JP2019049964A - 電子診療レコードからの医学的状態および事実の自動的特定および抽出 - Google Patents
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Abstract
Description
本願は、2017年6月30日出願の米国特許仮出願第62/527,441号の利益を主張し、その開示全体が、参照により本願明細書に明示的に援用される。
Claims (20)
- 電子診療レコードから医学的状態および根拠事実を自動的に特定および抽出する、コンピュータに実装された方法であって、
構造化されていない電子診療レコードから抽出された書式設定されたテキストを取得するステップと、
前記書式設定されたテキストを、各文書が個々の文書タイプを備え個々の文書エンカウンターを表現する複数の文書に分割するステップと、
各文書から、前記文書において参照される1つ以上のエンティティを抽出するステップであって、前記エンティティは医学的状態エンティティおよび根拠事実エンティティを備える、前記抽出するステップと、
各文書内で、前記抽出された根拠事実エンティティの1つ以上を、個々の抽出された医学的状態エンティティに、i)医療オントロジーまたはii)医療ナレッジベースのうちの1つ以上を使用してリンキングするステップと、
各文書について、リンキングされた根拠事実エンティティおよび医学的状態エンティティを表現する出力データを提供するステップと、
を含む前記方法。 - 前記書式設定されたテキストを複数の文書に分割するステップは、
前記書式設定されたテキストの個々の部分を特徴付ける数的特徴の複数の特徴ベクトルを計算するために前記書式設定されたテキストを分析するステップと、
テキストの或る部分が文書境界を表現するか否かを予測するよう構成された第1の分類器に、前記計算された特徴ベクトルを入力として提供するステップと、
前記書式設定されたテキストを、前記第1の分類器から受信された出力に基づきテキストの部分と部分との間に文書境界を作成することにより、複数の文書に分割するステップと、
を含む、請求項1に記載の方法。 - 前記計算された特徴ベクトルを、テキストの或る部分が関連性ありか否かを予測するよう構成された第2の分類器に入力として提供するステップと、
前記第2の分類器から受信される出力に基づき、テキストのうち関連性のない部分を前記書式設定されたテキストから削除するステップと、
をさらに含む、請求項2に記載の方法。 - 前記数的特徴は、字句特徴、言語特徴、またはエンティティ特徴のうちの1つ以上を備える、請求項2に記載の方法。
- 事実エンティティは、個々のセマンティックタイプのエンティティを備え、前記セマンティックタイプは、i)薬剤、ii)症状、iii)検査結果、iv)指示された試験、v)処置、vi)評価、またはvii)医学的状態履歴のうちの1つ以上を備える、請求項1に記載の方法。
- 各文書から、前記文書において参照される1つ以上のエンティティを抽出するステップであって、前記エンティティは状態エンティティおよび根拠事実エンティティを備える、前記抽出するステップは、
各文書中の1つ以上の医学的状態エンティティおよび事実エンティティを特定するために、i)自然言語処理手法、ii)エンティティ抽出手法、またはiii)医療オントロジーのうちの1つ以上を適用するステップと、
関連性のないエンティティを特定および削除するステップであって、i)辞書語、ii)短縮語、iii)文脈語、iv)参照の中で言及されたエンティティ、のうちの1つ以上を含む領域固有の指標を適用することを含む、前記特定および削除するステップと、
を含む、請求項5に記載の方法。 - 前記方法は、前記特定された事実エンティティをセマンティックエンティティタイプにより分類するステップをさらに含み、リンキングされた医学的状態エンティティおよび根拠事実エンティティを表現する前記提供されたデータは、前記リンキングされた医学的状態エンティティおよび根拠事実エンティティがどの分類に属するかを示すデータを備える、請求項6に記載の方法。
- 各文書内で、前記抽出された根拠事実エンティティの1つ以上を、個々の抽出された医学的状態エンティティに、i)医療オントロジーまたはii)医療ナレッジベースのうちの1つ以上を使用してリンキングするステップは、
同じ前記文書内で発生する前記抽出された医学的状態エンティティと任意の事実エンティティとの関係の候補のセットを特定するために、医療オントロジーにアクセスするステップと、
前記特定された関係のセットの中のいずれかの前記関係が無効であるかどうかを判断するために、ナレッジベースに問い合わせを行うステップと、
前記関係のうちの1つ以上が無効であると判断するのに応答して、前記特定された関係のセットから前記無効な関係を削除するステップと、
前記同じ文書内で発生する前記抽出された医学的状態エンティティと任意の事実エンティティとの新たな関係を特定するために、前記ナレッジベースに問い合わせを行うステップと、
を含む、請求項6に記載の方法。 - 各文書について、リンキングされた根拠事実エンティティおよび医学的状態エンティティを表現する出力データを提供するステップは、
前記特定された医学的状態エンティティに、前記医学的状態の特徴に基づいて関連性スコアを付与するステップであって、前記医学的状態の特徴は、i)前記文書内の文脈またはii)前記医学的状態にリンキングされた根拠事実の品質のうちの1つ以上を備える、前記付与するステップと、
所定のサイズの代表的な状態エンティティのサブセットを決定するために、スコア付けされた医学的状態エンティティをランク付けするステップと、
前記特定された根拠事実エンティティに個々の関連性スコアを、前記事実エンティティの特徴に基づき付与するステップと、
関連性スコアが所定の閾値を超える、リンキングされた根拠事実エンティティおよび医学的状態エンティティを表現するデータを出力として提供するステップと、
を含む、請求項8に記載の方法。 - 各文書について、リンキングされた根拠事実エンティティおよび医学的状態エンティティを表現する出力データを提供するステップは、前記電子診療レコードの平文表現に対するアノテーションとして、文書境界、ならびに前記リンキングされた根拠事実および医学的状態エンティティを可視化する、インタラクティブなグラフィカルユーザインターフェースを表現するデータを提供するステップを含む、請求項9に記載の方法。
- 前記電子診療レコードの平文表現に対するアノテーションとして、前記リンキングされた根拠事実および医学的状態エンティティを可視化する、インタラクティブなグラフィカルユーザインターフェースを表現するデータを提供するステップは、
前記電子診療レコードを表現するデータをハイパーテキストマークアップ言語形式に変換するステップと、
i)テキストの見出し、ii)テキストの活字書体、iii)テキストの色、iv)テキストの構造のうちの1つ以上を備える電子診療レコードスタイル情報を抽出するために、前記変換されたデータをパースするステップと、
前記インタラクティブなグラフィカルユーザインターフェースを生成するために、前記抽出されたスタイル情報を使用するステップと、
を含む、請求項10に記載の方法。 - 各文書について、リンキングされた根拠事実エンティティおよび医学的状態エンティティを表現する出力データを提供するステップは、前記電子診療レコードの平文表現に対するアノテーションとして、文書境界、ならびに関連性がありリンキングされた所定数の根拠事実および医学的状態エンティティを可視化する、インタラクティブなグラフィカルユーザインターフェースを表現するデータを提供するステップを含む、請求項10に記載の方法。
- 前記電子診療レコードの前記平文表現は、前記電子診療レコードから抽出されたテキストの関連性がある部分を備える、請求項10に記載の方法。
- i)前記可視化された文書境界またはii)前記リンキングされた根拠事実および医学的状態エンティティのうちの1つ以上に対する編集を示すユーザ入力を、前記インタラクティブなグラフィカルユーザインターフェースを介して受信するステップと、
前記受信されたユーザ入力により示された前記編集に基づいて、前記ナレッジベースを更新するステップと、
をさらに含む、請求項10に記載の方法。 - 前記構造化されていない電子診療レコード中の構造化されていないデータを前記書式設定されたテキストに変換するステップをさらに含む、請求項1に記載の方法。
- 構造化されていない電子診療レコードから抽出された書式設定されたテキストを取得するステップは、
前記構造化されていない電子診療レコードを表現する入力データを受信するステップと、
前記受信された入力データをハイパーテキストマークアップ言語形式に変換するステップと、
書式設定されたテキストを、前記ハイパーテキストマークアップ言語をパースすることによって抽出するステップと、
を含む、請求項1に記載の方法。 - 文書のタイプは、i)医者の予約、ii)検査結果、iii)処方箋、iv)入院もしくは退院記録、v)紹介状、またはvi)処置記録のうちの1つ以上を備える、請求項1に記載の方法。
- 1つ以上のコンピュータと、
前記1つ以上のコンピュータに結合され命令を記憶された1つ以上のコンピュータ可読媒体と、
を備えるシステムであって、前記命令は、前記1つ以上のコンピュータにより実行されると、前記1つ以上のコンピュータに動作を実行させ、前記動作は、
構造化されていない電子診療レコードから抽出された書式設定されたテキストを取得することと、
前記書式設定されたテキストを、各文書が個々の文書タイプを備え個々の文書エンカウンターを表現する複数の文書に分割することと、
各文書から、前記文書において参照される1つ以上のエンティティを抽出することであって、前記エンティティは医学的状態エンティティおよび根拠事実エンティティを備える、前記抽出することと、
各文書内で、前記抽出された根拠事実エンティティの1つ以上を、個々の抽出された医学的状態エンティティに、i)医療オントロジーまたはii)医療ナレッジベースのうちの1つ以上を使用してリンキングすることと、
各文書について、リンキングされた根拠事実エンティティおよび医学的状態エンティティを表現する出力データを提供することと、
を含む、システム。 - 事実エンティティは、個々のセマンティックタイプのエンティティを備え、前記セマンティックタイプは、i)薬剤、ii)症状、iii)検査結果、iv)指示された試験、v)処置、vi)評価、またはvii)医学的状態履歴のうちの1つ以上を備える、請求項18に記載のシステム。
- 命令が記憶された1つ以上の非一時的コンピュータ可読媒体であって、前記命令は、1つ以上のプロセッサにより実行されると動作を実行させ、前記動作は、
構造化されていない電子診療レコードから抽出された書式設定されたテキストを取得することと、
前記書式設定されたテキストを、各文書が個々の文書タイプを備え個々の文書エンカウンターを表現する複数の文書に分割することと、
各文書から、前記文書において参照される1つ以上のエンティティを抽出することであって、前記エンティティは医学的状態エンティティおよび根拠事実エンティティを備える、前記抽出することと、
各文書内で、前記抽出された根拠事実エンティティの1つ以上を、個々の抽出された医学的状態エンティティに、i)医療オントロジーまたはii)医療ナレッジベースのうちの1つ以上を使用してリンキングすることと、
各文書について、リンキングされた根拠事実エンティティおよび医学的状態エンティティを表現する出力データを提供することと、
を含む、1つ以上の非一時的コンピュータ可読媒体。
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