JP2011501659A - 有角および無角ウシの遺伝子マーカーおよび関連する方法 - Google Patents
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Abstract
Description
本出願は、参照によりその全体が本明細書に組み込まれている、2007年10月3日出願の米国特許仮出願第60/977,238号に基づく権利を主張する。
配列表は、「Polled_v2_ST251_final.txt」と名づけられたファイルに含有されている。このファイルは、55,296バイト(54キロバイト)(MS−Windows XPで測定)であり、148の配列を含み、2008年9月19日に作成された。配列表は、これによって伝達され、かつ参照により本明細書に組み込まれる。
当業者が本発明の完全な範囲をより容易に理解および認識する補助となるように、以下の定義を与える。しかしながら、以下に与える定義で指示する通り、与えられている定義は、そのように指示されていない限り、排他的でないことが意図されている。むしろ、それらは、当業者を本発明の様々な例示的実施形態に集中させるために与えられる好ましい定義である。
本発明の様々な実施形態は、動物ゲノム内の1つまたは複数の位置で動物(とりわけ乳生産動物)の遺伝子型を評価する方法を提供する。本発明のこれらの実施形態の諸態様は、一塩基多型(SNP)を含有する1または複数箇所の位置(遺伝子座)で動物のゲノム配列を決定するステップを含む方法を提供する。詳細には、本発明は、本出願の表に記載のSNPからなる群から選択される1つまたは複数のSNPのそれぞれについて、そのSNPの2つ以上の対立遺伝子のうちのどれが存在しているかを決定することによって、動物の遺伝子型を評価する方法を提供する。
乳牛の有角/無角表現型に関連するマーカーの同定
ウシの無角変異は、未知であるが、Georgesら(1993年)がマイクロサテライトマーカーを用いることによって、ウシ第1染色体(BTA01)の近位末端に位置決定された。無角遺伝子座を精密マッピングしようとする、より最近の試みには、さらなるマイクロサテライトマーカーマッピング(Schmutzら、1995年;Brennemanら、1996年;Harliziusら、1997年;Drogemullerら、2005年)、および無角領域の、BACベースの物理地図の作成(Wunderlichら、2006年)が含まれている。引用したこれらの情報源から得られる、無角領域における最も近位の遺伝子であるATP5Oおよび最も遠位の遺伝子であるKRTAP8の位置は、公共ウシゲノムアセンブリーバージョン3.1(www.hgsc.bcm.tmc.edu/projects/bovine/)における、それぞれ約0.6Mbおよび3.9Mbに対応している。
すべてのDNA試料は、製造業者のプロトコールに従ってQiagen Biosprint(Qiagen Inc.、Valencia、CA)を用いて精子から抽出した。24頭のホルスタイン雄ウシを多型発見パネルとして用いた。これら24頭のセットの中で、複数の対の動物が有角雄親および無角雄仔として直接的血縁関係にあり、雌親は、報告されているその動物の表現型に基づいて、無角であると予測されている。12頭の無角雄仔からの精液試料は、無角雌ウシを用いることによって、特異的に、無角形質を求めて繁殖を行っている2人の酪農業者から入手した、この業界における優良な遺伝的特徴を組み込むために、これらの無角雌ウシに最上位の雄親を交配した。それゆえ、無角/有角形質に一致すると同定されるいかなる多型も、上記12頭の有角雄ウシでは、1つの対立遺伝子に関してホモ接合型であり、上記12頭の無角雄ウシでは、ヘテロ接合型(まれに第2の対立遺伝子に関してホモ接合型)であろう(無角対立遺伝子の対立遺伝子頻度が0.1であると仮定すると、この集団でホモ接合型の無角雄仔を見出す確率は10%であると計算できる)。
領域内にある標的遺伝子からの、平均70bpの隣接配列を含有する遺伝子コード領域および調節エレメント(UTR、推定上のプロモーター)を標的とするようにPCRプライマーを設計した。最適なプライマーアニーリング温度は、95℃で15分間、ならびに94℃で45秒、12の試料ウェルの端から端まで55℃から始まって66℃までの勾配温度で45秒および72℃で45秒を35サイクル、ならびに72℃で10分間という勾配PCR熱サイクル条件を用いて得た。ひとたび、最適なアニーリング温度が見出されたならば、95℃で15分間、それに続いて、94℃で45秒、最適アニーリング温度で45秒、および72℃で45秒を35サイクル、さらに、72℃で10分間の最終伸長ステップという標準的な熱サイクル条件を用いて、配列決定するために各プライマーセットを増幅させた。PCR容積10μlの濃度(勾配および標準)は、5ng/μlゲノムDNA、各プライマー(順方向および逆方向)0.5μM、1×SIGMA JumpStart PCR混合物(Sigma−Aldrich Co.、St.Louis,MO)であった。
オンラインリソースであるWWW Promoter Scan(www−bimas.cit.nih.gov/molbio/proscan/)を用いて、プロモーターおよび転写因子結合部位などの予測調節エレメントを求めて、標的遺伝子のイントロンおよび遺伝子間配列をスキャンした。同定された推定上の調節エレメントは、プライマー設計用および標的多型発見用の遺伝子コード領域および調節領域(UTR)の中に含めた。
配列決定は、以下に記載の方法を用いて行った。すべての配列決定を順方向および逆方向の両方で行った。10μlの標準的PCRを行った。10μlのうち、5μlは、増幅を確認するためのアガロースゲル電気泳動によって可視化し、残りの5μlは、製造業者のプロトコールに従って、EXO−SAP−IT PCR産物クリーンアップ(USB corporation、Cleveland,OH)を用いて精製した。精製されたPCR産物7μlと、10μMの順方向および逆方向両プライマー2μlとからなる9μlの反応容積中で、精製されたPCR産物の直接配列決定を行い、ABI 3730×l自動配列決定装置で分離した(Applied Biosystems、Foster City,CA)。各DNA試料について、順方向および逆方向の配列を生成させた。配列トレースアラインメントおよび多型の検出は、最新バージョンのPhred/Phrap(Ewingら、1998年、EwingおよびGreen、1998年)およびConsed(Gordonら、1998年)を用いて行った。
子孫形質を改善するための一塩基多型の使用
選択された形質に関する、集団の平均遺伝的メリットを改善するために、その形質と有意に関連する1つまたは複数のマーカーを、繁殖用動物の選択に用いることができる。発見されたそれぞれの遺伝子座の場合において、好ましい表現型と集団全体のLDになっているマーカー対立遺伝子(または複数のマーカー対立遺伝子のハプロタイプ)を有する動物の使用は、繁殖に使用される動物の育種価を増大させ、集団におけるその対立遺伝子(および表現型)の頻度を経時的に増大させ、それによりその形質に関する、集団の平均遺伝的メリットを増大させるであろう。価値の完全な実現のために、この増大した遺伝的メリットを商用集団に広めることができる。
α1=q[a+d(q−p)] [式3]
α2=−p[a+d(q−p)] [式4]
α=a+d(q−p) [式5]
gA1A1=2(α1) [式6]
gA1A2=(α1)+(α2) [式7]
gA2A2=2(α2) [式8]
式中、α1およびα2はそれぞれ対立遺伝子1および2の平均効果であり、αは対立遺伝子置換の平均効果であり、pおよびqはそれぞれ集団における対立遺伝子1および2の頻度であり、aおよびdはそれぞれ相加効果および有意効果であり、gA1A1、gA1A2およびgA2A2はそれぞれA1A1、A1A2およびA2A2のマーカー遺伝子型を有する動物の(マーカー)育種価である。動物の全形質育種価は、考慮される各マーカー(またはハプロタイプ)の育種価および残りの多遺伝子育種価の合計である。すなわち、
SNPの同定
核酸配列が本発明のSNPを含有しているというのは、それが、表1および配列表に記載の多型を含有し、かつ/またはそれに隣接している連続した少なくとも20ヌクレオチドを含む場合である。代替として、表1、表2および配列表に記載の多型を含有するか、またはそれに隣接している、より短いひと続きの連続したヌクレオチドによっても、上記連続したヌクレオチドのより短い配列がウシゲノム内でユニークである場合には、本発明のSNPが同定されうる。通常、SNP部位は、多型部位がその中に含有されているコンセンサス配列、多型部位の位置および多型部位の様々な対立遺伝子によって特徴付けられる。「コンセンサス配列」は、アラインメントされた配列のクラスターにおけるそれぞれのヌクレオチド位置でコンセンサスとして構成されているDNA配列を意味する。そのようなクラスターは、ある遺伝子座の対立遺伝子内にあるSNPおよびインデル(挿入/欠失)多型を同定するのにしばしば使用される。コンセンサス配列は、その遺伝子座におけるDNAのいずれの鎖に基づくものでもありえ、その遺伝子座における各SNP対立遺伝子のいずれか1つのヌクレオチド塩基、およびその遺伝子座におけるすべてのインデルのヌクレオチド塩基、または両方のSNP対立遺伝子を、縮重コード(IUPACコード:MはAまたはC、RはAまたはG、WはAまたはT、SはCまたはG、YはCまたはT、KはGまたはT、VはAまたはCまたはG、HはAまたはCまたはT、DはAまたはGまたはT、BはCまたはGまたはT、NはAまたはCまたはGまたはTを表し、本発明者らが使用する追加のコードには、「−」またはAを表すI、「−」またはCを表すO、「−」またはGを表すE、「−」またはTを表すLが含まれ、ここで、「−」は欠失を意味する)を用いて記述する。したがって、コンセンサス配列は、実際のDNA配列のコピーではない可能性があるが、コンセンサス配列は、その遺伝子座における実際の多型のためのプライマーおよびプローブを正確に設計するのに有用である。
それぞれの配列の41塩基(中央に多型部位を有する)が相互に完全に一致している(マッチ長=41、同一性=100%)ので、SNP ss38333809はss38333810と同一であると決定された。
この出願で、上記および下記に引用された参考文献を参照により明確に本明細書に組み込む。
(非特許文献)
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以下の表のそれぞれについて、遺伝子名およびNCBI GeneID番号に関する追加情報をwww.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?db=Geneで見出すことができる。
Claims (89)
- 動物を、前記動物について予測されている有角/無角表現型に従って使用に割り当てる方法であって、
a.1または複数箇所の遺伝子座で動物の遺伝子型を決定するステップであり、少なくとも1箇所の遺伝子座が、少なくとも2つの対立遺伝子変種を有する一塩基多型(SNP)を含有し、かつ少なくとも1つのSNPが、表1に記載のSNPから選択されるステップと、
b.表1に記載のSNPから選択された1つまたは複数のSNPで評価された少なくとも1頭の動物の決定された遺伝子型を分析して、どの対立遺伝子変種が存在しているかを決定するステップと、
c.同定された対立遺伝子を、有角または無角表現型と相関させるステップと、
d.決定されたその遺伝子型に従って動物を使用に割り当てるステップと
を含む方法。 - 動物の遺伝子型が、表1に記載のSNPから選択されるSNPを含有する2箇所以上の遺伝子座で評価される、請求項1に記載の方法。
- 動物の遺伝子型が、表1に記載のSNPから選択されるSNPを含有する少なくとも1箇所の遺伝子座を含めた2箇所以上の遺伝子座で評価される、請求項1に記載の方法。
- 動物の遺伝子型が、表1に示すSNPから選択される1つまたは複数のSNPで評価され、かつ前記動物の遺伝子型が、表2に示すSNPから選択される1つまたは複数のSNPで評価される、請求項1に記載の方法。
- 動物の遺伝子型が、表1に記載のSNPから選択される少なくとも1つのSNPを含めた10以上のSNPで評価される、請求項1に記載の方法。
- 評価される少なくとも1つのSNPが適応度に関連する、請求項3から5のいずれかに記載の方法。
- 評価される少なくとも1つのSNPが生産性に関連する、請求項3から5のいずれかに記載の方法。
- 全ゲノム分析を含む、請求項1から7のいずれかに記載の方法。
- 潜在的子孫をつくるための潜在的親動物を選択する方法であって、
a.少なくとも1頭の潜在的親動物の遺伝子型を1または複数箇所のゲノム遺伝子座で決定するステップであり、少なくとも1箇所の遺伝子座が、少なくとも2つの対立遺伝子変種を有する一塩基多型(SNP)を含有し、かつ少なくとも1つのSNPが、表1に記載のSNPから選択されるステップと、
b.表1に記載のSNPから選択された1つまたは複数のSNPに関して評価された少なくとも1頭の動物の、決定された遺伝子型を分析して、どの対立遺伝子が存在しているかを決定するステップと、
c.同定された対立遺伝子を、有角または無角表現型と相関させるステップと、
d.少なくとも1頭の動物を、その遺伝子型に基づいて、繁殖使用に割り当てるステップと
を含む方法。 - 潜在的親動物の遺伝子型が、表1に記載のSNPから選択されるSNPを含有する1または複数箇所の遺伝子座で評価され、かつ前記潜在的親動物の遺伝子型が、表2に記載のSNPから選択されるSNPを含有する1または複数箇所の遺伝子座で評価される、請求項9に記載の方法。
- 潜在的親動物の遺伝子型が、表1に記載のSNPから選択されるSNPを含有する2箇所以上の遺伝子座で評価される、請求項9に記載の方法。
- 潜在的親動物の遺伝子型が、表1に記載のSNPから選択されるSNPを含有する少なくとも1箇所の遺伝子座を含めた10箇所以上の遺伝子座で評価される、請求項9に記載の方法。
- 潜在的親動物の遺伝子型が、表1に記載のSNPから選択されるSNPを含有する少なくとも1箇所の遺伝子座を含めた、20箇所以上の遺伝子座で評価される、請求項9に記載の方法。
- 潜在的親動物を、その潜在的子孫に無角表現型が遺伝するように選択する、請求項9から13のいずれかに記載の方法。
- 潜在的親動物を、その潜在的子孫に有角表現型が遺伝するように選択する、請求項9から13のいずれかに記載の方法。
- 全ゲノム分析を含む、請求項9から13のいずれかに記載の方法。
- 後代動物を生産する方法であって、
a)請求項1に記載の方法に従って繁殖用に割り当てられた少なくとも1頭の潜在的親動物を同定するステップと、
b)i)自然繁殖、
ii)人工授精、
iii)in vitro受精、および/または
iv)前記動物から精液/精子もしくは少なくとも1つの卵子を収集し、それをそれぞれ第2の動物からの1または複数の卵子または精液/精子と接触させて、任意の手段によって受胎産物を生産すること
を含む過程を介して、割り当てられた動物から後代を生産するステップと
を含む方法。 - 自然繁殖を介して後代を生産するステップを含む、請求項17に記載の方法。
- 人工授精、胚移植および/またはin vitro受精を介して子孫を生産するステップを含む、請求項17に記載の方法。
- 潜在的親動物の遺伝子型が、表1に記載のSNPから選択されるSNPを含有する1または複数箇所の遺伝子座で評価され、かつ前記潜在的親動物の遺伝子型が、表2に記載のSNPから選択されるSNPを含有する1または複数箇所の遺伝子座で評価される、請求項17に記載の方法。
- 潜在的親動物の遺伝子型が、表1に記載のSNPから選択されるSNPを含有する2箇所以上の遺伝子座で評価される、請求項17に記載の方法。
- 潜在的親動物の遺伝子型が、表1に記載のSNPから選択されるSNPを含有する少なくとも1箇所の遺伝子座を含めた10箇所以上の遺伝子座で評価される、請求項17に記載の方法。
- 潜在的親動物の遺伝子型が、表1に記載のSNPから選択されるSNPを含有する少なくとも1箇所の遺伝子座を含めた、20箇所以上の遺伝子座で評価される、請求項17に記載の方法。
- 潜在的親動物を、その後代に無角表現型が遺伝するように選択する、請求項17から23のいずれかに記載の方法。
- 潜在的親動物を、その後代に有角表現型が遺伝するように選択する、請求項17から23のいずれかに記載の方法。
- 全ゲノム分析を含む、請求項17から23のいずれかに記載の方法。
- 試料中にどの対立遺伝子が存在しているかを決定するための核酸アレイであって、表1に記載のSNPからなる群から選択される少なくとも1つまたは複数のSNPとストリンジェントな条件下でハイブリッド形成できる2つ以上の核酸配列を含む核酸アレイ。
- 表1に記載のSNPからなる群から選択される2つ以上のSNPのそれぞれに関して、どの対立遺伝子が存在しているかを決定できる、請求項27に記載のアレイ。
- 表1に記載のSNPからなる群から選択される少なくとも1箇所の遺伝子座を含めた10以上のSNPのそれぞれに関して、どの対立遺伝子が存在しているかを決定できる、請求項27に記載のアレイ。
- 表1に記載のSNPからなる群から選択される少なくとも1箇所の遺伝子座を含めた100以上のSNPのそれぞれに関して、どの対立遺伝子が存在しているかを決定できる、請求項27に記載のアレイ。
- どの対立遺伝子が動物に存在しているかを決定する方法であって、
a.請求項27から30のいずれかに記載のアレイを用意するステップと、
b.前記アレイを使用して、動物の遺伝子型を決定するステップと、
c.同定された少なくとも1つの対立遺伝子を、有角または無角表現型と相関させるステップと、
d.少なくとも1頭の動物を、その遺伝子型に基づいて、繁殖使用に割り当てるステップと
を含む方法。 - 無角表現型を求めて前記動物が選択される、請求項31に記載の方法。
- 表1に記載のSNPの群から選択される少なくとも1つのSNPと対立遺伝子関連にある遺伝子マーカーを同定することによって、有角/無角表現型に関連する遺伝子マーカーを同定する方法であって、
a)表1に記載のSNPの群から選択されるマーカーA1と対立遺伝子関連にある疑いのある遺伝子マーカーB1を同定するステップと、
b)A1とB1とが対立遺伝子関連にあるかどうかを決定するステップと
を含み、少なくとも100頭の動物の集団標本の式1に関してr2>0.2である場合に対立遺伝子関連が存在し、式1が
- 遺伝子マーカーB1がSNPである、請求項33に記載の方法。
- 同定される遺伝子マーカーが、表1に記載のSNPの群から選択される少なくとも1つのSNPと連鎖不平衡にある、請求項33に記載の方法。
- B1が、有角/無角表現型に関係する定量的または定性的形質遺伝子座の基礎となる原因変異である、請求項33に記載の方法。
- r2>0.5である、請求項33に記載の方法。
- r2>0.9である、請求項33に記載の方法。
- 無角表現型に関連するSNPと対立遺伝子関連にある遺伝子マーカーを同定するための、請求項33から38のいずれかに記載の方法。
- 前記遺伝子マーカーが、無角表現型に関連するSNPと連鎖不平衡にある、請求項39に記載の方法。
- 同定される遺伝子マーカーが原因変異である、請求項39に記載の方法。
- 動物を、前記動物について予測されている有角/無角表現型に従って使用に割り当てる方法であって、
a.1または複数箇所の遺伝子座で動物の遺伝子型を決定するステップであり、少なくとも1箇所の遺伝子座が、少なくとも2つの対立遺伝子変種を有する遺伝子マーカーを含有し、かつ少なくとも1つの遺伝子マーカーが、表3に記載の一遺伝子内に位置するステップと、
b.表3に記載の一遺伝子内の1または複数箇所のSNP遺伝子座で評価された少なくとも1頭の動物の、決定された遺伝子型を分析して、どの対立遺伝子変種が存在しているかを決定するステップと、
c.同定された対立遺伝子を、有角または無角表現型と相関させるステップと、
d.前記動物を、その決定された遺伝子型に従って使用に割り当てるステップと
を含む方法。 - 動物の遺伝子型が、表3に記載の一遺伝子内に位置する遺伝子マーカーを含有する2箇所以上の遺伝子座で評価される、請求項44に記載の方法。
- 動物の遺伝子型が、表3に記載の一遺伝子内に位置する遺伝子マーカーを含有する少なくとも1箇所の遺伝子座を含めた2箇所以上の遺伝子座で評価される、請求項44に記載の方法。
- 前記遺伝子マーカーが多型である、請求項44に記載の方法。
- 前記遺伝子マーカーが一塩基多型(SNP)である、請求項47に記載の方法。
- 前記動物の遺伝子型が2箇所以上の遺伝子座で評価され、それらのうちの少なくとも1箇所が、表3に記載の一遺伝子内に位置する遺伝子マーカーを含有する、請求項44に記載の方法。
- 評価される少なくとも1つのマーカーが適応度に関連する、請求項49に記載の方法。
- 評価される少なくとも1つのマーカーが生産性に関連する、請求項49に記載の方法。
- 全ゲノム分析を含む、請求項44から51のいずれ一項に記載の方法。
- 潜在的子孫をつくるための潜在的親動物を選択する方法であって、
a.少なくとも1頭の潜在的親動物の遺伝子型を1または複数箇所のゲノム遺伝子座で決定するステップであり、少なくとも1箇所の遺伝子座が、表3に記載の一遺伝子内に位置する遺伝子マーカーを含有するステップと、
b.1つまたは複数の遺伝子マーカーに関して評価された少なくとも1頭の動物の、決定された遺伝子型を分析して、どの対立遺伝子が存在しているかを決定するステップと、
c.同定された対立遺伝子を、有角または無角表現型と相関させるステップと、
d.少なくとも1頭の動物を、その遺伝子型に基づいて、繁殖使用に割り当てるステップと
を含む方法。 - 前記遺伝子マーカーが多型である、請求項53に記載の方法。
- 前記多型が一塩基多型(SNP)である、請求項54に記載の方法。
- 潜在的親動物の遺伝子型が2箇所以上の遺伝子座で評価され、これらのうち少なくとも1箇所が、表3に記載の一遺伝子内に位置する遺伝子マーカーを含有する、請求項53に記載の方法。
- 潜在的親動物の遺伝子型が10箇所以上の遺伝子座で評価され、これらのうち少なくとも1箇所が、表3に記載の一遺伝子内に位置する遺伝子マーカーを含有する、請求項56に記載の方法。
- 潜在的親動物を、その潜在的子孫に無角表現型が遺伝するように選択する、請求項53から56のいずれかに記載の方法。
- 潜在的親動物を、その潜在的子孫に有角表現型が遺伝するように選択する、請求項53から56のいずれかに記載の方法。
- 全ゲノム分析を含む、請求項53から56のいずれかに記載の方法。
- 後代動物を生産する方法であって、
a.請求項53に記載の方法に従って繁殖用に割り当てられた少なくとも1頭の潜在的親動物を同定するステップと、
b.i)自然繁殖、
ii)人工授精、
iii)in vitro受精、および/または
iv)前記動物から精液/精子もしくは少なくとも1つの卵子を収集し、それをそれぞれ第2の動物からの1または複数の卵子または精液/精子と接触させて、任意の手段によって受胎産物を生産すること
を含む過程を介して、割り当てられた動物から後代を生産するステップとを含む方法。 - 自然繁殖を介して後代を生産するステップを含む、請求項61に記載の方法。
- 人工授精、胚移植および/またはin vitro受精を介して子孫を生産するステップを含む、請求項61に記載の方法。
- 前記遺伝子マーカーが多型である、請求項61に記載の方法。
- 前記遺伝子マーカーが一塩基多型(SNP)である、請求項61に記載の方法。
- 表3に記載の一遺伝子内に位置する少なくとも1つのマーカーと対立遺伝子関連にある遺伝子マーカーを同定することによって、有角または無角表現型に関連する遺伝子マーカーを同定する方法であって、
a.表3に記載のSNPの群から選択されるマーカーA1と対立遺伝子関連にある疑いのある遺伝子マーカーB1を同定するステップと、
b.A1およびB1が対立遺伝子関連にあるかどうかを決定するステップと
を含み、少なくとも100頭の動物の集団標本の式1に関してr2>0.2である場合に対立遺伝子関連が存在し、式1が
- 遺伝子マーカーB1がSNPである、請求項66に記載の方法。
- 同定された遺伝子マーカーが、表3に記載の一遺伝子内に位置する少なくとも1つのSNPと連鎖不平衡にある、請求項66に記載の方法。
- B1が、有角/無角表現型に関係する定量的または定性的形質遺伝子座の基礎となる原因変異である、請求項66に記載の方法。
- r2>0.5である、請求項66に記載の方法。
- r2>0.9である、請求項66に記載の方法。
- 無角表現型に関連するSNPと対立遺伝子関連にある遺伝子マーカーを同定する、請求項66から71のいずれかに記載の方法。
- 前記遺伝子マーカーが、無角表現型に関連するSNPと連鎖不平衡にある、請求項72に記載の方法。
- 同定される遺伝子マーカーが原因変異である、請求項73に記載の方法。
- 遺伝子発現を用いる、ウシ動物を選択する方法であって、
a.前記動物から試料を取得するステップと、
b.前記試料を遺伝子発現に関して分析するステップと、
c.前記動物を、遺伝子発現の分析に従って使用に割り当てるステップと
を含み、前記遺伝子が、表3に記載の遺伝子から選択される方法。 - 前記遺伝子発現が、mRNAの分析を介して転写レベルで測定される、請求項75に記載の方法。
- 前記遺伝子発現が、前記試料のタンパク質含有量の分析を介して翻訳レベルで測定される、請求項75に記載の方法。
- 前記タンパク質含有量が、ウエスタンブロット分析、ポリクローナル抗体ベースの試験、モノクローナル抗体ベースの試験、タンパク質電気泳動、タンパク質アッセイ、マイクロアレイ、免疫組織化学、競合アッセイ、酵素アッセイおよび酵素結合免疫吸着アッセイ(ELISA)からなる群から選択される試験を用いて分析される、請求項77に記載の方法。
- 前記タンパク質含有量が、抗体を含む側方流動試験を用いて分析される、請求項77に記載の方法。
- 前記タンパク質含有量が、酵素結合免疫吸着アッセイ(ELISA)を用いて分析される、請求項77に記載の方法。
- 少なくとも10の多型の、どの対立遺伝子が試料中に存在しているかを決定するための核酸アレイであって、表1および2に記載の多型から選択される1つまたは複数の多型とストリンジェントな条件下でハイブリッド形成できる1つまたは複数の核酸配列を含む核酸アレイ。
- 表1および2に記載の多型から選択される2つ以上の多型を含む、請求項81に記載の核酸アレイ。
- 表1および2に記載の多型から選択される5つ以上の多型を含む、請求項82に記載の核酸アレイ。
- 表1および2に記載の多型から選択される10以上の多型を含む、請求項83に記載の核酸アレイ。
- 動物の遺伝子型を1または複数箇所の遺伝子座で評価する方法であって、少なくとも1箇所の遺伝子座が、表1および2に記載の多型から選択される多型を含む方法。
- 動物の遺伝子型を10箇所以上のゲノム遺伝子座で評価するステップを含む、請求項85に記載の方法。
- 動物の遺伝子型が10箇所以上の遺伝子座で評価され、少なくとも2箇所の遺伝子座が、表3および配列表に記載の多型から選択される多型を含む、請求項85に記載の方法。
- 動物の遺伝子型が20箇所以上の遺伝子座で評価され、少なくとも2箇所の遺伝子座が、表3および配列表に記載の多型から選択される多型を含む、請求項85に記載の方法。
- 全ゲノム分析を含む、請求項85から88のいずれかに記載の方法。
- 表1および2ならびに配列表に記載の核酸の群から選択される、連続した少なくとも17ヌクレオチドの核酸を含む単離されている核酸配列であって、前記核酸が表1および2ならびに配列表に記載の少なくとも1つの多型ヌクレオチドを含む核酸配列。
- 請求項90に記載の核酸配列とストリンジェントな条件下でハイブリッド形成できる配列を含む単離されている核酸配列。
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