JP2018512656A - 感染管理及び予防 - Google Patents
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Abstract
Description
考慮されている各生物について、ユーザは、該生物の観察された感染の全体的な統計を示す概観ページ(図示されていない)を見ることができる。典型的な概観ページは、タイムライン(以上に議論されたようなもの)、系統発生樹、耐性記録及び共通性プロットを含む。
ユーザは、図5に例が示されている、生物についてのリスト表示を閲覧することもできる。該リスト表示は、分離された生物により感染した患者500、及び、限定するものではないが、健康管理担当者、性別、抗生物質、現在の入院状態等を含む、患者の臨床情報504のリストを提示する。該リスト表示の当該実施例は更に、以上に議論された任意のタイムライン要素300を含む。
種々の実施例はまた、図6に例が示されている、特定の生物に感染した患者の群のツリー表示の表示を可能とする。当該ツリー表示508'は、種々の患者からの分離株のゲノムデータに基づいて構築され、臨床情報も重畳されている。ツリー表示508'はまた、ユーザが各分離株の遺伝的な最近傍を見ることを可能とする。
幾つかの種々の実施例は、各患者の病床に関する病院内における感染の広がりの可視化を可能とするグラフィカルな表示を提示する。当該病棟図の例が図8に示されており、本図における各行800が特定の病室を表し、各列804が特定の病床を表す。
図9乃至11は、臨床環境におけるE.faeciumの検査に適用される実施例を示す。該生物に感染したことが知られている患者から複数のサンプルが分離され、これらサンプルがシーケンシングされる。シーケンシングの後、限定するものではないが、MLST発見、SNP差分、ツリー生成、HAI検出等を含む更なる処理が、各分離株に対して実行される。
Claims (15)
- ゲノムデータ及び臨床データの組み合わせた表示を生成するためのコンピュータ実装される方法であって、前記方法は、
少なくとも1人の患者から分離された少なくとも1つのゲノムを記述するゲノムデータを受信し、
電子患者データを受信し、
前記ゲノムデータを用いて選択された前記電子患者データの少なくともサブセットのグラフィカルな表示を提供する
するよう構成された、コンピュータプロセッサを備えるステップを有する方法。 - 前記グラフィカルな表示は、選択されたときに、感染防止に関連する動作を実装する、ユーザインタフェース要素を有する、請求項1に記載のコンピュータ実装される方法。
- 前記グラフィカルな表示は、共通性のプロットである、請求項1に記載のコンピュータ実装される方法。
- 前記共通性は、感染様式の共通性である、請求項3に記載のコンピュータ実装される方法。
- 前記グラフィカルな表示は、前記ゲノムデータと関連する生物により感染させられた患者のリストであり、前記リストに挙げられた少なくとも1人の患者が前記リストに挙げられた他の患者と少なくとも1つの感染様式共通性を共有し、斯かる患者は前記患者のリストにおいて強調された、請求項1に記載のコンピュータ実装される方法。
- 前記グラフィカルな表示は、前記ゲノムデータと関連する生物により感染させられた患者のツリー表示であり、前記ツリーにおける各ノードが、感染した患者を表し、前記ツリーにおける各リンクが、類似するゲノムを持つ生物の株により感染した患者についての2つのノードを接続する、請求項1に記載のコンピュータ実装される方法。
- 前記グラフィカルな表示は、マトリクス表示であり、各行が、病棟の病室であり、各列が、病室に関連する病床であり、各患者が、該患者が占有する少なくとも1つの病床に関連付けられて表示され、各患者の表示が、当該患者から分離されたゲノムデータにより区別される、請求項1に記載のコンピュータ実装される方法。
- 前記グラフィカルな表示は、類似する分離されたゲノムデータを持つ患者を並べて表示する、請求項1に記載のコンピュータ実装される方法。
- 前記グラフィカルな表示は、前記ゲノムデータに関連する複数の目標生物、及び複数の抗菌剤についての耐性記録である、請求項1に記載のコンピュータ実装される方法。
- 前記グラフィカルな表示は、前記ゲノムデータに関連する生物に感染した患者についての電子患者データのタイムライン表示である、請求項1に記載のコンピュータ実装される方法。
- ゲノムデータ及び臨床データの組み合わせた表示を生成するための方法を実行するためのコンピュータ実行可能な命令を含む持続性のコンピュータ読み取り可能な媒体であって、前記媒体は、
少なくとも1人の患者から分離された少なくとも1つのゲノムを記述するゲノムデータを受信するためのコンピュータ実行可能な命令と、
電子患者データを受信するためのコンピュータ実行可能な命令と、
前記ゲノムデータを用いて選択された前記電子患者データの少なくともサブセットのグラフィカルな表示を提供するためのコンピュータ実行可能な命令と、
を有する媒体。 - 前記グラフィカルな表示は、選択されたときに、感染防止に関連する動作を実装する、ユーザインタフェース要素を有する、請求項11に記載の持続性のコンピュータ読み取り可能な媒体。
- 前記グラフィカルな表示は、共通性のプロットである、請求項11に記載の持続性のコンピュータ読み取り可能な媒体。
- 前記共通性は、感染様式の共通性である、請求項13に記載の持続性のコンピュータ読み取り可能な媒体。
- 前記グラフィカルな表示は、前記ゲノムデータと関連する生物により感染させられた患者のリストであり、リストに挙げられた少なくとも1人の患者がリストに挙げられた他の患者と少なくとも1つの感染様式共通性を共有し、斯かる患者は前記患者のリストにおいて強調される、請求項11に記載の持続性のコンピュータ読み取り可能な媒体。
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