JP2019516375A - 遺伝子に基づく炎症性腸疾患の診断 - Google Patents

Abstract

本発明は、被験体における炎症性腸疾患（ＩＢＤ）を進行させる可能性が高い又は低いことを予測する方法、及び、被験体の炎症性腸疾患（ＩＢＤ）を診断する方法を記載する。本発明は、ＩＢＤ、ＣＤ、及び／又はＵＣなどの疾患状態に関連付けられる遺伝子／遺伝子座を同定する方法を更に提供する。【選択図】図８Ｃ

Description

連邦支援の研究に関する陳述
本発明は、国立衛生研究所により与えられた許可番号ＤＫ１０８１４０及びＤＫ０６２４１３の下、政府支援により作られた。政府は本発明に一定の権利を有している。

本発明は、遺伝学及び医薬に関する。

本明細書で参照される全ての刊行物は、あたかも個々の刊行物又は特許出願が参照によって組み込まれるよう具体的且つ個別に示されるかのように、同じ程度まで全体において参照により本明細書に組み込まれるものとする。以下の記載は、本発明を理解するのに役立つ情報を含んでいる。本明細書に提供される情報の何れかが先行技術である、又は現在請求される発明に関連するものであること、或いは、具体的又は暗黙に言及されるあらゆる刊行物が先行技術であることは、認められるものではない。

特発性の炎症性腸疾患（ＩＢＤ）の２つの共通の形態であるクローン病（ＣＤ）及び潰瘍性大腸炎（ＵＣ）は、消化管の慢性再発性炎症性疾患である。それぞれ、生涯の２０−４０歳のピーク発病年齢、及び、欧州の祖先集団において１００，０００人につき平均およそ１００−１５０人である有病率がある（Ｄ．Ｋ． Ｐｏｄｏｌｓｋｙ， Ｎ Ｅｎｇｌ Ｊ Ｍｅｄ ３４７， ４１７ （２００２）； Ｅ．Ｖ． Ｌｏｆｔｕｓ， Ｊｒ．， Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌｏｇｙ １２６， １５０４ （２００４））。ＩＢＤの正確な病因論はまだ解明されていないが、広く容認された仮説は、遍在性の共生的な腸内細菌が、遺伝的に敏感な個体において腸組織損傷を媒介する、不適切な過活動性の進行中の粘膜免疫応答を引き起こすということである（Ｄ．Ｋ． Ｐｏｄｏｌｓｋｙ， Ｎ Ｅｎｇｌ Ｊ Ｍｅｄ ３４７， ４１７ （２００２））。アシュケナージ系ユダヤ人におけるＩＢＤの速度増大、ＩＢＤの家族的集積、及び二卵性双生児ペアと比較して増大した一卵性双生児ペアにおけるＩＢＤの一致によって証明されるように、遺伝因子がＩＢＤの病因において重要な役割を果たす（Ｓ． Ｖｅｒｍｅｉｒｅ， Ｐ． Ｒｕｔｇｅｅｒｔｓ， Ｇｅｎｅｓ Ｉｍｍｕｎ ６， ６３７ （２００５））。ＣＤとＵＣは、幾つかの遺伝的感受性遺伝子座を共有するが他のものとは異なる、関連疾患であると考えられている。

故に、遺伝的リスクの説明、診断、及び／又は、ＣＤ及び／又はＵＣを含むがこれらに限定されない炎症性腸疾患に対する感受性或いはそれに対する保護の予測を補助し得る、他の遺伝子、アレルの変異体、及び／又はハプロタイプを判定することが、当該技術分野で必要とされている。

本発明の様々な実施形態は、被験体の炎症性腸疾患（ＩＢＤ）を進行させる可能性が高い又は低いことを予測する方法を提供し、該方法は：遺伝子／遺伝子座のリスクアレルについて被験体の遺伝子型を同定する工程；及びリスクアレルの検出後、被験体においてＩＢＤを進行させる可能性が高いことを予測する工程；或いはリスクアレルが検出されない場合、被験体においてＩＢＤを進行させる可能性が低いことを予測する工程を含む。

様々な実施形態において、遺伝子／遺伝子座は、ＳＬＣ２６Ａ４、ＤＬＧ４、ＧＩＰＲ、ＺＨＸ３、ＴＮＲＣ６Ｂ、ＣＤＫ６、ＰＲＲ５Ｌ、ＷＮＴ２Ｂ、ＬＲＲＣ１６Ａ、ＨＩＳＴ１クラスター（全てのヒストンクラスター１遺伝子）、ＧＴＦ２ＩＲＤ２Ｂ、ＥＴＳ１、ＳＬＣ５Ａ１、又はＴＥＴ２、或いはそれらの組み合わせを含む。様々な実施形態において、遺伝子／遺伝子座は、ＥＴＳ１、ＨＩＳＴ１クラスター（全てのヒストンクラスター１遺伝子）、ＣＤＫ６、ＬＲＲＣ１６Ａ、又はそれらの組み合わせを含む。様々な実施形態において、遺伝子／遺伝子座はＥＴＳ１を含む。様々な実施形態において、遺伝子／遺伝子座はＨＩＳＴ１クラスター（全てのヒストンクラスター１遺伝子）を含む。様々な実施形態において、遺伝子／遺伝子座はＣＤＫ６を含む。様々な実施形態において、遺伝子／遺伝子座はＬＲＲＣ１６Ａを含む。様々な実施形態において、遺伝子／遺伝子座は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１−ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３４１のうち１つ以上を含む。

他の様々な実施形態において、被験体の遺伝子型を同定する工程は、被験体からサンプルを得る工程；及び遺伝子／遺伝子座でのリスクアレルについてサンプルの遺伝子型を同定する工程を含む。また他の実施形態において、サンプルの遺伝子型を同定する工程は、リスクアレルに特異的なオリゴヌクレオチドプローブにサンプルを接触させる工程；オリゴヌクレオチドプローブとリスクアレルの間に、アレルに特異的なハイブリダイゼーション複合体を生成する工程；及びアレルに特異的なハイブリダイゼーション複合体の検出後、リスクアレルを検出する工程；或いはアレルに特異的なハイブリダイゼーション複合体を検出しなかった場合に、リスクアレルを検出しない工程を含む。幾つかの実施形態において、オリゴヌクレオチドプローブは蛍光色素で標識され、ここで、アレルに特異的なハイブリダイゼーション複合体の検出は、オリゴヌクレオチドプローブから蛍光シグナルを検出することを含む。他の実施形態において、オリゴヌクレオチドプローブはレポーター色素及びクエンチャー色素を含む。

様々な実施形態において、前記方法は、アレルに特異的なハイブリダイゼーション複合体を形成した後にＰＣＲ増幅を行なう工程を更に含む。

本発明の様々な実施形態は、被験体の炎症性腸疾患（ＩＢＤ）を診断する方法を提供し、該方法は：遺伝子／遺伝子座でのリスクアレルについて被験体のサンプルの遺伝子型を同定する工程；リスクアレルの検出後、被験体のＩＢＤを診断する工程；及びＩＢＤと診断された被験体にＩＢＤ治療を施す工程であって、それにより被験体のＩＢＤを処置する、工程を含む。様々な実施形態において、遺伝子／遺伝子座は、ＳＬＣ２６Ａ４、ＤＬＧ４、ＧＩＰＲ、ＺＨＸ３、ＴＮＲＣ６Ｂ、ＣＤＫ６、ＰＲＲ５Ｌ、ＷＮＴ２Ｂ、ＬＲＲＣ１６Ａ、ＨＩＳＴ１クラスター（全てのヒストンクラスター１遺伝子）、ＧＴＦ２ＩＲＤ２Ｂ、ＥＴＳ１、ＳＬＣ５Ａ１、又はＴＥＴ２、或いはそれらの組み合わせを含む。様々な実施形態において、遺伝子／遺伝子座は、ＥＴＳ１、ＨＩＳＴ１クラスター（全てのヒストンクラスター１遺伝子）、ＣＤＫ６、ＬＲＲＣ１６Ａ、又はそれらの組み合わせを含む。様々な実施形態において、遺伝子／遺伝子座はＥＴＳ１を含む。様々な実施形態において、遺伝子／遺伝子座はＨＩＳＴ１クラスター（全てのヒストンクラスター１遺伝子）を含む。様々な実施形態において、遺伝子／遺伝子座はＣＤＫ６を含む。様々な実施形態において、遺伝子／遺伝子座はＬＲＲＣ１６Ａを含む。様々な実施形態において、遺伝子／遺伝子座は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１−ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３４１のうち１つ以上を含む。様々な実施形態において、前記方法は、被験体にＩＢＤ治療を提供する工程を更に含む。幾つかの実施形態において、ＩＢＤ治療は、抗ＴＮＦ治療、抗ＴＬ１Ａ治療、結腸切除、又はそれらの組み合わせを含む。

本発明の様々な実施形態は、遺伝子／遺伝子座でのリスクアレルについて被験体のサンプルの遺伝子型を同定する工程；リスクアレルの検出後、被験体のＩＢＤを診断する工程；及びＩＢＤと診断された被験体にＩＢＤ治療を施す工程であって、それにより被験体のＩＢＤを処置する、工程を含む方法を提供する。様々な実施形態において、遺伝子／遺伝子座は、ＳＬＣ２６Ａ４、ＤＬＧ４、ＧＩＰＲ、ＺＨＸ３、ＴＮＲＣ６Ｂ、ＣＤＫ６、ＰＲＲ５Ｌ、ＷＮＴ２Ｂ、ＬＲＲＣ１６Ａ、ＨＩＳＴ１クラスター（全てのヒストンクラスター１遺伝子）、ＧＴＦ２ＩＲＤ２Ｂ、ＥＴＳ１、ＳＬＣ５Ａ１、又はＴＥＴ２、或いはそれらの組み合わせを含む。様々な実施形態において、遺伝子／遺伝子座は、ＥＴＳ１、ＨＩＳＴ１クラスター（全てのヒストンクラスター１遺伝子）、ＣＤＫ６、ＬＲＲＣ１６Ａ、又はそれらの組み合わせを含む。様々な実施形態において、遺伝子／遺伝子座はＥＴＳ１を含む。様々な実施形態において、遺伝子／遺伝子座はＨＩＳＴ１クラスター（全てのヒストンクラスター１遺伝子）を含む。様々な実施形態において、遺伝子／遺伝子座はＣＤＫ６を含む。様々な実施形態において、遺伝子／遺伝子座はＬＲＲＣ１６Ａを含む。様々な他の実施形態において、遺伝子／遺伝子座は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１−ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３４１のうち１つ以上を含む。様々な実施形態において、前記方法は、被験体にＩＢＤ治療を提供する工程を更に含む。幾つかの実施形態において、ＩＢＤ治療は、抗ＴＮＦ治療、抗ＴＬ１Ａ治療、結腸切除、又はそれらの組み合わせを含む。

本発明の様々な実施形態は、疾病に関連付けられる遺伝子／遺伝子座を同定する方法を提供し、該方法は：疾病のコホートのサンプルから遺伝子データを獲得する工程；遺伝子データ上でＧＬＳ変換を行う工程であって、それにより遺伝子データの相関を失わせる、工程；ＧＬＳ変換された遺伝子データについて遺伝子に基づく分析を行なう工程；及び疾病に関連付けられる遺伝子／遺伝子座を同定する工程を含む。様々な実施形態において、疾病は、ＩＢＤ、ＣＤ、又はＵＣ、或いはそれらの組み合わせである。幾つかの実施形態において、コホートは、相関のある被験体又は家族被験体を含む。他の実施形態において、遺伝子データはＳＮＰ遺伝子型を含む。また他の実施形態において、ＧＬＳ変換を行う工程は、次の関数

或いはそれらの組み合わせに従い遺伝子データを変換する工程を含む。

様々な実施形態において、遺伝子に基づく分析を行う工程は、独立している又は相関しない被験体の想定に基づいて、遺伝子に基づく試験を適用する工程を含む。様々な実施形態において、遺伝子に基づく分析を行う工程は、Ｃ−アルファ、ＳＫＡＴ、ＳＫＡＴ−ＣｏｍｍｏｎＲａｒｅ、ＣＭＣ、ＷＳＳ、可変閾値、又は包括的アプローチ、或いはそれらの組み合わせを適用する工程を含む。

典型的な実施形態を参照図面において例示する。本明細書に開示される実施形態及び図面は、限定的ではなく例示的なものと考慮されるべきことが、意図されている。
ＡとＢは、本発明の様々な実施形態に従い、単一のＳＮＰの基づく及び遺伝子に基づく分析を表す。 本発明の様々な実施形態に従い、マンハッタンプロットを表す。 本発明の様々な実施形態に従い、マンハッタンプロットを表す。 本発明の様々な実施形態に従い、マンハッタンプロットを表す。Ｊｏｓｔｉｎ領域は除外される。 本発明の様々な実施形態に従い、我々の分析において同定された新たな遺伝子／領域のリストを表す：ＳＬＣ２６Ａ４、ＤＬＧ４、ＧＩＰＲ、ＺＨＸ３、ＴＮＲＣ６Ｂ、ＣＤＫ６、ＰＲＲ５Ｌ、ＷＮＴ２Ｂ、ＬＲＲＣ１６Ａ、ＨＩＳＴ１クラスター（全てのヒストンクラスター１遺伝子）、ＧＴＦ２ＩＲＤ２Ｂ、ＥＴＳ１、ＳＬＣ５Ａ１、及びＴＥＴ２。 本発明の様々な実施形態に従い、非ＩＢＤ領域と比較されたヒストンマークにある可能性の増大を表す。 本発明の様々な実施形態に従い、既知のＩＢＤ ＳＮＰと比較されたヒストンマークにある可能性の増大を表す。 本発明の様々な実施形態に従い、ＴＥＴ２領域の詳細な検査：局所プロットを表す。ｒｓ１７０３５２８９はＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３３３であり、ｒｓ２７２６５１８はＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２４１である。他の全てのｒｓ番号は表１に見出される。 本発明の様々な実施形態に従い、ＴＥＴ２領域の詳細な検査：ＳＮＰを表す。ｒｓ１７０３５２８９はＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３３３であり、ｒｓ２７２６５１８はＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２４１である。他の全てのｒｓ番号は表１に見出される。 本発明の様々な実施形態に従い、ＴＥＴ２領域の詳細な検査：細かなマッピングを表す。ｒｓ１７０３５２８９はＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３３３であり、ｒｓ２７２６５１８はＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２４１である。他の全てのｒｓ番号は表１に見出される。 本発明の様々な実施形態に従い、ＴＥＴ２領域の詳細な検査：機能を表す。ｒｓ１７０３５２８９はＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３３３であり、ｒｓ２７２６５１８はＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２４１である。他の全てのｒｓ番号は表１に見出される。 本発明の様々な実施形態に従い、ＬＲＲＣ１６領域の詳細な検査：局所プロットを表す。 本発明の様々な実施形態に従い、ＬＲＲＣ１６領域の詳細な検査：局所プロットを表す。 本発明の様々な実施形態に従い、ＬＲＲＣ１６領域の詳細な検査：４つの独立したシグナルでの細かなマッピングを表す。 本発明の様々な実施形態に従い、ｅＱＴＬ結果：ＳｅｅＱＴＬを表す。ｒｓ９３５８８５８はＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３３５である。他の全てのｒｓ番号は表１に見出される。 本発明の様々な実施形態に従い、ｅＱＴＬ結果：Ｓｃａｎｄｂを表す。ｒｓ９３５８８５８はＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３３５である。他の全てのｒｓ番号は表１に見出される。 本発明の様々な実施形態に従い、ｅＱＴＬ結果：ＧｅｎｅＶａｒを表す。ｒｓ９３５８８５８はＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３３５である。他の全てのｒｓ番号は表１に見出される。 本発明の様々な実施形態に従い、ＨＩＳＴ１クラスターにおける第１の部分の詳細な検査：遺伝子を表す。ｒｓ２０７１３０３はＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３３６であり、ｒｓ１３１９８４７４はＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３３７であり、ｒｓ１９８８４６はＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３３８であり、ｒｓ１９８８５４はＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３３９である。 本発明の様々な実施形態に従い、ＨＩＳＴ１クラスターにおける第１の部分の詳細な検査：局所シグナルを表す。ｒｓ２０７１３０３はＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３３６であり、ｒｓ１３１９８４７４はＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３３７であり、ｒｓ１９８８４６はＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３３８であり、ｒｓ１９８８５４はＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３３９である。 本発明の様々な実施形態に従い、ＨＩＳＴ１クラスターにおける第１の部分の詳細な検査：３つの独立したシグナル（Ｐ＝２．２３Ｅ−２５）での細かなマッピングを表す。ｒｓ２０７１３０３はＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３３６であり、ｒｓ１３１９８４７４はＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３３７であり、ｒｓ１９８８４６はＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３３８であり、ｒｓ１９８８５４はＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３３９である。 本発明の様々な実施形態に従い、ｅＱＴＬ分析：ＳＣＡＮｄｂを表す。ｒｓ１３１９８４７４はＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３３７であり、ｒｓ１９８８４６はＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３３８であり、ｒｓ１９８８５４はＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３３９である。 本発明の様々な実施形態に従い、ｅＱＴＬ分析：Ｂｌｏｏｄ ｅＱＴＬを表す。ｒｓ１３１９８４７４はＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３３７であり、ｒｓ１９８８４６はＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３３８であり、ｒｓ１９８８５４はＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３３９である。 本発明の様々な実施形態に従い、ＨＩＳＴ１クラスターにおける第２の部分の詳細な検査：遺伝子を表す。ｒｓ９２９５７４０はＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３４０であり、ｒｓ９４６１４１２はＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２４１である。 本発明の様々な実施形態に従い、ＨＩＳＴ１クラスターにおける第２の部分の詳細な検査：局所シグナルを表す。ｒｓ９２９５７４０はＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３４０であり、ｒｓ９４６１４１２はＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２４１である。 本発明の様々な実施形態に従い、ＨＩＳＴ１クラスターにおける第２の部分の詳細な検査：４つの独立したシグナル（Ｐ＝３．２５Ｅ−２９）での細かなマッピングを表す。ｒｓ９２９５７４０はＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３４０であり、ｒｓ９４６１４１２はＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２４１である。 本発明の様々な実施形態に従い、ｅＱＴＬ分析：ＳＣＡＮｄｂを表す。 本発明の様々な実施形態に従い、３つの領域から独立したシグナル：ＬＲＲＣ１６、ＨＩＳＴ１クラスターにおける第１の部分、及びＨＩＳＴ１クラスターにおける第２の部分を表す。

本明細書で引用される全ての引用文献は、あたかも完全に明記されているかのように参照によって全体が組み込まれる。他に定義されない限り、本明細書で使用される全ての技術用語及び科学用語は、本発明が属する分野における当業者により共通して理解されるのと同じ意味を有する。Ａｌｌｅｎ ｅｔ ａｌ．， Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ： Ｔｈｅ Ｓｃｉｅｎｃｅ ａｎｄ Ｐｒａｃｔｉｃｅ ｏｆ Ｐｈａｒｍａｃｙ ２２ｎｄ ｅｄ．， Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｐｒｅｓｓ （Ｓｅｐｔｅｍｂｅｒ １５， ２０１２）； Ｈｏｒｎｙａｋ ｅｔ ａｌ．， Ｉｎｔｒｏｄｕｃｔｉｏｎ ｔｏ Ｎａｎｏｓｃｉｅｎｃｅ ａｎｄ Ｎａｎｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ， ＣＲＣ Ｐｒｅｓｓ （２００８）； Ｓｉｎｇｌｅｔｏｎ ａｎｄ Ｓａｉｎｓｂｕｒｙ， Ｄｉｃｔｉｏｎａｒｙ ｏｆ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ ａｎｄ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ ３ｒｄ ｅｄ．， ｒｅｖｉｓｅｄ ｅｄ．， Ｊ． Ｗｉｌｅｙ ＆ Ｓｏｎｓ （Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ， ＮＹ ２００６）； Ｓｍｉｔｈ， Ｍａｒｃｈ’ｓ Ａｄｖａｎｃｅｄ Ｏｒｇａｎｉｃ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ Ｒｅａｃｔｉｏｎｓ， Ｍｅｃｈａｎｉｓｍｓ ａｎｄ Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ ７ｔｈ ｅｄ．， Ｊ． Ｗｉｌｅｙ ＆ Ｓｏｎｓ （Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ， ＮＹ ２０１３）； Ｓｉｎｇｌｅｔｏｎ， Ｄｉｃｔｉｏｎａｒｙ ｏｆ ＤＮＡ ａｎｄ Ｇｅｎｏｍｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ ３ｒｄ ｅｄ．， Ｗｉｌｅｙ−Ｂｌａｃｋｗｅｌｌ （Ｎｏｖｅｍｂｅｒ ２８， ２０１２）；及びＧｒｅｅｎ ａｎｄ Ｓａｍｂｒｏｏｋ， Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ： Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ ４ｔｈ ｅｄ．， Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ （Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ， ＮＹ ２０１２）により、本出願に使用される用語の多くに対する一般的な指針が当業者に提供される。抗体を調製する方法に対する言及については、Ｇｒｅｅｎｆｉｅｌｄ， Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ ２ｎｄ ｅｄ．， Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｐｒｅｓｓ （Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ ＮＹ， ２０１３）； Ｋｏｈｌｅｒ ａｎｄ Ｍｉｌｓｔｅｉｎ， Ｄｅｒｉｖａｔｉｏｎ ｏｆ ｓｐｅｃｉｆｉｃ ａｎｔｉｂｏｄｙ−ｐｒｏｄｕｃｉｎｇ ｔｉｓｓｕｅ ｃｕｌｔｕｒｅ ａｎｄ ｔｕｍｏｒ ｌｉｎｅｓ ｂｙ ｃｅｌｌ ｆｕｓｉｏｎ， Ｅｕｒ． Ｊ． Ｉｍｍｕｎｏｌ． １９７６ Ｊｕｌ， ６（７）：５１１−９； Ｑｕｅｅｎ ａｎｄ Ｓｅｌｉｃｋ， Ｈｕｍａｎｉｚｅｄ ｉｍｍｕｎｏｇｌｏｂｕｌｉｎｓ， Ｕ． Ｓ． Ｐａｔｅｎｔ Ｎｏ． ５，５８５，０８９ （１９９６ Ｄｅｃ）；及びＲｉｅｃｈｍａｎｎ ｅｔ ａｌ．， Ｒｅｓｈａｐｉｎｇ ｈｕｍａｎ ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ ｆｏｒ ｔｈｅｒａｐｙ， Ｎａｔｕｒｅ １９８８ Ｍａｒ ２４， ３３２（６１６２）：３２３−７を参照されたい。

当業者は、本発明の実施に使用され得る、本明細書に記載されるものと同様又は同等の多くの方法及び物質を認識している。本発明の他の機能及び利点は、一例として本発明の実施形態の様々な機能を例示する、添付図面と共に得られる以下の詳細な説明から、明白となる。実際、本発明は、記載される方法及び物質には全く限定されていない。便宜上、明細書、実施例、及び添付の請求項にて利用される特定の用語を、ここで集める。

別段の定めの無い限り、或いは文脈から暗黙となっていない限り、次の用語及び句は、以下に提供される意味を含む。他に明確に定められていない限り、或いは文脈から明らかでない限り、以下の用語及び句は、その用語又は句が属する分野で獲得された意味を除外しない。他に定義されない限り、本明細書で使用される全ての技術的用語及び科学的用語は、本発明の属する技術分野における当業者によって一般に理解されるものと同じ意味を有する。本発明は、本明細書に記載される特定の方法、プロトコル、及び試薬には制限されず、そのため変動し得ることを理解されたい。本明細書で使用される定義及び専門用語は、特定の実施形態の説明を補助するために提供され、且つ、本発明の範囲が請求項によってのみ制限されることから請求された発明を制限するようには意図されていない。

本明細書で使用されるように、用語「含むこと（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」又は「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｅｓ）」は、実施形態に有用な組成物、方法、及びそれらの各々の構成要素に対する言及に使用され、有用であってもそうでなくとも、未特定の要素も含まれる。通常、本明細書で使用される用語は、包袋禁反言（“ｏｐｅｎ” ｔｅｒｍｓ）として一般的に意図されていることは、当業者により理解されている（例えば、用語「含むこと（ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ）」は、「〜を含むがこれらに限定されない」として解釈され、用語「有すること（ｈａｖｉｎｇ）」は「少なくとも〜を有する」として解釈され、用語「含む（ｉｎｃｌｕｄｅｓ）」は、「〜を含むがこれらに限定されない」として解釈されるべきである）。開放型専門用語「含むこと（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」は、含むこと（ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ）、含有すること（ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ）、又は有すること（ｈｈａｖｉｎｇ）などの用語の別名として、本発明を説明且つ請求するために本明細書で使用されるが、本発明又はその実施形態は代替的に、「〜から成る」又は「〜から実質的に成る」などの代わりの用語を使用して説明されることもある。

別段の定めの無い限り、用語「ａ」、「ａｎ」、「ｔｈｅ」、及び、本出願の特定の実施形態を説明する文脈（特に請求項の文脈）に使用される同様の言及は、単数形と複数形の両方を包含すると解釈され得る。本明細書における値の範囲の列挙は単に、その範囲に含まれる別々の値それぞれを個別に指す省略表現方法として機能するように意図される。本明細書で他に示されない限り、個別の値はそれぞれ、あたかもそれが本明細書で別々に列挙されるかのように本明細書に組み込まれる。本明細書で他に示されない限り、又は文脈によって明確に否定されない限り、本明細書に記載される全ての方法は、任意の適切な順で実行することが出来る。本明細書中の特定の実施形態に関して提供される、あらゆる且つ全ての例、又は例示的な言語（例えば、「〜など（ｓｕｃｈ ａｓ）」）の使用は、単に本出願をより良く解明するように意図されるものであり、他に請求される出願の範囲に対する制限を提起しない。略語「ｅ．ｇ．」は、ラテン語の例えば（ｅｘｅｍｐｌｉ ｇｒａｔｉａ）に由来するものであり、非限定的な例を示すために本明細書で使用される。故に、略語「ｅ．ｇ．」は用語「例えば（ｆｏｒ ｅｘａｍｐｌｅ）」と同義語である。本明細書中の言語は、出願の実行に不可欠な任意の請求されていない要素を示すものとして解釈されるべきでない。

本明細書で使用されるように、疾患、障害、又は病状に関して使用される時に、用語「処置する（ｔｒｅａｔ）」、「処置（ｔｒｅａｔｍｅｎｔ）」、「処置すること（ｔｒｅａｔｉｎｇ）」、或いは「改善（ａｍｅｌｉｏｒａｔｉｏｎ）」は、治療上の処置及び予防的又は防止的な手段の両方を指すものであり、その目的は、症状又は状態の進行又は重症度を防ぎ、逆転し、和らげ、改善し、阻害し、緩和し、遅くし、又は止めることである。用語「処置すること」は、疾病の少なくとも１つの副作用又は症状を低減又は和らげることを含む。処置は通常、１つ以上の症状又は臨床的指標が低減される場合に「有効」である。代替的に、疾患、障害、又は病状の進行が低減され又は止められる場合に、処置は「有効」である。即ち、「処置」は、症状又はマーカーの改善だけでなく、処置の無い状態に予期される症状の進行又は悪化を停止或いは少なくとも遅くすることを含む。また、「処置」は、処置が最終的に成功しない場合であっても、有用な結果を追跡又は得ること、或いは、個体が疾病を進行させる可能性を低下させることを意味する場合もある。処置を必要性とする者には、既に疾病を抱える者に加えて、疾病を抱える傾向がある者、又は疾病が予防されるべき者が挙げられる。

「有益な結果」又は「望ましい結果」は、限定されないが、疾患状態の重症度を和らげる又は軽減すること、疾患状態の悪化を防ぐこと、疾患状態を治癒すること、疾患状態の進行を防ぐこと、患者が疾患状態を進行させる可能性を低くすること、罹患率と死亡率を減少させること、及び患者の寿命又は平均寿命を延ばすことを含み得る。非限定的な例として、「有益な結果」又は「望ましい結果」は、１つ以上の症状の軽減、欠陥の程度の減少、腸の炎症及び／又は繊維症の安定した状態（即ち、悪化していない）、腸の炎症及び／又は繊維症の遅延又は減速、及び腸の炎症及び／又は繊維症に関連付けられる症状の改善又は緩和であり得る。

「疾患」、「疾病」、及び「疾患状態」は、本明細書で使用されるように、腸の炎症又は腸の炎症に関連する疾病、疾患、又は障害の任意の形態、例えば腸の炎症、腸の繊維症、炎症性腸疾患（ＩＢＤ）、クローン病（ＣＤ）、潰瘍性大腸炎（ＵＣ）、大腸炎、急性結腸炎、及び慢性大腸炎を含み得るが、これらに限定されない。

被験体の炎症性腸疾患（ＩＢＤ）を進行させる可能性が高い又は低いことを予測する方法は：遺伝子／遺伝子座のリスクアレルについて被験体の遺伝子型を同定する工程；及びリスクアレルの検出後、被験体においてＩＢＤを進行させる可能性が高いことを予測する工程；或いはリスクアレルが検出されない場合、被験体においてＩＢＤを進行させる可能性が低いことを予測する工程を含む。

本明細書で使用されるような「リスク変異体」はアレルを指し、その存在は、リスク変異体を持たない個体と比べて、クローン病及び潰瘍性大腸炎を含むがこれらに限定されない炎症性腸疾患に対する感受性の増大に関連付けられる。

「可能性が高いこと」は、本明細書で使用されるように、リスク変異体を持たない個体と比べて、リスク変異体が個体に存在する時の炎症性腸疾患に対する感受性の増加を指す。

「可能性が低いこと」は、本明細書で使用されるように、リスク変異体を持つ個体と比べて、リスク変異体が個体に存在しない時の炎症性腸疾患に対する感受性の減少を指す。

本明細書で使用されるように、用語「投与すること」は、望ましい部位での薬剤の少なくとも部分的な局在化を結果としてもたらす方法又は経路による、本明細書に開示されるような薬剤の被験体への配置を指す。「投与経路」は、エアロゾル、経鼻、経口、エアロゾル、経粘膜、経皮、非経口、腸内、局部（ｔｏｐｉｃａｌ）、又は局所を含むがこれらに限定されない、当該技術分野で既知のあらゆる投与経路を指す場合がある。「非経口」は、一般的に射出に関連する投与経路を指す、含んでいること、頭蓋内、脳室内、鞘内、硬膜外、硬膜内、眼窩内、点滴、動脈内、嚢内、心臓内、皮内、筋肉内、腹腔内、肺内、脊髄内、胸骨内、鞘内、子宮内、静脈内、クモ膜下、被膜内、皮下、経粘膜、又は経気管を含む注入に通常は関連付けられる投与経路を指す。非経口経路を介して、組成物は、点滴又は注入のための溶液又は懸濁液の形態、或いは凍結乾燥された粉末剤であり得る。腸内経路を介して、医薬組成物は、制御放出を可能にする錠剤、ゲルカプセル、糖衣錠、シロップ剤、懸濁液、溶液、粉末剤、果粒剤、乳剤、微粒子又はナノ粒子、或いは脂質小胞又は高分子ベシクルの形態であり得る。局部経路を介して、医薬組成物は、エアロゾル、ローション剤、クリーム剤、ゲル剤、軟膏剤、懸濁液、溶液、又は乳剤の形態であり得る。本発明に従い、「投与すること」は自己投与であり得る。例えば、被験体が本明細書に開示されるような組成物を消費することは、「投与すること」と見なされる。

本明細書で使用されるような用語「サンプル」又は「生物サンプル」は、生物学上の生物体から得られる又は単離されるサンプル、例えば被験体の血液サンプルを表す。典型的な生物サンプルは、限定されないが、頬の拭き取り検体；粘液；全血、血液、血清；血漿；尿；唾液；精液；リンパ液；糞の抽出物；痰；他の体液又は生物流体；細胞サンプル；及び／又は組織サンプルなどを含む。この用語はまた、上述のサンプルの混合物も含む。用語「サンプル」はまた、未処置の又は事前に処置した（又は事前に処理した）生物サンプルも含む。幾つかの実施形態において、サンプルは、被験体からの１つ以上の細胞を含み得る。

本明細書で使用されるように、「被験体」はヒト又は動物を意味する。通常、動物は、霊長類、げっ歯類、家畜、又は狩猟動物などの脊椎動物である。霊長類は、チンパンジー、カニクイザル、クモザル、及びマカク、例えばアカゲザルを含む。げっ歯類は、マウス、ラット、ヤマネズミ、フェレット、ウサギ、及びハムスターを含む。家畜及び狩猟動物は、雌牛、ウマ、ブタ、シカ、バイソン、バッファロー、ネコの種、例えば飼いネコ、並びにイヌの種、例えばイヌ、キツネ、オオカミを含む。用語「患者」、「個体」、及び「被験体」は、本明細書で互換的に使用される。一実施形態において、被験体は哺乳動物である。哺乳動物は、ヒト、ヒト以外の霊長類、マウス、ラット、イヌ、ネコ、ウマ、又は雌牛であり得るが、これらの例に限定されない。加えて、本明細書に記載される方法は、家畜及び／又はペットを処置するために使用することができる。

本明細書で使用されるような「哺乳動物」は、限定されないが、ヒト、及び、チンパンジー並びに他の類人猿及びサル種などのヒト以外の霊長類；ウシ、ヒツジ、ブタ、ヤギ、及びウマなどの家畜；イヌ及びネコなどの飼育哺乳動物；マウス、ラット、及びモルモットなどのげっ歯類を含む実験動物を含むがこれらに限定されない、哺乳動物の分類の員を指す。この用語は特定の年齢や性を表さない。故に、成人及び新生児の被験体の他、胎児は、オス又はメスにかかわらず、この用語の範囲内に含まれるように意図される。

被験体は、処置の必要がある疾病（例えば腸の炎症及び／又は繊維症、ＩＢＤ、ＣＤ、ＵＣ、大腸炎、急性結腸炎、及び慢性大腸炎）、又はその疾病に関連する１つ以上の合併症に苦しんでいる、又はそれを抱えていると以前に診断或いは識別され、及び随意に、疾病又はその疾病に関連する１つ以上の合併症の処置を既に受けたことのある、被験体であり得る。代替的に、被験体はまた、疾病、又は疾病に関連する１つ以上の合併症を持つと以前に診断されていない被験体でもある。例えば、被験体は、疾病又はその疾病に関連する１つ以上の合併症の１つ以上のリスク因子を提示する被験体、或いはリスク因子を提示しない被験体であり得る。特定の疾病の処置を「必要とする被験体」は、疾病を抱える疑いがある、疾病を抱えていると診断される、疾病の処置を既に受けた又は処置を受けている、疾病が処置されていない、或いは疾病を進行させる危険のある、被験体であり得る。

用語「統計的に有意」又は「有意に」は、差が存在するという統計的な証拠を指す。これは、帰無仮説が実際に真である時に、帰無仮説を拒む決定を下す可能性として定められる。この決定はｐ値を用いて頻繁に下される。

本明細書で使用されるように、特定の人口における疾患のオッズ（「ａ ｄｉｓｅａｓｅ’ｓ Ｏｄｄｓ」 ｏｒ 「Ｏｄｄｓ ｏｆ ａ ｄｉｓｅａｓｅ」）は、そのような人口における疾患可能性と非疾患可能性との比率として定義される（即ち、疾患のオッズ＝疾患可能性／非疾患可能性）。

本明細書で使用されるように、疾患に関して、リスクアレルのオッズ比（「ａ ｒｉｓｋ ａｌｌｅｌｅ’ｓ Ｏｄｄｓ Ｒａｔｉｏ （ＯＲ）」 ｏｒ 「Ｏｄｄｓ Ｒａｔｉｏ （ＯＲ） ｏｆ ａ ｒｉｓｋ ａｌｌｅｌｅ」）は、リスクアレルの保因人口における疾患のオッズとリスクアレルを保因しない人口における疾患のオッズとの比率として定義される。（即ち、リスクアレルのＯＲ＝保因者の疾患のオッズ／非保因者の疾患のオッズ）。

発明の方法
本発明は、ＩＢＤなどの疾病に関連した遺伝子／遺伝子座を同定する方法を提供する。これらの遺伝子／遺伝子座の同定は、ＩＢＤに関する人口の重症度分類のために使用することができる。環境上の後成的な要因を調整することができる予防的介入の送達により集団に影響を与える目的で、ＩＢＤの危険のある人々を同定するために、出生時にそのようなツールを使用することができる。本発明はまた、ＩＢＤを診断する方法、及び精密な医学手法としてＩＢＤ治療計画を個別的に取り扱う方法を提供する。

予測
本発明の様々な実施形態は、被験体の炎症性腸疾患（ＩＢＤ）を進行させる可能性が高い又は低いことを予測する方法を提供し、該方法は：遺伝子／遺伝子座のリスクアレルについて被験体の遺伝子型を同定する工程；及びリスクアレルの検出後、被験体においてＩＢＤを進行させる可能性が高いことを予測する工程；或いはリスクアレルが検出されない場合、被験体においてＩＢＤを進行させる可能性が低いことを予測する工程を含む。

様々な実施形態において、遺伝子／遺伝子座は、ＳＬＣ２６Ａ４、ＤＬＧ４、ＧＩＰＲ、ＺＨＸ３、ＴＮＲＣ６Ｂ、ＣＤＫ６、ＰＲＲ５Ｌ、ＷＮＴ２Ｂ、ＬＲＲＣ１６Ａ、ＨＩＳＴ１クラスター（全てのヒストンクラスター１遺伝子）、ＧＴＦ２ＩＲＤ２Ｂ、ＥＴＳ１、ＳＬＣ５Ａ１、又はＴＥＴ２、或いはそれらの組み合わせを含む。様々な実施形態において、遺伝子／遺伝子座は、ＥＴＳ１、ＨＩＳＴ１クラスター（全てのヒストンクラスター１遺伝子）、ＣＤＫ６、ＬＲＲＣ１６Ａ、又はそれらの組み合わせを含む。様々な実施形態において、遺伝子／遺伝子座はＥＴＳ１を含む。様々な実施形態において、遺伝子／遺伝子座はＨＩＳＴ１クラスター（全てのヒストンクラスター１遺伝子）を含む。様々な実施形態において、遺伝子／遺伝子座はＣＤＫ６を含む。様々な実施形態において、遺伝子／遺伝子座はＬＲＲＣ１６Ａを含む。様々な実施形態において、遺伝子／遺伝子座は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１−ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３４１のうち１つ以上を含む。

他の様々な実施形態において、被験体の遺伝子型を同定する工程は、被験体からサンプルを得る工程；及び遺伝子／遺伝子座でのリスクアレルについてサンプルの遺伝子型を同定する工程を含む。また他の実施形態において、サンプルの遺伝子型を同定する工程は、リスクアレルに特異的なオリゴヌクレオチドプローブにサンプルを接触させる工程；オリゴヌクレオチドプローブとリスクアレルの間に、アレルに特異的なハイブリダイゼーション複合体を生成する工程；及びアレルに特異的なハイブリダイゼーション複合体の検出後、リスクアレルを検出する工程；或いはアレルに特異的なハイブリダイゼーション複合体を検出しなかった場合に、リスクアレルを検出しない工程を含む。幾つかの実施形態において、オリゴヌクレオチドプローブは蛍光色素で標識され、ここで、アレルに特異的なハイブリダイゼーション複合体の検出は、オリゴヌクレオチドプローブから蛍光シグナルを検出することを含む。他の実施形態において、オリゴヌクレオチドプローブはレポーター色素及びクエンチャー色素を含む。

様々な実施形態において、前記方法は、アレルに特異的なハイブリダイゼーション複合体を形成した後にＰＣＲ増幅を行なう工程を更に含む。

本発明の様々な実施形態は、被験体の炎症性腸疾患（ＩＢＤ）を進行させる可能性が高い又は低いことを予測する方法を提供する。該方法は、遺伝子／遺伝子座のリスクアレルについて被験体の遺伝子型を同定する工程；及びリスクアレルの検出後、被験体においてＩＢＤを進行させる可能性が高いことを予測する工程；或いはリスクアレルが検出されない場合、被験体においてＩＢＤを進行させる可能性が低いことを予測する工程を含む。

本発明の様々な実施形態は、被験体の炎症性腸疾患（ＩＢＤ）を進行させる可能性が高いことを予測する方法を提供する。該方法は、遺伝子／遺伝子座のリスクアレルについて被験体の遺伝子型を同定する工程；及びリスクアレルの検出後、被験体においてＩＢＤを進行させる可能性が高いことを予測する工程を含む。

本発明の様々な実施形態は、被験体の炎症性腸疾患（ＩＢＤ）を進行させる可能性が低いことを予測する方法を提供する。該方法は、遺伝子／遺伝子座のリスクアレルについて被験体の遺伝子型を同定する工程；及びリスクアレルの検出後、被験体においてＩＢＤを進行させる可能性が低いことを予測する工程を含む。

本発明に従い、ＩＢＤを進行させる可能性が高い又は低いことは、被験体が属する一般的人口と比較して、被験体がＩＢＤを進行させる可能性が多い又は少ないことを意味する。

診断
本発明の様々な実施形態は、被験体の炎症性腸疾患（ＩＢＤ）を診断する方法を提供し、該方法は：遺伝子／遺伝子座でのリスクアレルについて被験体のサンプルの遺伝子型を同定する工程；リスクアレルの検出後、被験体のＩＢＤを診断する工程；及びＩＢＤと診断された被験体にＩＢＤ治療を施す工程であって、それにより被験体のＩＢＤを処置する、工程を含む。様々な実施形態において、遺伝子／遺伝子座は、ＳＬＣ２６Ａ４、ＤＬＧ４、ＧＩＰＲ、ＺＨＸ３、ＴＮＲＣ６Ｂ、ＣＤＫ６、ＰＲＲ５Ｌ、ＷＮＴ２Ｂ、ＬＲＲＣ１６Ａ、ＨＩＳＴ１クラスター（全てのヒストンクラスター１遺伝子）、ＧＴＦ２ＩＲＤ２Ｂ、ＥＴＳ１、ＳＬＣ５Ａ１、又はＴＥＴ２、或いはそれらの組み合わせを含む。様々な実施形態において、遺伝子／遺伝子座は、ＥＴＳ１、ＨＩＳＴ１クラスター（全てのヒストンクラスター１遺伝子）、ＣＤＫ６、ＬＲＲＣ１６Ａ、又はそれらの組み合わせを含む。様々な実施形態において、遺伝子／遺伝子座はＥＴＳ１を含む。様々な実施形態において、遺伝子／遺伝子座はＨＩＳＴ１クラスター（全てのヒストンクラスター１遺伝子）を含む。様々な実施形態において、遺伝子／遺伝子座はＣＤＫ６を含む。様々な実施形態において、遺伝子／遺伝子座はＬＲＲＣ１６Ａを含む。様々な実施形態において、遺伝子／遺伝子座は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１−ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３４１のうち１つ以上を含む。幾つかの実施形態において、ＩＢＤ治療は、抗ＴＮＦ治療、抗ＴＬ１Ａ治療、結腸切除、又はそれらの組み合わせを含む。

本発明の様々な実施形態は、遺伝子／遺伝子座でのリスクアレルについて被験体のサンプルの遺伝子型を同定する工程；リスクアレルの検出後、被験体のＩＢＤを診断する工程；及びＩＢＤと診断された被験体にＩＢＤ治療を施す工程であって、それにより被験体のＩＢＤを処置する、工程を含む。様々な実施形態において、遺伝子／遺伝子座は、ＳＬＣ２６Ａ４、ＤＬＧ４、ＧＩＰＲ、ＺＨＸ３、ＴＮＲＣ６Ｂ、ＣＤＫ６、ＰＲＲ５Ｌ、ＷＮＴ２Ｂ、ＬＲＲＣ１６Ａ、ＨＩＳＴ１クラスター（全てのヒストンクラスター１遺伝子）、ＧＴＦ２ＩＲＤ２Ｂ、ＥＴＳ１、ＳＬＣ５Ａ１、又はＴＥＴ２、或いはそれらの組み合わせを含む。様々な実施形態において、遺伝子／遺伝子座は、ＥＴＳ１、ＨＩＳＴ１クラスター（全てのヒストンクラスター１遺伝子）、ＣＤＫ６、ＬＲＲＣ１６Ａ、又はそれらの組み合わせを含む。様々な実施形態において、遺伝子／遺伝子座はＥＴＳ１を含む。様々な実施形態において、遺伝子／遺伝子座はＨＩＳＴ１クラスター（全てのヒストンクラスター１遺伝子）を含む。様々な実施形態において、遺伝子／遺伝子座はＣＤＫ６を含む。様々な実施形態において、遺伝子／遺伝子座はＬＲＲＣ１６Ａを含む。様々な他の実施形態において、遺伝子／遺伝子座は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１−ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３４１のうち１つ以上を含む。様々な実施形態において、前記方法は、被験体にＩＢＤ治療を提供する工程を更に含む。幾つかの実施形態において、ＩＢＤ治療は、抗ＴＮＦ治療、抗ＴＬ１Ａ治療、結腸切除、又はそれらの組み合わせを含む。

本発明の様々な実施形態は、被験体の炎症性腸疾患（ＩＢＤ）に対する感受性を同定する、又はそれに対する保護を同定する方法を提供する。該方法は、遺伝子／遺伝子座のリスクアレルについて被験体の遺伝子型を同定する工程；及びリスクアレルの検出後、被験体のＩＢＤに対する感受性を同定する工程；或いはリスクアレルの検出後、被験体のＩＢＤに対する保護を同定する工程を含む。

本発明の様々な実施形態は、被験体の炎症性腸疾患（ＩＢＤ）に対する感受性を同定する方法を提供する。該方法は、遺伝子／遺伝子座のリスクアレルについて被験体の遺伝子型を同定する工程；及びリスクアレルの検出後、被験体のＩＢＤに対する感受性を同定する工程を含む。

本発明の様々な実施形態は、被験体の炎症性腸疾患（ＩＢＤ）に対する保護を同定する方法を提供する。該方法は、遺伝子／遺伝子座のリスクアレルについて被験体の遺伝子型を同定する工程；及びリスクアレルの検出後、被験体のＩＢＤに対する保護を同定する工程を含む。

本発明に従い、ＩＢＤに対する感受性は、被験体が属する一般的人口と比較して、被験体がＩＢＤを進行させる可能性が多いことを意味する。本発明に従い、ＩＢＤに対する保護は、被験体が属する一般的人口と比較して、被験体がＩＢＤを進行させる可能性が少ないことを意味する。

本発明の様々な実施形態は、被験体の炎症性腸疾患（ＩＢＤ）を診断する方法を提供する。該方法は、遺伝子／遺伝子座のリスクアレルについて被験体の遺伝子型を同定する工程；及びリスクアレルの検出後、被験体のＩＢＤを診断する工程；或いはリスクアレルの検出がない場合、被験体のＩＢＤを診断しない工程を含む。

本発明の様々な実施形態は、被験体の炎症性腸疾患（ＩＢＤ）を診断する方法を提供する。該方法は、遺伝子／遺伝子座のリスクアレルについて被験体の遺伝子型を同定する工程；リスクアレルを検出する工程；及び被験体のＩＢＤを診断する工程を含む。

本発明の様々な実施形態は、被験体の炎症性腸疾患（ＩＢＤ）を処置する方法を提供する。該方法は、本明細書に記載されるような方法に従いＩＢＤと診断された被験体にＩＢＤ治療を施す工程であって、それにより被験体のＩＢＤを処置する、工程を含む。様々な実施形態において、前記方法は、被験体にＩＢＤ治療を提供する工程を更に含む。

本発明の様々な実施形態は、被験体の炎症性腸疾患（ＩＢＤ）を処置する方法を提供する。該方法は、遺伝子／遺伝子座のリスクアレルについて被験体の遺伝子型を同定する工程；及びリスクアレルの検出後、被験体にＩＢＤ治療を施す工程；或いはリスクアレルの検出がない場合、被験体にＩＢＤ治療を施さない工程を含む。様々な実施形態において、前記方法は、被験体にＩＢＤ治療を提供する工程を更に含む。

本発明の様々な実施形態は、被験体の炎症性腸疾患（ＩＢＤ）を処置する方法を提供する。該方法は、遺伝子／遺伝子座のリスクアレルについて被験体の遺伝子型を同定する工程；リスクアレルを検出する工程；及びＩＢＤとされた被験体にＩＢＤ治療を施す工程であって、それにより被験体のＩＢＤを処置する、工程を含む。様々な実施形態において、前記方法は、被験体にＩＢＤ治療を提供する工程を更に含む。

本発明の様々な実施形態は、被験体に炎症性腸疾患（ＩＢＤ）治療を施す方法を提供する。該方法は、遺伝子／遺伝子座のリスクアレルについて被験体の遺伝子型を同定する工程；及びリスクアレルの検出後、被験体にＩＢＤ治療を施す工程；或いはリスクアレルの検出がない場合、被験体にＩＢＤ治療を施さない工程を含む。

本発明の様々な実施形態は、被験体に炎症性腸疾患（ＩＢＤ）治療を施す方法を提供する。該方法は、遺伝子／遺伝子座のリスクアレルについて被験体の遺伝子型を同定する工程；リスクアレルを検出する工程；及び被験体ＩＢＤ治療を施す工程を含む。

様々な実施形態において、ＩＢＤ治療は、抗ＴＮＦ治療、抗ＴＬ１Ａ治療、結腸切除、又はそれらの組み合わせを含む。幾つかの実施形態において、ＩＢＤ治療は抗ＴＮＦ抗体である。幾つかの実施形態において、ＩＢＤ治療は抗ＴＬ１Ａ抗体である。幾つかの実施形態において、ＩＢＤ治療は結腸切除である。

様々な実施形態において、被験体はヒトである。幾つかの実施形態において、被験体は子供である。幾つかの実施形態において、被験体は十代である。他の実施形態において、被験体は成人である。様々な実施形態において、ＩＢＤはクローン病（ＣＤ）又は潰瘍性大腸炎（ＵＣ）である。

様々な実施形態において、サンプルは、頬の拭き取り検体；粘液；全血；血液；血清；血漿；尿；唾液；精液；リンパ液；糞の抽出物；痰；他の体液又は生物流体；細胞サンプル；又は組織サンプル；或いはそれらの組み合わせである。様々な実施形態において、サンプルは、個体の核酸を含む。幾つかの実施形態において、核酸はゲノムＤＮＡを含む。様々な実施形態において、被験体は体液である。幾つかの実施形態において、体液は、全血、血漿、唾液、粘液、又は頬の拭き取り検体である。様々な実施形態において、サンプルは細胞又は組織である。幾つかの実施形態において、細胞は血液細胞である。幾つかの実施形態において、細胞は、被験体から得られ且つエプスタイン−バーウイルスで変換された血液細胞株（例えばリンパ芽球様細胞株）である。

様々な実施形態において、遺伝子／遺伝子座は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１−３４１として表１に列挙される遺伝子／遺伝子座のうち１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、又はそれ以上、或いはそれらの全てを含む。様々な実施形態において、遺伝子／遺伝子座は、ＳＬＣ２６Ａ４、ＤＬＧ４、ＧＩＰＲ、ＺＨＸ３、ＴＮＲＣ６Ｂ、ＣＤＫ６、ＰＲＲ５Ｌ、ＷＮＴ２Ｂ、ＬＲＲＣ１６Ａ、ＨＩＳＴ１クラスター（全てのヒストンクラスター１遺伝子）、ＧＴＦ２ＩＲＤ２Ｂ、ＥＴＳ１、ＳＬＣ５Ａ１、又はＴＥＴ２、或いはそれらの組み合わせを含む。様々な実施形態において、遺伝子／遺伝子座は、ＥＴＳ１、ＨＩＳＴ１クラスター（全てのヒストンクラスター１遺伝子）、ＣＤＫ６、ＬＲＲＣ１６Ａ、又はそれらの組み合わせを含む。様々な実施形態において、遺伝子／遺伝子座はＥＴＳ１を含む。様々な実施形態において、遺伝子／遺伝子座はＨＩＳＴ１クラスター（全てのヒストンクラスター１遺伝子）を含む。様々な実施形態において、遺伝子／遺伝子座はＣＤＫ６を含む。様々な実施形態において、遺伝子／遺伝子座はＬＲＲＣ１６Ａを含む。各遺伝子は、次の配列を含むことができる：ＳＬＣ２６Ａ４（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１−６）；ＤＬＧ４（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７）；ＧＩＰＲ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８−２７）；ＺＨＸ３（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２８−３０）；ＴＮＲＣ６Ｂ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３１−３８）；ＣＤＫ６（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３９−４０）；ＰＲＲ５Ｌ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４１−５４）；ＷＮＴ２Ｂ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５５−５８）；ＬＲＲＣ１６Ａ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５９−７５、３３５）；ＨＩＳＴ１クラスター（全てのヒストンクラスター１遺伝子−ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７６−１７３、３３８、３３９）；ＧＴＦ２ＩＲＤ２Ｂ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１７４−１８０）；ＥＴＳ１（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１８１−３２５）；ＳＬＣ５Ａ１（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３２６−３２７）；及びＴＥＴ２（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３２８−３３２、３３４）。

様々な実施形態において、リスクアレルは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１−３４１として表１に列挙されるリスクアレルのうち１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、又はそれ以上、或いはそれらの全てを含む。特定の実施形態において、リスクアレルは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１−３４１として表１に列挙されるリスクアレルのうち１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６５、６６、６７、６８、６９、７０、７１、７２、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９９、１００、又はそれ以上、或いはその全てを含む。様々な実施形態において、リスクアレルは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１−３４１として表１に列挙されたリスクアレルのうちＮ個を含み、ここで、Ｎは、３４１以下の自然数（即ち、１≦Ｎ≦３４１）である。様々な実施形態において、リスクアレルは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１−３４１として表１に列挙されたリスクアレルのうち１−５、５−１０、１０−１５、１５−２０、２０−２５、２５−３０、３０−３５、３５−４０、４０−４５、４５−５０、５０−５５、５５−６０、６０−６５、６５−７０、７０−７５、７５−８０、８０−８５、８５−９０、９０−９５、又は９５−１００を含む。様々な実施形態において、リスクアレルは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１−３４１として表１に列挙されたリスクアレルのうち１００−１０５、１０５−１１０、１１０−１１５、１１５−１２０、１２０−１２５、１２５−１３０、１３０−１３５、１３５−１４０、１４０−１４５、１４５−１５０、１５０−１５５、１５５−１６０、１６０−１６５、１６５−１７０、１７０−１７５、１７５−１８０、１８０−１８５、１８５−１９０、１９０−１９５、又は１９５−２００を含む。様々な実施形態において、リスクアレルは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１−３４１として表１に列挙されたリスクアレルのうち２００−２０５、２０５−２１０、２１０−２１５、２１５−２２０、２２０−２２５、３２５−２３０、２３０−２３５、２３５−２４０、２４０−２４５、２４５−２５０、２５０−２５５、２５５−２６０、２６０−２６５、２６５−２７０、２７０−２７５、２７５−２８０、２８０−２８５、２８５−２９０、２９０−２９５、又は２９５−３００を含む。様々な実施形態において、リスクアレルは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１−３４１として表１に列挙されたリスクアレルのうち３００−３０５、３０５−３１０、３１０−３１５、３１５−３２０、３２０−３２５、又は３３０−３４１を含む。

幾つかの実施形態において、被験体の遺伝子型は、被験体上で行われた以前の遺伝子試験又はゲノム試験から得ることができ、そのような以前の試験は、特にＩＢＤ又は任意の疾病に対しては行われなかった。例えば、被験体の遺伝子型は、被験体のゲノム配列決定結果の分析から得ることができ、又は、被験体個人の遺伝子情報又はゲノム情報を保管するデータベースから得ることができる。これら実施形態において、被験体の遺伝子型を同定することは、既に利用可能なデータを獲得且つ分析することを含むため、被験体に対して臨床試験を行うことを必要としない。他の実施形態において、例えば、個人の遺伝子情報又はゲノム情報が利用可能でない時、又は被験体或いは医師が新たな臨床試験を望む時、被験体の遺伝子型の同定は被験体に対する臨床試験の実行を必要とする。

本発明の様々な実施例において、被験体の遺伝子型を同定する工程は、被験体からサンプルを得る工程；及び遺伝子／遺伝子座でのリスクアレルについてサンプルの遺伝子型を同定する工程を含む。

幾つかの実施形態において、サンプルの遺伝子型を同定する工程は、リスクアレルに特異的なオリゴヌクレオチドプローブにサンプルを接触させる工程；オリゴヌクレオチドプローブとリスクアレルの間に、アレルに特異的なハイブリダイゼーション複合体を生成する工程；及びアレルに特異的なハイブリダイゼーション複合体の検出後、リスクアレルを検出する工程；或いはアレルに特異的なハイブリダイゼーション複合体を検出しなかった場合に、リスクアレルを検出しない工程を含む。様々な実施形態において、オリゴヌクレオチドプローブは蛍光色素で標識され、ここで、アレルに特異的なハイブリダイゼーション複合体の検出は、オリゴヌクレオチドプローブから蛍光シグナルを検出することを含む。様々な実施形態において、オリゴヌクレオチドプローブはレポーター色素及びクエンチャー色素を含む。特定の実施形態において、前記方法は、アレルに特異的なハイブリダイゼーション複合体を形成した後にＰＣＲ増幅を行なう工程を更に含む。様々な実施形態において、アレルに特異的なハイブリダイゼーション複合体を検出する工程は、アレルに特異的なハイブリダイゼーション複合体の電気泳動移動度を検出する工程を含む。

様々な実施形態において、サンプルの遺伝子型を同定する工程は、ＳＮＰのアレルに特異的に結合する検出剤にサンプルを接触させること；及び検出剤とＳＮＰのアレルとの間の結合レベルを検出することにより、サンプル中のＳＮＰのアレルを検出する工程を含む。アレルは、遺伝子型同定アッセイ、ＰＣＲ、逆転写ＰＣＲ、リアルタイムＰＣＲ、マイクロアレイ、ＤＮＡ配列決定、及びＲＮＡ配列決定の技術により検出することができる。

本発明の様々な実施形態は組成物を提供する。様々な実施形態において、組成物は、１つ以上の遺伝子／遺伝子座にて１つ以上のアレルに特異的に結合する１つ以上の検出剤を含む。この組成物は、疾病に関連付けられる遺伝子／遺伝子座を同定するために、及び／又はＩＢＤを進行させる可能性が低い又は高いことを予測するために、及び／又はＩＢＤに対する感受性又は保護を予測するために、及び／又はＩＢＤを診断するために、及び／又はＩＢＤを処置するために、及び／又はＩＢＤ治療を施すために使用され得る。

様々な実施形態において、検出剤は、オリゴヌクレオチドプローブ、核酸、ＤＮＡ、ＲＮＡ、アプタマー、ペプチド、タンパク質、抗体、アビマー（ａｖｉｍｅｒｓ）、又は小分子、或いはそれらの組み合わせである。幾つかの実施形態において、検出剤は、ＳＮＰのアレルを標的とする、アレルに特異的なオリゴヌクレオチドプローブである。様々な実施形態において、ＳＮＰのアレルはマイクロアレイの使用により検出される。幾つかの実施形態において、マイクロアレイは、オリゴヌクレオチドマイクロアレイ、ＤＮＡマイクロアレイ、ｃＤＮＡマイクロアレイ、ＲＮＡマイクロアレイ、ペプチドマイクロアレイ、タンパク質マイクロアレイ、又は抗体マイクロアレイである、或いはそれらの組み合わせである。

様々な実施形態において、ＳＮＰのアレルを検出する工程は：ＳＮＰのアレルを標的とする、１つ以上のアレルに特異的なオリゴヌクレオチドプローブにサンプルを接触させる工程；ＳＮＰのアレルと上述のアレルに特異的なオリゴヌクレオチドプローブとの間でのアレルに特異的な結合を介して、二本鎖構造のハイブリダイゼーション複合体を生成する工程；及びＳＮＰのアレルと上述のアレルに特異的なオリゴヌクレオチドプローブとの間でのアレルに特異的な結合を介して新たに生成された二本鎖構造のハイブリダイゼーション複合体を検出する工程を含む。幾つかの実施形態において、前記方法は、二本鎖ハイブリダイゼーション複合体のＰＣＲ増幅を行なう工程を更に含む。

様々な実施形態において、本発明は、アレル（例えば、表１に列挙される主要なアレル、小さなアレル、リスクアレル、及び非リスクアレル）の各々のために、アレルに特異的なオリゴヌクレオチドプローブを提供する。本発明に従い、上述のアレルに特異的なオリゴヌクレオチドプローブは、約１０−１５、１５−２０、２０−２５、２５−３０、３０−３５、３５−４０、４０−４５、又は４５−５０のヌクレオチドを含む場合があり；それらは、本明細書に開示されるようなＳＮＰの多形性の位置を包含する配列セグメントと同一、或いは相補的であり；そして、多形性の位置にて１つ又は他のアレルに特異的である。非限定的な例について、ｒｓ１０２４７４８７は、その多形性の位置（例えば、次の例となる配列（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１）のヌクレオチド５０１にある「Ｙ」）にて（前方の鎖の文脈における）Ｔ又はＣ何れかのアレルを有している。

従って、ｒｓ１０２４７４８７でのＴアレルのためのアレルに特異的なオリゴヌクレオチドプローブは、非限定的な例として、２１のヌクレオチドを含む場合があり；これら２１のヌクレオチドは、ヌクレオチド５０１がＴアレルとして設定される上記の例となる配列の配列セグメント４８１−５０１、４８２−５０２、４８３−５０３、４８４−５０４、４８５−５０５、４８６−５０６、４８７−５０７、４８８−５０８、４８９−５０９、４９０−５１１、４９１−５１１、４９２−５１２、４９３−５１３、４９４−５１４、４９５−５１５、４９６−５１６、４９７−５１７、４９８−５１８、４９９−５１９、５００−５２０、又は５０１−５２１と同一、或いは相補的の何れかである。逆に、ｒｓ１０２４７４８７でのＣアレルのためのアレルに特異的なオリゴヌクレオチドプローブは、非限定的な例として、２１のヌクレオチドを含む場合があり；これら２１のヌクレオチドは、ヌクレオチド５０１がＣアレルとして設定される上記の例となる配列の配列セグメント４８１−５０１、４８２−５０２、４８３−５０３、４８４−５０４、４８５−５０５、４８６−５０６、４８７−５０７、４８８−５０８、４８９−５０９、４９０−５１１、４９１−５１１、４９２−５１２、４９３−５１３、４９４−５１４、４９５−５１５、４９６−５１６、４９７−５１７、４９８−５１８、４９９−５１９、５００−５２０、又は５０１−５２１と同一、或いは相補的の何れかである。

様々な実施形態において、前記アレルに特異的なオリゴヌクレオチドプローブは１つ以上の蛍光色素で標識され、ここで、二本鎖ハイブリダイゼーション複合体の検出は、蛍光色素から蛍光シグナルを検出することを含む。幾つかの実施形態において、前記アレルに特異的なオリゴヌクレオチドプローブはレポーター色素及びクエンチャー色素で標識される。幾つかの実施形態において、二本鎖ハイブリダイゼーション複合体を検出する工程は、二本鎖ハイブリダイゼーション複合体の電気泳動移動度を検出する工程を含む。

様々な方法を使用して、変異型アレル又はハプロタイプの存在又は不在を検出することができる。例として、個体からの核酸の酵素的な増幅は、後の分析のために核酸を得るために使用され得る。変異型アレル又はハプロタイプの存在又は不在はまた、酵素的な増幅がない個体の核酸から直接判定され得る。

変異型アレル又はハプロタイプの存在又は不在の検出は、ポリメラーゼ連鎖反応による個体の核酸の増幅を含み得る。核酸の増幅のためのポリメラーゼ連鎖反応の使用は、当該技術分野で周知である（例えば、Ｍｕｌｌｉｓ ｅｔ ａｌ． （Ｅｄｓ．）， Ｔｈｅ Ｐｏｌｙｍｅｒａｓｅ Ｃｈａｉｎ Ｒｅａｃｔｉｏｎ， Ｂｉｒｋｈａｕｓｅｒ， Ｂｏｓｔｏｎ， （１９９４）を参照）。

個体からの核酸の分析は、増幅の有無にかかわらず、様々な技術のうち何れかを使用して行われてもよい。有用な技術には、限定されないが、ポリメラーゼ連鎖反応に基づく分析、配列分析、及び電気泳動分析が含まれる。本明細書で使用されるように、用語「核酸」は、例えばゲノムＤＮＡ、ｃＤＮＡ、及びｍＲＮＡを含む、一本鎖又は二本鎖ＤＮＡ又はＲＮＡ分子などのポリヌクレオチドを意味する。核酸という用語は、天然及び合成由来の核酸分子の他に、天然の核酸分子のセンス鎖又はアンチセンス鎖、或いはその両方を表す線形、環状、又は分枝の構成の分子も包含する。

Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓから入手可能なＴａｑｍａｎＢアレル判別アッセイは、変異型アレルの存在又は不在を判定するのに有用であり得る。ＴａｑｍａｎＢアレル判別アッセイにおいて、各アレルのために特異的、蛍光、色素で標識されたプローブが構築される。プローブは、各アレルの増幅を識別するためにＦＡＭ及びＶＩＣＴＭなどの異なる蛍光レポーター色素を含む。加えて、プローブはそれぞれ、蛍光共鳴エネルギー移動（ＦＲＥＴ）により蛍光をクエンチするクエンチャー色素を一端に有している。ＰＣＲの間に、プローブはそれぞれ、個体からの核酸中の相補的配列に特異的にアニールされる。Ｔａｑポリメラーゼの５’ヌクレアーゼ活性を使用して、アレルにハイブリダイズするプローブのみを切断する。切断は、クエンチャー色素からレポーター色素を分離し、その結果、レポーター色素により蛍光が増大する。故に、ＰＣＲ増幅により生成された蛍光シグナルは、どのアレルがサンプルに存在するかを示す。プローブとアレルとのミスマッチは、Ｔａｑポリメラーゼによる、プローブハイブリダイゼーション及び切断の両方の効率を減らし、その結果蛍光シグナルほとんどもたらさなくなるか、全くもたらさなくなる。アレル判別アッセイにおける改善された特異性は、例えばＫｕｔｙａｖｉｎらの「３’−ｍｉｎｏｒ ｇｒｏｏｖｅ ｂｉｎｄｅｒ−ＤＮＡ ｐｒｏｂｅｓ ｉｎｃｒｅａｓｅ ｓｅｑｕｅｎｃｅ ｓｐｅｃｉｆｉｃｉｔｙ ａｔ ＰＣＲ ｅｘｔｅｎｓｉｏｎ ｔｅｍｐｅｒａｔｕｒｅ， “Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ ２８：６５５−６６１ （２０００）」に記載されるように、ＤＮＡマイナーグルーブバインダー（ｍｉｎｏｒ ｇｒｏｖｅ ｂｉｎｄｅｒ）（ＭＧＢ）群をＤＮＡプローブに抱合させることによって達成することができる。マイナーグルーブバインダーには、限定されないが、ジヒドロシクロピロロインドールトリペプチド（ＤＰＩ）などの化合物が含まれる。

配列分析は、変異型アレル又はハプロタイプの存在又は不在を判定することにも有用な場合がある。

制限酵素断片長多型（ＲＦＬＰ）分析も、特定の変異型アレル又はハプロタイプの存在又は不在を判定することに有用な場合がある（Ｊａｒｃｈｏ ｅｔ ａｌ． ｉｎ Ｄｒａｃｏｐｏｌｉ ｅｔ ａｌ．， Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｈｕｍａｎ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ ｐａｇｅｓ ２．７．１−２．７．５， Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ＆ Ｓｏｎｓ， Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ； Ｉｎｎｉｓ ｅｔ ａｌ．，（Ｅｄ．）， ＰＣＲ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ， Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ： Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ， Ｉｎｃ． （１９９０））。本明細書で使用されるように、制限酵素断片長多型分析は、核酸の分解を触媒し、且つ特定塩基配列、一般的にパリンドローム又は逆向き反復配列を認識する、エンドヌクレアーゼである制限酵素を使用して遺伝的多型を識別するための方法である。当業者は、ＲＦＬＰ分析の使用が多型部位にて２つのアレルを識別することができる酵素に依存することを理解している。

アレルに特異的なオリゴヌクレオチドハイブリダイゼーションも、変異型アレル又はハプロタイプを検出するために使用され得る。アレルに特異的なオリゴヌクレオチドハイブリダイゼーションは、例えば変異型アレル又はハプロタイプを包含する配列に完全に相補的な配列を有する、標識されたオリゴヌクレオチドプローブの使用に基づく。適切な条件下で、アレルに特異的なプローブは、変異型アレル又はハプロタイプを含有する核酸にハイブリダイズするが、プローブと比較して１つ以上のヌクレオチドのミスマッチがある他のアレル又はハプロタイプにはハイブリダイズしない。望ましい場合、代替的なアレルに一致する第２のアレルに特異的なオリゴヌクレオチドプローブを使用することができる。同様に、アレルに特異的なオリゴヌクレオチド増幅の技術は、例えば、変異型アレル又はハプロタイプのヌクレオチド配列に完全に相補的であるが、他のアレル又はハプロタイプと比べて１つ以上のミスマッチがある、アレルに特異的なオリゴヌクレオチドプライマーの使用によって変異型アレル又はハプロタイプを選択的に増幅するために使用することができる（上述のＭｕｌｌｉｓ ｅｔ ａｌ．， （１９９４））。当業者は、変異型アレル又はハプロタイプと他のアレル又はハプロタイプとを識別する１つ以上のヌクレオチドのミスマッチが、アレルに特異的なオリゴヌクレオチドハイブリダイゼーションにおいて使用されるべきアレルに特異的なオリゴヌクレオチドプライマーの中心に好ましくは位置付けられると理解している。対照的に、ＰＣＲ増幅に使用されるべきアレルに特異的なオリゴヌクレオチドプライマーは、プライマーの３’末端にて変異型アレル又はハプロタイプと他のアレルとを識別する１つ以上のヌクレオチドのミスマッチを好ましくは含有している。

ヘテロ二本鎖移動度アッセイ（ＨＭＡ）は、変異型アレル又はハプロタイプを検出するために使用され得る別の周知のアッセイである。ＨＭＡは多形性の配列の存在を検出するのに有用であり、このことは、ミスマッチを抱えるＤＮＡ二本鎖が、完全に塩基対の二本鎖の移動度に比べてポリアクリルアミドゲルにおける移動度を低減したからである（Ｄｅｌｗａｒｔ ｅｔ ａｌ．， Ｓｃｉｅｎｃｅ ２６２：１２５７−１２６１ （１９９３）； Ｗｈｉｔｅ ｅｔ ａｌ．， Ｇｅｎｏｍｉｃｓ １２：３０１−３０６ （１９９２））。

一本鎖の立体配座多形（ＳＳＣＰ）の技術も、変異型アレル又はハプロタイプの存在又は不在を検出するために使用され得る（Ｈａｙａｓｈｉ， Ｋ．， Ｍｅｔｈｏｄｓ Ａｐｐｌｉｃ． １：３４−３８ （１９９１）を参照）。この技術を使用して、非変性ゲル電気泳動時に改変された電気泳動移動度を生成する一本鎖ＤＮＡの二次構造の差に基づいて、突然変異を検出することができる。多形性の断片は、試験断片と、既知のアレルを含有する対応する標準断片との電気泳動パターンを比較することにより検出される。

変性剤濃度勾配ゲル電気泳動（ＤＧＧＥ）も、変異型アレル又はハプロタイプを検出するために使用され得る。ＤＧＧＥにおいて、二本鎖ＤＮＡは、増大する濃度の変性剤含有するゲルにおいて電気泳動にかけられ；ミスマッチしたアレルで構成された二本鎖断片は、完全に相補的な配列と比較すると より急速に溶解して、そのような断片を異なって移動させるセグメントを持つ（Ｓｈｅｆｆｉｅｌｄ ｅｔ ａｌ．， “Ｉｄｅｎｔｉｆｙｉｎｇ ＤＮＡ Ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍｓ ｂｙ Ｄｅｎａｔｕｒｉｎｇ Ｇｒａｄｉｅｎｔ Ｇｅｌ Ｅｌｅｃｔｒｏｐｈｏｒｅｓｉｓ” ｉｎ Ｉｎｎｉｓ ｅｔ ａｌ．， ｓｕｐｒａ， １９９０）。

変異型アレル又はハプロタイプの存在又は不在を判定するのに有用な他の分子法が当該技術分野で知られており、本発明の方法に有用である。変異型アレル又はハプロタイプの存在又は不在を判定するための他の周知の手法には、自動化配列決定及びＲＮＡａｓｅミスマッチ技術が含まれる（Ｗｉｎｔｅｒ ｅｔ ａｌ．， Ｐｒｏｃ． Ｎａｔｌ． Ａｃａｄ． Ｓｃｉ． ８２：７５７５−７５７９ （１９８５））。更に、当業者は、複アレル又はハプロタイプの存在又は不在が判定される場合に、分子法の任意の組み合わせにより個々のアレル又はハプロタイプを検出することができることを理解している。通常は、Ｂｉｒｒｅｎ ｅｔ ａｌ． （Ｅｄｓ．） Ｇｅｎｏｍｅ Ａｎａｌｙｓｉｓ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ Ｖｏｌｕｍｅ １ （Ａｎａｌｙｚｉｎｇ ＤＮＡ） Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ， Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ （１９９７）を参照されたい。加えて、当業者は、個々の反応又は単一の反応において複アレルを検出することができること（「マルチプレックス」アッセイ）を理解している。上記を考慮して、当業者は、本発明の方法が、上述の周知のアッセイ又は別の当該技術分野で認識された遺伝子アッセイのうち１つ又は任意の組み合わせを使用して実施され得ることを理解している。

遺伝子同定
本発明の様々な実施形態は、疾病に関連付けられる遺伝子／遺伝子座を同定する方法を提供し、該方法は：疾病のコホートのサンプルから遺伝子データを獲得する工程；遺伝子データ上でＧＬＳ変換を行う工程であって、それにより遺伝子データの相関を失わせる、工程；ＧＬＳ変換された遺伝子データについて遺伝子に基づく分析を行なう工程；及び疾病に関連付けられる遺伝子／遺伝子座を同定する工程を含む。様々な実施形態において、疾病は、ＩＢＤ、ＣＤ、又はＵＣ、或いはそれらの組み合わせである。幾つかの実施形態において、コホートは、相関のある被験体又は家族被験体を含む。他の実施形態において、遺伝子データはＳＮＰ遺伝子型を含む。また他の実施形態において、ＧＬＳ変換を行う工程は、次の関数

或いはそれらの組み合わせに従い遺伝子データを変換する工程を含む。

様々な実施形態において、遺伝子に基づく分析を行う工程は、独立している又は相関しない被験体の想定に基づいて、遺伝子に基づく試験を適用する工程を含む。様々な実施形態において、遺伝子に基づく分析を行う工程は、Ｃ−アルファ、ＳＫＡＴ、ＳＫＡＴ−ＣｏｍｍｏｎＲａｒｅ、ＣＭＣ、ＷＳＳ、可変閾値、又は包括的アプローチ、或いはそれらの組み合わせを適用する工程を含む。

本発明の様々な実施形態は、疾病に関連付けられる遺伝子／遺伝子座を同定する方法を提供する。該方法は、疾病のコホートのサンプルから遺伝子データを獲得する工程；遺伝子データ上でＧＬＳ変換を行う工程であって、それにより遺伝子データの相関を失わせる、工程；ＧＬＳ変換された遺伝子データについて遺伝子に基づく分析を行なう工程；及び疾病に関連付けられる遺伝子／遺伝子座を同定する工程を含む。様々な実施形態において、疾病は、ＩＢＤ、ＣＤ、又はＵＣ、或いはそれらの組み合わせである。

様々な実施形態において、コホートは、相関のある被験体又は家族被験体を含む。幾つかの実施形態において、コホートは、疾病を抱えると診断された症例被験体を含む。幾つかの実施形態において、コホートは、健康である又は疾病を抱えると診断されていない対照被験体を含む。様々な実施形態において、遺伝子データはＳＮＰ遺伝子型を含む。

様々な実施形態において、ＧＬＳ変換を行う工程は、上述の関数（５）−（８）に従い遺伝子データを変換する工程を含む。様々な実施形態において、遺伝子に基づく分析を行う工程は、独立している又は相関しない被験体の想定に基づいて、遺伝子に基づく試験を適用する工程を含む。様々な実施形態において、遺伝子に基づく分析を行う工程は、Ｃ−アルファ、ＳＫＡＴ、ＳＫＡＴ−ＣｏｍｍｏｎＲａｒｅ、ＣＭＣ、ＷＳＳ、可変閾値、又は包括的アプローチ、或いはそれらの組み合わせを適用する工程を含む。

発明のキット
本発明の様々な実施形態はキットも提供する。キットは、１つ以上の遺伝子／遺伝子座にて１つ以上のアレルを検出するための１つ以上の検出剤；疾病に関連付けられる遺伝子／遺伝子座を同定するための、及び／又はＩＢＤを進行させる可能性が低い又は高いことを予測するための、及び／又はＩＢＤに対する感受性又は保護を予測するための、及び／又はＩＢＤを診断するための、及び／又はＩＢＤを処置するための、及び／又はＩＢＤ治療を施すための薬剤を使用する際の指示書から成る、又はそれらから実質的に成る、或いはそれらを含み得る。幾つかの実施形態において、１つ以上のアレルはＩＢＤに関連付けられるリスクアレルである。

本発明の様々な実施形態はキットも提供する。キットは、１つ以上の遺伝子／遺伝子座にて１つ以上のアレルを検出するための１つ以上の検出剤；疾病に関連付けられる遺伝子／遺伝子座を同定するための薬剤を使用する際の指示書から成る、又はそれらから実質的に成る、或いはそれらを含み得る。様々な実施形態において、キットは、疾病のコホートから得られたサンプルを更に含む。様々な実施形態において、疾病は、ＩＢＤ、クローン病（ＣＤ）、又は潰瘍性大腸炎（ＵＣ）である。

本発明の様々な実施形態はキットも提供する。キットは、１つ以上の遺伝子／遺伝子座にて１つ以上のリスクアレルを検出するための１つ以上の検出剤；ＩＢＤを進行させる可能性が低い又は高いことを予測するための、及び／又はＩＢＤに対する感受性又は保護を予測するための、及び／又はＩＢＤを診断するための、及び／又はＩＢＤを処置するための、及び／又はＩＢＤ治療を施すための薬剤を使用する際の指示書から成る、又はそれらから実質的に成る、或いはそれらを含む。様々な実施形態において、リスクアレルはＩＢＤに関連付けられる。様々な実施形態において、キットは、予後、診断、及び／又はＩＢＤの処置を望む被験体から得られたサンプルを更に含む。様々な実施形態において、ＩＢＤはクローン病（ＣＤ）又は潰瘍性大腸炎（ＵＣ）である。

様々な実施形態において、１つ以上の遺伝子／遺伝子座は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１−３４１として表１に列挙される遺伝子／遺伝子座のうち１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、又はそれ以上、或いはそれらの全てを含む。様々な実施形態において、１つ以上の遺伝子／遺伝子座は、ＳＬＣ２６Ａ４、ＤＬＧ４、ＧＩＰＲ、ＺＨＸ３、ＴＮＲＣ６Ｂ、ＣＤＫ６、ＰＲＲ５Ｌ、ＷＮＴ２Ｂ、ＬＲＲＣ１６Ａ、ＨＩＳＴ１クラスター（全てのヒストンクラスター１遺伝子）、ＧＴＦ２ＩＲＤ２Ｂ、ＥＴＳ１、ＳＬＣ５Ａ１、又はＴＥＴ２、或いはそれらの組み合わせを含む。様々な実施形態において、１つ以上の遺伝子／遺伝子座は、ＥＴＳ１、ＨＩＳＴ１クラスター（全てのヒストンクラスター１遺伝子）、ＣＤＫ６、ＬＲＲＣ１６Ａ、又はそれらの組み合わせを含む。様々な実施形態において、遺伝子／遺伝子座はＥＴＳ１を含む。様々な実施形態において、遺伝子／遺伝子座はＨＩＳＴ１クラスター（全てのヒストンクラスター１遺伝子）を含む。様々な実施形態において、遺伝子／遺伝子座はＣＤＫ６を含む。様々な実施形態において、遺伝子／遺伝子座はＬＲＲＣ１６Ａを含む。

様々な実施形態において、キットは、ＩＢＤ治療剤を更に含む。ＩＢＤ治療剤の例は、限定されないが抗ＴＮＦ治療剤及び抗ＴＬ１Ａ治療剤である。幾つかの実施形態において、ＩＢＤ治療剤は抗ＴＮＦ抗体である。幾つかの実施形態において、ＩＢＤ治療剤は抗ＴＬ１Ａ抗体である。

キットは、進歩性のある要素又はモジュールのうち少なくとも１つを含む物質又は構成要素の構築物である。様々な実施形態において、１つ以上の検出剤は、１つ以上のＳＮＰのアレルに特異的に結合する。幾つかの実施形態において、１つ以上のＳＮＰのアレルは、メジャーアレル、マイナーアレル、或いはその両方であり得る。幾つかの実施形態において、１つ以上のＳＮＰのアレルは、リスクアレル、非リスクアレル、又は保護アレル（ｐｒｏｔｅｃｔｉｏｎ ａｌｌｅｌｅ）、或いはそれらの組み合わせであり得る。

幾つかの実施形態において、１つ以上の検出剤は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１−３４１として表１に列挙された１つ以上のリスクアレルに特異的に結合する。幾つかの実施形態において、１つ以上の検出剤は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１−３４１として表１に列挙されるリスクアレルのうち１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、又はそれ以上、或いはその全てに特異的に結合する。特定の実施形態において、１つ以上の検出剤は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１−３４１として表１に列挙されるリスクアレルのうち１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６５、６６、６７、６８、６９、７０、７１、７２、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９９、又は１００、又はそれ以上、或いはその全てに特異的に結合する。幾つかの実施形態において、１つ以上の検出剤は、表１に列挙された１アレルのうちＮ個に特異的に結合し、ここで、Ｎは、３４１以下の自然数（即ち、１≦Ｎ≦３４１）である。様々な実施形態において、１つ以上の検出剤は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１−３４１として表１に列挙されたリスクアレルのうち１−５、５−１０、１０−１５、１５−２０、２０−２５、２５−３０、３０−３５、３５−４０、４０−４５、４５−５０、５０−５５、５５−６０、６０−６５、６５−７０、７０−７５、７５−８０、８０−８５、８５−９０、９０−９５、又は９５−１００に特異的に結合する。様々な実施形態において、１つ以上の検出剤は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１−３４１として表１に列挙されたリスクアレルのうち１００−１０５、１０５−１１０、１１０−１１５、１１５−１２０、１２０−１２５、１２５−１３０、１３０−１３５、１３５−１４０、１４０−１４５、１４５−１５０、１５０−１５５、１５５−１６０、１６０−１６５、１６５−１７０、１７０−１７５、１７５−１８０、１８０−１８５、１８５−１９０、１９０−１９５、又は１９５−２００に特異的に結合する。様々な実施形態において、１つ以上の検出剤は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１−３４１として表１に列挙されたリスクアレルのうち２００−２０５、２０５−２１０、２１０−２１５、２１５−２２０、２２０−２２５、３２５−２３０、２３０−２３５、２３５−２４０、２４０−２４５、２４５−２５０、２５０−２５５、２５５−２６０、２６０−２６５、２６５−２７０、２７０−２７５、２７５−２８０、２８０−２８５、２８５−２９０、２９０−２９５、又は２９５−３００に特異的に結合する。様々な実施形態において、１つ以上の検出剤は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１−３４１として表１に列挙されたリスクアレルのうち３００−３０５、３０５−３１０、３１０−３１５、３１５−３２０、３２０−３２５、３２５−３３０、３３０−３３５、３３５−３４０、３４０−３４１に特異的に結合する。

様々な実施形態において、１つ以上の検出剤は、被験体から得られた生物サンプルを接触させるために適用され；１つ以上の検出剤と１つ以上のアレルとの結合のレベルが検出される。幾つかの実施形態において、１つ以上の検出剤は、オリゴヌクレオチドプローブ、核酸、ＤＮＡ、ＲＮＡ、ペプチド、タンパク質、抗体、アプタマー、又は小分子、或いはそれらの組み合わせである。様々な実施形態において、結合のレベルはマイクロアレイを使用して検出される。幾つかの実施形態において、マイクロアレイは、オリゴヌクレオチドマイクロアレイ、ＤＮＡマイクロアレイ、ｃＤＮＡマイクロアレイ、ＲＮＡマイクロアレイ、ペプチドマイクロアレイ、タンパク質マイクロアレイ、又は抗体マイクロアレイである、或いはそれらの組み合わせである。

様々な実施形態において、１つ異常検出剤は、１つ以上のアレルに特異的なオリゴヌクレオチドプローブである。様々な実施形態において、オリゴヌクレオチドプローブは蛍光色素で標識される。様々な実施形態において、オリゴヌクレオチドプローブはレポーター色素及びクエンチャー色素を含む。様々な実施形態において、キットは、１つ以上の検出剤から蛍光シグナルを検出するように構成されたモジュールを更に含む。様々な実施形態において、キットは、ＰＣＲ増幅を行なうために構成されたモジュールを更に含む。

進歩性のあるキットに構成された構成要素の正確な性質は、その使用目的に依存する。使用説明書がキットに含まれてもよい。「使用説明書」は典型的に、望ましい結果に影響を及ぼすためにキットの構成要素を使用する際に利用されるべき技術を説明する、触知可能な表現を含んでいる。随意に、キットはまた、スプレーボトル又はスプレー缶、希釈剤、緩衝液、薬学的に許容可能な担体、シリンジ、カテーテル、塗布具（例えばクリーム、ゲル、又はローションなどの塗布具）、ピペッティング又は測定用の器具、包帯材料、又は当業者により容易に認識されるような他の有用な道具一式などの、他の有用な構成要素を含んでいる。

キットにおいて組み立てられた物質又は構成要素は、それらの操作性と有用性を維持する好都合且つ適切な方法で保管されて、従事者に提供され得る。例えば、検出剤は、溶解され、脱水され、或いは凍結乾燥された形態の場合があり；室温、冷蔵温度、又は冷凍温度で提供され得る。構成要素は典型的に適切な包装材料に含まれる。本明細書で利用されるように、句「包装材料」は、進歩性のある組成物などの、キットの内容物を収容するために使用される１つ以上の物理構造を指す。包装材料は、好ましくは無菌の汚染物質が無い環境を提供するために、周知の方法で構築される。キットに利用される包装材料は、アッセイ及び治療に慣習的に利用されるものである。本明細書で使用されるように、用語「包装」は、個々のキットの構成要素を保持することができる、ガラス、プラスチック、紙、ホイルなどの適切な固体マトリクス又は物質を指す。故に、例えば、包装は、本明細書に記載されるような適切な量の組成物を含めるために使用されるガラスバイアルであり得る。包装材料には通常、内容物、及び／又は、キット及び／又はその構成要素の目的を示す外部ラベルがある。

新たな遺伝子／領域、ＳＮＰ、及びリスクアレル
表１は、本発明の様々な実施形態に従い、遺伝子／領域、ＳＮＰ、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１−３４１）、及びリスクアレルの情報を提供する。「Ｄｉｓ」は疾患を表し；「ｇｅｎｅ．ｉ」は遺伝子ＩＤを表し；「ＳＮＰ」は一塩基多型を表し；「ｒｓＩＤ」は基準ＳＮＰクラスターＩＤ（ｒｓ番号）を表し；「ｃｈｒ」はクロモソームを表し；「ｐｏｓ＿ｈｇ１９」はヒトゲノムのバージョン１９における位置を表し；「ｐｏｓ＿ｈｇ１９」はヒトゲノムのバージョン１８における位置を表し；「Ａ１」はマイナーアレルを表し；「Ａ２」はメジャーアレルを表し；「ｒｉｓｋ．ａｌｌｅｌｅ」は、疾患リスクの増加につながるアレルを表し；「ＯＲ．ｒｉｓｋ．ａｌｌｅｌｅ」は、リスクアレルのメタ分析におけるオッズ比を表し；「Ｆ＿Ａ＿ｃｅｄａｒｓ」は、Ｃｅｄａｒｓの影響を受けた症例におけるマイナーアレルの頻度を表し；「Ｆ＿Ｕ＿ｃｅｄａｒｓ」は、Ｃｅｄａｒｓの影響を受けない対照におけるマイナーアレルの頻度を表し；「ＯＲ＿ｃｅｄａｒｓ」は、Ｃｅｄａｒｓコホートにおけるオッズ比を表し；「ＳＥ＿ｃｅｄａｒｓ」は、Ｃｅｄａｒｓコホートにおける対数（ＯＲ）に関する標準誤差を表し；「Ｌ９５＿ｃｅｄａｒｓ」は、ＣｅｄａｒｓコホートにおけるＯＲの９５％の信頼区間の下限を表し；「Ｕ９５＿ｃｅｄａｒｓ」は、ＣｅｄａｒｓコホートにおけるＯＲの９５％の信頼区間の上限を表し；「ＳＴＡＴ＿ｃｅｄａｒｓ」は、Ｃｅｄａｒｓコホートにおける検定統計量（Ｚ値）を表し；「Ｐ＿ｃｅｄａｒｓ」はＣｅｄａｒｓコホートにおけるＰ値を表し；「Ｆ＿Ａ＿ｉｉｂｄｇｃ」は、ＩＩＢＤＧＣの影響を受けた症例におけるマイナーアレルの頻度を表し；「Ｆ＿Ｕ＿ｉｉｂｄｇｃ」は、ＩＩＢＤＧＣの影響を受けない対照におけるマイナーアレルの頻度を表し；「ＯＲ＿ｉｉｂｄｇｃ」は、ＩＩＢＤＧＣコホートにおけるオッズ比を表し；「ＳＥ＿ｉｉｂｄｇｃ」は、ＩＩＢＤＧＣコホートにおける対数（ＯＲ）に関する標準誤差を表し；「Ｌ９５＿ｉｉｂｄｇｃ」は、ＩＩＢＤＧＣコホートにおけるＯＲの９５％の信頼区間の下限を表し；「Ｕ９５＿ｉｉｂｄｇｃ」は、ＩＩＢＤＧＣコホートにおけるＯＲの９５％の信頼区間の上限を表し；「ＳＴＡＴ＿ｉｉｂｄｇｃ」は、ＩＩＢＤＧＣコホートにおける検定統計量（Ｚ統計量）を表し；「Ｐ＿ｉｉｂｄｇｃ」はＩＩＢＤＧＣコホートにおけるＰ値を表し；「ｂｅｔａ＿ｍｅｔａ＿ｆｉｘｅｄ」は、メタ分析における対数（ＯＲ）を表し；「ｓｅ＿ｍｅｔａ＿ｆｉｘｅｄ」は、メタ分析における対数（ＯＲ）の標準誤差を表し；及び「Ｐ＿ｍｅｔａ＿ｆｉｘｅｄ」は、メタ分析におけるＰ値を表す。

多くの変形及び代替的な要素が、本発明の実施形態において開示されてきた。また更なる変形及び代替的な要素が当業者に明白となるであろう。これらの変形の中には、限定されないが、進歩性のある方法、組成物、キット、及びシステム、並びに、診断、想定、或いは処置され得る様々な疾病、疾患、及び障害のための構成モジュールの選択がある。本発明の様々な実施形態は、これらの変形又は要素のうち何れかを特異的に含むか、或いは除外することができる。

幾つかの実施形態において、本発明の特定の実施形態を説明且つ請求するために使用される、成分の量、濃度などの特定、反応条件などを表す数は、用語「約」によって幾つかの例において修飾されているものとして理解されるべきである。従って、幾つかの実施形態において、明細書及び添付の請求項に記載される数的なパラメーターは、特定の実施形態によって得られるように求められる望ましい特性に依存して変動し得る。幾つかの実施形態において、数的パラメーターは、報告された有効数字の数に照らして、及び通常の四捨五入の技術の適用により、解釈されるべきである。本発明の実施形態の広い範囲を説明する数値域とパラメーターが概算的なものであるにもかかわらず、特定の実施例で述べられた数値は、実行可能な限り正確に報告される。本発明の幾つかの実施形態に提示される数値は、それぞれの試験測定値に見出される標準偏差から必ず結果として生じる特定の誤差を包含し得る。

本明細書に開示される本発明の代替的な要素又は実施形態のグループ分けは、限定的なものとして解釈されるものではない。各グループのメンバーは、個々に、或いは、グループの他のメンバー又は本明細書で見出される他の要素との任意の組み合わせで言及し、且つ請求することができる。グループの１つ以上のメンバーは、利便性及び／又は特許性の理由のためにグループに含まれ、又はそこから削除され得る。任意のそのような包含又は欠失が生じると、本明細書は、修飾されるようなグループを含むと認められ、故に、添付の請求項に使用されるすべてのマーカッシュグループの書面での記載を満たす。

本発明は、以下の実施例によって更に説明され、これらは、本発明の純粋な典型となるように意図されており、あらゆる方法で本発明を制限するものと考慮されるべきではない。以下の実施例は、請求された発明をより良く例示するために提供されるものであり、本発明の範囲を制限するものと解釈されるべきではない。特定の物質が言及される程度にまで、それは単なる例示目的のためのものであり、本発明を制限するようには意図されていない。当業者は、進歩性のある能力の行使なしに、且つ本発明の範囲から逸脱することなく、同等な手段又は反応物を開発するかもしれない。

実施例１ ＧＬ−ＳＫＡＴ：家族構造を持つコホートにおける遺伝子に基づく分析のための新たな手法
遺伝子に基づく分析は、複合疾患のための新たな遺伝子座の同定に重要であり得る。しかしながら、利用可能な手法の大半は、集団に基づく症例−対照のサンプルを目的とする独立的な仮定に基づく。ここで、複雑な家族構造を含むデータを使用して遺伝子を同定するために、一般化された最小二乗（ＧＬＳ）に基づく分析戦略を提案した。この手法の有理数を次のように説明することができる。

１セットの遺伝因子Ｘ及び結果ｙの会合の直線的な特異化を前提として、

がある。

次のように結果ｙの変動を書くことができると仮定する：

サンプル中の被験体が相関されないと、βの推定は次のように書くことができる：

サンプルが例えば家族に基づくサンプルにおいて相関されると、βの最小二乗推定法（ＯＬＳ）の推定は不確実になり、

の偏った推定に繋がることとなる。このことは、大半の遺伝子に基づく試験を含む、独立的な仮定に基づいたあらゆるモデルに影響を及ぼすことになる。

線形モデルにおける独立仮定の妨害の解決策の１つは、一般化された最小二乗変換を行なうことである。以下を行う：

そしてＧＬＳ変換されたモデルを次のように書くことができる：

そして変換されたモデルに基づいた推定を次のように書くことができる：

明らかに、これは構造によって最良線型不偏予測量（ＢＬＵＰ）である。言いかえれば、ＧＬＳ変換後、データは、不偏推定量を保持する間に相関を失う。それにより、独立仮定で開発されたモデルを、ＧＬＳ変換されたデータに適用することができる。ここで、遺伝子に基づく分析のために、独立想定が保持される間に大半のシナリオにおいてより優れたパフォーマンスを持つことから、ＧＬＳ変換されたデータにおいてＳＫＡＴ−ＣｏｍｍｏｎＲａｒｅを適用することを選択する。変換マトリクスＧは、類似マトリクス（ｋｉｎｓｈｉｐ ｍａｔｒｉｘ）の分解の逆数として計算された。この手法をＧＬＳ−ＳＫＡＴと称する。

実施例２−遺伝子に基づく分析を介して同定された多数の新たな遺伝子座
単一のＳＮＰに基づく会合は、大半はその単純さと容易さにより、大半のＧＷＡＳ所見を駆り立てる（図１Ａ）。これは、単一のＳＮＰの頻度が症例及び対照において同じものであるかどうかを試験するものである。しかし、この会合には、複数の試験補正、変異体数の増加の禁止、多数の弱いシグナルの無視；及び幾つかの原因遺伝子座の欠失を含む、幾つかの欠点がある。

遺伝子に基づく分析は、単一のＳＮＰを見る代わりに、遺伝子全体を調べる（図１Ｂ）。これは、与えられた遺伝子中の全てのＳＮＰの分布が症例及び対照において同じものであるかどうかを試験するものである。この分析は、効果が弱い多数の原因ＳＮＰがあると、より強力となる。この分析により、何百万ものＳＮＰ及び約２５０００の既知の遺伝子に対する複数の試験ペナルティを減らすことができる。

遺伝子に基づく分析のための現行の手法には、データ崩壊（ｄａｔａ ｃｏｌｌａｐｓｉｎｇ）手法（例えば、Ｃｏｍｂｉｎｉｎｇ Ｍｕｌｔｉｖａｒｉａｔｅ ａｎｄ Ｃｏｌｌａｐｓｉｎｇの手法（ＣＭＣ）、Ｗｅｉｇｈｔｅｄ Ｓｕｍ Ｓｔａｔｉｓｔｉｃｓ（ＷＳＳ）、可変閾値、及び包括的な手法）、及び分布に基づく手法（例えば、Ｃ−アルファ、ＳＮＰ Ｓｅｔ Ｋｅｒｎｅｌ Ａｓｓｏｃｉａｔｉｏｎ Ｔｅｓｔ（ＳＫＡＴ）、及びＳＫＡＴ−ＣｏｍｍｏｎＲａｒｅ）が含まれる。これら手法の大半は、被験体の独立性を仮定して、集団に基づく設計のみに適用することができる。

本発明は、家族における遺伝子に基づく分析のための新たな手法のＧＬＳ−ＳＫＡＴを提供する。以下の線形モデルを考慮する：

独立した被験体については、以下である：

相関された被験体については、以下である：

相関されたデータを変換するために、以下を行う：

そのため、線形モデルにおいてＴを乗じることができる：

その後、以下となる：

即ち、相関されたデータはここで「相関を失う」。

ＧＬＳ変換されたデータでのＯＬＳの推定：

これは、真のモデルの最大の尤度の正確な推定である：

ＧＬＳ−ＳＫＡＴは、ｉＣｈｉｐデータＣｅｄａｒｓ対ＢＢＣ：４６００の症例及び６８００の対照に適用される。ＳＫＡＴ−ＣｏｍｍｏｎＲａｒｅは。ＩＩＢＤＧＣ（Ｃｅｄａｒｓ及びＢＢＣのサンプルを除く）：３０２００の症例及び２９７００の対照に適用される。ＰＣＡは、交絡因子のために対照に含まれる。遺伝子領域は、各遺伝子の１００ｋｂ上流及び下流として定義される。分析は、ＩＢＤ、及び少なくとも２つのＳＮＰを持つ遺伝子（約８０００の遺伝子）に焦点を合わせる。故に、有意な閾値は０．０５／８０００の＝６．２５Ｅ−６である。Ｆｉｓｈｅｒの組み合わせたＰ値は、遺伝子レベルｐ値のメタ分析のために使用される。

Ｔｅｔメチルシトシンジオキシゲナーゼ２のためのＴＥＴ２コードは、調節性Ｔ細胞分化を駆り立て且つ免疫ホメオスタシスを維持するために、Ｆｏｘｐ３脱メチル化に関与する。

ＬＲＲＣ１６Ａ（１６Ａを含有するロイシンリッチリピート）はタンパク質コーディング遺伝子である。ＬＲＲＣ１６Ａに関連付けられる疾患には急性尿酸塩性ネフロパシーが含まれる。この遺伝子の重要なパラログはＬＲＲＣ１６Ｂである。ＬＲ１６Ａ＿ＨＵＭＡＮ Ｑ５ＶＺＫ９は、高親和性でＣＡＰＺＡ２に結合し、アクチンの反矢じり端のためにＣＡＰＺＡ２親和性を有意に減少させる。これにより、ＣＡＰＺＡ２の存在下で種から伸長の速度が増大する。しかし、フィラメントを核形成することはできないと思われる。これはＣＡＰＺＡ２でキャッピングされた反矢じり端のキャップを急速に外し、反矢じり端アクチン重合ｂ類似性を増強する。これにより、ラメリポディアにおけるアクチン動態が制御される場合があり、細胞移動のために必要とされる。

全体のＨＩＳＴ１領域には結合会合がある。ＨＩＳＴ１クラスター部分１（〜２６．２Ｍ、第１の部分）及びＨＩＳＴ１クラスター部分２（〜２７．８Ｍ、第２の部分）。１つの大きな領域に〜１．６Ｍ（２６．２Ｍ〜２７．８Ｍ）を組み合わせた後、全体的な領域に基づく会合のＰ値は、１．６４ｘ１０−７である。

ＢＴＮ３Ａ１／Ａ２／Ａ３は、興味深い遺伝子群である。ブチロフィリン、亜科３は、Ｂ７ファミリーに属するものであり、Ｔ細胞及びＮＫ細胞などの様々な免疫細胞の中で発現される。ＢＴＮ３／ＣＤ２７７は、３つの構造上関連するメンバーである、ＢＴＮ３Ａ１、ＢＴＮ３Ａ２、及びＢＴＮ３Ａ３を含む。ＢＴＮ３／ＣＤ２７７は、適応的免疫反応におけるＴ細胞応答における役割を果たし、活性化Ｔ細胞からのＩＦＮＧの放出を阻害する。ＢＴＮ３／ＣＤ２７７はヒトγδＴ細胞の抗原活性化において重要な役割を果たす。ＢＴＮ３／ＣＤ２７７は、Ｔ細胞及びＮＫ細胞において免疫シグナルの共調節因子としてＣＤ２７７に対して異なった役割を有している（例えば、Ｍｅｓｓａｌ Ｎ， Ｍａｍｅｓｓｉｅｒ Ｅ， ｅｔ ａｌ． Ｅｕｒ Ｊ Ｉｍｍｕｎｏｌ． ２０１１ Ｄｅｃ；４１（１２）：３４４３−５４を参照）。Ｔ細胞は全てのＢＴＮ３／ＣＤ２７７転写を発現しているが、ＮＫ細胞は、Ｂ３０．２細胞内ドメインを欠いているＢＴＮ３Ａ２を大抵は発現する。更に、ＮＫｐ３０で誘導されたサイトカイン産生は、ＢＴＮ３Ａ１トリガー（ｔｒｉｇｇｅｒｉｎｇ）ではなく，ＢＴＮ３Ａ２の特異的な結合によって減少する。

ｉＣｈｉｐデータの遺伝子に基づく分析を介して１４の新たな遺伝子座を同定した（図４及び表１）。その全てには多数の弱いシグナルがあり、一方で一部のシグナルは結合モデルにおいて非常に強力である。ＢＴＮ３Ａ２はまた、ＬＲＲＣ１６Ａ領域のｅＱＴＬ分析に基づいてＩＢＤの病原論に強く関係付けられる。

実施例３−遺伝子に基づく分析は多数の新たなＩＢＤ遺伝子座を同定した
２００を超える遺伝子座は、ほとんどは単一のＳＮＰ分析を介して炎症性腸疾患（ＩＢＤ）において同定された。この研究において、単一のＳＮＰ分析において欠失された新たなＩＢＤ遺伝子座を同定するために、遺伝子中の全てのＳＮＰからシグナルを組み合わせる遺伝子に基づく分析を利用することを目的とする。

Ｃｅｄａｒｓ−Ｓｉｎａｉ Ｍｅｄｉｃａｌ Ｃｅｎｔｅｒからの３３１２のＩＢＤ症例、及びＩｍｍｕｎｏＣｈｉｐデータを持つ７１５４の家族及び集団に基づく対照が、発見コホートとして含まれていた。＜０．０５の遺伝子レベルのｐ値を持つ遺伝子はその後、ＩＩＢＤＧＣにおいて複製された（発見段階で重複されたサンプルが除外される、３０１７９の症例及び２９６７８の対照）。ＳＫＡＴ−ＣｏｍｍｏｎＲａｒｅを行い、遺伝子レベル会合を評価した。Ｆｉｓｈｅｒの組み合わせたｐ値を計算し、発見及び複製のコホートからｐ値を組み合わせた。６．２５Ｅ−６のボンフェローニ調整された有意閾値は、ｉＣｈｉｐ上で少なくとも２つのＳＮＰを持つ７，９２４の遺伝子を計数するための遺伝子に基づくｐ値のために使用された。

ＩＬ２３Ｒ及びＮＯＤ２などの既知のＩＢＤ遺伝子に加えて、ＩＢＤに関連付けられる多数の新たな遺伝子を同定した。それら遺伝子には、ＴＥＴ２（発見ｐ値０．０１９、複製ｐ値２．８２Ｅ−９、組み合わせたｐ値１．３３Ｅ−９）；ＬＲＲＣ１６Ａ（発見ｐ値１．５５Ｅ−６、複製ｐ値３．４３Ｅ−５、組み合わせたｐ値１．１９Ｅ−８）；及びヒストンクラスター１遺伝子座における多数の遺伝子（例えば、ＨＩＳＴ１Ｈ４Ｈ、発見ｐ値２．８９Ｅ−５、複製ｐ値２．４４Ｅ−４、組み合わせたｐ値４．２４Ｅ−６；ＨＩＳＴ１Ｈ１Ｂ、発見ｐ値１．４５Ｅ−４、複製ｐ値８．６１Ｅ−５、組み合わせたｐ値２．４１Ｅ−７）が含まれる。これら遺伝子のＳＮＰを表１に列挙する。

我々のバイオインフォマティクス分析は、ＬＲＲＣ１６Ａシグナルを駆り立てる上位のＳＮＰ（ｒｓ７７５２１９５）が、適応的免疫反応を調節する際に重要な役割を果たす、ＢＴＮ３Ａ２の強力な表現定量的形質遺伝子座（ｅＱＴＬ）（ｓｅｅＱＴＬにおいて、ｐ＝５．９６Ｅ−５１；ＳＣＡＮｄｂにおいて、ｐ＝８Ｅ−９；ＧｅｎｅＶａｒにおいて、ｐ＝０．００２５）であることを示している。更に、現行の研究において同定された上位の遺伝子である、転座（Ｔｅｔ）メチルシトシンジオキシゲナーゼ２をコードするＴＥＴ２は、ＦＯＸＰ３のＤＮＡ脱メチル化を介してＴ細胞分化を駆り立てると報告された。また、クロマチン構造の調節によりインターロイキン６（ＩＬ−６）転写を媒介することも報告された。

任意の特定の理論に縛られることなく、現行の研究において遺伝子に基づく分析を介して強く同定された新たな遺伝子座は、遺伝子レベルにて以前の単一のＳＮＰに基づくＧＷＡＳを再調査することが有益であることを、強く示唆している。

上述の様々な方法及び技術は、本出願を実行するための多くの方法を提供する。もちろん、必ずしも全ての目的又は利点が、本明細書に記載される特定の実施形態に従って達成することはできないことを、理解されたい。故に、例えば当業者は、本明細書で教示又は示唆されるような他の目的又は利点を必ずしも達成することなく、本明細書に教示される１つの利点又は利点の群を達成又は最適化する様式で、前記方法を行うことができることを認識する。様々な代案が本明細書で言及される。幾つかの好ましい実施形態が、１つの、別の、又は様々な特徴を特異的に含む一方で、他の実施形態は１つの、別の、又は様々な特徴を特異的に除外し、また他の実施形態は、１つの、別の、又は様々な都合の良い特徴を含めることによって特定の特徴を軽減することを、理解されたい。

更に当業者は、異なる実施形態から様々な特徴の適用可能性を認識することとなる。同様に、上記で議論された様々な要素、特徴、及び工程の他、そのような要素、特徴、又は工程の各々について他の既知の同等物が、本明細書に記載される原理に従って方法を行うために、この技術分野における当業者によって様々な組み合わせで利用され得る。様々な要素、特徴、及び工程の中で、その幾つかは、多様な実施形態において特異的に含まれ、その他は特異的に除外される。

本出願は特定の実施形態及び実施例の文脈において開示されてきたが、本出願の実施形態が、アプリケーションはある実施形態および例の文脈の中で開示されたが、それは、及び／又は使用する他の実施例および変更に対して特異的に開示された実施形態およびその同等物を越えてアプリケーションの実施形態が拡張する当業者により理解される。

本出願の好ましい実施形態が本明細書に記載され、本出願を実行するために発明者に知られる最良の様式が含まれている。そのような好ましい実施形態に対する変形は、前述の記載を読むことで当業者に明白となる。当業者がそのような変形を適切なものとして利用することができ、且つ本出願が本明細書に具体的に記載されるより他に実施することができることが、考慮される。従って、本出願の多くの実施形態は、準拠法によって許容されるように、本明細書に添付される請求項に詳述された内容の改変及び同等物を全て含む。更に、本明細書中で他に示されない又は文脈により明確に否定されない限り、全ての可能な変形における上記の要素の任意の組み合わせは、本出願に包含される。

本明細書で参照される、特許、特許出願、特許出願公開、並びに、論文、書籍、仕様書、刊行物、文書、事物（ｔｈｉｎｇｓ）などの他の資料は全て、全ての目的のためにそれら全体において参照によって本明細書に組み込まれるが、それらに関連付けられる訴追の履歴、本文書に一貫しない又は抵触するものの何れか、本文書に現在又は後に関連付けられる最も広範な特許請求の範囲に関して限定的な影響があるものの何れかは除外される。一例として、組み込まれた資料の何れかに関連付けられる用語、及び本文書に関連付けられる用語の記載、定義、及び／又は使用において何らかの不一致又は抵触が存在する場合には、本文書中の用語の記載、定義、及び／又は使用が優先される。

本明細書に開示される本出願の実施形態は、本出願の実施形態の原理を例示するものであることを、理解されたい。利用可能な他の改変は、本出願の範囲内である。故に、一例として、限定されないが、本出願の実施形態の代替的な構成は、本明細書の教示に従って利用することができる。従って、本出願の実施形態は、以前に示され且つ記載されたようなものには限定されない。

本発明の様々な実施形態は、詳細な説明において上述されている。これらの記載は上述の実施形態を直接説明しているが、当業者は、本明細書に示され且つ記載された特異的な実施形態に対して改変及び／又は変形を想到する場合があることが理解される。この記載の範囲内にあるそのような改変又は変形は、同様にその中に含まれるように意図されている。具体的に注記されていない限り、明細書及び請求項の中の単語及び句は、適用可能な分野における当業者にとって通常であり且つ慣れ親しまれている意味を与えられていることが、発明者により意図されている。

本出願の出願時点で出願人に知られる本発明の様々な実施形態の前述の記載が提示されており、例示及び説明の目的のために意図されている。この記載は、包括的となるように、又は、本発明を開示される正確な形態に制限するようには意図されておらず、多くの改変と変形が、上記の教示に照らして可能となる。記載される実施形態は、本発明の原理及びその実用化を説明し、且つ、当業者が様々な実施形態で且つ考慮される特定の使用に適するような様々な改変と共に本発明を利用することを可能にするのに役立つ。それ故、本発明は、本発明を実行するための開示された特定の実施形態には制限されないことが、意図されている。

本発明の特定の実施形態が示され且つ記載されてきた一方で、本明細書における教示に基づき、変更及び改変が本発明及びその広範囲の態様から逸脱することなく行われ得ることは当業者に明白であり、それ故、添付の請求項はその範囲内に、そのような変更及び改変を全て、本発明の真の趣旨及び範囲内にあるように包含する。

Claims (26)

1. 被験体の炎症性腸疾患（ＩＢＤ）を進行させる可能性が高い又は低いことを予測する方法であって、該方法は：
   遺伝子／遺伝子座のリスクアレルについて被験体の遺伝子型を同定する工程；及び
   リスクアレルの検出後、被験体においてＩＢＤを進行させる可能性が高いことを予測する工程；或いはリスクアレルが検出されない場合、被験体においてＩＢＤを進行させる可能性が低いことを予測する工程
   を含むことを特徴とする、方法。
2. 遺伝子／遺伝子座は、ＳＬＣ２６Ａ４、ＤＬＧ４、ＧＩＰＲ、ＺＨＸ３、ＴＮＲＣ６Ｂ、ＣＤＫ６、ＰＲＲ５Ｌ、ＷＮＴ２Ｂ、ＬＲＲＣ１６Ａ、ＨＩＳＴ１クラスター（全てのヒストンクラスター１遺伝子）、ＧＴＦ２ＩＲＤ２Ｂ、ＥＴＳ１、ＳＬＣ５Ａ１、又はＴＥＴ２、或いはそれらの組み合わせを含む、ことを特徴とする請求項１に記載の方法。
3. 遺伝子／遺伝子座は、ＥＴＳ１、ＨＩＳＴ１クラスター（全てのヒストンクラスター１遺伝子）、ＣＤＫ６、ＬＲＲＣ１６Ａ、又はそれらの組み合わせを含む、ことを特徴とする請求項１に記載の方法。
4. 遺伝子／遺伝子座は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１−ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３４１のうち１つ以上を含む、ことを特徴とする請求項１に記載の方法。
5. 被験体の遺伝子型を同定する工程は、
   被験体からサンプルを得る工程；及び
   遺伝子／遺伝子座でのリスクアレルについてサンプルの遺伝子型を同定する工程
   を含むことを特徴とする請求項１に記載の方法。
6. サンプルの遺伝子型を同定する工程は、
   リスクアレルに特異的なオリゴヌクレオチドプローブにサンプルを接触させる工程；
   オリゴヌクレオチドプローブとリスクアレルの間に、アレルに特異的なハイブリダイゼーション複合体を生成する工程；及び
   アレルに特異的なハイブリダイゼーション複合体の検出後、リスクアレルを検出する工程；或いはアレルに特異的なハイブリダイゼーション複合体を検出しなかった場合に、リスクアレルを検出しない工程
   を含むことを特徴とする請求項５に記載の方法。
7. オリゴヌクレオチドプローブは蛍光色素で標識され、ここで、アレルに特異的なハイブリダイゼーション複合体の検出は、オリゴヌクレオチドプローブから蛍光シグナルを検出することを含む、ことを特徴とする請求項６に記載の方法。
8. オリゴヌクレオチドプローブはレポーター色素及びクエンチャー色素を含む、ことを特徴とする請求項６に記載の方法。
9. アレルに特異的なハイブリダイゼーション複合体を形成した後にＰＣＲ増幅を行なう工程を更に含む、請求項６に記載の方法。
10. 被験体の炎症性腸疾患（ＩＢＤ）を診断する方法であって、該方法は：
    遺伝子／遺伝子座でのリスクアレルについて被験体のサンプルの遺伝子型を同定する工程；
    リスクアレルの検出後、被験体のＩＢＤを診断する工程；及び
    ＩＢＤと診断された被験体にＩＢＤ治療を施す工程であって、それにより被験体のＩＢＤを処置する、工程
    を含むことを特徴とする、方法。
11. 遺伝子／遺伝子座は、ＳＬＣ２６Ａ４、ＤＬＧ４、ＧＩＰＲ、ＺＨＸ３、ＴＮＲＣ６Ｂ、ＣＤＫ６、ＰＲＲ５Ｌ、ＷＮＴ２Ｂ、ＬＲＲＣ１６Ａ、ＨＩＳＴ１クラスター（全てのヒストンクラスター１遺伝子）、ＧＴＦ２ＩＲＤ２Ｂ、ＥＴＳ１、ＳＬＣ５Ａ１、又はＴＥＴ２、或いはそれらの組み合わせを含む、ことを特徴とする請求項１０に記載の方法。
12. 遺伝子／遺伝子座は、ＥＴＳ１、ＨＩＳＴ１クラスター（全てのヒストンクラスター１遺伝子）、ＣＤＫ６、ＬＲＲＣ１６Ａ、又はそれらの組み合わせを含む、ことを特徴とする請求項１０に記載の方法。
13. 遺伝子／遺伝子座は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１−ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３４１のうち１つ以上を含む、ことを特徴とする請求項１０に記載の方法。
14. ＩＢＤ治療は、抗ＴＮＦ治療、抗ＴＬ１Ａ治療、結腸切除、又はそれらの組み合わせを含む、ことを特徴とする請求項１０に記載の方法。
15. 遺伝子／遺伝子座でのリスクアレルについて被験体のサンプルの遺伝子型を同定する工程；
    リスクアレルの検出後、被験体のＩＢＤを診断する工程；及び
    ＩＢＤと診断された被験体にＩＢＤ治療を施す工程であって、それにより被験体のＩＢＤを処置する、工程
    を含むことを特徴とする、方法。
16. 遺伝子／遺伝子座は、ＳＬＣ２６Ａ４、ＤＬＧ４、ＧＩＰＲ、ＺＨＸ３、ＴＮＲＣ６Ｂ、ＣＤＫ６、ＰＲＲ５Ｌ、ＷＮＴ２Ｂ、ＬＲＲＣ１６Ａ、ＨＩＳＴ１クラスター（全てのヒストンクラスター１遺伝子）、ＧＴＦ２ＩＲＤ２Ｂ、ＥＴＳ１、ＳＬＣ５Ａ１、又はＴＥＴ２、或いはそれらの組み合わせを含む、ことを特徴とする請求項１５に記載の方法。
17. 遺伝子／遺伝子座は、ＥＴＳ１、ＨＩＳＴ１クラスター（全てのヒストンクラスター１遺伝子）、ＣＤＫ６、ＬＲＲＣ１６Ａ、又はそれらの組み合わせを含む、ことを特徴とする請求項１５に記載の方法。
18. 遺伝子／遺伝子座は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１−ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３４１のうち１つ以上を含む、ことを特徴とする請求項１５に記載の方法。
19. ＩＢＤ治療は、抗ＴＮＦ治療、抗ＴＬ１Ａ治療、結腸切除、又はそれらの組み合わせを含む、ことを特徴とする請求項１５に記載の方法。
20. 疾病に関連付けられる遺伝子／遺伝子座を同定する方法であって、該方法は：
    疾病のコホートのサンプルから遺伝子データを獲得する工程；
    遺伝子データ上でＧＬＳ変換を行う工程であって、それにより遺伝子データの相関を失わせる、工程；
    ＧＬＳ変換された遺伝子データについて遺伝子に基づく分析を行なう工程；及び
    疾病に関連付けられる遺伝子／遺伝子座を同定する工程
    を含むことを特徴とする、方法。
21. 疾病は、ＩＢＤ、ＣＤ、又はＵＣ、或いはそれらの組み合わせである、ことを特徴とする請求項２０に記載の方法。
22. コホートは、相関のある被験体又は家族被験体を含む、ことを特徴とする請求項２０に記載の方法。
23. 遺伝子データはＳＮＰ遺伝子型を含む、ことを特徴とする請求項２０に記載の方法。
24. ＧＬＳ変換を行う工程は、次の関数
    或いはそれらの組み合わせに従い遺伝子データを変換する工程を含む、ことを特徴とする請求項２０に記載の方法。
25. 遺伝子に基づく分析を行う工程は、独立している又は相関しない被験体の想定に基づいて、遺伝子に基づく試験を適用する工程を含む、ことを特徴とする請求項２０に記載の方法。
26. 遺伝子に基づく分析を行う工程は、Ｃ−アルファ、ＳＫＡＴ、ＳＫＡＴ−ＣｏｍｍｏｎＲａｒｅ、ＣＭＣ、ＷＳＳ、可変閾値、又は包括的アプローチ、或いはそれらの組み合わせを適用する工程を含む、ことを特徴とする請求項２０に記載の方法。