JP2018124289A - バイオチップ及びバイオチップにおけるアライメントマークの検出方法 - Google Patents

Abstract

【課題】バイオチップ上のアライメントマークを画像認識する際に、生体分子形成領域をアライメントマークとして誤認識してしまうおそれがある。【解決手段】第１方向と直交する第２方向に沿う第１領域第１辺から第２方向に沿う第１領域第２辺までの第１方向に沿った距離がＤ１であり、生体分子が形成された第１領域と、第１方向における第１領域との間隔がＤ２であり、第２方向に沿う第２領域第１辺から第２方向に沿う第２領域第２辺までの第１方向に沿った距離がＤ１であり、生体分子が形成された第２領域と、第２方向に沿う第１辺から第２方向に沿う第２辺までの第１方向に沿った距離がＤ３であり、第２方向に沿う第３辺から第２方向に沿う第４辺までの第１方向に沿った距離がＤ４であるアライメントマークとを備え、以下の条件式を満足することを特徴とするバイオチップ：Ｄ３≠Ｄ１＋ｎ１・（Ｄ２＋Ｄ１），Ｄ４≠Ｄ１＋ｎ２・（Ｄ２＋Ｄ１）。【選択図】図２

Description

本発明は、バイオチップ及びバイオチップにおけるアライメントマークの検出方法に関する。

位置合わせ用のマークが刻印もしくは印刷されているバイオチップが知られている（例えば特許文献１参照）。

特開２００８−８８８０号公報

バイオチップ上のアライメントマークを画像認識する際に、生体分子形成領域をアライメントマークとして誤認識してしまうおそれがある。

本発明の一態様は、
第１方向と直交する第２方向に沿う第１領域第１辺から前記第２方向に沿う第１領域第２辺までの前記第１方向に沿った距離が第１距離であり、検体に含まれる標的と特異的に反応する生体分子が形成された第１領域と、
前記第１方向における前記第１領域との間隔が第２距離であり、前記第２方向に沿う第２領域第１辺から前記第２方向に沿う第２領域第２辺までの前記第１方向に沿った距離が前記第１距離であり、検体に含まれる標的と特異的に反応する生体分子が形成された第２領域と、
前記第２方向に沿う第１辺から前記第２方向に沿う第２辺までの前記第１方向に沿った距離が第３距離であり、前記第２方向に沿う第３辺から前記第２方向に沿う第４辺までの前記第１方向に沿った距離が第４距離であるアライメントマークとを備え、
以下の条件式を満足することを特徴とするバイオチップ。
Ｄ３≠Ｄ１＋ｎ１・（Ｄ２＋Ｄ１）
Ｄ４≠Ｄ１＋ｎ２・（Ｄ２＋Ｄ１）
ただし、
Ｄ１：前記第１距離
Ｄ２：前記第２距離
Ｄ３：前記第３距離
Ｄ４：前記第４距離
ｎ１、ｎ２：０以上の整数
である。

また、本発明の他の一態様は、上記一態様において、
前記アライメントマークは、前記第２方向に沿う第５辺から前記第２方向に沿う第６辺までの前記第１方向に沿った距離が第５距離であり、
以下の条件式を満足することを特徴とするバイオチップ。
Ｄ５≠Ｄ１＋ｎ３・（Ｄ２＋Ｄ１）
ただし、
Ｄ１：前記第１距離
Ｄ２：前記第２距離
Ｄ５：前記第５距離
ｎ３：０以上の整数
である。

また、本発明の他の一態様は、上記一態様において、
前記アライメントマークは、前記第２方向に沿う第７辺から前記第２方向に沿う第８辺までの前記第１方向に沿った距離が第６距離であり、
以下の条件式を満足することを特徴とするバイオチップ。
Ｄ６≠Ｄ１＋ｎ４・（Ｄ２＋Ｄ１）
ただし、
Ｄ１：前記第１距離
Ｄ２：前記第２距離
Ｄ６：前記第６距離
ｎ４：０以上の整数
である。

また、本発明の他の一態様は、上記一態様において、
前記第２方向における前記第１領域との間隔が第７距離であり、前記第１方向に沿う第３領域第１辺から前記第１方向に沿う第３領域第２辺までの前記第２方向に沿った距離が第８距離であり、検体に含まれる標的と特異的に反応する生体分子が形成された第３領域を更に備え、
前記第１領域は、前記第１方向に沿う第１領域第３辺から前記第１方向に沿う第１領域第４辺までの前記第２方向に沿った距離が前記第８距離であり、
前記アライメントマークは、前記第１方向に沿う第９辺から前記第１方向に沿う第１０辺までの前記第２方向に沿った距離が第９距離であり、前記第１方向に沿う第１１辺から前記第１方向に沿う第１２辺までの前記第２方向に沿った距離が第１０距離であり、
以下の条件式を満足することを特徴とするバイオチップ。
Ｄ９≠Ｄ８＋ｎ５・（Ｄ７＋Ｄ８）
Ｄ１０≠Ｄ８＋ｎ６・（Ｄ７＋Ｄ８）
ただし、
Ｄ７：前記第７距離
Ｄ８：前記第８距離
Ｄ９：前記第９距離
Ｄ１０：前記第１０距離
ｎ５、ｎ６：０以上の整数
である。

また、本発明の他の一態様は、上記一態様において、
前記アライメントマークは、前記第１方向に沿う第１３辺から前記第１方向に沿う第１４辺までの前記第２方向に沿った距離が第１１距離であり、
以下の条件式を満足することを特徴とするバイオチップ。
Ｄ１１≠Ｄ８＋ｎ７・（Ｄ７＋Ｄ８）
ただし、
Ｄ７：前記第７距離
Ｄ８：前記第８距離
Ｄ１１：前記第１１距離
ｎ７：０以上の整数
である。

また、本発明の他の一態様は、上記一態様において、
前記アライメントマークは、前記第１方向に沿う第１５辺から前記第１方向に沿う第１６辺までの前記第２方向に沿った距離が第１２距離であり、
以下の条件式を満足することを特徴とするバイオチップ。
Ｄ１２≠Ｄ８＋ｎ８・（Ｄ７＋Ｄ８）
ただし、
Ｄ７：前記第７距離
Ｄ８：前記第８距離
Ｄ１２：前記第１２距離
ｎ８：０以上の整数
である。

また、本発明の他の一態様は、上記一態様において、
前記第１領域は、前記第１領域第１辺と、前記第１領域第２辺と、前記第１領域第３辺と、前記第１領域第４辺とからなる矩形形状の領域であること
を特徴とするバイオチップ。
である。

また、本発明の他の一態様は、上記一態様において、
前記第２領域は、前記第２領域第１辺と、前記第２領域第２辺と、前記第１方向に沿う第２領域第３辺と、前記第１方向に沿う第２領域第４辺とからなる矩形形状の領域であること
を特徴とするバイオチップ。
である。

また、本発明の他の一態様は、上記一態様において、
前記第３領域は、前記第３領域第１辺と、前記第３領域第２辺と、前記第２方向に沿う第３領域第３辺と、前記第２方向に沿う第３領域第４辺とからなる矩形形状の領域であること
を特徴とするバイオチップ。
である。

また、本発明の他の一態様は、
第１方向と直交する第２方向に沿う第１領域第１辺から前記第２方向に沿う第１領域第２辺までの前記第１方向に沿った距離が第１距離であり、検体に含まれる標的と特異的に反応する生体分子が形成された第１領域と、前記第１方向における前記第１領域との間隔が第２距離であり、前記第２方向に沿う第２領域第１辺から前記第２方向に沿う第２領域第２辺までの前記第１方向に沿った距離が前記第１距離であり、検体に含まれる標的と特異的に反応する生体分子が形成された第２領域とを備えるバイオチップにおけるアライメントマークの検出方法であって、
前記第２方向に沿う第１辺から前記第２方向に沿う第２辺までの前記第１方向に沿った距離が第３距離であり、前記第２方向に沿う第３辺から前記第２方向に沿う第４辺までの前記第１方向に沿った距離が第４距離であるアライメントマークを画像処理によって検出する検出工程を含み、
以下の条件式を満足することを特徴とするバイオチップにおけるアライメントマークの検出方法。
Ｄ３≠Ｄ１＋ｎ１・（Ｄ２＋Ｄ１）
Ｄ４≠Ｄ１＋ｎ２・（Ｄ２＋Ｄ１）
ただし、
Ｄ１：前記第１距離
Ｄ２：前記第２距離
Ｄ３：前記第３距離
Ｄ４：前記第４距離
ｎ１、ｎ２：０以上の整数
である。

バイオチップの全体を示す概略構成図である。 バイオチップの一部拡大図である。 バイオチップの画像からアライメントマークを画像認識する画像認識装置の概略を示す構成図である。 バイオチップの撮像画像を示す図である。 図４中のラインＬ１からラインＬ６に沿った撮像画像の画素値を示す図である。 判定部の処理を示すフローチャートである。 第１変形例に係るアライメントマークを示す図である。 第２変形例に係るアライメントマークを示す図である。 第３変形例に係るアライメントマークを示す図である。

以下、図面を参照しながら本発明の実施形態について詳しく説明する。

図１は、本発明の一実施形態に係るバイオチップ１の全体を示す概略構成図である。バイオチップ１は、基板１０上に生体分子形成領域２０とアライメントマーク３０が形成されたチップである。基板１０は、例えば、生体分子を支持するための板状の部材である。基板１０は、例えば、シリコン（Ｓｉ）基板、ガラス基板、プラスチック基板等である。図１において、基板１０は、略正方形の形状にチップ化されている。一例として、基板１０の形状は、数ミリ角の正方形である。以下の説明の便宜のため、基板１０の直交する２辺と平行にＸ軸及びＹ軸をとる。

生体分子形成領域２０は、基板１０の表面上に生体分子が形成された領域である。生体分子形成領域２０は、例えば、基板１０の表面上に多数形成されている。それぞれの生体分子形成領域２０の形状は、矩形である。一例として、矩形をなす生体分子形成領域２０の各辺は、Ｘ軸又はＹ軸に平行である。一例として、生体分子形成領域２０は、基板１０の表面上に等間隔に配列されている。一例として、生体分子形成領域２０は、基板１０の表面上に二次元的に並列に配列されている。一例として、生体分子形成領域２０は、基板１０の表面上においてＸ軸方向及びＹ軸方向に沿って格子状に配列されている。一例として、Ｘ軸方向に配列している複数の生体分子形成領域２０において、任意の隣り合う２つの生体分子形成領域２０の間隔は、いずれも等しい。一例として、Ｙ軸方向に配列している複数の生体分子形成領域２０において、任意の隣り合う２つの生体分子形成領域２０の間隔は、いずれも等しい。生体分子形成領域２０は、図１の例では、Ｘ軸方向に２０個、Ｙ軸方向に２０個、等間隔で配列されている。ただし、配列数はこれに限定されない。例えば、Ｘ軸方向及びＹ軸方向にそれぞれ数百ずつ、すなわち１チップ上に数万から数十万の生体分子形成領域２０を有したバイオチップ１も実現可能である。

生体分子形成領域２０を構成する生体分子は、例えば、ＤＮＡ、ペプチド、タンパク質、糖鎖等である。生体分子は、検体に含まれる標的と特異的に反応する。生体分子形成領域２０は、生体分子を基板１０の表面上に固定することによって形成されている。生体分子を基板１０の表面上に固定する方法としては、例えば、リソグラフィ技術を利用して基板１０の表面上で生体分子を合成していく方法、合成済みの生体分子を含む溶液を基板１０の表面上に滴下する方法、等を用いることができる。

アライメントマーク３０は、基板１０の表面上に形成されたマークである。アライメントマーク３０は、バイオチップ１上における位置の基準である。すなわち、例えば画像認識装置は、アライメントマーク３０の位置を認識すると、認識した位置を基準として、基板１０の表面上に形成された生体分子形成領域２０の位置を特定する。一例として、アライメントマーク３０は、複数の線分で構成された図形である。一例として、アライメントマーク３０を構成する複数の線分のそれぞれは、Ｘ軸又はＹ軸に平行である。すなわち、一例として、アライメントマーク３０は、Ｘ軸に平行な辺とＹ軸に平行な辺とによって構成されている。一例として、アライメントマーク３０は、基板１０の４つのコーナーのうちの１つに設けられている。例えば、図１において、アライメントマーク３０は、Ｘ軸方向マイナス側且つＹ軸方向マイナス側のコーナーに設けられている。

一例として、アライメントマーク３０は、基板１０と異なる反射率又は透過率を有した材料で形成される。アライメントマーク３０を構成する材料は、例えば、金属、金属化合物、有機物等である。一例として、アライメントマーク３０は、クロム（Ｃｒ）、アルミニウム（Ａｌ）、金（Ａｕ）等の金属薄膜を基板１０の表面に蒸着することによって形成される。

次に、本発明の一実施形態に係るバイオチップ１における、生体分子形成領域２０とアライメントマーク３０の形状を詳しく説明する。

図２は、バイオチップ１の一部を拡大した図である。図２は、図１において点線で囲まれた部分の拡大図を示している。

図２には、生体分子形成領域２０として、第１領域２０１、第２領域２０２、第３領域２０３、第４領域２０４、第５領域２０５、及び第６領域２０６が示されている。第１領域２０１は、アライメントマーク３０に最も近い位置に存在する生体分子形成領域２０である。すなわち、第１領域２０１は、左上のコーナーに配置されている。第２領域２０２は、第１領域２０１に対してＸ軸方向（第１方向）プラス側の隣に配置された生体分子形成領域２０である。第３領域２０３は、第１領域２０１に対してＹ軸方向（第２方向）プラス側の隣に配置された生体分子形成領域２０である。第４領域２０４は、第２領域２０２に対してＸ軸方向プラス側の隣に配置された生体分子形成領域２０である。第５領域２０５は、第２領域２０２に対してＹ軸方向プラス側の隣に配置された生体分子形成領域２０である。第５領域２０５は、第３領域２０３に対してＸ軸方向プラス側の隣に配置された生体分子形成領域２０でもある。第６領域２０６は、第３領域２０３に対してＹ軸方向プラス側の隣に配置された生体分子形成領域２０である。

第１領域２０１は、第１領域第１辺２０１ａ、第１領域第２辺２０１ｂ、第１領域第３辺２０１ｃ、及び第１領域第４辺２０１ｄを有する。第１領域第１辺２０１ａは、Ｙ軸方向（第２方向）に沿う辺である。第１領域第２辺２０１ｂは、Ｙ軸方向に沿う辺である。第１領域第１辺２０１ａは、第１領域第２辺２０１ｂよりもＸ軸方向（第１方向）マイナス側に位置している。第１領域第３辺２０１ｃは、Ｘ軸方向に沿う辺である。第１領域第４辺２０１ｄは、Ｘ軸方向に沿う辺である。第１領域第３辺２０１ｃは、第１領域第４辺２０１ｄよりもＹ軸方向マイナス側に位置している。このように、第１領域２０１は、各辺がＸ軸又はＹ軸に平行な矩形の形状を有している。

第１領域第１辺２０１ａと第１領域第２辺２０１ｂとの間の距離は、第１距離Ｄ１である。より詳しくは、第１領域第１辺２０１ａから第１領域第２辺２０１ｂまでの、Ｘ軸方向（第１方向）に沿った距離は、第１距離Ｄ１である。第１領域第３辺２０１ｃと第１領域第４辺２０１ｄとの間の距離は、第８距離Ｄ８である。より詳しくは、第１領域第３辺２０１ｃから第１領域第４辺２０１ｄまでの、Ｙ軸方向（第２方向）に沿った距離は、第８距離Ｄ８である。換言すると、第１領域２０１のＸ軸方向における幅は、第１距離Ｄ１と等しく、第１領域２０１のＹ軸方向における幅は、第８距離Ｄ８と等しい。第１領域２０１は、Ｘ軸方向の幅Ｄ１及びＹ軸方向の幅Ｄ８を有した矩形の領域である。

第２領域２０２は、第２領域第１辺２０２ａ、第２領域第２辺２０２ｂ、第２領域第３辺２０２ｃ、及び第２領域第４辺２０２ｄを有する。第２領域第１辺２０２ａは、Ｙ軸方向（第２方向）に沿う辺である。第２領域第２辺２０２ｂは、Ｙ軸方向に沿う辺である。第２領域第１辺２０２ａは、第２領域第２辺２０２ｂよりもＸ軸方向（第１方向）マイナス側に位置している。第２領域第３辺２０２ｃは、Ｘ軸方向に沿う辺である。第２領域第４辺２０２ｄは、Ｘ軸方向に沿う辺である。第２領域第３辺２０２ｃは、第２領域第４辺２０２ｄよりもＹ軸方向マイナス側に位置している。このように、第２領域２０２は、各辺がＸ軸又はＹ軸に平行な矩形の形状を有している。

第２領域第１辺２０２ａと第２領域第２辺２０２ｂとの間の距離は、第１距離Ｄ１である。より詳しくは、第２領域第１辺２０２ａから第２領域第２辺２０２ｂまでの、Ｘ軸方向（第１方向）に沿った距離は、第１距離Ｄ１である。第２領域第３辺２０２ｃと第２領域第４辺２０２ｄとの間の距離は、第８距離Ｄ８である。より詳しくは、第２領域第３辺２０２ｃから第２領域第４辺２０２ｄまでの、Ｙ軸方向（第２方向）に沿った距離は、第８距離Ｄ８である。換言すると、第２領域２０２のＸ軸方向における幅は、第１距離Ｄ１と等しく、第２領域２０２のＹ軸方向における幅は、第８距離Ｄ８と等しい。第２領域２０２は、Ｘ軸方向の幅Ｄ１及びＹ軸方向の幅Ｄ８を有した矩形の領域である。よって、第２領域２０２は、第１領域２０１と同じ形状である。

第２領域第１辺２０２ａは、第１領域第２辺２０１ｂと相対している。第２領域第１辺２０２ａは、第１領域第２辺２０１ｂに対してＸ軸方向（第１方向）プラス側に位置している。第２領域第３辺２０２ｃは、Ｙ軸方向において第１領域第３辺２０１ｃと同じ位置にある。第２領域第４辺２０２ｄは、Ｙ軸方向において第１領域第４辺２０１ｄと同じ位置にある。第１領域第２辺２０１ｂと第２領域第１辺２０２ａの間には、生体分子が形成されていない。第２領域第１辺２０２ａは、生体分子が形成されていない領域を挟んで、第１領域第２辺２０１ｂと相対している。このように、第１領域２０１と第２領域２０２は、生体分子が形成されていない領域を挟んでＸ軸方向において隣り合っている。

第１領域第２辺２０１ｂと第２領域第１辺２０１ａとの間の距離は、第２距離Ｄ２である。より詳しくは、第１領域第２辺２０１ｂから第２領域第１辺２０１ａまでの、Ｘ軸方向（第１方向）に沿った距離は、第２距離Ｄ２である。換言すると、Ｘ軸方向に隣り合っている第１領域２０１と第２領域２０２の、Ｘ軸方向における間隔は、第２距離Ｄ２と等しい。第１領域２０１と第２領域２０２は、間隔Ｄ２をおいてＸ軸方向に隣り合っている。

第３領域２０３は、第３領域第１辺２０３ａ、第３領域第２辺２０３ｂ、第３領域第３辺２０３ｃ、及び第３領域第４辺２０３ｄを有する。第３領域第１辺２０３ａは、Ｙ軸方向（第２方向）に沿う辺である。第３領域第２辺２０３ｂは、Ｙ軸方向に沿う辺である。第３領域第１辺２０３ａは、第３領域第２辺２０３ｂよりもＸ軸方向（第１方向）マイナス側に位置している。第３領域第３辺２０３ｃは、Ｘ軸方向に沿う辺である。第３領域第４辺２０３ｄは、Ｘ軸方向に沿う辺である。第３領域第３辺２０３ｃは、第３領域第４辺２０３ｄよりもＹ軸方向マイナス側に位置している。このように、第３領域２０３は、各辺がＸ軸又はＹ軸に平行な矩形の形状を有している。

第３領域第１辺２０３ａと第３領域第２辺２０３ｂとの間の距離は、第１距離Ｄ１である。より詳しくは、第３領域第１辺２０３ａから第３領域第２辺２０３ｂまでの、Ｘ軸方向（第１方向）に沿った距離は、第１距離Ｄ１である。第３領域第３辺２０３ｃと第３領域第４辺２０３ｄとの間の距離は、第８距離Ｄ８である。より詳しくは、第３領域第３辺２０３ｃから第３領域第４辺２０３ｄまでの、Ｙ軸方向（第２方向）に沿った距離は、第８距離Ｄ８である。換言すると、第３領域２０３のＸ軸方向における幅は、第１距離Ｄ１と等しく、第３領域２０３のＹ軸方向における幅は、第８距離Ｄ８と等しい。第３領域２０３は、Ｘ軸方向の幅Ｄ１及びＹ軸方向の幅Ｄ８を有した矩形の領域である。よって、第３領域２０３は、第１領域２０１と同じ形状である。

第３領域第３辺２０３ｃは、第１領域第４辺２０１ｄと相対している。第３領域第３辺２０３ｃは、第１領域第４辺２０１ｄに対してＹ軸方向（第２方向）プラス側に位置している。第３領域第１辺２０３ａは、Ｘ軸方向において第１領域第１辺２０１ａと同じ位置にある。第３領域第２辺２０３ｂは、Ｘ軸方向において第１領域第２辺２０１ｂと同じ位置にある。第１領域第４辺２０１ｄと第３領域第３辺２０３ｃの間には、生体分子が形成されていない。第３領域第３辺２０３ｃは、生体分子が形成されていない領域を挟んで、第１領域第４辺２０１ｄと相対している。このように、第１領域２０１と第３領域２０３は、生体分子が形成されていない領域を挟んでＹ軸方向において隣り合っている。

第１領域第４辺２０１ｄと第３領域第３辺２０３ｃとの間の距離は、第７距離Ｄ７である。より詳しくは、第１領域第４辺２０１ｄから第３領域第３辺２０３ｃまでの、Ｙ軸方向（第２方向）に沿った距離は、第７距離Ｄ７である。換言すると、Ｙ軸方向に隣り合っている第１領域２０１と第３領域２０３の、Ｙ軸方向における間隔は、第７距離Ｄ７と等しい。第１領域２０１と第３領域２０３は、間隔Ｄ７をおいてＹ軸方向に隣り合っている。

第４領域２０４は、第１領域２０１と同じ形状である。すなわち、第４領域２０４は、各辺がＸ軸又はＹ軸に平行な矩形の形状を有している。第４領域２０４のＸ軸方向における幅は、第１距離Ｄ１と等しく、第４領域２０４のＹ軸方向における幅は、第８距離Ｄ８と等しい。第４領域２０４は、Ｘ軸方向の幅Ｄ１及びＹ軸方向の幅Ｄ８を有した矩形の領域である。第４領域２０４と第２領域２０２の相対位置関係は、第２領域２０２と第１領域２０１の相対位置関係と同じである。すなわち、第２領域２０２と第４領域２０４は、生体分子が形成されていない領域を挟んでＸ軸方向において隣り合っている。Ｘ軸方向に隣り合っている第２領域２０２と第４領域２０４の、Ｘ軸方向における間隔は、第２距離Ｄ２と等しい。第２領域２０２と第４領域２０４は、間隔Ｄ２をおいてＸ軸方向に隣り合っている。

第５領域２０５は、第１領域２０１と同じ形状である。すなわち、第５領域２０５は、各辺がＸ軸又はＹ軸に平行な矩形の形状を有している。第５領域２０５のＸ軸方向における幅は、第１距離Ｄ１と等しく、第５領域２０５のＹ軸方向における幅は、第８距離Ｄ８と等しい。第５領域２０５は、Ｘ軸方向の幅Ｄ１及びＹ軸方向の幅Ｄ８を有した矩形の領域である。第５領域２０５と第３領域２０３の相対位置関係は、第２領域２０２と第１領域２０１の相対位置関係と同じである。すなわち、第３領域２０３と第５領域２０５は、生体分子が形成されていない領域を挟んでＸ軸方向において隣り合っている。Ｘ軸方向に隣り合っている第３領域２０３と第５領域２０５の、Ｘ軸方向における間隔は、第２距離Ｄ２と等しい。第３領域２０３と第５領域２０５は、間隔Ｄ２をおいてＸ軸方向に隣り合っている。また、第５領域２０５と第２領域２０２の相対位置関係は、第３領域２０３と第１領域２０１の相対位置関係と同じである。すなわち、第２領域２０２と第５領域２０５は、生体分子が形成されていない領域を挟んでＹ軸方向において隣り合っている。Ｙ軸方向に隣り合っている第２領域２０２と第５領域２０５の、Ｙ軸方向における間隔は、第７距離Ｄ７と等しい。第２領域２０２と第５領域２０５は、間隔Ｄ７をおいてＹ軸方向に隣り合っている。

第６領域２０６は、第１領域２０１と同じ形状である。すなわち、第６領域２０６は、各辺がＸ軸又はＹ軸に平行な矩形の形状を有している。第６領域２０６のＸ軸方向における幅は、第１距離Ｄ１と等しく、第６領域２０６のＹ軸方向における幅は、第８距離Ｄ８と等しい。第６領域２０６は、Ｘ軸方向の幅Ｄ１及びＹ軸方向の幅Ｄ８を有した矩形の領域である。第６領域２０６と第３領域２０３の相対位置関係は、第３領域２０３と第１領域２０１の相対位置関係と同じである。すなわち、第３領域２０３と第６領域２０６は、生体分子が形成されていない領域を挟んでＹ軸方向において隣り合っている。Ｙ軸方向に隣り合っている第３領域２０３と第６領域２０６の、Ｙ軸方向における間隔は、第７距離Ｄ７と等しい。第３領域２０３と第６領域２０６は、間隔Ｄ７をおいてＹ軸方向に隣り合っている。

このように、バイオチップ１上に形成されている全ての生体分子形成領域２０は、Ｘ軸方向の幅Ｄ１及びＹ軸方向の幅Ｄ８を有した矩形の領域である。また、Ｘ軸方向に隣り合っている任意の２つの生体分子形成領域２０の、Ｘ軸方向における間隔は、全て第２距離Ｄ２と等しい。さらに、Ｙ軸方向に隣り合っている任意の２つの生体分子形成領域２０の、Ｙ軸方向における間隔は、全て第７距離Ｄ７と等しい。

次に、図２において、アライメントマーク３０は、第１辺３０ａ、第２辺３０ｂ、第３辺３０ｃ、第４辺３０ｄ、第５辺３０ｅ、第６辺３０ｆ、第７辺３０ｇ、第８辺３０ｈ、第９辺３０ｉ、第１０辺３０ｊ、第１１辺３０ｋ、及び第１２辺３０ｌを有する。第１辺３０ａ、第２辺３０ｂ、第３辺３０ｃ、第４辺３０ｄ、第５辺３０ｅ、及び第６辺３０ｆは、Ｙ軸方向（第２方向）に沿う辺である。第７辺３０ｇ、第８辺３０ｈ、第９辺３０ｉ、第１０辺３０ｊ、第１１辺３０ｋ、及び第１２辺３０ｌは、Ｘ軸方向（第１方向）に沿う辺である。

第１辺３０ａは、Ｙ軸方向に沿う６本の辺のうち最もＸ軸方向マイナス側に位置する辺である。第２辺３０ｂは、Ｙ軸方向に沿う６本の辺のうち最もＸ軸方向プラス側に位置する辺である。第２辺３０ｂは、第１辺３０ａと相対している。第２辺３０ｂの長さは、第１辺３０ａの長さと等しい。第２辺３０ｂは、Ｙ軸方向において第１辺３０ａと同じ位置にある。

第３辺３０ｃ及び第４辺３０ｄは、Ｘ軸方向において第１辺３０ａと第２辺３０ｂの間に位置する辺である。第４辺３０ｄは、第３辺３０ｃよりもＸ軸方向プラス側に位置している。第４辺３０ｄは、第３辺３０ｃと相対している。第４辺３０ｄの長さは、第３辺３０ｃの長さと等しい。第４辺３０ｄは、Ｙ軸方向において第３辺３０ｃと同じ位置にある。第３辺３０ｃ及び第４辺３０ｄは、第１辺３０ａ及び第２辺３０ｂよりもＹ軸方向マイナス側に位置している。

第５辺３０ｅ及び第６辺３０ｆは、Ｘ軸方向において第１辺３０ａと第２辺３０ｂの間に位置する辺である。第５辺３０ｅは、Ｘ軸方向において第３辺３０ｃと同じ位置にある。第６辺３０ｆは、Ｘ軸方向において第４辺３０ｄと同じ位置にある。第６辺３０ｆは、第５辺３０ｅと相対している。第６辺３０ｆの長さは、第５辺３０ｅの長さと等しい。第６辺３０ｆは、Ｙ軸方向において第５辺３０ｅと同じ位置にある。第５辺３０ｅ及び第６辺３０ｆは、第１辺３０ａ及び第２辺３０ｂよりもＹ軸方向プラス側に位置している。

第９辺３０ｉは、Ｘ軸方向に沿う６本の辺のうち最もＹ軸方向マイナス側に位置する辺である。第９辺３０ｉは、第３辺３０ｃのＹ軸方向マイナス側の端点と第４辺３０ｄのＹ軸方向マイナス側の端点を結ぶ辺でもある。第１０辺３０ｊは、Ｘ軸方向に沿う６本の辺のうち最もＹ軸方向プラス側に位置する辺である。第１０辺３０ｊは、第５辺３０ｅのＹ軸方向プラス側の端点と第６辺３０ｆのＹ軸方向プラス側の端点を結ぶ辺でもある。第１０辺３０ｊは、第９辺３０ｉと相対している。第１０辺３０ｊの長さは、第９辺３０ｉの長さと等しい。第１０辺３０ｊは、Ｘ軸方向において第９辺３０ｉと同じ位置にある。

第７辺３０ｇ及び第８辺３０ｈは、Ｙ軸方向において第９辺３０ｉと第１０辺３０ｊの間に位置する辺である。第７辺３０ｇは、第１辺３０ａのＹ軸方向プラス側の端点と第３辺３０ｃのＹ軸方向マイナス側の端点を結ぶ辺でもある。第８辺３０ｈは、第１辺３０ａのＹ軸方向マイナス側の端点と第５辺３０ｅのＹ軸方向プラス側の端点を結ぶ辺でもある。第８辺３０ｈは、第７辺３０ｇよりもＹ軸方向プラス側に位置している。第８辺３０ｈは、第７辺３０ｇと相対している。第８辺３０ｈの長さは、第７辺３０ｇの長さと等しい。第８辺３０ｈは、Ｘ軸方向において第７辺３０ｇと同じ位置にある。第７辺３０ｇ及び第８辺３０ｈは、第９辺３０ｉ及び第１０辺３０ｊよりもＸ軸方向マイナス側に位置している。

第１１辺３０ｋ及び第１２辺３０ｌは、Ｙ軸方向において第９辺３０ｉと第１０辺３０ｊの間に位置する辺である。第１１辺３０ｋは、第２辺３０ｂのＹ軸方向プラス側の端点と第４辺３０ｄのＹ軸方向プラス側の端点を結ぶ辺でもある。第１２辺３０ｌは、第２辺３０ｂのＹ軸方向プラス側の端点と第６辺３０ｆのＹ軸方向マイナス側の端点を結ぶ辺でもある。第１１辺３０ｋは、Ｙ軸方向において第７辺３０ｇと同じ位置にある。第１２辺３０ｌは、Ｙ軸方向において第８辺３０ｈと同じ位置にある。第１２辺３０ｌは、第１１辺３０ｋと相対している。第１２辺３０ｌの長さは、第１１辺３０ｋの長さと等しい。第１２辺３０ｌは、Ｘ軸方向において第１１辺３０ｋと同じ位置にある。第１１辺３０ｋ及び第１２辺３０ｌは、第９辺３０ｉ及び第１０辺３０ｊよりもＸ軸方向プラス側に位置している。

このように、アライメントマーク３０は、第１辺３０ａ、第２辺３０ｂ、第３辺３０ｃ、第４辺３０ｄ、第５辺３０ｅ、第６辺３０ｆ、第７辺３０ｇ、第８辺３０ｈ、第９辺３０ｉ、第１０辺３０ｊ、第１１辺３０ｋ、及び第１２辺３０ｌの１２本の線分によって囲まれた領域として規定される図形である。第１辺３０ａ、第２辺３０ｂ、第３辺３０ｃ、第４辺３０ｄ、第５辺３０ｅ、第６辺３０ｆ、第７辺３０ｇ、第８辺３０ｈ、第９辺３０ｉ、第１０辺３０ｊ、第１１辺３０ｋ、及び第１２辺３０ｌは、アライメントマーク３０の外郭をなす線分である。

アライメントマーク３０において、第１辺３０ａと第２辺３０ｂとの間の距離は、第３距離Ｄ３である。より詳しくは、第１辺３０ａから第２辺３０ｂまでの、Ｘ軸方向（第１方向）に沿った距離は、第３距離Ｄ３である。換言すると、アライメントマーク３０は、Ｘ軸方向において第３距離Ｄ３と等しい幅を有している。アライメントマーク３０の第１辺３０ａと第２辺３０ｂの間における幅は、第３距離Ｄ３と等しい。アライメントマーク３０において、第３辺３０ｃと第４辺３０ｄとの間の距離は、第４距離Ｄ４である。より詳しくは、第３辺３０ｃから第４辺３０ｄまでの、Ｘ軸方向に沿った距離は、第４距離Ｄ４である。換言すると、アライメントマーク３０は、Ｘ軸方向において第４距離Ｄ４と等しい幅を有している。アライメントマーク３０の第３辺３０ｃと第４辺３０ｄの間における幅は、第４距離Ｄ４と等しい。同様に、アライメントマーク３０の第５辺３０ｅと第６辺３０ｆの間における幅も、第４距離Ｄ４と等しい。

アライメントマーク３０において、第９辺３０ｉと第１０辺３０ｊとの間の距離は、第９距離Ｄ９である。より詳しくは、第９辺３０ｉから第１０辺３０ｊまでの、Ｙ軸方向（第２方向）に沿った距離は、第９距離Ｄ９である。換言すると、アライメントマーク３０は、Ｙ軸方向において第９距離Ｄ９と等しい幅を有している。アライメントマーク３０の第９辺３０ｉと第１０辺３０ｊの間における幅は、第９距離Ｄ９と等しい。アライメントマーク３０において、第７辺３０ｇと第８辺３０ｈとの間の距離は、第１０距離Ｄ１０である。より詳しくは、第７辺３０ｇから第８辺３０ｈまでの、Ｙ軸方向に沿った距離は、第１０距離Ｄ１０である。換言すると、アライメントマーク３０は、Ｙ軸方向において第１０距離Ｄ１０と等しい幅を有している。アライメントマーク３０の第７辺３０ｇと第８辺３０ｈの間における幅は、第１０距離Ｄ１０と等しい。同様に、アライメントマーク３０の第１１辺３０ｋと第１２辺３０ｌの間における幅も、第１０距離Ｄ１０と等しい。

アライメントマーク３０における第３距離Ｄ３は、次の条件式（１）を満足する距離である。ただし、ｎ１は０以上の整数である。
Ｄ３≠Ｄ１＋ｎ１・（Ｄ２＋Ｄ１） ……（１）

条件式（１）は、アライメントマーク３０の第１辺３０ａと第２辺３０ｂの間における幅Ｄ３が、第１領域第１辺２０１ａと第１領域第２辺２０１ｂとの間の距離Ｄ１、第１領域第１辺２０１ａと第２領域第２辺２０２ｂとの間の距離Ｄ１＋（Ｄ２＋Ｄ１）、第１領域第１辺２０１ａと第４領域第２辺２０４ｂとの間の距離Ｄ１＋２・（Ｄ２＋Ｄ１）、のいずれとも異なることを意味している。一般化して述べると、アライメントマーク３０の第１辺３０ａと第２辺３０ｂの間における幅Ｄ３は、バイオチップ１上に形成されている任意の生体分子形成領域２０の第１辺（Ｙ軸方向に沿う２つの辺のうちＸ軸方向マイナス側に位置する辺）から、当該生体分子形成領域２０に対してＸ軸方向プラス側に位置する任意の生体分子形成領域２０の第２辺（Ｙ軸方向に沿う２つの辺のうちＸ軸方向プラス側に位置する辺）までの、Ｘ軸方向に沿った距離と異なっている。換言すると、アライメントマーク３０の第１辺３０ａと第２辺３０ｂの間における幅Ｄ３は、Ｘ軸方向に連なった任意の個数の生体分子形成領域２０全体の、Ｘ軸方向の端から端までの幅と異なっている。そのため、アライメントマーク３０のテンプレート画像を利用した画像マッチング処理によりバイオチップ１の画像からアライメントマーク３０を画像認識する際に、Ｘ軸方向に複数並んだ生体分子形成領域２０をアライメントマーク３０として誤認識してしまう可能性を低減することができる。

アライメントマーク３０における第４距離Ｄ４は、次の条件式（２）を満足する距離である。ただし、ｎ２は０以上の整数である。
Ｄ４≠Ｄ１＋ｎ２・（Ｄ２＋Ｄ１） ……（２）

条件式（２）は、アライメントマーク３０の第３辺３０ｃと第４辺３０ｄの間における幅Ｄ４が、第１領域第１辺２０１ａと第１領域第２辺２０１ｂとの間の距離Ｄ１、第１領域第１辺２０１ａと第２領域第２辺２０２ｂとの間の距離Ｄ１＋（Ｄ２＋Ｄ１）、第１領域第１辺２０１ａと第４領域第２辺２０４ｂとの間の距離Ｄ１＋２・（Ｄ２＋Ｄ１）、のいずれとも異なることを意味している。一般化して述べると、アライメントマーク３０の第３辺３０ｃと第４辺３０ｄの間における幅Ｄ４は、バイオチップ１上に形成されている任意の生体分子形成領域２０の第１辺（Ｙ軸方向に沿う２つの辺のうちＸ軸方向マイナス側に位置する辺）から、当該生体分子形成領域２０に対してＸ軸方向プラス側に位置する任意の生体分子形成領域２０の第２辺（Ｙ軸方向に沿う２つの辺のうちＸ軸方向プラス側に位置する辺）までの、Ｘ軸方向に沿った距離と異なっている。換言すると、アライメントマーク３０の第３辺３０ｃと第４辺３０ｄの間における幅Ｄ４は、Ｘ軸方向に連なった任意の個数の生体分子形成領域２０全体の、Ｘ軸方向の端から端までの幅と異なっている。そのため、アライメントマーク３０のテンプレート画像を利用した画像マッチング処理によりバイオチップ１の画像からアライメントマーク３０を画像認識する際に、Ｘ軸方向に複数並んだ生体分子形成領域２０をアライメントマーク３０として誤認識してしまう可能性を低減することができる。

アライメントマーク３０における第９距離Ｄ９は、次の条件式（３）を満足する距離である。ただし、ｎ３は０以上の整数である。
Ｄ９≠Ｄ８＋ｎ３・（Ｄ７＋Ｄ８） ……（３）

条件式（３）は、アライメントマーク３０の第９辺３０ｉと第１０辺３０ｊの間における幅Ｄ９が、第１領域第３辺２０１ｃと第１領域第４辺２０１ｄとの間の距離Ｄ８、第１領域第３辺２０１ｃと第３領域第４辺２０３ｄとの間の距離Ｄ８＋（Ｄ７＋Ｄ８）、第１領域第３辺２０１ｃと第６領域第４辺２０６ｄとの間の距離Ｄ８＋２・（Ｄ７＋Ｄ８）、のいずれとも異なることを意味している。一般化して述べると、アライメントマーク３０の第９辺３０ｉと第１０辺３０ｊの間における幅Ｄ９は、バイオチップ１上に形成されている任意の生体分子形成領域２０の第３辺（Ｘ軸方向に沿う２つの辺のうちＹ軸方向マイナス側に位置する辺）から、当該生体分子形成領域２０に対してＹ軸方向プラス側に位置する任意の生体分子形成領域２０の第４辺（Ｘ軸方向に沿う２つの辺のうちＹ軸方向プラス側に位置する辺）までの、Ｙ軸方向に沿った距離と異なっている。換言すると、アライメントマーク３０の第９辺３０ｉと第１０辺３０ｊの間における幅Ｄ９は、Ｙ軸方向に連なった任意の個数の生体分子形成領域２０全体の、Ｙ軸方向の端から端までの幅と異なっている。そのため、アライメントマーク３０のテンプレート画像を利用した画像マッチング処理によりバイオチップ１の画像からアライメントマーク３０を画像認識する際に、Ｙ軸方向に複数並んだ生体分子形成領域２０をアライメントマーク３０として誤認識してしまう可能性を低減することができる。

アライメントマーク３０における第１０距離Ｄ１０は、次の条件式（４）を満足する距離である。ただし、ｎ４は０以上の整数である。
Ｄ１０≠Ｄ８＋ｎ４・（Ｄ７＋Ｄ８） ……（４）

条件式（４）は、アライメントマーク３０の第７辺３０ｇと第８辺３０ｈの間における幅Ｄ１０が、第１領域第３辺２０１ｃと第１領域第４辺２０１ｄとの間の距離Ｄ８、第１領域第３辺２０１ｃと第３領域第４辺２０３ｄとの間の距離Ｄ８＋（Ｄ７＋Ｄ８）、第１領域第３辺２０１ｃと第６領域第４辺２０６ｄとの間の距離Ｄ８＋２・（Ｄ７＋Ｄ８）、のいずれとも異なることを意味している。一般化して述べると、アライメントマーク３０の第７辺３０ｇと第８辺３０ｈの間における幅Ｄ１０は、バイオチップ１上に形成されている任意の生体分子形成領域２０の第３辺（Ｘ軸方向に沿う２つの辺のうちＹ軸方向マイナス側に位置する辺）から、当該生体分子形成領域２０に対してＹ軸方向プラス側に位置する任意の生体分子形成領域２０の第４辺（Ｘ軸方向に沿う２つの辺のうちＹ軸方向プラス側に位置する辺）までの、Ｙ軸方向に沿った距離と異なっている。換言すると、アライメントマーク３０の第７辺３０ｇと第８辺３０ｈの間における幅Ｄ１０は、Ｙ軸方向に連なった任意の個数の生体分子形成領域２０全体の、Ｙ軸方向の端から端までの幅と異なっている。そのため、アライメントマーク３０のテンプレート画像を利用した画像マッチング処理によりバイオチップ１の画像からアライメントマーク３０を画像認識する際に、Ｙ軸方向に複数並んだ生体分子形成領域２０をアライメントマーク３０として誤認識してしまう可能性を低減することができる。

次に、バイオチップ１の画像からアライメントマーク３０を画像認識する処理について説明する。

図３は、バイオチップ１の画像からアライメントマーク３０を画像認識する画像認識装置１００の概略を示す構成図である。画像認識装置１００は、記憶部１１０と、撮像部１２０と、判定部１３０とを備えている。

記憶部１１０は、アライメントマーク３０のテンプレート画像を予め記憶している。アライメントマーク３０のテンプレート画像は、バイオチップ１上の実際のアライメントマーク３０と同一の図形を表した画像データである。一例として、アライメントマーク３０のテンプレート画像は、Ｘ軸方向において、第３距離Ｄ３と等しい幅及び第４距離Ｄ４と等しい幅を有し、Ｙ軸方向において、第９距離Ｄ９と等しい幅及び第１０距離Ｄ１０と等しい幅を有している。

撮像部１２０は、バイオチップ１を撮像してバイオチップ１の撮像画像を生成する。バイオチップ１の撮像画像は、バイオチップ１の生体分子形成領域２０が形成されている面を撮像することによって得られる画像を表す画像データである。バイオチップ１の撮像画像は、複数の生体分子形成領域２０と、アライメントマーク３０とを含んでいる。バイオチップ１の撮像画像において、生体分子形成領域２０に対応する画素とアライメントマーク３０に対応する画素は、第１の画素値を有し、その他の画素は、第１の画素値とは異なる第２の画素値を有している。第１の画素値は、例えば、第２の画素値よりも高い輝度を表す。

判定部１３０は、バイオチップ１の撮像画像からアライメントマーク３０を画像認識して、アライメントマーク３０の位置を判定する。判定部１３０は、撮像部１２０によって生成されたバイオチップ１の撮像画像に対して、記憶部１１０に記憶されているアライメントマーク３０のテンプレート画像を画像マッチングすることによって、バイオチップ１の撮像画像からアライメントマーク３０を画像認識する。一例として、判定部１３０は、バイオチップ１の撮像画像における第１の画素値を有する画素を含んだ領域の幅と、アライメントマーク３０のテンプレート画像における第３距離Ｄ３、第４距離Ｄ４、第９距離Ｄ９、及び第１０距離Ｄ１０との比較に基づいて、バイオチップ１の撮像画像からアライメントマーク３０を画像認識する。

図４及び図５を参照して、判定部１３０による画像マッチング処理を概念的に説明する。図４は、バイオチップ１の撮像画像を示す図である。図４において、説明の便宜上、撮像画像のＸ軸方向プラス側とＹ軸方向プラス側は省略されている。図５は、図４中のラインＬ１からラインＬ６に沿った撮像画像の画素値を示す図である。

図４において、ラインＬ１は、バイオチップ１の中央付近を通るＸ軸方向に平行な直線である。ラインＬ１は、アライメントマーク３０から離れた場所を通っており、アライメントマーク３０を横切っていない。ラインＬ２は、アライメントマーク３０の第５辺３０ｅと第６辺３０ｆを横切るＸ軸方向に平行な直線である。ラインＬ３は、アライメントマーク３０の第１辺３０ａと第２辺３０ｂを横切るＸ軸方向に平行な直線である。ラインＬ４は、バイオチップ１の中央付近を通るＹ軸方向に平行な直線である。ラインＬ４は、アライメントマーク３０から離れた場所を通っており、アライメントマーク３０を横切っていない。ラインＬ５は、アライメントマーク３０の第１１辺３０ｋと第１２辺３０ｌを横切るＹ軸方向に平行な直線である。ラインＬ６は、アライメントマーク３０の第９辺３０ｉと第１０辺３０ｊを横切るＹ軸方向に平行な直線である。

図５（ａ）は、ラインＬ１に沿った撮像画像の画素値を示している。ラインＬ１に沿った撮像画像の画素値は、Ｘ軸方向に等間隔で配列した生体分子形成領域２０に対応している。すなわち、ラインＬ１に沿った撮像画像の画素値は、生体分子形成領域２０が存在している場所で第１の画素値をとり、生体分子形成領域２０が存在しない場所で第２の画素値をとる。第１の画素値を有する領域の幅は、Ｄ１である。第２の画素値を有する領域の幅は、Ｄ２である。ところが、前述したように、アライメントマーク３０のテンプレート画像におけるＸ軸方向の幅である第３距離Ｄ３及び第４距離Ｄ４は、Ｘ軸方向に連なった任意の個数の生体分子形成領域２０全体の、Ｘ軸方向の端から端までの幅Ｗａ１（＝Ｄ１）、Ｗａ２（＝Ｄ１＋（Ｄ２＋Ｄ１））、Ｗａ３（＝Ｄ１＋２・（Ｄ２＋Ｄ１））、Ｗａ４（＝Ｄ１＋３・（Ｄ２＋Ｄ１））、…と異なっている。したがって、判定部１３０は、ラインＬ１においてはアライメントマーク３０が検出されないとの判断を下す。

図５（ｂ）は、ラインＬ２に沿った撮像画像の画素値を示している。ラインＬ２に沿った撮像画像の画素値は、Ｘ軸方向に等間隔で配列した生体分子形成領域２０、及び、アライメントマーク３０の第５辺３０ｅと第６辺３０ｆの間の領域に対応している。すなわち、ラインＬ２に沿った撮像画像の画素値は、アライメントマーク３０の第５辺３０ｅと第６辺３０ｆの間の領域と、生体分子形成領域２０が存在している場所とで第１の画素値をとり、生体分子形成領域２０が存在しない場所で第２の画素値をとる。第１の画素値を有する領域の幅は、Ｄ１及びＤ４である。第２の画素値を有する領域の幅は、Ｄ２である。したがって、第１の画素値を有する領域が幅Ｄ４を持つことから、判定部１３０は、ラインＬ２においてアライメントマーク３０が検出されたとの判断を下す。

図５（ｃ）は、ラインＬ３に沿った撮像画像の画素値を示している。ラインＬ３に沿った撮像画像の画素値は、アライメントマーク３０の第１辺３０ａと第２辺３０ｂの間の領域に対応している。すなわち、ラインＬ３に沿った撮像画像の画素値は、アライメントマーク３０の第１辺３０ａと第２辺３０ｂの間の領域で第１の画素値をとり、それ以外の場所で第２の画素値をとる。第１の画素値を有する領域の幅は、Ｄ３である。したがって、第１の画素値を有する領域が幅Ｄ３を持つことから、判定部１３０は、ラインＬ３においてアライメントマーク３０が検出されたとの判断を下す。

図５（ｄ）は、ラインＬ４に沿った撮像画像の画素値を示している。ラインＬ４に沿った撮像画像の画素値は、Ｙ軸方向に等間隔で配列した生体分子形成領域２０に対応している。すなわち、ラインＬ４に沿った撮像画像の画素値は、生体分子形成領域２０が存在している場所で第１の画素値をとり、生体分子形成領域２０が存在しない場所で第２の画素値をとる。第１の画素値を有する領域の幅は、Ｄ８である。第２の画素値を有する領域の幅は、Ｄ７である。ところが、前述したように、アライメントマーク３０のテンプレート画像におけるＹ軸方向の幅である第９距離Ｄ９及び第１０距離Ｄ１０は、Ｙ軸方向に連なった任意の個数の生体分子形成領域２０全体の、Ｙ軸方向の端から端までの幅Ｗｄ１（＝Ｄ８）、Ｗｄ２（＝Ｄ８＋（Ｄ７＋Ｄ８））、Ｗｄ３（＝Ｄ８＋２・（Ｄ７＋Ｄ８））、Ｗｄ４（＝Ｄ８＋３・（Ｄ７＋Ｄ８））、…と異なっている。したがって、判定部１３０は、ラインＬ４においてはアライメントマーク３０が検出されないとの判断を下す。

図５（ｅ）は、ラインＬ５に沿った撮像画像の画素値を示している。ラインＬ５に沿った撮像画像の画素値は、Ｙ軸方向に等間隔で配列した生体分子形成領域２０、及び、アライメントマーク３０の第１１辺３０ｋと第１２辺３０ｌの間の領域に対応している。すなわち、ラインＬ５に沿った撮像画像の画素値は、アライメントマーク３０の第１１辺３０ｋと第１２辺３０ｌの間の領域と、生体分子形成領域２０が存在している場所とで第１の画素値をとり、生体分子形成領域２０が存在しない場所で第２の画素値をとる。第１の画素値を有する領域の幅は、Ｄ８及びＤ１０である。第２の画素値を有する領域の幅は、Ｄ７である。したがって、第１の画素値を有する領域が幅Ｄ１０を持つことから、判定部１３０は、ラインＬ５においてアライメントマーク３０が検出されたとの判断を下す。

図５（ｆ）は、ラインＬ６に沿った撮像画像の画素値を示している。ラインＬ６に沿った撮像画像の画素値は、アライメントマーク３０の第９辺３０ｉと第１０辺３０ｊの間の領域に対応している。すなわち、ラインＬ６に沿った撮像画像の画素値は、アライメントマーク３０の第９辺３０ｉと第１０辺３０ｊの間の領域で第１の画素値をとり、それ以外の場所で第２の画素値をとる。第１の画素値を有する領域の幅は、Ｄ９である。したがって、第１の画素値を有する領域が幅Ｄ９を持つことから、判定部１３０は、ラインＬ６においてアライメントマーク３０が検出されたとの判断を下す。

図６は、判定部１３０の処理を示すフローチャートである。

ステップＳ１０１において、判定部１３０は、撮像部１２０からバイオチップ１の撮像画像を取得する。ステップＳ１０２において、判定部１３０は、記憶部１１０からアライメントマーク３０のテンプレート画像を読み出す。

ステップＳ１０３において、判定部１３０は、バイオチップ１の撮像画像の中央付近を通るＸ軸方向に平行な直線（例えばラインＬ１）を判定ラインとして、判定ラインに沿って第１の画素値を有する領域の幅を算出する。

ステップＳ１０４において、判定部１３０は、アライメントマーク３０のテンプレート画像に基づいて、第１の画素値を有する領域の幅がアライメントマーク３０の第３距離Ｄ３又は第４距離Ｄ４と一致するか否かを判定する。一致すると判定した場合、判定部１３０は、次にステップＳ１０６を実施する。一致しないと判定した場合、判定部１３０は、次にステップＳ１０５を実施する。なお、「一致」とは、数値が厳密に一致する場合だけではなく、撮像画像のノイズや歪み、バイオチップ１の傾き等を考慮して、一定の誤差範囲内で実質的に一致する場合をも含む。以下の説明においても同様である。

ステップＳ１０５において、判定部１３０は、判定ラインをＹ軸方向マイナス側に所定距離だけシフトさせ、シフト後の判定ラインに沿って第１の画素値を有する領域の幅を算出する。所定距離は、例えば、生体分子形成領域２０のＹ軸方向の幅Ｄ８程度の距離である。判定部１３０は、次にステップＳ１０４を再び実施する。

ステップＳ１０６において、判定部１３０は、判定ラインがアライメントマーク３０を横切っていると判断する。すなわち、判定部１３０は、この時の判定ライン（例えばラインＬ２又はラインＬ３）のＹ方向位置においてアライメントマーク３０が検出されたと判断する。

ステップＳ１０７において、判定部１３０は、バイオチップ１の撮像画像の中央付近を通るＹ軸方向に平行な直線（例えばラインＬ４）を判定ラインとして、判定ラインに沿って第１の画素値を有する領域の幅を算出する。

ステップＳ１０８において、判定部１３０は、アライメントマーク３０のテンプレート画像に基づいて、第１の画素値を有する領域の幅がアライメントマーク３０の第９距離Ｄ９又は第１０距離Ｄ１０と一致するか否かを判定する。一致すると判定した場合、判定部１３０は、次にステップＳ１１０を実施する。一致しないと判定した場合、判定部１３０は、次にステップＳ１０９を実施する。

ステップＳ１０９において、判定部１３０は、判定ラインをＸ軸方向マイナス側に所定距離だけシフトさせ、シフト後の判定ラインに沿って第１の画素値を有する領域の幅を算出する。所定距離は、例えば、生体分子形成領域２０のＸ軸方向の幅Ｄ１程度の距離である。判定部１３０は、次にステップＳ１０８を再び実施する。

ステップＳ１１０において、判定部１３０は、判定ラインがアライメントマーク３０を横切っていると判断する。すなわち、判定部１３０は、この時の判定ライン（例えばラインＬ５又はラインＬ６）のＸ方向位置においてアライメントマーク３０が検出されたと判断する。

このように、ステップＳ１０６においてアライメントマーク３０のＹ方向位置が特定され、ステップＳ１１０においてアライメントマーク３０のＸ方向位置が特定されることによって、アライメントマーク３０が画像認識される。

次に、アライメントマークの変形例を説明する。

図７は、第１変形例に係るアライメントマーク３１を示す図である。アライメントマーク３１は、第１辺３１ａ、第２辺３１ｂ、第３辺３１ｃ、第４辺３１ｄ、第５辺３１ｅ、及び第６辺３１ｆを有する。第１辺３１ａ、第２辺３１ｂ、及び第３辺３１ｃは、Ｙ軸方向（第２方向）に沿う辺である。第４辺３１ｄ、第５辺３１ｅ、及び第６辺３１ｆは、Ｘ軸方向（第１方向）に沿う辺である。

第１辺３１ａは、Ｙ軸方向に沿う３本の辺のうち最もＸ軸方向マイナス側に位置する辺である。第２辺３１ｂは、Ｙ軸方向に沿う３本の辺のうち最もＸ軸方向プラス側に位置する辺である。第２辺３１ｂは、第１辺３１ａと相対している。第２辺３１ｂの長さは、第１辺３１ａの長さよりも短い。第２辺３１ｂのＹ軸方向マイナス側の端点は、Ｙ軸方向において、第１辺３１ａのＹ軸方向マイナス側の端点と同じ位置にある。

第３辺３１ｃは、Ｘ軸方向において第１辺３１ａと第２辺３１ｂの間に位置する辺である。第３辺３１ｃは、第１辺３１ａと相対している。第３辺３１ｃの長さは、第１辺３１ａの長さよりも短い。第３辺３１ｃのＹ軸方向プラス側の端点は、Ｙ軸方向において、第１辺３１ａのＹ軸方向プラス側の端点と同じ位置にある。第３辺３１ｃのＹ軸方向マイナス側の端点は、Ｙ軸方向において、第２辺３１ｂのＹ軸方向プラス側の端点と同じ位置にある。

第４辺３１ｄは、Ｘ軸方向に沿う３本の辺のうち最もＹ軸方向マイナス側に位置する辺である。第４辺３１ｄは、第１辺３１ａのＹ軸方向マイナス側の端点と第２辺３１ｂのＹ軸方向マイナス側の端点を結ぶ辺でもある。第５辺３１ｅは、Ｘ軸方向に沿う３本の辺のうち最もＹ軸方向プラス側に位置する辺である。第５辺３１ｅは、第１辺３１ａのＹ軸方向プラス側の端点と第３辺３１ｃのＹ軸方向プラス側の端点を結ぶ辺でもある。第５辺３１ｅは、第４辺３１ｄと相対している。第５辺３１ｅの長さは、第４辺３１ｄの長さよりも短い。

第６辺３１ｆは、Ｙ軸方向において第４辺３１ｄと第５辺３１ｅの間に位置する辺である。第６辺３１ｆは、第２辺３１ｂのＹ軸方向プラス側の端点と第３辺３１ｃのＹ軸方向マイナス側の端点を結ぶ辺でもある。第６辺３１ｆは、第４辺３１ｄと相対している。第６辺３１ｆの長さは、第４辺３１ｄの長さよりも短い。

このように、アライメントマーク３１は、第１辺３１ａ、第２辺３１ｂ、第３辺３１ｃ、第４辺３１ｄ、第５辺３１ｅ、及び第６辺３１ｆの６本の線分によって囲まれた領域として規定される図形である。第１辺３１ａ、第２辺３１ｂ、第３辺３１ｃ、第４辺３１ｄ、第５辺３１ｅ、及び第６辺３１ｆは、アライメントマーク３１の外郭をなす線分である。

アライメントマーク３１において、第１辺３１ａと第２辺３１ｂとの間の距離は、第３距離Ｄ３である。より詳しくは、第１辺３１ａから第２辺３１ｂまでの、Ｘ軸方向（第１方向）に沿った距離は、第３距離Ｄ３である。換言すると、アライメントマーク３１は、Ｘ軸方向において第３距離Ｄ３と等しい幅を有している。アライメントマーク３１の第１辺３１ａと第２辺３１ｂの間における幅は、第３距離Ｄ３と等しい。アライメントマーク３１において、第１辺３１ａと第３辺３１ｃとの間の距離は、第４距離Ｄ４である。より詳しくは、第１辺３１ａから第３辺３１ｃまでの、Ｘ軸方向に沿った距離は、第４距離Ｄ４である。換言すると、アライメントマーク３１は、Ｘ軸方向において第４距離Ｄ４と等しい幅を有している。アライメントマーク３１の第１辺３１ａと第３辺３１ｃの間における幅は、第４距離Ｄ４と等しい。

アライメントマーク３１において、第４辺３１ｄと第５辺３１ｅとの間の距離は、第９距離Ｄ９である。より詳しくは、第４辺３１ｄから第５辺３１ｅまでの、Ｙ軸方向（第２方向）に沿った距離は、第９距離Ｄ９である。換言すると、アライメントマーク３１は、Ｙ軸方向において第９距離Ｄ９と等しい幅を有している。アライメントマーク３１の第４辺３１ｄと第５辺３１ｅの間における幅は、第９距離Ｄ９と等しい。アライメントマーク３１において、第４辺３１ｄと第６辺３１ｆとの間の距離は、第１０距離Ｄ１０である。より詳しくは、第４辺３１ｄから第６辺３１ｆまでの、Ｙ軸方向に沿った距離は、第１０距離Ｄ１０である。換言すると、アライメントマーク３１は、Ｙ軸方向において第１０距離Ｄ１０と等しい幅を有している。アライメントマーク３１の第４辺３１ｄと第６辺３１ｆの間における幅は、第１０距離Ｄ１０と等しい。

アライメントマーク３１における第３距離Ｄ３は、前述した条件式（１）を満足する距離である。条件式（１）は、アライメントマーク３１の第１辺３１ａと第２辺３１ｂの間における幅Ｄ３が、第１領域第１辺２０１ａと第１領域第２辺２０１ｂとの間の距離Ｄ１、第１領域第１辺２０１ａと第２領域第２辺２０２ｂとの間の距離Ｄ１＋（Ｄ２＋Ｄ１）、第１領域第１辺２０１ａと第４領域第２辺２０４ｂとの間の距離Ｄ１＋２・（Ｄ２＋Ｄ１）、のいずれとも異なることを意味している。一般化して述べると、アライメントマーク３１の第１辺３１ａと第２辺３１ｂの間における幅Ｄ３は、バイオチップ１上に形成されている任意の生体分子形成領域２０の第１辺（Ｙ軸方向に沿う２つの辺のうちＸ軸方向マイナス側に位置する辺）から、当該生体分子形成領域２０に対してＸ軸方向プラス側に位置する任意の生体分子形成領域２０の第２辺（Ｙ軸方向に沿う２つの辺のうちＸ軸方向プラス側に位置する辺）までの、Ｘ軸方向に沿った距離と異なっている。換言すると、アライメントマーク３１の第１辺３１ａと第２辺３１ｂの間における幅Ｄ３は、Ｘ軸方向に連なった任意の個数の生体分子形成領域２０全体の、Ｘ軸方向の端から端までの幅と異なっている。そのため、アライメントマーク３１のテンプレート画像を利用した画像マッチング処理によりバイオチップ１の画像からアライメントマーク３１を画像認識する際に、Ｘ軸方向に複数並んだ生体分子形成領域２０をアライメントマーク３１として誤認識してしまう可能性を低減することができる。

アライメントマーク３１における第４距離Ｄ４は、前述した条件式（２）を満足する距離である。条件式（２）は、アライメントマーク３１の第１辺３１ａと第３辺３１ｃの間における幅Ｄ４が、第１領域第１辺２０１ａと第１領域第２辺２０１ｂとの間の距離Ｄ１、第１領域第１辺２０１ａと第２領域第２辺２０２ｂとの間の距離Ｄ１＋（Ｄ２＋Ｄ１）、第１領域第１辺２０１ａと第４領域第２辺２０４ｂとの間の距離Ｄ１＋２・（Ｄ２＋Ｄ１）、のいずれとも異なることを意味している。一般化して述べると、アライメントマーク３１の第１辺３１ａと第３辺３１ｃの間における幅Ｄ４は、バイオチップ１上に形成されている任意の生体分子形成領域２０の第１辺（Ｙ軸方向に沿う２つの辺のうちＸ軸方向マイナス側に位置する辺）から、当該生体分子形成領域２０に対してＸ軸方向プラス側に位置する任意の生体分子形成領域２０の第２辺（Ｙ軸方向に沿う２つの辺のうちＸ軸方向プラス側に位置する辺）までの、Ｘ軸方向に沿った距離と異なっている。換言すると、アライメントマーク３１の第１辺３１ａと第３辺３１ｃの間における幅Ｄ４は、Ｘ軸方向に連なった任意の個数の生体分子形成領域２０全体の、Ｘ軸方向の端から端までの幅と異なっている。そのため、アライメントマーク３１のテンプレート画像を利用した画像マッチング処理によりバイオチップ１の画像からアライメントマーク３１を画像認識する際に、Ｘ軸方向に複数並んだ生体分子形成領域２０をアライメントマーク３１として誤認識してしまう可能性を低減することができる。

アライメントマーク３１における第９距離Ｄ９は、前述した条件式（３）を満足する距離である。条件式（３）は、アライメントマーク３１の第４辺３１ｄと第５辺３１ｅの間における幅Ｄ９が、第１領域第３辺２０１ｃと第１領域第４辺２０１ｄとの間の距離Ｄ８、第１領域第３辺２０１ｃと第３領域第４辺２０３ｄとの間の距離Ｄ８＋（Ｄ７＋Ｄ８）、第１領域第３辺２０１ｃと第６領域第４辺２０６ｄとの間の距離Ｄ８＋２・（Ｄ７＋Ｄ８）、のいずれとも異なることを意味している。一般化して述べると、アライメントマーク３１の第４辺３１ｄと第５辺３１ｅの間における幅Ｄ９は、バイオチップ１上に形成されている任意の生体分子形成領域２０の第３辺（Ｘ軸方向に沿う２つの辺のうちＹ軸方向マイナス側に位置する辺）から、当該生体分子形成領域２０に対してＹ軸方向プラス側に位置する任意の生体分子形成領域２０の第４辺（Ｘ軸方向に沿う２つの辺のうちＹ軸方向プラス側に位置する辺）までの、Ｙ軸方向に沿った距離と異なっている。換言すると、アライメントマーク３１の第４辺３１ｄと第５辺３１ｅの間における幅Ｄ９は、Ｙ軸方向に連なった任意の個数の生体分子形成領域２０全体の、Ｙ軸方向の端から端までの幅と異なっている。そのため、アライメントマーク３１のテンプレート画像を利用した画像マッチング処理によりバイオチップ１の画像からアライメントマーク３１を画像認識する際に、Ｙ軸方向に複数並んだ生体分子形成領域２０をアライメントマーク３１として誤認識してしまう可能性を低減することができる。

アライメントマーク３１における第１０距離Ｄ１０は、前述した条件式（４）を満足する距離である。条件式（４）は、アライメントマーク３１の第４辺３１ｄと第６辺３１ｆの間における幅Ｄ１０が、第１領域第３辺２０１ｃと第１領域第４辺２０１ｄとの間の距離Ｄ８、第１領域第３辺２０１ｃと第３領域第４辺２０３ｄとの間の距離Ｄ８＋（Ｄ７＋Ｄ８）、第１領域第３辺２０１ｃと第６領域第４辺２０６ｄとの間の距離Ｄ８＋２・（Ｄ７＋Ｄ８）、のいずれとも異なることを意味している。一般化して述べると、アライメントマーク３１の第４辺３１ｄと第６辺３１ｆの間における幅Ｄ１０は、バイオチップ１上に形成されている任意の生体分子形成領域２０の第３辺（Ｘ軸方向に沿う２つの辺のうちＹ軸方向マイナス側に位置する辺）から、当該生体分子形成領域２０に対してＹ軸方向プラス側に位置する任意の生体分子形成領域２０の第４辺（Ｘ軸方向に沿う２つの辺のうちＹ軸方向プラス側に位置する辺）までの、Ｙ軸方向に沿った距離と異なっている。換言すると、アライメントマーク３１の第４辺３１ｄと第６辺３１ｆの間における幅Ｄ１０は、Ｙ軸方向に連なった任意の個数の生体分子形成領域２０全体の、Ｙ軸方向の端から端までの幅と異なっている。そのため、アライメントマーク３１のテンプレート画像を利用した画像マッチング処理によりバイオチップ１の画像からアライメントマーク３１を画像認識する際に、Ｙ軸方向に複数並んだ生体分子形成領域２０をアライメントマーク３１として誤認識してしまう可能性を低減することができる。

なお、アライメントマーク３１の画像認識処理としては、図３から図６を用いて前述したのと同様の手法を適用することができる。

図８は、第２変形例に係るアライメントマーク３２を示す図である。アライメントマーク３２は、第１辺３２ａ、第２辺３２ｂ、第３辺３２ｃ、第４辺３２ｄ、第５辺３２ｅ、第６辺３２ｆ、第７辺３２ｇ、及び第８辺３２ｈを有する。第１辺３２ａ、第２辺３２ｂ、第３辺３２ｃ、及び第４辺３２ｄは、Ｙ軸方向（第２方向）に沿う辺である。第５辺３２ｅ、第６辺３２ｆ、第７辺３２ｇ、及び第８辺３２ｈは、Ｘ軸方向（第１方向）に沿う辺である。

第１辺３２ａは、Ｙ軸方向に沿う４本の辺のうち最もＸ軸方向マイナス側に位置する辺である。第２辺３２ｂは、Ｙ軸方向に沿う４本の辺のうち最もＸ軸方向プラス側に位置する辺である。第２辺３２ｂは、第１辺３２ａと相対している。第２辺３２ｂの長さは、第１辺３２ａの長さと等しい。第２辺３２ｂは、Ｙ軸方向において第１辺３２ａと同じ位置にある。

第３辺３２ｃ及び第４辺３２ｄは、Ｘ軸方向において第１辺３２ａと第２辺３２ｂの間に位置する辺である。第４辺３２ｄは、第３辺３２ｃよりもＸ軸方向プラス側に位置している。第３辺３２ｃは、第１辺３２ａ及び第４辺３２ｄと相対している。第４辺３２ｄは、第２辺３２ｂ及び第３辺３２ｃと相対している。第４辺３２ｄの長さは、第３辺３２ｃの長さと等しい。第４辺３２ｄは、Ｙ軸方向において第３辺３２ｃと同じ位置にある。第３辺３２ｃ及び第４辺３２ｄの長さは、第１辺３２ａの長さよりも短い。第３辺３２ｃ及び第４辺３２ｄは、Ｙ軸方向において、第１辺３２ａのＹ軸方向マイナス側の端点と第１辺３２ａのＹ軸方向プラス側の端点との間に位置している。

第５辺３２ｅは、Ｘ軸方向に沿う４本の辺のうち最もＹ軸方向マイナス側に位置する辺である。第５辺３２ｅは、第１辺３２ａのＹ軸方向マイナス側の端点と第２辺３２ｂのＹ軸方向マイナス側の端点を結ぶ辺でもある。第６辺３２ｆは、Ｘ軸方向に沿う４本の辺のうち最もＹ軸方向プラス側に位置する辺である。第６辺３２ｆは、第１辺３２ａのＹ軸方向プラス側の端点と第２辺３２ｂのＹ軸方向プラス側の端点を結ぶ辺でもある。第６辺３２ｆは、第５辺３２ｅと相対している。第６辺３２ｆの長さは、第５辺３２ｅの長さと等しい。第６辺３２ｆは、Ｘ軸方向において第５辺３２ｅと同じ位置にある。

第７辺３２ｇ及び第８辺３２ｈは、Ｙ軸方向において第５辺３２ｅと第６辺３２ｆの間に位置する辺である。第７辺３２ｇは、第３辺３２ｃのＹ軸方向マイナス側の端点と第４辺３２ｄのＹ軸方向マイナス側の端点を結ぶ辺でもある。第８辺３２ｈは、第３辺３２ｃのＹ軸方向プラス側の端点と第４辺３２ｄのＹ軸方向プラス側の端点を結ぶ辺でもある。第８辺３２ｈは、第７辺３２ｇよりもＹ軸方向プラス側に位置している。第７辺３２ｇは、第５辺３２ｅ及び第８辺３２ｈと相対している。第８辺３２ｈは、第６辺３２ｆ及び第７辺３２ｇと相対している。第８辺３２ｈの長さは、第７辺３２ｇの長さと等しい。第８辺３２ｈは、Ｘ軸方向において第７辺３２ｇと同じ位置にある。第７辺３２ｇ及び第８辺３２ｈの長さは、第５辺３２ｅの長さよりも短い。第７辺３２ｇ及び第８辺３２ｈは、Ｘ軸方向において、第５辺３２ｅのＸ軸方向マイナス側の端点と第５辺３２ｅのＸ軸方向プラス側の端点との間に位置している。

このように、アライメントマーク３２は、第１辺３２ａ、第２辺３２ｂ、第３辺３２ｃ、第４辺３２ｄ、第５辺３２ｅ、第６辺３２ｆ、第７辺３２ｇ、及び第８辺３２ｈの８本の線分によって囲まれた領域として規定される図形である。第１辺３２ａ、第２辺３２ｂ、第５辺３２ｅ、及び第６辺３２ｆは、アライメントマーク３２の外郭をなす線分である。第３辺３２ｃ、第４辺３２ｄ、第７辺３２ｇ、及び第８辺３２ｈは、アライメントマーク３２の内郭をなす線分である。アライメントマーク３２は、第１辺３２ａ、第２辺３２ｂ、第５辺３２ｅ、及び第６辺３２ｆにより構成された外郭の内側、且つ、第３辺３２ｃ、第４辺３２ｄ、第７辺３２ｇ、及び第８辺３２ｈにより構成された内郭の外側の領域である。

アライメントマーク３２において、第１辺３２ａと第２辺３２ｂとの間の距離は、第３距離Ｄ３である。より詳しくは、第１辺３２ａから第２辺３２ｂまでの、Ｘ軸方向（第１方向）に沿った距離は、第３距離Ｄ３である。換言すると、アライメントマーク３２は、Ｘ軸方向において第３距離Ｄ３と等しい幅を有している。アライメントマーク３２の第１辺３２ａと第２辺３２ｂの間における幅は、第３距離Ｄ３と等しい。アライメントマーク３２において、第１辺３２ａと第３辺３２ｃとの間の距離は、第４距離Ｄ４である。より詳しくは、第１辺３２ａから第３辺３２ｃまでの、Ｘ軸方向に沿った距離は、第４距離Ｄ４である。換言すると、アライメントマーク３２は、Ｘ軸方向において第４距離Ｄ４と等しい幅を有している。アライメントマーク３２の第１辺３２ａと第３辺３２ｃの間における幅は、第４距離Ｄ４と等しい。アライメントマーク３２において、第２辺３２ｂと第４辺３２ｄとの間の距離は、第５距離Ｄ５である。より詳しくは、第２辺３２ｂから第４辺３２ｄまでの、Ｘ軸方向に沿った距離は、第５距離Ｄ５である。換言すると、アライメントマーク３２は、Ｘ軸方向において第５距離Ｄ５と等しい幅を有している。アライメントマーク３２の第２辺３２ｂと第４辺３２ｄの間における幅は、第５距離Ｄ５と等しい。

アライメントマーク３２において、第５辺３２ｅと第６辺３２ｆとの間の距離は、第９距離Ｄ９である。より詳しくは、第５辺３２ｅから第６辺３２ｆまでの、Ｙ軸方向（第２方向）に沿った距離は、第９距離Ｄ９である。換言すると、アライメントマーク３２は、Ｙ軸方向において第９距離Ｄ９と等しい幅を有している。アライメントマーク３２の第５辺３２ｅと第６辺３２ｆの間における幅は、第９距離Ｄ９と等しい。アライメントマーク３２において、第５辺３２ｅと第７辺３２ｇとの間の距離は、第１０距離Ｄ１０である。より詳しくは、第５辺３２ｅから第７辺３２ｇまでの、Ｙ軸方向に沿った距離は、第１０距離Ｄ１０である。換言すると、アライメントマーク３２は、Ｙ軸方向において第１０距離Ｄ１０と等しい幅を有している。アライメントマーク３２の第５辺３２ｅと第７辺３２ｇの間における幅は、第１０距離Ｄ１０と等しい。アライメントマーク３２において、第６辺３２ｆと第８辺３２ｈとの間の距離は、第１１距離Ｄ１１である。より詳しくは、第６辺３２ｆから第８辺３２ｈまでの、Ｙ軸方向に沿った距離は、第１１距離Ｄ１１である。換言すると、アライメントマーク３２は、Ｙ軸方向において第１１距離Ｄ１１と等しい幅を有している。アライメントマーク３２の第６辺３２ｆと第８辺３２ｈの間における幅は、第１１距離Ｄ１１と等しい。

アライメントマーク３２における第３距離Ｄ３は、前述した条件式（１）を満足する距離である。条件式（１）は、アライメントマーク３２の第１辺３２ａと第２辺３２ｂの間における幅Ｄ３が、第１領域第１辺２０１ａと第１領域第２辺２０１ｂとの間の距離Ｄ１、第１領域第１辺２０１ａと第２領域第２辺２０２ｂとの間の距離Ｄ１＋（Ｄ２＋Ｄ１）、第１領域第１辺２０１ａと第４領域第２辺２０４ｂとの間の距離Ｄ１＋２・（Ｄ２＋Ｄ１）、のいずれとも異なることを意味している。一般化して述べると、アライメントマーク３２の第１辺３２ａと第２辺３２ｂの間における幅Ｄ３は、バイオチップ１上に形成されている任意の生体分子形成領域２０の第１辺（Ｙ軸方向に沿う２つの辺のうちＸ軸方向マイナス側に位置する辺）から、当該生体分子形成領域２０に対してＸ軸方向プラス側に位置する任意の生体分子形成領域２０の第２辺（Ｙ軸方向に沿う２つの辺のうちＸ軸方向プラス側に位置する辺）までの、Ｘ軸方向に沿った距離と異なっている。換言すると、アライメントマーク３２の第１辺３２ａと第２辺３２ｂの間における幅Ｄ３は、Ｘ軸方向に連なった任意の個数の生体分子形成領域２０全体の、Ｘ軸方向の端から端までの幅と異なっている。そのため、アライメントマーク３２のテンプレート画像を利用した画像マッチング処理によりバイオチップ１の画像からアライメントマーク３２を画像認識する際に、Ｘ軸方向に複数並んだ生体分子形成領域２０をアライメントマーク３２として誤認識してしまう可能性を低減することができる。

アライメントマーク３２における第４距離Ｄ４は、前述した条件式（２）を満足する距離である。条件式（２）は、アライメントマーク３２の第１辺３２ａと第３辺３２ｃの間における幅Ｄ４が、第１領域第１辺２０１ａと第１領域第２辺２０１ｂとの間の距離Ｄ１、第１領域第１辺２０１ａと第２領域第２辺２０２ｂとの間の距離Ｄ１＋（Ｄ２＋Ｄ１）、第１領域第１辺２０１ａと第４領域第２辺２０４ｂとの間の距離Ｄ１＋２・（Ｄ２＋Ｄ１）、のいずれとも異なることを意味している。一般化して述べると、アライメントマーク３２の第１辺３２ａと第３辺３２ｃの間における幅Ｄ４は、バイオチップ１上に形成されている任意の生体分子形成領域２０の第１辺（Ｙ軸方向に沿う２つの辺のうちＸ軸方向マイナス側に位置する辺）から、当該生体分子形成領域２０に対してＸ軸方向プラス側に位置する任意の生体分子形成領域２０の第２辺（Ｙ軸方向に沿う２つの辺のうちＸ軸方向プラス側に位置する辺）までの、Ｘ軸方向に沿った距離と異なっている。換言すると、アライメントマーク３２の第１辺３２ａと第３辺３２ｃの間における幅Ｄ４は、Ｘ軸方向に連なった任意の個数の生体分子形成領域２０全体の、Ｘ軸方向の端から端までの幅と異なっている。そのため、アライメントマーク３２のテンプレート画像を利用した画像マッチング処理によりバイオチップ１の画像からアライメントマーク３２を画像認識する際に、Ｘ軸方向に複数並んだ生体分子形成領域２０をアライメントマーク３２として誤認識してしまう可能性を低減することができる。

アライメントマーク３２における第５距離Ｄ５は、次の条件式（５）を満足する距離である。ただし、ｎ５は０以上の整数である。
Ｄ５≠Ｄ１＋ｎ５・（Ｄ２＋Ｄ１） ……（５）

条件式（５）は、アライメントマーク３２の第２辺３２ｂと第４辺３２ｄの間における幅Ｄ５が、第１領域第１辺２０１ａと第１領域第２辺２０１ｂとの間の距離Ｄ１、第１領域第１辺２０１ａと第２領域第２辺２０２ｂとの間の距離Ｄ１＋（Ｄ２＋Ｄ１）、第１領域第１辺２０１ａと第４領域第２辺２０４ｂとの間の距離Ｄ１＋２・（Ｄ２＋Ｄ１）、のいずれとも異なることを意味している。一般化して述べると、アライメントマーク３２の第２辺３２ｂと第４辺３２ｄの間における幅Ｄ５は、バイオチップ１上に形成されている任意の生体分子形成領域２０の第１辺（Ｙ軸方向に沿う２つの辺のうちＸ軸方向マイナス側に位置する辺）から、当該生体分子形成領域２０に対してＸ軸方向プラス側に位置する任意の生体分子形成領域２０の第２辺（Ｙ軸方向に沿う２つの辺のうちＸ軸方向プラス側に位置する辺）までの、Ｘ軸方向に沿った距離と異なっている。換言すると、アライメントマーク３２の第２辺３２ｂと第４辺３２ｄの間における幅Ｄ５は、Ｘ軸方向に連なった任意の個数の生体分子形成領域２０全体の、Ｘ軸方向の端から端までの幅と異なっている。そのため、アライメントマーク３２のテンプレート画像を利用した画像マッチング処理によりバイオチップ１の画像からアライメントマーク３２を画像認識する際に、Ｘ軸方向に複数並んだ生体分子形成領域２０をアライメントマーク３２として誤認識してしまう可能性を低減することができる。

アライメントマーク３２における第９距離Ｄ９は、前述した条件式（３）を満足する距離である。条件式（３）は、アライメントマーク３２の第５辺３２ｅと第６辺３２ｆの間における幅Ｄ９が、第１領域第３辺２０１ｃと第１領域第４辺２０１ｄとの間の距離Ｄ８、第１領域第３辺２０１ｃと第３領域第４辺２０３ｄとの間の距離Ｄ８＋（Ｄ７＋Ｄ８）、第１領域第３辺２０１ｃと第６領域第４辺２０６ｄとの間の距離Ｄ８＋２・（Ｄ７＋Ｄ８）、のいずれとも異なることを意味している。一般化して述べると、アライメントマーク３２の第５辺３２ｅと第６辺３２ｆの間における幅Ｄ９は、バイオチップ１上に形成されている任意の生体分子形成領域２０の第３辺（Ｘ軸方向に沿う２つの辺のうちＹ軸方向マイナス側に位置する辺）から、当該生体分子形成領域２０に対してＹ軸方向プラス側に位置する任意の生体分子形成領域２０の第４辺（Ｘ軸方向に沿う２つの辺のうちＹ軸方向プラス側に位置する辺）までの、Ｙ軸方向に沿った距離と異なっている。換言すると、アライメントマーク３２の第５辺３２ｅと第６辺３２ｆの間における幅Ｄ９は、Ｙ軸方向に連なった任意の個数の生体分子形成領域２０全体の、Ｙ軸方向の端から端までの幅と異なっている。そのため、アライメントマーク３２のテンプレート画像を利用した画像マッチング処理によりバイオチップ１の画像からアライメントマーク３２を画像認識する際に、Ｙ軸方向に複数並んだ生体分子形成領域２０をアライメントマーク３２として誤認識してしまう可能性を低減することができる。

アライメントマーク３２における第１０距離Ｄ１０は、前述した条件式（４）を満足する距離である。条件式（４）は、アライメントマーク３２の第５辺３２ｅと第７辺３２ｇの間における幅Ｄ１０が、第１領域第３辺２０１ｃと第１領域第４辺２０１ｄとの間の距離Ｄ８、第１領域第３辺２０１ｃと第３領域第４辺２０３ｄとの間の距離Ｄ８＋（Ｄ７＋Ｄ８）、第１領域第３辺２０１ｃと第６領域第４辺２０６ｄとの間の距離Ｄ８＋２・（Ｄ７＋Ｄ８）、のいずれとも異なることを意味している。一般化して述べると、アライメントマーク３２の第５辺３２ｅと第７辺３２ｇの間における幅Ｄ１０は、バイオチップ１上に形成されている任意の生体分子形成領域２０の第３辺（Ｘ軸方向に沿う２つの辺のうちＹ軸方向マイナス側に位置する辺）から、当該生体分子形成領域２０に対してＹ軸方向プラス側に位置する任意の生体分子形成領域２０の第４辺（Ｘ軸方向に沿う２つの辺のうちＹ軸方向プラス側に位置する辺）までの、Ｙ軸方向に沿った距離と異なっている。換言すると、アライメントマーク３２の第５辺３２ｅと第７辺３２ｇの間における幅Ｄ１０は、Ｙ軸方向に連なった任意の個数の生体分子形成領域２０全体の、Ｙ軸方向の端から端までの幅と異なっている。そのため、アライメントマーク３２のテンプレート画像を利用した画像マッチング処理によりバイオチップ１の画像からアライメントマーク３２を画像認識する際に、Ｙ軸方向に複数並んだ生体分子形成領域２０をアライメントマーク３２として誤認識してしまう可能性を低減することができる。

アライメントマーク３２における第１１距離Ｄ１１は、次の条件式（６）を満足する距離である。ただし、ｎ６は０以上の整数である。
Ｄ１１≠Ｄ８＋ｎ６・（Ｄ７＋Ｄ８） ……（６）

条件式（６）は、アライメントマーク３２の第６辺３２ｆと第８辺３２ｈの間における幅Ｄ１１が、第１領域第３辺２０１ｃと第１領域第４辺２０１ｄとの間の距離Ｄ８、第１領域第３辺２０１ｃと第３領域第４辺２０３ｄとの間の距離Ｄ８＋（Ｄ７＋Ｄ８）、第１領域第３辺２０１ｃと第６領域第４辺２０６ｄとの間の距離Ｄ８＋２・（Ｄ７＋Ｄ８）、のいずれとも異なることを意味している。一般化して述べると、アライメントマーク３２の第６辺３２ｆと第８辺３２ｈの間における幅Ｄ１１は、バイオチップ１上に形成されている任意の生体分子形成領域２０の第３辺（Ｘ軸方向に沿う２つの辺のうちＹ軸方向マイナス側に位置する辺）から、当該生体分子形成領域２０に対してＹ軸方向プラス側に位置する任意の生体分子形成領域２０の第４辺（Ｘ軸方向に沿う２つの辺のうちＹ軸方向プラス側に位置する辺）までの、Ｙ軸方向に沿った距離と異なっている。換言すると、アライメントマーク３２の第６辺３２ｆと第８辺３２ｈの間における幅Ｄ１１は、Ｙ軸方向に連なった任意の個数の生体分子形成領域２０全体の、Ｙ軸方向の端から端までの幅と異なっている。そのため、アライメントマーク３２のテンプレート画像を利用した画像マッチング処理によりバイオチップ１の画像からアライメントマーク３２を画像認識する際に、Ｙ軸方向に複数並んだ生体分子形成領域２０をアライメントマーク３２として誤認識してしまう可能性を低減することができる。

なお、アライメントマーク３２の画像認識処理としては、図３から図６を用いて前述したのと同様の手法を適用することができる。

図９は、第３変形例に係るアライメントマーク３３を示す図である。アライメントマーク３３は、第１辺３３ａ、第２辺３３ｂ、第３辺３３ｃ、第４辺３３ｄ、第５辺３３ｅ、第６辺３３ｆ、第７辺３３ｇ、第８辺３３ｈ、第９辺３３ｉ、第１０辺３３ｊ、第１１辺３３ｋ、第１２辺３３ｌ、第１３辺３３ｍ、第１４辺３３ｎ、第１５辺３３ｏ、第１６辺３３ｐ、第１７辺３３ｑ、第１８辺３３ｒ、第１９辺３３ｓ、及び第２０辺３３ｔを有する。第１辺３３ａ、第２辺３３ｂ、第３辺３３ｃ、第４辺３３ｄ、第５辺３３ｅ、第６辺３３ｆ、第７辺３３ｇ、第８辺３３ｈ、第９辺３３ｉ、及び第１０辺３３ｊは、Ｙ軸方向（第２方向）に沿う辺である。第１１辺３３ｋ、第１２辺３３ｌ、第１３辺３３ｍ、第１４辺３３ｎ、第１５辺３３ｏ、第１６辺３３ｐ、第１７辺３３ｑ、第１８辺３３ｒ、第１９辺３３ｓ、及び第２０辺３３ｔは、Ｘ軸方向（第１方向）に沿う辺である。

第１辺３３ａは、Ｙ軸方向に沿う１０本の辺のうち最もＸ軸方向マイナス側に位置する辺である。第２辺３３ｂは、Ｙ軸方向に沿う１０本の辺のうち最もＸ軸方向プラス側に位置する辺である。第２辺３３ｂは、第１辺３３ａと相対している。第２辺３３ｂの長さは、第１辺３３ａの長さと等しい。第２辺３３ｂは、Ｙ軸方向において第１辺３３ａと同じ位置にある。

第３辺３３ｃ及び第４辺３３ｄは、Ｘ軸方向において第１辺３３ａと第２辺３３ｂの間に位置する辺である。第４辺３３ｄは、第３辺３３ｃよりもＸ軸方向プラス側に位置している。第３辺３３ｃは、第１辺３３ａと相対している。第４辺３３ｄは、第２辺３３ｂと相対している。第４辺３３ｄの長さは、第３辺３３ｃの長さと等しい。第４辺３３ｄは、Ｙ軸方向において第３辺３３ｃと同じ位置にある。第３辺３３ｃ及び第４辺３３ｄの長さは、第１辺３３ａの長さよりも短い。第３辺３３ｃ及び第４辺３３ｄは、Ｙ軸方向において、第１辺３３ａのＹ軸方向マイナス側の端点と第１辺３３ａのＹ軸方向プラス側の端点との間に位置している。

第５辺３３ｅ及び第６辺３３ｆは、Ｘ軸方向において第３辺３３ｃと第４辺３３ｄの間に位置する辺である。第６辺３３ｆは、第５辺３３ｅよりもＸ軸方向プラス側に位置している。第５辺３３ｅは、第３辺３３ｃ及び第６辺３３ｆと相対している。第５辺３３ｅの長さは、第３辺３３ｃの長さと等しい。第５辺３３ｅは、Ｙ軸方向において第３辺３３ｃと同じ位置にある。第６辺３３ｆは、第４辺３３ｄ及び第５辺３３ｅと相対している。第６辺３３ｆの長さは、第４辺３３ｄの長さと等しい。第６辺３３ｆは、Ｙ軸方向において第４辺３３ｄと同じ位置にある。

第７辺３３ｇ及び第８辺３３ｈは、Ｘ軸方向において第１辺３３ａと第２辺３３ｂの間に位置する辺である。第７辺３３ｇは、Ｘ軸方向において第３辺３３ｃと同じ位置にある。第８辺３３ｈは、Ｘ軸方向において第４辺３３ｄと同じ位置にある。第７辺３３ｇは、第１辺３３ａと相対している。第８辺３３ｈは、第２辺３３ｂと相対している。第８辺３３ｈの長さは、第７辺３３ｇの長さと等しい。第８辺３３ｈは、Ｙ軸方向において第７辺３３ｇと同じ位置にある。第７辺３３ｇ及び第８辺３３ｈの長さは、第１辺３３ａの長さよりも短い。第７辺３３ｇ及び第８辺３３ｈは、Ｙ軸方向において、第１辺３３ａのＹ軸方向プラス側の端点と第３辺３３ｃのＹ軸方向プラス側の端点との間に位置している。

第９辺３３ｉ及び第１０辺３３ｊは、Ｘ軸方向において第７辺３３ｇと第８辺３３ｈの間に位置する辺である。第１０辺３３ｊは、第９辺３３ｉよりもＸ軸方向プラス側に位置している。第９辺３３ｉは、第７辺３３ｇ及び第１０辺３３ｊと相対している。第９辺３３ｉの長さは、第７辺３３ｇの長さと等しい。第９辺３３ｉは、Ｙ軸方向において第７辺３３ｇと同じ位置にある。第１０辺３３ｊは、第８辺３３ｈ及び第９辺３３ｉと相対している。第１０辺３３ｊの長さは、第８辺３３ｈの長さと等しい。第１０辺３３ｊは、Ｙ軸方向において第８辺３３ｈと同じ位置にある。

第１１辺３３ｋは、Ｘ軸方向に沿う１０本の辺のうち最もＹ軸方向マイナス側に位置する辺である。第１１辺３３ｋは、第１辺３３ａのＹ軸方向マイナス側の端点と第２辺３３ｂのＹ軸方向マイナス側の端点を結ぶ辺でもある。第１２辺３３ｌは、Ｘ軸方向に沿う１０本の辺のうち最もＹ軸方向プラス側に位置する辺である。第１２辺３３ｌは、第１辺３３ａのＹ軸方向プラス側の端点と第２辺３３ｂのＹ軸方向プラス側の端点を結ぶ辺でもある。第１２辺３３ｌは、第１１辺３３ｋと相対している。第１２辺３３ｌの長さは、第１１辺３３ｋの長さと等しい。第１２辺３３ｌは、Ｙ軸方向において第１１辺３３ｋと同じ位置にある。

第１３辺３３ｍ及び第１４辺３３ｎは、Ｙ軸方向において第１１辺３３ｋと第１２辺３３ｌの間に位置する辺である。第１３辺３３ｍは、第３辺３３ｃのＹ軸方向マイナス側の端点と第５辺３３ｅのＹ軸方向マイナス側の端点を結ぶ辺でもある。第１４辺３３ｎは、第７辺３３ｇのＹ軸方向プラス側の端点と第９辺３３ｉのＹ軸方向プラス側の端点を結ぶ辺でもある。第１４辺３３ｎは、第１３辺３３ｍよりもＹ軸方向プラス側に位置している。第１３辺３３ｍは、第１１辺３３ｋと相対している。第１４辺３３ｎは、第１２辺３３ｌと相対している。第１４辺３３ｎの長さは、第１３辺３３ｍの長さと等しい。第１４辺３３ｎは、Ｘ軸方向において第１３辺３３ｍと同じ位置にある。第１３辺３３ｍ及び第１４辺３３ｎの長さは、第１１辺３３ｋの長さよりも短い。第１３辺３３ｍ及び第１４辺３３ｎは、Ｘ軸方向において、第１１辺３３ｋのＸ軸方向マイナス側の端点と第１１辺３３ｋのＸ軸方向プラス側の端点との間に位置している。

第１５辺３３ｏ及び第１６辺３３ｐは、Ｙ軸方向において第１３辺３３ｍと第１４辺３３ｎの間に位置する辺である。第１５辺３３ｏは、第３辺３３ｃのＹ軸方向プラス側の端点と第５辺３３ｅのＹ軸方向プラス側の端点を結ぶ辺でもある。第１６辺３３ｐは、第７辺３３ｇのＹ軸方向マイナス側の端点と第９辺３３ｉのＹ軸方向マイナス側の端点を結ぶ辺でもある。第１６辺３３ｐは、第１５辺３３ｏよりもＹ軸方向プラス側に位置している。第１５辺３３ｏは、第１３辺３３ｍ及び第１６辺３３ｐと相対している。第１５辺３３ｏの長さは、第１３辺３３ｍの長さと等しい。第１５辺３３ｏは、Ｘ軸方向において第１３辺３３ｍと同じ位置にある。第１６辺３３ｐは、第１４辺３３ｎ及び第１５辺３３ｏと相対している。第１６辺３３ｐの長さは、第１４辺３３ｎの長さと等しい。第１６辺３３ｐは、Ｘ軸方向において第１４辺３３ｎと同じ位置にある。

第１７辺３３ｑ及び第１８辺３３ｒは、Ｙ軸方向において第１１辺３３ｋと第１２辺３３ｌの間に位置する辺である。第１７辺３３ｑは、第４辺３３ｄのＹ軸方向マイナス側の端点と第６辺３３ｆのＹ軸方向マイナス側の端点を結ぶ辺でもある。第１８辺３３ｒは、第８辺３３ｈのＹ軸方向プラス側の端点と第１０辺３３ｊのＹ軸方向プラス側の端点を結ぶ辺でもある。第１７辺３３ｑは、Ｙ軸方向において第１３辺３３ｍと同じ位置にある。第１８辺３３ｒは、Ｙ軸方向において第１４辺３３ｎと同じ位置にある。第１７辺３３ｑは、第１１辺３３ｋと相対している。第１８辺３３ｒは、第１２辺３３ｌと相対している。第１８辺３３ｒの長さは、第１７辺３３ｑの長さと等しい。第１８辺３３ｒは、Ｘ軸方向において第１７辺３３ｑと同じ位置にある。第１７辺３３ｑ及び第１８辺３３ｒの長さは、第１１辺３３ｋの長さよりも短い。第１７辺３３ｑ及び第１８辺３３ｒは、Ｘ軸方向において、第１１辺３３ｋのＸ軸方向プラス側の端点と第１３辺３３ｍのＸ軸方向プラス側の端点との間に位置している。

第１９辺３３ｓ及び第２０辺３３ｔは、Ｙ軸方向において第１７辺３３ｑと第１８辺３３ｒの間に位置する辺である。第１９辺３３ｓは、第４辺３３ｄのＹ軸方向プラス側の端点と第６辺３３ｆのＹ軸方向プラス側の端点を結ぶ辺でもある。第２０辺３３ｔは、第８辺３３ｈのＹ軸方向マイナス側の端点と第１０辺３３ｊのＹ軸方向マイナス側の端点を結ぶ辺でもある。第２０辺３３ｔは、第１９辺３３ｓよりもＹ軸方向プラス側に位置している。第１９辺３３ｓは、第１７辺３３ｑ及び第２０辺３３ｔと相対している。第１９辺３３ｓの長さは、第１７辺３３ｑの長さと等しい。第１９辺３３ｓは、Ｘ軸方向において第１７辺３３ｑと同じ位置にある。第２０辺３３ｔは、第１８辺３３ｒ及び第１９辺３３ｓと相対している。第２０辺３３ｔの長さは、第１８辺３３ｒの長さと等しい。第２０辺３３ｔは、Ｘ軸方向において第１８辺３３ｒと同じ位置にある。

このように、アライメントマーク３３は、第１辺３３ａ、第２辺３３ｂ、第３辺３３ｃ、第４辺３３ｄ、第５辺３３ｅ、第６辺３３ｆ、第７辺３３ｇ、第８辺３３ｈ、第９辺３３ｉ、第１０辺３３ｊ、第１１辺３３ｋ、第１２辺３３ｌ、第１３辺３３ｍ、第１４辺３３ｎ、第１５辺３３ｏ、第１６辺３３ｐ、第１７辺３３ｑ、第１８辺３３ｒ、第１９辺３３ｓ、及び第２０辺３３ｔの２０本の線分によって囲まれた領域として規定される図形である。第１辺３３ａ、第２辺３３ｂ、第１１辺３３ｋ、及び第１２辺３３ｌは、アライメントマーク３３の外郭をなす線分である。第３辺３３ｃ、第５辺３３ｅ、第１３辺３３ｍ、及び第１５辺３３ｏは、アライメントマーク３３の第１の内郭をなす線分である。第４辺３３ｄ、第６辺３３ｆ、第１７辺３３ｑ、及び第１９辺３３ｓは、アライメントマーク３３の第２の内郭をなす線分である。第７辺３３ｇ、第９辺３３ｉ、第１４辺３３ｎ、及び第１６辺３３ｐは、アライメントマーク３３の第３の内郭をなす線分である。第８辺３３ｈ、第１０辺３３ｊ、第１８辺３３ｒ、及び第２０辺３３ｔは、アライメントマーク３３の第４の内郭をなす線分である。アライメントマーク３３は、第１辺３３ａ、第２辺３３ｂ、第１１辺３３ｋ、及び第１２辺３３ｌにより構成された外郭の内側の領域であって、第３辺３３ｃ、第５辺３３ｅ、第１３辺３３ｍ、及び第１５辺３３ｏにより構成された第１の内郭、第４辺３３ｄ、第６辺３３ｆ、第１７辺３３ｑ、及び第１９辺３３ｓにより構成された第２の内郭、第７辺３３ｇ、第９辺３３ｉ、第１４辺３３ｎ、及び第１６辺３３ｐにより構成された第３の内郭、並びに、第８辺３３ｈ、第１０辺３３ｊ、第１８辺３３ｒ、及び第２０辺３３ｔにより構成された第４の内郭の外側の領域である。

アライメントマーク３３において、第１辺３３ａと第２辺３３ｂとの間の距離は、第３距離Ｄ３である。より詳しくは、第１辺３３ａから第２辺３３ｂまでの、Ｘ軸方向（第１方向）に沿った距離は、第３距離Ｄ３である。換言すると、アライメントマーク３３は、Ｘ軸方向において第３距離Ｄ３と等しい幅を有している。アライメントマーク３３の第１辺３３ａと第２辺３３ｂの間における幅は、第３距離Ｄ３と等しい。アライメントマーク３３において、第１辺３３ａと第３辺３３ｃとの間の距離は、第４距離Ｄ４である。より詳しくは、第１辺３３ａから第３辺３３ｃまでの、Ｘ軸方向に沿った距離は、第４距離Ｄ４である。換言すると、アライメントマーク３３は、Ｘ軸方向において第４距離Ｄ４と等しい幅を有している。アライメントマーク３３の第１辺３３ａと第３辺３３ｃの間における幅は、第４距離Ｄ４と等しい。アライメントマーク３３において、第２辺３３ｂと第４辺３３ｄとの間の距離は、第５距離Ｄ５である。より詳しくは、第２辺３３ｂから第４辺３３ｄまでの、Ｘ軸方向に沿った距離は、第５距離Ｄ５である。換言すると、アライメントマーク３３は、Ｘ軸方向において第５距離Ｄ５と等しい幅を有している。アライメントマーク３３の第２辺３３ｂと第４辺３３ｄの間における幅は、第５距離Ｄ５と等しい。アライメントマーク３３において、第５辺３３ｅと第６辺３３ｆとの間の距離は、第６距離Ｄ６である。より詳しくは、第５辺３３ｅから第６辺３３ｆまでの、Ｘ軸方向に沿った距離は、第６距離Ｄ６である。換言すると、アライメントマーク３３は、Ｘ軸方向において第６距離Ｄ６と等しい幅を有している。アライメントマーク３３の第５辺３３ｅと第６辺３３ｆの間における幅は、第６距離Ｄ６と等しい。

アライメントマーク３３において、第１１辺３３ｋと第１２辺３３ｌとの間の距離は、第９距離Ｄ９である。より詳しくは、第１１辺３３ｋから第１２辺３３ｌまでの、Ｙ軸方向（第２方向）に沿った距離は、第９距離Ｄ９である。換言すると、アライメントマーク３３は、Ｙ軸方向において第９距離Ｄ９と等しい幅を有している。アライメントマーク３３の第１１辺３３ｋと第１２辺３３ｌの間における幅は、第９距離Ｄ９と等しい。アライメントマーク３３において、第１１辺３３ｋと第１３辺３３ｍとの間の距離は、第１０距離Ｄ１０である。より詳しくは、第１１辺３３ｋから第１３辺３３ｍまでの、Ｙ軸方向に沿った距離は、第１０距離Ｄ１０である。換言すると、アライメントマーク３３は、Ｘ軸方向において第１０距離Ｄ１０と等しい幅を有している。アライメントマーク３３の第１１辺３３ｋと第１３辺３３ｍの間における幅は、第１０距離Ｄ１０と等しい。アライメントマーク３３において、第１２辺３３ｌと第１４辺３３ｎとの間の距離は、第１１距離Ｄ１１である。より詳しくは、第１２辺３３ｌから第１４辺３３ｎまでの、Ｙ軸方向に沿った距離は、第１１距離Ｄ１１である。換言すると、アライメントマーク３３は、Ｙ軸方向において第１１距離Ｄ１１と等しい幅を有している。アライメントマーク３３の第１２辺３３ｌと第１４辺３３ｎの間における幅は、第１１距離Ｄ１１と等しい。アライメントマーク３３において、第１５辺３３ｏと第１６辺３３ｐとの間の距離は、第１２距離Ｄ１２である。より詳しくは、第１５辺３３ｏから第１６辺３３ｐまでの、Ｙ軸方向に沿った距離は、第１２距離Ｄ１２である。換言すると、アライメントマーク３３は、Ｙ軸方向において第１２距離Ｄ１２と等しい幅を有している。アライメントマーク３３の第１５辺３３ｏと第１６辺３３ｐの間における幅は、第１２距離Ｄ１２と等しい。

アライメントマーク３３における第３距離Ｄ３は、前述した条件式（１）を満足する距離である。条件式（１）は、アライメントマーク３３の第１辺３３ａと第２辺３３ｂの間における幅Ｄ３が、第１領域第１辺２０１ａと第１領域第２辺２０１ｂとの間の距離Ｄ１、第１領域第１辺２０１ａと第２領域第２辺２０２ｂとの間の距離Ｄ１＋（Ｄ２＋Ｄ１）、第１領域第１辺２０１ａと第４領域第２辺２０４ｂとの間の距離Ｄ１＋２・（Ｄ２＋Ｄ１）、のいずれとも異なることを意味している。一般化して述べると、アライメントマーク３３の第１辺３３ａと第２辺３３ｂの間における幅Ｄ３は、バイオチップ１上に形成されている任意の生体分子形成領域２０の第１辺（Ｙ軸方向に沿う２つの辺のうちＸ軸方向マイナス側に位置する辺）から、当該生体分子形成領域２０に対してＸ軸方向プラス側に位置する任意の生体分子形成領域２０の第２辺（Ｙ軸方向に沿う２つの辺のうちＸ軸方向プラス側に位置する辺）までの、Ｘ軸方向に沿った距離と異なっている。換言すると、アライメントマーク３３の第１辺３３ａと第２辺３３ｂの間における幅Ｄ３は、Ｘ軸方向に連なった任意の個数の生体分子形成領域２０全体の、Ｘ軸方向の端から端までの幅と異なっている。そのため、アライメントマーク３３のテンプレート画像を利用した画像マッチング処理によりバイオチップ１の画像からアライメントマーク３３を画像認識する際に、Ｘ軸方向に複数並んだ生体分子形成領域２０をアライメントマーク３３として誤認識してしまう可能性を低減することができる。

アライメントマーク３３における第４距離Ｄ４は、前述した条件式（２）を満足する距離である。条件式（２）は、アライメントマーク３３の第１辺３３ａと第３辺３３ｃの間における幅Ｄ４が、第１領域第１辺２０１ａと第１領域第２辺２０１ｂとの間の距離Ｄ１、第１領域第１辺２０１ａと第２領域第２辺２０２ｂとの間の距離Ｄ１＋（Ｄ２＋Ｄ１）、第１領域第１辺２０１ａと第４領域第２辺２０４ｂとの間の距離Ｄ１＋２・（Ｄ２＋Ｄ１）、のいずれとも異なることを意味している。一般化して述べると、アライメントマーク３３の第１辺３３ａと第３辺３３ｃの間における幅Ｄ４は、バイオチップ１上に形成されている任意の生体分子形成領域２０の第１辺（Ｙ軸方向に沿う２つの辺のうちＸ軸方向マイナス側に位置する辺）から、当該生体分子形成領域２０に対してＸ軸方向プラス側に位置する任意の生体分子形成領域２０の第２辺（Ｙ軸方向に沿う２つの辺のうちＸ軸方向プラス側に位置する辺）までの、Ｘ軸方向に沿った距離と異なっている。換言すると、アライメントマーク３３の第１辺３３ａと第３辺３３ｃの間における幅Ｄ４は、Ｘ軸方向に連なった任意の個数の生体分子形成領域２０全体の、Ｘ軸方向の端から端までの幅と異なっている。そのため、アライメントマーク３３のテンプレート画像を利用した画像マッチング処理によりバイオチップ１の画像からアライメントマーク３３を画像認識する際に、Ｘ軸方向に複数並んだ生体分子形成領域２０をアライメントマーク３３として誤認識してしまう可能性を低減することができる。

アライメントマーク３２における第５距離Ｄ５は、前述した条件式（５）を満足する距離である。条件式（５）は、アライメントマーク３３の第２辺３３ｂと第４辺３３ｄの間における幅Ｄ５が、第１領域第１辺２０１ａと第１領域第２辺２０１ｂとの間の距離Ｄ１、第１領域第１辺２０１ａと第２領域第２辺２０２ｂとの間の距離Ｄ１＋（Ｄ２＋Ｄ１）、第１領域第１辺２０１ａと第４領域第２辺２０４ｂとの間の距離Ｄ１＋２・（Ｄ２＋Ｄ１）、のいずれとも異なることを意味している。一般化して述べると、アライメントマーク３３の第２辺３３ｂと第４辺３３ｄの間における幅Ｄ５は、バイオチップ１上に形成されている任意の生体分子形成領域２０の第１辺（Ｙ軸方向に沿う２つの辺のうちＸ軸方向マイナス側に位置する辺）から、当該生体分子形成領域２０に対してＸ軸方向プラス側に位置する任意の生体分子形成領域２０の第２辺（Ｙ軸方向に沿う２つの辺のうちＸ軸方向プラス側に位置する辺）までの、Ｘ軸方向に沿った距離と異なっている。換言すると、アライメントマーク３３の第２辺３３ｂと第４辺３３ｄの間における幅Ｄ５は、Ｘ軸方向に連なった任意の個数の生体分子形成領域２０全体の、Ｘ軸方向の端から端までの幅と異なっている。そのため、アライメントマーク３３のテンプレート画像を利用した画像マッチング処理によりバイオチップ１の画像からアライメントマーク３３を画像認識する際に、Ｘ軸方向に複数並んだ生体分子形成領域２０をアライメントマーク３３として誤認識してしまう可能性を低減することができる。

アライメントマーク３３における第６距離Ｄ６は、次の条件式（７）を満足する距離である。ただし、ｎ７は０以上の整数である。
Ｄ６≠Ｄ１＋ｎ７・（Ｄ２＋Ｄ１） ……（７）

条件式（７）は、アライメントマーク３３の第５辺３３ｅと第６辺３３ｆの間における幅Ｄ６が、第１領域第１辺２０１ａと第１領域第２辺２０１ｂとの間の距離Ｄ１、第１領域第１辺２０１ａと第２領域第２辺２０２ｂとの間の距離Ｄ１＋（Ｄ２＋Ｄ１）、第１領域第１辺２０１ａと第４領域第２辺２０４ｂとの間の距離Ｄ１＋２・（Ｄ２＋Ｄ１）、のいずれとも異なることを意味している。一般化して述べると、アライメントマーク３３の第５辺３３ｅと第６辺３３ｆの間における幅Ｄ６は、バイオチップ１上に形成されている任意の生体分子形成領域２０の第１辺（Ｙ軸方向に沿う２つの辺のうちＸ軸方向マイナス側に位置する辺）から、当該生体分子形成領域２０に対してＸ軸方向プラス側に位置する任意の生体分子形成領域２０の第２辺（Ｙ軸方向に沿う２つの辺のうちＸ軸方向プラス側に位置する辺）までの、Ｘ軸方向に沿った距離と異なっている。換言すると、アライメントマーク３３の第５辺３３ｅと第６辺３３ｆの間における幅Ｄ６は、Ｘ軸方向に連なった任意の個数の生体分子形成領域２０全体の、Ｘ軸方向の端から端までの幅と異なっている。そのため、アライメントマーク３３のテンプレート画像を利用した画像マッチング処理によりバイオチップ１の画像からアライメントマーク３３を画像認識する際に、Ｘ軸方向に複数並んだ生体分子形成領域２０をアライメントマーク３３として誤認識してしまう可能性を低減することができる。

アライメントマーク３３における第９距離Ｄ９は、前述した条件式（３）を満足する距離である。条件式（３）は、アライメントマーク３３の第１１辺３３ｋと第１２辺３３ｌの間における幅Ｄ９が、第１領域第３辺２０１ｃと第１領域第４辺２０１ｄとの間の距離Ｄ８、第１領域第３辺２０１ｃと第３領域第４辺２０３ｄとの間の距離Ｄ８＋（Ｄ７＋Ｄ８）、第１領域第３辺２０１ｃと第６領域第４辺２０６ｄとの間の距離Ｄ８＋２・（Ｄ７＋Ｄ８）、のいずれとも異なることを意味している。一般化して述べると、アライメントマーク３３の第１１辺３３ｋと第１２辺３３ｌの間における幅Ｄ９は、バイオチップ１上に形成されている任意の生体分子形成領域２０の第３辺（Ｘ軸方向に沿う２つの辺のうちＹ軸方向マイナス側に位置する辺）から、当該生体分子形成領域２０に対してＹ軸方向プラス側に位置する任意の生体分子形成領域２０の第４辺（Ｘ軸方向に沿う２つの辺のうちＹ軸方向プラス側に位置する辺）までの、Ｙ軸方向に沿った距離と異なっている。換言すると、アライメントマーク３３の第１１辺３３ｋと第１２辺３３ｌの間における幅Ｄ９は、Ｙ軸方向に連なった任意の個数の生体分子形成領域２０全体の、Ｙ軸方向の端から端までの幅と異なっている。そのため、アライメントマーク３３のテンプレート画像を利用した画像マッチング処理によりバイオチップ１の画像からアライメントマーク３３を画像認識する際に、Ｙ軸方向に複数並んだ生体分子形成領域２０をアライメントマーク３３として誤認識してしまう可能性を低減することができる。

アライメントマーク３３における第１０距離Ｄ１０は、前述した条件式（４）を満足する距離である。条件式（４）は、アライメントマーク３３の第１１辺３３ｋと第１３辺３３ｍの間における幅Ｄ１０が、第１領域第３辺２０１ｃと第１領域第４辺２０１ｄとの間の距離Ｄ８、第１領域第３辺２０１ｃと第３領域第４辺２０３ｄとの間の距離Ｄ８＋（Ｄ７＋Ｄ８）、第１領域第３辺２０１ｃと第６領域第４辺２０６ｄとの間の距離Ｄ８＋２・（Ｄ７＋Ｄ８）、のいずれとも異なることを意味している。一般化して述べると、アライメントマーク３３の第１１辺３３ｋと第１３辺３３ｍの間における幅Ｄ１０は、バイオチップ１上に形成されている任意の生体分子形成領域２０の第３辺（Ｘ軸方向に沿う２つの辺のうちＹ軸方向マイナス側に位置する辺）から、当該生体分子形成領域２０に対してＹ軸方向プラス側に位置する任意の生体分子形成領域２０の第４辺（Ｘ軸方向に沿う２つの辺のうちＹ軸方向プラス側に位置する辺）までの、Ｙ軸方向に沿った距離と異なっている。換言すると、アライメントマーク３３の第１１辺３３ｋと第１３辺３３ｍの間における幅Ｄ１０は、Ｙ軸方向に連なった任意の個数の生体分子形成領域２０全体の、Ｙ軸方向の端から端までの幅と異なっている。そのため、アライメントマーク３３のテンプレート画像を利用した画像マッチング処理によりバイオチップ１の画像からアライメントマーク３３を画像認識する際に、Ｙ軸方向に複数並んだ生体分子形成領域２０をアライメントマーク３３として誤認識してしまう可能性を低減することができる。

アライメントマーク３３における第１１距離Ｄ１１は、前述した条件式（６）を満足する距離である。条件式（６）は、アライメントマーク３３の第１２辺３３ｌと第１４辺３３ｎの間における幅Ｄ１１が、第１領域第３辺２０１ｃと第１領域第４辺２０１ｄとの間の距離Ｄ８、第１領域第３辺２０１ｃと第３領域第４辺２０３ｄとの間の距離Ｄ８＋（Ｄ７＋Ｄ８）、第１領域第３辺２０１ｃと第６領域第４辺２０６ｄとの間の距離Ｄ８＋２・（Ｄ７＋Ｄ８）、のいずれとも異なることを意味している。一般化して述べると、アライメントマーク３３の第１２辺３３ｌと第１４辺３３ｎの間における幅Ｄ１１は、バイオチップ１上に形成されている任意の生体分子形成領域２０の第３辺（Ｘ軸方向に沿う２つの辺のうちＹ軸方向マイナス側に位置する辺）から、当該生体分子形成領域２０に対してＹ軸方向プラス側に位置する任意の生体分子形成領域２０の第４辺（Ｘ軸方向に沿う２つの辺のうちＹ軸方向プラス側に位置する辺）までの、Ｙ軸方向に沿った距離と異なっている。換言すると、アライメントマーク３３の第１２辺３３ｌと第１４辺３３ｎの間における幅Ｄ１１は、Ｙ軸方向に連なった任意の個数の生体分子形成領域２０全体の、Ｙ軸方向の端から端までの幅と異なっている。そのため、アライメントマーク３３のテンプレート画像を利用した画像マッチング処理によりバイオチップ１の画像からアライメントマーク３３を画像認識する際に、Ｙ軸方向に複数並んだ生体分子形成領域２０をアライメントマーク３３として誤認識してしまう可能性を低減することができる。

アライメントマーク３３における第１２距離Ｄ１２は、次の条件式（８）を満足する距離である。ただし、ｎ８は０以上の整数である。
Ｄ１２≠Ｄ８＋ｎ８・（Ｄ７＋Ｄ８） ……（８）

条件式（８）は、アライメントマーク３３の第１５辺３３ｏと第１６辺３３ｐの間における幅Ｄ１２が、第１領域第３辺２０１ｃと第１領域第４辺２０１ｄとの間の距離Ｄ８、第１領域第３辺２０１ｃと第３領域第４辺２０３ｄとの間の距離Ｄ８＋（Ｄ７＋Ｄ８）、第１領域第３辺２０１ｃと第６領域第４辺２０６ｄとの間の距離Ｄ８＋２・（Ｄ７＋Ｄ８）、のいずれとも異なることを意味している。一般化して述べると、アライメントマーク３３の第１５辺３３ｏと第１６辺３３ｐの間における幅Ｄ１２は、バイオチップ１上に形成されている任意の生体分子形成領域２０の第３辺（Ｘ軸方向に沿う２つの辺のうちＹ軸方向マイナス側に位置する辺）から、当該生体分子形成領域２０に対してＹ軸方向プラス側に位置する任意の生体分子形成領域２０の第４辺（Ｘ軸方向に沿う２つの辺のうちＹ軸方向プラス側に位置する辺）までの、Ｙ軸方向に沿った距離と異なっている。換言すると、アライメントマーク３３の第１５辺３３ｏと第１６辺３３ｐの間における幅Ｄ１２は、Ｙ軸方向に連なった任意の個数の生体分子形成領域２０全体の、Ｙ軸方向の端から端までの幅と異なっている。そのため、アライメントマーク３３のテンプレート画像を利用した画像マッチング処理によりバイオチップ１の画像からアライメントマーク３３を画像認識する際に、Ｙ軸方向に複数並んだ生体分子形成領域２０をアライメントマーク３３として誤認識してしまう可能性を低減することができる。

なお、アライメントマーク３１の画像認識処理としては、図３から図６を用いて前述したのと同様の手法を適用することができる。

以上、本発明の実施形態を説明したが、本発明はこれに限定されず、その要旨を逸脱しない範囲内において様々な変更が可能である。
特に、アライメントマークの形状や、生体分子形成領域の形状及び配置は、本発明の理解のために例示したにすぎず、説明した形状や配置以外にも様々な変形が可能であることはもちろんである。

１ バイオチップ
１０ 基板
２０ 生体分子形成領域
３０ アライメントマーク
３１ アライメントマーク
３２ アライメントマーク
３３ アライメントマーク
１００ 画像認識装置
１１０ 記憶部
１２０ 撮像部
１３０ 判定部

Claims (10)

1. 第１方向と直交する第２方向に沿う第１領域第１辺から前記第２方向に沿う第１領域第２辺までの前記第１方向に沿った距離が第１距離であり、検体に含まれる標的と特異的に反応する生体分子が形成された第１領域と、
   前記第１方向における前記第１領域との間隔が第２距離であり、前記第２方向に沿う第２領域第１辺から前記第２方向に沿う第２領域第２辺までの前記第１方向に沿った距離が前記第１距離であり、検体に含まれる標的と特異的に反応する生体分子が形成された第２領域と、
   前記第２方向に沿う第１辺から前記第２方向に沿う第２辺までの前記第１方向に沿った距離が第３距離であり、前記第２方向に沿う第３辺から前記第２方向に沿う第４辺までの前記第１方向に沿った距離が第４距離であるアライメントマークとを備え、
   以下の条件式を満足することを特徴とするバイオチップ。
   Ｄ３≠Ｄ１＋ｎ１・（Ｄ２＋Ｄ１）
   Ｄ４≠Ｄ１＋ｎ２・（Ｄ２＋Ｄ１）
   ただし、
   Ｄ１：前記第１距離
   Ｄ２：前記第２距離
   Ｄ３：前記第３距離
   Ｄ４：前記第４距離
   ｎ１、ｎ２：０以上の整数
2. 請求項１に記載のバイオチップにおいて、
   前記アライメントマークは、前記第２方向に沿う第５辺から前記第２方向に沿う第６辺までの前記第１方向に沿った距離が第５距離であり、
   以下の条件式を満足することを特徴とするバイオチップ。
   Ｄ５≠Ｄ１＋ｎ３・（Ｄ２＋Ｄ１）
   ただし、
   Ｄ１：前記第１距離
   Ｄ２：前記第２距離
   Ｄ５：前記第５距離
   ｎ３：０以上の整数
3. 請求項２に記載のバイオチップにおいて、
   前記アライメントマークは、前記第２方向に沿う第７辺から前記第２方向に沿う第８辺までの前記第１方向に沿った距離が第６距離であり、
   以下の条件式を満足することを特徴とするバイオチップ。
   Ｄ６≠Ｄ１＋ｎ４・（Ｄ２＋Ｄ１）
   ただし、
   Ｄ１：前記第１距離
   Ｄ２：前記第２距離
   Ｄ６：前記第６距離
   ｎ４：０以上の整数
4. 請求項１から請求項３のいずれか一項に記載のバイオチップにおいて、
   前記第２方向における前記第１領域との間隔が第７距離であり、前記第１方向に沿う第３領域第１辺から前記第１方向に沿う第３領域第２辺までの前記第２方向に沿った距離が第８距離であり、検体に含まれる標的と特異的に反応する生体分子が形成された第３領域を更に備え、
   前記第１領域は、前記第１方向に沿う第１領域第３辺から前記第１方向に沿う第１領域第４辺までの前記第２方向に沿った距離が前記第８距離であり、
   前記アライメントマークは、前記第１方向に沿う第９辺から前記第１方向に沿う第１０辺までの前記第２方向に沿った距離が第９距離であり、前記第１方向に沿う第１１辺から前記第１方向に沿う第１２辺までの前記第２方向に沿った距離が第１０距離であり、
   以下の条件式を満足することを特徴とするバイオチップ。
   Ｄ９≠Ｄ８＋ｎ５・（Ｄ７＋Ｄ８）
   Ｄ１０≠Ｄ８＋ｎ６・（Ｄ７＋Ｄ８）
   ただし、
   Ｄ７：前記第７距離
   Ｄ８：前記第８距離
   Ｄ９：前記第９距離
   Ｄ１０：前記第１０距離
   ｎ５、ｎ６：０以上の整数
5. 請求項４に記載のバイオチップにおいて、
   前記アライメントマークは、前記第１方向に沿う第１３辺から前記第１方向に沿う第１４辺までの前記第２方向に沿った距離が第１１距離であり、
   以下の条件式を満足することを特徴とするバイオチップ。
   Ｄ１１≠Ｄ８＋ｎ７・（Ｄ７＋Ｄ８）
   ただし、
   Ｄ７：前記第７距離
   Ｄ８：前記第８距離
   Ｄ１１：前記第１１距離
   ｎ７：０以上の整数
6. 請求項５に記載のバイオチップにおいて、
   前記アライメントマークは、前記第１方向に沿う第１５辺から前記第１方向に沿う第１６辺までの前記第２方向に沿った距離が第１２距離であり、
   以下の条件式を満足することを特徴とするバイオチップ。
   Ｄ１２≠Ｄ８＋ｎ８・（Ｄ７＋Ｄ８）
   ただし、
   Ｄ７：前記第７距離
   Ｄ８：前記第８距離
   Ｄ１２：前記第１２距離
   ｎ８：０以上の整数
7. 請求項４から請求項６のいずれか一項に記載のバイオチップにおいて、
   前記第１領域は、前記第１領域第１辺と、前記第１領域第２辺と、前記第１領域第３辺と、前記第１領域第４辺とからなる矩形形状の領域であること
   を特徴とするバイオチップ。
8. 請求項４から請求項７のいずれか一項に記載のバイオチップにおいて、
   前記第２領域は、前記第２領域第１辺と、前記第２領域第２辺と、前記第１方向に沿う第２領域第３辺と、前記第１方向に沿う第２領域第４辺とからなる矩形形状の領域であること
   を特徴とするバイオチップ。
9. 請求項４から請求項８のいずれか一項に記載のバイオチップにおいて、
   前記第３領域は、前記第３領域第１辺と、前記第３領域第２辺と、前記第２方向に沿う第３領域第３辺と、前記第２方向に沿う第３領域第４辺とからなる矩形形状の領域であること
   を特徴とするバイオチップ。
10. 第１方向と直交する第２方向に沿う第１領域第１辺から前記第２方向に沿う第１領域第２辺までの前記第１方向に沿った距離が第１距離であり、検体に含まれる標的と特異的に反応する生体分子が形成された第１領域と、前記第１方向における前記第１領域との間隔が第２距離であり、前記第２方向に沿う第２領域第１辺から前記第２方向に沿う第２領域第２辺までの前記第１方向に沿った距離が前記第１距離であり、検体に含まれる標的と特異的に反応する生体分子が形成された第２領域とを備えるバイオチップにおけるアライメントマークの検出方法であって、
    前記第２方向に沿う第１辺から前記第２方向に沿う第２辺までの前記第１方向に沿った距離が第３距離であり、前記第２方向に沿う第３辺から前記第２方向に沿う第４辺までの前記第１方向に沿った距離が第４距離であるアライメントマークを画像処理によって検出する検出工程を含み、
    以下の条件式を満足することを特徴とするバイオチップにおけるアライメントマークの検出方法。
    Ｄ３≠Ｄ１＋ｎ１・（Ｄ２＋Ｄ１）
    Ｄ４≠Ｄ１＋ｎ２・（Ｄ２＋Ｄ１）
    ただし、
    Ｄ１：前記第１距離
    Ｄ２：前記第２距離
    Ｄ３：前記第３距離
    Ｄ４：前記第４距離
    ｎ１、ｎ２：０以上の整数