜20個の結合ヌクレオシドからなり、3個の領域A、B、Cからなる糖モチーフを有し、領域Aは、規定の糖モチーフを有する2〜6個の結合ヌクレオシドからなり、領域Bは、規定の糖モチーフを有する6〜10個の結合ヌクレオシドからなり、領域Cは、規定の糖モチーフを有する2〜6個の結合ヌクレオシドからなる。このような実施形態は、A及びCがそれぞれ6個の結合ヌクレオシドからなり、Bが10個の結合ヌクレオシドからなる修飾オリゴヌクレオチドを含まず(ヌクレオシドのそれらの数がA、B、及びCの要件内に許容されても)、それは、そのようなオリゴヌクレオチドの全長が22であり、修飾オリゴヌクレオチドの全長の上限(20)を超過するためである。本明細書において、オリゴヌクレオチドの記載が1つ以上のパラメータに関して無記載である場合、そのようなパラメータは、限定されない。したがって、ギャップマー糖モチーフを有するとのみ記載され、さらなる記載を有さない修飾オリゴヌクレオチドは、任意の長さ、ヌクレオシド間結合モチーフ、及び核酸塩基モチーフを有し得る。別途示されない限り、全ての修飾は、核酸塩基配列から独立している。
特定の実施形態において、本明細書に記載の化合物は、オリゴヌクレオチド(修飾又は非修飾)並びに任意選択的に1個以上のコンジュゲート基及び/又は末端基を含むか又はそれからなる。コンジュゲート基は、1個以上のコンジュゲート部分及びコンジュゲート部分をオリゴヌクレオチドに結合するコンジュゲートリンカーからなる。コンジュゲート基は、オリゴヌクレオチドのいずれか若しくは両方の末端及び/又は任意の内部位置に付着され得る。特定の実施形態において、コンジュゲート基は、修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシドの2’位に付着されている。特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドのいずれか又は両方の末端に付着されているコンジュゲート基は、末端基である。特定のこのような実施形態において、コンジュゲート基又は末端基は、オリゴヌクレオチドの3’及び/又は5’末端に付着されている。特定のこのような実施形態において、コンジュゲート基(又は末端基)は、オリゴヌクレオチドの3’末端に付着されている。特定の実施形態において、コンジュゲート基は、オリゴヌクレオチドの3’末端付近に付着されている。特定の実施形態において、コンジュゲート基(又は末端基)は、オリゴヌクレオチドの5’末端に付着されている。特定の実施形態において、コンジュゲート基は、オリゴヌクレオチドの5’末端付近に付着されている。
特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、1個以上のコンジュゲート基に共有結合により付着されている。特定の実施形態において、コンジュゲート基は、付着されるオリゴヌクレオチドの1つ以上の特性、例として、限定されるものではないが、薬力学、薬物動態、安定性、結合、吸収、組織分布、細胞分布、細胞取り込み、電荷及びクリアランスを改変する。特定の実施形態において、コンジュゲート基は、付着されるオリゴヌクレオチドに新たな特性、例えばオリゴヌクレオチドの検出を可能とするフルオロフォア又はレポーター基を付与する。
コンジュゲート部分としては、限定されるものではないが、インターカレーター、レポーター分子、ポリアミン、ポリアミド、ペプチド、炭水化物(例えば、GalNAc)、ビタミン部分、ポリエチレングリコール、チオエーテル、ポリエーテル、コレステロール、チオコレステロール、コール酸部分、ホレート、脂質、リン脂質、ビオチン、フェナジン、フェナントリジン、アントラキノン、アダマンタン、アクリジン、フルオレセイン、ローダミン、クマリン、フルオロフォア、及び色素が挙げられる。
コンジュゲート部分は、オリゴヌクレオチドにコンジュゲートリンカーを介して付着されている。特定の実施形態において、コンジュゲート基は、単一化学結合である(すなわち、コンジュゲート部分は、オリゴヌクレオチドにコンジュゲートリンカーを介して単結合を介して付着されている)。特定の実施形態において、コンジュゲートリンカーは、鎖構造、例えばヒドロカルビル鎖、又は繰り返し単位、例えばエチレングリコール、ヌクレオシド、若しくはアミノ酸単位のオリゴマーを含む。
本明細書に記載の化合物は、医薬組成物又は配合物の調製のための薬学的に許容可能な活性又は不活性な物質と混合することができる。組成物及び医薬組成物を配合する方法は、多数の基準、例として、限定されるものではないが、投与経路、疾患の程度、又は投与すべき用量に依存的である。
種々の長さ、化学構造、及びモチーフの約1930個の新たに設計された化合物及び少数の既に開示されている化合物を、ヒトAPOL1 mRNAに対するそれらの効果についてインビトロでいくつかの細胞タイプにおいて試験した(実施例1)。インビトロでの単一用量における効力について試験した1930個の化合物のうち、373個の選択化合物を用量依存的阻害についてA431細胞中で試験した(実施例2)。用量応答アッセイにより試験した373個の化合物のうち、86個のオリゴヌクレオチドをげっ歯類におけるインビボ効力及び忍容性のために選択した。
本出願に添付される配列表は、必要に応じてそれぞれの配列を「RNA」又は「DNA」のいずれかと特定するが、実際には、それらの配列は、化学修飾の任意の組合せにより修飾されていてよい。当業者は、修飾オリゴヌクレオチドを説明するための「RNA」又は「DNA」のそのような指定が、特定の例において、任意であることを容易に認識する。例えば、2’−OH糖部分及びチミン塩基を含むヌクレオシドを含むオリゴヌクレオチドは、修飾糖(DNAの天然2’−Hについては、2’−OH)を有するDNA又は修飾塩基(RNAの天然ウラシルについては、チミン(メチル化ウラシル))を有するRNAと記載することができる。
APOL1核酸を標的化する、種々の化学モチーフを有するアンチセンスオリゴヌクレオチドを設計し、インビトロでのAPOL1 mRNAに対するそれらの効果について試験した。
以下の表中の新たに設計されたキメラアンチセンスオリゴヌクレオチドを、3−10−3cEtギャップマーとして設計した。ギャップマーは、16個のヌクレオシド長であり、中央ギャップセグメントは、10個の2’−デオキシヌクレオシドを含み、それぞれ3個のヌクレオシドを含む5’方向及び3’方向のウイングセグメントによりフランキングされている。5’ウイングセグメント中のそれぞれのヌクレオシド及び3’ウイングセグメント中のそれぞれのヌクレオシドは、cEt修飾を有する。それぞれのギャップマー全体にわたるヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエート(P=S)結合である。それぞれのギャップマー全体にわたる全てのシトシン残基は、5−メチルシトシンである。
以下の表中の新たに設計されたキメラアンチセンスオリゴヌクレオチドを、デオキシ、MOE、及びcEtギャップマーとして設計した。デオキシ、MOE及びcEtオリゴヌクレオチドは、MOE糖修飾、(S)−cEt糖修飾、又はデオキシ修飾のいずれかを有するヌクレオシドを有する。「化学構造」欄は、それぞれのオリゴヌクレオチドの糖修飾を記載する。「k」は、(S)−cEt糖修飾を示し;「d」は、デオキシリボースを示し;「e」は、MOE修飾を示す。それぞれのギャップマー全体にわたるヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエート(P=S)結合である。それぞれのギャップマー全体にわたる全てのシトシン残基は、5−メチルシトシンである。ギャップマーの糖モチーフは、以下の表中の化学構造欄に示され、「k」は、cEt糖を意味し;「e」は、2’−MOE糖を意味し;「d」は、デオキシ糖を意味し、「d」の後の数字は、デオキシヌクレオシドの数を示す。
APOL1 mRNAの有意なインビトロ阻害を示す実施例1からのギャップマーを選択し、A431細胞中で種々の用量において試験した。アンチセンスオリゴヌクレオチドは、同様の培養条件を有する一連の実験において試験した。それぞれの実験についての結果を下記の別個の表に提示する。
BALB/cマウスは、安全性及び効力試験に高頻度で利用される多目的マウスモデルである。マウスを上記試験から選択したアンチセンスオリゴヌクレオチドにより処理し、種々の血漿化学マーカーのレベルの変化について評価した。
6〜7週齢雄マウスの群に、200mg/kgの修飾オリゴヌクレオチドを1回皮下注射した。雄BALB/cマウスの1つの群にPBSを注射した。マウスを単一投与の72〜96時間後に屠殺し、血漿をさらなる分析のために回収した。
肝機能に対する修飾オリゴヌクレオチドの効果を評価するため、自動臨床化学分析装置(Beckman Coulter AU480,Brea,CA)を使用してトランスアミナーゼの血漿レベルを計測した。アンチセンスオリゴヌクレオチドについての予測範囲外のトランスアミナーゼのレベルの変化を引き起こした修飾オリゴヌクレオチドは、さらなる試験において排除した。化合物ID793406、903807、903822、903853、904016、904063、904082、904084、904101、904212、904223、904224、904226、904424、904426、904443、904444、904619、904627、904628、904763、904766、905031、905032、905036、905095、905121、905123、905139、905141、905143、905146、905147、905269、905373、905408、905418、905469、905471、905491、905496、905505、905510、905511、905521、905581、905582、905633、905634、905636、905654、905655、905665、905684、905688、905690、905697、905700、905758及び905867を本試験において忍容性とみなし、さらなる評価のために選択した。
肝機能に対する修飾オリゴヌクレオチドの効果を評価する第2の試験において、自動臨床化学分析装置(Beckman Coulter AU480,Brea,CA)を使用してトランスアミナーゼの血漿レベルを計測した。アンチセンスオリゴヌクレオチドについての予測範囲外のトランスアミナーゼのレベルの変化を引き起こした修飾オリゴヌクレオチドは、さらなる試験において排除した。化合物ID969157、969160、969162、969210、969214、969231、969318、969347、969361、969362、969408、969433、969437、969479、969501、969502、971925、971973、971997、972002、972116、972139、972163、972190、972268、及び972288を本試験において忍容性とみなし、さらなる評価のために選択した。
遺伝子の5Kb上流及び12Kb下流でAPOL1遺伝子のみを含有する31.6Kb断片を産生するように消化されたフォスミドABC12−49114000M18を使用してトランスジェニックマウスモデルを発生させた。遺伝子断片をC57BL/6NTAcマウスからの卵中に前核注射により挿入して2つのファウンダー系統を産生した。系統1を本明細書に記載の実験に使用した。ヒトAPOL1転写産物は主に肝臓中で検出可能であり、hAPOL1タンパク質はそれらのマウスの血漿中でロバストに検出可能である。修飾オリゴヌクレオチドの効力をこのモデルにおいて評価した。
hAPOL1トランスジェニックマウスを、それぞれ2〜4匹のマウスの群に分割した。群は、25mg/kgの用量における修飾オリゴヌクレオチドの皮下注射を1週間にわたり週3回、合計3回の投与を受容した。マウスの1つの群は、25mg/kgの用量における対照オリゴヌクレオチド549148(GGCTACTACGCCGTCA、配列番号1948として指定される;既知標的を有さない3−10−3cEtギャップマー)の皮下注射を1週間にわたり週3回、合計3回の投与を受容した。マウスの1つの群は、PBSの皮下注射を1週間にわたり週3回受容した。生理食塩水注射群は、オリゴヌクレオチド処理群を比較する対照群として機能した。
hAPOL1トランスジェニックマウスを、それぞれ4匹のマウスの群に分割した。群は、25mg/kgの用量における修飾オリゴヌクレオチドの皮下注射を1週間にわたり週2回、合計3回の投与を受容した。マウスの1つの群は、25mg/kgの用量における対照オリゴヌクレオチド549148の皮下注射を1週間にわたり週3回、合計3回の投与を受容した。マウスの1つの群は、PBSの皮下注射を1週間にわたり週3回受容した。生理食塩水注射群は、オリゴヌクレオチド処理群を比較する対照群として機能した。
hAPOL1トランスジェニックマウスを、それぞれ3〜4匹のマウスの群に分割した。群は、50mg/kgにおける修飾オリゴヌクレオチド972190の皮下注射を4週間にわたり週1回受容した。マウスの1つの群は、50mg/kgの用量における対照オリゴヌクレオチド549148の皮下注射を4週間にわたり週1回受容した。マウスの1つの群は、PBSの皮下注射を4週間にわたり週1回受容した。単一用量のIFNγを、1.125×107U/kgにおいて最後のオリゴヌクレオチド投与の1日後に投与してマウスにおいてタンパク尿を誘導した。生理食塩水注射群は、オリゴヌクレオチド処理群を比較する対照群として機能した。
CD1(登録商標)マウス(Charles River,MA)は、安全性及び効力試験に高頻度で利用される多目的マウスモデルである。マウスを上記試験から選択した3−10−3cEtギャップマーオリゴヌクレオチドにより処理し、種々の血漿化学マーカーのレベルの変化について評価した。
7〜8週齢雄CD1マウスの群に、25mg/kgのISISオリゴヌクレオチド(50mg/kg/週の用量)を6週間にわたり週2回皮下注射した。雄CD1マウスの1つの群にPBSを6週間にわたり週2回皮下注射した。最後の投与の48時間後にマウスを屠殺し、さらなる分析のために臓器及び血漿を回収した。2つの別個の試験を同様の条件を用いて実施し、それぞれの終点分析について別個の表に提示する。
血漿化学マーカー
肝機能及び腎機能に対するISISオリゴヌクレオチドの効果を評価するため、自動臨床化学分析装置(Beckman Coulter AU480,Brea,CA)を使用してトランスアミナーゼ、アルブミン、ビリルビン、クレアチニン、及びBUNの血漿レベルを計測した。結果を以下の表に提示する。アンチセンスオリゴヌクレオチドについての予測範囲外の肝機能又は腎機能マーカーいずれかのレベルの変化を引き起こしたISISオリゴヌクレオチドは、さらなる試験において排除した。
全てのマウス群から得た血液を、ヘマトクリット(HCT)計測及び分析、並びに種々の血球、例えば、WBC、RBC、リンパ球、単球、及び血小板の計測のためにIDEXX BioResearchに送付した。結果を以下の表に提示する。アンチセンスオリゴヌクレオチドについての予測範囲外の血液マーカーいずれかのレベルの変化を引き起こしたISISオリゴヌクレオチドは、さらなる試験において排除した。
血漿化学マーカー
肝機能及び腎機能に対するISISオリゴヌクレオチドの効果を評価するため、自動臨床化学分析装置(Hitachi Olympus AU400e,Melville,NY)を使用してトランスアミナーゼ、ビリルビン、クレアチニン、及びBUNの血漿レベルを計測した。結果を以下の表に提示する。アンチセンスオリゴヌクレオチドについての予測範囲外の肝機能又は腎機能マーカーいずれかのレベルの変化を引き起こしたISISオリゴヌクレオチドは、さらなる試験において排除した。
全てのマウス群から得た血液を、ヘマトクリット(HCT)計測及び分析、並びに種々の血球、例えば、WBC、RBC、リンパ球、単球、及び血小板の計測のためにIDEXX BioResearchに送付した。結果を以下の表に提示する。アンチセンスオリゴヌクレオチドについての予測範囲外の血液マーカーいずれかのレベルの変化を引き起こしたISISオリゴヌクレオチドは、さらなる試験において排除した。
体重及び臓器重量
動物の健康状態に対するISISオリゴヌクレオチドの効果を評価するため、体重及び臓器重量を試験終了時に計測した。結果を以下の表に提示する。アンチセンスオリゴヌクレオチドについての予測範囲外の重量のいずれかのレベルの変化を引き起こしたISISオリゴヌクレオチドは、さらなる試験において排除した。
肝機能及び腎機能に対するISISオリゴヌクレオチドの効果を評価するため、自動臨床化学分析装置(Beckman Coulter AU480,Brea,CA)を使用してトランスアミナーゼ、アルブミン、ビリルビン、クレアチニン、及びBUNの血漿レベルを計測した。結果を以下の表に提示する。アンチセンスオリゴヌクレオチドについての予測範囲外の肝機能又は腎機能マーカーいずれかのレベルの変化を引き起こしたISISオリゴヌクレオチドは、さらなる試験において排除した。
全てのマウス群から得た血液を、ヘマトクリット(HCT)計測及び分析、並びに種々の血球、例えば、WBC、RBC、リンパ球、単球、及び血小板の計測のためにIDEXX BioResearchに送付した。結果を以下の表に提示する。アンチセンスオリゴヌクレオチドについての予測範囲外の血液マーカーいずれかのレベルの変化を引き起こしたISISオリゴヌクレオチドは、さらなる試験において排除した。
Sprague−Dawleyラットは、安全性及び効力評価に使用される多目的モデルである。ラットを上記実施例に記載の試験からの3−10−3cEtギャップマーオリゴヌクレオチドにより処理し、種々の血漿化学マーカーのレベルの変化について評価した。
雄Sprague−Dawleyラットを12時間の明/暗サイクルで維持し、Purina普通ラット通常食5001を自由給餌した。それぞれ4匹のSprague−Dawleyラットの群に50mg/kgのISISオリゴヌクレオチドを6週間にわたり週1回皮下注射した。最後の投与の48時間後にラットを屠殺し、さらなる分析のために臓器及び血漿を回収した。2つの別個の試験を同様の条件を用いて実施した。
肝機能
肝機能に対するISISオリゴヌクレオチドの効果を評価するため、自動臨床化学分析装置(Hitachi Olympus AU400e,Melville,NY)を使用してトランスアミナーゼの血漿レベルを計測した。ALT(アラニントランスアミナーゼ)及びAST(アスパラギン酸トランスアミナーゼ)の血漿レベルを計測し、結果を以下の表に提示し、IU/Lで表現する。アンチセンスオリゴヌクレオチドについての予測範囲外の肝機能のいずれかのマーカーのレベルの変化を引き起こしたISISオリゴヌクレオチドは、さらなる試験において排除した。
腎機能に対するISISオリゴヌクレオチドの効果を評価するため、自動臨床化学分析装置(Hitachi Olympus AU400e,Melville,NY)を使用して血液尿窒素(BUN)及びクレアチニンの血漿レベルを計測した。結果を以下の表に提示し、mg/dLで表現する。アンチセンスオリゴヌクレオチドについての予測範囲外の腎機能マーカーのいずれかのレベルの変化を引き起こしたISISオリゴヌクレオチドは、さらなる試験において排除した。
全てのラット群から得た血液を、ヘマトクリット(HCT)計測及び分析、並びに種々の血球、例えば、WBC、RBC、及び総ヘモグロビン含有量の計測のためにAntech Diagnosticsに送付した。結果を以下の表に提示する。アンチセンスオリゴヌクレオチドについての予測範囲外の血液マーカーのいずれかのレベルの変化を引き起こしたISISオリゴヌクレオチドは、さらなる試験において排除した。
肝臓、脾臓及び腎臓重量を試験の終了時に計測し、以下の表に提示する。アンチセンスオリゴヌクレオチドについての予測範囲外の臓器重量の任意の変化を引き起こしたISISオリゴヌクレオチドは、さらなる試験において排除した。
肝機能
肝機能に対するISISオリゴヌクレオチドの効果を評価するため、自動臨床化学分析装置(Hitachi Olympus AU400e,Melville,NY)を使用してトランスアミナーゼの血漿レベルを計測した。ALT(アラニントランスアミナーゼ)及びAST(アスパラギン酸トランスアミナーゼ)の血漿レベルを計測し、結果を以下の表に提示し、IU/Lで表現する。アンチセンスオリゴヌクレオチドについての予測範囲外の肝機能のいずれかのマーカーのレベルの変化を引き起こしたISISオリゴヌクレオチドは、さらなる試験において排除した。
腎機能に対するISISオリゴヌクレオチドの効果を評価するため、自動臨床化学分析装置(Hitachi Olympus AU400e,Melville,NY)を使用して血液尿窒素(BUN)及びクレアチニンの血漿レベルを計測した。結果を以下の表に提示し、mg/dLで表現する。アンチセンスオリゴヌクレオチドについての予測範囲外の腎機能マーカーのいずれかのレベルの変化を引き起こしたISISオリゴヌクレオチドは、さらなる試験において排除した。
全てのラット群から得た血液を、ヘマトクリット(HCT)計測及び分析、並びに種々の血球、例えば、WBC、RBC、及び総ヘモグロビン含有量の計測のためにAntech Diagnosticsに送付した。結果を以下の表に提示する。アンチセンスオリゴヌクレオチドについての予測範囲外の血液マーカーのいずれかのレベルの変化を引き起こしたISISオリゴヌクレオチドは、さらなる試験において排除した。n.d.は、その特定のオリゴヌクレオチドについてそのパラメータを計測しなかったことを示す。
肝臓、脾臓及び腎臓重量を試験の終了時に計測し、以下の表に提示する。アンチセンスオリゴヌクレオチドについての予測範囲外の臓器重量の任意の変化を引き起こしたISISオリゴヌクレオチドは、さらなる試験において排除した。
肝機能
肝機能に対するISISオリゴヌクレオチドの効果を評価するため、自動臨床化学分析装置(Hitachi Olympus AU400e,Melville,NY)を使用してトランスアミナーゼの血漿レベルを計測した。ALT(アラニントランスアミナーゼ)及びAST(アスパラギン酸トランスアミナーゼ)の血漿レベルを計測し、結果を以下の表に提示し、IU/Lで表現する。アンチセンスオリゴヌクレオチドについての予測範囲外の肝機能のいずれかのマーカーのレベルの変化を引き起こしたISISオリゴヌクレオチドは、さらなる試験において排除した。
腎機能に対するISISオリゴヌクレオチドの効果を評価するため、自動臨床化学分析装置(Hitachi Olympus AU400e,Melville,NY)を使用して血液尿窒素(BUN)及びクレアチニンの血漿レベルを計測した。結果を以下の表に提示し、mg/dLで表現する。アンチセンスオリゴヌクレオチドについての予測範囲外の腎機能マーカーのいずれかのレベルの変化を引き起こしたISISオリゴヌクレオチドは、さらなる試験において排除した。
全てのラット群から得た血液を、ヘマトクリット(HCT)計測及び分析、並びに種々の血球、例えば、WBC、RBC、及び総ヘモグロビン含有量の計測のためにAntech Diagnosticsに送付した。結果を以下の表に提示する。アンチセンスオリゴヌクレオチドについての予測範囲外の血液マーカーのいずれかのレベルの変化を引き起こしたISISオリゴヌクレオチドは、さらなる試験において排除した。n.d.は、その特定のオリゴヌクレオチドについてそのパラメータを計測しなかったことを示す。
肝臓、脾臓及び腎臓重量、並びに体重を試験の終了時に計測し、以下の表に提示する。アンチセンスオリゴヌクレオチドについての予測範囲外の重量の任意の変化を引き起こしたISISオリゴヌクレオチドは、さらなる試験において排除した。
上記のトランスジェニックマウスhAPOL1マウスを12時間の明/暗サイクルで維持し、普通Purinaマウス通常食を自由給餌した。動物を実験開始前に研究施設中で少なくとも7日間馴化させた。アンチセンスオリゴヌクレオチド(ASO)を緩衝生理食塩水(PBS)中で調製し、0.2ミクロンフィルターに通して濾過することにより滅菌した。注射のためにオリゴヌクレオチドを0.9%のPBS中で溶解させた。
hAPOL1トランスジェニックマウスをそれぞれ4匹のマウスの群に分割した。群は、以下の表に示される5、15、又は50mg/kgの用量における3−10−3cEtギャップマーの皮下注射を4週間にわたり週1回、合計4回の投与を受容した。マウスの1つの群は、PBSの皮下注射を4週間にわたり週1回受容した。生理食塩水注射群は、オリゴヌクレオチド処理群を比較する対照群として機能した。
最後の投与の48時間後にマウスを屠殺し、hAPOL1のmRNA発現の計測のリアルタイムPCR分析のためにRNAを腎臓及び肝臓から抽出した。結果をRIBOGREEN(登録商標)により正規化されたPBS対照に対するmRNAの変化パーセントとして提示する。2つの別個の実験を同様の条件を用いて実施し、別個の表に提示する。以下の表に示されるとおり、アンチセンスオリゴヌクレオチドによる処理は、PBS対照と比較してhAPO1 mRNAの有意な低減をもたらした。
hAPOL1トランスジェニックマウスをそれぞれ4匹のマウスの群に分割した。群は、以下の表に示される5、15、又は50mg/kgの用量における3−10−3cEtギャップマーの皮下注射を4週間にわたり週1回、合計4回の投与を受容した。マウスの1つの群は、PBSの皮下注射を4週間にわたり週1回受容した。生理食塩水注射群は、オリゴヌクレオチド処理群を比較する対照群として機能した。
最後の投与の48時間後にマウスを屠殺し、hAPOL1のmRNA発現の計測のリアルタイムPCR分析のためにRNAを腎臓及び肝臓から抽出した。結果をRIBOGREEN(登録商標)により正規化されたPBS対照に対するmRNAの変化パーセントとして提示する。2つの別個の実験を同様の条件を用いて実施し、別個の表に提示する。以下の表に示されるとおり、アンチセンスオリゴヌクレオチドによる処理は、PBS対照と比較してhAPO1 mRNAの有意な低減をもたらした。
hAPOL1トランスジェニックマウスをそれぞれ4匹のマウスの群に分割した。群は、以下の表に示される1.5、5、15、又は50mg/kgの用量における修飾オリゴヌクレオチドの皮下注射を4週間にわたり週1回、合計4回の投与を受容した。マウスの1つの群は、PBSの皮下注射を4週間にわたり週1回受容した。生理食塩水注射群は、オリゴヌクレオチド処理群を比較する対照群として機能した。
最後の投与の48時間後にマウスを屠殺し、hAPOL1のmRNA発現の計測のリアルタイムPCR分析のためにRNAを腎臓及び肝臓から抽出した。結果をRIBOGREEN(登録商標)により正規化されたPBS対照に対するmRNAの変化パーセントとして提示する。以下の表に示されるとおり、アンチセンスオリゴヌクレオチドによる処理は、PBS対照と比較してhAPO1 mRNAの有意な低減をもたらした。
上記試験から選択したギャップマーをA431細胞中で種々の用量において試験した。
細胞を1ウェル当たり10,000個の細胞の密度においてプレーティングし、以下の表に規定される種々の濃度のアンチセンスオリゴヌクレオチドを自由取り込みにより形質移入した。約16時間の処理期間後、RNAを細胞から単離し、APOL1 mRNAレベルを定量的リアルタイムPCRにより計測した。ヒトプライマープローブセットRTS35962を使用してmRNAレベルを計測した。APOL1 mRNAレベルは、RIBOGREEN(登録商標)により計測された総RNA含有量に従って調整した。結果を、非処理対照細胞に対するAPOL1の阻害パーセントとして提示する。
細胞を1ウェル当たり10,000個の細胞の密度においてプレーティングし、以下の表に規定される種々の濃度のアンチセンスオリゴヌクレオチドを自由取り込みにより形質移入した。約16時間の処理期間後、RNAを細胞から単離し、APOL1 mRNAレベルを定量的リアルタイムPCRにより計測した。ヒトプライマープローブセットRTS35962を使用してmRNAレベルを計測した。APOL1 mRNAレベルは、RIBOGREEN(登録商標)により計測された総RNA含有量に従って調整した。結果を、非処理対照細胞に対するAPOL1の阻害パーセントとして提示する。
カニクイザルを、上記実施例に記載の試験から選択したISISアンチセンスオリゴヌクレオチドにより処理した。アンチセンスオリゴヌクレオチドの効力及び忍容性、並びに肝臓及び腎臓におけるそれらの薬物動態プロファイルを評価した。カニクイザルは、APOL1偽遺伝子を有することが報告されている。
試験前、サルを隔離飼育し、その間、動物を全身健康状態について毎日観察した。サルはそれぞれ2〜4年齢であり、2〜4kgの体重であった。それぞれ4匹のランダムに割り当てられた雄カニクイザルの8つの群に、30mg/kgの修飾オリゴヌクレオチド又はPBSを12週間にわたり週1回投与した。サルの1つの群は、生理食塩水の投与を12週間にわたり週1回受容した。生理食塩水注射群は、オリゴヌクレオチド処理群を比較する対照群として機能した。最後の投与の約48時間後、サルを屠殺し、分析のために組織を回収した。
RNA分析
カニクイザルAPOL1のmRNA発現のリアルタイムPCR分析のためにRNAを肝臓から抽出した。RTS35787(フォワード配列:CTCCTGCTGAGTGACCATAAAG(配列番号1945);リバース配列:GGACTTCTTCGAGCCAGTTT(配列番号1946);プローブ配列:AGAGTGGTGGCTACTGCTGAACTG(配列番号1947))を使用してカニクイザルAPOL1を検出した。結果をサルシクロフィリンAにより正規化された生理食塩水対照に対するmRNAの変化パーセントとして提示する。以下の表に示されるとおり、修飾オリゴヌクレオチドによる処理は、一部のオリゴヌクレオチドについてPBS対照と比較してカニクイザルAPOL1 mRNAの低減をもたらした。
体重及び臓器重量計測
動物の全身健康状態に対するISISオリゴヌクレオチドの効果を評価するため、体重及び臓器重量を計測した。84日目に体重を計測し、以下の表に提示する。屠殺後に臓器重量を計測し、そのデータも以下の表に提示する。結果は、体重及び臓器重量に対するアンチセンスオリゴヌクレオチドによる処理の効果が、アンチセンスオリゴヌクレオチドについての予測範囲内であったことを示す。具体的には、ISIS972190による処理は、サルの体重及び臓器重量に関して十分忍容された。
肝機能に対するISISオリゴヌクレオチドの効果を評価するため、血液試料を全ての試験群から回収した。血液試料は、大腿静脈穿刺を介して投与の48時間後に回収した。サルを採血前に一晩絶食させた。K2−EDTA抗凝固剤を含有するチューブ中で血液を回収し、それを遠心分離して血漿を得た。Toshiba 200FR NEO化学分析装置(株式会社東芝、日本)を使用して種々の肝機能マーカーのレベルを計測した。ALT及びASTの血漿レベルを計測し、結果を以下の表に提示し、IU/Lで表現する。肝機能マーカーのビリルビンを同様に計測し、以下の表に提示し、mg/dLで表現する。結果は、アンチセンスオリゴヌクレオチドがアンチセンスオリゴヌクレオチドについての予測範囲外の肝機能に対する効果を有さなかったことを示す。具体的には、ISIS972190による処理は、サルにおける肝機能に関して十分忍容された。
腎機能に対するISISオリゴヌクレオチドの効果を評価するため、血液試料を全ての試験群から回収した。血液試料は、大腿静脈穿刺を介して投与の48時間後に回収した。サルを採血前に一晩絶食させた。K2−EDTA抗凝固剤を含有するチューブ中で血液を回収し、それを遠心分離して血漿を得た。Toshiba 200FR NEO化学分析装置(株式会社東芝、日本)を使用してBUN及びクレアチニンのレベルを計測した。以下の表に提示し、mg/dLで表現する。
血液パラメータに対するカニクイザルにおけるISISオリゴヌクレオチドの任意の効果を評価するため、約1.3mLの血液の血液試料を利用可能な試験動物のそれぞれから、K2−EDTAを含有するチューブ中に回収した。ADVIA120血液分析装置(Bayer,USA)を使用して試料を赤血球(RBC)数、白血球(WBC)数、個々の白血球数、例えば単球、好中球、リンパ球のもの、並びに血小板数、ヘモグロビン含有量及びヘマトクリットについて分析した。データを以下の表に提示する。
カニクイザルにおけるISISオリゴヌクレオチドの任意の炎症効果を評価するため、分析のために血液試料を採取した。サルを採血前に一晩絶食させた。約1.5mLの血液をそれぞれの動物から回収し、血清分離のために抗凝固剤を有さないチューブ中に入れた。チューブを室温において少なくとも90分間保持し、次いで室温において3,000rpmにおいて10分間遠心分離して血清を得た。C3レベルを計測してオリゴヌクレオチド処理に起因する任意の補体活性化を評価した。Toshiba 200FR NEO化学分析装置(株式会社東芝、日本)を使用して、肝臓中で合成され、炎症のマーカーとして機能するC反応性タンパク質(CRP)を計測した。結果は、ISIS972190による処理がサルにおけるいかなる炎症も引き起こさなかったことを示す。
異なる臓器中のそれぞれのアンチセンスオリゴヌクレオチドの濃度の定量分析を実施した。オリゴヌクレオチドのほとんどは、肝臓及び腎臓における許容可能な薬物動態プロファイルを有した。
Claims (62)
- 配列番号13〜1941の核酸塩基配列のいずれかの少なくとも8、少なくとも9、少なくとも10、少なくとも11又は少なくとも12個の連続核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する、8〜80個の結合ヌクレオシド長である修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物。
- 8〜80個のヌクレオシド長であり、配列番号13〜1941の核酸塩基配列のいずれか1つを含む核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物。
- 配列番号13〜1941のいずれか1つからなる核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物。
- 配列番号2の核酸塩基配列を有するAPOL1核酸の核酸塩基5849〜5907、5853〜5869、5855〜5873、8145〜8180、8168〜8216、8306〜8321、8320〜8338、8723〜8847、8743〜8760、8829〜8847、8755〜8840、14342〜14390、及び14342〜14370の等しい長さの一部と相補的な少なくとも8個の連続核酸塩基の一部を含む核酸塩基配列を有する、8〜80個の結合ヌクレオシド長の修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物であって、前記修飾オリゴヌクレオチドの前記核酸塩基配列は、配列番号2と相補的である、化合物。
- 配列番号2のヌクレオシド5854〜5869、5855〜5870、8164〜8179、8306〜8321、8321〜8336、8744〜8759、8829〜8844、又は14342〜14357内の相補的な8〜80個の結合ヌクレオシド長である修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物。
- 配列番号1164、13、76、81、1095、1326、1730、及び1925のいずれか1つからなる核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物。
- 配列番号1164、13、76、81、1095、1326、1730、及び1925のいずれか1つを含む核酸塩基配列を有する、8〜80個の結合ヌクレオシド長である修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物。
- 前記オリゴヌクレオチドは、配列番号1に少なくとも80%、85%、90%、95%、又は100%相補的である、請求項1〜7のいずれか一項に記載の化合物。
- 前記修飾オリゴヌクレオチドは、少なくとも1個の修飾ヌクレオシド間結合、少なくとも1個の修飾糖、及び少なくとも1個の修飾核酸塩基から選択される少なくとも1個の修飾を含む、請求項1〜8に記載の化合物。
- 前記修飾ヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合である、請求項9に記載の化合物。
- 前記修飾糖は、二環式糖である、請求項9又は10に記載の化合物。
- 前記二環式糖は、4’−(CH2)−O−2’(LNA)、4’−(CH2)2−O−2’(ENA)、及び4’−CH(CH3)−O−2’(cEt)からなる群から選択される、請求項11に記載の化合物。
- 前記修飾糖は、2’−O−メトキシエチルである、請求項11に記載の化合物。
- 前記修飾核酸塩基は、5−メチルシトシンである、請求項9〜13のいずれか一項に記載の化合物。
- 前記修飾オリゴヌクレオチドは、
結合デオキシヌクレオシドからなるギャップセグメント;
結合ヌクレオシドからなる5’ウイングセグメント;及び
結合ヌクレオシドからなる3’ウイングセグメント
を含み、
前記ギャップセグメントは、前記5’ウイングセグメント及び前記3’ウイングセグメントに直接隣接して且つそれらの間に位置し、それぞれのウイングセグメントのそれぞれのヌクレオシドは、修飾糖を含む、請求項1〜14のいずれか一項に記載の化合物。 - 配列番号1164、13、76、81、1095、1326、1730、及び1925のいずれか1つを含む核酸塩基配列を有する、8〜80個の結合ヌクレオシド長である修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物であって、前記修飾オリゴヌクレオチドは、
結合デオキシヌクレオシドからなるギャップセグメント;
結合ヌクレオシドからなる5’ウイングセグメント;及び
結合ヌクレオシドからなる3’ウイングセグメント
を含み、
前記ギャップセグメントは、前記5’ウイングセグメントと前記3’ウイングセグメントとの間に位置し、それぞれのウイングセグメントのそれぞれのヌクレオシドは、修飾糖を含む、化合物。 - 一本鎖である、請求項1〜16のいずれか一項に記載の化合物。
- 二本鎖である、請求項1〜16のいずれか一項に記載の化合物。
- リボヌクレオチドを含む、請求項1〜18のいずれか一項に記載の化合物。
- デオキシリボヌクレオチドを含む、請求項1〜18のいずれか一項に記載の化合物。
- 前記修飾オリゴヌクレオチドは、10〜30個の結合ヌクレオシドからなる、請求項1〜20のいずれか一項に記載の化合物。
- 前記修飾オリゴヌクレオチドは、12〜30個の結合ヌクレオシドからなる、請求項1〜20のいずれか一項に記載の化合物。
- 前記修飾オリゴヌクレオチドは、15〜30個の結合ヌクレオシドからなる、請求項1〜20のいずれか一項に記載の化合物。
- 配列番号13、1095、1730、76、1326及び81のいずれか1つからなる核酸塩基配列を有する、16個の結合ヌクレオシド長である修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物であって、前記修飾オリゴヌクレオチドは、
10個の結合デオキシヌクレオシドからなるギャップセグメント;
3個の結合ヌクレオシドからなる5’ウイングセグメント;及び
3個の結合ヌクレオシドからなる3’ウイングセグメント
を含み、
前記ギャップセグメントは、前記5’ウイングセグメントと前記3’ウイングセグメントとの間に位置し、前記5’及び3’ウイングセグメントは、cEtヌクレオシドを含み、それぞれのヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエート結合であり、それぞれのシトシンは、5−メチルシトシンである、化合物。 - 配列番号1164及び1925のいずれか1つからなる核酸塩基配列を有する、16個の結合ヌクレオシド長である修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物であって、前記修飾オリゴヌクレオチドは、
9個の結合デオキシヌクレオシドからなるギャップセグメント;
3個の結合ヌクレオシドからなる5’ウイングセグメント;及び
4個の結合ヌクレオシドからなる3’ウイングセグメント
を含み、
前記ギャップセグメントは、前記5’ウイングセグメントと前記3’ウイングセグメントとの間に位置し;前記5’ウイングセグメントは、cEtヌクレオシドを含み;前記3’ウイングセグメントは、5’から3’方向のcEtヌクレオシド、cEtヌクレオシド、cEtヌクレオシド、及び2’−O−メトキシエチルヌクレオシドを含み;それぞれのヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエート結合であり;それぞれのシトシンは、5−メチルシトシンである、化合物。 - 以下の式:Tks Tks Tks Tds Gds Tds Ads Ads Gds Tds Gds mCds Aks Aks mCks mCeによる修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物であって、式中、
A=アデニン、
mC=5−メチルシトシン
G=グアニン、
T=チミン、
e=2’−O−メトキシエチル修飾ヌクレオシド、
k=cEt修飾ヌクレオシド、
d=2’−デオキシヌクレオシド、及び
s=ホスホロチオエートヌクレオシド間結合
である、化合物。 - 前記修飾オリゴヌクレオチドは、塩である、請求項1〜30のいずれか一項に記載の化合物。
- 前記塩は、ナトリウム塩である、請求項27に記載の化合物。
- 修飾オリゴヌクレオチドからなる化合物であって、前記修飾オリゴヌクレオチドは、16個の結合ヌクレオシド長であり、且つ配列番号1164の配列からなり、前記修飾オリゴヌクレオチドは、
9個の結合デオキシヌクレオシドからなるギャップセグメント;
3個の結合ヌクレオシドからなる5’ウイングセグメント;及び
4個の結合ヌクレオシドからなる3’ウイングセグメント
からなり、
前記ギャップセグメントは、前記5’ウイングセグメントと前記3’ウイングセグメントとの間に位置し;前記5’ウイングセグメントは、cEtヌクレオシドからなり;前記3’ウイングセグメントは、5’から3’方向のcEtヌクレオシド、cEtヌクレオシド、cEtヌクレオシド、及び2’−O−メトキシエチルヌクレオシドからなり;それぞれのヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエート結合であり;それぞれのシトシンは、5−メチルシトシンである、化合物。 - 前記オリゴヌクレオチドは、塩である、請求項30に記載の化合物。
- 前記塩は、ナトリウム塩である、請求項31に記載の化合物。
- 請求項1〜32のいずれか一項に記載の化合物のいずれかの薬学的に許容可能な塩からなる化合物。
- 前記薬学的に許容可能な塩は、ナトリウム塩である、請求項33に記載の化合物。
- 前記薬学的に許容可能な塩は、カリウム塩である、請求項33に記載の化合物。
- 請求項1〜35のいずれか一項に記載の化合物及び薬学的に許容可能な担体を含む組成物。
- 治療法において使用される、請求項1〜36のいずれか一項に記載の化合物又は修飾オリゴヌクレオチドを含む組成物。
- 個体におけるAPOL1に関連する疾患を治療、予防、又は改善する方法であって、APOL1に標的化される化合物を前記個体に投与し、それにより前記疾患を治療、予防、又は改善することを含む方法。
- 請求項1〜35のいずれか一項に記載の化合物又は請求項36に記載の組成物を、APOL1に関連する疾患を有するか又は有するリスクがある個体に投与する方法。
- 前記化合物は、APOL1に標的化されるアンチセンス化合物である、請求項39に記載の方法。
- 前記疾患は、巣状分節性糸球体硬化症(FSGS)、虚脱性腎症、CKD、高血圧に起因する腎症、HIV関連腎症、鎌状赤血球腎症、動脈腎硬化症、ループス腎炎、ESKD、及び他の形態のAPOL1関連タンパク尿疾患の1つである、請求項39又は40に記載の方法。
- 前記化合物を投与することは、浮腫、タンパク尿、アルブミン尿、GFR低下、高脂質レベル、高コレステロールレベル、ネフローゼ症候群、高い血圧又は高血圧、腎損傷、糸球体損傷、及び腎不全のいずれか1つを阻害又は低減又は改善する、請求項39〜41のいずれか一項に記載の方法。
- 細胞中でのAPOL1の発現を阻害する方法であって、前記細胞を、APOL1に標的化される化合物と接触させ、それにより前記細胞中でのAPOL1の発現を阻害することを含む方法。
- 前記細胞は、個体の腎臓中にある、請求項43に記載の方法。
- 前記個体は、巣状分節性糸球体硬化症(FSGS)、虚脱性腎症、CKD、高血圧に起因する腎症、HIV関連腎症、鎌状赤血球腎症、動脈腎硬化症、ループス腎炎、ESKD、及び他の形態のAPOL1関連タンパク尿疾患の1つを有するか又は有するリスクがある、請求項44に記載の方法。
- APOL1に関連する疾患を有するか又は有するリスクがある個体における浮腫、タンパク尿、アルブミン尿、GFR低下、高脂質レベル、高コレステロールレベル、ネフローゼ症候群、高い血圧又は高血圧、腎損傷、糸球体損傷、及び腎不全のいずれか1つを低減又は阻害する方法であって、APOL1に標的化される化合物を前記個体に投与し、それにより前記個体における浮腫、タンパク尿、アルブミン尿、GFR低下、高脂質レベル、高コレステロールレベル、ネフローゼ症候群、高い血圧又は高血圧、腎損傷、糸球体損傷、及び腎不全のいずれか1つを低減又は阻害することを含む方法。
- 前記個体は、巣状分節性糸球体硬化症(FSGS)、虚脱性腎症、CKD、高血圧に起因する腎症、HIV関連腎症、鎌状赤血球腎症、動脈腎硬化症、ループス腎炎、ESKD、及び他の形態のAPOL1関連タンパク尿疾患の1つを有するか又は有するリスクがある、請求項46に記載の方法。
- 前記化合物は、APOL1に標的化されるアンチセンス化合物である、請求項43〜47のいずれか一項に記載の方法。
- 前記化合物は、請求項1〜35のいずれか一項に記載の化合物又は請求項36若しくは37に記載の組成物である、請求項39〜48のいずれか一項に記載の方法。
- 前記化合物は、非経口投与される、請求項48又は49に記載の方法。
- APOL1に関連する疾患を治療、予防又は改善するための、APOL1に標的化される化合物の使用。
- 前記疾患は、巣状分節性糸球体硬化症(FSGS)、虚脱性腎症、CKD、高血圧に起因する腎症、HIV関連腎症、鎌状赤血球腎症、動脈腎硬化症、ループス腎炎、ESKD、及び他の形態のAPOL1関連タンパク尿疾患の1つである、請求項51に記載の使用。
- 前記化合物は、APOL1に標的化されるアンチセンス化合物である、請求項51又は52に記載の使用。
- 前記化合物は、請求項1〜35のいずれか一項に記載の化合物又は請求項36若しくは37に記載の組成物である、請求項51〜53のいずれか一項に記載の使用。
- APOL1に関連する疾患を治療、予防又は改善するための医薬品の製造における、APOL1に標的化される化合物の使用。
- 前記疾患は、巣状分節性糸球体硬化症(FSGS)、虚脱性腎症、CKD、高血圧に起因する腎症、HIV関連腎症、鎌状赤血球腎症、動脈腎硬化症、ループス腎炎、ESKD、及び他の形態のAPOL1関連タンパク尿疾患の1つである、請求項55に記載の使用。
- 前記化合物は、APOL1に標的化されるアンチセンス化合物である、請求項55又は56に記載の使用。
- 前記化合物は、請求項1〜35のいずれか一項に記載の化合物又は請求項36若しくは37に記載の組成物である、請求項55〜57のいずれか一項に記載の使用。
- APOL1に関連する疾患を治療、予防又は改善するための医薬品の調製における、APOL1に標的化される化合物の使用。
- 前記疾患は、巣状分節性糸球体硬化症(FSGS)、虚脱性腎症、CKD、高血圧に起因する腎症、HIV関連腎症、鎌状赤血球腎症、動脈腎硬化症、ループス腎炎、ESKD、及び他の形態のAPOL1関連タンパク尿疾患の1つである、請求項59に記載の使用。
- 前記化合物は、APOL1に標的化されるアンチセンス化合物である、請求項59又は60に記載の使用。
- 前記化合物は、請求項1〜35のいずれか一項に記載の化合物又は請求項36若しくは37に記載の組成物である、請求項59〜61のいずれか一項に記載の使用。
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