JP2021524741A - レスポンダ選択および治療の最適化されたｓｉｇｍａ−１アゴニスト方法 - Google Patents

Abstract

本開示は、Ｓｉｇｍａ−１受容体療法に対する対象の応答の変化に関連する遺伝子多型を提供する。神経発達および神経変性疾患および状態の治療などのＳｉｇｍａ−１受容体療法を必要とする対象のために治療を個人化する多型の使用もまた記載される。

Description

関連出願の相互参照
本出願は、２０１８年５月１８日に出願された米国仮特許出願第６２／６７３，３６９号の利益を主張するものであり、その開示全体は、参照により本明細書に組み込まれる。

本発明は、概して、対象がＳｉｇｍａ−１受容体療法に応答性または非応答性であるかを判定する方法に関する。

アルツハイマー病（ＡＤ）は、記憶および他の認知機能の喪失を特徴とし、日常生活活動における干渉をもたらす、進行性神経変性障害である。現在、疾患の進行を変化させることが示されている薬理学的治療の欠如がある。カルシウム恒常性およびミトコンドリア機能の調節因子であるＳｉｇｍａ−１受容体（ＳＩＧＭＡＲ１）は、ＡＤを含む神経変性および神経発達障害または適応症として様々に知られる状態に関連する新しい標的である。ＳＩＧＭＡＲ１活性化は、タウの高リン酸化、神経保護、神経変性、および酸化ストレスを含むＡＤにおける主要な病態生理学的プロセスを低減することが示されている。ＳＩＧＭＡＲ１の活性化はまた、ヒト細胞におけるインビボでのオートファジーフラックスの増加をもたらす。しかしながら、ＡＤ患者集団の遺伝的異質性および治療に対する応答の客観的有効性尺度または予測バイオマーカーの欠如は、治療有効性の重大な制限に寄与する。この異質性は、治療の成功を不明瞭にし得る背景ノイズである。

したがって、Ｓｉｇｍａ−１受容体療法を必要とする患者を治療するための個人化プロトコルを開発するための予測バイオマーカーおよび方法の必要性がある。

本開示の一態様は、Ｓｉｇｍａ−１受容体アゴニスト療法に応答性である対象を選択する方法を包含する。本方法は、対象におけるＳＩＧＭＡＲ１＿Ｑ２Ｐ、ＣＯＭＴ＿Ｌ１４６ｆｓ、ＫＡＮＳＬ１＿Ｐ１０１０Ｌ／Ｐ３０４Ｌ／Ｐ９４６Ｌ、ＤＨＣＲ７＿Ｍ２２０Ｔ、ＨＬＡ−ＤＲＢ１＿Ａ２４４Ｔ、ＨＬＡ−ＤＲＢ１＿Ｓ６６Ｙ、ＨＬＡ−ＤＲＢ１＿Ｙ８９Ｓ、ＭＳ４Ａ６Ｅ＿Ｍ５９Ｔ、ＲＩＮ３＿Ｈ２１５Ｒ、ＤＰＹＤ＿ｌ５４３Ｖ、およびこれらの組み合わせからなる群から選択される少なくとも１つの多型の存在を判定する対象からの生体試料の試験の結果を得ること、または得ていることを含む。本方法は、多型が対象に存在する場合、対象をＳｉｇｍａ−１受容体アゴニスト療法に非応答性として除外することをさらに含む。

本開示の別の態様は、Ｓｉｇｍａ−１受容体アゴニスト療法に応答性である対象を選択する方法を包含する。本方法は、多型を含む遺伝子座を配列決定することによって、少なくとも１つの多型が対象から得られる生体試料において遺伝子座に存在するかを検出すること、または検出していることを含む。本方法は、多型が対象に存在する場合、対象をＳｉｇｍａ−１受容体アゴニスト療法に非応答性として除外することをさらに含む。少なくとも１つの多型は、ＳＩＧＭＡＲ１＿Ｑ２Ｐ、ＣＯＭＴ＿Ｌ１４６ｆｓ、ＫＡＮＳＬ１＿Ｐ１０１０Ｌ／Ｐ３０４Ｌ／Ｐ９４６Ｌ、ＤＨＣＲ７＿Ｍ２２０Ｔ、ＨＬＡ−ＤＲＢ１＿Ａ２４４Ｔ、ＨＬＡ−ＤＲＢ１＿Ｓ６６Ｙ、ＨＬＡ−ＤＲＢ１＿Ｙ８９Ｓ、ＭＳ４Ａ６Ｅ＿Ｍ５９Ｔ、ＲＩＮ３＿Ｈ２１５Ｒ、ＤＰＹＤ＿ｌ５４３Ｖ、およびこれらの組み合わせからなる群から選択される。

本開示のさらに別の態様は、Ｓｉｇｍａ−１受容体アゴニスト療法に応答性である対象を選択する方法を包含する。本方法は、ＳＩＧＭＡＲ１、ＣＯＭＴ、ＫＡＮＳＬ１、ＤＨＣＲ７、ＨＬＡ−ＤＲＢ１、ＭＳ４Ａ６Ｅ、ＲＩＮ３、ＤＰＹＤ、およびこれらの組み合わせからなる群から選択される少なくとも遺伝子によってコードされるＲＮＡの発現のレベルを判定する、対象からの生体試料の試験の結果を得ること、または得ていることと、試験試料におけるＲＮＡのレベルを、Ｓｉｇｍａ−１受容体療法に応答性である対象におけるＲＮＡのレベルと比較することと、を含む。Ｓｉｇｍａ−１受容体療法に応答性である対象におけるＲＮＡのレベルと実質的に類似する試験試料におけるＲＮＡのレベルは、Ｓｉｇｍａ−１受容体療法に応答性である対象を識別する。

本開示の別の態様は、Ｓｉｇｍａ−１受容体アゴニスト療法に応答性である対象を選択する方法を包含する。本方法は、ＳＩＧＭＡＲ１、ＣＯＭＴ、ＫＡＮＳＬ１、ＤＨＣＲ７、ＨＬＡ−ＤＲＢ１、ＭＳ４Ａ６Ｅ、ＲＩＮ３、ＤＰＹＤ、およびこれらの組み合わせからなる群から選択される少なくとも遺伝子によってコードされるＲＮＡの発現のレベルを判定すること、または判定していることを含む。本方法はまた、試験試料におけるＲＮＡのレベルがＳｉｇｍａ−１受容体療法に応答性である対象におけるＲＮＡのレベルとは実質的に異なる場合、対象をＳｉｇｍａ−１受容体アゴニスト療法に非応答性として除外することを含む。

本開示の一態様は、Ｓｉｇｍａ−１受容体アゴニスト療法を必要とする対象を治療する方法を包含する。本方法は、対象におけるＳＩＧＭＡＲ１＿Ｑ２Ｐ、ＣＯＭＴ＿Ｌ１４６ｆｓ、ＫＡＮＳＬ１＿Ｐ１０１０Ｌ／Ｐ３０４Ｌ／Ｐ９４６Ｌ、ＤＨＣＲ７＿Ｍ２２０Ｔ、ＨＬＡ−ＤＲＢ１＿Ａ２４４Ｔ、ＨＬＡ−ＤＲＢ１＿Ｓ６６Ｙ、ＨＬＡ−ＤＲＢ１＿Ｙ８９Ｓ、ＭＳ４Ａ６Ｅ＿Ｍ５９Ｔ、ＲＩＮ３＿Ｈ２１５Ｒ、ＤＰＹＤ＿ｌ５４３Ｖ、およびこれらの組み合わせからなる群から選択される少なくとも１つの多型の存在を検出する対象からの生体試料の試験の結果を得ること、または得ていることを含む。本方法はまた、多型が対象に存在しない場合、治療有効量のＳｉｇｍａ−１受容体アゴニストを対象に投与することを含む。

本開示の別の態様は、Ｓｉｇｍａ−１受容体アゴニスト療法を必要とする対象を治療する方法を包含する。本方法は、ＳＩＧＭＡＲ１、ＣＯＭＴ、ＫＡＮＳＬ１、ＤＨＣＲ７、ＨＬＡ−ＤＲＢ１、ＭＳ４Ａ６Ｅ、ＲＩＮ３、ＤＰＹＤ、およびこれらの組み合わせからなる群から選択される少なくとも遺伝子によってコードされるＲＮＡの発現のレベルを判定する、対象からの生体試料の試験の結果を得ること、または得ていることを含む。本方法は、試験試料におけるＲＮＡのレベルを、Ｓｉｇｍａ−１受容体療法に応答性である対象におけるＲＮＡのレベルと比較することと、試験試料におけるＲＮＡのレベルがＳｉｇｍａ−１受容体療法に応答性である対象におけるＲＮＡのレベルと実質的に類似する場合、治療有効量のＳｉｇｍａ−１受容体アゴニストを対象に投与することと、をさらに含む。

本開示のさらに別の態様は、対象におけるＳｉｇｍａ−１受容体療法に対する応答に関連する多型の存在を検出する方法を包含する。本方法は、対象から生体試料を得ること、または得ていることと、多型を含む遺伝子座の配列を評価することによって、生体試料において多型を検出することと、を含む。少なくとも１つの多型は、対象におけるＳＩＧＭＡＲ１＿Ｑ２Ｐ、ＣＯＭＴ＿Ｌ１４６ｆｓ、ＫＡＮＳＬ１＿Ｐ１０１０Ｌ／Ｐ３０４Ｌ／Ｐ９４６Ｌ、ＤＨＣＲ７＿Ｍ２２０Ｔ、ＨＬＡ−ＤＲＢ１＿Ａ２４４Ｔ、ＨＬＡ−ＤＲＢ１＿Ｓ６６Ｙ、ＨＬＡ−ＤＲＢ１＿Ｙ８９Ｓ、ＭＳ４Ａ６Ｅ＿Ｍ５９Ｔ、ＲＩＮ３＿Ｈ２１５Ｒ、ＤＰＹＤ＿ｌ５４３Ｖ、およびこれらの組み合わせからなる群から選択される。

色図形の参照
出願ファイルは、カラーで実行された少なくとも１枚の写真を含有する。カラー写真を有する本特許出願公開の写しは、申請および必要な手数料の支払い後に特許庁によって提供される。

図１は試験設計、データ利用可能性、および分析方法の例示的な概要である。（ａ）２つのパート：５週間にわたるパートＡおよび５２週間にわたるパートＢを含む連続臨床試験（５７週間試験）、ならびに累積２６５週間となる初期試験直後に計画された２０８週間にわたる２０８週間試験延長試験の要約である。 （ｂ）統合データソースの要約である。 （ｃ）ＡＮＡＶＥＸ２−７３濃度の２つの群をモデル化するために試験に適用される２つの分析ステップ１）５７週目での応答の目的変数なしのＦＣＡルールに基づく分析、２）５７週目で見出されるマーカーを組み込む１４８週間にわたる応答の混合効果モデリングを使用する縦断的確認に組み込まれる患者記述子の数の説明である。 図２はＡＮＡＶＥＸ２−７３およびＡＮＡＶＥＸ１９−１４４の投与量および血漿濃度の概略図である。（ａ）２つの可能な用量が無作為に割り当てられたＩＶまたは経口投与のいずれかで開始する、単一用量レジメンが各期間（静脈内（ＩＶ）または経口で（経口））与えられる、８つの可能な投与スキームを含む用量投与クロスオーバ設計である。 （ｂ）異なる無作為化投与量での５７週間試験パートＡにおける最初の投与（試験の最初の２４時間）後のＡＮＡＶＥＸ２−７３の０〜無限（ＡＵＣ０−ｉｎｆ）の曲線下面積である薬物動態パラメータである。 （ｃ）血漿中のＡＮＡＶＥＸ２−７３の平均濃度群のボックスプロットである。 ＶｉｓｔａＰＤＢ １．０ソフトウェアを使用して可視化されたＳＩＧＭＡＲ１の３Ｄ結晶構造である。 １４８週間にわたるベースラインからのＭＭＳＥおよびＡＤＣＳ−ＡＤＬ変化のＭＭＲＭ−ＬＭＥモデルを示すプロットである。（ａ）調整されたデルタＭＭＳＥに対する時間（週間）での高濃度（緑）コホート対低および中濃度患者コホート（赤紫）についてのＭＭＲＭ−ＬＭＥ調整スロープである。集団レベルの残留物での平均調整値を、各時点（点線）でプロットした。（ｂ）調整されたデルタＭＭＳＥに対する時間（週間）での高濃度（緑）コホート対低および中濃度患者コホート（赤紫）についてのＭＭＲＭ−ＬＭＥ調整スロープである。集団レベルの残留物での平均調整値を、各時点（点線）でプロットした。 １４８週間にわたるデルタＡＤＣＳ−ＡＤＬの未調整値のプロットである。プロットは、バイオマーカーステータス（不在または存在）に応じた２０８週間試験における患者、および標準治療が与えられた患者のサブグループの中間１４８週間を通したデルタＡＤＣＳ−ＡＤＬスコアの（未調整）平均軌跡を提示する。２０８週間試験における患者のサブグループは、識別されたバイオマーカーおよびベースライン基準特性に応じたプロット（青、緑、オレンジ、ピンク、紫、およびターコイズ）で表される。 併用試験の１４８週間にわたる縦断的デルタＭＭＳＥおよびデルタＡＤＣＳ−ＡＤＬを示す治療応答を示すプロットである。（ａ）および（ｂ）に提示される患者は、ＳＩＧＭＡＲ１遺伝子野生型、パートＢにおける血漿中のＡＮＡＶＥＸ２−７３の平均高濃度レベル、およびベースラインＭＭＳＥ≧２０を有する。 併用試験の１４８週間にわたる縦断的デルタＭＭＳＥおよびデルタＡＤＣＳ−ＡＤＬを示す治療応答を示すプロットである。（ａ）および（ｂ）に提示される患者は、ＳＩＧＭＡＲ１遺伝子野生型、パートＢにおける血漿中のＡＮＡＶＥＸ２−７３の平均高濃度レベル、およびベースラインＭＭＳＥ≧２０を有する。 ＳＩＧＭＡＲ１ Ｐｒｏ２変異の存在が、ＭＭＳＥ（ａ）およびＡＤＣＳ−ＡＤＬデルタ（ｂ）の両方によって測定される、ｓｉｇｍａ−１アゴニストに対する応答不良と関連していることを示すプロットである。 ＳＩＧＭＡＲ１ Ｐｒｏ２変異の存在が、ＭＭＳＥ（ａ）およびＡＤＣＳ−ＡＤＬデルタ（ｂ）の両方によって測定される、ｓｉｇｍａ−１アゴニストに対する応答不良と関連していることを示すプロットである （ａ）フレームシフトＣＯＭＴ Ｌｅｕ１４６変異が、ベースライン（ＢＬ）からの高いＡＤＣＳ−ＡＤＬデルタと強く関連していることを示すプロットである。（ｂ）ＫＡＮＳＬ１ Ｐｒｏ３０４／９４６／１０１０変異の不在が、ＢＬからの高いＡＤＣＳ−ＡＤＬデルタと強く関連していることを示すプロットである。（ｃ）ＳＩＧＭＡＲ１ Ｐｒｏ２変異の不在が、ＢＬからの高いＡＤＣＳ−ＡＤＬデルタと強く関連していることを示すプロットである。（ｄ）フレームシフトＣＯＭＴ Ｌｅｕ１４６変異の不在が、ＢＬからの高いＭＭＳＥデルタと強く関連していることを示すプロットである。（ｅ）ＫＡＮＳＬ１ Ｐｒｏ３０４／９４６／１０１０変異の不在が、ＢＬからの高いＭＭＳＥデルタと強く関連していることを示すプロットである。（ｆ）ＳＩＧＭＡＲ１ Ｐｒｏ２変異の不在が、ＢＬからの高いＭＭＳＥデルタと強く関連していることを示すプロットである。 高いＳＩＧＭＡＲ１ ＲＮＡ発現が、ＢＬからの高いＡＤＣＳ−ＡＤＬスロープ値と強く関連していることを示すプロットである（改善）。分析は、全患者（Ｎ＝２１）の１００％のデータを含む。ＴＰＭとは、百万分の１キロベース当たりの転写産物を意味する。

本開示は、対象がＳｉｇｍａ−１受容体療法に応答性または非応答性であるかを判定する方法の発見に部分的に基づいている。本方法は、Ｓｉｇｍａ−１受容体療法に対する応答の変化に関連する多型の存在を検出することを含み得る。本方法はまた、Ｓｉｇｍａ−１受容体療法に対する応答の変化に関連する遺伝子によってコードされるＲＮＡの発現のレベルを判定することを含み得る。本方法は、Ｓｉｇｍａ−１受容体療法を必要とする対象について治療を最適化するために使用することができる。療法に対する対象の予測される応答性に基づいて、個人化された治療を各対象に提供することができる。例えば、応答性である対象は、Ｓｉｇｍａ−１受容体アゴニストを使用する治療について選択され得るが、非応答性である対象は、疾患発生プロセスの初期および／または治療が開始される前でも、代替の、より適切な治療レジメンが提供され得る。これは、対象が治療期間の延長後に応答性または非応答性であると判定される現行の方法とは対照的である。多型、多型を識別する方法、および多型を使用する方法を以下に記載する。

Ｉ．Ｓｉｇｍａ−１受容体療法に対する対象の応答に関連する多型
本発明の一態様は、Ｓｉｇｍａ−１受容体療法を使用する治療に対する治療応答の低減を予測する遺伝子多型を包含する。目的の多型は、多型がＳｉｇｍａ−１受容体療法に対する対象のポジティブな応答に関連付けられることを条件として、対象におけるゲノム中の任意の遺伝子座にあり得る。例えば、多型は、ミトコンドリアＤＮＡを含む、対象のゲノムのコード領域または非コード領域にあり得る。多型は、遺伝子または遺伝子座における挿入、欠失、または単一ヌクレオチド多型（ＳＮＰ）から生じ得る。

いくつかの態様において、Ｓｉｇｍａ−１受容体療法に対する応答に関連する多型は、ＳＩＧＭＡＲ１、ＣＯＭＴ、ＫＡＮＳＬ１、ＤＨＣＲ７、ＨＬＡ−ＤＲＢ１、ＭＳ４Ａ６Ｅ、ＲＩＮ３、ＧＡＭＴ、ＩＬ１０、ＭＴＵＳ１、ＰＰＡＲＧ、およびこれらの組み合わせから選択される遺伝子にある。一態様において、多型は、ＳＩＧＭＡＲ１、ＣＯＭＴ、ＫＡＮＳＬ１、ＤＨＣＲ７、ＨＬＡ−ＤＲＢ１、ＭＳ４Ａ６Ｅ、ＲＩＮ３、およびこれらの組み合わせから選択される遺伝子にある。別の態様において、多型は、ＳＩＧＭＡＲ１、ＣＯＭＴ、ＫＡＮＳＬ１、およびこれらの組み合わせから選択される遺伝子にある。

いくつかの態様において、Ｓｉｇｍａ−１受容体療法に対する応答に関連する多型は、ＳＩＧＭＡＲ１＿Ｑ２Ｐ、ＣＯＭＴ＿Ｌ１４６ｆｓ、ＣＯＭＴ＿Ｌ１４６ｆｓ、ＫＡＮＳＬ１＿Ｐ１０１０Ｌ／Ｐ３０４Ｌ／Ｐ９４６Ｌ、ＤＨＣＲ７＿Ｍ２２０Ｔ、ＨＬＡ−ＤＲＢ１＿Ａ２４４Ｔ、ＨＬＡ−ＤＲＢ１＿Ｓ６６Ｙ、ＨＬＡ−ＤＲＢ１＿Ｙ８９Ｓ、ＭＳ４Ａ６Ｅ＿Ｍ５９Ｔ、ＲＩＮ３＿Ｈ２１５Ｒ、ＤＰＹＤ＿ｌ５４３Ｖ、またはこれらの組み合わせからなる群から選択される。表Ａは、これらの多型を詳細に示す。

一態様において、Ｓｉｇｍａ−１受容体療法に対する応答に関連する多型は、ＳＩＧＭＡＲ１＿Ｑ２Ｐ、ＣＯＭＴ＿Ｌ１４６ｆｓ（ｒｓ１１３８９５３３２／ｒｓ６１１４３２０３）、ＫＡＮＳＬ１＿Ｐ１０１０Ｌ／Ｐ３０４Ｌ／Ｐ９４６Ｌ、およびこれらの組み合わせからなる群から選択される。別の態様において、Ｓｉｇｍａ−１受容体療法に対する応答に関連する多型は、ＳＩＧＭＡＲ１＿Ｑ２Ｐ、ＣＯＭＴ＿Ｌ１４６ｆｓ（ｒｓ１１３８９５３３２またはｒｓ６１１４３２０３）、ＫＡＮＳＬ１＿Ｐ１０１０Ｌ／Ｐ３０４Ｌ／Ｐ９４６Ｌ、およびこれらの組み合わせからなる群から選択される。さらに別の態様において、Ｓｉｇｍａ−１受容体療法に対する応答に関連する多型は、ＳＩＧＭＡＲ１＿Ｑ２Ｐである。一態様において、Ｓｉｇｍａ−１受容体療法に対する応答に関連する多型は、ＣＯＭＴ＿Ｌ１４６ｆｓ（ｒｓ１１３８９５３３２またはｒｓ６１１４３２０３）である。別の態様において、Ｓｉｇｍａ−１受容体療法に対する応答に関連する多型は、ＫＡＮＳＬ１＿Ｐ１０１０Ｌ／Ｐ３０４Ｌ／Ｐ９４６Ｌである。

ＩＩ．Ｓｉｇｍａ−１受容体療法に対する対象の応答性を判定する方法
本発明の別の態様は、対象がＳｉｇｍａ−１受容体療法に応答性または非応答性であるかを判定する方法を提供する。本方法は、Ｓｉｇｍａ−１受容体療法に対する応答の変化に関連する多型の存在を検出することを含み得る。本方法はまた、Ｓｉｇｍａ−１受容体療法に対する応答の変化に関連する少なくとも１つの遺伝子によってコードされるＲＮＡの発現のレベルを判定することを含み得る。

一態様において、本方法は、Ｓｉｇｍａ−１受容体療法に対する応答の変化に関連する少なくとも１つの多型の存在を検出することを含む。少なくとも１つの多型の存在は、Ｓｉｇｍａ−１受容体療法に応答性である対象を識別する。多型および多型を含む遺伝子は、セクションＩに記載される通りである。

１つ以上の多型の存在が検出され得る。例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、またはそれ以上の多型の存在が検出され得る。いくつかの態様において、１、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０個の多型の存在が検出され得る。他の態様において、１、２、３、４、または５個の多型の存在が検出され得る。さらに他の態様において、１、２、または３個の多型の存在が検出され得る。

多型の存在または不在は、対象における核酸配列を評価することによって検出され得る。代替的に、多型の存在または不在は、多型を含む遺伝子または遺伝子座からの核酸またはタンパク質の発現を評価することによって検出され得る。

いくつかの態様において、多型の存在または不在は、多型を含む遺伝子座での多型の存在について核酸配列を評価することによって検出され得る。核酸配列は、多型を含む遺伝子座から発現されるＤＮＡまたはＲＮＡ配列であり得る。多型の検出に好適な方法は、当該技術分野で周知である。例えば、方法は、ショットガン配列決定、ブリッジＰＣＲ、ハイスループット法、対立遺伝子特異的リアルタイムＰＣＲ、５’−ヌクレアーゼアッセイ、鋳型指向性ダイターミネーター組み込み、分子ビーコン対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチドアッセイ、フラップヌクレアーゼでの侵襲的切断を用いるアッセイ、対立遺伝子特異的ハイブリダイゼーション（ＡＳＨ）、アレイベースハイブリダイゼーション、対立遺伝子特異的ライゲーション、プライマー伸長、単一塩基伸長（ＳＢＥ）アッセイ、配列決定、ピロリン酸配列決定、リアルタイムピロリン酸配列決定、配列長多型分析、制限長断片多型（ＲＦＬＰ）、ＲＦＬＰ−ＰＣＲ、一本鎖立体構造多型（ＳＳＣＰ）、ＰＣＲ−ＳＳＣＰ、断片サイジングキャピラリー電気泳動、ヘテロ二本鎖分析、および質量アレイシステムを含む。増幅配列の分析は、マイクロチップ、蛍光偏光アッセイ、およびマトリックス支援レーザー脱離イオン化（ＭＡＬＤＩ）質量分析などの様々な技術を使用して行われ得る。ハイスループット配列決定方法としては、大規模並列シグネチャ配列決定（ＭＰＳＳ）、ポロニー配列決定、４５４パイロシーケンシング、イルミナ（Ｓｏｌｅｘａ）配列決定、コンビナトリアルプローブアンカー合成（ｃＰＡＳ）、ＳＯＬｉＤ配列決定、イオントレント半導体配列決定、ＤＮＡナノボール配列決定、ヘリスコープ単一分子配列決定、単一分子リアルタイム（ＳＭＲＴ）配列決定、ナノポアＤＮＡ配列決定、トンネル電流ＤＮＡ配列決定、ハイブリダイゼーションによる配列決定、質量分析による配列決定、マイクロ流体サンガー配列決定、顕微鏡ベースの技法、ＲＮＡＰ配列決定、およびインビトロウイルスハイスループット配列決定が挙げられる。

別の態様において、本方法は、Ｓｉｇｍａ−１受容体療法に対する応答の変化に関連する少なくとも１つの遺伝子によってコードされるＲＮＡの発現のレベルを判定することを含む。本方法によれば、Ｓｉｇｍａ−１受容体療法に応答性である対象におけるＲＮＡのレベルと実質的に類似するＲＮＡのレベルは、Ｓｉｇｍａ−１受容体療法に応答性である対象を識別する。Ｓｉｇｍａ−１受容体療法に対する応答の変化に関連する遺伝子は、ＳＩＧＭＡＲ１、ＣＯＭＴ、ＫＡＮＳＬ１、ＤＨＣＲ７、ＨＬＡ−ＤＲＢ１、ＭＳ４Ａ６Ｅ、ＲＩＮ３、ＤＰＹＤ、およびこれらの組み合わせからなる群から選択される。

例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、またはそれ以上の遺伝子によってコードされるＲＮＡの発現のレベルを検出することができる。いくつかの態様において、１、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０個の遺伝子によってコードされるＲＮＡの発現のレベルを検出することができる。他の態様において、１、２、３、４、または５個の遺伝子によってコードされるＲＮＡの発現のレベルを検出することができる。さらに他の態様において、１、２、または３個の遺伝子によってコードされるＲＮＡの発現のレベルを検出することができる。

ＲＮＡ発現のレベルを測定することは、ノーザンブロット、定量リアルタイムＰＣＲ（ｑＲＴ−ＰＣＲ）、核酸マイクロアレイ、ルミネックスマイクロスフェア、およびヌクレアーゼ保護アッセイを含む様々な方法によって達成され得る。実質的に異なるレベルのＲＮＡ発現を判定する方法は、当該技術分野で知られており、分布分析を含む。いくつかの態様において、実質的に異なるレベルのＲＮＡ発現は、ＲＮＡ発現値を百万分の１キロベース当たりの転写産物（ＴＰＭ）として正規化することによって判定される。

他の態様において、対象がＳｉｇｍａ−１受容体療法に応答性または非応答性であるかを判定することは、多型を含む遺伝子から発現されるタンパク質のレベルを測定することによって検出され得る。タンパク質発現を測定する方法としては、高速液体クロマトグラフィー（ＨＰＬＣ）、液体クロマトグラフィー−質量分析（ＬＣ／ＭＳ）、酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）、タンパク質免疫沈降、免疫電気泳動、ウェスタンブロット、およびタンパク質免疫染色などの様々な方法が挙げられる。

対象がＳｉｇｍａ−１受容体療法に応答性または非応答性であるかを判定することは、対象においてインビボまたはインビトロで検出され得る。典型的には、Ｓｉｇｍａ−１受容体療法に対する対象の応答性は、対象から得られる生体試料においてインビトロで核酸またはタンパク質を分析することによって得ることができる。核酸またはタンパク質は、当該技術分野で一般に知られている方法を使用して、生体試料から単離され得る。詳細については、Ａｕｓｕｂｅｌ ｅｔ ａｌ．，２００３、またはＳａｍｂｒｏｏｋ＆Ｒｕｓｓｅｌｌ，２００１を参照されたい。生体試料から核酸を単離するために、市販の核酸およびタンパク質抽出キットまたは市販の抽出試薬が使用され得る。

好適な生体試料の非限定的な例としては、流体試料、生検試料、皮膚試料、および毛髪試料が挙げられる。流体試料は、血液、血清、唾液、涙液、およびリンパ液を含み得る。いくつかの態様において、生体試料は、血液である。対象から生体試料を収集する方法は、当該技術分野で周知である。

いくつかの態様において、対象がＳｉｇｍａ−１受容体療法に応答性または非応答性であるかを判定する方法は、少なくとも１つの多型の存在を判定する、対象からの生体試料の試験の結果を得ることを含む。他の態様において、Ｓｉｇｍａ−１受容体療法に対する対象の応答性を判定する方法は、多型を含む遺伝子座を配列決定することによって、少なくとも１つの多型が対象から得られる生体試料において遺伝子座に存在するかを検出することを含む。さらに他の態様において、対象がＳｉｇｍａ−１受容体療法に応答性または非応答性であるかを判定する方法は、Ｓｉｇｍａ−１受容体療法に対する応答の変化に関連する遺伝子によってコードされる少なくとも１つのＲＮＡのレベルを判定する、対象からの生体試料の試験の結果を得ることを含む。他の態様において、Ｓｉｇｍａ−１受容体療法に対する対象の応答性を判定する方法は、Ｓｉｇｍａ−１受容体療法に対する応答の変化に関連する遺伝子によってコードされる少なくとも１つのＲＮＡの発現のレベルを判定することによって、少なくとも１つの多型が対象から得られる生体試料において遺伝子座に存在するかを検出することを含む。

ＩＩＩ．使用方法
本方法は、Ｓｉｇｍａ−１受容体アゴニスト療法を必要とする対象について治療を最適化するために使用することができる。例えば、本方法は、対象の治療プロトコルを開始する前に、Ｓｉｇｍａ−１受容体療法に応答性である対象を選択するために使用することができる。逆に、本方法は、対象がＳｉｇｍａ−１受容体療法に非応答性であることが見出される場合、治療前に、対象を除外するために使用することができる。多型は、Ｓｉｇｍａ−１受容体アゴニストで治療される場合、治療前に、対象が毒性を発生するかを判定するために使用することができる。加えて、本方法は、Ｓｉｇｍａ−１受容体アゴニストでの治療が対象において中止されるべきか、またはいつ中止されるべきかを判定するために使用することができる。加えて、本方法は、物質中止治療に対する対象の応答を評価する際に使用することができる。

本方法は、対象における多型の存在を検出することと、対象がＳｉｇｍａ−１受容体療法の候補であるかを判定することと、を含む。本方法はまた、Ｓｉｇｍａ−１受容体療法に対する応答の変化に関連する１つ以上の遺伝子からのＲＮＡの発現のレベルを判定することを含み得る。多型、Ｓｉｇｍａ−１受容体療法に対する応答の変化に関連する遺伝子、多型を検出する方法、およびＲＮＡ発現のレベルを判定する方法は、セクションＩに記載される通りであり得、多型を検出する方法は、セクションＩＩに記載される通りであり得る。

本明細書で使用される場合、「応答性」という用語は、Ｓｉｇｍａ−１受容体アゴニストで治療される場合、ポジティブな転帰を経験する任意の対象を説明するために使用され得る。Ｓｉｇｍａ−１受容体療法に対する対象の応答性を判定する方法は、他の変数の中で、状態または疾患、対象、治療プロトコルに応じて様々であり得、様々であり、実験的に判定され得る。応答性は、疾患または状態について当業者によって適切とみなされる任意の時点で判定され得る。例えば、治療転帰は、治療の開始後約５７週間、約１４８週間、または約２０８週間で判定され得る。

治療がアルツハイマー病（ＡＤ）のために使用される場合、ポジティブな転帰は、デルタまたはスロープＭＭＳＥ（ミニメンタルステート検査）またはＡＤＣＳ−ＡＤＬ（アルツハイマー病共同試験−日常生活動作）によって測定される通りであり得る。応答性対象は、正または無のＭＭＳＥおよび／またはＡＤＣＳ−ＡＳＬスロープを有することによって特徴付けられるが、非応答性対象は、負ＭＭＳＥおよび／またはＡＤＣＳ−ＡＳＬスロープを有することによって特徴付けられる。応答性対象はまた、高いＭＭＳＥおよび／またはＡＤＣＳ−ＡＳＬデルタを有することによって特徴付けられるが、非応答性対象は、低いＭＭＳＥおよび／またはＡＤＣＳ−ＡＳＬデルタを有することによって特徴付けられる。低いＭＭＳＥデルタは、約−９〜約−６、約−６〜約−２、または約−９〜約−２の範囲であり得るが、高いＭＭＳＥデルタは、約−６〜−２、または約−２〜約６の範囲であり得る。デルタまたはスロープＭＭＳＥまたはＡＤＣＳ−ＡＤＬを判定する方法は、本明細書において例に記載される通りであり得る。

いくつかの態様において、本方法は、Ｓｉｇｍａ−１受容体アゴニスト療法に応答性である対象を選択するために使用される。本方法は、少なくとも１つの多型の存在を判定する対象からの生体試料の試験の結果を得ることと、多型が対象に存在する場合、対象をＳｉｇｍａ−１受容体アゴニスト療法に非応答性として除外することと、を含む。代替的に、多型が対象に存在する場合、対象は、療法に応答性として含まれ得る。一態様において、多型は、ＳＩＧＭＡＲ１＿Ｑ２Ｐ、ＣＯＭＴ＿Ｌ１４６ｆｓ、ＫＡＮＳＬ１＿Ｐ１０１０Ｌ／Ｐ３０４Ｌ／Ｐ９４６Ｌ、ＤＨＣＲ７＿Ｍ２２０Ｔ、ＨＬＡ−ＤＲＢ１＿Ａ２４４Ｔ、ＨＬＡ−ＤＲＢ１＿Ｓ６６Ｙ、ＨＬＡ−ＤＲＢ１＿Ｙ８９Ｓ、ＭＳ４Ａ６Ｅ＿Ｍ５９Ｔ、ＲＩＮ３＿Ｈ２１５Ｒ、ＤＰＹＤ＿ｌ５４３Ｖ、およびこれらの組み合わせからなる群から選択される。別の態様において、多型は、ＳＩＧＭＡＲ１＿Ｑ２Ｐ、ＣＯＭＴ＿Ｌ１４６ｆｓ、ＣＯＭＴ＿Ｌ１４６ｆｓ、ＫＡＮＳＬ１＿Ｐ１０１０Ｌ／Ｐ３０４Ｌ／Ｐ９４６Ｌ、およびこれらの組み合わせからなる群から選択される。多型の存在は、核酸配列を評価することによって得ることができる。

他の態様において、本方法は、Ｓｉｇｍａ−１受容体アゴニスト療法に応答性である対象を選択するために使用される。本方法は、多型を含む遺伝子座を配列決定することによって、少なくとも１つの多型が対象から得られる生体試料において遺伝子座に存在するかを検出することと、多型が対象に存在する場合、対象をＳｉｇｍａ−１受容体アゴニスト療法に非応答性として除外することと、を含む。代替的に、多型が対象に存在する場合、対象は、療法に応答性として含まれ得る。一態様において、多型は、ＳＩＧＭＡＲ１＿Ｑ２Ｐ、ＣＯＭＴ＿Ｌ１４６ｆｓ、ＫＡＮＳＬ１＿Ｐ１０１０Ｌ／Ｐ３０４Ｌ／Ｐ９４６Ｌ、ＤＨＣＲ７＿Ｍ２２０Ｔ、ＨＬＡ−ＤＲＢ１＿Ａ２４４Ｔ、ＨＬＡ−ＤＲＢ１＿Ｓ６６Ｙ、ＨＬＡ−ＤＲＢ１＿Ｙ８９Ｓ、ＭＳ４Ａ６Ｅ＿Ｍ５９Ｔ、ＲＩＮ３＿Ｈ２１５Ｒ、ＤＰＹＤ＿ｌ５４３Ｖ、およびこれらの組み合わせからなる群から選択される。別の態様において、多型は、ＳＩＧＭＡＲ１＿Ｑ２Ｐ、ＣＯＭＴ＿Ｌ１４６ｆｓ、およびこれらの組み合わせからなる群から選択される。多型の存在は、核酸配列を評価することによって検出することができる。

他の態様において、本方法は、Ｓｉｇｍａ−１受容体アゴニスト療法に応答性である対象を選択するために使用される。本方法は、ＳＩＧＭＡＲ１、ＣＯＭＴ、ＫＡＮＳＬ１、ＤＨＣＲ７、ＨＬＡ−ＤＲＢ１、ＭＳ４Ａ６Ｅ、ＲＩＮ３、およびこれらの組み合わせからなる群から選択される少なくとも１つの遺伝子によってコードされるＲＮＡの発現のレベルを判定する、対象からの生体試料の試験の結果を得ることと、ＲＮＡのレベルが、Ｓｉｇｍａ−１受容体療法に応答性である対象におけるＲＮＡのレベルとは実質的に異なる場合、対象をＳｉｇｍａ−１受容体アゴニスト療法に非応答性として除外することと、を含む。代替的に、ＲＮＡのレベルがＳｉｇｍａ−１受容体療法に応答性である対象におけるＲＮＡのレベルと実質的に類似する場合、対象は、療法に応答性として含むことができる。一態様において、ＳＩＧＭＡＲ１、ＣＯＭＴ、ＫＡＮＳＬ１、およびこれらの組み合わせからなる群から選択される遺伝子によってコードされるＲＮＡの発現のレベルが判定される。

いくつかの態様において、本方法は、Ｓｉｇｍａ−１受容体アゴニスト療法に応答性である対象を選択するために使用される。本方法は、ＳＩＧＭＡＲ１、ＣＯＭＴ、ＫＡＮＳＬ１、ＤＨＣＲ７、ＨＬＡ−ＤＲＢ１、ＭＳ４Ａ６Ｅ、ＲＩＮ３、およびこれらの組み合わせからなる群から選択される少なくとも１つの遺伝子によってコードされるＲＮＡの発現のレベルを判定する、対象からの生体試料の試験においてＲＮＡ発現を検出することを含む。本方法は、ＲＮＡのレベルがＳｉｇｍａ−１受容体療法に応答性である対象におけるＲＮＡのレベルとは実質的に異なる場合、対象をＳｉｇｍａ−１受容体アゴニスト療法に非応答性として除外することを含む。代替的に、本方法は、ＲＮＡのレベルがＳｉｇｍａ−１受容体療法に応答性である対象におけるＲＮＡのレベルと実質的に類似する場合、対象をＳｉｇｍａ−１受容体アゴニスト療法に応答性として識別することを含む。一態様において、ＳＩＧＭＡＲ１、ＣＯＭＴ、ＫＡＮＳＬ１、およびこれらの組み合わせからなる群から選択される遺伝子によってコードされるＲＮＡの発現のレベルが判定される。

いくつかの態様において、本方法は、Ｓｉｇｍａ−１受容体アゴニスト療法を必要とする対象を治療するために使用される。本方法は、少なくとも１つの多型の存在を判定する、対象からの生体試料の試験の結果を得ることを含む。多型が対象に存在しない場合、治療有効量のＳｉｇｍａ−１受容体アゴニストが対象に投与される。代替的に、多型が対象に存在する場合、治療有効量のＳｉｇｍａ−１受容体アゴニストの代替物が対象に投与される。一態様において、多型は、ＳＩＧＭＡＲ１＿Ｑ２Ｐ、ＣＯＭＴ＿Ｌ１４６ｆｓ、ＫＡＮＳＬ１＿Ｐ１０１０Ｌ／Ｐ３０４Ｌ／Ｐ９４６Ｌ、ＤＨＣＲ７＿Ｍ２２０Ｔ、ＨＬＡ−ＤＲＢ１＿Ａ２４４Ｔ、ＨＬＡ−ＤＲＢ１＿Ｓ６６Ｙ、ＨＬＡ−ＤＲＢ１＿Ｙ８９Ｓ、ＭＳ４Ａ６Ｅ＿Ｍ５９Ｔ、ＲＩＮ３＿Ｈ２１５Ｒ、ＤＰＹＤ＿ｌ５４３Ｖ、およびこれらの組み合わせからなる群から選択される。別の態様において、多型は、ＳＩＧＭＡＲ１＿Ｑ２Ｐ、ＣＯＭＴ＿Ｌ１４６ｆｓ、ＣＯＭＴ＿Ｌ１４６ｆｓ、ＫＡＮＳＬ１＿Ｐ１０１０Ｌ／Ｐ３０４Ｌ／Ｐ９４６Ｌ、およびこれらの組み合わせからなる群から選択される。多型の存在は、核酸配列を評価することによって得ることができる。

他の態様において、本方法は、Ｓｉｇｍａ−１受容体アゴニスト療法を必要とする対象を治療するために使用される。本方法は、ＳＩＧＭＡＲ１、ＣＯＭＴ、ＫＡＮＳＬ１、ＤＨＣＲ７、ＨＬＡ−ＤＲＢ１、ＭＳ４Ａ６Ｅ、ＲＩＮ３、およびこれらの組み合わせからなる群から選択される遺伝子によってコードされるＲＮＡの発現のレベルを判定する、対象からの生体試料の試験の結果を得ることを含む。試験試料におけるＲＮＡのレベルが、Ｓｉｇｍａ−１受容体療法に応答性である対象から得られるＲＮＡのレベルとは実質的に異なる場合、治療有効量のＳｉｇｍａ−１受容体アゴニストが対象に投与される。代替的に、試験試料におけるＲＮＡのレベルが、Ｓｉｇｍａ−１受容体療法に応答性である対象から得られるＲＮＡのレベルと実質的に類似する場合、治療有効量のＳｉｇｍａ−１受容体アゴニストの代替物が対象に投与される。別の態様において、ＳＩＧＭＡＲ１、ＣＯＭＴ、ＫＡＮＳＬ１、およびこれらの組み合わせからなる群から選択される遺伝子によってコードされるＲＮＡの発現のレベルが判定される。

対象は２個以上の多型を有し得ることが認識されるであろう。例えば、対象は、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、またはそれ以上の多型を有し得る。いくつかの態様において、対象は、１、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０個の多型を有する。他の態様において、対象は、１、２、３、４、または５個の多型を有する。さらに他の態様において、対象は、１、２、または３個の多型を有する。

ＩＶ．Ｓｉｇｍａ−１受容体アゴニストを必要とする対象の治療
Ｓｉｇ−１Ｒ発現または活性は、神経変性と関連し、Ｓｉｇ−１Ｒの活性化は、ヒト対象ならびに異なるインビトロおよびインビボモデルにおける神経保護と関連付けられる。したがって、本開示の一態様は、対象におけるニューロン系に主に影響を及ぼす任意のＳｉｇｍａ−１受容体関連疾患または状態の治療を包含する。そのような状態は、神経発達および神経変性疾患および状態として様々に知られている状態を含み、神経保護のために使用され得る。神経変性疾患の非限定的な例としては、アルツハイマー病、パーキンソン病、プリオン病、ハンチントン病、筋萎縮性側索硬化症などの運動ニューロン病（ＭＮＤ）、脊髄小脳失調症（ＳＣＡ）、脊髄性筋萎縮症（ＳＭＡ）、認知症、自閉症スペクトラム障害、脳性麻痺、レット症候群、エンジェルマン症候群、ウィリアムズ症候群、特定不能の広汎性発達障害（ＰＤＤ−ＮＯＳ）、多発性硬化症、小児期崩壊性障害、脆弱Ｘ、乳児痙攣およびスミス−マゲニス症候群、統合失調症、心的外傷後ストレス障害（ＰＴＳＤ）、ならびに脳卒中、外傷性脳損傷、および脊髄損傷に起因する損傷などの任意のニューロン損傷が挙げられる。

ＳＩＧＭＡＲ１は、癌治療のための標的としても有用である。そのようなものとして、本開示の一態様は、任意のＳｉｇｍａ−１受容体関連癌または腫瘍の治療を包含する。当業者によって認識されるように、本開示を通して使用される癌とは、１つ以上の腫瘍または癌であり得る。腫瘍は、悪性または良性であり得、癌は、原発性または転移性であり得、腫瘍または癌は、早期または後期であり得る。治療され得る腫瘍または癌の非限定的な例としては、急性リンパ芽球性白血病、急性骨髄性白血病、副腎皮質癌、ＡＩＤＳ関連癌、ＡＩＤＳ関連リンパ腫、肛門癌、盲腸癌、星状細胞腫（小児小脳または大脳）、基底細胞癌、胆汁管癌、膀胱癌、骨癌、脳幹神経膠腫、脳腫瘍（小脳星状細胞腫、大脳星状細胞腫／悪性神経膠腫、表皮腫、髄芽細胞腫、テント上原始神経外胚葉性腫瘍、視経路、および視床下部神経膠腫）、乳癌、気管支腺腫／癌、バーキットリンパ腫、カルチノイド腫瘍（小児、胃腸癌）、原発不明癌、中枢神経系リンパ腫（原発性）、小脳星状細胞腫、大脳星状細胞腫／悪性神経膠腫、子宮頸癌、小児癌、慢性リンパ球性白血病、慢性骨髄性白血病、慢性骨髄増殖性障害、結腸癌、皮膚Ｔ細胞リンパ腫、線維形成性小円形細胞腫瘍、子宮内膜癌、腎盂腫、食道癌、腫瘍のユーイングファミリーにおけるユーイング肉腫、頭蓋外胚細胞腫瘍（小児）、性腺外胚細胞腫瘍、肝外胆管癌、眼癌（眼内黒色腫、網膜芽細胞腫）、胆嚢癌、胃（胃）癌、胃腸カルチノイド腫瘍、胃腸間質腫瘍、生殖細胞腫瘍（小児頭蓋外、性腺外、卵巣）、妊娠性絨毛性腫瘍、神経膠腫（成人、小児脳幹、小児大脳星状細胞腫、小児視覚経路および視床下部）、胃カルチノイド、有毛細胞白血病、頭頸部癌、肝細胞（肝臓）癌、ホジキンリンパ腫、下咽頭癌、視床下部および視経路神経膠腫（小児）、眼内黒色腫、島細胞癌、カポジ肉腫、腎臓癌（腎細胞癌）、喉頭癌、白血病（急性リンパ芽球性、急性骨髄性、慢性リンパ球性、慢性骨髄性、有毛細胞）、口唇癌および口腔癌、肝臓癌（原発性）、肺癌（非小細胞、小細胞）、リンパ腫（ＡＩＤＳ関連、バーキット、皮膚Ｔ細胞、ホジキン、非ホジキン、原発性中枢神経系）、マクログロブリン血症（ワルデンストレーム）、骨／骨肉腫の悪性線維組織球腫、髄芽細胞腫（小児）、黒色腫、眼内黒色腫、メルケル細胞癌、中皮腫（成人悪性、小児）、潜在性原発転移性頸部扁平上皮癌、口腔癌、多発性内分泌腫瘍症候群（小児）、多発性骨髄腫／形質細胞腫瘍、菌状息肉腫、骨髄異形成症候群、骨髄異形成／骨髄増殖性疾患、骨髄性白血病（慢性）、骨髄性白血病（成人急性、小児急性）、多発性骨髄腫、骨髄増殖性障害（慢性）、鼻腔および副鼻腔癌、鼻咽頭癌、神経芽細胞腫、非ホジキンリンパ腫、非小細胞肺癌、口腔癌、口腔咽頭癌、骨肉腫／骨の悪性線維組織球腫、卵巣癌、卵巣上皮癌（表面上皮−間質腫瘍）、卵巣生殖細胞腫瘍、卵巣低悪性潜在腫瘍、膵臓癌、膵臓癌（島細胞）、副鼻腔および鼻腔癌、副甲状腺癌、陰茎癌、咽頭癌、褐色細胞腫、松果星細胞腫、松果胚細胞腫、松果体芽腫およびテント上原始神経外胚葉性腫瘍（小児）、下垂体腺腫、形質細胞腫瘍、胸膜肺芽腫、原発性中枢神経系リンパ腫、前立腺癌、直腸癌、腎細胞癌（腎臓癌）、腎盂および尿管移行細胞癌、網膜芽細胞腫、横紋筋肉腫（小児）、唾液腺癌、肉腫（腫瘍のユーイングファミリー、カポジ、軟組織、子宮）、セザリー症候群、皮膚癌（非黒色腫、黒色腫）、皮膚癌（メルケル細胞）、小細胞肺癌、小腸癌、軟組織肉腫、扁平上皮癌、潜在性原発（転移性）頸部扁平上皮癌、胃癌、テント上原始神経外胚葉性腫瘍（小児）、Ｔ細胞リンパ腫（皮膚）、睾丸癌、咽頭癌、甲状腺腫（小児）、甲状腺腫および甲状腺癌、甲状腺癌、甲状腺癌（小児）、腎盂および尿管の移行上皮癌、絨毛性腫瘍（妊娠性）、原発不明部位（成人、小児）、尿管および腎盂移行上皮癌、尿道癌、子宮癌（子宮内膜）、子宮肉腫、膣癌、視経路および視床下部神経膠腫（小児）、外陰癌、ワルデンストレームマクログロブリン血症、ならびにウィルムス腫瘍（小児）が挙げられる。

本方法は、Ｓｉｇｍａ−１受容体アゴニスト療法を必要とする対象が療法に非応答性であると判定される場合、治療有効量の、Ｓｉｇｍａ−１受容体アゴニストの代替物を投与することを含む。Ｓｉｇｍａ−１受容体アゴニストの代替物の非限定的な例としては、ガランタミン、メマンチン、およびリバスチグミンが挙げられる。

本方法は、Ｓｉｇｍａ−１受容体アゴニスト療法を必要とする対象が療法に応答性であると判定される場合、治療有効量のＳｉｇｍａ−１受容体アゴニストを投与することを含む。Ｓｉｇｍａ−１受容体アゴニストは、Ｓｉｇｍａ−１受容体アゴニスト療法を必要とする対象を治療することができる任意の治療剤または活性剤であり得る。例えば、受容体アゴニストは、抗体もしくはペプチドなどの生体化合物、または小分子活性剤であり得る。Ｓｉｇｍａ−１受容体アゴニストの非限定的な例としては、エンタカポン、ネビカポン、ニテカポン、オピカポン、トルカポン、テトラヒドロ−Ｎ，Ｎ−ジメチル−２，２−ジフェニル−３−フランメタンアミン塩酸塩（ＡＮＡＶＥＸ２−７３、ＡＶ２−７３、またはＡ２−７３）、１−（２，２−ジフェニルテトラヒドロフラン−３−イル）−Ｎ−メチルメタンアミン塩酸塩（ＡＮＡＶＥＸ１９−１４４、またはＡ１９−１４４）、アミノテトラヒドロフラン誘導体テトラヒドロ−Ｎ，Ｎ−ジメチル−５，５−ジフェニル−３−フランメタンアミン塩酸塩（ＡＮＡＶＥＸ１−４１）、１−（３−４（（（１Ｒ，３Ｓ，５Ｓ）−アダマンタン−１−イル）（フェニル）メチル）プロピル）−４−メチルピペラジン（ＡＮＡＶＥＸ（商標）１０６６または「ＡＶ１０６６」）、ＡＮＡＶＥＸ３−７１（ＡＦ７１０Ｂとしても知られる）、ＰＲＥ−０８４、ドネペジル、フルボキサミン、アミトリプチン、Ｌ−６８７，３８４、およびこれらの組み合わせが挙げられる。Ｓｉｇｍａ−１受容体アゴニストはまた、抗体であり得る。

一態様において、Ｓｉｇｍａ−１受容体アゴニストは、Ａ２−７３である。アゴニストがＡ２−７３である場合、Ａ２−７３の治療有効量は、約０．５ｍｇ〜約２０ｍｇ、約１ｍｇ〜約６０ｍｇ、約３０ｍｇ〜約５０ｍｇ、または約３ｍｇ〜約５ｍｇの範囲であり得る。Ａ２−７３の治療有効量は、約０．５ｍｇ／日〜約１００ｍｇ／日、約１〜約６０ｍｇ／日、約２０〜約５０ｍｇ／日、約２０〜約３０ｍｇ／日、または約１５〜約２５ｍｇ／日の範囲であり得る。抗神経変性有効量のＡ２−７３を投与することは、約１０ｎｇ／ｍｌ、約１２ｎｇ／ｍｌのＡ２−７３の血液レベルを提供することができる。

Ａ２−７３は、対象に１日１回、または１日１回以上投与され得る。さらに、Ａ２−７３は、２日、３日、４日、５日、６日、７日、１４日、または３０日毎に投与され得る。Ａ２−７３は、約１日〜約１年、約１日〜約１週間、約３日〜約１か月、約２週間〜約６か月、または約２か月〜約４か月の範囲の期間にわたって投与され得る。Ａ２−７３はまた、約１日、約７日、約３０日、約６０日、約１２０日、または約１８０日以上の期間にわたって投与され得る。いくつかの態様において、Ａ２−７３は、約５７週間、約１４８週間、約２０８週間、無期限、または治療される状態の解消までの期間にわたって投与される。

Ａ２−７３を投与する他の方法は、例えば、米国特許第９７５０７４６号、米国特許公開第２０１７／０３６０７９８号、米国特許公開第２０１９／００２２０５２号、米国特許公開第２０１８／０３６０７９６号、米国特許公開第２０１８／０１６９０５９号、米国特許公開第２０１８／０１７７７５６号、米国特許公開第２０１８／０１６９０６０号、および米国特許公開第２０１９／０１１７６１５号に見出すことができ、これらの開示は、それらの全体が本明細書に組み込まれる。

Ｖ．薬学的製剤
本開示の一態様は、Ｓｉｇｍａ−１受容体アゴニストの診断および送達のための薬学的製剤を包含する。薬学的製剤は、治療有効量のアゴニストおよびその任意の薬学的に許容される塩を含む。

式（ＩＩ）または（ＩＩａ）を含む化合物の薬学的に許容される塩としては、限定なしに、酢酸塩、アスパラギン酸塩、安息香酸塩、重酒石酸塩、クエン酸塩、ギ酸塩、グルコン酸塩、グルクロン酸塩、グルタミン酸塩、フマル酸塩、塩酸塩、臭化水素酸塩、ヨウ化水素酸塩、次亜リン酸塩、イソ酪酸塩、イソクエン酸塩、乳酸塩、リンゴ酸塩、マレイン酸塩、メコン酸塩、メチル臭化物、メタンスルホン酸塩、一水和物、ムチン酸塩、硝酸塩、シュウ酸塩、フェニルプロピオン酸塩、リン酸塩、フタル酸塩、プロピオン酸塩、ピルビン酸塩、サリチル酸塩、ステアリン酸塩、コハク酸塩、硫酸塩、タンニン酸塩、酒石酸塩、テレフタル酸塩、吉草酸塩などが挙げられる。

Ｓｉｇｍａ−１受容体アゴニストがＡ２−７３である場合、製剤は、約１ｍｇ〜約５０ｇ、約０．１〜約５ｇ、約０．５ｇ〜約３ｇ、約１ｍｇ〜約５５ｍｇ、約４０ｍｇ〜約６０ｍｇ、約８０ｍｇ〜約１２０ｍｇ、約１８０ｍｇ〜約２２０ｍｇ、約０．１ｇ〜約５ｇ、または約０．５ｇ〜約３ｇのＡ２−７３を含み得る。Ａ２−７３を含む製剤は、例えば、米国特許第９７５０７４６号、米国特許公開第２０１７／０３６０７９８号、米国特許公開第２０１９／００２２０５２号、米国特許公開第２０１８／０３６０７９６号、米国特許公開第２０１８／０１６９０５９号、米国特許公開第２０１８／０１７７７５６号、米国特許公開第２０１８／０１６９０６０号、および米国特許公開第２０１９／０１１７６１５号に見出すことができ、これらの開示は、それらの全体が本明細書に組み込まれる。

Ｓｉｇｍａ−１受容体アゴニストは、いくつかの異なる手段によって製剤化され、対象に投与され得る。例えば、組成物は、一般に、所望に応じて従来の非毒性の薬学的に許容されるアジュバント、担体、賦形剤、およびビヒクルを含有する投与単位製剤において非経口、腹腔内、血管内、経皮、皮下、または肺内投与され得る。本明細書で使用される非経口という用語は、皮下、静脈内、筋肉内、髄腔内、または胸骨内注射、または注入技法を含む。薬学的組成物の製剤化は、例えば、Ｈｏｏｖｅｒ，Ｊｏｈｎ Ｅ．，Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ，Ｍａｃｋ Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ Ｃｏ．，Ｅａｓｔｏｎ，Ｐａ．（１９７５）、およびＬｉｂｅｒｍａｎ，Ｈ．Ａ．ａｎｄ Ｌａｃｈｍａｎ，Ｌ．，Ｅｄｓ．，Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｄｏｓａｇｅ Ｆｏｒｍｓ，Ｍａｒｃｅｌ Ｄｅｃｋｅｒ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，Ｎ．Ｙ．（１９８０）において考察有れている。

薬学的製剤は、１つ以上の薬学的に許容される賦形剤を含む。賦形剤の非限定的な例としては、化学増強剤、湿潤剤、感圧接着剤、抗酸化剤、可溶化剤、増粘剤、可塑剤、アジュバント、担体、賦形剤、ビヒクル、コーティング、およびこれらの任意の組み合わせが挙げられる。１つ以上の賦形剤は、経口、経皮、非経口、腹腔内、血管内、皮下、吸入スプレーによる、直腸、または肺内投与用に選択され得る。

Ｓｉｇｍａ−１受容体アゴニストは、一般に、患者コンプライアンスを改善し、対象が薬物送達デバイスを除去するのを防止するために製剤化され得る。例えば、Ｓｉｇｍａ−１受容体アゴニストは、延長送達のための製剤を提供することによって、患者コンプライアンスの改善および薬物送達デバイスの除去の防止のために製剤化され得る。延期送達は、１日超〜数か月の範囲の期間であり得る。これは、認知および／または運動制御能力が損なわれた患者に特に関連し得る。期間についての延長送達は、約１日〜約１年、約１日〜約１週間、約３日〜約１か月、約２週間〜約６か月、または約２か月〜約４か月の範囲であり得る。

延長放出製剤は、事前選択された速度で薬物の実質的に連続的な送達のために使用され得る。例えば、結晶性Ａ２−７３について、薬物は、約１ｍｇ〜約１００ｍｇ／日、約４０〜約６０ｇｍ／日、または約１０〜約３０ｇｍ／日の速度で送達され得る。適切な量の結晶性Ａ２−７３は、例えば、他の要因の中でも特に、延長放出製剤による薬物の意図される持続期間、送達機構、特定の製剤、および薬物の相対的効力に基づいて、当業者によって容易に判定され得る。

ｉ．結合剤
様々な態様の製剤に好適な結合剤の非限定的な例としては、デンプン、アルファ化デンプン、ゼラチン、ポリビニルピロリドン、セルロース、メチルセルロース、カルボキシメチルセルロースナトリウム、エチルセルロース、ポリアクリルアミド、ポリビニルオキソアゾリドン、ポリビニルアルコール、Ｃ_１２−Ｃ_１８脂肪酸アルコール、ポリエチレングリコール、ポリオール、糖類、オリゴ糖、ポリペプチド、オリゴペプチド、およびこれらの組み合わせが挙げられる。ポリペプチドは、約１００〜約３００，０００ダルトンの範囲のアミノ酸の任意の配列であり得る。

結合剤は、限定されないが、結晶、粒子、粉末、または当該技術分野で知られている任意の他の微細に分割された固体形態を含む、固体形態で造粒される混合物中に導入され得る。代替的に、結合剤は、溶媒中に溶解または懸濁させ、造粒中に結合剤流体として造粒デバイス中の混合物上にスプレーされ得る。

ｉｉ．希釈剤
希釈剤（「充填剤」または「薄め液」とも称される）の非限定的な例としては、炭水化物、無機化合物、およびポリビニルピロリドン（ＰＶＰ）などの生体適合性ポリマーが挙げられる。希釈剤の他の非限定的な例としては、硫酸二塩基カルシウム、硫酸三塩基カルシウム、デンプン、炭酸カルシウム、炭酸マグネシウム、微結晶セルロース、リン酸二塩基カルシウム、リン酸三塩基カルシウム、炭酸マグネシウム、酸化マグネシウム、ケイ酸カルシウム、タルク、改変デンプン、スクロース、デキストロース、ラクトース、微結晶セルロース、フルクトース、キシリトール、およびソルビトールなどの糖類、多価アルコール、デンプン、事前に製造された直接圧縮希釈剤、ならびに前述のうちのいずれかの混合物が挙げられる。

ｉｉｉ．崩壊剤
崩壊剤は、発泡性であり得るか、または非発泡性であり得る。非発泡性崩壊剤の非限定的な例としては、トウモロコシデンプン、ジャガイモデンプン、これらのアルファ化および改変デンプンなどのデンプン、甘味料、ベントナイトなどの粘土、微結晶セルロース、アルギン酸塩、デンプングリコール酸ナトリウム、寒天、グアー、イナゴマメ、カラヤ、ペシチン、およびトラガカントなどのガムが挙げられる。好適な発泡性崩壊剤としては、限定されないが、クエン酸と組み合わせた重炭酸ナトリウム、および酒石酸と組み合わせた重炭酸ナトリウムが挙げられる。

ｉｖ．防腐剤
防腐剤の非限定的な例としては、限定されないが、アスコルビン酸およびその塩、パルミチン酸アスコルビル、ステアリン酸アスコルビル、アノキソマー、Ｎ−アセチルシステイン、イソチオシアネートベンジル、ｍ−アミノベンゾン酸、ｏ−アミノベンゾン酸、ｐ−アミノベンゾン酸（ＰＡＢＡ）、ブチルヒドロキシアニソール（ＢＨＡ）、ブチルヒドロキシトルエン（ＢＨＴ）、カフェイン酸、カンタキサンチン、アルファ−カロテン、ベータ−カロテン、ベータ−カロテン、ベータ−アポカロテン酸、カルノゾール、カルバクロール、カテキン、没食子酸セチル、クロロゲン酸、クエン酸およびその塩、クローブ抽出物、コーヒーマメ抽出物、ｐ−クマル酸、３，４−ジヒドロキシ安息香酸、Ｎ，Ｎ’−ジフェニル−ｐ−フェニレンジアミン（ＤＰＰＤ）、ジラウリルチオジプロピオン酸塩、ジステアリルチオジプロピオン酸塩、２，６−ジ−ｔｅｒｔ−ブチルフェノール、没食子酸ドデシル、エデト酸、エラギン酸、エリソルビン酸、エリソルベートナトリウム、エスクレチン、エスクリン、６−エトキシ−１，２−ジヒドロ−２，２，４−トリメチルキノリン、没食子酸エチル、エチルマルトール、エチレンジアミン四酢酸（ＥＤＴＡ）、ユーカリ抽出物、ユーゲノール、フェルリン酸、フラボノイド（例えば、カテキン、エピカテキン、没食子酸エピカテキン、エピガロカテキン（ＥＧＣ）、没食子酸エピガロカテキン（ＥＧＣＧ）、ポリフェノールエピガロカテキン−３−没食子酸塩）、フラボン（例えば、アピゲニン、クリシン、ルテオリン）、フラボノール（例えば、ダチセチン、ミリセチン、デンフェロ）、フラバノン、フラキセチン、フマル酸、ガル酸、リンドウ抽出物、グルコン酸、グリシン、ガムユソウボク（ｇｕｍ ｇｕａｉａｃｕｍ）、ヘスペレチン、アルファ−ヒドロキシベンジルホスフィン酸、ヒドロキシケイ皮酸、ヒドロキシグルタル酸、ヒドロキノン、Ｎ−ヒドロキシコハク酸、ヒドロキシトリロゾール、ヒドロキシ尿素、米糠抽出物、乳酸およびその塩、レシチン、クエン酸レシチン、Ｒ−α−リポ酸、ルテイン、リコペン、リンゴ酸、マルトール、５−メトキシトリプタミン、没食子酸メチル、クエン酸モノグリセリド、クエン酸モノイソプロピル、モリン、ベータ−ナフトフラボン、ノルジヒドログアレチン酸（ＮＤＧＡ）、没食子酸オクチル、シュウ酸、クエン酸パルミチル、フェノチアジン、ホスファチジルコリン、リン酸、リン酸塩、フィチン酸、フィチルビクロメル、ピメント抽出物、没食子酸プロピル、ポリリン酸塩、ケルセチン、トランスレスベラトロール、ローズマリー抽出物、ロスマリン酸、セージ抽出物、セサモール、シリマリン、シナピン酸、コハク酸、クエン酸ステアリル、シリンジ酸、酒石酸、チモール、トコフェロール（すなわち、アルファ−、ベータ−、ガンマ−、およびデルタ−トコフェロール）、トコトリエノール（すなわち、アルファ−、ベータ−、ガンマ−、およびデルタ−トコトリエノール）、チロゾール、バニリン酸、２，６−ジ−ｔｅｒｔ−ブチル−４−ヒドロキシメチルフェノール（すなわち、Ｉｏｎｏｘ１００）、２，４−（トリス−３’，５’−ビ−ｔｅｒｔ−ブチル−４’−ヒドロキシベンジル）−メシチレン（すなわち、Ｉｏｎｏｘ３３０）、２，４，５−トリヒドロキシブチロフェノン、ユビキノン、三級ブチルヒドロキノン（ＴＢＨＱ）、チオジプロピオン酸、トリヒドロキシブチロフェノン、トリプタミン、チラミン、尿酸、ビタミンＫおよび誘導体、ビタミンＱ１０、小麦胚芽油、ゼアキサンチン、またはこれらの組み合わせが挙げられる。

ｖ．香味改変剤
好適な香味改変剤としては、香料、矯味剤、甘味料などが挙げられる。香料には、限定されないが、合成香味油、香味芳香族、および／または天然油、植物、葉、花、果物からの抽出物、ならびにこれらの組み合わせが含まれる。香味の他の非限定的な例としては、シナモン油、ウィンターグリーンの油、ペパーミント油、クローバー油、干し草油、アニス油、ユーカリ、バニラ、レモン油、オレンジ油、グレープおよびグレープフルーツ油などのシトラス油、リンゴ、モモ、ナシ、イチゴ、ラズベリー、チェリー、プラム、パイナップル、およびアプリコットを含む果実精油が挙げられる。

矯味剤としては、限定されないが、Ｋｌｕｃｅｌ（登録商標）、Ｎｉｓｓｗｏ ＨＰＣ、およびＰｒｉｍａＦｌｏ ＨＰ２２などのセルロースヒドロキシプロピルエーテル（ＨＰＣ）、低置換ヒドロキシプロピルエーテル（Ｌ−ＨＰＣ）、Ｓｅｐｐｉｆｉｌｍ−ＬＣ、Ｐｈａｒｍａｃｏａｔ（登録商標）、Ｍｅｔｏｌｏｓｅ ＳＲ、Ｏｐａｄｒｙ ＹＳ、ＰｒｉｍａＦｌｏ、ＭＰ３２９５Ａ、Ｂｅｎｅｃｅｌ ＭＰ８２４、およびＢｅｎｅｃｅｌ ＭＰ８４３などのセルロースヒドロキシプロピルメチルエーテル（ＨＰＭＣ）、Ｍｅｔｈｏｃｅｌ（登録商標）およびＭｅｔｏｌｏｓｅ（登録商標）などのメチルセルロースポリマー、Ｅ４６１、Ｅｔｈｏｃｅｌ（登録商標）、Ａｑｕａｌｏｎ（登録商標）−ＥＣ、Ｓｕｒｅｌｅａｓｅなどのエチルセルロース（ＥＣ）およびこれらの混合物、Ｏｐａｄｒｙ ＡＭＢなどのポリビニルアルコール（ＰＶＡ）、Ｎａｔｒｏｓｏｌ（登録商標）などのヒドロキシエチルセルロース、Ａｕａｌｏｎ（登録商標）−ＣＭＣなどのカルボキシメチルセルロースおよびカルボキシメチルセルロースの塩（ＣＭＣ）、Ｋｏｌｌｉｃｏａｔ ＩＲ（登録商標）などのポリビニルアルコールおよびポリエチルグリコールコポリマー、モノグリセリド（Ｍｙｖｅｒｏｌ）、トリグリセリド（ＫＬＸ）、ポリエチレングリコール、改変食品用デンプン、Ｅｕｄｒａｇｉｔ（登録商標）ＥＰＯ、Ｅｕｄｒａｇｉｔ（登録商標）ＲＤ１００、およびＥｕｄｒａｇｉｔ（登録商標）Ｅ１００などのアクリルポリマーおよびアクリルポリマーのセルロースエーテルとの混合物、酢酸フタル酸セルロース、ＨＰＭＣおよびステアリン酸の混合物などのセピフィルム、シクロデキストリン、ならびにこれらの材料の混合物が挙げられる。他の態様において、企図される追加の矯味剤は、米国特許第４，８５１，２２６号、同第５，０７５，１１４号、および同第５，８７６，７５９号に記載されるものであり、これらの各々は、これらの全体が参照により本明細書に組み込まれる。

甘味料の非限定的な例としては、グルコース（コーンシロップ）、デキストロース、転化糖、フルクトース、およびこれらの混合物（担体として使用されない場合）、サッカリンおよびナトリウムエンなどのその種々の塩、アスパルテームなどのジペプチド甘味料、ジヒドロカルコン化合物、グリチルリジン、Ｓｔｅｖｉａ ｒｅｂａｕｄｉａｎａ（ステビオシド）、スクラロースなどのスクロースのクロロ誘導体、ソルビトール、マンニトール、シリトールなどの糖アルコール、水素化デンプン加水分解物、および合成甘味料３，６−ジヒドロ−６−メチル−１，２，３−オキサチアジン−４−オン−２，２−二酸化物、特に、カリウム塩（アセスルファム−Ｋ）、ならびにこれらのナトリウム塩およびカルシウム塩が挙げられる。

ｖｉ．潤滑剤および流動促進剤
潤滑剤組成物は、薬学的組成物を形成する成分を潤滑するために利用され得る。流動促進剤として、潤滑剤は、製造プロセス中の固体剤形の除去を促進する。潤滑剤および流動促進剤の非限定的な例としては、ステアリン酸マグネシウム、ステアリン酸カルシウム、ステアリン酸亜鉛、水素化植物油、ステロテックス、ポリオキシエチレンモノステアリン酸塩、タルク、ポリエチレングリコール、安息香酸ナトリウム、ラウリル硫酸ナトリウム、ラウリル硫酸マグネシウム、および軽鉱油が挙げられる。薬学的組成物は、一般的に、約０．０１重量％〜約１０重量％の潤滑剤を含むであろう。いくつかの態様において、薬学的組成物は、約０．１重量％〜約５重量％の潤滑剤を含むであろう。さらなる態様において、薬学的組成物は、約０．５重量％〜約２重量％の潤滑剤を含むであろう。

ｖｉｉ．分散剤
分散剤は、限定されないが、デンプン、アルギン酸、ポリビニルピロリドン、グアーガム、カオリン、ベントナイト、精製木質セルロース、デンプングリコール酸ナトリウム、同形ケイ酸塩、および高親水性親油性バランス（ＨＬＢ）乳化剤界面活性剤としての微結晶セルロースを含み得る。

ｖｉｉｉ．着色剤
本開示の態様に応じて、着色剤を含めることが望ましい場合がある。好適な色添加剤としては、限定されないが、食品、薬物、および化粧品の色（ＦＤ＆Ｃ）、薬物および化粧品の色（Ｄ＆Ｃ）、または外部薬物および化粧品の色（Ｅｘｔ．Ｄ＆Ｃ）が挙げられる。これらの色または染料は、それらの対応するレーキ、ならびに特定の天然および由来の着色剤とともに、本開示の様々な態様での使用に好適であり得る。

ｉｘ．ｐＨ改変剤
ｐＨ改変剤の非限定的な例としては、クエン酸、酢酸、酒石酸、リンゴ酸、フマル酸、乳酸、リン酸、ソルビン酸、安息香酸、炭酸ナトリウム、および重炭酸ナトリウムが挙げられる。

ｘ．キレート剤
キレート剤は、これらの酸化基によるモルフィナンの酸化分解を阻害するために、限定されないが、金属イオンを含む酸化基を固定化するための賦形剤として含まれ得る。キレート剤の非限定的な例としては、リジン、メチオニン、グリシン、グルコン酸塩、多糖類、グルタミン酸塩、アスパラギン酸塩、およびエチレンジアミン四酢酸二ナトリウム（Ｎａ_２ＥＤＴＡ）が挙げられる。

ｘｉ．抗菌剤
抗菌剤は、限定されないが、細菌および真菌を含む微生物剤による本開示による化合物の分解を最小限に抑えるための賦形剤として含まれ得る。抗菌剤の非限定的な例としては、パラベン、クロロブタノール、フェノール、プロピオン酸カルシウム、硝酸ナトリウム、亜硝酸ナトリウム、Ｎａ_２ＥＤＴＡ、および限定されないが、二酸化硫黄、亜硫酸水素ナトリウム、および亜硫酸水素カリウムを含む亜硫酸塩が挙げられる。

ｘｉｉ．放出制御ポリマー
放出制御ポリマーは、本開示による化合物を組み込む様々な態様の固体投与薬学的組成物に含まれ得る。一態様において、放出制御ポリマーは、錠剤コーティングとして使用され得る。限定されないが、二層錠剤を含む他の態様において、放出制御ポリマーは、限定されないが、錠剤鋳型での圧縮を含む既知のプロセスによって錠剤を形成する前に、顆粒および他の賦形剤と混合され得る。好適な放出制御ポリマーとしては、限定されないが、親水性ポリマーおよび疎水性ポリマーが挙げられる。

好適な親水性放出制御ポリマーとしては、限定されないが、酢酸セルロース、二酢酸セルロース、三酢酸セルロース、セルロースエーテル、ヒドロキシエチルセルロース、ヒドロキシプロピルセルロース、ヒドロキシプロピルメチルセルロース、微結晶セルロース、ニトロセルロース、架橋デンプン、寒天、カゼイン、キチン、コラーゲン、ゼラチン、マルトース、マンニトール、マルトデキストリン、ペクチン、プルラン、ソルビトール、キシリトール、多糖類、アルギン酸アンモニア、アルギン酸ナトリウム、アルギン酸カルシウム、アルギン酸カリウム、アルギン酸プロピレングリコール、アルギン酸カルメロースナトリウム、カルメロースカルシウム、カラゲナン、フコイダン、ファーセレラン、アラビアガム、カラギーンガム、ガティガム、グアーガム、カラヤガム、イナゴマメガム、オクラガム、トラガカントガム、スクレログルカンガム、キサンタンガム、ｈｙｐｎｅａ、ラミナラン、アクリルポリマー、アクリレートポリマー、カルボキシビニルポリマー、無水マレイン酸およびスチレンのコポリマー、無水マレイン酸およびエチレンのコポリマー、無水マレイン酸プロピレンのコポリマーもしくは無水マレイン酸イソブチレンのコポリマー）、架橋ポリビニルアルコールおよびポリＮ−ビニル−２−ピロリドン、ポリグルカンのジエステル、ポリアクリルアミド、ポリアクリル酸、ポリアミド、ポリエチレングリコール、ポリエチレンオキシド、ポリ（ヒドロキシアルキルメタクリレート）、ポリ酢酸ビニル、ポリビニルアルコール、ポリ塩化ビニル、ポリスチレン、ポリビニルピロリドン、アニオン性およびカチオン性ヒドロゲル、ならびにこれらの組み合わせが挙げられる。

ｘｉｉｉ．コーティング
本開示による化合物を含む固体投与量は、コーティングを含み得、そのようなコーティングは、化合物の放出を制御し得るか、水分バリアもしくは緩衝液として機能し得るか、またはｐＨを改変し得る。本明細書で使用される場合、「制御放出コーティング（ｃｏｎｔｒｏｌ ｒｅｌｅａｓｉｎｇ ｃｏａｔ）」または「制御放出コーティング（ｃｏｎｔｒｏｌｌｅｄ ｒｅｌｅａｓｅ ｃｏａｔ）」は、例えば、少なくとも１つのｐＨ非依存性ポリマー、ｐＨ依存性ポリマー（例えば、腸溶性または逆腸溶性型ポリマー）、可溶性ポリマー、不溶性ポリマー、脂質、脂質材料、またはこれらの組み合わせを含み得る機能性コーティングを意味するように定義される。コーティングは、剤形上に適用される場合、（例えば、正常放出マトリックス剤形に適用される場合）遅く、（例えば、制御放出マトリックス剤形に適用される場合）さらに遅く、またはコーティングされていない剤形に適用される場合、本開示による化合物の放出速度を改変し得る。例えば、制御放出コーティングは、制御放出コーティングが剤形に適用される場合、制御放出コーティングと併せた剤形が、「改変放出」、「制御放出」、「持続放出」、「延長放出」、「遅延放出」、「長期放出」、またはこれらの組み合わせなどの本開示による化合物の放出を示し得るように設計され得る。「制御放出コーティング」は、任意選択的に、制御放出コーティングの機能を変化させ得る追加の材料を含み得る。

本明細書で使用される場合、「水分バリア」という用語は、水分の吸収を阻害または遅延させるものである。本開示による化合物は、吸湿性であり得、このため、高湿度条件下で経時的に分解されやすい場合がある。水分バリアの構成要素の割合、および任意選択的に制御放出コーティング上に、またはコア上に適用される水分バリアの量は、典型的には、水分バリアがＵＳＰ定義および腸溶性コーティングの要件内に該当しないようなものである。好適には、水分バリアは、腸溶性および／またはアクリルポリマー、好適には、アクリルポリマー、任意選択的に、可塑剤、ならびに透過促進剤を含み得る。浸透促進剤は、親水性物質であり、コーティングを物理的に破壊することなく水が入ることを可能にする。水分バリアは、追加的に、他の従来の不活性賦形剤をさらに含み得、これは、延長放出製剤の処理を改善し得る。

本発明に従って使用され得るコーティングおよびマトリックス材料は、ポリビニル型の合成ポリマー、例えば、ポリ塩化ビニル、ポリ酢酸ビニルおよびそのコポリマー、ポリビニルアルコール、およびポリビニルピロリドン；ポリエチレン型の合成ポリマー、例えば、ポリエチレンおよびポリスチレン；アクリル酸ポリマー；バイオポリマーまたは改変バイオポリマー、例えば、セルロースポリマー、シェラック、およびゼラチン；脂肪、油、高級脂肪酸、および高級アルコール（すなわち、少なくとも１０個の炭素原子のアルキル鎖を含有する酸およびアルコール）、例えば、モノステアリン酸アルミニウム、セチルアルコール、水素化牛脂、水素化ヒマシ油、１２−ヒドロキシステアリルアルコール、モノまたはジパルミチン酸グリセリル；モノ、ジ、またはトリステアリン酸グリセリル；ミリスチルアルコール、ステアリン酸、ステアリルアルコール、およびポリエチレングリコール；ワックス；糖および糖アルコールなどの制御放出製剤における使用のための当該技術分野で知られているものである。

コーティングのｐＨ緩衝特性は、制酸製剤において通常使用される化合物の群、例えば、酸化、水酸化、もしくは炭酸マグネシウム、水酸化、炭酸、もしくはケイ酸アルミニウムもしくはカルシウム；複合アルミニウム／マグネシウム化合物、例えば、Ａｌ_２Ｏ_３・６ＭｇＯ・ＣＯ_２・１２Ｈ_２Ｏ、（Ｍｇ_６Ａｌ_２（ＯＨ）_１６ＣＯ_３・４Ｈ_２Ｏ）、ＭｇＯ・Ａｌ_２Ｏ_３・２ＳｉＯ_２．ｎＨ_２Ｏ、重炭酸アルミニウム共沈物、もしくは類似する化合物；または他の薬学的に許容されるｐＨ緩衝化合物、例えば、リン酸、炭酸、クエン酸、もしくは他の好適な弱酸、無機酸、もしくは有機酸のナトリウム、カリウム、カルシウム、マグネシウム、およびアルミニウム塩；または塩基性アミノ酸を含む、好適な有機塩基；ならびに塩もしくはこれらの組み合わせから選択されるコーティング物質中に導入することによって強化され得る。

ｐＨ依存性コーティングは、胃腸（ＧＩ）管の所望の領域、例えば、胃または小腸において薬物を放出する機能を果たす。ｐＨ非依存性コーティングが所望される場合、コーティングは、環境流体、例えば、ＧＩ管中のｐＨ変化に関係なく、最適な放出を達成するように設計される。コーティングが腸（特に、上部小腸）中に本開示による化合物を放出するように製剤化される場合、コーティングは、しばしば、「腸溶性コーティング」と呼ばれる。ｐＨ依存性コーティングは、限定されないが、アクリル酸ポリマーおよびコポリマー、例えば、アクリル酸、メタクリル酸、メチルアクリレート、メチルアクリレート、アンモニオメチルアクリレート、エチルアクリレート、メチルメタクリレート、および／またはエチルメタクリレート（例えば、Ｅｕｄｒａｇｉｔ（商標））から形成されるポリマー、ヒドロキシプロピルセルロース、ヒドロキシエチルセルロース、ヒドロキシプロピルメチルセルロース、メチルセルロース、エチルセルロース、酢酸セルロース、酢酸フタル酸セルロース（ＣＡＰ）、トリメリト酸酢酸セルロース、ヒドロキシプロピルメチルフタル酸セルロース、ヒドロキシプロピルメチルコハク酸セルロース、およびヒドロキシプロピルメチルセルロースコハク酸およびカルボキシメチルセルロースナトリウムなどのセルロースポリマー、シェラック（精製ラック）、ポリビニルピロリドン、ポリビニルアセテート、ポリ酢酸ビニル（ＰＶＡＰ）、酢酸ビニルクロリン酸コポリマー、および酢酸エチレン−ビニルコポリマーなどのビニルポリマーおよびコポリマー、ゼイン、ならびに塩およびこれらの組み合わせを含み得る。

ＶＩ．剤形
本開示の一態様は、Ｓｉｇｍａ−１受容体アゴニストの剤形を包含する。アゴニストがＡ２−７３である場合、剤形は、約１ｍｇ〜約５０ｇ、約１ｍｇ〜約５００ｍｇ、約１ｍｇ〜約１００ｍｇ、約１ｍｇ〜約５００ｍｇ、約５０〜約４００ｍｇ、約７５〜約１５０ｍｇ、約１５０〜約２００ｍｇ、約４０ｍｇ〜約６０ｍｇ、約８０ｍｇ〜約１２０ｍｇ、または約１８０ｍｇ〜約２２０ｍｇのＡ２−７３を含み得る。例えば、剤形は、１、１０、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１２０、１４０、１６０、１８０、２００、２２０、２４０、２６０、２８０、または３００ｍｇ以上のＡ２−７３を含み得る。いくつかの態様において、剤形は、約１ｍｇ〜約５００ｍｇ、または約１ｍｇ〜約１００ｍｇのＡ２−７３を含み得る。

剤形は、延長または持続放出のために製剤化されるもの、および即時放出のために製剤化されるものを含む。例えば、即時放出剤形は、本明細書に開示されるように、遊離塩基またはＡ２−７３塩としてのＡ２−７３の結晶形態を含み得る。例えば、高速分解経口剤形は、例えば、ＨＣｌ塩などのＡ２−７３塩を含み得る。代替的に、剤形は、乾燥粉末またはエアロゾルスプレーのいずれかとしての、吸入薬物送達のために製剤化された遊離塩基またはＡ２−７３塩としてのＡ２−７３の結晶形態を含み得る。

剤形はまた、局所投与用に製剤化されるものを含む。例えば、剤形は、ゲル、軟膏、エマルジョン、マイクロエマルジョン、溶液、懸濁液、ペースト、ゲル、フォーム、スプレー、ローション、またはクリームのうちの１つ以上として製剤化され得る。一態様において、局所投与剤形は、経皮パッチである。剤形が経皮パッチとして製剤化される場合、経皮パッチは、約４０ｍｇ〜約６０ｍｇ、約８０ｍｇ〜約１２０ｍｇ、または約１８０ｍｇ〜約２２０ｍｇのＡ２−７３遊離塩基を結晶形態で含有し得る。

剤形は、代替的に、経口投与用に製剤化され得る。経口投与用に製剤化された剤形は、水中または舌下で飲み込む、噛む、または溶解する錠剤、カプセルおよびチュアブルカプセル、粉末、顆粒、茶剤、滴薬、または液体薬剤もしくはシロップであり得る。いくつかの態様において、剤形は、腸溶性コーティング経口製剤である。

剤形が腸溶性コーティング経口製剤である場合、製剤は、約０．１ｍｇ〜約６０ｍｇのＡ２−７３遊離塩基、好ましくは、約１ｍｇ〜約５０ｍｇのＡ２−７３遊離塩基を含み得る。

腸溶性コーティング経口製剤はまた、結晶形態のＡ２−７３塩を含有し得る。Ａ２−７３塩は、フマル酸塩、硫酸塩、メシル酸塩、リン酸二水素塩、エジシル酸塩、安息香酸塩、塩酸塩、およびシュウ酸塩であり得る。一態様において、Ａ２−７３塩は、フマル酸塩である。Ａ２−７３塩がフマル酸塩である場合、腸溶性コーティング経口製剤は、約０．１〜約１００ｍｇのＡ２−７３フマル酸塩、好ましくは、約１ｍｇ〜約５５ｍｇのＡ２−７３フマル酸塩を含み得る。

剤形はまた、皮下および／または筋肉内注射のために製剤化されるものを包含する。例えば、筋肉内剤形は、筋肉内注射のための油マトリックスに溶解されるか、または代替的に、筋肉内注射のための遊離塩基の懸濁液として調製される、遊離塩基形態のＡ２−７３を含み得る。皮下または筋肉内注射のために製剤化される剤形は、当該技術分野で既知の方法を使用してマイクロスフェアとして調製される、本明細書に開示される塩または遊離塩基形態のＡ２−７３を含み得る。代替的に、遊離塩基または塩形態のＡ２−７３は、例えば、原子層堆積（ＡＬＤ）技法を使用して、酸化亜鉛のコーティングなどの薄層コーティングでコーティングされ得、皮下または筋肉内注射のための製剤中で使用され得る。代替的に、Ａ２−７３遊離塩基は、生分解性ポリマーマトリックスに溶解され、次いで皮下移植され得る（または、以下でさらに詳述される経皮パッチで使用され得る）。

ＶＩＩ．キット
本開示のさらなる態様は、本開示の方法とともに使用するための１つ以上の試薬を含むキットを提供する。キットは、細胞増殖培地、選択培地、核酸配列決定および精製試薬、タンパク質精製試薬、緩衝液などを含み得る。本明細書に提供されるキットは、一般に、以下に詳述される方法を実施するための指示を含む。キットに含まれる指示は、包装材料に貼付され得るか、または添付文書として含まれ得る。指示は、典型的には、書面または印刷材料であるが、そのようなものに限定されない。そのような指示を記憶し、それらをエンドユーザーに伝達することができる任意の媒体は、本開示によって企図される。そのような媒体としては、限定されないが、電子記憶媒体（例えば、磁気ディスク、テープ、カートリッジ、チップ）、光学媒体（例えば、ＣＤ ＲＯＭ）などが挙げられる。本明細書で使用される場合、「指示」という用語は、指示を提供するインターネットサイトのアドレスを含み得る。

定義
別途定義されない限り、本明細書で使用される全ての技術および科学用語は、本発明が属する技術分野の当業者によって一般的に理解される意味を有する。以下の参考文献は、本発明で使用される用語の多くの一般的な定義を当業者に提供する：Ｓｉｎｇｌｅｔｏｎ ｅｔ ａｌ．，Ｄｉｃｔｉｏｎａｒｙ ｏｆ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ ａｎｄ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ（２ｎｄ ｅｄ．１９９４）、Ｔｈｅ Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ Ｄｉｃｔｉｏｎａｒｙ ｏｆ Ｓｃｉｅｎｃｅ ａｎｄ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ（Ｗａｌｋｅｒ ｅｄ．，１９８８）、Ｔｈｅ Ｇｌｏｓｓａｒｙ ｏｆ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ，５ｔｈ Ｅｄ．，Ｒ．Ｒｉｅｇｅｒ ｅｔ ａｌ．（ｅｄｓ．），Ｓｐｒｉｎｇｅｒ Ｖｅｒｌａｇ（１９９１）、およびＨａｌｅ＆Ｍａｒｈａｍ，Ｔｈｅ Ｈａｒｐｅｒ Ｃｏｌｌｉｎｓ Ｄｉｃｔｉｏｎａｒｙ ｏｆ Ｂｉｏｌｏｇｙ（１９９１）。本明細書で使用される場合、以下の用語は、別途指定されない限り、それらに帰属する意味を有する。

本開示の要素またはその好ましい態様（複数可）を導入する場合、冠詞「ａ」、「ａｎ」、「ｔｈｅ」、および「ｓａｉｄ」は、要素のうちの１つ以上が存在することを意味することが意図される。「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」、「含む（ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ）」、および「有する（ｈａｖｉｎｇ）」という用語は、包括的であることが意図され、列挙された要素以外の追加の要素が存在し得ることを意味する。

本発明の範囲から逸脱することなく、上記の細胞および方法において様々な変更を行うことができるため、上記の説明および以下に与えられる実施例に含有される全ての事項は、限定的な意味ではなく例示的であると解釈されるべきであることが意図される。

「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」という用語は、「含むが、必ずしもこれらに限定されない」を意味し、具体的には、そのように記載された組み合わせ、群、シリーズなどへのオープンエンドの包含またはメンバーシップを示す。本明細書で使用される「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」および「含む（ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ）」という用語は、包含的かつ／またはオープンエンドであり、追加の、列挙されていない要素または方法プロセスを除外しない。「から本質的になる」という用語は、「含む」よりも限定的であるが、「からなる」ほど制限的ではない。具体的には、「から本質的になる」という用語は、特定の材料またはステップ、および特許請求される発明の本質的な特徴に実質的に影響を与えない材料またはステップにメンバーシップを限定する。

本明細書で使用される場合、「発現」としては、これらに限定されないが、以下：遺伝子の前駆体ｍＲＮＡへの転写；成熟ｍＲＮＡを産生するための前駆体ｍＲＮＡのスプライシングおよび他の処理；ｍＲＮＡ安定性；成熟ｍＲＮＡのタンパク質への翻訳（コドン使用およびｔＲＮＡ利用可能性を含む）；ならびに適切な発現および機能のために必要な場合、翻訳産物のグリコシル化および／または他の修飾のうちの１つ以上が挙げられる。

本明細書で使用される場合、「遺伝子」という用語は、発現を制御するプロモーター、エクソン、イントロン、および他の非翻訳領域を含む、ＲＮＡ産物の調節された生合成のための全ての情報を含有するＤＮＡのセグメントを意味する。

本明細書で使用される場合、「遺伝子型」という用語は、個体において相同染色体対上の遺伝子座における１つ以上の多型部位で見出されるヌクレオチド対の非位相５’〜３’配列を意味する。本明細書で使用される場合、遺伝子型は、完全遺伝子型および／または亜遺伝子型を含む。

本明細書で使用される場合、「遺伝子座」（ｌｏｃｕｓまたはｇｅｎｅｔｉｃ ｌｏｃｕｓ）という用語は、互換的に使用され、遺伝子または身体的もしくは表現型特徴に対応する染色体またはＤＮＡ分子上の位置を指す。

本明細書で使用される場合、「変異体」という用語は、変異、例えば、単一ヌクレオチド多型（「ＳＮＰ」）および挿入／欠失の結果である、野生型からの任意の遺伝性変異を意味する。「変異体」という用語は、本明細書全体を通して「マーカー」、「バイオマーカー」、および「標的」という用語と互換的に使用される。

本明細書で使用される場合、「医学的状態」という用語は、限定されないが、治療が望ましい１つ以上の身体的および／または心理的症状として現れる任意の状態または疾患を含み、以前におよび新たに識別された疾患ならびに他の障害を含む。

本明細書で使用される場合、「ヌクレオチド対」という用語は、個体からの染色体の２つのコピー上の多型部位で見出されるヌクレオチドを意味する。

本明細書で使用される場合、「多型」、「多型バリアント」、および「多型部位」という用語は、互換的に使用され、少なくとも２つの代替配列が見出される遺伝子座内の位置を指す。遺伝子の多型バリアントは、異常発現またはタンパク質の異常形態の産生をもたらし得、この異常は、疾患を引き起こすか、または疾患に関連し得る。

本明細書で使用される場合、「ポリヌクレオチド」という用語は、非修飾または修飾ＲＮＡまたはＤＮＡであり得る、任意のＲＮＡまたはＤＮＡを意味する。ポリヌクレオチドとしては、限定なしに、一本鎖および二本鎖ＤＮＡ、一本鎖および二本鎖領域の混合物であるＤＮＡ、一本鎖および二本鎖ＲＮＡ、一本鎖および二本鎖領域の混合物であるＲＮＡ、ならびに一本鎖であり得るか、またはより典型的には、二本鎖もしくは一本鎖および二本鎖領域の混合物であり得る、ＤＮＡおよびＲＮＡを含むハイブリッド分子が挙げられる。加えて、ポリヌクレオチドは、ＲＮＡもしくはＤＮＡ、またはＲＮＡおよびＤＮＡの両方を含む三本鎖領域を指す。ポリヌクレオチドという用語はまた、１つ以上の修飾塩基を含有するＤＮＡまたはＲＮＡ、および安定性のためにまたは他の理由で修飾された骨格を有するＤＮＡまたはＲＮＡを含む。

本明細書で使用される場合、「ポリペプチド」という用語は、ペプチド結合または修飾ペプチド結合、すなわち、ペプチドイソスターによって互いに結合した２つ以上のアミノ酸を含む任意のポリペプチドを意味する。ポリペプチドは、一般にペプチド、グリコペプチド、またはオリゴマーと称される短鎖、および一般にタンパク質と称される長鎖の両方を指す。ポリペプチドは、２０個の遺伝子コードアミノ酸以外のアミノ酸を含有し得る。ポリペプチドは、翻訳後処理などの天然プロセス、または当該技術分野で周知の化学修飾技法のいずれかによって修飾されるアミノ酸配列を含む。そのような修飾は、基本的なテキストおよびより詳細なモノグラフ、ならびにボリュームのある研究文献において十分に記載されている。

本明細書で使用される場合、「単一ヌクレオチド多型（ＳＮＰ）」という用語は、２つの代替塩基がヒト集団においてかなりの頻度（すなわち、＞１％）で生じる、ゲノムにおける単一位置でのヌクレオチド可変性を意味する。ＳＮＰは、遺伝子内またはゲノムの遺伝子間領域内で生じ得る。本発明によるＳＮＰプローブは、ＳＮＰおよびその隣接核酸配列（複数可）に相補的なオリゴヌクレオチドである。

本明細書で使用される場合、「対象」という用語は、好ましくは、対象がヒトなどの哺乳動物であるが、動物、例えば、飼育動物（例えば、イヌ、ネコなど）、農場動物（例えば、ウシ、ヒツジ、ブタ、ウマなど）、および実験動物（例えば、カニクイザル、ラット、マウス、モルモットなど）でもあり得ることを意味する。

本明細書で使用される場合、対象または患者への薬剤または薬物の投与は、自己投与および別の者による投与を含む。記載されるような医学的状態の様々な治療または予防様式は、完全治療または予防を含むが、完全治療または予防未満も含み、いくらかの生物学的または医学的に関連する結果が達成される、「実質的」を意味することが意図されることも理解されたい。

上で考察される刊行物は、本出願の出願日より前のそれらの開示についてのみ提供される。本明細書におけるいかなるものも、本発明が、先行発明のためにそのような開示に先行する権利がないことを認めるものとして解釈されるべきではない。

以下の例は、本開示を実証するために含まれる。以下の例に開示される技法が、本開示の実施において良好に機能することが本発明者らによって発見された技法を表すことは、当業者によって理解されるべきである。しかしながら、当業者は、本開示に照らして、本開示の趣旨および範囲から逸脱することなく、本開示において多くの変更を行うことができ、依然として同様または類似の結果を得ることができ、したがって、記載される全ての事項は例示的であり、限定的な意味ではないと解釈されるものであることを理解すべきである。

実施例１．ＡＮＡＶＥＸ２−７３の試験設計、安全性、および忍容性、ならびに患者特性。
ＳＩＧＭＡＲ１のアゴニストであるＡＮＡＶＥＸ２−７３は、ＰＥＴスキャンによって、その標的に直接結合し、マウスにおけるコリン作動性ムスカリン受容体を調節することが示されている。ＡＤにおけるＡＮＡＶＥＸ２−７３の臨床的可能性を、最初にマウスにおいて、続いて健常なボランティアにおける第１相試験および５７週間第２ａ相ＡＤ試験によって評価した。この試験、５７週間試験（図１ａ）は、軽度〜中等度ＡＤを有する３２人の患者を登録し、安全性および忍容性のその主要エンドポイントを満たし（表１）、２０８週間試験（図１ａ）と称される２０８週間延長試験につながった。２つの試験に登録された患者を、有効性尺度として臨床記述子、身体検査、薬物動態、ならびにＭＭＳＥおよびＡＤＣＳ−ＡＤＬについてのデータの収集を含む、ベースラインおよび各訪問時に特徴付けた（図１ｂおよび表３）。

実施例２．ゲノムバイオマーカーの識別。
患者の腫瘍のゲノム特徴付けは、疾患および治療応答のゲノムバイオマーカーを識別し、ランク付けするために、腫瘍学試験において日常的に行われる。遺伝子多型は、治療応答の変異、患者集団における治療応答の調節と関連付けられる。この試験では、全エクソーム配列決定（ＷＥＳ）および遺伝子発現分析（ＲＮＡｓｅｑ）を延長試験に残っている２１人の患者について１０９〜１３５週目に行った（図１ｂ）。有効性転帰尺度および導出された進行尺度を含む、縦断的臨床および他の患者特性と統合されたゲノムデータは、表現型および遺伝子型精密医療分析につながる（図１ｂ、ｃ）。

患者観察規模が属性の数よりも小さい小コホートは、分析的課題を構成する。この試験では、ＫＥＭソフトウェア（ｖ．３．６．２）に実装される、ガロア束に基づく、目的変数なしの形式概念分析法（ＦＣＡ）を使用して、表現型および遺伝子型バイオマーカーを識別し、ランク付けした。この分析では、バイオマーカーと転帰との間の関連は想定されず、全ての関係の自由なデータ駆動の仮説生成を可能にする。

全ての利用可能な特徴間の合計３，１４５，６３０の関係を探索した。ストリンジェントなフィルタリングは、ＤＮＡバリアントの不在および中ＲＮＡ発現群をコードする変数を含有するルールを除外した。ルールの数値フィルタリングは、以下の閾値：支持度（ｎ＞３）、信頼度（＞５０％）、リフト（≧１．２）、およびｐ値（フィッシャー正確検定またはマン−ホイットニー−ウィルコクソン＜０．０５）を含んだ。フィルタリングステップは、臨床、ゲノム、およびトランスクリプトミクス患者特性を複数の時点での応答と関連付ける１，０１９個の相関ルールのサブセットをもたらした。第２のフィルタリングステップは、５７週目での応答のみとの関係に焦点を当て、支持度≧５、およびリフト≧１．５を上昇させ、ＲＮＡ発現、ＣＹＰバリアント、および用量／濃度をパートＡから除外した。これは、ルールの数を、５７週目にＭＭＳＥまたはＡＤＣＳ−ＡＤＬのデルタ（二値化離散化による、補足的Ｓ表４を参照されたい）またはスロープによって測定される転帰に関連する１５個の相関にさらに低減した。１５個のルールは、最高の信頼度および最高のリフトの順序で提示される。ストリンジェントなフィルタリングは、５７週目（パートＢの終わり）での応答の関係に焦点を当て、相関数をデルタまたはスロープＭＭＳＥまたはＡＤＣＳ−ＡＤＬによって測定される転帰に関連する１５個のみに低減した（表４）。識別された１５個の関係内で、パートＢにおける４ｎｇ／ｍＬを超えるＡＮＡＶＥＸ２−７３の平均血液濃度は、５７週目にＭＭＳＥ転帰の改善の確率を１．８８倍に増加させた（表４）。より高い濃度は、デルタＡＤＣＳ−ＡＤＬスコアを改善した（ｐ＝０．０３）（図２ｃ）。ともに５７週目に、より低いＭＭＳＥベースラインスコア（＜２０）は、より悪いＭＭＳＥ転帰の相対確率（リフト）を１．５倍増加させ、より高いＭＭＳＥベースラインスコア（＞２０）は、ＭＭＳＥの改善の相対確率を１．６２倍増加させた。

デルタＭＭＳＥおよびデルタＡＤＣＳ−ＡＤＬの両方について１００％信頼度および真を示す関係にさらに焦点を当て、２つのＤＮＡバリアント、ＳＩＧＭＡＲ１＿Ｑ２ＰおよびＣＯＭＴ＿Ｌ１４６ｆｓを識別した。表５は、統合データソースの要約を示す。１，１５２個の記述子からの合計２，５２７個の特徴を、合計２７，１５５個のアノテートされた遺伝子からのアミノ酸変化を有する８３７個のゲノム配列、および１８５個のＲＮＡ発現プロファイルを含む各対象に使用した。患者記述子は灰色で示され、転帰はピンクで示される。ＡＮＡＶＥＸ２−７３濃度の２つの群をモデル化するために試験に適用される２つの分析ステップ１）５７週目での応答の目的変数なしのＦＣＡルールに基づく分析、２）５７週目で見出されるマーカーを組み込む１４８週間にわたる応答の混合効果モデリングを使用する縦断的確認に組み込まれる患者記述子の数の説明である。

ＳＩＧＭＡＲ１ Ｑ２Ｐの３Ｄ構造的影響も調査した。ＳＩＧＭＡＲ１の３Ｄ結晶構造を、ＶｉｓｔａＰＤＢ １．０ソフトウェアを使用して可視化した（図３）。各モノマーは、Ｎ末端膜貫通アルファヘリックスを示す。タンパク質のＮ末端は、サイトゾルに面すると考えられ、他のリガンドと相互作用すると考えられる。識別されたＳＩＧＭＡＲ１バリアント（２位のグルタミン（Ｇｌｎ）がプロリンに変化−ＳＩＧＭＡＲ１＿ｐ．Ｑ２Ｐ）は、タンパク質のＮ末端に位置し、したがって、構造的および機能的影響を有し得る。Ｇｌｎ（Ｑ）からプロリン（Ｐ）への変化は、側鎖の長さ（Ｇｌｎで伸長）に影響を及ぼし、アルファヘリックスを形成するアミノ酸の能力に影響を及ぼし得る。プロリンは、「ヘリックスブレーカ」とみなされ、いくつかの場合、ａヘリックスのＮ末端を巻き戻すことに起因している。ＳＩＧＭＡＲ１＿Ｑ２ＰまたはＣＯＭＴ＿Ｌ１４６ｆｓバリアント、および低いベースラインＭＭＳＥスコアを有する患者の遡及的除外は、５７週目にＭＭＳＥおよびＡＤＣＳ−ＡＤＬスコアを改善した。第２ａ相コホート全体についての５７週間のＡＮＡＶＥＸ２−７３での毎日の治療は、標準治療と比較した場合、デルタＭＭＳＥおよびデルタＡＤＣＳ−ＡＤＬについて、それぞれ、０．５７および０．１８の効果量を有した（表６）。ＳＩＧＭＡＲ１＿Ｑ２ＰおよびＣＯＭＴ＿Ｌ１４６ｆｓバリアント、ならびに低いベースラインＭＭＳＥスコアを有する患者（２１人中９人の患者）が除外された場合、効果量は、ＭＭＳＥおよびＡＤＣＳ−ＡＤＬについて、それぞれ、１．０５および０．９３に増加し（表６）、ともにコーエンのｄガイドラインに従って「大きい」とみなされた。

実施例３．結果の検証。
５７週目の結果の内部検証として、５７週目の応答の予測子を、回帰分析を使用して、２０８週間試験延長試験における中間１４８週目の縦断的データで試験した。この分析は、ゲノムデータを有する２１人の患者および１４時点についての２８７個の観察を含んだ（表７）。５７週目の転帰の予測子として識別される、パートＢにおけるＡＮＡＶＥＸ２−７３濃度を使用して、ＭＭＲＭ−ＬＭＥモデルについて２つのアームを定義した。５７週目に識別されたパラメータ（ＡＮＡＶＥＸ２−７３濃度レベル、ベースラインＭＭＳＥスコア、ＳＩＧＭＡＲ１＿Ｑ２ＰおよびＣＯＭＴ＿Ｌ１４６ｆｓバリアント）に加えて、年齢、性別、ＡＰＯＥ ε４ステータス、およびドネペジル併用を、デルタＭＭＳＥおよびデルタＡＤＣＳ−ＡＤＬのＭＭＲＭ−ＬＭＥモデルに含めた。この分析は、より高いＡＮＡＶＥＸ２−７３濃度アームが、１４８週間にわたって低／中アームと比較される場合、調整ＭＭＳＥおよび調整ＡＤＣＳ−ＡＤＬにおいて、それぞれ、７８％および８８％の好ましい差を有したことを示した（それぞれ、ｐ値＜０．０００８および＜０．０００１）。時間に加えて、ＡＰＯＥ ε４ステータス（ｐ＜０．０００１）およびＡＮＡＶＥＸ２−７３平均濃度は、有意な予測子であった（図４ａ、４ｂ、ならびに表８および表６Ａ）。さらに、時間とのＳＩＧＭＡＲ１＿Ｑ２Ｐ、ＣＯＭＴ＿Ｌ１４６ｆｓ、およびＡＰＯＥ４ ε４ステータス相互作用は、有意な変数であった。未調整尺度はこれらの結果を裏付け、応答の陽性バイオマーカーを有する患者は、バイオマーカーを有しない患者または標準治療を受ける参照集団よりも１４８週間にわたってより良好なデルタＡＤＣＳ−ＡＤＬを有した（図５および表９）。２人の患者は、縦断的試験（１４８週間の期間）中に例外的な治療応答を示した。両方の対象は、ＳＩＧＭＡＲ１野生型、血漿中のＡＮＡＶＥＸ２−７３の高い平均濃度、およびベースラインＭＭＳＥ≧２０を有した（図６）。報告された臨床的利益は、気分および注意力の改善、ならびに自立活動の増加を含んだ。

実施例１〜３の考察
この試験は、我々の知る限りでは、ＡＤにおける薬物応答に関連するバイオマーカーについて最初に報告されたゲノム全体の探索である。我々が使用したアプローチは、標準的な分類または「シグネチャ」の探索とは異なった。ＫＥＭフレームワークに基づくＦＣＡを、臨床試験のデータと一致する相関ルールによる応答の予測子の識別およびランク付けのための方法として使用した。この研究に示されるように、ＦＣＡ機械学習方法論は、典型的には１０^９以上の非常に大きいコンビナトリアル空間を探索し、典型的には２〜３×１０^６のより小さいセットを抽出し、最後に数十の重要な関係に焦点を当てることを可能にした。「ブラックボックス」数値法とは対照的に、このアプローチは、（表４および５に示されるように）各識別されたルールを検証する患者の識別を可能にし、最も関連性の高いバイオマーカーを選択するための客観的かつ明示的なフィルタリング戦略を導入する。

「アミロイド仮説」の周りで生成されたネガティブな結果は、ＡＤコミュニティに、Ａβプラークが疾患の進行段階で現れ得るという仮説を立てることを促し、これは、既存の抗ＢＡＣＥまたは抗タウ介入の範囲を超え得る。しかしながら、ＡＤによって引き起こされるＭＣＩの発症の予後であり得る信頼できるゲノムマーカーがまだ識別されていないため、疾患を早期段階で特徴付けることも困難であった。人口の約２５％のみがＡＰＯＥ４遺伝子型を有するため、ＡＰＯＥステータス単独では十分な予測力を有しない。試験は、軽度認知障害（ＭＣＩ）の早期検出のために使用され得る遺伝子バリアント、ＴＯＭＭ４０を識別した。この仮説をＴＯＭＯＲＲＯＷ試験において試験した。しかしながら、（スクリーニングされた２４，１３６人のうち）３，４９４人の患者を含むＴＯＭＯＲＲＯＷ試験は、バイオマーカー認定のその主要目的に達することができなかった。この文脈において、ＡＤのための代替の創薬可能な標的の探索が優先事項となりつつあり、ＡＮＡＶＥＸ２−７３によって標的とされるＳＩＧＭＡＲ１は、細胞恒常性を維持するための重要な薬物標的であり得、これは潜在的に神経変性を遅延または停止させ、さらに補償応答を可能にし得る。

本明細書は、転帰の改善に関連するパラメータの識別を可能にした、２つの臨床試験からのデータ駆動不偏分析を提示する。複数の時点および複数のエンドポイントにわたって臨床応答と一貫して関連するバイオマーカーを検索および選択することによって、患者選択マーカーの信頼できる識別およびランク付けが可能である。特筆すべきことに、この試験において記載されるアプローチは、いずれの先験的仮説もなしに、＞３００万個の保持されたルールのサブセットの中で、臨床応答の上位２０個の駆動体として、ＣＯＭＴバリアント（ｒｓ１１３８９５３３２／ｒｓ６１１４３２０３）に加えて、ＡＮＡＶＥＸ２−７３平均濃度、ベースラインＭＭＳＥ、およびＳＩＧＭＡＲ１遺伝子の特異的バリアント（ｒｓ１８００８６６）を識別する。低いベースラインＭＭＳＥは、多数の治療アプローチの範囲を超えて進行したＡＤステージと関連していると考えられる。ＳＩＧＭＡＲ１は、ＡＮＡＶＥＸ２−７３のインビボで確認された標的である。ＣＯＭＴは、記憶および他の神経行動機能に関与するとして以前に記載されている遺伝子である。

中間１４８週目でのＭＭＲＭ−ＬＭＥ分析は、調整平均デルタＡＤＣＳ−ＡＤＬ（８８％）および調整平均デルタＭＭＳＥ（７８％）に関連する２つの濃度アーム間の応答における有意な差を示した。これらの差は有意であり、かなり大きいことに留意されたい。これらの値は、例えば、７２週間後にＢＡＮ２４０１についてＣＴＡＤ２０１８で提示されたデータ：変化の約１８％が、それぞれのアームにおけるＡＰＯＥ４ステータスの不均衡に起因し得る、ＡＤＡＳ−Ｃｏｇにおけるベースラインからの調整平均変化における４７％およびＡＤＣＯＭＳ５４における調整平均変化における３０％について、他の試験で得られた最近の結果と比較して好ましい。

３９，９７４個のＤＮＡバリアントの分析（表１０）は、ＳＩＧＭＡＲ１＿Ｑ２ＰおよびＣＯＭＴ＿Ｌ１４６ｆｓが上位の相関に保持されたことを示した。限られたデータ利用可能性に起因して、効果量を計算するために文献から得られたデルタＭＭＳＥおよびデルタＡＤＣＳ−ＡＤＬの標準治療尺度は、この試験で使用された実際の時点である５７週間ではなく５２週間に対応した。最後に、ＲＮＡ分析は、収集時間（１０９〜１３５週間）に起因して制限され、比較に利用可能なベースライントランスクリプトーム尺度はなかった。しかしながら、探索的分析は、高いＳＩＧＭＡＲ１発現がより良好な転帰と関連していることを見出した（表１１）。

この研究で説明されている方法論は、薬物開発プロセスの初期にデータ駆動不偏バイオマーカー識別を使用する可能性を開く。「ホワイトボックス」および形式概念分析の系統的アプローチは、機械学習プラットフォームが各所見を説明し、治療応答について患者選択バイオマーカーを識別およびランク付けするために不可欠であり得る早期データの分析に理想的な組み合わせであり得る。これらのデータ分析法は、精密医療の新薬発見および開発の基礎となり得る。

実施例１〜３の方法
（ａ）試験設計
本臨床試験は、２つの連続臨床試験：５７週間試験および２０８週間試験からのデータおよび試料を統合し、分析する。５７週間試験は、軽度〜中等度ＡＤを有する３２人の対象の試料を動員した薬物ＡＮＡＶＥＸ２−７３の多施設第２ａ相臨床試験であった。これは２つのパートで構成された。パートＡは、最大５週間続く単純無作為、非盲検、２期間、クロスオーバ、適応試験であった。各期間は、１つの特異的な投与経路および２つの可能な用量レベルを含み、１つの期間では、経口用量（３０ｍｇまたは５０ｍｇ）が投与され、他の期間では、静脈内（ＩＶ）形態（３ｍｇまたは５ｍｇ）が投与され、パートＡにおいて合計８つの可能な用量投与スキームをもたらした（詳細は図２ａで入手可能である）。２つの期間を、用量が与えられなかった１２日のウォッシュアウト期間によって分離した。

パートＡの直後のパートＢは、さらに５２週間の経口１日用量の非盲検延長であった。５７週間試験の主要エンドポイントは、薬物の安全性および忍容性を確立することであった。二次エンドポイントは、投与レジメンと、認知および機能の薬物動態−探索的有効性転帰との間の関係を確立することを目的とした。認知は、ミニメンタルステート検査（ＭＭＳＥ）によって評価され、機能能力は、アルツハイマー病共同試験−日常生活動作尺度（ＡＤＣＳ−ＡＤＬ）によって評価された。追加の認知尺度は、Ｃｏｇｓｔａｔｅ Ｂｒｉｅｆ Ｂａｔｔｅｒｙ（ＣＢＢ）、ならびに脳波検査および事象関連電位の機能尺度（ＥＥＧおよびＥＲＰ）を含んだ。パートＢは、適応経口投与スキームを継続した。表１２は、５７週間試験中の平均経口用量投与を要約する。

５７週間試験の好ましい安全性および忍容性プロファイル（表１および表２）に起因して、かつ患者および介護者からの申請に応じて、５７週間試験パートＢの完了直後に２０８週間非盲検延長試験（２０８週間試験）を実施した。２０８週間試験は、パートＢを完了し、同様に適応１日経口投与スキームが適用された２４人の対象を登録した。ＡＮＡＶＥＸ２−７３−００３は、ＭＭＳＥおよびＡＤＣＳ−ＡＤＬによって測定される安全性および有効性の継続評価を含む。１４８週目（分析の中間時点）に、試験に残っている対象（ｎ＝２１）に関するデータを有効性転帰について分析した。このレポートは、ＡＮＡＶＥＸ２−７３−００３が依然として継続中である間、１４８週目に入手可能なデータを使用して作成された。

（ｂ）対象
５０〜８５歳の軽度〜中等度ＡＤを有する合計３２人の対象を、２０１４年１２月〜２０１５年９月オーストラリアにおける３つの施設にわたって登録した。それらの診断は、Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃ ａｎｄ Ｓｔａｔｉｓｔｉｃａｌ Ｍａｎｕａｌ ｏｆ Ｍｅｎｔａｌ Ｄｉｓｏｒｄｅｒｓ ４ｔｈ ｅｄｉｔｉｏｎ（ＤＳＭ−ＩＶ）およびＮａｔｉｏｎａｌ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ ｏｆ Ｎｅｕｒｏｌｏｇｉｃａｌ ａｎｄ Ｃｏｍｍｕｎｉｃａｔｉｖｅ Ｄｉｓｏｒｄｅｒｓ ａｎｄ Ｓｔｒｏｋｅ／Ａｌｚｈｅｉｍｅｒ’ｓ Ｄｉｓｅａｓｅ ａｎｄ Ｒｅｌａｔｅｄ Ｄｉｓｏｒｄｅｒｓ Ａｓｓｏｃｉａｔｉｏｎ ｃｒｉｔｅｒｉａと一致し、ＭＲＩおよび／またはＣＴ脳スキャンの評価を含んだ。３２人の参加者の人口統計およびベースライン特性を、プロトコル修正後に収集されたゲノムデータおよび患者同意を有する参加対象の群（Ｎ＝２１）とともに表３に要約する。表１は、患者性質を示す。７人の患者が５７週間試験中に中止し、そのうち６人は同意を撤回し、１人は有害事象（ＡＥ）に起因した。合計３人の患者が、２０８週間試験中に、継続中延長試験の累積中間１４８週までに中止した。

ベースラインおよび各訪問時に以下の評価スコアおよび基準を記録した：ＭＭＳＥ、ＡＤＣＳ−ＡＤＬ、ハミルトンうつ病評価尺度（ＨＡＭ−Ｄ）評価、ローゼン改変ハチンスキー虚血スコア（ＲｍＨｉｓ）、ＣＢＢ、およびＥＥＧ／ＥＲＰ。ＣＢＢサブテストは、６つの異なるサブスコアで構成された：検知（ＤＥＴ、処理速度）、識別（ＩＤＮ、注意／警戒）、ワンカードラーニング（ＯＣＬ、視覚認識記憶）、ワンバック（ＯＢＫ、作動記憶）、国際ショッピングリスト（ＩＳＬＴ、言語学習）、および国際ショッピングリスト遅延想起（ＩＳＲＬ、言語記憶）。

（ｃ）試験エンドポイント
Ａ．安全性エンドポイント
安全性は、有害事象の発生率および重症度（表２）、バイタルサイン、身体検査、臨床検査パラメータ（血液学、血清化学、および尿検査）、ならびに心電図（データは示されない）の評価によって評価した。

Ｂ．有効性転帰
この試験における探索的臨床有効性は、各患者の認知（ＭＭＳＥ）および機能能力（ＡＤＣＳ−ＡＤＬ）スコアのベースラインからの変化として定義された。ＭＭＳＥ５７は、薬物試験における認知転帰尺度を含む、臨床ＡＤ研究において広く使用され、検証されている道具である。尺度の範囲は、０〜３０であり、より高いスコアはより高い認知機能を示す。ＡＤＣＳ−ＡＤＬ５８は、構造化された介護者インタビュー形式で実施され、ＡＤを有する患者の日常生活動作におけるパフォーマンスを評価する。尺度は、０〜７８であり、より高いスコアは、より大きい機能を示す。ＡＤＣＳ−ＡＤＬは、良好な試験−再試験信頼性を有することが示されている５９。ＭＭＳＥおよびＡＤＣＳ−ＡＤＬは、５７週間試験（パートＡにおける０および５週目、パートＢにおける１７、３１、４１、５３、および５７週目）、ならびに２０８週間試験（７０、８３、９６、１０９、１２２、１３５、および１４８週目）中の１４の異なる時点にわたって事前に指定された臨床施設訪問中に評価した。

対応するデルタスコアは、５７週目に焦点を当てて、各個別の患者について各訪問時およびベースラインでの値の間の差を使用して計算した。加えて、ＭＭＳＥおよびＡＤＣＳ−ＡＤＬスコアにおけるノイズの影響を低下させるために、各個別の患者について全ての利用可能な時点にわたる線形回帰を使用してスロープを推定した。導出されたスコアは、いくつかの特異的な時点（デルタ）で、および設定された期間（スロープ）にわたって、ベースラインからの探索的有効性データの進行を説明する。各関係を独立して処理し、説明したため、サブスコアおよび同じ試験スコアから導出された尺度を含めることは、この試験で適用される分析方法には影響を与えなかった。

表１３は、５７週間試験（５、１２、２６、３６、４８、および５７週目）およびＡＮＡＶＥＸ２−７３−００３（７０、８３、９６、１０９、１２２、１３５、および１４８週目）における１３時点でのＭＭＳＥおよびＡＤＣＳ−ＡＤＬについての、ベースラインに対する、デルタスコアを要約する。ＭＭＳＥおよびＡＤＣＳ−ＡＤＬについてのスロープの要約統計を表１３に示す。

Ｃ．薬物動態
パートＡ中のみで薬物動態分析を行った。パートＡの第１および第２の期間中に、第１の経口またはＩＶ投与後の、それぞれ、１２および１１時点で血液試料を採取した。分析に含まれる薬物動態パラメータは、最大血漿薬物濃度（Ｃ_ｍａｘ）、投与間隔中の最大血漿濃度までの時間（ｔ_ｍａｘ）、投与時から最後の測定可能な濃度までの曲線下面積（ＡＵＣ_０−ｔ）、平均排出半減期（ｔ１／２）、および血管外投与についての全身クリアランスを吸収された用量の割合で割ったもの（ＣＬ／Ｆ）で構成された。図２ｂは、最初の投与後（最初の２４時間）のＡＵＣ_{０−ｉｎｆ}を示す。

ＡＮＡＶＥＸ２−７３およびその代謝産物ＡＮＡＶＥＸ１９−１４４の定常状態血漿レベルを、予め指定された時点（１２、２６、３６、および４８週目）での血液試料収集を通してパートＢにおいて評価した。次いで、各患者の平均濃度値ｎｇ／ｍＬを平均化した。表１４は、５７週間試験中のＡＮＡＶＥＸ２−７３およびその代謝産物ＡＮＡＶＥＸ１９−１４４の平均血漿濃度を示す。

ＡＮＡＶＥＸ２−７３の用量と血漿濃度との間の関係は、第１相試験^２２中に評価され、男性健常対象において１〜６０ｍｇの範囲で線形であると推定することができる。ＡＮＡＶＥＸ２−７３および代謝産物の血漿濃度の前述の用量依存的増加は、図２ｂに例示されるように、本試験においても観察されている。

Ｄ．ＤＮＡおよびＲＮＡ抽出および配列決定
血液試料は、全ての依然として参加している２１人の対象から、ＡＮＡＶＥＸ２−７３−００３延長試験中にプロトコル修正および承認後の訪問日、ならびに患者の同意に応じて、１０３〜１３５週目に収集した。これらの試料は、ＤＮＡ（全エクソーム）およびＲＮＡ次世代配列決定（ＮＧＳ）データ分析を可能にした。４０８，５５１個のＤＮＡバリアントをコホート内で識別した。これらのうち、タンパク質中のアミノ酸修飾を駆動する３９，９７４個の高または中程度の影響のバリアントを維持し、ＲＮＡ発現値を百万分の１キロベース当たりの転写産物（ＴＰＭ）として正規化した。

Ｅ．焦点を当てた遺伝子サブセット
２４３個の遺伝子は、上記で導入されたＮＧＳ分析から得られた２７，１５５個のマッピングされた配列から選択した（補足図１ａ、ｂ、ｃ）。１０２個の遺伝子を、神経変性疾患へのそれらの関与に基づいて選択した（補足図１ａ）。２０個の遺伝子を、ＳＴＲＩＮＧデータベースから得られた０．１５０の信頼度スコア（２０１８年１月）に基づいて、ＳＩＧＭＡＲ１の機能インタラクトームの一部として選択した（補足図１ｃおよびｄ）。さらに、シトクロムＰ４５０遺伝子ファミリーの１１３個の遺伝子およびメチルトランスフェラーゼ遺伝子ファミリーからの１０個の遺伝子も加えた（補足図１ｂ）。

Ｆ．データ分析
相関ルールに基づくＦＣＡを使用したデータ分析を行って、５７週目に治療に対する応答のマーカーを識別した。その後のステップでは、１４８週間における応答の識別されたマーカーの確認分析を、線形混合効果を使用して行った。図１ｂは、分析で使用される異なるタイプのデータを示し、図１ｃは、薬物応答のマーカーの識別および検証のための２つの異なるタイプの分析を示す。

（ｄ）相関ルールおよびＫＥＭ（登録商標）プラットフォーム
ＫＥＭ（登録商標）（知識抽出および管理）ｖ３．６．２ソフトウェアを使用して、収集された全ての変数間の関係を系統的に抽出した。ガロア束理論、または形式概念分析（ＦＣＡ）に基づいて、ＫＥＭ（登録商標）は、共有特性を有する目的物の群を識別し、対応する相関ルールを生成する。相関ルールは、大きい異種データベースにおいてパターンおよび関係を検出するために開発されている。この方法論は、ＡｇｒａｗａｌおよびＳｉｒｉｋａｎｔによって導入され、マーケットバスケット分析、新薬発見、および複雑な疾患のゲノム特徴分析を含む異なるドメインにおける使用に成功している。方法はまた、薬物有効性および患者層別化試験における使用にも成功している。相関ルールは、２つの変数間の因果関係の存在を反映し得る。しかしながら、統計的に有意な相関の存在は、そのような因果関係の存在を示すために必要でも十分でもない。したがって、品質尺度の使用を以下に記載する。

相関ルールは、Ｘ→Ｙなどの関連であり、Ｘは、前件（または前件の組み合わせ、左側とも呼ばれる）であり、Ｙは、ルールの後件（または後件の組み合わせ、右側とも呼ばれる）であり、Ｙの説明としてＸを推論することを可能にする。Ｎ人の患者からなるデータセットを考慮すると、ｎ_Ｘ、ｎ_Ｙ、およびｎ_ＸＹは、それぞれ、ルールの前件（複数可）Ｘ、後件（複数可）Ｙ、およびルールの両方の部分を満たす患者の数である。任意の所与のルールについて、このルールに合致するｎ_ｘｙ人の患者を具体的に識別することが可能である。

相関ルールを説明およびランク付けするには、６つの主な品質尺度、すなわち：支持度、信頼度、リフト、有意性の尺度である２つのＰ値、および効果量の尺度であるコーエンのｄが使用される。

ｉ．支持度、信頼度、およびリフト
支持度は、相関が観察された対象の数として定義される：
支持度（Ｘ→Ｙ）＝ｎ_ＸＹ

信頼度は、ルールを検証する特徴付けられた患者のパーセンテージとして定義される：

リフト（相対確率）は、ＸおよびＹが独立している場合に期待される支持度に対する観測された支持度の比率である。ルールのパフォーマンスを測定して、より大きい集団からサブグループを識別する。

ｉｉ．有意性検定
２つの統計的検定からのＰ値を、各相関ルールについて計算した。カテゴリデータについての、ルールの関係、および小さい試料サイズに好適であることを説明する右側のフィッシャーの正確検定。記述子群毎の連続転帰測定値を比較するための、両側のマン−ホイットニーＵ検定。統計学的有意性を、両検定について０．０５のレベルで判定した。

ｉｉｉ．効果量
コーエンのｄ指標は、効果量を定量化するために各相関について計算され、それから今後の試験において有意な関係を判定するために含まれる患者の数を計算することができる。コーエンのｄは、２つの集団平均間の標準化された差を示す。

この試験では、転帰は、ＭＭＳＥおよびＡＤＣＳ−ＡＤＬのデルタおよびスロープ値によって定義した。効果量を計算するための対照群値は、標準治療を受けるＡＤ文献において入手可能な試験結果を組み合わせて得た：５２週目の対照群平均デルタＭＭＳＥは、３．５の標準偏差で−３．７と定義され、５２週目の平均デルタＡＤＣＳ−ＡＤＬは、８．０の標準偏差で−６．７あった。

年齢などの連続変数を、分布を使用して離散化した（表１３における閾値の要約を参照されたい）。例えば、ベースラインのＭＭＳＥを、２つの群、「低」（ベースラインＭＭＳＥ＜２０として定義）および「高」（ベースラインＭＭＳＥ≧２０として定義）に離散化した。「２０」という値は、所定の制限ではないことに留意されたい。ＭＭＳＥベースラインスコア閾値「＜２０」は、全ての含まれる患者の観測値の中央値に対応した。

（ｅ）線形混合効果モデル
縦断的臨床試験における連続主要エンドポイントをモデル化し、具体的にはＡＤ臨床試験の結果を分析するための反復測定用の混合効果モデル（ＭＭＲＭ）の適用が一般的となっている。

５７週目に識別されたバイオマーカーの縦断的関連性を、パートＢにおけるＡＮＡＶＥＸ２−７３平均血液濃度に基づいて２つのアーム（高対低／中）のうちの１つに対象を割り当てることによって、ＭＭＲＭを使用して１４８週目に評価した。小さいコホートサイズを考慮して、時間は、過剰パラメータ化を回避し、堅牢性を向上させるために、分析における連続変数として処理した。したがって、混合効果モデル（ＬＭＥ）の線形成分をモデル時間に適用した。Ｒ統計ソフトウェアに実装される、ＭＭＲＭ−ＬＭＥを適用して、デルタＭＭＳＥおよびＡＤＣＳ−ＡＤＬスコアを、経時的なＡＮＡＶＥＸ２−７３濃度レベル、および応答の他の識別された記述子とともにモデル化した。

実施例４．ＤＮＡおよびＲＮＡ抽出および分析
６１６個の経路を含む、ＡＤ患者配列において、遺伝子に対応する合計２７，１５５個のアノテートされたゲノム位置を識別した。２４３個の遺伝子の初期パネルを定義した。パネルは、神経変性疾患に関与する１０２個の遺伝子、ＳＩＧＭＡＲ１機能インタラクトームに関連する２０個の遺伝子、ならびに薬物代謝に関連する１２個のメチルトランスフェラーゼ遺伝子および１１１個のＣＹＰ遺伝子で構成された（表１５）。

各ＲＮＡ遺伝子発現についてＴＰＭ（百万分の１キロベース当たりの転写産物）値を使用して分布分析を行い、３つの等しいサイズのビン：低、中、高を定義した。

これは以下のように計算される：

注記Ｘ_ｉ：考慮されるｍＲＮＡのリードカウント、
ｌ_ｉ：考慮されるｍＲＮＡの長さ。

ＣＯＭＴ、ＣＯＭＴ ＴＰＭ（ＣＯＭＴｔ）について、１０．１以下のレベルは低、１０．１＞ＣＯＭＴｔ＞＝１５．２は中、ＣＯＭＴｔ＞１５．２は高とみなされる。

ＫＡＮＳＬ１、ＫＡＮＳＬ１ ＴＰＭ（ＫＡＮＳＬ１ｔ）について、１６．９以下のレベルは低、１６．９＞ＫＡＮＳＬ１ｔ＞＝２７．５は中、ＫＡＮＳＬ１ｔ＞２７．５は高とみなされる。

ＳＩＧＭＡＲ１、ＳＩＧＭＡＲ１ ＴＰＭ（ＳＩＧＭＡＲ１ｔ）について、１２．７以下のレベルは低、１２．７＞ＳＩＧＭＡＲ１ｔ＞＝１９は中、ＳＩＧＭＡＲ１ｔ＞１９は高とみなされる。

２４３個の遺伝子の初期パネルに焦点を当てて、タンパク質レベルでの１８５個のＲＮＡ遺伝子発現および８３７個のＤＮＡ変化は、２１人の対象の合計セットのうちの少なくとも１人の対象について異なることが示された。対象を、病歴、併用薬、および他のベースライン特性からなる２１２個の非ゲノム特性の追加のセットを使用してさらに特徴付けた。合計４０個のエンドポイントを以下のように定義した。

＞ミニメンタルステート検査（「ＭＭＳＥ」）およびアルツハイマー病共同試験−日常生活動作（「ＡＤＣＳ−ＡＤＬ」）エンドポイントを、ＡＮＡＶＥＸ２−７３−００２において収集されたデータから抽出した。

＞デルタＭＭＳＥおよびＡＤＣＳ−ＡＤＬを、６時点およびベースラインで収集された値の間の差を使用して計算した。

＞同様に、複数の値を統合してスロープを計算した。スロープは、各個別の患者の全ての利用可能な時点にわたる線形回帰を使用して計算される。スロープ計算は、これらのスコアの観測値にわたるばらつきを平滑化する利点を有する。

＞ＭＭＳＥおよびＡＤＣＳ−ＡＤＬの両方について計算されたデルタに対して分布分析を行った（図７Ａおよび１Ｂ）。患者は、第３タイルに基づいてカテゴリに分類した。

−デルタＡＤＣＳ−ＡＤＬ：高（≧−１）および低（≦−２）、

−デルタＭＭＳＥ：高（≧−１）および低（≦−２）。

中および低ビンを組み合わせて、新しい低ビンを定義した。高ビンは、最も高い第３タイル値に対応する。ＭＭＳＥおよびＡＤＣＳ−ＡＤＬの両方についてのベースラインと５７週目との間のスロープは、二値エンドポイントとして考慮した。レスポンダは、正または無のスロープを有すると定義された。非レスポンダは、負のスロープを表示すると定義された。

試験は、各患者について合計２，４８１個の特徴を含有した。ＫＥＭ（登録商標）ｖ３．６．２（Ａｒｉａｎａ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ，ＳＡから入手可能な、知識抽出および管理）を使用して、入手可能なデータを分析した。３，０４０，２７６個の関係を生成し、分析した。関係を、セットメトリクスを使用して分析し、それらの強度を評価した。

−支持度（ｎ）とは、相関が観察された対象の数を意味するものとする。

−リフト（相対確率）とは、相関の頻度を条件の頻度で割ったものを意味するものとする。このパラメータは、条件によって提供される濃縮度を測定する。

−信頼度は、条件が真である場合の相関の確率を意味するものとする

−コーエンのｄは、２つの手段の間の標準化された差を示すために使用される効果量である。相関ルールから、我々は、転帰の改善または悪化（デルタＭＭＳＥまたはデルタＡＤＣＳＡＤＬ）に関連するいくつかの遺伝的特徴を識別した。各特徴について、我々は、所望の特徴を有する患者（転帰の改善と関連している場合）、または特徴を有しない患者（転帰の悪化と関連している場合）によって群１を定義した。Ｍ_群１およびＳＤ_群１は、それぞれ、群１の転帰の平均および標準偏差である。Ｍ_群２およびＳＤ_群２は、軽度アルツハイマー病を有する患者の群について、当該技術分野で知られている、転帰の平均および標準偏差参照値である。

−Ｐ値（フィッシャーの正確検定、より大きい片側）は、２ｘ２の分割表における差の統計学的有意性を評価する。

−マン−ホイットニー−ウィルコクソン（ＭＷＷｉｌｃ．）は、両方の集団における分布が等しいという帰無仮説の非パラメトリック検定である。ＭＷＷｉｌｃ検定は、２つの集団の結合の値をランク付けし、２つの集団間のそれらのランクの合計を比較する。我々は、特徴を有する患者と特徴を有しない患者との間の転帰の分布を比較する。

−ＭＡＦ（マイナー対立遺伝子頻度）：１０００ゲノムデータベースからの一般集団において変異が発生する頻度を指す。

関係のフィルタリングは、２つのステップ：セマンティックフィルタリング（１）および数値フィルタリング（２）で行った。セマンティックフィルタリングステップでは、ＤＮＡ変異の不在、中ＲＮＡ発現ビン、ならびにスロープＭＭＳＥおよびスロープＡＤＣＳ−ＡＤＬをコードするパラメータを除外した。数値フィルタリングステップでは、支持度（ｎ＞３）、信頼度（＞５０％）、相対確率（リフト＞＝１．２）、およびｐ値（フィッシャーまたはマンホイットニーウィルコクソン＜０．０５）に基づくメトリクスを満たす関係のみを保持した。

フィルタリングステップ（１）および（２）は、ベースライン臨床およびゲノム患者特性ならびにＲＮＡ発現を、複数の時点での応答と関連付ける５０９個の相関ルールのサブセットをもたらす。

５７週目の応答のみに焦点を当てて、このセットは、４２個のＤＮＡ変異に関連する相関、２７個のＲＮＡ発現、およびベースライン時の他のパラメータを含む９個にさらに低減した。

ＤＮＡ変異の存在を応答と関連付ける４２個の相関ルールは、表１５に定義される遺伝子パネルからの２２個のＣＹＰタンパク質および２０個の非ＣＹＰタンパク質に対応する。２０個の非ＣＹＰ関係は、５７週目の応答の悪化に関連する１２個の非冗長性ＳＮＰ（表１８）、および５７週目の応答の改善に関連する２個（表１７）に対応する。

表１７データは、ゲノムデータ（１８５遺伝子パネルおよび８３７個の変異）の系統的分析から抽出した。これは、５７週目のデルタＭＭＳＥまたはデルタＡＤＣＳ−ＡＤＬによって測定される転帰の改善と有意に関連した２つのＳＮＰバリアントを識別する：これらは、ＨＬＡ−ＤＲＢ１＿ｐ．ＬｙｓＴｈｒ１３４ＬｙｓＡｓｐおよびＤＰＹＤ＿ｐ．ｌ５４３Ｖ（ｒｅ１８０１１５９）である。ルール：ｎ＞３人の患者、信頼度＞０．５、リフト＞＝１．２、ｐ値（フィッシャー検定またはＭＷＷｉｌｃ．）＜０．０５。

改変ＣＯＭＴ（Ｌ１４６後に停止）、またはＤＨＣＲ７ Ｔ２２０（ＤＨＣＲ７＿ｐ．Ｍ２２０Ｔ）、またはＨＬＡ−ＤＲＢ１ Ｔ２４４もしくはＴ６６もしくはＳ８９（ＨＬＡ−ＤＲＢ１＿ｐ．Ａ２４４ＴもしくはＳ６６ＹもしくはＹ８９Ｓ）、またはＫＡＮＳＬ１ Ｐｒｏ３０４／９４６／１０１０（ＫＡＮＳＬ１＿ｐ．Ｐ１０１０Ｌ／Ｐ３０４Ｌ／Ｐ９４６Ｌ）、またはＭＳ４Ａ６Ｅ Ｔ５９（ＭＳ４Ａ６Ｅ．ｐ．Ｍ５９Ｔ）、またはＲＩＮ３ Ｒ ２１５（ＲＩＮ３＿ｐ．Ｈ２１５Ｒ）、またはＳＩＧＭＡＲ１ Ｐｒｏ２（ＳＩＧＭＡＲ１＿ｐ．Ｑ２Ｐ）変異の存在は、ベースラインに対する５７週目のＡＤＣＳ−ＡＤＬまたはＭＭＳＥデルタ低と関連付けられる。

表１９は、５７週目のＭＭＳＥおよびＡＤＣＳ−ＡＤＬデルタの両方に関連する３つの変異（ＳＩＧＭＡＲ１ Ｑ２Ｐ、ＣＯＭＴ＿ｐ．Ｌ１４６ｆｓ、ＫＡＮＳＬ１＿ｐ．Ｐ１０１０Ｌ／Ｐ３０４Ｌ／Ｐ９４６Ｌ）に関するデータを提示する。ゲノムデータ（１８５遺伝子パネルおよび８３７個の変異）の系統的分析は、ＭＭＳＥおよびＡＤＣＳ−ＡＤＬの両方を使用して測定される、ＳＩＧＭＡＲ１ Ｐｒｏ２変異と応答の不在との間の有意な強い関係を識別する。

表２０は、ＳＩＧＭＡ１ＲにおけるＰｒｏ２変異の存在が、表１８に示されるデータから抽出された、ルールメトリクス上に詳細を有するＭＭＳＥの低いデルタを意味することを示す１つの相関ルールの表示である。

ＳＩＧＭＡＲ１ Ｇｌｎ（グルタミン）２がＰｒｏ（プロリン）２に変化した変異（ＳＩＧＭＡＲ１＿ｐ．Ｑ２Ｐ）は、ＳＩＧＭＡＲ１タンパク質の３Ｄ構造の３Ｄ立体構造について構造的な意味を有し得、これは次いでその機能および／または相互作用を変化させ得る。ＳＩＧＭＡＲ１の結晶構造は、トリマーを示す。各モノマーは、Ｎ末端膜貫通アルファヘリックスを示す。タンパク質のＮ末端は、サイトゾルに面すると考えられ、他のリガンドと相互作用すると考えられる。Ｐｒｏ２改変は、機能のいくらかの改変と一致して、それを伸長することによってヘリックスのＮ末端の立体構造を変更し得る。

Ｇｌｎ（Ｑ）からＰｒｏ（Ｐ）への変化は、側鎖の長さ（Ｇｌｎで伸長）に影響を及ぼし、アルファヘリックスを形成するアミノ酸の能力に影響を及ぼすことが可能である。プロリンは、「ヘリックスブレーカ」とみなされ、いくつかの場合、ａヘリックスを巻き戻すことに起因している。

ＳＩＧＭＡＲ１ Ｐｒｏ２変異の存在を認知および機能エンドポイントと関連付けるＫＥＭ（登録商標）（バージョン３．６．２）関係は、表１９に示される。認知および機能尺度は、軽度および軽度〜中等度アルツハイマー病における治療薬の規制承認における両臨床エンドポイントであり、主要エンドポイントとしてプラセボよりも有意に良好であることが指示される。

５７週間第２ａ相ＡＮＡＶＥＸ２−７３−００２試験がプラセボアームを含まなかったことを考慮して、ＫＥＭ（登録商標）分析は、以下の２つの方法で認知（ＭＭＳＥ）および機能（ＡＤＣＳ−ＡＤＬ）からなる２つのエンドポイントを測定した：各患者自身のＭＭＳＥおよびＡＤＣＳ−ＡＤＬスコアのデルタ（５７週目〜ベースラインのデルタ）。

重要なことに、アルツハイマー病は進行性変性疾患であると理解されるため、軽度〜中等度アルツハイマー病における５７週間中のＭＭＳＥ（正デルタ）およびＡＤＣＳ−ＡＤＬ（正デルタ）の増加は、珍しいポジティブな事象である。有意なことに、ＭＭＳＥ（デルタ、ｎ＝９）およびＡＤＣＳ−ＡＤＬ（デルタ、ｎ＝８）を改善しなかった全ての患者の１００％は、ＳＩＧＭＡＲ１変異を有しなかった。さらに、ＳＩＧＭＡＲ１ Ｐｒｏ２（ｎ＝５）変異を有する患者の１００％は、ＭＭＳＥまたはＡＤＣＳ−ＡＤＬデルタを改善しなかった。全て（１００％）の患者（ｎ＝２１）から入手可能な遺伝子データ。

ＣＯＭＴバリアントＣＯＭＴ＿ｐ．Ｌ１４６ｆｓ（ｒｓ１１３８９５３３２／ｒｓ６１１４３２０３）について同様の結果が得られた。ＭＭＳＥ（デルタおよびスロープ両方）およびＡＤＣＳ−ＡＤＬ（デルタおよびスロープ両方）の改善を示した全ての患者（ｎ＝６）の１００％は、ＣＯＭＴ＿ｐ．Ｌ１４６ｆｓ変異を有しなかった。さらに、ＣＯＭＴ＿ｐ．Ｌ１４６ｆｓ（ｎ＝５）変異を有する患者の１００％は、ＭＭＳＥまたはＡＤＣＳ−ＡＤＬスロープを改善しなかった。ＣＯＭＴ＿ｐ．Ｌ１４６ｆｓ変異はまた、低いデルタＭＭＳＥおよびＡＤＣＳ−ＡＤＬと関連付けられる。全て（１００％）の患者（ｎ＝２１）から入手可能な遺伝子データ。

そのようなものとして、これらの変異の存在／不在を確立することは、ＳＩＧＭＡＲ１アゴニスト治療に関する治療決定において有用であり得る。これらの変異の不在は、Ａ２−７３療法などの増強されたＳＩＧＭＡＲ１アゴニスト療法のための診断である。これらの変異のいずれかまたは両方の存在を確立することは、神経変性障害の第一選択治療として他の治療薬を使用するための診断である。

ＳＩＧＭＡＲ１ Ｐｒｏ２変異は、ＡＤＣＳ−ＡＤＬおよびＭＭＳＥデルタの数値的デルタ値における有意差をもたらす（図８ｃおよびｆ）。ＭＷＷｉｌｃ検定は、２つの集団（すなわち、ここでの２つの集団：ＳＩＧＭＡＲ１ Ｐｒｏ２変異対ＳＩＧＭＡＲ１ Ｇｌｎ２変異）において連続変数の中央値に有意差があるかを評価する。ＳＩＧＭＡＲ１ Ｐｒｏ２変異の不在は、ＢＬからの高いＡＤＣＳ−ＡＤＬデルタ（改善）と強く関連する。ＣＯＭＴ Ｌｅｕ１４６変異（図８ａおよびｄ）およびＫＡＮＳＬ１ Ｐｒｏ３０４／９４６／１０１０変異（図８ｂおよびｅ）についても同様の結果が見出された。

上述されるように、２７のＲＮＡ発現は、ベースラインに対する５７週目における応答の改善または悪化と関連していた。非ＣＹＰタンパク質および高レベルのＲＮＡ発現のみをさらに選択すること（低および中程度発現レベルを除外すること）は、ＤＨＣＲ７、ＧＡＭＴ、ＩＬ１０、ＫＡＮＳＬ１、ＭＴＵＳ１、ＰＰＡＲＧ、およびＳＩＧＭＡＲ１の高発現レベルが、ベースラインに対する５７週目におけるＡＤＣＳ−ＡＤＬまたはＭＭＳＥデルタの改善と関連付けられることを示す（表２２）。

ＤＮＡおよびＲＮＡ分析の間の交差、ならびにＤＮＡ分析を通して識別され、ＭＭＳＥおよびＡＤＣＳ−ＡＤＬの両方によって測定される転帰に影響を及ぼす遺伝子のサブセットに焦点を当てて、表２３は、ＭＭＳＥまたはＡＤＣＳ−ＡＤＬによって測定される応答に関連する３つの遺伝子マーカー（ＳＩＧＭＡＲ１、ＣＯＭＴ、ＫＡＮＳＬ１）のより高いＲＮＡ発現を示す。

特に、ＳＩＧＭＡＲ１の高いＲＮＡ発現は、表２４および図９に示されるように、高いＡＮＡＶＥＸ（登録商標）２−７３応答（改善）と関連している。

ＤＮＡおよびＲＮＡ分析の両方は、ＭＭＳＥおよびＡＤＣＳ−ＡＤＬの変異によって測定される、５７週目におけるＳＩＧＭＡＲ１療法の転帰の予測子としてのＳＩＧＭＡＲ１、ＫＡＮＳＬ１、およびＣＯＭＴの役割に関する収束的証拠を提供する。

表２５は、５７週目にデルタＭＭＳＥまたはデルタＡＤＣＳ−ＡＤＬによって測定される転帰と有意に関連した１１個のＳＮＰを識別するＣＹＰゲノムデータ（表１５からの、１１１遺伝子パネル）の系統的分析を示す。ＭＭＳＥおよび／またはＡＤＣＳ−ＡＤＬスコアの改善との相関は、バリアントＣＹＰ４Ｖ２、ＣＹＰ２７Ｂ１、ＣＹＰ２６Ｃ１の包含である。ＭＭＳＥおよび／またはＡＤＣＳ−ＡＤＬスコアの低下に基づく除外との相関は、バリアントＣＹＰ３９Ａ１、ＣＹＰ２Ｄ６、ＣＹＰ２Ｃ８である。

表２６は、ＭＭＳＥまたはＡＤＣＳ−ＡＤＬによって測定される応答に関連するＣＹＰ４Ｆ２、ＣＹＰ２６Ａ１、およびＣＹＰ２Ｄ６のＲＮＡ発現を示す。

実施例５．σ−１アゴニストレスポンダ／非レスポンダ判定
５７〜７１歳のアルツハイマー病と診断された１２人の対象は、ＳＩＧＭＡＲ１遺伝子におけるＱ２Ｐ多型について試験される。２人の対象がＳＩＧＭＡＲ１タンパク質の２位にアミノ酸プロリンを有することが判定される。残りの１０人の対象が受容体タンパク質上のその位置にグルタミンを有することがさらに判定される。ＳＩＧＭＡＲ１タンパク質の２位にアミノ酸プロリンを有する群は、Ｓｉｇｍａ−１アゴニスト療法に不適であると判定される。ＳＩＧＭＡＲ１タンパク質の２位にアミノ酸グルタミンを有する群は、Ｓｉｇｍａ−１アゴニスト療法に好適であると判定される。

実施例６．σ−１アゴニストレスポンダ判定および療法
７４歳男性は、診断されたアルツハイマー病を呈する。彼のＳＩＧＭＡＲ１遺伝子は、彼がＳＩＧＭＡＲ１遺伝子の２位にグルタミンを有すると判定される程度に分析される。これは、野生型である。彼は、３０ｍｇの経口用量で毎日Ａ２−７３で治療される。６か月間。彼の疾患は、その期間にわたって安定しており、進行していないと見られる。

実施例７．σ−１アゴニストレスポンダ判定および療法
７４歳男性は、診断されたアルツハイマー病を呈する。頬スワブが採取され、遺伝子型アッセイが実施されて、ＳＩＧＭＡＲ１ ２Ｐ遺伝子型の存在が判定される。そのような分析によって、対象がＳｉｇｍａＲ１遺伝子受容体（タンパク質）の２位にグルタミンを有することが判定される。彼は、３０ｍｇの経口用量で毎日ＡＮＡＶＥＸ２−７３で治療される。６か月間。彼の疾患は、その期間にわたって安定しており、進行していないと見られる。

実施例８．σ−１アゴニストレスポンダ判定および療法
６６歳女性は、診断された認知症を呈する。彼女のＳＩＧＭＡＲ１遺伝子は、彼女がＳＩＧＭＡＲ１遺伝子の２位にプロリンを有すると判定される程度に分析される。彼女は、Ｓｉｇｍａ−１アゴニストによる治療が却下される。彼女は、他の治療的処置選択肢について紹介される。

実施例９．σ−１アゴニストレスポンダ判定および療法
６０歳女性は、診断された認知症を呈する。彼女のＳＩＧＭＡＲ１遺伝子は、彼女がＳＩＧＭＡＲ１遺伝子の２位にプロリンを有すると判定される程度に分析される。彼女は、６か月間１日２回１．５ｍｇの経口リバスチグミンと組み合わされた毎日８０ｍｇの経口用量でのＡＮＡＶＥＸ２−７３で治療される。彼女の疾患は、その期間にわたって安定しており、進行していないと見られる。

実施例１０．σ−１アゴニストレスポンダ判定および療法
６４歳男性は、診断されたアルツハイマー病を呈する。彼のＣＯＭＴ遺伝子は、彼がＣＯＭＴ ｄｂｓｎｐ ＩＤ ｒｓ１１３８９５３３２／ｒｓ６１１４３２０３変異を有しないと判定される程度に分析される。彼は、３０ｍｇの経口用量で毎日Ａ２−７３で治療される。６か月間。彼の疾患は、その期間にわたって安定しており、進行していないと見られる。

実施例１１．σ−１アゴニストレスポンダ判定および療法
７１歳女性は、診断されたアルツハイマー病を呈する。彼女のＳＩＧＭＡＲ１遺伝子は、彼女がＳＩＧＭＡＲ１ ｒｓ１８００８６６を有しないと判定される程度に分析される。彼女は、３０ｍｇの経口用量で毎日Ａ２−７３で治療される。６か月間。彼女の疾患は、その期間にわたって安定しており、進行していないと見られる。

実施例１２．σ−１アゴニストレスポンダ判定および療法
８１歳男性は、診断された認知症を呈する。彼は、ＫＡＮＳＬ１＿ｐ．Ｐ１０１０Ｌ／Ｐ３０４Ｌ／Ｐ９４６Ｌ変異を有すると判定される。彼は、Ｓｉｇｍａ−１アゴニストによる治療が却下され、他の治療的処置選択肢について紹介される。

実施例１３．σ−１アゴニストレスポンダ判定および療法
７８歳男性は、診断された認知症を呈する。彼は、ＳＩＧＭＡＲ１遺伝子の２位にグルタミンを有する。彼は、ＫＡＮＳＬ１＿ｐ．Ｐ１０１０Ｌ／Ｐ３０４Ｌ／Ｐ９４６Ｌ変異を有すると判定される。彼は、６か月間毎日７ｍｇの経口メマンチンと組み合わされた毎日７０ｍｇの経口用量でのＡＮＡＶＥＸ２−７３で治療される。彼の疾患は、その期間にわたって安定しており、進行していないと見られる。

Claims (21)

1. Ｓｉｇｍａ−１受容体アゴニスト療法に応答性である対象を選択する方法であって、前記方法が、
   ａ．前記対象におけるＳＩＧＭＡＲ１＿Ｑ２Ｐ、ＣＯＭＴ＿Ｌ１４６ｆｓ、ＫＡＮＳＬ１＿Ｐ１０１０Ｌ／Ｐ３０４Ｌ／Ｐ９４６Ｌ、ＤＨＣＲ７＿Ｍ２２０Ｔ、ＨＬＡ−ＤＲＢ１＿Ａ２４４Ｔ、ＨＬＡ−ＤＲＢ１＿Ｓ６６Ｙ、ＨＬＡ−ＤＲＢ１＿Ｙ８９Ｓ、ＭＳ４Ａ６Ｅ＿Ｍ５９Ｔ、ＲＩＮ３＿Ｈ２１５Ｒ、ＤＰＹＤ＿ｌ５４３Ｖ、およびこれらの組み合わせからなる群から選択される少なくとも１つの多型の存在を判定する、前記対象からの生体試料の試験の結果を得ること、または得ていることと、
   ｂ．多型が前記対象に存在する場合、前記対象をＳｉｇｍａ−１受容体アゴニスト療法に非応答性として除外することと、を含む、方法。
2. Ｓｉｇｍａ−１受容体アゴニスト療法に応答性である対象を選択する方法であって、前記方法が、
   ａ．前記多型を含む遺伝子座を配列決定することによって、少なくとも１つの多型が前記対象から得られる生体試料において遺伝子座に存在するかを検出すること、または検出していることと、
   ｂ．多型が前記対象に存在する場合、前記対象をＳｉｇｍａ−１受容体アゴニスト療法に非応答性として除外することと、を含み、
   前記少なくとも１つの多型が、ＳＩＧＭＡＲ１＿Ｑ２Ｐ、ＣＯＭＴ＿Ｌ１４６ｆｓ、ＫＡＮＳＬ１＿Ｐ１０１０Ｌ／Ｐ３０４Ｌ／Ｐ９４６Ｌ、ＤＨＣＲ７＿Ｍ２２０Ｔ、ＨＬＡ−ＤＲＢ１＿Ａ２４４Ｔ、ＨＬＡ−ＤＲＢ１＿Ｓ６６Ｙ、ＨＬＡ−ＤＲＢ１＿Ｙ８９Ｓ、ＭＳ４Ａ６Ｅ＿Ｍ５９Ｔ、ＲＩＮ３＿Ｈ２１５Ｒ、ＤＰＹＤ＿ｌ５４３Ｖ、およびこれらの組み合わせからなる群から選択される、方法。
3. Ｓｉｇｍａ−１受容体アゴニスト療法に応答性である対象を選択する方法であって、前記方法が、
   ａ．ＳＩＧＭＡＲ１、ＣＯＭＴ、ＫＡＮＳＬ１、ＤＨＣＲ７、ＨＬＡ−ＤＲＢ１、ＭＳ４Ａ６Ｅ、ＲＩＮ３、ＤＰＹＤ、およびこれらの組み合わせ、およびこれらの組み合わせからなる群から選択される少なくとも遺伝子によってコードされるＲＮＡの発現のレベルを判定する、前記対象からの生体試料の試験の結果を得ること、または得ていることと、
   ｂ．前記試験試料における前記ＲＮＡのレベルを、Ｓｉｇｍａ−１受容体療法に応答性である対象における前記ＲＮＡのレベルと比較することと、を含み、
   Ｓｉｇｍａ−１受容体療法に応答性である前記対象における前記ＲＮＡのレベルと実質的に類似する前記試験試料における前記ＲＮＡのレベルが、Ｓｉｇｍａ−１受容体療法に応答性である対象を識別する、方法。
4. Ｓｉｇｍａ−１受容体アゴニスト療法に応答性である対象を選択する方法であって、前記方法が、
   ａ．ＳＩＧＭＡＲ１、ＣＯＭＴ、ＫＡＮＳＬ１、ＤＨＣＲ７、ＨＬＡ−ＤＲＢ１、ＭＳ４Ａ６Ｅ、ＲＩＮ３、ＤＰＹＤ、およびこれらの組み合わせからなる群から選択される遺伝子によってコードされる少なくとも１つのＲＮＡの発現のレベルを判定すること、または判定していることと、
   ｂ．前記試験試料における前記ＲＮＡのレベルがＳｉｇｍａ−１受容体療法に応答性である対象における前記ＲＮＡのレベルとは実質的に異なる場合、前記対象をＳｉｇｍａ−１受容体アゴニスト療法に非応答性として除外することと、を含む、方法。
5. Ｓｉｇｍａ−１受容体アゴニスト療法を必要とする対象を治療する方法であって、前記方法が、
   ａ．前記対象におけるＳＩＧＭＡＲ１＿Ｑ２Ｐ、ＣＯＭＴ＿Ｌ１４６ｆｓ、ＫＡＮＳＬ１＿Ｐ１０１０Ｌ／Ｐ３０４Ｌ／Ｐ９４６Ｌ、ＤＨＣＲ７＿Ｍ２２０Ｔ、ＨＬＡ−ＤＲＢ１＿Ａ２４４Ｔ、ＨＬＡ−ＤＲＢ１＿Ｓ６６Ｙ、ＨＬＡ−ＤＲＢ１＿Ｙ８９Ｓ、ＭＳ４Ａ６Ｅ＿Ｍ５９Ｔ、ＲＩＮ３＿Ｈ２１５Ｒ、ＤＰＹＤ＿ｌ５４３Ｖ、およびこれらの組み合わせからなる群から選択される少なくとも１つの多型の存在を検出する、前記対象からの生体試料の試験の結果を得ること、または得ていることと、
   ｂ．多型が前記対象に存在しない場合、治療有効量のＳｉｇｍａ−１受容体アゴニストを前記対象に投与することと、を含む、方法。
6. Ｓｉｇｍａ−１受容体アゴニスト療法を必要とする対象を治療する方法であって、前記方法が、
   ａ．ＳＩＧＭＡＲ１、ＣＯＭＴ、ＫＡＮＳＬ１、ＤＨＣＲ７、ＨＬＡ−ＤＲＢ１、ＭＳ４Ａ６Ｅ、ＲＩＮ３、ＤＰＹＤ、およびこれらの組み合わせからなる群から選択される少なくとも遺伝子によってコードされるＲＮＡの発現のレベルを判定する、前記対象からの生体試料の試験の結果を得ること、または得ていることと、
   ｂ．前記生体試料における前記ＲＮＡのレベルを、Ｓｉｇｍａ−１受容体療法に応答性である対象における前記ＲＮＡのレベルと比較することと、
   ｃ．前記生体試料における前記ＲＮＡのレベルが、Ｓｉｇｍａ−１受容体療法に応答性である対象における前記ＲＮＡのレベルと実質的に類似する場合、治療有効量のＳｉｇｍａ−１受容体アゴニストを前記対象に投与することと、を含む、方法。
7. 対象におけるＳｉｇｍａ−１受容体療法に対する応答に関連する多型の存在を検出する方法であって、前記方法が、
   ａ．前記対象から生体試料を得ること、または得ていることと、
   ｂ．前記多型を含む遺伝子座の配列を評価することによって、前記生体試料における前記多型を検出することと、を含み、
   前記少なくとも１つの多型が、前記対象におけるＳＩＧＭＡＲ１＿Ｑ２Ｐ、ＣＯＭＴ＿Ｌ１４６ｆｓ、ＫＡＮＳＬ１＿Ｐ１０１０Ｌ／Ｐ３０４Ｌ／Ｐ９４６Ｌ、ＤＨＣＲ７＿Ｍ２２０Ｔ、ＨＬＡ−ＤＲＢ１＿Ａ２４４Ｔ、ＨＬＡ−ＤＲＢ１＿Ｓ６Ｙ、ＨＬＡ−ＤＲＢ１＿Ｙ８９Ｓ、ＭＳ４Ａ６Ｅ＿Ｍ５９Ｔ、ＲＩＮ３＿Ｈ２１５Ｒ、ＤＰＹＤ＿ｌ５４３Ｖ、およびこれらの組み合わせからなる群から選択される、方法。
8. 前記少なくとも１つの多型が、ＳＩＧＭＡＲ１＿Ｑ２Ｐ、ＣＯＭＴ＿Ｌ１４６ｆｓ、ＫＡＮＳＬ１＿Ｐ１０１０Ｌ／Ｐ３０４Ｌ／Ｐ９４６Ｌ、およびこれらの組み合わせから選択される、請求項１、３、および４のいずれか一項に記載の方法。
9. 前記多型が、ＳＩＧＭＡＲ１＿Ｑ２Ｐである、請求項１、２、５、および７のいずれか一項に記載の方法。
10. 前記アゴニストが、ＡＮＡＶＥＸ２−７３、ＡＮＡＶＥＸ１−４１、ＡＶ１０６６、ＡＮＡＶＥＸ３−７１、ＰＲＥ−０８４、ドネペジル、フルボキサミン、アミトリプチリン、Ｌ−６８７，３８４、ＳＡ−４５０３、デキストロメトルファン、ジメチルトリプタミン、（＋）−ペンタゾシン、およびこれらの組み合わせから選択される、請求項１、２、５、および７のいずれか一項に記載の方法。
11. 前記アゴニストが、Ａ２−７３である、請求項１０に記載の方法。
12. Ａ２−７３の前記治療有効量が、約０．５〜約１００ｍｇの範囲である、請求項１１に記載の方法。
13. 経口投与される場合、Ａ２−７３の前記治療有効量が、約２０〜約６０ｍｇの範囲である、請求項１２に記載の方法。
14. 静脈内投与される場合、Ａ２−７３の前記治療有効量が、約１〜約２０ｍｇの範囲である、請求項１２に記載の方法。
15. Ａ２−７３の前記治療有効量が、約４０ｍｇ〜約６０ｍｇ／日の範囲である、請求項１２に記載の方法。
16. 前記治療有効量が、約４ｎｇ／ｍＬのＡ２−７３の血液濃度を提供する、請求項１２に記載の方法。
17. 少なくとも１つの多型が前記対象に存在する場合、前記対象をＳｉｇｍａ−１受容体アゴニスト療法から除外することをさらに含む、請求項１〜４のいずれか一項に記載の方法。
18. 少なくとも１つの多型が前記対象に存在する場合、前記対象にＳｉｇｍａ−１受容体アゴニスト療法の代替物を投与することをさらに含む、請求項５および６のいずれか一項に記載の方法。
19. Ｓｉｇｍａ−１受容体アゴニストの前記代替物が、ガランタミン、メマンチン、リバスチグミン、またはこれらの組み合わせである、請求項１８に記載の方法。
20. 前記対象が、神経保護、神経変性、および神経発達状態からなる群から選択される状態について治療される、請求項１〜７のいずれか一項に記載の方法。
21. 前記状態が、アルツハイマー病または認知症である、請求項２０に記載の方法。
    

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