JP2016500259A - 制限酵素を用いない標的富化 - Google Patents
制限酵素を用いない標的富化 Download PDFInfo
- Publication number
- JP2016500259A JP2016500259A JP2015546460A JP2015546460A JP2016500259A JP 2016500259 A JP2016500259 A JP 2016500259A JP 2015546460 A JP2015546460 A JP 2015546460A JP 2015546460 A JP2015546460 A JP 2015546460A JP 2016500259 A JP2016500259 A JP 2016500259A
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- oligonucleotide
- dna
- oligonucleotides
- genomic fragment
- fragment
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Granted
Links
Images
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
- C12N15/09—Recombinant DNA-technology
- C12N15/10—Processes for the isolation, preparation or purification of DNA or RNA
- C12N15/1034—Isolating an individual clone by screening libraries
- C12N15/1068—Template (nucleic acid) mediated chemical library synthesis, e.g. chemical and enzymatical DNA-templated organic molecule synthesis, libraries prepared by non ribosomal polypeptide synthesis [NRPS], DNA/RNA-polymerase mediated polypeptide synthesis
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6806—Preparing nucleic acids for analysis, e.g. for polymerase chain reaction [PCR] assay
Abstract
Description
例示的な実施形態をより詳細に記載する前に、本明細書に用いられる用語の意味及び範囲を説明及び規定する以下の定義を示す。
本開示は、侵襲的切断によってアダプタをゲノム配列に付加する方法、及び該方法を行うためのキットを提供する。ある特定の実施形態では、該方法を用いて、各々がそれにライゲートしたアダプタ配列を含有する無作為に生成されたゲノム断片のライブラリを作製することができる。これらの実施形態は、全ゲノムシークエンシングにおいて特定の用途を有する。他の実施形態では、該方法を用いて、各々がそれにライゲートしたアダプタ配列を含有する標的ゲノム断片のライブラリを作製することができる。これらの実施形態は、例えば標的化再シークエンシング用途及びSNPのマッピングにおいて特定の用途を有する。
上記のような主題の方法を行うためのキットも本開示によって提供される。主題のキットは少なくとも記載のハロプローブ、及び上記方法を行うのに好適な反応試薬(例えば緩衝剤等)を含有する。キットの様々な構成要素は別個の容器に存在していてもよく、又はある特定の適合する構成要素が必要に応じて単一容器に予め合わせられていてもよい。
Claims (20)
- (a)無作為に剪断されたゲノムDNAを、ハロプローブにハイブリダイズするステップであって、第1の環状複合体を作製するステップであって、前記ハロプローブが、
(i)前記無作為に剪断されたゲノムDNAの断片中の種々の領域にハイブリダイズするフランキング配列及び中央配列を含む第1のオリゴヌクレオチドと、
(ii)前記第1のオリゴヌクレオチドの前記中央配列に相補的な1つ又は複数の第2のオリゴヌクレオチドと
を含む、ステップと、
(b)前記第1の環状複合体中の前記ゲノム断片のオーバーハング末端を酵素的に消化するステップであって、前記1つ又は複数の第2のオリゴヌクレオチドの5’末端及び3’末端が、消化されたゲノム断片の3’末端及び5’末端にライゲーション可能に隣接した第2の環状複合体を得る、ステップと、
(c)(c)の前記消化されたゲノム断片の末端を、前記1つ又は複数の第2のオリゴヌクレオチドの末端にライゲートするステップであって、環状DNA分子を作製する、ステップと、
を含む方法。 - (d)前記1つ又は複数の第2のオリゴヌクレオチドによって与えられる部位に結合する1つ又は複数のプライマを使用して、前記環状DNA分子から前記消化されたゲノム断片を増幅するステップを含む、請求項1に記載の方法。
- (e)(d)の増幅生成物をシークエンシングするステップであって、前記消化されたゲノム断片の少なくとも一部のヌクレオチド配列を得る、ステップ、
を更に含む、請求項2に記載の方法。 - 前記第1のオリゴヌクレオチドが捕捉部分を含み、前記方法がステップ(a)とステップ(b)との間に、該捕捉部分を使用して前記第1の環状複合体を単離するステップを含む、請求項1〜3のいずれか一項に記載の方法。
- 前記シークエンシングするステップが、前記1つ又は複数の第2のオリゴヌクレオチド中のシークエンシングプライマ部位にハイブリダイズするプライマを使用して行われる、請求項3に記載の方法。
- 前記酵素的に消化するステップが、任意選択的にポリメラーゼの存在下で一本鎖特異的両方向性エキソヌクレアーゼを使用して前記第1の環状複合体を消化することを含む、請求項1〜5のいずれか一項に記載の方法。
- 前記一本鎖特異的両方向性エキソヌクレアーゼがエキソヌクレアーゼVIIである、請求項1〜6のいずれか一項に記載の方法。
- 前記酵素的に消化するステップが、Pfu DNAポリメラーゼ/Taq DNAポリメラーゼカクテル、T4 DNAポリメラーゼ/エキソヌクレアーゼVIIカクテルによる処理、マングビーンヌクレアーゼによる処理、別の3’エンドヌクレアーゼと組み合わせたフラップエンドヌクレアーゼによる処理を含む、請求項1〜7のいずれか一項に記載の方法。
- 前記無作為に剪断されたゲノムDNAが化学的な、物理的な又はトランスポゼースにより触媒される断片化方法を用いてゲノムDNAから作製される、請求項1〜8のいずれか一項に記載の方法。
- 前記物理的な断片化方法が超音波処理、ネブライゼーション又は剪断を含む、請求項8に記載の方法。
- 前記1つ又は複数の第2のオリゴヌクレオチドが、前記第1のオリゴヌクレオチドの中央配列に相補的な単一オリゴヌクレオチドである、請求項1〜10のいずれか一項に記載の方法。
- 前記1つ又は複数の第2のオリゴヌクレオチドが、各々が前記第1のオリゴヌクレオチドにハイブリダイズする第1の領域と、1つ又は複数の増幅プライマの結合部位をもたらす第2の領域とを含む2つのオリゴヌクレオチドである、請求項1〜11のいずれか一項に記載の方法。
- (a)無作為に剪断されたゲノムDNAを、該無作為に剪断されたゲノムDNAの断片にハイブリダイズする領域を含むRNAオリゴヌクレオチドにハイブリダイズするステップであって、RNA/DNA二重鎖を作製する、ステップと、
(b)前記RNA/DNA二重鎖中のゲノム断片のオーバーハング末端を酵素的に消化するステップであって、規定の末端を有する消化されたゲノム断片を含む二重鎖を得る、ステップと、
(c)(b)の前記二重鎖のRNAオリゴヌクレオチドを消化するステップであって、前記消化されたゲノム断片を放出する、ステップと、
(d)(c)の前記消化されたゲノム断片を、
(i)前記消化されたゲノム断片の末端にハイブリダイズするフランキング配列及び中央配列を含む第1のオリゴヌクレオチドと、
(ii)前記第1のオリゴヌクレオチドの中央配列に相補的な1つ又は複数の第2のオリゴヌクレオチドと、
を含むハロプローブとハイブリダイズするステップであって、前記第2のオリゴヌクレオチドの5’末端及び3’末端が、前記消化されたゲノム断片の3’末端及び5’末端にライゲーション可能に隣接した第2の複合体を得る、ステップと、
(e)前記消化されたゲノム断片の末端を前記第2のオリゴヌクレオチドにライゲートするステップであって、環状DNA分子を作製する、ステップと、
を含む方法。 - 前記RNAオリゴヌクレオチドが捕捉部分を含み、前記方法が該捕捉部分を使用して(b)の前記酵素的に消化された第1の複合体を単離するステップを含む、請求項13に記載の方法。
- 前記消化するステップ(c)を、NaOH又はRNaseH処理を使用して行う、請求項13又は14に記載の方法。
- (f)前記第1のオリゴヌクレオチドの中央配列中の部位に結合する1つ又は複数のプライマを使用して、前記環状DNA分子から前記消化されたゲノム断片を増幅するステップを含む、請求項13〜15のいずれか一項に記載の方法。
- (g)(f)の増幅生成物をシークエンシングするステップを更に含む、請求項16に記載の方法。
- 前記シークエンシングするステップを、前記1つ又は複数の第2のオリゴヌクレオチドによって与えられるシークエンシングプライマ部位にハイブリダイズするプライマを使用して行う、請求項17に記載の方法。
- 前記酵素的に消化するステップが、エキソヌクレアーゼVIIを使用して前記第1の複合体を消化することを含む、請求項13〜18のいずれか一項に記載の方法。
- 前記第1のプローブが捕捉部分を含み、前記方法がライゲートするステップ(e)の前に(d)の前記第2の複合体を単離するステップを含む、請求項13〜18のいずれか一項に記載の方法。
Applications Claiming Priority (3)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
US201261734251P | 2012-12-06 | 2012-12-06 | |
US61/734,251 | 2012-12-06 | ||
PCT/US2013/063290 WO2014088694A1 (en) | 2012-12-06 | 2013-10-03 | Restriction enzyme-free target enrichment |
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
JP2016500259A true JP2016500259A (ja) | 2016-01-12 |
JP6335918B2 JP6335918B2 (ja) | 2018-05-30 |
Family
ID=49640140
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2015546460A Active JP6335918B2 (ja) | 2012-12-06 | 2013-10-03 | 制限酵素を用いない標的富化 |
Country Status (5)
Country | Link |
---|---|
US (1) | US10072260B2 (ja) |
EP (1) | EP2929048B1 (ja) |
JP (1) | JP6335918B2 (ja) |
CN (1) | CN104854246B (ja) |
WO (1) | WO2014088694A1 (ja) |
Families Citing this family (24)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
TWI721929B (zh) | 2013-08-05 | 2021-03-11 | 美商扭轉生物科技有限公司 | 重新合成之基因庫 |
US10093955B2 (en) | 2014-10-14 | 2018-10-09 | Covaris, Inc. | Acoustic energy mediation of genetic fragmentation |
CA2975852A1 (en) | 2015-02-04 | 2016-08-11 | Twist Bioscience Corporation | Methods and devices for de novo oligonucleic acid assembly |
WO2016172377A1 (en) | 2015-04-21 | 2016-10-27 | Twist Bioscience Corporation | Devices and methods for oligonucleic acid library synthesis |
ES2788737T3 (es) * | 2015-09-18 | 2020-10-22 | Vanadis Diagnostics | Conjunto de sondas para analizar una muestra de ADN y método para usar el mismo |
IL258164B (en) | 2015-09-18 | 2022-09-01 | Twist Bioscience Corp | Methods to regulate the activity of proteins and cells and a method for the production of nucleic acids |
WO2017053450A1 (en) | 2015-09-22 | 2017-03-30 | Twist Bioscience Corporation | Flexible substrates for nucleic acid synthesis |
CN108603307A (zh) | 2015-12-01 | 2018-09-28 | 特韦斯特生物科学公司 | 功能化表面及其制备 |
WO2018038772A1 (en) | 2016-08-22 | 2018-03-01 | Twist Bioscience Corporation | De novo synthesized nucleic acid libraries |
JP6871364B2 (ja) | 2016-09-21 | 2021-05-12 | ツイスト バイオサイエンス コーポレーション | 核酸に基づくデータ保存 |
EA201991262A1 (ru) | 2016-12-16 | 2020-04-07 | Твист Байосайенс Корпорейшн | Библиотеки вариантов иммунологического синапса и их синтез |
SG11201907713WA (en) | 2017-02-22 | 2019-09-27 | Twist Bioscience Corp | Nucleic acid based data storage |
EP3595674A4 (en) | 2017-03-15 | 2020-12-16 | Twist Bioscience Corporation | BANKS OF VARIANTS OF IMMUNOLOGICAL SYNAPSE AND THEIR SYNTHESIS |
CN111566209A (zh) | 2017-06-12 | 2020-08-21 | 特韦斯特生物科学公司 | 无缝核酸装配方法 |
WO2018231864A1 (en) | 2017-06-12 | 2018-12-20 | Twist Bioscience Corporation | Methods for seamless nucleic acid assembly |
CN109234388B (zh) * | 2017-07-04 | 2021-09-14 | 深圳华大生命科学研究院 | 用于dna高甲基化区域富集的试剂、富集方法及应用 |
US11407837B2 (en) | 2017-09-11 | 2022-08-09 | Twist Bioscience Corporation | GPCR binding proteins and synthesis thereof |
KR20240024357A (ko) | 2017-10-20 | 2024-02-23 | 트위스트 바이오사이언스 코포레이션 | 폴리뉴클레오타이드 합성을 위한 가열된 나노웰 |
US10936953B2 (en) | 2018-01-04 | 2021-03-02 | Twist Bioscience Corporation | DNA-based digital information storage with sidewall electrodes |
KR20210013128A (ko) | 2018-05-18 | 2021-02-03 | 트위스트 바이오사이언스 코포레이션 | 핵산 하이브리드화를 위한 폴리뉴클레오타이드, 시약 및 방법 |
AU2020229349A1 (en) | 2019-02-26 | 2021-10-14 | Twist Bioscience Corporation | Variant nucleic acid libraries for GLP1 receptor |
SG11202109283UA (en) | 2019-02-26 | 2021-09-29 | Twist Bioscience Corp | Variant nucleic acid libraries for antibody optimization |
EP3987019A4 (en) | 2019-06-21 | 2023-04-19 | Twist Bioscience Corporation | BARCODE-BASED NUCLEIC ACID SEQUENCE ARRANGEMENT |
CA3185142A1 (en) * | 2020-06-05 | 2021-12-09 | Sirona Genomics, Inc. | Methods of identifying markers of graft rejection |
Citations (4)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2007020474A (ja) * | 2005-07-15 | 2007-02-01 | Sony Corp | 所望の一本鎖核酸を取得するための方法 |
US20080199916A1 (en) * | 2007-01-17 | 2008-08-21 | Affymetrix, Inc. | Multiplex targeted amplification using flap nuclease |
US20090156412A1 (en) * | 2007-12-17 | 2009-06-18 | Helicos Biosciences Corporation | Surface-capture of target nucleic acids |
US20120003657A1 (en) * | 2010-07-02 | 2012-01-05 | Samuel Myllykangas | Targeted sequencing library preparation by genomic dna circularization |
Family Cites Families (3)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
SE0401270D0 (sv) | 2004-05-18 | 2004-05-18 | Fredrik Dahl | Method for amplifying specific nucleic acids in parallel |
US20080242560A1 (en) * | 2006-11-21 | 2008-10-02 | Gunderson Kevin L | Methods for generating amplified nucleic acid arrays |
CN102344961B (zh) * | 2011-09-30 | 2015-12-09 | 北京康旭医学检验所有限公司 | 一种经济的应用大规模平行测序技术检验多目标多基因的方法 |
-
2013
- 2013-10-03 CN CN201380063759.8A patent/CN104854246B/zh active Active
- 2013-10-03 JP JP2015546460A patent/JP6335918B2/ja active Active
- 2013-10-03 US US14/649,494 patent/US10072260B2/en active Active
- 2013-10-03 WO PCT/US2013/063290 patent/WO2014088694A1/en active Application Filing
- 2013-10-03 EP EP13795318.8A patent/EP2929048B1/en active Active
Patent Citations (4)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2007020474A (ja) * | 2005-07-15 | 2007-02-01 | Sony Corp | 所望の一本鎖核酸を取得するための方法 |
US20080199916A1 (en) * | 2007-01-17 | 2008-08-21 | Affymetrix, Inc. | Multiplex targeted amplification using flap nuclease |
US20090156412A1 (en) * | 2007-12-17 | 2009-06-18 | Helicos Biosciences Corporation | Surface-capture of target nucleic acids |
US20120003657A1 (en) * | 2010-07-02 | 2012-01-05 | Samuel Myllykangas | Targeted sequencing library preparation by genomic dna circularization |
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
US10072260B2 (en) | 2018-09-11 |
JP6335918B2 (ja) | 2018-05-30 |
CN104854246B (zh) | 2018-05-01 |
CN104854246A (zh) | 2015-08-19 |
EP2929048A1 (en) | 2015-10-14 |
EP2929048B1 (en) | 2017-12-13 |
WO2014088694A1 (en) | 2014-06-12 |
US20150307875A1 (en) | 2015-10-29 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
JP6335918B2 (ja) | 制限酵素を用いない標的富化 | |
US10308979B2 (en) | Target enrichment and labeling for multi-kilobase DNA | |
JP5986572B2 (ja) | 固定化プライマーを使用した標的dnaの直接的な捕捉、増幅、および配列決定 | |
US9365896B2 (en) | Addition of an adaptor by invasive cleavage | |
US20160208241A1 (en) | Compositions and methods for enrichment of nucleic acids | |
US20120028310A1 (en) | Isothermal nucleic acid amplification methods and compositions | |
EP3183367A1 (en) | Compositions and methods for enrichment of nucleic acids | |
EP2992114A1 (en) | Enrichment of dna sequencing libraries from samples containing small amounts of target dna | |
US10954509B2 (en) | Partitioning of DNA sequencing libraries into host and microbial components | |
WO2019090621A1 (zh) | 钩状探针、核酸连接方法以及测序文库的构建方法 | |
WO2011101744A2 (en) | Region of interest extraction and normalization methods | |
US10150960B2 (en) | C-probe libraries for DNA target enrichment | |
US20220136042A1 (en) | Improved nucleic acid target enrichment and related methods | |
WO2023170151A1 (en) | Method of detection of a target nucleic acid sequence in a single reaction vessel | |
WO2023170144A1 (en) | Method of detection of a target nucleic acid sequence | |
JP2024035110A (ja) | 変異核酸の正確な並行定量するための高感度方法 | |
JP2024035109A (ja) | 核酸の正確な並行検出及び定量のための方法 | |
CN115175985A (zh) | 从未经处理的生物样本中提取单链dna和rna并测序的方法 |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
A621 | Written request for application examination |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A621 Effective date: 20161003 |
|
A977 | Report on retrieval |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A971007 Effective date: 20170809 |
|
A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20170815 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20171115 |
|
TRDD | Decision of grant or rejection written | ||
A01 | Written decision to grant a patent or to grant a registration (utility model) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A01 Effective date: 20180420 |
|
A61 | First payment of annual fees (during grant procedure) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A61 Effective date: 20180501 |
|
R150 | Certificate of patent or registration of utility model |
Ref document number: 6335918 Country of ref document: JP Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R150 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |