JP2016532126A - 検出可能なアレイ、診断のためのシステム、ならびにそれを作製及び使用する方法 - Google Patents
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Abstract
Description
本出願は、35U.S.C.§119(e)の下に、2013年9月24日に出願された米国仮出願第61/881,754号の利益を主張し、これは、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
本明細書に別途定義されない限り、本明細書において使用されるすべての用語は、本発明の時点で当業者により理解されるであろう当該技術分野における通常の意味が与えられる。本明細書全体を通じて、「1つの(a)」、「1つの(an)」、及び「その(the)」等の単数形が便宜上たびたび使用されるが、しかしながら、単数形は、明示的にか、または文脈によってのいずれかで具体的に単数形に限定されない限り、複数形を含むことが意図されることを理解されたい。
Claims (47)
- 検出可能なアレイであって、
1つ以上の検体に結合するための複数の表面を有する基質を備え、各表面が、独立して、
前記基質の前記表面に1つ以上の巨大分子を固定するための、前記表面上の1つ以上の基質コーティングと、
前記1つ以上の基質コーティングの少なくとも一部分に固着される1つ以上の巨大分子であって、あるパターンで前記基質コーティング上に配設され、複数の検体に結合するための複数の非偏向性結合部位を含む、前記1つ以上の巨大分子と、を含み、
前記複数の表面のそれぞれの前記1つ以上の基質コーティング上の前記1つ以上の巨大分子の同一性、パターン、または同一性及びパターンの両方が、前記複数の表面の任意の他のものの任意の他の基質コーティング上の前記1つ以上の巨大分子の同一性、パターン、または同一性及びパターンの両方と同一でなく、
前記複数の表面のそれぞれに結合する1つ以上の検体の存在または不在が、複数の検出方法によって検出可能である、前記検出可能なアレイ。 - 前記1つ以上の基質コーティングが、少なくとも1つのシランまたは少なくとも1つのシロキサンを含む、請求項1に記載の前記検出可能なアレイ。
- 前記1つ以上の基質コーティングが、1つ以上のアクリロシロキサンを含む、請求項1または2のいずれかに記載の前記検出可能なアレイ。
- 前記1つ以上の基質コーティングが、3−メタクリルオキシプロピルトリメトキシシラン、3−アクリルオキシプロピルトリメトキシシラン、N−(3−アクリルオキシ−2−ヒドロキシプロピル−3−アミノプロピルトリエトキシシラン、及び3−メタクリルオキシプロピルジメチルクロロシランのうちの1つ以上を含む、請求項1〜3のいずれかに記載の前記検出可能なアレイ。
- 前記1つ以上の巨大分子が、ポリマー、界面活性剤、ナノスフェア、ナノチューブ、デンドリマー、ミクロスフェア、及び重合ミクロスフェアのうちの1つ以上を含む、請求項1〜4のいずれかに記載の前記検出可能なアレイ。
- 前記1つ以上の巨大分子が、(メタ)アクリルアミド、(メタ)アクリレート、グリセロール、及びN,N’(アルキレン)ビスアクリルアミドのうちの1つ以上を含む、請求項1〜5のいずれかに記載の前記検出可能なアレイ。
- 前記1つ以上の巨大分子が、少なくとも1つの共重合体を含む、請求項1〜6のいずれかに記載の前記検出可能なアレイ。
- 前記1つ以上の巨大分子が、2−カルボキシエチルアクリレート、アクリル酸、アクリルアミド、ヒスタミンアクリレート(histamine acrylate)、N−[トリス(ヒドロキシメチル)メチル]アクリルアミド、ヒドロキシプロピルアクリレート、4−ヒドロキシブチルアクリレート、N−ヒドロキシエチルアクリルアミド、N,N,−ジメチルアクリルアミド、N−(1,1−ジメチル(diemthyl)−3−オキソブチル)アクリルアミド、N−イソプロピルアクリルアミド、エチレングリコールフェニルエーテルアクリレート、N,N’−メチレンビスアクリルアミド、1,1,1,3,3,3−ヘキサフルオロイソプロピルアクリレート、及びN−tert−オクチルアクリルアミドからなる群から選択される、1つ以上のモノマーを含む、請求項1〜7のいずれかに記載の前記検出可能なアレイ。
- 前記1つ以上の巨大分子が、2−カルボキシエチルアクリレート、アクリル酸、アクリルアミド、ヒスタミンアクリレート、N−[トリス(ヒドロキシメチル)メチル]アクリルアミド、ヒドロキシプロピルアクリレート、4−ヒドロキシブチルアクリレート、N−ヒドロキシエチルアクリルアミド、N,N,−ジメチルアクリルアミド、N−(1,1−ジメチル(diemthyl)−3−オキソブチル)アクリルアミド、N−イソプロピルアクリルアミド、エチレングリコールフェニルエーテルアクリレート、N,N’−メチレンビスアクリルアミド、1,1,1,3,3,3−ヘキサフルオロイソプロピルアクリレート、及びN−tert−オクチルアクリルアミドからなる群から選択される、2つ以上のモノマーを含む、請求項1〜8のいずれかに記載の前記検出可能なアレイ。
- 前記1つ以上の巨大分子が、少なくとも1つの架橋剤を含む、請求項1〜9のいずれかに記載の前記検出可能なアレイ。
- 前記1つ以上の巨大分子が、ビス−アクリルアミド、トリメチロールプロパントリアクリレート、ビスフェノールA−ビス(2−ヒドロキシプロピル)アクリレート、及び1−(アクリロイルオキシ)−3−(メタクリロイルオキシ)−3−メタクリロイルオキシ)−2−プロパノールのうちの少なくとも1つを含む、請求項1〜10のいずれかに記載の前記検出可能なアレイ。
- 前記1つ以上の巨大分子が、複数の化学的に異なる巨大分子を含み、それぞれの化学的に異なる巨大分子が、前記基質の前記複数の表面の異なる表面に固着される、請求項1〜11のいずれかに記載の前記検出可能なアレイ。
- 前記1つ以上の巨大分子が、少なくとも2つの化学的に異なる巨大分子を含み、それぞれの化学的に異なる巨大分子が、前記基質の前記複数の表面の異なる表面に固着される、請求項1〜12のいずれかに記載の前記検出可能なアレイ。
- 前記1つ以上の巨大分子が、少なくとも12個の化学的に異なる巨大分子を含み、それぞれの化学的に異なる巨大分子が、前記基質の前記複数の表面の異なる表面に固着される、請求項1〜13のいずれかに記載の前記検出可能なアレイ。
- 前記1つ以上の巨大分子が、少なくとも72個の化学的に異なる巨大分子を含み、それぞれの化学的に異なる巨大分子が、前記基質の前記複数の表面の異なる表面に固着される、請求項1〜14のいずれかに記載の前記検出可能なアレイ。
- 前記1つ以上の巨大分子が、少なくとも96個の化学的に異なる巨大分子を含み、それぞれの化学的に異なる巨大分子が、前記基質の前記複数の表面の異なる表面に固着される、請求項1〜15のいずれかに記載の前記検出可能なアレイ。
- 前記1つ以上の巨大分子が、少なくとも288個の化学的に異なる巨大分子を含み、それぞれの化学的に異なる巨大分子が、前記基質の前記複数の表面の異なる表面に固着される、請求項1〜16のいずれかに記載の前記検出可能なアレイ。
- 前記複数の検出方法には、メイラード反応、カラメル化、1つ以上のアミン反応性色素との反応、1つ以上のチオール反応性色素との反応、1つ以上の細胞性色素との反応、1つ以上のソルバトクロミック色素との反応、1つ以上の酸性指示薬との反応、1つ以上の塩基性指示薬との反応、1つ以上の標識抗体との反応、発光、表面性状分析、フォトスキャニング、顕微鏡法、反射または透過照明によるフォトスキャニング、反射または透過照明による写真撮影、質量分析法、及び分光法のうちの1つ以上が含まれる、請求項1〜17のいずれかに記載の前記検出可能なアレイ。
- 前記基質が、ガラス、プラスチック、金属、複合材料、アクリル、または生物活性基質のうちの1つ以上を含む、請求項1〜18のいずれかに記載の前記検出可能なアレイ。
- 前記1つ以上の巨大分子に結合する1つ以上の検体をさらに含む、請求項1〜19のいずれかに記載の前記検出可能なアレイ。
- 前記1つ以上の巨大分子に結合する1つ以上の小分子、タンパク質、ペプチド、ヌクレオチド、ヌクレオシド、細菌、ウイルス、真菌細胞、動物細胞、または酵母細胞をさらに含む、請求項1〜20のいずれかに記載の前記検出可能なアレイ。
- 疾患、障害、または状況を診断するためのシステムであって、
第1の検出可能なアレイまたはそれを表すものの1つ以上の画像を受信するための入力要素であって、前記第1の検出可能なアレイまたはそれを表すものは、請求項20〜21のいずれかに記載の検出可能なアレイまたはそれを表すものである、入力要素と、
複数の第2の検出可能なアレイまたはそれを表すものの1つ以上の画像を含むデータベースであって、前記第2の検出可能なアレイまたはそれを表すものは、請求項20〜21のいずれかに記載の検出可能なアレイまたはそれを表すものである、データベースと、
前記第1の検出可能なアレイまたはそれを表すものの前記1つ以上の画像を、前記複数の第2の検出可能なアレイまたはそれを表すものの前記1つ以上の画像と比較するための比較要素と、を備える、前記システム。 - 前記複数の第2の検出可能なアレイまたはそれを表すもののそれぞれが、既知の疾患、障害、または状況状態を有する対象、インビトロ試料、または環境試料と関連付けられる、請求項22に記載の前記システム。
- 前記第1の検出可能なアレイまたはそれを表すものが、未知の疾患、障害、または状況状態を有する対象、インビトロ試料、または環境試料と関連付けられる、請求項22〜23のいずれかに記載の前記システム。
- 前記比較要素は、未知の疾患状態を有する対象、インビトロ試料、または環境試料の疾患状態を予測することができる、請求項22〜24のいずれかに記載の前記システム。
- 前記第1の検出可能なアレイまたはそれを表すものの前記1つ以上の画像が、擬似カラー画像である、請求項22〜25のいずれかに記載の前記システム。
- 前記第1の検出可能なアレイまたはそれを表すものの前記1つ以上の画像が、前記基質の前記複数の表面の蛍光、リン光、性状、粗さ、色、紫外線吸収、赤外線吸収、色、または前述のものの1つ以上の欠如のうちの1つ以上を表す、請求項22〜26のいずれかに記載の前記システム。
- 対象、インビトロ試料、または環境試料における疾患、障害、または状況状態を判定する方法であって、
請求項1〜21のいずれかに記載の第1の検出可能なアレイを、前記対象、インビトロ試料、または環境試料と関連付けられた1つ以上の検体と接触させることを含む、前記方法。 - 接触させるステップが、前記第1の検出可能なアレイを、前記対象の1つ以上の生体試料と接触させることを含む、請求項28に記載の前記方法。
- 前記接触させるステップが、前記第1の検出可能なアレイを、前記対象の血液、血清、血漿、尿、糞便、唾液、胆汁、脊髄液、腸液、胃液、涙、溶媒、及び乳、インビトロ試料、または環境試料のうちの少なくとも1つと接触させることを含む、請求項28〜29のいずれかに記載の前記方法。
- 前記接触させるステップが、前記第1の検出可能なアレイを、前記対象の血漿及び尿のうちの1つ以上と接触させることを含む、請求項28〜30のいずれかに記載の前記方法。
- 前記対象、インビトロ試料、または環境試料と関連付けられた前記1つ以上の検体を得ることをさらに含む、請求項28〜31のいずれかに記載の前記方法。
- 前記対象、インビトロ試料、または環境試料と関連付けられた前記1つ以上の検体を検出することをさらに含む、請求項28〜32のいずれかに記載の前記方法。
- 前記検出可能なアレイまたはそれを表す1つ以上のものの1つ以上の画像を作製することをさらに含む、請求項28〜33のいずれかに記載の前記方法。
- 前記検出可能なアレイを加熱すること、前記1つ以上の検体のうちの少なくとも1つのメイラード反応を引き起こすこと、前記1つ以上の検体のうちの少なくとも1つをカラメル化すること、前記1つ以上の検体のうちの少なくともを1つ以上のアミン反応性色素と反応させること、前記1つ以上の検体のうちの少なくとも1つを1つ以上のチオール反応性色素と反応させること、前記1つ以上の検体のうちの少なくともを1つ以上のソルバトクロミック色素と反応させること、前記1つ以上の検体のうちの少なくとも1つを1つ以上の細胞性色素と反応させること、前記1つ以上の検体のうちの少なくとも1つを1つ以上の標識抗体と反応させること、前記1つ以上の検体のうちの少なくともを1つ以上の酸性指示薬と反応させること、前記1つ以上の検体のうちの少なくともを1つ以上の塩基性指示薬と反応させること、前記検出可能なアレイの発光またはその不在を検出すること、表面性状分析、フォトスキャニング、顕微鏡法、反射または透過照明を用いたフォトスキャニング、反射または透過照明を用いた写真撮影、質量分析法、及び分光法のうちの1つ以上をさらに含む、請求項28〜34のいずれかに記載の前記方法。
- 請求項1〜21のいずれかに記載の検出可能なアレイを作製する方法であって、
前記基質の前記複数の表面を、少なくとも1つの基質コーティングで独立してコーティングして、複数の独立してコーティングされた表面を形成することと、
少なくとも1つの巨大分子または1つ以上のその前駆体を、前記独立してコーティングされた表面のそれぞれに、独立して固着させることと、を含む、方法。 - 前記独立してコーティングされる表面のうちの少なくとも1つに、前記1つ以上の前駆体のうちの少なくとも1つを重合させることをさらに含む、請求項36に記載の前記方法。
- 前記1つ以上の前駆体にマイクロ波、紫外線光(ultraviolert light)、可視光、及び熱からなる群から選択される電磁放射線、音、または化学開始剤のうちの1つ以上を適用することによって、前記1つ以上の前駆体のうちの少なくとも1つの重合を開始することをさらに含む、請求項36〜37のいずれかに記載の前記方法。
- 未標識検体を検出する、標識を用いない方法であって、
前記未標識検体を検出可能なアレイと接触させて、前記検体の少なくとも一部分を前記検出可能なアレイに固着させることと、
未標識検体がそこに固着された前記検出可能なアレイを加熱して、前記検体及び前記検出可能なアレイのうちの少なくとも1つの変色をもたらすことと、を含む、前記方法。 - 前記検出可能なアレイには、分析的マイクロアレイ、逆相マイクロアレイ、機能性マイクロアレイ、細胞含有マイクロアレイ、発現マイクロアレイ、及び高スループットアレイからなる群から選択される、少なくとも1つのアレイが含まれる、請求項39に記載の前記方法。
- 前記検出可能なアレイには、抗体アレイ、及びELISAアレイ、ペプチドアレイ、タンパク質アレイ、ヌクレオチドアレイ、ヌクレオシドアレイ、RNAアレイ、DNAアレイ、DNA−タンパク質アレイ、及び小分子アレイからなる群から選択される、少なくとも1つのアレイが含まれる、請求項39〜40のいずれかに記載の前記方法。
- 前記未標識検体は、対象の生体試料、インビトロ試料、環境試料、及び前述のもののうちの1つの少なくとも1つの成分のうちの1つ以上である、請求項39〜41のいずれかに記載の前記方法。
- 前記未標識検体は、血液、血清、血漿、尿、糞便、唾液、胆汁、脊髄液、腸液、胃液、涙、溶媒、及び乳のうちの少なくとも1つの成分である、請求項39〜42のいずれかに記載の前記方法。
- 前記加熱により、非酵素的褐変反応を誘起する、請求項39〜43のいずれかに記載の前記方法。
- 前記非酵素的褐変反応は、メイラード反応及びカラメル化のうちの少なくとも1つである、請求項44に記載の前記方法。
- 加熱は、カラメル化及びメイラード反応のうちの1つ以上を誘起するのに十分な温度で十分な時間加熱することを含む、請求項39〜45のいずれかに記載の前記方法。
- 加熱は、約120℃〜約300℃の温度で、約1分間〜約5分間加熱することを含む、請求項39〜46のいずれかに記載の前記方法。
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