JP2019508781A - 染色体異常の検出 - Google Patents
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Abstract
Description
DNon(Rin,A)
と決定され得、ここで、Rinは入力された染色体カウント比、Aは入力された常染色体片カウント数である。同様に、染色体正常を示す第2のモデル122の場合、密度値は、
DTri(Rin,A)
と決定され得る。
1.トリソミー13:0.037036
2.トリソミー18:0.030858
3.トリソミー21:0.012843
であってよい。
Rthresh1を含んでよい。第1の閾値は、それぞれの染色体またはトリソミーに関連付けられてよい。第1の閾値Rthresh1は、それより下では尤度比がゼロにきわめて近いと考えられ、非常に小さい値に設定されるべき染色体カウント比に対応してよい。
Rthresh1の値は、いくつかの実施形態では、
1.トリソミー13:0.037036
2.トリソミー18:0.030858
3.トリソミー21:0.012843
のうちの1つまたは複数であってよい。
Rthresh2を含んでよい。第2の閾値は、それぞれの染色体またはトリソミーに関連付けられてよい。第2の閾値Rthresh2は、それより上では尤度比が事実上無限と考えられ、非常に大きな値に設定されるべき影響された染色体カウント比を示す。第2の閾値Rthresh2の値は、いくつかの実施形態では、
4.トリソミー13:0.039153
5.トリソミー18:0.032622
6.トリソミー21:0.013577
のうちの1つまたは複数であってよい。
・トリソミー13:0.80
・トリソミー18:0.98
・トリソミー21:0.99
であってよいが、他の値が選択されてもよいことが理解されよう。最小カウント比
RFN_minは、次のように、最小胎児由来断片値に変換されてよい。
Foffs=aFT+bFTσF
と定義され得、ここで、σFは胎児由来断片推定段階によって生成される胎児由来断片推定分布の標準偏差、aFTおよびbFTは妥当性検査閾値決定パラメータである。胎児由来断片推定分布の標準偏差は、経験的誤差分布に適合するなどのために、あらかじめ決定されている可能性がある。これらの決定パラメータは、aFT=0および
Claims (22)
- 胎児の染色体の異常の確率を判定するコンピュータ実装方法であって、
女性被験者から取得された生体試料から標的染色体に関する第1のパラメータおよび染色体配列密度を表す第2のパラメータを示すデータを決定することと、
胎児の染色体の異常を示す尤度比を決定することであって、該尤度比が、該第1のパラメータおよび該第2のパラメータに基づいてそれぞれの異常モデルおよび正常モデルに従って染色体の異常の確率と染色体の正常の確率の比として決定することと、
1つまたは複数の性能パラメータ閾値を決定することと、
該試料に関連付けられた1つまたは複数の性能パラメータの推定値を該1つまたは複数の性能パラメータ閾値と比較することと
を含む方法。 - 前記性能パラメータ閾値のうちの少なくとも1つが、前記異常モデルおよび前記正常モデルの一方または両方から決定される、請求項1記載の方法。
- 前記1つまたは複数の性能パラメータ閾値が胎児由来断片閾値を含む、請求項1記載の方法。
- 前記胎児由来断片閾値が前記正常モデルに基づいて決定される、請求項3記載の方法。
- 前記比較することが、前記試料に対する胎児由来断片の推定値を前記胎児由来断片閾値と比較することを含む、請求項3または4記載の方法。
- 前記性能パラメータの前記推定値が前記性能パラメータ閾値よりも小さいとき、前記生体試料を、低い性能パラメータを有すると判定することを含む、請求項1から5のいずれか記載の方法。
- 前記胎児由来断片の推定値が前記胎児由来断片閾値よりも小さいとき、前記生体試料を、低い胎児由来断片を有すると判定することを含む、請求項6記載の方法。
- 前記性能パラメータ閾値が、前記第1のパラメータおよび前記第2のパラメータに基づいて動的に決定される、請求項1から7のいずれか記載の方法。
- 前記胎児由来断片閾値が、前記第1のパラメータおよび前記第2のパラメータに基づいて動的に決定される、請求項3またはそれに従属するいずれかの請求項に従属する場合の、請求項8記載の方法。
- 前記胎児由来断片閾値が最小カウント比に基づいて決定される、請求項3またはそれに従属するいずれかの請求項記載の方法。
- 前記最小カウント比が、前記正常モデルからの確率密度関数下面積が所定の最低感度であることに基づく、請求項10記載の方法。
- 前記胎児由来断片閾値RFN_minが、
- 前記尤度比(LR)が、
- 前記染色体カウント比が、1つまたは複数の参照染色体の各々に割り当てられたマッチングされた核酸の総数に対する標的染色体に割り当てられたマッチングされた核酸の総数の比である、請求項1から13のいずれか記載の方法。
- 前記第1のパラメータが染色体カウント比を示す、請求項1から14のいずれか記載の方法。
- 前記第2のパラメータが常染色体カウント数を示す、請求項1から15のいずれか記載の方法。
- 請求項1から16のいずれか記載の方法を実行するように構成された装置。
- 処理ユニットと、
異常モデルおよび正常モデルを表すデータと、該処理ユニットによって実行されると、
女性被験者から取得された生体試料から標的染色体に関する第1のパラメータおよび染色体配列密度を表す第2のパラメータを示すデータを決定するステップと、
胎児の染色体の異常を示す尤度比を決定するステップであって、該尤度比が、該第1のパラメータおよび該第2のパラメータに基づいて該それぞれの異常モデルおよび正常モデルに従って染色体の異常の確率と染色体の正常の確率の比として決定するステップと、
1つまたは複数の性能パラメータ閾値を決定するステップと、
該試料に関連付けられた1つまたは複数の性能パラメータの推定値を該1つまたは複数の性能パラメータ閾値と比較するステップと
を実行するコンピュータ実行可能命令とを記憶するメモリ・ユニットと
を備える装置。 - DNA処理システムからデータを受け取るためのインタフェース・ユニットを備える、請求項18記載の装置。
- コンピュータによって実行されると、請求項1から16のいずれか記載の方法を実行するように構成されるコンピュータ・ソフトウェア。
- コンピュータ可読媒体上に記憶された、請求項20記載のコンピュータ・ソフトウェア。
- コンピュータ可読媒体上に有形に記憶された、請求項20記載のコンピュータ・ソフトウェア。
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"Optimal Detection of Fetal Chromosomal Abnormalities byMassively Parallel DNA Sequencing of Cell-Fre", CLINICAL CHEMISTRY, vol. 57, no. 7, JPN7021000646, 2011, pages 1042 - 1049, ISSN: 0004457646 * |
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