JP2014525080A - バイオインフォマティクス文字セット及びマップされたバイオインフォマティクスフォントを用いたゲノム/プロテオミクス配列の表現、視覚化、比較及びレポーティング - Google Patents
バイオインフォマティクス文字セット及びマップされたバイオインフォマティクスフォントを用いたゲノム/プロテオミクス配列の表現、視覚化、比較及びレポーティング Download PDFInfo
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Abstract
Description
〔外1〕
で示す芳香族(aromatic)と、下付き文字のシータ(θ)で示す脂肪族(aliphatic)と、下付き文字の“+”で示す正(positive)と、下付き文字の“−”で示す負(negative)と、帯電(charged)(正特性及び負特性の一般化)とを含む。図9の下部のセクション104は、上部のセクション100からのアミノ酸又はペプチドに対するビットマップと、1つ又は複数の注釈付きデータを表している1つ又は複数の弁別的なマークに対する1つ又は複数のビットマップとを、ビット単位OR演算を用いて組み合わせることによって、生成されたフォント文字を示す。図9に示すバイオインフォマティクスフォント40の実施形態において、弁別的なマークを、ビットマップ100及び102に対して適用されるビット単位OR演算がもたらす弁別的なマークの組み合わせによって、注釈付きデータの組み合わせを同時に表すことが可能となるように、選択する。したがって、例示として、図9の最も左の列は、疎水性があり脂肪族であるという属性を有する、アミノ酸イソロイシン(I)を示す。下部のセクション104に示す対応するフォント文字には、アミノ酸シンボルを表している文字セット(すなわち、文字“I”)と、疎水性の属性を表している上付き文字のアスタリスク(*)及び脂肪属の属性を表している下付き文字のシータ(θ)との重ね合わせを含む。
Claims (15)
- ゲノムデータ又はプロテオミクスデータを、バイオインフォマティクス文字セットの文字を含んでいるゲノム文字列又はプロテオミクス文字列として符号化するステップであって、
(i)前記ゲノムデータ又はプロテオミクスデータの各塩基又はペプチドが、前記バイオインフォマティクス文字セットの単一の文字によって表され、
(ii)前記バイオインフォマティクス文字セットの各文字が、(I)塩基又はペプチドと(II)前記塩基又はペプチドに関連付けられる少なくとも1つの注釈付きデータ値とを符号化する、
ステップと、
前記ゲノム文字列又はプロテオミクス文字列を、前記バイオインフォマティクス文字セットにマップされたバイオインフォマティクスフォントを用いて表示することによって、前記ゲノムデータ又はプロテオミクスデータを表示するステップと、
を含み、
前記符号化するステップ及び表示するステップは、デジタル処理装置によって実行される、
ことを特徴とする、方法。 - 前記バイオインフォマティクス文字セットの各文字は(1)8ビットを含んでいるシングルバイトと(2)16ビットを含んでいる2バイトとのうちの1つによって表され、前記8ビット又は16ビットのうち第1サブセットが塩基又はペプチドを符号化して、前記8ビット又は16ビットのうち第2サブセットが前記塩基又はペプチドに関連付けられる少なくとも1つの注釈付きデータ値を符号化する、請求項1に記載の方法。
- アデニン塩基を符号化する前記バイオインフォマティクス文字セットの各文字が、文字“A”又は“a”を含む前記バイオインフォマティクスフォントのフォント文字にマップされ、
グアニン塩基を符号化する前記バイオインフォマティクス文字セットの各文字が、文字“G”又は“g”を含む前記バイオインフォマティクスフォントのフォント文字にマップされ、
シトシン塩基を符号化する前記バイオインフォマティクス文字セットの各文字が、文字“C”又は“c”を含む前記バイオインフォマティクスフォントのフォント文字にマップされ、
チミン又はウラシル塩基を符号化する前記バイオインフォマティクス文字セットの各文字が、文字“T”若しくは“t”又は文字“U”若しくは“u”を含む前記バイオインフォマティクスフォントのフォント文字にマップされ、
前記バイオインフォマティクス文字セットの少なくとも1つの文字が、多義的な塩基を、2つ以上の候補塩基を表しているコードを用いて符号化する、
請求項1乃至2のいずれか1項に記載の方法。 - 前記バイオインフォマティクス文字セットの各文字が、前記の符号化された塩基についてのクオリティ値を示している注釈付きデータ値を符号化し、
前記バイオインフォマティクスフォントは、塩基クオリティ値を示している弁別的なマークを含む、
請求項3に記載の方法。 - 前記バイオインフォマティクス文字セットの少なくとも4つの文字が、各々、前記文字によって符号化された前記塩基又はペプチドを表す1つ又は複数の文字と、前記の符号化された少なくとも1つの注釈付きデータを表す1つ又は複数の弁別的なマークとを含む、前記バイオインフォマティクスフォントのフォント文字にマップされる、請求項1に記載の方法。
- 前記ゲノム文字列又はプロテオミクス文字列において、更新されたゲノム文字列又はプロテオミクス文字列を生成するために、少なくとも1つの文字列の機能を実行するステップであって、前記更新されたゲノム文字列又はプロテオミクス文字列において、少なくとも1つの塩基又はペプチドが、前記の実行された文字列の操作によって生成された少なくとも1つの追加の又は変更された注釈付きデータを符号化している単一の文字によって表される、ステップ、
をさらに含む、請求項1乃至5のいずれか1項に記載の方法。 - 前記実行するステップは、前記ゲノム文字列又はプロテオミクス文字列を参照ゲノム文字列又は参照プロテオミクス文字列と比較する文字列比較を実行するステップを含む、請求項6に記載の方法。
- 前記実行するステップは、ビット単位の論理演算を前記ゲノム文字列又はプロテオミクス文字列の文字において実行するステップを含む、請求項6乃至7のいずれか1項に記載の方法。
- ゲノムデータのみを符号化する方法であって、
ゲノムデータを、バイオインフォマティクス文字セットの文字を含んでいるゲノム文字列として符号化するステップであって、
(i)前記ゲノムデータの各塩基が、前記バイオインフォマティクス文字セットの単一の文字によって表され、
(ii)前記バイオインフォマティクス文字セットの各文字が、(I)塩基と(II)前記塩基に関連付けられる少なくとも1つの注釈付きデータ値とを符号化する、
ステップと、
前記ゲノム文字列を、前記バイオインフォマティクス文字セットにマップされたバイオインフォマティクスフォントを用いて表示することによって、前記ゲノムデータを表示するステップと、
を含む、請求項1乃至8のいずれか1項に記載の方法。 - プロテオミクスデータのみを符号化する方法であって、
プロテオミクスデータを、バイオインフォマティクス文字セットの文字を含んでいるプロテオミクス文字列として符号化するステップであって、
(i)前記プロテオミクスデータの各ペプチドが、前記バイオインフォマティクス文字セットの単一の文字によって表され、
(ii)前記バイオインフォマティクス文字セットの各文字が、(I)ペプチドと(II)前記ペプチドに関連付けられる少なくとも1つの注釈付きデータ値とを符号化する、
ステップと、
前記プロテオミクス文字列を、前記バイオインフォマティクス文字セットにマップされたバイオインフォマティクスフォントを用いて表示することによって、前記プロテオミクスデータを表示するステップと、
を含む、請求項1乃至8のいずれか1項に記載の方法。 - 請求項1乃至10のいずれか1項に記載の方法を実行するように構成されたデジタル処理装置、
を含むことを特徴とする、装置。 - デジタルプロセッサによって読取可能であり、ソフトウェアを記憶している、固定のストレージ媒体であって、前記ソフトウェアはバイオインフォマティクス文字セットの文字を含んでいるゲノム文字列又はプロテオミクス文字列として表されるゲノムデータ又はプロテオミクスデータを処理するように構成され、前記ゲノムデータ又はプロテオミクスデータの各塩基又はペプチドが前記バイオインフォマティクス文字セットの単一の文字によって表され、前記バイオインフォマティクス文字セットの前記文字は塩基又はペプチドと前記塩基又はペプチドに関連付けられる追加のデータとを符号化する、ということを特徴とする、ストレージ媒体。
- 前記ソフトウェアは前記ゲノムデータ又はプロテオミクスデータを文字列処理演算を用いて処理する、請求項12に記載のストレージ媒体。
- 前記ソフトウェアは、塩基又はペプチドを表している文字のうち選択されたバイナリビットをゼロにするために、前記ゲノムデータ又はプロテオミクスデータをビット単位のマスキング演算を用いて処理する、請求項12乃至13のいずれか1項に記載のストレージ媒体。
- 当該ストレージ媒体は、前記バイオインフォマティクス文字セットにマップされたバイオインフォマティクスフォントをさらに記憶し、前記ソフトウェアは、ゲノムデータ又はプロテオミクスデータが前記バイオインフォマティクスフォントを用いて表示されるように表示処理を実行する、請求項12乃至14のいずれか1項に記載のストレージ媒体。
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