JP2021502405A - 免疫原性組成物及びその使用 - Google Patents

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Abstract

本発明は、上皮間葉転換（EMT）を経た機能的に抑制されたT細胞の免疫エフェクター機能を増強する、タンパク質キナーゼC（PKC-θ）阻害剤の使用を開示する。具体的な実施態様では、PD-1結合アンタゴニストによる再賦活に対する疲弊T細胞の感受性増強で使用されるPKC-θ阻害剤が開示される。本発明の組成物は、T細胞機能不全疾患（例えば病原性感染症及び過剰増殖性疾患)を含む疾患域の治療で有用である。

Description

本出願は、2017年11月8日出願のオーストラリア仮特許出願No.2017904540（発明の名称：免疫原性組成物及びその使用、前記の内容は参照によってその全体が本明細書に含まれる）に対して優先権を主張する。
本発明は概して免疫原性組成物に関する。より詳細には、本発明は、上皮間葉転換（EMT）を経た機能的に抑制されたT細胞の免疫エフェクター機能を増強するために、タンパク質キナーゼC（PKC-θ）阻害剤を使用することに関する。具体的な実施態様では、PKC-θ阻害剤を用いて、PD-1結合アンタゴニストによる再賦活に対する疲弊T細胞の感受性を増強する。本発明の組成物は、T細胞機能不全疾患（例えば病原性感染症及び過剰増殖性疾患)を含む疾患域の治療で有用である。
プログラム死受容体1（PD-1）は免疫チェックポイント調節因子であり、前記は、多様な免疫細胞（T細胞、B細胞、ナチュラルキラー（NK）細胞、NK T（NKT）細胞、単球、マクロファージ及び樹状細胞を含む）でそれらの活性化に続いて発現される。PD-1はその2つのリガンド（プログラム細胞死1リガンド（PD-L1；B7-H1；CD274）及びPD-L2（B7-DC；CD273））と結合する。当該リガンドはともにB7ファミリーメンバーである。PD-L1は広域細胞（造血及び非造血細胞を含む）で構成的に発現される。対照的に、PD-L2発現は、専門的な抗原提示細胞（APC（単球、マクロファージ及びDC））及び一定のB細胞サブセットに限定される。炎症性サイトカイン、例えばインターフェロン（IFN（α、β及びγ））は、PD-L1及びPD-L2発現の双方の強力な調節因子である。
PD-1はT細胞受容体（TCR）シグナリングによって誘発され、PD-1がPD-L1又はPD-L2と結合すると、前記はTCR/CD28シグナリング及びT細胞活性化を阻害する。PD-1のこれらの免疫調節的役割は、過剰なT細胞活性化を制限して免疫媒介組織損傷を防ぐために必要である。しかしながら、長期のTCR刺激及びPD-1発現はT細胞疲弊を生じる。T細胞疲弊はT細胞の機能不全の状態であり、前記は、貧弱なT細胞エフェクター機能、阻害性受容体の持続発現、及び機能的なエフェクター又はメモリーT細胞の転写状態とは別個の転写状態によって明示され、T細胞疲弊は通例、腫瘍の効果的でない制御及びウイルス持続感染と関連する（Wherry, EJ., 2011. Nature Immunology 12: 492-499）。したがって、PD-1経路は、T細胞応答の成果の重要な決定要因であり、効果的な宿主防御と免疫病理学との間の均衡を調節し、多様な人間の疾患に対抗するPD-1経路を操るための可能性を秘めている。
抗腫瘍又は抗病原体免疫応答を回復させるために、PD-1経路の遮断が用いられた。実際、PD-1経路を遮断する抗体は顕著な数の進行期癌患者で有望な臨床的結果を示した。しかしながら、これまでの臨床試験データは、PD-1免疫チェックポイント阻害療法に対するきわめて多様な応答率（18％から87％の範囲）を異なる癌タイプで示している。これらの試験はまた、患者はPD-1免疫チェックポイント阻害療法に対して一次性、適応性、又は後天性耐性すら提示し得ることを見出した。さらにまた、新たなデータは、抗PD-1抗体の投与の後である種の患者は超進行性症状を提示することを示す。
最近、Huangら（Huang et al., 2017, Nature 545: 60-65）は、抗PD-1抗体（ペンブロリズマブ）による治療前及び治療後のIV期メラノーマ患者の末梢血の免疫プロファイリングを用い、循環疲弊表現型CD8 T細胞（Tex細胞）における薬力学的変化を確認した。大半の患者はペンブロリズマブに対して免疫学的応答を示したが、この応答は短命であった。多くの患者の臨床的不成功は、免疫再賦活を誘発する能力の欠如によるだけではなく、むしろT細胞再賦活と腫瘍量との間の不均衡からもたらされた。処置前腫瘍負荷に対して決定された循環Tex細胞の再賦活の大きさは臨床応答に相関し、抗PD-1療法による激しい再賦活さえも、腫瘍負荷が大きい場合には臨床的に有効でないことがある可能性が生じた。
本発明は、タンパク質キナーゼCシータ（PKC-θ）のT細胞（例えばCD8+ T細胞）核移行の増加は、それらの免疫エフェクター機能が抑制された（T細胞活性化及びエフェクター性能のバイオマーカー（例えばインターロイキン-2（IL-2）、インターフェロン-γ（IFN-γ）及び腫瘍壊死因子-α（TNF-α））の発現低下及びジンクフィンガーE-ボックス結合ホメオボックス1（ZEB1）の発現増加を含む）細胞の上皮間葉転換（EMT）を誘発するという予想外の発見に由来する。前記ZEB1は、癌進行及びT細胞エフェクター阻害と連関するT細胞応答の負の調節因子である（IL-2及びE-カドヘリンの発現の抑制並びにEMT誘発を含む）。予想に反して、PKC-θ及びZEB1は核で共同局在し、この共同局在は少なくとも部分的にT細胞機能の抑制に寄与することが見出された。注目すべきことに、本発明者らは、PKC-θ及びZEB1は核ですぐ近くに存在して、T細胞機能の抑制因子であると予想される複合体を形成すると決定した。
本発明者らはまた、これらの間葉系の機能的に抑制されたT細胞のPKC-θ阻害剤への暴露は、それらの免疫エフェクター機能の顕著な脱抑制によるT細胞のエピジェネティックな再プログラミングをもたらすことを見出した。前記免疫エフェクター機能の脱抑制は、T細胞活性化及びエフェクター性能のバイオマーカー（例えばIL-2、IFN-γ及びTNF-α）の発現上昇、T細胞エフェクター阻害及び癌進行のバイオマーカー（例えばZEB1）の発現低下とともに、T細胞疲弊のバイオマーカー（例えばPD-1及びエオメソデルミン（EOMES））の発現低下及び転写因子TBET（適応免疫及び自然免疫系の細胞でIFN-γの産生を増加させる）の発現上昇を含む。驚くべきことに、PKC-θ阻害剤媒介エピジェネティック再プログラミングは、PD-1結合アンタゴニストによる再賦活に対する疲弊T細胞の感受性増強を付与することもまた見出された。下記で述べるように、これらの発見をT細胞の免疫エフェクター機能の増強及びT細胞機能不全に関連する疾患又は症状の治療の方法並びに組成物で実施できるようにした。
したがって、ある特徴では、本発明は、T細胞（例えばCD8+ T細胞）機能の増強のため、又はT細胞機能不全疾患の治療用の組成物を提供する。これらの組成物は、概してPKC-θ阻害剤及びPD-1結合アンタゴニストを含むか、前記から成るか又は本質的に前記から成る。PKC-θ阻害剤は、適切にはPKC-θ酵素活性の阻害剤及びPKC-θ核移行の阻害剤から選択される。具体的な実施態様では、PKC-θ阻害剤はPKC-θ核移行の阻害剤であり、その非限定的な例にはPKC-θの核局在部位と一致するペプチドが含まれ、前記は、例えば国際特許公開WO 2017/132728 A1に開示されたもの（例えばインポルチニブ4759（importinib4759））である。好ましい実施態様では、PD-1結合アンタゴニストは抗PD-1アンタゴニスト抗体であり、その例示的な例にはニボルマブ、ペンブロリズマブ、ランブロリズマブ及びピジリズマブが含まれる。他の実施態様では、PD-1結合アンタゴニストはイムノアドヘシン（例えばAMP-224）である。いくつかの実施態様では、組成物はさらにまた、T細胞機能不全疾患を治療するか又は治療を補助するための補助因子（例えば化学療法剤）を含む。典型的には本組成物は、場合によって医薬的に許容できる担体を含む医薬組成物又は処方物である。
本発明の別の特徴はT細胞機能を増強する方法を提供する。これらの方法は概して、T細胞をPKC-θ阻害剤及びPD-1結合アンタゴニストと接触させ、それによってT細胞機能を増強する工程を含むか、前記工程から成るか又は本質的に前記工程から成る。適切には、増強されるT細胞機能は以下のいずれか1つ以上を含む：サイトカイン（例えばIL-2、IFN-γ、TNF-α）の産生増加、CD8+ T細胞の活性化増加、MHCクラスI分子との関連における抗原又は抗原由来抗原ペプチドのT細胞受容体による認識増加、MHCクラスI分子と関連して提示される細胞の排除増加、及び抗原発現標的細胞の細胞溶解殺滅増加。いくつかの実施態様では、T細胞は間葉系表現型を有する。適切には、T細胞は核PKC-θの異常発現を有する。このタイプの代表的な例では、T細胞は、同じT細胞のTBETの発現レベルよりも高いレベルで及び/又は活性化T細胞の場合よりも高いレベルで核PKC-θを発現する。同じ及び他の実施態様のいくつかでは、T細胞は、T細胞疲弊又はアネルギーを示すT細胞である。このタイプの非限定的な例では、T細胞はTBETよりも高いレベルのEOMESを発現するか、及び/又はPD-1の発現上昇を有する。好ましくは、T細胞はCD8+ T細胞である。
本発明者らは以下のように提唱する：PKC-θ媒介EMTは、腫瘍細胞及びT細胞（それらは無関係の細胞タイプである）の双方で生じるので、PKC-θ媒介エピジェネティック再プログラミングもまた、（PD-1を発現する他の免疫エフェクター細胞（例えばT細胞、B細胞、NK細胞、単球及びDC）を含み）より広範囲に発生し、それによってそれらの免疫エフェクター機能を抑制することはありそうなことである。したがって、別の特徴では、本発明は、PD-1を発現する免疫エフェクター細胞の免疫エフェクター機能を増強する方法を提供する。これらの方法は概して、免疫エフェクター細胞をPKC-θ阻害剤及びPD-1結合アンタゴニストと接触させ、それによって免疫エフェクター細胞の免疫エフェクター機能を増強する工程を含むか、前記工程から成るか又は本質的に前記工程から成る。適切には、増強される免疫エフェクター機能は以下のいずれか1つ以上を含む：MHCクラスII分子との関連における抗原又は抗原由来抗原ペプチドのT細胞受容体による認識増加、サイトカインの放出増加及び/又はCD8+リンパ球（CTL）及び/又はB細胞の活性化増加、MHCクラスI分子との関連における抗原又は抗原由来抗原ペプチドのT細胞受容体による認識増加、MHCクラスI分子と関連して提示される細胞（すなわち、クラスI MHCと共に抗原の提示を特徴とする細胞）の排除、例えばアポトーシス又はパーフォリン媒介細胞溶解を介する排除の増加、サイトカイン（例えばIL-2、IFN-γ及びTNF-α）の産生増加、及び抗原発現標的細胞の特異的細胞溶解殺滅増加。適切には、免疫エフェクター細胞は核PKC-θの異常発現を有する。このタイプの代表的な例では、免疫エフェクター細胞は、コントロール免疫エフェクター細胞（例えば正常又は非抑制免疫エフェクター機能を有する免疫エフェクター細胞）のレベルよりも高いレベルで核PKC-θを発現する。
さらに別の特徴では、本発明は、対象においてT細胞機能不全疾患を治療する方法を提供する。これらの方法は概して、T細胞機能不全疾患の治療に有効な量でPKC-θ阻害剤及びPD-1結合アンタゴニストを同時に対象に投与する工程を含むか、前記工程から成るか又は本質的に前記工程から成る。適切には、PKC-θ阻害剤及びPD-1結合アンタゴニストは相乗的に効果を有する量で投与される。いくつかの実施態様では、T細胞機能不全疾患は、抗原刺激への応答性の低下及び/又はPD-1経由阻害性シグナル伝達の増加を特徴とするT細胞の疾患又は症状である。同じ及び他の実施態様のいくつかでは、T細胞機能不全疾患は、T細胞のサイトカインを分泌する能力、増殖する能力、又は細胞溶解活性を発揮する能力が低下する疾患である。このタイプの例示的な例では、抗原刺激に対する応答性低下は、病原体又は腫瘍の効果的でない制御をもたらす。いくつかの実施態様では、T細胞機能不全疾患は、T細胞がアネルギー状態である疾患である。T細胞機能不全疾患の代表的な例には非消散性急性感染症、慢性感染症及び腫瘍免疫が含まれる。好ましい実施態様では、T細胞機能不全疾患は、間葉系表現型を有するT細胞（例えばCD8+ T細胞）を含む癌又は感染症である。このタイプの代表的な例では、T細胞は、同じT細胞のTBETの発現レベルよりも高いレベルで及び/又は活性化T細胞の場合よりも高いレベルで核PKC-θを発現する。同じ及び他の実施態様のいくつかでは、T細胞は、T細胞疲弊又はアネルギーを示すT細胞である。このタイプの非限定的な例では、T細胞は、TBETよりも高いレベルのEOMESを発現し、及び/又はPD-1の発現上昇を有する。いくつかの実施態様では、T細胞は腫瘍浸潤リンパ球である。他の実施態様では、T細胞は循環リンパ球である。いくつかの実施態様では、癌は、皮膚癌（例えばメラノーマ）、肺癌、乳癌、卵巣癌、胃癌、膀胱癌、膵臓癌、子宮内膜癌、結腸癌、腎癌、食道癌、前立腺癌、結腸直腸癌、膠芽腫、神経芽腫、又は肝細胞癌である。好ましい実施態様では、癌は転移性癌である。好ましくは、転移性癌は、転移性メラノーマ又は転移性肺癌である。いくつかの実施態様では、当該方法はさらにまた、T細胞機能不全疾患を治療するか若しくは治療を補助するための補助因子（例えば化学療法剤）又は補助療法（例えば切除療法又は細胞傷害療法）をPKC-θ阻害剤及びPD-1結合アンタゴニストとともに投与する工程を含む。
関連する特徴では、本発明は、対象において癌の進行を治療するか又は遅らせる方法を提供する。これらの方法は概して、癌の進行を治療するか又は遅らせるために有効な量でPKC-θ阻害剤及びPD-1結合アンタゴニストを同時に対象に投与する工程を含むか、前記工程から成るか又は本質的に前記工程から成る。いくつかの実施態様では、対象は癌を有すると診断されてあり、ここで、対象の癌の腫瘍サンプル中のT細胞は、同じT細胞のTBETの発現レベルよりも高いレベルで及び/又は活性化T細胞の場合よりも高いレベルで核PKC-θを発現する。
他の関連する特徴では、本発明は、癌を有する個体で免疫機能（例えば免疫エフェクター機能）を増強する方法を提供する。これらの方法は概して、免疫機能を増強するために有効な量でPKC-θ阻害剤及びPD-1結合アンタゴニストを同時に個体に投与する工程を含むか、前記工程から成るか又は本質的に前記工程から成る。いくつかの実施態様では、個体は癌を有すると診断されてあり、ここで、個体から採取された癌の腫瘍サンプル中のT細胞は、同じT細胞のTBETの発現レベルよりも高いレベルで及び/又は活性化T細胞の場合よりも高いレベルで核PKC-θを発現する。
さらに別の特徴では、本明細書で提供されるものは、感染症（例えば細菌若しくはウイルス又は他の病原体による）を治療する方法である。これらの方法は概して、感染症を治療するために有効な量でPKC-θ阻害剤及びPD-1結合アンタゴニストを同時に個体に投与する工程を含むか、前記工程から成るか又は本質的に前記から成る。いくつかの実施態様では、感染症はウイルス及び/又は細菌による。いくつかの実施態様では、感染症は病原体による。いくつかの実施態様では、感染症は急性感染症である。いくつかの実施態様では、感染症は慢性感染症である。
他の関連する特徴では、本発明は、感染症を有する個体で免疫機能（例えば免疫エフェクター機能、T細胞機能など）を増強する方法を提供する。これらの方法は概して、免疫機能を増強するために有効な量でPKC-θ阻害剤及びPD-1結合アンタゴニストを同時に個体に投与する工程を含むか、前記工程から成るか又は本質的に前記工程から成る。いくつかの実施態様では、個体は感染症を有すると診断されてあり、ここで、個体から採取されたサンプル中のT細胞は、同じT細胞のTBETの発現レベルよりも高いレベルで及び/又は活性化T細胞の場合よりも高いレベルで核PKC-θを発現する。
本発明の別の特徴は、癌を有する個体でT細胞機能不全疾患を治療するため又は免疫機能（例えば免疫エフェクター機能、T細胞機能など）を増強するために、癌の進行を治療若しくは遅らせるために、又は感染症を治療するためにPKC-θ阻害剤及びPD-1結合アンタゴニストの使用を提供する。PKC-θ阻害剤及びPD-1結合アンタゴニストは、概してこの目的のための医薬の製造で用いられる。適切には、PKC-θ阻害剤及びPD-1結合アンタゴニストは同時投与のために処方される。
関連する特徴では、本発明は、T細胞機能不全疾患の治療若しくは治療の補助のために、又は癌を有する個体で免疫機能（例えば免疫エフェクター機能、T細胞機能など）を増強するために、癌の進行を治療若しくは遅らせるために、又は感染症を治療するためにPKC-θ阻害剤、PD-1結合アンタゴニスト及び補助因子（例えば化学療法剤）の使用を提供する。PKC-θ阻害剤、PD-1結合アンタゴニスト及び補助因子（例えば化学療法剤）は、典型的にはこの目的のための医薬の製造で用いられる。適切には、PKC-θ阻害剤、PD-1結合アンタゴニスト及び補助因子（例えば化学療法剤）は同時投与のために処方される。
いくつかの実施態様では、T細胞機能不全疾患を治療する、又は癌を有する個体で免疫機能（例えば免疫エフェクター機能、T細胞機能など）を増強する、癌の進行を治療若しくは遅らせる、又は感染症を治療する本方法は、対象から得られたサンプルのT細胞で核PKC-θ（すなわち核に局在するPKC-θ）の（例えば、同じT細胞のTBETレベル又は活性化T細胞の核PKC-θレベルと対比した）レベル上昇を同時投与の前に検出する工程を含む。
いくつかの実施態様では、T細胞機能不全疾患を治療する本方法は、対象から得られたサンプルにおいて、T細胞の核PKC-θ（すなわち核に局在するPKC-θ）の（例えば、同じT細胞のTBETレベル又は活性化T細胞の核PKC-θレベルと対比した）レベル上昇、及びT細胞の核のZEB1の例えば、同じT細胞のTBETレベル又は活性化T細胞の核のZEB1レベルと対比した）レベル上昇を同時投与の前に検出する工程を含む。このタイプの代表的な例では、これらの方法は、PKC-θ及びZEB1を含む複合体のレベル上昇を、適切にはT細胞の核で検出する工程を含む。
関連する特徴では、本発明は、T細胞機能不全疾患を治療する、又は癌を有する個体で免疫機能（例えば免疫エフェクター機能、T細胞機能など）を増強する、癌の進行を治療若しくは遅らせる、又は個体で感染症を治療するためのキットを提供する。前記キットは、PKC-θ阻害剤及び場合によって医薬的に許容できる担体を含む医薬並びにパッケージ挿入物を含み、前記挿入物は、PD-1結合アンタゴニスト及び場合によって医薬的に許容できる担体を含む別の医薬との上述の医薬の同時投与のための指示書を含む。
他の関連する特徴では、本発明は、T細胞機能不全疾患を治療する、又は癌を有する個体で免疫機能（例えば免疫エフェクター機能、T細胞機能など）を増強する、癌の進行を治療若しくは遅らせる、又は個体で感染症を治療するためのキットを提供する。前記キットは、PD-1結合アンタゴニスト及び場合によって医薬的に許容できる担体を含む医薬並びにパッケージ挿入物を含み、前記挿入物は、PKC-θ阻害剤及び場合によって医薬的に許容できる担体を含む別の医薬との上述の医薬の同時投与のための指示書を含む。
さらに他の関連する特徴では、本発明は、T細胞機能不全疾患を治療する、又は癌を有する個体で免疫機能（例えば免疫エフェクター機能、T細胞機能など）を増強する、癌の進行を治療若しくは遅らせる、又は個体で感染症を治療するためのキットを提供する。前記キットは、PKC-θ阻害剤及び場合によって医薬的に許容できる担体を含む第一の医薬並びにPD-1結合アンタゴニスト及び場合によって医薬的に許容できる担体を含む第二の医薬を含む。いくつかの実施態様では、当該キットはさらにまたパッケージ挿入物を含み、前記挿入物は、T細胞機能不全疾患を治療するため、又は癌を有する個体で免疫機能（例えば免疫エフェクター機能、T細胞機能など）を増強するため、癌の進行を治療若しくは遅らせるため、又は個体で感染症を治療するために、第一の医薬及び第二の医薬を同時に投与するための指示書を含む。
上記及び本明細書のその他の場所に記載の方法、使用、組成物、処方物及びキットのいくつかの実施態様では、個体のCD8+ T細胞は、PKC-θ阻害剤及びPD-1結合アンタゴニストの組合せの投与前と比較して、増強されるプライミング、活性化、増殖及び/又は細胞溶解活性を有する。いくつかの実施態様では、CD8+ T細胞の数は、当該組合せの投与前と比較して上昇する。いくつかの実施態様では、CD8+ T細胞は抗原特異的CD8+ T細胞である。いくつかの実施態様では、Treg機能は、PKC-θ阻害剤及びPD-1結合アンタゴニストの組合せの投与前と比較して抑制される。いくつかの実施態様では、T細胞疲弊は、PKC-θ阻害剤及びPD-1結合アンタゴニストの組合せの投与前と比較して減少する。いくつかの実施態様では、Treg細胞の数は、PKC-θ阻害剤及びPD-1結合アンタゴニストの組合せの投与前と比較して減少する。いくつかの実施態様では、血漿IFN-γは、PKC-θ阻害剤及びPD-1結合アンタゴニストの組合せの投与前と比較して増加する。いくつかの実施態様では、血漿TNF-αは、PKC-θ阻害剤及びPD-1結合アンタゴニストの組合せの投与前と比較して増加する。いくつかの実施態様では、血漿IL-2は、PKC-θ阻害剤及びPD-1結合アンタゴニストの組合せの投与前と比較して増加する。いくつかの実施態様では、メモリーTエフェクター細胞の数は、PKC-θ阻害剤及びPD-1結合アンタゴニストの組合せの投与前と比較して増加する。いくつかの実施態様では、メモリーTエフェクター細胞活性化及び/又は増殖は、PKC-θ阻害剤及びPD-1結合アンタゴニストの組合せの投与前と比較して増加する。いくつかの実施態様では、メモリーTエフェクター細胞は末梢血で検出される。いくつかの実施態様では、メモリーTエフェクター細胞の検出はCXCR3の検出による。
上記及び本明細書のその他の場所に記載の方法、使用、組成物、処方物及びキットのいくつかの実施態様では、PKC-θ阻害剤及び/又はPD-1結合アンタゴニストは、静脈内、筋肉内、皮下、外用、経口、経皮、腹腔内、、眼内、移植、吸入、髄腔内、脳室内、又は鼻内投与される。上記及び本明細書に記載の方法、使用、組成物、及びキットのいくつかの実施態様では、治療はさらにまた、個体で癌の進行を治療又は遅らせるために補助因子（例えば化学療法剤）を投与する工程を含む。いくつかの実施態様では、個体は、PKC-θ阻害剤及びPD-1結合アンタゴニストによる併用療法の前に化学療法剤で治療されている。いくつかの実施態様では、治療される個体は化学療法剤治療に抵抗性である。本出願を通して記載されている方法、使用、組成物、及びキットのいくつかの実施態様は、さらにまた癌の進行を治療又は遅らせるために化学療法剤を投与する工程を含む。
本発明のさらに別の特徴は、T細胞機能不全疾患の存在を対象において診断する方法を提供する。これらの方法は概して、以下の工程を含むか、以下の工程から成るか又は本質的に以下の工程から成る：
（i）対象からサンプルを入手する工程（ここでサンプルはT細胞（例えばCD8+ T細胞）を含む）；
（ii）サンプル中のPKC-θと結合する第一の結合因子及びサンプル中のZEB1と結合する第二の結合因子とサンプルを接触させる工程；及び
（iii）T細胞の核で第一及び第二の結合因子の局在を検出する工程；
ここで、T細胞の核における第一及び第二の結合因子の局在は、対象にT細胞機能不全疾患が存在することを示す。
さらに別の特徴では、本発明は、T細胞機能不全疾患の存在を対象において診断する方法を提供する。これらの方法は概して、以下の工程を含むか、以下の工程から成るか又は本質的に以下の工程から成る：
（i）対象からサンプルを入手する工程（ここでサンプルはT細胞（例えばCD8+ T細胞）を含む）；
（ii）サンプル中のPKC-θと結合する第一の結合因子及びサンプル中のZEB1と結合する第二の結合因子とサンプルを接触させる工程；及び
（iii）第一及び第二の結合因子がサンプル中のPKC-θ−ZEB1複合体と結合したときに第一及び第二の結合因子を検出する工程；
ここで、コントロールサンプル（例えば活性化T細胞を含むサンプル）で検出されるPKC-θ−ZEB1複合体のレベルに対比したサンプルにおいて検出されるPKC-θ−ZEB1複合体のレベル上昇は、対象にT細胞機能不全疾患が存在することを示す。
本発明のさらに別の特徴は、T細胞機能不全疾患を有する対象の治療をモニターする方法を提供する。これらの方法は概して、以下の工程を含むか、以下の工程から成るか又は本質的に以下の工程から成る：
（i）T細胞機能不全疾患の治療法による対象の治療に続いて、当該対象からサンプルを入手する工程（ここでサンプルはT細胞（例えばCD8+ T細胞）を含む）；
（ii）サンプル中のPKC-θと結合する第一の結合因子及びサンプル中のZEB1と結合する第二の結合因子とサンプルを接触させる工程；及び
（iii）第一及び第二の結合因がサンプル中のPKC-θ−ZEB1複合体と結合したときに前記第一及び第二の結合因子を検出する工程；
ここで、治療前に対象から採取したコントロールサンプルにおいて検出されるPKC-θ−ZEB1複合体のレベルと比較してサンプルにおいて検出されるPKC-θ−ZEB1複合体のレベルが低ければ、対象に対する臨床的有用性（例えば免疫エフェクター機能の増強、例えばT細胞機能増強）の増加を示し、治療前に対象から採取したコントロールサンプルにおいて検出されるPKC-θ−ZEB1複合体のレベルと比較してサンプルにおいて検出されるPKC-θ−ZEB1複合体のレベルが高ければ、対象に対して臨床的有用性（例えば免疫エフェクター機能の増強、例えばT細胞機能増強）が無いか又は無視し得ることを示す。
さらに別の特徴では、キットは、対象においてT細胞機能不全疾患の存在を診断するために提供される。これらのキットは概して、以下を含むか、以下から成るか又は本質的に以下から成る：（i）PKC-θと結合する第一の結合因子、（ii）ZEB1と結合する第二の結合因子、及び（iii）第一及び第二の結合因子の各々がPKC-θ−ZEB1複合体と結合したときに検出され得る、標識を含む第三の因子。具体的な実施態様では、第三の因子は、第一及び第二の結合因子と結合する結合因子である。
関連する特徴では、本発明は以下を提供する：PKC-θ及びZEB1を含む複合体、複合体のPKC-θと結合する第一の結合因子、複合体のZEB1と結合する第二の結合因子、及び（iii）第一及び第二の結合因子の各々がPKC-θ−ZEB1複合体と結合したときに検出され得る、標識を含む第三の因子。具体的な実施態様では、第三の因子は、第一及び第二の結合因子と結合する結合因子である。
さらに別の特徴では、本発明は以下を提供する：PKC-θ及びZEB1を含む複合体を含むT細胞、複合体のPKC-θと結合する第一の結合因子、複合体のZEB1と結合する第二の結合因子、及び（iii）第一及び第二の結合因子の各々がPKC-θ−ZEB1複合体と結合したときに検出され得る、標識を含む第三の因子。具体的な実施態様では、第三の因子は、第一及び第二の結合因子と結合する結合因子である。
上記の特徴のいずれにおいても、対応する結合因子は好ましくは抗体である。
上記の診断方法及びキットは本発明の治療方法のためのコンパニオン診断手段として有用である。
治療的介入のためにPKC-θを標的とし得ることを示す、グラフ、模式図及び写真である。A）インポーチンα/βヘテロダイマー核移行受容体の濃度を増加させた種々のサブユニット及びサブユニット組合せ（α2、α2β1、及びβ1）に対する、組換え体精製His6-PKC-θの結合強度を示す。文献（Wagstaff et al., 2011. Journal of Biomolecular Screening 16(2):192-200）に記載されたアルファスクリーン（AlphaScreen(商標)）結合アッセイを用いた。B‐C）PKC-θのタンパク質の構造を示し、PKC-θペプチド阻害剤、PKCθi（RKEIDPPFRPKVK）に対する結合場所を示している（PKC-θの核局在化配列（NLS）を含む）。 治療的介入のためにPKC-θを標的とし得ることを示す、グラフ、模式図及び写真である。D）PKCθiの特異性をこのペプチド阻害剤で処理した細胞で試験した。PKC-θ（T538p）、PKC-β2、PKC-β1、PKC-α、PKC-εおよびPKC-γに対する一次抗体を用いて細胞をスクリーニングした。以下の等式による核対細胞質蛍光比（Fn/c）を用いて核移行/局在に対する影響を決定した：Fn/c＝(Fn−Fb)/(Fc−Fb)（式中、Fnは核の蛍光、Fcは細胞質の蛍光であり、Fbはバックグラウンド蛍光である）。E）WST-1アッセイ（Sigma）を用いたPKCθiペプチド阻害剤、PKCθiのMDA-MB-231細胞におけるEC50。阻害剤のEC50はグラフパッド（GraphPad）PRISMソフトウェアを用いて計算した 治療的介入のためにPKC-θを標的とし得ることを示す、グラフ、模式図及び写真である。E）WST-1アッセイ（Sigma）を用いたPKCθiペプチド阻害剤、PKCθiのMDA-MB-231細胞におけるEC50。阻害剤のEC50はグラフパッド（GraphPad）PRISMソフトウェアを用いて計算した。F）PKCキナーゼ活性キット（ENZO life sciences）および組換えPKC-θを用いて、PKC-θキナーゼ活性を測定した。C27はPKC-θキナーゼ活性の阻害剤であり、前記は文献（Jimenez et al., 2013. J Med Chem 56(5):1799-810）に開示されている。 BRAF陰性メラノーマ患者のCD8+ T細胞のPKC-θ耐性シグネチャーを示す写真及びグラフである。完全応答（CR）、症状安定（SD）または進行症状（PD）のいずれかについて原発性腫瘍ベースライン生検に由来するメラノーマ患者のホルマリン固定パラフィン包埋（FFPE）組織を、ライカボンドRX染色液（Leica Bond RX Stainer）を用いる3D高解像顕微鏡法によって処理した。FFPE組織を固定し、免疫蛍光顕微鏡法を実施し、抗PD-1、抗PKC-θ（T538p）及び抗CD8に対する一次抗体をDAPIとともに用いてプローブした。各データセットの代表的な画像を示す。グラフは、ImageJマイナスバックグラウンドを用いて測定したCD8についてTCFI値、PKC-θについてTNFI及びPD1についてTCFIを表す（1つの患者サンプルにつきN＝40細胞）。 BRAF陰性メラノーマ患者のCD8+ T細胞のPKC-θ耐性シグネチャーを示す写真及びグラフである。完全応答（CR）、症状安定（SD）または進行症状（PD）のいずれかについて原発性腫瘍ベースライン生検に由来するメラノーマ患者のホルマリン固定パラフィン包埋（FFPE）組織を、ライカボンドRX染色液（Leica Bond RX Stainer）を用いる3D高解像顕微鏡法によって処理した。FFPE組織を固定し、免疫蛍光顕微鏡法を実施し、抗PD-1、抗PKC-θ（T538p）及び抗CD8に対する一次抗体をDAPIとともに用いてプローブした。各データセットの代表的な画像を示す。グラフは、ImageJマイナスバックグラウンドを用いて測定したCD8についてTCFI値、PKC-θについてTNFI及びPD1についてTCFIを表す（1つの患者サンプルにつきN＝40細胞）。B）メラノーマ患者の液体生検から単離した末梢血単核球（PBMC）を、コントロール又はPKCθi核ペプチド阻害剤を用いて前臨床スクリーニングを実施した。PBMCサンプルをIL-2、IFN-γおよびTNF-αの発現について三重複製でスクリーニングした。 BRAF陰性メラノーマ患者のCD8+ T細胞のPKC-θ耐性シグネチャーを示す写真及びグラフである。完全応答（CR）、症状安定（SD）または進行症状（PD）のいずれかについて原発性腫瘍ベースライン生検に由来するメラノーマ患者のホルマリン固定パラフィン包埋（FFPE）組織を、ライカボンドRX染色液（Leica Bond RX Stainer）を用いる3D高解像顕微鏡法によって処理した。FFPE組織を固定し、免疫蛍光顕微鏡法を実施し、抗PD-1、抗PKC-θ（T538p）及び抗CD8に対する一次抗体をDAPIとともに用いてプローブした。各データセットの代表的な画像を示す。グラフは、ImageJマイナスバックグラウンドを用いて測定したCD8についてTCFI値、PKC-θについてTNFI及びPD1についてTCFIを表す（1つの患者サンプルにつきN＝40細胞）。C）二重免疫療法に対する応答者又は耐性者によって識別したCR、SD及びPDコホートについて原発性腫瘍ベースライン生検に由来するメラノーマ患者FFPE組織を、ライカボンドRX染色液を用いる3D高解像顕微鏡法によって処理した。FFPE組織を固定し、免疫蛍光顕微鏡法を実施し、抗PD-1、抗PKC-θ（T538p）、抗CD8及び抗ZEB1に対する一次抗体をDAPIとともに用いてプローブした。各データセットの代表的な画像を示す。グラフは、ImageJマイナスバックグラウンドを用いて測定したCD8についてTCFI値、PKC-θについてTNFI及びZEB1についてTNFIを表す（1つの患者サンプルにつきN＝40細胞）。 CD8+ T細胞のPKC-θ耐性シグネチャーを示す写真である。A−B）メラノーマ患者の液体生検からCD8を単離し（CR＝完全応答、SD＝症状安定、PD＝症状進行）、PMA/CIで刺激し、賦形剤コントロール又はPKCθi核ペプチド阻害剤のどちらかを用いて前臨床スクリーニングを実施した。サンプルを固定し、これらの細胞でZEB1、PKC-θ及びCD8に対する一次抗体を用いて免疫蛍光顕微鏡法を実施した。各データセットについて代表的な画像を示す。グラフは、核マイナスバックグラウンドを選別するためにImageJを用いて測定したPKC-θについてTNFI及びZEB1についてTNFIを示す（n＝＞20細胞/サンプル）。ZEB1及びPKC-θの各コホートのプロットプロフィールもまた表示のPCCを用いて示されている（赤＝ZEB1、緑＝PKC-θ）。グラフはタンパク質発現に基づいて％阻害又は誘発を示し、また未処理サンプルと対比して各タンパク質標的についてもプロットされている。 CD8+ T細胞のPKC-θ耐性シグネチャーを示す写真である。C−D）メラノーマ患者の液体生検からCD8を単離し（CR＝完全応答、PR＝部分的応答、PD＝症状進行）、PMA/CIで刺激し、賦形剤コントロール又は我々のPKCθi核ペプチド阻害剤のどちらかを用いて前臨床スクリーニングを実施した。サンプルを固定し、これらの細胞でTNF-α及びIFN-γ並びにCD8に対する一次抗体を用いて免疫蛍光顕微鏡法を実施した。各データセットについて代表的な画像を示す。核マイナスバックグラウンドを選別するためにImageJを用いて測定したTNF-αについてTNFI及びIFN-γについてTNFIを示す（n＝＞20細胞/サンプル）。グラフはタンパク質発現に基づいて％阻害又は誘発を示し、また未処理サンプルと対比して各タンパク質標的についてもプロットされている。 CD8+ T細胞のPKC-θ耐性シグネチャーを示す写真である。C−D）メラノーマ患者の液体生検からCD8を単離し（CR＝完全応答、PR＝部分的応答、PD＝症状進行）、PMA/CIで刺激し、賦形剤コントロール又は我々のPKCθi核ペプチド阻害剤のどちらかを用いて前臨床スクリーニングを実施した。サンプルを固定し、これらの細胞でTNF-α及びIFN-γ並びにCD8に対する一次抗体を用いて免疫蛍光顕微鏡法を実施した。各データセットについて代表的な画像を示す。核マイナスバックグラウンドを選別するためにImageJを用いて測定したTNF-αについてTNFI及びIFN-γについてTNFIを示す（n＝＞20細胞/サンプル）。グラフはタンパク質発現に基づいて％阻害又は誘発を示し、また未処理サンプルと対比して各タンパク質標的についてもプロットされている。 メラノーマ患者液体生検のCD8+ T細胞におけるPKCθiペプチド阻害剤存在下及び非存在下のEOMES、TBET及びPD-1の発現を示すグラフである。A）メラノーマ患者の液体生検からCD8+ T細胞を単離し（CR＝完全応答、SD＝症状安定、PD＝症状進行）、PMA/CIで刺激し、賦形剤コントロール又はPKCθiペプチド阻害剤のどちらかを用いて前臨床スクリーニングを実施した。サンプルを固定し、これらの細胞でEOMES、TBET及びCD8に対する一次抗体を用いて免疫蛍光顕微鏡法を実施した。各データセットについて代表的な画像を示す。グラフは、核マイナスバックグラウンドを選別するためにImageJを用いて測定したPD1についてTCFI、EOMESについてTNFI及びTBETについてTNFIを表す（n＝＞20細胞/サンプル）。グラフはタンパク質発現に基づいて％阻害又は誘発を示し、また未処理サンプルと対比した各タンパク質標的についてもプロットされている。 いくつかの図及び本文は着色表示又は着色物を含む。着色図解は、要請に応じて出願人から又は適切な特許庁から入手できる。特許庁から入手する場合は手数料が課されことがある。
1．定義
特段の記載がなければ、本明細書で用いられる全ての技術用語及び学術用語は、本発明が属する分野の業者が通例的に理解する意味と同じ意味を有する。本明細書に記載するものと同様な又は等価のいずれの方法及び材料も本発明の実施又は試験に用いることができるが、好ましい方法及び材料が記載される。本発明の目的のために、以下の用語が下記に定義される。
冠詞“a”及び“an”は、当該冠詞の文法的目的語の1つ又は2つ以上（すなわち少なくとも1つ）を指すために本明細書では用いられる。例示すれば、“an element（要素）”は1つの要素又は2つ以上の要素を意味する。
本明細書で用いられる“約”という用語は、本技術分野の業者なら容易にわかる、対応する値の通常的な誤差範囲を指す。本明細書である値又はパラメーター“について”と言うとき、当該値又はパラメーターそのものを対象とする複数の具象化物が含まれる（及び複数の具象化物が記載される）。
本明細書で用いられる“活性化”は、注目すべき生化学的又は形態学的変化を誘発するために十分な細胞表面部分の連結反応に続く細胞の状態を指す。T細胞との関係では、そのような活性化は、細胞増殖を誘発するために十分に刺激されているT細胞の状態を指す。T細胞の活性化はまた、サイトカイン産生及び検出可能なエフェクター機能（制御性又は細胞溶解性エフェクター機能の発揮を含む）を誘発することができる。他の細胞との関係では、この用語は、特定の物理化学的プロセスのアップレギュレーション又はダウンレギュレーションを暗示する。活性化はまた、サイトカイン産生誘発及び検出可能なエフェクター機能を伴うことができる。
“活性化T細胞”という用語は、細胞分裂、検出可能なエフェクター機能（サイトカイン産生、制御性又は細胞溶解性エフェクター機能を含む）を現在生じているか、及び/又は“活性化”のプロセスを最近生じたT細胞を意味する。
“同時投与”又は“同時に投与する”又は“共同投与”などという用語は、2つ以上の活性物を含む単一組成物の投与、又は、別々の組成物として及び/又は別々のルートによって、当該有効な結果がそのような活性物の全てが単一組成物として投与されるときに得られる結果と等価であるように十分に短い時間内に同時発生的に又は同時期に又は連続的にデリバリーされる各活性物の投与を指す。“同時期に”とは、活性因子が実質的に同じ時に、望ましくは同じ処方で一緒に投与されることを意味する。“同時発生的に”とは、活性因子が時間的に接近して投与されること、例えば、1つの因子が、別の因子の前後約1分以内から約1日以内に投与されることを意味する。いずれの同時発生的時間も有用である。しかしながら、同時期に投与されないとき、複数の因子が、約1分以内から約8時間以内に、適切には約1時間から約4時間以内に投与されることはよくある事例であろう。同時発生的に投与されるとき、因子は適切には対象の同じ部位に投与される。“同じ部位”という用語は、正確な位置を含むが、ただし約0.5から約15センチメートル以内、好ましくは約0.5から約5センチメートル以内であることができる。本明細書で用いられる“別々に”という用語は、因子が、ある間隔で、例えば約1日から数週間又は数ヶ月の間隔で投与されることを意味する。複数の活性因子はいずれの順序で投与されてもよい。本明細書で用いられる“連続的に”という用語は、因子が連続して、例えば数分、数時間、数日又は数週間の1つの間隔又は複数の間隔で投与されることを意味する。適切な場合には、活性因子は規則的な反復サイクルで投与され得る。
“因子”という用語は、所望の薬理学的及び/又は生理学的効果を誘発する化合物を含む。前記用語はまた、本明細書で具体的に記述する化合物の医薬的に許容でき薬理学的に活性である成分（塩、エステル、アミド、プロドラッグ、活性な代謝物、アナローグなどを含むが、ただし前記に限定されない）を包含する。上記用語が用いられるとき、前記用語はしたがって、活性な因子そのものとともに、医薬的に許容できる薬理学的に活性な塩、エステル、アミド、プロドラッグ、代謝物、アナローグなどを含むことは理解されるべきである。“因子”という用語は、狭く解釈されるべきではなく、小分子、タンパク質性分子（例えばペプチド及びタンパク質）とともにそれらを含む組成物、及び遺伝分子（例えばRNA、DNA及び模倣物並びにそれらの化学的アナローグ）とともに細胞性因子に及ぶ。“因子”という用語は、本明細書で言及するポリペプチドを産生及び分泌することができる細胞とともに、当該ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチドを含む。したがって、“因子”という用語は核酸構築物に及び、前記構築物は、ベクター（例えばウイルス性又は非ウイルス性ベクター、発現ベクター）並びに、ある細胞域で発現及び分泌させるためのプラスミドを含む。
本明細書で用いられるように、“増幅”は、一般的に所望の配列の複数のコピーを生成するプロセスを指す。“複数のコピー”は少なくとも2つのコピーを意味する。“コピー”は、必ずしも鋳型配列に対する完全な配列相補性又は同一性を意味しない。例えば、コピーは、ヌクレオチドアナローグ（例えばデオキシイノシン）、意図的な配列改変（例えば、鋳型とハイブリダイズできるが相補的ではない配列を含むプライマーにより導入される配列改変）、及び/又は増幅中に生じる配列エラーを含むことができる。
バイオマーカーの“量”又は“レベル”はサンプル中の検出可能レベルである。これらは、当業者に公知であり、本明細書でも開示される方法によって測定することができる。判定されるバイオマーカーの発現レベル又は量を用いて、治療に対する応答を決定することができる。
本明細書で用いられるように、“及び/又は”は、関連する列挙された項目の1つ以上の任意の組合せ及び全ての可能な組合せとともに、代替として説明されているときは（又は）組合せを欠くことを指しかつ包含する。
“アネルギー”という用語は、T細胞受容体を介してデリバリーされる不完全又は不十分なシグナル（例えばrasアクチベーターの非存在下での細胞内Ca2+の増加）に起因する抗原刺激に対する不応答状態を指す。T細胞アネルギーはまた補助刺激の非存在下で抗原による刺激時に生じ、補助刺激の環境下でさえも当該抗原によるその後の活性化に対して細胞の不応答を生じる。不応答状態はしばしばIL-2の存在によって覆され得る。アネルギーT細胞はクローン拡張を経ることはなく、及び/又はエフェクター機能を獲得しない。
“アンタゴニスト”又は“阻害剤”という用語は、別の分子（例えば受容体）の生物学的活性または効果を防止、遮断、阻害、中和、又は緩和する物質を指す。
“アンタゴニスト抗体”という用語は、標的に結合し、当該標的の生物学的効果を防止または緩和する抗体を指す。いくつかの実施態様では、前記用語は、抗体が結合する標的（例えばPD-1）が生物学的機能を発揮することを妨げる抗体を示すことができる。
本明細書で用いられるように、“抗PD-1アンタゴニスト抗体”は、PD-1生物学的活性及び/又はPD-1によって媒介される下流の事象を阻害することができる抗体を指す。抗PD-1アンタゴニスト抗体は、PD-1生物学的活性を（任意の程度（顕著な程度を含む）に）遮断、拮抗、抑止又は緩和する抗体を包含する。PD-1生物学的活性には以下が含まれる：PD-1を介する阻害性シグナル伝達及びPD-1によって媒介される下流の事象（例えばPD-L1結合及び下流シグナリング、PD-L2結合及び下流シグナリング）、T細胞増殖の阻害、T細胞活性化の阻害、IFN分泌の阻害、IL-2分泌の阻害、TNF分泌の阻害、IL-10の誘発、及び抗腫瘍免疫応答の阻害。本発明の目的のために、“抗PD-1アンタゴニスト抗体”（互換的に“アンタゴニストPD-1抗体”、“アンタゴニスト抗PD-1抗体”又は“PD-1アンタゴニスト抗体”と称される）は、以前に確認された用語、タイトル、並びに機能的状態及び特徴であって、それによってPD-1そのもの、PD-1生物学的活性、又は当該生物学的活性の結果が、任意の有意義な程度で実質的に無効化、低下、又は中和されるものを全て包含することは明瞭に理解されるであろう。いくつかの実施態様では、抗PD-1アンタゴニスト抗体はPD-1と結合し、抗腫瘍又は抗病原体免疫応答をアップレギュレートする。抗PD-1アンタゴニスト抗体の例は本明細書で提供される。
“抗体”という用語は、本明細書ではもっとも広い意味で用いられ、具体的には、モノクローナル抗体（完全長のモノクローナル抗体を含む）、ポリクローナル抗体、キメラ抗体、ヒト化抗体、ヒト抗体、マルチ特異性抗体（例えば二重特異性抗体）、及び抗体フラグメントをカバーするが、ただしそれらが望ましい生物学的活性を示す場合に限られる。
“単離された”抗体は、識別され、その天然の環境の成分から分離され及び/又は回収されたものである。その天然の環境の夾雑成分は、当該抗体に関する研究的、診断的又は治療的使用に関して妨げとなる物質であり、酵素、ホルモン、及び他のタンパク質性又は非タンパク質性溶質が含まれ得る。いくつかの実施態様では、抗体は以下の程度に精製される：（1）例えばLowryの方法で決定したとき抗体の重量で95％を超え、いくつかの実施態様では重量で99％を超える；（2）例えば回転カップシーケネーターの使用によってN-末端又は内部アミノ酸配列の少なくとも15残基を得るために十分な程度；又は（3）例えばクマシーブルー若しくは銀染色を用いる還元又は非還元条件下のSDS-PAGEによる均質性。単離抗体には組換え細胞内のin situ抗体が含まれる。なぜならば、当該抗体の天然の環境の少なくとも1つの成分が存在しないからである。しかしながら、通例では単離抗体は少なくとも1つの精製工程によって調製されるであろう。
“未変性の抗体”は通常で約150,000ダルトンのヘテロテトラマー糖タンパク質であり、2つの同一の軽（L）鎖及び2つの同一の重（H）鎖を含む。各軽鎖は1つの共有ジスルフィド結合によって重鎖に連結され、一方、ジスルフィド結合の数は、種々の免疫グロブリンアイソタイプの重鎖で変動する。各重及び軽鎖はまた規則的に間隔をおく鎖内ジスルフィド架橋を有する。各重鎖は一方の末端に可変ドメイン（VH）を有し、前記ドメインには多数の定常ドメインが続く。各軽鎖は、一方の末端に可変ドメイン（VL）をさらにその他方の末端に定常ドメインを有し、軽鎖の定常ドメインは重鎖の第一の定常ドメインに並び、軽鎖可変ドメインは重鎖の可変ドメインに並ぶ。特定のアミノ酸残基が軽鎖及び重鎖可変ドメイン間の境界面を形成すると考えられている。
“定常ドメイン”という用語は、免疫グロブリンの他の部分、可変ドメイン（抗原結合部位を含む）と対比してより保存されたアミノ酸配列を有する、免疫グロブリン分子の部分を指す。定常ドメインは、重鎖のCH1、CH2及びCH3ドメイン（まとめてCH）並びに軽鎖のCHL（又はCL）ドメインを含む。
抗体の“可変領域”又は“可変ドメイン”は、抗体の重又は軽鎖のアミノ末端ドメインを指す。重鎖の可変ドメインは“VH”と称され得る。軽鎖の可変ドメインは“VL”と称され得る。これらのドメインは一般的に抗体のもっとも可変性の部分であり、抗原結合部位を含む。
“可変（性）”という用語は、可変ドメインの一定の部分が抗体間で配列が大きく異なり結合で利用されるという事実、及び特定の抗体の各々のその特定の抗原に対する特異性を指す。しかしながら、可変性は抗体の可変ドメイン全体に均等に割り当てられていない。
可変性は、軽鎖及び重鎖可変ドメインの両方で、超可変領域（HVR）と呼ばれるセグメントに集中する。可変ドメインのより高度に保存された部分はフレームワーク領域（FR）と呼ばれる。未変性の重鎖及び軽鎖の可変ドメインは各々4つのFR領域を含み、前記領域は、大部分がベータ-シート構造を採り3つのHVRによって連結され、HVRはベータ-シート構造を連結するループを形成し、いくつかの事例ではベータ-シート構造の部分を形成する。各鎖のHVRは、FR領域によって近接して一緒に保持され、他の鎖のHVRとともに抗体の抗原結合部位の形成に寄与する（以下を参照されたい：Kabat et al., Sequences of Proteins of Immunological Interest, Fifth Edition, National Institute of Health, Bethesda, Md., 1991）。定常ドメインは、抗体と抗原の結合に直接必要とされないが、多様なエフェクター機能、例えば抗体依存細胞傷害における抗体の関与を示す。
任意の哺乳動物種に由来する抗体（免疫グロブリン）の“軽鎖”は、2つの明確に別個のタイプ、カッパ（“κ”）及びラムダ（“λ”）（それらの定常ドメインのアミノ酸配列に基づく）の1つに割り当てられる。
本明細書で用いられるIgG“アイソタイプ”又は“サブクラス”という用語は、それらの定常領域の化学的及び抗原的特徴によって識別される免疫グロブリンのサブクラスのいずれかを意味する。
それらの重鎖の定常ドメインのアミノ酸配列にしたがって、抗体（免疫グロブリン）は種々のクラスに割り当てられる。5つの主要な免疫グロブリンクラス（IgA、IgD、IgE、IgG及びIgM）が存在し、これらのいくつかはさらにサブクラス（アイソタイプ）（例えばIgG1、IgG2、IgG3、IgG4、IgA1、及びIgA2）に分けられる。免疫グロブリンの種々のクラスに対応する重鎖定常ドメインは、それぞれα、γ、ε、γ、及びμと呼ばれる。免疫グロブリンの種々のクラスのサブユニット構造及び三次元構造は周知であり、全般的には例えば以下に記載されている：Abbas et al. Cellular and Mol. Immunology, 4th ed., W.B. Saunders, Co., 2000。抗体はより大きな融合分子の部分であってもよく、前記融合分子は、抗体と1つ以上の他のタンパク質又はペプチドとの共有若しくは非共有結合性会合によって形成される。
“完全長抗体”、“無傷の抗体”及び“全抗体”という用語は本明細書では互換的に用いられ、実質的に無傷の形態であり、下記に定義される抗体フラグメントではない抗体を指す。前記用語は特にFc領域を含む重鎖を有する抗体を指す。
“ナイーブT細胞”という用語は、抗原経験の無い細胞を含む免疫細胞、例えばメモリーTエフェクター細胞の前駆細胞である免疫細胞を指す。いくつかの実施態様では、ナイーブT細胞は分化し得るが、いまだそれらの同種抗原と遭遇せず、したがって活性化T細胞又はメモリーエフェクターT細胞である。いくつかの実施態様では、ナイーブT細胞は、CD62L、CD27、CCR7、CD45RA、CD28及びCD127の発現、並びにCD95又はCD45ROアイソフォームの欠如を特徴とする。
本明細書での目的において“裸の抗体”は、細胞傷害性部分又は放射性標識に結合されていない抗体である。
“抗体フラグメント”は、無傷の抗体の部分（好ましくはその抗原結合領域を含む）を含む。いくつかの実施態様では、本明細書に記載する抗体フラグメントは抗原結合フラグメントである。抗体フラグメントの例には、Fab、Fab'、F(ab')2、及びFvフラグメント；ジアボディ；線状抗体；単鎖抗体分子；並びに抗体フラグメントから形成されるマルチ特異性抗体が含まれる。
抗体のパパイン消化は、2つの同一の抗原結合フラグメント（“Fab”と呼ばれ、各々は単一抗原結合部位を有する）、及び残りの“Fc”フラグメント（前記の名称は容易に結晶化できるその能力を反映する）を生じる。ペプシン処理はF(ab')2フラグメントを生成し、前記は2つの抗原コンバイン部位を含み、なお抗原と交差結合することができる。
“Fv”は最小抗体フラグメントであり、前記は完全な抗原結合部位を含む。ある実施態様では、二鎖Fv種は、1つの重鎖及び1つの軽鎖可変ドメインが堅固に非共有的に会合したダイマーから成る。単鎖Fv（scFv）種では、1つの重鎖及び1つの軽鎖可変ドメインは、可撓性ペプチドリンカーによって共有結合で連結され、それによって軽鎖及び重鎖は、二鎖Fv種の構造と類似の“ダイマー”構造で会合され得る。各可変ドメインの各々のHVRが相互作用してVH-VLダイマーの表面で抗原結合部位を規定するのはこの立体構造においてである。総合すれば、6つのHVRが抗体に抗原結合特異性を付与する。しかしながら、単一可変ドメイン（又は1つの抗原に特異的なただ3つのHVRを含むFvの半分）でも抗原を認識しこれと結合する能力を有する（ただし完全な結合部位よりも親和性は低い）。
Fabフラグメントは重鎖及び軽鎖可変ドメインを含み、さらにまた軽鎖の定常ドメイン及び重鎖の第一の定常ドメイン（CH1）を含む。Fab'フラグメントは、重鎖CH1ドメインのカルボキシ末端に数残基が付加されていることによりFabフラグメントと相違し、前記数残基は抗体ヒンジ領域に由来する1つ以上のシステインを含む。Fab'-SHはFab'に関する本明細書の呼称であり、前記で、定常ドメインのシステイン残基は遊離チオール基を保持する。F(ab')2抗体フラグメントは本来Fab'フラグメントのペアとして生成され、前記はそれらの間にヒンジシステインを有する。抗体フラグメントのその他の化学的共役もまた知られている。
“単鎖Fv”又は“scFv”抗体フラグメントは抗体のVHおよびVLドメインを含み、ここでは、これらのドメインは単一ポリペプチド鎖に存在する。概して、scFvポリペプチドはさらにまたVHとVLドメインの間にポリペプチドリンカーを含み、前記リンカーはscFvが抗原結合のために所望の構造を形成することを可能にする。scFvの概論のために、例えば以下を参照されたい：Pluckthun, The Pharmacology of Monoclonal Antibodies, vol. 113, Rosenburg and Moore eds., (Springer-Verlag, New York, 1994), pp. 269-315。
“ジアボディ”という用語は2つの抗原結合部位を有する抗体フラグメントを指し、前記フラグメントは、同じポリペプチド鎖（VH-VL）において軽鎖可変ドメイン（VL）に連結された重鎖可変ドメインを含む。短すぎて同じ鎖上の2つのドメイン間で対を形成させないリンカーを用いることによって、当該ドメインは別の鎖の相補性ドメインと対を形成することを強いられ、2つの抗原結合部位を生じる。ジアボディは二価又は二重特異性であり得る。ジアボディはより完全に例えば以下に記載されている：EP 404,097；WO 1993/01161；Hudson et al., Nat. Med. 9:129-134, 2003；及びHollinger et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 90: 6444-6448, 1993。トリアボディ及びテトラボディもまた以下に記載されている：Hudson et al., Nat. Med. 9:129-134, 2003。
本明細書で用いられる“モノクローナル抗体”という用語は、抗体の実質的に均質な集団から入手される抗体を指す。例えば、集団を構成する個々の抗体は、微量で存在し得る可能な変異（例えば天然に存在する変異）を除いて同一である。したがって、修飾語の“モノクローナル”は、別個の抗体の混合物ではないという当該抗体の特徴を示す。ある種の実施態様では、そのようなモノクローナル抗体は、典型的には標的と結合するポリペプチド配列を含む抗体を含み、当該標的結合ポリペプチド配列は、複数のポリペプチド配列から単一の標的結合ポリペプチド配列の選別を含むプロセスによって入手された。例えば、選別プロセスは、複数のクローン（例えばハイブリドーマクローン、ファージクローン又は組換えDNAクローンのプール）から固有のクローンを選別する工程であり得る。選別された標的結合配列をさらにまた改変して、例えば標的に対する親和性を改善し、標的結合配列をヒト化し、細胞培養におけるその生産を改善し、in vivoにおけるその免疫原性を低下させ、マルチ特異性抗体を作製することができること、さらに改変標的結合配列を含む抗体もまた本発明のモノクローナル抗体であることは理解されるべきである。ポリクローナル抗体調製物（典型的には、種々の決定基（エピトープ）を指向する種々の抗体を含む）とは対照的に、モノクローナル抗体調製物の個々のモノクローナル抗体は抗原上の単一の決定基を指向する。それらの特異性に加え、モノクローナル抗体調製物は、典型的にはそれらは他の免疫グロブリンによって汚染されていないという点で有益である。
修飾語の“モノクローナル”は、実質的に均質な抗体集団から入手される抗体の特徴を示し、いずれか特定の方法による抗体の生産を要求すると解釈されるべきではない。例えば、本発明にしたがって用いられるモノクローナル抗体は、例えば以下を含む多様な技術によって作製できる：ハイブリドーマ方法（例えば以下を参照されたい：Kohler and Milstein, Nature, 256:495-97, 1975；Hongo et al., Hybridoma, 14 (3): 253-260, 1995；Harlow et al., Antibodies: A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2nd ed., 988；Hammerling et al., in: Monoclonal Antibodies and T-cell Hybridomas 563-681, Elsevier, N.Y., 1981、組換えDNA方法（例えば以下を参照されたい：U.S. Pat. No. 4,816,567）、ファージディスプレー技術（例えば以下を参照されたい：Clackson et al., Nature, 352: 624-628, 1991；Marks et al., J. Mol. Biol. 222: 581-597, 1992；Sidhu et al., J. Mol. Biol. 338(2): 299-310, 2004；Lee et al., J. Mol. Biol. 340(5): 1073-1093, 2004；Fellouse, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 101(34): 12467-12472, 2004；及びLee et al., J. Immunol. Methods 284(1-2): 119-132, 2004）、及びヒト免疫グロブリンをコードするヒト免疫グロブリンの遺伝子座または遺伝子の複数の部分又は全てを有する動物でヒト又はヒト様抗体を生産する技術（例えば以下を参照されたい：WO 1998/24893；WO 1996/34096；WO 1996/33735；WO 1991/10741；Jakobovits et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 90: 2551, 1993；Jakobovits et al., Nature 362: 255-258, 1993；Bruggemann et al., Year in Immunol. 7:33, 1993；U.S. Pat. Nos. 5,545,807；5,545,806；5,569,825；5,625,126；5,633,425；及びU.S. Pat. No. 5,661,016；Marks et al., Bio/Technology 10: 779-783, 1992；Lonberg et al., Nature 368: 856-859, 1994；Morrison, Nature 368: 812-813, 1994；Fishwild et al., Nature Biotechnol. 14: 845-851, 1996；Neuberger, Nature Biotechnol. 14: 826, 1996；及びLonberg and Huszar, Intern. Rev. Immunol. 13: 65-93, 1995）。
本明細書のモノクローナル抗体は特に“キメラ”抗体を含み、キメラ抗体では、重鎖及び/又は軽鎖の一部分は特定の種に由来するか又は特定の抗体クラス若しくはサブクラスに属する抗体の対応する配列と同一であるか又は相同であり、一方、鎖の残りは別の種に由来するか又は別の抗体クラス若しくはサブクラスに属する抗体の対応する配列と同一であるか又は相同であり、所望の生物学的活性を示すかぎりキメラ抗体のフラグメントも含む（例えば以下を参照されたい：U.S. Pat. No. 4,816,567；及びMorrison et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 81:6851-6855, 1984）。キメラ抗体はPRIMATTZED(商標)抗体を含み、当該抗体の抗原結合領域は、対象の抗原を用いて例えばマカクサルを免疫することによって作製される抗体に由来する。
非ヒト(例えばネズミ)の“ヒト化”形は、非ヒト免疫グロブリンに由来する最小限の配列を含むキメラ抗体である。ある実施態様では、ヒト化抗体は、レシピエントのHVR由来残基が、所望の特異性、親和性、及び/又は能力を有する、非ヒト種（例えばマウス、ラット、ウサギ又は非ヒト霊長類）ドナー抗体のHVR由来残基で置き換えられるヒト免疫グロブリン（レシピエント抗体）である。いくつかの例では、ヒト免疫グロブリンのFR残基は対応する非ヒト残基で置き換えられる。さらにまた、ヒト化抗体は、レシピエント抗体又はドナー抗体で見出されない残基を含むことができる。これらの改変を実施して、抗体性能をさらに精錬することができる。一般的には、ヒト化抗体は、少なくとも1つの、典型的には2つの可変ドメインの実質的に全てを含み、前記では、超可変ループの全て又は実質的に全てが非ヒト免疫グロブリンのものと一致し、FRの全て又は実質的に全てがヒト免疫グロブリン配列のものである。ヒト化抗体はまた、場合によって免疫グロブリン定常領域（Fc）（典型的にはヒト免疫グロブリンのFc）の少なくとも部分含むであろう。更なる詳細については例えば以下を参照されたい：Jones et al., Nature 321:522-525, 1986；Riechmann et al., Nature 332:323-329, 1988；及びPresta, Curr. Op. Struct. Biol. 2:593-596, 1992）。さらにまた例えば以下を参照されたい：Vaswani and Hamilton, Ann. Allergy, Asthma & Immunol. 1:105-115, 1998；Harris, Biochem. Soc. Transactions 23:1035-1038, 1995；Hurle and Gross, Curr. Op. Biotech. 5:428-433, 1994；並びにU.S. Pat. Nos. 6,982,321及び7,087,409。
“ヒト抗体”は、ヒトによって産生される抗体のアミノ酸配列と一致するアミノ酸配列、及び/又は本明細書に記載のヒト抗体を作製する技術のいずれかを用いて作製されるアミノ酸配列を保有するものである。ヒト抗体のこの定義は、特に非ヒト抗原結合残基を含むヒト化抗体を除外する。ヒト抗体は、当業界で公知の多様な技術を用いて生産することができ、前記技術はファージディスプレーライブラリーを含む（Hoogenboom and Winter, J. Mol. Biol., 227:381, 1991；Marks et al., J. Mol. Biol., 222:581, 1991）。さらにヒトモノクローナル抗体の調製に利用できるものは文献に記載された方法である（Cole et al., Monoclonal Antibodies and Cancer Therapy, Alan R. Liss, p. 77, 1985；Boerner et al., J. Immunol., 147(1):86-95, 1991）。さらにまた以下を参照されたい：van Dijk and van de Winkel, Curr. Opin. Pharmacol., 5: 368-74, 2001。ヒト抗体は、抗原チャレンジに応答してそのような抗体を産生するが、その内因性遺伝子座が不能化されているトランスジェニック動物に抗原を投与することによって、例えば免疫ゼノマウスによって調製できる（例えばXENOMOUSETM技術に関しては以下を参照されたい：U.S. Pat. No. 6,075,181及び6,150,584）。さらにまた、ヒトB細胞ハイブリドーマ技術により作出されるヒト抗体に関しては例えば以下を参照されたい：Li et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 103:3557-3562, 2006。
“種依存抗体”は、第一の哺乳動物種に由来する抗原に対して、第二の哺乳動物種に由来する当該抗原のホモローグに対して当該抗体が有する結合親和性より強い親和性を有する抗体である。通例では、種依存抗体は、ヒト抗原と“特異的に結合する”（例えば、約1x10-7Mを超えない、好ましくは約1x10-8Mを超えない、好ましくは約1x10-9Mを超えない結合親和性（Kd）を有する）が、第二の非ヒト哺乳動物種由来抗原のホモローグに対する結合親和性は、ヒト抗原に対するその結合親和性よりも少なくとも約50倍又は少なくとも約500倍又は少なくとも約1000倍弱い。種依存抗体は上記に定義する抗体の多様なタイプのいずれかであり得るが、好ましくはヒト化又はヒト抗体である。
本明細書で用いられるとき、“超可変領域”、“HVR”、又は“HV”は、配列内で超可変であり、及び/又は構造的に規定されたループを形成する抗体の可変ドメイン領域を指す。一般的には、抗体は6つのHVRを含む（VH（H1、H2、H3）に3つ及びVL（L1、L2、L3）に3つ）。未変性の抗体では、H3及びL3は6つのHVRでもっとも大きな多様性を示し、特にH3は抗体に対する精緻な特異性の付与で固有の役割を果たすと考えられている。例えば以下を参照されたい：Xu et al., Immunity 13:37-45, 2000；Johnson and Wu, in Methods in Molecular Biology 248:1-25（Lo, ed., Human Press, Totowa, N.J., 2003）。実際、天然に存在する重鎖のみから成るラクダ類の抗体は、軽鎖が存在しなくても機能し安定である。例えば以下を参照されたい：Hamers-Casterman et al., Nature 363:446-448, 1993；Sheriff et al., Nature Struct. Biol. 3:733-736, 1996。
多数のHVR輪郭記載が用いられ、本明細書に含まれている。Kabatの相補性決定領域（CDR）は配列可変性を基準にし、もっとも一般的に用いられている（Kabat et al., Sequences of Proteins of Immunological Interest, 5th Ed. Public Health Service, National Institutes of Health, Bethesda, Md., 1991）。Chothiaはむしろ構造ループの場所に注目する（Chothia and Lesk J. Mol. Biol. 196:901-917, 1987）。AbM HVRはKabat HVRとChothia 構造ループとの折衷案であり、オックスフォードモリキュラー（Oxford Molecular）の抗体モデリングソフトウェアによって用いられている。“接触”HVRは利用可能な複合体の結晶構造の分析に基づく。これらのHVRの各々の残基を下記に示す。
HVRは以下のように「拡張HVR」を含むことができる：VLでは24−36又は24−34（L1）、46−56又は50−56（L2）及び89−97又は89−96（L3）並びにVHでは26−35（H1）、50−65又は49−65（H2）及び93−102、94−102、又は95−102（H3）。可変ドメイン残基は、これらの輪郭の各々についてKabatらの上掲書にしたがって番号付けされる。
“フレームワーク”又は“FR”残基は、ここで輪郭が示されたHVR残基以外の可変ドメイン残基である。可変ドメインのFRは、一般的には4つのFRドメイン（FR1、FR2、FR3、及びFR4）から成る。したがって、HVR及びFR残基は、VH（又はVL）では一般的に以下の配列で出現する：FR1-H1(L1)-FR2-H2(L2)-FR3-H3(L3)-FR4。
“Kabatによる可変ドメイン残基の番号付け”又は“Kabatによるアミノ酸の位置の番号付け”という用語及びその変化形は、Kabatらの上掲書で重鎖可変ドメイン又は軽鎖可変ドメインについて用いられる抗体編集の番号付けシステムを指す。この番号付けシステムを用いて、実際の線状アミノ酸配列は、可変ドメインのFR又はHVRの短縮又は挿入に対応してアミノ酸の削減又は付加を含むことができる。例えば、重鎖可変ドメインは、H2の残基52の後ろに単一アミノ酸挿入（Kabatにしたがえば残基52a）、及び重鎖FR残基82の後ろに挿入される複数の残基（Kabatにしたがえば、例えば残基82a、82b、及び82cなど）を含むことができる。Kabatの残基番号付けは、 “標準的”なKabat番号付け配列を用い抗体配列の相同性領域でアラインメントを実施することによって与えられた抗体について決定することができる
Kabatの番号付けシステムは、一般的には可変ドメインの残基（軽鎖のほぼ1−107残基及び重鎖のほぼ1−113残基）に言及するときに用いられる（例えば、Kabat et al., Sequences of Immunological Interest. 5th Ed. Public Health Service, National Institutes of Health, Bethesda, Md., 1991）。“EU番号付けシステム”又は“EUインデックス”は、一般的には免疫グロブリン重鎖定常領域の残基に言及するときに用いられる（例えばKabatらの上掲書で報告されたEUインデックス）。“KabatによるEUインデックス”は、ヒトIgG1 EU抗体の残基番号付けを指す。
“線状抗体”という表現は、Zapataら（Zapata et al., 1995 Protein Eng, 8(10):1057-1062）が記載した抗体を指す。簡単に記せば、これらの抗体は、一対のタンデムFdセグメント（VH-CH1-VH-CH1）を含み、前記は相補的な軽鎖ポリペプチドと一緒になって一対の抗原結合領域を形成する。線状抗体は二重特異性又は単一特異性であり得る。
本明細書で用いられるように、“抗原（antigen）”という用語及びその文法的等価表現（例えば“抗原性（antigenic）”）は、特異的な液性又は細胞性免疫の生成物（例えば抗体分子）又はT細胞受容体と特異的に結合できる、化合物、組成物又は物質を指す。抗原は任意のタイプの分子であることができ、前記には、例えばハプテン、単純な中間代謝物、糖（例えばオリゴ糖）、脂質、及びホルモンとともに巨大分子、例えば複合炭水化物（例えば多糖類）、リン脂質、及びタンパク質が含まれる。抗原の一般的カテゴリーには、ウイルス抗原、細菌抗原、真菌抗原、原虫及び他の寄生動物抗原、腫瘍抗原、自己免疫疾患、アレルギー及び移植片拒絶に含まれる抗原、毒素、並びに他の種々雑多な抗原が含まれるが、ただしこれらに限定されない。
本明細書で用いられるように、“結合する”、“〜と特異的に結合する”又は“〜に特異的である”という用語は、測定可能でかつ再現性がある相互作用、例えば標的と抗体と間の結合を指し、前記は、生物学的分子を含む不均質な分子集団の存在下で標的の存在について決定力を有する。例えば、ある標的（前記はエピトープであり得る）と結合又は特異的に結合する抗体は、当該抗体が他の標的と結合するよりも強い親和性、アビディティーでより容易に及び/又は長い期間結合する抗体である。ある実施態様では、抗体と無関係の標的との結合の程度は、例えば放射性免疫アッセイ（RIA）によって測定したとき、当該抗体と標的との結合の約10％未満である。ある種の実施態様では、標的と特異的に結合する抗体は、1μM以下、100nM以下、10nM以下、1nM以下、又は0.1nM以下の解離定数（Kd）を有する。ある種の実施態様では、抗体は、異なる種に由来するタンパク質間で保存されているタンパク質上のエピトープと特異的に結合する。別の実施態様では、特異的結合は排他的結合を含むことができるが、排他的結合を要求しない。
本明細書で用いられるように、“結合因子”という用語は、標的抗原と結合し、かつ無関係の化合物と有意には結合しない因子を指す。本開示の方法で効果的に用いることができる結合因子の例には以下が含まれる（ただしそれらに限定されない）：レクチン、タンパク質、及び抗体、例えばモノクローナル抗体、キメラ抗体、又はポリクローナル抗体、又は前記の抗原結合フラグメントとともに、アプタマー、Fcドメイン融合タンパク質、並びに疎水性タンパク質ドメイン（例えばFcドメイン）を有するか又は前記に融合されたアプタマーなど。ある実施態様では、結合因子は外因性抗体である。外因性抗体は、哺乳動物（例えばヒト）で哺乳動物免疫系によって天然に産生されない抗体である。
本明細書で用いられる“バイオマーカー”という用語は、サンプルにおいて検出され得る指標（例えば予測的、診断的、及び/又は予後判定的である指標）を指す。バイオマーカーは、一定の、分子的、病理学的、組織学的及び/又は臨床的特色を特徴とする特定のサブタイプの疾患又は異常（例えばT細胞機能不全疾患）の指標として機能し得る。いくつかの実施態様では、バイオマーカーは遺伝子である。バイオマーカーには以下が含まれる（ただしそれらに限定されない）：ポリヌクレオチド（例えばDNA及び/又はRNA）、ポリヌクレオチドコピー数の変化（例えばDNAコピー数）、ポリペプチド、ポリペプチド及びポリヌクレオチドの修飾（例えば翻訳後修飾）、炭水化物、及び/又は糖脂質系分子マーカー。
“バイオマーカーシグネチャー”、“シグネチャー”、“バイオマーカー発現シグネチャー”又は“発現シグネチャー”という用語は本明細書では互換的に用いられ、その発現が指標、例えば予測的、診断的、及び/又は予後判定的指標である1つのバイオマーカー又はバイオマーカーの組合せを指す。バイオマーカーシグネチャーは、一定の分子的、病理学的、組織学的及び/又は臨床的特色を特徴とする特定のサブタイプの疾患又は異常（例えばT細胞機能不全疾患）の指標として機能し得る。いくつかの実施態様では、バイオマーカーシグネチャーは“遺伝子シグネチャー”である。“遺伝子シグネチャー”という用語は、“遺伝子発現シグネチャー”と互換的に用いられ、その発現が指標、例えば予測的、診断的、及び/又は予後判定的指標である1つのポリヌクレオチド又はポリヌクレオチドの組合せを指す。いくつかの実施態様では、バイオマーカーシグネチャーは“タンパク質シグネチャー”である。“タンパク質シグネチャー”という用語は、“タンパク質発現シグネチャー”と互換的に用いられ、その発現が指標、例えば予測的、診断的、及び/又は予後判定的指標である1つのポリペプチド又はポリペプチドの組合せを指す。
“癌”又は“癌性”という用語は、典型的には非制御性細胞増殖を特徴とする対象における生理学的状態を指すか又は表す。癌の例には、癌腫、リンパ腫、芽細胞腫、肉腫、及び白血病又はリンパ性悪性疾患が含まれるが、ただし前記に限定されない。そのような癌のより具体的な例には以下が含まれる（ただしそれらに限定されない）：扁平細胞癌（例えば上皮性扁平細胞癌）、肺癌（小細胞肺癌、非小細胞肺癌を含む）、肺の腺癌及び肺の扁平細胞癌、腹膜の癌、肝細胞癌、胃に関する（gastric）癌又は胃癌（胃腸癌及び間質性胃腸癌を含む）、膵臓癌、神経膠芽腫、子宮頸癌、卵巣癌、肝癌、膀胱癌、尿道の癌、ヘパトーマ、乳癌、結腸癌、直腸癌、結腸直腸癌、子宮内膜癌又は子宮癌、唾液腺癌腫、腎癌又は腎臓に関する（renal）癌、前立腺癌、外陰癌、甲状腺癌、肝臓に関する（hepatic）癌、肛門癌、陰茎癌、メラノーマ、表在拡大型メラノーマ、ほくろ性悪性メラノーマ、末端性ほくろ性メラノーマ、結節性メラノーマ、多発性骨髄腫及びB細胞リンパ腫（以下を含む：低悪性度/濾胞性非ホジキンリンパ腫（NHL）、小リンパ球性（SL）NHL、中悪性度/濾胞性NHL、中悪性度びまん性NHL、高悪性度免疫芽細胞性NHL、高悪性度リンパ芽球性NHL、高悪性度小型切れ込み細胞NHL、バルキー病変NHL、マントル細胞リンパ腫、エイズ関連リンパ腫、ヴァルデンストレームマクログロブリン血症）、慢性リンパ球性白血病（CLL）、急性リンパ芽球性白血病（ALL）、有毛細胞性白血病、慢性骨髄芽球性白血病、並びに移植後リンパ球増殖性疾患（PTLD）とともに、母斑症、浮腫（例えば脳腫瘍に付随するもの）、メイーグ症候群に付随する異常な血管増殖、頭頸部とともに脳の癌、並びに関連する転移。ある種の実施態様では、本発明の抗体による治療に馴染みやすい癌には、乳癌、結腸直腸癌、直腸癌、非小細胞肺癌、神経膠芽腫、非ホジキンリンパ腫（NHL）、腎細胞癌、前立腺癌、肝癌、膵臓癌、軟組織肉腫、カポジ肉腫、カルチノイド癌腫、頭頸部癌、卵巣癌、中皮腫、及び多発性骨髄腫が含まれる。いくつかの実施態様では、癌は以下から選択される：小細胞肺癌、神経膠芽腫、神経芽細胞腫、メラノーマ、乳房癌腫、胃癌、結腸直腸癌（CRC）、及び肝細胞癌。さらにいくつかの実施態様では、癌は、非小細胞肺癌、結腸直腸癌、神経膠芽腫及び乳房癌腫（前記癌の転移型を含む）から選択される。具体的な実施態様では、癌はメラノーマ又は肺癌、適切には転移性メラノーマ又は転移性肺癌である。
“細胞増殖異常”、“増殖異常”及び“過剰増殖性疾患”は本明細書では互換的に用いられ、ある程度異常な細胞増殖を伴う疾患を指す。いくつかの実施態様では、細胞増殖異常は癌である。いくつかの実施態様では、細胞増殖異常は腫瘍（固形腫瘍を含む）である。
“化学療法剤”には癌の治療で有用な化合物が含まれる。化学療法剤の例には以下が含まれる：エルロチニブ（TARCEVA(商標)：Genentech/OSI Pharm.）、ボルテゾミブ（VELCADE(商標)：Millennium Pharm.）、ジスルフィラム、没食子酸エピガロカテキン、サリノスポラミドA、カルフィルゾミブ、17-AAG（ゲルダナマイシン）、ラディシコール、乳酸脱水素酵素A（LDH-A）、フルベストラント（FASLODEX(商標)：AstraZeneca）、スニチブ（SUTENT(商標)：Pfizer/Sugen）、レトロゾール（FEMARA(商標)：Novartis）、イマチニブメシレート（GLEEVEC(商標)：Novartis）、フィナスネート（VATALANIB(商標)：Novartis）、オキサリプラチン（ELOXATIN(商標)：Sanofi）、5-FU（5-フルオロウラシル）、ロイコボリン、ラパマイシン（シロリムス、RAPAMUNE(商標)：Wyeth）、ラパチニブ（TYKERB(商標)、GSK572016：Glaxo Smith Kline）、ロナファミブ（SCH 66336）、ソラフェニブ（NEXAVAR(商標)：Bayer Labs）、ゲフィチニブ（IRESSA(商標)：AstraZeneca）、AG1478、アルキル化剤、例えばチオテパ及びCYTOXAN(商標)シクロスフォスファミド、アルキルスルホネート、例えばブスルファン、インプロスルファン及びピポスルファン、アジリジン、例えばベンゾドパ、カルボクオン、メツレドパ及びウレドパ、エチレンイミン及びメチラメラミン（アルトレタミン、トリエチレンメラミン、トリエチレンホスホロアミド、トリエチレンチオホスホルアミド及びトリメチロメラミンを含む）、アセトゲニン（特にブラタシン及びブラタシノン）、カンプトテシン（トポテカン及びイリノテカンを含む）、ブリオスタチン、カリスタチン、CC-1065（そのアドゼレシン、カルゼレシン及びビゼレシン合成アナローグを含む）、クリプトフィシン（特にクリプトフィシン1及びクリプトフィシン8）、アドレノコルチコステロイド（プレドニソン及びプレドニゾロンを含む）、クリプロテロンアセテート、5α-レダクターゼ（フィナステリド及びドゥタステリドを含む）、ボリノスタット、ロミデプシン、パノビノスタット、バルプロ酸、モセチノスタットドラスタチン、アルデスロイキン、タルクドゥオカルマイシン（合成アナローグ、KW-2189及びCB1-TM1を含む）、エロイテロビン、パンクラチスタチン、サルコジクチン、スポンジスタチン、ナイトロジェンマスタード（例えばクロラムブシル、クロマファジン、クロロホスファミド、エストラムスチン、イフォスファミド、メクロレタミン、メクロレタミンオキシドヒドロクロリド、メルファラン、ノベンビチン、フェネステリン、プレドニムスチン、トロフォスファミド、ウラシルマスタード）、ニトロソウレア（例えばカルムスチン、クロロゾトシン、フォテムスチン、ロムスチン、ニムスチン及びラニムスチン）、抗生物質、例えばエンジイン系抗生物質（例えばカリケアミシン、特にカリケアミシンγ1I及びカリケアミシンω1I（Angew Chem. Intl. Ed. Engl. 1994 33:183-186）、ダイネミシン（ダイネミシンAを含む）、ビスホスホネート（例えばクロドロネート）、エスペラミシンとともにネオカルジノスタチンクロモフォア及び関連クロモタンパク質エンジイン抗生物質クロモフォア、アクラシノマイシン、アクチノマイシン、オートラマイシン、アザセリン、ブレオマイシン、カクチノマイシン、カラビシン、カミノマイシン、カルジノフィリン、クロモマイシニス、ダクチノマイシン、ダウノルビシン、デトルビシン、6-ジアゾ-5-オキソ-L-ノルロイシンン、アドリアマイシン（ADRIAMYCIN(商標)）（ドキソルビシン）、モルフォリノ-ドキソルビシン、シアノモルフォリノ-ドキソルビシン、2-ピロリノ-ドキソルビシン及びデオキシドキソルビシン、エピルビシン、エソルビシン、イダルビシン、マルセロマイシン、マイトマイシン、例えばマイトマイシンC、ミコフェノール酸、ノガラマイシン、オリボマイシン、ペプロマイシン、ポルフィロマイシン、プロマイシン、クエラマイシン、ロドルビシン、ストレプトニグリン、ストレプトゾシン、ツベルシジン、ウベニメクス、ジノスタチン、ゾルビシン、抗代謝薬、例えば（メトトレキセート及び5-フルオロウラシル（5-FU））、葉酸アナローグ（例えばデノプテリン、メトトレキセート、プテロプテリン、トリメトトレキセート）、プリンアナローグ（例えばフルダラビン、6-メルカプトプリン、チアミプリン、チオグアニン）、ピリミジンアナローグ（例えばアンシタビン、アザシチジン、6-アザウリジン、カルモフール、シタラビン、ジデオキシウリジン、ドキシフルリジン、エノシタビン、フロキシウリジン）、アンドロゲン（例えばカルステロン、ドロモスタノロンプロピオン酸、エピチオスタノール、メピチオスタン、テストラクトン）、抗副腎薬（例えばアミノグルテチミド、ミトタン） 、葉酸補液（例えばフロリン酸(froninic acid)）、アセグラトン、アルドホスファミドグリコシド、アミノレブリン酸、エニルウラシル、アムサクリン、ベストラブシル、ビサントレン、エダトラキセート、デフォファミン、デモコルシン、ジアジクオン、エルフォミシン、エリプチニウムアセテート、エポチロン、エトグリコシド、ガリウムニトレート、ヒドロキシウレア、レンチナン、ロニダイニン、メイタンシノイド（例えばメイタンシン及びアンサミトシン）、ミトグアゾン、ミトキサントロン、モピダムノール、ニトラエリン、ペントスタチン、フェナメット、ピラルビシン、ロソキサントロン、ポドフィリン酸、2-エチルヒドラジド、プロカルバジン、PSK(商標)多糖類複合体（JHS Natural Products, Eugene, Oreg.）、ラゾキサン、リゾキシン、シゾフラン、スピロゲルマニウム、テヌアゾン酸、トリアジクオン、2,2',2''-トリクロロトリエチルアミン、トリコテセン（特にT-2毒素、ヴェルラクリンA、ロリジンA及びアングイジン）、ウレタン、ヴィンデシン、ダカルバジン、マンノムスチン、ミトブロニトール、ミトラクトール、ピポブロマン、ガシトシン、アラビノシド（“Ara-C”）、シクロホスファミド、チオテパ、タキソイド（例えばTAXOL（パクリタキセル：Bristol-Myers Squibb Oncology, Princeton, N.J.）、アブラキサン（ABRAXANE(商標)）（クレモフォール不含）、パクリタキセルのアルブミン操作ナノ粒子処方物（American Pharmaceutical Partners, Schaumberg, Ill.）及びタキソテア（TAXOTERE(商標)）（ドセタキセル、ドクセタキセル：Sanofi-Aventis））、クロラムブシル、ゲムザー（GEMZAR(商標)）（ゲムシタビン）、6-チオグアニン、メルカプトプリン、メトトレキセート、白金アナローグ（例えばシスプラチン及びカルボプラチン）、ビンブラスチン、エトポシド（VP-16）、イフォスファミド、ミトキサントロン、ビンクリスチン、ナベルビン（NAVELBINE(商標)）（ビノレルビン）、ノバントロン、テニポシド、エダトレキセート、ダウノマイシン、アミノプテリン、カペシタビン（XELODA(商標)、イバンドロネート、CPT-11、トポイソメラーゼ阻害剤RFS 2000、ジフルオロメチルオルニチン（DMFO）、レチノイド（例えばレチノイン酸）、並びに上記のいずれかの医薬的に許容できる塩、酸、及び誘導体。
化学療法剤にはまた以下が含まれる：（i）腫瘍でホルモン作用を調節又は阻害するように作用する抗ホルモン剤、例えば抗エストロゲン及び選択的エストロゲン受容体調節剤（SERM）、例えば以下を含む：タモキシフェン（NOLVADEX(商標)、クエン酸タモキシフェンを含む）、ラロキシフェン、ドロロキシフェン、ヨードキシフェン、4-ヒドロキシタモキシフェン、トリオキシフェン、ケオキシフェン、LY117018、オナプリストン及びファレストン（FARESTON(商標)）（トレミフェンクエン酸塩）；（ii）酵素アロマターゼを阻害するアロマターゼ阻害剤（前記酵素は副腎でエストロゲン生成を調節する）、例えば、4(5)-イミダゾール、アミノグルテチミド、メガセ（MEGASE(商標)）（酢酸メゲストロール）、アロマシン（AROMASIN(商標)）（エクセメスタン：Pfizer）、フォルメスタニー、ファドロゾール、リビソル（RIVISOR(商標)）（ヴォロゾール）、フェマラ（FEMARA(商標)）（レトロゾール：Novartis）、及びアリミデクス（ARIMIDEX(商標)）（アナストロゾール：AstraZeneca）：（iii）抗アンドロゲン、例えばフルタミド、ニルタミド、ビカルタミド、ロイプロリド及びゴセレリン、ブセレリン、トリプテレリン、メドロキシプロゲステロンアセテート、ジエチルスチルベストロール、プレマリン、フルオキシメステロン、all-trans-レチノイン酸、フェンレチニド、およびトロキサシタビン（1,3-ジオキソランヌクレオシドシトシンアナローグ）；（iv）タンパク質キナーゼ阻害剤；（v）脂質キナーゼ阻害剤；（vi）アンチセンスオリゴヌクレオチド、特に異常な細胞増殖で示唆されるシグナリング経路の遺伝子の発現を阻害するもの、例えばPKC-α、Ralf及びH-Ras；（vii）リボザイム、例えばVEGF発現阻害剤（例えばANGIOZYME(商標)及びHER2発現阻害剤）；（viii）ワクチン、例えば遺伝子療法ワクチン（例えばALLOVECTIN(商標)、LEUVECTIN(商標)及びVAXID(商標)）、PROLEUKIN(商標)、rIL-2、トポイソメラーゼ1阻害剤（例えばLURTOTECAN(商標)）、アバレリクス（ABARELIX(商標)）rmRH；及び（ix）上記のいずれかの医薬的に許容できる塩、酸及び誘導体。
化学療法剤にはまた、抗体、例えばアレムツズマブ（Campath）、ベバシズマブ（AVASTIN(商標)：Genentech）、セツキシマブ（ERBITUX(商標)：Imclone）、パニツムマブ（VECTIBIX(商標)：Amgen）、リツキシマブ（RITUXAN(商標)：Genentech/Biogen Idec）、ペルツズマブ（OMNITARG(商標)、2C4：Genentech）、トラスツズマブ（HERCEPTIN(商標)：Genentech）、トシツモマブ（Bexxar、Corixia）及び抗体薬複合化物、ゲムツズマブオゾガミシン（MYLOTARG(商標)：Wyeth）が含まれる。本発明の化合物と組み合わされた因子として治療的潜在能力を有する追加されるヒト化モノクローナル抗体には以下が含まれる：アポリズマブ、アセリズマブ、アトリズマブ、バピノイズマブ、ビバツズマブメルタンシン、カンツズマブメルタンシン、セデリズマブ、セルトリズマブペゴール、シドフシツズマブ、シドツズマブ、ダクリズマブ、エクリズマブ、エファリズマブ、エプラツズマブ、エルリズマブ、フェルビズマブ、フォントリズマブ、ゲムツズマブオゾガミシン、イノツズマブオゾガミシン、イピリムマブ、ラベツズマブ、リンツズマブ、マツズマブ、メポリズマブ、モタビズマブ、モトビズマブ、ナタリズマブ、ニモツズマブ、ノロビズマブ、ヌマビズマブ、オクレリズマブ、オマリズマブ、パリビズマブ、パスコリズマブ、ペクフシツズマブ、ペクツズマブ、ペクセリズマブ、ラリビズマブ、ラニビズマブ、レスリビズマブ、レスリズマブ、レシビズマブ、ロベリズマブ、ルプリズマブ、シブロツズマブ、シプリズマブ、ソンツズマブ、タカツズマブテトラキセタン、タドシズマブ、タリズマブ、テフィバズマブ、トシリズマブ、トラリズマブ、ツコツズマブセルモロイキン、ツクシツズマブ、ウマビズマブ、ウルトキサズマブ、ウステキヌマブ、ビシリズマブ、及び抗インターロイキン12（ABT-874/J695：Wyeth Research and Abbott Laboratories）（前記は、組換え体のもっぱらヒト配列の完全長IgGサブクラス1ラムダ抗体であり、遺伝的に改変されてインターロイキン12 p40タンパク質を認識する）
化学療法剤にはまた“EGFR阻害剤”が含まれる。EGFR阻害剤は、EGFRと結合するか、或いはEGFRと直接相互作用してそのシグナリング活性を防ぐか又は低下させる化合物を指し、また別には“EGFRアンタゴニスト”と称される。そのような因子の例には、EGFRと結合する抗体及び小分子が含まれる。EGFRと結合する抗体の例には以下が含まれる：MAb 579（ATCC CRL HB 8506）、MAb 455（ATCC CRL HB8507）、MAb 225（ATCC CRL 8508）、MAb 528（ATCC CRL 8509）（以下を参照：U.S. Pat. No. 4,943,533、Mendelsohn et al.）及び前記の変種、例えばキメラ化225（C225又はセツキシマブ；ERBUTIX(商標)）及び再形成ヒト225（H225）(以下を参照：WO 96/40210（Imclone Systems Inc.）；IMC-11F8、完全にヒト、EGFR-標的抗体（Imclone）；II型変異体EGFRと結合する抗体（U.S. Pat. No. 5,212,290）；U.S. Pat. No. 5,891,996に記載されたEGFRと結合するヒト化及びキメラ抗体；及びEGFRと結合するヒト抗体、例えばABX-EGF又はパニツムマブ（WO98/50433を参照、Abgenix/Amgen）；EMD 55900（Stragliotto et al. Eur. J. Cancer 32A:636-640, 1996）；EMD7200（マツズマブ）、EGFRに対向するヒト化EGFR抗体であって、EGFR結合についてEGF及びTGF-αの両方と競合する（EMD/Merck）；ヒトEGFR抗体、HuMax-EGFR（GenMab）；完全にヒト抗体であって、E1.1、E2.4、E2.5、E6.2、E6.4、E2.11、E6. 3及びE7.6. 3として知られ、U.S. Pat. No. 6,235,883に記載されているもの；MDX-447（Medarex Inc）；及びmAb 806又はヒト化mAb 806（Johns et al., J. Biol. Chem. 279(29):30375-30384, 2004）。抗EGFR抗体は細胞傷害性因子と複合体化させて免疫複合物を作製できる（例えば以下を参照：EP659439A2、Merck Patent GmbH）、EGFRアンタゴニストには、例えば以下に記載された化合物である小分子が含まれる：U.S. Pat. Nos. 5,616,582、5,457,105、5,475,001、5,654,307、5,679,683、6,084,095、6,265,410、6,455,534、6,521,620、6,596,726、6,713,484、5,770,599、6,140,332、5,866,572、6,399,602、6,344,459、6,602,863、6,391,874、6,344,455、5,760,041、6,002,008、及び5,747,498とともに以下のPCT公開：WO98/14451、WO98/50038、WO99/09016及びWO99/24037。具体的な小分子EGFRアンタゴニストには以下が含まれる：OSI-774（CP-358774、エルロチニブ、タルセバ（TARCEVA(商標)）（（Genentech/OSI Pharmaceuticals）；PD 183805（CI 1033、2-プロペンアミド、N-[4-[(3-クロロ-4-フルオロフェニル)アミノ]-7-[3-(4-モルフォリニル)プロポキシ]-6-キナゾリニル]-,ジヒドロクロリド、Pfizer Inc.）；ZD1839、ゲフチニブ（IRESSA(商標)）4-(3'-クロロ-4'-フルオロアニリノ)-7-メトキシ-6-(3-モルフォリノプロポキシ)キナゾリン、AstraZeneca）；ZM 105180（(6-アミノ-4-(3-メチルフェニル-アミノ)-キナゾリン、Zeneca)；BIBX-1382（N8-(3-クロロ-4-フルオロ-フェニル)-N2-(1-メチル-ピペリジン-4-イル)-ピリミド[5,4--d]ピリミジン-2,8-ジアミン、Boehringer Ingelheim）；PKI-166 ((R)-4-[4-[(1-フェニルエチル)アミノ]-1H-ピロロ[2,3-d]ピリミジン-6-イル]-フェノール)-；(R)-6-(4-ヒドロキシフェニル)-4-[(1-フェニルエチル)アミノ]-7H-ピロロ[2,3-d]ピリミジン)；CL-387785 (N-[4-[(3-ブロモフェニル)アミノ]-6-キナゾリニル]-2-ブチンアミド)；EKB-569 (N-[4-[(3-クロロ-4-フルオロフェニル)アミノ]-3-シアノ-7-エトキシ-6-キノリニル]-4-(-ジメチルアミノ)-2-ブテンアミド)（Wyeth）；AG1478（Pfizer）；AG1571（SU 5271、Pfizer）；二重EGFR/HER2チロシンキナーゼ阻害剤、例えばラパチニブ（TYKERB(商標)、GSK572016又はN-[3-クロロ-4-[(3フルオロフェニル)メトキシ]フェニル]-6[5[[[2メチルスルフォニル)エチル]アミノ]メチル]-2−フラニル]-4-キナゾリンアミン）。
化学療法剤にはまた、以下を含む“チロシンキナーゼ阻害剤”が含まれる：先行パラグラフに記載のEGFR標的薬；小分子HER2チロシンキナーゼ阻害剤、例えばTakedaから入手可能なTAK165；CP-724,714（ErbB2受容体チロシンキナーゼの経口選択性阻害剤）（Pfizer及びOSI）；二重HER阻害剤、例えばEKB-569（Wyethから入手可能）（前記は優先的にEGFRと結合するが、HER2及びEGFR過剰発現細胞を阻害する）；ラパチニブ（GSK572016、Glaxo-SmithKlineから入手可能）、経口用HER2及びEGFRチロシンキナーゼ阻害剤；PKI-166（Novartisから入手可能）；汎HER阻害剤、例えばカネルチニブ（CI-1033、Pharmacia）；Raf-1阻害剤、例えばアンチセンス因子ISIS-5132（ISIS Pharmaceuticalsから入手可能）、前記はRaf-1シグナリングを阻害する；非HER標的TK阻害剤、例えばイマチニブメシレート（GLEEVEC(商標)、Glaxo SmithKlineから入手可能）；マルチ標的チロシンキナーゼ阻害剤、例えばスヌチニブ（SUTENT(商標)、Pfizerから入手可能）；VEGF受容体チロシンキナーゼ阻害剤、例えばヴァタラニブ（PTK787/ZK222584、Novartis/Schering AGから入手可能）；MAPK細胞外調節キナーゼI阻害剤CI-1040（Pharmaciaから入手可能）；キナゾリン、例えばPD 153035、4-(3-クロロアニリノ)キナゾリン；ピリドピリミジン；ピリミドピリミジン；ピロロピリミジン、例えばCGP 59326、CGP 60261及びCGP 62706；ピラゾロピリミジン、4-(フェニルアミノ)-7H-ピロロ[2,3-d]ピリミジン；クルクミン（ジフェルロイルメタン、4,5-ビス(4-フルオロアニリノ)フタルイミド）；ニトロチオフェン部分を含むチルホスチン；PD-0183805（Warner-Lamber）；アンチセンス分子（例えばHERをコードする核酸と結合するもの）；キノキサリン（U.S. Pat. No. 5,804,396）；チルホスチン（U.S. Pat. No. 5,804,396）；ZD6474（Astra Zeneca）；PTK-787（Novartis/Schering AG）；汎HER阻害剤、例えばCI-1033（Pfizer）；アフィニタック（ISIS 3521、Isis/Lilly）；イマチニブメシレート（GLEEVEC(商標)；PKI 166（Novartis）；GW2016（Glaxo SmithKline）；CI-1033（Pfizer）；EKB-569（Wyeth）；セマキシニブ（Pfizer）；ZD6474（AstraZeneca）；PTK-787（Novartis/Schering AG）；INC-1C11（Imclone）、ラパマイシン（シロリムス、RAPAMUNE(商標)；又は以下の特許刊行物に記載されたもの：U.S. Pat. No. 5,804,396、WO 1999/09016（American Cyanamid）、WO 1998/43960（American Cyanamid）、WO 1997/38983（Warner Lambert）、WO 1999/06378（Warner Lambert）、WO 1999/06396（Warner Lambert）、WO 1996/30347（Pfizer, Inc）、WO 1996/33978（Zeneca）、WO 1996/3397（Zeneca）及びWO 1996/33980（Zeneca）。
化学療法剤にはまた以下が含まれる：デキサメタゾン、インターフェロン、コルヒチン、メトプリン、シクロスポリン、アンホテリシン、メトロニダゾール、アレムツズマブ、アリトレチノイン、アロプリノール、アミフォスチン、三酸化ヒ素、アスパラギナーゼ、生BCG、ベバクジマブ、ベキサロテン、クラドリビン、クロファラビン、ダルベポエチンα、デニロイキン、デキサラゾキサン、エポエチンα、エロチニブ、フィルグラスチム、ヒストレリンアセテート、イブリツモマブ、インターフェロンα-2a、インターフェロンα-2b、レナリドミド、レバミソール、メスナ、メトキシサレン、ナンドロロン、ネララビン、ノフェツモマブ、オプレルベキン、パリフェルミン、パミドロネート、ペガデマーゼ、ペガスパルガーゼ、ペグフィルグラスチム、ペメトレキシド二ナトリウム、プリカマイシン、ポルフィマーナトリウム、キナクリン、ラスブリカーゼ、サルグラモスチム、テモゾロミド、VM-26、6-TG、トレミフェン、トレチノイン、ATRA、ヴァルルビシン、ゾレドロネート、及びゾレドロン酸、並びに前記の医薬的に許容できる塩。
化学療法剤にはまた以下が含まれる：ヒドロコルチゾン、酢酸ヒドロコルチゾン、酢酸コルチゾン、チキソコルロールピバレート、トリアムシノロンアセトニド、トリアムシノロンアルコール、モメタゾン、アムシノニド、ブデソニド、デソニド、フルオシノニド、フルオシノロンアセトニド、ベタメタゾン、ベタメタゾンリン酸ナトリウム、デキサメタゾン、デキサメタゾンリン酸ナトリウム、フルオコルトロン、ヒドロコルチゾン-17-ブチレート、ヒドロコルチゾン-17-吉草酸、アクロメタゾンジプロピオネート、吉草酸ベタメタゾン、ベタメタゾンジプロピオネート、プレドニカルベート、クロロベタゾン-17-ブチレート、クロベタゾール-17-プロピオネート、フルオコルトロンカプロネート、フルオコルトロンピバレート及び酢酸フルプレニデン；免疫選択性抗炎症ペプチド（ImSAID）、例えばフェニルアラニン-グルタミン-グリシン（FEG）及びそのD-異性体型（feG）（IMULAN BioTherapeutics, LLC）；抗リウマチ薬、例えばアザチオプリン、シクロスポリン（シクロスポリンA）、D-ペニシラミン、金塩、ヒドロキシクロロキン、レフルノミデミノサイクリン、スルファサラジン、腫瘍壊死因子α（TNF-α）遮断剤、例えばエタネルセプト（Enbrel）、インフリキシマブ（Remicade）、アダリムマブ（Humira）、セルトリズマブペゴール（Cimzia）、ゴリムマブ（Simponi）、インターロイキン1（IL-1）遮断剤、例えばアナキンラ（Kineret）、T-細胞共刺激遮断剤、例えばアバタセプト（Orencia）、インターロイキン6（IL-6）遮断剤、例えばトシリズマブ（ACTEMERA(商標)）；インターロイキン13（IL-13）遮断剤、例えばレブリキズマブ；インターフェロンα（IFN）遮断剤、例えばロンタリズマブ；ベータ7インテグリン遮断剤、例えばrhuMAb ベータ7；IgE経路遮断剤、例えば抗M1プライム；分泌ホモトリマーLTa3及び膜結合ヘテロトリマーLTa1/β2遮断剤、例えば抗リンホトキシンα（Lta）；放射性同位元素（例えばAt211、I131、I125、Y90、Re186、Re188、Sm153、Bi212、P32、Pb212及びLuの放射性同位元素）；種々の研究中因子、例えばチオプラチン、PS-341、フェニルブチレート、ET-18-OCH3、又はファルネシルトランスフェラーゼ阻害剤（L-739749、L-744832）；ポリフェノール、例えばケルセチン、レスベラトロール、ピセアタンノール、没食子酸エピガロカテキン、テアフラビン、フラバノール、プロシアニジン、ベツリン酸及びその誘導体；オートファジー阻害剤、例えばクロロキン；デルタ-9-テトラヒドロカンナビノール（ドロナビノール、MARINOL(商標)）；ベータ-ラパコン；ラパコール；コルヒチン；ベツリン酸；アセチルカンプトテシン、スコポレクチン、及び9-アミノカンプトテシン；ポドフィロトキシン；テガフール（UFTORAL(商標)）；ベキサロテン（TARGRETIN(商標)）；ビスホスホネート、例えばクロドロネート（例えばBONEFOS(商標)又はOSTAC(商標)）、エチドロネート（DIDROCAL(商標)）、NE-58095、ゾレドロン酸/ゾレドロネート（ZOMETA(商標)）、アレンドロネート（FOSAMAX(商標)）、パミドロネート（AREDIA(商標)）、チルドロネート（SKELID(商標)）、又はリセドロネート（ACTONEL(商標)）；及び上皮増殖因子受容体（EGF-R）；ワクチン、例えばテラトープ（THERATOPE(商標)）ワクチン；ペリフォシン、COX-2阻害剤（例えばセレコキシブ又はエトリコキシブ）、プロテオソーム阻害剤（例えばPS341）；CCI-779；チピファルニブ（R11577）；オラフェニブ、ABT510；Bcl-2阻害剤、例えばオブリメルセンナトリウム（GENASENSE(商標)）；ピキサントロン；ファルネシルトランスフェラーゼ阻害税、例えばロナファルニブ（SCH 6636、SARASARTM）、並びに上記のいずれかの医薬的に許容できる塩、酸又は誘導体とともに上記の2つ以上の組合せ、例えばCHOP（シクロホスファミド、ドキソルビシン、ビンクリスチン及びプレドニゾロンの併用療法の略語）、及びFOLFOX（5-FU及びロイコボリンを併用してオキサリプラチン（ELOXATINTM）を用いる治療レジメンの略語）。
化学療法剤にはまた、鎮痛、解熱及び抗炎症作用を有する非ステロイド系抗炎症薬が含まれる。NSAIDは酵素シクロオキシゲナーゼの非選択的阻害剤を含む。NSAIDの具体的な例には以下が含まれる：アスピリン、プロピオン酸誘導体、例えばイブプロフェン、フェノプロフェン、ケトプロフェン、フルブリプロフェン、オキサプロジン及びナプロキセン、酢酸誘導体、例えばインドメタシン、スリンダク、エトドラク、ジクロフェナク、エノール酸誘導体、例えばピロキシカム、メロキシカム、テノキシカム、ドロキシカム、ロルノキシカム及びイソシキカム、フェナム酸誘導体、例えばメフェナム酸、メクロフェナム酸、フルフェナム酸、トルフェナム酸、並びにCOX-2阻害剤、例えばセレコキシブ、エトリコキシブ、ルミラコキシブ、パレコキシブ、ロフェコキシブ、ロフェコキシブ、及びバルデコキシブ。NSAIDは、症状、例えば関節リウマチ、変形性関節症、炎症性関節症、強直性脊椎症、乾癬性関節炎、ライター症候群、急性痛風、月経困難症、転移性骨痛、頭痛及び片頭痛、術後痛、炎症及び組織損傷に起因する軽度から中等度の痛み、発熱、腸閉塞及び腎疝痛の症候緩和のために適用され得る。
本明細書で用いられるように、“コンパニオン診断手段”は、特定の治療を用いる治療に感受性の対象を識別するために、又は治療をモニターするために、及び/又は対象又は対象のサブグループ若しくは他のグループのために有効な投薬量を識別するために用いられる診断方法及び/又は試薬を指す。本明細書の目的のためには、必携診断具は、試薬、例えば、サンプル中でT細胞機能バイオマーカー（例えば本明細書に記載するもの）を検出、測定、又は位置決定するための試薬を指す。コンパニオン診断手段は試薬を指し、さらにまた当該試薬を用いて実施される試験を指す。
本明細書で用いられるように、“複合体”という用語は、互いに直接的及び/又は間接的に接触している複数の分子の集合物又は凝集物を指す。具体的な実施態様では、“接触”、より詳細には“直接的接触”は、引きつける力を有する非共有結合的相互作用（例えばファンデルワールス力、水素結合、イオン性及び疎水性相互作用など）が複数の分子の相互作用を支配するために十分に2つ以上の分子が接近していることを意味する。そのような実施態様では、分子の複合体（ペプチド及びポリペプチド）は、当該複合体が（その成分分子の非凝集又は非複合体化状態と比較して）熱力学的に有利であるような状態下で形成される。本明細書で用いられる“ポリペプチド複合体”又は“タンパク質複合体”という用語は、トリマー、テトラマー、ペンタマー、ヘキサマー、ヘプタマー、ヘプタマー、オクタマー、ノナマー、デカマー、ウンデカマー、ドデカマー、又はより高次のオリゴマーを指す。具体的な実施態様では、ポリペプチド複合体はPKC-θ及びZEB1の自己集合によって形成される。
本明細書を通して、文脈が別のことを要求しないかぎり、“含む（comprise, comprises, comprising）”という用語は、記載の工程若しくは成分又は複数の工程若しくは複数の成分のグループの含有を意味するが、任意の他の工程若しくは成分又は複数の工程若しくは複数の成分のグループを排除しない。したがって、“含む（comprising）”などの用語の使用は、列挙された複数の成分が要求されるか又は必須であるが、他の成分は随意であり存在してもしなくてもよいことを示す。“〜から成る（consisting）”とは含有を意味し、“〜から成る”と言う語句が後に続くか否かにかかわらず、限定されることを意味する。したがって、“〜から成る”と言う語句は、列挙された複数の成分が要求されるか又は必須であり、他の成分は存在しないことを示す。“本質的に〜から成る”とは、当該語句の後に列挙された任意の複数の成分の含有を意味し、当該列挙された複数の成分について本開示で指定された活性または作用に干渉しないか寄与しない他の成分に限定される。したがって、“本質的に〜から成る”と言う語句は、列挙された複数の成分が要求されるか又は必須であるが、他の成分は随意であり、それらが列挙された成分の活性または作用に影響するか否かに応じて存在してもしなくてもよいことを示す。
“相関する（correlate, correlating）”という用語は、一般的に1つのタイプのデータと別のもの又は状態との間の関係の決定を指す。多様な実施態様で、TBET及び/又はCXCR3発現又はTBET：EOMES比は、T細胞の炎症性又は活性化状態の有無又は程度と相関する。
“〜と対応する（corresponds to, corresuponding to）”とは、あるアミノ酸配列が、参照アミノ酸配列と実質的な配列類似性又は同一性を示すことを意味する。一般には、アミノ酸配列は、参照アミノ酸配列の少なくとも一部分に対して少なくとも約70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、又は100％さえ配列類似性又は同一性を示すであろう。
本明細書で用いられるように、“細胞溶解活性”という用語は、細胞（例えばCD8+細胞又はNK細胞）が標的細胞を溶解する能力を指す。そのような細胞溶解活性は、標準的技術を用いて、例えば標的細胞の放射能標識によって測定することができる。
本明細書で用いられる“細胞傷害因子”という用語は、細胞に有害である（例えば細胞死を引き起こすか、増殖を阻害するか、或いは細胞機能を妨げる）任意の因子を指す。細胞傷害因子には以下が含まれる（ただしそれらに限定されない）：放射性同位元素（例えばAt211、I131、I125、Y90、Re186、Re188、Sm153、Bi212、P32、Pb212及びLuの放射性同位元素）；化学療法剤；増殖阻害剤；酵素およびそのフラグメント、例えば核酸分解酵素；及び毒素、例えば小分子毒素又は酵素活性毒素（細菌、真菌、植物又は動物起原）で前記のフラグメント及び/又は変種を含む。例示的な細胞傷害因子は以下から選択できる：抗微小管因子、白金錯体、アルキル化剤、抗生物質、トポイソメラーゼII阻害剤、抗代謝薬、トポイソメラーゼI阻害剤、ホルモン及びホルモンアナローグ、シグナル伝達経路阻害剤、非受容体チロシンキナーゼ血管形成阻害剤、免疫療法剤、アポトーシス促進剤、LDH-A阻害剤、脂肪酸生合成阻害剤、細胞周期シグナリング阻害剤、HDAC阻害剤、プロテアソーム阻害剤、及び癌代謝阻害剤。いくつかの実施態様では、細胞傷害因子はタキサンである。このタイプの代表的な例では、タキサンはパクリタキセル又はドセタキセルである。いくつかの実施態様では、細胞傷害因子は白金剤である。いくつかの実施態様では、細胞傷害因子はEGFRのアンタゴニストである。このタイプの代表的な例では、EGFRのアンタゴニストは、N-(3-エチニルフェニル)-6,7-ビス(2-メトキシエトキシ)キナゾリン-4-アミン（例えばエルロチニブ）である。いくつかの実施態様では、細胞傷害因子はRAF阻害剤である。このタイプの非限定的な例では、RAF阻害剤はBRAF及び/又はCRAF阻害剤である。他の非限定的な例では、RAF阻害剤はベムラフェニブである。ある実施態様では、細胞傷害因子はPI3K阻害剤である。
本明細書で用いられるように、“細胞傷害療法”という用語は、細胞損傷を誘発する治療方法を指し、放射線、化学療法、光力学療法、ラジオ波焼灼、抗血管形成療法、及び前記の組合せが含まれるがただしそれらに限定されない。細胞傷害療法薬は、細胞に適用されるときDNA損傷を誘発し得る。
本明細書で用いられるように、“疾患の進行を遅らせる”又は“疾患の進行速度を低下させる”とは、疾患（例えばT細胞機能不全疾患）の進展を延期し、妨げ、遅くし、手間取らせ、安定化させ、及び/又は繰り延べることを意味する。この遅れは、期間の長さが多様であり、病歴及び/又は治療される個体に左右される。当業者には明白であるが、十分な又は有意な遅れは、個体が疾患を進展させないという点で実質的に予防を包含し得る。例えば、後期癌（例えば転移の進展）を遅らせることができる。
“検出”という用語は、任意の検出手段（直接および間接検出を含む）を含む。
“診断”という用語は、分子的又は病理学的状態、疾患又は症状（例えばT細胞機能不全疾患）の識別または分類を指すために本明細書で用いられる。例えば、“診断”は、特定のタイプのT細胞機能不全疾患の識別を指すことができる。“診断”はまた、特定のサブタイプのT細胞機能不全疾患の、例えば組織病理学的基準による、又は分子の特徴（例えばバイオマーカー（特定の遺伝子又は前記遺伝子によってコードされるタンパク質）の1つの発現又は組合せ発現によって特徴付けられるサブタイプ）による分類を指すことができる。
“補助診断”という用語は、ある疾患又は異常（例えばT細胞機能不全疾患）の特定のタイプの症候若しくは症状の存在又は性質に関する臨床的決定の実施を補助する方法を指すために本明細書では用いられる。例えば、疾患又は症状（例えばT細胞機能不全疾患）の診断を補助する方法は、個体に由来する生物学的サンプル中である種のバイオマーカーを測定する工程を含むことができる。
“疾患”は、治療により利益を受け得る任意の状態であり、問題となっている疾患に対象を罹患しやすくする病理学的状態を含む、慢性及び急性疾患又は異常が含まれる（ただし前記に限定されない）。
免疫機能不全の関係では“機能不全”という用語は、抗原刺激に対する低下した免疫応答状態を指す。前記用語は、抗原認識は生じ得るが、後に続く免疫応答が感染又は腫瘍増殖の制御に有効ではない疲弊及び/又はアネルギーの両方の共通要素を含む。
本明細書で用いられるように、“機能不全である”という用語は、抗原認識に対して抵抗性又は非応答性、特に抗原認識を下流のT細胞エフェクター機能（例えば増殖、サイトカイン産生（例えばIL-2、IFN-γ、TNF-αなど）及び/又は標的細胞殺滅）に変換する能力の障害を含む。
“有効量”は、具体的な疾患の測定可能な改善または予防を達成するために必要な少なくとも最少の量である。本明細書の有効量は、例えば、患者の疾患の状態、年齢、性別、及び体重、並びに個体で所望の応答を引き出す抗体の能力のような要件に応じて変動し得る。有効量はまた、治療時のいずれかの傷害性又は有害性作用を治療における有益な効果が上回る量である。予防的使用では、有益な又は所望される結果は例えば以下の結果を含む：リスクの排除若しくは軽減、重篤度の緩和、又は疾患（疾患の生化学的、組織学的及び/又は行動的症候、その合併症、及び疾患の進展中に提示される中間的な病理学的表現型を含む）の開始の延期。治療的使用では、有益な又は所望される結果は例えば以下の臨床結果を含む：疾患に起因する1つ以上の症候の減少、疾患罹患者の生活の質の向上、疾患の治療に必要な他の医薬の用量の減少、例えば標的照準を介する別の医薬の作用の増強、疾患進行の遅延、及び/又は延命。癌又は腫瘍の場合、薬物の有効量は以下で効果を発揮することができる：癌細胞の数の減少、腫瘍サイズの低下、抹消器官への癌細胞浸潤の阻害（ある程度又は望ましくは停止）、腫瘍転移の阻害（すなわち、ある程度遅らせ望ましくは停止させる）、腫瘍増殖をある程度阻害する、及び/又は癌又は腫瘍に付随する症候の1つ以上をある程度緩和する。感染症の場合、薬物の有効量は以下で効果を発揮することができる：循環中の病原体（細菌、ウイルスなど）力価の低下、病原体感染細胞の数の減少、器官の病原体感染の阻害（すなわち、ある程度遅らせ望ましくは停止させる）、病原体増殖の阻害（すなわち、ある程度遅らせ望ましくは停止させる）、及び/又は感染に付随する症候の1つ以上をある程度軽減する。1回以上の投与において有効量を投与することができる。本発明の目的のために、薬物、化合物、又は医薬組成物の有効量は、直接的又は間接的に予防的又は治療的処置を達成するために十分な量である。臨床環境では理解されるところであるが、薬物、化合物、又は医薬組成物の有効量は、別の薬物、化合物、又は医薬組成物と併用して達成されることもあり、そうでないこともある。したがって、“有効量”は1つ以上の治療因子の投与との関係で考えることが可能であり、単一の因子は、1つ以上の他の因子と併用して所望の結果が達成可能であるか又は達成されるならば、有効量で投与されると考えることができる。
医薬による治療に対する患者の“有効な応答”又は患者の“応答性”及び類似の言い回しは、疾患又は異常（例えば癌）のリスクがあるか、又は前記に罹患している患者に付与される臨床的又は治療的利益を指す。ある実施態様では、そのような利益は、延命（全生存及び無増悪生存を含む）、目的の応答の招来（完全応答又は部分応答を含む）；又は癌の徴候または症候の改善のいずれか1つ以上を含む。治療に対して“有効な応答を示さない”患者は、延命（全生存及び無増悪生存を含む）、目的の応答の招来（完全応答又は部分応答を含む）；又は癌の徴候または症候の改善のどれも示さない患者である。
“T細胞機能を増強する”とは、持続的な若しくは増幅された生物学的活性をもつように、又は疲弊若しくは不活性なT細胞を更新若しくは再活性化するためにT細胞を誘導、惹起又は刺激することを意味する。T細胞機能の増強の例は以下のいずれか1つ以上を含む：介入前のレベルと対比してIFN-γの分泌増加、TNF-αの分泌増加、CD8+ T細胞のIL-2分泌増加、増殖増加、抗原応答性の増加（例えばウイルス、病原体、又は腫瘍除去）。いくつかの実施態様では、増強のレベルは、少なくとも50％、また別には60％、70％、80％、90％、100％、120％、150％、200％である。この増強を測定する態様は当業者には公知である。
“上皮表現型”という用語は、当業界では形態学的、分子的及び/又は機能的特徴によって理解及び識別される。例えば、上皮細胞は、一般的に丸みを帯びた又は玉石外観を有し、上皮マーカーE-カドヘリンを発現し、迅速に分裂し、及び/又は間葉系細胞と比較して相対的に低レベルの運動性、侵襲性及び/又は足場非依存性増殖を有する。
本明細書で用いられるように、“上皮間葉転換”（EMT）という用語は、上皮から間葉表現型への変換を指し、胚発生の正常なプロセスである。EMTはまた、イオン及び液体の運搬体として機能する、損傷を受けた上皮細胞がマトリックスを改造する間葉系細胞になるプロセスでもある。癌腫では、この転換は、典型的には細胞形態の改変、間葉タンパク質の発現及び侵襲性の増加を生じる。in vitroでEMTを定義する基準は、上皮細胞の極性の喪失、個々の細胞への分離、及びその後に続く細胞運動性獲得後の分散を含む（Vincent-Salomon et al., Breast Cancer Res. 2003; 5(2): 101-106）。EMTの最中に発現、分布、及び/又は機能で変化を生じ、さらに必然的に必要とされる分子クラスには以下が含まれる：増殖因子（例えば、形質転換増殖因子-β（TGF-β）、wnt）、転写因子（例えばSnail、LEF、及び核β-カテニン）、細胞対細胞接着軸の分子（カドヘリン、カテニン）、細胞骨格調節因子（Rhoファミリー）、及び細胞外プロテアーゼ（マトリックスメタロプロテイナーゼ、プラスミノーゲン活性化因子）（Thompson et al., Cancer Research 65, 5991-5995, Jul. 15, 2005）。具体的な実施態様では、EMTは、上皮性癌細胞が間葉表現型を獲得するプロセスを指し、前記プロセスは転移と関連し得る。これらの間葉細胞は、接着性の低下、運動性及び侵襲性の増加を示すことができ、免疫療法剤、化学療法剤及び/又は放射線（例えば迅速に分裂する細胞を標的とする治療）に対して相対的に耐性である。
“エピトープ”という用語は分子の部分を指し、当該部分は、抗体の抗原結合領域の1つ以上で抗体によって及び抗体による結合によって認識される能力を有する。エピトープはしばしば分子の表面グループ（例えばアミノ酸または糖側鎖）から成り、特異的な三次元構造的特徴とともに特異的な荷電特徴を有する。いくつかの実施態様では、エピトープはタンパク質エピトープであり得る。タンパク質エピトープは、線状又は立体構造的であり得る。線状エピトープでは、タンパク質と相互作用分子（例えば抗体）との間で相互作用する点の全てが、当該タンパク質の一次アミノ酸配列に沿って直線的に出現する。“非線状エピトープ”又は“立体構造エピトープ”は、不連続ポリペプチド（又はアミノ酸）を、当該エピトープに特異的な抗体が結合する抗原性タンパク質内に含む。抗原上の所望のエピトープを決定したら、例えば本明細書に記載する技術を用いて、当該エピトープに対する抗体を作製することができる。また別に、発見過程において、所望のエピトープについての情報は抗体の作製及び特徴付けによって明らかにされ得る。この情報から、同じエピトープとの結合について複数の抗体を競合的にスクリーニングすることができる。前記を達成するアプローチは、競合及び交差競合試験を実施して、標的抗原（例えばPD-1）との結合について互いに交差競合する抗体（例えば抗原との結合について競合する抗体）を見つけ出すことである。
“疲弊”という用語は、多くの慢性感染症及び癌の時期に発生する持続的TCRシグナリングから生じるT細胞機能不全の状態としてのT細胞疲弊を指す。前記は、不完全又は欠陥シグナリングから生じるのではなく持続的シグナリングから生じるという点でアネルギーとは区別される。疲弊は、貧弱なエフェクター機能、阻害性受容体の持続発現、及び機能的なエフェクター又はメモリーT細胞の転写状態とはまったく別個の転写状態によって明確に示される。疲弊は、感染症及び腫瘍の最適な制御を妨げる。疲弊は、固有の負の調節経路（例えば免疫制御性サイトカイン）とともに細胞の固有の調節性（共同刺激性）経路（PD-1、B7-H3、B7-H4など）の両方からもたらされ得る。
遺伝子配列に関して“発現”という用語は、RNA転写物（例えばmRNA、アンチセンスRNA、siRNA、shRNA、miRNAなど）を生成する遺伝子の転写、及び適切な場合には、生じたmRNA転写物のタンパク質への翻訳を指す。したがって、文脈から明瞭であろうが、コード配列の発現はコード配列の転写及び翻訳から生じる。逆に、非コード配列の発現は、非コード配列の転写から生じる。
一般的に“発現のレベル”又は“発現レベル”という用語は互換的に用いられ、一般的にはサンプル中のバイオマーカーの量を指す。“発現”は、一般的に、情報（例えば遺伝子によってコードされる情報及び/又はエピジェネティックな情報）が、細胞に存在し稼働する構造物に変換されるプロセスを指す。したがって、本明細書で用いられるように、“発現”は、ポリヌクレオチドへの転写、ポリペプチドへの翻訳、又はポリヌクレオチド及び/又はポリペプチド修飾（例えばポリペプチドの翻訳後修飾）さえも指すことができる。転写ポリヌクレオチドのフラグメント、翻訳ポリペプチド、又はポリヌクレオチド及び/又はポリペプチド修飾（例えばポリペプチドの翻訳後修飾）もまた、それらがまた別のスプライシングによって生成される転写物若しくは分解転写物に由来しようと又はポリペプチドの翻訳後プロセッシング（例えばタンパク質分解）に由来しようと発現とみなされであろう。“発現遺伝子”は、mRNAとしてポリヌクレオチドに転写されるもの、及びRNAに転写されるがポリペプチドに翻訳されないもの（例えばトランスファーRNA及びリボソームRNA）もまた含む。
“発現の上昇”、“発現レベルの上昇”、又は“上昇レベル”は、コントロール（例えば疾患又は異常（例えばT細胞機能不全）を罹患していない個体（1人又は複数）若しくはその部分（例えば細胞、組織又は器官）又は内部コントロール（例えばハウスキーピングバイオマーカー））と対比して、個体若しくは個体の部分（例えば細胞、組織又は器官）におけるバイオマーカーの発現増加又はレベル増加を指す。
“発現の低下”、“発現レベルの低下”、又は“低下レベル”は、コントロール（例えば疾患又は異常（例えばT細胞機能不全）を罹患していない個体（1人又は複数）若しくはその部分（例えば細胞、組織又は器官）又は内部コントロール（例えばハウスキーピングバイオマーカー））と対比して、個体若しくは個体の部分（例えば細胞、組織又は器官）におけるバイオマーカーの発現低下又はレベル低下を指す。
“ハウスキーピングバイオマーカー”という用語は、全ての細胞タイプで同様に存在する、バイオマーカー又はバイオマーカーグループ（例えばポリヌクレオチド及び/又はポリペプチド）を指す。いくつかの実施態様では、ハウスキーピングバイオマーカーは、“ハウスキーピング遺伝子”である。“ハウスキーピング遺伝子”は、本明細書ではタンパク質をコードする遺伝子又は遺伝子群を指し、前記タンパク質の活性は細胞機能の維持に必須であり、かつ前記タンパク質は典型的には全ての細胞タイプで同様に存在する。
本明細書で用いられるとき、“増殖阻害因子”は、細胞の増殖をin vitro又はin vivoで阻害する化合物又は組成物を指す。ある実施態様では、増殖阻害因子は増殖阻害抗体であり、前記は当該抗体が結合する抗原を発現する細胞の増殖を妨げ又は低下させる。別の実施態様では、増殖阻害因子は、S期の細胞のパーセンテージを顕著に低下させるものであり得る。増殖阻害因子の例は、細胞周期進行を（S期以外の場所で）遮断する因子（例えばG1停止及びM期停止を誘発する因子）を含む。古典的M期遮断剤には、ビンカ（ビンクリスチン及びビンブラスチン）、タキサン、及びトポイソメラーゼII阻害剤（例えばドキソルビシン、エピルビシン、ダウノルビシン、エトポシド、及びブレオマイシン）が含まれる。G1を停止させる因子はまたS期停止にも波及し、例えばDNAアルキル化剤、例えばタモキシフェン、プレドニゾン、ダカルバジン、メクロレタミン、シスプラチン、メトトレキセート、5-フルオロウラシル、及びara-Cである。更なる情報は以下で見出すことができる：Mendelsohn and Israel, eds., The Molecular Basis of Cancer（第1章、表題“Cell cycle regulation, oncogenes, and antineoplastic drugs”（Murakami et al., 例えば13ページ）（W.B. Saunders, Philadelphia, 1995）。タキサン（パクリタキセル及びドセタキセル）は抗癌剤であり、ともにイチイの樹から得られる。ドセタキセル（TAXOTERE(商標)、Rhone-Poulenc Rorer）（ヨーロッパイチイから得られる）は、パクリタキセル（TAXOL(商標)、Bristol-Myers Squibb）の半合成アナローグである。パクリタキセル及びドセタキセルは、チューブリンダイマーから微小管の組立てを促進し、脱ポリマー化を妨げることによって微小管を安定させ、これは細胞の有糸分裂の阻害を生じる。
本発明の関係では“免疫エフェクター細胞”という用語は、免疫反応時にエフェクター機能を示す細胞と関係を有する。例えば、そのような細胞は、サイトカイン及び/又はケモカインを分泌し、微生物を殺滅し、抗体を分泌し、感染細胞又は癌細胞を認識し、場合によってそのような細胞を排除する。例えば、免疫エフェクター細胞は、T細胞（細胞傷害性T細胞、ヘルパーT細胞、腫瘍浸潤T細胞）、B細胞、ナチュラルキラー（NK）細胞、リンホカイン活性化キラー（LAK）細胞、好中球、マクロファージ、及び樹状細胞を含む。
本発明の関係では“免疫エフェクター機能”という用語は、免疫系の成分によって媒介される任意の機能を指し、前記機能は、例えば、ウイルス感染細胞又は腫瘍細胞の殺滅、又は腫瘍増殖の阻害及び/又は腫瘍進展の阻害（腫瘍播種及び転移の阻害を含む）をもたらす。好ましくは、本発明の関係の免疫エフェクター機能はT細胞媒介エフェクター機能である。そのような機能は、ヘルパーT細胞（CD4+ T細胞）の場合には、MHCクラスII分子との関連における抗原又は抗原由来抗原ペプチドのT細胞受容体による認識、サイトカインの放出及び/又はCD8+リンパ球（CTL）及び/又はB細胞の活性化、並びにCTLの場合には、MHCクラスI分子との関連における抗原又は抗原由来抗原ペプチドのT細胞受容体による認識、MHCクラスI分子と関連して提示される細胞（すなわち、クラスI MHCと共に抗原の提示を特徴とする細胞）の、例えばアポトーシス又はパーフォリン媒介細胞溶解を介する排除、サイトカイン（例えばIFN-γ及びTNF-α）の産生、及び抗原発現標的細胞の特異的細胞溶解殺滅を含む。
“免疫応答”という用語は、宿主動物の免疫系による特定の物質（例えば抗原又は免疫原）との任意の検出可能な応答を指し、前記応答は例えば、自然免疫応答（例えばToll受容体シグナリングカスケードの活性化）、細胞媒介免疫応答（例えばT細胞（例えば抗原特異的T細胞）及び免疫系の非特異的細胞によって媒介される応答）、及び液性免疫応答（例えばB細胞によって媒介される応答、例えば抗体の生成及び血漿、リンパ及び/又は組織液へのその分泌）である。
“免疫原性を有する”という用語は、ある物質が、T細胞（例えばCD8+ T細胞）の免疫応答増強を含む免疫応答を惹起し、引き出し、刺激し、又は誘発する能力、又はある特定の抗原に対する既存の免疫応答を改善し、増強し、向上させ若しくは延長させる能力を指し、単独であるか又は担体と結合されているか、アジュバントは存在するか又は存在しないかに関係はない。
“免疫原性”は特定の物質の免疫応答を引き起こす能力を指す。腫瘍は免疫原性を有し、腫瘍免疫原性増強は免疫応答による腫瘍細胞の除去を助ける。腫瘍免疫原性増強の例には、PKC-θ阻害剤及びPD-1結合アンタゴニストによる治療が含まれる。
“感染”という用語は、疾患を引き起こす微生物、それらの複製、並びにそれら微生物及びそれらが産生する毒素に対する体組織の反応による身体組織の侵襲を指す。“感染”には、ウイルス、プリオン、細菌、ウイロイド、寄生生物、原生動物、及び真菌による感染が含まれるが、ただしこれらに限定されない。ウイルスの非限定的な例には以下が含まれる：レトロウイルス科ヒト免疫不全ウイルス、例えばHIV-1（HTLV-III、LAV又はHTLV-III/LAV又はHIV-IIIとも称される）及び他の単離株、例えばHIV-LP；ピコルナウイルス科（例えばポリオウイルス、肝炎Aウイルス、エンテロウイルス、ヒトコクサッキーウイルス、ライノウイルス、エコーウイルス）；カルシウイルス科（例えば胃腸肝炎を引起すウイルス（ノルウォークウイルスおよび関連ウイルス））；トガウイルス科（例えばウマ脳炎ウイルス、風疹ウイルス）；フラビウイルス科（例えばデングウイルス、脳炎ウイルス、黄熱ウイルス）；コロナウイルス科（例えばコロナウイルス）；ラブドウイルス科（例えば水疱性口内炎ウイルス、狂犬病ウイルス）；フィロウイルス科（例えばエボラウイルス）；パラミクソウイルス科（例えばパラインフルエンザウイルス、流行性耳下腺炎ウイルス、麻疹ウイルス、呼吸器合胞体形成ウイルス、メタニューモウイルス）；オルトミクソウイルス科（例えばインフルエンザウイルス）；ブンヤウイルス科（例えばハンタンウイルス、ブンヤウイルス、フレボウイルス及びナイロウイルス）；アレナウイルス科（例えば出血熱ウイルス）；レオウイルス科（例えばレオウイルス、オルビウイルス及びロタウイルス）；ビマウイルス科；ヘパドナウイルス科（例えば肝炎Bウイルス）；パルボウイルス科（パルボウイルス）；パポーバウイルス科（パピローマウイルス、ポリオーマウイルス）；アデノウイルス科（大半のアデノウイルス）；ヘルペスウイルス科（単純疱疹ウイルス（HSV）1及び2、帯状疱疹ウイルス、サイトメガロウイルス（CMV）、ヘルペスウイルス）；ポックスウイルス科（バリオラウイルス、VACV、ポックスウイルス）；及びイリドウイルス科（例えばアフリカブタ熱ウイルス）；並びに未分類ウイルス（例えば海綿状脳症の病因因子、デルタ肝炎因子（肝炎Bウイルスの欠損性サテライトウイルスと考えられる）、非A非B肝炎因子（クラス1＝内部伝染、クラス2＝非経口伝染（すなわち肝炎C））、及びアストロウイルス）。病原性であることが知られている代表的な細菌には以下が含まれる：病原性パスツレラ種（例えばパスツレラ・マルトシダ（Pasteurella multocida））、ブドウ球菌種（例えば黄色ブドウ球菌（Staphylococcus aureus））、連鎖球菌種（例えば化膿性連鎖球菌（Streptococcus pyogenes）（グループA連鎖球菌）、ストレプトコッカス・アガラクチア（Streptococcus agalactiae）（グループB連鎖球菌）、連鎖球菌（ビリダンスグループ）、ストレプトコッカス・ファエカリス（Streptococcus faecalis）、ストレプトコッカス（嫌気性亜種）、肺炎連鎖球菌（Streptococcus pneumoniae））、ナイセリア菌種（例えばナイセリア・ゴノレアエ（Neisseria gonorrhoeae）、ナイセリア・メニンギチディス（Neisseria meningitidis））、エシェリキア菌種（例えば腸管毒素性大腸菌（E. coli）（ETEC）、腸管病原性大腸菌（EPEC）、腸管出血性大腸菌（EHEC）、及び腸管侵襲性大腸菌（EIEC））、ボルデテラ（Bordetella）菌種、カンピロバクター（Campylobacter）菌種、レジオネラ菌種（例えばレジオネラ・ニューモフィラ（Legionella pneumophila））、シュードモナス（Pseudomonas）菌種)、シゲラ（Shigella）菌種、ビブリオ（Vibrio）菌種、エルシニア（Yersinia）菌種、サルモネラ（Salmonella）菌種、ヘモフィルス菌種（例えばヘモフィルス・インフルエンザ（Haemophilus influenzae））、ブルセラ（Brucella）菌種、フランシセラ（Francisella）菌種、バクテロイデス（Bacteroides）菌種、クロストリジウム菌種（例えばクロストリジウム・ディフィシレ（Clostridium difficile）、クロストリジウム・パーフリンゲンス（Clostridium perfringens）、クロストリジウム・テタニ（Clostridium tetani））、マイコバクテリア菌種（例えばM.ツベルクローシス（M. tuberculosis）、M.アビウム（M. avium）、Mイントラセルラレ（M. intracellulare）、M.カンサイー（M. kansaii）、M.ゴルドナエ（M. gordonae））、ヘリコバクター・ピロリス（Helicobacter pyloris）、ボレリア・ブルグドルフェリ（Borelia burgdorferi）、リステリア・モノサイトゲネス（Listeria monocytogenes）、クラミジア・トラコマチス（Chlamydia trachomatis）、エンテロコッカス（Enterococcus）菌種、炭疽菌（Bacillus anthracis）、コリネバクテリウム・ジフテリアエ（Corynebacterium diphtheriae）、エリシペロトリクス・リュシオパシアエ（Erysipelothrix rhusiopathiae）、エンテロバクター・アエロゲネス（Enterobacter aerogenes）、クレブシエラ・ニューモニアエ（Klebsiella pneumoniae）、フソバクテリウム・ヌクレアツム（Fusobacterium nucleatum）、ストレプロバシルス・モニリフォルミス（Streptobacillus moniliformis）、トレポネーマ・パリジウム（Treponema pallidium）、トレポネーマ・ペルテヌエ（Treponema pertenue）、レプトスピラ（Leptospira）、リケッチア（Rickettsia）、及びアクチノミセス・イスラエリ（Actinomyces israeli）。非限定的な病原性真菌には以下が含まれる：クリプトコッカス・ネオフォルマンス（Cryptococcus neoformans）、ヒストプラズマ・カプスラツム（Histoplasma capsulatum）、コクシジオーデス・イムミチス（Coccidioides immitis）、ブラストミセス・デルマチチディス（Blastomyces dermatitidis）、カンジダ・アルビカンス（Candida albicans）、カンジダ・グラブラータ（Candida glabrata）、アスペルギルス・フミガータ（Aspergillus fumigata）、アスペルギルス・フラブス（Aspergillus flavus）、及びスポロトリックス・シェンキイ（Sporothrix schenckii）。例示的な病原性原生動物は、蠕虫、マラリア原虫属（Plasmodium）、例えばプラズモジウム・ファルシパルム（Plasmodium falciparum）、プラズモジウム・マラリアエ（Plasmodium malariae）、プラズモジウム・オバレ（Plasmodium ovale）及びプラズモジウム・ビバクス（Plasmodium vivax）；トキソプラズマ・ゴンジイ（Toxoplasma gondii）；トリパノソーマ・ブルセイ（Trypanosoma brucei）、トリパノソーマ・クルジ（Trypanosoma cruzi）；ビルハルツ住血吸虫（Schistosoma haematobium）、マンソン住血吸虫（Schistosoma mansoni）、日本住血吸虫（Schistosoma japonicum；リーシュマニア・ドノバニ（Leishmania donovani）；ジアルジア・インテスナリス（Giardia intestinalis）；クリプトスポリジウム・パルブム（Cryptosporidium parvum）などである。
本明細書で用いられるように、“指示書”には刊行物、録音物、図表、又は本発明の組成物及び方法の有用性を伝えるために用いることができる任意の表現媒体が含まれる。本発明のキットの指示書は、例えば、本発明の治療薬剤若しくは診断薬剤を含む容器に添付するか、又は本発明の治療薬剤若しくは診断薬剤を含む容器と一緒に輸送することができる。
本明細書で用いられるとき“標識”という用語は検出可能な化合物又は組成物を指す。標識は、典型的には試薬（例えばポリヌクレオチドプローブ又は抗体）と複合体化されるか、又は直接的若しくは間接的に融合され、当該標識が複合体化又は融合される試薬の検出を容易にする。標識そのものが検出可能であってもよく（例えば放射性同位元素標識又は蛍光標識）、酵素標識の場合は、標識は基質化合物又は組成物の化学的改変を触媒し、検出可能な生成物を生じる。
本明細書で用いられる“白血球（leucocytes, white blood cell）”という用語は、任意の免疫細胞（単球、好中球、好酸球、好塩基球、及びリンパ球を含む）を指す。
本明細書で用いられる“リンパ球”という用語は、白血球の一タイプである、免疫系の細胞を指す。リンパ球には、T細胞（細胞傷害性及びヘルパーT細胞）、B細胞、及びナチュラルキラー細胞（NK細胞）が含まれるが、ただしこれらに限定されない。本明細書で用いられる“腫瘍浸潤細胞”という用語は、固形腫瘍に存在するリンパ球を指す。本明細書で用いられる“循環リンパ球”という用語は、循環中に存在する（例えば血中に存在する）リンパ球を指す。
“メモリーTエフェクター細胞”とは、CTL及びヘルパーT細胞（それらの同族抗原に以前に遭遇し応答したことがある）を含むT細胞サブセットを意味し、したがって抗原体験T細胞という用語がしばしば適用される。そのようなT細胞は、外来微生物（例えば細菌又はウイルス）とともに癌細胞を認識することができる。メモリーTエフェクター細胞は、以前の感染、癌との遭遇、又は以前のワクチン接種時に抗原に遭遇することによって“体験”を達成する。微生物との二回目の遭遇で、メモリーTエフェクター細胞は再生して、免疫系が微生物に応答した初回よりも迅速かつ強力な免疫応答を上昇させることができる。この反応動作が、特異的抗原への暴露を明らかにするTリンパ球増殖アッセイで利用される。
“間葉表現型”という用語は当業界では周知であり形態学的、分子的及び/又は機能的特徴によって識別される。例えば、間葉細胞は、概ね伸長した紡錘形の外観を有し、間葉バイオマーカー（ビメンチン、フィブロネクチン及びN-カドヘリン）を発現し、ゆっくりと分裂するか又は非分裂性であり、及び/又は上皮細胞と比較して比較的高レベルの運動性、侵襲性及び/又は固着非依存性増殖を有する。
本明細書で用いられるように、“間葉上皮転換”（MET）という用語は可逆的な生物プロセスであり、前記は、運動性を有し多極性又は紡錘形間葉細胞から上皮と呼ばれる分極化細胞の平面的な配列への変換を含む。METはEMTの逆向きプロセスである。METは正常な発生、癌転移、及び人工多能性幹細胞の再プログラミングで生じる。具体的な実施態様では、METは、EMTを経て（例えば上記に記載の）1つ以上の上皮性特徴を獲得する細胞の再プログラミングを指す。例えば、そのような細胞は典型的には、運動性及び/又は侵襲性の低下を示し、及び/又は迅速に分裂し、それによって免疫療法剤及び/又は細胞傷害性因子に対して感受性を獲得する。
“多重PCR”という用語は、単一供給源（例えば1つの個体）から得られた核酸で実施される単一PCR反応を指し、単一反応で2つ以上のDNA配列を増幅する目的のために2つ以上のプライマーセットが用いられる。
本明細書で互換的に用いられる“患者”、“対象”又は“個体”という用語は、治療又は予防が所望される対象、特に脊椎動物の対象動物、より詳しくは哺乳動物の対象動物を指す。本発明の範囲内に入る適切な脊椎動物の対象動物には以下を含む脊索動物亜門の任意のメンバーが含まれる（ただしそれらに限定されない）：霊長動物（例えばヒト、サル及び類人猿、及び以下を含むサルの種、例えばマカカ（Macaca）属（例えばカニクイザル（例えばマカカ・ファシクラリス（Macaca fascicularis）及び/又はアカゲザル（マカカ・ムラータ（Macaca mulatta））及びヒヒ（パピオ・ウルシヌス（Papio ursinus））とともにマーモセット（カリトリクス（Callithrix）属の種）、リスザル（サイミリ（Saimiri）属の種）及びタマリン（サグイヌス（Saguinus）属の種）並びに類人猿（例えばチンパンジー（パン・トログロダイテス（Pan troglodytes））、げっ歯類（例えばマウス、ラット、モルモット）、ウサギ類（例えばウサギ、ノウサギ）、ウシ類（例えば畜牛）、ヒツジ類（例えばヒツジ）、ヤギ類（例えばヤギ）、ブタ類（例えばブタ）、ウマ類（例えばウマ）、イヌ類（例えばイヌ）、ネコ類（例えばネコ）、鳥類（例えばニワトリ、シチメンチョウ、アヒル、カモ、愛玩鳥類（例えばカナリア、インコなど））、海洋哺乳動物（例えばイルカ、クジラ）、爬虫類（蛇、カエル、トカゲ）、並びに魚類。好ましい対象は、免疫応答の惹起（T細胞活性化増強を有する免疫応答を含む）を必要とするヒトである。しかしながら、前述の用語は症候が存在するということを示唆しないことは理解されよう。
“医薬組成物”又は“医薬処方物”という用語は調製物を指し、前記調製物は、活性成分の生物学的活性が有効であることを可能にする形態にあり、かつ当該組成物又は処方物が投与される対象にとって許容できないほど有害な付加成分を含まない。そのような処方物は無菌的である。“医薬的に許容できる”賦形剤（ベヒクル、添加物）は、対象哺乳動物に常識的に投与して、用いられる活性成分の有効な用量を提供することができるものである。
本明細書で用いられうように、“PD-1”という用語は、PD-1の任意の形態及びPD-1の活性の少なくとも一部を保持するその変種を指す。（例えばヒトPD-1と具体的に言及することにより）特段に指示されなければ、PD-1は、全哺乳動物種（例えばヒト、イヌ、ネコ、ウマ及びウシ）の未改変の配列のPD-1を含む。1つの例示的なヒトPD-1はUniProtアクセッション番号Q15116として見出される。
“PD-1結合アンタゴニスト”という用語は、PD-1と1つ以上のその結合パートナー（例えばPD-L1、PD-L2）との相互作用から生じるシグナル伝達を低下させ、遮断し、阻害し、停止させ又は干渉する分子を指す。いくつかの実施態様では、PD-1結合アンタゴニストは、PD-1と1つ以上のその結合パートナーとの結合を阻害する分子である。具体的な特徴では、PD-1結合アンタゴニストは、PD-1とPD-L1及び/又はPD-L2との結合を阻害する。例えば、PD-1結合アンタゴニストには以下が含まれる：抗PD-1抗体、その抗原結合フラグメント、イムノアドヘシン、融合タンパク質、オリゴペプチド及び他の分子であって、PD-1とPD-L1及び/又はPD-L2との相互作用から生じるシグナル伝達を低下させ、遮断し、阻害し、停止させ又は干渉するもの。いくつかの実施態様では、PD-1結合アンタゴニストは、T細胞上で発現される細胞表面タンパク質により媒介されるか又は前記を介して媒介されるPD-1媒介負の共同刺激シグナルを減少させ、機能不全T細胞の機能不全を軽減する（例えば、抗原認識に対するエフェクター応答を増強する）。いくつかの実施態様では、PD-1結合アンタゴニストは抗PD-1抗体である。具体的な特徴では、PD-1結合アンタゴニストはMDX-1106（ニボルマブ）である。別の具体的な特徴では、PD-1結合アンタゴニストはMK-3475（ペンブロリズマブ）である。別の具体的な特徴では、PD-1結合アンタゴニストはCT-011（ピジリズマブ）である。さらに別の具体的な特徴では、PD-1結合アンタゴニストはAMP-224である。
本発明の関係では、“プライミング”という用語は、（例えばT細胞に抗原を提示する抗原提示細胞による）T細胞（典型的にはナイーブT細胞）のその特定の抗原による最初の接触の誘発を指し、プライミングは、T細胞のエフェクターT細胞（例えば細胞傷害性T細胞又はTヘルパー細胞）への分化を引き起こす。
“放射線療法”とは、細胞に十分な損傷を誘発して正常に機能する能力を制限するか、又は完全に細胞を破壊するための誘導ガンマ線またはベータ線の使用を意味する。線量及び治療期間を決定するために当業界には公知の多くの方法があることは理解されよう。典型的な治療は1回投与として提供され、典型的な線量は1日当たり10から200ユニット（グレイ）の範囲である。
本明細書で用いられる“サンプル”という用語は任意の生物学的標本を含み、前記標本は、対象から抽出するか、無処理又は処理するか、希釈又は濃縮することができる。サンプルには以下が含まれ得る（ただしそれらに限定されない）：生物学的液体、例えば全血、血清、赤血球、白血球、血漿、唾液、尿、便（すなわち糞便）、涙液、汗、皮脂、乳頭吸引液、乳管洗浄液、腫瘍浸出液、滑液、腹水、腹腔液、羊水、脊髄液、リンパ、細針吸引物、羊水、任意の他の体液、細胞溶解物、細胞分泌物、炎症液、精液及び膣分泌物。サンプルは、組織サンプル及び生検、組織ホモジネートなどを含むことができる。有利なサンプルには、本明細書に教示する任意の1つ以上のバイオマーカーを検出可能量で含むものが含まれ得る。適切には、サンプルは、対象からサンプルの除去又は単離を可能にする、侵襲性が最小限の方法によって容易に入手することができる。ある種の実施態様では、サンプルは、血液（特に末梢血）又はその部分若しくは抽出物を含有する。典型的には、サンプルは、血球、例えば成熟、未成熟又は発育中の白血球（リンパ球、多形核白血球、好中球、単球、網状赤血球、好塩基球、体腔球、血球、好酸球、巨核球、マクロファージ、樹状細胞、ナチュラルキラー細胞を含む）又はそのような細胞の部分（例えば核酸又はタンパク質分画）を含む。具体的な実施態様では、サンプルは、末梢血単核球（PBMC）を含む白血球を含む。
本明細書で用いられる、“参照サンプル”、“参照細胞”、“参照組織”、“コントロールサンプル”、“コントロール細胞”、又は“コントロール組織”は、比較の目的のために用いられるサンプル、細胞、組織、標準物、又はレベルを指す。ある実施態様では、参照サンプル、参照細胞、参照組織、コントロールサンプル、コントロール細胞、又はコントロール組織は、同じ対象又は個体の身体（例えば組織又は細胞）の健康な及び/又は無疾患部分から得られる。例えば、病気の細胞又は組織に隣接する健康な及び/又は無疾患細胞又は組織（例えば腫瘍に隣接する細胞又は組織）である。別の実施態様では、参照サンプルは、同じ対象又は個体の身体の無処理組織及び/又は細胞から得られる。さらに別の実施態様では、参照サンプル、参照細胞、参照組織、コントロールサンプル、コントロール細胞、又はコントロール組織は、当該対象又は個体ではない個体の身体（例えば組織又は細胞）の健康な及び/又は無疾患部分から得られる。さらに別の実施態様では、参照サンプル、参照細胞、参照組織、コントロールサンプル、コントロール細胞、又はコントロール組織は、当該対象又は個体ではない個体の身体の無処理組織及び/又は細胞から得られる。
“組織サンプル”又は“細胞サンプル”とは、対象又は個体の組織から得られる同様な細胞の集合物を意味する。組織又は細胞サンプルの供給源は以下であり得る：新鮮、凍結及び/又は保存器官、組織サンプル、生検、及び/又は吸引物に由来する固形組織；血液または任意の血液構成物（例えば血漿）；体液、例えば脳脊髄液、羊水、腹腔液、又は間質液；対象の妊娠又は発育の任意の時期に由来する細胞。組織サンプルはまた、初代細胞又は又は培養細胞若しくは細胞株であり得る。場合によって、組織又は細胞サンプルは病気の組織/器官から得られる。組織サンプルは、自然界で当該組織と天然には混合されない化合物、例えば保存料、抗凝固剤、緩衝剤、固定剤、栄養物、抗生物質などを含有することができる。
本明細書で用いられる“配列同一性”という用語は、複数の配列が、ヌクレオチド毎に又はアミノ酸毎に比較ウインドウにわたって同一である程度を指す。したがって、“配列同一性のパーセンテージ”は、2つの最適にアラインメントされた配列を比較ウインドウにわたって比較し、一致する位置の数を得るために同一核酸塩基（例えばA、T、C、G、I）又は同一アミノ酸残基（例えばAla、Pro、Ser、Thr、Gly、Val、Leu、Ile、Phe、Tyr、Trp、Lys、Arg、His、Asp、Glu、Asn、Gln、Cys及びMet）が両配列で生じる位置の数を決定し、一致する位置の数を比較ウインドウ内の位置の総数（すなわちウインドウサイズ）で割り、さらに結果に100を乗じて配列同一性のパーセンテージを得る。本発明の目的のためには、“配列同一性”は、適切な方法によって計算した“一致パーセンテージ”を意味することは理解されるであろう。例えば、配列同一性分析は、DNASISコンピュータプログラム（Windows用ヴァージョン2.5、以下の業者から入手可能（Hitachi Software engineering Co., Ltd., South San Francisco, California, USA））により、当該ソフトウェアに付随する参照マニュアルで用いられる標準的規定値を用いて実施できる。
本明細書で用いられるように、“小分子”は、3キロダルトン（kDa）未満、典型的には1.5キロダルトン未満、より好ましくは約1キロダルトン未満の分子量を有する化合物を指す。小分子は、核酸、ペプチド、ポリペプチド、ペプチド模倣物、炭水化物、脂質、又は他の有機（炭素含有）若しくは無機分子であり得る。当業者には理解されるように、本記載に基づいて、化学的及び/又は生物学的混合物（しばしば真菌、細菌又は藻類抽出物）の広範囲ライブラリーを本発明のアッセイのいずれかを用いてスクリーニングし、生物活性を調節する化合物を識別することができる。“小さな有機分子”は、3キロダルトン未満、1.5キロダルトン未満、又は約1キロダルトン未満ですらある分子量を有する有機化合物（又は無機化合物（例えば金属）と複合体を形成する有機化合物）である。
ハイブリダイゼーション反応の“ストリンジェンシー”は当業者には容易に決定可能で、一般的にプローブの長さ、洗浄温度及び塩濃度に依存し経験的に計算される。一般的には、プローブが長ければ適切なアニーリングのためには高温が要求され、一方、より短いプローブはより低い温度を必要とする。ハイブリダイゼーションは、一般的には、相補鎖がそれらの融解温度より低い環境下に存在するとき、変性DNAが再アニーリングする能力に左右される。プローブとハイブリダイズされ得る配列との間の所望される相同性の程度が高ければ高いほど、用いることができる相対的温度は高くなる。結果として、より高い相対的温度は反応条件をよりストリンジェントにし、一方、より低い温度は反応条件を緩和する。ハイブリダイゼーション反応のストリンジェンシーの更なる詳細及び説明については以下を参照されたい：Ausubel et al., Current Protocols in Molecular Biology, Wiley Interscience Publishers, 1995。
本明細書で定義する、“ストリンジェントな条件”又は“高ストリンジェンシー条件”は以下の条件によって識別することができる：（1）洗浄のために低いイオン強度及び高い温度、例えば0.015M塩化ナトリウム/0.0015Mクエン酸ナトリウム/0．1％ドデシル硫酸ナトリウムを50°Cで用いる；（2）ハイブリダイゼーション時に変性剤、例えばホルムアミド、例えば50％（v/v）ホルムアミドを0.1％ウシ血清アルブミン/0.15％フィコール/0.1％ポリビニルピロリドン/750mM塩化ナトリウム、75mMクエン酸ナトリウム含有50mMリン酸ナトリウム緩衝液（pH6.5）とともに42°Cで用いる；又は（3）50％ホルムアミド、5ｘSSC（0.75M NaCl、0.075Mクエン酸ナトリウム）、50mMリン酸ナトリウム（pH6.8）、0.1％ピロリン酸ナトリウム、5ｘデンハルト溶液、音波処理サケ精子DNA（50μg/mL）、0.1％SDS、及び10％硫酸デキストランを用いる溶液中での一晩、42°Cのハイブリダイゼーション、0.2ｘSSC（塩化ナトリウム/クエン酸ナトリウム）中で42°C、10分間の洗浄、続いて55°Cで10分間のEDTA含有0.1ｘSSCから成る高ストリンジェンシー洗浄。
“持続応答”は、治療の停止後の腫瘍増殖低下における持続的作用を指す。例えば、投与期の開始時のサイズと比較して腫瘍サイズは同じままであるか又は縮小し得る。いくつかの実施態様では、持続応答は、治療持続期間と少なくとも同じ、治療持続期間の少なくとも1.5ｘ、2.0ｘ、2.5ｘ、又は3.0ｘの長さの持続期間を有する。
本明細書で用いられるように、“相乗的”という用語は、PD-1結合アンタゴニストと一緒に投与されるときのPKC-θ阻害剤（又はその逆）の治療効果が、単独投与されるときにPKC-θ阻害剤及びPD-1結合アンタゴニストの予想される累積的治療効果より大きいことを意味する。PKC-θ阻害剤及びPD-1結合アンタゴニスに適用される“相乗的に有効な量”という用語は、組成物（一般的には医薬処方物）中の各成分の量を指し、前記量は、以下のいずれか1つ以上を含む免疫エフェクター機能を増強するために有効であり（MHCクラスII分子との関連における抗原又は抗原由来抗原ペプチドのT細胞受容体による認識増加、サイトカインの放出増加及び/又はCD8+リンパ球（CTL）及び/又はB細胞の活性化増加、CTLの場合はMHCクラスI分子との関連における抗原又は抗原由来抗原ペプチドの、T細胞受容体による認識増加、MHCクラスI分子と関連して提示される細胞（すなわち、クラスI MHCと共に抗原の提示を特徴とする細胞）の、例えばアポトーシス又はパーフォリン媒介細胞溶解を介した排除増加、サイトカイン（例えばIL-2、IFN-γ及びTNF-α）の産生増加、及び抗原発現標的細胞の特異的細胞溶解殺滅増加）、さらに以下の効果を生じる（例えば上記に例示した免疫エフェクター機能の増強に対するPKC-θ阻害剤の用量対PD-1結合アンタゴニストの用量の用量応答図表において、用量PKC-θ阻害剤軸又はPD-1結合アンタゴニスト軸のどちらとも交差しない効果）。当業界で相乗性を決定するために用いられる用量応答曲線は、例えばSandeらによって記載されている（以下の文献の1080−1105ページを参照されたい：A. Goodman et al., ed., the Pharmacological Basis of Therapeutics, MacMillan Publishing Co., Inc., New York, 1980）。最適相乗性のための量は、要件（例えば用量レベル、スケジュール及び応答）を変化させ95％信頼限界を用い、さらにコンピュータ作成モデル（PKC-θ阻害剤及びPD-1結合アンタゴニストの多様な組合せの用量応答曲線からアイソボログラムを作成する）を用いて決定することができる。用量応答曲線での免疫エフェクター機能の最高の増強は、最適投薬レベルと相関する。
“T細胞機能不全疾患”は、抗原刺激に対する応答低下を特徴とするT細胞の疾患又は症状である。具体的な実施態様では、T細胞機能不全疾患は、PD-1を介するシグナリングの不適切な増加に特異的に関係する疾患である。別の実施態様では、T細胞機能不全疾患は、T細胞がアネルギーであるか、又はサイトカイン分泌能力、増殖能力若しくは細胞溶解活性発揮能力の低下を有する疾患である。具体的な特徴では、応答低下は、病原体又は免疫原発現腫瘍の効果的でない制御をもたらす。T細胞機能不全を特徴とするT細胞機能不全疾患の例には、非消散性急性感染、慢性感染、及び腫瘍免疫が含まれる。
本明細書で用いられるように、“治療”は、臨床的病変経過中に治療される個体又は細胞の自然な過程を改変するために設計される臨床介入を指す。所望される治療効果は、疾患進行速度の低下、疾患の状態の緩和若しくは軽減、及び緩解若しくは予後改善を含む。例えば、T細胞機能不全疾患に関連する1つ以上の症候が緩和または排除されるならば、個体は首尾よく“治療される”。前記1つ以上の症候には、癌細胞の増殖低下（又は破壊）、病原体感染の減少、疾患に起因する症候の減少、疾患罹患患者の生活の質の向上、疾患の治療に要求される他の医薬の用量の減少、及び/又は個体の延命以下が含まれる（ただしそれらに限定されない）。
本明細書で用いられるように、“Treg”及び“制御性T細胞”（以前はサプレッサーT細胞として知られていた）という表現は、免疫学的寛容を維持するTリンパ球を指す。免疫応答時に、TregはT細胞媒介免疫を阻害し、胸腺内で負の選別を逃れ出た自己反応性T細胞を抑制する。適応Treg細胞（Th3又はTr 1細胞と呼ばれる）は免疫応答時に生じると考えられる。天然に存在するTreg細胞（CD4+CD25+FoxP3+ Treg細胞）は胸腺で生じ、発育中T細胞と骨髄系（CD11c+）及び形質細胞系（CD123+）樹状細胞（胸腺間質リンパタンパク質（TSLP）サイトカインで活性化されている）の両細胞との相互作用と連携している。天然に存在するTreg細胞のFoxP3の存在はそれらを他の細胞と区別する。
本明細書で用いられる“腫瘍”は、全ての新形成細胞成長及び増殖（悪性であれ良性であれ）、並びに全ての前癌性及び癌性細胞及び組織を指す。“癌”、“癌性”、“細胞増殖疾患”、“増殖性疾患”、“過剰増殖性疾患”及び“腫瘍”という用語は、本明細書で言及するように互いに排除し合わない。
“腫瘍免疫”は、腫瘍が免疫認識および除去を回避するプロセスを指す。したがって、治療概念として、そのような回避が弱められ、免疫系によって腫瘍が認識され攻撃されるとき、腫瘍免疫は治療される。腫瘍認識の例は腫瘍結合、腫瘍退縮及び腫瘍除去を含む。
本明細書で用いられるように、遺伝子の名称に下線を引くか又は斜字体にするのは、タンパク質生成物と対照的に遺伝子を示し、タンパク質生成物は、下線又は斜字体が存在しない遺伝子の名称によって示される。例えば“PKC-θ”はPKC-θ遺伝子を意味し、一方、“PKC-θ”は、タンパク質生成物又はPKC-θ遺伝子の転写及び翻訳及び/又はまた別のスプライシングから生じた生成物を示す。
本明細書に記載する各実施態様は、特段の記載がなければ各実施態様及び全ての実施態様に準用される。
2．T細胞機能を増強する因子
本発明は、機能的に抑制された間葉表現型を有するT細胞のPKC-θ阻害剤への暴露は、それらの免疫エフェクター機能の脱抑制によるT細胞のエピジェネティックな再プログラミングをもたらすという決定に部分的に基づいている。前記免疫エフェクター機能の脱抑制は、T細胞活性化及びエフェクター性能のバイオマーカー（例えばIL-2、IFN-γ及びTNF-α）の発現上昇、T細胞エフェクター阻害及び癌進行のバイオマーカー（例えばZEB1）の発現低下とともに、T細胞疲弊のバイオマーカー（例えばPD-1及びEOMES）の発現低下及び転写因子TBET（適応免疫及び自然免疫系の細胞でIFN-γの産生を増加させる）の発現上昇を含む。本発明者らはまた、PKC-θ阻害剤媒介エピジェネティック再プログラミングは、PD-1結合アンタゴニストによる再賦活に対する疲弊T細胞の感受性増強を付与することを見出した。
したがって、本発明によれば、PKC-θ阻害剤（例えばPKC-θキナーゼ活性の阻害剤又はPKC-θ核移行/局在の阻害剤）及びPD-1結合アンタゴニストを利用して、免疫エフェクター機能を増強し、及び/又はT細胞（CD8+ T細胞）機能を増強する（T細胞活性化の増加及びPD-1結合アンタゴニストによる再賦活に対する疲弊T細胞の感受性増強を含む）組成物及び方法が提供される。本発明の方法及び組成物は、したがって癌及び感染症を含むT細胞機能不全疾患の治療に特に有用である。
2.1 PKC-θ阻害剤
PKC-θ阻害剤は、PKC-θの蓄積、機能（例えば酵素活性、核移行/局在など）又は安定性を低下させるるか、又はPKC-θの発現を低下させる活性因子を含み、かつそれらを包含し、そのような阻害剤には、小分子及び巨大分子（例えば核酸、ペプチド、ポリペプチド、ペプチド模倣物、炭水化物、多糖類、脂質多糖類、脂質、又は他の有機（炭素含有）若しくは無機分子）が含まれるが、ただしそれらに限定されない。
PKC-θ阻害剤は、PKC-θの蓄積、機能又は安定性を低下させるるか、又はPKC-θの発現を低下させる活性因子を含み、かつそれらを包含し、そのような阻害剤には、小分子及び巨大分子（例えば核酸、ペプチド、ポリペプチド、ペプチド模倣物、炭水化物、多糖類、脂質多糖類、脂質、又は他の有機（炭素含有）若しくは無機分子）が含まれるが、ただしそれらに限定されない。
いくつかの実施態様では、PKC-θ阻害剤は、転写又はPKC-θ転写物の翻訳を阻害するように機能するアンタゴニスト核酸分子である。このタイプの代表的な転写物は以下の配列のいずれか1つに対応するヌクレオチド配列を含む：（1）例えばGenBankアクセッション番号XM_005252496、XM_005252497、XM_005252498、及びXM_005252499に示されるヒトPKC-θヌクレオチド配列；（2）（1）に挙げた配列のいずれか1つと少なくとも70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99％配列同一性を共有するヌクレオチド配列；（3）（1）に挙げた配列と少なくとも低い、中等度又は高いストリンジェンシー条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列；（4）以下のアミノ酸配列のいずれか1つをコードするヌクレオチド配列；例えばGenPeptアクセッション番号XP_005252553, XP_005252554, XP_005252555 and XP_005252556に示されるヒトPKC-θアミノ酸配列；（5）（4）に挙げた配列のいずれか1つと少なくとも70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99％配列類似性を共有するアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列；及び（4）に挙げた配列のいずれか1つと少なくとも70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99％配列同一性を共有するアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列。
例示的なアンタゴニスト核酸分子は、アンチセンス分子、アプタマー、リボザイム及び三重鎖形成分子、RNAi及び外部ガイド配列を含む。核酸分子は、標的分子が保有する特異的活性のエフェクター、阻害因子、調節因子、及び刺激因子として作用するか、又は機能的核酸は他のいずれの分子からも独立した新たな活性を保有することができる。
アンタゴニスト核酸分子は、任意の巨大分子（例えばDNA、RNA、ポリペプチド、又は炭水化物鎖）と相互作用することができる。したがって、アンタゴニスト核酸分子は、PKC-θmRNA又はPKC-θのゲノムDNAと相互作用することができるか、又はそれらはPKC-θポリペプチドと相互作用することができる。アンタゴニスト核酸分子は、しばしば標的分子とアンタゴニスト核酸分子との間の配列相同性に基づいて他の核酸と相互作用するように設計される。他の状況では、アンタゴニスト核酸分子と標的分子との間の特異的認識は当該アンタゴニスト核酸分子と標的分子との間の配列相同性を基準としないで、むしろ特異的認識が生じることを可能にする三次元構造の形成による。
いくつかの実施態様では、アンチセンスRNA又はcDNA分子を用い、標的mRNAに結合させタンパク質翻訳を妨げることによってPKC-θの翻訳を直接遮断する。アンチセンス分子は、標準的又は非標準的塩基対形成により標的核酸と相互作用するように設計される。アンチセンス分子と標的分子との相互作用は、例えばRNAseH媒介RNA-DNAハイブリッド分解を介して標的分子の破壊を促進するように設計できる。また別には、アンチセンス分子は、標的分子で通常生じるプロセッシング機能（例えば転写又は複製）を中断させるように設計できる。アンチセンス分子は標的分子の配列を基にして設計することができる。標的分子のもっともアクセスし易い領域を見つけることによってアンチセンス有効性を最適化する多様な方法が存在する。非限定的な方法には、in vitro選別実験並びにDMSおよびDEPCを用いるDNA修飾試験が含まれる。具体的な例では、アンチセンス分子は、10-6、10-8、10-10又は10-12未満又は前記と等しい解離定数（Kd）で標的分子と結合する。具体的な実施態様では、翻訳開始部位（例えば-10から+10の間の領域）由来のアンチセンスオリゴデオキシリボヌクレオチドが利用される。
アプタマーは、標的分子と適切には特異的方法で相互作用する分子である。アプタマーは、一般的には長さが15−50塩基の範囲の小さな核酸であり、一定の二次及び三次構造、例えばステムループ又はG-カルテットに折り畳まれる。アプタマーは、小分子（例えばATP及びテオフィリン）とともに大分子（例えば逆転写酵素及びトロンビン）と結合することができる。アプタマーは、10-12M未満のKdで標的分子と非常に堅固に結合することができる。適切には、アプタマーは、10-6、10-8、10-10、又は10-12未満のKdで標的分子と結合する。アプタマーは、非常に高度の特異性で標的分子と結合することができる。例えば、標的分子と当該標的分子とただ1つの場所で相違する別の分子との間で結合親和性が10,000倍を超えるアプタマーが単離されている。アプタマーは、バックグラウンド結合分子とのKdよりも少なくとも10、100、1000、10,000又は100,000倍低い標的分子とのKdを有することが所望される。関心のある標的（例えばPKC-θ）に対するアプタマーを作製する適切な方法は、“指数関数的濃縮によるリガンドの系統的進化”（SELEXTM）である。SELEXTMの方法は以下に記載されている：U.S. Pat. No. 5,475,096及びU.S. Pat. No. 5,270,163 （WO 91/19813もまた参照されたい）。簡単に記せば、核酸混合物を結合に好ましい条件下で標的分子と接触させる。未結合核酸を結合核酸から分割し、核酸-標的複合体を分離させる。続いて、分離核酸を増幅して、核酸のリガンド濃縮混合物を得る。前記濃縮混合物を、所望にしたがい結合、分割、分離及び増幅の反復サイクルに付し、標的分子に対して高度に特異的な高親和性核酸リガンドを得る。
他の実施態様では、抗PKC-θリボザイムがPKC-θRNAの特異的切断を触媒するために用いられる。リボザイム作用のメカニズムは、リボザイム分子の相補性標的RNAとの配列特異的ハイブリダイゼーション、その後に続くエンドヌクレオチド分解切断を含む。ヌクレアーゼ又は核酸ポリメラーゼ型反応を触媒するいくつかの異なるタイプのリボザイムがあり（天然の系で見出されるリボザイムに基づく）、例えばハンマーヘッドリボザイム、ヘアピンリボザイム、及びテトラヒメナリボザイムである。天然の系では見出されない多数のリボザイムもまた存在するが、それらは新たに特異的反応を触媒するために操作されている。代表的なリボザイムはRNA又はDNA基質を切断する。いくつかの実施態様では、RNA基質を切断するリボザイムが用いられる。潜在的RNA標的内の特異的なリボザイム切断部位は、リボザイム切断部位について標的分子をスキャンすることによって最初に識別され、前記部位には以下の配列（GUA、GUU及びGUC）が含まれる。いったん識別したら、切断部位を含む標的遺伝子の領域に対応する15から20ヌクレオチドの短いRNA配列を、予想される構造的特徴（例えば当該オリゴヌクレオチド配列を不適切にさせ得る二次構造）について評価することができる。候補標的の適切性はまた、相補性オリゴヌクレオチドとのハイブリダイゼーションへのそれらのアクセスの容易さをリボヌクレアーゼ保護アッセイにより評価することができる。
三重鎖形成機能性核酸分子は、二本鎖又は一本鎖核酸と相互作用することができる分子である。三重鎖分子が標的領域と相互作用するとき、三重鎖と呼ばれる構造が形成され、前記構造にはワトソンクリック及びフーグスティーン塩基対形成の双方に依存する複合体を形成するDNA三本鎖が存在する。三重鎖分子が、それらは高い親和性及び特異性で標的領域に結合するので好ましい。一般的には、三重鎖形成分子は10-6、10-8、10-10、又は10-12未満のKdで標的分子と結合することが所望される。
外部ガイド配列（EGS）は、複合体を形成しながら標的核酸分子と結合する分子であり、この複合体はRNAse Pによって認識され、RNAse Pは標的分子を切断する。EGSは、選択RNA分子を特異的に標的とするように設計することができる。RNAse Pは、細胞内でトランスファーRNA（tRNA）のプロセッシングを助ける。EGSを用いることによって、細菌性RNAse Pを補充して実質的に任意のRNA配列を切断することができる。EGSは、標的RNA:EGS複合体を天然のtRNA基質に似させる。同様に、RNAの真核細胞性EGS/RNAse P誘導切断は、真核細胞内で所望の標的を切断するために利用することができる。
他の実施態様では、PKC-θ遺伝子又はPKC-θ転写物のRNA干渉（RNAi）を媒介するRNA分子を用いて、遺伝子発現を低下させるか又は停止させることができる。RNAiは、一本鎖又は通常は二本鎖RNA（dsRNA）（標的遺伝子の転写物と相同）の導入による、標的遺伝子生成物との干渉又はその破壊を指す。RNAiの方法（二本鎖RNA干渉（dsRNAi）又は小さな干渉RNA（siRNA）を含む）は、哺乳動物細胞及び線虫C.エレガンス（C. elegans）を含む多数の生物で広範囲に記載されている（Fire et al., 1998. Nature 391, 806-811）。哺乳動物細胞では、RNAiは以下が引き金となり得る：小さな干渉RNA（siRNA）の21−23ヌクレオチド（nt）二重鎖（Chiu et al., 2002 Mol. Cell. 10:549-561；Elbashir et al., 2001. Nature 411:494-498）、又はミクロRNA（miRNA）、機能的な小ヘアピンRNA（shRNA）、又は他のdsRNA（それらは、RNAポリメラーゼIIIプロモーターを有するDNA鋳型を用いてin vivoで発現される）（Zeng et al., 2002. Mol. Cell 9:1327-1333；Paddison et al., 2002. Genes Dev. 16:948-958；Lee et al., 2002. Nature Biotechnol. 20:500-505；Paul et al., 2002. Nature Biotechnol. 20:505-508；Tuschl, T., 2002. Nature Biotechnol. 20:440-448；Yu et al., 2002. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 99(9):6047-6052；McManus et al., 2002. RNA 8:842-850；Sui et al., 2002. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 99(6):5515-5520）。
具体的な実施態様では、PKC-θ遺伝子の少なくとも一部分に対応するdsRNAそのもの及び特にdsRNAを生成する構築物を用いて、その発現を低下または停止させる。遺伝子発現のRNAi媒介阻害は、当業界で報告された技術のいずれかを用いて、例えば以下によって達成できる：ステムループ又はヘアピンRNA構造をコードする核酸構築物を標的細胞のゲノムにトランスフェクトするか、又はPKC-θ遺伝子に対して相同性を有するトランスフェクト核酸構築物を複数の収斂プロモーター間から若しくは後方の単一プロモーターから頭−頭若しくはテール−テール複製物として発現させる。構築物がそれ自体を折り返す能力を有する単一RNAを生成できるか、又は構築物が2つの別々のRNA転写物を生成し、それらが続いてアニールして標的遺伝子と相同性を有するdsRNAを形成できる限り、任意の同様な構築物を用いることができる。
RNAiのためには完全な相同性は必要ではなく、約200塩基対のdsRNAについては約85％相同性という低い閾値が記載されている（Plasterk and Ketting, 2000, Current Opinion in Genetics and Dev.10: 562-67）。したがって、dsRNAの長さに応じて、RNAiコード核酸は、標的遺伝子転写物に対してそれら核酸が含む相同性レベルで変動し得る。すなわち、100から200塩基対のdsRNAは標的遺伝子と少なくとも約85％相同性を有し、より長いdsRNA（すなわち300から100塩基対）は標的遺伝子と約75％相同性を有する。別々に発現されるRNAとアニールするように設計された単一RNA転写物を発現するRNAコード構築物、又は複数の収斂プロモーターから別々の転写物を発現する単一構築物は、適切には長さが少なくとも約100ヌクレオチドである。内部折畳みを介してdsRNAを形成するように設計された単一RNAを発現するRNAコード構築物は、通常長さが少なくとも約200ヌクレオチドである。
dsRNA形成構築物を発現するために用いられるプロモーターは、生じるdsRNAが破壊の標的となる細胞系列の遺伝子生成物に特異的であるならば任意のタイプのプロモーターであり得る。また別には、プロモーターは、それが特定の進化系列の細胞でのみ発現されるという点で系列特異的であり得る。このことは、非標的細胞系列で発現される遺伝子に関して相同性にいくらかのオーバーラップが観察される場合には有利であるかもしれない。プロモーターはまた外部制御因子によって誘発されてもよい。
いくつかの実施態様では、約21から約23ヌクレオチドのRNA分子（前記と一致する特異的mRNAの切断を指令する）（例えばU.S. 2002/0086356（Tuschl et al.）に記載）を利用して、RNAiを媒介することができる。そのような21から23ntのRNA分子は3’ヒドロキシル基を含むことができ、一本鎖でも二本鎖でもよい（2つの21から23nt RNAの場合のように）が、その場合dsRNA分子は平滑末端であるか又は突出末端（例えば5'、3'）を有する。
いくつかの実施態様では、アンタゴニスト核酸分子はsiRNAである。siRNAは任意の適切な方法で調製できる。例えば、国際公開WO02/44321を参照できる。前記文献は（参照により本明細書に含まれる）、3’突出末端と塩基対を形成するときに標的mRNAの配列特異的分解をもたらすことができるsiRNAを開示する。配列特異的遺伝子のサイレンシングは、合成された短い二本鎖RNA（酵素ダイサーによって生成されるsiRNAに似る）を用いて哺乳動物細胞で達成できる。siRNAは化学的に若しくはin vitroで合成されても、又は細胞内でsiRNAにプロセッシングされる短い二本鎖ヘアピン様RNA（shRNA）の結果であってもよい。合成siRNAは、一般的にはアルゴリズム及び通常のDNA/RNA合成装置を用いて設計される。供給業者には以下が含まれる：Ambion（Austin, Tex.）、ChemGenes（Ashland, Mass.）、Dharmacon（Lafayette, Colo.）、Glen Research（Sterling, Va.）、MWB Biotech（Esbersberg, Germany）、Proligo（Boulder, Colo.）、及びQiagen（Vento, The Netherlands）。siRNAはまた、キット、例えばアンビオン社（Ambion）のSILENCERTM siRNA構築キットを用いてin vitroで合成することができる。
ベクターによるsiRNAの生成は、より通常的には短いヘアピンRNA（shRNA）の転写を介して実施される。shRNAを含むベクターを生成するためのキットは入手可能であり、例えば以下がある：イムジネクス社（Imgenex）のGENESUPPRESSORTM構築キット並びにインビトロゲン社（Invitrogen）のBLOCK-ITTM誘導性RNAiプラスミド及びレンチウイルスベクター。加えて、siRNAの処方及び対象へのデリバリーのための方法もまた当業界では周知である。例えば以下を参照されたい（それらの各々は参照によって本明細書に含まれる）：US 2005/0282188；US 2005/0239731；US 2005/0234232；US 2005/0176018；US 2005/0059817；US 2005/0020525；US 2004/0192626；US 2003/0073640；US 2002/0150936；US 2002/0142980；及びUS 2002/0120129。
例示的なRNAi分子（例えばPKC-θsiRNA及びshRNA）は当業界では報告され（例えば、Ma et al., 2013. BMC Biochem. 14: 20；及びKim et al., 2013. Immune Netw. 13(2):55-62）、又は市場で以下から入手できる（Santa Cruz Biotechnology, Inc.（Santa Cruz, CA, USA）、OriGene Technologies, Inc.（Rockville, MD, USA）、Sigma-Aldrich Pty Ltd（Castle Hill, NSW, Australia）。
本発明はまた、阻害剤化合物を土台にするペプチド又はポリペプチドに関する。例えば、多様なPKC-θアイソザイム-及び可変領域-特異的ペプチドが知られている。前記の例示的な例には以下が含まれる：
（a）θV1誘導ペプチドθV1-1及びθV1-2：前記は、例えば米国特許5,783,405号（参照によってその全体が本明細書に含まれる）に開示されているように、アミノ酸配列GLSNFDCG（PKC-θ残基8−15）又はYVESENGQMYI（配列番号:1）（PKC-θ残基36−46）をそれぞれ有する；
（b）θV5誘導ペプチド：前記は、例えばUS 2004/0009922（参照によってその全体が本明細書に含まれる）に開示されているように、アミノ酸配列VKSPFDCS（PKC-θ残基655−662）若しくはDRALINS、又は改変VrSPFDCSを有する；及び
（c）Ψθ RACK誘導ペプチド：前記は、例えばUS 2010/0311644（参照によってその全体が本明細書に含まれる）に開示されているように、アミノ酸配列KGDNVDLI、KGENVDLI、KGKEVDLI、KGKNVDLI、RGKNVELA、RGENVELA、KGKQVNLI、KGKQVNLI、KGDQVNLI、又はKGEQVNLIを有する。
PKC-θ阻害性ペプチド（例えば上記に記載されている）は、融合タンパク質の部分であることによって改変され得る。融合タンパク質は輸送タンパク質又はペプチドを含むことができ、前記は、ペプチド阻害剤の細胞取込みを高めるために機能するか、別の所望の生物学的効果（例えば治療効果）を有するか、又はこれら機能の双方を有することができる。融合タンパク質は、当業者に公知の方法によって生成することができる。阻害剤ペプチドは、当業界で公知の多様な方法で別のペプチドに結合させるか、或いは複合体化させることができる。例えば、阻害剤ペプチドは、担体ペプチド又は本明細書に記載の他のペプチドに架橋を介して結合させることができ、当該架橋で融合タンパク質の両ペプチドはそれらの活性を維持する。更なる例として、ペプチドは、一方のペプチドのC-末端と他方のペプチドのN-末端とのアミド結合によって互いに連結或いは複合体化され得る。阻害剤ペプチドと融合タンパク質の他方のメンバーとの間の結合は、非切断性であるか（ペプチド結合を有する）、又は切断性であって、例えばエステル結合若しくは当業界で公知の他の切断性結合であってもよい。
いくつかの実施態様では、輸送タンパク質又はペプチドは、例えばドロソフィラ・アンテナペディア（Drosophila Antennapedia）ホメオドメインに由来する配列（アミノ酸配列CRQIKIWFQNRRMKWKK（配列番号:2）を含む）であってもよく、N-末端Cys-Cys結合を介する架橋によって阻害剤に結合させることができる（例えば以下で考察されている：Theodore et al., 1995. J. Neurosci. 15:7158-7167；Johnson et al., 1996. Circ. Res 79:1086）。また別には、阻害剤は、ヒト免疫不全ウイルス1型のトランス活性化調節タンパク質（Tat）由来輸送ポリペプチド（例えば配列番号:3に示されるTatのアミノ酸47−57に由来する；YGRKKRRQRRR）によって（Vives et al., 1997. J. Biol. Chem, 272:16010-16017；U.S. Pat. No. 5,804,604；及びGenBankアクセッション番号AAT48070）、又はポリアルギニン（Mitchell et al., 2000. J. Peptide Res. 56:318-325；及びRolhbard et al., 2000. Nature Med. 6:1253-1257）によって改変され得る。阻害剤は当業者に公知の他の方法によって改変して、当該阻害剤の細胞取込みを高めることができる。
PKC-θ阻害性ペプチドはまた、PKC-θ阻害性ペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む核酸を細胞に導入することによって細胞に導入され得る。前記核酸は組換え発現ベクターの形態であってもよい。PKC-θ阻害性ペプチドコード配列は、発現ベクター内で転写制御エレメント（例えばプロモーター）に作動できるように連結できる。適切なベクターには、例えば組換えレトロウイルス、レンチウイルス、及びアデノウイルス；レトロウイルス性発現ベクター、レンチウイルス性発現ベクター、核酸発現ベクター、及びプラスミド発現ベクターが含まれる。いくつかの事例では、発現ベクターは細胞のゲノムに組み込まれる。他の事例では、発現ベクターは細胞内でエピソーム状態のままである。
適切な発現ベクターには以下が含まれる（ただしそれらに限定されない）：ウイルスベクター、例えば以下のウイルスを土台にするウイルスベクター：ワクシニアウイルス、ポリオウイルス、アデノウイルス（例えば以下を参照されたい：Li et al., Invest Opthalmol Vis Sci 35:2543 2549, 1994；Borras et al., Gene Ther 6:515 524, 1999；Li and Davidson, PNAS 92:7700 7704, 1995；Sakamoto et al., H Gene Ther 5:1088 1097, 1999；WO 94/12649；WO 93/03769；WO 93/19191；WO 94/28938；WO 95/11984；及びWO 95/00655）；アデノ関連ウイルス（例えば以下を参照されたい：Ali et al., Hum Gene Ther 9:8186, 1998；Flannery et al., PNAS 94:6916 6921, 1997；Bennett et al., Invest Opthalmol Vis Sci 38:2857 2863, 1997；Jomary et al., Gene Ther 4:683 690, 1997；Rolling et al., Hum Gene Ther 10:641 648, 1999；Ali et al., Hum Mol Genet. 5:591 594, 1996；WO 93/09239（Srivastava）；Samulski et al., J. Vir. 63:3822-3828, 1989；Mendelson et al., Virol. 166:154-165, 1988；及びFlotte et al., PNAS (1993) 90:10613-10617）；SV40；単純疱疹ウイルス；ヒト免疫不全ウイルス（例えば以下を参照されたい：Miyoshi et al., PNAS 94:10319 23, 1997；Takahashi et al., J Virol 73:7812 7816, 1999）；レトロウイルスベクター（例えば、ネズミ白血病ウイルス、脾臓壊死ウイルス、及び以下のレトロウイルスから誘導されるベクター：ラウス肉腫ウイルス、ハーベイ肉腫ウイルス、ニワトリ白血病ウイルス、レンチウイルス、ヒト免疫不全ウイルス、骨髄増殖性肉腫ウイルス、及び乳房腫瘍ウイルス）など。
本発明はまた、PKC-θの機能的活性を低下させる小分子因子を意図する。前記活性の低下は、例えばPKC-θ媒介リン酸化の低下、PKC-θとCD44若しくはuPARのプロモーターとの結合の阻害、PKC-θ（例えば活性PKC-θ）とクロマチンとの結合の低下、グアニン交換因子GIV/ギルジンのPKC-θ媒介阻害の低下、制御性T細胞機能のPKC-θ媒介阻害の低下、PKC-θ媒介EMTの低下などである。
本発明の使用に適切な、PKC-θの機能的活性を低下させる小分子因子には以下が含まれる：PKC-θの機能的活性を阻害するピリジン誘導体；PKC-θの機能的活性を阻害するプリン化合物；PKC-θの機能的活性を阻害するピリミジン誘導体；PKC-θの機能的活性を阻害するアニリン化合物；PKC-θの機能的活性を阻害するインドール誘導体など。
いくつかの実施態様では、小分子PKC-θ阻害剤は、置換インドール誘導体から選択される。前記は、例えば以下に記載されている：米国公開2013/0157980（Cooke et al.）（参照によってその全体が本明細書に含まれる）。このタイプの例示的な誘導体は下記式（I）の化合物、又はその医薬的に許容できる塩若しくは水和物を含む：
(I)
式（I）化合物のいくつかの実施態様では、
XはCH又はNであり；
RはH又はPO3H2であり；
R1はH又はC1-4アルキルであり；R2はH又はC1-4アルキルであり；R3はH、C1-4アルキル、CN、Hal又はOHであり；さらにR4及びR5は互いに独立にH又はC1-4アルキルであるか、又はR4及びR5は、それらが結合する炭素原子と一緒になって3−6員シクロアルキル基を形成する。
式（I）化合物の他の実施態様では、
XはCHであり；
RはPO3H2であり；
R1はHであり；R2はHであり；R3はH又はC1-4アルキルであり；さらにR4及びR5は互いに独立にHであるか、又はR4及びR5は、それらが結合する炭素原子と一緒になって3−6員環シクロアルキル基を形成する。
式（I）化合物のさらに他の実施態様では、
XはCHであり；
RはHであり；
R1はHであり；R2はH又はC1-4アルキルであり；R3はH又はC1-4アルキルであり；さらにR4及びR5は互いに独立にHであるか、又はR4及びR5は、それらが結合する炭素原子と一緒になって3−6員シクロアルキル基を形成する。
式（I）化合物のさらに他の実施態様では、
XはNであり；
RはPO3H2であり；
R1はHであり；R2はH又はC1-4アルキルであり；R3はHであり；さらにR4及びR5は互いに独立にHであるか、又はR4及びR5は、それらが結合する炭素原子と一緒になって3−6員シクロアルキル基を形成する。
式（I）化合物のさらに他の実施態様では、
XはNであり；
RはPO3H2であり；
R1はHであり；R2はH又はC1-4アルキルであり；R3はHであり；さらにR4及びR5は互いに独立にH又はC1-4アルキルである。
いくつかの実施態様では、PKC-θの機能的活性を阻害する置換インドール誘導体は、下記式（II）の化合物又は医薬的に許容できるその塩を含む：
(II)
他の実施態様では、PKC-θの機能的活性を阻害する置換インドール誘導体は、下記式（III）の化合物又は医薬的に許容できるその塩を含む：
(III)
さらに他の実施態様では、PKC-θの機能的活性を阻害する置換インドール誘導体は、下記式（IV）の化合物又は医薬的に許容できるその塩を含む：
(IV)
式（I）の化合物の代表的な例には以下が含まれる：
リン酸モノ-[3-[3-(4,7-ジアザ-スピロ[2.5]オクタ-7-イル)-イソキノリン-1-イル]-4-(7-メチル-1-H-インドール-3-イル)-2,5-ジオキソ-2,5-ジヒドロ-ピロール-1-イルメチル]エステル、一水和物；3-[3-(4,7-ジアザ-スピロ[2.5]オクタ-7-イル)-イソキノリン-1-イル]-1-ヒドロキシメチル-4-(-7-メチル-1H-インドール-3-イル)-ピロール-2,5-ジオン又はその医薬的に許容できる塩；及びリン酸モノ-{3-(1H-インドール-3-イル)-4-[2-(4-メチル-ピペラジン-イル)-キナゾリン-4-イル]-2,5-ジオキソ-2,5-ジヒドロ-ピロール-1-イルメチル}エステル又はその医薬的に許容できる塩。
他の実施態様では、小分子PKC-θ阻害剤はピリミジンジアミン誘導体から選択される。前記は、例えば米国公開2013/0143875（Zhao ey al.）（参照によってその全体が本明細書に含まれる）に記載されている。このタイプの代表的な誘導体は、下記式（V）の化合物又はその塩若しくは溶媒和物若しくは立体異性体を含む。
(V)
式中、
R1は、水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、シクロアルキル、-C(O)OR1a、-S(O)R1b、及び-S(O)2R1cから選択され、ここでR1a、R1b、及びR1cは独立に、水素、アルキル又はフェニル-アルキルであり；
Ra、Rb、Rc及びRdは水素及びアルキルから独立に選択され；
Mは1から5の整数であり；
Pは0から6の整数であり；
R2はアシルオキシ、ヒドロキシ、チオール、アシル、アルキル、アルコキシ、置換アルキル、置換アルコキシ、アミノ、置換アミノ、アミノアシル、アシルアミノ、アジド、カルボキシル、カルボキシルアルキル、シアノ、ハロゲン、ニトロ、アミノアシルオキシ、オキシアシルアミノ、チオアルコキシ、置換チオアルコキシ、-SO-アルキル、-SO-置換アルキル、-SO-アリール、-SO-ヘテロアリール、-SO2-アルキル、-SO2-置換アルキル、-SO2-アリール、-SO2-ヘテロアリール、及びトリハロメチルから選択され；
X1、X2、及びX3はCR5であるか、又はX1、X2、及びX3の1つはNであり残りはCR5であり；
R5は水素、ハロゲン、アルキル及び置換アルキルから選択され；
R3及びR4は、各々が出現する場合、独立に、水素、アルキル、置換アルキルアルコキシ、置換アルコキシ、アシル、アシルアミノ、アシルオキシ、アミノ、置換アミノ、アミノアシル、アミノアシルオキシ、オキシアミノアシル、アジド、シアノ、ハロゲン、ヒドロキシル、オキソ、チオケト、カルボキシル、カルボキシルアルキル、チオール、チオアルコキシ、置換チオアルコキシ、アリール、アリールオキシ、ヒドロキシアミノ、アルコキシアミノ、ニトロ、-SO-アルキル、-SO-置換アルキル、-SO-アリール、-SO-ヘテロアリール、-SO2-アルキル、-SO2-置換アルキル、-SO2-アリール及び-SO2-ヘテロアリールから選択されるか；又はR3及びR4は、それらが結合する炭素原子と一緒になって炭素環式又は複素環式4−8員環を形成し；
Nは1から3の整数であり；
Z1、Z2、及びZ3はCR6R6a、N、O、及びSから選択され；
Z4及びZ5はN、C、及びCR6から選択され；
R6は、水素、ハロゲン、アルキル、及び置換アルキルから選択され；
R6aは、水素、ハロゲン、アルキル、及び置換アルキルから選択されるか、又は存在しないで価数要求を充足させ；さらに
点線は単結合または二重結合を表す。
式（V）の化合物のいくつかの実施態様では、Ra、Rb、Rc、及びRdは低級アルキル基を表す。そのような化合物の例示的な例には、Ra、Rb、Rc、及びRdがメチル基であり下記式（VI）を有するものが含まれる：
(VI)
式（V）の化合物の他の実施態様では、X1、X2、及びX3は各々CHである。これらの化合物は下記式（VII）を有する：
(VII)
式（V）の化合物の他の実施態様では、X1、X2、及びX3は各々CHであり、mは2である。る。これらの化合物は下記式（VIII）を有する：
(VIII)
式（V）の化合物のさらに他の実施態様では、X1、X2、及びX3は各々CHであり、mは1である。これらの化合物は下記式（IX）を有する：
(IX)
式（V）の化合物のさらに他の実施態様では、X1、X2、及びX3は各々CHであり、nは2であり、さらにR3及びR4の一組は水素である。これらの化合物は下記式（X）を有する：
(X)
式（V）の化合物のさらに他の実施態様では、X2はNであり、X1及びX3は各々CHである。これらの化合物は下記式（XI）を有する：
(XI)
式（V）の化合物のさらに他の実施態様では、X3はNであり、X1及びX2は各々CHである。これらの化合物は下記式（XII）を有する：
(XII)
式（V）の化合物の他の実施態様では、Z4はCであり、Z5はNである。そのような化合物は下記式（XIII）を有する：
(XIII)
式（V）例示的化合物には以下が含まれる：N2-(4H-ベンゾ[b]テトラゾロ[1,5-d][1,4]オキサジン-8-イル)-5-フルオロ-N4-(2,2,6,6-テト-ラメチルピペリジン-4-イル)ピリミジンン-2,4-ジアミン；N2-(4H-ベンゾ[b]テトラゾロ[1,5-d][1,4]オキサジン-8-イル)-5-フルオロ-N4-(1,2,2,6,6-ペンタメチルピペリジン-4-イル)ピリミジン-2,4-ジアミン；N2-(4H-ベンゾ[b]ピロロ[1,2-d][1,4]オキサジン-8-イル)-5-フルオロ-N4-(2,2,6,6-テトラメチルピペリジン-4-イル)ピリミジン-2,4-ジアミン；N2-(4H-ベンゾ[b]ピロロ[1,2-d][1,4]オキサジン-8-イル)-5-フルオロ-N4-(1,2,2,6,6-ペンタメチルピペリジン-4-イル)ピリミジン-2,4-ジアミン；N2-(4,4-ジフルオロ-4H-ベンゾ[b]テトラゾロ[1,5-d][1,4]オキサジン-8-イル)-5-フルオロ-N4-(2,2,6,6-テトラメチルピペリジン-4-イル)ピリミジン-2,4-ジアミン；N2-(4,4-ジフルオロ-4H-ベンゾ[b]テトラゾロ[1,5-d][1,4]オキサジン-8-イル)-5-フルオロ-N4-(1,2,2,6,6-ペンタメチルピペリジン-4-イル)ピリミジン-2,4-ジアミン；N2-(4,4-ジメチル-4H-ベンゾ[b]テトラゾロ[1,5-d][1,4]オキサジン-8-イル)-5-フルオロ-N4-(1,2,2,6,6-ペンタメチルピペリジン-4-イル)ピリミジン-2,4-ジアミン；N2-(4,4-ジメチル-4H-ベンゾ[b]テトラゾロ[1,5-d][1,4]オキサジン-8-イル)-5-フルオロ-N4-(2,2,6,6-テトラメチルピペリジン-4-イル)ピリミジン-2,4-ジアミン；N2-(5,5-ジメチル-5H-ベンゾ[e]テトラゾロ[1,5-c][1,3]オキサジン-9-イル)-5-フルオロ-N4-(2,2,6,6-テトラメチルピペリジン-4-イル)ピリミジン-2,4-ジアミン；N2-(5,5-ジメチル-5H-ベンゾ[e]テトラゾロ[1,5-c][1,3]オキサジン-9-イル)-5-フルオロ-N4-(1,2,2,6,6-ペンタメチルピペリジン-4-イル)ピリミジン-2,4-ジアミン；N2-(8,9-ジヒドロスピロ[ベンゾ[b]テトラゾロ[1,5-d][1,4]オキサジン-4,1'-シクロブタン-e]-8-イル)-5-フルオロ-N4-(2,2,6,6-テトラメチルピペリジン-4-イル)ピリミジン-2,4-ジアミン；N2-(8,9-ジヒドロスピロ[ベンゾ[b]テトラゾロ[1,5-d][1,4]オキサジン-4,1'-シクロブタン]-8-イル)-5-フルオロ-N4-(1,2,2,6,6-ペンタメチルピペリジン-4-イル)ピリミジン-2,4-ジアミン；5-フルオロ-N2-(4-メチル-8,9-ジヒドロ-4H-ベンゾ[b]テトラゾロ[1,5-d][1,4]オキサジン-8-イル)-N4-(2,2,6,6-テトラメチルピペリジン-4-イル)ピリミジン-2,4-ジアミン；5-フルオロ-N2-(4-メチル-8,9-ジヒドロ-4H-ベンゾ[b]テトラゾロ[1,5-d][1,4]オキサジン-8-イル)-N4-(1,2,2,6,6-ペンタメチルピペリジン-4-イル)ピリミジン-2,4-ジアミン；N2-(4H-ベンゾ[b]テトラゾロ[1,5-d][1,4]オキサジン-8-イル)-5-フルオロ-N4-((1,2- ,2,5,5-ペンタメチルピロリジン-3-イル)メチル)ピリミジン-2,4-ジアミン；N2-(4H-ベンゾ[b]テトラゾロ[1,5-d][1,4]オキサジン-8-イル)-5-フルオロ-N4-((2,2,5,5-テトラメチルピロリジン-3-イル)メチル)ピリミジン-2,4-ジアミン；N2-(4,4-ジメチル-4H-ベンゾ[b]テトラゾロ[1,5-d][1,4]オキサジン-8-イル)-5-フルオロ-N4-((1,2,2,5,5-ペンタメチルピペリジン-3-イル)メチル)ピリミジン-2,4-ジアミン；N2-(4,4-ジメチル-4H-ベンゾ[b]テトラゾロ[1,5-d][1,4]オキサジン-8-イル)-5-フルオロ-N4-((2,2,5,5-テトラメチルピロリジン-3-イル)メチル)ピリミジン-2,4-ジアミン；N2-(4,4-ジメチル-4H-ベンゾ[b]テトラゾロ[1,5-d][1,4]オキサジン-8-イル)-5-フルオロ-N4-(((3S)-2,2,5-トリメチルピロリジン-3-イル)メチル)ピリミジン-2,4-ジアミン；及びN2-(4,4-ジメチル-4H-ベンゾ[b]テトラゾロ[1,5-d][1,4]オキサジン-8-イル)-5-フルオロ-N4-(((3R)-2,2,5-トリメチルピロリジン-3-イル)メチル)ピリミジン-2,4-ジアミン、又は前記の塩若しくは溶媒和物若しくは立体異性体。
また別には、小分子PKC-θ阻害剤化合物はアミノピリジン化合物から選択できる。前記は、例えば米国公開2013/0137703（Maltais et al.）（参照によってその全体が本明細書に含まれる）に記載されている。このタイプの非限定的な化合物は、下記式（XIV）を有するか又は医薬的に許容できるその塩である：
(XIV)
式中、
R1は、-H、C1-C3脂肪族、F、又はClである。環Bは、5-又は6-員単環式ヘテロ芳香環である。Xは、-CH-、-S-、又は-NR2-である。R2は存在しないか、又はHである。Yは、-Y1又は-Q1である。Y１は、独立に1つ以上のFで置換されていてもよいC1-10脂肪族基であり、
Q1は、フェニル又は窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される0−3のヘテロ原子を有する5−6員単環式ヘテロアリール環であり、さらにQ1は独立に1つ以上のJaで置換されていてもよく、
Dは環C又は-Q-R3である。
環Cは1−2の窒素原子を有する6−8員非芳香族単環式環であるか、又は窒素及び酸素から選択される1−3のヘテロ原子を有する8−12員の非芳香族架橋二環式環系であり、さらに環Cは独立に1つ以上のJbで置換されていてもよく、
Qは-NH-又は-O-である。
R3は-OH又は-NH2で置換されたC1-10アルキルであり、ここで、R3の3つから6つのメチレンユニットはC3−C6員シクロアルキル環を形成してもよく、R3はさら独立に1つ以上のJeで置換されていてもよく、
各Jaは独立にF又はC1-C6アルキルであり
JbはC1-C10アルキルであり、ここで、3つまでのメチレンユニットは-O-で置き換えられてもよく、さらにC1-C10アルキルは独立に1つ以上のJcで置換されていてもよく、又はJbはC3-C6シクロアルキル若しくはC5-C6ヘテロアリールであるか、又はJbは独立にJdで置換されてもよいフェニルであり、又は同じ炭素原子上の2つのJbは=O若しくはスピロC3-C6シクロアルキルを形成する。
各Jcは独立にF、-OH、又はC3-C6シクロアルキルである。
各Jdは独立にF又はClである。
各Jeは、独立にフェニル、窒素、酸素、及び硫黄から独立に選択される1−3ヘテロ原子を有する5-6員単環式芳香環若しくは非芳香環であるか、又は同じ炭素原子上の2つのJeはスピロC3-C6シクロアルキルを形成する。
Uは0又は1である。
いくつかの実施態様では、環Bはピリジルであり、環Cは、ピペリジニル、ピペラジニル、ジアゼパニル、トリアゼパニル、アゾカニル、ジアゾカニル、トリアゾカニル、インドリル、インダゾリル、又はジアザビシクロオクチルから成る群から選択さ、さらに環Cは、独立に1つ以上のJbで置換されもよく、残りの可変基は上記記載のとおりである。
下記式（XIV）の代表的な化合物には以下が含まれる：










本発明はまた、国際公開WO2011/094273（Jimenez et al.）及び米国公開2013/0053395（前記の各々は参照によってその全体が本明細書に含まれる）に記載されるピラゾロピリジン化合物を意図する。このタイプの例示的誘導体には下記式（XV）の化合物又は医薬的に許容できるその塩が含まれる：
(XV)
式中、
Tは-NH-であるか又は存在せず；
各Jc1及びJc2は独立に-CN、-F、-Cl、-OR、-CH2OR、又は-CF3であり；
各U1、U2、及びU3は独立に-H、Z、又はJbであり（ここで、U1、U2、及びU3の1つ以下が-Hである）、又はU1、U2、及びU3の2つは一緒になって、独立に1つ以上のJeで置換されていてもよい、0−1のヘテロ原子を有するC1-6シクロアルキル環を形成し；
ZはY2-Q2であり；
Y2存在しないか、又は独立に1つ以上のJdで置換されていてもよいC1-6アルキルであり、
Q2は存在しないか、又は独立に1つ以上のJeで置換されていてもよい0−1のヘテロ原子を有するC3-8シクロアルキルであり、この場合Y2及びQ2の両方が存在しないということはなく；
各Jbは独立に、-F、-OR、-CN、-CF3、-N(R)2、-C(O)N(R)2、独立に1つ以上のJaで置換されていてもよいC1-6アルキルであり；
各Jaは独立に-F、-OR、-N(R)2、又は-C(O)N(R)2であり；
各Jdは独立に-OR、-CN、-C(O)N(R)2、-N(R)2又はFであり；
各Jeは独立にC1-6アルキル、-OR、-N(R)2、-CF3、又はFであり；さらに
各Rは-H又はC1-6アルキルである。
いくつかの実施態様では、*によって示される炭素に非キラル中心が存在する。
式（XV）の代表的な化合物では、U1はZでありU3はJbであるか；及び/又はU1及びU2はZでありU3はJbであるか；及び/又はY2は、独立に1つ以上のJdで置換されていてもよいC1-C3アルキルであり、Q2は存在しないか又は1つ以上のJeで独立に置換されていてもよいC3-C6アルキルであり、さらに各Jdは独立に、-OR又はFであるか；及び/又はJbは-OH又は-NH2であるか；及び/又は各Jc1及びJC2は独立に、-CF3、-CN、-F又は-Clであるか、又はJc1はFでJc2はClであるか；又はJc1はClでJc2はFである。
式（XV）の化合物の非限定的な例には、下記構造によって表される化合物が含まれる：

具体的な実施態様では、式（XV）のピラゾロピリジン化合物は下記式（XV1）によって表される：
(XV1)
この化合物は、文献（Jimenez et al., 2013, J. Med. Chem. 56 1799-180）では、(R)-2-((S)-4-(3-クロロ-5-フルオロ-6-(1H-ピラゾロ[3,4-b]ピリジン-3-イル)ピリジン-2-イル)ピペラジン-2-イル)-3-メチルブタン-2-オール、又は化合物27（本明細書では“C27”とも称される）と称される。
さらに他の実施態様では、小分子PKC-θ阻害剤は、ピラゾロピリジン化合物から選択される。前記は、例えば米国公開2012/0071494（Boyall et al.）（参照によってその全体が本明細書に含まれる）に記載されている。このタイプの非限定的化合物は、下記式（XVa）によって表されるか、又は前記の医薬的許容できる塩である：
(XVa)
式中、
tは0、1、又は2であり；
wは0又は1であり；
各Jcは独立に、CN、-F、-Cl、-OR、-CH2OR、又は-CF3であり；
UはZ又はJbであり；
ZはY2-Q2であり；
Y2は存在しないか、又は1つ以上のJdで独立に置換されていてもよいC1-6アルキルであり；
Q2は存在しないか、又は1つ以上のJeで独立に置換されていてもよい0−1のヘテロ原子を有するC3-8シクロアルキルであり、ここでY2及びQ2の両方が存在しないということはなく；
各Jbは独立に、-F、-OR、-CN、-CF3、-N(R)2、-C(O)N(R)2、1つ以上のJaで独立に置換されていてもよいC1-6アルキルであり；
各Jaは独立に、-F、-OR、-N(R)2、又は-C(O)N(R)2であり；
各Jdは独立に、-OR、-CN、-C(O)N(R)2、-N(R)2、又はFであり；
各Jeは独立に、-OR、-CF3、-N(R)2、又はFであり；
Tは-CH2-、-CH(Jb)-、-C(Jb)2-、-NH-又は-N(Jb)-であり；さらに
各Rは-H又はC1-6アルキルである。
具体的な実施態様では、式XVaの化合物は下記式XVa1によって表され、前記は、例えば文献（Jimenez et al., 2013, J. Med. Chem. 56 1799-180）（参照によってその全体が本明細書に含まれる））に記載されている：
(XVa1)
式中、
R1は独立に、F、Cl又はCF3であり；さらに
R2は独立に、H、F、Cl、OH、CN又はCH2OHである。
さらに他の実施態様では、小分子PKC-θ阻害剤は、三環式ピラゾロピリジン化合物から選択され、前記は、米国公開2012/0184534（Brenchley et al.）（参照によってその全体が本明細書に含まれる）に記載されている。このタイプの非限定的化合物は下記式（XVI）によって表されるか又はその医薬的に許容できる塩である：
(XVI)
式中、
R1は独立にH、ハロゲン、-OR'、-N(R')2、-C(O)OR'、-C(O)N(R')2、-NR'C(O)R'、NR'C(O)OR'、-CN、-NO2、、1つ以上のJaで置換されていてもよいC1-10脂肪族である、又は独立に1つ以上のJbで置換されていてもよいC3-8シクロ脂肪族であり、
R2はH、ハロゲン、-CN、-NO2、-OR'、-N(R')2、-C(O)OR'、-C(O)N(R')2、-NR'C(O)R'、-NR'C(O)OR'、独立に1つ以上のJaで置換されていてもよいC1-10脂肪族である、又は独立に1つ以上のJbで置換されていてもよいC3-8シクロ脂肪族であり、
Xは-C-又は-N-であり、
Rxは存在しないか又は-Hであり、
環Bは、芳香環又は非芳香環と融合されていてもよい5-員単環式ヘテロ芳香環であり；さらに環Bは、1つのYで置換されていてもよく、さらに独立1つ以上のJcで置換されていてもよく、
Yは-Y1-Q1であり、
Y1は存在しないか、又はC1-10脂肪族であり、Y1の3つまでのメチレンユニットは独立にG'で置き換えられてもよく、ここで、G'は-O-、-C(O)-、-N(R')-、又は-S(O)p-であり；さらにY1は独立に1つ以上のJdで置換され手居てもよく、
Q1は存在しないか、又は窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される0−3のヘテロ原子を有するC3-8員の飽和、部分的不飽和又は完全不飽和単環式環であり；さらにQ1は独立に1つ以上のJbで置換されていてもよく、ここでY1及びQ1は両方が存在しないということはない。
環Cは、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される0−3のヘテロ原子を有する3-8員飽和、部分的不飽和又は完全不飽和の単環式環、又は8-12員の飽和、部分的不飽和又は完全不飽和の、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される0−5のヘテロ原子を有する二環式環系であり；さらに環Cは1つのZで置換されていてもよく、さらにまた独立に1つ以上のJbで置換されていてもよく、
Zは-Y2-Q2である。
Y2は存在しないか又はC1-10脂肪族であり、ここで、Y2の3つまでのメチレンユニットは独立にG'で置き換えられてもよく、ここで、G'は-O-、-C(O)-、-N(R')-、又は-S(O)p-であり；さらにY2は独立に1つ以上のJdで置換されていてもよく、
Q2は存在しないか、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される0−3のヘテロ原子を有するC3-8員の飽和、部分的不飽和又は完全不飽和の単環式環、又は窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される0−5のヘテロ原子を有する8-12員の飽和、部分的不飽和又は完全不飽和の二環式環系であり；さらにQ2は独立に1つ以上のJeで置換されていてもよく、ここでY2及びQ2は両方が存在しないということはなく、
各R'は、-H、又は独立に1つ以上のJaで置換されていてもよいC1-6アルキルであり、
各Jaは、独立に、ハロゲン、-OR、-N(R)2、-C(O)OR、-C(O)N(R)2、-NRC(O)R、-NRC(O)OR、-CN、-NO2、又はオキソであり、
各Jbは、独立にハロゲン、-OR、-N(R)2、-C(O)OR、-C(O)N(R)2、-NRC(O)R、-NRC(O)OR、-CN、-NO2、オキソ、又は独立にJaで置換されていてもよいC1-C6アルキルであり、
各Jcは、独立に-OR'、-N(R')2、-C(O)OR'、-C(O)N(R')2、-NR'C(O)R'、-NR'C(O)OR'、-CN、-NO2、又は独立に1つ以上のJaで置換されていてもよいC1-C10脂肪族、又は独立に1つ以上のJbで置換されていてもよいC3-C8シクロ脂肪族であり、
各Jdは、独立にハロゲン、-CN、又は-NO2であり、各Jeは、独立にハロゲン、-CN、-NO2、オキソ、C1-10脂肪族であり、3つまでのメチレンユニットは独立にG'で置き換えられていてもよく、G'は-O-、-C(O)-、-N(R')-、又は-S(O)p-であり、さらに脂肪族基は独立に1つ以上のJdで置換されていてもよく、又はJeは独立に1つ以上のJbで置換されていてもよいC3-8シクロ脂肪族であり、
各Rは独立に-H又はC1-6アルキルであり
各pは独立に0、1、又は2である。
式（XVI）の化合物の代表的な例には以下が含まれる：
小分子PKC-θ阻害剤のさらに他の実施態様には2-(アミノ置換)-4-アリールピリミジン化合物が含まれ、前記は米国公開2011/0071134（Fleming et al.）（参照によってその全体が本明細書に含まれる）に記載されている。このタイプの代表的な化合物は下記式（XVII）によって表されるか、又はその医薬的に許容できる塩である：
(XVII)
式中、
R1及びR2は各々独立にH、C1-3アルキル又はC3-5シクロアルキルであり；
R3はH又はFであり；
R4はH、F、-ORa、-C(O)Ra、-C(O)ORa又は-N(Ra)2であるか；又はR3及びR4は、それらが結合する炭素原子と一緒になってカルボニル基を形成し、ここでRaの各々の存在は独立にH、C1-3アルキル又はC3-5シクロアルキルであり；
環Aは、1つ又は2つのR5で独立に置換されてもよく、ここで各R5は、独立にハロ、C1-4脂肪族、-CN、-ORb、-SRC、-N(Rb)2、-NRbC(O)Rb、-NRbC(O)N(Rb)2、-NRbCO2RC、-CO2Rb、-C(O)Rb、-C(O)N(Rb)2、-OC(O)N(Rb)2、-S(O)2RC、-SO2N(Rb)2、-S(O)RC、-NRbSO2N(Rb)2、-NRbSO2RC、又はハロ、-CN、-ORb、-SRC、-N(Rb)2、NRbC(O)Rb、-NRbC(O)N(Rb)2、-NRbCO2RC、-CO2Rb、-C(O)Rb、-C(O)N(Rb)2、-OC(O)N(Rb)2、-S(O)2RC、-SO2N(Rb)2、-S(O)RC、-NRbSO2N(Rb)2、又は-NRbSO2RCで置換されていてもよいC1-4脂肪族であり、各Rbは独立にH又はC1-4脂肪族であるか；又は同じ窒素原子上の2つのRbは窒素原子と一緒になって、当該窒素原子に加えてN、O又はSから選択される0−2の環ヘテロ原子を有する5-8員芳香環又は非芳香環を形成し；さらに各RCは独立にC1-4脂肪族であり；
Cy1は、a）メタ若しくはパラ位で1つのWで置換される6員アリール又はヘテロアリール環、又はb）1つのWで置換される5員ヘテロアリール環、から選択され；
ここで、Cy1は、さらに1つから3つのR6によって独立に置換されていてもよく、R6の各存在は、-ハロ、C1-8脂肪族、-CN、-ORb、-SRD、-N(RE)2、-NREC(O)Rb、-NREC(O)N(RE)2、-NRECO2RD、-CO2Rb、-C(O)Rb、-C(O)N(RE)2、-OC(O)N(RE)2、-S(O)2RD、-SO2N(RE)2、-S(O)RD、-NRESO2N(RE)2、-NRESO2RD、-C(=NH)-N(RE)2、又はハロ、-CN、-ORb、-SRD、-N(RE)2、-NREC(O)Rb、-NREC(O)N(RE)2、-NRECO2RD、-CO2Rb、-C(O)Rb、-C(O)N(RE)2、-OC(O)N(RE)2、-S(O)2RD、-SO2N(RE)2、-S(O)RD、-NRESO2N(RE)2、-NRESO2RD、又は-C(=NH)-N(RE)2で置換されていてもよいC1-8脂肪族、から独立に選択され、ここで各RDはC1-6脂肪族であり、各REは独立にH、C1-6脂肪族、-C(=O)Rb、-C(O)ORb又は-SO2Rbであるか；又は同じ窒素原子上の2つのREは窒素原子と一緒になって、窒素原子に加えてN、O又はSから選択される0−2のヘテロ原子を有する5-8員芳香環又は非芳香環を形成し；
Wは-R8、V-R8、L1-R7、V-L1-R7、L1-V-R8、又はL1-V-L2-R7であり；L1及びL2は、各々独立に置換されていてもよいC1-6アルキレン鎖であり、Vは-CH2-、-O-、-S-、-S(O)-、-S(O)2-、-C(O)-、-CO2-、-NRE-NREC(O)-、-NRECO2-、-NRESO2-、-C(O)N(Rb)-、-SO2N(Rb)-、-NREC(O)N(Rb)-、又は-OC(O)-であり；R7はH、ハロ、-OH、-N(RF)2、-CN、-ORG、-C(O)RG、-CO2H、-CO2RG、-SRG、-S(O)RG、-S(O)2RG、-N(RE)C(O)RG、-N(RE)CO2RG、-N(RE)SO2RG、-C(O)N(RF)2、-SO2N(RF)2、-N(RE)C(O)N(RF)2、-OC(O)RF、又は、置換されていてもよい基（C1-10脂肪族、C6-10アリール、3-14員ヘテロアリール若しくは5-14員ヘテロアリールから選択される）であり、ここで、各RFは、独立にH、C1-6脂肪族、C6-10アリール、3-14員ヘテロシクリル、5-14員ヘテロアリール、-C(=O)Rb、-C(O)ORb又はSO2Rbであるか；又は同じ窒素原子上の2つのRFは窒素原子と一緒になって、置換されていてもよい、窒素原子に加えてN、O又はSから選択される0−2のヘテロ原子を有する5-8員芳香環若しくは非芳香環を形成し；さらに各RGはC1-6脂肪族、C6-10アリール、3-14員ヘテロシクリル、又は5-14員ヘテロアリールであり；R8は、置換されていてもよい基（C1-10脂肪族、C6-10アリール、3-14員ヘテロシクリル、又は5-14員ヘテロアリールから選択される）であり；
Qは、結合、CH2又はC(=O)であり；
Cy2は、C6-10アリール、5-10員ヘテロアリール、又は5-10員ヘテロシクリル環であり、ここで各環は1つから3つのR9および１つのR10によって置換されていてもよく、
ここで、各R9は、C1-4脂肪族、-N(Rb)2、ハロ、NO2、-CN、-ORb、-C(O)Ra、-CO2Ra、-SRC、-S(O)RC、-S(O)2RC、-OS(O)2RC-、N(Rb)C(O)Ra、-N(Rb)CO2Ra、-N(Rb)SO2Ra、-C(O)N(Rb)2、-SO2N(Rb)2、-N(Rb)C(O)N(Rb)2、-OC(O)Ra、又は、-N(Rb)2、ハロ、NO2、-CN、-ORb、-C(O)Ra、-CO2Ra、-SRC、-S(O)RC、-OS(O)2RC、-S(O)2RC、-N(Rb)C(O)Ra、-N(Rb)CO2Ra、-N(Rb)SO2Ra、-C(O)N(Rb)2、-SO2N(Rb)2、-N(Rb)C(O)N(Rb)2、若しくは-OC(O)Raによって置換されていてもよいC1-4脂肪族、から選択され、
R10は、フェニル、又は5-6員ヘテロシクリル若しくはヘテロアリール環から選択される。
ある種の実施態様では、式XVIIの化合物は以下の制限の1つ以上又は全てに従う：
1）Cy1がメタ位においてWで置換されたフェニルであるとき、
a）Wが-OMeで、R1、R2、R3、及びR4が各々水素で、Qが結合であるときに、環AがさらにまたR5で置換されるときには、R5は-CF3又は-C(O)N(Rb)2以外の基であり；
b）Wが-Omeで、R1、R2、R3、及びR4が各々水素で、Qが-CH2-であるときには、Cy2は1H-ベンゾイミダゾール-1-イル以外であり；
2）Cy1がパラ位においてWで置換されたフェニルであり、R1、R2、R3、及びR4が各々水素であるとき、
a）Qが結合であるときには、Wは下記以外のものであり：i）-CONH2；ii）-CONHR8（R8は、置換されていてもよい、フェニル、-アルキルフェニル、アルキル、又は-アルキルヘテロ環から選択される基である）；iii）-CF3；iv）-SO2Me；v）-NH2；vi）-tBu；vii）-CO2H（Cy2がモルフォリンであるとき）；viii）-O(フェニル)（Cy2がインドールであるとき）；及びix）-Ome；
b）Qが-CH2-であるとき、Wは下記以外のものであり：i）-CONH2（Cy2が置換されていてもよいイミダゾール又はベンゾイミダゾールであるとき）；ii）-CONHR8（R8は、置換されていてもよい、フェニル、-アルキルフェニル、アルキル、又は-アルキルヘテロ環から選択される基である）；iii）-CF3；iv）-SO2Me；v）-OH（Cy2が5-10員ヘテロシクリル環であるとき）；vi）tBu（Cy2が5-10員ヘテロシクリル環であるとき）；及びvii）-Ome；及び
3）Cy1が5-員ヘテロアリール環であるとき、
a）Cy1がイソキサゾールで、R1、R2、R3、及びR4が各々水素で、Qが結合で、Wがp-フルオロ-フェニルであるとき、Cy2はピリジル又はN-ピロリジニル以外の基であり；
b）Cy1がトリアゾリルで、R1、R2、R3、及びR4が各々水素で、Qが結合で、Wが-(CH2)2N(シクロペンチル)C(O)CH2(ナフチル)であるとき、Cy2はN-ペピリジニル以外の基であり；
c）Cy1がイミダゾールで、R1、R2、R3、及びR4が各々水素で、Qが結合で、Wがメタ-CF3-フェニルであるとき、R6はC(O)OCH2CH3以外の基であり：さらに
d）Cy1がイミダゾール-5イルで、Wがパラ-フルオロ-フェニルであるとき、R6はシクロヘキシル以外の基である。
このタイプの非限定的な化合物は、下記構造によって表される：






























さらに他の実施態様では、小分子PKC-θ阻害剤にはピリミジン誘導体が含まれ、前記は米国公開2005/0124640（Cardozo et al.）（参照によってその全体が本明細書に含まれる）に記載されている。このタイプの代表的な化合物は下記式（XVIII）によって表されるか、又はその互変異性体、医薬的に許容できる塩、溶媒和物、若しくはアミノ保護誘導体である：
(XVIII)
式中、
R1は、C1-8アルキル、C3-7シクロアルキル、C3-7シクロアルキル-C1-8アルキル、ナフチル、キノリニル、アリール-C1-8アルキル、又はヘテロアリール-C1-8アルキルであり、ここで、C1-8アルキル基の各々で、メチレン基は、-NHC(O)-又は-C(O)NH-で置き換えられていてもよく、さらにC1-8アルキル基の各々は、オキソ基又は1つ以上のC1-3アルキル基で置換されていてもよく、C1-8アルキル基の同じ炭素原子上の2つのアルキル置換基は結合してC2-5アルキレン架橋を形成してもよく、さらにアリール基は、隣接する炭素原子上でC3-6アルキレン架橋基によって置換されてもよく、メチレン基は酸素、-S-、-S(O)-、-SO2-又は-N(R6)-によって置き換えられてもよく；
又はR1は以下の構造を有し：
式中、
x及びyは独立に0、1、2、3又は4であるが、ただしx＋yは2から4であることを条件とし、zは0、1又は2であり、環の1つ又は2つのCH2基は、-O-、-S-、-S(O)-、-SO2-又は-N(R6)によって置き換えられてもよく；
ここで、各R1基は以下の１以上の基によって置換されていてよく：C1-6アルキル、C3-6シクロアルキル、ハロゲン、ニトロ、ヒドロキシ、C1-6アルキルオキシ、C1-6アルキルチオ、アリール、アリールC1-6アルキル、アリールオキシ、アリールチオ、アミノスルホニル、又は、1つ若しくは2つのC1-6アルキル基によって置換されていてもよいアミノ、ここで、各アリール基は、1つ以上のC1-6アルキル、ハロゲン、ニトロ、ヒドロキシ、又は1つ若しくは2つのC1-6アルキル基によって置換されていてもよいアミノ、によって置換されていてもよく、さらに、C1-6アルキル基の各々において、メチレン基は、-NHC(O)-又は-C(O)NH-によって置き換えられていてもよく、C1-6アルキル基は1つ以上のハロゲンによって置換されていてもよく；
R2は以下の基から選択され；
式中、
nは3から8の整数であり；
pは1から3の整数であり；
qは0から3の整数であり；
R4及びR5は、各々独立に水素、C1-6アルキル、アリールC1-6アルキル、又はアミジノから選択され、ここで、各アリール基は、1つ以上のC1-6アルキル、ハロゲン、ニトロ、ヒドロキシ、又は1つ若しくは2つのC1-6アルキル基によって置換されていてもよいアミノ、によって置換されていてもよく、C1-6アルキル基の各々は1つ以上のハロゲンによって置換されていてもよく、さらにアミジノは1つから3つのC1-6アルキル基によって置換されていてもよく；
R6は水素又はC1-6アルキルであり；
ここで、各R2基は1つ以上のC1-6アルキル、C1-6アルコキシ、CN、-OH、-NH2又はハロゲンによって置換されていてもよく；
R3はハロゲン、シアノ、ニトロ、C1-6アルキル、C1-6アルキルオキシカルボニル、又はアミノカルボニルであり、ここでC1-6アルキル基の各々は1つ以上のハロゲンによって置換されていてもよい。
式（XVIII）のピリミジン誘導体化合物のいくつかの実施態様では、
R1は、アリール-C1-4アルキル又はヘテロアリール-C1-4アルキルであり、ここで、C1-4アルキル基の各々で、メチレン基は-NHC(O)-又は-C(O)NH-で置き換えられていてもよく、さらにC1-4アルキル基の各々はオキソ又は1つ以上のC1-3アルキル基で置換されていてもよく、C1-4アルキル基の同じ炭素原子上の2つのアルキル置換基は結合してC2-5アルキレン架橋を形成してもよく、さらにアリール基は隣接する炭素原子上でC3-6アルキレン架橋基によって置換されていてもよく、メチレン基は酸素、硫黄又は-N(R6)-によって置き換えられていてもよく；
又はR1は以下の構造を有し：
ここでｘ及びｙは独立に0、1、2又は3であるが、ただしｘ＋ｙが2から3であることを条件とし、ｚは0又は1であり；
“ヘテロアリール”は、ピリジル、フリル、チエニル、ピロリル、イミダゾリル、又はインドリルと定義され；
各R1基は、以下の基の1つ以上で置換されていてもよく：C1-6アルキル、Cl、Br、F、ニトロ、ヒドロキシ、CF3、-OCF3、-OCF2H、-SCF3、C1-4アルキルオキシ、C1-4アルキルチオ、フェニル、ベンジル、フェニルオキシ、フェニルチオ、アミノスルホニル、又は1つ若しくは2つのC1-3アルキル基で置換されていてもよいアミノ；
R2は以下の基から選択され：
式中、
nは5から7の整数であり；
pは1から2の整数であり；
qは1から2の整数であり；
R4及びR5は、各々独立に水素、C1-6アルキル、アリールC1-6アルキル、又はアミジノから選択され；
R6は水素であり；
R3はBr、Cl、F、シアノ、又はニトロであるか；
又は式（XVIII）のピリミジン誘導体化合物の互変異性体、医薬的に許容できる塩、溶媒和物、若しくはアミノ保護誘導体である。
式（XVIII）のピリミジン誘導体化合物の他の実施態様では、
R1は、フェニル-C1-4アルキル又はナフチルC1-2アルキルであり、ここで、各R1基は以下の基の1つ以上で置換されていてもよく：メチル、Cl、Br、F、ニトロ、ヒドロキシ、CF3、-OCF3、-OCF2H、-SCF3、C1-4アルキルオキシ又はC1-4アルキルチオ；
R2は下記の基から選択され：
式中、
R4及びR5は、各々独立に水素、C1-3アルキル又はアミジノから選択され；
R3はBr、Cl、シアノ又はニトロであるか；
又は式（XVIII）のピリミジン誘導体化合物の互変異性体、医薬的に許容できる塩、溶媒和物、若しくはアミノ保護誘導体である。
式（XVIII）のピリミジン誘導体のさらに他の実施態様では、
R1はフェニルCH2-であり、ここで、フェニル基は以下の基の1つ以上によって置換されていてもよく：メチル、Cl、Br、F、ニトロ、ヒドロキシ、CF3、-OCF3、-OCF2H、-SCF3、C1-4アルキルオキシ又はC1-4アルキルチオ；
R2は下記の基から選択され：
R3はニトロであり；
R4及びR5は、各々独立に水素、メチル、又はアミジノから選択されるか；
又は式（XVIII）のピリミジン誘導体の互変異性体、医薬的に許容できる塩、溶媒和物、若しくはアミノ保護誘導体である。
式（XVIII）のピリミジン誘導体化合物の非限定的な例は以下から選択される：
エチル4-({[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}アミノ)-2-[(2-クロロベンジル)アミノ]ピリミジン-5-カルボキシレート；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]-メチル}-5-ニトロ-N2-[(2R)-1,2,3,4-テトラヒドロナフタル-エン-2-イル]ピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-5-ニトロ-N2-[(2S)-1,2,3,4-テトラヒドロナフタレン-2-イル]ピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-5-ニトロ-N2-[(1R)-1,2,3,4-テトラヒドロナフタレ-1-イル]ピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]-メチル}-5-ニトロ-N2-[(1S)-1,2,3,4-テトラヒドロナフタル-エン-1-イル]ピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-N2-[2-(4-シクロフェニル)エチル]-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-N2-[2-(2-メチルフェニル)エチル]-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-N2-[2-(3-メチルフェニル)エチル]-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-N2-[2-(4-メチルフェニル)エチル]-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-N2-[2-(2-フルオロフェニル)エチル]-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]-メチル}-N2-[2-(3-フルオロフェニル)エチル]-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-N2-[2-(4-フルオロフェニル)エチル]-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N2-(2-アミノベンジル)-N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-N2-(3,5-ジメトキシベンジル)-5-ニトロピリミジン-2-,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-N2-[3,5-ビス(トリフルオロメチル)ベンジル]-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；{3-[({2-[(2-クロロベンジル)アミノ]-5-ニトロピリミジン-4-イル}アミノ)メチル]フェニル}メタンアミン；2-({[4-({[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}アミノ)-5-ニトロピリミジン-2-イル]アミノ}メチル)フェノール；N2-(5-アミノ-2-クロロベンジル)-N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；4-({[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}アミノ)-2-[(2-クロロベンジル)アミノ]ピリミジン-5-カルボキサミド；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-N2-(2-クロロベンジル)-5-フルオロピリミジン-2,4-ジアミン；3-({[4-({[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}アミノ)-5-ニトロピリミジン-2-イル]アミノ}メチル)-N-[2-(2-メチルフェニル)エチル]ベンザミド；(1S,2R)-2-({[4-({[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}アミノ)-5-ニトロピリミジン-2-イル]アミノ}メチル)シクロヘキサノール；(1R,2R)-2-({[4-({[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}アミノ)-5-ニトロピリミジン-2-イル]アミノ}メチル)シクロヘキサノール；、メチル4-({[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}アミノ)-2-[(2-クロロベンジル)アミノ]ピリミジン-5-カルボキシレート；4-{[4-({[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}アミノ)-5-ニトロピリミジン-2-イル]アミノ}-N-[2-(2-メチルフェニル)エチル]ブタンアミド；5-{[4-({[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}アミノ)-5-ニトロピリミジン-2-イル]アミノ}-N-[2-(2-メチルフェニル)エチル]ペンタンアミド；6-{[4-({[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}アミノ)-5-ニトロピリミジン-2-イル]アミノ}-N-[2-(2-メチルフェニル)エチル]ヘキサンアミド；(1R,3R)-3-({[4-({[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}アミノ)-5-ニトロピリミジン-2-イル]アミノ}メチル)-4,4-ジメチルシクロヘキサノール；N4-({4-シス-[(ジメチル-アミノ)メチル]シクロヘキシル}メチル)-N2-(1-ナフチルメチル)-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N2-[2-(メチルチオ)ベンジル]-5-ニトロ-N4-(ピペリジン-4-イルメチル)ピリミジン-2,4-ジアミン；5-ニトロ-N4-(ピペリジン-4-イルメチル)-N2-{2-[(トリフルオロメチル)チオ]ベンジル}ピペリジン-2,4-ジアミン；N2-(1-ナフチルメチル)-5-ニトロ-N4-(ピペリジン-4-イルメチル)ピリミジン-2,4-ジアミン；N4-({4-[(ジメチルアミノ)メチル]シクロヘキシル}メチル)-N2-[2-(メチルチオ)ベンジル]-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N4-({4-[(ジメチルアミノ)メチル]シクロヘキシル}メチル)-5-ニトロ-N2-{2-[(トリフルオロメチル)チオ]ベンジル}ピリミジン-2,4-ジアミン；N4-({4-[(ジメチルアミノ)メチル]シクロヘキシル}メチル)-N2-(1-ナフチルメチル)-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；
N4-{4-[(ジメチルアミノ)メチル]ベンジル}-N2-[2-(メチルチオ)ベンジル]-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{4-[(ジメチルアミノ)メチル]ベンジル}-5-ニトロ-N2-{2-[(トリフルオロメチル)チオ]ベンジル}ピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{4-[(ジメチルアミノ)メチル]ベンジル}-N2-(1-ナフチルメチル)-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N4-[(1-メチルピペリジン-4-イル)メチル]-N2-[2-(メチルチオ)ベンジル]-5-ニトロピリミジン-2-,4-ジアミン；N4-[(1-メチルピペリジン-4-イル)メチル]-5-ニトロ-N2-{2-[(トリフルオロメチル)チオ]ベンジル}ピリミジン-2,4-ジアミン；N4-[(1-メチルピペリジン-4-イル)メチル]-N2-(1-ナフチルメチル)-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N2-(2-クロロベンジル)-N4-[(1-メチルピペリジン-4-イル)メチル]-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N2-(2-メトキシベンジル)-N4-[(1-メチルピペリジン-4-イル)メチル]-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-N2-(2-メトキシベンジル)-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-5-ニトロ-N2-[2-(トリフルオロメチル)ベンジル]ピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-N2-(-2,4-ジクロロベンジル)-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-N2-(3-メトキシベンジル)-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-N2-[4-フルオロ-2-(トリフルオロメチル)ベンジル]-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-N2-(3-メチルベンジル)-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-5-ニトロ-N2-(ピリジン-2-イルメチル)ピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)-シクロヘキシル]メチル}-N2-(3-クロロベンジル)-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-N2-(4-クロロベンジル)-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-N-(4-ブロモベンジル)-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-N2-(2,4-ジメトキシベンジル)-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-N.s- up.2-[2-クロロ-5-(トリフルオロメチル)ベンジル]-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-N2-(2,5-ジクロロベンジル)-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-5-ニトロ-N2-[2-(トリフルオロメトキシ)ベンジル]ピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-N2-(2-クロロ-6-メチルベンジル)-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-N2-(2,3-ジクロロベンジル)-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]-メチル}-N2-(2-フリルメチル)-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-5-ニトロ-N2-(チエン-2-イルメチル)ピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-N2-(2-クロロベンジル)-5-メチルピリミジン-2,4-ジアミン；N4-(6-アミノヘキシル)-N2-(2-クロロベンジル)-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N-[4-(アミノメチル)ベンジル]-N2-(2-クロロベンジル)-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N4-(7-アミノヘプチル)-N2-(2-クロロベンジル)-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[3-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-N2-(2-クロロベンジル)-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-N2-(1-メチル-1-フェニルエチル)-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；4-(4,4'-ビピペリジン-1-イル)-N-(2-クロロベンジル)-5-ニトロピリミジン-2-アミン；N2-(2-クロロベンジル)-N4-({4-[(ジメチルアミノ)メチル]シクロヘキシル}メチル)-5-ニトロピリミジン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-N2-(2,5-ジフルオロベンジル)-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-N2-[4-(ジフルオロメトキシ)ベンジル]-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-N2-(2-エトキシベンジル)-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；
N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-5-ニトロ-N2-[(1S)-1-フェニルエチル]ピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-N.s- up.2-(2-メチルベンジル)-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-N2-(2-フルオロベンジル)-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-N2-(3-クロロ-2-フルオロベンジル)-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-5-ニトロ-N2-(4-ペンチルベンジル)ピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-N2-(4-ブトキシベンジル)-5-ニトロピリミジン-2,4ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-N2-(2,3-ジメトキシベンジル)-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)-シクロヘキシル]メチル}-N2-(2,5-ジメトキシベンジル)-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N2-(2-クロロベンジル)-N4-[7-(ジメチルアミノ)ヘプチル]-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-N2-(1,1'-ビフェニル-2-イルメチル)-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-N2-(4-フルオロベンジル)-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-N2-(2,4-ジフルオロベンジル)-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-N2-(3-フルオロ-4-メチルベンジル)-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-N2-(2,3-ジフルオロベンジル)-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-5-ブロモ-N2-(2-クロロベンジル)ピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-N2-(2,6-ジメトキシベンジル)-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-N2-(2,6-ジフルオロベンジル)-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-N2-[2-フルオロ-3-(トリフルオロメチル)ベンジル]-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-N2-(4-クロロ-2-フルオロベンジル)-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-5-ニトロ-N2-(1-フェニルシクロプロピル)ピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-N2-[1-(2-クロロフェニル)-1-メチルエチル]-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-N2-(2,3-ジヒドロ-1-ベンゾフラン-5-イルメチル)-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-N2-[(1,5-ジメチル-1H-ピロール-2-イル)メチル]-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-N2-(2-ブロモベンジル)-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-N2-(2,3-ジメチルベンジル)-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-N2-(2,4-ジメチルベンジル)-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-N2-(2,5-ジメチルベンジル)-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；2 N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-N2-[2-フルオロ-5-(トリフルオロメチル)ベンジル[-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-N2-[2-(メチルチオ)ベンジル]-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-5-ニトロ-N2-{2-[(トリフルオロメチル)チオ]-ベンジル}ピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-N2-(3-フルオロベンジル)-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-N2-(6-クロロ-2-フルオロ-3-メチルベンジル)-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；
N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-N2-(2-クロロ-6-フルオロ-3-メチルベンジル)-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-N2-2-ナフチル-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-N2-(1-ナフチルメチル)-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-N N2-[2-フルオロ-4-(トリフルオロメチル)ベンジル]-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-N2-(4-クロロ-2-メチルベンジル)-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-N2-(5-クロロ-2-)メチル)-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-N2-(3-クロロ-2-メチルベンジル)-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]-メチル}-N2-[5-フルオロ-2-(トリフルオロメチル)ベンジル]-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-N2-(-5-クロロ-2-フルオロベンジル)-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-N2-(2,3-ジフルオロ-4-メチルベンジル)-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-N2-(5-フルオロ-2-メチルベンジル)-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-N2-1-ナフチル-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；{4-トランス-[({2-[(2-クロロベンジル)アミノ]-5-ニトロピリミジン-4-イル}アミノ)メチル]シクロヘキシル}メタノール；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-5-ブロモ-N2-(2,5-ジクロロベンジル)ピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-5-ブロモ-N2-(2,4-ジクロロベンジル)ピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-5-ブロモ-N2-(2-ブロモベンジル)ピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-N.su- p.2-(シクロヘキシルメチル)-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシルメチル}-N2-(2-ナフチルメチル)-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-5-ブロモ-N2-[2-(トリフルオロメトキシ)ベンジル]ピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-5-ブロモ-N2-[2-(トリフルオロメチル)ベンジル]ピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-N2-[2-(ジフルオロメトキシ)ベンジル]-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-N2-[3-(ジフルオロメトキシ)ベンジル]-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-N2-(2-クロロ-4-フルオロベンジル)-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)-シクロヘキシル]メチル}-N2-(2-クロロ3,6-ジフルオロベンジル)-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-5-ニトロ-N2-(2,3,5-トリフルオロベンジル)ピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-5-ニトロ-N2-(2,3,4,5-テトラフルオロベンジル)ピリミジン-2,4-ジアミン；
N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-5-ニトロ-N2-[(1R)-1-フェニルエチル]ピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-N2-2,3-ジヒドロ-1H-インデン-2-イル-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-N2-[(1S)-2,3-ジヒドロ-1H-インデン-1-イル]-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-N2-[(1R)-2,3-ジヒドロ-1H-インデン-1-イル]-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-N2-(4-クロロ-1-ナフチル)-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-N2-(4-メトキシ-2-ナフチル)-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-5-ニトロ-N2-キノン-6-イルピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-トランス-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-N2-(2,5-ジクロロベンジル)-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-トランス-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-N2-(2,3-ジクロロベンジル)-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-N2-[2-(2-クロロフェニル)エチル]-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-N2-[2-(3-クロロフェニル)エチル]-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-N2-(2-クロロ-6-フェノキシベンジル)-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-5-ブロモ-N2-2-ナフチルピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-5-ブロモ-N2-(1-ナフチルメチル)ピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-5-ニトロ-N2-(ピリジン-3-イルメチル)ピリミジン-2,4-ジアミン；4-({[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}アミノ)-2-[(2-クロロベンジル)アミノ]ピリミジン-5-カルボニトリル；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-N2-[4-(ジメチルアミノ)ベンジル]-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-トランス-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-N2-(2-ブロモベンジル)-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N4-(7-アミノヘプチル)-N2-(2-ブロモベンジル)-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N4-(7-アミノヘプチル)-N2-(2,5-ジクロロベンジル)-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N-({4-[({2-[(2-クロロベンジル)アミノ]-5-ニトロピリミジン-4-イル}アミノ)メチル]シクロヘキシル}メチル)グアニジン；N2-(3-アミノベンジル)-M-{-[4(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-5-ニトロ-N2-(2-ニトロベンジル)ピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-N2-[2-(2-ブロモフェニル)エチル]-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-N2-(2-ブロモベンジル)-5-クロロピリミジン-2,4-ジアミン；(4-{[(2-{[2-(1H-インドール-3-イル)エチル]アミノ}-5-ニトロピリミジン-)4-イル)アミノ]メチル}シクロヘキシル)メタンアミニウムクロリド；N-({3-[({2-[(2-クロロベンジル)-アミノ]-5-ニトロピリミジン-4-イル}アミノ)メチル]シクロヘキシル}メチル)グアニジン；3-({[4-({[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}アミノ)-5-ニトロピリミジン-2-イル]アミノ}メチル)フェノール；
(4-{[(2-{[2-(1H-イミダゾール-4-イル)エチル]アミノ}-5-ニトロピリミジン-4-イル)アミノ]メチル}シクロヘキシル)-メタンアミニウムクロリド；N2-(2-クロロベンジル)-M-({4-シス-[(ジメチルアミノ)メチル]シクロヘキシル}メチル)-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-5-クロロ-N2-(2-クロロベンジル)ピリミジン-2,4-ジアミン；N2-(2-クロロベンジル)-5-ニトロ-N4-(ピペリジン-4-イルメチル)ピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-5-ニトロ-N2-(2-フェニルエチル)ピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-5-ニトロ-N2-(3-フェニルプロピル)ピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-5-ニトロ-N2-(4-フェニルブチル)ピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル-]メチル}-5-ニトロ-N2-(2-フェニルプロピル)ピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-N2-[2-(4-メトキシフェニル)エチル]-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-N2-[2-(3-メトキシフェニル)エチル]-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-N2-[2-(2-メトキシフェニル)エチル]-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；4-[({2-[(2-クロロベンジル)アミノ]-5-ニトロピリミジン-4-イル}アミノ)メチル]ピペリジン-1-カルボキシミドアミド；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-N2-(3,5-ジクロロベンジル)-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N4-(5-アミノペンチル)-N2-(2-クロロベンジル)-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；2-(ベンジルアミノ)-4-(1,4,6,7-テトラヒドロ-イミダゾ[4,5-c]ピリジン-5-イル)-5-トリフルオロメチル-ピリミジン；2-(4-クロロベンジルアミノ)-4-(1,4,6,7-テトラヒドロ-イミダオ[4,5-c]ピリジン-5-イル)-5-ニトロピリミジン；2-(2-クロロベンジルアミノ)-4-(1,4,6,7-テトラヒドロ-イミダゾ[4,5-c]ピリジン-5-イル)-5-ニトロ-ピリミジン；2-(ベンジルアミノ)-4-(1,4,6,7-テトラヒドロ-イミダゾ[4,5-c]ピリジン-5-イル)-5-ニトロ-ピリミジン；又はN4-{[トランス-4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-5-ニトロ-N2-[2-(トリフルオロメトキシ)ベンジル]ピリミジン-2,4-ジアミン。
いくつかの実施態様では、式（XVIII）のピリミジン誘導体化合物は以下から選択される：
N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-5-ニトロ-N2-[(2R)-1,2,3,4-テトラヒドロナフタレン-2-イル]ピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-N2-[2-(4-クロロフェニル)エチル]-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-N2-[2-(3-メチルフェニル)エチル]-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-N2-[2-(4-メチルフェニル)エチル]-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-N2-[2-(3-フルオロフェニル)エチル]-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-N2-[2-(4-フルオロフェニル)エチル]-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；(1R,3R)-3-({[4-({[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}アミノ)-5-ニトロピリミジン-2-イル]アミノ}メチル)-4,4-ジメチルシクロヘキサノール；N4-({4-シス-[(ジメチルアミノ)メチル]シクロヘキシル}メチル)-N2-(1-ナフチルメチル)-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N2-[2-(メチルチオ)ベンジル]-5-ニトロ-N4-(ピペリジン-4-イルメチル)ピリミジン-2,4-ジアミン；5-ニトロ-N4-(ピペリジン-4-イルメチル)-N2-{2-[(トリフルオロメチル)チオ]ベンジル}ピリミジン-2,4-ジアミン；N2-(1-ナフチルメチル)-5-ニトロ-N4-(ピペリジン-4-イルメチル)ピリミジン-2,4-ジアミン；N4-({4-[(ジメチルアミノ)メチル]シクロヘキシル}メチル)-N2-[2-(メチルチオ)ベンジル]-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N4-({4-[(ジメチルアミノ)メチル]シクロヘキシル}メチル)-5-ニトロ-N2-{2-[(トリフルオロメチル)チオ]ベンジル}ピリミジン-2,4-ジアミン；N4-({4-[(ジメチルアミノ)メチル]シクロヘキシル}メチル)-N2-(1-ナフチル-メチル)-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{4-[(ジメチルアミノ)メチル]ベンジル}-N2-[2-(メチルチオ)ベンジル]-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{4-[(ジメチルアミノ)メチル]ベンジル}-5-ニトロ-N2-{2-[(トリフルオロメチル)チオ]ベンジル}ピリミジン-2,4-ジアミン；N4-[(1-メチルピリミジン-4-イル)メチル]-N2-[2-(メチルチオ)ベンジル]-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N4-[(1-メチルピペリジン-4-イル)メチル]-5-ニトロ-N2-{2-[(トリフルオロメチル)チオ]ベンジル}ピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-N2-(2-メトキシベンジル)-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-5-ニトロ-N2-[2-(トリフルオロメチル)ベンジル]ピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-N2-(2,-4-ジクロロベンジル)-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-N2-[4-フルオロ-2-(トリフルオロメチル)ベンジル]-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-N2-(3-メチルベンジル)-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-N2-(3-クロロベンジル)-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-N2-(4-ブロモベンジル)-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-N2-[2-クロロ-5-(トリフルオロメチル)ベンジル]-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-N2-(2,5-ジクロロベンジル)-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-5-ニトロ-N2-[2-(トリフルオロメトキシ)ベンジル]ピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-N2-(2-クロロ-6-メチルベンジル)-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-N2-(2,3-ジクロロベンジル)-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[3-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-N2-(2-クロロベンジル)-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N2-(2-クロロベンジル)-N4-({4-[(ジメチルアミノ)メチル]シクロヘキシル}メチル)-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-N2-(2,5-ジフルオロベンジル)-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-N2-(2-エトキシベンジル)-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-N2-(2-メチルベンジル)-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-N2-(2-フルオロベンジル)-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-N2-(3-クロロ-2-フルオロベンジル)-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-N2-(1,1'-ビフェニル-2-イルメチル)-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-N2-(2,4-ジフルオロベンジル)-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-N2-(2,3-ジフルオロベンジル)-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-N2-(2,6-ジフルオロベンジル)-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-N2-[2-フルオロ-3-(トリフルオロメチル)ベンジル]-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-N2-(4-クロロ-2-フルオロベンジル)-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-N2-(2-ブロモベンジル)-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-N2-(2,3-ジメチルベンジル)-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-N2-[2-(メチルチオ)ベンジル]-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-5-ニトロ-N2-{2-[(トリフルオロメチル)チオ]ベンジル}ピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-N2-(3-フルオロベンジル)-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-N2-(6-クロロ-2-フルオロ-3-メチルベンジル)-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-N2-(2-クロロ-6-フルオロ-3-メチルベンジル)-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-N2-2-ナフチル-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-N2-(1-ナフチルメチル)-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-N2-(4-クロロ-2-メチルベンジル)-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-N2-(5-クロロ-2-メチルベンジル)-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-N2-(3-クロロ-2-メチルベンジル)-5ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-N2-[5-フルオロ-2-(トリフルオロメチル)ベンジル]-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-N2-(5-クロロ-2-フルオロベンジル)-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-N2-(2,3-ジフルオロ-4-メチルベンジル)-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-N2-(5-フルオロ-2-メチルベンジル)-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-5-ブロモ-N2-(2,5-ジクロロベンジル)ピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-5-ブロモ-N2-(2-ブロモベンジル)ピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-N2-(シクロヘキシルメチル)-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-5-ブロモ-N2-[2-(トリフルオロメチル)ベンジル]ピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-N2-[2-(ジフルオロメトキシ)ベンジル]-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-N2-(2-クロロ-4-フルオロベンジル)-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-N2-(2-クロロ-3,6-ジフルオロベンジル)-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-5-ニトロ-N2-(2,3,5-トリフルオロベンジル)ピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-N2-2,3-ジヒドロ-1H-インデン-2-イル-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-N2-(4-クロロ-1-ナフチル)-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-N2-(4-メトキシ-2-ナフチル)-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-5-ニトロ-N2-キノリン-6-イルピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-トランス-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-N2-(2,3-ジクロロベンジル)-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-N2-[2-(2-クロロフェニル)エチル]-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-N2-[2-(3-クロロフェニル)エチル]-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-5-ブロモ-N2-2-ナフチルピリミジン-2,4-ジアミン；4-({[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}アミノ)-2-[(2-クロロベンジル)アミノ]ピリミジン-5-カルボニトリル；N4-{[4-トランス-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-N2-(2-ブロモベンジル)-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N4-(7-アミノヘプチル)-N2-(2-ブロモベンジル)-5ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N4-(7-アミノヘプチル)-N2-(2,5-ジクロロベンジル)-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N-({4-[({2-[(2-クロロベンジル)アミノ]-5-ニトロピリミジン-4-イル}アミノ)メチル]シクロヘキ
シル}メチル)グアニジン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-5-ニトロ-N2-(2-ニトロベンジル)ピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-N2-[2-(2-ブロモフェニル)エチル]-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-N2-(2-ブロモベンジル)-5-クロロピリミジン-2,4-ジアミン；N-({3-[({2-[(2-クロロベンジル)アミノ]-5-ニトロピリミジン-4-イル}アミノ)メチル]シクロヘキシル}メチル)グアニジン3-({[4-({[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}アミノ)-5-ニトロピリミジン-2-イル]アミノ}メチル)フェノール；N2-(2-クロロベンジル)-N4-({4-シス-[(ジメチルアミノ)メチル]シクロヘキシル}メチル)-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N2-(2-クロロベンジル)-5-ニトロ-N4-(ピペリジン-4-イルメチル)ピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-5-ニトロ-N2-(2-フェニルエチル)ピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-5-ニトロ-N2-(4-フェニルブチル)ピリミジン-2,4-ジアミン；又はN4-{[トランス-4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-5-ニトロ-N2-[2-(トリフルオロメトキシ)-ベンジル]ピリミジン-2,4-ジアミン。
さらに他の実施態様では、式（XVIII）のピリミジン誘導体化合物は以下から選択される。
N4-({4-[(ジメチルアミノ)メチル]シクロヘキシル}メチル)-N2-(1-ナフチルメチル)-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N2-[2-(メチルチオ)ベンジル]-5-ニトロ-N4-(ピペリジン-4-イルメチル)ピリミジン-2,4-ジアミン；5-ニトロ-N4-(ピペリジン-4-イルメチル)-N2-{-2-[(トリフルオロメチル)チオ]ベンジル}ピリミジン-2,4-ジアミン；N2-(1-ナフチルメチル)-5-ニトロ-N4-(ピペリジン-4-イルメチル)ピリミジン-2,4-ジアミン；N4-({4-[(ジメチルアミノ)メチル]シクロヘキシル}メチル)-N2-[2-(メチルチオ)ベンジル]-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N4-({4-[(ジメチルアミノ)メチル]シクロヘキシル}メチル)-5-ニトロ-N2-{2-[(トリフルオロメチル)チオ]ベンジル}ピリミジン-2,4-ジアミン；N4-({4-[(ジメチルアミノ)メチル]シクロヘキシル}メチル)-N2-(1-ナフチルメチル)-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{4-[(ジメチルアミノ)メチル]ベンジル}-N2-[2-(メチルチオ)ベンジル]-5-ニトロピリミジン-2,4-dジアミン；N4-{4-[(ジメチルアミノ)メチル]ベンジル}-5-ニトロ-N2-{2-[(トリフルオロメチル)チオ]ベンジル}ピリミジン-2,4-ジアミン；N4-[(1-メチルピペリジン-4-イル)メチル]-N2-[2-(メチルチオ)ベンジル]-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N4-[(1-メチルピペリジン-4-イル)メチル]-5-ニトロ-N2-{2-[(トリフルオロメチル)チオ]ベンジル}ピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-N2-(2-メトキシベンジル)-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-5-ニトロ-N2-[2-(トリフルオロメトキシ)ベンジル]ピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]-メチル}-N2-(2,3-ジクロロベンジル)-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[3-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-N2-(2-クロロベンジル)-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N2-(2-クロロベンジル)-N4-({4-[(ジメチルアミノ)メチル]シクロヘキシル}メチル)-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-N2-(2-ブロモベンジル)-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-N2-[2-(メチルチオ)ベンジル]-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-5-ニトロ-N2-{2-[(トリフルオロメチル)チオ]ベンジル}-ピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-N2-(1-ナフチルメチル)-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-N2-(2,3-ジクロロベンジル)-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N4-{[4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-N2-(2-ブロモベンジル)-5-ニトロピリミジン-2,4-ジアミン；N2-(2-クロロベンジル)-5-ニトロ-N4-(ピペリジン-4-イルメチル)ピリミジン-2,4-ジアミン；又はN4-{[トランス-4-(アミノメチル)シクロヘキシル]メチル}-5-ニトロ-N2-[2-(トリフルオロメトキシ)-ベンジル]ピリミジン-2,4-ジアミン。
また別のPKC-θ阻害剤ピリミジン誘導体には、米国公開2010/0318929（Barbosa et al.）（参照によってその全体が本明細書に含まれる）に記載された化合物が含まれる。これらの化合物は下記式（XIX）によって表されれるか、又はその互変異性体、医薬的に許容できる塩、溶媒和物若しくはアミノ保護誘導体である：
(XIX)
R1は下記の基から選択され：

式中、pは1、2又は3であり；qは0又は1であり；R5、R6は各々独立に（A）水素、（B）C1-6アルキルから選択されるか、又はR5及びR6は一緒になってメチレン架橋を構成し、前記はR5及びR6の間の窒素原子と一緒になって4から6員環を形成し、ここでメチレン基の1つは酸素又は窒素原子で置き換えられていてもよく、当該環は独立に下記基（i）C1-6アルキル、（ii）COR7の1つ以上によって置換されていてもよく、ここでR7は、（a）C1-6アルキル、（b）C1-6アルキルオキシ、（C）C1-6アルキルカルボニル、（D）C1-6アルキルスルホニル、（E）-CONR8R9であり、ここで、R8及びR9は、各々独立に（i）水素、（ii）C1-6アルキルから選択され；R2は下記基（F）CF3、（G）シアノ、（H）CONH2、（I）ハロゲン又は（J）ニトロから選択され；R3は、下記基（A）水素、（B）ハロゲンで置換されていてもよいC1-6アルキル、（C）ハロゲンで置換されていてもよいC1-6アルキルオキシ、（D）ハロゲンから選択され；R4は下記基から選択される：（A）C1-6アルキルで置換されていてもよいヘテロアリール；（B）下記基の1つ以上で置換されるアリール又はヘテロアリール：（i）ヒドロキシル、オキソ又はNR10R11で置換されたC1-6アルキル [R10及びR11は各々独立に下記基から選択される：（a）水素、（b）ヒドロキシル又はCONH2で置換されていてもよいC1-6アルキル、（c）1つ以上のハロゲンによって置換されていてもよいC1-6アルキルカルボニル、（d）C1-6アルキルスルホニル、又は（e）R10及びR11は、R10及びR11の間の窒素原子と一緒になって4から6員環を形成するメチレン架橋を構成する]；（ii）CONR12R13（R12及びR13は各々独立に水素又はC1-6アルキルから選択される）；（iii）SO2NR12R13（R12及びR13は各々独立に水素又はC1-6アルキルから選択される）；（C）-NR14R15 [R14及びR15は各々独立に以下から選択される：（i）アミノで置換されたC1-6アルキルカルボニル、（ii）又はR14及びR15は、R14及びR15の間の窒素原子と一緒になって4から7員環を形成するメチレン架橋を構成し、ここでメチレン基の1つはC1-6アルキルで置換され、さらに各C1-6アルキルはヒドロキシル又はNR10R11で置換されていてもよい（R10及びR11は先に定義した通り）]、（D）-CONR16R17 [R16及びR17は各々独立に以下から選択される：（i）ヒドロキシル又はNR18R19で置換されたC1-6アルキル、ここでR18及びR19は各々独立に水素又はC1-6アルキルから選択されるか、又はR18及びR19はR18及びR19の間の窒素原子と一緒になって4から6員環を形成するメチレン架橋を構成し、ここでメチレン基の1つは酸素で置き換えられてもよい]；（E）アミノ、C1-3アルキルアミノ又はジ-(C1-3アルキル)アミノで置換されていてもよいC6アルキニル基であり；さらにAは独立に炭素又は窒素から選択される。
このタイプの例示的な例では、R1は下記基から選択されるか、又はその互変異性体、医薬的に許容できる塩、溶媒和物若しくはアミノ保護誘導体である：
式中、qは0又は1であり；R5、R6は各々独立に、（A）水素；（B）R5及びR6は一緒になって、R5及びR6の間の窒素原子と一緒になって5から6員環を形成するメチレン架橋を構成し、ここでメチレン基の1つは窒素原子で置き換えられいてもよく、当該環は独立に下記基（iv）C1-6アルキル、（v）COR7の1つ以上によって置換されていてもよく、ここでR7はC1-6アルキルオキシであり、（C）C1-6アルキルカルボニル、（D）C1-6アルキルスルホニルから選択され；R2は下記基（A）シアノ又は（B）ニトロから選択され；R3は、下記基（A）C1-3アルキル、（B）フッ素で置換されていてもよいC1-3アルキルオキシ、（C）ハロゲンから選択され；R4は下記基から選択される：（A）下記基の1つ以上で置換されているアリール ：（i）ヒドロキシル又はNR20R21で置換されたC1-3アルキル（R20及びR21は各々独立に下記基から選択される：（f）水素、（g）ヒドロキシル又はCONH2で置換されていてもよいC1-3アルキル、又は（h）R20及びR21は、R20及びR21の間の窒素原子と一緒になって5から6員環を形成するメチレン架橋を構成する）；（ii）CONH2；（iii）SO2NH2]、（B）C1-3アルキルで置換されていてもよい3-ピリジル（各アルキル基はアミノで置換されていてもよい）、（C）-NR22R23 [R22及びR23は、R22及びR23の間の窒素原子と一緒になって5から6員環を形成するメチレン架橋を構成し、ここでメチレン基の1つはC1-3アルキルで置換され、さらに各C1-3アルキルはOH又はNR20R21で置換されていてもよい（R20及びR21は先に定義した通り）、（D）-CONR24R25 [R24及びR25は各々独立に（i）C1-3アルキルアミノで置換されたC1-3アルキルから選択される]；さらにAは独立に炭素又は窒素から選択される。
他の例示的な例では、式（XIX）の化合物は下記式（XIXa）によって表されるか、又はその互変異性体、医薬的に許容できる塩、溶媒和物若しくはアミノ保護誘導体である：
(XIXa)
式中、R1は下記基から選択され：
qは0又は1であり；R5、R6は各々独立に、（A）水素、（B）C1-6アルキルカルボニル、（C）C1-6アルキルスルホニルから選択され；R2は、下記基（A）シアノ又は（B）ニトロから選択され；R3は、下記基（A）CH3、（B）OCF3、（C）Clから選択され；R4は下記基から選択され：
式中、R26は、下記基（A）ヒドロキシル又はNR27R28で置換されたC1-3アルキル（R27及びR28は、各々独立に基（i）水素、（ii）ヒドロキシル又はCONH2で置換されていてもよいC1-3アルキルから選択される）、（B）CONH2、（C）SO2NH2から選択され；さらにAは炭素又は窒素である。
さらにまた小分子PKC-θ阻害剤として意図されるものは、例えば米国公開2010/0120869（Ajioka et al.）（参照によってその全体が本明細書に含まれる）記載されたアニリン化合物である。このタイプの代表的な化合物は下記式（XX）によって表されるか、又はその互変異性体、医薬的に許容できる塩、溶媒和物若しくはアミノ保護誘導体である：
(XX)
式中、式XXのXはアリール又はヘテロアリールであり、各々は1−5のR1基で置換されている。式XXのYは-O-、-S(O)n-、-N(R4)-及び-C(R4)2-であり、ここで下付き文字nは0−2である。式XXのZは-N=又は-CH=である。式XXの各R1は独立に以下から成る群から選択される：H、ハロゲン、C1-8アルキル、C1-6ヘテロアルキル、C1-6ハロアルキル、C2-6アルケニル、C2-6アルキニル、C1-6ハロアルコキシ、-OR1a、-C(O)R1a、-C(O)OR1a、-C(O)NR1aR1b、-NR1aR1b、-SR1a、-N(R1a)C(O)R1b、-N(R1a)C(O)OR1b、-N(R1a)C(O)NR1aR1b、-OP(O)(OR1a)2、-S(O)2OR1a、-S(O)2NR1aR1b、-S(O)2-C1-6ハロアルキル、-CN、シクロアルキル、ヘテロシクロアルキル、アリール、又はヘテロアリール。式XXのR1a及びR1bの各々は独立にH又はC1-6アルキルである。式XXの各R2は、独立にH、ハロゲン、C1-6アルキル、C1-6ハロアルキル、C2-6アルケニル、C2-6アルキニル、-NR1aR1b、-NR1aC(O)-C1-6アルキル、-NR1aC(O)-C1-6ハロアルキル、-NR1a-(CH2)-NR1aR1b、-NR1a-C(O)-NR1aR1b、又は-NR1a-C(O)OR1aであるか、また別には、隣接するR1基及び隣接するR2基は結合してシクロアルキル、ヘテロシクロアルキル、アリール又はヘテロアリールを形成することができる。式XXのR3は-NR3aR3b又は-NCOである。式XXのR3a及びR3bは、独立にH、C1-6アルキル、-C(O)-C1-6アルキル、-C(O)-C1-6ハロアルキル、-(CH2)-NR1aR1b、-C(O)-NR1aR1b、-C(O)OR1a、-C(S)CN、アミノ酸残基、ペプチド又はオリゴペプチドである。式XXの各R4は独立にH又はC1-6アルキルであるか、又は1つ以上のR4基が同じ原子に結合しているときは、R4基は結合してC5-8シクロアルキルを形成してもよい。式XXの化合物にはまたその塩、水和物及びプロドラッグが含まれる。
いくつかの実施態様では、式XXのアニリン化合物は下記式XXaによって表される：
(XXa)
式中、式XXaのR1は、独立にH、ハロゲン、C1-8アルキル、C1-6ヘテロアルキル、C1-6ハロアルキル、C2-6アルケニル、C2-6アルキニル、C1-6ハロアルコキシ、-OR1a、-CN、シクロアルキル、ヘテロシクロアルキル、アリール、又はヘテロアリールであり、式XXaのR3a及びR3bは、独立にH、-C(O)-C1-6アルキル、アミノ酸残基、ペプチド、又はオリゴペプチドである。
さらに他の実施態様では、式XXaの各R1は、独立にH、ハロゲン、C1-8アルキル、C1-6ハロアルキル、C1-6ハロアルコキシ、-C(O)OR1a、シクロアルキル、又はヘテロアリールである。さらにまた、式XXaの各R2は、独立にH、ハロゲン、又は-NR1aC(O)-C1-6アルキルである。さらに他の実施態様では、式XXaの各R1は、独立にH、メチル、n-プロピル、イソプロピル、t-ブチル、t-ペンチル、Cl、Br、CF3、又はOCF3、シクロペンチル、ピロリル、又はCO2Hであり、各R2は独立にH又はClである。他の実施態様では、式XXaのR3aはアミノ酸残基であり、R3bはHである。適切には、アミノ酸残基はアルギニン残基である。
さらに他の実施態様では、式XXのアニリン化合物は下記式XXbを有する：
いくつかの実施態様では、式XXbのYはSである。さらに他の実施態様では、式XXbのYはOである。いくつかの実施態様では、式XXbの各R1は、独立にH、メチル、n-プロピル、イソプロピル、t-ブチル、t-ペンチル、Cl、Br、CF3、OCF3、シクロペンチル、ピロリル、又はCO2Hである。さらに他の実施態様では、式XXbの各R1は、独立にC1-8アルキル又はシクロアルキルである。さらにまた他の実施態様では、式XXbの各R1は、独立に4-t-ブチル、4-シクロペンチル又は4-t-ペンチルである。
他の実施態様では、小分子PKC-θ阻害剤は、下記式（XXI）を有するロットレリン又はその誘導体若しくはアナローグから選択される（ロットレリンはまた、マロトキシン又は1-[6-[(3-アセチル-2,4,6-トリヒドロキシ-5-メチルフェニル)メチル]-5,7-ジヒドロキシ-2,2- -ジメチル-2H-1-ベンゾピラン-8-イル]-3-フェニル-2-プロペン-1-オンとしても知られ、カルビオケム社（Calbiochem, San Diego, Calif.）から入手できる）：
(XXI)
さらに他の実施態様では、小分子PKC-θ阻害剤には、例えば米国特許出願公開US 2005/0222186 A1（Baudler）（参照によってその全体が本明細書に含まれる）に開示される置換ジアミノピリミジンが含まれる。これらの化合物は下記式（XXII）によって表され、さらにその水和物、溶媒和物、又はエステルである：
(XXII)
式中、R1、R2及びR3は、独立に、置換又は非置換フェニル、ナフチル、ピロリル、ピラゾリル、イミダゾリル、1,2,3-トリアゾリル、インドリル、ベンズイミダゾリル、フラニル（フリル）、ベンゾフラニル（ベンゾフリル）、チオフェニル（チエニル）、ベンゾチオフェニル（ベンゾチエニル）、チアゾリル、イソキサゾリル、ピリジニル、ピリミジニル、キノリニル及びイソキノリニルから成る群から選択され；R4は水素又はメチルであり；R5は水素又はメチルであり；A1はC1-3アルキレン又はエチレンオキシ（-CH2-CH2-O-）であり；A2はC1-3アルキレン又はエチレンオキシ（-CH2-CH2-O-）である。
そのような化合物の非限定的な例には以下が含まれる：[1-ベンジル(4-ピペリジル)]{2-[(2-ピリジルメチル)アミノ]-5-(3-チエニル)ピリミジン-4-イル}アミン；{5-(4-メトキシフェニル)-2-[(4-ピリジルメチル)アミノ)ピリミジン-4-イル}[1-ベンジル-(-4-ピペリジル)]アミン；{5-フェニル-2-[(4-ピリジルメチル)アミノ)ピリミジン-4-イル}[1-ベンジル(4-ピペリジル-)]アミン；{5-(4-クロロフェニル)-2-[(4-ピリジルメチル)アミノ)ピリミジン-4-イル}[1-ベンジル(4-ピペリジル)]アミン；{5-(4-(N,N-ジメチルアミノ)フェニル)-2-[(4-ピリジルメチル)アミノ)ピリミジン-4-イル-}[1-ベンジル(4-ピペリジル)]アミン；{5-(フェニル-4-カルボキサミド)-2-[(4-ピリミジルメチル)アミノ)ピリミジン-4-イル}[1-ベンジル(4-ピペリジル)]-アミン；{5-(4-カルボキシフェニル)-2-[(4-ピリジルメチル)アミノ)ピリミジン-4-イル}[1-ベンジル-(-4-ピペリジル)]アミン；{5-(2-チエニル)-2-[(4-ピリジルメチル)アミノ)ピリミジン-4-イル}[1-ベンジル(4-ピペリジル)]アミン；{5-(2-フラニル)-2-[(4-ピリジルメチル)アミノ)ピリミジン-4-イル}[1-ベンジル(4-ピペリジル)]アミン；{5-(3-フラニル)-2-[(4-ピリジルメチル)アミノ)ピリミジン-4-イル}[1-ベンジル(4-ピペリジル)]アミン；N(4)-(1-ベンジル-ピペリジン-4-イル)-5-(3-クロロ-4-フルオロ-フェニル)-N(2)-ピリジン-2-イルメチル-ピリミジン-2,4-ジアミン；N-(3-[4-(1-ベンジル-ピペリジン-4-イルアミノ)-2-[(ピリジン-2-イルメチル)-アミノ]-ピリミジン-5-イル}フェニル)-アセトアミド；3-[4-(1-ベンジル-ピペリジン-4-イルアミノ)-2-[(ピリジン-2-イルメチル)-アミノ]-ピリミジン-5-イル]-フェノール；及び4-{4-(1-ベンジルピペリジン-4-イルアミノ)-2-[(ピリジン-2-イルメチル)-アミノ]-ピリミジン-5-イル}N,N-ジ-メチル-ベンズアミド。
さらに他の実施態様では、小分子PKC-θ阻害剤は、例えば米国特許出願公開US 2006/0217417（Brunette）（参照によってその全体が本明細書に含まれる）で開示される置換ピリジン化合物から選択される。これらの化合物は、下記式（XXIII）によって表され、その互変異性体及び医薬的に許容できる塩、溶媒和物又はアミノ保護誘導体である：
(XXIII)
式中、Xは、結合又はC1-6置換若しくは非置換アルキルであり、ここでメチレンユニットの1つ又は2つは酸素若しくは硫黄原子で置換することができ；Yは-NH-、-O-又は-S-であり；R1は、C3-6置換若しくは非置換シクロアルキル、置換若しくは非置換アリール、又は置換若しくは非置換ヘテロアリールであり；R2は、トリフルオロメチル、シアノ、-CONH2、ハロゲン、及びニトロから成る群から選択され；さらにR3は、下記構造であり：
式中、pは1から3の整数（1及び3を含む）であり；qは0から3の整数（0及び3を含む）であり；nは0から5の整数（0及び5を含む）であり；R4及びR5は、各々独立に水素、C1-6置換若しくは非置換アルキルから成る群から選択されるか、或いはR4及びR5は一緒になってメチレン架橋を構成してR4及びR5の間の窒素原子と一緒に4から6員置換若しくは非置換環を形成し、ここでメチレン基の1つは酸素、硫黄又はNR基で置き換えられていてもよく、ここでRは水素又はC1-6置換若しくは非置換アルキルである。
式（XXIII）を有する化合物の非限定的な例には以下が含まれる：5-ニトロ-N4-ピペリジン-4-イルメチル-N2-(2-トリフルオロメトキシ-ベンジル)-ピペリジン-2,4-ジアミン；N2-(2,3-ジクロロ-ベンジル)-5-ニトロ-N4-ピペリジン-4-イルメチル-ピリジン-2,4-ジアミン；N2-[2-(3-クロロ-フェニル)-エチル]-5-ニトロ-N4-ピペリジン-4-イルメチル-ピリジン-2,4-ジアミン；5-ニトロ-N2-フェネチル-N4-ピペリジン-4-イルメチル-ピリジン-2,4-ジアミン；N4-(4-アミノメチル-シクロヘキシルメチル)-5-ニトロ-N2-(2-トリフルオロメトキシ-ベンジル)-ピリジン-2,4-ジアミン；N4-(4-アミノメチル-シクロヘキシルメチル)-N2-(2,3-ジクロロ-ベンジル)-5-ニトロ-ピリジン-2,4-ジアミン；N4-(4-アミノメチル-シクロヘキシルメチル)-5-ニトロ-N2-フェネチル-ピリジン-2,4-ジアミン；N4-(4-アミノメチル-シクロヘキシルメチル)-N2-[2-(3-クロロ-フェニル)-エチル]-5-ニトロ-1-ピリジン-2,4-ジアミン；N4-(4-アミノメチル-シクロヘキシルメチル)-5-ニトロ-N2-(2-クロロ-ベンジル)-ピリジン-2,4-ジアミン；N4-(4-トランス-アミノメチル-シクロヘキシルメチル)-5-ニトロ-N-2-(2-トリフルオロメトキシ-ベンジル)-ピリジン-2,4-ジアミン；N4-(4-トランス-アミノ-シクロヘキシルメチル)-5-ニトロ-N2-(2-トリフルオロメトキシ-ベンジル-)-ピリジン-2,4-ジアミン；4-[(4-アミノメチル-シクロヘキシルメチル)-アミノ]-6-(2-クロロ-ベンジルアミノ)-ニコチンアミド；及び4-[(4-アミノメチル-シクロヘキシルメチル)-アミノ]-6-(2-クロロ-ベンジルアミノ)-ニコチノニトリル。
さらに他の実施態様では、小分子PKC-θ阻害剤は、例えば米国特許出願公開US 2007/0142401（Auberson）（参照によってその全体が本明細書に含まれる）に開示されるインドリル-ピロールジオン誘導体から選択される。これらの化合物は、下記式（XXIV）によって表されるか、又はその塩である：
(XXIV)
式中、Raは、H、C1-4アルキル、又はOH、NH2、NHC1-4アルキル又はN(ジ-C1-4アルキル)2によって置換されたC1-4アルキルであり；
RbはH又はC1-4アルキルであり；
Rは、下記式（a）、（b）、（c）、（d）、（e）又は（f）の基であり；
式中、R1、R4、R7、R8、R11及びR14の各々は、OH、SH、ヘテロ環式残基、NR16R17（式中、R16及びR17の各々は独立にH又はC1-4アルキルであるか、又はR16及びR17はそれらが結合する窒素原子と一緒になってヘテロ環式残基を形成する）、又は式α-X-Rc-Y(α)の基であり（式中、Xは、直接結合、O、S又はNR18であり、R18はH又はC1-4アルキルであり、RCはC1-4アルキレン又は1つのCH2がCRxRyによって置き換えられたC1-4アルキレンであり、Rx及びRyの一方はHで他方はCH3であり、Rx及びRyの各々はCH3であるか又はRx及びRyは一緒に-CH2-CH2-を形成し、さらにYは末端炭素原子に結合し、YはOH、ヘテロ環式残基、及び-NR19R20から選択され、ここでR19及びR20の各々は独立にH、C3-6シクロアルキル、C3-6シクロアルキル-C1-4アルキル、アリール-C1-4アルキル、又は末端炭素がOHによって置換されていてもよいC1-4アルキルであるか、又はR10及びR20はそれらが結合する窒素原子と一緒にヘテロ環式残基を形成する）；
R2、R3、R5、R6、R9、R10、R12、R13、R15及びR'15の各々は、独立にH、ハロゲン、C1-4アルキル、CF3、OH、SH、NH2、C1-4アルコキシ、C1-4アルキルチオ、NHC1-4アルキル、N(ジ-C1-4アルキル)2又はCNであり；
Eは-N=でGは-CH=であるか、又はEは-CH=でGは-N=のどちらかであり；
環Aは置換されていてもよい。
例示的な例では、R1、R4、R7、R8、R11、R14若しくはY、又はそれぞれNR16R17若しくはNR19R20によって形成されるヘテロ環式残基は、3から8員の飽和、不飽和又は芳香族ヘテロ環式環（1つ又は2つのヘテロ原子を含む）であり、さらに1つ以上の環炭素及び/又は環窒素上で（環窒素が存在するとき）置換されていてもよい。
具体的な実施態様では、ヘテロ環式残基は、R1、R4、R7、R8、R11、R14若しくはYであるか、又はそれぞれNR16R17若しくはNR19R20によって形成され、前記は下記式（γ）の残基である。
(γ)
式中、
環Dは、5、6又は7員の飽和、不飽和若しくは芳香族環であり；
Xbは-N-、-C-又は-CH-であり；
Xcは-N=、-NRf-、-CRf'=又は-CHRf'-であり、ここで、Rfは環窒素原子の置換基であり、C1-6アルキル、アシル、C3-6シクロアルキル、C3-6シクロアルキル-C1-4アルキル、フェニル、フェニル-C1-4アルキル、複素環式残基、及び式β-R21-Y'(β)から選択され；
ここで、R21はC1-4アルキレン又はOに割り込まれるC2-4アルキレンで、Y'はOH、NH2、NH(C1-4アルキル)又はN(C1-4アルキル)2であり；Rf'は環炭素原子の置換基でC1-4アルキルから選択され；
C3-シクロアルキルはさらにまた下記C1-4-アルキルによって置換されていてもよく：
式中、pは、1、2若しくは3；CF3；ハロゲン；OH；NH2；-CH2-NH2；-CH2-OH；ピペリジン-1-イル；及びピロリジニルであり；
C1及びC2の間の結合は飽和又は不飽和のどちらかであり；
C1及びC2の各々は独立に炭素原子であり、前記炭素原子は上記で環炭素原子について示したものから選択される1つ又は2つの置換基によって置換されていてもよく；さらに、
C3とXbの間及びC1とXbの間の線は、5、6、7員環Dを得るために必要な炭素原子数をそれぞれ表す。
式（XXIV）の化合物の他の非限定的な例では、
RaはH、CH3、CH2-CH3、又はイソプロピルであり；
RbはH、ハロゲン、C1-6-アルコキシ又はC1-6アルキルであり；さらに下記IからVのいずれかである：
I．Rは下記式（a）の基である：
(a)
式中、R1は、3又は4位でCH3により置換されていてもよいピペラジン-1-イル、又は4,7-ジアザ-スピロ[2.5]オクタ-7-イルであり；R2はCl、Br、CF3又はCH3であり；R3はH、CH3又はCF3であり； RaがH又はCH3でRbがHでR1が4-メチル-1-ピペラジニルのときは、R3はH以外である；又は
II．Rは下記式（b）の基である：
(b)
式中、R4は3及び/又は4位でCH3により置換されたピペラジン-1-イル、又は4,7-ジアザ-スピロ[2.5]オクタ-7-イルであり；R4が4-メチル-1-ピペラジニルであるときは、RaはH又はCH3以外である；又は
III．Rは下記式（c）の基である：
(c)
式中、R14は、3及び/又は4位でCH3によって、又は3位でエチル、フェニル-C1-4アルキル、C1-4アルコキシ-C1-4アルキル若しくはハロゲノ-C1-4アルキルによって置換されていてもよいピペラジン-1-イル、又は4,7-ジアザ-スピロ[2.5]オクタ-7-イルであり；R15はハロゲン、CF3又はCH3であり；RaがH又はCH3で、RbがHで、R14が4-メチル-1-ピペラジニルであるときは、R15はCH3以外であり；R16はH、CH3又はCF3であり；R15がClで、RaがH又はCH3で、RbがHで、R14が4-メチル-1-ピペラジニルであるときは、R16はH以外である；又は
IV．Rは下記式（d）の基である：
(d)
式中、R8はピペラジン-1-イル、3-メチル-ピペラジン-1-イル、又は4-ベンジル-ピペラジン-1-イルである；又は
V．Rは下記式（e）の基である：
(e)
式中、R8は、4,7-ジアザ-スピロ[2.5]オクタ-7-イル、又は3位でメチル又はエチルにより置換され、または4位でメチルにより置換されていてもよいピペラジン-1-イルである。
式（XXIV）の化合物のいくつかの実施態様では、Rが式（a）であるとき、
R1は、-(4-メチル-ピペラジン-1-イル)、1-ピペラジニル、3-メチル-ピペラジン-1-イル、又は-(4,7-ジアザ-スピロ[2.5]オクタ-7-イル)であり；
R2は2-Cl又は2-CH3であり；
R3は3-CH3、3-CF3、又はHであり；
RaはH又はCH3であり；
さらにRが式（b）であるとき、
R4は、-(4,7-ジアザ-スピロ[2.5]オクタ-7-イル)、3-メチル-ピペラジン-1-イル、又は4-メチル-3-メチル-ピペリジン-1-イルであり；
RaはH又はCH3であり；
さらにRが式（c）であるとき、
R14は、-4-メチル-ピペラジン-1-イル、3-メチル-ピペラジン-1-イル、-4,7-ジアザ-スピロ[2.5]オクタ-7-イル、1-ピペラジニル、4-メチル-3-メチル-ピペラジニル、3-メトキシエチル-ピペラジン-1-イル、3-エチル-ピペラジン-1-イル、3-ベンジル-ピペラジン-1-イル、又は3-CH2F-ピペラジン-1-イルであり；
R15はCl、Br、CF3、Fであり；
R16はCH3、H、CH2-CH3であり；
RaはH又はCH3であり；
RbはH、CH2-CH2-CH3、F、CH(CH3)2、Cl、OCH3、CH3又はCH2-CH3であり；
さらにRが式（d）であるとき、
R8は、3-メチル-ピペラジン-1-イル、4-ベンジル-1-ピペラジニル、又は1-ピペラジニルであり；
RaはCH3又はHであり；
さらにRが式（e）であるとき、
R9は、-4,7-ジアザ-スピロ[2.5]オクタ-7-イル、3-エチル-ピペラジン-1-イル、3-メチル-ピペラジン-1-イル、4-メチル-3-メチル-ピペラジン-1-イル、又は3-エチル-ピペラジン-1-イルであり；
Raは、H、CH2-CH3又はCH(CH3)2であり；
Rbは、CH3、F、CH(CH3)2、OCH3、CH2-CH3又はClである。
式（XXIV）の化合物の具体的な実施態様には以下が含まれる：
下記式を有する3-[2-クロロ-5-(4-メチル-ピペラジン-1-イル)-3-トリフルオロメチル-フェニル]-4-(1H-インドール-3-イル)-ピロール-2,5-ジオン：
及び
下記式を有する3-(1H-インドール-3-イル)-4-[2-(4-メチル-ピペラジン-1-イル)-キナゾリン-4-イル]-ピロール-2,5-ジオン：
他の実施態様では、PKC-θ阻害剤は、米国特許出願公開US 2013/0225687（Ajioka）（参照によってその全体が本明細書に含まれる）に開示される選択性PKC-θ小分子化合物から選択される。これらの化合物は、下記式（XXV）によって表され、その塩、水和物及びそのプロドラッグであり、したがってPKC-θを選択的に阻害する：
(XXV)
式中、
Yは、-O-及び-S-から成る群から選択され；さらに
各R1は、n-プロピル、イソプロピル、t-ブチル、t-ペンチル、CF3、OCF3、シクロペンチル、ピロリル、及びCO2Hから成る群から独立に選択される。
好ましい実施態様では、PKC-θ阻害剤はPKC-θの核移行/局在の阻害剤である。このタイプの代表的な阻害剤には、国際公開WO 2017/132728 A1（Rao et al.）（参照によってその全体が本明細書に含まれる）に開示されるものが含まれる。これらの化合物は下記式（XXVI）によって表されるタンパク質性分子である：
Z1X1X2X3X4IDX5PPX6X7X8X9X10X11Z2 （XXVI）
式中、
“Z1”及び“Z2”は独立に、存在しないか、又は約1から約50のアミノ酸残基（及び1と50の間の全ての整数のアミノ酸残基）を含むタンパク質性部分及び保護部分の少なくとも1つから独立に選択され；
“X1”は存在しないか、又は塩基性アミノ酸残基（R、K及びその改変形を含む）から選択され；
“X2”及び“X3”は、独立に、塩基性アミノ酸残基（R、K及びその改変形を含む）から選択され；
“X4”は、荷電アミノ酸残基（R、K、D、E及びその改変形を含む）から選択され；
“X5”は存在しないか、又はW若しくはその改変形であり；
“X6”は、芳香族又は塩基性アミノ酸残基（F、Y、W、R、K及びその改変形を含む）から選択され；
“X7”は、塩基性アミノ酸残基（R、K及びその改変形を含む）から選択され；
“X8”は存在しないか、又はP若しくはその改変形であり；
“X9”は、塩基性アミノ酸残基（R、K及びその改変形を含む）から選択され；
“X10”は、疎水性残基（V、L、I、M及びその改変形を含む）から選択され；
“X11”は、塩基性アミノ酸残基（R、K及びその改変形を含む）から選択される。
いくつかの実施態様では、“X1”から“X11”は、下記の1つ以上の組合せから選択される：
“X1”は存在しないか、又はRであり；
“X2”はRであり；
“X3”はKであり；
“X4”はE又はRであり；
“X5”は存在しないか、又はWであり；
“X6”はF又はRであり；
“X7”はRであり；
“X8”は存在しないか、又はPであり；
“X9”はKであり；
“X10”はV又はPであり；及び
“X11”はKである。
いくつかの実施態様では、“Z1”は、10、9、8、7、6、5、4、3、2、又は1アミノ酸残基から成る。いくつかの実施態様では、“Z2”は、10、9、8、7、6、5、4、3、2、又は1アミノ酸残基から成る。いくつかの実施態様では、“Z1”及び“Z2”のアミノ酸残基は、任意のアミノ酸残基から選択される。
いくつかの実施態様では、“Z1”は下記式XXVIIで表されるタンパク質性分子である：
X12X13X14X15X16 （XXVII）
式中、
“X12”は存在しないか、又は保護部分であり；
“X13”は存在しないか、又はP及び塩基性アミノ酸残基（R、K及びその改変形を含む）から選択され；
“X14” は存在しないか、又はP及び塩基性アミノ酸残基（R、K及びその改変形を含む）から選択され；
“X15”は存在しないか、又はP及び塩基性アミノ酸残基（R、K及びその改変形を含む）から選択され；
“X16”は存在しないか、又はP及び塩基性アミノ酸残基（R、K及びその改変形を含む）から選択される。
いくつかの実施態様では、“Z2”は下記式XXVIIIで表されるタンパク質性分子である：
X17X18X19X20 （XXVIII）
式中、
“X17”は存在しないか、又は任意のアミノ酸残基から選択され；
“X18”は存在しないか、又は任意のアミノ酸残基から選択され；
“X19”は存在しないか、又は任意のアミノ酸残基から選択され；
“X20”は存在しないか、又は保護部分である。
いくつかの実施態様では、“Z1”及び“Z2”は存在しない。
詳しい実施態様では、式XXVIのタンパク質性分子は、下記に示す配列番号:4又は5によって表されるアミノ酸配列を含むか、前記から成るか、又は本質的に前記から成る：
RKEIDPPFRPKVK（配列番号:4）
RRKRIDWPPRRKPK（配列番号:5）
配列番号:4及び配列番号:5のタンパク質性分子は、それぞれ“インポーチニブ（importinib）4759”及び“インポーチニブ4759_O1”としてWO 2017/132728 A1に言及されている。
式（XXVI）のタンパク質性分子のいくつかの実施態様では、当該分子は、少なくとも1つの膜透過性部分を含む。膜透過性部分はタンパク質性分子の任意の点で複合体化され得る。適切な膜透過性部分には、脂質部分、コレステロール及びタンパク質（例えば細胞貫通性ペプチド及びポリカチオン性ペプチド）、特に脂質部分が含まれる。
細胞貫通性ペプチドの非限定的な例には、例えばUS 20090047272、US 20150266935及びUS 20130136742に記載のペプチドが含まれる。したがって、適切な細胞貫通性ペプチドは以下を含むことができる（ただしそれらに限定されない）：塩基性ポリ(Arg)ポリ(Lys)ペプチド、並びに非天然Arg及びLys残基アナローグを含む塩基性ポリ(Arg)ポリ(Lys)ペプチド、例えばYGRKKRPQRRR（HIV TAT47-57）、RRWRRWWRRWWRRWRR（W/R）、CWK18（AlkCWK18）、K18WCCWK18（Di-CWK18）、WTLNSAGYLLGKINLKALAALAKKIL（トランスポータン）、GLFEALEELWEAK（DipaLytic）、K16GGCRGDMFGCAK16RGD（K16RGD）、K16GGCMFGCGG（P1）、K16ICRRARGDNPDDRCT（P2）、KKWKMRRNQFWVKVQRbAK (B)bA(P3)、VAYISRGGVSTYYSDTVKGRFTRQKYNKRA（P3a）、IGRIDPANGKTKYAPKFQDKATRSNYYGNSPS（P9.3）、KETWWETWWTEWSQPKKKRKV（Pep-1）、PLAEIDGIELTY（Plae）、K16GGPLAEIDGIELGA（Kplae）、K16GGPLAEIDGIELCA（cKplae）、GALFLGFLGGAAGSTMGAWSQPKSKRKV（MGP）、WEAK(LAKA)2-LAKH(LAKA)2LKAC（HA2）、(LARL)6NHCH3（LARL46）、KLLKLLLKLWLLKLLL（Hel-11-7）、(KKKK)2GGC（KK）、(KWKK)2GCC（KWK）、(RWRR)2GGC（RWR）、PKKKRKV（SV40 NLS7）、PEVKKKRKPEYP（NLS12）、TPPKKKRKVEDP（NLS12a）、GGGGPKKKRKVGG（SV40 NLS13）、GGGFSTSLRARKA（AV NLS13）、CKKKKKKSEDEYPYVPN（AV RME NLS17）、CKKKKKKKSEDEYPYVPNFSTSLRARKA（AV FP NLS28）、LVRKKRKTEEESPLKDKDAKKSKQE（SV40 N1 NLS24）、及びK9K2K4K8GGK5（Loligomer）；HSV-1テグメントタンパク質VP22；核搬出シグナル（NES）融合HSV-1テグメントタンパク質VP22r；大腸菌（Escherichia coli）エンテロトキシンEtxBの変異体B-サブユニット（H57S）；無毒化外毒素A（ETA）；HIV-1 Tatタンパク質のタンパク質形質導入ドメイン、GRKKRRQRRRPPQ；キイロショウジョウバエ（Drosophila melanogaster）アンテナペディアドメインAntp（アミノ酸43-58）、RQIKIWFQNRRMKWKK；ビューフォリンII、TRSSRAGLQFPVGRVHRLLRK；hClock-（アミノ酸35-47）（ヒトクロックタンパク質DNA結合ペプチド）、KRVSRNKSEKKRR；MAP（モデル両親媒性ペプチド）、KLALKLALKALKAALKLA；K-FGF、AAVALLPAVLLALLAP；Ku70誘導ペプチド（VPMLKE、VPMLK、PMLKE又はPMLKを含む群から選択されるペプチドを含む）；プリオン、マウスPrpe（アミノ酸1-28）、MANLGYWLLALFVTMWTDVGLCKKRPKP；pVEC、LLIILRRRIRKQAHAHSK；Pep-I、KETWWETWWTEWSQPKKKRKV；SynBl、RGGRLSYSRRRFSTSTGR；トランスポータン、GWTLNSAGYLLGKINLKALAALAKKIL；トランスポータン-10、AGYLLGKINLKALAALAKKIL；CADY、Ac-GLWRALWRLLRSLWRLLWRA-システアミド；Pep-7、SDLWEMMMVSLACQY；HN-1、TSPLNIHNGQKL；VT5、DPKGDPKGVTVTVTVTVTGKGDPKPD；又はpISL、RVIRVWFQNKRCKDKK。
好ましい実施態様では、膜透過性部分は、脂質部分、例えばC10-C20脂肪アシル基、特にオクタデカノイル（ステアリル；C18）、ヘキサデカノイル（パルミトイル；C16）又はテトラデカノイル（ミリストイル；C14）、特にテトラデカノイルである。好ましい実施態様では、膜透過性部分は、N-若しくはC-末端アミノ酸残基に、又はタンパク質性分子のリジン側鎖のアミン、特にタンパク質性分子のN-末端アミノ酸残基を介して複合体化される。
2.2 PD-1結合アンタゴニスト
PD-1結合アンタゴニストは適切にはPD-1を介するシグナリングを阻害する分子であり、前記にはPD-1とそのリガンド結合パートナーとの結合を阻害する分子が含まれる。いくつかの実施態様では、PD-1リガンド結合パートナーはPD-L1及び/又はPD-L2である。アンタゴニストは、抗体、イムノアドヘシン、融合タンパク質、又はオリゴペプチドであり得る。
PD-1結合アンタゴニストは、好ましくは抗PD-1抗体（例えばヒト抗体、ヒト化抗体、又はキメラ抗体）である。いくつかの実施態様では、抗PD-1抗体は以下から成る群から選択される：MDX-1106（ニボルマブ、OPDIVO）、Merck 3475（MK-3475、ペンブロリズマブ、KEYTRUDA）、CT-011（ピジリズマブ）、MEDI-4736（デュルバルマブ）、MEDI-0680（AMP-514）、PDR001、REGN2810、BGB-108、及びBGB-A317。いくつかの実施態様では、PD-1結合アンタゴニストはイムノアドヘシンである。前記は、例えば、定常領域（例えば免疫グロブリン配列のFc領域）と融合した、PD-L1若しくはPD-L2の細胞外又はPD-1結合部分を含むイムノアドヘシンである。いくつかの実施態様では、PD-1結合アンタゴニストはAMP-224である。ニボルマブ（MDX-1106-04、MDX-1106、ONO-4538、BMS-936558、及びオプジーボ（OPDIVO(商標)）としても知られている）は、WO2006/121168に記載されている抗PD-1抗体である。ペンブロリズマブ（MK-3475、Merck 3475、ランブロリズマブ、KEYTRUDA(商標)、及びSCH-900475としても知られている）は、WO2009/114335に記載されている抗PD-1抗体である。CT-011（hBAT、hBAT-1又はピジリズマブとしても知られている）は、WO2009/101611に記載されている抗PD-1抗体である。AMP-224（B7-DCIgとしても知られている）は、WO2010/027827及びWO2011/066342に記載されているPD-L2-Fc融合可溶性受容体である。
いくつかの実施態様では、抗PD-1抗体はニボルマブ（CAS登録番号：946414-94-4）である。さらに別の実施態様では、提供されるものは、配列番号:6に由来する重鎖可変領域アミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び/又は配列番号:7に由来する軽鎖可変領域アミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を含む単離抗PD-1抗体である。さらにまた別の実施態様では、提供されるものは、重鎖及び/又は軽鎖配列を含む単離抗PD-1抗体であり、ここで、
（a）重鎖配列は、下記重鎖配列に対して少なくとも85％、少なくとも90％、少なくとも91％、少なくとも92％、少なくとも93％、少なくとも94％、少なくとも95％、少なくとも96％、少なくとも97％、少なくとも98％、少なくとも99％又は100％同一性を有するか：QVQLVESGGGVVQPGRSLRLDCKASGITFSNSGMHWVRQAPGKGLEWVAVIWYDGSKRYYADSVKGRFTISRDNSKNTLFLQMNSLRAEDTAVYYCATNDDYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPCSRSTSESTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTKTYTCNVDHKPSNTKVDKRVESKYGPPCPPCPAPEFLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSQEDPEVQFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQFNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKGLPSSIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSQEEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSRLTVDKSRWQEGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSLGK（配列番号:6）；又は
（b）軽鎖配列は、下記軽鎖配列に対して少なくとも85％、少なくとも90％、少なくとも91％、少なくとも92％、少なくとも93％、少なくとも94％、少なくとも95％、少なくとも96％、少なくとも97％、少なくとも98％、少なくとも99％又は100％同一性を有する：EIVLTQSPATLSLSPGERATLSCRASQSVSSYLAWYQQKPGQAPRLLIYDASNRATGIPARFSGSGSGTDFTLTISSLEPEDFAVYYCQQSSNWPRTFGQGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC（配列番号:7）。
いくつかの実施態様では、抗PD-1抗体はペンブロリズマブ（CAS登録番号：1374853-91-4）である。さらにまた別の実施態様では、提供されるものは、配列番号:8に由来する重鎖可変領域アミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び/又は配列番号:9に由来する軽鎖可変領域アミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を含む単離抗PD-1抗体である。さらにまた別の実施態様では、提供されるものは、重鎖及び/又は軽鎖配列を含む単離抗PD-1抗体であり、ここで、
（a）重鎖配列は、下記重鎖配列に対して少なくとも85％、少なくとも90％、少なくとも91％、少なくとも92％、少なくとも93％、少なくとも94％、少なくとも95％、少なくとも96％、少なくとも97％、少なくとも98％、少なくとも99％又は100％同一性を有するか：QVQLVQSGVEVKKPGASVKVSCKASGYTFTNYYMYWVRQAPGQGLEWMGGINPSNGGTNFNEKFKNRVTLTTDSSTTTAYMELKSLQFDDTAVYYCARRDYRFDMGFDYWGQGTTVTVSSASTKGPSVFPLAPCSRSTSESTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTKTYTCNVDHKPSNTKVDKRVESKYGPPCPPCPAPEFLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSQEDPEVQFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQFNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKGLPSSIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSQEEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSRLTVDKSRWQEGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSLGK（配列番号:8）；又は
（b）軽鎖配列は、下記軽鎖配列に対して少なくとも85％、少なくとも90％、少なくとも91％、少なくとも92％、少なくとも93％、少なくとも94％、少なくとも95％、少なくとも96％、少なくとも97％、少なくとも98％、少なくとも99％又は100％同一性を有する：EIVLTQSPATLSLSPGERATLSCRASKGVSTSGYSYLHWYQQKPGQAPRLLIYLASYLESGVPARFSGSGSGTDFTLTISSLEPEDFAVYYCQHSRDLPLTFGGGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC（配列番号:9）。
本発明はまた、完全長抗PD-1アンタゴニスト抗体の重及び軽鎖HVRを含む抗体フラグメントを意図する。
さらに別の特徴では、本明細書で提供されるものは、本明細書に記載の抗体のいずれかをコードする核酸である。いくつかの実施態様では、核酸はさらに、先に記載した抗PDL1、抗PD-1又は抗PDL2抗体のいずれかをコードする核酸の発現に適切なベクターを含む。さらに別の具体的な特徴では、ベクターはさらに核酸の発現に適切な宿主細胞を含む。さらにまた別の具体的な特徴では、宿主細胞は真核細胞又は原核細胞である。さらにまた別の具体的な特徴では、真核細胞は、哺乳動物細胞（例えばチャイニーズハムスター卵巣（CHO））である。
抗体又はその抗原結合フラグメントは、当業界で公知の方法を用いて、例えば以下の工程を含むプロセスによって作製することができる：先に記載の抗PD-1又は抗原結合フラグメントのいずれかを発現に適した形でコードする核酸を含む宿主細胞を、そのような抗体又はフラグメントを生成するために適切な条件下で培養し、当該抗体又はフラグメントを回収する工程。
いくつかの実施態様では、単離された抗PD-1抗体はグリコシル化されていない。抗体のグリコシル化は、典型的にはN-結合又はO-結合である。N-結合は、炭水化物部分とアスパラギン残基の側鎖との結合を指す。トリペプチド配列、アスパラギン-X-セリン及びアスパラギン-X-スレオニン（Xはプロリンを除く任意のアミノ酸）は、炭水化物部分とアスパラギン側鎖との酵素的結合のための認識配列である。したがって、ポリペプチド中のこれらのトリペプチド配列のいずれかの存在は、潜在的グリコシル化部位をもたらす。O-結合グリコシル化は、糖類（N-アセチルガラクトサミン、ガラクトース、又はキシロース）の1つとヒドロキシアミノ酸（もっとも一般的にはセリン又はスレオニン（ただし5-ヒドロキシプロリン又は5-ヒドロキシセリンもまた用いることができる））との結合を指す。抗体のグリコシル化部位の除去は、上記に記載の（N-結合グリコシル化部位のための）トリペプチド配列の1つが除去されるようにアミノ酸配列を改変することによって都合よく達成することができる。改変は、グリコシル化部位内のアスパラギン、セリン又はスレオニン残基を別のアミノ酸残基（例えばグリシン、アラニン）の置換又は保存的置換によって実施することができる。
2.3 補助因子
いくつかの実施態様では、PKC-θ阻害剤及びPD-1結合アンタゴニストは、T細胞機能不全疾患の治療用又は治療補助用補助因子と一緒に同時に投与される。非限定tekina補助因子の例には、細胞傷害性因子、遺伝子療法剤、DNA療法剤、ウイルス療法剤、RNA療法剤、免疫療法剤、骨髄移植剤、ナノテラピー剤、又は前述の組合せが含まれる。補助因子は補助療法又は術前補助療法の形であってもよい。いくつかの実施態様では、補助因子は小分子酵素性阻害剤又は抗転移因子である。いくつかの実施態様では、補助因子は、副作用制限因子である（例えば、治療の副作用の出現及び/又は重篤性の緩和を意図する因子、例えば抗悪心剤など）。いくつかの実施態様では、補助因子は放射線療法剤である。いくつかの実施態様では、補助因子は、PI3K/AKT/mTOR経路を標的とする因子、HSP90阻害剤、チューブリン阻害剤、アポトーシス阻害剤、及び/又は化学予防剤である。いくつかの実施態様では、補助因子は免疫療法剤、例えば以下である：遮断抗体、イピリムマブ（MDX-010、MDX-101、又はYervoy(商標)としても知られている）、トレメリムマブ（チシリムマブ又はCP-675,206としても知られている）、B7-H3（CD276としても知られている）に対抗するアンタゴニスト、例えば遮断抗体、MGA271、TGF-βに対抗するアンタゴニスト、例えばメテリムマブ（CAT-192としても知られている）、フレソリムマブ（GC1008としても知られている）、又はLY2157299、キメラ抗原受容体（CAR）を発現するT細胞（例えば細胞傷害性T細胞又はCTL）、ドミナントネガティブTGF-β受容体（例えばドミナントネガティブTGF-βタイプII受容体）を含むT細胞、CD137（TNFRSF9、4-1BB、又はILAとしても知られている）に対抗するアゴニスト、例えば活性化抗体、ウレルマブ（BMS-663513としても知られている）、CD40に対抗するアゴニスト、例えば活性化抗体、CP-870893、OX40（CD134としても知られている）に対抗するアゴニスト、例えば活性化抗体（抗OX40抗体（例えばAgonOX）と一緒に投与される）、CD27に対抗するアゴニスト、例えば活性化抗体、CDX-1127、インドールアミン-2,3-ジオキシゲナーゼ（IDO）、1-メチル-D-トリプトファン（1-D-MTとしても知られている）、抗体-薬物複合化物（いくつかの実施態様では、メタンシン又はモノメチルオーリスタチンE（MMAE）を含む）、抗NaPi2b抗体-MMAE複合化物（DNIB0600A又はRG7599としても知られている）、トラスツズマブエムタンシン（T-DM1、アド-トラスツズマブエムタンシン、又はKADCYLA(商標)（Genentech）としても知られている）、DMUC5754A、エンドセリンB受容体（EDNBR）を標的とする抗体-薬物複合化物、例えばMMAEと複合体化されたEDNBRに対抗する抗体、血管形成阻害剤、VEGFに対抗する抗体、例えばVEGF-A、ベバシズマブ（AVASTIN(商標)（Genentech）としても知られている）、アンギオポエチン2（Ang2としても知られている）に対抗する抗体、MEDI3617、抗新形成剤、CSF-1R（M-CSFR又はCD115としても知られている）を標的とする因子、抗CSF-1R（IMC-CS4としても知られている）、インターフェロン、例えばIFN-α又はIFN-γ、ロフェロン-A（Roferon-A）、GM-CSF（組換えヒト顆粒球マクロファージコロニー刺激因子、rhu GM-CSF、サーグラモスチン、又はロイキン(商標)としても知られている）、IL-2（アルデスロイキン又はProleukin(商標)としても知られている）、CD20を標的とする抗体（いくつかの実施態様では、CD20を標的とする抗体オビヌツズマブである（GA101若しくはGazyva(商標)又はリツキシマブとしても知られている）、GITRを標的とする抗体（いくつかの実施態様では、GITRを標的とする抗体はTRX518である）、癌ワクチンと一緒に（いくつかの実施態様では、癌ワクチンはペプチド癌ワクチンであり、いくつかの実施態様では、ペプチドワクチンは個人対応ペプチドワクチンであり、いくつかの実施態様では、多価ロングペプチド、マルチペプチド、ペプチドカクテル、ハイブリッドペプチド、又はペプチドパルス処理樹状細胞ワクチンである（例えば以下を参照されたい：Yamada et al., Cancer Sci, 104:14-21, 2013））、以下のアジュバントと一緒に、TLRアゴニスト、例えばポリ-ICLC（Hiltonol(商標)としても知られている）、LPS、MPL、又はCpG ODN、TNF-α、IL-1、HMGB1、IL-10アンタゴニスト、IL-4アンタゴニスト、IL-13アンタゴニスト、HVEMアンタゴニスト、ICOSアゴニスト（ICOS-L又はICOSに対抗するアゴニスト抗体の投与による）、CX3CL1を標的とする因子、CXCL10を標的とする因子、CCL5を標的とする因子、LFA-1又はICAM1アゴニスト、セレクチンアゴニスト、標的誘導治療因子、B-Rafの阻害剤、ベムラフェニブ（Zelboraf(商標)としても知られている）、ダブラフェニブ（Tafinlar(商標)としても知られている）、エルロチニブ（Tarceva(商標)としても知られている）、MEKの阻害剤、例えばMEK1（MAP2K1としても知られている）又はMEK2（MAP2K2としても知られている）、コビメチニブ（GDC-0973又はXL-518としても知られている）、トラメチニブ（Mekinist(商標)としても知られている）、K-Rasの阻害剤、c-Metの阻害剤、オナルツマブ（MetMAbの阻害剤としても知られている）、Alkの阻害剤、AF802（CH5424802又はアレクチニブとしても知られている）、ホスファチジルイノシトール3-キナーゼ（PI3K）の阻害剤、BKM120、イデラリシニブ（GS-1101又はCAL-101としても知られている）、ペルフォシン（KRX-0401としても知られている）、Akt、MK2206、GSK690693、GDC-0941、mTORの阻害剤、シロリムス（ラパマイシンとしても知られている）、テムシロリムス（CCI-779又はTorisel(商標)としても知られている）、エベロリムス（RAD001としても知られている）、リダフォロリムス（AP-23573、MK-8669又はデフォロリムスとしても知られている）、OSI-027、AZD8055、INK128、二重PI3K/mTOR阻害剤、XL765、GDC-0980、BEZ235（NVP-BEZ235としても知られている）、BGT226、GSK2126458、PF-04691502、PF-05212384（PKI-587としても知られている）。補助剤は、本明細書に記載する細胞傷害性因子又は化学療法剤の1つ以上であり得る。
いくつかの実施態様では、補助因子は抗感染薬である。抗感染薬は適切には抗微生物薬から選択され、前記抗微生物薬には、微生物（例えばウイルス、細菌、酵母、真菌、原生動物など）を殺滅するか、又はその増殖を阻害する化合物が含まれ（ただしそれらに限定されない）、したがって抗生物質、殺アメーバ薬、抗真菌薬、抗原生動物薬、抗マラリア薬、抗結核剤、及び抗ウイルス薬が含まれる。抗感染薬はまたその範囲内に駆虫薬及び殺線虫薬を含む。例示的な抗生物質には以下が含まれる：キノロン（例えばアミフロキサシン、シノキサシン、シプロフロキサシン、エノキサシン、フレロキサシン、フルメキン、ロメフロキサシン、ナリジクス酸、ノルフロキサシン、オフロキサシン、レボフロキサシン、ロメフロキサシン、オキソリン酸、ペフロキサシン、ロソキサシン、テマフロキサシン、トスフロキサシン、スパルフロキサシン、クリナフロキサシン、ガチフロキサシン、モキシフロキサシン、ジェミフロキサシン、及びガレノキサシン）、テトラサイクリン、グリシルサイクリン及びオキサゾリジノン（例えばクロロテトラサイクリン、デメクロサイクリン、ドキシサイクリン、リメサイクリン、メタサイクリン、ミノサイクリン、オキシテトラサイクリン、テトラサイクリン、チゲサイクリン、リネゾリド、エペロゾリド）、グリコペプチド、アミノグリコシド（例えばアミカシン、アルベカシン、ブチロシン、ディベカシン、フォルチミシン、ゲンタマイシン、カナマイシン、メオマイシン、ネチルミシン、リボスタマイシン、シソミシン、スペクチノマイシン、ストレプトマイシン、トブラマイシン）、βラクタム（例えばイミペネム、メロペネム、ビアペネム、セファクロール、セファドロキシル、セファマンドール、セファトリジン、セファゼドン、セファゾリン、セフィキシム、セフィメノキシム、セフォディジム、セフォニシド、セフォペラゾン、セフォラニド、セフォタキシム、セフォチアム、セフピミゾール、セフピラミド、セフポドキシム、セフスロディン、セフタジディム、セフテラム、セフテゾール、セフチブタン、セフチゾキシム、セフトリアキソン、セフロキシム、セフゾナム、セファアセトリル、セファレキシン、セファログリシン、セファロリジン、セファロシン、セファピリン、セフラジン、セフィネタゾール、セフォキシチン、セフォテタン、アズスレオナム、カルモナム、フロモキセフ、モキサラクタム、アミジノシリン、アモキシシリン、アンピシリン、アズロシリン、カルベニシリン、ベンジルペニシリン、カルフェシリン、クロキサシリン、ジクロキサシリン、メチシリン、メズロシリン、ナフシリン、オキサシリン、ペニシリンG、ピペラシリン、スルベニシリン、テモシリン、チカルシリン、セフジトレン、SC004、KY-020、セフジニエル、セフチブテン、FK-312、S-1090、CP-0467、BK-218、FK-037、DQ-2556、FK-518、セフォゾプラン、ME1228、KP-736、CP-6232、Ro 09-1227、OPC-20000、LY206763）、リファマイシン、マクロライド（例えば、アジスロマイシン、クラリスロマイシン、エリスロマイシン、オレアンドマイシン、ロキタマイシン、ロサラミシン、ロキシスロマイシン、トロレアンドマイシン）、ケトライド（例えばテリスロマイシン、セスロマイシン）、クメルマイシン、リンコサミド（例えばクリンダマイシン、リンコマイシン）、及びクロラムフェニコール。例示的な抗ウイルス剤には以下が含まれる：アバカビルスルフェート、アシクロビルナトリウム、アマンタジンヒドロクロリド、アンプレナビル、シドフォビル、デラビルジンメシレート、ジダノシン、エファビレンズ、ファムシクロビル、フォミビルセンナトリウム、フォスカルネトナトリウム、ガンシクロビル、インジナビルスルフェート、ラミブジン、ラミブジン/ジドブジン、ネルフィナビルメシレート、ネビラピン、オセルタミビルホスフェート、リバビリン、リマンタジンヒドロクロリド、リトナビル、サキナビル、サキナビルメシレート、スタブジン、バラシクロビルヒドロクロリド、ザルシタビン、ザナミビル、及びジボブジン。殺アメーバ剤又は抗原生動物の非限定的な例には以下が含まれる：アトバコン、クロロキンヒドロクロリド、クロロキンホスフェート、メトロニダゾール、メトロニダゾールヒドロクロリド、及びペンタミジンイソチオネート。駆虫薬は、メベンダゾール、ピランテルパモエート、アルベンダゾール、イベルメクチン及びチアベンダゾールから選択される少なくとも1つであり得る。例示的な抗真菌薬は、アンホテリシンB、アンホテリシンBコレステリルスルフェート複合体、アンホテリシンBB脂質複合体、アンホテリシンBリポソーム、フルコナゾール、フルシトシン、グリセオフルビンミクロサイズ、グリセオフルビン超ミクロサイズ、イトラコナゾール、ケトコナゾール、ナイスタチン、及びテルビナフィンヒドロクロリドから選択され得る。抗マラリア薬の非限定的な例には以下が含まれる：クロロキンヒドロクロリド、クロロキンホスフェート、ドキシサイクリン、ヒドロキシクロロキンスルフェート、メフロキンヒドロクロリド、プリマキンホスフェート、ピリメタミン、およびスルファドキシンを伴うピリメタミン。抗結核薬には、クロファジミン、シクロセリン、ダプソン、エタンブトールヒドロクロリド、イソニアジド、ピラジンアミド、リファブチン、リファンピン、及びストレプトマイシンスルフェート が含まれるが、ただし前記に限定されない。
3．医薬組成物及び処方物
さらに本明細書で提供されるものは、PKC-θ阻害剤、PD-1結合アンタゴニスト及び医薬的に許容できる担体を含む医薬組成物及び処方物である。いくつかの実施態様では、医薬組成物及び処方物はまた、例えば本明細書に記載する補助因子を含む。
本明細書に記載する医薬組成物及び処方物は、所望の程度の純度を有する活性成分（例えば小分子、核酸、又はポリペプチド）を1つ以上の随意的な医薬的に許容できる担体と混合することによって調製され得る（Remington's Pharmaceutical Sciences 16th edition, Osol, A. Ed., 1980）。医薬的に許容できる担体は、概して用いられる投薬量及び濃度ではレシピエントにとって無害であり、以下が含まれる（ただしそれらに限定されない）：緩衝剤（例えばリン酸、クエン酸及び他の有機酸）、抗酸化剤（アスコルビン酸及びメチオニンを含む）、保存料（例えばオクタデシルジメチルベンジルアンモニウムクロリド、塩化ヘキサメトニウム、塩化ベンザルコニウム、塩化ベンゼトニウム、フェノール、ブチル又はベンジルアルコール、アルキルパラベン（例えばメチル又はプロピルパラベン）、カテコール、レゾルシノール、シクロヘキサノール、3-ペンタノール、及びm-クレゾール）、低分子量（約10残基未満）ポリペプチド、タンパク質（例えば血清アルブミン、ゼラチン又は免疫グロブリン）、親水性ポリマー（例えばポリビニルピロリドン）、アミノ酸（例えばグリシン、グルタミン、アスパラギン、ヒスチジン、アルギニン又はリジン）、単糖類、二糖類、及び他の炭水化物（グルコース、マンノース又はデキストリンを含む）、キレート剤（例えばEDTA）、糖類（例えばシュクロース、マンニトール、トレハロース又はソルビトール）、塩形成対イオン（例えばナトリウム）、金属複合体（例えばZn-タンパク質複合体）、及び/又は非イオン性界面活性剤（例えばポリエチレングリコール（PEG））。本明細書の例示的な医薬的に許容できる担体にはさらにまた、間質内薬物分散剤、例えば可溶性中性活性ヒアルロニダーゼ糖タンパク質（sHASEGP）（例えばヒト可溶性PH-20ヒアルロニダーゼ糖タンパク質、例えばrHuPH20（HYLENEX(商標)、 Baxter International, Inc.）が含まれる。ある種の例示的sHASEGP及び使用方法（rHuPH20を含む）は、米国特許公開2005/0260186及び2006/0104968に記載されている。ある特徴では、sHASEGPは1つ以上の追加のグリコサミノグリカナーゼ（例えばコンドロイチナーゼ）と組み合わされる。
いくつかの実施態様では、特にペプチド及びポリペプチド活性因子（例えば抗体、阻害性ペプチド及びイムノアドヘシン）に関しては、活性因子及び随意の医薬的に許容できる担体は、凍結乾燥又は水溶液の形態にある。例示的な凍結乾燥抗体処方物は米国特許6,267,958号に記載されている。水性抗体処方物には米国特許6,171,586号及びWO2006/044908に記載されているものが含まれ、後者の処方物はヒスチジン-酢酸緩衝剤を含む。
本明細書の組成物及び処方物はまた、治療される特定の適応症に必要な更なる活性成分、好ましくは互いに悪影響を与えない補足的活性を有するものを含むことができる。そのような活性成分は、意図される目的のために有効な量で適切には一緒に存在する。
活性成分は、例えばコアセルベーション技術によって又は界面重合によって調製されたマイクロカプセル（例えば、それぞれヒドロキシメチルセルロース又はゼラチン-マイクロカプセル及びポリ-(メチルメタクリレート)マイクロカプセル）に、コロイド系薬物デリバリーシステム（例えばリポソーム、アルブミン微小球、マイクロエマルジョン、ナノ粒子及びナノカプセル）で、又はマクロエマルジョンで封じ込められる。そのような技術は文献（Remington's Pharmaceutical Sciences 16th edition, Osol, A. Ed., 1980）に開示されている。
持続放出調製物を調製することができる。持続放出調製物の適切な例には、抗体を含む固体の疎水性ポリマーの半透過性マトリックスが含まれ、前記マトリックスは有形物品（例えばフィルム又はマイクロカプセル）の形態を有する。in vivo投与に用いられる処方物は概して無菌的である。無菌性は、例えば無菌的ろ過膜からろ過することによって容易に達成できる。
治療される個々の条件に応じて、処方物は全身的又は局所的に投与できる。適切なルートには例えば以下が含まれ得る：経口、直腸、経粘膜又は腸管投与；非経口デリバリー（筋肉内、皮下、髄腔内注射とともに鞘内、直接脳室内、静脈内、腹腔内、鼻内、又は眼内注射を含む）。処方及び投与のための技術は下記文献で見出され得る：“Remington’s Pharmaceutical Sciences,” Mack Publishing Co., Easton, Pa., latest edition。
4．治療的使用
本発明は、PKC-θ阻害剤及びPD-1結合アンタゴニスト（本明細書ではまた“治療組合せ”又は“併用治療”と称される）は、T細胞機能不全疾患の治療に、又は癌を有する個体の免疫機能（例えば免疫エフェクター機能、T細胞機能など）の増強に、癌の進行を治療若しくは遅らせるために、又は個体の感染症の治療のために有用であることを開示する。具体的な実施態様では、癌（転移性癌を含む）の進行を治療若しくは遅らせるために、及び癌の再発を予防するための治療組合せが開示される。これに関して、当業界で公知のPKC-θ阻害剤及びPD-1結合アンタゴニストのいずれも用いることができる。
いくつかの実施態様では、併用療法はさらに、本明細書の例に記載するように、補助因子（例えば化学療法剤）の使用又は投与を含む。
適切には、本併用療法で治療される個体は、間葉系表現型を有するT細胞（例えばCD8+ T細胞）、例えば、同じT細胞のTBETの発現レベルよりも高いレベルで、及び/又は活性化T細胞よりも高いレベルで核PKC-θを発現するT細胞を含む。T細胞は、腫瘍浸潤リンパ球又は循環リンパ球であり得る。T細胞は、適切にはT細胞疲弊又はアネルギーを示し、さらにこのタイプの代表的な例では、T細胞はTBETよりも高レベルのEOMESを発現するか、及び/又はPD-1の上昇発現を有する。いくつかの実施態様では、T細胞は、障害された又は抑制された免疫機能を有し、適切にはT細胞活性化低下（例えばサイトカイン（例えばIl-2、IFN-γ及びTNF-α）の生成及び/又は分泌低下）のバイオマーカーを発現する。これらの実施態様では、T細胞は、適切には、同じT細胞のTBETのレベル又は活性化T細胞の核ZEB1のレベルよりも高いレベルでZEB1をT細胞の核で発現する。したがって、核PKC-θ、ZEB1、PD-1及びEOMES（本明細書ではまた“T細胞機能バイオマーカー”と称される）を用いて患者のT細胞免疫機能を決定し、患者のT細胞免疫状況（PD-1結合アンタゴニストによる治療に対する感受性を含む）を判定することができる。
いくつかの実施態様では、個体は人間である。
いくつかの実施態様では、個体は、PD-1結合アンタゴニスト及びPKC-θ阻害剤（例えばPKC-θ核移行阻害剤）による併用治療の前に、PD-1結合アンタゴニストで治療されたことがある。
いくつかの実施態様では、個体は、1つ以上のPD-1結合アンタゴニストに耐性である（耐性であることが示されている）癌を有する。いくつかの実施態様では、PD-1アンタゴニストに対する耐性は癌の再発又は難治性癌を含む。再発は、原発部位又は新たな部位における治療後の癌の再出現を指すことができる。いくつかの実施態様では、PD-1結合アンタゴニストに対する耐性は、PD-1結合アンタゴニストによる治療時の癌の進行を含む。いくつかの実施態様では、PD-1結合アンタゴニストに対する耐性は、治療に応答しない癌を含む。癌は治療の開始時に耐性であることも、治療中に耐性になることもある。いくつかの実施態様では、癌は初期又は後期病期である。
当該方法、アッセイ及び/又はキットのいずれかのいくつかの実施態様では、T細胞機能のバイオマーカーの任意の1つ以上が、下記から成る群から選択される方法を用いて検出される：FACS、ウェスタンブロット、ELISA、免疫沈澱、免疫組織化学、免疫蛍光、放射性免疫アッセイ、ドットブロッティング、免疫検出方法、HPLC、表面プラズモン共鳴、光学的分光測定法、質量分析、HPLC、qPCR、RT-qPCR、多重qPCR又はRT-qPCR、RNA-seq、マイクロアレー分析、SAGE、MassARRAY技術及びFISH、並びに前記の組合せ。
当該方法、アッセイ及び/又はキットのいずれかのいくつかの実施態様では、T細胞機能のバイオマーカーの任意の1つ以上が、タンパク質発現によってサンプル中で検出される。いくつかの実施態様では、タンパク質発現は免疫組織化学（IHC）によって決定される。いくつかの実施態様では、T細胞機能のバイオマーカーの任意の1つ以上が、対応するバイオマーカーと特異的に結合する抗体を用いて検出される。いくつかの実施態様では、核PKC-θ及び/又はZEB1バイオマーカーは、例えばIHCを用いてT細胞の核で検出される。いくつかの実施態様では、核PKC-θ及びZEB1バイオマーカーを含む複合体がT細胞の核で検出される。
いくつかの実施態様では、本発明の併用療法は、PKC-θ阻害剤及びPD-1結合アンタゴニストの投与を含む。PKC-θ阻害剤及びPD-1結合アンタゴニストは、当業界で公知の任意の適切な態様で投与できる。例えば、PKC-θ阻害剤及びPD-1結合アンタゴニストは、連続的に（異なる時に）又は同時に（同じ時に）投与できる。いくつかの実施態様では、PKC-θ阻害剤は、PD-1結合アンタゴニストと別々の組成物に存在する。いくつかの実施態様では、PKC-θ阻害剤は、PD-1結合アンタゴニストと同じ組成物に存在する。したがって、併用療法は、PKC-θ阻害剤をPD-1結合アンタゴニストと別々に、同時に又は連続的に投与する工程を含む。いくつかの実施態様では、これは、両方のタイプの因子を含む単一組成物若しくは医薬処方物を投与することによって、又は2つの別々の組成物若しくは医薬処方物（一方の組成物はPKC-θ阻害剤を、他方はPD-1結合アンタゴニストを含む）を同じ時に投与することによって達成できる。他の実施態様では、PKC-θ阻害剤による治療は、数分から数日の範囲の間隔で、PD-1結合アンタゴニストによる治療に先行するか、又はPD-1結合アンタゴニストによる治療の後に続くことができる。PKC-θ阻害剤とPD-1結合アンタゴニストとが別々に適用される実施態様では、PKC-θ阻害剤が、上記に記載したように機能的に抑制されたT細胞（例えば間葉系T細胞）で有利な効果をなお示すことができるように、特にT細胞に免疫機能増強（PD-1結合アンタゴニストによる再賦活に対するT細胞の感受性を含む）付与することができるように、各デリバリーの間で重要な期間が満了していないことが一般的に保証されよう。そのような事例では、両様式は互いに約1−12時間以内に、より適切には互いに約2−6時間以内に実施されることが意図される。しかしながら、対応する投与の間に数時間（2、3、4、5、6又は7）から数日（1、2、3、4、5、6、7または8）が経過する場合には、いくつかの状況では、治療のための期間を顕著に延長することは所望され得る。
PKC-θ阻害剤又はPD-1結合アンタゴニストのどちらかの2回以上の投与が所望されることは想像し得る。PKC-θ阻害剤を“A”とし、PD-1結合アンタゴニストを“B”とした場合、下記に例示するように多様な組合せを用いることができる：A/B/A B/A/B B/B/A A/A/B B/A/A A/B/B B/B/B/A B/B/A/B A/A/B/B A/B/A/B A/B/B/A B/B/A/A B/A/B/A B/A/A/B B/B/B/A A/A/A/B B/A/A/A A/B/A/A A/A/B/A A/B/B/B B/A/B/B B/B/A/B。
PKC-θ阻害剤及びPD-1結合アンタゴニストは、同じ投与ルート又は異なる投与ルートによって投与できる。いくつかの実施態様では、PD-1結合アンタゴニストは、静脈内、筋肉内、皮下、外用、経口、経皮、腹腔内、眼内、移植、吸入、髄腔内、脳室内、又は鼻内投与される。いくつかの実施態様では、PKC-θ阻害剤は、静脈内、筋肉内、皮下、外用、経口、経皮、腹腔内、眼内、移植、吸入、髄腔内、脳室内、又は鼻内投与される。疾患の予防又は治療のために、PKC-θ阻害剤及びPD-1結合アンタゴニストの有効量を投与することができる。PKC-θ阻害剤及びPD-1結合アンタゴニストの適切な投薬量は、治療されるべき疾患のタイプ、PKC-θ阻害剤及びPD-1結合アンタゴニストのタイプ、疾患の重篤度及び経過、個体の臨床状態、個体の病歴及び治療に対する応答、並びに主治医の判断を基準にして決定できる。いくつかの実施態様では、PKC-θ阻害剤（例えばPKC-θ核移行阻害剤）及びPD-1結合アンタゴニスト（例えば抗PD-1抗体）による組合せ治療は相乗的であり、それによって、組合せにおけるPD-1結合アンタゴニスト（例えば抗PD-1抗体）の有効用量は、単一薬剤としてのPD-1結合アンタゴニスト（例えば抗PD-1抗体）の有効用量と対比して減少する。
一般的な考えとして、人間に投与されるペプチド又はポリペプチド活性因子（例えば抗体、ペプチド阻害剤、イムノアドヘシンなど）の有効量は、1回でも2回以上の投与でも、患者の体重に対し約0.01から約50mg/kgの範囲であろう。いくつかの実施態様では、用いられる抗体は、約0.01から約45mg/kg、約0.01から約40mg/kg、約0.01から約35mg/kg、約0.01から約30mg/kg、約0.01から約25mg/kg、約0.01から約20mg/kg、約0.01から約15mg/kg、約0.01から約10mg/kg、約0.01から約5mg/kg、約0.01から約1mg/kgで例えば毎日投与される。いくつかの実施態様では、ペプチド又はポリペプチド活性因子（例えば抗体、ペプチド阻害剤、イムノアドヘシンなど）は15mg/kgで投与される。しかしながら、他の投薬レジメンも有用である。ある実施態様では、本明細書に記載の抗PDL1抗体は、人間に約100mg、約200mg、約300mg、約400mg、約500mg、約600mg、約700mg、約800mg、約900mg、約1000mg、約1100mg、約1200mg、約1300mg又は約1400mgの用量で21日周期の1日目に投与される。この用量は、1回限りの用量として又は複数回の用量として（例えば2又は3回の用量）（例えば輸液）投与され得る。組合せ治療で投与されるペプチド又はポリペプチド活性因子（例えば抗体、ペプチド阻害剤、イムノアドヘシンなど）の用量は、単一治療と比較して減少させることができる。この治療の経過は通常の技術によって容易にモニターされる。
小分子化合物は、一般的には1日に約0.0001mg/kgから約1000mg/kgの初回投薬量で投与される。1日の用量範囲、約0.01mg/kgから約500mg/kg、又は約0.1mg/kgから約200mg/kg、又は約1mg/kgから約100mg/kg、又は約10mg/kgから約50mg/kgが用いられ得る。しかしながら、投薬量は、患者の要求、治療される症状の重篤度、及び用いられる化合物に応じて変動させることができる。
如何なる事例でも、投薬量は、個々の患者で診断された疾患のタイプ及び病期を考慮して経験的に決定され得る。本発明の関係で患者に投与される用量は、時間の経過にしたがって患者で有益な治療応答を達成するために十分であるべきである。用量サイズもまた、個々の患者で個々の化合物の投与に伴ういずれかの有害な副作用の存在、性質及び程度によって決定されるであろう。個々の状況に対する適切な投薬量の決定は医師の技量範囲内である。一般的には、治療は化合物の最適用量未満である低い投薬量で開始される。
その後、投薬量は状況下で最適効果が達成されるまで増加される。便利なように、1日の総投薬量を分割し、所望されるならばその日の間に一部分ずつ投与される。治療医師の決定にしたがい、投与は毎日又は隔日に実施される。投与はまた、規則的に又はより長期間にわたって（数週間、数ヶ月又は数年）継続的に、例えば皮下カプセル、サシェ若しくはデポー又は膏薬若しくはポンプを介して実施される。いくつかの実施態様では、PKC-θ阻害剤、PD-1結合アンタゴニスト及び場合によって補助因子（例えば化学療法剤）は、ルーチンスケジュールで投与される。また別に、併用療法は、症状の発生に応じて実施され得る。
本明細書で用いられる“ルーチンスケジュール”は、予め定められた指定期間を指す。ルーチンスケジュールは、スケジュールが予め定められている限り、長さが同じ又は相違する期間を包含する。例えば、ルーチンスケジュールは、PKC-θ阻害剤、PD-1結合アンタゴニスト及び場合によって補助因子を、毎日、1日おき、3日おき、4日おき、5日おき、毎週、毎月若しくはその月の間の任意の設定数の日若しくは週、1月おき、2月おき、3月おき、4月おき、5ヶ月おき、6ヵ月おき、7ヶ月おき、8ヶ月おき、9ヶ月おき、10ヶ月おき、11ヶ月おき、12ヶ月おきなどに投与することを含むことができる。また別には、予め定められたルーチンスケジュールは、PKC-θ阻害剤、PD-1結合アンタゴニスト及び場合によって補助因子を、第一週に毎日、その後数ヶ月間に毎月、続いてその後2ヶ月おきに同時投与することを含むことができる。いずれの具体的な組合せもルーチンスケジュールによってカバーされるが、ただし当該適切なスケジュールが一定の日における投与を含むことが前もって定められていることを条件とする。
いくつかの実施態様では、治療方法及び使用はさらに付加療法を含むことができる。付加療法は、放射線療法、外科手術（例えば腫瘍切除術及び乳房切除術）、化学療法、遺伝子療法、DNA療法、ウイルス療法、RNA療法、免疫療法、骨髄移植、ナノ療法、モノクローナル抗体療法、又は前述の組合せであり得る。いくつかの実施態様では、付加療法は放射線療法である。いくつかの実施態様では、付加療法は外科手術である。いくつかの実施態様では、付加療法は放射線療法と外科手術の組合せである。いくつかの実施態様では、付加療法はガンマ線照射である。
本明細書に記載の方法のいずれか（例えばPKC-θ阻害剤、PD-1結合アンタゴニスト及び場合によって補助因子の組合せの有効量の投与を含む組合せ治療）の有効性を、当業界で公知の多様なモデル（例えば臨床又は前臨床モデル）で試験することができる。適切な前臨床モデルは本明細書で例示され、さらに前記モデルには以下が含まれ得る（ただしそれらに限定されない）：ID8卵巣癌、GEMモデル、B16メラノーマ、RENCA腎細胞癌、CT26結腸直腸癌、MC38結腸直腸癌、及び癌のクロードマンメラノーマモデル。
本明細書に記載の方法のいずれか（例えばPKC-θ阻害剤、PD-1結合アンタゴニスト及び場合によって補助因子の組合せの有効量の投与を含む組合せ治療）の有効性を腫瘍を発達させるGEMモデルで試験することができる（GEMモデルには、非小細胞肺癌、膵管腺癌又はメラノーマのGEMモデルが含まれるが、ただしこれらに限定されない）。例えば、文献（Jackson et al., 2001 Genes Dev. 15(24):3243-8（KrasG12Dに関して記述）；及びLee et al., 2012 Dis. Model Mech. 5(3):397-402（FRT-媒介p53null対立遺伝子））に記載された、アデノウイルスリコンビナーゼ処置後にp53nullバックグラウンドでKrasG12Dを発現するマウスを、非小細胞肺癌の前臨床モデルとして用いることができる。別の例として、文献（Jackson et al., 2001（上掲書（KrasG12Dに関して記述））；及びAguirre et al., 2003 Genes Dev. 17(24):3112-26（p16/p19null対立遺伝子））に記載されたp16/p19nullバックグラウンドでKrasG12Dを発現するマウスを、膵管腺癌（PDAC）の前臨床モデルとして用いることができる。さらに別の例として、文献（Dankort et al., 2007 Genes Dev. 21(4):379-84（Braf.sup.V600Eに関して記述）；及びTrotman et al., 2003 PLoS Biol. 1(3):E59（PTENnull対立遺伝子））に記載された、誘導性（例えば4-OH処理）リコンビナーゼ処置後にメラノサイト特異的PTENnullバックグラウンドでBrafV600Eを発現するメラノサイトを有するマウスを、メラノーマの前臨床モデルとして用いることができる。これらの例示的モデルのいずれについても、腫瘍発達後、PKC-θ阻害剤、PD-1結合アンタゴニスト及び場合によって補助因子処置又はコントロール処置を受ける処置グループにマウスはランダムに補充される。腫瘍サイズ（例えば腫瘍体積）は治療経過中に測定され、全生存率もまたモニターされる。
本開示の方法のいくつかの実施態様では、癌（いくつかの実施態様では、本明細書に記載の診断試験を用いて調べられた患者の癌サンプル）は腫瘍浸潤リンパ球（TIL）を含み、この場合、TILは癌組織内に存在するか或いは癌組織に付随する。これらの実施態様では、TILは、本明細書に開示するT細胞機能バイオマーカーのいずれか1つ以上の発現について判定される。例えば、核PKC-θ及びZEB1を、間葉系表現型及びT細胞活性化のバイオマーカーとして用いることができる。加えて、TBET、PD-1及びEOMESをT細胞疲弊のバイオマーカーとして用いることができる。T細胞疲弊は、例えば高レベルの阻害性補助受容体及びエフェクターサイトカイン生成能力の欠如を特徴とする（Wherry, E. J. 2011 Nature immunology 12: 492-499；Rabinovich et al., 2007 Annual Review of immunology 25:267-296）。
本開示の方法のいくつかの実施態様では、個体は、T細胞機能不全疾患で出現するT細胞機能不全を有する。T細胞機能不全疾患は、T細胞アネルギー、又はサイトカイン分泌能、増殖能又は細胞溶解活性実行能の低下を特徴とし得る。本開示の方法のいくつかの実施態様では、T細胞機能不全疾患はT細胞免疫機能抑制を特徴とする。本開示の方法のいくつかの実施態様では、T細胞機能不全疾患は間葉系表現型のT細胞を特徴とする。本開示の方法のいくつかの実施態様では、T細胞機能不全疾患はT細胞疲弊を特徴とする。本開示の方法のいくつかの実施態様では、T細胞はCD4+及び/又はCD8+ T細胞である。本発明にしたがえば、PKC-θ阻害剤治療は、T細胞活性化及びエフェクター性能のバイオマーカーの発現を増加させ（例えばIL-2、IFN-γ及びTNF-α）、T細胞エフェクター阻害及び癌進行のバイオマーカーの発現を低下させ（例えばZEB1）、T細胞疲弊のバイオマーカーの発現を低下させ（例えばPD-1及びEOMES）、及び/又は転写因子TBETの発現を増加させる（TBETは適応免疫及び自然免疫系の細胞でIFN-γの生成を増加させる）。注目すべきは、PKC-θ阻害剤治療は、疲弊T細胞にPD-1結合アンタゴニストによる再賦活に対する感受性の増強を付与することができる。したがって、PKC-θ阻害剤及びPD-1結合アンタゴニストの組合せ治療は、組合せ投与の前と対比してT細胞（例えばCD4+ T細胞、CD8+ T細胞、メモリー細胞）のプライミング、活性化及び/又は増殖を増加させることができる。いくつかの実施態様では、T細胞はCD4+及び/又はCD8+ T細胞である。
本開示の方法のいくつかの実施態様では、個体の活性化CD4+及び/又はCD8+ T細胞は、組合せ物の投与前と対比して、IFN-γ生成CD4+及び/又はCD8+ T細胞及び/又は細胞溶解活性増強を特徴とする。IFN-γは、当業界で公知の任意の手段によって、例えば細胞固定、透過化及びIFN-γに対する抗体による染色を含む細胞内サイトカイン染色（ICS）によって測定できる。細胞溶解活性は、当業界で公知の任意の手段、例えば混合エフェクター及び標的細胞による細胞殺滅アッセイを用いることによって測定できる。
いくつかの実施態様では、CD8+ T細胞は、（例えばフリューダイムを用いた例えばRT-PCRによる）、例えばCD8b発現の存在を特徴とする（CD8bはまたT細胞表面糖タンパク質CD8ベータ鎖；CD8抗原、アルファポリペプチドp3'7として知られている；アクセッション番号はKM_172213である）。いくつかの実施態様では、CD8+ T細胞は腫瘍由来である。
いくつかの実施態様では、Treg細胞は、（例えばフリューダイムを用いた例えばRT-PCRによる）、例えばFox3p発現を特徴とする（Foxp3はまたフォークヘッドボックスタンパク質P3；FOXP3デルタ7；免疫不全、多発性内分泌障害、腸障害、X連鎖として知られている；アクセッション番号はNM_014009である）。いくつかの実施態様では、Treg細胞は末梢血由来である。いくつかの実施態様では、Treg細胞は腫瘍由来である。
いくつかの実施態様では、炎症性又は活性化T細胞は、（例えばフリューダイムを用いた例えばRT-PCRによる）、例えばTBET及び/又はCXCR3発現の存在、又は炎症性若しくは活性化T細胞と相関性を有するTBET：EOMES比を特徴とする。いくつかの実施態様では、炎症性又は活性化T細胞は末梢血由来である。いくつかの実施態様では、炎症性又は活性化T細胞は腫瘍由来である。
本開示の方法のいくつかの実施態様では、CD4+及び/又はCD8+ T細胞は、IFN-γ、TNF-α及びインターロイキン（例えばIL-2）から成る群から選択されるサイトカイン放出の増加を示す。サイトカイン放出は、当業界で公知の任意の手段によって、例えばウェスタンブロット、ELISA又は免疫組織化学アッセイを用いて測定し、CD4+及び/又はCD8+ T細胞を含むサンプルにおいて放出サイトカインを検出することができる。
本開示の方法のいくつかの実施態様では、CD4+及び/又はCD8+ T細胞はエフェクターメモリーT細胞である。本開示の方法のいくつかの実施態様では、CD4+及び/又はCD8+エフェクターメモリーT細胞は、CD44high CD62Llowの発現を有することを特徴とする。CD44high CD62Llowの発現は、当業界で公知の任意の手段によって、例えば組織（例えば癌組織）の単一細胞懸濁物を調製し、CD44及びCD62Lに対する市販の抗体を用いて表面染色及びフローサイトメトリーを実施することによって検出できる。本開示の方法のいくつかの実施態様では、CD4+及び/又はCD8+エフェクターメモリーT細胞は、CXCR3の発現を有することを特徴とする。CXCR3はまた、C-X-Cケモカイン受容体タイプ3；Mig受容体；IP10受容体；Gタンパク質結合受容体9；インターフェロン誘発タンパク質10受容体（アクセッション番号NM_001504）としても知られている。いくつかの実施態様では、CD4+及び/又はCD8+エフェクターメモリーT細胞は末梢血由来である。いくつかの実施態様では、CD4+及び/又はCD8+エフェクターメモリーT細胞は腫瘍由来である。
本開示の方法のいくつかの実施態様では、PKC-θ阻害剤及びPD-1結合アンタゴニスト及び場合によって補助因子の有効量の個体への投与は、併用療法の実施前と比較してCD8+ T細胞上の炎症性マーカー（例えばCXCR3）のレベル増加を特徴とする。CXCR3/CD8+ T細胞は当業界で公知の任意の手段によって測定できる。いくつかの実施態様では、CXCR3/CD8+ T細胞は末梢血由来である。いくつかの実施態様では、CXCR3/CD8+ T細胞は腫瘍由来である。
本発明の方法のいくつかの実施態様では、Treg機能は組合せ物の投与前と比較して抑制される。いくつかの実施態様では、T細胞疲弊は組合せ物の投与前と比較して減少する。
いくつかの実施態様では、Treg数は組合せ物の投与前と比較して減少する。いくつかの実施態様では、血漿IFN-γのレベルは組合せ物の投与前と比較して増加する。Treg数は、例えばCD4+Fox3p+CD45+細胞のパーセンテージを（例えばFACS分析によって）決定することによって判定することができる。いくつかの実施態様では、例えばサンプル中のTreg絶対数が決定される。いくつかの実施態様では、Tregは末梢血由来である。いくつかの実施態様では、Tregは腫瘍由来である。
いくつかの実施態様では、T細胞プライミング、活性化及び/又は増殖は、組合せ物の投与前と比較して増加する。いくつかの実施態様では、T細胞はCD4+及び/又はCD8+ T細胞である。T細胞増殖は、Ki67+CD8+ T細胞のパーセンテージを（例えばFACS分析によって）決定することによって検出される。いくつかの実施態様では、T細胞増殖は、Ki67+CD4+ T細胞のパーセンテージを（例えばFACS分析によって）決定することによって検出される。いくつかの実施態様では、T細胞は末梢血由来である。いくつかの実施態様では、T細胞は腫瘍由来である。
5．検出及び診断の方法
本発明にしたがえば、核PKC-θ及びZEB1をT細胞間葉表現型及び障害されたT細胞機能のバイオマーカーとして利用することができる。加えて、PD-1、TBET、及びEOMESを、当業界で公知のように用いてT細胞疲弊を判定することができる。T細胞はT細胞含有患者サンプルから入手でき、患者サンプルは、適切に選択される組織サンプル（例えば腫瘍及び液体サンプル、例えば末梢血）である。いくつかの実施態様では、サンプルは、治療薬組合せによる処置の前に入手される。いくつかの実施態様では、組織サンプルは、ホルマリン固定されてパラフィン包埋されるか、長期保存されるか、新鮮状態であるか又は凍結される。いくつかの実施態様では、サンプルは全血である。いくつかの実施態様では、全血は免疫細胞、循環腫瘍細胞及び前記の任意の組合せを含む。
バイオマーカー（例えばPKC-θ、ZEB1、TBET及びEOMESのいずれか1つ以上、本明細書ではまた包括的に“T細胞機能バイオマーカー”と称する）の存在及び/又は発現レベル/量は、当業界で公知の任意の適切な評価基準を基にして定性的及び/又は定量的に決定され得る。前記基準には、DNA、mRNA、cDNA、タンパク質、タンパク質フラグメント及び/又は遺伝子コピー数が含まれるが、ただしこれらに限定されない。ある種の実施態様では、第一のサンプル中のバイオマーカーの存在及び/又は発現レベル/量は、第二のサンプル（例えば治療薬組合せによる処置前）中の存在及び/又は発現レベル/量と比較して増加又は上昇する。ある種の実施態様では、第一のサンプル中のバイオマーカーの有無及び/又は発現レベル/量は、第二のサンプル中の存在及び/又は発現レベル/量と比較して低下又は減少する。ある種の実施態様では、第二のサンプルは、参照サンプル、参照細胞、参照組織、コントロールサンプル、コントロール細胞、又はコントロール組織である。遺伝子の有無及び/又は発現レベル/量を決定するための追加の開示が本明細書に記載される。
当該方法のいずれかのいくつかの実施態様では、上昇発現は、参照サンプル、参照細胞、参照組織、コントロールサンプル、コントロール細胞、又はコントロール組織と比較して、標準的な業界公知の方法（例えば本明細書に記載の方法）によって検出されるバイオマーカー（例えばタンパク質、核酸（例えば遺伝子又はmRNA））のレベルが約10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、96％、97％、98％、99％又は前記より高い任意の全体的増加を指す。ある種の実施態様では、上昇発現は、サンプル中のバイオマーカーの発現レベル/量の増加を指し、この増加は、参照サンプル、参照細胞、参照組織、コントロールサンプル、コントロール細胞、又はコントロール組織中の対応するバイオマーカーの発現レベル/量の少なくとも約1.5ｘ、1.75ｘ、2ｘ、3ｘ、4ｘ、5ｘ、6ｘ、7ｘ、8ｘ、9ｘ、10ｘ、25ｘ、50ｘ、75ｘ、又は100ｘのいずれかである。いくつかの実施態様では、上昇発現は、参照サンプル、参照細胞、参照組織、コントロールサンプル、コントロール細胞、コントロール組織、又は内部コントロール（例えばハウスキーピング遺伝子）と比較して、約1.5倍、約1.75倍、約2倍、約2.25倍、約2.5倍、約2.75倍、約3.0倍、約3.25倍より大きい全体的増加を指す。
当該方法のいずれかのいくつかの実施態様では、低下発現は、参照サンプル、参照細胞、参照組織、コントロールサンプル、コントロール細胞、又はコントロール組織と比較して、標準的な業界公知の方法（例えば本明細書に記載の方法）によって検出されるバイオマーカー（例えばタンパク質、核酸（例えば遺伝子又はmRNA））のレベルが約10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、96％、97％、98％、99％又は前記より大きい任意の全体的低下を指す。ある種の実施態様では、低下発現は、サンプル中のバイオマーカーの発現レベル/量の低下を指し、この低下は、参照サンプル、参照細胞、参照組織、コントロールサンプル、コントロール細胞、又はコントロール組織中の対応するバイオマーカーの発現レベル/量の少なくとも約0.9ｘ、0.8ｘ、0.7ｘ、0.6ｘ、0.5ｘ、0.4ｘ、0.3ｘ、0.2ｘ、0.1ｘ、0.05ｘ、又は0.01ｘのいずれかである。
サンプル中の多様なバイオマーカーの存在及び/又は発現レベル/量は、多数の方法によって分析することができ、それら方法の多くは当業界では公知であり当業者には理解されている。前記方法には以下が含まれる（ただしそれらに限定されない）：免疫組織化学（“IHC”）、ウェスタンブロット分析、免疫沈澱、分子結合アッセイ、ELISA、ELIFA、蛍光活性化細胞仕分け（“FACS”）、MassARRAY、プロテオミクス、定量的血液主体アッセイ（例えば血清ELISA）、生化学的酵素活性アッセイ、in situハイブリダイゼーション、サザン分析、ノ−ザン分析、全ゲノム配列決定、ポリメラーゼ連鎖反応（“PCR”）（定量的リアルタイムPCR（“qRT-PCR”）及び他の増幅型検出方法（例えば分枝DNA、SISBA、TMAなど）を含む）、RNA-Seq、FISH、マイクロアレー分析、遺伝子発現プロファイリング、及び/又は遺伝子発現の連続分析（“SAGE”）、とともに、タンパク質、遺伝子及び/又は組織アレー分析によって実施できる多様なアッセイの任意の1つ。遺伝子及び遺伝子生成物の状況を評価するために典型的なプロトコルは例えば以下で見出される：Ausubel et al., eds., 1995, Current Protocols In Molecular Biology, ユニット2（ノ−ザンブロッティング）；ユニット4（サザンブロッティング）；ユニット15（免疫ブロッティング）；及びユニット18（PCR分析）。多重免疫アッセイ、例えば以下（Rules Based Medicine；又はMeso Scale Discovery （“MSD”））から入手できるものもまた用いることができる。
いくつかの実施態様では、バイオマーカーの存在及び/又は発現レベル/量は、以下の工程を含む方法を用いて決定される：（a）サンプル（例えば対象の癌サンプル）で遺伝子発現プロファイリング、PCR（例えばrtPCR又はqRT-PCR）、RNA-seq、マイクロアレー分析、SAGE、MassARRAY技術、又はFISHを実施する工程；及び（b）サンプル中のバイオマーカーの存在及び/又は発現レベル/量を決定する工程。いくつかの実施態様では、マイクロアレー方法はマイクロアレーチップの使用を含み、前記チップは、前述の遺伝子をコードする核酸分子とストリンジェントな条件下でハイブリダイズできる1つ以上の核酸分子、又は前述の遺伝子によってコードされるタンパク質の1つ以上と結合できる1つ以上のポリペプチド（例えばペプチド又は抗体）を有する。ある実施態様では、PCR方法は、qRT-PCRである。ある実施態様では、PCR方法は多重PCRである。いくつかの実施態様では、遺伝子発現はマイクロアレーによって測定される。いくつかの実施態様では、遺伝子発現はqRT-PCRによって測定される。いくつかの実施態様では、発現は多重PCRによって測定される。
細胞中のmRNAを評価する方法は周知であり、例えば以下が含まれる：相補性DNAプローブを用いるハイブリダイゼーションアッセイ（例えば1つ以上の遺伝子に特異的な標識リボプローブを用いるin situハイブリダイゼーション、ノ−ザンブロット及び関連技術）、及び多様な核酸増幅アッセイ（例えば1つ以上の遺伝子に特異的な相補性プライマーを用いるRT-PCR、及び他の増幅型検出方法、例えば分枝DNA、SISBA、TMAなど）。
哺乳動物由来のサンプルは、ノ−ザン、ドットブロット又はPCRアッセイを用いて都合よくアッセイされ得る。加えて、そのような方法は、生物学的サンプル中の標的mRNAのレベルの決定を可能にする1つ以上の工程を含むことができ、前記は、例えば“ハウスキーピング”遺伝子（例えばアクチンファミリーメンバー）の相対的コントロールmRNA配列のレベルを同時に調べることによって達成される。場合によって増幅された標的cDNAの配列を決定することができる。
随意の方法は、マイクロアレー技術によってmRNA（例えば標的mRNA）を組織又は細胞サンプルで試験又は検出するプロトコルを含む。核酸マイクロアレーを用いて、試験及びコントロール組織サンプル由来の試験及びコントロールmRNAサンプルが逆転写され標識されてcDNAプローブが生成される。続いて、プローブは固相に固定された核酸アレーとハイブリダイズされる。アレーは、各メンバーの配列及び位置が分かるようにに構成される。例えば、その発現が抗血管形成療法の臨床的成果の増加又は低下に相関する遺伝子が選別され固相に並べられる。標識プローブと特定のアレーメンバーとのハイブリダイゼーションは、プローブが得られたサンプルがその遺伝子を発現することを示す。
いくつかの実施態様にしたがえば、存在及び/又は発現レベル/量は、前述の遺伝子のタンパク質発現レベルを観察することによって測定される。ある種の実施態様では、当該方法は以下の工程を含む：生物学的サンプルを本明細書に記載のバイオマーカーに対する抗体（例えば抗PD-1抗体、抗PKC-θ抗体、抗TBET抗体、抗ZEB抗体、抗EOMES抗体）と当該バイオマーカーの結合を許容する条件下で接触させる工程、及び抗体とバイオマーカーとの間で複合体が形成されるか否かを検出する工程。そのような方法は、in vitro又はin vivoの方法であり得る。いくつかの実施態様では、1つ以上の抗バイオマーカー抗体を用いて、PKC-θ阻害剤及びPD-1結合アンタゴニストによる併用療法に適格な対象が選別される。
ある種の実施態様では、サンプル中のバイオマーカータンパク質の存在及び/又は発現レベル/量は、IHC及び染色プロトコルを用いて試験される。組織切片のIHC染色は、サンプル中のタンパク質の存在を決定又は検出する信頼できる方法であることが示されている。いくつかの実施態様では、個体のサンプル中のT細胞機能バイオマーカーの発現はタンパク質発現上昇であり、さらに別の実施態様では、IHCを用いて決定される。ある実施態様では、バイオマーカーの発現レベルは以下の工程を含む方法を用いて決定される：（a）サンプル（例えば対象癌サンプル）のIHC分析を抗体を用いて実施する工程；及び（b）サンプル中のバイオマーカーの発現レベルを決定する工程。いくつかの実施態様では、IHC染色強度は参照と対比して決定される。いくつかの実施態様では、参照は参照値である。いくつかの実施態様では、参照は、参照サンプル（例えばコントロール細胞株染色サンプル又は非癌患者の組織サンプル）である。
いくつかの実施態様では、T細胞機能バイオマーカー発現は、腫瘍又は腫瘍サンプルにおいて評価される。本明細書で用いられるように、腫瘍又は腫瘍サンプルは、腫瘍細胞によって占有される腫瘍領域の部分又は全部を包含できる。いくつかの実施態様では、腫瘍又は腫瘍サンプルは、さらにまた腫瘍付随腫瘍内細胞及び/又は腫瘍付随間質（例えば連続する腫瘍周囲線維形成間質）によって占有される腫瘍領域を包含できる。腫瘍付随腫瘍内細胞及び/又は腫瘍付随間質は、主な腫瘍塊に直ぐ隣接する及び/又は連続する免疫浸潤物（例えば本明細書に記載の腫瘍浸潤免疫細胞）の領域を含むことができる。いくつかの実施態様では、T細胞機能バイオマーカーの発現は腫瘍細胞で評価される。いくつかの実施態様では、T細胞機能バイオマーカーの発現は、上記に記載の腫瘍領域内の免疫細胞（例えば腫瘍浸潤免疫細胞）で評価される。
また別の方法では、前記バイオマーカーに特異的な抗体とサンプルを、抗体-バイオマーカー複合体を形成するために十分な条件下で接触させ、続いて複合体を検出できる。バイオマーカーの存在は、多数の方法、例えば多様な組織及びサンプル（血漿又は血清を含む）をアッセイするウェスタンブロット及びELISA手順によって検出することができる。そのようなアッセイ様式を用いる多様な免疫アッセイ技術は、例えば米国特許4,016,043号、4,424,279号及び4,018,653号で入手可能である。これらは、非競合型の一部位及び二部位又は“サンドイッチ”アッセイとともに伝統的な競合結合アッセイを含む。これらのアッセイはまた標識抗体と標的バイオマーカーとの直接結合を含む。
組織又は細胞サンプル中の選択T細胞機能バイオマーカーの存在及び/又は発現レベル/量はまた、機能アッセイ又は活性によるアッセイ方法によって試験することができる。例えば、バイオマーカーが酵素（例えばPKC-θ）ならば、組織又は細胞サンプル中で与えられた酵素活性の存在を決定又は検出するために当業界で公知のアッセイ（例えばキナーゼアッセイ）を実施することができる。
ある種の実施態様では、サンプルは、アッセイされるバイオマーカーの量及び用いられるサンプルの品質の変動性の双方における相違並びに実施されるアッセイ間の変動性について正規化される。そのような正規化は、一定の正規化バイオマーカー（周知のハウスキーピング遺伝子を含む）の発現を検出し取り入れることによって達成できる。また別には、正規化は、アッセイされる遺伝子の全て又はその大きなサブセットの平均若しくは中央値シグナルを基準にすることができる（グローバル正規化アプローチ）。対象腫瘍mRNA又はタンパク質の測定正規化量は、遺伝子毎に参照セットで見出される量と比較される。対象毎に試験腫瘍毎に各mRNA又はタンパク質の正規化発現レベルは、参照セットで測定された発現レベルのパーセンテージとして表すことができる。分析されるべき個々の対象サンプルで測定された存在及び/又は発現レベル/量は、当業界で周知の方法によって決定できる範囲内のパーセンタイルにほぼ収まるであろう。
いくつかの実施態様では、サンプルは臨床サンプルである。他の実施態様では、サンプルは診断アッセイで用いられる。いくつかの実施態様では、サンプルは原発腫瘍又は転移腫瘍から入手される。腫瘍組織の代表的小片を得るために、組織生検がしばしば用いられる。また別には、腫瘍細胞は、問題の腫瘍細胞を含むことが知られているか又は含むと考えられる組織又は液体として間接的に入手することができる。例えば、肺癌病巣サンプルは、切除、気管支鏡検査、極細針吸引、気管支擦過によって、又は喀痰、胸水若しくは血液から入手できる。遺伝子又は遺伝子生成物は、癌又は腫瘍組織から、又は他の身体サンプル（例えば尿、喀痰、血清又は血漿）から検出され得る。癌性サンプルにおける標的遺伝子又は遺伝子生成物の検出のために上記で考察した同じ技術を他の身体サンプルに適用することができる。癌細胞は癌病巣から脱落し、そのような身体サンプル中に出現し得る。そのような身体サンプルをスクリーニングすることによって、これらの癌について簡単な早期診断を達成することができる。加えて、そのような身体サンプルを標的遺伝子又は遺伝子生成物について試験することによって、治療方法の経過をより容易にモニターすることができる。
ある種の実施態様では、参照サンプル、参照細胞、参照組織、コントロールサンプル、コントロール細胞、又はコントロール組織は、単一サンプル又は同じ対象又は個体に由来する組合せ複数サンプルである（前記サンプルは試験サンプル入手時に1回以上異なる時点で入手される）。例えば、参照サンプル、参照細胞、参照組織、コントロールサンプル、コントロール細胞、又はコントロール組織は、同じ対象又は個体からサンプル入手時により早い時点で入手される。そのような参照サンプル、参照細胞、参照組織、コントロールサンプル、コントロール細胞、又はコントロール組織は、当該参照サンプルが癌の初期診断時に入手され、試験サンプルが癌が転移性になる後期に入手されるならば有用であり得る。
ある種の実施態様では、参照サンプル、参照細胞、参照組織、コントロールサンプル、コントロール細胞、又はコントロール組織は、一人以上の健康な個体（目下の対象又は個体ではない）に由来する複数サンプルの組合せである。ある種の実施態様では、参照サンプル、参照細胞、参照組織、コントロールサンプル、コントロール細胞、又はコントロール組織は、疾患又は異常（例えば癌）を有する一人以上の個体（目下の対象又は個体ではない）に由来する複数サンプルの組合せである。ある種の実施態様では、参照サンプル、参照細胞、参照組織、コントロールサンプル、コントロール細胞、又はコントロール組織は、正常組織に由来するRNAサンプルプール、又は一人以上の個体（目下の対象又は個体ではない）に由来する血漿若しくは血清サンプルプールである。ある種の実施態様では、参照サンプル、参照細胞、参照組織、コントロールサンプル、コントロール細胞、又はコントロール組織は、腫瘍組織に由来するRNAサンプルプール、又は疾患若しくは異常（例えば癌）を有する一人以上の個体（目下の対象又は個体ではない）に由来する血漿若しくは血清サンプルプールである。
いくつかの実施態様では、サンプルは当該個体に由来する組織サンプルである。いくつかの実施態様では、組織サンプルは腫瘍組織サンプル（例えば生検組織）である。いくつかの実施態様では、組織サンプルは肺組織である。いくつかの実施態様では、組織サンプルは腎組織である。いくつかの実施態様では、組織サンプルは皮膚組織である。いくつかの実施態様では、組織サンプルは膵組織である。いくつかの実施態様では、組織サンプルは胃組織である。いくつかの実施態様では、組織サンプルは膀胱組織である。いくつかの実施態様では、組織サンプルは食道組織である。いくつかの実施態様では、組織サンプルは中皮組織である。いくつかの実施態様では、組織サンプルは乳房組織である。いくつかの実施態様では、組織サンプルは甲状腺組織である。いくつかの実施態様では、組織サンプルは結腸直腸組織である。いくつかの実施態様では、組織サンプルは頭頸部組織である。いくつかの実施態様では、組織サンプルは骨肉腫組織である。いくつかの実施態様では、組織サンプルは前立腺組織である。いくつかの実施態様では、組織サンプルは卵巣組織、HCC（肝）、血液細胞、リンパ節、及び/又は骨/骨髄組織である。いくつかの実施態様では、組織サンプルは脳組織（例えば神経膠芽腫、神経芽腫など）である。
いくつかの実施態様では、腫瘍組織サンプル（本明細書では“腫瘍サンプル”という用語が互換的に用いられる）は、腫瘍細胞によって占有される腫瘍領域の部分及び全部を包含できる。いくつかの実施態様では、腫瘍又は腫瘍サンプルは、さらにまた腫瘍付随腫瘍内細胞及び/又は腫瘍付随間質（例えば連続する腫瘍周囲線維形成間質）によって占有される腫瘍領域を包含できる。腫瘍付随腫瘍内細胞及び/又は腫瘍付随間質は、主な腫瘍塊に直ぐ隣接する及び/又は連続する免疫浸潤物（例えば本明細書に記載の腫瘍浸潤免疫細胞）の領域を含むことができる。
いくつかの実施態様では、腫瘍細胞染色は、任意の強度の膜染色を示す全ての腫瘍細胞のパーセントとして表される。浸潤免疫細胞染色は、任意の強度の染色を示す免疫細胞によって占有される総腫瘍領域のパーセントとして表される。総腫瘍領域は、悪性細胞とともに腫瘍付随間質（主な腫瘍塊に直ぐ隣接しかつ連続する免疫浸潤物の領域を含む）を包含する。加えて、浸潤免疫細胞染色は、全ての腫瘍浸潤免疫細胞のパーセントとして表され得る。
当該方法のいくつかの実施態様では、疾患又は異常は腫瘍である。いくつかの実施態様では、腫瘍は悪性の癌性腫瘍（すなわち癌）である。いくつかの実施態様では、腫瘍及び/又は癌は、固形腫瘍又は非固形若しくは軟組織腫瘍である。軟組織腫瘍の例には、白血病（慢性骨髄原性白血病、急性骨髄原性白血病、成人急性リンパ芽球性白血病、急性骨髄原性白血病、成熟B細胞急性リンパ芽球性白血病、慢性リンパ球性白血病、前リンパ球性白血病、又は有毛細胞白血病）又はリンパ腫（例えば非ホジキンリンパ腫、皮膚T細胞リンパ腫、又はホジキン病）が含まれる。固形腫瘍には、血液、骨髄又はリンパ系以外の身体組織の任意の癌が含まれる。固形腫瘍はさらにまた、上皮細胞起原のもの及び非上皮細胞起原のものに分けることができる。上皮細胞固形腫瘍の例には以下の組織の腫瘍が含まれる：胃腸管、結腸、結腸直腸（例えば類基底細胞性結腸直腸癌腫）、乳房、前立腺、肺、腎、肝、膵、卵巣（例えば類子宮内膜性卵巣癌腫）、頭頸部、口腔、胃、十二指腸、小腸、大腸、肛門、胆嚢、唇、鼻咽頭、皮膚、子宮、男性生殖器官、泌尿器官（例えば尿路上皮癌腫、異形成尿路上皮癌腫、移行上皮癌腫）、膀胱、及び皮膚。非上皮起源の固形腫瘍には、肉腫、脳腫瘍、及び骨腫瘍が含まれる。いくつかの実施態様では、癌は非小細胞肺癌（NSCLC）である。いくつかの実施態様では、癌は、セカンドライン又はサードライン局部進行性又は転移非小細胞肺癌である。いくつかの実施態様では、癌は腺癌腫である。いくつかの実施態様では、癌は扁平上皮細胞癌腫である。いくつかの実施態様では、癌は、非小細胞肺癌（NSCLC）、神経膠芽腫、神経芽腫、メラノーマ、乳癌腫（例えば三重陰性乳癌）、胃癌、結腸直腸癌（CRC）、又は肝細胞癌である。いくつかの実施態様では、癌は原発腫瘍である。いくつかの実施態様では、癌は、上記の癌タイプのいずれかから派生した、第二の部位の転移腫瘍である。
当該方法のいずれかのいくつかの実施態様では、癌はヒトエフェクター細胞を提示する（例えば、癌はヒトエフェクター細胞によって浸潤される）。ヒトエフェクター細胞を検出する方法は当業界で周知である（例えばIHCによるものを含む）。いくつかの実施態様では、癌は高レベルのヒトエフェクター細胞を提示する。いくつかの実施態様では、ヒトエフェクター細胞は、NK細胞、マクロファージ、単球の1つ以上である。いくつかの実施態様では、癌は本明細書に記載される任意の癌である。いくつかの実施態様では、癌は、非小細胞肺癌（NSCLC）、神経膠芽腫、神経芽腫、メラノーマ、乳癌（例えば三重陰性乳癌）、胃癌、結腸直腸癌（CRC）、又は肝細胞癌腫である。
当該方法のいずれかのいくつかの実施態様では、癌はFcRを発現する細胞を提示する（例えば、癌はFcR発現細胞によって浸潤される）。FcRを検出する方法は当業界で周知である（例えばIHCによるものを含む）。いくつかの実施態様では、癌は高レベルのFcR発現細胞を提示する。いくつかの実施態様では、FcRはFcRγである。いくつかの実施態様では、FcRは活性化FcRγである。いくつかの実施態様では、癌は、非小細胞肺癌（NSCLC）、神経膠芽腫、神経芽腫、メラノーマ、乳癌（例えば三重陰性乳癌）、胃癌、結腸直腸癌（CRC）、又は肝細胞癌腫である。
いくつかの実施態様では、T細胞機能バイオマーカーは、以下から成る群から選択される方法を用いて検出される：FACS、ウェスタンブロット、ELISA、免疫沈澱、免疫組織化学、免疫蛍光、放射性免疫アッセイ、ドットブロッティング、免疫検出方法、HPLC、表面プラズモン共鳴、光学的分光測定法、質量分析、HPLC、qPCR、RT-qPCR、多重qPCR又はRT-qPCR、RNA-seq、マイクロアレー分析、SAGE、MassARRAY技術、及びFISH、並びに前記の組合せ。いくつかの実施態様では、T細胞機能バイオマーカーはFACS分析を用いて検出される。いくつかの実施態様では、T細胞機能バイオマーカーはPD-1である。いくつかの実施態様では、PD-1発現は血液サンプル中で検出される。いくつかの実施態様では、PD-1発現は、血液サンプル中の循環免疫細胞で検出される。いくつかの実施態様では、循環免疫細胞はCD3+/CD8+ T細胞である。いくつかの実施態様では、免疫細胞は、分析前に血液細胞から単離される。そのような細胞集団を単離/濃縮するために適切な任意の方法を用いることができ、前記方法には細胞仕分けが含まれるが、ただし前記に限定されない。いくつかの実施態様では、PD-1発現は、PKC-θ阻害剤及び/又はPD-1結合アンタゴニスト（例えば抗PD-1抗体）による治療に応答する個体に由来するサンプルにおいて低下する。いくつかの実施態様では、PD-1発現は、血液サンプル中の循環免疫細胞（例えばCD3+/CD8+ T細胞）で上昇する。
本明細書で提供されるものはまた、PKC-θ及びEB1が核で共同局在すること、及びこの共同局在がT細胞のEMT及びそれらの免疫機能の抑制に少なくとも部分的に寄与することを決定したことに基づく診断方法及びキットである。診断方法は、適切には以下の工程を含む：（i）対象からサンプルを入手する工程（サンプルはT細胞（例えばCD8+ T細胞）を含む）；（ii）サンプルをサンプル中のPKC-θと結合する第一の結合因子及びサンプル中のZEB1と結合する第二の結合因子と接触させる工程；及び（iii）当該T細胞の核で第一及び第二の結合因子の局在を検出する工程、ここでT細胞の核における第一及び第二の結合因子の局在は、当該対象におけるT細胞機能不全疾患の存在を示す。
第一及び第二の結合因子は、それぞれPKC-θ及びZEB1ポリペプチドのエピトープに適切に結合する。任意の適切なエピトープは、PKC-θのアミノ酸配列（例えばGenPeptアクセッション番号XP_005252553、XP_005252554、XP_005252555及びXP_005252556で示される）又はZEB1のアミノ酸配列（例えばGenPeptアクセッション番号NP_00131058、NP_001310579、NP_001310586及びNP_001310601で示される）で選択され得る。
PKC-θ及びZEB1のT細胞核内の局在位置決定は、任意の適切な局在位置決定技術、例えばIHCによって（典型的には抗ZEB1抗体とは異なる検出可能部分又は標識を有する抗PKC-θ抗体を用いて）実施することができる。いくつかの実施態様では、空間的近接アッセイ（“近接アッセイ”とも称される）が用いられる（このアッセイはPKC-θ及びZEB1との間の複合体形成の判定に用いることができる）。近接アッセイは“近接プロービング”の原理に依拠し、このアッセイでは分析物（典型的には抗原）は、複数（すなわち2つ以上、一般的には2つ、3つ又は4つ）の結合因子又はプローブの同時結合によって検出され、前記結合因子又はプローブは、分析物との結合によって近接することになったとき（したがって“近接プローブ”）に、シグナルを発生させることができる。
いくつかの実施態様では、近接プローブの少なくとも1つは、当該プローブの分析物結合ドメイン（又は部分）と連結した核酸ドメイン（又は部分）を含み、シグナルの発生は、当該核酸部分及び/又は他のプローブによって保持されるさらなる機能的部分との間の相互作用が関連する。したがって、シグナル発生は、プローブ（より具体的にはプローブによって保持される核酸又は他の機能的部分/ドメイン）間の相互作用に左右され、したがって、シグナル発生は、必要な2つ（又は3つ以上）のプローブがともに分析物と結合したときにのみ生じ、それによって当該検出系に改善された特異性を与える。近接プロービングの概念は近年発展し、この原理に基づく多くのアッセイが今や当業界で周知である。
近接アッセイは、典型的には、2つの個別のタンパク質（例えば互いに結合しているタンパク質、融合タンパク質及び/又は緊密に近接して配置されているタンパク質）又はその部分が緊密に近接しているか否か（例えば互いに結合しているタンパク質、融合タンパク質及び/又は緊密に近接して配置されているタンパク質）を判定するために用いられる。そのような1つのアッセイ（近接結合アッセイ（PLA）として知られ、本発明のいくつかの実施態様で用いられる）は、問題の標的と結合する2つの抗体（異なる種で生じる）を主役とする（下記を参照されたい：Nature Methods 3, 995-1000, 2006）。PLAプローブ（固有のオリゴヌクレオチド鎖が結合した種特異的二次抗体）は、続いて適切な一次抗体と結合される。緊密に近接している標的の場合、PLAプローブのオリゴヌクレオチド鎖は、それらが環状化されてローリングサークル増幅（RCA）を介して増幅できるように、付加されたssDNA及びDNAリガーゼと相互作用することができる。高度にプロセッシブなDNAポリメラーゼ（例えばPhi29 DNAポリメラーゼ）が用いられるとき、当該環状DNA鋳型は数百から数千倍長く複製され、結果として長さが数百ナノメーターからミクロンのssDNAが生成される。（以下を参照されたい：Angewandte Chemie International Edition, 2008, 47, 6330-6337）。増幅後、複製されたDNAを、検出系を介して検出することができる。したがって、眼に見えるシグナルは問題の標的が緊密に近接していることの指標である。これらのアッセイは、いくつかのDNA-抗体複合物およびDNAリガーゼ及びDNAポリメラーゼのような酵素を特徴とする。
他の実施態様では、二元性バインダー（DB）アッセイが用いられる。前記アッセイは、可撓性リンカーによって繋がれた、速いoff-速度カイネティクスを有する2つのFabフラグメントから成る二重特異性検出因子を利用する（Van dieck et al., 2014 Chemistry & Biology Vol.21(3):357-368）。原則として、二元性バインダーは速いoff-速度カイネティクスを有するFabフラグメントを含むので、この二元性バインダーは、Fabフラグメントの一方のみがそのエピトープに結合される場合には洗い流される（二元性バインダーの両Fabフラグメントの同時に生じる協調的結合が二元性バインダーの解離を防ぎ、陽性染色/可視化をもたらす）。
国際公開WO2014/139980に記載された別のアプローチにしたがえば（前記アプローチは本発明の実施に含まれる）、ビオチンリガーゼ基質及び酵素を用いて近接アッセイを実施する近接アッセイ及びツールが記載される。当該方法は、標的分子及び近接性の検出を提供し、一方サンプルの細胞状況は維持する。ビオチンリガーゼ（例えば大腸菌由来の酵素）及びペプチド基質（例えば当該酵素に対するアミノ酸基質）の使用は、FFPEサンプルにおけるタンパク質-タンパク質相互作用の鋭敏で特異的な検出を提供する。ビオチンリガーゼはビオチンの存在下で適切なペプチド基質を効果的にビオチン化することができるので、反応は酵素がペプチド基質と物理的に接触するときにのみ生じ、ビオチンリガーゼと基質は、問題の標的をそれぞれ認識する2つの抗体と別々に複合体化され得る。
本明細書で提供されるものはまた、以下の工程を含むPD-1結合アンタゴニスト治療の薬力学的活性をモニターする方法である：対象から入手した白血球を含むサンプルにおいて、本明細書に記載の1つ以上のT細胞機能バイオマーカーの発現レベルを測定する工程（ここで対象はPD-1結合アンタゴニスト及びPKC-θ阻害剤で処置されており、さらに1つ以上のT細胞機能バイオマーカーは、核PKC-θ、ZEB1、TBET、PD-1及びEOMESから選択される）；及び、対象から入手したサンプル中の1つ以上のT細胞機能バイオマーカーの参照と比較した発現レベルに基づいて、薬力学的活性を示す治療を決定する工程。ここで、参照と比較して1つ以上のT細胞機能バイオマーカーの発現レベル増加は、PD-1アンタゴニスト治療に対する薬力学的活性の指標である。これらの方法はさらにまた以下の工程を含むことができる：T細胞機能の1つ以上の追加のバイオマーカーの発現レベル及び/又は細胞組成（例えばTregのパーセンテージ及び/又はTregの絶対数；例えばCD8+エフェクターT細胞の数）を測定する工程（ここで、T細胞機能の追加のバイオマーカーは、サイトカイン（例えばIFN-γ）、T細胞マーカー又はメモリーT細胞マーカー（例えばTエフェクターメモリー細胞のマーカー）を含む）；及び、参照と比較して、対象から入手したサンプル中の1つ以上のT細胞機能バイオマーカー、T細胞機能の1つ以上の追加のバイオマーカーの発現レベル及び/又は細胞組成に基づいて、薬力学的活性を示す治療を決定する工程。ここで、参照と比較して、1つ以上のT細胞機能バイオマーカー、T細胞機能の1つ以上の追加のバイオマーカーの発現レベル増加及び/又は細胞組成は、PD-1アンタゴニスト治療に対する薬力学的活性の指標である。バイオマーカーの発現レベル及び/又は細胞組成は、本明細書に記載する1つ以上の方法によって測定される。
本明細書で用いられるように、“薬力学的（PD）活性”という用語は、対象に対する治療（例えばPD-1結合アンタゴニスト治療と併用されるPKC-θ）の効果を指すことができる。PD活性の例には1つ以上の遺伝子の発現レベルの調整が含まれ得る。理論に拘束されないが、例えば1つ以上のT細胞機能バイオマーカーの発現を測定することによってPD活性をモニターすることは、PKC-θ阻害剤及びPD-1結合アンタゴニストを試験する臨床試験時に有益であり得る。PD活性モニタリングを用いて、例えば治療に対する応答、毒性などをモニターすることができる。
いくつかの実施態様では、1つ以上のマーカー遺伝子、タンパク質の発現レベル及び/又は細胞組成を参照と比較することができる。参照は、治療（例えばPD-1結合アンタゴニストと併用されるPKC-θ阻害剤治療）を受けていない対象由来サンプルを含むことができる。いくつかの実施態様では、参照は、治療（例えばPD-1結合アンタゴニストと併用されるPKC-θ阻害剤治療）を受ける前の同じ対象に由来するサンプルを含むことができる。いくつかの実施態様では、参照は、治療（例えばPD-1結合アンタゴニストと併用されるPKC-θ阻害剤治療）を受けている他の対象の1つ以上のサンプルに由来する参照値を含むことができる。例えば、患者の集団を治療し、1つ以上の遺伝子の発現レベルについて算術平均値、平均又は中央値を全体としての集団から得ることができる。集団に由来する共有する特徴（例えば同じ癌タイプ及び/又は病期、又は共通治療（例えばPD-1結合アンタゴニストと併用したPKC-θ阻害剤治療）への暴露）を有する癌から得られたサンプルセットを、例えば臨床成果の調査を用いて調べることができる。このセットを用いて、対象のサンプルを比較することができる参照（例えば参照数）を誘導できる。本明細書に記載する参照のいずれも、PD活性のモニターのための参照として用いることができる。
本開示のある種の特徴は、サンプル中の1つ以上のバイオマーカー（例えばmRNA及びタンパク質を含む遺伝子発現生成物）の発現レベルの測定に関する。いくつかの実施態様では、サンプルは白血球を含むことができる。いくつかの実施態様では、サンプルは、末梢血サンプル（例えば腫瘍を有する患者由来）であり得る。いくつかの実施態様では、サンプルは腫瘍サンプルである。腫瘍サンプルは、癌細胞、リンパ球、白血球、間質、血管、結合組織、基底板、及び腫瘍に付随する任意の他の細胞タイプを含むことができる。いくつかの実施態様では、サンプルは、腫瘍浸潤白血球を含む腫瘍組織サンプルである。いくつかの実施態様では、サンプルは、1つ以上の細胞タイプ（例えば白血球）を分離又は単離するために処理することができる。いくつかの実施態様では、サンプルは、細胞タイプの分離又は単離を実施することなく用いることができる。
腫瘍サンプルは、対象から当業界で公知の任意の方法によって入手でき、前記方法には生検、内視鏡検査、又は外科処置が含まれる（ただしそれらに限定されない）。いくつかの実施態様では、腫瘍サンプルは、複数の方法、例えば凍結、固定（例えばホルマリンまたは同様な固定液を用いる）、及び/又はパラフィンワックスへの包埋によって調製できる。いくつかの実施態様では、腫瘍サンプルは切片にできる。いくつかの実施態様では、新鮮な腫瘍サンプル（すなわち上記の方法で調製されていないもの）を用いることができる。いくつかの実施態様では、腫瘍サンプルは、mRNA及びタンパク質の完全性を保存する溶液中でインキュベートすることによって調製することができる。
いくつかの実施態様では、サンプルは末梢血サンプルであり得る。末梢血サンプルには白血球、PBMCなどが含まれ得る。末梢血サンプルから白血球を単離するためには当業界で公知の任意の技術を用いることができる。例えば、血液サンプルを採取し、赤血球を溶解させ、白血球ペレットを単離してサンプルに用いることができる。別の例では、密度勾配分離を用いて、赤血球から白血球（例えばPBMC）を分離することができる。いくつかの実施態様では、新鮮な末梢血サンプル（すなわち上記の方法で調製されていないもの）を用いることができる。いくつかの実施態様では、末梢血サンプルは、mRNA及びタンパク質の完全性を保存する溶液中でインキュベートすることによって調製することができる。
いくつかの実施態様では、治療に対する応答性は、以下のいずれか1つ以上を指すことができる：生存を延長させる（全生存及び無増悪生存を含む）；目的の応答をもたらす（完全応答又は部分応答を含む）；又は癌の徴候又は症候を改善する。いくつかの実施態様では、応答性は、癌患者の腫瘍の状況（すなわち応答、安定化、又は進行）を決定するための公開RECISTガイドライン一式の1つ以上の要件の改善を指すことができる。これらのガイドラインに関するさらに詳細な考察のためには以下を参照されたい：Eisenhauer et al., 2009, Eur J Cancer 45: 228-47；Topalian et al., 2012, N Engl J Med 366:2443-54；Wolchok et al., 2009, Clin Can Res 15:7412-20；及びTherasse et al., 2000, J. Natl. Cancer Inst. 92:205-16。応答性対象は、その癌が、例えばRECIST基準に基づく1つ以上の要件の改善を示す対象を指すことができる。非応答性対象は、その癌が、例えばRECIST基準に基づく1つ以上の要件の改善を示さない対象を指すことができる。
通常の応答基準は、本発明の治療用薬剤の抗腫瘍活性を特徴付けるためには適切でないことがある（本発明の治療用薬剤は、初期の明白な放射線による増悪（新規病巣の出現を含む）によって先行され得る遅延型応答を生じさせることができる）。したがって、改変応答基準が開発された。前記改変基準は新規病巣の可能な出現を勘定に入れ、放射線による増悪をその後の判定で確認できるようにする。したがって、いくつかの実施態様では、応答性は、免疫関連応答基準（irRC）の1つ以上の要件の改善を指すことができる。例えば上掲書（Wolchok et al., 2009）を参照されたい。いくつかの実施態様では、新規病巣は規定内の腫瘍量に加えられ、その後の判定で例えば放射線による増悪のために追跡される。いくつかの実施態様では、非標的病巣の存在は完全応答の判定に含まれ、放射線による増悪の判定に含まれない。いくつかの実施態様では、放射線による増悪は測定可能な疾患を根拠としてのみ決定することができ、および/または、最初に記載された日付から4週間以上連続する判定によってのみ確認され得る。
いくつかの実施態様では、応答性は免疫活性化を含むことができる。いくつかの実施態様では、応答性は治療有効性を含むことができる。いくつかの実施態様では、応答性は免疫活性化及び治療有効性を含むことができる。
6．キット
本発明の他の特徴では、PKC-θ阻害剤及びPD-1結合アンタゴニストを含む治療薬キットが提供される。いくつかの実施態様では、治療薬キットはさらにまたパッケージ挿入物を含み、前記挿入物は、T細胞機能不全疾患を治療するか、又は癌を有する個体で免疫機能（例えば免疫エフェクター機能、T細胞機能など）を増強するか、又は癌進行を治療若しくは遅らせるか、又は個体で感染を治療するために、PKC-θ阻害剤及びPD-1結合アンタゴニストを同時に投与するための指示書を含む。本明細書に記載の又は当業界で公知のPKC-θ阻害剤及びPD-1結合アンタゴニストのいずれも当該キットに含まれ得る。
いくつかの実施態様では、PKC-θ阻害剤及びPD-1結合アンタゴニストは、同じ容器に又は別々の容器に存在する。適切な容器には、例えば瓶、バイアル、袋及び注射器が含まれる。容器は、多様な材料、例えばガラス、プラスチック（ポリ塩化ビニル又はポリオレフィン）、又は合金（例えばステンレススチール又はハステロイ）から形成され得る。いくつかの実施態様では、容器は処方物及び容器上の若しくは容器に結合させた標識を有し、容器は使用のための心得を示すことができる。キットはさらにまた、商業的又は使用者の見地から所望される他の物質を含むことができ、前記には他の緩衝剤、希釈剤、フィルター、針、注射器、及び使用のための指示書を含むパッケージ挿入物が含まれる。いくつかの実施態様では、キットはさらにまた、1つ以上の他の薬剤（例えば化学療法剤及び抗新形成薬剤）を含む。1つ以上の薬剤のための適切な容器には、例えば瓶、バイアル、袋及び注射器が含まれる。
本発明の他の実施態様では、バイオマーカー（本明細書に開示するT細胞機能バイオマーカーを含む）の発現を決定するための診断キットが提供され、前記キットはバイオマーカーの検出及び/又は定量を可能にする試薬を含む。そのような試薬には、例えばバイオマーカーの定量を可能にする化合物若しくは物質又は化合物若しくは物質セットが含まれる。具体的な実施態様では、化合物、物質又は化合物若しくは物質セットは、遺伝子（例えばT細胞機能バイオマーカー遺伝子）の発現レベルの決定を可能にし、前記には以下が含まれる（ただしそれらに限定されない）：RNA物質の抽出、対応するRNAなどのレベルの決定、対応するcDNAの合成のためのプライマー、DNA増幅のためのプライマー、及び/又は当該遺伝子によってコードされるRNA（又は対応するcDNA）と特異的にハイブリダイズできるプローブ、TaqManプローブ、近接アッセイプローブ、リガーゼ、抗体など。
キットはまた場合によって、標識の検出のための適切な試薬、陽性及び陰性コントロール、洗浄溶液、ブロッティング膜、マイクロタイタープレート、希釈緩衝液などを含むことができる。例えば、核酸系検出キットは、（i）T細胞機能バイオマーカーポリヌクレオチド（前記は陽性コントロールとして用いられ得る）、（ii）T細胞機能バイオマーカーポリヌクレオチドと特異的にハイブリダイズするプライマー又はプローブを含むことができる。核酸の増幅に適切な酵素（多様なポリメラーゼ（逆転写酵素、Taq、シーケナーゼ(商標)（SequenaseTM）、DNAリガーゼなど、用いられる核酸増幅技術に左右される）を含む）、デオキシヌクレオチド及び緩衝剤もまた含まれ、増幅に必要な反応混合物を提供することができる。そのようなキットはまた、一般的には、個々の試薬及び酵素の各々とともにプライマー又はプローブの各々のために別個の容器を適切な手段で含むであろう。あるいは、タンパク質系キットは、（i）T細胞機能バイオマーカーポリペプチド(陽性コントロールとして用いられ得る)、(ii)T細胞機能バイオマーカーポリペプチドと特異的に結合する抗体を含むことができる。キットはまた、本明細書に記載するアッセイの1つを実施するための多様な（例えば1つ以上の）装置及び（例えば1つ以上の）試薬；及び/又はT細胞機能バイオマーカー遺伝子の発現を定量するキットを用いるための印刷された指示書を特色とすることができる。本明細書に記載の試薬（検出可能標識と会合していてもよい）は、マイクロ流体力学的カード、チップ若しくはチャンバー、マイクロアレー、又は実施例若しくは下記に記載のアッセイ（例えば本明細書に記載のRT-PCR又はPCR技術）で用いるために改案されたキットの形式で提供され得る。
診断キットの成分を詰めるために適切な材料には、クリスタル、プラスチック（ポリエチレン、ポリプロピレン、ポリカーボネートなど）、ビン、バイアル、紙、封筒などが含まれ得る。加えて、本発明のキットは、当該キットに収められた別個の成分の同時使用、連続使用又は別々の使用のための指示書を含むことができる。指示書は、印刷物の形態であるか、又は対象が容易に読むことができるように指示を保存できる電子的支持体（例えば電子保存媒体（磁気ディスク、テープなど）、光学媒体（CD-ROM、DVD）など）の形態でありえる。或いは、またはこれに加えて、媒体は、指示書を提供するインターネットアドレスを含むことができる。
本発明を容易に理解し実行することができるように、特に好ましい実施態様が以下の非限定的な実施例の方法によってこれから記載されるであろう。
治療的介入のための標的としてのPKC-θ
本発明者らは、PKC-θの核進入の阻害で特異性を有する新規なクラスのペプチド阻害剤を開発し、それらはPCT/AU2017/050083（2017年2月1日出願）で開示されている。これらペプチド阻害剤の1つ、RKEIDPPFRPKVK（本明細書では“PKCθi”とも称される）（その構造及び物理的特性は図1A、B及びCに示される）をMCF7乳癌細胞株で試験し、多様なPKCアイソフォーム（β2、β1、α、ε及びγ）とともにPKC-θに対するその効果を決定した。PKCθiペプチドは、PKC-θの核局在を著しく阻害し、他のPKCアイソフォームには全く影響しないことを示し、その標的特異性が明らかにされている（図1D）。このペプチド阻害剤はまたMCF7細胞の増殖を顕著に阻害することができるが（図1E）、PKC-θ触媒活性には影響を与えず、その作用態様はPKC-θの核内軸の阻害を介することを示した（図1F）。
方法
細胞の処理：
処理細胞を1％トリトンX-100とともに20分間インキュベートすることによって透過性にし、PKC-θ（T538p）、PKC-β1、PKC-β2、PKC-α、PKC-ε及びPKC-γに対するウサギ一次抗体でプローブし、ロバ抗ウサギAF488で可視化した。カバースリップを顕微鏡ガラススライドに試薬（ProLong Diamond Antifade reagent；Life Technologies）を用いてマウントした。共焦点レーザー走査顕微鏡検査によりタンパク質標的の場所を決定した。100ｘ油浸レンズ使用ライカDM18顕微鏡を用いLAXソフトウェアにより単独0.5μm切片を得た。最終画像は、同じ切片の4つの連続画像を平均して得られた。ImageJソフトウェア（ImageJ, NIH, Bethesda, MD, USA）を用いてデジタル画像を分析し、総核蛍光強度（TNFI）、総細胞質蛍光強度（TCFI）又は総蛍光強度（TFI）を決定した。核対細胞質蛍光比（Fn/c）（等式Fn/c＝(Fn−Fb)/(Fc−Fb)（式中、Fnは核蛍光、Fcは細胞質蛍光、Fbはバックグラウンド蛍光）を用いる）を用いて、核局在に対する影響を決定した。
マウスモデルMDA-MB-231マウス異種移植：
5週齢雌ヌードマウスを業者（Animal Resources Centre；Perth）から入手し、実験前に当所（John Curtin School of Medical Research（JCSMR））の動物施設で1週間環境に馴染ませた。全ての実験手順は、監督局（Australian National University Animal Experimental Ethics Committee（Ethics ID A2014/30））に評価され承認された。MDA-MB-231ヒト乳癌細胞を右乳腺に皮下注射した（PBS及びBDマトリゲルの1：1中に2ｘ106細胞）。腫瘍を外部カリパスを用いて測定し、楕円体公式（1/2(a/b2)、式中a＝最長経、b＝最短径）を用いて算出した。治療を開始する前に、腫瘍をおよそ50mm3に増殖させた（およそ15日）。全ての治療は40mg/kgのPKC核内阻害剤のIP注射によって実行した。腫瘍を摘出し、2.5％のFCSを補充したDMEMに収集した。続いて腫瘍を外科用メスで細切し、DMEM 2.5％FCS及びコラゲナーゼ4型（Worthington-Biochem）（腫瘍1g当たり1mgのコラゲナーゼ）中で37°Cで1時間インキュベートした。消化した腫瘍を遠心分離し、DMEM2.5％FCSに再懸濁させた後、0.2μMフィルターを通過させナノストリング（Nanostring）プラットフォームでの分析のために処理した。
BRAF陰性メラノーマ患者のCD8 + T細胞のPKC-θ発現シグネチャー
本発明者らは、PD-1免疫療法を受けたBRAF陰性メラノーマ患者のCD8+ T細胞におけるPKC-θ発現を調べ、PKC-θがこの免疫チェックポイント阻害剤による治療に対する耐性で役割を有するか否かを決定した。CD8+ T細胞におけるPKC-θのプロフィールの特徴を決定するために、このバイオマーカーの発現を、メラノーマ患者から得られたBRAF陰性メラノーマ組織生検に由来するFFPE組織で調べた。前記メラノーマ患者は、表1に要約する免疫療法に対するRECIST 1.1応答に基づいて4つのコホートに分けられた。
表1：
BRAF陰性メラノーマ組織生検に由来するFFPE組織をCD8+ T細胞でのPKC-θ及びPD1発現について調べたところ、完全応答（CR）及び症状安定（SD）コホートのみがPD-1を発現し、PDコホートではPKC-θは高度に発現されることが見出された（図2A）。IL-2、IFN-γ及びTNF-αはT細胞活性化及びエフェクター性能のマーカーであり、一方、ZEB1はT細胞応答の負の調節因子であり、T細胞エフェクター阻害とともに癌進行と連携する。したがって、これらのバイオマーカーの発現をPKC-θ経路の調節という関係で精査した。RT-PCRを用い、本発明者らは、CR及びPDのメラノーマ液体生検から単離したPBMC細胞でPKCθiの効果の発現をプロファイリングした。IL-2、IFN-γ及びTNF-αの発現はPD患者コホートで顕著に誘発され、CR患者コホートではいくらかの誘発が観察されて、PD患者コホートのT細胞調節ではPKC-θは顕著な役割を示すことが見出された（図2B）。
次に、ZEB1抑制因子タンパク質及びPKC-θの発現をメラノーマ患者FFPEサンプルで分析した。図2Cに提示した結果は、PDコホートのみがZEB1の顕著な発現を有し、さらにこのコホート内では二重免疫療法耐性患者サンプルが最高のZEB1発現を有すること示している。
これらのデータは、免疫療法耐性を示す患者では、IL-2、IFN-γ及びTNF-αの発現は低く、ZEB1はCD8+ T細胞でアップレギュレートされることを示す。
本発明者らは、次にメラノーマ患者の血液から単離したCD8+ T細胞のPKC-θの発現シグネチャーを調べた。CD8+ T細胞をベヒクルコントロール又はPMA/CIのどちらかで処理し、続いて擬似物又はPKCθiで処理した。続いて、CD8（CD8+ T細胞を標的とするため）、ZEB1及びPKC-θに対する抗体で細胞をプローブした。興味深いことに、ZEB1及びPKC-θは最高の発現をPDコホートで有した。PDコホートは単独及び二重免疫療法の両方に対する主要な耐性患者であり、一方、応答者SD及びCRコホート患者はZEB1及びPKC-θのより低い発現を有した。注目すべきは、PRに移行し続いて再発したPD/PR/PDコホートサンプルは、SD及びPDコホートの間で中間から高いZEB1及びPKC-θの発現を有した（図3A）。PKC-θ及びZEB1に関するピアソン相関係数（PCC）もまた評価して共同局在の程度を判定した。データは、それら2つのタンパク質は、最高のPCCを有するPDコホートのメラノーマ患者の核に有意に共同局在することを強力に示す。全ての患者サンプルにおいて、PKCθiペプチド阻害剤による処理は核PKC-θ及びZEB1の両方の発現を顕著に停止させた。
次に、T細胞活性、IFN-γ及びTNF-αのマーカーを上記のように処理したCD8+ T細胞で調べた（図3B）。本発明者らは、図2Aのデータに即してコホートPDはIFN-γ及びTNF-αの最低の発現を示すがCR/SDコホート（免疫療法応答者）およびPD/PR/PDコホートは高いレベルのIFN-γ及びTNF-αを示すことを見出した。PKCθi（PKC-θの核内軸を標的とする）による処理に際して、本発明者らは、全サンプルにわたって（特に刺激サンプルにおいて）IFN-γ及びTNF-αの発現の両方で有意な増加を観察した。
このデータ一式は、転移性メラノーマ患者のT細胞系免疫応答の阻害においてPKC-θの過剰発現が果たす強力な役割、及びこの阻害が媒介される主要なメカニズムの1つは抑制因子ZEB1であることを強く指示する。PKC-θの核内軸の阻害及びその結果としてZEB1の阻害は、T細胞活性化マーカーIFN-γ及びTNF-αの発現をレスキューし、このことは再び、PKCθiペプチド阻害剤は癌幹細胞（CSC）及び循環腫瘍細胞（CTC）を直接標的とし、同時にCD8+ T細胞媒介免疫応答をレスキューする強力な潜在能力を有し、これは転移癌を有する患者（進行転移メラノーマ患者を含む）の成果の改善をもたらし得ることを示唆する。
方法
患者カテゴリー：
このバイオマーカー試験のためにメラノーマ患者を選別し、表示の免疫療法（単独又は二重免疫療法（ペンブロリズマブ、ニボルマブ及び/又はイピリムマブを使用））に対する応答に基づきRECIST1.1分析を用いて4つのグループ、標的病巣の評価を基準にする以下の治療応答コホートに分類した：完全応答（CR）：全ての標的病巣の消失、いずれの病的リンパ節（標的又は非標的を問わない）も短軸が10mm未満に減少しなければならない；部分応答（PR）：標的病巣の直径の合計が少なくとも30％減少、参照として基準値の合計直径を採用する；症状安定（SD）：PRと判定するには退縮が十分ではなくPDと判定するには増加が十分ではない；症状進行（PD）：標的病巣の直径合計の少なくとも20％増加とともに少なくとも5mmの絶対的増加（1つ以上の新規病巣の出現もまた進行と考えられる）。サンプルは、基準採血後3ヶ月毎に24ヶ月間採取された。
細胞調製及び処理：
転移メラノーマ生検をロゼットセプ（RosetteSepTM）の方法を用いて予め濃縮し、以下によってCTCを単離した：ロゼットセプヒトCD45枯渇キット（RosetteSepTM Human CD45 Depletion Kit（15162, Stemcell Technologies））を用いてCD45+細胞及び赤血球を除去し、セプメイト-50（IVD）（SepMateTM-50 (IVD)）密度勾配チューブ（85450, Stemcell Technologies）及びリンホプレップ（LymphoprepTM）密度勾配媒体（07861, Stemcell Technologies）を用い密度勾配遠心分離を利用する。続いて、濃縮CTC細胞をコントロール又はPKCθiペプチド阻害剤（濃度8μM）を用いて前臨床スクリーニングを実施した。続いて、濃縮細胞をポリl-リジンで前処理したカバースリップ上でサイトスピンし、続いて、染色のためにPBS中で固定及び保存した。PKCθiペプチド阻害剤で処理したメラノーマCTCにおけるPKC-θ（T538p）の動態を調べるために、CTCを1％トリトンX100とともに20分間インキュベートすることによって透過性にし、ウサギ抗PKC-θ（T538p）、マウス抗CSV及びヤギ抗ABCB5を用いてプローブし、さらにロバ抗ウサギAF488、抗マウス568及び抗ヤギ633を用いて可視化した。PKCθiペプチド阻害剤で処理したメラノーマCD8 T細胞におけるPKC-θ（T538p）、ZEB1、IFN-γ及びTNF-αの動態を調べるために、CD8 T細胞を1％トリトンX100とともに20分間インキュベートすることによって透過性にし、ウサギ抗PKC-θ（T538p）、マウス抗ZEB1及びヤギ抗CD8又はIFN-γ（マウス）、TNF-α（ウサギ）及びヤギ抗CD8を用いてプローブし、さらにロバ抗ウサギAF488、抗マウス568及び抗ヤギ633を用いて可視化した。カバースリップを顕微鏡ガラススライド上に試薬（ProLong Diamond Antifade reagent（Life Technologies））を用いてマウントした。タンパク質標的の場所を共焦点走査顕微鏡検査によって決定した。100ｘ油浸レンズ使用ライカDM18顕微鏡を用いLAXソフトウェアにより単独0.5μm切片を得た。最終画像は、同じ切片の4つの連続画像を平均して得た。ImageJソフトウェア（ImageJ, NIH, Bethesda, MD, USA）を用いてデジタル画像を分析し、TNFI、TCFI又はTFIを決定した。ImageJのプロットプロフィールの特色を利用し、核の端から端までの単一線（n＝核1つにつき5本、5個の細胞）に沿って蛍光シグナル強度をプロットした。表示の抗体対の平均蛍光シグナル強度を各点についてSEとともにプロットし、各抗体のシグナルが反対の抗体と対比してどのように変化したかを比較するためにシグナルをプロットした。各プロットプロフィールについてPCCを決定した。PCCは、少なくとも20個の細胞±SEについて2つの蛍光色素間の関係の強さを示す。代表的画像の色はプロットプロフィールと一致する。
CD8 T細胞疲弊バイオマーカーシグネチャー
TBET、EOMES及びPD1は、T細胞の疲弊バイオマーカー又はエフェクターバイオマーカーシグネチャーを規定することができる。疲弊バイオマーカーシグネチャーは低TBET、高EOMES、高PD1を含み、一方、エフェクターバイオマーカーシグネチャーは高TBET、低EOMES、低PD1を含むであろう。
本発明者らは、これらのマーカーの発現についてCR、SD及びPDコホートを調べて以下の事柄を見出した：1）EOMES及びPD1はPDコホートで高度に発現されるが、TBETはCR/SDコホートよりも有意に低かった；2）TBETはCR/SDコホートで高度に発現されるが、PDでの発現は低かった；3）PKCθiは、疲弊経路およびEOMES及びPD-1の発現阻害、および他のT細胞活性化経路を標的とする（このことは、PKC-θ阻害がTBET発現を増強しながら同時に疲弊経路を阻害することを可能にする）；4）これは、PKCθiが疲弊バイオマーカーシグネチャーからエフェクター/活性T細胞バイオマーカーシグネチャーへとT細胞をエピジェネティックに再プログラムすることを可能にする；及び5）PKC-θ阻害剤（例えばPKCθi）によるPD-1の阻害は、PD-1免疫療法の更なる補助となるであろうということを示唆する。
方法
転移メラノーマ生検をロゼットセプ方法を用いて予め濃縮し、以下によってCTCを単離した：ロゼットセプヒトCD8濃縮渇キット（15063, Stemcell Technologies）を用いてCD8+ T細胞及び赤血球を単離し、セプメイト-50（IVD）密度勾配チューブ（85450, Stemcell Technologies）及びリンホプレップ密度勾配媒体（07861, Stemcell Technologies）を用い密度勾配遠心分離を利用する。続いて、濃縮CTC細胞をベヒクル又はPMA/CIで刺激し、コントロール又は我々の独占的新規核PKC-θ阻害剤（濃度8mm）を用いて前臨床スクリーニングを実施した。続いて、濃縮細胞をポリl-リジンで前処理したカバースリップ上でサイトスピンし、続いて、染色のためにPBS中で固定及び保存した。PKCθiで処理したメラノーマCD8+ T細胞におけるEOMES、TBET及びPD-1の動態を調べるために、CD8+ T細胞を1％トリトンX100とともに20分間インキュベートすることによって透過性にし、ウサギ抗PKC-θ（T538p）、マウス抗ZEB1及びヤギ抗CD8、又はIFN-γ（マウス）、TNF-α（ウサギ）及びヤギ抗CD8を用いてプローブし、さらにロバ抗ウサギAF488、抗マウス568及び抗ヤギ633を用いて可視化した。カバースリップを顕微鏡ガラススライド上に試薬（ProLong Diamond Antifade reagent（Life Technologies））を用いてマウントした。タンパク質標的の場所を共焦点走査顕微鏡検査によって決定した。100ｘ油浸レンズ使用ライカDM18顕微鏡を用いLAXソフトウェアにより単独0.5μm切片を得た。最終画像は、同じ切片の4つの連続画像を平均して得た。ImageJソフトウェア（ImageJ, NIH, Bethesda, MD, USA）を用いてデジタル画像を分析し、総核蛍光強度（TNFI）、総細胞質蛍光強度（TCFI）又は総蛍光強度（TFI）のいずれかを決定した。ImageJのプロットプロフィールの特色を利用し、核の端から端までの単一線（n＝核1つにつき5本、5つの個別の細胞）に沿って蛍光シグナル強度をプロットした。表示の抗体対の平均蛍光シグナル強度を各点についてSEとともにプロットし、各抗体のシグナルが反対の抗体と対比してどのように変化したかを比較するためにシグナルをプロットした。各プロットプロフィールについてPCCを決定した。PCCは、少なくとも20個の細胞±SEについて2つの蛍光色素間の関係の強さを示す。代表的画像の色はプロットプロフィールと一致する。
本明細書に引用する全ての特許、特許出願及び刊行物は、参照によってその全体が本明細書に含まれる。
本明細書におけるいずれの参考文献の引用も、そのような参考文献が本出願の“先行技術”として利用可能であることの容認と解されるべきではない。
本明細書を通して、その目的は、本発明の好ましい実施態様を、いずれの1つの実施態様又は特定の特色の収集物に限定することなく記載することである。したがって、当業者は、本開示に照らして、本発明の範囲から逸脱することなく個々の実施態様で多様な改変及び変更を達成できるであろう。そのような改変及び変更は全て、添付の特許請求の範囲に含まれよう。

Claims (96)

  1. T細胞（例えばCD8+ T細胞）機能を増強するため、又はT細胞機能不全疾患を治療するための組成物であって、PKC-θ阻害剤及びPD-1結合アンタゴニストを含むか、PKC-θ阻害剤及びPD-1結合アンタゴニストから成るか又は本質的にPKC-θ阻害剤及びPD-1結合アンタゴニストから成る、前記組成物。
  2. PKC-θ阻害剤がPKC-θ核移行の阻害剤である、請求項1に記載の組成物。
  3. PKC-θ阻害剤がPKC-θの核局在部位と一致するペプチドである、請求項2に記載の組成物。
  4. PKC-θ阻害剤が下記式（XXVI）によって表されるタンパク質性分子である、請求項3に記載の組成物：
    Z1X1X2X3X4IDX5PPX6X7X8X9X10X11Z2（XXVI）
    式中、
    “Z1”及び“Z2”はそれぞれ独立に、存在しないか、又はタンパク質性部分（約1つから約50のアミノ酸残基（及びその間の全ての整数のアミノ酸残基）を含む）及び保護部分の少なくとも1つからそれぞれ独立に選択され；
    “X1”は存在しないか、又はR、K及びその改変形を含む塩基性アミノ酸残基から選択され；
    “X2”及び“X3”は、R、K及びその改変形を含む塩基性アミノ酸残基からそれぞれ独立に選択され；
    "X4"は、R、K、D、E及びその改変形を含む荷電アミノ酸残基から選択され；
    “X5”は存在しないか、又はW若しくはその改変形であり；
    “X6”は、F、Y、W、R、K及びその改変形を含む芳香族又は塩基性アミノ酸残基から選択され；
    “X7”はR、K及びその改変形を含む塩基性アミノ酸残基から選択され；
    “X8”は存在しないか、又はP若しくはその改変形であり；
    “X9”はR、K及びその改変形を含む塩基性アミノ酸残基から選択され；
    “X10”は、V、L、I、M及びその改変形を含む疎水性残基並びにP及びその改変形から選択され；
    “X11”はR、K及びその改変形を含む塩基性アミノ酸残基から選択される。
  5. “X1”から“X11”が下記の1つ以上の組合せから選択される、請求項4に記載の組成物：
    “X1”は存在しないか、又はRであり；
    “X2”はRであり；
    “X3”はKであり；
    “X4”E又はRであり；
    “X5”は存在しないか、又はWであり；
    “X6”はF又はRであり；
    “X7”はRであり；
    “X8”は存在しないか、又はPであり；
    “X9”はKであり；
    “X10”はV又はPであり；及び
    “X11”はKである。
  6. “Z1”が10、9、8、7、6、5、4、3、2又は1アミノ酸残基から成る、請求項4又は請求項5に記載の組成物。
  7. “Z2”が10、9、8、7、6、5、4、3、2又は1アミノ酸残基から成る、請求項4から6のいずれか1項に記載の組成物。
  8. “Z1”及び“Z2”のアミノ酸残基が任意のアミノ酸残基から選択される、請求項4から7のいずれか1項に記載の組成物。
  9. “Z1”が下記式XXVIIによって表されるタンパク質性分子である、請求項4又は請求項5に記載の組成物：
    X12X13X14X15X16（XXVII）
    式中、
    “X12”存在しないか、又は保護部分であり；
    “X13”は存在しないか、又はP並びにR、K及びその改変形を含む塩基性アミノ酸残基から選択され；
    “X14”は存在しないか、又はP並びにR、K及びその改変形を含む塩基性アミノ酸残基から選択され；
    “X15”は存在しないか、又はP並びにR、K及びその改変形を含む塩基性アミノ酸残基から選択され；
    “X16”は存在しないか、又はP並びにR、K及びその改変形を含む塩基性アミノ酸残基から選択される。
  10. “Z2”が下記式XXVIIIによって表されるタンパク質性分子である、請求項4、5及び9のいずれか1項に記載の組成物：
    X17X18X19X20（XXVII）
    式中、
    “X17”は存在しないか、又は任意のアミノ酸残基から選択され；
    “X18”は存在しないか、又は任意のアミノ酸残基から選択され；
    “X19”は存在しないか、又は任意のアミノ酸残基から選択され；
    “X20”は存在しないか、又は保護部分である。
  11. “Z1”及び“Z2”が存在しない、請求項4又は請求項5に記載の組成物。
  12. 式XXVIのタンパク質性分子が、下記に示す配列番号:4又は5によって表されるアミノ酸配列を含むか、前記アミノ酸配列から成るか、又は本質的に前記アミノ酸配列から成る、請求項4に記載の組成物：
    RKEIDPPFRPKVK（配列番号:4）
    RRKRIDWPPRRKPK（配列番号:5）。
  13. PKC-θ阻害剤がPKC-θの酵素活性の阻害剤である、請求項1に記載の組成物。
  14. PD-1結合アンタゴニストがPD-1とPD-L1及び/又はPD-L2との結合を阻害する、請求項1から13のいずれか1項に記載の組成物。
  15. PD-1結合アンタゴニストが抗PD-1アンタゴニスト抗体である、請求項1から14のいずれか1項に記載の組成物。
  16. 抗PD-1アンタゴニスト抗体が、ニボルマブ、ペンブロリズマブ、ランブロリズマブ及びピジリズマブから選択される、請求項15に記載の組成物。
  17. PD-1結合アンタゴニストがイムノアドヘシン（例えばAMP-224）である、請求項1から14のいずれか1項に記載の組成物。
  18. T細胞機能不全疾患の治療又は治療の補助のために、さらに補助薬剤（例えば化学療法剤）を含む、請求項1から17のいずれか1項に記載の組成物。
  19. さらに医薬的に許容できる担体を含む、請求項1から18のいずれか1項に記載の組成物。
  20. T細胞機能を増強する方法であって、T細胞をPKC-θ阻害剤及びPD-1結合アンタゴニストと接触させ、それによってT細胞機能を増強する工程を含むか、前記工程から成るか、又は本質的に前記工程から成る、前記方法。
  21. 増強されるT細胞機能が、サイトカイン（例えばIL-2、IFN-γ、TNF-α）の産生増加、CD8+ T細胞の活性化増加、MHCクラスI分子との関連における抗原又は抗原由来抗原ペプチドのT細胞受容体による認識増加、MHCクラスI分子と関連して提示される細胞の排除増加、及び抗原発現標的細胞の細胞溶解性殺滅増加のいずれか1つ以上を含む、請求項20に記載の方法。
  22. T細胞が間葉系表現型を有する、請求項20又は請求項21に記載の方法。
  23. T細胞が核PKC-θの異常発現を有する、請求項20から22のいずれか1項に記載の方法。
  24. T細胞が、同じT細胞のTBETの発現レベルよりも高いレベルで及び/又は活性化T細胞の場合よりも高いレベルで核PKC-θを発現する、請求項23に記載の方法。
  25. T細胞が、T細胞疲弊又はアネルギー示すT細胞である、請求項20から24のいずれか1項に記載の方法。
  26. T細胞がTBETよりも高いレベルのEOMESを発現し、及び/又はPD-1の発現上昇を有する、請求項25に記載の方法。
  27. T細胞がCD8+ T細胞である、請求項20から26のいずれか1項に記載の方法。
  28. PD-1を発現する免疫エフェクター細胞の免疫エフェクター機能を増強する方法であって、免疫エフェクター細胞をPKC-θ阻害剤及びPD-1結合アンタゴニストと接触させ、それによって免疫エフェクター細胞の免疫エフェクター機能を増強する工程を含むか、前記工程から成るか又は本質的に前記工程から成る、前記方法。
  29. 増強される免疫エフェクター機能が、MHCクラスII分子との関連における抗原又は抗原由来抗原ペプチドのT細胞受容体による認識増加、サイトカインの放出増加及び/又はCD8+リンパ球（CTL）及び/又はB細胞の活性化増加、MHCクラスI分子との関連における抗原又は抗原由来抗原ペプチドのT細胞受容体による認識増加、MHCクラスI分子と関連して提示される細胞（すなわち、クラスI MHCと共に抗原の提示を特徴とする細胞）の例えばアポトーシス又はパーフォリン媒介細胞溶解を介した排除増加、サイトカイン（例えばIL-2、IFN-γ及びTNF-α）の産生増加、及び抗原発現標的細胞の特異的細胞溶解殺滅増加の任意の1つ以上を含む、適切には、免疫エフェクター細胞は核PKC-θの異常発現を有する、請求項28に記載の方法。
  30. 免疫エフェクター細胞が、コントロール免疫エフェクター細胞（例えば正常又は非抑制免疫エフェクター機能を有する免疫エフェクター細胞）のレベルよりも高いレベルで核PKC-θを発現する、請求項29に記載の方法。
  31. T細胞機能不全疾患の治療に有効な量でPKC-θ阻害剤及びPD-1結合アンタゴニストを同時に対象に投与する工程を含むか、前記工程から成るか又は本質的に前記工程から成る、対象においてT細胞機能不全疾患を治療する方法。
  32. PKC-θ阻害剤及びPD-1結合アンタゴニストが相乗的に効果を有する量で投与される、請求項31に記載の方法。
  33. T細胞機能不全疾患が、抗原刺激への応答性の低下及び/又はPD-1経由阻害性シグナル伝達の増加を特徴とするT細胞の疾患又は症状である、請求項31又は請求項32に記載の方法。
  34. T細胞機能不全疾患が、T細胞のサイトカインを分泌する能力、増殖する能力、又は細胞溶解活性を発揮する能力が低下する疾患である、請求項31から33のいずれか1項に記載の方法。
  35. 抗原刺激に対する応答性低下が病原体又は腫瘍の効果的でない制御を生じる、請求項31から34のいずれか1項に記載の方法。
  36. T細胞機能不全疾患が、T細胞がアネルギーである疾患である、請求項31から35のいずれか1項に記載の方法。
  37. T細胞機能不全疾患が、非消散性急性感染症、慢性感染症及び腫瘍免疫から選択される、請求項31から36のいずれか1項に記載の方法。
  38. T細胞機能不全疾患が、間葉系表現型を有するT細胞（例えばCD8+ T細胞）を含む癌又は感染症である、請求項31から37のいずれか1項に記載の方法。
  39. T細胞が、同じT細胞のTBETの発現レベルよりも高いレベルで、及び/又は活性化T細胞の場合よりも高いレベルで核PKC-θを発現する、請求項31から38のいずれか1項に記載の方法。
  40. T細胞がT細胞疲弊又はアネルギーを示すT細胞である、請求項31から39のいずれか1項に記載の方法。
  41. T細胞が、TBETよりも高いレベルのEOMESを発現し、及び/又はPD-1の発現上昇を有する、請求項31から40のいずれか1項に記載の方法。
  42. T細胞が腫瘍浸潤リンパ球である、請求項31から41のいずれか1項に記載の方法。
  43. T細胞が循環リンパ球である、請求項31から41のいずれか1項に記載の方法。
  44. 癌が、皮膚癌（例えばメラノーマ）、肺癌、乳癌、卵巣癌、胃癌、膀胱癌、膵臓癌、子宮内膜癌、結腸癌、腎癌、食道癌、前立腺癌、結腸直腸癌、神経膠芽腫、神経芽腫、又は肝細胞癌である、請求項31から43のいずれか1項に記載の方法。
  45. 癌が転移性癌である、請求項44に記載の方法。
  46. 転移性癌が転移性メラノーマ又は転移性肺癌である、請求項45に記載の方法。
  47. さらにまた、T細胞機能不全疾患を治療するか若しくは治療を補助するための補助薬剤（例えば化学療法剤）又は補助療法（例えば切除療法又は細胞傷害療法）を、PKC-θ阻害剤及びPD-1結合アンタゴニストとともに対象に同時に投与する工程を含む、請求項31から43のいずれか1項に記載の方法。
  48. 癌の進行を治療するか又は遅らせるために有効な量でPKC-θ阻害剤及びPD-1結合アンタゴニストを同時に対象に投与する工程を含むか、前記工程から成るか又は本質的に前記工程から成る、対象において癌の進行を治療するか又は遅らせる方法。
  49. 対象が癌を有すると診断されており、対象の癌の腫瘍サンプル中のT細胞が、同じT細胞のTBETの発現レベルよりも高いレベルで及び/又は活性化T細胞の場合よりも高いレベルで核PKC-θを発現する、請求項48に記載の方法。
  50. 免疫機能を増強するために有効な量でPKC-θ阻害剤及びPD-1結合アンタゴニストを同時に個体に投与する工程を含むか、前記工程から成るか又は本質的に前記工程から成る、癌を有する個体で免疫機能（例えば免疫エフェクター機能）を増強する方法。
  51. 個体が癌を有すると診断されており、個体から採取された癌の腫瘍サンプル中のT細胞は、同じT細胞のTBETの発現レベルよりも高いレベルで及び/又は活性化T細胞の場合よりも高いレベルで核PKC-θを発現する、請求項50に記載の方法。
  52. 感染症を治療するために有効な量でPKC-θ阻害剤及びPD-1結合アンタゴニストを同時に個体に投与する工程を含むか、前記工程から成るか又は本質的に前記工程から成る、感染症（例えば細菌若しくはウイルス又は他の病原体による）を治療する方法。
  53. 感染症がウイルス及び/又は細菌による、請求項52に記載の方法。
  54. 感染症が病原体による、請求項52に記載の方法。
  55. 感染症が急性感染症である、請求項52から54のいずれか1項に記載の方法。
  56. 感染症が慢性感染症である、請求項52から54のいずれか1項に記載の方法。
  57. 免疫機能を増強するために有効な量でPKC-θ阻害剤及びPD-1結合アンタゴニストを同時に個体に投与する工程を含むか、前記工程から成るか又は本質的に前記工程から成る、感染症を有する個体で免疫機能（例えば免疫エフェクター機能、T細胞機能など）を増強する方法。
  58. 個体が感染症を有すると診断されており、個体から採取されたサンプル中のT細胞が、同じT細胞のTBETの発現レベルよりも高いレベルで及び/又は活性化T細胞の場合よりも高いレベルで核PKC-θを発現する、請求項57に記載の方法。
  59. T細胞機能不全疾患を治療する、又は癌を有する個体で免疫機能（例えば免疫エフェクター機能、T細胞機能など）を増強する、癌の進行を治療若しくは遅らせる、又は感染症を治療するための、PKC-θ阻害剤及びPD-1結合アンタゴニストの使用。
  60. T細胞機能不全疾患を治療する、又は癌を有する個体で免疫機能（例えば免疫エフェクター機能、T細胞機能など）を増強する、癌の進行を治療若しくは遅らせる、又は感染症を治療するための医薬の製造における、PKC-θ阻害剤及びPD-1結合アンタゴニストの使用。
  61. PKC-θ阻害剤及びPD-1結合アンタゴニストが同時投与のために処方される、請求項59又は請求項60に記載の使用。
  62. T細胞機能不全疾患を治療若しくは治療を補助する、又は癌を有する個体で免疫機能（例えば免疫エフェクター機能、T細胞機能など）を増強する、癌の進行を治療若しくは遅らせる、又は感染症を治療するためのPKC-θ阻害剤、PD-1結合アンタゴニスト及び補助薬剤（例えば化学療法剤）の使用。
  63. T細胞機能不全疾患を治療若しくは治療を補助する、又は癌を有する個体で免疫機能（例えば免疫エフェクター機能、T細胞機能など）を増強する、癌の進行を治療若しくは遅らせる、又は感染症を治療するための医薬の製造における、PKC-θ阻害剤、PD-1結合アンタゴニスト及び補助薬剤（例えば化学療法剤）の使用。
  64. PKC-θ阻害剤、PD-1結合アンタゴニスト及び補助薬剤（例えば化学療法剤）が同時投与のために処方される、請求項62又は請求項63に記載の使用。
  65. さらに、対象から得られたサンプルにおいて、T細胞の核PKC-θ（すなわち核に局在するPKC-θ）の（例えば、同じT細胞のTBETレベル又は活性化T細胞の核PKC-θレベルと対比した）レベル上昇を同時投与前に検出する工程を含む、請求項31から58のいずれか1項に記載の方法。
  66. さらに、対象から得られたサンプルにおいて、T細胞の核PKC-θ（すなわち核に局在するPKC-θ）の（例えば、同じT細胞のTBETレベル又は活性化T細胞の核PKC-θレベルと対比した）レベル上昇、及びT細胞の核のZEB1の（例えば、同じT細胞のTBETレベル又は活性化T細胞の核のZEB1レベルと対比した）レベル上昇を同時投与前に検出する工程を含む、請求項31から58のいずれか1項に記載の方法。
  67. PKC-θ及びZEB1を含む複合体のレベル上昇を検出する工程を含む、請求項66に記載の方法。
  68. PKC-θ及びZEB1を含む複合体のレベル上昇をT細胞の核で検出する工程を含む、請求項66に記載の方法。
  69. PKC-θ阻害剤及び場合によって医薬的に許容できる担体を含む医薬並びに指示書を含むパッケージ挿入物を含む、細胞機能不全疾患を治療する、又は癌を有する個体で免疫機能（例えば免疫エフェクター機能、T細胞機能など）を増強する、癌の進行を治療若しくは遅らせる、又は個体で感染症を治療するためのキットであって、前記指示書がPD-1結合アンタゴニスト及び場合によって医薬的に許容できる担体を含む別の医薬との前記医薬の同時投与を指示する、前記キット。
  70. PD-1結合アンタゴニスト及び場合によって医薬的に許容できる担体を含む医薬並びに指示書を含むパッケージ挿入物を含む、細胞機能不全疾患を治療する、又は癌を有する個体で免疫機能（例えば免疫エフェクター機能、T細胞機能など）を増強する、癌の進行を治療若しくは遅らせる、又は個体で感染症を治療するためのキットであって、前記指示書がPKC-θ阻害剤及び場合によって医薬的に許容できる担体を含む別の医薬との前記医薬の同時投与を指示する、前記キット。
  71. PKC-θ阻害剤及び場合によって医薬的に許容できる担体を含む第一の医薬並びにPD-1結合アンタゴニスト及び場合によって医薬的に許容できる担体を含む第二の医薬を含む、T細胞機能不全疾患を治療する、又は癌を有する個体で免疫機能（例えば免疫エフェクター機能、T細胞機能など）を増強する、癌の進行を治療若しくは遅らせる、又は個体で感染症を治療するためのキット。
  72. さらにパッケージ挿入物を含み、前記挿入物が、T細胞機能不全疾患を治療する、又は癌を有する個体で免疫機能（例えば免疫エフェクター機能、T細胞機能など）を増強する、癌の進行を治療若しくは遅らせる、又は個体で感染症を治療するために、第一の医薬及び第二の医薬を同時に投与するための指示書を含む、請求項71に記載のキット。
  73. 個体のCD8+ T細胞が、当該組合せの投与前と比較して、増強されるプライミング、活性化、増殖及び/又は細胞溶解活性を有する、請求項31から66のいずれか1項に記載の方法。
  74. CD8+ T細胞の数が当該組合せの投与前と比較して上昇する、請求項31から66及び73のいずれか1項に記載の方法。
  75. CD8+ T細胞が抗原特異的CD8+ T細胞である、請求項74に記載の方法。
  76. Treg機能が、PKC-θ阻害剤及びPD-1結合アンタゴニストの組合せの投与前と比較して抑止される、請求項31から66及び73から75のいずれか1項に記載の方法。
  77. T細胞疲弊が、PKC-θ阻害剤及びPD-1結合アンタゴニストの組合せの投与前と比較して減少する、請求項31から66及び73から76のいずれか1項に記載の方法。
  78. Treg細胞の数が、PKC-θ阻害剤及びPD-1結合アンタゴニストの組合せの投与前と比較して減少する、請求項31から66及び73から77のいずれか1項に記載の方法。
  79. 血漿IFN-γが、PKC-θ阻害剤及びPD-1結合アンタゴニストの組合せの投与前と比較して増加する、請求項31から66及び73から78のいずれか1項に記載の方法。
  80. 血漿TNF-αが、PKC-θ阻害剤及びPD-1結合アンタゴニストの組合せの投与前と比較して増加する、請求項31から66及び73から79のいずれか1項に記載の方法。
  81. 血漿IL-2が、PKC-θ阻害剤及びPD-1結合アンタゴニストの組合せの投与前と比較して増加する、請求項31から66及び73から80のいずれか1項に記載の方法。
  82. メモリーTエフェクター細胞の数が、PKC-θ阻害剤及びPD-1結合アンタゴニストの組合せの投与前と比較して増加する、請求項31から66及び73から81のいずれか1項に記載の方法。
  83. メモリーTエフェクター細胞活性化及び/又は増殖が、PKC-θ阻害剤及びPD-1結合アンタゴニストの組合せの投与前と比較して増加する、請求項31から66及び73から82のいずれか1項に記載の方法。
  84. メモリーTエフェクター細胞が末梢血で検出される、請求項31から66及び73から83のいずれか1項に記載の方法。
  85. メモリーTエフェクター細胞の検出がCXCR3の検出による、請求項84に記載の方法。
  86. T細胞機能不全疾患の存在を対象において診断する方法であって、以下の工程を含むか、以下の工程から成るか又は本質的に以下の工程から成る、前記方法：
    （i）対象からサンプルを入手する工程（ここでサンプルはT細胞（例えばCD8+ T細胞）を含む）；
    （ii）サンプル中のPKC-θと結合する第一の結合因子及びサンプル中のZEB1と結合する第二の結合因子とサンプルを接触させる工程；及び
    （iii）T細胞の核で第一及び第二の結合因子の局在を検出する工程；
    ここで、T細胞の核における第一及び第二の結合因子の局在は、対象にT細胞機能不全疾患が存在することを示す。
  87. さらに別の特徴では、本発明は、T細胞機能不全疾患の存在を対象において診断する方法を提供し、前記方法は、以下の工程を含むか、以下の工程から成るか又は本質的に以下の工程から成る：
    （i）対象からサンプルを入手する工程（ここでサンプルはT細胞（例えばCD8+ T細胞）を含む）；
    （ii）サンプル中のPKC-θと結合する第一の結合因子及びサンプル中のZEB1と結合する第二の結合因子とサンプルを接触させる工程；及び
    （iii）第一及び第二の結合因子サンプル中のPKC-θ−ZEB1複合体と結合したときに前記第一及び第二の結合因子を検出する工程；
    ここで、コントロールサンプル（例えば活性化T細胞を含むサンプル）で検出されるPKC-θ−ZEB1複合体のレベルと対比してサンプルにおいて検出されるPKC-θ−ZEB1複合体のレベル上昇は、対象にT細胞機能不全疾患が存在することを示す。
  88. T細胞機能不全疾患を有する対象の治療をモニターする方法であって、以下の工程を含むか、以下の工程から成るか又は本質的に以下の工程から成る前記方法：
    （i）T細胞機能不全疾患の治療法による対象の治療に続いて当該対象からサンプルを入手する工程（ここでサンプルはT細胞（例えばCD8+ T細胞）を含む）；
    （ii）サンプル中のPKC-θと結合する第一の結合因子及びサンプル中のZEB1と結合する第二の結合因子とサンプルを接触させる工程；及び
    （iii）第一及び第二の結合因子がサンプル中のPKC-θ−ZEB1複合体と結合したときに前記第一及び第二の結合因子を検出する工程；
    ここで、治療前に対象から採取したコントロールサンプルにおいて検出されるPKC-θ−ZEB1複合体のレベルと対比してサンプルにおいて検出されるPKC-θ−ZEB1複合体のレベルが低ければ、対象に対する臨床的有用性（例えば免疫エフェクター機能の増強、例えばT細胞機能増強）の増加を示し、
    治療前に対象から採取したコントロールサンプルにおいて検出されるPKC-θ−ZEB1複合体のレベルと対比してサンプルにおいて検出されるPKC-θ−ZEB1複合体のレベルが高ければ、対象に対する臨床的有用性（例えば免疫エフェクター機能の増強、例えばT細胞機能増強）が無いか又は無視し得ることを示す。
  89. 対象においてT細胞機能不全疾患の存在を診断するキット。これらのキットは概して、以下を含むか、以下から成るか又は本質的に以下から成る：（i）PKC-θと結合する第一の結合因子、（ii）ZEB1と結合する第二の結合因子、及び（iii）第一及び第二の結合因子の各々がPKC-θ−ZEB1複合体と結合したときに検出され得る、標識を含む第三の因子。
  90. 第三の因子が第一及び第二の結合因子と結合する結合因子である、請求項89に記載のキット。
  91. PKC-θ及びZEB1を含む複合体、複合体のPKC-θと結合する第一の結合因子、複合体のZEB1と結合する第二の結合因子、及び（iii）第一及び第二の結合因子の各々がPKC-θ−ZEB1複合体と結合したときに検出され得る、標識を含む第三の因子。
  92. PKC-θ−ZEB1複合体がT細胞内に存在する、請求項91に記載の複合体。
  93. 第三の因子が第一及び第二の結合因子と結合する結合因子である、請求項91又は請求項92に記載の複合体。
  94. PKC-θ及びZEB1を含む複合体を含むT細胞、複合体のPKC-θと結合する第一の結合因子、複合体のZEB1と結合する第二の結合因子、及び（iii）第一及び第二の結合因子の各々がPKC-θ−ZEB1複合体と結合したときに検出され得る、標識を含む第三の因子。
  95. 第三の因子が第一及び第二の結合因子と結合する結合因子である、請求項94に記載のT細胞。
  96. 対応する結合因子が抗体である、請求項86から95に記載の方法、キット、複合体又はT細胞。
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