JP2013502210A - 病害耐性トマト植物 - Google Patents
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Abstract
Description
i.配列番号1の順方向プライマーおよび配列番号2の逆方向プライマー、または
ii.配列番号3の順方向プライマーおよび配列番号4の逆方向プライマー、または
iii.配列番号5の順方向プライマーおよび配列番号6の逆方向プライマー、または
iv.配列番号7の順方向プライマーおよび配列番号8の逆方向プライマー、または
v.配列番号9の順方向プライマーおよび配列番号10の逆方向プライマー、または
vi.配列番号11の順方向プライマーおよび配列番号12の逆方向プライマーを含む、少なくとも1対のPCRオリゴヌクレオチドプライマーによるか、あるいは
ボトリチス耐性形質と統計的に相関し、意外にも共分離する、連鎖群6、連鎖群1b、および連鎖群9bから選択される少なくとも1つの連鎖群における任意の隣接マーカーにより同定することができる、少なくとも1つのマーカー遺伝子座に遺伝的に結合される。
i.配列番号1の順方向プライマーおよび配列番号2の逆方向プライマーを含む第1の対のPCRオリゴヌクレオチドプライマー、ならびに配列番号3の順方向プライマーおよび配列番号4の逆方向プライマーを含む第2の対のPCRプライマーにより、ならびに/または
ii.配列番号5の順方向プライマーおよび配列番号6の逆方向プライマーを含む第1の対のPCRオリゴヌクレオチドプライマー、ならびに配列番号7の順方向プライマーおよび配列番号8の逆方向プライマーを含む第2の対のPCRプライマーにより、ならびに/または
iii.配列番号9の順方向プライマーおよび配列番号10の逆方向プライマーを含む第1の対のPCRオリゴヌクレオチドプライマー、ならびに配列番号11の順方向プライマーおよび配列番号12の逆方向プライマーを含む第2の対のPCRプライマーにより、かつ/あるいは
ボトリチス耐性形質に統計的に相関し、意外にも遺伝的に結合される、連鎖群6、連鎖群1b、および連鎖群9bから選択される少なくとも1つの連鎖群における隣接マーカーにより同定することができる。
i.配列番号1の順方向プライマーおよび配列番号2の逆方向プライマー、または
ii.配列番号3の順方向プライマーおよび配列番号4の逆方向プライマー、または
iii.配列番号5の順方向プライマーおよび配列番号6の逆方向プライマー、または
iv.配列番号7の順方向プライマーおよび配列番号8の逆方向プライマー、または
v.配列番号9の順方向プライマーおよび配列番号10の逆方向プライマー、または
vi.配列番号12の順方向プライマーおよび配列番号11の逆方向プライマーを含む、少なくとも1対のPCRオリゴヌクレオチドプライマーによるか、あるいは
ボトリチス耐性形質と統計的に相関し、意外にも共分離する、連鎖群6、連鎖群1b、および連鎖群9bから選択される少なくとも1つの連鎖群における任意の隣接マーカーにより同定することができる、少なくとも1つのマーカー遺伝子座に遺伝的に結合される。
i.配列番号1の順方向プライマーおよび配列番号2の逆方向プライマー、または
ii.配列番号3の順方向プライマーおよび配列番号4の逆方向プライマー、または
iii.配列番号5の順方向プライマーおよび配列番号6の逆方向プライマー、または
iv.配列番号7の順方向プライマーおよび配列番号8の逆方向プライマー、または
v.配列番号9の順方向プライマーおよび配列番号10の逆方向プライマー、または
vi.配列番号11の順方向プライマーおよび配列番号12の逆方向プライマーを含む、少なくとも1対のPCRオリゴヌクレオチドプライマーによるか、あるいは
ボトリチス耐性形質と統計的に相関し、意外にも共分離する、連鎖群6、連鎖群1b、および連鎖群9bから選択される少なくとも1つの連鎖群における任意の隣接マーカーにより、PCR反応において同定することができる。
a.配列番号1の順方向プライマーおよび配列番号2の逆方向プライマーで表されるプライマー対1、
b.配列番号3の順方向プライマーおよび配列番号4の逆方向プライマーで表されるプライマー対2、
c.配列番号5の順方向プライマーおよび配列番号6の逆方向プライマーで表されるプライマー対3、
d.配列番号7の順方向プライマーおよび配列番号8の逆方向プライマーで表されるプライマー対4、
e.配列番号9の順方向プライマーおよび配列番号10の逆方向プライマーで表されるプライマー対5、ならびに
f.配列番号11の順方向プライマーおよび配列番号12の逆方向プライマーで表されるプライマー対6、から選択される一対のPCRオリゴヌクレオチドプライマー、または
ボトリチス耐性形質と統計的に相関し、意外にも共分離する、連鎖群6、連鎖群1b、および連鎖群9bから選択される少なくとも1つの連鎖群における隣接マーカーを表す別のプライマーを含む。
a.配列番号1の順方向プライマーおよび配列番号2の逆方向プライマーで表されるプライマー対1、
b.配列番号3の順方向プライマーおよび配列番号4の逆方向プライマーで表されるプライマー対2、
c.配列番号5の順方向プライマーおよび配列番号6の逆方向プライマーで表されるプライマー対3、
d.配列番号7の順方向プライマーおよび配列番号8の逆方向プライマーで表されるプライマー対4、
e.配列番号9の順方向プライマーおよび配列番号10の逆方向プライマーで表されるプライマー対5、ならびに
f.配列番号11の順方向プライマーおよび配列番号12の逆方向プライマーで表されるプライマー対6から選択される一対のPCRオリゴヌクレオチドプライマーによるか、あるいは
ボトリチス耐性形質と統計的に相関し、意外にも共分離する、連鎖群6、連鎖群1b、および連鎖群9bから選択される少なくとも1つの連鎖群における隣接マーカーを表す別のプライマーにより増幅することができるDNAマーカーが提供される。
a.配列番号1の順方向プライマーおよび配列番号2の逆方向プライマーで表されるプライマー対1、
b.配列番号3の順方向プライマーおよび配列番号4の逆方向プライマーで表されるプライマー対2、
c.配列番号5の順方向プライマーおよび配列番号6の逆方向プライマーで表されるプライマー対3、
d.配列番号7の順方向プライマーおよび配列番号8の逆方向プライマーで表されるプライマー対4、
e.配列番号9の順方向プライマーおよび配列番号10の逆方向プライマーで表されるプライマー対5、ならびに
f.配列番号11の順方向プライマーおよび配列番号12の逆方向プライマーで表されるプライマー対6から選択される一対のPCRオリゴヌクレオチドプライマー、または
ボトリチス耐性形質と統計的に相関し、意外にも共分離する連鎖群6、連鎖群1b、および連鎖群9bから選択される少なくとも1つの連鎖群における隣接マーカーを表す別のプライマーを含む、PCR反応において入手可能であるポリヌクレオチド(増幅産物)に関し、同一のプライマーもしくはプライマー対とのPCR反応において、それぞれのマーカー遺伝子座は、該トマト植物中になお存在し、および/またはその対立遺伝子と見なすことができるという条件で、その増幅産物は、ソラヌム・ハブロカイテス04TEP990312から入手可能である増幅産物に相当し、その種子は、寄託番号NCIMB41623で寄託されている。
i.増幅産物につながり、205bp〜235bp、具体的には、210bp〜230bp、具体的には、215bp〜225bpの範囲であり、および/または罹病性ソラヌム・リコペルシクム優良系統、具体的には、系統W5016から入手可能である対応する断片よりも10%〜20%、具体的には、12%〜18%、具体的には、約14%短い、配列番号1の順方向プライマーおよび配列番号2の逆方向プライマーを含むプライマー対、
ii.増幅産物につながり、224bp〜226bpの範囲であり、および/または罹病性ソラヌム・リコペルシクム優良系統、具体的には、系統W5016から入手可能である対応する断片よりも0.4%〜1,8%、具体的には、0.8%〜1.5%長い、配列番号3の順方向プライマーおよび配列番号4の逆方向プライマーを含むプライマー対、
iii.増幅産物につながり、160bp〜170bp、具体的には、162bp〜168bp、具体的には、164bp〜166bpの範囲であり、および/または罹病性ソラヌム・リコペルシクム優良系統、具体的には、系統W5016から入手可能である対応する断片よりも3%〜10%、具体的には、5%〜9%、具体的には、約6%短い、配列番号5の順方向プライマーおよび配列番号6の逆方向プライマーを含むプライマー対、
iv.増幅産物につながり、85bp〜95bp、具体的には、88bp〜92bpの範囲であり、および/または罹病性ソラヌム・リコペルシクム優良系統、具体的には、系統W5016から入手可能である対応する断片よりも5%〜15%、具体的には、8%〜12%、具体的には、約11%短い、配列番号7の順方向プライマーおよび配列番号8の逆方向プライマーを含むプライマー対、
v.増幅産物につながり、290bp〜320bp、具体的には、280bp〜310bpの範囲であり、および/または罹病性ソラヌム・リコペルシクム優良系統、具体的には、系統W5016から入手可能である対応する断片よりも5%〜15%、具体的には、8%〜12%、具体的には、約10%短い、配列番号9の順方向プライマーおよび配列番号10の逆方向プライマーを含むプライマー対、
vi.増幅産物につながり、140bp〜160bp、具体的には、145bp〜155bpの範囲であり、および/または罹病性ソラヌム・リコペルシクム優良系統、具体的には、系統W5016から入手可能である対応する断片よりも10%〜30%、具体的には、15%〜25%、具体的には、約20%短い、配列番号11の順方向プライマーおよび配列番号12の逆方向プライマーを含むプライマー対を用いて、PCR反応において得られる実施形態(27)に記載の増幅産物に関する。
a.灰色かび病菌耐性を示すソラヌム属の植物を選択するステップであり、該耐性は、該灰色かび病菌への耐性の発現を誘導または制御することができる少なくとも1つのQTLまたはその機能部分と関連しており、該QTLまたはその機能部分は、ボトリチス耐性形質と共分離し、かつPCR反応において、
i.配列番号1の順方向プライマーおよび配列番号2の逆方向プライマー、または
ii.配列番号3の順方向プライマーおよび配列番号4の逆方向プライマー、または
iii.配列番号5の順方向プライマーおよび配列番号6の逆方向プライマー、または
iv.配列番号7の順方向プライマーおよび配列番号8の逆方向プライマー、または
v.配列番号9の順方向プライマーおよび配列番号10の逆方向プライマー、または
vi.配列番号11の順方向プライマーおよび配列番号12の逆方向プライマーを含む、少なくとも1対のPCRオリゴヌクレオチドプライマーによるか、あるいは
ボトリチス耐性形質と統計的に相関し、意外にも共分離する、連鎖群6、連鎖群1b、および連鎖群9bから選択される少なくとも1つの連鎖群における任意の隣接マーカーにより同定することができる、少なくとも1つのマーカー遺伝子座に遺伝的に結合される、ステップと、
b.灰色かび病菌耐性を示すステップa)の該植物を、灰色かび病菌に感染しやすいか、あるいは灰色かび病菌に対して中間レベルの耐性を示すトマト植物、具体的には、栽培トマト植物と交配させるステップと、
c.ボトリチス耐性を示し、ステップa)の該少なくとも1つのマーカー遺伝子座との関連性を実証する該交配由来の子孫を選択するステップを含む。
a.灰色かび病菌耐性を示すソラヌム属の植物を選択するステップであり、該耐性は、該灰色かび病菌への耐性の発現を誘導または制御することができる少なくとも1つのQTLまたはその機能部分と関連し、該QTLまたはその機能部分は、該QTLまたはその機能部分に隣接する少なくとも2つのマーカー遺伝子座に遺伝的に結合され、その隣接マーカー遺伝子座を、
i.配列番号1の順方向プライマーおよび配列番号2の逆方向プライマーを含む第1の対のPCRオリゴヌクレオチドプライマー、ならびに配列番号3の順方向プライマーおよび配列番号4の逆方向プライマーを含む第2の対のPCRプライマーとのPCR反応、ならびに/または
ii.配列番号5の順方向プライマーおよび配列番号6の逆方向プライマーを含む第1の対のPCRオリゴヌクレオチドプライマー、ならびに配列番号7の順方向プライマーおよび配列番号8の逆方向プライマーを含む第2の対のPCRプライマーとのPCR反応、ならびに/または
iii.配列番号9の順方向プライマーおよび配列番号10の逆方向プライマーを含む第1の対のPCRオリゴヌクレオチドプライマー、ならびに配列番号11の順方向プライマーおよび配列番号12の逆方向プライマーを含む第2の対のPCRプライマーとのPCR反応において、あるいは
ボトリチス耐性形質に統計的に相関し、意外にも遺伝的に結合される、連鎖群6、連鎖群1b、および連鎖群9bから選択される少なくとも1つの連鎖群における隣接マーカーにより同定することができる、ステップと、
b.灰色かび病菌耐性を示すステップa)の該植物を、灰色かび病菌に感染しやすいか、あるいは灰色かび病菌に対して中間レベルの耐性を示すトマト植物、具体的には、栽培トマト植物と交配させるステップと、
c.ボトリチス耐性を示し、ステップa)の該少なくとも2つのマーカー遺伝子座との関連性を実証する、該交配由来の子孫を選択するステップを含む。
i.実施形態1〜22のうちのいずれか1つに記載の植物、または前述の実施形態のいずれかに記載の方法において得られた植物の種子を播種するステップと、
ii.果実を産生するために該植物を生育するステップと、該植物によって産生された果実を収穫するステップを含む。
i.雄性不稔性雌性植物または系統、および雄性稔性植物または系統を植えるステップであって、該雄性もしくは雌性植物または系統のうちの少なくとも1つは、実施形態1〜21のいずれかに記載の植物である、ステップと、
ii.両系統間で他家受粉を生じさせるステップと、
iii.着果まで子孫植物を生育するステップと、
iv.果実を収集するステップと、
v.雑種種子を得るステップと、を含む。
i.雄性不稔性雌性植物または系統、および雄性稔性植物または系統を植えるステップであって、該雄性もしくは雌性植物または系統のうちの少なくとも1つは、前述の実施形態のいずれかに記載の植物である、ステップと、
ii.両系統間で他家受粉を生じさせるステップと、
iii.本明細書に開示のマーカーのうちの少なくとも1つを用いて、ボトリチス耐性を示し、ステップa)の該少なくとも1つのマーカー遺伝子座との関連性を実証する該交配から子孫を選択するステップと、
iv.着果までiii)で選択される子孫植物を生育するステップと、
v.果実を収集するステップと、
vi.雑種種子を得るステップと、を含む。
本出願の範囲内で用いられる技術用語および表現は、概して、別途以下の本明細書に示されない限り、植物繁殖および栽培の関連技術において、それらに一般に適用される意味をもたらすべきである。
「植物細胞」は、プロトプラストおよび細胞壁を含む、植物の構造および生理学的単位である。植物細胞は、単離した単一組織もしくは培養細胞の形態であるか、あるいは例えば、植物細胞、植物器官、または植物全体等のより高度に組織化された単位の一部であり得る。
a.植物上の果実の保持能力、すなわち、堅い果皮および厚い皮を有し、古い果実が腐敗せず、古い果実の種子が発芽せず、古い果実内の糖類が分解せず、古い果実内で発酵しない、保持能力、
b.著しい衰弱および病害進行を伴うことなく、38℃のオープンスカイ条件下での機械収穫および輸送、ならびに保管に耐える果実の硬度、
c.果実の表皮を剥くために、高圧蒸気に耐える果実の硬度(例えば、105℃〜120℃で15〜30psi)および/または化学物質の適用(例えば、85℃〜99℃で11〜19%NaOH)、
d.ホールトマトを調理するために、高圧蒸気に耐える果実の硬度、
e.ダイストマト産物を作製するために、切断に耐える果実の硬度、ならびに
f.高圧蒸気での調理に耐えるスライスおよびダイストマト産物の硬度等の農学的重要性のうちの1つ以上の形質を担持する、好ましくは、トマト植物、具体的には、栽培トマト植物、特に、栽培ソラヌム・リコペルシクムである。
i.配列番号1の順方向プライマーおよび配列番号2の逆方向プライマー、または
ii.配列番号3の順方向プライマーおよび配列番号4の逆方向プライマー、または
iii.配列番号5の順方向プライマーおよび配列番号6の逆方向プライマー、または
iv.配列番号7の順方向プライマーおよび配列番号8の逆方向プライマー、または
v.配列番号9の順方向プライマーおよび配列番号10の逆方向プライマー、または
vi.配列番号11の順方向プライマーおよび配列番号12の逆方向プライマーを含む、一対のPCRオリゴヌクレオチドプライマーを含むマーカーまたは2組以上のマーカーを用いることができ、
そのプライマーは、分子重量もしくはヌクレオチド配列を示すPCR反応における増幅産物をもたらし、それは、同一のプライマー対とのPCR反応において、本質的に同一であるか、あるいはソラヌム・ハブロカイテス、系統04TEP990312、NCIMB41623から入手可能である対応するPCR増幅産物の対立遺伝子に対する対立遺伝子として見なされてもよく、またはボトリチス耐性形質と統計的に相関し、意外にも共分離する、連鎖群6、連鎖群1b、および連鎖群9bから選択される少なくとも1つの連鎖群における任意の隣接マーカーである。
i.増幅産物につながり、205bp〜235bp、具体的には、210bp〜230bp、具体的には、215bp〜225bpの範囲であり、および/または影響を受けやすいソラヌム・リコペルシクム優良系統、具体的には、系統W5016から入手可能である対応する断片よりも10%〜20%、具体的には、12%〜18%、具体的には、約14%短い、配列番号1の順方向プライマーおよび配列番号2の逆方向プライマーを含むプライマー対、
ii.増幅産物につながり、224bp〜226bpの範囲であり、および/または影響を受けやすいソラヌム・リコペルシクム優良系統、具体的には、系統W5016から入手可能である対応する断片よりも0.4%〜1,8%、具体的には、0.8%〜1.5%長い、配列番号3の順方向プライマーおよび配列番号4の逆方向プライマーを含むプライマー対、
iii.増幅産物につながり、160bp〜170bp、具体的には、162bp〜168bp、具体的には、164bp〜166bpの範囲であり、および/または影響を受けやすいソラヌム・リコペルシクム優良系統、具体的には、系統W5016から入手可能である対応する断片よりも3%〜10%、具体的には、5%〜9%、具体的には、約6%短い、配列番号5の順方向プライマーおよび配列番号6の逆方向プライマーを含むプライマー対、
iv.増幅産物につながり、85bp〜95bp、具体的には、88bp〜92bpの範囲であり、および/または影響を受けやすいソラヌム・リコペルシクム優良系統、具体的には、系統W5016から入手可能である対応する断片よりも5%〜15%、具体的には、8%〜12%、具体的には、約11%短い、配列番号7の順方向プライマーおよび配列番号8の逆方向プライマーを含むプライマー対、
v.増幅産物につながり、290bp〜320bp、具体的には、280bp〜310bpの範囲であり、および/または影響を受けやすいソラヌム・リコペルシクム優良系統、具体的には、系統W5016から入手可能である対応する断片よりも5%〜15%、具体的には、8%〜12%、具体的には、約10%短い、配列番号9の順方向プライマーおよび配列番号10の逆方向プライマーを含むプライマー対、
vi.増幅産物につながり、140bp〜160bp、具体的には、145bp〜155bpの範囲であり、および/または影響を受けやすいソラヌム・リコペルシクム優良系統、具体的には、系統W5016から入手可能である対応する断片よりも10%〜30%、具体的には、15%〜25%、具体的には、約20%短い、配列番号11の順方向プライマーおよび配列番号12の逆方向プライマーを含むプライマー対を用いる、PCR反応において得られる。
i.配列番号1の順方向プライマーおよび配列番号2の逆方向プライマー、または
ii.配列番号3の順方向プライマーおよび配列番号4の逆方向プライマー、または
iii.配列番号5の順方向プライマーおよび配列番号6の逆方向プライマー、または
iv.配列番号7の順方向プライマーおよび配列番号8の逆方向プライマー、または
v.配列番号9の順方向プライマーおよび配列番号10の逆方向プライマー、または
vi.配列番号11の順方向プライマーおよび配列番号12の逆方向プライマーを含む一対のPCRオリゴヌクレオチドプライマー、あるいは
ボトリチス耐性形質と統計的に相関し、意外にも共分離する、連鎖群6、連鎖群1b、および連鎖群9bから選択される少なくとも1つの連鎖群における任意の隣接マーカーを用いて、PCR増幅で得られる増幅産物のヌクレオチド配列を、
当業者および新たに決定されたPCR増幅産物のヌクレオチド配列に基づいて策定される新規のプライマーまたはプライマー対により得ることができる。さらに、本発明に記載され、かつ先の本明細書に開示されるマーカーを、トマトまたは他の種、具体的には、ナス科の種の遺伝子マップ上に位置付けることができ、同一またはホモログもしくはオルソログ領域をマッピングする既知のマーカーを、新規のマーカーを作成するための出発点として用いることができる。
1.ボトリチス属耐性原材料
ボトリチス属への耐性は、ソラヌム・ハブロカイテス受入PI247087において同定され、それから得られた。この受入に関して、以下の供給源履歴を提供することができる:
○ 受入は、1958年1月1日にエクアドルで収集された。
○ 地域:CatamayoとGonzanama,Hacienda Colca,Lojaとの間の土手
○ 収集者:Correll,D.,Crops Research Division−USDA−ARS.
○ 受入は、1958年4月9日に米国メリーランド州に寄贈された。
○ 寄贈者:Correll,D.,Crops Research Division−USDA−ARS.
Northeast Regional PI Station. USDA,ARS,National Genetic Resources Program,630 W.North Street,Geneva,New Yorkにより保持された。
灰色かび病菌の攻撃的な分離株を、QTL分析について、ならびに系統および雑種についても、集団の表現型を評価するために用いた。菌株を、20℃での制御温度下で、固体ポテトデキストロース寒天培地2%(PDA)を有するペトリ皿上に保持した。固体PDA培地において、水1リットル当たり2gのPDAを添加した。材料を、無菌になるまでオートクレーブし、冷却し、ペトリ皿上に注いだ。
20℃での制御温度下の活性培養物を、5日後に得た。菌糸体を含有する寒天の小片を、先端基部、概して、マイクロピペットで取り込んだ。先端は、「担持部分」として用いられる。菌糸体を含有する先端を、茎と接触している切断した葉の残存部分上に配置する。
新しいペトリ皿で、胞子は、4週間後に菌糸体から現れる。胞子を、外科用メスで真菌を除去することによりペトリ皿から収集し、水溶液中に入れる。胞子を含有する菌糸体を水溶液中でミキサーで混合し、Mallassez細胞で計数した。胞子水溶液を、1.106胞子/mLに希釈した。
1.1 ボトリチス菌株収集
コア収集は、2004年および2005年に単離された菌株の収集から構築された。単離株は、形態およびrDNAのITS配列に基づいて特徴付けられた。
種子を、播種に適合した堆肥を有するトレイの中に播種した。トレイを、15時間/9時間(日中/夜間)の光周期を有する気候室中でインキュベートした。10,000luxの光度を有する日中の温度は、24℃±2℃であり、夜間の温度は、18℃±2℃であった。
気候室を12個の実験単位に分け、1080個の植物を含有することができた。
全体の集団をスクリーニングするために、6つの実験のいくつかを行った。初歩的な実験単位は、5つのF4植物の一群であった。5つの耐性および罹病性対照を、気候室の各実験単位で生育した。
QTL研究に関して上述された手順に加えて、系統および雑種を、ビニルハウス下の市場産生設備に近い半人工条件で評価した。
2.1 QTL決定
ボトリチス属への耐性は、ソラヌム・ハブロカイテス受入PI247087において同定された。この受入を、罹病性ソラヌム・リコペルシクム優良系統にいったん戻し交配させ、次に、病理学的試験スクリーニングを介して各世代で最も耐性を示す植物を選択しながら、3世代の間に自家受粉した。同一のソラヌム・リコペルシクム優良系統を、罹病性対照として実施例3で用いた。
−QTL BCT6.1。ロッドスコアピークは、形質および統計的方法により位置34〜38cM、すなわちマーカーNT1293〜NT3736である。説明された分散の割合は、11%〜14%である。
表2:罹病性ソラヌム・リコペルシクム優良系統および系統04TEP990312における実施例1に記載の病理学的試験の結果
耐性ドナー系統04TEP990312において、全ての菌株は茎の傷害を作成できず、それらをこの耐性遺伝子型において有毒であると見なすことができた。
4.1 第1の実験:
先の各サイクル中にそれらの表現型に従って先に選択された29個の進化した系統BC4F3は、遺伝子型同定されており、QTL BCT6.1に対するソラヌム・ハブロカイテス(04TEP990312)遺伝子移入に対して固定化されることが見出された。これらの系統をともに評価し、戻し交配プログラムにおける反復として用いられる罹病性参照であるソラヌム・リコペルシクム罹病性優良系統(TS)と比較した。3つのQTL(BCT1.2、BCT6.1、およびBCT9.1)で耐性対立遺伝子を持つ耐性参照(TR)であるBC2F5系統も実験に含めた。
壊死の長さ(mm)のログ10変換値の統計的有意性を、分散(ANOVA)の分析により評価した。ダンカンの多重範囲検定を用いて、QTL BCT6.1に対してソラヌム・ハブロカイテス(04TEP990312)遺伝子移入を有する系統と、この遺伝子移入を有さない系統との間の5%の有意水準での有意差を検出した。
TR=ソラヌム・リコペルシクム耐性参照系統
P=QTL BCT6.1上のソラヌム・ハブロカイテス(04TEP990312)遺伝子移入に対してホモ接合性のBC4F3系統
以下の2つの実験は、使用される参照の灰色かび病菌株によって異なる。第1の実験では、系統はBcT1菌株でチャレンジされ、第2の実験では、系統はBcT19菌株でチャレンジされた。菌株は、それらの攻撃性のレベルで異なる。
TR=ソラヌム・リコペルシクム耐性参照系統
A=QTL BCT6.1上のソラヌム・ハブロカイテス(04TEP990312)遺伝子移入を有さないBC4F3系統
P=QTL BCT6.1上のソラヌム・ハブロカイテス(04TEP990312)遺伝子移入に対してホモ接合性のBC4F3系統
TR=ソラヌム・リコペルシクム耐性参照系統
A=QTL BCT6.1上のソラヌム・ハブロカイテス(04TEP990312)遺伝子移入を有さないBC4F3系統
P=QTL BCT6.1上のソラヌム・ハブロカイテス(04TEP990312)遺伝子移入に対してホモ接合性のBC4F3系統
以下の3つの実験は、灰色かび病菌の使用した参照菌株によって異なる。第1および第2の実験では、系統はBcT1菌株でチャレンジされ、第3の実験では、系統はBcT19菌株でチャレンジされた。菌株は、それらの攻撃性のレベルで異なる。
TR=ソラヌム・リコペルシクム耐性系統
A=QTL BCT1.2上のソラヌム・ハブロカイテス(04TEP990312)遺伝子移入を有さないBC4F3系統
P=QTL BCT1.2上のソラヌム・ハブロカイテス(04TEP990312)遺伝子移入に対してホモ接合性のBC4F3系統
TR=ソラヌム・リコペルシクム耐性系統
A=QTL BCT9.1上のソラヌム・ハブロカイテス(04TEP990312)遺伝子移入を有さないBC4F3系統
P=QTL BCT9.1上のソラヌム・ハブロカイテス(04TEP990312)遺伝子移入に対してホモ接合性のBC4F3系統
TR=ソラヌム・リコペルシクム耐性系統
A=QTL BCT1.2上のソラヌム・ハブロカイテス(04TEP990312)遺伝子移入を有さないBC4F3系統
P=QTL BCT1.2上のソラヌム・ハブロカイテス(04TEP990312)遺伝子移入に対してホモ接合性のBC4F3系統
TR=ソラヌム・リコペルシクム耐性系統
A=QTL BCT9.1上のソラヌム・ハブロカイテス(04TEP990312)遺伝子移入を有さないBC4F3系統
P=QTL BCT9.1上のソラヌム・ハブロカイテス(04TEP990312)遺伝子移入に対してホモ接合性のBC4F3系統
TR=ソラヌム・リコペルシクム耐性系統
A=QTL BCT1.2上のソラヌム・ハブロカイテス(04TEP990312)遺伝子移入を有さないBC4F3系統
P=QTL BCT1.2上のソラヌム・ハブロカイテス(04TEP990312)遺伝子移入に対してホモ接合性のBC4F3系統
TR=ソラヌム・リコペルシクム耐性系統
A=QTL BCT9.1上のソラヌム・ハブロカイテス(04TEP990312)遺伝子移入を有さないBC4F3系統
P=QTL BCT9.1上のソラヌム・ハブロカイテス(04TEP990312)遺伝子移入に対してホモ接合性のBC4F3系統
ソラヌム・ハブロカイテス04TEP990312の以下の種子試料が、2009年5月21日、Syngenta Participations AGの名のもとに、ブダペスト条約の規定の下で、NCIMB,Ferguson Building,Craibstone Estate,Bucksburn,Aberdeen AB21 9YA,Scotland,UKに寄託された。
Claims (15)
- 灰色かび病菌への耐性を示す栽培トマト植物であって、前記植物は、前記トマト植物における前記灰色かび病菌への耐性の発現を誘導または制御する、少なくとも1つの遺伝的決定因子を含み、前記1つまたは複数の遺伝的決定因子は、連鎖群6、連鎖群1b、および連鎖群9bから選択される、少なくとも1つの連鎖群にマッピングする、トマト植物。
- 前記遺伝的決定因子は、少なくとも1つのマーカー遺伝子座に遺伝的に結合される、灰色かび病菌への前記耐性の発現を誘導または制御することができる、少なくとも1つのQTLまたはその機能部分で表され、それは、前記ボトリチス耐性形質と共分離し、かつPCR反応において、
i.配列番号1の順方向プライマーおよび配列番号2の逆方向プライマー、または
ii.配列番号3の順方向プライマーおよび配列番号4の逆方向プライマー、または
iii.配列番号5の順方向プライマーおよび配列番号6の逆方向プライマー、または
iv.配列番号7の順方向プライマーおよび配列番号8の逆方向プライマー、または
v.配列番号9の順方向プライマーおよび配列番号10の逆方向プライマー、または
vi.配列番号11の順方向プライマーおよび配列番号12の逆方向プライマーを含む、少なくとも一対のPCRオリゴヌクレオチドプライマーによるか、あるいは
前記ボトリチス耐性形質と統計的に相関し、したがって共分離する、連鎖群6、連鎖群1b、および連鎖群9bから選択される少なくとも1つの連鎖群における任意の隣接マーカーにより同定することができる、請求項1に記載のトマト植物。 - 灰色かび病菌への耐性に寄与する前記トマトゲノム中の量的形質遺伝子座に少なくとも1つの対立遺伝子を含み、それは、少なくとも1つのマーカー遺伝子座に遺伝的に結合され、それは、前記灰色かび病菌耐性形質と共分離し、かつPCR反応において、
i.配列番号1の順方向プライマーおよび配列番号2の逆方向プライマー、または
ii.配列番号3の順方向プライマーおよび配列番号4の逆方向プライマー、または
iii.配列番号5の順方向プライマーおよび配列番号6の逆方向プライマー、または
iv.配列番号7の順方向プライマーおよび配列番号8の逆方向プライマー、または
v.配列番号9の順方向プライマーおよび配列番号10の逆方向プライマー、または
vi.配列番号11の順方向プライマーおよび配列番号12の逆方向プライマーを含む、少なくとも一対のPCRオリゴヌクレオチドプライマーによるか、あるいは
前記ボトリチス耐性形質と統計的に相関し、したがって共分離する、連鎖群6、連鎖群1b、および連鎖群9bから選択される少なくとも1つの連鎖群における任意の隣接マーカーにより同定することができる、請求項2に記載のトマト植物。 - 前記少なくとも1つのQTLは、系統NCIMB41623の遺伝的背景を有するドナー植物から入手可能であり、その種子は、寄託番号NCIMB41623で、またはその子孫もしくは祖先において寄託され、前記少なくとも1つのQTLまたはその灰色かび病菌耐性付与部分を含む、請求項2〜3のうちのいずれか1項に記載のトマト植物。
- i.ソラヌム・リコペルシクム属のトマト植物、および/あるいは
ii.半数体、二ゲノム性半数体、近交、または雑種である、前記請求項のいずれかに記載のトマト植物。 - 灰色かび病菌耐性トマト植物を生育することができる、前記請求項のいずれかに記載のトマト植物の種子。
- トマト植物中の灰色かび病菌耐性遺伝子座に結合し、かつ配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、配列番号6、配列番号7、配列番号8、配列番号9、配列番号10、配列番号11、および配列番号12から成る群より選択される少なくとも1つのオリゴヌクレオチドプライマーによるか、あるいは
i.配列番号1の順方向プライマーおよび配列番号2の逆方向プライマーで表されるプライマー対1、
ii.配列番号3の順方向プライマーおよび配列番号4の逆方向プライマーで表されるプライマー対2、
iii.配列番号5の順方向プライマーおよび配列番号6の逆方向プライマーで表されるプライマー対3、
iv.配列番号7の順方向プライマーおよび配列番号8の逆方向プライマーで表されるプライマー対4、
v.配列番号9の順方向プライマーおよび配列番号10の逆方向プライマーで表されるプライマー対5、ならびに
vi.配列番号11の順方向プライマーおよび配列番号12の逆方向プライマーで表されるプライマー対6 から選択される一対のPCRオリゴヌクレオチドプライマーによるか、あるいは
前記ボトリチス耐性形質と統計的に相関し、したがって共分離する、連鎖群6、連鎖群1b、および連鎖群9bから選択される少なくとも1つの連鎖群における隣接マーカーを表す別のプライマーにより増幅することができる、DNAマーカー。 - i.トマト植物中の前記灰色かび病菌耐性遺伝子座の診断的選択、具体的には、連鎖群6、連鎖群1b、および連鎖群9bから選択される少なくとも1つの連鎖群における前記灰色かび病菌耐性遺伝子座の診断的選択のため、あるいは
ii.トマト植物中の前記灰色かび病菌耐性遺伝子座の存在を同定するため、および/またはトマト植物、具体的には、ソラヌム・リコペルシクム植物中の前記灰色かび病菌耐性遺伝子座の遺伝子移入を監視するための、請求項8に記載のDNAマーカーのいくつかもしくは全ての使用。 - PCR反応において入手可能である増幅産物の配列と少なくとも90%の配列同一性を有するポリヌクレオチドであって、配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、配列番号6、配列番号7、配列番号8、配列番号9、配列番号10、配列番号11、および配列番号12から成る群より選択される少なくとも1つのオリゴヌクレオチドプライマー、または
i.配列番号1の順方向プライマーおよび配列番号2の逆方向プライマーで表されるプライマー対1、
ii.配列番号3の順方向プライマーおよび配列番号4の逆方向プライマーで表されるプライマー対2、
iii.配列番号5の順方向プライマーおよび配列番号6の逆方向プライマーで表されるプライマー対3、
iv.配列番号7の順方向プライマーおよび配列番号8の逆方向プライマーで表されるプライマー対4、
v.配列番号9の順方向プライマーおよび配列番号10の逆方向プライマーで表されるプライマー対5、ならびに
vi.配列番号11の順方向プライマーおよび配列番号12の逆方向プライマーで表されるプライマー対6から選択される一対のPCRオリゴヌクレオチドプライマー、あるいは
前記ボトリチス耐性形質と統計的に相関し、したがって共分離する、連鎖群6、連鎖群1b、および連鎖群9bから選択される少なくとも1つの連鎖群における隣接マーカーを表す別のプライマーを含み、同一のプライマーもしくはプライマー対とのPCR反応において、前記それぞれのマーカー遺伝子座は、前記トマト植物中になお存在し、および/またはその対立遺伝子と見なすことができるという条件で、その増幅産物は、ソラヌム・ハブロカイテス04TEP990312から入手可能である増幅産物に相当し、その種子は、寄託番号NCIMB41623で寄託されている、ポリヌクレオチド。 - 灰色かび病菌への耐性と関連する少なくとも1つの対立遺伝子を、灰色かび病菌への耐性に寄与する量的形質遺伝子座で、前記対立遺伝子を欠如するトマト植物の中に遺伝子移入するための方法であって、a)前記請求項のいずれか1項に記載の第1のトマト植物を得ることと、b)前記第1のトマト植物を、第2のトマト植物と交配させることであって、前記第2のトマト植物は、前記対立遺伝子を欠如し、c)増加した灰色かび病菌への耐性を示し、前記灰色かび病菌耐性と共分離する少なくとも1つのマーカー対立遺伝子を含む、前記交配に起因する植物を同定することと、d)任意で、前記植物を単離することと、e)任意で、前記植物を、前記第1または第2のトマト植物と戻し交配させることとを含む、方法。
- 灰色かび病菌への耐性を示すトマト植物を産生するための方法であって、
a.灰色かび病菌耐性を示すソラヌム属の植物を選択するステップであって、前記耐性は、前記灰色かび病菌への耐性の発現を誘導または制御することができる、少なくとも1つのQTLまたはその機能部分と関連しており、前記QTLまたはその機能部分は、前記ボトリチス耐性形質と共分離し、かつPCR反応において、
i.配列番号1の順方向プライマーおよび配列番号2の逆方向プライマー、または
ii.配列番号3の順方向プライマーおよび配列番号4の逆方向プライマー、または
iii.配列番号5の順方向プライマーおよび配列番号6の逆方向プライマー、または
iv.配列番号7の順方向プライマーおよび配列番号8の逆方向プライマー、または
v.配列番号9の順方向プライマーおよび配列番号10の逆方向プライマー、または
vi.配列番号11の順方向プライマーおよび配列番号12の逆方向プライマーを含む、少なくとも一対のPCRオリゴヌクレオチドプライマーによるか、あるいは
前記ボトリチス耐性形質と統計的に相関し、したがって共分離する、連鎖群6、連鎖群1b、および連鎖群9bから選択される少なくとも1つの連鎖群における任意の隣接マーカーにより同定することができる、少なくとも1つのマーカー遺伝子座に遺伝的に結合される、ステップと、
b.灰色かび病菌耐性を示すステップa)の前記植物を、灰色かび病菌に感染しやすいか、あるいは灰色かび病菌に対して中間レベルの耐性を示すトマト植物と交配させるステップと、
c.請求項8に記載のマーカーのうちの少なくとも1つを用いて、ボトリチス耐性を示し、ステップa)の前記少なくとも1つのマーカー遺伝子座との関連性を実証する前記交配由来の子孫を選択するステップと、を含む方法。 - 灰色かび病菌に耐性を示すトマト果実を得るための方法であって、
i.請求項1〜5のいずれか1項に記載の植物または請求項11に記載の方法において得られた植物の種子を播種するステップと、
ii.果実を産生するために、前記植物を生育するステップおよび前記植物によって産生された前記果実を収穫するステップと、を含む、方法。 - i.配列番号1の順方向プライマーおよび配列番号2の逆方向プライマーを含む、第1の対のPCRオリゴヌクレオチドプライマーで表される少なくとも第1のDNAマーカー、ならびに/または配列番号3の順方向プライマーおよび配列番号4の逆方向プライマーを含む、第2の対のPCRプライマーで表される少なくとも第2のDNAマーカーと関連する、植物受入NCIMB41623の連鎖群6、
ii.配列番号5の順方向プライマーおよび配列番号6の逆方向プライマーを含む第1の対のPCRオリゴヌクレオチドプライマー、ならびに配列番号7の順方向プライマーおよび配列番号8の逆方向プライマーを含む第2の対のPCRプライマーで表される少なくとも第1のDNAマーカーと関連する、植物受入NCIMB41623の連鎖群1b、あるいは
iii.配列番号9の順方向プライマーおよび配列番号10の逆方向プライマーを含む第1の対のPCRオリゴヌクレオチドプライマーで表される少なくとも第1のDNAマーカー、ならびに/または配列番号11の順方向プライマーおよび配列番号12の逆方向プライマーを含む第2の対のPCRプライマーで表される隣接マーカーと関連する、植物受入NCIMB41623の連鎖群9bにマッピングする、灰色かび病菌耐性付与QTLまたはその灰色かび病菌耐性付与部分。 - 灰色かび病菌による感染に対してトマト植物の作物を保護する方法であって、前記方法は、請求項6に記載の種子を植えることと、灰色かび病菌に対して耐性を示すトマト植物を生育することと、を特徴とする、方法。
- ボトリチス属に耐性を示すトマトの雑種種子を産生する方法であって、
i.雄性不稔性雌性植物または系統、および雄性稔性植物または系統を植えるステップであって、前記雄性もしくは雌性植物または系統のうちの少なくとも1つは、請求項1〜5のいずれかに記載の植物である、ステップと、
ii.両系統間で他家受粉を生じさせるステップと、
iii.着果まで前記子孫植物を生育するステップと、
iv.前記果実を収集するステップと、
v.前記雑種種子を得るステップと、を含む、方法。
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