JP2015527875A - 前立腺ガンのバイオマーカー - Google Patents
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Abstract
Description
本発明は、個体において前立腺ガンを診断する方法、前立腺ガンを発症した個体において前立腺ガンの疾患増悪を予後予測する方法、前立腺ガンを発症した個体において前立腺ガンの転帰を予測する方法、前立腺ガンを発症した個体において前立腺ガン増悪に対する治療効果をモニターする方法、前立腺ガンを発症した個体において前立腺ガンの沈黙性/不活性から攻撃性への増悪をモニターする方法及び前立腺ガンを発症した個体の治療レジメンを決定する方法に関する。
前立腺ガン(PC)は、最も頻繁に診断される男性のガンであり、西洋諸国におけるガン関連死の第2位の原因である。PCは、代表的には、前立腺特異抗原(PSA)の増加した血清レベル及び続く針生検の組織病理学的検査に基づいて診断される。しかし、PC検出のためのPSAの使用は、相当の偽陽性率を伴い、不活性腫瘍と攻撃性腫瘍とを良好に識別しない。過去数十年間の間、PSA検査及びPSAベースのスクリーニングの使用が増加した結果、当該疾患のより高い罹患率及び病期低下(down-staging)をもたらした。このことは、正確な予後ツールが無いことと併せて、臨床的に無意味なPCの実質的な過剰診断及び過剰治療を招いた。よって、放射線前立腺摘除により恩恵を受けるPC患者もいるが、温存管理(積極的監視又は静観)が好適な選択肢である低又は中リスクのPC患者もいる。放射線前立腺摘除を受けた患者の最大3分の1が、5〜10年以内に再発し(生化学的再発)、最終的には遠位転移を発症する。転移までの増悪はアンドロゲン涸渇療法で遅延させることが可能であるが、ほとんどの腫瘍は2年以内に耐性となり、高い罹患率及び死亡率と関係する去勢難治性前立腺ガン(CRPC)にまで進行する。
前立腺特異抗原(PSA)法は、相当の偽陰性率を伴い、不活性腫瘍と攻撃性腫瘍とを良好に弁別しないので、それ自体で又は既存のマーカーとの組合せで使用することができる新規な前立腺ガンマーカーについて必要性が存在する。
a) 個体から得たサンプルを準備する工程;
b) a)のサンプルにおいて、ヌクレオチド配列のパネルの
− メチル化レベル、及び/又は
− 転写発現レベル、及び/又は
− 翻訳発現レベル
を測定する工程であって、該パネルが
I') 配列番号3(GAS6)のヌクレオチド配列;又は
I'') 配列番号3に相補的なヌクレオチド配列;又は
I''') I'又はI''のいずれかと少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列;又は
I'''') I'、I''又はI'''のいずれか1つの少なくとも15の連続ヌクレオチドを含む、I'、I''又はI'''のいずれか1つのフラグメント;及び
II') 配列番号4(HAPLN3)のヌクレオチド配列;又は
II'') 配列番号4に相補的なヌクレオチド配列;又は
II''') II'又はII''のいずれかと少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列;又は
II'''') I'、I''又はI'''のいずれか1つの少なくとも15の連続ヌクレオチドを含む、II'、II''又はII'''のいずれか1つのフラグメント;及び
III') 配列番号1(AOX1)のヌクレオチド配列;又は
III'') 配列番号1に相補的なヌクレオチド配列;又は
III''') III'又はIII'''のいずれかと少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列;又は
III'''') III'、III''又はIII'''のいずれか1つの少なくとも15の連続ヌクレオチドを含む、III'、III''又はIII'''のいずれか1つのフラグメント;及び
IV') 配列番号2(C1orf114)のヌクレオチド配列;又は
IV'') 配列番号2に相補的なヌクレオチド配列;又は
IV''') IV'又はIV''のいずれかと少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列;又は
IV'''') IV'、IV''又はIV'''のいずれか1つの少なくとも15の連続ヌクレオチドを含む、IV'、IV''又はIV'''のいずれか1つのフラグメント;及び
V') 配列番号5(ST6GALNAC3)のヌクレオチド配列;又は
V'') 配列番号5に相補的なヌクレオチド配列;又は
V''') V'又はV''のいずれかと少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列;又は
V'''') V'、V''又はV'''のいずれか1つの少なくとも15の連続ヌクレオチドを含む、V'、V''又はV'''のいずれか1つのフラグメント;及び
VI') 配列番号6(ZNF660)のヌクレオチド配列;又は
VI'') 配列番号6に相補的なヌクレオチド配列;又は
VI''') VI'又はVI''のいずれかと少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列;又は
VI'''') VI'、VI''又はVI'''のいずれか1つの少なくとも15の連続ヌクレオチドを含む、VI'、VI''又はVI'''のいずれか1つのフラグメント
を含んでなる、工程;
c) b)のサンプリングしたヌクレオチド配列のメチル化レベル、転写レベル及び/又は翻訳発現レベルを、コントロールサンプルの対応するヌクレオチド配列の対応するメチル化レベル、転写レベル及び/又は翻訳発現レベルと比較する工程
を含んでなり、ここで、コントロールサンプルのメチル化レベルより有意に高いメチル化レベル並びに/又はコントロールサンプルの転写レベルより有意に低い転写及び/若しくは翻訳発現レベルが、該個体が前立腺ガンを有しているか又は発症するリスクにあることを示す、方法に関する。
a) 個体から得たサンプルを準備する工程;
b) a)のサンプルにおいて、少なくとも2つのヌクレオチド配列を含んでなるパネルの
− メチル化レベル、及び/又は
− 転写発現レベル、及び/又は
− 翻訳発現レベル
を測定する工程であって、該パネルが以下:
i) C1orf114(配列番号2)及びGAS6(配列番号3);
ii) GAS6(配列番号3)及びHAPLN3(配列番号4);
iii) C1orf114(配列番号2)、GAS6(配列番号3)及びHAPLN3(配列番号4);
iv) AOX1(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)、GAS6(配列番号3)及びHAPLN3(配列番号4);
v) AOX1(配列番号1)、GAS6(配列番号3)及びHAPLN3(配列番号4);
vi) AOX1(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)及びGAS6(配列番号3);
vii) AOX1(配列番号1)及びGAS6(配列番号3);
viii) C1orf114(配列番号2)及びHAPLN3(配列番号4);
ix) AOX1(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)及びHAPLN3(配列番号4);
x) AOX1(配列番号1)及びHAPLN3(配列番号4);
xi) AOX1(配列番号1)及びC1orf114(配列番号2);
xii) AOX1(配列番号1)及びST6GALNAC3(配列番号5);
xiii) AOX1(配列番号1)及びZNF660(配列番号6);
xiv) C1orf114(配列番号2)及びST6GALNAC3(配列番号5);
xv) C1orf114(配列番号2)及びZNF660(配列番号6);
xvi) GAS6(配列番号3)及びST6GALNAC3(配列番号5);
xvii) GAS6(配列番号3)及びZNF660(配列番号6);
xviii) HAPLN3(配列番号4)及びST6GALNAC3(配列番号5);
xix) HAPLN3(配列番号4)及びZNF660(配列番号6);
xx) ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6);
xxi) AOX1(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)及びST6GALNAC3(配列番号5);
xxii) AOX1(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)及びZNF660(配列番号6);
xxiii) AOX1(配列番号1)、GAS6(配列番号3)及びST6GALNAC3(配列番号5);
xxiv) AOX1(配列番号1)、GAS6(配列番号3)及びZNF660(配列番号6);
xxv) AOX1(配列番号1)、HAPLN3(配列番号4)及びST6GALNAC3(配列番号5);
xxvi) AOX1(配列番号1)、HAPLN3(配列番号4)及びZNF660(配列番号6);
xxvii) AOX1(配列番号1)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6);
xxviii) C1orf114(配列番号2)、GAS6(配列番号3)及びST6GALNAC3(配列番号5);
xxix) C1orf114(配列番号2)、GAS6(配列番号3)及びZNF660(配列番号6);
xxx) C1orf114(配列番号2)、HAPLN3(配列番号4)及びST6GALNAC3(配列番号5);
xxxi) C1orf114(配列番号2)、HAPLN3(配列番号4)及びZNF660(配列番号6);
xxxii) C1orf114(配列番号2)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6);
xxxiii) GAS6(配列番号3)、HAPLN3(配列番号4)及びST6GALNAC3(配列番号5);
xxxiv) GAS6(配列番号3)、HAPLN3(配列番号4)及びZNF660(配列番号6);
xxxv) GAS6(配列番号3)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6);
xxxvi) HAPLN3(配列番号4)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6);
xxxvii) AOX1(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)及びGAS6(配列番号3)及びST6GALNAC3(配列番号5);
xxxviii) AOX1(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)、GAS6(配列番号3)及びZNF660(配列番号6);
xxxix) AOX1(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)、HAPLN3(配列番号4);
xl) AOX1(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)、HAPLN3(配列番号4)及びST6GALNAC3(配列番号5);
xli) AOX1(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6);
xlii) AOX1(配列番号1)、GAS6(配列番号3)、HAPLN3(配列番号4)及びST6GALNAC3(配列番号5);
xliii) AOX1(配列番号1)、GAS6(配列番号3)及びHAPLN3(配列番号4);
xliv) AOX1(配列番号1)、GAS6(配列番号3)及びST6GALNAC3(配列番号5);
xlv) AOX1(配列番号1)、HAPLN3(配列番号4)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6);
xlvi) C1orf114(配列番号2)、GAS6(配列番号3)、HAPLN3(配列番号4)及びST6GALNAC3(配列番号5);
xlvii) C1orf114(配列番号2)、GAS6(配列番号3)、HAPLN3(配列番号4)及びZNF660(配列番号6);
xlviii) C1orf114(配列番号2)、GAS6(配列番号3)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6);
xlix) C1orf114(配列番号2)、HAPLN3(配列番号4)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6);
l) GAS6(配列番号3)、HAPLN3(配列番号4)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6);
li) AOX1(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)、GAS6(配列番号3)、HAPLN3(配列番号4)及びST6GALNAC3(配列番号5);
lii) AOX1(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)、GAS6(配列番号3)、HAPLN3(配列番号4)及びZNF660(配列番号6);
liii) AOX1(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)、GAS6(配列番号3)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6);
liv) AOX1(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)、HAPLN3(配列番号4)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6);
lv) AOX1(配列番号1)、GAS6(配列番号3)、HAPLN3(配列番号4)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6);
lvi) C1orf114(配列番号2)、GAS6(配列番号3)、HAPLN3(配列番号4)
lvii) ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6);
AOX1(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)、GAS6(配列番号3)、HAPLN3(配列番号4)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6);
からなる群より選択され、前記パネルi)〜lvii)の配列番号1、2、3、4、5又は6のいずれか1つは、個々に、
b') 前記パネルi)〜lvii)の配列番号1、2、3、4、5又は6のいずれか1つに相補的なヌクレオチド配列;又は
b'') 前記パネルi)〜lvii)の配列番号1、2、3、4、5若しくは6のいずれか1つ又はb')の相補的ヌクレオチド配列と少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列;又は
b''') 前記パネルi)〜lvii)の配列番号1、2、3、4、5若しくは6のいずれか1つ又はb')のヌクレオチド配列又はb'')のヌクレオチド配列の少なくとも15の連続ヌクレオチドを含んでなるフラグメント;
で置換されていてもよい、工程;
c) b)のサンプリングしたヌクレオチド配列のメチル化レベル、転写レベル及び/又は翻訳発現レベルを、コントロールサンプルの対応するヌクレオチド配列の対応するメチル化レベル、転写レベル及び/又は翻訳発現レベルと比較する工程、
を含んでなり、ここで、コントロールサンプルのメチル化レベルより有意に高いメチル化レベル並びに/又はコントロールサンプルの転写レベルより有意に低い転写及び/若しくは翻訳発現レベルが、該個体が前立腺ガンを有しているか又は発症するリスクにあることを示す、方法に関する。
a) 個体から得たサンプルを準備する工程;
b) a)のサンプルにおいて、以下:
I') 配列番号5(ST6GALNAC3)のヌクレオチド配列;又は
I'') 配列番号5に相補的なヌクレオチド配列;又は
I''') I'又はI''のいずれかと少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列;又は
I'''') I'、I''又はI'''のいずれか1つの少なくとも15の連続ヌクレオチドを含む、I'、I''又はI'''のいずれか1つのフラグメント;及び
II') 配列番号6(ZNF660)のヌクレオチド配列;又は
II'') 配列番号6に相補的なヌクレオチド配列;又は
II''') II'又はII''のいずれかと少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列;又は
II'''') II'、II''又はII'''のいずれか1つの少なくとも15の連続ヌクレオチドを含む、II'、II''又はII'''のいずれか1つのフラグメント;
からなる群より選択される1以上のヌクレオチド配列の
− メチル化レベル、及び/又は
− 転写発現レベル、及び/又は
− 翻訳発現レベル
を測定する工程
c) b)のサンプリングしたヌクレオチド配列のメチル化レベル、転写レベル及び/又は翻訳発現レベルを、コントロールサンプルの対応するヌクレオチド配列の対応するメチル化レベル、転写レベル及び/又は翻訳発現レベルと比較する工程、
を含んでなり、ここで、コントロールサンプルのメチル化レベルより有意に高いメチル化レベル並びに/又はコントロールサンプルの転写レベルより有意に低い転写及び/若しくは翻訳発現レベルが、該個体が前立腺ガンを有しているか又は発症するリスクにあることを示す、方法に関する。
a) 個体のガン組織から得たサンプルを準備する工程;
b) a)のサンプルにおいて、1以上のバイオマーカーの
− メチル化レベル、及び/又は
− 転写発現レベル、及び/又は
− 翻訳発現レベル
を測定する工程であって、該バイオマーカーが以下:
I') 配列番号3(GAS6)のヌクレオチド配列;又は
I'') 配列番号3に相補的なヌクレオチド配列;又は
I''') I'又はI''のいずれかと少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列;又は
I'''') I'、I''又はI'''のいずれか1つの少なくとも15の連続ヌクレオチドを含む、I'、I''又はI'''のいずれか1つのフラグメント;及び
II') 配列番号4(HAPLN3)のヌクレオチド配列;又は
II'') 配列番号4に相補的なヌクレオチド配列;又は
II''') II'又はII''のいずれかと少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列;又は
II'''') I'、I''又はI'''のいずれか1つの少なくとも15の連続ヌクレオチドを含む、II'、II''又はII'''のいずれか1つのフラグメント;及び
III') 配列番号1(AOX1)のヌクレオチド配列;又は
III'') 配列番号1に相補的なヌクレオチド配列;又は
III''') III'又はIII'''のいずれかと少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列;又は
III'''') III'、III''又はIII'''のいずれか1つの少なくとも15の連続ヌクレオチドを含む、III'、III''又はIII'''のいずれか1つのフラグメント;及び
IV') 配列番号2(C1orf114)のヌクレオチド配列;又は
IV'') 配列番号2に相補的なヌクレオチド配列;又は
IV''') IV'又はIV''のいずれかと少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列;又は
IV'''') IV'、IV''又はIV'''のいずれか1つの少なくとも15の連続ヌクレオチドを含む、IV'、IV''又はIV'''のいずれか1つのフラグメント;及び
V') 配列番号5(ST6GALNAC3)のヌクレオチド配列;又は
V'') 配列番号5に相補的なヌクレオチド配列;又は
V''') V'又はV''のいずれかと少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列;又は
V'''') V'、V''又はV'''のいずれか1つの少なくとも15の連続ヌクレオチドを含む、V'、V''又はV'''のいずれか1つのフラグメント;及び
VI') 配列番号6(ZNF660)のヌクレオチド配列;又は
VI'') 配列番号6に相補的なヌクレオチド配列;又は
VI''') VI'又はVI''のいずれかと少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列;又は
VI'''') VI'、VI''又はVI'''のいずれか1つの少なくとも15の連続ヌクレオチドを含む、VI'、VI''又はVI'''のいずれか1つのフラグメント;
からなる群より選択されるヌクレオチド配列である、工程;
c) b)のサンプリングしたヌクレオチド配列のメチル化レベル、転写レベル及び/又は翻訳発現レベルに基づいてバイオマーカースコアを取得する工程
を含んでなり、ここで、該バイオマーカースコアが患者がアジュバント療法を必要としているかどうかを示す、方法に関する。
a) 個体のガン組織から得たサンプルを準備する工程;
b) a)のサンプルにおいて、1以上のバイオマーカーの
− メチル化レベル、及び/又は
− 転写発現レベル、及び/又は
− 翻訳発現レベル
を測定する工程であって、該バイオマーカーが以下:
I') 配列番号2(C1orf114)のヌクレオチド配列;又は
I'') 配列番号2に相補的なヌクレオチド配列;又は
I''') I'又はI''のいずれかと少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列;又は
I'''') I'、I''又はI'''のいずれか1つの少なくとも15の連続ヌクレオチドを含む、I'、I''又はI'''のいずれか1つのフラグメント;及び
II') 配列番号4(HAPLN3)のヌクレオチド配列;又は
II'') 配列番号4に相補的なヌクレオチド配列;又は
II''') II'又はII''のいずれかと少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列;又は
II'''') I'、I''又はI'''のいずれか1つの少なくとも15の連続ヌクレオチドを含む、II'、II''又はII'''のいずれか1つのフラグメント;及び
III') 配列番号1(AOX1)のヌクレオチド配列;又は
III'') 配列番号1に相補的なヌクレオチド配列;又は
III''') III'又はIII'''のいずれかと少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列;又は
III'''') III'、III''又はIII'''のいずれか1つの少なくとも15の連続ヌクレオチドを含む、III'、III''又はIII'''のいずれか1つのフラグメント;及び
IV') 配列番号3(GAS6)のヌクレオチド配列;又は
IV'') 配列番号4に相補的なヌクレオチド配列;又は
IV''') IV'又はIV''のいずれかと少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列;又は
IV'''') IV'、IV''又はIV'''のいずれか1つの少なくとも15の連続ヌクレオチドを含む、IV'、IV''又はIV'''のいずれか1つのフラグメント;及び
V') 配列番号5(ST6GALNAC3)のヌクレオチド配列;又は
V'') 配列番号5に相補的なヌクレオチド配列;又は
V''') V'又はV''のいずれかと少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列;又は
V'''') V'、V''又はV'''のいずれか1つの少なくとも15の連続ヌクレオチドを含む、V'、V''又はV'''のいずれか1つのフラグメント;及び
VI') 配列番号6(ZNF660)のヌクレオチド配列;又は
VI'') 配列番号6に相補的なヌクレオチド配列;又は
VI''') VI'又はVI''のいずれかと少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列;又は
VI'''') VI'、VI''又はVI'''のいずれか1つの少なくとも15の連続ヌクレオチドを含む、VI'、VI''又はVI'''のいずれか1つのフラグメント;
からなる群より選択されるヌクレオチド配列である工程;
c) b)のサンプリングしたヌクレオチド配列のメチル化レベル、転写レベル及び/又は翻訳発現レベルに基づいてバイオマーカースコアを取得する工程
を含んでなり、該バイオマーカースコアが前立腺ガン患者の予後を示す、方法に関する。
a) 個体のガン組織から得たサンプルを準備する工程;
b) a)のサンプルにおいて、1以上のヌクレオチド配列を含んでなるパネルの
− メチル化レベル、及び/又は
− 転写発現レベル、及び/又は
− 翻訳発現レベル
を測定する工程であって、パネルが以下:
i) C1orf114(配列番号2)及びHAPLN3(配列番号4);
ii) AOX(配列番号1)及びC1orf114(配列番号2);
iii) AOX(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)及びGAS6(配列番号3);
iv) C1orf114(配列番号2)、GAS6(配列番号3)及びHAPLN3(配列番号4);
v) C1orf114(配列番号2);
vi) AOX(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)及びHAPLN3(配列番号4);
vii) AOX(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)、GAS6(配列番号3)及びHAPLN3(配列番号4);
viii) C1orf114(配列番号2)及びGAS6(配列番号3);
ix) AOX(配列番号1)及びGAS6(配列番号3);
x) AOX(配列番号1);
xi) HAPLN3(配列番号4);
xii) AOX(配列番号1)及びHAPLN3(配列番号4);
xiii) AOX(配列番号1)、GAS6(配列番号3)及びHAPLN3(配列番号4);
xiv) GAS6(配列番号3)及びHAPLN3(配列番号4);
xv) GAS6(配列番号3);
xvi) ST6GALNAC3(配列番号5);
xvii) ZNF660(配列番号6);
xviii) AOX(配列番号1)及びST6GALNAC3(配列番号5);
xix) AOX(配列番号1)及びZNF660(配列番号6);
xx) C1orf114(配列番号2)及びST6GALNAC3(配列番号5);
xxi) C1orf114(配列番号2)及びZNF660(配列番号6);
xxii) GAS6(配列番号3)及びST6GALNAC3(配列番号5);
xxiii) GAS6(配列番号3)及びZNF660(配列番号6);
xxiv) HAPLN3(配列番号4)及びST6GALNAC3(配列番号5);
xxv) HAPLN3(配列番号4)及びZNF660(配列番号6);
xxvi) ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6);
xxvii) AOX(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)及びST6GALNAC3(配列番号5);
xxviii) AOX(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)及びZNF660(配列番号6);
xxix) AOX(配列番号1)、GAS6(配列番号3)及びST6GALNAC3(配列番号5);
xxx) AOX(配列番号1)、GAS6(配列番号3)及びZNF660(配列番号6);
xxxi) AOX(配列番号1)、HAPLN3(配列番号4)及びST6GALNAC3(配列番号5);
xxxii) AOX(配列番号1)、HAPLN3(配列番号4)及びZNF660(配列番号6);
xxxiii) AOX(配列番号1)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6);
xxxiv) C1orf114(配列番号2)、GAS6(配列番号3)及びST6GALNAC3(配列番号5);
xxxv) C1orf114(配列番号2)、GAS6(配列番号3)及びZNF660(配列番号6);
xxxvi) C1orf114(配列番号2)、HAPLN3(配列番号4)及びST6GALNAC3(配列番号5);
xxxvii) C1orf114(配列番号2)、HAPLN3(配列番号4)及びZNF660(配列番号6);
xxxviii) C1orf114(配列番号2)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6);
xxxix) GAS6(配列番号3)、HAPLN3(配列番号4)及びST6GALNAC3(配列番号5);
xl) GAS6(配列番号3)、HAPLN3(配列番号4)及びZNF660(配列番号6);
xli) GAS6(配列番号3)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6);
xlii) HAPLN3(配列番号4)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6);
xliii) AOX(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)、GAS6(配列番号3)及びST6GALNAC3(配列番号5);
xliv) AOX(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)、GAS6(配列番号3)及びZNF660(配列番号6);
xlv) AOX(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)、HAPLN3(配列番号4)及びST6GALNAC3(配列番号5);
xlvi) AOX(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)、HAPLN3(配列番号4)及びZNF660(配列番号6);
xlvii) AOX(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6);
xlviii) AOX(配列番号1)、GAS6(配列番号3)、HAPLN3(配列番号4)及びST6GALNAC3(配列番号5);
xlix) AOX(配列番号1)、GAS6(配列番号3)、HAPLN3(配列番号4)及びZNF660(配列番号6);
l) AOX(配列番号1)、GAS6(配列番号3)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6);
li) AOX(配列番号1)、HAPLN3(配列番号4)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6);
lii) C1orf114(配列番号2)、GAS6(配列番号3)、HAPLN3(配列番号4)及びST6GALNAC3(配列番号5);
liii) C1orf114(配列番号2)、GAS6(配列番号3)、HAPLN3(配列番号4)及びZNF660(配列番号6);
liv) C1orf114(配列番号2)、GAS6(配列番号3)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6);
lv) C1orf114(配列番号2)、HAPLN3(配列番号4)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6);
lvi) GAS6(配列番号3)、HAPLN3(配列番号4)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6);
lvii) AOX(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)、GAS6(配列番号3)、HAPLN3(配列番号4)及びST6GALNAC3(配列番号5);
lviii) AOX(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)、GAS6(配列番号3)、HAPLN3(配列番号4)及びZNF660(配列番号6);
lix) AOX(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)、GAS6(配列番号3)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6);
lx) AOX(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)、HAPLN3(配列番号4)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6);
lxi) AOX(配列番号1)、GAS6(配列番号3)、HAPLN3(配列番号4)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6);
lxii) C1orf114(配列番号2)、GAS6(配列番号3)、HAPLN3(配列番号4)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6);
lxiii) AOX(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)、GAS6(配列番号3)、HAPLN3(配列番号4)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6)
からなる群より選択され、前記パネルi)〜lxiii)の配列番号1、2、3、4、5又は6のいずれか1つが、個々に、
b') 前記パネルi)〜lvii)の配列番号1、2、3、4、5又は6のいずれか1つに相補的なヌクレオチド配列;又は
b'') 前記パネルi)〜lvii)の配列番号1、2、3、4、5若しくは6のいずれか1つ又はb')の相補的ヌクレオチド配列と少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列;又は
b''') 前記パネルi)〜lvii)の配列番号1、2、3、4、5若しくは6のいずれか1つ又はb')のヌクレオチド配列又はb'')のヌクレオチド配列の少なくとも15の連続ヌクレオチドを含んでなるフラグメント
で置換されていてもよい、工程;
c) b)のサンプリングしたヌクレオチド配列のメチル化レベル、転写レベル及び/又は翻訳発現レベルに基づいてバイオマーカースコアを取得する工程
を含んでなり、ここで、該バイオマーカースコアが前立腺ガン患者の予後を示す、方法に関する。
a) 患者から得たサンプルを準備する工程;
b) a)のサンプルにおいて、1以上のバイオマーカーの
− メチル化レベル、及び/又は
− 転写発現レベル、及び/又は
− 翻訳発現レベル
を測定する工程であって、該バイオマーカーが以下:
I') 配列番号2(C1orf114)のヌクレオチド配列;又は
I'') 配列番号2に相補的なヌクレオチド配列;又は
I''') I'又はI''のいずれかと少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列;又は
I'''') I'、I''又はI'''のいずれか1つの少なくとも15の連続ヌクレオチドを含む、I'、I''又はI'''のいずれか1つのフラグメント;及び
II') 配列番号4(HAPLN3)のヌクレオチド配列;又は
II'') 配列番号4に相補的なヌクレオチド配列;又は
II''') II'又はII''のいずれかと少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列;又は
II'''') I'、I''又はI'''のいずれか1つの少なくとも15の連続ヌクレオチドを含む、II'、II''又はII'''のいずれか1つのフラグメント;及び
III') 配列番号1(AOX1)のヌクレオチド配列;又は
III'') 配列番号1に相補的なヌクレオチド配列;又は
III''') III'又はIII'''のいずれかと少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列;又は
III'''') III'、III''又はIII'''のいずれか1つの少なくとも15の連続ヌクレオチドを含む、III'、III''又はIII'''のいずれか1つのフラグメント;及び
IV') 配列番号3(GAS6)のヌクレオチド配列;又は
IV'') 配列番号4に相補的なヌクレオチド配列;又は
IV''') IV'又はIV''のいずれかと少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列;又は
IV'''') IV'、IV''又はIV'''のいずれか1つの少なくとも15の連続ヌクレオチドを含む、IV'、IV''又はIV'''のいずれか1つのフラグメント;及び
V') 配列番号5(ST6GALNAC3)のヌクレオチド配列;又は
V'') 配列番号5に相補的なヌクレオチド配列;又は
V''') V'又はV''のいずれかと少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列;又は
V'''') V'、V''又はV'''のいずれか1つの少なくとも15の連続ヌクレオチドを含む、V'、V''又はV'''のいずれか1つのフラグメント;及び
VI') 配列番号6(ZNF660)のヌクレオチド配列;又は
VI'') 配列番号6に相補的なヌクレオチド配列;又は
VI''') VI'又はVI''のいずれかと少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列;又は
VI'''') VI'、VI''又はVI'''のいずれか1つの少なくとも15の連続ヌクレオチドを含む、VI'、VI''又はVI'''のいずれか1つのフラグメント;
からなる群より選択されるヌクレオチド配列である、工程;
c) b)のサンプリングしたヌクレオチド配列のメチル化レベル、転写レベル及び/又は翻訳発現レベルに基づいてバイオマーカースコアを取得する工程;
d) メチル化レベル、転写レベル及び/又は翻訳発現レベルを増悪のリスクと相関させる工程
を含んでなる方法に関する。
a) 個体サンプルにおいて、C1orf114(配列番号2)、HAPLN3(配列番号4)、AOX1(配列番号1)、GAS6(配列番号3)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6)からなる群より選択される少なくとも1つの遺伝子のメチル化レベルを測定するか、又は配列番号2、配列番号4、配列番号1、配列番号3、配列番号5及び配列番号6からなる群より選択されるヌクレオチド配列若しくはその一部と少なくとも90%の配列同一性を有する少なくとも1つのヌクレオチド配列のメチル化レベルを測定する工程、及び/又は
b) 前記サンプルにおいて、C1orf114(配列番号2)、HAPLN3(配列番号4)、AOX1(配列番号1)、GAS6(配列番号3)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6)からなる群より選択される少なくとも1つの遺伝子、又は配列番号2、配列番号4、配列番号1、配列番号3、配列番号5及び配列番号6からなる群より選択される少なくとも1つのヌクレオチド配列若しくはその一部と少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列の転写発現レベルを測定する工程、及び/又は
c) 前記サンプルにおいて、C1orf114(配列番号2)、HAPLN3(配列番号4)、AOX1(配列番号1)、GAS6(配列番号3)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6)からなる群より選択される少なくとも1つの遺伝子、又は配列番号2、配列番号4、配列番号1、配列番号3、配列番号5及び配列番号6からなる群より選択される少なくとも1つのヌクレオチド配列若しくはその一部と少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列の翻訳発現レベルを測定する工程
を含んでなり、ここで、i)のメチル化レベル及び/又はii)の転写レベル及び/又はiii)の翻訳発現レベルが前立腺ガンの転帰を示す、方法に関する。
a) 個体サンプルにおいて、C1orf114(配列番号2)、HAPLN3(配列番号4)、AOX1(配列番号1)、GAS6(配列番号3)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6)からなる群より選択される少なくとも1つの遺伝子のメチル化レベルを測定するか、又は配列番号2、配列番号4、配列番号1、配列番号3、配列番号5及び配列番号6からなる群より選択されるヌクレオチド配列若しくはその一部と少なくとも90%の配列同一性を有する少なくとも1つのヌクレオチド配列のメチル化レベルを測定する工程、及び/又は
b) 前記サンプルにおいて、C1orf114(配列番号2)、HAPLN3(配列番号4)、AOX1(配列番号1)、GAS6(配列番号3)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6)からなる群より選択される少なくとも1つの遺伝子、又は配列番号2、配列番号4、配列番号1、配列番号3、配列番号5及び配列番号6からなる群より選択される少なくとも1つのヌクレオチド配列若しくはその一部と少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列の転写発現レベルを測定する工程、及び/又は
c) 前記サンプルにおいて、C1orf114(配列番号2)、HAPLN3(配列番号4)、AOX1(配列番号1)、GAS6(配列番号3)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6)からなる群より選択される少なくとも1つの遺伝子、又は配列番号2、配列番号4、配列番号1、配列番号3、配列番号5及び配列番号6からなる群より選択される少なくとも1つのヌクレオチド配列若しくはその一部と少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列の翻訳発現レベルを測定する工程
を含んでなり、ここで、a)のメチル化レベル及び/又はb)の転写レベル及び/又はc)の翻訳発現レベルが前立腺ガンの転帰を示す、方法に関する。
a) 個体サンプルにおいて、C1orf114(配列番号2)、HAPLN3(配列番号4)、AOX1(配列番号1)、GAS6(配列番号3)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6)からなる群より選択される少なくとも1つの遺伝子のメチル化レベルを測定するか、又は配列番号2、配列番号4、配列番号1、配列番号3、配列番号5及び配列番号6からなる群より選択されるヌクレオチド配列若しくはその一部と少なくとも90%の配列同一性を有する少なくとも1つのヌクレオチド配列のメチル化レベルを測定する工程、及び/又は
b) 前記サンプルにおいて、C1orf114(配列番号2)、HAPLN3(配列番号4)、AOX1(配列番号1)、GAS6(配列番号3)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6)からなる群より選択される少なくとも1つの遺伝子、又は配列番号2、配列番号4、配列番号1、配列番号3、配列番号5及び配列番号6からなる群より選択される少なくとも1つのヌクレオチド配列若しくはその一部と少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列の転写発現レベルを測定する工程、及び/又は
c) 前記サンプルにおいて、C1orf114(配列番号2)、HAPLN3(配列番号4)、AOX1(配列番号1)、GAS6(配列番号3)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6)からなる群より選択される少なくとも1つの遺伝子、又は配列番号2、配列番号4、配列番号1、配列番号3、配列番号5及び配列番号6からなる群より選択される少なくとも1つのヌクレオチド配列若しくはその一部と少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列の翻訳発現レベルを測定する工程
を含んでなり、ここで、i)のメチル化レベル及び/又はii)の転写レベル及び/又はiii)の翻訳発現レベルが前立腺ガン増悪を示す、方法に関する。
a) 個体サンプルにおいて、C1orf114(配列番号2)、HAPLN3(配列番号4)、AOX1(配列番号1)、GAS6(配列番号3)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6)からなる群より選択される少なくとも1つの遺伝子のメチル化レベルを測定するか、又は配列番号2、配列番号4、配列番号1、配列番号3、配列番号5及び配列番号6からなる群より選択されるヌクレオチド配列若しくはその一部と少なくとも90%の配列同一性を有する少なくとも1つのヌクレオチド配列のメチル化レベルを測定する工程、及び/又は
b) 前記サンプルにおいて、C1orf114(配列番号2)、HAPLN3(配列番号4)、AOX1(配列番号1)、GAS6(配列番号3)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6)からなる群より選択される少なくとも1つの遺伝子、又は配列番号2、配列番号4、配列番号1、配列番号3、配列番号5及び配列番号6からなる群より選択される少なくとも1つのヌクレオチド配列若しくはその一部と少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列の転写発現レベルを測定する工程、及び/又は
c) 前記サンプルにおいて、C1orf114(配列番号2)、HAPLN3(配列番号4)、AOX1(配列番号1)、GAS6(配列番号3)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6)からなる群より選択される少なくとも1つの遺伝子、又は配列番号2、配列番号4、配列番号1、配列番号3、配列番号5及び配列番号6からなる群より選択される少なくとも1つのヌクレオチド配列若しくはその一部と少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列の翻訳発現レベルを測定する工程
を含んでなり、ここで、a)の増加したメチル化レベル及び/又はb)の減少した転写レベル及び/又はc)の減少した翻訳発現レベルが前立腺ガンの沈黙性/不活性から攻撃性への増悪を示す、方法に関する。
a) 個体サンプルにおいて、C1orf114(配列番号2)、HAPLN3(配列番号4)、AOX1(配列番号1)、GAS6(配列番号3)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6)からなる群より選択される少なくとも1つの遺伝子のメチル化レベルを測定するか、又は配列番号2、配列番号4、配列番号1、配列番号3、配列番号5及び配列番号6からなる群より選択されるヌクレオチド配列若しくはその一部と少なくとも90%の配列同一性を有する少なくとも1つのヌクレオチド配列のメチル化レベルを測定する工程、及び/又は
b) 前記サンプルにおいて、C1orf114(配列番号2)、HAPLN3(配列番号4)、AOX1(配列番号1)、GAS6(配列番号3)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6)からなる群より選択される少なくとも1つの遺伝子、又は配列番号2、配列番号4、配列番号1、配列番号3、配列番号5及び配列番号6からなる群より選択される少なくとも1つのヌクレオチド配列若しくはその一部と少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列の転写発現レベルを測定する工程、及び/又は
c) 前記サンプルにおいて、C1orf114(配列番号2)、HAPLN3(配列番号4)、AOX1(配列番号1)、GAS6(配列番号3)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6)からなる群より選択される少なくとも1つの遺伝子、又は配列番号2、配列番号4、配列番号1、配列番号3、配列番号5及び配列番号6からなる群より選択される少なくとも1つのヌクレオチド配列若しくはその一部と少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列の翻訳発現レベルを測定する工程
を含んでなり、ここで、a)のメチル化レベル及び/又はb)の転写レベル及び/又はc)の翻訳発現レベルが該前立腺ガンを発症した個体に提案すべき治療レジメンを示す、方法に関する。
I') 配列番号1(AOX1)のヌクレオチド配列;又は
I'') 配列番号1に相補的なヌクレオチド配列;又は
I''') I'又はI''のいずれかと少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列;又は
I'''') I'、I''又はI'''のいずれか1つの少なくとも15の連続ヌクレオチドを含む、I'、I''又はI'''のいずれか1つのフラグメント;及び
II') 配列番号2(C1orf114)のヌクレオチド配列;又は
II'') 配列番号2に相補的なヌクレオチド配列;又は
II''') II'又はII''のいずれかと少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列;又は
II'''') II'、II''又はII'''のいずれか1つの少なくとも15の連続ヌクレオチドを含む、II'、II''又はII'''のいずれか1つのフラグメント;及び
III') 配列番号3(GAS6)のヌクレオチド配列;又は
III'') 配列番号3に相補的なヌクレオチド配列;又は
III''') III'又はIII'''のいずれかと少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列;又は
III'''') III'、III''又はIII'''のいずれか1つの少なくとも15の連続ヌクレオチドを含む、III'、III''又はIII'''のいずれか1つのフラグメント;及び
IV') 配列番号4(HAPLN3)のヌクレオチド配列;又は
IV'') 配列番号4に相補的なヌクレオチド配列;又は
IV''') IV'又はIV''のいずれかと少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列;又は
IV'''') IV'、IV''又はIV'''のいずれか1つの少なくとも15の連続ヌクレオチドを含む、IV'、IV''又はIV'''のいずれか1つのフラグメント;及び
V') 配列番号5のヌクレオチド配列(ST6GALNAC3(配列番号5));又は
V'') 配列番号5に相補的なヌクレオチド配列;又は
V''') V'又はV''のいずれかと少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列;又は
V'''') V'、V''又はV'''のいずれか1つの少なくとも15の連続ヌクレオチドを含む、V'、V''又はV'''のいずれか1つのフラグメント;及び
VI') 配列番号6(ZNF660)のヌクレオチド配列;又は
VI'') 配列番号6に相補的なヌクレオチド配列;又は
VI''') VI'又はVI''のいずれかと少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列;又は
VI'''') VI'、VI''又はVI'''のいずれか1つの少なくとも15の連続ヌクレオチドを含む、VI'、VI''又はVI'''のいずれか1つのフラグメント
から選択される2以上のバイオマーカーを含んでなる、使用に関する。
a) 個体から得たサンプルにおいて1以上のバイオマーカーのメチル化レベル、転写レベル及び/又は翻訳発現レベルを分析する手段、及び
b) 前立腺ガンの患者が或る特定の期間生存する確率を推定する手段
を含んでなり、ここで、
前記バイオマーカーが以下:
I') 配列番号1(AOX1)のヌクレオチド配列;又は
I'') 配列番号1に相補的なヌクレオチド配列;又は
I''') I'又はI''のいずれかと少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列;又は
I'''') I'、I''又はI'''のいずれか1つの少なくとも15の連続ヌクレオチドを含む、I'、I''又はI'''のいずれか1つのフラグメント;及び
II') 配列番号2(C1orf114)のヌクレオチド配列;又は
II'') 配列番号2に相補的なヌクレオチド配列;又は
II''') II'又はII''のいずれかと少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列;又は
II'''') II'、II''又はII'''のいずれか1つの少なくとも15の連続ヌクレオチドを含む、II'、II''又はII'''のいずれか1つのフラグメント;及び
III') 配列番号3(GAS6)のヌクレオチド配列;又は
III'') 配列番号3に相補的なヌクレオチド配列;又は
III''') III'又はIII'''のいずれかと少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列;又は
III'''') III'、III''又はIII'''のいずれか1つの少なくとも15の連続ヌクレオチドを含む、III'、III''又はIII'''のいずれか1つのフラグメント;及び
IV') 配列番号4(HAPLN3)のヌクレオチド配列;又は
IV'') 配列番号4に相補的なヌクレオチド配列;又は
IV''') IV'又はIV''のいずれかと少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列;又は
IV'''') IV'、IV''又はIV'''のいずれか1つの少なくとも15の連続ヌクレオチドを含む、IV'、IV''又はIV'''のいずれか1つのフラグメント;及び
V') 配列番号5のヌクレオチド配列(ST6GALNAC3(配列番号5));又は
V'') 配列番号5に相補的なヌクレオチド配列;又は
V''') V'又はV''のいずれかと少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列;又は
V'''') V'、V''又はV'''のいずれか1つの少なくとも15の連続ヌクレオチドを含む、V'、V''又はV'''のいずれか1つのフラグメント;及び
VI') 配列番号6(ZNF660)のヌクレオチド配列;又は
VI'') 配列番号6に相補的なヌクレオチド配列;又は
VI''') VI'又はVI''のいずれかと少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列;又は
VI'''') VI'、VI''又はVI'''のいずれか1つの少なくとも15の連続ヌクレオチドを含む、VI'、VI''又はVI'''のいずれか1つのフラグメント
からなる群より選択される1以上のヌクレオチド配列を含む、システムに関する。
1つの関連する観点では、本発明は、放射線前立腺摘除後の前立腺ガン患者における疾患再発確率を予測する装置であって、以下:
a) 以前に前立腺ガンと診断され、放射線前立腺摘除により治療された複数の個体の各々についての1セットの術前因子と、該複数の個体の各人についての前立腺ガンの再発率との相関であって、前記1セットの術前因子がC1orf114(配列番号2)、HAPLN3(配列番号4)、AOX1(配列番号1)、GAS6(配列番号3)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6)からなる群より選択される1以上の遺伝子の治療前のメチル化レベル、転写レベル及び/又は翻訳発現レベル、並びに任意に治療前PSAレベル、優位グリーソン分類又は次優位グリーソン分類の1以上を含む、相関係;及び
b) 前立腺ガンを有すると診断された患者から決定された同一セットの術前因子を前記相関と比較して、放射線前立腺摘除後の患者における定量的前立腺ガン再発確率を予測する手段
を含んでなる装置に関する。
定義
本明細書で使用する場合、用語「バイオマーカー」とは、メチル化レベル、メチル化出現率、転写発現レベル及び/又は翻訳発現レベルが前立腺ガンの存否を示す遺伝子又はヌクレオチド配列をいう。1つの好適な実施形態では、バイオマーカーは、AOX1(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)、GAS6(配列番号3)、HAPLN3(配列番号4)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6)からなる群より選択されるものであるか、又は配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5及び配列番号6からなる群より選択されるヌクレオチド配列と少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列のものである。用語「バイオマーカー」は、「マーカー」と互換的に使用してもよい。
方法を説明するために本明細書で使用する場合、用語「補助する」とは、本明細書に開示される方法が、前立腺ガンの診断、予測及び/又は予後を補助するためのデータを収集する工程に向けられていることをいう。したがって、そのような方法を補助する方法は、人体自体に対して行う診断方法として解釈されるべきでない。
本明細書で使用する場合、用語「個体」とは、哺乳動物、例えばヒト、例えば男性、例えば前立腺ガンを患っている男性をいう。用語 個体は、特定の実施形態では、患者を呼ぶものとされ得る。
用語「予測、予測の、予測する(こと)」は、本明細書では、例えば外科的処置、内科的処置などの形態である介入の後の転帰又は疾患増悪を予測することについての用語として使用する。例えば、そのような介入は、放射線前立腺摘除であり得る。
本明細書で使用する場合、用語「前立腺ガンの増悪」とは、疾患経過の増悪及び/又は個々の前立腺ガンステージ若しくはグレードの増悪をいう。前立腺ガンのステージは、本明細書の別の箇所に記載のTMNシステムを用いて規定してもよい。前立腺ガンのグレードは、本明細書の別の箇所に記載のグリーソン(Gleason)等級付けシステムを用いて規定してもよい。
本明細書で使用する場合、用語「前立腺ガンの不存在」とは、前立腺組織サンプルを採取し、該組織サンプルを顕微鏡下で検査してガン細胞が存在するかどうかを決定することでは前立腺ガンが検出できないステージをいう。ガン細胞の不存在は前立腺ガンの不存在を示す。
本明細書で使用する場合、用語「前立腺ガンの存在」とは、前立腺組織サンプルを採取し、該組織サンプルを顕微鏡下で検査してガン細胞が存在するかどうかを決定することで前立腺ガンが検出できるステージをいう。ガン細胞の存在は前立腺ガンの存在を示す。
本明細書で使用する場合、用語「高メチル化」とは、非メチル化DNAサンプルと比較したときの、DNA中のシトシン残基のメチル化の増加をいう。
本明細書で使用する場合、用語「発現レベル」は、所与のサンプル中、例えば組織サンプル中の転写物若しくはその一部又はタンパク質若しくはその一部のレベルをいう。タンパク質のレベルは、例えば、免疫組織化学又はタンパク質若しくはそのフラグメントを特異的に認識する抗体を用いる他の方法により決定することができる。転写物のレベルは、例えば少なくとも1つの関連する他の遺伝子に対する規格化を伴う定量的RT-PCRにより決定される。
ヌクレオチドは、本明細書では、RNA又はDNAのモノマーとして定義される。ヌクレオチドは、塩基及びリン酸基の両方に付着したリボース環又はデオキシリボース環である。ヌクレオシド一リン酸、二リン酸及び三リン酸をヌクレオチドという。
本明細書で使用する場合、用語「ジヌクレオチド」とは、連なった2つのヌクレオチドをいう。ジヌクレオチドは、オリゴヌクレオチド又はポリヌクレオチドに含まれ得る。具体的には、ジヌクレオチドCpG(ホスホジエステル結合によりグアニンに連結したシトシンを指称する)は、本発明に従うオリゴヌクレオチドに包含され得る。CpGジヌクレオチドは、本明細書では、CpG部位ともいう。
本発明者らは、遺伝子AOX1、C1orf114、GAS6、HAPLN3、ST6GALNAC3及びZNF660が、前立腺ガンのバイオマーカーとして、個体における前立腺ガンの診断を補助し及び/又は該前立腺ガンを診断する方法、及び/又は前立腺ガンを発症した個体における前立腺ガンの疾患増悪の予後予測を補助し及び/又は該疾患増悪を予後予測する方法、及び/又は前立腺ガンを発症した個体における前立腺ガンの転帰の予測を補助し及び/又は該転帰を予測する方法、及び/又は前立腺ガンを発症し、該前立腺ガンについて治療されている個体における前立腺ガン増悪に対する治療効果のモニタリングを補助し及び/又は該効果をモニターする方法、及び/又は前立腺ガンを発症した個体において前立腺ガンの沈黙性/不活性から攻撃性への増悪のモニタリングを補助し及び/又は該憎悪をモニターする方法、及び/又は前立腺ガンを発症した個体の治療レジメンの決定を補助し及び/又は該治療レジメンを決定する方法における使用に有用であることを見出した。
前立腺ガンは、ガンのステージにより、すなわち、ガンがどの程度拡大したかにより評価する。本発明におけるマーカーに関して、ステージの知識は、前立腺ガンの予後を規定することや、治療レジメンについて決定することに有用である。3ステージのTNMシステム(腫瘍/リンパ節/転移)は、前立腺ガンのステージ決定に広く使用される。このシステムは、腫瘍のサイズ、関与リンパ節の数及び他の転移の存在に関する情報を利用する。
最も重要な区別は、ガンが依然として前立腺に限局しているかどうかである。TNMシステムにおいて、臨床的なT1及びT2ガンは前立腺のみに見出される一方、T3及びT4ガンは他に拡散している。TNMシステムの以下の用語を、前立腺ガンのステージ決定に使用する:
グリーソンスコアは以下の特徴に関連付けられる:グレード1−ガン性前立腺は正常前立腺組織と酷似している。前立腺は小さく、十分に形作られ、稠密に詰まっている;グレード2−組織は依然として十分に形作られた腺を有するが、腺はより大きく、その間により多くの組織を有する;グレード3−組織は依然として認識可能な腺を有するが、細胞はより黒くなっている。高倍率で、これら細胞の幾つかは腺を離れ、周囲組織に侵入し始めている;グレード4−組織は認識可能な腺をほとんど有しない。多くの細胞が周囲組織に侵入しつつある;グレード5−組織は認識可能な腺を有さない。しばしば、周囲組織の至る場所に細胞がシート状に存在する。
本発明の方法で使用するサンプルは、当業者による分析を可能にするに適切な形態であり得る。本発明に従うサンプルは、組織サンプルから選択してもよいし、体液サンプルから選択されてもよく、例えば血液、血漿、血清、精液及び尿からなる群より選択されるサンプルであり得る。
本発明の1つの好適な実施形態では、サンプルは、組織サンプルからなる群より選択され、好ましくは前立腺サンプルである。或いは、サンプルは、血液、血漿、血清及び精液サンプルからなる群より選択される。別の1つの好適な実施形態では、サンプルは尿サンプルである。
尿サンプルの場合、好適な尿サンプルは、前立腺起源の多くの細胞を尿に移すためにサンプリングの前に前立腺をマッサージした後に採取した尿サンプルである。
本発明の別の1つの特定の実施形態では、サンプルは組織サンプル、例えば組織の生検、又は組織から掻き取った表層サンプルである。別の1つの実施形態では、サンプルは、組織から細胞懸濁液を生成して調製してもよい。しかし、サンプルはまた、組織から得たか又は組織から作られた細胞懸濁液から得た抽出物であってもよい。
1つの実施形態では、サンプルは組織病理学的に陰性の生検である。組織病理学的に陰性の生検は、サンプルが陰性であること(すなわち、当該サンプルを採取した個体が前立腺ガンを有していないこと)が組織の顕微鏡検査により決定されている生検又は組織サンプルである。
腫瘍材料を用いる研究には、一般に、該当する細胞を含むと疑われる生検又は体液が必要である。RNAを用いる研究には、一般に、新鮮な状態で凍結させたか若しくは直後に加工・処理した生検、又は生検の化学的前処置が必要である。ガン組織は別として、生検は、通常、多くの種々の細胞タイプ、例えば血液、結合組織、筋肉組織、内皮などに存在する細胞を含む。DNA研究の場合、顕微切除又はレーザ捕捉が選択方法であるが、しかしRNAの時間依存性崩壊のため、数分間を超えて組織の操作を行うことは困難であり得る。サンプルは新鮮であっても、凍結されていても、化学物質で処理されていてもよい。
本発明の方法は、AOX1(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)、GAS6(配列番号3)、HAPLN3(配列番号4)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6)からなる群より選択される少なくとも1つの遺伝子、又は配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5及び配列番号6からなる群より選択されるヌクレオチド配列若しくはその一部と少なくとも85%の配列同一性、例えば少なくとも90%の配列同一性、少なくとも95%の配列同一性、例えば少なくとも99%の配列同一性を有するヌクレオチド配列のメチル化度及び/又はメチル化出現率を測定する工程を含んでなる。
本発明において、増加したメチル化レベル、例えば増加したメチル化度及び/又はメチル化出現率は前立腺ガンの存在を示し、減少したメチル化度及び/又はメチル化出現率は前立腺ガンの不存在を示す。
メチル化度はまた、コントロールサンプルに対して相対的に測定してもよい。1つの実施形態では、コントロールサンプルは、配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5及び/若しくは配列番号6又はその一部と少なくとも90%の配列同一性を有する非メチル化ヌクレオチド配列である。別の1つの実施形態では、コントロールサンプルは、配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5及び/若しくは配列番号6又はその一部と少なくとも90%の配列同一性を有する完全メチル化ヌクレオチド配列である。更に別の1つの実施形態では、コントロールサンプルは、健常個体の、前記個体サンプルと同じ組織又は体液から得る。
別の1つの実施形態では、メチル化度は、配列番号1に従うAOX1遺伝子の10〜90000の連続塩基対のストレッチにわたって、例えば10〜70000の連続塩基対のストレッチ、例えば10〜50000の連続塩基対のストレッチ、例えば連続10〜30000塩基対のストレッチ、例えば連続10〜10000塩基対のストレッチ、例えば10〜7000の連続塩基対のストレッチ、例えば連続10〜5000塩基対のストレッチ、例えば連続10〜4000塩基対のストレッチ、例えば連続10〜3000塩基対のストレッチ、例えば連続10〜2000塩基対のストレッチ、例えば連続10〜1000塩基対、例えば連続10〜500塩基対のストレッチ、例えば連続10〜400塩基対のストレッチ、例えば連続10〜300塩基対のストレッチ、例えば連続10〜200塩基対のストレッチ、例えば連続10〜100塩基対のストレッチにわたって測定する。
別の1つの実施形態では、メチル化度は、配列番号1に従うAOX遺伝子の連続100〜1000塩基対のストレッチ、例えば連続100〜800塩基対のストレッチ、連続100〜600塩基対のストレッチ、例えば連続100〜200塩基対のストレッチにわたって測定する。
1つの好適な実施形態では、メチル化度は、配列番号1に従うAOX遺伝子の連続100〜500塩基対のストレッチにわたって測定する。
別の1つの実施形態では、メチル化度は、配列番号1の塩基対番号45000〜塩基対番号90487の領域で測定する。好ましくは、メチル化度は、配列番号1の塩基対番号45000〜塩基対番号90487の領域内の連続100〜1000bp、例えば連続100〜500bp、例えば連続100〜200bpのストレッチにわたって測定し、より好ましくは配列番号1の塩基対番号45000〜塩基対番号90487の領域全体にわたって測定する。
更に別の1つの実施形態では、メチル化度は、配列番号1の塩基対番号1〜塩基対番号15000の領域で測定する。好ましくは、メチル化度は、配列番号1の塩基対番号1〜塩基対番号15000の領域内の連続100〜1000塩基対、例えば連続100〜500塩基対、例えば連続100〜200塩基対のストレッチにわたって、より好ましくは配列番号1の塩基対番号1〜塩基対番号15000の領域全体にわたって測定する。
別の1つの実施形態では、メチル化度は、配列番号1の塩基対番号30000〜塩基対番号45000の領域で測定する。好ましくは、メチル化度は、配列番号1の塩基対番号30000〜塩基対番号45000の領域内の連続100〜1000塩基対、例えば連続100〜500塩基対、例えば連続100〜200塩基対のストレッチにわたって、より好ましくは配列番号1の塩基対番号30000〜塩基対番号45000の領域全体にわたって測定する。
更に別の1つの実施形態では、メチル化度は、配列番号1の塩基対番号45000〜塩基対番号60000の領域で測定する。好ましくは、メチル化度は、配列番号1の塩基対番号45000〜塩基対番号60000の領域内の連続100〜1000塩基対、例えば連続100〜500塩基対、例えば連続100〜200塩基対のストレッチにわたって、より好ましくは配列番号1の塩基対番号45000〜塩基対番号60000にわたって測定する。
別の1つの実施形態では、メチル化度は、配列番号1の塩基対番号60000〜塩基対番号75000の領域で測定する。好ましくは、メチル化度は、配列番号1の塩基対番号60000〜塩基対番号75000の領域内の連続100〜1000塩基対、例えば連続100〜500塩基対、例えば連続100〜200塩基対のストレッチにわたって、より好ましくは配列番号1の塩基対番号60000〜塩基対番号75000の領域全体にわたって測定する。
別の1つの実施形態では、メチル化度は、配列番号1の塩基対番号75000〜塩基対番号90487の領域で測定する。好ましくは、メチル化度は、配列番号1の塩基対番号75000〜塩基対番号90487の領域内の連続100〜1000塩基対、例えば連続100〜500塩基対、例えば連続100〜200塩基対のストレッチにわたって、より好ましくは配列番号1の塩基対番号75000〜塩基対番号90487の領域全体にわたって測定する。
1つの好適な実施形態では、メチル化度は、配列番号1の塩基対番号4000〜塩基対番号6000の配列又は配列番号1の塩基対番号4000〜塩基対番号6000と少なくとも90%同一である配列にわたって測定する。また、メチル化度は、配列番号1の塩基対番号4000〜塩基対番号6000の領域内の連続100〜1000塩基対、例えば連続100〜500塩基対、例えば連続100〜200塩基対のストレッチにわたって、より好ましくは配列番号1の塩基対番号4000〜塩基対番号6000の領域全体にわたって測定することが好適である。
1つの好適な実施形態では、メチル化度は、配列番号1の塩基対番号4907〜塩基対番号5374を少なくとも含むか又は配列番号1の塩基対番号4907〜塩基対番号5374と少なくとも90%同一である配列を少なくとも含んでなるAOX1遺伝子の部分にわたって測定する。1つの特定の実施形態では、メチル化度は、配列番号1の塩基対番号4907〜塩基対番号5374を含むか又は配列番号1の塩基対番号4907〜塩基対番号5374と少なくとも90%同一である配列を含んでなるAOX1遺伝子の領域の少なくとも一部で測定する。
別の1つの実施形態では、メチル化度は、配列番号2に従うC1orf114遺伝子の連続10〜37000塩基対のストレッチにわたって、例えば連続10〜30000塩基対のストレッチ、例えば連続10〜10000塩基対のストレッチ、例えば連続10〜5000塩基対のストレッチ、例えば連続10〜4000塩基対のストレッチ、例えば連続10〜3000塩基対のストレッチ、例えば連続10〜2000塩基対のストレッチ、例えば連続10〜1000塩基対のストレッチ、例えば連続10〜500塩基対のストレッチ、例えば連続10〜400塩基対のストレッチ、例えば連続10〜300塩基対のストレッチ、例えば連続10〜200塩基対のストレッチ、例えば連続10〜100塩基対のストレッチにわたって測定する。
別の1つの実施形態では、メチル化度は、配列番号2に従うC1orf114遺伝子の連続100〜1000塩基対のストレッチ、例えば連続100〜800塩基対のストレッチ、例えば連続100〜600塩基対のストレッチ、例えば連続100〜200塩基対のストレッチにわたって測定する。
1つの好適な実施形態では、メチル化度は、配列番号2に従うC1orf114遺伝子の連続100〜500塩基対のストレッチにわたって測定する。
別の1つの実施形態では、メチル化度は、配列番号2の塩基対番号20000〜塩基対番号37557の領域で測定する。好ましくは、メチル化度は、配列番号2の塩基対番号20000〜塩基対番号37557の領域内の連続100〜1000bp、例えば連続100〜500bp、例えば連続100〜200bpのストレッチにわたって測定し、より好ましくは配列番号2の塩基対番号20000〜塩基対番号37557の領域全体にわたって測定する。
更に別の1つの実施形態では、メチル化度は、配列番号2の塩基対番号1〜塩基対番号10000の領域で測定する。好ましくは、メチル化度は、配列番号2の塩基対番号1〜塩基対番号10000の領域内の連続100〜1000塩基対、例えば連続100〜500塩基対、例えば連続100〜200塩基対のストレッチにわたって、より好ましくは配列番号2の塩基対番号1〜塩基対番号10000の領域全体にわたって測定する。
別の1つの実施形態では、メチル化度は、配列番号2の塩基対番号20000〜塩基対番号30000の領域で測定する。好ましくは、メチル化度は、配列番号2の塩基対番号20000〜塩基対番号30000の領域内の連続100〜1000塩基対、例えば連続100〜500塩基対、例えば連続100〜200塩基対のストレッチにわたって、より好ましくは配列番号2の塩基対番号20000〜塩基対番号30000の領域全体にわたって測定する。
更に別の1つの実施形態では、メチル化度は、配列番号2の塩基対番号30000〜塩基対番号37557の領域で測定する。好ましくは、メチル化度は、配列番号2の塩基対番号30000〜塩基対番号37557の領域内の連続100〜1000塩基対、例えば連続100〜500塩基対、例えば連続100〜200塩基対のストレッチにわたって、より好ましくは配列番号2の塩基対番号30000〜塩基対番号37557の領域全体にわたって測定する。
1つの好適な実施形態では、メチル化度は、配列番号2の塩基対番号4000〜塩基対番号6000の配列又は配列番号2の塩基対番号4000〜塩基対番号6000と少なくとも90%同一である配列にわたって測定する。また、メチル化度は、配列番号2の塩基対番号4000〜塩基対番号6000の領域内の連続100〜1000塩基対、例えば連続100〜500塩基対、例えば連続100〜200塩基対のストレッチにわたって、より好ましくは配列番号2の塩基対番号4000〜塩基対番号6000の領域全体にわたって測定することが好適である。
1つの好適な実施形態では、メチル化度は、配列番号2の塩基対番号4777〜塩基対番号5072を少なくとも含むか又は配列番号2の塩基対番号4777〜塩基対番号5072と少なくとも90%同一である配列を少なくとも含んでなるC1orf114遺伝子の部分にわたって測定する。1つの特定の実施形態では、メチル化度は、配列番号2の塩基対番号4777〜塩基対番号5072を含むか又は配列番号2の塩基対番号4777〜塩基対番号5072と少なくとも90%同一である配列を含んでなるC1orf114遺伝子の領域の少なくとも一部で測定する。
別の1つの実施形態では、メチル化度は、配列番号3に従うGAS6遺伝子の連続10〜48000塩基対のストレッチ、例えば連続10〜40000塩基対のストレッチ、例えば連続10〜30000塩基対のストレッチ、例えば連続10〜20000塩基対のストレッチ、例えば連続10〜10000塩基対のストレッチ、例えば連続10〜5000塩基対のストレッチ、例えば連続10〜4000塩基対のストレッチ、例えば連続10〜3000塩基対のストレッチ、例えば連続10〜2000塩基対のストレッチ、例えば連続10〜1000塩基対のストレッチ、例えば連続10〜500塩基対のストレッチ、例えば連続10〜400塩基対のストレッチ、例えば連続10〜300塩基対のストレッチ、例えば連続10〜200塩基対のストレッチ、例えば連続10〜100塩基対のストレッチにわたって測定する。
別の1つの実施形態では、メチル化度は、配列番号3に従うGAS6遺伝子の連続100〜1000塩基対のストレッチ、例えば連続100〜800塩基対のストレッチ、例えば連続100〜600塩基対のストレッチ、例えば連続100〜200塩基対のストレッチにわたって測定する。
1つの好適な実施形態では、メチル化度は、配列番号3に従うGAS6遺伝子の連続100〜500塩基対のストレッチにわたって測定する。
別の1つの実施形態では、メチル化度は、配列番号3の塩基対番号25000〜塩基対番号48525の領域で測定する。好ましくは、メチル化度は、配列番号3の塩基対番号25000〜塩基対番号48525の領域内の連続100〜1000bp、例えば連続100〜500bp、例えば連続100〜200bpのストレッチにわたって測定し、より好ましくは配列番号3の塩基対番号25000〜塩基対番号48525の領域全体にわたって測定する。
更に別の1つの実施形態では、メチル化度は、配列番号3の塩基対番号1〜塩基対番号10000の領域で測定する。好ましくは、メチル化度は、配列番号3の塩基対番号1〜塩基対番号10000の領域内の連続100〜1000塩基対、例えば連続100〜500塩基対、例えば連続100〜200塩基対のストレッチにわたって、より好ましくは配列番号3の塩基対番号1〜塩基対番号10000の領域全体にわたって測定する。
別の1つの実施形態では、メチル化度は、配列番号3の塩基対番号20000〜塩基対番号30000の領域で測定する。好ましくは、メチル化度は、配列番号3の塩基対番号20000〜塩基対番号30000の領域内の連続100〜1000塩基対、例えば連続100〜500塩基対、例えば連続100〜200塩基対のストレッチにわたって、より好ましくは配列番号3の塩基対番号20000〜塩基対番号30000の領域全体にわたって測定する。
更に別の1つの実施形態では、メチル化度は、配列番号3の塩基対番号30000〜塩基対番号40000の領域で測定する。好ましくは、メチル化度は、配列番号3の塩基対番号30000〜塩基対番号40000の領域内の連続100〜1000塩基対、例えば連続100〜500塩基対、例えば連続100〜200塩基対のストレッチにわたって、より好ましくは配列番号3の塩基対番号30000〜塩基対番号40000の領域全体にわたって測定する。
別の1つの実施形態では、メチル化度は、配列番号3の塩基対番号40000〜塩基対番号48525の領域で測定する。好ましくは、メチル化度は、配列番号3の塩基対番号40000〜塩基対番号48525の領域内の連続100〜1000塩基対、例えば連続100〜500塩基対、例えば連続100〜200塩基対のストレッチにわたって、より好ましくは配列番号3の塩基対番号40000〜塩基対番号48525の領域全体にわたって測定する。
1つの好適な実施形態では、メチル化度は、配列番号3の塩基対番号5000〜塩基対番号7000の配列又は配列番号3の塩基対番号5000〜塩基対番号7000と少なくとも90%同一である配列にわたって測定する。また、メチル化度は、配列番号3の塩基対番号5000〜塩基対番号7000の領域内の連続100〜1000塩基対、例えば連続100〜500塩基対、例えば連続100〜200塩基対のストレッチにわたって、より好ましくは配列番号3の塩基対番号5000〜塩基対番号7000の領域全体にわたって測定することが好適である。
1つの好適な実施形態では、メチル化度は、配列番号3の塩基対番号5948〜塩基対番号6265を少なくとも含むか又は配列番号3の塩基対番号5948〜塩基対番号6265と少なくとも90%同一である配列を少なくとも含んでなるGAS6遺伝子の部分にわたって測定する。1つの特定の実施形態では、メチル化度は、配列番号3の塩基対番号5948〜塩基対番号6265を含むか又は配列番号3の塩基対番号5948〜塩基対番号6265と少なくとも90%同一である配列を含んでなるGAS6遺伝子の領域の少なくとも一部で測定する。
別の1つの実施形態では、メチル化度は、配列番号4に従うC1orf114遺伝子の連続10〜23000塩基対のストレッチ、例えば連続10〜15000塩基対のストレッチ、例えば連続10〜10000塩基対のストレッチ、例えば連続10〜5000塩基対のストレッチ、例えば連続10〜4000塩基対のストレッチ、例えば連続10〜3000塩基対のストレッチ、例えば連続10〜2000塩基対のストレッチ、例えば連続10〜1000塩基対のストレッチ、例えば連続10〜500塩基対のストレッチ、例えば連続10〜400塩基対のストレッチ、例えば連続10〜300塩基対のストレッチ、例えば連続10〜200塩基対のストレッチ、例えば連続10〜100塩基対のストレッチにわたって測定する。
別の1つの実施形態では、メチル化度は、配列番号4に従うHAPLN3遺伝子の連続100〜1000塩基対のストレッチ、例えば連続100〜800塩基対のストレッチ、例えば連続100〜500塩基対のストレッチ、例えば連続100〜200塩基対のストレッチにわたって測定する。
1つの好適な実施形態では、メチル化度は、配列番号4に従うHAPLN3遺伝子の連続100〜600塩基対のストレッチにわたって測定する。
別の1つの実施形態では、メチル化度は、配列番号4の塩基対番号10000〜塩基対番号23252の領域で測定する。好ましくは、メチル化度は、配列番号4の塩基対番号10000〜塩基対番号23252の領域内の連続100〜1000bp、例えば連続100〜500bp、例えば連続100〜200bpのストレッチにわたって測定し、より好ましくは配列番号4の塩基対番号10000〜塩基対番号23252の領域全体にわたって測定する。
更に別の1つの実施形態では、メチル化度は、配列番号4の塩基対番号1〜塩基対番号6000の領域で測定する。好ましくは、メチル化度は、配列番号4の塩基対番号1〜塩基対番号6000の領域内の連続100〜1000塩基対、例えば連続100〜500塩基対、例えば連続100〜200塩基対のストレッチにわたって、より好ましくは配列番号4の塩基対番号1〜塩基対番号6000の領域全体にわたって測定する。
別の1つの実施形態では、メチル化度は、配列番号4の塩基対番号12000〜塩基対番号18000の領域で測定する。好ましくは、メチル化度は、配列番号4の塩基対番号12000〜塩基対番号18000の領域内の連続100〜1000塩基対、例えば連続100〜500塩基対、例えば連続100〜200塩基対のストレッチにわたって、より好ましくは配列番号4の塩基対番号12000〜塩基対番号18000の領域全体にわたって測定する。
更に別の1つの実施形態では、メチル化度は、配列番号4の塩基対番号18000〜塩基対番号23252の領域で測定する。好ましくは、メチル化度は、配列番号4の塩基対番号18000〜塩基対番号23252の領域内の連続100〜1000塩基対、例えば連続100〜500塩基対、例えば連続100〜200塩基対のストレッチにわたって、より好ましくは配列番号4の塩基対番号18000〜塩基対番号23252の領域全体にわたって測定する。
別の1つの好適な実施形態では、メチル化度は、配列番号4の塩基対番号4896〜塩基対番号5402を含むか又は配列番号4の塩基対番号4896〜塩基対番号5402と少なくとも90%同一である配列を含んでなる最大限800塩基対、好ましくは最大限500塩基対の配列にわたって測定する。更により好ましくは、メチル化度は、配列番号4の塩基対番号4896〜塩基対番号5402のストレッチ又は配列番号4の塩基対番号4896〜塩基対番号5402と少なくとも90%同一である配列のストレッチにわたって測定する。
1つの好適な実施形態では、メチル化度は、配列番号4の塩基対番号4896〜塩基対番号5402を少なくとも含むか又は配列番号4の塩基対番号4896〜塩基対番号5402と少なくとも90%同一である配列を少なくとも含んでなるHAPLN3遺伝子の部分にわたって測定する。1つの特定の実施形態では、メチル化度は、配列番号4の塩基対番号4896〜塩基対番号5402を含むか又は配列番号4の塩基対番号4896〜塩基対番号5402と少なくとも90%同一である配列を含んでなるHAPLN3遺伝子の領域の少なくとも一部で測定する。
別の1つの実施形態では、メチル化度は、配列番号5に従うST6GALNAC3遺伝子の連続10〜1.122.000塩基対のストレッチ、例えば連続10〜700.000塩基対のストレッチ、例えば連続10〜400.000塩基対のストレッチ、例えば連続10〜100.000塩基対、例えば連続50.000塩基対のストレッチ、例えば連続10〜10000塩基対のストレッチ、例えば連続10〜7000塩基対のストレッチ、例えば連続10〜5000塩基対のストレッチ、例えば連続10〜4000塩基対のストレッチ、例えば連続10〜3000塩基対のストレッチ、例えば連続10〜2000塩基対のストレッチ、例えば連続10〜1000塩基対のストレッチ、例えば連続10〜500塩基対のストレッチ、例えば連続10〜400塩基対のストレッチ、例えば連続10〜300塩基対のストレッチ、例えば連続10〜200塩基対のストレッチ、例えば連続10〜100塩基対のストレッチにわたって測定する。
別の1つの実施形態では、メチル化度は、配列番号5に従うST6GALNAC3遺伝子の連続100〜1000塩基対のストレッチ、例えば連続100〜800塩基対のストレッチ、例えば連続100〜600塩基対のストレッチ、例えば連続100〜200塩基対のストレッチにわたって測定する。
1つの好適な実施形態では、メチル化度は、配列番号5に従うST6GALNAC3遺伝子の連続100〜500塩基対のストレッチにわたって測定する。
別の1つの実施形態では、メチル化度は、配列番号1の塩基対番号500.000〜塩基対番号1.122.510の領域で測定する。好ましくは、メチル化度は、配列番号5の塩基対番号500.000〜塩基対番号1.122.510の領域内の連続100〜1000bp、例えば連続100〜500bp、例えば連続100〜200bpのストレッチにわたって測定し、より好ましくは配列番号5の塩基対番号500.000〜塩基対番号1.122.510の領域全体にわたって測定する。
更に別の1つの実施形態では、メチル化度は、配列番号5の塩基対番号1〜塩基対番号10000の領域で測定する。好ましくは、メチル化度は、配列番号5の塩基対番号1〜塩基対番号10000の領域内の連続100〜1000塩基対、例えば連続100〜500塩基対、例えば連続100〜200塩基対のストレッチにわたって、より好ましくは配列番号5の塩基対番号1〜塩基対番号10000の領域全体にわたって測定する。
別の1つの実施形態では、メチル化度は、配列番号5の塩基対番号200.000〜塩基対番号400.000の領域で測定する。好ましくは、メチル化度は、配列番号5の塩基対番号200.000〜塩基対番号400.000の領域内の連続100〜1000塩基対、例えば連続100〜500塩基対、例えば連続100〜200塩基対のストレッチにわたって、より好ましくは配列番号5の塩基対番号200.000〜塩基対番号400.000の領域全体にわたって測定する。
更に別の1つの実施形態では、メチル化度は、配列番号5の塩基対番号400.000〜塩基対番号700.000の領域で測定する。好ましくは、メチル化度は、配列番号5の塩基対番号400.000〜塩基対番号700.000の領域内の連続100〜1000塩基対、例えば連続100〜500塩基対、例えば連続100〜200塩基対のストレッチにわたって、より好ましくは配列番号5の塩基対番号400.000〜塩基対番号700.000の領域全体にわたって測定する。
別の1つの実施形態では、メチル化度は、配列番号5の塩基対番号700.000〜塩基対番号1.122.510の領域で測定する。好ましくは、メチル化度は、配列番号5の塩基対番号700.000〜塩基対番号1.122.510の領域内の連続100〜1000塩基対、例えば連続100〜500塩基対、例えば連続100〜200塩基対のストレッチにわたって、より好ましくは配列番号5の塩基対番号700.000〜塩基対番号1.122.510の領域全体にわたって測定する。
1つの好適な実施形態では、メチル化度は、配列番号5の塩基対番号4000〜塩基対番号6000の配列又は配列番号1の塩基対番号4000〜塩基対番号6000と少なくとも90%同一である配列にわたって測定する。また、メチル化度は、配列番号5の塩基対番号4000〜塩基対番号6000の領域内の連続100〜1000塩基対、例えば連続100〜500塩基対、例えば連続100〜200塩基対のストレッチにわたって、より好ましくは配列番号5の塩基対番号4000〜塩基対番号6000の領域全体にわたって測定することが好適である。
1つの好適な実施形態では、メチル化度は、配列番号5の塩基対番号5097〜塩基対番号5186を少なくとも含むか又は配列番号5の塩基対番号5097〜塩基対番号5186と少なくとも90%同一である配列を少なくとも含んでなるST6GALNAC3遺伝子の部分にわたって測定する。1つの特定の実施形態では、メチル化度は、配列番号5の塩基対番号5097〜塩基対番号5186を含むか又は配列番号5の塩基対番号5097〜塩基対番号5186と少なくとも90%同一である配列を含んでなるST6GALNAC3遺伝子の領域の少なくとも一部で測定する。
別の1つの実施形態では、メチル化度は、配列番号6に従うZNF660遺伝子の連続10〜16000塩基対のストレッチ、例えば連続10〜13000塩基対のストレッチ、例えば連続10〜10000塩基対のストレッチ、例えば連続10〜7000塩基対、例えば連続10〜5000塩基対のストレッチ、例えば連続10〜4000塩基対のストレッチ、例えば連続10〜3000塩基対のストレッチ、例えば連続10〜2000塩基対のストレッチ、例えば連続10〜1000塩基対のストレッチ、例えば連続10〜500塩基対のストレッチ、例えば連続10〜400塩基対のストレッチ、例えば連続10〜300塩基対のストレッチ、例えば連続10〜200塩基対のストレッチ、例えば連続10〜100塩基対のストレッチにわたって測定する。
別の1つの実施形態では、メチル化度は、配列番号6に従うZNF660遺伝子の連続100〜1000塩基対のストレッチ、例えば連続100〜800塩基対のストレッチ、例えば連続100〜600塩基対のストレッチ、例えば連続100〜200塩基対のストレッチにわたって測定する。
1つの好適な実施形態では、メチル化度は、配列番号6に従うZNF660遺伝子の連続100〜500塩基対のストレッチにわたって測定する。
別の1つの実施形態では、メチル化度は、配列番号6の塩基対番号8000〜塩基対番号16102の領域で測定する。好ましくは、メチル化度は、配列番号6の塩基対番号8000〜塩基対番号16102の領域内の連続100〜1000bp、例えば連続100〜500bp、例えば連続100〜200bpのストレッチにわたって測定し、より好ましくは配列番号6の塩基対番号8000〜塩基対番号16102の領域全体にわたって測定する。
更に別の1つの実施形態では、メチル化度は、配列番号6の塩基対番号1〜塩基対番号4000の領域で測定する。好ましくは、メチル化度は、配列番号6の塩基対番号1〜塩基対番号4000の領域内の連続100〜1000塩基対、例えば連続100〜500塩基対、例えば連続100〜200塩基対のストレッチにわたって、より好ましくは配列番号6の塩基対番号1〜塩基対番号4000の領域全体にわたって測定する。
別の1つの実施形態では、メチル化度は、配列番号6の塩基対番号8000〜塩基対番号12000の領域で測定する。好ましくは、メチル化度は、配列番号6の塩基対番号8000〜塩基対番号12000の領域内の連続100〜1000塩基対、例えば連続100〜500塩基対、例えば連続100〜200塩基対のストレッチにわたって、より好ましくは配列番号6の塩基対番号8000〜塩基対番号12000の領域全体にわたって測定する。
更に別の1つの実施形態では、メチル化度は、配列番号6の塩基対番号12000〜塩基対番号16102の領域で測定する。好ましくは、メチル化度は、配列番号6の塩基対番号12000〜塩基対番号16102の領域内の連続100〜1000塩基対、例えば連続100〜500塩基対、例えば連続100〜200塩基対のストレッチにわたって、より好ましくは配列番号6の塩基対番号12000〜塩基対番号16102の領域全体にわたって測定する。
1つの好適な実施形態では、メチル化度は、配列番号6の塩基対番号4000〜塩基対番号6000の配列又は配列番号6の塩基対番号4000〜塩基対番号6000と少なくとも90%同一である配列にわたって測定する。また、メチル化度は、配列番号6の塩基対番号4000〜塩基対番号6000の領域内の連続100〜1000塩基対、例えば連続100〜500塩基対、例えば連続100〜200塩基対のストレッチにわたって、より好ましくは配列番号6の塩基対番号4000〜塩基対番号6000の領域全体にわたって測定するすることが好適である。
1つの好適な実施形態では、メチル化度は、配列番号6の塩基対番号4923〜塩基対番号5225を少なくとも含むか又は配列番号6の塩基対番号4923〜塩基対番号5225と少なくとも90%同一である配列を少なくとも含んでなるZNF660遺伝子の部分にわたって測定する。1つの特定の実施形態では、メチル化度は、配列番号6の塩基対番号4923〜塩基対番号5225を含むか又は配列番号6の塩基対番号4923〜塩基対番号5225と少なくとも90%同一である配列を含んでなるZNF660遺伝子の領域の少なくとも一部で測定する。
同じ個体の以前の測定若しくは同じ個体の非罹患組織での測定に比して又は標準レベルに比して少なくとも10%又は例えば少なくとも15%、20%、25%、30%、35%、40%、41%、42%、43%、44%、45%、46%、47%、48%、49%、50%、55%、60%、65%、70%、80%、90%、100%又はそれ以上増加したサンプル中のメチル化度を、本発明に従う増加したメチル化度とみなす。よって、上記のとおり、AOX1、C1orf114、GAS6、HAPLN3、ST6GALNAC3及び/又はZNF660遺伝子の増加したメチル化度は、前立腺ガンの存在を示す。
同じ個体の以前の測定若しくは同じ個体の非罹患組織での測定に比して又は標準レベルに比して少なくとも1.5倍又は例えば少なくとも2倍、3倍、5倍、10倍又はそれ以上増加したサンプル中のメチル化度を、本発明に従う増加したメチル化度とみなす。よって、上記のとおり、AOX1、C1orf114、GAS6、HAPLN3、ST6GALNAC3及び/又はZNF660遺伝子の増加したメチル化度は、前立腺ガンの存在を示す。
− AOX1(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)、GAS6(配列番号3)、HAPLN3(配列番号4)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6)からなる群より選択される遺伝子、及び/又は
− 配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5及び配列番号6からなる群より選択されるヌクレオチド配列又はその一部と少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列
のメチル化度は、1%、例えば5%、例えば10%、例えば15%、例えば20%、例えば35%、例えば40%、例えば45%、例えば50%上回って測定された場合、増加しており、前立腺ガンの存在を示すものとみなされる。
1つの好適な実施形態では、サンプル中の
− AOX1(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)、GAS6(配列番号3)、HAPLN3(配列番号4)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6)からなる群より選択される遺伝子、及び/又は
− 配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5及び配列番号6からなる群より選択されるヌクレオチド配列又はその一部と少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列
のメチル化度は、サンプルが組織サンプルであるとき、15%、例えば16%、例えば17%、例えば18%、例えば19%上回って測定された場合、増加しており、前立腺ガンの存在を示すものとみなされる。
− AOX1(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)、GAS6(配列番号3)、HAPLN3(配列番号4)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6)からなる群より選択される遺伝子、及び/又は
− 配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5及び配列番号6からなる群より選択されるヌクレオチド配列又はその一部と少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列
のメチル化度は、サンプルが組織サンプルであるとき、21%、例えば22%、例えば23%、例えば24%、例えば25%上回って測定された場合、増加しており、前立腺ガンの存在を示すものとみなされる。
1つのより好適な実施形態では、サンプル中の
− AOX1(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)、GAS6(配列番号3)、HAPLN3(配列番号4)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6)からなる群より選択される遺伝子、及び/又は
− 配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5及び配列番号6からなる群より選択されるヌクレオチド配列又はその一部と少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列
のメチル化度は、20%を上回って測定された場合、増加しており、前立腺ガンの存在を示すものとみなされる。
− AOX1(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)、GAS6(配列番号3)、HAPLN3(配列番号4)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6)からなる群より選択される遺伝子、及び/又は
− 配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5及び配列番号6からなる群より選択されるヌクレオチド配列又はその一部と少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列
のメチル化度は、サンプルが組織サンプルであるとき、20%を上回って測定された場合、増加しており、前立腺ガンの存在を示すものとみなされる。
1つの具体的実施形態では、組織サンプルは前立腺組織サンプルである。
1つの実施形態では、サンプル中の
− AOX1(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)、GAS6(配列番号3)、HAPLN3(配列番号4)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6)からなる群より選択される遺伝子、及び/又は
− 配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5及び配列番号6からなる群より選択されるヌクレオチド配列又はその一部と少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列
のメチル化度は、サンプルが体液サンプルであるとき、0.001%、例えば0.01%、例えば0.05%、例えば0.1%、例えば0.5%、例えば1%、例えば2%、例えば3%、例えば4%、例えば5%、例えば6%、例えば8%、例えば10%、例えば15%、例えば20%、例えば25%、例えば30%、例えば35%、例えば40%、例えば50%上回って測定された場合、増加しており、前立腺ガンの存在を示すものとみなされる。
体液サンプルは、尿、血液、血漿、血清及び精液からなる群より選択され得る。
1つの好適な実施形態では、体液サンプルは尿サンプルである。
− AOX1(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)、GAS6(配列番号3)、HAPLN3(配列番号4)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6)からなる群より選択される遺伝子、及び/又は
− 配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5及び配列番号6からなる群より選択されるヌクレオチド配列又はその一部と少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列
のメチル化度は、サンプルが体液サンプルであるとき、0.01%上回って測定された場合、増加しており、前立腺ガンの存在を示すものとみなされる。
1つの好適な実施形態では、体液サンプルは血液サンプルである。別の1つの好適な実施形態では、体液サンプルは尿サンプルである。
組織病理学的に陰性の生検における本明細書に記載の遺伝子の1以上のメチル化度の測定は、前立腺ガンの早期検出を改善し得る。組織病理学的に陰性の生検は、サンプルが陰性であること、すなわち当該サンプルが採取された個体が前立腺ガンを有さないことが組織の顕微鏡検査により決定されている生検又は組織サンプルである。生検サンプルは前立腺の生検又は切除した前立腺組織であることがある。
よって、1つの具体的実施形態では、組織病理学的にガン陰性の生検中の増加したメチル化度は、ガン陽性再生検を示す。増加したメチル化度は上記のとおりである。
− AOX1(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)、GAS6(配列番号3)、HAPLN3(配列番号4)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6)からなる群より選択される遺伝子、及び/又は
− 配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5及び配列番号6からなる群より選択されるヌクレオチド配列又はその一部と少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列
のメチル化度は、30%、例えば25%、例えば15%、例えば10%、例えば5%又は例えば1%下回って測定された場合、減少しており、前立腺ガンの不存在を示すものとみなされる。
1つの好適な実施形態では、サンプル中の
− AOX1(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)、GAS6(配列番号3)、HAPLN3(配列番号4)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6)からなる群より選択される遺伝子、及び/又は
− 配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5及び配列番号6からなる群より選択されるヌクレオチド配列又はその一部と少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列
のメチル化度は、サンプルが組織サンプルであるとき、20%下回って測定された場合、減少しており、前立腺ガンの不存在を示すものとみなされる。
− AOX1(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)、GAS6(配列番号3)、HAPLN3(配列番号4)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6)からなる群より選択される遺伝子、及び/又は
− 配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5及び配列番号6からなる群より選択されるヌクレオチド配列又はその一部と少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列
のメチル化度は、サンプルが体液サンプルであるとき、10%、例えば8%、例えば6%、例えば4%、例えば2%、例えば1%、例えば0.5%又は例えば0.1%下回って測定された場合、減少しており、前立腺ガンの不存在を示すものとみなされる。
体液サンプルは、尿、血液、血漿、血清及び精液からなる群より選択され得る。1つの好適な実施形態では、体液サンプルは尿サンプルである。
1つの好適な実施形態では、サンプル中の
− AOX1(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)、GAS6(配列番号3)、HAPLN3(配列番号4)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6)からなる群より選択される遺伝子、及び/又は
− 配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5及び配列番号6からなる群より選択されるヌクレオチド配列又はその一部と少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列
のメチル化度は、0.1%下回って測定された場合、減少しており、前立腺ガンの不存在を示すものとみなされる。
AOX1、C1orf114、GAS6、HAPLN3、ST6GALNAC3及びZNF660遺伝子のメチル化レベルを測定する別の方法は、メチル化出現率を測定することによるものである。メチル化出現率とは、AOX1、C1orf114、GAS6、HAPLN3、ST6GALNAC3及びZNF660からなる群より選択される遺伝子の特定領域でCpGジヌクレオチドの全て又はほとんどがメチル化している所与のサンプル中のDNA分子のパーセンテージをいう。前記遺伝子のこの特定領域のメチル化は、当該遺伝子がPC細胞である細胞に起源を有することを示す。例えば、AOX1遺伝子のメチル化出現率がサンプル中で10%であれば、該サンプル中のDNA分子の10%は試験領域中に完全に又はほぼ完全にメチル化されているAOX1遺伝子を有し、結果として、サンプル中のDNA分子の少なくとも10%が前立腺ガン細胞である細胞に起源を有する。よって、メチル化AOX1、C1orf114、GAS6、HAPLN3、ST6GALNAC3及び/又はZNF660遺伝子の検出は、PC細胞の存在を示す。
メチル化出現率は、例えば、メチル化特異的PCR(MSP)又はリアルタイム蛍光MSP(下記で説明)を用いて測定されてもよい。MSPにおいて、プライマー又は蛍光プローブは、代表的には、1以上のメチル化CpGを含有する部位にアニールするように設計される。よって、このプライマー又はプローブは、好ましくは、完全メチル化標的領域にアニールする。MSPは、10.000〜100.000の非メチル化遺伝子中の1つのメチル化遺伝子を検出し得る高感度な方法である。
配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5及び/又は配列番号6の少なくとも1つのCpGジヌクレオチド、例えば2、3、4、5、6、7、8、9のCpGジヌクレオチド又は10より多いCpGジヌクレオチドのメチル化出現率を測定することが好まれる。メチル化出現率は、本明細書で規定したようなメチル化度と同じ遺伝子領域で測定してもよい。
別の1つの好適な実施形態では、メチル化出現率は、配列番号2の塩基対番号4777〜塩基対番号5072を少なくとも含むか又は配列番号2の塩基対番号4777〜塩基対番号5072と少なくとも90%同一である配列を少なくとも含んでなるC1orf114遺伝子の部分にわたって測定する。1つの特定の実施形態では、メチル化出現率は、配列番号2の塩基対番号4777〜塩基対番号5072を含むか又は配列番号2の塩基対番号4777〜塩基対番号5072と少なくとも90%同一である配列を含んでなるC1orf114遺伝子の領域の少なくとも一部で測定される。
更に別の1つの好適な実施形態では、メチル化出現率は、配列番号3の塩基対番号5948〜塩基対番号6265を少なくとも含むか又は配列番号3の塩基対番号5948〜塩基対番号6265と少なくとも90%同一である配列を少なくとも含んでなるGAS6遺伝子の部分にわたって測定する。1つの特定の実施形態では、メチル化出現率は、配列番号3の塩基対番号5948〜塩基対番号6265を含むか又は配列番号3の塩基対番号5948〜塩基対番号6265と少なくとも90%同一である配列を含んでなるGAS6遺伝子の領域の少なくとも一部で測定される。
別の1つの好適な実施形態では、メチル化出現率は、配列番号5の塩基対番号5097〜塩基対番号5186を少なくとも含むか又は配列番号5の塩基対番号5097〜塩基対番号5186と少なくとも90%同一である配列を少なくとも含んでなるST6GALNAC3遺伝子の部分にわたって測定する。1つの特定の実施形態では、メチル化出現率は、配列番号5の塩基対番号5097〜塩基対番号5186を含むか又は配列番号5の塩基対番号5097〜塩基対番号5186と少なくとも90%同一である配列を含んでなるST6GALNAC3遺伝子の領域の少なくとも一部で測定される。
更に別の1つの好適な実施形態では、メチル化出現率は、配列番号6の塩基対番号4923〜塩基対番号5225を少なくとも含むか又は配列番号6の塩基対番号4923〜塩基対番号5225と少なくとも90%同一である配列を少なくとも含んでなるZNF660遺伝子の部分にわたって測定する。1つの特定の実施形態では、メチル化出現率は、配列番号6の塩基対番号4923〜塩基対番号5225を含むか又は配列番号6の塩基対番号4923〜塩基対番号5225と少なくとも90%同一である配列を含んでなるZNF660遺伝子の領域の少なくとも一部で測定される。
同じ個体の以前の測定若しくは同じ個体の非罹患組織での測定に比して又は標準レベルに比して少なくとも10%又は例えば少なくとも15%、20%、25%、30%、35%、40%、41%、42%、43%、44%、45%、46%、47%、48%、49%、50%、55%、60%、65%、70%、80%、90%、100%又はそれ以上増加したサンプル中のメチル化出現率を、本発明に従う増加したメチル化出現率とみなす。
同じ個体の以前の測定若しくは同じ個体の非罹患組織での測定に比して又は標準レベルに比して少なくとも1.5倍又は例えば少なくとも2倍、3倍、5倍、10倍又はそれ以上増加したサンプル中のメチル化出現率を、本発明に従う増加したメチル化度とみなす。
− AOX1(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)、GAS6(配列番号3)、HAPLN3(配列番号4)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6)からなる群より選択される遺伝子、及び/又は
− 配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5及び配列番号6からなる群より選択されるヌクレオチド配列又はその一部と少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列
のメチル化出現率は、例えば0.001%、例えば0.01%、例えば0.1%、例えば1%、例えば5%、例えば10%、例えば15%、例えば20%、例えば35%、例えば40%、例えば45%、例えば50%上回って測定された場合、増加しており、前立腺ガンの存在を示すものとみなされる。
1つの好適な実施形態では、サンプル中の
− AOX1(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)、GAS6(配列番号3)、HAPLN3(配列番号4)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6)からなる群より選択される遺伝子、及び/又は
− 配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5及び配列番号6からなる群より選択されるヌクレオチド配列又はその一部と少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列
のメチル化出現率は、0.1%上回って測定された場合、増加しており、前立腺ガンの存在を示すものとみなされる。
− AOX1(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)、GAS6(配列番号3)、HAPLN3(配列番号4)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6)からなる群より選択される遺伝子、及び/又は
− 配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5及び配列番号6からなる群より選択されるヌクレオチド配列又はその一部と少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列
のメチル化出現率は、0.01%を上回って測定された場合、増加しており、前立腺ガンの存在を示すものとみなされる。
更に別の1つの好適な実施形態では、サンプル中の
− AOX1(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)、GAS6(配列番号3)、HAPLN3(配列番号4)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6)からなる群より選択される遺伝子、及び/又は
− 配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5及び配列番号6からなる群より選択されるヌクレオチド配列又はその一部と少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列
のメチル化出現率は、0.001%上回って測定された場合、増加しており、前立腺ガンの存在を示すものとみなされる。
− AOX1(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)、GAS6(配列番号3)、HAPLN3(配列番号4)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6)からなる群より選択される遺伝子、及び/又は
− 配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5及び配列番号6からなる群より選択されるヌクレオチド配列又はその一部と少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列
のメチル化出現率は、0.1%上回って測定された場合、増加しており、前立腺ガンの存在を示すものとみなされる。具体的には、尿サンプル中で0.1%上回るメチル化出現率は、T2ステージの前立腺ガンの存在を示し得る。
組織病理学的に陰性の生検における本明細書に記載の遺伝子の1以上のメチル化出現率の測定は、前立腺ガンの早期検出を改善し得る。組織病理学的に陰性の生検は、サンプルが陰性であること、すなわち当該サンプルが採取された個体が前立腺ガンを有していないことが組織の顕微鏡検査により決定されている生検又は組織サンプルである。生検サンプルは前立腺の生検又は切除した前立腺組織であることがある。
本発明の1つの好適な実施形態では、サンプル中の
− AOX1(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)、GAS6(配列番号3)、HAPLN3(配列番号4)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6)からなる群より選択される遺伝子、及び/又は
− 配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5及び配列番号6からなる群より選択されるヌクレオチド配列又はその一部と少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列
のメチル化出現率は、0.001%下回って測定された場合、減少しており、前立腺ガンの不存在を示すものとみなされる。
本発明に従う方法におけるメチル化度及び/又はメチル化出現率の測定は、当業者に公知である任意の適切な方法を用いて行い得る。
本発明によれば、メチル化出現率は、メチル化特異的PCRを用いて測定してもよい。メチル化特異的PCR(MSP)は、メチル化の高感度検出に最も広く使用されるアッセイの1つである。米国特許第5,786,146号は、CpG含有核酸中のDNAメチル化パターンを同定するためのメチル化特異的PCR(MSP)法を開示しており、この方法が本発明での使用に有用である。この方法は、核酸中の非メチル化シトシンを修飾する薬剤を使用する。増幅前に、DNAを重亜硫酸ナトリウムで処理して、全ての非メチル化シトシンをウラシルに変換する。この重亜硫酸塩反応は、メチル化情報を配列の差に効率的に変換する。CpG特異的オリゴヌクレオチドプライマーを用いて、修飾メチル化核酸と非メチル化核酸とを識別する。メチル化核酸の同定は、増幅により生じた増幅産物の存否及び修飾メチル化核酸と非メチル化核酸との識別に基づく。生じたPCR産物は、例えば、ゲル上で可視化できる。
リアルタイム蛍光MSP(MethyLight)は、蛍光プローブをMSPと共に用いるリアルタイムPCRに基づいており、これにより、より高い処理能力の同質反応が可能になる。よって、本発明の方法に従うメチル化状態は、リアルタイム蛍光MSPを用いて測定してもよい。プローブがCpGsを含まない場合、反応は、基本的には、定量型のMSPである。しかし、蛍光プローブは、代表的には、1以上のCpGsを含む部位にアニールするように設計され、この第3のオリゴヌクレオチドが、完全メチル化標的鎖に関するこのアッセイの特異性を増大させる。増幅の検出はリアルタイムに生じるので、二次的な電気泳動工程を必要としない。サンプルをPCR後に操作しないので、汚染リスクが減少する。MethyLightプローブは、任意の形式のもの(Taqmanプローブ又はLightCyclerハイブリダイゼーションプローブ対を含むがこれらに限定されない)であることができ、複数のレポーター色素を使用する場合、幾つかのプローブを同時に用いることができる。リアルタイム蛍光MSPは、本発明に従うメチル化出現率を測定するための1つの好適な方法である。しかし、PCRベースの高分解能融解分析アッセイのような方法を、メチル化状態の測定に使用してもよい。メチル化感受性高分解能融解(MS-HRM)分析は、本発明に従うメチル化状態の測定及びメチル化遺伝子の高特異性で高感度の検出に使用することができる別の1つのPCRベースの技術である。この方法は、メチル化DNA及び非メチル化DNAが重亜硫酸塩処理後に(顕著に異なる融解プロフィール/温度を有するPCR産物を生じる)異なる配列を獲得する事実を利用する。PCRを使用して、同じ反応でメチル化配列及び非メチル化配列の両方を増幅する。この方法は、0.1%程度の低いメチル化レベルを検出するように最適化することができる。また、MS-HRMにより、試験サンプルの融解プロフィールと既知のメチル化:非メチル化対立遺伝子比を有する標準物からのPCR産物の融解プロフィールとを比較することでメチル化レベルの推定が可能になる。MS-HRM分析プロトコールは単純であり、この方法は高い再現性で特徴付けられる(Wojdacz TK, Dobrovic A, Hansen LL. 2008, Nat Protoc. 2008;3(12):1903-8)。
1つの好適な実施形態では、メチル化状態は、超並列シーケンシング技術(次世代シーケンシング)を用いて重亜硫酸塩変換DNA(又はそのPCRアンプリコン)の標的化再シーケンシングにより測定する。これにより、メチル化CpGジヌクレオチドと非メチル化CpGジヌクレオチドとの間の比のデジタル定量が可能になる。次世代シーケンシングプラットホームは、キャピラリベースのシーケンシングについて代表的に見られるように、一度に96どころか、数百万の配列読取値を並列に処理する能力によって特徴付けられる。次世代シーケンスレディライブラリ(next-generation sequence-ready library)を作製するワークフローは簡単である;シーケンシング用のDNAフラグメントを、各DNAフラグメントの両端に特異的なアダプターオリゴを連結して調製する。重要なことは、ライブラリの作製には比較的少い投入量のDNA(たかだか数マイクログラム)で済むことである。次世代シーケンシングに現在利用可能なプラットフォームは、比較的短い読取長のもの(プラットフォームに依存して35〜250bp)を生じるが、より長いものも可能となる(Mardis, E.R. The impact of next-generation sequencing technology on genetics, Trends Genet. 2008 Mar;24(3):133-41)。
DNA領域のCpGメチル化密度の迅速評価のために、Galmら(2002)(Genome Res. 12, 153-7)が以前に記載したような定量的メチル化密度アッセイを使用してもよい。ゲノムDNAの重亜硫酸塩修飾後、興味対象の領域を、ネスティッドプライマーを用いてPCR増幅する。PCR産物を精製し、DNA量を測定する。所定量のDNAを、メチル化定量のために[3H]-SAM(TRK581Bioscience, Amersham)及びSssIメチルトランスフェラーゼとインキュベートする。反応が終結したら、インビトロメチル化混合物から産物を精製する。溶出剤容量の20%を[3H]カウンターでカウントする。各サンプルの規格化された放射活性DNAを測定し、カウントをDNA量に対して規格化する。
重亜硫酸塩修飾DNAの制限分析は、少量のゲノムDNA中の特定の遺伝子座でのDNAメチル化レベルを測定するために使用することができる更に別の1つの定量技法である。制限酵素消化を用いて、重亜硫酸ナトリウム処理DNAのPCR産物におけるメチル化依存性の配列相違を明らかにする。元のDNAサンプル中のメチル化レベルは、広範なDNAメチル化レベルにわたる線形様式で、消化CR産物及び未消化PCR産物の相対量に代表される。この技法は、微小切片化したパラフィン包埋組織サンプルから得られるDNAに確実に適用できる。
更に別の1つの実施形態では、メチル化配列の免疫沈降を使用して、配列特異的メチル化遺伝子フラグメントを単離することができる。簡潔には、ゲノムDNAを超音波処理して、200〜300bpのフラグメントを生じさせる。次いで、DNAを変性させ、プロテインA Fast FlowSepharoseを用いて予備清浄化し、更に5-メチルシチジンモノクローナル抗体とインキュベートする。複合体は、プロテインAセファロースを用いて精製した後に洗浄してもよい。次いで、免疫沈降サンプルを、特異的PCRプライマーを用いて分析する。
本発明の方法は、サンプル中の
− AOX1、C1orf114、GAS6、HAPLN3、ST6GALNAC3及びZNF660からなる群より選択される遺伝子、及び/又は
− 配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5及び配列番号6からなる群より選択される少なくとも1つのヌクレオチド配列又はその一部と少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列
の少なくとも1つの転写発現レベルを測定する工程を含んでなる。
よって、本明細書で言及する場合、「転写発現レベル」は、
− AOX1(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)、GAS6(配列番号3)、HAPLN3(配列番号4)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6)からなる群より選択される遺伝子、及び/又は
配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5及び配列番号6からなる群より選択されるヌクレオチド配列と少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列
の少なくとも1つの転写レベルである。
− AOX1(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)、GAS6(配列番号3)、HAPLN3(配列番号4)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6)からなる群より選択される遺伝子、及び/又は
− 配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5及び配列番号6からなる群より選択される少なくとも1つのヌクレオチド配列又はその一部と少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列
の少なくとも1つの減少した転写発現レベルは前立腺ガンの存在を示す。
本発明の1つの実施形態では、同じ個体の以前の測定若しくは同じ個体の非罹患組織での測定に比して又は標準レベルに比して少なくとも10%又は例えば少なくとも15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%若しくは少なくとも75%及びそれ以上減少した転写レベルは、前立腺ガンの存在を示す。
別の1つの実施形態では、同じ個体の以前の測定若しくは同じ個体の非罹患組織での測定に比して又は標準レベルに比して少なくとも1/2倍又はそれ以下、例えば少なくとも1/3倍、少なくとも1/4倍、少なくとも1/5倍又はそれ以下に減少した転写レベルは、前立腺ガンを示す。
1つのより好適な実施形態では、サンプル中の
− AOX1(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)、GAS6(配列番号3)、HAPLN3(配列番号4)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6)からなる群より選択される遺伝子、及び/又は
− 配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5及び配列番号6からなる群より選択されるヌクレオチド配列又はその一部と少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列
の少なくとも1つの転写発現レベルは、少なくとも50%減少しているとき、前立腺ガンの存在を示す。
1つの特定の実施形態では、サンプル中の
i) AOX1(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)、GAS6(配列番号3)、HAPLN3(配列番号4)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6)からなる群より選択される遺伝子、及び/又は
ii) 配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5及び配列番号6からなる群より選択されるヌクレオチド配列又はその一部と少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列
の少なくとも1つの転写発現レベルは、コントロールサンプルの転写レベルとの比較で50%減少している。
ポリメラーゼ連鎖反応(PCR)は、転写産物を測定する周知で十分に確立された技法であり、したがって1つの実施形態でAOX1、C1orf114、GAS6、HAPLN3、ST6GALNAC3及び/若しくはZNF660遺伝子又はその一部の転写発現レベルを本発明に従って測定するために使用する方法でもある。
逆転写ポリメラーゼ連鎖反応(RT-PCR)は、ポリメラーゼ連鎖反応(PCR)の一変形である。RT-PCRでは、RNA鎖は、先ず、逆転写酵素を用いてDNA相補物(相補DNA又はcDNA)に逆転写され、得られるcDNAを、従来のPCRを使用して増幅する。
1つの好適な実施形態では、転写発現レベルはRT-PCRにより測定する。
「定量」増幅の方法は当業者に周知である。例えば、定量PCRには、同じプライマーを用いる既知量のコントロール配列の同時増幅が含まれる。これにより、PCR反応を較正するために使用し得る内部標準が提供される。その上、高密度アレイは、増幅核酸の定量のために内部標準に特異的なプローブを含んでいてもよい。
PCR及びIVT反応に加え、本発明の方法はまた、他の反応タイプ、逆転写、ニック翻訳などにも適用可能である。
サンプル中の核酸は、一般に、後工程での検出を容易にするために標識される。標識は、増幅、インビトロ転写又はニック翻訳プロセスの間に行い得る。具体的には、増幅、インビトロ転写又はニック翻訳は、標識プライマーの使用又は増幅配列への標識dNTPの組込みのいずれかにより、増幅配列又は転写配列に標識を組み込んでもよい。次いで、サンプル核酸とアレイ上のオリゴヌクレオチドプローブとの間のハイブリダイゼーションを、例えばエピ蛍光共焦点顕微鏡観察を利用して検出する。代表的には、ハイブリダイゼーションの間にサンプルを混合して、サンプル中の核酸とアレイ上の核酸プローブとのハイブリダイゼーションを亢進させる。
AOX1、C1orf114、GAS6、HAPLN3、ST6GALNAC3及び/若しくはZNF660の転写物又はその一部の検出方法は、選択した標識に依存する。卓越した感度及び単純性から蛍光標識が好適である。標準的な標識手順を使用して、配列と反応体との間で相互作用が起きる位置を決定する。例えば、標的配列が標識されており、種々のプローブのマトリクスに曝される場合、プローブが標的と相互作用する位置のみがいずれかのシグナルを示す。或いは、他の方法を使用してマトリクスを走査し、相互作用が起きる場所を決定してもよい。当然のことながら、複数の条件の各々で生じる相互作用を反復走査することにより、時間的様式で相互作用の分布帯を決定してもよい。しかし、各個の相互作用を別々に試験することに代えて、マトリクス上で複数の配列相互作用を同時に決定してもよい。
高密度アレイのプローブにハイブリダイズした標識核酸の検出手段は、当業者に公知である。よって、例えば、呈色標識を使用する場合には、標識の単純な可視化で十分である。放射活性標識プローブを使用する場合、(例えば、写真用フィルム又は固体検出器を用いる)放射線検出で十分である。
標的ポリヌクレオチドは、いずれかの好都合な検出可能なマーカーにより標識されてもよい。非常に強いシグナルを低いバックグランドで提供するので蛍光標識が好適である。蛍光標識はまた、迅速な走査手順により、高い分解能及び感度で光学的に検出可能である。他の可能な標識成分としては、放射性同位体、化学発光化合物、標識した結合性タンパク質、重金属原子、分光マーカー、磁性標識及び連結された酵素が挙げられる。別の標識方法は、標的配列の標識を迂回し得る。標的はプローブに曝されてもよい。二本鎖ハイブリッドは当該位置でのみ形成される。二本鎖の特異的試薬を添加して、ハイブリダイゼーションが生じた場所を検出する。プローブ自体が相当程度まで折り畳まれてヘアピンループを形成しない限り、挿入色素(intercalative dye)(例えば、臭化エチジウム)を使用してもよい。しかし、短いオリゴヌクレオチドプローブにおけるヘアピンループの長さは、代表的には、安定な二重鎖を形成するには不十分である。
適切な色素体としては、色が観察され得るように特有の波長範囲の光を吸収するか又は特定の波長又は波長範囲の放射線を照射したときに光を発する分子及び化合物(例えば蛍光体)が挙げられる。ビリタンパク質(例えば、フィコエリトリン)もまた標識として役立ち得る。
種々のサンプル調製操作後、一般には、サンプルを1以上の分析操作に供する。特に好適な分析操作としては、例えば、オリゴヌクレオチドアレイを用いる配列ベースの分析及び/又は例えばマイクロキャピラリーアレイ電気泳動を用いるサイズベースの分析が挙げられる。
マイクロキャピラリーアレイ電気泳動には、一般に、特定の分離媒体が充填されていてもいなくてもよい細いキャピラリー又はチャネルの使用が含まれる。キャピラリーによるサンプルの電気泳動は、サンプルについてのサイズベースの分離プロフィールを提供する。マイクロキャピラリーアレイ電気泳動は、一般に、サイズベースのシーケンシング、PCR産物分析及び制限フラグメントサイズ決定のための迅速な方法を提供する。これらキャピラリーの高い表面対体積比により、キャピラリーに実質的な温度変動を生じることなくより高い電界を印加することが可能となり、結果として、より迅速な分離が可能になる。更に、共焦点画像化法と組み合わせたとき、これら方法は、放射活性シーケンシング法の感度に匹敵するアトモル範囲の感度をもたらす。
遺伝子の転写発現レベルは、一般に、興味対象の細胞又はサンプルからのmRNAを検出することにより測定してもよい。よって、本発明においては、AOX1、C1orf114、GAS6、HAPLN3、ST6GALNAC3及び/又はZNF660遺伝子の転写発現レベルは、AOX1 mRNA(配列番号7)、C1orf114 mRNA(配列番号8)、GAS6 mRNA(配列番号9)、HAPLN3 mRNA(配列番号10)、ST6GALNAC3 mRNA(配列番号11)及び/若しくはZNF660 mRNA(配列番号12)並びに/又は配列番号7、配列番号8、配列番号9、配列番号10、配列番号11及び配列番号12からなる群より選択されるヌクレオチド配列と少なくとも90%の配列同一性を有するmRNA配列を検出することにより測定してもよい。転写発現産物(例えばmRNA)は、当業者に公知である任意の適切な技法により検出してもよい。
本発明の方法は、サンプル中の
iii) AOX1(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)、GAS6(配列番号3)、HAPLN3(配列番号4)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6)からなる群より選択される遺伝子、及び/又は
iv) 配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5及び配列番号6からなる群より選択される少なくとも1つのヌクレオチド配列又はその一部と少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列
の少なくとも1つの翻訳発現レベルを測定する工程を含んでなる。
よって、本明細書中で言及する場合、「翻訳発現レベル」は、
− AOX1(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)、GAS6(配列番号3)、HAPLN3(配列番号4)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6)からなる群より選択される遺伝子、及び/又は
− 配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5及び配列番号6からなる群より選択されるヌクレオチド配列と少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列
の少なくとも1つの翻訳レベルである。
コントロールサンプルは、臨床的に診断された前立腺ガンを有していない1人の健常な男性からの等価なタンパク質サンプルであってもよいし、臨床的に診断された前立腺ガンを有していない1人より多い健常な男性からのタンパク質サンプルのプールであってもよい。コントロールサンプルはまた、調べるべき同じ人に由来し、疾患の経過でより早期の時点に又は前立腺ガンの診断前に採取されていたタンパク質サンプルであってもよい。コントロールサンプルは、試験すべきサンプルと同じ供給源、例えば尿、組織又は血液から採取され、試験サンプルと一緒に分析する。
− AOX1、C1orf114、GAS6、HAPLN3、ST6GALNAC3及びZNF660からなる群より選択される遺伝子、及び/又は
− 配列番号7、配列番号8、配列番号9、配列番号10、配列番号11及び配列番号12からなる群より選択される少なくとも1つのヌクレオチド配列又はその一部と少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列
の少なくとも1つの減少した翻訳発現レベルは前立腺ガンの存在を示す。
本発明の1つの実施形態では、同じ個体の以前の測定若しくは同じ個体の非罹患組織での測定に比して又は標準レベルに比して少なくとも10%又は例えば少なくとも15%、20%、25%、30%、35%、40%、41%、42%、43%、44%、45%、46%、47%、48%、49%、若しくは少なくとも50%又はそれ以上減少した翻訳発現レベルは、前立腺ガンの存在を示す。
別の1つの実施形態では、同じ個体の以前の測定若しくは同じ個体の非罹患組織での測定に比して又は標準レベルに比して少なくとも1/2倍又はそれ以下、例えば少なくとも1/3倍、少なくとも1/4倍、少なくとも1/5倍又はそれ以下に減少した翻訳レベルは、前立腺ガンを示す。
− AOX1(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)、GAS6(配列番号3)、HAPLN3(配列番号4)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6)からなる群より選択される遺伝子、及び/又は
− 配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5及び配列番号6からなる群より選択されるヌクレオチド配列又はその一部と少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列
の少なくとも1つの翻訳発現レベルは、少なくとも50%減少しているとき、前立腺ガンの存在を示す。
1つの特定の実施形態では、サンプル中の
− AOX1(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)、GAS6(配列番号3)、HAPLN3(配列番号4)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6)からなる群より選択される遺伝子、及び/又は
− 配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5及び配列番号6からなる群より選択されるヌクレオチド配列又はその一部と少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列
の少なくとも1つの翻訳発現レベルは、コントロールサンプルの転写レベルとの比較で50%減少している。
翻訳発現産物(例えばペプチド及びタンパク質)は、当業者に公知の任意の適切な技法又は方法により検出してもよい。
翻訳発現レベルは、好ましくは、当該タンパク質を指向する特異的抗体により、例えば組織の免疫蛍光及び/又は免疫組織化学染色により検出してもよい。
よって、1つの好適な実施形態では、翻訳発現レベルは免疫組織化学分析により測定する。
発現タンパク質の免疫組織化学的位置決めは、例えば組織サンプル(例えば生検)からの組織切片の免疫染色により行ってもよい。
更に別の1つの実施形態では、翻訳発現レベルは従来の酵素アッセイ(例えばELISA法)により測定する。
更に、翻訳発現レベルは、評価されるペプチド及び/又はタンパク質に特異的に結合することができるペプチド/タンパク質チップにより測定してもよい。これにより、発現パターンを入手してもよい。
本明細書に記載する翻訳発現産物は、例えば個体における前立腺ガンを診断し、予測し、予後予測し、モニターするために、調べるサンプルにおける前立腺ガンの徴候として検出され得る。遺伝子の翻訳発現産物は、個体の組織サンプルそれ自体で検出してもよいし、該個体の体液サンプル(例えば血液、血清、血漿、精液及び/又は尿)で検出してもよい。好ましくは、翻訳レベルは、組織サンプルにおいて、例えば生検、前立腺腫瘍組織、又は切除した前立腺の組織で測定する。
前立腺摘除後の組織切片において、タンパク質の存在についての染色が観察されれば、そのことは、疾患進行についての予測が良好であること、例えば再発リスクが然程深刻でないことの指標としてみなされる。対照的に、その組織切片で染色を同定できなければ、疾患増悪についての予測は芳しくない。
個体における前立腺ガンの診断を補助し及び/又は前立腺ガンを診断する方法
本発明の1つの観点は、
− 個体サンプルにおいて、AOX1(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)、GAS6(配列番号3)、HAPLN3(配列番号4)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6)からなる群より選択される少なくとも1つの遺伝子のメチル化度及び/又はメチル化出現率を測定するか、又は配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5及び配列番号6からなる群より選択されるヌクレオチド配列若しくはその一部と少なくとも90%の配列同一性を有する少なくとも1つのヌクレオチド配列のメチル化度及び/又はメチル化出現率を測定し、及び/又は
− 前記サンプルにおいて、AOX1(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)、GAS6(配列番号3)、HAPLN3(配列番号4)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6)からなる群より選択される少なくとも1つの遺伝子、又は配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5及び配列番号6からなる群より選択される少なくとも1つのヌクレオチド配列若しくはその一部と少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列の転写発現レベルを測定し、及び/又は
− 前記サンプルにおいて、AOX1(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)、GAS6(配列番号3)、HAPLN3(配列番号4)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6)からなる群より選択される少なくとも1つの遺伝子、又は配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5及び配列番号6からなる群より選択される少なくとも1つのヌクレオチド配列若しくはその一部と少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列の翻訳発現レベルを測定すること
を含んでなり、i)のメチル化度及び/又はメチル化出現率及び/又はii)の転写レベル及び/又はiii)の翻訳発現レベルが前立腺ガンの存否を示す、個体における前立腺ガンの診断を補助し、及び/又は前立腺を診断する方法に関する。
a) 個体から得たサンプルを準備する工程;
b) a)のサンプルにおいて、以下:
I') 配列番号5(ST6GALNAC3)のヌクレオチド配列;又は
I'') 配列番号5に相補的なヌクレオチド配列;又は
I''') I'又はI''のいずれかと少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列;又は
I'''') I'、I''又はI'''のいずれか1つの少なくとも15の連続ヌクレオチドを含む、I'、I''又はI'''のいずれか1つのフラグメント;及び
II') 配列番号6(ZNF660)のヌクレオチド配列;又は
II'') 配列番号6に相補的なヌクレオチド配列;又は
II''') II'又はII''のいずれかと少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列;又は
II'''') II'、II''又はII'''のいずれか1つの少なくとも15の連続ヌクレオチドを含む、II'、II''又はII'''のいずれか1つのフラグメント
からなる群より選択される1以上のヌクレオチド配列の
− メチル化レベル、及び/又は
− 転写発現レベル、及び/又は
− 翻訳発現レベル
を測定する工程;
c) b)のサンプリングしたヌクレオチド配列のメチル化レベル、転写レベル及び/又は翻訳発現レベルを、コントロールサンプルの対応するヌクレオチド配列の対応するメチル化レベル、転写レベル及び/又は翻訳発現レベルと比較する工程
を含んでなり、ここで、コントロールサンプルのメチル化レベルより有意に高いメチル化レベル並びに/又はコントロールサンプルの転写レベルより有意に低い転写及び/若しくは翻訳発現レベルが、該個体が前立腺ガンを有しているか又は発症するリスクにあることを示す、方法に関する。
本発明の1つの好適な実施形態では、増加したメチル化度及び/又はメチル化出現率が前立腺ガンの存在を示す。別の1つの好適な実施形態では、減少したメチル化度及び/又はメチル化出現率が前立腺ガンの不存在を示す。
増加したメチル化度及び減少したメチル化度は、「メチル化度及びメチル化出現率の測定」の節に記載されている。同様に、増加したメチル化出現率及び減少したメチル化出現率は、「メチル化度及びメチル化出現率の測定」の節に記載されている。
転写/翻訳発現レベル、及び転写/翻訳発現レベルの測定方法は、「AOX1、C1orf114、GAS6、HAPLN3、ST6GALNAC3及び/又はZNF660遺伝子の転写発現レベルの測定」の節及び「AOX1、C1orf114、GAS6、HAPLN3、ST6GALNAC3及び/又はZNF660遺伝子の翻訳発現レベルの測定」の節に記載されている。
減少した及び増加した転写/翻訳発現レベルは、「転写発現レベルの測定」の節及び「翻訳発現レベルの測定」の節に記載されている。
1つの実施形態では、前立腺ガンの診断を補助し及び/又は前立腺ガンを診断する方法は、メチル化度及び/又はメチル化出現率が増加していれば、前立腺ガンの治療を開始する工程を更に含んでなる。
別の1つの観点では、本発明は、前立腺ガンを発症した個体における前立腺ガンの疾患増悪を補助し及び/又は該疾患増悪を予後予測する方法であって、以下の工程:
i)個体サンプルにおいて、AOX1(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)、GAS6(配列番号3)、HAPLN3(配列番号4)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6)からなる群より選択される少なくとも1つの遺伝子のメチル化度及び/又はメチル化出現率を決定するか、又は配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5及び配列番号6からなる群より選択されるヌクレオチド配列若しくはその一部と少なくとも90%の配列同一性を有する少なくとも1つのヌクレオチド配列のメチル化度及び/又はメチル化出現率を測定する工程、及び/又は
ii)前記サンプルにおいて、AOX1、C1orf114、GAS6、HAPLN3、ST6GALNAC3及び/又はZNF660からなる群より選択される少なくとも1つの遺伝子、又は配列番号7、配列番号8、配列番号9、配列番号10、配列番号11及び配列番号12からなる群より選択される少なくとも1つのヌクレオチド配列若しくはその一部と少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列の転写発現レベルを測定する工程、及び/又は
iii)前記サンプルにおいて、AOX1、C1orf114、GAS6、HAPLN3、ST6GALNAC3及び/又はZNF660からなる群より選択される少なくとも1つの遺伝子、又は配列番号13、配列番号14、配列番号15、配列番号16、配列番号17及び配列番号18からなる群より選択される少なくとも1つのヌクレオチド配列若しくはその一部と少なくとも90%の配列同一性を有するアミノ酸配列の翻訳発現レベルを測定する工程、
を含んでなり、i)のメチル化度及び/又はメチル化出現率、及び/又はii)の転写レベル、及び/又はiii)の翻訳発現レベルが前立腺ガンの転帰を示す、方法に関する。
a) 個体のガン組織から得たサンプルを準備する工程;
b) a)のサンプルにおいて、1以上のバイオマーカーの
− メチル化レベル、及び/又は
− 転写発現レベル、及び/又は
− 翻訳発現レベル
を測定する工程であって、該バイオマーカーが以下:
I') 配列番号2(C1orf114)のヌクレオチド配列;又は
I'') 配列番号2に相補的なヌクレオチド配列;又は
I''') I'又はI''のいずれかと少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列;又は
I'''') I'、I''又はI'''のいずれか1つの少なくとも15の連続ヌクレオチドを含む、I'、I''又はI'''のいずれか1つのフラグメント;及び
II') 配列番号4(HAPLN3)のヌクレオチド配列;又は
II'') 配列番号4に相補的なヌクレオチド配列;又は
II''') II'又はII''のいずれかと少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列;又は
II'''') I'、I''又はI'''のいずれか1つの少なくとも15の連続ヌクレオチドを含む、II'、II''又はII'''のいずれか1つのフラグメント;及び
III') 配列番号1(AOX1)のヌクレオチド配列;又は
III'') 配列番号1に相補的なヌクレオチド配列;又は
III''') III'又はIII'''のいずれかと少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列;又は
III'''') III'、III''又はIII'''のいずれか1つの少なくとも15の連続ヌクレオチドを含む、III'、III''又はIII'''のいずれか1つのフラグメント;及び
IV') 配列番号3(GAS6)のヌクレオチド配列;又は
IV'') 配列番号4に相補的なヌクレオチド配列;又は
IV''') IV'又はIV''のいずれかと少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列;又は
IV'''') IV'、IV''又はIV'''のいずれか1つの少なくとも15の連続ヌクレオチドを含む、IV'、IV''又はIV'''のいずれか1つのフラグメント;及び
V') 配列番号5(ST6GALNAC3)のヌクレオチド配列;又は
V'') 配列番号5に相補的なヌクレオチド配列;又は
V''') V'又はV''のいずれかと少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列;又は
V'''') V'、V''又はV'''のいずれか1つの少なくとも15の連続ヌクレオチドを含む、V'、V''又はV'''のいずれか1つのフラグメント;及び
VI') 配列番号6(ZNF660)のヌクレオチド配列;又は
VI'') 配列番号6に相補的なヌクレオチド配列;又は
VI''') VI'又はVI''のいずれかと少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列;又は
VI'''') VI'、VI''又はVI'''のいずれか1つの少なくとも15の連続ヌクレオチドを含む、VI'、VI''又はVI'''のいずれか1つのフラグメント
からなる群より選択されるヌクレオチド配列である、工程;
c) b)のサンプリングしたヌクレオチド配列のメチル化レベル、転写レベル及び/又は翻訳発現レベルに基づいてバイオマーカースコアを取得する工程
を含んでなり、該バイオマーカースコアが前立腺ガン患者の予後を示す、方法に関する。
a) 個体のガン組織から得たサンプルを準備する工程;
b) a)のサンプルにおいて、1以上のヌクレオチド配列を含んでなるパネルの
− メチル化レベル、及び/又は
− 転写発現レベル、及び/又は
− 翻訳発現レベル
を測定する工程であって、パネルが以下:
i) C1orf114(配列番号2)及びHAPLN3(配列番号4);
ii) AOX(配列番号1)及びC1orf114(配列番号2);
iii) AOX(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)及びGAS6(配列番号3);
iv) C1orf114(配列番号2)、GAS6(配列番号3)及びHAPLN3(配列番号4);
v) C1orf114(配列番号2);
vi) AOX(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)及びHAPLN3(配列番号4);
vii) AOX(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)、GAS6(配列番号3)及びHAPLN3(配列番号4);
viii) C1orf114(配列番号2)及びGAS6(配列番号3);
ix) AOX(配列番号1)及びGAS6(配列番号3);
x) AOX(配列番号1);
xi) HAPLN3(配列番号4);
xii) AOX(配列番号1)及びHAPLN3(配列番号4);
xiii) AOX(配列番号1)、GAS6(配列番号3)及びHAPLN3(配列番号4);
xiv) GAS6(配列番号3)及びHAPLN3(配列番号4);
xv) GAS6(配列番号3);
xvi) ST6GALNAC3(配列番号5);
xvii) ZNF660(配列番号6);
xviii) AOX(配列番号1)及びST6GALNAC3(配列番号5);
xix) AOX(配列番号1)及びZNF660(配列番号6);
xx) C1orf114(配列番号2)及びST6GALNAC3(配列番号5);
xxi) C1orf114(配列番号2)及びZNF660(配列番号6);
xxii) GAS6(配列番号3)及びST6GALNAC3(配列番号5);
xxiii) GAS6(配列番号3)及びZNF660(配列番号6);
xxiv) HAPLN3(配列番号4)及びST6GALNAC3(配列番号5);
xxv) HAPLN3(配列番号4)及びZNF660(配列番号6);
xxvi) ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6);
xxvii) AOX(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)及びST6GALNAC3(配列番号5);
xxviii) AOX(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)及びZNF660(配列番号6);
xxix) AOX(配列番号1)、GAS6(配列番号3)及びST6GALNAC3(配列番号5);
xxx) AOX(配列番号1)、GAS6(配列番号3)及びZNF660(配列番号6);
xxxi) AOX(配列番号1)、HAPLN3(配列番号4)及びST6GALNAC3(配列番号5);
xxxii) AOX(配列番号1)、HAPLN3(配列番号4)及びZNF660(配列番号6);
xxxiii) AOX(配列番号1)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6);
xxxiv) C1orf114(配列番号2)、GAS6(配列番号3)及びST6GALNAC3(配列番号5);
xxxv) C1orf114(配列番号2)、GAS6(配列番号3)及びZNF660(配列番号6);
xxxvi) C1orf114(配列番号2)、HAPLN3(配列番号4)及びST6GALNAC3(配列番号5);
xxxvii) C1orf114(配列番号2)、HAPLN3(配列番号4)及びZNF660(配列番号6);
xxxviii) C1orf114(配列番号2)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6);
xxxix) GAS6(配列番号3)、HAPLN3(配列番号4)及びST6GALNAC3(配列番号5);
xl) GAS6(配列番号3)、HAPLN3(配列番号4)及びZNF660(配列番号6);
xli) GAS6(配列番号3)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6);
xlii) HAPLN3(配列番号4)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6);
xliii) AOX(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)、GAS6(配列番号3)及びST6GALNAC3(配列番号5);
xliv) AOX(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)、GAS6(配列番号3)及びZNF660(配列番号6);
xlv) AOX(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)、HAPLN3(配列番号4)及びST6GALNAC3(配列番号5);
xlvi) AOX(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)、HAPLN3(配列番号4)及びZNF660(配列番号6);
xlvii) AOX(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6);
xlviii) AOX(配列番号1)、GAS6(配列番号3)、HAPLN3(配列番号4)及びST6GALNAC3(配列番号5);
xlix) AOX(配列番号1)、GAS6(配列番号3)、HAPLN3(配列番号4)及びZNF660(配列番号6);
l) AOX(配列番号1)、GAS6(配列番号3)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6);
li) AOX(配列番号1)、HAPLN3(配列番号4)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6);
lii) C1orf114(配列番号2)、GAS6(配列番号3)、HAPLN3(配列番号4)及びST6GALNAC3(配列番号5);
liii) C1orf114(配列番号2)、GAS6(配列番号3)、HAPLN3(配列番号4)及びZNF660(配列番号6);
liv) C1orf114(配列番号2)、GAS6(配列番号3)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6);
lv) C1orf114(配列番号2)、HAPLN3(配列番号4)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6);
lvi) GAS6(配列番号3)、HAPLN3(配列番号4)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6);
lvii) AOX(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)、GAS6(配列番号3)、HAPLN3(配列番号4)及びST6GALNAC3(配列番号5);
lviii) AOX(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)、GAS6(配列番号3)、HAPLN3(配列番号4)及びZNF660(配列番号6);
lix) AOX(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)、GAS6(配列番号3)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6);
lx) AOX(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)、HAPLN3(配列番号4)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6);
lxi) AOX(配列番号1)、GAS6(配列番号3)、HAPLN3(配列番号4)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6);
lxii) C1orf114(配列番号2)、GAS6(配列番号3)、HAPLN3(配列番号4)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6);
lxiii) AOX(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)、GAS6(配列番号3)、HAPLN3(配列番号4)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6)
からなる群より選択され、前記パネルi)〜lxiii)の配列番号1、2、3、4、5又は6のいずれか1つが、個々に、
b') 前記パネルi)〜lvii)の配列番号1、2、3、4、5又は6のいずれか1つに相補的なヌクレオチド配列;又は
b'') 前記パネルi)〜lvii)の配列番号1、2、3、4、5若しくは6のいずれか1つ又はb')の相補的ヌクレオチド配列と少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列;又は
b''') 前記パネルi)〜lvii)の配列番号1、2、3、4、5若しくは6のいずれか1つ又はb')のヌクレオチド配列又はb'')のヌクレオチド配列の少なくとも15の連続ヌクレオチドを含んでなるフラグメント
で置換されていてもよい工程;及び
c) b)のサンプリングしたヌクレオチド配列のメチル化レベル、転写レベル及び/又は翻訳発現レベルに基づいてバイオマーカースコアを取得する工程
を含んでなり、該バイオマーカースコアが前立腺ガン患者の予後を示す、方法に関する。
本発明は、非疾患個体の検査から前立腺ガンを患っている重篤な疾患個体の余命の決定までの、前立腺ガンの疾患増悪の異なるステージの間での使用に適切な方法を提供する。
a) 患者から得たサンプルを準備する工程;
b) a)のサンプルにおいて、1以上のバイオマーカーの
− メチル化レベル、及び/又は
− 転写発現レベル、及び/又は
− 翻訳発現レベル
を測定する工程であって、該バイオマーカーが以下:
I') 配列番号2(C1orf114)のヌクレオチド配列;又は
I'') 配列番号2に相補的なヌクレオチド配列;又は
I''') I'又はI''のいずれかと少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列;又は
I'''') I'、I''又はI'''のいずれか1つの少なくとも15の連続ヌクレオチドを含む、I'、I''又はI'''のいずれか1つのフラグメント;及び
II') 配列番号4(HAPLN3)のヌクレオチド配列;又は
II'') 配列番号4に相補的なヌクレオチド配列;又は
II''') II'又はII''のいずれかと少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列;又は
II'''') I'、I''又はI'''のいずれか1つの少なくとも15の連続ヌクレオチドを含む、II'、II''又はII'''のいずれか1つのフラグメント;及び
III') 配列番号1(AOX1)のヌクレオチド配列;又は
III'') 配列番号1に相補的なヌクレオチド配列;又は
III''') III'又はIII'''のいずれかと少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列;又は
III'''') III'、III''又はIII'''のいずれか1つの少なくとも15の連続ヌクレオチドを含む、III'、III''又はIII'''のいずれか1つのフラグメント;及び
IV') 配列番号3(GAS6)のヌクレオチド配列;又は
IV'') 配列番号4に相補的なヌクレオチド配列;又は
IV''') IV'又はIV''のいずれかと少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列;又は
IV'''') IV'、IV''又はIV'''のいずれか1つの少なくとも15の連続ヌクレオチドを含む、IV'、IV''又はIV'''のいずれか1つのフラグメント;及び
V') 配列番号5(ST6GALNAC3)のヌクレオチド配列;又は
V'') 配列番号5に相補的なヌクレオチド配列;又は
V''') V'又はV''のいずれかと少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列;又は
V'''') V'、V''又はV'''のいずれか1つの少なくとも15の連続ヌクレオチドを含む、V'、V''又はV'''のいずれか1つのフラグメント;及び
VI') 配列番号6(ZNF660)のヌクレオチド配列;又は
VI'') 配列番号6に相補的なヌクレオチド配列;又は
VI''') VI'又はVI''のいずれかと少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列;又は
VI'''') VI'、VI''又はVI'''のいずれか1つの少なくとも15の連続ヌクレオチドを含む、VI'、VI''又はVI'''のいずれか1つのフラグメント
からなる群より選択されるヌクレオチド配列である工程;及び
c) b)のサンプリングしたヌクレオチド配列のメチル化レベル、転写レベル及び/又は翻訳発現レベルに基づいてバイオマーカースコアを取得する工程;
d) メチル化レベル、転写レベル及び/又は翻訳発現レベルを増悪のリスクと相関させる工程
を含んでなる、方法に関する。
a) 個体サンプルにおいて、C1orf114(配列番号2)、HAPLN3(配列番号4)、AOX1(配列番号1)、GAS6(配列番号3)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6)からなる群より選択される少なくとも1つの遺伝子のメチル化レベルを測定するか、又は配列番号2、配列番号4、配列番号1、配列番号3、配列番号5及び配列番号6からなる群より選択されるヌクレオチド配列若しくはその一部と少なくとも90%の配列同一性を有する少なくとも1つのヌクレオチド配列のメチル化レベルを測定する工程、及び/又は
b) 前記サンプルにおいて、C1orf114(配列番号2)、HAPLN3(配列番号4)、AOX1(配列番号1)、GAS6(配列番号3)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6)からなる群より選択される少なくとも1つの遺伝子、又は配列番号2、配列番号4、配列番号1、配列番号3、配列番号5及び配列番号6からなる群より選択される少なくとも1つのヌクレオチド配列若しくはその一部と少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列の転写発現レベルを測定する工程、及び/又は
c) 前記サンプルにおいて、C1orf114(配列番号2)、HAPLN3(配列番号4)、AOX1(配列番号1)、GAS6(配列番号3)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6)からなる群より選択される少なくとも1つの遺伝子、又は配列番号2、配列番号4、配列番号1、配列番号3、配列番号5及び配列番号6からなる群より選択される少なくとも1つのヌクレオチド配列若しくはその一部と少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列の翻訳発現レベルを測定する工程
を含んでなり、i)のメチル化レベル及び/又はii)の転写レベル及び/又はiii)の翻訳発現レベルが前立腺ガンの転帰を示す、方法に関する。
a) 個体サンプルにおいて、C1orf114(配列番号2)、HAPLN3(配列番号4)、AOX1(配列番号1)、GAS6(配列番号3)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6)からなる群より選択される少なくとも1つの遺伝子のメチル化レベルを測定するか、又は配列番号2、配列番号4、配列番号1、配列番号3、配列番号5及び配列番号6からなる群より選択されるヌクレオチド配列若しくはその一部と少なくとも90%の配列同一性を有する少なくとも1つのヌクレオチド配列のメチル化レベルを測定する工程、及び/又は
b) 前記サンプルにおいて、C1orf114(配列番号2)、HAPLN3(配列番号4)、AOX1(配列番号1)、GAS6(配列番号3)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6)からなる群より選択される少なくとも1つの遺伝子、又は配列番号2、配列番号4、配列番号1、配列番号3、配列番号5及び配列番号6からなる群より選択される少なくとも1つのヌクレオチド配列若しくはその一部と少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列の転写発現レベルを測定する工程、及び/又は
c) 前記サンプルにおいて、C1orf114(配列番号2)、HAPLN3(配列番号4)、AOX1(配列番号1)、GAS6(配列番号3)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6)からなる群より選択される少なくとも1つの遺伝子、又は配列番号2、配列番号4、配列番号1、配列番号3、配列番号5及び配列番号6からなる群より選択される少なくとも1つのヌクレオチド配列若しくはその一部と少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列の翻訳発現レベルを測定する工程
を含んでなる、a)のメチル化レベル及び/又はb)の転写レベル及び/又はc)の翻訳発現レベルが前立腺ガンの転帰を示す、方法に関する。
a) 個体サンプルにおいて、C1orf114(配列番号2)、HAPLN3(配列番号4)、AOX1(配列番号1)、GAS6(配列番号3)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6)からなる群より選択される少なくとも1つの遺伝子のメチル化レベルを測定するか、又は配列番号2、配列番号4、配列番号1、配列番号3、配列番号5及び配列番号6からなる群より選択されるヌクレオチド配列若しくはその一部と少なくとも90%の配列同一性を有する少なくとも1つのヌクレオチド配列のメチル化レベルを測定する工程、及び/又は
b) 前記サンプルにおいて、C1orf114(配列番号2)、HAPLN3(配列番号4)、AOX1(配列番号1)、GAS6(配列番号3)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6)からなる群より選択される少なくとも1つの遺伝子、又は配列番号2、配列番号4、配列番号1、配列番号3、配列番号5及び配列番号6からなる群より選択される少なくとも1つのヌクレオチド配列若しくはその一部と少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列の転写発現レベルを測定する工程、及び/又は
c) 前記サンプルにおいて、C1orf114(配列番号2)、HAPLN3(配列番号4)、AOX1(配列番号1)、GAS6(配列番号3)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6)からなる群より選択される少なくとも1つの遺伝子、又は配列番号2、配列番号4、配列番号1、配列番号3、配列番号5及び配列番号6からなる群より選択される少なくとも1つのヌクレオチド配列若しくはその一部と少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列の翻訳発現レベルを測定する工程
を含んでなり、i)のメチル化レベル及び/又はii)の転写レベル及び/又はiii)の翻訳発現レベルが前立腺ガン増悪を示す、方法に関する。
増加したメチル化レベルは、代表的には、前立腺ガンの高い再発リスクを示し、減少した転写及び/又は翻訳発現レベルもまた、代表的には、前立腺ガンの高い再発リスクを示す。
再発リスクは、当業者が決定するような任意の適切な時期に測定してもよい。1つの実施形態では、再発リスクは放射線前立腺摘除後に測定される。
治療開始前及び/又は治療期間中のより早期の時点で同じ個体から採取したサンプルにおけるメチル化レベルと比較したときの個体サンプルにおける増加したメチル化レベルは、前立腺ガンの増悪を示す。
同様に、 治療開始前及び/又は治療期間中のより早期の時点で同じ個体から採取したサンプルにおける転写及び/又は翻訳発現レベルと比較したときの個体サンプルにおける減少した転写及び/又は翻訳発現レベルも、前立腺ガンの増悪を示す。
a) 個体サンプルにおいて、C1orf114(配列番号2)、HAPLN3(配列番号4)、AOX1(配列番号1)、GAS6(配列番号3)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6)からなる群より選択される少なくとも1つの遺伝子のメチル化レベルを測定するか、又は配列番号2、配列番号4、配列番号1、配列番号3、配列番号5及び配列番号6からなる群より選択されるヌクレオチド配列若しくはその一部と少なくとも90%の配列同一性を有する少なくとも1つのヌクレオチド配列のメチル化レベルを測定する工程、及び/又は
b) 前記サンプルにおいて、C1orf114(配列番号2)、HAPLN3(配列番号4)、AOX1(配列番号1)、GAS6(配列番号3)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6)からなる群より選択される少なくとも1つの遺伝子、又は配列番号2、配列番号4、配列番号1、配列番号3、配列番号5及び配列番号6からなる群より選択される少なくとも1つのヌクレオチド配列若しくはその一部と少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列の転写発現レベルを測定する工程、及び/又は
c) 前記サンプルにおいて、C1orf114(配列番号2)、HAPLN3(配列番号4)、AOX1(配列番号1)、GAS6(配列番号3)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6)からなる群より選択される少なくとも1つの遺伝子、又は配列番号2、配列番号4、配列番号1、配列番号3、配列番号5及び配列番号6からなる群より選択される少なくとも1つのヌクレオチド配列若しくはその一部と少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列の翻訳発現レベルを測定する工程
を含んでなり、a)の増加したメチル化レベル及び/又はb)の減少した転写レベル及び/又はc)の減少した翻訳発現レベルが前立腺ガンの沈黙性/不活性から攻撃性への増悪を示す、方法に関する。
前立腺ガンの疾患過程のより早期の時点で測定したメチル化レベルと比較したときの増加したメチル化レベルは、前立腺ガンの増悪を示す。同様に、前立腺ガンの疾患過程のより早期の時点で測定した転写及び/又は翻訳発現レベルと比較したときの減少した転写及び/又は翻訳発現レベルは、前立腺ガンの増悪を示す。
a) 個体サンプルにおいて、C1orf114(配列番号2)、HAPLN3(配列番号4)、AOX1(配列番号1)、GAS6(配列番号3)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6)からなる群より選択される少なくとも1つの遺伝子のメチル化レベルを測定するか、又は配列番号2、配列番号4、配列番号1、配列番号3、配列番号5及び配列番号6からなる群より選択されるヌクレオチド配列若しくはその一部と少なくとも90%の配列同一性を有する少なくとも1つのヌクレオチド配列のメチル化レベルを測定する工程、及び/又は
b) 前記サンプルにおいて、C1orf114(配列番号2)、HAPLN3(配列番号4)、AOX1(配列番号1)、GAS6(配列番号3)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6)からなる群より選択される少なくとも1つの遺伝子、又は配列番号2、配列番号4、配列番号1、配列番号3、配列番号5及び配列番号6からなる群より選択される少なくとも1つのヌクレオチド配列若しくはその一部と少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列の転写発現レベルを測定する工程、及び/又は
c) 前記サンプルにおいて、C1orf114(配列番号2)、HAPLN3(配列番号4)、AOX1(配列番号1)、GAS6(配列番号3)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6)からなる群より選択される少なくとも1つの遺伝子、又は配列番号2、配列番号4、配列番号1、配列番号3、配列番号5及び配列番号6からなる群より選択される少なくとも1つのヌクレオチド配列若しくはその一部と少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列の翻訳発現レベルを測定する工程
を含んでなり、a)のメチル化レベル及び/又はb)の転写レベル及び/又はc)の翻訳発現レベルが該前立腺ガンを発症した個体に提案すべき治療レジメンを示す方法に関する。
a) コントロールサンプルにおいて、AOX1(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)、GAS6(配列番号3)、HAPLN3(配列番号4)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6)からなる群より選択される少なくとも1つの遺伝子、又は配列番号7、配列番号8、配列番号9、配列番号10、配列番号11及び配列番号12からなる群より選択されるヌクレオチド配列若しくはその一部と少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列のメチル化レベルを測定する工程;
b) 個体サンプルにおいて、a)で特定した、AOX1(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)、GAS6(配列番号3)、HAPLN3(配列番号4)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6)からなる群より選択される少なくとも1つの遺伝子のメチル化レベルを測定する工程;
c) a)及びb)で測定したメチル化レベルを比較する工程
を含んでなり、ここで、b)で測定したメチル化レベルがa)で測定したメチル化レベルより高ければ、メチル化レベルは増加しており、b)で測定したメチル化レベルがa)で測定したメチル化レベルより低ければ、メチル化レベルは減少している。
本明細書で使用する場合、用語 予後予測(する) とは、(例えば外科的処置、内科的処置などの形態である)可能な介入又は処置とは独立して、起こり得る転帰又は疾患の経過を予測することをいう。予後予測は、介入又は処置の後、疾患から回復する可能性のことであってもよい。予後予測は、再発までの期間を予測すること及び/又はガン特異的な死亡までの期間を予測することであってもよい。ガン特異的死亡までの期間は、例えば保存療法又は静観後に予測されてもよい。
保存療法又は静観においては、前立腺ガンの増悪についての注意深いモニタリングのために治療は遅延される。静観は日和見管理、保存的管理又は監視とも呼ばれる。静観の背後にある理論は、ほとんどの前立腺ガン、具体的には前立腺腺ガンが、通常、非常にゆっくり成長することである。低いグリーソンスコア、他の合併症(medical complications)又は低グレードの腫瘍を有する患者は、副作用のため治療の延期を望み得る。
しかし、臨床Tステージの決定に使用されるような前立腺針生検の顕微鏡検査に基づいて病理学的ステージを正確に予測することは非常に困難である。したがって、上記遺伝子のメチル化レベル及び/又は転写発現レベル及び/又は翻訳発現レベルは、前立腺ガンの疾患増悪を予後予測する代用マーカーとして使用し得る。
1つの実施形態では、不良な転帰はまた、放射線前立腺摘除後の増大したPSA再発リスクであり得る。1つの特定の実施形態では、C1orf114(配列番号2)の増加したメチル化度及び/又は出現率は、放射線前立腺摘除後の増大したPSA再発リスクを示す。このことは、表8(右欄)に例証されており、表8には、多変量分析により、C1orf114のメチル化レベルが前立腺ガンの強力な独立した予後予測マーカーであることが示されている。別の1つの特定の実施形態では、AOX1(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)及びHAPLN3(配列番号4)の増加したメチル化度及び/又は出現率は、放射線前立腺摘除後の増大したPSA再発リスクを示す。このことは表10に例証されている。
メチル化度、メチル化度の測定方法及び増加したメチル化度は、「メチル化度及びメチル化出現率の測定」の節に記載されている。メチル化出現率、メチル化出現率の測定方法及び増加したメチル化出現率は、「メチル化度及びメチル化出現率の測定」の節に記載されている。
− AOX1(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)、GAS6(配列番号3)、HAPLN3(配列番号4)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6)からなる群より選択される遺伝子、及び/又は
− 配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5及び配列番号6からなる群より選択されるヌクレオチド配列と少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列
のメチル化度は、0.1%上回って測定された場合、増加しており、不良な転帰を示すものとみなされる。
本発明の1つの別の好適な実施形態では、サンプル中の
− AOX1(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)、GAS6(配列番号3)、HAPLN3(配列番号4)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6)からなる群より選択される遺伝子、及び/又は
− 配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5及び配列番号6からなる群より選択されるヌクレオチド配列と少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列
のメチル化出現率は、メチル化度が0.1%上回って測定された場合、増加しており、不良な転帰を示すものとみなされる。
− AOX1(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)、GAS6(配列番号3)、HAPLN3(配列番号4)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6)からなる群より選択される遺伝子、及び/又は
− 配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5及び配列番号6からなる群より選択されるヌクレオチド配列と少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列
のメチル化出現率は、メチル化度が0.01%上回って測定された場合、増加しており、不良な転帰を示すものとみなされる。
1つの特定の好適な実施形態では、サンプル中の
− AOX1(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)、GAS6(配列番号3)、HAPLN3(配列番号4)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6)からなる群より選択される遺伝子、及び/又は
− 配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5及び配列番号6からなる群より選択されるヌクレオチド配列と少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列
のメチル化出現率は、メチル化度が0.001%上回って測定された場合、増加しており、不良な転帰を示すものとみなされる。
本発明の1つの実施形態では、
− AOX1(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)、GAS6(配列番号3)、HAPLN3(配列番号4)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6)からなる群より選択される遺伝子、及び/又は
− 配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5及び配列番号6からなる群より選択されるヌクレオチド配列と少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列
の転写及び/又は翻訳レベルが、同じ個体の以前の測定若しくは同じ個体の非罹患組織での測定に比して又は標準レベルに比して少なくとも10%又は例えば少なくとも15%、20%、25%、30%、35%、40%、41%、42%、43%、44%、45%、46%、47%、48%、49%若しくは少なくとも50%減少していることが不良な転帰を示す。
別の1つの実施形態では、
− AOX1(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)、GAS6(配列番号3)、HAPLN3(配列番号4)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6)からなる群より選択される遺伝子、及び/又は
− 配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5及び配列番号6からなる群より選択されるヌクレオチド配列と少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列
の転写及び/又は翻訳レベルが、同じ個体の以前の測定若しくは同じ個体の非罹患組織での測定に比して又は標準レベルに比して少なくとも1/2倍以下、例えば少なくとも1/3倍、少なくとも1/4倍、少なくとも1/5倍以下に減少していることが不良な転帰を示す。
− AOX1(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)、GAS6(配列番号3)、HAPLN3(配列番号4)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6)からなる群より選択される遺伝子、及び/又は
− 配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5及び配列番号6からなる群より選択されるヌクレオチド配列と少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列
の転写及び/又は翻訳レベルが、同じ個体の以前の測定若しくは同じ個体の非罹患組織での測定に比して又は標準レベルに比して少なくとも45%又は例えば少なくとも46%、47%、48%、49%、50%、51%、52%、53%、54%、55%、56%、57%、58%、59%若しくは少なくとも60%以上減少していることが不良な転帰を示す。
本発明の1つのより好適な実施形態では、
− AOX1(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)、GAS6(配列番号3)、HAPLN3(配列番号4)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6)からなる群より選択される遺伝子、及び/又は
− 配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5及び配列番号6からなる群より選択されるヌクレオチド配列と少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列
の転写及び/又は翻訳レベルが、同じ個体の以前の測定若しくは同じ個体の非罹患組織での測定に比して又は標準レベルに比して少なくとも50%減少していることが不良な転帰を示す。
前立腺ガンを発症した個体における前立腺ガンの転帰の予測を補助し、及び/又は該転帰を予測する方法は、
i) 個体サンプルにおいて、AOX1(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)、GAS6(配列番号3)、HAPLN3(配列番号4)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6)からなる群より選択される少なくとも1つの遺伝子のメチル化度及び/又はメチル化出現率を測定するか、又は配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5及び配列番号6からなる群より選択されるヌクレオチド配列若しくはその一部と少なくとも90%の配列同一性を有する少なくとも1つのヌクレオチド配列のメチル化度及び/又はメチル化出現率を測定し、及び/又は
ii) 前記サンプルにおいて、AOX1(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)、GAS6(配列番号3)、HAPLN3(配列番号4)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6)からなる群より選択される少なくとも1つの遺伝子、又は配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5及び配列番号6からなる群より選択される少なくとも1つのヌクレオチド配列若しくはその一部と少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列の転写発現レベルを測定し、及び/又は
iii) 前記サンプルにおいて、AOX1(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)、GAS6(配列番号3)、HAPLN3(配列番号4)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6)、又は配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5及び配列番号6からなる群より選択される少なくとも1つのヌクレオチド配列若しくはその一部と少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列の翻訳発現レベルを測定すること
を含んでなり、ここで、i)のメチル化度及び/又はメチル化出現率及び/又はii)の転写レベル及び/又はiii)の翻訳発現レベルが前立腺ガンの転帰を示す。
前立腺ガンの転帰の予測を補助し及び/又は該転帰を予測する本方法によれば、増加したメチル化度及び/又はメチル化出現率は不良な転帰を示す。同様に、サンプルにおける減少した転写及び/又は翻訳発現レベルは不良な転帰を示す。不良な転帰は、例えば保存療法後の、再発までの期間の短縮及び/又はガン特異的死亡までの期間の短縮に代表され得る。不良な転帰はまた、保存療法又は静観後の増大した死亡リスクに代表され得る。
メチル化度、メチル化度の測定方法及び増加したメチル化度は、「メチル化度及びメチル化出現率の測定」の節に記載されている。メチル化出現率、メチル化出現率の測定方法及び増加したメチル化出現率は、「メチル化度及びメチル化出現率の測定」の節に記載されている。
− AOX1(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)、GAS6(配列番号3)、HAPLN3(配列番号4)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6)からなる群より選択される遺伝子、及び/又は
− 配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5及び配列番号6からなる群より選択されるヌクレオチド配列と少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列
のメチル化度は、サンプルが組織サンプルであるとき、20%上回って測定される。
本発明の1つの好適な実施形態では、尿サンプル中の
− AOX1(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)、GAS6(配列番号3)、HAPLN3(配列番号4)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6)からなる群より選択される遺伝子、及び/又は
− 配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5及び配列番号6からなる群より選択されるヌクレオチド配列と少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列
のメチル化度は、0.1%上回って測定された場合、増加しており、不良な転帰を示すものとみなされる。
− AOX1(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)、GAS6(配列番号3)、HAPLN3(配列番号4)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6)からなる群より選択される遺伝子、及び/又は
− 配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5及び配列番号6からなる群より選択されるヌクレオチド配列と少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列
のメチル化出現率は、メチル化度が0.1%上回って測定された場合、増加しており、不良な転帰を示すものとみなされる。
本発明の1つのより好適な実施形態では、サンプル中の
− AOX1(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)、GAS6(配列番号3)、HAPLN3(配列番号4)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6)からなる群より選択される遺伝子、及び/又は
− 配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5及び配列番号6からなる群より選択されるヌクレオチド配列と少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列
のメチル化出現率は、メチル化度が0.01%上回って測定された場合、増加しており、不良な転帰を示すものとみなされる。
− AOX1(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)、GAS6(配列番号3)、HAPLN3(配列番号4)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6)からなる群より選択される遺伝子、及び/又は
− 配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5及び配列番号6からなる群より選択されるヌクレオチド配列と少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列
のメチル化出現率は、メチル化度が0.001%上回って測定された場合、増加しており、不良な転帰を示すものとみなされる。
転写/翻訳発現レベル、及び転写/翻訳発現レベルの測定方法並びに減少した転写/翻訳発現レベルは、「転写発現レベルの測定」の節及び「翻訳発現レベルの測定」の節に記載されている。
− AOX1(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)、GAS6(配列番号3)、HAPLN3(配列番号4)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6)からなる群より選択される遺伝子、及び/又は
− 配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5及び配列番号6からなる群より選択されるヌクレオチド配列と少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列
の転写及び/又は翻訳レベルが、同じ個体の以前の測定若しくは同じ個体の非罹患組織での測定に比して又は標準レベルに比して少なくとも10%又は例えば少なくとも15%、20%、25%、30%、35%、40%、41%、42%、43%、44%、45%、46%、47%、48%、49%若しくは少なくとも50%以上減少していることが不良な転帰を示す。
別の1つの実施形態では、
− AOX1(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)、GAS6(配列番号3)、HAPLN3(配列番号4)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6)からなる群より選択される遺伝子、及び/又は
− 配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5及び配列番号6からなる群より選択されるヌクレオチド配列と少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列
の転写及び/又は翻訳レベルが、同じ個体の以前の測定若しくは同じ個体の非罹患組織での測定に比して又は標準レベルに比して少なくとも1/2倍以下、例えば少なくとも1/3倍、少なくとも1/4倍、少なくとも1/5倍以下に減少していることが不良な転帰を示す。
− AOX1(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)、GAS6(配列番号3)、HAPLN3(配列番号4)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6)からなる群より選択される遺伝子、及び/又は
− 配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5及び配列番号6からなる群より選択されるヌクレオチド配列と少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列
の転写及び/又は翻訳レベルが、同じ個体の以前の測定若しくは同じ個体の非罹患組織での測定に比して又は標準レベルに比して少なくとも45%又は例えば少なくとも46%、47%、48%、49%、50%、51%、52%、53%、54%、55%、56%、57%、58%、59%若しくは少なくとも60%以上減少していることが不良な転帰を示す。
本発明の1つのより好適な実施形態では、
− AOX1(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)、GAS6(配列番号3)、HAPLN3(配列番号4)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6)からなる群より選択される遺伝子、及び/又は
− 配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5及び配列番号6からなる群より選択されるヌクレオチド配列と少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列
の転写及び/又は翻訳レベルが、同じ個体の以前の測定若しくは同じ個体の非罹患組織での測定に比して又は標準レベルに比して少なくとも50%減少していることが不良な転帰を示す。
1つの好適な実施形態では、増加したメチル化度及び/又はメチル化出現率は、前立腺ガンの高い再発リスクを示す。減少した転写及び/又は翻訳発現レベルが前立腺ガンの高い再発リスクを示す場合もまた好適である。
1つの好適な実施形態では、再発リスクは放射線前立腺摘除後に測定する。
本発明の別の1つの観点は、前立腺ガンを発症し、該前立腺ガンについて治療されている個体における前立腺ガン増悪に対する治療効果のモニタリングを補助し、及び/又は該効果をモニターする方法であって、
i) 個体サンプルにおいて、AOX1(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)、GAS6(配列番号3)、HAPLN3(配列番号4)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6)からなる群より選択される少なくとも1つの遺伝子のメチル化度及び/又はメチル化出現率を測定するか、又は配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5及び配列番号6からなる群より選択されるヌクレオチド配列若しくはその一部と少なくとも90%の配列同一性を有する少なくとも1つのヌクレオチド配列のメチル化度及び/又はメチル化出現率を測定し、及び/又は
ii) 前記サンプルにおいて、AOX1(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)、GAS6(配列番号3)、HAPLN3(配列番号4)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6)からなる群より選択される少なくとも1つの遺伝子、又は配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5及び配列番号6からなる群より選択される少なくとも1つのヌクレオチド配列若しくはその一部と少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列の転写発現レベルを測定し、及び/又は
iii) 前記サンプルにおいて、AOX1(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)、GAS6(配列番号3)、HAPLN3(配列番号4)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6)からなる群より選択される少なくとも1つの遺伝子、又は配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5及び配列番号6からなる群より選択される少なくとも1つのヌクレオチド配列若しくはその一部と少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列の翻訳発現レベルを測定すること
を含んでなり、i)のメチル化度及び/又はメチル化出現率及び/又はii)の転写レベル及び/又はiii)の翻訳発現レベルが前立腺ガン増悪を示す、方法に関する。
治療効果をモニターするため、メチル化度及び/又はメチル化出現率及び/又は転写発現レベル及び/又は翻訳発現レベルは、治療の前後で測定して比較してもよいし、治療の間の異なる時点で測定して比較してもよい。メチル化度及び/又はメチル化出現率及び/又は転写発現レベル及び/又は翻訳発現レベルは、1つの実施形態では、治療後の異なる時点で、例えば治療の1週間後又は1ヵ月後、例えば2ヶ月後、3ヶ月後、4ヶ月後、5ヶ月後、6ヶ月後、1年後、2年後、3年後、4年後、5年後若しくはそれ以上後に測定してもよい。
− 治療開始前、及び/又は
− 治療期間中のより早期の時点で
採取したサンプルにおけるメチル化度及び/又はメチル化出現率と比較して増加していることが、前立腺ガンの増悪を示す。
メチル化度、メチル化度の測定方法及び増加/減少したメチル化度は、「メチル化度及びメチル化出現率の測定」の節に記載されている。メチル化出現率、メチル化出現率の測定方法及び増大/減少したメチル化出現率は、「メチル化度及びメチル化出現率の測定」の節に記載されている。
本発明の1つの好適な実施形態では、個体サンプルにおけるメチル化度及び/又はメチル化出現率が、同じ個体から
− 治療開始前、及び/又は
− 治療期間中のより早期の時点で
採取したサンプルにおけるメチル化度及び/又はメチル化出現率と比較して増加していることが、前立腺ガンの増悪を示す。
− 治療開始前、及び/又は
− 治療期間中のより早期の時点で
採取したサンプルにおけるメチル化度及び/又はメチル化出現率と比較して少なくとも10%又は例えば少なくとも15%、20%、25%、30%、35%、40%、41%、42%、43%、44%、45%、46%、47%、48%、49%、50%、55%、60%、65%、70%、80%、90%、100%若しくはそれ以上減少していることが、前立腺ガンの増悪を示す。
個体サンプルにおけるメチル化度及び/又はメチル化出現率が、同じ個体から
− 治療開始前、及び/又は
− 治療期間中のより早期の時点で
採取したサンプルにおけるメチル化度及び/又はメチル化出現率と比較して少なくとも1.5倍又は例えば少なくとも2倍、3倍、5倍、10倍若しくはそれ以上増加していることが、前立腺ガンの増悪を示す。
更に、治療開始前のメチル化度と比較して減少したメチル化度は、治療が良好な効果を有し、個体が回復中であることを示す。同様に、治療開始前のメチル化度と比較して増加した転写及び/又は翻訳発現レベルは、治療が良好な効果を有し、個体が回復中であることを示す。
− 治療開始前、及び/又は
− 治療期間中のより早期の時点で
採取したサンプルにおけるメチル化度及び/又はメチル化出現率と比較して少なくとも10%又は例えば少なくとも15%、20%、25%、30%、35%、40%、41%、42%、43%、44%、45%、46%、47%、48%、49%、50%、55%、60%、65%、70%、80%、90%、100%若しくはそれ以上減少していることが、治療が良好な効果を有し、個体が回復中であることを示す。
個体サンプルにおけるメチル化度及び/又はメチル化出現率が、同じ個体から
− 治療開始前、及び/又は
− 治療期間中のより早期の時点で
採取したサンプルにおけるメチル化度及び/又はメチル化出現率と比較して少なくとも1/1.5倍又は例えば少なくとも1/2倍、1/2倍、1/5倍、1/10倍若しくはそれ以下に減少していることが、治療が良好な効果を有し、個体が回復中であることを示す。
− 治療開始前、及び/又は
− 治療期間中のより早期の時点で
採取したサンプルにおける転写及び/又は翻訳発現レベルと比較して減少していることが前立腺ガンの増悪を示すことが好適である。
本発明の1つの実施形態では、個体サンプルにおける転写及び/又は翻訳発現レベルが、同じ個体から
− 治療開始前、及び/又は
− 治療期間中のより早期の時点で
採取したサンプルにおける転写及び/又は翻訳発現レベルと比較して少なくとも10%又は例えば少なくとも15%、20%、25%、30%、35%、40%、41%、42%、43%、44%、45%、46%、47%、48%、49%若しくは少なくとも50%若しくはそれ以上減少していることが、前立腺ガンの増悪を示す。
本発明の別の1つの実施形態では、個体サンプルにおける転写及び/又は翻訳レベルが、同じ個体から
− 治療開始前、及び/又は
− 治療期間中のより早期の時点で
採取したサンプルにおける転写及び/又は翻訳発現レベルと比較して少なくとも1/2倍又はそれ以下、例えば少なくとも1/3倍、少なくとも1/4倍、少なくとも1/5倍又はそれ以下に減少していることが、前立腺ガンの増悪を示す。
− 治療開始前、及び/又は
− 治療期間中のより早期の時点で
採取したサンプルにおける転写及び/又は翻訳発現レベルと比較して少なくとも45%又は例えば少なくとも46%、47%、48%、49%、50%、51%、52%、53%、54%、55%、56%、57%、58%、59%若しくは少なくとも60%若しくはそれ以上減少していることが、前立腺ガンの増悪を示す。
本発明の1つのより好適な実施形態では、個体サンプルにおける転写及び/又は翻訳レベルが、同じ個体から
− 治療開始前、及び/又は
− 治療期間中のより早期の時点で
採取したサンプルにおける転写及び/又は翻訳発現レベルと比較して少なくとも50%減少していることが、前立腺ガンの増悪を示す。
本発明の1つの別の好適な実施形態では、個体サンプルにおける転写及び/又は翻訳レベルが、同じ個体から
− 治療開始前、及び/又は
− 治療期間中のより早期の時点で
採取したサンプルにおける転写及び/又は翻訳発現レベルと比較して少なくとも50%増加していることが、前立腺ガンの退縮を示す。
発症した前立腺ガンを有すると疑われるか若しくは前立腺ガンを発症するリスクにあると疑われるか又は前立腺ガンと診断された個体は、積極的サーベイランスプログラムに参加してもよい。積極的サーベイランスとは、侵襲処置なしでの発生の観察及び定期的モニタリングをいう。よって、積極的サーベイランスは、しばしば、初期ステージの遅増殖性前立腺ガンが疑われるときに、使用される。より若年者(余命>10年)について、積極的サーベイランスのプログラムに治療の回避という意味が全く無いわけではなく、2、3年以上の遅延は可能であり得、この間、積極的治療のクオリティー・オブ・ライフへの影響を回避することができる。注意深く選択した男性は、このアプローチでの治療のためのウィンドウを逃さない。積極的サーベイランスについて個体を注意深く選択することで、選択した個体が他の個体より治癒が低い傾向にないことが確実になる。
また、「静観」のプログラムは、外科処置、放射線療法又はホルモン療法のリスクが可能性のある利益を上回るときに提案され得る。症状が進展するか、又はガンの成長が加速している徴候(例えば、再生検についての急激なPSA上昇、グリーソンスコアの増加など)がある場合に、他の治療を開始することができる。
よって、別の1つの観点では、本発明は、前立腺ガンを発症した個体において前立腺ガンの沈黙性/不活性から攻撃性への増悪のモニタリングを補助し、及び/又は該憎悪をモニターする方法であって、以下:
i) 個体サンプルにおいて、AOX1(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)、GAS6(配列番号3)、HAPLN3(配列番号4)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6)からなる群より選択される少なくとも1つの遺伝子のメチル化度及び/又はメチル化出現率を測定するか、又は配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5及び配列番号6からなる群より選択されるヌクレオチド配列若しくはその一部と少なくとも90%の配列同一性を有する少なくとも1つのヌクレオチド配列のメチル化度及び/又はメチル化出現率を測定し、及び/又は
ii) 前記サンプルにおいて、AOX1(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)、GAS6(配列番号3)、HAPLN3(配列番号4)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6)からなる群より選択される少なくとも1つの遺伝子、又は配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5及び配列番号6からなる群より選択される少なくとも1つのヌクレオチド配列若しくはその一部と少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列の転写発現レベルを測定し、及び/又は
iii) 前記サンプルにおいて、AOX1(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)、GAS6(配列番号3)、HAPLN3(配列番号4)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6)からなる群より選択される少なくとも1つの遺伝子、又は配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5及び配列番号6からなる群より選択される少なくとも1つのヌクレオチド配列若しくはその一部と少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列の翻訳発現レベルを測定すること
を含んでなり、i)の増加したメチル化度及び/又はメチル化出現率及び/又はii)の減少した転写レベル及び/又はiii)の減少した翻訳発現レベルが前立腺ガンの沈黙性/不活性から攻撃性への増悪を示す、方法に関する。
1つの実施形態では、攻撃性前立腺ガンは、比較的迅速(すなわち、所与の患者の余命内)に、臓器非限局前立腺ガンに進行したか又は進行するものである。別の1つの実施形態では、攻撃性前立腺ガンは治療を必要とする前立腺ガンである。
前立腺ガンの沈黙性/不活性から攻撃性への増悪のモニタリングを補助し、及び/又は該増悪をモニターするこの方法によれば、個体サンプルにおけるメチル化度及び/又はメチル化出現率が、同じ個体から前立腺ガンの疾患過程のより早期の時点で採取したサンプルにおけるメチル化度及び/又はメチル化出現率と比較して増加していることが、前立腺ガンの増悪を示す。同様に、個体サンプルにおける転写及び/又は翻訳発現レベルが、同じ個体から前立腺ガンの疾患過程のより早期の時点で採取したサンプルにおける転写及び/又は翻訳発現レベルと比較して減少していることが、前立腺ガンの増悪を示す。
1つの実施形態では、個体サンプルにおけるメチル化度及び/又はメチル化出現率が、少なくとも10%又は例えば少なくとも15%、20%、25%、30%、35%、40%、41%、42%、43%、44%、45%、46%、47%、48%、49%、50%、55%、60%、65%、70%、80%、90%、100%若しくはそれ以上増加していることが、前立腺ガンの増悪を示す。
更に、個体サンプルにおけるメチル化度及び/又はメチル化出現率が、同じ個体から前立腺ガンの疾患過程のより早期の時点で採取したサンプルにおけるメチル化度と比較して減少していることが、個体が回復中であることを示す。
個体サンプルにおけるメチル化度及び/又はメチル化出現率が、同じ個体から前立腺ガンの疾患過程のより早期の時点で採取したサンプルにおけるメチル化度と比較して少なくとも10%又は例えば少なくとも15%、20%、25%、30%、35%、40%、41%、42%、43%、44%、45%、46%、47%、48%、49%、50%、55%、60%、65%、70%、80%、90%、100%若しくはそれ以上減少していることが、個体が回復中であることを示す。
サンプルにおけるメチル化度が治療開始前のメチル化度と比較して少なくとも1/1.5倍又は例えば少なくとも1/2倍、1/3倍、1/5倍、1/10倍若しくはそれ以下に減少していることが、治療が良好な効果を有し、個体が回復中であることを示す。
本発明の1つの実施形態では、個体サンプルにおける転写及び/又は翻訳発現レベルが、同じ個体から前立腺ガンの疾患過程のより早期の時点で採取したサンプルにおける転写及び/又は翻訳発現レベルと比較して少なくとも10%又は例えば少なくとも15%、20%、25%、30%、35%、40%、41%、42%、43%、44%、45%、46%、47%、48%、49%若しくは少なくとも50%若しくはそれ以上減少していることが、前立腺ガンの増悪を示す。
別の1つの実施形態では、個体サンプルにおける転写及び/又は翻訳発現レベルが、同じ個体から前立腺ガンの疾患過程のより早期の時点で採取したサンプルにおける転写及び/又は翻訳発現レベルと比較して少なくとも1/2倍又はそれ以下、例えば少なくとも1/3倍、少なくとも1/4倍、少なくとも1/5倍若しくはそれ以下に減少していることが、前立腺ガンの増悪を示す。
1つのより好適な実施形態では、個体サンプルにおける転写及び/又は翻訳発現レベルが、同じ個体から前立腺ガンの疾患過程のより早期の時点で採取したサンプルにおける転写及び/又は翻訳発現レベルと比較して少なくとも50%減少していることが、前立腺ガンの増悪を示す。
1つの実施形態では、個体サンプルにおける転写及び/又は翻訳発現レベルが、同じ個体から前立腺ガンの疾患過程のより早期の時点で採取したサンプルにおける転写及び/又は翻訳発現レベルと比較して増加していることが、個体が回復中であることを示す。
前立腺ガンを発症した個体の治療レジメンの決定を補助し、及び/又は該治療レジメンを決定する方法は、以下:
i) 個体サンプルにおいて、AOX1(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)、GAS6(配列番号3)、HAPLN3(配列番号4)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6)からなる群より選択される少なくとも1つの遺伝子のメチル化度及び/又はメチル化出現率を測定するか、又は配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5及び配列番号6からなる群より選択されるヌクレオチド配列若しくはその一部と少なくとも90%の配列同一性を有する少なくとも1つのヌクレオチド配列のメチル化度及び/又はメチル化出現率を測定し、及び/又は
ii) 前記サンプルにおいて、AOX1(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)、GAS6(配列番号3)、HAPLN3(配列番号4)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6)からなる群より選択される少なくとも1つの遺伝子、又は配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5及び配列番号6からなる群より選択される少なくとも1つのヌクレオチド配列若しくはその一部と少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列の転写発現レベルを測定し、及び/又は
iii) 前記サンプルにおいて、AOX1(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)、GAS6(配列番号3)、HAPLN3(配列番号4)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6)からなる群より選択される少なくとも1つの遺伝子、又は配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5及び配列番号6からなる群より選択される少なくとも1つのヌクレオチド配列若しくはその一部と少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列の翻訳発現レベルを測定すること
を含んでなり、ここで、i)のメチル化度及び/又はメチル化出現率及び/又はii)の転写レベル及び/又はiii)の翻訳発現レベルが該前立腺ガンを発症した個体に提案すべき治療レジメンを示す。
a) 個体のガン組織から得たサンプルを準備する工程;
b) a)のサンプルにおいて、1以上のバイオマーカーの
− メチル化レベル、及び/又は
− 転写発現レベル、及び/又は
− 翻訳発現レベル
を測定する工程であって、該バイオマーカーが以下:
I') 配列番号3(GAS6)のヌクレオチド配列;又は
I'') 配列番号3に相補的なヌクレオチド配列;又は
I''') I'又はI''のいずれかと少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列;又は
I'''') I'、I''又はI'''のいずれか1つの少なくとも15の連続ヌクレオチドを含む、I'、I''又はI'''のいずれか1つのフラグメント;及び
II') 配列番号4(HAPLN3)のヌクレオチド配列;又は
II'') 配列番号4に相補的なヌクレオチド配列;又は
II''') II'又はII''のいずれかと少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列;又は
II'''') I'、I''又はI'''のいずれか1つの少なくとも15の連続ヌクレオチドを含む、II'、II''又はII'''のいずれか1つのフラグメント;及び
III') 配列番号1(AOX1)のヌクレオチド配列;又は
III'') 配列番号1に相補的なヌクレオチド配列;又は
III''') III'又はIII'''のいずれかと少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列;又は
III'''') III'、III''又はIII'''のいずれか1つの少なくとも15の連続ヌクレオチドを含む、III'、III''又はIII'''のいずれか1つのフラグメント;及び
IV') 配列番号2(C1orf114)のヌクレオチド配列;又は
IV'') 配列番号2に相補的なヌクレオチド配列;又は
IV''') IV'又はIV''のいずれかと少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列;又は
IV'''') IV'、IV''又はIV'''のいずれか1つの少なくとも15の連続ヌクレオチドを含む、IV'、IV''又はIV'''のいずれか1つのフラグメント;及び
V') 配列番号5(ST6GALNAC3)のヌクレオチド配列;又は
V'') 配列番号5に相補的なヌクレオチド配列;又は
V''') V'又はV''のいずれかと少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列;又は
V'''') V'、V''又はV'''のいずれか1つの少なくとも15の連続ヌクレオチドを含む、V'、V''又はV'''のいずれか1つのフラグメント;及び
VI') 配列番号6(ZNF660)のヌクレオチド配列;又は
VI'') 配列番号6に相補的なヌクレオチド配列;又は
VI''') VI'又はVI''のいずれかと少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列;又は
VI'''') VI'、VI''又はVI'''のいずれか1つの少なくとも15の連続ヌクレオチドを含む、VI'、VI''又はVI'''のいずれか1つのフラグメント;
からなる群より選択されるヌクレオチド配列である、工程;
c) b)のサンプリングしたヌクレオチド配列のメチル化レベル、転写レベル及び/又は翻訳発現レベルに基づいてバイオマーカースコアを取得する工程
を含んでなり、該バイオマーカースコアが、患者がアジュバント療法を必要としているかどうかを示す、方法に関する。
1つの観点では、本発明は、患者について少なくとも1つの臨床パラメータを測定し、患者から得たサンプルにおいてC1orf114(配列番号2)、HAPLN3(配列番号4)、AOX1(配列番号1)、GAS6(配列番号3)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6)からなる群より選択される少なくとも1つの遺伝子の状態を測定し、そして(a)前記患者が少なくとも1つのリスク関連臨床パラメータを有し、前記遺伝子について亢進状態を示すとき、積極的治療を推奨し、指示し又は開始し、(b)前記患者がリスク関連臨床パラメータを有さず、前記遺伝子について亢進状態も示さないとき、静観を推奨し、指示し又は開始することを含んでなる、前立腺ガン患者を治療する方法に関する。
用語「治療レジメン」とは、個体を治療するためのストラテジをいう。個体の治療レジメンの決定は、該個体の治療ストラテジを選択することを意味する。前立腺ガンを発症した個体を治療するための治療レジメン又はストラテジは、上記の方法に基づいて決定する。
例えば、ガンが前立腺でのみ見出されるT1及びT2ガンの場合、好適な治療レジメンは外科的処置である。ガンが他の場所に拡散したT3及びT4ガンの場合、好適な治療レジメンは放射線療法である。しかし、ガンがT3又はT4ステージに進展したかどうかを決定することは困難であることが多い。
よって、1つの実施形態では、増加したメチル化度及び/又はメチル化出現率は、治療レジメンが放射線療法であるべきことを示す。同様に、減少した転写及び/又は翻訳発現レベルは、治療レジメンが放射線療法であるべきことを示す。
具体的には、増加したメチル化度及び増加したメチル化出現率は上記のとおりであり得、減少した転写及び/又は翻訳発現レベルも上記のとおりであり得る。
別の1つの実施形態では、個体サンプルにおける転写及び/又は翻訳レベルが、同じ個体の以前の測定若しくは同じ個体の非罹患組織での測定に比して又は標準レベルに比して少なくとも1/2倍又はそれ以下、例えば少なくとも1/3倍、少なくとも1/5倍、少なくとも1/5倍又はそれ以下に減少していることは、治療レジメンが放射線療法であるべきことを示す。
本発明の1つの好適な実施形態では、個体サンプルにおける転写及び/又は翻訳発現レベルが、同じ個体の以前の測定若しくは同じ個体の非罹患組織での測定に比して又は標準レベルに比して少なくとも45%又は例えば少なくとも46%、47%、48%、49%、50%、51%、52%、53%、54%、55%、56%、57%、58%、59%若しくは少なくとも60%若しくはそれ以上減少していることは、治療レジメンが放射線療法であるべきことを示す。
1つのより好適な実施形態では、個体サンプルにおける転写及び/又は翻訳発現レベルが、同じ個体の以前の測定若しくは同じ個体の非罹患組織での測定に比して又は標準レベルに比して少なくとも50%減少していることは、治療レジメンが放射線療法であるべきことを示す。
i) コントロールサンプルにおいて、AOX1(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)、GAS6(配列番号3)、HAPLN3(配列番号4)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6)からなる群より選択される少なくとも1つの遺伝子、又は配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5及び配列番号6からなる群より選択されるヌクレオチド配列若しくはその一部と少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列のメチル化度及び/又はメチル化出現率を測定する工程、
ii) 個体サンプルにおいて、i)で特定した、AOX1(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)、GAS6(配列番号3)、HAPLN3(配列番号4)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6)からなる群より選択される少なくとも1つの遺伝子のメチル化度及び/又はメチル化出現率を測定する工程、
iii) i)及びii)で測定したメチル化度及び/又はメチル化出現率を比較する工程であって、ii)で測定したメチル化度及び/又はメチル化出現率がi)で測定したメチル化度及び/又はメチル化出現率より高ければ、メチル化度及び/又はメチル化出現率は増加しており、ii)で測定したメチル化度及び/又はメチル化出現率がi)で測定したメチル化度及び/又はメチル化出現率より低ければ、メチル化度及び/又はメチル化出現率は減少している、工程
を含んでもよい。
更に、本明細書に記載の方法は、状況に応じて、サンプルにおける転写及び/又は翻訳発現レベルをコントロールサンプルにおける発現レベルと比較する工程であって、サンプルにおける発現レベルは、コントロールサンプルにおける発現レベルより高ければ、増加しており、コントロールサンプルにおける発現レベルより低ければ、減少している、工程を含んでもよい。このようなコントロールサンプルは、「転写発現レベルの測定」の節及び「翻訳発現レベルの測定」の節に記載されている。1つの実施形態では、AOX1、C1orf114、GAS6、HAPLN3、ST6GALNAC3及び/又はZNF660の翻訳発現レベルは、免疫組織化学分析により測定する。
1つの実施形態では、本明細書に記載の方法のサンプルは、組織サンプルである。1つの好適な実施形態では、組織サンプルは前立腺の生検又は切除した前立腺組織である。別の1つの実施形態では、サンプルは、体液サンプル、例えば血液、血清、精液、血漿又は尿サンプルである。
本発明は、他のマーカーとは独立して、又は他のマーカー及び他の技法との組合せで使用することができるマーカーを提供する。本発明のAOX1、C1orf114、GAS6、HAPLN3、ST6GALNAC3及び/又はZNF660マーカーは、例えば、下記の遺伝子バイオマーカーのパネルとの組合せで使用してもよい。よって、個体における前立腺ガンの診断を補助し及び/又は前立腺ガンを診断し、及び/又は前立腺ガンを発症した個体における前立腺ガンの疾患増悪の予後予測を補助し及び/又は該疾患増悪を予後予測し、及び/又は前立腺ガンを発症した個体における前立腺ガンの転帰の予測を補助し及び/又は該転帰を予測し、及び/又は前立腺ガンを発症し、前立腺ガンについて治療されている個体における前立腺ガン増悪に対する治療効果のモニタリングを補助し及び/又は該治療効果をモニターし、及び/又は前立腺ガンを発症した個体において前立腺ガンの沈黙性/不活性から攻撃性への増悪のモニタリングを補助し及び/又は該増悪をモニターし、及び/又は前立腺ガンを発症した個体の治療レジメンの決定を補助し及び/又は該治療レジメンを決定する方法は、1以上のバイオマーカーのメチル化度及び/又は翻訳レベル及び/又は転写レベルの測定を更に含んでいてもよい。
a) 個体から得たサンプルを準備する工程;
b) a)のサンプルにおいて、ヌクレオチド配列のパネルの
− メチル化レベル、及び/又は
− 転写発現レベル、及び/又は
− 翻訳発現レベル
を測定する工程であって、該パネルが以下:
I') 配列番号3(GAS6)のヌクレオチド配列;又は
I'') 配列番号3に相補的なヌクレオチド配列;又は
I''') I'又はI''のいずれかと少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列;又は
I'''') I'、I''又はI'''のいずれか1つの少なくとも15の連続ヌクレオチドを含む、I'、I''又はI'''のいずれか1つのフラグメント;及び
II') 配列番号4(HAPLN3)のヌクレオチド配列;又は
II'') 配列番号4に相補的なヌクレオチド配列;又は
II''') II'又はII''のいずれかと少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列;又は
II'''') I'、I''又はI'''のいずれか1つの少なくとも15の連続ヌクレオチドを含む、II'、II''又はII'''のいずれか1つのフラグメント;及び
III') 配列番号1(AOX1)のヌクレオチド配列;又は
III'') 配列番号1に相補的なヌクレオチド配列;又は
III''') III'又はIII'''のいずれかと少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列;又は
III'''') III'、III''又はIII'''のいずれか1つの少なくとも15の連続ヌクレオチドを含む、III'、III''又はIII'''のいずれか1つのフラグメント;及び
IV') 配列番号2(C1orf114)のヌクレオチド配列;又は
IV'') 配列番号2に相補的なヌクレオチド配列;又は
IV''') IV'又はIV''のいずれかと少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列;又は
IV'''') IV'、IV''又はIV'''のいずれか1つの少なくとも15の連続ヌクレオチドを含む、IV'、IV''又はIV'''のいずれか1つのフラグメント;及び
V') 配列番号5(ST6GALNAC3)のヌクレオチド配列;又は
V'') 配列番号5に相補的なヌクレオチド配列;又は
V''') V'又はV''のいずれかと少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列;又は
V'''') V'、V''又はV'''のいずれか1つの少なくとも15の連続ヌクレオチドを含む、V'、V''又はV'''のいずれか1つのフラグメント;及び
VI') 配列番号6(ZNF660)のヌクレオチド配列;又は
VI'') 配列番号6に相補的なヌクレオチド配列;又は
VI''') VI'又はVI''のいずれかと少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列;又は
VI'''') VI'、VI''又はVI'''のいずれか1つの少なくとも15の連続ヌクレオチドを含む、VI'、VI''又はVI'''のいずれか1つのフラグメント
を含んでなる、工程;
c) b)のサンプリングしたヌクレオチド配列のメチル化レベル、転写レベル及び/又は翻訳発現レベルを、コントロールサンプルの対応するヌクレオチド配列の対応するメチル化レベル、転写レベル及び/又は翻訳発現レベルと比較する工程
を含んでなり、ここで、コントロールサンプルのメチル化レベルより有意に高いメチル化レベル並びに/又はコントロールサンプルの転写レベルより有意に低い転写及び/若しくは翻訳発現レベルが、該個体が前立腺ガンを有しているか又は発症するリスクにあることを示す、方法が提供される。
a) 個体から得たサンプルを準備する工程;
b) a)のサンプルにおいて、少なくとも2つのヌクレオチド配列を含んでなるパネルの
− メチル化レベル、及び/又は
− 転写発現レベル、及び/又は
− 翻訳発現レベル
を測定する工程であって、該パネルが以下:
i) C1orf114(配列番号2)及びGAS6(配列番号3);
ii) GAS6(配列番号3)及びHAPLN3(配列番号4);
iii) C1orf114(配列番号2)、GAS6(配列番号3)及びHAPLN3(配列番号4);
iv) AOX1(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)、GAS6(配列番号3)及びHAPLN3(配列番号4);
v) AOX1(配列番号1)、GAS6(配列番号3)及びHAPLN3(配列番号4);
vi) AOX1(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)及びGAS6(配列番号3);
vii) AOX1(配列番号1)及びGAS6(配列番号3);
viii) C1orf114(配列番号2)及びHAPLN3(配列番号4);
ix) AOX1(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)及びHAPLN3(配列番号4);
x) AOX1(配列番号1)及びHAPLN3(配列番号4);
xi) AOX1(配列番号1)及びC1orf114(配列番号2);
xii) AOX1(配列番号1)及びST6GALNAC3(配列番号5);
xiii) AOX1(配列番号1)及びZNF660(配列番号6);
xiv) C1orf114(配列番号2)及びST6GALNAC3(配列番号5);
xv) C1orf114(配列番号2)及びZNF660(配列番号6);
xvi) GAS6(配列番号3)及びST6GALNAC3(配列番号5);
xvii) GAS6(配列番号3)及びZNF660(配列番号6);
xviii) HAPLN3(配列番号4)及びST6GALNAC3(配列番号5);
xix) HAPLN3(配列番号4)及びZNF660(配列番号6);
xx) ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6);
xxi) AOX1(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)及びST6GALNAC3(配列番号5);
xxii) AOX1(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)及びZNF660(配列番号6);
xxiii) AOX1(配列番号1)、GAS6(配列番号3)及びST6GALNAC3(配列番号5);
xxiv) AOX1(配列番号1)、GAS6(配列番号3)及びZNF660(配列番号6);
xxv) AOX1(配列番号1)、HAPLN3(配列番号4)及びST6GALNAC3(配列番号5);
xxvi) AOX1(配列番号1)、HAPLN3(配列番号4)及びZNF660(配列番号6);
xxvii) AOX1(配列番号1)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6);
xxviii) C1orf114(配列番号2)、GAS6(配列番号3)及びST6GALNAC3(配列番号5);
xxix) C1orf114(配列番号2)、GAS6(配列番号3)及びZNF660(配列番号6);
xxx) C1orf114(配列番号2)、HAPLN3(配列番号4)及びST6GALNAC3(配列番号5);
xxxi) C1orf114(配列番号2)、HAPLN3(配列番号4)及びZNF660(配列番号6);
xxxii) C1orf114(配列番号2)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6);
xxxiii) GAS6(配列番号3)、HAPLN3(配列番号4)及びST6GALNAC3(配列番号5);
xxxiv) GAS6(配列番号3)、HAPLN3(配列番号4)及びZNF660(配列番号6);
xxxv) GAS6(配列番号3)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6);
xxxvi) HAPLN3(配列番号4)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6);
xxxvii) AOX1(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)及びGAS6(配列番号3)及びST6GALNAC3(配列番号5);
xxxviii) AOX1(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)、GAS6(配列番号3)及びZNF660(配列番号6);
xxxix) AOX1(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)、HAPLN3(配列番号4),
xl) AOX1(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)、HAPLN3(配列番号4)、and ST6GALNAC3(配列番号5);
xli) AOX1(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6);
xlii) AOX1(配列番号1)、GAS6(配列番号3)、HAPLN3(配列番号4)及び ST6GALNAC3(配列番号5);
xliii) AOX1(配列番号1)、GAS6(配列番号3)及びHAPLN3(配列番号4);
xliv) AOX1(配列番号1)、GAS6(配列番号3)及びST6GALNAC3(配列番号5);
xlv) AOX1(配列番号1)、HAPLN3(配列番号4)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6);
xlvi) C1orf114(配列番号2)、GAS6(配列番号3)、HAPLN3(配列番号4)及びST6GALNAC3(配列番号5);
xlvii) C1orf114(配列番号2)、GAS6(配列番号3)、HAPLN3(配列番号4)及びZNF660(配列番号6);
xlviii) C1orf114(配列番号2)、GAS6(配列番号3)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6);
xlix) C1orf114(配列番号2)、HAPLN3(配列番号4)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6);
l) GAS6(配列番号3)、HAPLN3(配列番号4)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6);
li) AOX1(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)、GAS6(配列番号3)、HAPLN3(配列番号4)及びST6GALNAC3(配列番号5);
lii) AOX1(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)、GAS6(配列番号3)、HAPLN3(配列番号4)及びZNF660(配列番号6);
liii) AOX1(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)、GAS6(配列番号3)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6);
liv) AOX1(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)、HAPLN3(配列番号4)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6);
lv) AOX1(配列番号1)、GAS6(配列番号3)、HAPLN3(配列番号4)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6);
lvi) C1orf114(配列番号2)、GAS6(配列番号3)、HAPLN3(配列番号4)
lvii) ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6);
AOX1(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)、GAS6(配列番号3)、HAPLN3(配列番号4)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6)
からなる群より選択され、前記パネルi)〜lvii)の配列番号1、2、3、4、5又は6のいずれか1つは、個々に、
b') 前記パネルi)〜lvii)の配列番号1、2、3、4、5又は6のいずれか1つに相補的なヌクレオチド配列;又は
b'') 前記パネルi)〜lvii)の配列番号1、2、3、4、5若しくは6のいずれか1つ又はb')の相補的ヌクレオチド配列と少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列;又は
b''') 前記パネルi)〜lvii)の配列番号1、2、3、4、5若しくは6のいずれか1つ又はb')のヌクレオチド配列又はb'')のヌクレオチド配列の少なくとも15の連続ヌクレオチドを含んでなるフラグメント
で置換されていてもよい、工程;
c) b)のサンプリングしたヌクレオチド配列のメチル化レベル、転写レベル及び/又は翻訳発現レベルを、コントロールサンプルの対応するヌクレオチド配列の対応するメチル化レベル、転写レベル及び/又は翻訳発現レベルと比較する工程
を含んでなり、ここで、コントロールサンプルのメチル化レベルより有意に高いメチル化レベル並びに/又はコントロールサンプルの転写レベルより有意に低い転写及び/若しくは翻訳発現レベルが、該個体が前立腺ガンを有しているか又は発症するリスクにあることを示す、方法に関する。
a) 個体のガン組織から得たサンプルを準備する工程;
b) a)のサンプルにおいて、1以上のヌクレオチド配列を含んでなるパネルの
− メチル化レベル、及び/又は
− 転写発現レベル、及び/又は
− 翻訳発現レベル
を測定する工程であって、該パネルが以下:
i) C1orf114(配列番号2)及びHAPLN3(配列番号4);
ii) AOX(配列番号1)及びC1orf114(配列番号2);
iii) AOX(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)及びGAS6(配列番号3);
iv) C1orf114(配列番号2)、GAS6(配列番号3)及びHAPLN3(配列番号4);
v) C1orf114(配列番号2);
vi) AOX(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)及びHAPLN3(配列番号4);
vii) AOX(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)、GAS6(配列番号3)及びHAPLN3(配列番号4);
viii) C1orf114(配列番号2)及びGAS6(配列番号3);
ix) AOX(配列番号1)及びGAS6(配列番号3);
x) AOX(配列番号1);
xi) HAPLN3(配列番号4);
xii) AOX(配列番号1)及びHAPLN3(配列番号4);
xiii) AOX(配列番号1)、GAS6(配列番号3)及びHAPLN3(配列番号4);
xiv) GAS6(配列番号3)及びHAPLN3(配列番号4);
xv) GAS6(配列番号3);
xvi) ST6GALNAC3(配列番号5);
xvii) ZNF660(配列番号6);
xviii) AOX(配列番号1)及びST6GALNAC3(配列番号5);
xix) AOX(配列番号1)及びZNF660(配列番号6);
xx) C1orf114(配列番号2)及びST6GALNAC3(配列番号5);
xxi) C1orf114(配列番号2)及びZNF660(配列番号6);
xxii) GAS6(配列番号3)及びST6GALNAC3(配列番号5);
xxiii) GAS6(配列番号3)及びZNF660(配列番号6);
xxiv) HAPLN3(配列番号4)及びST6GALNAC3(配列番号5);
xxv) HAPLN3(配列番号4)及びZNF660(配列番号6);
xxvi) ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6);
xxvii) AOX(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)及びST6GALNAC3(配列番号5);
xxviii) AOX(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)及びZNF660(配列番号6);
xxix) AOX(配列番号1)、GAS6(配列番号3)及びST6GALNAC3(配列番号5);
xxx) AOX(配列番号1)、GAS6(配列番号3)及びZNF660(配列番号6);
xxxi) AOX(配列番号1)、HAPLN3(配列番号4)及びST6GALNAC3(配列番号5);
xxxii) AOX(配列番号1)、HAPLN3(配列番号4)及びZNF660(配列番号6);
xxxiii) AOX(配列番号1)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6);
xxxiv) C1orf114(配列番号2)、GAS6(配列番号3)及びST6GALNAC3(配列番号5);
xxxv) C1orf114(配列番号2)、GAS6(配列番号3)及びZNF660(配列番号6);
xxxvi) C1orf114(配列番号2)、HAPLN3(配列番号4)及びST6GALNAC3(配列番号5);
xxxvii) C1orf114(配列番号2)、HAPLN3(配列番号4)及びZNF660(配列番号6);
xxxviii) C1orf114(配列番号2)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6);
xxxix) GAS6(配列番号3)、HAPLN3(配列番号4)及びST6GALNAC3(配列番号5);
xl) GAS6(配列番号3)、HAPLN3(配列番号4)及びZNF660(配列番号6);
xli) GAS6(配列番号3)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6);
xlii) HAPLN3(配列番号4)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6);
xliii) AOX(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)、GAS6(配列番号3)及びST6GALNAC3(配列番号5);
xliv) AOX(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)、GAS6(配列番号3)及びZNF660(配列番号6);
xlv) AOX(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)、HAPLN3(配列番号4)及びST6GALNAC3(配列番号5);
xlvi) AOX(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)、HAPLN3(配列番号4)及びZNF660(配列番号6);
xlvii) AOX(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6);
xlviii) AOX(配列番号1)、GAS6(配列番号3)、HAPLN3(配列番号4)及びST6GALNAC3(配列番号5);
xlix) AOX(配列番号1)、GAS6(配列番号3)、HAPLN3(配列番号4)及びZNF660(配列番号6);
l) AOX(配列番号1)、GAS6(配列番号3)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6);
li) AOX(配列番号1)、HAPLN3(配列番号4)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6);
lii) C1orf114(配列番号2)、GAS6(配列番号3)、HAPLN3(配列番号4)及びST6GALNAC3(配列番号5);
liii) C1orf114(配列番号2)、GAS6(配列番号3)、HAPLN3(配列番号4)及びZNF660(配列番号6);
liv) C1orf114(配列番号2)、GAS6(配列番号3)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6);
lv) C1orf114(配列番号2)、HAPLN3(配列番号4)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6);
lvi) GAS6(配列番号3)、HAPLN3(配列番号4)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6);
lvii) AOX(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)、GAS6(配列番号3)、HAPLN3(配列番号4)及びST6GALNAC3(配列番号5);
lviii) AOX(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)、GAS6(配列番号3)、HAPLN3(配列番号4)及びZNF660(配列番号6);
lix) AOX(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)、GAS6(配列番号3)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6);
lx) AOX(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)、HAPLN3(配列番号4)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6);
lxi) AOX(配列番号1)、GAS6(配列番号3)、HAPLN3(配列番号4)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6);
lxii) C1orf114(配列番号2)、GAS6(配列番号3)、HAPLN3(配列番号4)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6);
lxiii) AOX(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)、GAS6(配列番号3)、HAPLN3(配列番号4)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6)
からなる群より選択され、前記パネルi)〜lxiii)の配列番号1、2、3、4、5又は6のいずれか1つは、個々に、
b') 前記パネルi)〜lvii)の配列番号1、2、3、4、5又は6のいずれか1つに相補的なヌクレオチド配列;又は
b'') 前記パネルi)〜lvii)の配列番号1、2、3、4、5若しくは6のいずれか1つ又はb')の相補的ヌクレオチド配列と少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列;又は
b''') 前記パネルi)〜lvii)の配列番号1、2、3、4、5若しくは6のいずれか1つ又はb')のヌクレオチド配列又はb'')のヌクレオチド配列の少なくとも15の連続ヌクレオチドを含んでなるフラグメント
で置換されていてもよい、工程;
c) b)のサンプリングしたヌクレオチド配列のメチル化レベル、転写レベル及び/又は翻訳発現レベルに基づいてバイオマーカースコアを取得する工程
を含んでなり、ここで、該バイオマーカースコアが前立腺ガン患者の予後を示す、方法に関する。
1つの実施形態では、個体は、本発明の方法で記載したように、正常前立腺特異抗原(PSA)レベルを有する。別の1つの実施形態では、個体は、本発明の方法で記載したように、正常PSAレベルより高いPSAレベルを有する。正常PSAレベルは最大限3ng/mL血清のPSAレベルであることが好適である。
腫瘍再発は、しばしば、例えば外科処置の少なくとも1ヶ月後に測定したとき0.1ng/mL血清以上のPSAレベルと定義される、増加したPSAレベルで測定される。外科処置後1ヶ月未満で測定したときに0.1ng/mL血清を上回るPSAレベルを有する個体は、再発しているとはみなさず、例えば外科処置時に進行ガンであったため、原発腫瘍が除去されていなかったことを示す。稀に、PSAレベルの増加を伴わずに転移が検出される。
本発明のAOX1、C1orf114、GAS6、HAPLN3、ST6GALNAC3及び/又はZNF660マーカーは、例えば、PSA測定との組合せで使用してもよい。よって、個体における前立腺ガンの診断を補助し及び/又は該前立腺ガンを診断し、及び/又は前立腺ガンを発症した個体における前立腺ガンの疾患増悪の予後予測を補助し及び/又は該疾患増悪を予後予測し、及び/又は前立腺ガンを発症した個体における前立腺ガンの転帰の予測を補助し及び/又は該転帰を予測し、及び/又は前立腺ガンを発症し、前立腺ガンについて治療されている個体における前立腺ガン増悪に対する治療効果のモニタリングを補助し及び/又は該治療効果をモニターし、及び/又は前立腺ガンを発症した個体において前立腺ガンの沈黙性/不活性から攻撃性への増悪のモニタリングを補助し及び/又は該増悪をモニターし、及び/又は前立腺ガンを発症した個体の治療レジメンの決定を補助し及び/又は該治療レジメンを決定する方法は、PSAレベルの測定を更に含んでもよい。
よって、本発明の方法は、TFF3及びSLC18A2を含んでなる群より選択される遺伝子の少なくとも1つのメチル化度及び/又はメチル化出現率及び/又は翻訳レベル及び/又は転写レベルを測定する工程を更に含んでなってもよい。
本発明の方法は、KLF8及びMOB3B(以前はMOBKL2Bとして知られる)を含んでなる群より選択される遺伝子の少なくとも1つのメチル化度及び/又はメチル化出現率及び/又は翻訳レベル及び/又は転写レベルを測定する工程を更に含んでなってもよい。
本発明の方法は、GABRE、TFF3、ZNF132、PCA3、GSTP1、PITX2及びSLC18A2を含んでなる群より選択される遺伝子の少なくとも1つのメチル化度及び/又はメチル化出現率及び/又は翻訳レベル及び/又は転写レベルを測定する工程を更に含んでなってもよい。
特定の実施形態では、コンピュータの制御下で本方法を実施することが有利である。よって、1つの観点では、本発明は、前立腺ガンの個体の予後を予測するシステムであって、以下:
a) 個体から得たサンプルにおいて1以上のバイオマーカーのメチル化レベル、転写レベル及び/又は翻訳発現レベルを分析する手段、及び
b) 前立腺ガンの患者が或る特定の期間生存する確率を推定する手段
を含んでなり、
前記バイオマーカーが以下:
I') 配列番号1(AOX1)のヌクレオチド配列;又は
I'') 配列番号1に相補的なヌクレオチド配列;又は
I''') I'又はI''のいずれかと少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列;又は
I'''') I'、I''又はI'''のいずれか1つの少なくとも15の連続ヌクレオチドを含む、I'、I''又はI'''のいずれか1つのフラグメント;及び
II') 配列番号2(C1orf114)のヌクレオチド配列;又は
II'') 配列番号2に相補的なヌクレオチド配列;又は
II''') II'又はII''のいずれかと少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列;又は
II'''') I'、I''又はI'''のいずれか1つの少なくとも15の連続ヌクレオチドを含む、II'、II''又はII'''のいずれか1つのフラグメント;及び
III') 配列番号3(GAS6)のヌクレオチド配列;又は
III'') 配列番号3に相補的なヌクレオチド配列;又は
III''') III'又はIII'''のいずれかと少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列;又は
III'''') III'、III''又はIII'''のいずれか1つの少なくとも15の連続ヌクレオチドを含む、III'、III''又はIII'''のいずれか1つのフラグメント;及び
IV') 配列番号4(HAPLN3)のヌクレオチド配列;又は
IV'') 配列番号4に相補的なヌクレオチド配列;又は
IV''') IV'又はIV''のいずれかと少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列;又は
IV'''') IV'、IV''又はIV'''のいずれか1つの少なくとも15の連続ヌクレオチドを含む、IV'、IV''又はIV'''のいずれか1つのフラグメント;及び
V') ヌクレオチド配列 of 配列番号5(ST6GALNAC3(SEQ IDNO:5));又は
V'') 配列番号5に相補的なヌクレオチド配列;又は
V''') V'又はV''のいずれかと少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列;又は
V'''') V'、V''又はV'''のいずれか1つの少なくとも15の連続ヌクレオチドを含む、V'、V''又はV'''のいずれか1つのフラグメント;及び
VI') 配列番号6(ZNF660)のヌクレオチド配列;又は
VI'') 配列番号6に相補的なヌクレオチド配列;又は
VI''') VI'又はVI''のいずれかと少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列;又は
VI'''') VI'、VI''又はVI'''のいずれか1つの少なくとも15の連続ヌクレオチドを含む、VI'、VI''又はVI'''のいずれか1つのフラグメント
からなる群より選択される1以上のヌクレオチド配列を含む、システムに関する。
1つの観点では、本発明は、放射線前立腺摘除後の患者における前立腺ガンの再発確率を予測する方法であって、以下の工程:a) 患者の1セットの術前因子を、以前に前立腺ガンと診断され、放射線前立腺摘除により治療された複数の個体の各々について測定された1セットの術前因子の機能的代表に相関付けて、患者についてトータルポイントの値を得る工程であって、複数の個体の各々についての前記因子セットは複数の個体における各個体についての前立腺ガンの再発率と相関付けられており、該術前因子のセットはC1orf114(配列番号2)、HAPLN3(配列番号4)、AOX1(配列番号1)、GAS6(配列番号3)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6)からなる群より選択される1以上の遺伝子の治療前のメチル化レベル、転写レベル及び/又は翻訳発現レベルを含んでなり、更に治療前のPSAレベル、優位グリーソン分類又は次優位グリーソン分類の1以上を含んでいてもよく、機能的代表は、C1orf114(配列番号2)、HAPLN3(配列番号4)、AOX1(配列番号1)、GAS6(配列番号3)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6)からなる群より選択される1以上の遺伝子の治療前のメチル化レベル、転写レベル及び/又は翻訳発現レベルの各々についてのスケールを含んでなり、更に治療前のPSAレベル、優位グリーソン分類又は次優位グリーソン分類、ポイントスケール、トータルポイントスケール及び予測スケールの1以上のスケールを含んでいてもよく、C1orf114(配列番号2)、HAPLN3(配列番号4)、AOX1(配列番号1)、GAS6(配列番号3)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6)からなる群より選択される1以上の遺伝子の治療前のメチル化レベル、転写レベル及び/又は翻訳発現レベルについてのスケール及び該当する場合には治療前のPSAレベル、優位グリーソン分類又は次優位グリーソン分類の1以上は、各々、ポイントスケール上の値と相関付けることができるスケール上の値を有し、トータルポイントスケールは予測スケール上の値と相関付けることができる値を有する工程;及びb) トータルポイントスケール上での患者の値を予測スケール上での値と相関付けて、放射線前立腺摘除後の患者における前立腺ガン再発確率を定量的に予測する工程を含んでなる、方法に関する。
a) 以前に前立腺ガンと診断され、放射線前立腺摘除により治療された複数の個体の各々についての1セットの術前因子と、該複数の個体の各人についての前立腺ガンの再発率との相関であって、前記1セットの術前因子がC1orf114(配列番号2)、HAPLN3(配列番号4)、AOX1(配列番号1)、GAS6(配列番号3)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6)からなる群より選択される1以上の遺伝子の治療前のメチル化レベル、転写レベル及び/又は翻訳発現レベルを含み、更に治療前のPSAレベル、優位グリーソン分類又は次優位グリーソン分類の1以上を含んでいてもよい、相関;及びb) 前立腺ガンを有すると診断された患者から測定した同一の術前因子セットを前記相関と比較して、放射線前立腺摘除後の患者における前立腺ガン再発確率を定量的に予測する手段を含んでなる、装置に関する。
コンピュータによらないで実施する方法の場合、メチル化レベルはメチル化度及び/又はメチル化出現率から選択される。
本発明の別の1つの観点によれば、例えば本明細書に開示される方法を用いる、前立腺ガン及び前立腺ガンの種々の局面を検出するに有用なキット(アッセイ)が提供される。
1つの実施形態では、キットは、AOX1(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)、GAS6(配列番号3)、HAPLN3(配列番号4)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6)からなる群より選択される少なくとも1つの遺伝子、又は配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5及び配列番号6からなる群より選択されるヌクレオチド配列若しくはその一部と少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列のメチル化レベル及び/又はメチル化出現率を測定する手段を含んでなる。
1つの実施形態では、本発明は、AOX1(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)、GAS6(配列番号3)、HAPLN3(配列番号4)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6)からなる群より選択される少なくとも1つの遺伝子の領域を増幅する一対のプライマーを含む第1の容器を含んでなり、任意に、参照遺伝子の領域を増幅する一対のプライマーを含む第2の容器、試験遺伝子の領域及び参照遺伝子の領域にそれぞれ特異的な第1及び第2のオリゴヌクレオチドプローブを含む第3の容器を含んでなってもよい、キット、例えば、区画化された運搬体を提供する。
AOX1(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)、GAS6(配列番号3)、HAPLN3(配列番号4)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6)からなる群より選択される少なくとも1つの遺伝子の領域は、少なくとも1つの興味対象のCpG部位を含む。1つの好適な実施形態では、少なくとも1つのCpG部位は、「メチル化度及びメチル化出現率の測定」の節に記載された領域又は遺伝子配列に含まれる。
また、キットは、本明細書に開示された検出方法の増幅工程で使用する追加の反応試薬を含んでいてもよい。よって、キットは、デオキシリボヌクレオシド三リン酸、DNAポリメラーゼ酵素及び/又は核酸増幅緩衝液を更に含んでいてもよい。
キットは、好適な実施形態では、キットの検出方法を実行するため及び結果の解釈のための指示書を更に含んでいてもよい。キットには、CpG含有核酸のメチル化状態を検出し(ここで、CpG含有核酸は、メチル化CpG含有核酸中の少なくとも1つの非メチル化シトシンを改変する試薬を用いて改変される)、少なくとも1つのメチル化非依存性オリゴヌクレオチドプライマーによりCpG含有核酸を増幅する方法が含まれる。キットの方法を実行する指示書は、例えば少なくとも1つのメチル化非依存性プライマーに使用する特定のアニーリング温度の情報、及び例えばサイクルパラメータについての情報を含む。キットは、この方法で得られた結果を解釈するための指示書、例えば、高分解能融解分析又は本明細書の別の箇所で記載した方法で分析された増幅産物の解釈の仕方の指示書を更に含んでいてもよい。例えば、キットは、1つの実施形態では、メチル化レベルを提供する手段及び/又はメチル化レベルがカットオフ値を上回っているか又は下回っているかの決定に関する情報を提供する手段を含んでなる。しかし、このアッセイは、別の1つの実施形態では、転写及び/又は翻訳発現レベルを提供する手段、及び/又は発現レベルがカットオフ値を上回っているか又は下回っているかの決定に関する情報を提供する手段を含んでなる。
キットは、好適な実施形態では、プライマーアニーリング温度の算出のため及び結果の解釈のためのアルゴリズムを含むソフトウェアを更に含んでなってもよい。
本発明はまた、例えば体液サンプルにおける、前立腺の腺ガンの検出に有用なキットを提供する。キットは、メチル化核酸と非メチル化核酸とを識別できる少なくとも一対のプライマーであって、AOX1(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)、GAS6(配列番号3)、HAPLN3(配列番号4)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6)からなる群より選択される少なくとも1つの遺伝子の領域の増幅用であるプライマーを含む第1の容器と、とりわけ、キットが個体の体液サンプルにおける前立腺ガンの検出に有用であること、及び提供されるプライマーを用いて従来の又は非リアルタイムPCRで決定したときのAOX1(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)、GAS6(配列番号3)、HAPLN3(配列番号4)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6)からなる群より選択される少なくとも1つの遺伝子の領域のメチル化レベルが正常対象者の当該領域のメチル化レベルより高いことが患者における前立腺ガンを示すことを開示する挿入指示書とを含む。
例えば、キットは、1つの実施形態では、メチル化レベルを提供する手段及び/又はメチル化レベルがカットオフ値を上回っているか下回っているかの決定、すなわちそれぞれ前立腺ガンの存在又は不存在の決定に関する情報を提供する手段を含んでなる。
I') 配列番号1(AOX1)のヌクレオチド配列;又は
I'') 配列番号1に相補的なヌクレオチド配列;又は
I''') I'又はI''のいずれかと少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列;又は
I'''') I'、I''又はI'''のいずれか1つの少なくとも15の連続ヌクレオチドを含む、I'、I''又はI'''のいずれか1つのフラグメント;及び
II') 配列番号2(C1orf114)のヌクレオチド配列;又は
II'') 配列番号2に相補的なヌクレオチド配列;又は
II''') II'又はII''のいずれかと少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列;又は
II'''') I'、I''又はI'''のいずれか1つの少なくとも15の連続ヌクレオチドを含む、II'、II''又はII'''のいずれか1つのフラグメント;及び
III') 配列番号3(GAS6)のヌクレオチド配列;又は
III'') 配列番号3に相補的なヌクレオチド配列;又は
III''') III'又はIII'''のいずれかと少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列;又は
III'''') III'、III''又はIII'''のいずれか1つの少なくとも15の連続ヌクレオチドを含む、III'、III''又はIII'''のいずれか1つのフラグメント;及び
IV') 配列番号4(HAPLN3)のヌクレオチド配列;又は
IV'') 配列番号4に相補的なヌクレオチド配列;又は
IV''') IV'又はIV''のいずれかと少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列;又は
IV'''') IV'、IV''又はIV'''のいずれか1つの少なくとも15の連続ヌクレオチドを含む、IV'、IV''又はIV'''のいずれか1つのフラグメント;及び
V') ヌクレオチド配列 of 配列番号5(ST6GALNAC3(配列番号5));又は
V'') 配列番号5に相補的なヌクレオチド配列;又は
V''') V'又はV''のいずれかと少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列;又は
V'''') V'、V''又はV'''のいずれか1つの少なくとも15の連続ヌクレオチドを含む、V'、V''又はV'''のいずれか1つのフラグメント;及び
VI') 配列番号6(ZNF660)のヌクレオチド配列;又は
VI'') 配列番号6に相補的なヌクレオチド配列;又は
VI''') VI'又はVI''のいずれかと少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列;又は
VI'''') VI'、VI''又はVI'''のいずれか1つの少なくとも15の連続ヌクレオチドを含む、VI'、VI''又はVI'''のいずれか1つのフラグメント
から選択される2以上のバイオマーカーを含んでなる、使用に関する。
1つの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、個体における前立腺ガンの予後又は再発確率を決定するための診断製品の製造に使用するものである。
材料及び方法
細胞株
ヒト前立腺ガン(PC)細胞株LNCaP、DU145(American Type Culture Collectionから入手)及びBPH1(German Collection of Microorganisms and Cell Culturesから入手)を、10%ウシ胎仔血清及び100U/mlペニシリン及び100μg/mlストレプトマイシンを補充したL-グルタミン(Gibco, Invitrogen)含有RPMI 1640で培養した。細胞株の同一性はSTR分析(IdentiCell)により検証した。
患者
27K Infinium分析に使用したサンプル:9つの近接正常組織(ADJ-N)サンプル及び5つの臨床限局PC(放射線前立腺切除(RP))組織サンプルを、放射線前立腺摘除直後に採取した前立腺針生検の新鮮凍結tek包埋組織標本を注意深く20μm切片にすることで得た。転移PCからの原発腫瘍の4つのサンプルは、前立腺の経尿道摘除標本(TURP)から得た。生検及びTURPはオルフス大学病院(Aarhus University Hospital,デンマーク)の泌尿器科で行った。
重亜硫酸塩シーケンシング(BS)に使用したサンプル:5つのADJ-Nサンプル、10のRPサンプル及び10のMPCサンプルを上記のように得た。6つの良性前立腺過形成(BPH)サンプルをTURP標本から得た。
コホート2(検証):114のRPサンプルからなる放射線前立腺摘除コホート(表5の臨床病理学的データ)。放射線前立腺摘除は、1993年〜2002年にハインリッヒ・ハイネ大学泌尿器科(Heinrich Heine University,デュッセルドルフ,ドイツ)で、また1992年〜2003年にタンペレ大学病院泌尿器科(Tampere University Hospital,フィンランド)で行った。ドイツのサンプルについて、組織コレクション及び特徴決定はFlorlら(2004)(Florl, A.R.ら,Coordinate hypermethylation at specific genes in prostate carcinoma precedes LINE-1 hypomethylation. Br J Cancer, 2004. 91(5): p. 985-94)に記載されている。本発明者らは、元のドイツサンプルのうち、DNA及び完全なフォローアップがSchulz, W.A.ら(2007)(Schulz, W.A.ら,Factor interaction analysis for chromosome 8 and DNA methylation alterations highlights innate immune response suppression and cytoskeletal changes in prostate cancer. Mol Cancer, 2007. 6: p. 14)に記載されるとおりに入手可能であったサブセットを分析した。ドイツ及びフィンランドの両方のサンプルについて、熟練の病理学者がRPの直後に前立腺を切開し、腫瘍サンプルを素早く凍結した。H&E染色切片に基づいて、腫瘍含量>70%である新鮮凍結サンプルからDNAを抽出した。本発明者らは、当初117のサンプルを分析したが、DNA品質管理に際して3つのサンプルを最終コホートに採用しなかった。
Infinium分析及び重亜硫酸塩シーケンシング(BS)に使用したゲノムDNAは、組織サンプル及び細胞株から、Qiagen Gentra Puregene Blood KitをプロテイナーゼK処理(100U,55℃にて30分間)と共に使用して精製し、Qiagen EpiTect(登録商標)キットを用いて変換した。FFPEサンプルからのDNAを以前(Sorensen, K.D.ら,Prognostic significance of aberrantly silenced ANPEP expression in prostate cancer. Br J Cancer, 2013. 108: p. 420)に記載されたように精製した一方、qMSPに使用した細胞株DNAは、Macherey-Nagel Nucleospinキットを用いて精製し、Zymo社のEZ-96 DNA Methylation-GoldキットTMをマニュアルに記載されるとおりに用いて重亜硫酸塩変換した。
コホート2については、DNA抽出は、ドイツ及びフィンランドで、それぞれ血液及び細胞培養DNAキット(Qiagen)(Florl, A.R.ら,Coordinate hypermethylation at specific genes in prostate carcinoma precedes LINE-1 hypomethylation. Br J Cancer, 2004. 91(5): p. 985-94)及びAllPrep Mini DNA/RNA kit(Qiagen)を用いて行った。
Infiniumメチル化分析
合計1μgのDNAを重亜硫酸塩変換し、全ゲノム増幅させ、Illumina社のInfinium 27k Human DNA methylation Beadchip v1.2に適用した。これら分析は、AROS Applied Biotechnology A/S(オルフス、デンマーク)が行った。
重亜硫酸塩シーケンシングは、以前にAbildgaardら(2011)及びVestergaardら(2010)(Abildgaard, M.O.ら,Downregulation of zinc finger protein 132 in prostate cancer is associated with aberrant promoter hypermethylation and poor prognosis. Int J Cancer, 2011;Vestergaard, E.M.ら,Promoter hypomethylation and upregulation of trefoil factors in prostate cancer. Int J Cancer, 2010. 127(8): p. 1857-65)に記載されたとおりに行った。簡潔には:Methprimer(Li, L.C. and R. Dahiya, MethPrimer: designing primers for methylation PCRs. Bioinformatics, 2002. 18(11): p. 1427-31)を用いて設計したプライマー(追補表2)を使用して、重亜硫酸塩変換DNAを増幅した。ゲル精製PCR産物を、TOPO(登録商標) TA Cloning(登録商標) Kit for Sequencing(Invitrogen)を用いてクローニングした。幾つかの単一コロニーを採取し、PCR増幅し、配列決定した。全ての配列を各CpG部位のC/T状態について調べた。結果をQUMAで視覚化して分析した(Kumaki, Y., M. Oda, and M. Okano, QUMA: quantification tool for methylation analysis. Nucleic Acids Res, 2008. 36(Web Server issue): p. W170-5)。重亜硫酸塩変換率<95%の配列を更なる分析から排除した。各サンプル中の各遺伝子について、全体のメチル化頻度(メチル化CpG部位/全CpG部位)及び最もメチル化された配列のメチル化頻度を算出した。
qMSPアッセイ(追補表2)は、NetPrimer and Beacon DesignerTM(Premier Biosoft)、Primer3(Rozen, S., Skaletsky, H.J. , Primer3. Code available at http://www-genome.wi.mit.edu/genome_software/other/primer3.html)及びPrimerquestSM(Integrated DNA Technologies)を用いて設計し、Taqman Universal Mastermix NO UNGを用いる重亜硫酸塩変換CpGenome Universal Methylated and Unmethylated DNA(Millipore)について最適化した。MYOD1(参照遺伝子)プライマーセットは(Jeronimo, C.ら,Quantitation of GSTP1 methylation in non-neoplastic prostatic tissue and organ-confined prostate adenocarcinoma. J Natl Cancer Inst, 2001. 93(22): p. 1747-52)からのものであった。
反応あたり5ngの重亜硫酸塩変換DNAを用いて、患者DNAは三連で分析し、細胞株DNAは二連で3回分析した。DNA及びマスターミックスは、Biomek 3000ロボット(Beckman Coulter)を使用してピペット採取し、384ウェルプレート中Applied Biosystem社の7900HTリアルタイムサーモサイクラーで反応させた。反応条件を追補表2に示す。重亜硫酸塩変換及び未変換のメチル化及び非メチル化DNA並びに標準曲線用のメチル化DNAを各プレートに含ませた。2/3 MYOD1 Ct値が36を超えた場合、サンプルを更なる分析から排除した。他のCt値より2Ctを超えて低い/高い外れ値を分析前に除外した。2以上の反応が失敗した場合、サンプルを、メチル化について陰性とみなした。
50%コンフルーエンスを超えたBPH1、PNT1A、LNCaP、22rv1、PC3及びDU145細胞株を、50%酢酸(Sigma, cat. no.: A3656)中1μMの新たに調製した5-アザ-2'-デオキシシチジン(5-アザ-dC)で2日間処理した。5日間の回復期後、DNAを上記のように精製した。RNAは、Qiagen社のRNeasy Miniキットを用いて精製し、−80℃で保存した。1μgのRNAを、100pmolのオリゴ-dT(24)プライマー及びSuperScript II Reverse Transcriptaseキット(Invitrogen)を用いて逆転写した。Taqman(登録商標)遺伝子発現アッセイ:AOX1(Hs01565232_m1)、C1orf114(Hs00982321_g1)、GAS6(Hs01090305_m1)及びHAPLN3(Hs00820260_m1)を、Taqman Mastermix no UNGと共に使用した。UBCは規格化に使用した(プライマー:5'-GATTTGGGTCGCGGTTCTT-3'及び5'-TGCCTTGACATTCTCGATGGT-3'をPower Sybr Green Mastermixと共に使用)。アッセイは、10μLの反応物で三連にて2回行った。反応物を混合し、qMSPアッセイについて記載したように反応させた。
ChIPは、MAGnifyTM Chromatin Immunoprecipitation System(Invitrogen)を製造業者が記載するとおりに用いて行った。3×106細胞を播種し、2日後に1%ホルムアルデヒド(Calbiochem)を含むフラスコ又はディッシュで直接架橋して採集し、−80℃で保存した。クロマチンを100〜500bpフラグメントに剪断するため、細胞サンプルをmicroTUBE(Covaris(登録商標))に移し、Covaris(登録商標) S2システムでフラグメント化した(設定:デューティサイクル:20%;サイクル/バースト:200;強度:5;時間:300秒;温度(水浴):4℃;パワーモード:周波数掃引;脱気モード:連続)。2μlを抜き取り、プロテイナーゼK処理して、2%アガロースゲル上で泳動して(5μlの1:10希釈物)、フラグメントサイズを検証した。剪断クロマチンを−80℃フリーザーにアリコートとして保存した。免疫沈降は、細胞株あたり3種類の抗体を用いて独立して3回行った:キットに含まれる1μlの非特異ウサギIgG抗体、1μ1のH3K4me3特異的抗体(Ab8580, Abcam)、5μlのH3K27me3特異的抗体(M07-449, Millipore)。抗体結合ビーズとクロマチン抽出物とのインキュベーションを4℃で行った。精製DNAを−20℃で保存した。候補遺伝子でのヒストントリメチル化定量用プライマー(表15)、GAPDH及びCOL2A1(それぞれH3K4me3及びH3K27me3についての陽性コントロール)は、Primer3(Rozen, S., Skaletsky, H.J. , Primer3. Code available at http://www-genome.wi.mit.edu/genome_software/other/primer3.html)を用いて設計した。反応物をピペット採取し、qMSPアッセイついて記載したように反応させた。各反応物は、2μlの免疫沈降DNA又は投入DNA(免疫沈降サンプルと比較して10×希釈物)について三連で反応させた。3つのChIP実験とは独立のDU145細胞株DNAに基づくテンプレートなしコントロール及び標準曲線を各プレートに含ませた。非特異ウサギIgG抗体で免疫沈降したサンプル(これらについては全てを含ませた)を除き、他のCt値より1Ctを超えて低い/高い外れ値を分析前に除外した。特異抗体が結合した投入DNAの割合を各ChIP実験について算出した:(免疫沈降サンプル中の平均DNA量)/(投入サンプル中の平均DNA量)×100%。非特異ウサギIgG抗体で免疫沈降した投入DNAの割合は、≦0.16%であった。
特に言及しない限り、全ての統計分析はStata version 10.1で行った。
27K Infiniumデータの分析:CpG部位を含むクラスター分析(分散>0.03)は、IlluminaのソフトウェアGenomeStudio(登録商標)で相関アルゴリズムを用いて行った。ADJ-N及びPCサンプル間のメチル化の差の統計学的有意性は、Rを用いるマン-ホイットニーのU検定(http://www.r-project.org/)により検定した。Δβ=|平均β PCサンプル−平均β ADJ-Nサンプル|。Xβ=平均β PCサンプル/平均β ADJ-Nサンプル。有意性、Δβ及びXβの算出の前に、各群の最大及び最小のβ値を、以前に記載されたように除外した(Oster, B.ら,Identification and validation of highly frequent CpG island hypermethylation in colorectal adenomas and carcinomas. Int J Cancer, 2011)。
受信者動作特性(ROC)分析は、ADJ-N及びBPHサンプル 対 RPサンプルについて行った。生存分析は、PSA再発を終点として用いて行った。コホート1では、RPサンプルを、外科処置の48ヶ月以内の再発/再発なしデータのROC分析に基づいて、各マーカーについて高メチル化及び低メチル化群に分けた;個々のマーカー並びに全ての利用可能な臨床病理学的パラメータ(術前PSA、グリーソンスコア合計、T-ステージ及び自由切除断端(free resection margin))を単変量又は多変量コックス回帰分析で分析した。(本明細書に記載したような)マーカー組合せは単変量又は多変量コックス回帰分析で検定した。全ての分析について、危険率(HR)を95%信頼区間及びP値と共に示す。臨床病理学的変量と組み合わせたときの候補のメチル化バイオマーカーの予後予測強度を評価するため、本発明者らは、多変量モデルに含まれる変量の加重和を算出した。各変量を、比例ハザードモデルにおける推定回帰係数により加重した。単一変量及び加重和についての曲線下面積(AUC)を、36ヶ月のフォローアップ時での再発/非再発状態を用いて算出した。カプラン-マイヤープロットについては、ログランク検定のP値を示した。適切な場合には、多重検定の補正をHochbergに従って行った(Hochberg, Y. A sharper bonferroni procedure for multiple tests of significance. Biometrika, 1988. 75: p. 800)。
単一CpG部位メチル化レベルのInfiniumスクリーニング
Illumina社のInfinium 27Kメチル化アッセイを用いて、27,578のCpG部位を、9つの近接正常サンプル(ADJ-N)、5つの臨床限局PCサンプル(RP)及び転移を有する患者の4つの原発PCサンプル(MPC)に由来するDNAにおけるメチル化についてアッセイした。加えて、3つの前立腺細胞株BPH-1、LNCaP及びDU145を分析した。各CpG部位に0(非メチル化)〜1(完全メチル化)の範囲のβ値を割り当てた。患者サンプル間で最も変動してメチル化したCpG部位に基づく教師なしクラスター分析(分散>0.03,932のCpG部位)により、非悪性サンプルとPCサンプルとが明確に分離された(図1A)。よって、全てのADJ-Nサンプルを一緒にクラスター化した。2つのRPサンプルはADJ-Nサンプルに似通っていたが、残るRPサンプル及びMPCサンプルは別のクラスターを形成した。RPサンプル及びMPCサンプルの混同は、全体のガン特異的メチル化パターンがガン発症の初期に確立されることを示唆した。
2,991遺伝子をカバーする合計3,666のCpG部位は、PCサンプルとADJ-Nサンプルとの間で有意に異なってメチル化された(P<0.01,マン-ホイットニーのU検定)。これらのうち、345遺伝子をカバーする413のCpG部位が0.3を超えるΔβを示した(表2)。345遺伝子の大多数がPCで高メチル化されており(300/345,87%)、そのCpG部位のほとんどがCpGアイランド内であり(270/300,90%)、低メチル化遺伝子のCpG部位は、優勢にはCpGアイランドの外側に位置していた(図3)。
本発明者らは、PCの新規なDNAメチル化マーカーとして6つのガン特異的高メチル化遺伝子を同定した:すなわち、AOX1、C1orf114、GAS6、HAPLN3、ST6GALNAC3及びZNF660(表2,図1B)。候補遺伝子の選択は、i)ADJ-Nサンプル群及びPCサンプル群間のメチル化レベルの差(Δβ)、ii)ADJ-Nサンプル群及びPCサンプル群間でのメチル化レベルの倍数変化(Xβ)、及び可能なときにはiii)ガン関連高メチル化を示す1より多いCpG部位の存在に基づいた。本発明者らは、好ましいときは、以前にはPCに関連して調べられたことがない遺伝子を含めた。
この6つの候補遺伝子のβ値の正確性は、Infinium分析に含ませた3つの細胞株のDNAの重亜硫酸塩シーケンシング(BS)により確証した(図4及び図5)。患者サンプルにおいて観察したガン特異的高メチル化を、31の独立の非悪性サンプル及びPCサンプルでBSにより更に確証した(図1B、表3及び図6)。6つ全ての遺伝子について、メチル化頻度は、PCサンプルで非悪性サンプルより有意に高かった。このことによりInfinium分析結果が確証された。ADJ-Nサンプル及びBPHサンプルは有意に異なっておらず、RPサンプル及びMPCサンプルも有意に異なっていなかった(図1B)。PCサンプルは、しばしば、ほとんどのCpG部位がメチル化された個別の高度メチル化配列を含んでいた一方、非悪性サンプルは、メチル化CpG部位のストレッチを有する配列を稀にしか含んでいなかった(図1B及び図6)。ST6GALNAC3及びZNF660は、非悪性サンプルにおいて、高度メチル化配列を含んでいた(図1B)。
4つの候補AOX1、C1orf114、GAS6及びHAPLN3を更に調べた。メチル化レベルの大規模評価のために、本発明者らは、各遺伝子のメチル化対立遺伝子を標的するqMSPアッセイを設計した(図4及び図5)。qMSPアッセイは、細胞株BPH-1、LNCaP及びDU145において、完全メチル化DNAと不均一メチル化DNA及び非メチル化DNAとを明確に弁別した(図5)。
候補遺伝子の後成的特徴決定
公に入手可能な臨床遺伝子発現データセット(Oncomine.org)によれば、AOX1及びGAS6は複数の研究において、C1orf114は1つの研究において、PCでダウンレギュレートされた(表4)。このことは、これら遺伝子が患者サンプルにおいてガン特異的DNA高メチル化によって代表される一方、HAPLN3は代表されないことを示唆する。
遺伝子発現は、ヒストン修飾及びDNAメチル化の相互作用により調節される。候補遺伝子の調節をより詳細に調べるため、本発明者らは、DNAメチル化及びRNA発現並びにヒストンH3リジン4トリメチル化(H3K4me3)及びヒストンH3リジン27トリメチル化(H3K27me3)(これらはそれぞれ活発な及び沈黙した遺伝子発現に関連付けられている)について、6つの前立腺細胞株を分析した。
BPH-1及びPNT1A細胞株は共に良性組織に由来する一方、PC3、DU145、LNCaP及び22rv1細胞株は全てPCに由来する。4つのうち3つの候補遺伝子がBPH-1、PNT1A又はその両方で発現し、発現したときには高頻度にH3K4me3/H3K27me3で二価マークされる(例えばC1orf114、図1C及び追補図5)。AOX1は全ての細胞株において高メチル化された(図10)。PC細胞株では、RNA発現及び後成的マークが検証された。各遺伝子は、少なくとも1つのPC細胞株において、DNA高メチル化、遺伝子抑制及びH3K4me3の不在で特徴付けられた(図10)。このことは後成的サイレンシング機序と一致した。更に、H3K27me3マークは、しばしば、DNAメチル化及び遺伝子抑制を伴った(例えばC1orf114 図1C及び図10)。
興味深いことに、DNA脱メチル化剤5-アザ-dCは、一般に、メチル化が減少したとき、DNA高メチル化遺伝子からのRNA発現を刺激したが、5-アザ-dC処理がDNAメチル化レベルに影響しなかったときには刺激しなかった(例えばC1orf114 図1C及びGAS6 図10)。このことは、DNA高メチル化が遺伝子抑制に重要であることを示唆する。
よって、蓄積データにより、候補遺伝子が、ガンにおいて、H3K27me3でマークされた遺伝子の遺伝子特異的DNA高メチル化の確立されたパターンに結びついていること及びDNA高メチル化は、おそらく、細胞株では全ての候補遺伝子の発現レベルの減少を、患者サンプルでは4つの遺伝子の発現レベルの減少を生じることが示唆される。
候補遺伝子のメチル化レベルを2つの独立の放射線前立腺摘除コホートでqMSPにより評価した。最初に、可能性のあるマーカーのメチル化を、293のRPサンプル並びに18のADJ-Nサンプル、15のBPHサンプル、11の前立腺上皮内新形成(PIN)サンプル、28の去勢難治性PC(CRPC)サンプル及び17のMPCサンプルからなるコホート1で調べた。コホート1の臨床病理学的データを表5及び表6にまとめる。
4つ全ての候補のメチル化レベルは、ADJ-N、BPH及びPINサンプルで、臨床限局ガン(RP)サンプルより有意に低かった(マン-ホイットニーのU検定,P<0.05)(図7)。RP、MPC及びCRPCのメチル化レベルは、概して、高度に類似していたが、C1orf114のメチル化レベルは、MPCで、RPでのメチル化レベルを超えていた(図7)。
候補の高メチル化マーカーのガン特異性を評価するため、本発明者らは、プールした良性サンプル(ADJ-N及びBPH)をRPサンプルと比較した。RPサンプルは、良性サンプルより有意に高メチル化していた(図2,マン-ホイットニーのU検定:各遺伝子につきP<0.0001)。ROC分析において、良性サンプル及びRPサンプルに基づく曲線下面積(AUC)は、0.89(C1orf114)〜0.98(GAS6)の範囲であった(図2A-G)。全てのマーカーについて特異性を97%に最適化することで、71%(AOX1及びHAPLN3)〜93%(GAS6)の感度が得られた(表4)。これにより、これらマーカーの非常に高いガン特異性が証明され、有望な診断能力が示される。
本発明者らは、コホート1の293のRPサンプルにおいて、メチル化、臨床病理学的変量及び無再発生存の関係を調べた。検証のため、本発明者らは、ドイツ及びフィンランドのサンプルから構成される独立の放射線前立腺摘除コホート(新鮮凍結PCサンプルから精製した114のDNAサンプルを含む)を使用した(コホート2、表5)。
いずれのマーカーも、年齢はと有意に関係付けられなかったが、幾つかのマーカーについては、高メチル化は、一方又は両方のコホートにおいて、高いグリーソンスコア、高いT-ステージ及び/又は高い術前PSAレベルと正の相関が得られた(表7、図11)。
PSA再発までの期間の単変量コックス回帰分析で遺伝子メチル化を連続変量として用いると、AOX1、C1orf114、HAPLN3及びKLF8は、コホート1(練習コホート)で有意であった(P<0.05);C1orf114及びKLF8は多重検定についての調整後も有意なままであった(表8)。C1orf114はまた、全ての臨床病理学的パラメータを含む多変量分析で有意であった(表9)。多変量分析におけるC1orf114の予後予測値は、コホート2で検証に成功した(表9)。よって、C1orf114は、2つのコホートにおいて、RP後のPSA再発の独立の有意な予測指標であった。注目すべきことには、単変量分析におけるKLF8の予後予測値もまたコホート2で検証された(表10)。多変量分析において有意ではなかったリンパ節状態を除く全ての臨床病理学的変量の加重和のAUCは、C1orf114の追加により、コホート1では0.824から0.845に増加し、コホート2では0.863から0.875に増加した。このことは、モデル性能が向上したことを示唆する(表9)。切除断端状態(コホート2において単変量分析で有意ではなかった)を排除すると、両方のコホートで類似する結果が得られた。
臨床に適用したとき、バイオマーカーは、しばしば、二分され(例えばPSA及びPCA3)、検査結果の一義的解釈を容易にする。訓練用にコホート1を用いて、本発明者らは、再発状態のROC分析に基づいて、AOX1、C1orf114、HAPLN3及びKLF8を高メチル化群/低メチル化群に二分した。4つ全ての二分マーカーが単変量コックス回帰分析及びログランク検定において有意であった一方、C1orf114のみが多変量分析において有意なままであった(図3A,表11)。本発明者らは、検証用にコホート2を使用し、コホート1で規定したカットオフ(割合)に基づいて患者を二分した。C1orf114(二分)はコホート2において単変量及び多変量分析で有意であった。単一遺伝子分析では、他の3つのマーカーのいずれも、コホート2において、二分変量として有意ではなかった(図3B,表12)。
メチル化マーカーを診断使用(表16)及び予後予測使用(表17)の両方のために多遺伝子パネルに組み合わせ得る。PCは(後成)遺伝的に不均一な疾患であり、おそらくマーカー組合せが単一マーカーより良好に機能する(Prensnerら:Beyond PSA: The next generation of prostate cance biomarkers. 2012. 4(127): 127rv3)。更に、マーカーパネルの使用は、マーカーが二分されるときの統計学的検出力の喪失を軽減し得る(例えば実施例3を参照)。
Claims (64)
- a) 個体から得たサンプルを準備する工程;
b) a)のサンプルにおいて、ヌクレオチド配列のパネルの
− メチル化レベル、及び/又は
− 転写発現レベル、及び/又は
− 翻訳発現レベル
を測定する工程であって、該パネルが
I') 配列番号3(GAS6)のヌクレオチド配列;又は
I'') 配列番号3に相補的なヌクレオチド配列;又は
I''') I'又はI''のいずれかと少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列;又は
I'''') I'、I''又はI'''のいずれか1つの少なくとも15の連続ヌクレオチドを含む、I'、I''又はI'''のいずれか1つのフラグメント;及び
II') 配列番号4(HAPLN3)のヌクレオチド配列;又は
II'') 配列番号4に相補的なヌクレオチド配列;又は
II''') II'又はII''のいずれかと少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列;又は
II'''') I'、I''又はI'''のいずれか1つの少なくとも15の連続ヌクレオチドを含む、II'、II''又はII'''のいずれか1つのフラグメント;及び
III') 配列番号1(AOX1)のヌクレオチド配列;又は
III'') 配列番号1に相補的なヌクレオチド配列;又は
III''') III'又はIII'''のいずれかと少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列;又は
III'''') III'、III''又はIII'''のいずれか1つの少なくとも15の連続ヌクレオチドを含む、III'、III''又はIII'''のいずれか1つのフラグメント;及び
IV') 配列番号2(C1orf114)のヌクレオチド配列;又は
IV'') 配列番号2に相補的なヌクレオチド配列;又は
IV''') IV'又はIV''のいずれかと少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列;又は
IV'''') IV'、IV''又はIV'''のいずれか1つの少なくとも15の連続ヌクレオチドを含む、IV'、IV''又はIV'''のいずれか1つのフラグメント;及び
V') 配列番号5(ST6GALNAC3)のヌクレオチド配列;又は
V'') 配列番号5に相補的なヌクレオチド配列;又は
V''') V'又はV''のいずれかと少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列;又は
V'''') V'、V''又はV'''のいずれか1つの少なくとも15の連続ヌクレオチドを含む、V'、V''又はV'''のいずれか1つのフラグメント;及び
VI') 配列番号6(ZNF660)のヌクレオチド配列;又は
VI'') 配列番号6に相補的なヌクレオチド配列;又は
VI''') VI'又はVI''のいずれかと少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列;又は
VI'''') VI'、VI''又はVI'''のいずれか1つの少なくとも15の連続ヌクレオチドを含む、VI'、VI''又はVI'''のいずれか1つのフラグメント
を含んでなる、工程;
c) b)のサンプリングしたヌクレオチド配列のメチル化レベル、転写レベル及び/又は翻訳発現レベルを、コントロールサンプルの対応するヌクレオチド配列の対応するメチル化レベル、転写レベル及び/又は翻訳発現レベルと比較する工程
を含んでなり、コントロールサンプルのメチル化レベルより有意に高いメチル化レベル並びに/又はコントロールサンプルの転写レベルより有意に低い転写及び/若しくは翻訳発現レベルが、該個体が前立腺ガンを有しているか又は発症するリスクにあることを示す、個体が前立腺ガンを有しているか又は発症するリスクにあるかを決定する方法。 - a) 個体から得たサンプルを準備する工程;
b) a)のサンプルにおいて、少なくとも2つのヌクレオチド配列を含んでなるパネルの
− メチル化レベル、及び/又は
− 転写発現レベル、及び/又は
− 翻訳発現レベル
を測定する工程であって、該パネルが
i) C1orf114(配列番号2)及びGAS6(配列番号3);
ii) GAS6(配列番号3)及びHAPLN3(配列番号4);
iii) C1orf114(配列番号2)、GAS6(配列番号3)及びHAPLN3(配列番号4);
iv) AOX1(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)、GAS6(配列番号3)及びHAPLN3(配列番号4);
v) AOX1(配列番号1)、GAS6(配列番号3)及びHAPLN3(配列番号4);
vi) AOX1(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)及びGAS6(配列番号3);
vii) AOX1(配列番号1)及びGAS6(配列番号3);
viii) C1orf114(配列番号2)及びHAPLN3(配列番号4);
ix) AOX1(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)及びHAPLN3(配列番号4);
x) AOX1(配列番号1)及びHAPLN3(配列番号4);
xi) AOX1(配列番号1)及びC1orf114(配列番号2);
xii) AOX1(配列番号1)及びST6GALNAC3(配列番号5);
xiii) AOX1(配列番号1)及びZNF660(配列番号6);
xiv) C1orf114(配列番号2)及びST6GALNAC3(配列番号5);
xv) C1orf114(配列番号2)及びZNF660(配列番号6);
xvi) GAS6(配列番号3)及びST6GALNAC3(配列番号5);
xvii) GAS6(配列番号3)及びZNF660(配列番号6);
xviii) HAPLN3(配列番号4)及びST6GALNAC3(配列番号5);
xix) HAPLN3(配列番号4)及びZNF660(配列番号6);
xx) ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6);
xxi) AOX1(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)及びST6GALNAC3(配列番号5);
xxii) AOX1(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)及びZNF660(配列番号6);
xxiii) AOX1(配列番号1)、GAS6(配列番号3)及びST6GALNAC3(配列番号5);
xxiv) AOX1(配列番号1)、GAS6(配列番号3)及びZNF660(配列番号6);
xxv) AOX1(配列番号1)、HAPLN3(配列番号4)及びST6GALNAC3(配列番号5);
xxvi) AOX1(配列番号1)、HAPLN3(配列番号4)及びZNF660(配列番号6);
xxvii) AOX1(配列番号1)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6);
xxviii) C1orf114(配列番号2)、GAS6(配列番号3)及びST6GALNAC3(配列番号5);
xxix) C1orf114(配列番号2)、GAS6(配列番号3)及びZNF660(配列番号6);
xxx) C1orf114(配列番号2)、HAPLN3(配列番号4)及びST6GALNAC3(配列番号5);
xxxi) C1orf114(配列番号2)、HAPLN3(配列番号4)及びZNF660(配列番号6);
xxxii) C1orf114(配列番号2)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6);
xxxiii) GAS6(配列番号3)、HAPLN3(配列番号4)及びST6GALNAC3(配列番号5);
xxxiv) GAS6(配列番号3)、HAPLN3(配列番号4)及びZNF660(配列番号6);
xxxv) GAS6(配列番号3)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6);
xxxvi) HAPLN3(配列番号4)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6);
xxxvii) AOX1(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)及びGAS6(配列番号3)及びST6GALNAC3(配列番号5);
xxxviii) AOX1(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)、GAS6(配列番号3)及びZNF660(配列番号6);
xxxix) AOX1(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)、HAPLN3(配列番号4);
xl) AOX1(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)、HAPLN3(配列番号4)及びST6GALNAC3(配列番号5);
xli) AOX1(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6);
xlii) AOX1(配列番号1)、GAS6(配列番号3)、HAPLN3(配列番号4)及びST6GALNAC3(配列番号5);
xliii) AOX1(配列番号1)、GAS6(配列番号3)及びHAPLN3(配列番号4);
xliv) AOX1(配列番号1)、GAS6(配列番号3)及びST6GALNAC3(配列番号5);
xlv) AOX1(配列番号1)、HAPLN3(配列番号4)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6);
xlvi) C1orf114(配列番号2)、GAS6(配列番号3)、HAPLN3(配列番号4)及びST6GALNAC3(配列番号5);
xlvii) C1orf114(配列番号2)、GAS6(配列番号3)、HAPLN3(配列番号4)及びZNF660(配列番号6);
xlviii) C1orf114(配列番号2)、GAS6(配列番号3)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6);
xlix) C1orf114(配列番号2)、HAPLN3(配列番号4)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6);
l) GAS6(配列番号3)、HAPLN3(配列番号4)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6);
li) AOX1(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)、GAS6(配列番号3)、HAPLN3(配列番号4)及びST6GALNAC3(配列番号5);
lii) AOX1(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)、GAS6(配列番号3)、HAPLN3(配列番号4)及びZNF660(配列番号6);
liii) AOX1(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)、GAS6(配列番号3)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6);
liv) AOX1(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)、HAPLN3(配列番号4)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6);
lv) AOX1(配列番号1)、GAS6(配列番号3)、HAPLN3(配列番号4)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6);
lvi) C1orf114(配列番号2)、GAS6(配列番号3)、HAPLN3(配列番号4)
lvii) ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6);
AOX1(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)、GAS6(配列番号3)、HAPLN3(配列番号4)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6)
からなる群より選択され、前記パネルi)〜lvii)の配列番号1、2、3、4、5又は6のいずれか1つは、個々に、
b') 前記パネルi)〜lvii)の配列番号1、2、3、4、5又は6のいずれか1つに相補的なヌクレオチド配列;又は
b'') 前記パネルi)〜lvii)の配列番号1、2、3、4、5若しくは6のいずれか1つ又はb')の相補的ヌクレオチド配列と少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列;又は
b''') 前記パネルi)〜lvii)の配列番号1、2、3、4、5若しくは6のいずれか1つ又はb')のヌクレオチド配列又はb'')のヌクレオチド配列の少なくとも15の連続ヌクレオチドを含んでなるフラグメント
で置換されていてもよい、工程;
c) b)のサンプリングしたヌクレオチド配列のメチル化レベル、転写レベル及び/又は翻訳発現レベルを、コントロールサンプルの対応するヌクレオチド配列の対応するメチル化レベル、転写レベル及び/又は翻訳発現レベルと比較する工程
を含んでなり、コントロールサンプルのメチル化レベルより有意に高いメチル化レベル並びに/又はコントロールサンプルの転写レベルより有意に低い転写及び/若しくは翻訳発現レベルが、該個体が前立腺ガンを有しているか又は発症するリスクにあることを示す、個体が前立腺ガンを有しているか又は発症するリスクにあるかを決定する方法。 - a) 個体から得たサンプルを準備する工程;
b) a)のサンプルにおいて、
I') 配列番号5(ST6GALNAC3)のヌクレオチド配列;又は
I'') 配列番号5に相補的なヌクレオチド配列;又は
I''') I'又はI''のいずれかと少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列;又は
I'''') I'、I''又はI'''のいずれか1つの少なくとも15の連続ヌクレオチドを含む、I'、I''又はI'''のいずれか1つのフラグメント;及び
II') 配列番号6(ZNF660)のヌクレオチド配列;又は
II'') 配列番号6に相補的なヌクレオチド配列;又は
II''') II'又はII''のいずれかと少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列;又は
II'''') II'、II''又はII'''のいずれか1つの少なくとも15の連続ヌクレオチドを含む、II'、II''又はII'''のいずれか1つのフラグメント;
からなる群より選択される1以上のヌクレオチド配列の
− メチル化レベル、及び/又は
− 転写発現レベル、及び/又は
− 翻訳発現レベル
を測定する工程;
c) b)のサンプリングしたヌクレオチド配列のメチル化レベル、転写レベル及び/又は翻訳発現レベルを、コントロールサンプルの対応するヌクレオチド配列の対応するメチル化レベル、転写レベル及び/又は翻訳発現レベルと比較する工程
を含んでなり、コントロールサンプルのメチル化レベルより有意に高いメチル化レベル並びに/又はコントロールサンプルの転写レベルより有意に低い転写及び/若しくは翻訳発現レベルが、該個体が前立腺ガンを有しているか又は発症するリスクにあることを示す、個体が前立腺ガンを有しているか又は発症するリスクにあるかを決定する方法。 - a) 個体のガン組織から得たサンプルを準備する工程;
b) a)のサンプルにおいて、1以上のバイオマーカーの
− メチル化レベル、及び/又は
− 転写発現レベル、及び/又は
− 翻訳発現レベル
を測定する工程であって、該バイオマーカーが以下:
I') 配列番号3(GAS6)のヌクレオチド配列;又は
I'') 配列番号3に相補的なヌクレオチド配列;又は
I''') I'又はI''のいずれかと少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列;又は
I'''') I'、I''又はI'''のいずれか1つの少なくとも15の連続ヌクレオチドを含む、I'、I''又はI'''のいずれか1つのフラグメント;及び
II') 配列番号4(HAPLN3)のヌクレオチド配列;又は
II'') 配列番号4に相補的なヌクレオチド配列;又は
II''') II'又はII''のいずれかと少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列;又は
II'''') I'、I''又はI'''のいずれか1つの少なくとも15の連続ヌクレオチドを含む、II'、II''又はII'''のいずれか1つのフラグメント;及び
III') 配列番号1(AOX1)のヌクレオチド配列;又は
III'') 配列番号1に相補的なヌクレオチド配列;又は
III''') III'又はIII'''のいずれかと少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列;又は
III'''') III'、III''又はIII'''のいずれか1つの少なくとも15の連続ヌクレオチドを含む、III'、III''又はIII'''のいずれか1つのフラグメント;及び
IV') 配列番号2(C1orf114)のヌクレオチド配列;又は
IV'') 配列番号2に相補的なヌクレオチド配列;又は
IV''') IV'又はIV''のいずれかと少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列;又は
IV'''') IV'、IV''又はIV'''のいずれか1つの少なくとも15の連続ヌクレオチドを含む、IV'、IV''又はIV'''のいずれか1つのフラグメント;及び
V') 配列番号5(ST6GALNAC3)のヌクレオチド配列;又は
V'') 配列番号5に相補的なヌクレオチド配列;又は
V''') V'又はV''のいずれかと少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列;又は
V'''') V'、V''又はV'''のいずれか1つの少なくとも15の連続ヌクレオチドを含む、V'、V''又はV'''のいずれか1つのフラグメント;及び
VI') 配列番号6(ZNF660)のヌクレオチド配列;又は
VI'') 配列番号6に相補的なヌクレオチド配列;又は
VI''') VI'又はVI''のいずれかと少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列;又は
VI'''') VI'、VI''又はVI'''のいずれか1つの少なくとも15の連続ヌクレオチドを含む、VI'、VI''又はVI'''のいずれか1つのフラグメント;
からなる群より選択されるヌクレオチド配列である、工程;
c) b)のサンプリングしたヌクレオチド配列のメチル化レベル、転写レベル及び/又は翻訳発現レベルに基づいてバイオマーカースコアを取得する工程
を含んでなり、該バイオマーカースコアが患者がアジュバント療法を必要としているかどうかを示す、アジュバント療法を必要としている前立腺ガン患者を同定する方法。 - a) 個体のガン組織から得たサンプルを準備する工程;
b) a)のサンプルにおいて、1以上のバイオマーカーの
− メチル化レベル、及び/又は
− 転写発現レベル、及び/又は
− 翻訳発現レベル
を測定する工程であって、該バイオマーカーが以下:
I') 配列番号2(C1orf114)のヌクレオチド配列;又は
I'') 配列番号2に相補的なヌクレオチド配列;又は
I''') I'又はI''のいずれかと少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列;又は
I'''') I'、I''又はI'''のいずれか1つの少なくとも15の連続ヌクレオチドを含む、I'、I''又はI'''のいずれか1つのフラグメント;及び
II') 配列番号4(HAPLN3)のヌクレオチド配列;又は
II'') 配列番号4に相補的なヌクレオチド配列;又は
II''') II'又はII''のいずれかと少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列;又は
II'''') I'、I''又はI'''のいずれか1つの少なくとも15の連続ヌクレオチドを含む、II'、II''又はII'''のいずれか1つのフラグメント;及び
III') 配列番号1(AOX1)のヌクレオチド配列;又は
III'') 配列番号1に相補的なヌクレオチド配列;又は
III''') III'又はIII'''のいずれかと少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列;又は
III'''') III'、III''又はIII'''のいずれか1つの少なくとも15の連続ヌクレオチドを含む、III'、III''又はIII'''のいずれか1つのフラグメント;及び
IV') 配列番号3(GAS6)のヌクレオチド配列;又は
IV'') 配列番号4に相補的なヌクレオチド配列;又は
IV''') IV'又はIV''のいずれかと少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列;又は
IV'''') IV'、IV''又はIV'''のいずれか1つの少なくとも15の連続ヌクレオチドを含む、IV'、IV''又はIV'''のいずれか1つのフラグメント;及び
V') 配列番号5(ST6GALNAC3)のヌクレオチド配列;又は
V'') 配列番号5に相補的なヌクレオチド配列;又は
V''') V'又はV''のいずれかと少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列;又は
V'''') V'、V''又はV'''のいずれか1つの少なくとも15の連続ヌクレオチドを含む、V'、V''又はV'''のいずれか1つのフラグメント;及び
VI') 配列番号6(ZNF660)のヌクレオチド配列;又は
VI'') 配列番号6に相補的なヌクレオチド配列;又は
VI''') VI'又はVI''のいずれかと少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列;又は
VI'''') VI'、VI''又はVI'''のいずれか1つの少なくとも15の連続ヌクレオチドを含む、VI'、VI''又はVI'''のいずれか1つのフラグメント
からなる群より選択されるヌクレオチド配列である、工程;
c) b)のサンプリングしたヌクレオチド配列のメチル化レベル、転写レベル及び/又は翻訳発現レベルに基づいてバイオマーカースコアを取得する工程
を含んでなり、該バイオマーカースコアが前立腺ガン患者の予後を示す、患者における前立腺ガンの疾患増悪を予後予測する方法。 - アジュバント療法が放射線療法、化学療法、免疫療法、ホルモン療法及びターゲット療法からなる群より選択される、請求項5に記載の方法。
- a) 個体のガン組織から得たサンプルを準備する工程;
b) a)のサンプルにおいて、1以上のヌクレオチド配列を含んでなるパネルの
− メチル化レベル、及び/又は
− 転写発現レベル、及び/又は
− 翻訳発現レベル
を測定する工程であって、パネルが以下:
i) C1orf114(配列番号2)及びHAPLN3(配列番号4);
ii) AOX(配列番号1)及びC1orf114(配列番号2);
iii) AOX(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)及びGAS6(配列番号3);
iv) C1orf114(配列番号2)、GAS6(配列番号3)及びHAPLN3(配列番号4);
v) C1orf114(配列番号2);
vi) AOX(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)及びHAPLN3(配列番号4);
vii) AOX(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)、GAS6(配列番号3)及びHAPLN3(配列番号4);
viii) C1orf114(配列番号2)及びGAS6(配列番号3);
ix) AOX(配列番号1)及びGAS6(配列番号3);
x) AOX(配列番号1);
xi) HAPLN3(配列番号4);
xii) AOX(配列番号1)及びHAPLN3(配列番号4);
xiii) AOX(配列番号1)、GAS6(配列番号3)及びHAPLN3(配列番号4);
xiv) GAS6(配列番号3)及びHAPLN3(配列番号4);
xv) GAS6(配列番号3);
xvi) ST6GALNAC3(配列番号5);
xvii) ZNF660(配列番号6);
xviii) AOX(配列番号1)及びST6GALNAC3(配列番号5);
xix) AOX(配列番号1)及びZNF660(配列番号6);
xx) C1orf114(配列番号2)及びST6GALNAC3(配列番号5);
xxi) C1orf114(配列番号2)及びZNF660(配列番号6);
xxii) GAS6(配列番号3)及びST6GALNAC3(配列番号5);
xxiii) GAS6(配列番号3)及びZNF660(配列番号6);
xxiv) HAPLN3(配列番号4)及びST6GALNAC3(配列番号5);
xxv) HAPLN3(配列番号4)及びZNF660(配列番号6);
xxvi) ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6);
xxvii) AOX(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)及びST6GALNAC3(配列番号5);
xxviii) AOX(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)及びZNF660(配列番号6);
xxix) AOX(配列番号1)、GAS6(配列番号3)及びST6GALNAC3(配列番号5);
xxx) AOX(配列番号1)、GAS6(配列番号3)及びZNF660(配列番号6);
xxxi) AOX(配列番号1)、HAPLN3(配列番号4)及びST6GALNAC3(配列番号5);
xxxii) AOX(配列番号1)、HAPLN3(配列番号4)及びZNF660(配列番号6);
xxxiii) AOX(配列番号1)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6);
xxxiv) C1orf114(配列番号2)、GAS6(配列番号3)及びST6GALNAC3(配列番号5);
xxxv) C1orf114(配列番号2)、GAS6(配列番号3)及びZNF660(配列番号6);
xxxvi) C1orf114(配列番号2)、HAPLN3(配列番号4)及びST6GALNAC3(配列番号5);
xxxvii) C1orf114(配列番号2)、HAPLN3(配列番号4)及びZNF660(配列番号6);
xxxviii) C1orf114(配列番号2)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6);
xxxix) GAS6(配列番号3)、HAPLN3(配列番号4)及びST6GALNAC3(配列番号5);
xl) GAS6(配列番号3)、HAPLN3(配列番号4)及びZNF660(配列番号6);
xli) GAS6(配列番号3)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6);
xlii) HAPLN3(配列番号4)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6);
xliii) AOX(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)、GAS6(配列番号3)及びST6GALNAC3(配列番号5);
xliv) AOX(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)、GAS6(配列番号3)及びZNF660(配列番号6);
xlv) AOX(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)、HAPLN3(配列番号4)及びST6GALNAC3(配列番号5);
xlvi) AOX(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)、HAPLN3(配列番号4)及びZNF660(配列番号6);
xlvii) AOX(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6);
xlviii) AOX(配列番号1)、GAS6(配列番号3)、HAPLN3(配列番号4)及びST6GALNAC3(配列番号5);
xlix) AOX(配列番号1)、GAS6(配列番号3)、HAPLN3(配列番号4)及びZNF660(配列番号6);
l) AOX(配列番号1)、GAS6(配列番号3)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6);
li) AOX(配列番号1)、HAPLN3(配列番号4)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6);
lii) C1orf114(配列番号2)、GAS6(配列番号3)、HAPLN3(配列番号4)及びST6GALNAC3(配列番号5);
liii) C1orf114(配列番号2)、GAS6(配列番号3)、HAPLN3(配列番号4)及びZNF660(配列番号6);
liv) C1orf114(配列番号2)、GAS6(配列番号3)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6);
lv) C1orf114(配列番号2)、HAPLN3(配列番号4)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6);
lvi) GAS6(配列番号3)、HAPLN3(配列番号4)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6);
lvii) AOX(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)、GAS6(配列番号3)、HAPLN3(配列番号4)及びST6GALNAC3(配列番号5);
lviii) AOX(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)、GAS6(配列番号3)、HAPLN3(配列番号4)及びZNF660(配列番号6);
lix) AOX(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)、GAS6(配列番号3)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6);
lx) AOX(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)、HAPLN3(配列番号4)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6);
lxi) AOX(配列番号1)、GAS6(配列番号3)、HAPLN3(配列番号4)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6);
lxii) C1orf114(配列番号2)、GAS6(配列番号3)、HAPLN3(配列番号4)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6);
lxiii) AOX(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)、GAS6(配列番号3)、HAPLN3(配列番号4)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6)
からなる群より選択され、前記パネルi)〜lxiii)の配列番号1、2、3、4、5又は6のいずれか1つが、個々に、
b') 前記パネルi)〜lvii)の配列番号1、2、3、4、5又は6のいずれか1つに相補的なヌクレオチド配列;又は
b'') 前記パネルi)〜lvii)の配列番号1、2、3、4、5若しくは6のいずれか1つ又はb')の相補的ヌクレオチド配列と少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列;又は
b''') 前記パネルi)〜lvii)の配列番号1、2、3、4、5若しくは6のいずれか1つ又はb')のヌクレオチド配列又はb'')のヌクレオチド配列の少なくとも15の連続ヌクレオチドを含んでなるフラグメント
で置換されていてもよい、工程;及び
c) b)のサンプリングしたヌクレオチド配列のメチル化レベル、転写レベル及び/又は翻訳発現レベルに基づいてバイオマーカースコアを取得する工程
を含んでなり、該バイオマーカースコアが前立腺ガン患者の予後を示す、患者における前立腺ガンの疾患増悪を予後予測する方法。 - バイオマーカースコアがグリーソンスコア合計、前立腺特異抗原(PSA)量、MIC-I間質染色及び腫瘍-リンパ節-転移(TNM)分類からなる群より選択される、請求項6又は7に記載の方法。
- a) 患者から得たサンプルを準備する工程;
b) a)のサンプルにおいて、1以上のバイオマーカーの
− メチル化レベル、及び/又は
− 転写発現レベル、及び/又は
− 翻訳発現レベル
を測定する工程であって、該バイオマーカーが以下:
I') 配列番号2(C1orf114)のヌクレオチド配列;又は
I'') 配列番号2に相補的なヌクレオチド配列;又は
I''') I'又はI''のいずれかと少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列;又は
I'''') I'、I''又はI'''のいずれか1つの少なくとも15の連続ヌクレオチドを含む、I'、I''又はI'''のいずれか1つのフラグメント;及び
II') 配列番号4(HAPLN3)のヌクレオチド配列;又は
II'') 配列番号4に相補的なヌクレオチド配列;又は
II''') II'又はII''のいずれかと少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列;又は
II'''') I'、I''又はI'''のいずれか1つの少なくとも15の連続ヌクレオチドを含む、II'、II''又はII'''のいずれか1つのフラグメント;及び
III') 配列番号1(AOX1)のヌクレオチド配列;又は
III'') 配列番号1に相補的なヌクレオチド配列;又は
III''') III'又はIII'''のいずれかと少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列;又は
III'''') III'、III''又はIII'''のいずれか1つの少なくとも15の連続ヌクレオチドを含む、III'、III''又はIII'''のいずれか1つのフラグメント;及び
IV') 配列番号3(GAS6)のヌクレオチド配列;又は
IV'') 配列番号4に相補的なヌクレオチド配列;又は
IV''') IV'又はIV''のいずれかと少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列;又は
IV'''') IV'、IV''又はIV'''のいずれか1つの少なくとも15の連続ヌクレオチドを含む、IV'、IV''又はIV'''のいずれか1つのフラグメント;及び
V') 配列番号5(ST6GALNAC3)のヌクレオチド配列;又は
V'') 配列番号5に相補的なヌクレオチド配列;又は
V''') V'又はV''のいずれかと少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列;又は
V'''') V'、V''又はV'''のいずれか1つの少なくとも15の連続ヌクレオチドを含む、V'、V''又はV'''のいずれか1つのフラグメント;及び
VI') 配列番号6(ZNF660)のヌクレオチド配列;又は
VI'') 配列番号6に相補的なヌクレオチド配列;又は
VI''') VI'又はVI''のいずれかと少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列;又は
VI'''') VI'、VI''又はVI'''のいずれか1つの少なくとも15の連続ヌクレオチドを含む、VI'、VI''又はVI'''のいずれか1つのフラグメント;
からなる群より選択されるヌクレオチド配列である、工程;
c) b)のサンプリングしたヌクレオチド配列のメチル化レベル、転写レベル及び/又は翻訳発現レベルに基づいてバイオマーカースコアを取得する工程;
d) メチル化レベル、転写レベル及び/又は翻訳発現レベルを増悪のリスクと相関させる工程
を含んでなる、治療後の前立腺ガン患者の増悪のリスクを決定する方法。 - a) 個体サンプルにおいて、C1orf114(配列番号2)、HAPLN3(配列番号4)、AOX1(配列番号1)、GAS6(配列番号3)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6)からなる群より選択される少なくとも1つの遺伝子のメチル化レベルを測定するか、又は配列番号2、配列番号4、配列番号1、配列番号3、配列番号5及び配列番号6からなる群より選択されるヌクレオチド配列若しくはその一部と少なくとも90%の配列同一性を有する少なくとも1つのヌクレオチド配列のメチル化レベルを測定する工程、及び/又は
b) 前記サンプルにおいて、C1orf114(配列番号2)、HAPLN3(配列番号4)、AOX1(配列番号1)、GAS6(配列番号3)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6)からなる群より選択される少なくとも1つの遺伝子、又は配列番号2、配列番号4、配列番号1、配列番号3、配列番号5及び配列番号6からなる群より選択される少なくとも1つのヌクレオチド配列若しくはその一部と少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列の転写発現レベルを測定する工程、及び/又は
c) 前記サンプルにおいて、C1orf114(配列番号2)、HAPLN3(配列番号4)、AOX1(配列番号1)、GAS6(配列番号3)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6)からなる群より選択される少なくとも1つの遺伝子、又は配列番号2、配列番号4、配列番号1、配列番号3、配列番号5及び配列番号6からなる群より選択される少なくとも1つのヌクレオチド配列若しくはその一部と少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列の翻訳発現レベルを測定する工程
を含んでなり、i)のメチル化レベル及び/又はii)の転写レベル及び/又はiii)の翻訳発現レベルが前立腺ガンの転帰を示す、前立腺ガンを発症した個体における前立腺ガンの疾患増悪の予後を補助する方法。 - a) 個体サンプルにおいて、C1orf114(配列番号2)、HAPLN3(配列番号4)、AOX1(配列番号1)、GAS6(配列番号3)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6)からなる群より選択される少なくとも1つの遺伝子のメチル化レベルを測定するか、又は配列番号2、配列番号4、配列番号1、配列番号3、配列番号5及び配列番号6からなる群より選択されるヌクレオチド配列若しくはその一部と少なくとも90%の配列同一性を有する少なくとも1つのヌクレオチド配列のメチル化レベルを測定する工程、及び/又は
b) 前記サンプルにおいて、C1orf114(配列番号2)、HAPLN3(配列番号4)、AOX1(配列番号1)、GAS6(配列番号3)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6)からなる群より選択される少なくとも1つの遺伝子、又は配列番号2、配列番号4、配列番号1、配列番号3、配列番号5及び配列番号6からなる群より選択される少なくとも1つのヌクレオチド配列若しくはその一部と少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列の転写発現レベルを測定する工程、及び/又は
c) 前記サンプルにおいて、C1orf114(配列番号2)、HAPLN3(配列番号4)、AOX1(配列番号1)、GAS6(配列番号3)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6)からなる群より選択される少なくとも1つの遺伝子、又は配列番号2、配列番号4、配列番号1、配列番号3、配列番号5及び配列番号6からなる群より選択される少なくとも1つのヌクレオチド配列若しくはその一部と少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列の翻訳発現レベルを測定する工程
を含んでなり、a)のメチル化レベル及び/又はb)の転写レベル及び/又はc)の翻訳発現レベルが前立腺ガンの転帰を示す、前立腺ガンを発症した個体における前立腺ガンの転帰の予測を補助し、及び/又は該転帰を予測する方法。 - a) 個体サンプルにおいて、C1orf114(配列番号2)、HAPLN3(配列番号4)、AOX1(配列番号1)、GAS6(配列番号3)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6)からなる群より選択される少なくとも1つの遺伝子のメチル化レベルを測定するか、又は配列番号2、配列番号4、配列番号1、配列番号3、配列番号5及び配列番号6からなる群より選択されるヌクレオチド配列若しくはその一部と少なくとも90%の配列同一性を有する少なくとも1つのヌクレオチド配列のメチル化レベルを測定する工程、及び/又は
b) 前記サンプルにおいて、C1orf114(配列番号2)、HAPLN3(配列番号4)、AOX1(配列番号1)、GAS6(配列番号3)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6)からなる群より選択される少なくとも1つの遺伝子、又は配列番号2、配列番号4、配列番号1、配列番号3、配列番号5及び配列番号6からなる群より選択される少なくとも1つのヌクレオチド配列若しくはその一部と少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列の転写発現レベルを測定する工程、及び/又は
c) 前記サンプルにおいて、C1orf114(配列番号2)、HAPLN3(配列番号4)、AOX1(配列番号1)、GAS6(配列番号3)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6)からなる群より選択される少なくとも1つの遺伝子、又は配列番号2、配列番号4、配列番号1、配列番号3、配列番号5及び配列番号6からなる群より選択される少なくとも1つのヌクレオチド配列若しくはその一部と少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列の翻訳発現レベルを測定する工程
を含んでなり、i)のメチル化レベル及び/又はii)の転写レベル及び/又はiii)の翻訳発現レベルが前立腺ガン増悪を示す、前立腺ガンを発症し、該前立腺ガンについて治療されている個体における前立腺ガン増悪に対する治療効果のモニタリングを補助し、及び/又は該効果をモニターする方法。 - 増加したメチル化レベルが不良な転帰を示す、請求項8〜12のいずれか1項に記載の方法。
- サンプルにおける減少した転写及び/又は翻訳発現レベルが不良な転帰を示す、請求項8〜12のいずれか1項に記載の方法。
- 増加したレベルが前立腺ガンの高い再発リスクを示す、請求項8〜12のいずれか1項に記載の方法。
- 減少した転写及び/又は翻訳発現レベルが前立腺ガンの高い再発リスクを示す、請求項8〜12のいずれか1項に記載の方法。
- 再発リスクが放射線前立腺摘除後に決定される、請求項16に記載の方法。
- 個体サンプルにおけるメチル化レベルが、同じ個体から
a) 治療開始前、及び/又は
b) 治療期間中のより早期の時点で
採取したサンプルにおけるメチル化レベルと比較して増加していることが、前立腺ガンの増悪を示す、請求項1〜17のいずれか1項に記載の方法。 - 個体サンプルにおける転写及び/又は翻訳発現レベルが、同じ個体から
a) 治療開始前、及び/又は
b) 治療期間中のより早期の時点で
採取したサンプルにおける転写及び/又は翻訳発現レベルと比較して減少していることが、前立腺ガンの増悪を示す、請求項1〜18のいずれか1項に記載の方法。 - a) 個体サンプルにおいて、C1orf114(配列番号2)、HAPLN3(配列番号4)、AOX1(配列番号1)、GAS6(配列番号3)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6)からなる群より選択される少なくとも1つの遺伝子のメチル化レベルを測定するか、又は配列番号2、配列番号4、配列番号1、配列番号3、配列番号5及び配列番号6からなる群より選択されるヌクレオチド配列若しくはその一部と少なくとも90%の配列同一性を有する少なくとも1つのヌクレオチド配列のメチル化レベルを測定する工程、及び/又は
b) 前記サンプルにおいて、C1orf114(配列番号2)、HAPLN3(配列番号4)、AOX1(配列番号1)、GAS6(配列番号3)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6)からなる群より選択される少なくとも1つの遺伝子、又は配列番号2、配列番号4、配列番号1、配列番号3、配列番号5及び配列番号6からなる群より選択される少なくとも1つのヌクレオチド配列若しくはその一部と少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列の転写発現レベルを測定する工程、及び/又は
c) 前記サンプルにおいて、C1orf114(配列番号2)、HAPLN3(配列番号4)、AOX1(配列番号1)、GAS6(配列番号3)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6)からなる群より選択される少なくとも1つの遺伝子、又は配列番号2、配列番号4、配列番号1、配列番号3、配列番号5及び配列番号6からなる群より選択される少なくとも1つのヌクレオチド配列若しくはその一部と少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列の翻訳発現レベルを測定する工程
を含んでなり、a)の増加したメチル化レベル及び/又はb)の減少した転写レベル及び/又はc)の減少した翻訳発現レベルが前立腺ガンの沈黙性/不活性から攻撃性への増悪を示す、前立腺ガンを発症した個体において前立腺ガンの沈黙性/不活性から攻撃性への増悪のモニタリングを補助し、及び/又は該憎悪をモニターする方法。 - 沈黙性/不活性前立腺ガンが臨床症状を伴わないか又は軽微な臨床症状のみを伴う遅増殖性及び緩徐進行性の臓器限局前立腺ガンである、請求項20に記載の方法。
- 攻撃性前立腺ガンが、比較的迅速(すなわち、所与の患者の余命内)に、臓器非限局前立腺ガンに進行したか又は進行するものである、請求項20又は21に記載の方法。
- 攻撃性前立腺ガンが治療を必要とする前立腺ガンである、請求項22に記載の方法。
- 前立腺ガンの疾患過程のより早期の時点で測定したメチル化レベルと比較して増加したメチル化レベルが前立腺ガンの増悪を示す、請求項20〜23のいずれか1項に記載の方法。
- 前立腺ガンの疾患過程のより早期の時点で測定した転写及び/又は翻訳発現レベルと比較して減少した転写及び/又は翻訳発現レベルが前立腺ガンの増悪を示す、請求項20〜24のいずれか1項に記載の方法。
- a) 個体サンプルにおいて、C1orf114(配列番号2)、HAPLN3(配列番号4)、AOX1(配列番号1)、GAS6(配列番号3)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6)からなる群より選択される少なくとも1つの遺伝子のメチル化レベルを測定するか、又は配列番号2、配列番号4、配列番号1、配列番号3、配列番号5及び配列番号6からなる群より選択されるヌクレオチド配列若しくはその一部と少なくとも90%の配列同一性を有する少なくとも1つのヌクレオチド配列のメチル化レベルを測定する工程、及び/又は
b) 前記サンプルにおいて、C1orf114(配列番号2)、HAPLN3(配列番号4)、AOX1(配列番号1)、GAS6(配列番号3)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6)からなる群より選択される少なくとも1つの遺伝子、又は配列番号2、配列番号4、配列番号1、配列番号3、配列番号5及び配列番号6からなる群より選択される少なくとも1つのヌクレオチド配列若しくはその一部と少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列の転写発現レベルを測定する工程、及び/又は
c) 前記サンプルにおいて、C1orf114(配列番号2)、HAPLN3(配列番号4)、AOX1(配列番号1)、GAS6(配列番号3)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6)からなる群より選択される少なくとも1つの遺伝子、又は配列番号2、配列番号4、配列番号1、配列番号3、配列番号5及び配列番号6からなる群より選択される少なくとも1つのヌクレオチド配列若しくはその一部と少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列の翻訳発現レベルを測定する工程
を含んでなり、a)のメチル化レベル及び/又はb)の転写レベル及び/又はc)の翻訳発現レベルが該前立腺ガンを発症した個体に提案すべき治療レジメンを示す、前立腺ガンを発症した個体の治療レジメンの決定を補助し、及び/又は該治療レジメンを決定する方法。 - a) コントロールサンプルにおいて、AOX1(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)、GAS6(配列番号3)、HAPLN3(配列番号4)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6)からなる群より選択される少なくとも1つの遺伝子、又は配列番号7、配列番号8、配列番号9、配列番号10、配列番号11及び配列番号12からなる群より選択されるヌクレオチド配列若しくはその一部と少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列のメチル化レベルを測定する工程
b) 個体サンプルにおいて、a)で特定した、AOX1(配列番号1)、C1orf114(配列番号2)、GAS6(配列番号3)、HAPLN3(配列番号4)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6)からなる群より選択される少なくとも1つの遺伝子のメチル化レベルを測定する工程
c) a)及びb)で測定したメチル化レベルを比較する工程
を含んでなり、b)で測定したメチル化レベルがa)で測定したメチル化レベルより高ければ、メチル化レベルは増加しており、b)で測定したメチル化レベルがa)で測定したメチル化レベルよる減少していれば、メチル化レベルは減少している、請求項1〜26のいずれか1項に記載の方法。 - サンプリングしたヌクレオチドのメチル化レベルが、コントロールサンプルの対応するヌクレオチド配列のメチル化レベルを少なくとも0.0001%、例えば少なくとも0.001%、例えば少なくとも0.01%、例えば少なくとも0.1%、例えば少なくとも0.5%、例えば少なくとも1%、例えば少なくとも2%、例えば少なくとも3%、例えば少なくとも4%、例えば少なくとも5%、例えば少なくとも6%、例えば少なくとも7%、例えば少なくとも8%、例えば少なくとも9%、例えば少なくとも10%、例えば少なくとも15%、例えば少なくとも20%、例えば少なくとも30%、例えば少なくとも40%、例えば少なくとも50%、例えば少なくとも60%、例えば少なくとも70%、例えば少なくとも80%、例えば少なくとも90%、例えば少なくとも95%上回っている、請求項1〜27のいずれか1項に記載の方法。
- メチル化レベルが配列番号1に従うAOX1遺伝子全体にわたって測定される、請求項1〜28のいずれか1項に記載の方法。
- メチル化レベルが配列番号2に従うC1orf114遺伝子全体にわたって測定される、請求項1〜29のいずれか1項に記載の方法。
- メチル化レベルが配列番号3に従うGAS6遺伝子全体にわたって測定される、請求項1〜30のいずれか1項に記載の方法。
- メチル化レベルが配列番号4に従うHAPLN3遺伝子全体にわたって測定される、請求項1〜31のいずれか1項に記載の方法。
- メチル化レベルが配列番号5に従うST6GALNAC3(配列番号5)遺伝子全体にわたって測定される、請求項1〜32のいずれか1項に記載の方法。
- メチル化レベルが配列番号6に従うZNF660遺伝子全体にわたって測定される、請求項1〜33のいずれか1項に記載の方法。
- メチル化レベルが配列番号1に従うAOX1遺伝子の一連の100〜500塩基対にわたって測定される、請求項1〜34のいずれか1項に記載の方法。
- メチル化レベルが配列番号2に従うC1orf114遺伝子の一連の100〜500塩基対にわたって測定される、請求項1〜35のいずれか1項に記載の方法。
- メチル化レベルが配列番号3に従うGAS6遺伝子の一連の100〜500塩基対にわたって測定される、請求項1〜36のいずれか1項に記載の方法。
- メチル化レベルが配列番号4に従うHAPLN3遺伝子の一連の100〜500塩基対にわたって測定される、請求項1〜37のいずれか1項に記載の方法。
- メチル化レベルが配列番号5に従うST6GALNAC3(配列番号5)遺伝子の一連の100〜500塩基対にわたって測定される、請求項1〜38のいずれか1項に記載の方法。
- メチル化レベルが配列番号6に従うZNF660遺伝子の一連の100〜500塩基対にわたって測定される、請求項1〜39のいずれか1項に記載の方法。
- メチル化出現率が配列番号1の塩基対番号4907〜塩基対番号5374を含むか又は配列番号1の塩基対番号4907〜塩基対番号5374と少なくとも90%同一である配列を含むAOX1遺伝子の領域の少なくとも一部で測定される、請求項1〜40のいずれか1項に記載の方法。
- メチル化出現率が配列番号2の塩基対番号4777〜塩基対番号5072を含むか又は配列番号2の塩基対番号4777〜塩基対番号5072と少なくとも90%同一である配列を含んでなるC1orf114遺伝子の領域の少なくとも一部で測定される、請求項1〜41のいずれか1項に記載の方法。
- メチル化出現率が配列番号3の塩基対番号5948〜塩基対番号6265を含むか又は配列番号3の塩基対番号5948〜塩基対番号6265と少なくとも90%同一である配列を含んでなるGAS6遺伝子の領域の少なくとも一部で測定される、請求項1〜42のいずれか1項に記載の方法。
- メチル化出現率が配列番号4の塩基対番号4896〜5402を含んでなるHAPLN3遺伝子で測定される、請求項1〜43のいずれか1項に記載の方法。
- メチル化出現率が配列番号5の塩基対番号5097〜塩基対番号5186を含むか又は配列番号5の塩基対番号5097〜塩基対番号5186と少なくとも90%同一である配列を含んでなるST6GALNAC3(配列番号5)遺伝子の領域の少なくとも一部で測定される、請求項1〜44のいずれか1項に記載の方法。
- メチル化出現率が配列番号6の塩基対番号4923〜塩基対番号5225を含むか又は配列番号6の塩基対番号4923〜塩基対番号5225と少なくとも90%同一である配列を含んでなるZNF660遺伝子の領域の少なくとも一部で測定される、請求項1〜45のいずれか1項に記載の方法。
- サンプルにおける転写及び/又は翻訳発現レベルをコントロールサンプルにおける発現レベルと比較する工程を含んでいてもよく、サンプルにおける発現レベルは、コントロールサンプルにおける発現レベルより高いとき、増加しており、コントロールサンプルにおける発現レベルより低いとき、減少している、請求項1〜46のいずれか1項に記載の方法。
- コントロールサンプルが配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5及び/又は配列番号6又はその一部と少なくとも90%の配列同一性を有する非メチル化ヌクレオチド配列である、請求項1〜47のいずれか1項に記載の方法。
- 転写発現レベルがRT-PCRにより測定される、請求項1〜48のいずれか1項に記載の方法。
- 翻訳発現レベルが免疫組織化学分析により測定される、請求項1〜49のいずれか1項に記載の方法。
- サンプルが組織サンプルである、請求項1〜50のいずれか1項に記載の方法。
- サンプルが前立腺の生検又は切除した前立腺組織である、請求項1〜51のいずれか1項に記載の方法。
- サンプルが体液サンプル、例えば血液、血清、精液、血漿又は尿サンプルである、請求項1〜52のいずれか1項に記載の方法。
- 前記個体が正常な前立腺特異抗原(PSA)レベルを有する、請求項1〜53のいずれか1項に記載の方法。
- 前記個体が正常PSAレベルより高いPSAレベルを有する、請求項1〜54のいずれか1項に記載の方法。
- 正常PSAレベルが最大限3ng/mL血清のPSAレベルである、請求項49又は50に記載の方法。
- GABRE、TFF3、ZNF132、PCA3、GSTP1、PITX2及びSLC18A2からなる群より選択される少なくとも1つの遺伝子のメチル化レベル及び/又は翻訳レベル及び/又は転写レベルを測定する工程を更に含んでなる、請求項1〜56のいずれか1項に記載の方法。
- 患者について少なくとも1つの臨床パラメータを測定し、患者から得たサンプルにおいてC1orf114(配列番号2)、HAPLN3(配列番号4)、AOX1(配列番号1)、GAS6(配列番号3)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6)からなる群より選択される少なくとも1つの遺伝子の状態を測定し、そして(a)前記患者が少なくとも1つのリスク関連臨床パラメータを有し、前記遺伝子について亢進状態を示すとき、積極的治療を推奨し、指示し又は開始し、(b)前記患者がリスク関連臨床パラメータを有さず、前記遺伝子について亢進状態も示さないとき、静観を推奨し、指示し又は開始する
ことを含んでなる、前立腺ガン患者を治療する方法。 - 個体における前立腺ガンの予後又は再発確率を決定するに有用な診断用製品の製造のための、遺伝子パネルの発現レベルの測定用の複数のオリゴヌクレオチドの使用であって、該パネルが
I') 配列番号1(AOX1)のヌクレオチド配列;又は
I'') 配列番号1に相補的なヌクレオチド配列;又は
I''') I'又はI''のいずれかと少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列;又は
I'''') I'、I''又はI'''のいずれか1つの少なくとも15の連続ヌクレオチドを含む、I'、I''又はI'''のいずれか1つのフラグメント;及び
II') 配列番号2(C1orf114)のヌクレオチド配列;又は
II'') 配列番号2に相補的なヌクレオチド配列;又は
II''') II'又はII''のいずれかと少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列;又は
II'''') II'、II''又はII'''のいずれか1つの少なくとも15の連続ヌクレオチドを含む、II'、II''又はII'''のいずれか1つのフラグメント;及び
III') 配列番号3(GAS6)のヌクレオチド配列;又は
III'') 配列番号3に相補的なヌクレオチド配列;又は
III''') III'又はIII'''のいずれかと少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列;又は
III'''') III'、III''又はIII'''のいずれか1つの少なくとも15の連続ヌクレオチドを含む、III'、III''又はIII'''のいずれか1つのフラグメント;及び
IV') 配列番号4(HAPLN3)のヌクレオチド配列;又は
IV'') 配列番号4に相補的なヌクレオチド配列;又は
IV''') IV'又はIV''のいずれかと少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列;又は
IV'''') IV'、IV''又はIV'''のいずれか1つの少なくとも15の連続ヌクレオチドを含む、IV'、IV''又はIV'''のいずれか1つのフラグメント;及び
V') 配列番号5のヌクレオチド配列(ST6GALNAC3(配列番号5));又は
V'') 配列番号5に相補的なヌクレオチド配列;又は
V''') V'又はV''のいずれかと少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列;又は
V'''') V'、V''又はV'''のいずれか1つの少なくとも15の連続ヌクレオチドを含む、V'、V''又はV'''のいずれか1つのフラグメント;及び
VI') 配列番号6(ZNF660)のヌクレオチド配列;又は
VI'') 配列番号6に相補的なヌクレオチド配列;又は
VI''') VI'又はVI''のいずれかと少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列;又は
VI'''') VI'、VI''又はVI'''のいずれか1つの少なくとも15の連続ヌクレオチドを含む、VI'、VI''又はVI'''のいずれか1つのフラグメント
から選択される2以上のバイオマーカーを含んでなる、使用。 - a) 個体から得たサンプルにおいて1以上のバイオマーカーのメチル化レベル、転写レベル及び/又は翻訳発現レベルを分析する手段であって、前記バイオマーカーが
I') 配列番号1(AOX1)のヌクレオチド配列;又は
I'') 配列番号1に相補的なヌクレオチド配列;又は
I''') I'又はI''のいずれかと少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列;又は
I'''') I'、I''又はI'''のいずれか1つの少なくとも15の連続ヌクレオチドを含む、I'、I''又はI'''のいずれか1つのフラグメント;及び
II') 配列番号2(C1orf114)のヌクレオチド配列;又は
II'') 配列番号2に相補的なヌクレオチド配列;又は
II''') II'又はII''のいずれかと少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列;又は
II'''') II'、II''又はII'''のいずれか1つの少なくとも15の連続ヌクレオチドを含む、II'、II''又はII'''のいずれか1つのフラグメント;及び
III') 配列番号3(GAS6)のヌクレオチド配列;又は
III'') 配列番号3に相補的なヌクレオチド配列;又は
III''') III'又はIII'''のいずれかと少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列;又は
III'''') III'、III''又はIII'''のいずれか1つの少なくとも15の連続ヌクレオチドを含む、III'、III''又はIII'''のいずれか1つのフラグメント;及び
IV') 配列番号4(HAPLN3)のヌクレオチド配列;又は
IV'') 配列番号4に相補的なヌクレオチド配列;又は
IV''') IV'又はIV''のいずれかと少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列;又は
IV'''') IV'、IV''又はIV'''のいずれか1つの少なくとも15の連続ヌクレオチドを含む、IV'、IV''又はIV'''のいずれか1つのフラグメント;及び
V') 配列番号5のヌクレオチド配列(ST6GALNAC3(配列番号5));又は
V'') 配列番号5に相補的なヌクレオチド配列;又は
V''') V'又はV''のいずれかと少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列;又は
V'''') V'、V''又はV'''のいずれか1つの少なくとも15の連続ヌクレオチドを含む、V'、V''又はV'''のいずれか1つのフラグメント;及び
VI') 配列番号6(ZNF660)のヌクレオチド配列;又は
VI'') 配列番号6に相補的なヌクレオチド配列;又は
VI''') VI'又はVI''のいずれかと少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列;又は
VI'''') VI'、VI''又はVI'''のいずれか1つの少なくとも15の連続ヌクレオチドを含む、VI'、VI''又はVI'''のいずれか1つのフラグメント
からなる群より選択される1以上のヌクレオチド配列を含む、手段、及び
b) 前立腺ガンの患者が或る特定の期間生存する確率を推定する手段
を含んでなる、前立腺ガンの個体の予後を予測するシステム。 - コンピュータ読取可能媒体を有し、個体の予後を予測するシステムを提供し、請求項60に記載の方法のいずれかの工程を実行する手段を含んでなる、コンピュータプログラム製品。
- 放射線前立腺摘除後の患者における前立腺ガンの再発確率を予測する方法であって、a) 患者の1セットの術前因子を、以前に前立腺ガンと診断され、放射線前立腺摘除により治療された複数の個体の各々について測定された1セットの術前因子の機能的代表と相関付けて、患者についてトータルポイントの値を得る工程であって、複数の個体の各々についての前記因子セットは複数の個体における各個体についての前立腺ガンの再発率と相関付けられており、該術前因子のセットはC1orf114(配列番号2)、HAPLN3(配列番号4)、AOX1(配列番号1)、GAS6(配列番号3)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6)からなる群より選択される1以上の遺伝子の治療前のメチル化レベル、転写レベル及び/又は翻訳発現レベル、並びに任意に治療前のPSAレベル、優位グリーソン分類又は次優位グリーソン分類の1以上を含んでなり、機能的代表は、C1orf114(配列番号2)、HAPLN3(配列番号4)、AOX1(配列番号1)、GAS6(配列番号3)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6)からなる群より選択される1以上の遺伝子の治療前のメチル化レベル、転写レベル及び/又は翻訳発現レベルの各々についてのスケール、及び任意に治療前のPSAレベル、優位グリーソン分類又は次優位グリーソン分類、ポイントスケール、トータルポイントスケール及び予測スケールの1以上についてのスケールを含んでなり、C1orf114(配列番号2)、HAPLN3(配列番号4)、AOX1(配列番号1)、GAS6(配列番号3)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6)からなる群より選択される1以上の遺伝子の治療前のメチル化レベル、転写レベル及び/又は翻訳発現レベル並びに任意に治療前PSAレベル、優位グリーソン分類又は次優位グリーソン分類の1以上についてのスケールは、各々、ポイントスケール上の値と相関付けることができるスケール上の値を有し、トータルポイントスケールは予測スケール上の値と相関付け得る値を有する、工程;及びb) トータルポイントスケール上での患者の値を予測スケール上での値と相関付けて、放射線前立腺摘除後の患者における前立腺ガン再発確率を定量的に予測する工程を含んでなる、方法。
- a) 以前に前立腺ガンと診断され、放射線前立腺摘除により治療された複数の個体の各々についての1セットの術前因子と、該複数の個体の各人についての前立腺ガンの再発率との相関であって、前記1セットの術前因子がC1orf114(配列番号2)、HAPLN3(配列番号4)、AOX1(配列番号1)、GAS6(配列番号3)、ST6GALNAC3(配列番号5)及びZNF660(配列番号6)からなる群より選択される1以上の遺伝子の治療前のメチル化レベル、転写レベル及び/又は翻訳発現レベル、並びに任意に治療前PSAレベル、優位グリーソン分類又は次優位グリーソン分類の1以上を含む、相関;及び
b) 前立腺ガンを有すると診断された患者から測定した同一の術前因子セットを前記相関と比較して、放射線前立腺摘除後の患者における前立腺ガン再発確率を定量的に予測する手段
を含んでなる、放射線前立腺摘除後の前立腺ガン患者における疾患再発確率を予測する装置。 - メチル化レベルがメチル化度及び/又はメチル化出現率から選択される、請求項1〜63のいずれか1項に記載の方法、使用、システム又は装置。
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