JP2011505122A - 平衡転座切断点のdnaマイクロアレイベースの同定とマッピング - Google Patents
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Abstract
Description
該当なし
(連邦政府による援助を受けた研究開発の下で成された発明に対する権利に関する陳述)
本発明は、NCI助成金番号5P30CA015704の下で政府の援助を受けて成された。政府は本発明における特定の権利を有する。
該当なし
「染色体再編成」または「染色体異常」という用語は、一般的に、野生型または正常細胞に見出されない様式での、染色体物質のセグメントの異常な連結を指す。染色体再編成の例には、欠失、増幅、逆位、または転座が含まれる。染色体再編成は、自然発生的切断が染色体に生じた後で発生する場合がある。切断(複数可)が染色体の一部分の喪失に帰着する場合、欠失が生じる。染色体のセグメントが切断され、逆向きにされ(反転され)、その元の位置に再挿入される場合に、逆位が生じる。1つの染色体の一部分が別の染色体に由来する一部分と交換される場合、転座が生じる。増幅は、染色体の特定領域の複数コピーに帰着する。染色体再編成は、上記の組み合わせも包含することができる。
上記方法は、染色体異常、特に染色体転座を検出およびマッピングするために使用することができる。1つの実施形態では、本発明の方法は、患者試料などの検査試料から得られたゲノム核酸の第1の集団、および参照試料から得られたゲノム核酸の第2の集団を使用する。参照試料は、いかなる遺伝子異常も含有していない、つまり全染色体の正常な遺伝子構成要素を有する個体または任意の細胞培養もしくは組織培養から得られた、本明細書中で提供されているような任意の細胞、組織、または液体であってもよい。本発明は、転座パートナーの配列に伸長して、転座対の両方のメンバーを含むプローブ分子を生成する、ゲノム遺伝子座により包含された配列の線形増幅を実施するために、特定のゲノム遺伝子座に特異的なプライマーの使用を利用する。同時に、参照プローブも、参照細胞に由来するゲノムDNAの線形増幅を使用して、検査試料について記述されている様式で生成される。検査および参照プローブは、異なって標識化されており、例えばCy3およびCy5が用いられているが、多数の好適な蛍光標識対が当技術分野において公知である。その後、異なって標識されたプローブは、ゲノムDNAを含むマイクロアレイにハイブリダイズされる。一般的に、マイクロアレイのゲノムDNA配列は、特定の生物のデータベース配列、例えばヒト、マウス、またはラットゲノムの完全データベースなどの参照供給源に由来する。参照試料に由来する類似プローブのハイブリダイゼーションと比較した、検査試料プローブのハイブリダイゼーションのパターンおよび程度は、公知のゲノム遺伝子座の転座パートナーの同定を可能にする。タイリング密度マイクロアレイなどの高密度マイクロアレイの使用は、転座の切断点の高分解能マッピングを可能にする。
(1)「T+」:LAプライマー(目的のゲノム遺伝子座内の公知の配列に対するプライマー)を使用して、検査(例えば腫瘍)DNAを増幅すること、
(2)「N+」:LAプライマーを使用して、正常DNAを増幅すること、
(3)「T−」:検査(例えば腫瘍)DNAを擬似増幅すること(つまり、プライマーが存在しない)、
(4)「N−」:正常DNAを擬似増幅すること(つまり、プライマーが存在しない)。
ステップ1:T+およびN+試料を1つのアレイに共ハイブリダイズさせる(「T+/N+アレイ」)。このアレイは、転座切断点およびゲノム不均衡の両方を検出するであろう。
a)転座切断点は、T+/N+アレイで見られるが、T−/N−アレイでは見られない。典型的には、転座切断点は直角三角形のように見え、垂直辺は切断点の位置を標示し、水平脚部は切断点から遠ざかる方向を指す。
ステップ1:T+およびT−試料を1つのアレイに共ハイブリダイズさせる(「T+/T−アレイ」)。T+/T−アレイは、真正の転座切断点および「偽切断点」を検出するが、ゲノム不均衡は検出しないであろう。偽切断点は、ゲノム全体にわたる複数部位での、恐らくはプライマー配列に対するそれらの相同性に基づく「非特異的な」プライマー結合に起因する。偽切断点も、形状が直角三角形である。
a)転座切断点は、T+/T−アレイで見られるが、N+/N−アレイでは見られない。
1つの態様では、本発明の方法は、検査試料の染色体異常を検出するために使用することができる。一般的に、検査試料は患者から取得される。検査試料は、染色体または遺伝子異常に関連した病態または状態を有すると推測される患者から得られた細胞、組織、または液体を含有することができる。診断または予後の目的では、病態または状態は、一般的には、遺伝子欠損、例えばゲノム核酸塩基置換、増幅、欠失、および/または転座と関連している。検査試料は、癌細胞またはそのような細胞に由来する核を含有していることが推測されてもよい。試料には、これらに限定されないが、羊水、生検、血液、血液細胞、骨髄、脳脊髄液、糞便試料、細針生検試料、腹水、血漿、胸膜液、唾液、精液、血清、痰、涙、組織または組織ホモジェネート、組織培養培地、および尿などが含まれていてもよい。また、試料は、組織の切り出し、分画、精製、または細胞器官分離などの処理をされていてもよい。
転座の検出には、転座の潜在的部位に及ぶDNAの線形増幅に帰着する任意の方法を使用することができる。本発明の実施に使用することができる線形増幅法の例には、単一プライマーを使用するPCR増幅が含まれる。Liu, C. L.、S. L. Schreiberら、BMC Genomics、4巻: Art. No. 19、2003年5月9日を参照されたい。
以下に開示されているものなどの、任意の公知のマイクロアレイおよび/またはマイクロアレイを作製および使用する方法が、本発明の実施に使用できる:例えば、米国特許第6,277,628号明細書、第6,277,489号明細書、第6,261,776号明細書、第6,258,606号明細書、第6,054,270号明細書、第6,048,695号明細書、第6,045,996号明細書、第6,022,963号明細書、第6,013,440号明細書、第5,965,452号明細書、第5,959,098号明細書、第5,856,174号明細書、第5,830,645号明細書、第5,770,456号明細書、第5,632,957号明細書、第5,556,752号明細書、第5,143,854号明細書、第5,807,522号明細書、第5,800,992号明細書、第5,744,305号明細書、第5,700,637号明細書、第5,556,752号明細書、第5,434,049号明細書。例えば、国際公開第99/51773号パンフレット、国際公開第99/09217号パンフレット、国際公開第97/46313号パンフレット、国際公開第96/17958号パンフレットも参照されたい。例えば、Johnston、Curr. Biol. 8巻:R171〜R174頁、1998年;Schummer、Biotechniques 23巻:1087〜1092頁、1997年;Kern、Biotechniques 23巻:120〜124頁、1997年;Solinas−Toldo、Genes, Chromosomes & Cancer 20巻:399〜407頁、1997年;Bowtell、Nature Genetics Supp. 21巻:25〜32、1999年も参照されたい。米国特許出願公開第20010018642号明細書、第20010019827号明細書、第20010016322号明細書、第20010014449号明細書、第20010014448号明細書、第20010012537号明細書、第20010008765号明細書も参照されたい。
以下に記述されているものなどの、比較ゲノムハイブリダイゼーションを実行するためのこれまで記述されている任意の多数の方法が、本発明の実施に使用することができる:米国特許第6,197,501号明細書;第6,159,685号明細書;第5,976,790号明細書;第5,965,362号明細書;第5,856,097号明細書;第5,830,645号明細書;第5,721,098号明細書;第5,665,549号明細書;第5,635,351号明細書;Diago、Am. J. Pathol.、158巻:1623〜1631頁、2001年;Theillet、Bull. Cancer、88巻:261〜268頁、2001年;Werner、Pharmacogenomics、2巻:25〜36頁、2001年;Jain、Pharmacogenomics、1巻:289〜307頁、2000年。
公知の遺伝子座の転座パートナーの同定および転座切断点の決定は、マイクロアレイの1つまたは複数の核酸エレメントへの、標識プローブのハイブリダイゼーションのパターンおよび強度の決定に基づく。典型的には、試料または検査プローブおよび参照プローブに結合された検出可能な標識によって生成される、アレイ上のハイブリダイゼーションシグナルの位置、ハイブリダイゼーションシグナル強度、および強度の比率が決定される。試料または検査プローブにハイブリダイズするが参照プローブにはハイブリダイズしないエレメントを決定することにより、そのエレメント内に含有されている配列が、公知の遺伝子座の転座パートナーとして同定される。検査プローブと参照プローブとの間でハイブリダイゼーションパターンが同じであることは、検査された試料が、公知の遺伝子座に転座を含有していないことを示す。タイリング密度マイクロアレイを使用する場合、ハイブリダイゼーションが、近接ゲノムセグメントを表す一連のマイクロアレイエレメントのどこで始まりどこで終わるかを確認することによって、転座切断点を決定することができる。したがって、平衡転座の場合は、ハイブリダイゼーションは、公知のゲノム遺伝子座とは異なる遺伝子内の特定DNA配列で始まるであろう。異なる遺伝子の近接配列にある最初のエレメントによって例示される配列は、その配列を、第2の遺伝子内の切断点を表すとして同定する。反対に、公知のゲノム遺伝子座に関して、ハイブリダイゼーションが終了する近接配列内のエレメントは、そのエレメントを、公知のゲノム遺伝子座内の転座切断点を表すとして標示する。
本発明は、本明細書中で提供されたtCGH法を容易にするおよび/または標準化するためのキットも提供する。本発明の種々の方法を実行するための物質および試薬をキットに提供して、これらの方法を容易にすることができる。本明細書中で使用される場合、「キット」という用語は、工程、アッセイ、解析、診断、予後、または操作を容易にする物品の組み合わせを指す。
JH関連転座切断点の同定
アレイCGHは、ゲノム不均衡を検出するが平衡ゲノム再編成は検出しないように設計されている。したがって、本発明者らは、合成ゲノム不均衡を生成して、標準的CGHアレイ上で平衡転座の部位を標示するための手段を追究した。リンパ腫細胞系の平衡免疫グロブリン転座をモデル系として使用して、本発明者らは、蛍光標識化およびマイクロアレイハイブリダイゼーションに先立つ標的線形増幅ステップにおいてゲノムDNAを単に修飾することにより、平衡転座をアレイCGHによって検出可能にする酵素的線形増幅反応を開発した。図1に概説されているように、JH関連転座切断点を、JHコンセンサスプライマー(van Dongen、2003年)を使用して酵素的に増幅し、その結果として切断点接合部を横断して転座パートナー遺伝子座へと至る線形増幅がもたらされる。単一プライマーの使用により、IgHパートナー遺伝子の同一性にかかわらず、JH関連転座の増幅が可能になる。
IgHスイッチ(SH)関連転座切断点の同定
その後、線形増幅プライマーを、IgHスイッチ(SH)領域を伴う転座を同定するように設計した。ヒトSH領域は、特徴的な反復配列ユニットの複数タンデム反復を含有しており、Sμ、Sα、およびSε E領域では、反復単位は縮重五量体配列G(A/G)GCTであるが、Sγ領域では、反復単位は80〜90ntの長さであり、より複雑である(Max、1982年;Mills、1990年;Mills、1995年)。SH関連転座切断点は、これらの反復領域全体に分布している。そのような多様な切断点の検出を容易するために、これらの反復単位を認識し、Sμ/Sα/Sε領域(S5プライマー)またはSγ反復領域(Sγプライマー)内の複数位置において合成を準備するように、線形増幅プライマーを設計した。JHの代わりにS5プライマーを使用して実施したtCGHを使用して、バーキットリンパ腫細胞系RajiのSμ−MYC転座(Dyson、1985年)(非表示)、および多発性骨髄腫系U−266の潜在的Sα−CCND1融合(Gabrea、1999年)を同定した(図2c)。
未知の転座切断点の同定
tCGHが原発性腫瘍の新規な切断点を同定することが可能であることを実証するために、本発明者らは、JH−CCND1転座を有すると推定される一連のリンパ腫を研究した。マントル細胞リンパ腫は(MCL、(Jares、2007年)に概説されており、t(11;14)(q13;q32)、JH−CCND1遺伝子融合およびCCND1タンパク質の過剰発現に帰着する転座によって特徴付けられる成熟B細胞リンパ腫である。MO2058細胞系(図3c)を含むMCL症例の約40〜50%が、主要転座クラスター(MTC)にクラスター化している切断点を有する一方で、ほとんどのMCL切断点は、CCND1と、CCND1に対して約400kbセントロメア側に位置しているMYEOV遺伝子との間の大規模遺伝子間領域全体にわたって散在している。tCGHがまだ未同定の転座切断点を検出することができることを実証するために、本発明者らはtCGHを使用して、MTC関連切断点を有していなかったMCL症例においてJH−CCND1転座を同定およびマッピングした。図6は、JHプライマーを使用して、4件のそのようなMCL症例および1つのt(11;14)陽性B細胞前リンパ球性白血病(B−PLL)を研究したtCGH結果を示す。各々の場合において、増幅用のPCRプライマーを直ちに設計すること、および固有のJH−CCND1融合を配列決定することを可能にするのに十分な分解能で、固有の切断点が予測された。切断点は、MTCのすぐ外側に切断点を有する1つの場合(B−PLL)を含み、CCND1切断点領域の約140kbセグメントにわたって散在している(Vaandrager、1996年)。
方法および物質
ゲノムDNA調製およびハイブリダイゼーション:検査および参照DNAの各々を、IgH遺伝子座を標的とする1つもしくは複数のJH、DH、もしくはSHプライマー、これらの遺伝子座再編成を標的とするMYC、BCL2、もしくはBCL6プライマー、またはBCR、MYH11、MLL、PML、もしくはAML/RUNX1遺伝子座を伴う再編成を標的とする1つもしくは複数のプライマーを使用して線形増幅した(表3および5を参照)。増幅されたDNAを超音波処理によって断片化し、下記の[0125]に記述されているように、シアニン−3−dUTPおよびシアニン−5−dUTP(Agilent社製ゲノムDNA標識キット)を用いて異なる標識化を行った。本質的に製造業者(Agilent社出版番号G4410−90010およびG4427−90010)により推奨されているように、標識検査DNA試料および標識参照DNA試料を、Agilent社製特注HD−CGH 8×15Kマイクロアレイ(製品番号G4427A)に共ハイブリダイズさせた。アレイデータを、Agilent社製Feature Extractorソフトウェア(バージョン9)およびAgilent社製CGHAnalyticsソフトウェア(バージョン3.4または3.5)を使用して解析した。
Dmax、Dmin、Dopt − 開始位置からの最大、最小、最適距離
Tmmax、Tmmin、Tmopt − 最大、最小、および最適Tm
Tmmax、Tmmin、Tmopt − 最大、最小、および最適Tm
オリゴヌクレオチド選択アルゴリズムは、配列領域のヌクレオチド位置P0から開始して、以下のように反復して進行する:
1.ヌクレオチド位置P0+DminからP0+Dmaxの間のオリゴヌクレオチドのセットをグループと見なす。
2.範囲[Tmmax、Tmmin]外側のTmを有するオリゴヌクレオチドを取り除く。
3.位置Piの各オリゴヌクレオチドiについて、以下の値を計算する:
a.Di=|P0+Dopt−Pi|
したがって、より小さな値は、配列領域に最適な距離により近い位置に相当する。Diは、最も近いDbinヌクレオチドに四捨五入してもよい(典型的には、値は5が使用される)
b.dTmi=|Tmi−Tmopt|
したがって、より小さな値のdTmiは、最適Tmにより近い融解温度に相当する。dTmiは、最も近いdTmround温度に四捨五入してもよい(典型的には、値は1度が使用される)
c.−Li=−1*(オリゴ長)
したがって、より小さい数は、より長いオリゴヌクレオチドに相当する
d.GCi=100*(G+C)/長さ
したがって、より小さい数は、より低いG+C含量に相当する。GCiは、最も近いパーセントに四捨五入された
4.各オリゴヌクレオチドiについて、Di、dTmi、−Li、および、GCiの幾つかまたは全てから構成されるタプルの一覧を生成する。
5.この一覧の値を昇順に分類する。タプル中のDi、dTmi、−Li、およびGCiの各々の相対的な位置は、そのパラメーターの相対的な重みを決定する(つまり、DiがGCiに先行する場合、オリゴヌクレオチド長には、GC含量より大きな重みが与えられる)。
6.分類された一覧の最初のタプルに対応する位置Xのオリゴヌクレオチドを選択する。
7.P0をPXに再設定し、上記工程を繰り返す。
5件全てのMCL症例におけるJH−CCND1融合、1件の濾胞性リンパ腫(FCL)症例およびDHL16におけるJH−BCL2融合、ならびにOCI−Ly8における4つ全ての新規なIgH融合(JH−BCL2、DH−BCL2、Sγ2−MYC、およびSγ3−BCL6)を含む、新規の転座および欠失切断点は全て、PCR増幅およびサンガー配列決定法によって確認した。パートナー切断点を表2に提供し、配列を下記に提供する。加えて、RL7(chr18:58,954,729〜59,122,208)およびOCI−Ly8(chr18:58,998,604〜59,133,954)における新規なイントロン性BCL2欠失は各々、各欠失を隣接する特異的BCL2プライマーを使用して増幅および配列決定した。以下を参照されたい。
免疫グロブリン重鎖(IgH)転座の同定
平衡再編成をオリゴヌクレオチドアレイ上で検出可能にするために、切断点関連ゲノムDNA配列を、DNA標識化およびアレイハイブリダイゼーションの前に酵素的に増幅する。この線形増幅ステップでは、単一のオリゴプライマーを使用して、あるゲノム遺伝子座から始まり、転座切断点を横断してパートナー遺伝子座へと伸長するハイブリッドDNA断片の合成を非対称的に準備する(図7)。パートナー遺伝子座を表すように設計されているタイリング密度オリゴアレイへの、増幅された標識ゲノムDNAのハイブリダイゼーションは、転座パートナーを同定すること、およびゲノム切断点を高分解能にマッピングすることを可能にする(図7)。パートナー遺伝子座を標的とする第2のプライマーが増幅に必要とされないため、tCGHは、大規模なゲノム領域にわたっておよび複数のパートナー遺伝子座に散在した転座切断点を、単一のアレイを使用して検出することができる。増幅された正常ゲノムDNAを、参照試料としてアレイハイブリダイゼーションに使用するため、tCGHは、ゲノム不均衡および平衡転座を同一アレイ上で検出することができる。
新規な染色体重複および欠失の同定
腫瘍および正常ゲノムDNAは、線形増幅および標識化後で同一アレイに共ハイブリダイズされるため(図7)、tCGHは、平衡再編成に加えてコピー数変化を検出するであろうことが予測された。実際、同じ遺伝子座におけるIgH転座と関連して、BCL2およびCCND1遺伝子座における、これまで認識されていない欠失および重複を幾つか同定した。例えば、公知のJH−BCL2転座を有するRL7リンパ腫細胞系では、BCL2の大規模(190kb)イントロン内の新規な167kb中間部欠失を同定した(図11a)。同様の135kbイントロン性BCL2欠失がOCI−Ly8において同定され、同様にJH−BCL2切断点接合部の明確な6.2kb欠失が同定された(図13)。これらの異常を、各々PCR増幅および配列決定により確認した。MO2058およびGranta519の両方で、CCND1遺伝子に及び、それぞれのJH−CCND1切断点接合部に正確に伸長する重複が同定され、各重複事象がder(14)t(11;14)染色体に生じたことが示唆された。(図13)。CCND1 3’非翻訳領域における公知の1852nt欠失(Withers、Harveyら、Mol. Cell. Biol. 11巻(10号):4846〜4853頁(1991年))も、MO2058において同定された(図13a)。最後に、新規な562nt欠失多型が、CCND1遺伝子の約55kb上流に同定および特徴付けられた(図12b)。コピー数変化のtCGH検出は、使用された特定の線形増幅に依存しなかった(図11a〜cおよび図14)。中間部欠失の切断点も、欠失切断点を横断する線形増幅によってマッピングすることができる(図11パネルa、d、e)。
骨髄性白血病の平衡転座の検出用tCGHアレイの確立および検証
本例は、骨髄性白血病に一般的な平衡転座、染色体欠失、染色体重複、および染色体逆位などの染色体異常の検出に有用なtCGHアレイの確立を例示する。転座および大規模欠失などの染色体異常によって一般的に分断されている11個の遺伝子を包含し、83ntの平均間隔で1.1Mbpを包含する14,262個のプローブ配列を含有するマイクロアレイを構築した(表4)。その後、プライマー混合物(表5)を、種々の骨髄性白血病細胞系から単離された染色体DNAの多重線形増幅に使用した。表4に概要が示されているAMLパイロットアレイにハイブリダイゼーションさせることにより、増幅された染色体配列に対してtCGH解析を実施した。
Claims (89)
- 検査試料中の公知のゲノム遺伝子座における染色体再編成を決定する方法であって、
(a)検査試料の細胞から第1のゲノムDNAを単離し、参照試料の細胞から第2のゲノムDNAを単離することと、
(b)前記公知のゲノム遺伝子座内の公知のDNA配列に特異的なプライマーを使用し、前記第1のゲノムDNA試料の線形増幅および標識化を実施して、第1の検出可能な標識を含む増幅された検査DNA産物を生成すること、および前記公知のゲノム遺伝子座内の公知のDNA配列に特異的なプライマーを使用し、前記第2のゲノムDNA試料の線形増幅および標識化を実施して、第2の検出可能な標識を含む増幅された参照DNA産物を生成することと、
(c)前記増幅された検査DNA産物および参照DNA産物を、ゲノムDNA配列を含むDNAマイクロアレイにハイブリダイズさせることと、
(d)前記DNAマイクロアレイへの、前記増幅された検査DNA産物のハイブリダイゼーションのパターンおよび程度を、前記増幅された参照DNA産物と比較することとを含み、
前記公知のゲノム遺伝子座のDNAマイクロアレイエレメントとは異なるDNAマイクロアレイエレメントへの、前記線形増幅された検査試料DNA産物のハイブリダイゼーションが、前記線形増幅された参照試料DNA産物を上回ることが、前記細胞における、前記公知のゲノム遺伝子座の、第2のゲノム遺伝子座との再編成を示す方法。 - 前記再編成が染色体転座である、請求項1に記載の方法。
- 前記第1および第2の検出可能な標識が増幅中に組み込まれる、請求項1に記載の方法。
- 前記第1および第2の検出可能な標識が増幅後に組み込まれる、請求項1に記載の方法。
- 前記第1および第2の検出可能な標識が蛍光標識である、請求項1に記載の方法。
- 前記蛍光標識がCy3およびCy5である、請求項5に記載の方法。
- 前記DNAマイクロアレイがタイリング密度DNAマイクロアレイである、請求項1に記載の方法。
- 前記公知のゲノム遺伝子座が免疫グロブリン遺伝子に対応する、請求項1に記載の方法。
- 前記検査試料の前記細胞が腫瘍細胞であり、前記参照細胞が正常細胞である、請求項1に記載の方法。
- 前記腫瘍細胞が、リンパ腫または白血病細胞である、請求項9に記載の方法。
- 検査試料中の公知のゲノム遺伝子座の染色体再編成パートナーを同定する方法であって、
(a)検査試料の細胞から第1のゲノムDNAを単離し、参照試料の細胞から第2のゲノムDNAを単離することと、
(b)公知のゲノム遺伝子座内の公知のDNA配列に特異的なプライマーを使用し、前記第1のゲノムDNA試料の線形増幅および標識化を実施して、第1の検出可能な標識を含む増幅された検査DNA産物を生成すること、および前記公知のゲノム遺伝子座内の公知のDNA配列に特異的なプライマーを使用し、前記第2のゲノムDNA試料の線形増幅および標識化を実施して、第2の検出可能な標識を含む増幅された参照DNA産物を生成することと、
(c)前記標識および増幅された検査DNA産物および参照DNA産物を、ゲノムDNA配列を含むDNAマイクロアレイにハイブリダイズさせることと、
(d)前記DNAマイクロアレイへの、前記増幅された検査DNA産物のハイブリダイゼーションのパターンおよび程度を、前記増幅された参照DNA産物と比較することとを含み、
前記公知のゲノム遺伝子座のDNAマイクロアレイエレメントとは異なるDNAマイクロアレイエレメントへの、前記線形増幅された検査試料DNA産物のハイブリダイゼーションが、前記線形増幅された参照試料DNA産物を上回ることが、前記DNAマイクロアレイの前記エレメントを、前記公知のゲノム遺伝子座の再編成パートナーとして同定する方法。 - 前記再編成が染色体転座である、請求項11に記載の方法。
- 前記増幅されたDNA産物にハイブリダイズする、前記公知のゲノム遺伝子座の線形配列に対応する一連のエレメントの最後のエレメントを決定し、それによって前記公知のゲノム遺伝子座の再編成切断点のおおよその位置を同定するステップをさらに含む、請求項11に記載の方法。
- 前記増幅されたDNA産物にハイブリダイズする、前記公知のゲノム遺伝子座の線形配列とは異なる第2のゲノム遺伝子座の線形配列に対応する一連のエレメントの最初のエレメントを決定し、それによって前記再編成パートナーの再編成切断点のおおよその位置を同定するステップをさらに含む、請求項11に記載の方法。
- 前記第1および第2の検出可能な標識が増幅中に組み込まれる、請求項11に記載の方法。
- 前記第1および第2の検出可能な標識が増幅後に組み込まれる、請求項11に記載の方法。
- 前記検出可能な標識が蛍光標識である、請求項11に記載の方法。
- 前記蛍光標識がCy3およびCy5である、請求項17に記載の方法。
- 前記DNAマイクロアレイがタイリング密度DNAマイクロアレイである、請求項11に記載の方法。
- 前記公知のゲノム遺伝子座が免疫グロブリン遺伝子に対応する、請求項11に記載の方法。
- 前記検査試料の前記細胞が腫瘍細胞であり、前記参照細胞が正常細胞である、請求項11に記載の方法。
- 前記腫瘍細胞が、リンパ腫または白血病細胞である、請求項21に記載の方法。
- 検査試料の公知のゲノム遺伝子座における、染色体転座を含めた、複数の染色体再編成を同時に決定する方法であって、
(a)検査試料の細胞から第1のゲノムDNAを単離し、参照試料の細胞から第2のゲノムDNAを単離することと、
(b)公知のゲノム遺伝子座内の公知のDNA配列に特異的なプライマーを使用し、前記第1のゲノムDNA試料の線形増幅を実施して、検査ゲノムDNAおよびプライマー特異的な増幅された検査DNA産物の混合物を生成すること、および同じ前記公知のゲノム遺伝子座試料内の公知のDNA配列に特異的なプライマーを使用し、前記第2のゲノムDNAの線形増幅を実施して、参照ゲノムDNAおよびプライマー特異的な増幅された参照DNA産物の混合物を生成することと、
(c)前記検査試料混合物および参照試料混合物を、オリゴヌクレオチドでプライミングされたポリメラーゼ媒介性伸長によって、さらに増幅および標識化することと、
(d)前記標識および増幅された検査DNA産物および参照DNA産物を、ゲノムDNA配列を含むDNAマイクロアレイにハイブリダイズさせることと、
(e)前記DNAマイクロアレイへの、前記増幅された検査DNA産物のハイブリダイゼーションのパターンおよび程度を、前記増幅された参照DNA産物と比較することとを含み、
(i)前記DNAマイクロアレイのエレメントに、前記増幅された検査DNA産物および増幅された参照DNA産物の両方がハイブリダイズする場合、前記エレメントへの、前記増幅された参照DNA産物のハイブリダイゼーションの程度と比較して、前記DNAマイクロアレイの前記エレメントへの、増幅された検査DNA産物のハイブリダイゼーションの程度がより大きいことが、前記マイクロアレイの前記エレメントによって表される前記検査試料中のDNA配列の増幅を示し、
(ii)前記DNAマイクロアレイのエレメントへの、前記増幅された参照DNA産物のハイブリダイゼーションが、前記DNAマイクロアレイの前記エレメントへの、前記増幅された検査DNA産物のハイブリダイゼーションを上回ることが、前記マイクロアレイの前記エレメントによって表される前記検査試料中のDNA配列の欠失を示し、
(iii)前記公知のゲノム遺伝子座のDNAマイクロアレイエレメントとは異なるDNAアレイエレメントへの、前記増幅された検査DNA産物のハイブリダイゼーションが、前記DNAアレイエレメントへの、前記増幅された参照DNA産物のハイブリダイゼーションを上回ることが、前記細胞における、前記公知のゲノム遺伝子座の、第2のゲノム遺伝子座との転座を示す方法。 - 前記第1および第2の検出可能な標識が増幅中に組み込まれる、請求項23に記載の方法。
- 前記第1および第2の検出可能な標識が増幅後に組み込まれる、請求項23に記載の方法。
- 前記検出可能な標識が蛍光標識である、請求項23に記載の方法。
- 前記蛍光標識がCy3およびCy5である、請求項26に記載の方法。
- 前記DNAマイクロアレイがタイリング密度DNAマイクロアレイである、請求項23に記載の方法。
- 前記公知のゲノム遺伝子座が免疫グロブリン遺伝子に対応する、請求項23に記載の方法。
- 前記検査試料の前記細胞が腫瘍細胞であり、前記参照細胞が正常細胞である、請求項23に記載の方法。
- 前記腫瘍細胞が、リンパ腫または白血病細胞である、請求項30に記載の方法。
- 前記検査試料および参照試料が同じゲノムDNAを含み、前記参照試料ではなく前記検査試料が前記(b)部分の線形増幅ステップに供される、請求項23に記載の方法。
- 前記第1および第2の検出可能な標識が同じであり、前記増幅された検査DNA産物および参照DNA産物のハイブリダイゼーションが、別々であるが同じ種類のマイクロアレイへのもの、または逐次的に同じマイクロアレイへのものである、請求項1、11、または23のいずれか一項に記載の方法。
- 検査試料中の染色体再編成を決定する方法であって、
(a)検査試料の細胞から第1のゲノムDNAを単離し、参照試料の細胞から第2のゲノムDNAを単離することと、
(b)公知のゲノム遺伝子座内の公知のDNA配列に特異的なプライマーを使用し、前記第1のゲノムDNA試料の線形増幅を実施して、増幅された検査DNA産物(T+)を生成すること、前記公知のゲノム遺伝子座内の公知のDNA配列に特異的な前記プライマーを使用し、前記第2のゲノムDNA試料の線形増幅および標識化を実施して、増幅された参照DNA産物(N+)を生成すること、前記公知のゲノム遺伝子座内の公知のDNA配列に特異的なプライマーを除外することによって、前記第1のゲノムDNA試料の擬似線形増幅を実施して、擬似増幅された検査DNA産物(T−)を生成すること、および前記公知のゲノム遺伝子座内の公知のDNA配列に特異的なプライマーを除外することによって、前記第2のゲノムDNA試料の擬似線形増幅を実施して、擬似増幅された参照DNA産物(N−)を生成することと、
(c)ランダムプライマーを使用するプライマー伸長によって、T+、N+、T−、およびN−の各々を、異なる検出可能な標識で標識することと、
(d)T+およびN+を、ゲノムDNA配列を含む第1のDNAマイクロアレイに共ハイブリダイズさせることと、
(e)T−およびN−を、ゲノムDNA配列を含む第2のDNAマイクロアレイに共ハイブリダイズさせることと、
(f)前記第1のDNAマイクロアレイ上のハイブリダイゼーションシグナルのパターンおよび程度を、前記第2のDNAマイクロアレイ上のハイブリダイゼーションシグナルのパターンおよび程度と比較することとを含み、
前記第2のマイクロアレイからの類似パターンがない場合、前記第1のマイクロアレイからの染色体位置に対してプロットされたハイブリダイゼーションシグナルの散布図における直角三角形パターンのハイブリダイゼーションシグナルが、染色体転座を示し、垂直辺の染色体位置が、染色体転座切断点を標示し、
前記第1のマイクロアレイおよび前記第2のマイクロアレイからの同位置の染色体位置に対してプロットされたハイブリダイゼーションシグナルの散布図における長方形パターンのハイブリダイゼーションシグナルが、染色体重複または欠失を示し、垂直辺の染色体位置が、重複または欠失したゲノム領域の2つの末端点を標示し、
それによって、前記検査試料中の染色体再編成の決定を提供する方法。 - T−およびN−を生成する前記擬似増幅が増幅を含まない、請求項34に記載の方法。
- 前記染色体再編成が染色体転座である、請求項34に記載の方法。
- 前記検出可能な標識が蛍光標識である、請求項34に記載の方法。
- 前記DNAマイクロアレイがタイリング密度DNAマイクロアレイである、請求項34に記載の方法。
- 前記公知のゲノム遺伝子座が免疫グロブリン遺伝子に対応する、請求項34に記載の方法。
- 前記検査試料の前記細胞が腫瘍細胞であり、前記参照細胞が正常細胞である、請求項34に記載の方法。
- 前記腫瘍細胞が、リンパ腫または白血病細胞である、請求項40に記載の方法。
- 検査試料中の染色体再編成を決定する方法であって、
(a)検査試料の細胞から第1のゲノムDNAを単離し、参照試料の細胞から第2のゲノムDNAを単離することと、
(b)公知のゲノム遺伝子座内の公知のDNA配列に特異的なプライマーを使用し、前記第1のゲノムDNA試料の線形増幅を実施して、増幅された検査DNA産物(T+)を生成すること、前記公知のゲノム遺伝子座内の公知のDNA配列に特異的な前記プライマーを使用し、前記第2のゲノムDNA試料の線形増幅および標識化を実施して、増幅された参照DNA産物(N+)を生成すること、前記公知のゲノム遺伝子座内の公知のDNA配列に特異的なプライマーを除外することによって、前記第1のゲノムDNA試料の擬似線形増幅を実施して、擬似増幅された検査DNA産物(T−)を生成すること、および前記公知のゲノム遺伝子座内の公知のDNA配列に特異的なプライマーを除外することによって、前記第2のゲノムDNA試料の擬似線形増幅を実施して、擬似増幅された参照DNA産物(N−)を生成することと、
(c)ランダムプライマーを使用するプライマー伸長によって、T+、N+、T−、およびN−の各々を、異なる検出可能な標識で標識することと、
(d)T+およびT−を、ゲノムDNA配列を含む第1のDNAマイクロアレイに共ハイブリダイズさせることと、
(e)N+およびN−を、ゲノムDNA配列を含む第2のDNAマイクロアレイに共ハイブリダイズさせることと、
(f)前記第1のDNAマイクロアレイ上のハイブリダイゼーションシグナルのパターンおよび程度を、前記第2のDNAマイクロアレイ上のハイブリダイゼーションシグナルのパターンおよび程度と比較することとを含み、
前記第2のマイクロアレイからの類似パターンがない場合、前記第1のマイクロアレイからの染色体位置に対してプロットされたハイブリダイゼーションシグナルの散布図における直角三角形パターンのハイブリダイゼーションシグナルが、染色体転座を示し、垂直辺の染色体位置が、染色体転座切断点を標示し、
前記第1のマイクロアレイおよび前記第2のマイクロアレイの両方に共通の染色体位置に対してプロットされたハイブリダイゼーションシグナルの散布図におけるハイブリダイゼーションシグナルのパターンが偽切断点を示し、
それによって、前記検査試料中の染色体再編成の決定を提供する方法。 - 前記再編成が転座である、請求項42に記載の方法。
- 前記検出可能な標識が蛍光標識である、請求項42に記載の方法。
- 前記DNAマイクロアレイがタイリング密度DNAマイクロアレイである、請求項42に記載の方法。
- 前記公知のゲノム遺伝子座が免疫グロブリン遺伝子に対応する、請求項42に記載の方法。
- 前記検査試料の前記細胞が腫瘍細胞であり、前記参照細胞が正常細胞である、請求項42に記載の方法。
- 前記腫瘍細胞が、リンパ腫または白血病細胞である、請求項47に記載の方法。
- 被験体における疾患を診断する方法であって、前記疾患が染色体再編成に起因し、
(a)前記被験体から生体試料を取得するステップと、
(b)前記生体試料の細胞から第1のゲノムDNAを単離し、参照試料の細胞から第2のゲノムDNAを単離するステップと、
(c)前記疾患に関連する公知のゲノムの遺伝子座内の公知のDNA配列に特異的なプライマーを使用し、前記第1のゲノムDNA試料の線形増幅および標識化を実施して、第1の検出可能な標識を含む増幅された検査DNA産物を生成し、前記公知のゲノム遺伝子座内の公知のDNA配列に特異的な前記プライマーを使用し、前記第2のゲノムDNA試料の線形増幅および標識化を実施して、第2の検出可能な標識を含む増幅された参照DNA産物を生成するステップと、
(d)前記増幅された検査DNA産物および参照DNA産物を、ゲノムDNA配列を含むDNAマイクロアレイにハイブリダイズさせるステップと、
(e)前記DNAマイクロアレイへの、前記増幅された検査DNA産物のハイブリダイゼーションのパターンおよび程度を、前記増幅された参照DNA産物と比較するステップとを含み、
前記公知のゲノムの遺伝子座のDNAマイクロアレイエレメントとは異なるDNAマイクロアレイエレメントへの、前記線形増幅された検査試料DNA産物のハイブリダイゼーションが、前記線形増幅された参照試料DNA産物を上回ることが、前記DNAマイクロアレイの前記エレメントを前記公知のゲノム遺伝子座の再編成パートナーとして同定し、前記再編成パートナーの同一性が、前記被験体における前記疾患の診断を提供する方法。 - 前記再編成が転座である、請求項49に記載の方法。
- 前記疾患が癌である、請求項49に記載の方法。
- 前記癌が、リンパ腫または白血病である、請求項51に記載の方法。
- 前記公知のゲノム遺伝子座が免疫グロブリン遺伝子である、請求項50に記載の方法。
- 前記再編成パートナーがMYCである、請求項50に記載の方法。
- 前記リンパ腫がバーキットリンパ腫である、請求項52に記載の方法。
- 染色体再編成を検出する方法であって、
(a)標的ゲノム遺伝子座を増幅するステップと、
(b)前記増幅産物を核酸アレイにハイブリダイズさせるステップと、
(c)前記ハイブリダイゼーションパターンを参照と比較するステップとを含み、
前記増幅が線形増幅であり、前記増幅されたゲノム遺伝子座のハイブリダイゼーションが前記参照と比較して異なることが、ゲノム再編成の存在を示す方法。 - 前記染色体再編成が平衡染色体再編成である、請求項56に記載の方法。
- 平衡染色体転座を検出する方法であって、
(a)標的ゲノム遺伝子座を増幅するステップと、
(b)前記増幅産物を核酸アレイにハイブリダイズさせるステップと、
(c)前記ハイブリダイゼーションパターンを参照と比較するステップとを含み、
前記増幅が線形増幅であり、直角三角形ハイブリダイゼーションパターンの存在が、平衡染色体転座の存在を示す方法。 - 前記方法が多重線形増幅を含む、請求項56に記載の方法。
- 複数のゲノム遺伝子座が、単一のアッセイで調査される、請求項56または59のいずれか一項に記載の方法。
- 複数の線形増幅プライマーが使用される、請求項56から60のいずれか一項に記載の方法。
- 前記複数の増幅プライマーが、疾患に関連する平衡転座に関与する遺伝子座の増幅用プライマーを含む、請求項61に記載の方法。
- 前記疾患が癌である、請求項62に記載の方法。
- 前記癌が、リンパ腫または白血病である、請求項62に記載の方法。
- 前記複数のプライマーが、MPM混合物、821混合物、P1/P7混合物、および複数のDHプライマーから選択される、請求項61に記載の方法。
- 前記核酸アレイが、複数のゲノム遺伝子座に対するプローブを含む高密度タイルアレイである、請求項56から65のいずれか一項に記載の方法。
- 前記複数のゲノム遺伝子座の少なくとも1つが、疾患に関連する遺伝子座である、請求項66に記載の方法。
- 前記疾患が癌である、請求項67に記載の方法。
- 前記癌が、リンパ腫または白血病である、請求項68に記載の方法。
- 前記アレイがAMLパイロットアレイである、請求項56から69のいずれか一項に記載の方法。
- 前記方法が、第2の染色体再編成の検出をさらに含む、請求項56から70のいずれか一項に記載の方法。
- 前記第2の染色体再編成が、重複、増幅、欠失、逆位、平衡転座、および不平衡転座からなる群から選択される、請求項71に記載の方法。
- 前記方法が、転座の両パートナー遺伝子座の検出を含む、請求項56から72のいずれか一項に記載の方法。
- 個体のリンパ腫の予後を診断または提供する方法であって、前記個体からの生体試料中で、IgH転座を検出することを含み、IgHパートナー染色体切断点が、表2に列挙されているものから選択される方法。
- 前記転座が平衡転座である、請求項74に記載の方法。
- 前記検出が、PCR、配列決定、質量分析、ハイブリダイゼーション、またはtCGH解析による、請求項74または75に記載の方法。
- 平衡染色体転座の検出に使用するためのキットであって、
(a)転座に関与するゲノム遺伝子座の線形増幅用のプライマーと、
(b)前記プライマーにより増幅された産物を検出するためのアレイとを含むキット。 - 転座に関与する遺伝子座の線形増幅用の複数のプライマーを含む、請求項77に記載のキット。
- 前記ゲノム遺伝子座が、疾患に関連する、請求項77または78に記載のキット。
- 前記疾患が癌である、請求項79に記載のキット。
- 前記癌が、リンパ腫または白血病である、請求項80に記載のキット。
- 疾患に関連する染色体再編成をtCGH解析するためのアレイ。
- 前記アレイが、少なくとも2つの遺伝子座に特異的な複数のプローブを含み、前記遺伝子座が、疾患に関連する染色体再編成に関与している、請求項82に記載のアレイ。
- 疾患に関連する少なくとも1つの再編成が平衡転座である、請求項82または83に記載のアレイ。
- 前記疾患が、リンパ腫または白血病である、請求項82から84のいずれか一項に記載のアレイ。
- 前記アレイによって検出される少なくとも1つの遺伝子座が、表2および表4に見出されるものから選択される、請求項82から85のいずれか一項に記載のアレイ。
- 前記アレイが、表2に見出される遺伝子座に対するプローブを含む、請求項86に記載のアレイ。
- 前記アレイが、表4に見出される遺伝子座に対するプローブを含む、請求項86に記載のアレイ。
- コンピュータプログラムTileに使用されているようなオリゴヌクレオチド選択アルゴリズム。
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