JP2017531433A

JP2017531433A - 上皮細胞増殖因子受容体キナーゼドメインにおける変異

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Publication number: JP2017531433A
Application number: JP2017518884A
Authority: JP
Inventors: ジンジャネット; ホグルンドブライアン; イエンリー; リウウエイ−ミン
Original assignee: F Hoffmann La Roche AG
Current assignee: F Hoffmann La Roche AG
Priority date: 2014-10-09
Filing date: 2015-10-02
Publication date: 2017-10-26
Anticipated expiration: 2035-10-02
Also published as: CN106795567A; US20170067114A1; WO2016055380A1; EP3204510A1; JP6694429B2; CN106795567B; ES2688840T3; EP3204510B1; CA2961437A1; CA2961437C; US9994914B2

Abstract

新規のインフレーム欠失が、腫瘍中で変異されることが多いエキソンである、ＥＧＦＲ遺伝子のエキソン１９において認められた。本発明は、この変異を検出する方法、予後判定の方法、及びこの変異の存在又は非存在を基に治療に対する反応を予測する方法を含む。

Description

発明の分野
本発明は、癌診断及び癌治療に関するコンパニオン診断に関する。特に、本発明は、診断及び予後判定、並びに癌治療の有効性の予測に有用である変異の検出に関する。

発明の背景
上皮細胞増殖因子受容体（ＥＧＦＲ）は、ＨＥＲ１又はＥｒｂＢｌとしても公知であり、増殖因子受容体の１型チロシンキナーゼファミリーの一員である。これらの膜結合性タンパク質は、様々なシグナル伝達経路と相互作用する細胞内チロシンキナーゼドメインを有する。リガンド結合時に、このファミリーの受容体は、二量体化を受け、引き続きチロシンキナーゼドメインの自己リン酸化を受ける。自己リン酸化は、Ｒａｓ／ＭＡＰＫ経路、ＰＩ３Ｋ経路及びＡＫＴ経路を含む、細胞内シグナル伝達経路の事象カスケードの引き金を引く。これらの経路を通じて、ＨＥＲファミリータンパク質は、細胞の増殖、分化、及び生存を調節する。

いくつかのヒト悪性腫瘍は、ＥＧＦＲの異常な発現又は機能に関連している（Ｍｅｎｄｅｌｓｏｈｎら、（２０００）、「癌治療の標的としてのＥＧＦ受容体ファミリー（ＴｈｅＥＧＦｒｅｃｅｐｔｏｒｆａｍｉｌｙａｓｔａｒｇｅｔｓｆｏｒｃａｎｃｅｒｔｈｅｒａｐｙ）」、Ｏｎｃｏｇｅｎｅ、１９：６５５０−６５６５）。特に一部の癌は、ＥＧＦＲキナーゼドメイン（エクソン１８−２１）に変異を抱えることが明らかにされている。非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）において、これらの変異は、悪性細胞における抗−アポトーシス経路を促進することが示された（Ｐａｏら、（２００４）、「「非喫煙者」由来の肺癌において一般的であり、且つゲフィチニブ及びエルロチニブに対する腫瘍感受性と関連した、ＥＧＦ受容体遺伝子変異（ＥＧＦｒｅｃｅｐｔｏｒｇｅｎｅｍｕｔａｔｉｏｎｓａｒｅｃｏｍｍｏｎｉｎｌｕｎｇｃａｎｃｅｒｓｆｒｏｍ “ｎｅｖｅｒｓｍｏｋｅｒｓ” ａｎｄａｒｅａｓｓｏｃｉａｔｅｄｗｉｔｈｓｅｎｓｉｔｉｖｉｔｙｏｆｔｕｍｏｒｓｔｏｇｅｆｉｔｉｎｉｂａｎｄｅｒｌｏｔｉｎｉｂ）」、Ｐ．Ｎ．Ａ．Ｓ．１０１（３６）：１３３０６−１３３１１；Ｓｏｒｄｅｌｌａら、（２００４）、「抗−アポトーシス経路を活性化する肺癌におけるゲフィチニブ増感性ＥＧＦＲ変異（Ｇｅｆｉｔｉｎｉｂ−ｓｅｎｓｉｔｉｚｉｎｇＥＧＦＲｍｕｔａｔｉｏｎｓｉｎｌｕｎｇｃａｎｃｅｒａｃｔｉｖａｔｅａｎｔｉ−ａｐｏｐｔｏｔｉｃｐａｔｈｗａｙｓ）」、Ｓｃｉｅｎｃｅ３０５（５６８７）：１１６３−１１６７）。

ＥＧＦＲを標的化する治療が、開発されている。例えば、セツキシマブ（エルビタックス（商標））及びパニツムマブ（ベクチビックス（商標））は、抗−ＥＧＦＲ抗体である。エルロチニブ（タルセバ（商標））及びゲフィチニブ（イレッサ（商標））は、ＥＧＦＲチロシンキナーゼの経口活性のある選択性阻害剤として有用なキナゾリンである。これらの薬物は、その癌が異常なＥＧＦＲ活性により駆動される患者において最も有効である。イレッサ（商標）の無作為化大規模二重盲検試験（イレッサ共同アジア試験（ＩＰＡＳＳ））は、ゲフィチニブを、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）の第一選択治療としての従来の化学療法と比較した（Ｍｏｋら、（２００９）、「肺腺癌におけるゲフィチニブ又はカルボプラチン−パクリタキセル（Ｇｅｆｉｔｉｎｉｂｏｒｃａｒｂｏｐｌａｔｉｎ−ｐａｃｌｉｔａｘｅｌｉｎｐｕｌｍｏｎａｒｙａｄｅｎｏｃａｒｃｉｎｏｍａ）」、ＮＥｎｇＪＭｅｄ３６１：９４７−９５７）。ＩＰＡＳＳは、腺癌病歴が確認された患者１，２１７名を試験した。この試験は、ＥＧＦＲ変異−陽性腫瘍を伴う患者において、無進行生存（ＰＦＳ）は、イレッサ（商標）のほうが、化学療法よりも有意に延長されたことを明らかにした。ＥＧＦＲが変異されない腫瘍については、逆があてはまり；ＰＦＳは、化学療法のほうが、イレッサ（商標）よりも有意に延長された。この試験は、肺癌患者の治療成功の機会を向上するためには、ＥＧＦＲ変異の状態がわからなければならいことを明らかにした。

臨床転帰の分析は、ＥＧＦＲのキナーゼドメイン（エクソン１８−２１）に変異を抱える腫瘍を伴う患者は、野生型ＥＧＦＲを発現している腫瘍を伴う患者よりも、エルロチニブに対し、より良く反応することを明らかにした（米国特許第７，２９４，４６８号及び第７，９６０，１１８号）。これらの変異は、キナゾリンエルロチニブ（タルセバ（商標））及びゲフィチニブ（イレッサ（商標））などの、チロシンキナーゼ阻害剤（ＴＫＩ）に対する反応の予測となる。ＥＧＦＲ変異の中で、ヌクレオチド２２３５−２２５７（アミノ酸７４６−７５３に対応）を含むエキソン１９の領域におけるヌクレオチドのインフレーム欠失及び置換は、肺癌患者において特に一般的である（米国特許第７，２９４，４６８号、及びＬｙｎｃｈら、（２００４）、「ゲフィチニブに対する非小細胞肺癌の反応性の基礎となる上皮細胞増殖因子における活性化変異（Ａｃｔｉｖａｔｉｎｇｍｕｔａｔｉｏｎｓｉｎｔｈｅｅｐｉｄｅｒｍａｌｇｒｏｗｔｈｆａｃｔｏｒｕｎｄｅｒｌｙｉｎｇｒｅｓｐｏｎｓｉｖｅｎｅｓｓｏｆｎｏｎ−ｓｍａｌｌｃｅｌｌｌｕｎｇｔｏｇｅｆｉｔｉｎｉｂ）」、ＮＥＪＭ３５０：２１２９を参照）。これらの変異は、阻害に対する増大した感受性を含む、変更された特性を伴う活性キナーゼを生じると考えられる（Ｐａｅｚら、（２００４）、「肺癌におけるＥＧＦＲ変異；ゲフィチニブ療法に対する臨床反応との相関（ＥＧＦＲｍｕｔａｔｉｏｎｓｉｎｌｕｎｇｃａｎｃｅｒ：ｃｏｒｒｅｌａｔｉｏｎｗｉｔｈｃｌｉｎｉｃａｌｒｅｓｐｏｎｓｅｔｏＧｅｆｉｔｉｎｉｂｔｈｅｒａｐｙ）」、Ｓｃｉｅｎｃｅ３０４：１４９７）。

ＥＧＦＲキナーゼドメインにおける一部の変異は一般的であるが、他は少ない頻度で生じる。しかし、ＥＧＦＲ変異の臨床試験は、できる限り多くの変異を標的化することは必須である。これは、稀な変異を伴う患者は、「偽陰性」の試験結果を受け取ることはないことを確実にするであろう。稀な変異が検出されない場合、そのような変異を伴う患者は、潜在的に命を救う治療を受けることはないであろう。従って、ＥＧＦＲキナーゼドメインの新規変異が発見される場合、この変異の検出は、一部の患者の臨床転帰に影響を及ぼす可能性がある。

発明の概要
一実施態様において、本発明は、２２５７−２２７７＞ＧＣＣ、又は変異２２５７−２２６２ｄｅｌ、又は変異２２６６−２２７７ｄｅｌからなるヒトＥＧＦＲ遺伝子のエキソン１９に新たに同定された変異を含む、新規ＤＮＡ配列である。

一実施態様において、本発明は、上皮細胞増殖因子受容体（ＥＧＦＲ）遺伝子に変異を伴う細胞を抱える可能性のある腫瘍を有する患者を治療する方法であって、配列番号１における変異２２５７−２２７７＞ＧＣＣ、又は変異２２５７−２２６２ｄｅｌ、又は変異２２６６−２２７７ｄｅｌにより特徴付けられる、変異されたＥＧＦＲ遺伝子の存在について患者の試料を試験すること；並びに、もし変異が存在するならば、ＥＧＦＲ阻害剤化合物を患者へ投与することを含む方法である。この阻害剤は、例えば、セツキシマブ、パニツムマブ、エルロチニブ又はゲフィチニブであることができる。この方法は更に、変異Ｇ７１９Ａ、Ｇ７１９Ｃ、Ｋ７４５−Ａ７５０ｄｅｌＫｉｎｓ、Ｅ７４６Ｖ、Ｅ７４６Ｋ、Ｌ７４７Ｓ、Ｅ７４９Ｑ、Ａ７５０Ｐ、Ａ７５５Ｖ、Ｓ７６８Ｉ、Ｌ８５８Ｐ、Ｌ８５８Ｒ、Ｅ７４６−Ｒ７４８ｄｅｌ、Ｅ７４６−Ｓ７５２ｄｅｌＶｉｎｓ、Ｌ７４７−Ｅ７４９ｄｅｌ、Ｌ７４７−Ａ７５０ｄｅｌＰｉｎｓ、Ｌ７４７−Ｔ７５１ｄｅｌ、Ｌ７４７−Ｔ７５１ｄｅｌＰｉｎｓ、Ｌ７４７−Ｐ７５３ｄｅｌＳｉｎｓ、Ｌ７４７−Ｓ７５２ｄｅｌ、Ｒ７４８−Ｐ７５３ｄｅｌ、Ｔ７５１−Ｉ７５９ｄｅｌＴｉｎｓ、Ｓ７５２−Ｉ７５９ｄｅｌ、Ｐ７５３−Ｋ７５７ｄｅｌ、Ｍ７６６−Ａ７６７ｄｅｌＡＩｉｎｓ、Ｓ７６８−Ｖ７６９ｄｅｌＳＶＡｉｎｓ、Ｇ７７９Ｓ、Ｐ８４８Ｌ、Ｇ８５７Ｖ、Ｌ８５８Ｒ、Ｌ８６１Ｑ、Ｌ８８３Ｓ、Ｄ８９６Ｙ、２２３６＿２２４８＞ＡＣＣＣ、２２３７＿２２４４＞ＣＧＣＣＣ、２２５２＿２２７７＞ＡＣ、２２４０−２２６４＞ＣＧＡＡＡＧＡ、２２３９＿２２４０ＴＴ＞ＣＣ、２２６４Ｃ＞Ａ及びＥ７４６−Ａ７５０ｄｅｌＡＰｉｎｓの１又は複数を検出することを含んでよい。更なる変法において、変異は、アレル特異的検出法によるか又はＤＮＡシークエンシングにより検出される。

別の実施態様において、本発明は、ＥＧＦＲ阻害剤療法（例えば、チロシンキナーゼ阻害剤療法）に対する癌患者の反応の尤度を決定する方法であって：患者の試料中の、ＥＧＦＲ遺伝子の変異２２５７−２２７７＞ＧＣＣ、又は変異２２５７−２２６２ｄｅｌ、又は変異２２６６−２２７７ｄｅｌに関して、患者の試料を試験すること；並びに、もし変異が存在するならば、患者が、ＥＧＦＲ阻害剤（例えば、チロシンキナーゼ阻害剤）療法に対し反応する見込みがあることを決定すること：を含む。ＥＧＦＲ阻害剤療法は、例えば、セツキシマブ、パニツムマブ、エルロチニブ又はゲフィチニブによる治療であることができる。この方法は、ＥＧＦＲ遺伝子の変異Ｇ７１９Ａ、Ｇ７１９Ｃ、Ｋ７４５−Ａ７５０ｄｅｌＫｉｎｓ、Ｅ７４６Ｖ、Ｅ７４６Ｋ、Ｌ７４７Ｓ、Ｅ７４９Ｑ、Ａ７５０Ｐ、Ａ７５５Ｖ、Ｓ７６８Ｉ、Ｌ８５８Ｐ、Ｌ８５８Ｒ、Ｅ７４６−Ｒ７４８ｄｅｌ、Ｅ７４６−Ｓ７５２ｄｅｌＶｉｎｓ、Ｌ７４７−Ｅ７４９ｄｅｌ、Ｌ７４７−Ａ７５０ｄｅｌＰｉｎｓ、Ｌ７４７−Ｔ７５１ｄｅｌ、Ｌ７４７−Ｔ７５１ｄｅｌＰｉｎｓ、Ｌ７４７−Ｐ７５３ｄｅｌＳｉｎｓ、Ｌ７４７−Ｓ７５２ｄｅｌ、Ｒ７４８−Ｐ７５３ｄｅｌ、Ｔ７５１−Ｉ７５９ｄｅｌＴｉｎｓ、Ｓ７５２−Ｉ７５９ｄｅｌ、Ｐ７５３−Ｋ７５７ｄｅｌ、Ｍ７６６−Ａ７６７ｄｅｌＡＩｉｎｓ、Ｓ７６８−Ｖ７６９ｄｅｌＳＶＡｉｎｓ、Ｇ７７９Ｓ、Ｐ８４８Ｌ、Ｇ８５７Ｖ、Ｌ８５８Ｒ、Ｌ８６１Ｑ、Ｌ８８３Ｓ、Ｄ８９６Ｙ、２２３６＿２２４８＞ＡＣＣＣ、２２３７＿２２４４＞ＣＧＣＣＣ、２２５２＿２２７７＞ＡＣ、２２４０−２２６４＞ＣＧＡＡＡＧＡ、２２３９＿２２４０ＴＴ＞ＣＣ、２２６４Ｃ＞Ａ及びＥ７４６−Ａ７５０ｄｅｌＡＰｉｎｓの１又は複数について、患者の試料を試験すること；並びに、この変異のいずれかが存在することが報告され、患者はＥＧＦＲ阻害剤又はチロシンキナーゼ阻害剤療法に対し反応する見込みがあることを決定すること：を更に含んでよい。変異は、例えばアレル特異的検出法によるか又はＤＮＡシークエンシングにより検出されてよい。

別の実施態様において、本発明は、上皮細胞増殖因子受容体（ＥＧＦＲ）遺伝子の変異を伴う細胞をおそらく収容している腫瘍を有する患者を治療する方法であって：患者の試料が、配列番号１における変異２２５７−２２７７＞ＧＣＣ又は変異２２５７−２２６２ｄｅｌ、又は変異２２６６−２２７７ｄｅｌにより特徴付けられる変異されたＥＧＦＲ遺伝子の存在について試験されることを推奨すること；並びに、もし変異が検出されたならば、ＥＧＦＲ阻害剤化合物を患者へ投与すること：を含む。阻害剤化合物は、例えば、セツキシマブ、パニツムマブ、エルロチニブ又はゲフィチニブであることができる。この方法は、患者の試料が、変異Ｇ７１９Ａ、Ｇ７１９Ｃ、Ｋ７４５−Ａ７５０ｄｅｌＫｉｎｓ、Ｅ７４６Ｖ、Ｅ７４６Ｋ、Ｌ７４７Ｓ、Ｅ７４９Ｑ、Ａ７５０Ｐ、Ａ７５５Ｖ、Ｓ７６８Ｉ、Ｌ８５８Ｐ、Ｌ８５８Ｒ、Ｅ７４６−Ｒ７４８ｄｅｌ、Ｅ７４６−Ｓ７５２ｄｅｌＶｉｎｓ、Ｌ７４７−Ｅ７４９ｄｅｌ、Ｌ７４７−Ａ７５０ｄｅｌＰｉｎｓ、Ｌ７４７−Ｔ７５１ｄｅｌ、Ｌ７４７−Ｔ７５１ｄｅｌＰｉｎｓ、Ｌ７４７−Ｐ７５３ｄｅｌＳｉｎｓ、Ｌ７４７−Ｓ７５２ｄｅｌ、Ｒ７４８−Ｐ７５３ｄｅｌ、Ｔ７５１−Ｉ７５９ｄｅｌＴｉｎｓ、Ｓ７５２−Ｉ７５９ｄｅｌ、Ｐ７５３−Ｋ７５７ｄｅｌ、Ｍ７６６−Ａ７６７ｄｅｌＡＩｉｎｓ、Ｓ７６８−Ｖ７６９ｄｅｌＳＶＡｉｎｓ、Ｇ７７９Ｓ、Ｐ８４８Ｌ、Ｇ８５７Ｖ、Ｌ８５８Ｒ、Ｌ８６１Ｑ、Ｌ８８３Ｓ、Ｄ８９６Ｙ、２２３６＿２２４８＞ＡＣＣＣ、２２３７＿２２４４＞ＣＧＣＣＣ、２２５２＿２２７７＞ＡＣ、２２４０−２２６４＞ＣＧＡＡＡＧＡ、２２３９＿２２４０ＴＴ＞ＣＣ、２２６４Ｃ＞Ａ及びＥ７４６−Ａ７５０ｄｅｌＡＰｉｎｓの１又は複数により特徴付けられる変異されたＥＧＦＲ遺伝子の存在について試験されることを推奨すること；並びに、もし変異が検出されるならば、チロシンキナーゼ阻害剤化合物を患者へ投与すること：を更に含んでよい。変異は、例えばアレル特異的検出法によるか又はＤＮＡシークエンシングにより検出されてよい。

更に別の実施態様において、本発明は、変異−特異的オリゴヌクレオチド、例えばアレル−特異的増幅プライマー又はアレル−特異的検出プローブなどにより、ヒトＥＧＦＲ遺伝子の変異２２５７−２２７７＞ＧＣＣ又は変異２２５７−２２６２ｄｅｌ、又は変異２２６６−２２７７ｄｅｌを検出する方法である。変法において、１又は複数の変異は、アレル特異的検出法によるか又はＤＮＡシークエンシングにより検出される。

図１は、ヒトＥＧＦＲ遺伝子のヌクレオチド配列である。図１（続き）は、ヒトＥＧＦＲ遺伝子のヌクレオチド配列である。図１（続き）は、ヒトＥＧＦＲ遺伝子のヌクレオチド配列である。

発明の詳細な説明
定義
この開示の理解を促進するために、本明細書において使用される用語の以下の定義が提供される。

用語「ｎ−ｍ」又は「ｎ−ｍｄｅｌ」（「ｎ−ｍｄｅｌｘ」）とは、位置「ｎ」と「ｍ」の間のヌクレオチド（「ｘ」のヌクレオチド）を欠いている核酸を生じる変異をいう。用語「ｎ−ｍ＞ＸＹＺ」とは、その核酸は、位置「ｎ」と「ｍ」の間の本来のヌクレオチドを欠いているが、ヌクレオチド配列ＸＹＺがそれらの代わりに挿入されている、複合の変異をいう。例えば、用語「２２５７−２２７７＞ＧＣＣ」は、野生型配列からヌクレオチド２２５７−２２７７を欠いており、且つヌクレオチド配列ＧＣＣが欠失されたヌクレオチドの場所に挿入されている核酸を生じる変異をいう。

用語「アレル−特異的プライマー」又は「ＡＳプライマー」とは、標的配列の２つ以上の変種にハイブリダイズするが、１つの変種のみと標的配列の変種間で識別することが可能である、プライマーをいい、このプライマーは、好適な条件下で、核酸ポリメラーゼにより効果的に伸長される。標的配列の他の変種による伸長は、より効果が少ないか、非効率か又は検出不可能である。

用語「一般的プライマー」とは、アレル−特異的プライマーを含むプライマー対における第二のプライマーをいう。一般的プライマーは、アレル−特異的ではなく、すなわち、その間をアレル−特異的プライマーは識別する標的配列の変種間を、識別しない。

用語「相補的」又は「相補性」は、ワトソン−クリック塩基対形成則により関連づけられたポリヌクレオチドの逆平行鎖の言及において使用される。用語「完全相補的」又は「１００％相補的」とは、逆平行鎖の間の塩基全てにワトソン−クリック対形成を有する相補的配列をいい、すなわち、ポリヌクレオチド二本鎖におけるいずれかの２つの塩基間に、ミスマッチは存在しない。しかし二本鎖は、完全な相補性が存在しないとしても、逆平行鎖間に形成される。用語「部分的に相補的」又は「不完全相補的」とは、１００％完全未満である逆平行ポリヌクレオチド鎖間の塩基の任意の配列をいう（例えば、ポリヌクレオチド二本鎖において、少なくとも一つのミスマッチ又はマッチしない塩基が存在する）。部分的相補鎖の間の二本鎖は、一般に、完全相補鎖間の二本鎖よりも、安定性が低い。

用語「試料」とは、核酸を含有しているか、又は核酸を含有すると推定される任意の組成物をいう。これは、個体から単離された組織又は液体の試料、例えば、皮膚、血漿、血清、髄液、リンパ液、滑液、尿、涙液、血液細胞、臓器及び腫瘍など、並びに同じく個体から採取された細胞から樹立されたインビトロ培養物の試料で、ホルマリン固定されたパラフィン包埋された組織（ＦＦＰＥＴ）及びそれから単離された核酸を含むものも含む。

用語「ポリヌクレオチド」及び「オリゴヌクレオチド」は、互換的に使用される。「オリゴヌクレオチド」は、比較的短いポリヌクレオチドを説明するために使用されることが多い用語である。オリゴヌクレオチドは、指定されたヌクレオチド配列の領域に対応する、少なくとも６個のヌクレオチド、例えば、少なくとも約１０〜１２個のヌクレオチド、又は少なくとも約１５〜３０個のヌクレオチドで構成されてよい。

用語「一次配列」とは、ポリヌクレオチド又はオリゴヌクレオチド中のヌクレオチドの配列をいう。窒素含有塩基修飾、糖修飾又は他の骨格修飾などのヌクレオチド修飾は、一次配列の一部ではない。オリゴヌクレオチドに複合した発色団などの標識も、一次配列の一部ではない。従って、２つのオリゴヌクレオチドは、同じ一次配列を共有するが、修飾及び標識に関しては異なることができる。

用語「プライマー」とは、標的核酸の配列とハイブリダイズし、且つ合成に適した条件下で核酸の相補鎖に沿ったかかる合成の開始点として作用することが可能であるオリゴヌクレオチドをいう。本明細書において使用される用語「プローブ」は、標的核酸の配列とハイブリダイズし、且つ通常検出可能に標識されているオリゴヌクレオチドをいう。プローブは、核酸ポリメラーゼにより伸長不可能なプローブを作成する３’−末端修飾、及び１又は複数の発色団などの、修飾を有することができる。同じ配列を有するオリゴヌクレオチドは、一つのアッセイにおけるプライマーとして及び異なるアッセイにおけるプローブとして働くことができる。

本明細書に使用される用語「標的配列」、「標的核酸」又は「標的」とは、増幅されるか、検出されるかのいずれか又はそれら両方がされる核酸配列の部分をいう。

用語「ハイブリダイズされる」及び「ハイブリダイゼーション」とは、二本鎖の形成を生じる２つの核酸の間の塩基−対形成相互作用をいう。２つの核酸は、ハイブリダイゼーションを達成するために、それらの完全長にわたり１００％相補性であることは必要ではない。

用語「選択的ハイブリダイゼーション」及び「特異的ハイブリダイゼーション」とは、他の核酸も存在する複合混合物中に存在する特定の核酸に対し、優先的な（ハイブリダイズする分子の５０％以上）又はほぼ独占的な（ハイブリダイズする分子の９０％以上）核酸のハイブリダイゼーションをいう。例えば、典型的ＰＣＲ条件下で、プライマーは、同じく溶液中に存在する非−標的核酸ではなく、標的核酸に特異的にハイブリダイズする。特異的にハイブリダイズしたプライマーは、標的核酸の増幅を駆動し、少なくとも最も優先的な増幅産物であり、且つ好ましくはほぼ独占的な（例えば、試料中全ての増幅産物の９０％以上を占める）増幅産物である、標的核酸の増幅産物を生じる。好ましくは、非−特異的増幅産物は、検出不可能であるような少量で存在するか又は特異的増幅産物から容易に識別可能であるような少量で検出されるかのいずれかである。同様にプローブは、同じく反応混合物中に存在する非−標的核酸ではなく、標的核酸に特異的にハイブリダイズする。特異的にハイブリダイズしたプローブは、少なくとも最も優先的シグナルであり且つ好ましくはほぼ独占的（例えば、試料中の全ての増幅産物の９０％以上を占める）シグナルである、検出可能なシグナルを発生するように、標的核酸の特異的検出を可能にする。

本発明は、癌の診断及び予後判定、治療計画の設計、並びに治療の成功の予測に有用である、ＥＧＦＲキナーゼドメイン中の新規変異を説明する。

本発明は、ヒトＥＧＦＲ遺伝子のエキソン１９（キナーゼドメインの部分）中の新規変異２２５７−２２７７＞ＧＣＣを含む。変異２２５７−２２７７＞ＧＣＣ及び対応する野生型配列を、表１に示している。この変異は、以下の２つの個別のインフレーム欠失を含む：表１に例示したように、２２５７−２２６２ｄｅｌ６及び２２６６−２２７７ｄｅｌ１２。

一実施態様において、本発明は、ヒトＥＧＦＲ遺伝子のエキソン１９における変異２２５７−２２７７＞ＧＣＣ（又は変異２２５７−２２６２ｄｅｌ及び２２６６−２２７７ｄｅｌのいずれか）を検出するためのオリゴヌクレオチドを含む。本明細書に提供された新規変異の開示を使用し、当業者は、新規変異を特異的に検出することができる好適なオリゴヌクレオチドを設計することができる。この実施態様の変法において、オリゴヌクレオチドの一部は、アレル−特異的ＰＣＲにおいて使用するためのアレル−特異的プライマーである（米国特許第６，６２７，４０２号参照）。アレル−特異的プライマーは、典型的には、標的配列（変異体配列）にマッチし、及び別の配列（例えば野生型配列）にミスマッチした３’−末端を有する。任意に、アレル−特異的プライマーは、野生型及び変異体の両方の標的配列との内部ミスマッチを含んでよい。アレル−特異的ＰＣＲプライマー中の追加のミスマッチは、プライマーの選択性を増大することが示されている（米国特許出願公開第２０１０／００９９１１０号参照）。プライマーの伸長が成功するためには、プライマーは、標的配列に対する少なくとも部分的相補性を有することを必要とする。一般に、プライマーの３’−末端での相補性は、プライマーの５’−末端での相補性よりもより重要である（Ｉｎｎｉｓら編集、「ＰＣＲプロトコール（ＰＣＲＰｒｏｔｏｃｏｌｓ）」、（１９９０）、ＡｃａｄｅｍｉｃＰｒｅｓｓ社、第１章９−１１頁）。これは、５’−末端の変動、すなわち５’−末端でのヌクレオチドの付加、置換又は除去は、ＰＣＲアッセイにおけるプライマーの性能に影響を及ぼさないことを意味する。本発明は、変異２２５７−２２７７＞ＧＣＣ（又は、変異２２５７−２２６２ｄｅｌ及び２２６６−２２７７ｄｅｌのいずれか）を含むヒトＥＧＦＲ遺伝子のエキソン１９の部分の増幅を選択的に駆動することが可能であるが、位置２２５７−２２７７（又は位置２２５７−２２６２、又は位置２２６６−２２７７）の野生型配列を有する同じ標的の増幅は駆動しない、アレル−特異的プライマーを包含している。

この実施態様の別の変形において、オリゴヌクレオチドの一部は、ヒトＥＧＦＲ遺伝子のエキソン１９における変異２２５７−２２７７＞ＧＣＣ（又は変異２２５７−２２６２ｄｅｌ及び２２６６−２２７７ｄｅｌのいずれか）に特異的な検出プローブである。典型的検出プローブは、検出が実行される反応条件下で、標的配列（例えば、変異２２５７− ２２７７＞ＧＣＣを伴う配列）と安定したハイブリッドを形成し、別の配列（例えば、野生型配列）とは安定したハイブリッドを形成しない。うまくいくプローブハイブリダイゼーションに関して、プローブは、標的配列と少なくとも部分的相補性を有することが必要である。一般に、プローブの中央部分に近い相補性は、プローブの末端の相補性よりもより重要である（Ｉｎｎｉｓら、「ＰＣＲプロトコール」、（１９９０）、ＡｃａｄｅｍｉｃＰｒｅｓｓ社、第３２章２６２−２６７頁）。これは、プローブの末端の変動、すなわち、数個のヌクレオチドの付加、置換又は除去は、ハイブリダイゼーションにおけるプローブの性能に影響を及ぼさないことを意味する。本発明は、変異２２５７−２２７７＞ＧＣＣ（又は変異２２５７−２２６２ｄｅｌ及び２２６６−２２７７ｄｅｌのいずれか）を含む、ヒトＥＧＦＲ遺伝子のエキソン１９の部分に選択的にハイブリダイズすることが可能であるが、位置２２５７−２２７７（又は位置２２５７−２２６２、又は位置２２６６−２２７７）に野生型配列を有する同じ標的にはハイブリダイズしない、検出プローブを包含している。この実施態様の更なる変形において、プローブは、タンパク質−核酸（ＰＮＡ）、ロックド核酸（ＬＮＡ）、分子ビーコンプローブ（Ｔｙａｇｉら、（１９９６）、Ｎａｔ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．３：３０３−３０８）又はＳＣＯＲＰＩＯＮＳ（登録商標）自己−プロービングプライマー（Ｗｈｉｔｃｏｍｂｅら、（１９９９）、Ｎａｔ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．８：８０４−８０７）を含む、特定の構造を有する。プローブは、放射性標識、蛍光標識又は発色団標識により標識されてよい。例えば、変異は、プローブの増幅産物へのハイブリダイゼーションが、プローブの酵素的消化及び消化産物の検出を生じる、リアルタイムアレル−特異的ポリメラーゼ連鎖反応により検出され得る（ＴａｑＭａｎ（登録商標）プローブ、Ｈｏｌｌａｎｄら、（１９９１）、Ｐ．Ｎ．Ａ．Ｓ．ＵＳＡ８８：７２７６−７２８０）。プローブと標的の間のハイブリダイゼーションは同じく、核酸二本鎖形成に起因した、蛍光の変化により（米国特許出願公開第２０１０／０１４３９０１号）、又はプローブと標的の間のハイブリッドの特徴的融解温度の検出により（米国特許第５，８７１，９０８号）、検出されてもよい。

変異体ＥＧＦＲ遺伝子又は遺伝子産物は、腫瘍由来の細胞又は細胞非含有の核酸が存在することがわかっている腫瘍又は他の生体試料、例えば尿、痰又は血液血漿などの中で、検出することができる。

ＥＧＦＲの活性化変異は、選択されない西洋人患者の１０〜１５％において、及び非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）のアジア系患者の３０〜４０％において、報告されている。ＮＳＣＬＣにおいて認められるＥＧＦＲ変異の中で、その大半は、細胞内チロシンキナーゼドメインの最初の４つのエキソンにおいて生じる。具体的には、様々なエキソン１９のインフレーム欠失は、全ての活性化変異の〜４５％を占める（Ｃｏｏｐｅｒら、（２０１４）、「肺癌の分子生物学（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒｂｉｏｌｏｇｙｏｆｌｕｎｇｃａｎｃｅｒ）」、ＪＴｈｏｒａｃＤｉｓ２０１３；５（Ｓ５）：Ｓ４７９−Ｓ４９０）。従って非喫煙者におけるＥＧＦＲ変異−陽性の肺腺癌及び肺癌は、現在、分子病態を考慮して個別の生物学的腫瘍サブセットと考えられる（Ｔｈｕら、（２０１２）。「非喫煙者及び喫煙者の肺腺癌は、遺伝子変化の異なる領域を抱え、且つ異なるレベルのゲノム不安定性を示す（Ｌｕｎｇａｄｅｎｏｃａｒｃｉｎｏｍａｏｆｎｅｖｅｒｓｍｏｋｅｒｓａｎｄｓｍｏｋｅｒｓｈａｒｂｏｒｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｌｒｅｇｉｏｎｓｏｆｇｅｎｅｔｉｃａｌｔｅｒａｔｉｏｎａｎｄｅｘｈｉｂｉｔｄｉｆｆｅｒｅｎｔｌｅｖｅｌｓｏｆｇｅｎｏｍｉｃｉｎｓｔａｂｉｌｉｔｙ）」、ＰＬｏＳＯｎｅ７（３）：ｅ３３００３参照）。この腫瘍サブセットは、チロシンキナーゼ阻害剤（ＴＫＩ）に対するその独自の反応性により特徴付けられる（Ｋｏｅｈｌｅｒら、（２０１３）、「ＥＧＦＲ変異−陽性肺腺癌の第一選択肢療法におけるアファチニブ、エルロチニブ及びゲフィチニブ：総説（Ａｆａｔｉｎｉｂ，ｅｒｌｏｔｉｎｉｂａｎｄｇｅｆｉｔｉｎｉｂｉｎｔｈｅｆｉｒｓｔ−ｌｉｎｅｔｈｅｒａｐｙｏｆＥＧＦＲｍｕｔａｔｉｏｎ−ｐｏｓｉｔｉｖｅｌｕｎｇａｄｅｎｏｃａｒｃｉｎｏｍａ：ａｒｅｖｉｅｗ）」、Ｏｎｋｏｌｏｇｉｅ２０１３；３６（９）：５１０−８．参照）。

一実施態様において、本発明は、チロシンキナーゼ阻害剤（ＴＫＩ）又はＥＧＦＲ阻害剤に対する、患者における悪性腫瘍の反応の尤度を決定する方法である。この方法は、ＥＧＦＲのエキソン１９における変異２２５７−２２７７＞ＧＣＣ（又は、変異２２５７−２２６２ｄｅｌ及び２２６６−２２７７ｄｅｌのいずれか）の存在について患者の試料を試験すること；並びに、もし変異が認められたならば、治療が成功する見込みがあることを決定することを含む。この実施態様の変法において、チロシンキナーゼ阻害剤は、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤又はＥＧＦＲ阻害剤であり、例えば、セツキシマブ、パニツムマブ、エルロチニブ又はゲフィチニブである。

一実施態様において、本発明は、上皮細胞増殖因子受容体（ＥＧＦＲ）遺伝子に変異を伴う細胞を抱える可能性のある腫瘍を有する患者を、同定する方法であり、患者の試料を試験すること、或いは患者の試料が、配列番号１における変異２２５７−２２７７＞ＧＣＣ、又は変異２２５７−２２６２ｄｅｌ、又は変異２２６６−２２７７ｄｅｌにより特徴付けられる変異されたＥＧＦＲ遺伝子の存在について試験されることを推奨することを含み；これにより、該患者の試料中の変異の存在は、該患者のＥＧＦＲ阻害剤化合物に対する感受性を示しているか又は示すと予想される。この実施態様の変法において、ＥＧＦＲ阻害剤は、例えば、セツキシマブ、パニツムマブ、エルロチニブ又はゲフィチニブである。

これらの実施態様の変法において、各方法は、以下の変異の更に１種について、患者の試料を試験すること：Ｇ７１９Ａ、Ｇ７１９Ｃ、Ｋ７４５−Ａ７５０ｄｅｌＫｉｎｓ、Ｅ７４６Ｖ、Ｅ７４６Ｋ、Ｌ７４７Ｓ、Ｅ７４９Ｑ、Ａ７５０Ｐ、Ａ７５５Ｖ、Ｓ７６８Ｉ、Ｌ８５８Ｐ、Ｌ８５８Ｒ、Ｅ７４６−Ｒ７４８ｄｅｌ、Ｅ７４６−Ｓ７５２ｄｅｌＶｉｎｓ、Ｌ７４７−Ｅ７４９ｄｅｌ、Ｌ７４７−Ａ７５０ｄｅｌＰｉｎｓ、Ｌ７４７−Ｔ７５１ｄｅｌ、Ｌ７４７−Ｔ７５１ｄｅｌＰｉｎｓ、Ｌ７４７−Ｐ７５３ｄｅｌＳｉｎｓ、Ｌ７４７−Ｓ７５２ｄｅｌ、Ｒ７４８−Ｐ７５３ｄｅｌ、Ｔ７５１−Ｉ７５９ｄｅｌＴｉｎｓ、Ｓ７５２−Ｉ７５９ｄｅｌ、Ｐ７５３−Ｋ７５７ｄｅｌ、Ｍ７６６−Ａ７６７ｄｅｌＡＩｉｎｓ、Ｓ７６８−Ｖ７６９ｄｅｌＳＶＡｉｎｓ、Ｇ７７９Ｓ、Ｐ８４８Ｌ、Ｇ８５７Ｖ、Ｌ８５８Ｒ、Ｌ８６１Ｑ、Ｌ８８３Ｓ、Ｄ８９６Ｙ、２２３６＿２２４８＞ＡＣＣＣ、２２３７＿２２４４＞ＣＧＣＣＣ、２２５２＿２２７７＞ＡＣ、２２４０−２２６４＞ＣＧＡＡＡＧＡ、２２３９＿２２４０ＴＴ＞ＣＣ、２２６４Ｃ＞Ａ及びＥ７４６−Ａ７５０ｄｅｌＡＰｉｎｓ；並びに、もし変異の１又は複数が存在するならば、チロシンキナーゼ阻害剤による治療がおそらくうまくいくと決定することを更に含む。

一実施態様において、本発明は、ＥＧＦＲ遺伝子を伴う細胞を抱える可能性のある腫瘍を有する患者へ有効量のＥＧＦＲ阻害剤化合物を投与することにより、該患者を治療する際に使用するためのＥＧＦＲ阻害剤化合物であり、ここで、患者のＥＧＦＲ遺伝子は、ＥＧＦＲ標的化された治療が患者において有効であることを示す、少なくとも１つの核酸変動を含むＥＧＦＲ遺伝子の形を含むと決定され、ここで核酸変動は、エキソン１９における変異２２５７−２２７７＞ＧＣＣ（又は変異２２５７−２２６２ｄｅｌ及び２２６６−２２７７ｄｅｌのいずれか）であり、この使用は、患者の試料を、前述の変異について試験すること；並びに、もし変異が検出されたならば、患者へ、チロシンキナーゼ阻害剤（ＴＫＩ）又はＥＧＦＲ阻害剤又はＥＧＦＧＲＴＫＩ阻害剤を投与すること：を含む。この実施態様の変法において、チロシンキナーゼ阻害剤は、例えば、エルロチニブもしくはゲフィチニブなどのＥＧＦＲキナーゼ阻害剤、又は例えば、セツキシマブもしくはパニツムマブなどのＥＧＦＲ阻害剤である。

この実施態様の別の変形において、本方法は、患者の試料を、以下の変異の更に１種について試験すること：Ｇ７１９Ａ、Ｇ７１９Ｃ、Ｋ７４５−Ａ７５０ｄｅｌＫｉｎｓ、Ｅ７４６Ｖ、Ｅ７４６Ｋ、Ｌ７４７Ｓ、Ｅ７４９Ｑ、Ａ７５０Ｐ、Ａ７５５Ｖ、Ｓ７６８Ｉ、Ｌ８５８Ｐ、Ｌ８５８Ｒ、Ｅ７４６−Ｒ７４８ｄｅｌ、Ｅ７４６−Ｓ７５２ｄｅｌＶｉｎｓ、Ｌ７４７−Ｅ７４９ｄｅｌ、Ｌ７４７−Ａ７５０ｄｅｌＰｉｎｓ、Ｌ７４７−Ｔ７５１ｄｅｌ、Ｌ７４７−Ｔ７５１ｄｅｌＰｉｎｓ、Ｌ７４７−Ｐ７５３ｄｅｌＳｉｎｓ、Ｌ７４７−Ｓ７５２ｄｅｌ、Ｒ７４８−Ｐ７５３ｄｅｌ、Ｔ７５１−Ｉ７５９ｄｅｌＴｉｎｓ、Ｓ７５２−Ｉ７５９ｄｅｌ、Ｐ７５３−Ｋ７５７ｄｅｌ、Ｍ７６６−Ａ７６７ｄｅｌＡＩｉｎｓ、Ｓ７６８−Ｖ７６９ｄｅｌＳＶＡｉｎｓ、Ｇ７７９Ｓ、Ｐ８４８Ｌ、Ｇ８５７Ｖ、Ｌ８５８Ｒ、Ｌ８６１Ｑ、Ｌ８８３Ｓ、Ｄ８９６Ｙ、２２３６＿２２４８＞ＡＣＣＣ、２２３７＿２２４４＞ＣＧＣＣＣ、２２５２＿２２７７＞ＡＣ、２２４０−２２６４＞ＣＧＡＡＡＧＡ、２２３９＿２２４０ＴＴ＞ＣＣ、２２６４Ｃ＞Ａ及びＥ７４６−Ａ７５０ｄｅｌＡＰｉｎｓ；並びに、もし変異の１又は複数が存在するならば、変異された遺伝子によりコードされた変異体ＥＧＦＲタンパク質のシグナル伝達を阻害する化合物を患者へ投与することを更に含む。先に列記された変異を引き起こすヌクレオチド変化及びそれらの検出方法は、米国特許第７，２９４，４６８号及び第７，９６０，１１８号（変異Ｅ７４６−Ａ７５０ｄｅｌＡＰｉｎｓ）並びに米国特許出願公開第ＵＳ２０１３／０１２１９９６号（変異２２３６＿２２４８＞ＡＣＣＣ、２２３７＿２２４４＞ＣＧＣＣＣ、２２５２＿２２７７＞ＡＣ、２２４０−２２６４＞ＣＧＡＡＡＧＡ、２２３９＿２２４０ＴＴ＞ＣＣ及び２２６４ＯＡ）に開示されている。複数の変異は、例えば、ドットブロット又は核酸アレイフォーマットにおける複数のプローブへのハイブリダイゼーション、例えば、マルチプレックスアレル−特異的ＰＣＲ及びマルチプレックスＰＣＲ、それに続く変異−特異的融解温度により特徴付けられる各プローブによるプローブ融解アッセイなどのマルチプレックスＰＣＲを使用することにより、同時に又は個別に検出されることができる。

単独又は複数の変異はまた、核酸シークエンシングにより検出することもできる。多くのシークエンシング技術のいずれかを、利用することができる。シークエンシングは、例えばサンガー法、又は自動化されたサンガー法などにより実行することができる。他の技術は、ＨｅｌｉｃｏｓＢｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ社（ケンブリッジ、マサチューセッツ州）からのＴｒｕｅＳｉｎｇｌｅＭｏｌｅｃｕｌａｒＳｅｑｕｅｎｃｉｎｇ（ｔＳＭＳ）技術のような、単分子シークエンシング技術を含む（Ｈａｒｒｉｓら、Ｓｃｉｅｎｃｅ３２０：１０６−１０９（２００８）参照）。別の例は、４５４ＬｉｆｅＳｃｉｅｎｃｅｓ社（ブラッドフォード、コネチカット州）からの４５４シークエンシングである（Ｍａｒｇｕｌｉｅｓら、Ｎａｔｕｒｅ４３７：３７６−３８０（２００５）参照）。更に別の例は、ＳＯＬｉＤ（商標）技術（ＡｐｐｌｉｅｄＢｉｏｓｙｓｔｅｍｓ社、フォスターシティ、カリフォルニア州）である。更に別の例は、ＰａｃｉｆｉｃＢｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ社（ノバト、カリフォルニア州）の単分子リアルタイム（ＳＭＲＴ（商標））シークエンシング技術である。更に別の例は、ナノポアシークエンシングである（Ｓｏｎｉら、ＣｌｉｎＣｈｅｍ、５３：１９９６−２００１（２００７）参照）。

好適なシークエンシング技術の他の例は、化学的感受性電界効果トランジスタ（ｃｈｅｍＦＥＴ）アレイである（米国特許出願公開第２００９／００２６０８２号参照）。更に別の例は、ＩｎｄｉｖｉｄｕａｌＭｏｌｅｃｕｌａｒＰｌａｃｅｍｅｎｔＲａｐｉｄＮａｎｏＴｒａｎｓｆｅｒ（ＩＭＰＲＮＴ）と称される、透過型電子顕微鏡（ＴＥＭ）法である（ＰＣＴ特許公報ＷＯ２００９／０４６４４５参照）。更に別の例は、Ｌｉｆｅｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ社（フォスターシティ、カリフォルニア州）からの、ＩｏｎＴｏｒｒｅｎｔ（商標）単分子シークエンシングである。更に別の例は、シークエンシング−バイ−シンセーシス（ＳＢＳ）及び可逆化ターミネーター−ベースのシークエンシング化学による、数百万個のＤＮＡ断片の大規模並行シークエンシングである（Ｂｅｎｔｌｅｙら、Ｎａｔｕｒｅ、６：５３−５９（２００９）参照）。

一部のシークエンシング技術及びプラットフォームは、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ社（サニーベール、カリフォルニア州）からのシークエンシング−バイ−ハイブリダイゼーション（ＳＢＨ）プラットフォーム、並びに４５４ＬｉｆｅＳｃｉｅｎｃｅｓ社（ブラッドフォード、コネチカット州）、Ｉｌｌｕｍｉｎａ社（サンディエゴ、カリフォルニア州）及びＨｅｌｉｃｏｓＢｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ社（ケンブリッジ、マサチューセッツ州）からのシークエンシング−バイ−シンセーシス（ＳＢＳ）プラットフォームのように、商業的に利用可能である。他の利用可能な方法は、ＡｐｐｌｉｅｄＢｉｏｓｙｓｔｅｍｓ社（フォスターシティ、カリフォルニア州）からのプラットフォーム上のシークエンシング−バイ−ライゲーション（ＳＢＬ）を含む。他の好適なシークエンシング技術は、ＰａｃｉｆｉｃＢｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ社（ノバト、カリフォルニア州）のＳＭＲＴ（商標）技術、及び例えば、ＯｘｆｏｒｄＮａｎｏｐｏｒｅＴｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ社（オックスフォード、英国）により開発されたナノポアシークエンシング技術を含むが、これらに限定されるものではない。

更に別の実施態様において、本発明は、腫瘍を有する患者を治療する方法であって、ＥＧＦＲ遺伝子のエキソン１９における変異２２５７−２２７７＞ＧＣＣ（又は変異２２５７−２２６２ｄｅｌ及び２２６６−２２７７ｄｅｌのいずれか）について、患者の試料を試験すること（又は患者の試料が試験されることを推奨すること）；並びに、もし変異が存在するならば、例えば、抗体又はチロシンキナーゼ阻害剤（ＴＫＩ）を含む、ＥＧＦＲ阻害剤を、患者へ投与すること：を含む方法である。この実施態様の変法において、ＥＧＦＲ阻害剤は、例えば、セツキシマブ又はパニツムマブであり；並びに、チロシンキナーゼ阻害剤は、エルロチニブ又はゲフィチニブである。

更なるこの実施態様の変形において、本方法は、以下の変異の更に１種について、患者の試料を試験すること（又は患者の試料が試験されることを推奨すること）：Ｇ７１９Ａ、Ｇ７１９Ｃ、Ｋ７４５−Ａ７５０ｄｅｌＫｉｎｓ、Ｅ７４６Ｖ、Ｅ７４６Ｋ、Ｌ７４７Ｓ、Ｅ７４９Ｑ、Ａ７５０Ｐ、Ａ７５５Ｖ、Ｓ７６８Ｉ、Ｌ８５８Ｐ、Ｌ８５８Ｒ、Ｅ７４６−Ｒ７４８ｄｅｌ、Ｅ７４６−Ｓ７５２ｄｅｌＶｉｎｓ、Ｌ７４７−Ｅ７４９ｄｅｌ、Ｌ７４７−Ａ７５０ｄｅｌＰｉｎｓ、Ｌ７４７−Ｔ７５１ｄｅｌ、Ｌ７４７−Ｔ７５１ｄｅｌＰｉｎｓ、Ｌ７４７−Ｐ７５３ｄｅｌＳｉｎｓ、Ｌ７４７−Ｓ７５２ｄｅｌ、Ｒ７４８−Ｐ７５３ｄｅｌ、Ｔ７５１−Ｉ７５９ｄｅｌＴｉｎｓ、Ｓ７５２−Ｉ７５９ｄｅｌ、Ｐ７５３−Ｋ７５７ｄｅｌ、Ｍ７６６−Ａ７６７ｄｅｌＡＩｉｎｓ、Ｓ７６８−Ｖ７６９ｄｅｌＳＶＡｉｎｓ、Ｇ７７９Ｓ、Ｐ８４８Ｌ、Ｇ８５７Ｖ、Ｌ８５８Ｒ、Ｌ８６１Ｑ、Ｌ８８３Ｓ、Ｄ８９６Ｙ、２２３６＿２２４８＞ＡＣＣＣ、２２３７＿２２４４＞ＣＧＣＣＣ、２２５２＿２２７７＞ＡＣ、２２４０−２２６４＞ＣＧＡＡＡＧＡ、２２３９＿２２４０ＴＴ＞ＣＣ、２２６４Ｃ＞Ａ及びＥ７４６−Ａ７５０ｄｅｌＡＰｉｎｓ；並びに、もし１又は複数の変異が存在するならば、例えば、抗体又はチロシンキナーゼ阻害剤（ＴＫＩ）を含む、ＥＧＦＲ阻害剤を、患者へ投与することを更に含む。

実施例１
肺癌患者試料における変異の同定
組織試料を、肺癌（ＮＳＣＬＣ）患者から入手した。これらの生検試料を、ホルマリン固定しパラフィン包埋した組織（ＦＦＰＥＴ）として保存した。核酸を、試料から単離し、ＩｌｌｕｍｉｎａＭＩＳＥＱ（商標）ゲノムシークエンサー（Ｉｌｌｕｍｉｎａ社、サンディエゴ、カリフォルニア州）上での直接シークエンシングに供した。

２２５７−２２７７＞ＧＣＣ変異（２２５７−２２６２ｄｅｌ及び２２６６−２２７７ｄｅｌの組合せとして）を、試料Ｅ１０において検出した。この変異は、１７５７０種の配列測定の中の９２３４種から検出した（５２．５６％）。この配列測定の不均一性は、腫瘍の遺伝子の不均一性、並びに生検試料中の非−腫瘍細胞の存在が原因であると考えられる。

Claims

上皮細胞増殖因子受容体（ＥＧＦＲ）遺伝子に変異を伴う細胞を抱える可能性のある腫瘍を有する患者を同定する方法であって、配列番号１における変異２２５７−２２７７＞ＧＣＣ、又は変異２２５７−２２６２ｄｅｌ、又は変異２２６６−２２７７ｄｅｌにより特徴付けられる、変異されたＥＧＦＲ遺伝子の存在について患者の試料を試験することを含み；これにより、該患者の試料中の変異の存在は、該患者が、ＥＧＦＲ阻害剤化合物に対し感受性があることを示す、方法。
前記ＥＧＦＲ阻害剤化合物が、セツキシマブ、パニツムマブ、エルロチニブ又はゲフィチニブである、請求項１記載の方法。
変異Ｇ７１９Ａ、Ｇ７１９Ｃ、Ｋ７４５−Ａ７５０ｄｅｌＫｉｎｓ、Ｅ７４６Ｖ、Ｅ７４６Ｋ、Ｌ７４７Ｓ、Ｅ７４９Ｑ、Ａ７５０Ｐ、Ａ７５５Ｖ、Ｓ７６８Ｉ、Ｌ８５８Ｐ、Ｌ８５８Ｒ、Ｅ７４６−Ｒ７４８ｄｅｌ、Ｅ７４６−Ｓ７５２ｄｅｌＶｉｎｓ、Ｌ７４７− Ｅ７４９ｄｅｌ、Ｌ７４７−Ａ７５０ｄｅｌＰｉｎｓ、Ｌ７４７−Ｔ７５１ｄｅｌ、Ｌ７４７−Ｔ７５１ｄｅｌＰｉｎｓ、Ｌ７４７−Ｐ７５３ｄｅｌＳｉｎｓ、Ｌ７４７−Ｓ７５２ｄｅｌ、Ｒ７４８−Ｐ７５３ｄｅｌ、Ｔ７５１−Ｉ７５９ｄｅｌＴｉｎｓ、Ｓ７５２−Ｉ７５９ｄｅｌ、Ｐ７５３− Ｋ７５７ｄｅｌ、Ｍ７６６−Ａ７６７ｄｅｌＡＩｉｎｓ、Ｓ７６８−Ｖ７６９ｄｅｌＳＶＡｉｎｓ、Ｇ７７９Ｓ、Ｐ８４８Ｌ、Ｇ８５７Ｖ、Ｌ８５８Ｒ、Ｌ８６１Ｑ、Ｌ８８３Ｓ、Ｄ８９６Ｙ、２２３６＿２２４８＞ＡＣＣＣ、２２３７＿２２４４＞ＣＧＣＣＣ、２２５２＿２２７７＞ＡＣ、２２４０−２２６４＞ＣＧＡＡＡＧＡ、２２３９＿２２４０ＴＴ＞ＣＣ、２２６４Ｃ＞Ａ及びＥ７４６−Ａ７５０ｄｅｌＡＰｉｎｓの１又は複数により特徴付けられる、変異されたＥＧＦＲ遺伝子の存在について、患者の試料を試験すること；並びに、
もし１又は複数の変異が存在するならば、チロシンキナーゼ阻害剤による治療が成功する見込みがあることを決定すること、
を更に含む、請求項１又は２記載の方法。
チロシンキナーゼ阻害剤療法に対する癌患者の反応の尤度を決定する方法であって、
（ａ）患者の試料中の、ＥＧＦＲ遺伝子の変異２２５７−２２７７＞ＧＣＣ、又は変異２２５７−２２６２ｄｅｌ、又は変異２２６６−２２７７ｄｅｌに関して、患者の試料を試験すること、並びに、もし変異が存在するならば、
（ｂ）患者が、チロシンキナーゼ阻害剤療法に対し反応する見込みがあることを決定すること、
を含む、方法。
前記チロシンキナーゼ阻害剤療法が、セツキシマブ、パニツムマブ、エルロチニブ又はゲフィチニブを含む、請求項４記載の方法。
（ａ）ＥＧＦＲ遺伝子の変異Ｇ７１９Ａ、Ｇ７１９Ｃ、Ｋ７４５−Ａ７５０ｄｅｌＫｉｎｓ、Ｅ７４６Ｖ、Ｅ７４６Ｋ、Ｌ７４７Ｓ、Ｅ７４９Ｑ、Ａ７５０Ｐ、Ａ７５５Ｖ、Ｓ７６８Ｉ、Ｌ８５８Ｐ、Ｌ８５８Ｒ、Ｅ７４６−Ｒ７４８ｄｅｌ、Ｅ７４６−Ｓ７５２ｄｅｌＶｉｎｓ、Ｌ７４７−Ｅ７４９ｄｅｌ、Ｌ７４７−Ａ７５０ｄｅｌＰｉｎｓ、Ｌ７４７−Ｔ７５１ｄｅｌ、Ｌ７４７−Ｔ７５１ｄｅｌＰｉｎｓ、Ｌ７４７−Ｐ７５３ｄｅｌＳｉｎｓ、Ｌ７４７−Ｓ７５２ｄｅｌ、Ｒ７４８−Ｐ７５３ｄｅｌ、Ｔ７５１−Ｉ７５９ｄｅｌＴｉｎｓ、Ｓ７５２−Ｉ７５９ｄｅｌ、Ｐ７５３−Ｋ７５７ｄｅｌ、Ｍ７６６−Ａ７６７ｄｅｌＡＩｉｎｓ、Ｓ７６８−Ｖ７６９ｄｅｌＳＶＡｉｎｓ、Ｇ７７９Ｓ、Ｐ８４８Ｌ、Ｇ８５７Ｖ、Ｌ８５８Ｒ、Ｌ８６１Ｑ、Ｌ８８３Ｓ、Ｄ８９６Ｙ、２２３６＿２２４８＞ＡＣＣＣ、２２３７＿２２４４＞ＣＧＣＣＣ、２２５２＿２２７７＞ＡＣ、２２４０−２２６４＞ＣＧＡＡＡＧＡ、２２３９＿２２４０ＴＴ＞ＣＣ、２２６４Ｃ＞Ａ及びＥ７４６−Ａ７５０ｄｅｌＡＰｉｎｓの１又は複数について、患者の試料を更に試験する工程；並びに
（ｂ）もし変異のいずれかが存在すると報告されたならば、患者は、チロシンキナーゼ阻害剤療法に対し反応する見込みがあるであろうと決定する工程、
を更に含む、請求項４又は５記載の方法。
前記１又は複数の変異が、アレル特異的検出法によるか又はＤＮＡシークエンシングにより検出される、請求項１〜６のいずれか一項記載の方法。
上皮細胞増殖因子受容体（ＥＧＦＲ）遺伝子に変異を伴う細胞を収容している可能性のある腫瘍を有する患者に、ＥＧＦＲ阻害剤化合物の有効量を投与することにより、該患者の癌を治療するのに使用するためのＥＧＦＲ阻害剤化合物であって、ここで患者のＥＧＦＲ遺伝子は、少なくとも１個の核酸変動を含むＥＧＦＲ遺伝子の形を含むと決定されており、これはＥＧＦＲ標的化された治療は、患者において有効であることを示し、ここで核酸変動は、配列番号１における変異２２５７−２２７７＞ＧＣＣ又は変異２２５７−２２６２ｄｅｌ、又は変異２２６６−２２７７ｄｅｌから選択される、ＥＧＦＲ阻害剤化合物。
前記化合物が、セツキシマブ、パニツムマブ、エルロチニブ又はゲフィチニブである、請求項８記載の使用のためのＥＧＦＲ阻害剤。
患者の試料が、変異Ｇ７１９Ａ、Ｇ７１９Ｃ、Ｋ７４５−Ａ７５０ｄｅｌＫｉｎｓ、Ｅ７４６Ｖ、Ｅ７４６Ｋ、Ｌ７４７Ｓ、Ｅ７４９Ｑ、Ａ７５０Ｐ、Ａ７５５Ｖ、Ｓ７６８Ｉ、Ｌ８５８Ｐ、Ｌ８５８Ｒ、Ｅ７４６−Ｒ７４８ｄｅｌ、Ｅ７４６−Ｓ７５２ｄｅｌＶｉｎｓ、Ｌ７４７−Ｅ７４９ｄｅｌ、Ｌ７４７−Ａ７５０ｄｅｌＰｉｎｓ、Ｌ７４７−Ｔ７５１ｄｅｌ、Ｌ７４７−Ｔ７５１ｄｅｌＰｉｎｓ、Ｌ７４７−Ｐ７５３ｄｅｌＳｉｎｓ、Ｌ７４７−Ｓ７５２ｄｅｌ、Ｒ７４８−Ｐ７５３ｄｅｌ、Ｔ７５１−Ｉ７５９ｄｅｌＴｉｎｓ、Ｓ７５２−Ｉ７５９ｄｅｌ、Ｐ７５３−Ｋ７５７ｄｅｌ、Ｍ７６６−Ａ７６７ｄｅｌＡＩｉｎｓ、Ｓ７６８−Ｖ７６９ｄｅｌＳＶＡｉｎｓ、Ｇ７７９Ｓ、Ｐ８４８Ｌ、Ｇ８５７Ｖ、Ｌ８５８Ｒ、Ｌ８６１Ｑ、Ｌ８８３Ｓ、Ｄ８９６Ｙ、２２３６＿２２４８＞ＡＣＣＣ、２２３７＿２２４４＞ＣＧＣＣＣ、２２５２＿２２７７＞ＡＣ、２２４０−２２６４＞ＣＧＡＡＡＧＡ、２２３９＿２２４０ＴＴ＞ＣＣ、２２６４Ｃ＞Ａ及びＥ７４６−Ａ７５０ｄｅｌＡＰｉｎｓの１又は複数により特徴付けられる、変異されたＥＧＦＲ遺伝子の存在について試験されることを推奨すること；並びに、
もしいずれかの変異が検出されたならば、チロシンキナーゼ阻害剤化合物を患者へ投与すること、
を更に含む、請求項８又は９記載の使用のためのＥＧＦＲ阻害剤。
前記１又は複数の変異が、アレル特異的検出法によるか又はＤＮＡシークエンシングにより検出される、請求項８〜１０のいずれかに記載の使用のためのＥＧＦＲ阻害剤。
変異−特異的オリゴヌクレオチドにより、ヒトＥＧＦＲ遺伝子の変異２２５７−２２７７＞ＧＣＣ、又は変異２２５７−２２６２ｄｅｌ、又は変異２２６６−２２７７ｄｅｌを検出する方法。
前記オリゴヌクレオチドが、増幅プライマー又は検出プローブである、請求項１２記載の方法。
前記１又は複数の変異が、アレル特異的検出法によるか又はＤＮＡシークエンシングにより検出される、請求項１２記載の方法。