JP2021072773A - p53−MHCクラスI複合体に結合するT細胞受容体様抗体 - Google Patents

p53−MHCクラスI複合体に結合するT細胞受容体様抗体 Download PDF

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Abstract

【課題】HLA*A型以外のMHCクラスI分子によって異常に発現される細胞内ターゲットをターゲティングする抗体を提供する。【解決手段】ペプチド−MHC複合体に結合する抗体およびその断片を開示する。特に、p53のペプチド、およびHLA−A*24アレルによってコードされるα鎖を含むMHCクラスI分子を含むペプチド−MHC複合体に結合する抗体を請求する。こうした抗体および断片を含む組成物、ならびに該抗体および断片を用いて、癌を治療し、予防し、そして診断するための使用および方法もまた開示する。【選択図】なし

Description

本出願は、2017年3月8日提出のSG出願第10201701883R号より優先権を請求し、該出願の内容および要素は、すべての目的のため、本明細書に援用される。
技術分野
本発明は、ペプチド−MHC複合体、特にp53のペプチドおよびMHCクラスI分子を含むペプチド−MHC複合体に結合する抗体に関する。
腫瘍抑制因子p53は、悪性腫瘍において見られる、最も一般的に突然変異している遺伝子の1つである。p53転写因子は、アポトーシス、老化、細胞周期抑制およびゲノム安定性に関与する遺伝子を制御することによって、腫瘍抑制において重要な役割を果たす。したがって、機能喪失を生じるp53の突然変異は、発癌に対する感受性を増加させる。
抗腫瘍免疫における免疫系の非常に重要な構成要素は、腫瘍細胞に対するCD8+ T細胞反応の細胞傷害性である。細胞傷害性CD8+ T細胞は、細胞内プロセシングによって得られ、MHCクラスI分子、例えばHLAA24によって細胞表面上に提示されるペプチドを認識することによって、正常健康細胞から腫瘍細胞を区別する。
しかし、有効な免疫反応が、CD8+ T細胞によって開始されるためには、寛容を破壊するために、ペプチド−MHC複合体が、外来性(foreign)であるか、または「非自己」でなければならない。p53の突然変異は、正常健康細胞とは異なり、そしてしたがってT細胞によって認識されて、ロバストな抗腫瘍免疫反応を誘発しうるこうした異なるペプチドの生成を、潜在的に生じうる。さらに、腫瘍細胞における突然変異体p53の集積は、p53の分解におけるプロセスに変化を生じる可能性もあり、これは次に、腫瘍細胞を正常細胞から区別する抗原性ペプチドの異なるレパートリーの生成を導く可能性もある。
療法モノクローナル抗体は、癌治療分野における成功が証明されてきているが、癌細胞表面上のターゲット分子の利用可能性によって制限されている。細胞内タンパク質、例えばp53は、古典的抗体アプローチによってはアクセス不能である。細胞表面上に発現されるペプチド−MHC複合体としての細胞内タンパク質由来の抗原性エピトープの提示は、こうした抗原をモノクローナル抗体でターゲティングする機会を提供する。
癌の際、MHCクラスI分子によって異常に発現される細胞内ターゲットをターゲティングする抗体が、異なるグループによって開発されてきている。しかし、これらの抗体は、大部分、白人における優勢アレルであるHLAA02に焦点を当てており、例えば欧州における14の最も一般的なHLAA型の中で、HLAA02は、〜30%に相当する。アジアにおけるHLA−A分布はより分散しており、そしてHLAA24およびHLAA11もまた一般的なアレルである。
1つの側面において、本発明は、細胞内タンパク質のペプチドおよびMHCクラスI分子の複合体に結合可能である、場合によって単離された、抗体または抗原結合断片を提供する。いくつかの態様において、細胞内タンパク質はp53である。
別の側面において、本発明は、p53のペプチドおよびMHCクラスI分子を含むペプ
チド−MHC複合体に結合可能である、場合によって単離された、抗体または抗原結合断片を提供する。
いくつかの態様において、本発明の多様な側面にしたがって、MHCクラスI分子は、HLA−A24アレルによってコードされるMHCクラスI α鎖を含む。いくつかの態様において、p53のペプチドは、配列番号75のアミノ酸配列、あるいは該アミノ酸配列中に1つまたは2つまたは3つのアミノ酸置換を有するその変異体、を含むか、または、からなる。いくつかの態様において、抗体または抗原結合断片は、アミノ酸配列i)〜vi):
Figure 2021072773
あるいは配列i)〜vi)の1つまたはそれより多くにおいて、1つまたは2つまたは3つのアミノ酸が別のアミノ酸で置換されているその変異体;
式中、X=TまたはA、X=SまたはY、X=AまたはD、X=GまたはD、X=DまたはE、X=VまたはT、X=HまたはN、X=NまたはT、X=NまたはS、X10=非存在またはD、X11=AまたはT、X12=SまたはA、X13=GまたはD、X14=MまたはI、X15=SまたはT、X16=IまたはM、X17=NまたはS、X18=NまたはD、X19=AまたはG、X20=GまたはA、X21=NまたはY、X22=AまたはS、X23=FまたはY、およびX24=HまたはYである
を含む。
いくつかの態様において、LC−CDR1は、TGSSSNIGADYETH(配列番号17)、AGSYSNIGDDYETH(配列番号20)、TGSSSNIGAGYDVH(配列番号24)、TGSSSNIGAGYDVN(配列番号27)、TGTSSDVGGYNYVS(配列番号29)またはRASQSIGTDLA(配列番号21)の1つである。いくつかの態様において、LC−CDR2は、GNTNRPS(配列番号18
)、GNNNRPS(配列番号25)、DASNRAT(配列番号22)またはDVSSRPS(配列番号30)の1つである。いくつかの態様において、LC−CDR3は、QSYDSNLSAWV(配列番号19)、QSYDSNLSDTWV(配列番号26)、QSYDSSLSAWV(配列番号28)、QQRSNWPPT(配列番号23)またはSSYTVFSTLV(配列番号31)の1つである。いくつかの態様において、HC−CDR1は、SGGYYWS(配列番号32)、SGGYYWA(配列番号35)、SGGYYWS(配列番号40)、GYYMH(配列番号37)、またはDYYIH(配列番号43)の1つである。いくつかの態様において、HC−CDR2は、YIYYSGSTYYNPSLKS(配列番号33)、YIYYSGTTYYNPSLKS(配列番号41)、WINPNSAGTNYAQKFQG(配列番号38)またはWMSPDSGATYYAQKFQG(配列番号44)の1つである。いくつかの態様において、HC−CDR3は、ENFGAFDH(配列番号34)、ENFGSYDY(配列番号36)、EGADGIYYFDY(配列番号39)、またはDTYGHDY(配列番号45)の1つである。
いくつかの態様において、抗体または抗原結合断片は、以下のCDR:
Figure 2021072773
を取り込む少なくとも1つの軽鎖可変領域を有する。
いくつかの態様において、抗体または抗原結合断片は、以下のCDR:
Figure 2021072773
を取り込む少なくとも1つの重鎖可変領域を有する。
別の側面において、本発明は、p53のペプチドおよびMHCクラスI分子を含むペプチド−MHC複合体に結合可能であり、軽鎖および重鎖可変領域配列を含む、場合によって単離された、抗体または抗原結合断片であって:
軽鎖が、LC−CDR1:XGSXSNIGXYX(配列番号46)、TGTSSDVGGYNYVS(配列番号29)またはRASQSIGTDLA(配列番号21)の1つ; LC−CDR2:GNXNRPS(配列番号47)、DASNRAT(配列番号22)またはDVSSRPS(配列番号30)の1つ; LC−CDR3:QSYDSXLSX1011WV(配列番号48)、QQRSNWPPT(配列番号23)またはSSYTVFSTLV(配列番号31)の1つ、に少なくとも85%の全体の配列同一性を有する、LC−CDR1、LC−CDR2、LC−CDR3を含み;そして
重鎖が、HC−CDR1:SGGYYWX12(配列番号49)またはX13YYX14H(配列番号50)の1つ; HC−CDR2:YIYYSGX15TYYNPSLKS(配列番号51)またはWX1617PX18SX1920TXYAQKFQG(配列番号52)の1つ; HC−CDR2:ENFGX2223DX24(配列番号53)、EGADGIYYFDY(配列番号39)またはDTYGHDY(配列番号45)の1つ、に少なくとも85%の全体の配列同一性を有する、HC−CDR1、HC−CDR2、HC−CDR3を含む;
式中、X=TまたはA、X=SまたはY、X=AまたはD、X=GまたはD、X=DまたはE、X=VまたはT、X=HまたはN、X=NまたはT、X=NまたはS、X10=非存在またはD、X11=AまたはT、X12=SまたはA、X13=GまたはD、X14=MまたはI、X15=SまたはT、X16=IまたはM、X17=NまたはS、X18=NまたはD、X19=AまたはG、X20=GまたはA、X21=NまたはY、X22=AまたはS、X23=FまたはY、およびX24=HまたはYである、
前記抗体または抗原結合断片を提供する。
別の側面において、本発明は、p53のペプチドおよびMHCクラスI分子を含むペプチド−MHC複合体に結合可能であり、軽鎖および重鎖可変領域配列を含む、場合によって単離された、抗体または抗原結合断片であって:
軽鎖配列が、配列番号1〜7の1つの軽鎖配列に少なくとも85%の配列同一性を有し、そして;
重鎖配列が、配列番号8〜16の1つの重鎖配列に少なくとも85%の配列同一性を有する
前記抗体または抗原結合断片を提供する。
いくつかの態様において、本発明の多様な側面にしたがって、抗体または抗原結合断片は、p53のペプチドおよびMHCクラスI分子を含むペプチド−MHC複合体を含むかまたは発現する細胞に対する、抗体依存性細胞仲介性細胞傷害性(ADCC)を示す。いくつかの態様において、抗体または抗原結合断片は、p53のペプチドおよびMHCクラスI分子を含むペプチド−MHC複合体を含むかまたは発現する細胞によって内在化される。いくつかの態様において、抗体または抗原結合断片は、完全ヒト抗体または完全ヒト抗体断片である。いくつかの態様において、抗体または抗原結合断片は、薬剤部分または検出可能部分にコンジュゲート化されている。
いくつかの態様において、本発明の多様な側面にしたがって、抗体または抗原結合断片は、ペプチド−MHC複合体以外のターゲットに特異的な抗体または抗原結合断片をさらに含む。いくつかの態様において、ペプチド−MHC複合体以外のターゲットに特異的な抗体または抗原結合断片は、免疫細胞表面分子に結合可能な抗体または抗原結合断片であり、すなわち、ペプチド−MHC複合体以外のターゲットは、免疫細胞表面分子である。
別の側面において、本発明は、本発明記載の抗原結合断片を含む、キメラ抗原受容体(CAR)を提供する。
別の側面において、本発明は、p53のペプチドおよびMHCクラスI分子を含むペプチド−MHC複合体に結合している、本発明記載の抗体、抗原結合断片またはCARを含む、場合によって単離された、in vitro複合体を提供する。
別の側面において、本発明は、本発明記載の抗体、抗原結合断片またはCAR、および少なくとも1つの薬学的に許容されうるキャリアーを含む、組成物を提供する。
別の側面において、本発明は、本発明記載の抗体、抗原結合断片またはCARをコードする、単離核酸を提供する。
別の側面において、本発明は、本発明記載の核酸を含む、ベクターを提供する。
別の側面において、本発明は、本発明記載の核酸または本発明記載のベクターを含む、細胞を提供する。
別の側面において、本発明は、本発明記載の抗体、抗原結合断片またはCARを作製するための方法であって、抗体、抗原結合断片またはCARの発現に適した条件下で、本発
明の細胞を培養する工程を含む、前記方法を提供する。
別の側面において、本発明は、療法において、または医学的治療法において、使用するための、本発明記載の抗体、抗原結合断片、CAR、組成物、核酸、ベクターまたは細胞を提供する。
別の側面において、本発明は、癌の治療または予防において使用するための、本発明記載の抗体、抗原結合断片、CAR、組成物、核酸、ベクターまたは細胞を提供する。
別の側面において、本発明は、癌の治療または予防のための薬剤製造における、本発明記載の抗体、抗原結合断片、CAR、組成物、核酸、ベクターまたは細胞の使用を提供する。
別の側面において、本発明は、癌を治療するかまたは予防する方法であって、本発明記載の抗体、抗原結合断片、CAR、組成物、核酸、ベクターまたは細胞の療法的または予防的に有効な量を、被験体に投与する工程を含む、前記方法を提供する。
別の側面において、本発明は、被験体において、癌を治療するかまたは予防する方法であって:
(a)被験体から少なくとも1つの細胞を単離し;
(b)本発明記載の抗体、抗原結合断片、CAR、組成物、核酸またはベクターを発現するかまたは含むように、少なくとも1つの細胞を修飾し、そして;
(c)被験体に、修飾した少なくとも1つの細胞を投与する
工程を含む、前記方法を提供する。
別の側面において、本発明は、被験体において、癌を治療するかまたは予防する方法であって:
(a)被験体から少なくとも1つの細胞を単離し;
(b)本発明記載の核酸または本発明記載のベクターを、少なくとも1つの細胞内に導入し、それによって少なくとも1つの細胞を修飾し、そして;
(c)被験体に、修飾した少なくとも1つの細胞を投与する
工程を含む、前記方法を提供する。
別の側面において、本発明は、本発明記載の抗体、抗原結合断片、CAR、組成物、核酸、ベクターまたは細胞のあらかじめ決定した量を含む、部分のキットを提供する。
別の側面において、本発明は、被験体において、疾患または状態を診断する方法であって、ペプチド−MHC複合体を含有するかまたは含有すると推定される試料を、請求項1〜21のいずれか一項記載の抗体または抗原結合断片と接触させ、そして抗体または抗原結合断片およびペプチド−MHC複合体の複合体の形成を検出する工程を含む、前記方法を提供する。
本発明の原理を例示する態様および実験を、ここで、付随する図に言及しながら論じる。
抗p53−A24抗体クローンの軽鎖可変ドメイン配列。CDRに下線を引き、そして別個に示す。 抗p53−A24抗体クローンの軽鎖可変ドメイン配列。CDRに下線を引き、そして別個に示す。 抗p53−A24抗体クローンの重鎖可変ドメイン配列。CDRに下線を引き、そして別個に示す。 抗p53−A24抗体クローンの重鎖可変ドメイン配列。CDRに下線を引き、そして別個に示す。 抗p53−A24抗体クローンの重鎖可変ドメイン配列。CDRに下線を引き、そして別個に示す。 抗p53−A24抗体クローンの軽鎖CDR配列を示す表。 抗p53−A24抗体クローンの重鎖CDR配列を示す表。 (A)LC−CDR1、(B)LC−CDR2および(C)LC−CDR3に関する、抗p53−A24抗体クローンおよびコンセンサス配列の軽鎖CDR配列を示す表。 (A)HC−CDR1、(B)HC−CDR2および(C)HC−CDR3に関する、抗p53−A24抗体クローンおよびコンセンサス配列の重鎖CDR配列を示す表。 抗p53−A24抗体クローンのVL領域をコードするヌクレオチド配列。 抗p53−A24抗体クローンのVL領域をコードするヌクレオチド配列。 抗p53−A24抗体クローンのVH領域をコードするヌクレオチド配列。 抗p53−A24抗体クローンのVH領域をコードするヌクレオチド配列。 (A)p53125−134−A24単量体および(B)陰性対照抗原に対する抗p53−A24抗体クローンの結合のELISA分析の結果を示すグラフ。 非パルス処理(1)、関連しないペプチドhTERT324−332、hTERT461−469、WT1235−243、WT1417−425またはp53204−212でパルス処理された(2〜6)、あるいはp53125−134でパルス処理された(7)、HLAA24発現HT29細胞に対する、(A)P1C1、(B)P1H4および(C)P2B4の結合を示すグラフ。 非パルス処理(1)、関連しないペプチドhTERT324−332、hTERT461−469、WT1235−243、WT1417−425またはp53204−212でパルス処理された(2〜6)、あるいはp53125−134でパルス処理された(7)、HLAA24発現HT29細胞に対する、(A)P1C1、(B)P1H4および(C)P2B4の結合を示すグラフ。 (A)p53ペプチドでパルス処理されたか(上部パネル)またはパルス処理されないか(下部パネル)いずれかの、野生型MDA−MB−231細胞(左パネル)またはHLAA24形質導入MDA−MB−231細胞(右パネル)、および(B)多様なhTERT、WT1またはp53ペプチドでパルス処理される前または処理された後のHLAA24+ SoaS2細胞に対する、P1C1の結合を示すグラフ。MFIヒストグラムを示す。 (A)p53ペプチドでパルス処理されたか(上部パネル)またはパルス処理されないか(下部パネル)いずれかの、野生型MDA−MB−231細胞(左パネル)またはHLAA24形質導入MDA−MB−231細胞(右パネル)、および(B)多様なhTERT、WT1またはp53ペプチドでパルス処理される前または処理された後のHLAA24+ SoaS2細胞に対する、P1C1の結合を示すグラフ。MFIヒストグラムを示す。 p53−A24に対する抗体P1C1由来抗体クローンの結合アフィニティを示す表。 非パルス処理HT29細胞に対する、P1C1由来クローン、生殖系列型(P1C1_gl)および2つのアフィニティ成熟クローン(P1C1_dmおよびP1C1_tm)の結合を示すグラフ。MFIヒストグラムを示す;左側の狭く鋭いピークは陰性対照(二次抗体のみ)に相当し、そして右側のより広いピークは試験クローンに相当する。 P1C1_glまたはP1C1_tmの存在下のADCCアッセイにおけるHLAA24陽性細胞の特異的殺細胞を示す棒グラフ。3つ組の平均細胞傷害性±SDを示す。 HT29パルス処理細胞による、p53−A24に複合体化した抗体の内在化を示すグラフおよび棒グラフ。(A)氷上(上部パネル)または37℃(下部パネル)でpH感受性色素標識P1C1_tm(左パネル)または標識アイソタイプ対照抗体(右パネル)とインキュベーションしたHT29細胞のMFI曲線。 HT29パルス処理細胞による、p53−A24に複合体化した抗体の内在化を示すグラフおよび棒グラフ。(B)pH感受性色素標識P1C1_tmまたは標識アイソタイプ対照抗体とインキュベーションした細胞に関する、異なる時点での細胞のMFI値。 P1C1_tm抗体の非存在下(PNU/PBD二次抗体のみ)または存在下(PNU/PBD)でのHT29細胞に対するPNUおよびPBDの細胞傷害性効果の増加を示す棒グラフ。細胞を、P1C1_tmおよび抗Fc抗体にコンジュゲート化されたPNUまたはPBD細胞傷害性薬剤とインキュベーションした。3つの濃度の抗体を試験し、これらの各々に関して、P1C1_tm/抗Fc抗体の比は1:1であった。未処理のまま放置されたウェル中の細胞数に比較した、インキュベーション72時間後に生存した細胞の比率を示す。 P1C1_tm抗体のin vivo特異性を示す写真。該抗体を用いて、NSGマウスにおいて、注入したヒト腫瘍細胞株を追跡した。(A)p53およびHLAA24を発現しているHT29細胞を動物の右脇腹に植え付け、そしてHLAA24−/p53+対照細胞を左脇腹に植え付けた。 P1C1_tm抗体のin vivo特異性を示す写真。該抗体を用いて、NSGマウスにおける注入したヒト腫瘍細胞株を追跡した。(B)p53およびHLAA24を発現しているHT29細胞を動物の右脇腹に植え付け、そしてHLAA24+/p53−対照細胞を左脇腹に植え付けた。蛍光標識P1C1_tm抗体の注入後の示す時間数で、確立された腫瘍のin vivo画像化からの代表的な画像を示す。 p53 CAR T細胞、対照T細胞による、またはT細胞なしでの、HT29腫瘍細胞の細胞溶解%を示すグラフ。インピーダンスに基づくT細胞仲介性細胞傷害性アッセイ(xCELLigence)を用いて、40時間に渡り、細胞溶解%を測定した。 抗p53−A24/CD3二重特異性抗体を、ヒト初代T細胞を通じた腫瘍細胞殺傷を誘導する能力に関して評価した。(A)2つの異なる形式の二重特異性抗体:BsAb1およびBsAb2を試験した。(B)BsAb1およびBsAb2のターゲット特異的細胞傷害性を、HLA−A24+/p53突然変異体+細胞株HT29(BsAb1:右側の曲線、BsAb2:左側の曲線)およびHLA−A24+/p53ヌル細胞株SaOS2に対して試験した。
本発明は、ペプチド−MHC複合体に結合する抗体および抗原結合断片、特にMHCクラスI分子に結合している(すなわち該分子によって提示されている)p53ペプチドを含むペプチド−MHC複合体、に結合可能である抗体に関する。
腫瘍関連ペプチド−MHC複合体、例えばp53/HLAA24に対するTCRの特異性を模倣する抗体/断片は、腫瘍特異的ターゲティング剤として有用である。こうした種は、それ自体、療法剤として、または薬剤および毒素などのペイロードの特異的送達のためのターゲティングツールとして、そしてまた診断ツールとしても有用である。
ペプチド−MHC複合体
T細胞受容体(TCR)はMHC分子によって提示される抗原ペプチドを認識する。抗
原は、抗原提示細胞(APC)の分子機構によって、ペプチドへとプロセシングされ、次いで、該ペプチドがMHC分子と会合し、そして細胞表面で、ペプチド−MHC複合体として提示される。異なるTCRは、異なるペプチド−MHC複合体に結合する異なる能力、そしてしたがって該複合体に対する異なる反応性を示す。抗原プロセシング、装填およびMHC上での提示は、例えば、本明細書にその全体が援用される、Immunobiology, 第5版 Janeway CA Jr, Travers P, Walport Mら New York: Garland Science (2001),
第5章に詳細に記載される。
本発明は、特に、ペプチド−MHC複合体に特異的に結合可能である、TCR様抗体に関する。特に、本発明は、MHCクラスI分子によって提示される細胞内タンパク質のペプチドを含むペプチド−MHC複合体に結合可能な抗体に関する。
「細胞内タンパク質」は、該タンパク質を発現している細胞の表面で、有意な度合いには発現していないタンパク質でありうる。細胞内タンパク質の細胞内局在は、主に、該タンパク質を発現している細胞の細胞質または核に対してであってもよいし、あるいは該タンパク質を発現している細胞の細胞内小器官、例えば小胞体、ゴルジ体等に対してであってもよい。
いくつかの態様において、本発明の抗体は、MHCクラスIによる提示が、疾患、例えば癌において上方制御されている、細胞内タンパク質のペプチドを含む、ペプチド−MHC複合体に結合可能である。いくつかの態様において、本発明の抗体は、癌関連ペプチドを含むペプチド−MHC複合体に結合可能である。
いくつかの態様において、本発明の抗体は、p53のペプチドを含むペプチド−MHC複合体に結合可能である。
p53腫瘍抑制因子は、ヒトにおいて、TP53遺伝子によってコードされるタンパク質である。P53は、DNA損傷および他のゲノム異常に対する細胞反応において、非常に重要な役割を果たす。p53の活性化は、細胞周期抑止、DNA修復またはアポトーシスを導く。本明細書において、「p53」は、任意の種由来のp53を指し、そしてこれには、任意の種由来のp53のアイソフォーム、断片、変異体または相同体が含まれる。いくつかの態様において、p53は、ヒトp53、霊長類p53、非ヒト霊長類p53、齧歯類p53、ネズミp53、または哺乳動物p53である。
いくつかの態様において、p53は、UniProKB−P04637(P53_HUMAN)のアミノ酸配列を含むかまたは該配列からなってもよい:
Figure 2021072773
いくつかの態様において、p53は、配列番号70のアミノ酸配列に、少なくとも60%、例えば少なくとも65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%または99%の1つの配列同一性を有するアミノ酸配列を含むかまたは該配列からなってもよい。
p53をコードする遺伝子の突然変異は、多様な癌の発展および進行において関連付けられてきている(MullerおよびVousden, Cancer Cell(2014) 25:304−317)。例えば、Sakakuraら 2007, Clin
Immunol. 125(1):43−51に説明されるように、p53機能喪失は、ヒト癌において、最も一般的な異常であり、そして80%を超える腫瘍がp53の欠陥を示し、そしてこれらの異常は、HLAクラスI制限T細胞による認識のため、腫瘍細胞上のHLAクラスI分子によって、野生型p53エピトープ(p53タンパク質由来の非突然変異ペプチド配列)の提示増加を導く。
異なるp53エピトープを提示するMHCクラスIを認識するCD8+ T細胞が同定されてきている。これらには、HLA−A02(HLA−A2)制限エピトープp5365−73、p53149−157、p53264−272およびp53217−225、ならびにHLA−A24(HLA−A24)制限エピトープp53125−134、p53161−169、およびp53204−212(例えば、Chikamatsuら, Oral Oncol. 2008 44(9): 870−877を参照されたい)が含まれる。p53のこれらのペプチドのアミノ酸配列を以下に示す。
Figure 2021072773
本明細書において、「ペプチド」は、ペプチド結合によって連結された、2つまたはそれより多いアミノ酸単量体の鎖を指す。いくつかの態様において、ペプチドは、長さ50アミノ酸またはそれ未満であってもよい。「ポリペプチド」は、本明細書において、ペプチド結合によって連結される2またはそれより多いペプチドの鎖を指す。
いくつかの態様において、p53のペプチドは、5〜20、5〜18、5〜15、5〜14、5〜13、5〜12、5〜11、または5〜10アミノ酸の連続配列を含むかまたは該配列からなってもよい。いくつかの態様において、ペプチドは、長さ5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、または15アミノ酸の1つであってもよい。
いくつかの態様において、p53ペプチドは、配列番号71〜77の1つの配列、あるいは該アミノ酸配列中に1つまたは2つまたは3つのアミノ酸置換を有するその変異体、
を含むか、または、からなる。いくつかの態様において、ペプチドは、アミノ酸配列の一端または両端に、1、2、3、4、5のアミノ酸をさらに含む。いくつかの態様において、ペプチドは、アミノ酸配列の一端または両端に、1〜2、1〜3、1〜4、または1〜5のアミノ酸をさらに含む。
いくつかの態様において、p53ペプチドは、配列番号73からならない。
いくつかの態様において、p53ペプチドは、配列番号75の配列、あるいは該アミノ酸配列中に1つまたは2つまたは3つのアミノ酸置換を有するその変異体、を含むか、または、からなる。
ペプチドは、MHC分子、例えばMHCクラスI分子によって提示される。MHCクラスI分子は、α鎖およびβ2−ミクログロブリンのヘテロ二量体である。α鎖は、α1、α2およびα3と称される3つのドメインを有する。α1およびα2ドメインは、ともに、溝を形成し、この溝に、MHCクラスI分子によって提示されるペプチドが結合して、ペプチド−MHC複合体を形成する。MHCクラスI α鎖は多型性であり、そして異なるα鎖が異なるペプチドに結合し、そして提示することが可能である。ヒトにおいて、MHCクラスI α鎖は、ヒト白血球抗原(HLA)遺伝子によってコードされる。
本明細書において、MHCクラスI α/HLAは、任意の種由来であってもよく、そしてこれには、任意の種由来のアイソフォーム、断片、変異体または相同体が含まれる。いくつかの態様において、MHCクラスI α/HLAは、ヒト、霊長類、非ヒト霊長類、齧歯類、ネズミ、または哺乳動物である。
いくつかの態様において、MHCクラスI分子は、HLA−A遺伝子座にコードされるα鎖を含む。いくつかの態様において、α鎖は、アレル群HLA−A2またはHLA−A24のメンバーである、HLA−Aアレルによってコードされる。いくつかの態様において、α鎖は、アレル群HLA−A24のメンバー(例えばHLA−A2402またはHLA−A2403)であるHLA−Aアレルによってコードされる。いくつかの態様において、α鎖はHLA−A2402によってコードされる。
いくつかの態様において、MHCクラスI分子は、HLA−A201によってコードされないα鎖である。いくつかの態様において、MHCクラスI分子は、アレル群HLA−A2のメンバーによってコードされないα鎖を含む。
特定の態様において、本発明は、配列番号75のアミノ酸配列を含むか、または、該配列からなるペプチド、およびHLA−A24アレルによってコードされるMHCクラスI α鎖を含むMHCクラスI分子を含む、ペプチド:MHC複合体、に結合可能である抗体または抗原結合断片に関する。
抗体/抗原結合断片
本発明記載の抗体および抗原結合断片は、p53のペプチドおよびMHCクラスI分子のペプチド−MHC複合体に結合する。
「抗体」によって、本発明者らは、断片およびその誘導体、あるいは合成抗体または合成抗体断片を含める。本明細書において、抗体は、関連ターゲット分子(すなわち抗体が特異的である抗原)に特異的に結合可能なポリペプチドである。本発明記載の抗体は、単離型で提供されてもよい。
モノクローナル抗体技術に関連した今日の技術を考慮すると、抗体は、大部分の抗原に対して調製可能である。抗原結合部分は、抗体の部分(例えばFab断片)または合成抗
体断片(例えば一本鎖Fv断片[ScFv])であってもよい。選択した抗原に対する適切なモノクローナル抗体は、既知の技術、例えば、“Monoclonal Antibodies: A manual of techniques”, H Zola(CRC Press, 1988)に、そして“Monoclonal Hybridoma Antibodies: Techniques and Applications”, J G R Hurrell(CRC Press, 1982)に開示されるものによって調製可能である。キメラ抗体は、Neubergerら(1988, 8th International Biotechnology Symposium Part 2, 792−799)によって論じられる。
モノクローナル抗体(mAb)は、本発明の方法において有用であり、そして抗原上の単一のエピトープを特異的にターゲティングする抗体の均質な集団である。
FabおよびFab断片などの、抗体の抗原結合断片もまた使用/提供してもよく、抗体および抗体断片を遺伝子操作してもよい。抗体の可変重鎖(V)および可変軽鎖(V)ドメインは、抗原認識に関与し、この事実は、初期のプロテアーゼ消化実験によって最初に認識された。さらなる確認は、齧歯類抗体の「ヒト化」によって見出された。齧歯類起源の可変ドメインを、ヒト起源の定常ドメインに融合させて、生じる抗体が、齧歯類親抗体の抗原特異性を保持するようにしてもよい(Morrisonら(1984) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 81, 6851−6855)。
いくつかの態様において、抗体/断片は、完全ヒト抗体/断片である。完全ヒト抗体/断片は、ヒト核酸配列(単数または複数)によってコードされる。完全ヒト抗体/断片は、非ヒトアミノ酸配列を欠く。
完全ヒト抗体の産生に対して、2つの最も一般的に使用される技術は、(i)ヒト抗体遺伝子がファージディスプレイライブラリーにおいて発現される、ファージディスプレイ、および(ii)ヒト抗体遺伝子を有するように操作されたトランスジェニックマウスにおける抗体の産生(ParkおよびSmolen Advances in Protein Chemistry(2001)56:369−421に記載される)である。簡潔には、ヒト抗体遺伝子−ファージディスプレイ技術において、VHおよびVL鎖をコードする遺伝子を、「ナイーブ(naive)」ヒトリンパ球からのPCR増幅およびクローニングによって生成し、そしてジスルフィド連結Fab断片としてまたは一本鎖Fv(scFv)断片としてのいずれかで発現されうるライブラリーに組み立てる。糸状バクテリオファージの表面コートタンパク質にFabまたはscFvコード遺伝子を融合させ、そして次いで、関心対象のターゲットに結合可能なFabまたはscFvは、抗原でライブラリーをスクリーニングすることによって同定されうる。分子進化またはアフィニティ成熟法を使用して、Fab/scFv断片のアフィニティを増進してもよい。トランスジェニックマウス技術においては、内因性ネズミIg遺伝子遺伝子座が、相同組み換えによって、そのヒト相同体で置き換えられているマウスを、抗原で免疫し、そして慣用的なハイブリドーマ技術によってモノクローナル抗体を調製して、完全ヒトモノクローナル抗体を生じる。
抗原特異性は可変ドメインによって与えられ、そして定常ドメインからは独立であることは、すべて1つまたはそれより多くの可変ドメインを含有する抗体断片の細菌発現を伴う実験から知られる。これらの分子には、Fab様分子(Betterら(1988) Science 240, 1041); Fv分子(Skerraら(1988) Science 240, 1038); VおよびVパートナードメインが柔軟なオリゴペプチドを通じて連結される、一本鎖Fv(ScFv)分子(Birdら(1988) Science 242, 423; Hustonら(1988) Proc.
Natl. Acad. Sci. USA 85, 5879);ならびに単離Vドメインを含む単一ドメイン抗体(dAb)(Wardら(1989) Nature 341, 544)が含まれる。特異的結合部位を保持する抗体断片合成に関与する技術の一般的な概説は、Winter & Milstein(1991) Nature 349, 293−299中に見出されるはずである。
「ScFv分子」によって、本発明者らは、VおよびVパートナードメインが、例えば柔軟なオリゴペプチドによって共有結合されている分子を意味する。
Fab、Fv、ScFvおよびdAb抗体断片は、すべて大腸菌(E. coli)において発現可能であり、そして大腸菌から分泌可能であり、したがって、多量の前記断片の容易な産生が可能になる。
全抗体、およびF(ab’)断片は「二価」である。「二価」によって、本発明者らは、前記抗体およびF(ab’)断片が2つの抗原結合部位を有することを意味する。対照的に、Fab、Fv、ScFvおよびdAb断片は一価であり、1つの抗原結合部位しか持たない。
本発明記載の抗原結合断片は、ターゲット抗原に結合可能なポリペプチドの任意の断片であってもよい。
いくつかの態様において、抗原結合断片は、抗体または抗原結合断片の抗原結合領域を一緒に定義する少なくとも3つの軽鎖CDR(すなわちLC−CDR1、LC−CDR2およびLC−CDR3;本明細書において、LC−CDR1〜3ともまた称される)および3つの重鎖CDR(すなわちHC−CDR1、HC−CDR2およびHC−CDR3;本明細書において、HC−CDR1〜3ともまた称される)を含む。いくつかの態様において、抗原結合断片は、抗体または抗原結合断片の軽鎖可変ドメインおよび重鎖可変ドメインを含んでもよい。いくつかの態様において、抗原結合断片は、抗体または抗原結合断片の軽鎖ポリペプチドおよび重鎖ポリペプチドを含んでもよい。
本発明はまた、本発明記載の1つまたはそれより多い抗原結合断片またはポリペプチドを含むキメラ抗原受容体(CAR)も提供する。
キメラ抗原受容体(CAR)は、抗原結合およびT細胞活性化機能の両方を提供する組換え受容体である。CAR構造および操作は、例えば、本明細書にその全体が援用される、Dottiら, Immunol Rev(2014)257(1)に概説される。CARは、典型的には、細胞膜アンカー領域、例えば膜貫通領域、およびシグナル伝達領域に連結された細胞外抗原結合領域を含む。場合によるヒンジまたはスペーサー領域は、抗原結合領域および細胞膜アンカー領域間に分離を提供することも可能であり、そして柔軟性リンカーとして作用することも可能である。
本発明記載の抗原結合断片またはポリペプチドは、本明細書において、キメラ抗原受容体(CAR)の抗原結合ドメインとして提供される。いくつかの態様において、CARは、本明細書記載の抗体、抗原結合断片またはポリペプチドの任意の態様にしたがって、VLドメインおよびVHドメインを含む。本発明記載のCARの抗原結合領域は、任意の適切な形式、例えばscFv、scFab等で提供されてもよい。
細胞膜アンカー領域または膜貫通領域を、CARの抗原結合領域およびシグナル伝達領域の間に提供し、そして該領域は、抗原結合領域が細胞外空間にあり、そしてシグナル伝達領域が細胞内部にあるように、CARを発現している細胞の細胞膜へのCARのアンカーリングを提供する。いくつかの態様において、CARは、CD3−ζ、CD4、CD8またはCD28の1つの膜貫通領域アミノ酸配列を含むか、該配列からなるか、あるいは、該配列に由来するアミノ酸配列を含むかまたは該配列からなる細胞膜アンカー領域を含
む。本明細書において、参照アミノ酸配列「に由来する」領域は、参照配列に、少なくとも60%、例えば少なくとも65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%または100%の1つの配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。
細胞膜アンカー領域または膜貫通領域は、細胞膜に渡る、疎水性アルファらせんであってもよい。シグナル伝達領域と会合する膜貫通領域は共通して用いられるか、あるいは、膜貫通領域は、同じまたは異なる表面膜タンパク質の膜貫通ドメインへのこうしたドメインの結合を回避して、受容体複合体の他のメンバーとの相互作用を最小限にするように、選択されるかまたはアミノ酸置換によって修飾されてもよい。
CARは、T細胞強度、特異性および安全性をさらに増進させるため、共刺激性リガンド、キメラ共刺激性受容体またはサイトカインと組み合わされてもよい(本明細書に特に援用される、Sadelainら, キメラ抗原受容体(CAR)設計の基本原理。 Cancer Discov. 2013 April; 3(4): 388−398.
doi:10.1158/2159−8290.CD−12−0548)。
本発明記載のCARを含む細胞もまた提供する。本発明記載のCARを用いて、CAR発現免疫細胞、例えばT細胞を生成することも可能である。これらの細胞は、CARが特異的である抗原(単数または複数)を発現する癌細胞、例えば腫瘍細胞をターゲティングすることも可能である。T細胞内へのCARの操作は、形質導入および拡大のためのin
vitroでの培養中に実行可能であり、例えば養子T細胞療法のためのT細胞の拡大中に起こる。
また、本発明において、本発明記載の抗体または抗原結合断片を含む二重特異性抗体および二重特異性抗原結合断片も提供する。二重特異性抗体または二重特異性抗原結合断片は、(i)本発明記載の抗体または抗原結合断片、および(ii)ペプチド−MHC複合体以外のターゲットに対して特異的な抗体または抗原結合断片を含んでもよい。
いくつかの態様において、二重特異性抗体および二重特異性抗原結合断片は、本発明記載の抗原または抗原結合断片、および免疫細胞表面分子に結合可能な抗体または抗原結合断片を含む。本明細書において、免疫細胞表面分子は、免疫細胞の細胞表面で発現される分子であり、そして任意のペプチド/ポリペプチド、糖タンパク質、リポタンパク質、グリカン、糖脂質、脂質、またはその断片であってもよい。
免疫細胞表面分子は、任意の免疫細胞の細胞表面で発現されてもよい。いくつかの態様において、免疫細胞は、造血起源の細胞、例えば好中球、好酸球、好塩基球、樹状細胞、リンパ球、または単球であってもよい。リンパ球は、例えばT細胞、B細胞、ナチュラルキラー(NK)細胞、NKT細胞または自然リンパ球(ILC)、またはその前駆体(例えば胸腺細胞またはプレB細胞)であってもよい。細胞は、1つまたはそれより多いCD3ポリペプチド(例えばCD3ε、CD3γ、CD3δ、CD3ζおよび/またはCD3η)、TCRポリペプチド(TCRα、TCRβ、TCRγおよび/またはTCRδ)、CD27、CD28、CD4、CD8、CD16、CCR5、CCR7、CD2、CD7、PD−1、および/またはCTLA4を発現してもよい。
いくつかの態様において、免疫細胞はT細胞である。いくつかの態様において、T細胞はCD3+ T細胞である。いくつかの態様において、T細胞は、CD3+、CD8+ T細胞である。いくつかの態様において、T細胞はCD3+、CD4+ T細胞である。いくつかの態様において、T細胞は、細胞傷害性T細胞(例えば細胞傷害性Tリンパ球(CTL))、Tヘルパー細胞(例えばTh1、Th2、Th9、Th17、Th22また
はTfh細胞)、制御T細胞(Treg)、セントラルメモリーT細胞(Tcm)、またはエフェクターメモリーT細胞(Tem)である。
いくつかの態様において、免疫細胞はNK細胞である。いくつかの態様において、T細胞はCD16+ NK細胞である。
いくつかの態様において、免疫細胞表面分子は、1つまたはそれより多いCD3ポリペプチド(例えばCD3ε、CD3γ、CD3δ、CD3ζまたはCD3η)、TCRポリペプチド(TCRα、TCRβ、TCRγおよびTCRδ)、CD27、CD28、CD4、CD8、CCR5、CCR7、CD2、CD7、PD−1、およびCTLA4より選択される。
CD3は、Tリンパ球細胞表面で発現されるポリペプチドの複合体である。哺乳動物において、CD3複合体は、CD3γ鎖、CD3δ鎖および2つのCD3ε鎖を含有する。これらの鎖は、TCRポリペプチド(TCRαおよびTCRβ)およびCD3ζ/CD3η鎖と会合して、CD3−TCR複合体を形成し、これは、Tリンパ球において、活性化シグナルを生じる。
いくつかの態様において、免疫細胞表面分子は、T細胞の細胞表面で発現される分子である。いくつかの態様において、免疫細胞表面分子は、CD3−TCR複合体のポリペプチドである。いくつかの態様において、免疫細胞表面分子は、CD3ポリペプチド(例えばCD3ε、CD3γ、CD3δ、CD3ζまたはCD3η)、CD3ポリペプチドを含有する複合体、TCRポリペプチド(TCRα、TCRβ、TCRγまたはTCRδ)またはTCRポリペプチドを含有する複合体である。
いくつかの態様において、二重特異性抗体および二重特異性抗原結合断片は、本発明記載の抗体または抗原結合断片、およびCD3結合ドメインを含む。いくつかの態様において、二重特異性抗体および二重特異性抗原結合断片は、本発明記載の抗体または抗原結合断片、およびCD3−TCR複合体ポリペプチド結合ドメインを含む。いくつかの態様において、CD3−TCR複合体ポリペプチド結合ドメインは、CD3ポリペプチド結合ドメインである。いくつかの態様において、CD3−TCR複合体ポリペプチド結合ドメインは、CD3ε結合ドメインである。
二重特異性抗体/断片は、任意の適切な形式、例えば本明細書にその全体が援用されるKontermann MAbs 2012, 4(2): 182−197に記載される形式で提供されてもよい。例えば、二重特異性抗体または二重特異性抗原結合断片は、二重特異性抗体コンジュゲート(例えばIgG2、F(ab’)またはCovX−Body)、二重特異性IgGまたはIgG様分子(例えばIgG、scFv−Ig、IgG−scFv、scFv−IgG、DVD−Ig、IgG−sVD、sVD−IgG、2イン1−IgG、mAb、またはTandemab共通LC)、非対称二重特異性IgGまたはIgG様分子(例えばkih IgG、kih IgG共通LC、CrossMab、kih IgG−scFab、mAb−Fv、電荷対(charge pair)またはSEED−body)、小分子二重特異性抗体分子(例えばDiabody(Db)、dsDb、DART、scDb、tandAbs、タンデムscFv(taFv)、タンデムdAb/VHH、三重ボディ、三重ヘッド、Fab−scFv、またはF(ab’)−scFv)、二重特異性FcおよびC3融合タンパク質(例えばtaFv−Fc、Di−ディアボディ、scDb−C3、scFv−Fc−scFv、HCAb−VHH、scFv−kih−Fc、またはscFv−kih−C3)、または二重特異性融合タンパク質(例えばscFv−アルブミン、scDb−アルブミン、taFv−毒素、DNL−Fab、DNL−Fab−IgG、DNL−Fab−IgG−サイトカイン)であってもよい。特に、Kontermann MAbs 2012, 4
(2): 182−19の図2を参照されたい。二重特異性抗体または抗原結合断片は、二重特異性T細胞エンゲージャー(BiTE)であってもよい。
いくつかの態様において、ペプチド−MHC複合体以外のターゲットに対して特異的な抗体または抗原結合断片は、本明細書記載の二重特異性抗体または二重特異性抗原結合断片の断片結晶化可能領域(Fc領域)上に位置する。いくつかの態様において、二重特異性抗体または二重特異性抗原結合断片のFab領域は、ペプチド−MHC複合体以外のターゲットに対して特異的な抗体または抗原結合断片を含む。いくつかの態様において、ペプチド−MHC複合体以外のターゲットに対して特異的な抗体または抗原結合断片は、本明細書記載の二重特異性抗体または二重特異性抗原結合断片のFab領域に置き換わる。
二重特異性抗体を産生するための方法には、例えば還元可能ジスルフィドまたは還元不能チオエーテル結合を用いた、例えば本明細書にその全体が援用されるSegalおよびBast, 2001. 二重特異性抗体の産生。 Current Protocols in Immunology. 14:IV:2.13:2.13.1−2.13.16に記載されるような、抗体または抗体断片の化学的架橋が含まれる。例えば、N−スクシニミジル−3−(−2−ピリジルジチオ)−プロピオネート(SPDP)を用いて、例えばヒンジ領域SH基を通じてFab断片を化学的に架橋して、ジスルフィド連結二重特異性F(ab)ヘテロ二量体を生成してもよい。他の方法には、抗体産生ハイブリドーマを、例えばポリエチレングリコールで融合させて、例えばD. M.およびBast, B. J. 2001. 二重特異性抗体の産生。 Current Protocols in Immunology. 14:IV:2.13:2.13.1−2.13.16に記載されるような二重特異性抗体を分泌可能なクアドローマ細胞を産生することが含まれる。二重特異性抗体および二重特異性抗原結合断片はまた、組換え的に、例えばどちらも本明細書にその全内容が援用される、Antibody Engineering: Methods and Protocols, 第2版(Humana Press, 2012), 第40章: 二重特異性抗体の産生:ディアボディおよびタンデムscFv(HornigおよびFarber−Schwarz)、または French, 二重特異性抗体作製法, Methods Mol. Med. 2000; 40:333−339に記載されるような、抗原結合分子のポリペプチドをコードする核酸構築物からの発現によって産生可能である。
非修飾親抗体に比較して、抗原に対する抗体のアフィニティが改善されている修飾抗体を生成する、アフィニティ成熟プロセスによって抗体を産生してもよい。当該技術分野に知られる方法、例えばMarksら, Rio/Technology 10:779−783(1992); Barbasら Proc Nat. Acad. Sci. USA 91:3809−3813(1994); Schierら Gene 169:147−155(1995); Yeltonら J. Immunol. 155:1994−2004(1995); Jacksonら, J. Immunol. 154(7):331 0−15 9(1995);およびHawkinsら, J. Mol. Biol. 226:889−896(1992)によって、アフィニティ成熟抗体を産生してもよい。
本発明は、鎖シャフリング、例えば軽鎖シャフリングおよび/または重鎖シャフリングのプロセスをさらに経ている、本明細書記載の抗体を提供する。抗体アフィニティを改善するための鎖シャフリングは、Marks, 鎖シャフリングによる抗体アフィニティの成熟, Antibody Engineering Methods and Protocols, Humana Press(2004)Vol.248, pp327−343に詳細に記載されており、該文献は、その全体が本明細書に援用され、特に、軽鎖シャフリングは、そのセクション3.1および3.2に詳細に記載される。軽鎖シャフ
リングにおいて、抗体の重鎖可変領域を軽鎖可変領域パートナーのレパートリーと組み合わせて、関心対象のターゲットタンパク質に高アフィニティを有する新規VL/VHの組み合わせを同定する。この方式で、非常に高い結合アフィニティを持つように、抗体/断片を最適化する。
いくつかの側面において、本発明の抗体/断片は、本明細書記載の抗体クローンのVHおよび/またはVLドメインのCDR(すなわちCDR1〜3)またはその変異体を含む。いくつかの態様において、本発明の抗体/断片は、本明細書記載の抗体クローンのHC−CDR 1〜3またはその変異体を含む。いくつかの態様において、本発明の抗体/断片は、本明細書記載の抗体クローンのLC−CDR 1〜3またはその変異体を含む。
本開示の抗体クローンのHC−CDR1〜3およびLC−CDR1〜3は、Kabatの定義にしたがって定義される(本明細書にその全体が援用されるKabatら, NIH Publication, 91−3242(1991))。
本明細書において、CDRの変異体は、CDRのアミノ酸配列中に、例えば1つまたは2つまたは3つの置換を含んでもよい。本明細書において、VLまたはVHドメインの変異体は、ドメインのアミノ酸配列中に、例えば1、2、3、4、5、6、7、8、9または10の置換を含んでもよい。
いくつかの態様において、本発明の抗体/断片は、本明細書記載の抗体クローンのHC−CDR1〜3またはその変異体、および本明細書記載の抗体クローンのLC−CDR1〜3またはその変異体を含む。
いくつかの側面において、本発明の抗体/断片は、本明細書記載の抗体クローンのVHおよび/またはVLドメインのCDR、またはその変異体を含む。いくつかの側面において、本発明の抗体/断片は、本明細書記載の抗体クローンのVHおよび/またはVLドメイン、またはその変異体を含む。
いくつかの側面において、本発明の抗体/断片は、P1C1、P1C1_gl、P1C1_dm、P1C1_tm、1G7、2E3、1E11、P1H4、P1B11、P1A8またはP2B4より選択されるクローンのVHおよび/またはVLドメインのCDRまたはその変異体を含む。
いくつかの側面において、本発明の抗体/断片は、P1C1、P1C1_gl、P1C1_dm、P1C1_tm、1G7、2E3、1E11、P1H4、P1B11、P1A8またはP2B4より選択されるクローンのVHおよび/またはVLドメインまたはその変異体を含む。
いくつかの側面において、本発明の抗体/断片は、本明細書記載の抗体クローンのVHドメインのHC−CDR1〜3またはその変異体を含む。いくつかの側面において、本発明の抗体/断片は、クローンのVHドメインまたはその変異体を含む。
いくつかの側面において、本発明の抗体/断片は、本明細書記載の抗体クローンのVLドメインのLC−CDR1〜3またはその変異体を含む。いくつかの側面において、本発明の抗体/断片は、クローンのVLドメインまたはその変異体を含む。
いくつかの態様において、本発明の抗体/断片は、P1C1、P1C1_gl、P1C1_dm、P1C1_tm、1G7、2E3、1E11、P1H4、P1B11、P1A8またはP2B4より選択される抗体クローンのVHドメインのHC−CDR1〜3また
はVHドメインを含む。
いくつかの態様において、本発明の抗体/断片は、P1C1、P1C1_gl、P1C1_dm、P1C1_tm、1G7、2E3、1E11、P1H4、P1B11、P1A8またはP2B4より選択される抗体クローンのVLドメインのLC−CDR1〜3またはVLドメインを含む。
抗体クローンP1C1、P1C1_gl、P1C1_dm、P1C1_tm、1G7、2E3、1E11、P1H4、P1B11、P1A8またはP2B4のVLドメインのアミノ酸配列は、Kabat系(Kabatら, NIH Publication, 91−3242(1991))にしたがって定義される、LC−CDR1〜3のように、図1に示される。P1C1、P1C1_gl、P1C1_dm、P1C1_tm、1G7、2E3、1E11、P1H4、P1B11、P1A8またはP2B4のVHドメインのアミノ酸配列は、Kabat系にしたがって定義される、HC−CDR1〜3のように、図2に示される。
本発明記載の抗体/断片は、本明細書記載のVLおよび/またはVHアミノ酸配列の1つまたはそれより多くに対して、高い割合の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む、VLおよび/またはVH鎖を含んでもよい。例えば、本発明記載の抗体には、配列番号1〜7の1つのVL鎖アミノ酸配列に、少なくとも70%、より好ましくは少なくとも75%、80%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%の1つの配列同一性を有するアミノ酸配列を含むVL鎖を有する抗体が含まれる。本発明記載の抗体/断片には、配列番号8〜16の1つのVH鎖アミノ酸配列に、少なくとも70%、より好ましくは少なくとも75%、80%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%の1つの配列同一性を有するアミノ酸配列を含むVH鎖を有する抗体が含まれる。
本発明記載の抗体/断片は、本明細書記載のVLおよび/またはVH核酸配列の1つまたはそれより多くに対して、高い割合の配列同一性を有する核酸配列、あるいはコドン縮重の結果として同じアミノ酸配列をコードする核酸配列にコードされる、VLおよび/またはVH鎖を含んでもよい。例えば、本発明記載の抗体には、配列番号54〜60の1つのVL鎖核酸配列に、少なくとも70%、より好ましくは少なくとも75%、80%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%の1つの配列同一性を有する核酸配列、あるいはコドン縮重の結果として配列番号54〜60の1つと同じアミノ酸配列をコードする核酸配列にコードされる、VL鎖を有する抗体が含まれる。本発明記載の抗体/断片には、配列番号61〜69の1つのVH鎖核酸配列に、少なくとも70%、より好ましくは少なくとも75%、80%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%の1つの配列同一性を有する核酸配列、あるいはコドン縮重の結果として配列番号61〜69の1つと同じアミノ酸配列をコードする核酸配列にコードされる、VH鎖を有する抗体が含まれる。
本明細書に開示する軽鎖および重鎖CDRはまた、いくつかの異なるフレームワーク領域と組み合わせて特に有用でありうる。したがって、LC−CDR1〜3またはHC−CDR1〜3を有する軽鎖および/または重鎖は、代替フレームワーク領域を所持しうる。適切なフレームワーク領域が当該技術分野に周知であり、そして例えば、本明細書に援用されるM. Lefranc & G. Lefranc (2001) ”The Immunoglobulin FactsBook”, Academic Press
に記載される。
本発明記載の抗体/断片は、検出可能に標識されていてもよいし、または少なくとも検出可能であってもよい。例えば、抗体は、放射性原子または着色分子または蛍光分子または任意の他の方法で容易に検出可能な分子で標識されていてもよい。適切な検出可能分子には、蛍光タンパク質、ルシフェラーゼ、酵素基質、放射標識および結合部分が含まれる。標識は、抗体/断片へのコンジュゲート化によってもよい。抗原結合分子は、検出可能標識で直接標識されていてもよいし、または間接的に標識されていてもよい。いくつかの態様において、標識は:放射性ヌクレオチド(radio−nucleotide)、陽電子放出核種(例えば、陽電子放出断層撮影(PET)のため)、MRI造影剤または蛍光標識より選択されてもよい。
本発明記載の抗体および抗原結合断片を、エフェクター部分、例えば薬剤部分、例えば細胞傷害性小分子にコンジュゲート化してもよい。こうしたコンジュゲートは、エフェクター部分のターゲティング化送達を通じて、抗体/抗原結合断片が特異的であるターゲットを発現している細胞のターゲティング化殺傷に有用である。
あるいは、いくつかの態様において、本発明記載の抗体および抗原結合断片は、抗体/断片への結合が可能な二次結合剤(例えば二次抗体)と組み合わせて有用である可能性もあり、こうした結合剤は、薬剤、例えば細胞傷害性小分子にコンジュゲート化している。
いくつかの態様において、部分は、例えばどちらもその全体が本明細書に援用される、VankemmelvekeおよびDurrant Ther. Deliv. (2016)7(3), 141−144またはDiamantisおよびBanjeri, British Journal of Cancer(2016)114, 362−367に記載される部分より選択される。いくつかの態様において、薬剤部分は、PNU159682(PNU)およびピロロベンゾジアゼピン(PBD)より選択される。いくつかの態様において、薬剤部分はアントラサイクリン誘導体である。
本発明によって、また、単離重鎖可変領域ポリペプチド、および単離軽鎖可変領域ポリペプチドも提供される。
いくつかの側面において、本明細書記載の抗体クローンの任意の1つのLC−CDR1〜3を含む、単離軽鎖可変領域ポリペプチドを提供する。いくつかの側面において、本明細書記載の抗体クローンの任意の1つの軽鎖可変領域のアミノ酸配列に、少なくとも70%、より好ましくは少なくとも75%、80%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%の1つの配列同一性を有するアミノ酸配列を含む、単離軽鎖可変領域ポリペプチドを提供する。
いくつかの側面において、本明細書記載の抗体クローンの任意の1つのHC−CDR1〜3を含む、単離重鎖可変領域ポリペプチドを提供する。いくつかの側面において、本明細書記載の抗体クローンの任意の1つの重鎖可変領域のアミノ酸配列に、少なくとも70%、より好ましくは少なくとも75%、80%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%の1つの配列同一性を有するアミノ酸配列を含む、単離重鎖可変領域ポリペプチドを提供する。
抗体/断片の機能特性
本発明の抗体および断片は、特定の機能特性を参照することにより特徴づけることも可能である。特に、本発明記載の抗体または抗原結合断片は、以下の特性の1つまたはそれ
より多くを所持してもよい:
a)p53のペプチドおよびMHCクラスI分子を含むペプチド−MHC複合体、例えばp53125−134およびHLA−A24アレルによってコードされるMHCクラスI α鎖を含むMHCクラスI分子を含むペプチド−MHC複合体に特異的に結合する;
b)p53のペプチドおよびMHCクラスI分子を含むペプチド−MHC複合体(例えばp53125−134およびHLA−A24アレルによってコードされるMHCクラスI α鎖を含むMHCクラスI分子を含むペプチド−MHC複合体)に、表面プラズモン共鳴(SPR)によって決定されるように、≦5μMの結合アフィニティで結合する;
c)p53のペプチドの非存在下(例えばp53125−134の非存在下)で、MHCクラスI分子(例えばHLA−A24アレルによってコードされるMHCクラスI α鎖を含むMHCクラスI分子)に特異的に結合しない;
d)p53のペプチド(例えばp53125−134)を含まない、ペプチド−MHC複合体(例えばHLA−A24アレルによってコードされるMHCクラスI α鎖を含むMHCクラスI分子を含む)に特異的に結合しない;
e)MHCクラスI分子の非存在下(例えばHLA−A24アレルによってコードされるMHCクラスI α鎖を含むMHCクラスI分子の非存在下)で、p53のペプチド(例えばp53125−134)に特異的に結合しない;
f)p53のペプチドおよびMHCクラスI分子を含むペプチド−MHC複合体(例えばp53125−134およびHLA−A24アレルによってコードされるMHCクラスI α鎖を含むMHCクラスI分子を含むペプチド−MHC複合体)を含む/発現する細胞に対して、抗体依存性細胞仲介性細胞傷害性(ADCC)を示す;
g)p53のペプチドの非存在下(例えばp53125−134の非存在下)で、MHCクラスI分子(例えばHLA−A24アレルによってコードされるMHCクラスI α鎖を含むMHCクラスI分子)を含む/発現する細胞に対して、ADCCを示さない;
h)p53のペプチド(例えばp53125−134)を含まない、ペプチド−MHC複合体(例えばHLA−A24アレルによってコードされるMHCクラスI α鎖を含むMHCクラスI分子を含む)を含む/発現する細胞に対して、ADCCを示さない;
i)p53のペプチドおよびMHCクラスI分子を含むペプチド−MHC複合体(例えばp53125−134およびHLA−A24アレルによってコードされるMHCクラスI α鎖を含むMHCクラスI分子を含むペプチド−MHC複合体)を含む/発現する細胞による内在化を示す;
j)p53のペプチドの非存在下(例えばp53125−134の非存在下)で、MHCクラスI分子(例えばHLA−A24アレルによってコードされるMHCクラスI α鎖を含むMHCクラスI分子)を含む/発現する細胞による内在化を示さない;
k)p53のペプチド(例えばp53125−134)を含まない、ペプチド−MHC複合体(例えばHLA−A24アレルによってコードされるMHCクラスI α鎖を含むMHCクラスI分子を含む)を含む/発現する細胞による内在化を示さない;
p53のペプチドおよびMHCクラスI分子を含むペプチド−MHC複合体(例えばp53125−134およびHLA−A24アレルによってコードされるMHCクラスI
α鎖を含むMHCクラスI分子を含むペプチド−MHC複合体)に特異的に結合する抗体/断片は、他の非ターゲット分子/複合体に結合するよりも、より高いアフィニティで、そして/またはより長い期間結合する。
いくつかの態様において、本発明の抗体/断片は、p53のペプチドおよびMHCクラスI分子を含むペプチド−MHC複合体(例えばp53125−134およびHLA−A24アレルによってコードされるMHCクラスI α鎖を含むMHCクラスI分子を含むペプチド−MHC複合体)に、p53のペプチドの非存在下(例えばp53125−134の非存在下)で、MHCクラスI分子(例えばHLA−A24アレルによってコードされるMHCクラスI α鎖を含むMHCクラスI分子)に結合するアフィニティより
も高いアフィニティで、そして/またはp53のペプチド(例えばp53125−134)を含まない、ペプチド−MHC複合体(例えばHLA−A24アレルによってコードされるMHCクラスI α鎖を含むMHCクラスI分子を含む)に結合するアフィニティよりも高いアフィニティで、結合しうる。
いくつかの態様において、非ターゲットに対する抗体の結合の度合いは、例えばELISA、SPR、Bio−Layerインターフェロメトリー(BLI)、マイクロスケールサーモフォレシス(MicroScale Thermophoresis)(MST)によって、またはラジオイムノアッセイ(RIA)によって測定されるような、ターゲットに対する抗体の結合の約10%未満である。あるいは、結合特異性は、本発明の抗体/断片が、非ターゲット分子/複合体に対するKよりも少なくとも0.1桁分(すなわち0.1x10、式中、nは桁を示す整数である)高いKで、p53のペプチドおよびMHCクラスI分子を含むペプチド−MHC複合体(例えばp53125−134およびHLA−A24アレルによってコードされるMHCクラスI α鎖を含むMHCクラスI分子を含むペプチド−MHC複合体)に結合する結合アフィニティの観点から、反映されうる。これは、場合によって、少なくとも0.2、0.3、0.4、0.5、0.6、0.7、0.8、0.9、1.0、1.5、または2.0の1つであってもよい。
抗体または抗原結合断片のそのターゲットに対する結合アフィニティは、しばしば、解離定数(K)の観点で記載される。結合アフィニティは、当該技術分野に知られる方法によって、抗体のFab型および抗原分子で行われる、例えば、ELISA、表面プラズモン共鳴(SPR;例えばHeartyら, Methods Mol Biol (2012) 907:411−442;またはRichら, Anal Biochem.
2008 Feb;373(1):112−20を参照されたい)、Bio−Layerインターフェロメトリー(例えばLadら, (2015) J Biomol Screen 20(4): 498−507;またはConcepcionら, Comb
Chem High Throughput Screen. 2009Sep;12(8):791−800を参照されたい)、マイクロスケールサーモフォレシス(MST)分析(例えばJerabek−Willemsenら, Assay Drug Dev Technol. 2011 Aug;9(4):342−353)、または放射標識抗原結合アッセイ(RIA)によって、測定可能である。
いくつかの態様において、本発明記載の抗体/断片は、例えばSPRによる分析によって決定した際、10μMまたはそれ未満、好ましくは≦5μM、≦1μM、≦900nM、≦800nM、≦700nM、≦600nM、≦500nM、≦400nM、≦300nM、≦200nM、≦100nM、≦75nM、≦50nM、≦40nM、≦30nM、≦20nM、≦15nM、≦12.5nM、≦10nM、≦9nM、≦8nM、≦7nM、≦6nM、≦5nM、≦4nM、≦3nM、≦2nM、≦1nM、≦500pMの1つのKで、p53のペプチドおよびMHCクラスI分子を含むペプチド−MHC複合体(例えばp53125−134およびHLA−A24アレルによってコードされるMHCクラスI α鎖を含むMHCクラスI分子を含むペプチド−MHC複合体)に結合する。
いくつかの態様において、本発明記載の抗体/断片は、(例えばELISAによって決定した際)EC50=1000ngまたはそれ未満、好ましくは、≦900ng/ml、≦800ng/ml、≦700ng/ml、≦600ng/ml、≦500ng/ml、≦400ng/ml、≦300ng/ml、≦200ng/ml、≦100ng/ml、≦90ng/ml、≦80ng/ml、≦70ng/ml、≦60ng/ml、≦50ng/ml、≦40ng/ml、≦30ng/ml、≦20ng/ml、≦15ng/ml、≦10ng/ml、≦7.5ng/ml、≦5ng/ml、≦2.5ng/ml、また
は≦1ng/mlの1つの結合アフィニティで、p53のペプチドおよびMHCクラスI分子を含むペプチド−MHC複合体(例えばp53125−134およびHLA−A24アレルによってコードされるMHCクラスI α鎖を含むMHCクラスI分子を含むペプチド−MHC複合体)に結合する。
抗体/断片による結合のアフィニティを、ELISAアッセイによって、in vitroで分析してもよい。適切なアッセイは当該技術分野に周知であり、そして例えばAntibody Engineering, vol.1(第2版), Springer
Protocols, Springer(2010), 第5部, pp657−665に記載されるように、当業者によって実行可能である。
いくつかの態様において、抗体/抗原結合断片は、p53のペプチドおよびMHCクラスI分子を含むペプチド−MHC複合体(例えばp53125−134およびHLA−A24アレルによってコードされるMHCクラスI α鎖を含むMHCクラスI分子を含むペプチド−MHC複合体)を含む/発現する細胞に対して抗体依存性細胞仲介性細胞傷害性(ADCC)を示す。p53のペプチドおよびMHCクラスI分子を含むペプチド−MHC複合体(例えばp53125−134およびHLA−A24アレルによってコードされるMHCクラスI α鎖を含むMHCクラスI分子を含むペプチド−MHC複合体)を含む/発現する細胞に対してADCCを示す抗体/抗原結合断片は、典型的にはFc領域を含む。
抗体依存性細胞仲介性細胞傷害性(ADCC)は、エフェクター免疫細胞が、ターゲット細胞によって発現される抗原に結合した抗体でコーティングされたターゲット細胞を溶解する、細胞仲介性免疫反応を指す。例えばNK細胞を含むエフェクター免疫細胞は、典型的には、エフェクター細胞によって発現されるFc受容体に対する抗体のFc領域の結合を通じて、抗体でコーティングされた細胞を認識する。Fc受容体の架橋は、エフェクター細胞からの、パーフォリンおよびグランザイムなどの細胞傷害性因子の放出を生じ、ターゲット細胞の溶解を引き起こす。
所定の抗体/抗原結合断片がADCCを誘発する能力を、例えばin vitro細胞殺傷アッセイを用いた分析によって、測定してもよい。こうしたアッセイは、通常、抗体およびエフェクター免疫細胞の存在下での、ターゲット抗原を発現している細胞のin vitro培養、および一定期間後の細胞殺傷量の測定を含む。ADCCアッセイには、例えば、本明細書にその全体が援用される、Nelsonら, 2001, Curr Protoc Immunol. 第7章:単元7.27に記載されるように、例えば51Cr放出アッセイが含まれる。簡潔には、ターゲット細胞を51Crで処理し、これを細胞は内在化する。ADCCによるターゲット細胞の溶解は、放射性51Crの細胞培養上清への放出を生じ、これを検出し、そして定量化可能である。所定のターゲット細胞に対してADCCを示す抗体/抗原結合断片は、該抗体/抗原結合断片の非存在下で、または細胞によって発現されていないターゲット抗原に特異的な抗体/断片の存在下で観察される細胞溶解のレベルよりも、より多くの細胞溶解を引き起こす。
いくつかの態様において、本発明記載の抗体/抗原結合断片は、匹敵するアッセイにおいて、p53のペプチドおよびMHCクラスI分子を含むペプチド−MHC複合体(例えばp53125−134およびHLA−A24アレルによってコードされるMHCクラスI α鎖を含むMHCクラスI分子を含むペプチド−MHC複合体)を含む/発現する細胞の、該抗体/抗原結合断片の非存在下で、または細胞によって発現されていないターゲット抗原に特異的な抗体/断片の存在下での細胞殺傷のレベルの1倍より多い、例えば≧1.01倍、≧1.02倍、≧1.03倍、≧1.04倍、≧1.05倍、≧1.1倍、≧1.2倍、≧1.3倍、≧1.4倍、≧1.5倍、≧1.6倍、≧1.7倍、≧1.
8倍、≧1.9倍、≧2倍、≧3倍、≧4倍、≧5倍、≧6倍、≧7倍、≧8倍、≧9倍、または≧10倍の細胞殺傷レベルを生じる。
いくつかの態様において、本発明記載の抗原/抗原結合断片は、p53のペプチドおよびMHCクラスI分子を含むペプチド−MHC複合体(例えばp53125−134およびHLA−A24アレルによってコードされるMHCクラスI α鎖を含むMHCクラスI分子を含むペプチド−MHC複合体)を含む/発現する細胞による内在化を示す。
「内在化」は、例えば、細胞表面で発現される抗原に結合した抗体のエンドサイトーシスによる、細胞内への抗体の取り込みを指す。抗体内在化は、例えば検出可能部分で標識された抗体の、抗体局在/輸送の分析を含む、当業者に周知の方法によって分析可能である。例えば、エンドソームに輸送される際、検出可能シグナルを生じるpH感受性色素で標識された抗体を用いて、本明細書の実験実施例に記載するように、抗体内在化を測定してもよい。抗体内在化の分析のためのアッセイは、例えば、どちらもその全体が本明細書に援用される、Nathら, J Immunol Methods. 2016; 431:11−21、およびLiao−Chanら, PLoS One. 2015; 10(4): e0124708に記載される。
いくつかの態様において、本発明記載の抗体/抗原結合断片は、p53のペプチドおよびMHCクラスI分子を含むペプチド−MHC複合体(例えばp53125−134およびHLA−A24アレルによってコードされるMHCクラスI α鎖を含むMHCクラスI分子を含むペプチド−MHC複合体)を含む/発現する細胞によって、匹敵するアッセイにおいて、適切な対照抗体/断片(例えばアイソタイプ対照)のこれらの細胞による内在化のレベルの1倍より多い、例えば≧1.01倍、≧1.02倍、≧1.03倍、≧1.04倍、≧1.05倍、≧1.1倍、≧1.2倍、≧1.3倍、≧1.4倍、≧1.5倍、≧1.6倍、≧1.7倍、≧1.8倍、≧1.9倍、≧2倍、≧3倍、≧4倍、≧5倍、≧6倍、≧7倍、≧8倍、≧9倍、または≧10倍の度合いまで、内在化される。
いくつかの態様において、本発明記載の抗体/抗原結合断片の、p53のペプチドおよびMHCクラスI分子を含むペプチド−MHC複合体(例えばp53125−134およびHLA−A24アレルによってコードされるMHCクラスI α鎖を含むMHCクラスI分子を含むペプチド−MHC複合体)を含む/発現する細胞による内在化は、匹敵するアッセイにおいて、p53のペプチドおよびMHCクラスI分子を含むペプチド−MHC複合体を含まない/発現しない細胞(例えばp53125−134およびHLA−A24アレルによってコードされるMHCクラスI α鎖を含むMHCクラスI分子を含むペプチド−MHC複合体を含まない/発現しない細胞)による内在化のレベルの1倍より多い、例えば≧1.01倍、≧1.02倍、≧1.03倍、≧1.04倍、≧1.05倍、≧1.1倍、≧1.2倍、≧1.3倍、≧1.4倍、≧1.5倍、≧1.6倍、≧1.7倍、≧1.8倍、≧1.9倍、≧2倍、≧3倍、≧4倍、≧5倍、≧6倍、≧7倍、≧8倍、≧9倍、または≧10倍多い。
核酸/ベクター
本発明は、本発明記載の抗体、抗原結合断片またはCARをコードする核酸を提供する。いくつかの態様において、核酸は、例えば他の核酸または天然存在生物学的材料から精製されるかまたは単離されている。
本発明はまた、本発明記載の抗体、抗原結合断片またはCARをコードする核酸を含むベクターも提供する。
「ベクター」は、本明細書において、細胞内に外因性核酸をトランスファーするためのビヒクルとして用いられる核酸(DNAまたはRNA)である。ベクターは、細胞におい
て、核酸を発現させるための発現ベクターであってもよい。こうしたベクターには、発現しようとする配列をコードする核酸に機能可能であるように連結されたプロモーター配列が含まれてもよい。ベクターにはまた、終結コドンおよび発現エンハンサーも含まれてもよい。当該技術分野に知られる任意の適切なベクター、プロモーター、エンハンサーおよび終結コドンを用いて、本発明記載のベクターから本発明記載の抗体、抗原結合断片またはCARを発現させてもよい。
本明細書において、用語「機能可能であるように連結される」には、選択された核酸配列および制御核酸配列(例えばプロモーターおよび/またはエンハンサー)が、制御配列の影響または調節下で、ヌクレオチド配列の発現を達成するような方式で、共有連結される(それによって発現カセットを形成する)状況が含まれうる。したがって、制御配列が核酸配列の転写を達成可能であるならば、制御配列は、選択された核酸配列に、機能可能であるように連結されている。適切な場合、生じた転写物は、次いで、望ましいタンパク質またはポリペプチドに翻訳されることも可能である。
本発明記載の核酸および/またはベクターは、細胞、例えば初代ヒト免疫細胞内に導入するために提供されることも可能である。適切なベクターには、プラスミド、バイナリーベクター、DNAベクター、mRNAベクター、ウイルスベクター(例えばガンマレトロウイルスベクター(例えばネズミ白血病ウイルス(MLV)由来ベクター)、レンチウイルスベクター、アデノウイルスベクター、アデノ随伴ウイルスベクター、ワクシニアウイルスベクターおよびヘルペスウイルスベクター)、トランスポゾンに基づくベクター、および人工染色体(例えば酵母人工染色体)、例えばどちらも本明細書にその全体が援用される、Mausら, Annu Rev Immunol (2014) 32:189−225またはMorganおよびBoyerinas, Biomedicines 2016 4, 9に記載されるようなものが含まれる。いくつかの態様において、ウイルスベクターは、レンチウイルス、レトロウイルス、アデノウイルス、または単純ヘルペスウイルスベクターであってもよい。いくつかの態様において、レンチウイルスベクターはpELNSであってもよいし、またはpELNSに由来してもよい。いくつかの態様において、ベクターは、CRISPR/Cas9をコードするベクターであってもよい。
抗体/断片/CARを含む/発現する細胞
本発明はまた、本発明記載の抗体、抗原結合断片またはCARを含むかまたは発現する細胞も提供する。本発明記載の核酸またはベクターを含むかまたは発現する細胞もまた提供する。
細胞は、真核細胞、例えば哺乳動物細胞であってもよい。哺乳動物は、ヒト、または非ヒト哺乳動物(例えばウサギ、モルモット、ラット、マウスまたは他の齧歯類(齧歯類目(order Rodentia)の任意の動物を含む)、ネコ、イヌ、ブタ、ヒツジ、ヤギ、ウシ(雌牛、例えば乳牛、またはウシ目(order Bos)の任意の動物を含む)、ウマ(ウマ目(order Equidae)の任意の動物を含む)、ロバ、および非ヒト霊長類)であってもよい。
いくつかの態様において、細胞は、ヒト被験体由来であってもよいし、またはヒト被験体から得られていてもよい。
細胞は免疫細胞であってもよい。細胞は、造血起源の細胞、例えば好中球、好酸球、好塩基球、樹状細胞、リンパ球、または単球であってもよい。リンパ球は、例えば、T細胞、B細胞、NK細胞、NKT細胞または自然リンパ球(ILC)、あるいはその前駆体であってもよい。細胞は、例えばCD3ポリペプチド(例えばCD3γ CD3ε CD3ζまたはCD3δ)、TCRポリペプチド(TCRαまたはTCRβ)、CD27、CD28、CD4またはCD8を発現してもよい。いくつかの態様において、細胞はT細胞で
ある。いくつかの態様において、T細胞はCD3+ T細胞である。いくつかの態様において、T細胞はCD3+、CD8+ T細胞である。いくつかの態様において、T細胞は細胞傷害性T細胞(例えば細胞傷害性Tリンパ球(CTL))である。
いくつかの態様において、細胞は抗原特異的T細胞である。本明細書のいくつかの態様において、「抗原特異的」T細胞は、T細胞が特異的である抗原または前記抗原を発現する細胞に反応してT細胞の特定の機能特性を示す細胞である。いくつかの態様において、特性は、エフェクターT細胞、例えば細胞傷害性T細胞と関連する機能特性である。いくつかの態様において、抗原特異的T細胞は、以下の特性の1つまたはそれより多くを示してもよい:例えばT細胞が特異的である抗原を含む/発現する細胞に対する、細胞傷害性;例えばT細胞が特異的である抗原またはT細胞が特異的である抗原を含む/発現する細胞に反応した、増殖、IFNγ発現、CD107a発現、IL−2発現、TNFα発現、パーフォリン発現、グランザイム発現、グラニュリシン発現、および/またはFASリガンド(FASL)発現。いくつかの態様において、T細胞が特異的である抗原は、ウイルス、例えばエプスタインバーウイルス(EBV)、インフルエンザウイルス、麻疹ウイルス、B型肝炎ウイルス(HBV)、C型肝炎ウイルス(HCV)、ヒト免疫不全ウイルス(HIV)、リンパ球性脈絡髄膜炎ウイルス(LCMV)、単純ヘルペスウイルス(HSV)またはヒトパピローマウイルス(HPV)のペプチドまたはポリペプチドであってもよい。
本発明はまた、本発明記載の核酸またはベクターを含む細胞を産生するための方法であって、本発明記載の核酸またはベクターを細胞内に導入する工程を含む、前記方法も提供する。本発明はまた、本発明記載の抗体、抗原結合断片またはCARを発現する細胞を産生するための方法であって、本発明記載の核酸またはベクターを細胞に導入する工程を含む、前記方法も提供する。いくつかの態様において、方法は、細胞による核酸またはベクターの発現に適した条件下で、細胞を培養する工程をさらに含む。いくつかの態様において、方法をin vitroで行う。
いくつかの態様において、本発明記載の単離核酸またはベクターの細胞内への導入は、形質導入、例えばレトロウイルス形質導入を含む。したがって、いくつかの態様において、単離核酸またはベクターは、ウイルスベクターに含まれるか、またはベクターはウイルスベクターである。いくつかの態様において、方法は、本発明記載の核酸またはベクターを、エレクトロポレーションによって、例えば本明細書にその全体が援用される、Kohら, Molecular Therapy − Nucleic Acids (2013) 2, e114に記載されるように、導入する工程を含む。
本発明はまた、本発明記載の細胞を産生するための方法によって得られるかまたは得られうる細胞も提供する。
療法適用
本発明記載の抗体、抗原結合断片、CAR、核酸、ベクター、細胞および組成物を、疾患/状態の医学的治療または予防の方法において使用するために、あるいは疾患/状態の症状の軽減のために、提供してもよい。これらを、治療の必要がある疾患/状態を有する被験体に、そして/または疾患/状態を発展させるかまたはこれらに罹患するリスクがある被験体に、投与してもよい。
被験体は、任意の動物またはヒトであってもよい。被験体は好ましくは哺乳動物、より好ましくはヒトである。被験体は、非ヒト哺乳動物であってもよいが、より好ましくはヒトである。被験体は男性または女性であってもよい。被験体は患者であってもよい。被験体は治療が必要な疾患または状態を有すると診断されていてもよいし、あるいはこうした疾患または状態を有すると推測されていてもよい。
疾患/障害の治療または軽減は、疾患/障害の進行を予防し、例えば状態の悪化を予防するかまたは発展速度を遅延させるために有効であってもよい。いくつかの態様において、治療または軽減は、疾患/障害の改善、例えば疾患/障害の症状の減少、あるいは疾患/障害の重症度/活性の何らかの他の相関物の減少を導いてもよい。
疾患/障害の予防は、状態の悪化の予防、または疾患/障害の発展の予防、例えば疾患/障害がより後期の慢性段階に発展することの予防を指してもよい。例えば、癌において、予防は、例えば、癌の発展の予防または転移の予防であってもよい。
いくつかの態様において、疾患/状態は、p53に関連する疾患/状態、例えばTP53における突然変異に関連する疾患/状態であってもよい。いくつかの態様において、TP53における突然変異に関連する疾患/状態は、TP53における突然変異が、疾患/状態の発展または進行に関するリスク要因である、疾患/状態であってもよい。
疾患/状態は、MHCクラスIと複合体を形成するp53のペプチドの発現に関連していてもよい。いくつかの態様において、疾患/状態のエフェクター細胞(例えば疾患/状態の病理と直接または間接的に関連している細胞)は、MHCクラスIと複合体を形成するp53のペプチドを発現する。いくつかの態様において、疾患/状態は、HLA−A24アレルによってコードされるα鎖を含むMHCクラスIと複合体を形成するp53のペプチドの発現に関連する。いくつかの態様において、疾患/状態は、HLA−A24アレルによってコードされるα鎖を含むMHCクラスIと複合体を形成するp53125−134の発現に関連する。
本明細書に論じるように、そして例えばRoydら 2006;, Cell Death Differ. 13(6):1017−26、ならびにVousdenおよびLane 2007, Nat Rev Mol Cell Biol 8, 275−283に概説されるように、p53は、腫瘍抑制因子であり、そしてTP53における突然変異は、非常に多様な癌の発展/進行に関与する。突然変異体p53ペプチド/ポリペプチドをコードするかまたは発現する癌性細胞は、しばしば、細胞表面でMHCクラスIと複合体を形成しているp53のペプチドを提示する。
いくつかの態様において、本発明にしたがって治療/予防すべき疾患/状態は、癌である。いくつかの態様において、癌はTP53における突然変異と関連する。いくつかの態様において、癌は、突然変異体p53ペプチド/ポリペプチドをコードする/発現する細胞を含む。
当業者に周知の、例えば生物学的試料の分析に基づく、任意の適切な手段によって、突然変異体p53ペプチド/ポリペプチドをコードするかまたは発現する癌を決定してもよい。突然変異をコードする核酸の検出に基づいて、例えばDNA配列決定等によって、突然変異体p53ポリペプチドをコードする癌を同定してもよい。突然変異体p53ペプチド/ポリペプチドの発現を検出することによって、突然変異体p53ポリペプチドを発現する癌を同定してもよい。発現は遺伝子発現またはタンパク質発現であってもよい。例えば、突然変異体p53ペプチド/ポリペプチドをコードするmRNAの検出によって、例えば定量的リアルタイムPCR(qRT−PCR)によって、遺伝子発現を決定してもよい。例えば突然変異体p53ペプチド/ポリペプチドの検出によって、例えば抗体に基づく方法によって、例えばウェスタンブロット、免疫組織化学、免疫細胞化学、フローサイトメトリー、ELISAによって、タンパク質発現を決定してもよい。
本明細書の態様において、癌の単数または複数の細胞は、腫瘍のものであってもよい。
いくつかの態様において、癌は、MHCクラスIと複合体を形成するp53のペプチドを発現する細胞を含む。いくつかの態様において、癌は、HLA−A24アレルによってコードされるα鎖を含むMHCクラスIを発現する細胞を含む。いくつかの態様において、HLA−A24アレルによってコードされるα鎖を含むMHCクラスIと複合体を形成するp53のペプチドを発現する細胞を含む。いくつかの態様において、癌は、HLA−A24アレルによってコードされるα鎖を含むMHCクラスIと複合体を形成するp53125−134を発現する細胞を含む。
いくつかの態様において、本発明の抗体/断片は、ターゲットペプチド−MHC複合体を発現している細胞に結合し、そしてADCCを引き起こすことが可能である。いくつかの態様において、抗体/断片は、ターゲットペプチド−MHC複合体を発現している細胞に結合し、そして該細胞によって内在化され、そしてしたがって、例えば薬剤部分、例えば細胞傷害性小分子の、ターゲットペプチド−MHC複合体を発現している細胞へのターゲティング化送達に有用である。
いくつかの態様において、治療は、本発明記載の抗体/断片/CARに対するターゲット抗原を発現する細胞の数を減少させることを目的としてもよい。
いくつかの態様において、治療は、本発明の抗体/抗原結合断片、CAR、核酸またはベクターを含む/発現する細胞または細胞集団を修飾する工程を含んでもよく、これは次いで、抗体/断片/CARに対するターゲット抗原を発現している細胞の数を減少させるために有用であってもよい。いくつかの態様において、治療は、本発明の抗体/抗原結合断片、CAR、核酸またはベクターを含む/発現するように修飾された細胞または細胞集団を被験体に投与する工程を含んでもよい。
癌は、任意の望ましくない細胞増殖(または望ましくない細胞増殖によって現れる任意の疾患)、新生物または腫瘍、あるいは望ましくない細胞増殖、新生物または腫瘍に対するリスクまたは素因の増加であってもよい。癌は、良性または悪性であってもよく、そして原発性または続発性(転移性)であってもよい。新生物または腫瘍は、細胞の任意の異常な成長または増殖であってもよく、そして任意の組織に位置していてもよい。組織の例には、副腎、副腎髄質、肛門、虫垂、膀胱、血液、骨、骨髄、脳、乳房、盲腸、中枢神経系(脳を含むまたは除く)、小脳、子宮頸部、結腸、十二指腸、子宮内膜、上皮細胞(例えば腎上皮)、胆嚢、食道、グリア細胞、心臓、回腸、空腸、腎臓、涙腺、喉頭、肝臓、肺、リンパ、リンパ節、リンパ芽球、上顎骨、縦隔、腸間膜、子宮筋、上咽頭、網(omentume)、口腔、卵巣、膵臓、耳下腺、末梢神経系、腹膜、胸膜、前立腺、唾液腺、S状結腸、皮膚、小腸、柔組織、脾臓、胃、精巣、胸腺、甲状腺、舌、扁桃腺、気管、子宮、外陰部、白血球が含まれる。
治療されうる腫瘍は、神経系または非神経系腫瘍であってもよい。神経系腫瘍は、中枢または末梢神経系のいずれから生じてもよく、例えば神経膠腫、髄芽腫、髄膜腫、神経線維腫、上衣腫、シュワン腫、神経線維肉腫、星状細胞腫および乏突起神経膠腫であってもよい。非神経系癌/腫瘍は、任意の他の非神経組織で生じてもよく、例には、黒色腫、中皮腫、リンパ腫、骨髄腫、白血病、非ホジキンリンパ腫(NHL)、ホジキンリンパ腫、慢性骨髄性白血病(CML)、急性骨髄性白血病(AML)、骨髄異形成症候群(MDS)、皮膚T細胞リンパ腫(CTCL)、慢性リンパ球性白血病(CLL)、肝細胞腫、類表皮癌、前立腺癌、乳癌、肺癌、結腸癌、卵巣癌、膵臓癌、胸腺癌、NSCLC、血液学的癌および肉腫が含まれる。
いくつかの態様において、方法は、癌、例えば上皮細胞癌、乳癌、胃腸癌(例えば食道癌、胃癌、膵臓癌、肝臓癌(例えばHCC)、胆嚢癌、結腸直腸癌、肛門癌、胃腸カルチノイド腫瘍)、および肺癌(例えば非小細胞肺癌(NSCLC)または小細胞肺癌(SC
LC))の治療/予防のためである。
いくつかの態様において、治療すべき癌は、鼻咽頭癌(NPC;例えばエプスタイン−バーウイルス(EBV)陽性NPC)、子宮頸癌(CC;例えばヒトパピローマウイルス(HPV)陽性CC)、中咽頭癌(OPC;例えばHPV陽性OPC)、胃癌(GC;例えばEBV陽性GC)、肝細胞癌(HCC;例えばB型肝炎ウイルス(HBV)陽性HCC)、肺癌(例えば非小細胞肺癌(NSCLC))および頭頸部癌(例えば唇、口、鼻、洞(sinus)、咽頭または喉頭の組織から生じる癌、例えば頭頸部扁平上皮癌(HNSCC)の1つまたはそれより多くである。
いくつかの態様において、癌は、p53遺伝子またはタンパク質発現の増加に関連してもよい。例えば、癌細胞は、匹敵する非癌性細胞に比較した際、p53の増加した発現を有する可能性もあるし、または癌の非存在下の(例えば健康な対照被験体における)匹敵する細胞による発現レベルと比較した際、他の細胞(例えば非癌性細胞)によるp53発現の増加と関連する可能性もある。
本発明の1つの態様において、治療または予防の方法は、免疫細胞の養子細胞移入を含んでもよい。養子細胞移入(ACT)は、一般的に、細胞(例えば免疫細胞)を被験体から、典型的には細胞を単離する血液試料を抜き取ることによって、得るプロセスを指す。細胞は次いで、典型的には、何らかの方式で処理されるかまたは改変されて、そして次いで、同じ被験体または異なる被験体のいずれかに投与される。治療は、典型的には、被験体に特定の望ましい特性を持つ細胞集団を提供するか、またはその被験体において、こうした特性を持つ細胞の頻度を増加させることを目的とする。T細胞の養子移入は、例えば、本明細書にその全体が援用される、KalosおよびJune 2013, Immunity 39(1): 49−60において記載される。
本発明において、養子移入は、被験体に細胞または細胞集団を導入し、そして/または被験体において細胞または細胞集団の頻度を増加させることを目的として実行されてもよい。いくつかの態様において、養子移入は、本発明記載の抗体、断片またはCARを含む/発現する細胞の移入であってもよい。
細胞は、例えば、好中球、好酸球、好塩基球、樹状細胞、リンパ球、または単球であってもよい。リンパ球は、例えばT細胞、B細胞、NK細胞、NKT細胞または自然リンパ球(ILC)、あるいはその前駆体であってもよい。いくつかの態様において、細胞はT細胞である。いくつかの態様において、T細胞はCD3+ T細胞である。いくつかの態様において、T細胞はCD3+、CD8+ T細胞である。いくつかの態様において、T細胞は細胞傷害性T細胞(例えば細胞傷害性Tリンパ球(CTL))である。いくつかの態様において、T細胞はウイルス特異的T細胞である。いくつかの態様において、T細胞は、EBV、HPV、HBV、HCVまたはHIVに特異的である。
本発明は、被験体において、疾患または状態を治療するかまたは提示する方法であって、被験体から得た少なくとも1つの細胞が、本発明記載の抗体、断片、CAR、核酸またはベクターを発現するかまたは含むように修飾し、修飾した少なくとも1つの細胞を場合によって拡大し、そして修飾した少なくとも1つの細胞を被験体に投与する工程を含む、前記方法を提供する。
本発明はまた、腫瘍細胞を殺す方法であって、本発明記載の抗体、抗原結合断片、CAR、核酸、ベクターまたは組成物の療法的有効量を細胞に投与する工程を含む、前記方法も提供する。該方法は、in vitroまたはin vivoで実行されてもよい。被験体において腫瘍細胞を殺す方法であって、本発明記載の抗体、抗原結合断片、CAR、
核酸、ベクターまたは組成物の療法的有効量を被験体に投与する工程を含む、前記方法もまた提供する。いくつかの態様において、腫瘍細胞を殺す方法は、本明細書に記載するような療法剤と組み合わせて、抗体、断片、CAR、核酸、ベクターまたは組成物を投与する工程を含む。腫瘍細胞の殺傷は、例えば、膜破壊、細胞溶解、アポトーシス誘導、抗体依存性細胞仲介性細胞傷害性(ADCC)、補体依存性細胞傷害性(CDC)の結果として、あるいは抗体または抗原結合断片にコンジュゲート化された薬剤の作用を通じてであってもよい。
いくつかの態様において、方法は:
(a)被験体から少なくとも1つの細胞を単離し;
(b)少なくとも1つの細胞が、本発明記載の抗体、抗原結合断片、CAR、核酸またはベクターを発現するかまたは含むように修飾し、
(c)修飾した少なくとも1つの細胞を場合によって拡大し、そして;
(d)修飾した少なくとも1つの細胞を被験体に投与する
工程を含む。
いくつかの態様において、細胞を単離する被験体は、修飾細胞を投与する被験体である(すなわち養子移入は自己細胞のものである)。いくつかの態様において、細胞を単離する被験体は、修飾した細胞を投与する被験体とは異なる被験体である(すなわち養子移入は同種細胞のものである)。
本発明記載の修飾される少なくとも1つの細胞は、当業者に周知の方法にしたがって修飾されてもよい。修飾は、トランスファーされる核酸の永続的または一過性発現のための核酸トランスファーを含んでもよい。
任意の適切な遺伝子操作プラットホームを用いて、本発明記載の細胞を修飾してもよい。細胞を修飾するための適切な方法には、例えば、本明細書で上記に援用される、Mausら, Annu Rev Immunol (2014) 32:189−225に記載されるような遺伝子操作プラットホーム、例えばガンマレトロウイルスベクター、レンチウイルスベクター、アデノウイルスベクター、DNAトランスフェクション、トランスポゾンに基づく遺伝子送達およびRNAトランスフェクションの使用が含まれる。
いくつかの態様において、方法は、以下の工程の1つまたはそれより多くを含んでもよい:被験体から血液試料を採取する;血液試料から少なくとも1つの細胞を単離および/または拡大する;in vitroまたはex vivo細胞培養において、少なくとも1つの細胞を培養する;少なくとも1つの細胞内に、本発明記載の抗体、抗原結合断片、CAR、核酸、またはベクターを導入し、それによって少なくとも1つの細胞を修飾する;修飾した少なくとも1つの細胞を拡大する;修飾した少なくとも1つの細胞を収集する;修飾細胞を、アジュバント、希釈剤、またはキャリアーと混合する;修飾細胞を被験体に投与する。
いくつかの態様において、方法は、細胞を処理して、抗体/断片、CAR、核酸、またはベクターの発現を誘導/増進させる工程をさらに含んでもよい。例えば、核酸/ベクターは、特定の剤での処理に反応した、核酸/ベクターからの、抗体/断片またはCARの発現の誘導性上方制御のための制御要素を含んでもよい。いくつかの態様において、処理は、本発明記載の修飾細胞を投与されている被験体への、剤の投与によって、in vivoであってもよい。いくつかの態様において、処理は、ex vivoまたはin vitroの培養中の細胞への剤の投与によって、ex vivoまたはin vitroであってもよい。
当業者は、本発明記載の細胞の養子移入のための適切な試薬および方法を決定することが可能であり、例えば本明細書にその全体が援用される、Daiら, 2016 J Nat Cancer Inst 108(7): djv439を参照されたい。
関連する側面において、本発明は、修飾細胞を調製する方法、細胞内に、本発明記載のCAR、核酸またはベクターを導入し、それによって少なくとも1つの細胞を修飾する工程を含む方法を提供する。方法は、好ましくは、in vitroまたはex vivoで行われる。
1つの側面において、本発明は、被験体において、疾患または状態を治療するかまたは予防する方法であって:
(a)被験体から少なくとも1つの細胞を単離し;
(b)少なくとも1つの細胞内に、本発明記載の核酸またはベクターを導入し、それによって少なくとも1つの細胞を修飾し;そして
(c)被験体に、修飾した少なくとも1つの細胞を投与する
工程を含む、前記方法を提供する。
いくつかの態様において、方法は、例えば癌の治療または予防のため、療法的または予防的介入をさらに含む。いくつかの態様において、療法的または予防的介入は、化学療法、免疫療法、放射療法、手術、ワクチン接種および/またはホルモン療法より選択される。
本明細書記載の治療法には、場合によって、癌を治療するための剤を用いた治療(例えば化学療法)、放射線照射、または手術などの、癌を治療するための慣用的療法と組み合わせた、生物学的アジュバント(例えばインターロイキン、サイトカイン、カルメット−ゲラン細菌、モノホスホリル脂質A等)の同時投与が含まれてもよい。医学的治療法はまた、自己および/または異種細胞または不死化細胞株を用いたものを含む、in vivo、ex vivo、および養子免疫療法を伴ってもよい。本明細書記載の治療法は、場合によって、例えばインターフェロン治療またはHDAC阻害剤治療による、MHCクラスI発現のブーストを伴ってもよい。
本発明記載の抗体、断片、CAR、核酸、ベクターおよび細胞は、臨床的使用のために薬学的組成物または薬剤として配合されてもよく、そしてこれらは、薬学的に許容されうるキャリアー、希釈剤、賦形剤またはアジュバントを含んでもよい。該組成物を、注射または注入を含んでもよい、局所、非経口、全身、腔内、静脈内、動脈内、筋内、クモ膜下腔内、眼内、結膜内、腫瘍内、皮下、皮内、クモ膜下腔内、経口または経皮投与経路のために配合してもよい。適切な配合物は、無菌または等張媒体中、抗体、断片、CAR、核酸、ベクター、または細胞を含んでもよい。薬剤および薬学的組成物は、ゲルを含む液体型で配合されてもよい。液体配合物は、ヒトまたは動物の体の選択した領域への(例えばカテーテルを通じた)注射または注入による投与のために配合されてもよい。
本発明にしたがって、薬学的に有用な組成物の産生のための方法もまた提供し、こうした産生法は:本明細書に記載するような抗体、断片、CAR、核酸、ベクター、または細胞を単離し;そして/または本明細書に記載するような抗体、断片、CAR、核酸、ベクター、または細胞を、薬学的に許容されうるキャリアー、アジュバント、賦形剤または希釈剤と混合する工程より選択される1つまたはそれより多い工程を含んでもよい。
例えば、本発明のさらなる側面は、医学的治療法における使用のための薬剤または薬学的組成物を配合するかまたは産生する方法であって、本明細書に記載するような抗体、断片、CAR、核酸、ベクター、または細胞を、薬学的に許容されうるキャリアー、アジュ
バント、賦形剤または希釈剤と混合することによって、薬学的組成物または薬剤を配合する工程を含む。
本発明記載の抗体、断片、CAR、核酸、ベクター、細胞または組成物の投与は、好ましくは「療法的に有効な」または「予防的に有効な」量であり、これは、被験体に対する利益を示すために十分な量である。投与される実際の量、ならびに投与の速度および時間経過は、疾患または障害の性質および重症度に応じるであろう。治療の処方、例えば投薬量の決定等は、開業医および他の医師の責任の範囲内であり、そして典型的には、治療しようとする疾患/障害、個々の患者の状態、送達部位、投与法、および医師に知られる他の要因が考慮されるであろう。上述の技術およびプロトコルの例は、Remington’s Pharmaceutical Sciences, 第20版, 2000, Lippincott, Williams & Wilkins刊行に見出されうる。
投与は、治療しようとする状態に応じて、単独で、あるいは同時にまたは連続してのいずれかで他の治療と組み合わせてであってもよい。本発明記載の抗体、断片、CAR、核酸、ベクター、細胞または組成物および療法剤を、同時にまたは連続して投与してもよい。
いくつかの態様において、本発明の抗体、断片、CAR、核酸、ベクター、細胞または組成物での治療は、予防的介入、例えばワクチン接種の方法で用いられる。
いくつかの態様において、本発明の抗体、断片、CAR、核酸、ベクター、細胞または組成物での治療には、他の療法または予防的介入、例えば化学療法、免疫療法、放射線療法、手術、ワクチン接種および/またはホルモン療法が付随してもよい。
同時投与は、抗体、断片、CAR、核酸、ベクター、細胞または組成物および療法剤の一緒の投与、例えば両方の剤を含有する薬学的組成物(組み合わせ調製物)、あるいは互いの直後の、そして任意に同じ投与経路を通じた、例えば同じ動脈、静脈または他の血管への投与を指す。連続投与は、療法剤の1つの投与に続く、所定の時間間隔後の、抗体、断片、CAR、核酸、ベクター、細胞または組成物あるいは他の剤の別個の投与を指す。2つの剤が同じ経路で投与される必要はないが、いくつかの態様はこれに当てはまる。時間間隔は、任意の時間間隔であってもよい。
化学療法は、薬剤または電離放射線(例えばX線またはγ線を用いた放射療法)での癌の治療を指す。薬剤は、化学実体、例えば小分子薬剤、抗生物質、DNA挿入剤、タンパク質阻害剤(例えばキナーゼ阻害剤)、あるいは生物学的剤、例えば抗体、抗体断片、核酸またはペプチドアプタマー、核酸(例えばDNA、RNA)、ペプチド、ポリペプチド、またはタンパク質であってもよい。薬剤を、薬学的組成物または薬剤として配合してもよい。配合物は、1つまたはそれより多い薬剤(例えば1つまたはそれより多い活性剤)を、1つまたはそれより多い薬学的に許容されうる希釈剤、賦形剤またはキャリアーと一緒に含んでもよい。
治療は、1つより多い薬剤の投与を伴ってもよい。治療しようとする状態に応じて、薬剤は、単独で、あるいは他の治療と組み合わせて、同時にまたは連続してのいずれかで投与されてもよい。例えば、化学療法は、2つの薬剤の投与を伴う併用療法であってもよく、これらの1つまたはそれより多くが、癌を治療するよう意図されてもよい。
化学療法は、1つまたはそれより多い投与経路、例えば非経口、静脈内注射、経口、皮下、皮内または腫瘍内経路によって投与されてもよい。
化学療法は治療措置にしたがって投与されてもよい。治療措置は、医者または医師によって準備されてもよく、そして治療を必要とする患者に合わせてあつらえてもよい、化学
療法投与のあらかじめ決定されたタイムテーブル、計画、スキームまたはスケジュールであってもよい。
治療措置は:患者に投与する化学療法のタイプ;各薬剤または放射線の用量;投与間の時間間隔;各治療の長さ;あるとすれば任意の治療休止日の数および性質等の1つまたはそれより多くを指してもよい。併用療法に関して、各薬剤をどのように投与するかを示す単一の治療措置を提供してもよい。
化学療法薬剤および生物製剤は以下から選択してもよい:アルキル化剤、例えばシスプラチン、カルボプラチン、メクロレタミン、シクロホスファミド、クロラムブシル、イホスファミド;プリンまたはピリミジン代謝拮抗剤、例えばアザチオプリンまたはメルカプトプリン;アルカロイドおよびテルペノイド、例えばビンカアルカロイド(例えばビンクリスチン、ビンブラスチン、ビノレルビン、ビンデシン)、ポドフィロトキシン、エトポシド、テニポシド、タキサン、例えばパクリタキセル(タキソールTM)、ドセタキセル;トポイソメラーゼ阻害剤、例えばI型トポイソメラーゼ阻害剤、カンプトテシン、イリノテカンおよびトポテカン、またはII型トポイソメラーゼ阻害剤、アムサクリン、エトポシド、リン酸エトポシド、テニポシド;抗腫瘍抗生物質(例えばアントラサイクリン抗生物質)、例えばダクチノマイシン、ドキソルビシン(アドリアマイシンTM)、エピルビシン、ブレオマイシン、ラパマイシン;抗体に基づく剤、例えば抗PD−1抗体、抗PD−L1抗体、抗TIM−3抗体、抗CTLA4、抗4−1BB、抗GITR、抗CD27、抗BLTA、抗OX43、抗VEGF、抗TNFα、抗IL−2、抗GpIIb/IIIa、抗CD−52、抗CD20、抗RSV、抗HER2/neu(erbB2)、抗TNF受容体、抗EGFR抗体、モノクローナル抗体または抗体断片、例には:セツキシマブ、パニツムマブ、インフリキシマブ、バシリキシマブ、ベバシズマブ(アバスチン(登録商標))、アブシキシマブ、ダクリズマブ、ゲムツズマブ、アレムツズマブ、リツキシマブ(マブテラ(登録商標))、パリビズマブ、トラスツズマブ、エタネルセプト、アダリムマブ、ニモツズマブが含まれる;EGFR阻害剤、例えばエルロチニブ、セツキシマブおよびゲフィチニブ;抗血管新生剤、例えばベバシズマブ(アバスチン(登録商標));癌ワクチン、例えばシプリューセル−T(プロベンジ(登録商標))。
さらなる化学療法薬剤は:13−シス−レチノイン酸、2−クロロデオキシアデノシン
、5−アザシチジン5−フルオロウラシル、6−メルカプトプリン、6−チオグアニン、アブラキサン、アキュタン(登録商標)、アクチノマイシン−D、アドリアマイシン(登録商標)、アドルシル(登録商標)、アフィニトール(登録商標)、アグリリン(登録商標)、Ala−コート(登録商標)、アルデスロイキン、アレムツズマブ、ALIMTA、アリトレチノイン、アルカバン−AQ(登録商標)、アルケラン(登録商標)、オールトランスレチノイン酸、アルファインターフェロン、アルトレタミン、アメトプテリン、アミフォスチン、アミノグルテチミド、アナグレリド、アナンドロン(登録商標)、アナストロゾール、アラビノシルシトシン、アラネスプ(登録商標)、アレジア(登録商標)、アリミデックス(登録商標)、アロマシン(登録商標)、アラノン(登録商標)、亜ヒ酸、アスパラギナーゼ、ATRA アバスチン(登録商標)、アザシチジン、BCG、BCNU、ベンダムスチン、ベバシズマス、ベキサロテン、BEXXAR(登録商標)、ビカルタミド、BiCNU、ブレノキサン(登録商標)、ブレオマイシン、ボルテゾミブ、ブスルファン、ブスルフェックス(登録商標)、カルシウムロイコボリン、カンパス(登録商標)、カンプトサル(登録商標)、カンプトテシン−11、カペシタビン、カラックTM、カルボプラチン、カルムスチン、カソデックス(登録商標)、CC−5013、CCI−779、CCNU、CDDP、CeeNU、セルビジン(登録商標)、セツキシマブ、クロラムブシル、シスプラチン、シトロボルム因子、クラドリビン、コルチゾン、コスメゲン(登録商標)、CPT−11、シクロホスファミド、シタドレン(登録商標)、シタラビン シトサール−U(登録商標)、シトキサン(登録商標)、ダコゲン、ダクチ
ノマイシン、ダルベポエチンアルファ、ダサチニブ、ダウノマイシン、ダウノルビシン、ダウノルビシン塩酸、ダウノルビシン・リポソーマル、ダウノキソーム(登録商標)、デカドロン、デシタビン、デルタ−コルテフ(登録商標)、デルタゾン(登録商標)、デニロイキン、ディフチトックス、デポシトTM、デキサメタゾン、酢酸デキサメタゾン、リン酸デキサメタゾンナトリウム、デキサゾン、デクスラゾキサン、DHAD、DIC、ジオデックス、ドセタキセル、ドキシル(登録商標)、ドキソルビシン、ドキソルビシン・リポソーマル、ドロキシアTM、DTIC、DTIC−Dome(登録商標)、デュラロン(登録商標)、エリガードTM、エレンスTM、エロキサチンTM、エルスパー(登録商標)、エンシット(登録商標)、エピルビシン、エポエチンアルファ、エルビタックス、エルロチニブ、エルウィニアL−アスパラギナーゼ、エストラムスチン、エチヨルエトポフォス(登録商標)、エトポシド、リン酸エトポシド、ユーレキシン(登録商標)、エベロリムス、エビスタ(登録商標)、エキセメスタン、ファスロデックス(登録商標)、フェマラ(登録商標)、フィルグラスチム、フロクスウリジン、フルダラ(登録商標)、フルダラビン、フルオロプレックス(登録商標)、フルオロウラシル、フロキシメステロン、フルタミド、フォリン酸、FUDR(登録商標)、フルベストラント、ゲフィチニブ、ゲムシタビン、ゲムツヅマブ・オゾガマイシン、グリーベックTM、グリアデル(登録商標)ウェハー、ゴセレリン、顆粒球コロニー刺激因子、顆粒球マクロファージコロニー刺激因子、ハーセプチン(登録商標)、ヘキサドロール、ヘキサレン(登録商標)、ヘキサメチルメラミン、HMM、ヒカムチン(登録商標)、ヒドレア(登録商標)、酢酸ヒドロコルト(登録商標)、ヒドロコルチゾン、リン酸ヒドロコルチゾンナトリウム、コハク酸ヒドロコルチゾンナトリウム、リン酸ヒドロコルトン、ヒドロキシ尿素、イブリツモマブ、イブリツモマブ・チウキセタン、イダマイシン(登録商標)、イダルビシン、イフェックス(登録商標)、IFN−アルファ、イホスファミド、IL−11、IL−2、メシル酸イマチニブ、イミダゾールカルボキサミド、インターフェロンアルファ、インターフェロンアルファ−2b(PEGコンジュゲート)、インターロイキン−2、インターロイキン−11、イントロンA(登録商標)(インターフェロンアルファ−2b)、イレッサ(登録商標)、イリノテカン、イソトレチノイン、イキサベピロン、イキセンプラTM、キドロラーゼ、ラナコート(登録商標)、ラパチニブ、L−アスパラギナーゼ、LCR、レナリドミド、レトロゾール、ロイコボリン、ロイケラン、ロイカインTM、リュープロリド、リューロクリスチン、リュースタチンTM、リポソーマルAra−C、液体プレド(登録商標)、ロムスチン、L−PAM、L−サルコリシン、リュプロン(登録商標)、リュプロンデポ(登録商標)、マツラン(登録商標)、マキシデックス、メクロレタミン、メクロレタミン塩酸、メドラロン(登録商標)、メドロール(登録商標)、メゲース(登録商標)、メゲストロール、酢酸メゲストロール、メルファラン、メルカプトプリン、メスナ、メスネックスTM、メトトレキセート、メトトレキセートナトリウム、メチルプレドニゾロン、メチコルテン(登録商標)、マイトマイシン、マイトマイシン−C、ミトキサントロン、M−プレドニゾール(登録商標)、MTC、MTX、ムスターゲン(登録商標)、ムスチン、ムタマイシン(登録商標)、ミレラン(登録商標)、ミロセルTM、ミロターグ(登録商標)、ナベルビン(登録商標)、ネララビン、ネオサール(登録商標)、ニューラスタTM、ニューメガ(登録商標)、ニューポゲン(登録商標)、ネキサバール(登録商標)、ニランドロン(登録商標)、ニルタミド、ニペント(登録商標)、ナイトロジェンマスタード、ノバルデックス(登録商標)、ノバントロン(登録商標)、オクトレオチド、酢酸オクトレオチド、オンコスパー(登録商標)、オンコビン(登録商標)、オンタック(登録商標)、オンキサルTM、オプレベルキン、オラプレッド(登録商標)、オラゾン(登録商標)、オキサリプラチン、パクリタキセル、パクリタキセルタンパク質結合型、パミドロネート、パニツムマブ、パンレチン(登録商標)、パラプラチン(登録商標)、ペディアプレド(登録商標)、PEGインターフェロン、ペガスパルガーゼ、ペグフィルグラスティム、PEG−イントロンTM、PEG−L−アスパラギナーゼ、PEMETREXED、ペントスタチン、フェニルアラニンマスタード、プラチノール(登録商標)、プラチノール−AQ(登録商標)、プレドニゾロン、プレドニゾン、プレ
ロン(登録商標)、プロカルバジン、PROCRIT(登録商標)、プロロイキン(登録商標)、カルムスチンインプラントプリネトール(登録商標)を含むプロリフプロスパン20、ラロキシフェン、レブリミド(登録商標)、リューマトレックス(登録商標)、リツキサン(登録商標)、リツキシマブ、ロフェロン−A(登録商標)(インターフェロンアルファ−2a)、リューベックス(登録商標)、ルビドマイシン塩酸、サンドスタチン(登録商標)、サンドスタチンLAR(登録商標)、サルグラモスチン、ソリュ−コルテフ(登録商標)、ソリュ−メドロール(登録商標)、ソラフェニブ、SPRYCELTM、STI−571、ストレプトゾシン、SU11248、スニチニブ、スーテント(登録商標)、タモキシフェン、タルセバ(登録商標)、タルグレチン(登録商標)、タキソール(登録商標)、タキソテール(登録商標)、テモダール(登録商標)、テモゾロミド、テムシロリムス、テニポシド、TESPA、サリドマイド、タロミド(登録商標)、テラシス(登録商標)、チオグアニン、チオグアニンタブロイド(登録商標)、チオホスホアミド、チオプレックス(登録商標)、チオテパ、TICE(登録商標)、トポサール(登録商標)、トポテカン、トレミフェン、トリセル(登録商標)、トシツモマブ、トラスツズマブ、トレアンダ(登録商標)、トレチノイン、トレキサールTM、トリセノックス(登録商標)、TSPA、TYKERB(登録商標)、VCR、ベシチビックスTM、ベルバン(登録商標)、ベルケード(登録商標)、ベペシド(登録商標)、ベサノイド(登録商標)、ビアデュルTM、ビダザ(登録商標)、ビンブラスチン、硫酸ビンブラスチン、ビンカサールPfs(登録商標)、ビンクリスチン、ビノレルビン、酒石酸ビノレルビン、VLB、VM−26、ボリノスタット、VP−16、ブモン(登録商標)、キセロダ(登録商標)、ザノサール(登録商標)、ゼバリンTM、ジネカード(登録商標)、ゾラデックス(登録商標)、ゾレドロン酸、ゾリンザ、ゾメタ(登録商標)より選択されてもよい。
多数回の用量の抗体/断片、CAR、核酸、ベクター、細胞または組成物を提供してもよい。用量の1つまたはそれより多くまたは各々には、別の療法剤の同時または連続投与が付随していてもよい。
多数回用量は、あらかじめ決定した時間間隔によって分かれていてもよく、これは1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、または31日、あるいは1、2、3、4、5または6ヶ月の1つであるように選択されてもよい。例えば、用量を、7、14、21または28日(プラスまたはマイナス3、2、または1日)ごとに1回投与してもよい。
診断適用
本明細書記載の抗体および抗原結合断片を、ターゲット抗原への抗体または抗原結合断片の結合を伴う方法において用いてもよい。こうした方法には、被験体における疾患または状態を診断する工程が含まれる。こうした方法は、抗体、または抗原結合断片、およびターゲットの結合した複合体の検出を伴ってもよい。こうしたものとして、1つの態様において、ペプチド−MHC複合体(例えばMHCクラスI分子と複合体化しているp53のペプチドの、例えばHLA−A24アレルによってコードされるα鎖を含むMHCクラスIと複合体化しているp53125−134の複合体)を含有するかまたは含有すると推測される試料を、本明細書に記載するような抗体または抗原結合断片と接触させ、そして抗体、または抗原結合断片、およびペプチド−MHC複合体の複合体形成を検出する工程を含む方法を提供する。
適切な方法形式は、当該技術分野に周知であり、サンドイッチアッセイ、例えばELISAなどのイムノアッセイが含まれる。方法は、抗体/抗原結合断片またはペプチド−MHC複合体、あるいはその両方の、検出可能標識、例えば蛍光、発光または放射標識での
標識を伴ってもよい。ペプチド−MHC複合体の発現は、例えば生検によって得られた組織試料の、免疫組織化学(IHC)によって測定されてもよい。いくつかの態様において、標識は:放射性ヌクレオチド、陽電子放出核種(例えば、陽電子放出断層撮影(PET)のため)、MRI造影剤または蛍光標識より選択されてもよい。
ペプチド−MHC複合体の分析は、in vitroまたはin vivoであってもよく、そして例えば蛍光画像化、陽電子放出断層撮影(PET)、または磁気共鳴画像化(MRI)による、適切な標識種の検出による、分析を伴ってもよい。
この種の方法は、ペプチド−MHC複合体の検出および/または定量化を要する、疾患または状態の診断法の基礎を提供しうる。こうした方法を、被験体試料に対して、in vitroで、または被験体試料のプロセシング後に行ってもよい。試料をひとたび収集したら、診断のin vitro法が実行されるために、患者が居合わせる必要はなく、そしてしたがって、方法は、ヒトまたは動物の身体に対して行わないものであってもよい。本発明は、in vitroでのペプチド−MHC複合体の検出のための、本明細書記載の抗体または抗原結合断片の使用を提供する。
用語「in vitro」は、培養中の細胞を用いた実験を含むよう意図され、一方、用語「in vivo」は、損なわれていない(intact)多細胞生物を用いた実験および/または処理を含むよう意図される。
こうした方法をまた、in vivoで、例えば被験体に、本発明記載の抗体、抗原結合断片、CAR、核酸、ベクター、細胞または組成物を投与した後に実行してもよい。
こうした方法は、被験体または被験体試料中に存在するペプチド−MHC複合体の存在を検出し、そして/またはその量を決定する工程を含んでもよい。該方法はさらに、診断に到達するプロセスの一部として、標準または参照値に対して、決定した量を比較する工程を含んでもよい。他の診断試験を本明細書に記載するものと組み合わせて、診断の正確性を増進するか、または本明細書に記載する試験を用いることによって得られた結果を確認してもよい。
いくつかの場合、ペプチド−MHC複合体の存在を検出するためのin vitroまたはin vivo法は、例えばインターフェロン処理またはHDAC阻害剤処理によって、MHCクラスI発現をブーストする工程を含んでもよい。
被験体におけるペプチド−MHC複合体の存在または存在するペプチド−MHC複合体のレベルは、被験体が疾患/状態、例えば本明細書記載の疾患/または状態を有する指標となりうる。(例えば被験体から得た試料中の)ペプチド−MHC複合体の検出を、被験体における癌性状態の診断、癌性状態に対する素因の診断の目的のために、または癌性状態の予後を提供する(予後診断する)ために用いてもよい。診断または予後は、現存する(以前診断された)癌性状態に関連してもよい。
被験体におけるペプチド−MHC複合体の存在または存在するペプチド−MHC複合体のレベルは、被験体が、本発明記載の抗体、抗原結合断片、CAR、核酸、ベクター、細胞または組成物を用いた治療に反応しうることの指標となりうる。ペプチド−MHC複合体の存在の検出、またはペプチド−MHC複合体の特定のレベルの検出を用いて、本発明記載の抗体、抗原結合断片、CAR、核酸、ベクター、細胞または組成物を用いた治療のため、被験体を選択してもよい。ペプチド−MHC複合体の存在の検出、またはペプチド−MHC複合体の特定のレベルの検出を用いて、疾患/状態の治療のための別の剤を用いた治療のため、被験体を選択してもよい。
任意の組織または体液から試料を採取してもよい。試料は:ある量の血液;フィブリン塊および血球を除去した後に得られる、血液の液体部分を含んでもよい、個体の血液由来のある量の血清;組織試料または生検;胸水;脳脊髄液(CSF);あるいは前記個体から単離された細胞を含んでもよいし、またはこれらに由来してもよい。いくつかの態様において、試料は、疾患/障害によって罹患した単数または複数の組織(例えば疾患の症状を明示するか、または疾患/障害の病因形成に関与する、単数または複数の組織)から得られてもよいし、またはこうした組織に由来してもよい。いくつかの態様において、試料は、癌性細胞または腫瘍生検から得られてもよいし、またはこうした組織に由来してもよい。
タンパク質発現
細胞において本発明記載のタンパク質(例えば抗体、抗原結合断片およびCAR)を産生するために適した分子生物学技術は、当該技術分野に周知であり、例えば、Sambrookら, Molecular Cloning: A Laboratory Manual, ニューヨーク:Cold Spring Harbor Press, 1989に示されるものがある。ポリペプチドは核酸配列から発現されてもよい。核酸配列は、細胞中に存在するベクターに含有されてもよいし、または細胞のゲノム内に取り込まれていてもよい。
本発明記載のタンパク質を産生するため、ポリペプチドの発現に適した任意の細胞が使用可能である。細胞は、原核細胞または真核細胞であることも可能である。適切な原核細胞には大腸菌が含まれる。真核細胞の例には、酵母細胞、植物細胞、昆虫細胞または哺乳動物細胞(例えばチャイニーズハムスター卵巣(CHO)細胞)が含まれる。いくつかの場合、ある原核細胞は、真核細胞と同じ翻訳後修飾を可能にしないため、細胞は原核細胞ではない。さらに、真核細胞では非常に高い発現レベルが可能であり、そして適切なタグを用いると、真核細胞からタンパク質を精製することがより容易でありうる。培地へのタンパク質の分泌を増進させる特定のプラスミドもまた、利用してもよい。
関心対象のポリペプチドを産生する方法は、ポリペプチドを発現するように修飾された細胞の培養または発酵を伴うことも可能である。培養または発酵は、栄養素、空気/酸素および/または増殖因子の適切な供給を提供され、バイオリアクター中で実行可能である。細胞から、培地/発酵ブロスを分配し、タンパク質内容物を抽出し、そして個々のタンパク質を分離して、分泌されたポリペプチドを単離することによって、分泌されたタンパク質を収集することも可能である。培養、発酵および分離技術は、当業者に周知である。
バイオリアクターには、その中で細胞を培養可能である1つまたはそれより多い容器が含まれる。バイオリアクター中の培養は、連続して生じてもよく、リアクター内への反応物の連続流動、およびリアクターからの培養細胞の連続流動が伴う。あるいは、培養はバッチで生じてもよい。バイオリアクターは、培養中の細胞のために最適な条件が提供されるように、pH、酸素、容器内へのおよび容器外への流速、ならびに容器内の攪拌などの環境条件を監視し、そして調節する。
関心対象のポリペプチドを発現する細胞の培養後、好ましくはそのポリペプチドを単離する。当該技術分野に知られる、細胞培養からポリペプチドを分離するための任意の適切な方法を用いてもよい。培養から関心対象のポリペプチドを単離するため、まず、関心対象のポリペプチドを含有する培地から、培養された細胞を分離する必要がある可能性もある。関心対象のポリペプチドが細胞から分泌される場合、分泌されたポリペプチドを含有する培地から、遠心分離によって細胞を分離することも可能である。関心対象のポリペプチドが細胞内に集積する場合、遠心分離前に、例えば超音波、迅速凍結融解または浸透圧溶解を用いて、細胞を破壊する必要があるであろう。遠心分離は、培養細胞を含有するペ
レット、または培養細胞の細胞破片、ならびに培地および関心対象のポリペプチドを含有する上清を生じるであろう。
次いで、他のタンパク質および非タンパク質構成要素も含有しうる上清または培地から、関心対象のポリペプチドを単離することが望ましい可能性もある。上清または培地からポリペプチド構成要素を分離するための一般的なアプローチは、沈殿による。異なる溶解度のポリペプチド/タンパク質は、硫酸アンモニウムなどの沈殿剤の異なる濃度で沈殿する。例えば、低濃度の沈殿剤では、水溶性タンパク質が抽出される。したがって、増加する濃度の沈殿剤を添加することによって、異なる溶解度のタンパク質が区別可能である。続いて、透析を用いて、分離されたタンパク質から硫酸アンモニウムを除去してもよい。
異なるポリペプチド/タンパク質を区別するための他の方法が当該技術分野に知られ、例えばイオン交換クロマトグラフィおよびサイズクロマトグラフィがある。これらを沈殿の代替法として用いてもよいし、または沈殿に続いて行ってもよい。
関心対象のポリペプチドが、ひとたび培養から単離されたら、タンパク質を濃縮する必要がある可能性もある。関心対象のタンパク質を濃縮するためのいくつかの方法が当該技術分野に知られ、例えば限外濾過または凍結乾燥がある。
キット
本発明のいくつかの側面において、部分のキットを提供する。いくつかの態様において、キットは、あらかじめ決定した量の本発明記載の抗体、抗原結合断片、CAR、組成物、核酸、ベクターまたは細胞を有する少なくとも1つの容器を有してもよい。
キットは、抗体、抗原結合断片、CAR、組成物、核酸、ベクターまたは細胞を、明記する疾患/状態、例えば癌を治療するため、患者に投与するための使用説明書とともに提供してもよい。抗体、抗原結合断片、CAR、組成物、核酸、ベクターまたは細胞を、腫瘍へのまたは血液への注射または注入に適切であるように配合してもよい。
いくつかの態様において、キットは、本発明記載の細胞を産生するための材料を含んでもよい。例えば、キットは、細胞が本発明記載の抗体、抗原結合断片、CAR、核酸またはベクターを発現するかまたは含むように修飾するための材料、あるいは細胞に、本発明記載の核酸またはベクターを導入するための材料を含んでもよい。
いくつかの態様において、キットはさらに、あらかじめ決定した量の別の療法剤(例えば抗感染剤または化学療法剤)を有する少なくとも1つの容器を含んでもよい。こうした態様において、キットはまた、2つの薬剤または薬学的組成物が特定の疾患または状態に対する組み合わせ治療を提供するように、これらを同時にまたは別個に投与可能であるように、第二の薬剤または薬学的組成物も含んでもよい。療法剤はまた、腫瘍または血液への注射または注入に適切であるように配合されてもよい。
配列同一性
2つまたはそれより多いアミノ酸または核酸配列間のパーセント同一性を決定する目的のため、対のおよび多数の配列整列を、当業者に知られる多様な方法で、例えば、公的に入手可能なコンピュータソフトウェア、例えばClustalOmega(Sоeding, J. 2005, Bioinformatics 21, 951−960)、T−coffee(Notredameら 2000, J. Mol. Biol.(2000) 302, 205−217)、Kalign(LassmannおよびSonnhammer 2005, BMC Bioinformatics, 6(298))およびMAFFT(KatohおよびStandley 2013, Molecu
lar Biology and Evolution, 30(4) 772−780)ソフトウェアを用いて、達成してもよい。こうしたソフトウェアを用いる際、例えばギャップペナルティおよび伸長ペナルティに関して、好ましくはデフォルトパラメータを用いる。
本発明には、記載する側面および好ましい特徴の組み合わせが含まれるが、こうした組み合わせが明らかに許容されえないかまたは明らかに回避される場合を除く。
本明細書に用いるセクション見出しは、構成上の目的のみのためであり、そして記載する主題を限定するとは意図されないものとする。
本発明の側面および態様はここで、例として、付随する図を参照しながら例示されるであろう。さらなる側面および態様は、当業者には明らかであろう。本文書に言及するすべての文書が本明細書に援用される。
本明細書全体に渡って、続く請求項を含めて、背景が別であることを必要としない限り、単語「含む(comprise)」、ならびに変形、例えば「含む(comprises)」および「含んでいる(comprising)」は、言及する整数または工程、あるいは整数または工程群の包含を意味するが、いかなる他の整数または工程、あるいは整数または工程群も排除しないことが理解されるであろう。
本明細書および付随する請求項において、単数形「a」、「an」、および「the」には、背景が明らかに別であると示さない限り、複数の指示対象が含まれることに留意しなければならない。範囲は、本明細書において、「約」1つの特定の値から、そして/または「約」別の特定の値までとして表されてもよい。こうした範囲を示した場合、別の態様には、1つの特定の値から、そして/または他の特定の値までが含まれる。同様に、値を近似値で表した場合、先行する「約」を使用することによって、特定の値が別の態様を形成することが理解されるであろう。
以下の実施例において、本発明者らは、p53ペプチド:MHCクラスI複合体に結合可能な抗体の単離および特徴づけを記載する。
実施例1:抗p53:MHCクラスI複合体抗体の単離
p53125−134ペプチドを、可溶性HLAA2402に付着させて(p53−A24)、可溶性ペプチドMHC複合体(pMHC)を形成した。次いで、このpMHC複合体に結合可能な抗体を、in vitro選択を通じて、ヒト抗体ファージディスプレイライブラリーから単離した。スクリーニングした190のクローンから、ELISAアッセイによってpMHCに最高の結合を示す36のクローンを単離し、そしてそのうち4つ:P1C1、P1H4、P1A8およびP1B11をさらなる特徴づけのため、IgG形式にクローニングした。
軽鎖および重鎖可変領域のアミノ酸配列を、それぞれ、図1および2に示す。
実施例2:p53−A24のアビディティおよび特異性
p53−P24単量体への結合に関して、そして非関連抗原への結合に関して、ELISAアッセイによって、抗体クローンP1C1、P1H4、P1A8およびP1B11を分析して、アビディティおよび特異性を決定した。
P1A8を例外として、すべてのクローンは、高アフィニティでp53−A24に結合することが示された(図9A)。抗体はまた、ゼロかまたは限定された非特異的結合を示した(図9B)。
実施例3:HLA A24発現細胞上のp53への特異的結合
細胞表面で発現されるp53−A24 pMHCを認識し、そしてこれに結合する能力を、HT29細胞を用いて測定した。これらの細胞は、恒常的にHLAA24を発現する。
簡潔には、HT29細胞を、室温で1時間、p53125−134ペプチドか非関連ペプチドのパネルから選択したペプチドでパルス処理するか、またはパルス処理しなかった。次いで、細胞をP1C1、P1H4またはP2B4とインキュベーションし、そして二次標識抗体を用いたフローサイトメトリーによって、結合を測定した。
結果を図10A〜10Cに示す。P1C1、P1H4またはP2B4抗体は、p53125−134ペプチドでパルス処理した細胞にのみ結合し、p53125−134抗原に対する特異性を立証した(図10A〜10C)。さらに、抗体が非パルス処理HT29細胞に結合しないという事実は、これらがp53抗原を提示するHLAA24にのみ結合し、そしてp53を提示しないHLAA24には結合しないことを示唆する。
実施例4:HLA A24 MHCクラスI分子に対するおよびp53−A24に対する特異性
HLAA24ハプロタイプに対する特異性を確認するため、異なるHLAA型を発現する細胞:HLAA02およびp53を恒常的に発現するMDA−MB−231細胞上で結合を評価した。MDA−MB−231細胞はまた、HLAA24を発現するように形質導入された。
次いで、p53125−134ペプチドでパルス処理されるかまたはパルス処理されないかいずれかの形質導入および非形質導入MDA−MB−231細胞上で、P1C1の結合を評価した。二次標識抗体を用いたフローサイトメトリーによって、結合を測定した。
結果を図11Aに示す。P1C1は、HLAA24を発現する細胞(すなわち形質導入MDA−MB−231)にのみ結合し、そしてHLAA02を発現する非形質導入MDA−MB−231細胞上では結合はまったく観察されず、HLAA24によって提示されるp53125−134ペプチドに関する特異性が確認された。
p53陰性であるSaoS2細胞を用いて、同様の実験を行った。これらの細胞は、HLAA24を恒常的に発現する。細胞をp53の多様なペプチド、WT1、hTERTでパルス処理するか、またはパルス処理しなかった。細胞に対するP1C1抗体の結合の分析によって、p53125−134でパルス処理された細胞のみが結合し、この抗原に対する抗体の特異性が確認された(図11B)。
総合すると、これらの結果は、HLAA24によって提示されるp53125−134に対する抗体の特異性を立証する。
実施例5:アフィニティ成熟抗体
P1C1配列を、生殖系列フレームワークに復帰させて、クローンP1C1_glを得て、これを続いて、アフィニティ成熟に供した。重鎖に関して2つのアフィニティ成熟クローンを保持し(2E3および1E11)、そして軽鎖に関して1つのアフィニティ成熟クローンを保持した(1G7)。
2E3および1E11の両方に存在する置換を含む二重突然変異体を構築し、クローンP1C1_dmと名付けた。2E3、1E11および1G7に存在する置換を含む三重突然変異体を生成し、クローンP1C1_tmと名付けた。
p53−A24複合体に関する異なるP1C1由来クローンのアフィニティを、表面プラズモン共鳴分析を通じて測定した。結果を図12に示し、そしてこの結果は、P1C1_tmが、P1C1_glに比較した際、p53−A24に対して、〜10倍高いアフィニティを有することを示す。
P1C1_dm、P1C1_tmおよびP1C1_glが非パルス処理HT29細胞に結合する能力を、フローサイトメトリーによって分析した。P1C1_dmおよびP1C1_tmクローンは、元来の生殖系列クローンよりも、非パルス処理HT29細胞により高い結合を示した(図13)。
実施例6:in vitro活性:抗体依存性細胞仲介性細胞傷害性(ADCC)の誘導
抗体がADCCを誘導する能力を評価するため、HLAA24陽性HT29を、1:10の比で、PBMCと混合し、そしてP1C1_glまたはP1C1_tmの存在下または非存在下で一晩インキュベーションし、そして細胞殺傷を測定した。細胞をパルス処理しないか、またはp53ペプチドでパルス処理するかいずれかとした。
また、HLAA24で形質導入されていないかまたは形質導入された、HLAA24陰性MDA−MB−231細胞を用いて、抗体によるADCC誘導の特異性を評価した。
結果を図14に示す。用量依存性殺傷が、非パルス処理細胞に比較した際、p53ペプチドパルス処理HLAA24陽性細胞において、より効率的であることが観察された。HLAA24陰性MDA−MB−231細胞では、有意なADCCは観察されなかった。P1C1_tmは、P1C1_glに比較した際、より強力なADCCを示した。
実施例7:HT29細胞によるP1C1_tmの内在化
P1C1_tm抗体をpH感受性pHrodo−レッド色素で標識し、そしてp53ペプチドパルス処理HT29細胞と、37℃でまたは氷上で、多様な期間、インキュベーションした後、フローサイトメトリーによって内在化を分析した。内在化された抗体は、エンドソーム内の酸性環境のため、表面結合抗体に比較して、有意な蛍光を生じる。
結果を図15Aおよび15Bに示す。p53−A24 pMHCに結合した際、P1C1_tm抗体の存在下で(図15A、下部左パネル)、37℃でインキュベーションした、p53ペプチドでパルス処理したHT29細胞において、蛍光シフトがあることによって立証されるように、抗体は、複合体がリサイクルされると複合体とともに内在化する。このシフトは、非特異的対照抗体(図15A、下部右パネル)においては、または氷上でインキュベーションされ、そしてしたがってp53−A24 pMHCをリサイクルしなかった細胞(図15A、上部左パネル)においては、観察されなかった。
実施例8:腫瘍細胞への薬剤送達
p53−A24複合体と抗体の内在化を、腫瘍細胞を特異的にターゲティングする薬剤送達のためのツールとして用いてもよい。P1C1_tmに対する薬剤コンジュゲート化二次抗体結合を用いて、これを試験した。簡潔には、HT29細胞を、P1C1_tm、および細胞傷害性薬剤PNU159682(PNU)またはピロロベンゾジアゼピン(PBD)とコンジュゲート化した抗ヒトFc特異的二次抗体とインキュベーションした。72時間後、MTTアッセイによって、細胞生存性を分析した。対照として、P1C1_tmの非存在下で、薬剤コンジュゲート化抗体とのみ、いくつかの細胞をインキュベーションした。
実験の結果を図16に示す。P1C1_tmは、PNUおよびPBDの細胞傷害効果を劇的に改善することが見いだされた。増加した効果は、P1C1_tm/p53−A24複合体に結合した薬剤コンジュゲート化抗Fc抗体の免疫複合体の一部としての薬剤の内在化のためである可能性が高い。
これらのデータは、P1C1_tmが、腫瘍への薬剤のターゲティング化薬剤送達のため、癌治療において、使用可能であり、そしてターゲティングされた細胞内へのその内在化を強いることによって、薬剤の有効性を増加させうることを示唆する。
実施例9:NSGマウスにおけるHT29のin vivo画像化
TCR様抗体の適用の1つは、MHCクラスIを通じて細胞内分子、この場合はp53を交差提示する腫瘍細胞を同定することによって、癌の診断を補助するであろう。
P1C1_tmの診断抗体としての有用性を評価するため、HT29細胞(A24およびp53の両方に関して陽性)、および非形質導入MDA−MB−231細胞(p53を発現しているが、A24に関して陰性)またはSaoS2細胞(A24を発現しているが、p53を発現しない)を、図17Aおよび17Bに模式的に示し、そして図のレジェンドに説明するように、NSGマウスの脇腹に移植した。
腫瘍が確立するのを許し、そして100〜200mmまで増殖させた後、50μgのAF680標識P1C1_tm抗体を静脈内投与した。in vivo蛍光画像化によって、48および120時間後に、腫瘍標識を捕捉した。
図17Aおよび17Bに示すように、抗体は、HLAA24+ HT29細胞の検出を可能にしたが、HLAA02発現腫瘍(図9A)、またはp53を発現していないHLAA24+腫瘍細胞(図9B)を追跡しなかった。
実施例10:HT29腫瘍細胞に対するT細胞仲介性細胞傷害性
TCR様抗原結合断片を含むキメラ抗原受容体(CAR)を発現しているT細胞を、HT29腫瘍細胞を殺す能力に関して評価した。
健康なドナー由来のT細胞を、TransActTM(CD3/CD28アゴニスト)の添加によって活性化し、そして50ng/mL IL2を補充したTexMACSTM培地中、1〜2x10細胞/mlの密度で、72時間の期間、維持した。刺激に際して、レンチウイルスに基づくp53 CARプラスミド(100万細胞あたり2μg)を含みまたは含まず、細胞にエレクトロポレーションした。プラスミドDNAエレクトロポレーションによって引き起こされる細胞死がかなりの量であったため、エレクトロポレーション48時間後の免疫磁気陰性選択によって、細胞培養からアポトーシス細胞(アネキシンV+)を枯渇させた。
細胞をさらに24時間、培養中で休息させた後、T細胞仲介性細胞傷害性アッセイ(xCELLigence)において評価した。このアッセイにおいて、腫瘍細胞の細胞指数を測定する。腫瘍細胞接着によって引き起こされる、トランジスタプレートを渡る電流インピーダンスによって、細胞指数を決定する。
xCELLigenceインピーダンスに基づく系を用いて、40時間に渡って連続腫瘍細胞殺傷を評価した。HT29腫瘍細胞を、レジスタが底面にある96ウェルプレート中、完全増殖培地中で、ウェルあたり15,000細胞でプレーティングした。18〜24時間後、3,750のエフェクターT細胞(1:4植え付け比)を添加し、この時点で、HT29接着に相関する細胞指数を基準化した。基準化細胞指数のインピーダンスに基
づく測定を、10分ごとに記録し、そして細胞溶解%に変換した。データは、3つ組の平均(±標準偏差)に相当する。
結果を図18に示す。p53 CAR T細胞は、対照T細胞に比較して、有意により多くのHLAA24陽性HT29腫瘍細胞を殺すことが可能であった。
実施例11:HT29腫瘍細胞に対する、in vitroでの抗p53−A24/CD3二重特異性抗体細胞傷害性
抗p53−A24/CD3二重特異性抗体(BsAb)の2つの異なる形式を、ヒト初代T細胞および腫瘍細胞と同時培養し、そして腫瘍細胞殺傷を誘導する能力に関して評価した。2つのBsAb形式(1および2)を図19Aに示す。
腫瘍細胞(ターゲット細胞)を、あらかじめオレゴングリーンで標識し、そして細胞を接着させるため、面積の半分が平底である96ウェルプレート中で一晩培養した。翌日、ヒトPBMCから単離した初代T細胞を、エフェクター対ターゲット比10対1(E:T=10:1)で添加した。10倍力価で8ポイント分のBsAbもまた調製し、そして示す最終濃度に到達するように各ウェルに添加した。次いで、プレートを37℃、5%CO2で3日間インキュベーションした。FACS読み取りのため、腫瘍細胞をアキュターゼで穏やかに剥離し、そしてヨウ化プロピジウム(PI)で染色して、死んだ細胞を標識した。MACSQuant分析装置を用いて、3日培養後、FACS読み取りで、BsAb誘導性細胞傷害性を測定した。細胞傷害性%は、死亡細胞の細胞カウントをターゲット細胞の細胞カウントで割ったものに等しい。
結果を図19Bに示す。HLA−A24+/p53突然変異体+細胞株HT20において、ターゲット特異的細胞傷害性が、どちらの二重特異性構築物でも観察される。BsAb2(EC50=0.48nM;左側の曲線)は、BsAb1(EC50=3.05nM;右側の曲線)よりもより高い強度を示す。一方、HLA−A24+/p53ヌル細胞株SaOS2の細胞殺傷においては、どちらの構築物でも非特異的細胞傷害性はまったく観察されず、p53−A24複合体のターゲティングに関する二重特異性構築物の特異性が示された。
本明細書および付随する請求項において、単数形「a」、「an」、および「the」には、背景が明らかに別であると示さない限り、複数の指示対象が含まれることに留意しなければならない。範囲は、本明細書において、「約」1つの特定の値から、そして/または「約」別の特定の値までとして表されてもよい。こうした範囲を示した場合、別の態様には、1つの特定の値から、そして/または他の特定の値までが含まれる。同様に、値を近似値で表した場合、先行する「約」を使用することによって、特定の値が別の態様を形成することが理解されるであろう。
非限定的に、本発明は以下の態様を含む。
[態様1]
p53のペプチドおよびMHCクラスI分子を含むペプチド−MHC複合体に結合可能である、場合によって単離された、抗体または抗原結合断片。
[態様2]
MHCクラスI分子が、HLA−A24アレルによってコードされるMHCクラスI α鎖を含む、態様1記載の抗体または抗原結合断片。
[態様3]
p53のペプチドが、配列番号75のアミノ酸配列、あるいは該アミノ酸配列中に1つまたは2つまたは3つのアミノ酸置換を有するその変異体、を含むか、または、からなる、態様1または態様2記載の抗体または抗原結合断片。
[態様4]
アミノ酸配列i)〜vi):
Figure 2021072773
あるいは配列i)〜vi)の1つまたはそれより多くにおいて、1つまたは2つまたは3つのアミノ酸が別のアミノ酸で置換されているその変異体;
式中、X=TまたはA、X=SまたはY、X=AまたはD、X=GまたはD、X=DまたはE、X=VまたはT、X=HまたはN、X=NまたはT、X=NまたはS、X10=非存在またはD、X11=AまたはT、X12=SまたはA、X13=GまたはD、X14=MまたはI、X15=SまたはT、X16=IまたはM、X17=NまたはS、X18=NまたはD、X19=AまたはG、X20=GまたはA、X21=NまたはY、X22=AまたはS、X23=FまたはY、およびX24=HまたはYである
を含む、態様1〜3のいずれか一項記載の抗体または抗原結合断片。
[態様5]
LC−CDR1が、TGSSSNIGADYETH(配列番号17)、AGSYSNIGDDYETH(配列番号20)、TGSSSNIGAGYDVH(配列番号24)、TGSSSNIGAGYDVN(配列番号27)、TGTSSDVGGYNYVS(配列番号29)またはRASQSIGTDLA(配列番号21)の1つである、態様4記載の抗体または抗原結合断片。
[態様6]
LC−CDR2が、GNTNRPS(配列番号18)、GNNNRPS(配列番号25)、DASNRAT(配列番号22)またはDVSSRPS(配列番号30)の1つである、態様4または態様5記載の抗体または抗原結合断片。
[態様7]
LC−CDR3が、QSYDSNLSAWV(配列番号19)、QSYDSNLSDTWV(配列番号26)、QSYDSSLSAWV(配列番号28)、QQRSNWPPT(配列番号23)またはSSYTVFSTLV(配列番号31)の1つである、態様4〜6のいずれか一項記載の抗体または抗原結合断片。
[態様8]
HC−CDR1が、SGGYYWS(配列番号32)、SGGYYWA(配列番号35)、SGGYYWS(配列番号40)、GYYMH(配列番号37)、またはDYYIH(配列番号43)の1つである、態様4〜7のいずれか一項記載の抗体または抗原結合断片。
[態様9]
HC−CDR2が、YIYYSGSTYYNPSLKS(配列番号33)、YIYYSGTTYYNPSLKS(配列番号41)、WINPNSAGTNYAQKFQG(配列番号38)またはWMSPDSGATYYAQKFQG(配列番号44)の1つである、態様4〜8のいずれか一項記載の抗体または抗原結合断片。
[態様10]
HC−CDR3が、ENFGAFDH(配列番号34)、ENFGSYDY(配列番号36)、EGADGIYYFDY(配列番号39)、またはDTYGHDY(配列番号45)の1つである、態様4〜9のいずれか一項記載の抗体または抗原結合断片。
[態様11]
以下のCDR:
Figure 2021072773
を取り込む少なくとも1つの軽鎖可変領域を有する、態様1〜10のいずれか一項記載の抗体または抗原結合断片。
[態様12]
以下のCDR:
Figure 2021072773
を取り込む少なくとも1つの重鎖可変領域を有する、態様1〜11のいずれか一項記載の抗体または抗原結合断片。
[態様13]
p53のペプチドおよびMHCクラスI分子を含むペプチド−MHC複合体に結合可能であり、軽鎖および重鎖可変領域配列を含む、場合によって単離された、抗体または抗原結合断片であって:
軽鎖が、LC−CDR1:XGSXSNIGXYX(配列番号46)、TGTSSDVGGYNYVS(配列番号29)またはRASQSIGTDLA(配列番号21)の1つ; LC−CDR2:GNXNRPS(配列番号47)、DASNRAT(配列番号22)またはDVSSRPS(配列番号30)の1つ; LC−CDR3:QSYDSXLSX1011WV(配列番号48)、QQRSNWPPT(配列番号23)またはSSYTVFSTLV(配列番号31)の1つ、に少なくとも85%の全体の配列同一性を有する、LC−CDR1、LC−CDR2、LC−CDR3を含み;そして
重鎖が、HC−CDR1:SGGYYWX12(配列番号49)またはX13YYX14H(配列番号50)の1つ; HC−CDR2:YIYYSGX15TYYNPSLKS(配列番号51)またはWX1617PX18SX1920TXYAQKFQG(配列番号52)の1つ; HC−CDR2:ENFGX2223DX24(配列番号53)、EGADGIYYFDY(配列番号39)またはDTYGHDY(配列番号45)の1つ、に少なくとも85%の全体の配列同一性を有する、HC−CDR1、HC−CDR2、HC−CDR3を含む;
式中、X=TまたはA、X=SまたはY、X=AまたはD、X=GまたはD、X=DまたはE、X=VまたはT、X=HまたはN、X=NまたはT、X=NまたはS、X10=非存在またはD、X11=AまたはT、X12=SまたはA、X13=GまたはD、X14=MまたはI、X15=SまたはT、X16=IまたはM、X17=NまたはS、X18=NまたはD、X19=AまたはG、X20=GまたはA、X21=NまたはY、X22=AまたはS、X23=FまたはY、およびX24=HまたはYである、
前記抗体または抗原結合断片。
[態様14]
p53のペプチドおよびMHCクラスI分子を含むペプチド−MHC複合体に結合可能であり、軽鎖および重鎖可変領域配列を含む、場合によって単離された、抗体または抗原結合断片であって:
軽鎖配列が、配列番号1〜7の1つの軽鎖配列に少なくとも85%の配列同一性を有し、そして;
重鎖配列が、配列番号8〜16の1つの重鎖配列に少なくとも85%の配列同一性を有する
前記抗体または抗原結合断片。
[態様15]
p53のペプチドおよびMHCクラスI分子を含むペプチド−MHC複合体を含むかまたは発現する細胞に対する、抗体依存性細胞仲介性細胞傷害性(ADCC)を示す、態様1〜14のいずれか一項記載の抗体または抗原結合断片。
[態様16]
p53のペプチドおよびMHCクラスI分子を含むペプチド−MHC複合体を含むかまたは発現する細胞によって内在化される、態様1〜15のいずれか一項記載の抗体または抗原結合断片。
[態様17]
完全ヒト抗体または完全ヒト抗体断片である、態様1〜16のいずれか一項記載の抗体または抗原結合断片。
[態様18]
薬剤部分または検出可能部分にコンジュゲート化されている、態様1〜17のいずれか一項記載の抗体または抗原結合断片。
[態様19]
ペプチド−MHC複合体以外のターゲットに特異的な抗体または抗原結合断片をさらに含む、態様1〜18のいずれか一項記載の抗体または抗原結合断片。
[態様20]
ペプチド−MHC複合体以外のターゲットが、免疫細胞表面分子である、態様19記載の抗体または抗原結合断片。
[態様21]
態様1〜20のいずれか一項記載の抗原結合断片を含む、キメラ抗原受容体(CAR)。
[態様22]
p53のペプチドおよびMHCクラスI分子を含むペプチド−MHC複合体に結合している、態様1〜21のいずれか一項記載の抗体、抗原結合断片またはCARを含む、場合によって単離された、in vitro複合体。
[態様23]
態様1〜21のいずれか一項記載の抗体、抗原結合断片またはCAR、および少なくとも1つの薬学的に許容されうるキャリアーを含む、組成物。
[態様24]
態様1〜21のいずれか一項記載の抗体、抗原結合断片またはCARをコードする、単離核酸。
[態様25]
態様24の核酸を含む、ベクター。
[態様26]
態様24記載の核酸または態様25記載のベクターを含む、細胞。
[態様27]
態様1〜21のいずれか一項記載の抗体、抗原結合断片またはCARを作製するための方法であって、抗体または抗原結合断片またはCARの発現に適した条件下で、態様26の細胞を培養する工程を含む、前記方法。
[態様28]
療法において、または医学的治療法において、使用するための、態様1〜21または23〜26のいずれか一項記載の抗体、抗原結合断片、CAR、組成物、核酸、ベクターまたは細胞。
[態様29]
癌の治療または予防において使用するための、態様1〜21または23〜26のいずれか一項記載の抗体、抗原結合断片、CAR、組成物、核酸、ベクターまたは細胞。
[態様30]
癌の治療または予防のための薬剤製造における、態様1〜21または23〜26のいずれか一項記載の抗体、抗原結合断片、CAR、組成物、核酸、ベクターまたは細胞の使用。
[態様31]
癌を治療するかまたは予防する方法であって、態様1〜21または23〜26のいずれか一項記載の抗体、抗原結合断片、CAR、組成物、核酸、ベクターまたは細胞の療法的または予防的に有効な量を、被験体に投与する工程を含む、前記方法。
[態様32]
被験体において、癌を治療するかまたは予防する方法であって:
(a)被験体から少なくとも1つの細胞を単離し;
(b)態様1〜21または24〜26のいずれか一項記載の抗体、抗原結合断片、CAR、核酸またはベクターを発現するかまたは含むように、少なくとも1つの細胞を修飾し、そして;
(c)被験体に、修飾した少なくとも1つの細胞を投与する
工程を含む、前記方法。
[態様33]
被験体において、癌を治療するかまたは予防する方法であって:
(a)被験体から少なくとも1つの細胞を単離し;
(b)態様24記載の核酸または態様25記載のベクターを、少なくとも1つの細胞内に導入し、それによって少なくとも1つの細胞を修飾し、そして;
(c)被験体に、修飾した少なくとも1つの細胞を投与する
工程を含む、前記方法。
[態様34]
態様1〜21または23〜26のいずれか一項記載の抗体、CAR、組成物、核酸、ベクターまたは細胞のあらかじめ決定した量を含む、部分のキット。
[態様35]
被験体において、疾患または状態を診断する方法であって、ペプチド−MHC複合体を含有するかまたは含有すると推定される試料を、態様1〜21のいずれか一項記載の抗体または抗原結合断片と接触させ、そして抗体または抗原結合断片およびペプチド−MHC複合体の複合体の形成を検出する工程を含む、前記方法。

Claims (35)

  1. p53のペプチドおよびMHCクラスI分子を含むペプチド−MHC複合体に結合可能である、場合によって単離された、抗体または抗原結合断片。
  2. MHCクラスI分子が、HLA−A24アレルによってコードされるMHCクラスI
    α鎖を含む、請求項1記載の抗体または抗原結合断片。
  3. p53のペプチドが、配列番号75のアミノ酸配列、あるいは該アミノ酸配列中に1つまたは2つまたは3つのアミノ酸置換を有するその変異体、を含むか、または、からなる、請求項1または請求項2記載の抗体または抗原結合断片。
  4. アミノ酸配列i)〜vi):
    Figure 2021072773
    あるいは配列i)〜vi)の1つまたはそれより多くにおいて、1つまたは2つまたは3つのアミノ酸が別のアミノ酸で置換されているその変異体;
    式中、X=TまたはA、X=SまたはY、X=AまたはD、X=GまたはD、X=DまたはE、X=VまたはT、X=HまたはN、X=NまたはT、X=NまたはS、X10=非存在またはD、X11=AまたはT、X12=SまたはA、X13=GまたはD、X14=MまたはI、X15=SまたはT、X16=IまたはM、X17=NまたはS、X18=NまたはD、X19=AまたはG、X20=GまたはA、X21=NまたはY、X22=AまたはS、X23=FまたはY、およびX24=HまたはYである
    を含む、請求項1〜3のいずれか一項記載の抗体または抗原結合断片。
  5. LC−CDR1が、TGSSSNIGADYETH(配列番号17)、AGSYSNIGDDYETH(配列番号20)、TGSSSNIGAGYDVH(配列番号24)、T
    GSSSNIGAGYDVN(配列番号27)、TGTSSDVGGYNYVS(配列番号29)またはRASQSIGTDLA(配列番号21)の1つである、請求項4記載の抗体または抗原結合断片。
  6. LC−CDR2が、GNTNRPS(配列番号18)、GNNNRPS(配列番号25)、DASNRAT(配列番号22)またはDVSSRPS(配列番号30)の1つである、請求項4または請求項5記載の抗体または抗原結合断片。
  7. LC−CDR3が、QSYDSNLSAWV(配列番号19)、QSYDSNLSDTWV(配列番号26)、QSYDSSLSAWV(配列番号28)、QQRSNWPPT(配列番号23)またはSSYTVFSTLV(配列番号31)の1つである、請求項4〜6のいずれか一項記載の抗体または抗原結合断片。
  8. HC−CDR1が、SGGYYWS(配列番号32)、SGGYYWA(配列番号35)、SGGYYWS(配列番号40)、GYYMH(配列番号37)、またはDYYIH(配列番号43)の1つである、請求項4〜7のいずれか一項記載の抗体または抗原結合断片。
  9. HC−CDR2が、YIYYSGSTYYNPSLKS(配列番号33)、YIYYSGTTYYNPSLKS(配列番号41)、WINPNSAGTNYAQKFQG(配列番号38)またはWMSPDSGATYYAQKFQG(配列番号44)の1つである、請求項4〜8のいずれか一項記載の抗体または抗原結合断片。
  10. HC−CDR3が、ENFGAFDH(配列番号34)、ENFGSYDY(配列番号36)、EGADGIYYFDY(配列番号39)、またはDTYGHDY(配列番号45)の1つである、請求項4〜9のいずれか一項記載の抗体または抗原結合断片。
  11. 以下のCDR:
    Figure 2021072773
    を取り込む少なくとも1つの軽鎖可変領域を有する、請求項1〜10のいずれか一項記載の抗体または抗原結合断片。
  12. 以下のCDR:
    Figure 2021072773
    を取り込む少なくとも1つの重鎖可変領域を有する、請求項1〜11のいずれか一項記載の抗体または抗原結合断片。
  13. p53のペプチドおよびMHCクラスI分子を含むペプチド−MHC複合体に結合可能であり、軽鎖および重鎖可変領域配列を含む、場合によって単離された、抗体または抗原結合断片であって:
    軽鎖が、LC−CDR1:XGSXSNIGXYX(配列番号46)、TGTSSDVGGYNYVS(配列番号29)またはRASQSIGTDLA(配列番号21)の1つ; LC−CDR2:GNXNRPS(配列番号47)、DASNRAT(配列番号22)またはDVSSRPS(配列番号30)の1つ; LC−CDR3:QSYDSXLSX1011WV(配列番号48)、QQRSNWPPT(配列番号23)またはSSYTVFSTLV(配列番号31)の1つ、に少なくとも85%の全体の配列同一性を有する、LC−CDR1、LC−CDR2、LC−CDR3を含み;そして
    重鎖が、HC−CDR1:SGGYYWX12(配列番号49)またはX13YYX14H(配列番号50)の1つ; HC−CDR2:YIYYSGX15TYYNPSLKS(配列番号51)またはWX1617PX18SX1920TXYAQKFQG(配列番号52)の1つ; HC−CDR2:ENFGX2223DX24(配列番号53)、EGADGIYYFDY(配列番号39)またはDTYGHDY(配列番号45
    )の1つ、に少なくとも85%の全体の配列同一性を有する、HC−CDR1、HC−CDR2、HC−CDR3を含む;
    式中、X=TまたはA、X=SまたはY、X=AまたはD、X=GまたはD、X=DまたはE、X=VまたはT、X=HまたはN、X=NまたはT、X=NまたはS、X10=非存在またはD、X11=AまたはT、X12=SまたはA、X13=GまたはD、X14=MまたはI、X15=SまたはT、X16=IまたはM、X17=NまたはS、X18=NまたはD、X19=AまたはG、X20=GまたはA、X21=NまたはY、X22=AまたはS、X23=FまたはY、およびX24=HまたはYである、
    前記抗体または抗原結合断片。
  14. p53のペプチドおよびMHCクラスI分子を含むペプチド−MHC複合体に結合可能であり、軽鎖および重鎖可変領域配列を含む、場合によって単離された、抗体または抗原結合断片であって:
    軽鎖配列が、配列番号1〜7の1つの軽鎖配列に少なくとも85%の配列同一性を有し、そして;
    重鎖配列が、配列番号8〜16の1つの重鎖配列に少なくとも85%の配列同一性を有する
    前記抗体または抗原結合断片。
  15. p53のペプチドおよびMHCクラスI分子を含むペプチド−MHC複合体を含むかまたは発現する細胞に対する、抗体依存性細胞仲介性細胞傷害性(ADCC)を示す、請求項1〜14のいずれか一項記載の抗体または抗原結合断片。
  16. p53のペプチドおよびMHCクラスI分子を含むペプチド−MHC複合体を含むかまたは発現する細胞によって内在化される、請求項1〜15のいずれか一項記載の抗体または抗原結合断片。
  17. 完全ヒト抗体または完全ヒト抗体断片である、請求項1〜16のいずれか一項記載の抗体または抗原結合断片。
  18. 薬剤部分または検出可能部分にコンジュゲート化されている、請求項1〜17のいずれか一項記載の抗体または抗原結合断片。
  19. ペプチド−MHC複合体以外のターゲットに特異的な抗体または抗原結合断片をさらに含む、請求項1〜18のいずれか一項記載の抗体または抗原結合断片。
  20. ペプチド−MHC複合体以外のターゲットが、免疫細胞表面分子である、請求項19記載の抗体または抗原結合断片。
  21. 請求項1〜20のいずれか一項記載の抗原結合断片を含む、キメラ抗原受容体(CAR)。
  22. p53のペプチドおよびMHCクラスI分子を含むペプチド−MHC複合体に結合している、請求項1〜21のいずれか一項記載の抗体、抗原結合断片またはCARを含む、場合によって単離された、in vitro複合体。
  23. 請求項1〜21のいずれか一項記載の抗体、抗原結合断片またはCAR、および少なくとも1つの薬学的に許容されうるキャリアーを含む、組成物。
  24. 請求項1〜21のいずれか一項記載の抗体、抗原結合断片またはCARをコードする、単離核酸。
  25. 請求項24の核酸を含む、ベクター。
  26. 請求項24記載の核酸または請求項25記載のベクターを含む、細胞。
  27. 請求項1〜21のいずれか一項記載の抗体、抗原結合断片またはCARを作製するための方法であって、抗体または抗原結合断片またはCARの発現に適した条件下で、請求項26の細胞を培養する工程を含む、前記方法。
  28. 療法において、または医学的治療法において、使用するための、請求項1〜21または23〜26のいずれか一項記載の抗体、抗原結合断片、CAR、組成物、核酸、ベクターまたは細胞。
  29. 癌の治療または予防において使用するための、請求項1〜21または23〜26のいずれか一項記載の抗体、抗原結合断片、CAR、組成物、核酸、ベクターまたは細胞。
  30. 癌の治療または予防のための薬剤製造における、請求項1〜21または23〜26のいずれか一項記載の抗体、抗原結合断片、CAR、組成物、核酸、ベクターまたは細胞の使用。
  31. 癌を治療するかまたは予防する方法であって、請求項1〜21または23〜26のいずれか一項記載の抗体、抗原結合断片、CAR、組成物、核酸、ベクターまたは細胞の療法的または予防的に有効な量を、被験体に投与する工程を含む、前記方法。
  32. 被験体において、癌を治療するかまたは予防する方法であって:
    (a)被験体から少なくとも1つの細胞を単離し;
    (b)請求項1〜21または24〜26のいずれか一項記載の抗体、抗原結合断片、CAR、核酸またはベクターを発現するかまたは含むように、少なくとも1つの細胞を修飾し、そして;
    (c)被験体に、修飾した少なくとも1つの細胞を投与する
    工程を含む、前記方法。
  33. 被験体において、癌を治療するかまたは予防する方法であって:
    (a)被験体から少なくとも1つの細胞を単離し;
    (b)請求項24記載の核酸または請求項25記載のベクターを、少なくとも1つの細胞内に導入し、それによって少なくとも1つの細胞を修飾し、そして;
    (c)被験体に、修飾した少なくとも1つの細胞を投与する
    工程を含む、前記方法。
  34. 請求項1〜21または23〜26のいずれか一項記載の抗体、CAR、組成物、核酸、ベクターまたは細胞のあらかじめ決定した量を含む、部分のキット。
  35. 被験体において、疾患または状態を診断する方法であって、ペプチド−MHC複合体を含有するかまたは含有すると推定される試料を、請求項1〜21のいずれか一項記載の抗体または抗原結合断片と接触させ、そして抗体または抗原結合断片およびペプチド−MHC複合体の複合体の形成を検出する工程を含む、前記方法。
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