JP2018501228A - Pirin polypeptide and immune modulation - Google Patents
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Abstract
本発明は、対象の障害の治療及び/又は予防に使用するための、ポリペプチドHP、ポリペプチドHPをコードするポリヌクレオチド配列、前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、又は前記ポリヌクレオチド配列を含む発現ベクターを含む宿主細胞であって、前記障害が、炎症性障害及び/又は自己免疫障害であり;前記ポリペプチドが、配列番号2、配列番号4若しくは配列番号6又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有し;かつ前記ポリヌクレオチド配列が、配列番号2、配列番号4若しくは配列番号6又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有するポリペプチドをコードし、及び/又は前記ポリヌクレオチド配列が、配列番号1、配列番号3若しくは配列番号5又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有する;前記ポリペプチドHP前記ポリヌクレオチド配列又は前記宿主細胞に関する。The present invention relates to a polypeptide HP, a polynucleotide sequence encoding the polypeptide HP, a host cell comprising said polynucleotide sequence, or an expression comprising said polynucleotide sequence for use in the treatment and / or prevention of a disorder of interest. A host cell comprising a vector, wherein the disorder is an inflammatory disorder and / or an autoimmune disorder; the polypeptide is SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4 or SEQ ID NO: 6 or variants, homologs, fragments or derivatives thereof A polypeptide wherein the polynucleotide sequence has at least 75% identity with SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4 or SEQ ID NO: 6 or variants, homologues, fragments or derivatives thereof And / or said polynucleotide sequence is SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: Or SEQ ID NO: 5 or a variant thereof, homologs having at least 75% identity with a fragment or derivative thereof; about the polypeptide HP said polynucleotide sequence or said host cell.
Description
本発明は、様々な治療上の及び栄養上の使用のための、ポリペプチドHP、ポリペプチドHPをコードするポリヌクレオチド配列、前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、又は前記ポリヌクレオチド配列を含む発現ベクターを含む宿主細胞に関する。 The present invention relates to a polypeptide HP, a polynucleotide sequence encoding the polypeptide HP, a host cell comprising said polynucleotide sequence, or an expression vector comprising said polynucleotide sequence for various therapeutic and nutritional uses A host cell comprising
バクテロイデス・テタイオタオミクロン(Bacteroides thetaiotaomicron)にはインビトロ及びインビボでの強力な抗炎症効果がある(Kelly D, Campbell JI, King TP, Grant G, Jansson EA, Coutts AG, Pettersson S, Conway S. Commensal anaerobic gut bacteria attenuate inflammation by regulating nuclear-cytoplasmic shuttling of PPAR-gamma and RelA. Nat Immunol. 2004 Jan;5(1):104-12)。バクテロイデス・テタイオタオミクロンは、NF−κBの分子シグナル伝達経路をモジュレートする(Kelly D, Campbell JI, King TP, Grant G, Jansson EA, Coutts AG, Pettersson S, Conway S. Commensal anaerobic gut bacteria attenuate inflammation by regulating nuclear-cytoplasmic shuttling of PPAR-gamma and RelA. Nat Immunol. 2004 Jan;5(1):104-12)。詳細には、バクテロイデス・テタイオタオミクロンは、核内の重要な遺伝子へのNF−κBの活性成分(RelA)の結合を停止させることによって、炎症誘発性経路の活性化を防止する(Kelly D, Campbell JI, King TP, Grant G, Jansson EA, Coutts AG, Pettersson S, Conway S. Commensal anaerobic gut bacteria attenuate inflammation by regulating nuclear-cytoplasmic shuttling of PPAR-gamma and RelA. Nat Immunol. 2004 Jan;5(1):104-12)。 Bacteroides thetaiotaomicron has potent anti-inflammatory effects in vitro and in vivo (Kelly D, Campbell JI, King TP, Grant G, Jansson EA, Coutts AG, Pettersson S, Conway S. Commensal anaerobic) Nat Immunol. 2004 Jan; 5 (1): 104-12). gut bacteria attenuated inflammation by regulating nuclear-cytoplasmic shuttling of PPAR-gamma and RelA. Bacteroides tetaiotaomicron modulates the molecular signaling pathway of NF-κB (Kelly D, Campbell JI, King TP, Grant G, Jansson EA, Coutts AG, Pettersson S, Conway S. Commensal anaerobic gut bacteria attenuate inflammation by regulating nuclear-cytoplasmic shuttling of PPAR-gamma and RelA. Nat Immunol. 2004 Jan; 5 (1): 104-12). Specifically, Bacteroides tetaiotaomicron prevents activation of pro-inflammatory pathways by stopping the binding of the active component of NF-κB (RelA) to key genes in the nucleus (Kelly D, Campbell JI, King TP, Grant G, Jansson EA, Coutts AG, Pettersson S, Conway S. Commensal anaerobic gut bacteria attenuate inflammation by regulating nuclear-cytoplasmic shuttling of PPAR-gamma and RelA. Nat Immunol. 2004 Jan; 5 (1) : 104-12).
B.テタイオタオミクロン(B. thetaiotaomicron)の全ゲノムは、2003年にGordonグループ(ワシントン大学医学部(Washington University School of Medicine)、米国)によって配列が決定され、注釈が付けられた(Xu J, Bjursell MK, Himrod J, Deng S, Carmichael LK, Chiang HC, Hooper LV, Gordon JI. A genomic view of the human-Bacteroides thetaiotaomicron symbiosis. Science. 2003 Mar 28;299(5615):2074-6)。 B. The entire genome of B. thetaiotaomicron was sequenced and annotated in 2003 by the Gordon group (Washington University School of Medicine, USA) (Xu J, Bjursell MK, Himrod J, Deng S, Carmichael LK, Chiang HC, Hooper LV, Gordon JI. A genomic view of the human-Bacteroides thetaiotaomicron symbiosis. Science. 2003 Mar 28; 299 (5615): 2074-6).
驚くべきことに、本発明者らは、バクテロイデス・テタイオタオミクロン(VPI5482)のゲノムから同定された仮想タンパク質(HP,hypothetical protein;遺伝子ID1075517;遺伝子名BT_0187;受託番号AA075294)である、AAO75294.1で寄託されたpirin関連タンパク質が、細胞の炎症を低減させることを見いだした。 Surprisingly, we are a virtual protein (HP, hypothetical protein; gene ID 1075517; gene name BT — 0187; accession number AA075294) identified from the genome of Bacteroides tetaiotaomicron (VPI5482), AAO752944.1. Has been found to reduce the inflammation of the cells.
本発明は、対象の障害の治療及び/又は予防に使用するための、ポリペプチドHP、ポリペプチドHPをコードするポリヌクレオチド配列、前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、又は前記ポリヌクレオチド配列を含む発現ベクターを含む宿主細胞であって、前記障害が、炎症性障害及び/又は自己免疫障害であり、前記ポリペプチドが、配列番号2、配列番号4若しくは配列番号6又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有し、前記ポリヌクレオチド配列が、配列番号2、配列番号4若しくは配列番号6又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有するポリペプチドをコードし、及び/又は前記ポリヌクレオチド配列が、配列番号1、配列番号3若しくは配列番号5又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有する、前記ポリペプチドHP、前記ポリペプチドHPをコードするポリヌクレオチド配列又は前記宿主細胞を提供する。 The present invention relates to a polypeptide HP, a polynucleotide sequence encoding the polypeptide HP, a host cell comprising said polynucleotide sequence, or an expression comprising said polynucleotide sequence for use in the treatment and / or prevention of a disorder of interest. A host cell comprising a vector, wherein the disorder is an inflammatory disorder and / or an autoimmune disorder, and the polypeptide is SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4 or SEQ ID NO: 6 or variants, homologues, fragments or derivatives thereof The polynucleotide sequence encodes a polypeptide having at least 75% identity with SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4 or SEQ ID NO: 6 or variants, homologues, fragments or derivatives thereof And / or the polynucleotide sequence is SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 3 Ku has at least 75% identity SEQ ID NO: 5 or a variant thereof, homologs, and fragments or derivatives thereof, said polypeptide HP, provides polynucleotide sequences or said host cell encoding said polypeptide HP.
別の態様において、本発明は、対象の細胞、組織又は器官の炎症をモジュレート(modulate)するのに使用するための、ポリペプチドHP、ポリペプチドHPをコードするポリヌクレオチド配列、前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、又は前記ポリヌクレオチド配列を含む発現ベクターを含む宿主細胞であって、前記ポリペプチドが、配列番号2、配列番号4若しくは配列番号6又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有し、前記ポリヌクレオチド配列が、配列番号2、配列番号4若しくは配列番号6又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有するポリペプチドをコードし、及び/又は前記ポリヌクレオチド配列が、配列番号1、配列番号3若しくは配列番号5又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有する、前記ポリペプチドHP、前記ポリペプチドHPをコードするポリヌクレオチド配列又は前記宿主細胞を提供する。 In another aspect, the present invention relates to a polypeptide HP, a polynucleotide sequence encoding the polypeptide HP, said polynucleotide sequence for use in modulating inflammation of a cell, tissue or organ of interest. Or a host cell comprising an expression vector comprising said polynucleotide sequence, wherein said polypeptide is at least 75 with SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4 or SEQ ID NO: 6 or variants, homologues, fragments or derivatives thereof. The polynucleotide sequence encodes a polypeptide having at least 75% identity with SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4 or SEQ ID NO: 6 or variants, homologues, fragments or derivatives thereof; and / Or the polynucleotide sequence is SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 3 or SEQ ID NO: 5 or a variant thereof, homologs having at least 75% identity with a fragment or derivative thereof, wherein the polypeptide HP, provides polynucleotide sequences or said host cell encoding said polypeptide HP.
さらなる態様において、本発明は、対象の腸バリア完全性(integrity)を向上させるのに使用するための、ポリペプチドHP、ポリペプチドHPをコードするポリヌクレオチド配列、前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、又は前記ポリヌクレオチド配列を含む発現ベクターを含む宿主細胞であって、前記ポリペプチドが、配列番号2、配列番号4若しくは配列番号6又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有し、前記ポリヌクレオチド配列が、配列番号2、配列番号4若しくは配列番号6又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有するポリペプチドをコードし、及び/又は前記ポリヌクレオチド配列が、配列番号1、配列番号3若しくは配列番号5又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有する、前記ポリペプチドHP、前記ポリヌクレオチド配列又は前記宿主細胞を提供する。 In a further aspect, the invention provides a polypeptide HP, a polynucleotide sequence encoding the polypeptide HP, a host cell comprising said polynucleotide sequence, for use in improving the intestinal barrier integrity of a subject, Or a host cell comprising an expression vector comprising said polynucleotide sequence, wherein said polypeptide has at least 75% identity with SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4 or SEQ ID NO: 6 or variants, homologues, fragments or derivatives thereof. And the polynucleotide sequence encodes a polypeptide having at least 75% identity with SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4 or SEQ ID NO: 6 or variants, homologues, fragments or derivatives thereof, and / or the polynucleotide The sequence is SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 3 or SEQ ID NO: 5 Its variants, homologs having at least 75% identity with a fragment or derivative thereof, wherein the polypeptide HP, providing the polynucleotide sequence or the host cell.
本発明は、別の態様において、より有益な微生物叢をもたらすように組織又は器官内の細菌組成を改変するのに使用するための、ポリペプチドHP、ポリペプチドHPをコードするポリヌクレオチド配列、前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、又は前記ポリヌクレオチド配列を含む発現ベクターを含む宿主細胞を提供する。例えば、本発明は、前記ポリペプチドが、配列番号2、配列番号4若しくは配列番号6又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有し、前記ポリヌクレオチド配列が、配列番号2、配列番号4若しくは配列番号6又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有するポリペプチドをコードし、及び/又は前記ポリヌクレオチド配列が、配列番号1、配列番号3若しくは配列番号5又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有する場合、対象の組織若しくは器官における1つ又は2つ以上の種類の乳糖発酵性細菌(例えば、大腸菌(E. coli))のレベルを低減させるのに、及び/又は対象の組織若しくは器官における1つ若しくは2つ以上の種類の非乳糖発酵性細菌のレベルを低減させるのに有用でありうる。 In another aspect, the present invention provides a polypeptide HP, a polynucleotide sequence encoding the polypeptide HP, for use in modifying a bacterial composition in a tissue or organ to provide a more beneficial microflora, A host cell comprising a polynucleotide sequence or a host cell comprising an expression vector comprising the polynucleotide sequence is provided. For example, the invention provides that the polypeptide has at least 75% identity to SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4 or SEQ ID NO: 6 or variants, homologs, fragments or derivatives thereof, wherein the polynucleotide sequence is SEQ ID NO: 2, which encodes a polypeptide having at least 75% identity with SEQ ID NO: 4 or SEQ ID NO: 6 or variants, homologs, fragments or derivatives thereof, and / or wherein said polynucleotide sequence is SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 3 or One or more types of lactose-fermenting bacteria (eg, E. coli) in the tissue or organ of interest if they have at least 75% identity to SEQ ID NO: 5 or variants, homologs, fragments or derivatives thereof )) And / or one in the tissue or organ of interest. Or it may be useful to reduce the level of two or more types of non-lactose fermenting bacteria.
本発明は、さらなる態様において、対象(例えば、対象はIBDを有する)の大腸及び/又は小腸の長さの維持に使用するための、ポリペプチドHP、ポリペプチドHPをコードするポリヌクレオチド配列、前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、又は前記ポリヌクレオチド配列を含む発現ベクターを含む宿主細胞であって、前記ポリペプチドが、配列番号2、配列番号4若しくは配列番号6又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有し、前記ポリヌクレオチド配列が、配列番号2、配列番号4若しくは配列番号6又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有するポリペプチドをコードし、及び/又は前記ポリヌクレオチド配列が、配列番号1、配列番号3若しくは配列番号5又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有する、前記ポリペプチドHP、前記ポリヌクレオチド配列又は前記宿主細胞を提供する。 In a further aspect, the present invention provides, in a further aspect, a polypeptide HP, a polynucleotide sequence encoding the polypeptide HP, for use in maintaining the length of the large and / or small intestine of a subject (eg, the subject has IBD), A host cell comprising a polynucleotide sequence, or a host cell comprising an expression vector comprising said polynucleotide sequence, wherein said polypeptide is SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4 or SEQ ID NO: 6 or variants, homologues, fragments or derivatives thereof The polynucleotide sequence encodes a polypeptide having at least 75% identity with SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4 or SEQ ID NO: 6 or variants, homologues, fragments or derivatives thereof And / or the polynucleotide sequence is SEQ ID NO: 1, sequence Issue 3 or SEQ ID NO: 5 or a variant thereof, homologs having at least 75% identity with a fragment or derivative thereof, wherein the polypeptide HP, providing the polynucleotide sequence or the host cell.
さらなる態様において、本発明は、対象(例えば、対象はIBDを有する)の腸(例えば、大腸)の乱れ(disruption)を低減させるのに使用するための、ポリペプチドHP、ポリペプチドHPをコードするポリヌクレオチド配列、前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、又は前記ポリヌクレオチド配列を含む発現ベクターを含む宿主細胞であって、前記ポリペプチドが、配列番号2、配列番号4若しくは配列番号6又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有し、前記ポリヌクレオチド配列が、配列番号2、配列番号4若しくは配列番号6又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有するポリペプチドをコードし、及び/又は前記ポリヌクレオチド配列が、配列番号1、配列番号3若しくは配列番号5又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有する、前記ポリペプチドHP、前記ポリヌクレオチド配列又は前記宿主細胞を提供する。 In a further aspect, the present invention encodes polypeptide HP, polypeptide HP for use in reducing disruption of the intestine (eg, large intestine) of a subject (eg, subject has IBD) A polynucleotide sequence, a host cell comprising said polynucleotide sequence, or a host cell comprising an expression vector comprising said polynucleotide sequence, wherein said polypeptide is SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4 or SEQ ID NO: 6 or variants thereof, Having at least 75% identity with a homologue, fragment or derivative, wherein said polynucleotide sequence has at least 75% identity with SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4 or SEQ ID NO: 6 or variants, homologues, fragments or derivatives thereof And / or the polynucleotide sequence is The polypeptide HP, the polynucleotide sequence or the host cell having at least 75% identity with SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 3 or SEQ ID NO: 5 or variants, homologues, fragments or derivatives thereof.
別の態様において、本発明は、対象の1又は複数の細胞における1つ若しくは2つ以上の炎症誘発性遺伝子及び/又は1つ若しくは2つ以上のバリア完全性遺伝子の発現を調節するのに使用するための、ポリペプチドHP、ポリペプチドHPをコードするポリヌクレオチド配列、前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、又は前記ポリヌクレオチド配列を含む発現ベクターを含む宿主細胞であって、前記ポリペプチドが、配列番号2、配列番号4若しくは配列番号6又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有し、前記ポリヌクレオチド配列が、配列番号2、配列番号4若しくは配列番号6又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有するポリペプチドをコードし、及び/又は前記ポリヌクレオチド配列が、配列番号1、配列番号3若しくは配列番号5又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有する、前記ポリペプチドHP、前記ポリヌクレオチド配列又は前記宿主細胞を提供する。 In another aspect, the present invention is used to modulate the expression of one or more pro-inflammatory genes and / or one or more barrier integrity genes in one or more cells of a subject. A polypeptide HP, a polynucleotide sequence encoding the polypeptide HP, a host cell comprising the polynucleotide sequence, or a host cell comprising an expression vector comprising the polynucleotide sequence, wherein the polypeptide comprises the sequence SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4 or SEQ ID NO: 6 or variants thereof, homologs, fragments or derivatives having at least 75% identity, wherein said polynucleotide sequence is SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4 or SEQ ID NO: 6 or variants thereof A polypeptide having at least 75% identity with a homologue, fragment or derivative And / or wherein said polynucleotide sequence has at least 75% identity with SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 3 or SEQ ID NO: 5 or variants, homologues, fragments or derivatives thereof A nucleotide sequence or said host cell is provided.
本発明は、別の態様において、対象(例えば、対象はIBDを有する)の1又は複数の細胞における再生膵島由来3ベータ遺伝子(regenerating islet-derived 3 beta gene;Reg3b)、レジスチン様ガンマレジスチン様ベータ遺伝子(Retnlg|Retnlb)、スクラーゼ−イソマルターゼ(アルファ−グルコシダーゼ)遺伝子(Si)、デフェンシンアルファ24遺伝子(Defa24)、ヒドロキシステロイド11−ベータデヒドロゲナーゼ2遺伝子(Hsd11b2)、ヒドロキシステロイド(17−ベータ)デヒドロゲナーゼ2遺伝子(Hsd17b2)、レジスチン様分子−ベータ(RELMb)及び核内受容体1D1甲状腺ホルモン受容体アルファ遺伝子(Nr1d1|Thra)からなる群から選択される1つ又は2つ以上の遺伝子の発現を調節するのに使用するための、ポリペプチドHP、ポリペプチドHPをコードするポリヌクレオチド配列、前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、又は前記ポリヌクレオチド配列を含む発現ベクターを含む宿主細胞であって、前記ポリペプチドが、配列番号2、配列番号4若しくは配列番号6又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有し、前記ポリヌクレオチド配列が、配列番号2、配列番号4若しくは配列番号6又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有するポリペプチドをコードし、及び/又は前記ポリヌクレオチド配列が、配列番号1、配列番号3若しくは配列番号5又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有する、前記ポリペプチドHP、前記ポリヌクレオチド配列又は前記宿主細胞を提供する。 The present invention, in another aspect, regenerating islet-derived 3 beta gene (Reg3b), resistin-like gamma-resistin-like beta in one or more cells of a subject (eg, subject has IBD) Gene (Retnlg | Retnlb), sucrase-isomaltase (alpha-glucosidase) gene (Si), defensin alpha 24 gene (Defa24), hydroxysteroid 11-beta dehydrogenase 2 gene (Hsd11b2), hydroxysteroid (17-beta) dehydrogenase 2 One or more selected from the group consisting of the gene (Hsd17b2), resistin-like molecule-beta (RELMb) and nuclear receptor 1D1 thyroid hormone receptor alpha gene (Nr1d1 | Thra) A host cell comprising a polypeptide HP, a polynucleotide sequence encoding the polypeptide HP, a host cell comprising said polynucleotide sequence, or an expression vector comprising said polynucleotide sequence for use in regulating the expression of a gene Wherein the polypeptide has at least 75% identity to SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4 or SEQ ID NO: 6 or variants, homologues, fragments or derivatives thereof, wherein the polynucleotide sequence is SEQ ID NO: 2, Encodes a polypeptide having at least 75% identity with SEQ ID NO: 4 or SEQ ID NO: 6 or variants, homologues, fragments or derivatives thereof, and / or wherein said polynucleotide sequence is SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 3 or SEQ ID NO: 5 or its variants, homologues, fragments or derivatives and few Provide said polypeptide HP, said polynucleotide sequence or said host cell having at least 75% identity.
さらなる態様において、本発明は、対象の1又は複数の細胞における炎症誘発性経路の活性化を低減させるのに使用するための、ポリペプチドHP、ポリペプチドHPをコードするポリヌクレオチド配列、前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、又は前記ポリヌクレオチド配列を含む発現ベクターを含む宿主細胞であって、前記ポリペプチドが、配列番号2、配列番号4若しくは配列番号6又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有し、前記ポリヌクレオチド配列が、配列番号2、配列番号4若しくは配列番号6又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有するポリペプチドをコードし、及び/又は前記ポリヌクレオチド配列が、配列番号1、配列番号3若しくは配列番号5又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有する、前記ポリペプチドHP、前記ポリヌクレオチド配列又は前記宿主細胞を提供する。 In a further aspect, the present invention provides a polypeptide HP, a polynucleotide sequence encoding a polypeptide HP, for use in reducing activation of a pro-inflammatory pathway in one or more cells of a subject, said polynucleotide A host cell comprising a sequence, or a host cell comprising an expression vector comprising said polynucleotide sequence, wherein said polypeptide comprises at least SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4 or SEQ ID NO: 6 or variants, homologues, fragments or derivatives thereof Encoding a polypeptide having 75% identity and wherein the polynucleotide sequence is at least 75% identical to SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4 or SEQ ID NO: 6 or variants, homologs, fragments or derivatives thereof; And / or the polynucleotide sequence is SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 3 or SEQ ID NO: 5 or a variant thereof, homologs having at least 75% identity with a fragment or derivative thereof, wherein the polypeptide HP, providing the polynucleotide sequence or the host cell.
本発明は、さらなる態様において、対象の1又は複数の細胞(例えば、上皮細胞、表皮細胞、神経細胞及び/又は膵臓細胞)におけるNF−κβの活性及び/又は発現を低減させるのに使用するための、ポリペプチドHP、ポリペプチドHPをコードするポリヌクレオチド配列、前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、又は前記ポリヌクレオチド配列を含む発現ベクターを含む宿主細胞であって、前記ポリペプチドが、配列番号2、配列番号4若しくは配列番号6又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有し、前記ポリヌクレオチド配列が、配列番号2、配列番号4若しくは配列番号6又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有するポリペプチドをコードし、及び/又は前記ポリヌクレオチド配列が、配列番号1、配列番号3若しくは配列番号5又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有する、前記ポリペプチドHP、前記ポリヌクレオチド配列又は前記宿主細胞を提供する。 The invention in a further aspect, for use in reducing the activity and / or expression of NF-κβ in one or more cells (eg, epithelial cells, epidermal cells, neural cells and / or pancreatic cells) of a subject. A polypeptide cell, a polynucleotide sequence encoding the polypeptide HP, a host cell comprising the polynucleotide sequence, or a host cell comprising an expression vector comprising the polynucleotide sequence, wherein the polypeptide is SEQ ID NO: 2. SEQ ID NO: 4 or SEQ ID NO: 6 or variants, homologues, fragments or derivatives thereof having at least 75% identity, wherein said polynucleotide sequence is SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4 or SEQ ID NO: 6 or variants, homologues thereof A polypeptide having at least 75% identity with the fragment or derivative. And / or wherein said polynucleotide sequence has at least 75% identity with SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 3 or SEQ ID NO: 5 or variants, homologues, fragments or derivatives thereof A nucleotide sequence or said host cell is provided.
本発明は、別の態様において、対象の消化管の健康を向上させるのに使用するための、ポリペプチドHP、ポリペプチドHPをコードするポリヌクレオチド配列、前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、又は前記ポリヌクレオチド配列を含む発現ベクターを含む宿主細胞であって、前記ポリペプチドが、配列番号2、配列番号4若しくは配列番号6又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有し、前記ポリヌクレオチド配列が、配列番号2、配列番号4若しくは配列番号6又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有するポリペプチドをコードし、及び/又は前記ポリヌクレオチド配列が、配列番号1、配列番号3若しくは配列番号5又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有する、前記ポリペプチドHP、前記ポリヌクレオチド配列又は前記宿主細胞を提供する。 In another aspect, the present invention provides a polypeptide HP, a polynucleotide sequence encoding the polypeptide HP, a host cell comprising the polynucleotide sequence, or a host cell for use in improving the health of a subject's gastrointestinal tract, A host cell comprising an expression vector comprising a polynucleotide sequence, wherein said polypeptide has at least 75% identity with SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4 or SEQ ID NO: 6 or variants, homologues, fragments or derivatives thereof The polynucleotide sequence encodes a polypeptide having at least 75% identity with SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4 or SEQ ID NO: 6 or variants, homologues, fragments or derivatives thereof, and / or the polynucleotide sequence SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 3 or SEQ ID NO: 5 or varian thereof , Homologs having at least 75% identity with a fragment or derivative thereof, wherein the polypeptide HP, providing the polynucleotide sequence or the host cell.
本発明は、さらなる態様において、ポリペプチドHP、ポリペプチドHPをコードするポリヌクレオチド配列、前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、又は前記ポリヌクレオチド配列を含む発現ベクターを含む宿主細胞と、薬学的に許容される賦形剤、担体又は希釈剤とを含む、医薬組成物であって、前記ポリペプチドが、配列番号2、配列番号4若しくは配列番号6又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有し、前記ポリヌクレオチド配列が、配列番号2、配列番号4若しくは配列番号6又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有するポリペプチドをコードし、及び/又は前記ポリヌクレオチド配列が、配列番号1、配列番号3若しくは配列番号5又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有する、前記医薬組成物を提供する。 In a further aspect, the present invention relates to a polypeptide HP, a polynucleotide sequence encoding the polypeptide HP, a host cell comprising the polynucleotide sequence, or a host cell comprising an expression vector comprising the polynucleotide sequence, and a pharmaceutically acceptable Wherein the polypeptide comprises at least 75% of SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4 or SEQ ID NO: 6 or variants, homologues, fragments or derivatives thereof. And the polynucleotide sequence encodes a polypeptide having at least 75% identity with SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4 or SEQ ID NO: 6 or variants, homologues, fragments or derivatives thereof, and / or Or the polynucleotide sequence is SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 3 or SEQ ID NO: Or a variant thereof, homologs having at least 75% identity with a fragment or derivative, to provide the pharmaceutical composition.
さらなる態様において、本発明は、ポリペプチドHP、ポリペプチドHPをコードするポリヌクレオチド配列、前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、又は前記ポリヌクレオチド配列を含む発現ベクターを含む宿主細胞と、栄養的に許容される賦形剤、担体又は希釈剤とを含む、栄養補給剤であって、前記ポリペプチドが、配列番号2、配列番号4若しくは配列番号6又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有し、前記ポリヌクレオチド配列が、配列番号2、配列番号4若しくは配列番号6又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有するポリペプチドをコードし、及び/又は前記ポリヌクレオチド配列が、配列番号1、配列番号3若しくは配列番号5又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有する、前記栄養補給剤を提供する。 In a further aspect, the present invention relates to a polypeptide HP, a polynucleotide sequence encoding the polypeptide HP, a host cell comprising said polynucleotide sequence, or a host cell comprising an expression vector comprising said polynucleotide sequence, and nutritionally permissive Wherein the polypeptide comprises at least 75% of SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4 or SEQ ID NO: 6 or variants, homologues, fragments or derivatives thereof. And the polynucleotide sequence encodes a polypeptide having at least 75% identity with SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4 or SEQ ID NO: 6 or variants, homologues, fragments or derivatives thereof, and / or Or the polynucleotide sequence is SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 3 or SEQ ID NO: Or a variant thereof, homologs having at least 75% identity with a fragment or derivative, to provide the nutritional supplement.
別の態様において、本発明は、ポリペプチドHP、ポリペプチドHPをコードするポリヌクレオチド配列、前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、又は前記ポリヌクレオチド配列を含む発現ベクターを含む宿主細胞を含む、家畜飼料、食品、栄養補助食品又は食品添加物であって、前記ポリペプチドが、配列番号2、配列番号4若しくは配列番号6又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有し、前記ポリヌクレオチド配列が、配列番号2、配列番号4若しくは配列番号6又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有するポリペプチドをコードし、及び/又は前記ポリヌクレオチド配列が、配列番号1、配列番号3若しくは配列番号5又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有する、前記家畜飼料、前記食品、前記栄養補助食品又は前記食品添加物を提供する。 In another aspect, the invention provides a livestock feed comprising a polypeptide HP, a polynucleotide sequence encoding the polypeptide HP, a host cell comprising the polynucleotide sequence, or a host cell comprising an expression vector comprising the polynucleotide sequence. A food, a dietary supplement or a food additive, wherein the polypeptide has at least 75% identity to SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4 or SEQ ID NO: 6 or variants, homologues, fragments or derivatives thereof; The polynucleotide sequence encodes a polypeptide having at least 75% identity with SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4 or SEQ ID NO: 6 or variants, homologues, fragments or derivatives thereof, and / or the polynucleotide sequence comprises: SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 3 or SEQ ID NO: 5 or a varian thereof , Homologs having at least 75% identity with a fragment or derivative thereof, wherein the animal feed, the food product, provides the nutraceutical or the food additive.
本発明は、さらなる態様において、本発明による医薬組成物を製造する方法であって、ポリペプチドHP、ポリペプチドHPをコードするポリヌクレオチド配列、前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、又は前記ポリヌクレオチド配列を含む発現ベクターを含む宿主細胞を、薬学的に許容される賦形剤、担体又は希釈剤と混合するステップを含み、前記ポリペプチド、ポリヌクレオチド配列又は宿主細胞が前記方法でカプセル化されていてもよく、前記ポリペプチドが、配列番号2、配列番号4若しくは配列番号6又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有し、前記ポリヌクレオチド配列が、配列番号2、配列番号4若しくは配列番号6又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有するポリペプチドをコードし、及び/又は前記ポリヌクレオチド配列が、配列番号1、配列番号3若しくは配列番号5又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有する、前記方法を提供する。 The invention, in a further aspect, is a method for producing a pharmaceutical composition according to the invention, comprising a polypeptide HP, a polynucleotide sequence encoding a polypeptide HP, a host cell comprising said polynucleotide sequence, or said polynucleotide sequence Mixing a host cell containing an expression vector comprising a pharmaceutically acceptable excipient, carrier or diluent, wherein the polypeptide, polynucleotide sequence or host cell is encapsulated in the method. The polypeptide has at least 75% identity with SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4 or SEQ ID NO: 6 or variants, homologues, fragments or derivatives thereof, and the polynucleotide sequence is SEQ ID NO: 2, No. 4 or SEQ ID No. 6 or variants, homologues, fragments or derivatives thereof Encodes a polypeptide having at least 75% identity and / or the polynucleotide sequence is at least 75% identical to SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 3 or SEQ ID NO: 5 or variants, homologues, fragments or derivatives thereof There is provided a method as described above.
さらなる態様において、本発明は、本発明による栄養補給剤を製造する方法であって、ポリペプチドHP、ポリペプチドHPをコードするポリヌクレオチド配列、前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、又は前記ポリヌクレオチド配列を含む発現ベクターを含む宿主細胞を、栄養的に許容される賦形剤、担体又は希釈剤と混合するステップを含み、前記ポリペプチド又はポリヌクレオチドが前記方法でカプセル化されていてもよく、前記ポリペプチドが、配列番号2、配列番号4若しくは配列番号6又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有し、前記ポリヌクレオチド配列が、配列番号2、配列番号4若しくは配列番号6又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有するポリペプチドをコードし、及び/又は前記ポリヌクレオチド配列が、配列番号1、配列番号3若しくは配列番号5又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有する、前記方法を提供する。 In a further aspect, the present invention provides a method for producing a nutritional supplement according to the present invention, comprising a polypeptide HP, a polynucleotide sequence encoding the polypeptide HP, a host cell comprising said polynucleotide sequence, or said polynucleotide sequence. Mixing a host cell containing an expression vector comprising a nutritionally acceptable excipient, carrier or diluent, wherein the polypeptide or polynucleotide may be encapsulated by the method, The polypeptide has at least 75% identity to SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4 or SEQ ID NO: 6 or variants, homologues, fragments or derivatives thereof, wherein said polynucleotide sequence is SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4 or sequence Number 6 or a variant, homolog, fragment or derivative thereof and at least 75 And / or the polynucleotide sequence has at least 75% identity with SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 3 or SEQ ID NO: 5 or variants, homologues, fragments or derivatives thereof, The method is provided.
別の態様において、本発明は、本発明による家畜飼料、食品、栄養補助食品又は食品添加物を製造する方法であって、ポリペプチドHP、ポリペプチドHPをコードするポリヌクレオチド配列、前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、又は前記ポリヌクレオチド配列を含む発現ベクターを含む宿主細胞を、家畜飼料、食品、栄養補助食品、食品添加物又はそれらの原料と混合するステップを含み、前記ポリペプチド又はポリヌクレオチドが前記方法でカプセル化されていてもよく、前記ポリペプチドが、配列番号2、配列番号4若しくは配列番号6又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有し、前記ポリヌクレオチド配列が、配列番号2、配列番号4若しくは配列番号6又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有するポリペプチドをコードし、及び/又は前記ポリヌクレオチド配列が、配列番号1、配列番号3若しくは配列番号5又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有する、前記方法を提供する。 In another aspect, the present invention provides a method for producing livestock feed, food, dietary supplement or food additive according to the present invention, comprising polypeptide HP, polynucleotide sequence encoding polypeptide HP, said polynucleotide sequence Or a host cell containing an expression vector containing the polynucleotide sequence is mixed with livestock feed, food, nutritional supplements, food additives or their ingredients, wherein the polypeptide or polynucleotide comprises Optionally encapsulated by said method, wherein said polypeptide has at least 75% identity with SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4 or SEQ ID NO: 6 or variants, homologues, fragments or derivatives thereof, The sequence is SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4 or SEQ ID NO: 6 or variants thereof; Which encodes a polypeptide having at least 75% identity with a molog, fragment or derivative, and / or wherein said polynucleotide sequence is SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 3 or SEQ ID NO: 5 or variants, homologues, fragments or derivatives thereof The method is provided having at least 75% identity.
本発明は、別の態様において、対象の障害を治療及び/又は予防する方法であって、ポリペプチドHP、ポリペプチドHPをコードするポリヌクレオチド配列、前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、又は前記ポリヌクレオチド配列を含む発現ベクターを含む宿主細胞を前記対象に投与するステップを含み、前記ポリペプチド又はポリヌクレオチド配列又は宿主細胞が前記対象の障害を治療及び/又は予防し、前記障害が、炎症性障害及び/又は自己免疫障害であり、前記ポリペプチドが、配列番号2、配列番号4若しくは配列番号6又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有し、前記ポリヌクレオチド配列が、配列番号2、配列番号4若しくは配列番号6又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有するポリペプチドをコードし、及び/又は前記ポリヌクレオチド配列が、配列番号1、配列番号3若しくは配列番号5又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有する、前記方法を提供する。 In another aspect, the present invention provides a method for treating and / or preventing a disorder in a subject, comprising a polypeptide HP, a polynucleotide sequence encoding the polypeptide HP, a host cell comprising the polynucleotide sequence, or the poly Administering to said subject a host cell comprising an expression vector comprising a nucleotide sequence, said polypeptide or polynucleotide sequence or host cell treating and / or preventing said subject's disorder, said disorder being an inflammatory disorder And / or an autoimmune disorder, wherein the polypeptide has at least 75% identity to SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4 or SEQ ID NO: 6 or variants, homologs, fragments or derivatives thereof, wherein the polynucleotide sequence is SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4 or SEQ ID NO: 6 or variants thereof, homologs, Or encoding a polypeptide having at least 75% identity with a derivative, and / or wherein said polynucleotide sequence is at least 75% with SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 3 or SEQ ID NO: 5 or variants, homologues, fragments or derivatives thereof The method is provided having the same identity.
本発明は、さらなる態様において、対象の組織又は器官の炎症をモジュレートする方法であって、ポリペプチドHP、ポリペプチドHPをコードするポリヌクレオチド配列、前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、又は前記ポリヌクレオチド配列を含む発現ベクターを含む宿主細胞を前記対象に投与するステップを含み、前記ポリペプチド、ポリヌクレオチド配列又は宿主細胞が前記対象の組織又は器官の炎症をモジュレートし、前記ポリペプチドが、配列番号2、配列番号4若しくは配列番号6又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有し、前記ポリヌクレオチド配列が、配列番号2、配列番号4若しくは配列番号6又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有するポリペプチドをコードし、及び/又は前記ポリヌクレオチド配列が、配列番号1、配列番号3若しくは配列番号5又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有する、前記方法を提供する。 The present invention, in a further aspect, is a method for modulating inflammation of a tissue or organ of interest comprising the polypeptide HP, a polynucleotide sequence encoding the polypeptide HP, a host cell comprising said polynucleotide sequence, or said poly Administering to said subject a host cell comprising an expression vector comprising a nucleotide sequence, wherein said polypeptide, polynucleotide sequence or host cell modulates inflammation of said tissue or organ of said subject, said polypeptide comprising a sequence SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4 or SEQ ID NO: 6 or variants thereof, homologs, fragments or derivatives having at least 75% identity, wherein said polynucleotide sequence is SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4 or SEQ ID NO: 6 or variants thereof , Homologues, fragments or derivatives and at least 75% Encoding polypeptides having identity and / or wherein said polynucleotide sequence has at least 75% identity with SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 3 or SEQ ID NO: 5 or variants, homologues, fragments or derivatives thereof, Provide a method.
別の態様において、本発明は、対象の腸バリア完全性を向上させる方法であって、ポリペプチドHP、ポリペプチドHPをコードするポリヌクレオチド配列、前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、又は前記ポリヌクレオチド配列を含む発現ベクターを含む宿主細胞を前記対象に投与するステップを含み、前記ポリペプチド又はポリヌクレオチド配列又は宿主細胞が前記対象の腸バリア完全性を向上させ、前記ポリペプチドが、配列番号2、配列番号4若しくは配列番号6又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有し、前記ポリヌクレオチド配列が、配列番号2、配列番号4若しくは配列番号6又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有するポリペプチドをコードし、及び/又は前記ポリヌクレオチド配列が、配列番号1、配列番号3若しくは配列番号5又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有する、前記方法を提供する。 In another aspect, the present invention provides a method for improving intestinal barrier integrity of a subject, comprising a polypeptide HP, a polynucleotide sequence encoding the polypeptide HP, a host cell comprising said polynucleotide sequence, or said polynucleotide Administering to said subject a host cell comprising an expression vector comprising a sequence, wherein said polypeptide or polynucleotide sequence or host cell improves intestinal barrier integrity of said subject, said polypeptide comprising SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4 or SEQ ID NO: 6 or variants, homologs, fragments or derivatives thereof having at least 75% identity, wherein said polynucleotide sequence is SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4 or SEQ ID NO: 6 or variants, homologs thereof, Polype having at least 75% identity with the fragment or derivative Encoding the plastid, and / or the polynucleotide sequence, SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 3 or SEQ ID NO: 5 or a variant thereof, having homologue, fragment or derivative thereof with at least 75% identity, to provide the method.
本発明は、別の態様において、対象の組織若しくは器官における1つ若しくは2つ以上の種類の乳糖発酵性細菌(例えば、大腸菌)のレベルを低減させる及び/又は対象の組織若しくは器官における1つ若しくは2つ以上の種類の非乳糖発酵性細菌のレベルを低減させる方法であって、ポリペプチドHP、ポリペプチドHPをコードするポリヌクレオチド配列、前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、又は前記ポリヌクレオチド配列を含む発現ベクターを含む宿主細胞を前記対象に投与するステップを含み、前記ポリペプチド、ポリヌクレオチド配列又は宿主細胞が、前記対象の組織若しくは器官における1つ若しくは2つ以上の種類の乳糖発酵性細菌(例えば、大腸菌)のレベルを低減させ、及び/又は前記対象の組織若しくは器官における1つ若しくは2つ以上の種類の非乳糖発酵性細菌のレベルを低減させ、前記ポリペプチドが、配列番号2、配列番号4若しくは配列番号6又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有し、前記ポリヌクレオチド配列が、配列番号2、配列番号4若しくは配列番号6又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有するポリペプチドをコードし、及び/又は前記ポリヌクレオチド配列が、配列番号1、配列番号3若しくは配列番号5又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有する、前記方法を提供する。 The present invention, in another aspect, reduces the level of one or more types of lactose fermenting bacteria (eg, E. coli) in a subject tissue or organ and / or one or more in a subject tissue or organ. A method for reducing the level of two or more types of non-lactose fermenting bacteria comprising: polypeptide HP, polynucleotide sequence encoding polypeptide HP, host cell comprising said polynucleotide sequence, or said polynucleotide sequence Administering to said subject a host cell comprising said expression vector, wherein said polypeptide, polynucleotide sequence or host cell is one or more types of lactose-fermenting bacteria in said tissue or organ of interest ( For example, the level of E. coli) and / or the subject tissue or organ Reducing the level of one or more types of non-lactose fermenting bacteria in which the polypeptide is at least 75% of SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4 or SEQ ID NO: 6 or variants, homologues, fragments or derivatives thereof And the polynucleotide sequence encodes a polypeptide having at least 75% identity with SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4 or SEQ ID NO: 6 or variants, homologues, fragments or derivatives thereof, and / or Or providing said method wherein said polynucleotide sequence has at least 75% identity to SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 3 or SEQ ID NO: 5 or variants, homologues, fragments or derivatives thereof.
本発明は、さらなる態様において、対象の大腸及び/又は小腸の長さを維持する方法であって、ポリペプチドHP、ポリペプチドHPをコードするポリヌクレオチド配列、前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、又は前記ポリヌクレオチド配列を含む発現ベクターを含む宿主細胞を前記対象(例えば、対象はIBDを有する)に投与するステップを含み、前記ポリペプチド、ポリヌクレオチド配列又は宿主細胞が前記対象の大腸及び/又は小腸の長さを維持し、前記ポリペプチドが、配列番号2、配列番号4若しくは配列番号6又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有し、前記ポリヌクレオチド配列が、配列番号2、配列番号4若しくは配列番号6又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有するポリペプチドをコードし、及び/又は前記ポリヌクレオチド配列が、配列番号1、配列番号3若しくは配列番号5又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有する、前記方法を提供する。 The present invention, in a further aspect, is a method for maintaining the length of the large and / or small intestine of a subject, comprising a polypeptide HP, a polynucleotide sequence encoding the polypeptide HP, a host cell comprising said polynucleotide sequence, or Administering to said subject (eg, the subject has IBD) a host cell comprising an expression vector comprising said polynucleotide sequence, wherein said polypeptide, polynucleotide sequence or host cell comprises said subject's large intestine and / or small intestine. The polypeptide has at least 75% identity to SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4 or SEQ ID NO: 6 or variants, homologues, fragments or derivatives thereof, wherein the polynucleotide sequence has the sequence SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 4 or SEQ ID NO: 6, or variants, homologues, fragments Encodes a polypeptide having at least 75% identity with the derivative, and / or the polynucleotide sequence is at least 75% with SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 3 or SEQ ID NO: 5 or variants, homologues, fragments or derivatives thereof The method is provided having the same identity.
さらなる態様において、本発明は、対象の腸(例えば、大腸)の乱れを低減させる方法であって、ポリペプチドHP、ポリペプチドHPをコードするポリヌクレオチド配列、前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、又は前記ポリヌクレオチド配列を含む発現ベクターを含む宿主細胞を前記対象(例えば、対象はIBDを有する)に投与するステップを含み、前記ポリペプチド、ポリヌクレオチド配列又は宿主細胞が前記対象の腸(例えば、大腸)の乱れを低減させ、前記ポリペプチドが、配列番号2、配列番号4若しくは配列番号6又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有し、前記ポリヌクレオチド配列が、配列番号2、配列番号4若しくは配列番号6又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有するポリペプチドをコードし、及び/又は前記ポリヌクレオチド配列が、配列番号1、配列番号3若しくは配列番号5又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有する、前記方法を提供する。 In a further aspect, the present invention provides a method for reducing disturbances in the intestine (eg, large intestine) of a subject, the polypeptide HP, a polynucleotide sequence encoding the polypeptide HP, a host cell comprising the polynucleotide sequence, or Administering to the subject (eg, the subject has IBD) a host cell comprising an expression vector comprising said polynucleotide sequence, wherein said polypeptide, polynucleotide sequence or host cell is intestinal (eg, large intestine) of said subject. The polypeptide has at least 75% identity with SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4 or SEQ ID NO: 6 or variants, homologs, fragments or derivatives thereof, wherein the polynucleotide sequence has the sequence No. 2, SEQ ID No. 4 or SEQ ID No. 6 or variants, homologues, fragments thereof Or a polypeptide having at least 75% identity with a derivative and / or wherein said polynucleotide sequence is at least 75 with SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 3 or SEQ ID NO: 5 or variants, homologues, fragments or derivatives thereof. The method is provided having% identity.
本発明は、別の態様において、対象の1又は複数の細胞における1つ又は2つ以上の炎症誘発性又は抗炎症性遺伝子の発現を調節する方法であって、ポリペプチドHP、ポリペプチドHPをコードするポリヌクレオチド配列、前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、又は前記ポリヌクレオチド配列を含む発現ベクターを含む宿主細胞を前記対象に投与するステップを含み、前記ポリペプチド、ポリヌクレオチド配列又は宿主細胞が、前記対象の1又は複数の細胞における1つ又は2つ以上の炎症誘発性遺伝子及び/又は抗炎症性遺伝子の発現を調節し、前記ポリペプチドが、配列番号2、配列番号4若しくは配列番号6又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有し、前記ポリヌクレオチド配列が、配列番号2、配列番号4若しくは配列番号6又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有するポリペプチドをコードし、及び/又は前記ポリヌクレオチド配列が、配列番号1、配列番号3若しくは配列番号5又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有する、前記方法を提供する。 In another aspect, the present invention provides a method for modulating the expression of one or more pro-inflammatory or anti-inflammatory genes in one or more cells of a subject, comprising the steps of polypeptide HP, polypeptide HP Administering to said subject a coding polynucleotide sequence, a host cell comprising said polynucleotide sequence, or a host cell comprising an expression vector comprising said polynucleotide sequence, wherein said polypeptide, polynucleotide sequence or host cell comprises: Modulates the expression of one or more pro- and / or anti-inflammatory genes in one or more cells of the subject, wherein the polypeptide comprises SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4 or SEQ ID NO: 6 or The polynucleotide sequence having at least 75% identity with the variant, homologue, fragment or derivative thereof, Encodes a polypeptide having at least 75% identity with SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4 or SEQ ID NO: 6 or variants, homologues, fragments or derivatives thereof, and / or wherein said polynucleotide sequence is SEQ ID NO: 1, sequence Said method is provided having at least 75% identity with No. 3 or SEQ ID No. 5 or variants, homologues, fragments or derivatives thereof.
別の態様において、本発明は、対象の1又は複数の細胞における1つ又は2つ以上の遺伝子の発現を調節する方法であって、ポリペプチドHP、若しくはポリペプチドHPをコードするポリヌクレオチド配列を前記対象に投与する、又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、若しくは前記ポリヌクレオチド配列を含む発現ベクターを含む宿主細胞を前記対象に投与するステップを含み、前記ポリペプチド、ポリヌクレオチド配列又は宿主細胞が、前記対象の1又は複数の細胞における1つ又は2つ以上の遺伝子の発現を調節し、前記1つ又は2つ以上の遺伝子が、再生膵島由来3ベータ遺伝子(Reg3b)、レジスチン様ガンマレジスチン様ベータ遺伝子(Retnlg|Retnlb)、スクラーゼ−イソマルターゼ(アルファ−グルコシダーゼ)遺伝子(Si)、デフェンシンアルファ24遺伝子(Defa24)、ヒドロキシステロイド11−ベータデヒドロゲナーゼ2遺伝子(Hsd11b2)、ヒドロキシステロイド(17−ベータ)デヒドロゲナーゼ2遺伝子(Hsd17b2)、レジスチン様分子−ベータ(RELMb)及び核内受容体1D1甲状腺ホルモン受容体アルファ遺伝子(Nr1d1|Thra)からなる群から選択され、(例えば、対象はIBDを有する)、前記ポリペプチドが、配列番号2、配列番号4若しくは配列番号6又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有し、前記ポリヌクレオチド配列が、配列番号2、配列番号4若しくは配列番号6又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有するポリペプチドをコードし、及び/又は前記ポリヌクレオチド配列が、配列番号1、配列番号3若しくは配列番号5又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有する、前記方法を提供する。 In another aspect, the invention provides a method of modulating the expression of one or more genes in one or more cells of a subject, comprising the polypeptide HP, or a polynucleotide sequence encoding the polypeptide HP. Administering to said subject a host cell that is administered to said subject or comprising a host cell comprising said polynucleotide sequence or comprising an expression vector comprising said polynucleotide sequence, wherein said polypeptide, polynucleotide sequence or host cell comprises Regulates the expression of one or more genes in one or more cells of the subject, wherein the one or more genes are regenerated islet-derived 3beta gene (Reg3b), resistin-like gamma-resistin-like Beta gene (Retnlg | Retnlb), sucrase-isomaltase (alpha- (Lucosidase) gene (Si), defensin alpha 24 gene (Defa24), hydroxysteroid 11-beta dehydrogenase 2 gene (Hsd11b2), hydroxysteroid (17-beta) dehydrogenase 2 gene (Hsd17b2), resistin-like molecule-beta (RELMb) and A nuclear receptor 1D1 thyroid hormone receptor alpha gene (Nr1d1 | Thra) selected from the group (eg, the subject has IBD) and the polypeptide is SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4 or SEQ ID NO: 6 or Having at least 75% identity with its variant, homologue, fragment or derivative, wherein said polynucleotide sequence is SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4 or SEQ ID NO: 6 or variant, homologue, fragment or derivative thereof And / or the polynucleotide sequence is at least 75% identical to SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 3 or SEQ ID NO: 5 or variants, homologues, fragments or derivatives thereof There is provided a method as described above.
本発明は、さらなる態様において、対象の1又は複数の細胞における炎症誘発性経路の活性化を低減させる方法であって、ポリペプチドHP、ポリペプチドHPをコードするポリヌクレオチド配列、前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、又は前記ポリヌクレオチド配列を含む発現ベクターを含む宿主細胞を前記対象に投与するステップを含み、前記ポリペプチド、ポリヌクレオチド配列又は宿主細胞が、前記対象の1又は複数の細胞における炎症誘発性経路の活性化を低減させ、前記ポリペプチドが、配列番号2、配列番号4若しくは配列番号6又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有し、前記ポリヌクレオチド配列が、配列番号2、配列番号4若しくは配列番号6又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有するポリペプチドをコードし、及び/又は前記ポリヌクレオチド配列が、配列番号1、配列番号3若しくは配列番号5又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有する、前記方法を提供する。 In a further aspect, the present invention provides a method for reducing activation of a pro-inflammatory pathway in one or more cells of a subject, comprising polypeptide HP, a polynucleotide sequence encoding polypeptide HP, said polynucleotide sequence Administering to the subject a host cell comprising or a host cell comprising an expression vector comprising the polynucleotide sequence, wherein the polypeptide, polynucleotide sequence or host cell induces inflammation in one or more cells of the subject Reducing the activation of the sexual pathway, wherein the polypeptide has at least 75% identity to SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4 or SEQ ID NO: 6 or variants, homologues, fragments or derivatives thereof, wherein the polynucleotide sequence SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4 or SEQ ID NO: 6 or variants thereof, Which encodes a polypeptide having at least 75% identity with a molog, fragment or derivative, and / or wherein said polynucleotide sequence is SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 3 or SEQ ID NO: 5 or variants, homologues, fragments or derivatives thereof The method is provided having at least 75% identity.
さらなる態様において、本発明は、対象の1又は複数の細胞(例えば、上皮細胞、表皮細胞、神経細胞及び/又は膵臓細胞)におけるNF−κβの活性及び/又は発現を低減させる方法であって、ポリペプチドHP、ポリペプチドHPをコードするポリヌクレオチド配列、前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、又は前記ポリヌクレオチド配列を含む発現ベクターを含む宿主細胞を前記対象に投与するステップを含み、前記ポリペプチド、ポリヌクレオチド又は宿主細胞が、前記対象の1又は複数の細胞(例えば、上皮細胞、表皮細胞、神経細胞及び/又は膵臓細胞)におけるNF−κβの活性及び/又は発現を低減させ、前記ポリペプチドが、配列番号2、配列番号4若しくは配列番号6又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有し、前記ポリヌクレオチド配列が、配列番号2、配列番号4若しくは配列番号6又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有するポリペプチドをコードし、及び/又は前記ポリヌクレオチド配列が、配列番号1、配列番号3若しくは配列番号5又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有する、前記方法を提供する。 In a further aspect, the present invention is a method of reducing the activity and / or expression of NF-κβ in one or more cells (eg, epithelial cells, epidermal cells, neural cells and / or pancreatic cells) of a subject, Administering to said subject a polypeptide HP, a polynucleotide sequence encoding the polypeptide HP, a host cell comprising said polynucleotide sequence, or a host cell comprising an expression vector comprising said polynucleotide sequence, A polynucleotide or host cell that reduces the activity and / or expression of NF-κβ in one or more cells of the subject (eg, epithelial cells, epidermal cells, neuronal cells and / or pancreatic cells); SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4 or SEQ ID NO: 6 or variants, homologues, fragments or inducers thereof A polypeptide having at least 75% identity to the body and wherein the polynucleotide sequence is at least 75% identical to SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4 or SEQ ID NO: 6 or variants, homologues, fragments or derivatives thereof The method is provided wherein it encodes and / or the polynucleotide sequence has at least 75% identity with SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 3 or SEQ ID NO: 5 or variants, homologues, fragments or derivatives thereof.
別の態様において、本発明は、対象の消化管の健康を向上させる方法であって、ポリペプチドHP、ポリペプチドHPをコードするポリヌクレオチド配列、前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、又は前記ポリヌクレオチド配列を含む発現ベクターを含む宿主細胞を前記対象に投与するステップを含み、前記ポリペプチド、ポリヌクレオチド配列又は宿主細胞が前記対象の消化管の健康を向上させ、前記ポリペプチドが、配列番号2、配列番号4若しくは配列番号6又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有し、前記ポリヌクレオチド配列が、配列番号2、配列番号4若しくは配列番号6又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有するポリペプチドをコードし、及び/又は前記ポリヌクレオチド配列が、配列番号1、配列番号3若しくは配列番号5又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有する、前記方法を提供する。 In another aspect, the present invention provides a method for improving the health of a subject's gastrointestinal tract, comprising polypeptide HP, a polynucleotide sequence encoding polypeptide HP, a host cell comprising said polynucleotide sequence, or said polynucleotide Administering to said subject a host cell comprising an expression vector comprising a sequence, wherein said polypeptide, polynucleotide sequence or host cell improves the gastrointestinal tract health of said subject, said polypeptide comprising SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4 or SEQ ID NO: 6 or variants, homologs, fragments or derivatives thereof having at least 75% identity, wherein said polynucleotide sequence is SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4 or SEQ ID NO: 6 or variants, homologs thereof, A polypeptide having at least 75% identity with a fragment or derivative Encoding, and / or the polynucleotide sequence, SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 3 or SEQ ID NO: 5 or a variant thereof, homologs having at least 75% identity with a fragment or derivative, to provide the method.
本発明は、さらなる態様において、対象の障害の治療及び/又は予防用の薬物を製造するための、ポリペプチドHP、ポリペプチドHPをコードするポリヌクレオチド配列、前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、又は前記ポリヌクレオチド配列を含む発現ベクターを含む宿主細胞の使用であって、前記障害が、炎症性障害及び/又は自己免疫障害であり、前記ポリペプチドが、配列番号2、配列番号4若しくは配列番号6又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有し、前記ポリヌクレオチド配列が、配列番号2、配列番号4若しくは配列番号6又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有するポリペプチドをコードし、及び/又は前記ポリヌクレオチド配列が、配列番号1、配列番号3若しくは配列番号5又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有する、前記使用を提供する。 In a further aspect, the present invention provides, in a further aspect, a polypeptide HP, a polynucleotide sequence encoding the polypeptide HP, a host cell comprising said polynucleotide sequence, for the manufacture of a medicament for the treatment and / or prevention of a disorder of interest. Use of a host cell comprising an expression vector comprising said polynucleotide sequence, wherein said disorder is an inflammatory disorder and / or an autoimmune disorder and said polypeptide is SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4 or SEQ ID NO: 6 Or at least 75% identity with variants, homologues, fragments or derivatives thereof, wherein said polynucleotide sequence is at least 75% with SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4 or SEQ ID NO: 6 or variants, homologues, fragments or derivatives thereof A polypeptide having the identity of and / or said polynucleotide De sequence, SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 3 or SEQ ID NO: 5 or a variant thereof, homologs having at least 75% identity with a fragment or derivative, to provide the use.
本発明は、別の態様において、対象の組織又は器官の炎症をモジュレートする薬物を製造するための、ポリペプチドHP、ポリペプチドHPをコードするポリヌクレオチド配列、前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、又は前記ポリヌクレオチド配列を含む発現ベクターを含む宿主細胞の使用であって、前記ポリペプチドが、配列番号2、配列番号4若しくは配列番号6又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有し、前記ポリヌクレオチド配列が、配列番号2、配列番号4若しくは配列番号6又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有するポリペプチドをコードし、及び/又は前記ポリヌクレオチド配列が、配列番号1、配列番号3若しくは配列番号5又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有する、前記使用を提供する。 In another aspect, the present invention provides a polypeptide HP, a polynucleotide sequence encoding the polypeptide HP, a host cell comprising the polynucleotide sequence, for producing a drug that modulates inflammation of a tissue or organ of interest. Or use of a host cell comprising an expression vector comprising said polynucleotide sequence, wherein said polypeptide is at least 75% identical to SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4 or SEQ ID NO: 6 or variants, homologues, fragments or derivatives thereof Wherein the polynucleotide sequence encodes a polypeptide having at least 75% identity with SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4 or SEQ ID NO: 6 or variants, homologues, fragments or derivatives thereof, and / or The polynucleotide sequence is SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 3 or SEQ ID NO: 5 or a variant thereof, homologs having at least 75% identity with a fragment or derivative, to provide the use.
別の態様において、本発明は、対象の腸バリア完全性を向上させる薬物を製造するための、ポリペプチドHP、ポリペプチドHPをコードするポリヌクレオチド配列、前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、又は前記ポリヌクレオチド配列を含む発現ベクターを含む宿主細胞の使用であって、前記ポリペプチドが、配列番号2、配列番号4若しくは配列番号6又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有し、前記ポリヌクレオチド配列が、配列番号2、配列番号4若しくは配列番号6又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有するポリペプチドをコードし、及び/又は前記ポリヌクレオチド配列が、配列番号1、配列番号3若しくは配列番号5又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有する、前記使用を提供する。 In another aspect, the invention provides a polypeptide HP, a polynucleotide sequence encoding the polypeptide HP, a host cell comprising the polynucleotide sequence, or a host for producing a drug that improves the intestinal barrier integrity of a subject, Use of a host cell comprising an expression vector comprising a polynucleotide sequence, wherein the polypeptide has at least 75% identity with SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4 or SEQ ID NO: 6 or variants, homologues, fragments or derivatives thereof. And the polynucleotide sequence encodes a polypeptide having at least 75% identity with SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4 or SEQ ID NO: 6 or variants, homologues, fragments or derivatives thereof, and / or the polynucleotide The sequence is SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 3 or SEQ ID NO: 5 or Variants, homologs having at least 75% identity with a fragment or derivative, to provide the use.
本発明は、さらなる態様において、対象(例えば、対象はIBDを有する)の大腸及び/又は小腸の長さを維持する薬物を製造するための、ポリペプチドHP、ポリペプチドHPをコードするポリヌクレオチド配列、前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、又は前記ポリヌクレオチド配列を含む発現ベクターを含む宿主細胞の使用であって、前記ポリペプチドが、配列番号2、配列番号4若しくは配列番号6又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有し、前記ポリヌクレオチド配列が、配列番号2、配列番号4若しくは配列番号6又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有するポリペプチドをコードし、及び/又は前記ポリヌクレオチド配列が、配列番号1、配列番号3若しくは配列番号5又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有する、前記使用を提供する。 In a further aspect, the present invention provides, in a further aspect, a polypeptide HP, a polynucleotide sequence encoding a polypeptide HP, for producing a drug that maintains the length of the large and / or small intestine of a subject (eg, the subject has IBD) , A host cell comprising the polynucleotide sequence, or a host cell comprising an expression vector comprising the polynucleotide sequence, wherein the polypeptide comprises SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4 or SEQ ID NO: 6 or variants thereof, homologs The polynucleotide sequence has at least 75% identity with SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4 or SEQ ID NO: 6 or variants, homologues, fragments or derivatives thereof. Encoding a polypeptide and / or wherein said polynucleotide sequence is No. 1, SEQ ID NO: 3 or SEQ ID NO: 5 or a variant thereof, homologs having at least 75% identity with a fragment or derivative, to provide the use.
さらなる態様において、本発明は、有益な微生物叢をもたらすように組織又は器官内の細菌組成を改変する薬物、好ましくは、対象の組織若しくは器官における1つ若しくは2つ以上の種類の乳糖発酵性細菌(例えば、大腸菌)のレベルを低減させる、及び/又は対象の組織若しくは器官における1つ若しくは2つ以上の種類の非乳糖発酵性細菌のレベルを低減させるのに使用するための薬物を製造するための、ポリペプチドHP、ポリペプチドHPをコードするポリヌクレオチド配列、前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、又は前記ポリヌクレオチド配列を含む発現ベクターを含む宿主細胞の使用であって、前記ポリペプチドが、配列番号2、配列番号4若しくは配列番号6又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有し、前記ポリヌクレオチド配列が、配列番号2、配列番号4若しくは配列番号6又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有するポリペプチドをコードし、及び/又は前記ポリヌクレオチド配列が、配列番号1、配列番号3若しくは配列番号5又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有する、前記使用を提供する。 In a further aspect, the present invention provides a drug that modifies the bacterial composition in a tissue or organ to provide a beneficial microbiota, preferably one or more types of lactose-fermenting bacteria in the tissue or organ of interest. To produce a drug for use in reducing the level of (eg, E. coli) and / or reducing the level of one or more types of non-lactose fermenting bacteria in a tissue or organ of interest. Of the polypeptide HP, a polynucleotide sequence encoding the polypeptide HP, a host cell comprising the polynucleotide sequence, or a host cell comprising an expression vector comprising the polynucleotide sequence, wherein the polypeptide comprises the sequence SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 4 or SEQ ID NO: 6, or variants, homologues, fragments or derivatives thereof At least 75% identity and the polynucleotide sequence encodes a polypeptide having at least 75% identity with SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4 or SEQ ID NO: 6 or variants, homologues, fragments or derivatives thereof And / or provides said use wherein said polynucleotide sequence has at least 75% identity with SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 3 or SEQ ID NO: 5 or variants, homologues, fragments or derivatives thereof.
別の態様において、本発明は、対象(例えば、対象はIBDを有する)の腸(例えば、大腸)の乱れを低減させる薬物を製造するための、ポリペプチドHP、ポリペプチドHPをコードするポリヌクレオチド配列、前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、又は前記ポリヌクレオチド配列を含む発現ベクターを含む宿主細胞の使用であって、前記ポリペプチドが、配列番号2、配列番号4若しくは配列番号6又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有し、前記ポリヌクレオチド配列が、配列番号2、配列番号4若しくは配列番号6又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有するポリペプチドをコードし、及び/又は前記ポリヌクレオチド配列が、配列番号1、配列番号3若しくは配列番号5又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有する、前記使用を提供する。 In another aspect, the present invention relates to a polypeptide HP, a polynucleotide encoding a polypeptide HP, for producing a drug that reduces disturbances in the intestine (eg, the large intestine) of a subject (eg, the subject has IBD). Use of a host cell comprising a sequence, a host cell comprising said polynucleotide sequence, or an expression vector comprising said polynucleotide sequence, wherein said polypeptide comprises SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4 or SEQ ID NO: 6 or variants thereof, Having at least 75% identity with a homologue, fragment or derivative, wherein said polynucleotide sequence has at least 75% identity with SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4 or SEQ ID NO: 6 or variants, homologues, fragments or derivatives thereof And / or the polynucleotide sequence is a sequence Issue 1, SEQ ID NO: 3 or SEQ ID NO: 5 or a variant thereof, homologs having at least 75% identity with a fragment or derivative, to provide the use.
本発明は、さらなる態様において、対象の1又は複数の細胞における1つ又は2つ以上の炎症誘発性遺伝子の発現を調節する薬物を製造するための、ポリペプチドHP、ポリペプチドHPをコードするポリヌクレオチド配列、前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、又は前記ポリヌクレオチド配列を含む発現ベクターを含む宿主細胞の使用であって、前記ポリペプチドが、配列番号2、配列番号4若しくは配列番号6又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有し、前記ポリヌクレオチド配列が、配列番号2、配列番号4若しくは配列番号6又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有するポリペプチドをコードし、及び/又は前記ポリヌクレオチド配列が、配列番号1、配列番号3若しくは配列番号5又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有する、前記使用を提供する。 In a further aspect, the present invention provides a polypeptide HP, a polypeptide encoding a polypeptide HP, for producing a drug that modulates the expression of one or more pro-inflammatory genes in one or more cells of a subject. Use of a nucleotide sequence, a host cell comprising said polynucleotide sequence, or a host cell comprising an expression vector comprising said polynucleotide sequence, wherein said polypeptide is SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4 or SEQ ID NO: 6 or variants thereof Having at least 75% identity with a homologue, fragment or derivative, wherein said polynucleotide sequence is at least 75% identity with SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4 or SEQ ID NO: 6 or variants, homologues, fragments or derivatives thereof And / or said polynucleotide sequence But SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 3 or SEQ ID NO: 5 or a variant thereof, homologs having at least 75% identity with a fragment or derivative, to provide the use.
本発明は、別の態様において、対象(例えば、対象はIBDを有する)の1又は複数の細胞における再生膵島由来3ベータ遺伝子(Reg3b)、レジスチン様ガンマレジスチン様ベータ遺伝子(Retnlg|Retnlb)、スクラーゼ−イソマルターゼ(アルファ−グルコシダーゼ)遺伝子(Si)、デフェンシンアルファ24遺伝子(Defa24)、ヒドロキシステロイド11−ベータデヒドロゲナーゼ2遺伝子(Hsd11b2)、ヒドロキシステロイド(17−ベータ)デヒドロゲナーゼ2遺伝子(Hsd17b2)、レジスチン様分子−ベータ(RELMb)及び核内受容体1D1甲状腺ホルモン受容体アルファ遺伝子(Nr1d1|Thra)からなる群から選択される1つ又は2つ以上の遺伝子の発現を調節する薬物を製造するための、ポリペプチドHP、ポリペプチドHPをコードするポリヌクレオチド配列、前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、又は前記ポリヌクレオチド配列を含む発現ベクターを含む宿主細胞の使用であって、前記ポリペプチドが、配列番号2、配列番号4若しくは配列番号6又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有し、前記ポリヌクレオチド配列が、配列番号2、配列番号4若しくは配列番号6又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有するポリペプチドをコードし、及び/又は前記ポリヌクレオチド配列が、配列番号1、配列番号3若しくは配列番号5又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有する、前記使用を提供する。 The invention, in another aspect, regenerates islet-derived 3 beta gene (Reg3b), resistin-like gamma-resistin-like beta gene (Retnlg | Retnlb), sucrase in one or more cells of a subject (eg, subject has IBD) -Isomaltase (alpha-glucosidase) gene (Si), defensin alpha 24 gene (Defa24), hydroxysteroid 11-beta dehydrogenase 2 gene (Hsd11b2), hydroxysteroid (17-beta) dehydrogenase 2 gene (Hsd17b2), resistin-like molecule A drug that regulates the expression of one or more genes selected from the group consisting of beta (RELMb) and nuclear receptor 1D1 thyroid hormone receptor alpha gene (Nr1d1 | Thra) Use of a polypeptide HP, a polynucleotide sequence encoding the polypeptide HP, a host cell comprising said polynucleotide sequence, or a host cell comprising an expression vector comprising said polynucleotide sequence for the construction of said polypeptide Having at least 75% identity with SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4 or SEQ ID NO: 6 or variants, homologues, fragments or derivatives thereof, wherein said polynucleotide sequence is SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4 or SEQ ID NO: 6 Or a polypeptide that has at least 75% identity with a variant, homolog, fragment or derivative thereof, and / or the polynucleotide sequence is SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 3 or SEQ ID NO: 5 or variants, homologs thereof, At least 75% identical to the fragment or derivative The a, providing the use.
別の態様において、本発明は、対象の1又は複数の細胞における炎症誘発性経路の活性化を低減させる薬物を製造するための、ポリペプチドHP、ポリペプチドHPをコードするポリヌクレオチド配列、前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、又は前記ポリヌクレオチド配列を含む発現ベクターを含む宿主細胞の使用であって、前記ポリペプチドが、配列番号2、配列番号4若しくは配列番号6又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有し、前記ポリヌクレオチド配列が、配列番号2、配列番号4若しくは配列番号6又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有するポリペプチドをコードし、及び/又は前記ポリヌクレオチド配列が、配列番号1、配列番号3若しくは配列番号5又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有する、前記使用を提供する。 In another aspect, the invention provides a polypeptide HP, a polynucleotide sequence encoding a polypeptide HP, for producing a drug that reduces activation of a pro-inflammatory pathway in one or more cells of a subject, Use of a host cell comprising a nucleotide sequence, or a host cell comprising an expression vector comprising said polynucleotide sequence, wherein said polypeptide is SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4 or SEQ ID NO: 6 or variants, homologs, fragments or A polypeptide having at least 75% identity with a derivative, wherein the polynucleotide sequence has at least 75% identity with SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4 or SEQ ID NO: 6 or variants, homologues, fragments or derivatives thereof. And / or the polynucleotide sequence is SEQ ID NO: 1, No. 3 or SEQ ID NO: 5 or a variant thereof, homologs having at least 75% identity with a fragment or derivative, to provide the use.
さらなる態様において、本発明は、対象の1又は複数の細胞(例えば、上皮細胞、表皮細胞、神経細胞及び/又は膵臓細胞)におけるNF−κβの活性及び/又は発現を低減させる薬物を製造するための、ポリペプチドHP、ポリペプチドHPをコードするポリヌクレオチド配列、前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、又は前記ポリヌクレオチド配列を含む発現ベクターを含む宿主細胞の使用であって、前記ポリペプチドが、配列番号2、配列番号4若しくは配列番号6又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有し、前記ポリヌクレオチド配列が、配列番号2、配列番号4若しくは配列番号6又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有するポリペプチドをコードし、及び/又は前記ポリヌクレオチド配列が、配列番号1、配列番号3若しくは配列番号5又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有する、前記使用を提供する。 In a further aspect, the present invention provides a medicament for reducing the activity and / or expression of NF-κβ in one or more cells (eg, epithelial cells, epidermal cells, neural cells and / or pancreatic cells) of a subject. Of the polypeptide HP, a polynucleotide sequence encoding the polypeptide HP, a host cell comprising the polynucleotide sequence, or a host cell comprising an expression vector comprising the polynucleotide sequence, wherein the polypeptide comprises the sequence SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4 or SEQ ID NO: 6 or variants thereof, homologs, fragments or derivatives having at least 75% identity, wherein said polynucleotide sequence is SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4 or SEQ ID NO: 6 or variants thereof A polypeptide having at least 75% identity with a homologue, fragment or derivative The use is provided wherein it encodes a tide and / or the polynucleotide sequence has at least 75% identity to SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 3 or SEQ ID NO: 5 or variants, homologues, fragments or derivatives thereof.
本発明は、別の態様において、対象の消化管の健康を向上させる薬物を製造するための、ポリペプチドHP、ポリペプチドHPをコードするポリヌクレオチド配列、前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、又は前記ポリヌクレオチド配列を含む発現ベクターを含む宿主細胞の使用を提供する。 In another aspect, the present invention relates to a polypeptide HP, a polynucleotide sequence encoding the polypeptide HP, a host cell comprising the polynucleotide sequence, or a host cell for producing a drug that improves the health of the subject's digestive tract. Use of a host cell comprising an expression vector comprising a polynucleotide sequence is provided.
本発明を添付の図面に関連して説明する。
HP
理論によって拘束されることを望むものではないが、本発明のポリペプチドHPは、pirin関連タンパク質である。
HP
While not wishing to be bound by theory, the polypeptide HP of the present invention is a pilin related protein.
ポリペプチドHPは、配列番号2、配列番号4若しくは配列番号6又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体として示されるポリペプチド配列に少なくとも75%、80%、85%、90%、95%、97%、98%、99%又は100%の同一性を有する。 The polypeptide HP is at least 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 97% of the polypeptide sequence shown as SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4 or SEQ ID NO: 6 or variants, homologs, fragments or derivatives thereof. , 98%, 99% or 100% identity.
本発明のポリペプチドHPの一例は、AAO75294.1としてGenBankに寄託されている配列番号2であり、配列番号1を含むバクテロイデス・テタイオタオミクロンは、DSM2079[E50(VPI5482)、VPI5482]で寄託されているのをドイツ微生物細胞培養コレクション有限会社(DSMZ,Deutsche Sammlung von Mikroorganismen und Zellkulturen GmbH)で見出すことができる。ポリペプチド配列配列番号2は、次の配列を有する:
10 20 30 40 50 60
MKKVIDRASS RGYFNHGWLK THHTFSFANY YNPERIHFGA LRVLNDDSVD PSMGFDTHPH
70 80 90 100 110 120
KNMEVISIPL KGYLRHGDSV QNTKTITPGD IQVMSTGSGI YHSEYNDSKE EQLEFLQIWV
130 140 150 160 170 180
FPRIENTKPE YNNFDIRPLL KPNELSLFIS PNGKTPASIK QDAWFSMGDF DTERTIEYCM
190 200 210 220 230
HQEGNGAYLF VIEGEISVAD EHLAKRDGIG IWDTKSFSIR ATKGTKLLVM EVPM
An example of a polypeptide HP of the invention is SEQ ID NO: 2 deposited at GenBank as AAO75294.1, and Bacteroides tetaiotaomicron containing SEQ ID NO: 1 has been deposited at DSM2079 [E50 (VPI5482), VPI5482]. Can be found in the German microbial cell culture collection limited company (DSMZ, Deutsche Sammlung von Mikroorganismen und Zellkulturen GmbH). The polypeptide sequence SEQ ID NO: 2 has the following sequence:
1 0 2 0 3 0 4 0 5 0 6 0
MKKVIDRASS RGYFNHGWLK THHTFSFANY YNPERIHFGA LRVLNDDSVD PSMGFDTHPH
7 0 8 0 9 0 10 0 11 0 12 0
KNMEVISIPL KGYLRHGDSV QNTKTITPGD IQVMSTGSGI YHSEYNDSKE EQLEFLQIWV
13 0 14 0 15 0 16 0 17 0 18 0
FPRIENTKPE YNNFDIRPLL KPNELSLFIS PNGKTPASIK QDAWFSMGDF DTERTIEYCM
19 0 20 0 21 0 22 0 23 0
HQEGNGAYLF VIEGEISVAD EHLAKRDGIG IWDTKSFSIR ATKGTKLLVM EVPM
AAO75294.1は、推定Pirinファミリータンパク質であると記載されている。AAO75294.1は、バクテロイデス・テタイオタオミクロンVPI−5482から同定された。 AAO75294.1 has been described as a putative Pirin family protein. AAO75294.1 was identified from Bacteroides tetaiotaomicron VPI-5482.
GenBankにAAO76683.1及びCDE80552.1として寄託されたポリペプチド配列は、配列番号2、配列番号4又は配列番号6と少なくとも75%の同一性を有するポリペプチドの例である。 The polypeptide sequences deposited with GenBank as AAO768683.1 and CDE805552.1 are examples of polypeptides having at least 75% identity with SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4 or SEQ ID NO: 6.
AAO76683.1のポリペプチド配列は、次の通りである:
10 20 30 40 50 60
MKKVIHKADT RGHSQYDWLD SYHTFSFDEY FDSDRINFGA LRVLNDDKVA PGEGFQTHPH
70 80 90 100 110 120
KNMEIISIPL KGHLQHGDSK KNSRIITVGE IQTMSAGTGI FHSEVNASPV EPVEFLQIWI
130 140 150 160 170 180
MPRERNTHPV YKDFSIKELE RPNELAVIVS PDGSTPASLL QDTWFSIGKV EAGKKLGYHL
190 200 210 220 230
HQSHGGVYIF LIEGEIVVDG EVLKRRDGMG VYDTKSFELE TLKDSHILLI EVPM
The polypeptide sequence of AAO768683.1 is as follows:
1 0 2 0 3 0 4 0 5 0 6 0
MKKVIHKADT RGHSQYDWLD SYHTFSFDEY FDSDRINFGA LRVLNDDKVA PGEGFQTHPH
7 0 8 0 9 0 10 0 11 0 12 0
KNMEIISIPL KGHLQHGDSK KNSRIITVGE IQTMSAGTGI FHSEVNASPV EPVEFLQIWI
13 0 14 0 15 0 16 0 17 0 18 0
MPRERNTHPV YKDFSIKELE RPNELAVIVS PDGSTPASLL QDTWFSIGKV EAGKKLGYHL
19 0 20 0 21 0 22 0 23 0
HQSHGGVYIF LIEGEIVVDG EVLKRRDGMG VYDTKSFELE TLKDSHILLI EVPM
AAO76683.1のポリペプチド配列を本明細書では配列番号7とも呼ぶ。AAO76683.1は、推定Pirinファミリータンパク質であるとGenBankに記載されている。AAO76683.1は、バクテロイデス・テタイオタオミクロンVPI−5482から単離された。[E50(VPI5482)、VPI5482]。配列番号7を含むバクテロイデス・テタイオタオミクロンは、DSM2079 BT 1576として寄託されているのをDSMZ(有限会社ドイツ微生物細胞培養コレクション)で見出すことができる。 The polypeptide sequence of AAO768683.1 is also referred to herein as SEQ ID NO: 7. AAO768683.1 is described in GenBank as a putative Pirin family protein. AAO768683.1 was isolated from Bacteroides tetaiotaomicron VPI-5482. [E50 (VPI 5482), VPI 5482]. Bacteroides tetaiotaomicron containing SEQ ID NO: 7 can be found in DSMZ (German Microbial Cell Culture Collection), deposited as DSM 2079 BT 1576.
CDE80552.1のポリペプチド配列は、次の通りである:
10 20 30 40 50 60
MKKVIHKADT RGHSQYDWLD SYHTFSFDEY FDSDRINFGA LRVLNDDKVA PGEGFQTHPH
70 80 90 100 110 120
KNMEIISIPL KGHLQHGDSK KNSRIITVGE IQTMSAGTGI FHSEVNASPV EPVEFLQIWI
130 140 150 160 170 180
MPRERNTHPV YKDFSIKELE RPNELAVIVS PDGSTPASLL QDTWFSIGKV EAGKKLGYHL
190 200 210 220 230
HQSHGGVYIF LIEGEIVVDG EVLKRRDGMG VYDTKSFELE TLKDSHILLI EVPM
The polypeptide sequence of CDE805552.1 is as follows:
10 20 30 40 50 60
MKKVIHKADT RGHSQYDWLD SYHTFSFDEY FDSDRINFGA LRVLNDDKVA PGEGFQTHPH
70 80 90 100 110 120
KNMEIISIPL KGHLQHGDSK KNSRIITVGE IQTMSAGTGI FHSEVNASPV EPVEFLQIWI
130 140 150 160 170 180
MPRERNTHPV YKDFSIKELE RPNELAVIVS PDGSTPASLL QDTWFSIGKV EAGKKLGYHL
190 200 210 220 230
HQSHGGVYIF LIEGEIVVDG EVLKRRDGMG VYDTKSFELE TLKDSHILLI EVPM
CDE80552.1のポリペプチド配列を本明細書では配列番号8とも呼ぶ。CDE80552.1は、推定Pirinファミリータンパク質であるとGenBankに記載されている。CDE80552.1は、バクテロイデス・テタイオタオミクロンCAG:40から単離された。 The polypeptide sequence of CDE805552.1 is also referred to herein as SEQ ID NO: 8. CDE805552.1 is described in GenBank as a putative Pirin family protein. CDE805552.1 was isolated from Bacteroides tetaiotaomicron CAG: 40.
用語「ポリペプチドHP」、「HPポリペプチド」及び「HP」を本明細書では同義語として使用している。 The terms “polypeptide HP”, “HP polypeptide” and “HP” are used synonymously herein.
一実施形態において、ポリペプチドHPは、配列番号2として示されるポリペプチドである。 In one embodiment, the polypeptide HP is the polypeptide shown as SEQ ID NO: 2.
別の実施形態において、ポリペプチドHPは、配列番号4として示されるポリペプチドである。 In another embodiment, the polypeptide HP is the polypeptide shown as SEQ ID NO: 4.
さらなる実施形態において、ポリペプチドHPは、配列番号6として示されるポリペプチドである。 In a further embodiment, the polypeptide HP is the polypeptide set forth as SEQ ID NO: 6.
HPポリペプチドは、ある特定の微生物から得ることができる。一態様において、HPポリペプチドは、消化管内に生息することができる嫌気性、グラム陰性菌から得られる。さらなる態様において、HPポリペプチドは、バクテロイデス・テタイオタオミクロンなどのバクテロイデス属種(Bacteroides spp)から得られる。 HP polypeptides can be obtained from certain microorganisms. In one embodiment, the HP polypeptide is obtained from an anaerobic, gram-negative bacterium that can live in the gastrointestinal tract. In a further embodiment, the HP polypeptide is obtained from Bacteroides spp, such as Bacteroides tetaiotaomicron.
ポリペプチドHPをコードするポリヌクレオチド配列の例としては、配列番号1、配列番号3又は配列番号5として示されるポリヌクレオチド配列、配列番号2、配列番号4又は配列番号6として示されるポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列、配列番号1、配列番号3若しくは配列番号5又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%、80%、85%、90%、95%、97%、98%又は99%の同一性を有するポリヌクレオチド配列、配列番号2、配列番号4若しくは配列番号6又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体として示されるポリペプチドに少なくとも75%、80%、85%、90%、95%、97%、98%又は99%の同一性を有するポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列、及び配列番号7又は配列番号8をコードするポリヌクレオチド配列が挙げられる。 Examples of polynucleotide sequences encoding the polypeptide HP include the polynucleotide sequence shown as SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 3 or SEQ ID NO: 5, and the polypeptide shown as SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4 or SEQ ID NO: 6. And at least 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 97%, 98% or 99% with a polynucleotide sequence, SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 3 or SEQ ID NO: 5 or variants, homologs, fragments or derivatives thereof At least 75%, 80%, 85%, 90%, 95% to a polypeptide sequence having the identity of SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4 or SEQ ID NO: 6 or a variant, homolog, fragment or derivative thereof A polypeptide encoding a polypeptide having 97%, 98% or 99% identity Kureochido sequence, and polynucleotide sequences include encoding SEQ ID NO: 7 or SEQ ID NO: 8.
配列番号1、3及び5を図1Aに示す。 SEQ ID NOs: 1, 3 and 5 are shown in FIG. 1A.
配列番号1は、次の配列を有する:
Atgaaaaaagtaatcgacagagcttcatcaagaggctattttaatcatggctggctcaaaacccaccacacattcagttttgctaactattacaatccggaaagaatccatttcggagccttgcgagtgctgaatgatgacagtgtagacccgtcgatgggatttgatactcatccacataaaaatatggaagtaatttccattccgttgaaagggtatctgagacatggcgacagtgtacaaaatacgaaaacgattactcccggtgatatccaagtgatgagtacgggcagtggtatctatcatagtgagtataacgacagcaaggaagaacaattggaattcctgcaaatatgggtattcccccgaatcgagaatacgaaacccgaatataacaatttcgatatacgtccgctgctgaaaccgaacgagttatctctgttcatttcaccgaacggcaagacaccggcctccatcaaacaggatgcctggttctctatgggagacttcgatacggaaagaaccatcgaatattgtatgcatcaggaaggtaacggagcttatctgtttgtgatagaaggagagatcagcgtggccgatgaacatctggccaaacgtgacggcatcggaatatgggataccaaaagcttctctatccgtgctactaaagggaccaaacttctggtaatggaagtacccatgtaa
SEQ ID NO: 1 has the following sequence:
Atgaaaaaagtaatcgacagagcttcatcaagaggctattttaatcatggctggctcaaaacccaccacacattcagttttgctaactattacaatccggaaagaatccatttcggagccttgcgagtgctgaatgatgacagtgtagacccgtcgatgggatttgatactcatccacataaaaatatggaagtaatttccattccgttgaaagggtatctgagacatggcgacagtgtacaaaatacgaaaacgattactcccggtgatatccaagtgatgagtacgggcagtggtatctatcatagtgagtataacgacagcaaggaagaacaattggaattcctgcaaatatgggtattcccccgaatcgagaatacgaaacccgaatataacaatttcgatatacgtccgctgctgaaaccgaacgagttatctctgttcatttcaccgaacggcaagacaccggcctccatcaaacaggatgcctggttctctatgggagacttcgatacggaaagaaccatcgaatattgtatgcatcaggaaggtaacggagcttatctgtttgtgatagaaggagagatcagcgtggccgatgaacatctggccaaacgtgacggcatcggaatatgggataccaaaagcttctctatccgtgctactaaagggaccaaacttctggtaatggaagtacccatgtaa
配列番号1は、受託番号AAO75294.1でGenBankに寄託されている配列番号2をコードする。 SEQ ID NO: 1 encodes SEQ ID NO: 2 deposited at GenBank with accession number AAO75294.1.
配列番号1のポリヌクレオチド配列を大腸菌における発現のためにコドン最適化した。このコドン最適化配列を配列番号3として示す。この配列を本明細書では「Rec 1 HP」又は「組換え1 HP」と呼ぶこともある。 The polynucleotide sequence of SEQ ID NO: 1 was codon optimized for expression in E. coli. This codon optimized sequence is shown as SEQ ID NO: 3. This sequence is sometimes referred to herein as “Rec 1 HP” or “Recombinant 1 HP”.
配列番号3は、次の配列を有する:
ggtaccatgaaaaaagtgattgatcgtgcgagcagccgtggctattttaaccatggctggctgaaaacccatcatacctttagcttcgcgaactattataatccggaacgcattcattttggcgcgctgcgtgtgctgaacgatgatagcgtggatccgagcatgggctttgatacccatccgcacaaaaacatggaagtgattagcattccgctgaaaggctatctgcgtcatggcgatagcgtgcagaacaccaaaaccattaccccgggtgatattcaggtgatgagcaccggcagcggcatttatcatagcgaatacaacgatagcaaagaagaacagctggaatttctgcagatttgggtgtttccgcgtattgaaaacaccaaaccggaatataacaactttgatattcgcccgctgctgaaaccgaacgaactgagcctgtttattagcccgaacggcaaaaccccggcgagcattaaacaggatgcgtggtttagcatgggcgattttgataccgaacgcaccattgaatattgcatgcatcaggaaggcaacggcgcgtacctgtttgtgattgaaggcgaaattagcgtggcggatgaacatctggccaaacgtgatggcattggcatttgggataccaaaagcttcagcattcgtgcgaccaaaggcaccaaactgctggtgatggaagtgccgatgtaataagagctc
SEQ ID NO: 3 has the following sequence:
ggtaccatgaaaaaagtgattgatcgtgcgagcagccgtggctattttaaccatggctggctgaaaacccatcatacctttagcttcgcgaactattataatccggaacgcattcattttggcgcgctgcgtgtgctgaacgatgatagcgtggatccgagcatgggctttgatacccatccgcacaaaaacatggaagtgattagcattccgctgaaaggctatctgcgtcatggcgatagcgtgcagaacaccaaaaccattaccccgggtgatattcaggtgatgagcaccggcagcggcatttatcatagcgaatacaacgatagcaaagaagaacagctggaatttctgcagatttgggtgtttccgcgtattgaaaacaccaaaccggaatataacaactttgatattcgcccgctgctgaaaccgaacgaactgagcctgtttattagcccgaacggcaaaaccccggcgagcattaaacaggatgcgtggtttagcatgggcgattttgataccgaacgcaccattgaatattgcatgcatcaggaaggcaacggcgcgtacctgtttgtgattgaaggcgaaattagcgtggcggatgaacatctggccaaacgtgatggcattggcatttgggataccaaaagcttcagcattcgtgcgaccaaaggcaccaaactgctggtgatggaagtgccgatgtaataagagctc
配列番号3によってコードされたポリペプチド配列を配列番号4として示す。配列番号4は、次の配列を有する:
GTMKKVIDRASSRGYFNHGWLKTHHTFSFANYYNPERIHFGALRVLNDDSVDPSMGFDTHPHKNMEVISIPLKGYLRHGDSVQNTKTITPGDIQVMSTGSGIYHSEYNDSKEEQLEFLQIWVFPRIENTKPEYNNFDIRPLLKPNELSLFISPNGKTPASIKQDAWFSMGDFDTERTIEYCMHQEGNGAYLFVIEGEISVADEHLAKRDGIGIWDTKSFSIRATKGTKLLVMEVPM EL
The polypeptide sequence encoded by SEQ ID NO: 3 is shown as SEQ ID NO: 4. SEQ ID NO: 4 has the following sequence:
GTMKKVIDRASSRGYFNHGWLKTHHTFSFANYYNPERIHFGALRVLNDDSVDPSMGFDTHPHKNMEVISIPLKGYLRHGDSVQNTKTITPGDIQVMSTGSGIYHSEYNDSKEEQLEFLQIWVFPRIENTKPEYNNFDIRPLLKPNEGSVYLFLFNGKTPEGIK
配列番号1のポリヌクレオチド配列をラクトコッカス・ラクティス(Lactococcus lactis)における発現のためにコドン最適化した。このコドン最適化配列を配列番号5として示す。この配列を本明細書では「Rec 2 HP」又は「組換え2 HP」と呼ぶこともある。 The polynucleotide sequence of SEQ ID NO: 1 was codon optimized for expression in Lactococcus lactis. This codon optimized sequence is shown as SEQ ID NO: 5. This sequence is sometimes referred to herein as “Rec 2 HP” or “Recombinant 2 HP”.
配列番号5は、次の配列を有する:
ggtaccatgaaaaaagttattgatcgtgcttcatcacgtggatattttaatcatggatggcttaaaactcatcatacatttagttttgccaattattataatccagaacgtattcattttggtgctcttcgtgttcttaatgatgattcagttgatccatcaatgggatttgatacacatccacataaaaatatggaagttatttcaattccacttaaaggatatcttcgtcatggtgattcagttcaaaatacaaaaacaattacacctggagatattcaagttatgtctacaggatcaggaatttatcattcagaatataatgattcaaaagaagaacaacttgaatttcttcaaatttgggtctttccacgtattgaaaatacaaaaccagaatataataatttcgacattcgtccacttcttaaaccaaatgaactttcactttttatctcaccaaatggaaaaacaccagcttcaattaaacaagatgcttggttttcaatgggagattttgatacagaacgtacaattgaatattgtatgcatcaagaaggtaacggcgcttatctttttgttattgaaggtgaaatttcagttgctgatgaacatcttgctaaacgtgatggaattggaatttgggatacaaaatcattttcaattcgtgctacaaaaggtacaaaacttcttgttatggaagttccaatgtaataagagctc
SEQ ID NO: 5 has the following sequence:
ggtaccatgaaaaaagttattgatcgtgcttcatcacgtggatattttaatcatggatggcttaaaactcatcatacatttagttttgccaattattataatccagaacgtattcattttggtgctcttcgtgttcttaatgatgattcagttgatccatcaatgggatttgatacacatccacataaaaatatggaagttatttcaattccacttaaaggatatcttcgtcatggtgattcagttcaaaatacaaaaacaattacacctggagatattcaagttatgtctacaggatcaggaatttatcattcagaatataatgattcaaaagaagaacaacttgaatttcttcaaatttgggtctttccacgtattgaaaatacaaaaccagaatataataatttcgacattcgtccacttcttaaaccaaatgaactttcactttttatctcaccaaatggaaaaacaccagcttcaattaaacaagatgcttggttttcaatgggagattttgatacagaacgtacaattgaatattgtatgcatcaagaaggtaacggcgcttatctttttgttattgaaggtgaaatttcagttgctgatgaacatcttgctaaacgtgatggaattggaatttgggatacaaaatcattttcaattcgtgctacaaaaggtacaaaacttcttgttatggaagttccaatgtaataagagctc
配列番号5によってコードされたポリペプチド配列を配列番号6として示す。配列番号6は、次の配列を有する:
GTMKKVIDRASSRGYFNHGWLKTHHTFSFANYYNPERIHFGALRVLNDDSVDPSMGFDTHPHKNMEVISIPLKGYLRHGDSVQNTKTITPGDIQVMSTGSGIYHSEYNDSKEEQLEFLQIWVFPRIENTKPEYNNFDIRPLLKPNELSLFISPNGKTPASIKQDAWFSMGDFDTERTIEYCMHQEGNGAYLFVIEGEISVADEHLAKRDGIGIWDTKSFSIRATKGTKLLVMEVPM EL
The polypeptide sequence encoded by SEQ ID NO: 5 is shown as SEQ ID NO: 6. SEQ ID NO: 6 has the following sequence:
GTMKKVIDRASSRGYFNHGWLKTHHTFSFANYYNPERIHFGALRVLNDDSVDPSMGFDTHPHKNMEVISIPLKGYLRHGDSVQNTKTITPGDIQVMSTGSGIYHSEYNDSKEEQLEFLQIWVFPRIENTKPEYNNFDIRPLLKPNEGSVYLFLFNGKTPEGIK
一実施形態において、ポリペプチドHPをコードするポリヌクレオチド配列は、配列番号1、配列番号3若しくは配列番号5又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体として示されるポリヌクレオチド配列に少なくとも75%、80%、85%、90%、95%、97%、98%又は99%の同一性を有する。 In one embodiment, the polynucleotide sequence encoding the polypeptide HP is at least 75%, 80% of the polynucleotide sequence shown as SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 3 or SEQ ID NO: 5 or variants, homologues, fragments or derivatives thereof, 85%, 90%, 95%, 97%, 98% or 99% identity.
一実施形態において、ポリペプチドHPをコードするポリヌクレオチド配列は、配列番号2、配列番号4又は配列番号6として示されるポリペプチド、あるいは配列番号2、配列番号4若しくは配列番号6又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体として示されるポリペプチドに少なくとも75%、80%、85%、90%、95%、97%、98%又は99%の同一性を有するポリペプチドをコードする。 In one embodiment, the polynucleotide sequence encoding the polypeptide HP is a polypeptide shown as SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4 or SEQ ID NO: 6, or SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4 or SEQ ID NO: 6 or variants thereof, homologs , Encodes a polypeptide having at least 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 97%, 98% or 99% identity to the polypeptide shown as a fragment or derivative.
一実施形態において、ポリペプチドHPは、短縮HPポリペプチドである。例えば、短縮ポリペプチドは、配列番号2、配列番号4又は配列番号6として示されるポリペプチドの少なくとも20、30、40、50、75、100、125、150、175又は200のアミノ酸を含む。 In one embodiment, the polypeptide HP is a truncated HP polypeptide. For example, the truncated polypeptide comprises at least 20, 30, 40, 50, 75, 100, 125, 150, 175 or 200 amino acids of the polypeptide set forth as SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4 or SEQ ID NO: 6.
一実施形態において、ポリペプチドHPをコードするポリヌクレオチド配列は、短縮HPポリペプチドをコードする。 In one embodiment, the polynucleotide sequence encoding polypeptide HP encodes a truncated HP polypeptide.
一実施形態において、ポリペプチドHPは、融合ポリペプチドである。例えば、ポリペプチドは、グルタチオンS−トランスフェラーゼ(GST,glutathione-S-transferase)に融合している。 In one embodiment, the polypeptide HP is a fusion polypeptide. For example, the polypeptide is fused to glutathione S-transferase (GST).
宿主細胞
一態様において、本明細書に記載の宿主細胞は、ポリペプチドHPをコードするポリヌクレオチド配列を含む。
Host cell In one aspect, a host cell described herein comprises a polynucleotide sequence encoding the polypeptide HP.
別の態様において、本明細書に記載の宿主細胞は、ポリペプチドHPをコードするポリヌクレオチド配列を含む発現ベクターを含む。 In another embodiment, the host cell described herein comprises an expression vector comprising a polynucleotide sequence that encodes the polypeptide HP.
さらなる態様において、本明細書に記載の宿主細胞は、宿主細胞にHPを過剰発現させるヌクレオチド配列で形質転換されている。例えば、プロモーターを宿主細胞のゲノムに挿入し、それによって、宿主細胞はポリヌクレオチド配列HP(例えば、内因性ポリヌクレオチド配列)を過剰発現できるようになり、すなわち、プロモーターは、HPをコードするポリヌクレオチド配列を過剰発現させることができる。 In further embodiments, a host cell described herein has been transformed with a nucleotide sequence that causes the host cell to overexpress HP. For example, a promoter is inserted into the genome of a host cell, thereby allowing the host cell to overexpress a polynucleotide sequence HP (eg, an endogenous polynucleotide sequence), ie, the promoter is a polynucleotide encoding HP. The sequence can be overexpressed.
本明細書において使用する場合、「宿主細胞にHPを過剰発現させるヌクレオチド配列」及び「HPをコードするポリヌクレオチド配列を過剰発現させることができるプロモーター」という句における「過剰発現させる」という用語は、形質転換宿主細胞を形質転換前の同等の宿主細胞と比較して、ゼロからある発現レベルへの発現の増加、又はより低い発現レベルからより高い発現レベルへの移行(例えば、上方調節)を指す。 As used herein, the term “overexpressing” in the phrases “a nucleotide sequence that causes a host cell to overexpress HP” and “a promoter that can overexpress a polynucleotide sequence encoding HP” Refers to an increase in expression from zero to a certain expression level, or a transition from a lower expression level to a higher expression level (eg, upregulation), as compared to a comparable host cell prior to transformation. .
一実施形態において、HPを過剰発現する形質転換宿主細胞におけるHPをコードするmRNAのレベルは、mRNAのレベルが、形質転換前の同等の宿主細胞と比較して形質転換宿主細胞において少なくとも10%、20%、30%、40%又は50%高くなるように増加される(すなわち、上方調節される)。 In one embodiment, the level of mRNA encoding HP in a transformed host cell that overexpresses HP is such that the level of mRNA is at least 10% in the transformed host cell compared to an equivalent host cell prior to transformation, Increased by 20%, 30%, 40% or 50% (ie, up-regulated).
HPを過剰発現する宿主細胞の例としては、次のものが挙げられる:(i)HPをコードする発現ベクターで形質転換された宿主細胞(形質転換前、前記宿主細胞はHPを発現することができなかった);及び(ii)内因性HPの発現を上方調節するように形質転換された宿主細胞(形質転換前、前記宿主細胞は所与の一連の培養条件のために前記HPを過剰発現することができたが、形質転換後、前記宿主細胞は同じ培養条件で前記HPをより高レベルで過剰発現することができる)。 Examples of host cells that overexpress HP include the following: (i) host cells transformed with an expression vector encoding HP (the host cells may express HP before transformation). And (ii) a host cell transformed to upregulate endogenous HP expression (before transformation, the host cell overexpresses the HP for a given set of culture conditions). But after transformation, the host cells can overexpress the HP at higher levels under the same culture conditions).
ポリペプチドHPをコードするポリヌクレオチド配列を宿主細胞のためにコドン最適化してもよい。例えば、ポリペプチド配列を大腸菌における発現のためにコドン最適化してもよく(例えば、配列番号3)、又はポリヌクレオチド配列をラクトコッカス・ラクティスにおける発現のためにコドン最適化してもよい(例えば、配列番号5)。 The polynucleotide sequence encoding the polypeptide HP may be codon optimized for the host cell. For example, the polypeptide sequence may be codon optimized for expression in E. coli (eg, SEQ ID NO: 3), or the polynucleotide sequence may be codon optimized for expression in Lactococcus lactis (eg, sequence Number 5).
用語「宿主細胞」は、本発明に関して、本明細書に記載のHPをコードするポリヌクレオチド配列又は本明細書に記載の前記ポリヌクレオチド配列を含む発現ベクターのどちらかを含む任意の細胞を含む。宿主細胞は、本明細書において定義するような特異的特性を有するタンパク質の組換え産生に使用されうる。宿主細胞は、HPをコードする異種ポリヌクレオチド配列を含有してもよく、又はその天然HPポリヌクレオチドを発現する細胞であってもよい。例えば、宿主細胞は、バクテロイデス属種、例えば、バクテロイデス・テタイオタオミクロンからのものであってもよい。 The term “host cell” in the context of the present invention includes any cell that contains either a polynucleotide sequence encoding HP as described herein or an expression vector comprising said polynucleotide sequence described herein. Host cells can be used for the recombinant production of proteins having specific properties as defined herein. The host cell may contain a heterologous polynucleotide sequence encoding HP, or may be a cell that expresses the native HP polynucleotide. For example, the host cell may be from a Bacteroides species, such as Bacteroides tetaiotaomicron.
用語「宿主細胞」は、本明細書において使用する場合、「宿主生物」及び「宿主微生物」と同義語として使用することがある。 The term “host cell” as used herein may be used synonymously with “host organism” and “host microorganism”.
したがって、本明細書に記載のHPをコードするポリヌクレオチド配列で形質転換された若しくは前記ポリヌクレオチド配列でトランスフェクトされた宿主細胞、又は本明細書に記載の前記ポリヌクレオチド配列を含む発現ベクターで形質転換された若しくは前記発現ベクターでトランスフェクトされた宿主細胞を提供する。 Accordingly, a host cell transformed with or transfected with a polynucleotide sequence encoding HP as described herein or transformed with an expression vector comprising the polynucleotide sequence described herein. Host cells transformed or transfected with the expression vectors are provided.
用語「トランスフェクトされた細胞」又は「トランスフェクトされた宿主細胞」は、本明細書において使用する場合、本明細書に記載のHPをコードするポリヌクレオチド配列を含むように、又は本明細書に記載の前記ポリヌクレオチド配列を含む発現ベクターを含むように、トランスフェクトされた宿主細胞を意味する。加えて、又は代替的に、宿主細胞は、HPをコードするポリヌクレオチド配列をその宿主細胞に過剰発現させるヌクレオチド配列で形質転換されている。例えば、プロモーターが宿主細胞のゲノムに挿入され、それによってその宿主細胞は、HPをコードする内因性ポリヌクレオチド配列を過剰発現することができるようになる。 The term “transfected cell” or “transfected host cell” as used herein includes, or is used herein, to include a polynucleotide sequence encoding the HP described herein. A host cell that has been transfected to contain an expression vector comprising the polynucleotide sequence described. In addition, or alternatively, the host cell has been transformed with a nucleotide sequence that causes the polynucleotide sequence encoding HP to be overexpressed in the host cell. For example, a promoter is inserted into the genome of the host cell, thereby allowing the host cell to overexpress the endogenous polynucleotide sequence encoding HP.
用語「形質転換細胞」又は「形質転換宿主細胞」は、改変された遺伝子構造を有する宿主細胞を意味する。 The term “transformed cell” or “transformed host cell” means a host cell having an altered genetic structure.
用語「宿主細胞」は、ベクターをトランスフェクト又は形質導入することができる任意の細胞を含む。 The term “host cell” includes any cell that can be transfected or transduced with a vector.
宿主細胞は、ベクターと適合性であるように選択されることになり、例えば、原核(例えば、細菌)、真菌、酵母又は植物細胞でありうる。 The host cell will be selected to be compatible with the vector and can be, for example, a prokaryotic (eg, bacterium), fungus, yeast or plant cell.
ポリペプチドHPをコードするポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、又は前記ポリヌクレオチド配列を含む発現ベクターを含む宿主細胞を使用して、インビトロ、インビボ及びエクスビボ条件下でポリペプチドHPを発現させることができると予想される。 A host cell comprising a polynucleotide sequence encoding the polypeptide HP or a host cell comprising an expression vector comprising the polynucleotide sequence can be used to express the polypeptide HP under in vitro, in vivo and ex vivo conditions. is expected.
一実施形態において、宿主細胞は、細菌などの微生物である。典型的には、消化管又は消化管の一部分に生息する微生物。好適な細菌宿主細胞の例は、グラム陽性又はグラム陰性菌種である。例えば、宿主細胞は、バクテロイデス属種(例えば、バクテロイデス・テタイオタオミクロン)、大腸菌、ラクトコッカス属種(Lactococcus spp)(例えば、L.ラクティス)、乳酸桿菌属種(Lactobacillus spp)、ビフィドバクテリウム属種(Bifidobacterium spp)、及び連鎖球菌属種(Streptococcus spp)(例えば、ストレプトコッカス・サーモフィルス(Streptococcus thermophilus))からなる群から選択することができると予想される。 In one embodiment, the host cell is a microorganism such as a bacterium. Typically, a microorganism that inhabits the digestive tract or part of the digestive tract. Examples of suitable bacterial host cells are gram positive or gram negative bacterial species. For example, the host cell may be Bacteroides spp. (Eg Bacteroides tetaiotaomicron), E. coli, Lactococcus spp (eg L. lactis), Lactobacillus spp, Bifidobacterium It is expected that it can be selected from the group consisting of genus species (Bifidobacterium spp), and Streptococcus spp (eg, Streptococcus thermophilus).
一実施形態において、宿主細胞は、HPをコードする外因性ポリヌクレオチド配列を含む。 In one embodiment, the host cell comprises an exogenous polynucleotide sequence encoding HP.
別の実施形態において、宿主細胞は、HPをコードする内因性ポリヌクレオチド配列を含む。例えば、非ネイティブプロモーター(例えば、構成的プロモーター)の制御下にある内因性ポリヌクレオチド配列。さらなる例では、宿主細胞は、内因性ポリヌクレオチド配列の複数のコピーを含む。 In another embodiment, the host cell comprises an endogenous polynucleotide sequence encoding HP. For example, an endogenous polynucleotide sequence that is under the control of a non-native promoter (eg, a constitutive promoter). In a further example, the host cell contains multiple copies of the endogenous polynucleotide sequence.
用語「宿主細胞」は、同様にその天然の環境にあるコード配列のネイティブプロモーターの制御下にある場合、それらの天然の環境にあるネイティブヌクレオチドコード配列を包含しない。自体の天然の環境にないネイティブヌクレオチド配列を有する宿主細胞の例は、非ネイティブプロモーター(例えば、構成的プロモーター)の制御下にある配列番号1を含む、バクテロイデス・テタイオタオミクロンVPI−5482である。別の例では、配列番号1を含むバクテロイデス・テタイオタオミクロンVPI−5482は、配列番号1の複数のコピーを有する。 The term “host cell” also does not include native nucleotide coding sequences in their native environment when under the control of the native promoter of the coding sequence in its native environment. An example of a host cell having a native nucleotide sequence that is not in its own natural environment is Bacteroides tetaiotaomicron VPI-5482, which comprises SEQ ID NO: 1 under the control of a non-native promoter (eg, a constitutive promoter). In another example, the Bacteroides tetaiotaomicron VPI-5482 comprising SEQ ID NO: 1 has multiple copies of SEQ ID NO: 1.
ヌクレオチド配列の性質、及び/又は発現タンパク質のさらなるプロセッシングの望ましさに依存して、酵母若しくは他の真菌又は昆虫細胞(例えば、昆虫Sf9細胞)などの真核性宿主を使用してもよい。一般に、酵母細胞は、操作がより容易であるので、真菌細胞より好ましい。しかし、一部のタンパク質は、酵母細胞から十分に分泌されず、又は場合によっては適切にプロセッシングされない(例えば、酵母における過剰糖鎖付加)。これらの場合には、別の真菌宿主生物を選択すべきである。 Depending on the nature of the nucleotide sequence and / or desirability of further processing of the expressed protein, eukaryotic hosts such as yeast or other fungi or insect cells (eg, insect Sf9 cells) may be used. In general, yeast cells are preferred over fungal cells because they are easier to manipulate. However, some proteins are not fully secreted from yeast cells or in some cases are not properly processed (eg, excess glycosylation in yeast). In these cases, another fungal host organism should be selected.
好適な宿主細胞、例えば、酵母、真菌及び植物宿主細胞の使用は、本明細書に記載するポリペプチドに最適な生物学的活性を付与するために、必要に応じて、翻訳後修飾(例えば、ミリスチン酸付加、糖鎖付加、短縮化、脂質化、及びチロシン、セリン又はトレオニンリン酸化)に備えることができると予想される。 The use of suitable host cells, such as yeast, fungal and plant host cells, may optionally require post-translational modifications (e.g., to impart optimal biological activity to the polypeptides described herein (e.g., It is expected that it can be prepared for myristic acid addition, glycosylation, shortening, lipidation and tyrosine, serine or threonine phosphorylation).
宿主細胞は、ポリペプチドの発現を可能にする好適な条件下で培養することができると予想される。 It is expected that the host cells can be cultured under suitable conditions that allow expression of the polypeptide.
一部の実施形態において、酵素的、化学的及び/又は浸透圧溶解並びに物理的分解を含む、当技術分野において公知の様々な技術によって、ポリペプチドを宿主細胞から抽出することができる。それ自体が公知である手法で、ポリペプチドを精製及び単離することができると予想される。 In some embodiments, the polypeptide can be extracted from the host cell by various techniques known in the art, including enzymatic, chemical and / or osmotic lysis and physical degradation. It is expected that the polypeptide can be purified and isolated in a manner known per se.
宿主細胞の形質転換
原核生物宿主の形質転換に関する技術は、当技術分野において十分に記述されており、例えば、Sambrook et al(Molecular Cloning: A Laboratory Manual, 2nd edition, 1989, Cold Spring Harbor Laboratory Press)を参照されたい。原核生物宿主を使用する場合には、ヌクレオチド配列を形質転換前に、イントロンの除去などによって適切に改変する必要があることがある。
Transformation of host cells Techniques for transformation of prokaryotic hosts are well described in the art, for example Sambrook et al (Molecular Cloning: A Laboratory Manual, 2nd edition, 1989, Cold Spring Harbor Laboratory Press). Please refer to. If a prokaryotic host is used, it may be necessary to appropriately modify the nucleotide sequence prior to transformation, such as by removing introns.
糸状菌細胞は、当技術分野において公知の様々な方法、例えば、公知の手法でのプロトプラスト形成及びプロトプラストの形質転換、続いて細胞壁の再生を含む方法を使用して、形質転換することができると予想される。宿主微生物としてのアスペルギルス属の使用は、欧州特許第0238023号明細書に記載されている。 Filamentous fungal cells can be transformed using various methods known in the art, for example, methods involving protoplast formation and protoplast transformation in a known manner, followed by cell wall regeneration. is expected. The use of Aspergillus as a host microorganism is described in EP0238023.
もう1つの宿主生物は植物でありうる。植物を形質転換するために使用される一般的技術の概説は、Potrykusによる論文(Annu Rev Plant Physiol Plant Mol Biol [1991] 42:205-225)及びChristouによる論文(Agro-Food-Industry Hi-Tech March/April 1994 17-27)で見出されると予想される。植物形質転換に関するさらなる教示は、欧州特許第0449375号明細書で見出されると予想される。 Another host organism may be a plant. An overview of the general techniques used to transform plants is given by Potrykus (Annu Rev Plant Physiol Plant Mol Biol [1991] 42: 205-225) and Christou (Agro-Food-Industry Hi-Tech). March / April 1994 17-27). Further teachings regarding plant transformation are expected to be found in EP 0449375.
真菌、酵母及び植物の形質転換に関する一般的な教示を下記の節で提示する。 General teachings on fungal, yeast and plant transformation are presented in the sections below.
形質転換真菌
宿主細胞は、真菌、例えばカビであってもよい。好適なそのような宿主の例には、サーモマイセス属(Thermomyces)、アクレモニウム属、アスペルギルス属、アオカビ属、ケカビ属、アカパンカビ属、トリコデルマ属などに属する任意のメンバーが含まれる。
Transformed fungus The host cell may be a fungus, such as a mold. Examples of suitable such hosts include any member belonging to the genus Thermomyces, Acremonium, Aspergillus, Aochobi, Astragalus, Acapanga, Trichoderma and the like.
一実施形態において、宿主細胞は糸状菌であってもよい。 In one embodiment, the host cell may be a filamentous fungus.
糸状菌の形質転換は、米国特許第5741665号明細書において論じられており、糸状菌の形質転換及びその真菌の培養法についての標準的技術は当技術分野において周知であると述べられている。アカパンカビ(N. crassa)に適用されるような技術の広範な概説は、例えば、Davis and de Serres, Methods Enzymol (1971) 17A: 79-143において見つけられる。 Filamentous transformation is discussed in US Pat. No. 5,741,665, and standard techniques for filamentous fungal transformation and its fungal culture are stated to be well known in the art. A broad review of techniques such as applied to N. crassa can be found, for example, in Davis and de Serres, Methods Enzymol (1971) 17A: 79-143.
同じく糸状菌の形質転換に利用することができるさらなる教示が米国特許第5674707号明細書において概説されている。 Further teachings that can also be utilized for transformation of filamentous fungi are outlined in US Pat. No. 5,674,707.
加えて、糸状菌における遺伝子発現は、Punt et al.(2002) Trends Biotechnol 2002 May;20(5):200-6、Archer & Peberdy Crit Rev Biotechnol (1997) 17(4):273-306において教示されている。 In addition, gene expression in filamentous fungi is taught in Punt et al. (2002) Trends Biotechnol 2002 May; 20 (5): 200-6, Archer & Peberdy Crit Rev Biotechnol (1997) 17 (4): 273-306 Has been.
本明細書は、これらの標準的技術の使用によって調製される本明細書による遺伝子導入糸状菌の産生を包含する。 The present specification encompasses the production of transgenic filamentous fungi according to the present specification prepared by use of these standard techniques.
一態様において、宿主生物は、クロコウジカビ(Aspergillus niger)などのアスペルギルス属のものでありうる。 In one embodiment, the host organism can be of the genus Aspergillus, such as Aspergillus niger.
本発明による遺伝子導入アスペルギルス属は、例えば、Turner G. 1994(Vectors for genetic manipulation.In: Martinelli S.D., Kinghorn J.R.( Editors) Aspergillus: 50 years on.Progress in industrial microbiology vol 29.Elsevier Amsterdam 1994. pp. 641-666)の教示に従うことによって調製することもできる。 For example, Turner G. 1994 (Vectors for genetic manipulation. In: Martinelli SD, Kinghorn JR (Editors) Aspergillus: 50 years on. Progress in industrial microbiology vol 29. Elsevier Amsterdam 1994. pp. 641-666) can also be prepared.
形質転換酵母
別の実施形態において、遺伝子導入生物は酵母でありうる。
Transformed Yeast In another embodiment, the transgenic organism can be a yeast.
酵母における異種遺伝子発現の原理の概説は、例えば、Methods Mol Biol (1995), 49:341-54、及びCurr Opin Biotechnol (1997) Oct;8(5):554-60に提供されている。 A review of the principles of heterologous gene expression in yeast is provided, for example, in Methods Mol Biol (1995), 49: 341-54, and Curr Opin Biotechnol (1997) Oct; 8 (5): 554-60.
この関連で、酵母、例えば、出芽酵母(Saccharomyces cerevisi)又はピキア・パストリス(Pichia pastoris)種(FEMS Microbiol Rev (2000 24(1):45-66を参照されたい)を異種遺伝子発現のための媒体として使用してもよい。 In this context, yeasts, such as Saccharomyces cerevisi or Pichia pastoris species (see FEMS Microbiol Rev (see 2000 24 (1): 45-66), are vehicles for heterologous gene expression. May be used as
出芽酵母における異種遺伝子発現及び遺伝子産物の分泌についての原理の概説は、E Hinchcliffe E Kenny (1993, "Yeast as a vehicle for the expression of heterologous genes", Yeasts, Vol 5, Anthony H Rose and J Stuart Harrison, eds, 2nd edition, Academic Press社)によって与えられている。 An overview of the principles of heterologous gene expression and gene product secretion in budding yeast can be found in E Hinchcliffe E Kenny (1993, "Yeast as a vehicle for the expression of heterologous genes", Yeasts, Vol 5, Anthony H Rose and J Stuart Harrison eds, 2nd edition, Academic Press).
酵母の形質転換のために、いくつかの形質転換実施手順が開発された。例えば、本発明による遺伝子導入サッカロミセス(Saccharomyces)は、Hinnen et al.(1978, Proceedings of the National Academy of Sciences of the USA 75, 1929)、Beggs, J D(1978, Nature, London, 275, 104)及びIto, H et al(1983, J Bacteriology 153, 163-168)の教示に従って調製することができる。 Several transformation procedures have been developed for yeast transformation. For example, transgenic Saccharomyces according to the present invention is described by Hinnnen et al. (1978, Proceedings of the National Academy of Sciences of the USA 75, 1929), Beggs, JD (1978, Nature, London, 275, 104) and It can be prepared according to the teachings of Ito, H et al (1983, J Bacteriology 153, 163-168).
形質転換酵母細胞は、様々な選択マーカー、例えば、栄養要求性マーカー、優性抗生物質耐性マーカーを使用して選択することができると予想される。 It is expected that transformed yeast cells can be selected using a variety of selectable markers, such as auxotrophic markers, dominant antibiotic resistance markers.
形質転換植物/植物細胞
本発明に好適な宿主細胞は植物細胞であることもある。この関連で、遺伝子改変植物の構築の基本原理は、遺伝情報を植物ゲノムに挿入して、挿入された遺伝物質の安定的維持を達成することである。一般的技術の概説は、Potrykusによる論文((Annu Rev Plant Physiol Plant Mol Biol [1991] 42:205-225)及びChristouによる論文(Agro-Food-Industry Hi-Tech March/April 1994 17-27)で見出されると予想される。
Transformed Plant / Plant Cell A suitable host cell for the present invention may be a plant cell. In this regard, the basic principle of construction of genetically modified plants is to insert genetic information into the plant genome to achieve stable maintenance of the inserted genetic material. General techniques are reviewed in Potrykus (Annu Rev Plant Physiol Plant Mol Biol [1991] 42: 205-225) and Christou (Agro-Food-Industry Hi-Tech March / April 1994 17-27). Expected to be found.
アグロバクテリウム(Agrobacterium)による植物組織の直接感染は、広く利用されてきた単純な技術であり、Butcher D.N.et al., (1980), Tissue Culture Methods for Plant Pathologists, eds.: D.S. Ingrams and J.P. Helgeson, 203-208に記載されている。 Direct infection of plant tissue by Agrobacterium is a simple technique that has been widely used, butcher DNet al., (1980), Tissue Culture Methods for Plant Pathologists, eds .: DS Ingrams and JP Helgeson , 203-208.
植物を形質転換するための他の技術としては、バリスティック形質転換、炭化ケイ素ウィスカ技術(Frame BR, Drayton PR, Bagnaall SV, Lewnau CJ, Bullock WP, Wilson HM, Dunwell JM, Thompson JA & Wang K (1994) Production of fertile transgenic maize plants by silicon carbide whisker-mediated transformation, The Plant Journal 6: 941-948を参照されたい)及びウイルス形質転換技術(例えば、Meyer P, Heidmann I & Niedenhof I (1992) The use of cassava mosaic virus as a vector system for plants, Gene 110: 213-217を参照されたい)が挙げられる。 Other techniques for transforming plants include ballistic transformation, silicon carbide whisker technology (Frame BR, Drayton PR, Bagnaall SV, Lewnau CJ, Bullock WP, Wilson HM, Dunwell JM, Thompson JA & Wang K ( 1994) Production of fertile transgenic maize plants by silicon carbide whisker-mediated transformation, See The Plant Journal 6: 941-948) and virus transformation techniques (eg Meyer P, Heidmann I & Niedenhof I (1992) The use of cassava mosaic virus as a vector system for plants, Gene 110: 213-217).
植物形質転換に関するさらなる教示は、欧州特許第0449375号明細書で見出されると予想される。 Further teachings regarding plant transformation are expected to be found in EP 0449375.
植物細胞は、周知の組織培養法に従って、例えば、アミノ酸、植物ホルモン、ビタミンなどの必要増殖因子を補足した好適な培養培地で細胞を培養することによって、増殖させ、維持することができると予想される。 It is expected that plant cells can be grown and maintained according to well-known tissue culture methods, for example, by culturing the cells in a suitable culture medium supplemented with necessary growth factors such as amino acids, plant hormones, vitamins, etc. The
さらなる態様において、本明細書は、本明細書によるヌクレオチド配列又はコンストラクトを担持し、ヌクレオチド配列又はコンストラクトを植物などの生物のゲノムに導入することができる、ベクター系に関する。ベクター系は、1つのベクターを含むこともあるが、2つのベクターを含むこともある。2つのベクターの場合、そのベクター系は、通常、バイナリーベクター系と呼ばれる。バイナリーベクター系は、Gynheung An et al., (1980), Binary Vectors, Plant Molecular Biology Manual A3, 1-19においてさらに詳細に説明されている。 In a further aspect, the present description relates to a vector system that carries a nucleotide sequence or construct according to the present description and that can introduce the nucleotide sequence or construct into the genome of an organism such as a plant. A vector system may contain one vector but may contain two vectors. In the case of two vectors, the vector system is usually called a binary vector system. The binary vector system is described in further detail in Gynheung An et al., (1980), Binary Vectors, Plant Molecular Biology Manual A3, 1-19.
植物細胞の形質転換に広範に利用されている1つの系は、アグロバクテリウム・ツメファシエンス(Agrobacterium tumefaciens)からのTiプラスミド、又はアグロバクテリウム・リゾゲネス(Agrobacterium rhizogenes)からのRiプラスミドを使用する。An et al., (1986), Plant Physiol.81, 301-305及びButcher D.N.et al., (1980), Tissue Culture Methods for Plant Pathologists, eds.: D.S. Ingrams and J.P. Helgeson, 203-208。植物における所望のプロモーター又は本発明によるコンストラクト若しくはヌクレオチド配列の各々の導入法後、さらなるDNA配列の存在及び/又は挿入が必要であることもある。例えば、形質転換に植物細胞のTi又はRiプラスミドを使用する場合、Ti及びRiプラスミドT−DNAの少なくとも右の境界、しかし多くの場合左右の境界、を導入された遺伝子の隣接領域として、結合することができる。植物細胞の形質転換のためのT−DNAの使用は、徹底的に研究されており、欧州特許第0120516号明細書;Hoekema, in: The Binary Plant Vector System Offset-drukkerij Kanters B.B., Alblasserdam, 1985, Chapter V;Fraley, et al., Crit.Rev. Plant Sci., 4:1-46;及びAn et al., EMBO J. (1985) 4:277-284に記載されている。 One widely used system for plant cell transformation uses Ti plasmids from Agrobacterium tumefaciens or Ri plasmids from Agrobacterium rhizogenes. An et al., (1986), Plant Physiol. 81, 301-305 and Butcher D. N. et al., (1980), Tissue Culture Methods for Plant Pathologists, eds .: D.S. Ingrams and J.P. Helgeson, 203-208. Following the introduction of the desired promoter in the plant or each of the constructs or nucleotide sequences according to the invention, the presence and / or insertion of additional DNA sequences may be necessary. For example, when using plant cell Ti or Ri plasmids for transformation, bind at least the right border of Ti and Ri plasmid T-DNA, but often the left and right borders, as adjacent regions of the introduced gene. be able to. The use of T-DNA for transformation of plant cells has been thoroughly studied and is described in EP 0120516; Hoekema, in: The Binary Plant Vector System Offset-drukkerij Kanters BB, Alblasserdam, 1985, Chapter V; Fraley, et al., Crit. Rev. Plant Sci., 4: 1-46; and An et al., EMBO J. (1985) 4: 277-284.
培養及び産生
本明細書に記載するヌクレオチド配列で形質転換された宿主細胞は、コードされたポリペプチドの産生を助長する並びに細胞及び/又は培養培地からのポリペプチドの回収を促進する条件下で培養されうる。
Culture and Production Host cells transformed with the nucleotide sequences described herein are cultured under conditions that facilitate production of the encoded polypeptide and facilitate recovery of the polypeptide from the cell and / or culture medium. Can be done.
細胞を培養するために使用される培地は、当該の宿主細胞の増殖及びポリペプチドの発現達成に好適な、従来のいずれの培地であってもよい。 The medium used for culturing the cells may be any conventional medium suitable for the growth of the host cells and the expression of the polypeptide.
組換え細胞によって産生されたタンパク質を細胞表面に提示させてもよい。 Proteins produced by recombinant cells may be displayed on the cell surface.
周知の手順を使用して、タンパク質を宿主細胞から分泌させてもよく、培養培地から適便に回収してもよい。 Using well-known procedures, the protein may be secreted from the host cell and may be conveniently recovered from the culture medium.
分泌
多くの場合、タンパク質は、タンパク質をより容易に回収することができる培養培地に発現宿主細胞から分泌されることが望ましい。本明細書によれば、分泌リーダー配列を所望の発現宿主に基づいて選択することができると予想される。ハイブリッドシグナル配列を本発明に関連して使用してもよい。
Secretion In many cases, it is desirable for the protein to be secreted from the expression host cell into a culture medium where the protein can be more easily recovered. According to the present specification, it is expected that the secretory leader sequence can be selected based on the desired expression host. Hybrid signal sequences may be used in connection with the present invention.
異種分泌リーダー配列の典型的な例は、真菌アミログルコシダーゼ(AG,amyloglucosidase)遺伝子に由来するもの(glaA、例えばアスペルギルス属からの、18アミノ酸バージョンと24アミノ酸バージョン両方)、a因子遺伝子(酵母、例えば、サッカロミセス、クリベロミセス(Kluyveromyces)及びハンゼヌラ(Hansenula))に由来するもの、又はα−アミラーゼ遺伝子(桿菌)に由来するものである。 Typical examples of heterologous secretory leader sequences are those derived from the fungal amyloglucosidase (AG) gene (glaA, eg, both 18 and 24 amino acid versions from Aspergillus), a factor gene (eg, yeast, eg , Derived from Saccharomyces, Kluyveromyces and Hansenula, or derived from the α-amylase gene (gonococci).
例として、大腸菌における異種タンパク質の分泌は、Methods Enzymol (1990) 182:132-43において概説されている。 As an example, secretion of heterologous proteins in E. coli is reviewed in Methods Enzymol (1990) 182: 132-43.
発現ベクター
用語「発現ベクター」は、インビボ、エクスビボ又はインビトロでの発現能力があるコンストラクトを意味する。
Expression Vector The term “expression vector” means a construct capable of expression in vivo, ex vivo or in vitro.
用語「コンストラクト」は「結合体」、「カセット」及び「ハイブリッド」などの用語と同義語であり、プロモーターに直接結合していてもよく、又は間接的に結合していてもよい、本明細書に記載のヌクレオチド配列を含む。間接的結合の例は、プロモーターと本発明のヌクレオチド配列の間に介在するスペーサー基、例えば、Sh1−イントロン又はADHイントロンなどのイントロン配列の提供である。同じことが、直接的又は間接的結合を含む本発明に関する用語「融合した」にも言える。場合によっては、これらの用語は、野生型遺伝子プロモーターと通常は会合しているタンパク質をコードするヌクレオチド配列の天然の組合せであって、それらの両方がそれらの天然の環境にあるときの組合せを包含しない。 The term “construct” is synonymous with terms such as “conjugate”, “cassette” and “hybrid”, and may be directly or indirectly linked to a promoter. The nucleotide sequence described in An example of indirect binding is the provision of a spacer group intervening between the promoter and the nucleotide sequence of the invention, eg, an intron sequence such as a Sh1-intron or an ADH intron. The same is true for the term “fused” with respect to the present invention, including direct or indirect binding. In some cases, these terms include natural combinations of nucleotide sequences encoding proteins normally associated with wild-type gene promoters, both of which are in their natural environment. do not do.
コンストラクトは、遺伝子コンストラクトの選択を可能にするマーカーを含有又は発現することさえありうる。 The construct may even contain or express a marker that allows selection of the gene construct.
一部の応用例については、コンストラクトは、プロモーターに作動可能に連結されている、本明細書に記載するヌクレオチド配列を、少なくとも含む。 For some applications, the construct includes at least a nucleotide sequence described herein that is operably linked to a promoter.
本明細書のヌクレオチド配列はベクター内に存在することがあり、前記ベクター内で、前記ヌクレオチド配列は、好適な宿主細胞による前記ヌクレオチド配列の発現をもたらすことができる調節配列に作動可能に連結されている。 The nucleotide sequence herein may be present in a vector, wherein the nucleotide sequence is operably linked to a regulatory sequence capable of effecting expression of the nucleotide sequence by a suitable host cell. Yes.
一部の実施形態において、発現ベクターのポリペプチドHPをコードするポリヌクレオチド配列は、ポリヌクレオチド配列で形質転換されることになる若しくはされた又はポリヌクレオチド配列がトランスフェクトされることになる若しくはされた宿主細胞のためにコドン最適化されることがある。 In some embodiments, the polynucleotide sequence encoding the polypeptide HP of the expression vector will or will be transformed with the polynucleotide sequence or the polynucleotide sequence will be transfected. It may be codon optimized for the host cell.
用語「作動可能に連結されている」は、記載する成分がそれらの所期の様式で機能することを可能にする関係で存在する、並置を指す。コード配列に「作動可能に連結されている」調節配列は、その制御配列と適合する条件下で前記コード配列の発現が達成されるようにライゲーションされている。例えば、プロモーターは、コード配列の転写を制御する場合、そのコード配列に作動可能に連結されている。 The term “operably linked” refers to a juxtaposition that exists in a relationship that allows the described components to function in their intended manner. A regulatory sequence “operably linked” to a coding sequence is ligated in such a way that expression of the coding sequence is achieved under conditions compatible with the control sequences. For example, a promoter is operably linked to a coding sequence when it controls transcription of the coding sequence.
用語「調節配列」は、プロモーター及びエンハンサー並びに他の発現調節シグナルを含む。 The term “regulatory sequence” includes promoters and enhancers as well as other expression control signals.
用語「プロモーター」は、当技術分野の通常の意味で使用しており、例えば、RNAポリメラーゼ結合部位である。プロモーターは、ヌクレオチド配列と異種であってもよく、又は同種であってもよい。 The term “promoter” is used in the normal sense of the art, eg an RNA polymerase binding site. The promoter may be heterologous to the nucleotide sequence or may be homologous.
本明細書に記載するヌクレオチド配列の増強発現は、異種調節領域、例えばプロモーター、分泌リーダー及び終結領域によって達成されることもある。 Enhanced expression of the nucleotide sequences described herein may be achieved by heterologous regulatory regions such as promoters, secretory leaders and termination regions.
一実施形態において、本明細書に記載のヌクレオチド配列は、少なくとも1つのプロモーターに作動可能に連結されている。 In one embodiment, the nucleotide sequence described herein is operably linked to at least one promoter.
他のプロモーターが、本明細書に記載するポリペプチドの発現を指示するための使用されることもある。 Other promoters may be used to direct the expression of the polypeptides described herein.
細菌、真菌又は酵母宿主におけるヌクレオチド配列の転写を指示するための好適なプロモーターの例は、当技術分野において周知である。 Examples of suitable promoters for directing transcription of nucleotide sequences in bacterial, fungal or yeast hosts are well known in the art.
プロモーターは、好適な宿主において確実に発現させるための又は発現を増加させるための機構をさらに含むことができる。例えば、機構は、保存領域、例えば、プリブノーボックス又はTATAボックスでありうる。 A promoter can further include a mechanism for ensuring expression in a suitable host or for increasing expression. For example, the mechanism can be a storage area, such as a pre-Beno box or a TATA box.
好適な宿主に形質転換されると、ベクターは、宿主ゲノムから独立して複製し、機能することができ、又は場合によっては、好適な宿主細胞のゲノムに組み込まれることもある。場合によっては、用語「組み込まれる」は、ゲノムへの安定的組み込みを包含する。 Once transformed into a suitable host, the vector can replicate and function independently of the host genome, or in some cases, can be integrated into the genome of a suitable host cell. In some cases, the term “integrated” encompasses stable integration into the genome.
本発明における使用のためのベクターは、本明細書のポリペプチドの発現をもたらすために本明細書に記載の好適な宿主細胞に形質転換されることもある。 Vectors for use in the present invention may be transformed into a suitable host cell as described herein to effect expression of the polypeptides herein.
ベクターは、プラスミドであってもよく、ファージ粒子であってもよく、又は単に潜在的ゲノムインサートであってもよい。 The vector may be a plasmid, a phage particle, or simply a potential genomic insert.
ベクター、例えば、プラスミド、コスミド又はファージベクターの選択は、それが導入されることになる宿主細胞に依存することになることが多い。 The selection of a vector, such as a plasmid, cosmid or phage vector, will often depend on the host cell into which it will be introduced.
本発明における使用のためのベクターは、1つ又は2つ以上の選択可能マーカー遺伝子、例えば、抗生物質耐性、例えば、アンピシリン、カナマイシン、クロラムフェニコール又はテトラサイクリン耐性を付与する遺伝子を含有することもある。あるいは、選択を(国際公開第91/17243号パンフレットに記載されているように)コトランスフェクションによって達成されてもよい。 Vectors for use in the present invention may also contain one or more selectable marker genes, for example genes that confer antibiotic resistance, such as ampicillin, kanamycin, chloramphenicol or tetracycline resistance. is there. Alternatively, selection may be accomplished by cotransfection (as described in WO 91/17243).
ベクターは、インビトロで、例えば、RNAの産生のために使用されることもあり、又は宿主細胞にトランスフェクトするために、宿主細胞を形質転換するために、宿主細胞に形質導入するために若しくは宿主細胞を感染させるために使用されることもある。 Vectors may be used in vitro, for example, for the production of RNA, or to transfect host cells, to transfect host cells, to transfect host cells, or to transfect host cells. Sometimes used to infect cells.
ベクターは、当該の宿主細胞におけるベクターの複製を可能にするヌクレオチド配列をさらに含むこともある。そのような配列の例は、プラスミドpUC19、pACYC177、pUB110、pE194、pAMB1及びpIJ702の複製起点である。 The vector may further comprise a nucleotide sequence that allows the vector to replicate in the host cell. Examples of such sequences are the origins of replication of plasmids pUC19, pACYC177, pUB110, pE194, pAMB1 and pIJ702.
一実施形態において、発現ベクターは、本発明による1つ又は2つ以上のポリヌクレオチド配列を含む。ポリヌクレオチド配列は、発現ベクターで形質転換された又は発現ベクターがトランスフェクトされた宿主細胞と異種であってもよく、又は同種であってもよい。 In one embodiment, the expression vector comprises one or more polynucleotide sequences according to the present invention. The polynucleotide sequence may be heterologous to or homologous to the host cell transformed with or transfected with the expression vector.
障害
ポリペプチドHP、ポリペプチドHPをコードするポリヌクレオチド配列、前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、又は前記ポリヌクレオチド配列を含む発現ベクターを含む宿主細胞を対象の障害の治療及び/又は予防に使用することができ、前記障害は、炎症性障害及び/又は自己免疫障害である。障害は、自閉症を含む、CNSの障害であることもある。
Disorder Polypeptide HP, polynucleotide sequence encoding polypeptide HP, host cell comprising said polynucleotide sequence, or host cell comprising an expression vector comprising said polynucleotide sequence are used for the treatment and / or prevention of a disorder of interest. The disorder can be an inflammatory disorder and / or an autoimmune disorder. The disorder may be a disorder of the CNS, including autism.
一実施形態において、障害は、消化管、消化管の一部分、肝臓、肝細胞、上皮細胞、表皮細胞、神経細胞、膵臓及び/又は膵臓細胞(例えば、ランゲルハンス島)、腎臓、脾臓、肺及び心臓並びに/又はそれらの細胞に影響を及ぼす。 In one embodiment, the disorder is a gastrointestinal tract, a portion of the gastrointestinal tract, liver, hepatocytes, epithelial cells, epidermal cells, nerve cells, pancreas and / or pancreatic cells (eg, islets of Langerhans), kidney, spleen, lung and heart. And / or affect those cells.
消化管の部分(すなわち、部)の例としては、口、食道、胃及び腸(例えば、小腸(例えば十二指腸、空腸及び回腸)及び/又は大腸(例えば盲腸、上行結腸、横行結腸、下行結腸及びS状結腸))が挙げられる。 Examples of portions (ie, portions) of the digestive tract include the mouth, esophagus, stomach and intestine (eg, small intestine (eg, duodenum, jejunum and ileum) and / or large intestine (eg, cecum, ascending colon, transverse colon, descending colon and Sigmoid colon)).
上皮細胞の例としては、腸、口腔、肺、鼻、膣上皮細胞が挙げられる。 Examples of epithelial cells include intestinal, oral, lung, nasal and vaginal epithelial cells.
一実施形態において、障害は、炎症性腸障害(IBD,inflammatory bowel disorder)、大腸炎、関節リウマチ、乾癬、多発性硬化症、I型糖尿病、セリアック病、アトピー性皮膚炎、鼻炎、過敏性腸症候群(IBS,irritable bowel syndrome)、潰瘍性大腸炎、回腸嚢炎、クローン病、機能性ディスペプシア、アトピー性疾患、壊死性腸炎、非アルコール性脂肪肝疾患、胃腸感染症、狼瘡、腎炎/糸球体腎炎、喘息、COPD、心筋炎及びこれらの組合せからなる群から選択される。 In one embodiment, the disorder is inflammatory bowel disorder (IBD), colitis, rheumatoid arthritis, psoriasis, multiple sclerosis, type I diabetes, celiac disease, atopic dermatitis, rhinitis, irritable bowel Syndrome (IBS, irritable bowel syndrome), ulcerative colitis, ileal cystitis, Crohn's disease, functional dyspepsia, atopic disease, necrotizing enterocolitis, nonalcoholic fatty liver disease, gastrointestinal infection, lupus, nephritis / glomerulonephritis , Selected from the group consisting of asthma, COPD, myocarditis and combinations thereof.
一態様において、障害は腸に影響を及ぼす。 In one aspect, the disorder affects the intestine.
一態様において、障害は炎症性障害である。例えば、障害は、クローン病などの炎症性腸障害(IBD)である。 In one aspect, the disorder is an inflammatory disorder. For example, the disorder is an inflammatory bowel disorder (IBD) such as Crohn's disease.
一態様において、障害は自己免疫障害である。例えば、自己免疫障害は、潰瘍性大腸炎、回腸嚢炎、関節リウマチ、乾癬、多発性硬化症、I型糖尿病、アレルギー(セリアック病を含む)、アトピー性皮膚炎、鼻炎、狼瘡、腎炎/糸球体腎炎、喘息、COPD及び心筋炎からなる群から選択される。 In one aspect, the disorder is an autoimmune disorder. For example, autoimmune disorders include ulcerative colitis, ileal cystitis, rheumatoid arthritis, psoriasis, multiple sclerosis, type I diabetes, allergy (including celiac disease), atopic dermatitis, rhinitis, lupus, nephritis / glomera Selected from the group consisting of nephritis, asthma, COPD and myocarditis.
対象
一実施形態において、対象は単胃動物である。
Subjects In one embodiment, the subject is a monogastric animal.
単胃動物の例としては、家禽、ヒト、ラット、ブタ、イヌ、ネコ、ウマ及びウサギが挙げられる。 Examples of monogastric animals include poultry, humans, rats, pigs, dogs, cats, horses and rabbits.
別の実施形態において、対象は、単胃哺乳動物などの哺乳動物である。 In another embodiment, the subject is a mammal, such as a monogastric mammal.
単胃哺乳動物の例としては、雑食動物(例えば、ヒト、ラット及びブタ)、肉食動物(例えば、イヌ及びネコ)、及び草食動物(例えば、ウマ及びウサギ)が挙げられる。 Examples of monogastric mammals include omnivores (eg, humans, rats and pigs), carnivores (eg, dogs and cats), and herbivores (eg, horses and rabbits).
一実施形態において、対象はヒトである。 In one embodiment, the subject is a human.
一態様において、対象は、炎症性腸障害(IBD)、大腸炎、関節リウマチ、乾癬、多発性硬化症、I型糖尿病、セリアック病、アトピー性皮膚炎、鼻炎、過敏性腸症候群(IBS)、潰瘍性大腸炎、回腸嚢炎、クローン病、機能性ディスペプシア、アトピー性疾患、壊死性腸炎、非アルコール性脂肪肝疾患、胃腸感染症、狼瘡、腎炎/糸球体腎炎、喘息、COPD、心筋炎及びこれらの組合せからなる群から選択される障害を有する。例えば、対象は、IBDを有する。 In one aspect, the subject has inflammatory bowel disorder (IBD), colitis, rheumatoid arthritis, psoriasis, multiple sclerosis, type I diabetes, celiac disease, atopic dermatitis, rhinitis, irritable bowel syndrome (IBS), Ulcerative colitis, ileal cystitis, Crohn's disease, functional dyspepsia, atopic disease, necrotizing enterocolitis, nonalcoholic fatty liver disease, gastrointestinal infection, lupus, nephritis / glomerulonephritis, asthma, COPD, myocarditis and these Having a disorder selected from the group consisting of: For example, the subject has IBD.
モジュレーション(modulation)/調節
用語「モジュレーション」及び「調節」を本明細書では同義語として使用することがある。
Modulation / Adjustment The terms “modulation” and “modulation” are sometimes used synonymously herein.
一実施形態において、ポリペプチドHP、ポリペプチドHPをコードするポリヌクレオチド配列、前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、又は前記ポリヌクレオチド配列を含む発現ベクターを含む宿主細胞は、対象の細胞、組織又は器官の炎症をモジュレートするために使用される。 In one embodiment, the polypeptide HP, a polynucleotide sequence encoding the polypeptide HP, a host cell comprising the polynucleotide sequence, or a host cell comprising an expression vector comprising the polynucleotide sequence is a cell, tissue or organ of interest. Used to modulate inflammation.
一実施形態において、用語「モジュレーション」は、増加及び/又は誘導及び/又は促進及び/又は活性化を指す。代替実施形態において、用語「モジュレーション」は、減少及び/又は低減及び/又は阻害を指す。 In one embodiment, the term “modulation” refers to increase and / or induction and / or promotion and / or activation. In an alternative embodiment, the term “modulation” refers to reduction and / or reduction and / or inhibition.
一実施形態において、用語「調節」は、上方調節を指す。代替実施形態において、用語「調節」は、下方調節を指す。 In one embodiment, the term “modulation” refers to upregulation. In an alternative embodiment, the term “adjustment” refers to downward adjustment.
一実施形態において、本明細書に記載の、ポリペプチドHP、ポリペプチドHPをコードするポリヌクレオチド配列、又は宿主細胞は、細胞、組織又は器官の炎症を低減させる。例えば、消化管、消化管の一部分(すなわち、一部)(例えば、腸)、肝臓、肝細胞、上皮細胞、表皮細胞、神経細胞、膵臓及び/又は膵臓細胞(例えば、ランゲルハンス島)、腎臓、脾臓、肺及び心臓並びに/又はそれらの細胞の炎症を低減させる。 In one embodiment, a polypeptide HP, a polynucleotide sequence encoding a polypeptide HP, or a host cell described herein reduces inflammation of a cell, tissue or organ. For example, the digestive tract, a portion (ie, part) of the digestive tract (ie, the intestine), liver, hepatocyte, epithelial cell, epidermal cell, nerve cell, pancreas and / or pancreatic cell (eg, islets of Langerhans), kidney, Reduce inflammation of the spleen, lungs and heart and / or their cells.
一例では、消化管又はその一部(例えば、腸)の炎症を低減させる。 In one example, inflammation of the gastrointestinal tract or part thereof (eg, intestine) is reduced.
別の例では、組織又は器官の上皮細胞による炎症を低減させる。 In another example, inflammation due to epithelial cells of a tissue or organ is reduced.
用語「炎症」は、本明細書において使用する場合、次のものの1つ又は2つ以上を指す:免疫系の過剰反応によって誘発される炎症過程に起因する、発赤、腫脹、疼痛、圧痛、発熱、及び細胞、組織又は器官の機能障害。 The term “inflammation” as used herein refers to one or more of the following: redness, swelling, pain, tenderness, fever resulting from an inflammatory process induced by an overreaction of the immune system. And cell, tissue or organ dysfunction.
一実施形態において、対象の炎症を起こしている細胞の数は、本明細書に記載のポリペプチド、ポリヌクレオチド又は宿主細胞の投与後、本明細書に記載の、ポリペプチドHP、又はHPをコードするポリヌクレオチド配列、又は宿主細胞を対象に投与する前の対象の炎症を起こしている細胞の数と比較して、少なくとも10%、20%、30%、40%又は50%少ない。 In one embodiment, the number of inflamed cells of the subject encodes a polypeptide HP, or HP, as described herein after administration of a polypeptide, polynucleotide, or host cell described herein. Or at least 10%, 20%, 30%, 40% or 50% less than the number of inflamed cells in the subject prior to administering the host cell to the subject.
一実施形態において、対象の炎症を起こしている組織又は器官の量は、本明細書に記載のポリペプチド、ポリヌクレオチド又は宿主細胞の投与後、本明細書に記載の、ポリペプチドHP、HPをコードするポリヌクレオチド配列、又は宿主細胞を対象に投与する前の対象の炎症を起こしている組織又は器官の量と比較して、少なくとも10%、20%、30%、40%又は50%少ない。 In one embodiment, the amount of the inflamed tissue or organ of the subject is the amount of polypeptide HP, HP, as described herein after administration of the polypeptide, polynucleotide or host cell described herein. At least 10%, 20%, 30%, 40% or 50% less compared to the amount of inflamed tissue or organ of the subject prior to administration of the encoding polynucleotide sequence or host cell to the subject.
一実施形態において、本明細書に記載の、ポリペプチドHP、ポリペプチドHPをコードするポリヌクレオチド配列、又は宿主細胞は、組織又は器官の上皮細胞による炎症を低減させる。 In one embodiment, a polypeptide HP, a polynucleotide sequence encoding a polypeptide HP, or a host cell as described herein reduces inflammation due to epithelial cells of a tissue or organ.
例えば、上皮細胞は、消化管又はその一部(例えば、腸)の上皮細胞である。 For example, an epithelial cell is an epithelial cell of the digestive tract or a part thereof (eg, intestine).
理論によって拘束されることを望むものではないが、本明細書に記載の、ポリペプチドHP、ポリペプチドHPをコードするポリヌクレオチド配列、又は宿主細胞は、対象におけるT細胞(例えば、Tregと呼ばれることもある調節性T細胞)の産生を増加させる。Treg数のこの増加は、炎症、自己免疫及びアレルギー/アトピー状態に至らせる、他のエフェクターT細胞(Teffとも呼ばれる)、例えばTh1、Th17及びTh2の、作用に対抗することができる。クローン病及び潰瘍性大腸炎では、Teff/Treg細胞のバランスが失われる。 Without wishing to be bound by theory, the polypeptide HP, polynucleotide sequence encoding the polypeptide HP, or host cell described herein may be a T cell in a subject (eg, referred to as a Treg). Increase the production of certain regulatory T cells). This increase in Treg number can counteract the effects of other effector T cells (also called Teff), such as Th1, Th17 and Th2, leading to inflammation, autoimmunity and allergic / atopic conditions. In Crohn's disease and ulcerative colitis, the Teff / Treg cell balance is lost.
一実施形態において、対象におけるT細胞の産生は、本明細書に記載のポリペプチド、ポリヌクレオチド又は宿主細胞の投与後、本明細書に記載の、ポリペプチドHP、又はHPをコードするポリヌクレオチド配列、又は宿主細胞を対象に投与する前の対象におけるT細胞の数と比較して、少なくとも10%、20%、30%、40%若しくは50%多いT細胞、又は100%を超えて多いT細胞が存在するように増加される。 In one embodiment, the production of T cells in the subject comprises polypeptide HP, or a polynucleotide sequence encoding HP, as described herein after administration of a polypeptide, polynucleotide or host cell described herein. Or at least 10%, 20%, 30%, 40% or 50% more T cells, or more than 100% more T cells compared to the number of T cells in the subject prior to administering the host cell to the subject Is increased to exist.
腸バリア完全性
一実施形態において、ポリペプチドHP、ポリペプチドHPをコードするポリヌクレオチド配列、前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、又は前記ポリヌクレオチド配列を含む発現ベクターを含む宿主細胞は、対象の腸バリア完全性を向上させるために使用される。
Intestinal Barrier Integrity In one embodiment, a polypeptide HP, a polynucleotide sequence encoding a polypeptide HP, a host cell comprising the polynucleotide sequence, or a host cell comprising an expression vector comprising the polynucleotide sequence is a subject intestine. Used to improve barrier integrity.
用語「腸バリア完全性を向上させること」は、本明細書において使用する場合、対象の腸から他の細胞に伝播する微生物の数及び/又は種類が、本明細書に記載のポリペプチド、ポリヌクレオチド又は宿主細胞の投与後、本明細書に記載のポリペプチド、ポリヌクレオチド又は宿主細胞の投与前の対象の腸から他の細胞に伝播する微生物の数及び/又は種類と比較して低減されることを指す。 The term “improving intestinal barrier integrity”, as used herein, means that the number and / or type of microorganisms that are transmitted from the subject's intestine to other cells is the polypeptide, polypeptide, or polypeptide described herein. After administration of a nucleotide or host cell, reduced compared to the number and / or type of microorganisms transmitted from the subject's intestine to other cells prior to administration of the polypeptide, polynucleotide or host cell described herein. Refers to that.
一実施形態において、対象の腸から他の細胞に伝播する微生物の数は、本明細書に記載のポリペプチド、ポリヌクレオチド又は宿主細胞の投与後、本明細書に記載の、ポリペプチドHP、又はHPをコードするポリヌクレオチド配列、又は宿主細胞を対象に投与する前の対象の腸から他の細胞に伝播する微生物の数と比較して、少なくとも10%、20%、30%、40%又は50%少ない。 In one embodiment, the number of microorganisms that propagate from the subject's intestine to other cells is determined by administration of a polypeptide, polynucleotide, or host cell described herein, polypeptide HP, or A polynucleotide sequence encoding HP, or at least 10%, 20%, 30%, 40% or 50 compared to the number of microorganisms transmitted from the subject's intestine to other cells prior to administration of the host cell to the subject. %Few.
一実施形態において、本明細書に記載のポリペプチド、ポリヌクレオチド又は宿主細胞の投与後には対象の腸から他の細胞に伝播する微生物について、本明細書に記載の、ポリペプチドHP、HPをコードするポリヌクレオチド配列、又は宿主細胞を対象に投与する前の対象の腸から他の細胞に伝播する微生物の種類と比較して、少なくとも5%、10%、15%又は20%少ない種類が存在する。 In one embodiment, the polypeptide HP, HP described herein is encoded for a microorganism that is transmitted from the intestine of the subject to other cells after administration of the polypeptide, polynucleotide or host cell described herein. There are at least 5%, 10%, 15%, or 20% less species compared to the polynucleotide sequence to be transmitted, or the type of microorganism that propagates from the subject's intestine to other cells prior to administering the host cell to the subject. .
細菌のレベル
一実施形態において、ポリペプチドHP、ポリペプチドHPをコードするポリヌクレオチド配列、前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、又は前記ポリヌクレオチド配列を含む発現ベクターを含む宿主細胞は、より有益な微生物叢をもたらすように組織又は器官内の細菌組成を改変するために使用される。例えば、本発明は、対象の組織若しくは器官における1つ若しくは2つ以上の種類の乳糖発酵性細菌(例えば、大腸菌)のレベルを低減させるために、及び/又は対象の組織若しくは器官における1つ若しくは2つ以上の種類の非乳糖発酵性細菌のレベルを低減させるために使用することができる。
Bacterial Level In one embodiment, a polypeptide HP, a polynucleotide sequence encoding the polypeptide HP, a host cell comprising the polynucleotide sequence, or a host cell comprising an expression vector comprising the polynucleotide sequence is a more beneficial microorganism. Used to modify the bacterial composition within a tissue or organ to provide a flora. For example, the present invention may be used to reduce the level of one or more types of lactose fermenting bacteria (eg, E. coli) in a subject tissue or organ and / or one or more in a subject tissue or organ. It can be used to reduce the level of two or more types of non-lactose fermenting bacteria.
用語「1つ又は2つ以上の種類の乳糖発酵性細菌のレベルを低減させる」は、本明細書において使用する場合、対象の組織又は器官における乳糖発酵性細菌の数が、本明細書に記載のポリペプチド、ポリヌクレオチド又は宿主細胞の投与後、本明細書に記載のポリペプチド、ポリヌクレオチド又は宿主細胞の投与前の対象の組織又は器官における乳糖発酵性細菌の数と比較して低減されることを指す。 The term “reducing the level of one or more types of lactose-fermenting bacteria” as used herein describes the number of lactose-fermenting bacteria in a tissue or organ of interest as described herein. After administration of the polypeptide, polynucleotide or host cell, as compared to the number of lactose-fermenting bacteria in the tissue or organ of interest prior to administration of the polypeptide, polynucleotide or host cell described herein Refers to that.
一実施形態において、対象の組織又は器官における乳糖発酵性細菌の数は、本明細書に記載のポリペプチド、ポリヌクレオチド又は宿主細胞の投与後、本明細書に記載の、ポリペプチドHP、HPをコードするポリヌクレオチド配列、又は宿主細胞を対象に投与する前の対象の組織又は器官における乳糖発酵性細菌の数と比較して、少なくとも10%、20%、30%、40%又は50%少ない。 In one embodiment, the number of lactose-fermenting bacteria in a subject tissue or organ is determined by administering a polypeptide HP, HP, as described herein after administration of a polypeptide, polynucleotide or host cell as described herein. At least 10%, 20%, 30%, 40% or 50% less than the number of lactose-fermenting bacteria in the tissue or organ of the subject prior to administering the encoding polynucleotide sequence or host cell to the subject.
乳糖発酵性細菌の例としては、大腸菌、エンテロバクター(Enterobacter)及びクレブシエラ(Klebsiella)が挙げられる。 Examples of lactose-fermenting bacteria include E. coli, Enterobacter and Klebsiella.
用語「1つ又は2つ以上の種類の非乳糖発酵性細菌のレベルを低減させる」は、本明細書において使用する場合、対象の組織又は器官における非乳糖発酵性細菌の数が、本明細書に記載のポリペプチド、ポリヌクレオチド又は宿主細胞の投与前の対象の組織又は器官における非乳糖発酵性細菌の数と比較して、ポリペプチド、ポリヌクレオチド又は宿主細胞の投与後に低減されることを指す。 The term “reducing the level of one or more types of non-lactose-fermenting bacteria” as used herein indicates the number of non-lactose-fermenting bacteria in a tissue or organ of interest as defined herein. Refers to being reduced after administration of the polypeptide, polynucleotide or host cell, as compared to the number of non-lactose fermenting bacteria in the tissue or organ of interest prior to administration of the polypeptide, polynucleotide or host cell. .
一実施形態において、対象の組織又は器官における非乳糖発酵性細菌の数は、本明細書に記載のポリペプチド、ポリヌクレオチド又は宿主細胞の投与後、本明細書に記載の、ポリペプチドHP、HPをコードするポリヌクレオチド配列、又は宿主細胞を対象に投与する前の対象の組織又は器官における非乳糖発酵性細菌の数と比較して、少なくとも10%、20%、30%、40%又は50%少ない。 In one embodiment, the number of non-lactose-fermenting bacteria in the tissue or organ of interest is the polypeptide HP, HP, as described herein after administration of the polypeptide, polynucleotide or host cell described herein. Or at least 10%, 20%, 30%, 40% or 50% compared to the number of non-lactose fermenting bacteria in the tissue or organ of the subject prior to administering the host cell to the subject Few.
非乳糖発酵性細菌の例としては、サルモネラ菌(Salmonella)、プロテウス属(Proteus)種、緑膿菌(Pseudomonas aeruginosa)及び赤痢菌(Shigella)のような細菌が挙げられる。 Examples of non-lactose fermenting bacteria include bacteria such as Salmonella, Proteus species, Pseudomonas aeruginosa and Shigella.
一実施形態において、組織又は器官は、腸間膜リンパ節、肝臓、膵臓、脾臓及びこれらの組合せからなる群から選択される。 In one embodiment, the tissue or organ is selected from the group consisting of mesenteric lymph nodes, liver, pancreas, spleen and combinations thereof.
食欲及び/又は体重の調節
一実施形態において、ポリペプチドHP、前記ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列、前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、又は前記ポリヌクレオチド配列を含む発現ベクターを含む宿主細胞は、対象(例えば、IBDを有する対象)の食欲(例えば、食物摂取量)を調節するために使用される。
Appetite and / or body weight regulation In one embodiment, a polypeptide HP, a polynucleotide sequence encoding the polypeptide, a host cell comprising the polynucleotide sequence, or a host cell comprising an expression vector comprising the polynucleotide sequence comprises: Used to regulate the appetite (eg, food intake) of a subject (eg, a subject with IBD).
本明細書において使用する場合、用語「食欲を調節する」又は「食欲を調節すること」は、対象の食物を食べたいという欲求をモジュレートする(例えば、増加させる又は減少させる)ことができることを指す。 As used herein, the term “modulate appetite” or “modulate appetite” can modulate (eg, increase or decrease) a subject's desire to eat food. Point to.
一実施形態において、用語「調節する」又は「調節」は、食欲(例えば、食物摂取量)の増加を指す。代替実施形態において、用語「調節する」又は「調節」は、食欲(例えば、食物摂取量)の減少を指す。 In one embodiment, the term “modulate” or “modulation” refers to an increase in appetite (eg, food intake). In an alternative embodiment, the term “modulate” or “modulation” refers to a decrease in appetite (eg, food intake).
例えば、本明細書に記載のポリペプチド、ポリヌクレオチド又は宿主細胞は、対象の食欲を維持又は刺激する。 For example, a polypeptide, polynucleotide or host cell described herein maintains or stimulates a subject's appetite.
一実施形態において、ポリペプチドHP、前記ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列、前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、又は前記ポリヌクレオチド配列を含む発現ベクターを含む宿主細胞は、対象(例えば、IBDを有する対象)の体重を調節するために使用される。 In one embodiment, a polypeptide HP, a polynucleotide sequence encoding said polypeptide, a host cell comprising said polynucleotide sequence, or a host cell comprising an expression vector comprising said polynucleotide sequence has a subject (eg, IBD) Used to adjust the subject's weight.
一実施形態において、用語「調節する」又は「調節」は、体重の増加を指す。代替実施形態において、用語「調節する」又は「調節」は、体重の減少を指す。 In one embodiment, the term “modulate” or “modulation” refers to weight gain. In an alternative embodiment, the term “modulate” or “modulation” refers to weight loss.
例えば、本明細書に記載のポリペプチド、ポリヌクレオチド又は宿主細胞は、対象の体重を維持する、又は対象の体重を増加させる。 For example, a polypeptide, polynucleotide or host cell described herein maintains or increases a subject's weight.
理論によって拘束されることを望むものではないが、本明細書に記載の、ポリペプチドHP、HPをコードするポリヌクレオチド配列、又は宿主細胞は、食欲の抑制に関連する遺伝子(例えば、満腹ホルモンをコードする遺伝子)の発現を下方調節することによって対象の食欲に対する刺激作用を発揮する。Agt、Cartpt、Cck、Cxcl12及びGcgは、食欲調節に関連する遺伝子の例であり、これらの遺伝子の1つ又は2つ以上の下方調節は、食欲の抑制に関連する。 Without wishing to be bound by theory, the polypeptide HP described herein, a polynucleotide sequence encoding HP, or a host cell may contain a gene (eg, a satiety hormone) associated with appetite suppression. It exerts stimulating effects on the appetite of the subject by down-regulating the expression of the encoding gene. Agt, Cartpt, Cck, Cxcl12 and Gcg are examples of genes associated with appetite regulation, and one or more down regulation of these genes is associated with appetite suppression.
コレシストキニン(Cck,Cholecystokinin)及びグルカゴン(Gcg,glucagon)が満腹ホルモンの例である。 Cholecystokinin (Cck) and glucagon (Gcg, glucagon) are examples of satiety hormones.
一態様において、本明細書に記載の、ポリペプチドHP、HPをコードするポリヌクレオチド配列、又は宿主細胞は、対象が、本明細書に記載のポリペプチド、ポリヌクレオチド又は宿主細胞の投与後、本明細書に記載の、ポリペプチドHP、HPをコードするポリヌクレオチド配列、又は宿主細胞を対象に投与する前の対象と比較して少なくとも5%、10%又は15%多い食物を摂取するように、対象の食欲を刺激する。加えて又は代替的に、本明細書に記載の、ポリペプチドHP、HPをコードするポリヌクレオチド配列、又は宿主細胞は、本明細書に記載のポリペプチド、ポリヌクレオチド又は宿主細胞の初回投与から1カ月後に、対象の体重が、本明細書に記載の、ポリペプチドHP、HPをコードするポリヌクレオチド配列、又は宿主細胞を対象に投与する前の対象と比較して少なくとも2%、5%又は10%多くなるように対象の食欲を刺激する。 In one aspect, a polypeptide HP, a polynucleotide sequence encoding HP, or a host cell, as described herein, is administered after the subject is administered a polypeptide, polynucleotide or host cell as described herein. As described herein, the polypeptide HP, the polynucleotide sequence encoding HP, or the host cell is consumed at least 5%, 10% or 15% more food compared to the subject prior to administration to the subject, Stimulates the subject's appetite. Additionally or alternatively, a polypeptide HP, a polynucleotide sequence encoding HP, or a host cell, as described herein, can be obtained from the first administration of a polypeptide, polynucleotide or host cell as described herein. After months, the subject's body weight is at least 2%, 5%, or 10 as compared to the subject prior to administering the polypeptide HP, a polynucleotide sequence encoding HP, or a host cell as described herein. Stimulates the subject's appetite to increase by%.
一実施形態において、本明細書に記載の、ポリペプチドHP、HPをコードするポリヌクレオチド配列、又は宿主細胞は、対象の血液中のコレシストキニン(Cck)及び/又はグルカゴン(Gcg)レベルを低減させる。 In one embodiment, a polypeptide HP, a polynucleotide sequence encoding HP, or a host cell as described herein reduces cholecystokinin (Cck) and / or glucagon (Gcg) levels in a subject's blood. Let
一態様において、本明細書に記載の、ポリペプチドHPはHPをコードするポリヌクレオチド配列、又は宿主細胞は、対象の血液中のコレシストキニン(Cck)及び/又はグルカゴン(Gcg)レベルを、本明細書に記載のポリペプチド、ポリヌクレオチド又は宿主細胞の投与後、本明細書に記載の、ポリペプチドHP、又はHPをコードするポリヌクレオチド配列、又は宿主細胞を対象に投与する前の対象と比較して少なくとも5%、10%、15%又は20%低減させる。 In one aspect, the polypeptide HP described herein is a polynucleotide sequence that encodes HP, or a host cell is capable of measuring cholecystokinin (Cck) and / or glucagon (Gcg) levels in the blood of a subject. After administration of a polypeptide, polynucleotide or host cell as described herein, compared to a subject before administration of the polypeptide HP, or polynucleotide sequence encoding HP, or host cell as described herein to a subject By at least 5%, 10%, 15% or 20%.
一実施形態において、本明細書に記載の、ポリペプチドHP、HPをコードするポリヌクレオチド配列、又は宿主細胞は、対象の1又は複数の細胞におけるコレシストキニン(Cck)をコードする遺伝子の発現及び/又はグルカゴン(Gcg)をコードする遺伝子の発現を下方調節する。 In one embodiment, the polypeptide HP, a polynucleotide sequence encoding HP, or a host cell as described herein is an expression of a gene encoding cholecystokinin (Cck) in one or more cells of interest and / Or down-regulate the expression of the gene encoding glucagon (Gcg).
一態様において、本明細書に記載の、ポリペプチドHP、HPをコードするポリヌクレオチド配列、又は宿主細胞は、コレシストキニン(Cck)をコードする遺伝子の発現を、その発現レベル(例えば、mRNAレベル)が、本明細書に記載のポリペプチド、ポリヌクレオチド又は宿主細胞の投与後、本明細書に記載の、ポリペプチドHP、又はHPをコードするポリヌクレオチド配列、又は宿主細胞を対象に投与する前の対象における発現レベルと比較して少なくとも5%、10%、15%又は20%低くなるように減少させる。 In one aspect, a polypeptide HP, a polynucleotide sequence encoding HP, or a host cell, as described herein, expresses expression of a gene encoding cholecystokinin (Cck) at its expression level (eg, mRNA level). ) After administration of the polypeptide, polynucleotide or host cell described herein, before administration of the polypeptide HP or polynucleotide sequence encoding HP or host cell described herein to the subject. Decreased to at least 5%, 10%, 15% or 20% lower than the expression level in the subject.
一態様において、本明細書に記載の、ポリペプチドHP、HPをコードするポリヌクレオチド配列、又は宿主細胞は、グルカゴン(Gcg)をコードする遺伝子の発現を、その発現レベル(例えば、mRNAレベル)が、本明細書に記載のポリペプチド、ポリヌクレオチド又は宿主細胞の投与後、本明細書に記載の、ポリペプチドHP、HPをコードするポリヌクレオチド配列、又は宿主細胞を対象に投与する前の対象における発現レベルと比較して少なくとも5%、10%、15%又は20%低くなるように減少させる。 In one aspect, a polypeptide HP, a polynucleotide sequence encoding HP, or a host cell as described herein has an expression level of a gene encoding glucagon (Gcg) whose expression level (eg, mRNA level) is In the subject after administration of the polypeptide, polynucleotide or host cell described herein, prior to administration of the polypeptide HP, polynucleotide sequence encoding HP, or host cell described herein, to the subject. Decrease by at least 5%, 10%, 15% or 20% lower than the expression level.
腸の一部の長さの維持
一実施形態において、ポリペプチドHP、ポリペプチドHPをコードするポリヌクレオチド配列、前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、又は前記ポリヌクレオチド配列を含む発現ベクターを含む宿主細胞は、対象の腸の一部(例えば、大腸及び/又は小腸)の長さを維持するために使用される。
Maintaining the length of a portion of the intestine In one embodiment, a polypeptide HP, a polynucleotide sequence encoding the polypeptide HP, a host cell comprising the polynucleotide sequence, or a host cell comprising an expression vector comprising the polynucleotide sequence Is used to maintain the length of a portion of the subject's intestine (eg, the large and / or small intestine).
腸の部分(すなわち、一部)の例としては、小腸(例えば十二指腸、空腸及び回腸)及び/又は大腸(例えば盲腸、上行結腸、横行結腸、下行結腸及びS状結腸)が挙げられる。 Examples of intestinal parts (ie parts) include the small intestine (eg duodenum, jejunum and ileum) and / or the large intestine (eg cecum, ascending colon, transverse colon, descending colon and sigmoid colon).
用語「長さを維持する」は、本明細書において使用する場合、腸の一部の長さについて、本明細書に記載のポリペプチド、ポリヌクレオチド又は宿主細胞の投与後、本明細書に記載のポリペプチド、ポリヌクレオチド又は宿主細胞の投与前の腸のその部分の長さと比較して変化が全くない又は小さな変化しかないことを指す。 The term “maintain length” as used herein is described herein for the length of a portion of the intestine after administration of a polypeptide, polynucleotide or host cell described herein. Or no change compared to the length of that portion of the intestine prior to administration of the polypeptide, polynucleotide or host cell.
一実施形態において、本明細書に記載のポリペプチド、ポリヌクレオチド配列又は宿主細胞は、大腸の長さの短縮を予防する。加えて又は代替的に、本明細書に記載のポリペプチド、ポリヌクレオチド配列又は宿主細胞は、小腸の長さの増加を予防する。 In one embodiment, a polypeptide, polynucleotide sequence or host cell described herein prevents a reduction in colon length. In addition or alternatively, the polypeptides, polynucleotide sequences or host cells described herein prevent an increase in the length of the small intestine.
一実施形態において、対象の大腸の長さの小さな変化は、本明細書に記載の、ポリペプチドHP、HPをコードするポリヌクレオチド配列、又は宿主細胞を対象に投与する前の対象の大腸の長さと比較して、本明細書に記載のポリペプチド、ポリヌクレオチド又は宿主細胞の投与後の5%、2%又は1%未満の長さの短縮である。 In one embodiment, the small change in the length of the subject's large intestine is the length of the subject's large intestine prior to administration of the polypeptide HP, a polynucleotide sequence encoding HP, or a host cell as described herein. As compared to less than 5%, 2% or 1% of the length after administration of a polypeptide, polynucleotide or host cell described herein.
一実施形態において、対象の小腸の長さの小さな変化は、本明細書に記載の、ポリペプチドHP、HPをコードするポリヌクレオチド配列、又は宿主細胞を対象に投与する前の対象の小腸の長さと比較して、本明細書に記載のポリペプチド、ポリヌクレオチド又は宿主細胞の投与後の1%、2%、5%、7%又は10%未満の長さの増加である。 In one embodiment, the small change in the length of the subject's small intestine is a polypeptide HP, a polynucleotide sequence encoding HP, or a length of the subject's small intestine prior to administration of the host cell to the subject. And an increase in length of less than 1%, 2%, 5%, 7% or 10% after administration of a polypeptide, polynucleotide or host cell described herein.
腸の乱れ
一実施形態において、ポリペプチドHP、ポリペプチドHPをコードするポリヌクレオチド配列、前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、又は前記ポリヌクレオチド配列を含む発現ベクターを含む宿主細胞は、対象(例えば、IBDを有する対象)の腸(例えば、大腸)の乱れを低減させるために使用される。
Intestinal disturbances In one embodiment, a polypeptide HP, a polynucleotide sequence encoding the polypeptide HP, a host cell comprising the polynucleotide sequence, or a host cell comprising an expression vector comprising the polynucleotide sequence is a subject (e.g., Used to reduce disturbances in the intestine (eg, large intestine) of a subject with IBD.
用語「対象の腸の乱れ」は、本明細書において使用する場合、粘膜上皮の完全性に対する影響及び/又は上皮の杯細胞の数に対する影響及び/又は粘膜固有層に浸潤する免疫細胞の数に対する影響を指す。 The term “intestinal disturbance of the subject” as used herein refers to the effect on the integrity of the mucosal epithelium and / or the number of epithelial goblet cells and / or the number of immune cells infiltrating the lamina propria. Refers to impact.
一実施形態において、本明細書のポリペプチド、ポリヌクレオチド配列又は宿主細胞は、粘膜上皮の完全性の乱れを低減させる若しくは予防する、及び/又は上皮の杯細胞の数の低減を低減させる若しくは予防する、及び/又は粘膜固有層への免疫細胞の浸潤を低減させる若しくは予防する。 In one embodiment, the polypeptides, polynucleotide sequences or host cells herein reduce or prevent mucosal epithelial integrity disruption and / or reduce or prevent reduction in the number of epithelial goblet cells. And / or reduce or prevent immune cell infiltration into the lamina propria.
一実施形態において、粘膜上皮の完全性の乱れの低減は、本明細書に記載の、ポリペプチドHP、HPをコードするポリヌクレオチド配列、又は宿主細胞を対象に投与する前の対象の腸管腔から腸細胞に移行する細菌の数と比較して、本明細書に記載のポリペプチド、ポリヌクレオチド又は宿主細胞の投与後に腸管腔から腸細胞に移行する細菌の数の少なくとも5%、10%、15%又は20%の低減である。 In one embodiment, the reduction in disruption of mucosal epithelial integrity is from the intestinal lumen of a subject prior to administration of a polypeptide HP, a polynucleotide sequence encoding HP, or a host cell as described herein to the subject. At least 5%, 10%, 15 of the number of bacteria that migrate from the intestinal lumen to the intestinal cells after administration of the polypeptide, polynucleotide or host cell described herein, compared to the number of bacteria that migrate to the enterocytes % Or 20% reduction.
一実施形態において、上皮の杯細胞の数の増加は、本明細書に記載の、ポリペプチドHP、HPをコードするポリヌクレオチド配列、又は宿主細胞を対象に投与する前の対象の上皮の杯細胞数と比較して、本明細書に記載のポリペプチド、ポリヌクレオチド又は宿主細胞の投与後の対象の上皮の杯細胞の数の少なくとも2%、5%、10%、15%又は20%の増加である。 In one embodiment, the increase in the number of epithelial goblet cells is a polypeptide HP, a polynucleotide sequence encoding HP, or a goblet cell of the subject's epithelium prior to administration to the subject, as described herein. An increase of at least 2%, 5%, 10%, 15% or 20% of the number of goblet cells of the subject's epithelium after administration of a polypeptide, polynucleotide or host cell described herein compared to the number It is.
一実施形態において、免疫細胞の粘膜固有層への浸潤の低減は、一定期間(例えば、24時間)にわたって、本明細書に記載の、ポリペプチドHP、HPをコードするポリヌクレオチド配列、又は宿主細胞を対象に投与する前の対象の粘膜固有層細胞内に移行する免疫細胞(例えば、T細胞)の数と比較して、本明細書に記載のポリペプチド、ポリヌクレオチド又は宿主細胞の投与後に粘膜固有層内に移行する免疫細胞(例えば、T細胞)の数の少なくとも5%、10%、15%、20%又は30%の低減があるような、低減である。 In one embodiment, the reduction of infiltration of immune cells into the lamina propria is over a period of time (eg, 24 hours), as described herein, polypeptide HP, a polynucleotide sequence encoding HP, or a host cell. The mucosa after administration of a polypeptide, polynucleotide or host cell described herein as compared to the number of immune cells (eg, T cells) that migrate into the lamina propria cells of the subject prior to administration to the subject A reduction, such as a reduction of at least 5%, 10%, 15%, 20% or 30% of the number of immune cells (eg, T cells) that migrate into the lamina propria.
炎症誘発性遺伝子及びバリア完全性遺伝子
一実施形態において、ポリペプチドHP、ポリペプチドHPをコードするポリヌクレオチド配列、前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、又は前記ポリヌクレオチド配列を含む発現ベクターを含む宿主細胞は、対象の1又は複数の細胞における1つ若しくは2つ以上の炎症誘発性遺伝子及び/又は抗炎症性遺伝子及び/又は1つ若しくは2つ以上のバリア完全性遺伝子の発現を調節するために使用される。
Inflammatory and barrier integrity genes In one embodiment, a polypeptide HP, a polynucleotide sequence encoding the polypeptide HP, a host cell comprising the polynucleotide sequence, or a host cell comprising an expression vector comprising the polynucleotide sequence Is used to modulate the expression of one or more pro-inflammatory and / or anti-inflammatory genes and / or one or more barrier integrity genes in one or more cells of a subject Is done.
一実施形態において、用語「調節する」は、1つ又は2つ以上の炎症誘発性遺伝子又は抗炎症性遺伝子の発現の上方調節を指す。代替実施形態において、用語「調節する」は、1つ又は2つ以上の炎症誘発性遺伝子又は抗炎症性遺伝子の発現の下方調節を指す。 In one embodiment, the term “modulate” refers to upregulation of the expression of one or more pro-inflammatory or anti-inflammatory genes. In an alternative embodiment, the term “modulate” refers to downregulation of the expression of one or more pro-inflammatory or anti-inflammatory genes.
一実施形態において、本明細書に記載の、ポリペプチドHP、ポリペプチドHPをコードするポリヌクレオチド配列、又は宿主細胞は、対象の1又は複数の細胞における1つ又は2つ以上の炎症誘発性遺伝子の発現を下方調節する。 In one embodiment, a polypeptide HP, a polynucleotide sequence encoding a polypeptide HP, or a host cell as described herein is one or more pro-inflammatory genes in one or more cells of interest. Down-regulate the expression of.
用語「炎症誘発性遺伝子」は、本明細書において使用する場合、発現されたときに炎症を促進する遺伝子を指す。炎症誘発性遺伝子の例としては、限定されないが、IL1−β、IL4、IL5、IL6、IL8、IL12、IL13、IL17、IL21、IL22、IL23、IL27、IFNγ、CCL2、CCL3、CCL5、CCL20、CXCL5、CXCL10、CXCL12、CXCL13及びTNF−αをコードする遺伝子が挙げられる。 The term “pro-inflammatory gene” as used herein refers to a gene that, when expressed, promotes inflammation. Examples of pro-inflammatory genes include, but are not limited to IL1-β, IL4, IL5, IL6, IL8, IL12, IL13, IL17, IL21, IL22, IL23, IL27, IFNγ, CCL2, CCL3, CCL5, CCL20, CXCL5 , Genes encoding CXCL10, CXCL12, CXCL13 and TNF-α.
一実施形態において、炎症誘発性遺伝子は、IL6、CXCL10及びTNF−αからなる群から選択される。 In one embodiment, the pro-inflammatory gene is selected from the group consisting of IL6, CXCL10 and TNF-α.
一実施形態において、1つ又は2つ以上の炎症誘発性遺伝子の発現レベル(例えば、mRNAレベル)は、そのレベルが、本明細書に記載のポリペプチド、ポリヌクレオチド又は宿主細胞の投与後、本明細書に記載の、ポリペプチドHP、ポリペプチドHPをコードするポリヌクレオチド配列又は宿主細胞を対象に投与する前の対象のそのレベルと比較して、少なくとも10%、20%、30%、40%又は50%低くなるように減少される(すなわち、下方調節される)。 In one embodiment, the level of expression (eg, mRNA level) of one or more pro-inflammatory genes is such that the level is determined after administration of a polypeptide, polynucleotide or host cell described herein. At least 10%, 20%, 30%, 40% of the polypeptide HP, a polynucleotide sequence encoding the polypeptide HP, or the level of the subject prior to administering the host cell to the subject, as described herein Or reduced to 50% lower (ie down-regulated).
用語「バリア完全性遺伝子」は、本明細書において使用する場合、発現されたとき、バリアの修復及び微生物のバリア横断の防止などの腸のバリア機能に関与する遺伝子を指す。バリア完全性遺伝子の例としては、Retnlg|Retnlb、Si、Defa24、Hsd11b2、Hsd17b2及びNr1d1|Thraをコードする遺伝子が挙げられる。 The term “barrier integrity gene” as used herein refers to a gene that, when expressed, is involved in intestinal barrier functions such as barrier repair and prevention of microbial barrier crossing. Examples of barrier integrity genes include genes encoding Retlg | Retnlb, Si, Defa24, Hsd11b2, Hsd17b2, and Nr1d1 | Thra.
一実施形態において、用語「調節する」は、1つ又は2つ以上のバリア完全性遺伝子の発現の上方調節を指す。代替実施形態において、用語「調節する」は、1つ又は2つ以上のバリア完全性遺伝子の発現の下方調節を指す。 In one embodiment, the term “modulate” refers to upregulation of the expression of one or more barrier integrity genes. In an alternative embodiment, the term “modulate” refers to downregulation of the expression of one or more barrier integrity genes.
一実施形態において、本明細書に記載の、ポリペプチドHP、ポリペプチドHPをコードするポリヌクレオチド配列、又は宿主細胞は、対象の1又は複数の細胞におけるバリア完全性遺伝子の発現を上方調節する。 In one embodiment, a polypeptide HP, a polynucleotide sequence encoding a polypeptide HP, or a host cell described herein upregulates the expression of a barrier integrity gene in one or more cells of interest.
一実施形態において、バリア完全性遺伝子は、Retnlg|Retnlb、Si、Defa24、Hsd11b2、Hsd17b2及びNr1d1|Thraからなる群から選択される。 In one embodiment, the barrier integrity gene is selected from the group consisting of Retlg | Retnlb, Si, Defa24, Hsd11b2, Hsd17b2 and Nr1d1 | Thra.
一実施形態において、1つ又は2つ以上のバリア完全性遺伝子の発現レベル(例えば、mRNAレベル)は、そのレベルが、本明細書に記載のポリペプチド、ポリヌクレオチド又は宿主細胞の投与後、本明細書に記載の、ポリペプチドHP、ポリペプチドHPをコードするポリヌクレオチド配列、又は宿主細胞を対象に投与する前の対象のそのレベルと比較して、少なくとも10%、20%、30%、40%又は50%高くなるように増加される(すなわち、上方調節される)。 In one embodiment, the expression level (eg, mRNA level) of one or more barrier integrity genes is such that the level is greater than after administration of a polypeptide, polynucleotide or host cell described herein. At least 10%, 20%, 30%, 40, as compared to the polypeptide HP, a polynucleotide sequence encoding the polypeptide HP, or its level prior to administration of the host cell to the subject, as described in the specification. % Or 50% higher (ie up-regulated).
一実施形態において、本明細書に記載の、ポリペプチドHP、ポリペプチドHPをコードするポリヌクレオチド配列又は宿主細胞は、抗炎症性遺伝子の発現を上方調節する。 In one embodiment, polypeptide HP, a polynucleotide sequence encoding polypeptide HP, or a host cell described herein upregulates expression of an anti-inflammatory gene.
遺伝子発現の調節
一実施形態において、ポリペプチドHP、ポリペプチドHPをコードするポリヌクレオチド配列、前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、又は前記ポリヌクレオチド配列を含む発現ベクターを含む宿主細胞は、対象(例えば、IBDを有する対象)の1又は複数の細胞における再生膵島由来3ベータ遺伝子(Reg3b)、レジスチン様ガンマレジスチン様ベータ遺伝子(Retnlg|Retnlb)、スクラーゼ−イソマルターゼ(アルファ−グルコシダーゼ)遺伝子(Si)、デフェンシンアルファ24遺伝子(Defa24)、ヒドロキシステロイド11−ベータデヒドロゲナーゼ2遺伝子(Hsd11b2)、ヒドロキシステロイド(17−ベータ)デヒドロゲナーゼ2遺伝子(Hsd17b2)、レジスチン様分子−ベータ(RELMb)及び核内受容体1D1甲状腺ホルモン受容体アルファ遺伝子(Nr1d1|Thra)からなる群から選択される1つ又は2つ以上の遺伝子の発現を調節するのに使用される。
In one embodiment, a polypeptide HP, a polynucleotide sequence encoding the polypeptide HP, a host cell comprising the polynucleotide sequence, or a host cell comprising an expression vector comprising the polynucleotide sequence is a subject (eg, , Subjects with IBD) regenerated islet-derived 3 beta gene (Reg3b), resistin-like gamma-resistin-like beta gene (Retnlg | Retnlb), sucrase-isomaltase (alpha-glucosidase) gene (Si), Defensin alpha 24 gene (Defa24), hydroxysteroid 11-beta dehydrogenase 2 gene (Hsd11b2), hydroxysteroid (17-beta) dehydrogenase 2 gene (Hsd17b2), resist Is used to regulate the expression of one or more genes selected from the group consisting of the gene-like molecule-beta (RELMb) and the nuclear receptor 1D1 thyroid hormone receptor alpha gene (Nr1d1 | Thra) .
用語「Reg」、「Reg3」及び「Reg3b」は、本明細書において使用する場合、交換可能である。 The terms “Reg”, “Reg3”, and “Reg3b” as used herein are interchangeable.
用語「Hsd」、「Hsd17b2」又は「Hsd17b2」は、本明細書において使用する場合、交換可能である。 The terms “Hsd”, “Hsd17b2” or “Hsd17b2” as used herein are interchangeable.
一実施形態において、用語「調節する」は、遺伝子の発現の上方調節を指す。代替実施形態において、用語「調節する」は、遺伝子の発現の下方調節を指す。 In one embodiment, the term “modulate” refers to upregulation of gene expression. In an alternative embodiment, the term “modulate” refers to down-regulation of gene expression.
本発明は、炎症誘発性遺伝子及び/又はバリア完全性遺伝子の発現を調節するのに有用である。 The present invention is useful for modulating the expression of pro-inflammatory and / or barrier integrity genes.
誤解を避けるために、炎症誘発性遺伝子は、IL−β、IL4、IL5、IL6、IL8、IL12、IL13、IL17、IL21、IL22、IL23、IL27、IFNα、CCL2、CCL3、CCL5、CCL20、CXCL5、CXCL10、CXCL12、CXCL13及びTNF−αを含む。 To avoid misunderstanding, pro-inflammatory genes are IL-β, IL4, IL5, IL6, IL8, IL12, IL13, IL17, IL21, IL22, IL23, IL27, IFNα, CCL2, CCL3, CCL5, CCL20, CXCL5, Includes CXCL10, CXCL12, CXCL13 and TNF-α.
誤解を避けるために、バリア完全性遺伝子は、Retnlg/Retnlb、Si、Defa24、Hsd11b2、Hsd17b2及びNrd1\Thraを含む。 To avoid misunderstandings, barrier integrity genes include Retlnlg / Retnlb, Si, Defa24, Hsd11b2, Hsd17b2, and Nrd1 \ Thra.
一実施形態において、本明細書に記載のポリペプチド、ポリヌクレオチド配列又は宿主細胞は、再生膵島由来3ベータ遺伝子(Reg3b)、レジスチン様ガンマレジスチン様ベータ遺伝子(Retnlg|Retnlb)、レジスチン様分子−ベータ(RELMb)、スクラーゼ−イソマルターゼ(アルファ−グルコシダーゼ)遺伝子(Si)、及びデフェンシンアルファ24遺伝子(Defa24)からなる群から選択される1つ又は2つ以上の遺伝子の発現を減少させる。例えば、前記群から選択される1つ又は2つ以上の遺伝子の発現レベル(例えば、mRNAレベル)は、そのレベルが、本明細書に記載のポリペプチド、ポリヌクレオチド又は宿主細胞の投与後、本明細書に記載の、ポリペプチドHP、ポリペプチドHPをコードするポリヌクレオチド配列、又は宿主細胞を対象に投与する前の対象のそのレベルと比較して、少なくとも10%、20%、30%、40%又は50%低くなるように減少される(すなわち、下方調節される)。 In one embodiment, the polypeptide, polynucleotide sequence or host cell described herein comprises a regenerated islet-derived 3 beta gene (Reg3b), a resistin-like gamma resistin-like beta gene (Retlnlg | Retnlb), resistin-like molecule-beta (RELMb), the expression of one or more genes selected from the group consisting of a sucrase-isomaltase (alpha-glucosidase) gene (Si), and a defensin alpha24 gene (Defa24). For example, the expression level (eg, mRNA level) of one or more genes selected from the group can be determined after the administration of a polypeptide, polynucleotide or host cell described herein. At least 10%, 20%, 30%, 40, as compared to the polypeptide HP, a polynucleotide sequence encoding the polypeptide HP, or its level prior to administration of the host cell to the subject, as described in the specification. % Or 50% lower (ie down adjusted).
一実施形態において、本明細書に記載のポリペプチド、ポリヌクレオチド配列又は宿主細胞は、ヒドロキシステロイド11−ベータデヒドロゲナーゼ2遺伝子(Hsd11b2)、ヒドロキシステロイド(17−ベータ)デヒドロゲナーゼ2遺伝子(Hsd17b2)、及び核内受容体1D1甲状腺ホルモン受容体アルファ遺伝子(Nr1d1|Thra)からなる群から選択される1つ又は2つ以上の遺伝子の発現を増加させる。例えば、前記群から選択される1つ又は2つ以上の遺伝子の発現レベル(例えば、mRNAレベル)は、そのレベルが、本明細書に記載のポリペプチド、ポリヌクレオチド又は宿主細胞の投与後、本明細書に記載の、ポリペプチドHP、ポリペプチドHPをコードするポリヌクレオチド配列又は宿主細胞を対象に投与する前の対象のそのレベルと比較して、少なくとも10%、20%、30%、40%又は50%高くなるように増加される(すなわち、上方調節される)。 In one embodiment, the polypeptide, polynucleotide sequence or host cell described herein comprises a hydroxysteroid 11-beta dehydrogenase 2 gene (Hsd11b2), a hydroxysteroid (17-beta) dehydrogenase 2 gene (Hsd17b2), and a nucleus Increases the expression of one or more genes selected from the group consisting of the internal receptor 1D1 thyroid hormone receptor alpha gene (Nr1d1 | Thra). For example, the expression level (eg, mRNA level) of one or more genes selected from the group can be determined after the administration of a polypeptide, polynucleotide or host cell described herein. At least 10%, 20%, 30%, 40% of the polypeptide HP, a polynucleotide sequence encoding the polypeptide HP, or the level of the subject prior to administering the host cell to the subject, as described herein Or increased to 50% higher (ie up-regulated).
炎症誘発性経路
一実施形態において、ポリペプチドHP、ポリペプチドHPをコードするポリヌクレオチド配列、前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、又は前記ポリヌクレオチド配列を含む発現ベクターを含む宿主細胞は、対象の1又は複数の細胞における炎症誘発性経路の活性化を低減させるために使用される。
In one embodiment, the polypeptide HP, a polynucleotide sequence encoding the polypeptide HP, a host cell comprising the polynucleotide sequence, or a host cell comprising an expression vector comprising the polynucleotide sequence is a subject 1 Or used to reduce the activation of pro-inflammatory pathways in multiple cells.
炎症誘発性経路の活性化の低減は、対象の炎症を判定することによって判定することができる。 Reduction in activation of a pro-inflammatory pathway can be determined by determining the inflammation of the subject.
対象の炎症は、対象の組織、血清及び/又は糞便試料における炎症誘発性サイトカイン及びケモカインのレベルを、本明細書に記載のポリペプチド、ポリヌクレオチド又は宿主細胞の対象への投与前及び投与後に判定することによって、判定することができる。例えば、次のうちの1つ又は2つ以上のレベルをモニターすることができる:IL−1、IL−4、IL5、IL6、IL−8、IL−12、IL−13、IL−17、IL−21、IL−22、IL23、TNFα、IFNγ、CXCL1、CXCL10、CCL20血清及び糞便中カルプロテクチン、SA1009/SA1008カルシウム結合タンパク質、並びに1型インターフェロン、CDマーカー、例えばCD163、CD14、炎症性転写因子、例えばNF−κβ、STAT及びMAPキナーゼ、c反応性タンパク質(CRP,c-reactive protein)、赤血球沈降速度(ESR,erythrocyte sedimentation rate)、補体タンパク質、血清アルブミン、標的組織及び器官の組織学的評価、疾患活性指数。 Inflammation in a subject is determined by determining the levels of pro-inflammatory cytokines and chemokines in the subject's tissues, serum and / or stool samples before and after administration of the polypeptides, polynucleotides or host cells described herein to the subject. This can be determined. For example, the level of one or more of the following can be monitored: IL-1, IL-4, IL5, IL6, IL-8, IL-12, IL-13, IL-17, IL -21, IL-22, IL23, TNFα, IFNγ, CXCL1, CXCL10, CCL20 serum and fecal calprotectin, SA1009 / SA1008 calcium binding protein, and type 1 interferons, CD markers such as CD163, CD14, inflammatory transcription factors For example, NF-κβ, STAT and MAP kinases, c-reactive protein (CRP), erythrocyte sedimentation rate (ESR), complement protein, serum albumin, target tissue and organ histology Evaluation, disease activity index.
一実施形態において、ポリペプチドHP、ポリペプチドHPをコードするポリヌクレオチド配列、前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、又は前記ポリヌクレオチド配列を含む発現ベクターを含む宿主細胞は、対象の1又は複数の細胞(例えば、上皮細胞、表皮細胞、神経細胞、肝臓、脾臓、腎臓、肺、心臓及び/又は膵臓細胞)におけるNF−κβの活性及び/又は発現を低減させるために使用される。 In one embodiment, the polypeptide HP, a polynucleotide sequence encoding the polypeptide HP, a host cell comprising the polynucleotide sequence, or a host cell comprising an expression vector comprising the polynucleotide sequence is one or more cells of interest It is used to reduce the activity and / or expression of NF-κβ in (eg epithelial cells, epidermal cells, nerve cells, liver, spleen, kidney, lung, heart and / or pancreatic cells).
例えば、NF−κβの活性は、本明細書に記載のポリペプチド、ポリヌクレオチド又は宿主細胞の投与後、本明細書に記載の、ポリペプチドHPはポリペプチドHPをコードするポリヌクレオチド配列又は宿主細胞を対象に投与する前の対象におけるそのレベルと比較して、少なくとも10%、20%、30%、40%又は50%低くなるように減少される。 For example, the activity of NF-κβ can be determined after administration of a polypeptide, polynucleotide or host cell described herein, wherein the polypeptide HP is a polynucleotide sequence or host cell encoding the polypeptide HP. Is reduced by at least 10%, 20%, 30%, 40% or 50% compared to its level in the subject prior to administration.
例えば、NF−κβの発現レベル(例えば、mRNA)は、そのレベルが、本明細書に記載のポリペプチド、ポリヌクレオチド又は宿主細胞の投与後、本明細書に記載の、ポリペプチドHP、ポリペプチドHPをコードするポリヌクレオチド配列又は宿主細胞を対象に投与する前の対象のそのレベルと比較して、少なくとも10%、20%、30%、40%又は50%低くなるように減少される(すなわち、下方調節される)。 For example, the expression level (eg, mRNA) of NF-κβ is such that, after administration of a polypeptide, polynucleotide or host cell as described herein, the level of polypeptide HP, polypeptide as described herein. A polynucleotide sequence encoding HP or reduced to at least 10%, 20%, 30%, 40% or 50% lower than that level of the subject prior to administration to the subject (ie, Adjusted downward).
消化管
消化管部は、口、食道、胃及び腸(例えば、小腸(例えば十二指腸、空腸及び回腸)及び/又は大腸(例えば盲腸、上行結腸、横行結腸、下行結腸及びS状結腸)を含む。
Gastrointestinal tract The gastrointestinal tract includes the mouth, esophagus, stomach and intestines (eg, small intestine (eg, duodenum, jejunum and ileum) and / or large intestine (eg, cecum, ascending colon, transverse colon, descending colon and sigmoid colon).
本明細書では、用語「大腸」を用語「結腸」と同義語として使用することがある。 In this specification, the term “colon” may be used synonymously with the term “colon”.
一実施形態において、ポリペプチドHP、ポリペプチドHPをコードするポリヌクレオチド配列、前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、又は前記ポリヌクレオチド配列を含む発現ベクターを含む宿主細胞は、対象の消化管の健康を向上させるために使用される。 In one embodiment, the polypeptide HP, a polynucleotide sequence encoding the polypeptide HP, a host cell comprising the polynucleotide sequence, or a host cell comprising an expression vector comprising the polynucleotide sequence is responsible for the health of the subject's digestive tract. Used to improve.
用語「消化管の健康を向上させること」は、本明細書において使用する場合、消化管若しくはその一部における炎症レベルを低減させること、及び/又は腸管微生物叢を改善することを指す。 The term “improving gastrointestinal health” as used herein refers to reducing the level of inflammation in the gastrointestinal tract or part thereof and / or improving the gut microbiota.
一実施形態において、消化管における炎症のレベルは、本明細書に記載のポリペプチド、ポリヌクレオチド又は宿主細胞の投与後、本明細書に記載のポリペプチド、ポリヌクレオチド又は宿主細胞を対象に投与する前の対象の消化管における炎症のレベルと比較して、少なくとも10%、20%、30%、40%又は50%低い。 In one embodiment, the level of inflammation in the gastrointestinal tract is administered to a subject with a polypeptide, polynucleotide or host cell described herein after administration of the polypeptide, polynucleotide or host cell described herein. At least 10%, 20%, 30%, 40% or 50% lower than the level of inflammation in the digestive tract of the previous subject.
一実施形態において、ポリペプチドHP、ポリペプチドHPをコードするポリヌクレオチド配列、前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、又は前記ポリヌクレオチド配列を含む発現ベクターを含む宿主細胞は、対象の腸管微生物叢を改善するために使用される。 In one embodiment, the polypeptide HP, a polynucleotide sequence encoding the polypeptide HP, a host cell comprising the polynucleotide sequence, or a host cell comprising an expression vector comprising the polynucleotide sequence improves the gut microbiota of the subject Used to do.
用語「腸管微生物叢」は、本明細書において使用する場合、宿主動物の消化管内に生息する微生物を指す。これらの微生物は、多種多様な代謝機能、構造機能、保護機能及び他の有益な機能(beneficiary function)を果す。 The term “intestinal microflora” as used herein refers to microorganisms that inhabit the digestive tract of a host animal. These microorganisms perform a wide variety of metabolic functions, structural functions, protective functions, and other beneficial functions.
本明細書において使用する場合、用語「腸管微生物叢を改善すること」は、対象(例えば、宿主)の腸内に存在する望ましい微生物の数及び/若しくは種類を増加させること、並びに/又は前記望ましい微生物の代謝機能、構造機能、保護機能及び他の有益な機能の点での活性を増加させることを指す。用語「腸管微生物叢を改善すること」は、対象(例えば、宿主)の腸内に存在する望ましくない微生物の数及び/若しくは種類を減少させること、並びに/又は前記望ましくない微生物の代謝機能、構造機能、保護機能及び他の有益な機能の点での活性を減少させることを指すこともある。 As used herein, the term “improving gut microbiota” increases the number and / or type of desirable microorganisms present in the intestine of a subject (eg, a host) and / or said desirable It refers to increasing activity in terms of microbial metabolic function, structural function, protective function and other beneficial functions. The term “improving intestinal microbiota” refers to reducing the number and / or type of undesirable microorganisms present in the gut of a subject (eg, host) and / or metabolic function, structure of said undesirable microorganisms. May also refer to reducing activity in terms of function, protective function and other beneficial functions.
宿主の腸内の望ましい微生物は、保護及び有益な機能を有する微生物である。ファーミキューテス門(Firmicutes)及び/又はバクテロイデス門(bacteroidetes)細菌が宿主の腸内の望ましい微生物の例である。 Desirable microorganisms in the intestine of the host are microorganisms that have protective and beneficial functions. Firmicutes and / or bacteroidetes bacteria are examples of desirable microorganisms in the intestine of the host.
宿主の腸内の望ましくない微生物は、保護及び有益な機能を有する、腸内の望ましい微生物の代謝機能、構造機能、保護機能及び他の有益な機能に干渉しうる微生物である。加えて又は代替的に、望ましくない微生物は、例えば炎症及び/又は下痢を引き起こすものである。大腸菌(ETEC、EPEC、EIEC、EHEC及び/又はEAEC)が宿主の腸内の望ましくない微生物の例である。 Undesirable microorganisms in the intestine of the host are microorganisms that can interfere with the metabolic, structural, protective and other beneficial functions of desirable microorganisms in the intestine that have protective and beneficial functions. In addition or alternatively, undesirable microorganisms are those that cause, for example, inflammation and / or diarrhea. E. coli (ETEC, EPEC, EIEC, EHEC and / or EAEC) are examples of undesirable microorganisms in the host intestine.
例えば、ファーミキューテス門及び/又はバクテロイデス門の細菌の数(すなわち、レベル)は増加され、大腸菌の数は低減される。腸管微生物叢のそのような改善は、炎症性腸疾患(IBD,inflammatory bowel disease)を有する対象において、ポリペプチドHP、ポリペプチドHPをコードするポリヌクレオチド配列、前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、又は前記ポリヌクレオチド配列を含む発現ベクターを含む宿主細胞を対象に投与すると起こりうる。 For example, the number (ie, level) of the bacteria of the Fermicutes and / or Bacteroides is increased and the number of E. coli is decreased. Such an improvement of the intestinal microflora is achieved in a subject having inflammatory bowel disease (IBD), a polypeptide HP, a polynucleotide sequence encoding the polypeptide HP, a host cell comprising said polynucleotide sequence, or This can occur when a host cell containing an expression vector comprising the polynucleotide sequence is administered to a subject.
一実施形態において、対象(例えば、宿主)の腸内に存在する望ましい微生物(例えば、ファーミキューテス門及びバクテロイデス門の細菌)の数は、微生物の数が、本明細書に記載のポリペプチド、ポリヌクレオチド又は宿主細胞の投与後、本明細書に記載のポリペプチド、ポリヌクレオチド又は宿主細胞を対象に投与する前の対象におけるレベルと比較して少なくとも10%、20%、30%、40%若しくは50%高く、又は100%を超えて高くなるように増加される。加えて、又は代替的に、対象(例えば、宿主)の腸内に存在する望ましい微生物(例えば、クロストリジウム(Clostridium)クラスターXIVaの細菌)の種類は、本明細書に記載のポリペプチド、ポリヌクレオチド又は宿主細胞の投与後、本明細書に記載のポリペプチド、ポリヌクレオチド又は宿主細胞を対象に投与する前の対象における種類と比較して少なくとも2%、5%、10%又は15%多い微生物種が存在するように増加される。 In one embodiment, the number of desirable microorganisms (eg, Pharmicutes and Bacteroides bacteria) present in the intestine of a subject (eg, host) is the number of microorganisms described herein, After administration of the polynucleotide or host cell, at least 10%, 20%, 30%, 40% or compared to the level in the subject prior to administering the polypeptide, polynucleotide or host cell described herein to the subject Increased to be 50% higher or higher than 100%. In addition or alternatively, the type of desirable microorganism (eg, a bacterium of Clostridium cluster XIVa) present in the gut of a subject (eg, host) is a polypeptide, polynucleotide or After administration of the host cell, there are at least 2%, 5%, 10% or 15% more microbial species compared to the type in the subject prior to administering the polypeptide, polynucleotide or host cell described herein to the subject. Increased to exist.
一実施形態において、本発明のタンパク質は、有益な微生物叢をもたらすように対象の腸の細菌組成を改変する。例えば、対象(例えば、宿主)の腸内に存在する望ましくない微生物(例えば、大腸菌(ETEC、EPEC、EIEC、EHEC及び/又はEAEC))の数は、微生物の数が、本明細書に記載のポリペプチド、ポリヌクレオチド又は宿主細胞の投与後、本明細書に記載のポリペプチド、ポリヌクレオチド又は宿主細胞を対象に投与する前の対象におけるレベルと比較して少なくとも10%、20%、30%、40%又は50%低くなるように減少される。加えて、又は代替的に、対象(例えば、宿主)の腸内に存在する望ましくない微生物(例えば、大腸菌)の種類は、本明細書に記載のポリペプチド、ポリヌクレオチド又は宿主細胞の投与後、本明細書に記載のポリペプチド、ポリヌクレオチド又は宿主細胞を対象に投与する前の対象における種類と比較して少なくとも1%、2%、5%又は10%少ない、望ましくない微生物種が存在するように減少される。 In one embodiment, the protein of the invention modifies the bacterial composition of the subject's intestines to provide a beneficial microflora. For example, the number of undesirable microorganisms (eg, E. coli (ETEC, EPEC, EIEC, EHEC, and / or EAEC)) present in the intestine of a subject (eg, host) is the number of microorganisms described herein. After administration of the polypeptide, polynucleotide or host cell, at least 10%, 20%, 30% compared to the level in the subject prior to administering the polypeptide, polynucleotide or host cell described herein to the subject, Decrease to be 40% or 50% lower. In addition, or alternatively, the type of undesirable microorganism (eg, E. coli) present in the gut of the subject (eg, host) may be determined after administration of the polypeptide, polynucleotide or host cell described herein. There is an undesirable microbial species present that is at least 1%, 2%, 5%, or 10% less compared to the type in the subject prior to administering the polypeptide, polynucleotide or host cell described herein to the subject Reduced to
カプセル化
一実施形態において、ポリペプチドHPをコードするポリヌクレオチド配列、前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、又は前記ポリヌクレオチド配列を含む発現ベクターを含む宿主細胞は、カプセル化されている。
Encapsulation In one embodiment, a polynucleotide sequence encoding the polypeptide HP, a host cell comprising the polynucleotide sequence, or a host cell comprising an expression vector comprising the polynucleotide sequence is encapsulated.
さらなる実施形態において、ポリペプチドHPをコードするポリヌクレオチド配列、前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、又は前記ポリヌクレオチド配列を含む発現ベクターを含む宿主細胞、を含む医薬組成物は、カプセル化されている。 In a further embodiment, a pharmaceutical composition comprising a polynucleotide sequence encoding the polypeptide HP, a host cell comprising said polynucleotide sequence, or a host cell comprising an expression vector comprising said polynucleotide sequence is encapsulated. .
別の実施形態において、ポリペプチドHPをコードするポリヌクレオチド配列、前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、又は前記ポリヌクレオチド配列を含む発現ベクターを含む宿主細胞、を含む栄養補給剤は、カプセル化されている。 In another embodiment, a nutritional supplement comprising a polynucleotide sequence encoding the polypeptide HP, a host cell comprising said polynucleotide sequence, or a host cell comprising an expression vector comprising said polynucleotide sequence is encapsulated. Yes.
さらなる実施形態において、本明細書に記載の家畜飼料、食品、栄養補助食品又は食品添加物はカプセル化されている。 In further embodiments, the livestock feed, food, dietary supplement or food additive described herein is encapsulated.
用語「カプセル化されている」は、本明細書において使用する場合、適合できない環境から本明細書に記載のポリペプチド、ポリヌクレオチド又は宿主細胞を保護し、したがって、ポリペプチド、ポリヌクレオチド又は宿主細胞が標的部位に対して影響を及ぼすことができるように分解又は有意な分解なくポリペプチド、ポリヌクレオチド又は宿主細胞を標的部位(例えば、腸)に送達することができる手段を指す。例は、腸溶性カプセル又は腸内耐性カプセルである。 The term “encapsulated”, as used herein, protects a polypeptide, polynucleotide or host cell described herein from incompatible environments, and thus a polypeptide, polynucleotide or host cell. Refers to a means by which a polypeptide, polynucleotide or host cell can be delivered to a target site (eg, intestine) without degradation or significant degradation such that can affect the target site. Examples are enteric capsules or enteric resistant capsules.
カプセル化の目的がその環境からのポリペプチド、ポリヌクレオチド又は宿主細胞の単離であるときでも、保護コーティング又は錠皮は、所望の作用時に破断されなければならない。保護コーティング又は錠皮の破断は、典型的に、圧力、酵素攻撃、化学反応及び物理的崩壊などの化学的及び物理的刺激の印加によって起こる。 Even when the purpose of encapsulation is the isolation of a polypeptide, polynucleotide or host cell from its environment, the protective coating or tablet must be broken during the desired action. Breaking of the protective coating or tablet skin typically occurs by the application of chemical and physical stimuli such as pressure, enzyme attack, chemical reaction and physical disruption.
例えば、カプセル化は、標的部位(例えば、腸)に、標的部位で効果を発揮するのに有効である量のポリペプチド、ポリヌクレオチド又は宿主細胞を送達することができるように、ポリペプチド、ポリヌクレオチド又は宿主細胞を摂取することができるようにする。 For example, encapsulation can provide a polypeptide, polynucleotide, or host cell such that an amount of the polypeptide, polynucleotide or host cell that is effective to exert an effect at the target site can be delivered to the target site (eg, intestine). Allow ingestion of nucleotides or host cells.
医薬組成物
一実施形態において、医薬組成物は、ポリペプチドHP、ポリペプチドHPをコードするポリヌクレオチド配列、前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、又は前記ポリヌクレオチド配列を含む発現ベクターを含む宿主細胞と、薬学的に許容される賦形剤、担体又は希釈剤とを含む。
Pharmaceutical composition In one embodiment, the pharmaceutical composition comprises a polypeptide HP, a polynucleotide sequence encoding the polypeptide HP, a host cell comprising said polynucleotide sequence, or a host cell comprising an expression vector comprising said polynucleotide sequence. A pharmaceutically acceptable excipient, carrier or diluent.
医薬組成物は、いずれの医薬組成物であってもよい。一態様において、医薬組成物を経口、経腸又は直腸投与することができる。例えば、組成物は、食用組成物であってもよい。「食用」は、ヒト又は動物の摂取用に承認されている物質を意味する。 The pharmaceutical composition may be any pharmaceutical composition. In one embodiment, the pharmaceutical composition can be administered orally, enterally or rectally. For example, the composition may be an edible composition. “Edible” means a substance that is approved for human or animal consumption.
医薬組成物は、人間及び獣医学におけるヒト又は動物の使用のためのものでありうる。 The pharmaceutical composition may be for human or animal use in human and veterinary medicine.
本明細書に記載する医薬組成物の様々な異なる形態のためのそのような好適な賦形剤の例は、“Handbook of Pharmaceutical Excipients, 2nd Edition, (1994), Edited by A Wade and PJ Wellerで見出されると予想される。 Examples of such suitable excipients for various different forms of the pharmaceutical compositions described herein can be found in “Handbook of Pharmaceutical Excipients, 2nd Edition, (1994), Edited by A Wade and PJ Weller. Expected to be found.
治療上の使用に許容される担体又は希釈剤は製薬技術分野において周知であり、例えば、Remington's Pharmaceutical Sciences, Mack Publishing Co. (A. R. Gennaro edit. 1985)に記載されている。 Carriers or diluents that are acceptable for therapeutic use are well known in the pharmaceutical art and are described, for example, in Remington's Pharmaceutical Sciences, Mack Publishing Co. (A. R. Gennaro edit. 1985).
好適な担体の例としては、ラクトース、デンプン、グルコース、メチルセルロース、ステアリン酸マグネシウム、マンニトール、ソルビトールなどが挙げられる。 Examples of suitable carriers include lactose, starch, glucose, methylcellulose, magnesium stearate, mannitol, sorbitol and the like.
好適な希釈剤の例としては、水、エタノール、グリセロール、プロピレングリコール及びグリセリンのうちの1つ又は2つ以上、並びにこれらの組合せが挙げられる。 Examples of suitable diluents include one or more of water, ethanol, glycerol, propylene glycol and glycerin, and combinations thereof.
医薬担体、賦形剤又は希釈剤の選択は、所期の投与経路及び標準的薬務に留意して選択されうる。医薬組成物は、担体、賦形剤若しくは希釈剤として、又は担体、賦形剤若しくは希釈剤に加えて、任意の好適な結合剤、滑沢剤、懸濁剤、コーティング剤、可溶化剤を含んでもよい。 The choice of pharmaceutical carrier, excipient or diluent can be selected with regard to the intended route of administration and standard pharmaceutical practice. The pharmaceutical composition comprises any suitable binder, lubricant, suspending agent, coating agent, solubilizer as a carrier, excipient or diluent or in addition to the carrier, excipient or diluent. May be included.
好適な結合剤の例としては、デンプン、ゼラチン、天然糖、例えばグルコース、無水ラクトース、易流動性ラクトース、ベータ−ラクトース、トウモロコシ甘味料、天然及び合成ゴム、例えばアラビアゴム、トラガカント又はアルギン酸ナトリウム、カルボキシメチルセルロース、並びにポリエチレングリコールが挙げられる。 Examples of suitable binders include starch, gelatin, natural sugars such as glucose, anhydrous lactose, free flowing lactose, beta-lactose, corn sweeteners, natural and synthetic gums such as gum arabic, tragacanth or sodium alginate, carboxy Examples include methyl cellulose and polyethylene glycol.
好適な滑沢剤の例としては、オレイン酸ナトリウム、ステアリン酸ナトリウム、ステアリン酸マグネシウム、安息香酸ナトリウム、酢酸ナトリウム、塩化ナトリウムなどが挙げられる。 Examples of suitable lubricants include sodium oleate, sodium stearate, magnesium stearate, sodium benzoate, sodium acetate, sodium chloride and the like.
保存薬、安定剤、色素及びさらには着香剤を医薬組成物に供給してもよい。保存薬の例としては、安息香酸ナトリウム、ソルビン酸、及びp−ヒドロキシ安息香酸のエステルが挙げられる。抗酸化剤及び懸濁剤を使用してもよい。 Preservatives, stabilizers, dyes and even flavoring agents may be supplied to the pharmaceutical composition. Examples of preservatives include sodium benzoate, sorbic acid, and esters of p-hydroxybenzoic acid. Antioxidants and suspending agents may be used.
一態様において、医薬組成物のポリペプチド、ポリヌクレオチド配列又は宿主細胞はカプセル化されている。 In one embodiment, the polypeptide, polynucleotide sequence or host cell of the pharmaceutical composition is encapsulated.
別の態様において、医薬組成物のポリペプチドは、組換えポリペプチドである。 In another embodiment, the polypeptide of the pharmaceutical composition is a recombinant polypeptide.
さらなる態様において、医薬組成物のポリヌクレオチド配列は、組換えポリペプチドをコードする。 In further embodiments, the polynucleotide sequence of the pharmaceutical composition encodes a recombinant polypeptide.
別の態様において、医薬組成物の宿主細胞は、組換えポリペプチドを産生する、又は産生することができる。 In another embodiment, the host cell of the pharmaceutical composition produces or is capable of producing a recombinant polypeptide.
さらなる態様において、発現ベクターは、医薬組成物の前記ポリヌクレオチド配列を含む。 In a further embodiment, the expression vector comprises the polynucleotide sequence of the pharmaceutical composition.
医薬品は、用途及び/又は利用方法及び/又は投与方法に依存して、溶液の形態であることもあり、又は固形物として存在することもある。 The medicament may be in the form of a solution or may be present as a solid, depending on the application and / or method of use and / or method of administration.
本明細書において使用する場合、用語「薬物」は、人間及び獣医学におけるヒト及び動物両方の使用のための薬物を包含する。加えて、用語「薬物」は、本明細書において使用する場合、治療及び/又は有益効果をもたらす任意の物質を意味する。用語「薬物」は、本明細書において使用する場合、販売承認を必要とする物質に必ずしも限定されず、化粧品、栄養強化食品、食品(例えば、飼料及び飲料を含む)、プロバイオティック培養物、栄養補給剤及び自然療法薬に使用することができる物質を含むことができる。加えて、用語「薬物」は、本明細書において使用する場合、動物用飼料、例えば家畜用飼料及び/又はペットフード、への添合用に設計された製品を包含する。 As used herein, the term “drug” encompasses drugs for both human and veterinary use in human and veterinary medicine. In addition, the term “drug” as used herein means any substance that provides a therapeutic and / or beneficial effect. The term “drug”, as used herein, is not necessarily limited to substances that require marketing authorization, but is cosmetic, fortified food, food (eg, including feed and beverages), probiotic cultures, Substances that can be used in nutritional supplements and naturopathic drugs can be included. In addition, the term “drug” as used herein includes products designed for incorporation into animal feed, such as livestock feed and / or pet food.
栄養補給剤
栄養的に許容される担体、希釈剤及び賦形剤は、ヒト又は動物の摂取に好適であり、食品産業において標準的なものとして使用されているものを含む。典型的な栄養的に許容される担体、希釈剤及び賦形剤は、当業者によく知られているであろう。
Nutritional supplements Nutritionally acceptable carriers, diluents and excipients include those suitable for human or animal consumption and used as standard in the food industry. Typical nutritionally acceptable carriers, diluents and excipients will be familiar to those skilled in the art.
一実施形態において、栄養補給剤は、ポリペプチドHP、ポリペプチドHPをコードするポリヌクレオチド配列、前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、又は前記ポリヌクレオチド配列を含む発現ベクターを含む宿主細胞と、栄養的に許容される賦形剤、担体又は希釈剤とを含む。 In one embodiment, the nutritional supplement comprises a polypeptide HP, a polynucleotide sequence encoding the polypeptide HP, a host cell comprising said polynucleotide sequence, or a host cell comprising an expression vector comprising said polynucleotide sequence; And an acceptable excipient, carrier or diluent.
一例では、栄養補給剤のポリペプチド、ポリヌクレオチド配列又は宿主細胞はカプセル化されている。 In one example, the nutritional supplement polypeptide, polynucleotide sequence or host cell is encapsulated.
別の例では、栄養補給剤のポリペプチドは、組換えポリペプチドである。 In another example, the nutritional supplement polypeptide is a recombinant polypeptide.
さらなる態様において、栄養補給剤のポリヌクレオチド配列は、組換えポリペプチドをコードする。 In a further embodiment, the polynucleotide sequence of the nutritional supplement encodes a recombinant polypeptide.
別の態様において、栄養補給剤の宿主細胞は、組換えポリペプチドを産生する、又は産生することができる。 In another embodiment, the nutritional supplement host cell produces or is capable of producing a recombinant polypeptide.
さらなる例では、栄養補給剤のポリヌクレオチドは、発現ベクターに含まれる。 In a further example, the nutritional supplement polynucleotide is included in an expression vector.
家畜飼料/製品
本発明のさらなる態様は、ポリペプチドHP、ポリペプチドHPをコードするポリヌクレオチド配列、前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、又は前記ポリヌクレオチド配列を含む発現ベクターを含む宿主細胞を含む、家畜飼料、食品、栄養補助食品及び食品添加物に関する。
Livestock feed / product A further aspect of the invention includes a polypeptide HP, a polynucleotide sequence encoding the polypeptide HP, a host cell comprising said polynucleotide sequence, or a host cell comprising an expression vector comprising said polynucleotide sequence, It relates to livestock feed, food, nutritional supplements and food additives.
用語「家畜飼料」、「食品」、「食品添加物」及び「栄養補助食品」は、本明細書において使用する場合、固体、ゼリー又は液体でありうる、あらゆる摂取可能な製品を包含することを意図したものである。 The terms “livestock feed”, “food”, “food additive” and “dietary supplement” as used herein are meant to encompass any ingestible product, which may be a solid, jelly or liquid. It is intended.
用語「食品」は、広い意味で使用しており、ヒト用の食品はもちろん、動物用の食品(すなわち飼料)も包含する。一態様において、食品は、ヒトの摂取用のものである。食品の例としては、乳製品(例えば、ミルク、チーズ、乳清タンパク質を含む飲料、ミルクドリンク、乳酸菌ドリンク、ヨーグルト、飲むヨーグルト)、ベーカリー製品、飲料、及び粉末飲料が挙げられる。 The term “food” is used in a broad sense and encompasses animal food (ie, feed) as well as human food. In one aspect, the food product is for human consumption. Examples of food products include dairy products (eg, milk, cheese, beverages containing whey protein, milk drinks, lactic acid bacteria drinks, yogurt, drinking yogurt), bakery products, beverages, and powdered beverages.
「家畜飼料」、「食品」、「食品添加物」及び「栄養補助食品」は、用途及び/又は利用方法及び/又は投与方法に依存して、溶液の形態であることもあり、又は固形物として存在することもある。 The “livestock feed”, “food”, “food additive” and “nutritional supplement” may be in the form of a solution or a solid depending on the use and / or method of use and / or method of administration It may exist as
本明細書において使用する場合、用語「栄養補助食品」は、食品又は家畜飼料に栄養補給剤として添加される、又は添加することができる配合物を含む。用語「栄養補助食品」は、本明細書において使用する場合、ゲル化、食感付与、安定化、懸濁化、膜形成及び構造化、多汁性の保持、及び食感向上を必要とする多種多様な製品に、粘度を増すことなく、低レベルで使用することができる配合物も指す。 As used herein, the term “nutritional supplement” includes formulations that are or can be added as a nutritional supplement to food or livestock feed. The term “nutritional supplement” as used herein requires gelling, texture-imparting, stabilizing, suspending, film-forming and structuring, maintaining juiciness, and improving texture. Also refers to formulations that can be used at low levels in a wide variety of products without increasing viscosity.
好適な食品としては、例えば、機能性食品、食品組成物、ペットフード、家畜用飼料、健康食品、家畜飼料などを挙げることができる。一態様において、食品は健康食品である。 Examples of suitable foods include functional foods, food compositions, pet foods, livestock feeds, health foods, livestock feeds and the like. In one aspect, the food is a health food.
本明細書において使用する場合、用語「機能性食品」は、栄養効果を提供できるばかりでなく、摂取者にさらなる有益効果をもたらすこともできる食品を意味する。したがって、機能性食品は、単なる栄養効果以外に特定の機能、例えば、医学的又は生理的恩恵を食品に付与する成分又は原料(例えば、本明細書に記載するもの)が添合されている、普通の食品である。 As used herein, the term “functional food” means a food that not only can provide a nutritional effect, but can also provide additional beneficial effects to the consumer. Thus, a functional food is supplemented with ingredients or ingredients (e.g., those described herein) that impart a specific function, such as a medical or physiological benefit, to the food other than just a nutritional effect, It is an ordinary food.
本発明に利用できる特定の食品の例としては、ヒト用のミルクベースの製品、そのままですぐに食べられるデザート、例えばミルク若しくは水での、再構成用の粉末、チョコレートミルクドリンク、麦芽ドリンク、そのままですぐに食べられる料理、インスタント料理若しくはドリンク、又はペット若しくは家畜向けの完全食若しくは部分食に相当する食品組成物が挙げられる。 Examples of specific foods that can be used in the present invention include milk-based products for humans, ready-to-eat desserts, such as powders for reconstitution with milk or water, chocolate milk drinks, malt drinks, as is Or a ready-to-eat dish, an instant dish or drink, or a food composition corresponding to a full or partial meal for pets or livestock.
一態様において、本発明による家畜飼料、食品、栄養補助食品又は食品添加物は、ヒト、ペット又は家畜、例えば単胃動物向けである。家畜飼料、食品、栄養補助食品又は食品添加物は、イヌ、ネコ、ブタ、ウマ又は家禽からなる群から選択される動物向けであることもある。さらなる実施形態において、食品、栄養補助食品又は食品添加物は、成体種、特に、成人向けである。 In one aspect, the livestock feed, food, dietary supplement or food additive according to the invention is intended for humans, pets or livestock, eg monogastric animals. The livestock feed, food, dietary supplement or food additive may be for an animal selected from the group consisting of dogs, cats, pigs, horses or poultry. In a further embodiment, the food, dietary supplement or food additive is for adult species, particularly for adults.
用語「ミルクベースの製品」は、本明細書において使用する場合、様々な脂肪含有量を有する、液体又は半固体のミルク又は乳清に基づく製品を意味する。ミルクベースの製品は、例えば、牛乳、山羊乳、羊乳、スキムミルク、全乳、粉乳からの還元牛乳、及び一切加工されていない乳清、又は加工製品、例えばヨーグルト、凝乳、カード、酸性乳、酸性全乳、バターミルク及び他の酸性乳製品でありうる。もう1つの重要な群は、ミルク飲料、例えば、乳清飲料、発酵乳、コンデンスミルク、幼児又は乳児用ミルク、フレーバーミルク、アイスクリーム、ミルク含有食品、例えば甘い菓子類を含む。 The term “milk-based product” as used herein means a liquid or semi-solid milk or whey-based product with varying fat content. Milk-based products include, for example, milk, goat milk, sheep milk, skim milk, whole milk, reduced milk from powdered milk, and whey that has not been processed at all, or processed products such as yogurt, curd, curd, acid milk Acidic whole milk, buttermilk and other acidic dairy products. Another important group includes milk drinks such as whey drinks, fermented milk, condensed milk, infant or infant milk, flavored milk, ice cream, milk-containing foods such as sweet confectionery.
本発明の家畜飼料、食品、栄養補助食品又は食品添加物は、フードサプリメントであってもよく、フードサプリメントに添加してもよく、前記フードサプリメントを本明細書では栄養補助食品、栄養補給剤又は食品添加物とも呼ぶ。 The livestock feed, food, dietary supplement or food additive of the present invention may be a food supplement or may be added to a food supplement, and the food supplement is herein referred to as a dietary supplement, nutritional supplement or Also called food additive.
本発明による家畜飼料、食品、栄養補助食品又は食品添加物を動物の栄養に(例えば、ブタの栄養に)、特に、離乳早期及び成長肥育期に使用してもよい。家畜飼料、食品、栄養補助食品又は食品添加物は、例えば飼料転換効率増加によって、免疫機能を強化する、感染性疾患を低減させる及び予防する、微生物叢組成を有益に変更する並びに動物の成長及び能力を向上させると予想される。 Livestock feeds, foodstuffs, dietary supplements or food additives according to the invention may be used for animal nutrition (eg for pig nutrition), especially in early weaning and growing fattening periods. Livestock feeds, foods, dietary supplements or food additives can enhance immune function, reduce and prevent infectious diseases, beneficially change microbiota composition, and increase animal growth and Expected to improve capacity.
一実施形態において、家畜飼料、食品、栄養補助食品又は食品添加物はカプセル化されている。 In one embodiment, the livestock feed, food, dietary supplement or food additive is encapsulated.
一実施形態において、家畜飼料、食品、栄養補助食品又は食品添加物のポリペプチドは、組換えポリペプチドである。 In one embodiment, the livestock feed, food, dietary supplement or food additive polypeptide is a recombinant polypeptide.
一例では、家畜飼料、食品、栄養補助食品又は食品添加物のポリヌクレオチドは、発現ベクターに含まれる。 In one example, a livestock feed, food, dietary supplement or food additive polynucleotide is included in the expression vector.
投与
本発明の医薬組成物、栄養補給剤、家畜飼料、食品、栄養補助食品又は食品添加物は、経口、直腸、膣、非経口、筋肉内、腹腔内、動脈内、髄腔内、気管支内、皮下、皮内、静脈内、鼻、頬側又は舌下投与経路に適応することができる。
Administration The pharmaceutical composition, nutritional supplement, livestock feed, food, dietary supplement or food additive of the present invention is oral, rectal, vaginal, parenteral, intramuscular, intraperitoneal, intraarterial, intrathecal, intrabronchial Applicable to subcutaneous, intradermal, intravenous, nasal, buccal or sublingual administration routes.
一態様において、本発明の医薬組成物、栄養補給剤、家畜飼料、食品、栄養補助食品又は食品添加物は、経口、直腸、膣、非経口、鼻、頬側又は舌下投与経路に適応する。 In one aspect, the pharmaceutical composition, nutritional supplement, livestock feed, food, dietary supplement or food additive of the present invention is adapted for oral, rectal, vaginal, parenteral, nasal, buccal or sublingual administration routes. .
さらなる態様において、本発明の医薬組成物、栄養補給剤、家畜飼料、食品、栄養補助食品又は食品添加物は、経口投与に適応する。 In a further aspect, the pharmaceutical composition, nutritional supplement, livestock feed, food, dietary supplement or food additive of the present invention is adapted for oral administration.
経口投与には、圧縮錠剤、ピル、錠剤、カプセル(gellule)、ドロップ及びカプセルが特に使用される。 For oral administration, particular use is made of compressed tablets, pills, tablets, gellules, drops and capsules.
他の投与形態は、静脈内、動脈内、髄腔内、皮下、皮内、腹腔内又は筋肉内注射することができ、滅菌溶液又は滅菌可能な溶液から調製される、溶液又はエマルジョンを含む。本発明の医薬組成物は、座剤、ペッサリー、懸濁液、エマルジョン、ローション、軟膏、クリーム、ゲル、スプレー、溶液又は粉剤の形態であってもよい。 Other dosage forms include solutions or emulsions that can be injected intravenously, intraarterially, intrathecally, subcutaneously, intradermally, intraperitoneally or intramuscularly and prepared from sterile or sterilizable solutions. The pharmaceutical compositions of the present invention may be in the form of suppositories, pessaries, suspensions, emulsions, lotions, ointments, creams, gels, sprays, solutions or powders.
経皮投与の代替手段は、皮膚パッチの使用によるものである。例えば、ポリエチレングリコール又は流動パラフィンの水性エマルジョンからなるクリームに活性原料を添合することができる。別の例では、必要に応じて上記の安定剤及び保存薬と共に白蝋又は白色ワセリン基剤からなる軟膏にも活性原料を添合することができる。 An alternative to transdermal administration is through the use of skin patches. For example, the active ingredient can be added to a cream made of an aqueous emulsion of polyethylene glycol or liquid paraffin. In another example, the active ingredients can be incorporated into ointments composed of white wax or white petrolatum base together with the stabilizers and preservatives described above.
医薬組成物、栄養補給剤、家畜飼料、食品、栄養補助食品又は食品添加物を、単位剤形で、すなわち、単位用量、又は単位用量の多若しくは小単位、を含有する個別部分の形態で、配合してもよい。 A pharmaceutical composition, nutritional supplement, livestock feed, food, dietary supplement or food additive in unit dosage form, i.e. in the form of a unit dose, or in individual parts containing multiple or small units of a unit dose, You may mix | blend.
投薬量
当業者は、対象に投与するための本明細書に記載のポリペプチドHP又はポリヌクレオチド配列又は宿主細胞の適切な用量を、過度の実験を伴わずに容易に決定することができる。通常は、医師は、個々の患者に最も好適であろう実際の投薬量を決定することになり、それは、利用する具体的な細菌株の活性、その株の代謝安定性及び作用長、年齢、体重、総体的な健康、性別、食事、投与方法及び回数、排泄率、薬の組合せ、特定の状態の重症度並びに個体が受けている治療を含む様々な因子に依存することになる。本明細書において開示する投薬量は、平均的な場合の例となるものである。もちろん、より高い又はより低い投薬量範囲がふさわしい個々の事例もありえ、そのような事例は本発明の範囲内である。
Dosage A person of ordinary skill in the art can readily determine the appropriate dose of a polypeptide HP or polynucleotide sequence or host cell described herein for administration to a subject without undue experimentation. Usually, the physician will determine the actual dosage that will be most appropriate for an individual patient, including the activity of the specific bacterial strain utilized, the metabolic stability and length of action, age, It will depend on various factors including body weight, overall health, sex, diet, method and frequency of administration, excretion rate, combination of drugs, severity of the particular condition and the treatment the individual is receiving. The dosages disclosed herein are exemplary of the average case. There can, of course, be individual instances where higher or lower dosage ranges are merited, and such cases are within the scope of this invention.
併用
一態様において、ポリペプチドHP、ポリペプチドHPをコードするポリヌクレオチド配列、前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、又は前記ポリヌクレオチド配列を含む発現ベクターを含む宿主細胞は、1つ又は2つ以上の別の活性薬剤と併用で投与される。そのような場合、ポリペプチドHP、ポリペプチドHPをコードするポリヌクレオチド配列、前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、又は前記ポリヌクレオチド配列を含む発現ベクターを含む宿主細胞を、1つ又は2つ以上の別の活性薬剤と連続的に、同時に又は逐次的に投与してもよい。
Combination In one aspect, the polypeptide HP, a polynucleotide sequence encoding the polypeptide HP, a host cell comprising the polynucleotide sequence, or a host cell comprising an expression vector comprising the polynucleotide sequence are one or more It is administered in combination with another active agent. In such cases, one or more host cells comprising the polypeptide HP, a polynucleotide sequence encoding the polypeptide HP, a host cell comprising the polynucleotide sequence, or an expression vector comprising the polynucleotide sequence. Administration with other active agents may be continuous, simultaneous or sequential.
例えば、本明細書に記載のポリペプチドHP、ポリヌクレオチド配列及び宿主細胞の少なくとも2つが対象に投与される。 For example, at least two of the polypeptide HP, polynucleotide sequences, and host cells described herein are administered to the subject.
例えば、本発明による1つの種類の宿主細胞(例えば、HPをコードするポリヌクレオチド配列で形質転換されたL.ラクティス)を、本発明による別の種類の宿主細胞(例えば、HPをコードするポリヌクレオチド配列で形質転換された乳酸桿菌属種)と併用してもよい。 For example, one type of host cell according to the present invention (eg L. lactis transformed with a polynucleotide sequence encoding HP) may be transformed into another type of host cell according to the present invention (eg a polynucleotide encoding HP). Lactobacillus species transformed with the sequence) may be used in combination.
別の例では、本発明による1つの種類の宿主細胞(例えば、HPをコードするポリヌクレオチド配列で形質転換されたL.ラクティス)を、バクテロイデス属種(例えば、バクテロイデス・テタイオタオミクロン)、ラクトコッカス属種(例えば、L.ラクティス)、乳酸桿菌属種、ビフィドバクテリウム属種、及び連鎖球菌属種(例えば、ストレプトコッカス・サーモフィルス)などの、別の微生物と併用してもよい。 In another example, one type of host cell according to the present invention (eg L. lactis transformed with a polynucleotide sequence encoding HP) is transformed into a Bacteroides spp. (Eg Bacteroides tetaiotaomicron), Lactococcus You may use together with another microorganism, such as genus species (for example, L. lactis), Lactobacillus species, Bifidobacterium species, and Streptococcus species (for example, Streptococcus thermophilus).
ポリヌクレオチド配列
本明細書の範囲は、HPポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列を包含する。
Polynucleotide Sequences The scope herein includes polynucleotide sequences that encode HP polypeptides.
用語「ヌクレオチド配列」は、本明細書において使用する場合、オリゴヌクレオチド配列又はポリヌクレオチド配列、及びそのバリアント、ホモログ、断片及び誘導体(例えば、その部分)を指す。ヌクレオチド配列は、ゲノム起源のものであっても、又は合成起源のものであっても、又は組換え起源のものであってもよく、これらは、センス鎖を表すかアンチセンス鎖を表すかを問わず、二本鎖であっても、又は一本鎖であってもよい。 The term “nucleotide sequence” as used herein refers to oligonucleotide or polynucleotide sequences and variants, homologs, fragments and derivatives (eg, portions thereof) thereof. Nucleotide sequences may be of genomic origin, synthetic origin, or recombinant origin, which may represent the sense strand or the antisense strand. Regardless, it may be double-stranded or single-stranded.
本明細書に関しての用語「ヌクレオチド配列」は、ゲノムDNA、cDNA、合成DNA、及びRNAを含む。一実施形態において、この用語はcDNA配列を意味する。 The term “nucleotide sequence” in this context includes genomic DNA, cDNA, synthetic DNA, and RNA. In one embodiment, the term refers to a cDNA sequence.
一実施形態において、本明細書の本来の範囲に関する場合及び本明細書の本来の範囲によって包含される場合のヌクレオチド配列は、ネイティブヌクレオチド配列を、ヌクレオチド配列自体の天然の環境にある場合、及びヌクレオチド配列に天然に付随する配列(付随配列もまた付随配列自体の天然の環境にある)に連結されている場合には含まない。参照を容易にするために、本明細書ではこの実施形態を「非ネイティブヌクレオチド配列」と呼ぶ。これに関連して、用語「ネイティブヌクレオチド配列」は、自体の天然の環境にある全ヌクレオチド配列であって、天然に付随する全プロモーター(プロモーターもまたプロモーター自体の天然の環境にある)に作動的に連結されている場合の全ヌクレオチド配列を意味する。しかし、本明細書の範囲によって包含されるアミノ酸配列は、そのネイティブ生物におけるヌクレオチド配列の発現後に単離及び/又は精製することができる。しかし、一実施形態において、本明細書の範囲によって包含されるアミノ酸配列は、そのネイティブ生物におけるヌクレオチド配列によって、しかし前記ヌクレオチド配列がその生物体内で天然に付随するプロモーターの制御下にない場合に、発現されることもある。 In one embodiment, a nucleotide sequence when in relation to and encompassed by the original scope of the specification, refers to the native nucleotide sequence, if in the natural environment of the nucleotide sequence itself, and nucleotides It is not included when it is linked to a sequence naturally associated with the sequence (the associated sequence is also in the natural environment of the associated sequence itself). For ease of reference, this embodiment is referred to herein as a “non-native nucleotide sequence”. In this context, the term “native nucleotide sequence” is the entire nucleotide sequence that is in its own natural environment and is operative for all naturally associated promoters (the promoter is also in its own natural environment). Means the entire nucleotide sequence when linked to However, the amino acid sequences encompassed by the scope herein can be isolated and / or purified after expression of the nucleotide sequence in its native organism. However, in one embodiment, the amino acid sequence encompassed by the scope of this specification is by the nucleotide sequence in its native organism, but when the nucleotide sequence is not under the control of a naturally associated promoter in the organism, Sometimes expressed.
典型的に、本明細書の範囲によって包含されるヌクレオチド配列は、組換えDNA技術(すなわち、組換えDNA)を使用して調製される。しかし、本発明の代替実施形態において、当技術分野において周知の化学的方法(Caruthers MH et al., (1980) Nuc Acids Res Symp Ser 215-23及びHorn T et al., (1980) Nuc Acids Res Symp Ser 225-232を参照されたい)を使用して、ヌクレオチド配列を、全部又は一部、合成することができると予想される。 Typically, the nucleotide sequences encompassed by the scope herein are prepared using recombinant DNA technology (ie, recombinant DNA). However, in alternative embodiments of the present invention, chemical methods well known in the art (Caruthers MH et al., (1980) Nuc Acids Res Symp Ser 215-23 and Horn T et al., (1980) Nuc Acids Res It is expected that nucleotide sequences can be synthesized in whole or in part using Symp Ser 225-232).
本明細書に包含されるポリヌクレオチドを他のポリヌクレオチド配列と併用してもよい。したがって、本明細書は、HPをコードするポリヌクレオチド配列と、HPをコードする別のポリヌクレオチド配列であってもよい別のポリヌクレオチド配列とを含む、ポリヌクレオチド配列の組合せも包含する。 The polynucleotides encompassed herein may be used in combination with other polynucleotide sequences. Thus, the present specification also encompasses a combination of polynucleotide sequences comprising a polynucleotide sequence encoding HP and another polynucleotide sequence that may be another polynucleotide sequence encoding HP.
ヌクレオチド配列の調製
本明細書のいずれかのペプチドをコードするヌクレオチド配列を、前記ペプチドを産生するいずれの細胞又は生物から同定及び/又は単離及び/又は精製してもよい。ヌクレオチド配列の同定及び/又は単離及び/又は精製のための様々な方法が当技術分野内で周知である。例として、適切な配列を同定及び/又は単離及び/又は精製してしまえば、配列をより多く調製するためのDNA増幅技術を使用することができる。
Nucleotide Sequence Preparation Nucleotide sequences encoding any of the peptides herein may be identified and / or isolated and / or purified from any cell or organism that produces the peptide. Various methods for the identification and / or isolation and / or purification of nucleotide sequences are well known in the art. As an example, once the appropriate sequence has been identified and / or isolated and / or purified, DNA amplification techniques can be used to prepare more sequences.
さらなる例として、ペプチドを産生する生物からの染色体DNA又はメッセンジャーRNAを使用して、ゲノムDNA及び/又はcDNAライブラリーを構築することができる。アミノ酸配列が分かっている場合には、標識オリゴヌクレオチドプローブを合成し、使用して、その生物から調製したゲノムライブラリーからのクローンを同定することができる。あるいは、類似した公知遺伝子と相同な配列を含有する標識オリゴヌクレオチドプローブを使用してクローンを同定することができると予想される。後者の場合、ストリンジェンシーがより低いハイブリダイゼーション及び洗浄条件が使用される。 As a further example, genomic DNA and / or cDNA libraries can be constructed using chromosomal DNA or messenger RNA from organisms that produce peptides. If the amino acid sequence is known, labeled oligonucleotide probes can be synthesized and used to identify clones from a genomic library prepared from that organism. Alternatively, it is expected that labeled clones can be identified using labeled oligonucleotide probes containing sequences homologous to similar known genes. In the latter case, lower stringency hybridization and wash conditions are used.
あるいは、本明細書のペプチドを含むクローンは、ゲノムDNAの断片を発現ベクター、例えばプラスミドに挿入し、得られたゲノムDNAライブラリーで細菌を形質転換し、その後、ペプチドの基質を含有する寒天プレートにその形質転換された細菌を播種することによってペプチドを発現するクローンの同定を可能にすることにより、同定することができると予想される。 Alternatively, a clone containing the peptide of the present specification can be obtained by inserting a fragment of genomic DNA into an expression vector, such as a plasmid, transforming bacteria with the resulting genomic DNA library, and then an agar plate containing the peptide substrate. It is expected that identification can be made by allowing the identification of clones expressing the peptide by seeding the transformed bacterium into
さらにさらなる代替形態において、ペプチドをコードするヌクレオチド配列は、確立された標準的方法、例えば、Beucage S.L.et al., (1981) Tetrahedron Letters 22, p 1859-1869により記載されたホスホロアミダイト法、又はMatthes et al., (1984) EMBO J.3, p 801-805により記載された方法によって、合成的に調製されうる。ホスホロアミダイト法では、オリゴヌクレオチドは、例えば、自動DNA合成装置で合成され、精製され、アニールされ、ライゲーションされ、適切なベクターにクローニングされる。 In yet a further alternative, the nucleotide sequence encoding the peptide is obtained from established standard methods, such as the phosphoramidite method described by Beucage SL et al., (1981) Tetrahedron Letters 22, p 1859-1869, or It can be prepared synthetically by the method described by Matthes et al., (1984) EMBO J.3, p 801-805. In the phosphoramidite method, oligonucleotides are synthesized, for example, on an automated DNA synthesizer, purified, annealed, ligated and cloned into an appropriate vector.
ヌクレオチド配列は、標準的な技術に従って(適宜)合成、ゲノム若しくはcDNA起源の断片のライゲーションによって調製された、ゲノム起源と合成起源の混合型、合成起源とcDNA起源の混合型、又はゲノム起源とcDNA起源の混合型のものであってもよい。ライゲーションされる各々の断片は、全ヌクレオチド配列の様々な部分に対応する。例えば米国特許第4,683,202号明細書又はSaiki R K et al.,(Science(1988)239, pp 487-491)に記載されているような、特異的プライマーを使用するポリメラーゼ連鎖反応(PCR,polymerase chain reaction)によって、DNA配列を調製してもよい。 Nucleotide sequences are prepared according to standard techniques (as appropriate) by synthesis, ligation of fragments of genomic or cDNA origin, mixed genomic and synthetic origin, mixed synthetic and cDNA origin, or genomic and cDNA origin. It may be of mixed origin. Each fragment that is ligated corresponds to a different part of the total nucleotide sequence. Polymerase chain reaction (PCR) using specific primers as described, for example, in US Pat. No. 4,683,202 or Saiki RK et al., (Science (1988) 239, pp 487-491). DNA sequence may be prepared by polymerase chain reaction).
アミノ酸配列
本明細書の範囲は、本明細書において定義するようなHPポリペプチドも包含する。
Amino Acid Sequences The scope herein also includes HP polypeptides as defined herein.
アミノ酸配列を好適な源から調製/単離してもよく、又は合成的に作製してもよく、又は組換えDNA技術の使用によって調製してもよい。 The amino acid sequence may be prepared / isolated from a suitable source, may be made synthetically, or may be prepared by use of recombinant DNA technology.
本明細書に包含されるポリペプチドを他のペプチドと併用してもよい。したがって、本明細書は、ポリペプチドHPと、別のHPポリペプチドであってもよい別のペプチドとを含む、ペプチドの組合せも包含する。 The polypeptides encompassed herein may be used in combination with other peptides. Thus, the present description also encompasses peptide combinations comprising the polypeptide HP and another peptide that may be another HP polypeptide.
本発明の本来の範囲に関する場合及び本発明の本来の範囲によって包含される場合のアミノ酸配列は、ネイティブペプチドではない。これに関連して、用語「ネイティブペプチド」は、自体の天然の環境にある全ペプチドであって、そのネイティブヌクレオチド配列によって発現されたときの全ペプチドを意味する。 The amino acid sequences when related to and covered by the original scope of the invention are not native peptides. In this context, the term “native peptide” means the entire peptide in its natural environment when expressed by its native nucleotide sequence.
組換えポリペプチド
一態様において、本発明における使用のためのポリペプチド配列は、組換え配列、すなわち、組換えDNA技術(例えば、ポリペプチドをコードする発現ベクターを含む宿主細胞を使用するポリペプチドの発現)を使用して調製された配列−である。
Recombinant polypeptides In one aspect, polypeptide sequences for use in the present invention are recombinant sequences, i.e., those of a polypeptide that uses recombinant DNA technology (e.g., a host cell containing an expression vector encoding the polypeptide). Sequence prepared using (expression).
これらの組換えDNA技術は、当業者の能力の範囲内である。そのような技術は、文献、例えば、J. Sambrook, E. F. Fritsch, and T. Maniatis, 1989, Molecular Cloning: A Laboratory Manual, Second Edition, Books 1-3, Cold Spring Harbor Laboratory Pressにおいて説明されている。 These recombinant DNA techniques are within the ability of one skilled in the art. Such techniques are described in the literature, eg, J. Sambrook, EF Fritsch, and T. Maniatis, 1989, Molecular Cloning: A Laboratory Manual, Second Edition, Books 1-3, Cold Spring Harbor Laboratory Press.
融合タンパク質
本発明に従って使用するためのポリペプチド配列を、例えば抽出及び精製に役立つように、融合タンパク質として産生してもよい。融合タンパク質パートナーの例としては、グルタチオン−S−トランスフェラーゼ(GST)、6xHis、GAL4(DNA結合及び/又は転写活性化ドメイン)及び(β−ガラクトシダーゼ)が挙げられる。融合タンパク質配列の除去を可能にするために融合タンパク質パートナーと所望のタンパク質配列の間にタンパク質切断部位を含めることが便利であることもある。
Fusion Proteins Polypeptide sequences for use in accordance with the present invention may be produced as fusion proteins, eg, to aid in extraction and purification. Examples of fusion protein partners include glutathione-S-transferase (GST), 6xHis, GAL4 (DNA binding and / or transcriptional activation domain) and (β-galactosidase). It may be convenient to include a protein cleavage site between the fusion protein partner and the desired protein sequence to allow removal of the fusion protein sequence.
通常は、融合タンパク質は、タンパク質配列の活性を妨げないであろう。 Usually, the fusion protein will not interfere with the activity of the protein sequence.
大腸菌における遺伝子融合発現系は、Curr Opin Biotechnol (1995) 6(5):501-6において概説されている。 A gene fusion expression system in E. coli is reviewed in Curr Opin Biotechnol (1995) 6 (5): 501-6.
本明細書の別の実施形態において、融合タンパク質をコードするために異種配列にポリペプチド配列をライゲーションすることもある。例えば、物質の活性に影響を与えることができる薬剤についてペプチドライブラリーをスクリーニングするために、市販の抗体によって認識される異種エピトープを発現するキメラ物質をコードすることが有用であることもある。 In another embodiment herein, the polypeptide sequence may be ligated to a heterologous sequence to encode a fusion protein. For example, it may be useful to encode a chimeric substance that expresses a heterologous epitope recognized by a commercially available antibody to screen a peptide library for agents that can affect the activity of the substance.
配列同一性又は配列相同性
用語「ポリペプチド」、「ポリペプチド配列」、「ペプチド」、「タンパク質」及び「アミノ酸配列」は、本明細書では同義語として使用している。
Sequence identity or sequence homology The terms “polypeptide”, “polypeptide sequence”, “peptide”, “protein” and “amino acid sequence” are used synonymously herein.
用語「ポリヌクレオチド配列」及び「ヌクレオチド配列」は、本明細書では同義語として使用している。 The terms “polynucleotide sequence” and “nucleotide sequence” are used synonymously herein.
本発明は、本明細書に記載するポリペプチド(例えば、バリアント、ホモログ及び誘導体)の、又はそのようなポリペプチドをコードする任意のヌクレオチド配列の、アミノ酸配列とある程度の配列同一性若しくは配列相同性を有する配列(本明細書では以降「相同配列と呼ぶ」)の使用も包含する。本明細書において、用語「ホモログ」は、対象アミノ酸配列及び対象ヌクレオチド配列とある特定の相同性を有する実体を意味する。本明細書において、用語「相同性」を「同一性」と同じと考えることができる。 The present invention provides a degree of sequence identity or sequence homology with the amino acid sequences of the polypeptides (eg, variants, homologs and derivatives) described herein, or any nucleotide sequence encoding such polypeptides. Also included is the use of sequences having the sequence (hereinafter referred to as “homologous sequences”). As used herein, the term “homolog” means an entity having a certain homology with a subject amino acid sequence and a subject nucleotide sequence. In this specification, the term “homology” can be considered the same as “identity”.
本文脈で、相同配列は、対象配列と少なくとも50、60、70、75、80、85又は90%同一、一部の実施形態において、少なくとも95、96、97、98又は99%同一でありうるアミノ酸又はヌクレオチド配列を含むと解釈される。相同性を類似性(すなわち、類似した化学的特性/機能を有するアミノ酸残基)の観点から考えることもできるが、本発明の内容において、配列同一性の観点から相同性を表現するほうが好ましい。 In this context, the homologous sequence may be at least 50, 60, 70, 75, 80, 85 or 90% identical to the subject sequence, and in some embodiments at least 95, 96, 97, 98 or 99% identical. It is taken to include amino acid or nucleotide sequences. Although homology can be considered from the viewpoint of similarity (ie, amino acid residues having similar chemical properties / functions), in the context of the present invention, it is preferable to express homology from the viewpoint of sequence identity.
一部の実施形態において、相同配列は、対象配列と比較して1つ又は複数の付加、欠失及び/又は置換を有するアミノ酸配列又はヌクレオチド配列を含むと解釈される。 In some embodiments, a homologous sequence is taken to include an amino acid sequence or nucleotide sequence that has one or more additions, deletions and / or substitutions relative to the subject sequence.
一部の実施形態において、本発明は、アミノ酸配列を本明細書に提示するタンパク質、又はこの(親)タンパク質から、親タンパク質のアミノ酸配列における1つ若しくは複数のアミノ酸、例えば2、3、4、5、6、7、8、9個のアミノ酸若しくはそれ以上のアミノ酸、例えば10個若しくは10個より多くのアミノ酸の置換、欠失若しくは付加によって得られるタンパク質であって、親タンパク質の活性を有するタンパク質の使用に関する。 In some embodiments, the present invention provides a protein whose amino acid sequence is presented herein, or from this (parent) protein, one or more amino acids in the amino acid sequence of the parent protein, eg 2, 3, 4, A protein obtained by substitution, deletion or addition of 5, 6, 7, 8, 9 amino acids or more, for example 10 or more amino acids, having the activity of the parent protein About the use of.
一部の実施形態において、本発明は、アミノ酸配列を本明細書に提示するタンパク質をコードする、又はこの(親)タンパク質から、親タンパク質のアミノ酸配列における1つ若しくは複数のアミノ酸、例えば2、3、4、5、6、7、8、9個のアミノ酸、若しくはそれ以上のアミノ酸、例えば、10個若しくは10個より多くのアミノ酸の置換、欠失若しくは付加によって得られるタンパク質であって、親タンパク質の活性を有するタンパク質をコードする、核酸配列(又は遺伝子)の使用に関する。 In some embodiments, the invention encodes a protein whose amino acid sequence is presented herein, or from this (parent) protein, one or more amino acids in the amino acid sequence of the parent protein, eg 2, 3 A protein obtained by substitution, deletion or addition of 4, 5, 6, 7, 8, 9 amino acids or more, eg, 10 or more amino acids, wherein the parent protein The use of a nucleic acid sequence (or gene) that encodes a protein having the following activity:
本文脈で、相同配列は、本明細書に記載するポリペプチドをコードするヌクレオチド配列(対象配列)と少なくとも50、60、70、75、80、85又は90%同一、一部の実施形態において、少なくとも95、96、97、98又は99%同一でありうるヌクレオチド配列を含むと解釈される。通常は、ホモログは、ドメインなどをコードする配列であって対象配列と同じ又は同等の配列を含むことになる。相同性を類似性(すなわち、類似した化学的特性/機能を有するアミノ酸残基)の観点から考えることもできるが、本発明の内容において、配列同一性の観点から相同性を表現するほうが好ましい。 In this context, a homologous sequence is at least 50, 60, 70, 75, 80, 85 or 90% identical, in some embodiments, to a nucleotide sequence (subject sequence) encoding a polypeptide described herein. It is intended to include nucleotide sequences that may be at least 95, 96, 97, 98 or 99% identical. Usually, a homolog is a sequence that encodes a domain or the like and includes a sequence that is the same as or equivalent to the target sequence. Although homology can be considered from the viewpoint of similarity (ie, amino acid residues having similar chemical properties / functions), in the context of the present invention, it is preferable to express homology from the viewpoint of sequence identity.
相同アミノ酸配列及び/又はヌクレオチド配列は、ポリペプチドの機能活性を保持する及び/又は活性を強化するポリペプチドを提供及び/又はコードすることができる。 Homologous amino acid sequences and / or nucleotide sequences can provide and / or encode a polypeptide that retains and / or enhances the functional activity of the polypeptide.
一部の態様において、本明細書に記載のアミノ酸配列は、対象配列と少なくとも50、60、70、75、80、85又は90%の同一性、一部の実施形態において、少なくとも95、96、97、98又は99%の同一性を有する。 In some aspects, the amino acid sequences described herein have at least 50, 60, 70, 75, 80, 85, or 90% identity with the subject sequence, in some embodiments, at least 95, 96, 97, 98 or 99% identity.
一部の態様において、本明細書に記載のヌクレオチド配列は、対象配列と少なくとも50、60、70、75、80、85又は90%の同一性、一部の実施形態において、少なくとも95、96、97、98又は99%の同一性を有する。 In some aspects, the nucleotide sequence described herein has at least 50, 60, 70, 75, 80, 85, or 90% identity with the subject sequence, in some embodiments, at least 95, 96, 97, 98 or 99% identity.
相同性比較は、目視によって行うことができ、又はより通常は、容易に利用できる配列比較プログラムを活用して行うことができる。これらの市販コンピュータプログラムは、2つ又は3つ以上の配列間の相同性%を算出することができる。 Homology comparisons can be made visually or, more usually, using readily available sequence comparison programs. These commercially available computer programs can calculate% homology between two or more sequences.
相同性%を連続する配列にわたって算出してもよい。すなわち、ある配列を他の配列とアラインメントし、ある配列内の各アミノ酸を他の配列内の対応するアミノ酸と一度に1残基ずつ直接比較する。これは、「ギャップなしの」アラインメントと呼ばれる。典型的に、そのようなギャップなしのアラインメントは、比較的少ない数の残基に関してしか行われない。 % Homology may be calculated over consecutive sequences. That is, one sequence is aligned with another sequence and each amino acid in one sequence is directly compared one residue at a time with the corresponding amino acid in the other sequence. This is referred to as “no gap” alignment. Typically, such ungapped alignments are performed only on a relatively small number of residues.
これは、非常に簡単で一貫性のある方法であるが、例えば、他の点では同一の配列ペアの場合、1つの挿入又は欠失に起因して後続のアミノ酸残基がアラインメントできなくなり、したがって包括的なアラインメントを行ったときに相同性%が大きく低減される結果となる可能性があるということを、考慮することができない。それ故、ほとんどの配列比較法は、相同性スコア全体に過度にペナルティを科さずに可能性のある挿入及び欠失を考慮する最適なアラインメントを生成するように設計される。これは、配列アラインメントの際に局所相同性を最大にするように「ギャップ」を挿入することによって実現される。 This is a very simple and consistent method, but for example, in the case of otherwise identical sequence pairs, subsequent amino acid residues cannot be aligned due to one insertion or deletion, and thus It cannot be taken into account that the% homology can result in a significant reduction when performing a comprehensive alignment. Therefore, most sequence comparison methods are designed to produce an optimal alignment that takes into account possible insertions and deletions without penalizing excessively the overall homology score. This is accomplished by inserting “gaps” to maximize local homology during sequence alignment.
しかし、これらのより複雑な方法は、同一のアミノ酸が同じ番号を有するように、2つの比較される配列間のより高い関連性を反映する可能な限り少ないギャップを用いる配列アラインメントが、多くのギャップを用いるものより大きなスコアを得るように、「ギャップペナルティ」をそのアラインメント内に存在する各ギャップに割り当てる。ギャップの存在に比較的高いコストを科し、ギャップ内の後続の残基各々により小さいペナルティを科す、「アファインギャップコスト」が通常は使用される。これは、最も一般的に使用されているギャップスコアリングシステムである。もちろん、高いギャップペナルティは、より少ないギャップで最適化アラインメントを生成することになる。ほとんどのアラインメントプログラムは、ギャップペナルティを変更することが可能である。通常、そのようなソフトウェアを配列比較に使用する場合には、デフォルト値を使用する。 However, these more complex methods are such that sequence alignments using as few gaps as possible that reflect the higher association between the two compared sequences, such that the same amino acid has the same number, A “gap penalty” is assigned to each gap present in the alignment such that a score greater than that using is used. “Affine gap costs” are typically used that charge a relatively high cost for the existence of a gap and a smaller penalty for each subsequent residue in the gap. This is the most commonly used gap scoring system. Of course, a high gap penalty will produce an optimized alignment with fewer gaps. Most alignment programs can change the gap penalty. Usually, when such software is used for sequence comparison, default values are used.
したがって、最大相同性%の算出には、ギャップペナルティを考慮する最適なアラインメントの生成が先ず求められる。そのようなアラインメントの実施に好適なコンピュータプログラムは、Vector NTI(Invitrogen社)である。配列比較を実行することができるソフトウェアの例としては、例えば、BLASTパッケージ(Ausubel et al 1999 Short Protocols in Molecular Biology, 4th Ed - Chapter 18を参照されたい)、BLAST2(FEMS Microbiol Lett 1999 174(2): 247-50、FEMS Microbiol Lett 1999 177(1): 187-8及びtatiana@ncbi.nlm.nih.govを参照されたい)、FASTA(Altschul et al 1990 J. Mol.Biol.403-410)及びAlignXが挙げられるが、これらに限定されない。少なくともBLAST、BLAST2及びFASTAは、オフライン及びオンライン検索に利用可能である(Ausubel et al 1999, pages 7-58 to 7-60を参照されたい)。 Therefore, in order to calculate the maximum homology%, it is first necessary to generate an optimal alignment that takes into account the gap penalty. A suitable computer program for performing such an alignment is Vector NTI (Invitrogen). Examples of software that can perform sequence comparison include, for example, the BLAST package (see Ausubel et al 1999 Short Protocols in Molecular Biology, 4th Ed-Chapter 18), BLAST2 (FEMS Microbiol Lett 1999 174 (2) 247-50, FEMS Microbiol Lett 1999 177 (1): 187-8 and tatiana@ncbi.nlm.nih.gov), FASTA (Altschul et al 1990 J. Mol. Biol. 403-410) and AlignX is included, but not limited thereto. At least BLAST, BLAST2, and FASTA are available for offline and online searching (see Ausubel et al 1999, pages 7-58 to 7-60).
最終相同性%を同一性の観点から測定することができるが、アラインメントプロセス自体は、全か無かのペア比較に通常は基づかない。その代わりに、化学的類似性又は進化距離に基づいて各ペアワイズ比較にスコアを割り当てる、尺度化された類似性スコアの行列が一般に使用される。一般に使用されるそのような行列の例は、BLOSUM62行列−BLASTのプログラム一式のためのデフォルト行列−である。Vector NTIプログラムは、一般に、公開デフォルト値又は提供される場合にはカスタムシンボル比較表のどちらかを使用する(さらなる詳細については使用者マニュアルを参照されたい)。一部の応用例については、Vector NTIパッケージにデフォルト値を使用するほうが好ましい。 Although the final% homology can be measured in terms of identity, the alignment process itself is usually not based on an all-or-nothing pair comparison. Instead, a scaled similarity score matrix is generally used that assigns a score to each pair-wise comparison based on chemical similarity or evolutionary distance. An example of such a matrix that is commonly used is the BLOSUM62 matrix—the default matrix for the BLAST program suite. Vector NTI programs generally use either public default values or custom symbol comparison tables if provided (see user manual for further details). For some applications, it is preferable to use the default values for the Vector NTI package.
あるいは、相同性パーセントは、CLUSTAL(Higgins DG & Sharp PM (1988), Gene 73(1), 237-244)に類似したアルゴリズムに基づくVector NTI(Invitrogen社)の多重アラインメント機構を使用して算出することができる。 Alternatively, percent homology is calculated using the Vector NTI (Invitrogen) multiple alignment mechanism based on an algorithm similar to CLUSTAL (Higgins DG & Sharp PM (1988), Gene 73 (1), 237-244). be able to.
ソフトウェアが最適なラインメントを生成してしまえば、相同性%、例えば、配列同一性%を算出することが可能である。ソフトウェアは、通常は、この算出を配列比較の一部として行い、数値の結果を生成する。 Once the software has produced an optimal alignment, it is possible to calculate% homology, eg% sequence identity. The software typically performs this calculation as part of the sequence comparison and generates a numerical result.
配列同一性を決定する時にはギャップペナルティを使用するべきであり、その場合、例えばペアワイズアラインメントに次のパラメータを使用することができる: Gap penalties should be used when determining sequence identity, in which case, for example, the following parameters can be used for pairwise alignment:
一実施形態において、上で定義したようなギャップペナルティとギャップ伸長のセットを用いてCLUSTALを使用することがある。 In one embodiment, CLUSTAL may be used with a set of gap penalties and gap extensions as defined above.
一実施形態において、ヌクレオチド配列に関する同一性は、連続する少なくとも20ヌクレオチドにわたって、例えば、連続する少なくとも30ヌクレオチドにわたって、例えば、連続する少なくとも40ヌクレオチドにわたって、例えば、連続する少なくとも50ヌクレオチドにわたって、例えば、連続する少なくとも60ヌクレオチドにわたって、例えば、連続する少なくとも100ヌクレオチドにわたって、例えば、連続する少なくとも200ヌクレオチドにわたって、例えば、連続する少なくとも300ヌクレオチドにわたって決定される。 In one embodiment, the identity with respect to the nucleotide sequence is over at least 20 contiguous nucleotides, such as over at least 30 contiguous nucleotides, such as over at least 40 contiguous nucleotides, such as over at least 50 contiguous nucleotides. It is determined over at least 60 nucleotides, such as over at least 100 consecutive nucleotides, such as over at least 200 consecutive nucleotides, such as over at least 300 consecutive nucleotides.
一実施形態において、ヌクレオチド配列に関する同一性が配列全体にわたって決定されることもある。 In one embodiment, identity with respect to the nucleotide sequence may be determined throughout the sequence.
配列は、静的変化を生じさせ、機能的に等価の物質をもたらす、アミノ酸残基の欠失、挿入又は置換を有することもある。物質の二次的な結合活性が保持されるのであれば、残基の極性、電荷、溶解度、疎水性、親水性及び/又は両親媒性の類似性に基づいて計画的なアミノ酸置換を行ってもよい。例えば、負荷電アミノ酸は、アスパラギン酸及びグルタミン酸を含み、正荷電アミノ酸は、リシン及びアルギニンを含み、並びに類似の親水性値を有する非荷電極性ヘッド基を有するアミノ酸は、ロイシン、イソロイシン、バリン、グリシン、アラニン、アスパラギン、グルタミン、セリン、トレオニン、フェニルアラニン及びチロシンを含む。 A sequence may have deletions, insertions or substitutions of amino acid residues that cause a static change and result in a functionally equivalent substance. If the secondary binding activity of the substance is retained, systematic amino acid substitution is performed based on similarity of residue polarity, charge, solubility, hydrophobicity, hydrophilicity and / or amphiphilicity. Also good. For example, negatively charged amino acids include aspartic acid and glutamic acid, positively charged amino acids include lysine and arginine, and amino acids having uncharged polar head groups with similar hydrophilicity values include leucine, isoleucine, valine, glycine. , Alanine, asparagine, glutamine, serine, threonine, phenylalanine and tyrosine.
保存的置換を例えば下の表に従って行ってもよい。第2列の同じブロック内にあり、好ましくは第3列の同じ行にあるアミノ酸を互いに置換してもよい: Conservative substitutions may be made, for example according to the table below. Amino acids in the same block in the second column, preferably in the same row in the third column, may be substituted for each other:
本発明は、起こりうる相同置換(置換及び置き換えは、両方とも、本明細書では、既存のアミノ酸残基と代替残基の交換を意味する)、すなわち、同種置換、例えば、塩基性アミノ酸同士の置換、酸性アミノ酸同士の置換、極性アミノ酸同士の置換なども包含する。非相同置換、すなわち、残基のあるクラスから別のクラスへの置換、又は代替的に、非天然アミノ酸、例えば、オルニチン(本明細書では以降Zと呼ぶ)、ジアミノ酪酸オルニチン(本明細書では以降Bと呼ぶ)、ノルロイシンオルニチン(本明細書では以降Oと呼ぶ)、ピリジルアラニン、チエニルアラニン、ナフチルアラニン及びフェニルグリシンの組み入れを含む置換、が行われることもある。 The present invention provides for possible homologous substitutions (both substitutions and substitutions herein refer to the replacement of existing amino acid residues with alternative residues), ie, homologous substitutions, eg, between basic amino acids. Substitution, substitution between acidic amino acids, substitution between polar amino acids and the like are also included. Non-homologous substitutions, i.e., substitution of one residue from another class, or alternatively, an unnatural amino acid such as ornithine (hereinafter referred to as Z), ornithine diaminobutyrate (herein Hereinafter referred to as B), norleucine ornithine (hereinafter referred to as O), pyridylalanine, thienylalanine, naphthylalanine and phenylglycine substitution may be performed.
同じく非天然アミノ酸によって行われることがある置き換えは、アルファ*及びアルファ二置換アミノ酸、N−アルキルアミノ酸*、乳酸*、天然アミノ酸のハロゲン化物誘導体、例えばトリフルオロチロシン*、p−Cl−フェニルアラニン*、p−Br−フェニルアラニン*、p−I−フェニルアラニン*、L−アリル−グリシン*、β−アラニン*、L−α−アミノ酪酸*、L−γ−アミノ酪酸*、L−α−アミノイソ酪酸*、L−ε−アミノカプロン酸#、7−アミノヘプタン酸*、L−メチオニンスルホン#*、L−ノルロイシン*、L−ノルバリン*、p−ニトロ−L−フェニルアラニン*、L−ヒドロキシプロリン#、L−チオプロリン*、フェニルアラニン(Phe)のメチル誘導体、例えば4−メチル−Phe*、ペンタメチル−Phe*、L−Phe(4−アミノ)#、L−Tyr(メチル)*、L−Phe(4−イソプロピル)*、L−Tic(1,2,3,4−テトラヒドロイソキノリン−3−カルボキシル酸)*、L−ジアミノプロピオン酸#及びL−Phe(4−ベンジル)*を含む。表記*は、(相同又は非相同置換に関する)上の論述のために、誘導体の疎水性を示すために用いたものであり、これに対して#は、誘導体の親水性を示すために用いたものであり、#*は、両親媒の特徴を示す。 Also replaces there is that made by unnatural amino acids, alpha * and alpha-disubstituted amino acids, N- alkyl amino acids *, lactic acid *, halide derivatives of natural amino acids such as trifluorotyrosine *, p-Cl @ - phenylalanine *, p-Br-phenylalanine * , p-I-phenylalanine * , L-allyl-glycine * , β-alanine * , L-α-aminobutyric acid * , L-γ-aminobutyric acid * , L-α-aminoisobutyric acid * , L-ε-aminocaproic acid # , 7-aminoheptanoic acid * , L-methionine sulfone # * , L-norleucine * , L-norvaline * , p-nitro-L-phenylalanine * , L-hydroxyproline # , L-thioproline *, methyl derivatives of phenylalanine (Phe), such as 4-methyl -Phe , Pentamethyl -Phe *, L-Phe (4- amino) #, L-Tyr (methyl) *, L-Phe (4- isopropyl) *, L-Tic (1,2,3,4- tetrahydroisoquinoline -3 -Carboxylic acid) * , L-diaminopropionic acid # and L-Phe (4-benzyl) * . The notation * was used to indicate the hydrophobicity of the derivative for the above discussion (with respect to homologous or non-homologous substitutions), whereas # was used to indicate the hydrophilicity of the derivative. # * Indicates amphiphilic characteristics.
様々なアミノ酸配列は、グリシン又はβ−アラニン残基などのアミノ酸スペーサーに加えて、メチル、エチル又はプロピル基などのアルキル基を含む配列の任意の2アミノ酸残基間に挿入することができる好適なスペーサー基を含むことがある。さらなる変形形態は、ペプトイド型の1つ又は2つ以上のアミノ酸残基の存在を含み、これは、当業者に十分に理解されているであろう。誤解を避けるために、「ペプトイド型」は、α炭素置換基がα炭素ではなく残基の窒素原子上にあるバリアントアミノ酸残基を指すために使用している。ペプトイド型のペプチドを調製する方法は当技術分野において、例えば、Simon RJ et al., PNAS (1992) 89(20), 9367-9371及びHorwell DC, Trends Biotechnol.(1995) 13(4), 132-134で公知である。 Various amino acid sequences can be inserted between any two amino acid residues of a sequence containing an alkyl group such as a methyl, ethyl or propyl group in addition to an amino acid spacer such as a glycine or β-alanine residue. May contain a spacer group. Further variations include the presence of one or more amino acid residues in the peptoid form, which will be well understood by those skilled in the art. For the avoidance of doubt, the “peptoid form” is used to refer to variant amino acid residues in which the α carbon substituent is on the residue's nitrogen atom rather than the α carbon. Methods for preparing peptoid peptides are described in the art, for example, Simon RJ et al., PNAS (1992) 89 (20), 9367-9371 and Horwell DC, Trends Biotechnol. (1995) 13 (4), 132 -134.
本発明における使用のためのヌクレオチド配列は、配列内に合成又は修飾ヌクレオチドを含むことがある。オリゴヌクレオチドに対する多数の異なるタイプの修飾が当技術分野において公知である。これらは、メチルホスホネート及びホスホロチオエート骨格、並びに/又は分子の3’及び/若しくは5’末端でのアクリジン若しくはポリリシン鎖の付加を含む。本発明では、本明細書に記載するヌクレオチド配列を当技術分野において利用できるいずれの方法によって修飾してもよいと解されるものとする。そのような修飾は、本発明のヌクレオチド配列のインビボでの活性又は寿命を向上させるために、行われることがある。 Nucleotide sequences for use in the present invention may include synthetic or modified nucleotides within the sequence. A number of different types of modifications to oligonucleotides are known in the art. These include methylphosphonate and phosphorothioate backbones and / or the addition of acridine or polylysine chains at the 3 'and / or 5' ends of the molecule. In the present invention, it is to be understood that the nucleotide sequences described herein may be modified by any method available in the art. Such modifications may be made to improve the in vivo activity or lifetime of the nucleotide sequences of the present invention.
本発明は、本明細書に提示する配列又はその任意の誘導体若しくは断片に相補的である、ヌクレオチド配列の使用も包含する。配列がその断片に相補的である場合には、その配列を、他の生物などにおける類似のコード配列を同定するためのプローブとして使用することができる。 The invention also encompasses the use of nucleotide sequences that are complementary to the sequences presented herein or any derivative or fragment thereof. If the sequence is complementary to the fragment, the sequence can be used as a probe to identify similar coding sequences in other organisms and the like.
本発明の配列と100%相同ではないが本発明の範囲内に入るポリヌクレオチドを多数の方法で得ることができる。本明細書に記載する配列の他のバリアントを、例えば、ある範囲の個体、例えば異なる集団からの個体、から作製されたDNAライブラリーをプローブすることによって得てもよい。加えて、他のホモログを得てもよく、そのようなホモログ及びそれらの断片は、一般に、本明細書の配列表に示されている配列に選択的にハイブリダイズすることができるであろう。そのような配列を、他の動物種から作製されたcDNAライブラリー又は他の動物種からのゲノムDNAライブラリーをプローブすることによって得てもよく、中〜高ストリンジェンシー条件下、付属の配列表の配列のいずれか1つの全て又は一部を含むプローブでそのようなライブラリーをプローブすることによって得てもよい。本発明のポリペプチド又はヌクレオチド配列の種のホモログ及びアレルバリアントを得ることに、同様の考慮が当てはまる。 Polynucleotides that are not 100% homologous to the sequences of the invention but fall within the scope of the invention can be obtained in a number of ways. Other variants of the sequences described herein may be obtained, for example, by probing DNA libraries made from a range of individuals, such as individuals from different populations. In addition, other homologues may be obtained, and such homologues and fragments thereof will generally be capable of selectively hybridizing to the sequences shown in the sequence listing herein. Such sequences may be obtained by probing cDNA libraries made from other animal species or genomic DNA libraries from other animal species, and the attached sequence listing under medium to high stringency conditions May be obtained by probing such a library with a probe comprising all or part of any one of the sequences. Similar considerations apply to obtaining species homologues and allelic variants of the polypeptide or nucleotide sequences of the invention.
バリアント及び株/種のホモログを、縮重PCRを使用して得てもよく、このPCRは、本発明の配列内の保存アミノ酸配列をコードする前記バリアント及びホモログ内の配列を標的にするように設計されたプライマーを使用することになる。保存配列は、例えば、いくつかのバリアント/ホモログからのアミノ酸配列のアラインメントによって予測することができる。当技術分野において公知のコンピュータソフトウェアを使用して、配列アラインメントを行うことができる。例えば、GCG Wisconsin PileUpプログラムが広く使用されている。 Variants and strain / species homologues may be obtained using degenerate PCR, such that the PCR targets sequences within the variants and homologues that encode conserved amino acid sequences within the sequences of the invention. The designed primer will be used. Conserved sequences can be predicted, for example, by alignment of amino acid sequences from several variants / homologs. Sequence alignment can be performed using computer software known in the art. For example, the GCG Wisconsin PileUp program is widely used.
縮重PCRにおいて使用されるプライマーは、1つ又は2つ以上の縮重位置を含有することになり、既知配列に対して単一配列プライマーでの配列のクローニングに使用されるものより低いストリンジェンシー条件で使用されることになる。 Primers used in degenerate PCR will contain one or more degenerate positions and have a lower stringency than that used for cloning sequences with a single sequence primer relative to a known sequence Will be used in the condition.
あるいは、そのようなポリヌクレオチドを、特徴付けされた配列の部位特異的変異誘発によって得てもよい。これは、例えば、ポリヌクレオチド配列が発現されることになる特定の宿主細胞に対するコドン嗜好性を最適化するために静的コドン配列変化を必要とする場合に有用でありうる。制限酵素認識部位を導入するために、又はポリヌクレオチドによってコードされたポリペプチドの特性若しくは機能を変更するために、他の配列変化が望ましいこともある。 Alternatively, such polynucleotides may be obtained by site-directed mutagenesis of the characterized sequence. This can be useful, for example, when static codon sequence changes are required to optimize codon preference for the particular host cell in which the polynucleotide sequence is to be expressed. Other sequence changes may be desirable in order to introduce restriction enzyme recognition sites or to alter the properties or functions of the polypeptide encoded by the polynucleotide.
本発明のポリヌクレオチド(ヌクレオチド配列)を使用して、プライマー、例えば、PCRプライマー、オルタナティブ増幅反応用のプライマー、プローブ、例えば、放射性若しくは非放射性標識を使用する従来の手段による顕現標識(revealing label)で標識されたプローブを産生してもよく、又はポリヌクレオチドをベクターにクローニングしてもよい。そのようなプライマー、プローブ及び他の断片は、長さが少なくとも15、好ましくは少なくとも20、例えば少なくとも25、30又は40ヌクレオチドであり、そのようなプライマー、プローブ及び他の断片も、本明細書において使用する場合の本発明の用語ポリヌクレオチドによって包含される。 Using the polynucleotides (nucleotide sequences) of the present invention, revealing labels by conventional means using primers, eg PCR primers, primers for alternative amplification reactions, probes, eg radioactive or non-radioactive labels A probe labeled with can be produced, or the polynucleotide can be cloned into a vector. Such primers, probes and other fragments are at least 15, preferably at least 20, such as at least 25, 30 or 40 nucleotides in length, and such primers, probes and other fragments are also referred to herein. When used, it is encompassed by the term polynucleotide of the present invention.
本発明によるポリヌクレオチド、例えばDNAポリヌクレオチド及びプローブを組換えで、合成的に、又は当業者に利用可能な任意の手段によって産生してもよい。それらを標準的な技術によってクローニングしてもよい。 Polynucleotides according to the invention, such as DNA polynucleotides and probes, may be produced recombinantly, synthetically or by any means available to those skilled in the art. They may be cloned by standard techniques.
一般に、プライマーは、所望の核酸配列の一度に1ヌクレオチドずつの段階的製造を含む合成手段によって産生されることになる。自動化技術を使用してこの産生を遂行する技術は、当技術分野において容易に利用できる。 In general, primers will be produced by synthetic means, including a step-by-step production of the desired nucleic acid sequence one nucleotide at a time. Techniques for accomplishing this production using automated techniques are readily available in the art.
より長いポリヌクレオチドは、一般に、組換え手段を使用して、例えば、PCR(ポリメラーゼ連鎖反応)クローニング技術を使用して産生されることになる。増幅されたDNAを好適なクローニングベクターにクローニングすることができるように、好適な制限酵素認識部位を含有するようにプライマーを設計してもよい。 Longer polynucleotides will generally be produced using recombinant means, for example using PCR (polymerase chain reaction) cloning techniques. Primers may be designed to contain suitable restriction enzyme recognition sites so that the amplified DNA can be cloned into a suitable cloning vector.
組換えポリヌクレオチド配列
一態様において、本発明における使用のためのポリヌクレオチド配列は、組換えポリペプチド配列、すなわち、組換えDNA技術(例えば、ポリペプチドをコードする発現ベクターを含む宿主細胞を使用するポリペプチドの発現)を使用して調製された配列である。組換えポリヌクレオチド配列の例としては、コドン最適化配列、及び融合ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列が挙げられる。
Recombinant Polynucleotide Sequences In one aspect, a polynucleotide sequence for use in the present invention uses a recombinant polypeptide sequence, ie, a host cell comprising recombinant DNA technology (eg, an expression vector encoding the polypeptide). Polypeptide expression). Examples of recombinant polynucleotide sequences include codon optimized sequences and polynucleotide sequences encoding fusion polypeptides.
これらの組換えDNA技術は、当業者の能力の範囲内である。そのような技術は、文献、例えば、J. Sambrook, E. F. Fritsch, and T. Maniatis, 1989, Molecular Cloning: A Laboratory Manual, Second Edition, Books 1-3, Cold Spring Harbor Laboratory Pressにおいて説明されている。 These recombinant DNA techniques are within the ability of one skilled in the art. Such techniques are described in the literature, eg, J. Sambrook, EF Fritsch, and T. Maniatis, 1989, Molecular Cloning: A Laboratory Manual, Second Edition, Books 1-3, Cold Spring Harbor Laboratory Press.
合成
一態様において、本発明における使用のための配列は、合成配列、すなわち、インビトロでの化学的又は酵素的合成によって調製された配列である。前記配列は、宿主生物、例えば、メチロトローフ酵母ピキア(Pichia)及びハンゼヌラに最適なコドン使用頻度で作製された配列を含むが、これに限定されない。
Synthesis In one aspect, sequences for use in the present invention are synthetic sequences, ie sequences prepared by in vitro chemical or enzymatic synthesis. Such sequences include, but are not limited to, sequences made with optimal codon usage for host organisms such as the methylotrophic yeast Pichia and Hansenula.
本発明を以下の非限定的実施例によってさらに説明する。 The invention is further illustrated by the following non-limiting examples.
[実施例]
別段の指示がない限り、本発明の実施は、当業者の能力の範囲内である化学、分子生物学、微生物学、組換えDNA及び免疫学の従来の技術を用いることになる。そのような技術は、文献において説明されている。例えば、J. Sambrook, E. F. Fritsch, and T. Maniatis, 1989, Molecular Cloning: A Laboratory Manual, Second Edition, Books 1-3, Col d Spring Harbor Laboratory Press、Ausubel, F. M. et al.(1995 and periodic supplements、Current Protocols in Molecular Biology, ch. 9, 13, and 16, John Wiley & Sons, New York, N.Y.)、B. Roe, J. Crabtree, and A. Kahn, 1996, DNA Isolation and Sequencing: Essential Techniques, John Wiley & Sons、J. M. Polak and James O’D. McGee, 1990, In Situ Hybridization: Principles and Practice、Oxford University Press; M. J. Gait (Editor), 1984, Oligonucleotide Synthesis: A Practical Approach, Irl Press、D. M. J. Lilley and J. E. Dahlberg, 1992, Methods of Enzymology: DNA Structure Part A: Synthesis and Physical Analysis of DNA Methods in Enzymology, Academic Press、及びE. M. Shevach and W. Strober, 1992 and periodic supplements, Current Protocols in Immunology, John Wiley & Sons, New York, NYを参照されたい。これらの一般テキストの各々が参照により本明細書に組み入れられている。
[Example]
Unless otherwise indicated, the practice of the present invention will employ conventional techniques of chemistry, molecular biology, microbiology, recombinant DNA and immunology that are within the ability of one skilled in the art. Such techniques are explained in the literature. For example, J. Sambrook, EF Fritsch, and T. Maniatis, 1989, Molecular Cloning: A Laboratory Manual, Second Edition, Books 1-3, Cold Spring Harbor Laboratory Press, Ausubel, FM et al. (1995 and periodic supplements, Current Protocols in Molecular Biology, ch. 9, 13, and 16, John Wiley & Sons, New York, NY), B. Roe, J. Crabtree, and A. Kahn, 1996, DNA Isolation and Sequencing: Essential Techniques, John Wiley & Sons, JM Polak and James O'D. McGee, 1990, In Situ Hybridization: Principles and Practice, Oxford University Press; MJ Gait (Editor), 1984, Oligonucleotide Synthesis: A Practical Approach, Irl Press, DMJ Lilley and JE Dahlberg, 1992, Methods of Enzymology: DNA Structure Part A: Synthesis and Physical Analysis of DNA Methods in Enzymology, Academic Press, and EM Shevach and W. Strober, 1992 and periodic supplements, Current Protocols in Immunology, John Wiley & Sons, New See York, NY. Each of these general texts is incorporated herein by reference.
バクテロイデス・テタイオタオミクロンHP(BT0187、pirin関連タンパク質)が、フラジェリン−、PMA−又はIL−1によって刺激された培養中の上皮細胞におけるNF−κB活性を大きく低減させることを、NF−κBルシフェラーゼレポーターアッセイで明らかにした。 The NF-κB luciferase reporter shows that Bacteroides tetaiotaomicron HP (BT0187, pilin related protein) greatly reduces NF-κB activity in epithelial cells in culture stimulated by flagellin-, PMA- or IL-1. Revealed by assay.
大規模産生のために、HP(図1A及び1B中のHPと称するもの;図1Aはポリヌクレオチド配列を示し、図1Bはポリペプチド配列を示す)を大腸菌又はL.ラクティスにおいて発現させた。 For large-scale production, HP (referred to as HP in FIGS. 1A and 1B; FIG. 1A shows the polynucleotide sequence and FIG. 1B shows the polypeptide sequence) was transferred to E. coli or L. coli. It was expressed in lactis.
配列を(i)大腸菌における発現のためにコドン最適化し(図1B中のRec 1 HPと称するもの)、(ii)L.ラクティスにおける発現のためにコドン最適化した(図1B中のRec 2 HPと称するもの)。 The sequence was (i) codon optimized for expression in E. coli (referred to as Rec 1 HP in FIG. 1B); Codon optimized for expression in Lactis (referred to as Rec 2 HP in FIG. 1B).
単離された組換えHPをインビトロで試験し、カプセル化した。 Isolated recombinant HP was tested in vitro and encapsulated.
カプセル化製品の有効性を炎症性腸疾患(デキストラン硫酸ナトリウム[DSS]誘導大腸炎)のラットモデルで評価した。 The efficacy of the encapsulated product was evaluated in a rat model of inflammatory bowel disease (dextran sulfate sodium [DSS] induced colitis).
炎症性腸疾患に対するHPの効果
ラット研究:Hooded−Listerラット(Rowett系、6週齢、約480g)を、Bioresources of the Rowett Institute of Nutrition and Health内で、標準的な質の高い条件下で飼育し、収容し、管理した。ラットに、デキストラン硫酸ナトリウム(MP Biomedicals UK社、Cambridge;DSS;分子量36000〜50000)を含有する滅菌蒸留水を、7日間[第1〜5日、40g DSS/l、及び第6〜7日、20g DSS/l]にわたって自由に摂取させた。DSS治療ラットの半数には毎日(第1〜7日)HPタンパク質を投与し、残りの6匹のDSS治療ラットには毎日(第1〜7日)プラセボを投与した。未治療対照には滅菌蒸留水を自由に摂取させたが、投与をしなかった。未治療対照に滅菌蒸留水を摂取させた。全てのラットに高品質の齧歯動物用固形飼料を自由に摂取させた。食物摂取量、水摂取量及び体重を毎日測定した。
Effect of HP on Inflammatory Bowel Disease Rat Study: Fooded-Lister rats (Rowett strain, 6 weeks old, approximately 480 g) are housed under standard quality conditions in the Bioresources of the Rowett Institute of Nutrition and Health And housed and managed. Rats were treated with sterile distilled water containing sodium dextran sulfate (MP Biomedicals UK, Cambridge; DSS; molecular weight 3600-50000) for 7 days [Days 1-5, 40 g DSS / l, and Days 6-7, 20 g DSS / l]. Half of the DSS-treated rats received HP protein daily (Days 1-7) and the remaining 6 DSS-treated rats received daily (Days 1-7) placebo. Untreated controls were given free access to sterile distilled water but were not dosed. Untreated controls received sterilized distilled water. All rats were given free access to high-quality rodent chow. Food intake, water intake and body weight were measured daily.
第8日にラットを安楽死させ(イソフルラン過剰投与及び瀉血)、解剖した。結腸の全長を測定し、盲腸/結腸接合部から上行結腸片3〜6cmをOCTで採取し又は中性緩衝ホルマリンで固定し、盲腸/結腸接合部から2〜3cmをRNAlaterに入れ、盲腸/結腸接合部からの0〜2cm片を急速凍結した。直腸から上行結腸片3〜6cmをOCTで採取し又は中性緩衝ホルマリンで固定し、直腸から2〜3cmをRNAlaterに入れ、直腸からの0〜2cm片を急速凍結した。小腸を測定し、回腸盲腸接合部から回腸組織片5〜7cmをOCTで採取し又は中性緩衝ホルマリンで固定し、回腸盲腸接合部から7〜9cmを微生物学用に採取し、回腸盲腸接合部から9〜10cmをRNAlaterに入れ、回腸盲腸接合部からの9〜17cm片を急速凍結した。横行結腸を微生物学用に採取し、同様に腸間膜リンパ節、肝臓及び脾臓も採取した。マッコンキー寒天培地3番を使用して、組織中の乳糖発酵性細菌及び非乳糖発酵性細菌を評価した。 On day 8, the rats were euthanized (isoflurane overdose and phlebotomy) and dissected. The total length of the colon is measured, 3-6 cm of the ascending colon from the cecum / colon junction is taken with OCT or fixed with neutral buffered formalin, 2-3 cm from the cecum / colon junction is placed in RNAlater, and the cecum / colon A 0-2 cm piece from the junction was snap frozen. Ascending colon pieces 3-6 cm from the rectum were collected by OCT or fixed with neutral buffered formalin, 2-3 cm from the rectum were placed in RNAlater, and 0-2 cm pieces from the rectum were snap frozen. Measure the small intestine, collect 5-7 cm of ileal tissue from the ileocecal junction by OCT or fix with neutral buffered formalin, collect 7-9 cm from the ileal cecal junction for microbiology, ileocecal junction 9-10 cm from was placed in RNAlater and 9-17 cm pieces from the ileocecal junction were snap frozen. The transverse colon was collected for microbiology, as well as mesenteric lymph nodes, liver and spleen. Lactose-fermenting bacteria and non-lactose-fermenting bacteria in the tissues were evaluated using MacConkey agar medium # 3.
固定された結腸試料をテクノビット8100樹脂に包埋した。4μm切片を切り取り、ヘマトキシリン及びエオシンで染色した。ImageProPlusソフトウェアによって制御されるQImagingカメラに接続されたZeiss Axioskop顕微鏡を使用して、横断面領域全体を撮像し、デジタル化した。これらを無関係の個人2名が盲検方式で検査し、(Berg, D.J., Davidson, N., Kuhn, R., Muller, W., Menon, S., Holland, G., Thompson-Snipes, L., Leach, M.W., Rennick, D. Enterocolitis and colon cancer in interleukin-10-deficient mice are associated with aberrant cytokine production and CD4+ Th1-like responses (1996) Journal of Clinical Investigation, 98 (4), 1010-1020)の方法に基づいて腸損傷の重症度を類別し、0[病態なし]〜グレード3[深刻な病態]の病態に関しての視野のパーセンテージとしてデータを表示した。 Fixed colon samples were embedded in technobit 8100 resin. 4 μm sections were cut and stained with hematoxylin and eosin. The entire cross-sectional area was imaged and digitized using a Zeiss Axioskop microscope connected to a QImaging camera controlled by ImageProPlus software. These were examined by two unrelated individuals in a blinded manner (Berg, DJ, Davidson, N., Kuhn, R., Muller, W., Menon, S., Holland, G., Thompson-Snipes, L ., Leach, MW, Rennick, D. Enterocolitis and colon cancer in interleukin-10-deficient mice are associated with aberrant cytokine production and CD4 + Th1-like responses (1996) Journal of Clinical Investigation, 98 (4), 1010-1020) Based on these methods, the severity of intestinal damage was categorized and the data were expressed as a percentage of the field of view for conditions from 0 [no disease] to grade 3 [serious disease].
デキストラン硫酸ナトリウム(DSS)で治療したラット、及びDSSとHPの両方(DSS/HP)で治療したラットは、同等の水摂取量を有したので、DSSの摂取量も治療群間で同じであった。同時に、DSSラットによる食物摂取量は、DSS/HP治療ラット及び対照のものよりわずかに率が低かったことが観察された。DSS治療ラットには体重減少傾向もあったが、同時に、DSS/HP及び対照ラットはそれらの体重を維持した(図2)。 Rats treated with sodium dextran sulfate (DSS) and rats treated with both DSS and HP (DSS / HP) had equivalent water intake, so DSS intake was also the same between treatment groups. It was. At the same time, it was observed that food intake by DSS rats was slightly lower than that of DSS / HP treated rats and controls. DSS-treated rats also tended to lose weight, while DSS / HP and control rats maintained their weight (FIG. 2).
ラットの結腸の長さはDSSの摂取に起因して短縮された。これは、DSS大腸炎について報告されている特徴である。しかし、結腸のこの変化は、ラットをHPでも治療したとき予防された(図3)。対照的に、小腸の長さは、DSSの摂取とともに増加されたが、DSS/HPを与えたラットでは変わらなかった(図3)。 Rat colon length was shortened due to DSS ingestion. This is a feature reported for DSS colitis. However, this change in the colon was prevented when the rats were also treated with HP (FIG. 3). In contrast, the length of the small intestine increased with DSS intake but did not change in rats fed DSS / HP (FIG. 3).
DSSを与えたラットの腸間膜リンパ節、肝臓及び脾臓は、乳糖(主として大腸菌)発酵性及び非乳糖発酵性細菌に無症候性感染していた(図4)。これは、DSS/HPでは顕著でなかった。これらの全身組織への細菌の伝播は、DSSによって引き起こされた損傷に起因する腸バリア完全性の喪失の結果である可能性が高い。HPは、腸バリア完全性のこの喪失を予防するように見えた。 The mesenteric lymph nodes, liver and spleen of rats fed DSS were asymptomatically infected with lactose (mainly E. coli) fermentable and non-lactose fermentable bacteria (FIG. 4). This was not significant with DSS / HP. The transmission of bacteria to these systemic tissues is likely the result of a loss of intestinal barrier integrity due to damage caused by DSS. HP appeared to prevent this loss of intestinal barrier integrity.
上行及び下行結腸の組織学的分析を行った(図5及び6)。(Berg, D.J., Davidson, N., Kuhn, R., Muller, W., Menon, S., Holland, G., Thompson-Snipes, L., Leach, M.W., Rennick, D. Enterocolitis and colon cancer in interleukin-10-deficient mice are associated with aberrant cytokine production and CD4+ Th1-like responses (1996) Journal of Clinical Investigation, 98 (4), 1010-1020)の方法に基づいて腸損傷の重症度を類別し、0[病態なし]〜グレード3[深刻な病態]の病態に関しての視野のパーセンテージとして又は平均病理組織診断スコアとしてデータを表示した。DSSによって引き起こされた組織の乱れは中等度で斑状であり、組織切片全体にわたって(ほとんど又は全くなしから重度まで)様々な程度の損傷があった。全体的に見て、粘膜上皮の完全性が損なわれ、上皮の杯細胞数の低減、及び免疫細胞の粘膜固有層への浸潤があった。対照的に、DSSによって引き起こされた結腸の全般的な乱れは、HPによるラットの併用処置によって大きく低減された。したがって、HPは、DSS誘導大腸炎モデルにおいて保護的であった。 Histological analysis of the ascending and descending colons was performed (Figures 5 and 6). (Berg, DJ, Davidson, N., Kuhn, R., Muller, W., Menon, S., Holland, G., Thompson-Snipes, L., Leach, MW, Rennick, D. Enterocolitis and colon cancer in Based on the method of interleukin-10-deficient mice are associated with aberrant cytokine production and CD4 + Th1-like responses (1996) Journal of Clinical Investigation, 98 (4), 1010-1020) Data were displayed as a percentage of the field of view for [no pathology] to grade 3 [serious pathology] pathology or as an average histopathological diagnosis score. The tissue perturbations caused by DSS were moderate and patchy, with varying degrees of damage throughout the tissue section (from little or none to severe). Overall, there was a loss of mucosal epithelial integrity, a reduction in the number of goblet cells in the epithelium, and infiltration of immune cells into the lamina propria. In contrast, general colonic disturbances caused by DSS were greatly reduced by combined treatment of rats with HP. Thus, HP was protective in the DSS-induced colitis model.
アフィメトリクス解析
マイクロアレイデータを用いて主成分分析(PCA,principal component analysis)を行って、3次元的に試料を分離した。対照とDSS/HPがともにクラスタリングしていたので、このクラスターからDSSを分離した。したがって、このPCAは、非常に似ている対照及びDSS/HPプロファイルとは、DSSトランスクリプトームプロファイルが、非常に異なることを示した。そしてまた、これは、HPが炎症の治療に有効であることを示した。これらの動物が健常動物と同様に見えたからであった。
Affymetrix analysis Principal component analysis (PCA) was performed using microarray data to separate samples in three dimensions. Since the control and DSS / HP were both clustered, DSS was separated from this cluster. Therefore, this PCA showed that the DSS transcriptome profile was very different from the very similar control and DSS / HP profiles. This also showed that HP is effective in treating inflammation. It was because these animals looked like healthy animals.
非等分散(Welch)、P<0.05、漸近、全て単一条件に対してのANOVAを行い、Tukey HSD事後検定を行って、差次的に発現された遺伝子のリストを得た。これによって、発現差異がある377遺伝子の表を生成した(表1及び表3)。 ANOVA for non-equal variance (Welch), P <0.05, asymptotic, all single conditions was performed, and Tukey HSD post-test was performed to obtain a list of differentially expressed genes. This generated a table of 377 genes with differential expression (Tables 1 and 3).
377遺伝子のサブセットのヒートマップを作成した(図7)。このヒートマップは、対照及びDSS/HP動物から離れてDSS動物が明確にクラスタリングしており、対照及びDSS/HP動物自体も別々に、互いに離れてはいないが、クラスタリングしていることを示した。対照及びDSS/HPの全体的な色のパターンは非常に類似していたが、DSS動物は、大部分がこの遺伝子サブセットについて他の2つの群とは逆の倍率変化を示した。 A heat map of a subset of the 377 gene was generated (FIG. 7). This heat map showed that the DSS animals were clearly clustered away from the control and DSS / HP animals, and the control and DSS / HP animals themselves were clustered separately but not from each other. . Although the overall color patterns of the control and DSS / HP were very similar, the DSS animals showed a fold change opposite to the other two groups for the majority of this gene subset.
これらの遺伝子のうちの7つは、対照と比較して比較的高い倍率変化を示した。これら7つの遺伝子のうち4つは、対照に対して上方調節され、他の3つは下方調節された(表1)。これらの倍率変化は、一般に、DSS/HP動物についてよりDSS動物についてのほうが高かった。最も影響を受けた遺伝子は、対照に対して上方調節された、再生膵島由来3ベータ(Reg3b)、レジスチン様ガンマ|レジスチン様ベータ(Retnlg|Retnlb)、スクラーゼ−イソマルターゼ(アルファ−グルコシダーゼ)(Si)及びデフェンシンアルファ24(Defa24)、並びに対照に対して下方調節された、ヒドロキシステロイド11−ベータデヒドロゲナーゼ2(Hsd11b2)、ヒドロキシステロイド(17−ベータ)デヒドロゲナーゼ2(Hsd17b2)及び核内受容体1D1|甲状腺ホルモン受容体アルファ(Nr1d1|Thra)であった(表1)。 Seven of these genes showed relatively high fold changes compared to controls. Four of these seven genes were up-regulated relative to the control and the other three were down-regulated (Table 1). These fold changes were generally higher for DSS animals than for DSS / HP animals. The most affected genes were upregulated relative to controls, regenerated pancreatic islet-derived 3beta (Reg3b), resistin-like gamma | resistin-like beta (Retnlg | Retnlb), sucrase-isomaltase (alpha-glucosidase) (Si ) And defensin alpha 24 (Defa24), and hydroxysteroid 11-beta dehydrogenase 2 (Hsd11b2), hydroxysteroid (17-beta) dehydrogenase 2 (Hsd17b2) and nuclear receptor 1D1 | It was hormone receptor alpha (Nr1d1 | Thra) (Table 1).
リアルタイムPCR
上行結腸における炎症関連遺伝子の発現は、DSSのみで治療したラットからの組織におけるよりDSS及びHPで治療したラットにおけるほうが一般に少なかった(図8、表2)。特に、Reg3及びRELMb発現は、HP治療の結果として大きく低減された。
Real-time PCR
Expression of inflammation-related genes in the ascending colon was generally less in rats treated with DSS and HP than in tissues from rats treated with DSS alone (FIG. 8, Table 2). In particular, Reg3 and RELMb expression was greatly reduced as a result of HP treatment.
要約
仮想タンパク質は、中等度のDSS誘導大腸炎を寛解させた。このタンパク質は、一つには、腸組織における炎症誘発性マーカーの発現低減に関連づけられた。
Summary Virtual proteins ameliorated moderate DSS-induced colitis. This protein has been linked in part to reduced expression of pro-inflammatory markers in intestinal tissue.
参考文献
Kelly D, Campbell JI, King TP, Grant G, Jansson EA, Coutts AG, Pettersson S, Conway S. Commensal anaerobic gut bacteria attenuate inflammation by regulating nuclear-cytoplasmic shuttling of PPAR-gamma and RelA. Nat Immunol. 2004 Jan;5(1):104-12
Xu J, Bjursell MK, Himrod J, Deng S, Carmichael LK, Chiang HC, Hooper LV, Gordon JI. A genomic view of the human-Bacteroides thetaiotaomicron symbiosis. Science. 2003 Mar 28;299(5615):2074-6
Wendler WM, Kremmer E, Forster R, Winnacker EL. Identification of pirin, a novel highly conserved nuclear protein. J Biol Chem. 1997 Mar 28;272(13):8482-9
Berg, D.J., Davidson, N., Kuhn, R., Muller, W., Menon, S., Holland, G., Thompson-Snipes, L., Leach, M.W., Rennick, D. Enterocolitis and colon cancer in interleukin-10-deficient mice are associated with aberrant cytokine production and CD4+ Th1-like responses (1996) Journal of Clinical Investigation, 98 (4), 1010-1020
References
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上記明細書で言及したすべての出版物は、参照により本明細書に組み入れられている。本発明の範囲及び趣旨から逸脱しない、本発明の記載した方法及び系の様々な変更形態及び変形形態は、当業者には明らかであろう。特定の好ましい実施形態に関連して本発明を説明したが、請求項記載の本発明をそのような特定の実施形態に不当に限定すべきでないことは理解されるはずである。実際、生化学及び分子生物学又は関連分野の当業者には明らかである、記載した本発明の実施方法の様々な変更形態は、後続の特許請求の範囲に記載の範囲内であると考えられる。 All publications mentioned in the above specification are herein incorporated by reference. Various modifications and variations of the described methods and system of the invention will be apparent to those skilled in the art without departing from the scope and spirit of the invention. Although the invention has been described in connection with specific preferred embodiments, it should be understood that the invention as claimed should not be unduly limited to such specific embodiments. Indeed, various modifications of the described modes for carrying out the invention which are obvious to those skilled in biochemistry and molecular biology or related fields are deemed to be within the scope of the following claims. .
Claims (71)
前記障害が、炎症性障害及び/又は自己免疫障害であり;
前記ポリペプチドが、配列番号2、配列番号4若しくは配列番号6又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有し;かつ
前記ポリヌクレオチド配列が、配列番号2、配列番号4若しくは配列番号6又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有するポリペプチドをコードし、及び/又は前記ポリヌクレオチド配列が、配列番号1、配列番号3若しくは配列番号5又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有する;
前記ポリペプチドHP、前記ポリペプチドHPをコードするポリヌクレオチド配列、前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、又は前記ポリヌクレオチド配列を含む発現ベクターを含む宿主細胞。 A host comprising a polypeptide HP, a polynucleotide sequence encoding the polypeptide HP, a host cell comprising said polynucleotide sequence, or an expression vector comprising said polynucleotide sequence for use in the treatment and / or prevention of a disorder of interest A cell,
The disorder is an inflammatory disorder and / or an autoimmune disorder;
The polypeptide has at least 75% identity to SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4 or SEQ ID NO: 6 or variants, homologs, fragments or derivatives thereof; and the polynucleotide sequence is SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4 Or encodes a polypeptide having at least 75% identity with SEQ ID NO: 6 or variants, homologs, fragments or derivatives thereof, and / or wherein said polynucleotide sequence is SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 3 or SEQ ID NO: 5 or Have at least 75% identity with a variant, homolog, fragment or derivative;
A host cell comprising said polypeptide HP, a polynucleotide sequence encoding said polypeptide HP, a host cell comprising said polynucleotide sequence, or an expression vector comprising said polynucleotide sequence.
前記ポリペプチドが、配列番号2、配列番号4若しくは配列番号6又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有し;かつ
前記ポリヌクレオチド配列が、配列番号2、配列番号4若しくは配列番号6又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有するポリペプチドをコードし、及び/又は前記ポリヌクレオチド配列が、配列番号1、配列番号3若しくは配列番号5又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有する;
前記ポリペプチドHP、前記ポリペプチドHPをコードするポリヌクレオチド配列、前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、又は前記ポリヌクレオチド配列を含む発現ベクターを含む宿主細胞。 A polypeptide HP, a polynucleotide sequence encoding said polypeptide HP, a host cell comprising said polynucleotide sequence, or said polynucleotide sequence for use in modulating inflammation of a cell, tissue or organ of interest A host cell comprising an expression vector comprising
The polypeptide has at least 75% identity to SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4 or SEQ ID NO: 6 or variants, homologs, fragments or derivatives thereof; and the polynucleotide sequence is SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4 Or encodes a polypeptide having at least 75% identity with SEQ ID NO: 6 or variants, homologs, fragments or derivatives thereof, and / or wherein said polynucleotide sequence is SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 3 or SEQ ID NO: 5 or Have at least 75% identity with a variant, homolog, fragment or derivative;
A host cell comprising said polypeptide HP, a polynucleotide sequence encoding said polypeptide HP, a host cell comprising said polynucleotide sequence, or an expression vector comprising said polynucleotide sequence.
前記ポリペプチドが、配列番号2、配列番号4若しくは配列番号6又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有し;かつ
前記ポリヌクレオチド配列が、配列番号2、配列番号4若しくは配列番号6又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有するポリペプチドをコードし、及び/又は前記ポリヌクレオチド配列が、配列番号1、配列番号3若しくは配列番号5又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有する;
前記ポリペプチドHP、前記ポリペプチドHPをコードするポリヌクレオチド配列、前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、又は前記ポリヌクレオチド配列を含む発現ベクターを含む宿主細胞。 Including a polypeptide HP, a polynucleotide sequence encoding the polypeptide HP, a host cell comprising said polynucleotide sequence, or an expression vector comprising said polynucleotide sequence for use in improving the intestinal barrier integrity of a subject A host cell,
The polypeptide has at least 75% identity to SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4 or SEQ ID NO: 6 or variants, homologs, fragments or derivatives thereof; and the polynucleotide sequence is SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4 Or encodes a polypeptide having at least 75% identity with SEQ ID NO: 6 or variants, homologs, fragments or derivatives thereof, and / or wherein said polynucleotide sequence is SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 3 or SEQ ID NO: 5 or Have at least 75% identity with a variant, homolog, fragment or derivative;
A host cell comprising said polypeptide HP, a polynucleotide sequence encoding said polypeptide HP, a host cell comprising said polynucleotide sequence, or an expression vector comprising said polynucleotide sequence.
前記ポリペプチドが、配列番号2、配列番号4若しくは配列番号6又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有し;かつ
前記ポリヌクレオチド配列が、配列番号2、配列番号4若しくは配列番号6又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有するポリペプチドをコードし、及び/又は前記ポリヌクレオチド配列が、配列番号1、配列番号3若しくは配列番号5又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有する;
前記ポリペプチドHP、前記ポリペプチドHPをコードするポリヌクレオチド配列、前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、又は前記ポリヌクレオチド配列を含む発現ベクターを含む宿主細胞。 Preferably for reducing the level of one or more types of lactose-fermenting bacteria in a tissue or organ of interest for use in modifying the bacterial composition in the tissue or organ to yield a beneficial microflora And / or polypeptide HP, a polynucleotide sequence encoding polypeptide HP, for use in reducing the level of one or more types of non-lactose fermenting bacteria in a tissue or organ of interest, A host cell comprising a nucleotide sequence, or a host cell comprising an expression vector comprising said polynucleotide sequence,
The polypeptide has at least 75% identity to SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4 or SEQ ID NO: 6 or variants, homologs, fragments or derivatives thereof; and the polynucleotide sequence is SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4 Or encodes a polypeptide having at least 75% identity with SEQ ID NO: 6 or variants, homologs, fragments or derivatives thereof, and / or wherein said polynucleotide sequence is SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 3 or SEQ ID NO: 5 or Have at least 75% identity with a variant, homolog, fragment or derivative;
A host cell comprising said polypeptide HP, a polynucleotide sequence encoding said polypeptide HP, a host cell comprising said polynucleotide sequence, or an expression vector comprising said polynucleotide sequence.
前記ポリペプチドが、配列番号2、配列番号4若しくは配列番号6又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有し;かつ
前記ポリヌクレオチド配列が、配列番号2、配列番号4若しくは配列番号6又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有するポリペプチドをコードし、及び/又は前記ポリヌクレオチド配列が、配列番号1、配列番号3若しくは配列番号5又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有する;
前記ポリペプチドHP、前記ポリペプチドHPをコードするポリヌクレオチド配列、前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、又は前記ポリヌクレオチド配列を含む発現ベクターを含む宿主細胞。 A polypeptide HP, a polynucleotide sequence encoding the polypeptide HP, a host cell comprising the polynucleotide sequence, or a polynucleotide sequence for use in maintaining the length of the large and / or small intestine of a subject A host cell comprising an expression vector comprising:
The polypeptide has at least 75% identity to SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4 or SEQ ID NO: 6 or variants, homologs, fragments or derivatives thereof; and the polynucleotide sequence is SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4 Or encodes a polypeptide having at least 75% identity with SEQ ID NO: 6 or variants, homologs, fragments or derivatives thereof, and / or wherein said polynucleotide sequence is SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 3 or SEQ ID NO: 5 or Have at least 75% identity with a variant, homolog, fragment or derivative;
A host cell comprising said polypeptide HP, a polynucleotide sequence encoding said polypeptide HP, a host cell comprising said polynucleotide sequence, or an expression vector comprising said polynucleotide sequence.
前記ポリペプチドが、配列番号2、配列番号4若しくは配列番号6又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有し;かつ
前記ポリヌクレオチド配列が、配列番号2、配列番号4若しくは配列番号6又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有するポリペプチドをコードし、及び/又は前記ポリヌクレオチド配列が、配列番号1、配列番号3若しくは配列番号5又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有する;
前記ポリペプチドHP、前記ポリペプチドHPをコードするポリヌクレオチド配列、前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、又は前記ポリヌクレオチド配列を含む発現ベクターを含む宿主細胞。 A host comprising a polypeptide HP, a polynucleotide sequence encoding the polypeptide HP, a host cell comprising said polynucleotide sequence, or an expression vector comprising said polynucleotide sequence for use in reducing intestinal disturbances in a subject A cell,
The polypeptide has at least 75% identity to SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4 or SEQ ID NO: 6 or variants, homologs, fragments or derivatives thereof; and the polynucleotide sequence is SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4 Or encodes a polypeptide having at least 75% identity with SEQ ID NO: 6 or variants, homologs, fragments or derivatives thereof, and / or wherein said polynucleotide sequence is SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 3 or SEQ ID NO: 5 or Have at least 75% identity with a variant, homolog, fragment or derivative;
A host cell comprising said polypeptide HP, a polynucleotide sequence encoding said polypeptide HP, a host cell comprising said polynucleotide sequence, or an expression vector comprising said polynucleotide sequence.
前記ポリペプチドが、配列番号2、配列番号4若しくは配列番号6又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有し;かつ
前記ポリヌクレオチド配列が、配列番号2、配列番号4若しくは配列番号6又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有するポリペプチドをコードし、及び/又は前記ポリヌクレオチド配列が、配列番号1、配列番号3若しくは配列番号5又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有する;
前記ポリペプチドHP、前記ポリペプチドHPをコードするポリヌクレオチド配列、前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、又は前記ポリヌクレオチド配列を含む発現ベクターを含む宿主細胞。 A polypeptide HP for use in modulating the expression of one or more pro-inflammatory genes and / or one or more barrier integrity genes in one or more cells of a subject, A polynucleotide sequence encoding the polypeptide HP, a host cell comprising said polynucleotide sequence, or a host cell comprising an expression vector comprising said polynucleotide sequence,
The polypeptide has at least 75% identity to SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4 or SEQ ID NO: 6 or variants, homologs, fragments or derivatives thereof; and the polynucleotide sequence is SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4 Or encodes a polypeptide having at least 75% identity with SEQ ID NO: 6 or variants, homologs, fragments or derivatives thereof, and / or wherein said polynucleotide sequence is SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 3 or SEQ ID NO: 5 or Have at least 75% identity with a variant, homolog, fragment or derivative;
A host cell comprising said polypeptide HP, a polynucleotide sequence encoding said polypeptide HP, a host cell comprising said polynucleotide sequence, or an expression vector comprising said polynucleotide sequence.
前記ポリペプチドが、配列番号2、配列番号4若しくは配列番号6又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有し;かつ
前記ポリヌクレオチド配列が、配列番号2、配列番号4若しくは配列番号6又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有するポリペプチドをコードし、及び/又は前記ポリヌクレオチド配列が、配列番号1、配列番号3若しくは配列番号5又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有する;
前記ポリペプチドHP、前記ポリペプチドHPをコードするポリヌクレオチド配列、前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、又は前記ポリヌクレオチド配列を含む発現ベクターを含む宿主細胞。 Regenerated islet-derived 3 beta gene (Reg3b), resistin-like gamma-resistin-like beta gene (Retnlg | Retnlb), sucrase-isomaltase (alpha-glucosidase) gene (Si), defensin alpha 24 gene ( Defa24), hydroxysteroid 11-beta dehydrogenase 2 gene (Hsd11b2), hydroxysteroid (17-beta) dehydrogenase 2 gene (Hsd17b2), resistin-like molecule-beta (RELMb) and nuclear receptor 1D1 thyroid hormone receptor alpha gene ( Polypeptide HP for use in regulating the expression of one or more genes selected from the group consisting of Nr1d1 | Thra) Li nucleotide sequence, a host cell comprising an expression vector comprising a host cell, or said polynucleotide sequence comprising said polynucleotide sequences,
The polypeptide has at least 75% identity to SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4 or SEQ ID NO: 6 or variants, homologs, fragments or derivatives thereof; and the polynucleotide sequence is SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4 Or encodes a polypeptide having at least 75% identity with SEQ ID NO: 6 or variants, homologs, fragments or derivatives thereof, and / or wherein said polynucleotide sequence is SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 3 or SEQ ID NO: 5 or Have at least 75% identity with a variant, homolog, fragment or derivative;
A host cell comprising said polypeptide HP, a polynucleotide sequence encoding said polypeptide HP, a host cell comprising said polynucleotide sequence, or an expression vector comprising said polynucleotide sequence.
前記ポリペプチドが、配列番号2、配列番号4若しくは配列番号6又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有し;かつ
前記ポリヌクレオチド配列が、配列番号2、配列番号4若しくは配列番号6又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有するポリペプチドをコードし、及び/又は前記ポリヌクレオチド配列が、配列番号1、配列番号3若しくは配列番号5又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有する;
前記ポリペプチドHP、前記ポリペプチドHPをコードするポリヌクレオチド配列、前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、又は前記ポリヌクレオチド配列を含む発現ベクターを含む宿主細胞。 A polypeptide HP, a polynucleotide sequence encoding the polypeptide HP, a host cell comprising said polynucleotide sequence, for use in reducing activation of a pro-inflammatory pathway in one or more cells of a subject, or A host cell comprising an expression vector comprising a polynucleotide sequence,
The polypeptide has at least 75% identity to SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4 or SEQ ID NO: 6 or variants, homologs, fragments or derivatives thereof; and the polynucleotide sequence is SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4 Or encodes a polypeptide having at least 75% identity with SEQ ID NO: 6 or variants, homologs, fragments or derivatives thereof, and / or wherein said polynucleotide sequence is SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 3 or SEQ ID NO: 5 or Have at least 75% identity with a variant, homolog, fragment or derivative;
A host cell comprising said polypeptide HP, a polynucleotide sequence encoding said polypeptide HP, a host cell comprising said polynucleotide sequence, or an expression vector comprising said polynucleotide sequence.
前記ポリペプチドが、配列番号2、配列番号4若しくは配列番号6又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有し;かつ
前記ポリヌクレオチド配列が、配列番号2、配列番号4若しくは配列番号6又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有するポリペプチドをコードし、及び/又は前記ポリヌクレオチド配列が、配列番号1、配列番号3若しくは配列番号5又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有する;
前記ポリペプチドHP、前記ポリペプチドHPをコードするポリヌクレオチド配列、前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、又は前記ポリヌクレオチド配列を含む発現ベクターを含む宿主細胞。 A polypeptide HP for use in reducing the activity and / or expression of NF-κβ in one or more cells of interest, a polynucleotide sequence encoding the polypeptide HP, a host cell comprising said polynucleotide sequence, Or a host cell comprising an expression vector comprising said polynucleotide sequence,
The polypeptide has at least 75% identity to SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4 or SEQ ID NO: 6 or variants, homologs, fragments or derivatives thereof; and the polynucleotide sequence is SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4 Or encodes a polypeptide having at least 75% identity with SEQ ID NO: 6 or variants, homologs, fragments or derivatives thereof, and / or wherein said polynucleotide sequence is SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 3 or SEQ ID NO: 5 or Have at least 75% identity with a variant, homolog, fragment or derivative;
A host cell comprising said polypeptide HP, a polynucleotide sequence encoding said polypeptide HP, a host cell comprising said polynucleotide sequence, or an expression vector comprising said polynucleotide sequence.
前記ポリペプチドが、配列番号2、配列番号4若しくは配列番号6又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有し;かつ
前記ポリヌクレオチド配列が、配列番号2、配列番号4若しくは配列番号6又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有するポリペプチドをコードし、及び/又は前記ポリヌクレオチド配列が、配列番号1、配列番号3若しくは配列番号5又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有する;
前記ポリペプチドHP、前記ポリペプチドHPをコードするポリヌクレオチド配列、前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、又は前記ポリヌクレオチド配列を含む発現ベクターを含む宿主細胞。 A polypeptide HP, a polynucleotide sequence encoding the polypeptide HP, a host cell comprising the polynucleotide sequence, or an expression vector comprising the polynucleotide sequence for use in improving the health of the subject's gastrointestinal tract A host cell,
The polypeptide has at least 75% identity to SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4 or SEQ ID NO: 6 or variants, homologs, fragments or derivatives thereof; and the polynucleotide sequence is SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4 Or encodes a polypeptide having at least 75% identity with SEQ ID NO: 6 or variants, homologs, fragments or derivatives thereof, and / or wherein said polynucleotide sequence is SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 3 or SEQ ID NO: 5 or Have at least 75% identity with a variant, homolog, fragment or derivative;
A host cell comprising said polypeptide HP, a polynucleotide sequence encoding said polypeptide HP, a host cell comprising said polynucleotide sequence, or an expression vector comprising said polynucleotide sequence.
前記ポリペプチドが、配列番号2、配列番号4若しくは配列番号6又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有し;かつ
前記ポリヌクレオチド配列が、配列番号2、配列番号4若しくは配列番号6又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有するポリペプチドをコードし、及び/又は前記ポリヌクレオチド配列が、配列番号1、配列番号3若しくは配列番号5又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有する;
前記医薬組成物。 A polypeptide HP, a polynucleotide sequence encoding the polypeptide HP, a host cell comprising the polynucleotide sequence, or a host cell comprising an expression vector comprising the polynucleotide sequence, and a pharmaceutically acceptable excipient, carrier or A pharmaceutical composition comprising a diluent,
The polypeptide has at least 75% identity to SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4 or SEQ ID NO: 6 or variants, homologs, fragments or derivatives thereof; and the polynucleotide sequence is SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4 Or encodes a polypeptide having at least 75% identity with SEQ ID NO: 6 or variants, homologs, fragments or derivatives thereof, and / or wherein said polynucleotide sequence is SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 3 or SEQ ID NO: 5 or Have at least 75% identity with a variant, homolog, fragment or derivative;
Said pharmaceutical composition.
前記ポリペプチドが、配列番号2、配列番号4若しくは配列番号6又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有し;かつ
前記ポリヌクレオチド配列が、配列番号2、配列番号4若しくは配列番号6又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有するポリペプチドをコードし、及び/又は前記ポリヌクレオチド配列が、配列番号1、配列番号3若しくは配列番号5又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有する;
前記栄養補給剤。 A polypeptide HP, a polynucleotide sequence encoding the polypeptide HP, a host cell comprising the polynucleotide sequence, or a host cell comprising an expression vector comprising the polynucleotide sequence and a nutritionally acceptable excipient, carrier or A nutritional supplement containing a diluent,
The polypeptide has at least 75% identity to SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4 or SEQ ID NO: 6 or variants, homologs, fragments or derivatives thereof; and the polynucleotide sequence is SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4 Or encodes a polypeptide having at least 75% identity with SEQ ID NO: 6 or variants, homologs, fragments or derivatives thereof, and / or wherein said polynucleotide sequence is SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 3 or SEQ ID NO: 5 or Have at least 75% identity with a variant, homolog, fragment or derivative;
The nutritional supplement.
前記ポリペプチドが、配列番号2、配列番号4若しくは配列番号6又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有し;かつ
前記ポリヌクレオチド配列が、配列番号2、配列番号4若しくは配列番号6又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有するポリペプチドをコードし、及び/又は前記ポリヌクレオチド配列が、配列番号1、配列番号3若しくは配列番号5又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有する;
前記家畜飼料、食品、栄養補助食品、又は食品添加物。 Veterinary feed, food, dietary supplement or food additive comprising polypeptide HP, polynucleotide sequence encoding polypeptide HP, host cell comprising said polynucleotide sequence, or host cell comprising an expression vector comprising said polynucleotide sequence A thing,
The polypeptide has at least 75% identity to SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4 or SEQ ID NO: 6 or variants, homologs, fragments or derivatives thereof; and the polynucleotide sequence is SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4 Or encodes a polypeptide having at least 75% identity with SEQ ID NO: 6 or variants, homologs, fragments or derivatives thereof, and / or wherein said polynucleotide sequence is SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 3 or SEQ ID NO: 5 or Have at least 75% identity with a variant, homolog, fragment or derivative;
The livestock feed, food, nutritional supplement, or food additive.
前記ポリペプチド、ポリヌクレオチド配列、又は宿主細胞が、前記方法でカプセル化されていてもよく;
前記ポリペプチドが、配列番号2、配列番号4若しくは配列番号6又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有し;かつ
前記ポリヌクレオチド配列が、配列番号2、配列番号4若しくは配列番号6又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有するポリペプチドをコードし、及び/又は前記ポリヌクレオチド配列が、配列番号1、配列番号3若しくは配列番号5又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有する;
前記方法。 30. A method for producing a pharmaceutical composition according to any of claims 26 to 29, wherein the polypeptide, polynucleotide sequence or host cell is mixed with a pharmaceutically acceptable excipient, carrier or diluent. Including steps;
The polypeptide, polynucleotide sequence, or host cell may be encapsulated in the manner;
The polypeptide has at least 75% identity to SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4 or SEQ ID NO: 6 or variants, homologs, fragments or derivatives thereof; and the polynucleotide sequence is SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4 Or encodes a polypeptide having at least 75% identity with SEQ ID NO: 6 or variants, homologs, fragments or derivatives thereof, and / or wherein said polynucleotide sequence is SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 3 or SEQ ID NO: 5 or Have at least 75% identity with a variant, homolog, fragment or derivative;
Said method.
ポリペプチド、ポリヌクレオチド配列、又は宿主細胞を栄養的に許容される賦形剤、担体又は希釈剤と混合するステップを含み;
前記ポリペプチド又はポリヌクレオチドが、前記方法でカプセル化されていてもよく;
前記ポリペプチドが、配列番号2、配列番号4若しくは配列番号6又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有し;かつ
前記ポリヌクレオチド配列が、配列番号2、配列番号4若しくは配列番号6又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有するポリペプチドをコードし、及び/又は前記ポリヌクレオチド配列が、配列番号1、配列番号3若しくは配列番号5又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有する;
前記方法。 A method for producing the nutritional supplement according to any one of claims 30 to 33, comprising:
Mixing the polypeptide, polynucleotide sequence, or host cell with a nutritionally acceptable excipient, carrier or diluent;
The polypeptide or polynucleotide may be encapsulated by the method;
The polypeptide has at least 75% identity to SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4 or SEQ ID NO: 6 or variants, homologs, fragments or derivatives thereof; and the polynucleotide sequence is SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4 Or encodes a polypeptide having at least 75% identity with SEQ ID NO: 6 or variants, homologs, fragments or derivatives thereof, and / or wherein said polynucleotide sequence is SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 3 or SEQ ID NO: 5 or Have at least 75% identity with a variant, homolog, fragment or derivative;
Said method.
ポリペプチド、ポリヌクレオチド配列、又は宿主細胞を、その家畜飼料、食品、栄養補助食品、食品添加物、又は原料と混合するステップを含み;
前記ポリペプチド又はポリヌクレオチドが、前記方法でカプセル化されていてもよく;
前記ポリペプチドが、配列番号2、配列番号4若しくは配列番号6又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有し;かつ
前記ポリヌクレオチド配列が、配列番号2、配列番号4若しくは配列番号6又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有するポリペプチドをコードし、及び/又は前記ポリヌクレオチド配列が、配列番号1、配列番号3若しくは配列番号5又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有する;
前記方法。 A method for producing a livestock feed, food, dietary supplement or food additive according to any of claims 34-37,
Mixing the polypeptide, polynucleotide sequence, or host cell with its livestock feed, food, dietary supplement, food additive, or ingredient;
The polypeptide or polynucleotide may be encapsulated by the method;
The polypeptide has at least 75% identity to SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4 or SEQ ID NO: 6 or variants, homologs, fragments or derivatives thereof; and the polynucleotide sequence is SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4 Or encodes a polypeptide having at least 75% identity with SEQ ID NO: 6 or variants, homologs, fragments or derivatives thereof, and / or wherein said polynucleotide sequence is SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 3 or SEQ ID NO: 5 or Have at least 75% identity with a variant, homolog, fragment or derivative;
Said method.
ポリペプチドHP、ポリペプチドHPをコードするポリヌクレオチド配列、前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、又は前記ポリヌクレオチド配列を含む発現ベクターを含む宿主細胞を前記対象に投与するステップを含み;
前記ポリペプチド、ポリヌクレオチド配列、又は宿主細胞が、前記対象の障害を治療及び/又は予防し;
前記障害が、炎症性障害及び/又は自己免疫障害であり;
前記ポリペプチドが、配列番号2、配列番号4若しくは配列番号6又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有し;かつ
前記ポリヌクレオチド配列が、配列番号2、配列番号4若しくは配列番号6又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有するポリペプチドをコードし、及び/又は前記ポリヌクレオチド配列が、配列番号1、配列番号3若しくは配列番号5又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有する;
前記方法。 A method for treating and / or preventing a disorder in a subject comprising:
Administering to said subject a polypeptide HP, a polynucleotide sequence encoding the polypeptide HP, a host cell comprising said polynucleotide sequence, or a host cell comprising an expression vector comprising said polynucleotide sequence;
Said polypeptide, polynucleotide sequence, or host cell treats and / or prevents said subject's disorder;
The disorder is an inflammatory disorder and / or an autoimmune disorder;
The polypeptide has at least 75% identity to SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4 or SEQ ID NO: 6 or variants, homologs, fragments or derivatives thereof; and the polynucleotide sequence is SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4 Or encodes a polypeptide having at least 75% identity with SEQ ID NO: 6 or variants, homologs, fragments or derivatives thereof, and / or wherein said polynucleotide sequence is SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 3 or SEQ ID NO: 5 or Have at least 75% identity with a variant, homolog, fragment or derivative;
Said method.
ポリペプチドHP、ポリペプチドHPをコードするポリヌクレオチド配列、前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、又は前記ポリヌクレオチド配列を含む発現ベクターを含む宿主細胞を前記対象に投与するステップを含み;
前記ポリペプチド、ポリヌクレオチド配列、又は宿主細胞が、前記対象の組織又は器官の炎症をモジュレートし;
前記ポリペプチドが、配列番号2、配列番号4若しくは配列番号6又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有し;かつ
前記ポリヌクレオチド配列が、配列番号2、配列番号4若しくは配列番号6又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有するポリペプチドをコードし、及び/又は前記ポリヌクレオチド配列が、配列番号1、配列番号3若しくは配列番号5又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有する;
前記方法。 A method of modulating inflammation of a tissue or organ of interest comprising:
Administering to said subject a polypeptide HP, a polynucleotide sequence encoding the polypeptide HP, a host cell comprising said polynucleotide sequence, or a host cell comprising an expression vector comprising said polynucleotide sequence;
The polypeptide, polynucleotide sequence, or host cell modulates inflammation of the tissue or organ of interest;
The polypeptide has at least 75% identity to SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4 or SEQ ID NO: 6 or variants, homologs, fragments or derivatives thereof; and the polynucleotide sequence is SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4 Or encodes a polypeptide having at least 75% identity with SEQ ID NO: 6 or variants, homologs, fragments or derivatives thereof, and / or wherein said polynucleotide sequence is SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 3 or SEQ ID NO: 5 or Have at least 75% identity with a variant, homolog, fragment or derivative;
Said method.
ポリペプチドHP、ポリペプチドHPをコードするポリヌクレオチド配列、前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、又は前記ポリヌクレオチド配列を含む発現ベクターを含む宿主細胞を前記対象に投与するステップを含み;
前記ポリペプチド、ポリヌクレオチド配列、又は宿主細胞が、前記対象の腸バリア完全性を向上させ;
前記ポリペプチドが、配列番号2、配列番号4若しくは配列番号6又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有し;かつ
前記ポリヌクレオチド配列が、配列番号2、配列番号4若しくは配列番号6又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有するポリペプチドをコードし、及び/又は前記ポリヌクレオチド配列が、配列番号1、配列番号3若しくは配列番号5又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有する;
前記方法。 A method for improving a subject's intestinal barrier integrity, comprising:
Administering to said subject a polypeptide HP, a polynucleotide sequence encoding the polypeptide HP, a host cell comprising said polynucleotide sequence, or a host cell comprising an expression vector comprising said polynucleotide sequence;
The polypeptide, polynucleotide sequence, or host cell improves intestinal barrier integrity of the subject;
The polypeptide has at least 75% identity to SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4 or SEQ ID NO: 6 or variants, homologs, fragments or derivatives thereof; and the polynucleotide sequence is SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4 Or encodes a polypeptide having at least 75% identity with SEQ ID NO: 6 or variants, homologs, fragments or derivatives thereof, and / or wherein said polynucleotide sequence is SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 3 or SEQ ID NO: 5 or Have at least 75% identity with a variant, homolog, fragment or derivative;
Said method.
ポリペプチドHP、ポリペプチドHPをコードするポリヌクレオチド配列、前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、又は前記ポリヌクレオチド配列を含む発現ベクターを含む宿主細胞を前記対象に投与するステップを含み;
前記ポリペプチド、ポリヌクレオチド配列、又は宿主細胞が、前記対象の組織若しくは器官における1若しくは2以上の種類の乳糖発酵性細菌のレベルを低減させ、及び/又は前記対象の組織若しくは器官における1若しくは2以上の種類の非乳糖発酵性細菌のレベルを低減させ;
前記ポリペプチドが、配列番号2、配列番号4若しくは配列番号6又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有し;かつ
前記ポリヌクレオチド配列が、配列番号2、配列番号4若しくは配列番号6又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有するポリペプチドをコードし、及び/又は前記ポリヌクレオチド配列が、配列番号1、配列番号3若しくは配列番号5又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有する;
前記方法。 A method of reducing the level of one or more types of lactose-fermenting bacteria in a subject tissue or organ and / or reducing the level of one or more types of lactose-fermenting bacteria in a target tissue or organ There,
Administering to said subject a polypeptide HP, a polynucleotide sequence encoding the polypeptide HP, a host cell comprising said polynucleotide sequence, or a host cell comprising an expression vector comprising said polynucleotide sequence;
The polypeptide, polynucleotide sequence, or host cell reduces the level of one or more types of lactose-fermenting bacteria in the tissue or organ of interest and / or 1 or 2 in the tissue or organ of interest. Reduce the level of these types of non-lactose fermenting bacteria;
The polypeptide has at least 75% identity to SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4 or SEQ ID NO: 6 or variants, homologs, fragments or derivatives thereof; and the polynucleotide sequence is SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4 Or encodes a polypeptide having at least 75% identity with SEQ ID NO: 6 or variants, homologs, fragments or derivatives thereof, and / or wherein said polynucleotide sequence is SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 3 or SEQ ID NO: 5 or Have at least 75% identity with a variant, homolog, fragment or derivative;
Said method.
ポリペプチドHP、ポリペプチドHPをコードするポリヌクレオチド配列、前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、又は前記ポリヌクレオチド配列を含む発現ベクターを含む宿主細胞を前記対象に投与するステップを含み;
前記ポリペプチド、ポリヌクレオチド配列、又は宿主細胞が、前記対象の大腸及び/又は小腸の長さを維持し;
前記ポリペプチドが、配列番号2、配列番号4若しくは配列番号6又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有し;かつ
前記ポリヌクレオチド配列が、配列番号2、配列番号4若しくは配列番号6又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有するポリペプチドをコードし、及び/又は前記ポリヌクレオチド配列が、配列番号1、配列番号3若しくは配列番号5又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有する;
前記方法。 A method of maintaining the length of a subject's large intestine and / or small intestine, comprising:
Administering to said subject a polypeptide HP, a polynucleotide sequence encoding the polypeptide HP, a host cell comprising said polynucleotide sequence, or a host cell comprising an expression vector comprising said polynucleotide sequence;
The polypeptide, polynucleotide sequence, or host cell maintains the length of the large and / or small intestine of the subject;
The polypeptide has at least 75% identity to SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4 or SEQ ID NO: 6 or variants, homologs, fragments or derivatives thereof; and the polynucleotide sequence is SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4 Or encodes a polypeptide having at least 75% identity with SEQ ID NO: 6 or variants, homologs, fragments or derivatives thereof, and / or wherein said polynucleotide sequence is SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 3 or SEQ ID NO: 5 or Have at least 75% identity with a variant, homolog, fragment or derivative;
Said method.
ポリペプチドHP、ポリペプチドHPをコードするポリヌクレオチド配列、前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、又は前記ポリヌクレオチド配列を含む発現ベクターを含む宿主細胞を前記対象に投与するステップを含み;
前記ポリペプチド、ポリヌクレオチド配列、又は宿主細胞が、前記対象の腸の乱れを低減させ;
前記ポリペプチドが、配列番号2、配列番号4若しくは配列番号6又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有し;かつ
前記ポリヌクレオチド配列が、配列番号2、配列番号4若しくは配列番号6又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有するポリペプチドをコードし、及び/又は前記ポリヌクレオチド配列が、配列番号1、配列番号3若しくは配列番号5又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有する;
前記方法。 A method for reducing disturbances in a subject's intestines,
Administering to said subject a polypeptide HP, a polynucleotide sequence encoding the polypeptide HP, a host cell comprising said polynucleotide sequence, or a host cell comprising an expression vector comprising said polynucleotide sequence;
The polypeptide, polynucleotide sequence, or host cell reduces intestinal disturbances in the subject;
The polypeptide has at least 75% identity to SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4 or SEQ ID NO: 6 or variants, homologs, fragments or derivatives thereof; and the polynucleotide sequence is SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4 Or encodes a polypeptide having at least 75% identity with SEQ ID NO: 6 or variants, homologs, fragments or derivatives thereof, and / or wherein said polynucleotide sequence is SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 3 or SEQ ID NO: 5 or Have at least 75% identity with a variant, homolog, fragment or derivative;
Said method.
ポリペプチドHP、ポリペプチドHPをコードするポリヌクレオチド配列、又は、前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、又は前記ポリヌクレオチド配列を含む発現ベクターを含む宿主細胞を前記対象に投与するステップを含み;
前記ポリペプチド、ポリヌクレオチド配列、又は宿主細胞が、前記対象の1又は複数の細胞における1つ又は2つ以上の炎症誘発性遺伝子の発現を調節し;
前記ポリペプチドが、配列番号2、配列番号4若しくは配列番号6又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有し;かつ
前記ポリヌクレオチド配列が、配列番号2、配列番号4若しくは配列番号6又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有するポリペプチドをコードし、及び/又は前記ポリヌクレオチド配列が、配列番号1、配列番号3若しくは配列番号5又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有する;
前記方法。 A method of modulating the expression of one or more pro-inflammatory genes in one or more cells of a subject comprising:
Administering to the subject a polypeptide HP, a polynucleotide sequence encoding the polypeptide HP, or a host cell comprising the polynucleotide sequence, or a host cell comprising an expression vector comprising the polynucleotide sequence;
The polypeptide, polynucleotide sequence, or host cell modulates the expression of one or more pro-inflammatory genes in the one or more cells of the subject;
The polypeptide has at least 75% identity to SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4 or SEQ ID NO: 6 or variants, homologs, fragments or derivatives thereof; and the polynucleotide sequence is SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4 Or encodes a polypeptide having at least 75% identity with SEQ ID NO: 6 or variants, homologs, fragments or derivatives thereof, and / or wherein said polynucleotide sequence is SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 3 or SEQ ID NO: 5 or Have at least 75% identity with a variant, homolog, fragment or derivative;
Said method.
ポリペプチドHP、ポリペプチドHPをコードするポリヌクレオチド配列、前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、又は前記ポリヌクレオチド配列を含む発現ベクターを含む宿主細胞を前記対象に投与するステップを含み;
前記ポリペプチド、ポリヌクレオチド配列、又は宿主細胞が、前記対象の1又は複数の細胞における1つ又は2つ以上の遺伝子の発現を調節し;
前記1つ又は2つ以上の遺伝子が、再生膵島由来3ベータ遺伝子(Reg3b)、レジスチン様ガンマレジスチン様ベータ遺伝子(Retnlg|Retnlb)、スクラーゼ−イソマルターゼ(アルファ−グルコシダーゼ)遺伝子(Si)、デフェンシンアルファ24遺伝子(Defa24)、ヒドロキシステロイド11−ベータデヒドロゲナーゼ2遺伝子(Hsd11b2)、ヒドロキシステロイド(17−ベータ)デヒドロゲナーゼ2遺伝子(Hsd17b2)、レジスチン様分子−ベータ(RELMb)、及び核内受容体1D1甲状腺ホルモン受容体アルファ遺伝子(Nr1d1|Thra)からなる群から選択され;
前記ポリペプチドが、配列番号2、配列番号4若しくは配列番号6又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有し;かつ
前記ポリヌクレオチド配列が、配列番号2、配列番号4若しくは配列番号6又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有するポリペプチドをコードし、及び/又は前記ポリヌクレオチド配列が、配列番号1、配列番号3若しくは配列番号5又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有する;前記方法。 A method of modulating the expression of one or more genes in one or more cells of a subject comprising:
Administering to said subject a polypeptide HP, a polynucleotide sequence encoding the polypeptide HP, a host cell comprising said polynucleotide sequence, or a host cell comprising an expression vector comprising said polynucleotide sequence;
The polypeptide, polynucleotide sequence, or host cell regulates the expression of one or more genes in the one or more cells of the subject;
The one or more genes include a regenerated islet-derived 3beta gene (Reg3b), a resistin-like gamma-resistin-like beta gene (Retnlg | Retnlb), a sucrase-isomaltase (alpha-glucosidase) gene (Si), a defensin alpha 24 genes (Defa24), hydroxysteroid 11-beta dehydrogenase 2 gene (Hsd11b2), hydroxysteroid (17-beta) dehydrogenase 2 gene (Hsd17b2), resistin-like molecule-beta (RELMb), and nuclear receptor 1D1 thyroid hormone receptor Selected from the group consisting of a body alpha gene (Nr1d1 | Thra);
The polypeptide has at least 75% identity to SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4 or SEQ ID NO: 6 or variants, homologs, fragments or derivatives thereof; and the polynucleotide sequence is SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4 Or encodes a polypeptide having at least 75% identity with SEQ ID NO: 6 or variants, homologs, fragments or derivatives thereof, and / or wherein said polynucleotide sequence is SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 3 or SEQ ID NO: 5 or Said method has at least 75% identity with a variant, homolog, fragment or derivative;
ポリペプチドHP、ポリペプチドHPをコードするポリヌクレオチド配列、前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、又は前記ポリヌクレオチド配列を含む発現ベクターを含む宿主細胞を前記対象に投与するステップを含み;
前記ポリペプチド又はポリヌクレオチド配列、又は宿主細胞が、前記対象の1又は複数の細胞におけるNF−κβの活性及び/又は発現を低減させ;
前記ポリペプチドが、配列番号2、配列番号4若しくは配列番号6又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有し;かつ
前記ポリヌクレオチド配列が、配列番号2、配列番号4若しくは配列番号6又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有するポリペプチドをコードし、及び/又は前記ポリヌクレオチド配列が、配列番号1、配列番号3若しくは配列番号5又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有する;
前記方法。 A method for reducing NF-κB activity and / or expression in one or more cells of a subject comprising:
Administering to said subject a polypeptide HP, a polynucleotide sequence encoding the polypeptide HP, a host cell comprising said polynucleotide sequence, or a host cell comprising an expression vector comprising said polynucleotide sequence;
The polypeptide or polynucleotide sequence or host cell reduces the activity and / or expression of NF-κβ in the cell or cells of the subject;
The polypeptide has at least 75% identity to SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4 or SEQ ID NO: 6 or variants, homologs, fragments or derivatives thereof; and the polynucleotide sequence is SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4 Or encodes a polypeptide having at least 75% identity with SEQ ID NO: 6 or variants, homologs, fragments or derivatives thereof, and / or wherein said polynucleotide sequence is SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 3 or SEQ ID NO: 5 or Have at least 75% identity with a variant, homolog, fragment or derivative;
Said method.
ポリペプチドHP、ポリペプチドHPをコードするポリヌクレオチド配列、前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、又は前記ポリヌクレオチド配列を含む発現ベクターを含む宿主細胞を前記対象に投与するステップを含み;
前記ポリペプチド又はポリヌクレオチド配列、又は宿主細胞が、前記対象の消化管の健康を向上させ、
前記ポリペプチドが、配列番号2、配列番号4若しくは配列番号6又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有し;かつ
前記ポリヌクレオチド配列が、配列番号2、配列番号4若しくは配列番号6又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有するポリペプチドをコードし、及び/又は前記ポリヌクレオチド配列が、配列番号1、配列番号3若しくは配列番号5又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有する;
前記方法。 A method for improving the health of the subject's digestive tract,
Administering to said subject a polypeptide HP, a polynucleotide sequence encoding the polypeptide HP, a host cell comprising said polynucleotide sequence, or a host cell comprising an expression vector comprising said polynucleotide sequence;
The polypeptide or polynucleotide sequence, or host cell, improves the digestive tract health of the subject;
The polypeptide has at least 75% identity to SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4 or SEQ ID NO: 6 or variants, homologs, fragments or derivatives thereof; and the polynucleotide sequence is SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4 Or encodes a polypeptide having at least 75% identity with SEQ ID NO: 6 or variants, homologs, fragments or derivatives thereof, and / or wherein said polynucleotide sequence is SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 3 or SEQ ID NO: 5 or Have at least 75% identity with a variant, homolog, fragment or derivative;
Said method.
前記障害が、炎症性障害及び/又は自己免疫障害であり;
前記ポリペプチドが、配列番号2、配列番号4若しくは配列番号6又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有し;かつ
前記ポリヌクレオチド配列が、配列番号2、配列番号4若しくは配列番号6又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有するポリペプチドをコードし、及び/又は前記ポリヌクレオチド配列が、配列番号1、配列番号3若しくは配列番号5又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有する;
前記使用。 Polypeptide HP, polynucleotide sequence encoding polypeptide HP, host cell comprising the polynucleotide sequence, or expression vector comprising the polynucleotide sequence for the manufacture of a medicament for the treatment and / or prevention of a disorder of interest Using a host cell comprising
The disorder is an inflammatory disorder and / or an autoimmune disorder;
The polypeptide has at least 75% identity to SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4 or SEQ ID NO: 6 or variants, homologs, fragments or derivatives thereof; and the polynucleotide sequence is SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4 Or encodes a polypeptide having at least 75% identity with SEQ ID NO: 6 or variants, homologs, fragments or derivatives thereof, and / or wherein said polynucleotide sequence is SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 3 or SEQ ID NO: 5 or Have at least 75% identity with a variant, homolog, fragment or derivative;
Said use.
前記ポリペプチドが、配列番号2、配列番号4若しくは配列番号6又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有し;かつ
前記ポリヌクレオチド配列が、配列番号2、配列番号4若しくは配列番号6又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有するポリペプチドをコードし、及び/又は前記ポリヌクレオチド配列が、配列番号1、配列番号3若しくは配列番号5又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有する;
前記使用。 Polypeptide HP, polynucleotide sequence encoding polypeptide HP, host cell comprising the polynucleotide sequence, or expression vector comprising the polynucleotide sequence for producing a drug that modulates inflammation of a target tissue or organ Using a host cell comprising
The polypeptide has at least 75% identity to SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4 or SEQ ID NO: 6 or variants, homologs, fragments or derivatives thereof; and the polynucleotide sequence is SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4 Or encodes a polypeptide having at least 75% identity with SEQ ID NO: 6 or variants, homologs, fragments or derivatives thereof, and / or wherein said polynucleotide sequence is SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 3 or SEQ ID NO: 5 or Have at least 75% identity with a variant, homolog, fragment or derivative;
Said use.
前記ポリペプチドが、配列番号2、配列番号4若しくは配列番号6又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有し;
前記ポリヌクレオチド配列が、配列番号2、配列番号4若しくは配列番号6又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有するポリペプチドをコードし、及び/又は前記ポリヌクレオチド配列が、配列番号1、配列番号3若しくは配列番号5又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有する;
前記使用。 Including a polypeptide HP, a polynucleotide sequence encoding the polypeptide HP, a host cell comprising the polynucleotide sequence, or an expression vector comprising the polynucleotide sequence for producing a drug that improves the intestinal barrier integrity of a subject Use of a host cell,
Said polypeptide has at least 75% identity with SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4 or SEQ ID NO: 6 or variants, homologues, fragments or derivatives thereof;
The polynucleotide sequence encodes a polypeptide having at least 75% identity with SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4 or SEQ ID NO: 6 or variants, homologues, fragments or derivatives thereof, and / or the polynucleotide sequence comprises: Has at least 75% identity with SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 3 or SEQ ID NO: 5 or variants, homologues, fragments or derivatives thereof;
Said use.
前記ポリペプチドが、配列番号2、配列番号4若しくは配列番号6又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有し;かつ
前記ポリヌクレオチド配列が、配列番号2、配列番号4若しくは配列番号6又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有するポリペプチドをコードし、及び/又は前記ポリヌクレオチド配列が、配列番号1、配列番号3若しくは配列番号5又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有する;
前記使用。 A polypeptide HP, a polynucleotide sequence encoding the polypeptide HP, a host cell containing the polynucleotide sequence, or a polynucleotide sequence for producing a drug that maintains the length of the large and / or small intestine of a subject Use of a host cell comprising an expression vector comprising:
The polypeptide has at least 75% identity to SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4 or SEQ ID NO: 6 or variants, homologs, fragments or derivatives thereof; and the polynucleotide sequence is SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4 Or encodes a polypeptide having at least 75% identity with SEQ ID NO: 6 or variants, homologs, fragments or derivatives thereof, and / or wherein said polynucleotide sequence is SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 3 or SEQ ID NO: 5 or Have at least 75% identity with a variant, homolog, fragment or derivative;
Said use.
前記ポリペプチドが、配列番号2、配列番号4若しくは配列番号6又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有し;かつ
前記ポリヌクレオチド配列が、配列番号2、配列番号4若しくは配列番号6又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有するポリペプチドをコードし、及び/又は前記ポリヌクレオチド配列が、配列番号1、配列番号3若しくは配列番号5又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有する;
前記使用。 A drug that reduces the level of one or more types of lactose-fermenting bacteria in a subject tissue or organ and / or reduces the level of one or more types of non-lactose-fermenting bacteria in a target tissue or organ Using a polypeptide HP, a polynucleotide sequence encoding the polypeptide HP, a host cell comprising said polynucleotide sequence, or a host cell comprising an expression vector comprising said polynucleotide sequence, comprising:
The polypeptide has at least 75% identity to SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4 or SEQ ID NO: 6 or variants, homologs, fragments or derivatives thereof; and the polynucleotide sequence is SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4 Or encodes a polypeptide having at least 75% identity with SEQ ID NO: 6 or variants, homologs, fragments or derivatives thereof, and / or wherein said polynucleotide sequence is SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 3 or SEQ ID NO: 5 or Have at least 75% identity with a variant, homolog, fragment or derivative;
Said use.
前記ポリペプチドが、配列番号2、配列番号4若しくは配列番号6又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有し;かつ
前記ポリヌクレオチド配列が、配列番号2、配列番号4若しくは配列番号6又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有するポリペプチドをコードし、及び/又は前記ポリヌクレオチド配列が、配列番号1、配列番号3若しくは配列番号5又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有する;
前記使用。 A host comprising a polypeptide HP, a polynucleotide sequence encoding the polypeptide HP, a host cell comprising the polynucleotide sequence, or an expression vector comprising the polynucleotide sequence for producing a drug that reduces intestinal disturbances in the subject Cell use,
The polypeptide has at least 75% identity to SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4 or SEQ ID NO: 6 or variants, homologs, fragments or derivatives thereof; and the polynucleotide sequence is SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4 Or encodes a polypeptide having at least 75% identity with SEQ ID NO: 6 or variants, homologs, fragments or derivatives thereof, and / or wherein said polynucleotide sequence is SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 3 or SEQ ID NO: 5 or Have at least 75% identity with a variant, homolog, fragment or derivative;
Said use.
前記ポリペプチドが、配列番号2、配列番号4若しくは配列番号6又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有し;かつ
前記ポリヌクレオチド配列が、配列番号2、配列番号4若しくは配列番号6又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有するポリペプチドをコードし、及び/又は前記ポリヌクレオチド配列が、配列番号1、配列番号3若しくは配列番号5又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有する;
前記使用。 Polypeptide HP, poly for producing a drug that modulates the expression of one or more pro-inflammatory genes and / or one or more barrier integrity genes in one or more cells of a subject Use of a polynucleotide sequence encoding peptide HP, a host cell comprising said polynucleotide sequence, or a host cell comprising an expression vector comprising said polynucleotide sequence,
The polypeptide has at least 75% identity to SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4 or SEQ ID NO: 6 or variants, homologs, fragments or derivatives thereof; and the polynucleotide sequence is SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4 Or encodes a polypeptide having at least 75% identity with SEQ ID NO: 6 or variants, homologs, fragments or derivatives thereof, and / or wherein said polynucleotide sequence is SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 3 or SEQ ID NO: 5 or Have at least 75% identity with a variant, homolog, fragment or derivative;
Said use.
前記ポリペプチドが、配列番号2、配列番号4若しくは配列番号6又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有し;かつ
前記ポリヌクレオチド配列が、配列番号2、配列番号4若しくは配列番号6又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有するポリペプチドをコードし、及び/又は前記ポリヌクレオチド配列が、配列番号1、配列番号3若しくは配列番号5又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有する;
前記使用。 Regenerated islet-derived 3 beta gene (Reg3b), resistin-like gamma-resistin-like beta gene (Retnlg | Retnlb), sucrase-isomaltase (alpha-glucosidase) gene (Si), defensin alpha 24 gene ( Defa24), hydroxysteroid 11-beta dehydrogenase 2 gene (Hsd11b2), hydroxysteroid (17-beta) dehydrogenase 2 gene (Hsd17b2), resistin-like molecule-beta (RELMb) and nuclear receptor 1D1 thyroid hormone receptor alpha gene ( Nr1d1 | Thra), which encodes polypeptide HP for producing a drug that regulates the expression of one or more genes selected from the group consisting of Polynucleotide sequence, to the use of a host cell comprising an expression vector comprising a host cell, or said polynucleotide sequence comprising said polynucleotide sequences,
The polypeptide has at least 75% identity to SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4 or SEQ ID NO: 6 or variants, homologs, fragments or derivatives thereof; and the polynucleotide sequence is SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4 Or encodes a polypeptide having at least 75% identity with SEQ ID NO: 6 or variants, homologs, fragments or derivatives thereof, and / or wherein said polynucleotide sequence is SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 3 or SEQ ID NO: 5 or Have at least 75% identity with a variant, homolog, fragment or derivative;
Said use.
前記ポリペプチドが、配列番号2、配列番号4若しくは配列番号6又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有し;かつ
前記ポリヌクレオチド配列が、配列番号2、配列番号4若しくは配列番号6又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有するポリペプチドをコードし、及び/又は前記ポリヌクレオチド配列が、配列番号1、配列番号3若しくは配列番号5又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有する;
前記使用。 Polypeptide HP, a polynucleotide sequence encoding polypeptide HP, a host cell comprising said polynucleotide sequence, or a host cell comprising said polynucleotide sequence, for producing a drug that reduces activation of a pro-inflammatory pathway in one or more cells of a subject Use of a host cell comprising an expression vector comprising a polynucleotide sequence comprising
The polypeptide has at least 75% identity to SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4 or SEQ ID NO: 6 or variants, homologs, fragments or derivatives thereof; and the polynucleotide sequence is SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4 Or encodes a polypeptide having at least 75% identity with SEQ ID NO: 6 or variants, homologs, fragments or derivatives thereof, and / or wherein said polynucleotide sequence is SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 3 or SEQ ID NO: 5 or Have at least 75% identity with a variant, homolog, fragment or derivative;
Said use.
前記ポリペプチドが、配列番号2、配列番号4若しくは配列番号6又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有し;かつ
前記ポリヌクレオチド配列が、配列番号2、配列番号4若しくは配列番号6又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有するポリペプチドをコードし、及び/又は前記ポリヌクレオチド配列が、配列番号1、配列番号3若しくは配列番号5又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体と少なくとも75%の同一性を有する;
前記使用。 A polypeptide HP for producing a drug that reduces the activity and / or expression of NF-κβ in one or more cells of interest, a polynucleotide sequence encoding the polypeptide HP, a host cell comprising the polynucleotide sequence, Or the use of a host cell comprising an expression vector comprising said polynucleotide sequence,
The polypeptide has at least 75% identity to SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4 or SEQ ID NO: 6 or variants, homologs, fragments or derivatives thereof; and the polynucleotide sequence is SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4 Or encodes a polypeptide having at least 75% identity with SEQ ID NO: 6 or variants, homologs, fragments or derivatives thereof, and / or wherein said polynucleotide sequence is SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 3 or SEQ ID NO: 5 or Have at least 75% identity with a variant, homolog, fragment or derivative;
Said use.
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