JP2011517941A - 被験者における結腸直腸癌の確率を決定するための方法および装置 - Google Patents
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Abstract
Description
本出願は、2008年4月10日出願の米国特許仮出願第61123798号、および2008年4月11日出願の米国特許仮出願第61123831号の利益を主張するものである。両方の特許仮出願の内容全体は参照により本明細書に組み込まれているものとする。
確率を出力する段階とを含み、試験データが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率が、被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を表す方法が提供される。
これから明らかになるように、本発明の一態様の好ましい特色および特徴は、本発明の他のどんな態様にも適用可能である。本明細書で使用されるように、単数形「a」、「an」および「the」は、文脈が他の方法で明確に指示することがなければ、複数指示対象を含むことに注意すべきである。
ic systems. Science、1988年;240:1285〜93頁、Zweig MH、Campbell G. Receiver-operating characteristic (ROC) plots:a fundamental evaluation tool in clinical medicine. Clin Chem、1993年;39:561〜77頁、Witten IH、Frank Eibe. Data Mining:Practical Machine Learning Tools and Techniques (第2版)、Morgan Kaufman、2005年、Deutsch JM. Evolutionary algorithms for finding optimal gene sets in microarray prediction. Bioinformatics、2003年;19:45〜52頁、Niels Landwehr、Mark HallおよびEibe Frank (2003)、Logistic Model Trees. 241〜252頁、Machine Learning:ECML 2003年:14th European Conference on Machine Learning、クロアチアCavtat-Dubrovnik、2003年9月22〜26、プロシーディングス、出版社:Springer-Verlag GmbH、ISSN:0302-9743を参照されたい)。学習機械に関連するそのような数学モデルの例には、ランダムフォレスト方法、ロジスティック回帰方法、神経回路網方法、k平均方法、主成分分析方法、最近傍分類器分析方法、線形判別分析、方法、二次判別分析方法、サポートベクターマシーン方法、決定木方法、遺伝的アルゴリズム方法、バギング方法を用いた分類子最適化、ブースティング方法を用いた分類子最適化、ランダムサブスペース方法を用いた分類子最適化、投影追跡方法、遺伝的プログラミングおよび加重投票方法が含まれる。
値=[被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベル]/[結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベル]
値=[被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベル]-[結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベル]
陰性対照データを提供する段階と、(c)試験データが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率を決定する段階とを含み、試験データが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率が、被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を表す方法である。本明細書中に開示する本発明の別の態様は、ヒト被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を決定する方法であって、(a)被験者の血液中のLMNB1遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定し、それによって試験データを作成する段階と、(b)結腸直腸癌に罹っているヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陽性対照データを提供し、結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データを提供する段階と、(c)試験データが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率を決定する段階とを含み、試験データが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率が、被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を表す方法である。本明細書中に開示する本発明の別の態様は、ヒト被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を決定する方法であって、(a)被験者の血液中のPRRG4遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定し、それによって試験データを作成する段階と、(b)結腸直腸癌に罹っているヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陽性対照データを提供し、結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データを提供する段階と、(c)試験データが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率を決定する段階とを含み、試験データが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率が、被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を表す方法である。本明細書中に開示する本発明の別の態様は、ヒト被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を決定する方法であって、(a)被験者の血液中のTNFAIP6遺伝子によりコードされる
RNAのレベルを決定し、それによって試験データを作成する段階と、(b)結腸直腸癌に罹っているヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陽性対照データを提供し、結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データを提供する段階と、(c)試験データが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率を決定する段階とを含み、試験データが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率が、被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を表す方法である。本明細書中に開示する本発明の別の態様は、ヒト被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を決定する方法であって、(a)被験者の血液中のVNN1遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定し、それによって試験データを作成する段階と、(b)結腸直腸癌に罹っているヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陽性対照データを提供し、結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データを提供する段階と、(c)試験データが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率を決定する段階とを含み、試験データが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率が、被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を表す方法である。
されるRNAおよびACTBによりコードされるRNAの二重定量的逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応解析を介して決定されることが含まれる。本明細書中に開示する本発明の態様の一実施形態には、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、被験者の血液中のIL2RBによりコードされるRNAのレベルに対する比として決定されることが含まれる。この後者の実施形態の一態様には、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルおよび被験者の血液中のIL2RBによりコードされるRNAのレベルが、前記遺伝子によりコードされるRNAおよびIL2RBによりコードされるRNAの二重定量的逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応解析を介して決定されることが含まれる。
データが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率が、被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を表す方法である。本明細書中に開示する本発明の別の態様は、ヒト被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を、被験者の血液中のANXA3遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す試験データから決定するコンピュータベースの方法であって、以下のコンピュータ実装段階:被験者の血液中のIL2RB遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す試験データを、コンピュータに入力する段階と、結腸直腸癌に罹っているヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陽性対照データ、および結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データから導き出される数学モデルであって、前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表すデータが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率を決定することを目的とする前記数学モデルを、コンピュータを使用して試験データに適用させる段階と、(b)遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表すデータが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率を出力する段階とを含み、試験データが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率が、被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を表す方法である。本明細書中に開示する本発明の別の態様は、ヒト被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を、被験者の血液中のANXA3遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す試験データから決定するコンピュータベースの方法であって、以下のコンピュータ実装段階:(a)結腸直腸癌に罹っているヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陽性対照データ、および結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データから導き出される数学モデルであって、前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表すデータが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率を決定することを目的とする前記数学モデルを試験データに適用
する段階と、(b)遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表すデータが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率を出力する段階とを含み、試験データが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率が、被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を表す方法である。本明細書中に開示する本発明の別の態様は、ヒト被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を、被験者の血液中のANXA3遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す試験データから決定するコンピュータベースの方法であって、以下のコンピュータ実装段階:(a)結腸直腸癌に罹っているヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陽性対照データ、および結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データから導き出される数学モデルであって、前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表すデータが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率を決定することを目的とする前記数学モデルを試験データに適用する段階と、(b)遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表すデータが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率を出力する段階とを含み、試験データが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率が、被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を表す方法である。本明細書中に開示する本発明の別の態様は、ヒト被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を、被験者の血液中のANXA3遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す試験データから決定するコンピュータベースの方法であって、以下のコンピュータ実装段階:(a)結腸直腸癌に罹っているヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陽性対照データ、および結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データから導き出される数学モデルであって、前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表すデータが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率を決定することを目的とする前記数学モデルを
試験データに適用する段階と、(b)遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表すデータが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率を出力する段階とを含み、試験データが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率が、被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を表す方法である。本明細書中に開示する本発明の別の態様は、ヒト被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を、被験者の血液中のANXA3遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す試験データから決定するコンピュータベースの方法であって、以下のコンピュータ実装段階:(a)結腸直腸癌に罹っているヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陽性対照データ、および結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データから導き出される数学モデルであって、前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表すデータが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率を決定することを目的とする前記数学モデルを試験データに適用する段階と、(b)遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表すデータが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率を出力する段階とを含み、試験データが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率が、被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を表す方法である。
験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、同一の方法を介して決定されることである。本明細書中に開示する本発明の本態様の一実施形態は、試験データが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率を決定する段階が、陽性対照データおよび陰性対照データから導き出される数学モデルであって、前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表すデータが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率を決定することを目的とする前記数学モデルを試験データに適用することによって達成されることである。本明細書中に開示する本発明の本態様の一実施形態は、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、被験者の血液中のACTBによりコードされるRNAのレベルに対する比として決定されることである。さらなる実施形態では、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルおよび被験者の血液中のACTBによりコードされるRNAのレベルが、前記遺伝子によりコードされるRNAおよびACTBによりコードされるRNAの二重定量的逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応解析を介して決定される。本明細書中に開示する本発明の本態様の一実施形態は、1つまたは複数の遺伝子のセットが、ANXA3、CLEC4D、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1からなる群から選択される1つまたは複数の遺伝子のセットであり、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、被験者の血液中のIL2RBによりコードされるRNAのレベルに対する比として決定されることである。さらなる実施形態では、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルおよび被験者の血液中のIL2RBによりコードされるRNAのレベルは、遺伝子によりコードされるRNAおよびIL2RBによりコードされるRNAの二重定量的逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応解析を介して決定される。
によりコードされるRNAの二重定量的逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応解析を介して決定されることである。本明細書中に開示する本発明の本態様の一実施形態は、1つまたは複数の遺伝子のセットが、ANXA3、CLEC4D、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1からなる群から選択される1つまたは複数の遺伝子のセットであり、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、被験者の血液中のIL2RBによりコードされるRNAのレベルに対する比として決定されることである。本明細書中に開示する本発明の本態様のさらなる実施形態では、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルおよび被験者の血液中のIL2RBによりコードされるRNAのレベルは、遺伝子によりコードされるRNAおよびIL2RBによりコードされるRNAの二重定量的逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応解析を介して決定される。本明細書中に開示する本発明の本態様の一実施形態は、1つまたは複数の遺伝子のセットがPRRG4からなることである。本明細書中に開示する本発明の本態様の一実施形態は、1つまたは複数の遺伝子のセットがIL2RBおよびPRRG4からなることである。
トがACTBおよびANXA3からなることである。本明細書中に開示する本発明の本態様の一実施形態は、キットの1つまたは複数の遺伝子の1つまたは複数の遺伝子のセットがACTBおよびCLEC4Dからなることである。本明細書中に開示する本発明の本態様の一実施形態は、キットの1つまたは複数の遺伝子の1つまたは複数の遺伝子のセットがACTBおよびIL2RBからなることである。本明細書中に開示する本発明の本態様の一実施形態は、キットの1つまたは複数の遺伝子の1つまたは複数の遺伝子のセットがACTBおよびLMNB1からなることである。本明細書中に開示する本発明の本態様の一実施形態は、キットの1つまたは複数の遺伝子の1つまたは複数の遺伝子のセットがACTBおよびPRRG4からなることである。本明細書中に開示する本発明の本態様の一実施形態は、キットの1つまたは複数の遺伝子の1つまたは複数の遺伝子のセットがACTBおよびTNFAIP6からなることである。本明細書中に開示する本発明の本態様の一実施形態は、キットの1つまたは複数の遺伝子の1つまたは複数の遺伝子のセットがACTBおよびVNN1からなることである。本明細書中に開示する本発明の本態様の一実施形態は、キットの1つまたは複数の遺伝子の1つまたは複数の遺伝子のセットが、IL2RB、ならびにANXA3、CLEC4D、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1からなる群から選択される1つまたは複数の遺伝子からなることである。本明細書中に開示する本発明の本態様の一実施形態は、キットの1つまたは複数の遺伝子の1つまたは複数の遺伝子のセットがIL2RBおよびANXA3からなることである。本明細書中に開示する本発明の本態様の一実施形態は、キットの1つまたは複数の遺伝子の1つまたは複数の遺伝子のセットがIL2RBおよびCLEC4Dからなることである。本明細書中に開示する本発明の本態様の一実施形態は、キットの1つまたは複数の遺伝子の1つまたは複数の遺伝子のセットがIL2RBおよびLMNB1からなることである。本明細書中に開示する本発明の本態様の一実施形態は、キットの1つまたは複数の遺伝子の1つまたは複数の遺伝子のセットがIL2RBおよびPRRG4からなることである。本明細書中に開示する本発明の本態様の一実施形態は、キットの1つまたは複数の遺伝子の1つまたは複数の遺伝子のセットがIL2RBおよびTNFAIP6からなることである。本明細書中に開示する本発明の本態様の一実施形態は、キットの1つまたは複数の遺伝子の1つまたは複数の遺伝子のセットがIL2RBおよびVNN1からなることである。
類する方法であって、(a)被験者の血液中のIL2RB遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定し、それによって試験データを作成する段階と、(b)結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データを提供する段階と、(c)被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも高いかどうかを示す値を作成するための数式を、試験データおよび陰性対照データに適用する段階とを含み、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも低いことを前記値が示す場合は、被験者が、結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類される方法である。本明細書中に開示する本発明の別の態様は、ヒト被験者を結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類する方法であって、(a)被験者の血液中のLMNB1遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定し、それによって試験データを作成する段階と、(b)結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データを提供する段階と、(c)被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも高いかどうかを示す値を作成するための数式を、試験データおよび陰性対照データに適用する段階とを含み、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも高いことを前記値が示す場合は、被験者が、結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類される方法である。本明細書中に開示する本発明の別の態様は、ヒト被験者を結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類する方法であって、(a)被験者の血液中のPRRG4遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定し、それによって試験データを
作成する段階と、(b)結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データを提供する段階と、(c)被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも高いかどうかを示す値を作成するための数式を、試験データおよび陰性対照データに適用する段階とを含み、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも高いことを前記値が示す場合は、被験者が、結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類される方法である。本明細書中に開示する本発明の別の態様は、ヒト被験者を結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類する方法であって、(a)被験者の血液中のTNFAIP6遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定し、それによって試験データを作成する段階と、(b)結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データを提供する段階と、(c)被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも高いかどうかを示す値を作成するための数式を、試験データおよび陰性対照データに適用する段階とを含み、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも高いことを前記値が示す場合は、被験者が、結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類される方法である。本明細書中に開示する本発明の別の態様は、ヒト被験者を結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類する方法であって、(a)被験者の血液中のVNN1遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定し、それによって試験データを作成する段階と、(b)結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性
対照データを提供する段階と、(c)被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも高いかどうかを示す値を作成するための数式を、試験データおよび陰性対照データに適用する段階とを含み、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも高いことを前記値が示す場合は、被験者が、結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類される方法である。
が、被験者の血液中のIL2RBによりコードされるRNAのレベルに対する比として決定されること、ならびに/または被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルおよび被験者の血液中のIL2RBによりコードされるRNAのレベルが、前記遺伝子によりコードされるRNAおよびIL2RBによりコードされるRNAの二重定量的逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応解析を介して決定されることが含まれる。
タベースの方法であって、以下のコンピュータ実装段階:(a)被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも高いかどうかを示す値を作成するための数式を、被験者の血液中のIL2RB遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す試験データ、および結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データに適用する段階と、(b)前記値を出力する段階とを含み、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも低いことを前記値が示す場合は、被験者が、結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類される方法である。本明細書中に開示する本発明の別の態様は、ヒト被験者を結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類するコンピュータベースの方法であって、以下のコンピュータ実装段階:(a)被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも高いかどうかを示す値を作成するための数式を、被験者の血液中のLMNB1遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す試験データ、および結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データに適用する段階と、(b)前記値を出力する段階とを含み、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも高いことを前記値が示す場合は、被験者が、結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類される方法である。本明細書中に開示する本発明の別の態様は、ヒト被験者を結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類するコンピュータベースの方法であって、以下のコンピュータ実装段階:(a)被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが結腸直腸癌に罹っていな
いヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも高いかどうかを示す値を作成するための数式を、被験者の血液中のPRRG4遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す試験データ、および結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データに適用する段階と、(b)前記値を出力する段階とを含み、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも低いことを前記値が示す場合は、被験者が、結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類される方法である。本明細書中に開示する本発明の別の態様は、ヒト被験者を結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類するコンピュータベースの方法であって、以下のコンピュータ実装段階:(a)被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも高いかどうかを示す値を作成するための数式を、被験者の血液中のTNFAIP6遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す試験データ、および結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データに適用する段階と、(b)前記値を出力する段階とを含み、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも低いことを前記値が示す場合は、被験者が、結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類される方法である。本明細書中に開示する本発明の別の態様は、ヒト被験者を結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類するコンピュータベースの方法であって、以下のコンピュータ実装段階:(a)被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも高いかどうかを示す値を作成するための数式を、被験者の血液中のV
NN1遺伝子によりコードされるRNAのレベルの試験データ、および結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データに適用する段階と、(b)前記値を出力する段階とを含み、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも低いことを前記値が示す場合は、被験者が、結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類される方法である。
開示する本発明の別の態様は、被験者が一般集団と比べて結腸直腸癌に罹るリスクが増加しているかどうかを決定する方法であって、(a)被験者から血液の試験試料を入手する段階と、(i)血液の試験試料中のラミンB1(LMNB1)遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定する段階と、(ii)段階(i)において決定される前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを、血液の対照試料中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルと比較する段階と、(b)血液の試験試料中の遺伝子によりコードされるRNAのレベルが血液の対照試料中のそれよりも高い場合に、被験者が一般集団と比べて結腸直腸癌に罹るリスクが増加していると結論づける段階とを含む方法である。本明細書中に開示する本発明の別の態様は、被験者が一般集団と比べて結腸直腸癌に罹るリスクが増加しているかどうかを決定する方法であって、(a)被験者から血液の試験試料を入手する段階と、(i)血液の試験試料中のプロリンリッチなGla(Gカルボキシグルタミン酸)4(膜貫通型)(PRRG4)遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定する段階と、(ii)段階(i)において決定される前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを、血液の対照試料中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルと比較する段階と、(b)血液の試験試料中の遺伝子によりコードされるRNAのレベルが血液の対照試料中のそれよりも高い場合に、被験者が一般集団と比べて結腸直腸癌に罹るリスクが増加していると結論づける段階とを含む方法である。本明細書中に開示する本発明の別の態様は、被験者が一般集団と比べて結腸直腸癌に罹るリスクが増加しているかどうかを決定する方法であって、(a)被験者から血液の試験試料を入手する段階と、(i)血液の試験試料中の腫瘍壊死因子、α誘導タンパク質6遺伝子(TNFAIP6)によりコードされるRNAのレベルを決定する段階と、(ii)段階(i)において決定される前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを、血液の対照試料中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルと比較する段階と、(b)血液の試験試料中の遺伝子によりコードされるRNAのレベルが血液の対照試料中のそれよりも高い場合に、被験者が一般集団と比べて結腸直腸癌に罹るリスクが増加していると結論づける段階とを含む方法である。
本明細書中に開示する本発明の別の態様は、被験者が一般集団と比べて結腸直腸癌に罹るリスクが増加しているかどうかを決定する方法であって、(a)被験者から血液の試験試料を入手する段階と、(i)血液の試験試料中のバニン1(VNN1)遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定する段階と、(ii)段階(i)において決定される前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを、血液の対照試料中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルと比較する段階と、(b)血液の試験試料中の遺伝子によりコードされるRNAのレベルが血液の対照試料中のそれよりも高い場合に、被験者が一般集団と比べて結腸直腸癌に罹るリスクが増加していると結論づける段階とを含む方法である。被験者が一般集団と比べて結腸直腸癌に罹るリスクが増加しているかどうかを決定するこれらの方法のこれら8つの態様のうちの任意の1つの一実施形態では、対照試料は、結腸直腸癌に罹っていないと診断された個体由来である。
(実施例1)
一般的な材料および方法
導入:以下の材料および方法には、Affymetrix U133Plus 2.0 GeneChipオリゴヌクレオチドアレイ(Affymetrix、カリフォルニア州Santa Clara)を用いたアレイハイブリダイゼーション解析(データ示さず)により、血液中の結腸直腸癌マーカー遺伝子として出願人らによって驚くべきことに同定された、遺伝子によりコードされるRNAのレベルの血液の解析が、定量的逆転写酵素PCR解析による結腸直腸癌を診断するための血液マーカーとしても役割を果たすことができることを実証するために行った実験を記載する。
P={1+e^-[K0+K1L1+K2L2+K3L3...+KnLn]}^-1
[式中、Pは、被験者が結腸直腸の病理を全く有さないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率であり、K0は定数であり、K1は、第1のマーカー遺伝子に特異的な係数であり、L1は、第1の遺伝子によりコードされるRNAのレベル対被験者の血液中の参照遺伝子によりコードされるRNAのレベルの比であり、K2は、第2のマーカー遺伝子に特異的な係数であり、L2は、第2の遺伝子によりコードされるRNAのレベル対被験者の血液中の参照遺伝子によりコードされるRNAのレベルの比であり、K3は、第3のマーカー遺伝子に特異的な係数であり、L3は、第3の遺伝子によりコードされるRNAのレベル対被験者の血液中の参照遺伝子によりコードされるRNAのレベルの比であり、Knは、第n個目のマーカー遺伝子に特異的な係数であり、Lnは、第n個目の遺伝子によりコードされるRNAのレベル対被験者の血液中の参照遺伝子によりコードされるRNAのレベルの比である]。マーカー遺伝子によりコードされるRNAのレベル対参照遺伝子によりコードされるRNAのレベルの比は、サイクル数(Ct)の変化(ΔCt)として計算し、蛍光の増加は方程式:ΔCt=Ct(マーカー遺伝子)-Ct(参照遺伝子)に従ってマーカー遺伝子と参照遺伝子との間で指数関数的であった。本明細書中で使用するキャレット記号「^」とは、キャレットに先行する値を、キャレットに続く値に対応する値までべき乗することを示す。
ANXA3、CLEC4D、IL2RB、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6および/またはVNN1の任意の組合せによりコードされるRNAの血液レベルの測定を用いて、被験者が結腸直腸の病理を全く有さないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を決定することができる
上記「一般的な材料および方法」を参照されたい。
試料訓練セット:
結腸直腸の病理を全く有さない被験者と比較した結腸直腸癌に罹っている被験者の血液中のANXA3、CLEC4D、IL2RB、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1によりコードされるRNAの有意に異なるレベルの発見:ハウスキーピング遺伝子ACTBを遺伝子発現レベルの正規化の二重鎖パートナーとして用いて、117人の結腸直腸癌に罹っている被験者および130人の結腸直腸の病理を全く有さない被験者からの血液試料の訓練セットにおける遺伝子発現の定量的逆転写酵素PCR解析を行った。測定された正規化したRNAレベルをTable4(表5)に示す。
P={1+e^-[0.684+(-0.916)(LANXA3)+(0.353)(LCLEC4D)+(0.871)(LIL2RB)+(0.907)(LLMNB1)+(-0.968)(LPRRG4)+(0.154)(LTNFAIP6)+(-0.355)(LVNN1)]}^-1
[式中、Pは、被験者が結腸直腸の病理を全く有さないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率であり、LANXA3は、ANXA3によりコードされるRNAのレベル対被験者の血液中のACTBによりコードされるRNAのレベルの比であり、LCLEC4Dは、CLEC4DによりコードされるRNAのレベル対被験者の血液中のACTBによりコードされるRNAのレベルの比であり、LIL2RBは、IL2RBによりコードされるRNAのレベル対被験者の血液中のACTBによりコードされるRNAのレベルの比であり、LLMNB1は、LMNB1によりコードされるRNAのレベル対被験者の血液中のACTBによりコードされるRNAのレベルの比であり、LPRRG4は、PRRG4によりコードされるRNAのレベル対被験者の血液中のACTBによりコードされるRNAのレベルの比であり、LTNFAIP6は、TNFAIP6によりコードされるRNAのレベル対被験者の血液中のACTBによりコードされるRNAのレベルの比であり、LVNN1は、VNN1によりコードされるRNAのレベル対被験者の血液中のACTBによりコードされるRNAのレベルの比である]。
P={1+e^-[4.311+(-0.659)(LPRRG4)]}^-1
[式中、Pは、被験者が結腸直腸の病理を全く有さないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率であり、LPRRG4は、PRRG4によりコードされるRNAのレベル対被験者の血液中のACTBによりコードされるRNAのレベルの比である]。
IL2RBによりコードされるRNAのレベルと比較した、ANXA3、CLEC4D、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6および/またはVNN1の任意の組合せによりコードされるRNAの血液レベルの測定を用いて、被験者が結腸直腸の病理を全く有さないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を決定することができる
上記「一般的な材料および方法」を参照されたい。
試料訓練セット:
結腸直腸の病理を全く有さない被験者と比較した結腸直腸癌に罹っている被験者の血液における、IL2RBに対して正規化したANXA3、CLEC4D、LMNB1、PRRG4、VNN1、TNFAIP6によりコードされるRNAの有意に異なるレベルの発見:IL2RBを遺伝子発現レベルの正規化の二重鎖パートナーとして用いて、116人の結腸直腸癌に罹っている被験者および127人の結腸直腸の病理を全く有さない被験者からの血液試料の訓練セットにおける遺伝子発現の定量的逆転写酵素PCR解析を行った。測定された正規化したRNAレベルをTable9(表10)に示す。
P={1+e^-[(-0.196)+(-1.042)(LANXA3)+(0.393)(LCLEC4D)+(1.272)(LLMNB1)+(-1.837)(LPRRG4)+(0.289)(LTNFAIP6)+(-0.153)(LVNN1)]}^-1
[式中、Pは、被験者が結腸直腸の病理を全く有さないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率であり、LANXA3は、ANXA3によりコードされるRNAのレベル対被験者の血液中のIL2RBによりコードされるRNAのレベルの比であり、LCLEC4Dは、CLEC4DによりコードされるRNAのレベル対被験者の血液中のIL2RBによりコードされるRNAのレベルの比であり、LLMNB1は、LMNB1によりコードされるRNAのレベル対被験者の血液中のIL2RBによりコードされるRNAのレベルの比であり、LPRRG4は、PRRG4によりコードされるRNAのレベル対被験者の血液中のIL2RBによりコードされるRNAのレベルの比であり、LTNFAIP6は、TNFAIP6によりコードされるRNAのレベル対被験者の血液中のIL2RBによりコードされるRNAのレベルの比であり、LVNN1は、VNN1によりコードされるRNAのレベル対被験者の血液中のIL2RBによりコードされるRNAのレベルの比である]。
P={1+e^-[0.288+(-1.392)(LPRRG4)]}^-1
[式中、Pは、被験者が結腸直腸の病理を全く有さないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率であり、LPRRG4は、PRRG4によりコードされるRNAのレベル対被験者の血液中のIL2RBによりコードされるRNAのレベルの比である]。
ACTBのそれに対して正規化した、結腸直腸癌マーカーANXA3、CLEC4D、IL2RB、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1によりコードされるRNAの血液レベルを用いた、被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率の決定。
被験者由来の血液試料を、上記実施例1に記載のように、ACTB、ANXA3、CLEC4D、IL2RB、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1によりコードされるRNAのレベルについて解析し、それによって試験データを作成した。Table6(表7)のロジスティック回帰モデル#1を試験データに適用し、それによって被験者が結腸直腸の病理を全く有さないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率が提供された。
IL2RBのそれに対して正規化した、結腸直腸癌マーカーANXA3、CLEC4D、IL2RB、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1によりコードされるRNAの血液レベルを用いた、被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率の決定。
被験者由来の血液試料を、上記実施例1に記載のように、ANXA3、CLEC4D、IL2RB、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1によりコードされるRNAのレベルについて解析し、それによって試験データを作成した。Table11(表12)のロジスティック回帰モデル#64(表12)を試験データに適用し、それによって被験者が結腸直腸の病理を全く有さないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率が提供された。
IL2RBによりコードされるRNAのレベルと比較した、ANXA3、CLEC4D、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1の組合せによりコードされるRNAの血液レベルの測定を用いて、被験者が結腸直腸の病理を全く有さないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を決定することができる
上記「一般的な材料および方法」を参照されたい。
試料訓練セット:
結腸直腸の病理を全く有さない被験者と比較した結腸直腸癌に罹っている被験者の血液における、IL2RBに対して正規化したANXA3、CLEC4D、LMNB1、PRRG4、VNN1、TNFAIP6によりコードされるRNAの有意に異なるレベルの発見:IL2RBを遺伝子発現レベルの正規化の二重鎖パートナーとして用いて、112人の結腸直腸癌に罹っている被験者および120人の結腸直腸の病理を全く有さない被験者からの血液試料の訓練セット(上記実施例3のTable9(表10)に記載の試料の部分組)における遺伝子発現の定量的逆転写酵素PCR解析を行った。測定された正規化したRNAレベルをTable14(表15)に示す。
P={1+e^-[(0.126)+(-1.406)(LANXA3)+(0.399)(LCLEC4D)+(1.874)(LLMNB1)+(-1.846)(LPRRG4)+(0.333)(LTNFAIP6)+(-0.277)(LVNN1)]}^-1
[式中、Pは、被験者が結腸直腸の病理を全く有さないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率であり、LANXA3は、ANXA3によりコードされるRNAのレベル対被験者の血液中のIL2RBによりコードされるRNAのレベルの比であり、LCLEC4Dは、CLEC4DによりコードされるRNAのレベル対被験者の血液中のIL2RBによりコードされるRNAのレベルの比であり、LLMNB1は、LMNB1によりコードされるRNAのレベル対被験者の血液中のIL2RBによりコードされるRNAのレベルの比であり、LPRRG4は、PRRG4によりコードされるRNAのレベル対被験者の血液中のIL2RBによりコードされるRNAのレベルの比であり、LTNFAIP6は、TNFAIP6によりコードされるRNAのレベル対被験者の血液中のIL2RBによりコードされるRNAのレベルの比であり、LVNN1は、VNN1によりコードされるRNAのレベル対被験者の血液中のIL2RBによりコードされるRNAのレベルの比である]。
IL2RBのそれに対して正規化した、結腸直腸癌マーカーANXA3、CLEC4D、IL2RB、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1によりコードされるRNAの血液レベルを用いた、被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率の決定。
被験者由来の血液試料を、上記実施例1に記載のように、ANXA3、CLEC4D、IL2RB、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1によりコードされるRNAのレベルについて解析し、それによって試験データを作成した。Table16(表17)のロジスティック回帰モデル#191を試験データに適用し、それによって被験者が結腸直腸の病理を全く有さないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率が提供された。
102 データ処理ユニット(CPU)
104 メモリ
106 コミュニケーションバス
108 ユーザインターフェース
110 ディスク
112 ディスクコントローラ
114 インターフェースカード
126 マウス
128 ディスプレイ
130 キーボード
134 ネットワークインターフェース
140 オペレーティングシステム
142 ファイルシステム
144 ユーザインターフェースコントローラ
146 データベース
148 グラフィックスコントローラ
150 浮動小数点コプロセッサ
152 アプリケーションプログラム
Claims (181)
- ヒト被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を決定する方法であって、
(a)被験者の血液中のANXA3遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定し、それによって試験データを作成する段階と、
(b)結腸直腸癌に罹っているヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陽性対照データを提供し、結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データを提供する段階と、
(c)試験データが前記陽性対照データに一致し前記陰性対照データに一致しない確率を決定する段階と
を含み、試験データが前記陽性対照データに一致し前記陰性対照データに一致しない確率が、被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を表す方法。 - ヒト被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を決定する方法であって、
(a)被験者の血液中のCLEC4D遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定し、それによって試験データを作成する段階と、
(b)結腸直腸癌に罹っているヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陽性対照データを提供し、結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データを提供する段階と、
(c)試験データが前記陽性対照データに一致し前記陰性対照データに一致しない確率を決定する段階と
を含み、試験データが前記陽性対照データに一致し前記陰性対照データに一致しない確率が、被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を表す方法。 - ヒト被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を決定する方法であって、
(a)被験者の血液中のIL2RB遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定し、それによって試験データを作成する段階と、
(b)結腸直腸癌に罹っているヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陽性対照データを提供し、結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データを提供する段階と、
(c)試験データが前記陽性対照データに一致し前記陰性対照データに一致しない確率を決定する段階と
を含み、試験データが前記陽性対照データに一致し前記陰性対照データに一致しない確率が、被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を表す方法。 - ヒト被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を決定する方法であって、
(a)被験者の血液中のLMNB1遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定し、それによって試験データを作成する段階と、
(b)結腸直腸癌に罹っているヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陽性対照データを提供し、結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データを提供する段階と、
(c)試験データが前記陽性対照データに一致し前記陰性対照データに一致しない確率を決定する段階と
を含み、試験データが前記陽性対照データに一致し前記陰性対照データに一致しない確率が、被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を表す方法。 - ヒト被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を決定する方法であって、
(a)被験者の血液中のPRRG4遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定し、それによって試験データを作成する段階と、
(b)結腸直腸癌に罹っているヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陽性対照データを提供し、結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データを提供する段階と、
(c)試験データが前記陽性対照データに一致し前記陰性対照データに一致しない確率を決定する段階と
を含み、試験データが前記陽性対照データに一致し前記陰性対照データに一致しない確率が、被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を表す方法。 - ヒト被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を決定する方法であって、
(a)被験者の血液中のTNFAIP6遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定し、それによって試験データを作成する段階と、
(b)結腸直腸癌に罹っているヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陽性対照データを提供し、結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データを提供する段階と、
(c)試験データが前記陽性対照データに一致し前記陰性対照データに一致しない確率を決定する段階と
を含み、試験データが前記陽性対照データに一致し前記陰性対照データに一致しない確率が、被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を表す方法。 - ヒト被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を決定する方法であって、
(a)被験者の血液中のVNN1遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定し、それによって試験データを作成する段階と、
(b)結腸直腸癌に罹っているヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陽性対照データを提供し、結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データを提供する段階と、
(c)試験データが前記陽性対照データに一致し前記陰性対照データに一致しない確率を決定する段階と
を含み、試験データが前記陽性対照データに一致し前記陰性対照データに一致しない確率が、被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を表す方法。 - 被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定する段階が、被験者から単離された血液試料中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定することにより達成される、請求項1、2、3、4、5、6または7に記載の方法。
- 結腸直腸癌に罹っているヒト被験者の集団の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定し、それによって結腸直腸癌に罹っているヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陽性対照データを提供する段階と、結腸直腸癌に罹っていないヒト被験者の集団の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定し、それによって結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データを提供する段階とをさらに含む、請求項1、2、3、4、5、6または7に記載の方法。
- 被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、定量的逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応解析を介して決定される、請求項1、2、3、4、5、6または7に記載の方法。
- 被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルおよび対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、同一の方法により決定される、請求項1、2、3、4、5、6または7に記載の方法。
- 試験データが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率を決定する段階が、陽性対照データおよび陰性対照データから導き出される数学モデルであって、前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表すデータが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率を決定することを目的とする前記数学モデルを試験データに適用することにより達成される、請求項1、2、3、4、5、6または7に記載の方法。
- 被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、被験者の血液中のACTBによりコードされるRNAのレベルに対する比として決定される、請求項1、2、3、4、5、6または7に記載の方法。
- 被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルおよび被験者の血液中のACTBによりコードされるRNAのレベルが、前記遺伝子によりコードされるRNAのおよびACTBによりコードされるRNAの二重定量的逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応解析を介して決定される、請求項13に記載の方法。
- 被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、被験者の血液中のIL2RBによりコードされるRNAのレベルに対する比として決定される、請求項1、2、4、5、6または7に記載の方法。
- 被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルおよび被験者の血液中のIL2RBによりコードされるRNAのレベルが、前記遺伝子によりコードされるRNAのおよびIL2RBによりコードされるRNAの二重定量的逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応解析を介して決定される、請求項15に記載の方法。
- ヒト被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を、被験者の血液中のANXA3遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す試験データから決定するコンピュータベースの方法であって、以下のコンピュータ実装段階:
(a)結腸直腸癌に罹っているヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陽性対照データ、および結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データから導き出される数学モデルであって、前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表すデータが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率を決定することを目的とする前記数学モデルを試験データに適用する段階と、
(b)前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表すデータが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率を出力する段階と
を含み、試験データが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率が、被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を表す方法。 - ヒト被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を、被験者の血液中のANXA3遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す試験データから決定するコンピュータベースの方法であって、以下のコンピュータ実装段階:
(a)被験者の血液中のCLEC4D遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す試験データを、コンピュータに入力する段階と、
(b)結腸直腸癌に罹っているヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陽性対照データ、および結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データから導き出される数学モデルであって、前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表すデータが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率を決定することを目的とする前記数学モデルをコンピュータを使用して試験データに適用させる段階と、
(c)前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表すデータが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率を出力する段階と
を含み、試験データが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率が、被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を表す方法。 - ヒト被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を、被験者の血液中のANXA3遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す試験データから決定するコンピュータベースの方法であって、以下のコンピュータ実装段階:
(a)被験者の血液中のIL2RB遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す試験データを、コンピュータに入力する段階と、
(b)結腸直腸癌に罹っているヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陽性対照データ、および結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データから導き出される数学モデルであって、前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表すデータが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率を決定することを目的とする前記数学モデルをコンピュータを使用して試験データに適用させる段階と、
(c)前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表すデータが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率を出力する段階と
を含み、試験データが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率が、被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を表す方法。 - ヒト被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を、被験者の血液中のANXA3遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す試験データから決定するコンピュータベースの方法であって、以下のコンピュータ実装段階:
(a)結腸直腸癌に罹っているヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陽性対照データ、および結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データから導き出される数学モデルであって、前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表すデータが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率を決定することを目的とする前記数学モデルを試験データに適用する段階と、
(b)前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表すデータが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率を出力する段階と
を含み、試験データが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率が、被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を表す方法。 - ヒト被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を、被験者の血液中のANXA3遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す試験データから決定するコンピュータベースの方法であって、以下のコンピュータ実装段階:
(a)結腸直腸癌に罹っているヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陽性対照データ、および結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データから導き出される数学モデルであって、前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表すデータが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率を決定することを目的とする前記数学モデルを試験データに適用する段階と、
(b)前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表すデータが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率を出力する段階と
を含み、試験データが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率が、被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を表す方法。 - ヒト被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を、被験者の血液中のANXA3遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す試験データから決定するコンピュータベースの方法であって、以下のコンピュータ実装段階:
(a)結腸直腸癌に罹っているヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陽性対照データ、および結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データから導き出される数学モデルであって、前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表すデータが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率を決定することを目的とする前記数学モデルを試験データに適用する段階と、
(b)前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表すデータが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率を出力する段階と
を含み、試験データが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率が、被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を表す方法。 - ヒト被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を、被験者の血液中のANXA3遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す試験データから決定するコンピュータベースの方法であって、以下のコンピュータ実装段階:
(a)結腸直腸癌に罹っているヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陽性対照データ、および結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データから導き出される数学モデルであって、前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表すデータが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率を決定することを目的とする前記数学モデルを試験データに適用する段階と、
(b)前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表すデータが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率を出力する段階と
を含み、試験データが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率が、被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を表す方法。 - 被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、定量的逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応解析を介して決定される、請求項17、18、19、20、21、22または23に記載の方法。
- 被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルおよび対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、同一の方法を介して決定される、請求項17、18、19、20、21、22または23に記載の方法。
- 被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、被験者の血液中のACTBによりコードされるRNAのレベルに対する比として決定される、請求項17、18、19、20、21、22または23に記載の方法。
- 被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルおよび被験者の血液中のACTBによりコードされるRNAのレベルが、前記遺伝子によりコードされるRNAのおよびACTBによりコードされるRNAの二重定量的逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応解析を介して決定される、請求項26に記載の方法。
- 被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、被験者の血液中のIL2RBによりコードされるRNAのレベルに対する比として決定される、請求項17、18、20、21、22または23に記載の方法。
- 被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルおよび被験者の血液中のIL2RBによりコードされるRNAのレベルが、前記遺伝子によりコードされるRNAのおよびIL2RB によりコードされるRNAの二重定量的逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応解析を介して決定される、請求項28に記載の方法。
- ヒト被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を決定する方法であって、ANXA3、CLEC4D、IL2RB、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1からなる群から選択される1つまたは複数の遺伝子のセットの遺伝子ごとに、
(a)被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定し、それによって試験データを作成する段階と、
(b)結腸直腸癌に罹っているヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陽性対照データを提供し、結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データを提供する段階と、
(c)試験データが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率を決定する段階と
を含み、試験データが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率が、被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を表す方法。 - 被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定する段階が、被験者から単離された血液試料中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定することにより達成される、請求項30に記載の方法。
- 結腸直腸癌に罹っているヒト被験者の集団の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定し、それによって結腸直腸癌に罹っているヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陽性対照データを提供する段階と、結腸直腸癌に罹っていないヒト被験者の集団の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定し、それによって結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データを提供する段階とをさらに含む、請求項30に記載の方法。
- 被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、定量的逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応解析を介して決定される、請求項30に記載の方法。
- 被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルおよび対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、同一の方法を介して決定される、請求項30に記載の方法。
- 試験データが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率を決定する段階が、陽性対照データおよび陰性対照データから導き出される数学モデルであって、前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表すデータが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率を決定することを目的とする前記数学モデルを試験データに適用することにより達成される、請求項30に記載の方法。
- 被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、被験者の血液中のACTBによりコードされるRNAのレベルに対する比として決定される、請求項30に記載の方法。
- 被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルおよび被験者の血液中のACTBによりコードされるRNAのレベルが、前記遺伝子によりコードされるRNAのおよびACTBによりコードされるRNAの二重定量的逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応解析を介して決定される、請求項36に記載の方法。
- 1つまたは複数の遺伝子のセットが、ANXA3、CLEC4D、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1からなる群から選択される1つまたは複数の遺伝子のセットであり、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、被験者の血液中のIL2RBによりコードされるRNAのレベルに対する比として決定される、請求項30に記載の方法。
- 被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルおよび被験者の血液中のIL2RBによりコードされるRNAのレベルが、前記遺伝子によりコードされるRNAおよびIL2RBによりコードされるRNAの二重定量的逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応解析を介して決定される、請求項38に記載の方法。
- ヒト被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す試験データから決定するコンピュータベースの方法であって、ANXA3、CLEC4D、IL2RB、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1からなる群から選択される1つまたは複数の遺伝子のセットの遺伝子ごとに、以下のコンピュータ実装段階:
(a)結腸直腸癌に罹っているヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陽性対照データ、および結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データから導き出される数学モデルであって、前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表すデータが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率を決定することを目的とする前記数学モデルを試験データに適用する段階と、
(b)前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表すデータが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率を出力する段階と
を含み、試験データが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率が、被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を表す方法。 - 被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、定量的逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応解析を介して決定される、請求項40に記載の方法。
- 被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルおよび対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、同一の方法を介して決定される、請求項40に記載の方法。
- 被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、被験者の血液中のACTBによりコードされるRNAのレベルに対する比として決定される、請求項40に記載の方法。
- 被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルおよび被験者の血液中のACTBによりコードされるRNAのレベルが、前記遺伝子によりコードされるRNAのおよびACTBによりコードされるRNAの二重定量的逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応解析を介して決定される、請求項43に記載の方法。
- 1つまたは複数の遺伝子のセットが、ANXA3、CLEC4D、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1からなる群から選択される1つまたは複数の遺伝子のセットであり、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、被験者の血液中のIL2RBによりコードされるRNAのレベルに対する比として決定される、請求項40に記載の方法。
- 被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルおよび被験者の血液中のIL2RBによりコードされるRNAのレベルが、前記遺伝子によりコードされるRNAのおよびIL2RBによりコードされるRNAの二重定量的逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応解析を介して決定される、請求項45に記載の方法。
- 1つまたは複数の遺伝子のセットがPRRG4からなる、請求項40に記載の方法。
- 1つまたは複数の遺伝子のセットがIL2RBおよびPRRG4からなる、請求項40に記載の方法。
- ACTB、ANXA3、CLEC4D、IL2RB、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1からなる群から選択される2つ以上の遺伝子のセットの遺伝子ごとに、ヒト被験者において、前記遺伝子のみによりコードされるRNAに相補的なDNAの増幅産物を作製することができるプライマーセットを包装し含有することを含むキット。
- 熱安定性ポリメラーゼ、逆転写酵素、デオキシヌクレオチド三リン酸、ヌクレオチド三リン酸および酵素緩衝液からなる群から選択される2つ以上の成分をさらに含有する、請求項49に記載のキット。
- 前記増幅産物のセンス鎖またはアンチセンス鎖のいずれかと選択的にハイブリダイズすることができる少なくとも1つの標識されたプローブをさらに含有する、請求項49に記載のキット。
- 数学モデルを、ヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す試験データに適用するために、コンピュータにより実行されると作動可能である命令が格納されているコンピュータ可読媒体をさらに含有し、数学モデルが、結腸直腸癌に罹っているヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陽性対照データ、および結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データから導き出され、数学モデルが、前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表すデータが陽性対照データに一致し陰性対照データに一致しない確率を決定することを目的とし、試験データが陽性対照データに一致し陰性対照データとは一致しない確率が、被験者が結腸直腸癌に罹っていないことに対して結腸直腸癌に罹っている確率を表す、請求項49に記載されるキット。
- 1つまたは複数の遺伝子のセットが、ACTB、ならびにANXA3、CLEC4D、IL2RB、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1からなる群から選択される1つまたは複数の遺伝子からなる、請求項49に記載のキット。
- 1つまたは複数の遺伝子のセットがACTBおよびANXA3からなる、請求項49に記載のキット。
- 1つまたは複数の遺伝子のセットがACTBおよびCLEC4Dからなる、請求項49に記載のキット。
- 1つまたは複数の遺伝子のセットがACTBおよびIL2RBからなる、請求項49に記載のキット。
- 1つまたは複数の遺伝子のセットがACTBおよびLMNB1からなる、請求項49に記載のキット。
- 1つまたは複数の遺伝子のセットがACTBおよびPRRG4からなる、請求項49に記載のキット。
- 1つまたは複数の遺伝子のセットがACTBおよびTNFAIP6からなる、請求項49に記載のキット。
- 1つまたは複数の遺伝子のセットがACTBおよびVNN1からなる、請求項49に記載のキット。
- 1つまたは複数の遺伝子のセットが、IL2RB、ならびにANXA3、CLEC4D、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1からなる群から選択される1つまたは複数の遺伝子からなる、請求項49に記載のキット。
- 1つまたは複数の遺伝子のセットがIL2RBおよびANXA3からなる、請求項49に記載のキット。
- 1つまたは複数の遺伝子のセットがIL2RBおよびCLEC4Dからなる、請求項49に記載のキット。
- 1つまたは複数の遺伝子のセットがIL2RBおよびLMNB1からなる、請求項49に記載のキット。
- 1つまたは複数の遺伝子のセットがIL2RBおよびPRRG4からなる、請求項49に記載のキット。
- 1つまたは複数の遺伝子のセットがIL2RBおよびTNFAIP6からなる、請求項49に記載のキット。
- 1つまたは複数の遺伝子のセットがIL2RBおよびVNN1からなる、請求項49に記載のキット。
- ヒト被験者を結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類する方法であって、
(a)被験者の血液中のANXA3遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定し、それによって試験データを作成する段階と、
(b)結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データを提供する段階と、
(c)被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも高いかどうかを示す値を作成するための数式を、試験データおよび陰性対照データに適用する段階と
を含み、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも高いことを前記値が示す場合は、被験者が、結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類される方法。 - ヒト被験者を結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類する方法であって、
(a)被験者の血液中のCLEC4D遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定し、それによって試験データを作成する段階と、
(b)結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データを提供する段階と、
(c)被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも高いかどうかを示す値を作成するための数式を、試験データおよび陰性対照データに適用する段階と
を含み、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも高いことを前記値が示す場合は、被験者が、結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類される方法。 - ヒト被験者を結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類する方法であって、
(a)被験者の血液中のIL2RB遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定し、それによって試験データを作成する段階と、
(b)結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データを提供する段階と、
(c)被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも高いかどうかを示す値を作成するための数式を、試験データおよび陰性対照データに適用する段階と
を含み、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも高いことを前記値が示す場合は、被験者が、結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類される方法。 - ヒト被験者を結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類する方法であって、
(a)被験者の血液中のLMNB1遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定し、それによって試験データを作成する段階と、
(b)結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データを提供する段階と、
(c)被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも高いかどうかを示す値を作成するための数式を、試験データおよび陰性対照データに適用する段階と
を含み、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも高いことを前記値が示す場合は、被験者が、結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類される方法。 - ヒト被験者を結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類する方法であって、
(a)被験者の血液中のPRRG4遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定し、それによって試験データを作成する段階と、
(b)結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データを提供する段階と、
(c)被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも高いかどうかを示す値を作成するための数式を、試験データおよび陰性対照データに適用する段階と
を含み、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも高いことを前記値が示す場合は、被験者が、結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類される方法。 - ヒト被験者を結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類する方法であって、
(a)被験者の血液中のTNFAIP6遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定し、それによって試験データを作成する段階と、
(b)結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データを提供する段階と、
(c)被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも高いかどうかを示す値を作成するための数式を、試験データおよび陰性対照データに適用する段階と
を含み、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも高いことを前記値が示す場合は、被験者が、結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類される方法。 - ヒト被験者を結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類する方法であって、
(a)被験者の血液中のVNN1遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定し、それによって試験データを作成する段階と、
(b)結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データを提供する段階と、
(c)被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも高いかどうかを示す値を作成するための数式を、試験データおよび陰性対照データに適用する段階と
を含み、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも高いことを前記値が示す場合は、被験者が、結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類される方法。 - 被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定する段階が、被験者から単離された血液試料中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定することにより達成される、請求項68、69、70、71、72、73または74に記載の方法。
- 結腸直腸癌に罹っていないヒト被験者の集団の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定し、それによって結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データを提供する段階をさらに含む、請求項68、69、70、71、72、73または74に記載の方法。
- 被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、定量的逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応解析を介して決定される、請求項68、69、70、71、72、73または74に記載の方法。
- 被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルおよび対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、同一の方法を介して決定される、請求項68、69、70、71、72、73または74に記載の方法。
- 被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、被験者の血液中のACTBによりコードされるRNAのレベルに対する比として決定される、請求項68、69、70、71、72、73または74に記載の方法。
- 被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルおよび被験者の血液中のACTBによりコードされるRNAのレベルが、前記遺伝子によりコードされるRNAのおよびACTBによりコードされるRNAの二重定量的逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応解析を介して決定される、請求項79に記載の方法。
- 被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、被験者の血液中のIL2RBによりコードされるRNAのレベルに対する比として決定される、請求項68、69、71、72、73または74に記載の方法。
- 被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルおよび被験者の血液中のIL2RBによりコードされるRNAのレベルが、前記遺伝子によりコードされるRNAのおよびIL2RBによりコードされるRNAの二重定量的逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応解析を介して決定される、請求項81に記載の方法。
- ヒト被験者を結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類するコンピュータベースの方法であって、以下のコンピュータ実装段階:
(a)被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも高いかどうかを示す値を作成するための数式を、被験者の血液中のANXA3遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す試験データ、および結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データに適用する段階と、
(b)前記値を出力する段階と
を含み、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも高いことを前記値が示す場合は、被験者が、結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類される方法。 - ヒト被験者を結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類するコンピュータベースの方法であって、以下のコンピュータ実装段階:
(a)被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも高いかどうかを示す値を作成するための数式を、被験者の血液中のCLEC4D遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す試験データ、および結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データに適用する段階と、
(b)前記値を出力する段階と
を含み、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも高いことを前記値が示す場合は、被験者が、結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類される方法。 - ヒト被験者を結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類するコンピュータベースの方法であって、以下のコンピュータ実装段階:
(a)被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも低いかどうかを示す値を作成するための数式を、被験者の血液中のIL2RB遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す試験データ、および結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データに適用する段階と、
(b)前記値を出力する段階と
を含み、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも低いことを前記値が示す場合は、被験者が、結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類される方法。 - ヒト被験者を結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類するコンピュータベースの方法であって、以下のコンピュータ実装段階:
(a)被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも高いかどうかを示す値を作成するための数式を、被験者の血液中のLMNB1遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す試験データ、および結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データに適用する段階と、
(b)前記値を出力する段階と
を含み、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも高いことを前記値が示す場合は、被験者が、結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類される方法。 - ヒト被験者を結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類するコンピュータベースの方法であって、以下のコンピュータ実装段階:
(a)被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも高いかどうかを示す値を作成するための数式を、被験者の血液中のPRRG4遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す試験データ、および結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データに適用する段階と、
(b)前記値を出力する段階と
を含み、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも高いことを前記値が示す場合は、被験者が、結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類される方法。 - ヒト被験者を結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類するコンピュータベースの方法であって、以下のコンピュータ実装段階:
(a)被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも高いかどうかを示す値を作成するための数式を、被験者の血液中のTNFAIP6遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す試験データ、および結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データに適用する段階と、
(b)前記値を出力する段階と
を含み、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも高いことを前記値が示す場合は、被験者が、結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類される方法。 - ヒト被験者を結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類するコンピュータベースの方法であって、以下のコンピュータ実装段階:
(a)被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも高いかどうかを示す値を作成するための数式を、被験者の血液中のVNN1遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す試験データ、および結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データに適用する段階と、
(b)前記値を出力する段階と
を含み、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも高いことを前記値が示す場合は、被験者が、結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類される方法。 - 被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、定量的逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応解析を介して決定される、請求項83、84、85、86、87、88または89に記載の方法。
- 被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルおよび対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、同一の方法を介して決定される、請求項83、84、85、86、87、88または89に記載の方法。
- 被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、被験者の血液中のACTBによりコードされるRNAのレベルに対する比として決定される、請求項83、84、85、86、87、88または89に記載の方法。
- 被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルおよび被験者の血液中のACTBによりコードされるRNAのレベルが、前記遺伝子によりコードされるRNAのおよびACTBによりコードされるRNAの二重定量的逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応解析を介して決定される、請求項92に記載の方法。
- 被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、被験者の血液中のIL2RBによりコードされるRNAのレベルに対する比として決定される、請求項83、84、86、87、88または89に記載の方法。
- 被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルおよび被験者の血液中のIL2RBによりコードされるRNAのレベルが、前記遺伝子によりコードされるRNAのおよびIL2RBによりコードされるRNAの二重定量的逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応解析を介して決定される、請求項94に記載の方法。
- ヒト被験者を結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類する方法であって、ANXA3、CLEC4D、IL2RB、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1からなる群から選択される1つまたは複数の遺伝子のセットの遺伝子ごとに、
(a)被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定し、それによって試験データを作成する段階と、
(b)結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データを提供する段階と、
(c)ANXA3、CLEC4D、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1では、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも高いかどうかを示し、IL2RBでは、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも低いかどうかを示す値を作成するための数式を、試験データおよび陰性対照データに適用する段階と
を含み、ANXA3、CLEC4D、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1では、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも高いことを前記値が示す場合は、被験者が、結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類され、IL2RBでは、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも低いことを前記値が示す場合は、被験者が、結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類される方法。 - 被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定する段階が、被験者から単離された血液試料中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定することにより達成される、請求項96に記載の方法。
- 結腸直腸癌に罹っているヒト被験者の集団の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定し、それによって結腸直腸癌に罹っているヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陽性対照データを提供する段階と、結腸直腸癌に罹っていないヒト被験者の集団の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定し、それによって結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データを提供する段階とをさらに含む、請求項96に記載の方法。
- 被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、定量的逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応解析を介して決定される、請求項96に記載の方法。
- 被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルおよび対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、同一の方法を介して決定される、請求項96に記載の方法。
- 被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、被験者の血液中のACTBによりコードされるRNAのレベルに対する比として決定される、請求項96に記載の方法。
- 被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルおよび被験者の血液中のACTBによりコードされるRNAのレベルが、前記遺伝子によりコードされるRNAのおよびACTBによりコードされるRNAの二重定量的逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応解析を介して決定される、請求項101に記載の方法。
- 1つまたは複数の遺伝子のセットが、ANXA3、CLEC4D、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1からなる群から選択される1つまたは複数の遺伝子のセットであり、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、被験者の血液中のIL2RBによりコードされるRNAのレベルに対する比として決定される、請求項96に記載の方法。
- 被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルおよび被験者の血液中のIL2RBによりコードされるRNAのレベルが、前記遺伝子によりコードされるRNAのおよびIL2RBによりコードされるRNAの二重定量的逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応解析を介して決定される、請求項103に記載の方法。
- ヒト被験者を結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類するコンピュータベースの方法であって、ANXA3、CLEC4D、IL2RB、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1からなる群から選択される1つまたは複数の遺伝子のセットの遺伝子ごとに、以下のコンピュータ実装段階:
(a) ANXA3、CLEC4D、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1では、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも高いかどうかを示し、IL2RBでは、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも低いかどうかを示す値を計算するための式を、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す試験データ、および結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す陰性対照データに適用する段階と、
(b)前記値を出力する段階と
を含み、ANXA3、CLEC4D、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1では、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも高いことを示す場合は、被験者が、結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類され、IL2RBでは、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが結腸直腸癌に罹っていないヒト対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルよりも低いことを示す場合は、被験者が、結腸直腸癌に罹っていないよりも結腸直腸癌に罹っている可能性が高いに分類される方法。 - 被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、定量的逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応解析を介して決定される、請求項105に記載の方法。
- 被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルおよび対照被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、同一の方法を介して決定される、請求項105に記載の方法。
- 被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、被験者の血液中のACTBによりコードされるRNAのレベルに対する比として決定される、請求項105に記載の方法。
- 被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルおよび被験者の血液中のACTBによりコードされるRNAのレベルが、前記遺伝子によりコードされるRNAのおよびACTBによりコードされるRNAの二重定量的逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応解析を介して決定される、請求項108に記載の方法。
- 1つまたは複数の遺伝子のセットが、ANXA3、CLEC4D、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1からなる群から選択される1つまたは複数の遺伝子のセットであり、被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが、被験者の血液中のIL2RBによりコードされるRNAのレベルに対する比として決定される、請求項105に記載の方法。
- 被験者の血液中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルおよび被験者の血液中のIL2RBによりコードされるRNAのレベルが、前記遺伝子によりコードされるRNAのおよびIL2RBによりコードされるRNAの二重定量的逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応解析を介して決定される、請求項110に記載の方法。
- 1つまたは複数の遺伝子のセットがPRRG4からなる、請求項105に記載の方法。
- 1つまたは複数の遺伝子のセットがIL2RBおよびPRRG4からなる、請求項105に記載の方法。
- 被験者が一般集団と比べて結腸直腸癌に罹るリスクが増加しているかどうかを決定する方法であって、
(a)被験者から血液の試験試料を入手する段階と、
(i)血液の試験試料中のアネキシンA3(ANXA3)遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定する段階と、
(ii)段階(i)において決定されるANXA3によりコードされるRNAのレベルを、血液の対照試料中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルと比較する段階と、
(b)血液の試験試料中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが血液の対照試料中よりも高い場合には、被験者は一般集団と比べて結腸直腸癌に罹るリスクが増加していると結論づける段階と
を含む方法。 - 被験者が一般集団と比べて結腸直腸癌に罹るリスクが増加しているかどうかを決定する方法であって、
(a)被験者から血液の試験試料を入手する段階と、
(i)血液の試験試料中のC型レクチンドメインファミリー4、メンバーD(CLEC4D)遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定する段階と、
(ii)段階(i)において決定される前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを、血液の対照試料中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルと比較する段階と、
(b)血液の試験試料中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが血液の対照試料中よりも高い場合には、被験者は一般集団と比べて結腸直腸癌に罹るリスクが増加していると結論づける段階と
を含む方法。 - 被験者が一般集団と比べて結腸直腸癌に罹るリスクが増加しているかどうかを決定する方法であって、
(a)被験者から血液の試験試料を入手する段階と、
(i)血液の試験試料中のインターロイキン2受容体β(IL2RB)遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定する段階と、
(ii)段階(i)において決定される前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを、血液の対照試料中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルと比較する段階と、
(b)血液の試験試料中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが血液の対照試料中よりも低い場合には、被験者は一般集団と比べて結腸直腸癌に罹るリスクが増加していると結論づける段階と
を含む方法。 - 被験者が一般集団と比べて結腸直腸癌に罹るリスクが増加しているかどうかを決定する方法であって、
(a)被験者から血液の試験試料を入手する段階と、
(i)血液の試験試料中のラミンB1(LMNB1)遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定する段階と、
(ii)段階(i)において決定される前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを、血液の対照試料中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルと比較する段階と、
(b)血液の試験試料中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが血液の対照試料中よりも高い場合には、被験者は一般集団と比べて結腸直腸癌に罹るリスクが増加していると結論づける段階と
を含む方法。 - 被験者が一般集団と比べて結腸直腸癌に罹るリスクが増加しているかどうかを決定する方法であって、
(a)被験者から血液の試験試料を入手する段階と、
(i)血液の試験試料中のプロリンリッチなGla(Gカルボキシグルタミン酸)4(膜貫通型)(PRRG4)遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定する段階と、
(ii)段階(i)において決定される前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを、血液の対照試料中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルと比較する段階と、
(b)血液の試験試料中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが血液の対照試料中よりも高い場合には、被験者は一般集団と比べて結腸直腸癌に罹るリスクが増加していると結論づける段階と
を含む方法。 - 被験者が一般集団と比べて結腸直腸癌に罹るリスクが増加しているかどうかを決定する方法であって、
(a)被験者から血液の試験試料を入手する段階と、
(i)血液の試験試料中の腫瘍壊死因子α誘導タンパク質6(TNFAIP6)遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定する段階と、
(ii)段階(i)において決定される前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを、血液の対照試料中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルと比較する段階と、
(b)血液の試験試料中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが血液の対照試料中よりも高い場合には、被験者は一般集団と比べて結腸直腸癌に罹るリスクが増加していると結論づける段階と
を含む方法。 - 被験者が一般集団と比べて結腸直腸癌に罹るリスクが増加しているかどうかを決定する方法であって、
(a)被験者から血液の試験試料を入手する段階と、
(i)血液の試験試料中のバニン1(VNN1)遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定する段階と、
(ii)段階(i)において決定される前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを、血液の対照試料中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルと比較する段階と、
(b)血液の試験試料中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが血液の対照試料中よりも高い場合には、被験者は一般集団と比べて結腸直腸癌に罹るリスクが増加していると結論づける段階と
を含む方法。 - 対照試料が、結腸直腸癌に罹っていないと診断されたことのある個体由来である、請求項114、115、116、117、118、119または120に記載の方法。
- 被験者が一般集団と比べて結腸直腸癌に罹るリスクが増加しているかどうかを決定する方法であって、
(a)被験者から血液の試験試料を入手する段階と、
ANXA3、CLEC4D、IL2RB、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1からなる群から選択される遺伝子のセットの遺伝子ごとに、
(i)血液の試験試料中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを決定し、それによって試験データを作成する段階と、
(ii)ANXA3、CLEC4D、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1では、血液の試験試料中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが血液の対照試料中よりも高いかどうか、IL2RBでは、血液の試験試料中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが血液の対照試料中よりも低いかどうかを示す値を作成するための数式を、試験データ、および1つまたは複数の血液の対照試料中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルを表す対照データに適用する段階と、
(b)ANXA3、CLEC4D、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1では、血液の試験試料中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが血液の対照試料中よりも高い場合には、被験者は一般集団と比べて結腸直腸癌に罹るリスクが増加していると結論づけ、IL2RBでは、血液の試験試料中の前記遺伝子によりコードされるRNAのレベルが血液の対照試料中よりも低い場合には、被験者は一般集団と比べて結腸直腸癌に罹るリスクが増加していると結論づける段階と
を含む方法。 - 被験者由来の血液試料と、ANXA3遺伝子によりコードされるRNA、前記RNAに相補的なcDNA、厳密な条件下で前記cDNAまたは前記RNAと特異的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチド、RNAに相補的な前記cDNAの増幅産物を作製することができるプライマーセット、および前記cDNAの増幅産物からなる群のうちの1つまたは複数から選択される核酸分子とを含む単離された組成物。
- 被験者由来の血液試料と、CLEC4D遺伝子によりコードされるRNA、前記RNAに相補的なcDNA、厳密な条件下で前記cDNAまたは前記RNAと特異的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチド、RNAに相補的な前記cDNAの増幅産物を作製することができるプライマーセット、および前記cDNAの増幅産物からなる群のうちの1つまたは複数から選択される核酸分子とを含む単離された組成物。
- 被験者由来の血液試料と、IL2RB遺伝子によりコードされるRNA、前記RNAに相補的なcDNA、厳密な条件下で前記cDNAまたは前記RNAと特異的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチド、RNAに相補的な前記cDNAの増幅産物を作製することができるプライマーセット、および前記cDNAの増幅産物からなる群のうちの1つまたは複数から選択される核酸分子とを含む単離された組成物。
- 被験者由来の血液試料と、LMNB1遺伝子によりコードされるRNA、前記RNAに相補的なcDNA、厳密な条件下で前記cDNAまたは前記RNAと特異的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチド、RNAに相補的な前記cDNAの増幅産物を作製することができるプライマーセット、および前記cDNAの増幅産物からなる群のうちの1つまたは複数から選択される核酸分子とを含む単離された組成物。
- 被験者由来の血液試料と、PRRG4遺伝子によりコードされるRNA、前記RNAに相補的なcDNA、厳密な条件下で前記cDNAまたは前記RNAと特異的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチド、RNAに相補的な前記cDNAの増幅産物を作製することができるプライマーセット、および前記cDNAの増幅産物からなる群のうちの1つまたは複数から選択される核酸分子を含む単離された組成物。
- 被験者由来の血液試料と、TNFAIP6遺伝子によりコードされるRNA、前記RNAに相補的なcDNA、厳密な条件下で前記cDNAまたは前記RNAと特異的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチド、RNAに相補的な前記cDNAの増幅産物を作製することができるプライマーセット、および前記cDNAの増幅産物からなる群のうちの1つまたは複数から選択される核酸分子とを含む単離された組成物。
- 被験者由来の血液試料と、VNN1遺伝子によりコードされるRNA、前記RNAに相補的なcDNA、厳密な条件下で前記cDNAまたは前記RNAと特異的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチド、RNAに相補的な前記cDNAの増幅産物を作製することができるプライマーセット、および前記cDNAの増幅産物からなる群のうちの1つまたは複数から選択される核酸分子とを含む単離された組成物。
- CLEC4D、IL2RB、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1からなる遺伝子の群から選択される1つまたは複数の遺伝子によりコードされるRNA、遺伝子の前記群のRNAに相補的なcDNA、厳密な条件下で遺伝子の前記群のRNAに相補的なcDNAにまたは遺伝子の前記群のRNAと特異的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチド、遺伝子の前記群のRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができるプライマーセット、ならびに遺伝子の前記群のRNAのcDNAの増幅産物からなる群のうちの1つまたは複数から選択される核酸分子をさらに含む、請求項123に記載の組成物。
- ANXA3、IL2RB、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1からなる遺伝子の群から選択される1つまたは複数の遺伝子によりコードされるRNA、遺伝子の前記群のRNAに相補的なcDNA、厳密な条件下で遺伝子の前記群のRNAに相補的なcDNAにまたは遺伝子の前記群のRNAと特異的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチド、遺伝子の前記群のRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができるプライマーセット、ならびに遺伝子の前記群のRNAのcDNAの増幅産物からなる群のうちの1つまたは複数から選択される核酸分子をさらに含む、請求項124に記載の組成物。
- ANXA3、CLEC4D、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1からなる遺伝子の群から選択される1つまたは複数の遺伝子によりコードされるRNA、遺伝子の前記群のRNAに相補的なcDNA、厳密な条件下で遺伝子の前記群のRNAに相補的なcDNAにまたは遺伝子の前記群のRNAと特異的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチド、遺伝子の前記群のRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができるプライマーセット、ならびに遺伝子の前記群のRNAのcDNAの増幅産物からなる群のうちの1つまたは複数から選択される核酸分子をさらに含む、請求項125に記載の組成物。
- ANXA3、CLEC4D、IL2RB、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1からなる遺伝子の群から選択される1つまたは複数の遺伝子によりコードされるRNA、遺伝子の前記群のRNAに相補的なcDNA、厳密な条件下で遺伝子の前記群のRNAに相補的なcDNAにまたは遺伝子の前記群のRNAと特異的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチド、遺伝子の前記群のRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができるプライマーセット、ならびに遺伝子の前記群のRNAのcDNAの増幅産物からなる群のうちの1つまたは複数から選択される核酸分子をさらに含む、請求項126に記載の組成物。
- ANXA3、CLEC4D、IL2RB、LMNB1、TNFAIP6およびVNN1からなる遺伝子の群から選択される1つまたは複数の遺伝子によりコードされるRNA、遺伝子の前記群のRNAに相補的なcDNA、厳密な条件下で遺伝子の前記群のRNAに相補的なcDNAにまたは遺伝子の前記群のRNAと特異的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチド、遺伝子の前記群のRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができるプライマーセット、ならびに遺伝子の前記群のRNAのcDNAの増幅産物からなる群のうちの1つまたは複数から選択される核酸分子をさらに含む、請求項127に記載の組成物。
- ANXA3、CLEC4D、IL2RB、LMNB1、PRRG4およびVNN1からなる遺伝子の群から選択される1つまたは複数の遺伝子によりコードされるRNA、遺伝子の前記群のRNAに相補的なcDNA、厳密な条件下で遺伝子の前記群のRNAに相補的なcDNAにまたは遺伝子の前記群のRNAと特異的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチド、遺伝子の前記群のRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができるプライマーセット、ならびに遺伝子の前記群のRNAのcDNAの増幅産物からなる群のうちの1つまたは複数から選択される核酸分子をさらに含む、請求項128に記載の組成物。
- ANXA3、CLEC4D、IL2RB、LMNB1、PRRG4およびTNFAIP6からなる遺伝子の群から選択される1つまたは複数の遺伝子によりコードされるRNA、遺伝子の前記群のRNAに相補的なcDNA、厳密な条件下で遺伝子の前記群のRNAに相補的なcDNAにまたは遺伝子の前記群のRNAと特異的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチド、遺伝子の前記群のRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができるプライマーセット、ならびに遺伝子の前記群のRNAのcDNAの増幅産物からなる群のうちの1つまたは複数から選択される核酸分子をさらに含む、請求項129に記載の組成物。
- 被験者由来の血液試料の単離された核酸分子を含む単離された組成物であって、前記核酸分子が、ANXA3遺伝子によりコードされるRNA、前記RNAの相補的なcDNA、厳密な条件下で前記cDNAまたは前記RNAと特異的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチド、RNAに相補的な前記cDNAの増幅産物を作製することができるプライマーセット、および前記cDNAの増幅産物からなる群のうちの1つまたは複数から選択される組成物。
- 被験者由来の血液試料の単離された核酸分子を含む単離された組成物であって、前記核酸分子が、CLEC4D遺伝子によりコードされるRNA、前記RNAの相補的なcDNA、厳密な条件下で前記cDNAまたは前記RNAと特異的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチド、RNAに相補的な前記cDNAの増幅産物を作製することができるプライマーセット、および前記cDNAの増幅産物からなる群のうちの1つまたは複数から選択される組成物。
- 被験者由来の血液試料の単離された核酸分子を含む単離された組成物であって、前記核酸分子が、IL2RB遺伝子によりコードされるRNA、前記RNAの相補的なcDNA、厳密な条件下で前記cDNAまたは前記RNAと特異的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチド、RNAに相補的な前記cDNAの増幅産物を作製することができるプライマーセット、および前記cDNAの増幅産物からなる群のうちの1つまたは複数から選択される組成物。
- 被験者由来の血液試料の単離された核酸分子を含む単離された組成物であって、前記核酸分子が、LMNB1遺伝子によりコードされるRNA、前記RNAの相補的なcDNA、厳密な条件下で前記cDNAまたは前記RNAと特異的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチド、RNAに相補的な前記cDNAの増幅産物を作製することができるプライマーセット、および前記cDNAの増幅産物からなる群のうちの1つまたは複数から選択される組成物。
- 被験者由来の血液試料の単離された核酸分子を含む単離された組成物であって、前記核酸分子が、PRRG4遺伝子によりコードされるRNA、前記RNAの相補的なcDNA、厳密な条件下で前記cDNAまたは前記RNAと特異的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチド、RNAに相補的な前記cDNAの増幅産物を作製することができるプライマーセット、および前記cDNAの増幅産物からなる群のうちの1つまたは複数から選択される組成物。
- 被験者由来の血液試料の単離された核酸分子を含む単離された組成物であって、前記核酸分子が、TNFAIP6遺伝子によりコードされるRNA、前記RNAの相補的なcDNA、厳密な条件下で前記cDNAまたは前記RNAと特異的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチド、RNAに相補的な前記cDNAの増幅産物を作製することができるプライマーセット、および前記cDNAの増幅産物からなる群のうちの1つまたは複数から選択される組成物。
- 被験者由来の血液試料の単離された核酸分子を含む単離された組成物であって、前記核酸分子が、VNN1遺伝子によりコードされるRNA、前記RNAの相補的なcDNA、厳密な条件下で前記cDNAまたは前記RNAと特異的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチド、RNAに相補的な前記cDNAの増幅産物を作製することができるプライマーセット、および前記cDNAの増幅産物からなる群のうちの1つまたは複数から選択される組成物。
- CLEC4D、IL2RB、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1からなる遺伝子の群から選択される1つまたは複数の遺伝子によりコードされるRNA、遺伝子の前記群のRNAに相補的なcDNAまたはその相補体、厳密な条件下で遺伝子の前記群のRNAに相補的なcDNAにまたは遺伝子の前記群のRNAと特異的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチド、遺伝子の前記群のRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができるプライマーセット、および遺伝子の前記群のRNAのcDNAの増幅産物からなる群のうちの1つまたは複数から選択される核酸分子をさらに含む、請求項137に記載される組成物。
- ANXA3、IL2RB、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1からなる遺伝子の群から選択される1つまたは複数の遺伝子によりコードされるRNA、遺伝子の前記群のRNAに相補的なcDNAまたはその相補体、厳密な条件下で遺伝子の前記群のRNAに相補的なcDNAにまたは遺伝子の前記群のRNAと特異的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチド、遺伝子の前記群のRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができるプライマーセット、および遺伝子の前記群のRNAのcDNAの増幅産物からなる群のうちの1つまたは複数から選択される核酸分子をさらに含む、請求項138に記載される組成物。
- ANXA3、CLEC4D、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1からなる遺伝子の群から選択される1つまたは複数の遺伝子によりコードされるRNA、遺伝子の前記群のRNAに相補的なcDNAまたはその相補体、厳密な条件下で遺伝子の前記群のRNAに相補的なcDNAにまたは遺伝子の前記群のRNAと特異的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチド、遺伝子の前記群のRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができるプライマーセット、および遺伝子の前記群のRNAのcDNAの増幅産物からなる群のうちの1つまたは複数から選択される核酸分子をさらに含む、請求項139に記載される組成物。
- ANXA3、CLEC4D、IL2RB、PRRG4、TNFAIP6およびVNN1からなる遺伝子の群から選択される1つまたは複数の遺伝子によりコードされるRNA、遺伝子の前記群のRNAに相補的なcDNAまたはその相補体、厳密な条件下で遺伝子の前記群のRNAに相補的なcDNAにまたは遺伝子の前記群のRNAと特異的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチド、遺伝子の前記群のRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができるプライマーセット、および遺伝子の前記群のRNAのcDNAの増幅産物からなる群のうちの1つまたは複数から選択される核酸分子をさらに含む、請求項140に記載される組成物。
- ANXA3、CLEC4D、IL2RB、LMNB1、TNFAIP6およびVNN1からなる遺伝子の群から選択される1つまたは複数の遺伝子によりコードされるRNA、遺伝子の前記群のRNAに相補的なcDNAまたはその相補体、厳密な条件下で遺伝子の前記群のRNAに相補的なcDNAにまたは遺伝子の前記群のRNAと特異的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチド、遺伝子の前記群のRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができるプライマーセット、および遺伝子の前記群のRNAのcDNAの増幅産物からなる群のうちの1つまたは複数から選択される核酸分子をさらに含む、請求項141に記載される組成物。
- ANXA3、CLEC4D、IL2RB、LMNB1、PRRG4およびVNN1からなる遺伝子の群から選択される1つまたは複数の遺伝子によりコードされるRNA、遺伝子の前記群のRNAに相補的なcDNAまたはその相補体、厳密な条件下で遺伝子の前記群のRNAに相補的なcDNAにまたは遺伝子の前記群のRNAと特異的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチド、遺伝子の前記群のRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができるプライマーセット、および遺伝子の前記群のRNAのcDNAの増幅産物からなる群のうちの1つまたは複数から選択される核酸分子をさらに含む、請求項142に記載される組成物。
- ANXA3、CLEC4D、IL2RB、LMNB1、PRRG4およびTNFAIP6からなる遺伝子の群から選択される1つまたは複数の遺伝子によりコードされるRNA、遺伝子の前記群のRNAに相補的なcDNAまたはその相補体、厳密な条件下で遺伝子の前記群のRNAに相補的なcDNAにまたは遺伝子の前記群のRNAと特異的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチド、遺伝子の前記群のRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができるプライマーセット、および遺伝子の前記群のRNAのcDNAの増幅産物からなる群のうちの1つまたは複数から選択される核酸分子をさらに含む、請求項143に記載される組成物。
- ANXA3遺伝子によりコードされるRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができる1組のプライマーのうちの1つである第1プライマーと、VNN1遺伝子によりコードされるRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができる1組のプライマーのうちの1つである第2プライマーとを含むプライマーセット、またはその組成物。
- ANXA3遺伝子によりコードされるRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができる1組のプライマーのうちの1つである第1プライマーと、TNFAIP6遺伝子によりコードされるRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができる1組のプライマーのうちの1つである第2プライマーとを含むプライマーセット、またはその組成物。
- ANXA3遺伝子によりコードされるRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができる1組のプライマーのうちの1つである第1プライマーと、PRRG4遺伝子によりコードされるRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができる1組のプライマーのうちの1つである第2プライマーとを含むプライマーセット、またはその組成物。
- ANXA3遺伝子によりコードされるRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができる1組のプライマーのうちの1つである第1プライマーと、PRRG4遺伝子によりコードされるRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができる1組のプライマーのうちの1つである第2プライマーとを含むプライマーセット、またはその組成物。
- ANXA3遺伝子によりコードされるRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができる1組のプライマーのうちの1つである第1プライマーと、LMNB1遺伝子によりコードされるRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができる1組のプライマーのうちの1つである第2プライマーとを含むプライマーセット、またはその組成物。
- ANXA3遺伝子によりコードされるRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができる1組のプライマーのうちの1つである第1プライマーと、IL2RB遺伝子によりコードされるRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができる1組のプライマーのうちの1つである第2プライマーとを含むプライマーセット、またはその組成物。
- ANXA3遺伝子によりコードされるRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができる1組のプライマーのうちの1つである第1プライマーと、CLEC4D遺伝子によりコードされるRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができる1組のプライマーのうちの1つである第2プライマーとを含むプライマーセット、またはその組成物。
- CLEC4D遺伝子によりコードされるRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができる1組のプライマーのうちの1つである第1プライマーと、VNN1遺伝子によりコードされるRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができる1組のプライマーのうちの1つである第2プライマーとを含むプライマーセット、またはその組成物。
- CLEC4D遺伝子によりコードされるRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができる1組のプライマーのうちの1つである第1プライマーと、TNFAIP6遺伝子によりコードされるRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができる1組のプライマーのうちの1つである第2プライマーとを含むプライマーセット、またはその組成物。
- CLEC4D遺伝子によりコードされるRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができる1組のプライマーのうちの1つである第1プライマーと、PRRG4遺伝子によりコードされるRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができる1組のプライマーのうちの1つである第2プライマーとを含むプライマーセット、またはその組成物。
- CLEC4D遺伝子によりコードされるRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができる1組のプライマーのうちの1つである第1プライマーと、PRRG4遺伝子によりコードされるRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができる1組のプライマーのうちの1つである第2プライマーとを含むプライマーセット、またはその組成物。
- CLEC4D遺伝子によりコードされるRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができる1組のプライマーのうちの1つである第1プライマーと、LMNB1遺伝子によりコードされるRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができる1組のプライマーのうちの1つである第2プライマーとを含むプライマーセット、またはその組成物。
- CLEC4D遺伝子によりコードされるRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができる1組のプライマーのうちの1つである第1プライマーと、IL2RB遺伝子によりコードされるRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができる1組のプライマーのうちの1つである第2プライマーとを含むプライマーセット、またはその組成物。
- IL2RB遺伝子によりコードされるRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができる1組のプライマーのうちの1つである第1プライマーと、TNFAIP6遺伝子によりコードされるRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができる1組のプライマーのうちの1つである第2プライマーとを含むプライマーセット、またはその組成物。
- IL2RB遺伝子によりコードされるRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができる1組のプライマーのうちの1つである第1プライマーと、PRRG4遺伝子によりコードされるRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができる1組のプライマーのうちの1つである第2プライマーとを含むプライマーセット、またはその組成物。
- IL2RB遺伝子によりコードされるRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができる1組のプライマーのうちの1つである第1プライマーと、LMNB1遺伝子によりコードされるRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができる1組のプライマーのうちの1つである第2プライマーとを含むプライマーセット、またはその組成物。
- IL2RB遺伝子によりコードされるRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができる1組のプライマーのうちの1つである第1プライマーと、VNN1遺伝子によりコードされるRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができる1組のプライマーのうちの1つである第2プライマーとを含むプライマーセット、またはその組成物。
- LMNB1遺伝子によりコードされるRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができる1組のプライマーのうちの1つである第1プライマーと、PRRG4遺伝子によりコードされるRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができる1組のプライマーのうちの1つである第2プライマーとを含むプライマーセット、またはその組成物。
- LMNB1遺伝子によりコードされるRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができる1組のプライマーのうちの1つである第1プライマーと、TNFAIP6遺伝子によりコードされるRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができる1組のプライマーのうちの1つである第2プライマーとを含むプライマーセット、またはその組成物。
- LMNB1遺伝子によりコードされるRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができる1組のプライマーのうちの1つである第1プライマーと、VNN1遺伝子によりコードされるRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができる1組のプライマーのうちの1つである第2プライマーとを含むプライマーセット、またはその組成物。
- PRRG4遺伝子によりコードされるRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができる1組のプライマーのうちの1つである第1プライマーと、VNN1遺伝子によりコードされるRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができる1組のプライマーのうちの1つである第2プライマーとを含むプライマーセット、またはその組成物。
- PRRG4遺伝子によりコードされるRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができる1組のプライマーのうちの1つである第1プライマーと、TNFAIP6遺伝子によりコードされるRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができる1組のプライマーのうちの1つである第2プライマーとを含むプライマーセット、またはその組成物。
- VNN1遺伝子によりコードされるRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができる1組のプライマーのうちの1つである第1プライマーと、TNFAIP6遺伝子によりコードされるRNAに相補的なcDNAの増幅産物を作製することができる1組のプライマーのうちの1つである第2プライマーとを含むプライマーセット、またはその組成物。
- a)各血液試料が異なる被験者由来である、2つ以上の血液試料、および
b)被験者由来の各血液試料の単離された核酸分子であって、ANXA3遺伝子によりコードされるRNA、前記RNAに相補的なcDNA、厳密な条件下で前記cDNAもしくはその相補体、または前記RNAと特異的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチド、RNAに相補的な前記cDNAの増幅産物を作製することができるプライマーセット、および前記cDNAの増幅産物からなる群のうちの1つまたは複数から選択される核酸分子
を含む試験システム。 - a)各血液試料が異なる被験者由来である、2つ以上の血液試料、および
b)被験者由来の各血液試料の単離された核酸分子であって、CLEC4D遺伝子によりコードされるRNA、前記RNAに相補的なcDNA、厳密な条件下で前記cDNAもしくはその相補体、または前記RNAと特異的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチド、RNAに相補的な前記cDNAの増幅産物を作製することができるプライマーセット、および前記cDNAの増幅産物からなる群のうちの1つまたは複数から選択される核酸分子
を含む試験システム。 - a)各血液試料が異なる被験者由来である、2つ以上の血液試料、および
b)被験者由来の各血液試料の単離された核酸分子であって、IL2RB遺伝子によりコードされるRNA、前記RNAに相補的なcDNA、厳密な条件下で前記cDNAもしくはその相補体、または前記RNAと特異的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチド、RNAに相補的な前記cDNAの増幅産物を作製することができるプライマーセット、および前記cDNAの増幅産物からなる群のうちの1つまたは複数から選択される核酸分子
を含む試験システム。 - a)各血液試料が異なる被験者由来である、2つ以上の血液試料、および
b)被験者由来の各血液試料の単離された核酸分子であって、LMNB1遺伝子によりコードされるRNA、前記RNAに相補的なcDNA、厳密な条件下で前記cDNAもしくはその相補体、または前記RNAと特異的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチド、RNAに相補的な前記cDNAの増幅産物を作製することができるプライマーセット、および前記cDNAの増幅産物からなる群のうちの1つまたは複数から選択される核酸分子
を含む試験システム。 - a)各血液試料が異なる被験者由来である、2つ以上の血液試料、および
b)核酸分子が、PRRG4遺伝子によりコードされるRNA、前記RNAに相補的なcDNA、厳密な条件下で前記cDNAもしくはその相補体、または前記RNAと特異的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチド、RNAに相補的な前記cDNAの増幅産物を作製することができるプライマーセット、および前記cDNAの増幅産物からなる群のうちの1つまたは複数から選択される、被験者由来の各血液試料の単離された核酸分子
を含む試験システム。 - a)各血液試料が異なる被験者由来である、2つ以上の血液試料、および
b)核酸分子が、TNFAIP6遺伝子によりコードされるRNA、前記RNAに相補的なcDNA、厳密な条件下で前記cDNAもしくはその相補体、または前記RNAと特異的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチド、RNAに相補的な前記cDNAの増幅産物を作製することができるプライマーセット、および前記cDNAの増幅産物からなる群のうちの1つまたは複数から選択される、被験者由来の各血液試料の単離された核酸分子
を含む試験システム。 - a)各血液試料が異なる被験者由来である、2つ以上の血液試料、および
b)核酸分子が、VNN1遺伝子によりコードされるRNA、前記RNAに相補的なcDNA、厳密な条件下で前記cDNAもしくはその相補体、または前記RNAと特異的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチド、RNAに相補的な前記cDNAの増幅産物を作製することができるプライマーセット、および前記cDNAの増幅産物からなる群のうちの1つまたは複数から選択される、被験者由来の各血液試料の単離された核酸分子
を含む試験システム。 - 被験者が結腸直腸癌についてスクリーニングされている、請求項173から180のいずれか一項に記載の試験システム。
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