JP2021522806A - 光活性化された作用物質を使用してポリヌクレオチドアレイを合成する方法 - Google Patents
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Abstract
【選択図】図2
Description
本出願は、2018年5月9日出願の米国仮出願第62/668,964号の利益を主張し、その開示は、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
マイクロアレイ技術は、遺伝子発現及びジェノタイピングなどの幅広い用途で核酸に関する前例のない情報を提供するため、生物学研究において容易に使用される。一般に、不完全な脱保護反応または脱プリン化などの望ましくない反応の結果として、ポリヌクレオチドの合成に関連する課題がある。
本発明の様々な実施形態の詳細が以下の説明に記載される。本発明の他の特徴、目的、及び利点は、説明及び図面、ならびに特許請求の範囲から明らかになるであろう。
請求項及び明細書で使用される用語は、特に明記しない限り、以下に記載するように定義する。
本明細書に記載されているのは、固体基板上において、in situでポリヌクレオチド(例えば、DNAポリヌクレオチド)を合成するための組成物及び方法である。特に、本明細書に記載されているのは、DNA(マイクロ)アレイまたはDNAチップの形態のポリヌクレオチドプローブのアレイを合成するための新規の組成物及び方法である。
いくつかの実施形態によれば、本明細書で提供されるのは、核酸合成中の効率的な脱保護を容易にするための光酸カスケード系である。標準的な核酸合成では、DMTなどの保護基は、酸に曝露することによって除去され得る。しかし、強酸への曝露は脱プリン化をもたらし得、弱酸への曝露は脱保護が不完全となり得、いずれもヌクレオチド合成反応の収率が損なわれる。
いくつかの実施形態では、本明細書に提供するのは、光活性化カスケード反応を使用して、強酸の脱保護の特徴である脱プリン化を回避しながら、脱保護の収率を改善するのに十分な弱酸を生成するヌクレオチド合成反応である。場合によっては、光活性化カスケード反応は、アセテートと酢酸フェニルとの反応を含む。
ポリヌクレオチドは、本明細書に記載の光活性化酸カスケード溶液を使用して、アレイ上で効率よく合成することができる。図2は、アレイポリヌクレオチド合成の例示的な方法を示している。
いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチド合成スキームは、アレイに結合させた遊離ヌクレオチドの3’−ニトロフェニルプロピルオキシカルボニル(NPPOC)保護基のin situ合成に依存する。NPPOCのin situ合成の反応スキームの例を図3に示す。図示のとおり、保護されていない5’ヒドロキシル基を有するヌクレオチドは、1−メチル−2−ピロリジノン及びピリジンに溶解するクロロギ酸2−(2−ニトロフェニル)プロピルを含むin situNPPOC合成溶液を添加することにより、NPPOC保護ヌクレオチドに変換することができる。
いくつかの実施形態では、in situNPPOC保護ヌクレオチドは、例えば図4に示すとおり、2段階合成スキームに従って脱保護され、入力ヌクレオチド(例えば、DMTR2)に連結される。したがって、アレイ上の選択された部位での光活性化脱保護を容易にするためにITXを含むフォトレジスト溶液が、ウェハーの表面にコーティングされる。ウェハーに選択的に露光して、アレイに結合させた保護ヌクレオチドからNPPOCを選択的に除去する。次に、光活性化溶液がウェハーから洗い流され、所望のヌクレオチドを含む溶液がウェハーに添加されて、脱保護されたヌクレオチドに結合する。いくつかの実施形態では、入力ヌクレオチドは保護されており、例えば、DMT基に結合された5’炭素を有する。これらのステップは、合成層が完了するまで(すなわち、NPPOCで保護されたヌクレオチドへのさらなる付加が不要になるまで)繰り返すことができる。層が完成すると、別のラウンドの合成ステップが行われ得、アレイに結合させた保護ヌクレオチドの全体的な脱保護から始まり、次にin situでのNPPOC保護が行われる。
いくつかの実施形態では、in situNPPOC保護ヌクレオチドは、例えば、図5に示すとおり、1段階合成スキームに従って脱保護され、入力ヌクレオチドに連結される。したがって、アレイ上の選択された部位での光活性化脱保護を容易にするためにITXを含むフォトレジスト溶液がウェハーの表面にコーティングされ、アレイに結合させたヌクレオチドを選択的に脱保護させるために選択的に露光される。フォトレジスト溶液はまた、脱保護されたヌクレオチドに結合するように所望のヌクレオチドを含み得、これにより、脱保護及び入力ヌクレオチドの連結が単一の段階で起こり得るようになる。いくつかの実施形態では、入力ヌクレオチドは保護されており、例えば、DMT基に結合された5’炭素を有する。これらのステップは、合成層が完了するまで(すなわち、NPPOCで保護されたヌクレオチドへのさらなる付加が不要になるまで)繰り返すことができる。層が完成すると、別のラウンドの合成ステップが行われ得、アレイに結合させた保護ヌクレオチドの全体的な脱保護から始まり、次にin situでのNPPOC保護が行われる。
いくつかの実施形態では、好ましくはリンカーを介して、ウェハーの表面に結合させた保護ヌクレオチドのアレイを含むウェハーが、ポリヌクレオチドの合成を容易にするために提供される。いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるのは、ポリヌクレオチド合成を容易にするように官能化されたウェハーである。
いくつかの実施形態では、ウェハーは、以下の反応スキームに従って官能化させる。
1.ウェハーをアミン基により官能化する(例えば、有機官能性アルコキシシランを使用する)。
2.官能化したウェハーのアミン基にリンカーを結合させる。リンカーは、保護されたアミン基を含み得る。リンカーは、カルボキシル基をさらに含み得る。いくつかの実施形態では、リンカーのカルボキシル基は、官能化させたウェハーのアミン基に結合する。いくつかの実施形態では、結合では、官能化させたウェハーにリンカーを結合させる。
3.結合させたリンカーのアミン基を脱保護させる。
4.アミン基を修飾されたDMT保護ヌクレオチド、例えばDMT保護ホスホルアミダイトに結合させる。これにより、DMT−R1がウェハーに結合されたアレイとなり得る。
1.3−アミノプロピルトリエトキシシラン(APTES)を添加して、ウェハーをアミン基により官能化する。
2.遊離アミンをFMOC−NH−PEG6−CH2CH2COOHに連結させ、ウェハーの表面に結合させたFmoc保護リンカーとなる。
3.4−メチルピペリジンによりアミン基からFmocを除去する。
4.DMT−ホスホルアミダイトチミンCED−5’シアノエチル(次の核酸のカップリングが可能になるようにDMT保護ホスホルアミダイト基)を添加する。
5.非結合リンカーへのキャッピングを行う。
6.本明細書に記載のとおり、光酸カスケード系を実施する。
示されるように、二酸化ケイ素ウェハーを、その後の結合のために遊離アミン基を含む化合物をコーティングすることによって官能化させ得る。いくつかの実施形態では、ウェハーは有機官能性アルコキシシラン分子がコーティングされている。いくつかの実施形態では、ウェハーはAPTESがコーティングされている。いくつかの実施形態では、約0.1重量%、0.2重量%、0.3重量%、0.4重量%、0.5重量%、0.6重量%、0.7重量%、0.8重量%、0.9重量%、1.0重量%、1.1重量%、1.2重量%、1.3重量%、1.4重量%、1.5重量%、1.6重量%、1.7重量%、1.8重量%、1.9重量%、2.0重量%、2.1重量%、2.2重量%、2.3重量%、2.4重量%、2.5重量%、2.6重量%、2.7重量%、2.8重量%、2.9重量%、3.0重量%、3.1重量%、3.2重量%、3.3重量%、3.4重量%、3.5重量%、3.6重量%、3.7重量%、3.8重量%、3.9重量%、4.0重量%、4.1重量%、4.2重量%、4.3重量%、4.4重量%、4.5重量%、4.6重量%、4.7重量%、4.8重量%、4.9重量%、5.0重量%、5.1重量%、5.2重量%、5.3重量%、5.4重量%、5.5重量%、5.6重量%、5.7重量%、5.8重量%、5.9重量%、6.0重量%、6.1重量%、6.2重量%、6.3重量%、6.4重量%、6.5重量%、6.6重量%、6.7重量%、6.8重量%、6.9重量%、7.0重量%、7.1重量%、7.2重量%、7.3重量%、7.4重量%、7.5重量%、7.6重量%、7.7重量%、7.8重量%、7.9重量%、8.0重量%、8.1重量%、8.2重量%、8.3重量%、8.4重量%、8.5重量%、8.6重量%、8.7重量%、8.8重量%、8.9重量%、9.0重量%、9.1重量%、9.2重量%、9.3重量%、9.4重量%、9.5重量%、9.6重量%、9.7重量%、9.8重量%、9.9重量%、または10.0重量%のAPTESの溶液が使用される。いくつかの実施形態では、約0.1〜5.0重量%のAPTESの溶液が使用される。好ましい実施形態では、約0.5〜4.0重量%のAPTESの溶液が使用される。さらにより好ましい実施形態では、約1.0〜3.0重量%のAPTESの溶液が使用される。一実施形態では、約2.0重量%のAPTESの溶液が使用される。
いくつかの実施形態では、リンカーは、遊離アミン基がコーティングされたウェハーに結合されている。いくつかの実施形態では、リンカーは、遊離アミン基に結合するためのカルボン酸基を含む。いくつかの実施形態では、リンカーは、表面と合成されたポリヌクレオチドとの間の離間を容易にするための鎖をさらに含む。鎖は、一緒に連結された1つ以上のPEG基を含み得る。いくつかの実施形態では、鎖は脂肪族炭素鎖を含み得る。いくつかの実施形態では、リンカーは、ヌクレオチド(例えば、ホスホルアミダイト)の結合を容易にするための基をさらに含む。いくつかの実施形態では、ヌクレオチドの結合を容易にするための基は、アミン基である。いくつかの実施形態では、ヌクレオチドの結合を容易にするためのアミン基は、Fmoc保護アミン基などの保護アミン基である。いくつかの実施形態では、リンカーは、一端にカルボン酸基、他端にヌクレオチドの結合を容易にするためのアミン基、及びアミン基をカルボン酸基に接続する1つ以上のPEG基または脂肪族鎖などのスペーサー分子を含む。例えば、リンカーは、Fmoc−NH−PEG6−CH2CH2COOHを含み得、カルボキシル基は、ウェハーの表面結合アミンに結合し、Fmoc保護アミン基は、別の分子をその後に結合させるために脱保護させて、ポリヌクレオチドの合成を容易にすることができる。保護アミン基は、4−メチルピペリジンを含む試薬など、好適な試薬によって脱保護させ得る。
いくつかの実施形態では、一連のDMT保護ヌクレオチドがウェハーに結合した官能化アレイを生成するために、修飾DMT保護ヌクレオシドが、アレイの表面に結合された遊離アミンに結合する。いくつかの実施形態では、アミン基は、DMT保護ヌクレオチドの結合を容易にするために、最初に脱保護される必要がある。いくつかの実施形態では、アミン基は、アレイの表面に結合されたリンカーの末端にある。
本明細書に開示されるのは、フォトレジスト製剤、置換製剤、活性化製剤、及びリンカー製剤などの製剤である。これらの製剤は、例えば、本明細書に開示のポリヌクレオチドマイクロアレイの製造、使用に有用であり得る。
本明細書に開示されるのは、光活性化合物及び光保護化合物を含むフォトレジスト製剤である。いくつかの実施形態では、光活性化合物は、光酸発生剤である。光活性化合物を電磁放射に曝露させることにより、拡散が制限された半径内で物質変換二次反応を誘発し続ける化合物を生成する光化学的事象が誘発され得る。フォトレジスト製剤は、放射線感受性触媒前駆体、例えば、光酸発生剤(PAG)を含む光活性化合物、触媒の存在下での欠失、付加、または転位によって反応できる複数の化学基、及び性能または加工性を改善するための任意の添加剤(例えば、界面活性剤、光増感剤、及びエッチング抵抗剤)を含み得る。
本明細書に開示されるのは、カルボン酸が遊離アミノ基と反応するようにカルボン酸を活性化するための活性化製剤である。いくつかの実施形態では、活性化製剤は、活性化剤(カップリング試薬とも呼ばれる)を含む。いくつかの実施形態では、カップリング試薬は、カルボジイミドまたはトリアゾールである。いくつかの実施形態では、カルボジイミドは、1−エチル−3−(3−ジメチルアミノプロピル)カルボジイミドである。いくつかの実施形態では、カルボン酸基活性化化合物は、N−ヒドロキシスクシンイミド(NHS)である。いくつかの実施形態では、活性化製剤は、任意に溶媒及び/またはポリマーを含む。
リンカー製剤も本明細書に開示する。リンカー製剤は、溶媒、ポリマー、リンカー分子、及びカップリング試薬などの成分を含むことができる。いくつかの実施形態では、ポリマーは、1重量%のポリビニルアルコール及び2.5重量%のポリビニルピロリドンを含み、リンカー分子は、1.25重量%のポリエチレンオキシドであり、カップリング試薬は、1重量%の1−エチル−3−(3−ジメチルアミノプロピル)カルボジイミドであり、溶媒は、水を含む。いくつかの実施形態では、ポリマーは、0.5〜5重量%のポリビニルアルコール及び0.5〜5重量%のポリビニルピロリドンであり、リンカー分子は、0.5〜5重量%のポリエチレンオキシドであり、カップリング試薬は、0.5〜5重量%の1−エチル−3−(3−ジメチルアミノプロピル)カルボジイミドであり、溶媒は、水を含む。
基板も本明細書に開示されている。いくつかの実施形態では、基板表面は平面(すなわち、2次元)である。いくつかの実施形態では、基板表面は、遊離アミン基で官能化されている。
使用できる多孔質層は、第1のポリヌクレオチド構成要素を結合させるためのアミン基(構成ポリマーに固有であるか、または多孔質層に導入される)を有する多孔質構造の平坦で透過性のポリマー材料であり得る。例えば、多孔質層は、多孔質シリコンの表面に結合したポリマー構成要素を結合させるための官能基を有する多孔質シリコンから構成することができる。別の例では、多孔質層は、架橋ポリマー材料を含むことができる。いくつかの実施形態では、多孔質層は、ポリスチレン、サッカロース、デキストラン、ポリアクリロイルモルホリン、ポリアクリレート、ポリメチルアクリレート、ポリアクリルアミド、ポリアクリロールピロリドン、ポリビニルアセテート、ポリエチレングリコール、アガロース、セファロース、他の従来のクロマトグラフィータイプの材料及び誘導体及びそれらの混合物を使用することができる。いくつかの実施形態では、多孔質層構成材料は、ポリ(ビニルアルコール)、デキストラン、アルギン酸ナトリウム、ポリ(アスパラギン酸)、ポリ(エチレングリコール)、ポリ(エチレンオキシド)、ポリ(ビニルピロリドン)、ポリ(アクリル酸)、ポリ(アクリル酸)−ナトリウム塩、ポリ(アクリルアミド)、ポリ(N−イソプロピルアクリルアミド)、ポリ(ヒドロキシエチルアクリレート)、ポリ(アクリル酸)、ポリ(スチレンスルホン酸ナトリウム)、ポリ(2−アクリルアミド−2−メチル−1−プロパンスルホン酸)、多糖類、及びセルロース誘導体から選択される。好ましくは、多孔質層は、10〜80%の多孔度を有する。いくつかの実施形態では、多孔質層の厚さは、約0.01μm〜約1,000μmの範囲である。好ましい実施形態では、多孔質層の厚さは、約0.1μm〜約500μmの範囲である。多孔質層に含まれる孔径は、2nm〜約100μmの範囲であり得る。好ましい実施形態では、孔径は、約10nm〜約50μmであり得る。
いくつかの実施形態では、基板は、上面及び下面、ならびに複数のピラーを有する平面層を含むことができ、複数のピラーは、位置的に定義された場所においてその層に操作可能に連結され、各ピラーは、層から延在する平面を有し、各ピラーの面と層の上面との間の距離は、約1,000〜5,000オングストロームであり、複数のピラーが、約10,000/cm2を超える密度で存在する。
アレイも本明細書に開示されている。いくつかの実施形態では、アレイは2次元アレイである。いくつかの実施形態では、アレイは、基板を含む表面を有し、基板は、上面及び下面を有する平面層を含む。
F(N)=10(N+1)・log(E/100%)−10(N)・log(E/100%)
式中、F(N)は、全長配列よりも短い長さNでのアレイ上の配列の比率であり、Eは、平均カップリング効率(パーセンテージ)である。各長さNでのEの正確な値を使用して、各長さにおいて正確な数のオリゴマーを生成することもできる。
F(N)=10(N)・log(E/100%)
式中、F(N)は、完全長配列のアレイ上の配列の比率であり(さらなるカップリングステップはない)、Eは、平均カップリング効率である。
基板の製造方法
基板を作製するための方法も本明細書に開示される。いくつかの実施形態では、基板を製造する方法は、多孔質層を支持層に連結することを含む。支持層は、任意の金属またはプラスチックまたはケイ素または酸化ケイ素または窒化ケイ素を含むことができる。一実施形態では、基板は、ポリヌクレオチド合成中に核酸モノマーを結合するために基板に結合させた複数のアミノ基を含む。いくつかの実施形態では、基板を製造する方法は、多孔質層を複数のピラーに連結させることを含み、多孔質層は、化合物を基板に結合させるための官能基を含み、複数のピラーは、位置的に定義された場所で平面層に連結され、各ピラーは、平面層から延在する平面を有し、各ピラーの表面と平面層の上面との距離は、約1,000〜5,000オングストロームであり、複数のピラーが約10,000/cm2を超える密度で存在する。
基板は、米国特許公開第2010/0240555号に記載されているとおり(その全体が、あらゆる目的のために参照により本明細書に組み込まれている)、半導体モジュール内で表面誘導体化され得る。例示的な基板は、表面誘導体化される準備ができている酸化物のピラーを含む。表面誘導体化は、アミノシラン基を基板に付加して、生体分子をカップリングするために遊離アミノ基を利用できるようにする方法である。いくつかの態様では、表面誘導体化された基板に結合させる最初の分子は、t−Boc保護されたグリシンである。このカップリング手順は、この分野の当業者に一般的に公知である標準メリフィールド固相ペプチド合成手順に類似している。
アレイを製造するための方法も本明細書に開示される。いくつかの実施形態では、本明細書に開示されるアレイは、表面、例えば、本明細書に開示の基板上でin situ合成される。場合によっては、アレイはフォトリソグラフィを使用して作製される。例示的な実施形態では、基板は、フォトレジスト製剤と接触させる。マスクを使用して、保護基を有する遊離リンカー分子または遊離カップリング分子を含む表面上の特定の位置への放射線または光の曝露を制御することができる。曝露した場所では、保護基が除去され、その結果、カップリング分子またはリンカー分子上に1つ以上の新たに曝露させた反応性部分が生じる。次に、所望のリンカーまたはカップリング分子は、例えば、遊離アミン基において、保護されていない結合している分子に連結される。このプロセスを繰り返して、表面上の特定の場所または位置的に定義された場所に多数の特徴部を合成することができる(例えば、Pirrungらの米国特許第5,143,854号、米国特許公開第2007/0154946、第2007/0122841号、同第2007/0122842号、同第2008/0108149号、及び同第2010/0093554号を参照されたい。これらのそれぞれは、参照により本明細書に組み込まれる)。
基板、製剤、及び/またはアレイを使用する方法も本明細書に開示される。本明細書に開示されるアレイの使用としては、例えば、研究用途、治療目的、医療診断、及び/または1名以上の患者の層別化が挙げられる。
当業者は、日常的な実験のみを使用して、本明細書に記載の本発明による特定の実施形態に対する多くの等価物を認識するか、または確認できるであろう。本発明の範囲は、上記説明に限定することを意図するものでははく、むしろ添付の特許請求の範囲に記載されるとおりである。
その後のポリヌクレオチド合成のために官能化された二酸化ケイ素ウェハーを、以下のように調製した。
Fmoc−NH−PEG6−CH2CH2COOH(0.1M)
HOAt(0.1M)
DIC(0.1M)
アレイ上で光活性化酸カスケード反応を生じさせるための光活性溶液を以下のように調製した。最終濃度2重量%までPMMAをPGMEAに少量ずつ添加して、混合物を室温で48時間撹拌してPMMAを溶解させた。最終濃度5重量%までPGMEA−PMMA溶液に、4−tertブチル酢酸フェニルを添加し、混合物を室温で15分間撹拌した。最後に、ITXを最終濃度5重量%で、得られた溶液に添加し、溶液を室温で15分間撹拌した。
この実施例では、部位特異的ヌクレオチドの付加を容易にするために、in situ合成されたNPPOC保護基を使用した、アレイ上での配列特異的ポリヌクレオチド合成について記載する。実施されたプロセスは、光活性化脱保護及びヌクレオチドカップリングが別々のステップで実施される2段階反応であった。
この実施例では、部位特異的ヌクレオチドの付加を容易にするために、in situ合成されたNPPOC保護基を使用した、アレイ上での配列特異的ポリヌクレオチド合成について記載する。実施したプロセスは、光活性化脱保護及びヌクレオチドカップリングが単一ステップで実施された一段階反応であった。
15merの配列
は、実施例2〜4の3つの反応スキームのそれぞれを使用して、3つの異なるウェハー上で成長させた。対照として、同じ15merの配列を、光分解時にトリクロロアセテートを生成する置換2−ニトロベンジルトリクロロアセテートを使用して成長させた。成長した配列では、8番目のmer(下線付き)がSNPの位置であった。
使用されている単語は、限定するものではなく、むしろ説明のための単語であり、変更は、本発明のより広い態様における真の範囲及び趣旨から逸脱することなく、添付の特許請求の範囲内で行うことができることが理解される。
Claims (31)
- 所定の配列を有するポリヌクレオチドを合成するための方法であって、
保護された核酸を第1の特徴部に含む支持体を提供することと、
前記支持体を、光酸発生剤を含むフォトレジスト溶液と接触させることと、
前記支持体をある波長の光に曝露することであって、前記光酸発生剤は、前記波長の光に曝露されたときにカスケード反応を介して弱酸を生成し、前記弱酸は、前記第1の特徴部において前記核酸を脱保護させる、前記曝露することと、
保護された核酸を、前記第1の特徴部において、前記脱保護された核酸に結合させることと、
を含む、前記方法。 - 前記弱酸が、酢酸、炭酸、リン酸、スルホン酸、トリフルオロメタンスルホン酸、または安息香酸を含む、請求項1に記載の方法。
- 前記光酸発生剤が、4−tertブチルフェニル酸を含む、請求項1に記載の方法。
- 前記光酸発生剤が、4−tertブチル酢酸フェニル及びPGMEAを含む、請求項1に記載の方法。
- 前記光酸発生剤が、4−tertブチルフェニルカーボネートと、プロピレンカーボネート、メチルフェニルカーボネート、及びPGMEAからなる群から選択される化合物とを含む、請求項1に記載の方法。
- 前記光酸発生剤が、4−tertブチルフェニルホスファート及びフェニルホスファートを含む、請求項1に記載の方法。
- 前記光酸発生剤が、4−tertブチルフェニルスルホナートと、フェニルスルファート、4メチルフェニルスルファート、ジメチルスルファート、メチルトリフルオロメタンスルホナート、及びメチルフルオロスルホナートからなる群から選択される化合物とを含む、請求項1に記載の方法。
- 前記光酸発生剤が、4−tertブチルフェニルトリフラート及びフェニルトリフルオロメタンスルホナートを含む、請求項1に記載の方法。
- 前記光酸発生剤が、4−tertブチル安息香酸フェニル及び安息香酸フェニルを含む、請求項1に記載の方法。
- 前記保護された核酸がDMT基を含む、請求項1に記載の方法。
- 前記DMT基が5’炭素で前記核酸に結合している、請求項1に記載の方法。
- 光の前記波長が約350nmである、請求項1に記載の方法。
- 意図された長さ及び配列のポリヌクレオチドを合成するために前記ステップを繰り返すことをさらに含む、請求項1に記載の方法。
- 前記支持体が、前記保護された核酸を含む少なくとも10、少なくとも100、少なくとも1,000、または少なくとも10,000の特徴部を含む、請求項1に記載の方法。
- 所定の配列をそれぞれ有するポリヌクレオチドのアレイを合成するための方法であって、
表面に結合された、保護された核酸のアレイを含む支持体を提供することと、
前記支持体を、光酸発生剤を含む溶液と接触させることと、
前記支持体の選択された領域をある波長の光に曝露することであって、前記光酸発生剤は、前記波長の光に曝露された各場所において前記核酸を脱保護させるために、前記波長の光に曝露されたときにカスケード反応を介して弱酸を生成する、前記曝露することと、
前記脱保護された核酸に結合させるように、選択された入力ヌクレオチドを、前記ウェハーに接触させることと、
を含む、前記方法。 - 前記入力ヌクレオチドがDMT保護基を含む、請求項15に記載の方法。
- 所定の配列及び意図された長さをそれぞれ有するポリヌクレオチドのアレイを生成するのに十分な回数、前記ステップを繰り返すことをさらに含む、請求項15に記載の方法。
- ヌクレオチドモノマーを、支持体に結合させたポリヌクレオチドに連結するための方法であって、
a.第1の特徴部において支持体の表面に結合させた末端ヌクレオチドを含む前記支持体を提供することと、
b.前記末端ヌクレオチド上でNPPOC保護基のin situ合成を実施することと、
c.前記支持体を前記第1の特徴部において、ある波長の光に曝露して、前記末端ヌクレオチドから前記NPPOC保護基を除去することと、
d.前記支持体を、保護された入力ヌクレオチドと接触させて、前記保護された入力ヌクレオチドを、前記第1の特徴部において、前記脱保護された末端ヌクレオチドに結合させることと、
を含む、前記方法。 - (e)前記末端ヌクレオチドに結合された前記保護された入力核酸を脱保護させることと、次いでステップ(a)〜(e)を繰り返して、第2の保護された入力核酸を結合させることとをさらに含む、請求項18に記載の方法。
- 前記基板に結合された意図された長さ及び配列のポリヌクレオチドを合成するのに十分な回数、すべてのステップを繰り返すことをさらに含む、請求項19に記載の方法。
- 前記支持体を前記波長の光に曝露する前に、前記支持体を、ITXを含むフォトレジスト溶液と接触させることをさらに含む、請求項18に記載の方法。
- 光の前記波長が約365nmである、請求項18に記載の方法。
- 前記NPPOC保護基が、前記末端ヌクレオチドの5’炭素に結合している、請求項18に記載の方法。
- 前記末端ヌクレオチドを含む前記支持体を提供することは、前記in situNPPOC合成を実施する前に、前記末端ヌクレオチドを全体的に脱保護させることを含む、請求項18に記載の方法。
- NPPOCのin situ合成を実施することは、前記支持体を、クロロギ酸2−(2−ニトロフェニル)プロピル及びピリジンを含むNPPOC合成溶液と接触させることを含む、請求項18に記載の方法。
- 前記NPPOC合成溶液が、1−メチル−2−ピロリジノンをさらに含む、請求項25に記載の方法。
- 所定の配列をそれぞれ有するポリヌクレオチドのアレイを合成するための方法であって、
a.表面に結合された、保護されたヌクレオチドのアレイを含む支持体を提供することと、
b.前記ヌクレオチドのアレイ上でNPPOC保護基のin situ合成を実施することと、
c.前記支持体をある波長の光に選択的に曝露して、選択された入力ヌクレオチドの付加が望まれる、ヌクレオチドの前記アレイからの選択されたヌクレオチドから、前記NPPOC保護基を除去することと、
d.前記脱保護されたヌクレオチドに結合させるように、前記選択された入力ヌクレオチドを、前記アレイに接触させることと、
e.ステップ(c)〜(e)を、所望のヌクレオチド付加の層を完成させるのに十分な回数繰り返して、それによって、所定の配列をそれぞれ有するポリヌクレオチドのアレイを合成することと、
を含む、前記方法。 - (f)NPPOC保護基のin situ合成の前に、前記ポリヌクレオチドのアレイに結合させた前記入力ヌクレオチドを全体的に脱保護させることをさらに含む、請求項27に記載の方法。
- 所定の配列及び意図された長さをそれぞれ有するポリヌクレオチドのアレイを生成するのに十分な回数、ステップ(b)〜(f)を繰り返し、かつ、NPPOC保護基のin situ合成の前に、前記ポリヌクレオチドのアレイに結合させた前記入力ヌクレオチドを全体的に脱保護させることをさらに含む、請求項27に記載の方法。
- 前記選択された入力ヌクレオチドが保護基を含む、請求項27に記載の方法。
- 前記保護基がDMTである、請求項30に記載の方法。
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