JP2016513969A - Ｅｇｆｒ阻害剤に対する応答の予測 - Google Patents

Abstract

がんがＥＧＦＲ阻害剤に応答するかどうかを予測する方法が提供される。【選択図】図１

Description

本願発明は、一般的に、ＥＧＦＲ阻害剤に対する応答性に関連する遺伝的バリエーションに関する。

セリン／スレオニンキナーゼＬＫＢ１は、家族性がん症候群であるポイツ・ジェガース症候群における遺伝子変異として初めて検出された（Hemminki et al., 1998, Nature, 391: 184-187）。その後、ＬＫＢ１における体細胞変異は、非小細胞性肺がん（ＮＳＣＬＣ）の最大３０％を含む様々な散発性がんにおいて見出された（Sanchez-Cespedes, 2007, Oncogene, 26: 7825-7832）。腫瘍サプレッサーとしてのＴＬＫＢ１の分子機能は未だ知られていない。

同様に、上皮増殖因子受容体（ＥＧＦＲ）における変異は、肺を含む多種のがんに関連している（Pastorino et al., 1993, J. Cell. Biochem. Suppl., 17F: 237-248）。エルロチニブ（Ｔａｒｃｅｖａ（登録商標）、２００４年に認可）、ゲフィチニブ（Ｉｒｅｓｓａ（登録商標）、２００３年）、パニツムマブ（Ｖｅｃｔｉｂｉｘ（登録商標）、２００６年）、及びセツキシマブ（Ｅｒｂｉｔｕｘ（登録商標）、２００４年）を含む、ＥＧＦＲを標的とする多くの医薬品は、様々な型のがんを処置するために、開発され、臨床で成功裏に使用されてきた。しかしながら、これらの処置に対し、頻繁に二次耐性が生じる（Wei et al., 2011, Anticancer Drugs, 22: 963-970; Brugger and Thomas, 2012, Lung Cancer, 77: 2-8）。ＥＧＦＲの活性化変異（ＥＧＦＲ−Ｍｕｔ＋）は、ＥＧＦＲ標的治療に対する応答性を予測するものと考えられるが、十分ではない。更に、ＥＧＦＲ変異がない場合のＥＧＦＲ標的治療に対する応答性が観察されている（Piperdi and Perez-Soler, 2012, Drugs, 72 Suppl. 1: 11-19）。これらの結果は、ＥＧＦＲ標的治療に対する患者の応答性のより良い予測の必要性を示唆している。

ＥＧＦＲ活性化変異及びＬＫＢ１機能喪失変異は、共に、肺及び他の型のがんにおいて頻繁に観察されるものの、相互排他的であること、すなわち、変異が患者群内にランダムに含まれる場合に比較し、一方の変異が存在する場合には、統計学的に、もう一方の変異が発生する見込みが低いことが、様々なグループにより報告されている（Reungwetwattana et al., 2012, Clin. Lung Cancer, 13: 252-266; Chitale et al., 2008, Oncogene,28: 2773-2783; Koivunen et al., 2008, Br. J. Cancer, 455: 245-252; Ding et al., 2008, Nature, 455: 1069-1075）。これは、それらが、同じ分子経路に関与している可能性、及び、一方の又はもう一方の変異がこの経路の制御を解除し、腫瘍進行を促進するのに十分であることを示唆している。

いくつかの実施態様において、がんが、ＥＧＦＲ阻害剤に応答するかどうかを予測するための方法が提供される。いくつかの実施態様において、方法は、がんが、ＬＫＢ１変異を含むかどうかを決定することを含み、ＬＫＢ１変異の存在が、がんがＥＧＦＲ阻害剤に応答することを示す。

いくつかの実施態様において、ＥＧＦＲ阻害剤が有効であると見込まれるがん患者を検出する方法が提供される。いくつかの実施態様において、方法は、患者のがんがＬＫＢ１変異を含むかどうかを決定することを含み、ＬＫＢ１変異の存在が、がん患者にＥＧＦＲ阻害剤が有効であると見込まれることを示す。

いくつかの実施態様において、がん患者のための治療を選択する方法が提供される。いくつかの実施態様において、方法は、（ａ）患者のがんがＬＫＢ１変異を含むかどうかを決定すること、及び（ｂ）患者のがんがＬＫＢ１変異を含む場合、治療のためにＥＧＦＲ阻害剤を選択すること、を含む。

いくつかの実施態様において、哺乳動物においてがんを処置する方法が提供される。いくつかの実施態様において、方法は、（ａ）がんがＬＫＢ１変異を含むかどうかを決定すること、及び（ｂ）がんがＬＫＢ１変異を含む場合、ＥＧＦＲ阻害剤の治療上有効量を哺乳動物に投与すること、を含む。

いくつかの実施態様において、哺乳動物において、ＬＫＢ１変異を含むがんを処置する方法が提供される。いくつかの実施態様において、方法は、がんを有する哺乳動物にＥＧＦＲ阻害剤の治療上有効量を投与することを含む。いくつかの実施態様において、ＥＧＦＲ阻害剤の投与前に、がんがＬＫＢ１変異を含むことが決定される。

ここに記載される何れの実施態様においても、がんは固形腫瘍であってもよい。ここに記載される何れの実施態様においても、がんは、大細胞癌、カルチノイドがん、神経内分泌原発がん、頭頸部扁平上皮癌（ＨＮＳＣＣ）、結腸直腸がん、子宮頸がん、メラノーマ、皮膚がん、平滑筋腫、胃がん、グリオブラストーマ、卵巣がん、小細胞肺がん（ＳＣＬＣ）、非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）、膵臓がん、食道がん、胃がん、及び甲状腺がんから選択されてもよい。ここに記載される何れの実施態様においても、がんは、肺がん、膵臓がん、結腸直腸がん、及び頭頸部がんから選択されてもよい。ここに記載される何れの実施態様においても、がんは、表２における組織から選択される組織であってもよい。

いくつかの実施態様において、ＬＫＢ変異はＬＫＢ１ポリヌクレオチドのバリエーションを含む。いくつかの実施態様において、ＬＫＢ１ポリヌクレオチドにおけるバリエーションは、ＬＫＢ１ポリヌクレオチドのコード配列に存在する。いくつかの実施態様において、ＬＫＢ１ポリヌクレオチドにおけるバリエーションは、挿入、欠失、逆位、及び置換から選択される少なくとも１つのバリエーションを含む。いくつかの実施態様において、ＬＫＢ１ポリヌクレオチドにおけるバリエーションは、ＬＫＢ１コード配列におけるフレームシフトをもたらす。いくつかの実施態様において、ＬＫＢ１ポリヌクレオチドにおけるバリエーションは、（ａ）有意に減少した又は欠如したＬＫＢ１タンパク質レベル、及び／又は（ｂ）有意に減少した活性を有するＬＫＢ１タンパク質の発現をもたらす、表１から選択されるヌクレオチドの位置におけるヌクレオチドのバリエーションである。いくつかの実施態様において、ＬＫＢ１ポリヌクレオチドにおけるバリエーションは、表１から選択されるヌクレオチドの変化である。

いくつかの実施態様において、ＬＫＢ１ポリヌクレオチドにおけるバリエーションは、ＬＫＢ１ポリペプチドにおけるバリエーションをもたらす。いくつかの実施態様において、ＬＫＢ１ポリペプチドにおけるバリエーションは、挿入、置換、欠失、及び短鎖化から選択される。いくつかの実施態様において、ＬＫＢ１ポリペプチドにおける少なくとも１つのバリエーションは、（ａ）有意に減少した又は欠如したＬＫＢ１タンパク質レベル、及び／又は（ｂ）有意に減少した活性を有するＬＫＢ１タンパク質の発現をもたらす、表１から選択されるアミノ酸の位置におけるアミノ酸のバリエーションである。いくつかの実施態様において、ＬＫＢ１ポリペプチドにおける少なくとも１つのバリエーションは、表１から選択されるアミノ酸の変化である。

ここに記載される何れの実施態様においても、哺乳動物はヒトであってもよい。

ここに記載される何れの実施態様においても、ＥＧＦＲ阻害剤は、ＥＧＦＲに結合する抗体であってもよい。いくつかの実施態様において、ＥＧＦＲ阻害剤は、セツキエイマブ、パニツムマブ、Ｄ１１ｆ、及びＧＡ２０１から選択される。

ここに記載される何れの実施態様においても、ＥＧＦＲ阻害剤は低分子であってもよい。いくつかの実施態様において、ＥＧＦＲ阻害剤は、エルロチニブ、又はゲフィニチブから選択される。

これらの、そして更なる実施態様は、以下に記載される。

図１は、実施例２に記載のように、ＮＭＰＰ１、ＥＧＦ、ＮＭＰＰ１＋ＥＧＦ、ＮＭＰＰ１＋ＥＧＦ＋エルロチニブ（Ｔａｒｃｅｖａ（登録商標）、又はＮＭＰＰ１＋ＦＧＦ７＋エルロチニブ（Ｔａｒｃｅｖａ（登録商標））とインキュベートした、Ｌｋｂ１^{ｗｔ／ｗｔ}及びＬｋｂ１^{ＭＧ／ＭＧ}マウス胚間充組織非含有移植片の成長及び分枝を示す。 図２は、実施例２に記載のように、ＮＭＰＰ１、ＥＧＦ、ＮＭＰＰ１＋ＥＧＦ、又はＮＭＰＰ１＋ＥＧＦ＋エルロチニブ（Ｔａｒｃｅｖａ（登録商標））とインキュベートした、Ｌｋｂ１^{ｗｔ／ｗｔ}及びＬｋｂ１^{ＭＧ／ＭＧ}マウス胚ホールマウント肺組織移植片の成長及び分枝を示す。 図３Ａ〜Ｂは、実施例２に記載のように、（Ａ）ＮＭＰＰ１の存在下又は非存在下でのＬＫＢ１^{ｗｔ／ｗｔ}及びＬＫＢ１^{ＭＧ／ＭＧ}肺におけるＥＧＦＲレベル、及び（Ｂ）ＥＧＦとの１０分間のインキュベーションのあり、なし、それぞれでの、ＬＫＢ１^{ｗｔ／ｗｔ}及びＬＫＢ１^{ＭＧ／ＭＧ}肺におけるＥＧＦＲチロシンリン酸化を示す。 図４は、実施例２に記載のように、ＮＭＰＰ１、ＥＧＦ、及びＮＭＰＰ１＋ＥＧＦとインキュベートしたＬＫＢ１^{ＭＧ／ＭＧ}脾臓移植片における嚢胞の表現型の発達を示す。 図５は、実施例２に記載のように、ＥＧＦ又はＥＧＦ及びＮＭＰＰＩとインキュベートした、Ｌｋｂ１^{ｗｔ／ｗｔ}及びＬｋｂ１^{ＭＧ／ＭＧ}脾臓移植片における嚢胞の表現型の発達を示す。 図６は、実施例２に記載のように、ＥＧＦ及びＮＭＰＰＩ、又はＥＧＦ、ＮＭＰＰＩ、及びエルロチニブ（Ｔａｒｃｅｖａ（登録商標））とインキュベートした、Ｌｋｂ１^{ｗｔ／ｗｔ}及びＬｋｂ１^{ＭＧ／ＭＧ}脾臓移植片における嚢胞の表現型の発達を示す。

定義
本明細書を解釈する目的のために、以下の定義が適用され、適切な場合はいつでも、単数で使用される用語はその複数形も含み、またその逆も同じである。以下に記載される任意の定義が、参照により本明細書に組み込まれる任意の文書と競合する場合には、以下に記載される定義が優先される。

定義されない限り、本明細書に使用される全ての技術用語、記述、及びその他の科学用語は、本願発明の関連分野の当業者により一般的に理解される意味を有するものとする。いくつかの場合において、一般的に理解される意味を有する用語は、明確性のために及び／又は参考のために定義され、そして、本明細書におけるそのような定義の包含は、その分野において通常理解されるものと大きく違うことを表すものとは必ずしも解釈されない。本明細書に記載又は参照される技術及び手順は、通常よく理解されており、当業者による従来的方法を使用して一般的に用いられている。言及されない限り、一般的に入手可能なキット及び試薬の使用に関連する手順は、適宜、製造業者が定義したプロトコル及び／又はパラメータに従って通常実施される。

本願組成物及び方法が記載される前に、本願発明は、特定の方法、プロトコル、細胞株、動物種又は属、コンストラクト、及び試薬に限定されず、これらはもちろん異なってもよいことが理解されるべきである。本明細書において使用される用語は、特定の実施態様を記載する目的のためだけに使用されるものであり、添付の特許請求の範囲により限定され得る本願発明の範囲に限定することを目的としていないことが、また理解されるべきである。

本明細書及び添付の特許請求の範囲において使用される場合、単数形「ａ」、「及び」、及び「前記（ｔｈｅ）」は、文脈が明らかに定めない限り複数形を含むことを留意しなければならない。

本明細書及び特許請求の範囲を通して、語「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｅ）」、又は「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｅｓ）」又は「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」のようなバリエーションは、記述された完全体又は完全体の群の包含を意味し、他の如何なる完全体又は完全体の群の除外を意味しないと理解され得る。

用語「ポリヌクレオチド」は、通常、単数形又は複数形で使用されるとき、ＲＮＡ又はＤＮＡ又は修飾されたＲＮＡ又はＤＮＡであってもよい、何れのポリヌクレオチド又はポリデオキシリボヌクレオチドも指す。よって、例えば、本明細書に記載のポリヌクレオチドは、制限なく、一本鎖及び二本鎖ＤＮＡ、一本鎖及び二本鎖領域を含むＤＮＡ、一本鎖及び二本鎖ＲＮＡ、及び一本鎖及び二本鎖領域を含むＲＮＡ、一本鎖であってもよいＤＮＡ及びＲＮＡを含むポリヌクレオチドを含むハイブリッド分子を含み、又は、より典型的に、二本鎖を含み、又は一本鎖及び二本鎖領域を含む。加えて、本願明細書に使用される用語「ポリヌクレオチド」は、ＲＮＡ又はＤＮＡ、又はＲＮＡ及びＤＮＡの両方を含む三本鎖領域を指す。そのような領域における鎖は、同じ分子からのものであっても、異なる分子からのものであってもよい。領域は、１以上の全ての分子を含んでもよく、より典型的には、いくつかの分子の一つだけの領域に関与していてもよい。三重らせん領域の分子の一つは、しばしば、オリゴヌクレオチドである。用語「ポリヌクレオチド」は特に、ｃＤＮＡを含む。その用語は、１以上の修飾された塩基を含む、ＤＮＡ（ｃＮＡを含む）及びＲＮＡを含む。よって、安定性又は他の理由のために修飾された骨格を持つＤＮＡ又はＲＮＡは、本明細書で意図されるように、「ポリヌクレオチド」である。更に、イノシンのような通常の塩基、又はトリチウム化した塩基のような修飾された塩基を含むＤＮＡ又はＲＮＡは、本明細書で定義される用語「ポリヌクレオチド」に含まれる。通常、用語「ポリヌクレオチド」は、単純及び複雑な細胞を含むウイルス及び細胞の特徴を示す、ＤＮＡ及びＲＮＡの化学的構造だけでなく、ＤＮＡ及びＲＮＡ非修飾ポリヌクレオチドの、化学的に、酵素学的に、及び／又は代謝的に修飾された構造の全てを包含する。

用語「オリゴヌクレオチド」は、これらに限定されないが、一本鎖デオキシリボヌクレオチド、一本鎖又は二本鎖リボヌクレオチド、ＲＮＡ：ＤＮＡハイブリッド、及び二本鎖ＤＮＡを含む、比較的短いポリヌクレオチドを指す。一本鎖ＤＮＡプローブオリゴヌクレオチドのようなオリゴヌクレオチドは、しばしば、化学的方法、例えば、市販の自動オリゴヌクレオチド合成装置を使用して合成される。しかしながら、オリゴヌクレオチドは、インビトロの組換えＤＮＡによる技術、及び細胞及び生物におけるＤＮＡの発現、を含む他の様々な方法により、作成することができる。

用語「プライマー」は、核酸にハイブリダイズでき、かつ、通常遊離３’基を提供することにより相補的核酸のポリメライゼーションを可能にする、一本鎖ポリヌクレオチドを指す。

「ＨＥＲ受容体」は、ＨＥＲ受容体ファミリーに属する受容体タンパク質チロシンキナーゼであって、ＥＧＦＲ（ＥｒｂＢ１、ＨＥＲ１）、ＨＥＲ２（ＥｒｂＢ２）、ＨＥＲ３（ＥｒｂＢ３）、及びＨＥＲ４（ＥｒｂＢ４）受容体を含む。ＨＥＲ受容体は、ＨＥＲリガンドに結合してもよい、及び／又は、リン酸化され得る様々なチロシン残基を内包する、疎水性膜貫通ドメイン、保存された細胞内チロシンキナーゼドメイン、カルボキシ末端シグナリングドメインといった、もう一つのＨＥＲ受容体分子と二量体化してもよい、細胞外ドメインを通常含む。ＨＥＲ受容体は、天然に存在する（「天然配列」）ＨＥＲ受容体又はその変異体であってもよい。好ましくは、ＨＥＲ受容体は、天然配列のヒトＨＥＲ受容体である。

「ＨＥＲ経路」は、ＨＥＲ受容体ファミリーにより仲介されるシグナリングネットワークを指す。

用語「ＥｒｂＢ１」、「ＨＥＲ１」、「上皮増殖因子」、「ＥＧＦＲ」は、本明細書では区別せずに用いられ、例えば、Carpenter et al. Ann. Rev. Biochem. 56:881-914 (1987)に記載されるように、ＥＧＦＲｖＩＩＩのような変異体だけでなく、天然に存在するその変異体の形態（例えば、Ullrich et al, Nature (1984) 309:418425 及びHumphrey et al. PNAS (USA) 87:4207-4211 (1990)に記載のＥＧＦＲ欠失変異体）を含む、「ＥＧＦＲ」を指す。ＥＧＦＲの変異体は、例えば、Lynch et al. (New England Journal of Medicine 2004, 350:2129)、Paez et al. (Science 2004, 304:1497)、及び Pao et al. (PNAS 2004, 101:13306)に記載される、欠失、置換、挿入による変異体も含む。

本明細書において、「EGFR細胞外ドメイン」又は「EGFR ECD」は、細胞膜に固定されている又は循環している、断片を含む細胞の外に存在するＥＧＦＲのドメインを指す。いくつかの実施態様において、ＥＧＦＲの細胞外ドメインは、４つのドメインを含んでもよい。境界はおおよそのものであるが、「ドメインＩ」（アミノ酸残基の約１〜１５８）、「ドメインＩＩ」（アミノ酸残基１５９〜３３６）、「ドメインＩＩＩ」（アミノ酸残基３３７〜４７０）及び「ドメインＩＶ」（アミノ酸残基４７１〜６４５）であり、約１〜３アミノ酸は変化してもよい。

「リン酸化」は、１以上のリン酸基が、ＥＧＦＲ受容体のようなタンパク質、又はその基質に対し付加されることを指す。

用語「セリン／スレオニンキナーゼ１１、「ＳＴＫ１１」「肝臓キナーゼＢ１」、及び「ＬＫＢ１」は、区別せずに用いられ、別途指示がない限り、霊長類（例えば、ヒト）及びげっ歯類（例えば、マウス及びラット）のような任意の脊椎動物由来の、任意の天然ＬＫＢ１タンパク質、コード配列、又は遺伝子を指す。その用語は、天然のプロセシングによりもたらされる任意のＬＫＢ１の形態だけでなく、「全長」の、未加工のＬＫＢ１を包含する。その用語はまた、天然に存在するＮＲＧの変異体、例えば、スプライス変異体又は対立遺伝子変異体を包含する。例示的なヒトＬＫＢ１タンパク質の配列は、Ｓｗｉｓｓ−Ｐｒｏｔ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ．Ｑ１５８３１．１に示される。例示的なヒトＬＫＢ１コード配列の配列は、ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ．ＮＭ＿０００４５５．４に示される。遺伝子の配置、配列、イントロン／エクソンの境界を含む、例示的な遺伝的情報は、ＮＣＢＩ Ｇｅｎｅ ＩＤ６７９４に示される。非限定的な例示的ＬＫＢ１コード配列は、配列番号１で示される。非限定的な例示的ＬＫＢ１アミノ酸配列は、配列番号２で示される。

用語「ＬＫＢ１ポリヌクレオチド」又は「ＬＫＢ１をコードする核酸」は、別途指示がない限り、遺伝子、又はＬＫＢ１をコードするコード配列（例えば、ｍＲＮＡ又はｃＤＮＡコード配列）を指す。

用語「ヌクレオチドのバリエーション」は、参照配列（例えば、野生型配列）と比較したヌクレオチド配列の変化（例えば、一塩基変異多型（ＳＮＰ）のような、１以上のヌクレオチドの挿入、欠失、逆位、又は置換）を指す。その用語は、別途指示がない限り、ヌクレオチド配列の相補鎖における対応する変化も包含する。ヌクレオチドのバリエーションは、体細胞変異又は生殖細胞の多型であってもよい。

用語「アミノ酸のバリエーション」は、参照配列と比較したアミノ酸配列の変化（例えば、配列内部における欠失、又はＮ又はＣ末端の短鎖化のような、１以上のアミノ酸の、挿入、置換、又は欠失）を指す。

用語「バリエーション」は、ヌクレオチドのバリエーション又はアミノ酸のバリエーションの何れかを指す。用語「バリエーション」及び「変異」は、区別なく用いられてもよい。

用語「表１から選択されるヌクレオチドの位置におけるヌクレオチドのバリエーション」及びその文法上の変化形は、ＬＫＢ１ポリヌクレオチド配列に存在する、表１に列挙される任意のヌクレオチドの位置におけるヌクレオチドのバリエーションを指し、任意のヌクレオチドの位置は、表１のカラム１に列挙されるアミノ酸の位置及び表１のカラム２に列挙される特異なヌクレオチドの変化に対応する任意のヌクレオチドの位置を含むが、これに限定されない。例えば、また、説明のために、表１の第３データ列のカラム１を参照すると、ＬＫＢ１ポリペプチドのアミノ酸３７位に対応する、３つのヌクレオチドの任意の位置におけるヌクレオチドのバリエーションは、それらの３つのヌクレオチドの位置の一つにおける任意の変化を包含し、任意の変化は、すなわち、カラム２に示される１０９Ｃ＞Ｔ置換のような特異的なヌクレオチドの変化を含むが、これに限定されない。その用語は、別途指示がない限り、ヌクレオチド配列の相補鎖における対応する変化も包含する。

用語「表１から選択されるヌクレオチドの変化」及びその文法上の変化形は、表１のカラム２に列挙される任意の特異的なヌクレオチドの変化を指す。説明のために、表１から選択されるヌクレオチドの変化の例は、表１の第３データ列の第２カラムに示される１０９Ｃ＞Ｔ置換である。

用語「表１から選択されるアミノ酸の位置におけるアミノ酸のバリエーション」及びその文法上の変化形は、ＬＫＢ１アミノ酸配列に存在する、表１のカラム１に列挙される任意のアミノ酸における、アミノ酸のバリエーションを指し、表１のカラム３に列挙される特異的なアミノ酸の変化を含むが、これに限定されない。例えば、また、説明のために、表１の第４データ列のカラム１を参照すると、ＬＫＢ１のアミノ酸２８１位におけるアミノ酸のバリエーションは、そのアミノ酸の位置における任意の変化を包含し、任意の変化は、すなわち、カラム３の第４データ列に示されるＰ２８１Ｌ置換のような特異的なアミノ酸の変化を含むが、これに限定されない。

用語「表１から選択されるアミノ酸の変化」及び文法上の変化形は、表１のカラム３に列挙される任意の特異的なアミノ酸の変化を指す。説明のために、表１から選択されるアミノ酸の変化の例は、表１のカラム３の第４データ列に示されるＰ２８１Ｌ置換である。

用語「ＬＫＢ１変異」は、本明細書において、（ａ）ＬＫＢ１タンパク質レベルの有意な減少又は欠如、及び／又は、（ｂ）有意に減少した活性を有するＬＫＢ１タンパク質の発現をもたらす、ＬＫＢ１遺伝子に存在する１以上のバリエーションを指す。用語「ＬＫＢ１変異」は、ＬＫＢ１遺伝子全体の欠失をもたらすヌクレオチドの欠失を含むが、これに限定されない。本明細書において、「変異ＬＫＢ１遺伝子」は、ＬＫＢ１変異を含むＬＫＢ１遺伝子を指す。ＬＫＢ１タンパク質のレベルは、例えば腫瘍細胞のようなある細胞に存在するＬＫＢ１のレベルが、例えばその腫瘍細胞と同じ組織型の正常細胞のような、同じ細胞型に存在する野生型ＬＫＢ１タンパク質レベルよりも、５０％またはそれより低い場合、「有意に減少した、又は、欠如した」と考えられる。ＬＫＢ１タンパク質は、例えばＥＰ１６３３８８３ Ｂ１に記載されるリン酸化アッセイにより決定されるように、ＬＫＢ１のキナーゼ活性が、野生型ＬＫＢ１タンパク質のキナーゼ活性に対し＜５０％、＜４０％、＜３０％、＜２０％又は＜１０％である場合、「有意に減少した活性」を有すると考えられる。

「ＬＫＢ１変異を含む」がん又は腫瘍は、そのがん又は腫瘍の少なくとも一部がＬＫＢ１変異を含む、がんまたは腫瘍を指す。

本明細書において、「腫瘍試料」は、患者の腫瘍に由来する試料、又は患者の腫瘍から得た腫瘍細胞を含む試料である。本明細書において、腫瘍試料は、ホルマリン固定試料、パラフィン包埋試料、又は凍結された腫瘍試料のような、保存された腫瘍試料だけでなく、腫瘍生検、循環性腫瘍細胞、循環性血漿タンパク質、腹水、又は、腫瘍由来又は腫瘍様特性を示す初代培養細胞又は細胞株を含むが、これらに限定されない。

「固定された」腫瘍試料は、固定剤を使用して組織学的に保存された腫瘍試料である。

「ホルマリン固定された」腫瘍試料は、ホルムアルデヒドを固定剤として使用して保存された腫瘍試料である。

「包埋された」腫瘍試料は、フィルム、及びパラフィン、ワックス、セロイジン、又は樹脂のような通常固い物質に囲まれた腫瘍試料である。包埋は、顕微鏡実験、又は組織マイクロアレイ（ＴＭＡｓ）の実施のために、薄片を切ることを可能にする。

「パラフィン包埋された」腫瘍試料は、石油由来の固形炭化水素の精製混合物により囲まれた腫瘍試料である。
本明細書において、「凍結された」腫瘍試料は、凍結している又は凍結されてきた、腫瘍試料である。

用語「アレイ」又は「マイクロアレイ」は、ハイブリダイズ可能なアレイの要素、好ましくは、ポリヌクレオチドプローブ（例えば、オリゴヌクレオチド）、の基質における秩序だった配置を指す。基質は、スライドガラスのような固体基板、又はニトロセルロース膜のような半固体基板であってもよい。

用語「増幅」は、参照核酸配列又はその相補鎖の１以上のコピーの作成工程を指す。増幅は、直線的、又は指数関数的（例えば、ＰＣＲ）であってもいい。「コピー」は、鋳型配列に対し相補的又は同一の完全配列を必ずしも意味しない。例えば、コピーは、デオキシイノシンのようなヌクレオチドアナログ、意図された配列の改変（例えば、鋳型に対しハイブリダイズするが、完全に相補的ではない配列を含むプライマーを介して導入された改変）、及び／又は増幅の間に生じた配列エラーを含んでもよい。

本明細書において、「ポリメラーゼ連鎖反応」又は「ＰＣＲ」という技術は、通常、１９８７年７月発行の米国特許第４，６８３，１９５号に記載されるように、核酸配列、ＲＮＡ、及び／又はＤＮＡの特異的な微量な断片が増幅される手順を指す。通常、興味のある領域の終点、又はそれを超えた領域からの配列情報は、オリゴヌクレオチドプライマーの設計に使用することができ、これらのプライマーは、増幅される鋳型鎖の反対の鎖に同一又は類似する。２つのプライマーの５’末端ヌクレオチドは、増幅物の終点と一致してもよい。ＰＣＲは、特異的なＲＮＡ配列、全ゲノムＤＮＡからの特異的なＤＮＡ配列、及び全細胞ＲＮＡ、バクテリオファージ、又はプラスミド配列等から転写されたｃＲＮＡを増幅するために使用し得る。Mullis et al., Cold Spring Harbor Symp. Quant. Biol., 51: 263 (1987); Erlich編., PCR Technology, (Stockton Press, NY, 1989)を通常参照のこと。本明細書において、ＰＣＲは、核酸試験試料を増幅するための核酸ポリメラーゼ反応法の、唯一ではないが一つの例であると考えられ、周知の核酸（ＤＮＡ又はＲＮＡ）のプライマーとしての使用、及び、核酸の特異的な断片を増幅又は作成するために、又は、特定の核酸に対し相補的な核酸の断片を増幅又は作成するために、核酸ポリメラーゼを使用することを含む。

「定量リアルタイムポリメラーゼ連鎖反応」又は「ｑＲＴ−ＰＣＲ」は、ＰＣＲ産物の量が、ＰＣＲ反応の各工程において測定される、ＰＣＲの形態を指す。本技術は、Cronin et al., Am. J. Pathol. 164(1):35-42 (2004) 及び Ma et al., Cancer Cell 5:607-616 (2004)を含む様々な出版物に記載されている。

用語「アレル特異的オリゴヌクレオチド」は、ヌクレオチドのバリエーション（通常、置換）を含む標的核酸の領域にハイブリダイズするオリゴヌクレオチドを指す。「アレル特異的ハイブリダイゼーション」は、アレル特異的オリゴヌクレオチドがその標的核酸にハイブリダイズした場合、そのアレル特異的オリゴヌクレオチドにおけるヌクレオチドが特異的にそのヌクレオチドのバリエーションと塩基対を形成することを意味する。特定のヌクレオチドのバリエーションに関連してアレル特異的ハイブリダイゼーションが可能なアレル特異的オリゴヌクレオチドは、そのバリエーション「に対し特異的」であるといえる。

用語「アレル特異的プライマー」は、プライマーである、アレル特異的オリゴヌクレオチドを指す。

用語「プライマーエクステンションアッセイ」は、ヌクレオチドが、核酸に添加され、より長い核酸、又は、直接的又は間接的に検出される「伸長産物」をもたらすアッセイを指す。

用語「アレル特異的ヌクレオチドインコーポレーションアッセイ」は、プライマーが、（ａ）ヌクレオチドのバリエーションの３’領域において標的核酸にハイブリダイズし、かつ（ｂ）ポリメラーゼにより伸長し、それにより、ヌクレオチドのバリエーションに相補的なヌクレオチドが伸長産物に組み込まれる、プライマーエクステンションアッセイを指す。

用語「アレル特異的プライマーエクステンションアッセイ」は、アレル特異的プライマーが標的核酸にハイブリダイズし、伸長する、プライマーエクステンションアッセイを指す。

用語「アレル特異的オリゴヌクレオチドハイブリダイゼーションアッセイ」は、（ａ）アレル特異的オリゴヌクレオチドが標的核酸にハイブリダイズし、かつ、（ｂ）ハイブリダイゼーションが直接的又は間接的に検出される、アッセイを指す。

用語「５’ヌクレアーゼアッセイ」は、標的核酸に対するアレル特異的オリゴヌクレオチドのハイブリダイゼーションにより、ハイブリダイズしたプローブが核酸分解切断され、検出可能なシグナルをもたらすアッセイを指す。

用語「分子ビーコンを使用したアッセイ（ａｓｓａｙ ｅｍｐｌｏｙｉｎｇ ｍｏｌｅｃｕｌａｒ ｂｅａｃｏｎｓ）」は、標的核酸に対するアレル特異的オリゴヌクレオチドのハイブリダイゼーションが、遊離オリゴヌクレオチドにより放出される検出可能なシグナルよりも高いレベルの検出可能なシグナルをもたらす、アッセイを指す。

用語「オリゴヌクレオチドライゲーションアッセイ」は、アレル特異的オリゴヌクレオチド及び第二のオリゴヌクレオチドが、標的核酸に互いに隣接してハイブリダイズし、（介在ヌクレオチドを介して、直接的又は間接的に）共にライゲーションされ、かつ、ライゲーション産物は、直接的又は間接的に検出される、アッセイを指す。

用語「標的配列」、「標的核酸」、又は「標的核酸配列」は、通常、ヌクレオチドのバリエーションの存在が疑われる又は周知である、目的のポリヌクレオチド配列を指し、増幅により作成される標的核酸のコピーも含まれる。

用語「検出」は、直接的又は間接的な検出を含む、検出の如何なる意味も含む。

用語「診断」は、本明細書において、分子又は病理学的状態、疾患、又は健康状態（ｃｏｎｄｉｔｉｏｎ）の同定又は分類を指すために用いられる。例えば、「診断」は、例えば肺がんのような特定の型のがんの同定を指してもよい。「診断」は、例えば、組織学的な（例えば、非小細胞肺癌）、分子的特徴による、（例えば、特定の遺伝子又はたんぱく質における、ヌクレオチド及び／又はアミノ酸のバリエーションにより特徴づけられる肺がん）、又はその両方による、特定のがんの分類を指してもよい。

用語「予測」は、本明細書において、好ましい又は好ましくないに関わらず、患者が薬又は薬の組み合わせに応答することの見込みを指すために用いられる。いくつかの実施態様において、予測はそれらの応答の程度に関連する。別の態様において、予測は、例えば、特定の治療剤を使用した処置、及び／又は原発腫瘍の外科的除去、及び／又はがんの再発のない特定の期間の化学療法処置といった、処置の後に患者が生存するかどうか及び／又はその可能性に関連する。本発明の予測方法は、任意の患者に対し最も適した処置方法を選択することによる、処置の決定を行うために臨床的に用いられ得る。本発明の予測方法は、例えば、提供された治療剤又は組み合わせの投与、外科的処置、化学療法等を含む、提供された治療レジメンのような処置レジメンに患者が好ましく応答する見込みがあるかどうか、又は、治療レジメンの後の患者の長期生存が見込まれるかどうかの予測において有効なツールである。

本明細書において、「腫瘍」は、悪性又は良性に関わらず、全ての腫瘍性細胞成長及び増殖、及び、前がん状態及びがんの細胞及び組織を指す。用語「がん」、「がんの（ｃａｎｃｅｒｏｕｓ）」、「細胞増殖性疾患」、「増殖性疾患」、及び「腫瘍」は、本明細書において、互いに排他的ではない。

用語「がん」及び「がんの（ｃａｎｃｅｒｏｕｓ）」は、未制御の細胞成長及び増殖によって典型的に特徴付けられる、哺乳動物における生理学的状態を、指す又は説明する。がんの例は、癌、リンパ腫（例えば、ホジキン、及び、非ホジキンリンパ腫）、芽細胞腫、肉腫、及び白血病を含むが、これらに限定されない。がんの更なる特定の例は、扁平上皮細胞がん、小細胞肺がん、非小細胞肺がん、肺のアデノカルシノーマ、肺の扁平上皮癌、腹膜のがん、肝細胞がん、腎細胞癌、消化管がん、胃がん、食道がん、脾臓がん、グリオーマ、子宮頸がん、卵巣がん、肝がん（ｌｉｖｅｒ ｃａｎｃｅｒ）、膀胱がん、肝がん（ｈｅｐａｔｏｍａ）、乳がん、結腸がん、直腸がん、肺がん、子宮内膜又は子宮がん、唾液腺癌、腎臓がん、肝がん（ｌｉｖｅｒ ｃａｎｃｅｒ）、前立腺がん、外陰部がん、甲状腺がん、肝癌（ｈｅｐａｔｉｃ ｃａｒｃｉｎｏｍａ）、メラノーマ、白血病及びその他のリンパ増殖異常症、及び、様々な型の頭頸部がんを含む。

用語「肺腫瘍」及び「肺がん」は、任意の肺の腫瘍を指し、小細胞肺癌及び非小細胞肺癌を含むが、これらに限定されず、後者は、アデノカルシノーマ、扁平上皮癌、及び、大細胞癌を含むがこれらに限定されない。

用語「新生物」又は「腫瘍性細胞」は、対応する正常な組織又は細胞よりもより速く増殖し、かつ成長を引き起こす刺激の除去後にも成長し続ける、異常な組織又は細胞を指す。

「肺腫瘍細胞」又は「肺がん細胞」は、インビボ又はインビトロに関わらず肺腫瘍からの細胞を指し、原発性肺腫瘍又は転移性肺腫瘍に由来する細胞、及びそれらの細胞に由来する細胞株を包含する。

本明細書において、「処置（ｔｒｅａｔｍｅｎｔ）」（及び「処置する（ｔｒｅａｔ）」又は「処置すること（ｔｒｅａｔｉｎｇ）」などその文法上の変形）は、処置されている個体又は細胞の自然経過を変えようと試みる臨床的介入を指し、予防のために、又は臨床病理の過程においての何れかで実行され得る。処置の望ましい効果は、疾患の発症又は再発を予防すること、症状の緩和、疾患の直接的又は間接的な任意の病理学的影響の低減、転移の予防、疾患の進行速度を遅らせること、病状の改善又は緩和、及び寛解又は予後の改善を含む。

「個体」、「対象」、又は「患者」は、脊椎動物である。特定の実施態様において、脊椎動物は哺乳動物である。哺乳動物は、家畜（例えば、ウシ）、競技用動物、愛玩動物（例えば、ネコ、イヌ、及び馬）、霊長類（ヒト及び非ヒト霊長類を含む）、及びげっ歯類（例えば、マウス及びラット）を含む。特定の実施態様において、哺乳動物はヒトである。

「有効量」は、所望の治療的又は予防的結果を達成するために必要な用量及び期間での、有効な量を指す。

用語「治療上有効量」は、患者におけるがんを処置するために有効な薬の量を指す。有効量の薬は、がん細胞の数を減少させ、腫瘍のサイズを減少させ、周辺器官へのがん細胞の浸潤を阻害し（すなわち、ある程度減速させ、及び、好ましくは停止させる）、腫瘍の転移を阻害し（すなわち、ある程度減速させ、及び、好ましくは停止させる）、腫瘍成長をある程度阻害し、及び／又は１以上のがんに関連する症状をある程度緩和してもよい。その薬物が、既存のがん細胞の増殖を防止かつ／又はこれを死滅させることができる程度に、それは、細胞分裂抑制性及び／又は細胞傷害性であってもよい。有効量は、無増悪生存率（例えば、固形がんの治療効果判定のためのガイドライン（ＲＥＣＩＳＴ）により評価される）を拡大し、客観的奏効率（部分寛解（ＰＲ）、又は完全寛解（ＣＲ）を含む）をもたらし、生存率（全生存率及び無増悪生存率を含む）を改善し、及び／又は１以上の、がんの症状（すなわち、ＦＯＳＩに関連する）を改善してもよい。最も好ましくは、治療上有効量の薬は無増悪生存率（ＰＦＳ）及び／又は全生存率（ＯＳ）を改善するのに有効である。

本明細書において、「固定」又は「フラット」用量の治療剤は、患者の体重（ＷＴ）又は体表面積（ＢＳＡ）を考慮せずに、ヒト患者に対し投与される用量を指す。そのため、固定又はフラット用量は、ｍｇ／ｋｇ用量、又はｍｇ／ｍ^２用量ではなく、治療剤の絶対量で提供される。

本明細書において、「負荷」用量は、一般に、患者に対して投与される治療剤の初回用量を含み、１以上の維持用量が続く。一般に、単独の負荷用量が投与されるが、複数の負荷用量も本明細書において考慮される。通常、治療剤の所望の定常状態濃度を、維持用量による場合よりも、より早期に実現することができるように、負荷用量の投与量は維持用量の投与量を上回る、及び／又は、負荷用量は維持用量よりも頻繁に投与される。

本明細書において、「維持」用量は、処置期間に渡って患者に投与される治療剤の、１以上の用量を指す。通常、維持用量は、おおよそ毎週、おおよそ２週間毎、おおよそ３週間毎、又はおおよそ４週間毎といった処置間隔で投与される。

「医薬」は、ＧＥＦＲ阻害剤のような、がんを処置するために有効な薬である。

「標的集合（ｔａｒｇｅｔ ａｕｄｉｅｎｃｅ）」は、特に、特定の使用、処置、又は適用のために、マーケティング又は広告によって、個々の患者、患者群、新聞、医学文献、及び雑誌の読者、テレビ又はインターネットの閲覧者、ラジオ又はインターネットのリスナー、医者、製薬会社等といった、特定の医薬が推進又は推進される予定の人々の集団、又は機関である。

「添付文書」という用語は、治療製品の市販包装に通例含まれる説明書を指すのに使用され、このような治療製品の使用に関する、指示、使用法、用量、投与、禁忌、その包装製品に組み合わされるその他の治療製品、及び／又は治療製品の使用に関する注意事項についての情報を含む。

本明細書において、用語「長期」生存は、治療処置の後、少なくとも１年、５年、８年、又は１０年の生存を指す。

特定の治療剤に対する「増加した耐性（ｉｎｃｒｅａｓｅｄ ｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ）」という用語は、発明に従って使用された場合、その薬剤の標準用量又は標準処置プロトコルに対する、低下した応答を意味する。

特定の治療剤又は治療オプションに対する「低下した感受性（ｄｅｃｒｅａｓｅｄ ｓｅｎｓｉｔｉｖｉｔｙ）」という用語は、発明に従って使用された場合、薬剤の標準用量又は標準処置プロトコルに対する低下した応答を意味し、低下した応答は、薬剤の用量又は処置の強度を増加させることによって、補償され得る。

「応答」は、患者に対する利益を示す任意の評価項目を使用して評価でき、評価項目は、（１）減速、又は完全な成長停止を含む、ある程度の腫瘍成長の阻害、（２）腫瘍細胞数の減少、（３）腫瘍サイズの減少、（４）隣接する周辺器官及び／又は組織への腫瘍細胞の浸潤の阻害（すなわち、減少、減速、又は完全な停止）、（５）転移の阻害（すなわち、減少、減速、又は完全な停止）、（６）腫瘍の後退又は拒絶を必ずではないが、もたらすかもしれない、抗腫瘍免疫応答の増進、（７）腫瘍に関連する１以上の症状のある程度の緩和、（８）処置後の生存期間の増加、及び／又は（９）処置後のある時点での死亡率の減少、を含むが、これらに限定されない。

用語「アンタゴニスト」は、広義で使用され、ＥＧＦＲのようなポリペプチドの生物活性を、部分的又は完全に、阻害又は中和する、又は、ポリペプチドをコードする核酸の転写又は翻訳を、部分的又は完全に、阻害する、如何なる分子も含む。例示的なアンタゴニスト分子は、アンタゴニスト抗体、ポリペプチド断片、オリゴペプチド、有機分子（低分子を含む）、及びアンチセンス核酸を含むが、これらに限定されない。

本明細書において、用語「細胞傷害性薬剤」は、細胞の機能を阻害又は阻止し及び／又は細胞死又は破壊を生ずる物質を指す。その用語は、限定されないが、放射性同位体（例えば、Ａｔ^２１１、Ｉ^１３１、Ｉ^１２５、Ｙ^９０、Ｒｅ^１８６、Ｒｅ^１８８、Ｓｍ^１５３、Ｂｉ^２１２、Ｐ^３２、Ｐｂ^２１２及びＬｕの放射性同位体）、化学療法剤（例えば、メトトレキセート、アドリアマイシン、ビンカアルカロイド（ビンクリスチン、ビンブラスチン、エトポシド）、ドキソルビシン、メルファラン、マイトマイシンＣ、クロラムブシル、ダウノルビシン又は他の挿入剤）、核酸分解酵素等の酵素及びその断片、抗生物質、低分子毒素等の毒素、又は細菌、真菌、植物又は動物由来の酵素活性毒素（それらの断片及び／又はその変異体を含む）、及び以下に開示される様々な抗腫瘍剤又は抗がん剤を包含することを意図する。他の細胞傷害性薬剤は以下に説明される。「殺腫瘍」薬剤は、腫瘍細胞の破壊を生じさせる。

ここで、「抗腫瘍剤」は、がんを処置するために使用される薬を指す。抗腫瘍剤の非限定的な例は、化学療法剤、ＨＥＲ阻害剤、ＨＥＲ二量体化阻害剤、ＨＥＲ抗体、腫瘍関連抗原に対する抗体、抗ホルモン化合物、サイトカイン、ＥＧＦＲ標的薬、抗血管新生剤、チロシンキナーゼ阻害剤、成長阻害剤及び抗体、細胞傷害性薬剤、癌胎児タンパク質 ＣＡ １２５に結合する抗体、ＨＥＲ２ワクチン、Ｒａｆ又はｒａｓ阻害剤、リポソーマルドキソルビシン、トポテカン、タキサン、二重チロシンキナーゼ阻害剤、ＴＬＫ２８６、ＥＭＤ−７２００、ペルツズマブ、トラスツズマブ、エルロチニブ、及びベバシズマブを含む。

「承認された抗腫瘍剤」は、食品医薬品局（ＦＤＡ）又は外国でのその同等機関等の規制当局により販売許可を受けた、がんの処置のために使用される薬である。

「ＨＥＲ阻害剤」は、ＨＥＲ活性化又は機能を妨げる薬剤である。ＨＥＲ阻害剤の例は、ＨＥＲ抗体（例えば、ＥＧＦＲ、ＨＥＲ２、ＨＥＲ３、又はＨＥＲ４抗体）、ＥＧＦＲ標的薬、低分子ＨＥＲアンタゴニスト、ＨＥＲチロシンキナーゼ阻害剤、ラパチニブ／ＧＷ５７２０１６等のＨＥＲ２及びＥＧＦＲ二重キナーゼ阻害剤、アンチセンス分子（例えば、ＷＯ２００４／８７２０７を参照）、及び／又はＭＡＰＫ又はＡｋｔ等の下流のシグナリング分子に結合、又はその機能を妨げる薬剤を含む。いくつかの実施態様において、ＨＥＲ阻害剤は、ＨＥＲ受容体に結合する抗体である。いくつかの実施態様において、ＨＥＲ阻害剤は、ＨＥＲ３阻害剤である。いくつかの実施態様において、阻害剤は、多重特異性ＨＥＲ阻害剤であって、例えば、ＨＥＲ３及びＥＧＦＲ、ＨＥＲ３及びＨＥＲ２、又はＨＥＲ３及びＨＥＲ４の両方を阻害するようなＨＥＲ阻害剤である。そのような実施態様において、二重特異性ＨＥＲ阻害剤は、抗体である。いくつかの実施態様において、ＨＥＲ阻害剤は、ＨＥＲ３及びＥＧＦＲの両方に特異的な二重特異性抗体である。そのような阻害剤の例は、ＵＳ２０１０／０２５５０１０に記載される（引用により、本明細書に組み込まれる）多重特異性抗体であり、抗ＥＧＦＲ／ＨＥＲ３抗体「ＤＬ１１ｆ」を含むがこれに限定されない。

本明細書において、用語「ＥＧＦＲ阻害剤」は、ＥＧＦＲに結合又は直接的に作用し、かつ、そのシグナリング活性を阻止又は減少させる化合物を指し、別名で「ＥＧＦＲアンタゴニスト」とも呼ばれる。そのような薬剤の例は、ＧＥＦＲに結合する抗体又は低分子を含む。ＥＧＦＲに結合する抗体の例は、ＭＡｂ５７９（ＡＴＣＣ ＣＲＬ ＨＢ ８５０６）、ＭＡｂ４５５（ＡＴＣＣ ＣＲＬ ＨＢ８５０７）、ＭＡｂ ２２５（ＡＴＣＣ ＣＲＬ ８５０８）、ＭＡｂ５２８（ＡＴＣＣ ＣＲＬ ８５０９）（米国特許第４，９４３，５３３号、Mendelsohn et al.を参照）、及び、キメラ化２２５（Ｃ２２５又はセツキシマブ、ＥＲＢＩＴＵＸ（登録商標）及び再形状化（ｒｅｓｈａｐｅｄ）ヒト２２５（Ｈ２２５）（ＷＯ９６／４０２１０、ＩｍｃｌｏｎｅＳｙｓｔｅｍｓ Ｉｎｃ．を参照）等の変異体；ＩＭＣ−１１Ｆ８、完全ヒト、ＥＧＦＲ標的抗体（Ｉｍｃｌｏｎｅ）；タイプＩＩ変異体ＥＧＦＲに結合する抗体（米国特許第５，２１２，２９０）；米国特許第５，８９１，９９６号に記載されるＥＧＦＲに結合するヒト化及びキメラ抗体；及びＡＢＸ−ＥＧＦ又はパニツムマブ等の、ＥＧＦＲに結合するヒト抗体（ＷＯ９８／５０４３３、Ａｂｇｅｎｉｘ／Ａｍｇｅｎを参照）；ＥＭＤ ５５９００（Stragliotto et al., Eur. J. Cancer 32A:636-640 (1996)）；ＥＭＤ７２００（マツズマブ）ＥＧＦ及びＴＧＦ−ａｌｐｈａの両方とＥＧＦＲ結合について競合する、ヒト化ＥＧＦＲ抗体（ＥＭＤ／Ｍｅｒｃｋ）；ヒトＥＧＦＲ抗体、ＨｕＭａｘ−ＥＧＦＲ（ＧｅｎＭａｂ）；Ｅ１．１，Ｅ２．４，Ｅ２．５，Ｅ６．２，Ｅ６．４，Ｅ２．１１，Ｅ６．３及びＥ７．６．３として周知であり、米国特許第６，２３５，８８３号に記載される完全ヒト抗体；ＭＤＸ−４４７（Ｍｅｄａｒｅｘ Ｉｎｃ）；ｍＡｂ８０６又はヒト化ｍＡｂ８０６（Johns et al., J. Biol. Chem. 279(29):30375-30384 (2004)）；及びＧＡ２０１を含むがこれに限定されない、ヒト化ＩＣＲ６２抗体（Gerdes et al. Clin. Cancer Res. 19(5):1126-1138 (2013)、及び米国特許第７，７２２，８６７及びＷＯ２００６／０８２５１５に記載の抗体を含み、引用により本明細書に組み込まれる。抗ＥＧＦＲ抗体は、細胞傷害性薬剤とコンジュゲートし、イムノコンジュゲートを形成していてもよい（例えば、ＥＰ６５９，４３９Ａ２，Ｍｅｒｃｋ Ｐａｔｅｎｔ ＧｍｂＨを参照)。ＥＧＦＲアンタゴニストは、米国特許第：５，６１６，５８２、５，４５７，１０５、５，４７５，００１、５，６５４，３０７、５，６７９，６８３、６，０８４，０９５、６，２６５，４１０、６，４５５，５３４、６，５２１，６２０、６，５９６，７２６、６，７１３，４８４、５，７７０，５９９、６，１４０，３３２、５，８６６，５７２、６，３９９，６０２、６，３４４，４５９、６，６０２，８６３、６，３９１，８７４、６，３４４，４５５、５，７６０，０４１、６，００２，００８、及び５，７４７，４９８号、及び、以下のＰＣＴ広報：ＷＯ９８／１４４５１、ＷＯ９８／５００３８、ＷＯ９９／０９０１６、及びＷＯ９９／２４０３７に記載の化合物等の、低分子を含む。特定の低分子ＥＧＦＲアンタゴニストは、ＯＳＩ−７７４（ＣＰ−３５８７７４，エルロチニブ、ＴＡＲＣＥＶＡ（登録商標）Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ／ＯＳＩ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ）；ＰＤ１８３８０５（ＣＩ１０３３，２−プロペンアミド，Ｎ−［４−［（３−クロロ−４−フルオロフェニル）アミノ］−７−［３−（４−モルホリニル）プロポキシ］−６−キナゾリニル］−，ジヒドロクロリド，Ｐｆｉｚｅｒ Ｉｎｃ．）；ＺＤ１８３９，ゲフィチニブ（ＩＲＥＳＳＡ（登録商標）４−（３’−クロロ−４’−フルオロアニリノ）−７−メトキシ−６−（３−モルホリノプロポキシ）キナゾリン，ＡｓｔｒａＺｅｎｅｃａ）；ＺＭ１０５１８０（（６−アミノ−４−（３−メチルフェニル−アミノ）−キナゾリン，Ｚｅｎｅｃａ）；ＢＩＢＸ−１３８２（Ｎ８−（３−クロロ−４−フルオロ−フェニル）−Ｎ２−（１−メチル−ピペリジン−４−イル）−ピリミド［５，４−ｄ］ピリミジン−２，８−ジアミン，Ｂｏｅｈｒｉｎｇｅｒ Ｉｎｇｅｌｈｅｉｍ）；ＰＫＩ−１６６（（Ｒ）−４−［４−［（１−フェニルエチル）アミノ］−１Ｈ−ピロロ［２，３−ｄ］ピリミジン−６−イル］−フェノール）；（Ｒ）−６−（４−ヒドロキシフェニル）−４−［（１−フェニルエチル）アミノ］−７Ｈ−ピロロ［２，３−ｄ］ピリミジン）；ＣＬ−３８７７８５（Ｎ−［４−［（３−ブロモフェニル）アミノ］−６−キナゾリニル］−２−ブチンアミド）；ＥＫＢ−５６９（Ｎ−［４−［（３−クロロ−４−フルオロフェニル）アミノ］−３−シアノ−７−エトキシ−６−キノリニル］−４−（ジメチルアミノ）−２−ブテンアミド）（Ｗｙｅｔｈ）；ＡＧ１４７８（Ｐｆｉｚｅｒ）；ＡＧ１５７１（ＳＵ５２７１；Ｐｆｉｚｅｒ）；ラパチニブ（ＴＹＫＥＲＢ（登録商標），ＧＳＫ５７２０１６又はＮ−［３−クロロ−４−［（３フルオロフェニル）メトキシ］フェニル］６［５［［［２メチルスルホニル）エチル］アミノ］メチル］−２−フラニル］−４−キナゾリンアミン；Ｇｌａｘｏ−ＳｍｉｔｈＫｌｉｎｅ）等の二重ＥＧＦＲ／ＨＥＲ２チロシンキナーゼ阻害剤を含む。

いくつかの実施態様において、「ＥＧＦＲ阻害剤」は、例えば、ＨＥＲ２、ＨＥＲ３又はＨＥＲ４のような１以上の追加のＨＥＲファミリーメンバーを阻害する、上記のような多重特異性ＨＥＲ阻害剤を含む。そのような実施態様において、ＥＧＦＲ阻害剤は、ＥＧＦＲ及びＨＥＲファミリーの他の１以上のメンバーに結合する二重特異性ＨＥＲ阻害剤である。そのような実施態様において、二重特異性ＨＥＲ阻害剤は、抗体である。そのような実施態様において、二重特異性抗体は、ＨＥＲ３及びＥＧＦＲの両方に特異的である。ＥＧＦＲ阻害剤の例は、ＵＳ２０１０／０２５５０１０（引用により、本明細書に明示的組み込まれる）に記載の多重特異性抗体を含み、抗ＥＧＦＲ／ＨＥＲ３抗体「ＤＬ１１ｆ」を含むが、これに限定されない。

「チロシンキナーゼ阻害剤」は、ＨＥＲ受容体のようなチロシンキナーゼのチロシンキナーゼ活性を阻害する分子である。そのような阻害剤の例は、先の段落に記載のＥＧＦＲ標的薬；Ｔａｋｅｄａから入手可能なＴＡＫ１６５のような低分子ＨＥＲ２チロシンキナーゼ阻害剤；ＥｒｂＢ２受容体チロシンキナーゼの経口選択的阻害剤である、ＣＰ−７２４，７１４（Ｐｆｉｚｅｒ及びＯＳＩ）；ＥＧＦＲに選択的に結合するが、ＨＥＲ２過剰発現細胞及びＥＧＦＲ過剰発現細胞の両方を阻害する、ＥＫＢ−５６９のような二重ＨＥＲ阻害剤（Ｗｙｅｔｈから入手可能）；経口ＨＥＲ２及びＥＧＦＲチロシンキナーゼ阻害剤であるラパチニブ（ＧＳＫ５７２０１６；Ｇｌａｘｏ−ＳｍｉｔｈＫｌｉｎｅから入手可能）；カネルチニブ（ＣＩ−１０３３；Ｐｈａｒｍａｃｉａ）のような全ＨＥＲ阻害剤；ＩＳＩＳ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓから入手可能な、Ｒａｆ−１シグナリングを阻害するアンチセンス薬剤ＩＳＩＳ−５１３２のようなＲａｆ−１阻害剤；メシル酸イマチニブのような非ＨＥＲ標的ＴＫ阻害剤（Ｇｌａｘｏ ＳｍｉｔｈＫｌｉｎｅから入手可能なＧＬＥＥＶＥＣ）；スニチニブ（ＳＵＴＥＮＴ（登録商標）、Ｐｆｉｚｅｒから入手可能）のような多重標的チロシンキナーゼ阻害剤；バタラニブ（ＰＴＫ７８７／ＺＫ２２２５８４、Ｎｏｖａｒｔｉｓ／Ｓｃｈｅｒｉｎｇ ＡＧから入手可能）のようなＶＥＧＦ受容体チロシンキナーゼ阻害剤；ＭＡＰＫ細胞外調節キナーゼＩ阻害剤ＣＩ−１０４０（Ｐｈａｒｍａｃｉａから入手可能）；ＰＤ１５３０３５，４−（３−クロロアニリノ）キナゾリンのようなキナゾリン；ピリドピリミジネス；ピリミドピリミジネス；ＣＧＰ５９３２６、ＧＰ６０２６１及びＣＧＰ６２７０６のようなピロロピリミジネス；ピラゾロピリミジネス，４−（フェニルアミノ）−７Ｈ−ピロロ［２，３−ｄ］ピリミジネス；クルクミン（ジフェルロイル メタン，４，５−ビス（４−フルオロアニリノ）フタルイミド）；ニトロチオフェン部分を含むチルホスチネス；ＰＤ−０１８３８０５（Ｗａｒｎｅｒ−Ｌａｍｂｅｒ）；アンチセンス分子（例えば、ＨＥＲをコードする核酸に結合する分子）；キノキサリネス（米国特許第５，８０４，３９６号）；トリホスチンス（米国特許第５，８０４，３９６号）；ＺＤ６４７４（Ａｓｔｒａ Ｚｅｎｅｃａ）；ＰＴＫ−７８７（Ｎｏｖａｒｔｉｓ／Ｓｃｈｅｒｉｎｇ ＡＧ）；ＣＩ−１０３３（Ｐｆｉｚｅｒ）のような全ＨＥＲ阻害剤（ｐａｎ−ＨＥＲ ｉｎｈｉｂｉｔｏｒｓ）；Ａｆｆｉｎｉｔａｃ（ＩＳＩＳ３５２１；Ｉｓｉｓ／Ｌｉｌｌｙ）；メシル酸イマチニブ（ＧＬＥＥＶＥＣ）；ＰＫＩ１６６（Ｎｏｖａｒｔｉｓ）；ＧＷ２０１６（Ｇｌａｘｏ ＳｍｉｔｈＫｌｉｎｅ）；ＣＩ−１０３３（Ｐｆｉｚｅｒ）；ＥＫＢ−５６９（Ｗｙｅｔｈ）；Ｓｅｍａｘｉｎｉｂ（Ｐｆｉｚｅｒ）；ＺＤ６４７４（ＡｓｔｒａＺｅｎｅｃａ）；ＰＴＫ−７８７（Ｎｏｖａｒｔｉｓ／Ｓｃｈｅｒｉｎｇ ＡＧ）；ＩＮＣ−１Ｃ１１（Ｉｍｃｌｏｎｅ）；又は以下の任意の特許公報に記載される阻害剤を含む：米国特許第５，８０４，３９６号；ＷＯ１９９９／０９０１６（Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｃｙａｎａｍｉｄ）；ＷＯ１９９８／４３９６０（Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｃｙａｎａｍｉｄ）；ＷＯ１９９７／３８９８３（Ｗａｒｎｅｒ Ｌａｍｂｅｒｔ）；ＷＯ１９９９／０６３７８（Ｗａｒｎｅｒ Ｌａｍｂｅｒｔ）；ＷＯ１９９９／０６３９６（Ｗａｒｎｅｒ Ｌａｍｂｅｒｔ）；ＷＯ１９９６／３０３４７（Ｐｆｉｚｅｒ，Ｉｎｃ）；ＷＯ１９９６／３３９７８（Ｚｅｎｅｃａ）；ＷＯ１９９６／３３９７（Ｚｅｎｅｃａ）；及びＷＯ１９９６／３３９８０（Ｚｅｎｅｃａ）。

用語「抗体」及び「免疫グロブリン」は、区別なく、広義に用いられ、モノクローナル抗体（例えば、全長又はインタクトなモノクローナル抗体）、ポリクローナル抗体、一価抗体、多価抗体、多重特異性抗体（例えば、所望の生物学的活性を示す二重特異性抗体）を含み、また、特定の抗体断片を含んでもよい（本明細書においてより詳細に示される）。抗体は、キメラ、ヒト、ヒト化、及び／又はアフィニティ成熟された抗体であってもよい。

「低分子」又は「有機低分子」は、本明細書において、約５００ダルトン未満の分子量を有する有機分子と定義される。

本明細書において「標識」は、検出可能な化合物又は組成物を指す。標識は、それ自身によって（例えば、放射性同位体標識又は蛍光標識）検出可能であってもよく、又は、酵素標識の場合、検出可能産物となる基質化合物又は組成物の化学的変更に触媒作用をもたらしてもよい。検出可能な標識として機能する放射性核種は、例えば、Ｉ−１３１、Ｉ−１２３、Ｉ−１２５、Ｙ−９０、Ｒｅ−１８８、Ｒｅ−１８６、Ａｔ−２１１、Ｃｕ−６７、Ｂｉ−２１２及びＰｄ−１０９を含む。

核酸、ポリペプチド、又は抗体のような「単離された」生物学的分子は、自然環境の少なくとも１つの成分から、同定及び単離及び／又は回収されたものである。

ハイブリダイゼーション反応の「ストリンジェンシー（厳しさ、Ｓｔｒｉｎｇｅｎｃｙ）」は、当業者によって容易に決定され得、そして、プローブの長さ、洗浄温度、及び塩濃度に依存して実証的に算定できるものである。通常、より長いプローブは適切なアニーリングのためにより高い温度を必要とし、より短いプローブは低い温度を必要とする。ハイブリダイゼーションは、相補鎖がその溶解温度より低い環境に存在する場合、通常、変性したＤＮＡの再アニールのための能力に依存する。プローブとハイブリダイズする配列との間の所望の相同性が高ければ高いほど、使用する温度は高い。結果として、より高い温度によって反応条件はより厳しいものとなり、一方、より低い温度によって反応条件はより緩くなる。ハイブリダイゼーション反応のストリンジェンシーのさらなる詳細、及び、説明は、Ausubel et al., Current Protocols in Molecular Biology, Wiley Interscience Publishers, (1995)を参照のこと。

本明細書において定義される「ストリンジェントな条件」又は「高ストリンジェンシーの条件」は、次のように同定され得る：（１）例えば、５０℃、０．０１５Ｍ塩化ナトリウム／０．００１５Ｍ クエン酸ナトリウム／０．１％ドデシル硫酸ナトリウムといった、低いイオン強度及び高温を洗浄のために使用すること；（２）ハイブリダイゼーションの間、０．１％ウシ血清アルブミン／０．１％フィコール／０．１％ポリビニルピロリドン／４２℃で、７５０ｍＭ塩化ナトリウム、７５ｍＭクエン酸ナトリウムを含むｐＨ６．５の５０ｍＭリン酸ナトリウム緩衝液、を含む５０％（ｖ／ｖ）ホルムアミドを例とする、ホルムアミドのような変性剤を使用すること；又は（３）５０％ホルムアミド、５×ＳＳＣ（０．７５Ｍ 塩化ナトリウム、０．０７５Ｍクエン酸トリウム）、５０ｍＭリン酸ナトリウム（ｐＨ６．８）、０．１％ピロリン酸ナトリウム、５×デンハルト溶液、超音波処理したサケ精子ＤＮＡ（５０μｇ／ｍｌ）、０．１％ＳＤＳ、及び１０％デキストランスルファートを含む４２℃の溶液で一晩ハイブリダイゼーションし、０．２×ＳＳＣ（塩化ナトリウム／クエン酸ナトリウム）において１０分間４２℃で洗浄し、その後、ＥＤＴＡを含む０．１×ＳＳＣで１０分間、５５℃で高ストレンジェンシー洗浄すること。

「ややストリンジェントな条件（Ｍｏｄｅｒａｔｅｌｙ ｓｔｒｉｎｇｅｎｔ ｃｏｎｄｉｔｉｏｎｓ）」は、Sambrook et al., Molecular Cloning: A Laboratory Manual, New York: Cold Spring Harbor Press, 1989に記載されるように定義され得、そして、上記よりも厳しくない（ｌｅｓｓ ｓｔｒｉｎｇｅｎｔ）洗浄液及びハイブリダイゼーション条件（例えば、温度、イオン強度、ＳＤＳの％）の使用を含む。ややストリンジェントな条件の例は、２０％ホルムアミド、５×ＳＳＣ（１５０ｍＭ塩化ナトリウム、１５ｍＭクエン酸三ナトリウム）、５０ｍＭリン酸ナトリウム（ｐＨ７．６）、５×デンハルト溶液、１０％デキストランスルファート、及び２０ｍｇ／ｍｌ変性せん断サーモン精子ＤＮＡを含む溶液中での３７℃での一晩のインキュベーション、及び、その後の１×ＳＳＣ中での約３７〜５０℃でのフィルターの洗浄である。当業者は、プローブの長さ等の因子に適合するように、必要に応じ、温度、イオン強度、等をどのように調節するか理解し得る。

ＥＧＦＲ阻害剤に対する腫瘍応答性に関連するＬＫＢ１における核酸及びアミノ酸のバリエーションが、本明細書に記載される。これらのバリエーションは、ＥＧＦＲ阻害剤に対する応答性のバイオマーカーを提供する。

バリエーション
原発腫瘍及び培養腫瘍細胞における、ＬＫＢ１遺伝子における周知のバリエーションは、例えば、Ｓｏｍａｔｉｃ Ｍｕｔａｔｉｏｎｓ Ｉｎ Ｃａｎｃｅｒ （ＣＯＳＭＩＣ, cancer.sanger.ac.uk/ cancergenome/projects/cosmic/)のカタログに記載される。表１は、原発腫瘍及び培養腫瘍細胞において同定されるＣＯＳＭＩＣデータベースにおけるＬＫＢ１バリエーションのリストを示す。表１のバリエーションは、発生順にリストされ、ＬＫＢ１タンパク質のアミノ酸位置により示されている。表の第１カラムは、ＬＫＢ１タンパク質におけるバリエーションのアミノ酸位置をリストし、第２カラムは、バリエーションによって生じるＬＫＢ１コーディング配列の変化をリストしている。第３カラムは、バリエーションによって生じるＬＫＢ１アミノ酸配列の変化をリストしている。第４カラムは、各バリエーションに割り当てられる変異ＩＤをリストしている。第５カラムは、変異を有する特有の試料の数をリストしている。最終カラムは、バリエーションの型をリストしている。

ＬＫＢ１アミノ酸は、翻訳されたｃＤＮＡ配列におけるその位置に応じて番号付けされている。ヌクレオチド置換が停止コドン（すなわち、ナンセンス変異）をもたらす場合、対応するアミノ酸変化が「＊」で示される（例えば、アミノ酸変化「Ｑ３７＊」を示す、第３データ列の３７位のバリエーションを参照）。ヌクレオチドの導入又は欠失がフレームシフトをもたらす場合、対応するアミノ酸変化は「ｆｓ＊」、及び、停止コドン前のフレームシフトのアミノ酸の数を示す番号で示される（例えば、２８位の「ｐ．Ｐ２８１ｆｓ＊６」を参照）。コード配列の欠失部分は、欠失の最初のヌクレオチド、下線（＿）、及び欠失の最後のヌクレオチドによって示され、そして、「ｄｅｌ」という語の後に欠失したヌクレオチドの数が記載される（例えば、データ列１０の「ｃ．４６５＿５９７ｄｅｌ１３３」を参照）。スプライシング接合箇所は、「＋」（スプライシングのドナー）及び「−」（スプライシングの受け入れ側）で示され、「＋」又は「−」の後に続く番号は、ＧＴ（ドナー部位、例えば、Ｇが＋１及びＴが＋２）又はＡＧ（受け入れ側部位、例えばＧが−１、Ａが−２）に対応する位置を示す。いくつかの例において、スプライシング箇所の変異を含むＬＫＢ１遺伝子は、ＬＫＢ１タンパク質を発現しなくてもよい（「ｐ．？」で示される）。

表２は、ＣＯＳＭＩＣデータベースにおいて同定示されたＬＫＢ１変異における、非限定的な腫瘍のリストを示す。第１カラムは、腫瘍が由来する第１次組織を示す。第２カラムは、ＬＫＢ１変異体を有する特有の型の試料の数を示す。第３カラムは、その特有の型の試料の総数を示す。第４カラムは、ＬＫＢ１変異を有すると同定された型の腫瘍のパーセンテージを示す。

バリエーションは、本明細書において表２に示される腫瘍型において同定されたが、他の種類のがんは、それらのがんにこれらのいずれかのバリエーションが存在するかどうかを決定するために通常使用される方法でスクリーニングされてもよい。本発明の方法は、バリエーションが表１にリストされているかどうかに関わらず、ＬＫＢ１にバリエーションを含む如何なるがんに対しても適用可能である。

上記任意の方法によれば、ヌクレオチドのバリエーションは、体細胞変異又は生殖細胞系の多型であってもよい。

組成物
いくつかの実施態様において、アレル特異的オリゴヌクレオチドは、ヌクレオチドのバリエーション（例えば、置換）を含むＬＫＢ１ポリヌクレオチドのある領域にハイブリダイズするように提供される。いくつかの実施態様において、ヌクレオチドのバリエーションは、表１から選択されるヌクレオチドの位置におけるものである。いくつかの実施態様において、ヌクレオチドのバリエーションは、表１から選択されるヌクレオチドの変化である。アレル特異的オリゴヌクレオチドは、ＬＫＢ１ポリヌクレオチドの領域にハイブリダイズするとき、ヌクレオチドのバリエーションと対になるヌクレオチドを含む。いくつかの実施態様において、アレル特異的オリゴヌクレオチドの相補鎖が提供される。いくつかの実施態様において、マイクロアレイは、１以上のアレル特異的オリゴヌクレオチド及び／又はその相補鎖を含む。いくつかの実施態様において、アレル特異的オリゴヌクレオチド又はその相補鎖は、アレル特異的プライマーである。

アレル特異的オリゴヌクレオチドは、そのアレル特異的オリゴヌクレオチドに一致する対照オリゴヌクレオチドとの結合に使用できるが、ヌクレオチドのバリエーションと特異的に対になるヌクレオチドが、野生型ＬＫＢ１ポリヌクレオチド内の対応するヌクレオチドと特異的に対になるヌクレオチドで置換される場合を除く。そのようなオリゴヌクレオチドは、ＫＢ１オリゴヌクレオチドハイブリダイゼーション条件下において、ヌクレオチドのバリエーションを含むＬＫＢ１ポリヌクレオチドと、対応する野生型ヌクレオチドを含むＬＫＢ１ポリヌクレオチドとを識別可能な、競合結合アッセイに使用されてもよい。例えば、オリゴヌクレオチドの長さ及び組成に基づいた、通常の方法を使用し、当業者は、（ａ）アレル特異的オリゴヌクレオチドが選択的にＬＫＢ１ポリヌクレオチドに結合し、（ｂ）対照オリゴヌクレオチドがヌクレオチドのバリエーションを含むＬＫＢ１ポリヌクレオチドに対応する野生型ＬＫＢ１ポリヌクレオチドに結合する、適切なハイブリダイゼーション条件に想到することができる。例示的条件は、その後に、５５℃又は室温での２×ＳＳＰＥ及び０．１％ＳＤＳでの洗浄が続く、例えば、５５℃での５×標準生理食塩水リン酸ＥＤＴＡ（ＳＳＰＥ）及び０．５％ＮａＤｏｄＳＯ_４（ＳＤＳ）のような、高ストリンジェンシーな条件を含む。

いくつかの実施態様において、本明細書において提供された単離されたポリヌクレオチドは、例えば、放射性同位体、蛍光剤、又は、発色性剤（ｃｈｒｏｍｏｇｅｎｉｃ ａｇｅｎｔ）で、検出可能なように標識されている。別の実施態様において、単離されたポリヌクレオチドはプライマーである。別の実施態様において、単離されたポリヌクレオチドは、例えば、アレル特異的オリゴヌクレオチドのような、オリゴヌクレオチドである。別の実施態様において、オリゴヌクレオチドは、例えば、７〜６０ヌクレオチド長、９〜４５ヌクレオチド長、１５〜３０ヌクレオチド長、又は１８〜２５ヌクレオチド長であってもよい。別の実施態様において、オリゴヌクレオチドは、例えば、ＰＮＡ、モルホリノ−ホスホルアミデート、ＬＮＡ、又は２’−アルコキシアルコキシであってもよい。本明細書において提供されるオリゴヌクレオチドは、例えば、ヌクレオチドのバリエーションの検出のためのハイブリダイゼーションプローブとして有効である。

別の態様において、結合剤は、野生型ＬＫＢ１に比較し、アミノ酸バリエーションを含むＬＫＢ１に選択的に結合する条件で提供される。いくつかの実施態様において、アミノ酸のバリエーションは、少なくとも図２から選択されるアミノ酸位置でのバリエーションである。いくつかの実施態様において、アミノ酸のバリエーションは、図２から選択されるアミノ酸の変化である。いくつかの実施態様において、結合剤は抗体である。

いくつかの実施態様において、診断キットが提供される。いくつかの実施態様において、キットは前述のポリヌクレオチドを含む。いくつかの実施態様において、キットは、酵素を更に含む。いくつかの実施態様において、酵素は、ヌクレアーゼ、リガーゼ、及びポリメラーゼから選択される少なくとも一つの酵素である。いくつかの実施態様において、キットは、前述の結合剤のいずれかを含む。

治療及び診断方法
ＬＫＢ１における体細胞変異は、例えば、非小細胞肺がん及び表２に示されるがんを含む、多くの散発性がんにおいて発見されている。本願発明者らは、不活性化ＬＫＢ１遺伝子を含む肺及び膵臓組織が、ＥＧＦの存在下で、野生型組織よりも実質的に、より成長を示すことを発見した。更に、不活性化ＬＫＢ１遺伝子を含む組織におけるＥＧＦ誘導成長は、ＥＧＦＲ阻害剤により効果的に阻害される。

従って、いくつかの実施態様において、ＥＧＦＲ阻害剤に対するがんの応答性を予測するための方法が提供され、その方法は、がんにおけるＬＫＢ１変異の存在を決定することを含み、がんにおけるＬＫＢ１変異の存在は、ＥＧＦＲ阻害剤を用いた治療に対しがんが応答することを示す。いくつかの実施態様において、ＥＧＦＲ阻害剤が有効であると見込まれるがん患者を同定する方法が提供され、当該方法は、患者のがんがＬＫＢ１変異を含むかどうかを決定することを含み、ＬＫＢ１変異の存在は、そのがん患者にＥＧＦＲ阻害剤が有効であると見込まれることを示す。いくつかの実施態様において、がん患者のための治療を選択する方法が提供され、当該方法は、（ａ）患者のがんがＬＫＢ１変異を含むかどうかを決定すること；及び（ｂ）患者のがんがＬＫＢ１変異を含む場合、ＥＧＦＲ阻害剤をその治療のために選択すること、を含む。

いくつかの実施態様において、ＬＫＢ１変異は、ＬＫＢ１ポリヌクレオチドにおけるバリエーションを含む。例示的なバリエーションは、挿入、欠失、逆位、及び置換を含むがこれらに限定されず、ＬＫＢ１コード配列において又は遺伝子の非翻訳領域において生じてもよい。いくつかの実施態様において、ＬＫＢ１ポリヌクレオチドにおけるバリエーションは、表１から選択されるヌクレオチドにおけるヌクレオチドのバリエーションである。いくつかの実施態様において、ＬＫＢ１ポリヌクレオチドにおけるバリエーションは、表１から選択されるヌクレオチドの変化である。いくつかの実施態様において、ＬＫＢ１変異は、ＬＫＢ１遺伝子の欠失である。

ＬＫＢ１ポリヌクレオチドにおけるバリエーションは、ＬＫＢ１ポリヌクレオチドにおけるバリエーションをもたらしてもよい。そのようなバリエーションは、置換、欠失、及び、短鎖化を含むが、これらに限定されない。いくつかの実施態様において、ＬＫＢ１ポリヌクレオチドにおけるバリエーションは、表１から選択されるアミノ酸の位置におけるバリエーションである。いくつかの実施態様において、ＬＫＢ１ポリペプチドにおけるバリエーションは、表１から選択されるアミノ酸の変化である。

いくつかの実施態様において、がんは、大細胞癌、カルチノイド腫瘍、神経内分泌系原発性腫瘍、頭頸部扁平上皮癌（ＨＮＳＣＣ）、結腸直腸がん、子宮頸がん、メラノーマ、皮膚がん、平滑筋腫、胃がん、グリオブラストーマ、卵巣がん、小細胞肺がん（ＳＣＬＣ）、非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）、膵臓がん、食道がん、胃がん、甲状腺がんから選択される。いくつかの実施態様において、がんは、表２にリストされるがんから選択される。いくつかの実施態様において、がんは、肺がん、膵臓がん、結腸直腸がん、及び頭頸部がんから選択される。

がん（すなわち、がんから取得した試料、又は、例えば生検により又は循環がん細胞として、任意の手段によってがんから単離された細胞）においてＬＫＢ１変異の存在を決定する方法は、当該技術分野で周知である。例えば、リアルタイムＰＣＲを使用した、ＬＫＢ１遺伝子における特異的変異の検出のためのアッセイが周知である（Ｑｉａｇｅｎ、Ｖａｌｅｎｃｉａ、ＣＡから入手可能）。

核酸は、例えば、ゲノムＤＮＡ、ゲノムＤＮＡから転写されたＲＮＡ、又はＲＮＡから生成されたｃＤＮＡであってもよい。核酸は、例えば哺乳動物のような脊椎動物に由来してもよい。核酸は、直接的にその供給源から取得される場合、又は核酸のコピーがその供給源に見いだされる場合、特定の供給源に「に由来する」とされる。

核酸及びアミノ酸配列におけるバリエーションは、当業者に周知の特定の方法によって検出されてもよい。そのような方法は、ＤＮＡシークエンシング；アレル特異的ヌクレオチドインコーポレーションアッセイ及びアレル特異的プライマーエクステンションアッセイ（例えば、アレル特異的ＰＣＲ、アレル特異的ライゲーション連鎖反応（ＬＣＲ）、及びギャップ−ＬＣＲ（ｇａｐ−ＬＣＲ）を含む、プライマーエクステンションアッセイ；アレル特異的オリゴヌクレオチドハイブリダイゼーションアッセイ（例えば、オリゴヌクレオチドライゲーションアッセイ）；切断から保護する薬剤が核酸二本鎖におけるミスマッチ塩基を検出するのに用いられる、切断保護アッセイ（ｃｌｅａｖａｇｅ ｐｒｏｔｅｃｔｉｏｎ ａｓｓａｙｓ）；ＭｕｔＳタンパク質結合のアッセイ；変異体及び野生型核酸分子を比較する、電気泳動アッセイ；変性−グラジエントゲル電気泳動（ＤＧＧＥ、例えば、Myers et al. (1985) Nature 313:495に記載される）；ミスマッチ塩基対におけるＲＮａｓｅ切断アッセイ；ヘテロ二本鎖ＤＮＡの化学的又は酵素的切断アッセイ；質量分析（例えば、ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ）；ジセネッティックビットアナリシス（ｇｅｎｅｔｉｃ ｂｉｔ ａｎａｌｙｓｉｓ （ＧＢＡ））；５’ヌクレアーゼアッセイ（例えば、ＴａｑＭａｎ（登録商標））；及び分子ビーコンを使用したアッセイを含むが、これらに限定されない。これらの方法のいくつかは、以下で更に詳細に議論される。

標的核酸におけるバリエーションの検出は、当該技術分野で周知の技術を用いた、分子クローニング及び標的核酸のシークエンシングによって達成される。一方、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）のような増幅技術は、標的核酸配列を、腫瘍組織から取得したゲノムＤＮＡ試料から直接的に増幅するために使用し得る。続いて、増幅された配列の核酸配列が決定され、変異体はその配列から同定される。増幅技術は、当該技術分野で周知であり、例えば、ポリメラーゼ連鎖反応はSaiki et al., Science 239:487, 1988；米国特許第４，６８３，２０３号及び第４，６８３，１９５号に記載されている。

当該技術分野で周知のリガーゼ連鎖反応も、標的核酸配列を増幅するために使用され得る（例えば、Wu et al., Genomics 4:560-569 (1989)を参照）。更に、アレル特異的ＰＣＲとして周知の技術も、バリエーション（例えば、置換）を検出するために使用され得る。例えば、Ruano and Kidd (1989) Nucleic Acids Research 17:8392；McClay et al. (2002) Analytical Biochem. 301:200-206を参照のこと。本技術の特定の実施態様において、プライマーの３’末端ヌクレオチドが標的核酸における特定のバリエーションに相補的（すなわち、特異的に塩基対となることが可能）をである場合、アレル特異的プライマーが使用される。特定のバリエーションが存在しない場合、増幅産物は観察されない。対立遺伝子特異的増幅変異検出系（Ａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎ Ｒｅｆｒａｃｔｏｒｙ Ｍｕｔａｔｉｏｎ Ｓｙｓｔｅｍ （ＡＲＭＳ））も、バリエーション（例えば、置換）を検出するために使用され得る。ＡＲＭＳは、例えば、欧州特許公報第０３３２４３５号、及びNewton et al., Nucleic Acids Research, 17:7, 1989に記載されている。

バリエーション（例えば、置換）を検出するために有効な他の方法は、（１）一塩基エクステンションアッセイのようなアレル特異的ヌクレオチドインコーポレーションアッセイ（例えば、 Chen et al. (2000) Genome Res. 10:549-557; Fan et al. (2000) Genome Res. 10:853-860; Pastinen et al. (1997) Genome Res. 7:606-614; 及びYe et al. (2001) Hum. Mut. 17:305-316)を参照）；（２）アレル特異的ＰＣＲを含む、アレル特異的プライマーエクステンションアッセイ（例えば、Ye et al. (2001) Hum. Mut. 17:305-316; 及びShen et al. Genetic Engineering News, vol. 23, Mar. 15, 2003)；（３）５’ヌクレアーゼアッセイ（例えば、De La Vega et al. (2002) BioTechniques 32:S48-S54（ＴａｑＭａｎ（登録商標）アッセイを記載）;Ranade et al. (2001) Genome Res. 11:1262-1268;及びShi (2001) Clin. Chem. 47:164-172を参照)；（４）分子ビーコンを使用したアッセイ（例えば、Tyagi et al. (1998) Nature Biotech. 16:49-53; 及びMhlanga et al. (2001) Methods 25:463-71を参照)；及び（５）オリゴヌクレオチドライゲーションアッセイ（例えば、Grossman et al. (1994) Nuc. Acids Res. 22:4527-4534; 米国特許出願第2003/0119004 A1号；PCT国際出願広報WO 01/92579 A2；及び米国特許公報第6,027,889号を参照）を含むが、これらに限定されない。

バリエーションは、ミスマッチ検出法（ｍｉｓｍａｔｃｈ ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ ｍｅｔｈｏｄｓ）によって検出されてもよい。ミスマッチは、１００％相補的ではない、ハイブリダイズした核酸及び二本鎖である。総合的な相補性の欠如は、欠失、挿入、逆位、又は置換によるものであってもよい。ミスマッチ検出法の一例は、例えば、Faham et al., Proc. Natl Acad. Sci. USA 102:14717-14722 (2005)及びFaham et al., Hum. Mol. Genet. 10 ：1657-1664（2001）に記載される、ミスマッチ修復法（Ｍｉｓｍａｔｃｈ Ｒｅｐａｉｒ Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ （ＭＲＤ））である。ミスマッチ切断技術の別の例は、Winter et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 82:7575, 1985、及びMyers et al., Science 230:1242, 1985に詳細に記載される、ＲＮａｓｅプロテクション法（ＲＮａｓｅ ｐｒｏｔｅｃｔｉｏｎ ｍｅｔｈｏｄ）である。例えば、発明の方法は、ヒト野生型標的核酸に相補的な標識されたリボプローブの使用に関連してもよい。リボプローブ及び組織資料に由来する標的核酸は、共にアニール（ハイブリダイズ）され、続いて、二本鎖ＲＮＡ構造において複数のミスマッチを検出することのできる、酵素ＲＮａｓｅＡを用いて消化される。ミスマッチがＲＮａｓｅＡによって検出される場合、そのミスマッチ箇所で切断される。次に、アニールされたＲＮＡ試料は、電気泳動ゲルマトリックスにおいて分離される。ミスマッチが検出され、ＲＮａｓｅＡで切断されている場合、リボプローブ及びそのｍＲＮＡ又はＤＮＡによって、完全長二本鎖ＲＮＡよりも小さいＲＮＡ産物が認められる。リボプローブは、標的核酸の完全長である必要はなく、標的核酸の一部分でもよく、バリエーションを有すると疑われる位置を包含するように提供される。

同様に、例えば、酵素的又は化学的切断を介して、ＤＮＡプローブはミスマッチを検出するために使用され得る（例えば、Cotton et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 85:4397, 1988; 及び Shenk et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 72:989, 1975を参照）。一方、マッチした二本鎖に対して、ミスマッチした二本鎖の電気泳動における移動が変化することによって、ミスマッチが検出され得る（例えば、Cariello, Human Genetics, 42:726, 1988参照）。リボプローブ又はＤＮＡプローブの何れかによって、バリエーションを含むことが疑われる標的核酸が、ハイブリダイゼーションの前に、増幅されてもよい。標的核酸における変化は、特に変化が欠失及び挿入のような全体的な再構成の場合、サザンハイブリダイゼーションによっても検出され得る。

標的核酸又は周辺のマーカー遺伝子のための制限酵素断片長多型（ＲＦＬＰ）プローブは、例えば、挿入又は欠失のようなバリエーションを検出するために使用され得る。挿入及び欠失は、標的核酸のクローニング、シークエンシング、及び増幅によっても検出され得る。一本鎖高次構造多型（ＳＳＣＰ）分析も、アレルの塩基変化変異体を検出するために使用され得る（例えば、Orita et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 86:2766-2770, 1989, and Genomics, 5:874-879, 1989参照）。

本発明は、本発明を実施する方法のために適した様々な組成物も提供する。例えば、本発明は、方法に使用するアレイを提供する。いくつかの実施態様において、本発明のアレイは、変異体を検出するために有効な個々の核酸分子又は核酸分子の集合を含む。例えば、本発明のアレイは、離散的に配置された一連の個々のアレル特異的オリゴヌクレオチド、又はアレル特異的オリゴヌクレオチドの集合を含んでもよい。スライドガラスのような固体基板に核酸を付着させるための様々な技術が当該技術分野で周知である。一つの方法は、合成された核酸分子に対し、アミン基、アミン基の誘導体、又は正電荷を持つ別の基のような、固体基盤に対して付着可能反応な部分を含む、修飾された塩基又はアナログを組みこむための方法である。合成産物は、次に、アルデヒド又は他の反応基によりコートされたスライドグラスのような、固体基盤と接触せしめられる。アルデヒド又は他の反応基は、増幅産物の反応部分と共有結合を形成し、産物はスライドグラスに共有結合的に付着する。アミノプロピルシラン表面化学（ａｍｉｎｏ ｐｒｏｐｒｙｌ ｓｉｌｉｃａｎ ｓｕｒｆａｃｅ ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ）を使用した方法等の他の方法も、当該技術分野で周知である。

上記任意の方法に従い、当業者に周知の特定の方法を用いて取得した適切な生物学的試料を使用して、がんにおけるＬＫＢ１変異の存在は決定され得る。生物学的試料は、脊椎動物、特に、哺乳動物から取得されてもよい。組織生検は、腫瘍組織の代表的な一片を取得するためにしばしば使用される。一方、腫瘍細胞は、目的の腫瘍細胞を含むことが知られる、又は、含むと考えられる組織又は体液の形で、間接的に取得され得る。例えば、肺がん病変の試料は、切除、気管支鏡検査法、細針吸引、気管支ブラッシングによって、又は、唾液、胸膜液又は血液から、取得してもよい。標的核酸（又はコードされるポリペプチド）におけるバリエーションは、腫瘍試料から、又は尿、唾液、血清のような他の身体試料から検出されてもよい。がん細胞は、腫瘍からはがれおち、そのような身体試料に現れる。そのような身体試料のスクリーニングによって、がんのような疾患のための早期簡易診断が達成され得る。更に、治療の進行が、標的核酸（又はコードされるポリペプチド）におけるバリエーションについて、そのような身体試料を試験することによって、より簡易にモニターされ得る。更に、腫瘍細胞のための試料調製物を濃縮するための方法は、当該技術分野で周知である。例えば、試料は、パラフィン又はクリオスタット（ｃｒｙｏｓｔａｔ）切片から単離されてもよい。がん細胞は、また、フローサイトメトリー又はレーザーキャプチャーマイクロダイセクションによって正常な細胞から分離されてもよい。

いくつかの実施態様において、ＥＧＦＲ阻害剤の治療上有効量を哺乳動物に投与することを含む、ＬＫＢ１変異を含むがんを有する哺乳動物を処置する方法が提供される。

いくつかの実施態様において、（ａ）がんがＬＫＢ１変異を含むかどうかを決定すること；及び （ｂ）がんがＬＫＢ１変異を含む場合、ＥＧＦＲ阻害剤の治療上有効量を投与する工程、を含む、哺乳動物においてがんを処置する方法が提供される。

いくつかの実施態様において、ＥＧＦＲ阻害剤の治療上有効量をがんを有する哺乳動物に投与することを含む、ＬＫＢ１変異を含むがんを処置する方法であって、ＥＧＦＲ阻害剤の投与前にがんがＬＫＢ１変異を有することが決定されている方法が提供される。

本発明の別の実施態様は、ＥＧＦＲ阻害剤の治療上有効量を哺乳動物に投与することを含む、ＬＫＢ１遺伝子に変異を有する型のがんを有する哺乳動物を処置ための方法を提供する。

前述の任意の実施形態において、哺乳動物はヒトであってもよい。

いくつかの実施態様において、ＥＧＦＲ阻害剤は、ＥＧＦＲに結合する抗体である。いくつかの実施態様において、ＥＧＦＲ阻害剤は、ＥＧＦＲに結合する低分子である。いくつかの実施態様において、ＥＧＦＲ阻害剤は、エルロチニブ、セツキシマブ、パニツムマブ、ラパチニブ、ＤＬ１１ｆ、及びＧＡ２０１から選択される。

ＥＧＦＲ阻害剤は、例えば、ボーラスとして又はある期間にわたる連続的注入による、静脈内投与、筋肉内、腹腔内、脳脊髄内（ｉｎｔｒａｃｅｒｏｂｒｏｓｐｉｎａｌ）、皮下、関節内、滑膜内、髄腔内、口腔内、局所又は吸入経路による投与などの、周知の方法に従って、哺乳動物（ヒト患者のような）に投与される。抗体の静脈内投与が好ましい。

がんの予防又は処置のための、ＥＧＦＲ阻害剤の用量は、上記で定義されるように、処置されるがんの型、がんの重症度及び経過、抗体が予防又は処置目的で投与されるかどうか、以前の治療、患者の病歴及び薬に対する応答、及び医師の裁量に依存する。

いくつかの実施態様において、阻害剤の固定用量が投与される。固定用量は、患者に対して、単回、又は一連の処置にわたって適切に投与されてもよい。固定用量が投与される場合、用量は、好ましくは、約２０ｍｇから約２０００ｍｇの範囲の阻害剤である。例えば、固定用量は、約４２０ｍｇ、約５２５ｍｇ、約８４０ｍｇ、又は約１０５０ｍｇの阻害剤である。

一連の用量が投与される場合、例えば、おおよそ毎週、おおよそ２週間毎、おおよそ３週間毎、又は、おおよそ４週間毎であってもよいが、好ましくはおおよそ３週間毎である。固定用量は、例えば、疾患の進行、不都合な事象、又は医師により決定されたその他の場合が生じるまで、続けて投与されてもよい。例えば、固定用量は、約２、３、又は４回から、約１７回以上まで投与されてもよい。

いくつかの実施態様において、抗体の、１以上の負荷用量が投与され、その後、抗体の、１以上の維持用量が投与される。別の実施態様において、同用量が複数回、患者に対して投与される。

単独の抗腫瘍剤としてＥＧＦＲ阻害剤が投与されてもよいが、患者は、阻害剤の組合せによって、及び、１以上の化学療法剤によって任意で処置されてもよい。

阻害剤及び／又は化学療法剤と組み合わされてもよい他の治療剤は、次の治療剤の任意の１以上を含む：ＨＥＲ二量体化阻害剤である、第２の異なるＨＥＲ阻害剤（例えば、トラスツズマブのような成長阻害ＨＥＲ２抗体、又は、７Ｃ２、７Ｆ３又はそのヒト化変異体のような、ＨＥＲ２過剰発現細胞のアポトーシスを誘導するＨＥＲ２抗体）；ＥＧＦＲ、ＨＥＲ３、ＨＥＲ４のような異なる腫瘍関連抗原に対する抗体；抗ホルモン化合物、例えば、タモキシフェン、又はアロマターゼ阻害剤のような抗エストロゲン化合物；心保護剤（治療に関連する心筋機能不全を防止又は低減するための）；サイトカイン；ＥＧＦＲ標的薬（例えば、ＴＡＲＣＥＶＡ（登録商標）、ＩＲＥＳＳＡ（登録商標）、ＶＥＣＴＩＢＩＸ（登録商標）、又はＥＲＢＩＴＵＸ（登録商標））抗血管新生剤（特に、ＡＶＡＳＴＩＮ（商標）としてＧｅｎｅｎｔｅｃｈが販売するベバシズマブ）；チロシンキナーゼ阻害剤；ＣＯＸ阻害剤（例えば、ＣＯＸ−１又はＣＯＸ−２阻害剤）；非ステロイド抗炎症薬、セレコクシブ（ＣＥＬＥＢＲＥＸ（登録商標））；ファルネシル転移酵素阻害剤（例えば、チピファルニブ／ＺＡＲＮＥＳＴＲＡ（登録商標）Ｒ１１５７７７、Ｊｏｈｎｓｏｎ ａｎｄ Ｊｏｈｎｓｏｎから入手可能、又はロナファルニブＳＣＨ６６３３６、Ｓｃｈｅｒｉｎｇ−Ｐｌｏｕｇｈから入手可能）；オレゴボマブ（ＭｏＡｂＢ４３．１３）のような、腫瘍胎児タンパク質ＣＡ１２５に結合する抗体；ＨＥＲ２ワクチン（例えば、ＰｈａｒｍｅｘｉａのＨＥＲ２自家ワクチン、又はＤｅｎｄｒｅｏｎのＡＰＣ８０２４タンパク質ワクチン、又はＧＳＫ／ＣｏｒｉｘａのＨＥＲ２ペプチドワクチン）；別のＨＥＲ標的治療（例えば、トラスツズマブ、セツキシマブ、ＡＢＸ−ＥＧＦ、ＥＭＤ７２００、ゲフィチニブ、エルロチニブ、ＣＰ７２４７１４、ＣＩ１０３３、ＧＷ５７２０１６、ＩＭＣ−１１Ｆ８、ＴＡＫ１６５等）；Ｒａｆ及び／又はｒａｓ阻害剤（例えば、ＷＯ２００３／８６４６７参照）；ドキソルビシンＨＣｌリポソーム注射剤（ＤＯＸＩＬ（登録商標）；トポテカンのようなトポイソメラーゼＩ阻害剤；タキサン；ラパチニブ／ＧＷ５７２０１６のようなＨＥＲ２及びＥＧＦＲ二重チロシンキナーゼ阻害剤；ＴＬＫ２８６（ＴＥＬＣＹＴＡ（登録商標）；ＥＭＤ−７２００；セロトニンアンタゴニスト、ステロイド、又はベンゾジアゼピンのような、局所的又は経口抗生物質を含む、吐き気を処置する医薬；皮膚発疹を予防又治療する医薬、又は標準的なにきび治療薬；下痢を処置又は予防する医薬；アセトアミノフェン、ジフェンヒドラミン、又はメペリジン等の解熱薬；造血成長因子。

上記の共投与される任意の薬剤の好適な用量は、現在使用されているものであり、薬剤及び阻害剤の複合作用（相乗効果）により減じられてもよい。

上記の治療レジメンに加え、患者は、がん細胞の外科的除去及び／又は放射線治療に供されてもよい。

阻害剤が抗体である場合、投与される抗体は、好ましくはネイキッド抗体（ｎａｋｅｄ ａｎｔｉｂｏｄｙ）である。しかしながら、阻害剤は、細胞傷害性薬剤にコンジュゲートされていてもよい。好ましくは、コンジュゲートされた阻害剤及び／又はその結合対象である抗原は、細胞内部に移行され、それにより、コンジュゲートが結合するがん細胞の、コンジュゲートによる殺傷治療効果の増加がもたらされる。好ましい実施態様において、細胞傷害性薬剤は、がん細胞内の核酸を標的とする、又はがん細胞内の核酸と干渉する。そのような細胞傷害性薬剤の例は、メイタンシノイド、カリケアマイシ、リボヌクレアーゼ、及びＤＮＡエンドヌクレアーゼを含む。

本出願は、遺伝子治療による阻害剤の投与を検討するものである。例えば、細胞内の抗体の作成のための遺伝子治療の使用に関する、１９９６年３月１４日発行のWO96/07321を参照のこと。

患者の細胞に、インビボ及びエクスビボ（ｅｘ ｖｉｖｏ）で、核酸（任意で、ベクターに含まれる）を導入する腫瘍な２つのアプローチがある。インビボにおける送達のために、核酸は、通常抗体が必要とされる部位で、患者に直接的に注射される。エクスビボにおける処置のために、患者の細胞は取り出され、核酸がそれらの単離細胞に導入され、改変細胞が患者に直接的又は間接的に投与され、又は例えば患者に埋め込まれた多孔性膜に封入される （例えば、米国特許第４，８９２，５３８号及び第５，２８３，１８７号参照）。生細胞に核酸を導入するための様々な技術がある。その技術は、核酸がインビトロで培養細胞に導入されるか、又は対象とするホストの細胞にインビボで導入されるかによって異なる。インビトロで哺乳類細胞に核酸を導入するための好適な技術は、リポソーム、エレクトロポレーション、マイクロインジェクション、細胞融合、ＤＥＡＥ−デキストラン、リン酸カルシウム沈殿法等の使用を含む。遺伝子のエクスビボ送達のために一般に使用されるベクターはレトロウイルスである。

現在のところ、好ましいインビボの核酸導入技術は、ウイルスベクター（例えば、アデノウイルス、単純ヘルペスＩウイルス、又はアデノ関連ウイルス）及び脂質ベースのシステム（遺伝子の脂質介在導入のために有効な脂質は、例えば、ＤＯＴＭＡ、ＤＯＰＥ、及びＤＣ−Ｃｈｏである）を含む。いくつかの状況において、例えば、細胞表面タンパク質又は標的細胞、標的細胞上の受容体に対するリガンド等に対する特異的な抗体のような、標的細胞を標的とする薬剤と共に、核酸ソースを提供することが望ましい。リポソームを使用する場合、エンドサイトーシスに関連する細胞表面の膜タンパク質に結合するタンパク質は、特定の細胞型に影響を及ぼすカプシドタンパク質又はその断片、サイクリングにおいて内部移行されるタンパク質に対する抗体、及び細胞内局在を標的とする又は細胞内半減期を延長するタンパク質の、標的化及び／又は取り込みのために使用されてもよい。受容体介在エンドサイトーシスの技術は、例えば、Wu et al., J. Biol. Chem. 262:4429-4432 (1987)；及びWagner et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 87:3410-3414 (1990)に記載されている。現在周知の遺伝子マーキング及び遺伝子治療のプロトコルは、Anderson et al., Science 256:808-813 (1992)を参照のこと。また、ＷＯ９３／２５６７３、及び、そこに引用される引用文献を参照のこと。

製品
いくつかの実施態様において、上記の疾患又は健康状態を処置するために有効な物質を含む製品が提供される。製品は、容器と容器上ないしは容器に付随するラベル又はパッケージ挿入物を含む。好適な容器は、例としてボトル、バイアル、シリンジ等を含む。容器はガラス又はプラスチック等の様々な物質から形成されうる。容器は、選択される疾患又は健康状態に有効な組成物を保持し、又は含み、そして、滅菌アクセスポート（例えば、皮下注射針で穿刺可能なストッパーを有する静脈内溶液バッグ又はバイアル）を有していてもよい。組成物における少なくとも１つの活性薬剤はEGFR阻害剤である。

製品は、注射用静菌水（ＢＷＦＩ）、リン酸緩衝生理食塩水、リンゲル液、及びデキストローズ溶液のような、薬学的に許容される希釈緩衝液を含む、第２の容器を更に含んでいてもよい。製品は、他の緩衝剤、希釈剤、フィルター、針、及びシリンジを含む、商業的及び使用者の観点から望ましい他の材料を更に含んでもよい。

本発明のキット及び製品は、例えば添付文書又はラベルの形態で、患者のがんがＬＫＢ１変異を有する場合、組成物ががんの処置に使用されることを示す情報も含む。添付文書又はラベルは、例えば、紙、又は、磁気記憶媒体（例えば、フロッピーディスク）又はＣＤ−ＲＯＭのような、電子媒体のような、如何なる形態であってもよい。ラベル又は添付文書は、キット又は製品中の、薬学的組成物及び投与形態に関する他の情報を含んでもよい。

通常、そのような情報は、含まれる薬学的組成物及び投与形態の使用において、患者及び医師を、効果的に及び安全に、支援する。例えば、ＥＧＦＲ阻害剤に関する次の情報は添付文書で提供されてもよい：薬物動態、薬力学、臨床研究、有効性評価基準、指示及び使用法、禁忌、警告、注意事項、副作用、過量、適正量及び適正投与、供給方法、適正な保管条件、参照情報及び患者情報。

本発明の特定の実施形態において、製品は、薬学的に許容される担体中のＥＧＦＲ阻害剤を含む薬学的組成物、及び、ラベルを含んで、共に包装されて、提供され、ラベルは、薬学的に許容される担体、及び、阻害剤又は薬学的組成物が、本明細書に記載されるように、患者のがんがＬＫＢ１遺伝子に変異を有する場合に、ＥＧＦＲ阻害剤に応答し得る型のがんを有する患者を処置のためのものであると示されることを記載している。

任意の実施形態において、本明細書における製品は、第２の医薬を含む容器を更に含んでもよく、ＥＧＦＲ阻害剤が第１の医薬であって、かつ、製品は、その添付文書上に、患者を有効量の第２の医薬で処置するための指示を更に含んでもよい。第２の医薬は、前述の何れのものであってもよい。

添付文書は、容器上又は容器に付随している。好適な容器は、例としてボトル、バイアル、シリンジ等を含む。容器はガラス又はプラスチック等の様々な物質から形成され得る。がんを処置するのに有効な組成物を保持する又は含む容器は、滅菌アクセスポート（容器は、例えば、容器は、皮下注射針で穿刺可能なストッパーを有する静脈内溶液バッグ又はバイアルであってもよい）を有していてもよい。組成物における少なくとも１つの活性薬剤はＥＧＦＲ阻害剤である。ラベル又は添付文書は、阻害剤及び提供される任意の他の医薬の、投与量及び投与間隔についての具体的な指針による処置にふさわしい対象におけるがんの治療のために、組成物が使用されることを示している。製品は、注射用静菌水（ＢＷＦＩ）、リン酸緩衝生理食塩水、リンゲル液、及び／又はデキストローズ溶液のような、薬学的に許容される希釈緩衝液を含む追加の容器を更に含んでもよい。キットは、他の緩衝剤、希釈剤、フィルター、針、及びシリンジを含む、商業的及び使用者の観点から望ましい他の材料を更に含むことができる。

本発明の更なる詳細は、以下の非限定的な実施例により説明される。本明細書中の全ての引用文献の開示は、参照により本明細書中に明示的に援用される。

材料及び方法
Ｌｋｂ１ ベクター構築
Ｃ５７ＢＬ／６ Ｓｔｋ１１（ＬＫＢ１）ローカスを標的とするためのコンストラクトは、組換え技術を用いて作成した。（Warming et al., 2005, Nucl. Acids Res. 33: e36）C５７ＢＬ／６ ＢＡＣ（ＲＰ２３ライブラリー）からのＬｋｂ１を含むゲノム断片をｐＢｌｉｇｈｔ−ＴＫに回収した後、Ｍｅｔ１２９をグリシンに変更し、ＳｃａＩサイトをＳｓｐＩサイトに置き換えるために、エクソン３内の配列ＧＴＧ−ＡＴＧ−ＧＡＧ−ＴＡＣ−ＴＧＣ−ＧＴＡをＧＴＴ−ＧＧＧ−ＧＡＡ−ＴＡＴ−ＴＧＣ−ＧＴＡで置き換えた。ｌｏｘｐに並んでいるネオマイシンカセットを、イントロン２に導入した。ベクターの最終産物は、ＤＮＡシークエンシングで確認し、直鎖化した。Ｃ５７ＢＬ／６ Ｃ２胚性幹細胞は、標準的方法により標的化され、陽性クローンは、ネオマイシンカセットを除去するためにＣｒｅでトランスフェクトした。改変された胚性幹細胞は、胚盤胞に注射され、Ｃ５７ＢＬ６メスとキメラの掛け合わせにより、生殖細胞系伝達が得られた。

移植片培養
脾臓及び肺の各肺葉は、時限妊娠のセットアップから採取した肺から取得した。肺の移植片は、０．４μｍポリエステル膜インサートを有する１２ｍｍのＴｒａｎｓｗｅｌｌ（登録商標）（Ｃｏｒｎｉｎｇ，Ｔｅｗｓｂｕｒｙ，ＭＡ）において、１０％ウシ胎仔血清、グルタミン、及びペニシリン−ストレプトマイシン含有ＤＭＡ培養液で、気液界面で培養した。長期間培養のために（＞３日）、培養液を毎日交換した。

間充組織非含有培養のために、肺を単離し、コラゲナーゼ／ディスパーゼ（各１ｍｇ／ｍｌ）中で１０〜１５分間、室温でインキュベートした。上皮細胞を、機械的解剖により取り除き、Ｔｒａｎｓｗｅｌｌ（登録商標）プレートに移し、そして５−１０μｌのマトリゲル：ＤＭＥ（１：１）で覆った。マトリゲルが固化した後、４００μｌの培養液（ＤＭＥ／１０％ＦＣＳ／グルタミン／ｐｅｎ−ｓｔｒｅｐ＋２００ｎｇ／ｍｌＦＧＦ７（Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ，Ｃａｒｌｓｂａｄ，ＣＡ）、ＦＧＦ１（Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）、又はＥＧＦ（Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ））をウェルの上と下に添加した。エルロチニブ（Ｔａｒｃｅｖａ（登録商標）、１μＭの塩酸塩；ＯＳＩ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ）又はＤＭＳＯを、示す通り添加した。

ホールマウント免疫蛍光染色
肺の移植片を、４％パラホルムアルデヒドで固定し、２％ＢＳＡ、０．１％サポニン、又は０．１％Ｔｒｉｔｏｎ−Ｘ１００を含有するＰＢＳ中で透徹処理した。洗浄後、組織を抗Ｅ−カドヘリン（Ｓａｎｔａ Ｃｒｕｚ）で染色した。組織片をマウントし、Ｌｅｉｃａ ＳＰ５レーザー共焦点顕微鏡で画像化した。示した画像は、実質的に同条件及びセッテイングにおいて、培養し、染色し、画像化した、同腹仔の移植片を用いて行った、複数の独立した実験（ｎ≧５）を代表するものである。

ウエスタンブロット
組織を、ＰｈｏｓｐｈｏＳａｆｅ（登録商標）抽出液（ＥＭＤ Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅ）及び超音波処理により溶解した。組織及び細胞溶解液のタンパク質濃度は、ＢＣＡアッセイ（Ｐｉｅｒｃｅ）によって決定した。ＮｕＰＡＧ（登録商標）４〜１２％Ｂｉｓ Ｔｒｉｓ ｇｅｌｓ（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）を使用した電気泳動による分離の前に、βメルカプトエタノールを含むＬＤＳサンプルバッファーを５分間９５oＣで熱した。タンパク質を、ニトロセルロース膜に一晩トランスファーし、膜を、０．１％Ｔｗｅｅｎ及び５％Ｂｌｏｔｔｏを含むトリス緩衝生理食塩水（ＴＢＳ）でブロッキングし、０．１％Ｔｗｅｅｎ及び２％ＢＳＡ含有ＴＢＳバッファー中の一次抗体と一晩インキュベートした。一次抗体（ＥＧＦ受容体（Ｄ３８Ｂ１）ＸＰ（登録商標）ウサギｍＡｂ、リン酸化−ＥＧＦ受容体（Ｔｙｒ８４５）（Ｄ６３Ｂ４）ウサギｍＡｂ、リン酸化−ＥＧＦ受容体（Ｔｙｒ１１７３）（５３Ａ５）ウサギｍＡｂ、サイクリンＤ１（９２Ｇ２）ウサギｍＡｂ、全て、Ｃｅｌｌ Ｓｉｇｎａｌｉｎｇ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙから入手可能；及び抗アクチン抗体）は、ＨＲＰ−コンジュゲート二次抗体及びＥＣＬ試薬（Ｐｉｅｒｃｅ）を用いて検出した。示される実験は、複数の独立した実験（ｎ?３）の代表である。

結果
マウスのＬＫＢ１におけるホモ接合性の生殖細胞系の変異は、早期胚致死性である。 従って、細胞透過性の非加水分解性ＡＴＰアナログ（ＮＭＰＰ１）の添加によって特異的に阻害され得るアレルを設計するために、化学遺伝学的手法が、使用される（Bishop et al., 2000, Nature, 407: 393-401； Bishop at al., 2000, Ann. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 29 557-606）。このアレル（Ｌｋｂ１^ＭＧ）を、他の箇所に記載された、遺伝子操作されたマウスの系統内因性のＬＫＢ１ローカスに「ノックイン」した（Lo et al., 2012, J. Cell. Biol.,199: 1117-1130)。Ｌｋｂ１^{ＭＧ／ＭＧ}胚及び野生型同腹仔の肺及び脾臓組織を摘出し、数日間インビトロで培養した。肺は、ホールマウント移植片として、及び、ほとんどの間充組織と他の組織が肺上皮から剥がれた「間充組織非含有」状態で、培養され、肺上皮はマトリゲルで培養した（Lu et al., 2005, J. Biol. Chem., 280: 4834-4841）。この間、これらの組織の成長因子に対する応答を評価した。

Ｌｋｂ１^{ｗｔ／ｗｔ}由来の間充組織非含有移植片に対する、ＮＭＰＰ１阻害剤存在下でのＥＧＦ（１００ｎｇ／ｍｌ）の添加により、成長因子なしの場合と比較して、わずかな成長の上昇がもたらされた。これに対し、ＮＭＰＰ１存在下でのＬｋｂ１^{ＭＧ／ＭＧ}に対するＥＧＦの添加は、実質的な成長をもたらし（図１）、これは、間充組織非含有移植片におけるＬＫＢ１の阻害がＥＧＦに対する応答を増加させることを示している。ホールマウント培養においても同様の結果が認められた（図２）。この場合、ＥＧＦの添加は、培養されたＬｋｂ１^{ＭＧ／ＭＧ}の肺の腫瘍芽の実質的な増大をもたらし、そして、ＬＫＢ１^{ｗｔ／ｗｔ}肺のサイズのわずかな増大をもたらした。ホールマウント及び間充組織非含有培養の両方において、ＥＧＦ誘導成長は、エルロチニブ（Ｔａｒｃｅｖａ（登録商標）；１μＭ）の添加により阻害された。

これに対し、ＬＫＢ１が阻害された場合に上皮組織は分枝が少ない構造を示したが、線維芽細胞成長因子（ＦＧＦ）−１又はＦＧＦ−７の添加は、ＮＭＰＰ１の存在下非存在下に関わらず、ＬＫＢ１^{ｗｔ／ｗｔ}及びＬＫＢ１^{ＭＧ／ＭＧ}の両方に由来する間充組織非含有肺培養物の着実な成長をもたらした。

応答におけるこの変化がＥＧＦＲの発現レベルの違いによるものかどうか評価するために、ＥＧＦＲタンパク質レベルをウエスタンブロット法により測定した。ＥＧＦＲレベルは、ＮＭＰＰ１の存在下又は非存在下で、ＬＫＢ１^{ｗｔ／ｗｔ}及びＬＫＢ１^{ＭＧ／ＭＧ}肺の両方で同程度であった。更に、ＥＧＦの添加１０分後のＹ１１７３、Ｙ１０６８、及びＹ８４５におけるＥＧＦＲのリン酸化は変化しなかった（図３）。従って、ＥＧＦに対する培養物の応答性は、ＥＧＦＲの発現の増加によるものではなかった。

ＥＧＦシグナリングの調節におけるＬＫＢ１の同様の役割が、脾臓において同定された。我々は、後期胚から得られた脾臓移植片におけるＬｋｂ１キナーゼ活性の阻害が、嚢胞形成を著しく促進したことを、すでに報告した（Lo et al., 2012, J. Cell. Biol., 199: 1117-1130）。この実験系では、ＥＧＦ（１００ｎｇ／ｍｌ）の添加が、Ｌｋｂ１阻害により誘導される嚢胞の表現型の発達を促進した（図４）。しかし、ＥＧＦの存在下及び非存在下で発達する嚢胞は、形態学的に区別できず、そして、Ｌｋｂ１阻害がない場合に、ＥＧＦはそれ自身により嚢胞を促進しない（図５）。加えて、エルロチニブ（Ｔａｒｃｅｖａ（登録商標）；１μＭ）が、その嚢胞の表現型の発達を阻害するので、脾臓の嚢胞形成はＥＧＦＲシグナリングを必要とすると思われる（図６）。

ＬＫＢ１活性が、肺及び脾臓の上皮細胞のＥＧＦに対する応答性を変化させることを既に示した。ＥＧＦシグナリングは、いくつかのがんにおいて、重要な意味を持つ経路であることが知られているので、ＬＫＢ１変異状態は本経路の、標的化治療、及び、特にＥＧＦＲ標的化治療に対する、脆弱性又は耐性の評価に参考になるに違いない。上記実験により示されるように、がんにおけるＬＫＢ１変異がＥＧＦに対するがんの応答性を増加させることが予測され、従って、本明細書に記載されるように、そのようながんがＥＧＦＲ阻害剤に対してよく応答することが予測される。

前述の発明は、明確な理解のために、例示及び実施例によってある程度詳細に説明されてきたが、これらの説明や例は、本発明の範囲を限定するものとして解釈されるべきではない。本明細書に引用されるすべての特許及び科学文献の開示は、その内容全体が出典明示により援用される。

Claims (25)

1. がんがＥＧＦＲ阻害剤に応答するかどうかを予測するための方法であって、がんがＬＫＢ１変異を含むかどうかを決定することを含み、ＬＫＢ１変異の存在が、がんがＥＧＦＲ阻害剤に応答することを示す、方法。
2. ＥＧＦＲ阻害剤が有効であると見込まれるがん患者を検出する方法であって、患者のがんがＬＫＢ１変異を含むかどうかを決定することを含み、ＬＫＢ１変異の存在が、がん患者にＥＧＦＲ阻害剤が有効であると見込まれることを示す、方法。
3. がん患者のための治療を選択する方法であって、（ａ）患者のがんがＬＫＢ１変異を含むかどうかを決定すること、及び（ｂ）患者のがんがＬＫＢ１変異を含む場合、治療のためにＥＧＦＲ阻害剤を選択すること、を含む方法。
4. 哺乳動物においてがんを処置する方法であって、（ａ）がんがＬＫＢ１変異を含むかどうかを決定すること、及び（ｂ）がんがＬＫＢ１変異を含む場合、ＥＧＦＲ阻害剤の治療上有効量を哺乳動物に投与すること、を含む方法。
5. 哺乳動物においてＬＫＢ１変異を含むがんを処置する方法であって、がんを有する哺乳動物にＥＧＦＲ阻害剤の治療上有効量を投与することを含む、方法。
6. ＥＧＦＲ阻害剤の投与前に、がんがＬＫＢ１変異を含むことが決定された、請求項４に記載の方法。
7. がんが固形腫瘍である、請求項１〜６の何れか一項に記載の方法。
8. がんが、大細胞癌、カルチノイドがん、神経内分泌原発がん、頭頸部扁平上皮癌（ＨＮＳＣＣ）、結腸直腸がん、子宮頸がん、メラノーマ、皮膚がん、平滑筋腫、胃がん、グリオブラストーマ、卵巣がん、小細胞肺がん（ＳＣＬＣ）、非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）、膵臓がん、食道がん、胃がん、及び甲状腺がんから選択される、請求項７に記載の方法。
9. がんが、肺がん、膵臓がん、結腸直腸がん、及び頭頸部がんから選択される、請求項７に記載の方法。
10. がんが、表２における組織から選択される組織に存在する、請求項１〜６の何れか一項に記載の方法。
11. ＬＫＢ１変異がＬＫＢ１ポリヌクレオチドにおけるバリエーションを含む、請求項１〜１０の何れか一項に記載の方法。
12. ＬＫＢ１ポリヌクレオチドにおけるバリエーションが、ＬＫＢ１ポリヌクレオチドのコード配列に存在する、請求項１１に記載の方法。
13. ＬＫＢ１ポリヌクレオチドにおけるバリエーションが、挿入、欠失、逆位、及び置換から選択される少なくとも１つのバリエーションを含む、請求項１１又は１２に記載の方法。
14. ＬＫＢ１ポリヌクレオチドにおけるバリエーションが、ＬＫＢ１コード配列におけるフレームシフトをもたらす、請求項１１〜１３の何れか一項に記載の方法。
15. ＬＫＢ１ポリヌクレオチドにおけるバリエーションが、ＬＫＢ１ポリペプチドにおけるバリエーションをもたらす、請求項１１〜１４の何れか一項に記載の方法。
16. ＬＫＢ１ポリペプチドにおけるバリエーションが、挿入、置換、欠失、及び短鎖化から選択される、請求項１５に記載の方法。
17. ＬＫＢ１ポリペプチドにおける少なくとも１つのバリエーションが、（ａ）有意に減少した又は欠如したＬＫＢ１タンパク質レベル、及び／又は（ｂ）有意に減少した活性を有するＬＫＢ１タンパク質の発現をもたらす、表１から選択されるアミノ酸の位置におけるアミノ酸のバリエーションである、請求項１５又は１６に記載の方法。
18. ＬＫＢ１ポリペプチドにおける少なくとも１つのバリエーションが、表１から選択されるアミノ酸の変化である、請求項１７に記載の方法。
19. ＬＫＢ１ポリヌクレオチドにおけるバリエーションが、（ａ）有意に減少した又は欠如したＬＫＢ１タンパク質レベル、及び／又は（ｂ）有意に減少した活性を有するＬＫＢ１タンパク質の発現をもたらす、表１から選択されるヌクレオチドの位置におけるヌクレオチドのバリエーションである、請求項１１〜１６の何れか一項に記載の方法。
20. ＬＫＢ１ポリヌクレオチドにおけるバリエーションが、表１から選択されるヌクレオチドの変化である、請求項１９に記載の方法。
21. 哺乳動物がヒトである、請求項１〜２０の何れか一項に記載の方法。
22. ＥＧＦＲ阻害剤が、ＥＧＦＲに結合する抗体である、請求項１〜２１の何れか一項に記載の方法。
23. ＥＧＦＲ阻害剤がセツキシマブ、又はパニツムマブである、請求項１〜２２の何れか一項に記載の方法。
24. ＥＧＦＲ阻害剤が低分子である、請求項１〜２１の何れか一項に記載の方法。
25. ＥＧＦＲ阻害剤がエルロチニブ、又はゲフィニチブである、請求項１〜２１の何れか一項に記載の方法。