JP2010512730A5 - - Google Patents

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JP2010512730A5
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上記で列挙される特異的な目的および対象に関して、一つまたは複数の本発明の態様が特定の目的に対処できることは当業者によく理解されている。その一方で、一つまたは複数の他の態様は特定の他の目的に対処できる。本発明のあらゆる態様に対して、あらゆる観点において、それぞれの目的は同等には適用することができない。よって、本明細書における対象は、本発明のいかなる一態様に関しても代替的に考えることが可能である。
[請求項1001]
以下の工程を含む、肺癌の予後を評価する方法:
a. 肺癌の予後を評価する対象から採取した試料におけるTTK発現レベルおよびEGFRリン酸化レベルのいずれかまたは両方を検出する工程、および
b. TTK発現レベルおよびEGFRリン酸化レベルのいずれかまたは両方の上昇が、対照レベルと比較して検出された場合に予後不良を示す工程。
[請求項1002]
TTK発現レベルが以下から成る群より選択されるいずれか一つの方法によって検出される、請求項1001記載の方法:
(a) SEQ ID NO:2のアミノ酸配列をコードするmRNAの存在を検出する方法、
(b) SEQ ID NO:2のアミノ酸配列を含むタンパク質の存在を検出する方法、および
(c) SEQ ID NO:2のアミノ酸配列を含むタンパク質の生物活性を検出する方法。
[請求項1003]
(c)の生物活性がEGFRに対するキナーゼ活性である、請求項1002記載の方法。
[請求項1004]
EGFRのリン酸化レベルがSEQ ID NO:42の992アミノ酸残基のチロシンまたは967アミノ酸残基のセリンで検出される、請求項1001記載の方法。
[請求項1005]
以下から成る群から選択されるいずれか一つの構成成分を含む、肺癌予後評価のためのキット:
(a) SEQ ID NO:2のアミノ酸配列をコードするmRNAを検出する試薬、
(b) SEQ ID NO:2のアミノ酸配列を含むタンパク質、あるいは、SEQ ID NO:42の992アミノ酸残基のチロシンまたは967アミノ酸残基のセリンを検出する試薬、ならびに
(c) SEQ ID NO:2のアミノ酸配列を含むタンパク質の生物活性を検出する試薬。
[請求項1006]
対象由来の生物試料におけるTTK発現レベルまたはEGFRリン酸化レベルを決定する工程を含む、肺癌または肺癌発症の素因を診断する方法であって、該遺伝子の正常対照レベルと比較した、該試料における該発現レベルまたはリン酸化レベルの上昇が、該対象が肺癌に罹患している、または肺癌発症のリスクを有していることを示す、方法。
[請求項1007]
前記試料の発現レベルが、正常対照レベルと比べ少なくとも10%高い、請求項1006記載の方法。
[請求項1008]
TTK発現レベルが以下から成る群から選択される方法によって決定される、請求項1006記載の方法:
a) SEQ ID NO:2のアミノ酸配列をコードするmRNAを検出する方法、
b) SEQ ID NO:2のアミノ酸配列を含むタンパク質を検出する方法、および
c) SEQ ID NO:2のアミノ酸配列を含むタンパク質の生物活性を検出する方法。
[請求項1009]
生物活性がEGFRに対するキナーゼ活性である、請求項1008記載の方法。
[請求項1010]
EGFRリン酸化レベルがSEQ ID NO:42の992アミノ酸残基のチロシンまたは967アミノ酸残基のセリンで検出される、請求項1006記載の方法。
[請求項1011]
対象由来の生物試料が上皮細胞を含む、請求項1006記載の方法。
[請求項1012]
生物試料が肺細胞を含む、請求項1006記載の方法。
[請求項1013]
生物試料が肺組織由来の上皮細胞を含む、請求項1006記載の方法。
[請求項1014]
EGFRに対するTTKのキナーゼ活性を検出する試薬を含む、対象の肺癌または肺癌発症の素因を診断するキット。
[請求項1015]
EGFRに対するTTKのキナーゼ活性が、EGF非依存的なTTKによるEGFRのリン酸化である、請求項1014記載のキット。
[請求項1016]
以下の工程を含む、EGFRに対するTTKのキナーゼ活性を測定する方法:
a. TTKによるEGFRリン酸化に適した条件下でEGFRまたはその機能的等価物とTTKとをインキュベートする工程であって、TTKが以下から成る群から選択される、工程:
i. SEQ ID NO:2(TTK)のアミノ酸配列を含むポリペプチド;
ii. SEQ ID NO:2の一つまたは複数のアミノ酸が置換、欠失または挿入されたアミノ酸配列を含むポリペプチドであって、結果として得られるポリペプチドがSEQ ID NO:2のアミノ酸配列から成るポリペプチドと等価な生物活性を有する、ポリペプチド;
iii. SEQ ID NO:1の核酸配列から成るポリヌクレオチドにストリンジェントな条件下でハイブリダイズするポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチドであって、結果として得られるポリペプチドがSEQ ID NO:2のアミノ酸配列から成るポリペプチドと等価な生物活性を有する、ポリペプチド;
b. リン酸化EGFRレベルを検出する工程;および
c. 工程(b)で検出されたリン酸化EGFRレベルと相関させることにより、TTKキナーゼ活性を測定する工程。
[請求項1017]
EGFRの機能的等価物がSEQ ID NO:43のアミノ酸配列を含む断片である、請求項1016記載の方法。
[請求項1018]
リン酸化EGFRレベルがSEQ ID NO:42の992アミノ酸残基のチロシンまたは967アミノ酸残基のセリンで検出される、請求項1016記載の方法。
[請求項1019]
以下の工程を含む、EGFRに対するTTKキナーゼ活性を改変する薬剤を同定する方法:
a. TTKによるEGFRのリン酸化に適した条件の下、試験化合物の存在下でEGFRまたはその機能的等価物とTTKとをインキュベートする工程であって、TTKが以下から成る群から選択されるポリペプチドである、工程:
i. SEQ ID NO:2(TTK)のアミノ酸配列を含むポリペプチド;
ii. SEQ ID NO:2の一つまたは複数のアミノ酸が置換、欠失または挿入されたアミノ酸配列を含むポリペプチドであって、結果として得られるポリペプチドがSEQ ID NO:2のアミノ酸配列から成るポリペプチドと等価な生物活性を有する、ポリペプチド;
iii. SEQ ID NO:1の核酸配列から成るポリヌクレオチドにストリンジェントな条件下でハイブリダイズするポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチドであって、結果として得られるポリペプチドがSEQ ID NO:2のアミノ酸配列から成るポリペプチドと等価な生物活性を有する、ポリペプチド;
b. リン酸化EGFRレベルを検出する工程;および
c. 対照レベルとリン酸化EGFRレベルとを比較する工程であって、正常対照レベルと比較したリン酸化EGFRレベルにおける増減が、該試験化合物がEGFRに対するTTKキナーゼ活性を改変することを示す、工程。
[請求項1020]
EGFRの機能的同等物がSEQ ID NO:43のアミノ酸配列を含む断片である、請求項1019記載の方法。
[請求項1021]
リン酸化EGFRレベルがSEQ ID NO:42の992アミノ酸残基のチロシンまたは967アミノ酸残基のセリンで検出される、請求項1019記載の方法。
[請求項1022]
以下の工程を含む、肺癌を治療および/または予防する化合物のスクリーニング方法:
a. TTKによるEGFRのリン酸化に適した条件の下、試験化合物の存在下でEGFRまたはその機能的等価物とTTKとをインキュベートする工程であって、TTKが以下から成る群から選択されるポリペプチドである、工程:
i. SEQ ID NO:2(TTK)のアミノ酸配列を含むポリペプチド;
ii. SEQ ID NO:2の一つまたは複数のアミノ酸が置換、欠失または挿入されたアミノ酸配列を含むポリペプチドであって、該ポリペプチドがSEQ ID NO:2のアミノ酸配列から成るポリペプチドと等価な生物活性を有する、ポリペプチド;
iii. SEQ ID NO:1の核酸配列から成るポリヌクレオチドにストリンジェントな条件下でハイブリダイズするポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチドであって、該ポリペプチドがSEQ ID NO:2のアミノ酸配列から成るポリペプチドと等価な生物活性を有する、ポリペプチド;
b. リン酸化EGFRレベルを検出する工程;および
c. 対照レベルと比較したリン酸化EGFRレベルを減少させる化合物を選択する工程。
[請求項1023]
EGFRの機能的等価物がSEQ ID NO:43のアミノ酸配列を含む断片である、請求項1022記載の方法。
[請求項1024]
リン酸化EGFRレベルがSEQ ID NO:42の992アミノ酸残基のチロシンまたは967アミノ酸残基のセリンで検出される、請求項1022記載の方法。
[請求項1025]
以下の構成成分を含むキットであって、EGFRに対するTTKのキナーゼ活性を改変する試験化合物の能力を検出するキット:
A) 以下から成る群から選択されるポリペプチド:
i. SEQ ID NO:2(TTK)のアミノ酸配列を含むポリペプチド;
ii. SEQ ID NO:2の一つまたは複数のアミノ酸が置換、欠失または挿入されたアミノ酸配列を含むポリペプチドであって、結果として得られるポリペプチドがSEQ ID NO:2のアミノ酸配列から成るポリペプチドと等価な生物活性を有する、ポリペプチド;
iii. SEQ ID NO:1の核酸配列から成るポリヌクレオチドにストリンジェントな条件下でハイブリダイズするポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチドであって、結果として得られるポリペプチドがSEQ ID NO:2のアミノ酸配列から成るポリペプチドと等価な生物活性を有する、ポリペプチド;
B) SEQ ID NO:43のアミノ酸配列を含むEGFRまたはEGFR断片;および
C) リン酸化EGFRを検出する試薬。
[請求項1026]
以下の構成成分を含むキットであって、EGFRに対するTTKのキナーゼ活性を改変する試験化合物の能力を検出するキット:
A) SEQ ID NO:43のアミノ酸配列を含むEGFRまたはEGFR断片、および以下から成る群から選択されるポリペプチドを発現する細胞:
i. SEQ ID NO:2のアミノ酸配列を含むポリペプチド(TTK);
ii. SEQ ID NO:2の一つまたは複数のアミノ酸が置換、欠失または挿入されたアミノ酸配列を含むポリペプチドであって、結果として得られるポリペプチドがSEQ ID NO:2のアミノ酸配列から成るポリペプチドと等価な生物活性を有する、ポリペプチド;
iii. SEQ ID NO:1の核酸配列から成るポリヌクレオチドにストリンジェントな条件下でハイブリダイズするポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチドであって、結果として得られるポリペプチドがSEQ ID NO:2のアミノ酸配列から成るポリペプチドと等価な生物活性を有する、ポリペプチド;
B) リン酸化EGFRを検出する試薬。
[請求項1027]
以下の工程を含む、肺癌の転移を予測する方法:
a. キナーゼドメインにおけるTTKの1つまたは複数の変異を検出する工程、
b. 変異を検出した場合、肺癌の転移の高い危険度を示す工程。
[請求項1028]
キナーゼドメインにおけるTTKの1つまたは複数の変異が、SEQ ID NO:2のコドン610におけるバリンからフェニルアラニン(V610F)、コドン753におけるグルタミンからヒスチジン(Q753H)、およびコドン574におけるチロシンからシステイン(Y574C)から成る群から選択される、請求項1027記載の方法。
[請求項1029]
以下の工程を含む、TTKの1つまたは複数の変異を検出する方法であって、変異が、SEQ ID NO:2のコドン610におけるバリンからフェニルアラニン(V610F)、コドン753におけるグルタミンからヒスチジン(Q753H)、およびコドン574におけるチロシンからシステイン(Y574C)から成る群から選択される少なくとも1つの変異である、方法:
a) 対象ポリペプチドまたはそれをコードするcDNAと、ポリペプチドまたはそれをコードするcDNAの変異のいずれか1つを認識する結合薬剤とを接触させる工程、
b) ポリペプチドまたはそれをコードするcDNAと結合薬剤とを検出する工程、および
c) 工程b)の薬剤の結合が検出された場合、TTKの変異が示される工程。
[請求項1030]
結合薬剤が、SEQ ID NO:2のコドン610におけるバリンからフェニルアラニン(V610F)、コドン753におけるグルタミンからヒスチジン(Q753H)、およびコドン574におけるチロシンからシステイン(Y574C)から成る群から選択される少なくとも1つの変異を含むポリペプチドに結合する抗体であり、かつ、結合薬剤がSEQ ID NO:2のアミノ酸配列から成るポリペプチドには実質的に結合しない、請求項1029記載の方法。
[請求項1031]
試薬がポリペプチドまたはそれをコードするcDNAの変異のいずれか1つを認識する結合薬剤を含み、変異がSEQ ID NO:2のコドン610におけるバリンからフェニルアラニン(V610F)、コドン753におけるグルタミンからヒスチジン(Q753H)、およびコドン574におけるチロシンからシステイン(Y574C)から成る群から選択される少なくとも1つの変異である、TTKの1つまたは複数の変異を検出する試薬。
[請求項1032]
結合薬剤が、SEQ ID NO:2のコドン610におけるバリンからフェニルアラニン(V610F)、コドン753におけるグルタミンからヒスチジン(Q753H)、およびコドン574におけるチロシンからシステイン(Y574C)から成る群から選択される少なくとも1つの変異を含むポリペプチドと結合する抗体であり、かつ、SEQ ID NO:2のアミノ酸配列から成るポリペプチドには実質的に結合しない、請求項1031記載の試薬。
[請求項1033]
A1870G(V610Fに対する)、G1977T(Q753Hに対する)およびG2408C(Y574Cに対する)から成る群から選択される1つまたは複数の変異を含む、SEQ ID NO:1の変異核酸配列を含む単離されたポリヌクレオチド、または該1つまたは複数の変異を含むその断片。
[請求項1034]
V610F、Q753HおよびY574Cから成る群から選択される1つまたは複数の変異を含む、SEQ ID NO:2の変異アミノ酸配列を含む単離されたポリペプチド、または該1つまたは複数の変異を含むその断片。
[請求項1035]
(a) ISSILEKGERLPQPPICTI(SEQ ID NO:44)、DVYMIMVKCWMIDADSRPK (SEQ ID NO:45)またはFRELIIEFSKMARDPQRYL (SEQ ID NO:46)を含むポリペプチド、および
(b) ISSILEKGERLPQPPICTI(SEQ ID NO:44)、DVYMIMVKCWMIDADSRPK(SEQ ID NO:45)およびFRELIIEFSKMARDPQRYL(SEQ ID NO:46)から成る群から選択されるポリペプチドと機能的に等価なポリペプチドであって、
SEQ ID NO:2のアミノ酸配列から成るポリペプチドの生物機能を欠く、ポリペプチド
から成る群から選択される少なくともいずれか1つのポリペプチド、または、
(a)および(b)のポリペプチドから選択されるポリペプチドをコードするポリヌクレオチド
を投与する工程を含む、肺癌の治療または予防方法。
[請求項1036]
(a) ISSILEKGERLPQPPICTI(SEQ ID NO:44)、DVYMIMVKCWMIDADSRPK(SEQ ID NO:45)またはFRELIIEFSKMARDPQRYL(SEQ ID NO:46)を含むポリペプチド、および
(b) ISSILEKGERLPQPPICTI(SEQ ID NO:44)、DVYMIMVKCWMIDADSRPK(SEQ ID NO:45)およびFRELIIEFSKMARDPQRYL(SEQ ID NO:46)から成る群から選択されるポリペプチドと機能的に等価なポリペプチドであって、
SEQ ID NO:2のアミノ酸配列から成るポリペプチドの生物機能を欠く、ポリペプチド
から成る群から選択される少なくともいずれか1つのポリペプチド、または、
(a)および(b)のポリペプチドから選択されるポリペプチドをコードするポリヌクレオチド
の薬学的な有効量、ならびに薬学的に許容される担体を含む、肺癌の治療または予防のための組成物。
[請求項1037]
以下から成る群から選択されるポリペプチド;
(a) ISSILEKGERLPQPPICTI(SEQ ID NO:44)、DVYMIMVKCWMIDADSRPK(SEQ ID NO:45)またはFRELIIEFSKMARDPQRYL(SEQ ID NO:46)を含むポリペプチド、および
(b) ISSILEKGERLPQPPICTI(SEQ ID NO:44)、DVYMIMVKCWMIDADSRPK(SEQ ID NO:45)およびFRELIIEFSKMARDPQRYL(SEQ ID NO:46)から成る群から選択されるポリペプチドと機能的に等価なポリペプチドのアミノ酸配列を有するポリペプチドであって、
SEQ ID NO:2のアミノ酸配列から成るポリペプチドの生物機能を欠く、ポリペプチド。
[請求項1038]
請求項1037記載のポリペプチドをコードするポリヌクレオチド。
[請求項1039]
生物機能が細胞増殖活性である、請求項1037記載のポリペプチド。
[請求項1040]
19から57残基から成る、請求項1037記載のポリペプチド。
[請求項1041]
細胞膜透過性物質で修飾された、請求項1037記載のポリペプチド。
[請求項1042]
一般式:
[R]-[D]
を有し、式中、[R]が細胞膜透過性物質を表し;かつ[D]が、ISSILEKGERLPQPPICTI(SEQ ID NO:44)またはDVYMIMVKCWMIDADSRPK(SEQ ID NO:45)またはFRELIIEFSKMARDPQRYL(SEQ ID NO:46)を含む断片配列のアミノ酸配列;あるいは該断片配列を含むポリペプチドと機能的に等価なポリペプチドのアミノ酸配列を表し、
該ポリペプチドがSEQ ID NO:2のアミノ酸配列から成るポリペプチドの生物機能を欠い
ており、
[R]および[D]が、GGGから成るアミノ酸配列を含むリンカーで直接または間接的に連結されている、
請求項1041記載のポリペプチド。
[請求項1043]
細胞膜透過性物質が以下から成る群から選択されるいずれか1つである、請求項1042記載のポリペプチド:
ポリアルギニン;
Tat / RKKRRQRRR/SEQ ID NO:47;
ペネトラチン / RQIKIWFQNRRMKWKK/SEQ ID NO:48;
ブフォリンII / TRSSRAGLQFPVGRVHRLLRK/SEQ ID NO:49;
トランスポータン / GWTLNSAGYLLGKINLKALAALAKKIL/SEQ ID NO:50;
MAP (モデル両親媒性ペプチド) / KLALKLALKALKAALKLA/SEQ ID NO:51;
K-FGF / AAVALLPAVLLALLAP/SEQ ID NO:52;
Ku70 / VPMLK/SEQ ID NO:53
Ku70 / PMLKE/SEQ ID NO:61;
プリオン / MANLGYWLLALFVTMWTDVGLCKKRPKP/SEQ ID NO:54;
pVEC / LLIILRRRIRKQAHAHSK/SEQ ID NO:55;
Pep-1 / KETWWETWWTEWSQPKKKRKV/SEQ ID NO:56;
SynB1 / RGGRLSYSRRRFSTSTGR/SEQ ID NO:57;
Pep-7 / SDLWEMMMVSLACQY/SEQ ID NO:58;および
HN-1 / TSPLNIHNGQKL/SEQ ID NO:59。
[請求項1044]
ポリアルギニンがArg 11 (RRRRRRRRRRR/SEQ ID NO:60)である、請求項1043記載のポリペプチド。
[請求項1045]
TTK(SEQ ID NO:1)またはEGFR(SEQ ID NO:3)の遺伝子発現を減少させる二本鎖分子を含む組成物を対象に投与することを含む、肺癌の治療または予防方法であって、該二本鎖分子がセンス核酸およびアンチセンス核酸を含み、該センス核酸が標的配列としてSEQ ID NO:62または63の配列に対応するリボヌクレオチド配列を含む、方法。
[請求項1046]
組成物がトランスフェクション促進剤を含む、請求項1045記載の方法。
[請求項1047]
TTK(SEQ ID NO:1)またはEGFR(SEQ ID NO:3)の遺伝子発現を減少させる二本鎖分子の薬学的有効量、および薬学的に許容される担体を含む肺癌の治療または予防のための組成物であって、該二本鎖分子がセンス核酸およびアンチセンス核酸を含み、該センス核酸が標的配列としてSEQ ID NO:62または63の配列に対応するリボヌクレオチド配列を含む、組成物。

Claims (21)

  1. 以下の工程を含む、肺癌を治療および/または予防する化合物のスクリーニング方法:
    a. TTKによるEGFRのリン酸化に適した条件の下、試験化合物の存在下でEGFRまたはその機能的等価物とTTKとをインキュベートする工程であって、TTKが以下から成る群から選択されるポリペプチドである、工程:
    i. SEQ ID NO:2(TTK)のアミノ酸配列を含むポリペプチド;
    ii. SEQ ID NO:2の一つまたは複数のアミノ酸が置換、欠失または挿入されたアミノ酸配列を含むポリペプチドであって、該ポリペプチドがSEQ ID NO:2のアミノ酸配列から成るポリペプチドと等価な生物活性を有する、ポリペプチド;
    iii. SEQ ID NO:1の核酸配列から成るポリヌクレオチドにストリンジェントな条件下でハイブリダイズするポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチドであって、該ポリペプチドがSEQ ID NO:2のアミノ酸配列から成るポリペプチドと等価な生物活性を有する、ポリペプチド;
    b. リン酸化EGFRレベルを検出する工程;および
    c. 対照レベルと比較したリン酸化EGFRレベルを減少させる化合物を選択する工程。
  2. EGFRの機能的等価物がSEQ ID NO:43のアミノ酸配列を含む断片である、請求項記載の方法。
  3. リン酸化EGFRレベルがSEQ ID NO:42の992アミノ酸残基のチロシンまたは967アミノ酸残基のセリンで検出される、請求項1または2記載の方法。
  4. 以下の構成成分を含むキットであって、EGFRに対するTTKのキナーゼ活性を改変する試験化合物の能力を検出するキット:
    A) 以下から成る群から選択されるポリペプチド:
    i. SEQ ID NO:2(TTK)のアミノ酸配列を含むポリペプチド;
    ii. SEQ ID NO:2の一つまたは複数のアミノ酸が置換、欠失または挿入されたアミノ酸配列を含むポリペプチドであって、結果として得られるポリペプチドがSEQ ID NO:2のアミノ酸配列から成るポリペプチドと等価な生物活性を有する、ポリペプチド;
    iii. SEQ ID NO:1の核酸配列から成るポリヌクレオチドにストリンジェントな条件下でハイブリダイズするポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチドであって、結果として得られるポリペプチドがSEQ ID NO:2のアミノ酸配列から成るポリペプチドと等価な生物活性を有する、ポリペプチド;
    B) SEQ ID NO:43のアミノ酸配列を含むEGFRまたはEGFR断片;および
    C) リン酸化EGFRを検出する試薬。
  5. 以下の構成成分を含むキットであって、EGFRに対するTTKのキナーゼ活性を改変する試験化合物の能力を検出するキット:
    A) SEQ ID NO:43のアミノ酸配列を含むEGFRまたはEGFR断片、および以下から成る群から選択されるポリペプチドを発現する細胞:
    i. SEQ ID NO:2のアミノ酸配列を含むポリペプチド(TTK);
    ii. SEQ ID NO:2の一つまたは複数のアミノ酸が置換、欠失または挿入されたアミノ酸配列を含むポリペプチドであって、結果として得られるポリペプチドがSEQ ID NO:2のアミノ酸配列から成るポリペプチドと等価な生物活性を有する、ポリペプチド;
    iii. SEQ ID NO:1の核酸配列から成るポリヌクレオチドにストリンジェントな条件下でハイブリダイズするポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチドであって、結果として得られるポリペプチドがSEQ ID NO:2のアミノ酸配列から成るポリペプチドと等価な生物活性を有する、ポリペプチド;
    B) リン酸化EGFRを検出する試薬。
  6. 以下の工程を含む、肺癌の転移を予測するマーカーの検出方法:
    a. キナーゼドメインにおけるTTKの1つまたは複数の変異を検出する工程、
    b. 変異を検出した場合、肺癌の転移の高い危険度と関連付けられる工程。
  7. キナーゼドメインにおけるTTKの1つまたは複数の変異が、SEQ ID NO:2のコドン610におけるバリンからフェニルアラニン(V610F)、コドン753におけるグルタミンからヒスチジン(Q753H)、およびコドン574におけるチロシンからシステイン(Y574C)から成る群から選択される、請求項記載の方法。
  8. 以下の工程を含む、EGFRに対するTTKのキナーゼ活性を測定する方法:
    a. TTKによるEGFRリン酸化に適した条件下でEGFRまたはその機能的等価物とTTKとをインキュベートする工程であって、TTKが以下から成る群から選択される、工程:
    i. SEQ ID NO:2(TTK)のアミノ酸配列を含むポリペプチド;
    ii. SEQ ID NO:2の一つまたは複数のアミノ酸が置換、欠失または挿入されたアミノ酸配列を含むポリペプチドであって、結果として得られるポリペプチドがSEQ ID NO:2のアミノ酸配列から成るポリペプチドと等価な生物活性を有する、ポリペプチド;
    iii. SEQ ID NO:1の核酸配列から成るポリヌクレオチドにストリンジェントな条件下でハイブリダイズするポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチドであって、結果として得られるポリペプチドがSEQ ID NO:2のアミノ酸配列から成るポリペプチドと等価な生物活性を有する、ポリペプチド;
    b. リン酸化EGFRレベルを検出する工程;および
    c. 工程(b)で検出されたリン酸化EGFRレベルと相関させることにより、TTKキナーゼ活性を測定する工程。
  9. EGFRの機能的等価物がSEQ ID NO:43のアミノ酸配列を含む断片である、請求項記載の方法。
  10. リン酸化EGFRレベルがSEQ ID NO:42の992アミノ酸残基のチロシンまたは967アミノ酸残基のセリンで検出される、請求項8または9記載の方法。
  11. 以下の工程を含む、EGFRに対するTTKキナーゼ活性を改変する薬剤を同定する方法:
    a. TTKによるEGFRのリン酸化に適した条件の下、試験化合物の存在下でEGFRまたはその機能的等価物とTTKとをインキュベートする工程であって、TTKが以下から成る群から選択されるポリペプチドである、工程:
    i. SEQ ID NO:2(TTK)のアミノ酸配列を含むポリペプチド;
    ii. SEQ ID NO:2の一つまたは複数のアミノ酸が置換、欠失または挿入されたアミノ酸配列を含むポリペプチドであって、結果として得られるポリペプチドがSEQ ID NO:2のアミノ酸配列から成るポリペプチドと等価な生物活性を有する、ポリペプチド;
    iii. SEQ ID NO:1の核酸配列から成るポリヌクレオチドにストリンジェントな条件下でハイブリダイズするポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチドであって、結果として得られるポリペプチドがSEQ ID NO:2のアミノ酸配列から成るポリペプチドと等価な生物活性を有する、ポリペプチド;
    b. リン酸化EGFRレベルを検出する工程;および
    c. 対照レベルとリン酸化EGFRレベルとを比較する工程であって、正常対照レベルと比較したリン酸化EGFRレベルにおける増減が、該試験化合物がEGFRに対するTTKキナーゼ活性を改変することを示す、工程。
  12. EGFRの機能的同等物がSEQ ID NO:43のアミノ酸配列を含む断片である、請求項11記載の方法。
  13. リン酸化EGFRレベルがSEQ ID NO:42の992アミノ酸残基のチロシンまたは967アミノ酸残基のセリンで検出される、請求項11または12記載の方法。
  14. 以下の工程を含む、肺癌の予後を評価するマーカーの検出方法:
    a. 肺癌の予後を評価する対象から採取した試料におけるTTK発現レベルおよびEGFRリン酸化レベルのいずれかまたは両方を検出する工程、および
    b. TTK発現レベルおよびEGFRリン酸化レベルのいずれかまたは両方の上昇が、対照レベルと比較して検出された場合に予後不良と関連付けられる工程。
  15. TTK発現レベルが以下から成る群より選択されるいずれか一つの方法によって検出される、請求項14記載の方法:
    (a) SEQ ID NO:2のアミノ酸配列をコードするmRNAの存在を検出する方法、
    (b) SEQ ID NO:2のアミノ酸配列を含むタンパク質の存在を検出する方法、および
    (c) SEQ ID NO:2のアミノ酸配列を含むタンパク質の生物活性を検出する方法。
  16. (c)の生物活性がEGFRに対するキナーゼ活性である、請求項15記載の方法。
  17. EGFRのリン酸化レベルがSEQ ID NO:42の992アミノ酸残基のチロシンまたは967アミノ酸残基のセリンで検出される、請求項14記載の方法。
  18. 以下から成る群から選択されるいずれか一つの構成成分を含む、肺癌予後評価のためのキット:
    (a) SEQ ID NO:2のアミノ酸配列をコードするmRNAを検出する試薬、
    (b) SEQ ID NO:2のアミノ酸配列を含むタンパク質、あるいは、SEQ ID NO:42の992アミノ酸残基のチロシンまたは967アミノ酸残基のセリンを検出する試薬、ならびに
    (c) SEQ ID NO:2のアミノ酸配列を含むタンパク質の生物活性を検出する試薬。
  19. TTK(SEQ ID NO:1)またはEGFR(SEQ ID NO:3)の遺伝子発現を減少させる二本鎖分子を含む組成物、肺癌の治療または予防のための医薬の製造における使用であって、該二本鎖分子がセンス核酸およびアンチセンス核酸を含み、該センス核酸が標的配列としてSEQ ID NO:62または63の配列に対応するリボヌクレオチド配列を含む、使用
  20. 組成物がトランスフェクション促進剤を含む、請求項19記載の使用
  21. TTK(SEQ ID NO:1)またはEGFR(SEQ ID NO:3)の遺伝子発現を減少させる二本鎖分子の薬学的有効量、および薬学的に許容される担体を含む肺癌の治療または予防のための組成物であって、該二本鎖分子がセンス核酸およびアンチセンス核酸を含み、該センス核酸が標的配列としてSEQ ID NO:62または63の配列に対応するリボヌクレオチド配列を含む、組成物。
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Families Citing this family (12)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
DK2325305T3 (en) * 2005-02-25 2014-03-03 Oncotherapy Science Inc Peptide vaccines for cancers that express TTK-, URLC10- or KOC1 polypeptide
TW201008574A (en) 2008-08-19 2010-03-01 Oncotherapy Science Inc INHBB epitope peptides and vaccines containing the same
ES2339524B1 (es) * 2008-08-28 2011-03-22 Proyecto De Biomedicina Cima, S.L. Nuevo biomarcador como diana terapeutica en cancer de pulmon.
TW201102081A (en) 2009-05-11 2011-01-16 Oncotherapy Science Inc TTK peptides and vaccines including the same
EP2343294A1 (en) 2009-11-30 2011-07-13 Bayer Schering Pharma AG Substituted triazolopyridines
US20120021432A1 (en) * 2010-04-16 2012-01-26 Arqule, Inc. Phosphorylated NF45 Biomarkers, Antibodies And Methods Of Using Same
JP2014501496A (ja) * 2010-10-20 2014-01-23 ユニヴェルシテ ボルドー セガラン 消化管間質腫瘍における臨床転帰のシグネチャーおよび消化管間質腫瘍の治療の方法
KR101232084B1 (ko) * 2011-10-31 2013-02-08 연세대학교 산학협력단 암 세포 바이오 마커를 동정하는 방법 및 상기 방법으로 동정한 nmd-무관 암 세포 바이오 마커
CN105228642A (zh) 2013-02-22 2016-01-06 纽约市哥伦比亚大学理事会 通过抑制转录因子atf5来抑制肿瘤细胞的组合物和方法
US10316077B2 (en) 2017-02-20 2019-06-11 Sapience Therapeutics, Inc. Cell-penetrating ATF5 polypeptides and uses thereof
CN109423517B (zh) * 2017-08-28 2022-08-05 中国医学科学院肿瘤医院 外泌体在肿瘤诊断、治疗和预后评估中的用途
EP3737399B1 (en) 2018-01-03 2023-07-26 Sapience Therapeutics, Inc. Atf5 peptide variants and uses thereof

Family Cites Families (21)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US5223409A (en) 1988-09-02 1993-06-29 Protein Engineering Corp. Directed evolution of novel binding proteins
NZ508996A (en) 1998-06-25 2003-09-26 Kyogo Itoh Tumor antigen peptides derived from cyclophilin B
US20020103360A1 (en) 1998-09-01 2002-08-01 Yang Pan Novel protein related to melanoma-inhibiting protein and uses thereof
US20030045491A1 (en) * 2001-02-23 2003-03-06 Christoph Reinhard TTK in diagnosis and as a therapeutic target in cancer
CN100578227C (zh) * 2001-02-21 2010-01-06 诺华疫苗和诊断公司 用于诊断和作为癌症治疗靶标的ttk
KR100990055B1 (ko) 2001-11-21 2010-10-26 사이고 가오루 유전자 발현 억제 방법
AU2003207708A1 (en) 2002-02-20 2003-09-09 Sirna Therapeutics, Inc. Rna interference mediated inhibition of map kinase genes
CA2500224C (en) 2002-09-25 2015-04-28 University Of Massachusetts In vivo gene silencing by chemically modified and stable sirna
TW200413725A (en) 2002-09-30 2004-08-01 Oncotherapy Science Inc Method for diagnosing non-small cell lung cancers
US20060024692A1 (en) * 2002-09-30 2006-02-02 Oncotherapy Science, Inc. Method for diagnosing non-small cell lung cancers
CA2511907A1 (en) * 2003-01-06 2004-07-22 Wyeth Compositions and methods for diagnosing and treating colon cancers
WO2004070062A2 (en) * 2003-02-04 2004-08-19 Wyeth Compositions and methods for diagnosing and treating cancers
EP1636342A4 (en) 2003-06-20 2008-10-08 Isis Pharmaceuticals Inc OLIGOMERIC COMPOUNDS FOR GENE MODULATION
US20050136437A1 (en) 2003-08-25 2005-06-23 Nastech Pharmaceutical Company Inc. Nanoparticles for delivery of nucleic acids and stable double-stranded RNA
WO2005045037A2 (en) 2003-10-23 2005-05-19 Sirna Therapeutics, Inc. RNA INTERFERENCE MEDIATED INHIBITION OF 5-ALPHA REDUCTASE AND ANDROGEN RECEPTOR GENE EXPRESSION USING SHORT INTERFERING NUCLEIC ACID (siNA)
AU2005276245C1 (en) 2004-08-23 2015-02-26 Sylentis S.A.U. Treatment of eye disorders characterized by an elevated introacular pressure by siRNAs
EP2395108A1 (en) * 2004-12-08 2011-12-14 Aventis Pharmaceuticals Inc. Method for measuring resistance or sensitivity to docetaxel
JP5109131B2 (ja) * 2005-02-10 2012-12-26 オンコセラピー・サイエンス株式会社 膀胱癌を診断する方法
DK2325305T3 (en) * 2005-02-25 2014-03-03 Oncotherapy Science Inc Peptide vaccines for cancers that express TTK-, URLC10- or KOC1 polypeptide
US8053183B2 (en) * 2005-07-27 2011-11-08 Oncotherapy Science, Inc. Method of diagnosing esophageal cancer
TW201008574A (en) * 2008-08-19 2010-03-01 Oncotherapy Science Inc INHBB epitope peptides and vaccines containing the same

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