JP2019537102A - 最適候補化合物を検出するためのコンピュータ装置およびその方法 - Google Patents
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Abstract
Description
化合物1、濃度B、4(死んだクラス)、16(死んでいないクラス)
…
化合物1、濃度H、2(死んだクラス)、18(死んでいないクラス)
図10が、本発明の実施形態による複数のサンプルに基づいて最適候補化合物を検出するためのコンピュータ装置100のための方法のフロー図を示している。一実施形態において、この方法は、オブジェクトサンプリング1010および/または画像データからのセルオブジェクトのセグメント化を含む。一実施形態において、この方法は、各々のセルオブジェクトについてそれぞれの対応するサイトメトリパラメータを生成することをさらに含む。この方法は、教師なしクラスタリングアルゴリズム1030を実行して、内在グルーピング1040を生成すること、ならびに/あるいは画像データに基づいて各々のセルオブジェクトについてクラスラベルおよび/またはクラスおよび/またはグループを生成することを、さらに含むことができる。この方法は、各々のクラスラベルおよび/またはクラスについてサンプルの少なくとも1つのセルオブジェクトおよび/または1つのセルを表す画像データの典型的なサブセットを見本サンプリングおよび/または選択することをさらに含むことができる。この方法は、モデルグループ化および/または少なくとも1つのクラスについての操作を表すユーザからのユーザ入力データの受信、ならびにユーザ入力データに基づくサンプルのセルのクラスラベルおよび/またはクラスについての操作の実行をさらに含むことができ、少なくとも1つのクラスについての操作は、クラスの追加、クラスの削除、クラスの分割、またはクラスの併合から選択される。随意により、この方法は、例えば表現ベースのモデルなど、表現型分類モデルの生成をさらに含むことができる。
112 プロセッサ、処理手段
115 メモリ
116 通信インターフェース
117 ユーザ入力装置
118 表示装置
200 候補化合物検出システム
210 データベース
220 画像生成部
230 プレートマップ配置
240 通信ネットワーク
610 画像データチャネル
620 ウェル
650 視野
660 濃度勾配
710 表現型プロファイル
720 列
730 行
810 第1のクラスラベルおよび/またはクラス
820 第2のクラスラベルおよび/またはクラス
830 第3のクラスラベルおよび/またはクラス
840 第4のクラスラベルおよび/またはクラス
850 セル、第1の典型的なサブセット
860 第2のサブセット
870 第3のサブセット
880 第4のサブセット
912 第2の曲線
914 第1の曲線
922 第2の曲線
924 第1の曲線
1010 オブジェクトサンプリング
1030 クラスタリングアルゴリズム
1040 内在グルーピング
Claims (15)
- セル株および1つ以上のバイオマーカを含む複数のサンプル、ならびにプレートマップ配置(230)に基づいて、最適候補化合物を検出するためのコンピュータ装置(100)のための方法であって、前記プレートマップ配置(230)は、1つ以上のバイオマーカおよび少なくとも1つの濃度勾配(660)を形成する異なる濃度の候補化合物に曝露されたセル株を含むサンプルの位置を提供しており、前記候補化合物は、複数の候補化合物に含まれており、当該方法は、
複数の連続的な時点における前記複数の候補化合物の各々の各々の濃度勾配(660)の表現型プロファイル(710)を生成して、複数の化合物プロファイルを形成するステップ(310)であって、表現型プロファイル(710)の生成は、前記濃度勾配(660)に含まれる各サンプルを表す画像データを取得するステップ(312)と、前記画像データに基づいて前記サンプルの各セルについてクラスラベルおよびクラス(810,820,830,840)を生成するステップ(314)とを含むステップ(310)と、
前記複数の化合物プロファイルについて比較基準を評価することによって前記最適候補化合物を検出するステップ(320)と
を含む、方法。 - 各々のクラスラベルおよび/またはクラス(810,820,830,840)について前記サンプルの少なくとも1つのセルを表す画像データの典型的なサブセット(850,860,870,880)を選択するステップ(315)と、
前記画像データの典型的なサブセット(850,860,870,880)ならびにそれぞれのクラスラベルおよび/またはクラス(810,820,830,840)をユーザへと表示するステップ(316)と、
少なくとも1つのクラス(810,820,830,840)についての操作を表すユーザからのユーザ入力データを受け付けるステップ(317)と、
前記ユーザ入力データに基づいて前記サンプルのセルの前記クラスラベルおよび/またはクラス(810,820,830,840)についての前記操作を実行するステップ(318)と
をさらに含む、請求項1に記載の方法。 - 前記少なくとも1つのクラス(810,820,830,840)についての操作は、クラスの追加、クラスの削除、クラスの分割、またはクラスの併合から選択される、請求項2に記載の方法。
- 前記最適候補化合物を検出するステップ(320)は、
1つ以上の基準化合物プロファイルを取得するステップ(322)と、
前記1つ以上の基準化合物プロファイルに基づいて前記複数の化合物プロファイルの各々の化合物プロファイルについて多次元差分値を計算するステップ(324)と、
前記複数の化合物プロファイルについて比較基準を前記多次元差分値に基づいて評価することによって前記最適候補化合物を検出するステップ(320)と
をさらに含む、請求項1乃至3のいずれか1項に記載の方法。 - 前記画像データは、複数の視野(650)から前記濃度勾配(660)に含まれる各々のサンプルを表しており、さらには/あるいは前記画像データは、複数の画像フィルタによって処理された前記濃度勾配(660)に含まれる各々のサンプルを表している、請求項1乃至4のいずれか1項に記載の方法。
- セル株を含む複数のサンプル、1つ以上のバイオマーカ、およびプレートマップ配置(230)に基づいて、最適候補化合物を検出するためのコンピュータ装置(100)であって、前記プレートマップ配置(230)は、1つ以上のバイオマーカおよび少なくとも1つの濃度勾配(660)を形成する異なる濃度の候補化合物に曝露されたセル株を含むサンプルの位置を提供しており、前記候補化合物は、複数の候補化合物に含まれており、当該コンピュータ装置(100)は、
プロセッサ(112)と、
メモリ(115)とを備え、前記メモリ(115)が、前記プロセッサ(112)によって実行することができる命令を含むことにより、当該コンピュータ装置(100)は、
複数の連続的な時点における前記複数の候補化合物の各々の各々の濃度勾配(660)の表現型プロファイル(710)を、前記濃度勾配(660)に含まれる各々のサンプルを表す画像データを取得するステップと、前記画像データに基づいて前記サンプルの各セルについてクラスラベルおよびクラス(810,820,830,840)を生成するステップとを含むステップによって生成して、複数の化合物プロファイルを形成し、
前記複数の化合物プロファイルについて比較基準を評価することによって前記最適候補化合物を検出する
ように動作することができる、コンピュータ装置(100)。 - 入力装置(117)および表示装置(118)をさらに備え、
各々のクラスラベルおよび/またはクラス(810,820,830,840)について前記サンプルの少なくとも1つのセルを表す画像データの典型的なサブセット(850,860,870,880)を選択し、
前記画像データの典型的なサブセット(850,860,870,880)ならびにそれぞれのクラスラベルおよび/またはクラス(810,820,830,840)をユーザへと前記表示装置(118)上に表示し、
少なくとも1つのクラス(810,820,830,840)についての操作を表すユーザによって示されるユーザ入力データを前記入力装置(117)から受け付け、
前記ユーザ入力データに基づいて前記サンプルのセルの前記クラスラベルおよび/またはクラス(810,820,830,840)についての前記操作を実行する
ようにさらに動作することができる、請求項6に記載のコンピュータ装置(100)。 - 前記表現型プロファイル(710)および/または化合物プロファイルを前記表示装置(118)上に表示するようにさらに動作することができる、請求項6または7に記載のコンピュータ装置(100)。
- 前記最適候補化合物を検出するときに、
1つ以上の基準化合物プロファイルを取得し、
前記1つ以上の基準化合物プロファイルに基づいて前記複数の化合物プロファイルの各々の化合物プロファイルについて多次元差分値を計算し、
前記複数の化合物プロファイルについて比較基準を前記多次元差分値に基づいて評価することによって前記最適候補化合物を検出する
ようにさらに動作することができる、請求項6乃至8のいずれか1項に記載のコンピュータ装置(100)。 - 候補化合物の前記濃度勾配(660)は、複数の別々のウェル(620)を含み、各々のウェル(620)は、1つ以上のバイオマーカおよび異なる濃度の候補化合物に曝露された前記セル株のサンプルを含み、前記プレートマップ配置(230)に従って配置されている、請求項6乃至9のいずれか1項に記載のコンピュータ装置(100)。
- コンピュータ実行可能命令を含んでおり、該コンピュータ実行可能命令は、コンピュータ装置(100)に含まれる処理装置において実行されたときに、該コンピュータ装置(100)に、
複数の連続的な時点における複数の候補化合物の各々の各々の濃度勾配(660)の表現型プロファイル(710)を生成して、複数の化合物プロファイルを形成するステップであって、表現型プロファイル(710)の生成は、前記濃度勾配(660)に含まれる各サンプルを表す画像データを取得するステップと、前記画像データに基づいて前記サンプルの各セルについてクラスラベルおよびクラス(810,820,830,840)を生成するステップとを含むステップと、
前記複数の化合物プロファイルについて比較基準を評価することによって前記最適候補化合物を検出するステップと
を実行させる、コンピュータプログラム。 - 各々のクラスラベルおよび/またはクラス(810,820,830,840)について前記サンプルの少なくとも1つのセルを表す画像データの典型的なサブセット(850,860,870,880)を選択するステップと、
前記画像データの典型的なサブセット(850,860,870,880)ならびにそれぞれのクラスラベルおよび/またはクラス(810,820,830,840)をユーザへと表示するステップと、
少なくとも1つのクラス(810,820,830,840)についての操作を表すユーザからのユーザ入力データを受け付けるステップと、
前記ユーザ入力データに基づいて前記サンプルのセルの前記クラスラベルおよび/またはクラス(810,820,830,840)についての前記操作を実行するステップと
を前記コンピュータ装置(100)にさらに実行させる、請求項11に記載のコンピュータプログラム。 - 前記少なくとも1つのクラス(810,820,830,840)についての操作は、クラスの追加、クラスの削除、クラスの分割、またはクラスの併合から選択される、請求項12に記載のコンピュータプログラム。
- 前記最適候補化合物を検出するステップを、
1つ以上の基準化合物プロファイルを取得するステップと、
前記1つ以上の基準化合物プロファイルに基づいて前記複数の化合物プロファイルの各々の化合物プロファイルについて多次元差分値を計算するステップと、
前記複数の化合物プロファイルについて比較基準を前記多次元差分値に基づいて評価することによって前記最適候補化合物を検出するステップと
をさらに実行することによって前記コンピュータ装置(100)にさらに実行させる、請求項11乃至13のいずれか1項に記載のコンピュータプログラム。 - コンピュータ可読記憶媒体を含むコンピュータプログラム製品であって、前記コンピュータ可読記憶媒体には請求項11乃至14のいずれか1項に記載のコンピュータプログラムが具現化されているコンピュータプログラム製品。
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