JP2013542713A5 - - Google Patents
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Claims (16)
- 液体試料中に存在し得る少なくとも第1および第2の標的核酸を同時に増幅するための方法であって、前記方法は、
d. 前記試料由来の核酸と、逆転写酵素活性を有するポリメラーゼを含む1つ以上の増幅試薬を少なくとも2つの反応容器中で接触させる工程、ここで少なくとも第1の反応容器は少なくとも前記第1の標的核酸を含み、少なくとも第2の反応容器は少なくとも前記第2の標的核酸を含み、第2の標的核酸は第1の反応容器中には存在しない；
e. 前記反応容器中、精製された前記核酸と、前記1つ以上の増幅試薬を、前記逆転写酵素活性を有するポリメラーゼによるRNAの転写が起こるのに適切な時間および条件下でインキュベートする工程；
f. 前記反応容器中、精製された前記核酸と、前記1つ以上の増幅試薬を、前記第1および第2の標的核酸の存在または非存在を示す増幅反応が起こるのに充分な時間および条件下でインキュベートする工程
の自動化工程を含み、工程d〜fにおける転写および増幅の条件が、少なくとも第1および第2の標的核酸について同じである、方法。 - 少なくとも1つの液体試料中に存在し得る少なくとも第1および第2の標的核酸を単離および同時増幅するための方法であって、前記方法は、
a. 固体支持体物質と、液体試料を、標的核酸を含む核酸が固体支持体物質に固定化可能となる(permit)のに充分な時間および条件下で一緒に合わせる工程；
b. 分離ステーション中で、固体支持体物質を、液体試料中に存在する他の物質から単離する工程；
c. 固体支持体物質から液体試料を分離して、固体支持体物質を洗浄バッファで1回以上洗浄することにより、分離ステーション中の核酸を精製する工程；
d. 精製された核酸と、逆転写酵素活性を有するポリメラーゼを含む1つ以上の増幅試薬を、少なくとも2つの反応容器中で接触させる工程、ここで少なくとも第1の反応容器は少なくとも前記第1の標的核酸を含み、少なくとも第2の反応容器は少なくとも前記第2の標的核酸を含み、第2の標的核酸は第1の反応容器中には存在しない；
e. 前記反応容器中、精製された前記核酸と、前記1つ以上の増幅試薬を、前記逆転写酵素活性を有するポリメラーゼによるRNAの転写が起こるのに適切な時間および条件下でインキュベートする工程；
f. 前記反応容器中、精製された前記核酸と、前記1つ以上の増幅試薬を、前記第1および第2の標的核酸の存在または非存在を示す増幅反応が起こるのに充分な時間および条件下でインキュベートする工程
の自動化工程を含み、工程d〜fにおける転写および増幅の条件が、少なくとも第1および第2の標的核酸について同じである、方法。 - 少なくとも2つの標的核酸が同じ反応容器中で増幅される、前記請求項１又は２に記載の方法。
- 第1の標的核酸が第2の反応容器中に存在しない、前記請求項１〜３いずれか１項に記載の方法。
- 第1の標的核酸および第2の標的核酸が異なる生物由来である、前記請求項１〜４いずれか１項に記載の方法。
- 第1および/または第2の標的核酸が非ウイルス核酸である、前記請求項１〜５いずれか１項に記載の方法。
- 第1および/または第2の標的核酸が細菌核酸である、請求項１〜６いずれか１項に記載の方法。
- 工程eにおいて、逆転写酵素活性を有するポリメラーゼのインキュベーションが30℃〜75℃の異なる温度で行なわれる、前記請求項１〜７いずれか１項に記載の方法。
- 工程eにおいて、該時間が30分までである、前記請求項１〜８いずれか１項に記載の方法。
- 逆転写酵素活性を有するポリメラーゼが、それぞれの野生型ポリメラーゼと比較して、核酸伸長速度の向上および/または逆転写酵素活性の向上を付与する変異を含むポリメラーゼである、前記請求項１〜９いずれか１項に記載の方法。
- 逆転写酵素活性を有し、変異を含むポリメラーゼが、
a. CS5 DNAポリメラーゼ
b. CS6 DNAポリメラーゼ
c. サーモトガマリティマDNAポリメラーゼ
d. サーマスアクアチクスDNAポリメラーゼ
e. サーマスサーモフィラスDNAポリメラーゼ
f. サーマスフラバスDNAポリメラーゼ
g. サーマスフィリホルミス(Thermus filiformis)DNAポリメラーゼ
h. サーマス属sps17 DNAポリメラーゼ
i. サーマス属Z05 DNAポリメラーゼ
j. サーモトガネアポリタナDNAポリメラーゼ
k. サーモシフォアフリカヌスDNAポリメラーゼ
l. サーマスカルドフィラス(Thermus caldophilus)DNAポリメラーゼ
からなる群より選択される、請求項１０記載の方法。 - 少なくとも2つの標的核酸がRNAおよびDNAを含む、前記請求項１〜１１いずれか１項に記載の方法。
- 増幅された断片が450までの塩基を含む、前記請求項１〜１２いずれか１項に記載の方法。
- 対照核酸が、いずれかの工程で、液体試料および/または精製された核酸に添加される、前記請求項１〜１３いずれか１項に記載の方法。
- 工程fの後および/または工程f中に標的核酸の量を決定する工程をさらに含む、前記請求項１〜１４いずれか１項に記載の方法。
- 液体試料中に存在し得る少なくとも2つの標的核酸を単離および同時増幅するための分析系(440)であって、以下：
・ 固体支持体物質を含む分離ステーション(230)、ここで前記分離ステーションは、液体試料中に含まれる標的核酸を分離および精製するように構築および配列される
・ 少なくとも2つの反応容器を含む増幅ステーション(405)、ここで前記反応容器は、増幅試薬、少なくとも第1の反応容器中の少なくとも第1の精製された標的核酸および少なくとも第2の反応容器中の少なくとも第2の精製された核酸、ならびに逆転写酵素活性を有するポリメラーゼを含み、ここで第2の標的核酸は第1の反応容器中には存在せず、前記ポリメラーゼは、それぞれの野生型ポリメラーゼと比較して、核酸伸長速度の向上および/または逆転写酵素活性の向上を付与する変異をさらに含む
のモジュールを含む、分析系。
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