JP2019522785A - Ｃ４遺伝子コピー数及び細胞結合性補体活性化産物を用いてループス及びプレループスを同定する方法並びにシステム - Google Patents

Ｃ４遺伝子コピー数及び細胞結合性補体活性化産物を用いてループス及びプレループスを同定する方法並びにシステム Download PDF

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Abstract

細胞結合性補体活性化産物（ＣＢ−ＣＡＰ）のプロファイリングが、ループス及び／又はプレループスの診断及びモニタリングのためのバイオマーカーとしてのＣ４遺伝子コピー数の決定と組み合わされる。【選択図】図２

Description

＜関連出願の相互参照＞
本出願は、「C4 Gene Copy Number and Cell-Bound Complement Activation Products as Companion Biomarkers for Diagnosis, Monitoring, and Stratification of Lupus and Pre-Lupus」と題された２０１６年５月２４日出願の米国仮出願第６２／３４０，７８０号の優先権を主張する。この仮出願の開示は、参照により全体が本明細書に組み込まれる。
全身性エリテマトーデス（ＳＬＥ）は、一般的にループス(Lupus)と称されており、免疫調節異常（例えば、自己抗体及び免疫複合体の形成、補体活性化、リンパ球過敏性（lymphocyte hyperreactivity）、並びに、偏った（skewed）サイトカイン産生）と、その結果として生じる炎症性組織損傷とを特徴とする原型の自己免疫疾患である。ループスの臨床症状は不均質(heterogeneous)であって、些少な症状から致命的疾患に亘っており、実際に患者の如何なる組織及び臓器も関与する場合がある。ループスは、生殖年齢の女性が主に罹患するが、あらゆる年齢及び性別にも亘る疾患である。ループスの発症は、非ループス疾患では一般的である発熱、関節痛、及び疲労のような症状を伴う潜行性の場合がある。ループスはまた、疾患の周期的な悪化（フレア(flares)）及び沈静化を特徴とする。一方で、疾患の早期から重篤な臓器損傷が起こり、未認識のまま進行する場合がある。
ループスの診断は、依然として大きな臨床的困難がある。ループスの診断を行うに際しては、医師の助けとなるよう数種の血液検査が一般的に使用されているが、１回の試験では、患者がループスを有するか否かを判定するために十分な感度及び特異性を有していない。典型的なループス患者は、正確に診断されるために４人の異なる医師と５年を超える期間を要している。
非特異的症状及び血液検査は、場合によっては見落しや過度の強調をもたらし、その結果、過小診断又は過剰診断となる場合がある。過小診断及び診断の遅延は、ループスを有する患者の罹患率及び死亡率を実際に上昇させ得る。逆に、ループスの過剰診断は、患者を毒性薬物に不必要に曝す結果になる場合があり、それはループスを有しない患者には金銭的負担となり、副作用が顕著である。従って、適時性が高く精密な診断は、患者の身体的健全性のみならず、医療システムの経済的健全性に対して大きな影響を及ぼす。
ループスのモニタリングは、疾患の経過として主要な臨床的課題でもあり、予測不可能なフレアと寛解のパターンによって特徴づけられる。フレアの検出が遅れると、組織の炎症及び不可逆損傷の可能性もある。フレア解決後に薬剤を減らすことが不必要に遅れると、ループスの治療に使用される毒性療法による副作用のリスクが増すことがあり得る。
ループスの異質性(heterogeneity)も、臨床上の大きな課題である。身体のあらゆる器官系、例えば、皮膚、関節、心臓、脳、肺、腎臓などは、疾患の影響を受けることがあり得るが、患者が具体的にどんな器官系に関与するリスクがあるかを予測する方法はない。心筋梗塞、脳卒中又は腎機能障害などのループスの重大な合併症のリスクがある患者の早期に同定することができれば、予防及び治療手段の早期の実施が可能となり、罹患率及び死亡率を低下させることができる。
この発明は、幾つかの態様において、患者の細胞結合性補体活性化産物（ＣＢ−ＣＡＰ）のプロファイリングを、ループス及び／又はプレループスの診断及びモニタリングのためのＣ４遺伝子コピー数(C4 gene copy number)の決定(determination)と組み合わせる方法及びシステムを特定するものである。
一実施形態において、患者のループス又はプレループスを同定する方法は、患者の血液試料を受け取ることと、前記血液試料に対して１又は複数の第１の細胞結合性補体活性化産物（ＣＢ−ＣＡＰ）アッセイを行ない、前記患者の血液試料データを生成することを含む。血液試料データは、患者に対する１又は複数の第１のＣＢ−ＣＡＰレベルを含む。この方法はまた、第１のＣＢ−ＣＡＰｓのそれぞれの対照レベル(control level)を含む対照データセットにアクセスすることを含む。この方法は、患者の第１のＣＢ−ＣＡＰｓレベルを対照レベルと比較して、患者レベルの第１のＣＢ−ＣＡＰレベルが対照レベルよりも高いかどうかを判定することを含む。患者レベルの第１のＣＢ−ＣＡＰｓレベルが対照レベルよりも高い場合、結果は、患者がループスを有するとの決定、又は、ループスを発症するリスクが高いと分類されるべきであるとの決定をすることができる。対照レベルより高くない場合、この方法は、患者のゲノム中のＣ４遺伝子コピー数を含む遺伝子コピー数データセットにアクセスすることと、Ｃ４遺伝子コピー数がＣ４遺伝子コピー閾値レベルを超えるか否かを判定することと、を含み得る。Ｃ４遺伝子コピーの数がＣ４遺伝子コピーの閾値レベルに等しいか又はそれを超える場合、結果は、患者がループスを有していないとの決定、又は、ループスを発症するリスクが高いと分類されるべきでないとの決定をすることができる。Ｃ４遺伝子のコピー数がＣ４遺伝子のコピー閾値レベルを超えない場合、この方法は、個体のＣ４ ＧＣＮの減少程度によって決定される補正因子を計算することと、１又は複数の第１のＣＢ−ＣＡＰレベルに補正因子を掛け算して１又は複数の補正されたＣＢ−ＣＡＰレベルを作成することと、ＣＢ−ＣＡＰｓのそれぞれに対する対照レベルを含む前記対照データセットにアクセスすることと、患者の補正されたＣＢ−ＣＡＰレベルを対照レベルと比較して、前記患者のレベルに対して補正されたＣＢ−ＣＡＰｓレベルが、対照レベルと比較して高いかどうかを判定することとができる。補正されたＣＢ−ＣＡＰレベルが対照レベルよりも高い場合、その結果は、患者がループスを有するとの決定、又はループスを発症するリスクが高いと分類されるべきであるとの決定をすることができる。対照レベルより高くない場合、結果は、患者がループスを有していないとの決定、又はループスを発症するリスクが高いと分類されるべきでないとの決定をすることができる。この方法はまた、患者がループスを有するか、又はループスを発症するリスクが高いと分類されるかどうかの表示を含む結果の報告を作成することができる。
他の実施形態において、患者のループス又はプレループスを同定する方法は、患者の血液試料を受け取ることと、前記血液試料に対して１又は複数の第１の細胞結合性補体活性化産物（ＣＢ−ＣＡＰ）アッセイを行なって、前記患者の血液試料データを生成することと、を含む。血液試料データは、患者に対する１又は複数の第１のＣＢ−ＣＡＰレベルを含む。この方法はまた、第１のＣＢ−ＣＡＰｓのそれぞれの対照レベルを含む対照データセットにアクセスすることを含む。この方法は、患者の第１のＣＢ−ＣＡＰｓレベルを対照レベルと比較して、患者レベルの第１のＣＢ−ＣＡＰレベルが対照レベルよりも高いかどうかを判定することを含む。患者レベルの第１のＣＢ−ＣＡＰｓレベルが対照レベルよりも高い場合、結果は、患者がループスを有するとの決定、又は、ループスを発症するリスクが高いと分類されるべきであるとの決定をすることができる。対照レベルより高くない場合、この方法は、患者のゲノム中のＣ４遺伝子コピー数を含む遺伝子コピー数データセットにアクセスすることと、Ｃ４遺伝子コピー数がＣ４遺伝子コピー閾値レベルを超えるか否かを決定することと、を含み得る。Ｃ４遺伝子コピーの数がＣ４遺伝子コピーの閾値レベルに等しいか又はそれを超える場合、結果は、患者がループスを有していないとの決定、又はループスを発症するリスクが高いと分類されるべきでないとの決定をすることができる。Ｃ４遺伝子のコピー数がＣ４遺伝子のコピー閾値レベルを超えない場合、この方法は、１又は複数の第２のＣＢ−ＣＡＰｓに対する患者の１又は複数の第２のＣＢ−ＣＡＰレベルを同定することと、患者の前記１又は複数の第２のＣＢ−ＣＡＰレベルを、前記データセットの１又は複数の第２のＣＢ−ＣＡＰｓの対照レベルと比較して、患者の１又は複数の第２のＣＢ−ＣＡＰレベルが、前記１又は複数の第２のＣＢ−ＣＡＰｓの対照レベルよりも高いかどうかを判定することを含む。前記１又は複数の第２のＣＢ−ＣＡＰレベルが、前記１又は複数の第２のＣＢ−ＣＡＰｓレベルの対照レベルよりも高い場合、その結果は、患者がループスを有するとの決定、又はループスを発症するリスクが高いと分類されるべきであるとの決定をすることができる。対照レベルより高くない場合、結果は、患者がループスを有していないとの決定、又はループスを発症するリスクが高いと分類されるべきでないとの決定をすることができる。この方法はまた、患者がループスを有するか、又はループスを発症するリスクが高いと分類されるかどうかの表示を含む報告を作成することを含むことができる。
上記実施形態の何れかにおいて、該方法は、患者からゲノムＤＮＡの試料を得ることと、該患者のゲノム中のＣ４Ａ及びＣ４Ｂの一方又は両方に対するＣ４遺伝子コピー数を決定することをさらに含むことができる。患者のＣ４遺伝子のコピー数は、Ｃ４Ａ遺伝子のコピー数、Ｃ４Ｂ遺伝子のコピー数、又は前記２遺伝子のコピー数の合計であってよい。
上記実施形態の何れかにおいて、方法はまた、対照データセットにアクセスすることによってＣ４遺伝子のコピー閾値レベルを決定することと、対照データセットにおける患者のセグメントに対する平均値又は中央値の遺伝子コピー数を同定することと、同定された平均又は中央値の遺伝子コピー数から１又は複数の標準偏差に等しいレベルとしてＣ４遺伝子のコピー数を設定することと、を含む。
上記の何れの実施形態においても、第１のＣＢ−ＣＡＰレベルは、Ｔ−Ｃ４ｄ、Ｂ−Ｃ４ｄ、Ｅ−Ｃ４ｄ、及び／又は本明細書に記載される他のＣＢ−ＣＡＰｓの測定値を含むことができる。
上記の何れの実施形態においても、患者がループスを有するとの決定、又はループスを発症するリスクが高いことを示すとして分類されるべきであるとの決定をする各々の例は、（ｉ）患者が分類基準の少なくとも閾値レベルを満たす場合は、その患者はループスを有すると決定することと、（ｉｉ）患者が分類基準の少なくとも閾値レベルを満たさないが、前記基準の少なくとも１つを満たす場合、その患者はループス発症リスクが高いことを示すとして分類する。任意選択的に、前記分類基準は、漿膜炎、口腔潰瘍、関節炎、光線過敏性、血液疾患、腎障害、抗核抗体、免疫現象、神経障害、蝶形紅斑及び円板状紅斑の何れか又は全てを含むことができる。
上記の第２の実施形態では、任意選択的に、第１のＣＢ−ＣＡＰレベルは、Ｔ−Ｃ４ｄ及びＢ−Ｃ４ｄの測定値を含むことができ、１又は複数の第２のＣＢ−ＣＡＰレベルは、Ｅ−Ｃ４ｄの測定値を含むことができる。或いはまた、第１のＣＢ−ＣＡＰレベルは、Ｅ−Ｃ４ｄ及びＢ−Ｃ４ｄの測定値を含むことができ、１又は複数の第２のＣＢ−ＣＡＰレベルは、Ｔ−Ｃ４ｄの測定値を含むことができる。
この方法はまた、例えば上記のステップを実行することによって患者の疾患活動性(disease activity)をモニタリングすること、及び、その患者から採取された新たな試料を用いて、前記ステップを後の時点で繰り返すことを含む。新しい試料は対照レベルと比較され、これはデータセットであり得る。
上記のどの実施形態も、対照被験体集団の血液試料データの対照データセットを保有するデータ保存装置を含むシステムの全部又は一部を使用して実行される。前記対照被験体集団については、前記集団の第１グループの被験体はループスを有することが知られており、前記集団の第２グループの被験体はループスを有しないことが知られている。また、前記血液試料データは、各被験体の細胞結合性補体活性化産物（ＣＢ−ＣＡＰ）のレベルを含む。前記システムはまた、処理デバイス(processing device)と、前記処理デバイスに指令して、各実施形態における上記ステップの何れか又は全てを実行するよう構成されたプログラミング命令を含むコンピュータ可読媒体と、を含むことができる。
図１は、データの収集と分類のプロセスにおける様々なステップを記載したフローチャートである。
図２は、代替データの収集と分類のプロセスにおける様々なステップを記載したフローチャートである。
図３は、本明細書に記載の方法を用いて実施された実施例分析を示す表であり、Ｃ４遺伝子のコピー数と、Ｔ−Ｃ４ｄレベル及びＢ−Ｃ４ｄレベルとの相関を示す。
図４は、Ｃ４遺伝子コピー数と、Ｔ−Ｃ４ｄ陽性及びＢ−Ｃ４ｄ陽性との相関を示す表である。
図５は、複数の匿名患者に実施したＳＬＥ診断における実験室試験結果を示す決定木(decision tree)である。
図６は、Ｃ４遺伝子コピー数と、Ｅ−Ｃ４ｄレベル及びＰ−Ｃ４ｄレベルとの関係を示す表である。
図７は、Ｃ４遺伝子コピー数と、Ｅ−Ｃ４ｄ陽性及びＰ−Ｃ４ｄ陽性との相関を示す表である。
図８は、Ｃ４遺伝子コピー数と、Ｒ−Ｃ４ｄ陽性、Ｍ−Ｃ４ｄ陽性、及びＧ−Ｃ４ｄ陽性との相関を示す表である。
本明細書においては、単数表記は、特段の記載が無い限り複数表記を含む。特段の記載が無い限り、本明細書に記載した全ての専門技術用語は、当業者が一般的に理解する意味と同じ意味を有する。本開示に含まれる如何なるものも、本開示に記載した実施形態が、以前の発明によってその開示に先行する資格がないことを認めるものと解釈されてはならない。本開示においては、「含む」という用語は「含むが、限定されない」という意味を有する。
「細胞結合性補体活性化産物(cell-bound complement activation product)」即ち「ＣＢ−ＣＡＰ」は、１又は複数の補体活性化産物と、前記産物が結合される血液細胞（赤血球、網状赤血球、Ｔリンパ球、Ｂリンパ球、単球、顆粒球、好酸球、好塩基球又は血小板を含むがこれらに限定されない）との組合せである。
本明細書の幾つかの実施形態において、あらゆるＣＢ−ＣＡＰの「対照(control)」レベルとは、検査に関係する自己免疫性、炎症性、又は他の疾病又は疾患に罹患していない１又は複数の個体から得られた試料から得られたＣＢ−ＣＡＰのレベルのことを言う。レベルは、個体−個体ベース、又は平均などの集計ベースで測定されることができる。「対照」レベルはまた、疾病又は疾患を有するが疾病又は疾患の急性期(acute phase)を経験していない個体集団を分析することによって決定されることができる。このような「対照」レベルを得るために、「対照」の細胞又は試料を使用されることができる。「対照」の細胞又は試料は、調査に関係する自己免疫性、炎症性又は他の疾病又は疾患に罹患していない１又は複数の個体から得られることができる。「対照」レベル又は試料はまた、疾病又は疾患を有するが疾病又は疾患の急性期を経験していない個体集団から得られることができる。幾つかの実施形態において、それぞれのＣＢ−ＣＡＰ、細胞又は試料の「対照」レベルは、診断が行われるか、又はその状態がモニタリングされる同じ個体から、異なる時間に取得される。幾つかの実施形態では、「対照」のレベル、試料又は細胞は、より早い時期、例えば数週間前、数か月前又は数年前に同じ患者から得られたレベル、試料又は細胞のことを称することができる。
本明細書において、「対照レベルとの差異」とは、統計的に有意な差異のことを言うものとし、前記差異は、当業者によって現在使用されているか又は将来使用されるあらゆる統計的分析方法によって決定される。対照レベルとの差異は、それぞれのＣＢ−ＣＡＰの対照レベルと、診断又は他の情報が求められる個体と同じＣＢ−ＣＡＰのレベル、すなわち実験レベルとの間での統計的に有意な差異を意味する。当業者であれば、差異が統計的に有意であるかどうかを決定するために多くの方法が利用可能であり、本発明は、以下に記載される統計的有意性の特定の方法及び実施例に限定されないことを認識し得るであろう。
本明細書において、「全身性エリテマトーデス」、「ＳＬＥ」又は「ループス」とは、多臓器疾患を生ずる原型自己免疫疾患である。抗自己応答（anti-self response）は、種々の核及び細胞質の細胞成分に対して指向された自己抗体を特徴とする。これらの自己抗体は、それぞれ対応する抗原に結合して免疫複合体を形成し、これらは、循環して最終的には組織に堆積する。この免疫複合体の堆積とその結果生じる補体系の活性化は、慢性の炎症及び組織の損傷をもたらす。
本明細書で使用される「被験体(subject)」という用語は、哺乳類を含むがこれに限定されない動物を意味するために使用される。哺乳類はヒトであってもよい。「被験体」と「患者」という用語は、互換性のある語として使用される。
本明細書で使用される「プレループス」という用語は、患者がループスを発症するリスクが高いことの予告表示として分類されること、すなわちループスを発症する事前の状態であることを言う。プレループスと診断された患者は、確定ループスに対応する幾つかの特徴を有するが、まだ確定ループスを発症していないか、又は確定ループスと診断されていない。
プレループス状態は、前癌又は前悪性腫瘍の状態と同等であると考えられる。この状態は、癌又は悪性腫瘍を発症するリスクが有意に増大している状態であり、それゆえ、処置がされるべきである。前癌又は前悪性腫瘍の状態の例として、大腸癌発症リスクが高い大腸ポリープ、食道癌発症リスクが高いバレット食道、子宮頸癌発症リスクが高い子宮頸部形成異常、皮膚癌発症リスクが高い日光角化症、及び、乳癌発症リスクが高い乳房の前癌病変を挙げられる。前癌状態の大半は、病変の治療により癌発症のリスクは低下するか又は排除される。そのため、早期発見が最も重要である。プレループス状態も同様に理解することができる。プレループス患者は、確定ループスを発症するリスクが高いが、発症しない場合もある。早期発見及び適切な治療は、疾患進行のリスクを低下させるために最も重要である。
プレループスは「推定的（probable）」ループスとは異なり、区別すべきである。推定的ループスの診断は、ループスの診断が技能的なものであるためになされる場合が多い。ループスの正確な診断を絶対的に保証できる血液検査又は疾病の身体的症状は存在しない。従って「推定的ループス」とは、患者が所定の時間に実際に確定ループスを有している可能性を指す。このことは、「プレループス」とは対照的である。「プレループス」は、患者がその時に確定ループスを有しておらず、最終的に疾病を発症するリスクは高いが、発症しないこともあり得ることを意味する。
この明細書では、以下の省略形が用いられる。
（１）抗−ｄｓＤＮＡ： 抗二本鎖ＤＮＡ
（２）ＣＢ−ＣＡＰｓ： 細胞結合性補体活性化産物
（３）Ｃ４ｄ： 補体Ｃ４活性化産物Ｃ４ｄ
（４）ＧＣＮ： 遺伝子コピー数
（５）ＳＤ： 標準偏差
（６）ＳＬＥ： 全身性エリテマトーデス
（７）Ｂ−Ｃ４ｄ： Ｂ細胞結合Ｃ４ｄ
（８）Ｅ−Ｃ４ｄ： 赤血球結合Ｃ４ｄ
（９）Ｔ−Ｃ４ｄ： Ｔ細胞結合Ｃ４ｄ
（１０）Ｐ−Ｃ４ｄ： 血小板結合Ｃ４ｄ
（１１）Ｒ−Ｃ４ｄ： 網状赤血球結合Ｃ４ｄ
（１２）Ｇ−Ｃ４ｄ： 顆粒球結合Ｃ４ｄ
（１３）Ｍ−Ｃ４ｄ： 単球結合Ｃ４ｄ
（１４）Ｅｏｓ−Ｃ４ｄ： 好酸球結合Ｃ４ｄ
（１５）Ｂａｓｏ−Ｃ４ｄ： 好塩基球結合Ｃ４ｄ
ループスは、診断上の問題及び管理上の問題の両方を医師にもたらし続けており、信頼できる試験及びバイオマーカーの不足がその原因の一部となっている。ループスを診断するための現在の基準は、リウマチ学者による判断であって、米国リウマチ学会（ＡＣＲ）により開発された標準的な分類スキームに主に基づいている。ＡＣＲの基準は、患者がループスを有するか否かを判定するために医療専門家が使用する一連の臨床的基準であり、（１）漿膜炎、（２）口腔潰瘍、（３）関節炎、（４）光線過敏性、（５）血液疾患、（６）腎障害、（７）抗核抗体、（８）免疫現象、（９）神経障害、（１０）蝶形紅斑及び（１１）円板状紅斑の何れか又は全てを含む。確定ループスの診断は、臨床症状又は検査室試験の１１のＡＣＲ基準のうちの４つに患者が合致している場合に行われる。ループスの種々の症状が同時に発現するとは限らないため、４つの基準を満たして最終的に診断されるまでは、数年を要する場合が多い。同様の基準は、Ｓｙｓｔｅｍｉｃ Ｌｕｐｕｓ Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ Ｃｏｌｌａｂｏｒａｔｉｎｇ Ｃｌｉｎｉｃｓ（ＳＬＩＣＣ）によって採用されている。
このジレンマを回避するために、満たす基準がＡＣＲ又はＳＬＩＣＣの４つの基準よりも少ないが、ループスを有することが疑われる患者群に対して、「プレループス」の診断を与えられてもよい。しかしながら、そのような患者のうちのどの患者が、疾病が無いと考えられるのではなく、ループス発症リスクを継続すべきかを特定することが困難である。プレループスを有する患者の中には、確定ループスを発症する可能性があり、早期治療の機会を逃したゆえに実際は起こらなかったかもしれない臓器損傷に苦しむ可能性がある。最近になって、米国特許第９４９５５１７号には、プレループスの診断方法が記載されているが、これも診断が困難である。「プレループス」を有する患者の特定に有効なＣＢ−ＣＡＰｓに加えて、バイオマーカーを用いてことにより、ループス診断の適時性及び精度の向上が大いに促進され、早期治療による臓器損傷を防止できるであろう。
この明細書に記載された幾つかの実施形態において、ループスの４つの分類基準の少なくとも１つに該当するが４より少ないと判定される患者は、プレループスの診断を行うことが考慮され得る。幾つかの実施形態において、これらの分類基準は、ＡＣＲ及び／又はＳＬＩＣＣによって公開された分類基準であってもよいが、これに限定されない。
補体系がループスの病因に顕著な役割を有することを示す数多くの研究がある。補体蛋白質は循環中に豊富に存在し、循環細胞と容易に相互作用することができることから、発明者らは、循環細胞に結合した補体活性化産物が、可溶性補体蛋白質よりも有益なループス及びプレループスバイオマーカーとして機能し得ることを見出した。実際のところ、有意レベルの補体Ｃ４由来活性化産物、特にＣ４ｄが、ループス及びプレループスの患者の赤血球、網状赤血球、血小板及びリンパ球の表面上に特異的に存在する。これらのＣＢ−ＣＡＰｓは、診断だけでなく、ループス及びプレループスの患者の疾病活動を監視するための固有のバイオマーカーとして機能することができる。
ヒト補体Ｃ４蛋白質は、Ｃ４Ａ及びＣ４Ｂの２つの同型遺伝子の産物であることが知られている。Ｃ４遺伝子座を収容する染色体セグメントの重複／欠失のために、幾つかの個体は、Ｃ４Ａ及びＣ４Ｂ遺伝子の２つのコピーよりも多いか又は少ない。結果として、所与の個体は、Ｃ４遺伝子を全く有しないか、又は多くても合計で最大９コピーまでである。Ｃ４Ａのコピー数は０〜６の範囲であり、Ｃ４Ｂのコピー数は０〜４の範囲であり得る。Ｃ４遺伝子コピー数（ＧＣＮ）のこのような変動は、潜在的にＣ４蛋白質生産の変動をもたらすので、Ｃ４ ＧＣＮと血清Ｃ４レベルとの間に相関関係を有することもあり、有しないこともある。本発明者らは、Ｃ４の活性化生成物であるＣ４ｄが、全身性エリテマトーデス（ＳＬＥ；ループス）及びプレループスを有する患者の循環血液細胞の表面上に、有意のレベルで特異的に存在することを実証した。これらのいわゆる「細胞結合性補体活性化産物（ＣＢ−ＣＡＰｓ）」は、ＳＬＥ及びプレループスの診断、モニタリング及び予後（層別化）バイオマーカーとして有用であり得る。
Ｃ４蛋白質レベル（従って、Ｃ４ｄレベル）は疾病状態の影響を受けるだけでなく、Ｃ４ ＧＣＮによっても影響を受けることに鑑みると、理論に拘束されることを意図するものでないが、発明者らは、Ｃ４ ＧＣＮが低いと、ＳＬＥ患者の中にＣＢ−ＣＡＰレベルが持続的に低く維持される者があり、それゆえ、これらの患者におけるＣＢ−ＣＡＰバイオマーカーの診断有用性（感受性／特異性）を低下させることを見出した。それゆえ、本発明者らは、この明細書において、ループス及びプレループスの診断及びモニタリングのより有益な決定を提供するために、ＣＢ−ＣＡＰシグネチャーと共にＣ４遺伝子型の決定を含む方法を記載する。
本明細書に記載される幾つかの実施形態では、Ｃ４Ａ、Ｃ４Ｂ、又は、Ｃ４ＡとＣ４Ｂの両方に対する患者の遺伝子コピー数が使用される。
本明細書に記載される幾つかの実施形態において、ＣＢ−ＣＡＰｓは、幾つかの細胞型のうちの１又は複数の型の分析に用いられることができ、前記細胞型には、赤血球と結合したＣ４ｄ（Ｅ−Ｃ４ｄ）、網状赤血球を結合したＣ４ｄ（Ｒ−Ｃ４ｄ）、Ｔリンパ球と結合したＣ４ｄ（Ｔ−Ｃ４ｄ）、Ｂリンパ球と結合したＣ４ｄ（Ｂ−Ｃ４ｄ）、単球と結合したＣ４ｄ（Ｍ−Ｃ４ｄ）、顆粒球と結合したＣ４ｄ（Ｇ−Ｃ４ｄ）、血小板と結合したＣ４ｄ（Ｐ−Ｃ４ｄ）、好酸球と結合したＣ４ｄ（Ｅｏｓ−Ｃ４ｄ）、及び／又は好塩基球と結合したＣ４ｄ（Ｂａｓｏ−Ｃ４ｄ）が含まれるが、これらに限定されない。
本明細書に記載される実施形態において、ＣＢ−ＣＡＰのレベルは、あらゆる適切な方法によって決定することができる。ＣＢ−ＣＡＰｓに対するそのようなアッセイには、酵素結合イムノアッセイ及びポリクローナル抗体の使用が含まれるがこれらに限定されない。ある実施形態では、モノクローナル抗体を使用することもできる。ＣＢ−ＣＡＰレベルを決定するために、フローサイトメータ又は他の適当な装置を使用することができる。
本明細書において「判定又は決定(determinations)」すること、例えば、個体におけるループス又はプレループスを診断又はモニタリングすることは、手動で行うことができるし、自動化されたシステム及び／又は装置を用いて行うこともできる。自動化システム及び／又は装置では、必要な決定を行うために、血液試料は自動的に分析され、その目的に適したコンピュータソフトウェアを用いて、基準値又は参照値との比較が自動的に行われる。
図１の一実施形態を参照すると、被験患者の血液試料を受け取る（ステップ１０１）。１又は複数のＣＢ−ＣＡＰアッセイが患者に対して実施し（ステップ１０２）、患者の血液試料データを作成する。血液試料データは、患者に対する１又は複数のＣＢ−ＣＡＰレベルを含む。実施形態では、ＣＢ−ＣＡＰｓは、細胞型の中の１又は複数の型のアッセイが行われる。この細胞型は、限定するものではないが、赤血球と結合したＣ４ｄ（Ｅ−Ｃ４ｄ）、網状赤血球を結合したＣ４ｄ（Ｒ−Ｃ４ｄ）、Ｔリンパ球と結合したＣ４ｄ（Ｔ−Ｃ４ｄ）、Ｂリンパ球と結合したＣ４ｄ（Ｂ−Ｃ４ｄ）、単球と結合したＣ４ｄ（Ｍ−Ｃ４ｄ）、顆粒球と結合したＣ４ｄ（Ｇ−Ｃ４ｄ）、血小板と結合したＣ４ｄ（Ｐ−Ｃ４ｄ）、好酸球と結合したＣ４ｄ（Ｅｏｓ−Ｃ４ｄ）、及び／又は好塩基球と結合したＣ４ｄ（Ｂａｓｏ−Ｃ４ｄ）を含む。特定の実施形態において、決定されたＣＢ−ＣＡＰレベルは、上記のようなＣＢ−ＣＡＰｓを有するＣＢ−ＣＡＰパネルの構成成分として、これら又は他のＣＢ−ＣＡＰｓの任意の組合せのレベルであり得る。特定の実施形態では、ＣＢ−ＣＡＰレベルは、Ｔ−Ｃ４ｄ、Ｂ−Ｃ４ｄ、又はＥ−Ｃ４ｄのうちの１又は複数のものに対する測定値を含み得る。
方法は、ＣＢ−ＣＡＰ対照レベルセットを含む対照データセットにアクセスすることと、前記データセットから、アッセイが行われるＣＢ−ＣＡＰｓの各々の対照レベルを抽出することと、を含む（ステップ１０３）。対照レベルは、被験体集団の血液試料データの対照データセットを収容するデータ保存装置に保存されることができる。被験体集団には、ループス又はプレループスを有することが知られているグループもあれば、ループス又はプレループスを有していないことが知られているグループもある。血液試料データには、各被験体に対する１又は複数のＣＢ−ＣＡＰｓのレベルが含まれる。
幾つかの実施形態では、対照データセットは、様々なＣＢ−ＣＡＰｓに対する対照レベルの測定値を含み、前記ＣＢ−ＣＡＰｓは、限定するものではないが、赤血球と結合したＣ４ｄ（Ｅ−Ｃ４ｄ）、網状赤血球を結合したＣ４ｄ（Ｒ−Ｃ４ｄ）、Ｔリンパ球と結合したＣ４ｄ（Ｔ−Ｃ４ｄ）、Ｂリンパ球と結合したＣ４ｄ（Ｂ−Ｃ４ｄ）、単球と結合したＣ４ｄ（Ｍ−Ｃ４ｄ）、顆粒球と結合したＣ４ｄ（Ｇ−Ｃ４ｄ）、血小板と結合したＣ４ｄ（Ｐ−Ｃ４ｄ）、好酸球と結合したＣ４ｄ（Ｅｏｓ−Ｃ４ｄ）、及び／又は好塩基球と結合したＣ４ｄ（Ｂａｓｏ−Ｃ４ｄ）を含む。
方法は、次に、患者のＣＢ−ＣＡＰレベルを対照レベルと比較して、患者のレベルが対照レベルよりも高いかどうかを判定すること（ステップ１０４）を含む。診断が必要な患者から血液試料を採取すると、その試料は、データセット中で利用可能なＣＢ−ＣＡＰｓの任意のレベル又は全てのレベルに対して分析される。幾つかの実施形態では、試料データは、処理デバイスに入力されるか又は処理デバイスによって受信され、処理デバイスが、患者試料のＣＢ−ＣＡＰレベルを、データセット内のＣＢ−ＣＡＰレベルと比較して、患者のＣＢ−ＣＡＰｓの数及び／又はレベルがＣＢ−Ｃａｐレベルより高いレベルにあるかどうかを判定する。患者の試料中のＣＢ−ＣＡＰレベルが、対照セット中の同じＣＢ−ＣＡＰの（上記）対照レベルと統計学的に有意な差を示す場合、患者の試料中のＣＢ−ＣＡＰレベルは「高い(elevated)」と決定される。一例として、患者の試料中のＣＢ−ＣＡＰのレベルが、対照セット中の同じＣＢ−ＣＡＰの平均値又は中央値よりも少なくとも１倍、２倍又はそれ以上の標準偏差である場合、そのレベルは高いとみなされることができる。レベルが高いかどうかを決定するために、統計学的有意性を決定する他の方法を用いることもできる。
幾つかの実施形態において、この分析は、１つ又は２つの特定のＣＢ−ＣＡＰレベルが高いかどうかを決定するのに焦点を当てることができる。例えば、分析では、被験体のＴ−Ｃ４ｄ及びＢ−Ｃ４ｄレベルが基準値(baseline)より高いかどうかを評価することができる。実施形態において、ＣＢ−ＣＡＰレベルが高い場合、方法は、患者を、ループス又はプレループスを有する者として分類すること（ステップ１０９）を含むことができる。例えば、ＣＢ−ＣＡＰレベルが高く、１又は複数の他の条件が満たされている（限定するものでないが、例えば、患者が４以上の米国リウマチ学会又はループスに対するＳＬＩＣＣ分類基準に該当する）場合、方法は、患者を、ループスを有する者として分類することができる。ＣＢ−ＣＡＰレベルが高いが、他の基準を満たさない（限定するものでないが、例えば、患者が４以上の米国リウマチ学会又はループスに対するＳＬＩＣＣ分類基準に該当しない）場合、方法は、患者を、ループスを有しないが、ループスを発症するリスクが高い（「プレループス」と称され得る状態）として分類することを含むことができる（ステップ１０９）。
患者のＣＢ−ＣＡＰレベルが高くないか、又はループス又はプレループスと診断決定される範囲内にあるほどに高いとは考えられない場合、方法はまた、被験体のＣ４遺伝子コピー数を決定することを含むことができる（ステップ１０５）。遺伝子コピーセットは、患者のゲノム中の幾つかのＣ４Ａ及び／又はＣ４Ｂ遺伝子コピーを含む。対照レベルデータセットの場合と同様に、遺伝子コピー数データセットはデータ保存装置に保存されることができる。あるいは、幾つかの実施形態において、遺伝子コピー数データセットは、患者のゲノムから幾つかの数を抽出することによってＣ４遺伝子コピーの数を同定することによって作成されることができる。幾つかの実施形態では、この方法は、患者からゲノムＤＮＡの試料を得ることにより遺伝子コピー数を決定するステップと、患者のゲノム中のＣ４Ａ及び／又はＣ４Ｂの遺伝子コピー数を決定するステップとを含むことができる。
本明細書に記載される様々な実施形態において、Ｃ４遺伝子コピー数（ＧＣＮ）又はＣ４コピー数の多型（ＣＮＶ）決定は、あらゆる適当な方法によって実施され得る。特定の実施形態では、次の中の１又は複数のものが用いられる。Ｔａｑｌゲノムサザンブロット法により、次のコピー数を決定することができる：（ａ）ＲＰ１又はＲＰ２にリンクされた長いＣ４遺伝子、ＲＰ１又はＲＰ２にリンクされた短いＣ４遺伝子、（ｂ）ＣＹＰ２１Ｂ及びＣＹＰ２１Ａ、及び（ｃ）ＴＮＸＢ及びＴＮＸＡ。ＴａｑｌゲノムＲＦＬＰを通して、Ｃ４、Ｃ４Ｌ、Ｃ４Ｓのコピー数、及びＲＣＣＸモジュラー構造を解明することができる。ＰｓｈＡ１−Ｐｖｕｌｌ ＲＦＬＰサザンブロット及び／又はｑＰＣＲアッセイを実施して、Ｃ４Ａ及びＣ４Ｂのコピー数を決定することができる。ＲＣＣＸハプロタイプをさらに検証するために、パルスフィールドゲル電気泳動によって分離され、サザンブロット分析によって処理されたＰｍｅＩ消化ゲノムＤＮＡを用いた広範囲マッピング実験を行うこともできる。幾つかの実施形態では、さらなる方法として、全エキソームシーケンス法、全ゲノムシーケンス法、Ｃ４遺伝子座全体のシーケンス法又は他の次世代シーケンス法を含むことができる。
Ｃ４Ａ遺伝子コピー数、Ｃ４Ｂ遺伝子コピー数又はその両方が閾値以上である場合、方法は、これを使用して、患者がプレループス又はループスとして分類されるべきでないことを確認することができる（ステップ１０７）。一方、Ｃ４遺伝子コピー数が閾値未満である場合、方法は少なくとも２つの選択肢を含むことができる。第１は、幾つかの実施形態において、被験体の１又は複数の追加のＣＢ−ＣＡＰレベルを調べて（ステップ１０６）、追加のＣＢ−ＣＡＰレベルが閾値を超えるかどうかを判定し、超えている場合は、その患者をループス又はプレループスとして分類されることができ、超えていない場合は、その患者をそのように分類すべきではないことを確認する。例えば、幾つかの実施形態において、ステップ１０４で調べられたＣＢ−ＣＡＰレベルがＴ−Ｃ４ｄ及びＢ−Ｃ４ｄである場合、方法は、ステップ１０６で、患者のＥ−Ｃ４ｄ ＣＢ−ＣＡＰレベルを評価することを含むことができる。同様に、幾つかの実施形態において、ステップ１０４で調べられたＣＢ−ＣＡＰレベルがＥ−Ｃ４ｄ及びＢ−Ｃ４ｄである場合、方法は、ステップ１０６で、患者のＴ−Ｃ４ｄ ＣＢ−ＣＡＰレベルを評価することを含むことができる。ＣＢ−ＣＡＰ測定については他の組合せを使用することができる。幾つかの実施形態において、ＣＢ−ＣＡＰｓは、１又は複数の細胞型に対して評価されることができ、前記細胞型は、限定するものでないが、赤血球と結合したＣ４ｄ（Ｅ−Ｃ４ｄ）、網状赤血球を結合したＣ４ｄ（Ｒ−Ｃ４ｄ）、Ｔリンパ球と結合したＣ４ｄ（Ｔ−Ｃ４ｄ）、Ｂリンパ球と結合したＣ４ｄ（Ｂ−Ｃ４ｄ）、単球と結合したＣ４ｄ（Ｍ−Ｃ４ｄ）、顆粒球と結合したＣ４ｄ（Ｇ−Ｃ４ｄ）、血小板と結合したＣ４ｄ（Ｐ−Ｃ４ｄ）、好酸球と結合したＣ４ｄ（Ｅｏｓ−Ｃ４ｄ）、及び／又は好塩基球と結合したＣ４ｄ（Ｂａｓｏ−Ｃ４ｄ）を含む。
第２は、幾つかの実施形態において、ＣＢ−ＣＡＰレベルが特定の閾値より低い場合、そのＣＢ−ＣＡＰレベルは、個人のＣ４ ＧＣＮの減少程度によって決定される補正因子によって乗算されることができる。それゆえ、ＣＢ−ＣＡＰレベルは高いがループス又はプレループスの範囲とは診断されない幾つかの実施形態では、そのような「偽陰性(false negatives)」は、増倍率によって補正され、Ｃ４ ＧＣＮの減少分が相殺される。例えば、図２を参照のこと。
Ｃ４遺伝子コピー数の閾値レベルは、任意の適当な数であってよく、例えば、１、２、３又は他の数である。任意選択的に、Ｃ４遺伝子コピー数の閾値レベルは、上記の遺伝子コピー数データセットから決定することができる。例えば、閾値レベルは、データセット内の全ての患者又はデータセット中でループス又はプレループスを有していないことが知られている全ての患者に対する平均値（又は中央値）レベルより下の標準偏差の１、２、３又は他の数であってもよい。
１又は複数の追加のＣＢ−ＣＡＰレベルが閾値を超える場合、方法は、患者をループス又はプレループスであると分類することを含む（ステップ１０９）ことができ、超えない場合は、患者をループス又はプレループスでないと分類することを含む（ステップ１０７）ことができる。特定の実施形態では、患者がこの時点でループス又はプレループスであると分類されるべきかどうかの判定は、患者が上記のような分類基準の少なくとも４つ（又は別の閾値数）を示すかどうかに依存する。幾つかの実施形態では、患者が分類基準についてより多くの閾値数に該当する場合、方法は、患者をループスを示すものとして分類することを含むことができる。前記閾値数に該当しない場合、方法は、患者をプレループスであると分類することを含むことができる。
上記したように、上記方法は、患者をループスを示すものとして分類するかどうかを判定するだけでなく、患者をループス発症のリスクを有する（すなわち、プレループス）ものとして分類するかどうかを判定するのにも用いられることができる。
上記方法はまた、ループスを有するか、又はループス発症のリスクを示す（プレループス）患者のＳＬＥ疾患活性をモニタリングするために使用され得る。これは、上記の試料採取と比較を所定間隔で繰り返すことによって行われ、患者のＣＢ−ＣＡＰレベルが安定したままであるか、又は時間の経過と共に上昇するかが判定される。
工程の任意の時点で、システムは、被験体の分類、被験体の決定されたＣＢ−ＣＡＰレベル、及び／又は被験体のＣ４遺伝子コピー数を含む報告を生成することができる（ステップ１１０）。幾つかの実施形態では、システムは、確率レベル自体等の診断結果含む報告、或いは患者がループス又はプレループスである（又はループス又はプレループスでない）と見なされる理由を記載した１又は複数の文書又は図式的指示を作成することができる。幾つかの実施形態において、報告は、患者をプレループス患者として分類され得るか否かの評価を提供することができる。幾つかの実施形態において、報告は、患者をループス患者として分類され得るかどうかの評価を提供することができる。システムは、患者又は医療専門家のシステムから離れていてもよく、その場合、システムの要素の一部又は全部がクラウドベースのシステムなどの複数のシステムの中に存在してもよい。このクラウドシステムでは、対照データセットは、処理及び分析を実行するシステムから離れているが、１又は複数の通信ネットワークを介して接続されている。
幾つかの実施形態において、方法は、患者のループス疾患活性のレベルのモニタリングを行う（ステップ１１２）。この場合、工程は、疾患活性をモニタリングするために、患者から新しい試料を取得する（ステップ１０１）ことが繰り返される。新たなアッセイが行われたＣＢ−ＣＡＰレベル（ステップ１０２）が対照レベルと比較される（ステップ１０３）。対照レベルは、データセットの対照レベルであってよく、また、その時以前に同じ患者から得た試料の測定レベルでもよい。新たなレベルが対照レベルに対して高いと判定された場合（ステップ１０９）、患者は、全身性エリテマトーデス疾患活性のレベルが上昇したものとして分類され得る。
図２を参照すると、別の実施形態では、被験患者の血液試料を受け取る（ステップ２０１）。患者に対して１又は複数のＣＢ−ＣＡＰアッセイを行ない（ステップ２０２）、患者の血液試料データを生成する。血液試料データは、患者の１又は複数のＣＢ−ＣＡＰレベルを含む。幾つかの実施形態では、ＣＢ−ＣＡＰｓは、多くの細胞型の中の１又は複数の細胞型に対してアッセイが行われる。前記細胞型には、赤血球と結合したＣ４ｄ（Ｅ−Ｃ４ｄ）、網状赤血球を結合したＣ４ｄ（Ｒ−Ｃ４ｄ）、Ｔリンパ球と結合したＣ４ｄ（Ｔ−Ｃ４ｄ）、Ｂリンパ球と結合したＣ４ｄ（Ｂ−Ｃ４ｄ）、単球と結合したＣ４ｄ（Ｍ−Ｃ４ｄ）、顆粒球と結合したＣ４ｄ（Ｇ−Ｃ４ｄ）、血小板と結合したＣ４ｄ（Ｐ−Ｃ４ｄ）、好酸球と結合したＣ４ｄ（Ｅｏｓ−Ｃ４ｄ）、及び／又は好塩基球と結合したＣ４ｄ（Ｂａｓｏ−Ｃ４ｄ）が含まれるが、これらに限定されない。特定の実施形態において、決定されたＣＢ−ＣＡＰｓレベルは、ＣＢ−ＣＡＰパネルの構成要素として、これらと他のＣＢ−ＣＡＰとの任意の組合せであってもよい。特定の実施形態では、ＣＢ−ＣＡＰレベルは、Ｔ−Ｃ４ｄ、Ｂ−Ｃ４ｄ、及びＥ−Ｃ４ｄの１又は複数の測定値を含み得る。
この方法は、一組のＣＢ−ＣＡＰ対照レベルを含む対照データセットにアクセスすることと、前記データセットから、アッセイが実行されるＣＢ−ＣＡＰｓの各々に対する対照レベルを抽出すること（ステップ２０３）とを含むことができる。対照レベルは、被験体集団の血液試料データの対照データセットを収容するデータ保存装置に保存されることができる。被験体集団には、ループス又はプレループスを有することが知られているグループもあれば、ループス又はプレループスを有しないことが知られているグループもある。血液試料データには、各被験体に対する１又は複数のＣＢ−ＣＡＰのレベルが含まれる。幾つかの実施形態では、対照データセットは、様々なＣＢ−ＣＡＰｓに対する対照レベルの測定値を含み、ＣＢ−ＣＡＰｓは、限定するものではないが、赤血球と結合したＣ４ｄ（Ｅ−Ｃ４ｄ）、網状赤血球を結合したＣ４ｄ（Ｒ−Ｃ４ｄ）、Ｔリンパ球と結合したＣ４ｄ（Ｔ−Ｃ４ｄ）、Ｂリンパ球と結合したＣ４ｄ（Ｂ−Ｃ４ｄ）、単球と結合したＣ４ｄ（Ｍ−Ｃ４ｄ）、顆粒球と結合したＣ４ｄ（Ｇ−Ｃ４ｄ）、血小板と結合したＣ４ｄ（Ｐ−Ｃ４ｄ）、好酸球と結合したＣ４ｄ（Ｅｏｓ−Ｃ４ｄ）、及び／又は好塩基球と結合したＣ４ｄ（Ｂａｓｏ−Ｃ４ｄ）を含む。
方法は、次に、患者のＣＢ−ＣＡＰレベルを対照レベルと比較して、患者のレベルが対照レベルよりも高いかどうかを判定すること（ステップ２０４）を含む。診断を所望する患者から血液試料を採取すると、その試料は、データセット中で利用可能なＣＢ−ＣＡＰの任意のレベル又は全てのレベルに対して分析される。
患者のＣＢ−ＣＡＰレベルが高くないか、及び／又は他の基準を満たさない場合、方法はまた、被験体のＣ４遺伝子コピー数を決定することを含むことができる（ステップ２０５）。遺伝子コピーセットは、患者のゲノム中の幾つかのＣ４Ａ遺伝子コピー及び／又はＣ４Ｂ遺伝子コピーを含む。対照レベルのデータセットの場合と同様に、遺伝子コピー数データセットはデータ保存装置に保存されることができる。あるいは、遺伝子コピー数データセットは、患者のゲノムから幾つかの数を抽出することによってＣ４遺伝子コピーの数を同定することによって作成されることができる。幾つかの実施形態では、この方法は、患者からゲノムＤＮＡの試料を得て、遺伝子コピー数を決定するステップと、患者のゲノム中のＣ４Ａ及び／又はＣ４Ｂの遺伝子コピー数を決定するステップとを含むことができる。
Ｃ４Ａ遺伝子コピー数、Ｃ４Ｂ遺伝子コピー数又はその両方が閾値以上である場合、方法は、これを使用して、患者はプレループス又はループスとして分類されるべきでないことを確認することを含むことができる（ステップ２０７）。一方、Ｃ４遺伝子コピー数が閾値未満である場合、そのＣ４遺伝子コピー数を用いて、個体のＣ４ ＧＣＮの減少程度によって決定される補正因子を同定する（ステップ２２０）。ＣＢ−ＣＡＰレベルが特定の閾値より低い場合、そのＣＢ−ＣＡＰレベルは、そのような補正因子によって乗算される（ステップ２０６）。そして、補正されたＣＢ−ＣＡＰレベルは対照レベルと比較されることができる。
補正されたＣＢ−ＣＡＰレベルの１又は複数のレベルが、対照レベルよりも高いと判定される場合、方法は、患者を、ループス又はプレループスを有すると分類すること（ステップ２０９）を含むことができる。対照レベルを超えない場合は、患者をループス又はプレループスでないと分類すること（ステップ２０７）を含むことができる。この明細書のどこかで記載されるように、患者がこの時点でループス又はプレループスとして分類されるべきかどうかの判定は、患者が上記した分類基準の少なくとも４つ（又は別の閾値数）を示すかどうかに依存する。患者が分類基準の閾値の数よりも多く該当する場合、方法は、患者をループスを示すとして分類することを含むことができる。前記閾値の数に該当しない場合、方法は、患者をプレループスとして分類することを含むことができる。
工程の任意の時点で、システムは、被験体の分類、被験体の決定されたＣＢ−ＣＡＰレベル、及び／又は被験体のＣ４遺伝子コピー数を含む報告を生成することができる（ステップ２１０）。幾つかの実施形態では、システムは、確率レベル自体等の診断結果含む報告、或いは患者がループス又はプレループスである（又はループス又はプレループスでない）と見なされる理由を記載した１又は複数の文書又は図式的指示を作成することができる。幾つかの実施形態において、報告は、患者がプレループス患者として分類され得るか否かの評価を提供することができる。幾つかの実施形態において、報告は、患者がループス患者として分類され得るかどうかの評価を提供することができる。システムは、患者又は医療専門家のシステムから離れていてもよく、システムの要素の一部又は全部がクラウドベースのシステムなどの複数のシステムの中に存在してもよい。このクラウドシステムでは、対照データセットが、処理及び分析を実行するシステムから離れているが、１又は複数の通信ネットワークを介して接続されている。
幾つかの実施形態において、方法は、患者のループス疾患活性のレベルをモニタリングを行う（ステップ２１２）。この場合、工程は、疾患活性をモニタリングするために、患者から新しい試料を取得する（ステップ２０１）ことが繰り返される。新たなアッセイが行われたＣＢ−ＣＡＰレベル（ステップ２０２）が対照レベルと比較される（ステップ２０３）。対照レベルは、データセットの対照レベルであってよく、また、その時以前に同じ患者から得た試料の測定レベルでもよい。新たなレベルが対照レベルに対して高いと判定された場合（ステップ２０９）、患者は、全身性エリテマトーデス疾患活性のレベルが高いと分類され得る。
幾つかの実施形態において、方法及びシステムは、上記に記載され、図１及び図２に示された方法及びシステムの様々な態様を組み合わせることができる。一実施形態では、１又は複数の細胞型に対する患者のＣＢ−ＣＡＰレベルが、ループス又はプレループスとして分類されるレベルよりも低いと考えられる場合、患者のＣ４ ＧＣＮが判定される。そのＣ４ ＧＣＮが特定の閾値（例えば＜４）未満である場合、次に、最初に測定されたもの以外の細胞型に対するＣＢ−ＣＡＰｓを決定されることができる。例えば、最初に測定されたＢＣ４ｄ及びＴＣ４ｄが、正常であるか、又はループス又はプレループスと診断されるのに必要なものより小さいと判定され、Ｃ４ ＧＣＮが＜４であると決定される場合、赤血球（ＥＣ４ｄ）及び／又は血小板（ＰＣ４ｄ）などの細胞に対する追加のＣＢ−ＣＡＰレベルの判定が行われることができる。或いはまた、１又は複数の細胞型に対する患者のＣＢ−ＣＡＰレベルが、ループス又はプレループスとして分類されるレベル未満であると考えられ、患者のＣ４ ＧＣＮが特定の閾値未満（例えば、＜４）であると決定される場合、図２に記載された実施形態を用いることができる。この実施形態では、測定されたＣＢ−ＣＡＰレベルが、ループス又はプレループスを診断されるのに必要なものより小さいと決定され、そのＣＢ−ＣＡＰレベルは、患者のＣ４遺伝子欠損を補うこと目的とする補正因子によって調節される。これら２つの実施形態は、互いに排他的ではない。図１及び図２に示す方法は、（ａ）ループス／プレループス診断カットオフ値未満のＣＢ−ＣＡＰレベル；及び（ｂ）特定の閾値より低いＣ４ ＧＣＮを有することが判った患者試料をさらに分析するために用いられることができる。元の細胞型について決定されたＣＢ−ＣＡＰレベルのレベルを調節するために、その試料について追加のＣＢ−ＣＡＰレベルを決定し、補正因子を用いることもできる。例えば、ＴＣ４ｄ及びＢＣ４ｄが、ループス及び／又はプレループスと診断するには不十分であると判定され、Ｃ４ ＧＣＮが、ある閾値より下、例えば＜４であることが分かった場合、ＥＣ４ｄ、ＰＣ４ｄ及び／又はＣＢ−ＣＡＰｓが判定され、ＴＣ４ｄレベル及び／又はＢＣ４ｄレベルが、患者の遺伝子欠損を補償するための補正因子で調節される。結果は、ループス又はプレループスとして患者を分類するためのアルゴリズムの中でさらに分析されることができる。
＜実施例１＞
本発明者らは、１９５人のＳＬＥ患者の断面分析を行なった。ゲノムＤＮＡ試料は末梢血液のバフィーコートから調製して、遺伝子型決定実験に使用した。Ｃ４アイソタイプ及びＧＣＮは、それぞれのＳＬＥ患者から得たＤＮＡを用いたサザンブロット分析によって決定した（“ヒト全身性エリテマトーデス（ｓｌｅ）における補体成分Ｃ４の遺伝子コピー数の変動及び関連する多型性”Yang、Y. et al., American Journal of Human Genetics 2007, 80, 1037-1054;“ヨーロッパ人及びアメリカ人の健常被験体並びに全身性エリテマトーデスを有する被験体における補体Ｃ４ＣＮＶｓの遺伝子コピー数変動に関連する表現型、遺伝子型及び疾患感受性”Wu,Y.L, et al., Cytogenetic and Genome Research 2008, 123, 131-141）。同じ患者の末梢血液細胞のＣＢ−ＣＡＰレベルをフローサイトメトリーによって測定した（“全身性エリテマトーデスにおける赤血球Ｃ４ｄ及び補体受容体１の測定”Manzi,S.,et al., Arthritis Rheum 2004,50,3596-3604；“全身性エリテマトーデスの診断のためのバイオマーカーとしてのリンパ球結合補体活性化生成物”Liu, C.C. et al., Ｃlin Transl Sci 2009,2,300-308；“全身性エリテマトーデスの疾患活性のバイオマーカーとしてＣ４ｄを有する網状赤血球”Liu, C.C. et al., Arthritis Rheum 2005, 52, 3087-3099；“全身性エリテマトーデスに高度に特異的な血小板ｃ４ｄ”Narvratil, J.S, et al., Arthritis Rheum 2006, 54, 670-674）。
患者は、Ｃ４Ａ遺伝子及びＣ４Ｂ遺伝子の何れか又は両方のコピー数に基づいて分類した。ＣＢ−ＣＡＰレベルを決定し、Ｃ４Ａ／Ｃ４Ｂ ＧＣＮと相関させた。ＣＢ−ＣＡＰレベルは、連続データ（特定の平均蛍光レベル）又はカテゴリーデータ（陽性又は陰性。陽性は、健常者対照集団の平均値＋２ＳＤよりも高いＣＢ−ＣＡＰレベルとして定義される）の何れかとして分析した。連続データは、クラスカル−ウォリス検定と事後対比較と線形回帰分析を用いて分析した。カテゴリー変数は、フィッシャーの正確確率検定又はカイ二乗検定を用いて分析した。全ての統計分析は、Ｗｉｎｄｏｗｓ用のＳＴＡＴＡ／ＳＥバージョン１１．０（Stata Corporation,TX）及びＳＡＳ Ｖ９．３（SAS Institute,Cary,NC）を用いて行った。
＜実施例２＞
表１及び表２の結果に示されるように、ＣＢ−ＣＡＰレベル、特にＴ細胞結合Ｃ４ｄ（Ｔ−Ｃ４ｄ）及びＢ細胞結合Ｃ４ｄ（Ｂ−Ｃ４ｄ）のレベルが、Ｃ４遺伝子のコピー数の増加と関連性があった。具体的には、Ｔ−Ｃ４ｄ及びＢ−Ｃ４ｄレベルはＣ４Ａ ＧＣＮと相関関係があったが、Ｃ４Ｂ ＧＣＮとは相関関係はなかった（表３；データはＣ４Ａ遺伝子についてのみ示されている）。注目すべきことは、Ｃ４Ａ遺伝子を有しない患者（Ｃ４Ａ ＧＣＮ＝０；同型接合Ｃ４Ａ欠損）の１００％は、Ｔ細胞及びＢ細胞のＣＢ−ＣＡＰｓレベルは低かった。Ｃ４Ａ遺伝子が１コピー存在するだけでも、ＣＢ−ＣＡＰレベルは有意に上昇した（表４）。いかなる理論にも拘束されるつもりはないが、この後者の知見は、Ｃ４Ａ遺伝子がＴ細胞及びＢ細胞に結合する能力のあるＣ４ｄを生成するのに重要な役割を有することを示唆している。
図３の実施例を参照すると、ＳＬＥ患者を、Ｔ−Ｃ４ｄレベル又はＢ−Ｃ４ｄレベルの何れかに基づいて四分位(quartiles)に分割した。個々の患者の総Ｃ４遺伝子(total C4 genes)（Ｃ４Ａ及びＣ４Ｂ）、Ｃ４Ａ遺伝子、及びＣ４Ｂ遺伝子のコピー数を上記のように決定した。Ｔ−Ｃ４ｄ／Ｂ−Ｃ４ｄ四分位スケールの中でＣ４ ＧＣＮｓが異なる患者の分布をプロットした。これから、総Ｃ４ ＧＣＮ及びＣ４Ａ ＧＣＮと、Ｔ−Ｃ４ｄ／Ｂ−Ｃ４ｄレベルとの間に正の相関を示す傾向が認められた。フィッシャーの正確確率検定又はカイ二乗検定を用いて、この傾向の統計学的有意性を決定した。Ｔ−Ｃ４ｄと総Ｃ４ ＧＣＮ、Ｔ−Ｃ４ｄとＣ４Ａ ＧＣＮ、及びＴ−Ｃ４ｄとＣ４Ｂ ＧＣＮとの間の相関関係を表すｐ値は、それぞれ、０．３７、０．１８及び０．４０であった。Ｂ−Ｃ４ｄと総Ｃ４ ＧＣＮ、Ｂ−Ｃ４ｄとＣ４Ａ ＧＣＮ、及びＢ−Ｃ４ｄとＣ４Ｂ ＧＣＮとの間の相関関係を表すｐ値は、それぞれ、０．０９、０．０４４、及び０．２７であった。
患者が、Ｔ−Ｃ４ｄレベル又はＢ−Ｃ４ｄレベルに基づいて四分位に分割された図３の実施例において、Ｃ４遺伝子のコピー数が４より多い患者の増加割合は、Ｃ４遺伝子のコピー数が少ない患者と比べて、最も高い四分位の中にあったことは留意される。また、Ｃ４Ａ遺伝子とのこの相関関係、すなわちＣ４Ａ遺伝子の数が増加した患者は、Ｔ−Ｃ４ｄ又はＢ−Ｃ４ｄのどちらかの最も高い四分位にあると考えられる。Ｃ４Ａ ＧＣＮとＢ−Ｃ４ｄとの相関は統計学的に有意であった（ｐ＝０．０４４）。
図４は、ＳＬＥ患者を、Ｔ−Ｃ４ｄ陽性(positivity)又はＢ−Ｃ４ｄ陽性に基づいて二値グループに分割した例を示す。個々の患者の総Ｃ４遺伝子（Ｃ４Ａ及びＣ４Ｂ）、Ｃ４Ａ遺伝子、及びＣ４Ｂ遺伝子のコピー数を上記のとおり決定した。Ｔ−Ｃ４ｄ／Ｂ−Ｃ４ｄの陽性グループ及び陰性グループにおいて異なるＣ４ ＧＣＮを有する患者の分布をプロットし、総Ｃ４ ＧＣＮ及びＣ４Ａ ＧＣＮと、Ｔ−Ｃ４ｄ／Ｂ−Ｃ４ｄ陽性との間で正の相関が確認された。フィッシャーの正確確率検定又はカイ二乗検定を用いて、この傾向の統計学的有意性を決定した。Ｔ−Ｃ４ｄ陽性と総Ｃ４ ＧＣＮ、Ｔ−Ｃ４ｄとＣ４Ａ ＧＣＮ、及びＴ−Ｃ４ｄとＣ４Ｂ ＧＣＮとの間の相関関係を表すｐ値は、それぞれ、０．１８、０．６４、及び０．０２８であった。Ｂ−Ｃ４ｄと総Ｃ４ ＧＣＮ、Ｂ−Ｃ４ｄとＣ４Ａ ＧＣＮ、及びＢ−Ｃ４ｄとＣ４Ｂ ＧＣＮとの間の相関関係を表すｐ値は、それぞれ、０．１５、０．０２９、及び０．３４であった。このように、患者をＴ−Ｃ４ｄ又はＢ−Ｃ４ｄ陽性に基づいて二値グループに分類すると、統計学的に有意な相関が、Ｃ４Ａ ＧＣＮの増加とＢ−Ｃ４ｄ陽性との間（ｐ＝０．０２９）だけでなく、Ｃ４Ｂ ＧＣＮの増加とＴ−Ｃ４ｄ陽性との間（ｐ＝０．０２８）にも認められた（図４）。
併せて、これらの結果は、ＣＢ−ＣＡＰレベル、特にＴ−Ｃ４ｄ及びＢ−Ｃ４ｄが、所与のＳＬＥ患者のＣ４ ＧＣＮと正の相関関係を有することを示す。いかなる理論にも拘束されることを意図するものでないが、Ｃ４遺伝子型（種々のコピー数中のアイソタイプＣ４Ａ／Ｃ４Ｂ遺伝子）と表現型（多数のＣ４Ａ及びＣ４Ｂ蛋白質アロタイプ）が複合化されると、ＣＢ−ＣＡＰｓにおけるＣ４の役割は、Ｃ４ ＧＣＮだけでなく、個々の患者に発現される蛋白質アロタイプにも関与する。この明細書における知見が示すことは、ＳＬＥ又はプレループスの診断、モニタリング及び／又は予後診断（層別化）に対するＣＢ−ＣＡＰｓの有用性が、個々の患者のＣ４ ＧＣＮを個別に同時決定することによって高められることである。
さらに、所与の患者におけるＣ４遺伝子の特定配列を決定することにより、同じ患者におけるＣＢ−ＣＡＰアッセイ値の結果を解釈するための追加の指針が提供される。併せて、Ｃ４ ＧＣＮ＋ＣＢ−ＣＡＰアッセイ値、特にＴＣ４ｄ及びＢＣ４ｄのアッセイ値及び他のアッセイ値を、さらなる実験室試験及び臨床介入を案内するスコアを生成するために用いることができる。より具体的には、ＣＢ−ＣＡＰ決定に基づく診断、モニタリング、予後診断、個別化試験及び／又は他の試験は、その個体におけるＣ４ ＧＣＮの同時決定と共に解釈され得る。それゆえ、特定の態様において、本明細書は、ループス又はプレループスを有する患者を層別化し、当該患者の臨床的ケアを個別化するための改善された方法を提供する。
Figure 2019522785
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一例として、表４に示されるデータは、各患者のＣＢ−ＣＡＰレベルに適用される補正因子を決定するのに用いられることができる。幾つかの実施形態では、各ＧＣＮ及び対応するＣＢ−ＣＡＰの補正因子は、患者のＧＣＮに対する正常なＧＣＮ（例えば、４）の平均値の比に等しい乗数であってもよい。任意選択的に、乗数は特定の有効桁又は整数に丸められることができる。例えば、上記表４において、ＧＣＮ＝１の患者のＴ−Ｃ４ｄ補正因子は、５１．０／１２．８＝３．９８（４に丸めることができる）であり、ＧＣＮ＝３の患者のＢ−Ｃ４ｄ補正因子は、８５．９／６４．７＝１．３３である。他の方法で補正因子を決定することも可能である。例えば、上に示したように、ＧＣＮ／ＣＢ−ＣＡＰの各組合せの補正因子は、使用される対照データセットに基づいて変動があってもよく、また、対照データセットに関係なく全ての患者に使用される標準補正因子であってもよい。
＜実施例３＞
表５は、ＣＢ−ＣＡＰシグネチャーの概念を示しており、これは、Ｃ４ ＧＣＮ測定の結果と、３２人の個々の患者に対して実施された７つの異なるＣＢ−ＣＡＰアッセイのレベルと、を含む。異常に高いレベルは太字で示している。幾つかの観察を行うことができる。第１に、Ｃ４ ＧＣＮが５又は４の患者からの１１の試料は全て、ＴＣ４ｄ及びＢＣ４ｄの両方に対して陽性である。第２に、これらの患者の大部分は、ＣＢ−ＣＡＰアッセイの７つ全てに対してパン陽性(pan-positive)である。第３に、Ｃ４ ＧＣＮの数が３の患者１０人のうち、３人のみがＴＣ４ｄ及びＢＣ４ｄの両方のレベルが高く、７人がＴＣ４ｄ及びＢＣ４ｄに対して陰性であるか、又はＴＣ４ｄ及びＢＣ４ｄの一方が陰性で他方がボーダーラインである。第４に、Ｃ４ ＧＣＮが２の患者１１人のうち、２人だけがＴＣ４ｄ及びＢＣ４ｄの両方に陽性である。他の９人は両方とも陰性（７人の患者）であるか、又は陰性とボーダーライン（＃８９１０７；＃１２９８８０）のどちらかである。第５に、Ｃ４ ＧＣＮが＜４で、ＴＣ４ｄ及び／又はＢＣ４ｄが陰性の患者の多くは、パネル中の他のＣＢ−ＣＡＰｓの１つに対して陽性である。例えば、＃１５６７３０（Ｃ４ ＧＣＮ＝３）は、ＴＣ４ｄ及びＢＣ４ｄの両方に対して陰性であるが、ＥＣ４ｄに対しては陽性である。＃３２９５８（Ｃ４ ＧＣＮ＝３）は、ＴＣ４ｄ及びＢＣ４ｄの両方に対して陰性であるが、ＥＣ４ｄ及びＭＣ４ｄの両方に対して陽性である。＃９７３８７は、ＴＣ４ｄ及びＢＣ４ｄの両方に対して陰性であるが、ＥＣ４ｄ及びＲＣ４ｄの両方に対して陽性である。＃１０３３２３（Ｃ４ ＧＣＮ＝２）は、ＴＣ４ｄ及びＢＣ４ｄの両方に対して陰性であるが、ＰＣ４ｄに対しては陽性である。これらのデータは、Ｃ４ ＧＣＮが＜４の患者は、ＴＣ４ｄ、ＢＣ４ｄ又はその両方に対して陰性／正常である可能性があること、そして、ループス診断のためにＣＢ−ＣＡＰアッセイの決定に偽陰性を示す可能性があることを示している。しかしながら、これら患者の中には、他のＥＣ４ｄ、ＲＣ４ｄ、ＰＣ４ｄ、及びＭＣ４ｄなどに対するＣＢ−ＣＡＰアッセイでは、ループス又はプレループスの診断で陽性を示し、有用となるものがある。
Figure 2019522785
＜実施例４＞
Ｃ４ ＧＣＮに関する極端な状態は、患者がＣ４遺伝子を完全に欠損しているとき、すなわちＣ４ＡとＣ４Ｂの機能遺伝子座が完全に欠損している場合に生じる。この状態は極めて稀である。特にループスの患者では、Ｃ４Ａ遺伝子座が完全に欠損している場合がより一般的である。図５及び表６は、ループスを有する５人の患者の実験室試験結果を示しており、全ての者がＣ４Ａを完全に欠損していた。表６に示されるように、ループスと診断され、Ｃ４Ａ遺伝子座が完全に欠損している（すなわち、機能遺伝子座がゼロ（Ｃ４Ａ無し））と決定された５人の患者は全て、７つの異なるＣＢ−ＣＡＰアッセイのパネルで試験したときパン陰性であった。５人のうち３人は、抗ｄｓＤＮＡ自己抗体試験も陰性であった（図５）。この試験は、特定の時点で大部分のＳＬＥ患者に非常に特異的であるがそれでも陰性である至適基準(gold standard)の１つである。これらのデータを総合すると、ＣＢ−ＣＡＰレベルの試験でＣ４Ａ欠損の患者は、抗ｄｓＤＮＡの同時測定の有無にかかわらず、偽陰性の結果として非ループス又は非プレループスとして分類されることを示している。これらの患者におけるＣ４ ＧＣＮの同時決定は、彼らがＣ４Ａ無し（Ｃ４Ａがゼロ）であることを示し、これら患者のＣＢ−ＣＡＰアッセイの結果は使用されることができないこと、又は、遺伝子欠損によるループス又はプレループスを診断するには警告付きで使用されるべきであることを示す。
Figure 2019522785
この実施例は、ＥＣ４ｄ、ＢＣ４ｄ、他のＣＢ−ＣＡＰｓ及び抗ｄｓＤＮＡの偽陰性決定を有する患者を同定するためのＣ４ ＧＣＮ試験の価値を実証する。このような患者の診断、モニタリング及び／又は層別化のために、追加のＣＢ−ＣＡＰ又は他の試験を必要とすることがある。この実施例は、Ｃ４Ａが完全に欠損している患者のＣＢ−ＣＡＰ表現型を実証する。しかしながら、本明細書に提供される表に示されるデータは、Ｃ４ＣＮの絶対数とＣ４の特異的アロタイプ（すなわち、Ｃ４遺伝子及び蛋白質の定量的及び定性的決定の両方）が、所与の患者におけるＣＢ−ＣＡＰの正確な解釈に重要であり得ることを総括的に示す。
＜実施例５＞
図６、７及び８は、ＥＣ４ｄ、ＰＣ４ｄ、ＲＣ４ｄ、ＭＣ４ｄ及びＧＣ４ｄのＣＢ−ＣＡＰレベルが、ＴＣ４ｄ及びＢＣ４ｄと同じ程度までＣ４ ＧＣＮによる影響を受けないことを示す。
赤血球Ｃ４ｄ（ＥＣ４ｄ）及び血小板Ｃ４ｄ（ＰＣ４ｄ）レベルは、図６及び図７に示すように、ＴＣ４ｄ及びＢＣ４ｄと同じ程度までＣ４ ＧＣＮによる影響を受けていないようである。
図６に示された分析では、ＳＬＥ患者を、Ｅ−Ｃ４ｄレベル又はＰ−Ｃ４ｄレベルの何れかに基づいて四分位に分割して分析した。個々の患者の総Ｃ４遺伝子（Ｃ４Ａ及びＣ４Ｂ）、Ｃ４Ａ遺伝子、及びＣ４Ｂ遺伝子のコピー数を実施例１と同じように決定した。Ｅ−Ｃ４ｄ／Ｐ−Ｃ４ｄ四分位スケールの中でＣ４ ＧＣＮｓが異なる患者の分布をプロットした。フィッシャーの正確確率検定又はカイ二乗検定を用いて、この傾向の統計学的有意性を決定した。Ｅ−Ｃ４ｄと総Ｃ４ ＧＣＮ、Ｅ−Ｃ４ｄとＣ４Ａ ＧＣＮ、及びＥ−Ｃ４ｄとＣ４Ｂ ＧＣＮとの間の相関関係を表すｐ値は、それぞれ、０．１１９、０．０６３及び０．２０６であった。Ｐ−Ｃ４ｄと総Ｃ４ ＧＣＮ、Ｐ−Ｃ４ｄとＣ４Ａ ＧＣＮ、及びＰ−Ｃ４ｄとＣ４Ｂ ＧＣＮとの間の相関関係を表すｐ値も、有意なものでなかった。
図７に示された分析では、ＳＬＥ患者を、ＥＣ４ｄ又はＰ−Ｃ４ｄ陽性に基づいて二値グループに分割した。個々の患者の総Ｃ４遺伝子（Ｃ４Ａ及びＣ４Ｂ）、Ｃ４Ａ遺伝子、及びＣ４Ｂ遺伝子のコピー数を上記のとおり決定した。Ｅ−Ｃ４ｄ／Ｐ−Ｃ４ｄの陽性グループ及び陰性グループにおいて異なるＣ４ ＧＣＮを有する患者の分布をプロットした。フィッシャーの正確確率検定又はカイ二乗検定を用いて、この傾向の統計学的有意性を決定した。Ｅ−Ｃ４ｄ陽性と総Ｃ４ ＧＣＮ、Ｅ−Ｃ４ｄとＣ４Ａ ＧＣＮ、及びＥ−Ｃ４ｄとＣ４Ｂ ＧＣＮとの間の相関関係を表すｐ値は、それぞれ、０．２７、０．６５及び０．１４であった。Ｐ−Ｃ４ｄと総Ｃ４ ＧＣＮ、Ｐ−Ｃ４ｄとＣ４Ａ ＧＣＮ、及びＰ−Ｃ４ｄとＣ４Ｂ ＧＣＮとの間の相関関係を表すｐ値は、それぞれ、０．８７、０．１４、及び０．１９であった。
図８に示された分析では、ＳＬＥ患者を、Ｒ−Ｃ４ｄ、Ｍ−Ｃ４ｄ及びＧ−Ｃ４ｄ陽性に基づいて二値グループに分割した。個々の患者の総Ｃ４遺伝子（Ｃ４Ａ及びＣ４Ｂ）、Ｃ４Ａ遺伝子、及びＣ４Ｂ遺伝子のコピー数を実施例１と同じように決定した。Ｒ−Ｃ４ｄ陽性グループ及びＲ−Ｃ４ｄ陰性グループ、Ｍ−Ｃ４ｄ陽性グループ及びＭ−Ｃ４ｄ陰性グループ、並びに、Ｇ−Ｃ４ｄ陽性グループ及びＧ−Ｃ４ｄ陰性グループにおいて異なるＣ４ ＧＣＮを有する患者の分布をプロットした。フィッシャーの正確確率検定又はカイ二乗検定を用いて、この傾向の統計学的有意性を決定した。Ｒ−Ｃ４ｄ陽性と総Ｃ４ ＧＣＮ、Ｒ−Ｃ４ｄとＣ４Ａ ＧＣＮ、及びＲ−Ｃ４ｄとＣ４Ｂ ＧＣＮとの間の相関関係を表すｐ値は、それぞれ、０．１９、０．１６及び０．１１であった。Ｇ−Ｃ４ｄと総Ｃ４ ＧＣＮ、Ｇ−Ｃ４ｄとＣ４Ａ ＧＣＮ、及びＧ−Ｃ４ｄとＣ４Ｂ ＧＣＮとの間の相関関係を表すｐ値は、それぞれ、０．５５、０．１３、及び０．４１であった。
以下に、さらなる分析を記載する。
網状赤血球Ｃ４ｄ（Ｒ−Ｃ４ｄ）：
ＳＬＥ患者を、Ｒ−Ｃ４ｄ陽性に基づいて二値グループに分割した。個々の患者の総Ｃ４遺伝子（Ｃ４Ａ及びＣ４Ｂ）、Ｃ４Ａ遺伝子、及びＣ４Ｂ遺伝子のコピー数を上記に記載のとおり決定した。Ｒ−Ｃ４ｄ陽性及び陰性グループにおいて異なるＣ４ ＧＣＮを有する患者の分布をプロットした。フィッシャーの正確確率検定又はカイ二乗検定を用いて、この傾向の統計学的有意性を決定した。Ｒ−Ｃ４ｄ陽性と総Ｃ４ ＧＣＮ、Ｒ−Ｃ４ｄとＣ４Ａ ＧＣＮ、及びＲ−Ｃ４ｄとＣ４Ｂ ＧＣＮとの間の相関関係を表すｐ値は、それぞれ、０．７１、０．４１、及び０．４８であった。
単球Ｃ４ｄ（Ｍ−Ｃ４ｄ）：
ＳＬＥ患者を、Ｍ−Ｃ４ｄ陽性に基づいて二値グループに分割した。個々の患者の総Ｃ４遺伝子（Ｃ４Ａ及びＣ４Ｂ）、Ｃ４Ａ遺伝子、及びＣ４Ｂ遺伝子のコピー数を上記に記載のとおり決定した。Ｍ−Ｃ４ｄ陽性及び陰性グループにおいて異なるＣ４ ＧＣＮを有する患者の分布をプロットした。フィッシャーの正確確率検定又はカイ二乗検定を用いて、この傾向の統計学的有意性を決定した。Ｍ−Ｃ４ｄ陽性と総Ｃ４ ＧＣＮ、Ｍ−Ｃ４ｄとＣ４Ａ ＧＣＮ、及びＭ−Ｃ４ｄとＣ４Ｂ ＧＣＮとの間の相関関係を表すｐ値は、それぞれ、０．１９、０．１６、及び０．１１であった。
顆粒球Ｃ４ｄ（Ｇ−Ｃ４ｄ）：
ＳＬＥ患者を、Ｇ−Ｃ４ｄ陽性に基づいて二値グループに分割した。個々の患者の総Ｃ４遺伝子（Ｃ４Ａ及びＣ４Ｂ）、Ｃ４Ａ遺伝子、及びＣ４Ｂ遺伝子のコピー数を上記に記載のとおり決定した。Ｇ−Ｃ４ｄ陽性及び陰性グループにおいて異なるＣ４ ＧＣＮを有する患者の分布をプロットした。フィッシャーの正確確率検定又はカイ二乗検定を用いて、この傾向の統計学的有意性を決定した。Ｇ−Ｃ４ｄ陽性と総Ｃ４ ＧＣＮ、Ｇ−Ｃ４ｄとＣ４Ａ ＧＣＮ、及びＧ−Ｃ４ｄとＣ４Ｂ ＧＣＮとの間の相関関係を表すｐ値は、それぞれ、０．５５、０．１３、及び０．４１であった。
これらの結果は、Ｃ４ ＧＣＮが低下した状態下で、ＴＣ４ｄ及び／又はＢＣ４ｄが正常であるか、又はループス／プレループス判定よりも低い患者において、これらのＣＢ−ＣＡＰを二次アッセイとして使用する潜在的価値を裏付けるものである。これらのデータを総合すると、これらのデータは、ＣＢ−ＣＡＰアッセイのパネルでのＣ４ ＧＣＮの決定が、ループス及び／又はプレループスを有する患者の診断及びモニタリングする上で個人向け（精密な）医薬品として有用であることを示唆する。
様々な実施形態では、上述のステップの一部又は全部は、プログラミング命令を実行する電子デバイスによって行われることができる。例えば、対照レベル又基準値を決定及び抽出するステップ、他のデータセットにアクセスするステップ、被験体のレベルを対照レベルと比較するステップ、及び／又はレポートを生成するステップは全て、電子デバイスによって行うことができる。本明細書における「電子デバイス」又は「処理デバイス」は、プロセッサ及び一時的でないコンピュータ可読メモリを含むか若しくはそれらへのアクセスを有するデバイス、又は１又は複数のデバイスのシステムのことを指す。メモリは、デバイスに一体であってもよいし、デバイスによって１又は複数の通信ネットワークを介してアクセス可能であればデバイスから離れていてもよい。メモリは、プログラミング命令を含むことができ、プロセッサは、プログラミング命令に従ってプロセッサに１又は複数の動作を実行させるように構成される。電子デバイスとして、例えば、コンピュータデバイス、タブレット、及びスマートフォンが挙げられる。
本明細書で使用される「プロセッサ」という用語は、シングルプロセッサ、又は種々ステップの工程を実行するマルチプロセッサのことを指す。同様に、「メモリデバイス」又は「データベース」は、シングルデバイス若しくはシングルデータベース、又はプログラミング命令及び／又はデータが分配されるマルチデバイス若しくはマルチデータベースのことを指す。
次の特許文献の開示は引用を以て本明細書に組み込まれるものとする。米国特許第８，１２６，６５４号（２０１２年２月２８日発行、発明の名称“Identification and Monitoring of Systemic Lupus Erythematosus”；米国特許第７，３９０，６３１号（２００８年６月２４日発行、発明の名称“Diagnosis and Monitoring of Systemic Lupus Erythematosus and of Scleroderma”；米国特許第９，４９５，５１７号（２０１６年１１月１５日発行、発明の名称“Cell-Bound Complement Activation Products as Diagnostic Biomarkers for Pre-Lupus”；米国特許出願公開第２０１７／００６７８９３号（２０１７年３月９日公開、発明の名称“Cell-Bound Complement Activation Products as Diagnostic Biomarkers for Pre-Lupus”；及び米国特許出願公開第２０１６／００４１１６４号（２０１６年２月１１日公開、発明の名称“Anti-Lymphocyte Autoantibodies As Diagnostic Biomarkers”。
上記の特徴、機能及びそれらの別の選択は、他の異なる多くのシステム又は用途の中に組み合わされることができる。当業者であれば、様々な別の選択、変形、変更又は改良を成し得ることができ、これらについても。ここに開示した実施形態に包含されることが意図されている。
本明細書中に引用した全ての文献は、参照により、それらの全体が本明細書に組み込まれる。

Claims (24)

  1. 患者におけるループス又はプレループスを同定する方法であって、
    患者の血液試料を受け取ることと、
    前記血液試料に対して１又は複数の第１の細胞結合性補体活性化産物（ＣＢ−ＣＡＰ）アッセイを行ない、患者の１又は複数の第１のＣＢ−ＣＡＰレベルを含む患者の血液試料データを生成することと、
    前記第１のＣＢ−ＣＡＰのそれぞれの対照レベルを含む対照データセットにアクセスすることと、
    患者の前記第１のＣＢ−ＣＡＰレベルを前記対照レベルと比較して、患者の前記第１のＣＢ−ＣＡＰレベルが前記対照レベルよりも高いかどうかを判定することと、を含み、
    患者の前記第１のＣＢ−ＣＡＰレベルが前記対照レベルよりも高い場合は、
    患者がループスを有するとの決定、又は、ループスを発症するリスクが高いと分類されるべきであるとの決定をすることを含み、
    患者の前記第１のＣＢ−ＣＡＰレベルが前記対照レベルよりも高くない場合は、
    患者のゲノムの中にＣ４遺伝子コピー数を含む遺伝子コピー数データセットにアクセスし、Ｃ４遺伝子コピー数がＣ４遺伝子コピー閾値レベルを超えるか否かを判定し、
    前記Ｃ４遺伝子コピー数が前記Ｃ４遺伝子コピー閾値レベルに等しいか又はそれを超える場合は、患者はループスを有していないとの決定、又はループスを発症するリスクが高いと分類されるべきでないとの決定をすることを含み、
    前記Ｃ４遺伝子のコピー数が前記Ｃ４遺伝子のコピー閾値レベルを超えていない場合は、その患者のＣ４ ＧＣＮの減少程度によって決定される補正因子を計算し、１又は複数の前記第１のＣＢ−ＣＡＰレベルに補正因子を掛け算して１又は複数の補正されたＣＢ−ＣＡＰレベルを作成し、前記ＣＢ−ＣＡＰのそれぞれの前記対照レベルを含む前記対照データセットにアクセスし、患者の補正されたＣＢ−ＣＡＰレベルを前記対照レベルと比較して、患者の補正されたＣＢ−ＣＡＰレベルが、前記対照レベルより高いかどうかを判定し、補正されたＣＢ−ＣＡＰレベルが前記対照レベルよりも高い場合は、患者がループスを有するとの決定、又は、ループスを発症するリスクが高いと分類されるべきであるとの決定をすることを含み、及び
    患者がループスを有するか、又はループスを発症するリスクが高いと分類されるかどうかの表示を含む報告を作成することと、を含む、方法。
  2. 患者からゲノムＤＮＡの試料を得ることと、
    前記患者のゲノムのＣ４Ａ及びＣ４Ｂのそれぞれに対する患者のＣ４遺伝子コピー数を決定することと、をさらに含む、請求項１の方法。
  3. 前記Ｃ４遺伝子コピー数は、Ｃ４Ａ遺伝子コピー数又はＣ４Ｂ遺伝子コピー数を含む、請求項１の方法。
  4. 前記Ｃ４遺伝子コピー閾値レベルを決定することをさらに含み、前記決定は、
    前記対照データセットにアクセスすることと、
    前記対照データセットの患者毎に遺伝子コピー数の平均値又は中央値を同定することと、
    前記Ｃ４遺伝子のコピー数を、同定された遺伝子コピー数の平均値又は中央値から１又は複数の標準偏差に等しいレベルとしてを設定すること、とによって行われる、請求項１の方法。
  5. 前記第１のＣＢ−ＣＡＰレベルは、Ｔ−Ｃ４ｄ、Ｂ−Ｃ４ｄ、又はＥ−Ｃ４ｄのうちの１又は複数のものに対する測定値を含む、請求項１の方法。
  6. 患者がループスを有するとの決定、又はループスを発症するリスクが高いことを示すとして分類されるべきであるとの決定は、
    患者が分類基準の少なくとも閾値レベルを満たす場合、その患者はループスを有すると決定することと、
    患者が前記分類基準の少なくとも閾値レベルを満たさないが、前記基準の少なくとも１つを満たす場合、その患者はループス発症リスクが高いことを示すとして分類することと、を含む、請求項１の方法。
  7. 前記分類基準は、漿膜炎、口腔潰瘍、関節炎、光線過敏性、血液疾患、腎障害、抗核抗体、免疫現象、神経障害、蝶形紅斑及び円板状紅斑を含む、請求項６の方法。
  8. 患者のループス又はプレループスを診断する方法であって、
    患者の血液試料を受け取ることと、
    前記血液試料に対して１又は複数の第１の細胞結合性補体活性化産物（ＣＢ−ＣＡＰ）アッセイを行なって、前記患者の１又は複数の第１のＣＢ−ＣＡＰレベルを含む血液試料データを生成することと、
    前記第１のＣＢ−ＣＡＰのそれぞれの対照レベルを含む対照データセットにアクセスすることと、
    患者の前記第１のＣＢ−ＣＡＰレベルを前記対照レベルと比較して、患者の前記第１のＣＢ−ＣＡＰレベルが前記対照レベルよりも高いかどうかを判定することと、を含み、
    患者レベルの前記第１のＣＢ−ＣＡＰレベルが前記対照レベルよりも高い場合は、
    患者がループスを有するとの決定、又は、ループスを発症するリスクが高いと分類されるべきであるとの決定をすることを含み、
    患者レベルの前記第１のＣＢ−ＣＡＰレベルが前記対照レベルよりも高くない場合、
    患者のゲノムの中にＣ４遺伝子コピー数を含む遺伝子コピー数データセットにアクセスし、前記Ｃ４遺伝子コピー数が前記Ｃ４遺伝子コピー閾値レベルを超えるか否かを判定し、
    前記Ｃ４遺伝子コピー数が前記Ｃ４遺伝子コピーの閾値レベルに等しいか又はそれを超える場合は、患者がループスを有していないとの決定、又はループスを発症するリスクが高いと分類されるべきでないとの決定をすることを含み、
    前記Ｃ４遺伝子のコピー数が前記Ｃ４遺伝子のコピー閾値レベルを超えていない場合は、
    患者の１又は複数の第２のＣＢ−ＣＡＰレベルを同定し、患者の前記１又は複数の第２のＣＢ−ＣＡＰレベルを、前記データセットの中の１又は複数の第２のＣＢ−ＣＡＰの対照レベルと比較して、前記１又は複数の第２のＣＢ−ＣＡＰレベルが、前記１又は複数の第２のＣＢ−ＣＡＰの前記対照レベルよりも高いかどうかを判定し、
    前記１又は複数の第２のＣＢ−ＣＡＰレベルが、前記１又は複数のＣＢ−ＣＡＰレベルの前記対照レベルよりも高い場合、患者がループスを有するとの決定、又はループスを発症するリスクが高いと分類されるべきであるとの決定をすることを含み、
    前記１又は複数の第２のＣＢ−ＣＡＰレベルが、前記１又は複数のＣＢ−ＣＡＰレベルの前記対照レベルより高くない場合、患者がループスを有していないとの決定、又はループスを発症するリスクが高いと分類されるべきでないとの決定をすることを含み、及び
    患者がループスを有するか、又はループスを発症するリスクが高いと分類されるかどうかの表示を含む報告を作成することと、を含む、方法。
  9. 患者からゲノムＤＮＡの試料を得ることと、
    前記患者のゲノムのＣ４Ａ及びＣ４Ｂのそれぞれに対する患者のＣ４遺伝子コピー数を決定することと、をさらに含む、請求項８の方法。
  10. 前記Ｃ４遺伝子コピー数は、Ｃ４Ａ遺伝子コピー数又はＣ４Ｂ遺伝子コピー数を含む、請求項８の方法。
  11. 前記第１のＣＢ−ＣＡＰレベルは、Ｔ−Ｃ４ｄ、Ｂ−Ｃ４ｄ、又はＥ−Ｃ４ｄのうちの１又は複数のものに対する測定値を含む、請求項８の方法。
  12. 前記第１のＣＢ−ＣＡＰレベルは、Ｔ−Ｃ４ｄ及びＢ−Ｃ４ｄの測定値を含み、前記１又は複数の第２のＣＢ−ＣＡＰレベルは、Ｅ−Ｃ４ｄの測定値を含む、請求項８の方法。
  13. 第１のＣＢ−ＣＡＰレベルは、Ｅ−Ｃ４ｄ及びＢ−Ｃ４ｄの測定値を含み、１又は複数の第２のＣＢ−ＣＡＰレベルは、Ｔ−Ｃ４ｄの測定値を含む、請求項８の方法。
  14. 患者における全身性エリテマトーデスの疾病活性をモニタリングする方法であって、
    患者の血液試料を受け取ることと、
    前記血液試料に対して１又は複数の細胞結合性補体活性化産物（ＣＢ−ＣＡＰ）アッセイを行ない、患者の１又は複数の第１のＣＢ−ＣＡＰレベルを含む患者の血液試料データを生成することと、
    その時以前に同じ患者から得た血液試料の中で測定されたＣＢ−ＣＡＰのそれぞれに対するレベルを含む対照データセットにアクセスすることと、
    患者の前記ＣＢ−ＣＡＰレベルを前記対照レベルと比較して、前記ＣＢ−ＣＡＰレベルが前記対照レベルよりも高いかどうかを判定することと、を含み、
    患者の前記ＣＢ−ＣＡＰレベルが前記対照レベルよりも高い場合は、
    患者は全身性エリテマトーデス活性のレベルが高いと分類されるべきであるとの決定をすることを含み、
    患者の前記ＣＢ−ＣＡＰレベルが前記対照レベルよりも高くない場合は、
    患者のゲノムの中にＣ４遺伝子コピー数を含む遺伝子コピー数データセットにアクセスし、前記Ｃ４遺伝子コピー数が前記Ｃ４遺伝子コピー閾値レベルを超えるか否かを判定し、
    前記Ｃ４遺伝子コピー数が前記Ｃ４遺伝子コピーの閾値レベルに等しいか又はそれを超える場合は、患者は全身性エリテマトーデス活性のレベルが高いと分類されるべきでないとの決定をすることを含み、
    前記Ｃ４遺伝子コピー数が前記Ｃ４遺伝子コピーの閾値レベルを超えていない場合は、その患者の値を前記対照レベルと追加の比較を行なうことを含み、及び
    患者の全身性エリテマトーデスの疾病活性レベルの表示を含む報告を作成することと、を含む、方法。
  15. 患者の値を前記対照レベルと追加の比較を行なうことは、
    患者のＣ４ ＧＣＮの減少程度によって決定される補正因子を計算することと、
    １又は複数の前記第１のＣＢ−ＣＡＰレベルに前記補正因子を掛け算して１又は複数の補正されたＣＢ−ＣＡＰレベルを作成することと、
    その時以前に同じ患者から得た血液試料の中で測定されたＣＢ−ＣＡＰのそれぞれに対するレベルを含む前記対照データセットにアクセスすることと、
    患者の補正されたＣＢ−ＣＡＰレベルを前記対照レベルと比較して、患者の補正されたＣＢ−ＣＡＰレベルが、前記対照レベルより高いかどうかを判定することと、を含み、
    補正されたＣＢ−ＣＡＰレベルが前記対照レベルよりも高い場合は、患者は全身性エリテマトーデス活性のレベルが高いことを示すと分類されるべきであるとの決定をすることを含み、
    患者の補正されたＣＢ−ＣＡＰレベルが前記対照レベルよりも高くない場合は、患者は全身性エリテマトーデス活性のレベルが高いことを示すと分類されるべきでないとの決定をすることを含む、請求項１４の方法。
  16. 患者の値を前記対照レベルと追加の比較を行なうことは、
    患者の１又は複数の第２のＣＢ−ＣＡＰレベルを同定することと、
    その時以前に同じ患者から得た血液試料の中で測定された前記第１のＣＢ−ＣＡＰのそれぞれに対するレベルを含む対照データセットにアクセスすることと、
    患者の前記１又は複数の第２のＣＢ−ＣＡＰレベルを、前記データセットの前記１又は複数の第２のＣＢ−ＣＡＰに対する対照レベルと比較して、前記１又は複数の第２のＣＢ−ＣＡＰレベルが、前記１又は複数の第２のＣＢ−ＣＡＰの対照レベルより高いかどうかを判定することと、を含み、
    前記１又は複数の第２のＣＢ−ＣＡＰレベルが、前記１又は複数のＣＢ−ＣＡＰの前記対照レベルよりも高い場合は、患者は全身性エリテマトーデス活性のレベルが高いことを示すと分類されるべきであるとの決定をすることを含み、
    前記１又は複数の第２のＣＢ−ＣＡＰレベルが、前記１又は複数のＣＢ−ＣＡＰの前記対照レベルよりも高くない場合は、患者は全身性エリテマトーデス活性のレベルが高いことを示すと分類されるべきでないとの決定をすることを含む、請求項１４の方法。
  17. 前記第１のＣＢ−ＣＡＰレベルは、Ｔ−Ｃ４ｄ、Ｂ−Ｃ４ｄ、又はＥ−Ｃ４ｄのうちの１又は複数のものに対する測定値を含む、請求項１４の方法。
  18. 前記第１のＣＢ−ＣＡＰレベルは、Ｔ−Ｃ４ｄ及びＢ−Ｃ４ｄの測定値を含み、前記１又は複数の第２のＣＢ−ＣＡＰレベルは、Ｅ−Ｃ４ｄの測定値を含む、請求項１６の方法。
  19. 前記第１のＣＢ−ＣＡＰレベルは、Ｅ−Ｃ４ｄ及びＢ−Ｃ４ｄの測定値を含み、前記１又は複数の第２のＣＢ−ＣＡＰレベルは、Ｔ−Ｃ４ｄの測定値を含む、請求項１６の方法。
  20. 患者のループス分類を判定するシステムであって、
    対照被験体集団の血液試料データの対照データセットを保有するデータ保存装置であって、前記対照被験体集団の第１グループの被験体はループスを有することが知られており、前記対照被験体集団の第２グループの被験体はループスを有しないことが知られており、前記血液試料データが、各被験体の細胞結合性補体活性化産物（ＣＢ−ＣＡＰ）のレベルを含む、データ保存装置と、
    処理デバイスと、
    前記処理デバイスに対して下記ステップの実行を指令するよう構成されたプログラミング命令を含むコンピュータ可読媒体であって、前記ステップが、
    患者の１又は複数の第１のＣＢ−ＣＡＰレベル血液試料セットを受け取ることと、
    前記第１のＣＢ−ＣＡＰのそれぞれの対照レベルを含む対照データセットにアクセスすることと、
    患者の前記第１のＣＢ−ＣＡＰレベルを前記対照レベルと比較して、患者の前記第１のＣＢ−ＣＡＰレベルが前記対照レベルよりも高いかどうかを判定することと、を含み、
    患者の前記第１のＣＢ−ＣＡＰレベルが前記対照レベルよりも高い場合は、
    その患者を、ループスを有する分類、又はループスを発症するリスクが高いことを示す分類に区分することを含み、
    患者の前記第１のＣＢ−ＣＡＰレベルが前記対照レベルよりも高くない場合は、
    患者のゲノムの中にＣ４遺伝子コピー数を含む遺伝子コピー数データセットにアクセスし、前記Ｃ４遺伝子コピー数が前記Ｃ４遺伝子コピー閾値レベルを超えるか否かを判定し、
    前記Ｃ４遺伝子コピー数が前記Ｃ４遺伝子コピー閾値レベルに等しいか又はそれを超える場合は、患者を、ループスを有していない分類、又はループスを発症するリスクが高いことを示さない分類に区分することを含み、
    前記Ｃ４遺伝子のコピー数が前記Ｃ４遺伝子のコピー閾値レベルを超えていない場合は、その患者の値を前記対照レベルと追加の比較を行なうことを含み、
    患者がループスを有するか、又はループスを発症するリスクが高いと分類されるかどうかの表示を含む報告を作成することを含む、ステップである、コンピュータ可読媒体と、を含む、システム。
  21. 処理デバイスに追加の比較の実行を指令するよう構成された命令は、
    患者の１又は複数の第２のＣＢ−ＣＡＰレベルを同定することと、
    患者の前記１又は複数の第２のＣＢ−ＣＡＰレベルを、前記データセットの中の１又は複数の第２のＣＢ−ＣＡＰに対する対照レベルと比較して、前記１又は複数の第２のＣＢ−ＣＡＰレベルが、前記１又は複数の第２のＣＢ−ＣＡＰの対照レベルより高いかどうかを判定することと、を含み、
    前記１又は複数の第２のＣＢ−ＣＡＰレベルが、前記１又は複数のＣＢ−ＣＡＰの対照レベルよりも高い場合は、その患者を、ループスを有する分類、又はループスを発症するリスクが高いことを示す分類に区分し、
    前記１又は複数の第２のＣＢ−ＣＡＰレベルが、前記１又は複数のＣＢ−ＣＡＰの対照レベルよりも高くない場合は、患者を、ループスを有していない分類、又はループスを発症するリスクが高いことを示さない分類に区分するよう、指令することを含む、請求項２０のシステム。
  22. 処理デバイスに追加の比較の実行を指令するよう構成された命令は、
    患者の１又は複数の第２のＣＢ−ＣＡＰレベルを同定することと、
    その時以前に同じ患者から得た血液試料の中で測定された前記第１のＣＢ−ＣＡＰのそれぞれに対するレベルを含む前記対照データセットにアクセスすることと、
    患者の前記１又は複数の第２のＣＢ−ＣＡＰレベルを、前記データセット中の１又は複数の第２のＣＢ−ＣＡＰの対照レベルと比較して、前記第２のＣＢ−ＣＡＰレベルが、前記第１又は複数の第２のＣＢ−ＣＡＰの対照レベルよりも高いかどうかを判定することと、を含み、
    前記１又は複数の第２のＣＢ−ＣＡＰレベルが、前記１又は複数のＣＢ−ＣＡＰの対照レベルよりも高い場合は、患者は全身性エリテマトーデス活性のレベルが高いことを示すと分類されるべきであると決定し、
    前記１又は複数の第２のＣＢ−ＣＡＰレベルが、前記１又は複数のＣＢ−ＣＡＰの対照レベルよりも高くない場合は、患者は全身性エリテマトーデス活性のレベルが高いことを示すと分類されるべきでないと決定するよう、指令することを含む、請求項２０のシステム。
  23. 前記対照データセットにアクセスし、
    前記対照データセットの患者毎に遺伝子コピー数の平均値又は中央値を同定し、
    前記Ｃ４遺伝子のコピー数を、同定された遺伝子コピー数の平均値又は中央値から１又は複数の標準偏差に等しいレベルとしてを設定するよう、追加のプログラミング命令をさらに含む、請求項２１のシステム。
  24. 前記処理デバイスに対して、患者が１又は複数の分類基準に該当するかどうかを判定することを指令するよう構成された追加の命令をさらに含み、
    前記命令が、前記処理デバイスに対して、患者をループスを有する分類に区分すること、又はループスを発症するリスクが高いことを示す分類に区分することを指令し、前記分類基準を用いて、患者をループスを有する分類に区分するか、又はループスを発症するリスクが高いことを示す分類に区分するかを判定する命令をさらに含む、請求項２１のシステム。
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