JP2018538240A5 - - Google Patents
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Description
当業者は、本明細書に記載された本発明の特定の実施形態に対する多くの均等物を認識するか、またはルーチン的な実験のみを用いて確認することができるであろう。そのような均等物は、以下の特許請求の範囲によって包含されることが意図される。本出願を通じて引用される全ての参考文献、特許および公開特許出願の内容は、参照により本明細書に組み込まれる。
本発明の実施形態の例として、以下の項目が挙げられる。
（項目１）
複数のウェルを含む固体支持構造体を含むゲノムスケールのＴ細胞活性アレイ（ＧＳ−ＴＣＡＡ）であって、
前記複数のウェルのそれぞれが：
膜結合抗ＣＤ３抗体またはその抗原結合性断片を発現する第１の細胞であって、複数のヒト膜遺伝子のうちの１つによってコードされるタンパク質の前記第１の細胞上への提示が可能になるように、前記複数のヒト膜遺伝子をコードするｃＤＮＡライブラリーでトランスフェクトされている、第１の細胞；
細胞表面上の受容体およびレポーター遺伝子を発現する第２の細胞；
を含み、
前記受容体と前記抗ＣＤ３抗体またはその抗原結合性断片との間の相互作用が一次シグナルを提供し、前記第２の細胞株の活性を刺激し、
前記レポーター遺伝子の発現レベルの上昇が、前記複数のヒト膜遺伝子のうちの１つによってコードされる前記提示されたタンパク質が刺激性共シグナル伝達分子として作用し、前記第２の細胞株の活性を刺激することを示し、前記レポーター遺伝子の発現レベルの低下が、前記複数のヒト膜遺伝子のうちの１つによってコードされる前記提示されたタンパク質が阻害性共シグナル伝達分子として作用し、前記第２の細胞株の活性を阻害することを示す、アレイ。
（項目２）
前記固体支持構造体がマルチウェルプレートである、項目１に記載のアレイ。
（項目３）
前記マルチウェルプレートが、９６ウェルプレート、３８４ウェルプレートおよび１５３６ウェルプレートからなる群から選択される、項目２に記載のアレイ。
（項目４）
前記第１の細胞がヒト２９３Ｔ細胞である、項目１に記載のアレイ。
（項目５）
前記第１の細胞が、免疫関連アダプターを発現するヒト２９３Ｔ．２Ａ細胞である、項目１に記載のアレイ。
（項目６）
前記免疫関連アダプターが、ＤＡＰ１０、ＤＡＰ１２、ＦｃＲγおよびＣＤ３Ｅからなる群から選択される、項目５に記載のアレイ。
（項目７）
前記第２の細胞が免疫細胞である、項目１に記載のアレイ。
（項目８）
前記免疫細胞が、骨髄由来サプレッサー細胞（ＭＤＳＣ）である、項目７に記載のアレイ。
（項目９）
前記免疫細胞がＴ細胞である、項目７に記載のアレイ。
（項目１０）
前記Ｔ細胞が、Ｊｕｒｋａｔ細胞、ナイーブＴ細胞、エフェクターＴ細胞、消耗Ｔ細胞、アネルギー性Ｔ細胞および制御性Ｔ細胞からなる群から選択される、項目９に記載のアレイ。
（項目１１）
前記レポーター遺伝子が、細胞毒性関連レポーター構築物、アポトーシス関連レポーター構築物および増殖関連レポーター構築物からなる群から選択されるＤＮＡ構築物に含まれる、項目１に記載のアレイ。
（項目１２）
前記細胞毒性関連レポーター構築物が蛍光ベースのレポーター構築物である、項目１１に記載のアレイ。
（項目１３）
前記アポトーシス関連レポーター構築物が、蛍光ベースのレポーター構築物である、項目１１に記載のアレイ。
（項目１４）
前記蛍光ベースのレポーター構築物が、Ｔ細胞関連転写応答エレメントと、それに続く最小ＣＭＶプロモーターおよびＧＦＰレポーター遺伝子を含む、項目１２または１３に記載のアレイ。
（項目１５）
前記Ｔ細胞関連転写応答エレメントが、ＮＦ−ｋｂ、ＮＦ−ＡＴ、ＡＰ−１、ＥＧＲ２、ＭＡＰＫおよびＰＩ３Ｋからなる群から選択される、項目１４に記載のアレイ。
（項目１６）
前記増殖関連レポーター構築物中のレポーター遺伝子がサイトカイン遺伝子である、項目１１に記載のアレイ。
（項目１７）
前記サイトカインが、ＩＦＮ−ガンマ、ＴＮＦ−アルファおよびＩＬ−１０からなる群から選択される、項目１６に記載のアレイ。
（項目１８）
前記複数のヒト膜遺伝子が、受容体遺伝子、免疫グロブリン遺伝子、トランスポーター遺伝子およびシグナル伝達遺伝子から選択される遺伝子を含む、項目１に記載のアレイ。
（項目１９）
前記複数のヒト膜遺伝子が約１，０００〜７，０００の遺伝子を含む、項目１に記載のアレイ。
（項目２０）
前記複数のヒト膜遺伝子が約２，０００〜５，０００個の遺伝子を含む、項目１に記載のアレイ。
（項目２１）
前記複数のヒト膜遺伝子が約４，０００〜７，０００個の遺伝子を含む、項目１に記載のアレイ。
（項目２２）
前記第２の細胞の前記活性が、細胞増殖、細胞抑制、細胞消耗、細胞アポトーシス、および細胞からのサイトカイン放出からなる群から選択される、項目１に記載のアレイ。
（項目２３）
ゲノムスケールのＴ細胞活性アレイ（ＧＳ−ＴＣＡＡ）を作製する方法であって、
複数のウェルを含む固体支持構造体を提供するステップ；
膜結合抗ＣＤ３抗体またはその抗原結合性断片を発現する第１の細胞を、前記複数のウェルのそれぞれに培養するステップ；
複数のヒト膜遺伝子の１つによってコードされたタンパク質の前記第１の細胞上への提示が可能となるように、前記複数のヒト膜遺伝子をコードするｃＤＮＡライブラリーで前記第１の細胞をトランスフェクトするステップ；および
細胞表面上の受容体およびレポーター遺伝子を発現する第２の細胞を、前記複数のウェルのそれぞれに共培養し、それによってゲノムスケールのＴ細胞活性アレイを調製するステップ
を含み、
前記受容体と前記抗ＣＤ３抗体またはその抗原結合性断片との間の相互作用が、一次シグナルを提供し、前記第２の細胞株の活性を刺激し、
前記レポーター遺伝子の発現レベルの上昇が、前記複数のヒト膜遺伝子のうちの１つによってコードされる前記提示されたタンパク質が刺激性共シグナル伝達分子として作用し、前記第２の細胞株の活性を刺激することを示し、前記レポーター遺伝子の発現レベルの低下が、前記複数のヒト膜遺伝子のうちの１つによってコードされる前記提示されたタンパク質が阻害性共シグナル伝達分子として作用し、前記第２の細胞株の活性を阻害することを示す、方法。
（項目２４）
前記固体支持構造体がマルチウェルプレートである、項目２３に記載の方法。
（項目２５）
前記マルチウェルプレートが、９６ウェルプレート、３８４ウェルプレートおよび１５３６ウェルプレートからなる群から選択される、項目２４に記載の方法。
（項目２６）
前記第１の細胞がヒト２９３Ｔ細胞である、項目２３に記載の方法。
（項目２７）
前記第１の細胞が、免疫関連アダプターを発現するヒト２９３Ｔ．２Ａ細胞である、項目２３に記載の方法。
（項目２８）
前記免疫関連アダプターが、ＤＡＰ１０、ＤＡＰ１２、ＦｃＲγおよびＣＤ３Ｅからなる群から選択される、項目２７に記載の方法。
（項目２９）
前記第２の細胞が免疫細胞である、項目２３に記載の方法。
（項目３０）
前記免疫細胞が骨髄由来サプレッサー細胞（ＭＤＳＣ）である、項目２９に記載のアレイ。
（項目３１）
前記免疫細胞がＴ細胞である、項目２９に記載の方法。
（項目３２）
前記Ｔ細胞が、Ｊｕｒｋａｔ細胞、ナイーブＴ細胞、エフェクターＴ細胞、消耗Ｔ細胞、アネルギーＴ細胞および制御性Ｔ細胞からなる群から選択される、項目３１に記載の方法。
（項目３３）
前記レポーター遺伝子が、細胞毒性関連レポーター構築物、アポトーシス関連レポーター構築物および増殖関連レポーター構築物からなる群から選択されるＤＮＡ構築物に含まれる、項目２３に記載の方法。
（項目３４）
前記細胞毒性関連レポーター構築物が蛍光ベースのレポーター構築物である、項目３３に記載の方法。
（項目３５）
前記アポトーシス関連レポーター構築物が蛍光ベースのレポーター構築物である、項目３３に記載の方法。
（項目３６）
前記蛍光ベースのレポーター構築物が、Ｔ細胞関連転写応答エレメントと、それに続く最小ＣＭＶプロモーターおよびＧＦＰレポーター遺伝子を含む、項目３４または３５に記載のアレイ。
（項目３７）
前記Ｔ細胞関連転写応答エレメントが、ＮＦ−ｋＢ、ＮＦ−ＡＴ、ＡＰ−１、ＥＧＲ２、ＭＡＰＫおよびＰＩ３Ｋからなる群から選択される、項目３６に記載の方法。
（項目３８）
前記増殖関連レポーター構築物中のレポーター遺伝子がサイトカイン遺伝子である、項目３３に記載の方法。
（項目３９）
前記サイトカインが、ＩＦＮ−ガンマ、ＴＮＦ−アルファおよびＩＬ−１０からなる群から選択される、項目３８に記載の方法。
（項目４０）
免疫モジュレーターを同定する方法であって、
項目１に記載のゲノムスケールのＴ細胞活性アレイ（ＧＳ−ＴＣＡＡ）を提供するステップ；
第１の細胞中の前記複数のヒト膜遺伝子の１つを発現させるステップ、
前記第１の細胞と前記第２の細胞とを共培養するステップ；
前記第２の細胞における前記レポーター遺伝子の発現レベルを検出するステップ；および
前記レポーター遺伝子の発現レベルを、前記複数のヒト膜遺伝子の１つでトランスフェクトされていない対照の第１の細胞と共培養された対照の第２の細胞中の前記レポーター遺伝子の発現レベルと比較するステップ
を含み、
前記レポーター遺伝子の発現レベルの上昇が、前記複数のヒト膜遺伝子のうちの１つによってコードされる前記提示されたタンパク質が刺激性共シグナル伝達分子として作用し、前記第２の細胞株の活性を刺激することを示し、前記レポーター遺伝子の発現レベルの低下が、前記複数のヒト膜遺伝子のうちの１つによってコードされる前記提示されたタンパク質が阻害性共シグナル伝達分子として作用し、前記第２の細胞株の活性を阻害することを示し、それによって免疫モジュレーターが同定される、方法。
（項目４１）
前記免疫モジュレーターが、ＦＯＬＨ１、ＦＡＳ、ＩＬ３ＲＡ、ＣＤ２４８、ＴＨＢＤ、Ｂ７．１、ＧＪＢ１、ＯＸ４０Ｌ、４−１ＢＢＬおよびＢ７．２からなる群から選択される、項目４０に記載の方法。
（項目４２）
前記免疫モジュレーターが、ＦＬＴ１、ＣＸＣＲ６、ＳＥＭＡ６ａ、ＲＨＣＥ、ＦＣＲＬＡ、ＴＮＦＲＳＦ１９、ＳＥＣ２２ｂ、Ｂ３ＧＮＴ１、ＮＦＡＭ１．ＬＹ６およびＧＰ１ＢＡからなる群から選択される、項目４０に記載の方法。
（項目４３）
前記免疫モジュレーターが、ＦＬＴ１、ＳＥＭＡ６ａ、ＳＥＣ２２ｂおよびＧＰ１ＢＡからなる群から選択される、項目４０に記載の方法。
（項目４４）
自動化されている、項目４０に記載の方法。
（項目４５）
ロボット工学を使用して実行される、項目４０に記載の方法。
（項目４６）
ロボット液体ハンドリング技術を使用して実行される、項目４５に記載の方法。
（項目４７）
自動プレートハンドリングシステムを使用して実行される、項目４５に記載の方法。
（項目４８）
ｉｎ ｖｉｔｒｏ機能アッセイ、ｉｎ ｖｉｖｏアッセイ、受容体アレイアッセイ、バイオインフォマティクスアッセイ、またはそれらの組合せからなる群から選択されるアッセイを実行することをさらに含む、項目４０に記載の方法。
（項目４９）
前記ｉｎ ｖｉｔｒｏ機能アッセイが、
前記複数のヒト膜遺伝子の１つおよび膜結合抗ＣＤ３抗体またはその抗原結合性断片を発現する前記第２の細胞を初代Ｔ細胞と共に培養すること；および
増殖アッセイ、アポトーシスアッセイおよびサイトカイン放出アッセイからなる群から選択されるｉｎ ｖｉｔｒｏ機能アッセイを実行すること
を含む、項目４８に記載の方法。
（項目５０）
前記初代Ｔ細胞が、ヒト初代ＣＤ８細胞および／またはヒト初代ＣＤ４細胞である、項目４９に記載の方法。
（項目５１）
前記受容体アレイアッセイが、前記免疫モジュレーターの相互作用タンパク質を同定するために実行される、項目４８に記載の方法。
（項目５２）
前記受容体アレイが：
複数のウェルを含む固体支持構造体
を含み、前記複数のウェルのそれぞれが：
複数の受容体遺伝子の１つによってコードされる受容体の前記細胞上での提示が可能になるように、前記複数の受容体遺伝子をコードするｃＤＮＡライブラリーでトランスフェクトされた細胞；
タグと融合した免疫モジュレーターを含む組換えタンパク質；
前記タグに特異的な蛍光標識された抗体
を含み；
検出可能な蛍光シグナルが、前記免疫モジュレーターが前記受容体と相互作用することの指標である、項目５１に記載の方法。
（項目５３）
前記タグが、マウスＩｇＧ２ａ Ｆｃタグ、ヒトＩｇＧ１ Ｆｃタグ、ＦＬＡＧタグおよび６ｘＨｉｓタグからなる群から選択される、項目５２に記載の方法。
（項目５４）
前記免疫モジュレーターが前記免疫モジュレーターの全長タンパク質である、項目５２に記載の方法。
（項目５５）
前記免疫モジュレーターが、前記免疫モジュレーターの細胞外ドメインである、項目５２に記載の方法。
（項目５６）
前記ｉｎ ｖｉｖｏアッセイが、前記免疫モジュレーターを自己免疫疾患またはがんの動物モデルに投与することを含む、項目４８に記載の方法。
（項目５７）
前記動物モデルが、ヒトメラノーマ細胞および腫瘍反応性Ｔ細胞を注射されたＮＯＤ−ｓｃｉｄ ＩＬ２Ｒガンマ ｎｕｌｌ マウスモデルである、項目５６に記載の方法。
（項目５８）
前記動物モデルがヒト化マウスモデルである、項目５６に記載の方法。
（項目５９）
前記ヒト化マウスモデルが、免疫患者由来の異種移植（免疫ＰＤＸ）モデルである、項目５８に記載の方法。
（項目６０）
それを必要とする対象における自己免疫疾患またはがんを治療する方法であって、項目４０に記載の方法によって同定された免疫モジュレーターの有効量を前記対象に投与し、それにより前記対象における自己免疫疾患またはがんを治療することを含む、方法。
（項目６１）
それを必要とする対象における自己免疫疾患またはがんを治療する方法であって、項目４０に記載の方法によって同定された免疫モジュレーターの調節物質の有効量を前記対象に投与し、それにより前記対象における自己免疫疾患またはがんを治療することを含む、方法。
（項目６２）
前記免疫モジュレーターが、ＦＯＬＨ１、ＦＡＳ、ＩＬ３ＲＡ、ＣＤ２４８、ＴＨＢＤ、Ｂ７．１、ＧＪＢ１、ＯＸ４０Ｌ、４−１ＢＢＬおよびＢ７．２からなる群から選択される、項目６０または６１に記載の方法。
（項目６３）
前記免疫モジュレーターが、ＦＬＴ１、ＣＸＣＲ６、ＳＥＭＡ６ａ、ＲＨＣＥ、ＦＣＲＬＡ、ＴＮＦＲＳＦ１９、ＳＥＣ２２ｂ、Ｂ３ＧＮＴ１、ＮＦＡＭ１．ＬＹ６およびＧＰ１ＢＡからなる群から選択される、項目６０または６１に記載の方法。
（項目６４）
前記免疫モジュレーターの調節物質が、前記免疫調節物質の発現レベルおよび／または活性レベルを上昇させる、項目６１に記載の方法。
（項目６５）
前記免疫モジュレーターの調節物質が、前記免疫調節物質の発現レベルおよび／または活性レベルを低下させる、項目６１に記載の方法。
本発明の実施形態の例として、以下の項目が挙げられる。
（項目１）
複数のウェルを含む固体支持構造体を含むゲノムスケールのＴ細胞活性アレイ（ＧＳ−ＴＣＡＡ）であって、
前記複数のウェルのそれぞれが：
膜結合抗ＣＤ３抗体またはその抗原結合性断片を発現する第１の細胞であって、複数のヒト膜遺伝子のうちの１つによってコードされるタンパク質の前記第１の細胞上への提示が可能になるように、前記複数のヒト膜遺伝子をコードするｃＤＮＡライブラリーでトランスフェクトされている、第１の細胞；
細胞表面上の受容体およびレポーター遺伝子を発現する第２の細胞；
を含み、
前記受容体と前記抗ＣＤ３抗体またはその抗原結合性断片との間の相互作用が一次シグナルを提供し、前記第２の細胞株の活性を刺激し、
前記レポーター遺伝子の発現レベルの上昇が、前記複数のヒト膜遺伝子のうちの１つによってコードされる前記提示されたタンパク質が刺激性共シグナル伝達分子として作用し、前記第２の細胞株の活性を刺激することを示し、前記レポーター遺伝子の発現レベルの低下が、前記複数のヒト膜遺伝子のうちの１つによってコードされる前記提示されたタンパク質が阻害性共シグナル伝達分子として作用し、前記第２の細胞株の活性を阻害することを示す、アレイ。
（項目２）
前記固体支持構造体がマルチウェルプレートである、項目１に記載のアレイ。
（項目３）
前記マルチウェルプレートが、９６ウェルプレート、３８４ウェルプレートおよび１５３６ウェルプレートからなる群から選択される、項目２に記載のアレイ。
（項目４）
前記第１の細胞がヒト２９３Ｔ細胞である、項目１に記載のアレイ。
（項目５）
前記第１の細胞が、免疫関連アダプターを発現するヒト２９３Ｔ．２Ａ細胞である、項目１に記載のアレイ。
（項目６）
前記免疫関連アダプターが、ＤＡＰ１０、ＤＡＰ１２、ＦｃＲγおよびＣＤ３Ｅからなる群から選択される、項目５に記載のアレイ。
（項目７）
前記第２の細胞が免疫細胞である、項目１に記載のアレイ。
（項目８）
前記免疫細胞が、骨髄由来サプレッサー細胞（ＭＤＳＣ）である、項目７に記載のアレイ。
（項目９）
前記免疫細胞がＴ細胞である、項目７に記載のアレイ。
（項目１０）
前記Ｔ細胞が、Ｊｕｒｋａｔ細胞、ナイーブＴ細胞、エフェクターＴ細胞、消耗Ｔ細胞、アネルギー性Ｔ細胞および制御性Ｔ細胞からなる群から選択される、項目９に記載のアレイ。
（項目１１）
前記レポーター遺伝子が、細胞毒性関連レポーター構築物、アポトーシス関連レポーター構築物および増殖関連レポーター構築物からなる群から選択されるＤＮＡ構築物に含まれる、項目１に記載のアレイ。
（項目１２）
前記細胞毒性関連レポーター構築物が蛍光ベースのレポーター構築物である、項目１１に記載のアレイ。
（項目１３）
前記アポトーシス関連レポーター構築物が、蛍光ベースのレポーター構築物である、項目１１に記載のアレイ。
（項目１４）
前記蛍光ベースのレポーター構築物が、Ｔ細胞関連転写応答エレメントと、それに続く最小ＣＭＶプロモーターおよびＧＦＰレポーター遺伝子を含む、項目１２または１３に記載のアレイ。
（項目１５）
前記Ｔ細胞関連転写応答エレメントが、ＮＦ−ｋｂ、ＮＦ−ＡＴ、ＡＰ−１、ＥＧＲ２、ＭＡＰＫおよびＰＩ３Ｋからなる群から選択される、項目１４に記載のアレイ。
（項目１６）
前記増殖関連レポーター構築物中のレポーター遺伝子がサイトカイン遺伝子である、項目１１に記載のアレイ。
（項目１７）
前記サイトカインが、ＩＦＮ−ガンマ、ＴＮＦ−アルファおよびＩＬ−１０からなる群から選択される、項目１６に記載のアレイ。
（項目１８）
前記複数のヒト膜遺伝子が、受容体遺伝子、免疫グロブリン遺伝子、トランスポーター遺伝子およびシグナル伝達遺伝子から選択される遺伝子を含む、項目１に記載のアレイ。
（項目１９）
前記複数のヒト膜遺伝子が約１，０００〜７，０００の遺伝子を含む、項目１に記載のアレイ。
（項目２０）
前記複数のヒト膜遺伝子が約２，０００〜５，０００個の遺伝子を含む、項目１に記載のアレイ。
（項目２１）
前記複数のヒト膜遺伝子が約４，０００〜７，０００個の遺伝子を含む、項目１に記載のアレイ。
（項目２２）
前記第２の細胞の前記活性が、細胞増殖、細胞抑制、細胞消耗、細胞アポトーシス、および細胞からのサイトカイン放出からなる群から選択される、項目１に記載のアレイ。
（項目２３）
ゲノムスケールのＴ細胞活性アレイ（ＧＳ−ＴＣＡＡ）を作製する方法であって、
複数のウェルを含む固体支持構造体を提供するステップ；
膜結合抗ＣＤ３抗体またはその抗原結合性断片を発現する第１の細胞を、前記複数のウェルのそれぞれに培養するステップ；
複数のヒト膜遺伝子の１つによってコードされたタンパク質の前記第１の細胞上への提示が可能となるように、前記複数のヒト膜遺伝子をコードするｃＤＮＡライブラリーで前記第１の細胞をトランスフェクトするステップ；および
細胞表面上の受容体およびレポーター遺伝子を発現する第２の細胞を、前記複数のウェルのそれぞれに共培養し、それによってゲノムスケールのＴ細胞活性アレイを調製するステップ
を含み、
前記受容体と前記抗ＣＤ３抗体またはその抗原結合性断片との間の相互作用が、一次シグナルを提供し、前記第２の細胞株の活性を刺激し、
前記レポーター遺伝子の発現レベルの上昇が、前記複数のヒト膜遺伝子のうちの１つによってコードされる前記提示されたタンパク質が刺激性共シグナル伝達分子として作用し、前記第２の細胞株の活性を刺激することを示し、前記レポーター遺伝子の発現レベルの低下が、前記複数のヒト膜遺伝子のうちの１つによってコードされる前記提示されたタンパク質が阻害性共シグナル伝達分子として作用し、前記第２の細胞株の活性を阻害することを示す、方法。
（項目２４）
前記固体支持構造体がマルチウェルプレートである、項目２３に記載の方法。
（項目２５）
前記マルチウェルプレートが、９６ウェルプレート、３８４ウェルプレートおよび１５３６ウェルプレートからなる群から選択される、項目２４に記載の方法。
（項目２６）
前記第１の細胞がヒト２９３Ｔ細胞である、項目２３に記載の方法。
（項目２７）
前記第１の細胞が、免疫関連アダプターを発現するヒト２９３Ｔ．２Ａ細胞である、項目２３に記載の方法。
（項目２８）
前記免疫関連アダプターが、ＤＡＰ１０、ＤＡＰ１２、ＦｃＲγおよびＣＤ３Ｅからなる群から選択される、項目２７に記載の方法。
（項目２９）
前記第２の細胞が免疫細胞である、項目２３に記載の方法。
（項目３０）
前記免疫細胞が骨髄由来サプレッサー細胞（ＭＤＳＣ）である、項目２９に記載のアレイ。
（項目３１）
前記免疫細胞がＴ細胞である、項目２９に記載の方法。
（項目３２）
前記Ｔ細胞が、Ｊｕｒｋａｔ細胞、ナイーブＴ細胞、エフェクターＴ細胞、消耗Ｔ細胞、アネルギーＴ細胞および制御性Ｔ細胞からなる群から選択される、項目３１に記載の方法。
（項目３３）
前記レポーター遺伝子が、細胞毒性関連レポーター構築物、アポトーシス関連レポーター構築物および増殖関連レポーター構築物からなる群から選択されるＤＮＡ構築物に含まれる、項目２３に記載の方法。
（項目３４）
前記細胞毒性関連レポーター構築物が蛍光ベースのレポーター構築物である、項目３３に記載の方法。
（項目３５）
前記アポトーシス関連レポーター構築物が蛍光ベースのレポーター構築物である、項目３３に記載の方法。
（項目３６）
前記蛍光ベースのレポーター構築物が、Ｔ細胞関連転写応答エレメントと、それに続く最小ＣＭＶプロモーターおよびＧＦＰレポーター遺伝子を含む、項目３４または３５に記載のアレイ。
（項目３７）
前記Ｔ細胞関連転写応答エレメントが、ＮＦ−ｋＢ、ＮＦ−ＡＴ、ＡＰ−１、ＥＧＲ２、ＭＡＰＫおよびＰＩ３Ｋからなる群から選択される、項目３６に記載の方法。
（項目３８）
前記増殖関連レポーター構築物中のレポーター遺伝子がサイトカイン遺伝子である、項目３３に記載の方法。
（項目３９）
前記サイトカインが、ＩＦＮ−ガンマ、ＴＮＦ−アルファおよびＩＬ−１０からなる群から選択される、項目３８に記載の方法。
（項目４０）
免疫モジュレーターを同定する方法であって、
項目１に記載のゲノムスケールのＴ細胞活性アレイ（ＧＳ−ＴＣＡＡ）を提供するステップ；
第１の細胞中の前記複数のヒト膜遺伝子の１つを発現させるステップ、
前記第１の細胞と前記第２の細胞とを共培養するステップ；
前記第２の細胞における前記レポーター遺伝子の発現レベルを検出するステップ；および
前記レポーター遺伝子の発現レベルを、前記複数のヒト膜遺伝子の１つでトランスフェクトされていない対照の第１の細胞と共培養された対照の第２の細胞中の前記レポーター遺伝子の発現レベルと比較するステップ
を含み、
前記レポーター遺伝子の発現レベルの上昇が、前記複数のヒト膜遺伝子のうちの１つによってコードされる前記提示されたタンパク質が刺激性共シグナル伝達分子として作用し、前記第２の細胞株の活性を刺激することを示し、前記レポーター遺伝子の発現レベルの低下が、前記複数のヒト膜遺伝子のうちの１つによってコードされる前記提示されたタンパク質が阻害性共シグナル伝達分子として作用し、前記第２の細胞株の活性を阻害することを示し、それによって免疫モジュレーターが同定される、方法。
（項目４１）
前記免疫モジュレーターが、ＦＯＬＨ１、ＦＡＳ、ＩＬ３ＲＡ、ＣＤ２４８、ＴＨＢＤ、Ｂ７．１、ＧＪＢ１、ＯＸ４０Ｌ、４−１ＢＢＬおよびＢ７．２からなる群から選択される、項目４０に記載の方法。
（項目４２）
前記免疫モジュレーターが、ＦＬＴ１、ＣＸＣＲ６、ＳＥＭＡ６ａ、ＲＨＣＥ、ＦＣＲＬＡ、ＴＮＦＲＳＦ１９、ＳＥＣ２２ｂ、Ｂ３ＧＮＴ１、ＮＦＡＭ１．ＬＹ６およびＧＰ１ＢＡからなる群から選択される、項目４０に記載の方法。
（項目４３）
前記免疫モジュレーターが、ＦＬＴ１、ＳＥＭＡ６ａ、ＳＥＣ２２ｂおよびＧＰ１ＢＡからなる群から選択される、項目４０に記載の方法。
（項目４４）
自動化されている、項目４０に記載の方法。
（項目４５）
ロボット工学を使用して実行される、項目４０に記載の方法。
（項目４６）
ロボット液体ハンドリング技術を使用して実行される、項目４５に記載の方法。
（項目４７）
自動プレートハンドリングシステムを使用して実行される、項目４５に記載の方法。
（項目４８）
ｉｎ ｖｉｔｒｏ機能アッセイ、ｉｎ ｖｉｖｏアッセイ、受容体アレイアッセイ、バイオインフォマティクスアッセイ、またはそれらの組合せからなる群から選択されるアッセイを実行することをさらに含む、項目４０に記載の方法。
（項目４９）
前記ｉｎ ｖｉｔｒｏ機能アッセイが、
前記複数のヒト膜遺伝子の１つおよび膜結合抗ＣＤ３抗体またはその抗原結合性断片を発現する前記第２の細胞を初代Ｔ細胞と共に培養すること；および
増殖アッセイ、アポトーシスアッセイおよびサイトカイン放出アッセイからなる群から選択されるｉｎ ｖｉｔｒｏ機能アッセイを実行すること
を含む、項目４８に記載の方法。
（項目５０）
前記初代Ｔ細胞が、ヒト初代ＣＤ８細胞および／またはヒト初代ＣＤ４細胞である、項目４９に記載の方法。
（項目５１）
前記受容体アレイアッセイが、前記免疫モジュレーターの相互作用タンパク質を同定するために実行される、項目４８に記載の方法。
（項目５２）
前記受容体アレイが：
複数のウェルを含む固体支持構造体
を含み、前記複数のウェルのそれぞれが：
複数の受容体遺伝子の１つによってコードされる受容体の前記細胞上での提示が可能になるように、前記複数の受容体遺伝子をコードするｃＤＮＡライブラリーでトランスフェクトされた細胞；
タグと融合した免疫モジュレーターを含む組換えタンパク質；
前記タグに特異的な蛍光標識された抗体
を含み；
検出可能な蛍光シグナルが、前記免疫モジュレーターが前記受容体と相互作用することの指標である、項目５１に記載の方法。
（項目５３）
前記タグが、マウスＩｇＧ２ａ Ｆｃタグ、ヒトＩｇＧ１ Ｆｃタグ、ＦＬＡＧタグおよび６ｘＨｉｓタグからなる群から選択される、項目５２に記載の方法。
（項目５４）
前記免疫モジュレーターが前記免疫モジュレーターの全長タンパク質である、項目５２に記載の方法。
（項目５５）
前記免疫モジュレーターが、前記免疫モジュレーターの細胞外ドメインである、項目５２に記載の方法。
（項目５６）
前記ｉｎ ｖｉｖｏアッセイが、前記免疫モジュレーターを自己免疫疾患またはがんの動物モデルに投与することを含む、項目４８に記載の方法。
（項目５７）
前記動物モデルが、ヒトメラノーマ細胞および腫瘍反応性Ｔ細胞を注射されたＮＯＤ−ｓｃｉｄ ＩＬ２Ｒガンマ ｎｕｌｌ マウスモデルである、項目５６に記載の方法。
（項目５８）
前記動物モデルがヒト化マウスモデルである、項目５６に記載の方法。
（項目５９）
前記ヒト化マウスモデルが、免疫患者由来の異種移植（免疫ＰＤＸ）モデルである、項目５８に記載の方法。
（項目６０）
それを必要とする対象における自己免疫疾患またはがんを治療する方法であって、項目４０に記載の方法によって同定された免疫モジュレーターの有効量を前記対象に投与し、それにより前記対象における自己免疫疾患またはがんを治療することを含む、方法。
（項目６１）
それを必要とする対象における自己免疫疾患またはがんを治療する方法であって、項目４０に記載の方法によって同定された免疫モジュレーターの調節物質の有効量を前記対象に投与し、それにより前記対象における自己免疫疾患またはがんを治療することを含む、方法。
（項目６２）
前記免疫モジュレーターが、ＦＯＬＨ１、ＦＡＳ、ＩＬ３ＲＡ、ＣＤ２４８、ＴＨＢＤ、Ｂ７．１、ＧＪＢ１、ＯＸ４０Ｌ、４−１ＢＢＬおよびＢ７．２からなる群から選択される、項目６０または６１に記載の方法。
（項目６３）
前記免疫モジュレーターが、ＦＬＴ１、ＣＸＣＲ６、ＳＥＭＡ６ａ、ＲＨＣＥ、ＦＣＲＬＡ、ＴＮＦＲＳＦ１９、ＳＥＣ２２ｂ、Ｂ３ＧＮＴ１、ＮＦＡＭ１．ＬＹ６およびＧＰ１ＢＡからなる群から選択される、項目６０または６１に記載の方法。
（項目６４）
前記免疫モジュレーターの調節物質が、前記免疫調節物質の発現レベルおよび／または活性レベルを上昇させる、項目６１に記載の方法。
（項目６５）
前記免疫モジュレーターの調節物質が、前記免疫調節物質の発現レベルおよび／または活性レベルを低下させる、項目６１に記載の方法。
Claims (65)
- 複数のウェルを含む固体支持構造体を含むゲノムスケールのＴ細胞活性アレイ（ＧＳ−ＴＣＡＡ）であって、
前記複数のウェルのそれぞれが：
膜結合抗ＣＤ３抗体またはその抗原結合性断片を発現する第１の細胞であって、複数のヒト膜遺伝子のうちの１つによってコードされるタンパク質の前記第１の細胞上への提示が可能になるように、前記複数のヒト膜遺伝子をコードするｃＤＮＡライブラリーでトランスフェクトされている、第１の細胞；
細胞表面上の受容体およびレポーター遺伝子を発現する第２の細胞；
を含み、
前記受容体と前記抗ＣＤ３抗体またはその抗原結合性断片との間の相互作用が一次シグナルを提供し、前記第２の細胞株の活性を刺激し、
前記レポーター遺伝子の発現レベルの上昇が、前記複数のヒト膜遺伝子のうちの１つによってコードされる前記提示されたタンパク質が刺激性共シグナル伝達分子として作用し、前記第２の細胞株の活性を刺激することを示し、前記レポーター遺伝子の発現レベルの低下が、前記複数のヒト膜遺伝子のうちの１つによってコードされる前記提示されたタンパク質が阻害性共シグナル伝達分子として作用し、前記第２の細胞株の活性を阻害することを示す、アレイ。 - 前記固体支持構造体がマルチウェルプレートである、請求項１に記載のアレイ。
- 前記マルチウェルプレートが、９６ウェルプレート、３８４ウェルプレートおよび１５３６ウェルプレートからなる群から選択される、請求項２に記載のアレイ。
- 前記第１の細胞がヒト２９３Ｔ細胞である、請求項１に記載のアレイ。
- 前記第１の細胞が、免疫関連アダプターを発現するヒト２９３Ｔ．２Ａ細胞である、請求項１に記載のアレイ。
- 前記免疫関連アダプターが、ＤＡＰ１０、ＤＡＰ１２、ＦｃＲγおよびＣＤ３Ｅからなる群から選択される、請求項５に記載のアレイ。
- 前記第２の細胞が免疫細胞である、請求項１に記載のアレイ。
- 前記免疫細胞が、骨髄由来サプレッサー細胞（ＭＤＳＣ）である、請求項７に記載のアレイ。
- 前記免疫細胞がＴ細胞である、請求項７に記載のアレイ。
- 前記Ｔ細胞が、Ｊｕｒｋａｔ細胞、ナイーブＴ細胞、エフェクターＴ細胞、消耗Ｔ細胞、アネルギー性Ｔ細胞および制御性Ｔ細胞からなる群から選択される、請求項９に記載のアレイ。
- 前記レポーター遺伝子が、細胞毒性関連レポーター構築物、アポトーシス関連レポーター構築物および増殖関連レポーター構築物からなる群から選択されるＤＮＡ構築物に含まれる、請求項１に記載のアレイ。
- 前記細胞毒性関連レポーター構築物が蛍光ベースのレポーター構築物である、請求項１１に記載のアレイ。
- 前記アポトーシス関連レポーター構築物が、蛍光ベースのレポーター構築物である、請求項１１に記載のアレイ。
- 前記蛍光ベースのレポーター構築物が、Ｔ細胞関連転写応答エレメントと、それに続く最小ＣＭＶプロモーターおよびＧＦＰレポーター遺伝子を含む、請求項１２または１３に記載のアレイ。
- 前記Ｔ細胞関連転写応答エレメントが、ＮＦ−ｋｂ、ＮＦ−ＡＴ、ＡＰ−１、ＥＧＲ２、ＭＡＰＫおよびＰＩ３Ｋからなる群から選択される、請求項１４に記載のアレイ。
- 前記増殖関連レポーター構築物中のレポーター遺伝子がサイトカイン遺伝子である、請求項１１に記載のアレイ。
- 前記サイトカインが、ＩＦＮ−ガンマ、ＴＮＦ−アルファおよびＩＬ−１０からなる群から選択される、請求項１６に記載のアレイ。
- 前記複数のヒト膜遺伝子が、受容体遺伝子、免疫グロブリン遺伝子、トランスポーター遺伝子およびシグナル伝達遺伝子から選択される遺伝子を含む、請求項１に記載のアレイ。
- 前記複数のヒト膜遺伝子が約１，０００〜７，０００の遺伝子を含む、請求項１に記載のアレイ。
- 前記複数のヒト膜遺伝子が約２，０００〜５，０００個の遺伝子を含む、請求項１に記載のアレイ。
- 前記複数のヒト膜遺伝子が約４，０００〜７，０００個の遺伝子を含む、請求項１に記載のアレイ。
- 前記第２の細胞の前記活性が、細胞増殖、細胞抑制、細胞消耗、細胞アポトーシス、および細胞からのサイトカイン放出からなる群から選択される、請求項１に記載のアレイ。
- ゲノムスケールのＴ細胞活性アレイ（ＧＳ−ＴＣＡＡ）を作製する方法であって、
複数のウェルを含む固体支持構造体を提供するステップ；
膜結合抗ＣＤ３抗体またはその抗原結合性断片を発現する第１の細胞を、前記複数のウェルのそれぞれに培養するステップ；
複数のヒト膜遺伝子の１つによってコードされたタンパク質の前記第１の細胞上への提示が可能となるように、前記複数のヒト膜遺伝子をコードするｃＤＮＡライブラリーで前記第１の細胞をトランスフェクトするステップ；および
細胞表面上の受容体およびレポーター遺伝子を発現する第２の細胞を、前記複数のウェルのそれぞれに共培養し、それによってゲノムスケールのＴ細胞活性アレイを調製するステップ
を含み、
前記受容体と前記抗ＣＤ３抗体またはその抗原結合性断片との間の相互作用が、一次シグナルを提供し、前記第２の細胞株の活性を刺激し、
前記レポーター遺伝子の発現レベルの上昇が、前記複数のヒト膜遺伝子のうちの１つによってコードされる前記提示されたタンパク質が刺激性共シグナル伝達分子として作用し、前記第２の細胞株の活性を刺激することを示し、前記レポーター遺伝子の発現レベルの低下が、前記複数のヒト膜遺伝子のうちの１つによってコードされる前記提示されたタンパク質が阻害性共シグナル伝達分子として作用し、前記第２の細胞株の活性を阻害することを示す、方法。 - 前記固体支持構造体がマルチウェルプレートである、請求項２３に記載の方法。
- 前記マルチウェルプレートが、９６ウェルプレート、３８４ウェルプレートおよび１５３６ウェルプレートからなる群から選択される、請求項２４に記載の方法。
- 前記第１の細胞がヒト２９３Ｔ細胞である、請求項２３に記載の方法。
- 前記第１の細胞が、免疫関連アダプターを発現するヒト２９３Ｔ．２Ａ細胞である、請求項２３に記載の方法。
- 前記免疫関連アダプターが、ＤＡＰ１０、ＤＡＰ１２、ＦｃＲγおよびＣＤ３Ｅからなる群から選択される、請求項２７に記載の方法。
- 前記第２の細胞が免疫細胞である、請求項２３に記載の方法。
- 前記免疫細胞が骨髄由来サプレッサー細胞（ＭＤＳＣ）である、請求項２９に記載の方法。
- 前記免疫細胞がＴ細胞である、請求項２９に記載の方法。
- 前記Ｔ細胞が、Ｊｕｒｋａｔ細胞、ナイーブＴ細胞、エフェクターＴ細胞、消耗Ｔ細胞、アネルギーＴ細胞および制御性Ｔ細胞からなる群から選択される、請求項３１に記載の方法。
- 前記レポーター遺伝子が、細胞毒性関連レポーター構築物、アポトーシス関連レポーター構築物および増殖関連レポーター構築物からなる群から選択されるＤＮＡ構築物に含まれる、請求項２３に記載の方法。
- 前記細胞毒性関連レポーター構築物が蛍光ベースのレポーター構築物である、請求項３３に記載の方法。
- 前記アポトーシス関連レポーター構築物が蛍光ベースのレポーター構築物である、請求項３３に記載の方法。
- 前記蛍光ベースのレポーター構築物が、Ｔ細胞関連転写応答エレメントと、それに続く最小ＣＭＶプロモーターおよびＧＦＰレポーター遺伝子を含む、請求項３４または３５に記載の方法。
- 前記Ｔ細胞関連転写応答エレメントが、ＮＦ−ｋＢ、ＮＦ−ＡＴ、ＡＰ−１、ＥＧＲ２、ＭＡＰＫおよびＰＩ３Ｋからなる群から選択される、請求項３６に記載の方法。
- 前記増殖関連レポーター構築物中のレポーター遺伝子がサイトカイン遺伝子である、請求項３３に記載の方法。
- 前記サイトカインが、ＩＦＮ−ガンマ、ＴＮＦ−アルファおよびＩＬ−１０からなる群から選択される、請求項３８に記載の方法。
- 免疫モジュレーターを同定する方法であって、
請求項１に記載のゲノムスケールのＴ細胞活性アレイ（ＧＳ−ＴＣＡＡ）を提供するステップ；
第１の細胞中の前記複数のヒト膜遺伝子の１つを発現させるステップ、
前記第１の細胞と前記第２の細胞とを共培養するステップ；
前記第２の細胞における前記レポーター遺伝子の発現レベルを検出するステップ；および
前記レポーター遺伝子の発現レベルを、前記複数のヒト膜遺伝子の１つでトランスフェクトされていない対照の第１の細胞と共培養された対照の第２の細胞中の前記レポーター遺伝子の発現レベルと比較するステップ
を含み、
前記レポーター遺伝子の発現レベルの上昇が、前記複数のヒト膜遺伝子のうちの１つによってコードされる前記提示されたタンパク質が刺激性共シグナル伝達分子として作用し、前記第２の細胞株の活性を刺激することを示し、前記レポーター遺伝子の発現レベルの低下が、前記複数のヒト膜遺伝子のうちの１つによってコードされる前記提示されたタンパク質が阻害性共シグナル伝達分子として作用し、前記第２の細胞株の活性を阻害することを示し、それによって免疫モジュレーターが同定される、方法。 - 前記免疫モジュレーターが、ＦＯＬＨ１、ＦＡＳ、ＩＬ３ＲＡ、ＣＤ２４８、ＴＨＢＤ、Ｂ７．１、ＧＪＢ１、ＯＸ４０Ｌ、４−１ＢＢＬおよびＢ７．２からなる群から選択される、請求項４０に記載の方法。
- 前記免疫モジュレーターが、ＦＬＴ１、ＣＸＣＲ６、ＳＥＭＡ６ａ、ＲＨＣＥ、ＦＣＲＬＡ、ＴＮＦＲＳＦ１９、ＳＥＣ２２ｂ、Ｂ３ＧＮＴ１、ＮＦＡＭ１．ＬＹ６およびＧＰ１ＢＡからなる群から選択される、請求項４０に記載の方法。
- 前記免疫モジュレーターが、ＦＬＴ１、ＳＥＭＡ６ａ、ＳＥＣ２２ｂおよびＧＰ１ＢＡからなる群から選択される、請求項４０に記載の方法。
- 自動化されている、請求項４０に記載の方法。
- ロボット工学を使用して実行される、請求項４０に記載の方法。
- ロボット液体ハンドリング技術を使用して実行される、請求項４５に記載の方法。
- 自動プレートハンドリングシステムを使用して実行される、請求項４５に記載の方法。
- ｉｎ ｖｉｔｒｏ機能アッセイ、ｉｎ ｖｉｖｏアッセイ、受容体アレイアッセイ、バイオインフォマティクスアッセイ、またはそれらの組合せからなる群から選択されるアッセイを実行することをさらに含む、請求項４０に記載の方法。
- 前記ｉｎ ｖｉｔｒｏ機能アッセイが、
前記複数のヒト膜遺伝子の１つおよび膜結合抗ＣＤ３抗体またはその抗原結合性断片を発現する前記第２の細胞を初代Ｔ細胞と共に培養すること；および
増殖アッセイ、アポトーシスアッセイおよびサイトカイン放出アッセイからなる群から選択されるｉｎ ｖｉｔｒｏ機能アッセイを実行すること
を含む、請求項４８に記載の方法。 - 前記初代Ｔ細胞が、ヒト初代ＣＤ８細胞および／またはヒト初代ＣＤ４細胞である、請求項４９に記載の方法。
- 前記受容体アレイアッセイが、前記免疫モジュレーターの相互作用タンパク質を同定するために実行される、請求項４８に記載の方法。
- 前記受容体アレイが：
複数のウェルを含む固体支持構造体
を含み、前記複数のウェルのそれぞれが：
複数の受容体遺伝子の１つによってコードされる受容体の前記細胞上での提示が可能になるように、前記複数の受容体遺伝子をコードするｃＤＮＡライブラリーでトランスフェクトされた細胞；
タグと融合した免疫モジュレーターを含む組換えタンパク質；
前記タグに特異的な蛍光標識された抗体
を含み；
検出可能な蛍光シグナルが、前記免疫モジュレーターが前記受容体と相互作用することの指標である、請求項５１に記載の方法。 - 前記タグが、マウスＩｇＧ２ａ Ｆｃタグ、ヒトＩｇＧ１ Ｆｃタグ、ＦＬＡＧタグおよび６ｘＨｉｓタグからなる群から選択される、請求項５２に記載の方法。
- 前記免疫モジュレーターが前記免疫モジュレーターの全長タンパク質である、請求項５２に記載の方法。
- 前記免疫モジュレーターが、前記免疫モジュレーターの細胞外ドメインである、請求項５２に記載の方法。
- 前記ｉｎ ｖｉｖｏアッセイが、前記免疫モジュレーターを自己免疫疾患またはがんの動物モデルに投与することを含む、請求項４８に記載の方法。
- 前記動物モデルが、ヒトメラノーマ細胞および腫瘍反応性Ｔ細胞を注射されたＮＯＤ−ｓｃｉｄ ＩＬ２Ｒガンマｎｕｌｌマウスモデルである、請求項５６に記載の方法。
- 前記動物モデルがヒト化マウスモデルである、請求項５６に記載の方法。
- 前記ヒト化マウスモデルが、免疫患者由来の異種移植（免疫ＰＤＸ）モデルである、請求項５８に記載の方法。
- それを必要とする対象における自己免疫疾患またはがんを治療するための、請求項４０に記載の方法によって同定された免疫モジュレーターを含む、組成物。
- それを必要とする対象における自己免疫疾患またはがんを治療するための、請求項４０に記載の方法によって同定された免疫モジュレーターの調節物質を含む、組成物。
- 前記免疫モジュレーターが、ＦＯＬＨ１、ＦＡＳ、ＩＬ３ＲＡ、ＣＤ２４８、ＴＨＢＤ、Ｂ７．１、ＧＪＢ１、ＯＸ４０Ｌ、４−１ＢＢＬおよびＢ７．２からなる群から選択される、請求項６０または６１に記載の組成物。
- 前記免疫モジュレーターが、ＦＬＴ１、ＣＸＣＲ６、ＳＥＭＡ６ａ、ＲＨＣＥ、ＦＣＲＬＡ、ＴＮＦＲＳＦ１９、ＳＥＣ２２ｂ、Ｂ３ＧＮＴ１、ＮＦＡＭ１．ＬＹ６およびＧＰ１ＢＡからなる群から選択される、請求項６０または６１に記載の組成物。
- 前記免疫モジュレーターの調節物質が、前記免疫調節物質の発現レベルおよび／または活性レベルを上昇させる、請求項６１に記載の組成物。
- 前記免疫モジュレーターの調節物質が、前記免疫調節物質の発現レベルおよび／または活性レベルを低下させる、請求項６１に記載の組成物。
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