JP2018532415A - 大きなゲノムdnaノックインおよびその使用 - Google Patents
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Abstract
本発明は、大容量クローニングベクター(例えば、BAC)を利用して、CRISPR/Cas9刺激相同組換えにおいて細胞のゲノムに効率的に挿入するように近位および遠位領域(10kb)によって隣接される大きな外因性ゲノムDNA(約10〜300kb)を保有するための組成物および方法を提供する。大きなヒト遺伝子をマウス接合体にマイクロインジェクションして遺伝的に改変されたマウスを調製するための方法および組成物も提供する。【選択図】図1
Description
関連出願に関する参照
本出願は、2015年11月6日に出願された米国仮出願番号第62/252,080号に対する米国特許法第119条(e)の下の利益を主張し、その内容全体は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
本出願は、2015年11月6日に出願された米国仮出願番号第62/252,080号に対する米国特許法第119条(e)の下の利益を主張し、その内容全体は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
政府支援
本発明は、国立衛生研究所(NIH)の米国国立癌研究所(NCI)により授与された助成金番号P30CA034196の下で、米国政府支援を受けて行った。米国政府は、本発明において一定の権利を有する。
本発明は、国立衛生研究所(NIH)の米国国立癌研究所(NCI)により授与された助成金番号P30CA034196の下で、米国政府支援を受けて行った。米国政府は、本発明において一定の権利を有する。
ゲノム編集は、DNAが、挿入されるか、置き換えられるか、またはゲノムから除去される遺伝子操作の一種である。近年、ゲノム編集は、人工的に操作されたヌクレアーゼ(a/k/a「分子ハサミ」)を使用して達成されている。当該ヌクレアーゼは、ゲノムにおける所望の位置で二重鎖切断(DSB)を創出し、細胞の内因性メカニズムを利用して、相同性誘導修復(homology directed repair)(HDR、その一般的な形態が、相同組換え(HR)である)および非相同末端結合(NHEJ)の天然プロセスによって、誘発された切断を修復する。
制限酵素(RE)は多くの場合、標的DNAにおいてDSBを創出するのに使用される。短い認識配列(通常、4〜8bp)のため、REは、大きなゲノムDNA領域では、非常に多くのDSBを創出する。この問題を克服するために、幾つかの別個の種類のヌクレアーゼは、大きなゲノム領域に対してより適した部位特異的DSBを生成するように生体工学によって操作されており(bioengineered);例えば、ジンクフィンガーヌクレアーゼ(ZFN)、転写活性化因子様エフェクターヌクレアーゼ(TALEN)、CRISPR/Cas系、および操作されたメガヌクレアーゼである。
メガヌクレアーゼは、幾つかの微生物種において一般的に見出される。それらは、非常に長い認識配列(14bpを超える)を有する特有の特性を保有することから、それらは自然に特異的となり、大きなゲノムにおけるゲノム編集中に部位特異的DSBを生成するのに適したものとなる。しかしながら、このアプローチの制限は、公知のメガヌクレアーゼが数少ないことであり、したがって、この方法によって網羅され得る標的配列を大幅に制限している。突然変異誘発およびハイスループットスクリーニング法を使用して、特有の配列を認識するメガヌクレアーゼ変異体が創出されてきた。様々なメガヌクレアーゼを融合させて、新たな認識配列を有するハイブリッド酵素が創出されている。配列特異的なメガヌクレアーゼを設計するために、メガヌクレアーゼのDNA相互作用残基を変更させることによって、メガヌクレアーゼを合理的に設計しようと試みたものもいる(例えば、米国特許第8,021,867号を参照)。
ゲノム編集における他の伝統的な遺伝子操作技術として、ランダム形質転換(transgenesis)、標的形質転換およびリコンビナーゼ媒介性カセット交換(RMCE)が挙げられる。これらの各々の方法は、欠点を有する。例えば、ランダム形質転換方法は、同族内因性遺伝子座でのゲノム改変から逸脱し、導入遺伝子がランダムに組み込まれるのに十分である(そこで、それらは、多様性発現(variegated expression)を受ける)。標的形質転換中には、導入遺伝子は、標準セーフハーバー部位に特異的に向けられて、この斑入り位置効果(position-effect variegation)を限定し得るが、ここでさえ、導入遺伝子は、それらの内因性同族遺伝子に連結されてない。関連するRMCE法のように、標的形質転換は、リコンビナーゼ結合部位によって隣接される抗生物質選択カセットの使用を含み得る。複雑さの付加に加えて、これらの選択カセットを欠失させることは、特異的なリコンビナーゼ発現マウスへの品種改良を要し、それによって系統の開発を長引かせる。
ここ30年間マウスにおいて使用されているような、伝統的な遺伝子ターゲティングに関して、大部分の文献に基づく伝統的なパラダイムは、ドナー分子として作用するために長さが二、三から数キロ塩基対を有する2つの相同性アームを有するプラスミドベクターを創出することであった。これらのアームは、プラスミドベクターの胚幹(ES)細胞への導入およびHDR後にゲノムへ組み込まれる、研究者により変更された配列に隣接するように、プラスミド内で位置する。ポジティブおよびネガティブ選択カセットは、適切に組み込まれた配列を含有する稀な胚幹(ES)細胞クローンを選択するのを助けるために頻繁に用いられる。この技法は、1つのヌクレオチドから最大数千もの塩基対までの規模で、ゲノム配列を改変するのに十分である。しかしながら、多くの場合に何万または何十万もの塩基対に及ぶマウス遺伝子全体を変更しようと試みる場合、本方法は及ばない場合がある。
ゲノム操作ツールとして、CRISPR−Casエンドヌクレアーゼは、高頻度で、かつ多種多様な系統および生物にわたって、目的の遺伝子座に対して特異的にDNA二重鎖切断(DSB)を生成させるための手段として役立つ。DSBに直面すると、攪乱されている生物の細胞は、NHEJ経路およびHDR経路により応答して、DSBを修復する。より迅速でかつ誤りがちなNHEJ経路によって修復されるDSBは、少数のヌクレオチドの欠失または挿入(INDEL)を特徴とし、それらが目的のタンパク質のオープンリーディングフレーム内に存在する場合、それらは、目的の元の遺伝子の低形質変異またはヌル変異につながり得る。対比して、相同的な鋳型(例えば、姉妹染色分体、ドナー分子)の存在下でのHDRによって修復されるDSBは、DSBの部位で、正確なDNA改変を生物に導入する機会を提供する。
CRISPR技法は、迅速に拡大しており、多数の種および種々のゲノム編集分野にわたって適用される。しかしながら、本出願人の知る限りでは、進行中のCRISPR技術にもかかわらず、目下、HDR(例えば、HR)ベースの組換えは、比較的小さな領域のゲノムDNAを編集することに限定される。例えば、CRISPR/CasによるDSB創出後に遺伝子編集するのにHRを使用する場合の技術的な問題に対処することを目的としたAddgeneウェブサイトのHomologous Recombination(HR)FAQセクションでは、相同組換え(HR)によって特異的な変異または挿入を創出するためにCRISPR/Cas9系を使用しようと試みる場合に、各相同性アームがどれくらい長くあるべきであるかに関する疑問が提起された。小さな変異(例えば、50bp未満の変異)または単一点変異を導入するための推奨アプローチは、標的細胞へのトランスフェクション用のHR鋳型として単鎖DNA(ssDNA)オリゴ(プラスミドとは対照的に)を使用することである。ssDNAオリゴは通常、中央に位置する小さな変異または点変異を伴って、およそ100〜150bpの総相同性を有し、したがって、変異の各側に約50〜75bpの相同性アームを付与する。大きな変化(100bpを上回る挿入または欠失など)には、通常、所望の挿入または変異に隣接する各側のおよそ800bpの2つの相同性アームを有するプラスミドドナーが使用される。かかるプラスミドドナーの典型的なサイズは、およそ5kbである(Yangら、Cell 154巻(6):1370〜1379頁、2013年)。相同組換え(HR)に関してCRISPR/Casを使用してゲノムに挿入することができるDNAの最大量、および効率的な組換えのための相同性アームの長さに関する疑問に応答して、Addgeneウェブサイトは、挿入に関して試みた最も長い長さは1kbであり、相同性アームは長さが800bpであることを示した。
特に挿入片サイズが数キロ塩基よりも大きい場合の、CRISPR/Casによって創出されるDSBの性質および適合性ならびにCRISPR関連HDRに対する相同性アームの長さの影響などの技術のある特定の重要な態様に関する不確実性および予想不可能性は、CRISPR関連HDRが、これまで小さなDNA断片(例えば、単一ヌクレオチドから1つまたは多くても数キロ塩基まで)の宿主ゲノムへの挿入に限定されてきたという事実の一因となっている可能性がある。
したがって、相同組換えを介して、大きなゲノムDNAを宿主ゲノムに導入するための新規手段を開発することは、引き続き必要とされている。
一態様では、本発明は、相同組換えを介して大きな外因性ゲノムDNAを挿入して、哺乳類の細胞のゲノムにおいて内因性ゲノムDNAを置き換える方法であって、
(a)細菌人工染色体(BAC)を供給するステップと、
(b)約10〜300kbの大きな外因性ゲノムDNAを供給するステップと、
(c)前記大きな外因性ゲノムDNAを、前記BACに挿入するステップであって、前記大きな外因性ゲノムDNAは、約10〜30kbの近位領域および約10〜30kbの遠位領域によって隣接され、前記近位領域および前記遠位領域は、前記細胞の該ゲノムにおいて前記内因性ゲノムDNAに隣接する、ステップと、
(d)CRISPR/Cas9ガイドRNA(gRNA)の第1の対を調製するステップであって、前記第1の対は、第1のgRNAおよび第2のgRNAを含み、前記第1のgRNAおよび前記第2のgRNAは、前記近位領域が該細胞の該ゲノムにおいて前記内因性ゲノムDNAと結合する近位接合部から約250bp以内にある、該内因性ゲノムDNAにおける、それぞれ第1のCas9切断部位および第2のCas9切断部位を標的とする、ステップと、
(e)CRISPR/Cas9ガイドRNA(gRNA)の第2の対を調製するステップであって、前記第2の対は、第3のgRNAおよび第4のgRNAを含み、前記第3のgRNAおよび前記第4のgRNAは、前記遠位領域が該細胞の該ゲノムにおいて前記内因性ゲノムDNAと結合する遠位接合部から約250bp以内にある、該内因性ゲノムDNAにおける、それぞれ第3のCas9切断部位および第4のCas9切断部位を標的とする、ステップと、
(f)Cas9タンパク質、または該Cas9タンパク質を産生することが可能なCas9コード配列を供給するステップと、
(g)前記哺乳類の前記細胞に、
(i)ステップ(c)における前記BAC、
(ii)ステップ(d)におけるCRISPR/Cas9ガイドRNAの前記第1の対、
(iii)ステップ(e)におけるCRISPR/Cas9ガイドRNAの前記第2の対、および
(iv)ステップ(f)における前記Cas9タンパク質またはCas9コード配列
を導入するステップと
を含み、それにより、
(i)gRNAの前記第1の対が、該近位接合部で前記内因性ゲノムDNAにおいて前記第1および前記第2のCas9切断部位を切断するよう前記Cas9タンパク質を誘導して、第1の二重鎖切断(DSB)を生成し、
(ii)gRNAの前記第2の対が、該遠位接合部で前記内因性ゲノムDNAにおいて前記第3および前記第4のCas9切断部位を切断するよう前記Cas9タンパク質を誘導して、第2のDSBを生成し、
(iii)前記大きな外因性ゲノムDNAが、相同組換えを介して前記第1のDSBおよび前記第2のDSBで該細胞の該ゲノムに組み込まれて、該近位領域と該遠位領域との間の前記内因性ゲノムDNAを置き換える、前記方法
を提供する。
(a)細菌人工染色体(BAC)を供給するステップと、
(b)約10〜300kbの大きな外因性ゲノムDNAを供給するステップと、
(c)前記大きな外因性ゲノムDNAを、前記BACに挿入するステップであって、前記大きな外因性ゲノムDNAは、約10〜30kbの近位領域および約10〜30kbの遠位領域によって隣接され、前記近位領域および前記遠位領域は、前記細胞の該ゲノムにおいて前記内因性ゲノムDNAに隣接する、ステップと、
(d)CRISPR/Cas9ガイドRNA(gRNA)の第1の対を調製するステップであって、前記第1の対は、第1のgRNAおよび第2のgRNAを含み、前記第1のgRNAおよび前記第2のgRNAは、前記近位領域が該細胞の該ゲノムにおいて前記内因性ゲノムDNAと結合する近位接合部から約250bp以内にある、該内因性ゲノムDNAにおける、それぞれ第1のCas9切断部位および第2のCas9切断部位を標的とする、ステップと、
(e)CRISPR/Cas9ガイドRNA(gRNA)の第2の対を調製するステップであって、前記第2の対は、第3のgRNAおよび第4のgRNAを含み、前記第3のgRNAおよび前記第4のgRNAは、前記遠位領域が該細胞の該ゲノムにおいて前記内因性ゲノムDNAと結合する遠位接合部から約250bp以内にある、該内因性ゲノムDNAにおける、それぞれ第3のCas9切断部位および第4のCas9切断部位を標的とする、ステップと、
(f)Cas9タンパク質、または該Cas9タンパク質を産生することが可能なCas9コード配列を供給するステップと、
(g)前記哺乳類の前記細胞に、
(i)ステップ(c)における前記BAC、
(ii)ステップ(d)におけるCRISPR/Cas9ガイドRNAの前記第1の対、
(iii)ステップ(e)におけるCRISPR/Cas9ガイドRNAの前記第2の対、および
(iv)ステップ(f)における前記Cas9タンパク質またはCas9コード配列
を導入するステップと
を含み、それにより、
(i)gRNAの前記第1の対が、該近位接合部で前記内因性ゲノムDNAにおいて前記第1および前記第2のCas9切断部位を切断するよう前記Cas9タンパク質を誘導して、第1の二重鎖切断(DSB)を生成し、
(ii)gRNAの前記第2の対が、該遠位接合部で前記内因性ゲノムDNAにおいて前記第3および前記第4のCas9切断部位を切断するよう前記Cas9タンパク質を誘導して、第2のDSBを生成し、
(iii)前記大きな外因性ゲノムDNAが、相同組換えを介して前記第1のDSBおよび前記第2のDSBで該細胞の該ゲノムに組み込まれて、該近位領域と該遠位領域との間の前記内因性ゲノムDNAを置き換える、前記方法
を提供する。
ある特定の実施形態では、大きな外因性ゲノムDNAは、約15〜200kb、好ましくは約20〜100kb、より好ましくは約25kbである。
ある特定の実施形態では、細胞は、接合体である。ある特定の実施形態では、接合体に関して、ステップ(g)は、マイクロインジェクションによって実施される。ある特定の実施形態では、マイクロインジェクションは、約1〜10ng/μLの大きな外因性ゲノムDNAを含有するBACを使用して、好ましくは約2〜8ng/μLを使用して、より好ましくは約5ng/μLを使用して実施される。
ある特定の実施形態では、細胞は、接合体である。ある特定の実施形態では、接合体に関して、ステップ(g)は、マイクロインジェクションによって実施される。ある特定の実施形態では、マイクロインジェクションは、約1〜10ng/μLの大きな外因性ゲノムDNAを含有するBACを使用して、好ましくは約2〜8ng/μLを使用して、より好ましくは約5ng/μLを使用して実施される。
ある特定の実施形態では、細胞は、胚幹(ES)細胞である。ある特定の実施形態では、ES細胞に関して、ステップ(g)は、電気穿孔によって実施される。
ある特定の実施形態では、BACは、選択マーカーを保有しない。
ある特定の実施形態では、BACは、選択マーカーを保有しない。
ある特定の実施形態では、BACは、pBACe3.6、pBACGK1.1、pBACGMR、pBAC−red、pTARBAC1、pTARBAC1.3、pTARBAC2、pTARBAC2.1、pTARBAC3、pTARBAC4またはpTARBAC6である。
ある特定の実施形態では、大きな外因性ゲノムDNAは、哺乳類の同じ種の異なる系統に由来する。ある特定の実施形態では、大きな外因性ゲノムDNAは、哺乳類の異なる種に由来する。
ある特定の実施形態では、哺乳類は、マウスである。
ある特定の実施形態では、第1および第2のCas9切断部位は、独立して、近位接合部から約100bp、50bpまたは10bp以内にある。
ある特定の実施形態では、第1および第2のCas9切断部位は、独立して、近位接合部から約100bp、50bpまたは10bp以内にある。
ある特定の実施形態では、第1のgRNAおよび第2のgRNAは、内因性ゲノムDNAの異なる鎖(即ち、+および−鎖)と結合する。
ある特定の実施形態では、第1および第2のCas9切断部位は、近位接合部に最も近い2つの潜在的なCas9切断部位である。
ある特定の実施形態では、第1および第2のCas9切断部位は、近位接合部に最も近い2つの潜在的なCas9切断部位である。
ある特定の実施形態では、第3および第4のCas9切断部位は、独立して、遠位接合部から約100bp、50bpまたは10bp以内にある。
ある特定の実施形態では、第3のgRNAおよび第4のgRNAは、内因性ゲノムDNAの異なる鎖(即ち、+および−鎖)と結合する。
ある特定の実施形態では、第3のgRNAおよび第4のgRNAは、内因性ゲノムDNAの異なる鎖(即ち、+および−鎖)と結合する。
ある特定の実施形態では、第3および第4のCas9切断部位は、遠位接合部に最も近い2つの潜在的なCas9切断部位である。
ある特定の実施形態では、ステップ(f)において、Cas9タンパク質は、第1のgRNA、第2のgRNA、第3のgRNA、または第4のgRNAを含む複合体中で供給される。
ある特定の実施形態では、ステップ(f)において、Cas9タンパク質は、第1のgRNA、第2のgRNA、第3のgRNA、または第4のgRNAを含む複合体中で供給される。
しかしながら、関連態様では、本発明の方法は、第1のDSBを創出するように第1および第2のgRNAの一方のみを使用して実行することができる。
別の関連態様では、本発明の方法は、第2のDSBを創出するように第3および第4のgRNAの一方のみを使用して実行することができる。
別の関連態様では、本発明の方法は、第2のDSBを創出するように第3および第4のgRNAの一方のみを使用して実行することができる。
一態様では、本発明は、細胞が、相同組換えを介して内因性ゲノムDNAを置き換えた大きな外因性ゲノムDNAを保有し、かつ生殖系列により該大きな外因性ゲノムDNAを伝達することが可能な非ヒト哺乳類を生成する方法であって、
(a)細菌人工染色体(BAC)を供給するステップと、
(b)約10〜300kbの大きな外因性ゲノムDNAを供給するステップと、
(c)前記大きな外因性ゲノムDNAを、該BACに挿入するステップであって、該大きな外因性ゲノムDNAは、約10〜30kbの近位領域および約10〜30kbの遠位領域によって隣接され、該近位領域および該遠位領域は、該哺乳類の該ゲノムにおいて該内因性ゲノムDNAに隣接する、ステップと、
(d)CRISPR/Cas9ガイドRNA(gRNA)の第1の対を調製するステップであって、該第1の対は、第1のgRNAおよび第2のgRNAを含み、該第1のgRNAおよび該第2のgRNAは、該近位領域が該哺乳類の該ゲノムにおいて該内因性ゲノムDNAと結合する近位接合部から約250bp以内にある、該内因性ゲノムDNAにおける、それぞれ第1のCas9切断部位および第2のCas9切断部位を標的とする、ステップと、
(e)CRISPR/Cas9ガイドRNA(gRNA)の第2の対を調製するステップであって、該第2の対は、第3のgRNAおよび第4のgRNAを含み、該第3のgRNAおよび該第4のgRNAは、該遠位領域が該哺乳類の該ゲノムにおいて該内因性ゲノムDNAと結合する該遠位接合部から約250bp以内にある、該内因性ゲノムDNAにおける、それぞれ第3のCas9切断部位および第4のCas9切断部位を標的とする、ステップと、
(f)Cas9タンパク質、または該Cas9タンパク質を産生することが可能なCas9コード配列を供給するステップと、
(g)該哺乳類の接合体に、
(i)ステップ(c)における該BAC、
(ii)ステップ(d)におけるCRISPR/Cas9ガイドRNAの該第1の対、
(iii)ステップ(e)におけるCRISPR/Cas9ガイドRNAの該第2の対、および
(iv)ステップ(f)における該Cas9タンパク質またはCas9コード配列
を導入するステップと、
(h)該哺乳類の同じ種の偽妊娠雌を調製するステップと、
(j)ステップ(g)における該接合体を、該偽妊娠雌に移植して、該哺乳類の子孫を生ませるステップ
とを含む、前記方法を提供する。
(a)細菌人工染色体(BAC)を供給するステップと、
(b)約10〜300kbの大きな外因性ゲノムDNAを供給するステップと、
(c)前記大きな外因性ゲノムDNAを、該BACに挿入するステップであって、該大きな外因性ゲノムDNAは、約10〜30kbの近位領域および約10〜30kbの遠位領域によって隣接され、該近位領域および該遠位領域は、該哺乳類の該ゲノムにおいて該内因性ゲノムDNAに隣接する、ステップと、
(d)CRISPR/Cas9ガイドRNA(gRNA)の第1の対を調製するステップであって、該第1の対は、第1のgRNAおよび第2のgRNAを含み、該第1のgRNAおよび該第2のgRNAは、該近位領域が該哺乳類の該ゲノムにおいて該内因性ゲノムDNAと結合する近位接合部から約250bp以内にある、該内因性ゲノムDNAにおける、それぞれ第1のCas9切断部位および第2のCas9切断部位を標的とする、ステップと、
(e)CRISPR/Cas9ガイドRNA(gRNA)の第2の対を調製するステップであって、該第2の対は、第3のgRNAおよび第4のgRNAを含み、該第3のgRNAおよび該第4のgRNAは、該遠位領域が該哺乳類の該ゲノムにおいて該内因性ゲノムDNAと結合する該遠位接合部から約250bp以内にある、該内因性ゲノムDNAにおける、それぞれ第3のCas9切断部位および第4のCas9切断部位を標的とする、ステップと、
(f)Cas9タンパク質、または該Cas9タンパク質を産生することが可能なCas9コード配列を供給するステップと、
(g)該哺乳類の接合体に、
(i)ステップ(c)における該BAC、
(ii)ステップ(d)におけるCRISPR/Cas9ガイドRNAの該第1の対、
(iii)ステップ(e)におけるCRISPR/Cas9ガイドRNAの該第2の対、および
(iv)ステップ(f)における該Cas9タンパク質またはCas9コード配列
を導入するステップと、
(h)該哺乳類の同じ種の偽妊娠雌を調製するステップと、
(j)ステップ(g)における該接合体を、該偽妊娠雌に移植して、該哺乳類の子孫を生ませるステップ
とを含む、前記方法を提供する。
ある特定の実施形態では、大きな外因性ゲノムDNAは、約15〜200kb、好ましくは約20〜100kb、より好ましくは約25kbである。
ある特定の実施形態では、ステップ(g)は、マイクロインジェクションによって実施される。
ある特定の実施形態では、ステップ(g)は、マイクロインジェクションによって実施される。
ある特定の実施形態では、哺乳類は、大きな外因性ゲノムDNAに関して半接合体またはホモ接合体である。ある特定の実施形態では、哺乳類の子孫の約50%または100%は、大きな外因性ゲノムDNAを保有する。
ある特定の実施形態では、本発明の方法は、必要に応じて、大きな外因性ゲノムDNAに関して半接合体またはホモ接合体である哺乳類の子孫を生成するステップをさらに含む。
ある特定の実施形態では、哺乳類は、ES細胞技術が欠如している種である。
ある特定の実施形態では、マイクロインジェクションは、約1〜10ng/μLの大きな外因性ゲノムDNAを含有するBACを使用して、好ましくは約2〜8ng/μLを使用して、より好ましくは約5ng/μLを使用して実施される。
ある特定の実施形態では、マイクロインジェクションは、約1〜10ng/μLの大きな外因性ゲノムDNAを含有するBACを使用して、好ましくは約2〜8ng/μLを使用して、より好ましくは約5ng/μLを使用して実施される。
ある特定の実施形態では、第1および第2のCas9切断部位は、独立して、近位接合部から約100bp、50bpまたは10bp以内にある。
ある特定の実施形態では、第3および第4のCas9切断部位は、独立して、遠位接合部から約100bp、50bpまたは10bp以内にある。
ある特定の実施形態では、第3および第4のCas9切断部位は、独立して、遠位接合部から約100bp、50bpまたは10bp以内にある。
ある特定の実施形態では、第1のgRNAおよび第2のgRNAは、内因性ゲノムDNAの異なる鎖(即ち、+および−鎖)に結合する。
ある特定の実施形態では、第3のgRNAおよび第4のgRNAは、内因性ゲノムDNAの異なる鎖(即ち、+および−鎖)に結合する。
ある特定の実施形態では、第3のgRNAおよび第4のgRNAは、内因性ゲノムDNAの異なる鎖(即ち、+および−鎖)に結合する。
ある特定の実施形態では、第1および第2のCas9切断部位は、近位接合部に最も近い2つの潜在的なCas9切断部位である。
ある特定の実施形態では、第3および第4のCas9切断部位は、遠位接合部に最も近い2つの潜在的なCas9切断部位である。
ある特定の実施形態では、第3および第4のCas9切断部位は、遠位接合部に最も近い2つの潜在的なCas9切断部位である。
ある特定の実施形態では、ステップ(f)において、Cas9タンパク質は、第1のgRNA、第2のgRNA、第3のgRNA、または第4のgRNAを含む複合体中で供給される。
しかしながら、関連態様では、本発明の方法は、第1のDSBを創出するように第1および第2のgRNAの一方のみを使用して実行することができる。
別の関連態様では、本発明の方法は、第2のDSBを創出するように第3および第4のgRNAの一方のみを使用して実行することができる。
別の関連態様では、本発明の方法は、第2のDSBを創出するように第3および第4のgRNAの一方のみを使用して実行することができる。
別の態様では、本発明は、第1の生物由来の大きなゲノムDNAの中心領域、第2の生物由来のゲノムDNAの近位領域、および第2の生物由来のゲノムDNAの遠位領域を含む人工ゲノムDNAを提供し、ここで、中心領域は、近位領域および遠位領域によって隣接される。
中心領域の例示的なサイズは、10kb、15kb、20kb、25kb、30kb、35kb、40kb、45kb、50kb、60kb、80kb、100kb、150kb、200kb、250kb、300kbまたは350kbである。
第1の生物由来のゲノムDNAの中心領域は、第2の生物における近位領域および遠位領域によって隣接される第2の生物の相同的なまたは相当する中心領域を置き換える。
第2の生物の相同的なまたは相当する中心領域の例示的なサイズは、10kb、15kb、20kb、25kb、30kb、35kb、40kb、45kb、50kb、60kb、80kb、100kb、150kb、200kb、250kb、300kbまたは350kbである。
第2の生物の相同的なまたは相当する中心領域の例示的なサイズは、10kb、15kb、20kb、25kb、30kb、35kb、40kb、45kb、50kb、60kb、80kb、100kb、150kb、200kb、250kb、300kbまたは350kbである。
ある特定の実施形態では、近位領域の長さおよび遠位領域の長さはともに、相同組換えを支持するのに十分長い。
近位領域の例示的なサイズは、10kb、15kb、20kb、25kb、30kb、35kb、40kb、45kb、または少なくとも約50kbである。遠位領域の例示的なサイズは、10kb、15kb、20kb、25kb、30kb、35kb、40kb、45kb、または少なくとも約50kbである。
近位領域の例示的なサイズは、10kb、15kb、20kb、25kb、30kb、35kb、40kb、45kb、または少なくとも約50kbである。遠位領域の例示的なサイズは、10kb、15kb、20kb、25kb、30kb、35kb、40kb、45kb、または少なくとも約50kbである。
ある特定の実施形態では、相同的なまたは相当する中心領域は、約20kbであり、中心領域は、約25〜30kbであり、近位領域および遠位領域はそれぞれ、約10kbである。
ある特定の実施形態では、第1の生物および第2の生物は、同種である。ある特定の実施形態では、第1の生物および第2の生物は、異なる種である。ある特定の好ましい実施形態では、第1の生物はヒトであり、第2の生物は、マウス(またはラット)である。
一態様では、本発明は、大きな外因性DNAを保有することが可能であり、かつ本発明による相同組換えに適合性であるベクターを提供する。
ある特定の実施形態では、接合体における(CRISPR創出)二重鎖切断(DSB)相同組換え(HR)媒介性ノックインに適したベクターは、対象人工ゲノムDNAのいずれか1つを含む。ある特定の実施形態では、DSBは、CRISPR/CasまたはCRISPR/cpf1によって創出される。ある特定の実施形態では、ベクターは、選択可能マーカーを有さない。
ある特定の実施形態では、接合体における(CRISPR創出)二重鎖切断(DSB)相同組換え(HR)媒介性ノックインに適したベクターは、対象人工ゲノムDNAのいずれか1つを含む。ある特定の実施形態では、DSBは、CRISPR/CasまたはCRISPR/cpf1によって創出される。ある特定の実施形態では、ベクターは、選択可能マーカーを有さない。
ある特定の実施形態では、ベクターは、胚幹(ES)細胞における相同組換えに適しており、ベクターは、対象人工ゲノムDNAのいずれか1つを含む。
ある特定の実施形態では、ベクターは、プラスミド、ファージλ、コスミド、バクテリオファージP1ベクター、P1人工染色体(PAC)、細菌人工染色体(BAC)または酵母人工染色体(YAC)である。好ましくは、ベクターはBACである。例示的なBACとして、pBACe3.6、pBACGK1.1、pBACGMR、pBAC−red、pTARBAC1、pTARBAC1.3、pTARBAC2、pTARBAC2.1、pTARBAC3、pTARBAC4、pTARBAC6またはそれらの改変型が挙げられるが、これらに限定されない。
ある特定の実施形態では、ベクターは、プラスミド、ファージλ、コスミド、バクテリオファージP1ベクター、P1人工染色体(PAC)、細菌人工染色体(BAC)または酵母人工染色体(YAC)である。好ましくは、ベクターはBACである。例示的なBACとして、pBACe3.6、pBACGK1.1、pBACGMR、pBAC−red、pTARBAC1、pTARBAC1.3、pTARBAC2、pTARBAC2.1、pTARBAC3、pTARBAC4、pTARBAC6またはそれらの改変型が挙げられるが、これらに限定されない。
ある特定の実施形態では、CRISPR/Cas9をコードするベクターまたはコード配列は、CRISPR/Cas9 mRNAである。
関連態様では、本発明は、本明細書中に記載するような第2生物の近位領域と遠位領域の間において、第1の生物の中心領域を導入する方法であって、相同組換えを可能にする条件下で、対象ベクターをES細胞に導入するステップを含む方法を提供する。
関連態様では、本発明は、本明細書中に記載するような第2生物の近位領域と遠位領域の間において、第1の生物の中心領域を導入する方法であって、相同組換えを可能にする条件下で、対象ベクターをES細胞に導入するステップを含む方法を提供する。
ある特定の実施形態では、本発明の方法は、ES細胞または接合体を、偽妊娠雌に移入するステップをさらに含む。
ある特定の実施形態では、本発明の方法は、マイクロインジェクトされた接合体またはその子孫から生じる哺乳類を遺伝子型同定するステップをさらに含む。遺伝子型同定は、無傷の(または小INDEL含有)宿主哺乳類対立遺伝子、内因性/外因性ゲノムDNA接合部、および/または任意の欠失保有対立遺伝子の分断点のCas9結合部位を確証するのに使用され得る。
ある特定の実施形態では、本発明の方法は、マイクロインジェクトされた接合体またはその子孫から生じる哺乳類を遺伝子型同定するステップをさらに含む。遺伝子型同定は、無傷の(または小INDEL含有)宿主哺乳類対立遺伝子、内因性/外因性ゲノムDNA接合部、および/または任意の欠失保有対立遺伝子の分断点のCas9結合部位を確証するのに使用され得る。
ある特定の実施形態では、本発明の方法は、遺伝子型同定反応からの増幅産物を配列決定するステップをさらに含む。
ある特定の実施形態では、本発明の方法は、所望の遺伝子座での組込みを確証するための、組み込まれた大きな外因性ゲノムDNAの遺伝子マッピングをさらに含む。
ある特定の実施形態では、本発明の方法は、所望の遺伝子座での組込みを確証するための、組み込まれた大きな外因性ゲノムDNAの遺伝子マッピングをさらに含む。
実施例または明細書の1つのセクションにのみ開示するものを含む本明細書中に記載するいずれか1つの実施形態は、明らかに否認されない限りは、いずれか1つまたは複数の他の実施形態と組み合わせることが可能であると意図されることが理解されよう。
定義−本出願で使用する用語は、下記意味を有する。
本明細書中で使用する場合、「大きな外因性ゲノムDNA」という用語は、哺乳類のゲノムに関する外来ゲノムDNAを指し、外来ゲノムDNAは、少なくとも約10kb、例えば約10〜300kb、約15〜200kb、約20〜100kb、または約25〜50kbの長さを有する。例えば、50kbのヒトゲノムDNAは、マウスゲノムに関して大きな外因性ゲノムDNAである。
本明細書中で使用する場合、「大きな外因性ゲノムDNA」という用語は、哺乳類のゲノムに関する外来ゲノムDNAを指し、外来ゲノムDNAは、少なくとも約10kb、例えば約10〜300kb、約15〜200kb、約20〜100kb、または約25〜50kbの長さを有する。例えば、50kbのヒトゲノムDNAは、マウスゲノムに関して大きな外因性ゲノムDNAである。
本明細書中で使用する場合、「相同組換え」という用語は、ヌクレオチド配列が、相同配列または相同性アームとして知られるDNAの2つの類似または同一分子間で交換される遺伝的組換えの一種を指す。相同組換えは多くの場合、下記の基本ステップを含む:二重鎖切断(DSB)がDNAの両方の鎖上で起きた後、DSBの5’末端周囲のDNAの切片は、切除と呼ばれるプロセスにおいて切り取られる。続く鎖侵入ステップでは、破壊されたDNA分子のオーバーハンギング3’末端が、破壊されてない類似または同一(または相同)DNA分子、例えば相同性アームに「侵入」する。鎖侵入後に、事象のさらなる筋道は、2つの主要経路−DSBR(二重鎖切断修復)経路またはSDSA(合成依存性鎖アニーニング)経路の一方に続き得る。
本明細書中で使用する場合、「内因性ゲノムDNA」という用語は、本明細書中で定義されるような大きな外因性ゲノムDNAによって置き換えられるべきである哺乳類におけるゲノムDNAのある特定のセグメントを指す。置き換えられるか、または欠失されるべき内因性ゲノムDNAは、それらがともに、同じ相同性アームによって隣接される限りは、大きな外因性ゲノムDNAに対して、配列が相同的であってもよく、または相同的でなくてもよい。内因性ゲノムDNAは、長さが少なくとも約10kbである。それは、好ましくは近位および遠位接合部で/付近でDSBの存在下で相同組換えが起こるのを可能にする、内因性ゲノムDNAに結合される近位領域と、大きな外因性ゲノムDNAに結合される近位領域との間の配列相同性(例えば、同一性)、および内因性ゲノムDNAに結合される遠位領域と、大きな外因性ゲノムDNAに結合される遠位領域との間の配列相同性(例えば、同一性)である。
本明細書中で使用する場合、「近位領域」は、(1)哺乳類のゲノムにおける内因性ゲノムDNAの一方の末端を結合し、(2)相同組換えターゲティングベクター上の大きな外因性ゲノムDNAの一方の末端を結合し、(3)相同組換えを容易にして、哺乳類のゲノムにおいて内因性ゲノムDNAを、大きな外因性ゲノムDNAで置き換える2つの隣接する相同性アームの一方として機能する、長さが少なくとも約10kbのゲノムDNAのセグメントを指す。
本明細書中で使用する場合、「近位接合部」という用語は、近位領域が、哺乳類のゲノムにおいて内因性ゲノムDNAと結合する位置を指す。
本明細書中で使用する場合、「遠位領域」は、(1)哺乳類のゲノムにおける内因性ゲノムDNAの他方の末端を結合し、(2)相同組換えターゲティングベクター上の大きな外因性ゲノムDNAの他方の末端を結合し、(3)相同組換えを容易にして、哺乳類のゲノムにおいて内因性ゲノムDNAを、大きな外因性ゲノムDNAで置き換える2つの隣接する相同性アームの他方として機能する、長さが少なくとも約10kbのゲノムDNAのセグメントを指す。
本明細書中で使用する場合、「遠位領域」は、(1)哺乳類のゲノムにおける内因性ゲノムDNAの他方の末端を結合し、(2)相同組換えターゲティングベクター上の大きな外因性ゲノムDNAの他方の末端を結合し、(3)相同組換えを容易にして、哺乳類のゲノムにおいて内因性ゲノムDNAを、大きな外因性ゲノムDNAで置き換える2つの隣接する相同性アームの他方として機能する、長さが少なくとも約10kbのゲノムDNAのセグメントを指す。
本明細書中で使用する場合、「遠位接合部」という用語は、遠位領域が、哺乳類のゲノムにおいて内因性ゲノムDNAと結合する位置を指す。
本明細書中で使用する場合、「人工ゲノムDNA」という用語は、第1の哺乳類由来の大きな外因性ゲノムDNAの一方の末端を、第2の哺乳類由来の近位領域に結合することによって、および大きな外因性ゲノムDNAの他方の末端を、第2の哺乳類由来の遠位領域に結合することによって創出される人工ゲノムDNAを指す。大きな外因性ゲノムDNA、近位領域、および遠位領域はそれぞれ、長さが少なくとも約10kbである。
本明細書中で使用する場合、「人工ゲノムDNA」という用語は、第1の哺乳類由来の大きな外因性ゲノムDNAの一方の末端を、第2の哺乳類由来の近位領域に結合することによって、および大きな外因性ゲノムDNAの他方の末端を、第2の哺乳類由来の遠位領域に結合することによって創出される人工ゲノムDNAを指す。大きな外因性ゲノムDNA、近位領域、および遠位領域はそれぞれ、長さが少なくとも約10kbである。
本明細書中で使用する場合、「CRISPR関連タンパク質9」または「Cas9」タンパク質という用語は、化膿連鎖球菌(Streptococcus pyogenes)および他の細菌などのある特定の細菌において見出されるCRISPR(Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats)II型適応免疫系に関連付けられるRNAガイドDNAエンドヌクレアーゼを指す。本出願の目的で、Cas9タンパク質は、化膿連鎖球菌(Streptococcus pyogenes)において見出される野生型(wt)Cas9に限定されない。国際公開第2013/176772号(参照により組み込まれる)の図3および配列番号8に表されるようなCas9/Csn1アミノ酸配列(化膿連鎖球菌(Streptococcus pyogenes)の)のアミノ酸7〜166または731〜1003、国際公開第2013/176772号(参照により組み込まれる)の配列番号1〜256および795〜1346のアミノ酸配列のいずれか1つにおける相当する部分、ならびに化膿連鎖球菌(S. pyogenes)、髄膜炎菌(N. meningitidis)、高度好熱菌(S. thermophilus)およびT.デンティコラ(T. denticola)由来のオーソゴナル(orthogonal)Cas9配列のアミノ酸配列のいずれか1つにおける相当する部分(Esveltら、Nature Methods、10巻(11):1116〜1121頁、2013年を参照、参照により組み込まれる)を網羅すると意図される。
本明細書中で使用する場合、「Cas9コード配列」という用語は、宿主細胞/宿主哺乳類において機能的な遺伝子コードに従って、転写および/または翻訳されて、Cas9タンパク質を産生することが可能なポリヌクレオチドを指す。Cas9コード配列は、DNA(プラスミドなどの)またはRNA(mRNAなどの)であり得る。
本明細書中で使用する場合、「Cas9リボタンパク質(riboprotein)」という用語は、Cas9タンパク質および関連ガイドRNAで構成されるタンパク質/RNA複合体を指す。
本明細書中で使用する場合、「胚幹(ES)細胞」という用語は、それが正常な胚盤胞の腔に挿入/注入される前に、in vitroで長期間後に培養することができ、また胚発生の正常なプログラムを再開して、生殖細胞を含む成体哺乳類の全ての細胞型に分化するように誘発させることができる、胚盤胞(哺乳類の初期着床前胚)の内部細胞塊(ICM)に由来する多能性幹細胞を指す。
本明細書中で使用する場合、「ES細胞技術」という用語は、例えば、遺伝子移入実験に関して、ES細胞を単離、培養および操作するために開発された技術を指す。ES細胞技術は複雑であるが、生殖系列遺伝子挿入にとって強力なアプローチであるが、それらはこれまでのところ、マウスならびにより程度は低いがラットおよびヒトを含む限定された哺乳類種においてのみ確立されている。したがって、無傷のCRISPR/Cas9駆動相同組換えを使用して、大きな外因性ゲノムDNAを挿入することができるほとんどの哺乳類において、ES細胞技術は欠如している。
本明細書中で使用する場合、「接合体」という用語は、2つの配偶子、例えば哺乳類由来の卵子および精子との間での受精によって形成される真核細胞を指す。
本明細書中で使用する場合、「接合性」という用語は、生物における形質に関する対立遺伝子の類似性の度合いを指す。
本明細書中で使用する場合、「接合性」という用語は、生物における形質に関する対立遺伝子の類似性の度合いを指す。
本明細書中で使用する場合、「ホモ接合体」は、特定の遺伝子またはDNA(例えば、宿主ゲノムへの大きな外因性ゲノムDNA挿入)に関して使用され、相同染色体がともに、遺伝子/DNAの同じ対立遺伝子もしくはコピーを有する二倍体細胞または生物を指す。
本明細書中で使用する場合、「ヘテロ接合体」という用語は、特定の遺伝子またはDNA(例えば、宿主ゲノムへの大きな外因性ゲノムDNA挿入)に関して使用され、2つの相同染色体が、遺伝子またはDNAの異なる対立遺伝子/コピー/型を有する二倍体細胞または生物を指す。
本明細書中で使用する場合、「半接合体」という用語は、特定の遺伝子またはDNA(例えば、宿主ゲノムへの大きな外因性ゲノムDNA挿入)に関して使用され、遺伝子またはDNAの対立遺伝子/コピー/型が2つの相同染色体の一方のみに存在する(即ち、遺伝子またはDNAは、他方の相同染色体には存在しない)二倍体細胞または生物を指す。半接合性は、遺伝子の一方のコピーが欠失される場合に、または異型配偶子を持つ性において、遺伝子が性染色体上に(例えば、哺乳類のX染色体上に)位置する場合に観察される。半接合性は、外因性導入遺伝子が一方の染色体上で遺伝子座に導入されるが、他方の相同染色体上の同じ遺伝子座上に存在しない場合に観察される。しかしながら、導入遺伝子は、望ましくかつ適正である場合に、ホモ接合性に繁殖させて、近交系として維持することができる。
本明細書中で使用する場合、「細菌人工染色体(BAC)」という用語は、機能性稔性プラスミド(または大腸菌(E. coli)のF−プラスミド)および大きなDNAウイルスのゲノム(バキュロウイルスおよびマウスサイトメガロウイルスのものを含む)に基づいて構築され、細菌、通常大腸菌(E. coli)におけるトランスフォーミングおよびクローニングに使用される大容量DNA構築物(通常、長さが7kbであるが、約150〜350kbpのサイズを有する挿入片を含有することが可能である)を指す。典型的なBACは、下記共通構成成分を有する:repE(プラスミド複製およびコピー数の調節のため)、parAおよびparB(分裂中にFプラスミドDNAを娘細胞に分配して、BACの安定な維持を保証するため)、挿入された遺伝子の転写のためのT7&Sp6ファージプロモーター、および抗生物質耐性に関する任意選択の選択可能マーカー(また、幾つかのBACは、青色/白色選択のためにクローニング部位にlacZを有する)。
したがって、本発明は、相同組換え用の大きな外因性ゲノムDNAを保有するBACベースのベクターを供給することによって、従来技術の欠点を克服する。本発明は、BACベースのベクターを構築する方法を提供する。本発明のBACベースのベクターは、CRISPR−Cas9と組み合わせて使用する場合、相同組換えを介した標的細胞のゲノムへの大きなゲノムDNAの効率的な送達を容易にする。
本明細書中に記載する本発明は、大きなサイズ(例えば、10、15、20、25、30、35、50、75、100、150、200、250、300または350kb)の外因性ゲノムDNAが、生物のゲノムへノックインされ得るという発見に部分的に基づく。本発明は、標的ゲノムにおける大きな欠失/ギャップ(例えば、10、15、20、25、30、35、50、75、100、150、200、250、300または350kb等)に隣接する相同組換えに適した相同性アーム(例えば、10kb〜30kb)を利用する。本発明の方法は、相同組換えと組み合わせて、CRISPR/Cas9構成成分を利用する。
本明細書中に記載および例示される本発明は、多くの利点、例えば、1)CRISPR駆動ノックインおよび遺伝子置換の物理的サイズを25kbp以上へ拡大させること、2)多数の系統および種を、長距離にわたるDNA改変に対して開放すること、3)胚幹(ES)細胞の抗生物質選択の必要性を省くこと、および4)選択カセットのリコンビナーゼ媒介性切除を回避することを有する。
一態様では、本発明は、大きな外因性ゲノムDNAを提供する。大きな外因性ゲノムDNAは、内因性ゲノムDNAを置き換えるために、宿主哺乳類への導入用の大容量クローニングベクター内に含有され、約10〜300kb、好ましくは約15〜200kb、最も好ましくは約100〜150kbの大きなDNAサイズであり得る。
大きな外因性ゲノムDNAは、ヒトまたは非ヒトであり得る。例えば、非ヒトゲノムDNAは、動物、哺乳類(非ヒト哺乳類などの)、齧歯類(例えば、マウス、ラット、ハムスター、モルモット、ウサギ等)、酵母、細菌等であり得る。
ある特定の実施形態では、大きな外因性ゲノムDNAは、タンパク質、例えば治療用タンパク質(遺伝的または後天性欠損を補償するものなどの)をコードする大きな外来遺伝子を含有し得る。例示的な治療用タンパク質として、ヒト成長ホルモン(rHGH)、ヒトインスリン(BHI)、卵胞刺激ホルモン(FSH)、第VIII因子、第IX因子、エリスロポエチン(EPO)、顆粒球コロニー刺激因子(G−CSF)、アルファ−ガラクトシダーゼA、アルファ−L−イズロニダーゼ(rhIDU、ラロニダーゼ)、N−アセチルガラクトサミン−4−スルファターゼ(rhASB、ガルスルファーゼ)、ドルナーゼアルファ、組織プラスミノーゲン活性化因子(TPA)、グルコセレブロシダーゼ、インターフェロン(IF)インターフェロン−β、インスリン様増殖因子1(IGF−1)、およびスマトトロピン等が挙げられる。
大きな外因性ゲノムDNAの大きなサイズに起因して、大きなプロモーター要素を有する一連の種々のタンパク質をコードすることが可能である。例えば、細胞特異的または外因的に調節される遺伝子発現下で、タンパク質複合体を一緒に形成する多くのタンパク質をコードすることができる。
ある特定の実施形態では、大きな外因性ゲノムDNAは、その突然変異が疾患または状態と関連されている遺伝子などの、目的の遺伝子(GOI)をコードし得る。突然変異体遺伝子は、疾患(例えば、がん、神経変性疾患、自己免疫疾患、炎症性疾患等)に関連付けられる突然変異体タンパク質をコードし得る。外来遺伝子の、宿主ゲノムへの組込みは、特有の機能性ゲノム動物モデル(またはアッセイ)を提供し、それは、特定のゲノム挿入片における遺伝子の存在または機能を決定するのに有用であり得る。例えば、遺伝子は、ヒトBCL2L11(BCL2様11アポトーシス促進物質)であってもよく、突然変異は、そのイントロン2の部分の欠失である。相同マウスBcl2l11がヒト突然変異体BCL2L11遺伝子によって置き換えられたマウスモデルは、ヒト突然変異と関連付けられるヒト疾患を研究するための有用なモデルを提供する。
ある特定の実施形態では、大きな外因性ゲノムDNAは、プロモーター、エンハンサー領域、または他の転写調節要素を含む調節性または制御用DNA配列を含有し得る。
ある特定の実施形態では、大きな外因性ゲノムDNAは、ヒトまたは哺乳類人工染色体の創出用のヒトまたは哺乳類セントロメアDNAを含み得る。
ある特定の実施形態では、大きな外因性ゲノムDNAは、ヒトまたは哺乳類人工染色体の創出用のヒトまたは哺乳類セントロメアDNAを含み得る。
別の態様では、本発明は、BAC、YAC等などの大容量クローニングベクターを利用して、大きな外因性ゲノムDNAを、宿主ゲノムに導入する。
ある特定の実施形態では、本発明は、(a)大容量クローニングベクターおよび(b)大きな外因性ゲノムDNAを含む、大きな外因性ゲノムDNAを保有するBACベースのベクターに関し、ここで、BACベースのベクターは、大きな外因性ゲノムDNAを、標的細胞に送達することができる。
ある特定の実施形態では、本発明は、(a)大容量クローニングベクターおよび(b)大きな外因性ゲノムDNAを含む、大きな外因性ゲノムDNAを保有するBACベースのベクターに関し、ここで、BACベースのベクターは、大きな外因性ゲノムDNAを、標的細胞に送達することができる。
代表的なBACとして、pBACe3.6、pBACGK1.1、pBACGMR、pBAC−red、pTARBAC1、pTARBAC1.3、pTARBAC2、pTARBAC2.1、pTARBAC3、pTARBAC4、pTARBAC6等が挙げられる。
BACライブラリー、特にヒトゲノムプロジェクトの結果としてヒトゲノムDNAを含有するものは、当業者に容易に利用可能である(例えば、Simon、Nature Biotechnol.15巻:839頁、1997年を参照)。
ある特定の実施形態では、BACベクターは、選択マーカーを有さない。かかるBACベクターは、かかるベクターが動物接合体へマイクロインジェクトされる本発明の方法に適している。
ある特定の実施形態では、BACベクターは、1つまたは複数の選択マーカー遺伝子を保有する。かかるBACベクターは、選択が要され得るES細胞に使用され得る。適切な選択マーカーとして、ネオマイシン耐性遺伝子(例えば、NeoR)、ブラストサイジンS耐性遺伝子(例えば、BsdR)、ピューロマイシン耐性遺伝子(puroR)等が挙げられるが、限定されない。
挿入片および隣接する相同領域のサイズを考慮すると、BACは、好ましい大容量クローニングベクターである。しかしながら、当業者に公知の他の大容量クローニングベクターもまた、本発明で使用することができる。これらとして、例えば、コスミド(Evansら、Gene 79巻:9〜20頁、1989年)、酵母人工染色体(YAC)(Sambrookら、A Molecular Cloning:A Laboratory Manual、第2版、Cold Spring Harbor Press、コールドスプリングハーバー、N.Y.1989年)、哺乳類人工染色体(MAC)(Vosら、Nature Biotechnology 15巻:1257〜1259頁、1997年)、ヒト人工染色体(Harringtonら、Nature Genetics 15巻:345〜354頁、1997年)、またはCMV、EBVもしくはバキュロウイルスベースのベクターなどのウイルスベースのベクターが挙げられる。
別の態様では、本発明は、細菌人工染色体(BAC)クローンなどの大容量DNAクローニングベクターにおける大きな外因性ゲノムDNAを、比較的より小さな容量のクローニングベクター(プラスミドなどの)に変換する改善および簡素化された方法を提供する。これは、大容量DNAクローニングベクター(例えば、BAC)内の大きな外因性ゲノムDNAを、より効率的にまたはより容易に標的細胞へ送達させて、in vitroまたはin vivoで発現させることが可能である。
したがって、ある特定の実施形態では、ベクターは、最大約15kbの挿入片を保有することが可能なプラスミドである。プラスミドは、宿主染色体とは無関係に、原核生物(例えば、細菌)内部で複製するための複製起点を含有し得る。プラスミドはまた、真核細胞において複製することが可能であり得る。プラスミドはまた、プラスミドを含有する細胞の選択を可能にする抗生物質耐性に関する遺伝子などの選択性マーカーを保有することができる。プラスミドは、レポーター遺伝子またはマーカー遺伝子をさらに保有して、プラスミドを含有する細胞クローンを標識または同定し得る。
ある特定の実施形態では、ベクターは、二重鎖DNAウイルスである改変ファージλである。野生型λ染色体は、48.5kb長であり、λ染色体における非必須ウイルス配列を、最大約25kbの挿入片で置き換えること、ウイルス粒子および感染の形成に要されるファージ遺伝子のみを残すことによって改変され得る。挿入片DNAは、ウイルスDNAを用いて複製させることができ、宿主細胞の効率的な感染および宿主細胞内での増殖用にウイルス粒子へと一緒にパッケージングされ得る。
ある特定の実施形態では、ベクターは、コスミドをバクテリオファージλ粒子へとパッケージングさせることを可能にするcos配列として公知のバクテリオファージλ DNAの小領域を含有するコスミドベクターである。コスミドは、サイズが最大45kbの挿入片を保有することが可能である。直鎖状化されたコスミドを含有する粒子は、形質導入によって宿主細胞に導入させることができる。
ある特定の実施形態では、ベクターは、サイズが70〜100kbの挿入片を保有することができるバクテリオファージP1ベクターである。かかるベクターは、バクテリオファージP1粒子へとパッケージングされる直鎖状DNA分子として開始される。次に、これらの粒子を、Creリコンビナーゼを発現する大腸菌(E. coli)株などの細菌宿主に注入する。直鎖状P1ベクターは、ベクターにおける2つのloxP部位間での組換えによって環状化されるようになる。P1ベクターは、抗生物質耐性に関する遺伝子を含有し得る。P1ベクターは、挿入片を含有するクローンを、含有しないものと区別するための(ポジティブ)選択マーカーを含有し得る。P1ベクターは、P1プラスミドレプリコンを含有して、ベクターの唯一のコピーが細胞中に存在することを保証し得る。あるいは、P1ベクターは、誘導性プロモーターによって制御されるP1溶解性レプリコンを含有することができ、それは、細胞1つ当たり、ベクターの1つよりも多いコピーの増幅を可能にする。
ある特定の実施形態では、ベクターは、P1ベクターおよび細菌人工染色体(BAC)の両方の特色を有するP1人工染色体(PAC)である。P1ベクターと類似して、PACは、上述するようにプラスミドおよび溶解性レプリコンを含有する。P1ベクターと異なり、それらは、形質導入用のバクテリオファージ粒子へとパッケージングされる必要がない。代わりに、それらは、BACのように、電気穿孔により環状DNA分子として大腸菌に導入される。PACは、サイズが130〜150kbの挿入片を保有することができる。
ある特定の実施形態では、ベクターは、酵母人工染色体(YAC)であり、それは、テロメア、セントロメアおよび複製起点を含む真正酵母染色体の必須の特色を含有する直鎖状DNA分子である。DNAの大きな挿入片は、YACの中央へライゲーションさせることができ、その結果、挿入片の片側上にYACのアームが存在する。組換えYACは、トランスフォーメーションによって酵母に導入させることができる。YACは、YAC含有形質転換体の同定を可能にするための選択可能マーカーを含み得る。理論上は、YACが保持することができる挿入片のサイズに上限は存在しない。実際には、YACは通常、サイズが約250〜2000kbの挿入片、典型的には約250〜400kbの挿入片を保持する。
本発明はさらに、大きなゲノムDNAをBACにサブクローニングすることによって、BACベースのベクターを構築する方法に関する。サブクローニングの方法は、当該技術分野で周知である。より具体的には、ある大容量クローニングベクター由来の大きなDNA挿入片を、別の大容量クローニングベクターに移動する方法が記載されている(Wade−Martinsら、Nucl.Acids Res.27巻:1674〜1682頁、1999年;Wade−Martinsら、Nature Biotechnol.18巻:1311〜1314頁、2000年)。
別の態様では、本発明は、中心領域としての第1の生物由来の大きな外因性ゲノムDNA、第2の生物由来のゲノムDNAの近位領域、および第2の生物由来のゲノムDNAの遠位領域を含む人工ゲノムDNA構築物を提供し、ここで、大きな外因性DNAは、近位領域および遠位領域によって隣接される。
ある特定の実施形態では、近位領域および遠位領域の長さはともに、相同組換えを支持するのに十分長い。
大きな外因性ゲノムDNA/中心領域の例示的なサイズは、10kb、15kb、20kb、25kb、30kb、35kb、40kb、45kb、50kb、60kb、80kb、100kb、150kb、200kb、250kb、300kbまたは350kbである。
大きな外因性ゲノムDNA/中心領域の例示的なサイズは、10kb、15kb、20kb、25kb、30kb、35kb、40kb、45kb、50kb、60kb、80kb、100kb、150kb、200kb、250kb、300kbまたは350kbである。
第1の生物由来のゲノムDNAの大きな外因性ゲノムDNA/中心領域は、第2の生物における近位および遠位領域によって隣接される第2の生物の相同的なまたは相当する中心領域を置き換える。
ある特定の実施形態では、第1の生物由来の大きな外因性ゲノムDNA/中心領域は、第2の生物の相当する中心領域の相同配列である。
ある特定の実施形態では、第1の生物由来の大きな外因性ゲノムDNA/中心領域は、第2の生物の相当する中心領域と有意な配列相同性を共有せず、したがって、それらはともに、相同組換えの目的で近位領域および遠位領域によって隣接されるという事実により、第2の生物の相当する中心領域に相当するにすぎない。
ある特定の実施形態では、第1の生物由来の大きな外因性ゲノムDNA/中心領域は、第2の生物の相当する中心領域と有意な配列相同性を共有せず、したがって、それらはともに、相同組換えの目的で近位領域および遠位領域によって隣接されるという事実により、第2の生物の相当する中心領域に相当するにすぎない。
第2の生物の相同的なまたは相当する中心領域の例示的なサイズは、10kb、15kb、20kb、25kb、30kb、35kb、40kb、45kb、50kb、60kb、80kb、100kb、150kb、200kb、250kb、300kbまたは350kbである。
ある特定の実施形態では、近位領域の長さおよび遠位領域の長さはともに、相同組換えを支持するのに十分長い。
近位領域の例示的なサイズは、10kb、15kb、20kb、25kb、30kb、35kb、40kb、45kb、または少なくとも約50kbである。遠位領域の例示的なサイズは、10kb、15kb、20kb、25kb、30kb、35kb、40kb、45kb、または少なくとも約50kbである。
近位領域の例示的なサイズは、10kb、15kb、20kb、25kb、30kb、35kb、40kb、45kb、または少なくとも約50kbである。遠位領域の例示的なサイズは、10kb、15kb、20kb、25kb、30kb、35kb、40kb、45kb、または少なくとも約50kbである。
ある特定の実施形態では、相同的なまたは相当する中心領域は、約25〜30kbであり、好ましくは中心領域は、約20kbである。好ましくは、近位領域および遠位領域はそれぞれ、約10kbである。
ある特定の実施形態では、中心領域、相同的な中心領域、近位領域、および遠位領域のサイズは独立して、範囲から選択され、範囲の下端および上端は、中心領域に関して20〜300kb、相同的な中心領域に関して15〜250kb、近位および遠位領域に関して5〜25kb等などの上記で列挙した値のいずれかによって規定される。
ある特定の実施形態では、第1の生物および第2の生物は、同じ種である。第1の生物および第2の生物は、マウスまたはラットの異なる系統であり得る(例えば、C57BL/6Jマウス系統由来の遺伝子をFVB/NJマウス系統に挿入する)。
ある特定の実施形態では、第1の生物および第2の生物は、異なる種である。例えば、第1の生物はヒトであってもよく、第2の生物は、マウスまたはラットなどの齧歯類であってもよい。
ある特定の実施形態では、第1および第2の生物は独立して、ヒト、霊長類、非ヒト霊長類、哺乳類、非ヒト哺乳類、齧歯類(マウス、ラット、ハムスター、モルモット、ウサギなどの)、家畜動物(ウシ、ブタ、ウマ、ヒツジ、ヤギ、ラクダ、ラマなどの)、ペット(ネコまたはイヌなどの)、魚類(例えば、ゼブラフィッシュ)、カエル、昆虫、または細菌から選択される。
ある特定の実施形態では、第1の生物はヒトであり、第2の生物は、マウスまたはラットである。
ある特定の実施形態では、人工ゲノムDNAは、選択マーカーの使用を要し得るES細胞における相同組換えに有用である。したがって、かかる実施形態では、人工ゲノムDNAは、下記特徴を有し得る:(1)中心領域は、中心領域の近位末端で第1の選択可能マーカーカセットを、および/または中心領域の遠位末端で第2の選択可能マーカーカセットを含み、ここで、(a)第1の選択可能マーカーカセットは、第1の部位特異的なリコンビナーゼ(例えば、Flp)と適合性の第1の認識部位(例えば、FRT)の対によって隣接される第1の選択可能マーカー(例えば、NeoR)を含み、(b)第2の選択可能マーカーカセットは、第2の部位特異的なリコンビナーゼ(例えば、φC31)と適合性の第2の認識部位(例えば、attB/attP)の対によって隣接される第2の選択可能マーカー(例えば、BsdR)を含み、(2)中心領域は、第3の部位特異的なリコンビナーゼ(例えば、Cre)と適合性の第3の認識部位(例えば、loxP)の対によって隣接される検出可能領域(例えば、セグメントGHおよびKL)を含む。
ある特定の実施形態では、人工ゲノムDNAは、選択マーカーの使用を要し得るES細胞における相同組換えに有用である。したがって、かかる実施形態では、人工ゲノムDNAは、下記特徴を有し得る:(1)中心領域は、中心領域の近位末端で第1の選択可能マーカーカセットを、および/または中心領域の遠位末端で第2の選択可能マーカーカセットを含み、ここで、(a)第1の選択可能マーカーカセットは、第1の部位特異的なリコンビナーゼ(例えば、Flp)と適合性の第1の認識部位(例えば、FRT)の対によって隣接される第1の選択可能マーカー(例えば、NeoR)を含み、(b)第2の選択可能マーカーカセットは、第2の部位特異的なリコンビナーゼ(例えば、φC31)と適合性の第2の認識部位(例えば、attB/attP)の対によって隣接される第2の選択可能マーカー(例えば、BsdR)を含み、(2)中心領域は、第3の部位特異的なリコンビナーゼ(例えば、Cre)と適合性の第3の認識部位(例えば、loxP)の対によって隣接される検出可能領域(例えば、セグメントGHおよびKL)を含む。
第1、第2および/または第3の部位特異的なリコンビナーゼとして使用され得るのに適した部位特異的なリコンビナーゼとして、Cre、Dre、Flp、KD、B2およびB3などのTyrリコンビナーゼ;λ、HK022およびHP1などのTyrインテグラーゼ;γδ、ParA、Tn3およびGinなどのSerリゾルバーゼ/インベルターゼ;ならびにφ31、Bxb1およびR4などのSerインテグラーゼが挙げられる。
ある特定の実施形態では、検出可能領域は、第1の選択可能マーカーカセットに隣接しており、かつ遠位であり、第3の認識部位の対の1つは、第1の選択可能マーカーカセットの近位末端にある。
ある特定の実施形態では、第1の選択可能マーカーは、FRTによって隣接されるNeoRである。ある特定の実施形態では、第2の選択可能マーカーは、attB/attPによって隣接されるBsdRまたはPuroRである。ある特定の実施形態では、第3の認識部位の対は、loxPである。
本発明の関連態様は、接合体におけるCRISPR/Cas9生成二重鎖切断(DSB)相同組換え(HR)媒介性ノックインに適合性のベクターであって、本明細書中に記載するゲノムDNAのいずれかを含むベクターを提供するが、但し、任意選択的に、第1の選択可能マーカーおよび/または第2の選択可能マーカーは、存在する場合、それぞれ、第1および第2の部位特異的なリコンビナーゼによって除去される。
本発明の別の関連態様は、胚幹(ES)細胞における相同組換えに適合性のベクターを提供し、ベクターは、本明細書中に記載する人工ゲノムDNAのいずれかを含み得る。
本発明により、相同組換えは、エンドヌクレアーゼによって創出される二重鎖切断(DSB)によって促進される。ある特定の実施形態では、エンドヌクレアーゼは、CRISPR/Cas9および1つまたは複数の単一ガイドRNA(略して「sgRNA」または「gRNA」)を含む。ある特定の実施形態では、酵素は、CRISPR/Cas9をコードするベクターまたはコード配列、および1つまたは複数のsgRNAを導入することによって導入することができる。ある特定の実施形態では、CRISPR/Cas9をコードするベクターまたはコード配列は、CRISPR/Cas9 mRNAである。
本発明により、相同組換えは、エンドヌクレアーゼによって創出される二重鎖切断(DSB)によって促進される。ある特定の実施形態では、エンドヌクレアーゼは、CRISPR/Cas9および1つまたは複数の単一ガイドRNA(略して「sgRNA」または「gRNA」)を含む。ある特定の実施形態では、酵素は、CRISPR/Cas9をコードするベクターまたはコード配列、および1つまたは複数のsgRNAを導入することによって導入することができる。ある特定の実施形態では、CRISPR/Cas9をコードするベクターまたはコード配列は、CRISPR/Cas9 mRNAである。
ある特定の実施形態では、単離Cas9タンパク質は、細胞に直接的に(例えば、接合体またはES細胞、マイクロインジェクションまたは電気穿孔により)導入することができる。Cas9タンパク質は、Cas9タンパク質/gRNA複合体であるCas9リボタンパク質の形態で存在し得る。あるいは、Cas9タンパク質および1つまたは複数のgRNAが、接合体またはES細胞に同時導入されて、細胞内部でin situでCas9タンパク質/gRNA複合体の形成を可能にするように、Cas9タンパク質は、いかなるgRNAを伴わない場合がある。
ある特定の実施形態では、CRISPR/Cas系は、野生型Cas9を含む。本出願の目的で、Cas9タンパク質は、化膿連鎖球菌(Streptococcus pyogenes)で見出される野生型(wt)Cas9に限定されない。国際公開第2013/176772号(参照により組み込まれる)の図3および配列番号8に表されるようなCas9/Csn1アミノ酸配列(化膿連鎖球菌(Streptococcus pyogenes)の)のアミノ酸7〜166または731〜1003、国際公開第2013/176772号(参照により組み込まれる)の配列番号1〜256および795〜1346のアミノ酸配列のいずれか1つにおける相当する部分、ならびに化膿連鎖球菌(S. pyogenes)、髄膜炎菌(N. meningitidis)、高度好熱菌(S. thermophilus)およびT.デンティコラ由来のオーソゴナルCas9配列のアミノ酸配列のいずれか1つにおける相当する部分(T. denticola)(Esveltら、Nature Methods、10巻(11):1116〜1121頁、2013年を参照、参照により組み込まれる)を網羅すると意図される。
本発明で使用することができる他の適したエンドヌクレアーゼは、ジンクフィンガーヌクレアーゼ(ZFN)、転写活性化因子様エフェクターヌクレアーゼ(TALEN)、CRISPR/Cpf1、もしくはメガヌクレアーゼ(操作されたメガヌクレアーゼ、再操作されたホーミングエンドヌクレアーゼなどの)、またはそれらの組合せを含む、特異的な部位でゲノムを切断するエンドヌクレアーゼであり得る。例えば、近位領域の接合部および相同的な中心領域に近いDSBは、ZFNによって創出することができ、遠位領域の接合部および相同的な中心領域に近いDSBは、CRISPR/Casによって創出することができる。
好ましくは、ZFN、TALEN、CRISPR/cpf1、またはメガヌクレアーゼの切断および/または認識部位は、近位領域の接合部および相同的な中心領域から、または遠位領域の接合部および相同的な中心領域から短距離内に存在する。例えば、短距離は、接合部のいずれかの250bp、200bp、150bp、100bp、80bp、50bp、40bp、30bp、20bp、10bpまたは5bp内に存在し得る。ある特定の実施形態では、切断および/または認識部位は、欠失されるべき相同的な中心領域内に存在する。
本発明の方法における使用のためのエンドヌクレアーゼとして機能するために、Cas9タンパク質は、gRNAと機能性複合体を形成しなくてはならない。
本発明の好ましい実施形態によれば、4つの特異的なgRNA(即ち、2つの対)が、本発明の方法で使用され、各々が、大きな外因性ゲノムDNAによって置き換えられるべき内因性ゲノムDNA周囲の特異的なCas9切断部位を標的とする。即ち、2つのガイドRNA(即ち、1つの対)は、欠失されるべき内因性ゲノムDNA配列の近位末端を標的とし、2つのガイドRNA(即ち、1つの対)は、欠失されるべき内因性ゲノムDNA配列の遠位末端を標的とする。
本発明の好ましい実施形態によれば、4つの特異的なgRNA(即ち、2つの対)が、本発明の方法で使用され、各々が、大きな外因性ゲノムDNAによって置き換えられるべき内因性ゲノムDNA周囲の特異的なCas9切断部位を標的とする。即ち、2つのガイドRNA(即ち、1つの対)は、欠失されるべき内因性ゲノムDNA配列の近位末端を標的とし、2つのガイドRNA(即ち、1つの対)は、欠失されるべき内因性ゲノムDNA配列の遠位末端を標的とする。
いかなる特定の理論により拘束されることを望まないが、4つの特異的なガイドRNAのかかる冗長性は、大きな外因性ゲノムDNAの挿入に好適である。真実味のある説明の1つは、ガイドRNAの2つの対の複合活性が、より効率的な二重鎖切断(DSB)創出またはより耐久性のあるDSB持続性をもたらすことである。より効率的な二重鎖切断(DSB)創出、もしくはより耐久性のあるDSB持続性のいずれか、または両方が、相同組換えによる大きな外因性ゲノムDNAの挿入を改善する。
したがって、本発明の例示的な実施形態では、(1)CRISPR/Cas9を誘導して、内因性ゲノムDNAの近位末端で、またはその付近で第1の二重鎖切断(DSB)を創出するsgRNAの第1の対(即ち、第1のgRNAおよび第2のgRNA)、および(2)CRISPR/Cas9を誘導して、内因性ゲノムDNAの遠位末端で、またはその付近で第2の二重鎖切断(DSB)を創出するsgRNAの第2の対(即ち、第3のgRNAおよび第4のgRNA)を含むgRNAの2つの対が提供される。
しかしながら、他の実施形態では、gRNAの第1の対の一方のみ、例えば、第1のgRNAまたは第2のgRNAを使用して、CRISPR/Cas9を誘導し、内因性ゲノムDNAの近位末端で、またはその付近で第1の二重鎖切断(DSB)を創出する。
関連実施形態では、gRNAの第2の対の一方のみ、例えば、第3のgRNAまたは第4のgRNAを使用して、CRISPR/Cas9を誘導し、内因性ゲノムDNAの遠位末端で、またはその付近で第2の二重鎖切断(DSB)を創出する。
即ち、ある特定の実施形態では、1つのgRNAを使用して、内因性ゲノムDNAの近位末端で、またはその付近で第1のDSBを創出する一方で、2つのgRNAを使用して、内因性ゲノムDNAの遠位末端で、またはその付近で第2のDSBを創出する。ある特定の他の実施形態では、2つのgRNAを使用して、内因性ゲノムDNAの近位末端で、またはその付近で第1のDSBを創出する一方で、1つのgRNAを使用して、内因性ゲノムDNAの遠位末端で、またはその付近で第2のDSBを創出する。さらに他の実施形態では、1つのgRNAを使用して、内因性ゲノムDNAの近位末端で、またはその付近で第1のDSBを創出する一方で、1つのgRNAを使用して、内因性ゲノムDNAの遠位末端で、またはその付近で第2のDSBを創出する。
好ましくは、DSBを創出するのに使用するgRNAの数とは無関係に、ある特定の実施形態では、gRNAの各々は独立して、近位接合部または遠位接合部に対するそれらの近接に基づいて選択される。即ち、第1のgRNAおよび第2のgRNAはともに、近位接合部に対するそれらの近接に基づいて選択することができ、第3のgRNAおよび第4のgRNAはともに、遠位接合部に対するそれらの近接に基づいて選択される。結果として、Cas9/第1のgRNAおよびCas9/第2のgRNAによって生成される第1のDSBは、近位接合部に最も近く、Cas9/第3のgRNA/第4のgRNAによって生成される第2のDSBは、遠位接合部に最も近い。
DSBを創出するのに使用するgRNAの数とは無関係に、ある特定の他の実施形態では、gRNAは独立して、近位または遠位接合部に対するそれらの近接に基づいて選択されず、http://crispr.mit.edu.で利用可能な標準的なアルゴリズムなどのgRNA設計アルゴリズムによって発生されるスコアによって測定される場合のそれらの予想品質に基づいて選択される。
gRNAの選択および設計は、標的ゲノムおよび配列型などのユーザー入力に基づいて、周知の原理またはオンラインツールを使用して実施することができる。概して、gRNAは、Cas9結合に必要な「スカフォールド」配列およびターゲティング配列によって結合または改変されるようにゲノム標的を規定するユーザー定義のおよそ20個のヌクレオチドの「スペーサー」または「ターゲティング」配列で構成される短い合成RNAである。簡素化すると、「gRNAは、Cas9切断部位を標的する」は、gRNAのスペーサーまたはターゲティング配列が、ゲノム標的配列に結合して、切断部位でそれを切断するように設計されるという事実を指す。
好ましくは、ターゲティング配列は、理論的に特有の(ゲノムの残部と比較して)ゲノム標的配列にそれが結合するのに十分特有である。標的は、プロトスペーサー隣接モチーフ(または「PAM」配列)のすぐ上流(または5’)に存在すべきである。PAM配列は、標的結合に絶対的に必要であり、正確な配列は、Cas9の種に依存する。最も広く使用される化膿連鎖球菌(Streptococcus pyogenes)Cas9において、PAM配列は、5’−NGC−3’である(「N」は、4つの鎖のヌクレオチドのいずれかを表す)。種々の種におけるさらなるCas9に関する他のPAM配列が、当該技術分野で公知である。以下に列挙する例示的なPAM配列を参照されたい。
Cas9の種/変異体 PAM配列
化膿連鎖球菌(Streptococcus pyogenes)(SP);SPCas9 NGG
SpCas9 D1135E変異体 NGG(NAG結合の低減)
SpCas9 VRER変異体 NGCG
SpCas9 EQR変異体 NGAG
SpCas9 VQR変異体 NGANまたはNGNG
黄色ブドウ球菌(Staphylococcus aureus)(SA);SaCas9 NNGRRTまたはNNGRR(N)
髄膜炎菌(Neisseria meningitidis)(NM) NNNNGATT
ストレプトコッカス・サーモフィルス(Streptococcus thermophilus)(ST) NNAGAAW
トレポネーマ・デンティコラ(Treponema denticola) NAAAAC
Cas9−gRNA複合体は、PAMを有する任意の標的ゲノム配列と結合するが、gRNAスペーサーと標的ゲノム配列との間に、十分な相同性が存在する場合、Cas9のみが、標的ゲノム配列を切断する。Cas9媒介性DNA切断の最終結果は、PAM配列の約3〜4個のヌクレオチドの上流である切断部位での標的ゲノム配列内での二重鎖切断(DSB)である。
Cas9の種/変異体 PAM配列
化膿連鎖球菌(Streptococcus pyogenes)(SP);SPCas9 NGG
SpCas9 D1135E変異体 NGG(NAG結合の低減)
SpCas9 VRER変異体 NGCG
SpCas9 EQR変異体 NGAG
SpCas9 VQR変異体 NGANまたはNGNG
黄色ブドウ球菌(Staphylococcus aureus)(SA);SaCas9 NNGRRTまたはNNGRR(N)
髄膜炎菌(Neisseria meningitidis)(NM) NNNNGATT
ストレプトコッカス・サーモフィルス(Streptococcus thermophilus)(ST) NNAGAAW
トレポネーマ・デンティコラ(Treponema denticola) NAAAAC
Cas9−gRNA複合体は、PAMを有する任意の標的ゲノム配列と結合するが、gRNAスペーサーと標的ゲノム配列との間に、十分な相同性が存在する場合、Cas9のみが、標的ゲノム配列を切断する。Cas9媒介性DNA切断の最終結果は、PAM配列の約3〜4個のヌクレオチドの上流である切断部位での標的ゲノム配列内での二重鎖切断(DSB)である。
ある特定の実施形態では、第1のgRNAおよび第2のgRNAは、内因性ゲノムDNAの異なる鎖に結合する。
ある特定の実施形態では、第3のgRNAおよび第4のgRNAは、内因性ゲノムDNAの異なる鎖に結合する。
ある特定の実施形態では、第3のgRNAおよび第4のgRNAは、内因性ゲノムDNAの異なる鎖に結合する。
ある特定の実施形態では、第1のgRNAおよび第2のgRNAは、内因性ゲノムDNAの同じ鎖に結合する。
ある特定の実施形態では、第3のgRNAおよび第4のgRNAは、内因性ゲノムDNAの同じ鎖に結合する。
ある特定の実施形態では、第3のgRNAおよび第4のgRNAは、内因性ゲノムDNAの同じ鎖に結合する。
ある特定の実施形態では、任意の選択gRNAの切断部位は、近位接合部(第1および第2のgRNAに関して)または遠位接合部(第3および第4のgRNAに関して)から約250bp以内にある。好ましくは、切断部位は、第1および第2のgRNAに関して近位接合部から約100bp、50bpまたは10bp以内に、または第3および第4のgRNAに関して遠位接合部から約100bp、50bpまたは10bp以内にある。
送達されるべき大きな外因性ゲノムDNAを保有するBACベクターの、標的細胞への導入は、当業者に公知の任意の方法によって達成され得る。
ある特定の実施形態では、大きな外因性ゲノムDNA、Cas9タンパク質またはコード配列、および1つまたは複数のsgRNAを保有するベクターは、マイクロインジェクションまたは電気穿孔により接合体に導入される。
ある特定の実施形態では、大きな外因性ゲノムDNA、Cas9タンパク質またはコード配列、および1つまたは複数のsgRNAを保有するベクターは、マイクロインジェクションまたは電気穿孔により接合体に導入される。
ある特定の実施形態では、大きな外因性ゲノムDNA上の外来遺伝子は、トランスフェクションまたは電気穿孔によってES細胞に送達させることができ、続いて選択マーカーを使用した選択を行う。
マイクロインジェクションは、外来物質(例えば、DNA、RNAおよび/またはタンパク質)をある特定の細胞(接合体などの)または初期段階の胚に導入するのに使用される周知の技法である。ある特定の実施形態では、Cas9タンパク質またはコード配列および1つまたは複数のsgRNAと一緒に大きな外因性ゲノムDNAを保有する十分量のBACベクターは、接合体にマイクロインジェクトされる。
BACベクターおよび大きな外因性DNAを含有する注入溶液の粘度は、首尾よい相同組換えが進行するのに必須であることがわかっている。注入溶液の粘度は、大きな外因性DNAを含有するドナーBACベクターの量に関する。好ましくは、マイクロインジェクションは、約1〜10ng/μL、より好ましくは2〜8ng/μL、最も好ましくは約5ng/μLの大きな外因性ゲノムDNAを含有するBACの最適粘度を使用して実施される。
CRISPR/Cas9構成成分(Cas9コード配列およびgRNA)およびドナーDNA(大きな外因性ゲノムDNAを保有するBAC)の電気穿孔は、国際公開第2016/054032号(参照により組み込まれる)に記載する方法に従って実行され得る。
ある特定の実施形態では、本方法は、ES細胞または接合体を偽妊娠雌に移入するステップをさらに含む。
マウスにおいて、偽妊娠雌は、自然発情期の6〜8週齢の雌マウスを、精管切除した雄と交配させることによって準備する。
マウスにおいて、偽妊娠雌は、自然発情期の6〜8週齢の雌マウスを、精管切除した雄と交配させることによって準備する。
偽妊娠雌への同日移入用に加工処理した接合体を、培養液から取り出して、予め加温し、た適した培地(M2培地などの)に配置させて、卵管を介して性交の0.5日後の偽妊娠雌(9〜11週齢)に移入させることができる。
本発明の方法を使用して、大きな外因性ゲノムDNAがひとたび宿主哺乳類に挿入されると、正確なゲノム挿入を、得られたトランスジェニック動物(例えば、マウス)またはその子孫において検証することができる。
かかる検証は通常、導入遺伝子を潜在的に保有する動物の遺伝子型同定、接合部配列のポリメラーゼ連鎖反応増幅、ある特定の一続きのゲノムDNA(導入遺伝子が宿主ゲノムに挿入されるDNA接合部配列などの)の直接的な配列決定、および宿主ゲノムにおける公知の遺伝子マーカーに関する挿入位置を決定するための遺伝子マッピングの1つまたは複数を含む。かかる技法は、当該技術分野で周知である。
本発明は、下記実施例によってさらに説明される。これらの実施例は、本発明の理解を助長するために提供され、それらの限定と解釈されるべきではない。
実施例1 CRISPR/Cas9刺激相同組換えによる25キロ塩基対のBAC由来のゲノムDNAのノックイン
この実施例は、10個〜100個程度のキロ塩基対(kb)を有するヒトゲノムDNAセグメント由来の大きな外因性ゲノムDNAを使用して、マウスゲノムの特異的な領域をヒト化する際における本明細書中に記載する本発明の使用について記載する。より具体的には、この実施例は、マウス腫瘍抑制因子遺伝子Bcl2l11のおよそ17キロ塩基対(kb)セグメントの、相当するヒト遺伝子BCL2L11のオーソロガスな疾患関連の25kbセグメントによるCRISPR駆動置換(例えば、ヒト化)を提供する。
実施例1 CRISPR/Cas9刺激相同組換えによる25キロ塩基対のBAC由来のゲノムDNAのノックイン
この実施例は、10個〜100個程度のキロ塩基対(kb)を有するヒトゲノムDNAセグメント由来の大きな外因性ゲノムDNAを使用して、マウスゲノムの特異的な領域をヒト化する際における本明細書中に記載する本発明の使用について記載する。より具体的には、この実施例は、マウス腫瘍抑制因子遺伝子Bcl2l11のおよそ17キロ塩基対(kb)セグメントの、相当するヒト遺伝子BCL2L11のオーソロガスな疾患関連の25kbセグメントによるCRISPR駆動置換(例えば、ヒト化)を提供する。
a)ヒト由来の大きな外因性ゲノムDNA
BAC DNAは、目的の遺伝子、例えば、この場合はヒトBCL2L11(ヒト:ライブラリーRP11、クローン695−B−23)を含有するBACクローンから精製した。続いて、精製DNAを、組換え誘導(recombinogenic)大腸菌(E. coli)株であるSW102に電気穿孔した。図1のヒトBCL2L11遺伝子を含有するヒトBACを示す最上部から3番目のラインを参照されたい。
BAC DNAは、目的の遺伝子、例えば、この場合はヒトBCL2L11(ヒト:ライブラリーRP11、クローン695−B−23)を含有するBACクローンから精製した。続いて、精製DNAを、組換え誘導(recombinogenic)大腸菌(E. coli)株であるSW102に電気穿孔した。図1のヒトBCL2L11遺伝子を含有するヒトBACを示す最上部から3番目のラインを参照されたい。
b)細菌人工染色体(BAC)を使用したターゲティングベクターの調製
BAC DNAを、標的ゲノム遺伝子座、例えば、この場合は相当するマウスBcl2l11遺伝子(マウス:ライブラリーRP23、クローン331−K−22)を含有するBACクローンから精製した。続いて、精製DNAを、組換え誘導大腸菌(E. coli)株であるSW102に電気穿孔した。
BAC DNAを、標的ゲノム遺伝子座、例えば、この場合は相当するマウスBcl2l11遺伝子(マウス:ライブラリーRP23、クローン331−K−22)を含有するBACクローンから精製した。続いて、精製DNAを、組換え誘導大腸菌(E. coli)株であるSW102に電気穿孔した。
マウスおよびヒトBAC由来のセグメントを、以下の表1に記載するオリゴヌクレオチドを使用して増幅した。
次に、マウスおよびヒトBAC由来の増幅したゲノムDNAセグメントを、オリゴヌクレオチドに組み込まれた部位で制限消化して(表1を参照)、ゲル精製して、下記のように小さなプラスミドベクターへと構築した:
セグメントKLおよびMNを、PL452のネオマイシン耐性遺伝子(NeoR)含有EcoRI/BamHI断片と一緒に、R6Kγ複製起点を含有するように改変されたpBluescript IIベクター(Agilent Technologies、サンタクララ、CA、USA)にクローニングした。このプラスミドをpTLD01と称する。
次に、マウスおよびヒトBAC由来の増幅したゲノムDNAセグメントを、オリゴヌクレオチドに組み込まれた部位で制限消化して(表1を参照)、ゲル精製して、下記のように小さなプラスミドベクターへと構築した:
セグメントKLおよびMNを、PL452のネオマイシン耐性遺伝子(NeoR)含有EcoRI/BamHI断片と一緒に、R6Kγ複製起点を含有するように改変されたpBluescript IIベクター(Agilent Technologies、サンタクララ、CA、USA)にクローニングした。このプラスミドをpTLD01と称する。
セグメントCD、EF、GHおよびIJを、PL451のネオマイシン耐性遺伝子(NeoR)含有EcoRI/BamHI断片と一緒に、R6Kγ複製起点を含有するように改変したpBluescript IIベクター(Agilent Technologies、サンタクララ、CA、USA)にクローニングした。このプラスミドをpTLD02と称する。
セグメントOP、QRおよびSTを、pTLD08(attB、attPおよびBsdRを保有するPL452誘導体)のブラストサイジン耐性遺伝子(BsdR)含有EcoRI/BamHI断片と一緒に、R6Kγ複製起点を含有するように改変したpBluescript IIベクター(Agilent Technologies、サンタクララ、CA、USA)にクローニングした。このプラスミドをpTLD03と称する。
より大きな挿入片ゲノムDNAに関して、BACは、本明細書中に記載する方法に直接使用することができる。しかしながら、この場合、BACベクターの完全容量が必要とされなかったため、本発明者らは、代替的なベクター(即ち、pBR322)バックボーンを有するベクターの低減サイズ(225kbpから70kbpへ)型を使用した。
具体的には、構築物のサイズを低減するために、セグメントABおよびYZを、ネガティブ選択可能チミジンキナーゼ(tk)遺伝子と一緒に、pBR322ベースのベクターにクローニングした。このプラスミドをpTLD11と称する。
続いて、pTLD11ベクターを、下記ステップに従って使用した。
まず、pTLD01プラスミドを、標準的な組換え(recombineering)アプローチを用いて使用して、ヒトBCL2L11含有BACにおいて2,903bp欠失領域にまさに遠位に、loxP隣接ネオマイシン耐性カセット(NeOR)を配置させた。改変ヒトBCL2L11遺伝子を含有するBACを、Cre発現大腸菌(E. coli)株であるSW106に移入した後、細胞をアラビノースに曝露させることによってNeoカセットを除去して、単一のloxP部位を残存させた。ヒトKLおよびMN相同性アームを使用した相同組換えスキームを示す図1の最上部から3番目のライン、およびpTLD01プラスミドの構造を参照されたい。同様に、残存する単一のloxP部位を示す図1の最後から2番目のラインも参照されたい。
まず、pTLD01プラスミドを、標準的な組換え(recombineering)アプローチを用いて使用して、ヒトBCL2L11含有BACにおいて2,903bp欠失領域にまさに遠位に、loxP隣接ネオマイシン耐性カセット(NeOR)を配置させた。改変ヒトBCL2L11遺伝子を含有するBACを、Cre発現大腸菌(E. coli)株であるSW106に移入した後、細胞をアラビノースに曝露させることによってNeoカセットを除去して、単一のloxP部位を残存させた。ヒトKLおよびMN相同性アームを使用した相同組換えスキームを示す図1の最上部から3番目のライン、およびpTLD01プラスミドの構造を参照されたい。同様に、残存する単一のloxP部位を示す図1の最後から2番目のラインも参照されたい。
次に、プラスミドpTLD02を、標準的な組換え技法を用いて使用して、マウスBcl2l11含有BACにおいてマウスエクソン2にまさに遠位に、ヒトDNAのEFセグメント、loxP部位、FRT隣接Neoカセット、およびヒトDNAのGHセグメントを配置させた。マウスCDおよびIJ相同性アームを使用した相同組換えスキームを示す図1の4番目のラインの左側、およびpTLD02プラスミドの構造を参照されたい。
次に、プラスミドpTLD03を、標準的な組換え技法を用いて使用して、上述するpTLD02改変マウスBcl2l11ゲノムDNAを含有するBACにおいてマウスエクソン4にわずかに遠位に、ヒトDNAのQRセグメントおよびattB/attP隣接ブラストサイジン耐性(BsdR)カセットを配置させた。マウスQRおよびST相同性アームを使用した相同組換えスキームを示す図1の4番目のラインの右側、およびpTLD03プラスミドの構造を参照されたい。
次に、プラスミドpTLD11を、HindIIIで直鎖状化して、標準的な組換え手順を用いて使用して、上述するpTLD02/pTLD03改変マウスBcl2l11ゲノムDNAを含有するBACから、マウスBcl2l11遺伝子のAB〜YZ(AZ)セグメントを回収し、pTLD14となった。マウスABおよびYZ相同性アームを使用した相同組換えスキームを示す図1の4番目および6番目のライン(即ち、pTLD11プラスミドの構造)を参照されたい。
得られたベクターであるpTLD14(図1の6番目のラインを参照)は、完全マウスBcl2l11遺伝子、ならびにpTLD02挿入断片(即ち、ヒトDNAのEFセグメント、loxP部位、FRT隣接Neoカセット、およびヒトDNAのGHセグメント)、およびpTLD03挿入断片(ヒトDNAのQRセグメント、およびattB/attP隣接ブラストサイジン耐性(BsdR)カセット)を含有する。
c)大きな外因性ゲノムDNAの、ターゲティングベクターへの挿入
ヒト化ドナーベクターの構築を開始するために、プラスミドpTLD14を精製して、AscIで消化して、その2つの主要な断片を、アガロースゲル電気泳動で分離させた。AcI切断部位ならびにマウスILおよびOPゲノムDNAによって規定される2つの直鎖状断片の小さい方を廃棄した。
ヒト化ドナーベクターの構築を開始するために、プラスミドpTLD14を精製して、AscIで消化して、その2つの主要な断片を、アガロースゲル電気泳動で分離させた。AcI切断部位ならびにマウスILおよびOPゲノムDNAによって規定される2つの直鎖状断片の小さい方を廃棄した。
2つの直鎖状断片の大きい方をゲル精製して、上述するloxP改変ヒトBACクローンを含有する組換え誘導大腸菌(E. coli)細胞に電気穿孔して、隣接するマウス相同性アーム間で27,282bpヒトセグメントを捕捉し、プラスミドpTLDとなった(図1のライン3およびライン4を参照)。
CRISPR/Cas9ベースの接合体マイクロインジェクションの目的で、最終的なNeoR/BsdR含有ベクター(プラスミドpTLD15)を、まずNeoRを除去する(プラスミドpTLD66を作製する)ためにFLP発現大腸菌(E. coli)株SW105に、次にBsdRを除去するためにΦC31リコンビナーゼ発現大腸菌(E. coli)株(SW105誘導体)に電気穿孔した。最終的なベクターをpTLD67と称し、それは、2つのマウス相同性アームによって隣接される27kb外因性ヒトゲノムDNAを含有する。図1における最後の2つのラインを参照されたい。
得られたターゲティングベクター(pTLD67)/ドナー分子は、それぞれ、マウスBcl2l11遺伝子の近位および遠位領域で構成される12,773bpおよび26,632bp相同性アームによって隣接されるヒトBCL2L11遺伝子の27,282bp中心セグメントを含有した。
得られたターゲティングベクター(pTLD67)/ドナー分子において、少なくとも3つの特色が存在する:1)相同ヒト遺伝子BLC2L11由来の大きな外因性ゲノムDNAによって置き換えられた/ヒト化されたマウスBcl2l11遺伝子の18kb中心セグメント、2)選択可能マーカーは、最初にヒト化セグメントのすぐ5’および3’に配置されたが、かかる選択可能マーカーは、本発明者らのCRISPR/Cas9ベースの実験用の最終的なpTLD67ベクターにおいて除去されたこと(対比して、かかる選択マーカーは、ES細胞ベースの伝統的なアプローチに関しては保持された、以下の比較例を参照)、および3)東アジアの人口の12%で観察される疾患関連欠失をモデル化するために、ヒト化イントロンの1つ内の2,903bp領域が、loxP部位で隣接されたこと。
しかしながら、一般的なアプローチとして、第1の特色は、内因性ゲノムDNAを、配列相同性を共有する外因性ゲノムDNAで置き換えることに限定されない。それと同時に、第3の特色は、一般的に必要とされず、ある特定の特異的な使用に有用であり得る。
d)CRISPR/Cas9ガイドRNA(gRNA)の調製
単一ガイドRNA(sgRNAまたはgRNA)全てが、http://crispr.mit.edu.で利用可能なアルゴリズムなどの標準的なアプローチを使用して設計された。表2に示すこれらのsgRNAは、2つの概念に沿って設計した。
単一ガイドRNA(sgRNAまたはgRNA)全てが、http://crispr.mit.edu.で利用可能なアルゴリズムなどの標準的なアプローチを使用して設計された。表2に示すこれらのsgRNAは、2つの概念に沿って設計した。
最初に、250bp領域内の2つの最も高いスコアリングsgRNA(各配向性で1つ)を、置き換えられるマウスBcl2l11セグメントの17kbpセグメントの5’および3’末端の両方から選択した。第2に、置き換えられるセグメントの各末端に最も近い2つの内部sgRNA(各配向性で1つ)を、それらの全体的なスコアにかかわらず選択した。ガイドは、Brinerらの方法(Molecular cell.56巻(2):333〜339頁、2014年、PubMed PMID:25373540、参照により本明細書に組み込まれる)に従って産生された。Cas9 mRNA(CRISPR関連タンパク質9 mRNA、5−メチルシチジン、プソイドウリジン)は、TriLink Biotechnologies(サンディエゴ、CA)から購入した。
全体として、最大設計スコアを有する2つ(各配向性で1つ)および最外末端に最も近くに位置する2つ(各配向性で1つ)を含む4つのガイドRNAが、置き換えられるべきマウスBcl2l11遺伝子セグメントの各末端で設計された。
e)Cas9コード配列
化膿連鎖球菌(Streptococcus pyogenes)(株SF370)由来のCRISPR関連タンパク質9 mRNA/5−メチルシチジン/プソイドウリジン(Cas9 mRNA/5MeC/Ψ)は、TriLink Biotechnologies(サンディエゴ、CA)から入手して、約100ng/μLの最終濃度で、本発明者らのマイクロインジェクション混合物において使用した。
化膿連鎖球菌(Streptococcus pyogenes)(株SF370)由来のCRISPR関連タンパク質9 mRNA/5−メチルシチジン/プソイドウリジン(Cas9 mRNA/5MeC/Ψ)は、TriLink Biotechnologies(サンディエゴ、CA)から入手して、約100ng/μLの最終濃度で、本発明者らのマイクロインジェクション混合物において使用した。
f)ターゲティングベクター、CRISPR/Cas9 gRNAおよびCas9コード配列のマイクロインジェクション
電気穿孔などの他の手段も使用され得るが、本発明者らは、大きな外因性ヒトゲノムDNAおよびCRISPR/Cas9−gRNAを含有するターゲティングベクターを、マウス接合体に導入するのにマイクロインジェクションを使用した。
電気穿孔などの他の手段も使用され得るが、本発明者らは、大きな外因性ヒトゲノムDNAおよびCRISPR/Cas9−gRNAを含有するターゲティングベクターを、マウス接合体に導入するのにマイクロインジェクションを使用した。
マイクロインジェクション用のマウス接合体を調製するために、C57BL6/Jドナー雌マウス(3週齢)を過排卵させて、胚の収量を最大限にした。各ドナー雌に、妊馬血清性ゴナドトロピン(PMSG)(Prospect HOR−272)の5国際単位(IU)を腹腔内に(IP)、続いて47時間後にヒト絨毛性ゴナドトロピン(hCG)(Prospect HOR−272)の5IU(IP)を付与した。hCGの投与の直後に、雌を、C57BL6/J繁殖用雄と1:1で交配させて、22時間後に、交尾プラグの存在に関して調べた。交尾プラグを示す雌を安楽死させて、卵管を切除して、M2培地中に配置した。
腹卵収集前に、卵管を、ヒアルロニダーゼ(Sigma H3506)(0.3mg/mL)を含有するM2培地中に配置させた。卵母細胞腹卵は、膨大部を機械的に溶解させることによって取り出され、卵丘塊が、卵母細胞/予定接合体を露出させるのに十分に破壊されるまで、ヒアルロニダーゼを含有するM2培地中で、腹卵をインキュベートさせた。卵母細胞/予定接合体を、新鮮なM2の数回の洗浄により移入させ、続いて(視覚的な段階分けのプロセスにより)個々の同定接合体を分離して、COOK MINCベンチトップインキュベーター(37℃、5%CO2/5%O2/窒素)において24時間、鉱油(Sigma M8410)下で平衡化したK−RCVL(COOK K−RVCL)培地の微小滴に移入させた。
マイクロインジェクション混合物を表3に示すように調製した。およそ80個のC57BL/6NJ接合体にマイクロインジェクトした(上述の各マイクロインジェクション混合物を用いて1〜2回の技術的反復で)。マイクロインジェクション混合物は、4つのガイド(置き換えられるべきマウスBcl2l11セグメント内の最高のスコアを有するもの、または最も末端の位置を有するもののいずれか)および様々な濃度のドナーDNA(1、5または10μg/μL)を含有した。
具体的には、接合体を培養液から取り出して、新鮮なM2培地150μLを含有するスライド上に配置させた。マイクロインジェクションは、Narashige IM−5Aインジェクターと併せてEppendorf NK2マイクロマニピュレーターを使用してZeiss AxioObserver.D1上で行った。標準的な接合体マイクロインジェクション手順は、材料を対象接合体の前核および細胞質の両方へ堆積させるように特別に配慮して行われた。マイクロインジェクション用の針は、WPI TW100F−4キャピラリーガラスおよびSutter P97水平プラーを使用して、毎日新たに引いた(pulled)。注入した接合体を、スライドから取り出して、平衡化したK−RCVLの30μL液滴3回によりすすいだ後、平衡化したK−RCVLの別個の30μL微小滴へ配置させ、そこで、続いてそれらを、注入当日の胚移入(卵管を介した)用に加工処理した。
g)動物飼育
マウスは全て、Jackson Laboratory(バーハーバー、ME)から入手し、白松の削りくずの寝床上に収容して、適宜、NIH−31 5K52(脂肪6%)食餌および酸性水(pH2.5〜3.0)を給餌した。実験は全て、Jackson Laboratory動物実験委員会(IACUC)の承認とともに、またthe Guide for the Care and Use of Laboratory Animals(第8版)および全ての適用法令を遵守して実施した。
マウスは全て、Jackson Laboratory(バーハーバー、ME)から入手し、白松の削りくずの寝床上に収容して、適宜、NIH−31 5K52(脂肪6%)食餌および酸性水(pH2.5〜3.0)を給餌した。実験は全て、Jackson Laboratory動物実験委員会(IACUC)の承認とともに、またthe Guide for the Care and Use of Laboratory Animals(第8版)および全ての適用法令を遵守して実施した。
h)偽妊娠雌の調製
偽妊娠雌は、自然発情期の6〜8週齢の雌マウスを、精管切除した雄と交配させることによって準備した。
偽妊娠雌は、自然発情期の6〜8週齢の雌マウスを、精管切除した雄と交配させることによって準備した。
偽妊娠雌への同日移入用に加工処理した接合体を、培養液から取り出して、外科ステーションへの輸送用の予め加温したM2培地900μLを含有する1.8mLのスクリュートップチューブ(Thermo Scientific 363401)に配置させた。接合体を、チューブから取り出して、培養液(油−COOK MINCベンチトップインキュベーター37℃、5%CO2/5%O2/窒素下のK−RCVL)へと配置させた。移入の時点で、接合体を培養液から取り出して、予め加温したM2培地に配置し、卵管を介して性交の0.5日後の偽妊娠CBYB6F1/J雌(9〜11週齢)に移入させた。
妊娠を予定日へと進ませて、仔を自然分娩させた。
i)マイクロインジェクトした接合体の、偽妊娠雌への移植
上記のマイクロインジェクトしたマウス接合体を、標準的な技法によって偽妊娠雌へ移入させ、予定日まで進ませて、そこで、4週齢で離乳するまで、それらを雌親が育てた。
i)マイクロインジェクトした接合体の、偽妊娠雌への移植
上記のマイクロインジェクトしたマウス接合体を、標準的な技法によって偽妊娠雌へ移入させ、予定日まで進ませて、そこで、4週齢で離乳するまで、それらを雌親が育てた。
j)正確なゲノム挿入の検証−遺伝子型同定
1細胞性接合体のマイクロインジェクション(CRISPRアプローチ)から生じる潜在的にキメラのマウスおよびそれらの子孫を、表4に記載するオリゴヌクレオチドプライマーを使用して、設計したCas9結合部位で遺伝子型同定した。図2に示すように、これらのプライマーは、1)無傷の(または小INDEL含有)マウス対立遺伝子のCas9結合部位、2)ヒト化対立遺伝子(またはランダムに組み込まれる導入遺伝子)のマウス/ヒト接合部、および3)任意の欠失保有対立遺伝子の分断点にわたってDNAを増幅するように設計された別個のPCR反応で、対で使用された。
1細胞性接合体のマイクロインジェクション(CRISPRアプローチ)から生じる潜在的にキメラのマウスおよびそれらの子孫を、表4に記載するオリゴヌクレオチドプライマーを使用して、設計したCas9結合部位で遺伝子型同定した。図2に示すように、これらのプライマーは、1)無傷の(または小INDEL含有)マウス対立遺伝子のCas9結合部位、2)ヒト化対立遺伝子(またはランダムに組み込まれる導入遺伝子)のマウス/ヒト接合部、および3)任意の欠失保有対立遺伝子の分断点にわたってDNAを増幅するように設計された別個のPCR反応で、対で使用された。
k)正確なゲノム挿入の検証−Sanger配列決定
特異的な対立遺伝子のより詳細な分析のために、遺伝子型同定反応からのPCR産物を精製して、Sangerによって開発された方法に従って、JAX Scientific Servicesによって配列決定した。PCR産物を、HighPrep PCR磁気ビーズ(MagBio Genomics、ゲイザースバーク、MD、USA)を使用して精製した。サイクル配列決定は、BigDye Terminatorサイクル配列決定キット バーション3.1(Applied Biosystems、フォスターシティ、CA、USA)を使用して実施した。
特異的な対立遺伝子のより詳細な分析のために、遺伝子型同定反応からのPCR産物を精製して、Sangerによって開発された方法に従って、JAX Scientific Servicesによって配列決定した。PCR産物を、HighPrep PCR磁気ビーズ(MagBio Genomics、ゲイザースバーク、MD、USA)を使用して精製した。サイクル配列決定は、BigDye Terminatorサイクル配列決定キット バーション3.1(Applied Biosystems、フォスターシティ、CA、USA)を使用して実施した。
配列決定反応は、精製PCR産物(3〜20ng)5μLおよび5pmol/μLの濃度のプライマー1μLを含有した。配列決定反応産物は、HighPrep DTR(MagBio Genomics、ゲイザースバーク、MD、USA)を使用して精製した。精製した反応を、Applied Biosystems 3730xl DNA分析器(Applied Biosystems、フォスターシティ、CA、USA)で実行した。
配列データは、Sequencing分析ソフトウェア バージョン5.0.1(Applied Biosystems、フォスターシティ、CA、USA)を使用して分析した。得られた配列(.abi)ファイルを、さらなる分析用にSequencher バージョン5.0.1(Gene Codes Corporation、アナーバー、MI、USA)に取り込ませた。
l)正確な挿入遺伝子座の検証−遺伝子マッピング
BCL2L11のヒトセグメントが、実際にオーソロガスなBcl2l11遺伝子座においてそのマウス対応物を置き換えたかどうかを示すために、本発明者らは、遺伝子マッピングを使用して、BCL2L11/Bcl2l11遺伝子のヒト化セグメントを位置決めした(図3Aおよび図3B)。
BCL2L11のヒトセグメントが、実際にオーソロガスなBcl2l11遺伝子座においてそのマウス対応物を置き換えたかどうかを示すために、本発明者らは、遺伝子マッピングを使用して、BCL2L11/Bcl2l11遺伝子のヒト化セグメントを位置決めした(図3Aおよび図3B)。
2つの戻し交配を、下記アプローチを使用して樹立させた。まず、FVB/NJ雌に、ヒト化セグメントを保有するC57BL/6NJ雄を交配させて、F1ハイブリッド(FVBB6NF1/J)子孫を得た。次に、これらの子孫を、ヒト化セグメントの存在に関して遺伝子同定した。ヒト配列を保有する雄(FVBB6NF1/J−BCL2L11)を、FVB/NJ雌またはC57BL/6NJ雌のいずれかに戻し交配させて、N2子孫を生成した。
これらの戻し交配スキームは下記のようにアノテートすることができる:
C57BL/6NJ×FVBB6NF1/J−BCL2L11
FVB/NJ×FVBB6NF1/J−BCL2L11
各戻し交配由来のN2子孫(適切な対照と一緒に)を、マウスゲノムにわたってほぼ等しく分配されるおよそ150個の単一ヌクレオチド多型(SNP)マーカーの組にわたってKASP化学(LGC Limited、テディントン、UK)を使用して遺伝子型同定した。組における各マーカーと、ヒト化セグメントの間での合致(concordance)は、カイ二乗(χ2)分析によって算出した。
結果
1)首尾よい遺伝子ターゲティング
満期時に、総計94匹の仔が産まれ、6匹が死産であり、6匹が、4週齢まで生存しなかった。82匹のマウスを離乳させて、表4に示すように実験間で分配した。
C57BL/6NJ×FVBB6NF1/J−BCL2L11
FVB/NJ×FVBB6NF1/J−BCL2L11
各戻し交配由来のN2子孫(適切な対照と一緒に)を、マウスゲノムにわたってほぼ等しく分配されるおよそ150個の単一ヌクレオチド多型(SNP)マーカーの組にわたってKASP化学(LGC Limited、テディントン、UK)を使用して遺伝子型同定した。組における各マーカーと、ヒト化セグメントの間での合致(concordance)は、カイ二乗(χ2)分析によって算出した。
結果
1)首尾よい遺伝子ターゲティング
満期時に、総計94匹の仔が産まれ、6匹が死産であり、6匹が、4週齢まで生存しなかった。82匹のマウスを離乳させて、表4に示すように実験間で分配した。
表3に示す実験3(最も高いスコアリングガイド、5ng/μL ドナーDNA)および実験5(末端に最も近いガイド、10ng/μL ドナーDNA)はともに、離乳期に残存する生存可能な仔を生じなかった。これらの結果にもかかわらず、実験7(実験5の濃度に等しいドナーDNA濃度を用いて実施、即ち、10ng/μL、表3を参照)および実験8(実験3の反復、表3)は、それぞれ、7匹および21匹の仔をもたらし、実験3および実験5における仔の欠如は、実験設計にとって体系的に欠点となる何かではなく、技術的な失敗に起因することを示唆した。
これらの82匹の子孫を遺伝子型同定するために、近位および遠位のマウス/ヒト接合部の各々に及ぶように、および置き換えられるべき17kbpマウス領域に及ぶように、PCRアッセイを設計した。これらの実験の結果を表5に示す。上述するように、近位および遠位のマウス/ヒト接合部の各々に及ぶように設計したPCRアッセイは、両方に関して陽性である3つの樹立体(founders)を同定した(実験2、末端に最も近いガイド、1ng/μL ドナーDNA;実験6、末端に最も近いガイド、5ng/μL ドナーDNA;および実験7、最も高いスコアリングガイド、10ng/μL ドナーDNA、表3を参照)。置き換えられるべき17kbpマウス領域に及ぶように設計したPCRアッセイは、上述する3つの樹立体のうちの2つを同定した(実験6、末端に最も近いガイド、5ng/μL ドナーDNA;および実験7、最も高いスコアリングガイド、10ng/μL ドナーDNA、表3)。
2)首尾よい生殖細胞系列伝達
これらの遺伝子変化の遺伝をさらに探究するために。本発明者らは、実験2、実験6および実験7由来のヒト挿入/欠失陽性P0を、C57BL/6Jマウスに交配させて、それらの子孫を遺伝子型同定した。これらの分析の結果を表5に示す。
これらの遺伝子変化の遺伝をさらに探究するために。本発明者らは、実験2、実験6および実験7由来のヒト挿入/欠失陽性P0を、C57BL/6Jマウスに交配させて、それらの子孫を遺伝子型同定した。これらの分析の結果を表5に示す。
示したように、実験2(末端に最も近いガイド、1ng/μL ドナーDNA)由来のヒト挿入陽性P0マウス(雄)は、そのN1子孫の29匹のいずれにも、ヒト化対立遺伝子を伝達することができず、P0マウスが、主に未改変野生型細胞で構成される生殖系列を用いた場合にモザイク現象を起こしていることを示唆した。
対比して、実験7(最も高いスコアリングガイド、10ng/μL ドナーDNA)由来のヒト挿入および欠失陽性P0マウス(雄)は、その21匹のN1子孫のうちの4匹に、その欠失保有対立遺伝子を伝達した。しかしながら、このP0マウスは、再度これらの21匹のマウスのいずれにもヒト挿入保有対立遺伝子を伝達せず、このことは、そのP0マウスが、比較的少ないヒト挿入保有細胞で構成される生殖系列を用いた場合にモザイク現象を起こしていることを示唆した。
興味深いことに、実験6(末端に最も近いガイド、5ng/μL ドナーDNA)由来のヒト挿入および欠失陽性P0マウス(雌)は、その13匹のN1子孫の全てに、ヒト挿入保有対立遺伝子または欠失保有対立遺伝子のいずれかを伝達したが、両方には伝達せず、この動物が、Bcl2l11遺伝子座でヒト挿入および欠失保有遺伝子座の両方の遺伝子型を有する真のヘテロ接合体として繁殖していることを含蓄する。
3匹の選り抜きN1マウス(2匹がヒト挿入を保有し、1匹が欠失を保有する)の続く繁殖は、メンデル予想と一致した結果をもたらした。雄を、B6N.Cg−Tg(Sox−2Cre)1 Amc/J雌マウスと交配させることにより、設計通りにloxP隣接2.9kbpヒトイントロンセグメントが欠失された子孫を生じた。
3)ドナーDNA(ターゲティングベクターにおける外因性DNA)の濃度およびガイドRNA位置が、効率に影響を及ぼす
ドナーDNAがP0マウスにおいて検出された実験(表3の実験2、実験6および実験7)の中で、1、5および10ng/μLのDNAドナー濃度が表されたが、得られたマウスは、様々な度合いのモザイク現象を示す。ドナーDNA濃度が、その最も低い状態であった実験2(1ng/μL)では、ドナーDNAは、N1子孫間で検出されず(0/50)、ドナーDNAの組込みが、胚の発生の多細胞段階で起こること、およびドナーDNAを獲得した細胞が、認識可能なレベルで生殖系列に寄与しないことを示唆した。
ドナーDNAがP0マウスにおいて検出された実験(表3の実験2、実験6および実験7)の中で、1、5および10ng/μLのDNAドナー濃度が表されたが、得られたマウスは、様々な度合いのモザイク現象を示す。ドナーDNA濃度が、その最も低い状態であった実験2(1ng/μL)では、ドナーDNAは、N1子孫間で検出されず(0/50)、ドナーDNAの組込みが、胚の発生の多細胞段階で起こること、およびドナーDNAを獲得した細胞が、認識可能なレベルで生殖系列に寄与しないことを示唆した。
ドナーDNA濃度が、中間レベルであった表3の実験6(5ng/μL)では、ドナーDNAが、全てのN1子孫のほぼ半分で検出され(14/31)、ドナーDNAの組込みが、胚の発生の一細胞(接合体)段階で起こること、その細胞が、生殖系列の全ての細胞を生じさせること、およびドナーDNAが、減数分裂中に、成熟精子の集団の半分に継代することを示唆した。この結果は、置き換えられるべき17kbpマウスセグメントの欠失が、接合体において相同染色体におけるBcl2l11遺伝子座で起き、DNA挿入に相反して、全ての残存子孫に伝達された(17/17)という本発明者らの仮説と一致する。この結果は、最適な所望の結末と完全に合致し、即ち、ここで、P0接合体は、二対立遺伝子改変を受け、モザイク現象を有さないマウスへと発生し、一方または他方の変異体対立遺伝子を、同数で(50%:50%)成熟精子の集団に伝達する。
ドナーDNA濃度が、試験した最高レベルであった表3の実験7(10ng/μL)では、17kbp欠失が、全てのN1子孫のほんの25%で検出され(14/56)、P0マウス中に存在するドナーDNAが、N1世代に全く伝達されなかった(0/56)。これらの結果は、欠失が、1つのBcl2l11対立遺伝子において、単一卵割球で2細胞段階でまたはその付近で起き、この欠失保有細胞が、発生中の減数分裂前生殖系列のおよそ半分および全ての成熟(減数分裂後)生殖細胞の4分の1に生じさせた状況を仮定して説明することができる。胚発生における幾らか後の時点で、ドナーDNAの挿入が起きたが、生殖系列に寄与しないような細胞ではほとんど、認識可能な方法では起きなかったと仮定することができる。
任意の特定の理論に拘束されるのを望まないが、表3の実験7における多数の態様が、その最適に満たない結果に寄与した可能性がある。
第一に、その粘度に起因して、高すぎるDNA濃度を有するドナーDNA調製物は、マイクロインジェクション針により接合体へ効率的に送達され得ないか、またはCas9活性および/またはHDRを促進するようあまり促さない形態で送達され得る。
第一に、その粘度に起因して、高すぎるDNA濃度を有するドナーDNA調製物は、マイクロインジェクション針により接合体へ効率的に送達され得ないか、またはCas9活性および/またはHDRを促進するようあまり促さない形態で送達され得る。
第二に、この実験用に設計したガイドは、最適なスコアを有するように設計されたが、本発明者らが、置き換えられるべきマウスDNAセグメントの末端付近で、最適な位置であると推測したものは有さなかった。このタイプの実験では、ガイド位置は、ガイドスコア単独よりも有意な設計パラメーターを表し得る。高いスコア最適化用に設計したガイドを使用した全ての実験の中で、ドナーDNA濃度が、試験した最高レベルであった実験7(10ng/μL)においてのみ、ドナーDNA組込みの任意の兆候が見られ、ここでさえ、それは、改変対立遺伝子をN1マウスに伝達しないほど、P0樹立体マウスにおいて一見非常に低いレベルであったことに留意することは興味深い。最適な結果が達成された上述する実験6において、ドナーDNA濃度が、ほんの5ng/μLであったことを想起する。その状況で見られる首尾よい結果は、最適以下のドナーDNA濃度であると証明することができるものでさえ、優れて機能し/配置された(末端に最も近い)ガイドによって駆動されたことは、専ら可能である。実験6を実験7と比較して、より高いドナーDNA濃度を用いた実験(実験7、10ng/μL)が、より高い割合の組込みを達成した(生産マウスのパーセントとして、14.3%対5.6%)が、回収した単一樹立体では対立遺伝子改変のより低い品質(非モザイク現象/最大頻度で両方の改変対立遺伝子の伝達と比較して、モザイク現象/低頻度でたった1つの改変対立遺伝子の伝達)を達成したことを留意することは興味深い。
DNA濃度が、個々の接合体へのDNAの導入に関連した最も重要なパラメーターであり得るのに対して、ガイド設計は、ドナーDNAがひとたび細胞に進入すると、より頻度の高い欠失形成およびより効率的なHDRを促進するのに最も重要な因子であることが判明し得ると推測し得る。
4)外因性DNAの組込みが、設計遺伝子座で起きた
本発明者らは、BAC由来のヒトBCL2L11配列の挿入部位を位置付けすることの手段として、外交配−戻し交配遺伝子マッピング戦略を使用した。C57BL/6NJ×(FVB/NJ×C57BL/6NJ)戻し交配由来の22匹のN2子孫およびFVB/NJ×(FVB/NJ×C57BL/6NJ)戻し交配由来の28匹の子孫を分析した。データの分析により、ヒトBCL2L11セグメントとマウス2番染色体上の幾つかの遺伝子マーカーとの間の強力な関連性が実証される(図3Aおよび図3Bを参照)。
本発明者らは、BAC由来のヒトBCL2L11配列の挿入部位を位置付けすることの手段として、外交配−戻し交配遺伝子マッピング戦略を使用した。C57BL/6NJ×(FVB/NJ×C57BL/6NJ)戻し交配由来の22匹のN2子孫およびFVB/NJ×(FVB/NJ×C57BL/6NJ)戻し交配由来の28匹の子孫を分析した。データの分析により、ヒトBCL2L11セグメントとマウス2番染色体上の幾つかの遺伝子マーカーとの間の強力な関連性が実証される(図3Aおよび図3Bを参照)。
C57BL/6NJに対する戻し交配において、最も強力な関連性を有するマーカーであるマーカーrs13476756は、6.58のログオッズ比(LOD)を有した(p<0.004)。FVB/NJに対する戻し交配において、マーカーrs13476756は、7.64のLODスコアを有した(p<0.0004)。
個々のハプロタイプ(具体的には、試料261、263、266、303および319における組換えのポイント)の分析は、挿入臨界領域を、マウス2番染色体上のマーカーrs4223406(ヌクレオチド113、827、352)からマーカーrs3689600(ヌクレオチド159、014、253)の45.2Mbp領域へとさらに狭め(GRC38/mm10)、それは、ヌクレオチド128、126、038からヌクレオチド128、162、547に及ぶ36,510bpマウスBcl2l11遺伝子への組込みと一致している。
換言すると、この分析は、マウスBcl2l11遺伝子および操作したヒト配列の両方が、マウスゲノムの2%未満を含む領域内で共存させなくてはならないことを示す。本発明者らは、ヒト配列の組込みが、ランダムには起きず、実際には設計通りに相同組換えによって起きたと結論付ける。
まとめると、上記実施例は、記載するCRISPR/BAC技術を使用して、大きな外因性DNA(そのマウス対応物に相同的な25kbヒト遺伝子などの)を、定方向様式で接合体ゲノムに導入することができること、および本発明者らがPCR、配列決定および連鎖分析によって実証したように、得られたトランスジェニック動物が、特異的に標的とされるDNAを、生殖系列伝達によりその子孫へと継代する能力を有することを示す。
実施例2 伝統的なES細胞ベースの相同組換えによる25キロ塩基対BAC由来ドナー分子のノックイン
実施例1に記載するCRISPR/Cas9駆動アプローチと対比して、本発明者らはまた、古典的なES細胞ターゲティング、二重選択およびリコンビナーゼ駆動カセット除去を含む伝統的なアプローチを使用した。
実施例1に記載するCRISPR/Cas9駆動アプローチと対比して、本発明者らはまた、古典的なES細胞ターゲティング、二重選択およびリコンビナーゼ駆動カセット除去を含む伝統的なアプローチを使用した。
この伝統的なアプローチにおける一般的なステップは、下記の特異的なステップを除いて、実施例1における一般的なステップと実質的に同じであった。
b’)細菌人工染色体(BAC)を使用したターゲティングベクターの調製
pTLD14プラスミドがひとたび得られたら(実施例1を参照)、本発明者らは、ブラストサイジンベースの胚幹(ES)細胞選択を用いた場合に幾らか困難を被った。したがって、本発明者らは、BsdRのオープンリーディングフレーム(ORF)を、ネガティブ選択可能rpsL中間体によりPuroRのオープンリーディングフレームで置き換えた。
b’)細菌人工染色体(BAC)を使用したターゲティングベクターの調製
pTLD14プラスミドがひとたび得られたら(実施例1を参照)、本発明者らは、ブラストサイジンベースの胚幹(ES)細胞選択を用いた場合に幾らか困難を被った。したがって、本発明者らは、BsdRのオープンリーディングフレーム(ORF)を、ネガティブ選択可能rpsL中間体によりPuroRのオープンリーディングフレームで置き換えた。
得られたベクターであるpTLD39は、それぞれ、マウスBcl2l11遺伝子の近位および遠位領域を構成する12,773および26,632bp相同性アームによって隣接されるヒトBCL2L11遺伝子の27,282bp中心セグメントを含有した。FRT部位によって隣接されるNeoRカセットは、大きな外因性ヒトゲノムDNAの5’末端に近い。attBおよびattP部位によって隣接されるPuroRカセットは、大きな外因性ヒトゲノムDNAの3’末端に近い。ベクターpTLD39は、連続的なネオマイシン/ピューロマイシン選択に付された胚幹細胞において良好に機能した。
f’)ES細胞ターゲティングベクターpTLD39の電気穿孔
本発明者らは、直鎖状pTLD39DNA 25μgを、マウス胚幹細胞のJM8−A3(系統:C57BL/6N)系統の1.5×107個の細胞に電気穿孔した。次に、ES細胞を、連続的なゲンタマイシン(G418、200μg/mL、Gibco,Fisher Thermo Scientific、ウォルサム、MA、USA)およびピューロマイシン(0.75μg/mL、Sigma−Aldrich、セントルイス、MO、USA)選択を有するES+2i培地に蒔いた。
本発明者らは、直鎖状pTLD39DNA 25μgを、マウス胚幹細胞のJM8−A3(系統:C57BL/6N)系統の1.5×107個の細胞に電気穿孔した。次に、ES細胞を、連続的なゲンタマイシン(G418、200μg/mL、Gibco,Fisher Thermo Scientific、ウォルサム、MA、USA)およびピューロマイシン(0.75μg/mL、Sigma−Aldrich、セントルイス、MO、USA)選択を有するES+2i培地に蒔いた。
生存ES細胞クローンを、ES+2i培地上に播種して、核型分析して、PCRによってピューロマイシン耐性カセットの存在に関してさらに試験し、定量的PCRによって相同性アーム、挿入片およびネオマイシン耐性カセット計数に関して評価した。適切にターゲティングされたクローンを、性交の3.5日後の(dpc)胚盤胞にマイクロインジェクトした(以下を参照)。
h’)偽妊娠雌への移植前の胚盤胞への、電気穿孔したES細胞の注入
適切にターゲティングされたES細胞クローンを、3.5dpc胚盤胞へマイクロインジェクトし、次に、標準的な技法によって胚盤胞を偽妊娠宿主雌親に移入させた。
適切にターゲティングされたES細胞クローンを、3.5dpc胚盤胞へマイクロインジェクトし、次に、標準的な技法によって胚盤胞を偽妊娠宿主雌親に移入させた。
得られた胚を予定日まで進ませて、仔を自然分娩させて、4週齢離乳するまで、雌親によって育てられた。続いて、実施例1と同様に、仔を、遺伝子型同定、サンガー配列決定、および遺伝子マッピングに付した。
結果
ES細胞のJM8−A3系統へのpTLD39ベクターの電気穿孔およびG418上での選択後に、本発明者らは、PCRによってピューロマイシン耐性カセットの存在に関して、89個の生存クローンをアッセイした。これらのうち、27個(27)が、ピューロマイシンカセットを含有し、ピューロマイシン選択に付した。これらのうち、4個(4)のクローンが生存し、定量的PCRによって相同性アーム、挿入片およびネオマイシン耐性カセット計数に関して評価した。1個(1)のクローンが、中心ヒトBCL2L11セグメントの、内因性マウスBcl2l11遺伝子への適切なターゲティングに関してこれらの試験全てをパスした。
ES細胞のJM8−A3系統へのpTLD39ベクターの電気穿孔およびG418上での選択後に、本発明者らは、PCRによってピューロマイシン耐性カセットの存在に関して、89個の生存クローンをアッセイした。これらのうち、27個(27)が、ピューロマイシンカセットを含有し、ピューロマイシン選択に付した。これらのうち、4個(4)のクローンが生存し、定量的PCRによって相同性アーム、挿入片およびネオマイシン耐性カセット計数に関して評価した。1個(1)のクローンが、中心ヒトBCL2L11セグメントの、内因性マウスBcl2l11遺伝子への適切なターゲティングに関してこれらの試験全てをパスした。
このクローン由来のES細胞を胚盤胞へマイクロインジェクトして、9個(9)の高品質キメラを生じた。4個の最高品質雄キメラを、C57BL/6NJ雌に交配させて、ヒト化対立遺伝子の生殖系列伝達の2つの独立した事例を生じた。おそらく同一であるが、独立した系統(遺伝的背景:C57BL/6JN)を各事例から発生させた。雄を、B6N.Cg−Tg(Sox2−Cre)1Amc/J雌マウスと交配させることにより、設計通りにloxP隣接2.9kbpヒトイントロンセグメントが欠失された子孫を生じた。
上述の本発明は、理解の明瞭性の目的で、実例および実施例として幾らか詳細に記載したが、本発明は、開示する特定の実施形態に限定されず、添付の特許請求の範囲によって規定されるような本発明の精神および範囲内に存在する全ての変更および改変を網羅すると意図される。
本明細書中に記載する刊行物および特許は全て、本発明が属する技術分野の当業者の水準を示す。刊行物および特許は全て、各個々の刊行物または特許出願が、参照に組み込まれるようにまるで具体的かつ個々に示されたのと同程度にまで、参照により本明細書に組み込まれる。
Claims (45)
- 相同組換えを介して大きな外因性ゲノムDNAを挿入して、哺乳類の細胞のゲノムにおいて内因性ゲノムDNAを置き換える方法であって、
(a)細菌人工染色体(BAC)を供給するステップと、
(b)約10〜300kbの大きな外因性ゲノムDNAを供給するステップと、
(c)前記大きな外因性ゲノムDNAを、前記BACに挿入するステップであって、前記大きな外因性ゲノムDNAは、約10〜30kbの近位領域および約10〜30kbの遠位領域によって隣接され、前記近位領域および前記遠位領域は、前記細胞の該ゲノムにおいて前記内因性ゲノムDNAに隣接する、ステップと、
(d)CRISPR/Cas9ガイドRNA(gRNA)の第1の対を調製するステップであって、前記第1の対は、第1のgRNAおよび第2のgRNAを含み、前記第1のgRNAおよび前記第2のgRNAは、前記近位領域が該細胞の該ゲノムにおいて前記内因性ゲノムDNAと結合する近位接合部から約250bp以内にある、該内因性ゲノムDNAにおける、それぞれ第1のCas9切断部位および第2のCas9切断部位を標的とする、ステップと、
(e)CRISPR/Cas9ガイドRNA(gRNA)の第2の対を調製するステップであって、前記第2の対は、第3のgRNAおよび第4のgRNAを含み、前記第3のgRNAおよび前記第4のgRNAは、前記遠位領域が該細胞の該ゲノムにおいて前記内因性ゲノムDNAと結合する該遠位接合部から約250bp以内にある、該内因性ゲノムDNAにおける、それぞれ第3のCas9切断部位および第4のCas9切断部位を標的とする、調製するステップと、
(f)Cas9タンパク質、または該Cas9タンパク質を産生することが可能なCas9コード配列を供給するステップと、
(g)前記哺乳類の前記細胞に、
(i)ステップ(c)における前記BAC、
(ii)ステップ(d)におけるCRISPR/Cas9ガイドRNAの前記第1の対、
(iii)ステップ(e)におけるCRISPR/Cas9ガイドRNAの前記第2の対、および
(iv)ステップ(f)における前記Cas9タンパク質またはCas9コード配列
を導入するステップと
を含み、それにより、
(i)gRNAの前記第1の対は、該近位接合部で前記内因性ゲノムDNAにおいて前記第1および前記第2のCas9切断部位を切断するよう前記Cas9タンパク質を誘導して、第1の二重鎖切断(DSB)を生成し、
(ii)gRNAの前記第2の対は、該遠位接合部で前記内因性ゲノムDNAにおいて前記第3および前記第4のCas9切断部位を切断するよう前記Cas9タンパク質を誘導して、第2のDSBを生成し、
(iii)前記大きな外因性ゲノムDNAは、相同組換えを介して前記第1のDSBおよび前記第2のDSBで該細胞の該ゲノムに組み込まれて、該近位領域と該遠位領域との間の前記内因性ゲノムDNAを置き換える、前記方法。 - 前記大きな外因性ゲノムDNAが、約15〜200kbである、請求項1に記載の方法。
- 前記大きな外因性ゲノムDNAが、約20〜100kbである、請求項1に記載の方法。
- 前記大きな外因性ゲノムDNAが、約25kbである、請求項1に記載の方法。
- 前記細胞が、接合体である、請求項1に記載の方法。
- ステップ(g)が、マイクロインジェクションによって実施される、請求項5に記載の方法。
- マイクロインジェクションが、約1〜10ng/μLの、前記大きな外因性ゲノムDNAを含有する前記BACを使用して実施される、請求項6に記載の方法。
- マイクロインジェクションが、約2〜8ng/μLの、前記大きな外因性ゲノムDNAを含有する前記BACを使用して実施される、請求項6に記載の方法。
- マイクロインジェクションが、約5ng/μLの、前記大きな外因性ゲノムDNAを含有する前記BACを使用して実施される、請求項6に記載の方法。
- 前記細胞が、胚幹(ES)細胞である、請求項1に記載の方法。
- ステップ(g)が、電気穿孔によって実施される、請求項10に記載の方法。
- 前記BACが、選択マーカーを保有しない、請求項1に記載の方法。
- 前記大きな外因性ゲノムDNAが、前記哺乳類の同じ種の異なる系統に由来する、請求項1に記載の方法。
- 前記大きな外因性ゲノムDNAが、前記哺乳類の異なる種に由来する、請求項1に記載の方法。
- 前記哺乳類が、マウスである、請求項1に記載の方法。
- 前記第1および前記第2のCas9切断部位が、独立して、前記近位接合部から約100bp、50bpまたは10bp以内にある、請求項1に記載の方法。
- 前記第3および前記第4のCas9切断部位が、独立して、前記遠位接合部から約100bp、50bpまたは10bp以内にある、請求項1に記載の方法。
- 前記第1のgRNAおよび前記第2のgRNAが、前記内因性ゲノムDNAの異なる鎖に結合する、請求項1に記載の方法。
- 前記第3のgRNAおよび前記第4のgRNAが、前記内因性ゲノムDNAの異なる鎖に結合する、請求項1に記載の方法。
- 前記第1および前記第2のCas9切断部位が、前記近位接合部に最も近い2つの潜在的なCas9切断部位である、請求項1に記載の方法。
- 前記第3および前記第4のCas9切断部位が、前記遠位接合部に最も近い2つの潜在的なCas9切断部位である、請求項1に記載の方法。
- ステップ(f)において、前記Cas9タンパク質が、前記第1のgRNA、前記第2のgRNA、前記第3のgRNA、または前記第4のgRNAを含む複合体中で供給される、請求項1に記載の方法。
- 細胞が、相同組換えを介して内因性ゲノムDNAを置き換えた大きな外因性ゲノムDNAを保有し、かつ生殖系列を介して該大きな外因性ゲノムDNAを伝達することが可能である、非ヒト哺乳類を生成する方法であって、
(a)細菌人工染色体(BAC)を供給するステップと、
(b)約10〜300kbの大きな外因性ゲノムDNAを供給するステップと、
(c)前記大きな外因性ゲノムDNAを、前記BACに挿入するステップであって、前記大きな外因性ゲノムDNAは、約10〜30kbの近位領域および約10〜30kbの遠位領域によって隣接され、前記近位領域および前記遠位領域は、前記哺乳類の該ゲノムにおいて前記内因性ゲノムDNAに隣接する、ステップと、
(d)CRISPR/Cas9ガイドRNA(gRNA)の第1の対を調製するステップであって、前記第1の対は、第1のgRNAおよび第2のgRNAを含み、前記第1のgRNAおよび前記第2のgRNAは、前記近位領域が該哺乳類の該ゲノムにおいて前記内因性ゲノムDNAと結合する近位接合部から約250bp以内にある、該内因性ゲノムDNAにおける、それぞれ第1のCas9切断部位および第2のCas9切断部位を標的とする、ステップと、
(e)CRISPR/Cas9ガイドRNA(gRNA)の第2の対を調製するステップであって、前記第2の対は、第3のgRNAおよび第4のgRNAを含み、前記第3のgRNAおよび前記第4のgRNAは、前記遠位領域が該哺乳類の該ゲノムにおいて前記内因性ゲノムDNAと結合する遠位接合部から約250bp以内にある、該内因性ゲノムDNAにおける、それぞれ第3のCas9切断部位および第4のCas9切断部位を標的とする、ステップと、
(f)Cas9タンパク質、または該Cas9タンパク質を産生することが可能なCas9コード配列を供給するステップと、
(g)前記哺乳類の接合体に、
(i)ステップ(c)における前記BAC、
(ii)ステップ(d)におけるCRISPR/Cas9ガイドRNAの前記第1の対、
(iii)ステップ(e)におけるCRISPR/Cas9ガイドRNAの前記第2の対、および
(iv)ステップ(f)における前記Cas9タンパク質またはCas9コード配列
を導入するステップと、
(h)前記哺乳類の同じ種の偽妊娠雌を調製するステップと、
(j)前記接合体を、前記偽妊娠雌に移植して、該哺乳類の子孫を生ませるステップ
とを含む、前記方法。 - 前記大きな外因性ゲノムDNAが、約15〜200kbである、請求項23に記載の方法。
- 前記大きな外因性ゲノムDNAが、約20〜100kbである、請求項23に記載の方法。
- 前記大きな外因性ゲノムDNAが、約25kbである、請求項23に記載の方法。
- ステップ(g)が、マイクロインジェクションによって実施される、請求項23に記載の方法。
- 前記哺乳類が、該大きな外因性ゲノムDNAに関して半接合体またはホモ接合体である、請求項23に記載の方法。
- 該哺乳類の子孫の約50%または100%が、該大きな外因性ゲノムDNAを保有する、請求項23に記載の方法。
- 必要に応じて、該大きな外因性ゲノムDNAに関して半接合体またはホモ接合体である該哺乳類の子孫を生成するステップをさらに含む、請求項23に記載の方法。
- 前記BACが、選択マーカーを保有しない、請求項23に記載の方法。
- 前記大きな外因性ゲノムDNAが、前記哺乳類の同じ種の異なる系統に由来する、請求項23に記載の方法。
- 前記大きな外因性ゲノムDNAが、前記哺乳類の異なる種に由来する、請求項23に記載の方法。
- 前記哺乳類が、マウスである、請求項23に記載の方法。
- 前記哺乳類が、ES細胞技術が欠如している種である、請求項23に記載の方法。
- マイクロインジェクションが、約1〜10ng/μLの、前記大きな外因性ゲノムDNAを含有する前記BACを使用して実施される、請求項27に記載の方法。
- マイクロインジェクションが、約2〜8ng/μLの、前記大きな外因性ゲノムDNAを含有する前記BACを使用して実施される、請求項27に記載の方法。
- マイクロインジェクションが、約5ng/μLの、前記大きな外因性ゲノムDNAを含有する前記BACを使用して実施される、請求項27に記載の方法。
- 前記第1および前記第2のCas9切断部位が、独立して、前記近位接合部から約100bp、50bpまたは10bp以内にある、請求項23に記載の方法。
- 前記第3および前記第4のCas9切断部位が、独立して、前記遠位接合部から約100bp、50bpまたは10bp以内にある、請求項23に記載の方法。
- 前記第1のgRNAおよび前記第2のgRNAが、該内因性ゲノムDNAの異なる鎖に結合する、請求項23に記載の方法。
- 前記第3のgRNAおよび前記第4のgRNAが、該内因性ゲノムDNAの異なる鎖に結合する、請求項23に記載の方法。
- 前記第1および前記第2のCas9切断部位が、該近位接合部に最も近い2つの潜在的なCas9切断部位である、請求項23に記載の方法。
- 前記第3および前記第4のCas9切断部位が、該遠位接合部に最も近い2つの潜在的なCas9切断部位である、請求項23に記載の方法。
- ステップ(f)において、前記Cas9タンパク質が、前記第1のgRNA、前記第2のgRNA、前記第3のgRNA、または前記第4のgRNAを含む複合体中で供給される、請求項23に記載の方法。
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WO2019118342A1 (en) * | 2017-12-11 | 2019-06-20 | Pioneer Hi-Bred International, Inc. | Compositions and methods of modifying a plant genome to produce a ms1 or ms5 male-sterile plant |
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US20220220468A1 (en) * | 2019-05-17 | 2022-07-14 | Beth Israel Deaconess Medical Center, Inc. | Compositions and methods for homology directed repair |
JP2022552283A (ja) * | 2019-10-09 | 2022-12-15 | ザ ジャクソン ラボラトリー | 高頻度標的化動物遺伝子導入 |
CN115243711A (zh) * | 2020-01-09 | 2022-10-25 | 先锋国际良种公司 | 两步基因交换 |
MX2022014008A (es) | 2020-05-08 | 2023-02-09 | Broad Inst Inc | Métodos y composiciones para la edición simultánea de ambas cadenas de una secuencia de nucleótidos de doble cadena objetivo. |
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Citations (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO2015077290A2 (en) * | 2013-11-19 | 2015-05-28 | President And Fellows Of Harvard College | Large gene excision and insertion |
WO2015088643A1 (en) * | 2013-12-11 | 2015-06-18 | Regeneron Pharmaceuticals, Inc. | Methods and compositions for the targeted modification of a genome |
Family Cites Families (7)
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---|---|---|---|---|
EP3246403B1 (en) | 2005-10-18 | 2020-08-26 | Precision Biosciences | Rationally designed meganucleases with altered sequence specificity and dna-binding affinity |
DK3241902T3 (en) | 2012-05-25 | 2018-05-07 | Univ California | METHODS AND COMPOSITIONS FOR RNA DIRECTIVE TARGET DNA MODIFICATION AND FOR RNA DIRECTIVE MODULATION OF TRANSCRIPTION |
EP4234696A3 (en) * | 2012-12-12 | 2023-09-06 | The Broad Institute Inc. | Crispr-cas component systems, methods and compositions for sequence manipulation |
TW201542816A (zh) * | 2013-09-18 | 2015-11-16 | Kymab Ltd | 方法、細胞與生物體 |
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KR20230070319A (ko) * | 2014-11-21 | 2023-05-22 | 리제너론 파마슈티칼스 인코포레이티드 | 쌍 형성된 가이드 rna를 사용하는 표적화된 유전자 변형을 위한 방법 및 조성물 |
US9790490B2 (en) * | 2015-06-18 | 2017-10-17 | The Broad Institute Inc. | CRISPR enzymes and systems |
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WO2015088643A1 (en) * | 2013-12-11 | 2015-06-18 | Regeneron Pharmaceuticals, Inc. | Methods and compositions for the targeted modification of a genome |
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