JP2020536509A - 体細胞および生殖細胞系統バリアントを鑑別するための方法およびシステム - Google Patents
体細胞および生殖細胞系統バリアントを鑑別するための方法およびシステム Download PDFInfo
- Publication number
- JP2020536509A JP2020536509A JP2020516385A JP2020516385A JP2020536509A JP 2020536509 A JP2020536509 A JP 2020536509A JP 2020516385 A JP2020516385 A JP 2020516385A JP 2020516385 A JP2020516385 A JP 2020516385A JP 2020536509 A JP2020536509 A JP 2020536509A
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- nucleic acid
- acid variant
- value
- sequencing
- variant
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Granted
Links
Classifications
-
- G—PHYSICS
- G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
- G16B—BIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
- G16B5/00—ICT specially adapted for modelling or simulations in systems biology, e.g. gene-regulatory networks, protein interaction networks or metabolic networks
-
- G—PHYSICS
- G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
- G16B—BIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
- G16B20/00—ICT specially adapted for functional genomics or proteomics, e.g. genotype-phenotype associations
- G16B20/20—Allele or variant detection, e.g. single nucleotide polymorphism [SNP] detection
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12P—FERMENTATION OR ENZYME-USING PROCESSES TO SYNTHESISE A DESIRED CHEMICAL COMPOUND OR COMPOSITION OR TO SEPARATE OPTICAL ISOMERS FROM A RACEMIC MIXTURE
- C12P19/00—Preparation of compounds containing saccharide radicals
- C12P19/26—Preparation of nitrogen-containing carbohydrates
- C12P19/28—N-glycosides
- C12P19/30—Nucleotides
- C12P19/34—Polynucleotides, e.g. nucleic acids, oligoribonucleotides
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6869—Methods for sequencing
-
- G—PHYSICS
- G06—COMPUTING; CALCULATING OR COUNTING
- G06F—ELECTRIC DIGITAL DATA PROCESSING
- G06F17/00—Digital computing or data processing equipment or methods, specially adapted for specific functions
- G06F17/10—Complex mathematical operations
- G06F17/18—Complex mathematical operations for evaluating statistical data, e.g. average values, frequency distributions, probability functions, regression analysis
-
- G—PHYSICS
- G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
- G16B—BIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
- G16B40/00—ICT specially adapted for biostatistics; ICT specially adapted for bioinformatics-related machine learning or data mining, e.g. knowledge discovery or pattern finding
Landscapes
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Theoretical Computer Science (AREA)
- Medical Informatics (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Bioinformatics & Computational Biology (AREA)
- Evolutionary Biology (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Data Mining & Analysis (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Spectroscopy & Molecular Physics (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Zoology (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- General Physics & Mathematics (AREA)
- Software Systems (AREA)
- Databases & Information Systems (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Mathematical Physics (AREA)
- Pure & Applied Mathematics (AREA)
- Computational Mathematics (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Mathematical Analysis (AREA)
- Mathematical Optimization (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Artificial Intelligence (AREA)
- Computer Vision & Pattern Recognition (AREA)
- Public Health (AREA)
- Evolutionary Computation (AREA)
- Epidemiology (AREA)
- Bioethics (AREA)
- Operations Research (AREA)
Abstract
Description
本願は、参照することによってその全体として本明細書に組み込まれる、2017年9月20日に出願された米国仮出願第62/561,048号の利益を主張する。
癌ゲノム科学の重要な側面は、患者の適切な処置のために、遺伝子改変の起源を精密に識別することである。最近の研究では、進行性癌の患者の2%を上回る者において、未確認の生殖細胞系統改変が、標的化可能体細胞改変に関する次世代シーケンシング(NGS)の間に付随的に見出されたことが発見された。しかしながら、組織ベースのNGSは、正常組織との比較を伴わずに、生殖細胞系統突然変異体と体細胞突然変異体を正確に区別することが不可能であり得る。血漿中では、体細胞バリアントは、典型的には、生殖細胞系統バリアントより1〜2桁低い大きさであり得る、突然変異対立遺伝子割合(MAF)で生じ、故に、液体生検は、生殖細胞系統/体細胞起源を正確に割り当てることができる。しかしながら、コピー数多型(CNV)またはヘテロ接合性の消失(LOH)からの対立遺伝子不均衡等のある要因は、生殖細胞系統MAFを生殖細胞系統MAFに関する予期される範囲から歪ませ得る。したがって、バリアントの起源を判定する際、これらの要因を考慮し得る、方法の必要性が存在する。
本開示は、無細胞デオキシリボ核酸(cfDNA)等の核酸分子のサンプル中の体細胞および生殖細胞系統バリアントを鑑別するための方法およびシステムを提供する。そのような方法は、共通一塩基多型(SNP)を使用して、局所生殖細胞系統対立遺伝子カウント挙動をモデル化し得、観察される生殖細胞系統MAFからのMAF逸脱に基づいて、体細胞バリアントを区別し得る。
本開示がより容易に理解されるために、ある用語が、最初に、下記に定義される。以下の用語および他の用語に関する付加的定義は、明細書を通して記載され得る。下記に記載される用語の定義が、参照することによって組み込まれる出願または特許内の定義と矛盾する場合、本願に記載される定義が、用語の意味を理解するために使用されるべきである。
詳細な説明
I.概要
(x,y)〜ベータ二項(μbin,ρ)
式中、y=生殖細胞系統ヘテロ接合型SNPの総分子カウントのベクトルであって、検討される生殖細胞系統ヘテロ接合型SNP毎に1つのエントリを伴い、x=min(生殖細胞系統ヘテロ接合型SNPの突然変異対立遺伝子カウント、y−生殖細胞系統ヘテロ接合型SNPの突然変異対立遺伝子カウント)のベクトルであって、検討される生殖細胞系統ヘテロ接合型SNP毎に1つのエントリを伴い、μbin=あるビン内のヘテロ接合型SNPの突然変異対立遺伝子カウントの推定値であって、ビンは、核酸バリアントに対して規定されたゲノム領域であって、ρ=分散パラメータの推定値である。
p値=2*min(Prbb(x’>A|μbin,ρ,B),Prbb(x’<A|μbin,ρ,B))
式中、Prbb=ベータ二項の確率であって、x’=ベータ二項を伴って分散される無作為変数であって、A=核酸バリアントの突然変異対立遺伝子カウントであって、B=核酸バリアントの総分子カウントである。
(x,y)〜ベータ二項(μbin,ρ)
式中、y=少なくとも1個の生殖細胞系統ヘテロ接合型SNPの総分子カウントのベクトルであって、生殖細胞系統ヘテロ接合型SNP毎に1つのエントリを伴い、x=min(少なくとも1個の生殖細胞系統ヘテロ接合型SNPの突然変異対立遺伝子カウント、y−少なくとも1個の生殖細胞系統ヘテロ接合型SNPの突然変異対立遺伝子カウント)のベクトルであって、生殖細胞系統ヘテロ接合型SNP毎に1つのエントリを伴い、μbin=あるビン内の生殖細胞系統ヘテロ接合型SNPの突然変異対立遺伝子カウントの推定値であって、ビンは、核酸バリアントに対して規定されたゲノム領域であって、ρ=分散パラメータの推定値である、ステップと、(ii)両側p値を下記を使用して計算するステップであって、
p値=2*min(Prbb(x’>A|μbin,ρ,B),Prbb(x’<A|μbin,ρ,B))
式中、Prbb=ベータ二項の確率であって、x’=ベータ二項分布を伴って分散される無作為変数であって、B=核酸バリアントの総分子カウントであって、A=核酸バリアントの突然変異対立遺伝子カウントである、ステップと、を含む、確率値(p値)を計算するステップと、(e)核酸バリアントを、(i)p値が、所定の閾値を下回るとき、体細胞起源である、または(ii)p値が、所定の閾値である、またはそれを上回るとき、生殖細胞系統起源であると分類するステップと、を含む、方法を提供する。
(x,y)〜ベータ二項(μbin,ρ)
式中、y=少なくとも1個の生殖細胞系統ヘテロ接合型SNPの総分子カウントのベクトルであって、検討される生殖細胞系統ヘテロ接合型SNP毎に1つのエントリを伴い、x=min(少なくとも1個の生殖細胞系統ヘテロ接合型SNPの突然変異対立遺伝子カウント、y−少なくとも1個の生殖細胞系統ヘテロ接合型SNPの突然変異対立遺伝子カウント)のベクトルであって、検討される生殖細胞系統ヘテロ接合型SNP毎に1つのエントリを伴い、μbin=あるビン内の生殖細胞系統ヘテロ接合型SNPの突然変異対立遺伝子カウントの推定値であって、ビンは、核酸バリアントに対して規定されたゲノム領域であって、ρ=分散パラメータの推定値である。動作210では、両側p値が、以下を使用して計算され得る。
p値=2*min(Prbb(x’>A|μbin,ρ,B),Prbb(x’<A|μbin,ρ,B))
式中、Prbb=ベータ二項の確率であって、x’=ベータ二項分布を伴って分散される無作為変数であって、B=核酸バリアントの総分子カウントであって、A=核酸バリアントの突然変異対立遺伝子カウントである。
II.本方法の一般的特徴
A.サンプル
B.タグ付け
C.増幅
D.富化
E.シーケンシング
F.分析
III.コンピュータシステム
IV.用途
A.癌および他の疾患
B.療法および関連投与
ベータ二項モデル対閾値アプローチを使用して、EGFRT790M突然変異体が生殖細胞系統または体細胞起源であるかどうかを判定する
サンプルのセットが、Guardant Health, Inc.(Redwood City, CA)によって開発された血液ベースのDNAアッセイを使用して、処理および分析された。分析されたサンプルのうちの1つは、T790M突然変異体(一塩基バリアント)を染色体7上のゲノム位置55249071におけるEGFR遺伝子内に有していた。バリアントの突然変異対立遺伝子カウント(A)および総対立遺伝子カウント(B)が、バイオインフォマティクス分析を使用して、それぞれ、1,855および10,806であると推定された。バリアントの突然変異対立遺伝子割合(MAF)は、0.177(MAF=A/B)であると推定された。
Claims (90)
- 核酸バリアントの体細胞または生殖細胞系統起源を無細胞デオキシリボ核酸(cfDNA)分子のサンプルから識別する方法であって、
(a)前記核酸バリアントに関する複数の定量測定値を前記cfDNAサンプルから判定するステップであって、前記複数の定量測定値は、前記核酸バリアントに関する総対立遺伝子カウントおよびマイナー対立遺伝子カウントを含む、ステップと、
(b)前記核酸バリアントの関連付けられた変数を前記cfDNA分子のサンプルから識別するステップと、
(c)前記核酸バリアントの関連付けられた変数に関する定量値を判定するステップと、
(d)前記核酸バリアントのあるゲノム遺伝子座において予期される生殖細胞系統突然変異対立遺伝子カウントに関する統計モデルを生成するステップと、
(e)少なくとも部分的に、前記予期される生殖細胞系統突然変異対立遺伝子カウントに関する統計モデル、前記核酸バリアントの関連付けられた変数に関する定量値、および前記核酸バリアントに関する複数の定量測定値のうちの少なくとも1つに基づいて、前記核酸バリアントに関する確率値(p値)を生成するステップと、
(f)前記核酸バリアントを、(i)前記核酸バリアントに関するp値が所定の閾値を下回るとき、体細胞起源である、または(ii)前記核酸バリアントに関するp値が前記所定の閾値である、またはそれを上回るとき、生殖細胞系統起源であると分類するステップと、
を含む、方法。 - 前記cfDNA分子のサンプルを対象から取得するステップをさらに含む、請求項1に記載の方法。
- 前記cfDNAサンプルから生成されたシーケンシング情報を受信するステップをさらに含み、前記シーケンシング情報は、前記核酸バリアントおよび前記核酸バリアントの関連付けられた変数を含む、cfDNAシーケンシングリードを含み、関連付けられた変数は、前記核酸バリアントに対して規定されたゲノム領域内の少なくとも1個のヘテロ接合型一塩基多型(het SNP)を含む、請求項1または2に記載の方法。
- シーケンシング情報を生成するために、核酸を前記cfDNAサンプルからシーケンシングするステップをさらに含み、前記核酸バリアントに関する複数の定量測定値および前記関連付けられた変数に関する定量値は、前記シーケンシング情報から判定される、前記請求項のいずれかに記載の方法。
- 前記核酸バリアントに関する複数の定量測定値を判定するステップと、前記核酸バリアントの関連付けられた変数を識別するステップと、前記関連付けられた変数に関する定量値を前記cfDNA分子のサンプルから生成されたシーケンシング情報から判定するステップとをさらに含む、前記請求項のいずれかに記載の方法。
- 前記cfDNA分子のサンプルの核酸に関する予期される生殖細胞系統突然変異対立遺伝子カウントのベータ二項モデルを使用して、前記所定の閾値を生成するステップをさらに含む、前記請求項のいずれかに記載の方法。
- 前記複数の核酸バリアントの体細胞または生殖細胞系統起源を前記cfDNA分子のサンプル内の複数のゲノム遺伝子座から分類するステップをさらに含む、前記請求項のいずれかに記載の方法。
- 前記核酸バリアントの関連付けられた変数は、少なくとも1個のヘテロ接合型一塩基多型(het SNP)を含む、前記請求項のいずれかに記載の方法。
- 前記核酸バリアントの関連付けられた変数は、少なくとも2個のhet SNPを含む、請求項8に記載の方法。
- 前記核酸バリアントの関連付けられた変数は、前記核酸バリアントを含むゲノム遺伝子座に連鎖するゲノム遺伝子座を含む、前記請求項のいずれかに記載の方法。
- 前記核酸バリアントの関連付けられた変数に関する1つまたはそれを上回る突然変異対立遺伝子カウントの平均値および/または分散値を判定するステップをさらに含む、前記請求項のいずれかに記載の方法。
- 前記核酸バリアントの関連付けられた変数に関する平均定量値を判定するステップをさらに含む、前記請求項のいずれかに記載の方法。
- 前記核酸バリアントの関連付けられた変数は、ヘテロ接合型一塩基多型(het SNP)、GC含量測定値、プローブ特有のバイアス測定値、断片長値、シーケンシング統計測定値、コピー数切断点、および対象に関する臨床データのうちの1つまたはそれを上回るものを含む、前記請求項のいずれかに記載の方法。
- 前記核酸バリアントの関連付けられた変数の平均値および/または分散値を判定するステップをさらに含む、前記請求項のいずれかに記載の方法。
- 前記核酸バリアントに関する局所生殖細胞系統折畳突然変異対立遺伝子割合(MAF)、μbinを判定するステップをさらに含み、binは、前記核酸バリアントを含む、遺伝子または別の規定されたゲノム領域であって、折畳MAFは、min(MAF,1−MAF)である、前記請求項のいずれかに記載の方法。
- 前記規定されたゲノム領域は、前記核酸バリアントの約101、102、103、104、105、106、107、108、109、または1010個の塩基対内の領域である、請求項15に記載の方法。
- 前記核酸バリアントの関連付けられた変数は、約0.001を上回る集団対立遺伝子頻度(AF)を含む、少なくとも1個の一塩基多型(SNP)を含む、前記請求項のいずれかに記載の方法。
- 前記核酸バリアントの関連付けられた変数は、少なくとも1個の非発癌性一塩基多型(SNP)を含む、前記請求項のいずれかに記載の方法。
- 前記核酸バリアントの関連付けられた変数は、約0.9未満の突然変異対立遺伝子割合(MAF)を含む、少なくとも1個の一塩基多型(SNP)を含む、前記請求項のいずれかに記載の方法。
- 前記関連付けられた変数は、前記核酸バリアントに対して規定されたゲノム領域内の少なくとも1個のヘテロ接合型一塩基多型(SNP)を含み、前記方法はさらに、以下を使用して、ベータ二項分布パラメータを推定するステップを含み、
(x,y)〜ベータ二項(μbin,ρ)
式中、
y=前記生殖細胞系統ヘテロ接合型SNPの総分子カウントのベクトルであって、(b)において識別された生殖細胞系統ヘテロ接合型SNP毎に1つのエントリを伴い、
x=min(前記生殖細胞系統ヘテロ接合型SNPの突然変異対立遺伝子カウント、y−前記生殖細胞系統ヘテロ接合型SNPの突然変異対立遺伝子カウント)のベクトルであって、(b)において識別された生殖細胞系統ヘテロ接合型SNP毎に1つのエントリを伴い、
μbin=あるビン内のヘテロ接合型SNPの平均値突然変異対立遺伝子カウントの推定値であって、前記ビンは、前記核酸バリアントに対して規定されたゲノム領域であって、
ρ=分散パラメータの推定値である、
前記請求項のいずれかに記載の方法。 - 以下を使用して、前記核酸バリアントに関する両側p値を計算するステップをさらに含み、
p値=2*min(Prbb(x’>A|μbin,ρ,B),Prbb(x’<A|μbin,ρ,B))
式中、
Prbb=ベータ二項の確率であって、
x’=前記ベータ二項を伴って分散される無作為変数であって、
A=前記核酸バリアントの突然変異対立遺伝子カウントであって、
B=前記核酸バリアントの総分子カウントである、
請求項20に記載の方法。 - ρは、過去のサンプルセットからのρ値の少なくとも1つのセットの中央値を含む、請求項20に記載の方法。
- 前記中央値ρパラメータを核酸バリアントのGC含量の関数と置換するステップをさらに含む、請求項22に記載の方法。
- μbinの最大尤度推定値を判定するステップをさらに含む、請求項20に記載の方法。
- μbinの平均値推定値を判定するステップをさらに含む、請求項20に記載の方法。
- ρの最大尤度推定値を判定するステップをさらに含む、請求項20に記載の方法。
- ρの分散推定値を判定するステップをさらに含む、請求項20に記載の方法。
- 前記p値に関する上界および下界を計算するステップをさらに含む、前記請求項のいずれかに記載の方法。
- 少なくとも1つの電子プロセッサによって実行される場合に、
(a)核酸バリアントに関する複数の定量測定値を無細胞デオキシリボ核酸(cfDNA)サンプルから生成されたシークエンシング情報から判定するステップであって、前記複数の定量測定値は、前記核酸バリアントに関する総対立遺伝子カウントおよびマイナー対立遺伝子カウントを含む、ステップと、
(b)前記核酸バリアントの関連付けられた変数を前記シークエンシング情報から識別するステップと、
(c)前記核酸バリアントの関連付けられた変数に関する定量値を判定するステップと、
(d)前記核酸バリアントのあるゲノム遺伝子座において予期される生殖細胞系統突然変異対立遺伝子カウントに関する統計モデルを生成するステップと、
(e)少なくとも部分的に、前記予期される生殖細胞系統突然変異対立遺伝子カウントに関する統計モデル、前記核酸バリアントの関連付けられた変数に関する定量値、および前記核酸バリアントに関する複数の定量測定値のうちの少なくとも1つに基づいて、前記核酸バリアントに関する確率値(p値)を生成するステップと、
(f)前記核酸バリアントを、(i)前記核酸バリアントに関するp値が所定の閾値を下回るとき、体細胞起源である、または(ii)前記核酸バリアントに関するp値が前記所定の閾値である、またはそれを上回るとき、生殖細胞系統起源であると分類するステップと、
を含む、方法を実施する、コンピュータ実行可能命令を含む非一過性コンピュータ可読媒体。 - 前記所定の閾値は、前記cfDNAサンプルの核酸に関する予期される生殖細胞系統突然変異対立遺伝子カウントのベータ二項モデルを使用して生成される、請求項29に記載の非一過性コンピュータ可読媒体。
- 前記核酸バリアントの関連付けられた変数は、少なくとも1個のヘテロ接合型一塩基多型(het SNP)を含む、請求項29−30のいずれか1項に記載の非一過性コンピュータ可読媒体。
- 前記核酸バリアントの関連付けられた変数は、少なくとも2個のhet SNPを含む、請求項31に記載の非一過性コンピュータ可読媒体。
- 前記核酸バリアントの関連付けられた変数は、前記核酸バリアントを含むゲノム遺伝子座に連鎖するゲノム遺伝子座を含む、請求項29−32のいずれか1項に記載の非一過性コンピュータ可読媒体。
- 1つまたはそれを上回る突然変異対立遺伝子カウントの平均値および/または分散値が、前記核酸バリアントの関連付けられた変数に関して判定される、請求項29−33のいずれか1項に記載の非一過性コンピュータ可読媒体。
- 前記複数の定量測定値のうちの少なくとも1つは、前記核酸バリアントを含む、前記cfDNAサンプルの核酸分子の数を含む、請求項29−34のいずれか1項に記載の非一過性コンピュータ可読媒体。
- 前記核酸バリアントの関連付けられた変数は、ヘテロ接合型一塩基多型(het SNP)、GC含量測定値、プローブ特有のバイアス測定値、断片長値、シーケンシング統計測定値、コピー数切断点、および対象に関する臨床データのうちの1つまたはそれを上回るものを含む、請求項29〜35のいずれか1項に記載の非一過性コンピュータ可読媒体。
- 局所生殖細胞系統折畳突然変異対立遺伝子割合(MAF)、μbinが、前記核酸バリアントに関して判定され、binは、前記核酸バリアントを含む、遺伝子または別の規定されたゲノム領域であって、折畳MAFは、min(MAF,1−MAF)である、請求項29〜36のいずれか1項に記載の非一過性コンピュータ可読媒体。
- 前記規定されたゲノム領域は、前記核酸バリアントの約101、102、103、104、105、106、107、108、109、または1010個の塩基対内の領域である、請求項37に記載の非一過性コンピュータ可読媒体。
- 前記核酸バリアントの関連付けられた変数は、約0.001を上回る集団対立遺伝子頻度(AF)を含む、少なくとも1個の一塩基多型(SNP)を含む、請求項29〜38のいずれか1項に記載の非一過性コンピュータ可読媒体。
- 前記関連付けられた変数は、少なくとも1個の非発癌性一塩基多型(SNP)を含む、請求項29〜39のいずれか1項に記載の非一過性コンピュータ可読媒体。
- 前記核酸バリアントの関連付けられた変数は、約0.9未満の突然変異対立遺伝子割合(MAF)を含む、少なくとも1個の一塩基多型(SNP)を含む、請求項29〜40のいずれか1項に記載の非一過性コンピュータ可読媒体。
- 前記関連付けられた変数は、前記核酸バリアントに対して規定されたゲノム領域内の少なくとも1個のヘテロ接合型一塩基多型(SNP)を含み、ベータ二項分布パラメータが、以下を使用して推定される、
(x,y)〜ベータ二項(μbin,ρ)
式中、
y=前記生殖細胞系統ヘテロ接合型SNPの総分子カウントのベクトルであって、(b)において識別された生殖細胞系統ヘテロ接合型SNPに1つのエントリを伴い、
x=min(前記生殖細胞系統ヘテロ接合型SNPの突然変異対立遺伝子カウント、y−前記生殖細胞系統ヘテロ接合型SNPの突然変異対立遺伝子カウント)のベクトルであって、(b)において識別された生殖細胞系統ヘテロ接合型SNP毎に1つのエントリを伴い、
μbin=あるビン内のヘテロ接合型SNPの突然変異対立遺伝子カウントの推定値であって、前記ビンは、前記核酸バリアントに対して規定されたゲノム領域であって、
ρ=分散パラメータの推定値である、
請求項29〜41のいずれか一項に記載の非一過性コンピュータ可読媒体。 - 前記p値に関する上界および下界が、計算される、請求項29〜42のいずれか1項に記載の非一過性コンピュータ可読媒体。
- 前記核酸バリアントに関する両側p値が、以下を使用して計算される、
p値=2*min(Prbb(x’>x|μbin,ρ,B),Prbb(x’<x|μbin,ρ,B))
式中、
Prbb=ベータ二項の確率であって、
x’=前記ベータ二項を伴って分散される無作為変数であって、
A=前記核酸バリアントの突然変異対立遺伝子カウントであって、
B=前記核酸バリアントの総分子カウントである、
請求項43に記載の非一過性コンピュータ可読媒体。 - 少なくとも1つの電子プロセッサによって実行される場合に、
(a)核酸バリアントに関する複数の定量測定値を無細胞デオキシリボ核酸(cfDNA)サンプルから生成されたシークエンシング情報から判定するステップであって、前記複数の定量測定値は、前記核酸バリアントに関する総対立遺伝子カウントおよびマイナー対立遺伝子カウントを含む、ステップと、
(b)前記核酸バリアントの関連付けられた変数を前記シークエンシング情報から識別するステップと、
(c)前記核酸バリアントの関連付けられた変数に関する定量値を判定するステップと、
(d)前記核酸バリアントのあるゲノム遺伝子座において予期される生殖細胞系統突然変異対立遺伝子カウントに関する統計モデルを生成するステップと、
(e)少なくとも部分的に、前記予期される生殖細胞系統突然変異対立遺伝子カウントに関する統計モデル、前記核酸バリアントの関連付けられた変数に関する定量値、および前記核酸バリアントに関する複数の定量測定値のうちの少なくとも1つに基づいて、前記核酸バリアントに関する確率値(p値)を生成するステップと、
(f)前記核酸バリアントを、(i)前記核酸バリアントに関するp値が所定の閾値を下回るとき、体細胞起源である、または(ii)前記核酸バリアントに関するp値が前記所定の閾値である、またはそれを上回るとき、生殖細胞系統起源であると分類するステップと、
を含む、方法を実行する、コンピュータ実行可能命令を含む非一過性コンピュータ可読媒体を備えるか、またはこれにアクセス可能なコントローラを備えるシステム。 - 前記コントローラに動作可能に接続される、核酸シーケンシング装置を備え、前記核酸シーケンシング装置は、前記cfDNAサンプルの核酸からのシーケンシング情報を提供するように構成される、請求項45に記載のシステム。
- 前記コントローラに動作可能に接続される、サンプル調製構成要素を備え、前記サンプル調製構成要素は、核酸シーケンシング装置によってシーケンシングされるべき前記cfDNAサンプルの核酸を調製するように構成される、請求項45または46に記載のシステム。
- 前記コントローラに動作可能に接続される、核酸増幅構成要素を備え、前記核酸増幅構成要素は、前記cfDNAサンプルの核酸を増幅させるように構成される、請求項45〜47のいずれか1項に記載のシステム。
- 前記コントローラに動作可能に接続される、材料輸送構成要素を備え、前記材料輸送構成要素は、1つまたはそれを上回る材料を核酸シーケンシング装置とサンプル調製構成要素との間で輸送させるように構成される、請求項45〜48のいずれか1項に記載のシステム。
- 前記所定の閾値は、前記cfDNAサンプルの核酸に関する予期される生殖細胞系統突然変異対立遺伝子カウントのベータ二項モデルを使用して生成される、請求項45〜49のいずれか1項に記載のシステム。
- 前記核酸バリアントの関連付けられた変数は、少なくとも1個のヘテロ接合型一塩基多型(het SNP)を含む、請求項45−50のいずれか1項に記載のシステム。
- 前記核酸バリアントの関連付けられた変数は、少なくとも2個のhet SNPを含む、請求項51に記載のシステム。
- 前記核酸バリアントの関連付けられた変数は、前記核酸バリアントを含むゲノム遺伝子座に連鎖するゲノム遺伝子座を含む、請求項45〜52のいずれか1項に記載のシステム。
- 1つまたはそれを上回る突然変異対立遺伝子カウントの平均値および/または分散値が、前記核酸バリアントの関連付けられた変数に関して判定される、請求項45〜53のいずれか1項に記載のシステム。
- 前記p値は、前記核酸バリアントを分類するために使用される、請求項45〜54のいずれか1項に記載のシステム。
- 前記複数の定量測定値のうちの少なくとも1つは、前記核酸バリアントを含む、前記cfDNAサンプルの核酸分子の数を含む、請求項45〜55のいずれか1項に記載のシステム。
- 前記関連付けられた変数は、ヘテロ接合型一塩基多型(het SNP)、GC含量測定値、プローブ特有のバイアス測定値、断片長値、シーケンシング統計測定値、コピー数切断点、および対象に関する臨床データのうちの1つまたはそれを上回るものを含む、請求項45〜56のいずれか1項に記載のシステム。
- 局所生殖細胞系統折畳突然変異対立遺伝子割合(MAF)、μbinが、前記核酸バリアントに関して判定され、binは、前記核酸バリアントを含む、遺伝子または別の規定されたゲノム領域であって、折畳MAFは、min(MAF,1−MAF)である、請求項45〜57のいずれか1項に記載のシステム。
- 前記規定されたゲノム領域は、前記核酸バリアントの約101、102、103、104、105、106、107、108、109、または1010個の塩基対内の領域である、請求項45〜58のいずれか1項に記載のシステム。
- 前記核酸バリアントの関連付けられた変数は、約0.001を上回る集団対立遺伝子頻度(AF)を含む、少なくとも1個の一塩基多型(SNP)を含む、請求項45〜59のいずれか1項に記載のシステム。
- 前記核酸バリアントの関連付けられた変数は、少なくとも1個の非発癌性一塩基多型(SNP)を含む、請求項45〜60のいずれか1項に記載のシステム。
- 前記核酸バリアントの関連付けられた変数は、約0.9未満の突然変異対立遺伝子割合(MAF)を含む、少なくとも1個の一塩基多型(SNP)を含む、請求項45〜61のいずれか1項に記載のシステム。
- 前記関連付けられた変数は、前記核酸バリアントに対して規定されたゲノム領域内の少なくとも1個のヘテロ接合型SNPを含み、ベータ二項分布パラメータが、以下を使用して推定され、
(x,y)〜ベータ二項(μbin,ρ)
式中、
y=前記生殖細胞系統ヘテロ接合型SNPの総分子カウントのベクトルであって、(b)において識別された生殖細胞系統ヘテロ接合型SNP毎に1つのエントリを伴い、
x=min(前記生殖細胞系統ヘテロ接合型SNPの突然変異対立遺伝子カウント、y−前記生殖細胞系統ヘテロ接合型SNPの突然変異対立遺伝子カウント)のベクトルであって、(b)において識別された生殖細胞系統ヘテロ接合型SNP毎に1つのエントリを伴い、
μbin=あるビン内の前記ヘテロ接合型SNPの突然変異対立遺伝子カウントの推定値であって、前記ビンは、前記核酸バリアントに対して規定されたゲノム領域であって、
ρ=分散パラメータの推定値である、
請求項45〜62のいずれか一項に記載のシステム。 - 前記核酸バリアントに関する両側p値が、以下を使用して計算される、
p値=2*min(Prbb(x’>A|μbin,ρ,B),Prbb(x’<A|μbin,ρ,B))
式中、
Prbb=ベータ二項の確率であって、
x’=前記ベータ二項を伴って分散される無作為変数であって、
A=前記核酸バリアントの突然変異対立遺伝子カウントであって、
B=前記核酸バリアントの総分子カウントである、
請求項63に記載のシステム。 - 前記p値に関する上界および下界が、計算される、請求項45〜64のいずれか1項に記載のシステム。
- 核酸バリアントの体細胞または生殖細胞系統起源を無細胞デオキシリボ核酸(cfDNA)分子のサンプルから識別する方法であって、
(a)前記核酸バリアントの突然変異対立遺伝子カウント(A)および総分子カウント(B)を前記cfDNA分子のサンプルから判定するステップと、
(b)前記核酸バリアントに対して規定されたゲノム領域内の少なくとも1個の生殖細胞系統ヘテロ接合型一塩基多型(SNP)を識別するステップと、
(c)前記少なくとも1個の生殖細胞系統ヘテロ接合型SNPの総分子カウント(y)および突然変異対立遺伝子カウントを判定するステップと、
(d)
(i)μbinおよびρの推定値をベータ二項分布から判定するステップであって、
(x,y)〜ベータ二項(μbin,ρ)
式中、
y=前記生殖細胞系統ヘテロ接合型SNPの総分子カウントのベクトルであって、(b)において識別された生殖細胞系統ヘテロ接合型SNP毎に1つのエントリを伴い、
x=min(前記生殖細胞系統ヘテロ接合型SNPの突然変異対立遺伝子カウント、y−前記生殖細胞系統ヘテロ接合型SNPの突然変異対立遺伝子カウント)のベクトルであって、(b)において識別された生殖細胞系統ヘテロ接合型SNP毎に1つのエントリを伴い、
μbin=あるビン内の生殖細胞系統ヘテロ接合型SNPの突然変異対立遺伝子カウントの推定値であって、前記ビンは、前記核酸バリアントに対して規定されたゲノム領域であって、
ρ=分散パラメータの推定値である、
ステップと、
(ii)両側p値を下記の方程式から計算するステップであって、
p値=2*min(Prbb(x’>A|μbin,ρ,B),Prbb(x’<A|μbin,ρ,B))
式中、
Prbb=ベータ二項の確率であって、
x’=前記ベータ二項分布を伴って分散される無作為変数であって、
A=前記核酸バリアントの突然変異対立遺伝子カウントであって、
B=前記核酸バリアントの総分子カウントである、
ステップと、
によって、前記核酸バリアントに関する確率値(p値)を計算するステップと、
(e)前記核酸バリアントを、(i)前記p値が、所定の閾値を下回るとき、体細胞起源である、または(ii)前記p値が、前記所定の閾値である、またはそれを上回るとき、生殖細胞系統起源であると分類するステップと、
を含む、方法。 - ρは、過去のサンプルセットからのρ値の少なくとも1つのセットの中央値を含む、請求項66に記載の方法。
- μbinの最大尤度推定値を判定するステップを含む、請求項66または67に記載の方法。
- μbinの平均値推定値を判定するステップを含む、請求項66〜68のいずれか1項に記載の方法。
- ρの最大尤度推定値を判定するステップを含む、請求項66〜69のいずれか1項に記載の方法。
- ρの分散推定値を判定するステップを含む、請求項66〜70のいずれか1項に記載の方法。
- 通信ネットワーク上で、無細胞デオキシリボ核酸(cfDNA)サンプルの核酸から生成されたシークエンシング情報を得る通信インターフェース、および
前記通信インターフェースと通信するコンピュータであって、前記コンピュータは、少なくとも1つのコンピュータプロセッサおよび機械実行可能コードを含む非一過性コンピュータ可読媒体を備える、コンピュータ
を備えるシステムであって、
前記機械実行可能コードは、少なくとも1つのコンピュータプロセッサによって実行されると、
(a)核酸バリアントに関する複数の定量測定値を前記シークエンシング情報から判定するステップであって、前記複数の定量測定値は、前記核酸バリアントに関する総対立遺伝子カウントおよびマイナー対立遺伝子カウントを含む、ステップと、
(b)前記核酸バリアントの関連付けられた変数を前記シークエンシング情報から識別するステップと、
(c)前記核酸バリアントの関連付けられた変数に関する定量値を判定するステップと、
(d)前記核酸バリアントのあるゲノム遺伝子座において予期される生殖細胞系統突然変異対立遺伝子カウントに関する統計モデルを生成するステップと、
(e)少なくとも部分的に、前記予期される生殖細胞系統突然変異対立遺伝子カウントに関する統計モデル、前記核酸バリアントの関連付けられた変数に関する定量値、および前記核酸バリアントに関する複数の定量測定値のうちの少なくとも1つに基づいて、前記核酸バリアントに関する確率値(p値)を生成するステップと、
(f)前記核酸バリアントを、(i)前記核酸バリアントに関するp値が所定の閾値を下回るとき、体細胞起源である、または(ii)前記核酸バリアントに関するp値が前記所定の閾値である、またはそれを上回るとき、生殖細胞系統起源であると分類するステップと、
を含む、方法を実装する、システム。 - 前記シーケンシング情報は、核酸シーケンシング装置によって提供される、請求項72に記載のシステム。
- 前記核酸シーケンシング装置は、前記核酸のパイロシーケンシング、単分子シーケンシング、ナノ細孔シーケンシング、半導体シーケンシング、合成によるシーケンシング、ライゲーションによるシーケンシング、またはハイブリダイゼーションによるシーケンシングを実施し、前記シーケンシング情報を生成する、請求項73に記載のシステム。
- 前記核酸シーケンシング装置は、シーケンシングライブラリから導出されるクローン単分子アレイを使用して、前記シーケンシング情報を生成する、請求項73に記載のシステム。
- 前記核酸シーケンシング装置は、シーケンシングライブラリをシーケンシングし、前記シーケンシング情報を生成するためのマイクロウェルのアレイを有する、チップを備える、請求項73に記載のシステム。
- 前記非一過性コンピュータ可読媒体は、メモリ、ハードドライブ、またはコンピュータサーバのメモリもしくはハードドライブを備える、請求項72〜76のいずれか1項に記載のシステム。
- 前記通信ネットワークは、分散されるコンピューティングが可能な1つまたはそれを上回るコンピュータサーバを備える、請求項72〜76のいずれか1項に記載のシステム。
- 前記分散型コンピューティングは、クラウドコンピューティングである、請求項78に記載のシステム。
- 前記コンピュータは、前記核酸シーケンシング装置から遠隔の場所に位置する、コンピュータサーバの一部である、請求項72〜79のいずれか1項に記載のシステム。
- ネットワークを経由して前記コンピュータと通信する電子ディスプレイをさらに含み、前記電子ディスプレイは、(a)−(f)の少なくとも一部を実装することに応じた結果を表示するためのユーザインターフェースを含む、請求項72〜80のいずれか1項に記載のシステム。
- 前記ユーザインターフェースは、グラフィカルユーザインターフェース(GUI)またはウェブベースのユーザインターフェースである、請求項81に記載のシステム。
- 前記電子ディスプレイは、パーソナルコンピュータの部分である、請求項81に記載のシステム。
- 前記電子ディスプレイは、インターネット対応コンピュータの部分である、請求項81に記載のシステム。
- 前記インターネット対応コンピュータは、前記コンピュータから遠隔場所に位置する、請求項84に記載のシステム。
- 前記非一過性コンピュータ可読媒体は、メモリ、ハードドライブ、またはコンピュータサーバのメモリもしくはハードドライブを備える、請求項72〜85のいずれか1項に記載のシステム。
- 前記通信ネットワークは、電気通信ネットワーク、インターネット、エクストラネット、またはイントラネットを含む、請求項72〜86のいずれか1項に記載のシステム。
- 前記方法はさらに、体細胞または生殖細胞系統起源のいずれかである、前記核酸バリアントの分類のインジケーションを提供する、電子および/または紙フォーマットにおける報告を生成するステップを含む、請求項1または請求項66に記載の方法。
- 対象における疾患を処置する方法であって、前記方法は、1つまたはそれを上回るカスタマイズされた療法を前記対象に投与し、それによって、前記対象における前記疾患を処置するステップを含み、前記カスタマイズされた療法は、
(a)核酸バリアントに関する1つまたはそれを上回る定量測定値を無細胞デオキシリボ核酸(cfDNA)分子のサンプルから判定するステップであって、前記定量測定値は、前記核酸バリアントに関する総対立遺伝子カウントおよびマイナー対立遺伝子カウントを含む、ステップと、
(b)前記核酸バリアントの少なくとも1つの関連付けられた変数を前記cfDNA分子のサンプルから識別するステップと、
(c)前記核酸バリアントの関連付けられた変数に関する定量値を判定するステップと、
(d)前記核酸バリアントのゲノム遺伝子座における予期される生殖細胞系統突然変異対立遺伝子カウントに関する統計モデルを生成するステップと、
(e)予期される生殖細胞系統対立遺伝子カウントに関する統計モデル、前記核酸バリアントの関連付けられた変数に関する定量値、および前記核酸バリアントに関する前記定量測定値のうちの少なくとも1つに基づいて、前記核酸バリアントに関する確率値(p値)を生成するステップと、
(f)前記核酸バリアントを、(i)前記核酸バリアントのp値が、閾値を下回るとき、体細胞起源である、または(ii)前記核酸バリアントのp値が、前記閾値である、またはそれを上回るとき、生殖細胞系統起源であると分類するステップと、
(g)前記分類された核酸バリアントと1つまたはそれを上回る療法で索引化された1つまたはそれを上回る比較器結果を比較するステップと、
(h)実質的合致が、前記分類された核酸バリアントと前記比較器結果との間に存在するとき、前記対象における疾患を処置するための1つまたはそれを上回るカスタマイズされた療法を識別するステップと、
によって識別されている、方法。 - 前記疾患は、癌である、請求項89に記載の方法。
Priority Applications (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
JP2023006454A JP2023052512A (ja) | 2017-09-20 | 2023-01-19 | 体細胞および生殖細胞系統バリアントを鑑別するための方法およびシステム |
Applications Claiming Priority (3)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
US201762561048P | 2017-09-20 | 2017-09-20 | |
US62/561,048 | 2017-09-20 | ||
PCT/US2018/052087 WO2019060640A1 (en) | 2017-09-20 | 2018-09-20 | METHODS AND SYSTEMS FOR DIFFERENTIATING SOMATIC VARIANTS AND GERMINAL LINE VARIANTS |
Related Child Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2023006454A Division JP2023052512A (ja) | 2017-09-20 | 2023-01-19 | 体細胞および生殖細胞系統バリアントを鑑別するための方法およびシステム |
Publications (3)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
JP2020536509A true JP2020536509A (ja) | 2020-12-17 |
JP2020536509A5 JP2020536509A5 (ja) | 2021-10-28 |
JP7242644B2 JP7242644B2 (ja) | 2023-03-20 |
Family
ID=63858071
Family Applications (2)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2020516385A Active JP7242644B2 (ja) | 2017-09-20 | 2018-09-20 | 体細胞および生殖細胞系統バリアントを鑑別するための方法およびシステム |
JP2023006454A Pending JP2023052512A (ja) | 2017-09-20 | 2023-01-19 | 体細胞および生殖細胞系統バリアントを鑑別するための方法およびシステム |
Family Applications After (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2023006454A Pending JP2023052512A (ja) | 2017-09-20 | 2023-01-19 | 体細胞および生殖細胞系統バリアントを鑑別するための方法およびシステム |
Country Status (9)
Country | Link |
---|---|
US (1) | US20200327954A1 (ja) |
EP (1) | EP3685386A1 (ja) |
JP (2) | JP7242644B2 (ja) |
KR (1) | KR20200057024A (ja) |
CN (1) | CN111357054A (ja) |
AU (1) | AU2018335405A1 (ja) |
CA (1) | CA3075932A1 (ja) |
SG (1) | SG11202002381TA (ja) |
WO (1) | WO2019060640A1 (ja) |
Families Citing this family (8)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN111566225A (zh) | 2017-11-03 | 2020-08-21 | 夸登特健康公司 | 归一化肿瘤突变负荷 |
US11961589B2 (en) * | 2017-11-28 | 2024-04-16 | Grail, Llc | Models for targeted sequencing |
CN112752854A (zh) | 2018-07-23 | 2021-05-04 | 夸登特健康公司 | 用于通过肿瘤分数和覆盖率调整肿瘤突变负荷的方法和系统 |
US20220277808A1 (en) * | 2021-02-19 | 2022-09-01 | Twist Bioscience Corporation | Libraries for identification of genomic variants |
CN117594124A (zh) * | 2021-06-15 | 2024-02-23 | 南京医科大学 | 一种基于单核细胞预测胶质瘤的试剂盒、系统和应用 |
CN115497556A (zh) * | 2021-06-18 | 2022-12-20 | 广州燃石医学检验所有限公司 | 一种用于区分体细胞突变和种系突变的方法 |
CN113278706B (zh) * | 2021-07-23 | 2021-11-12 | 广州燃石医学检验所有限公司 | 一种用于区分体细胞突变和种系突变的方法 |
KR102544002B1 (ko) * | 2022-03-10 | 2023-06-16 | 주식회사 아이엠비디엑스 | 체세포 변이 및 생식세포 변이를 구별하는 방법 |
Citations (4)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2015527057A (ja) * | 2012-06-21 | 2015-09-17 | ザ チャイニーズ ユニバーシティー オブ ホンコン | 癌検出のための血漿中dnaの突然変異解析 |
WO2016109452A1 (en) * | 2014-12-31 | 2016-07-07 | Guardant Health , Inc. | Detection and treatment of disease exhibiting disease cell heterogeneity and systems and methods for communicating test results |
US20170058332A1 (en) * | 2015-09-02 | 2017-03-02 | Guardant Health, Inc. | Identification of somatic mutations versus germline variants for cell-free dna variant calling applications |
WO2017139492A1 (en) * | 2016-02-09 | 2017-08-17 | Toma Biosciences, Inc. | Systems and methods for analyzing nucelic acids |
Family Cites Families (22)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US6582908B2 (en) | 1990-12-06 | 2003-06-24 | Affymetrix, Inc. | Oligonucleotides |
US20030017081A1 (en) | 1994-02-10 | 2003-01-23 | Affymetrix, Inc. | Method and apparatus for imaging a sample on a device |
DE69528706T2 (de) | 1994-08-19 | 2003-06-12 | Pe Corp Ny Foster City | Gekoppeltes ampflikation- und ligationverfahren |
GB9620209D0 (en) | 1996-09-27 | 1996-11-13 | Cemu Bioteknik Ab | Method of sequencing DNA |
GB9626815D0 (en) | 1996-12-23 | 1997-02-12 | Cemu Bioteknik Ab | Method of sequencing DNA |
US6969488B2 (en) | 1998-05-22 | 2005-11-29 | Solexa, Inc. | System and apparatus for sequential processing of analytes |
AR021833A1 (es) | 1998-09-30 | 2002-08-07 | Applied Research Systems | Metodos de amplificacion y secuenciacion de acido nucleico |
US6818395B1 (en) | 1999-06-28 | 2004-11-16 | California Institute Of Technology | Methods and apparatus for analyzing polynucleotide sequences |
US7501245B2 (en) | 1999-06-28 | 2009-03-10 | Helicos Biosciences Corp. | Methods and apparatuses for analyzing polynucleotide sequences |
EP1218543A2 (en) | 1999-09-29 | 2002-07-03 | Solexa Ltd. | Polynucleotide sequencing |
WO2002004680A2 (en) | 2000-07-07 | 2002-01-17 | Visigen Biotechnologies, Inc. | Real-time sequence determination |
DE60234464D1 (de) | 2001-11-28 | 2009-12-31 | Applied Biosystems Llc | Zusammensetzungen und Verfahren zur selektiven Nukleinsäureisolierung |
US7169560B2 (en) | 2003-11-12 | 2007-01-30 | Helicos Biosciences Corporation | Short cycle methods for sequencing polynucleotides |
US7170050B2 (en) | 2004-09-17 | 2007-01-30 | Pacific Biosciences Of California, Inc. | Apparatus and methods for optical analysis of molecules |
JP2008513782A (ja) | 2004-09-17 | 2008-05-01 | パシフィック バイオサイエンシーズ オブ カリフォルニア, インコーポレイテッド | 分子解析のための装置及び方法 |
US7482120B2 (en) | 2005-01-28 | 2009-01-27 | Helicos Biosciences Corporation | Methods and compositions for improving fidelity in a nucleic acid synthesis reaction |
US7282337B1 (en) | 2006-04-14 | 2007-10-16 | Helicos Biosciences Corporation | Methods for increasing accuracy of nucleic acid sequencing |
US8835358B2 (en) | 2009-12-15 | 2014-09-16 | Cellular Research, Inc. | Digital counting of individual molecules by stochastic attachment of diverse labels |
US20160040229A1 (en) | 2013-08-16 | 2016-02-11 | Guardant Health, Inc. | Systems and methods to detect rare mutations and copy number variation |
IL269097B2 (en) | 2012-09-04 | 2024-01-01 | Guardant Health Inc | Systems and methods for detecting rare mutations and changes in number of copies |
CA2934822A1 (en) * | 2013-12-28 | 2015-07-02 | Guardant Health, Inc. | Methods and systems for detecting genetic variants |
WO2018144782A1 (en) * | 2017-02-01 | 2018-08-09 | The Translational Genomics Research Institute | Methods of detecting somatic and germline variants in impure tumors |
-
2018
- 2018-09-20 CA CA3075932A patent/CA3075932A1/en active Pending
- 2018-09-20 WO PCT/US2018/052087 patent/WO2019060640A1/en unknown
- 2018-09-20 AU AU2018335405A patent/AU2018335405A1/en active Pending
- 2018-09-20 EP EP18786494.7A patent/EP3685386A1/en active Pending
- 2018-09-20 SG SG11202002381TA patent/SG11202002381TA/en unknown
- 2018-09-20 JP JP2020516385A patent/JP7242644B2/ja active Active
- 2018-09-20 KR KR1020207010774A patent/KR20200057024A/ko active Search and Examination
- 2018-09-20 CN CN201880074640.3A patent/CN111357054A/zh active Pending
-
2020
- 2020-03-19 US US16/823,937 patent/US20200327954A1/en active Pending
-
2023
- 2023-01-19 JP JP2023006454A patent/JP2023052512A/ja active Pending
Patent Citations (4)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2015527057A (ja) * | 2012-06-21 | 2015-09-17 | ザ チャイニーズ ユニバーシティー オブ ホンコン | 癌検出のための血漿中dnaの突然変異解析 |
WO2016109452A1 (en) * | 2014-12-31 | 2016-07-07 | Guardant Health , Inc. | Detection and treatment of disease exhibiting disease cell heterogeneity and systems and methods for communicating test results |
US20170058332A1 (en) * | 2015-09-02 | 2017-03-02 | Guardant Health, Inc. | Identification of somatic mutations versus germline variants for cell-free dna variant calling applications |
WO2017139492A1 (en) * | 2016-02-09 | 2017-08-17 | Toma Biosciences, Inc. | Systems and methods for analyzing nucelic acids |
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
WO2019060640A1 (en) | 2019-03-28 |
AU2018335405A1 (en) | 2020-04-09 |
CN111357054A (zh) | 2020-06-30 |
EP3685386A1 (en) | 2020-07-29 |
KR20200057024A (ko) | 2020-05-25 |
SG11202002381TA (en) | 2020-04-29 |
US20200327954A1 (en) | 2020-10-15 |
JP2023052512A (ja) | 2023-04-11 |
CA3075932A1 (en) | 2019-03-28 |
JP7242644B2 (ja) | 2023-03-20 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
JP7242644B2 (ja) | 体細胞および生殖細胞系統バリアントを鑑別するための方法およびシステム | |
US20220154289A1 (en) | Normalizing tumor mutation burden | |
JP2024056984A (ja) | エピジェネティック区画アッセイを較正するための方法、組成物およびシステム | |
US20200232010A1 (en) | Methods, compositions, and systems for improving recovery of nucleic acid molecules | |
JP2023060046A (ja) | 脱アミノ化に誘導される配列エラーの補正 | |
US20210398610A1 (en) | Significance modeling of clonal-level absence of target variants | |
US20200071754A1 (en) | Methods and systems for detecting contamination between samples | |
KR20210132139A (ko) | 대립유전자 빈도에 기초한 기능 손실의 컴퓨터 모델링 | |
US20240062848A1 (en) | Determining a dynamic quality metric of a biopsy sample | |
US20200075124A1 (en) | Methods and systems for detecting allelic imbalance in cell-free nucleic acid samples | |
WO2023220602A1 (en) | Detecting degradation based on strand bias |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20210917 |
|
A621 | Written request for application examination |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A621 Effective date: 20210917 |
|
A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20220721 |
|
A601 | Written request for extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A601 Effective date: 20221020 |
|
A601 | Written request for extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A601 Effective date: 20221220 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20230119 |
|
TRDD | Decision of grant or rejection written | ||
A01 | Written decision to grant a patent or to grant a registration (utility model) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A01 Effective date: 20230207 |
|
A61 | First payment of annual fees (during grant procedure) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A61 Effective date: 20230308 |
|
R150 | Certificate of patent or registration of utility model |
Ref document number: 7242644 Country of ref document: JP Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R150 |